Analizzatore del Microbioma - Software per l'analisi della composizione microbica e la relazione con le malattie autoimmuni

Analizzatore del Microbioma - Software per l'analisi della composizione microbica e la relazione con le malattie autoimmuni

Il software Analizzatore del Microbioma è uno strumento open source sviluppato da Luigi Usai e progettato per facilitare l'analisi approfondita dei dati di sequenziamento del microbioma. Il sistema integra diverse tecniche e metodologie per supportare ricercatori, clinici e studenti nello studio delle dinamiche microbiche e nella comprensione delle correlazioni con le malattie autoimmuni.

Caratteristiche principali:

• Pulizia e normalizzazione dei dati: Importa file CSV, gestisce valori mancanti, converte in formato numerico e normalizza i dati, preparando il dataset per analisi successive.

• Calcolo delle metriche di diversità: Determina indici di diversità alpha (come Shannon e Simpson) e fornisce una stima approssimativa della diversità beta, aiutando a valutare l’eterogeneità all’interno e tra campioni.

• Identificazione della disbiosi: Utilizza soglie di diversità per individuare campioni a rischio disbiosi, evidenziando potenziali anomalie nel profilo microbico.

• Analisi della struttura del microbioma: Realizza la costruzione e visualizzazione di network basati sulle correlazioni tra diverse componenti del microbioma, mettendo in luce relazioni significative.

• Approccio multidimensionale: Pur includendo metodi preliminari per l'analisi del rischio autoimmune e la generazione di raccomandazioni terapeutiche, il software mira ad espandersi ulteriormente con moduli avanzati e modelli predittivi.

Date le sue funzionalità e l’attenzione alla robustezza e modularità del codice, questo strumento rappresenta un contributo innovativo nel campo dell’analisi microbiomica, offrendo sia la possibilità di esplorazioni preliminari che di approfondite analisi statistiche e visuali.

Autore: Luigi Usai Data: 1 giugno 2025