Published October 31, 2024 | Version v2
Dataset Open

Water migration through enzyme tunnels is sensitive to the choice of explicit water model (DhaA)

Creators

  • 1. ROR icon Adam Mickiewicz University in Poznań
  • 2. International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw

Description

This repository contains data for the haloalkane dehalogenase DhaA. Data underpinning analyses of alditol oxidase (AldO) and cytochrome P450 2D6 (CYP2D6) are available from the related repository: https://doi.org/10.5281/zenodo.11545455

 

Content:

tt_conda.yml -> conda environment used for the calculations. 
        Usage :
         conda env create -f tt_conda.yml
         conda activate tt_conda.yml 

01_MD_simulations.tar.gz -> the files to run simulation, out and restart files from simulation and simulation analysis results, organized by models and Tunnel Conformational Groups (TCGs).

├── 01_inputs
│   ├── opc
│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1
│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2
│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4
│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1
│   │   └── TCG_d3.0_o2.5
│   ├── scripts
│   ├── tip3p
│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1
│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2
│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4
│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1
│   │   └── TCG_d3.0_o2.5
│   └── tip4pew
│       ├── TCG_d1.0_o1.1
│       ├── TCG_d1.4_o1.2
│       ├── TCG_d1.8_o1.4
│       ├── TCG_d2.5_o2.1
│       └── TCG_d3.0_o2.5
├── 02_outputs
│   ├── opc
│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1
│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2
│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4
│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1
│   │   └── TCG_d3.0_o2.5
│   ├── tip3p
│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1
│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2
│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4
│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1
│   │   └── TCG_d3.0_o2.5
│   └── tip4pew
│       ├── TCG_d1.0_o1.1
│       ├── TCG_d1.4_o1.2
│       ├── TCG_d1.8_o1.4
│       ├── TCG_d2.5_o2.1
│       └── TCG_d3.0_o2.5
└── 03_analysis

             
02_caver.tar.gz -> results of CAVER calculations, organized by models and TCGs.

├── config_files
├── opc
│   ├── TCG_d1.0_o1.1
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d1.4_o1.2
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d1.8_o1.4
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d2.5_o2.1
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   └── TCG_d3.0_o2.5
│       ├── 1
│       ├── 2
│       ├── 3
│       ├── 4
│       └── 5
├── tip3p
│   ├── TCG_d1.0_o1.1
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d1.4_o1.2
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d1.8_o1.4
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d2.5_o2.1
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   └── TCG_d3.0_o2.5
│       ├── 1
│       ├── 2
│       ├── 3
│       ├── 4
│       └── 5
└── tip4pew
    ├── TCG_d1.0_o1.1
    │   ├── 1
    │   ├── 2
    │   ├── 3
    │   ├── 4
    │   └── 5
    ├── TCG_d1.4_o1.2
    │   ├── 1
    │   ├── 2
    │   ├── 3
    │   ├── 4
    │   └── 5
    ├── TCG_d1.8_o1.4
    │   ├── 1
    │   ├── 2
    │   ├── 3
    │   ├── 4
    │   └── 5
    ├── TCG_d2.5_o2.1
    │   ├── 1
    │   ├── 2
    │   ├── 3
    │   ├── 4
    │   └── 5
    └── TCG_d3.0_o2.5
        ├── 1
        ├── 2
        ├── 3
        ├── 4
        └── 5

03_aquaduct.tar.gz -> results of AQUA-DUCT calculations, organized by models and TCGs.  

├── opc
│   ├── TCG_d1.0_o1.1
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d1.4_o1.2
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d1.8_o1.4
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d2.5_o2.1
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   └── TCG_d3.0_o2.5
│       ├── 1
│       ├── 2
│       ├── 3
│       ├── 4
│       └── 5
├── tip3p
│   ├── TCG_d1.0_o1.1
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d1.4_o1.2
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d1.8_o1.4
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── TCG_d2.5_o2.1
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   └── TCG_d3.0_o2.5
│       ├── 1
│       ├── 2
│       ├── 3
│       ├── 4
│       └── 5
└── tip4pew
    ├── TCG_d1.0_o1.1
    │   ├── 1
    │   ├── 2
    │   ├── 3
    │   ├── 4
    │   └── 5
    ├── TCG_d1.4_o1.2
    │   ├── 1
    │   ├── 2
    │   ├── 3
    │   ├── 4
    │   └── 5
    ├── TCG_d1.8_o1.4
    │   ├── 1
    │   ├── 2
    │   ├── 3
    │   ├── 4
    │   └── 5
    ├── TCG_d2.5_o2.1
    │   ├── 1
    │   ├── 2
    │   ├── 3
    │   ├── 4
    │   └── 5
    └── TCG_d3.0_o2.5
        ├── 1
        ├── 2
        ├── 3
        ├── 4
        └── 5

          

04_transport_tools.tar.gz -> the results of TransportTools and analysis done from TransportTools results.

├── bottleneck_analyses
│   ├── data
│   │   └── super_clusters
│   ├── statistics
│   │   └── comparative_analysis
│   └── visualization
│       ├── comparative_analysis
│       └── sources
├── overall_results
│   ├── data
│   │   ├── exact_matching_analysis
│   │   └── super_clusters
│   ├── statistics
│   │   └── comparative_analysis
│   └── visualization
│       ├── comparative_analysis
│       └── sources
└── scripts
    ├── bottleneck_residues
    ├── presence_of_tunnels
    └── water_transport_analysis
        └── output


05_hbonds.tar.gz -> contains raw results of hydrogen bond analysis of transported waters for P1 tunnel of DhaA  

 

06_control_NVE_calculations.tar.gz -> data obtained from NVE simulations of DhaA TCG o1.4d1.8 and files necessary to reproduce

├── 01_MD_simulations
│   ├── 01_inputs
│   │   ├── configs
│   │   │   ├── NVE_equil.in
│   │   │   ├── NVE_prod.in
│   │   │   ├── NVT_cool.in
│   │   │   └── NVT_equil.in
│   │   ├── opc
│   │   ├── tip3p
│   │   └── tip4pew
│   └── 02_outputs
│       ├── opc
│       ├── tip3p
│       └── tip4pew
├── 02_caver
│   ├── configs
│   │   ├── calculate_tunnels.txt
│   │   └── clustering.txt
│   ├── opc
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── tip3p
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   └── tip4pew
│       ├── 1
│       ├── 2
│       ├── 3
│       ├── 4
│       └── 5
├── 03_aquaduct
│   ├── opc
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   ├── tip3p
│   │   ├── 1
│   │   ├── 2
│   │   ├── 3
│   │   ├── 4
│   │   └── 5
│   └── tip4pew
│       ├── 1
│       ├── 2
│       ├── 3
│       ├── 4
│       └── 5
└── 04_transport_tools
    ├── data
    ├── statistics
    ├── transport_tools.log
    ├── tt_config.in
    └── visualization

 

Notes (English)

This work was supported by the National Science Centre, Poland (grant no. 2017/26/E/NZ1/00548).  The simulations were performed at the Poznan supercomputing center.

Files

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Preprint: 10.1101/2023.08.14.553223 (DOI)