tree files for paper

Gene1
(NC_003098_15903453:0.00196885055807388080,(NZ_AAFA02000025_81096879:0.23493230428905306773,((NC_004350_24379191:0.27241241437125601754,((NZ_AAJR01000032_77408929:0.00366273870398427888,(NC_004116_22536693:0.00037976815041679577,NZ_AAJO01000017_76798118:0.00000178018820191570):0.00323787331737649883):0.25705838559743571237,(NZ_AAGS01000010_62528006:0.00172240470061672639,(NC_006448_55821161:0.00112032064617230507,NC_006449_55823072:0.00036861457370351895):0.00277114536303438600):0.20378682635918538013):0.04763209021428812390):0.06535183434488502086,((NC_008024_94993931:0.00038867067635643546,NC_003485_19745727:0.00110297211853855638):0.00073266030362542048,(((NC_008022_94990019:0.00286477716939671691,((NC_006086_50913883:0.00412928672757711598,NC_007296_71903161:0.00037397570114863847):0.00037088695598543487,(NC_008023_94992025:0.00000178018820191570,NC_008021_94988138:0.00037298034986402525):0.00112324101423204857):0.00096474158935451254):0.00209143062722902395,NC_007297_71910329:0.00449230509325193508):0.00057281648464405088,NC_004606_28896327:0.00471449101090369409):0.00251198432290342371):0.19952560297975202586):0.07164156699657220351):0.42144518467388658589,NZ_AAGY02000009_111658459:0.00171869216418015598);

Gene2
((NC_004116_22536376:0.00000217106415390231,NC_007432_76788255:0.00053148395700266821):0.00259596583938653163,((AF510742_21217545:0.31048685072797760354,(NZ_AAFA02000002_81096156:0.31383277120885427758,(NC_003028_15901712:0.01149057477693359725,NC_003098_15903741:0.00799684933708155223):0.30459955990134784942):0.10279085014087727123):0.12746761448897730995,(NC_003485_19746968:0.00477117414835720975,(((NC_002737_15675853:0.00383559147068939735,(NZ_AAFV01000043_56808422:0.00601584088301706024,NC_007296_71904430:0.00420020024329509616):0.00223790797240717510):0.00312294414758881563,NC_004070_21911322:0.00532852434551579855):0.00112926399383991155,(((NC_008023_94993314:0.00649763535136248932,NC_006086_50915129:0.00162783631053217692):0.00257293719020064513,NC_008022_94991360:0.00225441220719823808):0.00159599798527297891,NC_008024_94995272:0.00258046068084063617):0.00117005124609948353):0.00007484188366783914):0.30471640099208363583):0.43971188678741701672,NC_004368_25010264:0.00169100562100128250);

Gene3
(((NC_006086_50913628:0.00000089197643022294,(NC_008022_94989760:0.00108748387190908073,NC_003485_19745423:0.00108741171544407696):0.00000089197643022294):0.00109033268004603019,(NC_007296_71902912:0.00000089197643022294,((NC_007297_71910065:0.00139130444564617285,(NZ_AAGS01000013_62527913:0.18078688642509641027,NC_003028_15901716:0.17089463535662449689):0.34659648495120587430):0.00078713311069907987,(X89237_1420861:0.00327243791677650627,NZ_AAFV01000054_56808333:0.00000089197643022294):0.00108722579025497651):0.00000089197643022294):0.00000089197643022294):0.00108807688125043037,NC_008021_94987884:0.00000089197643022294,NC_004606_28895135:0.00108723777478088616);

Gene4
(NC_003098_15903698:0.01184232492140590079,((NC_006448_55821667:0.00000229244875502006,NZ_AAGS01000006_62528205:0.00497285081762889689):0.18010090383806798275,(NZ_AAFA02000063_81097381:0.59536732040931084065,((NC_007432_76788196:0.00468565808263118368,(NZ_AAJQ01000016_77411415:0.00059316796123687397,NZ_AAJR01000016_77408387:0.00061123859196510666):0.00464163341605473064):0.37081520696545028359,NC_004350_24379007:0.29160589121943475410):0.12060945760124380799):0.13403231028908083045):0.24775129988690358651,NZ_AAGY02000111_111657120:0.01258770759221784080);

Gene5
((NC_004606_28896379:0.00257322283242646414,(NC_008022_94989960:0.00085436343551766991,NC_003485_19745665:0.00085683460074494750):0.00258124642854681841):0.00000159633885234077,((NC_008024_94993866:0.00000159633885234077,(NC_003098_15903015:0.12005558610006389353,NC_006448_55820389:0.99570959436149764077):0.14274721892426919800):0.00085518289711825144,(NC_007297_71910263:0.00000159633885234077,NC_002737_15674642:0.00085410556715893621):0.00085452984796578161):0.00000159633885234077,NC_008021_94988080:0.00000159633885234077);

Gene6
((NC_007297_71910383:0.00096919242343789338,NC_008021_94988254:0.00198109401572913769):0.00099030946771913467,((NC_004070_21910024:0.00000125821841329507,(((NC_008024_94994048:0.00198564624848806539,((AY137520_23380362:0.40842242559452052175,AF465842_23305061:0.30014041284341658189):0.28895431477705252332,NC_008022_94990133:0.00098609756825341808):0.00000125821841329507):0.00098806052698400962,NC_003485_19745836:0.00198923462545631726):0.00098656578382526209,NC_006086_50913932:0.00198539626944203374):0.00098832141249719928):0.00098986832868577248,NZ_AAFV01000168_56807708:0.00000125821841329507):0.00099145868275988874,NC_007296_71903214:0.00198503466958937190);

Gene7
(U40830_1276887:0.00185195677029730650,((NC_006448_55821097:0.00885676812331035769,((AF454498_24637471:0.01208242871431665366,Z98171_5701994:0.01039321829962897709):0.00279879884417250481,AF454496_24637435:0.00600824417926707020):0.00187389500614966497):0.00229054904476118197,((AF454500_24637511:0.03746580094281639489,AY057915_24473748:0.00601377420462363525):0.00324374861231251478,(AY916787_59939796:0.01133862855614654365,AF454495_24637416:0.00746517325983778179):0.00000083812044500702):0.00000083812044500702):0.01929454556523675993,NC_006449_55823025:0.00000083812044500702);

Gene8
((((NZ_AAGS00000000_62528589:0.27212531821639601715,AY028381_15991792:0.49016935012363310742):0.09219643653116497972,NC_004350_24379398:0.30225739969758325110):0.53603004821133326541,NC_003485_19746140:0.00402209971828780197):0.00000192015894647325,NC_007296_71903559:0.00400775697011091728,NC_006086_50914257:0.00200582760758801762);

Gene9
(NC_003485_19746351:0.00145271270048835796,((((NC_004350_24379135:16.93565245396139218315,(NC_008022_94990708:0.00443397711843109346,NC_006086_50914450:0.00145825618926209558):0.00000344048099001681):0.00145728434811047869,((NC_007297_71910942:0.00000344048099001681,NC_002737_15675310:0.00448742471643643476):0.00441592813338255712,NC_007296_71903785:0.00144692375074211553):0.00000344048099001681):0.00000344048099001681,NZ_AAFV01000066_56808233:0.00000344048099001681):0.00000344048099001681,NC_008024_94994632:0.00145516495123199324):0.00144403237511935619,NC_004070_21910591:0.00145214185073116596);

Gene10
(((NC_008021_94988752:0.00000163673462576721,NC_008022_94990644:0.00374102802354619231):0.00149250831577966351,NC_006086_50914394:0.00149035928033730363):0.00000163673462576721,((NC_008024_94994568:0.00224195597708097853,(NC_004070_21910536:0.00074373079174707302,NC_007296_71903725:0.00000163673462576721):0.00074208862925716158):0.00149084938372654233,((NZ_AAFA02000028_81096927:0.86138381556758480961,NC_007297_71910892:0.00000163673462576721):0.00074150240101479700,NZ_AAFV01000182_56807664:0.00148874178327410879):0.00000163673462576721):0.00375406530020579166,NC_003485_19746299:0.00000163673462576721);

Gene11
((NZ_AAJR01000004_77407891:0.00000138818388409404,AF390107_20502722:0.00075583370781620455):0.01308179495587129954,(NZ_AAJQ01000029_77411854:0.00219858434005855939,(AJ278302_10303398:0.00771656745999239630,(AJ278301_10303393:0.11356569813228208077,AJ006401_5830551:0.05098672306077155908):0.03444219031453925328):1.52152554260314198942):0.00089054584423268991,NC_007432_76787731:0.00150178988461520911);

Gene12
(NC_006086_50914981:0.00140851687152582900,(((NC_004070_21911182:0.00354176050274676709,NC_008024_94995119:0.00141988241787390792):0.00099743933280523967,AY005472_11245965:0.13278617956005805967):0.00303637428305330659,(NC_008022_94991204:0.00186638243172236834,((NC_007297_71911439:0.00094243981618601536,NC_007296_71904278:0.00469786361657093931):0.00284903726444385875,NC_008021_94989259:0.00378983450295331242):0.00000153441990833025):0.00069567931122221319):0.00166977609112115228,NC_003485_19746830:0.00000153441990833025);

Gene13
(NC_008024_94993596:0.00000089075565764129,((NZ_AAFV01000093_56808048:0.00158048313164478572,((NC_003485_19745377:0.00322840444294826947,NC_006086_50913582:0.00243427252140792933):0.00075481450963960962,(NC_007296_71902865:0.00400155110657926180,NC_002737_15674426:0.00000089075565764129):0.00079000532132070885):0.00000089075565764129):0.00078915288420350674,NC_008022_94989714:0.00000089075565764129):0.00079296347246182177,NC_008023_94991717:0.00239763065419795664);

Gene14
(NC_004070_21909740:0.00092965658162463187,(NC_008023_94991753:0.01153436137167886469,(((NC_007297_71910051:0.00052961523383307952,NC_002737_15674456:0.00000147017128869043):0.00052731677274461548,NC_008022_94989746:0.00269342153673878112):0.00000147017128869043,NC_006086_50913615:0.00484811296405282966):0.00059065465537301131):0.00223389465971222381,NC_003485_19745410:0.00500252923280386334);

Gene15
(NC_004350_24379021:0.00000126504279724179,((NC_006449_55822691:0.00000126504279724179,NC_006448_55820788:0.00163561715540066978):0.71061578189164531505,(NZ_AAFA02000053_81097271:0.72202151386501067787,(NC_003028_15901637:0.01016861280946952661,NC_003098_15903670:0.02336338796753371916):0.76914461334510630941):0.25772015206373760643):0.68749817419264114271,AB036428_8272442:0.00668502571459016117);

Gene16
(NC_008024_94995139:0.00000139853218804937,((NC_006086_50915003:0.00000139853218804937,NC_008022_94991226:0.06722570990111012557):0.04052808298531751507,(NC_003485_19746848:0.00314351526502673010,NC_004070_21911202:0.00587869674527558266):0.00217983572682315697):0.00855590817721145827,NC_007296_71904299:0.02860954959737328773);

Gene17
((NC_006449_55823248:0.00364099791680604599,NC_006448_55821336:0.00145757264968588850):0.08706569563838630066,(NC_003098_15902857:0.03161004481345600081,NC_003028_15900794:0.02666411343564288258):0.75507849981921038029,NZ_AAGS01000026_62527473:0.04386863055721818699)

Gene18
(NC_003098_15902400:0.00495546697911838745,((NC_004350_24379614:0.00000401078955046400,AF210133_9622944:0.00475307907093876908):0.22841021319921273047,NC_006086_50914317:0.25827116104630803983):0.24846260619290619354,NZ_AAGY02000116_111657087:0.00099296378455768501);

Gene19
((NC_004350_24379334:0.00237316732208101098,M77351_153739:0.00027039235359315426):0.19013832583307216373,NZ_AAFA02000035_81097027:0.43999945355522512846,NC_003028_15901722:0.20914966953756086721);

Gene20
(NZ_AAGS01000029_62527398:0.01292379361138223763,(NZ_AAGY02000004_111658698:0.00223629280318371005,NC_003098_15902668:0.00583215773250663361):1.20931568382583964905,NC_006448_55821558:0.04339640998182160703);

Gene21
(NC_003098_15902735:0.00605924452552208948,(NC_006448_55820751:0.01206353998772481499,NZ_AAGS01000003_62528426:0.00011939645240459444):0.72352835787074432083,NC_003028_15900676:0.00000064278738148474);