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"Bioinformática con Ñ" is a project born in 2013 aimed to provide specialized educational bibliography on Bioinformatics for Spanish speakers. The first release, published in 2014 and edited by Álvaro Sebastián and Alberto Pascual-García, consists on more than 500 pages where the following matters are covered: biomedical databases, sequence analysis, phylogeny and evolution, structural biology, including diverse topics such as docking, virtual screening or molecular dynamics, statistics and R, systems biology, programming skills, data mining, parallel computation, bibliography management and science article writing.

`EL PROYECTO/THE PROJECT`

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(English version below)

"Bioinformática con Ñ" es un proyecto nacido en 2013 cuyo objetivo es proporcional bibliografía educativa especializada sobre Bioinformática en lengua española. Su primera edición, publicada en 2014 y editada por Alberto Pascual-García y Álvaro Sebastián, contiene más de 500 páginas divididas en dos volúmenes (ver descripción de contenidos debajo)

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`DESCARGA/DOWNLOAD`

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Todos los capítulos se pueden descargar desde esta página.

All chapters can be downloaded from this page.

`DESCRIPCIÓN`

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El libro está dividido en seis grandes bloques, que a su vez han sido organizados en dos Volúmenes. El primer volumen trata sobre cuestiones generales, de utilidad independientemente del área de bioinformática en que se pueda estar interesado, como bases de datos o fundamentos de programación. También se tratan análisis bioinformáticos de uso muy extendido, como puede ser el alineamiento de secuencias. El segundo volumen se centra en bioinformática estructural y biología de sistemas, con una carga teórica más elevada y tratando técnicas computacionales más complejas. El índice detallado se encuentra con el resto de los capítulos del libro.

Volumen 1 - Principios de Bioinformática

I. Bases de datos biomédicas, servidores web y otros recursos online.

II. Macromoléculas biológicas, alineamiento de secuencias y filogenia.

Volumen 2 - Biologı́a Estructural y de Sistemas

III. Biologı́a estructural de proteı́nas.

IV. Biologı́a estructural de ácidos nucleicos

V. Dinámica estructural y diseño de fármacos

VI. Biología de Sistemas

`CRÉDITOS`

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Edición y coordinación:
Álvaro Sebastián y Alberto Pascual-Garcı́a

Autores:
F. Abascal, J. Aguirre, E. Andrés-León, D. Bajic, D. Baú, J. A. Bueren-Calabuig, Á. Cortés-Cabrera, I. Dotu, J. M. Fernández, H. G. D. Santos, B. Garcı́a-Jiménez, R. Guantes, I. Irisarri, N. Jiménez-Lozano, J. Klett, R. Méndez, A. Morreale, A. Pascual-Garcı́a, A. Perona, A. Sebastian, M. Stich, S. Tarazona, I. Yruela y R. Zardoya

Portada:
Enrique Sahagún (http://www.scixel.es)

`CÓMO CITAR`

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El libro completo:

Bioinformática con Ñ., (2014) Coordinators and editors: Sebastián, A. and Pascual-García, A., ISBN:978-84-617-1976-X. (https://zenodo.org/communities/bioinfconn/)

Para capítulos individuales, referirse a la correspondiente página de descarga y utilizar el DOI que aparece en el margen derecho, por ejemplo:

Pascual-García, A., Modelos simplificados de plegamiento de estructura de proteínas , (2014) en: Bioinformática con Ñ, ISBN:978-84-617-1976-X (doi.org/10.5281/zenodo.1066348)

`PRÓLOGOS`

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Prólogo al Volumen I

La bioinformática y la biologı́a computacional persiguen ordenar el conocimiento que se deriva del análisis de datos biológicos, fundamentalmente secuencias y genomas, con ayuda de algoritmos y sistemas informáticos. Por su naturaleza transversal han colonizado a otras disciplinas y ya son parte integral de los métodos de trabajo de áreas tan amplias como la biotecnologı́a, la ecologı́a, la biologı́a o la medicina. Proyectos cientı́ficos de gran impacto en nuestras vidas, como la secuenciación del genoma humano, la caracterización de las diferentes variedades de cáncer, el diseño de nuevos medicamentos o la selección genómica en el sector agropecuario han sido y seguirán siendo posibles gracias, en gran medida, a los avances de la bioinformática. Todo esto ha ocurrido en los últimos 30 años, y a un ritmo muy difı́cil de seguir incluso para los especialistas. De hecho, es fácil abrumarse con el volumen de literatura al alcance de la mano, ya sea en canales convencionales como las revistas Bioinformatics o PLoS Computational Biology, editadas por cientı́ficos de prestigio, o foros como Biostar o SEQanswers, donde usuarios de todo el mundo comparten protocolos y experiencia al estilo peer to peer.
Como decı́a, la bioinformática ha evolucionado rápidamente en años recientes y eso se ha traducido en
una demanda creciente de profesionales cualificados en el diseño y aplicación de esta clase de herramientas computacionales. Estos especialistas pueden tener currı́culum vitae muy distintos, habiendo recorrido itinerarios académicos posiblemente diferentes, pero finalmente han de tener una serie de habilidades fundamentales como son conocimientos en genética y biologı́a molecular, dominio de lenguajes de programación y la capacidad de administrar y sacar el máximo rendimiento a los datos y el hardware disponible, ya sea en un laboratorio de investigación o una pequeña empresa biotecnológica. Aunque la bioinformática tiene una dimensión global y se habla en inglés, también es cierto que en muchas universidades a éste y al otro lado del Atlántico la lengua vehicular para la enseñanza es el español.
En consecuencia hay un espacio y una demanda real de materiales educativos en español, y muestra de ellos son los cada vez más numerosos blogs y bitácoras que tratan sobre esta materia en nuestra lengua. Este libro es el esfuerzo colectivo de un buen elenco de investigadores expertos, en su mayorı́a por debajo de los 40 años, por contribuir a llenar ese espacio con contenidos cientı́ficos. En efecto, tras el texto pionero publicado por el profesor Lahoz-Beltrá en 2004, este libro es el primero escrito en
nuestra lengua que hace un repaso tan amplio y ambicioso del área, y complementa de manera natural los recursos disponibles en la Red.
En esta edición inicial los autores tocan de forma exhaustiva una selección de temas fundamentales de la biologı́a computacional, y por tanto es de esperar que este libro se convierta en un recurso valioso para estudiantes y profesores de las universidades de habla hispana. Para los estudiantes, porque aquı́ podrán encontrar material para ahondar en su estudio de la bioinformática, incluyendo citas a artı́culos de la literatura cientı́fica, normalmente en inglés; para los profesores universitarios, porque podrán apoyarse en este libro para programar y dotar de contenido a las asignaturas y materias relacionadas con la bioinformática, que todavı́a en muchas universidades son claramente insuficientes.
Finalmente, seguramente este libro contribuya a introducir y traducir al español el caudal constante de términos y conceptos de la bioinformática. El reto que tiene por delante será sin duda el de la renovación permanente para no sucumbir a la evolución del área, de modo que los temas incluidos sean representativos de las áreas vigentes de la disciplina. La filosofı́a colaborativa de este proyecto, donde tanto los editores como los autores han participado en la selección de materiales y en la toma de deciciones
editoriales, parece adecuada para este fin.

Bruno Contreras MoreiraZaragoza, Septiembre de 2014

El Dr. Bruno Contreras es director del Laboratorio de Biologı́a Computacional en la Estación Experimental de Aula Dei (EEAD/CSIC, Zaragoza, España) y profesor invitado de la Universidad Autónoma de México (Cuernavaca, México).

Prólogo al Volumen II

Mi primera impresión cuando examiné la recopilación de capı́tulos que se agrupan en este volumen doble fue la de que, ¡por fin!, alguien habı́a cogido al toro por los cuernos y acometido la ingente tarea de explicar y dar forma a una serie de conceptos y disciplinas de actualidad relacionados con los nuevos enfoques sobre los seres vivos. Cabrı́a pensar que este conocimiento, que dirige una buena parte de los esfuerzos cientı́ficos encaminados a comprender la vida y aliviar las enfermedades, se estuviera impartiendo en todos o la mayorı́a de los grados universitarios actuales en ciencias de la salud. La sobria realidad es que, lamentablemente, sigue siendo mayoritariamente ignorado aunque esta carencia se pueda paliar posteriormente en másteres o cursos de especialización.

La sorpresa que vino a continuación fue que esta valentı́a correspondı́a a dos jóvenes investigadores que han conseguido coordinar las aportaciones de otros colegas igual de jóvenes (¡o incluso más!), con flamantes doctorados en materias relacionadas con los temas tratados, y que demuestran haber recogido el testigo recibido de profesores y maestros para facilitar la tarea a cualquier persona hispanohablante interesada en introducirse en el fascinante mundo de la información biológica moderna, su tratamiento y algunas de sus aplicaciones. Entre estas últimas se encuentran metodologı́as de diseño de fármacos basadas en el conocimiento estructural con detalle atómico de la macromolécula diana, la simulación de los movimientos de estos componentes de la maquinaria que hace posible la vida y el apasionante mundo de los complejos procesos interrelacionados que constituyen la biologı́a de sistemas.
Estos dos volúmenes son como los abrigos crecederos que se compran a los niños para que les duren más de una temporada. Por un parte, cada capı́tulo recoge una información más que abundante para una introducción a la materia y, por otro lado, hay espacio suficiente entre capı́tulos para rellenar los huecos que una obra de este tipo necesariamente deja sin cubrir, a la espera de ediciones posteriores.

Desde estas breves lı́neas envı́o mi felicitación a coordinadores y autores, agradeciéndoles su dedicación y buen hacer, que tendrá como merecida recompensa el reconocimiento de sus lectores, que no dudo serán numerosos a ambos lados del Atlántico.

Federico Gago Badenas. Madrid, Septiembre de 2014

El Dr. Federico Gago es director del grupo de investigación ‘Mecanismo de acción de moléculas con actividad biológica’ en la Universidad de Alcalá (Madrid, España), además de catedrático y profesor en la misma Universidad.