#!/bin/sh
#$ -S /bin/sh

#$ -pe smp 24
#$ -cwd
#$ -V

#### Jobname
#$ -N STSO

#### Error Outputfile
#$ -e STSO.log
#$ -o STSO.err

#### Resubmit
#$ -r y


for files in /data/projects/2018/IBD/ATAC_BCG/03_BOWTIE/*.bam ;
do

samtools sort -@ 24 $files -O bam -o ${files%.bam}_sorted.bam

done
