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Published September 16, 2024 | Version v1
Dataset Restricted

SelectSim Analysis

Authors/Creators

  • 1. University of Lausanne
  • 2. ROR icon SIB Swiss Institute of Bioinformatics
  • 3. ROR icon Swiss Cancer Center Léman

Description

README

Description

  • There are two folders, `analysis_data` and `analysis_results`, which correspond to data required for the analysis provided in the Code repository and the results generated by them.
  • The above two folders are subdivided into further subfolders.
  • The tree structure of this repository is mentioned below: 

```
├── analysis_data
│   ├── all_merged_data_genie_v15.rds
│   ├── catalogue
│   │   ├── dfci_oncokb_gene_run_list.rds
│   │   ├── msk_oncokb_gene_run_list.rds
│   │   └── Other_Inputs.md
│   ├── normal_mutation
│   │   ├── li_cancer_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds
│   │   ├── li_et_al_cancer_run_data_v3.rds
│   │   ├── li_et_al_normal_run_data_v3.rds
│   │   ├── li_normal_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds
│   │   └── tcga_BLCA.rds
│   ├── primary_met
│   │   ├── msk_m_sample_run_data_list.rds
│   │   ├── msk_p_m_sample_run_data_list.rds
│   │   └── msk_p_sample_run_data_list.rds
│   ├── primary_met_elastic_net
│   │   ├── full_gam.RData
│   │   ├── msk_full_clinical_table.txt
│   │   └── PM_comutations.RData
│   └── roubustness_benchmarking
│       ├── gene_used.rds
│       ├── luad_maf_coselns_data.rds
│       ├── luad_orginal_gam_wesme.tsv
│       ├── luad_sampling_list.json
│       ├── Other_Inputs.md
│       ├── sampling_list_luad_2.rds
│       └── sampling_list_luad.rds
├── analysis_results
│   ├── catalogue
│   │   ├── all_merged_results_v15.rds
│   │   ├── pan_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds
│   │   └── tumor_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds
│   ├── normal_mutation
│   │   ├── li_results_bladder_merged.rds
│   │   └── tcga_results_bladder_merged.rds
│   ├── primary_met
│   │   ├── msk_m_sampling_results_list.rds
│   │   ├── msk_p_m_sampling_results_list.rds
│   │   └── msk_p_sampling_results_list.rds
│   ├── primary_met_elastic_net
│   │   ├── EN_binomial_1.RData
│   │   ├── EN_binomial_2.RData
│   │   ├── EN_binomial_co_1.RData
│   │   ├── EN_binomial_co_2.RData
│   │   ├── EN_gaussian_co.RData
│   │   └── EN_gaussian.RData
│   └── roubustness_benchmarking
│       ├── Cooccur
│       │   ├── cooccur_luad_all_results.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_10.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_1.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_2.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_3.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_4.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_5.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_6.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_7.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_8.rds
│       │   └── sampling_run_result_80_9.rds
│       ├── Coselens
│       │   ├── coselns_luad_all_results.rds
│       │   ├── luad_sampling_run_10.rds
│       │   ├── luad_sampling_run_1.rds
│       │   ├── luad_sampling_run_2.rds
│       │   ├── luad_sampling_run_3.rds
│       │   ├── luad_sampling_run_4.rds
│       │   ├── luad_sampling_run_5.rds
│       │   ├── luad_sampling_run_6.rds
│       │   ├── luad_sampling_run_7.rds
│       │   ├── luad_sampling_run_8.rds
│       │   └── luad_sampling_run_9.rds
│       ├── Discover
│       │   ├── luad_all.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_10.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_1.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_2.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_3.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_4.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_5.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_6.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_7.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_8.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_9.rds
│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds
│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds
│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds
│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds
│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds
│       │   └── tcga_all.rds
│       ├── GAMToc
│       │   ├── luad_all.txt
│       │   ├── luad_V11_result.txt
│       │   ├── luad_V12_result.txt
│       │   ├── luad_V13_result.txt
│       │   ├── luad_V14_result.txt
│       │   ├── luad_V15_result.txt
│       │   ├── luad_V1.txt
│       │   ├── luad_V2.txt
│       │   ├── luad_V3.txt
│       │   ├── luad_V4.txt
│       │   └── luad_V5.txt
│       ├── Select
│       │   ├── luad_all_results.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_10.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_1.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_2.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_3.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_4.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_5.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_6.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_7.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_8.rds
│       │   ├── sampling_run_result_80_9.rds
│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds
│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds
│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds
│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds
│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds
│       │   └── tcga_select_all_results.rds
│       ├── SelectSim
│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_10.rds
│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_1.rds
│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_2.rds
│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_3.rds
│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_4.rds
│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_5.rds
│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_6.rds
│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_7.rds
│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_8.rds
│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_9.rds
│       │   └── tcga_LUAD.rds
│       ├── TCGA\ robustness\ analysis
│       │   └── all_sampling_results.rds
│       └── WeSME_CO
│           ├── LUAD_11_smut_co_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_11_smut_me_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_12_smut_co_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_12_smut_me_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_13_smut_co_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_13_smut_me_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_14_smut_co_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_14_smut_me_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_15_smut_co_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_15_smut_me_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_1_smut_co_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_1_smut_me_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_2_smut_co_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_2_smut_me_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_3_smut_co_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_3_smut_me_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_4_smut_co_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_4_smut_me_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_5_smut_co_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_5_smut_me_pvs_0.1.txt
│           ├── LUAD_smut_co_pvs_0.1.txt
│           └── LUAD_smut_me_pvs_0.1.txt
└── README.md 
```

Contact Details

  •  For any queries:
    • Contact Arvind Iyer (ayalurarvnd@gmail.com, arvind.iyer@unil.ch)
    • Lead Contact: Giovanni Ciriello (giovanni.ciriello@unil.ch) 

Acknowledgments

The authors would like to acknowledge the American Association for Cancer Research and its financial and material support in the development of the AACR Project GENIE registry, as well as members of the consortium for their commitment to data sharing. Interpretations are the responsibility of the study authors.

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Additional details

Software

Repository URL
https://github.com/CSOgroup/SelectSim_analysis/
Development Status
Active