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# Data
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# set working directory to source file location

data <- read.table("Data_Figure3.txt", header=T)

cwc <- data[which(data$Habitat=="CWC"),]
cwc <- droplevels(cwc)
cwc_US <- cwc[which(cwc$AT_Loc=="E_US"),]
cwc_US <- droplevels(cwc_US)
cwc_EUR <- cwc[-which(cwc$AT_Loc=="E_US"),]
cwc_EUR <- droplevels(cwc_EUR)

off_shelf <- data[which(data$Habitat=="off_shelf"),]
off_shelf <- droplevels(off_shelf)
off_shelf_US <- off_shelf[which(off_shelf$AT_Loc=="E_US"),]
off_shelf_US <- droplevels(off_shelf_US)
off_shelf_EUR <- off_shelf[-which(off_shelf$AT_Loc=="E_US"),]
off_shelf_EUR <- droplevels(off_shelf_EUR)

shelf <- data[which(data$Habitat=="shelf"),]
shelf <- droplevels(shelf)
shelf_US <- shelf[which(shelf$AT_Loc=="E_US"),]
shelf_US <- droplevels(shelf_US)
shelf_EUR <- shelf[-which(shelf$AT_Loc=="E_US"),]
shelf_EUR <- droplevels(shelf_EUR)


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# Figure 1a
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dev.off()
pdf(file="POC_annual.pdf", height=5, width=5)
plot(data$POC_flux_mmol_m.2_yr, -1*data$trap_depth, axes=F, frame.plot=T)

points(off_shelf_EUR$POC_flux_mmol_m.2_yr, -1*off_shelf_EUR$trap_depth, 
     col="black", pch=19)
points(off_shelf_US$POC_flux_mmol_m.2_yr, -1*off_shelf_US$trap_depth,
       col="black", pch=1)

points(shelf_EUR$POC_flux_mmol_m.2_yr, -1*shelf_EUR$trap_depth, col="green", pch=19)
points(shelf_US$POC_flux_mmol_m.2_yr, -1*shelf_US$trap_depth, col="green", pch=1)

points(cwc_EUR$POC_flux_mmol_m.2_yr, -1*cwc_EUR$trap_depth, col="blue", pch=19)
points(cwc_US$POC_flux_mmol_m.2_yr, -1*cwc_US$trap_depth, col="blue", pch=1)

axis(3, at=seq(from=0, to=10000, by=1000))
axis(2, at=seq(from=-5000, to=0, by=500), las=1)

dev.off()


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# Figure 1b
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cwc_EUR_spring <- cwc_EUR[which(cwc_EUR$Spring=='y'),]
cwc_EUR_nospring <- cwc_EUR[which(cwc_EUR$Spring=='n'),]
cwc_US_spring <- cwc_US[which(cwc_US$Spring=='y'),]
cwc_US_nospring <- cwc_US[which(cwc_US$Spring=='n'),]

pdf(file="POC_daily.pdf", height=5, width=5)  
plot(data$POC_flux_mmol_m.2_d.1, -1*data$trap_depth, axes=F, frame.plot=T)

points(off_shelf_EUR$POC_flux_mmol_m.2_d.1, -1*off_shelf_EUR$trap_depth, 
       col="black", pch=19)
points(off_shelf_US$POC_flux_mmol_m.2_d.1, -1*off_shelf_US$trap_depth,
       col="black", pch=1)

points(shelf_EUR$POC_flux_mmol_m.2_d.1, -1*shelf_EUR$trap_depth, col="green", pch=19)
points(shelf_US$POC_flux_mmol_m.2_d.1, -1*shelf_US$trap_depth, col="green", pch=1)

points(cwc_EUR_nospring$POC_flux_mmol_m.2_d.1, -1*cwc_EUR_nospring$trap_depth, col="blue", pch=19)
points(cwc_EUR_spring$POC_flux_mmol_m.2_d.1, -1*cwc_EUR_spring$trap_depth, col="blue", pch=8)
points(cwc_US$POC_flux_mmol_m.2_d.1, -1*cwc_US$trap_depth, col="blue", pch=1)

axis(3, at=seq(from=0, to=40, by=5))
axis(2, at=seq(from=-5000, to=0, by=500), las=1)

dev.off()