Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions

For reproducing the results presented in "Hashemi, A., Peljo, P., & Laasonen, K. (2022). Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions", this database provides the input files and CDFT-AIMD trajectory information. Please refer to the publication if you wish to use these data.

---------------------------------------**************************************************************************-------------------------------------------------

This study was financed by the Horizon 2020 Framework Programme CompBat with project number 875565. We also thank CSC-IT Center for Science Ltd. and Aalto Science-IT project for generous grants of computer time.
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

The content of a directory is shown in a tree-like format:
├── 1DMDQ
│   ├── 1_md
│   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   ├── dmdq-md-pos-1.xyz
│   │   ├── md.inp
│   │   ├── pos.xyz
│   │   ├── submit.sh
│   │   └── subsys.inc
│   ├── 2_cdftaimd
│   │   ├── state_a
│   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│   │   │   ├── cdft_md.bash
│   │   │   ├── cdft_md.inp
│   │   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │   │   ├── frame.xyz
│   │   │   └── subsys.inc
│   │   ├── state_b
│   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│   │   │   ├── cdft_md.bash
│   │   │   ├── cdft_md.inp
│   │   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │   │   └── subsys.inc
│   │   └── state_c
│   │       ├── becke_twoconstraints.inc
│   │       ├── cdft_md.bash
│   │       ├── cdft_md.inp
│   │       ├── dft-common-params.inc
│   │       ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │       └── subsys.inc
│   └── 3_cdft_wH2O_sccs
│       ├── state_a
│       │   ├── framePrint.py
│       │   ├── input_files
│       │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│       │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│       │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│       │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│       │   │   ├── dft-common-params.inc
│       │   │   ├── energy_cdft.inp
│       │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│       │   │   └── subsys.inc
│       │   └── README
│       ├── state_b
│       │   ├── b_to_a.tar.gz
│       │   └── b_to_c.tar.gz
│       └── state_c
│           ├── framePrint.py
│           ├── input_files
│           │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│           │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│           │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│           │   ├── becke_twoconstraints.inc
│           │   ├── dft-common-params.inc
│           │   ├── energy_cdft.inp
│           │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│           │   └── subsys.inc
│           └── README
├── 2MeVi
│   ├── 1_md
│   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   ├── md.inp
│   │   ├── mevi-md-pos-1.xyz
│   │   ├── pos.xyz
│   │   ├── submit.sh
│   │   └── subsys.inc
│   ├── 2_cdftaimd
│   │   ├── state_a
│   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│   │   │   ├── cdft_md.bash
│   │   │   ├── cdft_md.inp
│   │   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │   │   └── subsys.inc
│   │   ├── state_b
│   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│   │   │   ├── cdft_md.bash
│   │   │   ├── cdft_md.inp
│   │   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │   │   ├── frame.xyz
│   │   │   └── subsys.inc
│   │   └── state_c
│   │       ├── becke_twoconstraints.inc
│   │       ├── cdft_md.bash
│   │       ├── cdft_md.inp
│   │       ├── dft-common-params.inc
│   │       ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │       ├── frame.xyz
│   │       └── subsys.inc
│   └── 3_cdft_wH2O_sccs
│       ├── state_a
│       │   ├── framePrint.py
│       │   ├── input_files
│       │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│       │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│       │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│       │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│       │   │   ├── dft-common-params.inc
│       │   │   ├── energy_cdft.inp
│       │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│       │   │   └── subsys.inc
│       │   └── README
│       ├── state_b
│       │   ├── b_to_a
│       │   │   ├── framePrint.py
│       │   │   ├── input_files
│       │   │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│       │   │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│       │   │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│       │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│       │   │   │   ├── dft-common-params.inc
│       │   │   │   ├── energy_cdft.inp
│       │   │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│       │   │   │   └── subsys.inc
│       │   │   └── README
│       │   └── b_to_c
│       │       ├── framePrint.py
│       │       ├── input_files
│       │       │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│       │       │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│       │       │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│       │       │   ├── becke_twoconstraints.inc
│       │       │   ├── dft-common-params.inc
│       │       │   ├── energy_cdft.inp
│       │       │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│       │       │   └── subsys.inc
│       │       └── README
│       └── state_c
│           ├── framePrint.py
│           ├── input_files
│           │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│           │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│           │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│           │   ├── becke_twoconstraints.inc
│           │   ├── dft-common-params.inc
│           │   ├── energy_cdft.inp
│           │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│           │   └── subsys.inc
│           └── README
├── 3OHVi
│   ├── 1_md
│   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   ├── md.inp
│   │   ├── ohvi-md-pos-1.xyz
│   │   ├── pos.xyz
│   │   ├── submit.sh
│   │   └── subsys.inc
│   ├── 2_cdftaimd
│   │   ├── state_a
│   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│   │   │   ├── cdft_md.bash
│   │   │   ├── cdft_md.inp
│   │   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │   │   ├── frame.xyz
│   │   │   └── subsys.inc
│   │   ├── state_b
│   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│   │   │   ├── cdft_md.bash
│   │   │   ├── cdft_md.inp
│   │   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │   │   ├── frame.xyz
│   │   │   └── subsys.inc
│   │   └── state_c
│   │       ├── becke_twoconstraints.inc
│   │       ├── cdft_md.bash
│   │       ├── cdft_md.inp
│   │       ├── dft-common-params.inc
│   │       ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │       ├── frame.xyz
│   │       └── subsys.inc
│   └── 3_cdft_wH2O_sccs
│       ├── state_a
│       │   ├── framePrint.py
│       │   ├── input_files
│       │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│       │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│       │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│       │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│       │   │   ├── dft-common-params.inc
│       │   │   ├── energy_cdft.inp
│       │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│       │   │   └── subsys.inc
│       │   └── README
│       ├── state_b
│       │   ├── b_to_a
│       │   │   ├── framePrint.py
│       │   │   ├── input_files
│       │   │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│       │   │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│       │   │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│       │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│       │   │   │   ├── dft-common-params.inc
│       │   │   │   ├── energy_cdft.inp
│       │   │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│       │   │   │   └── subsys.inc
│       │   │   └── README
│       │   ├── b_to_a.tar.gz
│       │   ├── b_to_c
│       │   │   ├── framePrint.py
│       │   │   ├── input_files
│       │   │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│       │   │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│       │   │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│       │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│       │   │   │   ├── dft-common-params.inc
│       │   │   │   ├── energy_cdft.inp
│       │   │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│       │   │   │   └── subsys.inc
│       │   │   └── README
│       │   └── b_to_c.tar.gz
│       └── state_c
│           ├── framePrint.py
│           ├── input_files
│           │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│           │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│           │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│           │   ├── becke_twoconstraints.inc
│           │   ├── dft-common-params.inc
│           │   ├── energy_cdft.inp
│           │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│           │   └── subsys.inc
│           └── README
├── 4dBR5
│   ├── 1_md
│   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   ├── dmdq-md-pos-1.xyz
│   │   ├── md.inp
│   │   ├── pos.xyz
│   │   ├── submit.sh
│   │   └── subsys.inc
│   ├── 2_cdftaimd
│   │   ├── state_a
│   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│   │   │   ├── cdft_md.bash
│   │   │   ├── cdft_md.inp
│   │   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │   │   ├── frame.xyz
│   │   │   └── subsys.inc
│   │   ├── state_b
│   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│   │   │   ├── cdft_md.bash
│   │   │   ├── cdft_md.inp
│   │   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │   │   ├── frame.xyz
│   │   │   └── subsys.inc
│   │   └── state_c
│   │       ├── becke_twoconstraints.inc
│   │       ├── cdft_md.bash
│   │       ├── cdft_md.inp
│   │       ├── dft-common-params.inc
│   │       ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │       ├── frame.xyz
│   │       └── subsys.inc
│   └── 3_cdft_wH2O_sccs
│       ├── state_a
│       │   ├── framePrint.py
│       │   ├── input_files
│       │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│       │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│       │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│       │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│       │   │   ├── dft-common-params.inc
│       │   │   ├── energy_cdft.inp
│       │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│       │   │   └── subsys.inc
│       │   └── README
│       ├── state_b
│       │   ├── b_to_a.tar.gz
│       │   └── b_to_c.tar.gz
│       └── state_c
│           ├── framePrint.py
│           ├── input_files
│           │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│           │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│           │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│           │   ├── becke_twoconstraints.inc
│           │   ├── dft-common-params.inc
│           │   ├── energy_cdft.inp
│           │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│           │   └── subsys.inc
│           └── README
├── 52HNQ
│   ├── 1_md
│   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   ├── hnq-md-pos-1.xyz
│   │   ├── md.inp
│   │   ├── pos.xyz
│   │   ├── submit.sh
│   │   └── subsys.inc
│   ├── 2_cdftaimd
│   │   ├── state_a
│   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│   │   │   ├── cdft_md.bash
│   │   │   ├── cdft_md.inp
│   │   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │   │   ├── frame.xyz
│   │   │   └── subsys.inc
│   │   ├── state_b
│   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│   │   │   ├── cdft_md.bash
│   │   │   ├── cdft_md.inp
│   │   │   ├── dft-common-params.inc
│   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │   │   ├── frame.xyz
│   │   │   └── subsys.inc
│   │   └── state_c
│   │       ├── becke_twoconstraints.inc
│   │       ├── cdft_md.bash
│   │       ├── cdft_md.inp
│   │       ├── dft-common-params.inc
│   │       ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz
│   │       ├── frame.xyz
│   │       └── subsys.inc
│   └── 3_cdft_wH2O_sccs
│       ├── state_a
│       │   ├── framePrint.py
│       │   ├── input_files
│       │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│       │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│       │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│       │   │   ├── becke_twoconstraints.inc
│       │   │   ├── dft-common-params.inc
│       │   │   ├── energy_cdft.inp
│       │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│       │   │   └── subsys.inc
│       │   └── README
│       ├── state_b
│       │   ├── b_to_a.tar.gz
│       │   └── b_to_c.tar.gz
│       └── state_c
│           ├── framePrint.py
│           ├── input_files
│           │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash
│           │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash
│           │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash
│           │   ├── becke_twoconstraints.inc
│           │   ├── dft-common-params.inc
│           │   ├── energy_cdft.inp
│           │   ├── energy_mixed_cdft.inp
│           │   └── subsys.inc
│           └── README
└── 6_n_H2O_effect_mevi
    ├── 08h2o
    │   ├── framePrint.py
    │   ├── README
    │   ├── state_a.tar.gz
    │   └── state_b.tar.gz
    ├── 10h2o
    │   ├── framePrint.py
    │   ├── README
    │   ├── state_a.tar.gz
    │   └── state_b.tar.gz
    ├── 20h2o
    │   ├── framePrint.py
    │   ├── README
    │   ├── state_a.tar.gz
    │   └── state_b.tar.gz
    ├── 40h2o
    │   ├── framePrint.py
    │   ├── README
    │   ├── state_a.tar.gz
    │   └── state_b.tar.gz
    ├── 97h2o
    │   ├── framePrint.py
    │   ├── README
    │   ├── state_a.tar.gz
    │   └── state_b.tar.gz
    └── fig3.png

74 directories, 301 files
-------------------------------------------------------
There are 6 directories: 1DMDQ, 2MeVi, 3OHVi,   4dBR5,  52HNQ,  6_n_H2O_effect_mevi. Except for "6_n_H2O_effect_mevi", we see 3 subdirectories named 1_md, 2_cdftaimd, and 3_cdft_wH2O_sccs. The input files and AIMD trajectories can be found in 1_md. While 2_cdftaimd contains the CDFT-AIMD input files and trajectories. To reproduce snapshots and input files of 3_cdft_wH2O_sccs, follow the README files in the subdirectories.

The directory "6_n_H2O_effect_mevi" contains the number of water effects (Figure 3 of the publication). Users are guided by README files once again.