name: EVs
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - python>=3.6
  - salmon>=1.4 # Una version < 1 hace que falle
  - picard=2.25.6 # Otras versiones entran en conflicto con java
  - openjdk=11.0.9.1 # Si usas < 11.0.3.1 no carga los archivos
  - bowtie2=2.4.5
  - krakenuniq=1.0.2
  - recentrifuge
  - star
  - bbmap
  - fq
  - fastqc
  - sortmerna
  - hisat2
  - stringtie
  - bedtools
  - kraken2
  - krakentools
  - bracken
  - taxpasta
  - multiqc
  - krona
  - falco
  - subread
  - qualimap
  - ucsc-bedclip
  - rseqc
  - ucsc-bedgraphtobigwig
  - minimap2
  - adapterremoval
  - porechop
  - filtlong
  - kaiju
  - diamond
  - fastp
  - nf-core
  - insilicoseq
  - biopython==1.78
  - pip:
      - umi_tools
      - pysam
      - cutadapt
      - docker
      - openpyxl