Reference data bundle for PacificBiosciences/HiFi-human-WGS-WDL

Static input files to support alignment, variant calling, filtering, and annotation for human HiFi WGS using the GRCh38_no_alt_analysis_set or GRCh38_GIABv3_no_alt_analysis_set_maskedGRC_decoys_MAP2K3_KMT2C_KCNJ18 references.

https://github.com/PacificBiosciences/HiFi-human-WGS-WDL

$ tree hifi-wdl-resources-v4.0.0-GRCh38
hifi-wdl-resources-v4.0.0-GRCh38
└── GRCh38
    ├── human_GRCh38_no_alt_analysis_set.fasta
    ├── human_GRCh38_no_alt_analysis_set.fasta.fai
    ├── methbat
    │   ├── cpgIslandExt.sorted.hg38.tsv
    │   └── README.md
    ├── README
    ├── sawfish
    │   ├── annotation_and_common_cnv.hg38.bed.gz
    │   ├── annotation_and_common_cnv.hg38.bed.gz.tbi
    │   ├── expected_cn.hg38.XX.bed
    │   ├── expected_cn.hg38.XY.bed
    │   └── README
    └── trgt
        ├── adotto_strchive_20250827.hg38.bed.gz
        └── README.md

4 directories, 12 files

$ tree hifi-wdl-resources-v4.0.0-GRCh38_GIABv3
hifi-wdl-resources-v4.0.0-GRCh38_GIABv3
└── GRCh38_GIABv3
    ├── human_GRCh38_GIABv3_no_alt_analysis_set_maskedGRC_decoys_MAP2K3_KMT2C_KCNJ18.fasta
    ├── human_GRCh38_GIABv3_no_alt_analysis_set_maskedGRC_decoys_MAP2K3_KMT2C_KCNJ18.fasta.fai
    ├── methbat
    │   ├── cpgIslandExt.sorted.hg38.tsv
    │   └── README.md
    ├── README
    ├── sawfish
    │   ├── annotation_and_common_cnv.GRCh38_GIABv3.bed.gz
    │   ├── annotation_and_common_cnv.GRCh38_GIABv3.bed.gz.tbi
    │   ├── expected_cn.hg38.XX.bed
    │   ├── expected_cn.hg38.XY.bed
    │   └── README
    └── trgt
        ├── adotto_strchive_20250827.hg38.bed.gz
        └── README.md

4 directories, 12 files