     43      1

RUBRCHL1                        V
RUBRDES2                        A
RUBRDES3                        V
Q46496DE                        S
RUBRBUT5                        V
RUBRHEL6                        V
RUBR2CL5                        V
RUBRPYR6                        V
P96745C8                        V
RUBRCLO3                        V
RUBRCLO4                        V
RUBRTHE8                        V
O26259ME                        V
RUBRMEG1                        V
O28920AR                        V
RUBRACI5                        T
O05893M3                        S
RUBR1ME1                        I
RUBR1DE4                        C
RUBRMET2                        R
P94698D1                        R
RUBR2ME7                        R
RUBR2PS2                        C
O05894MY                        C
RUBR2PS8                        C
RUBR1PS9                        A
RUBRSYN4                        K
RUBRTRE1                        E
NORVECO1                        L
RUBLRHIg                        R
RUBLBRAJ                        H
HUPJRHOC                        H
RUBRAZO6                        R
RUBRCUP7                        R
P955009P                        R
RUBRPEP7                        V
O50375ME                        V
RUBHMET1                        V
O26576M1                        R
O29905A1                        V
O27972A1                        K
O26912M1                        R
O29906AR                        V



Printing out site pattern counts


        43          1  P

RUBRCHL1                        V
RUBRDES2                        A
RUBRDES3                        V
Q46496DE                        S
RUBRBUT5                        V
RUBRHEL6                        V
RUBR2CL5                        V
RUBRPYR6                        V
P96745C8                        V
RUBRCLO3                        V
RUBRCLO4                        V
RUBRTHE8                        V
O26259ME                        V
RUBRMEG1                        V
O28920AR                        V
RUBRACI5                        T
O05893M3                        S
RUBR1ME1                        I
RUBR1DE4                        C
RUBRMET2                        R
P94698D1                        R
RUBR2ME7                        R
RUBR2PS2                        C
O05894MY                        C
RUBR2PS8                        C
RUBR1PS9                        A
RUBRSYN4                        K
RUBRTRE1                        E
NORVECO1                        L
RUBLRHIg                        R
RUBLBRAJ                        H
HUPJRHOC                        H
RUBRAZO6                        R
RUBRCUP7                        R
P955009P                        R
RUBRPEP7                        V
O50375ME                        V
RUBHMET1                        V
O26576M1                        R
O29905A1                        V
O27972A1                        K
O26912M1                        R
O29906AR                        V


AAML (in paml version 4.8, March 2014)  Rubredoxins_Aln_Tree.nex_38.nex
Model: Empirical for branches,  (MyModel_38.dat) ns =  43  ls =   1


Frequencies..
                                    A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V
RUBRCHL1                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
RUBRDES2                       1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBRDES3                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
Q46496DE                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBRBUT5                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
RUBRHEL6                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
RUBR2CL5                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
RUBRPYR6                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
P96745C8                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
RUBRCLO3                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
RUBRCLO4                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
RUBRTHE8                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
O26259ME                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
RUBRMEG1                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
O28920AR                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
RUBRACI5                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
O05893M3                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBR1ME1                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBR1DE4                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBRMET2                       0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
P94698D1                       0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBR2ME7                       0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBR2PS2                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
O05894MY                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBR2PS8                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBR1PS9                       1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBRSYN4                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBRTRE1                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
NORVECO1                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBLRHIg                       0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBLBRAJ                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
HUPJRHOC                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBRAZO6                       0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBRCUP7                       0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
P955009P                       0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
RUBRPEP7                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
O50375ME                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
RUBHMET1                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
O26576M1                       0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
O29905A1                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
O27972A1                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
O26912M1                       0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
O29906AR                       0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000

Homogeneity statistic: X2 = 430.00000 G = 157.67907 

Average                        0.04651 0.20930 0.00000 0.00000 0.09302 0.00000 0.02326 0.00000 0.04651 0.02326 0.02326 0.04651 0.00000 0.00000 0.00000 0.04651 0.02326 0.00000 0.00000 0.41860

# constant sites:      0 (0.00%)
AA distances (raw proportions of different sites)

RUBRCHL1       
RUBRDES2         1.0000
RUBRDES3         0.0000  1.0000
Q46496DE         1.0000  1.0000  1.0000
RUBRBUT5         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000
RUBRHEL6         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000
RUBR2CL5         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000
RUBRPYR6         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000
P96745C8         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
RUBRCLO3         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
RUBRCLO4         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
RUBRTHE8         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
O26259ME         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
RUBRMEG1         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
O28920AR         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
RUBRACI5         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
O05893M3         1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
RUBR1ME1         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
RUBR1DE4         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
RUBRMET2         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
P94698D1         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000
RUBR2ME7         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000
RUBR2PS2         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000
O05894MY         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000
RUBR2PS8         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000
RUBR1PS9         1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
RUBRSYN4         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
RUBRTRE1         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
NORVECO1         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
RUBLRHIg         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
RUBLBRAJ         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
HUPJRHOC         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000
RUBRAZO6         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000
RUBRCUP7         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  0.0000
P955009P         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000
RUBRPEP7         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
O50375ME         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000
RUBHMET1         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000
O26576M1         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000
O29905A1         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000
O27972A1         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000
O26912M1         1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000
O29906AR         0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  1.0000


TREE #  1:  ((((24, (25, 26)), (16, 17)), (((((29, (30, (31, (32, (33, (34, 35)))))), (20, (21, (27, 39)))), (18, 22)), 12), ((14, 15), ((36, (43, ((37, 38), (40, (42, 41))))), (((10, 11), (7, (8, 9))), ((5, 6), (1, ((2, (3, 4)), (28, (13, 19)))))))))), 23);   MP score: 16
This is a rooted tree.  Please check!
lnL(ntime:  0  np:  0):    -87.350798      +0.000000


tree length =  16.22769

((((24: 0.230401, (25: 0.236966, 26: 0.241391): 0.123450): 0.394691, (16: 0.032628, 17: 0.405434): 0.076474): 0.072125, (((((29: 0.430256, (30: 0.077322, (31: 0.127280, (32: 0.160943, (33: 0.128339, (34: 0.089929, 35: 0.100195): 0.094350): 0.224478): 0.091069): 0.101661): 0.458878): 0.135207, (20: 0.189041, (21: 0.490951, (27: 0.303454, 39: 0.828981): 0.191480): 0.088654): 0.176727): 0.000000, (18: 0.301356, 22: 0.212007): 0.071902): 0.254213, 12: 0.058643): 0.088845, ((14: 0.233687, 15: 0.087717): 0.084756, ((36: 0.703106, (43: 0.513543, ((37: 0.272852, 38: 0.196749): 0.204600, (40: 0.326832, (42: 0.669454, 41: 0.000000): 0.190148): 0.560000): 0.320912): 0.634818): 0.000000, (((10: 0.120800, 11: 0.115307): 0.113961, (7: 0.151965, (8: 0.259655, 9: 0.005391): 0.079863): 0.055829): 0.070572, ((5: 0.148791, 6: 0.129038): 0.035894, (1: 0.254479, ((2: 0.143520, (3: 0.150322, 4: 0.091581): 0.033965): 0.048772, (28: 0.608485, (13: 0.200057, 19: 0.236149): 0.031696): 0.022142): 0.019435): 0.000000): 0.043537): 0.059919): 0.000000): 0.081735): 0.215244): 0.277610, 23: 0.133086);

((((O05894MY: 0.230401, (RUBR2PS8: 0.236966, RUBR1PS9: 0.241391): 0.123450): 0.394691, (RUBRACI5: 0.032628, O05893M3: 0.405434): 0.076474): 0.072125, (((((NORVECO1: 0.430256, (RUBLRHIg: 0.077322, (RUBLBRAJ: 0.127280, (HUPJRHOC: 0.160943, (RUBRAZO6: 0.128339, (RUBRCUP7: 0.089929, P955009P: 0.100195): 0.094350): 0.224478): 0.091069): 0.101661): 0.458878): 0.135207, (RUBRMET2: 0.189041, (P94698D1: 0.490951, (RUBRSYN4: 0.303454, O26576M1: 0.828981): 0.191480): 0.088654): 0.176727): 0.000000, (RUBR1ME1: 0.301356, RUBR2ME7: 0.212007): 0.071902): 0.254213, RUBRTHE8: 0.058643): 0.088845, ((RUBRMEG1: 0.233687, O28920AR: 0.087717): 0.084756, ((RUBRPEP7: 0.703106, (O29906AR: 0.513543, ((O50375ME: 0.272852, RUBHMET1: 0.196749): 0.204600, (O29905A1: 0.326832, (O26912M1: 0.669454, O27972A1: 0.000000): 0.190148): 0.560000): 0.320912): 0.634818): 0.000000, (((RUBRCLO3: 0.120800, RUBRCLO4: 0.115307): 0.113961, (RUBR2CL5: 0.151965, (RUBRPYR6: 0.259655, P96745C8: 0.005391): 0.079863): 0.055829): 0.070572, ((RUBRBUT5: 0.148791, RUBRHEL6: 0.129038): 0.035894, (RUBRCHL1: 0.254479, ((RUBRDES2: 0.143520, (RUBRDES3: 0.150322, Q46496DE: 0.091581): 0.033965): 0.048772, (RUBRTRE1: 0.608485, (O26259ME: 0.200057, RUBR1DE4: 0.236149): 0.031696): 0.022142): 0.019435): 0.000000): 0.043537): 0.059919): 0.000000): 0.081735): 0.215244): 0.277610, RUBR2PS2: 0.133086);

Time used:  0:01
