#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-jonmee
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --mem=20G
#SBATCH --mail-user=jmee@mtroyal.ca
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=02_Tajima_%j.out
#SBATCH --job-name=02_Tajima 

module load StdEnv/2020 vcftools/0.1.16

vcftools --vcf AST_snps.vcf --TajimaD 100000 --out AST_D_100K
vcftools --vcf AST_snps.vcf --TajimaD 10000 --out AST_D_10K
vcftools --vcf AST_snps.vcf --TajimaD 1000 --out AST_D_1K

vcftools --vcf MUI_snps.vcf --TajimaD 100000 --out MUI_D_100K
vcftools --vcf MUI_snps.vcf --TajimaD 10000 --out MUI_D_10K
vcftools --vcf MUI_snps.vcf --TajimaD 1000 --out MUI_D_1K

vcftools --vcf SHU_snps.vcf --TajimaD 100000 --out SHU_D_100K
vcftools --vcf SHU_snps.vcf --TajimaD 10000 --out SHU_D_10K
vcftools --vcf SHU_snps.vcf --TajimaD 1000 --out SHU_D_1K

