Morphological, molecular, and isotopic approaches to termite ecology: a mangrove case study

#NEXUS
[ ALL SAMPLES VIPIS]

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Coptotermes_testaceus    
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ATCATACATAATAATCACTCTGATCCGAAACAAACAAACCAGACGATTCATACTAGAAGGACAAATAATTGAAACCACAT
GAACCATTGCACCTGCAATCATCCTTGTATTCATCGCCATACCATCCCTACGACTTCTTTACCTAATAGACGAAGTCCAC
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AATCTGTCTCGTTATCGATAGTCCGCGTTGGACCTTACTTGGTTGCTAT--GGTTTGTATACCGCCGTT-TATTGATTAT
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AATGTCTTGGAGATTGTTTTCGTGATA-TTGGTTCTAAGATATGCACACATCGCCCGTCGCCCCTACACCAAAAATTCAC
CTTAATCCAACATCGAGGTCGCAAACCCCCCTGCCGATAAGAACTCTCAAGGAAGATAACGCTGTTATCCCTAAGGTAAT
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AGATGTTTTTGT
Cryptotermes_cylindroceps
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TGCTTACATAATAACCACCTTAGCCACCAATAAAAATATCAATCGATTCATACTAGAAGGTCAAATAATCGAAGTAGCAT
GAACAATCATCCCAGCAATCATCCTGGTATTTATTGCAGTCCCCTCCCTACGACTACTATACTTAATAGACGAAATTCAT
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GA---GGTGGGTTACAATGTGTTGTTGAGTTCTCGGATTATTGATTGGAATTGT-TTAATATGAAGTTGGATTTGGTTGT
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CTTAATCCAACATCGAGGTCACAAACCTTTTTGTCAATAAGAACTCTCAAAAAAGATTATGCTGTTATCCCTAAGGTAAT
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A---TATAAAACTCTATAGGGTCTTCTCGTCCCACAAAAAAATTCAGGCATTTTTACCAAAACAATAAATTCAATACAA-
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CTTTGCACGGTCAAAATACCGCGGCCCTTCAACCA---A-GTCAGCGGGCAGGCCATACTTCAAATAATAA--CAAGAAG
AGATGTTTTTGT
Heterotermes_cardini     
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ATCATACATAATAATCACCCTATTCCGAAACAAACAAATCGGACGATTCATATTAGAAGGACAAATGATTGAAACCACAT
GAACAATTGCACCAGCAATCATCTTAGTGTTCATTGCCATACCATCACTACGACTCCTATACCTAATGGACGAAATTCAT
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AACTAAGAGAATAAATCATCAGATGTTAGTTATGTTCTTGAA-CTTAAAGAATTTGGCGGTATCTTATTCCGTTCAGAGG
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AATGTTTTGTAGATTGTTTTCATGATAATTGGTTCTAAGATATGTACACATCGCCCGTCGCCCCTACACCAAAAATTCAC
CTTAATCCAACATCGAGGTCGCAAACCCCCCTGCCGATAAGAACTCTCAAGGAAGATAACGCTGTTATCCCTAAGGTAAT
TTAATCTTATAATCAAAATTAAT-GGATCAAGCAACTATAAATTAATATAACC-AAAATAAAGAGGGGTTAAACTATATC
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ATTCAC-AACTTAAGACAGCTCGTGTCTCGTCAAGCCATTCATTCCAGATCACAATTAAA-GAACTAATGATTATGCTAC
CTTTGCACGGTCAAAATACCGCGGCCCTTCAACACTTCAAGTCAGCGGGCAGGCCATACTTCAAAAACTAA--CAAGAAA
AGATGTTTTTGT
Incisitermes_schwarzi    
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GGCATATATAATAACTACTTTAGCTACTAACAAAAATATCAACCGATTCATATTAGAAGGACAAATAATCGAAGTAGCTT
GGACTATCATCCCAGCAATTATTTTAGTGTTCATCGCGGTACCATCACTACGACTACTATACCTCATAGATGAAATCCAC
AAACCAACGCTAACTTTAAAAACAATTGGTCACCAATGGTACTGAAGATATGAATACTCAGATTTCATCAAGGCCGAGTT
CGACGCATATATAACACCACAAGACAACCACGACAAAAGACTATTCCGCTTACTAGACACAGATAACCACACAACCCTAC
CAATAAACTCATTCATCCGAATCATCGTTACAGCAGCAGACGTCTTACACTCATGAACAGTGCCAAGACTAGGGGTCAAA
ACAGACGCCACACCAGGGCGACTTAACCAGTGCAGATTTATAATCAACCGGCCAGGTTTATTCTATGGCCAATGCTCAGA
AATTTGCGGGGCAAACCACAGATTCATACCAATCGTAATCGAAAGAGTTAATATCGACACATTCATCAATTGAATTTCAA
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CTTTTTAGTGTTT-----TAATTTTCTGGTTCCGTTAATTTGGTTGATTTCAGGTCAAGGTGCAATTTATTTTTGAGTGT
GA---GGTGGACTACATTGATTATTTGATCT-TTGGATTACTAATTGTAATTTTATTAGTATGAAATTGGATTTGGTTGT
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CTTAATCCAACATCGAGGTCGCAAACCTTTTTGTCAATAAGAACTCTCAAAAAAGATTACGCTGTTATCCCTAAGGTAAT
TTAATCTTATAATCAATAATAAA-GGATCATGAAAACACAAATAAGTGAAACATTAA--AAAGAAAAGTTAAACAT--AT
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CTTTGCACGGTCAAAATACCGCGGCCCTTCAAACA---ATATCAGTGGGCAGGCTATACTTCAAAAAACAAACCAAGAAG
AGATGTTTTTGT
Nasutitermes_nigriceps   
AGAGCATCGCCCGTCATAGAACAATTGATCTTCTTCCACGACCACGCGCTAATAATTATACTAATAATTATTACAGCAGT
ATTTTATACAATAATCAGAATTATCCAAAACAAACAAACCAGACGATTCATCTTAGAAGGACAAATAATTGAAACCCTAT
GAACAATTGCTCCTGCAATTATCTTAGTATTCATTGCAATCCCATCCTTACGATTATTATACCTAATAGACGAAATTCAT
AACCCAGTAATAACACTAAAAACAGTAGGACACCAATGATACTGAAGTTATGAATATTCAGACTTTACAAAGCTCGAATT
CGACTCATACATAGTACAACAGGAAGATCAACCAATTGATGCATTTCGACTACTAGACACAGATAATCGAGTAGTGCTAC
CAATAAACTCGCCGATCCGAATTATCGTAACAGCAGCAGATGTACTACACTCATGAACAGTACCAAGATTGGGAGTAAAG
ACAGACGCTACACCAGGACGACTTAATCAAATGAGATTTTCGATCAACCGTCCTGGCCTTCTATATGGACAATGCTCAGA
AATCTGCGGAGCAAATCATAGATTCATACCAATTGTAATTGAAAGTGTGTCAACTAACCAATTCATTAACTGAGTATCAA
AGATAAGAGAAT----CATCAGATGTTAGTTATGTTCTTGAAACTTAAAGAATTTGGCGGTATCTCATTCCGTCCAGAGG
AATCTGTCCCGTTATCGATAGTCCACGTTGGACCTTACTTATTTGCTTTTAGGTTTGTATACCGCCGTT-TATTGATTAT
CTTTTTAGAGGTTAATTTTAATTTTCTGGTTTCTTTATTTTGATATATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTGTTTTTAAGTGG
GAT--GATGGATTACATTGTTATTT-GTT-TGT-GGATTGTTGATTTTAATA---TTGGCATGAAATTGGATTTGGTTGT
AATGATTTGTAGATTGTTATTATGATAATTGGTTCTGAGATATGTACACATCGCCCGTCGCTCCTGCACCGAGAATTCAC
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TTAATCTTATAATCATAATAAAT-GGATCAAAAAAATATACATAAATATA--TAAAAACAAAGAGGAGTTAAATATTATT
CCTCCCATCACCCCAACAAAACAGCT---ATTCCCACTCAA-----TGCAACAAAA-ACA-AACA-ATAAATAAGCGGAA
ACCCTGTCAAACTCTATAGGGTCTTCTCGTCCCATAAAAACATTTAAGAATTTTAACTCAAAAACCAAATTCAAC-AAAC
CAATACCT--TTAAGACAGCTTATATCTCGTCAAGCCATTCATACCAGATCACAATTAAA-GAACTAATGATTATGCTAC
CTTTGCACGGTCAAAATACCGCGGCCCTTCAACTCC-TAAGTCAGTGGGCAGGCCATACTTCAAAAACTAA--CAAGAAA
AGATGTTTTTGT
Termes_hispaniolae               
AGAGCGTCTCCCGTTATAGAACAACTATGCTACTTCCATGATCACGCATTGATAATTATATTAATAATTATCACAGCAGT
ATTCTATACAATAATTAGAATTATCCAAAACAAACAAACTAGACGATTCATCCTAGAGGGGCAAATAATTGAAACTATCT
GAACTATTGCACCTGCAATCATCTTAGTATTTATTGCAATCCCATCTTTACGACTACTATATCTAATAGACGAAATCCAC
AACCCAGTAATAACACTAAAAGCTGTCGGCCACCAGTGATACTGAAGCTATGAATATTCAGACTTCACAAAGCTTGAATT
CGACTCATATATAATTCAACAAGAAGATCAACAAGCTAACACATTCCGACTACTTGACACAGATAACCGAATTGTACTAC
CAATAAACTCACCAGTACGATTAATTGTAACAGCAGCAGATGTACTACACTCTTGAACAGTACCAAGACTCGGGGTAAAA
ACAGACGCCACTCCTGGCCGATTAAATCAAGTCAGATTCTCAATCAACCGGCCAGGTCTCCTCTATGGGCAATGTTCTGA
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AGATAAGAGAAT----CATCAGATGTTAGTTATGTTCTTGAAACTTAAAGAATTTGGCGGTATCTCATTCCTTCCAGAGG
AATCTGTCTCGTTATCGATAGTCCGCGTTGGACCTTACTTAGTTGCTTT--GGTTTGTATACCGCCGTT-TATTGATTAT
CCTTTTAG-GGTTTGCTTTAATTTTCTGGTTTCTTTATTTTGGTTTATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTGTTTCTAAGTGA
-AT--GATGGATTACATTGTTATTT-GTT-TATTGGATTGTCGATTTTAATA---TTGGCATGAAATTGGATTTGGTTGT
AATGATTTGTAGGTTGTTATTGTGATAGTTGGTTCTGGGATATGCACACATCGCCCGTCGCTCCTGCACCGAAAATTCAT
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TTAATCTTATAATCAAAATTAAT-GGATCAAAAAAATATAAATAAATATA--CTGAA-TAAAGAGGAGTTCAAAAA-ATT
CCTCCCATCACCCCAACAAAACAAT----TAGCCTACTAAAACACTTACAACAAACCAAGCCCCACACTAATAAGCATAA
A---TGTCAAACTCTATAGGGTCTTCTCGTCCCATAAAAACATCTAAGAATTTTAACTCAAAAACCAAATTCAAC-AAA-
TAATTCCA--TCAAGACAGCCCATGTCTCGTCAAGCCATTCATACCAGATCACAATTAAA-GAACTAATGATTATGCTAC
CTTTGCACGGTCAAAATACCGCGGCCCTTCAACTCC--AAGTCAGTGGGCAGGCCATACTTCAAAAACTAA--CAAGAAA
AGATGTTTTTGT
Blatta_orientalis        
AGAGCATCACCTATTATGGAACAACTAATTTATTTTCATGACCATGCTATAATAATTATCATTATAATCTTGATTGTAGT
ATCATATATAATAATTGCAATAATTTTCAATAAATATATTAATCGATTTATACTAGAAGGTCAAATAATTGAACTAGCAT
GAACAATTGCTCCAGCTGTAATCTTAATTTTTATTGCAGTTCCATCCCTACGACTTTTATATTTAATAGATGAAATTAAT
ACCCCAATAATTACATTAAAAACTATTGGTCACCAATGATATTGAAGTTATGAGTATTCAGATTTTACAAAAGTTGAATT
TGACTCATATATAATTCCTCAAGATGAAATAAATTCTAATATATTTCGACTATTAGATGTTGATAATCGAGCAGTATTAC
CTATAAATACTTTTATCCGAATTATTGTAACAGCAGCTGATGTACTTCATTCATGAACAATCCCAAGACTTGGTGTTAAA
GCAGATGCAACACCAGGTCGACTAAATCAAATTAGATTCTTGATTAATCGACCTGGTTTATTATATGGTCAATGTTCTGA
AATTTGTGGAGCAAATCATAGATTTATACCAATTGTGATTGAAAGCATTTCAACAAACAGCTTCATTAAATGAATTCTAA
AGCTAGATGAAT----CATTAGATGCTAGTTAAGGTCTTGAAACTTAAAGAATTTGGCGGTATTATAGTCTATTTAGAGG
AATCTGTCCCTTAATTGATAATCCGCGTTGAACCTTACCAAATTTAATT---GTATGTATACCGCCGTTATAATGAAGAT
TCTTTAAGGATTTA---TTAATTTTCTTGATTTATTTTAAAATATTATTTCAGGTCAAGGTGCAGTTTATGATTTGGTGG
----AGATGGATTACATTTATATT---AATTATTGGATTATTAATTGAAATTT--TTTTTATTAAATTGGATTTAATTGT
AATTTTTTGTAGATTGTAAAAATGATT-TTGGCTCTAGAATATGTACACATCGCCCGTCMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM
MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMTTACGCTGTTATCCCTAAGGTAAT
TTAATCTCATAATCAACAAAAATTGGATCAAAAAAATATAAATTAATATATAAATAA--AAAAAAGAGTTTTTTTAT-TT
CTTCCTATCACCCCAACAAAATACTTTTAAA---TATTAAA----TTATATCAAACACTA------ATAAATAATTTAAA
AA--TATTAAACTCTATAGGGTCTTCTCGTCCCACAAAAAAACTTAAGCATTTTTACTTAAATTTCAAGTTCAATAAAAT
TTTAAA------GAAACAGTATATTCCTCGTCCAACCATTCATTCCAGTCCACAATTAAAAGGACTAATGATTATGCTAC
CTTTGCACGGTCAAAATACCGCGGCCCTTCAAATAA--ATTTCAGTGGGCAGGTTATACTTCATAAATAAATTACAGAAG
AGATGTTTTTGT
;
end;

BEGIN MRBAYES;
mcmcp nchains=4 ngen=10000000 samplefreq=1000 savebrlens=yes printfreq=100;
Lset  nst=6  rates=invgamma;
Prset statefreqpr=dirichlet(1,1,1,1);
END;

phylocom_dataset/
│
├── Sample.txt
├── tree.txt
├── run_phylocom.sh
└── README.txt

Vipis_1    1    Coptotermes_testaceus
Vipis_1    11    Cryptotermes_cylindroceps
Vipis_1    13    Incisitermes_schwarzi
Vipis_1    52    Nasutitermes_nigriceps
Vipis_1    3    Termes_hispaniolae
Vipis_2    11    Cryptotermes_cylindroceps
Vipis_2    1    Heterotermes_cardini
Vipis_2    18    Incisitermes_schwarzi
Vipis_2    2    Nasutitermes_nigriceps
Vipis_3    8    Cryptotermes_cylindroceps
Vipis_3    22    Incisitermes_schwarzi
Vipis_3    19    Nasutitermes_nigriceps
Vipis_3    2    Termes_hispaniolae
Vipis_4    11    Cryptotermes_cylindroceps
Vipis_4    15    Incisitermes_schwarzi
Vipis_4    8    Nasutitermes_nigriceps
Vipis_5    16    Cryptotermes_cylindroceps
Vipis_5    28    Incisitermes_schwarzi
Vipis_5    2    Nasutitermes_nigriceps

(Coptotermes_testaceus:0.04948,Heterotermes_cardini:0.056885,((Cryptotermes_cylindroceps:0.136237,Incisitermes_schwarzi:0.153487):0.323225,(Nasutitermes_nigriceps:0.078422,Termes_hispaniolae:0.079407):0.068402):0.062251);

#!/bin/bash

# Phylocom community phylogenetic structure analysis

COMMUNITY=Sample.txt
TREE=tree.txt
RUNS=999

echo "Running phylogenetic community structure analysis..."

# Community structure (MPD + NRI)
phylocom $COMMUNITY $TREE 0 -comstruct -nullmodel 2 -runs $RUNS > comstruct_results.txt

# Mean pairwise phylogenetic distance
phylocom $COMMUNITY $TREE 0 -mpd > mpd_results.txt

# Mean nearest taxon distance
phylocom $COMMUNITY $TREE 0 -mntd > mntd_results.txt

echo "Analysis completed."