Split dataset into outcome and features

split_outcome_features(dataset, outcome_colname)

Arguments

dataset

Dataframe with an outcome variable and other columns as features.

outcome_colname

Column name as a string of the outcome variable (default NULL; will be chosen automatically).

Value

list of length two: outcome, features (as dataframes)

Examples

split_outcome_features(mikropml::otu_mini, "dx")
#> $outcome #> dx #> 1 normal #> 2 normal #> 3 normal #> 4 normal #> 5 normal #> 6 normal #> 7 cancer #> 8 normal #> 9 normal #> 10 cancer #> 11 normal #> 12 normal #> 13 normal #> 14 normal #> 15 cancer #> 16 cancer #> 17 normal #> 18 normal #> 19 normal #> 20 normal #> 21 normal #> 22 normal #> 23 cancer #> 24 normal #> 25 cancer #> 26 normal #> 27 normal #> 28 cancer #> 29 normal #> 30 normal #> 31 normal #> 32 normal #> 33 normal #> 34 normal #> 35 normal #> 36 normal #> 37 normal #> 38 normal #> 39 normal #> 40 normal #> 41 normal #> 42 normal #> 43 normal #> 44 normal #> 45 normal #> 46 normal #> 47 normal #> 48 normal #> 49 normal #> 50 normal #> 51 normal #> 52 normal #> 53 cancer #> 54 normal #> 55 cancer #> 56 cancer #> 57 normal #> 58 normal #> 59 normal #> 60 normal #> 61 normal #> 62 normal #> 63 normal #> 64 normal #> 65 normal #> 66 normal #> 67 normal #> 68 normal #> 69 normal #> 70 normal #> 71 normal #> 72 normal #> 73 cancer #> 74 normal #> 75 normal #> 76 cancer #> 77 cancer #> 78 normal #> 79 normal #> 80 normal #> 81 cancer #> 82 normal #> 83 normal #> 84 cancer #> 85 normal #> 86 cancer #> 87 normal #> 88 normal #> 89 cancer #> 90 normal #> 91 normal #> 92 cancer #> 93 cancer #> 94 cancer #> 95 normal #> 96 cancer #> 97 cancer #> 98 cancer #> 99 cancer #> 100 normal #> 101 normal #> 102 cancer #> 103 cancer #> 104 normal #> 105 normal #> 106 normal #> 107 cancer #> 108 cancer #> 109 cancer #> 110 cancer #> 111 normal #> 112 cancer #> 113 normal #> 114 cancer #> 115 normal #> 116 normal #> 117 cancer #> 118 cancer #> 119 normal #> 120 cancer #> 121 normal #> 122 normal #> 123 cancer #> 124 normal #> 125 normal #> 126 cancer #> 127 normal #> 128 cancer #> 129 normal #> 130 cancer #> 131 cancer #> 132 normal #> 133 cancer #> 134 cancer #> 135 cancer #> 136 normal #> 137 cancer #> 138 normal #> 139 cancer #> 140 normal #> 141 cancer #> 142 cancer #> 143 cancer #> 144 cancer #> 145 cancer #> 146 cancer #> 147 cancer #> 148 cancer #> 149 cancer #> 150 normal #> 151 cancer #> 152 cancer #> 153 normal #> 154 cancer #> 155 cancer #> 156 cancer #> 157 cancer #> 158 cancer #> 159 cancer #> 160 cancer #> 161 cancer #> 162 cancer #> 163 cancer #> 164 normal #> 165 cancer #> 166 cancer #> 167 cancer #> 168 cancer #> 169 cancer #> 170 cancer #> 171 cancer #> 172 cancer #> 173 cancer #> 174 cancer #> 175 cancer #> 176 normal #> 177 normal #> 178 cancer #> 179 cancer #> 180 cancer #> 181 cancer #> 182 cancer #> 183 cancer #> 184 cancer #> 185 cancer #> 186 cancer #> 187 cancer #> 188 cancer #> 189 cancer #> 190 cancer #> 191 cancer #> 192 cancer #> 193 normal #> 194 cancer #> 195 cancer #> 196 cancer #> 197 cancer #> 198 normal #> 199 cancer #> 200 cancer #> #> $features #> Otu00001 Otu00002 Otu00003 #> 1 350 268 213 #> 2 568 1320 13 #> 3 151 756 802 #> 4 299 30 1018 #> 5 1409 174 0 #> 6 167 712 213 #> 7 108 120 160 #> 8 347 130 131 #> 9 256 995 871 #> 10 1648 144 22 #> 11 843 0 0 #> 12 1404 386 103 #> 13 230 226 152 #> 14 86 426 123 #> 15 93 540 178 #> 16 1668 20 3 #> 17 381 357 315 #> 18 788 558 453 #> 19 282 331 250 #> 20 1245 24 71 #> 21 2036 21 5 #> 22 1046 40 71 #> 23 322 173 419 #> 24 118 1132 582 #> 25 1976 563 193 #> 26 1484 327 166 #> 27 7 25 8 #> 28 115 67 139 #> 29 287 87 118 #> 30 31 179 58 #> 31 878 866 783 #> 32 287 670 99 #> 33 1491 74 280 #> 34 587 515 162 #> 35 483 1564 834 #> 36 660 31 44 #> 37 422 230 192 #> 38 526 1172 952 #> 39 166 313 182 #> 40 366 317 178 #> 41 641 126 170 #> 42 356 369 130 #> 43 1636 15 7 #> 44 308 68 131 #> 45 905 160 53 #> 46 1777 69 64 #> 47 262 235 376 #> 48 1758 36 51 #> 49 45 343 131 #> 50 1057 463 150 #> 51 62 46 122 #> 52 517 560 32 #> 53 1797 92 42 #> 54 1513 140 1 #> 55 99 350 229 #> 56 2072 62 54 #> 57 193 210 32 #> 58 387 5041 5 #> 59 335 1112 2 #> 60 356 129 188 #> 61 454 1967 5 #> 62 1063 410 64 #> 63 478 158 101 #> 64 64 201 146 #> 65 26 91 130 #> 66 222 0 757 #> 67 20 42 48 #> 68 136 812 229 #> 69 141 0 1283 #> 70 571 2 527 #> 71 453 73 565 #> 72 141 465 658 #> 73 296 644 320 #> 74 256 165 83 #> 75 152 548 158 #> 76 931 87 376 #> 77 196 547 534 #> 78 1089 356 1284 #> 79 130 283 121 #> 80 2380 2 16 #> 81 38 208 104 #> 82 361 1262 226 #> 83 1334 158 128 #> 84 66 92 2 #> 85 81 188 1051 #> 86 166 91 428 #> 87 636 474 412 #> 88 191 1110 1 #> 89 332 805 546 #> 90 542 2 559 #> 91 93 984 517 #> 92 329 447 257 #> 93 1583 68 0 #> 94 174 149 79 #> 95 497 488 143 #> 96 401 1530 1327 #> 97 787 11 4 #> 98 229 475 286 #> 99 1697 9 20 #> 100 247 22 9 #> 101 477 289 94 #> 102 2474 20 12 #> 103 1216 70 103 #> 104 852 298 470 #> 105 250 873 112 #> 106 475 569 149 #> 107 129 236 2 #> 108 388 1079 572 #> 109 1683 21 38 #> 110 223 144 63 #> 111 446 1182 520 #> 112 329 1 657 #> 113 332 656 1142 #> 114 100 433 165 #> 115 131 2076 361 #> 116 622 343 125 #> 117 203 275 0 #> 118 256 271 579 #> 119 800 957 1240 #> 120 910 25 13 #> 121 14 201 34 #> 122 622 392 1 #> 123 151 45 105 #> 124 678 38 440 #> 125 865 462 62 #> 126 606 1906 363 #> 127 406 354 628 #> 128 615 232 89 #> 129 51 195 135 #> 130 449 435 973 #> 131 1016 98 15 #> 132 380 320 300 #> 133 733 216 392 #> 134 281 549 174 #> 135 744 8 15 #> 136 377 1019 452 #> 137 166 850 2336 #> 138 724 224 114 #> 139 56 282 43 #> 140 765 638 437 #> 141 55 556 196 #> 142 30 133 558 #> 143 50 106 75 #> 144 116 201 33 #> 145 237 293 848 #> 146 193 134 40 #> 147 401 372 1059 #> 148 250 167 1338 #> 149 1434 68 56 #> 150 739 2144 1254 #> 151 249 2050 751 #> 152 1311 428 172 #> 153 61 493 303 #> 154 168 36 71 #> 155 382 136 60 #> 156 401 259 169 #> 157 3540 28 26 #> 158 757 130 277 #> 159 1282 69 1331 #> 160 1401 25 14 #> 161 189 15 13 #> 162 627 649 1 #> 163 468 36 80 #> 164 950 251 211 #> 165 923 31 58 #> 166 9 554 557 #> 167 18 655 496 #> 168 2671 0 2 #> 169 2723 17 27 #> 170 3360 8 5 #> 171 228 540 205 #> 172 109 89 35 #> 173 519 5 7 #> 174 420 296 131 #> 175 233 584 261 #> 176 402 299 1365 #> 177 275 231 54 #> 178 1927 365 218 #> 179 675 12 10 #> 180 62 579 96 #> 181 61 455 168 #> 182 71 68 242 #> 183 144 80 6 #> 184 113 749 128 #> 185 412 26 4 #> 186 4 180 234 #> 187 693 381 59 #> 188 988 7 4 #> 189 42 177 289 #> 190 98 353 146 #> 191 1139 19 0 #> 192 1321 4 1 #> 193 852 449 181 #> 194 446 77 114 #> 195 266 489 146 #> 196 1806 10 7 #> 197 1434 343 1485 #> 198 4170 16 0 #> 199 1284 198 60 #> 200 208 598 121 #>