DLS5-Omics/multimolecule: v0.2.0

Commits

• adcadf6: minor changes (Zhiyuan Chen)
• c7e6f56: rename apis -> api (Zhiyuan Chen)
• 24381ff: reorganise multimolecule.modules (Zhiyuan Chen)
• 07c2d85: modularise multimolecule.io (Zhiyuan Chen)
• c629196: improve docs (Zhiyuan Chen)
• b8ae40a: add visualize subpackage (Zhiyuan Chen)
• 62b9511: add | to alphabet (Zhiyuan Chen)
• 7746aaf: fix bpRNA-spot datasets (Zhiyuan Chen)
• f34c9fb: add IPknot++ dataset (Zhiyuan Chen)
• 1753f0b: promote graph to multimolecule.graph (Zhiyuan Chen)
• 70801e0: fix checkpoint parity validation (Zhiyuan Chen)
• f000e26: add AMPLIFY model (Zhiyuan Chen)
• f01bdb1: add ProteinBERT model (Zhiyuan Chen)
• c981b7e: add CARP model (Zhiyuan Chen)
• c192aa5: add AbLang model (Zhiyuan Chen)
• c03c452: add AbLang2 model (Zhiyuan Chen)
• eda206d: add Splicing autoclasses (Zhiyuan Chen)
• ed8692b: remove SpliceAI model (Zhiyuan Chen)
• e0fb382: add OpenSpliceAI model (Zhiyuan Chen)
• 21dcc78: add MaxEntScan model (Zhiyuan Chen)
• f2a8c9e: add HAL model (Zhiyuan Chen)
• 7957f50: add MMSplice Model (Zhiyuan Chen)
• 8612494: add MTSplice Model (Zhiyuan Chen)
• 7ca5f35: add Pangolin model (Zhiyuan Chen)
• f797fab: add SpTransformer model (Zhiyuan Chen)
• e9b78f2: add DeltaSplice model (Zhiyuan Chen)
• e3fc7a4: add Splicing pipelines (Zhiyuan Chen)
• ee3a2c2: add Regulatory autoclasses (Zhiyuan Chen)
• a892767: add Methylation autoclass (Zhiyuan Chen)
• e9ea466: add Polyadenylation autoclass (Zhiyuan Chen)
• 72dd43f: add Basset model (Zhiyuan Chen)
• ef745ca: add scBasset model (Zhiyuan Chen)
• 2e0eae1: add DeepSTARR model (Zhiyuan Chen)
• 161d5d6: add Malinois model (Zhiyuan Chen)
• 6ee7add: add Xpresso model (Zhiyuan Chen)
• a22edd7: add APARENT model (Zhiyuan Chen)
• bc5b15c: add APARENT2 model (Zhiyuan Chen)
• 9a9aa8d: add Polyadenylation pipeline (Zhiyuan Chen)
• 032cef2: add Basenji model (Zhiyuan Chen)
• 6e71b06: add BPNet model (Zhiyuan Chen)
• 6319177: add ChromBPNet model (Zhiyuan Chen)
• 152f2cc: add ProCapNet model (Zhiyuan Chen)
• 3e2d9c3: add Enformer model (Zhiyuan Chen)
• 4d7eeac: add Borzoi model (Zhiyuan Chen)
• 151c5dc: add DeepSEA model (Zhiyuan Chen)
• 1ef4fc3: add DeepMEL model (Zhiyuan Chen)
• 848385b: add MPRA-DragoNN model (Zhiyuan Chen)
• 1f5b2ae: add A2Z-Chromatin model (Zhiyuan Chen)
• 6ef9a66: add Regulatory pipelines (Zhiyuan Chen)
• a6a5b10: add DeepCpG-DNA model (Zhiyuan Chen)
• 1783405: add Methylation pipeline (Zhiyuan Chen)
• ec9d946: add Mean Ribosome Load autoclass (Zhiyuan Chen)
• 5b300db: add Optimus 5-Prime model (Zhiyuan Chen)
• 8115450: add OptMRL model (Zhiyuan Chen)
• 3a93aad: add Framepool model (Zhiyuan Chen)
• 21871e5: add Mean Ribosome Load pipeline (Zhiyuan Chen)
• f2e44c8: fix tests (Zhiyuan Chen)