     43     53

RUBRCHL1                        --KYVCSVCG YVYDPADGEP DDPIDPGTGF EDLPEDWVCP VCGVDKDLF- ---
RUBRDES2                        --IYVCTVCG YEYDPAKGDP DSGIKPGTKF EDLPDDWACP VCGASKDAF- ---
RUBRDES3                        --KYVCTVCG YEYDPAEGDP DNGVKPGTAF EDVPADWVCP ICGAPKSEF- ---
Q46496DE                        --KYVCGVCV YEYDPAKGDP DNGVAPGTAF EDLPADWSCP VCGASKDQF- ---
RUBRBUT5                        --KYVCDICG YVYDPAVGDP DNGVAPGTAF ADLPEDWVCP ECGVSKDEF- ---
RUBRHEL6                        --KYGCLVCG YVYDPAKGDP DHGIAPGTAF EDLPADWVCP LCGVSKDEF- ---
RUBR2CL5                        --KFICDVCG YIYDPAVGDP DNGVEPGTEF KDIPDDWVCP LCGVDKSQF- ---
RUBRPYR6                        --KWVCKICG YIYDEDAGDP DNGISPGTKF EELPDDWVCP ICGAPKSEF- ---
P96745C8                        --KYICTVCG YIYDEAAGDP DNGVAPGTKF EDIPDDWVCP LCGVPKSDF- ---
RUBRCLO3                        --KYVCTVCG YVYDPEVGDP DNNINPGTSF QDIPEDWVCP LCGVGKDQF- ---
RUBRCLO4                        --KYTCTVCG YIYNPEDGDP DNGVNPGTDF KDIPDDWVCP LCGVGKDQF- ---
RUBRTHE8                        --KWQCTVCG YIYDPEVGDP TQNIPPGTKF EDLPDDWVCP DCGVGKDQF- ---
O26259ME                        --KYVCQMCG YIYDPEEGDP VSGIEAGTPF EDLPDDWVCP VCGVGKDQF- ---
RUBRMEG1                        --KYECSICG YIYDEAEGD- DGNVAAGTKF ADLPADWVCP TCGADKDAF- ---
O28920AR                        --KYECQVCG YVYDEAEGDP DNDIPAGTKW EDLPDDWVCP VCGASKDQF- ---
RUBRACI5                        --KYQCIVCG WIYDEAEGWP QDGIAPGTKW EDIPDDWTCP DCGVSKVDF- ---
O05893M3                        --LFRCIQCG FEYDEALGWP EDGIAAGTRW DDIPDDWSCP DCGAAKSDF- ---
RUBR1ME1                        --KYKCKVCG WVYDPLKGDP SQNIPPKTPF EELPDTWICP VCKVGKESF- ---
RUBR1DE4                        --KYVCNVCG YEYDPAEHD- ------NVPF DQLPDDWCCP VCGVSKDQF- ---
RUBRMET2                        --RYKCRVCG YIYDPEKGEP RTDTPPGTPF EDLPETWRCP SCGAKKKMF- ---
P94698D1                        --MWRCQTCG YVYDPDRGDK RGKVPPGTRF EDLPDEWRCP ICKATKKCF- ---
RUBR2ME7                        --RYQC-MCG WVYDEDKGEP SQNIPPGTKF EDLPDTFRCP QCGLGKNAF- ---
RUBR2PS2                        MKKWICITCG HIYDEALGDE AEGFTPGTRF EDIPDDWCCP DCGATKEDYE EVE
O05894MY                        --AYRCPVCD YVYDEANGDA REGFPAGTGW DQIPDDWCCP DCAVRKVDF- ---
RUBR2PS8                        --SYKCPDCN YVYDESAGNV HEGFSPGTPW HLIPEDWCCP DCAVRKLDF- ---
RUBR1PS9                        --RYQCPDCQ YIYDENKGEP HEGFHPNTSW NDIPKDWACP DCAVRKVDF- ---
RUBRSYN4                        --NHECRACG YVYIPSQGDQ KTSVSPGTPF EALPLNWKCP VCGAPRNYF- ---
RUBRTRE1                        --TYMCDLCG WGYNPEVGDA DGGIPAGTAF ENLPDHWECP LCGVDKTSF- ---
NORVECO1                        --RMQCSVCQ WIYDPAKGEP MQDVAPGTPW SEVPDNFLCP ECSLGKDVF- ---
RUBLRHIg                        --RMECGICW HVYDPAEGDP VWQIPPGTPF SNLTEDWRCP NCDALQSKF- ---
RUBLBRAJ                        --RLECGICW TVYDPADGDD VAQIAPGTPF AALPEEWHCP NCDAPKSKF- ---
HUPJRHOC                        --IMECKICW TPYDPASGDE FRQVLPGTPF TALPEDWHCP NCDAPKAQF- ---
RUBRAZO6                        --VLECKICW HRYDPAVGDE VWQILAGTPF AALPAHWRCP QCDGDREQF- ---
RUBRCUP7                        --RLECKICW WEYDPEVGDP VWQIAPGTSF SALPAHWRCP NCDGEAEQF- ---
P955009P                        --KLECKICW WVYDPAVGDP VWQIPPGVPF SALPPHWRCP NCDGDADQF- ---
RUBRPEP7                        --KFECTLCG YIYDPALVGP DTPDQDG-AF EDVSENWVCP LCGAGKEDF- ---
O50375ME                        --MYVCRICQ YQV------- -----PDRDF SELGDGWVCP QCGVGRDEF- ---
RUBHMET1                        --MKICRICG YQI------- -----PEGEF NLLEDGWVCP RCGVGKEEL- ---
O26576M1                        --DFRCTVCN YIFHEE---- -----ADGEF DSLPADWRCP VCNAPRTAF- ---
O29905A1                        --IYVCPMCG YIVKDETPD- ---------- -------VCP LCNAPGESF- ---
O27972A1                        --IYVCPVCG YAMEGEAPE- ---------- -------KCP LCNTPKEKF- ---
O26912M1                        --YYVCNWCG NTVEGEAPS- ---------- -------RCP ICGAPKDEF- ---
O29906AR                        --RWRCKLCG LVFRGDE--- ----PPE--- -------VCG RCGATKEQF- ---



Printing out site pattern counts


        43         48  P

RUBRCHL1                        ----ACDDDD DDDDDEEEFF GGGGGIKKLL PPPPPPSTVV VVVVWYYY
RUBRDES2                        ----ACDDDD DKKSSDDEFF GGGGKIIKAL GPPPPPTTAA EVVVWYYY
RUBRDES3                        ----ACDDDD SEKNPADEFF GGGGAVKKEV GPPPPPTTAV EIVVWYYY
Q46496DE                        ----ACDDDD DKANSADEFF GGGVAVKKQL GPPPPPGTAS EVVVWYYY
RUBRBUT5                        ----ACDDDD DVANSEDAFF GGGGAVKKEL GPPPPPDTVV VEIVWYYY
RUBRHEL6                        ----ACDDDD DKAHSADEFF GGGGAIKKEL GPPPPPLTVV VLVGWYYY
RUBR2CL5                        ----ACDDDD SVENDDDKFF GGGGEVKKQI GPPPPPDTVV ILVIWFYY
RUBRPYR6                        ----DCDDDE SASNPDDEFF GGGGKIKKEL GEPPPPKTAV IIIVWWYY
P96745C8                        ----ACDDDD SAANPDDEFF GGGGKVKKDI GEPPPPTTVV ILVIWYYY
RUBRCLO3                        ----ECDDDD DVNNGEDQFF GGGGSIKKQI NPPPPPTTVV VLVVWYYY
RUBRCLO4                        ----ECDDND DDNNGDDKFF GGGGDVKKQI GPPPPPTTVV ILVTWYYY
RUBRTHE8                        ----ECDTDD DVPQGDDEFF GGGGKIKKQL NPPPPPTTVV IDVQWWYY
O26259ME                        ----ECDVDD DEESGDDEFF GGGGPIKKQL GPAPPPQTVV IVMVWYYY
RUBRMEG1                        ----ACDDDD DEAGDADAFF GGGGKVKKAL NEA-PPSTAV ITIEWYYY
O28920AR                        ----ACDDDD DEPNSDDEFW GGGGKIKKQL DEAPPPQTAV VVVEWYYY
RUBRACI5                        ----ACDQDD VEADSDWEFW GGGGKIKKDI GEPPPPITVT IDVQWYWY
O05893M3                        ----ACDEDD SLADADWDFW GGGGRILKDI GEAPPPITAS EDQRWFFY
RUBR1ME1                        ----LCTSDE EKPQGDDEFF GKKGPIKKSL NPPPPPKTVI VVVKWYWY
RUBR1DE4                        ----ACD-DQ DE--SDDDFF HGNGP-KKQL -P--PPNVVC EVVVWYYY
RUBRMET2                        ----ECTRDD KKPTKEEEFF GGGGPTRKML DPPPPPRTAR ISVKWYYY
P94698D1                        ----DCERDD KRPGTDDEFF GKGGRVMKCL KPPKPPQTAR VITRWWYY
RUBR2ME7                        ----DCTSDD NKPQGDEEFF GGGGKIRKAL NEPPPP-TLR VQMQFYWY
RUBR2PS2                        EKMVACDADD ELTETDDEYF GGGGRFKKDI GEPEPPITAC IDTIWWHY
O05894MY                        ----ACDRDQ VNPERDDDFW GAGDGFAKDI GEAAPPPTVC VDVRWYYY
RUBR2PS8                        ----SCDHDL LASERENHFW GAGNPFSKDI GEPVPPPTVC VDDKWYYY
RUBR1PS9                        ----NCDHDD VKHERKENFW GANQSFRKDI GEPPPPPTVA IDDQWYYY
RUBRSYN4                        ----SCNKIA NQSTPLDEFF GGGGPVNRYL SPPQPPRTAK VVAEWHYY
RUBRTRE1                        ----ECHDNN TVPGDDDEFF GGGGAITKSL GPAAPPDTVE GLLMWYWY
NORVECO1                        ----ACNMDE DKAQGDESFW GSGQPVRKVV DPPPPPSTLL IEVQFMWY
RUBLRHIg                        ----ACDVDN SEPWLEDSFF GDGWPIRQKL QPPPPTGTAR VNIEWMHY
RUBLBRAJ                        ----ACEVDA SDAAPEDAFF GDGWPIRKKL QPPDPPGTAH VNIEWLTY
HUPJRHOC                        ----ACDFDA ASLRPEDTFF GDGWPVIKQL QPPEPPKTAH PNIEWMTY
RUBRAZO6                        ----ACHVDA EVLWDADAFF GDGWPIVRQL QPAEPPKTGR RQIEWLHY
RUBRCUP7                        ----ECHVDA EVAWEADSFF GDGWSIRAQL QPPPPPKTGR ENIEWLWY
P955009P                        ----ACHVDA DVPWDPDSFF GDGWPIKAQL QPPPPPKVGR VNIEWLWY
RUBRPEP7                        ----ACNDDD ELQTGEGEFF VGGGADKKDV PPDPPST-AV ILLEWFYY
O50375ME                        -----CG--E D---GD-SFF -GDQD-MREL --P-PGRRVV QQIVWYYV
RUBHMET1                        -----CG--L E---GD-NLF -GEGE-MKEL --P-PERGVV QRIIWKYI
O26576M1                        ----ECD-HS T---PA-DFF -NDNE-DRAL -EA-PPTGAR IVVRWFYF
O29905A1                        ----EC--K- ET--P-D-F- PN-G--IGS- -D--P-P-AV ILMV-YYV
O27972A1                        ----EC--E- EA--P-E-F- PN-G--IKK- -G--P-P-TK ALVV-YYM
O26912M1                        ----EC--E- DA--P-S-F- PG-G--YKE- -G--P-N-AR TIWV-YNV
O29906AR                        ----DC--R- EEP-T---F- -GEG--RKQ- -GP-G-K-AV VRLR-WLF



    3    1    1    1    1    4    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1    1    1

AAML (in paml version 4.8, March 2014)  Rubredoxins_Aln_Tree.nex
Model: Empirical for branches,  (GlobalMatrixProt_Evol.dat) ns =  43  ls =  53


Frequencies..
                                    A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V
RUBRCHL1                       0.02128 0.00000 0.00000 0.19149 0.08511 0.00000 0.06383 0.10638 0.00000 0.02128 0.04255 0.04255 0.00000 0.04255 0.12766 0.02128 0.02128 0.02128 0.06383 0.12766
RUBRDES2                       0.08511 0.00000 0.00000 0.14894 0.08511 0.00000 0.04255 0.10638 0.00000 0.04255 0.02128 0.08511 0.00000 0.04255 0.10638 0.04255 0.04255 0.02128 0.06383 0.06383
RUBRDES3                       0.08511 0.00000 0.02128 0.10638 0.08511 0.00000 0.08511 0.10638 0.00000 0.02128 0.00000 0.06383 0.00000 0.04255 0.12766 0.02128 0.04255 0.02128 0.06383 0.10638
Q46496DE                       0.10638 0.00000 0.02128 0.12766 0.08511 0.02128 0.04255 0.10638 0.00000 0.00000 0.02128 0.06383 0.00000 0.04255 0.10638 0.04255 0.02128 0.02128 0.06383 0.10638
RUBRBUT5                       0.08511 0.00000 0.02128 0.14894 0.08511 0.00000 0.06383 0.10638 0.00000 0.02128 0.02128 0.04255 0.00000 0.04255 0.10638 0.02128 0.02128 0.02128 0.06383 0.12766
RUBRHEL6                       0.08511 0.00000 0.00000 0.12766 0.08511 0.00000 0.04255 0.12766 0.02128 0.02128 0.06383 0.06383 0.00000 0.04255 0.10638 0.02128 0.02128 0.02128 0.06383 0.08511
RUBR2CL5                       0.02128 0.00000 0.02128 0.17021 0.08511 0.02128 0.04255 0.10638 0.00000 0.06383 0.02128 0.06383 0.00000 0.06383 0.10638 0.02128 0.02128 0.02128 0.04255 0.10638
RUBRPYR6                       0.04255 0.00000 0.02128 0.12766 0.08511 0.00000 0.08511 0.10638 0.00000 0.08511 0.02128 0.08511 0.00000 0.04255 0.10638 0.04255 0.02128 0.04255 0.04255 0.04255
P96745C8                       0.06383 0.00000 0.02128 0.14894 0.08511 0.00000 0.04255 0.10638 0.00000 0.06383 0.02128 0.06383 0.00000 0.04255 0.10638 0.02128 0.04255 0.02128 0.06383 0.08511
RUBRCLO3                       0.00000 0.00000 0.06383 0.12766 0.08511 0.04255 0.04255 0.10638 0.00000 0.04255 0.02128 0.04255 0.00000 0.04255 0.10638 0.02128 0.04255 0.02128 0.06383 0.12766
RUBRCLO4                       0.00000 0.00000 0.06383 0.17021 0.08511 0.02128 0.02128 0.12766 0.00000 0.04255 0.02128 0.06383 0.00000 0.04255 0.10638 0.00000 0.06383 0.02128 0.06383 0.08511
RUBRTHE8                       0.00000 0.00000 0.02128 0.14894 0.08511 0.06383 0.04255 0.10638 0.00000 0.04255 0.02128 0.06383 0.00000 0.04255 0.12766 0.00000 0.06383 0.04255 0.04255 0.08511
O26259ME                       0.02128 0.00000 0.00000 0.12766 0.08511 0.04255 0.08511 0.12766 0.00000 0.04255 0.02128 0.04255 0.02128 0.04255 0.10638 0.02128 0.02128 0.02128 0.06383 0.10638
RUBRMEG1                       0.15217 0.00000 0.02174 0.15217 0.08696 0.00000 0.06522 0.10870 0.00000 0.04348 0.02174 0.06522 0.00000 0.04348 0.04348 0.02174 0.04348 0.02174 0.06522 0.04348
O28920AR                       0.06383 0.00000 0.02128 0.17021 0.08511 0.04255 0.08511 0.08511 0.00000 0.02128 0.02128 0.06383 0.00000 0.02128 0.08511 0.02128 0.02128 0.04255 0.06383 0.08511
RUBRACI5                       0.04255 0.00000 0.00000 0.14894 0.08511 0.04255 0.06383 0.10638 0.00000 0.08511 0.00000 0.06383 0.00000 0.02128 0.08511 0.02128 0.04255 0.08511 0.04255 0.06383
O05893M3                       0.10638 0.04255 0.00000 0.17021 0.08511 0.02128 0.06383 0.10638 0.00000 0.06383 0.04255 0.02128 0.00000 0.06383 0.06383 0.04255 0.02128 0.06383 0.02128 0.00000
RUBR1ME1                       0.00000 0.00000 0.02128 0.06383 0.08511 0.02128 0.06383 0.06383 0.00000 0.04255 0.04255 0.14894 0.00000 0.04255 0.14894 0.04255 0.04255 0.04255 0.04255 0.08511
RUBR1DE4                       0.02500 0.00000 0.05000 0.15000 0.12500 0.05000 0.05000 0.05000 0.02500 0.00000 0.02500 0.05000 0.00000 0.05000 0.10000 0.02500 0.00000 0.02500 0.07500 0.12500
RUBRMET2                       0.02128 0.08511 0.00000 0.06383 0.08511 0.00000 0.08511 0.08511 0.00000 0.02128 0.02128 0.10638 0.02128 0.04255 0.14894 0.02128 0.08511 0.02128 0.06383 0.02128
P94698D1                       0.02128 0.10638 0.00000 0.10638 0.10638 0.02128 0.04255 0.08511 0.00000 0.02128 0.02128 0.10638 0.02128 0.04255 0.10638 0.00000 0.06383 0.04255 0.04255 0.04255
RUBR2ME7                       0.02174 0.04348 0.04348 0.08696 0.08696 0.06522 0.06522 0.10870 0.00000 0.02174 0.04348 0.06522 0.02174 0.06522 0.10870 0.02174 0.04348 0.02174 0.04348 0.02174
RUBR2PS2                       0.05660 0.01887 0.00000 0.13208 0.09434 0.00000 0.15094 0.09434 0.01887 0.07547 0.01887 0.05660 0.01887 0.03774 0.05660 0.00000 0.07547 0.03774 0.03774 0.01887
O05894MY                       0.10638 0.06383 0.02128 0.17021 0.10638 0.02128 0.04255 0.08511 0.00000 0.02128 0.00000 0.02128 0.00000 0.04255 0.08511 0.00000 0.02128 0.04255 0.06383 0.08511
RUBR2PS8                       0.04255 0.02128 0.04255 0.10638 0.10638 0.00000 0.06383 0.06383 0.04255 0.02128 0.04255 0.04255 0.00000 0.04255 0.10638 0.06383 0.02128 0.04255 0.06383 0.06383
RUBR1PS9                       0.04255 0.04255 0.06383 0.12766 0.08511 0.04255 0.06383 0.04255 0.04255 0.04255 0.00000 0.06383 0.00000 0.04255 0.10638 0.02128 0.02128 0.04255 0.06383 0.04255
RUBRSYN4                       0.06383 0.04255 0.06383 0.02128 0.08511 0.04255 0.04255 0.08511 0.02128 0.02128 0.04255 0.04255 0.00000 0.04255 0.12766 0.06383 0.04255 0.02128 0.06383 0.06383
RUBRTRE1                       0.06383 0.00000 0.04255 0.10638 0.08511 0.00000 0.06383 0.14894 0.02128 0.02128 0.06383 0.02128 0.02128 0.04255 0.08511 0.02128 0.06383 0.04255 0.04255 0.04255
NORVECO1                       0.04255 0.02128 0.02128 0.08511 0.08511 0.06383 0.06383 0.06383 0.00000 0.02128 0.04255 0.04255 0.04255 0.04255 0.12766 0.06383 0.02128 0.04255 0.02128 0.08511
RUBLRHIg                       0.04255 0.04255 0.04255 0.08511 0.08511 0.04255 0.06383 0.06383 0.02128 0.04255 0.04255 0.02128 0.02128 0.04255 0.12766 0.04255 0.04255 0.06383 0.02128 0.04255
RUBLBRAJ                       0.12766 0.02128 0.02128 0.10638 0.08511 0.02128 0.06383 0.06383 0.02128 0.04255 0.04255 0.04255 0.00000 0.04255 0.12766 0.02128 0.04255 0.04255 0.02128 0.04255
HUPJRHOC                       0.08511 0.02128 0.02128 0.08511 0.08511 0.04255 0.06383 0.04255 0.02128 0.04255 0.04255 0.04255 0.02128 0.06383 0.14894 0.02128 0.06383 0.04255 0.02128 0.02128
RUBRAZO6                       0.10638 0.06383 0.00000 0.08511 0.08511 0.06383 0.06383 0.06383 0.04255 0.04255 0.06383 0.02128 0.00000 0.04255 0.08511 0.00000 0.02128 0.06383 0.02128 0.06383
RUBRCUP7                       0.08511 0.04255 0.02128 0.06383 0.08511 0.04255 0.10638 0.06383 0.02128 0.04255 0.04255 0.02128 0.00000 0.04255 0.10638 0.04255 0.02128 0.08511 0.02128 0.04255
P955009P                       0.06383 0.02128 0.02128 0.10638 0.08511 0.04255 0.02128 0.06383 0.02128 0.04255 0.04255 0.04255 0.00000 0.04255 0.17021 0.02128 0.00000 0.08511 0.02128 0.08511
RUBRPEP7                       0.06522 0.00000 0.02174 0.13043 0.08696 0.02174 0.08696 0.10870 0.00000 0.02174 0.06522 0.04348 0.00000 0.06522 0.08696 0.02174 0.04348 0.02174 0.04348 0.06522
O50375ME                       0.00000 0.08571 0.00000 0.11429 0.11429 0.08571 0.05714 0.11429 0.00000 0.02857 0.02857 0.00000 0.02857 0.05714 0.05714 0.02857 0.00000 0.02857 0.05714 0.11429
RUBHMET1                       0.00000 0.05714 0.02857 0.02857 0.11429 0.02857 0.14286 0.14286 0.00000 0.08571 0.08571 0.05714 0.02857 0.02857 0.05714 0.00000 0.00000 0.02857 0.02857 0.05714
O26576M1                       0.10526 0.07895 0.05263 0.10526 0.10526 0.00000 0.07895 0.02632 0.02632 0.02632 0.02632 0.00000 0.00000 0.10526 0.07895 0.02632 0.05263 0.02632 0.02632 0.05263
O29905A1                       0.03448 0.00000 0.03448 0.06897 0.13793 0.00000 0.06897 0.06897 0.00000 0.06897 0.03448 0.03448 0.03448 0.03448 0.13793 0.03448 0.03448 0.00000 0.06897 0.10345
O27972A1                       0.06897 0.00000 0.03448 0.00000 0.13793 0.00000 0.13793 0.06897 0.00000 0.03448 0.03448 0.10345 0.03448 0.03448 0.13793 0.00000 0.03448 0.00000 0.06897 0.06897
O26912M1                       0.06897 0.03448 0.06897 0.03448 0.13793 0.00000 0.10345 0.10345 0.00000 0.03448 0.00000 0.03448 0.00000 0.03448 0.10345 0.03448 0.03448 0.03448 0.06897 0.06897
O29906AR                       0.03333 0.13333 0.00000 0.03333 0.13333 0.03333 0.10000 0.13333 0.00000 0.00000 0.06667 0.06667 0.00000 0.06667 0.06667 0.00000 0.03333 0.03333 0.00000 0.06667

Homogeneity statistic: X2 = 12.88635 G = 14.24822 

Average                        0.05593 0.02405 0.02405 0.11448 0.09252 0.02509 0.06691 0.09200 0.00889 0.03764 0.03189 0.05384 0.00732 0.04548 0.10559 0.02457 0.03555 0.03607 0.04809 0.07005
(Ambiguity characters are used to calculate freqs.)


# constant sites:      4 (7.55%)
AA distances (raw proportions of different sites)

RUBRCHL1       
RUBRDES2         0.2642
RUBRDES3         0.3019  0.2264
Q46496DE         0.2830  0.1887  0.1887
RUBRBUT5         0.2453  0.2830  0.2264  0.2075
RUBRHEL6         0.2264  0.2264  0.2264  0.1887  0.1698
RUBR2CL5         0.3208  0.3396  0.2642  0.3019  0.2453  0.2830
RUBRPYR6         0.3585  0.3019  0.2453  0.3396  0.3019  0.3208  0.3208
P96745C8         0.3208  0.2830  0.2075  0.2830  0.2642  0.2453  0.1698  0.2264
RUBRCLO3         0.2453  0.3019  0.2830  0.3019  0.2264  0.2453  0.2453  0.3585  0.2642
RUBRCLO4         0.3208  0.3208  0.2830  0.3019  0.2830  0.2830  0.1887  0.3585  0.2075  0.1698
RUBRTHE8         0.3019  0.2830  0.3396  0.3396  0.3208  0.2830  0.2830  0.3019  0.2830  0.2075  0.2453
O26259ME         0.2830  0.2642  0.3208  0.3019  0.3019  0.2830  0.3019  0.3208  0.3208  0.2642  0.2642  0.2264
RUBRMEG1         0.3396  0.3396  0.3208  0.3208  0.2830  0.3208  0.3585  0.3396  0.3019  0.3774  0.3774  0.3585  0.3396
O28920AR         0.2830  0.2453  0.3019  0.2642  0.3019  0.2642  0.3396  0.3019  0.2830  0.3019  0.3396  0.2830  0.2453  0.2642
RUBRACI5         0.3585  0.3396  0.3774  0.3774  0.3774  0.3208  0.3585  0.3774  0.2453  0.3962  0.3774  0.3208  0.3585  0.3962  0.3019
O05893M3         0.4717  0.4151  0.4340  0.4340  0.4717  0.4528  0.4151  0.4340  0.3774  0.4906  0.4906  0.4717  0.4528  0.4528  0.3962  0.2830
RUBR1ME1         0.3774  0.3774  0.4528  0.4151  0.4340  0.3585  0.4528  0.4151  0.4340  0.3774  0.4340  0.3208  0.3585  0.5094  0.3962  0.4340  0.5660
RUBR1DE4         0.3962  0.3585  0.4151  0.3585  0.3962  0.3962  0.4340  0.4906  0.4528  0.4151  0.4340  0.4151  0.3396  0.4340  0.3774  0.4717  0.5472  0.4528
RUBRMET2         0.3585  0.3585  0.3962  0.3774  0.4151  0.3774  0.4340  0.4340  0.4151  0.3962  0.4151  0.3585  0.3774  0.4528  0.3962  0.4528  0.5283  0.3774  0.5094
P94698D1         0.4528  0.4151  0.4151  0.4340  0.4340  0.4340  0.4528  0.3962  0.4528  0.4717  0.4717  0.3962  0.4340  0.4528  0.4151  0.5283  0.5094  0.4340  0.5472  0.3774
RUBR2ME7         0.4151  0.3774  0.4906  0.4717  0.4717  0.4151  0.5094  0.4151  0.4340  0.4340  0.4906  0.3396  0.4151  0.4528  0.3962  0.3962  0.5094  0.3208  0.5849  0.3585  0.4340
RUBR2PS2         0.5849  0.5283  0.5283  0.5472  0.5660  0.5472  0.4906  0.4906  0.4340  0.5849  0.5472  0.5094  0.5472  0.5472  0.5472  0.4528  0.4717  0.6226  0.6415  0.6038  0.5283  0.6226
O05894MY         0.4717  0.4717  0.4906  0.4906  0.4717  0.4528  0.4528  0.5094  0.3962  0.4717  0.4717  0.4717  0.4717  0.4906  0.3962  0.3774  0.3962  0.5094  0.4717  0.5283  0.4906  0.5472  0.5283
RUBR2PS8         0.4906  0.5283  0.5283  0.5283  0.4717  0.4906  0.5094  0.4906  0.4340  0.4717  0.5094  0.5283  0.5094  0.5472  0.5094  0.4340  0.4906  0.5283  0.5660  0.5094  0.5660  0.5660  0.5660  0.3019
RUBR1PS9         0.4906  0.4717  0.5094  0.4906  0.4906  0.4717  0.4717  0.5094  0.4151  0.4717  0.4717  0.4717  0.4906  0.5283  0.5094  0.3585  0.4717  0.5472  0.5849  0.4717  0.5849  0.4906  0.5660  0.3396  0.3019
RUBRSYN4         0.4717  0.4528  0.4528  0.4528  0.4717  0.4717  0.5094  0.4528  0.4906  0.5094  0.5094  0.4906  0.4717  0.4906  0.4717  0.5849  0.6038  0.4906  0.5472  0.4340  0.4528  0.5283  0.6604  0.6038  0.5472  0.6415
RUBRTRE1         0.4340  0.4151  0.4528  0.4528  0.3962  0.3774  0.3962  0.4528  0.4340  0.4151  0.3962  0.3962  0.3774  0.4528  0.4340  0.4717  0.5283  0.4151  0.5283  0.4717  0.4717  0.4717  0.6415  0.4906  0.5849  0.6038  0.5283
NORVECO1         0.4906  0.4906  0.5094  0.4717  0.4906  0.4906  0.4906  0.5472  0.4906  0.5283  0.4906  0.4528  0.5094  0.5283  0.5094  0.4528  0.5472  0.4528  0.5849  0.4528  0.5660  0.4151  0.6981  0.5660  0.5849  0.4906  0.5849  0.6038
RUBLRHIg         0.4717  0.4717  0.4717  0.4717  0.4528  0.4717  0.5094  0.4717  0.5283  0.4906  0.5660  0.4906  0.4717  0.4906  0.4528  0.5472  0.5472  0.4906  0.5660  0.4528  0.4906  0.5094  0.6604  0.5660  0.5660  0.6038  0.5094  0.5472  0.5283
RUBLBRAJ         0.4528  0.4717  0.4717  0.4528  0.4151  0.4528  0.5094  0.4528  0.4906  0.4906  0.5472  0.5094  0.4906  0.4528  0.4906  0.5472  0.5283  0.4906  0.5660  0.4717  0.4717  0.5283  0.6604  0.5660  0.5472  0.6038  0.4528  0.5472  0.5283  0.2453
HUPJRHOC         0.4906  0.4528  0.4528  0.4340  0.4340  0.4906  0.4717  0.4528  0.4906  0.4906  0.5094  0.4906  0.4906  0.4528  0.4906  0.5660  0.5660  0.5094  0.5283  0.4906  0.4906  0.5849  0.6226  0.5660  0.5472  0.6038  0.4528  0.5660  0.5283  0.3396  0.2642
RUBRAZO6         0.5283  0.5283  0.5472  0.5094  0.4906  0.5094  0.5094  0.5283  0.5849  0.5283  0.5849  0.5094  0.4717  0.4528  0.5094  0.6038  0.5849  0.5094  0.5660  0.5472  0.5472  0.5660  0.6604  0.5849  0.6226  0.6604  0.5094  0.4906  0.6038  0.3585  0.3396  0.3396
RUBRCUP7         0.5283  0.4906  0.5094  0.4528  0.4717  0.4717  0.5094  0.4906  0.5472  0.4528  0.5283  0.4528  0.4717  0.5094  0.5283  0.5472  0.5660  0.4717  0.5849  0.4906  0.5283  0.5094  0.6981  0.6226  0.6226  0.5849  0.5283  0.4906  0.5283  0.3208  0.3208  0.3774  0.2264
P955009P         0.4528  0.4906  0.5283  0.4717  0.4340  0.4528  0.4717  0.4906  0.5472  0.4528  0.5283  0.4340  0.4528  0.4906  0.4528  0.5472  0.6038  0.4340  0.5094  0.5094  0.5094  0.5094  0.6981  0.5849  0.6038  0.6415  0.5094  0.4906  0.5283  0.2830  0.3208  0.3585  0.2264  0.1698
RUBRPEP7         0.4151  0.4528  0.3774  0.4528  0.4340  0.4151  0.4151  0.4717  0.3962  0.4151  0.4340  0.4340  0.4528  0.4528  0.4528  0.5094  0.5094  0.5472  0.5660  0.4528  0.5472  0.5660  0.5849  0.6226  0.6226  0.6038  0.5283  0.5283  0.5660  0.5660  0.5660  0.5660  0.6038  0.6038  0.5849
O50375ME         0.5660  0.5849  0.6038  0.6038  0.5283  0.5660  0.6226  0.5472  0.6038  0.5660  0.5472  0.5660  0.5472  0.5849  0.6226  0.6604  0.7170  0.6038  0.4717  0.6226  0.6415  0.6226  0.8113  0.6792  0.6792  0.6604  0.6226  0.6415  0.6415  0.6604  0.6792  0.6792  0.6604  0.6604  0.6415  0.6604
RUBHMET1         0.6038  0.6226  0.6226  0.6604  0.5660  0.5849  0.5660  0.5660  0.5849  0.6038  0.5849  0.5660  0.5849  0.6038  0.6415  0.6604  0.6981  0.6038  0.5094  0.6226  0.6226  0.6415  0.7358  0.6981  0.6792  0.6792  0.6415  0.6415  0.7170  0.6981  0.6792  0.6792  0.6981  0.6792  0.6981  0.6226  0.2642
O26576M1         0.6226  0.5660  0.5849  0.5849  0.6604  0.6226  0.6038  0.5849  0.5849  0.6226  0.6038  0.5849  0.5849  0.5283  0.5849  0.6604  0.6038  0.6604  0.4906  0.5849  0.6226  0.6604  0.7736  0.6038  0.6604  0.6604  0.6038  0.6415  0.7170  0.6604  0.6604  0.6415  0.6226  0.6415  0.6792  0.6415  0.4906  0.5094
O29905A1         0.6792  0.6415  0.6226  0.6792  0.6604  0.6604  0.6604  0.6226  0.6226  0.6226  0.6226  0.6604  0.6038  0.6226  0.6604  0.7170  0.7358  0.6792  0.5472  0.6604  0.6981  0.7170  0.8113  0.6981  0.7170  0.6981  0.6792  0.6604  0.7547  0.7358  0.7170  0.6981  0.7358  0.7170  0.7547  0.6226  0.5660  0.6038  0.5472
O27972A1         0.6415  0.6415  0.6415  0.6792  0.6792  0.6604  0.6792  0.6604  0.6226  0.6226  0.6415  0.6792  0.6604  0.6792  0.6792  0.6981  0.7358  0.6792  0.5283  0.6415  0.7170  0.6981  0.8491  0.6792  0.6792  0.6792  0.6981  0.6792  0.7170  0.7547  0.7170  0.7170  0.7547  0.7358  0.7736  0.6604  0.6038  0.6038  0.5660  0.2075
O26912M1         0.6604  0.6415  0.6038  0.6604  0.6415  0.6604  0.7170  0.6038  0.6604  0.6415  0.6604  0.6792  0.6415  0.6415  0.6604  0.6981  0.6981  0.7170  0.5094  0.6415  0.6792  0.6792  0.8302  0.7358  0.7170  0.7358  0.6981  0.6792  0.7358  0.7358  0.7170  0.7170  0.7547  0.7358  0.7358  0.6792  0.5472  0.6038  0.5849  0.2830  0.2453
O29906AR         0.6792  0.6981  0.6604  0.6981  0.6792  0.6792  0.6792  0.6226  0.6981  0.6604  0.6792  0.6415  0.6792  0.6604  0.6226  0.6981  0.6981  0.6604  0.6038  0.6604  0.6038  0.6415  0.7736  0.7170  0.7358  0.7358  0.6981  0.6981  0.7358  0.6792  0.6981  0.6981  0.7358  0.6981  0.6981  0.6415  0.6038  0.5283  0.6038  0.4340  0.4340  0.4151


TREE #  1:  ((((24, (25, 26)), (16, 17)), (((((29, (30, (31, (32, (33, (34, 35)))))), (20, (21, (27, 39)))), (18, 22)), 12), ((14, 15), ((36, (43, ((37, 38), (40, (42, 41))))), (((10, 11), (7, (8, 9))), ((5, 6), (1, ((2, (3, 4)), (28, (13, 19)))))))))), 23);   MP score: -1
This is a rooted tree.  Please check!
lnL(ntime: 84  np: 84):  -2630.441739      +0.000000
  44..45   45..46   46..47   47..24   47..48   48..25   48..26   46..49   49..16   49..17   45..50   50..51   51..52   52..53   53..54   54..29   54..55   55..30   55..56   56..31   56..57   57..32   57..58   58..33   58..59   59..34   59..35   53..60   60..20   60..61   61..21   61..62   62..27   62..39   52..63   63..18   63..22   51..12   50..64   64..65   65..14   65..15   64..66   66..67   67..36   67..68   68..43   68..69   69..70   70..37   70..38   69..71   71..40   71..72   72..42   72..41   66..73   73..74   74..75   75..10   75..11   74..76   76..7    76..77   77..8    77..9    73..78   78..79   79..5    79..6    78..80   80..1    80..81   81..82   82..2    82..83   83..3    83..4    81..84   84..28   84..85   85..13   85..19   44..23 
 0.277610 0.072125 0.394691 0.230401 0.123450 0.236966 0.241391 0.076474 0.032628 0.405434 0.215244 0.088845 0.254213 0.000000 0.135207 0.430256 0.458878 0.077322 0.101661 0.127280 0.091069 0.160943 0.224478 0.128339 0.094350 0.089929 0.100195 0.176727 0.189041 0.088654 0.490951 0.191480 0.303454 0.828981 0.071902 0.301356 0.212007 0.058643 0.081735 0.084756 0.233687 0.087717 0.000000 0.000000 0.703106 0.634818 0.513543 0.320912 0.204600 0.272852 0.196749 0.560000 0.326832 0.190148 0.669454 0.000000 0.059919 0.070572 0.113961 0.120800 0.115307 0.055829 0.151965 0.079863 0.259655 0.005391 0.043537 0.035894 0.148791 0.129038 0.000000 0.254479 0.019435 0.048772 0.143520 0.033965 0.150322 0.091581 0.022142 0.608485 0.031696 0.200057 0.236149 0.133086

tree length =  16.22769

((((24: 0.230401, (25: 0.236966, 26: 0.241391): 0.123450): 0.394691, (16: 0.032628, 17: 0.405434): 0.076474): 0.072125, (((((29: 0.430256, (30: 0.077322, (31: 0.127280, (32: 0.160943, (33: 0.128339, (34: 0.089929, 35: 0.100195): 0.094350): 0.224478): 0.091069): 0.101661): 0.458878): 0.135207, (20: 0.189041, (21: 0.490951, (27: 0.303454, 39: 0.828981): 0.191480): 0.088654): 0.176727): 0.000000, (18: 0.301356, 22: 0.212007): 0.071902): 0.254213, 12: 0.058643): 0.088845, ((14: 0.233687, 15: 0.087717): 0.084756, ((36: 0.703106, (43: 0.513543, ((37: 0.272852, 38: 0.196749): 0.204600, (40: 0.326832, (42: 0.669454, 41: 0.000000): 0.190148): 0.560000): 0.320912): 0.634818): 0.000000, (((10: 0.120800, 11: 0.115307): 0.113961, (7: 0.151965, (8: 0.259655, 9: 0.005391): 0.079863): 0.055829): 0.070572, ((5: 0.148791, 6: 0.129038): 0.035894, (1: 0.254479, ((2: 0.143520, (3: 0.150322, 4: 0.091581): 0.033965): 0.048772, (28: 0.608485, (13: 0.200057, 19: 0.236149): 0.031696): 0.022142): 0.019435): 0.000000): 0.043537): 0.059919): 0.000000): 0.081735): 0.215244): 0.277610, 23: 0.133086);

((((O05894MY: 0.230401, (RUBR2PS8: 0.236966, RUBR1PS9: 0.241391): 0.123450): 0.394691, (RUBRACI5: 0.032628, O05893M3: 0.405434): 0.076474): 0.072125, (((((NORVECO1: 0.430256, (RUBLRHIg: 0.077322, (RUBLBRAJ: 0.127280, (HUPJRHOC: 0.160943, (RUBRAZO6: 0.128339, (RUBRCUP7: 0.089929, P955009P: 0.100195): 0.094350): 0.224478): 0.091069): 0.101661): 0.458878): 0.135207, (RUBRMET2: 0.189041, (P94698D1: 0.490951, (RUBRSYN4: 0.303454, O26576M1: 0.828981): 0.191480): 0.088654): 0.176727): 0.000000, (RUBR1ME1: 0.301356, RUBR2ME7: 0.212007): 0.071902): 0.254213, RUBRTHE8: 0.058643): 0.088845, ((RUBRMEG1: 0.233687, O28920AR: 0.087717): 0.084756, ((RUBRPEP7: 0.703106, (O29906AR: 0.513543, ((O50375ME: 0.272852, RUBHMET1: 0.196749): 0.204600, (O29905A1: 0.326832, (O26912M1: 0.669454, O27972A1: 0.000000): 0.190148): 0.560000): 0.320912): 0.634818): 0.000000, (((RUBRCLO3: 0.120800, RUBRCLO4: 0.115307): 0.113961, (RUBR2CL5: 0.151965, (RUBRPYR6: 0.259655, P96745C8: 0.005391): 0.079863): 0.055829): 0.070572, ((RUBRBUT5: 0.148791, RUBRHEL6: 0.129038): 0.035894, (RUBRCHL1: 0.254479, ((RUBRDES2: 0.143520, (RUBRDES3: 0.150322, Q46496DE: 0.091581): 0.033965): 0.048772, (RUBRTRE1: 0.608485, (O26259ME: 0.200057, RUBR1DE4: 0.236149): 0.031696): 0.022142): 0.019435): 0.000000): 0.043537): 0.059919): 0.000000): 0.081735): 0.215244): 0.277610, RUBR2PS2: 0.133086);

Time used:  0:02
