Sodium binding stabilizes the outward-open state of SERT by limiting bundle domain motions

Measured distances, angles, RMSD, RMSF, vestibule diameters and principal components along with the structural representations in pymol pse files and the manuscript images. The measurements have a 1ns time resolution.

DATA_sodium_stabilize_SERT.zip
├── fig1
│   ├── fig1_v3.png
│   ├── occ_3ions_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg
│   ├── occ_Cl_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg
│   ├── occ_ionless_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg
│   ├── out_3ions_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg
│   ├── out_Cl_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg
│   └── out_ionles_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg
├── fig2
│   ├── distances_n_angles_fig2.pse
│   ├── fig2_v2.png
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1b-TM9up.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1b-TM8down.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1b-TM8down.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1b-TM9up.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1b-TM8down.dat
│   └── out_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1b-TM9up.dat
├── fig3
│   ├── fig3_v2.png
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM9-TM8-TM6a.dat
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│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep5.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep5.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep1.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep1.TM9-TM3-TM6a.dat
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│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep2.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep2.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep2.TM9-TM8-TM1b.dat
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│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep3.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep3.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep3.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep4.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep4.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep5.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep5.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep1.TM9-TM3-TM1b.dat
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│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep1.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep1.TM9-TM8-TM6a.dat
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│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep2.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep2.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep3.TM9-TM3-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep3.TM9-TM3-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep3.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep3.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep4.TM9-TM8-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep4.TM9-TM8-TM6a.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep5.TM9-TM8-TM1b.dat
│   └── out_apo_nosalt_ionless.rep5.TM9-TM8-TM6a.dat
├── fig4
│   ├── cluster_centr_250_500_concat_bundle-fit_bundle-measure_in_fig4.pse
│   ├── fig4_v2.png
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM6a-TM6b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1a-TM1b.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep5.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep1.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1a-TM1b.dat
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│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep3.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep4.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep5.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep1.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep2.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep3.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1a-TM1b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep4.TM6a-TM6b.dat
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1a-TM1b.dat
│   └── out_apo_nosalt_ionless.rep5.TM6a-TM6b.dat
├── fig5
│   ├── concat_0_500_dt_RMSF_bundle_fit_bundle_measure_colored.pse
│   ├── fig5_v3.png
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.concatenated_trajectories.rmsf_bundle_fitted_0_500_concat_protein.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.concatenated_trajectories.rmsf_bundle_fitted_0_500_concat_protein.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.concatenated_trajectories.rmsf_bundle_fitted_0_500_concat_protein.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.concatenated_trajectories.rmsf_bundle_fitted_0_500_concat_protein.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep5.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.concatenated_trajectories.rmsf_bundle_fitted_0_500_concat_protein.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep1.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep2.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep3.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep4.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_Cl.rep5.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.concatenated_trajectories.rmsf_bundle_fitted_0_500_concat_protein.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep1.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep2.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep3.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   ├── out_apo_nosalt_ionless.rep4.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
│   └── out_apo_nosalt_ionless.rep5.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg
├── fig6
│   ├── fig6_v5.png
│   ├── occ_3ions_projected_scaffoldFIT_bundleMEASURE.xvg
│   ├── occ_Cl_projected_scaffoldFIT_bundleMEASURE.xvg
│   ├── occ_ionless_projected_scaffoldFIT_bundleMEASURE.xvg
│   ├── out_3ions_projected_scaffoldFIT_bundleMEASURE.xvg
│   ├── out_Cl_extreme_scaffoldFIT_bundleMEASURE1.pdb
│   ├── out_Cl_extreme_scaffoldFIT_bundleMEASURE2.pdb
│   ├── out_Cl_projected_scaffoldFIT_bundleMEASURE.xvg
│   ├── out_ionless_projected_scaffoldFIT_bundleMEASURE.xvg
│   └── scaffoldFIT_bundleMEASURE_global_covar_extrame1.pse
├── fig7
│   ├── fig7_v2.png
│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.radii_refitted.dat
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│   ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.radii_refitted.dat
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│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.radii_refitted.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.radii_refitted.dat
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│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.radii_refitted.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.radii_refitted.dat
│   ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.radii_refitted.dat
│   ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.radii_refitted.dat
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└── Sfig1
    ├── distances_n_angles_fig2.pse
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    └── Sfig1_v2.png