Single cell metabolic pulse labeling

Structure of dat.zip folder

dat.zip/
├── 01_Sample_metadata/
│   ├── Rep1_5day_male/
│   │   ├── 5day_male_linker.csv
│   │   ├── 5day_male_old_isolated.xls
│   │   └── 5day_male_young_isolated.xls
│   ├── Rep2_5day_female/
│   │   ├── 5day_female_linker.csv
│   │   ├── 5day_female_old_isolated.xls
│   │   └── 5day_female_young_isolated.xls
│   ├── Rep3_10day_male/
│   │   ├── 10day_male_linker.csv
│   │   └── 10day_male_young_isolated.xls
│   └── Rep4_10day_female/
│       ├── 10day_female_linker.csv
│       └── 10day_young_isolated.xls
├── 02_raw_reptide_X_singleCell/
│   ├── r1_peptide.csv
│   ├── r2_peptide.csv
│   ├── r3_peptide.csv
│   └── r4_peptide.csv
├── 03_QuantQC_objects/
│   ├── r1_5day_male.RData
│   ├── r2_5day_female.RData
│   ├── r3_10day_male.RData
│   └── r4_10day_female.RData
├── 04_Gene_X_SingleCell_and_annotations/
│   ├── clearance_absolute.csv
│   ├── clearance_relative.csv
│   ├── Missingness_results.csv
│   ├── MS_Run_annotations.csv
│   ├── sc_mRNA_annotations.csv
│   ├── sc_protein_absolute.csv
│   ├── sc_protein_annotations.csv
│   └── sc_protein_relative.csv
├── 05_Stan_model_input_data/
│   ├── clearance_stan.csv
│   ├── protein_input_stan.csv
│   └── rna_input_stan.csv
├── 06_Gene_X_CellType/
│   ├── Absolute_abundance/
│   │   ├── abundance.csv
│   │   ├── clearance.csv
│   │   ├── mRNA.csv
│   │   └── translation.csv
│   └── Relative_abundance/
│       ├── clearance_bayes_95CI.csv
│       ├── clearance_bayes.csv
│       ├── clearance_freq.csv
│       ├── mRNA_bayes_95CI.csv
│       ├── mRNA_bayes.csv
│       ├── mRNA_freq.csv
│       ├── protein_bayes_95CI.csv
│       ├── protein_bayes.csv
│       ├── protein_freq.csv
│       ├── translation_bayes_95CI.csv
│       ├── translation_bayes.csv
│       └── translation_freq.csv
├── 07_Output_tables/
├── GO_Human.txt
├── Mouse.fasta
├── Supplemental_table1.xlsx
├── Supplemental_table2.csv
└── Supplemental_table3.csv