Uso del CPAN Farm para la búsqueda de cadenas ARN en la construcción de GNOMAS

Se propone la representación mediante el modelo de
las Composiciones Paralelas de Alto Nivel o CPANs del patrón
de comunicación/interacción denominado Farm y su adecuación
a un nuevo modelo de CPAN llamado Cpan ARNi para
demostrar su importancia de uso en la solución de problemas
reales en áreas como la bioinformática y realizar la búsqueda
exhaustiva paralela (BEP) de cadenas ARN que ayuden a la
secuencia y ensamble de ADNs en la construcción de gnomas;
todo esto a través de un enfoque de Programación Paralela
Estructurada basado en el concepto de Objetos Paralelos. Se
muestra el modelo del Farm en sus dos implementaciones, la
genérica como CpanFarm y la particular como CpanARNi bajo
el paradigma de la Orientación a Objetos para la solución del
problema de la búsqueda de cadenas ARNi en particular. Los
CPANs que aquí se muestran, contienen un conjunto de
restricciones predefinidas de sincronización entre procesos
(paralelismo máximo, exclusión mutua y sincronización del tipo
productor-consumidor), así como el uso de los modos de
comunicación síncrono, asíncrono y futuro asíncrono. Se
proponen dos algoritmos ligados al Cpan ARNi, el algoritmo que
realiza el pre procesamiento de las cadenas y el referente a la
BEP. Se muestra el diseño de los CPANs y su utilidad en un
experimento usando las cadenas ARNi de la especie de levadura
conocida como S. pombe y con ello un comparativo de las
métricas de rendimiento en su ejecución paralela usando
multicores.