Gutes Forschungsdatenmanagement scheitert im Alltag manchmal an einfachen Werkzeugen. Am FLI werden Daten vor der Aufnahme in die FLI-Community bei Zenodo auf formale Datenqualität geprüft. Ein häufiger Grund für Beanstandungen sind schlecht formatierte csv-Dateien.
\nEin CSV-Validator am FLI soll Excel-Dateien und csv-Dateien lesen können und gut formatierte csv-Dateien ausgeben, denn maschinenlesbare Datenformate sind wesentlich für gelingendes Forschungsdatenmanagement. Das csv-Format kommt häufig dann zum Einsatz, wenn Daten aus Microsoft Excel heraus exportiert werden sollen oder wenn es sich um gemischte Daten handelt, die aus Text und Zahlen bestehen.
\nDie App „FLI-CSV-Validator“ wurde in Python geschrieben und mit Gunicorn verteilt. Über die Webseite kann eine Excel-Datei oder eine csv-Datei hochgeladen werden. Die App erstellt eine wohlformatierte csv-Datei. Das heißt, leere Zellen werden mit „NA“ befüllt, Dezimaltrennzeichen werden in Punkte umgewandelt, Feldseparatoren werden in Semikolons umgewandelt, Feldinhalte werden in Anführungszeichen eingeschlossen. Es gibt zahlreiche online csv-Validatoren im Internet, weil der Ansatz naheliegend ist und die technischen Herausforderungen nicht hoch sind. Ein Inhouse-Code bietet den Vorteil, volle Kontrolle über die hausinternen, spezifischen Bedarfe zu haben und eine minimalistische Oberfläche anbieten zu können. Eine Erweiterung auf weitere typische Fehlformatierungen wie doppelzeilige Überschriften wurde noch nicht umgesetzt. Eine konsequente Umwandlung der Daten in UTF-8-kodierte Zeichen steht aus.
\nDie Anwendung hilft Wissenschaftlern, ihre Daten für einen Upload bei Zenodo vorzubereiten und spart Datenkuratoren Zeit bei der Überprüfung von csv-Dateien. Sie ist Teil eines hausinternen Werkzeugkastens für das Forschungsdatenmanagment.
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\n\nAs a federal research institute and independent higher federal authority under the Federal Ministry for Food and Agriculture, the FLI has a consultative function which helps provide the scientific basis for political decision-making. The institute performs epidemiological investigations during outbreaks of animal diseases. The institute also prepares risk assessments on various infectious diseases of farm animals.
\n\nThe institute works as national Licensing Authority for in vitro diagnostics for detection of notifiable and reportable animal diseases. Furthermore, as National Contact Point the FLI scientifically supports the competent authorities on the implementation of Council Regulation (EC) No 1099/2009, article 20, regarding the protection of animals at the time of killing.
\n\nVisit the FLI website
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