obophenotype/uberon: v2025-01-15
Authors/Creators
- Chris Mungall1
- Damien Goutte-Gattat2
- Shawn Tan
- Nico Matentzoglu3
- Meghan Balk4
- Aleix Puig5
- PaulaDuekRoggli
- paolaroncaglia
- Nicole Vasilevsky6
- David Osumi-Sutherland7
- Jim Balhoff8
- Anita Caron9
- Bill Duncan10
- Ray Stefancsik
- Jasmine Belfiore
- Vassilis Virvilis11
- Maria Keays
- Martin Larralde12
- Harshad1
- CEastwood
- Charles Tapley Hoyt
- Wasila Dahdul
- Tom Gillespie
- helenamachado
- Alida Avola
- Bonita Lam13
- diatomsRcool
- Benjamin M. Gyori14
- Nomi Harris1
- Sebastian Köhler15
- 1. Lawrence Berkeley National Laboratory
- 2. University of Cambridge
- 3. Semanticly
- 4. Natural History Museum, University of Oslo
- 5. EBI-EMBL
- 6. Critical Path Institute
- 7. www.virtualflybrain.org
- 8. @RENCI
- 9. ARC Semantics
- 10. University of Florida
- 11. Biovista Inc
- 12. LUMC (ex EMBL) @zellerlab
- 13. Agilent Technologies
- 14. Northeastern University
- 15. @adahealth
Description
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| Term | New Text Definition | ----|----| | median ventricular nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910023) | Most of the efferent fibers leaving the stomatogastric ganglion and leading to the gastric mill or pyloric stomach muscles run posteriorly in the dorsal median ventricular nerve. This nerve branches bilaterally into the right and left lateral ventricular nerves (LVN) which go to their respective sides of the stomach. | | stomatogastric ganglion (UBERON:8910001) | The stomatogastric ganglion (STG) consists of about 30 neurons that form two central pattern generator circuits in crustaceans. STG neurons have large soma (~50-100 um) and have complex branches. The STG contains the motor neurons that innervate the striated muscles that move the gastric mill and pyloric regions of the stomach. | | junction of superior esophageal nerve and stomatogastric nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910022) | The junction between the stomatogastric nerve (STN) and the superior esophageal nerve (SON) shows synaptic structures. Octopamine may be released at this site by projection neurons; its application at this junction induces action potentials in the axons of the modulatory commissural neuron 5 (MCN5) that project from the commissural ganglia to the stomatogastric ganglion (STG). | | pyloric nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910015) | Innervates pyloric region of the stomach. | | inferior esophageal nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910017) | The inferior esophageal nerve (ION) is one of the four nerves that make up the stomatogastric nerve (SGN). | | lateral ventricular nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910014) | The motor axons that project into the dorsal ventricular nerve bifurcate and then project into both lateral ventricular nerves. | | commissural ganglion (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910021) | Contains motor fibers that innervate the esophagus. Stimulating the pyloric suppressor neuron alters both pyloric and gastric rhythms but also elicits activity in a third oscillatory circuit located in the commissural ganglia called the esophageal rhythm. | | gastropyloric nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910012) | Consists of gastropyloric receptor (GPR) neurons, which are stretch receptors that innervate stomach muscles in crustaceans. | | lateral gastric nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910013) | Consists of lateral gastric (LG) neurons. The alternation between the lateral gastric neurons/medial gastric neurons and the lateral posterior gastric neurons control the movements of the lateral teeth in crustaceans. | | stomatogastric nervous system (UBERON:8910000) | The part of the nervous system that controls the stomach, such as in crabs, lobsters, and flies | | esophageal nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910019) | innervates the foregut and midgut | | dorsal gastric nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910011) | Nerve carrying dorsal gastric (DG) neurons which control the medial tooth movements in crustaceans. | | pyloric dilator nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910016) | Innervates muscles that dilate valves of the pylorus motor neurons involved in filtering in crustaceans. Anterior burster neurons are intrinsic oscillators that are electrically coupled with pyloric dilator neurons, causing them to fire bursts of action potentials. Together these neurons inhibit lateral pyloric and pyloric neurons, forcing them to fire in alternation with the pyloric dilator neurons. | | superior esophageal nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910018) | The superior esophageal nerve (SON) is one of the four nerves that make up the stomatogastric nerve (SGN). | | esophageal ganglion (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910020) | Neurons with cell bodies in the esophageal ganglion turn on the gastric mill rhythm and strongly affects the pyloric rhythm. | | intercostal element (UBERON:8450004) | An anatomical structure located within an intercostal space. | | stomatogastric nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910010) | The stomatogastric nerve (SGN) is made up of four separate nerves that emerge from the paired commissural ganglia, the superior and inferior esophageal nerves (SONs and IONs). |
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| Term | Subset | ----|----| | minor salivary gland (UBERON:0001830) | human_reference_atlas | | exocrine system (UBERON:0002330) | human_reference_atlas | | skeletal system (UBERON:0001434) | human_reference_atlas | | cranial nerve II (UBERON:0000941) | human_reference_atlas | | gland of digestive tract (UBERON:0003408) | human_reference_atlas | | nasopharynx (UBERON:0001728) | human_reference_atlas | | nervous system (UBERON:0001016) | human_reference_atlas | | oral gland (UBERON:0010047) | human_reference_atlas | | visual system (UBERON:0002104) | human_reference_atlas | | tongue (UBERON:0001723) | human_reference_atlas | | entire sense organ system (UBERON:0004456) | human_reference_atlas | | gustatory system (UBERON:0001033) | human_reference_atlas | | mouth mucosa (UBERON:0003729) | human_reference_atlas | | epithelium of conjunctiva (UBERON:0006763) | human_reference_atlas | | major salivary gland (UBERON:0001829) | human_reference_atlas | | proximo-distal subdivision of respiratory tract (UBERON:0000072) | human_reference_atlas | | cardiac muscle of left atrium (UBERON:0003380) | human_reference_atlas | | moderator band (UBERON:8470002) | human_reference_atlas | | conus artery (UBERON:0039232) | human_reference_atlas | | sensory system (UBERON:0001032) | human_reference_atlas | | mouth (UBERON:0000165) | human_reference_atlas | | buccal mucosa (UBERON:0006956) | human_reference_atlas | | saliva-secreting gland (UBERON:0001044) | human_reference_atlas | | gingiva (UBERON:0001828) | human_reference_atlas | | hair follicle bulge (UBERON:0005975) | human_reference_atlas |
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<details> <summary>Synonyms added: 6</summary>
| Term | New Synonym | Predicate | ----|----|----| | inferior esophageal nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910017) | ION (sensu Cancer borealis) | oio:hasExactSynonym | | stomatogastric nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910010) | SGN (sensu Cancer borealis) | oio:hasExactSynonym | | median ventricular nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910023) | MVN (sensu Cancer borealis) | oio:hasExactSynonym | | commissural ganglion (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910021) | CG (sensu Cancer borealis) | oio:hasExactSynonym | | stomatogastric ganglion (UBERON:8910001) | STG | oio:hasRelatedSynonym | | superior esophageal nerve (sensu Cancer borealis) (UBERON:8910018) | SON (sensu Cancer borealis) | oio:hasExactSynonym |
</details>
<details> <summary>Nodes removed from subset: 3</summary>
| Term | Subset | ----|----| | neuron projection bundle connecting eye with brain (UBERON:0004904) | human_reference_atlas | | arrector muscle of hair (UBERON:0002033) | human_reference_atlas | | spleen venous sinus (UBERON:0009967) | human_reference_atlas |
</details>
What's Changed
- Uncouple bridge generation from mappings refresh. by @gouttegd in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3439
- Make the SSSOM/T ruleset future-proof. by @gouttegd in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3440
- Replace
suppliesanddrainsrelations by more specific relations by @gouttegd in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3426 - Fixes #3451 Replace 'neuronal brush cell' with 'unipolar brush cell' by @Caroline-99 in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3452
- Stomatogastric ganglion crab lobster by @stevewds in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3445
- Fix taxon constraint violations by @gouttegd in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3455
- Amend Uberon editor SOP about "abbreviation" synonyms. by @gouttegd in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3456
- Build the "composite" life stages ontology directly in Uberon by @gouttegd in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3443
- Refresh imports for Uberon release by @aleixpuigb in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3461
- Refresh imports after removing obsoleted PR_000050567 from PRO slim by @aleixpuigb in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3462
- Release 2025-01-15 by @aleixpuigb in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3463
New Contributors
- @stevewds made their first contribution in https://github.com/obophenotype/uberon/pull/3445
Full Changelog: https://github.com/obophenotype/uberon/compare/v2024-11-25...v2025-01-15
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Related works
- Is supplement to
- Software: https://github.com/obophenotype/uberon/tree/v2025-01-15 (URL)
Software
- Repository URL
- https://github.com/obophenotype/uberon