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Velvet;kSNP;Velvet + kSNP;LGT x 2;Run 3;12;13
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Velvet;PIRATE;Velvet + PIRATE;LGT x 2;Run 3;20;14.96662955
SPAdes;PIRATE;SPAdes + PIRATE;LGT x 2;Run 3;16;13.19090596
SKESA;PIRATE;SKESA + PIRATE;LGT x 2;Run 3;8;11.70469991
Velvet;Roary;Velvet + Roary;LGT x 2;Run 3;26;14.4222051
SPAdes;Roary;SPAdes + Roary;LGT x 2;Run 3;20;14.4222051
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Velvet;kSNP;Velvet + kSNP;Gene dupl. x 2;Run 3;8;8.544003745
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Velvet;PIRATE;Velvet + PIRATE;Gene dupl. x 2;Run 3;22;27.34958866
SPAdes;PIRATE;SPAdes + PIRATE;Gene dupl. x 2;Run 3;12;8.426149773
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Velvet;SKA;Velvet + SKA;Gene dupl. x 2;Run 3;12;13.67479433
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SKESA;SKA;SKESA + SKA;Gene dupl. x 2;Run 3;2;3.31662479
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Velvet;MLST;Velvet + MLST;Gene dupl. x 2;Run 3;128;117.9109834
SPAdes;MLST;SPAdes + MLST;Gene dupl. x 2;Run 3;118;134.0298474
SKESA;MLST;SKESA + MLST;Gene dupl. x 2;Run 3;118;121.8031198
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SPAdes;kSNP;SPAdes + kSNP;Gene loss x 2;Run 3;2;3.31662479
SKESA;kSNP;SKESA + kSNP;Gene loss x 2;Run 3;2;2.828427125
Velvet;PIRATE;Velvet + PIRATE;Gene loss x 2;Run 3;16;11.09053651
SPAdes;PIRATE;SPAdes + PIRATE;Gene loss x 2;Run 3;24;20.27313493
SKESA;PIRATE;SKESA + PIRATE;Gene loss x 2;Run 3;2;5.830951895
Velvet;Roary;Velvet + Roary;Gene loss x 2;Run 3;24;29.13760457
SPAdes;Roary;SPAdes + Roary;Gene loss x 2;Run 3;20;14.56021978
SKESA;Roary;SKESA + Roary;Gene loss x 2;Run 3;26;22.93468988
Velvet;SKA;Velvet + SKA;Gene loss x 2;Run 3;6;8.366600265
SPAdes;SKA;SPAdes + SKA;Gene loss x 2;Run 3;0;0
SKESA;SKA;SKESA + SKA;Gene loss x 2;Run 3;2;2.828427125
none;SKA;SKA (no assembly);Gene loss x 2;Run 3;2;2.828427125
none;Snippy;Snippy (no assembly);Gene loss x 2;Run 3;6;9.486832981
Velvet;MLST;Velvet + MLST;Gene loss x 2;Run 3;130;114.3109794
SPAdes;MLST;SPAdes + MLST;Gene loss x 2;Run 3;116;113.9561319
SKESA;MLST;SKESA + MLST;Gene loss x 2;Run 3;108;104.2161216
Velvet;kSNP;Velvet + kSNP;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;8;7.280109889
SPAdes;kSNP;SPAdes + kSNP;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;0;0
SKESA;kSNP;SKESA + kSNP;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;2;7.141428429
Velvet;PIRATE;Velvet + PIRATE;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;20;7.745966692
SPAdes;PIRATE;SPAdes + PIRATE;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;14;7.348469228
SKESA;PIRATE;SKESA + PIRATE;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;4;3.464101615
Velvet;Roary;Velvet + Roary;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;14;8.426149773
SPAdes;Roary;SPAdes + Roary;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;14;7.810249676
SKESA;Roary;SKESA + Roary;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;12;13.89244399
Velvet;SKA;Velvet + SKA;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;10;8.062257748
SPAdes;SKA;SPAdes + SKA;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;0;0
SKESA;SKA;SKESA + SKA;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;2;7.141428429
none;SKA;SKA (no assembly);Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;0;0
none;Snippy;Snippy (no assembly);Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;2;2
Velvet;MLST;Velvet + MLST;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;114;157.4420528
SPAdes;MLST;SPAdes + MLST;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;110;136.5613415
SKESA;MLST;SKESA + MLST;Gene loss x 2 and gene dupl. x 2;Run 3;118;164.1219059