#!/bin/bash

current=$(pwd)
resid='28-173'
ligid='180'
systems=( 'apo_nsub' 'apo_nsub_F67A'  'apo_nsub_Y75A' 'apo_nsub_F158A'  'pk150_nsub' 'pk150_nsub_F67A' 'pk150_nsub_Y75A' 'pk150_nsub_F158A' 'apo_nsub_3A' 'pk150_nsub_3A' 'ab106_nsub')


for i_sys in $(seq 2 2); do
	system=${systems[$i_sys]}
	cpptraj=$system'.cpptraj'
	mkdir $system
	# align structures
	prmtop=$system'.prmtop'
	prmtop_stripped=$system"/"$system'_stripped.prmtop'
	output_prefix=$system"/"$system
	for run in $(seq 1 1);do 
		nc='../traj/'$system'_'$run'.dcd'
		echo 'parm '$prmtop > $cpptraj
		echo 'trajin '$nc >> $cpptraj
		echo "reference reference_apo_nsub.pdb" >> $cpptraj
		echo "align reference :$resid" >> $cpptraj
		echo 'strip !(:1-173)' >> $cpptraj
		echo "trajout "$output_prefix"_"$run"_aligned.dcd" >> $cpptraj
		echo 'run' >> $cpptraj
		echo 'clear trajin action' >> $cpptraj
		echo 'parmstrip !(:1-173)' >> $cpptraj
		echo 'parmwrite out '$prmtop_stripped >> $cpptraj
		cpptraj -i $cpptraj
		# output pdb
		ambpdb -p $prmtop_stripped -c $output_prefix"_"$run"_aligned.dcd" > $output_prefix".pdb" 
		# mdp
		# -m 
		# -M 
		# -i 
		# -n 
		mdpocket --trajectory_file $output_prefix"_"$run"_aligned.dcd"   --trajectory_format dcd -f $output_prefix".pdb"  --selected_pocket allosteric_pocket.pdb -o $output_prefix"_"$run"_water_pocket" &  
        	mdpocket --trajectory_file $output_prefix"_"$run"_aligned.dcd"   --trajectory_format dcd -f $output_prefix".pdb"  --selected_pocket substrate_pocket.pdb -o $output_prefix"_"$run"_substrate_pocket"
	done

done


