Published September 16, 2024 | Version v3
Dataset Open

Evolving patterns of co-mutations from tumor initiation to metastatic progression. (Analysis Repository)

Authors/Creators

  • 1. University of Lausanne
  • 2. ROR icon SIB Swiss Institute of Bioinformatics
  • 3. ROR icon Swiss Cancer Center Léman

Description

README

Description

  •  There are two folders `analysis_data` and `analysis_results` which correspond to data required for the analysis provide in the Code repository and results generated by them.

  • The above two folders are subdivided into further subfolders.

  • The tree structure of this repository is mentioned below: 

    ```

    .
    ├── analysis_data
    │   ├── all_merged_data_genie_v15.rds
    │   ├── catalogue
    │   │   ├── dfci_oncokb_gene_run_list.rds
    │   │   ├── msk_oncokb_gene_run_list.rds
    │   │   └── Other_Inputs.md
    │   ├── ground_truth_benchmarking
    │   │   ├── run_data_gt_modelB_eps0.95_numED30_control.RData
    │   │   └── run_data_gt_modelB_eps0.95_numED30.RData
    │   ├── hotspot_analysis
    │   │   ├── msk_panel_all_primary_hotspot_run_data.rds
    │   │   └── msk_panel_p_468_primary_hotspot_run_data.rds
    │   ├── normal_mutation
    │   │   ├── ESOPHAGUS_maf.rds
    │   │   ├── lawson2020_maf.rds
    │   │   ├── li_cancer_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds
    │   │   ├── li_et_al_cancer_run_data_v3.rds
    │   │   ├── li_et_al_normal_run_data_v3.rds
    │   │   ├── li_normal_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds
    │   │   ├── run_data_ESOPHAGUS_forSelectSim_cancermut.RData
    │   │   ├── run_data_Lawson2020_cancer_samples_cancer_donors.RData
    │   │   ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_all_donors.RData
    │   │   ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_cancer_donors.RData
    │   │   ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_normal_donors.RData
    │   │   ├── run_data_SKIN_forSelectSim_cancermut.RData
    │   │   ├── SKIN_maf.rds
    │   │   └── tcga_BLCA.rds
    │   ├── oncogenic_non_oncogenic
    │   │   └── pan_can_mixture_gams_tcga_172.rds
    │   ├── oncokb_random_analysis
    │   │   ├── frequency_matched_miss_random_oncokb_multiple_gene_172_lists.rds
    │   │   ├── pan_can_tcga_frequnecy_matched_miss_random_172_10_results.rds
    │   │   ├── pan_can_tcga_frequnecy_matched_miss_random_172_10_run_data_list.rds
    │   │   ├── pan_can_tcga_oncokb_frequency_matched_oncogenic_172_result_df.rds
    │   │   ├── pan_can_tcga_oncokb_frequency_matched_oncogenic_172_run_data.rds
    │   │   └── pan_can_tcga_other_genes_run_data.rds
    │   ├── primary_met
    │   │   ├── msk_m_sample_run_data_list.rds
    │   │   ├── msk_p_m_sample_run_data_list.rds
    │   │   └── msk_p_sample_run_data_list.rds
    │   ├── primary_met_elastic_net
    │   │   ├── drug_data.RData
    │   │   ├── full_gam.RData
    │   │   ├── msk_full_clinical_table.txt
    │   │   └── PM_comutations.RData
    │   └── roubustness_benchmarking
    │       ├── gene_used.rds
    │       ├── luad_maf_coselns_data.rds
    │       ├── luad_orginal_gam_wesme.tsv
    │       ├── luad_sampling_list.json
    │       ├── Other_Inputs.md
    │       ├── sampling_list_luad_2.rds
    │       └── sampling_list_luad.rds
    ├── analysis_results
    │   ├── catalogue
    │   │   ├── all_merged_results_v15.rds
    │   │   ├── pan_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds
    │   │   └── tumor_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds
    │   ├── ground_truth_benchmarking
    │   │   ├── precision_recall.rds
    │   │   └── results_all_methods_ground_truth_modelB_eps0.95_numED30_SelSim_lam0.3_tau1.RData
    │   ├── hotspot_analysis
    │   │   ├── msk_panel_468_primary_hotspot_result_df.rds
    │   │   └── msk_panel_all_hotspot_result_df.rds
    │   ├── normal_mutation
    │   │   ├── li_results_bladder_merged.rds
    │   │   ├── results_ESOPHAGUS_cancermut.rds
    │   │   ├── results_Lawson2020_cancer_samples_cancer_donors.rds
    │   │   ├── results_Lawson2020_normal_samples_all_donors.rds
    │   │   ├── results_Lawson2020_normal_samples_cancer_donors.rds
    │   │   ├── results_Lawson2020_normal_samples_normal_donors.rds
    │   │   ├── results_SKIN_cancermut.rds
    │   │   └── tcga_results_bladder_merged.rds
    │   ├── oncogenic_non_oncogenic
    │   │   └── pan_can_tcga_list_172_results.rds
    │   ├── oncokb_random_analysis
    │   │   ├── pan_can_tcga_frequnecy_matched_miss_random_172_10_results.rds
    │   │   └── pan_can_tcga_oncokb_frequency_matched_oncogenic_172_result_df.rds
    │   ├── primary_met
    │   │   ├── msk_m_sampling_results_list.rds
    │   │   ├── msk_p_m_sampling_results_list.rds
    │   │   └── msk_p_sampling_results_list.rds
    │   ├── primary_met_elastic_net
    │   │   ├── EN_binomial_1_drug.RData
    │   │   ├── EN_binomial_2_drug.RData
    │   │   ├── EN_binomial_co_1_drug.RData
    │   │   ├── EN_binomial_co_2_drug.RData
    │   │   └── EN_gaussian_drug.RData
    │   └── roubustness_benchmarking
    │       ├── Cooccur
    │       │   ├── cooccur_luad_all_results.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_10.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_1.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_2.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_3.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_4.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_5.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_6.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_7.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_8.rds
    │       │   └── sampling_run_result_80_9.rds
    │       ├── Coselens
    │       │   ├── coselns_luad_all_results.rds
    │       │   ├── luad_sampling_run_10.rds
    │       │   ├── luad_sampling_run_1.rds
    │       │   ├── luad_sampling_run_2.rds
    │       │   ├── luad_sampling_run_3.rds
    │       │   ├── luad_sampling_run_4.rds
    │       │   ├── luad_sampling_run_5.rds
    │       │   ├── luad_sampling_run_6.rds
    │       │   ├── luad_sampling_run_7.rds
    │       │   ├── luad_sampling_run_8.rds
    │       │   └── luad_sampling_run_9.rds
    │       ├── Discover
    │       │   ├── luad_all.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_10.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_1.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_2.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_3.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_4.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_5.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_6.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_7.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_8.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_9.rds
    │       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds
    │       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds
    │       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds
    │       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds
    │       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds
    │       │   └── tcga_all.rds
    │       ├── GAMToc
    │       │   ├── luad_all.txt
    │       │   ├── luad_V11_result.txt
    │       │   ├── luad_V12_result.txt
    │       │   ├── luad_V13_result.txt
    │       │   ├── luad_V14_result.txt
    │       │   ├── luad_V15_result.txt
    │       │   ├── luad_V1.txt
    │       │   ├── luad_V2.txt
    │       │   ├── luad_V3.txt
    │       │   ├── luad_V4.txt
    │       │   └── luad_V5.txt
    │       ├── Select
    │       │   ├── luad_all_results.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_10.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_1.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_2.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_3.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_4.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_5.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_6.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_7.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_8.rds
    │       │   ├── sampling_run_result_80_9.rds
    │       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds
    │       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds
    │       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds
    │       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds
    │       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds
    │       │   └── tcga_select_all_results.rds
    │       ├── SelectSim
    │       │   ├── sampling_run_selectsim_tcga_result_80_1.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectsim_tcga_result_80_2.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectsim_tcga_result_80_3.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectsim_tcga_result_80_4.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectsim_tcga_result_80_5.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_10.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_1.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_2.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_3.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_4.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_5.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_6.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_7.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_8.rds
    │       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_9.rds
    │       │   └── tcga_LUAD.rds
    │       ├── TCGA robustness analysis
    │       │   └── all_sampling_results.rds
    │       └── WeSME_CO
    │           ├── LUAD_11_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_11_smut_me_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_12_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_12_smut_me_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_13_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_13_smut_me_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_14_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_14_smut_me_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_15_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_15_smut_me_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_1_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_1_smut_me_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_2_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_2_smut_me_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_3_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_3_smut_me_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_4_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_4_smut_me_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_5_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_5_smut_me_pvs_0.1.txt
    │           ├── LUAD_smut_co_pvs_0.1.txt
    │           └── LUAD_smut_me_pvs_0.1.txt
    └── README.md

    28 directories, 176 files

    ```

Contact Details

  •  For any queries:
    • Contact Arvind Iyer (ayalurarvnd@gmail.com, arvind.iyer@unil.ch), Miljan Petrovic (miljan.petrovic@unil.ch)
    • Lead Contact: Giovanni Ciriello (giovanni.ciriello@unil.ch) 

Acknowledgments

The authors would like to acknowledge the American Association for Cancer Research and its financial and material support in the development of the AACR Project GENIE registry, as well as members of the consortium for their commitment to data sharing. Interpretations are the responsibility of the study authors.

Files

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Additional details

Software

Repository URL
https://github.com/CSOgroup/SelectSim_analysis/
Programming language
R
Development Status
Active