Vegetation succession on disused railways: effects of time, habitat and landscape context – dataset
Creators
Description
Data from master thesis
Vegetation succession on disused railways: effects of time, habitat and landscape context
Filip Kratoš
Masaryk University, Brno 2021
(Thesis supervisor: Milan Chytrý)
Phytosociological relevés of successional vegetation from closed railways in Czechia and its borderland in Austria and Germany
List of files:
Primary species data (Turboveg).zip
database backup from Turboveg v. 2.136 (https://www.synbiosys.alterra.nl/turboveg/)
do not unzip, load in Turboveg as .zip file
Species data (Juice).wct
species table from JUICE software v. 7.1.25 (https://www.sci.muni.cz/botany/juice/)
.exp and str. files are automatically loaded with .wct
the following changes have been applied:
the nomenclature has been unified according to the Checklist of vascular plants of the Czech Republic (Danihelka et al. 2012)
species in multiple layers have been merged
Poa pratensis + Poa angustifolia → Poa pratensis agg.
Crataegus laevigata agg. + C. monogyna → Crataegus sp.
Galium mollugo + G. album → Galium mollugo agg.
Achillea millefolium → Achillea millefolium agg.
Rubus caesius + R. fruticosus + R. corylifolii + R. sp. → Rubus sp.
higher taxa removed if lower taxon present
Species data (percentage).csv
comma separated table with percentage species cover data
semicolon (;) used as a dividing character
Species data (Braun-Blanquet).csv
comma separated table with species cover data in the extended Braun-Blanquet scale
semicolon (;) used as a dividing character
Table.txt
species table for R
compatible with VEGAN package
TableHead.xlsx
used site and environmental data
see the list below
___________________________________________________________________________________________
Variables:
Relevé relevé number
Year year of sampling
Month month of sampling
Day day of sampling
Altitude (m) altitude above sea level (from map, https://www.mapy.cz)
Cover tree layer (%) tree layer cover
Cover shrub layer (%) shrub layer cover
Cover herb layer (%) herb layer cover
Cover moss layer (%) moss layer cover
Height (high) tree layer (m) upper height of the tree layer
Height low tree layer (m) middle height of the tree layer
Height (high) shrub layer (m) upper height of the shrub layer
Height low shrub layer (m) middle height of the shrub layer
Height (high) herb layer (cm) upper height of the herb layer
Height (low) herb layer (cm) middle height of the herb layer
Locality Number locality number
Locality locality – closest village/town
Railway Track closed track
Longitude east longitude coordinates (WGS84, DDMMSS.S)
Latitude north latitude coordinates (WGS84, DDMMSS.S)
GPS Bias GPS measurement uncertainty
Terrain_m track height relative to the landscape from one side
Terrain_m2 track height relative to the landscape from the other side
Path path through the relevé, values in between 0 and 1 (0 = no path, 1 = a distinct path)
Substrate (cm) substrate depth
Locality number (deprecated) locality number recorded in the field
Rel_in_loc number of relevé in the locality
Year_cancl year of track cancellation
Time time elapsed from track cancellation to sampling
Terr_cat terrain category (násep = embarkment top, rovina = plain surface, svah = slope, zářez = cutting)
Field presence of an arable field near the relevé
Meadow presence of a meadow near the relevé
Forest presence of a forest near the relevé
Precipitation annual precipitation from CHELSA bio12 model (Karger et al. 2018)
Temperature mean annual temperature from CHELSA bio1 model (Karger et al. 2018)
Forest_distance distance to the nearest forest
Number_of_Trees number of species in the tree layer
Number_of_Shrubs number of species in the shrub layer
Number_of_Herbs number of species in the herb layer excluding juveniles
Number_of_Juveniles number of tree and shrub juvenile species in the herb layer
Ellenberg_Light mean Ellenberg-type value for light (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Temperature mean Ellenberg-type value for temperature (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Moisture mean Ellenberg-type value for moisture (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Reaction mean Ellenberg-type value for soil reaction (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Nutrients mean Ellenberg-type value for nutrients (Chytrý et al. 2018)
Number_of_species total number of species
Chamaephytes number of chamaephyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Geophytes number of geophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Hemikryptophytes number of hemicryptophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Phanerophytes number of phanerophyte species (sum of macrophanerophytes and nanophanerophytes)
Therophytes number of therophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Macrophanerophytes number of macrophanerophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Nanophanerophytes number of nanophanerophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019 )
FYT_ID number of phytogeographical district (Skalický 1988)
FYT_OKR phytogeographical district (Skalický 1988)
FYT_OBV phytogeographical subregion (Skalický 1988)
FYT_OBL phytogeographical region (Skalický 1988)
Vegetation vegetation syntaxon code (association, alliances or classes; if not determined, NA is assigned; Chytrý 2007–2013)
Veg_Alliance vegetation alliance code (Chytrý 2007–2013)
Veg_Class vegetation class code (Chytrý 2007–2013)
Veg_Formation code of vegetation formation (Chytrý 2007–2013)
Forest_0 number of non-forest species (Dřevojan et al. 2016)
Forest_1.1 number of forest species (Dřevojan et al. 2016)
Forest_1.2 number of species of forest edges and glades (Dřevojan et al. 2016)
Forest_2.1 number of species often present in forest (Dřevojan et al. 2016)
Forest_2.2 number of species rarely present in forest (Dřevojan et al. 2016)
Twinspan_Sorensen number of group created with TWINSPAN
Chytrý M. (ed.) (2007–2013): Vegetace České republiky 1–4 [Vegetation of the Czech Republic 1–4]. – Academia, Praha.
Chytrý M., Tichý L., Dřevojan P., Sádlo J., & Zelený D. (2018): Ellenberg-type indicator values for the Czech flora. – Preslia 90: 83–103.
Danihelka J., Chrtek J., & Kaplan Z. (2012): Checklist of vascular plants of the Czech Republic. – Preslia 84: 647–811.
Dřevojan P., Chytrý M., Sádlo J., & Pyšek P. (2016): Vazba na lesní prostředí. – www.pladias.cz.
Kaplan Z., Danihelka J., Chrtek J., Kirschner J., Kubát K., Štech M., Štěpánke J., Batoušek P., Bureš P., Businský R., Čáp J., Dančák M., Ducháček M., Duchoslav M., Dvořák V., Ekrt L., Filipov P., Grulic V., Hrčka D., Hroneš M., Hrouda L., Hroudová Z., Jehlík V., Kaplan Z., Nunvářová K., Király G., Kirschnerová L., Kobrlová L., Kočí K., Koutecký P., Krahulec F., Kúr P., Lepší M., Lepší P., Mandák B., Ponert J., Prančl J., Pyšek P., Řepka R., Sádlo J., Suda J., Šída O., Šmarda P., Špryňar P., Štěpánková J., Trávníček B., Trávníček P., Uher J., Vašut R. J., Větvička V., Zázvorka J., & Zelený V. (2019): Klíč ke květeně České Republiky (Z. Kaplan, Ed.). – Academia, Praha.
Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2017): Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. – Scientific Data 4: 170122.
Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2018): Data from: Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. Available at: https://doi.org/10.5061/dryad.kd1d4.
Raunkiær C. (1934): The life forms of plants and statistical plant geography. – The Clarendon Press, Oxford.
Skalický V. (1988): Regionálně fytogeografické členění [Regional phytogeographic division]. In Hejný S., Slavík B., Chrtek J., Tomšovič P., & Kovanda M. (eds.), Květena České socialistické republiky [Flora of the Czech Socialist Republic] 1, pp. 103–121. – Academia, Praha.
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Data k diplomové práci
Sukcese vegetace na zrušených železničních tratích: vliv času, stanoviště a krajinného kontextu
Filip Kratoš
Masarykova univerzita, Brno 2021
(vedoucí práce: Milan Chytrý)
Fytocenologicé snímky sukcesní vegetace ze zrušených železnic v České republice a v příhraničí v Rakousku a Německu
Seznam souborů:
Primary species data (Turboveg).zip
zálohovaná databáze softwaru Turboveg 2.136 (https://www.synbiosys.alterra.nl/turboveg/)
nerozbalovat, nahrává se dohromady jako .zip
Species data (Juice).wct
druhová tabulka programu JUICE 7.1.25 (https://www.sci.muni.cz/botany/juice/)
se souborem .wct se automaticky nahrávají i soubory .exp a .str
s daty byly provedeny tyto úpravy:
sjednocení nomenklatury podle Checklist of vascular plants of the Czech Republic (Danihelka 2012)
slučeny druhy ve více patrech
Poa pratensis + Poa angustifolia → Poa pratensis agg.
Crataegus laevigata agg. + C. monogyna → Crataegus sp.
Galium mollugo + G. album → Galium mollugo agg.
Achillea millefolium → Achillea millefolium agg.
Rubus caesius + R. fruticosus + R. corylifolii + R. sp. → Rubus sp.
Odstraněny vyšší taxony, pokud je přítomen i nižší
Species data (percentage).csv
tabulka druhů ve formátu odděleném středníky (;)
obsahuje procentuální pokryvnosti
Species data (Braun-Blanquet).csv
tabulka druhů ve formátu odděleném středníky (;)
obsahuje pokryvnosti v rozšířené 9 členné Braun-Blanquetově stupnici
Table.txt
druhová tabulka pro použití v R
kompatibilní s balíčkem VEGAN
TableHead.xlsx
použité údaje o lokalitě a prostředí
seznam proměnných níže
___________________________________________________________________________________________
Proměnné:
Relevé číslo snímku
Year rok snímkování
Month měsíc snímkování
Day den snímkování
Altitude (m) nadmořská výška (odečtená z mapy, https://www.mapy.cz)
Cover tree layer (%) pokryvnosti stromového patra
Cover shrub layer (%) pokryvnost keřového patra
Cover herb layer (%) pokryvnost bylinného patra
Cover moss layer (%) pokryvnost mechového patra
Height (high) tree layer (m) horní výška stromového patra
Height low tree layer (m) střední výška stromového patra
Height (high) shrub layer (m) horní výška keřového patra
Height low shrub layer (m) střední výška keřového patra
Height (high) herb layer (cm) horní výška bylinného patra
Height (low) herb layer (cm) střední výška bylinného patra
Locality Number číslo lokality
Locality lokalita – název nejbližší obce
Railway Track zrušená trať
Longitude zeměpisná východní délka (WGS84, SSMMVV.V)
Latitude zěměpísná severní šířka (WGS84, SSMMVV.V)
GPS Bias přesnost GPS měření
Terrain_m výška trati vůči okolí z jedné strany
Terrain_m2 výška trati vůči okolí z druhé strany
Path cestička vedoucí přes snímek v rozmezí hodnot 0 a 1 (0 = bez cestičky, 1 = výrazná cestička)
Substrait (cm) hloubka substrátu nad vrstvou kamenů
Locality number (deprecated) číslo lokality podle data navštívení
Rel_in_loc číslo snímku na lokalitě
Year_cancl rok zrušení trati
Time doba od zrušení trati po zapsání snímku
Terr_cat kategorie terénu (násep, rovina, svah, zářez)
Field Přítomnost pole v okolí snímku
Meadow Přítomnost louky v okolí snímku
Forest Přítomnost lesa v okolí snímku
Precipitation roční úhrn srážek z modelu CHELSA bio12 (Karger et al. 2018)
Temperature průměrná roční teplota z modelu CHELSA bio1 (Karger et al. 2018)
Forest_distance vzdálenost nejbližšího lesa
Number_of_Trees počet druhů stromového patra
Number_of_Shrubs počet druhů keřového patra
Number_of_Herbs počet druhů bylinného patra bez semenáčů
Number_of_Juveniles počet druhů semenáčů v bylinném patře
Ellenberg_Light průměrná ellenbergovská hodnota pro světlo (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Temperature průměrná ellenbergovská hodnota pro teplot (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Moisture průměrná ellenbergovská hodnota pro vlhkost (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Reaction průměrná ellenbergovská hodnota pro půdní reakci (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Nutrients průměrná ellenbergovská hodnota pro živiny (Chytrý et al. 2018)
Number_of_species celkový počet druhů
Chamaephytes počet druhů chamaefytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Geophytes počet druhů geofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Hemikryptophytes počet druhů hemikryptofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Phanerophytes počet druhů fanerofytů (součet makrofanerofytů a nanofanerofytů)
Therophytes počet druhů terofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Macrophanerophytes počet druhů makrofanerofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Nanophanerophytes počet druhů nanofanerofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
FYT_ID číslo fytogeografického okresu (Skalický 1988)
FYT_OKR fytogeografický okres (Skalický 1988)
FYT_OBV fytogeografický obvod (Skalický 1988)
FYT_OBL fytogeografická oblast (Skalický 1988)
Vegetation kód vegetační jednotky (asociace, svazu nebo třídy, u neurčených snímků uvedeno NA; Chytrý 2007–2013)
Veg_Alliance kód vegetačního svazu (Chytrý 2007–2013)
Veg_Class kód vegetační třídy (Chytrý 2007–2013)
Veg_Formation kód vegetační formace (Chytrý 2007–2013)
Forest_0 počet druhů výzaných na výskyt výhradně mimo les (Dřevojan et al. 2016)
Forest_1.1 počet druhů vázaných na lesní prostředí (Dřevojan et al. 2016)
Forest_1.2 počet druhů lesních lemů a pasek (Dřevojan et al. 2016)
Forest_2.1 počet druhů s výskytem převážně v lesích (Dřevojan et al. 2016)
Forest_2.2 počet druhů s výskytem převážně mimo les (Dřevojan et al. 2016)
Twinspan_Sorensen číslo skupiny snímků vytvořené pomocí TWINSPANu
Chytrý M. (ed.) (2007–2013): Vegetace České republiky 1–4 [Vegetation of the Czech Republic 1–4]. – Academia, Praha.
Chytrý M., Tichý L., Dřevojan P., Sádlo J., & Zelený D. (2018): Ellenberg-type indicator values for the Czech flora. – Preslia 90: 83–103.
Danihelka J., Chrtek J., & Kaplan Z. (2012): Checklist of vascular plants of the Czech Republic. – Preslia 84: 647–811.
Dřevojan P., Chytrý M., Sádlo J., & Pyšek P. (2016): Vazba na lesní prostředí. – www.pladias.cz.
Kaplan Z., Danihelka J., Chrtek J., Kirschner J., Kubát K., Štech M., Štěpánke J., Batoušek P., Bureš P., Businský R., Čáp J., Dančák M., Ducháček M., Duchoslav M., Dvořák V., Ekrt L., Filipov P., Grulic V., Hrčka D., Hroneš M., Hrouda L., Hroudová Z., Jehlík V., Kaplan Z., Nunvářová K., Király G., Kirschnerová L., Kobrlová L., Kočí K., Koutecký P., Krahulec F., Kúr P., Lepší M., Lepší P., Mandák B., Ponert J., Prančl J., Pyšek P., Řepka R., Sádlo J., Suda J., Šída O., Šmarda P., Špryňar P., Štěpánková J., Trávníček B., Trávníček P., Uher J., Vašut R. J., Větvička V., Zázvorka J., & Zelený V. (2019): Klíč ke květeně České Republiky (Z. Kaplan, Ed.). – Academia, Praha.
Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2017): Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. – Scientific Data 4: 170122.
Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2018): Data from: Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. Available at: https://doi.org/10.5061/dryad.kd1d4.
Raunkiær C. (1934): The life forms of plants and statistical plant geography. – The Clarendon Press, Oxford.
Skalický V. (1988): Regionálně fytogeografické členění [Regional phytogeographic division]. In Hejný S., Slavík B., Chrtek J., Tomšovič P., & Kovanda M. (eds.), Květena České socialistické republiky [Flora of the Czech Socialist Republic] 1, pp. 103–121. – Academia, Praha.
Files
Primary species data (Turboveg).zip
Files
(516.6 kB)
Name | Size | Download all |
---|---|---|
md5:5847dfd46e6c3602cfc32aa63aa1ff24
|
16.2 kB | Preview Download |
md5:d39c3fda0f361f468f884eeea56a275e
|
52.6 kB | Preview Download |
md5:cdaa58ea64d81cefc79e71fea2dba09f
|
1.3 kB | Download |
md5:6e939c555e9fec7b9cc30cb36c3e9a5f
|
40 Bytes | Download |
md5:8163f79ac951c5688a655bd90b911556
|
206.3 kB | Download |
md5:3ef37900a95b7781567cf6e2b69f421f
|
52.7 kB | Preview Download |
md5:19e2ec8489b3dc3c093711cfcb484c29
|
143.6 kB | Preview Download |
md5:caad7a6e63b7115faec57980f9ec065a
|
43.8 kB | Download |