Annexe de la thèse "Acquisition de nouvelles connaissances génétiques sur les souches de Mycobacterium bovis, circulant en France, par l'approche du séquençage du génome complet." Ciriac CHARLES

Annexe 1 : Tableau présentant les informations des génomes de Mycobacterium bovis utilisés dans cette étude dans le panel 1 Les 87 génomes proviennent d’un travail précédent (Hauer et al., 2019). Le nom des génomes est surligné d’une couleur permettant de les distinguer à l’intérieur d’un groupe de M. bovis précédemment défini. En Jaune le Cluster I/Complexe clonal Eu3. En orange le Cluster G/Famille F9. En marron le Cluster C/Famille SB0134. En violet le Cluster D/Complexe clonal Eu1. En rose le Cluster A/Famille F4. En bleu le Cluster F/Complexe clonal Eu2. En gris, les autres.

Annexe 2 : Tableau présentant les informations des génomes de Mycobacterium bovis utilisés dans cette étude dans le panel 3. Les 187 génomes sont de génotypes F7 et F15 (respectivement SB0821 et SB0832) qui sont deux génotypes très proches. Ces génomes avaient déjà été séquencés avant le début du travail de thèse. Certains ont été publiés avec le travail de Duault et collaborateur et d’autres ne l’ont pas encore été (noté NA) (Duault et al., 2022).

Annexe 3 : Tableau présentant les informations des génomes de Mycobacterium bovis utilisés dans cette étude dans le panel 4. Les 227 génomes sont de génotypes SB0120-DHV. Ces génomes avaient déjà été séquencés avant le début du travail de thèse, mais ne sont actuellement pas publiés (noté NA dans les colonnes "Date de dépot" et "Bio-échantillon Genbank").

Annexe 4 : Position des sites d’insertions IS6110 dans le panel de souche de Mycobacterium bovis de Pyrénées-Atlantiques (SB0821 et SB0832). Position du début et de la fin de l’IS6110 sont déterminés avec l’outil ISMapper et le génome de référence AF2122/97.

Annexe 5 : Position des sites d’insertions IS6110 dans le panel de souche de Mycobacterium bovis de SB0120-DHV. Position du début et de la fin de l’IS6110 sont déterminés avec l’outil ISMapper et le génome de référence Mb3601.

Annexe 6 : Cette figure provenant du rapport de stage de Modenesi représente un arbre phylogénétique consensus circulaire de 300 souches de SB0120-DHV (Modenesi 2019). Les souches du panel 3 font parties de ces 300 souches et ont été sélectionné selon la qualité de séquençage de celle-ci ce qui explique le nombre plus petit de souches retenues (227). Cet arbre est divisé en 11 clades de couleur différente. Les valeurs de probabilité postérieures (qui correspondent à la probabilité que ces clades soient vrais) déterminées avec Beast (Drummond and Rambaut, 2007) sont représentées à l’intérieur de l’arbre.