Model output for "Enrichment of ammonium in the future ocean threatens diatom productivity"

Each netcdf file (.nc) contains model output from simulations performed with the
 NEMO-PISCES global ocean-biogeochemistry model. These simulations were
 forced by physical output from the IPSL-CM5A Earth System Model, which 
 performed both the natural (no anthropogenic activities) and RCP8.5 scenarios.

Variables in spin-up "ptrc" files are:

 name     title                             I         J         K         L
 PHY      (Nano)Phytoplankton Concentrati  1:360     1:180     1:31      1:12
 PHY2     Diatoms Concentration            1:360     1:180     1:31      1:12
 O2       Oxygen Concentration             1:360     1:180     1:31      1:12
 PREO2    Abiotic Oxygen Concentration     1:360     1:180     1:31      1:12
 FER      Dissolved Iron Concentration     1:360     1:180     1:31      1:12
 NO3      Nitrate Concentration            1:360     1:180     1:31      1:12
 NO2      Nitrite Concentration            1:360     1:180     1:31      1:12
 NH4      Ammonium Concentration           1:360     1:180     1:31      1:12
 NO3_15   15N Nitrate Concentration        1:360     1:180     1:31      1:12
 NO2_15   15N Nitrite Concentration        1:360     1:180     1:31      1:12
 NH4_15   15N Ammonium Concentration       1:360     1:180     1:31      1:12
 O2_18    18O Dissolved Oxygen Concentrat  1:360     1:180     1:31      1:12
 NO3_18   18O Nitrate Concentration        1:360     1:180     1:31      1:12
 NO2_18   18O Nitrite Concentration        1:360     1:180     1:31      1:12

Variables in scenario "ptrc" files are:

 name     title                             I         J         K         L
 PHY      (Nano)Phytoplankton Concentrati  1:360     1:180     1:31      1:12
 PHY2     Diatoms Concentration            1:360     1:180     1:31      1:12
 ZOO      (Micro)Zooplankton Concentratio  1:360     1:180     1:31      1:12
 ZOO2     Mesozooplankton Concentration    1:360     1:180     1:31      1:12
 O2       Oxygen Concentration             1:360     1:180     1:31      1:12
 PREO2    Abiotic Oxygen Concentration     1:360     1:180     1:31      1:12
 FER      Dissolved Iron Concentration     1:360     1:180     1:31      1:12
 NO3      Nitrate Concentration            1:360     1:180     1:31      1:12
 NO2      Nitrite Concentration            1:360     1:180     1:31      1:12
 NH4      Ammonium Concentration           1:360     1:180     1:31      1:12
 DOC      Dissolved organic Concentration  1:360     1:180     1:31      1:12
 POC      Small organic carbon Concentrat  1:360     1:180     1:31      1:12
 GOC      Big organic carbon Concentratio  1:360     1:180     1:31      1:12
 NO3_15   15N Nitrate Concentration        1:360     1:180     1:31      1:12
 NO2_15   15N Nitrite Concentration        1:360     1:180     1:31      1:12
 NH4_15   15N Ammonium Concentration       1:360     1:180     1:31      1:12
 PHY_15   15N Nanophytoplankton Concentra  1:360     1:180     1:31      1:12
 PHY2_15  15N Diatoms Concentration        1:360     1:180     1:31      1:12
 DOC_15   15N Dissolved organic Concentra  1:360     1:180     1:31      1:12
 POC_15   15N Small particulate Concentra  1:360     1:180     1:31      1:12
 GOC_15   15N Large particulate Concentra  1:360     1:180     1:31      1:12
 ZOO_15   15N Microzooplankton Concentrat  1:360     1:180     1:31      1:12
 ZOO2_15  15N Mesozooplankton Concentrati  1:360     1:180     1:31      1:12
 O2_18    18O Dissolved Oxygen Concentrat  1:360     1:180     1:31      1:12
 NO3_18   18O Nitrate Concentration        1:360     1:180     1:31      1:12
 NO2_18   18O Nitrite Concentration        1:360     1:180     1:31      1:12

Variables in the scenario "diad" files are:

 name     title                             I         J         K         L
 PH       PH                               1:360     1:180     1:31      1:12
 HEUP     Euphotic layer depth             1:360     1:180     ...       1:12
 PAR      Photosynthetically Available Ra  1:360     1:180     1:31      1:12
 PARDM    Daily mean PAR                   1:360     1:180     1:31      1:12
 PPPHYN   Primary production of nanophyto  1:360     1:180     1:31      1:12
 PPPHYD   Primary production of diatoms    1:360     1:180     1:31      1:12
 PPNEWN   New Primary production of nanop  1:360     1:180     1:31      1:12
 PPNEWD   New Primary production of diato  1:360     1:180     1:31      1:12
 PPNO2N   NO2 Primary production of nanop  1:360     1:180     1:31      1:12
 PPNO2D   NO2 Primary production of diato  1:360     1:180     1:31      1:12
 NITRNH4  Ammonia-oxidation rate (NH4-->N  1:360     1:180     1:31      1:12
 NITRNO2  Nitrite-oxidation rate (NO2-->N  1:360     1:180     1:31      1:12
 MUAOA    Growth rate of ammonia oxidiser  1:360     1:180     1:31      1:12
 MUAOAMAX Max potential ammonia oxidation  1:360     1:180     1:31      1:12
 LAOANH4  Substrate limitation of NH4 oxi  1:360     1:180     1:31      1:12
 LAOAFER  Iron limitation of NH4 oxidatio  1:360     1:180     1:31      1:12
 LAOAPAR  Light limitation of NH4 oxidati  1:360     1:180     1:31      1:12
 LAOAPH   pH limitation of NH4 oxidation   1:360     1:180     1:31      1:12
 LNOBNO2  Substrate limitation of NO2 oxi  1:360     1:180     1:31      1:12
 LNOBFER  Iron limitation of NO2 oxidatio  1:360     1:180     1:31      1:12
 LNOBPAR  Light limitation of NO2 oxidati  1:360     1:180     1:31      1:12
 NFIX     Nitrogen fixation                1:360     1:180     1:31      1:12
 RIVER_NO3
          Nitrate added by rivers          1:360     1:180     ...       1:12
 NDEP_NO3 Nitrate added by deposition      1:360     1:180     ...       1:12
 REMIN    Oxic remineralization of OM (DO  1:360     1:180     1:31      1:12
 EXCR1    Excretion by microzooplankton    1:360     1:180     1:31      1:12
 EXCR2    Excretion by mesozooplankton     1:360     1:180     1:31      1:12
 DENITNO3 Denitrification rate (NO3-->NO2  1:360     1:180     1:31      1:12
 DENITNO2 Denitrification rate (NO2-->N2)  1:360     1:180     1:31      1:12
 ANAMMOX  Anaerobic oxidation of NH4 (NH4  1:360     1:180     1:31      1:12
 ALTREM   Alternative anaerobic remin (DO  1:360     1:180     1:31      1:12
 SDEN3D   Sed denitrification of OM (NO3-  1:360     1:180     1:31      1:12
 SREM3D   Sed remineralisation of OM (DOC  1:360     1:180     1:31      1:12

Files:

•         ETOPO_nitr_kaoafer00_1m_ptrc.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_1m_diad.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_2ndpicontrol_1m_ptrc_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_2ndpicontrol_1m_diad_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_acid_1m_ptrc_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_acid_1m_diad_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_warm_1m_ptrc_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_warm_1m_diad_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_circ_1m_ptrc_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_circ_1m_diad_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_full_1m_ptrc_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_full_1m_diad_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_picontrolalt_1m_ptrc_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_picontrolalt_1m_diad_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_acidalt_1m_ptrc_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_acidalt_1m_diad_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_fullalt_1m_ptrc_2081-2100_ave.nc
•         ETOPO_nitr_kaoafer00_fullalt_1m_diad_2081-2100_ave.nc

Naming convention:
        "ETOPO"     - refers to being on a regular 1x1 degree horizontal grid
        "nitri"            - refers to the developed PISCES model with explicit two-step nitrification
        "kaoafer00"  - refers to no iron limitation of AOA  
        "1m"             - refers to the timestep resolution, here 1 month. Thus, all data presented here is monthly averaged values.
        "2ndpicontrol" - refers to preindustrial control run
        "acid"              - refers to the control run + ocean acidification
        "warm"            - refers to the control run + warming
        "circ"               - refers to the control run + circulation change
        "full"                - refers to the control run + ocean acidification + warming + circulation change
        "picontrolalt"   - refers to preindustrial control run (alternative pH parameterisation)
        "acidalt"          - refers to the control run + ocean acidification (alternative pH parameterisation)
        "fullalt"            - refers to the control run + ocean acidification + warming + circulation change (alternative pH parameterisation)

Contact: Pearse.Buchanan@liverpool.ac.uk or pbuchanan@carnegiescience.edu