     28      1

TRXB_STAAW_4gcm                 G
TRXB_BACSU_7_288                G
TRXB_LISMO_9_290                G
Q9RSY7_DEIRA                    G
C4LW95_ENTHI_4a5l               G
TRXB1_YEAST_3d8x_3itj           G
TRXB_CHLTR_5_294                G
TRXB_CHLPN_5_294                G
TRXB_ECOLI_7_297                G
TRXB_HAEIN_8_297                G
Q9I0M2_PSEAE_8_316              G
Q9JU23_NEIMA_6_316              G
TRXB_BUCAP_8_299                G
TRXB_BUCAI_8_299                G
TRXB_COXBU_8_299                G
Q8YID2_BRUME                    G
Q9X5F7_ZYMMO_9_294              G
TRXB_RICPR_6_292                G
TRXB_MYCTU_16_299               G
TRXB_MYCLE_13_296               G
Q9RIS2_STRCO_9_294              G
TRXB_STRCO_5_289                G
TRXB_TREPA_6_286                G
TRXB_MYCPN_17_299               G
TRXB_MYCGE_17_299               G
Q0PBZ1_CAMJE                    G
TRXB_HELPY_3_292                G
Q8X236_SULSF                    G



Printing out site pattern counts


        28          1  P

TRXB_STAAW_4gcm                 G
TRXB_BACSU_7_288                G
TRXB_LISMO_9_290                G
Q9RSY7_DEIRA                    G
C4LW95_ENTHI_4a5l               G
TRXB1_YEAST_3d8x_3itj           G
TRXB_CHLTR_5_294                G
TRXB_CHLPN_5_294                G
TRXB_ECOLI_7_297                G
TRXB_HAEIN_8_297                G
Q9I0M2_PSEAE_8_316              G
Q9JU23_NEIMA_6_316              G
TRXB_BUCAP_8_299                G
TRXB_BUCAI_8_299                G
TRXB_COXBU_8_299                G
Q8YID2_BRUME                    G
Q9X5F7_ZYMMO_9_294              G
TRXB_RICPR_6_292                G
TRXB_MYCTU_16_299               G
TRXB_MYCLE_13_296               G
Q9RIS2_STRCO_9_294              G
TRXB_STRCO_5_289                G
TRXB_TREPA_6_286                G
TRXB_MYCPN_17_299               G
TRXB_MYCGE_17_299               G
Q0PBZ1_CAMJE                    G
TRXB_HELPY_3_292                G
Q8X236_SULSF                    G


AAML (in paml version 4.8, March 2014)  trxb_MOD2_MAFFT9.nex_182.nex
Model: Empirical for branches,  (MyModel_152.dat) ns =  28  ls =   1


Frequencies..
                                    A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V
TRXB_STAAW_4gcm                0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_BACSU_7_288               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_LISMO_9_290               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Q9RSY7_DEIRA                   0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
C4LW95_ENTHI_4a5l              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB1_YEAST_3d8x_3itj          0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_CHLTR_5_294               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_CHLPN_5_294               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_ECOLI_7_297               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_HAEIN_8_297               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Q9I0M2_PSEAE_8_316             0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Q9JU23_NEIMA_6_316             0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_BUCAP_8_299               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_BUCAI_8_299               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_COXBU_8_299               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Q8YID2_BRUME                   0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Q9X5F7_ZYMMO_9_294             0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_RICPR_6_292               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_MYCTU_16_299              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_MYCLE_13_296              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Q9RIS2_STRCO_9_294             0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_STRCO_5_289               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_TREPA_6_286               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_MYCPN_17_299              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_MYCGE_17_299              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Q0PBZ1_CAMJE                   0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRXB_HELPY_3_292               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Q8X236_SULSF                   0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000

Homogeneity statistic: X2 = 0.00000 G = 0.00000 

Average                        0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000

# constant sites:      1 (100.00%)
AA distances (raw proportions of different sites)

TRXB_STAAW_4gcm
TRXB_BACSU_7_288  0.0000
TRXB_LISMO_9_290  0.0000  0.0000
Q9RSY7_DEIRA     0.0000  0.0000  0.0000
C4LW95_ENTHI_4a5l  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB1_YEAST_3d8x_3itj  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_CHLTR_5_294  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_CHLPN_5_294  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_ECOLI_7_297  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_HAEIN_8_297  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
Q9I0M2_PSEAE_8_316  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
Q9JU23_NEIMA_6_316  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_BUCAP_8_299  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_BUCAI_8_299  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_COXBU_8_299  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
Q8YID2_BRUME     0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
Q9X5F7_ZYMMO_9_294  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_RICPR_6_292  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_MYCTU_16_299  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_MYCLE_13_296  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
Q9RIS2_STRCO_9_294  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_STRCO_5_289  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_TREPA_6_286  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_MYCPN_17_299  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_MYCGE_17_299  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
Q0PBZ1_CAMJE     0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRXB_HELPY_3_292  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
Q8X236_SULSF     0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000


TREE #  1:  (((((((((1, 2), 3), 23), 4), ((26, 27), (28, (24, 25)))), ((19, 20), (21, 22))), (((16, 17), 18), ((13, 14), ((9, 10), (15, (11, 12)))))), (7, 8)), (5, 6));   MP score: 0
This is a rooted tree.  Please check!
lnL(ntime:  0  np:  0):    -10.620000      +0.000000


tree length =   9.76037

(((((((((1: 0.212055, 2: 0.117734): 0.090738, 3: 0.129257): 0.244293, 23: 0.460709): 0.058853, 4: 0.398653): 0.071207, ((26: 0.272584, 27: 0.196778): 0.408504, (28: 0.567686, (24: 0.184598, 25: 0.183619): 0.507124): 0.170408): 0.080754): 0.144299, ((19: 0.048598, 20: 0.083226): 0.254996, (21: 0.177244, 22: 0.094417): 0.147995): 0.149308): 0.088172, (((16: 0.254956, 17: 0.272589): 0.099818, 18: 0.274734): 0.074216, ((13: 0.071007, 14: 0.196323): 0.271971, ((9: 0.108331, 10: 0.175384): 0.071898, (15: 0.315107, (11: 0.174629, 12: 0.202913): 0.053246): 0.044103): 0.047653): 0.149347): 0.103002): 0.130013, (7: 0.117683, 8: 0.121433): 0.237229): 0.118956, (5: 0.275421, 6: 0.233890): 0.020709);

(((((((((TRXB_STAAW_4gcm: 0.212055, TRXB_BACSU_7_288: 0.117734): 0.090738, TRXB_LISMO_9_290: 0.129257): 0.244293, TRXB_TREPA_6_286: 0.460709): 0.058853, Q9RSY7_DEIRA: 0.398653): 0.071207, ((Q0PBZ1_CAMJE: 0.272584, TRXB_HELPY_3_292: 0.196778): 0.408504, (Q8X236_SULSF: 0.567686, (TRXB_MYCPN_17_299: 0.184598, TRXB_MYCGE_17_299: 0.183619): 0.507124): 0.170408): 0.080754): 0.144299, ((TRXB_MYCTU_16_299: 0.048598, TRXB_MYCLE_13_296: 0.083226): 0.254996, (Q9RIS2_STRCO_9_294: 0.177244, TRXB_STRCO_5_289: 0.094417): 0.147995): 0.149308): 0.088172, (((Q8YID2_BRUME: 0.254956, Q9X5F7_ZYMMO_9_294: 0.272589): 0.099818, TRXB_RICPR_6_292: 0.274734): 0.074216, ((TRXB_BUCAP_8_299: 0.071007, TRXB_BUCAI_8_299: 0.196323): 0.271971, ((TRXB_ECOLI_7_297: 0.108331, TRXB_HAEIN_8_297: 0.175384): 0.071898, (TRXB_COXBU_8_299: 0.315107, (Q9I0M2_PSEAE_8_316: 0.174629, Q9JU23_NEIMA_6_316: 0.202913): 0.053246): 0.044103): 0.047653): 0.149347): 0.103002): 0.130013, (TRXB_CHLTR_5_294: 0.117683, TRXB_CHLPN_5_294: 0.121433): 0.237229): 0.118956, (C4LW95_ENTHI_4a5l: 0.275421, TRXB1_YEAST_3d8x_3itj: 0.233890): 0.020709);

Time used:  0:00
