Análise da expressão dos genes ShSRC2, ShCCA1 e ShCBFs em resposta ao frio e fotoperíodo em cana-de-açúcar

Arquivos complementares da dissertação de mestrado de João Pedro Ramos da Silva apresentada ao Programa de Pós-graduação em Fisiologia e Bioquímica de plantas, Departamento de Ciências Biológicas da Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" (ESALQ) da Universidade de São Paulo (USP).

Descrição dos arquivos:

1. cold_genes_orthogroup_ids.xlsx - Figura 1B - identificação dos genes de resposta ao frio em cana-de-açúcar. Contém uma tabela com o nome dos genes e seus respectivos números de acesso no banco de dados eggNOG (eggnog5.embl.de/).

2. og_matches_per_gene.zip - Figura 1B, 1C - identificação dos genes de resposta ao frio em cana-de-açúcar. Contém tabelas (uma por gene) de todos os transcritos de cana-de-açúcar e outras espećies que pertencem aos ortogrupos encontrados com a tabela acima.

3. all_sc_aa_seqs.zip - Figura 1C, 1D - Todas as sequências de aminoácidos codificadas pelos transcritos de cana-de-açúcar identificados acima. Estas sequências foram utilizadas para realizar a identificação de domínios com o programa CD-Search.

4. nr_sc_aa_seqs.zip - Figura 1D - Versão filtrada das sequências acima, após remoção de proteínas sem domínios completos.

5. cold_tx_final.fa - Figura 1E - Sequências de transcritos de cana-de-açúcar que codificam as proteínas do arquivo acima. Utilizada para realizar as quantificações de expressão com dados de RNA-seq públicos.

6. quant_cold_genes_GT088.zip - Arquivos brutos de quantificação das amostras do cultivar GT08 com o programa Salmon.

7. quant_cold_genes_ROC22.zip - Arquivos brutos de quantificação das amostras do cultivar ROC22 com o programa Salmon.

8. cold_genes_count_table_GT08.xlsx - Tabela de quantificação dos transcritos "completos" de cana-de-açúcar com potencial envolvimento na resposta ao frio no cultivar GT08.

9. cold_genes_count_table_ROC22.xlsx - Tabela de quantificação dos transcritos "completos" de cana-de-açúcar com potencial envolvimento na resposta ao frio no cultivar ROC22.

10. GT08_bestDEG_result.xlsx - Resultado da análise de expressão diferencial dos transcritos no cultivar GT08

11. ROC22_bestDEG_result.xlsx - Resultado da análise de expressão diferencial dos transcritos no cultivar ROC22

12. sor_set_zea_cold_genes_count_table.xlsx -  Tabela de quantificação dos transcritos de sorgo, setaria e milho correspondentes aos genes candidatos de resposta ao frio em cana-de-açúcar.

13. cold_other_poaceae.pptx - Gráficos de expressão dos genes de resposta ao frio em outras espécies de Poaceae (setaria, sorgo e milho).

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