Description

Abstract (English)

Identifying bacteria on maize plates: how MALDI-TOF supports the selection of colonies for further testing

Accurate identification of bacteria isolated from maize samples is important both when investigating the causes of observed symptoms and when checking whether a specific regulated bacterium, such as Pantoea stewartii subsp. stewartii, is present. In both situations, laboratory isolations on non-selective artificial media frequently yield many naturally occurring bacteria whose colonies resemble those of the target pathogen. This can complicate routine diagnostics, prolong the analysis time, and lead to unnecessary additional testing.

To better characterise this background microflora, we examined colonies appearing on King’s B medium during routine isolations from maize leaf extracts and identified them using MALDI-TOF MS, a rapid technique based on protein profiles. This allowed us to document which species are most commonly encountered during plate reading. Frequently observed groups included Sphingomonas spp., Curtobacterium spp., Microbacterium spp., Agrobacterium spp., and several Pantoea species. Of particular relevance for diagnostic accuracy, Pantoea ananatis and Microbacterium spp. often formed colonies that closely resemble P. stewartii, complicating colony selection for further testing.

Abstract (Slovenian)

Identifikacija bakterij na ploščah iz ekstrakta koruze: kako metoda MALDI-TOF podpira izbor kolonij za nadaljnje testiranje

Točna identifikacija bakterij, izoliranih iz ekstrakta koruze, je pomembna pri preiskovanju vzrokov za opažena bolezenska znamenja in pri preverjanju, ali je v vzorcu prisotna določena nadzorovana bakterija npr. Pantoea stewartii subsp. stewartii. V obeh primerih, postopek izolacije bakterij na neselektivnih umetnih gojiščih pogosto privede do rasti številnih bakterij, ki so naravno prisotne v teh vzorcih in katerih kolonije so lahko zelo podobne ciljni bakteriji. To lahko oteži rutinsko delo, podaljša čas analiz in povzroči nepotrebna dodatna testiranja.

Za boljše razumevanje te mikroflore ozadja, smo pregledali kolonije, ki so se razvile na gojišču King B med rutinskimi izolacijami iz ekstraktov koruze z bolezenskimi znamenji, zbranimi v letu 2025, in jih identificirali z metodo masne spektrometrije MALDI-TOF MS. Gre za hitro metodo, ki temelji na beljakovinskih profilih. Na ta način smo dokumentirali, katere vrste se najpogosteje pojavljajo. Najpogosteje smo zaznali bakterije iz rodov Sphingomonas, Curtobacterium, Microbacterium, Agrobacterium ter več vrst bakterij iz rodu Pantoea. Za diagnostično natančnost so bile posebej pomembne bakterije Pantoea ananatis in Microbacterium spp., ki so pogosto tvorile kolonije, zelo podobne P. stewartii, kar je oteževalo izbiro za nadaljnje testiranje.

Razumevanje te »normalne mikroflore« vzorcev ekstrakta iz koruze podpira splošno diagnostiko (ugotavljanje vzroka bolezenskih znamenj) in ciljno testiranje nadzorovanih bakterijskih povzročiteljev bolezni. Izboljšuje natančnost pri izbiri kolonij, pomaga zmanjšati nepotrebne nadaljnje teste ter podpira usposabljanje novih diagnostikov. Kot praktični rezultat pripravljamo fotogalerijo, ki bo povezovala videz kolonij z identifikacijami MALDI-TOF, da bi olajšali vsakodnevno diagnostično delo.