RGA_VF_plot (script to visualize RGI and Abricate output files containing results of a search for ARGs of VFs)

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■ ARG_VF_plot v1.1.2 ■

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📅 Created: 2025-10-21
👨‍💻 Author: Oleg Reva (oleg.reva@up.ac.za)
   Centre for Bioinformatics and Computational Biology,
   BGM, University of Pretoria, South Africa

🔬 Purpose:
Visualize output files of Abricate and RGI searches for virulence factors (VFs)
and antibiotic resistance genes (ARGs).

⚙️ Dependencies (minimum):
┌───────────────────┬───────────────────────┐
│ Tool              │ Version               │
├───────────────────┼───────────────────────┤
│ Python            │ 3.12                │
│ json                 │ stdlib             │
│ matplotlib       │ 3.8+               │
│ pandas            │ 2.2+              │
│ numpy            │ 1.26+             │
└───────────────────┴───────────────────────┘

🚀 Usage:
  python3 arg_vf_plot.py [options]

🔧 Options:
  -I, --input-root     • Input folder root (default: 'input')
  -O, --output-root    • Output folder root (default: 'output')
  -i, --project        • Project folder inside input root (default: 'S.enterica')
  -j, --subproject     • Sub-project inside project (default: '')
  -t, --task           • One of: Abricate, RGI (default: 'RGI')
  -p, --plot           • 'yes' or 'no' to show a plot (default: 'yes')
      --menu           • Open an interactive menu before running
  -V, --version        • Show version information
  -h, --help           • Show this help message

Notes:
• The script will create missing output directories as needed.

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Instead of command line argument setting, run:
py arg_vf_plot.py --menu

An interactive manu will be shown to set the arguments one by one:

Last update 2025/10/21

Settings for this run:

  I    Input folder root       : input
  i    Project folder            : (none)
  j    Project subfolder      : (none)
  O    Output folder root  : output
  T    Task                          : RGI
  P    Show plot                : yes

Change [I/i/j/O/T/P], or press Y to accept, or Q to quit: