%Rotina para verificar dados de branqueamento de BERMUDAS
%CARIBBEAN   
%danilo 05/04/2019

clc
clear all
close all

cd 'C:\Users\RECOR\Desktop\Danilo\DADOS\BLEACHING'
data=xlsread('Bleaching-database.xlsx');
cd 'C:\Users\RECOR\Desktop\Danilo\DADOS\OSTIA\CARIBE'
load ('ostia_lon_lat_new')
passo_lon=lon(1,1)-lon(1,2);
passo_lat=lat(2,1) - lat(1,1);
lat = 30:passo_lat:35;
lon = -67:passo_lat:-62;
[lon,lat]=meshgrid(lon,lat);

%%%%%% excluindo dados fora da area de interesse
dataTEST = data;
a1=find(data(:,2)>35);
data(a1,:)=[];
a2=find(data(:,2)<30);
data(a2,:)=[];
b1=find(data(:,3)>-62);
data(b1,:)=[];
b2=find(data(:,3)<-67);
data(b2,:)=[];

%excluindo dados com informações incompletas sobre a data do campo 
gap_month = find(isnan(data(:,4)));
data(gap_month,:)=[];    %%%%%%%%% sem informação do mes de coleta
non_year = find(data(:,5)<1985);      %%%%%%%%%%  anos que nao interessam
data(non_year,:)=[];
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% EXCLUINDO DADOS DE SEVERIDADE DESCONHECIDA %%%%%%
UNKNOW_SEV = data(:,7);
U = find(UNKNOW_SEV==-1);
data(U,:)=[];
%====EXCLUINDO COLUNAS INDESEJADAS
data(:,6)=[];data(:,1)=[];data(:,6:end)=[];

%OBTENDO OS INDICES DAS ESTAÇÕES 

lon_aux=lon*-1;
data_aux=data;
data_aux(:,2)=data_aux(:,2)*-1;

for st=1:size(data,1)
    Lat_aux=data_aux(st,1);
    Lon_aux=data_aux(st,2);
    [~, index] = min(abs(lat - Lat_aux));
    j1=index(1);
    [~, index] = min(abs(lon_aux' - Lon_aux));
    i1=index(1);
    
    coor_mtz(st,:)=[j1 i1];
    
    clear i1 j1
end

%ROTINA PARA LIDAR COM AS REPLICAS DOS DADOS DE BRANQUEAMENTO NA AMOSTRAGEM DOS DADOS DE ENTRADA REDE 
%BAYESIANA CARIBE
%DANILO LISBOA
%23/10/18

clc
clearvars -except data coor_mtz lat lon
close all

%data_repl=data; 
data_repl(:,1)=data(:,4); data_repl(:,2)=data(:,3);data_repl(:,3:4)=coor_mtz; 
data_repl(:,5)=data(:,5); 
data_repl(:,6:7)=data(:,1:2);

aux_coor = data(:,1:2);
data_coor=data_repl;
clear data 

%RETIRANDOAS REPLICAS
%ESCOLHENDO A MODA ENTRE OS DADOS CONTRASTANTES

for i = 1:size(data_coor,1)
    
    aux = data_coor(i,1:4);
    AUX(:,i) = ismember(data_coor(:,1:4),data_coor(i,1:4),'rows');
    if sum(AUX(:,i),1)>1
        data_coor(AUX(:,i),5) = round(mean(data_coor(AUX(:,i),5)));
    end
   
end
[~,ia,~] = unique(data_coor(:,1:5),'rows','sorted');        
data=data_coor(ia,:);
aux_coor = aux_coor(ia,:);

MILD_SEV = data(:,5)<=1;
MOD_SEV = data(:,5)==2;
SEV_SEV = data(:,5)==3; 

stations_mild = aux_coor(MILD_SEV,:);
stations_mod = aux_coor(MOD_SEV,:);
stations_sev = aux_coor(SEV_SEV,:);
n_sev=size(stations_sev,1)+size(stations_mod,1);
n_mild=size(stations_mild,1);

%%%%%%%%%%% PLOTANDO FIGURA DA AREA COM A LOCALIZAÇÃO DOS DADOS DE BRANQUEAMENTO 
cd 'C:\Users\RECOR\Desktop\Danilo\DADOS\maps\bleaching'
Lat=[32 33]; Lon=[-65 -64];

figure(1);
m_proj('merc','longitudes',Lon,'latitudes',Lat); hold on
m_grid('box','on')
m_gshhs_h('patch',[.5 .5 .5],'edgecolor','k','linewidth',1);
m_grid('xticklabels',[],'yticklabels',[],'fontname','helvetica','fontsize',32,'fontweight','bold');
[CS3,H3]=m_tbase('contour',[-50 -50],'edgecolor','k','linestyle','--');%biblioteca do m_tbase nao esta instalada
m_plot(stations_mild(:,2),stations_mild(:,1),'h','color','b','markers',8)
m_plot(stations_mod(:,2),stations_mod(:,1),'h','color','r','markers',9)
m_plot(stations_sev(:,2),stations_sev(:,1),'h','color','r','markers',11)
m_plot(-63.9,28.6,'h','color','b','markers',8.5)
m_text(-63.7,28.6,'No bleaching  n = ','fontsize',14)
m_text(-60.65,28.6, num2str(n_mild),'fontsize',14)
m_plot(-63.9,28.25,'h','color','r','markers',8.5)
m_text(-63.7,28.25,'Bleaching       n = ','fontsize',14)
m_text(-60.65,28.25, num2str(n_sev),'fontsize',14)
MaximizeFigureWindow
fig = gcf; fig.PaperPositionMode = 'auto';
%saveas(gcf,'bleaching_cases_BERMUDA','jpg')