Táxons associados a proteínas degradadoras de Hidrocarbonetos Policíclicos Aromáticos

Foram consideradas duas estratégias para a prospecção de novas enzimas relacionadas a degradação de Hidrocarbonetos Policíclicos Aromáticos em metagenomas no caso para as famílias de enzimas ALKB, BCOAR, BSSA, CYP153, EXDO, FERRE, INDO, MACR, MCIS, RHDO, RHMO, TDLH descritras por VILCHEZ-VARGAS et al., (2013).

Uma baseada no alinhamento das proteínas preditas utilizando para isso o programa de alinhamento DIAMOND (BUCHFINK; XIE; HUSON, 2015) no modo blastp com os demais parâmetros: (E-Value) --evalue 10-5 (porcentagem de identidade mínima para reportar um alinhamento) --id 30 (porcentagem de cobertura mínima da sequência interrogada) –query-cover 90 e (modo de busca mais sensível) --more-sensitive.

A outra estratégia é utilizando uma correspondência com modelos HMMs  obtidos com o programa FlowerPower (KRISHNAMURTHY; BROWN; SJÖLANDER, 2007),  previamente calibrados. Essa estratégia utiliza o programa hmmscore da ferramenta SAM-T2K (KARPLUS et al., 1997).

A partir disso também foi feita uma analise taxonomica das ORFs que alinharam tanto com o DIAMOND quanto para o SAM-T2K, dessa forma as planilhas com os taxóns associados esta disponibilizada assim como as sequencias de intersecção das proteinas.