Etude des faunes de foraminifères benthiques de la côte méditerranéenne française : un nouvel indice biotique dans le cadre de Directive Cadre Eau - Campagne DCE 2012

En 2009, le laboratoire UMR CNRS 6112 LPG‐BIAF avait réalisé à la demande de l’Agence de l’Eau
Méditerranée et Corse une étude des faunes de foraminifères aux stations étudiées dans le cadre de
la Directive Cadre Eau (DCE). Au cours de cette étude, nous avions analysé les faunes vivantes dans le
sédiment superficiel, leur distribution verticale dans le sédiment, ainsi que les faunes mortes (niveau
3‐4cm). Le but était de développer un indice biotique basé sur les faunes de foraminifères
permettant d’évaluer la qualité des fonds benthiques en milieu marin côtier.
Les principales conclusions de ce rapport étaient les suivantes (Barras et Jorissen, 2011, https://doi.org/10.5281/zenodo.17366643) :
1) il n’est pas nécessaire d’analyser les faunes vivantes le long de la colonne sédimentaire
pour notre zone d’étude. En effet, l’analyse du centimètre superficiel permettait d’avoir
une bonne image des faunes présentes à la station tant au niveau des indices de diversité
que de la composition des assemblages ;
2) nous avons développé un indice biotique qui permet de classer la qualité de l’écosystème
à partir du pourcentage d’espèces tolérantes à des phénomènes d’eutrophisation ; dans
cet indice, nous apportons une correction pour la granulométrie du sédiment ;
3) l’étude de la faune morte du niveau sédimentaire 3‐4cm a montré, selon les stations, soit
des conditions écologiques inchangées (pas de changement d’assemblage), soit une
certaine dégradation du milieu (diminution des espèces épiphytes ou sensibles et
augmentation des espèces tolérantes). Cependant, en l’absence de datation du sédiment,
il était impossible de savoir si le niveau 3‐4cm analysé représente du sédiment de l’année
en cours, de l’année passée ou d’il y a 50 ans. L’interprétation de la différence entre les
faunes mortes et les faunes vivantes était donc relativement limitée.

L’étude de la campagne de prélèvement de 2012 que nous présentons dans ce rapport a pour but
d’appliquer l’indice foraminifère développé lors de la campagne de 2009 sur les mêmes masses d’eau
(LR‐PACA et Corse) et d’étudier la faune morte à plusieurs stations avec l’appui de datations du
sédiment pour explorer l’utilité des faunes mortes pour la définition des conditions de références.

Dans ce rapport, nous avons  :
1) comparer les données obtenues pour la fraction 125‐500μm et 150‐500μm afin de
déterminer si l’information donnée par la fraction fine (125‐150μm) permet d’obtenir une
interprétation plus précise des conditions à la station. En effet, ajouter l’étude de cette
fraction fine rallonge le temps de traitement de l’échantillon et donc le coût de l’analyse. Il
est donc primordial de déterminer son intérêt ;
2) comparer les réplicats d’une même station pour étudier la variabilité à petite échelle
spatiale ;
3) appliquer l’indice foraminifères développé à partir de la campagne de 2009 sur les faunes de
foraminifères vivants (fraction 150‐500μm) de la campagne 2012
4) adapter cet indice aux données de la fraction 125‐500μm ;
5) comparer la classification obtenue pour les stations entre 2009 et 2012 grâce à cet indice
foraminifères. Nous pourrons ainsi identifier les stations qui ont vu leur qualité s’améliorer
ou se dégrader ;
6) étudier les variations de la faune morte au cours du temps pour 3 stations.

Ce rapport se divise en 4 grandes parties :
PARTIE A : Étude des faunes vivantes de la campagne DCE 2012 en région
Languedoc, Provence‐Alpes‐Côte d’azur et Corse
PARTIE B : Indice foraminifère (FI) et statut écologique (EQ)
PARTIE C : Étude de l’évolution historique des faunes de foraminifères
PARTIE D : Résumé, recommandations et perspectives