#!/bin/sh
#$ -S /bin/sh

#$ -pe smp 24
#$ -cwd
#$ -V

#### Jobname
#$ -N STX3

#### Error Outputfile
#$ -e STX3.err
#$ -o STX3.log

#### Resubmit
#$ -r y


for files in /data/projects/2018/IBD/ATAC_BCG/03_BOWTIE/*_sorted_rmChrM_rmdupl_rmmulti_rmunpl_sorted.bam ;
do

samtools  index -@ 24 $files

done
