LRPG-Manuscript-Results
├── logs
│ ├── stdout.txt
│ └── trace.txt
└── results
├── flowchart.png
└── results
├── jurkat
│ ├── accession_mapping
│ │ ├── accession_map_gencode_uniprot_pacbio.tsv
│ │ └── accession_map_stats.tsv
│ ├── cpat
│ │ ├── CPAT_run_info.log
│ │ ├── jurkat.ORF_prob.best.tsv
│ │ ├── jurkat.ORF_prob.tsv
│ │ ├── jurkat.ORF_seqs.fa
│ │ ├── jurkat.no_ORF.txt
│ │ ├── jurkat.r
│ │ ├── jurkat_cpat.error
│ │ └── jurkat_cpat.output
│ ├── gencode_db
│ │ ├── gencode_isoname_clusters.tsv
│ │ └── gencode_protein.fasta
│ ├── hybrid_protein_database
│ │ ├── jurkat_cds_high_confidence.gtf
│ │ ├── jurkat_high_confidence_genes.tsv
│ │ ├── jurkat_hybrid.fasta
│ │ └── jurkat_refined_high_confidence.tsv
│ ├── isoseq3
│ │ ├── jurkat.collapsed.abundance.txt
│ │ ├── jurkat.collapsed.fasta
│ │ ├── jurkat.collapsed.gff
│ │ ├── jurkat.collapsed.report.json
│ │ ├── jurkat.demult.lima.summary
│ │ ├── jurkat.flnc.bam
│ │ ├── jurkat.flnc.bam.pbi
│ │ └── jurkat.flnc.filter_summary.json
│ ├── metamorpheus
│ │ ├── gencode
│ │ │ ├── search_results
│ │ │ │ └── Task1SearchTask
│ │ │ │ ├── AllPSMs.psmtsv
│ │ │ │ ├── AllPSMs_FormattedForPercolator.tab
│ │ │ │ ├── AllPeptides.Gencode.psmtsv
│ │ │ │ ├── AllQuantifiedPeaks.tsv
│ │ │ │ ├── AllQuantifiedPeptides.tsv
│ │ │ │ ├── AllQuantifiedProteinGroups.Gencode.tsv
│ │ │ │ ├── prose.txt
│ │ │ │ └── results.txt
│ │ │ └── toml
│ │ │ ├── CalibrationTask.toml
│ │ │ ├── GlycoSearchTask.toml
│ │ │ ├── GptmdTask.toml
│ │ │ ├── SearchTask.toml
│ │ │ └── XLSearchTask.toml
│ │ ├── pacbio
│ │ │ ├── filtered
│ │ │ │ ├── search_results
│ │ │ │ │ └── Task1SearchTask
│ │ │ │ │ ├── AllPSMs.psmtsv
│ │ │ │ │ ├── AllPSMs_FormattedForPercolator.tab
│ │ │ │ │ ├── AllPeptides.jurkat.filtered.psmtsv
│ │ │ │ │ ├── AllQuantifiedPeaks.tsv
│ │ │ │ │ ├── AllQuantifiedPeptides.tsv
│ │ │ │ │ ├── AllQuantifiedProteinGroups.jurkat.filtered.tsv
│ │ │ │ │ ├── prose.txt
│ │ │ │ │ └── results.txt
│ │ │ │ └── toml
│ │ │ │ ├── CalibrationTask.toml
│ │ │ │ ├── GlycoSearchTask.toml
│ │ │ │ ├── GptmdTask.toml
│ │ │ │ ├── SearchTask.toml
│ │ │ │ └── XLSearchTask.toml
│ │ │ ├── hybrid
│ │ │ │ ├── search_results
│ │ │ │ │ └── Task1SearchTask
│ │ │ │ │ ├── AllPSMs.psmtsv
│ │ │ │ │ ├── AllPSMs_FormattedForPercolator.tab
│ │ │ │ │ ├── AllPeptides.jurkat.hybrid.psmtsv
│ │ │ │ │ ├── AllQuantifiedPeaks.tsv
│ │ │ │ │ ├── AllQuantifiedPeptides.tsv
│ │ │ │ │ ├── AllQuantifiedProteinGroups.jurkat.hybrid.tsv
│ │ │ │ │ ├── prose.txt
│ │ │ │ │ └── results.txt
│ │ │ │ └── toml
│ │ │ │ ├── CalibrationTask.toml
│ │ │ │ ├── GlycoSearchTask.toml
│ │ │ │ ├── GptmdTask.toml
│ │ │ │ ├── SearchTask.toml
│ │ │ │ └── XLSearchTask.toml
│ │ │ ├── refined
│ │ │ │ ├── search_results
│ │ │ │ │ └── Task1SearchTask
│ │ │ │ │ ├── AllPSMs.psmtsv
│ │ │ │ │ ├── AllPSMs_FormattedForPercolator.tab
│ │ │ │ │ ├── AllPeptides.jurkat.refined.psmtsv
│ │ │ │ │ ├── AllQuantifiedPeaks.tsv
│ │ │ │ │ ├── AllQuantifiedPeptides.tsv
│ │ │ │ │ ├── AllQuantifiedProteinGroups.jurkat.refined.tsv
│ │ │ │ │ ├── prose.txt
│ │ │ │ │ └── results.txt
│ │ │ │ └── toml
│ │ │ │ ├── CalibrationTask.toml
│ │ │ │ ├── GlycoSearchTask.toml
│ │ │ │ ├── GptmdTask.toml
│ │ │ │ ├── SearchTask.toml
│ │ │ │ └── XLSearchTask.toml
│ │ │ └── rescue_resolve
│ │ │ ├── search_results
│ │ │ │ └── Task1SearchTask
│ │ │ │ ├── AllPSMs.psmtsv
│ │ │ │ ├── AllPSMs_FormattedForPercolator.tab
│ │ │ │ ├── AllPeptides.jurkat.rescue_resolve.psmtsv
│ │ │ │ ├── AllQuantifiedPeaks.tsv
│ │ │ │ ├── AllQuantifiedPeptides.tsv
│ │ │ │ ├── AllQuantifiedProteinGroups.jurkat.rescue_resolve.tsv
│ │ │ │ ├── prose.txt
│ │ │ │ └── results.txt
│ │ │ └── toml
│ │ │ ├── CalibrationTask.toml
│ │ │ ├── GlycoSearchTask.toml
│ │ │ ├── GptmdTask.toml
│ │ │ ├── SearchTask.toml
│ │ │ └── XLSearchTask.toml
│ │ └── uniprot
│ │ ├── search_results
│ │ │ └── Task1SearchTask
│ │ │ ├── AllPSMs.psmtsv
│ │ │ ├── AllPSMs_FormattedForPercolator.tab
│ │ │ ├── AllPeptides.UniProt.psmtsv
│ │ │ ├── AllQuantifiedPeaks.tsv
│ │ │ ├── AllQuantifiedPeptides.tsv
│ │ │ ├── AllQuantifiedProteinGroups.UniProt.tsv
│ │ │ ├── prose.txt
│ │ │ └── results.txt
│ │ └── toml
│ │ ├── CalibrationTask.toml
│ │ ├── GlycoSearchTask.toml
│ │ ├── GptmdTask.toml
│ │ ├── SearchTask.toml
│ │ └── XLSearchTask.toml
│ ├── novel_peptides
│ │ ├── jurkat_filtered.pacbio_novel_peptides.tsv
│ │ ├── jurkat_filtered.pacbio_novel_peptides_to_gencode.tsv
│ │ ├── jurkat_filtered.pacbio_novel_peptides_to_uniprot.tsv
│ │ ├── jurkat_hybrid.pacbio_novel_peptides.tsv
│ │ ├── jurkat_hybrid.pacbio_novel_peptides_to_gencode.tsv
│ │ ├── jurkat_hybrid.pacbio_novel_peptides_to_uniprot.tsv
│ │ ├── jurkat_refined.pacbio_novel_peptides.tsv
│ │ ├── jurkat_refined.pacbio_novel_peptides_to_gencode.tsv
│ │ └── jurkat_refined.pacbio_novel_peptides_to_uniprot.tsv
│ ├── orf_calling
│ │ └── jurkat_best_orf.tsv
│ ├── pacbio_6frm_gene_grouped
│ │ └── jurkat.6frame.fasta
│ ├── pacbio_cds
│ │ ├── jurkat_no_transcript_with_cds.gtf
│ │ ├── jurkat_with_cds.gtf
│ │ └── make_pacbio_cds.log
│ ├── peptide_analysis
│ │ └── gc_pb_overlap_peptides.tsv
│ ├── protein_classification
│ │ ├── jurkat_genes.tsv
│ │ └── jurkat_unfiltered.protein_classification.tsv
│ ├── protein_filter
│ │ ├── jurkat.classification_filtered.tsv
│ │ ├── jurkat.filtered_protein.fasta
│ │ └── jurkat_with_cds_filtered.gtf
│ ├── protein_gene_rename
│ │ ├── jurkat.protein_refined.fasta
│ │ ├── jurkat_orf_refined_gene_update.tsv
│ │ └── jurkat_with_cds_refined.gtf
│ ├── protein_group_compare
│ │ ├── ProteinInference_GENCODE_PacBio_comparisons.xlsx
│ │ ├── ProteinInference_GENCODE_UniProt_comparisons.xlsx
│ │ └── ProteinInference_UniProt_PacBio_comparisons.xlsx
│ ├── reference_tables
│ │ ├── ensg_gene.tsv
│ │ ├── enst_isoname.tsv
│ │ ├── gene_ensp.tsv
│ │ ├── gene_isoname.tsv
│ │ ├── gene_lens.tsv
│ │ ├── isoname_lens.tsv
│ │ └── protein_coding_genes.txt
│ ├── refined_database
│ │ ├── jurkat_orf_refined.fasta
│ │ └── jurkat_orf_refined.tsv
│ ├── rename_cds
│ │ ├── gencode.cds_renamed_exon.gtf
│ │ ├── gencode.transcript_exons_only.gtf
│ │ ├── jurkat.cds_renamed_exon.gtf
│ │ └── jurkat.transcript_exons_only.gtf
│ ├── sqanti3
│ │ ├── jurkat.params.txt
│ │ ├── jurkat_classification.txt
│ │ ├── jurkat_corrected.fasta
│ │ ├── jurkat_corrected.gtf
│ │ ├── jurkat_junctions.txt
│ │ └── jurkat_sqanti_report.pdf
│ ├── sqanti3-filtered
│ │ ├── filtered_jurkat_classification.tsv
│ │ ├── filtered_jurkat_corrected.fasta
│ │ ├── filtered_jurkat_corrected.gtf
│ │ ├── jurkat_classification.5degfilter.tsv
│ │ ├── jurkat_corrected.5degfilter.fasta
│ │ └── jurkat_corrected.5degfilter.gff
│ ├── sqanti_protein
│ │ └── jurkat.sqanti_protein_classification.tsv
│ ├── track_visualization
│ │ ├── filtered
│ │ │ ├── jurkat_filtered_ucsc_multiregion.bed
│ │ │ ├── peptide
│ │ │ │ ├── jurkat_filtered_peptides.bed12
│ │ │ │ ├── jurkat_filtered_peptides.gtf
│ │ │ │ └── jurkat_filtered_shaded_peptides.bed12
│ │ │ └── protein
│ │ │ ├── jurkat_filtered_shaded_cpm.bed12
│ │ │ └── jurkat_filtered_shaded_protein_class.bed12
│ │ ├── hybrid
│ │ │ ├── jurkat_high_confidence_ucsc_multiregion.bed
│ │ │ ├── peptide
│ │ │ │ ├── jurkat_hybrid_peptides.bed12
│ │ │ │ ├── jurkat_hybrid_peptides.gtf
│ │ │ │ └── jurkat_hybrid_shaded_peptides.bed12
│ │ │ └── protein
│ │ │ ├── jurkat_hybrid_shaded_cpm.bed12
│ │ │ └── jurkat_hybrid_shaded_protein_class.bed12
│ │ ├── reference
│ │ │ ├── gencode.filtered.gtf
│ │ │ └── gencode_shaded.bed12
│ │ └── refined
│ │ ├── jurkat_refined_ucsc_multiregion.bed
│ │ ├── peptide
│ │ │ ├── jurkat_refined_peptides.bed12
│ │ │ ├── jurkat_refined_peptides.gtf
│ │ │ └── jurkat_refined_shaded_peptides.bed12
│ │ └── protein
│ │ └── jurkat_refined_shaded_cpm.bed12
│ └── transcriptome_summary
│ ├── gene_level_tab.tsv
│ ├── pb_gene.tsv
│ └── sqanti_isoform_info.tsv
└── pipeline_info
├── execution_report.html
└── execution_timeline.html
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