14_HiC_on_genome_with_phased_core_complete ├── bin │   ├── __pycache__ │   │   ├── hic_interaction_helper.cpython-37.pyc │   │   └── hic_interaction_helper.cpython-39.pyc │   ├── filter_read_pairs.py │   ├── generate_genome_size_file.py │   ├── generate_hicpro_config.sh │   └── homer_matrix_sorting.R ├── complete_HiC-Pro_hicsd_pipeline.sh ├── hic_pro.yaml ├── hicsd_env.yaml ├── input │   ├── Chr9_ordered_chromosomes_v10.txt │   ├── Chr9_unordered_chromosomes_v10.txt │   ├── HGAP3_Tb427v10_phased_diploid_core.fasta │   ├── HGAP3_Tb427v10_phased_diploid_core.fasta.sizes │   ├── HGAP3_Tb427v10_phased_diploid_core.fasta_mboi.bed │   ├── config-hicpro.txt │   ├── ordered_chromosomes_subtelomeres_v10.txt │   ├── raw_reads │   │   ├── SM_Lib1_R1.fq.gz │   │   ├── SM_Lib1_R2.fq.gz │   │   ├── SM_Lib2_R1.fq.gz │   │   ├── SM_Lib2_R2.fq.gz │   │   ├── SM_Lib3_R1.fq.gz │   │   └── SM_Lib3_R2.fq.gz │   └── unordered_chromosomes_subtelomeres_v10.txt ├── output │   ├── HiC-Pro_merged_replicates_reads │   │   └── SM │   │   ├── SM.allValidPairs │   │   └── SM_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.validPairs │   ├── HiC-Pro_results │   │   ├── bowtie_results │   │   │   └── bwt2 │   │   │   ├── SM_Lib1 │   │   │   │   ├── SM_Lib1_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.bam │   │   │   │   └── SM_Lib1_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.pairstat │   │   │   ├── SM_Lib2 │   │   │   │   ├── SM_Lib2_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.bam │   │   │   │   └── SM_Lib2_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.pairstat │   │   │   └── SM_Lib3 │   │   │   ├── SM_Lib3_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.bam │   │   │   └── SM_Lib3_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.pairstat │   │   ├── config-hicpro.txt │   │   ├── hic_results │   │   │   ├── data │   │   │   │   ├── SM_Lib1 │   │   │   │   │   ├── SM_Lib1.allValidPairs │   │   │   │   │   ├── SM_Lib1_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.RSstat │   │   │   │   │   └── SM_Lib1_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.validPairs │   │   │   │   ├── SM_Lib2 │   │   │   │   │   ├── SM_Lib2.allValidPairs │   │   │   │   │   ├── SM_Lib2_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.RSstat │   │   │   │   │   └── SM_Lib2_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.validPairs │   │   │   │   └── SM_Lib3 │   │   │   │   ├── SM_Lib3.allValidPairs │   │   │   │   ├── SM_Lib3_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.RSstat │   │   │   │   └── SM_Lib3_Tb427v10_phased_core.bwt2pairs.validPairs │   │   │   ├── matrix │   │   │   │   ├── SM_Lib1 │   │   │   │   │   ├── iced │   │   │   │   │   │   ├── 100000 │   │   │   │   │   │   │   ├── SM_Lib1_100000_iced.matrix │   │   │   │   │   │   │   └── SM_Lib1_100000_iced.matrix.biases │   │   │   │   │   │   └── 50000 │   │   │   │   │   │   ├── SM_Lib1_50000_iced.matrix │   │   │   │   │   │   └── SM_Lib1_50000_iced.matrix.biases │   │   │   │   │   └── raw │   │   │   │   │   ├── 100000 │   │   │   │   │   │   ├── SM_Lib1_100000.matrix │   │   │   │   │   │   └── SM_Lib1_100000_abs.bed │   │   │   │   │   └── 50000 │   │   │   │   │   ├── SM_Lib1_50000.matrix │   │   │   │   │   └── SM_Lib1_50000_abs.bed │   │   │   │   ├── SM_Lib2 │   │   │   │   │   ├── iced │   │   │   │   │   │   ├── 100000 │   │   │   │   │   │   │   ├── SM_Lib2_100000_iced.matrix │   │   │   │   │   │   │   └── SM_Lib2_100000_iced.matrix.biases │   │   │   │   │   │   └── 50000 │   │   │   │   │   │   ├── SM_Lib2_50000_iced.matrix │   │   │   │   │   │   └── SM_Lib2_50000_iced.matrix.biases │   │   │   │   │   └── raw │   │   │   │   │   ├── 100000 │   │   │   │   │   │   ├── SM_Lib2_100000.matrix │   │   │   │   │   │   └── SM_Lib2_100000_abs.bed │   │   │   │   │   └── 50000 │   │   │   │   │   ├── SM_Lib2_50000.matrix │   │   │   │   │   └── SM_Lib2_50000_abs.bed │   │   │   │   └── SM_Lib3 │   │   │   │   ├── iced │   │   │   │   │   ├── 100000 │   │   │   │   │   │   ├── SM_Lib3_100000_iced.matrix │   │   │   │   │   │   └── SM_Lib3_100000_iced.matrix.biases │   │   │   │   │   └── 50000 │   │   │   │   │   ├── SM_Lib3_50000_iced.matrix │   │   │   │   │   └── SM_Lib3_50000_iced.matrix.biases │   │   │   │   └── raw │   │   │   │   ├── 100000 │   │   │   │   │   ├── SM_Lib3_100000.matrix │   │   │   │   │   └── SM_Lib3_100000_abs.bed │   │   │   │   └── 50000 │   │   │   │   ├── SM_Lib3_50000.matrix │   │   │   │   └── SM_Lib3_50000_abs.bed │   │   │   ├── pic │   │   │   │   ├── SM_Lib1 │   │   │   │   │   ├── plotHiCFragment_SM_Lib1.pdf │   │   │   │   │   └── plotMappingPairing_SM_Lib1.pdf │   │   │   │   ├── SM_Lib2 │   │   │   │   │   ├── plotHiCFragment_SM_Lib2.pdf │   │   │   │   │   └── plotMappingPairing_SM_Lib2.pdf │   │   │   │   └── SM_Lib3 │   │   │   │   ├── plotHiCFragment_SM_Lib3.pdf │   │   │   │   └── plotMappingPairing_SM_Lib3.pdf │   │   │   └── stats │   │   │   ├── SM_Lib1 │   │   │   │   ├── SM_Lib1.mRSstat │   │   │   │   ├── SM_Lib1.mpairstat │   │   │   │   └── SM_Lib1_allValidPairs.mergestat │   │   │   ├── SM_Lib2 │   │   │   │   ├── SM_Lib2.mRSstat │   │   │   │   ├── SM_Lib2.mpairstat │   │   │   │   └── SM_Lib2_allValidPairs.mergestat │   │   │   └── SM_Lib3 │   │   │   ├── SM_Lib3.mRSstat │   │   │   ├── SM_Lib3.mpairstat │   │   │   └── SM_Lib3_allValidPairs.mergestat │   │   ├── iced_HiC-Pro_matrices_in_homer_format │   │   │   ├── SM_Lib1_100000_homer.txt │   │   │   ├── SM_Lib1_50000_homer.txt │   │   │   ├── SM_Lib2_100000_homer.txt │   │   │   ├── SM_Lib2_50000_homer.txt │   │   │   ├── SM_Lib3_100000_homer.txt │   │   │   └── SM_Lib3_50000_homer.txt │   │   ├── logs │   │   │   ├── SM_Lib1 │   │   │   │   ├── build_raw_maps.log │   │   │   │   ├── ice_100000.log │   │   │   │   ├── ice_50000.log │   │   │   │   ├── make_Rplots.log │   │   │   │   ├── mapped_2hic_fragments.log │   │   │   │   ├── mergeSAM.log │   │   │   │   ├── merge_stats.log │   │   │   │   ├── merge_valid_interactions.log │   │   │   │   ├── plot_hic_fragment.Rout │   │   │   │   └── plot_pairing_portion.Rout │   │   │   ├── SM_Lib2 │   │   │   │   ├── build_raw_maps.log │   │   │   │   ├── ice_100000.log │   │   │   │   ├── ice_50000.log │   │   │   │   ├── make_Rplots.log │   │   │   │   ├── mapped_2hic_fragments.log │   │   │   │   ├── mergeSAM.log │   │   │   │   ├── merge_stats.log │   │   │   │   ├── merge_valid_interactions.log │   │   │   │   ├── plot_hic_fragment.Rout │   │   │   │   └── plot_pairing_portion.Rout │   │   │   └── SM_Lib3 │   │   │   ├── build_raw_maps.log │   │   │   ├── ice_100000.log │   │   │   ├── ice_50000.log │   │   │   ├── make_Rplots.log │   │   │   ├── mapped_2hic_fragments.log │   │   │   ├── mergeSAM.log │   │   │   ├── merge_stats.log │   │   │   ├── merge_valid_interactions.log │   │   │   ├── plot_hic_fragment.Rout │   │   │   └── plot_pairing_portion.Rout │   │   ├── rawdata -> /work/project/ladsie_003/14_HiC_on_genome_with_phased_core/output/HiC-Pro_results/hic_results/matrix/ │   │   └── tmp │   ├── HiC-Pro_results_based_on_merged_replicates │   │   ├── config-hicpro.txt │   │   ├── hic_results │   │   │   └── matrix │   │   │   └── SM │   │   │   ├── iced │   │   │   │   ├── 100000 │   │   │   │   │   ├── SM_100000_iced.matrix │   │   │   │   │   └── SM_100000_iced.matrix.biases │   │   │   │   └── 50000 │   │   │   │   ├── SM_50000_iced.matrix │   │   │   │   └── SM_50000_iced.matrix.biases │   │   │   └── raw │   │   │   ├── 100000 │   │   │   │   ├── SM_100000.matrix │   │   │   │   └── SM_100000_abs.bed │   │   │   └── 50000 │   │   │   ├── SM_50000.matrix │   │   │   └── SM_50000_abs.bed │   │   ├── iced_HiC-Pro_matrices_in_homer_format │   │   │   ├── SM_100000_homer.txt │   │   │   └── SM_50000_homer.txt │   │   ├── iced_HiC-Pro_matrices_in_homer_format_col_sum_normalized │   │   │   ├── Chr9_ordered_chromosomes_SM_100000_homer.txt │   │   │   ├── Chr9_ordered_chromosomes_SM_50000_homer.txt │   │   │   ├── Chr9_unordered_chromosomes_SM_100000_homer.txt │   │   │   ├── Chr9_unordered_chromosomes_SM_50000_homer.txt │   │   │   ├── SM_100000_homer.txt │   │   │   ├── SM_50000_homer.txt │   │   │   ├── ordered_chromosomes_subtelomeres_SM_100000_homer.txt │   │   │   ├── ordered_chromosomes_subtelomeres_SM_50000_homer.txt │   │   │   ├── unordered_chromosomes_subtelomeres_SM_100000_homer.txt │   │   │   └── unordered_chromosomes_subtelomeres_SM_50000_homer.txt │   │   ├── logs │   │   │   └── SM │   │   │   ├── build_raw_maps.log │   │   │   ├── ice_100000.log │   │   │   └── ice_50000.log │   │   ├── rawdata -> /work/project/ladsie_003/14_HiC_on_genome_with_phased_core/output/HiC-Pro_results_based_on_merged_replicates/hic_results/matrix/ │   │   └── tmp │   ├── HiCUP_digested_reads │   │   ├── SM_Lib1_R1.fq.gz.truncation_barchart.svg │   │   ├── SM_Lib1_R1.trunc.fastq.gz │   │   ├── SM_Lib1_R2.fq.gz.truncation_barchart.svg │   │   ├── SM_Lib1_R2.trunc.fastq.gz │   │   ├── SM_Lib2_R1.fq.gz.truncation_barchart.svg │   │   ├── SM_Lib2_R1.trunc.fastq.gz │   │   ├── SM_Lib2_R2.fq.gz.truncation_barchart.svg │   │   ├── SM_Lib2_R2.trunc.fastq.gz │   │   ├── SM_Lib3_R1.fq.gz.truncation_barchart.svg │   │   ├── SM_Lib3_R1.trunc.fastq.gz │   │   ├── SM_Lib3_R2.fq.gz.truncation_barchart.svg │   │   ├── SM_Lib3_R2.trunc.fastq.gz │   │   └── hicup_truncater_summary_HeXYlzVaqS_21-15-25_21-04-2021.txt │   ├── SM_Lib1_R1.fq.gz_cutadapt_stats.txt │   ├── SM_Lib2_R1.fq.gz_cutadapt_stats.txt │   ├── SM_Lib3_R1.fq.gz_cutadapt_stats.txt │   ├── bwa_alignments │   │   ├── HiC-Pro_style │   │   │   ├── SM_Lib1 │   │   │   │   ├── SM_Lib1_R1_Tb427v10_phased_core.bwt2merged.bam -> ../../SM_Lib1_R1_sorted_by_name_pairs.bam │   │   │   │   └── SM_Lib1_R2_Tb427v10_phased_core.bwt2merged.bam -> ../../SM_Lib1_R2_sorted_by_name_pairs.bam │   │   │   ├── SM_Lib2 │   │   │   │   ├── SM_Lib2_R1_Tb427v10_phased_core.bwt2merged.bam -> ../../SM_Lib2_R1_sorted_by_name_pairs.bam │   │   │   │   └── SM_Lib2_R2_Tb427v10_phased_core.bwt2merged.bam -> ../../SM_Lib2_R2_sorted_by_name_pairs.bam │   │   │   └── SM_Lib3 │   │   │   ├── SM_Lib3_R1_Tb427v10_phased_core.bwt2merged.bam -> ../../SM_Lib3_R1_sorted_by_name_pairs.bam │   │   │   └── SM_Lib3_R2_Tb427v10_phased_core.bwt2merged.bam -> ../../SM_Lib3_R2_sorted_by_name_pairs.bam │   │   ├── SM_Lib1_R1.bam │   │   ├── SM_Lib1_R1_sorted_by_name.bam │   │   ├── SM_Lib1_R1_sorted_by_name_pairs.bam │   │   ├── SM_Lib1_R1_sorted_by_pos.bam │   │   ├── SM_Lib1_R1_sorted_by_pos.bam.bai │   │   ├── SM_Lib1_R2.bam │   │   ├── SM_Lib1_R2_sorted_by_name.bam │   │   ├── SM_Lib1_R2_sorted_by_name_pairs.bam │   │   ├── SM_Lib1_R2_sorted_by_pos.bam │   │   ├── SM_Lib1_R2_sorted_by_pos.bam.bai │   │   ├── SM_Lib2_R1.bam │   │   ├── SM_Lib2_R1_sorted_by_name.bam │   │   ├── SM_Lib2_R1_sorted_by_name_pairs.bam │   │   ├── SM_Lib2_R1_sorted_by_pos.bam │   │   ├── SM_Lib2_R1_sorted_by_pos.bam.bai │   │   ├── SM_Lib2_R2.bam │   │   ├── SM_Lib2_R2_sorted_by_name.bam │   │   ├── SM_Lib2_R2_sorted_by_name_pairs.bam │   │   ├── SM_Lib2_R2_sorted_by_pos.bam │   │   ├── SM_Lib2_R2_sorted_by_pos.bam.bai │   │   ├── SM_Lib3_R1.bam │   │   ├── SM_Lib3_R1_sorted_by_name.bam │   │   ├── SM_Lib3_R1_sorted_by_name_pairs.bam │   │   ├── SM_Lib3_R1_sorted_by_pos.bam │   │   ├── SM_Lib3_R1_sorted_by_pos.bam.bai │   │   ├── SM_Lib3_R2.bam │   │   ├── SM_Lib3_R2_sorted_by_name.bam │   │   ├── SM_Lib3_R2_sorted_by_name_pairs.bam │   │   ├── SM_Lib3_R2_sorted_by_pos.bam │   │   └── SM_Lib3_R2_sorted_by_pos.bam.bai │   ├── bwa_index │   │   ├── Tb427v10_phased_core.amb │   │   ├── Tb427v10_phased_core.ann │   │   ├── Tb427v10_phased_core.bwt │   │   ├── Tb427v10_phased_core.pac │   │   └── Tb427v10_phased_core.sa │   ├── clipped_and_trimmed_reads │   │   ├── SM_Lib1_R1.fq.gz │   │   ├── SM_Lib1_R2.fq.gz │   │   ├── SM_Lib2_R1.fq.gz │   │   ├── SM_Lib2_R2.fq.gz │   │   ├── SM_Lib3_R1.fq.gz │   │   └── SM_Lib3_R2.fq.gz │   └── heatmaps │   ├── Chr9_ordered_chromosomes_SM_100000_homer.pdf │   ├── Chr9_ordered_chromosomes_SM_100000_homer.png │   ├── Chr9_ordered_chromosomes_SM_50000_homer.pdf │   ├── Chr9_ordered_chromosomes_SM_50000_homer.png │   ├── Chr9_unordered_chromosomes_SM_100000_homer.pdf │   ├── Chr9_unordered_chromosomes_SM_100000_homer.png │   ├── Chr9_unordered_chromosomes_SM_50000_homer.pdf │   ├── Chr9_unordered_chromosomes_SM_50000_homer.png │   ├── ordered_chromosomes_subtelomeres_SM_100000_homer.pdf │   ├── ordered_chromosomes_subtelomeres_SM_100000_homer.png │   ├── ordered_chromosomes_subtelomeres_SM_50000_homer.pdf │   ├── ordered_chromosomes_subtelomeres_SM_50000_homer.png │   ├── unordered_chromosomes_subtelomeres_SM_100000_homer.pdf │   ├── unordered_chromosomes_subtelomeres_SM_100000_homer.png │   ├── unordered_chromosomes_subtelomeres_SM_50000_homer.pdf │   └── unordered_chromosomes_subtelomeres_SM_50000_homer.png └── slurm-636040.out 78 directories, 222 files