     25      1

TRPA_VIBCH                      T
TRPA_VIBPA_8_267                T
H1AFK5_SHEFR                    T
TRPA_SALTY_8_267                S
TRPA_ECOLI_8_267                T
TRPA_KLEAE_8_267                T
TRPA_HAEIN_8_268                T
TRPA_BUCSC_14_267               T
TRPA_BUCBP_9_268                T
TRPA_BUCAP_8_267                T
TRPA_BUCDN_8_267                T
TRPA_HELPY_7_261                -
TRPA_HELPJ_7_261                -
TRPA_METTM_7_262                A
TRPA_METTH_13_268               G
TRP_YEAST_9_272                 A
TRPA_PSEPU_8_265                V
TRPA_PSESY_8_265                V
TRPA_PSEAE_8_265                V
TRPA_RHOSH_8_261                A
TRPA_CAUCR_10_268               V
TRPA_STRCO_10_268               V
TRPA_MYCTU_16_265               V
TRPA_MYCIT_15_265               V
TRPA_THETH_7_267                P



Printing out site pattern counts


        25          1  P

TRPA_VIBCH                      T
TRPA_VIBPA_8_267                T
H1AFK5_SHEFR                    T
TRPA_SALTY_8_267                S
TRPA_ECOLI_8_267                T
TRPA_KLEAE_8_267                T
TRPA_HAEIN_8_268                T
TRPA_BUCSC_14_267               T
TRPA_BUCBP_9_268                T
TRPA_BUCAP_8_267                T
TRPA_BUCDN_8_267                T
TRPA_HELPY_7_261                -
TRPA_HELPJ_7_261                -
TRPA_METTM_7_262                A
TRPA_METTH_13_268               G
TRP_YEAST_9_272                 A
TRPA_PSEPU_8_265                V
TRPA_PSESY_8_265                V
TRPA_PSEAE_8_265                V
TRPA_RHOSH_8_261                A
TRPA_CAUCR_10_268               V
TRPA_STRCO_10_268               V
TRPA_MYCTU_16_265               V
TRPA_MYCIT_15_265               V
TRPA_THETH_7_267                P


AAML (in paml version 4.8, March 2014)  trpa_MOD2_MAFFT7.nex_269.nex
Model: Empirical for branches,  (MyModel_259.dat) ns =  25  ls =   1


Frequencies..
                                    A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V
TRPA_VIBCH                     0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_VIBPA_8_267               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
H1AFK5_SHEFR                   0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_SALTY_8_267               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_ECOLI_8_267               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_KLEAE_8_267               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_HAEIN_8_268               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_BUCSC_14_267              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_BUCBP_9_268               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_BUCAP_8_267               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_BUCDN_8_267               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_HELPY_7_261               0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000
TRPA_HELPJ_7_261               0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000 0.05000
TRPA_METTM_7_262               1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_METTH_13_268              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRP_YEAST_9_272                1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_PSEPU_8_265               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
TRPA_PSESY_8_265               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
TRPA_PSEAE_8_265               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
TRPA_RHOSH_8_261               1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
TRPA_CAUCR_10_268              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
TRPA_STRCO_10_268              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
TRPA_MYCTU_16_265              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
TRPA_MYCIT_15_265              0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
TRPA_THETH_7_267               0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000

Homogeneity statistic: X2 = 134.68694 G = 73.21780 

Average                        0.13043 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.04348 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.04348 0.04348 0.43478 0.00000 0.00000 0.30435
(Ambiguity characters are used to calculate freqs.)


# constant sites:      0 (0.00%)
AA distances (raw proportions of different sites)

TRPA_VIBCH     
TRPA_VIBPA_8_267  0.0000
H1AFK5_SHEFR     0.0000  0.0000
TRPA_SALTY_8_267  1.0000  1.0000  1.0000
TRPA_ECOLI_8_267  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000
TRPA_KLEAE_8_267  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000
TRPA_HAEIN_8_268  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000
TRPA_BUCSC_14_267  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRPA_BUCBP_9_268  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRPA_BUCAP_8_267  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRPA_BUCDN_8_267  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRPA_HELPY_7_261  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
TRPA_HELPJ_7_261  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000
TRPA_METTM_7_262  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
TRPA_METTH_13_268  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
TRP_YEAST_9_272  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000
TRPA_PSEPU_8_265  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
TRPA_PSESY_8_265  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000
TRPA_PSEAE_8_265  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000
TRPA_RHOSH_8_261  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000
TRPA_CAUCR_10_268  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000
TRPA_STRCO_10_268  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000
TRPA_MYCTU_16_265  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000
TRPA_MYCIT_15_265  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000
TRPA_THETH_7_267  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000


TREE #  1:  ((((((((((1, 2), 3), 7), (4, (5, 6))), ((8, 9), (10, 11))), (12, 13)), (14, 15)), (21, (20, (17, (18, 19))))), (25, (22, (23, 24)))), 16);   MP score: -1
This is a rooted tree.  Please check!
lnL(ntime:  0  np:  0):    -34.851376      +0.000000


tree length =   8.45639

((((((((((1: 0.106720, 2: 0.158227): 0.096676, 3: 0.234069): 0.082193, 7: 0.372179): 0.095624, (4: 0.069035, (5: 0.045018, 6: 0.084751): 0.043425): 0.119456): 0.148698, ((8: 0.200967, 9: 0.257046): 0.180230, (10: 0.193427, 11: 0.214926): 0.081889): 0.165023): 0.183336, (12: 0.048196, 13: 0.000736): 0.403754): 0.260972, (14: 0.092037, 15: 0.070992): 0.303428): 0.349633, (21: 0.365327, (20: 0.313941, (17: 0.096983, (18: 0.098738, 19: 0.109135): 0.067296): 0.156387): 0.070376): 0.175827): 0.108678, (25: 0.498618, (22: 0.342760, (23: 0.052243, 24: 0.087763): 0.389222): 0.149182): 0.200768): 0.471080, 16: 0.039404);

((((((((((TRPA_VIBCH: 0.106720, TRPA_VIBPA_8_267: 0.158227): 0.096676, H1AFK5_SHEFR: 0.234069): 0.082193, TRPA_HAEIN_8_268: 0.372179): 0.095624, (TRPA_SALTY_8_267: 0.069035, (TRPA_ECOLI_8_267: 0.045018, TRPA_KLEAE_8_267: 0.084751): 0.043425): 0.119456): 0.148698, ((TRPA_BUCSC_14_267: 0.200967, TRPA_BUCBP_9_268: 0.257046): 0.180230, (TRPA_BUCAP_8_267: 0.193427, TRPA_BUCDN_8_267: 0.214926): 0.081889): 0.165023): 0.183336, (TRPA_HELPY_7_261: 0.048196, TRPA_HELPJ_7_261: 0.000736): 0.403754): 0.260972, (TRPA_METTM_7_262: 0.092037, TRPA_METTH_13_268: 0.070992): 0.303428): 0.349633, (TRPA_CAUCR_10_268: 0.365327, (TRPA_RHOSH_8_261: 0.313941, (TRPA_PSEPU_8_265: 0.096983, (TRPA_PSESY_8_265: 0.098738, TRPA_PSEAE_8_265: 0.109135): 0.067296): 0.156387): 0.070376): 0.175827): 0.108678, (TRPA_THETH_7_267: 0.498618, (TRPA_STRCO_10_268: 0.342760, (TRPA_MYCTU_16_265: 0.052243, TRPA_MYCIT_15_265: 0.087763): 0.389222): 0.149182): 0.200768): 0.471080, TRP_YEAST_9_272: 0.039404);

Time used:  0:00
