BootStrap: docker
From: nvidia/cuda:8.0-cudnn6-runtime-ubuntu16.04

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%labels
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MAINTAINER Ovcharenko Group

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%environment
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export PATH=/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/local/cuda/bin:
export PYTHONPATH=/usr/share/pdb2pqr:

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%post
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### install keras + tensorflow + other useful packages
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apt-get update
apt-get install -y graphviz locales python python-pip git python-vtk pdb2pqr python-pandas zlib1g-dev
locale-gen en_US.UTF-8
apt-get clean

pip install --upgrade pip
python -m pip install tensorflow-gpu==1.4.1
python -m pip install keras==2.1.2
python -m pip install setuptools wheel Pillow scikit-learn matplotlib ipython==5.5.0
python -m pip install --upgrade notebook
python -m pip install cython
python -m pip install seaborn
python -m pip install Biopython
python -m pip install Tensorboard
python -m pip install pysam==0.13
python -m pip install pybedtools
python -m pip install h5py
python -m pip install hyperas
python -m pip install networkx==1.11
python -m pip install pandas
python -m pip install np_utils