Neisseria meningitidis pipeline report

Input

Sample:Z5826
Analysis date:28/05/2018 - 11:32:37
Input files:Z5826_S46_L001_R1_001.fastq, Z5826_S46_L001_R2_001.fastq
Pipeline version:1.0
Analysis type:BLAST

Sections

Read trimming and basic QC

Pre-trimming

FastQC report (forward)
FastQC report (reverse)

Read trimming

Input reads pairs:311,892
Both surviving:298,999 (95.87%)
Forward only surviving:12,715 (4.08%)
Reverse only surviving:91 (0.03%)
Dropped87 (0.03%)

Trimmed reads paired (forward)
Trimmed reads paired (reverse)

Trimmed reads unpaired (forward)
Trimmed reads unpaired (reverse)

Post-trimming

FastQC report (forward)
FastQC report (reverse)

Assembly

Assembly

Assembler:SPAdes
N50:56,104
Number of contigs:1,308
Number of contigs (>1000 bases):80
Total length:2,492,565

Assembly (FASTA)

Advanced QC

Quality checks

Median coverage:53X
cgMLST genes found:1588/1605 (98.94%)
Reads mapping back to assembly:97.47%

TestForwardReverse
Average quality scorePassPass
GC contentPassPass
Maximal N-fractionPassPass
Mean Q-score dropPassPass
Per base sequence contentPassPass
Sequence length distributionPassPass

Resistance characterization

ResFinder

Gene% IdentityHSP/gene lengthContigPosition in contigAccessionAlignment
tet(B)_199.921206/1206NODE_4_length_99561_cov_31.35232110..3315AP000342view

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Last updated: 16-04-2018

ARG-ANNOT

Gene% IdentityHSP/gene lengthContigPosition in contigAccessionAlignment
(Tet)TetB99.671206/1206NODE_4_length_99561_cov_31.35232110..3315AB089594view

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Last updated: 16-04-2018

CARD

Gene% IdentityHSP/gene lengthContigPosition in contigAccessionAlignment
tet(A)99.921207/1207NODE_4_length_99561_cov_31.35232109..3315NC_020418view
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mtrC97.021240/1240NODE_6_length_81635_cov_30.755360651..61890NC_003112view
mtrR97.48634/634NODE_6_length_81635_cov_30.755362293..62926NC_011035view
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farA99.911155/1155NODE_12_length_57933_cov_28.223442359..43513NC_003112.2view
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macA96.101179/1179NODE_15_length_50247_cov_30.60346768..7946AY768531view

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Last updated: 23-03-2018

NCBI AMR genes

Locus% IdentityHSP/Locus lengthContigPosition in contigAccessionAlignment
tet(B)99.931406/1406NODE_4_length_99561_cov_31.35232010..3415NG_048164.1view

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Last updated: 23-11-2018

Sequence typing

Classic MLST

STclonal complex
7ST-5 complex

LocusAllele% IdentityHSP/locus lengthTypeAlignment
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pgm19100.00450/450DNAview

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Last updated: 28-05-2018


rplF (50S) Species identification

rplF idgenospeciescomments
1Neisseria meningitidisConfirmed

LocusAllele% IdentityHSP/locus lengthTypeAlignment
'rplF1100.00413/413DNAview

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Last updated: 28-05-2018


Bexsero antigen sequence typing (BAST)

BAST
-

LocusAllele% IdentityHSP/locus lengthTypeAlignment
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NadA_peptide8100.00405/405peptideview
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PorA_VR22-9100.0010/10peptideview
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Last updated: 28-05-2018


PorA variable regions

LocusAllele% IdentityHSP/locus lengthTypeAlignment
PorA_VR11-20100.0018/18peptideview
PorA_VR22-9100.0010/10peptideview

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Last updated: 28-05-2018


porB

LocusAllele% IdentityHSP/locus lengthTypeAlignment
porB65100.00993/993DNAview

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Last updated: 28-05-2018


FetA

LocusAllele% IdentityHSP/locus lengthTypeAlignment
FetAF3-1100.0039/39peptideview

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Last updated: 28-05-2018


Factor-H binding protein (fHbp)

LocusAllele% IdentityHSP/locus lengthTypeAlignment
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fHbp_PEPTIDEfrag_Pasteur5100.00155/155peptideview
fHbp_peptide37693.72255/255peptideview

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Last updated: 28-05-2018


Antibiotic resistance

LocusAllele% IdentityHSP/locus lengthTypeAlignment
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rpoB1100.00660/660DNAview

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Last updated: 28-05-2018


Penicillin range (penA_4):>0.06 - 1 (intermediate) [n=21]; <=0.06 (susceptible) [n=21] (Retrieved from PubMLST on 28/05/2018 - 12:30:24)
Rifampicin range (rpoB_1):<=1 (susceptible) [n=46] (Retrieved from PubMLST on 28/05/2018 - 12:30:24)

Vaccine targets

LocusAllele% IdentityHSP/locus lengthTypeAlignment
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nadA7100.001218/1218DNAview
nhba49100.001494/1494DNAview

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Last updated: 28-05-2018


cgMLST

Show / hide alleles

LocusAllele% IdentityHSP/locus lengthTypeAlignment
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Last updated: 28-05-2018


Serogroup determination

Detected serogroup: A

SerogroupGenes detected
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Last updated: 28-05-2018

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