>KX494871.1 Human rhinovirus B91 isolate ZJ2015_001, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-tt---ccccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtacttt-gtacctttgtacgcctgtttctc---------------------c cc---------tccc-tcc----caacctatacaatcc---------------------- ------cagtaac---ttagaagtt-ttgaac-------tgt-tgtacaatagg-tatcg tcacatccag-----tggcgg-ttggtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagatggccaccgctgtcaaaagctctta--accgttatccgccaattaactacgc aacggctagtaaca-tcatgcc---gcctttggggcgttcgatcaggtgag----tgcac cc--ctcactagtctggtcgatgaggctgagaattccccacgggtgaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagcctat-----gct----------gggacgcctta-attgtg acatggtgtgaagacccacgtgtgcttaattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aacctaaaccctggagccttgtgacacaatccagtgttggcaaggtcgtaatgagtaatt ctgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-tttaa-- ----attgttcttatggtcacaa-tataa-gca--------------------tatatat tgtgatcatgggtgcgcaagtgtctacgcagaaaagtggttcgcacgagaatcaaaacat tttaactaatggttcaacacaacactttacagtcatcaactattacaaggatgctgcaag ttcatcatctgctggtcagtctttttcaatggatccatccaaatttactgagcctgtcaa agacatcatgttgaaaggagcacctgctttgaactcccctaatgtggaggcatgtggtta tagtgacagagtacaacaaatcacacttggaaactcaacaatcacaacccaagaggcagc aaatgcggttgtagcttatgcagaatggcctagttacttgccagatagtgacgcaagtga tgtaaataaaacttcaaagcctgatacatcagtgtgtaggttttacactttggacagtaa aacatggaccagagaatctaaagggtggtgttggaagcttccagatgcactaaaagacat gggagtgtttggacagaacatgttctttcatgctttggggaggacaggatatactatcca tgtgcaatgtaatgccactaagttccacagcggatgtctcttggtggttgttatccctga acaccagctagcttcacacacagaagggaacgtgtctgttaaatacaaatacacacatcc tggtgaacaaggtatagaattaagcaaagtggctgaag---------------------- -aaggaggagcatcacatgacccagtatactctatgaatggtactttgatagggaatctc ttgatttttccacatcaattcatcaatcttagaacaaacaacacagccacgattattgtt ccttacataaattcagtaccaatggactctatgaccaggcataataatctatccctacta gtcattccagttgtgccgttgataaacccagtaggaatgtccacaa---taataccagtt acagtgaccattgcacccatgtgcacagaattttcaggcatcagatcacaagccgtca-- -gggtg------------------------------------------caaggcttgccc accttaaccacccccggatctggtcagtttctaacaacagatgatagacagtcacccagt gcaatgcccaattatgagccaactccaccaatacacattcctggggaggtccataatctc ctagaaatcatacaagtggacacccttattcccatgaacaacaaaggtgcc------atc gacaccttggaagagtatcgcatccctcttgcagttgat---------aagaaagatgag caaatatttggtaccagactgttcataggggatggagtgtttaaaaccacactatttgga gaaattgcacagtattacacccactggtcaggctccatcaggatctctctaatgtataca ggccctgcactatcaagtgctaaattaatcttggcatatactccaccaggaactgcggga cctacaaccagaagggaagcaatgcttggcacgcatgttgtctgggatgttggtctgcag tcaacagttgttatgaacataccatggacatctggtgtgcaattcaggtatacagatcct gacacatacactagtgctggacacatctcatgttggtatcagacatccctcattttaccg ccagatacaacaggtgctgtacaccttttggcattcattagtgcatgtccagatttcaag ttaaggcttatgaaagatacccaaacaatatcacaaacagaagctctcacagaagga--- ------tttgaaggtgagttggaagaagttgttattgacaaaatgaaacaggtaacagct tcaactcagagcggatcaaaacatactcagaaggtaccagcactaagtgcaaatgagact ggggctactttacctacaaatccatctgataacgtggaaaccagaaccacatatatgcat tacactggatcagagaccacgttggaaaactttctaggtcgatcagcttgtgtccatata acagaaattcaaaaca-aattgcccattaaacccacagaagaaggtggtaaaatgaagaa cacccacaaggaa---cagaa---attatttaatgactggaagataaatctatccagttt ggtgcagtttaggaaaaagttagaacttttcacttatgtaaggtttgattctgaatacac aatactagcaacagcctcacaacctgaaacagcccagtatgccagcaacttgacagtgca agcaatgtatgtccctccaggtgcaccaaatcctatcaaatgggacgattacacatggca gagtgcttcaaaccctagtgtcttctttgaggtcggtaaaatgg---ctagatttagtgt accctttataggtattgcttcagcttacaactgtttctatgatggatactcacatgataa tgaa------gacacaccatatggtataaatgttctgaaccatatgggtagtatagcatt taggatagttaatgatcatgatgtacatacaacccttgtcaaaattagagttttccatag gcctaaacacattagagcttggataccaagaccacccagagcgctgccttacacttctat aggaaggaccaactttccaacc------------------------------------a- --gccatagcaaggtcatagccacaagaga---------a---agcatcacc-------- -----------act------------tatggtggaaactccaggtttggagcagtgtaca cctgtaattataaaataatgaattaccacctaatgacacatgaag------accatctga accttttgactccttactacaacagagatctagcagtagtagcaacaggtgcacaaggct cagaaacaatcccacattgcagttgcacttcaggagtctattactctcagtattacaaaa aatactacccaataatatgtgacaaacctacaaatatatggattgaaggaggaaattatt atcccagtagatttcaatcaggggtcatgaaaggtgttggtccagctgaacctggggatt gtggtggaatcttgcgttgtgtacatggtccaatcggcctgttgacagcaggtggaagcg ggtatgtatgctttgcagatattagacagttgg---acttcattgctgaaacacaagg-- -catcactgactatataacaagcttgggaaaagcatttggtgtgggtttcacagatcaaa tttcagcaaaggtttcagaactccaggatagtgtcaaggattacataaatgtcaaaatac tttccaaagtagtcaaaatgatatctgcgttagtaatcatatgcagaaatcatgaagatt tggtcacagtcactgctacattagcactgcttggttgtgatgggtcgccttggagatttc tcaagatgtacatatcaaagcattttcaggtgccctacatagaaaggcaagctaatgatg gatggttcagaaagttcaatgatgcttgcaatgcagccaagggtttagaatggatagcaa acaagatttccaagttaatagaatggataaagacaaagataatcccacaagcaaaagaga agctagatttttgcaaaagactcaaacagttagatatgatggaaaggcagattgcaacga tgcatgtttctaatccaacacaggagaaaagagaacaacttttcaacaatgttttatggt tggagcaaatgtcacagaaatttgccccactatatgcagtagaagctagaaggattaaag aattaaaaacaaagatggtaaactacatgcagttcaaatctaagcaaagaactgaaccag tttgtgtcttgatacacggctctcccggatcaggaaaatcattaaccacatccatcattg gcagagctatagcagaaaggttcaaatccacagtttactctcttcctccagatccaaaac attttgatggttaccaacaacaagaagtggtgatcatggatgatttaaatcaaaatccag atggtcaagatattagcatgttctgccagatggtttcatcagttgattttataccaccta tggctagtttagataacaaaggaattctattcaccagtaactttgttcttgcatcaacta actctaatacacttagtcctccaacaattttaaacccagaagcactagctagaaggtttg gatttgatttagatatttgtttgcatactacctatactaaatct---ggaaaattgaatg cagcaatggcaacagaactctgcaaagactgtcacaagcccagtaactttaacagatgtt gtcctctgatttgtggtaaagcaattagtcttgtagatcgaacctccaatgttaggtaca gtttagaccagctagttactgcaatcataactgattttaataacaaattgaagatcacag attcactggaagttttgtttcaaggccctgtttacaaagacttggagatagacatccata gtacacctccacctgaatgtatcagtgacttgctcaaatctgttgattctgaagaaatca gagaatactgtaaacagaagaattggctcattccagagatcccaacaaacatagaaagag cagtaaaccaagccagtaccataattaataccatcttaatgtttgtaagcacacttggga tcctttatgtgatatacaagttatttgcacaaacacaaggtccatactcaggcaacccct cacataccaaattaaaaccacctactttacgacaagtggtggtccaagggccaaatactg aatttgctttatcccttctcagaaagaacataatcaccatcaccaccgctaagggagagt ttacagcactagggattcatgatagggtttgcgtggtgcccacacactcgcaacctgatg atgaagtgttagttaatggacaaccagtgaaacttaaagacaagtacaagttgctagatt cagaaaataccaacttagaattaactatattagtactagacaggaatgaaaagttcagag acataagagcattcatagcagatgatcca---gagggtatggagggaactttagtaataa actcaaataactttaaagacaccatactagaagtagggcagttgacttttgctggcctga taaatctcagtagcgttccaacaaatcgaatgatacgctacgagtatcccacaagaacag gtcagtgtggtggtgttttatgctcaactggcaaaatttatggaatccatgttggtggca atggtcgccaaggcttttctgcacaacttaagaaacagtattttgttgaaaaacaaggag caatcatcagcaaaaggaatgtaagagaattaggtttgaaacccattaacactcctacca aaacaaaacttcaccccagtgttttctatgatgtctttccggggtcaaaagaaccagcag cactaaatgactctgatcccagactcgaggttaacctgcgtgattccctgttctctaaat ataaagggaacatagaaactaacatcacagaaaatatgcaggttgctattgaccagtact caggtcaattactaacattggacatacctacaagtgaactatcactcaaggaagccctat acgggacggacggcttggaaccaattgacatcaacaccagcgccggttacccgtatgtaa gcttggggataaagaaaagagacatattaaacaaggacactcaagatgttgctaagatgg agcactacttagataaatatggtattgatctgccactggtcacatatataaaagatgaac tcagaagtaaagataagattaggctaggaaaaagtagattaattgaagcatctagcttga atgactcagtgaatatgagagtgaaattaggcaacctatataaggccttccacacaaacc ctggggtgattactggttcagcagtgggatgtgatccagacacattttggtccatcatac catgtcttatggatggacaac---taatggcatttgattattcaaactttgatgcttctc tgtctccagtatggttcaagtgccttgaacaagttctttccaaacttgggttcaaacact ccaatttgattcaaacaatatgtaatacacaccacatattcagggatgaaatctatgagg ttgaaggaggtatgccatcaggatgttcaggtaccagtatcttcaactcaatgataaata acataatcattagaacattgatactggatgtttataaaggtattgatcttgataagctca aagtgattgcctatggtgatgatctcattgtatcttatccatttgaattacaaccagaat tactagcacttgctggcaagaaatatggtctcacaattacacctccagataaatcagaaa aatttgtaaaaacaacatgggaaaatgtgacattcctgaagaggtattttagacctgacc cccaataccctttcctcattcacccagtaatgccaatgcaggacatacacgaatccatca gatggacgcgtgatcccaaaaacacacaagaccacgtacgttctctgtgtatgttagctt ggcattcaggagaggaggaatata-agaactttactgaaaagataagatccaccagcatt ggtaagtgtctgctattaccagagtatagtgtcctacgccgaagatggctggatctgttt taaa-------------------caatat---ag-------------------attcat- ---------aatttgat---tagaatta------gaaatttataaaaaaaaaaaaaaaaa aa---------------------------------- >FJ445169.1 Human rhinovirus 92 strain ATCC VR-1293, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccggcccactgggtgta---g tactctggtacatt-gtacctttgtacgcctgttttccccctctt-------------gt ac---------ccgc-cct----tcaagctccttgccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagt-ttgaacatt--------ggtacaatagg-aagca tcacatccag-----tggtgt-actgtacaaaca-cttct-gttg-ccccgga---gcga ggtatagatggtccccaccgtcaaaagccttta--accgttatccgccaatcaactacgt aatggctagtagca-ccttgga---tttaagttggcgttcgatcaggtggt----aaccc cc-----actagtttggtcgatgaggctaggaattccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcatcc-----gct----------gggacgccaat-ttaatg acatggtgtgaagacctgcatgtgcttgattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccccggagccttgcagcacaatccagtgttgttaaggtcgtaatgagcaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----a---ttttt-cttga-- ----atttttcttatggtcacag-catat-atac-------------at----tatatac tgtgatcatgggagctcaggtgtctacacagaagagtggttcacacgaaaaccaaaacat tttaaccaatgggtctcatcaaacatttacagttatcaactattataaagatgcagcaag ttcatcatcagctggccaatctttgtcaatggatccatccaaatttactgaaccagtgaa agatctaatgttaaaaggtgctccagcattgaattcaccaaatgttgaggcatgtggcta cagtgatagagttcagcagatcacgcttggaaattcaacaattacaacgcaggaagctgc caatgctgttgtctgctatgcagaatggccggaatatttatcagataatgatgcaagtga tgtgaacaaaacttccaaaccagacacctcagtgtgcaggttttacacactagatagtaa agattggagtccatcctcaaagggatggtgttggaaattacctgatgcactgaaagacat gggagtctttggtcaaaacatgtttttccattctcttggcagaacgggatacacaataca tgttcagtgtaatgctacaaaattccatagtggttgcctgttagtagtagtcatcccaga gcatcaacttgcctctcatgacggtggaagcgtctcagtgaaatacaaatatacacatcc aggtgatcaaggaattgacttgggaacaactgaagaaa---------------------- -attttggaccagccaaagatgcagtgtatagtatggatggaactttgttaggaaatttg accatcttcccacaccagttcatcaatctaaggacaaataacacagcgacaatagttgtt ccatacataaactcagtgccaattgattcaatgacccgtcataacaacgtttcactcatg gtcatccctattgttccccttatggcacctacaggaaatgcaacaa---cactccctatt actgtgaccatagctcctatgtgcacagaattctcaggtattagatctaaaactattg-- -ttcca------------------------------aatgcaactccacaagggttaccc accacgacattacccgggtcagggcagtttctaaccactgatgataggcagtcacccagt gctttaccaaattatgaacccacccccaggatacacattccaggacaagttaaaaatctg ttggaaataattcaggttgataccttaatacccatgaataataccaaaacc------aaa gatgaagttgacagctacctcataccattgacacagggt---------cttaaaaatgcc cagatctttggaacaaatctatacataggtgatggtgtgttcaaaaccacacttctaggt gagattgtgcaatattatgcacattggtctggatccctcagaatttccctcatgtacact ggccccgcactatccagtgcaaaacttaccttagcttacacaccacctggagcccaaggt ccaacttctaggaaagaggcaatgcttggtactcacgtagtgtgggatattggtttgcaa tctacaatagtcatgacaatcccatggacctcaggtgtgcaatttagatatacagataaa gatacctacactagtgctggtttcctatcttgttggtaccaaacttcacttatactccca ccacaaacagcaggtacagtgtatctgttatctttcattagtgcatgcccagattttaaa ctcagattgatgaaagatactcaaacaatatcacagactactgcactaacagagggt--- ------cttaatgatgaattggaggaagtcattgttgagaaaacgaaacagacattggct tctatcacttctggacccaaacatactcaaagtgtccccacgttaacagcaaatgaaacc ggtgccaccatgcctactcaaccatcagacaatgttgagacaagaacaacctatatgcat ttcaatggttcagaaacagatgttgaaaacttcctaggtagagcagcatgtgtacatatg gtagaaatagttaata-aaaaccctgaagg------------------------tcttga aaaccagaaagag---cataa---actgtttaatgattggagaataaacttatctagttt ggtacaacttagaaagaaattagagttattcacctatgtcagatttgattcagaatacac aattttagccactgcttcacagccaaccagttctaaatattctagcagtttaacagtgca agcaatgtatgtaccacctggtgcaccaaatcccacaaaatgggatgattacacatggca aagtgcttcaaaccccagtgttttcttcaaggttggtgatacag---ctaggtttagtgt gccctttgttggccttgcatccgcatataattgtttctatgatggttactcccatgatga tgaa------gacaccccttatggtatcacagtgctaaaccacatgggtagcatggcttt cagaatagttaatgaacatgatgcacacactactgaagtcaaaatcagggtttatcacag agccaaacatgttgaggcatggattccaagggcacccagagctttgccatatgtgtcaat aggacgcactaattataataaaca---------------------------------ag- --caatagttccagttattaaaaagagatc---------a---ttgattaca-------- -----------aat------------tatggaataggacccagatttgggggagtcttta caggaaatgttaagataatgaactatcatcttatgaccccagaag------atcacttga atctagtagccccccatccaaacagagatctagcagtagtatcaactggtgctcatggag cagagactatacctcattgtaattgtacctctggtgtttattattccacctattatagaa aattttatcctattatttgtgggaagcccacaactatttggattgagggtggcccttatt acccaagtagatatcaggttggggttatgaaaggtgtcggaccagcagagcctggagatt gtggaggtatcctgagatgtgtgcatggtccaattgggctcctgacagctggaggtagtg gctatgtatgttttgcagacattagacaattag---attgcattgctgaagaacaagg-- -cctgggagattacatcactagcttaggaagagcttttggagtcgggttcacagatcaga tatcagcaaaggtcacagaattacaagatgtagcaaaagatttcctcacaacaaaggtat tatctaaggttgttaaaatgatatcagctcttgttattatctgtagaaatcatgatgatc tagtcacagttactgccaccttagcccttttgggttgcgatggctccccatggaggtttc ttaaaatgtatatctctaaacactttcaagttccttatattgaaagacaagcaaatgatg gatggttcagaaagttcaatgatgcatgcaacgctgcaaaaggtttggagtggattgcaa ataaaatttcaaaacttatagagtggattaaaaataaagtattgccacaggccaaggaaa aactagatttctgtagcaaattaaaacagcttgatatgttggaacgacaaataaccacaa tgcatgtgtccaaccccacacaggagaaaagggagcaactgttcaataatgtcatgtggt tagagcagatgtctcaaaagtttgcccccctttatgctgcagaagctaagagaatcagag aactcaagaacaaaatacttaattatatgcagttcaaaaataaacagagaacagaaccag tgtgtgttttgattcatggaacacctgggtcaggtaagtctttgacaacctcaattgtag gccgtgcactagctgaacaccttaactctgcagtttactcacttcccccagacccaaaac actttgatggttaccaacagcaagaggtggtgatcatggatgatctaaatcaaaatccag atggtcaagatattagtatgttttgtcaaatggtttcctctgttgattttataccaccaa tggccagtttagataacaaaggaatgctgtttaccagcaattttgtcttagcatccacaa actctaacacattgagtcctccaaccattttgaaccctgaagcactagccaggagatttg gttttgacttagatatttgcctacatagtacatacactaaaaat---ggaaagctaaatg cagcaatggttactaccatatgtaaagattgtcaccagccaacaaactttaagaaatgtt gtccactagtgtgtggtaaagcaattagtctagtggatagagcaacaaatatcagatata gtgtagaccagttagtttcagctataatcaatgattatagaaacaagataaaaattacag attccttggaggctttgtttcaaggaccagtctataaggatctagaaatagatgtgtgta acacaccagccccagagtgcattaatgatttactcaaatcagtagattctgaagaagtta gggaatattgcaaaaagaaaaattggataataccacaaattccaacaaacatagaaaggg cagtaaaccaggctagtatgattatcaacacaatcttgatgtttgttagtacactaggca tagtgtatgttatatataaactctttgcacagactcagggaccctattctggaaatccag cccacaacaaactcaaagcccctacattaagaccaattgtagtacaaggtcccaatactg agtttgctttgtctttacttaggaaaaatatagtcaccatcaccacagagaagggagagt ttacagggttaggagtgtatgatcacgtctgtgtcgttcctacacatgctcaacccagcg agagtgttcttttgaacggacagaaagtgcatcttaaagacaaatacaaattggttgatc ctgaaaatgttaacctggaactcaccataatagttttagataggaatgaaaaatttaggg atattagaggtttcatatcagaggatgca---gaagggcttgatgcatcattagtgatac actccaataactatactaacaccattctagatgtaggtcccataactatggcaggtttaa ttaatttaagtagcacaccaacaaataggatgattagatatgattacccaaccagaacag ggcaatgtggaggagtactgtgtaccactgggaagatctttggaatacatgttggaggta atggaagacaagggttttcagcacagttgagaaagcagtattttgttgccaagcagggac aggttgtaactagacagaaattaagggaattgaacttagctccagtgaacactccaacaa agacaaagctacaccctagtgtattctatgatgttttccctggaaacaaacaaccagctg ttcttagtgataatgatcctagacttgaagtaaaattaacagaatccctattttcaaagt acaaagggaatgtagaaatgaagcccactgaaaacatgctagtagctgtagatcattatg caggtcagttattatcattagatatacctactgatgaattaagtcttaaagaagcacttt acggtgtagatggactcgagcccatagacataacaacaagtgctggttacccttatgtta gtcttggtattaagaaaagagacattttaaacaaggaaacccaggaaactgaaaagatga aattttaccttgacaaatatgggatagacttacccttggtcacatatatcaaagatgagc tgagaagtgctgacaaagttagattgggcaagagtagattgattgaagcctctagtttga atgattcagtaaacatgaggatgaaattaggacacttgtacaaaactttccatcaaaacc ctggtgtgattactggttcagcagtcggttgtgatcctgatgtgttctggtcagtcatac cgtgtttaatggatggacatc---ttatggcttttgattattcaaattttgatgcttccc tatctccagtttggtttgaatgcttggaaagagtgttatccaaaattggatttaaatgtg cttcactgattcagacaatttgcaatactcaccatattttcagagatgagatttacacag tcaaaggaggaatgccatctggttgctctggaactagtatctttaattcaatgataaata atataatcattaggacccttgttttagatgcatacaaaggcatagatctagataaactta aggtaattgcatatggtgatgatttgattgtatcctatccctttgagttagatcctggag tattggctaatctaggtaagaactatggactgacaatcactccacctgacaagtctgaga aatttgtgaaaatgacttgggaaaatttaacattcttaaagagatacttcagaccagatg aacagtttcctttcttaatccacccagtgatgcctatgcaggacatacatgagtcaatac gctggacaaaagacccacgtaacacacaagaccatgtcaggtcactatgcatgttagcat ggcactcaggtcaaaaagaatatg-atgagttcttgagtaaaattagaaccaccgacatt ggaaagtgtctgaatttgcctgagtacagtgtcctcagaaagcgctggctggatatgttt taaatcaatta-gata-agt---acatat---ag-------------------acattt- ---------aatttgat---tagaatta------gaagtttat----------------- ------------------------------------ >FJ445161.1 Human rhinovirus 83 strain ATCC VR-1193, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtatttt-gtacctttgtacgcctgtttcttccct-tt-------------gt ac---------ccgc-ccc----ttaaacttccacccc---------------------- ------acgtaac---gttagaagt-ttataca------agc-agtacaatagg-ttgca ccataaccag-----tggtgt-ttcgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg ggtatagacggtacccactgtcaaaagccctta--accgttatccgccaatcaactacgt aatggctagtaaca-ccatgaa---ggtaagttgacgttcgatcaggtggt----aaccc cc-----actagtttggtcgatgaggctaggaattccccacgggtaaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcattt-----gct----------gggacgccaat-ttactg acatggtgtgaagacttgcatgtgcttgattgt-gactcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgcagcataatccaatgttgtggaggtcgtaatgagcaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttc-tttaa-- ----g-ttgtcttatggtcacag-catat-atac-------------ta----tatatac tgtgatcatgggagctcaagtgtctacacagaagagtggctcacacgaaaatcaaaacat tctgactaatggatcacatcagacatttacagtaattaattattacaaggatgcagcaag ctcatcatctgcaggccaatcactatcaatggatccatcaagatttactgaaccagttaa agatctgatgttaaaaggcgctccagcattaaattcaccaaatgttgaagcatgtggtta tagtgacagagtccaacagatcacacttggaaattctacaataactactcaagaagcagc aaatgctgtagtatgttatgctgaatggccagagtatttaccagataaggatgcaagtga tgtaaataaaacatccaaaccagatacatctgtgtgcaggttttatacactagatagtaa ggactggagtgcaaactcaaaaggatggtgttggaagttacctgatgcactcaaggatat gggagtttttggccagaatatgtttttccactcactagggagaactggttatacaattca cgtgcaatgtaatgctacaaaatttcacagtggttgtttgttagttgttgttattccaga acatcaattagcctcccatgatgggggaactgtatctgtaaaatacaaattcacacatcc gggtgaacagggcattgatctaggtactagtggtgaaa---------------------- -gaactggacctgctaaggacgcagtttataatatggatggaactttaattggaaactta acaattttcccacaccaattcatcaacctcagaacaaataatacagcaactataatagta ccttacatcaattcagtaccaattgattcaatgactcgtcataacaatatctcacttatg gttattcccattgtcccactatcagtccctaacggaaaccaaccca---cactccctatc acagtgacaattgcaccaatgtgtacagagttttcaggtataagatctaagactattg-- -tccca------------------------------aatgcatctccacagggactacct actacaacactaccaggatcgggacaatttctaactactgatgacaggcaatcacccagt gctttaccaaactatgaacctacacccagaatccatattccagggcaagtcagaaattta ttggaaataattcaagttgacaccatgatacccatgaataagaccaaggtg------aat gatgaagtgggaaattaccttataccactcatacagggt---------cagaagaatgaa cagatctttggaacaaatttgtatataggggatggagtttttaaaacaacacttttaggt gagatagttcaatattacacccattggtcaggttcactcagaatttctctaatgtatacc ggccctgcactatctagtgctaagcttatattagcctacacaccacctggagcacaaggt ccaaccacaaagaaagatgcartgctaggtacacatgttgtatgggatattggtctgcaa tcaaccatagtgatgacaataccatggacatcaggtgttcaattcagatacacggacaaa gatacatacaccagtgctggttttctatcttgttggtatcaaacatcacttatcctgcca ccagaaacctcaggtacagtgtacctattgtcttttgtaagtgcatgtccagatttcaaa ttgagattgatgaaagatacacaaacaatatcacaaacttcagcattaacagagggc--- ------ctcaatgatgaattagaggaagttattgtcgagaaaacgagacagactttagct tccgttgcatcaggaccaaaacacacccagagcgtgcctattttaacagcaaatgaaact ggtgccaccatgccaactcaaccatcagacaatgttgagactaggactacttatatgcat tttaatggatctgaaacagacatagaaagctttctgggtagagctgcatgtgtacatatg gttgaaatagttaata-aaaacccactaaa------------------------tattaa aaaccagaagaga---gagaa---gctatttaatgagtggagaataaatctgtctagttt agttcaacttagaaagaaattggaattattcacttatgccagatttgattcagaatacac catcctggccactgcttcacaaccaaccaactccagttactctagtgacttaactgtgca agcaatgtatgtaccaccaggtgcgccaaacccaacaaaatgggatgattacacatggca gagtgcttcaaatcctagtgtcttcttcaaagttggtgacacag---ctagattcagtgt tccctttgttggtctcgcatcagcatacaactgtttctatgatggctactcccatgatga tgag------gatactccttatgggataacggtactcaatcacatgggtagcatggcttt tagagtagtaaatgaacatgatgcacacactacagaagtaaaaatcagagtctatcacag agccaaacatgttcaggtatgggtacctagggcacctagagcactaccttatgtatcaat aggacgcaccaactatgaaaggca---------------------------------aa- --acataaaaccagtcattgaaaagagaac---------c---agtatcaaa-------- -----------caa------------tatggattgggtccaagatttggaggggtgtata ctggtaatgtaaagataatgaattaccatcttatgactccagaag------atcaattga atttagtatcttcccatccaaacagagatttggccgtggtgtcaacaggtgctcatggtg ctgaaactataccccactgtagttgcacatccggtgtgtattattcaacatattacagaa agttttatccggtcatctgtgaaagatctacaacaatttggatagaaggtggtccctatt acccaagcagataccaggctggtgtaatgaaaggagttggaccagcagaacctggggatt gtgggggcattttgagatgtgtccacggaccaattggacttttaacagcagggggtggtg gatatgtctgctttgcagatattagacagctgg---aatgcattgctgaagaacaggg-- -cttaggggattacattaccagtttaggaagggctttcggtgtggggtttacagaccaaa tatcagccaaggtcacagaattacaggatgtggcaaaagattttcttacaacaaaagtat tatctaaagtggtgaaaatgatatctgctcttgtcatcatatgtagaaatcatgatgatt tggtcactgttactgctaccttagctcttttaggatgtgatggttccccatggaggtttc tcaaaatgtacatttccaaacattttcaggtaccatacattgagaggcaagcaaatgatg gttggttcagaaaattcaatgacgcatgtaatgcagcaaagggtttggaatggattgcca ataagatttcaaaactcatagaatggattaaaaataaagttttaccacaggctaaggaaa aattggaattttgtagtaaactaaaacagcttgacatattggagcgccaaataaccacaa tgcatgtgtccaatcccacacaggaaaagagagaacaattatttaacaatgttatgtggc tggaacagatgtcccagaagtttgcccctctttatgctgcagaagctaggagaattaagg atctgaagaataagatactcaattacatgcagtttaaaaacaaacaaagaactgaaccag tatgtgttctaatacatggcacccctggctcgggcaaatccctaacaacatcaatagtgg gacgtgcactagccgagcacttcaattcagcagtttactcacttcccccagatccaaagc attttgatggttaccaacaacaagaggttgtgatcatggatgatttgaaccaaaatccag atggtcaggatattagtatgttttgtcaaatggtctcctctgtagactttctacccccta tggccagcttggataacaagggaatgttgttcaccagtaacttcgtactggcttctacta actctaatactttaagtcccccaaccattctgaatcccgaggcgttagttaggaggtttg gttttgatttggatatttgtttacacagtacttacacaaagaat---ggaaagttaaatg ctgcaatggcaacaagtatatgcaaggattgtcaccaaccatcaaattttaagaaatgtt gtcctttagtttgtggtaaggcaactagtttagtagatagagcaactaatatcagataca gtgtagatcagctggtcacagccataattagtgattacaaaaacaaggttaaaattacag attcattggaaatattatttcaaggaccagtatataaagatttagagatagatgtgtgca atacacctcctccagaatgtattagtgacttacttagatcagttgattcagaagaagtta gggaatattgcaagaagaaaaactggattatcccacaaataccaacaaatatagagagag cagtcaatcaggctagtatgatcataaacacaatactaatgtttgttagcacactaggaa tagtttatgttatatataaactgtttgcacagacacagggaccctattccggtaatccat cacatggcaaattgaaagcaccaactttaaggcctgttatagtgcagggtccaaacacag aatttgcgttatctctgctcaggaaaaatatagtcactattacaacagaaaaaggtgaat tcaccggtttgggagtgtacgatcagatttgtgtcctgcccacacatgctcaacctacag acaatgttctcttgaatggacagaaggttcaaatcaaagataaatacaaactagttgacc cagagaatgtcaatttggagctcactataataactcttgatagaaatgaaaaatttaggg acattagggggtttatatcagaggattta---gaaggatttgatgcttcattagttattc attccaataatttcactaacaccattctggacgtgggaccaataactatggcaggtttaa ttaacttgagcagtacaccaacaaaccgaatgattcggtatgactatccaacaagaacag gacaatgtggtggagtgttgtgcacaacggggaaaatattcggaatacatgttggaggca acggaagacaaggcttttcagcacaactcagaaaacaatactttgtttctaaacagggac agattacctccagacaaaaattaaaagatttaaacttgaatccagtaaatactcctacaa aaacaaagttacaccccagtgtattccatgatgtttttcctggtagcaaacaaccagcag tcttgagtgataatgatcccagacttgaggttaaattgaccgaatctttgttttcaaaat acaaaggaaatgtagaaatgaagcctactgaaaacatgttaattgctgtggatcattatg caggacaactcatgtcattagacattcccactggagaactaagtctcaaagaggcactat atggagttgatggtcttgaacctattgacattacaacaagtgctggttatccttatgtta gtctaggtattaaaaagagagatattttaaacaaagaaacccaggaggtagagaaaatga aattttatcttgacaagtatggcatagatttacccttagtaacatatatcaaagatgagt taaggagtgctgacaaagttaggttgggcaaaagtagattgatagaagcatctagtttga atgattcagtcaatatgagaatgaaattggggcatttatataaaactttccatcagaacc ctggcgttataactgggtcagctgtgggctgtgaccccgatgttttctggtcagtgatac catgcttaatggatggacatt---tgatggcttttgattactcaaattttgatgcttctt tatccccagtctggtttgagtgtttggaaagagtactagagaaaattgggtttagttgtg cttcactgattcaaacaatatgcaacactcatcatatctttaaagatgaaatctacacag ttaaaggggggatgccatctggttgttctgggactagtatctttaattctatgattaata acataattattagaacacttattttagatgcatacaagggaatagatttagataagctta aaattattgcttatggtgatgatttaattgcttcttatccttttgaactggatccagagg tgttagctaaattagggaaaaattatggcttaaccattacaccacctgacaaatctgaaa aatttgtcaaaatgacatgggaaaatttaacatttctaaaaaggtactttagaccagatg aacaattcccatttctgattcacccagtcatgcccatgcaagacatacacgaatccattc gctggacgaaggatccacgtaacacacaagatcatgttaggtcattgtgtatgttagctt ggcattcagggcaaaaagaataca-atgaatttataactaaaatcagaactacggaaatt ggaaagtgtttgaacttacctgaatacagtgttcttagaagacgctggttagatatgttt taaatga--ta-agga-aac---agatat---ag-------------------acattt- ---------aatttgag---tagaatta------gaagtttat----------------- ------------------------------------ >DQ473487.1 Human rhinovirus 35, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-tt---ccctaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtactct-gtacctttgtacgcctgtttatccact------------------ ac---------cctt-ttc----ctaaattttccaccc---------------------- ------gtgtaac---cttagaagc-aaaca--------aat-tgtacaatagg-gtgca tcacaaccag-----tgatgt-acagtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg ggtatagacggtcaccactgtcaaaagccctta--accgttacccgccaaccaactacgt aacggctagtaaca-ccatgaa---tttgtcttgacgttcgatcaggtggt----aaccc cc----cactagtttggtcgatgaggctgagaactccccacgggtaaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccaacccagcttct-----gct----------gggacgccaat-tcattg acatggtgtgaagacctgcatgtgcttggttgt-gattcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccccggagccacgcggcataatccaatgtcgtatgggtcgtaatgagtaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-c-caa-- ----attattcttatggtcacag-catataaata-------------ga----tatatac tgtgatcatgggagctcaagtgtctacacaaaagagtgggtcgcatgagaatcaaaacat tcttaccaatgggtctcaccaaactttcactgttattaattactataaggatgcagcaag ttcttcatcagctagccaatccttttcaatggatccatcaaagtccactgaaccagttaa agatttgatgttgaaaggtgctccggcattgaactcacctaatgtcgaggcgtgtggata cagtgatagggtacaacaaataactttgggcaattcaacaataacgacacaagaagccgc caatgctgtggtatgttacgctgaatggccagagtatttatcagatgatgatgctagtga tgtcaataaaacttctaaaccagacacttcagtatgtaggttttacactttagatagtaa aacgtggcaacaagattcaaagggttggtgttggaaactaccagatgcactcaaagatat gggtgtatttggacaaaatatgttttaccacacacttggcagaactggctacactattca tgtgcaatgtaatgcaacaaaattccacagtgggtgtttattgatcgttgtcattccaga acatcagctggcatcacatgatggtggtactgtatcagtcaaatataaatttacccaccc aggtgatcaaggtatagacctcagtacagcagaagaga---------------------- -caaacggccctgtaaagaacccggtatacaatatggatggaacattactaggtaatctg ctcatatttccccatcagtttattaaccttagaacaaataatacagctacaataatagtc ccatatatgaactcagtgccaatggattcaatgacacgtcacaataatgtgtcattaatg gttattcccatcgcaccattagcagcaccaacaggttccgctacaa---cattaccaatc acagtgaccatagccccaatgtttactgaatttactggaattagatccaagactatcg-- -ttcca------------------------------aatgctacccctcagggattgcca acgacaaccctgccaggttcgggacagtttctcaccactgatgataggcaatcccccagt gcactaccaaattatgaacccacacccaaaatacacattccaggagaagtcaaaaactta ttagaaataattcaggttgacaccttaattccaatgaataatacccacact------aaa gatgaagttaagagctacctcataccactggttgcaaac---------caacaaaatcag aaaatctttggaacagacttgtatattggagatggcgttttcaagactacacttttagga gagattgctcagtactacacacactggtcagggtctcttaagatttcattaatgtatacg ggtcctgctttatccagtgcaaaattgattctagcttacactccacctggagcacctgga ccggaaaccagaaaggatgctatgcttggcacacatgttgtgtgggatataggcctacaa tcaacaatagtcatgactattccatggacctcgggagtgcaattcagatacacggacaag gacacttacactagtgcaggctttctgtcgtgttggtatcaaacatctctaatactccca ccacaaacacaaggtcaggtgtatttattgtcttttatcagtgcatgttcagattttaaa ttaagactgatgaaggacacacaaaccatatcacaaacagatgcattaccagagggc--- ------ttgggagaagagcttgaggaagtcattgtcgagaaaacgaaacagacagtggct tcaattgcttctggatctaaacacacccaaagtgtaccaatgctaacagcaaatgaaaca ggagctagcatgcccgtggagccatcagatagtgttgagactagattaacctatatgcat ttcaaaggttcagaaacagatgtggaaagtttcttgggtagagcagcatgtgtgcatatg acagagatagtaaata-aaaacccagcagg------------------------tagtac aaatcaaaaacaa---gacaa---actatttaatgattggagaataaacttgtctagtct tgtacagtttaggaaaaaacttgaactttttacttatgtcagatttgattcagaatatac tatcttggctactgcatcacaaccagataactcaaagtattccagcaacttgactgtaca ggctatgtatgtccctcctggtgctcctaaccctgaagcatggaatgattacacctggca aagtgcctcaaaccctagtgtatttttcaaagttggtgatacat---ccagatttagcgt cccctttgtaggtttggcatcagcatataattgcttctatgatggttattctcatgatga tgag------aataccccttatggcattacagtattaaatcacatgggtagcatggcctt taggatagttaatgatcatgatgttcatacaactttagtaaagattagggtttaccacag agcaaaacatgtccaggcatggatcccaagggcaccaagagcactaccatatgtgtcaat tggacgttcaaattatgacaaa------------------------------------a- --gtgccaaaccagttattaagaggagaga---------a---cagatcaca-------- -----------aaa------------tatggcttgggtccaagatttggaggtgtattta ccagtaatttcaaaataatgaattatcacttgatgactccagaag------atcacttga atttaatagcaccataccaaagtagagacctagccattgtagcaacaggtgctcatggtg cagaaaccataccacattgcaactgtacctccggagtttactactccacctattacagaa aattttatcctgttatatgtgagaaacccacaacaatctggattgaaggtggaccttatt atccaagcaggtaccaagttggtgtcatgaaaggagtaggaccagcagaaccaggtgact gtggtggtattttaagatgtattcatggtccaataggtttacttacagcaggtggtggag gctatgtctgctttgcagacatcagacagttgg---agaatgttgcagaagagcaggg-- -tttgggtgactacataaccagtctaggcagggcttttggtgtgggattcacagaccaaa tatcagctaaagtagtagaattacaggatgttgcaaaagatttcctcacaacaaaggtac tctccaaagtagttaagatgatatcagcattagttataatctgtagaaatcatgatgatt tagtcacggtcactgccactttggctctgttgggctgtgatggttccccttggagattct tgaagatgtatatttctaagcactttcaagtgccatacattgagagacaagcaaatgatg gctggtttagaaaattcaatgatgcatgcaatgcggcaaaaggtctagaatggattgcaa acaaaatttcaaaattgattgaatggataaaaaacaaggttttacctcaggctagagaaa aattagagttctgcagtaagctgaagcagttagatatactagaaagacagataaccacaa tgcacatttccaatcctacgcaggaaaagagaaaatacctgtttaacaatgtgatgtggt tggagcagatgtcacaaaaatttgcccctctctatgctacagaggcaaaaagaatcagag acttaaagaacaaaatagttaattacatgcaattcagaaataaacaaagaactgaaccag tatgtgttctaatacacggtacacccggttctggaaaatctctgactacatcaattgtag ggcgcgcattggctgaacatttcaactcagcagtatattcactgcctccagatccaaaac actttgatgggtaccaacaacaggaagttgtgattatggatgatctaaaccaaaacccag atggtcaagacatcagtatgttttgtcaaatggtttcctcagttgactttctccctccaa tggctagtttagataacaagggaatgttatttaccagtaattttgttttagcatctacaa attcaaatactttaagtccaccaacaatcttgaatccagaagcactagccagaagatttg ggtttgatctagatatctgcttgcatagtacatatacaaagaat---gggaaacttaatg taacaatggcaactagtatttgtaaagattgtcaccaaccttccaatttcaaaaagtgtt gcccgttagtttgtggtaaagctataagcttggtggatagaacatcaaatgttagatata gtgtagaccaattagttacagccattatcaatgactacagaaataaggttaaaattacag attcactagaggtcctattccagggaccagtgtacaaggacctggaaatagatgtgtgta acacaccaccaccagagtgtattaatgatttactcaaatcagttgattctgaagaggtta gggattactgtaaaaagaaaaactggattattccccagatccccactaatatcgagaggg ctgtgaaccaggctagcatgataattaatacaatactgatgtttgttagtactttaggta tagtgtatgtcatttacaaattatttgcacaaacccaaggtccatattcaggtaacccaa cacataacaaattaaagccaccaacactacgaccagtagtggcacaaggtcccaacacag agtttgcactgtccttactcaggaagaatattgtaaccatcacaacagagaaaggagagt tcactggattgggaatatatgatcaaatttgtgttattcccacacatgctcaaccaggtg atagtgtgttagttaatggacagaaaatacaggtcagagacaaatataagcttgtagatc cagagaatgtaaatttagaactcaccattctgatccttgataggaatgaaaagtttagag acattagaaactttatatctgaggatgtg---gaggggttagaagctacactggtaattc attcaaaccacttcaccaatacaatcttagatgtagggccaataaccatggcaggtttaa ttaacttgagtagtacacccaccaataggatgattcgctacgattatcccaccaaaacgg gccagtgtggtggtgtgttgtgtacaactggtaagatctttggaatacatgtgggtggca atggaagacagggtttctctgcacaactcagaaggcagtactttgtttccaaacaaggac aaatagtggcaagacaaaaactaaaggatcttaatttaatgccagtcaacactcctacca aaacaaagatacacccaagtgtattctatgacgtgtttccaggcagtaaagaacctgcag tcctcagtgataatgatcccagacttgaagttaaactatcagaatctttattctctaagt ataagggaaatgttgaaatgaaacctacagataatatgttggtggctgtggatcactatg ctggacaattaatgtcattagacattccaactactgagttgacattgaaagaagcattat atggtgttgatggcctagaacctatagatgtaacaactagtgcaggttacccctatgtta gtttaggcataaagaagagagacattttgaacagagaaacccaggaagttgaaaagatga aattttacttggacaaatatggaatagacttaccactagttacttatataaaggatgagt taagaagtgtggacaaggtacgattgggaaagagcaggttaattgaagcctccagtttga atgattcagttaacatgagaatgaaattaggtaacttatataaagcctttcacaaaaacc ctggtactataacgggttcagcagttgggtgtgatcctgacactttctggtccgttatac catgtttgatggatggacacc---tgatggctttcgattattcaaattttgatgcttcat tatccccagtatggtttacctgtctagagagagtactcttgaaattaggatttgaacact caaatttgattcagaccatatgcaatacccatcacatattcaaagatgaaatttacacag ttaaaggtggaatgccttctggttgttctgggaccagcattttcaattctatgattaaca atataattattagaacattaatattggatgcatacaaaggcatagatttggacaaactca aagtcattgcgtatggtgatgacttaatagtatcttacccctttgaattagatccagggg tgttggcatcacatgggaaaaactatggattgactatcacccctccagataaatctgaaa aatttgagaaaatgacttgggaaaatctaacatttttgaagagatattttaaaccagatg agcaatttccattccttgtccatccagtaatgccaatgcaagacatatatgagtccatca gatggactaaggaccccaaaaacacacaagatcatgtgagatccctatgtatgttagcat ggcattcaggacagaaggaatatg-aacacttcattgaaaggataagatcagtgaacatc ggaagatgtttgaatctgcctgaatacagcgtgctgagaaagcgctggttagacatgttc taatctggtta-aaac-aat---g-atat---ag-------------------acattt- ---------aatttgtg---tagaatta------gaagtttat----------------- ------------------------------------ >FJ445155.1 Human rhinovirus 79 strain ATCC VR-1189, complete genome -------ttaaaacagcggacggg-ta---tcccaccatccggctcactgagcgta---g tactctggtattgt-gtacctttgtacgcctgttttccccaaatc--------------- cc---------ctac-cct----ttatatctcctaccc---------------------- -------cgtaac---gtaagaagt-tttca--------aac-agtacaatagg-aagca ccacatccag-----tggtgt-tatgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggtggtcaccaccgccaaaagccttta--accgttacccgccaaccaactacgt aatggctagtaaca-tcattga---tttagattggcgttcgatcaggtggt----atccc cc----cactagtttggtcgatgaggctaggaataccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcatac-----gct----------gggacgccagt-ttactg acatggtgcgaagacttgcatgtgcttggttga-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagcctcgcagcataatccaatgttgtagaggtcgtaacgagtaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-cttta-- ----aaatgtcttatggtcacag-catat-atac-------------tg----tatatac tgtgatcatgggagctcaagtgtctacacaaaagagtggctcacacgaaaaccagaacat tttgaccaatggatcccatcagacttttacggttatcaactactacaaagatgcagctag ttcatcgtctgcaggacaatctttatcaatggatccttcaaaatttactgaaccagtcaa agatttaatgttgaaaggtgccccagctttaaattcaccaaatgtagaggcatgtggata tagtgatagggtgcaacaaattacactgggcaattccacgattactacacaagaggctgc aaatgccgttgtgtgttatgctgagtggccagagtacttaccagatagtgatgctagtga tgtcaataaaacttccaaaccagacacatctgtgtgtagatttttcaccttagacagcaa ggaatggacacaaaattcgaaaggttggtgctggaaactgcctgatgcactgaaggacat gggtgtttttggacagaatatgttcttccactcgctagggagaactggttacaccatcca tgtgcaatgcaatgctaccaaatttcacagtggttgtttgttagttgtggtaataccaga acatcagctagcttcccacgatggtggaacagtttcagtgaaatatgaattcacacaccc aggcgatcagggcattgacttgagtacagctgaggtgc---------------------- -aatttggacctgctaaagacgctatttatagcatggatggaactttgttgggcaatttg cttatttttccccatcagttcatcaacctcagaacaaataacacagccacaataatagtg ccttacatgaactcagtaccaattgattcaatgacacgccataataatatttcattaatg gttattcctatttcaccacttatggcgcccactggaaattcacaga---ctttacctatc acagtaacaatagctcctatgtgcactgaatttacagggataagatccaaaactattg-- -tgcca------------------------------aatgttagcccccaaggattgcca gtgaccacattaccagggtctggacaattcctcaccactgatgatagacaatcacccagt gcattgccaaactatgaacctacccccagaatacatatcccaggcaaagtcaggaatttg ttagaaataatacaagttgataccctgattcctatgaataatatttataat------aaa gataaattcaacagttatcttattccattgacagccaac---------cagcaaaacacc cagatttttgggactaacttatttattggggatggtgtattcaaaacaacactcttgggt gaaatagttcagtactatacacattggtcaggatcccttagattttccttaatgtataca gggcctgccttatccagtgcaaaactcatattggcttataccccccctggagctcaagga ccaacatctaggaaggaagcaatgcttggtactcacgttgtttgggatattggtttgcaa tccacaatagtcatgaccatcccatggacatctggagtacagttcagatacacagacaaa gatacctacaccagtgcaggatttctatcgtgttggtatcaaacatcacttatacttcca ccacagactgctggtaaggtctatttattatctttcataagtgcatgccctgattttaaa ttaagattaatgaaagacacacaaacaatatcacagaccacagcactcacagaaggt--- ------cttaatgatgaattagaagaggtcattgtcgagaaaacgagacagacattggcc tctgtttcttctggacctaaacatacacagagtgtacctacattaactgctaatgaaact ggagccaccatgccaactcaaccttctgacaatgtagagaccaggactacttatatgcat tttaatggttcagaaacagatgtagagagcttcttaggtagggcggcgtgtgtgcacatg gtgaagatagttaaca-aaaacccaacaga------------------------tattgt gaatcaaaaagag---catct---tttgttcaatgactggagaatcaatctatccagctt agtgcaactcagaaagaaacttgaactttttacctatattagatttgattcagaatatac aattctagccactgcttcacaacccaatgattcacaatattccagtaatctgacagtaca agcaatgtatgtacctccaggagcacccaatcccacaaaatgggatgactacacatggca gagtgcttcaaaccccagtgtgttcttcaaagttggagatacag---ccagattcagtgt tccttttgtgggccttgcttcagcatataattgtttctatgatggatactcacatgatga tgaa------aatactccatatgggatcacagtacttaatcatatgggtagtatggcttt tagagtggttaatgatcatgacacacatactacagaagtaaagattagagtttatcatag agcaaaacatgttgaagcctggatccctagagcacccagagcattaccttatatgtcaat tggtcgaaccaattaccaaagg------------------------------------g- --atgcaaaaccaatcattgccaagagaga---------a---aatatcatg-------- -----------aag------------tatggtctaggaccaaggtttgggggtgttttca ccagcaatgttaaaataatgaactaccacctcatgactccagaag------atcatttga atttagtgacatcctaccccagtagagatttagccatagtgtttacaggtgcacatgggg ctgagactgtaccacactgcaattgcacctctggtgtgtattactccacatattacagga aatcttacccaatcatatgtgacaaacccacaaccatctggatagaaggtggaccatatt acccaagcaggtaccaggttggtgtaatgaagggtgtaggaccagcagaaccaggcgatt gtggaggcattttaagatgtgtacatggaccaataggtttgttaacagcaggaggtagtg gatatgtttgttttgctgatataagacaactgg---aacaaattgctgaagaacaagg-- -tttaggggattacatcaccagtttgggaagagcattcggagtaggattcacagatcaaa tatcagcaaaagtcacagaattgcaagatgtggccaaagattttttaacaacaaaagttt tgtccaaagtggtgaaaatgatatctgcacttgtcatcatatgtaggaatcatgatgact tagttaccgtcacagcaaccttagctctattgggttgtgacggttcaccatggaggttct tgaagatgtacatctcaaaacatttccaggtaccatatattgaaagacaagcaaatgatg gatggttcagaaaatttaatgatgcatgcaacgcagccaaaggtttggaatggattgcaa acaaaatttcaaagctcatagaatggattaaaaataaagttttacctcaagccaaggaga aattggaattttgcagcaaactaaaacaattagatatcttagagaggcaaataacaacta tgcatgtttccaaccctacacaagaaaaaagggagcagctgtttaataatgttatgtggt tggaacagatgtctcaaaagtttgcaccattgtatgctgctgaagctaaaagaatcagag aactcaagaacaaaatactaaactacatgcagtttagaagcaaacagaggactgagcctg tgtgtgtcctgatccatggtacacctggttcaggtaaatctctaacaacatccattgtag ggcgtgcactagcagaacattttaattcatcagtttactcactaccaccagaccctaaac attttgatggttaccaacaacaagaggttgtgattatggatgacttaaaccaaaatccag atggtcaagatattagcatgttttgtcaaatggtttcttctgttgatttcttgccaccta tggctagtctagataataaaggaatgctttttactagcaatttcgtcctggcttccacaa actcaaacaccctaagtcctccaactatactaaacccagaagctctggttagaagatttg gttttgatttagatatttgcttacacaccacttttactaaaaat---ggtaaattgaatg cagcaatggcaactagcatatgtaaagattgtcatcaaccttcaaacttcaaaaagtgct gcccgttagtctgtgggaaggctgtaagcctagtagatagagcaactaacattaggtaca gtgttgaccagttagtcacagctatcatcaatgattacaaaaacaaaatgaaaatcacag actcacttgaagcactcttccaggggcctgtgtataaggacttagagatagacatctgca acacaccacccccagagtgtattaatgatctacttaaatctgtggactcagaggagatta gggaatattgtaaaaagaaaaattggactataccacaaatccccaccaatatagatagag caatgaatcaagccagcatgatcattaatacaattctgatgtttgttagcacgctaggta tagtttatgtgatttacaagctctttgcccaaacccaaggaccttattcaggtaatccct ctcataataaacttaaaccaccaactctaagacctgttatagttcaaggtcccaacacag aatttgccctatcattattgaggaagaatgtagtgaccattactacagaaaaaggggaat ttacaggtttgggggtgtatgatcatgtctgtgtcattcccactcatgcacaacctagtg atagtgttttagttaatggccagaaaatacaaattaaggataagtataagcttgttgatc cagaaaatgttaacttggagttaactatattagtccttgatagaaacgaaaaatttaggg atataagaggatttatatcagaagattta---gaaggattggatgccaccttagtaatcc attcaaataactttactaacaccatattagatgtaggtccaataaccatggcaggtctta ttaatctcagtagcacaccaacaaatcgcatgatcagatatgattacccaaccagaacag ggcaatgtggtggagtgctatgcacaactggaaaaatctttggcatacacgtgggcggaa atggaagacaagggttttccgcacaactcagaaggcaatattttgtgagcaagcaaggtc aaataacctctagacaaaagctaaaagatttgaatctaaatccaataaacactccatcaa agaccaaactgcaccccagcgtcttctatgacatatttcctggcaacaaacaacctgcag tcctcagtgacaatgatcccagacttgaggtaaagttagcagactctctgttttcaaaat ataaaggaaatgttgaaatgaaacccactgacaatatgttagttgcaattgatcattatg ctgggcaacttatgtcattagatatacctactaatgaattaaccttaaaggaagctttgt atggtgttgatggattagaacccatagatgtaacaactagtgctggatacccatatgtta gtttaggtattaaaaagagggatattttaaataaagagactcaagatacagaaaagatga aattttatttagataaatatgggatagatctacctttagtaacctatatcaaagatgagc ttaggagttcagataaagttagattaggtaaaagtagattgatagaagcttctagtctta atgattcagtaaatatgagaatgaaattaggacatttgtataaggcttttcatcaaaatc caggtgtaataacaggatctgctgtaggatgtgatccagatgtgttctggtcagttatac catgtttaatggatggacatc---taatggcatttgattactcaaactttgatgcttctt tatctccagtttggtttgaatgcttagagaaagttttagaaaaattaggatttaagtgtg cttcactaattcaaacaatatgcaatactcaccatatcttcaaagatgagatttacacag ttaaaggaggaatgccctcaggttgttcagggaccagcattttcaattccatgattaata atataatcatcagaacactcatcctagatgcatataaaggaatagatttagataaactta aggtcatagcatatggtgatgacctgattgtttcctatccctttgaactggacccagagg ttttagcaacacttgggaaaaactatggacttgtgattaccccaccagataaatcagaga agttcacaaagatgacatgggaaaatctgacattcctgaaaaggtattttagaccagatg aacaattcccattcttgatccacccagtcatgcctatgcaggacatatatgagtccattc gatggactaaggatccaaggaacacacaggatcatgtcagatctttgtgtatgttagcat ggcactcgggccaaaaggagtaca-atgaattcattggaaagataagaacaacagacatt ggaaaatgtttgaatttacccgagtatagtgtccttaggagacgttggttggacatgttt taaat---tta-atca-gat---atatat---ag-------------------acattt- ---------aatttgtg---tagaatta------gaagtttat----------------- ------------------------------------ >FJ445187.1 Human rhinovirus 35 strain ATCC VR-1145, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-tt---ccctaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtactct-gtacctttgtacgcctgtttatccact------------------ ac---------cctt-ttc----ctaaattttccaccc---------------------- ------gtgtaac---cttagaagc-aaaca--------aat-tgtacaatagg-gtgca tcacaaccag-----tgatgt-acagtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg ggtatagacggtcaccactgtcaaaagccctta--accgttacccgccaaccaactacgt aacggctagtaaca-ccatgaa---tttgtcttgacgttcgatcaggtggt----aaccc cc----cactagtttggtcgatgaggctgagaactccccacgggtaaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccaacccagcttct-----gct----------gggacgccaat-tcattg acatggtgtgaagacctgcatgtgcttggttgt-gattcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccccggagccacgcggcataatccaatgtcgtatgggtcgtaatgagtaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-c-caa-- ----attattcttatggtcacag-catataaata-------------ga----tatatac tgtgatcatgggagctcaagtgtctacacaaaagagtgggtcgcatgagaatcaaaacat tcttaccaatgggtctcaccaaactttcactgttattaattactataaggatgcagcaag ttcttcatcagctagccaatccttttcaatggatccatcaaagttcactgaaccagttaa agatttgatgttgaaaggtgctccggcattgaactcacctaatgtcgaggcgtgtggata cagtgatagggtacaacaaataactttgggcaattcaacaataacgacacaagaagccgc caatgctgtggtatgttacgctgaatggccagagtatttatcagatgatgatgctagtga tgtcaataaaacttctaaaccagacacttcagtatgtaggttttacactttagatagtaa aacgtggcaacaagattcaaagggttggtgttggaaactaccagatgcactcaaagatat gggtgtatttggacaaaatatgttttaccacacacttggcagaactggctacactattca tgtgcaatgtaatgcaacaaaattccacagtgggtgtttattgrtcgttgtcattccaga acatcagctggcatcacatgatggtggtactgtatcagtcaaatataaatttacccaccc aggtgatcaaggtatagacctcagtacagcagaagaga---------------------- -caaacggccctgtaaagaacccggtatacaatatggatggaacattactaggtaatctg ctcatatttccccatcagtttattaaccttagaacaaataatacagctacaataatagtc ccatatatgaactcagtgccaatggattcaatgacacgtcacaataatgtgtcattaatg gttattcccatcgcaccattagcagcaccaacaggttccgctacaa---cattaccaatc acagtgaccatagccccaatgtttactgaatttactggaattagatccaagactatcg-- -ttcca------------------------------aatgctacccctcagggattgcca acgacaaccctgccaggttcgggacagtttctcaccactgatgataggcaatcccccagt gcactaccaaattatgaacccacacccaaaatacacattccaggagaagtcaaaaactta ttagaaataattcaggttgacaccttaattccaatgaataatacccacact------aaa gatgaagttaagagctacctcataccactggttgcaaac---------caacaaaatcag aaaatctttggaacagacttgtatattggagatggcgttttcaagactacacttttagga gagattgctcagtactacacacactggtcagggtctcttaagatttcattaatgtatacg ggtcctgctttatccagtgcaaaattgattctagcttacactccacctggagcacctgga ccggaaaccagaaaggatgctatgcttggcacacatgttgtgtgggatataggcctacaa tcaacaatagtcatgactattccatggacctcgggagtgcaattcagatacacggacaag gacacttacactagtgcaggctttctgtcgtgttggtatcaaacatctctaatactccca ccacaaacacaaggtcaggtgtatttattgtcttttatcagtgcatgttcagattttaaa ttaagactgatgaaggacacacaaaccatatcacaaacagatgcattaccagagggc--- ------ttgggagaagagcttgaggaagtcattgtcgagaaaacgaaacagacagtggct tcaattgcttctggatctaaacacacccaaagtgtaccaacgctaacagcaaatgaaaca ggagctagcatgcccgtgragccatcagatagtgttgagactagattaacctatatgcat ttcaaaggttcagaaacagatgtggaaagtttcttgggtagagcagcatgtgtgcatatg acagagatagtaaata-aaaacccagcarg------------------------tagtac aaatcaaaaacaa---gacaa---actatttaatgattggagaataaacttgtctagtct tgtacagtttaggaaaaaacttgaactttttacttatgtcagatttgattcagaatatac tatcttggctactgcatcacaaccagataactcaaagtattccagcaacttgactgtaca ggctatgtatgtccctcctggtgctcctaaccctgaagcatggaatgattacacctggca aagtgcctcaaaccctagtgtatttttcaaagttggtgatacat---ccagatttagcgt cccctttgtaggtttggcatcagcatataattgcttctatgatggttattctcatgatga tgag------aataccccttatggcattacagtattaaatcacatgggtagcatggcctt taggatagttaatgatcatgatgttcatacaactttagtaaagattagggtttaccacag agcaaaacatgtccaagcatggatcccaagggcaccaagagcactaccatatgtgtcaat tggacgttcaaattatgacaaa------------------------------------a- --gtgccaaaccagttattaagaggagaga---------a---cagatcaca-------- -----------aaa------------tatggcttgggtccaagatttggaggtgtattta ccagtaatttcaaaataatgaattatcacttgatgactccagaag------atcacttga atttaatagcaccataccaaagtagagacctagccattgtagcaacaggtgctcatggtg cagaaaccataccacattgcaactgtacctccggagtttactactccacctattacagaa aattttatcctgttatatgtgagaaacccacaacaatctggattgaaggtggaccttatt atccaagcaggtaccaagttggtgtcatgaaaggagtaggaccagcagaaccaggtgact gtggtggtattttaagatgtattcatggtccaataggtttacttacagcaggtggtggag gctatgtctgctttgcagacatcagacagttgg---agaatgttgcagaagagcaggg-- -tttgggtgactacataaccagtctaggcagggcttttggtgtgggattcacagaccaaa tatcagctaaagtagtagaattacaggatgttgcaaaagatttcctcacaacaaaggtac tctccaaagtagttaagatgatatcagcattagttataatctgtagaaatcatgatgatt tagtcacggtcactgccactttggctctgttgggctgtgatggttccccttggagattct tgaagatgtatatttctaagcactttcaagtgccatacattgagagacaagcaaatgatg gctggtttagaaaattcaatgatgcatgcaatgcggcaaaaggtctagaatggattgcaa acaaaatttcaaaattgattgaatggataaaaaacaaggttttacctcaggctagagaaa aattagagttctgcagtaagctgaagcagttagatatactagaaagacagataaccacaa tgcacatttccaatcctacgcaggaaaagagagaacaactgtttaacaatgtgatgtggt tggagcagatgtcacaaaaatttgcccctctctatgctacagaggcaaaaagaatcagag acttaaagaacaaaatagttaattacatgcaattcagaaataaacaaagaactgaaccag tatgtgttctaatacacggtacacccggttctggaaaatctctgactacatcaattgtag ggcgcgcattggctgaacatttcaactcagcagtatattcactgcctccagatccaaaac actttgatgggtaccaacaacaggaagttgtgattatggatgatctaaaccaaaacccag atggtcaagacatcagtatgttttgtcaaatggtttcctcagttgactttctccctccaa tggctagtttagataacaagggaatgttatttaccagtaattttgttttagcatctacaa attcaaatactttaagtccaccaacaatcttgaatccagaagcactagccagaagatttg ggtttgatctagatatctgcttgcatagtacatatacaaagaat---gggaaacttaatg taacaatggcaactagtatttgtaaagattgtcaccaaccttccaatttcaaaaagtgtt gcccgttagtttgtggtaaagctataagcttggtggatagaacatcaaatgttagatata gtgtagaccaattagttacagccattatcaatgactacagaaataaggttaaaattacag attcactagaggtcctattccagggaccagtgtacaaggacctggaaatagatgtgtgta acacaccaccaccagagtgtattaatgatttactcaaatcagttgattctgaagaggtta gggattactgtaaaaagaaaaactggattattccccagatccccactaatatcgagaggg ctgtgaaccaggctagcatgataattaatacaatactgatgtttgttagtactttaggta tagtgtatgtcatttacaaattatttgcacaaacccaaggtccatattcaggtaacccaa cacataacaaattaaagccaccaacactacgaccagtagtggcacaaggtcccaacacag agtttgcactgtccttactcaggaagaatattgtaaccatcacaacagagaaaggagagt tcactggattgggaatatatgatcaaatttgtgttattcccacacatgcccaaccaggtg atagtgtgttagttaatggacagaaaatacaggtcagagacaaatataagcttgtagatc cagagaatgtaaatttagaactcaccattctgatccttgataggaatgaaaagtttagag acattagaaactttatatctgaggatgtg---gaggggttagaagctacactggtaattc attcaaaccacttcaccaatacaatcttagatgtagggccaataaccatggcaggtttaa ttaacttgagtagtacacccaccaataggatgattcgctacgattatcccaccaaaacgg gccagtgtggtggtgtgttgtgtacaactggtaagatctttggaatacatgtgggtggca atggaagacagggtttctctgcacaactcagaaggcagtactttgtttccaaacaaggac aaatagtggcaagacaaaaactaaaggatcttaatttaatgccagtcaacactcctacca aaacaaagatacacccaagtgtattctatgacgtgtttccaggcagtaaagaacctgcag tcctcagtgataatgatcccagacttgaagttaaactatcagaatctttattctctaagt ataagggaaatgttgaaatgaaacctacagataatatgttggtggctgtggatcactatg ctggacaattaatgtcattagacattccaactactgagttgacattgaaagaagcattat atggtgttgatggcctagaacctatagatgtaacaactagtgcaggttacccctatgtta gtttaggcataaagaagagagacattttgaacagagaaacccaggaagttgaaaagatga aattttacttggacaaatatggaatagacttaccactagttacttatataaaggatgagt taagaagtgtggacaaggtacgattgggaaagagcaggttaattgaagcctccagtttga atgattcagttaacatgagaatgaaattaggtaacttatataaagcctttcacaaaaacc ctggtactataacgggttcagcagttgggtgtgatcctgacactttctggtccgttatac catgtttgatggatggacacc---tgatggctttcgattattcaaattttgatgcttcat tatccccagtatggtttacctgtctagagagagtactcttgaaattaggatttgaacact caaatttgattcagaccatatgcaatacccatcacatattcaaagatgaaatttacacag ttaaaggtggaatgccttctggttgttctgggaccagcattttcaattctatgattaaca atataattattagaacattaatattggatgcatacaaaggcatagatttggacaaactca aagtcattgcgtatggtgatgacttaatagtatcttacccctttgaattagatccagggg tgttggcatcacatgggaaaaactatggattgactatcacccctccagataaatctgaaa aatttgagaaaatgacttgggaaaatctaacatttttgaagagatattttaaaccagatg agcaatttccattccttgtccatccagtaatgccaatgcaagacatatatgagtccatca gatggactaaggaccccaaaaacacacaagatcatgtgagatccctatgtatgttagcat ggcattcaggacagaaggaatatg-aacacttcattgaaaggataagatcagtgaacatc ggaagatgtttgaatctgcctgaatacagcgtgctgagaaagcgctggttagacatgttc taatctggtta-raac-aat---g-atat---ag-------------------acattt- ---------aatttgtg---tagaatta------gaagtttat----------------- ------------------------------------ >GU568096.2 Rhinovirus B isolate BCH214, complete genome -------ttaaaacagcgggtggg-ta---tcccaccacccgacccactgggtgtg---g tacactggtacttt-gtacctttgtatgcctgtttgcatccct----------------- -----------tttc-ccttcacctaacatcctcccccaaagtata-------------- -ttttgcggtaac---gttagaaga-agtgaactc--------agtgcaacagg-aagta tcaccaccag-----tgatat-aacgcacaagca-attct-tgtt-ccccgga---gctg gatatagactgctaacgtggtcaaaagtcctta--accgttatccgccagctaactgcga gaagactagtaaca-tcatgca---catttctagacgttcgatcaggtgaa----taccc ca--ttcactagtttggtcgatgaggctgagagttccccacaggtgactgtgtctcagcc tgcgtggcggccaacccgacttat-----gtc----------gggacgcctat-taatgg acatggtgtgaagatcctattgcgcttagctgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgtggtgcaaaccagcatttgcaaggtcgtaatgagcaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----tta-ttctt-attat-- ----ttgtgtttcatggttacaa-------------------------g----catagtt tgtaatcatgggcgcacaggtatcaacacaaaagagtggttcacatgaaaatcaaaacat actcacaaatggatcaaaccagacatttacagttataaattattacaaggatgcagctag ttcatcttctgcagggcaatcattttcaatggacccgagcaagtttactgaaccagtaaa ggatatcatgttgaaaggagcaccagcattaaattcaccaaacatagaagcatgtggata tagtgacagagttgaacaaataacactagggaattctacaatcaccacacaggaggcagc aaactcgattgtggcctatggagagtggccatcattcttgtcagatgttgatgctagtga tgttaacaaaaccaccaaaccagacacttcagcttgtaggttttacactttggatagcaa aacatggagtcagaattcaaagggttggtgttggaagctaccagatgcgctcaaggatat gggcatttttggtcaaaacatgttctttcactctcaaggcagaactgggtacaccattca tgttcaatgtaacgcaaccaaatttcacagtggctgcctactggtcgtagtgatacctga acaccaactagcatcagtagaaggtggtaatgtctcagtcttgtatgataaaacgcaccc tggagagaaaggcatagaccttaacaaagaagat---t---------------------- -caaaaggtccaatgaaagatcccctttacatgatggatggtacattaattggaaacagt ctcattttcccacatcagtttattaatctgagaacaaataatacagcaacaattgtggtt ccttacattaattcagtgcccatggactccatgactagacataacaatctttctttattg gtcattcccattgtacaaatcacagcaacaactggtacagccccct---ccataccagtg actgtgactattgctccaatgtttttagagttgtctggcatacgatcaaaagctgtta-- ----------------------------------------------tacaaggattgcct acagttctgacaccaggctcagagcagtttttgactacagatgatagacaatctcctagt gctatgcccaattatgaaccaacaccactaatacacattcctggagaagtcaaaaaccta ttagaaattgcacaggttgatactttgattccaataaataatgcaaagaat------gtc aatggtctggacatgtacagggtcccactcacacaaaac---------aaacagggagaa caagtgtttgggttcagactttgcttgggtgatggtgttctaaaaacaacactaataggt gagttgtgtcagtattttacacattgggcaggttcattgcgcctatcctttatgtatact ggcccagcactatctagtgctaaattactaattgcttacacacccccaggagcccaaggt ccaaccaaacgtaaagaagcaatgttaggtacacatgtaatttgggatattgggctacaa tcaacggtagtgttgaacataccttggacctcaggagtacaattcaggtacacagatcca gacacatacactagcgcagggtttatttcttgctggtatcaaacatccttggtgttaccc ccacaaacacaacaaacagtgtatatactaggttttatcagtgcctgccctgacttcaag cttagacttatgaaagacacacagtcgatacatcaagaaacagcactgactgaggga--- ------ttggaggatgaattgatggaagtcattgttgacaaaacgcagcaaacattggct tcagttaaaagtggatccaaacacacccaaaaagtgccttcactcaccgctaatgaaacc ggagcaacactgccaacaacaccatccgacagtgtggaaacccggacaaccatgatgcat tatacagggtcagaaacaacattggaaaatttcctgggtagggcagcttgtgtgcatgtg gtggagatcagaaaca-agcgacctgaaga------------------------aaatca ggaacacaaaatg---cagct---cctgtttaatgattggaagataaatctgtctagctt agtacaacttagaagaaaacttgaaatgttcacatatgtcagatttgattcagagtacac tataatagctaccagttcacaacctaatgatgctaaattttccagcaatcttactgtcca agcaatgtttatcccaccaggcgcacccaaccccagtaaatgggatgattatacatggca aagtgcaactaatcccagtgtattctttaatgtaggaaaatcag---ccagatttagtgt accttatttaggaatagcttctgcttataactgtttttatgatggttattctcatgacaa tcca------accacgccatatggaataaatgtgctaaaccacatgggctcaatggcttt tagagtagttaatgagcatgataatcataccacccatgttaaaatcagagtttatcatag agccaaacatattagagcatggatacccagagcccctagagctttagagtacttacatat tggtagaacaaattacaaacaa------------------------------------a- --atccagaaaatcccattaagactagaga---------a---accatcagc-------- -----------aca------------tacgggttgggacccaggtttggtggagtgtgta ctggcaacattaaaataatgaactaccatctaatgtctcatgagg------acactctca accttgtcacacctctacctgaaagggatcttgctatcgtgagtacaggtgctcacggtt cagaaactgttccgcaatgcaattgtatgtcaggagtttattactcaaggtactacaaca aattttaccctgtagtttgtgaaaaaccaacatgtttatggattgaaggtaacaactact acccaagtagataccaacagggtgtaatgagaggtgttggtccagctgaaccaggtgatt gtggaggtatcttgagatgcatacatggacccattggacttttgactgcaggtggaagtg gctatgtctgttttgctgacatcagagcattagatatgtttaaagctgaataccaagg-- -gatttcagattacatcttgaatctaggaaaagccttcgggacagggttcacagaacaca tcagtgaaaaggtaacagaactgcagaacatgtcactaggttacttaaatactaaggttt tatctaaaatagtaaaaatagtttcagccctagttataatctgtagaaatcatgatgact tgattactgttacagccacattagcattattaggatgtgatggatcaccatggaggtatt taaagatgtatataagcaagcacttttgcttaccttatatagaaagacaatccaatgatt tatggttcaagaagtttaatgacatgtgtaatgcagcaaaagggctagaatggattgcaa acaaaatttccaaacttatagattgggttaaacaaaaaattttgccacaggcaagggaca aactagatttttgtagaagacttaaacaattagatatcttggaaaggcaaatagatacat tacacatgaaccaggttaatgataatgacagagaggtattattcaataacatattgtggc tagaacaaatgtcccagaaatttgcaccattgtacgctgttgaggcaaaaagaatcaaaa cactcaagaataaaatgaccaattttatacagtttagatcaaaacatcgcacagaaccag tgtgtgtgctaatacatggttcacctggctcaggtaaatcattgactacctccttgattg gcagagctattgcagatagttgtggctcctctgtgtactcactacccccagatccaaaac actttgatggctatcagcagcaagccgttgtcatacttgatgatctaaatcaaaacccaa atggtgaagatattagtactttttgtcagatggtttcatcagttgatttcattcccccaa tggcaaacctagataacaaaggtatgttattcactagcaactttgtgttggcttccacaa attctcaaactctgaacccaccaacggttctcaatcccgaagccctagcacgcagatttg gatttgacttagatatgtgtttgcacaccacatacacaaaatca---gggaaattgaatg ccgcattagcatcagaattgtgtaaagactgtcacaaaccaacaaatttcaagagatgct gtccactgatctgtggcaaagccttaagcttggttgacagacacacaaatgttagataca gcatagatcagttggttactgcaattataaatgagcatgcaaacaagaccaaaatctcca gctcattggaggtgctatttcaaggaccaacatacaaggacttgcacatagatgtaacaa ctacaccacctccagaatgcatagtggacctactaaaatctgtggacaatgaggaggtta gacaatactgtcaagaaaaaagatggctcattcctgaaattccaaccaatgtagagagag cagtgaaccaggccacaaatttgattaatacaattctaatgtttataaccacacttggca taatttacatgatatataaactctttgctcagacacagggaccttattcaggacttgata ataaatccaagctcaagccccccacacttagagcagttgtgacacaaggacccaacacag aatttgctttatctttgctcaggaagaacatagtaacagtcaccactgataaaggagagt ttacaggactgggaatacatgaaagaatactggttataccaacccatgcacaaccctcag aaaaagttctcattaacggatttgccacaaatgttaaagataaatggaaattagtggatc cagacaatttaaatttggaaattactgtcttagaattggataggaatgaaaaatttaggg atatcagaatgtttattgcagatgatcca---gagtgcaatgaagcgtcacttgtcatac actcaaacaacttcaaggacactatcttaacggttggtgccaccacactagccggcataa taaatttgagtaatacacccactgcacgaatgattcgctacgacttccctaccagaacag ggcagtgtggtggagtcttgtgctcaacaggcaagatatatggtattcatgtgggtggca atggaaaacaaggattctcagcccaacttaaaaaacagtactttgtgcaaaaacagggcc aaattgttacaaaaagaaatgttagggaactaaacattaaacccattaacactccaaaca caaccaagcttcatcccagtgttttctacaatgtgttccctggaaacaaagaaccagcgg tcttacaccctgcagatgaacgacttgaggtcaattttgaggaatccctattctcaaaat acaaaggcaatatcaaaatggaaatcacagagaacatgaaggtggccattgatcactatg ctggccaactcctatcacttgacatacccacacaagagcttaccctaaaagaggccctct atggtacagatggattggagcccattgatttgaatactagtgcaggatacccatatgtag ctttaggcatcaaaaagaggtctattttaaacaaggagaccaaagacacaacaaaaatgg aagagtgcttgagtaaatatggcattgacctgccattggttacttacataaaagatgagc tcagaggcaaagataaaattagactagggaagagtagattaattgaagcatccagtctaa atgattcagttaacatgagagttaaattgggcaatttatacaaagcttttcacaagaatc ctggaatactaactggttctgctgttggttgtgatccagacactttttggtcagtcatac cttgcttgttagatggagagt---tagttgcttttgactattcaaattttgatgctagtc tttcaccagtttggtttgagtgtttggaacaagtattaaagaagataggattccaatgtt cagagttaattcaacaaatatgcaccacccaccatatctttagagaccagatttatgtgg tggaaggtggtatgccctctggatgctctggaactagtatctttaactcaatgattaaca acataataatcaggactctaatattggatgtttataaaggtatagaactggattccttga gaataatagcatatggtgatgatgttatcatttcatatccctttcctttaaatccagaga aaattgcacagcagggagtcacatatggtttaaccatcacaccaccagacaagtcaccca aatttacaaaaatggactggaatactgtaactttcttaaaaagacactttaaaccagata aggaatttccatttctcatacacccagtgatgccaatgtcagatatctatgaatctatta gatggacaaaagaccctaaaaacactcaagaccacatcagatcattgtgtatgatggcct ggcattcaggagaggatgaataca-acaagtttgtggatggaattaggagtactgacatt gggaaagcgttgctaataccatcttactctgttcttagacgcagatggcttgatttgttt taaaatttcct-tctt-tag---atatat---ag-------------------agtata- ---------aatttagtgtagtgaattt------ttcctctat----------------- ------------------------------------ >DQ473489.1 Human rhinovirus 70, complete genome -------ttaaaacagctgatggg-tt---ccccaccatccgacccaatgggtgta---g tactctggtattct-gtacctttgtacgcctgtttctc---------------------c cc---------accc-ccc----cgtcctaaataatcc---------------------- ------cagtaac---ttagaagat-ttgaat-------tat-cgtacaatagg-tgctg tcacatccag-----tgatgg-ctagtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagatggccaccgctgtcaaaagctctta--accgttatccgccaattaactacgc aacggttagtaaca-tcttgtc---atttttgaggcgttcgatcaggtgag----tacac cc--ctcactagtctggtcgatgaggctgagaattccccacgggcgaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagcttat-----gct----------gggacgcctta-attgtg acatggtgcgaagacccacgtgtgcttaattgt-gagtcctccggcccccgaatgcggct aacctaaaccccggagccttgagacacaatccagtgttagcaaggtcgtaacgagcaatt ctgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttatt-ctcaa-- ----attgttcttatggtcacaa-tataa-gtaa-------------ta----tatatat tgtgatcatgggtgcacaagtatctactcagagaagtggctcacatgagaatcaaaacat tttgacaaatggctcaacacaacactttacagttataaattattacaaagatgctgcaag ttcatcgtctgccggtcagtccttctcaatggatccttccaagtttaccgaacctgttaa agatatcatgttaaagggagcacccgctttgaactctcctaatgtagaagcgtgtggata cagtgatagggttcaacaaatcacgcttggaaactcaacaataacaacccaagaggcagc caacgcagttgtggcttatgcagagtggcccagttatctggcagacaatgatgcaagtga tgtaaacaagacttcacaacctgacacatcagtgtgtagattttatactttggaaagcaa aacatggaccaacagttctaaaggatggtgttggaaacttccagatgcactaaaggatat gggtgtatttgggcaaaacatgttctttcatgcgttggggagaacggggtacaccatcca tgtgcaatgtaacgccaccaagttccatagcggctgtcttttggtagttgtcgttcctga acatcagctggcatcacacacgcaagggaacgtgtctgttaagtacaagtacactcatcc aggtgaacaaggtatagacttagatagtgtagctgaaa---------------------- -cagggggagcatcacacgatccagtatactccatgaatggaactttaataggaaacctt ttaatctttccacatcagttcattaacctcagaacaaacaatactgctacaattattgtg ccttacataaactcagtgccaatggattctatgaccagacataacaatgtatccctgtta gtcatcccagttgtgccgttggtaaatccagtaggaatgtccacaa---taataccagtc acagtaaccattgctcccatgtatacagaattctcaggtatcagatcaaaagctgtgg-- -tgcca------------------------------------------cagggcttaccc accctaactacccccgggtctggccagtttctaacaacagatgatagacaatctcctagt gcaatgccgaattatgaaccaaccccactaatacacatcccaggggaagttcataatctc ctagaaattatacaagtagatactctaattcccatgaacaataagggtgct------aca gacactttggatgaatatcgcatcccactcacagtcaac---------aagaagaatgat caaatatttggcaccagattgtttataggagatggggtgttcaagaccacactgtttgga gagatagcacagtattatactcactggtcaggttctatcaggatctccctaatgtacaca ggtcctgcactatcaagtgccaaactaattctggcatacactccaccaggaactgaagga cctaaatccaggaaagaagcaatgctaggtacacatgtggtttgggatgtcggactgcag tcaacagttgtcatgaatataccgtggacatctggtgtacagttcaggtatacagaccct gacacatatactagtgctggtcatctttcctgttggtaccagacatctctcattctacca ccagatacaacaggcaccgtgtatctattggcattcattagtgcatgtccagatttcaag ctaaggcttatgaaagacactcaaacaatatcacaaacagaagcccttatggaaggg--- ------tttgaaggtgagttagaagaagttgttatcgataaaatgaaacaggtaacagct tcaagtcagagtggacctaagtatactcaaaaggttccagcattaagtgctaatgaaact ggggctaccttaccaacaaatccatctgataatgtggagactagaaccacatacatgcat tttactggatcagaaacctccttggagaactttttaggaagatcagcttgtgttcacata acagaaatcaaaaata-agctgcctacagagcctgtaatgaaagggaataatatggaaaa cacccacaaagaa---caagg---gttgtttaatgactggaaaataaatttgtccagttt ggtgcaatttaggaaaaaactagaactctttacttatgtaaggtttgactctgaatatac aatattggcaactgcttctcagcccgacacagctcaatatgccagtaacctaacagttca agcaatgtatgtccctccaggtgcaccaaatcccattaaatgggatgactacacgtggca gagtgcctcaaaccccagtgtcttctttgaggttggtaaaatgg---ctaggtttagtgt accattcgtaggcattgcatcagcctacaactgtttctatgatggatactcacatgataa tgaa------gatacaccatatggcataagtgtcttaaatcacatgggtagtatagcttt cagaatagtcaatgatcatgatgtacacacaaccctcgtcaaaattagagtcttccatag agctaaacacattagagcttgggtaccaagaccacccagagcactaccatacacttccat aggaaaaaccaacttcccgaac------------------------------------a- --cgcacagcaaggttattgctactaggga---------t---agtatcacc-------- -----------act------------tatggaggaaattccaggtttggggcaatttaca catgtaattacaagataatgaattaccacttgatgacacatgaag------attacctaa accttttgactccttactacaacagagatttagcagtagtagcaacaggagcacagggct cagaaactatccctcactgtaactgcacctcaggagtctattactctcagtactacaata agtattatccaataatatgtgacaaacccacaaacatatggattgaaggaggaaactact accctagtagatttcagtcaggggttatgaaaggtgttggtccggctgaacccggagatt gtggtggaattttgcggtgtgtgcatggtccgatcggtctgctaacagcgggtgggagtg gatatgtatgcttcgcagatatcagacagctag---acttcattgctgaaacacaggg-- -cattactgattacataacaagtttgggaaaggcatttggtgtgggtttcacagaccaaa tatcagcaaaggttacagagctccaagacagtgtcaaggattacataaatgtcaaaatac tctccaaagttgtcaaaatgatatctgcattggtgattatatgcaggaatcatgaggacc tggttacagtcactgctacattagcactgcttgggtgtgatgggtcaccatggaggtttc tcaagatgtatatatcaaaacacttccaagtgccctatatagaaaggcaagctaatgatg gatggttcagaaaatttaatgatgcttgtaatgcagccaaaggtctagaatggatagcaa ataaaatttccaaactaatagaatggataaaggtaaagataatcccacaagcaaaagaga aactagatttttgcaaaagactcaaacaattagacatcttggaaaggcaaattgcaacaa tgcatgtttctaacccaacacaggagaaaagagaacaacttttcaacaacgtcttgtggt tagaacaaatgtctcagaaatttgccccactgtatgctgtggaagctaggaggattaaag aactaaaaacaaagatagtgaattatatgcagttcaaatccaagcaaagaactgaaccag tctgtgttttgatacatggctcccccgggtcagggaaatcactaactacatctattgttg gcagagccatagcagagagatttaagtccacagtctactcacttcctccagatccaaaac actttgatgggtatcaacaacaagaagtggtgatcatggatgatttaaatcagaatcctg atggtcaggacgttagtatgttctgccagatggtctcatcagttgactttataccaccta tggccagcttagataataaagggatcttgtttaccagtaactttgttcttgcatcaacca attcaaatacactcagtcctccaacaattttaaatccagaagcactagccagaagatttg ggtttgatctagatatttgtctgcataccacatatactaaatct---ggaaagttgaatg cagcaatggcaacagaactttgtaaagactgtcacaagcctagtaactttaacaaatgtt gcccattgatatgtggtaaagcaattagtcttgtggaccgaacttccaatgttaggtaca gtctagaccagctagtcacagcaattataactgacttcaataataaattgaaaatcacag attctctggaaatcttgtttcagggccctgtttacaaagatttagaaatagatgtccata acacacctccacctgagtgtatcagtgacctactcaaatctgttgattctgaagaactga gagagtattgtaagcagaaaaactggcttattccagaaattccaaccaatatagaaagag cagttaatcaggctagtaccataattaacaccattctgatgtttgtgagcactcttggaa ttctttacgtaatatataagttatttgcacaaacacagggtccatactcaggcaatccct cacatgttaaactaaaaccacctaccctacggcaagtggtggttcaaggcccaaatactg aatttgctttgtctcttcttaggaaaaatatagttactatcaccactaccaagggggaat tcacagcactgggaattcatgatagggtttgtgtagtacctacgcactcacagcctgatg atgaagtgttagttaatggacaaccagtaaagttaaaagataagtataaattactagatc cagagaatactaacttagagctgactatattagttttagatagaaatgaaaagtttaggg atataagagcattcatagcagatgatcca---gagggaatggaaggaactttagtgataa actccaataattttaaagataccatattagaagtagggcaactaacctttgctggcctaa taaacctcagtagcgttccaacaaaccgcatgatacgctatgaataccctacaagaacag gacaatgtggtggtgttttatgctcaactggcaagatctacggtattcatgttggtggca atggacggcaaggtttttctgcacaattgagaaaacaatactttgttgaaaaacagggag caatcattaacaaaagaaatgttaaagaattgggtttgaaacccattaacaccccaacta aaacaaagcttcaccccagtgtattctatgaaatttttccagggtcaaaagaaccagctg ccttgaatgactctgaccccagactggaggtcaatttgcgtgattctctattctcaaagt acaaagggaatgtagaaattgatatcacagagaatatgcaaattgccattgatcaatatt caggccaattactgtcactggacatacccacagatgaactatcactaaaagaagctctat acgggacagatggcttggaaccaattgacattaataccagtgccggttatccatatgtga gcttaggaataaagaaaagagatatattaaatagggacactcaagatgttaccaagatgg aacattatctggataaatatggtattgatctgccactggttacatatataaaagatgaac tcagaagcaaagataaggttaggctagggaaaagtagactaattgaagcatctagcttaa atgattcagtgaatatgagggtaaaactaggtaacctgtataaggcttttcacacaaatc caggagtaataactggctcagcagtggggtgtgatccagacacattttggtcaattatac catgccttatggatgggcaac---ttatggcatttgattattcaaattttgatgcctctc tgtctccagtgtggtttaaatgtcttgagcaagtactttccaggctcgggtttagacatt ccaatctgatccagacaatatgcaacacacaccacatattcagagatgagatttatgagg ttgagggaggtatgccatcaggatgttcaggcactagtgtttttaattcaatgataaaca acataatcattagaacattaatactggatgtctacaaaggaattgaccttgataaattga aagtaattgcctatggtgatgatctcattgtgtcttatccatttgaactacaaccagaat tactagcactcgctggtaaaaaatatggtctgacaattacacccccagacaaatcagaaa aatttgtgaaaacaacatgggagaatgtaacatttctgaaaagatatttcagacctgacc ctcaataccctttccttattcatccagtaatgccaatgcaagatatacacgaatccatac gatggacacgcgatccaaaaaacacacaggatcacgtgcgctctctgtgcatgttggctt ggcattcaggagaggaagaataca-aaaactttacagaaaagataagatcaaccagtatc ggcaaatgtctgttaataccagaatacagtgtcctacgccgacgatggttagatctgttt tgaa-------------------taatat---ag-------------------attttt- ---------gatttgat---tagaatta------gaaatttgc----------------- ------------------------------------ >FJ445130.1 Human rhinovirus 42 strain ATCC VR-338, complete genome -------ttaaaacagcgggtggg-ta---tcccaccacccgacccactgggtgtg---g tacactggtacttt-gtacctttgtatgcctgtttgcatccc------------------ -----------cttc-cctttacctaacatccctccccaagttata-------------- -ttttgcggtaac---gttagaaga-agtgaacyt--------agtgcaacagg-aagta tcaccaccag-----tgatat-aacgcacaagca-attct-tgtt-ccccgga---gctg gatatagactgctaacgtggttgaaagtcctta--accgttatccgccagttaactgcga aaagactagtaaca-tcatgca---catttctaggtgttcgatcaggtgaa----aaccc ca--ttcactagtttggtcgatgaggctgagagtaccccacaggcgactgtgtctcagcc tgcgtggcggccaacccgacttat-----gtc----------gggacgcctat-taatag acatggtgtgaagatcctattgcgcttagctgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagtcttgtgatgtaagccaacatttgcaaggtcgtaatgagtaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----tta-ttctt-atcat-- ----ttgtgtttcatggttacaa-------------------------g----cattgtt tgtaatcatgggtgcacaggtgtcaacacaaaagagtggttcacatgaaaatcaaaacat acttacaaatggatcaaatcagacatttacagttataaattattacaaggatgcagctag ttcatcctctgcaggacaatcactttcaatggacccgagcaagtttactgaaccagttaa agatatcatgttaaaaggagcaccagcactaaattcaccaaacatagaggcatgtggata tagtgacagagttgaacaaataacattagggaattctacgattactacacaggaggcagc aaactcaatcgtagcctatggagaatggccatcatttttatcagatgttgatgctagtga tgttaacaaaactactaaaccagacacttcagcatgtaggttttacactttggatagtaa aacatggagtcagagttcaaagggttggtgctggaaactaccagatgcgctcaaagatat gggcatatttggtcaaaatatgtttttccactctcaaggcagaaccgggtatactattca tgttcaatgtaatgcaaccaaatttcacagtggttgtctattagttgtagtgatacctga acaccaacttgcatcaattgaaggtggtaatgtctcagttctgtatgacaagacacatcc aggagagaaaggcatagaccttaatgatgaagat---c---------------------- -caaaaggcccaatgaaagatcctctctacatgatggatggcacactaattggaaacagt ctcattttcccacaccagtttattaatttgagaactaataatacagcaacaattgtggtt ccttacattaactcagtacctatggactccatgactagacataacaacctctctctgtta gtcatccccattgtgcaaatcgcagcaacaactggtgcagccccct---ccataccagta actgtaactattgctccaatgtttttagagttatctggcatacgatcaaaagctgtta-- ----------------------------------------------tacaaggactgccc acagttttaacaccaggttcagagcagtttttgactacagatgataggcaatcacctagt gctatgcccaattatgaaccaacaccattaatacacattcctggagaagttaaaaaccta ttggaaattgcacaagttgatactttgattccaataaataacacagagact------gcc agtggattggatatgtacagagttccactcacacaaaac---------aaacagggagaa caggtatttgggtttaaactctacttaggtgatggtgttttaaaaacaacactaataggt gagttgtgtcagtattttacacattgggcaggttcactgcgcctatcctttatgtacact ggcccagcactctctagtgccaaattattaattgcctacacacccccaggagcccaaggt ccaatcaaacgcaaagaagcaatgctaggtacacatgtaatttgggacattggactgcaa tcaacagtagtcttgaatataccttggacttcaggagtacaatttagatatacagatcca gacacatacactagcgcagggttcatttcttgttggtatcaaacttccttagtgttaccc ccacaaacacaacaaactgtatatatactaggtttcattagtgcatgtcctgatttcaaa cttagactcatgaaagatacacagtcaatacatcaagaaacagcattgactgagggg--- ------ttggaagatgaattgatggaagtcattgttgacaaaacgcagcaaacactggct tcagtcaagagtggatctaagcatacccaaaaagtaccttcacttactgctaatgaaacc ggagcaacgctgccaacaacaccatccgacagcgtggaaacccggacaactatgatgcac tatacagggtcagaaacaacactggaaaattttctgggtagagcagcatgtgtacatgtt gttgaaatcagaaata-aacgacccacaga------------------------tggtga agaacacaaaaca---cagct---cttgtttaatgattggaaaataaatttgtccagctt agtacaacttagaagaaaacttgaaatgtttacgtatgttagatttgattcagaatatac tataatagctaccagttcacaacctaatgatgctaaattttctagtaacctgactgttca agcaatgtttatcccaccaggtgcacccaaccccagtaaatgggatgactatacatggca aagtgcaactaatcccagtgtattctttaatgtaggaaaatcag---ccagatttagtgt accttatttaggaatagcttctgcttacaactgtttctatgacggttactctcatgataa ccta------actacaccatatggaataaatgtgctaaaccacatgggttcaatggcttt tagagtagttaatgagcatgatattcacaccacccatgtcaaaatcagagtttatcatag agctaaacacattagagcatggatacccagagctcctagagttttagagtacctacacat tggtagaacaaactacaaacaa------------------------------------a- --atcccaaaaatcccattaagactaggga---------t---tctatcagt-------- -----------aca------------tatgggttgggacccagatttggtggagtgtgca ctggtaatattaaaataatgaactatcacctgatgtctcatgagg------acactctta accttgtcacacctctacctgaaagggaccttgccatcgtgagcacgggtgctcacggtt cagagaccgtcccacaatgtaattgtatgtcaggagtttattactcaaggtactataaca aattttaccccgtaatttgtgaaaaaccaacatgtttatggattgaaggtaacaattact atccaagcagataccaacagggggtaatgagaggtgtcggcccagctgaaccaggtgatt gtggaggtatcttgaggtgcatacatggacccattggacttttaactgcaggtggaagtg gctatgtttgctttgctgatatcagagcattggacatgttcaaagctgaataccaagg-- -aatttcagactacatctcgaatttaggaaaagcctttgggactggattcactgaacata tcagtgaaaaagtaacagaattgcaaaatatgtcactgggttacttaaatactaaggttt tatctaaaatagtaaaaattgtttcagctttagttataatttgtaggaatcatgatgatt tgatcactgttacagccacactagcattattaggatgtgatggatcaccatggagatact taaaaatgtatataagtaaacacttttgcttaccttatatagaaagacagtccaatgatt tatggtttaagaagtttaatgacatgtgtaatgcagcaaaagggctagaatggattgcaa acaaaatctccaaacttatagattgggtcaaacagaaaatcttgccacaggcaagggaca agttagatttttgtagaaggcttaaacagctagatattttagaaagacaaatagattcat tgcacatgaaccaggttaatgataatgatagagaggtcttatttaataatatattatggc tggaacaaatgtcccagaaatttgcaccattgtatgccgttgaggcaaagagaatcaaaa tgcttaagaataaaatgactaattttatacagttcaggtcaaaacatcgcacagaaccag tgtgtgtgctaatacatggttcacctggctcaggtaaatcattaaccacctctttgattg gcagagctattgcggacagttgtggttcctctgtgtactcactacccccagacccaaaac actttgatggttatcagcagcaagctgtagtcatacttgatgacctaaatcaaaatccaa atggtgaagatattagtactttctgtcaaatggtttcatcagttgattttattcccccaa tggcaaacctggacaataaaggtatgttgttcaccagcaactttgtattggcatccacaa attcccaaacactaaacccaccaacagttcttaatcccgaagctctagcacgtagatttg gatttgacttggatatgtgtttgcataccacatacacaaaatca---ggaaaattgaatg ccgcattagcatcagaattgtgtaaagattgtcacaaaccaacaaacttcaagagatgct gccctctgatttgtggcaaagccttaagcttggttgacagacgtacaaatgttaggttca gcatagaccagttagtcactgcaattataactgaacatgcaaataaaaccaaaatttcca gttcgctggaggtgttattccaaggaccaacatacaaggacttgcacatagatgtgacaa ctacaccacctccagaatgcatagtagacctacttaaatctgtggataatgaggaggtca gacaatactgtcaagaaaaaagatggcttatacctgaaattccaactaatgtagagagag cagtgaaccaggccacaaacttaatcaatacaattctaatgtttataaccacacttggta taatttacatgatatacaagctttttgctcagacacaaggaccctattcaggacttgata ataaatccaagctcaagccccctacacttagagcagttgtgacacaaggacccaatacag agtttgctttatccttgcttagaaagaatatagtaacagtcactactgacaaaggagagt ttacaggattgggaatacatgaaaggatattagtaataccaacccatgcacagccctcag aaaaagttcttatcaatggatttgctactaacgttaaagataaatggaaattggtggatc cagacaatttaaatttggaaatcactgtcctagaattagacaggaatgaaaaatttaggg acattagaatgttcattgcagatgaccca---gagtgcaatgaagcatcacttgttatac attcaaataacttcaaggacactatcttgacggttggtgcgaccacactagccggtataa taaatttaagcaacacacccactgcgcgaatgattcgctatgatttccctaccagaacag gacagtgtggtggagtcctatgctcaacaggcaagatatatggtattcatgtaggtggca atggaaaacaaggattctcagctcaacttaaaaaacagtactttgtacaaaaacagggtc aaatcattacaaaaagaaatgttagggaactaagtatcaaacccattaacactccaaata caaccaaacttcatcccagtgttttctataatgtgttccctggaagtaaagaaccagcag ttctacatcctgcagatgaacgacttgaagtcaattttgaggaatccctattctcaaaat ataaaggcaatgtgaagatggagatcacagagaacatgaaggtggccattgaccactatg ctggccaactcctatcacttgatatacccacacaagaacttaccctgaaagaggccctct atggtacagatggattagaacccatagacttgaacactagtgcaggatacccatatgtta gtttgggcatcaaaaagagatctattttaaataaggagaccaaagacacaacaaaaatgg aagagtgcctaagtaaatatggtattgacctgccactggttacctatataaaagatgaac tcagaggcaaagataaaattaggctaggaaagagtagattaattgaggcatccagtctaa atgattcagttaacatgagaatcaaattgggtaacttatataaagcttttcacaaaaatc ctggaatactaaccggttctgccgttggttgtgatccagacaccttttggtcagttatac cttgtttgttggatggagagt---taattgcttttgattattcaaactttgatgctagtc tttcaccagtttggtttgagtgtttagagcaagtgttaaagaagataggatttcaatgtt cagaattaattcaacaaatatgtaccacccatcatatctttaaagatcagatttatgtgg tagaaggtggtatgccctccgggtgctctggaactagcatctttaattcaatgattaaca acataataatcaggactctaatattagatgtttataaaggtatagaactggattccttga gaataatagcatatggtgatgatgttattgtttcatatccctttcctttggacccggaaa agattgcacagcaaggagtcatatatggtttaaccatcacaccaccagacaagtcaccta agtttacaaaaatggactggaatactgtaactttcttaaaaagacagtttaaaccagata aggaatttccatttctcatacacccagtaatgccaatgtcagatattcatgaatctatta gatggacaaaagaccctaaaaacactcaagaccacattagatcattgtgcatgatggcct ggcactcaggagaggatgaataca-acaagtttgtggatggaatcaggagtactgatatt gggaaagcattgctgataccatcttactctgtcctcagacgcagatggcttgatttgttt taaaatttctt-tctt-tag---atatat---ag-------------------agtata- ---------aatttagtgtagtgaattt------ttcctctat----------------- ------------------------------------ >FJ445168.1 Human rhinovirus 91 strain ATCC VR-1292, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-tt---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtacatt-gtacctttgtacgcctgtttctc---------------------c cc---------tccc-tcc----caacctatacaatcc---------------------- ------cggcaac---ttagaagat-ttgaac-------tat-tgtacaatagg-cgctg tcacatccag-----tggcgg-ctagtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagatggccaccgctgtcaaaagctctta--accgttatccgccaattaactacgc aacggctagtaata-tcatgta---acttttagggtgttcgatcaggtgag----tgtac cc--ctcactagtctggtcgatgaggctgagaattccccacgggcgaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagcttat-----gct----------gggacgcctta-attgtg acatggtgtgaagacccacgtgtgcttaattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aacctaaaccctggagccttgaaacacaatccagtgttagcaaggtcgtaatgagtaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-tttaa-- ----gttgttcttatggtcacaa-tataa-gta---------------a----tatatat tgtgatcatgggtgcacaagtgtctacacagaaaagtggttcgcatgagaatcaaaacat cttgacaaatggctcaacacaacacttcacagtcattaactattacaaagatgctgcaag ctcatcgtctgccagtcagtctttttcaatggatccttccaagtttaccgagcctgtcaa agatattatgctaaaaggagcacctgctttgaactctcccaacgtggaagcatgtggata cagtgacagggtacaacaaatcacgcttggaaactcaacaattacaactcaagaggcagc aaatgcagtcgtagcctatgcagaatggcccagttatttggcagacagtgatgcaagtga tgtaaataagacttcaaagcctgacacgtcagtatgtagattttatactttagacagcaa aacatggaccagagaatctaaaggatggtgttggaagcttccagatgcactaaaagacat gggagtatttggacagaacatgttctttcatgctttggggagaacaggatataccattca tgtgcaatgtaatgccaccaagttccacagcggatgtcttttggtagttgttgttcctga acaccagctagcatcacacacagaagggaatgtgtctgttaagtacaagtacacgcatcc aggtgaacaaggcatagaactaagcaatttggctgaag---------------------- -aagggggagcatcacatgacccagtatattctatgaatggtactttaatagggaacctc ttgatttttccacatcagtttatcaatcttagaacaaataacactgctacgatcattgtg ccttacataaattcagtaccaatggactccatgaccagacacaataatctatccctatta gttattccagttgtaccgttaataaatccagtaggaatgtccacaa---taataccaatt acagtaaccattgcccccatgtgtacagaattttcaggcattagatcacaagccgtga-- -agata------------------------------------------cagggcttacct accttaaccacccccggatctggccagtttttaacaacagatgatagacaatcacccagt gcaatgccaaattacgaaccaaccccaccaatacacattcctggtgaagttcacaatcta ttagaaattatacaagtagacactcttattcctatgaacaacaaaggtacc------act gataccttggaagagtaccgcatcccactcacagttgac---------aagaaagatggg caaatatttggcaccagattgtttataggggatggggtgttcaaaaccacactgtttgga gaaattgcacagtactatacccactggtcaggttccatcagaatctccctaatgtataca ggccccgcactatcaagtgctaaattaattttagcatacactccacctggaactgaagga cctaaatccagaagagaagcaatgcttggcacgcatgttgtctgggatgtcggtcttcaa tcaacggttgtcatgaacataccatggacatctggtgtgcaattcaggtatacagatcct gacacatacactagtgctggtcacctttcatgttggtatcaaacatccctcattctacca ccagatacaacaggtgctgtgcaccttttggcattcattagtgcgtgtccagatttcaag ctaaggcttatsaaagatacccagacaatatcacaaacagaagctctcacggaaggg--- ------tttgaaggtgagttggaagaagttgttattgacaaaatgaaacaggtaacagct tcaagccagagtgggtcaaaatatacccaaaaggtgccagcactaagtgctaatgaaact ggggccaccttaccaacagacccgtctgacaatgtggaaaccagaaccacgtacatgcat tatactggatcagagaccaccttagagaatttcttaggtaggtcagcttgtgttcatata acagagattcagaaca-aattacccataaaacccacagaagagggcggcaacatgaaaaa cactcacaaggaa---caaaa---attatttaatgactggaaaataaatttatccagttt ggtgcaatttaggaaaaagctagaacttttcacatatgtgaggtttgattctgagtatac aatattagcaactgcctcacaacctgaaacagcccaatacgccagtaatttaacagtaca agcaatgtacgtccctccaggtgcaccaaatcccattaaatgggatgattacacgtggca aagtgcttcaaaccccagtgttttcttcgaggttggcaaaatgg---ctaggttcagtgt accctttataggtattgcatcagcttacaactgtttttatgatggatactcacatgataa tgaa------gacacaccatatggtataaatgtcctgaaccacatgggtagtatagcatt taggatagtcaatgatcatgacgtacacacaacccttgtcaagataagggttttccacag acctaagcacattagagcttggataccaagaccacccagagcattaccttacacctctat aggaagaaccaactttcccaat------------------------------------a- --gacacagtaaagttatagccacaagaga---------c---agcattacc-------- -----------acc------------tacgggggaaactccaggtttggagcagtctaca cttgcaattataaaataatgaattaccacctgatgacgcatgaag------atcatttaa accttttaactccctactacaatagggatttggcagtggtagcaacaggtgcacaaggct cagaaataatcccacattgcaattgtacttcaggggtctattactcccagtactacaata aatactacccaataatatgtgataaacccacaaatatatggattgaaggaggaaactact accccagtagatttcaatccggggtcatgaaaggtgttggtccagctgaacccggggatt gtggtggaatcttgcgatgtgtacatggcccaatcggcctgttaacagcaggcgggagcg ggtatgtatgcttcgcagatattagacagttag---acctcattgctgagacacaggg-- -tattactgattacataacaagcttgggaaaggcatttggtgtgggtttcacagaccaaa tatcagcaaaagtttcagaacttcaggacagtgtcaaggattatataaatgttaaaatac tctccaaagttgttaaaatgatatctgcattggtgatcatatgcagaaatcatgaagatt tggtcacagtcaccgccacattggcattgcttggatgtgacgggtcgccttggagatttc tcaagatgtacatatcaaagcatttccaggtgccctatatagaaagacaagccaatgatg gatggttcaggaaattcaatgatgcttgcaatgcagccaaaggtctggaatggatagcaa acaaaatctccaagctaatagaatggataaagacaaagataatcccacaagcaaaagaga agctagatttttgcaaaagactcaaacaattagacatcatggagaggcaaattgcaacaa tgcatgtttctaatccaacacaggagaaaagagaacagctttttaacaacgttttgtggt tggagcaaatgtcccagaagttcgccccactgtacgcagtagaagctaggaggattaaag agttaaaaacaaagatggtaaactacatgcaattcaaatctaagcaaagaactgaaccgg tctgcgtcttgatacacggctctcccggatcagggaaatcattaaccacgtccattattg gtagggctatagcagaaaggttcaaatccacagtttactcacttcccccagatccaaaac attttgatggttaccaacaacaagaagtggtaattatggatgatttaaaccaaaacccgg atggtcaagacattagcatgttctgccagatggtctcawcagttgatttcataccaccca tggctagtctagacaacaaagggattttattcaccagcaatttcgttcttgcatcaacta attcaaatacacttagtcctccaacaattttaaacccagaagcactagttagaaggtttg gatttgacttagatatttgtttacataccacatatactaaatct---ggaaaattgaatg cagcaatggcaacagaactctgtaaagactgtcacaagcccagcaactttaataaatgct gcccactgatatgcggcaaagcaattagtcttgtagatcgaacttccaatgttaggtaca gtttagaccagttagtcacagcaatcataactgactttaataataaattgaaaattacag attcactggaagttttgttccagggccctgtttacaaagatttggaaatagacatccata gcacacctccacctgaatgtatcagtgatctactcaagtctgttgattctgaggaactca gagagtattgtaaacagaagaattggcttatcccagagatcccaaccaatatagaaagag cagtaaaccaagctagtaccataattaataccattttgatgtttgtgagcacccttggga ttctttatgtaatatacaagttatttgcacaaacacaaggtccatactcaggtaatccct cacacaccaaactaaaaccgcctactttacgacaagtggtggttcaaggaccaaatactg aatttgctttatctcttctcagaaagaacataatcaccatcactactgctaagggagaat tcacagcactaggaatctatgatagggtttgcgtagtgcccacgcactcgcaacctgatg atgaagtattagttaatggacaaccagtaaagctcaaagacaagtacaaattactagatt cagaaaatactaacttagaattaactatattagttttagacagaaatgaaaagtttagag atataagagcattcatagcagatgatcca---gagggaatggaaggaactttagtgataa actctaataactttaaagataccatattggaagtagggcagttaacttttgctggcttaa taaaccttagtagcgttccaacaaaccgaatgatacgctacgaatatcccacaagaacag gtcagtgtggtggtgtcctgtgctcaactggtaaaatctatggaattcatgttggtggca atggacggcaaggcttctcagcacaactgaagaaacaatattttgttgaaaaacaaggag caatcatcaataaaagaagtgtaagagaattaggtttgaaacccattaatactcctacta aaacaaaactccaccccagtgtattctatgatgtttttccagggtcaaaagaaccagcag ctctgaatggctctgatcccagactggaggtcaatctgcgtgattctctattctcaaaat ataaagggaacatagaaattgacatcacagagaatatgcaaattgccattgatcagtact caggtcaattgctatcactagacatacctaccaatgaactatcactcaaggaagctctat acgggacggatgggttggaaccaatcgacattaacaccagtgccggttacccgtatgtaa gtttaggaataaagaaaagagatatactaaataaggacactcaagatgttgctaagatgg aacactacctagacaaatatggtattgacctgccactagtcacatatataaaggatgaac tcagaagtaaagacaaaattaggctagggaaaagtagactaattgaagcatctagcttaa atgattcagtgaacatgagagtgaagttgggcaacttgtataaggctttccacacaaacc ctggggtgataactggttcagcagtggggtgtgacccagacacattttggtccatcatac catgtcttatggatggtcaac---ttatggcatttgactattcaaattttgatgcttctc tgtccccagtgtggttcaagtgccttgaacaggttctctccaagctcggattcaaacact ctaacctgatccagacaatatgtaatacacaccacatattcagggatgagatttatgaag ttgagggaggtatgccatcagggtgttcaggtaccagtatttttaattcaatgataaaca acataatcattagaacattaatattggatgtttacaaaggaattgatcttgacaaactca aagtaattgcctacggtgatgatctcatcgtgtcctatccatttgaactgcaaccagaat tactagcacttgctggtaagaagtatggtctcacaatcacacctccagacaagtcagaaa agtttgtgaaaacaacatgggagaatgtgacatttctgaagaggcactttagacctgacc ctcaataccctttcctcattcacccagtaatgccaatgcaagatatacacgaatccatcc gatggacgcgtgatcccaaaaacacacaggatcatgtgcgctctctgtgtatgttagctt ggcactcaggagaggaggaataca-aaaattttactgaaaagattagatccaccaacatt ggtaaatgtctgttaataccagaatatagtgtcctacgccgaagatggctggatctgttt taaa-------------------taatat---ag-------------------atttgt- ---------gatttgat---tagaatta------gaaatttat----------------- ------------------------------------ >EF173420.1 Human rhinovirus 17, complete genome -------tttaaacagcggatggg-tt---ccccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtatttt-gtacctttgtacgcctgtttctc---------------------c cc---------tacc-tcc----caacctaaacaatcc---------------------- ------tggtaac---ttagaagac-ttaaat-------cat-cgtacaatagg-tgctg tcacatccag-----tgacgg-ctagtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtataaatggccaccgctgtcaaaagctctta--accgttatccgccaattaactacgc aacggctagtaaca-tcttgtt---atttttagggcgttcgatcaggtgag----taaac cc--ctcactagtctggtcgatgaggctgagaattccccacgggcgaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagctaat-----gct----------gggacgcctta-attgtg acatggtgtgaagacccacgtgtgcttaattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aacctaaaccctggagccttgagacacaatccagtgttggcaaggtcgtaatgagtaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-ttcaa-- ----attgttcttatggtcacaa-tataa-gta---------------------atatat tgtgatcatgggtgcacaagtgtctactcaaaagagcggttcgcatgaaaatcaaaacat cttgacaaatggctcgacacaacactttacggttattaattactataaagatgctgcaag ctcatcgtctgccggccagtctttctcaatggatccttccaagtttactgaacctgttaa agacatcatgttgaaaggagcacctgctttgaactctcccaacgtggaagcatgtggata cagtgatagagtacaacaaatcacacttggaaattcaacaatcacaacccaagaggcagc aaatgcagttgtggcctatgcggaatggcccagctacttggcagatattgatgcaagtga tgtgaacaagacttcgcaacctgacacgtcagtgtgtaggttttataccttagaaagcaa aacatggaccagagattctaaaggatggtgttggaagcttccggacgcactaaaggacat gggtgtctttggacagaacatgttcttccatgcactggggagaacaggatacaccatcca tgtgcagtgtaatgccactaagttccatagtgggtgtcttttggtggtcgttgttcctga acatcagctagcatcacacacagaaggaaatgtgtctgtcaagtacaagtacacccatcc aggtgaacaaggtatagagttagatagtgcagctgagg---------------------- -aaggaggagcatcacatgacccggtatattctatgaatggaactttagtgggaaatctc ttaatctttccacaccagttcattaacctcagaacaaacaatactgctacaatcattgtg ccctacattaattcagtaccaatggattctatgaccagacacaataatgcatccttgttg gttatcccagttgtgccactggtaaacccagtggggatgtctacaa---taatacctatc acagtgaccattgctcccatgtacacagaattttcaggcatcagatctaaagctgtag-- -tacca------------------------------------------cagggcttgcct actttaaccactcctgggtctggccagttcttaacaacagatgatagacaatcacccagt gcaatgccaaattacgaaccaaccccgttaatacacattccaggggaagttcacaatctc ctagaaattatacaggtggacactttaatccccatgaacaacaaaggtgcc------act gacagcttggaggagtaccgtatcccactcacagttaat---------aagaaaaatgat caaatattcggcactagactgtttataggagatggggtgtttaaaactacactgtttgga gaaattgctcagtactacacacactggtcaggttccatcaggatctctctaatgtataca ggtcctgcactgtcaagtgccaaattaatcctggcatacaccccaccaggaaccaaagga cctaaagacaggaaagaagcaatgcttggtacgcatgtggtgtgggatgtcggtctgcaa tcaacagttgttatgaacataccatggacatccggcgtacagtttaggtacacagatcct gacacatacaccagtgctggttatctttcctgttggtatcagacatccctcattctacca ccagacacaactggtaccgtgtatcttctggcatttattagtgcatgtccagatttcaaa ctgaggctcatgaaagatactcaaacaatatcacaaacagaagctctcatggaagga--- ------tttgaagatgagctggaagaagttgttattgacaaaatgaaacaggtaacagct tcaagtcagagtggacccaaacacactcaaaaggtaccagcactgagtgctaatgagact ggggccaccttaccaacaaacccatctgacaatgtagagaccagaaccacatacatgcac ttcactggatcagaaacttccctagagaacttcttgggaagatcagcttgtgtccacata acagaaattcaaaata-agttgccaacagaacccagaaaagaaggggatagaatgataaa tacacacaaggaa---caagg---gttgttcaatgattggaagataagtttatccagttt agtacaatttaggaaaaaactagaacttttcacttatgtgagatttgactccgagtacac aatattggcaactgcttcccaacccaacacagctaaatatgccagtaacttaacagtaca ggcaatgtatgtccctccaggtgcaccaaatcctgttaaatggaatgattatacgtggca aagtgcctcaaaccccagtgtcttctttgaggttggtaaaatgg---ctagattcagtgt accattcataggcattgcatcagcctatagctgcttttatgatggatactcacatgatga tgaa------aatactccatatggtataaatgtcttaaatcacatgggtagtatagcttt cagaatagtcaatgatcatgacgtacacacaactctcgtcaagataagagttttccacag agcaaaacacattagagcttgggtaccaagaccgcctagggctttaccatacacctctat aggaagaaccaatttcccaaat------------------------------------a- --cacgcaacaaggtcattgccagaagaga---------c---agtatcacc-------- -----------act------------tatggaggaaacctcaaattcggggcagtttaca cctgtaattacaaaataatgaattaccacctgatgacacatgaag------accacttaa atctcctaaccccctattacaatagagatctggcagtagtggcaacaggagcgctgggtt cagaaacaatccctcactgtaattgtacttcaggagtctactactctcagtactacaata aatattatccaataatatgtgacaaacctacaaacatatggattgaaggaggaaactact accccagtaggtttcaatccggggttatgaaaggtgttggtccagctgaacctggagatt gtggtggagtcttgcgatgtgtgcatggtccgatcggcttgttaacagcaggtggaagcg gatatgtgtgcttcgcagacattagacagttgg---acttcatcgctgaaacacaggg-- -cattactgattacataacaagcttaggaaaggcatttggtgtaggtttcacagaccaaa tatcagcaaagatcacggaacttcaagacagtgctaaggattacataaatgtcaaaatac tctctaaagttgttaaaatgatatctgcactggtgattatatgcaggaatcatgaggatc tggttacagtcactgctacattggcactacttgggtgtgatggatcaccttggaggtttc tcaaaatgtatatatcaaaacacttccaagtgccttatatagaaaggcaagccaatgatg gatggttcagaaaatttaatgatgcttgcaatgcagctaaaggtctagagtggatagcaa acaagatttccaaactgatagaatgggtaaagacaaagataatcccacaagcaaaagaaa agttagatttctgcaaaagactcaagcaattggacatcctagaaaggcaaattgcaacaa tgcacgtttccaatccgacacaggagaaaagagaacaacttttcaacaatgtcctgtggt tagagcaaatgtctcagaaatttgccccactatatgcagtagaagctaggagaattaaag aattgaaaacaaagatagtgaactacatgcagttcaaatctaaacaaagaactgagccag tctgtgttttaatacacggctctccagggtcagggaaatcactaaccacgtccattattg gtagagccatagcagaaaagtttaaatctacagtttactcacttcctccagacccaaaac attttgatgggtaccaacaacaagaagtagtgattatggatgatttaaatcagaatcctg atggtcaagacattagtatgttctgccagatggtgtcatcagttgattttataccaccca tggccagtttagacaacaaagggatttcattcaccagtaactttgttcttgcatcaacta actcaaatacactcagccctccaacaattttaaatccagaagcactagccaggagatttg gatttgacttagatatttgtctgcataccacatacactaaatct---ggaaagttaaatg tagcaatggcaacagagctctgcaaggactgttataagcccagcaacttcaataaatgtt gcccattgatatgtggcaaagcaattagtcttgtagatcgatcctctaatgtcagataca gcttagaccagttagtcacagcaatcataactgacttcaacaacaagctgaaaattacag attctctggaagtcttgtttcagggtcctgtttacaaagatttagaaatagatgtccata acacacctccacccgaatgtattagtgacctactcaagtctgttgattctgaggaattga gagagtattgcaaacagaaaaattggcttattccagaaattccaaccaatatagaaaggg cagtaaaccaggctagtactataattaatactatcctaatgttcgtgagcacccttggaa tcctttatgtaatatacaaattatttgcacaaacacagggtccatactcaggcaatccct cacataccaagttaaaaccacccactttgcggcaagtggtagttcaaggcccaaacactg aatttgctttgtctcttcttaggaaaaatatagtcactattaccactaccaagggagaat ttacagcactaggagtccatgacagggtttgtgtagtacccacacactcacaacctgatg atgaagtcttagttaatggacaaccagtgaagttaaaagacaagtacaaattgttagatc cagaaaataccaacttggaattgactatattgattttagatagaaatgaaaagtttagag atataagagcattcatagcagatgaccca---gagggaatggagggaactttggtgataa attctaataactttaaggataccatattagaagtagggcaattaacttttgctggtctaa taaacctcagtagcgttccaacaaatcgcatgatacgctacgaatacccaacaagaacgg gacaatgtggtggtgttctatgctcaactggaaaaatctatggaattcatgttggtggca atggacggcagggtttttccgcgcagttgagaaagcaatactttgttgaaaaacaagggg caattattaataaaagaaatgtaaaggaattaggtttgaaacccatcaacactccaacca aaacaaaactccaccccagtgtgttctatgaaacctttccaggaacaaaggaaccagctg ctttgaacgactccgaccccagactggaggttaacttgcgtgattctctgttctcaaagt acaaagggaatgtggaaattgatattacagagaatatgcaaattgccattgatcagtatt caggtcaattactgtcgctggacatacctacaaatgaattatcacttaaggaagctttgt atggaacagatggcttggaaccaatcgatatcaacaccagtgctggttatccatatgtga gtttagggataaagaaaagagatatactaaatagggacactcaagatattgctaaaatgg aacattatctggacaagtatggtattgatctgccactagttacatacataaaagatgaac tcagaagtaaagataaggttaggctaggtaagagtagactgatcgaggcatctagtttga atgactcagtgaacatgagagtgaaattaggtaacctatataaggcttttcacacaaatc ctggagtgataactggttcagcagtggggtgcgatccagacacattttggtccattatac catgtcttatggatgggcaac---tcatggcatttgattattcaaactttgatgcctctc tatctccagtgtggtttaagtgtcttgaacaagtgctttccaaacttgggttcaagcact ccaatttgatccagacaatatgtaacacacaccacatattcagagatgagatttatgagg ttgaaggaggcatgccatcagggtgttcgggcactagtgtttttaattcaatgataaaca atataatcattagaacattaatattagatgtctacaaaggaattgaccttgacaaactaa aagtaattgcctatggtgatgatcttattgtatcctatccatttgaactgcaaccagaat tactagcactcgctggtaaaaaatatggtctgacaatcacacccccagataaatcagaga aatttgtgaaaacaacatgggagaatgtgacattcctaaaaaggtacttcagacctgacc cccaatacccttttctcatccatccagtgatgccaatgcaagacattcatgaatccatcc gatggacgcgcgatccaaaaaacacacaggatcatgtgcgttctctgtgtatgttggctt ggcactcaggagaggaggaataca-aaaattttactgaaaagataagatcaaccaacatc ggtaaatgcctgctgataccggaatatagtgtcctgcgccggcggtggttggatctgttc taaa-------------------taatat---ag-------------------atttat- ---------gatttgat---tagaatta------gaaatttat----------------- ------------------------------------ >EF173421.1 Human rhinovirus 27, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccacagggtgta---g tgctctggtatttt-gtacctttgcacgcctgtttccccatt----------------gt ac---------ccct-cct-----taaatttcctcccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagt-ttaaggaaa---caaa-tgtacaatagg-aagca tcacatccag-----tggtgt-tatgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataagtggtacccaccgccgaaagccttta--accgttatccgccaatcaactacgt aatggctagtatta-ccatgtt---tgtgacttggtgttcgatcaggtggt----tcccc cc-----actagtttggtcgatgaggctaggaactccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagctttt-----gct----------gggacgccttt-ttacag acatggtgtgaagacctgcatgtgcttgattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgcaacataatccaatgttgttgaggtcgtaatgagtaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-cttta-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atag-------------ca----tatatac tgtgatcatgggcgcacaagtgtcaacacagaagagcggttcacatgaaaaccaaaacat ccttactaatggatcaaatcaaactttcacggtcataaattactacaaagatgcagccag ttcatcatcagctggccaatcgttctcaatggacccgtcaaaatttactgaaccggtcaa ggacataatgcttaaaggtgcaccagctctaaattctcccaacattgaagcgtgtggtta cagtgacagagttgaacaaataaccattggcaattcaacaattacaacccaagaagcagc taatgcaatagtggcttatgctgaatggcccagctttttaaaagatgatgatgctagtga tgtgaataagcccactagacctgacacatctgcttgcagattttacacacttgccagtaa gacgtggagtcgtgagtctaagggctggtgttggaaattgccggatgctcttaaagacat gggaatatttggacaaaacatgttttatcattctcaaggcagaactgggtataccatcca tgtacaatgtaacgccacaaaatttcacagtggcactttactggttgtaattattccaga acatcagttggcatcagcagagggtggtaatgtttcagttttctatgaccagacacatcc aggagagagaggaattgatttgggaacagttatt---g---------------------- -aaaagggaccaatgactgacccaatatacaatatggatggaacactacttggtaatgtt cttatctttccccatcagttcatcaatctgagaaccaataatacggctacaatagtaacc ccatacataaactcagtcccaatggattcaatgaccagacacaataacttgtcacttctt gtgataccagttgtaccaattactgccaacactggatcaccaccca---gtatacctgtt actgtgacaatagcaccaatgaatcttgaattatcagggattagatccaaaacagtgg-- -tgaaa---------------------------------------gaacagggccttcct acaacactaacacctggctctgagcagttcttaaccacagatgatagacaatctccttca gctctaccaaattatgaaccaactccactcatacatatccctggcagggttaccaacttg ctagagttggtgcaggttgacacaatgatcccaatcaacaacgtaacagat------ttg gacacaatagaaaagtatagaataccattgatgcagaat---------cagcaagaacaa caagtctttggtttttccctatttttgggaggaggtgtcttaaaaacaacactactaggt gaaatagcacagtattacactcattgggcaggttcaattagaatatcattcatgtacaca ggtccagccttatctagtgcaaagctgttacttgcatacacaccaccaggagcaccagga cctacaaataggaaagatgcaatgttaggtactcatataatttgggatattggcttgcag tcaactatagtgatgaacataccctggaccgccgggtctcaatttagatatacagaccca gacacttacacacacccaggctttatatcatgctggtatcaaacctcattagtactacca ccagatacaaaccagaaagtgttcataattggatttgttagtgcatgcccagatttcaag cttagattgctgaaggacacatcatcaatttcacagactgaggcactaacagaaggg--- ------ttgggagaagaacttgaggaagtgatagtcgacaaagcgaaacagactattgct tccgtttcgagtaactccaaacacactcagaaagttccaacactatcagcaagtgagaca gggacaactcttcctacagttccatctgacaatattgagactagaaccacttacatgcat tatgatggtacagaaacaagtttagagagctttttaggcagggctgcatgtgtacatgtt ataaccatagaaaaca-aacttcccacaac------------------------aggcca aactcacaaagaa---caaaa---attatacaatgattggaaaataaacctgtcgagcct agtgcagttgagaagaaagctggaaatgttcacatatgttaggtttgattcagagtacac catcattgctacatcctcgcaaccgcaggcagcacgattttcaaacacactgacagtgca agcaatgtttatacctccaggagcaccaaacccagtagaatgggatgattacacctggca aagtgcttcaaaccccagtgtcttcttcaatgttggtaagtcag---cacgttttagtgt cccctatctaggtattgcctcagcctataataatttctatgatggctattcacatgatag taag------accactgtttatggcataaatgtgttaaatcatatgggtagtatagcatt tagaatagttaatgaaaatgatgttcacctcaccaaggttaaaatcagagtttaccaccg tgctaagcacgtcttggcatggattcccagaccccccagagcaaaaccatatctttcaat aggtagaactaattatgag---------------------------------------a- --aaacagggaacataatcccaaaaagaaa---------t---aatatctca-------- -----------act------------tatggacttggtccaagatttggtggtgtatgca cagggaatataaaaataatgaactatcatttaatgactcatgagg------atacattaa acttacaaacttcacttccagagagagatttagcagtaattagtataaatgctcatggtt cagaaactgtccctcaatgcagctgtacaggtggtgtttactactccagatactataaca aatattacccagtggtttgtgagaaaccaacatgtgtgtggattgaaggcaataactatt atcctagcagataccaacaaggagtcatgaaaggagtgggaccagctgagccaggggatt gtggtggcatactcaggtgtatacatggaccaattggtattttaacagctgggggtggtg gttatgtttgctttgcggacatcagaggtttggacatgttccaagcagaataccaggg-- -aatatcagattacatactaaacttgggaaaggcatttggcactggtttcacagatcaca ttagtgagaaggttagtgaacttcaaaacattactatgggatgcctgaatacaaaggttc tttctaaagtaatcaaaattgtctctgccttagtgattatatgtagaaatcatgaagact tggttacagttactgcaactttagcactactagggtgtgatggctcaccttggagattcc tgaaaatgtacatcagtaaacacttccacctaccctacattgagagacaatcaaatgact tatggtttaagaaattcaatgacatgtgcaatgcagctaagggattagaatggatagcaa acaagatatcaaaattaatagattggataaagaacaaaatcctaccacaagccagggaca agttggatttttgtaaaagactcaaacagttagatattttagaaaggcagattgatacct tacacatgaattacactaacgaaaatgatagggaaacattattcaacaatgtattatggt tggaacaaatgtctcagaagtttgcaccactatatgccttagaggcaaagagaattaaat cattgaagaacaaattaaccaattttatacagtttcgttcaaaacataggacggaaccag tatgtgtgttgattcatggcacgccagggtcagggaaatctctaaccacttctttgattg gtagatctattgctgatatacacagatcttcagtttattcccttccacctgatcccaaac attttgatggttatcaacagcaagcagtagttattttggatgatctaaaccagaacccca atggtgaagatataagtactttctgtcaaatggtgtcgtcggttgatttcattccaccga tggcaaacttagataataaaggcatgttgttcacaagtagctttgtcttagcctctacaa attctcagacactcaaccctccaactgtgttgaaccctgaagcattagcacgtagattcg ggtttgacttagacatgtgcttacactcatcatttacaaaatcg---ggcaaattgaata ctgccatggcatgtgaactgtgtaaagattgtcataaaccaacaaactttaaaaagtgct gtccgttaatttgtggaaaagctctcagtttagtagatagacacactaatgtcagatata gtatagatcagctggttacagctatactgcaggagcacaataataagacaaaaattacta actcccttgaaattctgttccaaggtccagtgtacaaagacatgaccattgatgtttatg ataaacctccacctgattgtatagtggacctactcaaatcagttgatagtgtagaagtga gacaatactgtagagagaagaaatggcttatccctgaaataccaacaaatattgacaggg cagttaatcaagcgacatctttaatcaataccatactcatgtttatcaccaccatgggta tagtatacatgatctacaagatgtttgctcaaactcagggtccatattctggattagaca gtaaagccaaactgaaagcaccggtactacgtgcagtagttactcaagggcccaacactg aatttgcattatcattgcttaggaagaacattgtcacaataacaacagccaaaggagaat tcacagctttagggatttatgatagaatctgtgttatccctacacattcacaaccagaaa atgaggttcttcttaatggttacaatgttaaaattaaagacaagtggagactggtggatc cagataacttgaatctagaaattacagttttagaactagacagaaatgaaaaatttagag atattagaatgtttattgctgatgaatca---gaatgtcccgatgcaagcctggtgatcc actccaataattataaagatactataatgtctgtgggtcacattacgatggctggcataa tcaatttgagtaacacacccacagccagaatgattagatatgattaccctaccaagacag ggcagtgtggtggagtcttgtgttcaacaggtaaaatttatggaattcatgtgggtggta atggaagacaaggtttttcagctcagcttaaaaaacagtattttgtccaaaaacaaggtg aaataattagtaagaagaaggtacatgatttgggcctaaaaccaataaatacaccaagta aaacaaaattactccccagtgtcttttataatgtgtttccagggacgaaagagccagcag ttttacatccagcagatgaaagattagaagtggattttgaggaatcactgttctcaaaat acaaaggtaatgtaaaaatggaaattagtgaaaacatgaccattgccattgaccattatg caggtcagttgctttctttggatattcccaccaaagaactttcattaaaagaagctttgt atggcacagatggcttggaacccattgaccttaataccagtgcaggatacccttatgtta gtttgggcattaagaaaagggcaatattgaacaaagaaacccaagacacaaccaaaatgg aagaatgtttgagcaaatatggcattgatttaccattagttacatacattaaagatgaac ttaggggaagggacaaagtcagattaggaaaaagcagattaatagaagcatctagtctga atgattctgtgaacatgagggtcaagttaggtgagttgtataaggcattccacaagaatc ctgggatattaaccgggtctgcagtagggtgtgatccagacactttttggtccattatac caaatttattagatggtgaat---tgttagcctttgactattcaaattttgatgctagtt tatccccagtgtggtttgactgcttagagctagtgcttagaaaattgggttttgagtcgg ctgatctagtaaagaaaatatcaactacccatcatatatttaaggatcagatttatgtag ttgagggaggaatgccatcaggttgctcaggcactagtatttttaattcaatgattaata atataattattagaaccttaattcttgatacatataagggcattgatttagacaaattga gaataatagcatatggagatgatatcatagcttcatatccttttgaattggattcagaaa aaattgctcagcaaggtgctaagtatggtctgactatcacaccaccagacaagtctacac agtttcataaaataacatgggagaatgtaacatttttgaaaagatacttcaggccagaca aacagtttcctttccttgttcatcctgttatgccaatgtcagacatacatgaatcaatta gatggacaaaggatcccaagaacactcaagaccacgtgaggtccttatgtatgttagcat ggcactctggtgagaaagaatatg-atgagtttgtacgtggcatccgcagtacggacata gggaaggttcttgtgataccaccttactcagttcttagacatagatggcttgagctattc tgaatta-----aact-aaatacatatat---ag-------------------agattt- ---------aatttgag---tagaattt------ttcctctat----------------- ------------------------------------ >FJ445186.1 Human rhinovirus 27 strain ATCC VR-1137, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccacagggtgta---g tgctctggtatttt-gtacctttgcacgcctgtttccccatt----------------gt ac---------ccct-cct-----taaatttcctcccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagt-ttaaggaaa---caaa-tgtacaatagg-aagca tcacatccag-----tggtgt-tatgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataagtggtacccaccgccgaaagccttta--accgttatccgccaatcaactacgt aatggctagtatta-ccatgtt---tgtgacttggtgttcgatcaggtggt----tcccc cc-----actagtttggtcgatgaggctaggaactccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagctttt-----gct----------gggacgccttt-ttacag acatggtgtgaagacctgcatgtgcttgattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgcaacataatccaatgttgttgaggtcgtaatgagtaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-cttta-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atag-------------ca----tatatac tgtgatcatgggcgcacaagtgtcaacacagaagagcggttcacatgaaaaccaaaacat ccttactaatggatcaaatcaaactttcacggtcataaattactacaaagatgcagccag ttcatcatcagctggccaatcgttctcaatggacccgtcaaaatttactgaaccggtcaa ggacataatgcttaaaggtgcaccagctctaaattctcccaacattgaagcgtgtggtta cagtgacagagttgaacaaataaccattggcaattcaacaattacaacccaagaagcagc taatgcaatagtggcttatgctgaatggcccagctttttaaaagatgatgatgctagtga tgtgaataagcccactagacctgacacatctgcttgcagattttacacacttgccagtaa gacgtggagtcgtgagtctaagggctggtgttggaaattgccggatgctcttaaagacat gggaatatttggacaaaacatgttttatcattctcaaggcagaactgggtataccatcca tgtacaatgtaacgccacaaaatttcacagtggcactttactggttgtaattattccaga acatcagttggcatcagcagagggtggtaatgtttcagttttctatgaccagacacatcc aggagagagaggaattgatttgggaacagttatt---g---------------------- -aaaagggaccaatgactgacccaatatacaatatggatggaacactacttggtaatgtt cttatctttccccatcagttcatcaatctgagaaccaataatacggctacaatagtaacc ccatacataaactcagtcccaatggattcaatgaccagacacaataacttgtcacttctt gtgataccagttgtaccaattactgccaacactggatcaccaccca---gtatacctgtt actgtgacaatagcaccaatgaatcttgaattatcagggattagatccaaaacagtgg-- -tgaaa---------------------------------------gaacagggccttcct acaacactaacacctggctctgagcagttcttaaccacagatgatagacaatctccttca gctctaccaaattatgaaccaactccactcatacatatccctggcagggttaccaacttg ctagagttggtgcaggttgacacaatgatcccaatcaacaacgtaacagat------ttg gacacaatagaaaagtatagaataccattgatgcagaat---------cagcaagaacaa caagtctttggtttttccctatttttgggaggaggtgtcttaaaaacaacactactaggt gaaatagcacagtattacactcattgggcaggttcaattagaatatcattcatgtacaca ggtccagccttatctagtgcaaagctgttacttgcatacacaccaccaggagcaccagga cctacaaataggaaagatgcaatgttaggtactcatataatttgggatattggcttgcag tcaactatagtgatgaacataccctggaccgccgggtctcaatttagatatacagaccca gacacttacacacacccaggctttatatcatgctggtatcaaacctcattagtactacca ccagatacaaaccagaaagtgttcataattggatttgttagtgcatgcccagatttcaag cttagattgctgaaggacacatcatcaatttcacagactgaggcactaacagaaggg--- ------ttgggagaagaacttgaggaagtgatagtcgacaaagcgaaacagactattgct tccgtttcgagtaactccaaacacactcagaaagttccaacactatcagcaagtgagaca gggacaactcttcctacagttccatctgacaatattgagactagaaccacttacatgcat tatgatggtacagaaacaagtttagagagctttttaggcagggctgcatgtgtacatgtt ataaccatagaaaaca-aacttcccacaac------------------------aggcca aactcacaaagaa---caaaa---attatacaatgattggaaaataaacctgtcgagcct agtgcagttgagaagaaagctggaaatgttcacatatgttaggtttgattcagagtacac catcattgctacatcctcgcaaccgcaggcagcacgattttcaaacacactgacagtgca agcaatgtttatacctccaggagcaccaaacccagtagaatgggatgattacacctggca aagtgcttcaaaccccagtgtcttcttcaatgttggtaagtcag---cacgttttagtgt cccctatctaggtattgcctcagcctataataatttctatgatggctattcacatgatag taag------accactgtttatggcataaatgtgttaaatcatatgggtagtatagcatt tagaatagttaatgaaaatgatgttcacctcaccaaggttaaaatcagagtttaccaccg tgctaagcacgtcttggcatggattcccagaccccccagagcaaaaccatatctttcaat aggtagaactaattatgag---------------------------------------a- --aaacagggaacataatcccaaaaagaaa---------t---aatatctca-------- -----------act------------tatggacttggtccaagatttggtggtgtatgca cagggaatataaaaataatgaactatcatttaatgactcatgagg------atacattaa acttacaaacttcacttccagagagagatttagcagtaattagtataaatgctcatggtt cagaaactgtccctcaatgcagctgtacaggtggtgtttactactccagatactataaca aatattacccagtggtttgtgagaaaccaacatgtgtgtggattgaaggcaataactatt atcctagcagataccaacaaggagtcatgaaaggagtgggaccagctgagccaggggatt gtggtggcatactcaggtgtatacatggaccaattggtattttaacagctgggggtggtg gttatgtttgctttgcggacatcagaggtttggacatgtttcaagcagaataccaggg-- -aatatcagattacatactaaacttgggaaaggcatttggcactggtttcacagatcaca ttagtgagaaggttagtgaacttcaaaacattactatgggatgcctgaatacaaaggttc tttctaaagtaatcaaaattgtctctgccttagtgattatatgtagaaatcatgaagact tggttacagttactgcaactttagcactactagggtgtgatggctcaccttggagattcc tgaaaatgtacatcagtaaacacttccacctaccctacattgagagacaatcaaatgact tatggtttaagaaattcaatgacatgtgcaatgcagctaagggattagaatggatagcaa acaagatatcaaaattaatagattggataaagaacaaaatcctaccacaagccagggaca agttggatttttgtaaaagactcaaacagttagatattttagaaaggcagattgatacct tacacatgaattacactaacgaaaatgatagggaaacattattcaacaatgtattatggt tggaacaaatgtctcagaagtttgcaccactatatgccttagaggcaaagagaattaaat cattgaagaacaaattaaccaattttatacagtttcgttcaaaacataggacggaaccag tatgtgtgttgattcatggcacgccagggtcagggaaatctctaaccacttctttgattg gtagatctattgctgatatacacagatcttcagtttattcccttccacctgatcccaaac attttgatggttatcaacagcaagcagtagttattttggatgatctaaaccagaacccca atggtgaagatataagtactttctgtcaaatggtgtcgtcggttgatttcattccaccga tggcaaacttagataataaaggcatgttgttcacaagtagctttgtcttagcctctacaa attctcagacactcaaccctccaactgtgttgaaccctgaagcattagcacgtagattcg ggtttgacttagacatgtgcttacactcatcatttacaaaatcg---ggcaaattgaata ctgccatggcatgtgaactgtgtaaagattgtcataaaccaacaaactttaaaaagtgct gtccgttaatttgtggaaaagctctcagtttagtagatagacacactaatgtcagatata gtatagatcagctggttacagctatactgcaggagcacaataataagacaaaaattacta actcccttgaaattctgttccaaggtccagtgtacaaagacatgaccattgatgtttatg ataaacctccacctgattgtatagtggacctactcaaatcagttgatagtgtagaagtga gacaatactgtagagagaagaaatggcttatccctgaaataccaacaaatattgacaggg cagttaatcaagcgacatctttaatcaataccatactcatgtttatcaccaccatgggta tagtatacatgatctacaagatgtttgctcaaactcagggtccatattctggattagaca gtaaagccaaactgaaagcaccggtactacgtgcagtagttactcaagggcccaacactg aatttgcattatcattgcttaggaagaacattgtcacaataacaacagccaaaggagaat tcacagctttagggatttatgatagaatctgtgttatccctacacattcacaaccagaaa atgaggttcttcttaatggttacaatgttaaaattaaagacaagtggagactggtggatc cagataacttgaatctagaaattacagttttagaactagacagaaatgaaaaatttagag atattagaatgtttattgctgatgaatca---gaatgtcccgatgcaagcctggtgatcc actccaataattataaagatactataatgtctgtgggtcacattacgatggctggcataa tcaatttgagtaacacacccacagccagaatgattagatatgattaccctaccaagacag ggcagtgtggtggagtcttgtgttcaacaggtaaaatttatggaattcatgtgggtggta atggaagacaaggtttttcagctcagcttaaaaaacagtattttgtccaaaaacaaggtg aaataattagtaagaagaaggtacatgatttgggcctaaaaccaataaatacaccaagta aaacaaaattactccccagtgtcttttataatgtgtttccagggacgaaagagccagcag ttttacatccagcagatgaaagattagaagtggattttgaggaatcactgttctcaaaat acaaaggtaatgtaaaaatggaaattagtgaaaacatgaccattgccattgaccattatg caggtcagttgctttctttggatattcccaccaaagaactttcattaaaagaagctttgt atggcacagatggcttggaacccattgaccttaataccagtgcaggatacccttatgtta gtttgggcattaagaaaagggcaatattgaacaaagaaacccaagacacaaccaaaatgg aagaatgtttgagcaaatatggcattgatttaccattagttacatacattaaagatgaac ttaggggaagggacaaagtcagattaggaaaaagcagattaatagaagcatctagtctga atgattctgtgaacatgagggtcaagttaggtgagttgtataaggcattccacaagaatc ctgggatattaaccgggtctgcagtagggtgtgatccagacactttttggtccattatac caaatttattagatggtgaat---tgttagcctttgactattcaaattttgatgctagtt tatccccagtgtggtttgactgcttagagctagtgcttagaaaattgggttttgagtcgg ctgatctagtaaagaaaatatcaactacccatcatatatttaaggatcagatttatgtag ttgagggaggaatgccatcaggttgctcaggcactagtatttttaattcaatgattaata atataattattagaaccttaattcttgatacatataagggcattgatttagacaaattga gaataatagcatatggagatgatatcatagcttcatatccttttgaattggattcagaaa aaattgctcagcaaggtgctaagtatggtctgactatcacaccaccagacaagtctacac agtttcataaaataacatgggagaatgtaacatttttgaaaagatacttcaggccagaca aacagtttcctttccttgttcatcctgttatgccaatgtcagacatacatgaatcaatta gatggacaaaggatcccaagaacactcaagaccacgtgaggtccttatgtatgttagcat ggcactctggtgagaaagaatatg-atgagtttgtacgtggcatccgcagtacggacata gggaaggttcttgtgataccaccttactcagttcttagacatagatggcttgagctattc tgaatta-----aact-aaatacatatat---ag-------------------agattt- ---------aatttgag---tagaattt------ttcctctat----------------- ------------------------------------ >KF958309.1 Rhinovirus B isolate R93, complete genome -------ttaaaacagcggatgggttc---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtattat-gtacctttgtacgcctgtttattccca-----------a----ac cc---------cctc-ccg----ttacatttccaaccc---------------------- ------ctgtaac---gttagaagt-ttggaactt----aac-agtacaatagg-aggca ccatatccaa-----tggtgt-aatgtacgagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggtggtacccaccgctgaaagccttta--accgttatccgccaatcaactacgt aacagctagtagca-ttttgtt---gttgactggacgttcgatcaggtggt----ttacc cc--cccactagtttggtcgatgaggctggaaattccccacgggtgaccgtgttccagcc tgcgtggcggccaacccagctcat-----gct----------gggacgccctt-tcaatg acatggtgtgaagactcgcatgtgcttgattgt-gaatcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccccggagccttgcatcacaatccagtgatgttagggtcgtaatgagtaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----a---ttttt-ctttg-- ----aattgtcttatggtcacag-catatagtaa-------------------tatatac tgtgatcatgggcgctcaagtctcaacacaaaagagtggatcccacgagaatcaaaatat cctaacaaatgggtcaaatcaaactttcacagtcataaactactacaaggatgctgcaag tagctcatcagctggtcaatctctatcaatggacccatctaagtttactgaaccagttaa ggaccttatgttaaagggtgcaccagcactaaattcacccaacgttgaagcgtgtgggta tagtgacagggtgcaacaaatcactcttggtaactctaccatcacaacacaagaagctgc aaacgcagtggtttgttatgctgagtggcctgaatatctcccagataaagatgcaagtga tgtaaacaaaacttcaaaaccagacacatctgtttgtagattttacacactggatagcaa aatgtggcagaaaaattcaaaagggtggtgttggaaactaccagatgctttgaaagatat gggtgtttttggtcaaaacatgtttttccactcactgggtagatcaggatacaccataca tgtacagtgcaatgcaacaaagtttcacagtgggtgtttgcttgtggttgtgataccaga acatcagctagcatcacatgaaggtggcaatgtgtcggttaaatataaactcacacaccc gggtgaaggtggtattgatttgtcaacaaatgtagagg---------------------- -cagatggacctgttaaggacccagtttataacatgaatggtacattactaggtaattta ttaatatttccccatcagtttattaatttgaggaccaataacactgctacattggtagta ccatacattaattcagtgccaattgattcgatgacaagacacaacaatgtatcactaatg atcattccaattgccccacttattgttcccactaacgcatcaccca---ctttacctatt acagtcacaatagctccaatgtgtactgagttcacgggcataaggtctaaaactgtag-- -ttcca------------------------------------------caagggttacca acaacaactctaccgggatctggtcagtttctgaccactgatgatagacaatcacccagt gcattaccaaattatgagccaacaccaagaatacacataccaggccaagtcaaaaaccta ttagaaattattcaagtagatactctaatcccaatgaacaatacccacaat------agg gatgaagtgaaaagctaccttatacccctgcagccaaac---------agacaaggagag atggtgtttggaaccaaattgttcataggagatggtgttttcaaaaccacccttcttggc gaaatagttcagtactacacccattgggcaggatcattgagattttctttaatgtataca ggtcccgccttgtctagtgcaaagttaatactgtcttacactcccccaggagctaatgga ccaacaaccagaaaggaggcaatgcttggaacacatgtggtgtgggatattggattacag tccacaatagttatgacaataccctggacttcaggggtgcaattcaggtacacagatcca gatacttacactagtgcaggatttttatcatgttggtatcaaacatctctaatacttccc ccagacacacccaatgaagtgtacatgctctcctttatcagcgcatgcccagactttaaa cttagacttatgaaagatacccagactatatcacagactgtagcactaacagaaggt--- ------ttaaatgatgaattagaagaagtcatcgtcgagaaaacgaaacagacgttggct tcggtttcatctgggccaaaacacacacaaagtgtccccactctaactgcaaatgaaaca ggtgctactatgccaactttaccctctgataatgttgaaaccagaacaacatacatgcac tttaatgggtctgagacagacattgaatgcttcctgggtcgtgctgcttgtgtacatgtg acagagatagaaaaca-aaaacccaactgg------------------------gataga aaatcacaaagta---ggaaa---attgttcaatgattggaaaattagtctctctagtct tgtgcaactcaggaagaagttagaactctttacctatgtcagatttgattcagaatacac aatattagcaactgcttcacagcccgatacagccaattactcgagtaacctagtggtcca agctatgtatgtacctcctggtgcacccaacccagtagaatgggatgattacacatggca gagtgcatccaaccccagtgtcttctttaaagttggtgacactt---ccagatttagtgt gccatatgtaggcttagcatcagcatataattgcttctatgatggttactcacatgatga cgca------aatactccgtatggaatatctgttctgaatcatatgggtagcatggcttt tagaatagttaatgagcatgacacacataggactttagtcaagatcagagtctaccatcg ggcaaaacacattgaagcgtggattccacgtgctcccagggccttaccatacacatcaat tggacgcaccaattatcctaaa------------------------------------a- --atccacaaccagtaatcaagaagagaga---------aggggacataaaa-------- -----------act------------tatggactgggaccaaggtttggaggggtgtata catccaatgtgaagataatgaatttccacttgatgacaccagaag------atcatttga acctagtaaccccataccctagcagggacctagcagttgtctcaacaggagcacatggtg cagaaactataccacattgtaactgtacatcaggtgtctattactctagttactacagga aattttacccagtgatatgtgaaaaacccactaccatatggattgaaggtgggccatact accccagtagatttcaagcaggagttatgaaaggtgttggtcccgcagaaccaggtgatt gtggtggcatactcaggtgcattcatggaccaattgggttactgacagcaggtggcagtg gttatgtctgttttgctgacataaggcaattag---agtgcattgcagaagaacaagg-- -aataagtgattacatcaccagcctggggagagctttcggtgttgggttcaccgatcaaa tttcagccaaggtaacagagttgcaggatgttgccaaagattttctgacaacaaaagttt tatcaaaagtagtgaaaatggtgtcagcattagtgatcatctgcagaaactatgaagatc ttgtcacagtcactgccactttggctttgttaggttgtgatggttctccctggaggtttc taaaaatgtatatttctaagcattttcaagtaccctacattgaaagacaggcaaacgatg gctggtttagaaaattcaatgatgcatgtaatgcagcaaaaggtttggagtggatcgcaa acaagatttcaaaactaattgaatgggtcaaaaacaaggtacttccacaggccaaagaga agttagaattctgcagcaaactgaaacaattggacttgttggaaagacagattaacacca tgcatgtttcaaaccccacgcaagagaaaagagagcaactgttcaacaacgtattatggt tggaacaaatgtctcaaaagtttgcacctctttatgccactgaagcaaaaagaattagag aattaaaaaacaaaatagtgaattacatgcagtttagaaataaacaaaggactgaaccag tatgtgtgttgattcatggtaccccaggttcaggaaaatcattgactacctcgataatcg ggagagcaatagcagaacaatttaactcagcagtctactcccttcccccagatccaaaac actttgatggttaccaacagcaagaggttgttatcatggatgacttgaatcaaaatccag atggacaagatataagcatgttctgccaaatggtatcatcagtggactttctgcctccaa tggctagtttagataacaaagggatgttgttcactagcaactttgttttagcttcaacta attccaacacattaagtcctccaaccatcttaaacccagatgccctagctaggagatttg gttttgaccttgatatctgtctacacagtacatacactaagaat---ggtaaacttaatg ctgcaatggcaaccagagtgtgcaaggattgtcaccaaccaacaaatttcaaaaagtgct gtccactcgtttgtggaaaagccattagtttagtggatagagctactaatgttaggtaca gtatagaccaattagttacagctgttgttaatgattacaagaataaaatgcaaatcactg attcccttgagatactattccagggccctgtatacaaagacctagaaatagatgtgaaca gcacaccaccacctgaatgtataaatgacttgttaagatctgtagattctgaagagatca gagaatactgtaaaaagaaaaactggataataccagagatccctactaacattgagaggg ctgttaaccaagctagtatgataatcaacacaatattgatgtttgtcagtaccttaggta ttatttatgtaatttacaagttgtttgcccaaactcaaggtccatactctggtaatccag cacactccaagcttaaagccccaactctacgcccagtagttgtgcaaggacctaacacag agtttgcgttgtcattacttaggaaaaatatagtaactatcactacagataaaggggaat ttactggtcttggcatatatgatcacatctgtgttgttcccacacatgcacaaccaaatg acaacgtgctcatcaatggtcaaaaagttcaaattaaggataagttcaaattagtggacc cagacaacattaacttggaactgactatcctggaccttaataggaatgaaaaatttagag atatcagagcattcatatcagaagacttt---gaaggggtggaggcaacactagttgttc attcaaataactatactaacacaatacttgaagttggcccagtaacaatggcaggcctca tcaatctaagtagcactccaaccaacagaatgattcgttatgagtatgcaacaaaaacag gtcagtgtggaggggtgttatgcgccacagggaagatttttgggattcatgtgggaggta atggaagacaaggcttttccgcacaacttaaaaaacaatactttgttgagaaacaaggtc aagtaataactaggcaaaaggtcagggaactaaacatgaaccctgttaataccccaacaa aatcaaagctgcaccccagtgtattctataatgtttttccaggagataaagaaccagcag tgcttagtgataatgatcctagattagaagtaaaattaactgaatcactgttttcaaaat acaagggtaacgtggaaatggaacccacagaaaacatgctagtagcagtggatcattatg ctggacaactactgtcattggacattcctacagaggaactcacaattaaggaagccttgt acggggtagatggattagaacccattgatgttacaactagtgctgggtacccttatgtta gcctgggaattaaaaagagagatataataaacaaagaaacaaaagatgtagaaaaaatga aatactatttagataaatatggtatagatttgccattagtcacttatataaaggatgaac taagaagcactgacaaagtgcgattagggaaaagcaggttaattgaagcatctagtttaa atgattcagtgaacatgagaatgaagttaggaaatttgtacaaagcattccatcagaatc ctggcaccataacaggttcagcagtaggatgtgacccagatgtgttttggtctgttattc cttgtttaatggatggtcatt---taatggcttttgattactcaaattttgatgcctcct tatcaccagtatggtttgtatgtttagaaaaagtattgtataaattgggcttcaaacact cctcattgatacaatcaatatgcaatacacaccacattttcagagatgaaatttatgtag ttgagggtggtatgccatcaggatgttcaggcactagcatatttaattctatgattaata atataattattagaaccctagtcttagatgcttataaaggaatagatctagacaaactca aaatcatagcatatggtgatgacctgattgtgtcctatccttatgagcttaatcctgaag tgctggccaccttgggaaaaagttatggattgacaattacacccccagataaatcagcaa ccttctctaaaataacatgggaaaatctcaccttcttgaagaggtatttcagaccagata agcaatttcctttcctggttcaccccgtgatgcctatgaaggatattcacgaatctatca gatggaccaaggacccaaagaacacacaagatcatgtcagatccctatgcatgttagcat ggcattcaggtgaagaagaataca-atgagttcattgggaaaattagaaccacagacatt ggtaagtgtttaattctgcctgaatacagtgttcttaggaagcgctggttggacctcttt taaacag----------ttt---taatat---ag-------------------acatct- ---------agtttaat---tagaaata------gaagtttat----------------- ------------------------------------ >DQ473486.1 Human rhinovirus 6, complete genome -------ttaatacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtattat-gtacctttgtacgcctgttcttcccat-----------t----gt ac---------cctt-ccc------aaatttccaaccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagt-ttgacatta----aa---gtacaatagg-aggca ccacatccag-----tggtgt-tttgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggctgtacccactgccaaaaaccttta--accgttacccgccagccaactacgt aaaagctagtaaca-tcttgtt---tgtaacttggcgttcgatcaggtgga----ttccc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggaactccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagctctt-----gct----------gggacgccctt-ttatag acatggtgtgaagactcgcatgtgcttggttgt-gattcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccctggagccttgtgttacaaaccagtaatattaaggtcgtaatgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----a---ttttt-cttat-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-ttgt-------------ta----aatatac tgtgatcatgggcgctcaagtttcaacacaaaagagtggttctcacgagaatcagaacat cttaactaatggctcaaatcagacgttcacagttataaattattataaagatgcagctag ctcatcatcagcaggtcagtctttctcaacggacccatcaaaattcacagaaccagttaa agacctgatgttgaaaggtgccccagcattgaactcaccaaatgttgaagcatgtggtta tagtgacagagtccaacaaattactctaggtaattccactataacaacccaggaagcagc caatgcggttgtgtgttatgctgagtggcctgaatacttgccagatggtgatgctagtga tgttaataagacttccaaaccagacacatctgtatgtagattctacacattggagagtaa aacatggcaaaacagctcaaagggatggtgttggaaactaccagatgctctcaaggatat gggtgtgtttgggcaaaacatgttcttccactcgcttggtagatctggctatactataca tgtgcaatgtaatgcaactaaattccatagtggctgtcttcttgttgttgttatcccaga acaccaattggcatctcacaaaggcgggaatgtgtcagtgaagtataaatatacacatcc aggagagagtggtatagacttgagtacacagttagatg---------------------- -aggatggtccagtgaaagatcctgtctatagcatgaatggcactctattaggtaactta ctcatcttccctcaccagtttatcaacctcagaacaaacaatacagccacaatagttgtg ccatatattaattcagtgccaatagactcaatgacacgccataataacgtgtcactctta gtgattcccatagcacctctagtggctccaactggatcaccacaaa---cacttccagtg acagtgactatagctcccatgtgtacagagttcacgggtattagatcaaaaaccattg-- -ttcca------------------------------------------caggggttacca accacaactttaccaggttcaggacaatttctcactactgatgacaggcaatcacccagt gcattacccaactatgaaccaactcccagaattcatattccgggtaaggttaggaattta ctagaaattatacaggtagacacattaattccaatgaacaacgtgcatact------agt gatgaggtaaacagttatcttatacctttaacagctaat---------agacagaacgat caaatatttggcacaaagttgttcattggtgatggtgtgttcaaaactactttacttggt gagattgcacagtactacacacactggtctggctcccttagaatctctctaatgtacact ggttcagctttatccagtgccaaactcattctggcatatacacctcctggtgcacaagga ccaactaacagaagggatgcaatgcttggaacacatgttgtctgggatattggattacaa tccactattgttatgaccataccatggacatcaggggtacaatttagatacactgaccca gatacttacaccagtgctggttatttatcttgttggtatcaaacatcacttatactacca cctaacaccaccggacaagtccacttactgtctttcatcagcgcatgtccagattttaaa ttaaggttaatgaaggatactcagaccatttcacaaactgatgcactaacagaagga--- ------ttgggtgatgaattagaagaagttattgtcgagaaaacgaaacagacactagct tcagtatcatcaggaccaaaacacacccagagtgtccccatattgacagctaatgaaaca ggtgccactatgccaactaacccttcagacaatgtggaaaccagaacaacatacatgcat tttaatggatctgaaacagatgttgaaagcttcttaggacgtgcagcttgtgtgcacata actgaaatagagaaca-aaaacccagcaga------------------------tattca aaatcagaaagaa---gaaaa---actgttcaatgattggaagattaatttttccagtct agttcaacttaggaagaaactagaacttttcacatatatcaggtttgattctgaatacac tatcttggccactgcttcacaacc---taaatccaattatgcaagtaacctggtagttca agcaatgtatgtacctcctggagcaccaaacccagaaaaatgggatgattttacatggca gagtgcttctaatccaagtgtgtttttcaaagtaggtgacacat---ctaggtttagtgt accttttgtaggtcttgcctcagcatacaattgtttttatgatggttactcacatgataa caag------gacacaccatatggaataacagttcttaatcatatgggtagcatagcctt tagagtagttaatgagcatgatgcacataaaacactagtaaaaatcagggtatatcatag agcaaagcatgttgaggcttggatacccagagctcctagagcgctaccatatgagacaat aggacgcacaaattaccccaagaaaaa------------------------------ta- --aaattgttccagtaattaagaagagaga---------a---aatataaca-------- -----------acc------------tatggacttggatccagatatggtggtgttttca caagcaatgttaaaatcatgaattaccacttgatgaccccagaag------accatttga atttaattacaccttatgttaatagagacttggcagttgtgtttactggagcacatggcg cagagacaataccacactgcaactgcacctcaggagtatactattcaagatactatagaa aattctacccagtgatatgtgaaaagcccactactatatggatagaaggtagttcttact atccaagtagataccaaacaggtgtcatgaaaggtgtaggacctgctgaaccgggtgact gtggtggtattttaagatgtgtgcatggcccaataggtttgttaacagcaggagggagtg ggtatgtctgttttgcagatattagacaattag---attgcattgcagaagagcaggg-- -tttaaatgactacattactaatttagggagggcatttggagttggcttcactgatcaga tatcagcaaaggtaacagaactgcaggatgtagctaaagattttctaactactaaagtgc tgtccaaagtagttaagatgatttcagctcttgtaatcatttgtagaaatcatgatgatt tagttactgttacggcaacactagcactcttaggctgtgatggttccccatggagatttc taaaaatgtacatatctaaacatttccaggtaccatacattgaaaggcaagccaacgatg gttggttcagaaaatttaatgatgcttgcaatgcggcaaagggtctagaatggattgcca acaagatctcaaaattaattgggtggatcaaaaacaaagttctgccacaagcaaaagaga aacttgagtattgcagcaaattaaagcagttggacattctagaaagacaaataaccacaa tgcatgtgtcaaacccctctcaggaaaagagagaacagttgttcaacaatgtgttgtggt tggaacaaatgtcacaaaagtttgccccattgtatgcagctgagtcaaagagaatcaaag atctcaagaacaaaatcatgaattacatgcaattcaaaagcaagcagagaactgaaccag tttgtgtgctaatacacggtacacccggttctgggaagtccctaacaacttcaatcgtag gtcgtgcactagcagagcatttcaactcatcagtatattctttaccacctgatcccaaac actttgatggttaccaacaacaggaagttgtcataatggacgacttgaaccaaaatccag atggtcaggatatcagtatgttttgtcaaatggtttcaacagttgatttcatacccccaa tggccaatttagataataaaggaatgctgtttaccagtaactttgtcctggcctcaacaa attctaacaccttgagtcccccaacaatccttaacccagaggcactagctagaagatttg gatttgatttagatatctgtttgcatagtacttacaccaaaaat---ggaaagcttaatg caacaatgtcaacaagtttgtgcaaagattgccatcagccggcaaacttcaaaaagtgct gtccactggtttgtggcaaggcaatcagtttagtagacagaaccaccaacattagataca gtgtagatcaactcgttacagctataattaatgactataagaacaaaatgaaaataacag attcactagaagtgttgtttcagggtccagtatataaagacttagaaatagatgtttgca atacaccacctccagaatgcataaatgatttattgaaatcagttgattcagaagaagtta gggaatattgcaagaagaagaagtggatcataccacagataccaactaacatagaaaggg ccatgaatcaagctagtatgattatcaacacaatattgatgtttgttagtacattaggta tagtatatgttatatacaaattgtttgcacaaactcaaggtccttactcaggtaatccat ctcacaacaaactaaaacctcccagcttacgaccagttgtggtacagggtcctaacactg agtttgcactgtccctgttgagaaagaatatagtcactatcacaactgaaaagggagagt ttacaggtctaggtatctatgaccgtgtgtgtgtcataccaactcacgcacaaccagata acaaagttttagttaatggtcaagctgtccaaataaaagacaaatacaaattggtggacc cagataacattaacctagaactcacagtgctgatgcttgacagaaatgaaaaattcaggg acattaggagttttatatcagaagacatg---gagggtatggaagccaccctagtagtcc actccaataattttaccaacaccatactagatgtaggaccaatcaccatggcaggcctta ttaatttaagtagtactcctacaagtagaatgattcgatatgattatccaacaaagaccg gccaatgtggaggcgtgttgtgcacaactggtaaaatctttggtatccatgttggaggta atggtagacaaggcttctcagcacaactaagaaaacaatatttcatagaaaaacaaggac aaataatctccagacaaaaggttagggaattaaacatggcatcaattaatacaccaacta aaagtaagttgcaccccagtgttttttacaatgtcttcccaggtagtaaagaaccagctg tccttagtgataatgaccctaggcttgaagttaaactttcagattctctattctcaaagt acaaaggcaatattgaaatgaagcctacagaaaatatgctgatagcagtggaccactatg ctgggcaactaatgtcattagacattcccactgaagagctaacacttaaagaagccctct atggagtagatgggttagagcccatagatataacaaccagtgcaggttatccctatgtta gtttaggcatcaaaaagagggacattctaaaccgagaaacccaggaagtggagaaaatga aattttacttggataagtacggaatagacttacccttggttacctacataaaagatgagt tgagaagcactgataaagtgcgtttgggcaaaagcagacttattgaggcttcaagcctaa atgactcagtaaacatgaggatgaaattaggtaatttgtacaaagcatttcatcagaacc cggggataataactggctcagcagtggggtgtgatccagatgttttttggtccataattc cttgtcttatggatgggcact---taatggcatttgattattcaaattttgatgcttctc tctctccagtttggtttgagtgcctagagagggttttggctaagttgggtttcaaacact cttccttgattcaaacaatttgtcatactcaccatatatccaaagatgaaatttacattg ttgaaggaggaatgccatctggctgttctggcactagcatatttaattctatgattaaca atataattattagaactttagttttggatgcttacaaaggaatagatctggataaactca aaattttagcatatggggatgatctaatagtctcctatccttatgaacttgacccagaag ttttggcaactcttggaaaaaagtacggattaacaataacccctcctgacaaaacagaaa aattttcaaaaataacatgggataacttaacatttctaaagagatattttagatctgatg agcagtttccctttctagtccacccagtcatgccaatgcaggacatctatgaatcaatta gatggactaaagatccaagaaatacacaggatcacgttagatctctgtgtatgttagcat ggcattcaggagaaaaagaatata-atgactttattcaaagaattagaacaacagacatt ggcaaatgtctaaatttacctgaatacagtgttcttaggagacgctggctggacttgttt taaatta-------ca-cat---atatat---ag-------------------acctct- ---------agtttaga--ttagaaata------gaagttttg----------------- ------------------------------------ >EF173423.1 Human rhinovirus 37, complete genome -------tttaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtatttt-gtacctttgtacgcctgttgttcctaa-----------t----gt ac---------ccac-cct-----aaaacttcctaccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagt-ttcatcaac----aa---gtacaatagg-aagca tcacatccag-----tggtgt-tttgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggctgtacccactgccgaaagccttta--accgttatccgccaaccaactacgt aaaagctagtatca-tcatgtt---ttaaaataggcgttcgatcaggtgga----tcccc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggaactccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcttct-----gct----------gggacgccttt-ttatgg acatggtgtgaagactcgcatgtgcttggttgt-gactcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccctgtgttgcaatccagtaacattagggtcgtaatgagcaatt tcgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----a---ttttt-cttat-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atat-----------aacg----tatatac tgtgatcatgggcgctcaagtgtcaacacaaaagagtggatctcacgaaaatcaaaacat actcaccaatggatcaaaccagacctttacggtcataaattactacaaagatgcagctag ttcatcctcggctagccaatctttctcaatggacccatcaaaatttacagaaccagttaa agacttgatgttaaagggagcacccgcattgaactcaccaaatgttgaggcttgtggtta tagtgatagagtccagcagattaccctaggtaattcaaccataacaacccaggaagcagc caatgcagttgtatgttacgccgaatggcctgaatacctaccagacaaagatgcaagtga tgttaataaaacttcaaaaccagacacttctgtatgtagattctacacattagaaagtaa gacatggaaaaacagttcaaaagggtggtgttggaaattgccagacgcccttaaagacat gggagttttcggtcagaacatgttcttccactcccttggcagatctggttacaccataca tgttcaatgcaatgcaaccaaatttcacagtggctgtctccttgtagttgttattccaga acaccaactagcctctcatgaaggtagtaatgtatcagtaaagtataaatttacacaccc aggggaaaatggtattgatttggaattaccaccagaga---------------------- -aagatggtccagttaaaaaccccgtttatggtatgaatggtaccttgttaggcaattta ttgattttccctcaccaatttattaatctcagaacaaataatacggctacaatagttgtg ccttacattaactcagtaccaatagattcaatgacacgtcataacaacgtgtctcttatg gtgatccccatagcacctcttgtggctccaactggatcaccacaaa---cattacctgta acagttacaatagcccctatgtgtactgagtttactggtattaggtctaaaaccattg-- -ttcca------------------------------------------cagggcttacca actaccaccctaccaggctcaggacaattccttactacggatgatagacaatcacccagt gcattgcccagctatgagccaactcccagaatccatatcccaggtaaagttgaaaatctg ttggaaatcatacaagtggataccttgattcctatgaataacttgcaaggt------agt gacgaggtaagtaactacttaatacctttaacagctaac---------aagcagaatggt caaatatttggaacaaaactgttcattggagatggtgtgtttaaaaccactttgctcggt gaaatagcacaatactacacacattggtctggatcccttagaatctccctaatgtacact ggtccagctttatctagtgctaaactcatattagcatacacaccacctggtgcacaaggg ccaacaaacagaaaggatgccatgcttgggacacatgttgtctgggatattggattgcaa tccaccattgtaatgaccataccctggacatcaggagtacaattcagatacaccgaccca gatacatataccagtgctggttatctatcctgttggtatcaaacatcactcatactccca cccaacactgctggacaggtttacctattgtcatttattagtgcatgttctgatttcaaa ttaagactaatgaaagacactcaaactatttcacaaactgatgccttgactgaaggt--- ------ctgggtgatgaactggaagaagttattgttgagaaaacgaaacagacactagct tcaatatcatcaggacctaagcatacccagagtgttcctacactgacagccaatgaaaca ggcgccaccatgccaaccaacccatcagataatgtagaaactagaacaacatacatgcac ttcaatggttctgaaacggacattgaaagtttcttgggacgtgctgcctgtgtacatata actgaaatagaaaata-aaaattcaacagg------------------------aagtgt aaatcataaatca---gataa---attatttaatgattggaaaatcaatttatcaagttt ggttcaacttaggaaaaaactggagcttttcacatatgttagatttgactctgagtatac cattctagcaactgcctcacagccgtcaaaatccaactatgcaagtaatctggtggtcca agcaatgtatgtccctccaggagcaccaaatccaaaggaatggaatgattttacatggca gagtgcttctaatccaagtgtattctttaaggtaggtgacacag---ctagattcagtgt accctttgtaggtcttgcttcagcatacaattgtttttatgatggatattcacatgatga tgag------aacacaccctatggaataacagtcttgaatcacatgggtagtatggcttt cagagtggttgatgagcatgatgcacatacaaccttggtgaagatcagagtctatcatag agcaaaacatgttgaagcatggatacccagagcccctagagcactaccatatgaagcaat aggaaagacaaattatcctaag------------------------------------a- --tgattactccagtaattaagaaaagaga---------t---aatataaca-------- -----------act------------tacggattagggtccaggtatggtggtgtgttta ctagcaacgttaagatcatgaactaccacttgatgactccagaag------atcacttaa acttaatcacaccttatgtaaatagagatctagcaattgtatacacaggtgcacatggtg cggaaaccataccacattgtaattgcacctctggtgtgtattattccagatattacagga aattttacccaataatgtgtgaaaaaccaacaaccatatggattgaaggcagctcttatt atcctagtagatatcaatcaggtgtcatgaaaggtgttggacctgctgaaccaggtgact gtggtggtattctgaggtgtgtccatggcccaataggcttactaacagcaggagggagtg gatatgtttgttttgcagacataagacaattag---actgtattgctgaagagcaggg-- -cttaaatgattacatcaccagcttagggagagcctttggtgttggctttactgaccaaa tatcagcaaaagtaacagagttgcaagatgtggccaaagactttttaacaaccaaagtgt tatctaaggttgttaagatgatatcagctcttgtgatcatttgcagaaatcatgatgatt tagtaacagtcactgcaactctagcccttttgggttgtgatggttctccatggagattct tgaaaatgtatatatccaagcactttcaggtaccatatattgaaagacaagccaatgatg gttggttcagaaagtttaatgatgcttgcaacgcagccaaaggtttagaatggattgcca acaagatatcaaagctgattgagtggatcaaaaacaaagtcctaccacaagccaaggaaa aacttgagtactgcagtaaattaaaacaattggacatcctagaaagacaaataaccacaa tgcatgtatcaaatcccacccaggagaagagagaacagttgttcaacaacgtattatggc tggaacaaatgtcacaaaaatttgccccgctatacgctgctgaatcaaaaagaatcaggg atttgaaaaataaaattatgaattacatgcagtttaaaaataaacagaggactgaaccag tgtgcgtgttaatacacggaacaccaggctctggcaagtccctgaccacatcaattgttg gtcgtgcactagcagaacactttaattcagcggtttattccctaccacctgacccaaagc actttgatggttaccaacaacaagaagttgttataatggatgatttaaatcagaacccag atggccaagacattagtatgttttgccaaatggtctcttcagttgatttcatacctccaa tggccaatttggacaacaaagggatgctgtttaccagcaattttgtcttggcctctacaa actccaacactctaagtccccctacaattcttaatccagaggctttagctagaagatttg gatttgatttggatatttgcttacatagtacttacaccaaaaat---ggaaaactgaata ccacaatgtcaacaagtatatgtaaagattgtcatcaaccatcaaattttaaaaagtgtt gcccactggtgtgtggcaaagccattagtttggtggatagggctaccaacattagatata gtgtagaccagcttgttacagcaattattaatgattacaaaaacaagataaaaataacag attcacttgaggcgttatttcaaggaccagtgtatagagatttagagatagatgtttgca acaaatcaccccctgaatgcataaatgacctcctgaaatcagtagactcagaagagctca gagagtattgcaagaaaaagaactggattataccacaagtacctaccaatatagaaaggg ctatgaaccaagccagtatgatcattaatacaatattgatgtttgttagcacattgggta tagtgtatgttatttataaattgtttgcccaaactcaaggtccttactcaggcaatcctt ctcacaacaagttgaaaccccccagcttacgaccagttatggtacagggccccaacacag aatttgcactgtccctattgagaaagaatatagttaccatcacaactgaaaaaggagagt ttacaggtctaggcatctatgaccgcgtgtgtgtcatacccacacatgcacaaccaggca acagtgttttacttaatggacaaaagatacagattaaggataaatacaaattgatggatc cagacaacattaatttggaattgaccgtattgattcttgatagaaatgaaaagttcaggg atattagaaatttcatatcagaagacatt---gaaggcatggaagccaccctagtagtgc attccaacaatttcaccaataccatacttgaggttgggccaataactatggcaggtctta ttaacttaagtagcacccccacaagcagaatgattcgatacgattacccaactaaaactg gacaatgtggaggcgtgctctgcacaactggaaaaatttttggaattcatgttggaggca atggtagacaagggttctcagcacaattgaggaggcaatatttcattgaaaaacaggggc aaatagtttccaggcaaaaagttagggaactaaacattgcaccagtaaacaccccaaaca aaaccaaactacaccccagtgttttttacaatgttttccctggtagtaaagagcctgctg ttctcagtgataatgaccctagacttgaagtcaagctttcagactctctgttttcaaaat acaaaggtaatgttgaaatgaaacctacagaaaacatgttagtggctgtagatcattacg ctggtcaattgatgtcactggacattcccactgaagaattaacactcaaagaggcactct acggagtggatgggttagaaccaatagatgtgacaacaagtgctggttacccttatgtta gtttaggaatcaaaaagagagacatcttaaaccgggaaacacaagaaacagagaagatga aattctacttagataagtatggaatagatttacctttagttacctatataaaagatgaat tgagaagcactgacaaggtgcgattgggcaagagtagacttattgaagcctcaagcttga atgattcagtcaacatgagaatgaaattgggaaatctctataaagcattccaccagaacc caggggtaatcactggatctgcagtgggatgtgatccagacacattctggtctatcatcc catgtcttatggatggacatt---taatggcatttgactactcaaattttgatgcttccc tttcaccagtatggtttgaatgtttagaaaaagttttaattaagttaggttttaaacact cctccttaatacaatcaatctgtcacacccatcacatatttaaagatgaaatttacattg ttgaagggggaatgccatcaggctgttctggtactagtatattcaattccatgattaata atataattatcagaacactcattctggatgcatacaaaggaatagaccttgacaaactca aaattttagcttatggagatgatttgattgtttcttatccatatgaactcaatccagaag tgttagcaacccttggtaaaaactatggtttaacaataactcctccagataaaacagaga aattttccaagataacatgggacaatttaacatttctaaaaagatactttagatctgatg aacagtttccctttttagttcacccagttatgccaatgcaagatatttatgaatcaatca gatggaccaaagatcccaggaatacacaggatcatgtcaggtctttatgcatgttggcat ggcactcaggagaaagggaataca-atgactttatccaaaagattaggacaacagacatc ggcaaatgtttaaacttacctgagtacagtgttcttagaaaacgctggttggacttgttc taaatta-------ct-tac---aaatat---ag-------------------acatct- ---------agttttat--ttagaaata------gaagtttat----------------- ------------------------------------ >EF173424.1 Human rhinovirus 52, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtattat-gtacctttgtacgcctgtttctccc-------------------c cc---------catt-acc----cctccccacatatcc---------------------- ------cagtaac---ttagaagaa-ttaaat-------tat-cgcacaatagg-agcta ttacaaccag-----taatag-ttagtgcaagta-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagatggccaccgctgtcaaaagctctta--accgttatccgccagttaactacgt aacggctagtaaca-tcttgtt---gtgcttaaggtgttcgatcaggtgaagagacaccc cc--ttcactagtctggtcgatgaggctgagaaatccccacgggcgaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagcttat-----gct----------gggacgcctta-agtatg acatggtgtgaagacccgcatgtgcttaactgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctggagccttggggtacaatccagtgctaacaaggtcgtaacgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-tcatt-- ----attgttcttatggttacaa-tatat-aga---------------------gtatat tgtaatcatgggtgcacaagtgtctacacaaaagagtggttcgcacgaaaatcaaaacat tctcacaaacggctctacacagaactttactgttatcaattattataaggatgcagcaag ctcatcatctgctggtcaatctttttcaatggacccttctaagtttactgaacctgttaa agatataatgctcaaaggtgcaccagctttgaattctcccaacgtcgaggcatgtggata tagtgatagggtgcaacaaattacacttggaaactcaacaatcacaacccaagaggcagc taatgcagttgttgcatatgctgaatggcccagctatttgtcagattctgatgcaagtga tgtcaacaaaacctcccagcccgacacatctgtttgtaggttttatacattggacagcaa gacatggtcagctaactcaaaagggtggtgttggaagcttccagatgcacttaaggatat gggagtgtttgggcaaaacatgttttttcatgcactagggagaacaggctataccgtgca tgttcagtgtaacgcaactaaattccatagtggttgcctactagtagtagccatcccgga acaccaattagcatcacatacacaggggaatgtatcagttaaatacaaatacacccaccc aggcgaacaggggataaatttgaatgatataccagaag---------------------- -aaggaggagcatcacatgacccagtatattctatgaatggaaccctagtgggtaacctt ctcatcttcccacaccagttcattaacttaagaaccaacaataccgccacactcatttta ccctatataaactcagtacctatggattctatgaccagacataacaatatatccttgtta gtcattccaattgtaccactgtcaaatccaacaggaatgactacta---caatcccagtt acagtgactattgctcccatgtatactgaattttcaggcatcagatcaaaagctgtgg-- -tgcca------------------------------------------caaggtctaccc accttgactacccctggatcaggtcaatttttaactacagatgatagacaatcacctagt gcaatgccaaattatgagccaaccccacaaattcacataccaggagaggttcacaacttg ctagagcttatacaagtagatacattgattcctttgaacaatttgggtact------aca gactctatgagtgagtatcggattccacttacggcaggt---------aaagtgaacgag caaatatttggtaccagattgtatataggagatggtgtcttcaagaccactttgtttggg gaaatcgcccagtacttcactcattggtcaggttccatcagaatttcattaatgtataca ggccccgcattgtccagtgccaagttgatcttagcgtacactccaccaggatctgggggt ccaaaggacagaaaggaagcaatgttgggcactcatgtagtgtgggatgtaggtttacag tcaacagttgtcatgaatataccatggacaagtggtgtacaatttaggtttacagatcct gatacctacaccagtgctgggtttctttcatgctggtaccaaacttctttgattcttcca ccagaaacatcaggaactgtctacctgttagcttttgttagtgcatgtccagattttaaa ttgagattaatgaaagacacccaaacaatatcacagacagaagcacttacagaagga--- ------tttggggaggaactggaggaagttgttgtcgacaaaatgagacagataacagct tcaagtcagagcggtccaaaacatactcaaaaagtaccagcattaagtgcaagtgaaaca ggtgctacattaccaacaaatccatctgataatgttgaaactagaaccacatacatgcac ttcactggctcagaaactacattggagaattttctaggaaggtccgcctgtgtacatata acagagattgagaacg-aaatacctcaaaatcccacaccggaagg---------gacaaa tacccacaaggaa---caaaa---attgttcagtgattggaaagtgaacttatccagtct agtgcagcttagaaagaaactggaactttttacctatgtgagatttgactctgagtacac tatactggccactgcttcccaaccagaaactgcccaatatgctagcaatctaacagtaca agcaatgtatgttcctccaggtgcaccaaaccctgttgaatggaatgattacacatggca gagtgcttcaaatcctagtgttttctttgaagttggtaaaacag---ctagatttagtgt gccgtttgttggtattgcttcagcctacaactgcttctacgatggttattcacatgatga tgca------aacacacaatatggcataaatgtgctaaatcacatgggtagtattgcctt tagggtagtaaatgaccatgacctccacaaaacactagtgaaaataagggtgtttcacag ggctaaacacatcagagcttgggtaccgcgaccacccagagcactaccgtatacatctat cggtagaaccaactttccacta------------------------------------a- --atcatggcaaaattattgccaaaagaga---------c---aagatcaca-------- -----------act------------tatggtggtaattccagatttggagctgtttaca cttgtaattacaaaataatgaattaccatttgatgacacaggaag------atcacttaa acctcctaactccttattacaacagagatttagcagttgtagcaaccggagcacagggct cagaaattattccacattgtaattgcacttcaggtgtttactactcccagtactacagga aatattatccaataatatgtgagaaacccacaaacatttggattgaaggtggtagttatt atcccagtagatttcaatcaggagtgatgaagggagttgggccagctgaacccggagatt gtggtggcatcttacgatgcatgcatggtccaattggcctgttaacagcaggcgggagtg gttatgtgtgctttgcagacattagacaattag---acttcattgctgaaacacaggg-- -tatcactgactatataacaaatctaggaaaagcatttggtgtgggctttacagatcaaa tatcagcaaaggttactgagcttcaagatagtgttaaagattacataaatgtcaaaattc tatccaaagttgtcaaaatggtatcagcattagttattatttgtagaaatcatgatgact tggttacagtcactgccactttggcactacttgggtgtgacggatcaccctggagattcc tcaaaatgtacatatcaaaacacttccaagtgccttacatagagagacaagcaaatgacg gctggttcagaaagttcaacgatgcttgtaatgcagcaaaaggtttagagtggatagcaa acaaaatttccaagcttatagaatgggtgaagacaaagataattcctcaggcaagagaaa agctggatttttgcaagagactcaaacaactggacattctagaaagacagatagcaacaa tgcatgtttctaatccaacacaagagaaaagagagcaactctttaataatgttctgtggt tggaacaaatgtcccagaagttcgcaccactgtacgcagtggaagccaggagaatcaagg agatgaagacaaaagtgatgaactatatacagttcaagtccaagcagagaaccgaaccgg tctgtgttctaattcatggctcccctggatcaggaaagtcactaactacatccatcattg gcagagctatagctgaaaggtttaaatccacggtttattcactcccaccagatccaaaac acttcgatggataccaacaacaggaggtggtgataatggatgacctgaaccaaaacccag atggccaagatatcagtatgttttgccagatggtttcatcagttgactttataccaccga tggccagcttggacaataaaggcattctgtttactagcaactttgttcttgcatcaacca actcaaacacactaagtcccccaacaattttgaacccggaagcattggccaggagatttg ggtttgatctagacatttgcttgcacaccacttacacaaaatca---ggaaaattaaatg cagcaatggcaactgaactttgcaaggattgtcacaaacccagcaatttcagtaagtgtt gtccactaatatgtggnaaagccgttagtcttgtggatcgatccaccaatgttagatata gtttanatcaattagtcacagcaattataactgactacaacaataaattaaagatcactg actccttggaagttctgtttcagggacctgtttataaagacttagaaatagatgtccaca gcacacccccacctgagtgtattaatgacctacttaaatctgttgattctaaagagctca gagagtattgcaagcagaaaaactggcttatcccagaaattccaacaaatatagagagag cagtaaaccaggctagtactatcatcaacacaattttgatgtttgtgagtacccttggga tcctttatgtaatatataaactgtttgcacaaacacagggtccgtactccggcaatcctt cacacacaaaactaaaaccaccaacattacgacaggtggtggtgcaaggtccaaatactg agtttgctatgtctctccttagaaagaacatagtcacagttaccaccaccaaaggagaat tcacagcattaggcattcatgatagagtttgtgtggtacccacgcactcccaacctgatg atgaagtgttagttaatgggcaaccagttaagttgaaggacaagtataaattgatggatc cagaaaacactaacctagagttgactataatagttctagacagaaatgaaaaatttaggg acataagagcatttatagcagaagaccca---gagggaatggaaggaactcttgtaataa attccaacaattttaaagacaccattctggaggtggggcagttgacttttgctggcctaa taaacctgagtagtgttccaacaaaccgcatgatacgctacgagtaccctaccaggacag gacaatgtggtggcgtgctgtgctcaactggcaagatatacggaattcatgtcggtggaa atggacgacagggtttttctgcacaattgaaaaagcaatattttgtggagaaacaggggg caatcaccaccaggaaaaatgttagggaagtgggattgaaacctatcaacactcccacta agacaaagcttcaccctagtgtgtttcatgaaatattccctggatcaaaggaacctgctg tgttaaacgacactgaccccaggttagaggttaacctgtgtgactccctattttcaaaat acaagggaaatgttgaaattgatatcacagaaaacatgcaggtggccatagatcaatact caggtcagttgttgtctctagacatcccaacagaagagttgtcacttaaggaagctttgt atggcacagatgggttagaaccaattgatataaacnctagtgctggttacccgtatgtaa gtttaggaataaagaagaaagacatactcaatagggaaacccaggatacctccaaaatgg aacattacttagataagtatggtatagacttgccacttgtcacatacatcaaagatgaac ttagaggtagggataaggttagattaggcaaaagcagactgattgaagcatccagcttga atgactctgtaaacatgagagtgaaattaggtaatttgtacaaggctttccattcaaacc ccggagtgataactggatcagctgtgggatgtgacccagatacgttctggtctgtcatac cgtgtctcatggacgggcaac---tcatggcatttgactactcaaattttgatgcttcac tatccccagtatggttcaggtgtcttgagcaggtacttgccaagcttggattcagacact ctaacctcataaaaacaatttgcaacacacaccacatatttagggatgaaatctatgaag ttgagggaggaatgccatctgggtgttcaggcacaagtgtcttcaattcaatgataaaca atataatcattagaacattaatattagatgtttataaaggcattgatcttgacaaattaa aagtgattgcttatggtgatgaccttattgtttcctacccatttgagctgcaaccagaac tactagcttctgctggtaagaaatacggcttgacaattacacctccagacaaatcagaaa agtttacaaaaacaacatgggaaaatgtaactttcctgaaaaggtatttcaggcctgatc cacaatatccttttctcatacacccagtgatgccaatgcaggatatttatgagtccattc gctggactcgcgatcctaaaaatacacaggatcatatacgatccttgtgtatgttggcct ggcattctggagaggaggagtata-aaaacttcattgagaagatcagatcaaccagcatt ggtaaatgcttgttaattccagaatacagtgtcttgcgccgacgctggttagatctgttt taaa-------------------taatat---ag-------------------atttgc- ---------aatttgat---tagaatta------gaaatttat----------------- ------------------------------------ >FJ445137.1 Human rhinovirus 52 isolate F10, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tacyctggtattat-gtacctttgtacgcctgtttctccc------------------tc cc---------tact-acc----ccgcctcaagcatcc---------------------- -------tgtaac---ttagaagaa-ttgaaa-------aac-cgcacaacagg-agcta ttacaaccag-----taatag-ttagtgcaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagacggccaccgctgtcaaaagctctta--accgttatccgccagttaactacgt aacggctagtaaca-tcttgtt---gtgcttagggtgttcgatcaggtgaagaaaaaccc cc--ttcactagtctggtcgatgaggctgagaagtccccacgggcgaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagcatat-----gct----------gggacgcctta-agtatg acatggtgtgaagacccgcatgtgcttaactgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aacctaaaccctggagccttggagcacaagccagtgcttacaaggtcgtaatgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatc-tcatt-- ----attgttcttatggttacaa-tatat-aga---------------------gtatat tgtaatcatgggtgcacaagtgtctacacagaagagtggttcgcatgaaaaccaaaatat tcttacaaatggttctacacaaaactttactgtcatcaattattacaaagacgcagcaag ttcgtcatctgctggtcaatctttttcaatggatccctccaagtttactgaacccgttaa ggatataatgctcaagggagcaccagctttaaactcccctaatgttgaggcatgtggata cagtgacagggtacaacaaattacacttggcaattcaacaattacaacccaagaagcagc caatgcagttgtggcatacgctgaatggcccagttatttgtcagattctgatgcaagtga tgtcaacaaaacctcacagcctgacacttctgtttgtaggttttacacactagacagcaa gacatggtcagcaaattcaaaaggatggtgttggaagcttccagatgcacttaaagatat gggagtgtttggacaaaacatgtttttccatgcactagggagaacaggctacaccgtaca tgttcaatgtaatgcaaccaaattccacagtggctgtttactggtagtagccattccaga acaccagcttgcatcacacacacagggaaatgtctcagttaagtacaagtatactcatcc aggtgaatcagggataaatttggatgacacaccagaag---------------------- -cagggggggcgtcacatgatccagtgtactccatgaatggaaccttagtgggtaatctt ctcatctttccacatcaatttattaacttgagaaccaacaacaccgccacacttatctta ccctacataaattcagtgcccatggattccatgactagacataacaatatatctttatta gttatcccaattgtaccactgtcaagtccatcaggaatgaccacta---caattccagtc acagtcactattgcccctatgtacactgaattctcaggtattaggtcaaaagctgtaa-- -ttaaa------------------------------------------caaggtctaccc accttgaccactcctggttctggtcaatttctcactacagatgataggcaatcacctagt gcaatgccaaactatgaaccaaccccacaaatccacataccaggagaagtccacaatctg ttggaacttatacaagttgatacattgattcccctgaataatctgggtgtt------aca gacaccatgagtgagtaccgaattccactcactgcaggt---------agagtgaatgaa caaatattcggtactagattgtacataggagatggtgttttcaagaccactttatttgga gaaattgctcagtacttcactcactggtcaggttccatccgaatctccctaatgtataca ggtcctgcactatccagtgccaaattgattttagcgtacaccccaccaggagccggaggc ccaaaagacaggaaagaagcaatgttgggcacacatgtagtgtgggatgtaggtttacag tcaacagttgtcatgaacataccatggacaagtggtgtacaattcaggtatacagatcca gacacatacacaagtgccgggtttctctcatgttggtatcaaacatctttgatcctcccg ccagaaacgtcaggaactgtctacttattagcctttgttagtgcatgtccagactttaaa ttgagactaatgaaagatacccagacaatatcacagacagaagcactcacagaaggt--- ------cttggggaagagctagaggaagttgttgtcgacaaaatgagacagataacagct tcaagtcagagtggttcaaagcacactcaaaaagtgccagctttaagtgcaagtgagaca ggtgccacattgcccacaaatccatctgataatgttgaaactagaaccacatacatgcat ttcaatggctcagaaactacattagaaaactttttagggagatctgcttgtgtacacata acagagattgaaaaca-aagtaccccaagaccctacgccagaagg---------aggaaa tacccacaaagaa---caaaa---actattcaatgactggaaaataagcttgtccagttt ggtacaacttaggaaaaagttagaactttttacttatgtgaggtttgactctgagtacac catactagccactgcttctcaacctgaggctgctgaatatgctagcaatctgacagtaca ggcaatgtatgttcctccaggcgcaccaaaccctgttaaatggaatgattacacgtggca gagtgcttcaaatcctagtgttttctttgaagttggcaaaacag---ccaggttcagtgt gccattcattggtatcgcctcagcttataactgcttttatgatggctactcacatgatga ccca------gaaacacagtatggtataaatgtgctaaaccacatgggtagcattgcctt tagagtggtaaatgatcatgactttcacaaaacattggtgaagataagggtattccacag agctaagcacattagagcttgggtaccaagaccacccagagcactaccatacacatccat tggtagaaccaatttcccactg------------------------------------a- --gccatggtaaaatcattgccaaaagaga---------a---aagatcacc-------- -----------acc------------tatggtggtagtcccagatttggagctatttaca catgtaattataaaataatgaactaccatttgatgactcaagaag------accacttaa acctcttgactccttactacaacagggatttggcagttgttgcaactggagctcagggct cagaaatcattccacattgcaattgtacctcaggtgtttattattctcagtactacagaa aatactatcccataatatgtgacaaacccacaaacatctggattgaaggtggcagttact accctagtagatttcaatcaggggtaatgaagggtgttggaccagctgaacctggggact gtggtggcatcttacgatgcgtacatggtccaattggattgttaacagcaggtgggagtg gttacgtgtgttttgcagatattagacaactag---acttcatcgcagaaacacaggg-- -cattactgattacataacaaatctgggaaaggcatttggtgtaggctttacagatcaaa tctcagcgaaggttaccgagctccaggatagtgttaaagactacataaatgtcaaaattt tatccaaagttgtcaaaatggtatcagcattagttattatttgtagaaatcatgatgatt tggttacagtcactgctaccttggcactactcgggtgtgatggatcaccctggagatttc tcaaaatgtacatatcaaagcatttccaggtgccctacatagagagacaagcaaatgatg gctggttcagaaaattcaatgatgcttgtaatgcagcaaaaggtctggaatggatagcaa acaaaatttccaaacttatagaatgggtaaagacaaagataattcctcaagcaaaagaaa aactagatttttgtaagagactcaagcagttggacatcttagaaaggcaaataacaacaa tgcatgtttctaatccaacacaggagaaaagagagcagctttttaacaatgttttgtggc tagaacaaatgtcccagaaatttgccccgttgtatgcagtagaagccaggagaattaaag agatgaaaacaaaaatgatgaactacatacaattcaaatcaaaacagagaaccgaaccag tttgtgttttgattcatggttcacctggatcaggtaagtcactaaccacatccattattg gcagggctatagcagaaaggttcaaatccacagtctattcacttccaccagacccaaaac actttgatggttaccaacagcaggaagtggtgatcatggatgatctaaatcaaaatccag atggccaggatatcagtatgttctgtcagatggtttcatcagttgacttcataccaccta tggccagtttagataacaaaggtatcttgttcactagcaattttgttcttgcatcaacca actcaaacacactaagccctccaacaatcctaaacccagaagcactggctaggaggtttg gatttgatctggatatctgcttgcataccacttacacaaaatca---ggaaagctaaatg tagcaatggcaactgaactttgtaaagactgtcataaacccagtaacttcagcaggtgtt gcccattgatatgtggaaaagctatcagtcttgtagaccgatccactaatgttaggtata gtttagatcaattagttacagcaataataactgattataataataaactaaaaatcactg actccctagaggttctgtttcaaggacctgtttacaaagacctggaaatagatgtccaca gtacaccaccacctgagtgcattaatgacctactcaaatctgttgattctgaggagctta gggaatactgcaaacagaaaaattggcttatcccagaaattccaacaaacatagaaagag cagtgaaccaggctagcaccattataaacacaattctaatgtttgtgagcactcttggga tcctttatgtaatatacaagctatttgcacaaacccaaggtccgtattctggtaacccct cacacacaaaactaaagccaccaacactacgacaagtggtagtgcaaggtccaaatactg aatttgctatgtcccttcttagaaagaatatagtcacagttactaccactaagggagagt tcacagcattgggaattcatgatagagtctgtgtggtacccacgcactcccagcccgatg atgaagtgttggttaatggacaaccagtcaaattgaaggacaaatataaattgatggacc cagaaaatactaacctagaattaaccataatagttttggatagaaatgaaaaatttaggg acataagagcatttatagcagaagatcca---gagggaatggaagggactcttgtaataa actccaacaatttcaaagacaccatcctagaagtgggccagttgacttttgctggtctaa taaatttgagtagtgttccaacaaaccgcatgatacgctatgagtaccccactagaacag gtcagtgcggtggtgtgttgtgctcgactggcaagatatatggaattcatgttggcggga atgggcggcaaggcttttctgcacaactgaaaagacagtattttgtggaaaaacaaggag caatcaccactaggaaaaatgtcagggaaatgggactaaaacctattaacacccctacca aaacaaagctccaccccagtgtgttttatgaggtattccctggatcaaaggaacctgctg ttttgaatgacgcagaccccaggttggaggttaacctgcgtgactccctgttttcaaaat acagggggaatgttgaaactgacatcacagagaacatgcaggtggccatagatcaatatt caggtcagttgctatcactagatatctcaacagatgagttgtcacttaaagaagccttgt atggtacagatggactagaaccaattgacataaacaccagtgctggctacccgtatgtga gtctagggattaaaaagaaagatatacttaatagggaaacccaggacacctccaagatgg agcattacttagataaatatggcatagatttaccacttgtcacatacatcaaggatgaac tcagaggcaaggataaagttagattaggtaagagtagattgatagaagcgtctagtttga atgactctgtaaatatgagggtaaaattaggcaatttatacaaggcttttcatttaaacc ctggtgtaataactggatcagctgtgggatgtgacccggacacattctggtctgtcatac cctgcctcatggatgggcaac---tcatggcgtttgattactcaaacttcgacgcctcac tatccccagtatggttcaaatgtcttgagcaggtgcttgctaaacttggatttaaacatt ctaatcttataagaacaatttgcaacactcatcacatcttcagggatgagatttatgaag ttgaaggaggaatgccatctgggtgttcaggcacaagtgtcttcaattcaatgataaaca acataatcattagaacattaatattagatgtttacaaaggtattgatcttgacaagctga aagtgattgcttatggtgatgatcttattgtttcctacccatttgaattacaaccagagt tgctagcttctgctggcaagaaatatggcctgacaatcacacccccagataagtcagaaa aatttacaaaaacaacatgggaaaatgtaacctttttaaagaggtattttaggcctgacc cacaatatccttttctcatacacccagtgatgccaatgcaagacattcatgagtccattc gttggacacgcgatcccaaaaacacacaggatcacgtacgatctttatgcatgttagctt ggcattctggagaagaagaataca-agaactttactgagaaaatcagatcaaccagcatt ggcaaatgcttgttaatcccagagtacagtgtcttacgccgacgctggttagatctgttc taaa-------------------taatat---ag-------------------atttat- ---------aatttgat---tagaatta------gaaatttat----------------- ------------------------------------ >FJ445153.1 Human rhinovirus 72 strain ATCC VR-1182, complete genome -------ttaaaacagcggatgggttc---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtatgat-gtacctttgtacgcctgtttattccca-----------a----ac cc---------ccac-ccg----ttattcgcccaaccc---------------------- ------ctgtaac---gttagaagt-ttggaactt----aat-tgtacaatagg-gagca ccatatccaa-----tggtgt-aacgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggtggtacccactgccgaaagccttta--accgtcatccgccaatcaactacgt aacagctagtaaca-tcttgtt---gttgattggacgttcgatcaggtggt----tcacc cc---ccactagtttggtcgatgaggctgggaatcccccacgggtgaccgtgtcccagcc tgcgtggcggccaacccagcttat-----gct----------gggacgccctt-tcaatg acatggtgtgaagactcgcatgtgcttgattgt-gagtccgccggcccctgaatgcggct aaccctaaccctggagccttgcaccacaatccagtggtgtctgggtcgtaatgagtaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----a---ttttt-ctttt-- ----aattgtcttatggtcacag-catatagtat-------------------tatatac tgtgatcatgggcgctcaggtttcaacacaaaagagtgggtctcatgagaatcaaaatat tttgacaaacgggtcaaatcaaaccttcacagtcataaattactacaaagatgctgcaag tagttcatcagctggtcaatctctgtcaatggatccatctaagtttactgaaccagttaa agatcttatgttaaagggtgcaccagcactaaattcaccaaatgttgaagcgtgcggata tagtgacagggtgcaacaaatcactcttggcaactctaccataacaacacaagaagctgc aaatgcagtagtttgttatgctgagtggcccgagtatctcccagatagagatgcaagtga tgtaaacaaaacttcaaaaccggacacgtctgtttgtaggttttacacattagacagcaa aatgtggcagaaaaactcaaagggatggtgttggaaactaccagatgctttaaaagatat gggtgtttttggccaaaacatgtttttccattcattgggtagatcagggtacactataca tgtacagtgcaatgcaacaaaattccacagtgggtgtttactcgtagttgtgataccaga acatcaattagcgtcacatgaaggtggcaatgtgtcagtcaaatacaaacttacacaccc aggtgaaggtggcatcgatttgtcaacaaatatagaag---------------------- -cagatggacctgttaaggacccagtttataatatgaatggtacactactgggtaattta ctaatattccctcaccaattcatcaacttaaggaccaacaacactgccacactggttgtg ccatacattaattcagtaccaattgattcaatgacaagacacaataatgtatcactaatg attattccaattgccccactcattgttcccactaacgcatcaccca---ctctacctgtc acagtgacaatagctccaatgtgtaccgaattcacaggcataagatccaaaactgtag-- -ttcca------------------------------------------caagggttaccg acaacaactctaccaggatctggccagtttcttaccacagatgatagacaatcacccagt gcattaccaaattatgagccaacaccaaaaatacatataccaggtcaagtcaaaaactta ctagaaatcatccaagtagatactttaatcccaatgaacaatacccacaac------aag gatgcagtgaaaagctaccttatacccctgcaaccaaac---------agacagggagag atggtgtttggaaccaaacttttcataggagatggtgtgtttaaaaccactcttcttggt gaaatagttcaatattacacccactgggcaggatcattgagattttctttgatgtataca ggtcctgccctgtccagtgcaaaattaatactgtcttacactccccctggagccaacgga ccaacaaccagaaaagaggcaatgcttggaacacatgtagtgtgggatattgggctacaa tccacaatagttatgacaattccttggacttcaggggtgcaatttaggtatacagatcca gatacttacactagtgcaggatttttatcatgttggtatcaaacatctctgatacttccc cctgacacacccactgaggtgtacatgctctcctttatcagtgcatgcccagacttcaaa cttaggctcatgaaggacacccagacaatatcacagactgtagcactgacggaaggt--- ------ttgaatgacgagttagaggaagtcatcgtcgagaaaacgaaacagacgttggct tcaatttcatccgggccaaaatacactcaaagtgttcccactctaactgcgaatgaaaca ggtgctacgatgccaactttaccttctgacaatgttgaaaccagaacaacatatatgcat ttcaacgggtctgagacagatattgagtgcttcctgggtcgtgctgcttgtgtgcatgta acagaaattgaaaaca-aaaacccgaatgg------------------------aatatc aaatcacaaagca---gagaa---actatttaatgattggaaaattagcctctctagtct tgtgcaactcaggaaaaagttagaactcttcacttatgtcagatttgattcagaatacac catattagcaactgcttcacagcctgacacagctaactactcaagcaacctagtggtcca agccatgtatgtgcctcctggtgcacccaacccagtagaatgggatgattacacatggca gagtgcatctaatcctagtgtcttcttcaaggtcggtgacacct---ctagatttagtgt accatatgtaggcttagcatcagcatataattgcttttatgatggttactcacatgatga tgca------gaaactcaatatggaatatctgttctgaatcatatgggtagcatggcttt tagaatagttaatgaacatgatacacacagaactttagttaaaattagagtctaccatcg ggcaaaacacattgaagcgtgggtcccacgtgctcccagggctttaccatacacatcaat tggacgtactaattatcccaaa------------------------------------a- --atccaaaaccagtaattaagaaaagaga---------aggggacataaaa-------- -----------acc------------tatggattaggaccaagatttggaggggtgtaca catctaatgcgaaaataatgaactttcatttgatgacaccagaag------atcatttga acttggtgacctcatatcctagtagggacctagcaattgtttcaacaggagcacatggtg cagagaccataccacactgcaactgtacatcaggtgtctattactctagttactacagaa aattttacccagtaatatgtgaaaaacccaccacaatatggattgaaggcggaccatatt accccagcagatttcaaacaggagtcatgaaaggtgtcggtcctgcagaaccaggtgatt gtggtggcatactcaggtgtgttcatggaccaattggactgttgacagcaggtggtagtg gttatgtctgttttgctgacataagacaactag---agtgcattgcagaggaacaggg-- -gataagtgattacattaccagcctagggagagcctttggtgttgggttcactgatcaaa tttcggccaaggtgacagaattacaggatgttgctaaggatttcttgacaacaaaagttt tatcaaaagtagtgaaaatggtatcagcattagtgattatctgtagaaattacgaggatc ttgtcacagtcactgctactttagctttgctgggttgtgatggctccccctggagatttc taaaaatgtacatttccaagcattttcaggtaccttacattgaaagacaagcaaacgacg gctggtttagaaaattcaatgatgcatgtaatgcagcaaaaggtttggaatggattgcaa acaagatctcaaagttaattgaatgggttaaaaacaaagtgctcccacaggccaaagaga aattagaattctgcagcaagctaaaacaactggacctattagaaaggcagatcaatacca tgcatgtttcaaaccccacacaagaaaagagagaacaattgtttaacaatgtcttatggt tggaacaaatgtctcaaaagtttgcaccactttatgccaccgaagcaaaaagaattagag agttgaaaaacaaaatagtgaattacatgcagtttagaaataagcaaaggactgaaccag tatgtgtattgattcatggcaccccgggttcagggaaatcactaaccacttcaataatcg gaagagcaatagcagaacaatttaattcagcagtctattcccttcccccagacccgaaac attttgatggttaccaacagcaagaagttgtcatcatggatgacctaaaccaaaatccag atggacaagacataagtatgttctgtcaaatggtatcatcagtggactttctacctccaa tggctagtttagacaacaaaggaatgttattcaccagcaattttgttttagcttcaacta attccaacacgttgagtcctccaaccattttaaatccagatgccctggctagaagatttg gttttgatctcgacatctgtctacacagtacatacacaaagaat---ggtaaactcaatg ccgcaatggcaaccagagtgtgcaaggattgccatcaaccaacaaattttaaaaagtgct gtccacttgtttgtggaaaagctactagtttggtagatagagccactaatgttagataca gtttagaccaattggttacagctgttgttaatgactacaagaataaaatgcaaatcactg attcacttgaaacactattccagggccctgtctacaaagacctagaaatagatgtgaata gtacaccaccccctgaatgcataaatgatttattgagatctgtggattctgaagagatca gagagtattgcaaaaagaaaaactggacaataccagaaattcctaccaacattgagaggg ctgttaaccaagctagcatgataatcaacacaatattaatgtttgttagtactctaggca tcatttatgtaatttacaaattgtttgcccaaactcaaggcccatactctggtaatccag cacactccaagcttaaagccccgaccctacgtccagtaattgtgcaagggcctaacacag agtttgcattgtctttgctcaggaaaaacatagtaaccattactacagacaaaggagagt ttactggtcttggtatatatgatcatatctgtgttattcccacacacgcacaaccaaatg atagtgtgcttatcaatggtcaaaaagttcaaattaaggacaagttcaaattagtggacc cagacaacatcaatttggagctaactatattagaccttaacaggaatgagaaatttaggg atattagagcattcatatcagaagacttt---gaaggggtagaagcaacattggttgtcc actcaaacaactacaccaatacaatacttgaagttggcccagtaacaatggcgggtctca tcaatttgagcagtactccaaccaacagaatgattcgttatgaatatgcaacaaagacag gtcagtgtggaggggtattatgtgccactgggaaaatttttgggattcatgtaggaggta atggaagacagggcttttctgcacaacttaaaagacaatactttgttgagaaacaaggtc aagtgatagccaggcaaaaagtcagggaactaaacatgaaccctattaacaccccaacaa aatcaaaactacaccccagtgtattttacaatgtctttccaggagataaagaaccagccg ttcttagtgataatgatcctagattggaagtaaaattaactgaatcactgttttcaaaat ataagggtaatgtggaaatggaacccacagaaaacatgctagtggctgtggatcactatg ctggacagctattatcactggatattcccacagaggaacttacaatcaaggaagccttgt atggggtagatgggttagaacctattgatgtgacaactagtgctgggtacccttatgtca gcttaggaattaaaaagagagatataataaacaaagaaacaaaggatgtagaaaagatga aatactacttagataaatatggtatagacttaccattagttacttacataaaagatgaat tgagaagtactgataaagtacgattagggaagagcaggttaattgaagcatccagtttaa atgattcagtaaatatgagaatgaaattaggaaacttatataaagcattccatcagaatc ctggtactataacaggttcagcagtaggatgtgatccagatgtgttttggtctgttattc cttgtttaatggatggtcatt---taatggcctttgattactcaaattttgatgcctccc tatcaccagtatggtttgtttgtttagaaaaggtattgtacaaattgggctttaaacact cctcattgatacaatcaatatgtaatacacaccacatcttcagagatgaaatttatgtag ttgagggtggcatgccatcaggatgttcaggcactagtatatttaattccatgattaaca atataattattagaaccttggttttagacgcttacaagggaatagatctggataagctta agatcatagcatatggtgatgacctaattgtgtcctatccttatgagctgaaccctgaag tgctggccaccttgggtaaaagctatggtttaacaattacacccccagataaatcagcag ctttttctaaagtaacatgggaaaatctcacctttctaaagagatatttcaggccagaca aacaatttcctttcctagttcacccagtgatgcctatgaaggatattcatgaatccatca gatggaccaaggacccaaagaacacacaagatcatgtcagatccttatgcatgttagcat ggcattcaggtgaggaagaataca-atgagttcattaggaaaatcagaactacagacatt ggcaaatgcttaatcttacctgaatacagtgttcttaggaaacgctggttggacctcttt taaacag----------ttc---aaatat---ag-------------------acatct- ---------agtttaat---tagaaata------gaagtttat----------------- ------------------------------------ >FJ445188.1 Human rhinovirus 52 strain ATCC VR-1162, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtattat-gtacctttgtacgcctgtttctccc-------------------c cc---------catt-acc----cctccccacatatcc---------------------- ------cagtaac---ttagaagaa-ttaaat-------tat-cgcacaatagg-agcta ttacaaccag-----taatag-ttagtgcaagta-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagatggccaccgctgtcaaaagctctta--accgttatccgccagttaactacgt aacggctagtaaca-tcttgtt---gtgcttaaggtgttcgatcaggtgaagagacaccc cc--ttcactagtctggtcgatgaggctgagaaatccccacgggcgaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagcttat-----gct----------gggacgcctta-agtatg acatggtgtgaagacccgcatgtgcttaactgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctggagccttggggtacaatccagtgctaacaaggtcgtaacgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-tcatt-- ----attgttcttatggttacaa-tatat-aga---------------------gtatat tgtaatcatgggtgcacaagtgtctacacaaaagagtggttcgcacgaaaatcaaaacat tctcacaaacggctctacacagaactttactgttatcaattattataaggatgcagcaag ctcatcatctgctggtcaatctttttcaatggacccttctaagtttactgaacctgttaa agatataatgctcaaaggtgcaccagctttgaattctcccaacgtcgaggcatgtggata tagtgatagggtgcaacaaattacacttggaaactcaacaatcacaacccaagaggcagc taatgcagttgttgcatatgctgaatggcccagctatttgtcagattctgatgcaagtga tgtcaacaaaacctcccagcccgacacatctgtttgtaggttttatacattggacagcaa gacatggtcagctaactcaaaagggtggtgttggaagcttccagatgcacttaaggatat gggagtgtttgggcaaaacatgttttttcatgcactagggagaacaggctataccgtgca tgttcagtgtaacgcaactaaattccatagtggttgcctactagtagtagccatcccgga acaccaattagcatcacatacacaggggaatgtatcagttaaatacaaatacacccaccc aggcgaacaggggataaatttgaatgatataccagaag---------------------- -aaggaggagcatcacatgacccagtatattctatgaatggaaccctagtgggtaacctt ctcatcttcccacaccagttcattaacttaagaaccaacaataccgccacactcatttta ccctatataaactcagtacctatggattctatgaccagacataacaatatatccttgtta gtcattccaattgtaccactgtcaaatccaacaggaatgactacta---caatcccagtt acagtgactattgctcccatgtatactgaattttcaggcatcagatcaaaagctgtgg-- -tgcca------------------------------------------caaggtctaccc accttgactacccctggatcaggtcaatttttaactacagatgatagacaatcacctagt gcaatgccaaattatgagccaaccccacaaattcacataccaggagaggttcacaacttg ctagagcttatacaagtagatacattgattcctttgaacaatttgggtact------aca gactctatgagtgagtatcggattccacttacggcaggt---------aaagtgaacgag caaatatttggtaccagattgtatataggagatggtgtcttcaagaccactttgtttggg gaaatcgcccagtacttcactcattggtcaggttccatcagaatttcattaatgtataca ggccccgcattgtccagtgccaagttgatcttagcgtacactccaccaggatctgggggt ccaaaggacagaaaggaagcaatgttgggcactcatgtagtgtgggatgtaggtttacag tcaacagttgtcatgaatataccatggacaagtggtgtacaatttaggtttacagatcct gatacctacaccagtgctgggtttctttcatgctggtaccaaacttctttgattcttcca ccagaaacatcaggaactgtctacctgttagcttttgttagtgcatgtccagattttaaa ttgagattaatgaaagacacccaaacaatatcacagacagaagcacttacagaagga--- ------tttggggaggaactggaggaagttgttgtcgacaaaatgagacagataacagct tcaagtcagagcggtccaaaacatactcaaaaagtaccagcattaagtgcaagtgaaaca ggtgctacattaccaacaaatccatctgataatgttgaaactagaaccacatacatgcac ttcactggctcagaaactacattggagaattttctaggaaggtccgcctgtgtacatata acagagattgagaacg-aaatacctcaaaatcccacaccggaagg---------gacaaa tacccacaaggaa---caaaa---attgttcagtgattggaaagtgaacttatccagtct agtgcagcttagaaagaaactggaactttttacctatgtgagatttgactctgagtacac tatactggccactgcttcccaaccagaaactgcccaatatgctagcaatctaacagtaca agcaatgtatgttcctccaggtgcaccaaaccctgttgaatggaatgattacacatggca gagtgcttcaaatcctagtgttttctttgaagttggtaaaacag---ctagatttagtgt gccgtttgttggtattgcttcagcctacaactgcttctacgatggttattcacatgatga tgca------aacacacaatatggcataaatgtgctaaatcacatgggtagtattgcctt tagggtagtaaatgaccatgacctccacaaaacactagtgaaaataagggtgtttcacag ggctaaacacatcagagcttgggtaccgcgaccacccagagcactaccgtatacatctat cggtagaaccaactttccacta------------------------------------a- --atcatggcaaaattattgccaaaagaga---------c---aagatcaca-------- -----------act------------tatggtggtaattccagatttggagctgtttaca cttgtaattacaaaataatgaattaccatttgatgacacaggaag------atcacttaa acctcctaactccttattacaacagagatttagcagttgtagcaaccggagcacagggct cagaaattattccacattgtaattgcacttcaggtgtttactactcccagtactacagga aatattatccaataatatgtgagaaacccacaaacatttggattgaaggtggtagttatt atcccagtagatttcaatcaggagtgatgaagggagttgggccagctgaacccggagatt gtggtggcatcttacgatgcatgcatggtccaattggcctgttaacagcaggcgggagtg gttatgtgtgctttgcagacattagacaattag---acttcattgctgaaacacaggg-- -tatcactgactatataacaaatctaggaaaagcatttggtgtgggctttacagatcaaa tatcagcaaaggttactgagcttcaagatagtgttaaagattacataaatgtcaaaattc tatccaaagttgtcaaaatggtatcagcattagttattatttgtagaaatcatgatgact tggttacagtcactgccactttggcactacttgggtgtgacggatcaccctggagattcc tcaaaatgtacatatcaaaacacttccaagtgccttacatagagagacaagcaaatgacg gctggttcagaaagttcaacgatgcttgtaatgcagcaaaaggtttagagtggatagcaa acaaaatttccaagcttatagaatgggtgaagacaaagataattcctcaggcaagagaaa agctggatttttgcaagagactcaaacaactggacattctagaaagacagatagcaacaa tgcatgtttctaatccaacacaagagaaaagagagcaactctttaataatgttctgtggt tggaacaaatgtcccagaagttcgcaccactgtacgcagtggaagccaggagaatcaagg agatgaagacaaaagtgatgaactatatacagttcaagtccaagcagagaaccgaaccgg tctgtgttctaattcatggctcccctggatcaggaaagtcactaactacatccatcattg gcagagctatagctgaaaggtttaaatccacggtttattcactcccaccagatccaaaac acttcgatggataccaacaacaggaggtggtgataatggatgacctgaaccaaaacccag atggccaagatatcagtatgttttgccagatggtttcatcagttgactttataccaccga tggccagcttggacaataaaggcattctgtttactagcaactttgttcttgcatcaacca actcaaacacactaagtcccccaacaattttgaacccggaagcattggccaggagatttg ggtttgatctagacatttgcttgcacaccacttacacaaaatca---ggaaaattaaatg cagcaatggcaactgaactttgcaaggattgtcacaaacccagcaatttcagtaagtgtt gtccactaatatgtgggaaagccgttagtcttgtggatcgatccaccaatgttagatata gtttagatcaattagtcacagcaattataactgactacaacaataaattaaagatcactg actccttggaagttctgtttcagggacctgtttataaagacttagaaatagatgtccaca gcacacccccacctgagtgtattaatgacctacttaaatctgttgattctaaagagctca gagagtattgcaagcagaaaaactggcttatcccagaaattccaacaaatatagagagag cagtaaaccaggctagtactatcatcaacacaattttgatgtttgtgagtacccttggga tcctttatgtaatatataaactgtttgcacaaacacagggtccgtactcaggcaatcctt cacacacaaaactaaaaccaccaacattacgacaggtggtggtgcaaggtccaaatactg agtttgctatgtctctccttagaaagaacatagtcacagttaccaccaccaaaggagaat tcacagcattaggcattcatgatagagtttgtgtggtacccacgcactcccaacctgatg atgaagtgttagttaatgggcaaccagttaagttgaaggacaagtataaattgatggatc cagaaaacactaacctagagttgactataatagttctagacagaaatgaaaaatttaggg acataagagcatttatagcagaagaccca---gagggaatggaaggaactcttgtaataa attccaacaattttaaagacaccattctggaggtggggcagttgacttttgctggcctaa taaacctgagtagtgttccaacaaaccgcatgatacgctacgagtaccctaccaggacag gacaatgtggtggcgtgctgtgctcaactggcaagatatacggaattcatgtcggtggaa atggacgacagggtttttctgcacaattgaaaaagcaatattttgtggagaaacaggggg caatcaccaccaggaaaaatgttagggaagtgggattgaaacctatcaacactcccacta agacaaagcttcaccctagtgtgtttcatgaaatattccctggatcaaaggaacctgctg tgttaaacgacactgaccccaggttagaggttaacctgtgtgactccctattttcaaaat acaagggaaatgttgaaattgatatcacagaaaacatgcaggtggccatagatcaatact caggtcagttgttgtctctagacatcccaacagaagagttgtcacttaaggaagctttgt atggcacagatgggttagaaccaattgatataaacactagtgctggttacccgtatgtaa gtttaggaataaagaagaaagacatactcaatagggaaacccaggatacctccaaaatgg aacattacttagataagtatggtatagacttgccacttgtcacatacatcaaagatgaac ttagaggtagggataaggttagattaggcaaaagcagactgattgaagcatccagcttga atgactctgtaaacatgagagtgaaattaggtaatttgtacaaggctttccattcaaacc ccggagtgataactggatcagctgtgggatgtgacccagatacgttctggtctgtcatac cgtgtctcatggacgggcaac---tcatggcatttgactactcaaattttgatgcttcac tatccccagtatggttcaggtgtcttgagcaggtacttgccaagcttggattcagacact ctaacctcataaaaacaatttgcaacacacaccacatatttagggatgaaatctatgaag ttgagggaggaatgccatctgggtgttcaggcacaagtgtcttcaattcaatgataaaca atataatcattagaacattaatattagatgtttataaaggcattgatcttgacaaattaa aagtgattgcttatggtgatgaccttattgtttcctacccatttgagctgcaaccagaac tactagcttctgctggtaagaaatacggcttgacaattacacctccagacaaatcagaaa agtttacaaaaacaacatgggaaaatgtaactttcctgaaaaggtatttcaggcctgatc cacaatatccttttctcatacacccagtgatgccaatgcaggatatttatgagtccattc gctggactcgcgatcctaaaaatacacaggatcatatacgatccttgtgtatgttggcct ggcattctggagaggaggagtata-aaaacttcattgagaagatcagatcaaccagcatt ggtaaatgcttgttaattccagaatacagtgtcttgcgccgacgctggttagatctgttt taaa-------------------taatat---ag-------------------atttgc- ---------aatttgat---tagaatta------gaaatttat----------------- ------------------------------------ >KF958308.1 Rhinovirus B isolate 3039, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtattat-gtacctttgtacgcctgtttctccc------------------tc cc---------tacc-acc----ccgccccacgtatcc---------------------- -------cgtaac---ttagaagaa-ttgaac-------aat-cgcacaatagg-agcta ttacaaccag-----taatag-ttggtgcaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagacggccaccgctgtcaaaagctctta--accgttacccgccagttaactacgt aacggctagtaaca-tcttgtc---gtgcttagggtgttcgatcaggtgaagaaaaaccc cc--ttcactagtctggtcgatgaggctgagaagtccccacgggtaaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagcatat-----gct----------gggacgcctta-agtatg acatggtgtgaagacccgcatgtgcttagctgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aacctaaaccctggagccttggagcacaagccagtgcttgcaaggtcgtaatgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatc-tcatt-- ----attgttcttatggttacaa-tatat-aga---------------------gtatat tgtaatcatgggtgcacaagtgtctacgcagaagagtggctcgcatgaaaaccaaaatat tcttacaaatggttctacacaaaacttcactgtcattaattattacaaagatgcagcaag ttcatcatccgctggtcaatccttttcaatggatccttccaagtttactgaacccgttaa ggatataatgctcaagggagcaccagctttaaattcccctaatgttgaggcatgtggata cagtgacagggtacaacaaattacacttggtaattcaacaatcacaacccaggaagcagc taatgcagttgtggcatatgctgaatggcccagctatttgtcagattctgatgcaagtga tgtcaataaaacctcgcaacccgacacttctgtttgcaggttttatacactggacagcaa gacatggtcagcaaattcaaagggatggtgttggaaacttccagatgcacttaaagatat gggagtgtttggacaaaacatgtttttccacgcactagggagaacaggttacactgtgca tgttcaatgtaatgcaaccaaattccacagtggctgtctactggtggtagctattccaga acaccaacttgcatcacacacacagggaaatgtttcagttaagtataagtacacccatcc aggtgaatcagggataaatttggatgacacaccagaag---------------------- -cagggggggcgtcacacgatccagtgtactccatgaacggaaccttagcgggtaatctt ctcatttttccacaccagtttattaacttgagaactaacaacactgctacacttatctta ccctatataaattcagtgcccatggattccatgactagacacaacaatatatctttgtta gtcatcccaattgtaccactgtcaagtccatcaggaatgaccacta---caattccagtt acagtgactattgcccctatgtacactgaattctcaggcattaggtcaaaagctgtaa-- -ttaag------------------------------------------caaggtttaccc accttgaccacccctgggtctggtcaatttctcactacagatgataggcaatcacctagt gcaatgccaaattatgaaccaaccccacaaatccacataccaggagaagtccacaatctg ctagaacttatacaggttgatacattgattcccctaaacaatataggtgtt------aat gacaccatgagtgagtatcgagttccacttactgcaggc---------agagtgaatgaa caaatattcggtactagattatacataggagatggtgtcttcaaaaccactctatttgga gaaattgctcagtactttactcactggtcaggttccattcgaatctccctaatgtataca ggtcctgcactatccagtgctaaattgatcttagcgtacaccccaccaggagctgggggc cccaaaaatagaaaagaagcaatgttgggtacacatgtagtgtgggatgtgggtttacaa tcaacagttgtcatgaacataccatggacaagtggtgtgcaattcagatatacagatcct gacacatacacaagtgccgggtttctctcatgctggtatcaaacatccttgattctcccg ccagaaacatcaggaaccgtctatttattagcttttgttagtgcatgtccagactttaaa ttgagactaatgaaagatactcagacaatatcacagacagaagcactcacagaaggt--- ------tttggggaagaactagaggaagttgttgtcgacaaaatgagacagataacagct tcaagtcagagtggttcaaagcacactcaaaaagtaccagccttaagtgcaagtgagaca ggtgccacattgcccacaaatccatctgataatgttgaaacaagaaccacatacatgcat ttcaacggctcagaaactacactagaaaacttcctgggaagatctgcttgtgtacacata acagagattgaaaata-aagtgccccaagatcccacactagaagg---------aggaaa aacccacaaagaa---caaaa---actgttcaatgactggaaaataagcttgtccagtct agtacaacttaggaagaaattagaactttttacttatgtgagatttgattctgagtatac catactagctactgcttctcaacctgaaactgctcaatatgctagcaatctgacagtgca ggcaatgtatgttccaccaggtgcaccaaaccctgttgaatggaatgattacacgtggca gagtgcttcaaaccctagtgtcttcttcgaagttggcaaaacag---ctaggttcagtgt accatttattggtatcgcttcagcttacaactgcttctatgatggctactcacatgatga ccca------gaaacacagtatggtataaatgtgctaaaccacatgggtagtatcgcttt tagagtggtaaatgatcatgaccttcacaagacattagtgaagataagggtgtttcacag agctaagcatattagagcttgggtaccaagaccacccagggcactaccatacacatccat tggtagaaccaactttccactg------------------------------------a- --cccatggtaaaatcattgccaaaagaga---------c---aagatcatc-------- -----------acc------------tatggtggtagtcccagatttggagctatttaca catgtaattataagataatgaactaccatttgatgactccagaag------accacttaa acctcttgactccttactataatagggacttagcagttgttgcaactggggctcagggct cagagatcattccacattgtaattgtacttcaggtgtttattactctcagtactacagaa aatactatcccataatatgtgacaaacccacaaacatttggattgaaggtggtaattatt accccagtagatttcaatcaggagtgatgaagggtgtcggaccagctgaacctggggact gtggtggcattttaagatgcacacatggtccaattggattgttaacagcaggtgggagtg gttatgtgtgttttgcagatattagacaattgg---acttcattgcagaaacacaggg-- -cattactgactacataacaaacctgggaaaggcatttggtgtaggtttcacagatcaaa tttcagcaaaggttaccgaacttcaggatagtgttaaagattacataaatgtcaaaattt tatccaaagttgtcaaaatggtatcagcattagttattatttgtagaaatcatgatgatt tggttacagtcactgccaccttggcactactagggtgtgatggatcaccctggagatttc tcaaaatgtacatatcaaagcactttcaagtaccctatatagagaggcaagcaaatgatg gctggtttagaaaattcaacgatgcttgtaatgcagcaaaaggtctggaatggatagcaa acaaaatttccaagcttatagaatgggtaaagacaaagataattcctcaagcaaaagaaa aattagatttctgcaagagactcaagcagctggacatcttggaaaggcaaataacaacaa tgcatgtttctaatccaacacaggaaaaaagagagcagctttttaacaatgttttatggt tagaacaaatgtctcagaaatttgctccactgtatgcagtggaagccaggaggattaaag agatgaaaacaaaaatgatgaactacatacagttcaagtccaaacagagaaccgaaccag tctgtgttttgattcatggttcacctggatcaggcaagtcactaaccacatccattattg gtagggctgtagcagaaaggtttaaatccacagtctactcacttccaccagacccaaaac actttgatggctatcaacagcaggaggtggtaatcatggatgatttaaatcaaaatccag atggtcaggatatcagtatgttctgtcagatggtttcatcagttgatttcataccaccta tggccagcttagataacaaaggtatcttgtttactagcaattttgttcttgcatcaacca actcaaacacactgagccccccaacaatcttaaacccagaagcactggccaggaggtttg gatttgatctggacatctgcttgcacaccacctacacaaagtca---gggaagctaaacg cagcaatggcaactgaactttgcaaggactgtcacaaacccagcaacttcagcaaatgtt gtccattgatatgtggaaaagctattagtcttgtagaccggtctactaatgttaggtaca gtttagaccaattagttacagcaataataactgattataacaataaactaaaaatcactg actccttggaggttctgtttcaaggacctgtttacaaagacctggaaatagatgttcata gcacaccgccacctgagtgcattaatgacctactcaaatcagttgattctgaagagctta gggaatactgcaaacagaaaaattggcttatcccagaaattccaacaaatatagagagag cagtaaaccaggctagcactattataaacacaattctaatgtttgtgagcacccttggaa ttctttatgtaatatacaagctatttgcacaaacccaaggtccgtattcaggtaacccct cacacacaaaactaaagccaccaacactacgacaagtagtagtgcaaggtccaaacactg aatttgctatgtcccttcttagaaagaatatagttacagttactaccactaagggagagt ttacagcattggggatccatgatagggtctgtgtggtacccacgcactcccagcctgatg atgaagtgttagttaatgggcagccagtcaaattgaaagacaagtataaattaatggatc cagaaaacacaaacctagaattaactataatagttttggatagaaatgaaaaatttaggg acataagagcattcatagcagaagatcca---gagggaatggaaggtactcttgtaataa attccaacaattttaaagacaccattctagaagtgggccagttgacgtttgctggtctaa taaacttgagtagtgttccaacaaaccgcatgatacgctatgagtaccctactagaacag gtcagtgtggtggtgtgttgtgctcgactggcaagatatatggaattcatgttggcggga atgggcggcaaggcttttccgcacaactgaaaaagcagtattttgtggaaaaacaaggag caatcaccactaggaaaaatgtcagggaaatgggactaaaacctatcaacacccccacta aaacaaagcttcaccccagtgtgttttatgagatattccctggatcaaaggaacctgctg ttctgaatgatacagaccccaggttagaggttaacctgcgtgattccctgttttcaaaat acaagggaaatgttgaaactgatatcacggagaacatgcaggtggccatagatcaatatt caggtcagttgctatcactagatatctccacagatgagttgtcactcaaggaagctttat atggtacagatggattagaaccaattgacataaacaccagtgctggttacccgtatgtga gtttagggataaaaaagaaagatatactcaatagggagacccaggacacctccaagatgg aacattacttagataaatatggcatagatttaccacttgttacatacattaaggatgaac tcagaggcaaggataaggttagactaggtaaaagtagattgatagaagcgtccagtttga acgactctgtaaacatgagggtaaaattaggcaatttgtacaaagcttttcatttaaacc ctggagtaataactggatcagctgtgggatgtgacccagacacattctggtctgtcatac cgtgcctcatggatggacaac---tcatggcgtttgattactcgaactttgacgcctcac tatctccagtatggttcaaatgccttgagcaggtgcttgctaaacttggatttaaacact ctaatcttataaaaacaatttgcaacactcatcacatcttcagagatgaaatttatgaag ttgaggggggaatgccatctgggtgttcaggcacaagtgtcttcaattcaatgataaaca atataattattaggacattaatattagatgtttataaaggtattgatcttgacaagttaa aagtgattgcttatggtgatgatcttattgtttcctacccatttgaactacaaccagagt tactagcttctgctggtaagaaatatggcctgacaatcacacccccagataagtcagaaa aatttacaaaaacaacatgggaaaatgtaacctttctaaaaaggtattttagacctgacc cacaatatccttttcttatacacccagtgatgccgatgcaagacattcatgaatccattc gttggacacgtgatcccaaaaacacacaggatcatgtacgatctttatgcatgttagctt ggcattctggagaagaagaataca-agaacttcactgagaaaatcagatcaaccagcatt ggcaaatgcttgttaatcccagagtacagtgtcttacgccgacgctggttagatctgttt taaa-------------------taatat---ag-------------------atttat- ---------aatttgat---tagaatta------gaaatttat----------------- ------------------------------------ >EF173425.1 Human rhinovirus 93, complete genome -------ttaaaacagtggatggg-tt---tcctaccatccgacccactgggtgta---g tgctctggtatatt-gtacctttgcacgcctgttttcccatt----------------gt ac---------cctt-cct-----taaa-ttcctcccc---------------------- ------atgtaac---gttagaagt-ttaagaaca---taaa-tgtacaatagg-aagca tcacatccag-----tggtgt-atggtacaagca-cttct-gttt-atccgga---gcga ggtataagcggtacccactgctgaaagccttta--accgttaaccgccaatcaactacgt aacggctagtatta-ccttgtt---tgcaatctggcgttcgatcaggtggt----tcccc cc-----actagtttggtcgatgaggctaggagttccccacgggcgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcattt-----gct----------gggacgccttt-ttgtag acatggtgtgaagacctgcatgtgcttgattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgtgacataatccaatgtcattaaggtcgtaatgagcaatt ctgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----t---ttatt-cttta-- ----cattgtcttatggtcacag-catat-ataa-----------taca----tatatac tgtgatcatgggcgcacagatttcaactcagaagagtggctcgcatgaaaatcaaaacat ccttaccaacggatcaaatcagactttcacagttataaattattacaaagatgcagctag ctcatcatcagctggccaatcactatcaatggatccatcaaaatttactgaaccagttaa ggatataatgctcaagggtgcaccggctttgaactctcccaacattgaagcgtgtggcta cagtgacagagttgagcaaatcactattggcaattcaaccataacaacccaagaggcagc taatgcaatagtggcttatgcagaatggcccagttttttggaagatactgatgctagtga tgtgaacaaaccaaccagaccagacacatctgcatgtagattctatacacttgctagtaa aacatggagtcctgcgtccagaggatggtgttggaagttgcctgatgctcttaaggacat gggcatatttgggcaaaacatgttcttccactcacaaggcagaactggctataccatcca tgtacaatgcaatgctacaaaattccacagtggaactttactagtagtaatcattccaga acaccagttggcatcagcaaatggtggcaatgtctcagttttatatgataagactcaccc aggagaaaatgggattgatttaggaagtgaagtc---a---------------------- -aagatggaccaatgactgaccctatatataacatggatgggacgttactcggtaatgtt ctcatcttcccacatcaatttatcaatttaaggactaataatacagctacaattgtgaca ccatacataaactcagccccaatggattcaatgactagacacaataacctgtcacttttg gtgatcccggttgtaccaataacagctagtaccgggtcagcaccta---gtatacctgtc actgtaacaattgcaccaatgaaccctgaactgtcaggtattaggtctaaaacagtaa-- -taaca---------------------------------------ccacagggcttgcca acaacactgacacctggctctgaacaatttctgactactgatgatagacagtcaccatca gccttaccaaattatgaaccaactcctttgatacacatcccaggtagagtcactaatttg ttggaactaatacaagtagacacaatgattccaataaataatgttacagaa------tta gatactatagataaatacagagtgccattaattcaaggc---------caacaggagcaa caggtctttggtttctctttgttcttgggaggtaaggtactcaaaacaacactactaggt gaaattgcacagtattatacacattgggcaggctcaattaggatatcgttcatgtataca ggaccagctctatctagtgcaaaattgctactagcatatacaccaccgggagcattagga cccacaaacaggaaagatgcaatgttgggtactcatgtaatctgggatattggtttgcaa tcaacagtagtaatgaacataccttggactgctggagctcaattcagatatactgaccct gacacctacacccacccaggattcatatcatgctggtatcaaacatcattagtcctgcca cctggcacgaatcagaatgtgtacatacttgggtttgttagtgcatgtccagacttcaaa ttgagactattaaaggatacatcatcaatttcacaaactgaagcactaacagaaggc--- ------ctaggacaagaacttgaggaagtaatagtcgacaaagcgaaacagactattgct tcagttgtaagtaattccaaacacacacaaaaggttccaacactatcagctagtgaaaca ggagcaacacttccaacagtcccatctgataatgtagagactaggactacctatatgcac tatgatggtacagaaacaagtttagaaagttttctgggcagagctgcttgtgtacatgta actgacatagaaaata-aactccccactag------------------------agagtc aacccacaaggaa---cagaa---actgtataatgattggaaaataaacttatccagctt agtacaattaaggagaaaattagatatgttcacttatgtaagatttgattcagagtatac tataattgctacatcatcacaaccacaagatgcacagttctctaacacattaacagtgca agcaatgttcatacctccaggggcaccaaatccacaagaatgggatgattatacttggca aagtgcttcaaaccccagtgttttcttcaatgttggcaaatcag---cgcgattcagtgt tccttatttaggtattgcttcagcatataataacttttatgatgggtactcacatgatga caag------accacagtctatgggataaatgtactcaatcatatgggcagtatagcatt cagggttgtcaatgagaatgatgcacaccttaccaaagtaaaaatcagagtgtaccatcg cgctaagcacgtcatggcatggataccaagacctcccagagccaagccatatcttaagat cgggagaactaactatgat---------------------------------------a- --aatcaggacatgtgatccctaaaagaga---------t---ggcatatca-------- -----------act------------tacggatttggcccaagatttggaggtgtgtgta caggaaacataaaaataatgaactaccatttaatgactcatgagg------acatgctaa acttgcaaactccactcccagaaagggacttagcagtggttaacattaatgcccatggat cagagactgttccccattgtaattgcacttctggggtatactattccagatattacaata agtactatcccataatttgtgaaaaacccacttgtatctggatcgaaggcagtaattact acccaagtagatatcaacaaggagttatgaaaggggtgggaccagctgagccaggagatt gtggtggtatacttaggtgtacacatggaccaattgggatactaactgctgggggtggtg gttatgtctgctttgcagatatcagaggcttggatatgttccatgcagaataccaggg-- -aatatctgattacatcttgaatttagggaaagcatttggaactggtttcacagatcata taagtgaaaaagtcagtgagttacaaaatataacaatgggatacttgaatacaaaagtct tgtccaaggtaatcaaaattgtttcagctttagtaatcatatgtagaaatcatgatgatt tggtcactgttactgccactttggcattgttagggtgtgatggctccccctggagatttc taaagatgtatattagtaagcatttccacttaccctacatagaaagacaatctaatgatt tgtggtttaagaagtttaatgacatgtgcaatgcagctaagggtttggaatggatagcaa acaagatatctaagttgatagaatgggttaaaaacaaaattctaccacaagccagggata aactggatttctgtaagaggctcaaacaattggacatcttggaaagacaaattgacacct tgcatatgaatcacaccaatgaaaacgacagggaggtgttgttcaacaatgtgctatggt tagagcagatgtcacagaaatttgccccactatacgcactggaagcaaaaagaataagaa cattaaaaaacaaaatgaccaatttcatacagttcagatcaaaacatagaacagatccag tacgtgtgttgattcatggcaccccagggtcagggaaatctcttgccacctccttaattg gtagatctattgctgatatacataaatcttcagtttactccctcccacctgatcctaaac attttgatggttatcaacaacaagcagtggtcatcctagatgatctaaaccagaatccaa atggtgaagatataagtacattctgccaaatggtatcgtcagttgatttcataccaccaa tggcaaacttagacaacaagggcatgttattcacaagtagttttgtcttggcctcaacaa attcccagacactcaaccctccaactgtgttaaacccagaagctttagctcgtaggtttg gttttgatttagacatgtgcttacattcttcttttacaaagtca---ggtaagttaaatg ctgccatggcgtgtgagctatgtaaagattgtcacaaacccacaaacttcaagaaatgtt gcccattaatttgtggaaaagctctcagtttagtggacagacatacaaatgttagatata gtatagaccagctggttacagctattttgcaagagcataataacaagacaaaaataacta attctcttgaagtcctgtttcagggtcctgtgtataaagatttaactatagatgttaatg ataaaccaccaccagattgcatagtagatctacttaagtcagttgatagtgaagaggtga gacagtactgcagagagaagaaatggcttattcctgaagtaccaacaaatatagataggg cagttaaccaggcaacatctttgataaacactatactcatgttcataaccacaatgggta ttgtatatatgatttataagatgtttgcccagacacaaggaccatactctggattagata acaaaaccaaactaaaagcaccagtgttgcgcgcagtggttacacaagggcccaacaccg aatttgcattatcattgctcaggaagaacataattacaataacaacatcaaaaggggaat tcacagccctaggaatctatgacagaatttgtgtaataccaacacactcacaaccagaaa atgaagtccttctcaatggttacaataccaaaattaaagataaatggagactggtagacc cagacaacttaaatttggagattacagtgttagagttggataggaatgaaaagtttagag acattagaatgttcattgcagatgaagta---gagtgccctgatgcaagtctagtaattc actccaacaattacaaaaacaccataatgtcagtaggacacaccactatggctggcatta ttaatttaagtaacacacctacagctagaatgataaggtatgattacccaactaaaactg gacagtgtggtggagttttatgttcaacaggcaaaatttatggaatacatgttggtggta atggaaaacagggtttttcagcacagcttaagaaacaatattttgtgcaaaagcagggtg aaataattagtaaaagaaaagtacaagaattgggaatgaaaccaataaatacacccaaca aaacaaaattgcttccgagtgttttctacaatgtgtttccagggacaaaggagccagcag ttctgcatccagcagatgagagattggaagtgaattttgaagaatccttattctcaaagt acaaaggtaatgtgaaaatggaaatcagtgataacatgatcattgcagttgaccactatg caggacaactgctctcactagatattcctaccagagaactctctttaaaagaagccttat atggcactgatggcttagaacccatagaccttaatactagtgcaggatacccatacgtta gcctaggaattaagaaaagatcaatattaaataaagagactcaggacacaaccaaaatgg aggaatgcctagacaaatacggcatagacctacctttagttacatacattaaagatgaac ttaggggtaaagataaggttaggttaggcaaaagtagattaatagaagcatctagcctaa atgattcagtaaatatgagagtcaaattgggtgaattgtacaaggctttccataaaaatc ccggaatcatgactggatccgcagtgggatgtgaccctgataccttctggtctatcatac caagtctcctggatggtgaac---tgttagcatttgattattcaaattttgatgcaagtt tgtcccctgtatggtttgaatgcttagaattagttcttaggaaattaggctttgaatcag ctgacttaatcagaaagatatcaaccacacaccacatattcaaagaccaaatttatgttg tagaagggggaatgccttcaggttgttcaggcactagtatttttaattcaatgattaata atataattatcagaactttgattcttgatacatataaaggcattgatttggataagttga gaataattgcatatggtgatgatattatagcatcatacccatttgaattggattcagaaa aaattgcccagcaaggtactaagtatggtttgactataacaccaccagacaagtccacac aattccacaaggtgacatgggagaatgtgacattccttaaaagacacttcagaccagata agcaatttcctttccttgtccacccagttatgccaatgacagatatatatgaatcaatca ggtggacaaaagatcccaaaaacacacaggatcacgtgagatctctgtgtatgttagcat ggcattctggagagaaagaatacg-ataagtttgtgcaaggcattcgcagtacagacata ggaaaggtycttgtaataccaccatactcagttctcagacacagatggcttgaattattt taaaatttgaa------tag---atattt---ag-------------------agattt- ---------aatttgaa---tagaattt------ttcctctaa----------------- ------------------------------------ >DQ473488.1 Human rhinovirus 48, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtactct-gtacctttgtacgcctgtttctcctca-----------------a cc---------ctcc-cct----acccgttatatatct---------------------- ------cagtaac---ttagaagat-atc-at-------tac-cgcacaatagg-gaccg ttgtaaccag-----caacgg-tcagtgcaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagacggccactgctgtcaaaagctctta--accgttacccgccagttaactacac aacagctagtaaca-tcttgtt---gttcttagggcgttcgatcaggtgag----tttac cc-cctcactagtctggtcgatgaggctgagaaatccccacgggtgaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagcttat-----gct----------gggacgcctta-agtatg acatggtgtgaagactcgcgtgtgcttagctgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aacctaaaccccggagccttgaggcacaatccagtgcccgcgaggtcgtaacgagaaatt ctgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatc-ttttt-- ----gatgttcttatggttacaa-tatat-aaa---------------------gtatat tgtaatcatgggtgcacaagtgtctacacaaaagactggttcgcatgagaatcagaatat ccttaccaatggttctacacaacatttcaccgtaatcaactactataaggatgcagcaag ctcgtcatctgctggacagtcattttcaatggatccttctaaatttactgaaccagtcaa agatattatgattaagggagcgccggccttaaattctccaaatgttgaggcctgtggcta tagtgatagggtgcaacagattacacttggtaattcgacaattacaacccaagaagcagc caacgcagttgtggcatatgcagagtggcctagttacttgtcggacatggatgctagtga cgtaaataaaacctcacagtccgacacatctgtatgcagattctacactttagaaagtaa attgtggaaaacaacctcaaagggatggtgttggaaactcccagatgcacttaaggatat gggagtgtttggacaaaacatgtttttccactcgttagggagaacaggttataccatcca tgtccagtgcaatgccactaaatttcatagtggttgcttattggtagtggttgtgccaga acaccagttggcatcacgcactgaaggaaatgtatctgtaaattataaatacacccaccc aggtgagagaggaatagacctggatgaggcggaaaaag---------------------- -aaggaggagcaacacataacccagtatattcaatgaatggaaccctagtaggtaacctt ttaattttcccacatcagttcatcaatcttaggaccaacaacactgcaacacttgttata ccttacataaattcagtcccaatggattctatgactagacataataatgtatctttactg gtcatccctatcgtgcctctagcacacccaacaggaatgactacaa---caataccaatc acagtaactatagcacccatgtgtactgagttttcaggcattcggtcaaaagcagtgg-- -caata------------------------------------------cagggtttacct acactgactactccagggtctggccagttcttgaccacagatgacaggcaatcacccagt gcaatgccaaactatgaaccaactccaccaatccatatcccaggggaagtccacaacttg ttagagattatacaagttgacacgttgattcccatgaacaacacacacaca------aca gatgttatggatgaatatcgcattccactcacagtaggc---------agagtaaatgat caagtgtttggtactagaatgtttataggagatggtgtctttaaaactacactatttgga gaaatagcacaatattatacacactggtcaggctctattagaatctctttaatgtataca ggacctgcattatcaagtgctaagttaatcctggtatacacaccaccaggaacagaggga ccaaagaacagaaaggaagcaatgttaggaacacacgtggtgtgggatgttgggttgcaa tcaacagtagttatgaacatcccttggacgtctggtgtccaatttagatacacagatcct gatacctataccagtgctgggttcctttcttgctggtatcaaacatccttgattttacca ccagatacatcaggtgcggtttatttactggcatttgttagtgcatgtccagattttaaa ttgagacttatgaaagacacacaaacaatatcccaaacagaagctctcacagaaggg--- ------tttgaagaagaattggaggaagttgttgttgacaaaatgaaacagataacagct tcaagccaaagtggacctaaacatacccaaaaggtaccagcattgagtgctaatgaaact ggtgctacattacctacaaacccatctgataatgtggaaaccaggactacatacatgcat ttcagtggttcagaaactaccttggaaaatttcttggggagatccgcatgtgtacatata actgaaatacagaaca-aaagacctgaagagtttacttcagaaga------aacagctaa gactcacaaagaa---caaaa---gttatttaatgattggaagataagcctatctagttt agtccaactcagaaagaaattagaacttttcacctatgtaagatttgattcagaatacac tattctagctactgcttcacaaccagaccaggcccaatatgccagtaatctgatagtaca agcaatgtatgttcccccaggtgcaccaaatcctattgagtggaatgattatacatggca gagtgcctcaaaccccagtgtcttctttgaagttggcaaaacag---cacggtttagtgt accgttcactggcattgcatcagcttacaattgtttctatgatggttattcacatgatga tgaa------aatacccagtatggtataaatgttttaaatcacatgggaagcattgcctt cagagtggtgaatgaccatgacagccatacaacccttgtcaagataagggtttttcatag agctaaacacattagagcttggttgccaagaccacccagagcattgccatacacctctat tgggagaacaaatttcccaaca------------------------------------c- --aacacggaaaagtcattgccaaaagaga---------a---tcacttcac-------- -----------aca------------tatggtagtaaccccaggtttggggccatataca cttgcaactacaagatcatgaattaccacctaatgacacaagagg------atcatctta acctcttagcacctcattacaacagggatttggcagttgtggcaacaggagcgcaaggct cagaaattattccccattgtaattgcacttcaggtgtttattattcccagtactatggaa aatattacccaataatatgtgaaaaacccacaaacatttggattgaaggagggaactact accccagcagataccaagcaggagttatgaaaggtgttggcccagctgaacctggggatt gtggtggaatcttacgatgcatacatggaccaattggattgttgacagcaggaggcagtg gttatgtatgctttgcagacattagacagttgg---atttcattgcagaaacacaagg-- -tatcactgattacattacaagcctgggaaaagcttttggagtgggtttcactgaccaga tttcagcaaaaatcacagaacttcaagacagtgctaaagattatataaatgtcaaaatcc tttctaaagttgttaaaatggtatcagcattggtgattatttgcagaaatcatgaggacc taataaccgttactgccactttggccttattgggatgtgatggttcaccatggagatttt taaaaatgtacatctcaaaacactttcaagtgccttatatagaaaggcaagcaaatgatg gttggttcagaaagtttaatgatgcttgcaatgcagctaaaggcttggaatggatagcca ataaaatctccaaactcatagaatgggtcaagacaaaaataattcctcaggcaaaggaga aactagacttttgcagaaggttgaaacaattagatatcttggagaggcaaattgcaacaa tgcacgtttctaatcccacacaagaaaaaagagagcagctcttaaacaatgtcatgtggt tggagcagatgtcacagaagtttgcccccctgtatgctgtagaagctagaagaatcaaag aaatgaaaacaaagatgatgaattacattcagtttaaatcaaagcaaagaaccgaaccag tctgtgtgttaatacatggttcaccaggctcagggaagtcactgaccacatcgattattg gcagggccatagcagaaagatacaaatccacagtatattcacttcctccagatccaaagc actttgatgggtaccaacagcaagaagtggtaataatggatgacctgaaccaaaatccag atgggcaggatattagcatgttttgccagatggtctcttcagtcgattttattccaccta tggctagcttggacaacaagggtattttgtttaccagcaattttgttcttgcatcaacta actcaaatacactcaatcctccgacaattctaaatccagaagcactagccaggagatttg gttttgaccttgatatctgtctacatactacatacactaaatca---ggaaaattaaatg ctgcaatggcaacagaactctgtaaggattgtcacaaacccagtaatttcaataaatgtt gtccactgatatgtggtaaagccattagtcttgtagatcgatccactaatgtcagataca gcatagatcaattagttaccgcaattatatctgacttcaacaataagcttaagataacag actctttagaaattttgtttcaaggtcctacttacaaagatttagaaatagagattcaca acacaccacctccagaatgtatcagtgacctgcttaaatcagttgattctgaagaactca gagagtattgcaaacagaaaaattggcttattccagagattccaacaaacattgaaagag cagtaaatcaagccagtacaataattaataccattctgatgtttgtaagtactcttggaa tcctttatgtaatatacaaattatttgcacagacacaaggtccatattcaggtaaccctt cacataccaaattgaaaccaccaacactacgacaggtggtggttcaagggccaaatactg agtttgccctatcccttcttaggaaaaacatagttacaatcactacttccaaaggtgaat tcacagctctggggattcacgatagagtttgtgtagtacctacccattcacaacccagtg acgaagtgttaataaatgggcaaacagtcaaattgaaagacaaatacaagctacttgatc cagagaataccaatttagagctaactatactagtgttagatagaaatgagaaattcagag acataagagcttttatagcagaagatcca---gaaggagctgagggcactttagtgataa attcaaataacttcaaggataccatattggaagtgggtcagttaacctttgcaggcttaa taaatcttagcagtgttccaacaaatcgcatgatacgctacgaataccccactaaaactg ggcagtgtggtggcgtcttatgctcaactggcaaaatctacggaattcatgttggtggta atggaagacaaggcttctctgcacagttaaagaaacagtactttgtggaaaaacaaggag caatcaccaccaaaagaaatgtaagggaggtgggactaaaacctatcaacactcctacca agacaaaactacaccccagtgtgttttatgaaatctttccagggtcaaaagaaccagctg tgttggatgaccatgaccccagattagaggttaacttacatgattctttgttctcaaaat ataaaggaaatgttgaaaccaatatcacagaaaatatgcaaattgccatagatcagtatt caggacaactattatcattggatataccaacagaggagttgacattgaaggatgcactgt atggcacagatggactggagccaattgatgttaacactagtgctggttatccatatgtaa gtttaggaattagaaagagagacatattaaataaggagactcaggatacaatcaaaatgg aacattacctagataaatatggtatagatttgccactagttacatatataaaggatgaac tcagaggcaaagacaaagtcaggttaggaaaaagtagactaattgaagcatccagcttga atgattcagtaaacatgagagtaaaactagggaacttgtataaggcatttcacctaaacc ctggtgtcataaccgggtcagctgtaggatgtgaccctgatacattctggtctgtgatac cttgtcttatggatggacagt---tgatggcttttgactactcaaattttgatgcctcat tatctccagtgtggtttaactgtcttgaacaagtgctcatcaaattagggttcaaacatg ctaatctcataaaatccatttgtaacacacatcatatattcagagatcaaatttatgagg ttgaaggcggtatgccatcaggatgctcaggtacaagcatctttaattcaatgataaata acataatcattaggactctaatactggatgtttataaaggaattgaccttgacaaattaa aagtgattgcttatggtgatgatttgattgtctcttacccttttgaactacaaccagatt tattagctcttgctggtaaaaagtatggtttaaccataacccctccagacaaatcagaaa gtttctcaaaaacaacatgggagaatgtaacatttttgaaaaggtattttaaacctgact cccaatacccttttctcatacatccagtgatgccaatgcaggacatctacgagtctatac gatggactcgcgaccccaggagcacacaagatcatgttcgatctttatgtatgttggcat ggcattcaggagagaaagaatata-aagattttgttgacaaaataagatcaaccagtatc ggtaagtgcctgctgataccagaatatagtgtcctacgtcgacgctggttggatctcttt taaa----------------------tat---ag-------------------atttgt- ---------aatttgat---tagaatta------gaaatttgt----------------- ------------------------------------ >FJ445164.1 Human rhinovirus 86 strain ATCC VR-1196, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---ccctaccatccgacccactgggtgta---g tacactggtacatt-gtacctttgtacgcctgtttctcccta-------------ttg-- ta---------cctt-ccc----tcacaatcctaaccc---------------------- ------ctgtaac---gttagaaga-tgtgca-------act-cgtgcaatagg-agata ctgcaaccag-----tggtat-caagcacaagaa-cttct-gttt-cctcgga---gcgg agtatagatggtccccaccgtcaaaagctctta--accgttatccgccaatcaactacgt gacgactggtagca-ycatttt---gacactttgacgttcgatcaggtagg----cttac cccacctactagtttggccgatgaggctgggagtccctcacaggtaactgtgtcccagcc tgcgtggcggccaacccagcaatt-----gct----------gggacgccaat-ttgttg acatggtgtgaagatcttaatgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgtgtcacaagccagtgacattaaggtcgtaatgagtaatt tcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-ctttat- ----gattgtcttatggtcacag-catat-agta-------------at----tatatac tgtgatcatgggcgctcaggtttcaactcaaaggagtggttctcacgaaaaccaaaatat tcttacaaatggatcacatcaaaccttcactgttattaattactataaggatgcagccag tgcatcatcagctgggcaatctttttcaatggacccatctaaattcactgaaccagtcaa agatctaatgcttaaaggagccccagcactaaattccccaaatgttgaggcatgtggtta cagtgacagagtgcaacaaatcaccctcggaaactccaccataactacccaagaggcagc aaatgctgttgtctgttatgctgaatggcctgagtatttaccagataaagatgctagtga tgtgaacaaaacctcaaaacctgacacatcagtgtgtagattttacaccttagatagtaa aacttggaataatacatcaaaagggtggtgttggaaactgccagatgcactcaaagatat gggtgtatttggtcaaaacatgttctttcattcacttggcagatctgggtacaccataca tgtccagtgtaatgccaccaaatttcacagtggctgtttgctagtagtggttattccaga acaccaattggcatcacatcaaggaggaaatgtatcagtcaaatacactctcacacatcc tggtgaagctggtattgacttgagcaaagcagaagtag---------------------- -ataaaggaccttccaacaatccagtttattcaatgaatggcacattactaggcaatcta cttattttccctcaccagttcatcaacctacgaacaaataacacagcaactattgtagta ccatacatcaactcagtgccaattgactcaatgacacgccataacaacgtgtctttatta attatacctatttcccctttaactgctcccacaaattccccaaaca---cattaccagtg actgtgactatagcaccaatgtgtgcagaatttagtggaattagatctagatcaattg-- -tacca------------------------------------------caggggttgccg actacaactctgccaggttcaggtcaatttttgacaactgatgatagacaatcacccagt gcattaccatgttatgagcctacacctaagatacacattccaggggaggttaaaaactta ctggaaatgattcaggtagatacattaataccgatgaataacaccactgct------aca gatgaggttggaaattacctcatacctctaaatgttaat---------aaacagaatgaa cagatatttggaacaaatcttttcattggtgatggagttttcaaaactacattattgggg gaaatagctcagtactacacacactgggctggatcactcaggttttcattgatgtataca ggtcctgcattatcaagtgctaaacttatattggcatacacaccccctggtgttgctgga cctaaaaacagaaaagaagcaatgcttggaacacatgtggtatgggatataggtttacaa tctaccattattatgaacataccctggacttctggtgtacagtttagatatactgatcca gacacatatacaagtgctggtcacttgtcatgttggtatcaaacatccttgatattgcca cctcaaaccagtggcactgcatatttactatccttcattagtgcttgtccagactttaaa ttaagattaatgaaagatacccaaactatctcacaaactgatgcactagaagaaggg--- ------ttgggagatgaactagaggaagtcatagtcgaaaaaacgaaacagacattggct tcagttgcaacaggttcaaaatatacccaaaaagtgccatcattgtcagctaatgagaca ggagcaaccatgcccacagtaccatcagataatatagaaaccagaactacatatatgaat tttacaggatctgaaacagatgtggagtgctttttgggtagagcagcatgtgtacatata acagaaattgaaaata-aagacccaactga------------------------cattga aaaccagaaagag---gctaa---gttgttcaatgattggaaaattaatttgtccagttt agttcaattaagaaagaagttagaactctttacatatgtcagatttgattcagaatacac aatccttgctacagcttcgcaaccaactcaatctagttattctagtaatcttactgtcca ggctatgtatgtgccaccaggagcacccaatcctaaaacttggaatgattacacatggca aagtgcatcaaaccccagtgtcttcttcaaggtaggagatacag---ctaggtttagtgt tccattcgtgggactcgcttcagcatatagctgtttctatgatggctattcacatgataa tgaa------gatactccttatggcataacagtcttgaaccacatgggtagcattgcttt cagagtagttaatgatcatgatttgcataagacagtagtaaaaatcagagtgtatcatag agcaaaacacattcaaacttggatccccagagctcctagggcgttgccttatgagacaat tggccgcacaaatttcccaaga------------------------------------a- --atccacctaaaataatcaagaaaagaga---------c---acaataaat-------- -----------aca------------tatggcttaggacccaggtttgggggaatattta ctggaaatgtcaagattatgaattaccatctaatgaccccagagg------atcatttaa acttagtgacaccttacccaagtagagatctagcaattgtrtccacaggagcacatggag cagaaactattcctcattgcagttgtacgtcaggtgtatactactccagatattataaca aattttatccaataatatgtgaaaagcctaccaacatttggatagagggtggaccatatt accctagcagataccaatcaggtgttatgaaaggtgttggtcccgccgaaccaggagact gtggaggcatcttacgatgcatccatggaccaattggtttgttgacagcaggtgggagtg gatttgtttgttttgctgacatcagagaattgg---aatgcattgcagaggaacaagg-- -tatcagtgactacatatcaaacttaggaaaagctttcggtgctggtttcaccgaccaaa ttacaagcaaaattggggaattgcaagatacagttaaagattatctcacaactaaaatgt tatctaaagtggttaaaatggtatcagctttggttattatttgtagaaatcatgaagatt tagtaacagtaacagctaccttggcattactggggtgtgatggttctccctggagatttt taaaaatgtatgtgtcaaaacattttcaagtgccttatatagagagacaagccaatgatg gatggtttagaaagttcaatgatgcttgcaatgcagctaaagggcttgaatggatagcta ataaaatctcaaaatttatagattgggttaaaaccaaaattctcccacaagctagagaga aactagatttctgcagaagattgaagcagttagatatcctagaaaggcagattaccacaa tgcacatctcaaatcccactcaggaaaaaagggaacaactctttaacaacatattgtggt tagaacaaatgtcccagaaatttgcgccactatatgctactgaagggaaaagaattaggg atctcaaaaataaaatgttaaattacatacaattcaaatcaaaacaaagaactgaaccag tttgtgtactaatccatggcacacctgggtctggaaaatccttgactacatcaatcgtgg gacgagcattagccgaacactacaattcagcagtgtactcattaccaccagatcctaaac actttgatggataccagcaacaagaagttgtcatcatggatgacttaaaccagaacccag atggtcaggatatcagtatgttttgtcagatggtttcttcagttgactttttgccaccaa tggctagtttagataataaaggtatgttgtttactagtaattttgttttagcctctacaa attcaaacactttgagccctcctactatcctcaatccagaagctctaacaagaagatttg gttttgatttggacatttgcttgcactctacctatacaaagaat---ggcaaattgaatg cctcgatggcaactagtctgtgcaaggattgtcacaaaccctccaatttcaagaaatgtt gtcccttggtttgtggtaaagctatcagtttagtagatagagccactaatgttagataca gtgttgatcagttaattactgcaattataaatgattataacaacaagattaaaataacag attctcttgaaactcttttccagggacccgtatacaaagacattgagattgatgtttgca atactcctccccctgaatgcataaatgatctcctcaaatcagtagattctgaggaagtta gagaatattgtaaaaagaaaaagtggactattccagaaatacccacagacattgagagag cagtgaatcaggcaagtatgattataaatacaattctgatgtttgttagcactttaggca tagtgtatgttatctataaattgtttgcacaaacccagggtccttattctggcaatgtag ctcataataaactaaaaccccctacacttagaccagtggtagttcagggacctaatacag aatttgcattgtctctccttagaaaaaacattgtaacaatcactacagaaaaaggggagt tcactggtttaggcatttatgatcgtgtgtgtgttgtacctacacattcacatccaggtc aagaagtgctattaaatggacagaaaataaaagttagtgataagtataggttaattgatt cagacagcattaatctagagcttacagtgttaacactagatagaaatgagaagtttaggg atattagacctttcatctgtgaagatcca---gaaggcatggaagccacattagtaatac actctaataatttcacaaacaccatattggaggtgggacaaattaccatggcaggtctaa taaacttaagtagcacacccacaggaagaatgatacggtatgaatatccaaccaaaacag gacaatgtggaggagtcttatgctccacaggcaaaatttttggaattcatgtcggaggta atggcagacaaggattctcagcccagcttagaaagcaatattttgtagaaaaacagggtg aaattgtgtcaaaacagaaagtgaaggaattagggttacatcctataaacaccccatcca agactaaattacatcccagtgtattttacaatgtatttgaaggtaataagcaacctgctg tgttgaaagacaatgatcccagattggaagtcaatttctctgaatctttgttttcaaagt ataaaggcaatgttgaaatgaaaccaactccaaatatgattgttgcagtagatcattatg ctgggcaattgatgtctttggatataccagtaaaggagttaagtttaaaagaggccttat atggagttgatggacttgaacccctagacataacaaccagtgcaggttatccatatgtta gtttgggaataaagaaaagagatattctaaacagagagacccaagacayaacaaaaatgc aggcttatttagataaatatggaatagacttgccacttgttacctatattaaagatgaac taagaagtgttgataaagtaagattaggcaaaagtagattgattgaagcttctagtttga atgattctgtgaatatgagaatgaagttagggagtctctataaaacttttcaccaaaatc ctggcattataactggttcagcagttgggtgtgatccagatgtcttctggtcagttatac catgcttgatggaaggacact---taatggcctttgattactctaactttgatgcttccc tatcaccagtgtggtttgattgcttggaaaaagttcttgaaaaacttgggtttaaagatt ccaacttaattagatccatatgcaacacacatcatattttcagggatgagatttatgctg ttagaggaggaatgccatcagggtgctctggaactagcattttcaattctatgattaata atataataataagaactttgattctagatgcttataagggtatagatcttgacaaattga gggttattgcatatggagatgatctgatagtctcataccctttcgaacttgatccatcag ttctagcatcaatggggaagaaatatggattgactatcactcctccagacaaatctgaaa atttcacaaaaatgacatgggaaaacatcacttttctaaagcgatattttaaaccagaca aggaattccccttccttattcacccagtcatgccaatgcaagacattcatgagtctatta ggtggacaaaagacccaaagaatacccaggatcatgtaagatctttatgcatgttagcat ggcattcaggtgagagtgagtata-atgatttcctttctaaaattagaacaacagacata ggaaagtgcttgaacttgcctgagtatagtgtacttagaagaagatggttagacatgttt taaataa----------------tgatat---ag-------------------aaactt- ---------aatttgtg-tgcagaattt------agaatctat----------------- ------------------------------------ >K02121.1 Human rhinovirus type 14 (HRV14), complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccattcgacccattgggtgta---g tactctggtactat-gtacctttgtacgcctgtttctcccca----------------ac ca---------ccct-tcc----ttaaaattcccaccc---------------------- ------atgaaac---gttagaagc-ttgacattaa-------agtacaatagg-tggcg ccatatccaa-----tggtgtctatgtacaagca-cttct-gttt-cccagga---gcga ggtataggctgtacccactgccaaaagccttta--accgttatccgccaaccaactacgt aacagttagtacca-tcttgtt---cttgactggacgttcgatcaggtgga----ttttc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggaattccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcttat-----gct----------gggacgccctt-ttaagg acatggtgtgaagactcgcatgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctagagccttatgccacgatccagtggttgtaaggtcgtaatgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----a---ttttt-cttca-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atat-----------a-------catatac tgtgatcatgggcgctcaggtttctacacagaaaagtggatctcacgaaaatcaaaacat tttgaccaatggatcaaatcagactttcacagttataaattactataaggatgcagcaag tacatcatcagctggtcaatcactgtcaatggacccatctaagtttacagaaccagttaa agatctcatgcttaagggtgcaccagcattgaattcacccaatgttgaggcctgtggtta tagtgatagagtacaacaaatcacactcgggaattcaacaataacaacacaagaagcagc caacgctgttgtgtgttatgctgaatggccagagtaccttccagatgtggacgctagtga tgtcaataaaacttcaaaaccagacacttctgtctgtaggttttacacattggatagtaa gacatggacaacaggttctaaaggctggtgctggaaattaccagatgcactcaaggatat gggtgtgttcgggcaaaacatgtttttccactcactaggaagatcaggttacacagtaca cgttcagtgcaatgccacaaaattccatagcggttgtctacttgtagttgtaataccaga acaccaactggcttcacatgagggtggcaatgtttcagttaaatacacattcacgcatcc aggtgaacgtggtatagatttatcatctgcaaatgaag---------------------- -tgggagggcctgtcaaggatgtcatatacaatatgaatggtactttattaggaaatctg ctcattttccctcaccagttcattaatctaagaaccaataatacagccacaatagtgata ccatacataaactcagtacccattgattcaatgacacgtcacaacaatgtctcactgatg gtcatccctattgcccctcttacagtaccaactggagcaactccct---cactccctata acagtcacaatagcacctatgtgcactgagttctctgggataaggtccaagtcaattg-- -tgcca------------------------------------------caaggtttgcca actacaactttgccggggtcaggacaattcttgaccacagatgacaggcaatcccccagt gcactgccaaattatgagccaactccaagaatacacatactagggaaagttcataacttg ctagaaattatacaggtagatacactcattcctatgaacaacacgcataca------aaa gatgaggttaacagttacctcataccactaaatgcaaac---------aggcaaaatgag caggtttttgggacaaacctgtttattggtgatggggtcttcaaaactactcttctgggt gaaattgttcagtactatacacattggtctggatcacttagattctcttcgatgtatact ggtcctgccttgtccagtgctaaactcactctagcatacaccccgcctggtgctcgtggt ccacaggacaggagagaagcaatgctaggtactcatgttgtctgggatattggtctgcaa tccaccatagtaatgacaataccatggacatcaggggtgcagtttagatatactgatcca gatacatacaccagtgctggctttctatcatgttggtatcaaacttctcttatacttccc ccagaaacgaccggccaggtctacttattatcattcataagtgcatgtccagattttaag cttaggctgatgaaagatactcaaactatctcacagactgttgcactcactgaaggc--- ------ttaggtgatgaattagaagaagtcatcgttgagaaaacgaaacagacggtggcc tcaatctcatctggtccaaaacacacacaaaaagtccccatactaactgcaaacgaaaca ggggccacaatgcctgttcttccatcagacagcatagaaaccagaactacctacatgcac tttaatggttcagaaactgatgtagaatgctttttgggtcgtgcagcttgtgtgcatgta actgaaatacaaaaca-aagatgctactgg------------------------aataga taatcacagagaa---gcaaa---attgttcaatgattggaaaatcaacctgtccagcct tgtccaacttagaaagaaactggaactcttcacttatgttaggtttgattctgagtatac catactggccactgcatctcaacctgattcagcaaactattcaagcaatttggtggtcca agccatgtatgttccacatggtgccccgaaatccaaaagagtgggcgattacacatggca aagtgcttcaaaccccagtgtattcttcaaggtgggggatacat---caaggtttagtgt gccttatgtaggattggcatcagcatataattgtttttatgatggttactcacatgatga tgca------gaaactcagtatggcataactgttctaaaccatatgggtagtatggcatt cagaatagtaaatgaacatgatgaacacaaaactcttgtcaagatcagagtttatcacag ggcaaagctcgttgaagcatggattccaagagcacccagagcactaccctacacatcaat agggcgcacaaattatcctaag------------------------------------a- --atacagaaccagtaattaagaagaggaa---------aggtgacattaaa-------- -----------tcc------------tatggtttaggacctaggtacggtgggatttata catcaaatgttaaaataatgaattaccacttgatgacaccagaag------accaccata atctgatagcaccctatccaaatagagatttagcaatagtctcaacaggaggacatggtg cagaaacaataccacactgtaaccgtacatcaggtgtttactattccacatattacagaa agtattaccccataatttgcgaaaagcccaccaacatctggattgaaggaagcccttatt acccaagtagatttcaagcaggagtgatgaaaggggttgggccggcagagctaggagact gcggtgggattttgagatgcatacatggtcccattggattgttaacagctgaaggtagtg gatatgtttgttttgctgacatacgacagttgg---agtgtatcgcagaggaacaggg-- -gctgagtgattacatcacaggtttgggtagagcttttggtgtcgggttcactgaccaaa tctcaacaaaagtcacagaactacaagaagtggcgaaagatttcctcaccacaaaagttt tgtccaaagtggtcaaaatggtttcagctttagtgatcatttgcagaaatcatgatgact tggtcactgttacggccactctagcactacttggatgtgatggatctccttggagatttc tgaagatgtacatttccaaacactttcaggtgccttacattgaaagacaagcaaatgatg gatggttcagaaagtttaatgatgcatgtaatgctgcaaagggattggaatggattgcta ataagatttccaaactgattgaatggataaaaaacaaagtacttccccaagccaaagaaa aactagaattttgtagtaaactcaaacaacttgatatactagagagacaaataaccacca tgcatatctcgaatccaacacaggaaaaacgagagcagttgttcaataacgtattgtggt tggaacaaatgtcgcaaaagtttgccccattttatgccgttgaatcaaaaagaatcaggg aactcaagaacaaaatggtaaattatatgcaatttaaaagtaaacaaagaactgaaccag tgtgtgtattaatccatggtacacccggttctggtaaatcattaacaacatccattgtgg gacgtgcaattgcagaacacttcaattcagcagtatattcacttccaccagatcccaagc actttgatggttatcagcaacaggaagttgtgattatggatgatctgaaccaaaatccag atggacaggatataagcatgttttgtcaaatggtttcttcagtggatttcttgcctccaa tggctagtttagataacaagggcatgttattcaccagtaattttgttctagcctccacaa attctaacacactaagccccccaacaatcttgaatcctgaagctttagtcaggagatttg gttttgacctagatatatgtttgcatactacctacacaaagaat---ggaaaactcaatg caggcatgtcaaccaagacatgcaaagattgccatcaaccatctaatttcaagaaatgtt gccccctagtctgtggaaaagctattagcttggtagacagaactaccaacgttaggtata gtgtggatcaactggtcacggctattataagtgatttcaagagcaaaatgcaaattacag attccctagaaacactgtttcaaggaccagtgtataaagatttagagattgatgtttgca acacaccaccttcagaatgtatcaacgatttactgaaatctgtagattcagaagagatta gggaatattgtaagaagaagaaatggattatacctgaaattcctaccaacatagaaaggg ctatgaatcaagccagcatgattattaatactattctgatgtttgtcagtacattaggta ttgtttatgtcatttataaattgtttgctcaaactcaaggaccatattctggtaacccgc ctcacaataaactaaaagccccaactttacgcccagttgttgtgcaaggaccaaacacag aatttgcactatccctgttaaggaaaaacataatgactataacaacctcaaagggagagt tcacagggttaggcatacatgatcgtgtctgtgtgatacccacacacgcacagcctggtg atgatgtactagtgaatggtcagaaaattagagttaaggataagtacaaattagtagatc cagagaacattaatctagagcttacagtgttgactttagatagaaatgaaaaattcagag atatcaggggatttatatcagaagatcta---gaaggtgtggatgccactttggtagtac attcaaataactttaccaacactatcttagaagttggccctgtaacaatggcaggactta ttaatttgagtagcacccccactaacagaatgattcgttatgattatgcaacaaaaactg ggcagtgtggaggtgtgctgtgtgctactggtaagatctttggtattcatgttggcggta atggaagacaaggattttcagctcaacttaaaaaacaatattttgtagagaaacaaggcc aagtaatagctagacataaggttagggagtttaacataaatccagtcaacacggcaacta agtcaaaattacatcccagtgtattttatgatgtttttccaggtgacaaggaacctgctg tattgagtgacaatgatcccagactggaagttaaattgactgaatcattattctctaagt acaaggggaatgtaaatacggaacccactgaaaatatgcttgtggctgtagaccattatg cagggcaactattatcactagatatccccacttctgaacttacactaaaagaagcattat atggagtagatggactagaacctatagatattacaaccagtgcaggatttccctatgtga gtcttgggatcaaaaagagagacattctgaataaagagacccaggacacagaaaagatga agttttatctagacaagtatggcattgacttgcctctagttacatatattaaggatgaat taagaagtgttgacaaagtccgattagggaaaagtagattaattgaagcctccagtttga atgattctgttaacatgagaatgaaactaggcaacctttacaaagcattccatcaaaatc ccggtgttctgactggatcagcagtgggttgtgatcctgatgtgttttggtctgtcatcc cttgcttaatggatgggcacc---tgatggcatttgattactctaattttgatgcctctt tgtcaccagtttggtttgtctgtctagagaaggttttgaccaagttaggctttgcaggct cttcattaattcaatcaatttgtaatacccatcatatctttagggatgaaatatatgtgg ttgaaggtggcatgccctcagggtgttcaggaaccagcatattcaattccatgatcaaca acataatcattaggactttgatattagatgcatataaaggaatagatttagacaaactta aaatcttagcttacggtgatgatttgattgtttcttatccttatgaactggatccacaag tgttggcaactcttggtaaaaattatggactaaccatcacacccccagacaaatctgaaa cttttacaaaaatgacatgggaaaacttgacatttttaaagagatacttcaagcctgatc aacaatttccctttttggttcacccagttatgcccatgaaagatatacatgagtcaatca gatggacaaaggatcctaaaaacacacaggatcacgtccgatcattatgcatgttagcat ggcactcaggagaaaaagagtaca-atgaattcattcagaagatcagaactactgacatt ggaaaatgtctaattctcccagaatacagcgtacttaggaggcgctggttggacctcttt taggt------------taa---caatat---ag-------------------acactt- ---------aatttgag---tagaagta------ggagtttat----------------- ------------------------------------ >NC_001490.1 Human rhinovirus 14, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccattcgacccattgggtgta---g tactctggtactat-gtacctttgtacgcctgtttctcccca----------------ac ca---------ccct-tcc----ttaaaattcccaccc---------------------- ------atgaaac---gttagaagc-ttgacattaa-------agtacaatagg-tggcg ccatatccaa-----tggtgtctatgtacaagca-cttct-gttt-cccagga---gcga ggtataggctgtacccactgccaaaagccttta--accgttatccgccaaccaactacgt aacagttagtacca-tcttgtt---cttgactggacgttcgatcaggtgga----ttttc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggaattccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcttat-----gct----------gggacgccctt-ttaagg acatggtgtgaagactcgcatgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctagagccttatgccacgatccagtggttgtaaggtcgtaatgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----a---ttttt-cttca-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atat-----------a-------catatac tgtgatcatgggcgctcaggtttctacacagaaaagtggatctcacgaaaatcaaaacat tttgaccaatggatcaaatcagactttcacagttataaattactataaggatgcagcaag tacatcatcagctggtcaatcactgtcaatggacccatctaagtttacagaaccagttaa agatctcatgcttaagggtgcaccagcattgaattcacccaatgttgaggcctgtggtta tagtgatagagtacaacaaatcacactcgggaattcaacaataacaacacaagaagcagc caacgctgttgtgtgttatgctgaatggccagagtaccttccagatgtggacgctagtga tgtcaataaaacttcaaaaccagacacttctgtctgtaggttttacacattggatagtaa gacatggacaacaggttctaaaggctggtgctggaaattaccagatgcactcaaggatat gggtgtgttcgggcaaaacatgtttttccactcactaggaagatcaggttacacagtaca cgttcagtgcaatgccacaaaattccatagcggttgtctacttgtagttgtaataccaga acaccaactggcttcacatgagggtggcaatgtttcagttaaatacacattcacgcatcc aggtgaacgtggtatagatttatcatctgcaaatgaag---------------------- -tgggagggcctgtcaaggatgtcatatacaatatgaatggtactttattaggaaatctg ctcattttccctcaccagttcattaatctaagaaccaataatacagccacaatagtgata ccatacataaactcagtacccattgattcaatgacacgtcacaacaatgtctcactgatg gtcatccctattgcccctcttacagtaccaactggagcaactccct---cactccctata acagtcacaatagcacctatgtgcactgagttctctgggataaggtccaagtcaattg-- -tgcca------------------------------------------caaggtttgcca actacaactttgccggggtcaggacaattcttgaccacagatgacaggcaatcccccagt gcactgccaaattatgagccaactccaagaatacacatactagggaaagttcataacttg ctagaaattatacaggtagatacactcattcctatgaacaacacgcataca------aaa gatgaggttaacagttacctcataccactaaatgcaaac---------aggcaaaatgag caggtttttgggacaaacctgtttattggtgatggggtcttcaaaactactcttctgggt gaaattgttcagtactatacacattggtctggatcacttagattctcttcgatgtatact ggtcctgccttgtccagtgctaaactcactctagcatacaccccgcctggtgctcgtggt ccacaggacaggagagaagcaatgctaggtactcatgttgtctgggatattggtctgcaa tccaccatagtaatgacaataccatggacatcaggggtgcagtttagatatactgatcca gatacatacaccagtgctggctttctatcatgttggtatcaaacttctcttatacttccc ccagaaacgaccggccaggtctacttattatcattcataagtgcatgtccagattttaag cttaggctgatgaaagatactcaaactatctcacagactgttgcactcactgaaggc--- ------ttaggtgatgaattagaagaagtcatcgttgagaaaacgaaacagacggtggcc tcaatctcatctggtccaaaacacacacaaaaagtccccatactaactgcaaacgaaaca ggggccacaatgcctgttcttccatcagacagcatagaaaccagaactacctacatgcac tttaatggttcagaaactgatgtagaatgctttttgggtcgtgcagcttgtgtgcatgta actgaaatacaaaaca-aagatgctactgg------------------------aataga taatcacagagaa---gcaaa---attgttcaatgattggaaaatcaacctgtccagcct tgtccaacttagaaagaaactggaactcttcacttatgttaggtttgattctgagtatac catactggccactgcatctcaacctgattcagcaaactattcaagcaatttggtggtcca agccatgtatgttccacatggtgccccgaaatccaaaagagtgggcgattacacatggca aagtgcttcaaaccccagtgtattcttcaaggtgggggatacat---caaggtttagtgt gccttatgtaggattggcatcagcatataattgtttttatgatggttactcacatgatga tgca------gaaactcagtatggcataactgttctaaaccatatgggtagtatggcatt cagaatagtaaatgaacatgatgaacacaaaactcttgtcaagatcagagtttatcacag ggcaaagctcgttgaagcatggattccaagagcacccagagcactaccctacacatcaat agggcgcacaaattatcctaag------------------------------------a- --atacagaaccagtaattaagaagaggaa---------aggtgacattaaa-------- -----------tcc------------tatggtttaggacctaggtacggtgggatttata catcaaatgttaaaataatgaattaccacttgatgacaccagaag------accaccata atctgatagcaccctatccaaatagagatttagcaatagtctcaacaggaggacatggtg cagaaacaataccacactgtaaccgtacatcaggtgtttactattccacatattacagaa agtattaccccataatttgcgaaaagcccaccaacatctggattgaaggaagcccttatt acccaagtagatttcaagcaggagtgatgaaaggggttgggccggcagagctaggagact gcggtgggattttgagatgcatacatggtcccattggattgttaacagctgaaggtagtg gatatgtttgttttgctgacatacgacagttgg---agtgtatcgcagaggaacaggg-- -gctgagtgattacatcacaggtttgggtagagcttttggtgtcgggttcactgaccaaa tctcaacaaaagtcacagaactacaagaagtggcgaaagatttcctcaccacaaaagttt tgtccaaagtggtcaaaatggtttcagctttagtgatcatttgcagaaatcatgatgact tggtcactgttacggccactctagcactacttggatgtgatggatctccttggagatttc tgaagatgtacatttccaaacactttcaggtgccttacattgaaagacaagcaaatgatg gatggttcagaaagtttaatgatgcatgtaatgctgcaaagggattggaatggattgcta ataagatttccaaactgattgaatggataaaaaacaaagtacttccccaagccaaagaaa aactagaattttgtagtaaactcaaacaacttgatatactagagagacaaataaccacca tgcatatctcgaatccaacacaggaaaaacgagagcagttgttcaataacgtattgtggt tggaacaaatgtcgcaaaagtttgccccattttatgccgttgaatcaaaaagaatcaggg aactcaagaacaaaatggtaaattatatgcaatttaaaagtaaacaaagaactgaaccag tgtgtgtattaatccatggtacacccggttctggtaaatcattaacaacatccattgtgg gacgtgcaattgcagaacacttcaattcagcagtatattcacttccaccagatcccaagc actttgatggttatcagcaacaggaagttgtgattatggatgatctgaaccaaaatccag atggacaggatataagcatgttttgtcaaatggtttcttcagtggatttcttgcctccaa tggctagtttagataacaagggcatgttattcaccagtaattttgttctagcctccacaa attctaacacactaagccccccaacaatcttgaatcctgaagctttagtcaggagatttg gttttgacctagatatatgtttgcatactacctacacaaagaat---ggaaaactcaatg caggcatgtcaaccaagacatgcaaagattgccatcaaccatctaatttcaagaaatgtt gccccctagtctgtggaaaagctattagcttggtagacagaactaccaacgttaggtata gtgtggatcaactggtcacggctattataagtgatttcaagagcaaaatgcaaattacag attccctagaaacactgtttcaaggaccagtgtataaagatttagagattgatgtttgca acacaccaccttcagaatgtatcaacgatttactgaaatctgtagattcagaagagatta gggaatattgtaagaagaagaaatggattatacctgaaattcctaccaacatagaaaggg ctatgaatcaagccagcatgattattaatactattctgatgtttgtcagtacattaggta ttgtttatgtcatttataaattgtttgctcaaactcaaggaccatattctggtaacccgc ctcacaataaactaaaagccccaactttacgcccagttgttgtgcaaggaccaaacacag aatttgcactatccctgttaaggaaaaacataatgactataacaacctcaaagggagagt tcacagggttaggcatacatgatcgtgtctgtgtgatacccacacacgcacagcctggtg atgatgtactagtgaatggtcagaaaattagagttaaggataagtacaaattagtagatc cagagaacattaatctagagcttacagtgttgactttagatagaaatgaaaaattcagag atatcaggggatttatatcagaagatcta---gaaggtgtggatgccactttggtagtac attcaaataactttaccaacactatcttagaagttggccctgtaacaatggcaggactta ttaatttgagtagcacccccactaacagaatgattcgttatgattatgcaacaaaaactg ggcagtgtggaggtgtgctgtgtgctactggtaagatctttggtattcatgttggcggta atggaagacaaggattttcagctcaacttaaaaaacaatattttgtagagaaacaaggcc aagtaatagctagacataaggttagggagtttaacataaatccagtcaacacggcaacta agtcaaaattacatcccagtgtattttatgatgtttttccaggtgacaaggaacctgctg tattgagtgacaatgatcccagactggaagttaaattgactgaatcattattctctaagt acaaggggaatgtaaatacggaacccactgaaaatatgcttgtggctgtagaccattatg cagggcaactattatcactagatatccccacttctgaacttacactaaaagaagcattat atggagtagatggactagaacctatagatattacaaccagtgcaggatttccctatgtga gtcttgggatcaaaaagagagacattctgaataaagagacccaggacacagaaaagatga agttttatctagacaagtatggcattgacttgcctctagttacatatattaaggatgaat taagaagtgttgacaaagtccgattagggaaaagtagattaattgaagcctccagtttga atgattctgttaacatgagaatgaaactaggcaacctttacaaagcattccatcaaaatc ccggtgttctgactggatcagcagtgggttgtgatcctgatgtgttttggtctgtcatcc cttgcttaatggatgggcacc---tgatggcatttgattactctaattttgatgcctctt tgtcaccagtttggtttgtctgtctagagaaggttttgaccaagttaggctttgcaggct cttcattaattcaatcaatttgtaatacccatcatatctttagggatgaaatatatgtgg ttgaaggtggcatgccctcagggtgttcaggaaccagcatattcaattccatgatcaaca acataatcattaggactttgatattagatgcatataaaggaatagatttagacaaactta aaatcttagcttacggtgatgatttgattgtttcttatccttatgaactggatccacaag tgttggcaactcttggtaaaaattatggactaaccatcacacccccagacaaatctgaaa cttttacaaaaatgacatgggaaaacttgacatttttaaagagatacttcaagcctgatc aacaatttccctttttggttcacccagttatgcccatgaaagatatacatgagtcaatca gatggacaaaggatcctaaaaacacacaggatcacgtccgatcattatgcatgttagcat ggcactcaggagaaaaagagtaca-atgaattcattcagaagatcagaactactgacatt ggaaaatgtctaattctcccagaatacagcgtacttaggaggcgctggttggacctcttt taggt------------taa---caatat---ag-------------------acactt- ---------aatttgag---tagaagta------ggagtttat----------------- ------------------------------------ >DQ473490.1 Human rhinovirus 4, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-tt---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tgctctggtatttt-gtacctttgcacgcctgtttcccatttgta--------------- -----------ccct-tcc-----ttaatctccttccc---------------------- ------ccgtaac---gttagaagt-tttggaatt---ttaa-agtacaatagg-aagcg ccacatccag-----tggtgt-tgcgtacaaata-cttct-gttt-acccgga---gcga ggtataggttgtacccacggccaaaagccttta--accgttatccgccaatcaactacgt aacggctagtatca-tcttgct---tttgatttggtgttcgatcaggtggt----atccc cc-----actagtctggtcgatgaggctaggaattccccacgggcgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccagcccagctttt-----gct----------gggacgccttt-tcaaag acatggtgtgaagacctgcatgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctggagcccagcagcataatccaatgttgtttgggtcgtaatgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-c-tta-- ----cattgtcttatggtcacag-catat-atat-------------ta----tatatac tgtgatcatgggtgcacaagtgtcaacacagaagagcggttcacatgagaatcaaaacat tcttaccaatggatcaaatcaaactttcactgtcataaactattataaggatgcagctag ctcatcatccgctggacaatccttatcaatggatccaagcaaattcactgaaccagtcaa agacttgatgttaaagggcgcaccagctttgaactcacccaacatagaagcttgtggtta tagtgatagagtggagcaaattactttaggaaattctacaataacaacacaagaagcagc aaattcaattgtagcatatggggagtggccatcattccttgatgactctgatgccagtga tgttaataaaaccaccaagcctgacatctcagcatgtagattttatacattagatagcaa aacatggactaatctgtcaaaagggtggtgttggaagcttcctgatgctttgaaagacat gggaatatttggacagaatatgttcttccattcacaaggcagaacagggtacactataca tgtacagtgtaatgcaacaaaattccatagtggttgtttattggttgtggttataccaga gcaccaattggcatctatacagggaggaagtgtatcagtgtattatgaaaaaacccaccc aggagagaaaggaattgaccttaatgaatcagat---g---------------------- -gtgatggtccaatgttagatccattgtacatgatggatggaacactgattggaaatagt ttaatttttccccatcagtttataaatttgagaacaaacaacaccgcaacaattgttgtt ccttatattaactcagtgcctatggactcaatgactagacacaacaatctgtctttaatg gtgattccaattgtaaatattactgcaacaagtggtgctgctccat---caatatctatc acagtaacaattgcacccatgtacctggaattatctggtataaggtcaaaaacagtaa-- ----------------------------------------------tacaaggactcccc actgtcttaactcctggttcagaacagttccttaccacggatgacaggcaatcccctagt gcaatgcccaattatgaaccaaccccattaatccacattccaggagaagttaggaatttg ttagaaattgcccaagtggacacactgatacctataaacaatgctgaagga------atc acaggattagaaacatacaggatcccactttatcaaaac---------aggcaaggtcaa caagtctttggtttcaggctttacttaggagatggtgttttgaaaacaacaatgctagga gaaatctgtcagtacttcactcattgggctggctctttacgtctgtcattcatgtacaca ggaccagccctttccagtgcaaaactacttattgcttatacaccacctggaacagccggt cctgctgaccgtagaacagctatgctgggtacacatgtagtttgggacattgggctacaa tcaacagttgtcctcaatattccctggacttcaggagttcaattcagatacacagaccca gacacatacaccagtgcaggatttgtttcatgctggtatcaaacttcattggtattaccc cctcaagtggagcaaacagtgtacatgcttggctttgttagtgcatgcccagattttaag ttaagactcatgaaagatacacaatctatacaacaagaaacagcattaacagaaggg--- ------ctaggtgaagatttaatggaagtcattgtcgacaaaactcatcagacattggct tctgtgaagagtgattcaaagcacactcagaaagtccctgcactcacagcaaatgaaact ggagctacactaccaacaacaccctcagacaatgtggaaaccagaacaactttaatgcac tatagagggtcagagacaactttggaaaacttcttaggaagagctgcatgtgtacatgtg gtagagatcaaaaaca-aacgggttactga------------------------tgatac caagcacaaagaa---gagtt---attgtttaatgattggaaaattagcttatctagttt agttcagcttagaagaaagttagagctatttacttatgtcaggtttgattcagagtatac cataatagctaccagttctcaacctgaggatgcaagttactcaagcaaccttactgttca ggcaatgttcataccaccaggtgcaccaaacccaatcaaatgggatgactacacatggca aagtgcaactaatcccagtgtgttcttcaatgtaggaaaatctg---ccaggttcagtgt tccctatttaggaattgcttcagcatacaactgcttctatgatggttactctcatgataa caaa------acaacaccttatggaattaatgtactaaatcacatgggctctatagcatt cagagtagttaatgagcatgataaacacacaacacacgttaagattcgagtttaccacag agcaaaacatattagggcctggatacccagagcacctagggctttacagtatttatatat tggcagaacaaattacagtcca------------------------------------a- --accctgttagtcccattaaaaccagaga---------a---tcaatcaac-------- -----------acc------------tacgggttagggcccagatttgggggggtccata ctgggaacatcaaaataatgaactatcatctgatgactcatgagg------ataacttga gacttttaacacccatgcctgagagagatttggcaatagttgatgcaagggctcacggtt ctgaaacagtaccacagtgtagttgtacatctggtgtctactattccagatattacaaca agtactacccagtagtatgtgaaaaaccaacctgtgtgtggatagaaggaaacaactact acccaagtagataccaacaaggagtcatgaagggtgttggccctgcagaaccaggtgatt gtggtggcatcttgagatgtgttcatggacctataggtcttctcactgcaggaggcagcg ggtttgtgtgctttgctgacattagaatgttagaattattcaaagctgagtatcaggg-- -catatcagattacattgttaaccttggtaaagcctttggaacaggatttactgatcata ttagtgaaaaagtggctgaactccagaatatttcaatgggttacctaaataccaaagtct tgtccaagataattaaaatagtttctgctttagttatcatttgcaggaaccatgatgacc taatcacagtcacggccacactagcactacttggttgtgatgggtctccatggaggtacc ttaaaatgtatatcagtaaacatttttgtctgccctacatagaaaggcaatcaaatgatt tgtggttcaagaaattcaatgacatgtgcaatgctgctaagggacttgaatggattgcca acaaaatatccaagttgattgattgggtcaaacagaagattttaccccaggcaagagaca agctggatttttgcaagaggctaaaacagttggatattctagaaagacaaattgacaccc tacatgtaaatcaggtcaatgataatgacagggaaacactatttaataatgttttatggt tagaacaaatgtcacaaaagtttgccccattgtatgcagttgaagcaaagagaataaaaa gtttaaaaaacaaaatcacaaactttatacaatttagatcaaaacaccgcacagaaccag tatgtgtcctcatacacggtacaccaggatcaggtaaatcattaaccacttcattagttg gcagggctattgctgacaactacaactcatctgtctattcattaccaccagaccctaaac attttgatggatatcagcaacaagcagttgtcatacttgatgatttaaaccaaaacccta atggtgaagatattagtacattctgtcagatggtatcatcagttgatttcatcccaccta tggcaaatttggacaataaaggaatgctattcacaagcagctttgttctggcttctacaa actcccagacattaaaccccccaaccattctaaacccagaagctcttgcacgtagatttg gttttgatttagatatgtgccttcatactacatttactagatct---ggaaaattgaacg ctgcattagcgtcagaattgtgtaaagactgtcacaagccagctaacttcaaaaagtgtt gtcctcttatttgtggaaaggccttgagcttggttgacaggcacactaatgtcagataca gcatagatcaattggttacagcaataatcactgaacatgtaaacaagaccaaaatatcaa attcactagaagttcttttccaaggacccacttataaggatcttaatattaatgttacaa caacaccaccaccagaatgtattgtagatttgcttaaatcagtagacaatgaagaagtta gacaatattgccaaggaaagaaatggctcattccagaaattccaactaatgttgaaagag cagttaatcaagcaacaaacttaataaacactatattgatgttcattaccacccttggca taatctatatgatctacaagctttttgcccaaacccaaggtccatattctggtttagatg gaaaatctaagctaaaaccaccaacacttagagctgtagtaacacaaggacctaacacag agtttgcattgtccctacttaggaaaaatatagtgactgtcaccactagtaaaggtgagt ttactggccttggtatttatgataggattttagttattcccacccatgcacaaccatccg atcaagtattaatcaatggattctctactaatgtgagggacaaatggaagttagttgacc cagacaacctaaatttggaaataactgtcattgaattagacagaaatgaaaaatttagag atattagaatgtttatagcagatgaccct---gaatgtaatgaagctactcttgtcataa actcaaacaactttaaagatactatacttacagttggaacaaccactttggcaggtatta ttaatctcagtaatacacctacagctagaatgattagatatgagttccccaccaaaacag gtcagtgtggaggagttctgtgctctaccggcaaaatctacggcatacatgtgggaggaa atggaagacaaggtttttcagcacaattaaagaagcagtattttgtgcaaaaacaaggtg aaattgttcaaagaaagaatgttagggaactagacataaaacctatcaatacacccagta aaactaaattgcacccaagtgtcttttataatgttttcccaggaaccaaagaaccagcag tgttacatcccagtgatagtagattagaggtagattttgaagagtctttgttttcaaaat acaagggtaatgcaaaaatggaaatcacagacaacatgagagtcgcgatcgaccactact ctggtcaattgttatcattagatatccccacccaagagcttactcttaaagaagcactct atggaacagatggattagaaccaatagacttaaatactagtgctggatatccatatgtca gtttaggaatcaataaaaagtccatattaaacagagagacaaaagaagttgccaaaatgc aagagtgcctgagcaagtatggaattgatctccccctaatcacatatatcaaggatgaac ttagaggtaaagacaaggtcagattgggcaaaagcagattgattgaggcatccagtttga atgattcagtcaatatgagagtaaagttgggcaatttgtacaaagcatttcataaaaacc caggtgtattgacaggttcagccgttgggtgtgatcccgacactttctggtcagtgattc cttgcttgttagatggagagt---taatagcctttgattattcaaactttgatgcaagtt tatctccagtgtggtttaattgtttagaaattgtattagaaaaattaggttttcaatgtt ctaatttaatacaacaaatatgcactacacaccacatcttcagggaccaaatctatgtag tagagggcggtatgccatcagggtgttcaggaacatctatctttaattccatgattaaca acataattatcagaactttggtacttgatgtgtataaaggcattgatttggattctttaa agattatagcatatggtgatgatgttattatttcatatccctttactttggactcagagg ttattgctaaacagggaagcaagtatggtttgacaatcacgccaccagataaatcaccaa attttacaaaaatgaactgggataatatcacctttttgaaaaggtattttaaaccagatc cagatttcccgttcttaatacatccagtgatgccaatggctgacatacatgaatccatta gatggaccaaagatccgaaaaacacacaggatcatgtcagatcattatgtatgctagcat ggcattcaggggagcaagaatata-acaaatttgtggaaggaattagaagcacagatatt ggtaaggttttagtgataccatcttactctgtcttaaggcgtaggtggcttgacttgttc taatctgtcttttgct-tat---atatat---ag-------------------agtatt- ---------aatttagtgtagtgaattt------ttcc---------------------- ------------------------------------ >FJ445112.1 Human rhinovirus 5 strain ATCC VR-485, complete genome -------ttaaaacagcgggtggg-ta---tcccaccacccgacccactgggtgtg---g tacactggtacttt-gtacctttgtatgcctgtttgcttcca------------------ -----------ctcc-cctttacctaatattcttccccaag-tata-------------- -ttttgcggtaac---gttagaaga-agcaaagtt--------agtgcaatagg-atgta tcacaaccag-----tggtat-aaagcacaagca-attct-tgtt-ccccgga---gctg gatatagactgctaacgtggtcaaaagtcctta--accgttatccgccagctaactgcga gaagactagtaaca-ccatgtt---tgtttttagacgttcgatcaggtgaa----taccc ca--ttcactagtttggtcgatgaggctgagaataccccacaggtaactgtgtctcagcc tgcgtggcggccaacccgactcat-----gtc----------gggacgcctac-taatag acatggtgtgaagatcctattgcgcttagttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccccggagccttgtggtgtaaaccaacatttgcaaggtcgtaatgagtaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----tta-ttttt-attgt-- ----gtgtgtcttatggttacaa-------------------------a----tacaatt tgtaatcatgggtgcacaggtttcaacacagaagagcggctctcatgaaaaccaaaacat actcaccaatgggtcaaatcaaacattcacagtcataaattattacaaggatgcagctag ttcatcctcagcaggacaatcattttcaatggacccaagcaaatttactgagccagttaa agacataatgttaaagggtgcacctgcactaaattcaccaaatatagaagcctgtggtta cagtgatagagtagaacaaataacactaggaaactcaacaatcaccacacaagaagcagc aaattcaattgttgcctatggtgaatggccatccttcttatcggatgttgatgcaagtga tgtcaataaaacgacaaaaccagatacttcagcatgcagattttacaccttggatagtaa gatgtggactcagggatcaaaaggctggtgttggaaattaccagatgcacttaaagatat gggcatatttggtcaaaatatgtttttccactctcagggtagaactgggtataccattca tgtgcagtgtaatgcaaccaaattccatagcgggtgcttgttagtagtagtaatacccga acatcagcttgcttcagcagagggtggtaacgtgtcagttctttatgacaaaacacatcc gggagagaagggtatagatcttagtgaagcagat---t---------------------- -caacaggcccaatgaaagaccccctctacatgatggatggtacattgattggaaatagt ctcatttttccacaccaatttataaacttgaggacaaataatacagccacaatagtagtc ccttacatcaactcagtacccatggattccatgacccgacataataacctgtctttgatg gtaatccctattgtagacatcactgcaacaagtggtacaactccct---ctataccagta accataaccattgccccaatgtttctagaattgtctggcatacgatcaaaggctgtga-- ----------------------------------------------tccaaggtcttccc gcagttttaacaccaggctcagagcagtttctaaccacagatgacagacagtcacccagt gcaatgcccaattatgaaccaacaccattaatacacattcctggagaggtaaaaaatcta ctggaaattgcacaagttgatacactaatacctttaaataatacaaccaac------aca actggcttaggaatgtatagaatcccgcttgtgcaaaat---------atgcagggagaa caagtgtttggcttcagattgtacctgggggatggtgttttaaagacaacactattaggt gaactatgtcagtattttactcattgggcaggctctctacgcttatcattcatgtacact ggtccagcactatctagtgctaagttactcattgcttatacacctccaggagcacaaggc ccaacaaagcgtaaagaagcaatgttgggaacacatgtagtttgggatattgggttacaa tcaacagtagtattaaatataccatggacctcaggagtgcaatacagatatacagatcca gacacatatactagtgcaggttttgtttcatgttggtaccagacttcactagtattaccc ccacagacacaacagactgtgtatatgctaggctttatcagtgcatgtccagatttcaag ctcagactcatgaaagatactcaatcaatacatcaggaaacagcgttaactgagggc--- ------ttggaggatgacttggtagaagtcattgttgacaaagcgcaacaaacattggct tcaattaagagtgattccaaacacacacagaaagtgccttcattaactgccaatgaaact ggagcaacattaccaacaacaccatctgatagtgttgagaccagaacaaccttgatgcac tacacaggatcagaaacaacattagagaactttttgggcagggctgcatgtgtacatgtt gttgaaattgtgaaca-agcgccccacaga------------------------tacaga ggaacacagaatg---caact---cttgtttaataattggaaaataaatttgtccagtct ggtgcaacttagaagaaagttagaaatgtttacatatgttagatttgattctgaatacac cataatagctaccagttcacaaccaaatgaagccaaattctctagcaatctaaccattca ggcaatgttcatcccaccaggtgcaccaaatcccaaaaagtgggatgattacacatggca aagtgcaaccaaccccagtgtatttttcaacgtggggaagtcag---ctagatttagcgt gccatacttaggaattgcttctgcttacaactgtttctatgatggatactctcatgataa ttct------acaacaccatatggaattaatgttcttaaccacatgggttcaatggcttt tagagtagttaatgaacatgacaatcacaccacacatgtcaaggttagagtttatcacag ggccaaacatattagagcatgggtacccagagcccctagagcactagaatacttgcatat tggcaggacaaactacaaacaa------------------------------------a- --gcccccagaaccctattaaaaccagaaa---------a---actattagt-------- -----------aca------------tacggattaggacccagatttggtggagtatgta ctggtaatattaaaataatgaactatcaccttatgacacatgagg------ataatctta acctcgtgacacccatgcctgaaagagatctagccattatcaacataggtgctcatggct cagaaactgtccctcactgcaattgcacatcaggagtttacttttccaggtactacaaca acttttaccctgtaatttgtgaaaaaccaacatgtttgtggatcgagggaaacaattact atcctagcagatatcagcagggagttatgagaggagttggtccagcggaaccaggtgatt gtggaggtatcttaagatgcgtccatggtcctattggactcctgactgcaggtggtagtg gctatgtttgctttgctgacatcagagcgttagatttattcaaagctgagtaccaagg-- -tatttcagactacatcctgaatttaggaaaagcttttggatctggatttacagagcaca ttagtgaaaaggtgacagaattgcaaaatatttcaatgggttacttaaacacaaaagtcc tgtccaagatagtaaaaattgtatcagctttagttataatttgtagaaaccatgatgacc taattactgttacagctacattagcactattgggatgtgatgggtcaccatggagatatt taaaaatgtacataagtaaacatttctgcttaccttacatagaaagacagtctaatgatt tgtggtttaagaagtttaatgacatgtgtaatgcagcaaagggtcttgaatggattgcaa acaaaatttctaaacttattgaatgggtcaaacagaaaattttaccacaggcaagagaca aactagatttctgcaggaggctcaagcagttagacattttggagaggcaaatagacacat tgcatatgaaccaggttaatgataatgacagagaagtgttgtttaacaacatattgtggt tggaacaaatgtctcagaaatttgcaccactgtatgcagttgaagcaaagagaattaaaa cactcaagaataagatgactaatttcatacagtttagatcaaaacaccgcacagaacctg tgtgtgtgttggtgcatggctcgcctggctcaggcaagtcactaaccacctccttaattg gtagggctattgcagacaactgtggttcatctgtgtattcattgcccccagacccaaaac attttgatggatatcagcaacaggctgtagtgatactagatgatttaaatcaaaatccaa atggagaagatattagtactttttgccaaatggtttcatcagttgattttattcccccta tggcaaatctagataacaagggtatgttatttactagtaattttgtgttagcatccacaa actctcaaaccttgaacccaccaacagtacttaatcctgaagcactagcacgtagatttg gatttgatctggatatgtgcctacacaccacatacacaaaatca---ggtaaactaaata ctgctctggcttcagaattatgtaaggattgtcataaaccaacaaattttaagagatgct gccctctaatttgtggcaaagccttaagcttggttgacagacgcacaaatgttagataca gtatagatcaattggtcaccgccattataactgagcatgcaaataaaacaaaaatttcca gttcattagaggcattgttccaagggccagtgtataaagacctatctatagatataacaa ccacaccacccccagagtgtatagttgatttgctcaaatctgtggacaatgaagaggtta gacaatattgtcaagaaaagaggtggcttattcctgagattccaaccaatattgatagag cagtaaaccaggcaactagtttaattaacaccattctaatgtttatcactacacttggta tagtttatatgatatacaaactttttgcacaaactcaagggccatattcaggtctagaca acaaatctaagttgaagcctccaacactcagggcagtagtaacacaaggacctaacacag aatttgctttgtctttactaaggaaaaatatagtaacagtgactactgataagggagagt ttacaggattggggatatatgaaagagtattagtgataccaacccatgcacaaccctcag atcaagtgttgatcaatggctttgctactaagattaaagataaatggaagttagtggatc cagacaacctaaatttggagattactgttttggaattggacagaaatgaaaaattcagag atattagaatgtttattgcagatgatcca---gagtgtaacgaagcctcactcgtcatac attcaaataattttaaagataccattttatctgttgggacaactacactagctggtatta taaatttaagtaacacacccactgcacgaatgattcgctatgagttccctaccaaaacag gacaatgtggtggtgtcttgtgctcaacaggaaaaatatatggaatacatgtgggtggta atgggaagcaaggattctcagcacagcttaagaaacagtattttgtacaaaaacagggtc aaattatcacaaaaagaaatgttagagaattggatattaaacctatcaacaccccaagca aaacaaagctccaccccagtgtgttttataatgtatttcctggaagtaaggaaccagctg tcctgcatcctgcagatgagcgattggaggttaattttgaggagtccttattttccaaat acaagggtaatatagaaagtgaaattactgaaaacatgaaggtagccattgatcattatg ctggtcaactcttgtcattagatattccaacacaagaacttactcttaaagaagccctct atggcacagatggactggaaccaatagatctaaacactagtgcaggatacccatatgtta gtttagggattaaaaagagatccattttaaataaagaaaccaaagacacatcaaaaatgg aggaatgcctaagcaaatatggtattgatttgccattagttacatacataaaggatgaac ttagaggtaaagacaaaatcaggctggggaaaagcagattaatagaagcatccagtttaa atgattcagttaatatgagggttaagttaggtaatttgtataaggctttccacaaaaatc caggaatattaaccggttctgctgtcggttgtgatccagatactttctggtctgttatac catgtctgctagatggggagt---taattgcctttgactattcaaattttgatgctagtc tttcaccagtttggtttaagtgtctggaacaagtcttaaagaaaatagggtttcaatgtt cagaactaatccagcaaatatgcactacccatcatatttttaaagaccaaatttatactg ttgaaggaggaatgccatctggatgctctggaaccagtatctttaattcaatgattaata atataataattaggactctaatattagatgtttacaaaggtatagatttagactcattaa gaataatagcatacggtgatgatgttattatttcatacccttttccattggacccagaga aaattgcagaacaaggagccatttatggcttgactatcacaccaccagacaaatctccta aattcacaaaaatggattggaatacagtaacctttttaaaaagacatttcaaaccagata gtgaattcccatttcttgttcacccagtaatgccaatgacagatattcatgaatctatca gatggacaaaagatcccaaaaatactcaagatcatgtcagatcattgtgcatgatggcat ggcattcaggtgaagatgaataca-ataaatttgtgaatggaatcagaagcactgaaatt ggaaaggcattgctaattccttcttattctgttcttaggcacagatggcttgatttgttt taa-----------tt-tta---atatat---ag-------------------agtatt- ---------aatttagtgtagtgaattt------ttcctctat----------------- ------------------------------------ >EF173422.1 Human rhinovirus 3, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---ccccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtacttc-gtacctttgtacgcctgttcttcccat-----------t----gt ac---------cctt-cct------gaacttccaaccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagc-tcaacattt--------agtacaacagg-aagca ccacatccag-----tggtgt-ttagtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggctgtacccactgccaaaaaccttta--accgttatccgccaaccaactacgt aaaagctagtagta-ttatgtt---tttaactaggcgttcgatcaggtgga----tttcc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggaattccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcttat-----gct----------gggacgccttt-ttatag acatggtgtgaagactcgcatgtgcttggttgt-gattcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctggagccttgtgtcacaaaccagtgatgataaggtcgtaatgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----a---ttttt-cttat-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atat-------------aa----catatac tgtgatcatgggcgctcaagtttcaacacagaaaagtggatctcatgagaatcaaaatat attaactaatggatctaatcaaaccttcacagttattaattattacaaagatgcagctag ttcatcttcagctggacaatctttttcaatggatccatctaagttcacagagccagtcaa agatttaatgttgaagggggcaccagcactgaattcaccgaatgttgaagcatgtggtta cagtgatagggttcaacaaatcaccatgggcaattccaccataactactcaggaagcagc taacgcaattgtgtgttacgctgagtggcctgagtacctgtcagataatgatgctagtga tgtaaataaaacatcaaaaccagacatttctgtatgtagattttacacattagatagcaa aacatggaaagctacttccaaaggctggtgttggaagttgcccgatgctcttaaggacat gggagtatttggccagaatatgttttaccattcacttggtagaacaggttacacaataca tgtacagtgcaatgctaccaaatttcatagtggctgcctattggttgtggttatcccaga acaccaattagcatctcatgagggaggaacagtttcagttaaatacaagtacacacatcc aggagatcgaggtattgatctagacactgttgaagttg---------------------- -caggtggccctaccagcgacgccatctacaacatggacggaactcttctaggcaatctt ttgattttccctcaccaatttataaatttgaggacaaacaacactgctacaatagttgtt ccttatatcaattcagtacctattgactcaatgaccagacacaacaatgtatcactgatg gttgttccaatagctccacttaatgcacccactggatcttctccta---cattacctgtg actgttacaattgcaccaatgtgcacagaatttactggtattagatctagatccattg-- -tacca------------------------------------------caagggttaccc actactacccttccaggatctggtcaatttctcactacagatgacagacaatcaccaagt gccttacctagttatgaacctacaccgaggatacatattccagggaaagtgagaaattta ttagagataatacaagtgggtacattgattccaatgaacaacacaggaaca------aat gataatgtcacaaattacctcataccactgcatgcagat---------agacaaaatgag cagatatttggcacaaaactctacattggtgatggtgttttcaagactactttattgggt gaaatagctcagtactacacacactggtctggatctcttagaatttcactcatgtacaca ggaccagccctatccagtgcaaagatcattttagcatacactccccctggcacgcgtggt ccagaagatagaaaggaagcaatgttgggaacacatgttgtatgggatattggcttacaa tccaccatagttatgaccattccatggacatcaggtgtacaatttagatacacagaccct gatacttatactagtgctgggtatctatcatgctggtatcagacatcactcatacttcca ccacaaaccagtggtcaagtctaccttttatcttttatcagtgcttgtcctgatttcaaa cttagattaatgaaagacacacaaaccatctcgcagactgatgctttgacagagggt--- ------cttagtgacgagttggaggaagtcattgtcgagaaaactaaacagacattggcc tcagtctcctcaggacctaagcacactcagagtgttcctgctctaactgctaatgaaaca ggtgccacactccccacacgaccatcagacaacgtggaaactagaactacttacatgcat ttcaatggttcagaaacagatgtagagagcttcctcggcagagcagcttgtgtgcatgtg acagaaatcaaaaaca-agaacgcagctgg------------------------cttgga taatcacaggaag---gaggg---gttgttcaatgattggaaaattaacctttcaagtct tgtccagcttagaaagaagttagaactctttacttatgtcagatttgactcagaatacac tattctggccacggcttcacaaccagaggcgtccagttattccagcaatctaacagtcca ggcaatgtatgtgcctcccggtgcacctaaccctaaggaatgggatgattacacatggca aagtgcttctaaccccagtgtgtttttcaaagttggtgagacat---ccaggtttagtgt cccttttgtaggcatagcatcagcatataattgtttttatgatgggtactcacatgatga tcca------gacactccttatggcataacagtactaaatcacatgggtagcatggcatt cagagtggttaatgaacatgatgttcataccacgattgtgaaaattagagtttaccacag agccaaacatgtggaagcatggattccaagagcacctagagccttgccatacgtgtctat tggacgcactaactaccccaga------------------------------------g- --attcaaaaacaataataaagaagaggac---------a---aacataaaa-------- -----------aca------------tatgggctaggacccaggtttggtggggttttca caagcaatgtgaaaataataaattaccaccttatgactccagatg------atcacctaa acttagtagccccttacccaaatagagatttagcagtagttgctactggagcacatggag cagaaactatcccccactgcaactgcacatccggtgtttactactccagatattacagga agttctatcccatcatttgtgagagacccactaacatctggattgagggtagctcgtact acccaagtagataccaagctggagtaatgaaaggtgttggaccagcagaaccaggagact gtggtgggatacttagatgtatacatggccccatcggattgttaacagctggtggaggcg gttatgtctgttttgcagacataagacaattgg---atttcattgctgatgagcaggg-- -cctaggtgattacattaccagtttagggagagcatttggcactggttttactgatcaaa tctcagcaaaggtttgtgaacttcaggatgttgcaaaagattttctaacaacaaaggtat tatccaaggtagtaaaaatgatttcagccctagtcatcatctgtagaaaccatgatgatc tagttactgttactgctaccttagccctactaggatgtgatgggtctccctggaggttcc tcaaaatgtacatatcaaaacattttcaagtaccttacattgaaagacaagcaaatgatg gctggttcagaaaatttaatgatgcttgcaacgctgcaaagggattggaatggattgcta ataaaatttcaaaactcatagaatggatcaaaaacaaggttctgccccaagccagggaaa agcttgagttttgtagcaaactaaagcaactagacatattagagagacaaatagcatcca tacatgactcgaatcccactcaagagaaaagagagcagctatttaacaatgttttgtggt tagaacaaatgtcacaaaaattctcacccttatatgcctcagaagcaaagagaatcaggg acctcaaaaacaagatcactaattacatgcagtttaagagtaagcaaagaactgagccag tgtgtgttttaatacacggcacaccaggttctggcaaatcactaactacatccattgtgg gccgcgcattggcagaacattttaattcatctgtttattctttacctcctgatccaaaac attttgatggttaccagcaacaagaggtggttattatggatgacttgaaccaaaacccag acggacaggatattagtatgttttgtcaaatggtctcatcagtagatttcttaccaccca tggctagtttagacaataaaggaatgttgtttactagtaactttgtgttggcctcaacca attcaaacactctaagtccccccaccatcttgaacccagaagctctgattagacggtttg gatttgatttggatatttgcttacacagcacatacacaaagaat---ggtaagttgaatg cagcaatggcaaccagtttgtgtaaagattgtcaccagccttcaaattttaaaaaatgtt gcccattagtctgtggcaaagctgtcagtttggtagatagggtctctaatgttagattta gtattgatcaattagttactgccatcataaatgattacaaaaataaggtgaaaattacag attcacttgaagtgttatttcaagggcctgtgtacaaggacctggaaattgatatatgta atacacctccacccgagtgtatcagtgacttattgaaatcagtagattcagaggaagtca gagaatattgcaagaaaaagaaatggattattccacaaatttccactaacatagaaaggg cagttaaccaagcaagtatgataatcaatacaattttgatgtttgtcagtacattaggta tagtttatgtcatatacaaactttttgctcagacacaaggaccttactctgggaatccag ttcataacaaactcaaaccacccactttaaaaccagttgtggtacaagggcctaatacag agtttgctttgtccttactcaggaaaaatatactcacaatcaccacagagaaaggggaat tcactagtttgggtattcatgatcgtatctgtgtcttaccaacacatgcccaaccaggtg ataatgtcctcgtgaatggacagaaaatccaaattaaagacaaatacaaactagtagatc cagataatactaatttagaactcaccataatagagttagacaggaatgaaaaattcaggg atattaggggtttcatatcagaggatttg---gaaggattagatgctactttagtagtgc actccaatggatttactaatactatattagatgtaggaccaataaccatggctggactta taaatttaagtaatacaccaacaaccaggatgatccgctatgactacccaacaaaaacag ggcagtgcgggggtgtgttgtgcacaacaggaaaaatatttggaatacatgttggtggta atggtagacaaggattttcagcacaactcaaaaagcaatactttgtggagaaacagggat taattgtatctaaacaaaaggtgagagatattggtctaaacccaataaacacacccacca aaaccaagcttcatcctagtgtgttttacaatgtgttccctggaagcaaacaacccgctg tgctcaatgacaatgaccctagacttgaagtgaaattagctgaatctttgttttcaaagt ataaaggtaatgtccagatggaaccgactgaaaacatgctgatagctgtagatcattatg cagggcagttgatgtcattagatatctctactaaagagctaacactaaaagaagcactgt atggagtagatggcttagaaccaatagatgtaacaaccagtgcaggatacccctatgtta gtttagggataaagaagagagacatattaaacaaagaaactcaagatgtagagaaaatga agttttacttagataaatatggaatagacttgccattagttacatacataaaagatgagc tcaggagcgtagacaaagtgcgcttgggaaagagcagactgattgaagcttctagtttaa atgattctgtcaacatgagaatgaaactaggtaacctgtacaaagcttttcaccaaaatc caggtataataacaggatctgcagtgggatgtgatccagatgtcttttggtctgttatac cttgtttaatggatggacatt---tgatggcatttgattattcaaactttgatgcgtctc tttcaccagtctggtttgaatgtttagagaaagttttaaataagttaggctttaaacacc cctcattaatacagtcaatttgcaatacacaccatatttttagagatgaaatttatagag tagagggaggtatgccatcaggatgttcaggaaccagtatattcaattccatgataaaca acataattatcagaacattaattttggatgcttataaaggcatagaccttgatagtctca gaatactagcttatggtgatgacttaatagtttcatacccctttgaactagattctaaca ttttggcagcaatagggaaaaattatggtttaactattactccacctgataagtcagatg catttacaaaaataacatgggaaaacattacattccttaaaaggtattttagacctgacc cacagtttccctttttgatccatccagtaatgccaatgcaagatatctatgagtcaatca gatggacaagggatccaaggaatactcaagatcatgttagatcactatgcatgctagctt ggcattcaggtgagaaagactaca-atgatttcataaccaagatcagaacaacagacatt ggcaaatgtcttaatctacctgaatacagtgtcctgcgtagacgctggttggatttattt taaataa-------at-aga---taatat---ag-------------------acattt- ---------agtttgaa---tagaaata------gatgtttat----------------- ------------------------------------ >FJ445124.1 Human rhinovirus 26 strain ATCC VR-1136, complete genome -------ttaaaacagcgggtggg-ta---tcccaccacccgacccactgggtgtt---g tacactggtatttt-gtacctttgtatgcctgtttgcacctc--------------cc-c ac---------ccct-tcc-----aattacccttacccgaattrta-------------- -ttatgcggtaac---attagaag--aagtgaaca---c----agtgcaatagg-acgta tcacatccag-----tgatat-aaagcacaagca-attct-tgtt-ccccgga---gctg gatatagactgctaacgtggttgaaggtcctta--accgttatccgccaaccaactacga gacggctagtaata-tcatgtt---tgtctttgagcgttcgatcaggtgaa----ttccc ca--ttcactagtttggtcgatgaggctgagaactccccacaggtgactgtgtctcagcc tgcgtggcggccaacccagccacg-----gct----------gggacgcccac-tgatag acatggtgtgaagacccaattgtgcttggttgt-gactcctccggcccctgaatgcggct aacctcaaccccggagccttgtagtgtaagccaacacatacaaggtcgtaatgggcaact ctgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----tta-ttttt-atctt-- ----ttgtgtcttatggttacaa-------------------------g----tattgat tgtaaccatgggtgcacaggtctctacacagaaaagtggttcacatgaaaatcaaaattt cttgtccaatggatccaaccaaacattcacagtaattaattactacaaggatgcagccag ttcatcatctgccggtcaatcgttatcaatggaccccagcaaatttacagaaccagttaa ggatttaatgttgaaaggagcccctgctttaaactcaccaaatattgaggcttgtggata tagtgatagagttgaacagattacactaggaaactcaacaattactacacaggaagcagc aaacactgttgttgcttatggtgaatggccttcatttttgtctgacgttgatgccagcga cgttaacaagacaacaaaaccggacacatcagcatgtagattctacacattacagagtaa aatgtggaacccagattctaagggatggtgttggaaattacctgatgctttaaaagagat gggaatatttggacaaaatatgtttttccatgcccagggaagaacaggatataccattca tgtacaatgtaatgctaccaaatttcatagtggatgcttgttggttgtggttatacctga gcatcaacttgcttccattaaaggagccaatgtatcagttttgtatgataaaactcaccc tggggaatcaggaattgatctgaacacgaccgat---g---------------------- -aggatggccccatgaaggatccactttatatgatgaatggaacattgattggcaatagt ttaatttttcctcatcagttcattaacctcagaaccaacaacacagctacaattgttgtc ccatatatcaactcagtacccatggattctatgactaggcataataatctttccctgatg gtgatcccgatagtgggtataacagcaactagcggatctgcaccct---caataccagtt acagttaccattgcacctatgtttttggaattatcaggcataagatcgaggactgtaa-- ----------------------------------------------ttcaaggcctcccc acagtactaacacctggttcagaacaatttctcacaacagatgatagacaatcacccagt gcaatgcccaattatgaaccaacaccacttatacacattcctggtgaagtcaataacctg cttgaaatggctcaggtagacactttgatacctatcaataatgcaaaagat------gta gttggcttggatatgtacagaataccattgcatcagaac---------agacaagagaca caagtttttggtttcagactgtttttaggtgatggtgttttgaaaacaacactactgggt gagatttgtcagtattacacacactgggcaggctctttgcgtttatccttcatgtacacc ggaccagcattgtccagtgccaagttgttaatagcatacactcccccaggtgcagaagga ccaacaaaacgtaaagatgccatgctaggaacacatgtagtgtgggatatagggctgcaa tcaacagtggtattgaacatcccatggacatctggagtgcagtatagatacacagatccg gacacatacaccagtgctggatatgtttcgtgttggtatcaaacatcacttgtgctacct cctcaatcacaacaaactgtgtgtctgcttggctttataagtgcttgtccagacttcaaa ctcagacttatgaaagacacccaatcaatataccaagactcagcattaactgaaggt--- ------ttggaggatgacttggtagaagttattgttgacaaaactcagcaagcactagct tcgatcaagagtggttccaaacatacccaaaaggctccagcactgactgcaaatgaaact ggagcaacaatgcccactaccccatcagatagtgtagaaaccagaacaacactgatgcat tatgttggttcagaaacaacattggaaaacttcttgggtagagcagcatgtgttcatgta gttgaaataaaaaaca-aagaaccccagga------------------------tg---t aaatcataaaagt---gaact---tttgttcaacgattggaaaataaatttatcaagttt agtgcaactaagaaggaaaatagagctgtttacatatgtaagatttgattcagaatacac tataattgcaaccagttcccagccaaataatgccaaatattcaagtaatctcactgttca agcaatgtatataccaccaggagcaccaaatccagtcaaatgggatgattacacatggca aagtgctacaaatcccagtgtatttttcaatgtgggaaaatctg---ctaggtttagtgt accttatttgggaatagcttcagcttacaattgtttctatgatggatattcccatgatga taca------aaaactccatatggaattaatgtcctcaaccatatgggctcaatggcttt tagagtggttaatgaacatgacagtcacactacccatgttaaaatcagagtgtatcatag agcaaaacatgtgagagcatgggttcctagagcccctagggccttgcaatatttacatat tggcagaacaaattacgaccca------------------------------------c- --agtctaaaaaccctattaaaaccagara---------a---accatatca-------- -----------aca------------tatgggttaggacctagatttggtggtatacaca caggcaatgttaaaatcatgaattaccacctaatgactcatgaag------acaatttaa acctcatcacacccctcccagaaagagatttggctgtagttggggtgggtgcccatggtt cagaaaccgtaccacattgtaactgcacatccggtgtgtattactctagatattacaaca aattctaccctatagtatgtgaaaaaccaacatgcctgtggatagagggcaacaattact accctagtagataccagcagggtgttatgagaggtgtgggtcccgctgaaccaggtgatt gtggtggtatcttaagatgcattcatggaccaattggacttctcactgcaggggggagtg gttatgtttgttttgcagacattagaacattagacatgtttaatgctgagtatcaggg-- -aatttcagactacattctaaatttggggaaggcatttggaacaggattcacagaacata ttagtgaaaaagtgactgagctacaaaacatatcaatggggtatttgaatactaaagtac tgtcaaaaatagttaaaattatctcagcactagttataatttgtagaaatcatgatgatt taattactgtcactgcaactctggcattgttagggtgtgatggatcaccttggagatacc taaaaatgtacattagcaaacacttttgtataccttacatagaaagacaatcaaatgact tatggtttaaaaaatttaatgacatgtgcaatgcagcaaaaggattggagtggattgcaa acaaaatatccaagttaattgaatgggtcaaactcaaagtacttccacaagctagagata agttagacttctgtaagagattaaaacagttagatatattagaaagacaaataaacaccc ttcatatgaatcaaataagtgataatgacagagaggtgttgttcaacaatgtgctgtggt tagagcaaatgtcacaaaaatttgctccattgtacgctgtagagtccaagagaattagaa cactcaaaaacaagatgacaaacttcatacaatttagatccaaacatcgcacagagccag tatgtgttctcatacacggcacccctggatcaggtaaatcattaacaacctccctaattg gaagagcaattgcagataattatgggtcatcagtgtactcactaccaccagatccaaagc actttgatggatatcagcaacaagcagttgtaatccttgatgatttgaaccagaatccca atggtgaggatataagtaccttttgccaaatggtatcatcagttgattttattcctccaa tggctaatctagataacaaaggaatgttattcaccagtaattttgtattagcctctacca actcccagacattgaatcctccaactattttaaacccagaagcactagctagaagatttg gtttcgatttagacatgtgcttacattccactttcacaaaatca---ggtaaattgaatg cagctttagcatcagaactgtgtaaggattgccataaaccaacaaatttcaaacgatgct gtcccctcatttgtggtaaagcattaagcttagtggatagacgtacaaatgttagatata gtatagatcagttagtaacagcaatcataactgagcatgttaataaaaccaaaatatcca gttcattagaggttttgtttcaaggccctgtttacaaagatttgaatattgatgtgacaa ctaccccaccaccagagtgcattgtggatttactcaaatcagtagacaatgaggaagttc gccagtattgtcaagagaaaagatggctcatccctgagttacctaccaacattgacaggg cagtgaatcaagcaaccagtttgattaatactattctcatgttcatcactacacttggta tagtgtacatgatctacaaactttttgcacaaacacaaggaccctattcaggacttgata gtaaatctaaactaaaaccaccaacactcagagccgtggtaactcaaggcccaaatactg aatttgcactctccttactcaggaaaaatatagtaactgtgaccactgataagggggagt ttacaggactgggagtatacgacagactgctggtcattccaacacatgcacaaccgggtg aacaggtattaattaatggattttctacaaagctcaaggacaaatggaagttagtagatc cagatgatataaatttggaaattactgtgcttgaattagatagaaatgagaaattcagag acattagaatgtttattgctgatgaacca---gagtgtagcgatgcaacactcgtaataa actcaaacaatttcaaagacaccatattatcagttgggtcaaccacacttgcaggtatta taaacttgagtaacactcccacagccaggatgattcgttacgagtttccaacaaaaacag ggcaatgtggaggggttttgtgttcaactggcaagatatatggtatacatgtaggtggca atgggagacaaggtttctcagcacaattaaagaaacagtattttgttcaaaaacagggtc aaattgttagtaaaagaaatgtcagagaattaaatataaaaccaatcaatacccctaata caaccaaattacaccctagtgttttttacaatgtctttccaggaagcaaagaaccagcag tcctacatccagctgatcagagattggaagttaattttgaggattcattattttcaaaat ataaaggaaatgtagacatggaaatctcagataatatgaaagtagccattgatcattatg ctgggcagcttttgtcactagacatcccaactcaggaactcagccttaaggaagccttat atggtacagatggtttagaacccatagatttaaacactagtgcagggtatccatatgtta gtctggggatcaagaaaagagcaatactaaacaaagacaccaaggatacatcaaaaatgg aagagtgcctaagtaaatatggaattgacttgccattagtgacatacataaaagatgaac tcagaggcaaagataaaataaggctagggaaaagtagattgattgaagcttctagtctca atgattcagtaaatatgagagtaaaattaggtaacttgtacaaagctttccacaaaaatc caggtatattaacaggttctgctgtaggttgtgatccagatacattctggtcagttatcc catgtttattagatggagaat---tgattgcttttgattattcaaattttgatgccagcc tttcaccagtgtggtttaaatgccttgaaaatgttcttagaaaaataggtttccaatgtg cagacatgattcagcaaatttgcactacacatcatatttttaaagatcaaatttatgttg tagaaggtggcatgccctctggctgctctggaaccagcatctttaattcaatgattaaca atattattattagaaccctcattttggatgtttataaaggaatagaattggattccttga gaataatagcatatggagatgatgtaattatctcatatccattcactttggatgctgaaa aaatatcagaacagggactcaaatatggtttaactataacaccaccagataaatcaccaa aatttacaaaaatggattggcatacagtcactttcttgaagcgacactttaaaccagatc atgaatttccctttcttgtacatccagtgatgccaatgtctgaaattcaggaatcaatta gatggaccaaagaccctaaaaacacacaagatcatgttaggtcactgtgcatgatggcat ggcattcaggtgaggaagaatata-acaaatttgttgaaggaatcagaagtacagacata ggtaaagtcctcttaataccctcttattctgttctgagacgcagatggcttgatctgttc taaa----------tt-taa---atatat---ag-------------------agtatt- ---------aatttagtgtagtgaattt------ttcctctat----------------- ------------------------------------ >FJ445151.1 Human rhinovirus 69 strain ATCC VR-1179, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtacttt-gtacctttgtacgcctgtttctc---------------------c ct---------ccct-tcc----caacctaaacaatcc---------------------- ------ttgtaac---ttagaaggt-ttcgat-------tat-cgcacaatagg-gacta ttgcaaccag-----caatag-tcagtgcaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtgtagatggccaccgctgtcaaaagctctta--accgttatccgccagttaactacgc aacggctagtagtg-ccttgtt---gcttttatggcgttcgatcaggcgaga--tttacc cc--ctcgctagtctggtcgatgaggctgagaattccccacgggcgaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagccttt-----gct----------gggacgccttg-attgcg acatggtgtgaagacccgcgtgtgcttaactgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aacctaaaccctggagccttgaaacacaacccagtgttcgcaaggtcgtaacgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---tattc-tttca-- ----attgttcttatggtcacaa-tataa-gtg---------------------ttatat tgtgatcatgggtgcacaagtgtctacacaaaagagcggttcacatgagaatcaaaacat cctgacaaacggttcaacacaacactttactgttattaattattacaaggatgcagcaag ttcatcatctgctggtcagtctttttcaatggatccatcaaagtttactgagcctgtaaa ggatatcatgttgaagggtgcacctgctctgaactccccaaatgttgaagcgtgcgggta tagtgatagggtgcaacagatcacacttggaaattcaacaatcacaacccaggaggcagc taatgcagtagtggcatatgcagaatggcctagttacttaacagatactgatgcaagtga tgtaaacaaaacctctcagcctgatacgtcagtatgcaggttctacaccctagagagtaa aacatggacaaatttatcaaagggatggtgctggaagcttccagatgcactcaaagaaat gggtgtatttgggcaaaacatgtttttccacgcactagggagaacaggttatactattca tgttcagtgcaacgccaccaaatttcatagtggttgtttgttggtagtggtcataccaga gcaccaattggcatcgcatacagaaggaaatgtttctgttaagtacaaatatacccaccc aggtgagacaggaataaacttgagtgacgcagttgcga---------------------- -cagggggtgcgtcacatgatccagtgtactcaatgaatggaaccttggtaggaaacctt ttgatcttcccacatcagtttattaatctcagaaccaataatactgctacacttattgta ccctatataaattcagtgcccatggattctatgacaagacacaataatgtgtcattattg gttattccagttgttccattgactaatcccacaggaatgtccacaa---caatacctata acagtgaccattgcacccatgaacacagaattctcaggcattagatctagagctgtag-- -tacca------------------------------------------cagggcttgcca acattaactaccccaggatctggacaatttttaaccacagatgacaggcagtcacctagt gcaatgccaaattatgaacccactcctccaattcacattccaggagaggttcataacctt ctagaaatcatacaggttgacactctgatccccatgaacaacataggtgcc------aga gacactatggatgagtatcgaatcccacttgaagttaac---------aaagtgaatgag caaatattcggcaccagactgttcataggagatggggtgttcaaaaccacgttatttgga gagattgcacagtattactcacactggtcaggctccattagaatatccttgatgtacaca ggcccagcattatcaagtgctaaattgattctagcatataccccaccaggaactaagggg cctaaaaccagaagagaggcaatgttgggcacacatgtggtgtgggatgttggattacaa tcaacagtagtaatgaacataccctggacatctggtgtacaattcaggtacacagatccg gatacttacaccagtgcaggccacctttcttgttggtatcagacatcccttattttgccg cctgacacagcaggaactgtttacctcttagcattcattagtgcatgtccagattttaaa ctaaggcttatgaaagatacacaaacaatatcacaaacagaagccctcacagagggg--- ------ttgggggaagagctggaagaagttgttatcgataaaatgaaacaggtgacagct tcagtccagagtggatccaagcatacacaaaaggtaccagcacttagtgctagcgaaact ggggccacacttcccaccaatccctctgatagtgttgaaacaaggaccacttacatgcat ttcactgggtcagaaactactatagaaaactttttgggtaggtcagcttgtgtacacata acagaaatccagaata-aaaagcccatagagtccttagaagaagg---------gaaaaa cacccacaaggga---cagat---gctatttaatgattggaaaataagtctatccagcct agtacaacttagaaagaaattggaactctttacttatgtgaggtttgattctgagtacac catactagccactgcgtcacaaccgaacgcatctgagtatgctagtaacttaacagtaca ggcaatgtatgttcctccaggtgcaccaaatcccgttaaatggaatgattatacatggca gagtgcttcaaaccctagtgtcttctttgaggttggcaagacag---ccaggttcagtgt accattcactggcattgcatcagcctataattgcttttatgatggttactcacatgacaa tgaa------gacacgcagtatggcattaatgttttaaaccacatgggaagcattgcctt cagagttgtgaatgatcatgatgaacacacaaccatagttaaaattagggtcttccatag agccaagcatatcagagcatggatacctagaccacccagagcactaccatacacctctat aggcagaaccaattttccaaat------------------------------------a- --cacatggtaaagtcatcactagaagaaa---------c---aagatcacc-------- -----------aca------------tatggaggtagccctagatttggcgcagtctaca cctgtaactataaaataatgaattatcatttaatgacacatgaag------atcacttaa accttctaaccccttactatgacagagacctggcagtggtagcaacgggggcacaagggt cagagatagttccccattgcaattgtacttctggagtttattactcccaatattacagga aatattatccaataatatgtgaaaggcccacaaacayctggattgaaggaggaaactatt accccagtagatttcaatcgggagtcatgaaaggaattggaccagctgaacctggagact gtggcgggattttgcggtgcatacatggcccaattggtttattaacagcagggggaagtg gttatgtgtgctttgcagacattaggcagttag---attttattgctgagacacaagg-- -tattactgactacataacaaacttgggaaaagcatttggtgtgggctttacagaccaga tatcagcaaaagtcacggaacttcaagacagtgtcaaagattacataaatgttaagattc tttccaaggttgttaaaatgatttcagcattagtaattatatgtagaaaccatgatgatt tgatcacagttactgctactttggctttgctcgggtgtgatggctcaccctggaggttcc tcaaaatgtacatatcaaaacatttccaggtgccctatatagagaggcaagcaaatgatg gctggttcagaaagtttaatgatgcttgcaatgctgcaaaaggcttggagtggatagcta ataaaatctcaaaacttatagaatgggtgaaaacaaaaataatcccccaggcaaaggaga aattggacttttgtaaaaggcttaaacagctggacattttggaaagacaagtcacaacaa tgcatgtttccaatccaacacaggagaaaagagagcagctttttaataacattctatggt tggaacaaatgtcccagaagtttgcaccattatatgcagtagaagccagaagawtcaagg aaatgaaaatgaagatgatgaactatatacaatttaagtcaaaacatagaactgaaccag tctgtgttctaatacatggttcccctggatcaggaaaatcgctaaccacatcaattattg gtagggctatagcagaaagatttaagtccacagtttattcactccctccagacccaaagc attttgatggataccaacagcaggaggttgtgatcatggatgatttgaaccaaaatccgg acggtcaggacattagtatgttttgccaaatggtttcatcagttgatttcataccaccca tggctagcttagataacaaaggaatcctgtttactagcaattttgttcttgcgtcaacta attcaaacacacttagccctccaacaattttaaatccagaagctctggtcagaagatttg gatttgatttggatatatgcttgcatacttcatttacaaaatca---ggaaagttgaacg tagcaatggctacagagctttgtaaggactgccacaaacccagtaactttaacaggtgtt gcccattgatatgcggcaaggccatcagtcttgtagatcgttctactaatgttagataca gtttagatcaattggtcacagcaatcataactgattttaataacaagttgaagatcacag attctttagagatcctatttcaggggcctgtctacaaggatttggaaatagatgtgcaca ctacaccaccacctgaatgcattaatgacttgctcaagtcagttgattctgaagaactca gggagtattgcaaacagaaaaactggctcataccagagatcccaaccaacgtggaaagag cagttaaccaggctagtaccataataaacacaatactgatgtttgtgagtaccctcggga ttctttatgtaatatacaaattatttgcacaaacacaaggcccatactcgggtaacccct cacacacaaaattaaagccgcccacattgcggcaagtggtagttcaaggcccaaacactg aatttgccatgtccctacttaggaaaaatatagttacaatcactacttccaagggagagt tcacagcattaggggttcatgatagggtttgtgttgtaccaactcattctcaacctggtg atgaagtattagtcaatggacaaccaattaagttaaaagataaatacaaactactagacc cagaaaacacaaacttggagttgaccatagtagttctagacaggaatgaaaaattcagag atataagagcatttatagcagaggatcca---gaaggagtggaagggactttagtaataa attccaataattttagagataccatactggaggtaggacaattgacctttgctggcctca taaacctcagtagcgtgcccaccaatcgcatgatacgctatgagtaccctactagaactg gacaatgtggaggagttttgtgctcaactggcaaaatttacggaatccatgttggtggta acgggcggcaaggcttttctgcacagttaaagaaacagtattttgtggaaaaacaaggag cgattaccaccaaaagaaatgtcagggaagtaggactaaagccaattaatacccccacta aaacaaaactccaccccagtgtgttttatgaagttttcccagggtcaaaggaacctgctg tgttagatgattctgatcccagactggaagtcaatctgcgtgactccctattctcaaaat acaagggtaatgttgaagtggacatcactgaaaacatgcaagtagccatagaccactact caggccagttactgtcactggatatcccaacagatgagatgtcactcaaagaagccttat acggcacagatggtttagaacccatcgacatcaacaccagtgctggttacccatatgtga gcttgggaataaagaaaaaagacatactaaacagagaaactcaggacacctctaaaatgg aacattatttggacaaatatggcatagatttaccacttgttacatacattaaagatgagc ttagaggcaaagacaaagttagattaggtaagagtagactaattgaggcatccagcttga atgattctgttaacatgagggttaaattaggaaatttgtacaaagctttccacttgaacc caggggtcataactggatcagctgtggggtgtgatccagatacgttttggtctgtcatac catgtcttatggatggtcaac---tcatggcatttgattactcaaatttcgacgcctcac tatcaccagtgtggttcaagtgcctcgagcaagtgctcactaagcttgggttcaaacact ccaacttgataaaaacaatatgcaacacacaccacatatttagggatgaaatttatgaag ttgagggaggcatgccatcaggttgttcaggtactagtgtcttcaattcaatgataaaca acataatcattaggacattaatattagatgtctataaaggaatagatcttgacaagctaa aagtaatagcttatggggatgaccttattgtttcttatccatttgagttacaaccagaac tactagctcaggctggaaagggatatggcttgacaatcacacctccagacaagtctgaaa aatttacaaaaacaacatgggaaaatgtaaccttcttaaaaaggtatttcagacctgatt cacaatatcccttccttatacatccagtgatgccaatgcaagatattcatgagtccattc gctggacacgtgatcccagaaacactcaagatcacatacggtctctgtgtatgttggctt ggcattcaggggaagaggagtata-aagtcttcactgacaaaataaggtcaactagcatt ggcaaatgcttactaatcccagagtacagcgttttgcgtcgacgctggcttgacctgttt taa--------------------taatat---ag-------------------atttat- ---------aatttgtt---tagaatta------gaaatttat----------------- ------------------------------------ >DQ473485.1 Human rhinovirus 3, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---ccccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtacttc-gtacctttgtacgcctgttcttcccat-----------t----gt ac---------cctt-cct------gaacttccaaccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagc-tcaacattt--------agtacaacagg-aagca ccacatccag-----tggtgt-ttagtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggctgtacccactgccaaaaaccttta--accgttatccgccaaccaactacgt aaaagctagtagta-ttatgtt---tttaactaggcgttcgatcaggtgga----tttcc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggaattccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcttat-----gct----------gggacgccttt-ttatag acatggtgtgaagactcgcatgtgcttggttgt-gattcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctggagccttgtgtcacaaaccagtgatgataaggtcgtaatgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----a---ttttt-cttat-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atat-------------aa----catatac tgtgatcatgggcgctcaagtttcaacacagaaaagtggatctcatgagaatcaaaatat attaactaatggatctaatcaaaccttcacagttattaattattacaaagatgcagctag ttcatcttcagctggacaatctttttcaatggatccatctaagttcacagagccagtcaa agatttaatgttgaagggggcaccagcactgaattcaccgaatgttgaagcatgtggtta cagtgatagggttcaacaaatcaccctgggcaattccaccataactactcaggaagcagc taacgcaattgtgtgttacgctgagtggcctgagtacctgtcagataatgatgctagtga tgtaaataaaacatcaaaaccagacatttctgtatgtagattttacacattagatagcaa aacatggaaagctacttccaaaggctggtgttggaagttgcccgatgctcttaaggacat gggagtatttggccagaatatgttttaccattcacttggtagaacaggttacacaataca tgtacagtgcaatgctaccaaatttcatagtggctgcctattggttgtggttatcccaga acaccaattagcatctcatgagggaggaacagtttcagttaaatacaagtacacacatcc aggagatcgaggtattgatctagacactgttgaagttg---------------------- -caggtggccctaccagcgacgccatctacaacatggacggaactcttctaggcaatctt ttgattttccctcaccaatttataaatttgaggacaaacaacactgctacaatagttgtt ccttatatcaattcagtacctattgactcaatgaccagacacaacaatgtatcactgatg gttgttccaatagctccacttaatgcacccactggatcttctccta---cattacctgtg actgttacaattgcaccaatgtgcacagaatttactggtattagatctagatccattg-- -tacca------------------------------------------caagggttaccc actactacccttccaggatctggtcaatttctcactacagatgacagacaatcaccaagt gccttacctagttatgaacctacaccgaggatacatattccagggaaagtgagaaattta ttagagataatacaagtgggtacattgattccaatgaacaacacaggaaca------aat gataatgtcacaaattacctcataccactgcatgcagat---------agacaaaatgag cagatatttggcacaaaactctacattggtgatggtgttttcaagactactttattgggt gaaatagctcagtactacacacactggtctggatctcttagaatttcactcatgtacaca ggaccagccctatccagtgcaaagatcattttagcatacactccccctggcacgcgtggt ccagaagatagaaaggaagcaatgttgggaacacatgttgtatgggatattggcttacaa tccaccatagttatgaccattccatggacatcaggtgtacaatttagatacacagaccct gatacttatactagtgctgggtatctatcatgctggtatcagacatcactcatacttcca ccacaaaccagtggtcaagtctaccttttatcttttatcagtgcttgtcctgatttcaaa cttagattaatgaaagacacacaaaccatctcgcagactgatgctttgacagagggt--- ------cttagtgacgagttggaggaagtcattgtcgagaaaactaaacagacattggcc tcagtctcctcaggacctaagcacactcagagtgttcctgctctaactgctaatgaaaca ggtgccacactccccacacgaccatcagacaacgtggaaactagaactacttacatgcat ttcaatggttcagaaacagatgtagagagcttcctcggcagagcagcttgtgtgcatgtg acagaaatcaaaaaca-agaacgcagctgg------------------------cttgga taatcacaggaag---gaggg---gttgttcaatgattggaaaattaacctttcaagtct tgtccagcttagaaagaagttagaactctttacttatgtcagatttgactcagaatacac tattctggccacggcttcacaaccagaggcgtccagttattccagcaatctaacagtcca ggcaatgtatgtgcctcccggtgcacctaaccctaaggaatgggatgattacacatggca aagtgcttctaaccccagtgtgtttttcaaagttggtgagacat---ccaggtttagtgt cccttttgtaggcatagcatcagcatataattgtttttatgatgggtactcacatgatga tcca------gacactccttatggcataacagtactaaatcacatgggtagcatggcatt cagagtggttaatgaacatgatgttcataccacgattgtgaaaattagagtttaccacag agccaaacatgtggaagcatggattccaagagcacctagagccttgccatacgtgtctat tggacgcactaactaccccaga------------------------------------g- --attcaaaaacaataataaagaagaggac---------a---aacataaaa-------- -----------aca------------tatgggctaggacccaggtttggtggggttttca caagcaatgtgaaaataataaattaccaccttatgactccagatg------atcacctaa acttagtagccccttacccaaatagagatttagcagtagttgctactggagcacatggag cagaaactatcccccactgcaactgcacatccggtgtttactactccagatattacagga agttctatcccatcatttgtgagagacccactaacatctggattgagggtagctcgtact acccaagtagataccaagctggagtaatgaaaggtgttggaccagcagaaccaggagact gtggtgggatacttagatgtatacatggccccatcggattgttaacagctggtggaggcg gttatgtctgttttgcagacataagacaattgg---atttcattgctgatgagcaggg-- -cctaggtgattacattaccagtttagggagagcatttggcactggttttactgatcaaa tctcagcaaaggtttgtgaacttcaggatgttgcaaaagattttctaacaacaaaggtat tatccaaggtagtaaaaatgatttcagccctagtcatcatctgtagaaaccatgatgatc tagttactgttactgctaccttagccctactaggatgtgatgggtctccctggaggttcc tcaaaatgtacatatcaaaacattttcaagtaccttacattgaaagacaagcaaatgatg gctggttcagaaaatttaatgatgcttgcaacgctgcaaagggattggaatggattgcta ataaaatttcaaaactcatagaatggatcaaaaacaaggttctgccccaagccagggaaa agcttgagttttgtagcaaactaaagcaactagacatattagagagacaaatagcatcca tacatgactcgaatcccactcaagagaaaagagagcagctatttaacaatgttttgtggt tagaacaaatgtcacaaaaattctcacccttatatgcctcagaagcaaagagaatcaggg acctcaaaaacaagatcactaattacatgcagtttaagagtaagcaaagaactgagccag tgtgtgttttaatacacggcacaccaggttctggcaaatcactaactacatccattgtgg gccgcgcattggcagaacattttaattcatctgtttattctttacctcctgatccaaaac attttgatggttaccagcaacaagaggtggttattatggatgacttgaaccaaaacccag acggacaggatattagtatgttttgtcaaatggtctcatcagtagatttcttaccaccca tggctagtttagacaataaaggaatgttgtttactagtaactttgtgttggcctcaacca attcaaacactctaagtccccccactatcttgaacccagaagctctgattagacggtttg gatttgatttggatatttgcatgcacagcacatacacaaagaat---ggtaagttgaatg cagcaatggcaaccagtttgtgtaaagattgtcaccagccttcaaattttaaaaaatgtt gcccattagtctgtggcaaagctatcagtttggtagatagggtctctaatgttagattta gtattgatcaattagttactgccatcataaatgattacaaaaataaggtgaaaattacag attcacttgaagtgttatttcaagggcctgtgtacaaggacctggaaattgatatatgta atacacctccacccgagtgtatcagtgacttattgaaatcagtagattcagaggaagtca gagaatattgcaagaaaaagaaatggattattccacaaatttccactaacatagaaaggg cagttaaccaagcaagtatgataatcaatacaattttgatgtttgtcagtacattaggta tagtttatgtcatatacaaactttttgctcagacacaaggaccttactctgggaatccag ttcataacaaactcaaaccacccactttaaaaccagttgtggtacaagggcctaatacag agtttgctttgtccttactcaggaaaaatatactcacaatcaccacagagaaaggggaat tcactagtttgggtattcatgatcgtatctgtgtcttaccaacacatgcccaaccaggtg ataatgtcctcgtgaatggacagaaaatccaaattaaagacaaatacaaactagtagatc cagataatactaatttagaactcaccataatagagttagacaggaatgaaaaattcaggg atattaggggtttcatatcagaggatttg---gaaggattagatgctactttagtagtgc actccaatggatttactaatactatattagatgtaggaccaataaccatggctggactta taaatttaagtaatacaccaacaaccaggatgatccgctatgactacccaacaaaaacag ggcagtgcgggggtgtgttgtgcacaacaggaaaaatatttggaatacatgttggtggta atggtagacgaggattttcagcacaactcaaaaagcaatactttgtggagaaacagggat taattgtatctaaacaaaaggtgagagatattggtctaaacccaataaacacacccacca aaaccaagcttcatcctagtgtgttttacaatgtgttccctggaagcaaacaacccgctg tgctcaatgacaatgaccctagacttgaagtgaaattagctgaatctttgttttcaaagt ataaaggtaatgtccagatggaaccgactgaaaacatgctgatagctgtagatcattatg cagggcagttgatgtcattagatatctctactaaagagctaacactaaaagaagcactgt atggagtagatggcttagaaccaatagatgtaacaaccagtgcaggatacccctatgtta gtttagggataaagaagagagacatattaaacaaagaaactcaagatgtagagaaaatga agttttacttagataaatatggaatagacttgccattagttacatacataaaagatgagc tcaggagcgtagacaaagtgcgcttgggaaagagcagactgattgaagcttctagtttaa atgattctgtcaacatgagaatgaaactaggtaacctgtacaaagcttttcaccaaaatc caggtataataacagaatctgcagtgggatgtgatccagatgtcttttggtctgttatac cttgtttaatggatggacatt---tgatggcatttgattattcaaactttgatgcgtctc tttcaccagtctggtttgaatgtttagagaaagttttaaataagttaggctttaaacaac cctcattaatacagtcaatttgcaatacacaccatatttttagagatgaaatttatagag tagagggaggtatgccatcaggttgttcaggaaccagtatattcaattccatgataaaca acataattatcagaacattaattttggatgcttataaaggcatagaccttgatagtctca gaatactagcttatggtgatgacttaatagtttcatacccctttgaactagattctaaca ttttggcagcaatagggaaaaattatggtttaactattactccacctgataagtcagatg catttacaaaaataacatgggaaaacattacattccttaaaaggtattttagacctgacc cacagtttccctttttgatccatccagtaatgccaatgcaagatatctatgagtcaatca gatggacaagggatccaaggaatactcaagatcatgttagatcactatgcatgctagctt ggcattcaggtgagaaagactaca-atgatttcataaccaagatcagaacaacagacatt ggcaaatgtcttaatctacctgaatacagtgtcctgcgtagacgctggttggatttattt taaataa-------at-aga---taatat---ag-------------------acattt- ---------agtttgaa---tagaaata------gatgtt-------------------- ------------------------------------ >FJ445174.1 Human rhinovirus 99 strain ATCC VR-1299, complete genome -------ttaaaacagcgggtggg-ta---tcccaccacccgacccactgggtgta---g tacactggtatttt-gtacctttgtatgcctgtttgccatcc--------------ct-c cc---------tctc-ctc-----ttacccttaccct-------ta-------------- -ttttgcggtaac---tttagaagt-ttgtaaatc---a----cgcgcaatagg-gtata ccacatccag-----tggtat-gaagcacaagca-attct-tgtt-ccccgga---gctg gatataaactgctaacgtggttgaaagtcctta--accgttatccgccagttaactgcga gaagactagtaact-ccatgtt---tgtttttaagcgttcgatcaggtgga----taccc ca--ttcactagtttggtcgatgaggctgggaatcccccacaggtaactgtgtctcagcc tgcgtggcggccaacccagctttt-----gct----------gggacgcttac-tgacag acatggtgtgaagatcctattgcgcttaactgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aacctcaaccccggagccttgtggtgtaaaccaacactcgcaaggtcgtaacgagtaatt ctgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----ttatttctt-attga-- ----ttgtctcctatggttacaa-------------------------------atttac tgtaatcatgggtgcacaggtttcaactcagaaaagcggttctcatgaaaatcagaacat tcttaccaacggctcaaatcaaacattcacagtgataaattattacaaggatgcagccag ttcatcatccgctggacaatcattatcaatggatccaagcaagtttactgaaccagtaaa ggacatcatgttaaaaggtgcaccagcactaaattcacctaatatagaagcttgtggtta tagtgatagagtggaacaaataacattaggcaattccacaattaccactcaagaagcagc aaacacagttgttgcttatggagaatggccttcttttctatcagacaatgatgctagtga tgttaataaaactaccaaaccagatacttcagcttgtagattttatactttagatagtaa gttgtggacacaggattcaaaaggctggtgttggaaattaccagatgcacttaaagacat gggcattttcggtcaaaacatgttttaccactcacaaggtaggaccggatacaccattca cgtacagtgcaatgccactaaatttcatagtggttgtctattagttgtggtcatacccga acaccaacttgcatctatagagggagcaaacgtgtcagttctatatgacaaaactcaccc tggtgaacagggtatagacctctctaaaactgac---c---------------------- -caaaaggtcctgtgagggatcccctttacatgatgaatggcacattaattggcaatagt ctcatattcccacaccagttcataaatctgagaactaataacacagcaacaatagtaata ccctatattaactcagtgcccatggactcaatgacccgacataataatctctctttaatg gtgattccagttgtcaatattactgcaactagtggaacttctcctt---caataccagta acagtaaccattgcccctatgttcttagaattgtctggcatacgctcaaaagcagtaa-- ----------------------------------------------ttcagggtttacca acagtactaacaccaggttcagaacaatttttaacaacagatgacaggcaatcacctagt gctatgcctaactatgagccaacacccttaatccacattccaggtgaggtcaagaacttg cttgaaattgcacaagtagacactctaataccaattaacaacacaaaaact------gct actggtttagacatgtatagaattccactcatgcaaaat---------aaacaaggtgaa caagtttttggattcagactttacctgggagatggtgtcctgaaaacaacattgttaggt gaattgagtcagtactttacacattgggcaggttctttacgactatcctttatgtatact gggcctgcattatcaagtgctagattactcatagcttacacacccccaggtgcacaggga ccaacaaaacgcaaagacgcaatgttaggtacacatgtagtttgggatataggcttacaa tcgacagttgttttaaatataccttggacatcaggtgtgcagttcagatatacagatcca gatacctacaccagtgctggatttgtgtcatgctggtatcaaacctcattagtgttaccc cctcaaacacagcaaactgtatayatattgggctttgttagtgcttgtcctgactttaaa cttagattaatgaaagacacacaatcaatttatcaggacacagcattaactgagggt--- ------ttggaagaagatttggtagaagtcattgttgacaaaacacggcaaacgctggct tctattaagagtgactccaaacatacacagaaggtgcctgcattaactgccaacgaaaca ggtgcaacattgccaacaaaaccatcagacagcgtggaaacaaggacaacacttatgcat tacactgggtcagaaacaacactggaaaatttcctgggcagagcagcttgtgttcatgtg gtagaaatcagaaaca-agcgaccaactga------------------------tgagat agaacataagaag---gacct---tttgttcaatgattggaaaataaatttatctagttt agtacaactcagacgaaaactggagttgttcacatatgtcaggtttgattctgaatatac cataatagccaccagttcacagcccgatggtgcaaaatactccagtaatcttaccattca agcaatgttcatcccacctggcgcacccaaccccattaaatgggatgactatacatggca gagtgcaacaaatcccagtgtattctttaatgtagggaaaacag---ctaggtttagtgt gccctatttaggaatagcctcagcatatarctgcttctatgatgggtattcccatgatga tcca------aacaccccatatggaataaatgttctcaatcatatgggctcaatagcatt tagagtagttaatgaacatgacacacacaccacatatgttaaaataagagtctatcacag agctaaacatataagagcatggattcctagagcacccagagctttacagtatttgcacat tggcagaacaaattatgatctg------------------------------------a- --attctacaaaccccattaaaaccagaga---------c---tccataagt-------- -----------act------------tatggcttgggacctagatttggtggtgtgtgta ctggaaatgttaaaataatgaattaccatctaatgacccatgaag------ataatctca atctcataacaccactaccagaaagagatctagcagtggtgagtctacaaggacatggtt cagaaacagtaccacaatgcaaatgcacttctggagtttattattctaggtattataaca agttttacccagtgatttgtgaaaaaccaacatgtttatggattgaaggtaataatcact atcctagtagatatcaacagggagtaatgaaaggtatgggtccagctgagccaggtgatt gtggtggtatattgagatgcacacatggcccaattggactcttgactgcaggtggtagtg gttatgtttgttttgctgatatcagagcccttgacatgtttgaagcagaatatcaagg-- -tatttcagattatatattaaatttaggtaaagcttttggaactgggttcacagaacaca tcagtgaaaaagtcacagaattacaaaatatatcaatgggttatttgaataccaaagtat tgtctaaaatagtgaagattgtttcagcactagtcatcatatgcagaaatcatgatgatt taataactgtcacagccacattagcactattggggtgtgatggatcaccatggaggtatc tcaaaatgtacatcagtaagcatttttgtttaccatacatagaaagacaatcaaatgatt tatggttcaaaaaattcaatgacatgtgtaacgcagcaaaaggtttggagtggattgcaa ataaaatatccaaactcattgaatgggtcaaacagaaaattttaccacaagcaagggata aacttgacttctgtaaaagattaaaacaactggacgtactggaaagacagatagatacac tgcacatgaatcaggttagtgataatgatagagaaacactattcaataacattttgtggc tggaacaaatgtctcaaaagtttgcccctttatatgcagttgaagccaaaagaatcagag tgcttaaaaataaaatgacaaattttatccagttcagatcaaaacatcgcactgagccag tatgtgttttgatacatggtacacccggttctggtaaatcattaaccacatctttgattg gcagagcaattgcagatagttgtggttcttctgtatactcactccctccagatccaaaac attttgatggctatcaacaacaagctgtagttattttagatgacttgaatcaaaatccaa atggtgaagatattagtaccttttgtcaaatggtatcatcagttgacttcattccaccaa tggctaacttggataataagggcatgttattcaccagtaattatgtattagcatccacaa actctcaaacactaaatcccccaaccatccttaaccctgaggctttggctcgcagatttg gttttgatttagacatgtgtttgcacaccacatacacaagatca---gggaaattgaatg ctgctttagcatcagaattatgcaaagattgccataaaccaacaaatttcaaacgttgct gtcctttaatttgtggcaaggcattgagcttggttgataggcgcacaaatgttaggtata gtatagatcaattagtcacagcaatcataactgaacatgcaaacaaaacaaaaatttcta gctcattagaggtgctgtttcaaggcccggtttacaaagacctatctattgatattacaa ccactccacctccagaatgtattgtagatttgctcaaatctgtagacaatgaagaagtta ggcagtattgtcaggaaaagaaatggctcatcccagagattcccaccaatgttgagagag cagttaaccaggcaacaaatttgatcaacactatccttatgtttattaccacacttggca tagtttacatgatttacaaactctttgcacagacccaagggccatactcaggtcttgata gtaagtcaaaattgaaaccaccaacaattagggccgtaatgacgcaagggcctaacacag agtttgcactttccttacttaggaagaatatagtaacagtaactactaacaaaggagaat tcacaggattgggtatatatgacaaaattttagtcgtgccaactcatgcacaacctacag aagaagtattgatcaatgggtttactgtaaaaattaaagataagtggaagctagtagatc ctgacaatttaaatctggaaataactgttcttgaattggataggaatgaaaaattcagag acattagaatgttcattgcagatgaacca---gaatgcaacgaagcatcactagttattc actcaaacaatttcaaggataccatactgtcagttggatcaacaacattagctggaatta taaatctaagtagcacacccactgcacgaatgatacgctatgatttcccaactaaaacgg gtcaatgtggtggcgttttgtgctcaactggcaagatctatggtatacatgtgggtggta atgggagacaaggcttttcagcacaactcaagaaacaatattttgtgcaaaaacaaggag aaattgtaacaaaaaggaatgtaagagaactaaatttaaaacctattaacactccaagta aaaccaagctacaccccagtgttttttttaatgtttttccaggcagcaaagaaccagcag ttctacatccttctgatgaacgactggaagtgatctttgaggattcattattttcaaagt acaagggtaatgtcaaaatggaaatgacagaaaatatgaaagttgctgttgatcattatg ctggacaactcttatcccttgatattccaacacaagaactcacgctcaaagaagcccttt atggtacagatggcttggagcccatagatttaaacaccagtgctggttatccatatgtca acctggggattaagaagagatcaatcctcaacaaagaaaccaaggatacaacaaaaatgg aggaatgtttaagcaaatatggaattgatcttcctttggtgacatacattaaagatgaac tcagaggtaaagataaaatcagattaggtaaaagtaggttgatagaagcatcaagtttaa atgattcagtaaatatgagggtgaaactaggtaacttgtacaaggcctttcatttaaatc ctggaatattaactggctctgctgtgggttgtgatccagatacattctggtcaatcatac catgtttgttggatggagagt---taattgcctttgattactcaaattttgatgccagtc tttccccagtatggtttgaatgtttggaaaaagtcttaagtaaaataggatttcaatgct cagaattaattcaacaaatttgcaccactcatcatatatttagagaccaaatctacacag tagaaggtggaatgccttcaggttgctcagggacaagcatttttaactcaatgatcaaca atattataattaggaccctaatattagatgtttataaaggcatagatctggattcattga gaataatagcatatggtgatgatgtcattgtgtcatatcctttctctttagatccagaaa gaattgcaaggcaaggaagtacctatggtctgaccattacaccaccagataaatcaccag aatttactaaaatgaattggaacaatgtaactttcctaaaaagacatttcaaaccagata gtgaatttccatttcttatacatccagtaatgccaatgtcagacatttatgagtccatca gatggacaaaagatcccaagaatacacaggatcatgttagatcactatgtatgatggctt ggcattcaggagagagtgaataca-ataagtttgtcgatggcatcagaagcacagacatc ggcagagtattgctaataccctcttattctgtccttagacgtagatggcttgatttgttt taaataaact-------------atatat---ag-------------------agtata- ---------aatttagtgtagtgaattt------ttcctctat----------------- ------------------------------------ >NC_038312.1 Human rhinovirus 3, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---ccccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtacttc-gtacctttgtacgcctgttcttcccat-----------t----gt ac---------cctt-cct------gaacttccaaccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagc-tcaacattt--------agtacaacagg-aagca ccacatccag-----tggtgt-ttagtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggctgtacccactgccaaaaaccttta--accgttatccgccaaccaactacgt aaaagctagtagta-ttatgtt---tttaactaggcgttcgatcaggtgga----tttcc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggaattccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcttat-----gct----------gggacgccttt-ttatag acatggtgtgaagactcgcatgtgcttggttgt-gattcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctggagccttgtgtcacaaaccagtgatgataaggtcgtaatgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----a---ttttt-cttat-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atat-------------aa----catatac tgtgatcatgggcgctcaagtttcaacacagaaaagtggatctcatgagaatcaaaatat attaactaatggatctaatcaaaccttcacagttattaattattacaaagatgcagctag ttcatcttcagctggacaatctttttcaatggatccatctaagttcacagagccagtcaa agatttaatgttgaagggggcaccagcactgaattcaccgaatgttgaagcatgtggtta cagtgatagggttcaacaaatcaccctgggcaattccaccataactactcaggaagcagc taacgcaattgtgtgttacgctgagtggcctgagtacctgtcagataatgatgctagtga tgtaaataaaacatcaaaaccagacatttctgtatgtagattttacacattagatagcaa aacatggaaagctacttccaaaggctggtgttggaagttgcccgatgctcttaaggacat gggagtatttggccagaatatgttttaccattcacttggtagaacaggttacacaataca tgtacagtgcaatgctaccaaatttcatagtggctgcctattggttgtggttatcccaga acaccaattagcatctcatgagggaggaacagtttcagttaaatacaagtacacacatcc aggagatcgaggtattgatctagacactgttgaagttg---------------------- -caggtggccctaccagcgacgccatctacaacatggacggaactcttctaggcaatctt ttgattttccctcaccaatttataaatttgaggacaaacaacactgctacaatagttgtt ccttatatcaattcagtacctattgactcaatgaccagacacaacaatgtatcactgatg gttgttccaatagctccacttaatgcacccactggatcttctccta---cattacctgtg actgttacaattgcaccaatgtgcacagaatttactggtattagatctagatccattg-- -tacca------------------------------------------caagggttaccc actactacccttccaggatctggtcaatttctcactacagatgacagacaatcaccaagt gccttacctagttatgaacctacaccgaggatacatattccagggaaagtgagaaattta ttagagataatacaagtgggtacattgattccaatgaacaacacaggaaca------aat gataatgtcacaaattacctcataccactgcatgcagat---------agacaaaatgag cagatatttggcacaaaactctacattggtgatggtgttttcaagactactttattgggt gaaatagctcagtactacacacactggtctggatctcttagaatttcactcatgtacaca ggaccagccctatccagtgcaaagatcattttagcatacactccccctggcacgcgtggt ccagaagatagaaaggaagcaatgttgggaacacatgttgtatgggatattggcttacaa tccaccatagttatgaccattccatggacatcaggtgtacaatttagatacacagaccct gatacttatactagtgctgggtatctatcatgctggtatcagacatcactcatacttcca ccacaaaccagtggtcaagtctaccttttatcttttatcagtgcttgtcctgatttcaaa cttagattaatgaaagacacacaaaccatctcgcagactgatgctttgacagagggt--- ------cttagtgacgagttggaggaagtcattgtcgagaaaactaaacagacattggcc tcagtctcctcaggacctaagcacactcagagtgttcctgctctaactgctaatgaaaca ggtgccacactccccacacgaccatcagacaacgtggaaactagaactacttacatgcat ttcaatggttcagaaacagatgtagagagcttcctcggcagagcagcttgtgtgcatgtg acagaaatcaaaaaca-agaacgcagctgg------------------------cttgga taatcacaggaag---gaggg---gttgttcaatgattggaaaattaacctttcaagtct tgtccagcttagaaagaagttagaactctttacttatgtcagatttgactcagaatacac tattctggccacggcttcacaaccagaggcgtccagttattccagcaatctaacagtcca ggcaatgtatgtgcctcccggtgcacctaaccctaaggaatgggatgattacacatggca aagtgcttctaaccccagtgtgtttttcaaagttggtgagacat---ccaggtttagtgt cccttttgtaggcatagcatcagcatataattgtttttatgatgggtactcacatgatga tcca------gacactccttatggcataacagtactaaatcacatgggtagcatggcatt cagagtggttaatgaacatgatgttcataccacgattgtgaaaattagagtttaccacag agccaaacatgtggaagcatggattccaagagcacctagagccttgccatacgtgtctat tggacgcactaactaccccaga------------------------------------g- --attcaaaaacaataataaagaagaggac---------a---aacataaaa-------- -----------aca------------tatgggctaggacccaggtttggtggggttttca caagcaatgtgaaaataataaattaccaccttatgactccagatg------atcacctaa acttagtagccccttacccaaatagagatttagcagtagttgctactggagcacatggag cagaaactatcccccactgcaactgcacatccggtgtttactactccagatattacagga agttctatcccatcatttgtgagagacccactaacatctggattgagggtagctcgtact acccaagtagataccaagctggagtaatgaaaggtgttggaccagcagaaccaggagact gtggtgggatacttagatgtatacatggccccatcggattgttaacagctggtggaggcg gttatgtctgttttgcagacataagacaattgg---atttcattgctgatgagcaggg-- -cctaggtgattacattaccagtttagggagagcatttggcactggttttactgatcaaa tctcagcaaaggtttgtgaacttcaggatgttgcaaaagattttctaacaacaaaggtat tatccaaggtagtaaaaatgatttcagccctagtcatcatctgtagaaaccatgatgatc tagttactgttactgctaccttagccctactaggatgtgatgggtctccctggaggttcc tcaaaatgtacatatcaaaacattttcaagtaccttacattgaaagacaagcaaatgatg gctggttcagaaaatttaatgatgcttgcaacgctgcaaagggattggaatggattgcta ataaaatttcaaaactcatagaatggatcaaaaacaaggttctgccccaagccagggaaa agcttgagttttgtagcaaactaaagcaactagacatattagagagacaaatagcatcca tacatgactcgaatcccactcaagagaaaagagagcagctatttaacaatgttttgtggt tagaacaaatgtcacaaaaattctcacccttatatgcctcagaagcaaagagaatcaggg acctcaaaaacaagatcactaattacatgcagtttaagagtaagcaaagaactgagccag tgtgtgttttaatacacggcacaccaggttctggcaaatcactaactacatccattgtgg gccgcgcattggcagaacattttaattcatctgtttattctttacctcctgatccaaaac attttgatggttaccagcaacaagaggtggttattatggatgacttgaaccaaaacccag acggacaggatattagtatgttttgtcaaatggtctcatcagtagatttcttaccaccca tggctagtttagacaataaaggaatgttgtttactagtaactttgtgttggcctcaacca attcaaacactctaagtccccccactatcttgaacccagaagctctgattagacggtttg gatttgatttggatatttgcatgcacagcacatacacaaagaat---ggtaagttgaatg cagcaatggcaaccagtttgtgtaaagattgtcaccagccttcaaattttaaaaaatgtt gcccattagtctgtggcaaagctatcagtttggtagatagggtctctaatgttagattta gtattgatcaattagttactgccatcataaatgattacaaaaataaggtgaaaattacag attcacttgaagtgttatttcaagggcctgtgtacaaggacctggaaattgatatatgta atacacctccacccgagtgtatcagtgacttattgaaatcagtagattcagaggaagtca gagaatattgcaagaaaaagaaatggattattccacaaatttccactaacatagaaaggg cagttaaccaagcaagtatgataatcaatacaattttgatgtttgtcagtacattaggta tagtttatgtcatatacaaactttttgctcagacacaaggaccttactctgggaatccag ttcataacaaactcaaaccacccactttaaaaccagttgtggtacaagggcctaatacag agtttgctttgtccttactcaggaaaaatatactcacaatcaccacagagaaaggggaat tcactagtttgggtattcatgatcgtatctgtgtcttaccaacacatgcccaaccaggtg ataatgtcctcgtgaatggacagaaaatccaaattaaagacaaatacaaactagtagatc cagataatactaatttagaactcaccataatagagttagacaggaatgaaaaattcaggg atattaggggtttcatatcagaggatttg---gaaggattagatgctactttagtagtgc actccaatggatttactaatactatattagatgtaggaccaataaccatggctggactta taaatttaagtaatacaccaacaaccaggatgatccgctatgactacccaacaaaaacag ggcagtgcgggggtgtgttgtgcacaacaggaaaaatatttggaatacatgttggtggta atggtagacgaggattttcagcacaactcaaaaagcaatactttgtggagaaacagggat taattgtatctaaacaaaaggtgagagatattggtctaaacccaataaacacacccacca aaaccaagcttcatcctagtgtgttttacaatgtgttccctggaagcaaacaacccgctg tgctcaatgacaatgaccctagacttgaagtgaaattagctgaatctttgttttcaaagt ataaaggtaatgtccagatggaaccgactgaaaacatgctgatagctgtagatcattatg cagggcagttgatgtcattagatatctctactaaagagctaacactaaaagaagcactgt atggagtagatggcttagaaccaatagatgtaacaaccagtgcaggatacccctatgtta gtttagggataaagaagagagacatattaaacaaagaaactcaagatgtagagaaaatga agttttacttagataaatatggaatagacttgccattagttacatacataaaagatgagc tcaggagcgtagacaaagtgcgcttgggaaagagcagactgattgaagcttctagtttaa atgattctgtcaacatgagaatgaaactaggtaacctgtacaaagcttttcaccaaaatc caggtataataacagaatctgcagtgggatgtgatccagatgtcttttggtctgttatac cttgtttaatggatggacatt---tgatggcatttgattattcaaactttgatgcgtctc tttcaccagtctggtttgaatgtttagagaaagttttaaataagttaggctttaaacaac cctcattaatacagtcaatttgcaatacacaccatatttttagagatgaaatttatagag tagagggaggtatgccatcaggttgttcaggaaccagtatattcaattccatgataaaca acataattatcagaacattaattttggatgcttataaaggcatagaccttgatagtctca gaatactagcttatggtgatgacttaatagtttcatacccctttgaactagattctaaca ttttggcagcaatagggaaaaattatggtttaactattactccacctgataagtcagatg catttacaaaaataacatgggaaaacattacattccttaaaaggtattttagacctgacc cacagtttccctttttgatccatccagtaatgccaatgcaagatatctatgagtcaatca gatggacaagggatccaaggaatactcaagatcatgttagatcactatgcatgctagctt ggcattcaggtgagaaagactaca-atgatttcataaccaagatcagaacaacagacatt ggcaaatgtcttaatctacctgaatacagtgtcctgcgtagacgctggttggatttattt taaataa-------at-aga---taatat---ag-------------------acattt- ---------agtttgaa---tagaaata------gatgtt-------------------- ------------------------------------ >FJ445172.1 Human rhinovirus 97 strain ATCC VR-1297, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-tt---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tgctctggtatttt-gtacctttgcacgcctgtttccccttt----------------gt ac---------ccat-cct-----gaat-ttcctccct---------------------- ------ctgcaac---gttagaagt-ttgtgaaat---taaa-agtacaatagg-aagca tcacatccag-----tggtgt-tcagtacaagca-ctcct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggttgtacccacgaccgaaagccttta--accgttatccgccaatcaactacat aacggctagtatca-tcatgtt---tttgatctggcgttcgatcaggtggt----ttccc cc-----actagtctggtcgatgaggctaggatttccccacgggcgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccagcccagcttat-----gct----------gggacgccttt-ttaaag acatggtgtgaagacctgcatgtgcttgattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctggagcccgacagcataatccaatgttgtttgggtcgtaatgagcaatt ccgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----t---ttatt-c-tta-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atag-------------ta----tatatac tgtgatcatgggtgcgcaagtgtcaacacagaagagtggctcacatgaaaaccagaacat cttaaccaatggatcacatcagaccttcactgttattaattattacaaagatgctgcaag ttcatcatcagcaggtcaatcattgtcaatggatccatcaaagtttactgaaccagttaa agatatcatgctgaaaggtgcaccggctttgaactccccaaatgttgaggcatgtggcta tagtgatagagtagaacagataactataggaaattcaaccattacaactcaggaagctgc caatgcagttgtggcatatgctgaatggcccagttttctcaaagatgttgacgctagtga tgtaaacaaaccaaccagacctgatacatctgcttgtaggttttacacattggccagtaa aacctggaaccctacatcaaaaggatggtgttggaagttgccggatgccctgaaggacat gggcatatttgggcaaaatatgttctaccattcacaaggcaggactgggtacactattca tgtgcagtgtaatgccacaaaattccacagtggcactctattggttgtcatcatcccaga acatcaattggcttcagcagaagggggaaatgtctcggtgctttatgacaagacacaccc aggagaaaacggcattgacttaaataccaatgat---g---------------------- -caaagggcccaaaaactgacccaatatacaacatggatggtacattattgggcaatgta ctcattttcccacaccagttcataaatctgagaaccaacaacacagctacaatagtaact ccatacataaattctgtgccaatggattcaatgactagacacaacaatttgtcacttttg gtgatcccaatagtaccaatcacagcgagcacaggatcatctcata---gtatacctatt actgtgacaattgcaccaatgaaccttgaattgtctggaattagatctaaaacagtca-- -taaca------------------------------------------caaggtctccct acaacattaacacctggatctgaacaatttctgactacagacgataggcaatctccatca gccttaccaaactatgaacctacccctctcatccacattccaggtcgagttaccaatctc ttggaaataatacaagtggattcaatgatcccaataaacaacataacttta------cca gatggggttgaaaagtacagagtaccattaatgcaaaac---------cagcaagaaagt caagtttttggtttctctttattcttaggaggcgatgtcctcaagacaacattgttaggt gaaatagcacagtattacacacattgggcaggttccatcagaatatcttttatgtacaca ggtccagcattgtctagtgctaaactcttagtggcttatacaccaccaggagcaccaggg cccaccaccagaaaggaagcaatgttgggcacccatgtagtatgggatattggtttgcaa tcaactgtagtaatgaatataccttggactgctggtgcgcaattcagatatacagaccca gacacctacacacacccaggttatgtatcatgttggtatcaaacttcattagtattacca ccagaaaccaatcagagtgtatacatacttggcttcatcagtgcatgtccagacttcaaa ctccgcctcatgaaggatacctcatcaatctcacaatctgaggcacttactgaagga--- ------ttgggtgaggaacttgaagaagtaatagtcgacaaagcaaaacagactattgct tcagcatccagtatctcaaaacacacacaaaaggtcccaactctatcagctagcgaaact ggtgcaacccttccaacagtaccatcagacaatgttgaaaccagaaccacatacatgcac tatgatggcactgaaacaagcatagaaagttttcttggtagagcagcatgtgtgcatgtt actgatatagagaaca-agttaccaaatac------------------------aactga taatcacaaggcc---caaaa---actatttaatgattggaaaataaatttatccagttt ggtgcaactaagaaggaaactagatatgtttacatatgttaggtttgactcagaatacac tattattgcaacttcatcacaaccagaacgtgcacagttctcaaacacgctgacagtgca agctatgttcataccaccaggagcacccaacccaattcaatgggacgattacacatggca aagtgcttcaaaccccagtgtattcttcaatgttggtagatcag---cacgctttagtgt tccatatttgggtatagcttctgcgtataacaatttttatgatggctactcacatgacaa caaa------gacacagtctatggaataaatgtactaaatcacatgggtagtatagcttt tagagtagtcaatgaaaatgatgttcacttaaccaaagttaaaatcagagtttatcatcg tgccaagcatgttatggcatggattcccagacctcccagggcaaaaccttatctcaaaat aggtaggactaactatact---------------------------------------g- --gatcagataacataattcctaaaagaaa---------a---ggtatttca-------- -----------act------------tatggatttggaccaagatttgggggtgtgtgta cagggagtataaaaataatgaattatcatttaatgacacatgagg------acaccttga acctacaaaccccactcccagaaagagatttggcagtagtcaacataaatgctcatggtt cggagaccgtcccgcaatgtaattgtacctcaggagtttactattcaagatactacaata agtattatccagtaatttgtgaaaaacctacttgtatctggattgagggtaacagttact acccaagtagatatcaacagggagttatgaaaggtgtgggaccagccgaaccaggagatt gtggtggtatacttagatgtgtacatggaccaattggactgttaactgcagggggtggtg gtttcgtctgctttgcagatatcagaggtctggatatgttccgagcagagtatcaagg-- -aatatctgattacattttaaatctgggaaaggcatttgggaccggttttacagatcata tcagtgaaaaagttagtgaacttcaaaacattacaatggggtatttgaatacaaaagttc tttccaaagtgattaaaatagtctcagctttagtcattatatgcagaaatcatgaggatt tggtcactgttactgccactctagcattgttaggatgtgatggttcaccatggaggttcc tgaagatgtacattagtaaacactttcacttaccctatatcgagagacaatcaaatgatt tgtggttcaaaaagtttaatgacatgtgcaatgctgccaaggggttggaatggatagcaa ataaaatatcaaaattgattgattggataaagaacaaaatcctaccgcaagctagagata aattggatttttgcaaaagacttaagcaattagatatactagaaagacaaattgacacct tgcacatgaatcagaccaatgaaaatgacagggaaacgttattcaacaatgtgttgtggt tggaacaaatgtcacaaaaatttgccccattatacgctttagaggcaaagaggatcagat cacttaaaaataaaataaccaattttatacagttccgatccaagcacagaactgagccag tgtgtgtgttaattcatggtacaccaggatcgggaaaatcccttactacctccttaattg gtagatctatagcagaratatataaatcttcagtatattccctcccaccagatcctaaac actttgatggttatcaacagcaggctgtagtaatattggatgatttgaatcagaacccaa atggtgaagacgtaagcacattttgccaaatggtgtcttcagttgattttattccaccaa tggcaaatttagataacaaaggcatgctgtttaccagtagttttgtattagcttcaacca actcccaaactctaaaccctccaacagtcttaaatccagaggcattggcccgtagatttg ggtttgatctggacatgtgcttacactcctcattcacaaagtcg---ggcaagttgaacg ctgccatggcatgtgagttatgcaaggattgtcacaaacccacaaatttcaagaaatgct gtccactaatttgtggaaaagcccttagcttagtggataggcacaccaatgtcagatata gtatagatcaactagtcacagctatcctacaagagcataataacaagacaaaaataacca attcccttgaggttttgtttcaaggccctgtgtacaaagacataaccatagatgtccatg acaaacctccaccagactgtatagtggacttgcttaaatcagtggatagtgaagaagtga ggcaatactgcagggaaaagaaatggcttattccagaaatacctacaaacattgacaggg cagtcaatcaggcaacatctttaataaatacaatacttatgttcattactacaatgggca ttgtgtatatgatatacaaaatgtttgcccaaacacaagggccatattctggattggaca ctaagactaaattaaaggcaccagtgttgcgtgcagttgtcacgcaaggtcccaacactg aatttgcattatcattactcagaaagaacattgtcacaataacaacagccaaaggagaat ttacagctttaggaatttatgataggatttgcgttattccaacacactcccaaccagaaa atgaagtactcctcaatggttataatattaagataaaagataaatggaaactaatagatc cagacaatttgaacttagaaattacagtattagagttggataggaatgaaaaatttagag atatcagaatgtttattgcagatgacttg---gaatgttctgaagctagcttagtgatac actctaataactacaaaaacaccataatgtctgttggacacattaccatggctggcataa ttaacttgagcaacacacccactgccaggatgataaggtatgactacccaaccaaaactg gacaatgtggtggagttctatgttcaacaggtaaaatctatggaatacatgttggtggta atggtaaacaaggtttttcagcacaactaaaaaaacagtactttgtgcaaaagcagggtg aaataattagtaaaaggaaagtacatgatttaggattaaaaccaataaacacacctagca aaacaaagttacttcccagtgttttttacaatgtgtttccaggaacaaaagaaccagcag ttttacatccatcagatgaaagattagaagtagattttgaagaatctttgttttcaaagt acaagggaaatgtgaaaatagaaatcaccgagaacatgtgtattgcaattgatcactatg caggacaattgctctcattggacatacctaccaaagaactttctttaaaagaagccttat atggaactgatggcctagaacctattgacctcaataccagtgcaggatacccatatgtca gtttaggaattaagaaaagatcaatattgaataaagaaaccaaggatactgctaaaatgg aagagtgcctaagtaaatatggtattgatttacctctagttacttatattaaggatgagc ttagagggaaggacaaggtcagactagggaaaagtagattaatagaagcatctagtttga atgattctgtaaatatgagagtcaaactaggtgaactgtataaggctttccataaaaacc ctggaatcttgactggatctgctgtagggtgcgatcctgataccttttggtctgtcatac caagtcttctagatggtgagc---ttttagcttttgattattctaattttgatgcaagct tatctccagtatggtttgattgtcttgaaatggttctcaaaaagttgggtttcgaatcag ctgacctaataaagagaatatctactactcatcacatattcaaggatcagatctatgttg tggagggtggaatgccatcaggttgttcaggcaccagtattttcaattcaatgattaata acataattattagaactttaattcttgacacatataaaggcattgatttggacaaattga gaataatagcatatggtgatgatattatagcatcatacccatttgaattagactcagaga aaattgcacaacaagggactaagtatggcttgaccattacaccaccagataagtcagcac aatttcataaaataacatgggaaaatgtgacttttctaaaaagatatttcagaccagata aacagttccctttcctagtacacccagttatgccaatgtcagacatacacgagtcaatca gatggacaaaggatccaaaaaatacacaagaccatgttagatcattgtgtatgttggcat ggcattcaggtgaaaaggaatatg-acgaatttgtgcgtggtatccgcagcacagatata gggaaagtcttgatgattccaccttattcagttcttaggcatagatggcttgaaatgttt taaac-------aatt-tag---atatat---ag-------------------agattt- ---------aatttgag---tagaattt------ttcctctat----------------- ------------------------------------ >KY684757.1 Human rhinovirus B3 strain SC2220, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtacttt-gtacctttgtacgcctgttcttcccat-----------t----gt ac---------cctt-cct------aaacttccaaccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagc-tcaactttc--------agtacaatagg-aagca ccacatccag-----tggtgt-ttagtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggctgtacccactgccaaaagccttta--accgttatccgccaaccaactacgt aaaagctagtaaca-tcatgtt---tgtaaatgggtgttcgatcaggtgga----tttcc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggaattccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcgtat-----gct----------gggacgccttt-ttatag acatggtgcgaagactcgcatgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccctggagccttgagtcacaatccagtgatggcaaggtcgtaatgagcaatt ccgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----a---ttttt-cttat-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atag-------------ta----tatatac tgtgatcatgggcgctcaagtatcaacacagaagagtggatctcacgagaatcagaacat attaactaatggatctaatcaaacctttacggttattaattactacaaggatgcagcaag ttcatcttcagctgggcaatctctttcaatggatccatcaaaatttacagagccagtcaa agacttaatgttgaaaggagcaccagcactgaattcaccaaatgttgaagcatgtggtta cagtgatagggttcaacagatcactctaggtaattccaccataaccacccaagaggcagc taatgcagttgtatgttatgctgagtggcctgagtatttgtcagatagtgatgctagtga tgtgaacaaaacatcaaaaccagacacctctgtttgcagattttacacactggacagtaa aacatggaaagctacttctaaaggctggtgctggaaactgcctgatgcccttaaagacat gggggtatttggtcagaacatgttttaccactcacttggtagaactggctacacagtaca tgtacagtgtaatgccaccaaatttcacagtggttgcttactggttgtggtcatcccaga acatcaactggcctctcatgagggaggaactgtttcagttaagtacagatacacacatcc aggggatcgaggcattgacctagacaccgtcgaggtcg---------------------- -cgggtggccccaccagtgatgccatctacaacatggatggaacccttctaggaaacctt ttgattttccctcatcaatttataaacctgaggacaaacaacacagctacaatagttgtc ccctacataaactcagtgcccattgactcaatgaccagacataacaatgtgtcattaatg gttgttccaattgccccgcttaatgcacctactgggtcttctccca---cattacctgta actgtcacaattgcaccaatgtgcacagagttcactggtattagatctagatctatag-- -tacca------------------------------------------caaggattgcct accaccaccctaccaggatctggacaatttctaactacagatgacagacaatcaccaagt gctttaccaagttatgaacccacaccaagaatacacattccagggaaggtgagaaatttg ttggagataatacaagtagatacattaattccaatgaacaatacagggaca------aat gacaatgtcacaaattatcttattccactacatgctgac---------agacaaaatgaa cagatatttggtacaaaactcttcattggtgatggtgttttcaaaacaactctgttaggt gagatagcccagtactatacacactggtctgggtcccttagaatctcacttatgtataca ggaccagctttatccagtgcaaaacttattttagcatacactcctcctggtacacgtggc ccagaagatagaaaggaagcaatgttaggaacgcatgttgtgtgggatattggtctacaa tccactatagtcatgaccattccatggacatcgggtgttcagttcagatatacagaccct gatacttatactagtgctggttatctatcatgctggtatcaaacatcactcatacttcca ccacaaaccagtggacaagtctatcttttatctttcatcagtgcttgcccagatttcaaa ctcaggttaatgaaagacacacaaaccatctcacaaactgatgccttgacagaaggt--- ------cttggtgatgagttggaggaagtcattgtcgagaaaactaaacagacattggct tccgtgtcttcgggacctaagcacacacaaagtgttcctgccctaactgcaaatgaaaca ggtgccacgcttcccacacgaccatcagacaatgtggaaaccagaaccacttacatgcac ttcaatggttcagaaacagatgtagagagcttcctcggcagagcagcttgtgtgcatgtg acagaaatcaaaaaca-aggatgcagctgg------------------------cttaga caaccataagaaa---gaggg---tctatttaatgattggaaaattaacctttcaagcct tgttcaacttagaaagaagttggaactcttcacttatgttagatttgattcagaatacac tatcttagctacagcttcacaaccagaggcatctagttattctagtaacttaactgtcca ggcaatgtatgtacctcctggtgcacctaaccctaaggaatgggatgattatacatggca aagtgcttctaaccccagtgtgtttttcaaagttggtgagactt---ccagattcagtgt cccttttgtgggcttagcatcagcatataattgtttctatgatggttactcacatgatga tcag------gacactccctatggcataacagtattaaatcatatgggtggtatggcatt tagagtagtcaacgaacatgatatccatactacgattgtaaaaatcagggtttatcatag agccaaacatgtagaagcatggatcccaagagcacctagagctttgccgtacatgtccat tggacgcactaactaccctaga------------------------------------g- --actcaaaaacaatcataaagaaaaggcc---------a---aatataaaa-------- -----------aca------------tatggaccaggacccaggtttggtggagttttca cgggcaacgtgaaaataataaattatcacctcatgactccagaag------atcatctga acttgatagccccttacccaaacagagatttagcagtagttgctactggagcacatggag cagagaccatcccccattgtagttgtacatctggtgtttattattccagatattacagaa aattttatcccattatttgtgagagacctacaaacatctggattgagggtggcccgtact atccaagtagatatcaagctggagtaatgaaaggtgttggaccggcagaaccaggagatt gtggtgggattctcagatgtgtacatggtcctattggaatactaacagctggtggtagtg gttatgtttgttttgcagacataagacaactgg---acttcattgcagatgaacaggg-- -cttgggtgattacataaccagtttggggagagcatttggcactggctttactgaccaaa tctcagcaaaggtctgtgaacttcaggatgttgcaaaggactttctaacaacaaaggtat tatccaaggtggttaaaatgatttcagccttggttatcatttgtagaaaccatgatgatt tagttacagtcactgctaccctggctctactaggatgtgatggttctccatggagattcc tcaaaatgtacatatcaaaacacttccaagtaccttacattgaaagacaagcaaatgatg gctggttcagaaaattcaatgatgcttgcaatgcagcaaaaggattagaatggattgcta acaagatctcaaaacttatagaatggatcaagaataaaattctaccccaagccagagaaa aacttgagttttgcagtaagttaaagcagttagatgtattagagagacaaatagcatcca tacacgattctaaccccacccaagagaaaagggagcagttatttaacaatgttttgtggt tggagcagatgtcacaaaaattctcacccttgtacgctacagaagcaaagagaatcaggg atcttaaaaacaagattactaattacatgcaatttaagagcaagcagagaaccgaaccag tatgtgttttaatacacggtacaccaggttctggcaaatcattaacaacgtccattgtgg gccgtgcactagcagagcacttcaattcatctgtttattctttaccccctgatccaaaac attttgatggttaccaacaacaagaagtggtgattatggatgacttgaaccagaaccctg atggacaagacatcagcatgttttgtcaaatggtttcttcagtagatttcttaccaccca tggctagtctagacaacaaagggatgttgttcaccagtaattttgtattagcttcaacca attcaaatacattgagtcctcccactattctaaacccagaagcactaactagacggtttg gatttgatttggatatctgtttacacagtacatacacaaagaat---ggcaaattaaatg cagcaatggcaaccagtttgtgcaaagattgtcaccaaccttcaaatttcaagaaatgct gtccattagtttgtggtaaagctatcagcttagtggatagggtttccaatgttagattta gcatagatcaattagttactgctatcataaatgattataagaacaaggtcaaaattacag attcacttgaagtgttgtttcaagggcccgtgtacaaggacttagaaattgatgtatgta acacacctccacctgaatgtatcagtgatctactaaagtcagtagattcagaagaagtta gggaatattgcaagaaaaagaaatggattatcccacaaattccaaccaacatagaaagag cagttaatcaagcaagtatgataattaatacaattttaatgtttgttagcacactaggca tagtttatgttatatacaaactatttgctcaaacacaagggccctactctggaaatccag ttcacagcaaacttaaacctcccactttaaaaccagttgtggtgcaaggacctaatacag agtttgctttgtccttgcttagaaaaaacatacttacaatcactacagagaaaggggaat ttactagtttaggcattcatgatcgtatctgtgttttgccaacacatgctcaaccaagtg atagtgtccttgtgaatggacaaaagattcagatcaaagacaaatacaaactagtagatc cagataatactaatttggaactcactataatagaattggacaggaacgaaaagttcaggg atattaggggttttatatcagaggactta---gaaggaatagatgcaaccttagtagtac actccaatggattcactaacactatgttagatgtgggaccaataaccatggctgggctta tcaacttaagtaatacaccaacaaccagaatgattcgctacgactacccgacaaaaacag ggcagtgtggaggtgtgttatgcacaactggaaagatatttggaatacacgttggtggta atggcaggcagggattttcagcacaactcaaaaagcagtactttgtggagaagcaggggt taatcacttccaaacagaaagtgagagatgttggattaaatccaataaatacacccacca aaaccaaacttcaccctagcgtattttacaatgtatttcctggaagcaaacagcccgcag tacttagtgataatgaccctaggcttgaggtaaaattaactgaatctttgttttcaaaat acaaaggcaatgtccagatggaacctactgaaaatatgctagtagctgtagatcattatg caggacagttaatgtcattggacatacccaccaaagaattaacacttaaagaagcactgt atggagtagatggcttggaaccaatagatgtaacaaccagtgcaggatacccatatgtta gcttagggataaagaagagagatatattaaacaaggaaactcaagatatagagaaaatga agttttatttggataaatatggaatagatttgccattagtcacatatataaaagatgaac tcaggagcgcagataaagtgcgcttaggaaagagtaggttgattgaagcatcaagtttga atgattccgttaacatgagaatgaaattgggcaacctgtacaaagctttccatcagaatc caggtataataacagggtctgcagtgggatgtgatccagatgttttctggtctgtcatac cttgcctaatggatggacact---tgatggcatttgattattcaaattttgatgcatccc tttcaccagtttggtttgaatgtttggagagagtcttaagcaagttagggtttaaatatc ccacattgatacagtcaatttgtaacacacaccacatcttcagagatgagatctacaaag tggagggaggcatgccatcaggttgctcaggaactagtatatttaattccatgataaaca acatcattatcaggacattaattttagatgcctacaagggtatagatcttgacagtctta gaatactggcttatggtgatgatttaatagtttcatacccctttgaactagattctaaca tcttagcaacaataggtaaaaattatggtttgaccattactccacctgataaatcagaca catttacaaaaataacatgggaaaatattacatttcttaaaaggtattttagacctgatt cacaatttccctttttgatccacccagtaatgccaatgcaggatatctatgagtcaatta gatggacaaaggatccaagaaatactcaagatcatgtcagatcactgtgcatgctagcct ggcactcaggtgaaaaagattaca-atgattttatagccaaaattagaacaacagacatt ggcaagtgtctcaatctacctgaatacagtgtcctgcgaaggcgctggctggatttattt taaagaa-------at-aga---taatat---ag-------------------acattt- ---------agtttgga---tagaagta------gatg---------------------- ------------------------------------ >MN369041.1 Human rhinovirus B86 strain SC9826, complete genome ------------acagcggatgga-ta---ccccaccatccgacccactgggtgta---g tacactggtactct-gtacctttgtacgcctgtttctcccc--------------ttg-- ca---------ccct-ccc----tcattatcctaaccc---------------------- ------ttgtaac---attagaaga-tgagca-------acc-cgtgcaatagg-agata ccacaaccag-----tggtgt-taagcacaagta-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagacggtccccactgtcaaaagctctta--accgttatccgccaaccaactacgt gacgactagtagca-tcatttt---gacactttgacgttcgatcaggtagg----ttcac cccacctactagtttggtcgatgaggctgggagtccctcacaggtaactgtgtcccagcc tgcgtggcggccaacccagcaatt-----gct----------gggacgccaat-ttgttg acatggtgtgaagatcctaatgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgtggcacaagccagtgacattaaggtcgtaaggagcaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----a---ttttt-cttta-- ----aattgtcttatggtcacag-catat-atta-------------at----tatatac tgtgatcatgggcgctcaggtttcaacacagaaaagtggttcccacgagaatcaaaacat tcttacaaatggatcacatcaaaccttcaccgttatcaattattacaaggatgcagccag ttcctcatcagccgggcagtctttttcaatggatccatctaagtttactgaaccagttaa agatttaatgcttaaaggagctccagcactgaattctccaaatgttgaagcatgtggtta tagtgatagagtgcaacaaattaccctcggaaattctaccataactacccaagaagcagc gaatgccgttgtctgttatgctgaatggcctgaatatctgccagacaaggatgccagtga tgtaaataaaacctcaaaacctgacacatcagtatgtagattctacactttagatagcaa gacctggagtaatacatcaaaaggctggtgttggaagttaccagatgcactcaaggacat gggcgtgtttggtcaaaacatgttctttcactcacttggcaggtctgggtacactataca tgttcagtgtaatgctactaaatttcacagcggctgcttgttagtagtggtcattccaga acatcaacttgcgtcacaccaaggtggaaatgtatcagttaaatacactctcacacaccc cggtgaaactggtattgacttaagccaggcagaagtag---------------------- -acaaaggaccttctaacaatccagtctactcaatgaatggtacactattgggtaatctg cttatttttcctcaccagttcatcaacctacgaacaaacaacacagcaaccattgtggta ccctacatcaattcagtaccgattgactctatgacacgacataacaacgtgtctttgtta atcatacccatttccccattaactgctcccacaaattctccaaaca---cattaccagta actgtaactatagcaccaatgtgtacagaatttagtggaattagatctagatcaatag-- -tacca------------------------------------------cagggattacca accacaactttaccgggctcaggtcaatttttaacaactgatgatagacagtcacctagt gccttaccatgctatgaacccacacctaagatacacatcccaggggaggttaagaatctg ttggaaatgatccaagttgacacactaataccaatgaacaacactactgcc------aca gatgaggtcgggaattacctcattcctttaaatgttaac---------aaacagaatgaa cagatatttggaacaaacctcttcattggtgatggagttttcaaaaccacactattagga gaaatagctcagtactacacacattgggctgggtcactcaggttttcattaatgtataca ggtcctgcattatcaagtgctaaacttatactagcatatacacctcctggagttgttgga cctaaaacccgaaaggaagcaatgctaggaacacatgtagtgtgggacataggcctacaa tctaccattatcatgaacataccttggacctctggtgtgcaattcagatacactgaccca gacacatacacaagtgctggtcatctgtcatgctggtatcagacatctttgatattacca cctcaaaccagcggcactgtgtacttattatcttttatcagtgcttgtccagattttaag cttagactaatgaaagatactcagactatctcacaaactgatgcattagaagaaggg--- ------ttaggagatgagttagaggaagtcatagttgaaaaaacaaaacagacattggct tcagttacaacaggctcaaaacacacccagaaagtaccatcattgtcagccaatgaaaca ggagctaccatgcccacagtgccatcagacaacgtagaaaccaggaccacgtatatgaat tttacaggatctgaaacagatgtggaatgctttttgggtagagcagcatgtgtacacata acagaaattgagaata-aagatccaactga------------------------catcac aaatcagaaagag---gccaa---gctatataatgattggaaaattaatttatctagttt ggttcaattaaggaaaaagttggaactcttcacatatgttagatttgattcagagtacac aatccttgctacagcttcacagccaacccaatctagttactctagtaatcttactgttca agctatgtatgtaccaccaggtgcacctaatcctaagacctggaatgattatacgtggca aagtgcatcaaaccccagtgtctttttcaaagtgggagatacag---ctagatttagtgt tccattcgtgggacttgcttcagcatatagttgtttttatgatggttactctcatgatga tgaa------aataccccctatggtataacagtcttaaaccacatgggtagtattgcttt cagggtagtcaatgatcatgacctacacaaaacagtggttaaaattagagtctatcacag agcaaaacatattcaagcttggatccctagagcccctagagctctaccctacgaaacaat tggccgcacaaatttcccagca------------------------------------a- --atccacctaagataatcaagaaaaggca---------a---acaataaat-------- -----------aca------------tatggcttgggacctagatttggaggagtgttca ctggaaatgttaaaatcatgaattaccatctaatgactccagagg------atcacttaa acttggtaacgccttatccaaatagggacttagcagttgtgtccacaggagcacatggag cagagactattccccattgtagttgcacatcaggtgtgtactactccagatattataaaa agttctaccccataatatgtgaaaaatccactaacatttggatagagggtgggccatatt accctagtagatatcaatctggtgtcatgaaaggtgttggtcccgctgagccaggagatt gtgggggcatcttacgatgtgttcatggtccaataggtctcctaacagcaggtggaagtg gatttgtatgttttgctgacatcagagaactag---agtgcattgcagaagagcaagg-- -gatcagtgactatatatcaaatctagggaaagcttttggcgctggtttcactgaccaaa ttacaagcaagattggggagttacaagacacagtcaaagattatctcacaactaaaatgt tatccaaagtggttaagatggtatcagccttggttattatctgtagaaatcatgaagacc tagtgacagtaacagccaccctagcattattagggtgtgatggttccccttggagatttt taaaaatgtatgtgtcaaagcatttccaagtaccttacatagagaggcaagccaatgatg gatggtttagaaagtttaatgatgcctgcaatgcagctaaagggcttgaatggatagcca ataaaatctcaaaacttatagattgggttaaaaataaaatcctcccacaagctagagaga agctggatttctgcagaagactaaaacagctggatatcctagaaagacaaattaccacaa tgcatatctcaaaccctacacaggaaaagagggaacagctttttaacaacatattgtggt tagaacaaatgtctcagaaatttgcaccactatatgctacagagggaaaaagaatcaggg accttaaaaataagatgctaaattatatacaatttaaatcaaaacaaagaactgaaccag tctgtgtattgattcatggcacaccagggtctggaaagtccctaactacatcaattgtgg gacgggcattggctgagcactacaattcagcagtgtattcattaccaccagatcccaaac actttgatggatatcagcaacaggaggtcgttattatggacgacttaaaccaaaatccag atggtcaagatattagtatgttctgtcagatggtttcttcagttgactttttaccaccaa tggctagcttagataacaaaggtatgttattcactagtaattttgttttggcttccacga actcaaacaccttgagcccccccaccatcctcaatccagaggctttggcaaggagatttg gttttgatttggacatttgcttgcattcaacatacacaaagaat---ggtaaactgaatg cctcaatggctaccagtttgtgtaaggactgccacaaaccttctaatttcaagaaatgtt gcccattagtttgtgggaaagcaatcagtttagtagatagagccaccaatatcaggtata gtgttgatcagctagttactgcaattataaatgattataataacaagatcaagataacag attcacttgaaatacttttccagggacccgtatataaagacattgaaattgatatctgca acactcctccccctgaatgtataaatgatctcttaaagtctgtggactctgaagaagtca gagaatattgcaagaagaaaaagtggatcatcccagaaatacccacagatatcgaaagag ctgtaaatcaagcaagcatgatcataaacacaattttgatgtttgttagtactttaggta tagtatatgtcatttataaactatttgcacaaacccaaggtccttattctggtaatgtaa cacacaacaaattgaaaccccctacacttagaccagtagtagttcaagggcccaacacag aatttgcactatctcttcttaggaaaaatattgtaacaatcactacagaaaaaggggagt tcactggtctgggtatccatgatcgggtgtgtgtcatacccacacactcacacccaggtc aagaggtactactaaatggacaaaaagtgaaaatcagtgataaatacaggttagttgatt cagataatattaacttagagcttacagtattagtattagaaagaaatgagaagtttaggg atatcagacctttcatctgtgaagatcca---gaaggcatggaagcaaccttagtgatac attctaacaatttcacaaacaccataatagaagtgggacaaattactatggcaggtttaa taaacttaagtagcacacccacagggagaatgatacggtatgagtatccaaccaaaacag gacaatgtggaggggtattatgttctacaggtaaaatttttgggatccatgttgggggta atggtagacaaggattttcagcccagcttagaaaacaatattttgtagagaaacaaggtg aaatagtatcaaagcagaaagtgaaagagctgggtttgcatcccataaacaccccatcta aaagtaaactgcaccccagtgtgttttacaatgtatttgaaggaaataaacaaccagctg tactaagagatagtgatcccagattagaggttaacttctctgaatctttgttctcaaaat ataaaggtaatgttgagatggcaccaaccccaaatatgattgttgcagtggatcattatg ctggacagttaatgtccttagatataccaacaaaggaactaaccttaaaagaggccttat atggagttgatggtcttgagcccttagacataacaaccagtgctggctatccttatgtta gcttgggaataaagaaaagagacatcttgaacagagagactcaggatgtaacaaaaatgc aggcttatttggacaaatatggaatagacctaccactagtcacctatatcaaagatgaat taagaagtgtagataaggtaagattgggcaaaagtagattgattgaagcctccagtttga atgattcagtaaacatgagaatgaaactaggaagtctttacaaaacttttcatcaaaatc ctggtattatcactggttcagcagtcggatgtgatccagatgtgttttggtcagttatac catgcttgatggaggggcact---tgatggcctttgattattcaaattttgatgcttctt tatcaccagtgtggtttgactgcttggagagggttcttgagaaacttgggtttaaggatt ctaatttaatcaaatccatatgcaacacacatcatattttcagggatgagatctacaccg ttagaggaggaatgccatcggggtgctctggaactagtattttcaattctatgatcaata acataattataagaaccttgattctagatgcttacaagggtatagatcttgataaattga gagtcattgcatatggagatgatctaatagtctcatacccttttgaactcgatccatcag ttctagcatcaatggggagaaaatacgggttaaccatcacccctccagataaatctgaaa acttcacaaaaatgacatgggaaaacatcacttttctaaagcgatacttcaaaccagaca aggaatttcccttcctcgttcacccggttatgccaatgcaggacattcatgagtctatta gatggacaaaagacccaaggaacacccaagaccatgtaagatctctgtgtatgttagcat ggcattcaggtgagagtgagtata-atgatttcatttctaagattagaacaacagatata ggaaaatgcttaaacttacctgagtatagtgtgcttagaagaagatggttagacatgttt taaacaa----------------tgatat---ag-------------------aatttt- ---------aatttgtg-gttagaatta------gaaatctat----------------- ------------------------------------ >FJ445162.1 Human rhinovirus 84 strain ATCC VR-1194, complete genome -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccggcccactgggcgta---g tacactggtattct-gtacctttgtacgcctgtttgccgccc----------------ct cc---------ccct-tttattaccacatttgtggtcg---------------------- ------ctgcaac---gttagaaga-ttttaaagt--------agtgcaatagg-aagca tcacaaccag-----tggtgt-tatgcacaaaca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtatagacggtccccactgtcaaaagccttta--accgttatccgccaaccaactacga gacagctagtaatg-ccctgttc--tcctgcaaggcgttcgatcagacaga----tttcc cc--tctgttagtctggtcgatgaggctagaagtaccccacaggtaactgtgttctagcc tgcgtggcggccagcccagcttct-----gct----------gggacgccttt-caagag acatggtgtgaagactcaattgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacccggatccatgctatgcaaaccagcatagttatggtcgtaatgggcaact ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcca----t---tttta-cttttt- ----gtgtcatttatggttacaa-t------------------------------taagt tgtaaccatgggtgcacaggtgtctacacaaaagagtggttcacatgagaatcaaaactt tttgactaatggatccaaccaaacatttacagtcataaattattataaagatgcagctag ttcttcctctgctggccaatcactgtcaatggatccgtctaagtttactgaaccagttaa agaccttatgttaaaaggagccccagcactaaactcccccaacattgaggcttgtggata cagtgatagggtggaacaaattactataggcaattcaaccattaccactcaggaagcagc caatgccattgttgggtatggtgaatggcccagctttctggatgataaagatgccagtga tgttaacaaacctaccagacctgacacctcggcatgcagattttacactttggctagtaa aacttggtctcaatcttctaaaggatggtgttggaaactgcctgatgctttaaaggatat gggtatttttggacaaaacatgttttatcactcacagggaagaaccggatataccatcca tgttcagtgtaatgcaactaagtttcacagtggtactttgctggtggtggtaataccaga acaccaattagcatcggcaaagggaggcaatgtgtcagtatactatgataaaacccaccc aggtgaaaatgggatagacctatctgtagcagac---g---------------------- -agcttggacctaaaactgacccagtttataacatggatggtaccctcttgggtaatgcc ttaatctttcctcatcaatttattaatctgagaacaaacaatactgctaccttggtgatg ccatatataaattcagtacccatggattccatgactaggcataacaacttatcacttcta gtaattccagtgataccaatcacagcaactagtggagctgcacaca---gtgttccaatt actgtcacaattgccccaatgtttcttgagctttcgggtatcagatctatggctgttg-- -tcaca------------------------------------------cagggtctccca acaacttcaactcctgggtcaaatcagtttttgactacagatgataggcaatcaccatca gcattaccaaattatgaagtcaccccactcattcatattcctggtagagtagtgaaccta ttagaaattgcacaggttgattctcttattccaattaataatatagcaaat------aat gataacttggagaggtaccgcatcccactaacccccaat---------gtacaagaaaca caagtctttggcttctcattattcttgggtggcaccgtcctgaaaacaacactcttgggt gaaatagctcagtattacacacactgggcaggttcattgagagtctcattcatgtacaca ggaccagcattatccagtgcaaaactcttaattgcatacactcccccaggtgccccaggg ccaaaaaccagaaaggacgccatgttgggtacacatttagtctgggacattggtttacaa tcaacagtagtcatgaacataccatggacatcaggatcacaatttagatacactgaccca gatacatacacacatccaggttacatatcctgctggtatcaaacatctctcattttacct ccagaaaccaaccaaacggtctatttattaggttttattagtgcatgtccagatttcaaa ttgaggttaatgaaagatacatcttcaatttctcaagagagagcattaactgaaggg--- ------cttgaggatgtgttagaagaagttatagttgataaagcaaaacagactatagct tctataaatagtaattccaaacatacacagcaagtcccaaccctatcagcaagtgaaaca ggtgcaaccctgcaaacagtaccttctgacaatgtggaaactagaaagacctatatgcat tatgatggtgcagaaactagtgtggagagctttttgggtaggtctgcatgtgtacatgtt actgaaattgaaaaca-aaagtcctgcaac------------------------agatat gaaccacaagaat---caaaa---gttatttgatgattggaagattaatttatccagctt agttcaactcagaagaaaattagaatttttcacgtatgtcagatttgattcagaatacac aatcatagcaacttcttcacaacctaatgatgcccagtattcaaacacactcacaataca ggcaatgtttatcccaccaggtgcacccaatccaaaagagtgggatgattacacttggca aagtgcttcaaatccaagcgtgttcttcaatgtaggtaattcag---caagattcagtgt tccatacttaggaatagcttcagcttataacaatttctatgacggctattcccatgacag caga------accacagtttatggaataaatgtgttaaatcacatgggagtcatggcctt cagagttgtcaatgaaaatgatcaacatrctactaaagttaaaattagaatttatcatag agccaaacatgtaatggcttggattcccagaccaccaagggccaaaccataccttcatat aggtagaacaaactatgat---------------------------------------g- --gatcacagtcaatcattcccaagagaga---------t---accatctca-------- -----------aca------------tatggtttaggacccaggtttgggggtgtatgta ctggtagtgtcaaagtgatgaactaccacttaatgacacaagaag------acagtctca acctacaaacacctttaccagagagagacttagcaataatcaacctaaatgggcatggtt cagaaacaattccacattgtaactgcacatcaggagtttactattcaagacattacaaca aattctatccagtaatctgtgaaaaacccacatgcatatggattgagggtaataactact accctagcaggtaccagcaaggagtaatgaaaggagtaggccctgctgaacctggggatt gtggaggcatcttgagatgtgtacacggtccaataggactcctgactgctggtgggggtg ggtttgtgtgttttgcagatatcagaatgttagacatgctccatgcacactaccaggg-- -tatcccagactacataaccaatctgggcagagcatttggcacaggctttacagatcaca ttaatgataaaatagcagagttgcaaagcacaaccaccaattatctaaatacaaaagttt tgtcaaaggtagttaaaattgtatcagctctagttatcatttgtagaaaccatgatgatt tagtcacagtaacagccacattagcattactagggtgtgatggttctccttggagattct taaaaatgtacatcagtaagcattttcacctgccttacatagagagacaatcaaatgatt tgtggtttaaaaagtttaatgacatgtgcaatgctgccaagggactggaatggatagcaa acaaaatttcaaaattaatagactggatcaaaaacaaattactaccccaggccaaggaca aactagatttttgcaaaaggctaaaacagcttgatataatagaaagacaggttgaaacac tgcacatgaaccacacaaatgaaaatgacagggaagtattatttaacaacatcctatggt tagaacaaatgtcccagaagtttgctccattatacgctgctgaagcaaagagaataaaaa cactcaaaaacaaaatgacaaactttatccagttcagatccaaacatagaactgaacctg tgtgtgtattaattcacggcagccctggctccgggaaatctctagccacttcattgattg gcagatcaattgcagacaatcataagtcatctgtatattctttaccaccagatccaaaac attttgatggataccagcaacaggcagtagtgatattagatgatttgaatcaaaacccaa atggagaagacatcagcactttttgtcaaatggtgtctwcagtagattttgtaccaccaa tggcaaatttggacaacaaagggatgctttttaccagtagttttgttttggcttccacta actctcagacattaaaccctccaacagttcttaacccagaagctctagcacgcagatttg gctttgatttagacatgtgtctacactcttcatacactaaatca---ggcaaattaaatg tagcaatggcttgtgaactatgtaaggattgccatactccaactaattttaaaaagtgct gccctctgatttgtggtaaagctctcagcttagttgataaacacactaatgtaagatata ctattgaccaactggtcactgctatactccaggagcacaacaacaaaacaaaaatcacaa gctcccttgaggttcttttccaaggtccagtatacaaggatttaaatatagatgtacatg ataaaccccctccagaatgtattgtagatttattgaaatctgtggactgtgatgaagtta gacagtattgtaaagaaaagaaatggttaataccagagataccaaccaatgtggaaagag cagttaatcaagcaacttcacttataaatacaatattaatgtttatcacaacaatgggta ttatctacatgatttacaagatgtttgcccagatgcaaggaccttactcaggattggaga gcaagactaaactcaaggcccccacactacgtgcagttgtgacacaagggcctaacaccg agttcgccttgtcactcctaaggaaaaatataattactgtaacaacatctaaaggagagt ttactagtctgggaatttatgacagaatatgtgtgatcccaactcactcacaacctgaag atgaggtgttagtgaatggattcaaaactagagttagtgacaaatggaaactagtagatc cagataacatgaatttggaaattaccgttctccagttggacagaaatgaaaagttcaggg atattaggtcatttattgcagaagatcct---gaatgtagtgaagctacactagtgatta attcaaataattttaaagatacaatcattacagtaggtcaagcaaccttagttgggatga ttaatctaagtaatacacccaccactagaatgattaggtatgattatccaaccaaaacag gacaatgtggcggagttttgtgttcaacaggcaaaatttatggtatacatgtaggtggaa atggtagacagggcttttccgctcaattaagaaaacaatactttgtccagcaacaagggc agataatatcaagaaagcatgttgatgatttgaatatcaagcctattaatacacccacaa agacaaaactacttcccagtgtattttacaatgttttccccgggtctaaggaaccagcag tcttgcatccagcagacaagagattagaagtagacttaaatgactccctcttttctaaat acaagggcaatgtgaatatgaagatgactgagaacatgaaagtggcagtagatcattatg ctggccaactaatgtcactagagataccaacagaagaattgtcacttaaagaagcactct atggaacagatggtcttgaaccaattgatctgaacacaagtgcaggttacccttatgtgg gcttgggtataaagaagaggtccattctaaataaggaaacacaagacacaacaaaaatgc aagagtgtttaagtaaatatggaatagatttgcccttaataacatatattaaagatgagt taagaggcaaagtcaagattaggttaggtaaaagtagattaatagaagcatcaagcctga atgactcagttaatatgagagtcaaattaggtcacttatacaaagcattccacaaaaacc caggaacattaacagggtcggcagtagggtgtgatccagatgttttctggtcagtgatac cttgcttgttagatggggagt---tgctagcatttgattattcaaactttgatgccagct tatctcctatctggtttgattgtctagaactagtactgagaaaaattggttttgaatcag caaatttaataaaacaaatatgtaccactcaccacatatttagagatcaagtttatgtgg tggagggtggaatgccatctggttgttctggaactagcatattcaattcaatgattaata acataattattagaaccttgatattagatgtttataaaggaatagatttggacaaattaa aaataattgcttatggtgatgatgtaattatttcttatccttatgagttagacccagaga gaatagcagagcaaggaaaaacctatggattaacaattactcctccagacaaaacagaac attttggtaaaacagattggagtaatgttactttcttaaaaagaaattttagaccagatc cagaatttccattcctcattcatccagtcatgccaatggctgatattcatgagtctatca gatggactaaagatccaaagaacactcaggatcatgtcaggtcattgtgtatgttagctt ggcattcaggagaagaagaatatg-agaaatttgtcaagggtatacgtagtaccagtgta ggtaaagctcttgttatcccatcatactcagttctcagacgtaggtggctggatttgttt tgaatgattt-------------atatat---ag-------------------agaata- ---------tatttgat---tagaattt------gtactctat----------------- ------------------------------------ >KY369901.1 Human rhinovirus B27 strain SC863, complete genome -------acagtggrgcggatggg-ta---tcctaccatccgacccacggggtgta---g tgctctggtatttt-gtacctttgcacgcctgttttcccatt----------------gt ac---------ccat-cct-----taaa-ttcctcccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagt-ttaaggaaa---ccaa-tgtacaatagg-aagca tcacatccag-----tggtgt-aatgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataagtggtacccaccgctgaaagccttta--accgttatccgccaatcaactacgt aatggctagtatta-tcatgtt---tgtaatctggcgttcgatcaggtggt----tcccc cc-----actagtttggtcgatgaggctgggaattccccacgggcgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagctctt-----gct----------gggacgccttt-ttatag acatggtgtgaagacctgcatgtgcttgattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgcagcataatccaatgttgttgaggtcgtaatgagcaatt ctgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-cttta-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atag-------------ta----tatatac tgtgatcatgggcgcacaagtgtcaacacagaagagcggttcgcacgaaaaccaaaacat ccttaccaatggatcaaaccaaactttcacagtcataaattattataaagatgcggccag ttcgtcatcggctggtcaatcattctcaatggatccatcaaaattcactgaaccggtcaa ggacataatgctcaagggtgcaccagctctaaattctccaaacatcgaagcatgtggtta tagtgacagagttgaacaaataactattggcaattcaacaatcacaactcaagaagcagc caatgcagtggtggcctatgctgaatggcccagctttttaaaagatgatgatgctagtga tgtgaacaaacctactagaccagacacatctgcctgcagattttacacacttgctagcaa gacatggagtcgtgattctaaaggctggtgttggaaattaccagatgctctcaaagacat gggaatatttggacaaaacatgttctatcattctcaaggcagaactggatacactatcca tgtgcaatgcaacgccacaaaatttcacagtggaactttactagttataaccattccaga acatcaactggcatcagcagagggtggaaatgtctcagttttctatgatcaaacacaccc aggggagagggggattgatctgggaacagttatt---g---------------------- -aaaaaggaccaatgactgacccaatatataacatggatggaacactacttggtaatgct ctcatctttcctcatcagttcattaacctgagaaccaataatacagctacaatagtagtc ccatacataaactcagtcccaatggattctatgaccagacacaacaatttgtcacttctt gtaataccagttgtgccaattactgctaacaccgggtcaccaccca---gtatacctgtc actgtaacaatagcaccaatgaaccttgaattgtcaggaattagatcaaaaacagtgg-- -tgaaa---------------------------------------gaacaaggccttcct acaacactaacacctggttctgaacagttcttgaccacagatgacagacaatctccttca gctctaccaaattatgaaccaactccactcatacacatccccggtagggttaccaattta ttagagttgatacaggttgatacaatgattccaattaacaatgtgacagat------ttg gacacaatagaaaaatatagaataccattgatgcagaac---------ttacaagaacag caagtctttggtttctccctgtttttgggaggagatgttttaaagacaacattactaggt gaaatagcacagtattacactcactgggcaggttcaattagaatatcattcatgtacacg ggtccggctttgtctagtgcaaaactgttacttgcatatacaccaccaggagcaccaggg cctacaaataggaaagatgcaatgttaggtacccatataatttgggatattggtttgcag tcaaccatagtgatgaacataccctggactgccggatcccagtttagatatacagaccca gacacctacacacacccgggtttcatatcatgttggtatcaaacctcactagtactacca ccagatacaaatcagaaggtgtttataattggattcattagtgcatgcccagatttcaaa cttagattacttaaggacacatcatcaatttcacaaactgaagcactaactgaggga--- ------ttaggagaggaacttgaggaagtgatagtcgacaaagcgaaacagactattgct tccgtatcgagtaattccaaacacactcagaaggtcccgacactatcagcaagtgagaca ggggcaactcttcctacagttccatctgacaatgttgagaccagaaccacatacatgcac tatgatggtacagaaacaagtttagaaagcttcttaggcagggctgcatgtgtacatgtc acaaccatagaaaaca-agcttcccacaac------------------------aggcac aactcataaagaa---cagaa---gttgtataatgactggaaaataaatttatcaagcct agtacagttaaggagaaagttagacatgttcacctacgttagatttgattcagagtatac tattattgccacatcctcacagcctcaggcagcacaattttcaaacacattaacagtaca agcaatgtttatacctccaggagcaccaaacccggtagaatgggatgattacacctggca gagtgcctcaaaccccagcgtcttctttaatgttggtaagtcag---cacgtttcagtgt cccctatttaggtattgcttcagcctataacaacttttacgatggctattcacatgatag caag------accactgtttatggtataaatgtattaaatcatatgggtagtatagcatt tagaatagtcaatgaaaatgatgttcatctcaccaaggtcagaattagagtttatcaccg tgccaagcatgtcttggcatgggttcccagaccccccagagcaaaaccatacctttcaat aggtagaaccaattatgac---------------------------------------a- --aaacaggaaacataatcccaaaaagaaa---------t---aacatctca-------- -----------act------------tatggacttggtccaagatttggtggcatatgta cagggaatataaaaataatgaactatcatctaatgactcatgaag------acacactaa atttgcaaactccacttccagagagggatttagcagtaatcaatataaatgctcatggtt cagaaactgtccctcaatgcagctgcacagttggtgtttattactctagatattataaca aatactacccagtggtctgtgagaagccaacatgtgtgtggattgaaggtaataactatt accctagtagataccaacaaggagtcatgaaaggagtgggtccagctgaaccaggggatt gtggtggtatacttaggtgtatacatggaccaattggtattctaacagctggtggtggtg gttacgtctgttttgctgacattagaggcttggacatgtttcgagcagaataccaggg-- -aatatcagattatatattaaacctaggaaaggcatttggtactggatttacagatcata ttagtgagaaggttagtgaactccaaaacatcaccatgggatacttaaatacaaaggttc tctctaaagtaatcaaaattgtctctgctttagtgattatatgtagaaatcatgaggatt tagttacagttactgcaaccttagcattgttaggatgtgatggctcaccttggagattcc taaaaatgtatatcagtaaacacttccacctgccctacattgaaagacaatcaaatgatt tatggtttaagaagttcaatgatatgtgtaatgcagctaaaggattggaatggatagcaa ataaaatatcaaaattaatagagtggattaaaaacaaaattctaccacaagccagagata agttggacttttgtaaaagactcaaacagttagacattttagaaaggcagattgacacct tgcacatgaatcacactaatgaaaatgatagggaaacattattcaataatgtgttgtggt tggagcaaatgtctcagaagtttgcaccgctatacgctttagaagcaaagagaattaaat cactgaagaataagattactaatttcatacagtttcgttcaaaacacaggacggaaccag tgtgtgtgttgattcatggtacaccagggtcaggtaagtctctaaccacctctttgattg gtagatctattgctgacatacataaatcttcagtttattccctcccacctgatcctaaac actttgatggctaccaacaacaagcggtagttattttggatgatctaaatcagaatccca atggtgaggatataagtactttctgtcaaatggtgtcatcagttgatttcattccaccaa tggcaaacttagataataaaggcatgttgttcacaagtagctttgttttagcttccacaa attcacagacccttaaccctccaactgtattaaacccagaggcattggcacgtaggttcg ggtttgacttggacatgtgcttacattcatcatttacaaaatca---ggcaaattaaatg cagctatggcatgtgaattgtgcaaagattgtcataaaccaacaaattttaaaaagtgct gtccgttaatttgcggaaaagccctcagtttggtagatagacacaccaatgttaggtata gtatagaccagctagttacagctatactacaagagcataacaataagacaaaaattacca actctcttgaagtcctctttcaaggtccagtgtacaaggacatgactattgatgtccatg acaaacctccacctgattgtatagtggacttactcaaatcagttgatagtgaagaagtga gacagtactgcagagaaaagaaatggctcatccctgaaataccaacaaatattgacagag cagttaaccaagcaacttctttaatcaataccatactaatgttcattactaccatgggta tagtatacatgatctacaagatgtttgctcaaactcagggtccatattctgggttagata gtaaaactaaactgaaagcaccaatactgcgtgcggtagttacccaagggcccaacactg aatttgcattatcattacttaggaaaaacattgtcacaataacaacagccaagggagaat ttacagctttagggatttatgacagaatttgtgttgtccccacacattcacaaccagaaa atgaggttcttctcaatggttataatgttagaatcaaagataagtggaggttagtggatc cagacaacctaaatctagagattacagttttagaattagatagaaatgagaagtttagag atatcagaatgtttattgctgatgaatca---gagtgtcctgatgcaagtctagtgattc actccaacaattataaagacaccataatgtcagtgggtcacattacaatggctggcataa ttaatttgagtaacacacccacagccagaatgattagatatgattatccaaccaagacag gacagtgtggtggagttttgtgttcaacaggtaaaatttatgggattcatgtgggtggaa atggaagacaaggtttttcagctcagctcaaaaaacagtattttgtccaaaaacaaggtg aaataattagtaagaaaaaggtacacgacctgggcctaaaacccataaacacaccaaaca aaacaaaattacttcccagtgttttctataatgtattcccagggacaaaagaaccagcag ttttacatccagcagatgaaagattggaagtgaattttgaggagtcactgttttcaaaat ataaaggtaatgtcaagatggagattagtgacaacatgaccattgctattgatcattatg caggtcagttactgtccttagacatccccaccaaagaactctcattaaaagaagctttgt atggtacagatggcctagaacctattgacctcaataccagtgcagggtacccttatgtta gtttaggcatcaagaaaagagctatattgaataaagagacccaagacacaactaaaatgg aagaatgcttgagcaaatatggcatagatctaccactagttacatacattaaagatgagc ttaggggaaaagataaagttagattagggaaaagtaggttaatagaagcatctagtttga atgactctgtgaacatgagagttaagttaggtgaattgtacaaagcatttcacaaaaacc ctgggatactaactgggtctgcagtagggtgtgatccagataccttttggtctatcatac caagtttactagatggtgaat---tgttagcttttgattactcaaactttgatgctagtt tgtccccagtgtggtttgattgtttagagcaggtacttagaaaattgggatttgagtcag ctgatctgataaagaagatatcaaccactcaccatatatttaaggaccaaatttatgtag ttgaaggaggaatgccatcaggttgttcaggtactagcatttttaattcaatgattaaca atataattattaggaccttgattcttgatacatataaaggcattgacttggataaattaa gaataatagcatatggagatgacattatagcttcataccccttcgaattagattcagaga aaattgctcaacaaggtgttaagtatggtctgactattacaccacctgacaaatccacac agttccataaaataacatgggagaatgtaacatttctgaaaagatacttcagaccagaca aacagtttcctttccttgttcatcctgtcatgccaatgtcagacatatatgaatcaatta gatggacaaaggaccccaagaatactcaagaccatgtgagatccctgtgtatgctagcat ggcattctggagagaaagagtatg-atgagtttgtacgcggtattcgcagtacagacata gggaaggttcttgtgataccaccttactcagttcttaggcacagatggcttgagttattc tgaacta-----aacc-aaaactatatat---ag-------------------agattt- ---------aatttgag---t--------------------------------------- ------------------------------------ >KM362429.1 Human rhinovirus A39 strain ATCC VR-340, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacctagatcacctacagggtgta---g tacactgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------at at-----------cc-cct--------------ccccg---------------------- ------atgtaac----ttagaagc-a-agcaca------aa-cgtccaatagg-cggtg attat-ccaaatca-c----t-tacggacaagca-cttct-gtct-ccccggcaac--tg ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacagcggaagtcgtcatccgcaaaatgcctacgc aaagcctagtatca-ctctag-aa-ggtgtgtggttggtcgctcagccg------tgaac ct-gacggtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tcacg-ggt----------gtgaagccatt-cattgg acagggtgagaagagcccagtgtgctcatttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccaatgcacacaacccagtgtgtatttggtcgtaacgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt--------tttat-tcttat- ---catattgcctatggtgacaa-tatat-act--------gt----------tatatat tgttatcatgggtgcccaagtgtctagacagaatgttggaactcactcaactcaaaattc agtatctggtggatctagtcttaattactttaacatcaattactttaaggatgcagcgtc cagcggcgcatctaaactagagttttcacaggacccaagcaaattcacagacccagttaa agacgtactggagaaaggcataccaacactacaatcaccaacagtagaggcttgtgggta ttcagacaggataattcaaatcaccagaggtgactctaccataacatcacaagatgtggc caatgccgtggtgggatatggtgtgtggccacactacttaacagcagatgatgcctcagc aattgacaaacccacacagcctgacacatcttcaaacagattttacaccttagaaagcaa ggtatggaagagggattcaaagggatggtggtggaagttacctgatgcactcaaagacat gggaatatttggtgaaaacatgtattaccactttctgggaaggagtggttacactgtaca tgtacagtgtaatgcaagcaaattccatcaaggcacacttctaattgctatggttcctga acatcaacttgccagtgctaactatggtaatgttacagctggatataactacacccaccc tggtgaggcaggaagagatgtgggccaacaaagg--------------acaaataatg-- -aaaaacaacccagtgatgacaattggctaaactttgatggcacactattaggaaaccta cttatattcccacatcaattcataaatttgcgcagtaacaactcagcaacaattatagta ccctatgttaatgcagttcccatggattctatgctcagacataacaattggagtttgcta attatcccagtcagtcctcttgatgcagatacatctgctactgcta---ttgtcccaatt actgtatcaatcagccccatgttttcagaattctcaggtgccagagccaggccag----- -ttgca------------------------------gcag------cacaaggtttgcca gtttatatgacacccggttcagggcagtttttgacaactgatgacttacaatcaccatca gcattaccctggtaccaccctactaaagagattttcataccagggcaagttagaaattta attgagatgtgccaggttgataccatgattccaataaacaacacaaatgaaaga---att ggcaatgttaatatgtacactgtatcattaaccagtcaaacaaaca------cagcagaa caaatatttgcaatcaaagttgacattgcttcacaaccactgtctagcactttgataggt gaaattgcaagttactacacacattggacaggtagtctcaggtttagtttcatgttctgt ggcacagcaaacaccactctcaagttactgctggcatatacacctccaggtatagataaa ccaacaactaggaaacaagctatgcttgggacgcacatagtatgggatgttgggttgcaa tcaactgtctctttagttgtaccatgggtaagtgctagtcattttagatacacaactcca gatacatactcaatggctggatatataacatgttggtatcaaacaaactttgtctttcca ccaaacactccaaacaatgcaaatatgatatgctttgtgtctggttgtaaggacttttgt cttcggatggcgcgcgatactgacatgcatgttcagaatgtaccaattactcaaaat--- ------ccagtagaaaattacatagatgaagtattaaatgaggtattagttgttcccaac ataagagaaagccatccaaccacatctaatgcagccacagctttagacgctgctgaaacc ggtcacacaagtagcatccaacctgaagacacaattgaaacaagatatgtgcaaacctcg catacaagagatgaaatgagtgttgaaagtttcttaggtagatctggctgtattcacatt tccacaatcaccatga-agaaggaa----------------------------------- -aattataatga---------acataattttgtggattggaaaatcaccttgcaagagat ggcacaagttagaaggaaatttgaaatgtttacctatgttagatttgactcagagattac cttagtcccatgtatagctggaaggggtgaag------atattggacacatagtaatgca atacatgtatgtcccacctggtgcacctgtacctaagaaaagagatgattacacatggca atctggaacaaatgcctcagttttctggcaacacggacagccttaccctaggttttcact accatttctaagcatagcctcagcatattacatgttctatgatggatatgatggtgataa atca------tcatctaggtatggtgtttctgtcaccaatgacatgggtacactttgcac cagaattgtaacaaaccaacaggagcacttagtggaggttacaaccagagtttatcataa agccaagcatgttaaagcatggtgccctagagctcccagagcagtcccttacacacacag taatgttacaaattac------aaagtgcgggacgg---------------------tg- --aaccaacactctttataaaaccaagaga---------g---agtctcacc-------- -----------aca------------------gctgggcccagtgacatgtatgtgcatg tgggtaatcttatttacagaaatctccatctttttaactctgaga---tgcatgactccg ttttagtttcttactcatc------agacttagtcatataccgaacaaacactcaaggtg atgactatattcccacctgtgactgcacacaagctacttactactgtaaacacaagaata ggtattttccaatcacagttactagccatgactggtatgaaattcaggagagtgaatatt acccaaaacatatacaatacaacttgttaataggggaaggaccttgtgaacccggtgatt gtggaggaaaactactatgtaaacatggtgtaataggcattattacagctggtggtgaca atcatgtagcttttatagatcttagacact------tccactgtgctgaagaacaagg-- -tgtcacagattatatacacatgcttggagaagcgtttggcaatggatttgttgatagtg tgaaagagcatgtgaaggcaattaatc------cagtaggtaatattagtaagaaaatta ttaaatggatgttgagaattatatcagcaatggttataataattagaaattcttcagatc cccagactatattagctacactgactttgattggatgttcaggatcaccatggagattct taaaagagaaattctgtaaatggacacaactcacatatatacacaaggagtct---gatt cctggcttaaaaaatttactgaaatgtgcaatgcagctagaggtcttgaatggataggga ataaaatatccaaatttattgagtggatgaaatcaa---tgctcccacaagcacaactca aggtcaagtatctaaatgaacttaagagattgaacttatatgagaagcaagttgaaa--- ---acttgcgagtggcagacatcaaaacacaagaaaagatcaagatggaaattgataccc ttcatgatttgtcatgcaagttccttccattatatgcaagtgaggcaaagagaataaaaa ttttacacaacaaatgtgatactataat------caaacaaaagaagagaagtgagccag tggctattgttgtgcatggtccaccaggtacagggaaatcaataacaactagttttctag ctagaatgattactaatgacagtgac------atttattcattgcctcctgatcctaaat attttgatggttatgatcaacagagtgtagtcataatggatgatattatgcagaacccta ctggtgaagacatgactttgttttgtcaaatggtttctagtgtaacatttataccaccaa tggctgacctgccagataaaggtaaagcatttgattctagatttgtgttatgtagtacta atcattctttactagcacccccaacaatcacctctcttcctgccatgaatagacgatttt tccttgatttggacataatagttcatgacaattacaaggatgcccaaggtaaactcaatg tggcagctgcttttcgaccgtgtgatgtcaacacaaaaattggcaatgcacga---tgtt gtccatttgtttgcggtaaagcagtctcattcaaggatcgaaattcatgcaacaagtata ctcttgcacaaatatacaacataatgcttgaagaggataaacgcaggagacaagtgatag atgttatgtctgccatatttcaaggaccaatcagtc---------------------tac agaatccacccccacctgcaatagctgatcttcttcaatcagttagaactccagaagtga ttaaatattgtgaggtgaacaaatggataattcctgcagagtgtaaaa---tagaaaaag aacttaatttagctaatacaatcattacaataatagccaatgtaattagtatagctggta ttatatatgtgatatataaattattttgcaccctacagggtccatattcaggtgaac--- ctaagcccaaaactaagatcccagag---cgaagagtagttgctcagggtccagaagaag aatttggaagatctttgattaaacataattcatgtgtagtcacaacacaaaatggaaagt ttactggtttaggaatttatgatagggtcatgattatccccacacatgctgatccggaca aagaggtccaaattgatggaataactaccaaagtactggattcatatgacctatataata aggatggagtaaagctagaaatcacagttttgaaattggatagaaatgaaaaatttagag atattagaaagtatatcccagagaatgaagatgactaccctgaatgtaatttggctctgt ctgcaaaccaacctgaaacaaccattcttagtgttggtgatgtagtatcctatggtaata ttctacttagtggaaatcaaacagctagaatgcttaaatacaattatcccaccaagtctg gatattgtggtggtatactttacaagattggacaggttttgggaattcatgtgggtggca atggtagagatggattttcagctatgttgcttagatcttactttacagacacacaaggtc agatcacactatcaaagaaaaccagtgaatgtggattacctagtatacacaacccaagca aaacaaaattgcagcccagtgtattttatgatattttccctggctctaaacaaccagctg ttctatctgaaaaagatactcgacttcaggttgacttcaatgaagctctgttttcaaaat ataaagggaatgttgactgtcctatgaatgatcatataaaaattgcctcatcacattatg ctgcacaattaattacccttgacatcaatccaaatcctattacacttgaagatggtgtct ttggcacagaaggactggaagctttagacttaaacaccagtgctgggtttccttatatca caatgggtatcaaaaagagggatcttattaacaataggacaaaagacataagtagactta aacaagcaattgataaatatggtgttgatttgcccatggttactttcttgaaagatgaac ttagaaaggaagaaaaaatttcaaagggtaagactagggttattgaagcaagcagtgtga atgatactttgctgtttagaacaacttttggaaatctcttttcaaaatttcatttgaatc ccggaatagttacaggttcagcagttggttgtgatccagaaacattttggtccaaaatac cagctatgttagatgataaatgcataatggcttttgattatacaaactatgatggtagta tacaccctgtttggtttcaggcacttaagcaagttctttcagatctttcatttgatcca- --tccttaatagatagactatgtaaatctaaacatatttttagaaacacttattatgagg ttgaaggtggggttccatcagggtgttcaggtaccagcatattcaacactatgatgaata acattattattagaaccctggtgttggatgcatacaaaaatattgacctggacaaactta aaataatagcatatggtgatgatgtgatattctcatatgtttatgagttggacatggaag caatagctatggaaggcaagaaatatggattgaccattacccctgctgataagtctgata atttcaagaaattagattatagtaatgtgactttcttgaaaagaggatttagacaagatg aaaaatataattttctgattcaccccacttttccagagagtgaaatctttgaatctatta gatggacaaagaaaccttctcagatgcaggagcatgtgctatccttgtgtcacttaatgt ggcataatgggcagagtgcttata-ggagttttgtagagaggatccgcagtgttagcgct ggacgtgcactgtacattcctccctatgatttgctcttgcatgaatggtatgagaaattt taact-------a-at-caattgatatag---aa-------------------atattaa --acg-aatagtttgt------------------tagttttataaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa-----aaaa >KY369899.1 Human rhinovirus B4 strain SC165, complete genome -----------------------------------------gacccactgggtgta---g tgctctggtatttt-gtacccttgcacgcctgtttcccatttgta--------------- -----------ccct-tcc-----ttgatttcctcccc---------------------- ------atgtaac---gttagaagt-ttcggaatt---ttaa-agtacaatagg-aagcg ccacatccag-----tggtgt-tgtgtacaagca-cttct-gttt-acccggg---gcga ggtataggctgtgcccacggccaaaaaccttta--accgttatccgccaaccaactacgt aacggctagtatca-tcttgtt---tctgacttggcgttcgatcaggtggt----aaccc cc-----actagtctggtcgatgaggctaggaattccccacgggcgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccagcccagctttt-----gct----------gggacgccttt-tcaaag acatggtgtgaagacccgcatgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctggagcccagtgacataatccaatgttatttgggtcgtaatgagtaatt ccgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-cttta-- ----taatgtcttatggtcacag-catat-atat-------------tg----tatatac tgtgatcatgggcgcacaagtgtcaacacaaaagagcggttcacatgagaatcagaatat tcttaccaatggatcaaatcaaactttcactgtcataaactattacaaggatgcagccag ctcatcatccgccggccaatctttgtcaatggacccaagcaagtttactgaaccagtcaa agatctgatgttaaagggtgcaccagctctgaattcacccaatatagaagcttgtggtta tagtgatagagtcgagcaaatcaccctaggaaattctacaataacaactcaagaagcagc aaattcaattgtagcatacggggagtggccatcatttctcgatgattctgatgcaagtga tgtgaataaaaccacaaagcccgacacttcagcatgtagattttacacattggatagtaa aacttggactaatcagtcaaaagggtggtgttggaaacttcctgatgctttaaaagatat gggaatatttggacaaaacatgttcttccattcgcaaggcagaacaggctacaccataca tgtacagtgtaatgcaacaaaattccacagtggttgtctattagttgtggtcataccaga gcaccaattggcatctatacagggaggaagtgtatcagtgtattatgagaaaacccaccc aggagaaaagggaatagatcttagtgaaacagat---a---------------------- -ctgatggtccaatgttggatccattatacatgatggatgggacactaattggaaatagt ttgatttttccccatcaatttataaatttgagaacaaacaacactgcaacaattgttgtt ccttatatcaattcagtacctatggattcaatgaccaggcacaacaatctgtctctaatg gtaattcctcttgtaaatatcactgcaacaagtggtgcagctccat---caatacccatc acagtaacaattgcacccatgtacttagagttatctggcattagatctagaacagtaa-- ----------------------------------------------tacaagggctcccc actgtcttaacacctggttcagaacaatttcttaccacagatgacagacagtctcctagt gcaatgcctaattatgaaccaacccctttaatccacattccaggagaagttaagaatctg ttagaaattgcccaggtggacacactaatacccataaacaatgctcaagga------gtt acaggattagaaacatacaggatccctctttatcaaagc---------agacaaggtcaa caagtctttggattcagactttacttgggggatggtgttttgaaaacaacaatgctaggg gaaatctgtcagtacttcacccactgggctggctccttacgtctatcatttatgtacacg ggaccagccctttccagtgcaaaattacttattgcctacacaccacccgggacatctggc cccactgaccgcaaagcagctatgttgggtacacatgtggtttgggatattgggttgcag tctacagtagttctcaacattccctggacttcaggagttcaatacagatacacagaccca gacacatacaccagcgcaggatttgtttcatgctggtaccaaacttcattagtattaccc cctcaagtagagcaaacagtgtatatgcttggctttgttagtgcatgcccagattttaaa ttaagacttatgaaagacacacaatccatacaacaagaaacagcattaacggaaggg--- ------ctaggtgaagatttaatggaagtcattgtcgacaaaactcaccagacattggct tccgtgaagagtgattcaaaacacactcagaaggtacctgcactcacagcaaatgagact ggagccacactaccaacaacaccctcagacaatgtagaaaccagaacaactttaatgcac tatagaggatcagagacaactttggaaaacttcttaggtagggctgcatgtgtgcatgtg gtagaaattaaaaaca-aacaagccacaga------------------------tgacac taatcataaaaga---gagtt---gttattcaatgattggaaaattagtttatccagttt agttcaacttagaagaaaattagaactgtttacttatgtcagatttgattcagagtacac cataatagctaccagttctcaaccagaggatgcaaattactcaagtaaccttactgttca agcaatgttcataccaccgggtgccccgaacccaaccaaatgggatgattacacatggca aagtgcaaccaatcccagtgtattctttaatgtaggaaaatctg---ccagattcagtgt tccctatttgggaattgcttcagcatacaattgcttttatgacggttattcacatgataa caaa------acaacaccttatggaatcaacgtattgaaccacatgggttccatagcatt cagagtggttaatgagcatgacaagcacacaacacatgtcaagattcgagtttaccacag agcaaaacacattagagcttggatacccagagcacctagagctttacagtatttgtatat tggaagaacaaattatagtcca------------------------------------a- --accctgatagtcccatcaaaaccagaga---------t---acaattaac-------- -----------act------------tacgggttagggcccagatttgggggggttcaca ctgggagcatcaaaataatgaattaccacctgatgactcacgagg------ataacttga ggcttttaacacccatgcctgagagagatctagcaatagttgatgcaagggctcatggtt ctgaaacggtaccacaatgtggctgtacatctggcgtttattattccagatattataaca agtactacccagtagtatgtgaaaaacccacttgtgtgtggatagaaggaaacaactatt atccaagtagatatcagcagggagtcatgaagggcgttggcccagcagaaccaggtgatt gtggtggcatcttgagatgtgttcacggacccataggtctcctcactgcaggaggtagtg ggtttgtgtgctttgctgacattaggatgttggaattgttcaaagctcagtatcaggg-- -tatatcagattacattgttaatcttggcaaggcctttggaacaggatttactgatcata tcaatgaaaaggtggctgaacttcagaacatctcaatgggctacctaaacactaaagttt tgtctaaaataatcaaaatagtttctgctttagtcatcatttgcagaaaccatgatgacc taattacagtcacagccacattagcattacttggttgtgatggatccccatggaggtacc tcaaaatgtatatcagcaaacatttttgtctaccctacatagaaaggcaatctaatgatt tgtggtttaaaaagttcaatgatatgtgcaatgctgccaaaggtcttgagtggattgcca ccaaaatatccaagctgattgattgggtcaaacaaaagattctacctcaggcaagagaca agttggatttttgtaaaagacttaaacagttggatattttggaaagacagattgacaccc tacatgtgaatcaggtgaatgataatgacagggaaacattattcaataatgttttatggc tagaacaaatgtcacagaagtttgccccattgtatgcagttgaagcaaagaggataaaaa gtttaaaaaacaaaatcacaaactttatacaatttagatcaaaacaccgtacagaaccag tatgtgtcctcatacatggtacaccaggatcaggcaaatcattaactacttcattaattg gtagggctattgctgacaattataactcatctgtctattcattaccaccagatcccaaac actttgatggataccagcagcaagcagtcgtcatacttgatgacttgaatcaaaacccta atggtgaagatattagcacattctgtcaaatggtttcatcagttgacttcatcccaccta tggcaaacctagacaataaaggtatgctattcacaagcagctttgttctggcttccacaa attcccagacattaaaccccccaactattctgaatccagaagctttggcacgtagatttg gttttgatttagatatgtgtctccacactacatttaccagatct---ggaaaactgaacg ctgcattggcgtcagagttatgtaaagactgtcacaagccagctaactttaaaaagtgtt gtcccctcatttgtggaaaagccttgagtctagttgatagacacacaaatgttaggtata gtatagatcaattagttacagcaataatcactgagcatgtaaacaagaccaaaatatcaa attcattggaggttctcttccagggacctacttacaaagatcttaatattaatgtcacaa caacaccaccaccagaatgtattgtagatttactaaaatcagtagataatgaagaagtta ggcaatattgtcaagaaaagaaatggcttattccagaaattccaaccaatgttgaaagag cagttaatcaagcaacaaacttaataaacactatactgatgttcattactactcttggca taatctatatgatctataaactctttgcacaaactcaaggcccatattctggtttagatg gaaaatccaagctaaaaccaccaacacttagagctgtagtaacacaaggacccaacacag agtttgctttgtccctactcagaaagaatatagtaactgtcactactaataaaggtgaat ttactggtcttggcatttatgacaggatgttagttattcccacccatgcacaaccatctg atcaagtattaatcaatggattctctaccaatgttaaggacaaatggaagttagttgatc cagacaacttaaatttggaaataactgtcattgaactagacagaaatgaaaaatttagag atatcagaatgtttatagcagatgaacct---gaatgcaatgaagccactcttgttataa actcaaacaactttaaggatactatactcacagttggaacaactactttggcaggcatta ttaatctcagcaacacaccaactgctagaatgatcagatatgatttccccactaagacag gccagtgtggaggggttttgtgctctaccggcaaaatctatggtatacatgtgggaggaa atggaagacaaggtttttcagcacaattgaagaaacagtattttgtgcaaaaacaaggtg agattattcaaagaaagaatgttagagaactagacataaaacccatcaatacccctagca aaaccaagttgcacccaagtgttttttataatgtcttcccaggcaccaaagaaccagcag tcctacaccctggtgacagtagattggaggtagactttgaagaatcattattctcaaaat acaagggtaatgtaaagatggaaatcacagacaacatgagagttgcaattgaccactact ctggtcaattgttgtcattagacattcctactcaggaactcaccctcaaggaggcacttt atggaacagatgggttagaaccaatagacttaaacaccagtgctggatatccatatgtta gtttaggaatcaacaaaaagtccatcttgaacagagaaacaaaggaggttgccaagatgc aagagtgcttaagcaagtatggaattgatctccctctaattacatacataaaggatgaac tcagaggtaaagacaaaatcagattgggcaaaagcagattaatcgaggcatccagcttaa atgattcagtaaatatgagaataaagttaggtaacttgtacaaagcattccacaaaaacc caggtgtgttgacaggttcagctgttgggtgtgatcctgatactttctggtcagtgattc cttgcctgttagatggagaat---taatagcttttgattactcaaactttgatgcaagtt tatctccagtgtggtttaattgtttagaaattgtgttagaaaagttagggtttcagtgtt ctaacctaatacagcaaatatgcactacacaccacatttttagggaccaaatttatgtag tggagggtggtatgccatcaggatgctcaggaacatctatctttaattctatgattaaca atataattattaggaccttgatacttgatgtttataaaggcattgatttggactctttaa agatcatagcatatggtgatgatgttattatctcatacccctttactctggactcagaag ttattgccaaacagggaagcaaatatggattgacaatcacaccaccagataaatcaccaa attttacaaaaatgaattgggacaatatcactttcttgaaaaggtatttcaaaccagatt caaatttcccattcttgatacatccagtgatgccgatggctgatatacaagaatccatta gatggactaaagatccgaaaaacacacaggatcatgttaggtcactatgtatgttagcat ggcactcaggtgagcaagaataca-acaaatttgtagaaggaattagaagtactgaaatt ggcaaagttttagtaataccatcttactctgtcttaaggcgtaggtggttggacttgttt taatcccttctttgtt-tat---atatat---ag-------------------agtgtt- ---------aatttagtgtagtgaattt-------------------------------- ------------------------------------ >KY967365.1 Human rhinovirus B3 strain SC2606, complete sequence -------ttaaaacagcggatggg-ta---tcccaccatccgacccactgggtgta---g tactctggtacttt-gtacctttgtacgcctgttcttcccat-----------t----gt ac---------cctt-cct------aaacttccaaccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagc-tcaactttc--------agtacaatagg-aagca ccacatccag-----tggtgt-ttagtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggctgtacccactgccaaaagccttta--accgttatccgccaaccaactacgt aaaagctagtaaca-tcatgtt---tgtaaatgggtgttcgatcaggtgga----tttcc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggaattccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcgtat-----gct----------gggacgccttt-ttatag acatggtgcgaagactcgcatgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccctggagccttgagtcacaatccagtgatggcaaggtcgtaatgagcaatt ccgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----a---ttttt-cttat-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atag-------------ta----tatatac tgtgatcatgggcgctcaagtatcaacacagaagagtggatctcacgagaatcagaacat attaactaatggatctaatcaaacctttacggttattaattactacaaggatgcagcaag ttcatcttcagctgggcaatctctttcaatggatccatcaaagtttacagagccagtcaa agacttaatgttgaaaggagcaccagcactgaattcaccaaatgttgaagcatgtggtta cagtgatagggttcaacagatcactctaggtaattccaccataaccacccaagaggcagc taatgcagttgtatgttatgctgagtggcctgagtatttgtcagatagtgatgctagtga tgtgaacaaaacatcaaaaccagacacctctgtttgcagattttacacactggacagtaa aacatggaaagctacttctaaaggctggtgctggaaactgcctgatgcccttaaagacat gggggtatttggtcagaacatgttttaccactcacttggtagaactggctacacagtaca tgtacagtgtaatgccaccaaatttcacagtggttgcttactggttgtggtcatcccaga acatcaactggcctctcatgagggaggaactgtttcagttaagtacagatacacacatcc aggggatcgaggcattgacctagataccgtcgaggtcg---------------------- -cgggtggccccaccagtgatgccatctacaacatggatggaacccttctaggaaacctt ttgattttccctcatcaatttataaacctgaggacaaacaacacagctacaatagttgtc ccctacataaactcagtgcccattgactcaatgaccagacataacaatgtgtcattaatg gttgttccaattgccccgcttaatgcacctactgggtcttctccca---cattacctgta actgtcacaattgcaccaatgtgcacagagttcactggtattagatctagatctatag-- -tacca------------------------------------------caaggattgcct accaccaccctaccaggatctggacaatttctaactacagatgacagacaatcaccaagt gctttaccaagttatgaacccacaccaagaatacacattccagggaaggtgagaaatttg ttggagataatacaagtagatacattaattccaatgaacaatacagggaca------aat gacaatgtcacaaattatcttattccactacatgctgac---------agacaaaatgaa cagatatttggtacaaaactcttcattggtgatggtgttttcaaaacaactctgttaggt gagatagcccagtactatacacactggtctgggtcccttagaatctcacttatgtataca ggaccagctttatccagtgcaaaacttattttagcatacactcctcctggtacacgtggc ccagaagatagaaaggaagcaatgttaggaacgcatgttgtgtgggatattggtctacaa tccactatagtcatgaccattccatggacatcgggtgttcagttcagatatacagaccct gatatttatactagtgctggttatctatcatgctggtatcaaacatcactcatacttcca ccacaaaccagtggacaagtctatcttttatctttcatcagtgcttgcccagatttcaaa ctcaggttaatgaaagacacacaaaccatctcacaaactgatgccttgacagaaggt--- ------cttggtgatgagttggaggaagtcattgtcgagaaaactaaacagacattggct tccgtgtcttcgggacctaagcacacacaaagtgttcctgccctaactgcaaatgaaaca ggtgccacgcttcccacacgaccatcagacaatgtggaaaccagaaccacttacatgcac ttcaatggttcagaaacagatgtagagagcttcctcggcagagcagcttgtgtgcatgtg acagaaatcaaaaaca-aggatgcagctgg------------------------cttaga caaccataagaaa---gaggg---tctatttaatgattggaaaattaacctttcaagcct tgttcaacttagaaagaagttggaactcttcacttatgttagatttgattcagaatacac tatcttagctacagcttcacaaccagaggcatctaattattctagtaacttaactgtcca ggcaatgtatgtacctcctggtgcacctaaccctaaggaatgggatgattatacatggca aagtgcttctaaccccagtgtgtttttcaaagttggtgagactt---ccagattcagtgt cccttttgtgggcttagcatcagcatataattgtttctatgatggttactcacatgatga tcag------gacactccctatggcataacagtattaaatcatatgggtagtatggcatt tagagtagtcaacgaacatgatatccatactacgattgtaaaaatcagggtttatcatag agccaaacatgtagaagcatggatcccaagagcacctagagctttgccgtacatgtccat tggacgcactaactaccctaga------------------------------------g- --actcaaaaacaatcataaagaaaaggcc---------a---aatataaaa-------- -----------aca------------tatggaccaggacccaggtttggtggagttttca cgggcaacgtgaaaataataaattatcacctcatgactccagaag------atcatctga acttgatagccccttacccaaacagagatttagcagtagttgctactggagcacatggag cagagaccatcccccattgtagttgtacatctggtgtttattattccagatattacagaa aattttatcccattatttgtgagagacctacaaacatttggattgagggtggcccgtact atccaagtagatatcaagctggagtaatgaaaggtgttggaccggcagaaccaggagatt gtggtgggattctcagatgtgtacatggtcctattggaatactaacagctggtggtagtg gttatgtttgttttgcagacataagacaactgg---acttcattgcagatgaacaggg-- -cttgggtgattacataaccagtttggggagagcatttggcactggctttactgaccaaa tctcagcaaaggtctgtgaacttcaggatgttgcaaaggactttctaacaacaaaggtat tatccaaggtggttaaaatgatttcagccttggttatcatttgtagaaaccatgatgatt tagttacagtcactgctaccctggctctactaggatgtgatggttctccatggagattcc tcaaaatgtacatatcaaaacacttccaagtaccttacattgaaagacaagcaaatgatg gctggttcagaaaattcaatgatgcttgcaatgcagcaaaaggattagaatggattgcta acaagatctcaaaacttatagaatggatcaagaataaaattctaccccaagccagagaaa aacttgagttttgcagtaagttaaagcagttagatgtattagagagacaaatagcatcca tacacgattctaaccccacccaagagaaaagggagcagttatttaacaatgttttgtggt tggagcagatgtcacaaaaattctcacccttgtacgctacagaagcaaagagaatcaggg atcttaaaaacaagattactaattacatgcaatttaagagcaagcagagaaccgaaccag tatgtgttttaatacacggtacaccaggttctggcaaatcattaaccacgtccattgtgg gccgtgcactagcagagcacttcaattcatctgtttattctttaccccctgatccaaaac attttgatggttaccaacaacaagaagtggtgattatggatgacttgaaccagaaccctg atggacaagacatcagcatgttttgtcaaatggtttcttcagtagatttcttaccaccca tggctagtctagacaacaaagggatgttgttcaccagtaattttgtattagcttcaacca attcaaatacattgagtcctcccactattctaaacccagaagcactaactagacggtttg gatttgatttggatatctgtttacacagtacatacacaaagaat---ggcaaattaaatg cagcaatggcaaccagtttgtgcaaagattgtcaccaaccttcaaatttcaagaaatgct gtccattagtttgtggtaaagctatcagcttagtggatagggtttccaatgttagattta gcatagatcaattagttactgctatcataaatgattataagaacaaggtcaaaattacag attcacttgaagtgttgtttcaagggcccgtgtacaaggacttagaaattgatgtatgta acacacctccacctgaatgtatcagtgatctactaaagtcagtagattcagaagaagtta gggaatattgcaagaaaaagaaatggattatcccacaaattccaaccaacatagaaagag cagttaatcaagcaagtatgataattaatacaattttaatgtttgttagcacactaggca tagtttatgttatatacaaactatttgctcaaacacaagggccctactctggaaatccag ttcacagcaaacttaaacctcccactttaaaaccagttgtggtgcaaggacctaatacag agtttgctttgtccttgcttagaaaaaacattcttacaatcactacagagaaaggggaat ttactagtttaggcattcatgatcgtatctgtgttttgccaacacatgctcaaccaagtg atagtgtccttgtgaatggacaaaagattcagatcaaagacaaatacaaactagtagatc cagataatactaatttggaactcactataatagaattggacaggaacgaaaagttcaggg atattaggggttttatatcagaggactta---gaaggaatagatgcaaccttagtagtac actccaatggattcactaacactatgttagatgtgggaccaataaccatggctgggctta tcaacttaagtaatacaccaacaaccagaatgattcgctacgactacccgacaaaaacag ggcagtgtggaggtgtgttatgcacaactggaaagatatttggaatacacgttggtggta atggcaggcagggattttcagcacaactcaaaaagcagtactttgtggagaagcaggggt taatcacttccaaacagaaagtgagagatgttggattaaatccaataaatacacccacca aaaccaaacttcaccctagcgtattttacaatgtatttcctggaagcaaacagcccgcag tacttagtgataatgaccctaggcttgaggtaaaattaactgaatctttgttttcaaaat acaaaggcaatgtccagatggaacctactgaaaatatgctagtagctgtagatcattatg caggacagttaatgtcattggacatacccaccaaagaattaacacttaaagaagcactgt atggagtagatggcttggaaccaatagatgtaacaaccagtgcaggatacccatatgtta gcttagggataaagaagagagatatattaaacaaggaaactcaagatatagagaaaatga agttttatttggataaatatggaatagatttgccattagtcacatatataaaagatgaac tcaggagcgcagataaagtgcgcttaggaaagagtaggttgattgaagcatcaagtttga atgattccgttaacatgagaatgaagttgggcaacctgtacaaagctttccatcagaatc caggtataataacagggtctgcagtgggatgtgatccagatgttttctggtctgtcatac cttgcctaatggatggacact---tgatggcatttgattattcaaattttgatgcatccc tttcaccagtttggtttgaatgtttggagagagtcttaagcaagttagggtttaaatatc ccacattgatacagtcaatttgtaacacacaccacatcttcagagatgagatctacaaag tggagggaggcatgccatcaggttgctcaggaactagtatatttaattccatgataaaca acatcattatcaggacattaattttagatgcctacaagggtatagatcttgacagtctta gaatactggcttatggtgatgatttaatagtttcatacccctttgaactagattctaaca tcttagcaacaataggtaaaaattatggtttgaccattactccacctgataaatcagaca catttacaaaaataacatgggaaaatattacatttcttaaaaggtattttagacctgatt cacaatttccctttttgatccacccagtaatgccaatgcaggatatctatgagtcaatta gatggacaaaggatccaagaaatactcaagatcatgtcagatcactgtgcatgctagcct ggcactcaggtgaaaaagattaca-atgattttatagccaaaattagaacaacagacatt ggcaagtgtctcaatctacctgaatacagtgtcctgcgaaggcgctggctggatttattt taaagaa-------at-aga---t------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >KY369900.1 Human rhinovirus B27 strain SC275, complete genome ---------------------------------caccatccgacccacagggtgta---g tgctctggtatttt-gtacctttgcacgcctgttttcccatc----------------gt ac---------ccct-cct-----taaa-ttcctcccc---------------------- ------aagtaac---gttagaagt-ttaaggaaa---ccaa-tgtacaatagg-aagca tcacatccag-----tggtgt-aatgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataagtggtacccaccgctgaaagccttta--accgttatccgccaatcaactacgt aatggctagtatta-tcatgtt---tgtaatctggcgttcgatcaggtggt----tcccc cc-----actagtttggtcgatgaggctaggaactccccacgggcgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagctctt-----gct----------gggacgccttt-ttatag acatggtgtgaagacctgcatgtgcttgattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgcagcataatccaatgttgttgaggtcgtaatgagcaatt ctgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-cttta-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atag-------------ta----tatatac tgtgatcatgggcgcacaagtgtcaacacagaagagcggttcgcacgaaaaccaaaatat ccttactaatggatcaaatcaaacttttacagtcataaattattataaagatgcggccag ttcgtcatcggctggtcaatcattctcaatggatccatcaaaattcactgaaccggtcaa ggacataatgctcaagggtgcaccagctctaaattctccaaacattgaagcatgtggtta cagtgacagagttgaacaaataaccattggcaattcaacaatcacaactcaagaagcagc caatgcagtagtggcctatgctgaatggcccagctttttaaaagatgatgatgctagtga tgtgaacaaacctactagaccagacacatctgcttgcagattttacacacttgctagcaa gacatggagtcgtgattctaaaggctggtgttggaaattaccagatgctctcaaagacat gggaatatttggacaaaacatgttctatcattctcaaggcagaactggatatactatcca tgtgcaatgcaacgccacaaaatttcacagtggaactttactggttgtaaccattccaga acatcaattggcatcagcagagggtggaaatgtctcagttttctatgatcaaacacaccc aggggagagggggattgatctgggaacagttatt---g---------------------- -aaaaaggaccaatgactgacccaatatataacatggatggaacactacttggtaatgct ctcatctttcctcatcagttcattaacctgagaaccaataatacagctacaatagtagtc ccatacataaactcagtcccaatggattccatgaccagacacaacaatttgtcacttctt gtaataccagttgtaccaattactgctaacaccgggtcaccaccca---gtatacctgtc actgtaacaatagcaccaatgaaccttgaattgtcaggaattagatcaaaaacagtgg-- -tgaaa---------------------------------------gaacaaggccttcct acaacactaacacctggttctgaacagttcttgaccacagatgacagacaatctccttca gctctaccaaattatgaaccaactccactcatacacatccccggtagggttaccaattta ttagagttgatacaggttgatacaatgattccaattaacaatgtgacagat------ttg gacacaatagaaaaatatagaataccattgatgcagaac---------ttgcaagaacag caagtctttggtttctccctgtttttgggaggagatgttttaaagacaacattactaggt gaaatagcacagtattacactcactgggcaggttcaattagaatatcattcatgtacacg ggtccggctttgtctagtgcaaaactgttacttgcatatacaccaccaggagcaccaggg cctacaagtaggaaagatgcaatgttaggtacccatataatttgggatattggtttgcag tcaaccatagtgatgaacataccctggactgccggatcccagtttagatatacagaccca gacacctacacacacccgggtttcatatcatgttggtatcaaacctcactagtactacca ccagatacaaatcagaaggtgttcataattggattcattagtgcatgtccagatttcaaa cttagattactcaaagacacatcatcaatttcacaaactgaagcactaactgaggga--- ------ttaggagaggagcttgaggaagtgatagtcgacaaagcgaaacagactattgct tccgtgtcaagtaattccaaacacactcagaaggtcccgacactatcagcaagtgagaca ggggcaactcttcctacagttccatctgacaatgttgagaccagaaccacatacatgcac tatgatggtacagaaacaagtttagaaagcttcttaggcagggctgcatgtgtacatgtc acaaccatagaaaaca-agctccccacaac------------------------aggcac aactcataaagaa---cagaa---gttgtataatgattggaaaataaatttatcaagcct agtacaattaaggagaaagttagacatgttcacctacgttagatttgattcagagtatac tattattgccacatcctcgcagcctcaggcagcacaattttcaaacacattaacagtaca agcaatgtttatacctccaggagcaccaaacccggtagaatgggatgattacacctggca gagtgcttcaaaccccagcgtcttctttaatgttggtaagtcag---cacgtttcagtgt cccctatttaggtattgcttcagcctataacaacttttacgatggctattcacatgatag caag------accactgtttatggtataaatgtattaaatcatatgggtagtatagcatt tagaatagtcaatgaaaatgatgttcatctcaccaaagtcagaattagagtttatcaccg tgccaagcatgttttggcatgggttcccagaccccccagggcaaaaccatacctttcaat aggtagaaccaattatgac---------------------------------------a- --aaacaggaaacataatcccaaaaagaaa---------t---aacatctca-------- -----------act------------tatggacttggtccaagatttggtggcatatgca cagggaatataaaaataatgaactatcatctaatgactcatgaag------atacactaa atttgcagaccccacttccagagagggatttagcagtaatcaatataaatgctcatggtt cagaaactgtccctcaatgcagctgcacagttggtgtttattactccagatattataaca aatactacccagtggtctgtgaaaagccaacatgtgtgtggattgaaggtaataactact accctagtagataccagcaaggagtcatgaaaggagtgggtccagctgaaccaggggatt gtggtggtatacttaggtgtatacacggaccaattggcattctaacagctggtggaggtg gttacgtctgttttgctgacattaggggcttggacatgtttcgagcagaataccaggg-- -aatatcagattacatattaaacctaggaaaggcatttggtactggctttacagatcaca ttagtgagaaggttagtgaactccaaaacatcaccatgggatacttaaatacaaaagttc tttctaaagtaattaaaattgtctctgctttagtgattatatgtagaaaccatgaggatt tagttacagttactgcaaccttagcattgttagggtgtgatggctcaccttggagattcc taaagatgtatatcagtaaacacttccacctgccctacattgaaagacaatcaaatgatt tatggtttaagaagttcaatgatatgtgtaatgcagctaaaggattggaatggatagcaa acaaaatatcaaaattaatagagtggattaaaaacaaaattctaccacaagccagagata agttggacttctgtaaaaggctcaaacagctagacattttagaaaggcagattgacacct tgcacatgaaccacaccaacgaaaatgatagggaaacattattcaataatgtgttgtggt tggagcaaatgtctcagaagtttgcaccgctatacgctttagaagcaaagagaattaaat cactgaagaataagattaccaatttcatacagtttcgttcaaaacacaggacggaaccag tgtgtgtgttgattcatggtacaccagggtcaggtaagtctctgaccacctctttgattg gtagatctattgctgacatacataaatcttcagtttattccctcccacctgatcctaaac actttgatggttaccaacaacaagcggtagttattttggatgatctaaatcagaatccca atggtgaggatataagtactttctgtcaaatggtgtcatcagttgatttcattccaccaa tggcaaacttagataataaaggcatgttgttcacaagtagctttgttttagcttccacaa attcacagaccctcaaccctccaactgtattaaacccagaggcattggcacgtaggttcg ggtttgacttggacatgtgcttacattcatcatttacaaaatca---ggcaaattaaatg cagctatggcatgtgaattgtgcaaagattgtcataaaccaacaaattttaaaaagtgct gtccgttaatttgcggaaaagccctcagcttagtagatagacacaccaatgttaggtata gtatagaccagctagttacggctatactacaagagcataacaataagacaaaaattacca actctcttgaagtcctctttcaaggtccagtgtacaaggacatgactattgatgtctatg acaaacctccacctgattgtatagtggacttactcaaatcagttgatagtgaagaagtga gacagtactgcagagaaaagaaatggctcatccctgaaataccaacaaacattgacagag cagttaatcaagcaacttctttaatcaataccatactaatgttcattaccaccatgggta tagtatacatgatctacaagatgtttgctcaaactcagggtccatattctggattagata gtaaaactaaactgaaagcaccagtactgcgtgcggtagttacccaagggcccaacactg aatttgcattatcattacttaggaaaaacattgtcacaataacaacagccaagggagaat ttacagctttagggatttatgacagaatctgtgttgtccccacgcattcacaaccagaaa atgaggttcttctcaatggttataatgttagaatcaaagacaagtggaggttagtggatc cagacaacctaaatctagagattacagttctagaattagatagaaatgaaaagtttagag atatcagaatgtttattgctgatgaatca---gagtgtcctgatgcaagtctagtgattc actccaacaactataaagacaccataatgtcagtgggtcacattacaatggctggcataa ttaatttgagcaacacacccacagccagaatgattagatatgattatccaaccaagacag gacagtgtggtggagttttatgctcaacaggtaaaatttatgggattcatgtgggtggaa atggaagacaaggtttttcagctcagctcaaaaaacagtattttgtccaaaaacaaggtg aaataattagtaagaaaaaggtacacgatctgggcctaaaacccataaacacaccaaaca aaacaaaattacttcccagtgttttctataatgtattcccagggacaaaagaaccagcag ttttacatccagcagatgaaagattggaagtgaattttgaggagtcactgttttcaaaat ataaaggtaatgttaagatggagattagtgacaacatgatcattgctatcgatcattatg caggtcagttactgtccttagacatccccaccaaagaactttcattaaaagaagctttgt acggtacagatggcctagaacctattgacctcaataccagtgcagggtacccttatgtta gtttaggcatcaagaaaagagctatattgaataaagagacccaggacacaactaaaatgg aagaatgcttgagcaaatatggcatagatctaccactagttacatacattaaagatgagc ttaggggaaaagataaagttaggttagggaaaagtaggttaatagaagcatctagtttga atgactctgtgaacatgagagttaagttaggtgaactgtacaaagcatttcacaaaaacc ctgggatattaactggatctgcagtagggtgtgatccagataccttttggtctatcatac caagtttactagatggtgaat---tgttagcttttgattattcaaactttgatgctagtt tgtccccagtgtggtttgactgtttagagcaggtacttaggaaattgggatttgagtcag ctgatctgataaagaagatatcaaccactcaccatatatttaaggaccaaatttatgtag ttgaaggaggaatgccatcaggttgttcaggtactagcatttttaattcaatgattaaca atataattattaggaccttgattcttgatacatataaaggcattgacttggataaattaa gaataatagcatatggagatgacatcatagcttcatacccctttgaattagattcagaga agattgctcaacaaggtgttaagtatggtctgactattacaccacctgacaaatccacac agttccataaaataacatgggagaatgtaacatttctgaaaagatacttcagaccagaca aacagtttcctttccttgttcatcctgtcatgccaatgtcagacatatatgaatcaatta gatggacaaaggatcccaagaatactcaagaccatgtgagatccctgtgtatgctagcat ggcattctggagagaaagagtatg-acgagtttgtacgcggtattcgcagtacagacata gggaaggttcttgtgataccaccttactcagttcttaggcacagatggcttgagttattc tgaacta-----aacc-aaaactatatat---ag-------------------ag----- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >FJ445150.1 Human rhinovirus 68 strain ATCC VR-1178, complete genome -------ttaaaactgggtccaggttgtt-cccacctggatctcctacgtggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------ctc-ccc-------------tacccc-tct------------------ ------atgtaac----ttagaag--t-ttatgca----cag-cggccaatagg-tgaca tttat-ccaaaatg-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gtta-ccccggttag--aa ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaattttgatcgttatccgcaaggcaactacgc aaagcctagtacca-tttttg-at-gatgtgtggttggtcgctccactg------tgaac cc-gacagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtacccttttgcg-ggt----------acgaagccata-catttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgcctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgtgcacaatccagtgcatggctagtcgtaacgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-c--------ata--ata----tatatat tggcaccatgggcgctcaggtatctagacaaaatgttggaactcactctactcaaaatgc tgtgtcaaatggttcaagcctaaattattttaacattaactattttaaggatgcagcttc tagtggtgcttctagattggatttttcacaagatcctagtaaatttacagacccagtcaa agatgttctaatgaaagatataccaacattacaatcaccatctgttgaagcatgtgggta ttcagacagaattatccagataacacgtggaaactcaaccatcacttcacaggacatagc taatgctgttgttgcctatggtgtttggccacaatacttgtctcctgatgatgctagtgc aattgacaaaccaactcatccagatgtttcatccaacagattctatacgttggatagcaa agaatggactaatgaatctaaaggttggtggtggaagttacctgatgctctaaagaacat gggcatatttggtgagaatctgttctatcatttccttggcagagccggatacacagtcca tgtacaatgtaatgccagtaaattccatcagggtactttagtggtggcagcaatacctga acatcagctagcttacataggtaaaggaaatgtcacagttggatacaatcacactcatcc aggagagaagggtagaagaattggtggttttata--------------gataatgaga-- -gtaggcaacccagtgatgaaaattggttgaattgtgatggtactctactagggaacata acaatataccctcatcagtacattaatctcagaagtaacaactctgcaacactgatttta ccatatgtgaatgcagtacccatggattccatggttagacacaataattggagtatagtg attataccgatctcacaacttaagtttgaaccgggagctactccat---ttatacctatc acattatccataagtccaatgtgttcagaattttctggtgccagaaac------------ ---aac------------------------------acca------cacaaggattacct gtaatgctaacaccaggttcagcacagtttttaaccactgatgatgcacaatctccatct gccttgccttatttccaccctacaaagaaaatattcataccaggtgaggttaagaattta tcagagatttgccaagtagattccatgataccaattaacaatacacctactgca---agg aactcaaccaacatgtatactgttcaggtagggcaacaaacaaaag------tggctcag gaggttttttccatattagtggatgtggcatcacaaccattagcaaccactctaataggt gaaattgctagttactacactcactggactggtagtctcagatttagttttatgttttgt ggaacagccaatacaagtctcaaattgctgattgcatatacaccaccaggggtaccaaag cctgggtccagacaaaaggcaatgctctcaacacatgtagtttgggatgttggactgcaa tctacagtttccatggtagtaccgtgggtgtcagcaagtcattataggtatacaactcca gatacctattctcaagctggatacatcacatgctggtatcaaactaactttatagttcca ccaaacacaccaaatactgcagatatcatatgttttgtttctggttgcaaagacttctgt ttaaggatggctagagacaccaacttgcatactcaagcaggtgtcatagaacaaaac--- ------ccagttgaaaaatacacagaagccgttcttaatgaggtccttgtggttccaaac ataccagcaagtaatacccaaacttcaaatgcagccccagccttagatgctgctgagact ggacatacaaaccaagtccaaccagaagatgtggttgaaacacgctatgtcataacagac cagacaagggatgaaatgagcatagagagcttcctcggtaggtcaggttgcattgcaatc atacatactgacttag-atcacaatgaggat----------------------------- -cagtacaatgca---cctggaaaaaacttctcccaatggaaaattacaattaaggaaat ggctcaaattagaagaaagtgtgaactattcacataccttaggtttgactctgagattac aatagtagcaacaatagctgctcttggaaaag------ataatggccatgtggttttaca gtacatgtatgtgccgccaggggcacccataccaaaaactagagatgattacacatggca gtcaggcactaatgcatcagtgttttggcaacaaggacaaccttaccccagatttaccat tccatttatgagtatagcttcagcatattatatgttttatgatggatatgaggatgacaa a---------ggaagtgtgtatggatctgttgttacaaatgatatgggcacattatgtgt ccgtattgtgactgagcagcagacacatagggtcaaaataaccagcagaatattccataa agcaaaacatattagtgcgtggtgtccaagagctccaagagcagtgccctaccagcacac cagaagtacaaactta------gtaccaaaggaagg---------------------tg- --atattaaaactcatattaaatttaggaa---------t---actgttaaagatttggc atatcctccagaat-tagcaa---------accttggaccatctgatctctacgtacaca ctggaaacctcatatacagaaacttacatttgtgtgaaccagaaaatttaaatgattcaa cactgatatgctattcaag------tgaccttgtcatctaccgaacaaatacaacaggtg atgacataattcctacatgtgattgcacacaggcaacctattactgcaaacacaaagaca gatattatcccataaatgtcagaaaatatcagtggtatgaaattcaggaatcagaatatt acccaaaacacattcagtacaacattctgatgggtgaagggccttgtgaaccaggtgatt gtggtgggaaactcctgtgtaaacatggggttataggaatagtaacagcaggaggtgata accatgttgcattcatagatctgagggatt------ttcaagttgctgaagaacaggg-- -tatatcagattatgtacacactcttggtgaagcctttggagctggttttgtagataaca ttagagaacagattcagacaatcaatc------caattaataaaataacaagcaaaatag tcaagtggacaataagaatagtttcagctatcactattataattagaaacaacgctgatc cacatactattgtagccactctagctctattaggctgctcaggctcaccatggagattta ttaaggaaaagatttgcaactggttacagctagtgtacatacataaggaatca---gatg gatggattaagaagtttacagaaatgtgtaatgcagctagaggccttgaatggttaggta acaaaatatccaagtttattgattggcttaagtcca---tgttaccccaagcaaaactaa aagtggaattcattaaaaacttgaaacagttacctttgctagaaaaacaagttgatg--- ---ggctgagacttgctacacaaaaacagcaacaggattatgtagacactttgacactga tgttggattcatcaaataaatttttacctttgtatgccactgaaaacaaacgcatcaaag aattgcttaagcgaagccaaatgattct------tcgcacatcaaagagaacagaaccag ttggagtaatattccatggtgaacctggtactggtaagtctataaccacatcaatccttg cccgcatgctcacaaccgaatcagac------atatattccctacctccttccccaaaat actttgatggatacgatcagcagagtgtggtcatcatggatgatataatgcaaaatccta gtggtgaagatatgtcattattttgccaaatggtatcatcagtgccatttataccaccta tggcagatctaccagacaaaggaaaaccattttcctcagattacgtgttagcaagcacaa atcacactctactccacccaccaaccataacatgtacaacagctatgaataggagatttt tccttgatttagacatagttgtcaaggataaatacaaacttagtcagggtaagcttaatc tacaatgtgctcttaaaccctgtaatgaaggg---aaaattggaaatgccaam---tgct gtcctttaatctgtggcaaggcattacaatttagagatagaaataatggtgatcacttgt ccttggccacaatatataacaggatcacccaggaaagcaaaaataggaaggatttaacaa actccttacaagcaatcttccagggacccatagatgtag------------------taa ataaaccacctccaccagccataatagacttacttagatcagttagaaacccagatgtca ttaaatactgtgaagaaaataaatggatgataccatcagattgcaaac---ttgaacgtg atttgaactatgcaaatttaataatatctatgctagcaaatgttatcagtataatgggtg taatatacattatatataaattgttttgctcactccaaggtccatattcaggcgagc--- ccaaaccagtcacaaagaaaccagaa---aggagagtggtcactcaaggaccacaggaag aatttggaagaagtttaattaaacataacacttgtgttgtgacaacaagtaatgggaaat tcactggattaggaatttatgataacattatgattattccaacacatgctgatgcaggta aagaagtggagatagatggaattaaaactcaaattgatgatgcctatgacttatacaact cccaagggattaagttagaaattactgttctcaaattgcacaggaatgaaaaattcagag atatcagaaagtatataccagaatctgaagatgattacccagaatgtcatttagcattag ttgctaatcagcaggaacctaccatattggaagttggtgactgctgttcatatggaaaca tactcttgagtggtaatcaaacagctaggatgatcaaatacaattacccaacaaaatcag ggttttgtggtggagtcttatacaaaatagggctagttctgggtatacatgttggaggaa atggcagagatggcttctccgcaatgttattgagatcatactttactgaacaacagggta agatagtatcaaaagttagtgttaaggaatgtaatttgtatagcatacataccccatcaa acaccaaattacaacccagtgttttttatgatgttttccctggtagtaaagaacctgctg tcctatctggtaaggatcctagattagaggtcaacttagatgaatccatattttcaaaat ataagggtaatgaactagttgaaatcacgcaaaacatgctaacagcagctgcccattaca cagcccaactttctactctagacatagacccaacaccattaagtctggaagagagtgtgt acggtatagaaggtttagaggcactggacctacacactagtgctggttacccatacacag catgtggtattaaaaagaaagatttaataccaaaaga---caggaatctaacaaggctta agtgtgccattgagaaatatggtttggatttacctatgataactttcttgaaagatgaac tcagaaaaccagagaaaatcaaaactggaaaaactagaataatagaagctagtagtttaa atgacacaatacaattcagaatggcctttggcaatttgttctccaagtttcaccaaaacc caggcattgtcacaggatctgcagtggggtgtgatcctgaggtgttctggtcaaaagtac cagtgatgctagatggtgaatgcctcatggcttttgattacacaaattatgatgggagtc ttaatccagtctggtttaaattacttaatagagtactaactgaattgggctttccaggt- --gatttagtcaataaattgtgtaattctaaacacatatacaaaactatttactatgaag ttgagggtggtatgccatcaggatgtgccggaactagcatttttaataccatcattaaca atataataattagaactctggtattagacacttacaaatttataaatctggataaactta aaatattagcatatggtgatgatgtaattttttcatatccttatgatcttgacatgaaag aacttgcaagtgagggcaccaaatatggcttatctatcacgccagctgataaatcagaca cattcaagaagctagattatagcaatgccactttccttaaaaggggtttcaagcaggatg aaaagtacagcttccttatccatcctatttacccagaaacagaagtttgggaatctataa ggtggactaaaaaccccaggaacatgcaagaacatgtcctatccctgtgtcatcttatgt ggcacaatgggaaagaaaaatata-aacactttgtggacaagatcaggagtgttagtgct ggtcgcgcactctatataccaccatatgaggtcttgctccacgagtggtatgaaaaattt taat-------------cag---atatag---aa-------------------attataa --atg-attagtttat------------------agattttat----------------- ------------------------------------ >JF317017.1 Human rhinovirus C isolate LZY101, complete genome -------ttaaaactgagtgtgggttgta-cccacccacactgtctacg-gacgta---g tacacttgtatctcggtacacttgtacgccagttt-----------------------gc ------------ctc-ccc-------------ttcccttt-------------------- ------atgtaac---gcaagaagc-ttaaacacaa-------cgaccaacagg-tggta a-caagccatgttg-c----c-tacggtcaagca-ctcct-gtct-ccccggtacaaagg gtgttaagtcttacccaagac-tgaagccttgagtatcgttatccgcataactactggac aaagcctagtaaca-ccccac-gatataggatggttggtcgctccaccagt-----gtac cc-cctggtagacctggcagatgaggctagagtttccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgctccctta-t------gg----------gagaagccatt-ctattg acaaggtgtgaagagccccgtacgctagttat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccctgcagccattgcatgggaaccaccatgtagatggtcgtaatgagcaatt gcgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-cttat-- ----caattgcttatggtgaca-----at-atatactgct-------aa----t-atatt gttcaccatgggcgctcaagtatcaagacagaccactggttcacatgagaatgcaatcac cgcaaataatggaggcctaataaaatacttcaacatcaattactataaggactccgccag ctcaggactcgcaaagcaagatttctcacaggatccttcaaagttcacccaacctttggc agatgtgctaactaa------tccagcactcatgtctccatcagtggaggcttgtgggtt ttctgataggctcaagcaaattactatcggaaactccacaataactactcaagatgcact taatacagtcttagcatatggtgaatggccagaatacttagcagatattgatgccacatc agtagacaaacccacccaccctgagacttcatctgataggttttacaccctagctagtgt ggattgggtaagtacatcaaaaggctggtggtggaagcttccagatgcactcaaagacat gggcatatttggacagaacttatattatcactcaatgggtagagcaggttacatcataca cacacagtgtaacgctaccaaattccacagtggtgcactactggttgttctcatccctga gcatcaattggcttacgctggtggtacaaaggccaatgttggatacacccatactcatcc aggtgagagaggtcacgagattcgtg------------a-----tcagggtagggata-- -acaaccggcctgatgaggatcccttctttaactgcaatggaacactgtttggcaatctc actatattcccccaccaaatcattaacttgaggactaataattccagcacaatcataact ccatatattaattgccagcctatggataatatgctcaaacacaataacctgaccctatta atagtaccattggtaaatttgagaccagcaccaaatgcatcaccca---gtgtggcaata actatatctgttgccccatacaagtcagaattttctggagccatggaaacgcggttta-c tgtcca------------------------------aaca--------caaggtctccca gttcgcatgcctagtggtgcacaacagtttatgaccactgaagatgaacagtccccaaat atcctaccaggatatcactccagcaagaagatacacatacctggaaagatcacaagtgta cttcatatggccagagttgattctttcatgccaatcaacaatgtggaatctgaa---att ggaaaggtctcaatttacaacgtcacagtgacaaagaaggctc---ctaacagtgatgga ttaatcctatcaataccacttgatatgagcaacagtcttttctccactacattactgggt gagatactcaactactttaccaactggtcaggtagtataactcttactttcatgtgtgtt tgtgactcattctctacaggaaaattcctgctagcatacacccctcccgggggtgcacat ccaaagacccggaaggaggccatgttaggagtgcatgtgatctgggatttgggcctgcaa tcatcctgcaccatggttgtaccatggatatcttcagggttttaccgtaataccaagtct gacaatcacacagaggcagggtttgtgtcactctggcaccaaacagatttcatagccacc accacaactggcca---aggggccattttagtaacatgtagcgggtgtccagatatatca gtgagaatgttaagagacacacccatgatgaagcag---gaagacacactacaaaataat gac---ccagtggagcaattcatacatgacaccctgaatgaagtcgtggttgtcccaaat acacaagcatcagggccacaacacactaccaaacccagtgcattaagtgccatggagata ggggcctcaagtacagccaccccagaatcaactatggagactagatatgtggtaaatgat aacaccaatgaggaagcagaaatagagattttcttaggtaggtcagcaatctggacacat atccagct---aaaga-a------------------------------------------ ------------------------tgggtttgaaaagtggaatatcaactttcaggagca ggcacacattagaaagaaatttgaattattcacttatctcaggtttgacatggaagtgac aattgtcaccaacaaccatgggc------------------------------taatgca gacaatgtatgtcccaccagggatagacccacccaagacaaagaccgataatgcatggga ttcagcatcaaacccaagcgtgttctaccagcccaagagtggtttccctcgcttcaccat acctttcaccggtttagcttcagcttattatatgttctatgatggttacagtaccacgtc tacacaaccagagaatacttatggcatatctcctactaatgacatgggcacactgtgttt tcgagtcttggatggtgctgatgatgccat------------tgtaaaagtatacataaa accaaaacatacaacagcatggatcccacggcctccacgtgctgtgcaatacacacatac ctacagcacaaattaccattacagaactggtaccgagggcaact------acaccctaa- --agaacagacacttcatacaacatagaaa---------c---aatataaaa-------- -----------ggtttacaaa---------atgttggacctagtgatctacatgtccata ctaaggatgcaatttatacctgtgcccacctaacacaacccagtg------acagaacca tcctgttggcatatacagc------agatttacaagttgatgcctgtacagcacaggggc cagacaggatacctacatgtgattgcacagtaggttgctactatgttaaacatttagata gatacttcccagtcacagtgactgctcatgattggtatgagatacaagaatcacaatact acccaaaacatatacagtacaacatcttgataggtgagggaccttgtaaaccaggagatt gtggagggaagttgctgtgtaagcacggcgtgataggaatcatcacagctggtggtgaag gtcatgtcgcctttactgatctccgcccatatt---cttgcttagcacaacaacaaggtg tagtctcagattacttcacacaactaggtggtgcttttggcgagggctttacacacaata tcagagagcattttacaaatctgagtactagcatcactgacaaactcaccagtaaagtgg ttaaatggttggtgcgtattattagtgctctgaccataatgattagaaactcatcagaca cagcaacagtgttggccacactagcgctattaggttgtcaaagctcaccatggaattttt tgaagaataagatctgtcaatggttagatatacccaggccagcatctaaacaaggtgatt cttggattaaaaagtttactgaatgttgcaatgcagcaaaaggtttggagtgggttgcca ttaagatagggaagtttattgactggttaaaagaaaagttactccccactgttcagagga agaaagagactctagagcagtgcaagaagcttgcactttatgaagagcagtgcaagg--- ---ggttttctaaatctgatgctcaagcacaacagcagcttattctggaagttgcaaaat taaagaaaggattggatgaactggcacctttgtatgcttgtgagaacaagagagtatcaa tgattcaaaaggagctacaacgcatgacagcatatcacaaaacacaccgtcatgaaccag tgtgctgcctgatacgtggtccacctggatgtggaaaatcactcatcacatctgtaattg cacgtggcttgacctctgaggcccaa------atttattcactacccccagacccccaat actttgatggatatgaccaacagaaggtggtcattatggatgatatagggcaaaatccgg atggaaaagatcttagcatgttttgccaaatggtttccaccacagaatatatagttccca tggccagtgtagaggagaaaggtagatctttcacaagtgagtatattctagctagtacaa atttagactcacttgctccacccaccatcactatcccagaagcaattaaaaggcgattct tcattgatgtggatctagttattatcagcaaatttaggaatgctaatggattactagata cagccaaagcactacaaccatgtacaaattgcccaaaaccagcatgcttcaaacagtgtt gccctctgctctgtggacaagcagtcgttctacaagacagaagaagcaaggcaaactacc ctgttaatgctatagttcaacagctacagcatgaaaattcaactcgcaggaaagtaaagg acaacctgactgctatcttccaaggcttgg---------------------------gcg atccaacccccccagggttcatagtggatttactatcagcttccaaagaccccaaggtcg tggagtactgtgtggaacagggctggattggcaaagctaacacctcag---tagagaggg acttgaattatgtccactatgtactcaattgcttaggtagtctaatacttatacttggta ctatctatgtcttatacaaattgatgtgctttacacaaggtgcctatagtggattac--- caagcccagtacccaagaaaccagagttaagaaaagctacattacaggggcctcagcatg aatttatacgagcactaataaagaggaactgtcatgtcctaacaacaaatagaggagaat tcaatttactaggaatacatgataactgtgctgtggtgccaacacatgcagagtgtgggg acatagtgaatatagatggtagggacatcaaagtgcttaaacaacagattctcaccaaca cagatgatatagatacagaaatcacactattatggcttgaccagaatgagaaattcagag acattaggagattcatcccagaacaccagcaagagtggtataacatgcatctggccacaa atgtcactaaatatcccatgttagatgtggaggttggagatgttgtcccatatggacaat tgaacctaagcggtaatcccacttgccggcttatgaagtatgattatccaactcggccag gccagtgcggtggagtaatcatgaatacaggcaatgtagtggccatccacgttggtggga atggaagagtgggatacggtgctgctttactgcgcaagtactttgcagtagcccagggtg aaataacgaagaaaacacaagtcaaagagatgggcttacagactgtcaacacacccacca agacaaagttacaacctagtgtcttttatgacatattcccaggtgtcaaggagcccgcac ctttgcatacaaatgaccccaggcttgaaacagacttagatcaagccattatggccaaat acaaaggtaacttggaagtagaatggaatgattatatacaaaccgctgtggatcactacg cagcacaattgtatactttagatataaacccagagcccttgacgctagaacaagcagtct atggtatagaacatttagaaccattagatttaacaacaagtgcaggatatccatacgcaa ccatgggtattcgaaagaaagatattgtaaacagaacaaacagagataccacaaaactac agcagatgatggatttgtatggtattgatttaccatacataacttacttaaaagatgaac tgagaagtccagaaaagataaagagaggtaaaactagagccattgaagcagcaagcatta atgacactgtacaattcagaatgatttttggaaatctattctcaagttttcatgcaaacc ctgggattctaacaggatcggctgttggttgcaatcccgatatattttggtcacaactct atgcaactttagatggacacc---tacttgcatttgattacaccaattatgatggtagtc tacaccccatatggttcaaagcactaggaaaggtattgacacaactgggcttcccagga- --aatctcatggataaattgtgcaaaaccacacatatatacaaagaccaatgttacctgg tagagggtggtatgccatctggtatttgtggaactagcatttttaacaccatgatcaaca acatcataatccgtactttagtacttgagacttataaatcaattgacctagacaaattga agattgtggcctatggtgatgatgttattgcgtcatacccataccctttagattccaagt ttatagcagagactgctggtagatatggtcttaccatcactccccctgataaatctgatg aattcaaggaagttagcgggagcaacgtgaccttcttgaaaagaggctttcaacctgatc aaaggtacaagtttttaatccatccagtttatagcatgtttgatgtgtatgagtcaatta gatggaccaaggaccccaagaacactcaagatcatgttaggtcactgtgtttactggctt ggcatagtggacaagagaaatacg-aagacttcctagggaaggttggtagttgtaatgtt gggaaacagttgtaccttcctccctaccaaagcttgtacacacagtggattgatgaattc -----------------------atttaa----------------gaatatatatagta- ------caatgtttagc---tgaacaa-------a-gtattttaaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa------------- >FJ445120.1 Human rhinovirus 20 strain ATCC VR-1130, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgct-cccacctggatctcctacatggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------ctc-ccc-------------ctaccccctt------------------ ------acgtaac----ttagaagt-t-ttacaca----cac-cgaccaatagg-tggta tttac-ccaaaata-c----c-aaaggtcaagca-cttct-gtta-ccccggtcaa--aa ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaattgcgatcgttatccgcaaagcaactacgc aaagcctagtacca-tttttg-at-gatgtgtggttggtcgttccacta------tgaac cc-gatagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtacccc-ctgtg-ggt----------acgaagccata-catttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgtgtacaatccagtacatagctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttca- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------a----aca----catatat tggcaccatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggaacacactccactcaaaatgc tgtttcaaatggttcaagcctgaattattttaacatcaattattttaaggatgctgcttc tagcggtgcttctagattggatttttcacaagaccctagtaaatttacagatccagttaa agatgtattattgaaggatataccaacattacagtcaccctctgttgaagcttgtggata ttctgacagaattatccagatcacccgtggaaattcaactatcacctcacaggatatagc caacgctgtggttgcatatggcgtgtggccacagtatttgacccctgatcatgctagtgc aattgacaagccaacacacccagatatatcctcaaacaggttttatacactggaaagcaa agaatggaccagagattccaagggatggtggtggaaattacctgatgcattaaagaacat ggggatttttggtgagaatttgttctaccatttcttaggtagggcaggatatacggtaca tgtgcaatgtaatgctagtaaattccaccaaggtactctgatagtagcagccatacctga acaccaactagcttatatagataaagggagtgttacagttggatacaatcacactcatcc aggagagacaggcagagtgattggtggtttcact--------------aataacaata-- -gtagacaacccagtgatgagaattggctgaattgtgatggaaccttacttggtaacata acaatatatccacaccaatacattaatctacgtagtaataattctgccactctaatacta ccatacgtaaatgcagtacctatggattctatggttagacataataactggagcatagtg atcatacccatatcaaaaatacagtttgaaaatggagccaccccat---atgtcccaatc acactatccataagcccaatgtgttcagagttttccggtgctagaaac------------ ---aac------------------------------acaa------cacaaggattacct gtaatgttaactccaggctcagcacaattcttaactacagatgatgctcaatcaccatca gctttaccctacttccatcctacaaaggaaatatttataccaggtaaagttaacaatcta tcagaaatatgtcaggtagattctatgataccaattaacaacacaatagctgtt---aag aattcagctggtatgtatactgttcaagttagtcaacaaactcaac------cagctcaa gagatcttctccatcttggtggatgtggcttcgcaaccaatagcaacaacactaataggt gagatagctagctattatacacactggacagggagtcttagatttagtttcatgttctgt gggacagctaataccagtctcaagctactgattgcatacacaccacctggagtgccaaaa cctgaaaccagacaaaaggcaatgctttcaactcatgtggtttgggatgtgggtcttcaa tccactgtctccatggtagtcccgtgggtatcagcaagtcattatagatacacaacacca gacacctattcacaggcaggatatatcacctgttggtatcagacaaatttcatagttcca cccaacacaccacgagaagcagacatcatatgttttgtttcaggttgtaaggacttctgt ctaaggatggctagagataccaacctgcacacacaggtaggtgttatggaacaaaac--- ------ccagtggaaaggtacacagaagctattttaaatgaagttcttgtagttccaaat atcacatctagtaactcccaaacatcaaatgcagcaccagcactagatgctgctgagaca ggacacacaaaccaggtccagccagaagatatggtcgagacacggtatgtaattactgat cagacccgtgatgaaatgagtgtggaaagttttcttggtagatctggttgcattgctatc atacatactgacttag-atcatgaagcacaa----------------------------- -caatataatgca---cccggaaaaaatttctctcagtggaagatcacaatcaaggaaat ggctcaaatcagaagaaaatgtgagctctttacatacctcagatttgattctgagattac aatagtagcaacagtagctgcactaggtcggg------ataatgggcatgttgttttaca gtatatgtatgtaccaccaggggcaccaataccaaagactagagatgactacacatggca atcagggacaaatgcatcagtattttggcagcagggccaaccttaccccagatttaccat tccatttatgagtatagcttcagcatattatatgttttatgatggttatgaagatgataa g---------ggaagtgtgtatgggtctgttgtcacaaacgatatgggcacattgtgtgt tcgtattgtgactgagcagcagacacataaggttaagataaccagtaggatattccacaa ggcaaagcatattagtgcatggtgtccaagggccccaagagcagtgccttatcaacacac taagagcacaaactta------gtgccaaggacagg---------------------tg- --aaattacaactcatatcagattcagaaa---------c---actgtcaaagatctaac ataccccacagaaa-tgacga---------atgttggaccatctgatctttatgtacacg ctggaaatcttatatacagaaatttacacttgtgtgaaccagagaatttaaatgattcaa cactgatacgctattccag------tgatcttgtcatttaccgaacaaatacaacaggtg atgacatgattcctacatgtgattgcacacaagcaacttattactgcaaacataaagaca gatattatccaataaatgtcagaaaacaccagtggtatgagatccaagaatcagaatact atccaaaacacattcaatacaacatcctaataggtgagggaccttgtgaaccaggtgact gtggtggaaaactcttgtgtaagcatggggttataggaatagtaacagcaggaggtgata accatgttgcttttatagatttgagggact------tccaagttgctgaagaacaagg-- -aatatcagattatgtacacacccttggtgaagcttttggagctggttttgtagataaca ttaaagaacagattcaggcaattaatc------caatcaataagatcacaagcaaaataa tcaaatggacaataagaatagtttcagctattactattataattagaaacaatgctgatc cacatactattatagctactctagctttattaggttgctcaggctcaccatggaggttta ttaaggagaaggtgtgtaattggttacaactggtgtatgtacacaaagaatca---gatg gctggattaagaaatttacagagatgtgtaatgcagcaaggggtcttgaatggttaggca ataaaatatcaaagtttattgattggcttaaatcaa---tgttacctcaggcaaagttaa aagtagaattcattaaaaacttaaaacagttaccactcctggaaaagcaggttgatg--- ---gattaagacttgccacacaaaaacaacaacaggattatatagataccctgacattaa tgctagattcatctaacaaatttttacctttgtatgctgttgaaaacaaacgcatcaaag agttgctcaaacggagtcaaatgattct------tcgtacatcaaaaagaacagaaccag ttggggtaatatttcatggagaacctggcactgggaaatccataaccacctcaattcttg cccgcatgcttacaactgaatcagat------atatactctctccctccttcacctaaat actttgatggatatgatcagcaaagtgtagttattatggatgacataatgcagaatccca gtggtgaagacatgtcactattctgtcaaatggtatcgtcagtaccattcataccaccta tggcagatttaccagataaaggaaaaccattttcctcagattatgtgttagcaagcacaa atcatactctacttcacccaccaaccatatcatgtacaacagccatgaacagaagattct tcttggatctggatatcattgtcaaagatgattacaagcttggtcatggaaagctcaact tacaatgtgctcttaaaccctgcaatgtaggg---aaaattgggaatgctaaa---tgct gtcctctaatttgtggaaaagccctacaattcagagacagaaatactggtgaacacttgt ccctggccactgtgtacaatagaattactcaggaaagtaagaacaggaaagaattaacaa actctctacaggcaattttccaaggacccatagatatag------------------tga acaaaccaccaccaccagctataatagacctacttgaatcagttagaagcccagatgtta ttaaatattgtgaggaaaacaaatggataataccctcagattgcaaac---ttgaacgtg atctaaattatgcaaatctaataatatccatgttagcaaatgttattagtataatgggtg taatatacataatatataaattattttgctcattacagggtccgtactcaggggaac--- ccaagccaactacaagaaaaccagag---agaagagtggtcactcaagggccacaagaag aatttggacgtagtttaatcaaacataacacttgtgttgtaacaacagacaatggtaagt tcactggattagggatctatgacaatataatgattataccaacacatgctgatgctggga aagaagtagaaatagatgggatcaaaactcaggttgatgatgcttatgatttacataatt cccagggaatcaaattggaaattacagtccttaaattgcatagaaatgaaaagtttagag acattagaaaatacataccagagactgaagatgattatccagaatgccatttagcactgg ttgctaatcaacaggagcctactatactagaagttggcgactgctgctcatatggaaaca tattattaagtggcaaccagacagctagaatgattaaatacaactacccaacaaaatcag gattctgtggaggggtcttgtataaaataggattagtgctaggtatacatgttgggggaa atggtagggatggtttttccgcgatgctactaagatcatatttcactgaacaacagggca aaattacatcaaaaactagtgttaaagagtgtaatttatatagtatacatactccatcaa ataccaaattgcaacctagtgttttctatgatgttttccctggtagtaaggaacctgctg tcttatctggtaaggatcccaggttagaagttgatctagatgagtcaattttttcaaaat ataaaggcaatgaaccagttgaaatcacccaaaacatgttgacagcaactgctcattata cagcccaattatccactctagacataaatcccaaaccattgagcctagaggaaagtgtat atggtatagaaggtttagaggcattagatctacatactagtgcaggttacccatacacag catgtggcattaagaagaaggacttgataccaaaaga---caagaatttaacaaagctca agcatgctattgaaaaatatggattagatttacctatgattaccttcttaaaagatgagc tcagaaagccagaaaaaattaaaactggtaaaaccaggataattgaagcaagcagtctaa atgatacagtgcaatttagaatggcatttggcaatctgttttcaaaatttcaccagaatc cgggaatcatcacgggatccgcagtaggatgtgatccagaggtgttttggtcaaaaatac cagttatgttagatggtgattgcctaatggcttttgattatacaaattatgatgggagtc tcaacccggtttggtttaaactacttagtatagtattaaatgatctagggtttccaggt- --gaattagtgaataaactatgcaattctaaacacatatacaaaacaacttattatgaag ttgagggtggtatgccatcaggatgtgcaggaacaagtatttttaacactattattaaca atataataataagaactctagttttagatacttacaaatttataaatttagataaactta aaatattagcatatggtgatgatgttattttttcatacccttttgatcttgacatgaaag agcttgcaaatgaaggtactaagtatggtttgtccatcacaccagctgataaatcagaca cattcaggaaactagattacaacaatgctactttcctaaaaaggggttttaaacaggatg aaaagtatggatttctcattcatcccatctatccagaaacagaggtttgggaatccataa gatggacgaaaaaccccagaaatatgcaagaacatgtattgtccctatgtcatcttatgt ggcacaatgggaaagataaataca-aacactttgtggacaagattaggagtgttagcgct ggacgtgcactctatataccaccatatgaagtcttgctccacgagtggtatgaaaaattt taat-------------cag---atatag---aa-------------------attataa --atg-attagtttat------------------agattttat----------------- ------------------------------------ >MN306034.1 Rhinovirus B14 strain SC0641, complete genome ------------------------------------------------------------ tactctggtattat-gtacctttgtacgcctgtttcttccct----------------ac aa---------cccc-ttc----ctaaaactcccaccc---------------------- ------atgaaac---gttagaagc-ttgacattta-------agtacaatagg-tggca ccacatccag-----tggtgtctacgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggctgtacccactgccaaaagccttta--accgttatccgccaaccaactacgt aacagctagtatca-tcttgtt---cttcactggacgttcgatcaggtgga----ttccc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggagctccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagctcat-----gct----------gggacgccctt-ttaagg acatggtgtgaagactcgcatgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctggagccttatgccacgaaccagtggttgtaaggtcgtaacgagcaatt ccgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----a---ttttt-cttta-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atat-----------a-ag----tatatac tgtgatcatgggcgcccaggtttctacacagaagagtggatctcacgaaaatcaaaacat cttgaccaatggatcaaaccagactttcacagttataaattattataaagatgctgcaag tacatcttcagctggccaatcactatcaatggatccatccaagtttacagaaccagttaa agatctaatgcttaaaggtgcaccagcattgaattcacccaatgttgaggcttgtggcta tagtgacagagtgcaacaaattacacttggaaactcaacaataacaacacaagaagcagc caatgctgttgtgtgttatgctgaatggccagagtaccttccagatgtagacgccagtga tgtcaacaaaacatcgaaaccagacacttctgtttgcagattttatacactggatagcaa aacatggacaacaagctccaaaggctggtgttggaaattaccagatgcactcaaagacat gggtgtatttggacaaaatatgtttttccattcactgggaagatcaggctatacagtaca cgtccagtgtaatgccacaaaattccatagtggttgtctactagttgttgtcataccaga acatcaattggcctcgcatgaaggtggtaatgtttcagttaaatacacgttcacgcatcc aggtgagcgtggtatagacttgtcatctgtaacagaga---------------------- -taggagggcctgtcaaagatgtcatatacaatatgaatggcactttattagggaatttg ctcattttccctcaccaatttatcaatttaagaactaataatacagctacaatagtaata ccatacataaactcagtacccattgactcaatgacacgccataacaatgtctcactgatg gttattcccattgccccgctcacagtgcctaatggagcagttccct---cactcccaata acagtcacaatagcacctatgtgcactgaattttctgggataagatccaaatcaattg-- -tacca------------------------------------------caaggattacca actacaactctaccagggtcaggtcaattcttaaccacagatgataggcaatcccccagt gcactaccaaattatgaaccaaccccaagaatacacataccagggaaagtccataacctg ttagaaatcatacaggtagatacactcattcctatgaacaacacacatgca------agg gatgaagtcaatagttatcttataccattaaatgcaaat---------aagcaaaatgag caagtctttgggacaaacttgtttattggtgatggggtctttaaaaccactcttctaggt gaaattgttcagtactacacacactggtctggatcacttagattttctttgatgtacact ggtccagcattgtctagcgccaagctcattctggcatacactccgcctggtgctcgtggc ccacaagacaggaaggaagcaatgcttggtacccatgttgtttgggatattggactgcaa tctaccatagtaatgacaataccatggacgtcaggggtgcaatttagatacactgatcca gatacatacactagtgctggcttcttatcatgctggtatcaaacctccctcatacttcct ccagaaactaccggtcaagtctacttactatcctttataagtgcatgtccagactttaaa ctcagactaatgaaggatacccaaaccatttcacaaactgttgcactcactgaaggt--- ------ttgggtgatgaattagaagaagtcatcgttgagaaaacgaaacagacggtggcc tcaatttcatctggtccaaaacacacacaaaaggtcccaacactaacagcaaatgaaaca ggggccacgatgcctgttcttccatcagataatgtggaaaccagaactacctacatgcat tttaatggttcagaaactgatgtagaatgctttttaggacgcgcagcctgcgtgcatgta actgaaatacaaaaca-aagatgccactgg------------------------attaca aaaccataaagaa---gaaaa---actattcaatgattggaagattaacctatccagcct tgttcaacttagaaagaaattagaactcttcacctatgttagatttgattctgagtacac catacttgccactgcatcccaacctgacacagcaaactattcaagcaatttaatagttca agctatgtatgttccacctggtgccccgaacccaaaagagtgggacgattatacatggca aagtgcctcaaaccccagtgtatttttcaaggtaggggatacat---ccagattcagtgt gccctatgtggggttggcctcagcatataattgcttctatgacggttattcacatgatga tgca------gagacacagtatggtataacagtcttgaaccacatgggtagtatggcatt tagaatagtaaatgagcatgatcaacacacaacccttgttaagattagagtttatcatag ggcaaaacacattgaggcatggatcccaagagcgcccagagcgctgccctacacatcaat agggcgcacaaattatcctaaa------------------------------------a- --gcacagacccagtaattaaaaagaggaa---------aggtgatatcaag-------- -----------tcc------------tatggcttgggacctaggtatggtggaatttata catcaaacatcaaaataatgaactatcacttgatgacaccagagg------accatcaca atctgatagcatcctacccaaatagggatttggcaatagtttcaacaggaggacatggtg cagaaacaatacctcactgtaattgcacttcaggtgtctactactctacatattacagaa agtattaccccatcatttgtgaaaagcctaccaatatttggatagaagggaatccttact acccaagcaggtttcaagcaggagtgatgaaaggagttggcccagcagagccaggagact gtggtgggattttgagatgtatacatggccccattgggttgttgacagctggaggcagtg gatatgtttgttttgctgacatacgacagttgg---aatgtattgcagaggagcaagg-- -gctaagtgactacatcacaggtctaggcagggcttttggtgttggcttcactgaccaaa tttcaacaaaagtcacagaattacaagaagtggccaaggacttcctcaccacaaaagttt tgtccaaggtggtcaaaatgatttcagccttagttatcatttgcagaaatcatgatgacc tggtcactgttacagctactttggcattacttggatgtgatggatctccctggaggtttt tgaaaatgtacatttccaaacattttcaagtaccttacattgaaaggcaagcaaatgatg gatggtttagaaagtttaatgatgcatgcaacgctgcaaagggattggaatggattgcta acaaaatttccaaactgattgaatggataaaaaacaaagtactcccccaggccaaggaaa agctggaattttgcagtaaattgaagcaacttgacatattagagagacaaataaccacca tgcatatctcaaacccaacacaggaaaaacgagaacagctgttcaacaacgtattgtggt tggaacaaatgtcacaaaaatttgccccactttatgctgttgaatcaaaaagaatcaggg aacttaaaaacaaaatggtgaattacatgcagtttaaaagcaaacagagaactgaaccag tgtgtgtgttgattcatggtacacccggatctggtaaatcattgacaacatccatcgtgg gacgtgcaattgcagagcacttcaattcagcagtatattcactcccaccagatcctaaac actttgatggctaccagcaacaggaagttgtaatcatggatgatttgaaccagaacccag atggacaagatataagtatgttttgtcaaatggtttcttcagtagactttttaccaccaa tggctagtctagacaataaaggcatgttgttcaccagcaactttgttctggcctccacaa actccaacaccctaagtcctccaacaatcttgaaccctgaagccctagccaggagatttg gttttgacctagatatatgtttacacactacttacactaagaat---ggaaaacttaatg caggcatgtcaaccaagacgtgcaaagattgccatcaaccatccaacttcaagaaatgct gtccactggtctgtggaaaggccattagcctagtagataggactaccaatatcaggtata gtgtagatcaactagttacagctattataagtgattttaaaggcaaaatgcaaattacag attccctggaaatactgtttcaagggccagtgtatacagatttggagattgatgtttgca acacaccacccccagagtgtatcaatgacctgttgaaatccgtggattcagaagaaatca gagaatactgtaaaaagaagaaatggatcatacctgaaattcctaccaacatagaaaggg ccatgaatcaagccagtatgattattaataccatcttaatgtttgttagtacattaggca ttgtttatgttatttataaattatttgctcaaactcaagggccatattctggtaacccac cccataataaattaaaagctccaactttacgcccagttgttgtacaaggaccaaacacag aatttgcactatccctgttaaggaaaaacataatcactataacaacctccaagggagagt tcacagggttaggcatacatgaccgtatttgtgtgatacccacacacgcacaaccaggag atgatgtgttagtaaatggtcagaaggtcagagttaaggataagtataaattagtggatc cagaaaacattaacttggaactcacaatattaaccctagatagaaatgagaagttcaggg acattagggggtttatatcagaagaccta---gaaggagtagatgccacactagtagtac actcaaatagtttcattaacaccatattggaagttggacctgtaacaatggcaggactta ttaatctaagtagcacccctaccaacagaatgattcgttatgattatgcaacaaaaactg ggcagtgtggaggtgtgctgtgtgccactggcaaaatctttggcatccatgttggtggta atggaagacaaggattttcagctcaacttaagaaacaatactttgtggaaaaacaaggcc aggtagtagctagacacaaagttagggaatttaacataaatccagtgaacacaccaacta aatcaaagttacatcctagtgtgttttatgatgttttcccaggtgacaaagagcctgcag tgctgagtgataatgaccccagactggaagtcaagttgactgagtcattgttttctaaat acaaagggaatgtagatatggaacccactgaaaacatgcttgtggctgtagatcattatg cagggcaattattgtcactagatattcctacttctgaacttacactaaaagaagcactgt atggagtagatgggctagaacccatagatattacaactagtgcaggattcccttatgtga gtctcggaatcaagaaaagagatattttaaacaaagagactcaggacacagagaaaatga aattctatctggataagtatggcatagacttgcccctagttacatacattaaagatgaat taagaagtgttgacaaggtccgcttagggaaaagtaggttgattgaggcttccagtttaa atgactctgtcaacatgagaatgaaattaggtaatctttacaaagcattccaccaaaatc ccggtgttctgactggatcagcagtgggttgtgatcctgatgtgttttggtctgttattc cttgtttaatggatgggcacc---ttatggcatttgactactccaattttgatgcttcct tgtcaccagtttggtttgtttgtctagagaaagttttaactaaattgggctttgcaggtt cttcattaattcaatcaatatgcaatactcaccacattttcagggatgaaatatatgtgg ttgaaggaggcatgccctcaggatgttctggaaccagtatttttaattccatgattaaca atataatcattaggactttgatactagatgcatacaaaggaatagatttggataaactca agatcttggcctatggtgatgatttgattgtttcttacccctatgaactagatccacagg tgttagcaactctagggaaaaattacggattaactattacaccaccagataaatctgaaa cctttacaaaaatgacatggaaaaatttaacattcttaaagaggtactttaaacctgatg aacaattccccttcttggttcacccagttatgcctatgaaagatatacatgagtcaatca gatggacaaaagatcctaaaaacacacaggatcatgttcgatcattgtgcatgttggcat ggcactcaggggaaaaggagtaca-atgagttcattcagaagattaggaccactgacatt ggaaaatgcctaattctcccagaatacagtgtgcttagaaggcgctggctggacctcttt tagat------------taa---taatat---ag-------------------acactt- ---------aatttgag---tagaagta------ggag---------------------- ------------------------------------ >FJ445147.1 Human rhinovirus 65 strain ATCC VR-1175, complete genome -------ttaaaactgggtgtgggttgca-cccacccacactgtctacg-gacgta---g tgctctcatattacggtatgcttgcacgccagtttg----------------------tt ------------tcc-cct---------------ttcccctt------------------ ------ttgtaac----tatagaag-a-ttgcact-taatct-cgaccaatagg-cagta gtgat-ccacacta-c----t-tacggtcaagca-cttct-gtta-ccccggtatg-cgg agaataggctctgaaaagggc-tgaagcttcaattatcgtcatccgcgcaattactacgc aaagcttagtaact-tcccaagaa-attctttggttggccgttccgctg------gtacc cc-accagtaggcttggcagatgaggctgagtaatccccactggcgacagtgactcagcc tgcgtggctgcctacacacctggtaaca-ggt----------gtgaagccata-gaaagg acagggtgtgaagagccccgtgtgctaattgt--gattcctccggcccctgaatgcggct aatct-aaccccacatccaatgcgcataagccaatgcgtatttggtcgtaatgggcaact gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----t---ttatt-ccttat- ----aattagttcatggtgacaagtataa-g--------------tgtt----tatat-t tgtcatcatgggcgctcaagtttcaaggcagaatgttggtacccactcaactcaaaatac tgttgctaatggttctagcctaaattattttaatattaattatttcaaggatgctgcatc caatggcgcttcccgtctagatttttctcaagatcctagcaaatttactgacccagtcaa agatgttctgacaaaaggaataccaacactacaatcaccatcagtagaggcttgtggata ctcagatagaattatccagataactcgtggtaattccactattacatcacaagatatagc taatgctgtagttggatatggtgtctggccacaatacttatctgatgccgatgctaatgc tattgacaaaccaacgcacccagatacatcatcaaacagattctacactttagacagtaa attgtggacaagtacatcaaaaggttggtggtggaaattgccagatgctcttaagaacat gggcatttttggagagaacatgttttatcactttttaggtagagctggatatactgtcca tgtgcaatgcaatgctagcaagtttcatcagggtaccctggtaatagctgccatacccga gcatcaattggcttatattgggagtggcaatgtgagtgtgggatacaagcaaacacaccc aggagagaatgggcgtacaattgatgatacaagagtg-----------aataccatgt-- -ccaatcaaccaactgatgagagttggttaaattgtgatggcacgcttttgggtaatatt acaatctacccacatcagtttattaatttaagaagcaataattctgccacactcatttta ccctatgttaatgcagtaccaatggattcaatgcttaggcacaataactggagcatagtc atcatacccgtgtcacccctagattct------caagccacaggca---atgtgcctata acaatctcaataagccctatgtgttctgaattttcaggtgcaagaaatcaa--------- tctgtc------------------------------aa---------acagggcttgcca gtcatgctcactccaggttctgcccagtttcttactactgatgatacacaatcaccttca gctttaccatatttccattcaacaaaagagatattcataccagggaaagtcaataatttg tcagagatctgtcaagtagattctatgataccaattaataatactattcccatg---aac aataaaataggtatgtacacagtggaggttggtgttcaaacagaat------tgaaaact gaaatctttgctatccctgtagatgtagcatcacaaccgctggcaacaacacttataggt gagattgccagttattacacacattggacaggttcccttagattttcttttatgttctgt ggtactgcaaacaccagtcttaaattattgattgcatatacaccaccaggagttgcgaaa ccaaccacaagaactatggcaatgttggggacccatcttgtctgggatgttggcctacaa tccacagtatctatggttgttccgtgggtctctgctagtcattacaggttcacaactcca gacacatactcacaagctggttatatcacttgttggtatcaaaccaattttgtagttccc ccaaatacaccaactacggctaatattatatgttttgtttcaggatgtaaagacttttgt ctaagaatggccagagatacaaacctacactcccagacagtgaacattacacaaaat--- ------ccaattgagaagtatacagaagctctacttaatgaagtgttggtggtcccaaat atacaagctagtaatgggcatacatctaatgctgcaccagctttagatgctgctgaaaca ggacacactagtcaagttcaaccagaggatgtgatagaaaccagatatgtcatcacagat caaaccagagatgagatgagcgtagagagtttcctgggcagatctgcctgcatagcagtc attcacacagatctta-aacatgaccatgaagg---------------------ccaaaa tgtttacaatgac---gaaggcagaaatttctctgcttgggaaattacactcaaggaaat ggctcaaattaggagaaagtgtgaactcttcacctatttgcgctttgactcagaaattac catagtggctactatagctggacaaggtgatg------acatagggcacatagtgcttca atatatgtatgtgcctcctggtggtcctgttccaaaaactagaaaagatgaagagtggca gacaggaactaatgcttcagtcttttggcagcatggtcaaccataccccagatttacaat tccttttgtgagtattgcctcagcatattacatgttctatgatggttatgagggtgatga ccca------aattcaaaatatggttcagtggttactaatgctatgggcacactatatgt gcgtgtggttacagaaaggcaaaaacatgaagtcaacataaccagtagaatatatcataa agctaaacacatcagtgcttggtgtccacgacctccccgagcagtagcttaccaacacac atacagtacaaatttt------gttcctagcggaggtctt---------------acaa- --acctaagaacccaaattaaaaccagaga---------t---aacattaaa-------- -------------a-ttgtaa---------actttggaccttcagatatgtttgtacata tggatgatctaatatacagaaatttacacctgtgtgaacctgaaaaccttaatgattcag tttcgatatgctattcaag------tgatttagtcatataccgaacaaacacaaaaggtg atgacctgatccctacatgcaattgcacacaagctacatattattgcaaacacaaaaaca gatattacccaataaatgttaagaagcatgattggtatgagattcaagaatcagaatatt atccaaaacatatccaatataatatactaattggtgaaggcccatgtaaaccaggtgact gtggaggtaaattactttgcaagcatggagttattggtatactaactgctggtggagaag ggcatgtggctttcatcgatctcagggact------tccatgttgcagacactcaagg-- -aatcacagattacgtacataatcttggtgaagcatttggggctgggttcatagataaca ttaaggagcaaatacaggtaatcaatc------ccattaataaagttactagtaaaatag taaaatggattattagaatcatatcagctattacaattatagttaggaataatgcagatc ctcacacaatcatagccacactggctttactagggtgttcagggtctccttggaggttca ttaaagagaaggtgtgtaattggttacacttaaattacatacacaaagaatca---gatg ggtggatcaagaaatttacagagatgtgtaatgccgccaggggcttggaatggttaggta ataaaatatccaaatttattgactggttcaaatcaa---tgttaccacaggcaaaactta aagtagaatatatcaagaatctcaaacagctccctttattggaaaaagaaattgatg--- ---ggttgcgattggcttcccaaaaacaacaacaggattacattgacactctcaagatca tgcttgactcgtcaaataaattcctgccactctatgcttgtgagaataagaggatcaaag agctccttaagagaagtgaaatgatctt------acgtacttcaaaaagaacagaaccag ttggtgtccttttccacggggaaccaggaactgggaaatcaattgccacatccattctgg ctaggatgctaaccactgaatcagac------atatactccctcccaccatcacctaaat attttgatggttatgaccagcagagcgtggtcataatggatgatataatgcaaaacccaa atggtgaagacatgtctttattctgtcagatggtttcttcagtacctttcattcctccaa tggctgatttacctgataaaggaaaacctttttcttcagattatgttttagcaagtacta accataaccttttacacccacctactataacatgtaccacagctatgaacaggagatttt tcttagacttggatatagtagtcaaagaggtttttaaaattaaccagggcagattgaacc tgcagtgcgcccttaaaccatgtaaagatggg---aagataggtaatgccaga---tgtt gccctttaatatgtggtaaagcagtagtctttaaagatagaaacacaggggattacttat cactagcaactgtgtacaataagatcacagaggagaacaggaacagaaaagaattgaata cttcattgcaggctatatttcagggcccaatagatgtag------------------tca ataaaccacccccacctgcaatactagacttacttaaatctgtcagaaaccctgatgtca tcaaatactgtgaagataacaaatggattgtgccagctgattgtaagt---tagagagag atctgaattatgcaaacttggtcatatcaatgattgctaatgtggttagtatattaggtg tgatttatataatttacaaattgttctgttctctacagggaccatactcaggtgaac--- ctaaaccagcaaccagaaaaccagag---agaagggtggtaacacaaggcccacaggaag aatttggacgtagtctactcaaacataatgcatgtatagttactactgataatggtaaat tcacaggtctgggtatttatgataatgtcatgatattaccaactcatgctgatgctggta aaactatagacatcaatggaatacagacaagggttgcagatgcatatgatttatataatt cacaaggggtgaaacttgaaatcacagtagttaaattagataggaatgaaaagtttaggg acattaggaaatatattccagacactgaagatgactaccctgaatgctgcctagctttat tagccaaccaacctgaacccactataatagaagtgggtgatagttgttcttatggtaaca tcctacttagtggcaatcagacagcaaggatgattaagtacaattacccaacaaaatcag gattttgtggtggtgtcctttataaaataggtttagtcttaggcatacatgttggaggca atggtagaaatggtttctcagcaatgttattgaggtcatacttcaatgaacaacaaggtc aaataatgtctagggcagatgttagggagaaaaatctttttagtatacacactcctacta aaacgaaactgcaaccgagtgttttccatgacactttccctgggaaaaaggaacctgcag ttctatcctcaaaagaccccagattgcaggtggatttagaagaatcaattttttccaaat acaaaggaaataaacagattgagatcactcagaatatgagagttgcagctgcacattata ctgcccaactctcaacattagatataagcccagaaccactatccatggaagaaagtgtgt atggaatagaaggcctagaagctttagatctccatacaagtgcagggtatccatacacag catgtggcattaaaaagaaagatctaatacctaaaga---taaaaacctaacaaaactta agcaggcaatggagaagtacgggttggacttgcccatgattacatttttaaaagatgaac tcagaaaaccagacaaaatttacacaggtaaaaccaggatcatagaagctagtagtttga atgatacagtccaatttagaatggcttttggtagactcttttcctcctttcatcaaaatc ctggaataattactggttcagcagtagggtgtgatccagagaccttttggtcgaagatac cagtcatgcttgatggtgaatgtcttatggcctttgattactccaactatgatggtagtt tgaacccagtatggtttaagctacttgcccagattcttgaaaacttgggattcccaggg- --aatttggtacaaaaattgtgttactccaagcacatctttaaaacacaatattatgagg tagagggagggatgccatcaggatgtgcaggaaccagcatatttaacactatgattaata atgtgataataagaactttagtgctagatacttacaaatatgtaaatctagataaattaa agatactagcatatggagatgatatcctgttttcctacccctatgatctagacatgaaag aattagcagatgagggattaaaatatggattaactatcacccctgctgataaatcagatg tgtttaaaaaacttgattttggtaatgctactttcttgaagaggggttttagaccagatg aaaaacacagtttcttgatacaccctgtgtaccctgaagaggaagtgtgggagtccatca gatggactaaaaaccccagaaacatgcaagaacatgtactatcattgtgtcacttaatgt ggcataatggtgaagataaatacc-aacactttgtggccaagattagaagcgtcagtgct ggtcgcgcgctttatataccaccatatgaactcttgcgccacgaatggtatgaaaaattt taaa-------------ctg---atatag---aa-------------------tatataa --atg-tttagtttat------------------agattttat----------------- ------------------------------------ >FJ445152.1 Human rhinovirus 71 strain ATCC VR-1181, complete genome -------ttaaaactgagtgtgggttgtt-cccacccacactgtctacg-gacgta---g tgctctcatattccggtatgtttgcacgccagtttg----------------------cc ------------tct-cct--------------tttccca-------------------- -------cgtaac----gttagaag-c-ttatgca-ctaaat-cgaccactaggtgagtg ataaa-ccatatcatt----c-tttggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtatg-cag ggaataggccctccccagggc-tgaagccttaattatcgttatccgcacatttactacgc aaagcctattagcg-ttctgg-aa-gttcactggctggtcgttccgctaga---ctaacc cg-tctagtagacctggcagatgaggctggataaaccccactggcgacagtgatccagcc tgcgtggctgcctgcacacctggaaaca-ggt----------gtgaagcccat-gaatgg acagggtgtgaagagccccgtgtgctaagtgt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatct-aaccccacagctaatacacacaaaccagtgtggatttagtcgtaatgggtaact gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-cctttt- ----atattgcttatggtgacaggtatat-a--------------gata----tatat-t tgttaccatgggcgcacaggtttccagacagaatgttggtactcactccactcagaacac agttgcaaatggatcaagtcttaactacttcaatatcaattatttcaaagatgcagcatc caatggggcttctcgattagatttctcacaggatccaagcaaattcactgatcctgttaa ggatgttttgataaagggagtccctactttacaatcaccatcggtggaggcctgtggata ttcagacagaataattcaaataaccagaggaaattcaaccataacttctcaggacatcgc aaatgcagtagttgcatatggagtttggccacaatacttatcagatgctgatgcaaatgc catagataaaccatcacacccagacacctcttcaaatagattctacacacttgatagtaa actctgggagaatggctcaaaaggttggtggtggaaacttccagatgctttgaaaaacat gggtatttttggagaaaatatgttttaccatttcttagggagagctggttatacagttca tgttcagtgtaacgctagtaagtttcaccagggaactttagtagtagctgctataccaga acaccaactggcttacattgggtcaggaaatgtgagtgtagggtataggcatacccaccc aggagaacagggccgtgtgataggcacacgtgag--------------aatagaaaca-- -caaatcaacccactgatgagagttggcttaattgtgatggtacattattaggaaacata accatattcccacatcagttcattaatttaagaagtaataattcagccacactaattcta ccttatgttaatgcagtgcccatggattccatgataagacataacaattggagtattgtt ataataccaatttcccctctagaagct------aatgtaacagacc---cagttcctata acgatctctataagtccaatgtgtactgaattctcaggtgctcgaaatcag--------- tcagtt------------------------------aaaa------tacaaggactacca gttatgttgactccaggatcagcacaatttcttaccactgatgatgcacaatcaccctca gctttgccctactttcacccaacaaaagaaatatttataccaggagaagtcaagaatcta tcagaaatctgccaggtagattcaataataccaattaacaatgttgaagccaga---aag aactctataagtatgtacacagtagaggttggtgtcaaaacaactc------tagcagaa gaagttttcgctatacctgtggatgtggcatcacaacccttggcaacaactctaattgga gaaatatccagctattatacccattggacaggttctattcgtttctcattcatgttttgt ggaactgctaacaccagtcttaaactgctgattgcatacacaccaccaggggttggtaaa ccacaaaatagaacacaagccatgctgggaacacacatgatatgggatgtaggattacaa tcaacagtttccatggtggtgccatggatttcagctagtaattacagattcacaactcca gatgcttattcccaagctggttttataacttgctggtatcagacaaattttgtagttcct cctaatactcctaaaactgctaacatcatatgctttgtttcaggttgcaaagatttctgt ttgcgaatggctagagacactaatttgcactcacaaactgttaacattgaacaaaat--- ------cctgtagaaaaatatacagaagcaatactcaatgaggttctagttgtgccaaat atacaacctagtaatggacatacctcaaactcagcaccagccttagatgcagcagaaact gggcataccaaccaagtacaaccagaagatgttatggaaaccagatatgtgatcactgat caaactagggatgaaatgagcattgagagcttcttgggcagatctgcatgcatagctacc atacacactaaattag-tacatggagaggaggg---------------------t----- -gtttataatatg---aaaggtaacaatctctcaaagtggcagattacactcaaagaaat ggctcagatcaggaggaaatgtgaactcttcacatacctgcgctttgattcagagataac aattgtagctacactagcagggcaaggagatg------atttaggacatattgcactcca gtacatgtatgttcccccaggtggtccaataccagagaccagggatgccgatgaatggca gtctggaactaatgcatcagtcttttggcagcacggccaaccatacccaaggtttacaat ccccttcatgagcattgcatcagcatattacatgttctatgatgggtatgaaggtgatgc cctc------agttctaaatatggctcagtagttactaatgccatgggcaccttatgtgt tcgtgtggttacagaacagcaaagcaacacagtcaacataacaagtaggatttatcacaa agccaaacatgtcagagcatggtgtcctagaccccccagagcagtagcctaccaatcaac atataccacaaatttt------gttccacaagacgggatc---------------aatt- --ccattaaaaccaagatcaaaatcagaag---------a---gacattaaag------- -----------agg-tcagca---------actatggtccttctgacttgcatgtacata tgggtaatctagtatacagaaatttacatctatgtgaccatgaaaatttaaatgactcag ttctaatacgttattcaag------tgatttagtcatataccgaacaaacacggaaggtg atgactttattccgacatgcaactgcacgcaagccacatactattgtaaacataaaaaca gatatttccctataaatgtcaagaaacatgaatggtatgagatacaagaatcagaatatt accctaaacatgtccagtataacattttaattggtgaaggaccttgtgaaccaggtgatt gtggtggaaaattactctgtagtcatggagtcatagggattgtcactgctggtggtgagg gccacgttgccttcattgacctaagagact------ttcatgttgcagaaacacaggg-- -aatcacagactacatacataacctaggtgaagcttttggtgctggatttattgataata ttaaagaccaaattaatgttattaatc------ctatcaacaaaatcactagtaaaatag ttaaatggatcattagaatcatatcagctatgacaatcattattagaaatagtgcagatc cccatacaattattgccactcttgctttgataggttgttcaggatctccatggaggttta ttaaagataaagtctgtaagtggttacagttgacttatgtacataaagaatca---gatg ggtggatcaagaaatttacagagatgtgtaatgctgccaggggtttggaatggttaggta ataaaatatcaaaatttattgactggtttaaatcca---tgctcccacaagccaaactaa aggttgagtacataaagaaccttaagcagttgccactgttggaaaaacagattgatg--- ---gcttaagactggccccccaaaagcaacagcaagaatatatagacaccctgagaataa tgttagattcatcaaacaaattcttacctctgtatgcatcagaaaataaaagaatcaaag agctccttaaaagaagtgacatgatatt------acgcacatcaaagagaacagagccag tcggtgtacttttccacggtgacccagggactggaaaatcgatagctacttctatcttag ccagaatgataaccacagaatctgac------atatattcacttccaccgtctcctaaat attttgatggctatgatcaacagagtgtagttatcatggatgatataatgcaaaacccaa atggggaagatatgtctctgttttgccaaatggtttcttcagtaccgtttattccaccta tggcagatctgcccgacaagggaaaacctttctcctctgactacgtgctagcaagtacaa atcacagtttattacacccaccaactataacatgcacaccagctatgaataggagattct ttttagatctggatatcatagttaaagatgattataaaataaatcagggaaagttaaact tacagtgtgctctcaaaccatgtaaagtagga---aaagtgggtaacgcgaag---tgct gccccctcatatgtggaaaggctgttctctttagagataggaatacaggagagcatttgt cactggcaactatatacaataaaattgtagaggaaagcaaaaacagaaaagagttaaata catcactacaggcaatattccaaggcccaatagatgtag------------------tga ataaaccaccacctccagctatactagatttattaaagtctgtcagaaatcctgaagtca ttaggtattgtgaagataacagatggattgtacctgttgattgtagat---tggagagag atcttaactatgccaatttagtgatatctatgattgccaatgtcattagtatcctaggtg ttatttatatcatatataaattgttttgctctttacaaggtccatattcaggtgaac--- ccaaaccgattactagaaaaccagag---agaagagttgtcacccaagggcctcaggagg aatttggacgtagtctacttaaacataatgcatgcattgtcacaactgaaaatggcaaat tcacagggttaggtatttatgataatgtaatgatcataccaactcatgctgaagttggta agagtgtagaaatagatggaatacaagttaaagtctctgattcatatgatctatacaatt cacatggtgtaaagttggaaattacagtagttaaattaaataggaatgaaaaatttagag atattaggaaatatattccagatagtgaggatgattattcagattgttgtctggctcttt tagctaaccaaccagaacctacaattatagaagtgggtgatagctgctcatatggtaata tcctgctcagtggaactcaaacagcaagaatgattaaatacaactacccaacaaaatcag ggttttgtggtggtgtgttatataaaataggtttaatactgggtattcatgtagggggaa atgggaggaatgggttctctgctatgttgttgaggtcatattttaatgagcaacaaggga aaatagtctcaacatcagatgttaaagacaaaaacctatatagtatacacactccaacaa acaccaagttacaacccagtgtgttccatgatacctttcctggaaagaaggaacctgcgg ttctgtcaccaaaggatcccagattacaagttaacttggaggaagcaatcttctctaagt ataaaggtaatgaaaagattgagattacccaaaacatgaaaattgcagccgcccactatg cagcacaactatcaactcttgacatcaactcagaaccattaactctagaagaaagtgtat atggcatagaaggtcttgaagctttagacttacacactagtgcaggatacccatatacag catgtggtattaagaagaaagatttgataccaaagaa---tagagatttgtcaaaattaa aaggtgcaattgaaaaatacggtctggatttgccaatgataacttttttaaaagatgaac tcagaaaacctgaaaagataaacacagggaaaaccagaattgttgaagctagtagtttaa atgatacagttcaatttagaatggcttttggcagactcttctctgtttttcaccaaaatc ctggtataatcactggctcagcagtagggtgtgatcctgaggtcttttggtcgaagatac cagtaatgcttgatggtgaatgtcttatggcttttgattattctaattatgatggtagtc ttaatcctgtttggtttaaattacttgctggcattcttagtgatttaggtttcccaggt- --gatttagtacaaaaattatgctactccaaacacatttttaaaactaaatattatgaag tggaaggaggaatgccatcaggttgtgcaggaactagcatatttaatactatgattaata atgtgattattaggaccttagtactggacacttataaatatgttaacttagataaactga aaatattggcatatggtgatgatatactattttcctacccttatgagatggacatgaaag aattagcaagtgagggagttaagtatggtttgaccattactcctgctgacaaatcagaag aattcagtaaactggattttaccaatgccacttttcttaaaagaaacttcaaaccagatg ataaacacagttttctcatacatccggtgtatcctgagactgaagtctgggaatccatta gatggacaaagaacccccggaatatgcaggagcatgtgttatccctttgtcaccttatgt ggcataatggtgaggaaaaataca-accacttcgtgaccaagattaggagtgttagcgct ggtcgtgcactctatataccaccatacgaactcttgcgccatgaatggtatgagaaattt taaa-------------cag---atatag---aa-------------------tatataa --atg-gttagtttat------------------agattttat----------------- ------------------------------------ >JX291115.1 Human rhinovirus C isolate JAL-1, complete genome -------ttaaaactgggcattggttgtc-cccacc---aatgcacaccaagtgtgttag tgctctggaatcttcgttcctttgcacgccagttt-----------------------gc ------------cct-ccc-------------ttccccaagtctttctatcattcttttc ttcctaatgtaac----ttagacgt-tataccac---------agtccaatagg-acgtg gccaatccaggcca------t-gacggacaagca-cttct-gtct-ccccgggcgtgtga ggaataggcctcaaa-aaggc-tgaagctgtagcgctcgttatccgcattggtactacgc gatggctagtatca-tcctgg-aa-gtctcttggttggtcgctcagcgtgg----taacc cc-ccacgtagatcagggcaatgaggctgcatatgccccaccggcgacggtgatgcagcc tgcgtggtgccccgc----------ctg-ggt--taacccccaggaagccaat-gagtgg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctaccaat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctatggcatgcaagccagcatgtgcgtagtcgtaatgagtaatt gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct--------ttatt-ctttga- ---aatgttgcttatggtgaca-----at-att-ggtatt------ata----ccattct tgtcatcatgggcgcccaggtcagtagacaaaacaatggcacacatgagaatggtgtaac agctagcaatggatcagtcattaaatatttcaacattaactactacaaagatgcagccag ttctggattgaccaaacaggatttttcacaagatccttccaaattcacccaaccattggc agaggcattaaccaa------ccccgcacttatgtcaccatctgttgaagcatgtggata ttctgataggctcaagcaaatcactatcgggaattccacaatcacaacacaagactccct acacacagtacttgcatatggtgagtggccacagtatcttgcagatatagatgcttcatc agttgacaaaccaactcaccccgagacatctgctgaccgattttacacattagagagtgt tagatggactcaaaactccctgggttggtggtggaagttgcctgactgccttaaggatat ggggctctttggtcagaacatgtatcatcattctatgggaagaacagggtacattataca tgtgcaatgtaatgcaaccaaatttcacagtgggtgtttgatggttgccgttgtgccaga acaccagctggcgttcattggtgcagatggtaccaaggttaagtatagtcaaacccaccc aggggaacgaggccacaccattgaagaaacaacc--------------attcggaatc-- -gtttcaaccctgacgagaaccccttctacttgtgtaatggtacactttttgggaatatc cagatcttcccacatcaaatgattaacctgagaacaaacaattcagcaacaatcattgtc ccatacatcaactgtctacctatggatagcatgcttagacataataacctaacactactc attattcctctggtgccactgcgaactggaaacacgggagggacta---ctttacctatt actgtaacaatagcacctgataaatcagaattttcaggccccatgcata----------- --caca------------------------------gaaa--------caggggatcccc acccgtatcccaagtggatcacaacagttcatgacaacagaagatgagcagtctgccaat atattaccagggtatacccccacaaaacagatattcatcccaggagaaataacaaacatg cttcacattgcccaggttgagtcctttatacctttaaataacacagaggggcac---ttg ggtaaaatggatatatacagggtcacagtaacacaaaaag---------cagataatggc cttattgtagtgataccactacaaatgggcaacacactatttgctacaactcttttaggt gaagttctgaactactatgccaactggtctggaagtgtgaggatcaccttcatgtgtgtc tgtgatagcttcagtactggaaagtttctcgtggcatatacaccacctggtggtaggctg cctgccgaccgcaaagaagccatgttgggtacacatgtggtgtgggacctgggattacaa tcatcctgtagcatggtggcaccttggatctccagcacctttttccgaaggactaaatca gatgagtacacttcaggaggtatcatatcattatggcaccagacagactttgttactggg agtaccactactgt---tggcaccatcttagcaacttgctcaggctgtcctgacatttct gtacgcatgttacgcgatacacctatgactgagcaaccacagaacaagctgcaaaac--- ------ccagtggaagaatacattgaagacaccctaaaagaagtcttggttgtaccgaac acacagccatcaggcccagtgcacactaccaagccatcgatacttggtgcgatggaaatt ggggcgacatcaccaataaccccagaggatgtgattgagactcgatatgtgatcaacaat catgtaaacagtgaagctctaattgaaaatttccttgggagatctgctctatgggctgaa tttcagtt---gaact-c------------------------------------------ ------------------------tggatttcaaaagtggagcattaactttcaggaaca ggcacaaatcagaaggaaattggagttcttcacttatgtcagatttgacatggaagtgac cattgtaacaaacaacacagggt------------------------------tgatgca gattatgtttgttcccccaggtattgaccctccatcccagattgatgataagaaatggga tagtgcctccaatccaagtgtgttctatcagcccaaaagtggttttccccgtttcaccat acccttcatgggtttaggatcagcctattacatgttttatgacggctatgatgaggcaaa ggat---gattccgttaaatatgggatctcatctacagatgatatgggcaccctttgttt cagggcactggaggaaagagacggaacaga------------tatcaaagtcttcatcaa gcctaagcacactagggcgtggtgcccaagacctcccagagcagtcaactacacccataa attttcaacaaactaccacatcaaagatggtgagcaggga------------atgctaa- --gacaaaggcattacttcaaacacagagg---------t---gacatca---------- ------------------aaa---------acttgggccccagtgatatgtttgttcaca ccgttcataacatatacactaatgcacatcttactacccccaagg------aagacacta tattgttagcaattacggc------tgacctgcaagtggaccccgctccctcccctggta atgactatatacctgattgtgattgcactgttggatgctactactgcaagagccaggaca gatactttccaatagtggtggctgagcacgactggtacgaaatacaagcatccccctact accctagacatattcagtacaatcttctaattggagagggacaatcagccccgggtgatt gtggaggcaagttactatgcaagcatggtgtgattggtatgatcactgcaggtggtgata accaggtcgctttcacagacttgagaccataca---gggatctaaaccagcaccaggggg ttgtatctagttatctcacacagcttggtaatgcatttggtgagggcttcacacaaaaca tcaaggacagttttgctagcatcagtagttccataacagataaattaacttccaagatca tcaaatggctaattagaattattagcgcatttactataatggtcagaaatagcgcagatg gtccaacagtcattgcaactctggccctactgggatgtaattcatcaccatggtcttttc tcaaggacaaaatctgcagctggcttcaaatccagcgtcccgcaagcaaacagagtgatt actggttaaagaagtttacagagtgttgtaatgcagcaaagggccttgagtggatcagta tcaagattggcaagtttattgattggctgaaagggaaactagtccccgctgtccaatcaa agaagactactctagcagagtgcaagaaaatacctctataccaagaacagattaatg--- ---gattcagttctgctagctcagaagcacaacaacaacttattgtagaagtggacaaat taaaaagaggcttggatgatctagcaccactatatgctagtgaaaacaaaagggttagtg acatgcaaaaacaactcaagcagcttacagcttaccaaagaacccaccgaacagaaccag tttgcttattgttacatggcaacccaggatgtggaaaatcactagttacaaccataatcg ctagaggactcacccaggaggcacag------gtatactcactaccacctgatcccaaat attttgatggatacaaccagcaaaaggtggtattaatggatgatgtggggcaaaaaccag atggtaaagatttaagcacattctgtcagatggtatcaacaacagatttcatagtaccta tggctgctattgaggaaaagggcaaatgttttacaagtgactacatactggccagtacaa acctggacactctgtcaccaccaacagtcacaatacctgaggctataaaacggcgattct ttctggatgccgatctcatcacaacatctaagttcagaaataccacaggactgctagaca cagccaaggcactccagcgctgtgagggatgtcctacgccacagcactacaagcagtgtt gcccaatgttatgtggaaaggctgtggtcttacaaaacagaaggacccaggcaaacttct cagtgaacacaatagtagagcagctgaggcatgagaatgctaccaggaaaaaggttaaac acaaccttgatgcaatattccagggtcttg---------------------------gtg actcagaaacaccaggttttattgtagatttactatcctcatccaaagaccctagggtaa tccagtattgtgaagatgaaggatggataggtaaagcaaactcaacca---tagagaggg attttaattatgtgcattacatgctgaattgcttgggtagccttattctgattcttggta caatctatgctatttacaagcttatgtgtatgactcaaggaccttacactggcttac--- caaacccccaaaccaaaagaccagaactaagaagggccacgaagcaaggcccagaacatg aatttatgtatgccctcattaaaagaaactgccatgtgataaccacctcaaaaggggagt tcaacatgcttggaatccatgataactgtgctgtcctgccaacccatgctgactgtggtg agacaataaacatagatggtagggaagttaaggtgcttgaaagacaaatcataactgacc ttaaggacacagacactgagattaccatcctgtggttggatcaaaatgaaaaattcagag atatcagaagatttatccctgagtaccaacgcgaatggtcaaatatgcatcttgccacaa atgtaactaaattccccatgctagatgtggaggttggcactgtaataccatatggagagg tcaacctcagtggtaacccaacctgccgacttatgaaatatgactaccccaccaaaccag gacagtgtggcgctgtcattgcaaacacaggaaacatagtagcaattcatgttggcggaa atggacgtgtggggtatggagcagcattgctacgtaagtacttcgcacagtctcaaggtg agatcactgccaaacatgatgtcagtgatgtgggcttacatccaatcaatacccctagca gtaccaagttaagacctagtgtgttttatgatgtgttcccaggaaggaaagaacctgccg ccttgcacccaaaggatccacgactggatgttaaccttgacacgacagtgtttagcaaat ataaagggaacacggaagctaaatggaaccaatatgtccaggtagctgttgatcactatg ctgcacaactaacagtcttagacataaatactgaacccctaactctagaacaggcagtgt gtggtatcaagaatctggaaccattagatctcactactagtgctggcttcccatatgtca caatgggtgtccggaaaaaggatatagtcaacaaagtgacaaaggatgtaaccaaacttc aggaaatgattgacaaatatggaatagacttgccttatgtcacctatctaaaagatgaat tgagagctcctgagaaaatcaagaaagggaaaacgagagcaatagaggcagctagcataa atgacacaacccacttccgcatggtgtttggaaatctcttctcaacctttcatgccaacc caggtgttctcactggctctgcagtaggctgtaaccctgatgtgttctggtctcaaatgt atgcatgtatggatggacatc---tgctagcttttgactacaccaattatgatggcagtc tacacccagtttggtttgaagcactaggaagggtcttagataaattaggtttccctgga- --gagatgatgcagaagctgtgtaagaccacgcacatctataaaaacaccatctacactg tagaaggtgggatgccttcgggtatctgtggcacatcaattttcaataccatgatcaata atataatcattagagtgttggttctagaaacttataagaatattgatttagataagttga ggatcattgcatatggagatgatgttattgcatcttacccagagaagttagacccacaag aattggctaggactgctgtgaggtatgggctaaccatcactccaccagacaagggcagta catttcataagattgattggactaatgtc-catttcttaaaagagggtttagaccagact cggagttcccttttcttgtacatccagtatacaagatggaggacatctatgaatcaatta gatggacaaaggacccaaagaacacacaagaccatgttcactcattgtgtctacttgcat ggcacaacggagaggaggtatatgaaagcctttactgatcagataaagtcaacacatctg ggcaaaatactgcatctgccgccttactcataccttagatccaggtggctggataaattc -----------------------atttaa---attttttagtccaaatacaatatagca- ------cattatttaca---gtagaat-------agatgtgatataaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaa----------------------------- >JF317015.1 Human rhinovirus C isolate LZ508, complete genome -------ttaaaacagccgtgtggttgta-cccacc---accggacacactgtgtgtt-g tgcactggaatctcggttcctttgcatgcctgtttt--------------a-------aa ------------ccc-ccc-------------ttcccccactctttctatcattcttttc ttcctaatgtaac----ttagacgt-tataccac---------agtccaatagg-acgtg gccaatccaggcca------t-gacggacaagca-cttct-gtct-ccccgggcgt---g tgaataggcctcaac-aaggc-tgaagctgtagcgctcgttatccgcatttgtactacgc gatggctagtatca-tccttc-tcttggtcttggcgtttcgctcagcgtgg----taacc cc-ccacgtagatcagggcaatgaggctgcatatgccccaccggcgacggtgatgcagcc tgcgtggtgccccgc----------ctg-ggt--taacccccaggacgccaca-atcaag acagggtgagaagacctgagtgtgctacagat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcctaaccctgcagctatcgtatgcaaaccagcatattggtagtcgtaacgagcaatt gcgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttctc--------ttttt-atttga- ---aatgttgcttatggttacaa----gt-ttt------------ggta----ttaaact tgtgaccatgggcgcccaggtgagcagacaaagtgttggatctcacgaaaatgcaatcaa tgcaaacagtggctctatagttaaatatttcaacattaactactacaaagatgcagccag ttctggattgaccaaacaggatttttcacaagatccttccaaattcacccaaccattggc agaggcattaaccaa------ccccgctctaatgtcacccagtgttgaggcttgtggatt ctctgataggctaaagcaaatcactatcggagactccacaataactacgcaggatacgct aaatagcattgtggcgtatggagagtggccacagtatcttgcagatatagatgcttcatc agttgacaaaccaactcaccccgagacatctgctgaccgattttacacattagagagtgt tagatggactcaaaactccctgggttggtggtggaagttgcctgactgccttaaggatat ggggctctttggtcagaacatgtatcatcattctatgggaagaacagggtacattataca tgtgcaatgtaatgcaaccaaatttcacagtgggtgtttgatggttgccgttgtgccaga acaccagctggcgttcattggtgcagatggtaccaaggttaagtatagtcaaacccaccc aggggaacgaggccacaccattgaagaaacaacc--------------attcggaatc-- -gtttcaaccctgacgagaaccccttctacttgtgtaatggtacactttttgggaatatc cagatcttcccacatcaaatgattaacctgagaacaaacaattcagcaacaatcattgtc ccatacatcaactgtctacctatggatagcatgcttagacataataacctaacactactc attattcctctggtgccactgcgaactggaaacacgggagggacta---ctttacctatt actgtaacaatagcacctgataaatcagaattttcaggccccatgcata----------- --caca------------------------------gaaa--------caggggatcccc acccgtatcccaagtggatcacaacagttcatgactacagaagatgagcagtctgccaat atattaccagggtatacccccacaaaacagatattcatcccaggagaaataacaaacatg cttcacattgcccaggttgagtcctttatacctttaaataacacagaggggcac---ttg ggtaaaatggatatatacagggtcacagtaacacaaaaag---------cagataatggc cttattgtagtgataccactacaaatggacaacacactctttgctaccacattacttggt gaggttctaaattactatggcaactggtctggaagtgtgaggatcaccttcatgtgtgtc tgtgatagcttcagtactggaaagtttcttatggcatatacaccacctggtggtaggctg cctgccgaccgcaaagaagccatgttgggtacacatgtggtgtgggacctgggattacaa tcatcctgtagcatggtggcaccttggatctccagcacctttttccgaaggactaaatca gatgagtacacttcaggaggtatcatatcattatggcaccagacagactttgttactggg agtaccactactgt---tggcaccatcttagcaacttgctcaggctgtcctgacatttct gtacgcatgttacgcgatacacctatgactgagcaaccacagaacaagctgcaaaac--- ------ccagtggaagaatacattgaagacaccctaaaagaagtcttggttgtaccgaac acacagccatcaggcccagtgcacactaccaagccatcgatacttggtgcgatggaaatt ggggcgacatcaccaataaccccagaggatgtgattgagactcgatatgtgatcaacaat catgtaaacagtgaagctctaattgaaaatttccttgggagatctgctctatgggctgaa tttcagtt---gaact-c------------------------------------------ ------------------------tggatttcaaaagtggagcattaactttcaggaaca ggcacaaatcagaaggaaattggagttcttcacatatgtcagatttgacatggaagtgac cattgtaacaaacaacacagggt------------------------------tgatgca gattatgtttgttcccccaggtattgaccctccatcccagattgatgataagaaatggga tagtgcctccaatccaagtgtgttctatcagcccaaaagtggttttccccgtttcaccat acccttcatgggtttaggatcagcctattacatgttttatgacggctatgatgaggcaaa ggat---gattccgttaaatatgggatctcatctacagatgatatgggcaccctttgttt cagggcactggaggaaagagacaacacaga------------tatcaaagtcttcatcaa gcctaagcacactagggcgtggtgcccaagacctcccagagcagtcaactacacccataa attttcaacaaactaccacatcaaagatggtgagcaggga------------atgctaa- --gacaaaggcattacttcaaacacagagg---------t---gacatca---------- ------------------aaa---------acttgggccccagtgatatgtttgttcaca ccgttcataacatatacactaatgcacatcttactacccccaagg------aagacacta tattgttagcaattacggc------tgacctgcaagtggaccccgctccctcccctggta atgactatatacctgattgtgattgcactgttggatgctactactgcaagagccaggaca gatactttccaatagtggtggctgagcacgactggtacgaaatacaagcatccccctact accctagacatattcagtacaatcttctaattggagagggacaatcagccccgggtgatt gtgggggcaagcttttgtgcaagcatggtgttatcggactgctaacagcagggggtagtg gtcaggtcgctttcacagacttgagaccataca---gggatctaaaccagcaccaggggg ttgtatctagttatctcacacagcttggtaatgcatttggtgagggcttcacacaaaaca tcaaggacagttttgctagcatcagtagttccataacagataaattaacttccaagatca tcaaatggctaattagaattattagcgcatttactataatggtcagaaatagcgcagatg gtccaacagtcattgcaactctggccctactgggatgtaattcatcaccatggtcttttc tcaaaagcaaagtatgtgcatggcttggtatccccaaaccaccatctcgccagggtgaca actggttaaagaagtttacagagtgttgtaatgcagcaaagggccttgagtggatcggga ttaagattagcaaatttattgactggcttaaagataaactcatacccacggtgcaatcaa agaagactactctagcagagtgcaagaaaatacctctataccaagaacagattaaag--- ---ggtatcccatggcttcagaggaagctcaaaatgaattgtgtattaatgtagacaaat taaaaagaggcttggatgatctagcaccactatatgcaaaggaaaataagatggttagtg acatgcaaaaacaactcaagcagcttacagcttaccaaagaacccaccgaacagaacccg tctgtatcctaatccacggaggtccaggatgtggcaagtcattggccactaccatcatat ccagaggattagcctccgaaggggat------atttattccctgcctccaaacccaaaac attttgatggatacaaccagcaaaaggtggtattaatggatgatgtggggcaaaaaccag atggaggggatctgagcatcttctgtcagatggtatccaccactgacttccatgttccca tggctgctattgaggaaaagggcaaatgttttacaagtgactacatactggccagtacaa atttgtctcaccttacacctcccactgtgcagatacctgaggccttgagtaggaggtttt acttagacatggacctcaaaatcatgcccagttactcaaacaat---ggtttacttaaca cagccaaggcactccagcgctgtgagggatgtcctacgccacagcactacaagcagtgtt gcccaatgttatgtggaaaggctgtggtcttacaaaacagaaggacccaggcaaactact ctattaacatggttgttgaacaactcagagaggaatcacaaagtaggaaacatgtgaagg ataatctctatgccatcttccagggtttag---------------------------gta gcagtgaaacaccaggctttattgtagatttactatcctcatccaaagaccctagggtaa tccagtattgtgaagatgaaggtctaatcaggaagacaacatctagta---ttgaacggg aaattaattacctccaatacatcctgaattgcttgggtagccttattctgattcttggta caatctatgctatttacaagcttatgtgtatggcgcaaggaccgtacactgggtttg--- tccaaccggcagggaaaaagccggaactaagaagggcggtgaagcaaggcccagaacatg aatttatgtatgccctcattaaaagaaattgtcacattgctactacagacaagggagagt tcaatcttctcggtatacacgacaactgtgctgtcctgccaacccatgctgactgtggtg agacaataaacatagatggtagggaagttaaggtgcttgaaagacaaatcataactgacc ttaaggacacagacactgagattaccattgtgtggttggagcaaaatgaaaaattcagag atatcagaagatttatccctgagtatatccaggaatgggatcacatgaaactggctacta atgtaaccaaattcccaatgttctttgcagatgtggggatgacagtgccatatggtgaga ttaatcttagcggtaatccaacctgccgacttatgaaatatgactaccccaccaaaccag gacagtgtggcgctgtcattggctccactggacacatcattggcatacatgttggaggta atgggcgcgttggatactgcgctgccttactccgaaaatacttctgtgatacacaagggg ctattcttacaacccagcatgtcagtgatgtgggcttacatccaatcaatacccctagca gtaccaagttaagacctagtgtgttttatgatgtgttcccaggaaggaaagaacctgccg ccttgcacccaaaggatcatagactggatgttaaccttgacacgacagtgtttagcaaat ataaagggaatgtggaagctaaattcaaccaatatgttgaggtagctgttgatcactatg ctgcacaactaacagtcttagacataaatactgaacccctaactctagaacaggcagtgt gtggtatcaagaatctggaaccattagatctcactactagtgctggctttccatatgtca caatgggtgtccggaaacgggatcttgtcaacaagactacaagagatgtctcaaaattgc aggaaatgataaataaatatggcatcgacctaccctatgtgacttacttaaaggatgaat tgagaacaccagagaaaattaaagctggcaaaacccgaatcatagaagcaagtagtataa atgacacctcccatttccgtatggtgtttggaaatctcttctcaacctttcatgccaacc cagggattctcactggatctgccgtgggttgtgatccagacattttctggtctcagattt attccactcttgatggacatc---tcctagcatttgactacaccaattatgatggcagtc tacacccagtttggtttgaagcactgggaagggtcttagataaattaggtttccctgga- --gagatgatgcagaagctcagtaagaccacgcacatctataaaaacaccatctacacaa cagaaggtgggatgccttcggggatttgtggcacatcaatatttaacacaatgattaaca atataatcattaggaccatagtattagaaacttataagaatattgatttagataagttga ggatcattgcatatggagatgatgttattgcatcttacccagagaagttagacccacaag aattggctaggactgctgtgagttatggtctgaccataacacctgccaataaaacagaaa aatttgaggaccttacttgggatacaataacatttcttaaaagagggtttagacccgact cggagttccctttccttgtgcaccccgtgtatgcaatggaagatgtctatgagtcaattc gatggacaaaagacccccgaaacacacaagaccatgtgagatccttgtgccacctagcat ggcataatgggcaggatgtatatg-aagcctttactgatcagataaagtcaacacatctg ggcaaaatactgcatctgccgccttactcataccttagatccaggtggctggataatttt -----------------------atttga---atttaattacccaaatacaatatagca- ------cattatttaca---gtagaat-------agatgtgatataaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaa----------------------- >M16248.1 Human rhinovirus type 89 (HRV89), complete genome -------ttaaaactgggagtgggttgtt-cccactcactccacccatgcggtgtt---g tactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------tc ------------cca-ccc-------------ttccccata------------------- ------atgtaac----ttagaagt-ttgtacaa------ta-tgaccaatagg-tgaca atcat-ccagactg-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg aggatatgctttacccaaggc-aaaaaccttagagatcgttatccccacactgcctacac agagcccagtacca-tttttg-at-ataattgggttggtcgctcc-ctg------caaac cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacattccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgctcaccct-tcttg-ggt----------gagaagcctaa-ttattg acaaggtgtgaagagccgcgtgtgctcagtgt--gcttcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccgttgcccataatccaatgggtttgcggtcgtaatgcgtaagt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct---gt---ttttc-ttttga- ----ttgcattttatggtgacaa-tttat-a-g--------tg----------tatagat tgtcatcatgggtgcacaagtatctagacaaaatgttgggacacactccacacaaaattc agtgagcaatggatctagcttaaattatttcaacatcaattattttaaagacgcagcttc aagtggtgcttctagattggatttttctcaagaccctagtaaatttactgatcctgttaa agatgtgttagaaaagggtattccaacacttcaatcaccaacagttgaagcttgtggtta ttcagacagactaatacagataacccgaggagattccactataacatcccaagatactgc aaatgcagttgttgcttatggtgtgtggccatcatacttgactccagatgatgcgactgc tattgacaaacccacacaacctgatacatcatccaacagattctacaccttggacagtcg ttcttggacatctgcctcatctggatggtggtggaaattgcctgatgcccttaaaaacat gggtatatttggtgaaaatatgttttaccattttctagggagatctggatacacaataca tgtacaatgtaattctagcaagtttcatcagggtttattaatagttgccgccatcccaga acatcaattggcatctgcaacaagtggaaatgtatcagtcgggtacaatcacacccaccc aggtgagcaaggtagagaagtagtaccatcacggaca-----------tctagtgata-- -ataaaagacctagtgatgacagttggttaaattttgatggaacattacttggtaactta cctatttatccccaccaatacattaatctaaggactaacaattcagctacccttatttta ccttatgtcaatgctgtaccaatggactctatgcttagacataataattggagcttggtt ataatcccaatatgccctcttcaggtccaacctggggggacacaat---ccatacctata acagtatcaattagccctatgttttcagaattttcagggccaagaagtaaggttgtgt-- -ttagt------------------------------acca------ctcagggtttacca gttatgttaacacctggatctgggcaattcttaacaactgatgatactcaatccccatca gcgtttccatacttccacccgaccaaggaaatatttatacctggacaagttaggaattta attgaaatgtgccaagttgacacactcattcctgttaacaatacacaggaaaat---gta agatctgtgaatatgtacactgttgatttacgcacacaagttgatt------tagctaaa gaagtcttttctataccagtagatattgcctcacaacctttagccactactctcatagga gaacttgcaagctattacacacactggactggtagtctgcgctttagctttatgttttgt ggttctgctagctctactttgaaactattaattgcatacactcctcctggtgttggaaaa cctaaatccaggagagaagccatgcttggtacacatttagtgtgggatgtggggttgcag tccaccgcctcactagttgtaccatgggttagtgctagccattttagattcactacacct gacacatattcctcagctggttatattacatgctggtaccagaccaactttgtagtacct gatagtactccagataacgccaaaatggtgtgcatggtttctgcatgcaaagatttttgc ttaagattagccagagatactaacctacacacacaagaaggagtactcacacaaaac--- ------ccagttgaaaattatatagatagtgtattaaatgaagttcttgtggtgccaaat atccaacctagcacatctgtgtcaagtcatgcagcgcctgcattggatgctgcggaaacc ggacacaccagctctgttcaacctgaagatatgattgaaactagatatgttataactgat caaacaagggatgaaacaagtattgagagtttcttaggtaggtcagggtgtatcgctatg atagaatttaatacaa-gtagtgataaaact----------------------------- -gaacatgataaa---attggtaaaggattcaaaacatggaaggttagtcttcaagaaat ggcacaaatcagaagaaaatatgaattattcacatatacaagatttgattcagagataac aatagtcactgcagccgcagctcaaggaaatg------atagtggacatatagtattgca atttatgtatgtacccccaggagcacctgtccccgaaaaacgtgatgattacacatggca atcaggaacaaatgcatctgtgttctggcaagaaggacaaccataccccagattcacaat cccttttatgagcattgcatcagcctattacatgttttatgatggttatgatggtgatag tgca------gcatcaaaatacggttctgtagtcactaatgatatgggaaccatatgtgt tagaatagtgacatccaaccaaaaacacgattcaaatattgtgtgccgcatttaccacaa ggccaaacatataaaagcatggtgtcctcgcccaccaagggctgttgcctatcaacacac acactcaaccaattac------ataccatccaatgg---------------------tg- --aggccacaactcagattaaaaccagacc---------t---gatgttttt-------- -----------accgttacaa---------acgtcggaccatctagtatgtttgtacatg tgggtaacttaatctatagaaatcttcatctctttaattctgatc---ttgatgattcta ttcttgtatcatactccag------tgatctaatcatatatcgaacaaacactgaaggta atgatgtgatccctaattgtgattgcactgaatgtacatattactgccaccacaaagata ggtattttcctatcagagttactgcacatgattggtatgagattcaagaatcagaatatt acccaaaacatatccaatataatctcctgattggagagggtccttgtgaaccaggagatt gtggaggaaaactattgtgtaaacatggtgttataggtatgattacagctggaggtgaag gtcacgttgcttttattgacctgagaaaat------tccagtgtgctgaggagcaagg-- -gttatctgattatgtggaacatcttggtcaagtctttggtgtaggcttcgtagacagca tcaaacaacaggtaaactttatcaacc------ccactagtaaaattggttcaaaagtga ttaaatggttgttgaggatagtttcagctatgataataatggtaaggaatagttctgatc cacaaactgtaattgccactctcacccttctaggttgttcaggctcaccatggaggtttc ttaaagagaaactctgtgcgtggctccagcttagctatgtacataagcagtct---gatt catggctcaagaaatttactgaagcgtgtaacgcagcacgtgggctagagtggattggac aaaagatatctaaatttatagattggataaagagta---tgttaccacaggctcaattga aaattgattacctaaccaaattaaaacaacttaatctcttagagaaacaaatagaaa--- ---caattagacttgcacctgctagtgttcaggagaaaattttcattgaaataaacaccc ttcatgatttatccttaaaattcttaccactgtatgcatctgaagcacgtagaattaaga atttatatatcaaatgcagtaatgttat------taaagggggaaagaggaatgaaccag ttgcagttctaatacatggttctcctggtactggaaaatctcttgccacttctgttcttg ctcgaatgctaactgttgagactgat------atatattctttgcccccagatcctaaat attttgatgggtatgatcaacagagtgttgttatcatggatgatatcatgcaaaatccta gtggtgaagacatgactttgttttgccaaatggtatcgagtgtccctttcatacctccta tggcagatcttccagataaaggaaaaccatttacatccaagtttgtacttgcaagcacta atcacactctactaacaccaccaacagtatcttcattaccagcaatggcaagaaggtttt actttgatctagacattcaagttaagaaagagtatcttttagat---ggcaaactagata tagcaaaaagctttcgaccatgtgatgttaatattaaaataggcaatgctaag---tgct gtccatttatctgtggaaaagctgtagagtttaaagatagaaattcatgtacaaccttgt ctttatctcaattgtatagtcatataaaggaagaagataggagaagaagcagtgcagcac aagcaatggaggctatatttcaagg---tatagacc---------------------tcc aatctcctccacctccagccatagctgacctccttaggtctgtgaaaacaccagagatca ttaagtattgccaagataataattggattgttccagcagagtgttcta---ttgaaagag atttagggatagcaaatatgactataggtataatagctaatgtggtctctatagtaggtg ttatctatataatttataaattgttctgtacacttcagggtccatactcaggggaac--- ctaaacccaaaagcagagctccagag---agaagagtagttactcagggcccagaggaag agtttggtcgctcactactcaaacataattgctgtgttgtgacaaccgacaaaggcaaat tcacaggtcttggcatatatgaccaagtcatggtacttccaacacattctgacccaggct ctgagatcttggtagatggagtaaaagttaaggtctctgattcctatgatttgcataacc atgagggtgttaagctagagatcacagttgtgaaattaattagaaatgagaagtttaaag acatcagaaaatatttaccctcacgtgaagatgactatcctgcttgtaaccttgccttac tagctaatcaagatgagccaacaataataagtgttggtgatgcagtatcttatggtaaca tcttattgagtggtaccaatactgcacgaatgatcaagtaccattacccgacaaaagctg gatattgtgggggtgttttgtacaaggttggctctattcttggtatacatgttggtggca atggtagagatggattttctgcaatgcttctcaaatcttattttggtgaaacccagggtt taatcactaaagaacttcctgtatctgtaaagaacttaccatccgtacatgtttcatcta aaacccgactacaacctagtgtttttcatgatgttttccctggaacaaaagagcctgcag ttcttagtagtaatgatccaagactagaaactgactttgactcagcacttttctccaaat ataaaggtaatcctgcttgtcaagtgaccccacacatgaaaattgctgtagcacattatg cagcacagttatctacactagacataaatcctcaacccctttcattggaagagagtgtgt ttggtattgagggattagaagctttggatttaaatactagtgcaggatttccttatgttt cactgggaataaagaagaaagatcttatagataaaaagaccaaagacatcacaaaactta ggaaagcaattgatgaatatggtattgatttgcctatggttacttttctgaaagatgaac ttagaaagaaggaaaaaataaaagatggaaagactagagtcatagaagctaatagtgtga atgatactgtgttattcagaagtgtatttggaaatcttttctctgctttccacaaaaacc caggtatagtcactggttcagcagtagggtgtgaccctgaagtattctggtcaactatac ctctcatgctagatggagaatgtttaatggcttttgattattcaaactatgatggtagcc tacatcccgtttggtttaaatgtcttagtatgctcttagaagacataggtttctcctct- --caacttattaaccagatctgtaactctaaacatatatacaaatctaagtattatgaag tggaaggaggtatgccatctggatgtgctggtactagtatttttaatacaataatcaaca atattatcattagaactttggtactagatgcttataagaacatagatctagataaactga aaatcttagcatatggggatgatgtcatcttttcttataattttaaacttgacatggcag ttcttgccaaagaaggagaaaaatatggactaacaatcacccctgctgataagtctgatg ttttccaagaattgacctataaaaatgtaacttttcttaaaagaggattcagagctgatg agcgccactctttccttatacaccctacctttcctgtggctgagattcatgactccatca gatggaccaaaaacccttcatgtatgcaggaacacgtgctatctttgtgtcatttaatgt ggcataatggtagacatgcatacc-aggaattcattaaaggtatacgcagtgtatctgcc ggtcgggcactgtatataccagcttatgaagttcttgaacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctgttaa atata-gctagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >A10937.1 Human rhinovirus 89 (HRV89), complete genome -------ttaaaactgggagtgggttgtt-cccactcactccacccatgcggtgtt---g tactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------tc ------------cca-ccc-------------ttccccata------------------- ------atgtaac----ttagaagt-ttgtacaa------ta-tgaccaatagg-tgaca atcat-ccagactg-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg aggatatgctttacccaaggc-aaaaaccttagagatcgttatccccacactgcctacac agagcccagtacca-tttttg-at-ataattgggttggtcgctcc-ctg------caaac cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacattccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgctcaccct-tcttg-ggt----------gagaagcctaa-ttattg acaaggtgtgaagagccgcgtgtgctcagtgt--gcttcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccgttgcccataatccaatgggtttgcggtcgtaatgcgtaagt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct---gt---ttttc-ttttga- ----ttgcattttatggtgacaa-tttat-a-g--------tg----------tatagat tgtcatcatgggtgcacaagtatctagacaaaatgttgggacacactccacacaaaattc agtgagcaatggatctagcttaaattatttcaacatcaattattttaaagacgcagcttc aagtggtgcttctagattggatttttctcaagaccctagtaaatttactgatcctgttaa agatgtgttagaaaagggtattccaacacttcaatcaccaacagttgaagcttgtggtta ttcagacagactaatacagataacccgaggagattccactataacatcccaagatactgc aaatgcagttgttgcttatggtgtgtggccatcatacttgactccagatgatgcgactgc tattgacaaacccacacaacctgatacatcatccaacagattctacaccttggacagtcg ttcttggacatctgcctcatctggatggtggtggaaattgcctgatgcccttaaaaacat gggtatatttggtgaaaatatgttttaccattttctagggagatctggatacacaataca tgtacaatgtaattctagcaagtttcatcagggtttattaatagttgccgccatcccaga acatcaattggcatctgcaacaagtggaaatgtatcagtcgggtacaatcacacccaccc aggtgagcaaggtagagaagtagtaccatcacggaca-----------tctagtgata-- -ataaaagacctagtgatgacagttggttaaattttgatggaacattacttggtaactta cctatttatccccaccaatacattaatctaaggactaacaattcagctacccttatttta ccttatgtcaatgctgtaccaatggactctatgcttagacataataattggagcttggtt ataatcccaatatgccctcttcaggtccaacctggggggacacaat---ccatacctata acagtatcaattagccctatgttttcagaattttcagggccaagaagtaaggttgtgt-- -ttagt------------------------------acca------ctcagggtttacca gttatgttaacacctggatctgggcaattcttaacaactgatgatactcaatccccatca gcgtttccatacttccacccgaccaaggaaatatttatacctggacaagttaggaattta attgaaatgtgccaagttgacacactcattcctgttaacaatacacaggaaaat---gta agatctgtgaatatgtacactgttgatttacgcacacaagttgatt------tagctaaa gaagtcttttctataccagtagatattgcctcacaacctttagccactactctcatagga gaacttgcaagctattacacacactggactggtagtctgcgctttagctttatgttttgt ggttctgctagctctactttgaaactattaattgcatacactcctcctggtgttggaaaa cctaaatccaggagagaagccatgcttggtacacatttagtgtgggatgtggggttgcag tccaccgcctcactagttgtaccatgggttagtgctagccattttagattcactacacct gacacatattcctcagctggttatattacatgctggtaccagaccaactttgtagtacct gatagtactccagataacgccaaaatggtgtgcatggtttctgcatgcaaagatttttgc ttaagattagccagagatactaacctacacacacaagaaggagtactcacacaaaac--- ------ccagttgaaaattatatagatagtgtattaaatgaagttcttgtggtgccaaat atccaacctagcacatctgtgtcaagtcatgcagcgcctgcattggatgctgcggaaacc ggacacaccagctctgttcaacctgaagatatgattgaaactagatatgttataactgat caaacaagggatgaaacaagtattgagagtttcttaggtaggtcagggtgtatcgctatg atagaatttaatacaa-gtagtgataaaact----------------------------- -gaacatgataaa---attggtaaaggattcaaaacatggaaggttagtcttcaagaaat ggcacaaatcagaagaaaatatgaattattcacatatacaagatttgattcagagataac aatagtcactgcagccgcagctcaaggaaatg------atagtggacatatagtattgca atttatgtatgtacccccaggagcacctgtccccgaaaaacgtgatgattacacatggca atcaggaacaaatgcatctgtgttctggcaagaaggacaaccataccccagattcacaat cccttttatgagcattgcatcagcctattacatgttttatgatggttatgatggtgatag tgca------gcatcaaaatacggttctgtagtcactaatgatatgggaaccatatgtgt tagaatagtgacatccaaccaaaaacacgattcaaatattgtgtgccgcatttaccacaa ggccaaacatataaaagcatggtgtcctcgcccaccaagggctgttgcctatcaacacac acactcaaccaattac------ataccatccaatgg---------------------tg- --aggccacaactcagattaaaaccagacc---------t---gatgttttt-------- -----------accgttacaa---------acgtcggaccatctagtatgtttgtacatg tgggtaacttaatctatagaaatcttcatctctttaattctgatc---ttgatgattcta ttcttgtatcatactccag------tgatctaatcatatatcgaacaaacactgaaggta atgatgtgatccctaattgtgattgcactgaatgtacatattactgccaccacaaagata ggtattttcctatcagagttactgcacatgattggtatgagattcaagaatcagaatatt acccaaaacatatccaatataatctcctgattggagagggtccttgtgaaccaggagatt gtggaggaaaactattgtgtaaacatggtgttataggtatgattacagctggaggtgaag gtcacgttgcttttattgacctgagaaaat------tccagtgtgctgaggagcaagg-- -gttatctgattatgtggaacatcttggtcaagtctttggtgtaggcttcgtagacagca tcaaacaacaggtaaactttatcaacc------ccactagtaaaattggttcaaaagtga ttaaatggttgttgaggatagtttcagctatgataataatggtaaggaatagttctgatc cacaaactgtaattgccactctcacccttctaggttgttcaggctcaccatggaggtttc ttaaagagaaactctgtgcgtggctccagcttagctatgtacataagcagtct---gatt catggctcaagaaatttactgaagcgtgtaacgcagcacgtgggctagagtggattggac aaaagatatctaaatttatagattggataaagagta---tgttaccacaggctcaattga aaattgattacctaaccaaattaaaacaacttaatctcttagagaaacaaatagaaa--- ---caattagacttgcacctgctagtgttcaggagaaaattttcattgaaataaacaccc ttcatgatttatccttaaaattcttaccactgtatgcatctgaagcacgtagaattaaga atttatatatcaaatgcagtaatgttat------taaagggggaaagaggaatgaaccag ttgcagttctaatacatggttctcctggtactggaaaatctcttgccacttctgttcttg ctcgaatgctaactgttgagactgat------atatattctttgcccccagatcctaaat attttgatgggtatgatcaacagagtgttgttatcatggatgatatcatgcaaaatccta gtggtgaagacatgactttgttttgccaaatggtatcgagtgtccctttcatacctccta tggcagatcttccagataaaggaaaaccatttacatccaagtttgtacttgcaagcacta atcacactctactaacaccaccaacagtatcttcattaccagcaatggcaagaaggtttt actttgatctagacattcaagttaagaaagagtatcttttagat---ggcaaactagata tagcaaaaagctttcgaccatgtgatgttaatattaaaataggcaatgctaag---tgct gtccatttatctgtggaaaagctgtagagtttaaagatagaaattcatgtacaaccttgt ctttatctcaattgtatagtcatataaaggaagaagataggagaagaagcagtgcagcac aagcaatggaggctatatttcaagg---tatagacc---------------------tcc aatctcctccacctccagccatagctgacctccttaggtctgtgaaaacaccagagatca ttaagtattgccaagataataattggattgttccagcagagtgttcta---ttgaaagag atttagggatagcaaatatgactataggtataatagctaatgtggtctctatagtaggtg ttatctatataatttataaattgttctgtacacttcagggtccatactcaggggaac--- ctaaacccaaaagcagagctccagag---agaagagtagttactcagggcccagaggaag agtttggtcgctcactactcaaacataattgctgtgttgtgacaaccgacaaaggcaaat tcacaggtcttggcatatatgaccaagtcatggtacttccaacacattctgacccaggct ctgagatcttggtagatggagtaaaagttaaggtctctgattcctatgatttgcataacc atgagggtgttaagctagagatcacagttgtgaaattaattagaaatgagaagtttaaag acatcagaaaatatttaccctcacgtgaagatgactatcctgcttgtaaccttgccttac tagctaatcaagatgagccaacaataataagtgttggtgatgcagtatcttatggtaaca tcttattgagtggtaccaatactgcacgaatgatcaagtaccattacccgacaaaagctg gatattgtgggggtgttttgtacaaggttggctctattcttggtatacatgttggtggca atggtagagatggattttctgcaatgcttctcaaatcttattttggtgaaacccagggtt taatcactaaagaacttcctgtatctgtaaagaacttaccatccgtacatgtttcatcta aaacccgactacaacctagtgtttttcatgatgttttccctggaacaaaagagcctgcag ttcttagtagtaatgatccaagactagaaactgactttgactcagcacttttctccaaat ataaaggtaatcctgcttgtcaagtgaccccacacatgaaaattgctgtagcacattatg cagcacagttatctacactagacataaatcctcaacccctttcattggaagagagtgtgt ttggtattgagggattagaagctttggatttaaatactagtgcaggatttccttatgttt cactgggaataaagaagaaagatcttatagataaaaagaccaaagacatcacaaaactta ggaaagcaattgatgaatatggtattgatttgcctatggttacttttctgaaagatgaac ttagaaagaaggaaaaaataaaagatggaaagactagagtcatagaagctaatagtgtga atgatactgtgttattcagaagtgtatttggaaatcttttctctgctttccacaaaaacc caggtatagtcactggttcagcagtagggtgtgaccctgaagtattctggtcaactatac ctctcatgctagatggagaatgtttaatggcttttgattattcaaactatgatggtagcc tacatcccgtttggtttaaatgtcttagtatgctcttagaagacataggtttctcctct- --caacttattaaccagatctgtaactctaaacatatatacaaatctaagtattatgaag tggaaggaggtatgccatctggatgtgctggtactagtatttttaatacaataatcaaca atattatcattagaactttggtactagatgcttataagaacatagatctagataaactga aaatcttagcatatggggatgatgtcatcttttcttataattttaaacttgacatggcag ttcttgccaaagaaggagaaaaatatggactaacaatcacccctgctgataagtctgatg ttttccaagaattgacctataaaaatgtaacttttcttaaaagaggattcagagctgatg agcgccactctttccttatacaccctacctttcctgtggctgagattcatgactccatca gatggaccaaaaacccttcatgtatgcaggaacacgtgctatctttgtgtcatttaatgt ggcataatggtagacatgcatacc-aggaattcattaaaggtatacgcagtgtatctgcc ggtcgggcactgtatataccagcttatgaagttcttgaacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctgttaa atata-gctagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >NC_001617.1 Human rhinovirus 89, complete genome -------ttaaaactgggagtgggttgtt-cccactcactccacccatgcggtgtt---g tactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------tc ------------cca-ccc-------------ttccccata------------------- ------atgtaac----ttagaagt-ttgtacaa------ta-tgaccaatagg-tgaca atcat-ccagactg-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg aggatatgctttacccaaggc-aaaaaccttagagatcgttatccccacactgcctacac agagcccagtacca-tttttg-at-ataattgggttggtcgctcc-ctg------caaac cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacattccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgctcaccct-tcttg-ggt----------gagaagcctaa-ttattg acaaggtgtgaagagccgcgtgtgctcagtgt--gcttcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccgttgcccataatccaatgggtttgcggtcgtaatgcgtaagt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct---gt---ttttc-ttttga- ----ttgcattttatggtgacaa-tttat-a-g--------tg----------tatagat tgtcatcatgggtgcacaagtatctagacaaaatgttgggacacactccacacaaaattc agtgagcaatggatctagcttaaattatttcaacatcaattattttaaagacgcagcttc aagtggtgcttctagattggatttttctcaagaccctagtaaatttactgatcctgttaa agatgtgttagaaaagggtattccaacacttcaatcaccaacagttgaagcttgtggtta ttcagacagactaatacagataacccgaggagattccactataacatcccaagatactgc aaatgcagttgttgcttatggtgtgtggccatcatacttgactccagatgatgcgactgc tattgacaaacccacacaacctgatacatcatccaacagattctacaccttggacagtcg ttcttggacatctgcctcatctggatggtggtggaaattgcctgatgcccttaaaaacat gggtatatttggtgaaaatatgttttaccattttctagggagatctggatacacaataca tgtacaatgtaattctagcaagtttcatcagggtttattaatagttgccgccatcccaga acatcaattggcatctgcaacaagtggaaatgtatcagtcgggtacaatcacacccaccc aggtgagcaaggtagagaagtagtaccatcacggaca-----------tctagtgata-- -ataaaagacctagtgatgacagttggttaaattttgatggaacattacttggtaactta cctatttatccccaccaatacattaatctaaggactaacaattcagctacccttatttta ccttatgtcaatgctgtaccaatggactctatgcttagacataataattggagcttggtt ataatcccaatatgccctcttcaggtccaacctggggggacacaat---ccatacctata acagtatcaattagccctatgttttcagaattttcagggccaagaagtaaggttgtgt-- -ttagt------------------------------acca------ctcagggtttacca gttatgttaacacctggatctgggcaattcttaacaactgatgatactcaatccccatca gcgtttccatacttccacccgaccaaggaaatatttatacctggacaagttaggaattta attgaaatgtgccaagttgacacactcattcctgttaacaatacacaggaaaat---gta agatctgtgaatatgtacactgttgatttacgcacacaagttgatt------tagctaaa gaagtcttttctataccagtagatattgcctcacaacctttagccactactctcatagga gaacttgcaagctattacacacactggactggtagtctgcgctttagctttatgttttgt ggttctgctagctctactttgaaactattaattgcatacactcctcctggtgttggaaaa cctaaatccaggagagaagccatgcttggtacacatttagtgtgggatgtggggttgcag tccaccgcctcactagttgtaccatgggttagtgctagccattttagattcactacacct gacacatattcctcagctggttatattacatgctggtaccagaccaactttgtagtacct gatagtactccagataacgccaaaatggtgtgcatggtttctgcatgcaaagatttttgc ttaagattagccagagatactaacctacacacacaagaaggagtactcacacaaaac--- ------ccagttgaaaattatatagatagtgtattaaatgaagttcttgtggtgccaaat atccaacctagcacatctgtgtcaagtcatgcagcgcctgcattggatgctgcggaaacc ggacacaccagctctgttcaacctgaagatatgattgaaactagatatgttataactgat caaacaagggatgaaacaagtattgagagtttcttaggtaggtcagggtgtatcgctatg atagaatttaatacaa-gtagtgataaaact----------------------------- -gaacatgataaa---attggtaaaggattcaaaacatggaaggttagtcttcaagaaat ggcacaaatcagaagaaaatatgaattattcacatatacaagatttgattcagagataac aatagtcactgcagccgcagctcaaggaaatg------atagtggacatatagtattgca atttatgtatgtacccccaggagcacctgtccccgaaaaacgtgatgattacacatggca atcaggaacaaatgcatctgtgttctggcaagaaggacaaccataccccagattcacaat cccttttatgagcattgcatcagcctattacatgttttatgatggttatgatggtgatag tgca------gcatcaaaatacggttctgtagtcactaatgatatgggaaccatatgtgt tagaatagtgacatccaaccaaaaacacgattcaaatattgtgtgccgcatttaccacaa ggccaaacatataaaagcatggtgtcctcgcccaccaagggctgttgcctatcaacacac acactcaaccaattac------ataccatccaatgg---------------------tg- --aggccacaactcagattaaaaccagacc---------t---gatgttttt-------- -----------accgttacaa---------acgtcggaccatctagtatgtttgtacatg tgggtaacttaatctatagaaatcttcatctctttaattctgatc---ttgatgattcta ttcttgtatcatactccag------tgatctaatcatatatcgaacaaacactgaaggta atgatgtgatccctaattgtgattgcactgaatgtacatattactgccaccacaaagata ggtattttcctatcagagttactgcacatgattggtatgagattcaagaatcagaatatt acccaaaacatatccaatataatctcctgattggagagggtccttgtgaaccaggagatt gtggaggaaaactattgtgtaaacatggtgttataggtatgattacagctggaggtgaag gtcacgttgcttttattgacctgagaaaat------tccagtgtgctgaggagcaagg-- -gttatctgattatgtggaacatcttggtcaagtctttggtgtaggcttcgtagacagca tcaaacaacaggtaaactttatcaacc------ccactagtaaaattggttcaaaagtga ttaaatggttgttgaggatagtttcagctatgataataatggtaaggaatagttctgatc cacaaactgtaattgccactctcacccttctaggttgttcaggctcaccatggaggtttc ttaaagagaaactctgtgcgtggctccagcttagctatgtacataagcagtct---gatt catggctcaagaaatttactgaagcgtgtaacgcagcacgtgggctagagtggattggac aaaagatatctaaatttatagattggataaagagta---tgttaccacaggctcaattga aaattgattacctaaccaaattaaaacaacttaatctcttagagaaacaaatagaaa--- ---caattagacttgcacctgctagtgttcaggagaaaattttcattgaaataaacaccc ttcatgatttatccttaaaattcttaccactgtatgcatctgaagcacgtagaattaaga atttatatatcaaatgcagtaatgttat------taaagggggaaagaggaatgaaccag ttgcagttctaatacatggttctcctggtactggaaaatctcttgccacttctgttcttg ctcgaatgctaactgttgagactgat------atatattctttgcccccagatcctaaat attttgatgggtatgatcaacagagtgttgttatcatggatgatatcatgcaaaatccta gtggtgaagacatgactttgttttgccaaatggtatcgagtgtccctttcatacctccta tggcagatcttccagataaaggaaaaccatttacatccaagtttgtacttgcaagcacta atcacactctactaacaccaccaacagtatcttcattaccagcaatggcaagaaggtttt actttgatctagacattcaagttaagaaagagtatcttttagat---ggcaaactagata tagcaaaaagctttcgaccatgtgatgttaatattaaaataggcaatgctaag---tgct gtccatttatctgtggaaaagctgtagagtttaaagatagaaattcatgtacaaccttgt ctttatctcaattgtatagtcatataaaggaagaagataggagaagaagcagtgcagcac aagcaatggaggctatatttcaagg---tatagacc---------------------tcc aatctcctccacctccagccatagctgacctccttaggtctgtgaaaacaccagagatca ttaagtattgccaagataataattggattgttccagcagagtgttcta---ttgaaagag atttagggatagcaaatatgactataggtataatagctaatgtggtctctatagtaggtg ttatctatataatttataaattgttctgtacacttcagggtccatactcaggggaac--- ctaaacccaaaagcagagctccagag---agaagagtagttactcagggcccagaggaag agtttggtcgctcactactcaaacataattgctgtgttgtgacaaccgacaaaggcaaat tcacaggtcttggcatatatgaccaagtcatggtacttccaacacattctgacccaggct ctgagatcttggtagatggagtaaaagttaaggtctctgattcctatgatttgcataacc atgagggtgttaagctagagatcacagttgtgaaattaattagaaatgagaagtttaaag acatcagaaaatatttaccctcacgtgaagatgactatcctgcttgtaaccttgccttac tagctaatcaagatgagccaacaataataagtgttggtgatgcagtatcttatggtaaca tcttattgagtggtaccaatactgcacgaatgatcaagtaccattacccgacaaaagctg gatattgtgggggtgttttgtacaaggttggctctattcttggtatacatgttggtggca atggtagagatggattttctgcaatgcttctcaaatcttattttggtgaaacccagggtt taatcactaaagaacttcctgtatctgtaaagaacttaccatccgtacatgtttcatcta aaacccgactacaacctagtgtttttcatgatgttttccctggaacaaaagagcctgcag ttcttagtagtaatgatccaagactagaaactgactttgactcagcacttttctccaaat ataaaggtaatcctgcttgtcaagtgaccccacacatgaaaattgctgtagcacattatg cagcacagttatctacactagacataaatcctcaacccctttcattggaagagagtgtgt ttggtattgagggattagaagctttggatttaaatactagtgcaggatttccttatgttt cactgggaataaagaagaaagatcttatagataaaaagaccaaagacatcacaaaactta ggaaagcaattgatgaatatggtattgatttgcctatggttacttttctgaaagatgaac ttagaaagaaggaaaaaataaaagatggaaagactagagtcatagaagctaatagtgtga atgatactgtgttattcagaagtgtatttggaaatcttttctctgctttccacaaaaacc caggtatagtcactggttcagcagtagggtgtgaccctgaagtattctggtcaactatac ctctcatgctagatggagaatgtttaatggcttttgattattcaaactatgatggtagcc tacatcccgtttggtttaaatgtcttagtatgctcttagaagacataggtttctcctct- --caacttattaaccagatctgtaactctaaacatatatacaaatctaagtattatgaag tggaaggaggtatgccatctggatgtgctggtactagtatttttaatacaataatcaaca atattatcattagaactttggtactagatgcttataagaacatagatctagataaactga aaatcttagcatatggggatgatgtcatcttttcttataattttaaacttgacatggcag ttcttgccaaagaaggagaaaaatatggactaacaatcacccctgctgataagtctgatg ttttccaagaattgacctataaaaatgtaacttttcttaaaagaggattcagagctgatg agcgccactctttccttatacaccctacctttcctgtggctgagattcatgactccatca gatggaccaaaaacccttcatgtatgcaggaacacgtgctatctttgtgtcatttaatgt ggcataatggtagacatgcatacc-aggaattcattaaaggtatacgcagtgtatctgcc ggtcgggcactgtatataccagcttatgaagttcttgaacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctgttaa atata-gctagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445136.1 Human rhinovirus 51 strain ATCC VR-1161, complete genome -------ttaaaactgggtgtgggttgta-cccacccacactgtctacg-gacgta---g tgctctcatattacggtatgtttgcacgccagtttt----------------------ta ------------ccc-ccc---------------ccccaaat------------------ ------ttgtaac----attagaag-t-ctgcactcttaacc-tggtcaatagg-aggta gcaat-ccatgcta-t----c-taagaccaagca-cttct-gtta-ccccggtatg-cgg agaatagactccaaa-agggt-tgaagctccaaatatcgttatccgcacaattactacac aaagcctagtaata-tcttgataa-gctctttggttggtcgttcagctg------ttacc cc---cagtagacttggcagatgaggctgggtgttccccactggcgacagtgacccagcc tgcgtggctgcctacacacctggagaca-ggt----------gtgaagccaaa--agtgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctaattgt--gattcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagccaatgcatgtaaaccaacatgtatttggtcgtaacgggtaact gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-tttr--- -------ttgcttatggtgacaa--gtat-t--------------ggta----tatat-t tgtcatcatgggcgcccaggtttccagacagaatgtaggaactcactctactcaaaatac agttgctaatgggtctagcttgaactattttaacatcaactattttaaggatgctgcctc tagtggtgcttcccgtttagatttttctcaggatcctagcaaatttactgacccagttaa ggatgttttaataaagggagtaccaacactacaatcgccaacagtagaagcttgtgggta ttcagacaggataatccaaataactcgtggaaattcaactattacatcacaggacatagc aaatgcagtagttgcatatggtgtctggcctcattacttatctgatactgatgctaatgc cattgacaaaccatcacatccggatacttcatcagacagattttacaccttggacagtaa attgtggtcaaatgagtcaaagggttggtggtggaaattgccagatgccctcaaagatat gggcatctttggagaaaacatgttctatcattttcttggtaggactgggtatacaattca tgtacaatgcaatgctagtaaatttcatcaagggacattagtagtagctgctataccaga acatcaattagcttttattgggaaaggtaatgtgagtgttggctacagacatacacaccc aggagaaaatggacgaacacttaatggctcaagggta-----------gatggcaatt-- -caaagcaacccaccgaagaaagttggctaaattgtgatggtacacttttgggtaacatc acaatatatccacatcagtttatcaatcttaggagtaataactcagctacactcattcta ccctatgttaatgctgtacccatggattcaatgcttagacacaacaactggagtctagta attatacctgtgtcacccctggcttct------gaatctacggaca---aagttccaata acaatctctataagtcctatgtgttcagagttttcaggtgctagaaatcaa--------- tctact------------------------------aa---------gcaaggcttacct gttatgctaactccaggctctgcacaatttcttaccacagatgatacacaatccccttca gccctcccttattttcatccaacaaaagagatttttatacctggtaaggtgagcaatcta tcagaaatttgccaagtagattcaatgataccagtgaacaataccactccagta---aat aattcaattggtatgtatacagtacgggttgaggtacaaacagatt------ttaaaaaa gaaatttttgccatccctgttgatgtggcatcacaacccctatcaaccacactcataggt gagattgctaattattatactcattggacaggttctcttagattctcttttatgttttgt ggcacagcaagcactagtttgaagttactcattgcatacacaccaccaggagttgataaa cccaacacaaggactaaagctatgttgggaactcatgtggtgtgggatgttgggttgcaa tctacagtttccatggtggtcccctggatatccgctagccactatagatttactacccca gatacatactcacaagcaggttacatcacttgttggtatcaaactaattttgtgaccccc ccaagcacccctaaatatgctgacatcatatgttttgtttcaggatgtaaggatttctgt ttaagaatggccagagacaccaatttacattcacaaacagtgaatattacacaaaac--- ------cctgttgaaaaatatacagaggctttactcaatgaagtgttggtggttcccaac atacaacctagcagtgggcacacatctaatgctgcaccagctctagatgctgctgagaca ggacatactagtcaagttcaaccagaagatatggtagagaccaggtatgttgtcacagac caaactagagatgaaatgagtatagagagtttcttgggtagatctgcttgcgtagcaatc atccatacaaaccttg-agcatgttgaagcaga---------------------cagaca agcctacaatgca---aaagggaaaaatttctctacatggaaaattacactcaaagaaat ggctcaaattagaagaaagtgtgaacttttcacatacttaagatttgattcagagatcac tatagttgctaccattgctggacagggtgatg------acatagggcacattgtacttca atacatgtatgtaccccctggaggaccagttccacttactaggaaagatgatgagtggca atcaggaactaatgcttcagtattctggcaacatggacaaccataccctagatttacaat cccttttgtaagcatagcctcagcatactacatgttttatgatgggtatgaaggtgatag tttg------acctcacagtacggttcagtagtcacaaatgctatggggacactatgtgt tcgtgtggtcacagagcaacaaaaacatgaggttaacataactagcaggatttaccacaa agccaaacatgtcagtgcatggtgccctcgtcctcctcgtgctgtagcctaccaacacac atacagtacaaacttc------gttccaaaagagggattt---------------gaag- --gcttgaaaactcagattaaaactagggc---------a---gacatcaaa-------- -------------c-ttgtga---------actttggaccctcagatctatttgtacaca tggatgatctagtatatagaaacttacatttgtgtgaaccagaaaatctgaatgactcag tgctgatctgttactcaag------tgatttagtcatataccgaacaaacacaaaaggtg atgacgtaatcccaacatgtgattgcacccaagctacatattactgtaaacataaaaata gatactatccaattaatgttaagaagcatgattggtatgaaatccaagaatctgaatatt atccaaaacatatccagtgtaatatactaattggagagggcccctgtgaaccaggtgact gtggtggaaaactactttgtaaacatggtgttattggattattaactgctggtggaagtg gacatgtagctttcattgatcttagggact------ttcatgttgcagacacacaggg-- -aattacagactatgtccacaaccttggagaggcatttggtgctgggttcatagataaca tcagagaacaaattcaggtaattaacc------ccatcaacaagatcacaggaaaaatag taaagtggattatcaggattatatcagctattacaattataattagaaacagtgcagatc cccatacagttgtggccactctggcattaataggatgctctggatctccctggagattca ttaaagaaaaggtatgtaattggttacaactaagttatgttcacaaagaatca---gatg gttggattaagaagtttacagagatgtgcaacgcagctaggggtttagaatggttaggca ataaaatatcaaaatttattgactgggttaaatcaa---tgcttccacaggcaaagctta aagtggagtatattaaaaatcttaaacagcttcctctattagagaaagagattgatg--- ---gattacgattggcctcccagaagcaacaacaagaatatattgatacacttagaatta tgttagattcatcaaataagttcttaccactttatgcttctgaaaataaaagaattaaag agctcctaaagagaagtgaaatgattct------gcgcacctctaagagaacagaaccag ttggggtgctcttccatggtgaaccaggaacaggtaaatcaattgctacttccatcttag ccagaatgttgactactgaatcagat------atatactctcttccaccttcacctaagt attttgatggatatgatcaacaaagtgtggtcataatggatgatataatgcaaaatccaa atggtgaggatatgtccttattttgccagatggtttcatcagtcccatttattccaccta tggctgacctacctgataagggtaaacctttctcctctgattacgttttagccagtacca atcataacttattgcacccacccacaataacctgcaccactgctatgaacaggaggtttt tccttgatctggatatagtggttaaagatgtttttaaaataaatcagggtaggcttaatc tacagtgtgctcttaaaccatgcaaggaaggg---aaagtgggtaatgctaag---tgtt gccccctcatatgtgggaaagcagtggtctttagagatagaaatacaggggattaccttt ccttatcaactatatataatagaataacagaagaaagtagaaatagaaaagagttaaata cctcattacaggctatcttccaaggtccaatagatgtca------------------tta ataaaccaccaccaccagcaattttagacctactcaaatcagtcagaaaccctgatgtta tcaagtattgtgaagaaaataaatggatgataccagctgattgtaagt---tagaaagag atttaaactatgccaatttagttatatcaatgattgctaatgtaattagtattttgggtg taatttatattatctataagctcttctgttcactgcagggaccatattctggtgagc--- caaaaccaatatctagaaaaccagaa---agaagaatcgtaacacaaggtccacaagaag aatttggacgtagtttactcaaacacaatgcatgtatagttactactgagaatggtaagt tcacaggcttgggaatttatgacaatgttatgattctaccaactcatgctgatgtaggga gaactgtagacatagatggcatacaaacaaaagtagcagatgcctatgacctgcacaatt cacaaggggtaaaacttgaaattacagtggtcaaactaaatagaaatgagaaatttaggg atatcaggaaatatattccagatagtgaggatgattatcctgattgttgtttggctttat tggctaatcaaccagagccaacaataatagagataggtgatagctgctcctatggaaata ttttacttagtggcaatcaaacagctagaatgatcaaatataattacccaacaaaatcag gattctgtggtggtatcttgtacaaaataggtctgatcctaggtatccatgttgggggca atggtagaaatggtttctctgctatgttattaaggtcatatttcaatgaacaacagggtc aaataatgactaaagctgatgttaaagagaaaaacctctatagcatacatactcccacta aaacaaaattgcaacctagtatttttcatgatgtttttcctggaaagaaggaacctgcag tcttatcttcaaaagatcctaggctgcaagtagacctggaagaagcaatattttcaaaat acaagggaaataaagaaattaaaataactcaaaacatggaggtagcagctgcacattatg cagcccaactctcaactctaaacataaacccagaaccgcttactatggaagaaagtgtat atggtatagaaggattggaagctttagatttacacactagtgcaggatatccatatacag catgtggcattaagaagaaagatttgataccaaaaga---tagggacttaaccaagttta aacaagctttggaaaaatatggcttagatttacccatgattaccttccttaaagatgagc tcagaaaacctgaaaaaatcctagcaggaaaaactaggatcatagaagctagtagtttga atgacacagtacaatttagaatggcctttggtagattattttctgccttccaccaaaacc caggtatagtcacaggttcagccgtgggttgtgaccctgaagttttttggtcaaaaatac cagtcatgcttgatggtgagtgccttatggcttttgattattcaaattatgatggaagcc ttaatccagtatggtttgagttacttgctaaggttcttgatgatctaggatttccaggt- --aacctagtcaggaaattatgttattccaaacacatcttcaagactcaataytatgagg tggaaggagggatgccatcagggtgtgctggaaccagtatatttaataccataattaaca atataataatcagaactttagtactagatacatataagtatgtgaatttagataaattga aaatattggcatatggtgatgacatattattttcttacccttatgacttggacatgaaag aattagcagatgaggggtctaaatatggactaactataactcctgctgataaatcagata ctttccaaaaacttgattttagtaatgctactttcttgaagaggggctttaaaccagatg aaaaacatagcttcctagtacaccctatctatcctgaggaagaggtgtgggagtctatta gatggacaaagaatcccagaaatatgcaggagcatgtgttgtcattgtgccatcttatgt ggcataatggcaaatctaagtacc-atgagtttgtggccaagataaggagcgttagcgct ggtcgtgcgctctatataccaccatttgaactcttgygccacgaatggtatgaaaaattt taaa-------------cag---atatag---aa-------------------tttataa --ata-attagtttgt------------------agattttat----------------- ------------------------------------ >FJ445166.1 Human rhinovirus 89 isolate F08, complete genome -------ttaaaactgggagtgggttgtt-cccacccactccacccatgcggtgtt---g tactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------ct ------------cca-ccc-------------ttccccaca------------------- ------atgtaac----ttagaagt-ttgtacaa------ta-tgaccaatagg-tgaca attat-ccagattg-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg aggatatgctttacccaaggc-aaaaaccttaaagatcgttatccccacactgcctacac agagcctagtatca-cttttg-at-gtagttaggttggtcgctcc-ctg------caaac cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacattccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgctcaccct-ttttg-ggt----------gagaagcctaa-ttattg acaaggtgtgaagagccgcgtgtgctcagtgt--gcttcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccgttgcccataatccaatgggtttgcggtcgtaatgcgcaagt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt---gt---ttttc-ttttga- ----ttgcattttatggtgacaa-tttat-a-g--------ag----------tatagat tgtcatcatgggtgcacaggtatctagacagaatgttgggacacactccacacaaaattc agtgagcaatggttctagcttaaattatttcaacatcaattatttcaaggatgcagcctc aagtggtgcttccagattagatttctcccaagatcctagcaaattcactgaccctgttaa agatgttttagaaaaaggtattccaacactccagtcaccaacagttgaggcttgtggtta ttcagacagactaatacaaataacccgaggagattccactataacgtctcaggatattgc aaacgcagttgtcgcttatggtgtttggccatcatacctaactccagatgatgcaactgc tattgacaaacctacacaacctgatacttcatctaacagattctacactctggatagtcg ctcttggacatctgcctcatctggctggtggtggaaattgcctgatgcccttaagaacat gggtatttttggtgagaacatgttttatcactttctaggaagatctggatacacaataca tgtacagtgtaattctagcaagttccaccagggtttattgatagttgctgctatcccaga acatcaattggcatccgcgacaagtggaaatgtatcagttggatacaaccacacccaccc aggtgaacaaggtagagaggtggtgccatcacggtct-----------tctagtgaca-- -acaaaagacctagtgatgatagttggttgaattttgatgggacattacttggtaacctg cctatttatccccaccaatacattaatttaaggactaataattcagctacccttatttta ccttatgttaatgctgtaccaatggattctatgcttagacataataattggagtttagtt ataatcccaatatgccctcttcaagttcaaccaggggggacacaat---ccatacctata acagtatcgatcagccctatgttttcagaattttcagggccaaggaataaggttgtgt-- -ttagc------------------------------acca------ctcaaggtttgcca gttatgttaacacccgggtctggtcaatttctaacaacagatgatactcagtccccatca gcatttccatatttccatccaaccaaggaaatattcatacctggacaggtcaggaattta attgaaatgtgccaagttgatacactcattcctgttaataacacacaggagaat---gta agatctgtgaatatgtacactgttgacttgcgcacacaagttgatc------tagctaaa gaagtgttctccataccagtagatattgcctcacaacctttagccactaccctcataggt gaacttgcaagttattatacacactggactggtagtttacgcttcagctttatgttttgt ggttctgctagctctaccttgaagctattaattgcatacacacctcctggtgttggaaag cctagatccaggagagaagctatgcttggcacacacttagtatgggacgtgggattgcag tccaccgcctcactagttgtaccatgggtcagtgctagccacttcagattcactacacct gatacatactcttcagctggttatatcacatgctggtaccagaccaactttgttgtgcct gatagtacaccagacaatgctaaaatggtgtgcatggtttccgcatgcaaagatttctgt ttaagattagccagagacactaacctacatacacaagaaggggtactcacacaaaat--- ------ccagttgaaaattacatagatagtgtcttaaatgaagtccttgtagtaccaaac attcaacctagtacatctgtatcaagtcatgcagcacctgcattggatgctgcagaaact ggacacaccagctctgttcaacctgaagatatgattgaaactagatatgtcataactgac cagacaagggatgaaacaagtattgaaagtttcttaggtagatcagggtgtattgctatg atagaatttaatacaa-gtagtgataaagtt----------------------------- -gaacatgataag---attggcaaaggatttaaaacatggaaaatcagtctccaagaaat ggcacaaattagaaggaagtttgaattattcacatatacaagatttgattcagaaataac aatagttactgcagctgcaactaagggagatg------ataatggacacatagtgttgca gtttatgtatgtacccccaggagcacctgtccccgaaaaacgtgatgattacacatggca atcaggaacaaatgcatctgtgttttggcaagaaggacaaccataccctagattcacaat cccttttatgagcattgcatcagcttattatatgttttatgatggttatgatggtgataa tgcg------gcatcaaaatatggctctgtagtcactaatgacatgggaactatatgtgt tagaatggttacatccaatcagaaacatgatttgaatattgtgtgtcgcatttaccacaa ggctaaacatataaaagcttggtgtccacgcccaccaagggctgttgcctaccaacacac acactcaactaactac------ataccactcaatgg---------------------tg- --aggccacaactcagatcaaaactagacc---------c---gatgttttt-------- -----------accattacaa---------acgttggaccatctagtatgtttgtacatg taggtaatctaatctataggaatcttcatctttttaactctgatc---ttgatgattcta ttcttgtatcatattctag------tgatttagtcatataccgaacaaacactgaaggta atgatgtaatcccaaattgtgattgtactgaatgtacatattactgccaccacaaagata gatattttcccatcaaagtcactgcacatgattggtatgagatccaagaatcagaatatt acccaaaacatatccaatataatctcctgatcggagagggtccatgtgaaccaggggatt gtggaggaaaactactgtgtaagcatggtgttataggtatggttacagctggaggtgagg gtcatgttgcttttattgacctaagaaaat------tccaatgcgctgaagaacaagg-- -gttgtctgattatgtggaacatcttgggcaagtttttggtgtaggttttgtagatagca tcaagcaacaagtgaattttatcaacc------ccactagcaagattggctcaaaagtaa ttaaatggttgttgagaatagtttcagctatgataataatggtaaggaatagttctgatc cacaaactgttattgccactctcacccttttaggttgttcaggttcaccatggagatttc ttaaagaaaagctttgtgcgtggcttcagcttagttatgtacacaaacagtct---gatt catggctcaagaaatttactgaagcgtgtaatgcagcacgcggactagaatggattggac aaaagatatccaaatttatagattggataaagagta---tgctgccgcaagctcagttaa aaattgactacctaaccaaattaaaacaactcaatctcttagagaaacaaatagaaa--- ---caatcagacttgcacctgccagtgatcaagagaaaatctacattgaaataaacaccc tccatgatttatccttgaaattcttgccactgtatgcatctgaagcacgaagaattaaga atttgtatattaagtgtagtaacgttat------caaagggggaaagaggaatgaaccag ttgcagttctaatacatggttctcctggtactggaaaatctcttgccacctctgttcttg ctcgaatgttaactgttgaaactgat------atatattctttgcctccagatcctaaat attttgatgggtatgaccagcagagtgttgttatcatggatgatatcatgcaaaatccta gtggtgaggatatgactctgttttgccaaatggtatcaagtgtccctttcatacctccta tggcagaccttccagataagggaaaaccatttacatctaaatttgtgcttgcaagtacta atcacactctattgacaccaccaacagtgtcctcattgccagcaatggcaaggaggtttt actttgatctagacattcaagttaaaaaggaatatcttttagat---ggtaaattagata tagcaaagagttttcggccatgtgatgttaataccaaaataggcaatgctaag---tgct gtccatttatctgtggaaaagctgtagagttcaaagatagaaattcatgtacaaccttgt cattatcccaactatatagtcacataaaggaagaagacaggaggagaagcagtgcagctc aagcaatggaagccatatttcaagg---tatagatc---------------------tcc aatcccctccaccaccagccatagccgatcttcttaggtctgtgaaaacaccagaaatta ttaagtactgtcaagacaacaactggattgttccagcagagtgttcta---ttgaaagag atttagggatagcaaacatgactataggcataatagctaatgtagtttctatagtaggtg ttatttatataatttataaattgttttgcacactccaaggtccatactcaggggaac--- ctaaacccaaaagcagagctccagag---agaagagtagttactcaaggtccggaggaag aatttggtcgctcactactcaaacataattgctgtgttgtgactactgacaaaggcaaat tcacaggtcttggtatatacgaccaagtcatggtacttccaactcattctgatccgggtt ctgagatcttaatagatggagtgaaagttaaagtttctgactcttatgatttgcacaacc atgagggagtcaagttagaaatcacagtagtaaaattagctaggaatgagaaatttaaag acatcagaaagtatttaccctcacgtgaagatgattatcctgcttgtaatcttgctttat tagctaatcaggatgagccaacaataataagtgtaggtgatgcagaatcttatggtaaca tcttgctaagtggtactaatactgcacgaatgattaagtaccactacccaacaaaagctg gatactgtgggggtgttctatataaagttggctccattcttggcatacatgttggtggta atggtagggatggattttctgcaatgcttcttaaatcttactttggtgaaactcagggct taattactaaagaactacctgtatctgtaaagaatttgccatcaatacatgtttcatcca aaacccgactacagcctagtgttttccatgatgttttccctggaacaaaagaacctgcag tccttagtagtaatgatccaagattagaaactgattttgattcagcacttttctccaagt ataaaggcaatcctgcttgtcaagtgactccacatatgaaaattgctgtagcacactatg cagcacagttatctacactagatataaacccccaacccctttcattggaagagagtgtgt ttggtattgagggattagaagccttagacctaaatactagtgcagggtttccttatgtct cattggggataaagaagaaagatcttatagataaaaggactagggatattacaaaactta agaaagcaattgatgaatacggtattgatctacccatggtcacttttttaaaagatgaac tcagaaagaaagagaaaataaaagatggaaaaactagagtcatagaggccaatagtgtaa atgatactgtgttattcagaagtgtgtttggaaatctcttctctgctttccacaaaaatc caggtatagtcactggctcagcagtggggtgtgaccctgaggtattctggtcaaccatac ctctcatgttagatggtgagtgtttgatggcctttgattactcaaattatgatggtagtt tacatcctgtttggttcaaatgccttagtatgcttttagaggatataggtttctcctct- --caactcattaatcaaatctgtaattctaaacacatatacaaatctaaatattatgaag tagaaggaggtatgccatctggatgtgctggtaccagtatttttaatacaataatcaata atatcatcatcagaactttggtactagatgcttacaagaacatagatttagataaattaa aaattttagcatatggagatgatgtcattttttcttacaactttaaacttgacatggcag ttcttgctaaagaaggggaaaagtatggactaacaattactcctgctgacaaatctgatg ttttccaagagttaacttataagaatgtgacttttctcaaaagaggattcagagctgatg aacgccactcttttcttgtgcatcccacctttcctgtggctgaaatttatgactccatta gatggactaagaacccttcatgtatgcaagaacatgtgctatctttgtgtcacttaatgt ggcacaatggtagacatgcatatc-aggaatttaccaaaggtatacgcagtgtttctgct ggtcgggcactgtatataccagcttatgaagttcttgagcatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctgttaa atata-gttagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445184.1 Human rhinovirus 89 strain ATCC VR-1199, complete genome -------ttaaaactgggagtgggttgtt-cccactcactccacccatgcggtgtt---g tactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------tc ------------cca-ccc-------------ttccccata------------------- ------atgtaac----ttagaagt-ttgtacaa------ta-tgaccaatagg-tgaca atcat-ccagactg-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg aggatatgctttacccaaggc-aaaaaccttaaagatcgttatccccacactgcctacac agagcccagtacca-tttttg-at-ataattgggttggtcgctcc-ctg------caaac cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacattccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgctcaccct-tcttg-ggt----------gagaagcctaa-ttattg acaaggtgtgaagagccgcgtgtgctcagtgt--gcttcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccgttgcccataatccaatgggtttgcggtcgtaatgcgtaagt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct---gt---ttttc-ttttga- ----ttgcattttatggtgacaa-tttat-a-g--------tg----------tatagat tgtcatcatgggtgcacaagtatctagacaaaatgttgggacacactccacacaaaattc agtgagcaatggatctagcttaaattatttcaacatcaattattttaaagacgcagcttc aagtggtgcttctagattggatttttctcaagaccctagtaaatttactgatcctgttaa agatgtgttagaaaagggtattccaacacttcaatcaccaacagttgaagcttgtggtta ttcagacagactaatacagataacccgaggagattccactataacatcccaagatattgc aaatgcagttgttgcttatggtgtgtggccatcatacttgactccagatgatgcgactgc tattgacaaacccacacaacctgatacatcatccaacagattctacaccttggacagtcg ttcttggacatctgcctcatctggatggtggtggaaattgcctgatgcccttaaaaacat gggtatatttggtgaaaatatgttttaccattttctagggagatctggatacacaataca tgtacaatgtaattctagcaagtttcatcagggtttattaatagttgccgccatcccaga acatcaattggcatctgcaacaagtggaaatgtatcagtcgggtacaatcacacccaccc aggtgagcaaggtagagaagtagtaccatcacggaca-----------tctagtgata-- -ataaaagacctagtgatgacagttggttaaattttgatggaacattacttggtaactta cctatttatccccaccaatacattaatctaaggactaacaattcagctacccttatttta ccttatgtcaatgctgtaccaatggactctatgcttagacataataattggagcttggtt ataatcccaatatgccctcttcaggtccaacctggggggacacaat---ccatacctata acagtatcaattagccctatgttttcagaattttcagggccaagaaataaggttgtgt-- -ttagt------------------------------acca------ctcagggtttacca gttatgttaacacctggatctgggcaattcttaacaactgatgatactcaatccccatca gcgtttccatacttccacccgaccaaggaaatatttatacctggacaagttaggaattta attgaaatgtgccaagttgmcacactcattcctgttaacaatacacaggaaaat---gta agatctgtgaatatgtacactgttgatttacgcacacaagttgatt------tagctaaa gaagtcttttctataccagtagatattgcctcacaacctttagccactactctcataggt gaacttgcaagctattacacacactggactggtagtctgcgctttagctttatgttttgt ggttctgctagctctactttgaaactattaattgcatacactcctcctggtgttggaaaa cctaaatccaggagagaagccatgcttggtacacatttagtgtgggatgtggggttgcag tccaccgcctcactagttgtaccatgggttagtgctagccattttagattcactacacct gacacatattcctcagctggttatattacatgctggtaccagaccaactttgtagtacct gatagtactccagataacgccaaaatggtgtgcatggtttctgcatgcaaagatttttgc ttaagattagccagagatactaacctacacacacaagaaggagtactcacacaaaac--- ------ccagttgaaaattatatagatagtgtattaaatgaagttcttgtggtgccaaat atccaacctagcacatctgtgtcaagtcatgcagcgcctgcattggatgctgcggaaacc ggacacaccagctctgttcaacctgaagatatgattgaaactagatatgttataactgat caaacaagggatgaaacaagtattgagagtttcttaggtaggtcagggtgtatcgctatg atagaatttaatacaa-gtagtgataaaact----------------------------- -gaacatgataaa---attggtaaaggattcaaaacatggaagrttagtcttcaagaaat ggcacaaatcagaagaaaatatgaattattcacatatacaagatttgattcagagataac aatagtcactgcagccgcagctcaaggaratg------atagtggacatatagtattgca atttatgtatgtacccccaggagcacctgtccccgaaaaacgtgatgattacacatggca atcaggaacaaatgcatctgtgttctggcaagaaggacaaccataccccagattcacaat cccttttatgagcattgcatcagcctattacatgttttatgatggttatgatggtgatag tgca------gcatcaaaatacggttctgtagtcactaatgatatgggaaccatatgtgt tagaatagtgacatccaaccaaaaacatgatttaaatattgtgtgccgcatttaccacaa ggccaaacatataaaagcatggtgtcctcgcccaccaagggctgttgcctatcaacacac acactcaaccaattac------ataccatccaatgg---------------------tg- --aggccacaactcagattaaaaccagacc---------t---gatgttttt-------- -----------accgttacaa---------acgtcggaccatctagtatgtttgtacatg tgggtaacttaatctatagaaatcttcatctctttaattctgatc---ttgatgattcta ttcttgtatcatactccag------tgatctaatcatatatcgaacaaacactgaaggta atgatgtgatccctaattgtgattgcactgaatgtacatattactgccaccacaaagata ggtattttcctatcagagttactgcacatgattggtatgagattcaagaatcagaatatt acccaaaacatatccaatataatctcctgattggagagggtccttgtgaaccaggagatt gtggaggaaaactattgtgtaaacatggtgttataggtatgattacagctggaggtgaag gtcacgttgcttttattgacctgagaaaat------tccagtgtgctgaggagcaagg-- -gttatctgattatgtggaacatcttggtcaagtctttggtgtaggcttcgtagacagca tcaaacaacaggtaaactttatcaacc------ccactagtaaaattggttcaaaagtga ttaaatggttgttgaggatagtttcagctatgataataatggtaaggaatagttctgatc cacaaactgtaattgccactctcacccttctaggttgttcaggctcaccatggaggtttc ttaaagagaaactctgtgcgtggctccagcttagctatgtacataagcagtct---gatt catggctcaagaaatttactgaagcgtgtaacgcagcacgtgggctagagtggattggac aaaagatatctaaatttatagattggataaagagta---tgttaccacaggctcaattga aaattgattacctaaccaaattaaaacaacttaatctcttagagaaacaaatagaaa--- ---caattagacttgcacctgctagtgttcaggagaaaattttcattgaaataaacaccc ttcatgatttatccttaaaattcttaccactgtatgcatctgaagcacgtagaattaaga atttatatatcaaatgcagtaatgttat------taaagggggaaagaggaatgaaccag ttgcagttctaatacatggttctcctggtactggaaaatctcttgccacttctgttcttg ctcgaatgctaactgttgagactgat------atatattctttgcccccagatcctaaat attttgatgggtatgatcaacagagtgttgttatcatggatgatatcatgcaaaatccta gtggtgaagacatgactttgttttgccaaatggtatcgagtgtccctttcatacctccta tggcagatcttccagataaaggaaaaccatttacatccaagtttgtacttgcaagcacta atcacactctactaacaccaccaacagtatcttcattaccagcaatggcaagaaggtttt actttgatctagacattcaagttaagaaagagtatcttttagat---ggcaaactagata tagcaaaaagctttcgaccatgtgatgttaatactaaaataggcaatgctaag---tgct gtccatttatctgtggaaaagctgtagagtttaaagatagaaattcatgtacaaccttgt ctttatctcaattgtatagtcatataaaggaagaagataggagaagaagcagtgcagcac aagcaatggaggctatatttcaagg---tatagacc---------------------tcc aatctcctccacctccagccatagctgacctccttaggtctgtgaaaacaccagagatca ttaagtattgccaagataataattggattgttccagcagagtgttcta---ttgaaagag atttagggatagcaaatatgactataggtataatagctaatgtggtctctatagtaggtg ttatctatataatttataaattgttctgtacacttcagggtccatactcaggggaac--- ctaaacccaaaagcagagctccagag---agaagagtagttactcagggcccagaggaag agtttggtcgctcactactcaaacataattgctgtgttgtgacaaccgacaaaggcaaat tcacaggtcttggcatatatgaccaagtcatggtacttccaacacattctgacccaggct ctgagatcttggtagatggagtaaaagttaaggtctctgattcctatgatttgcataacc atgagggtgttaagctagagatcacagttgtgaaattaattagaaatgagaagtttaaag acatcagaaaatatttaccctcacgtgaagatgactatcctgcttgtaaccttgccttac tagctaatcaagatgagccaacaataataagtgttggtgatgcagtatcttatggtaaca tcttattgagtggtaccaatactgcacgaatgatcaagtaccactacccgacaaaagctg gatattgtgggggtgttttgtacaaggttggctctattcttggtatacatgttggtggca atggtagagatggattttctgcaatgcttctcaaatcttattttggtgaaacccagggtt taatcactaaagaacttcctgtatctgtaaagaacttaccatccatacatgtttcatcta aaacccgactacaacctagtgtttttcatgatgttttccctggaacaaaagagcctgcag ttcttagtagtaatgatccaagactagaaactgactttgactcagcacttttctccaaat ataaaggtaatcctgcttgtcaagtgaccccacacatgaaaattgctgtagcacattatg cagcacagttatctacactagacataaatcctcaacccctttcattggaagagagtgtgt ttggtattgagggattagaagctttggatttaaatactagtgcaggatttccttatgttt cactgggaataaagaagaaagatcttatagataaaaagaccaaagacatcacaaaactta ggaaagcaattgatgaatatggtattgatttgcctatggttacttttctgaaagatgaac ttagaaagaaggaaaaaataaaagatggaaagactagagtcatagaagctaatagtgtga atgatactgtgttattcagaagtgtatttggaaatcttttctctgctttccacaaaaacc caggtatagtcactggttcagcagtagggtgtgaccctgaagtattctggtcaactatac ctctcatgctagatggagaatgtttaatggcttttgattattcaaactatgatggtagcc tacatcccgtttggtttaaatgtcttagtatgctcttagaagacataggtttctcctct- --caacttattaaccagatctgtaactctaaacatatatacaaatctaagtattatgaag tggaaggaggtatgccatctggatgtgctggtactagtatttttaatacaataatcaaca atattatcattagaactttggtactagatgcttataagaacatagatctagataaactga aaatcttagcatatggggatgatgtcatcttttcttataattttaaacttgacatggcag ttcttgccaaagaaggagaaaaatatggactaacaatcacccctgctgataagtctgatg ttttccaagaattgacctataaaaatgtaacttttcttaaaagaggattcagagctgatg agcgccactctttccttatacaccctacctttcctgtggctgagattcatgactccatca gatggaccaaaaacccttcatgtatgcaggaacacgtgctatctttgtgtcatttaatgt ggcataatggtagacatgcatacc-aggaattcattaaaggtatacgcagtgtatctgcc ggtcgggcactgtatataccagcttatgaagttcttgaacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctgttaa atata-gctagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >KY369883.1 Human rhinovirus B97 strain SC1079, complete genome ------------------------------------------------tgggtgta---g tgctctggtatttt-gtacctttgcacgcctgtttccccttt----------------gt ac---------ccac-cct-----taat-ttcctccct---------------------- ------ctgtaac---gttagaagt-ttgtgaaat---taaa-agtacaatagg-aagca tcacatccag-----tggtgt-ttagtacaagca-ctcct-gttt-ccccgga---gcga ggtataggttgtacccacgaccaaaagccttta--accgttacccgccaatcaactacgt aacggctagtacca-tcatgtt---tttaatctggtgttcgatcaggtggt----atccc cc-----actagtctggtcgatgaggctaggaattccccacgggtaaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccagcccagcttat-----gct----------gggacgccttt-ttaaag acatggtgtgaagacccgcatgtgcttgattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccccggagcccagcaacataatccaatgttgtttgggtcgtaatgagtaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-c-tta-- ----tattgtcttatggtcacag-catat-atat-----------taca----tatatac tgtgatcatgggtgcacaagtgtcaacacagaagagtggctcgcatgaaaaccagaacat cttgaccaatggatctcatcagacttttaccgtcatcaattactacaaggatgctgcaag ttcatcatcagcaggtcaatcattgtcaatggatccatcaaaatttactgaaccagttaa agatatcatgctgaaaggagcaccagctttgaattccccaaatgttgaagcatgtggtta cagtgatagagtggagcaaataaccatagggaattcaaccatcacaactcaggaggctgc taacgcagtcgtagcgtatgctgaatggcccagttttctcaaagatattgatgccagtga tgtaaacaaaccaaccagacctgacacatctgcatgcaggttttacacattggccagtaa aacctggaatcccacatcaaaaggatggtgttggaagttaccagatgccctgaaggatat gggcatatttggacagaatatgttctaccattcgcaaggtagaaccggatacactattca tgtacagtgtaatgccacaaagttccacagtggtactctattagttgtcatcatcccaga acatcaattggcttcagcagaagggggaaatgtttcagtgctttatgacaagacacaccc aggagaaaacggcattgacttgagtaccgctgat---g---------------------- -caaagggcccaaaaactgatccaatatataacatggatggcacactactaggcaatgtg ctcattttcccacaccagttcataaatctgaggactaacaatacagctacaatagtaact ccatatataaattctgtaccaatggattcaatgactaggcataataatttatcacttttg gtgatcccaatagtgcctatcacagcaagcacaggatcatctcata---gtatacccatt actgtgacaattgcaccaatgaatcttgaattgtctggaatcagatccaaaacagtca-- -taaca------------------------------------------caaggtcttccc acaacattgacacctggttctgaacagtttctaaccacagatgatagacaatctccatca gctctaccaaactatgaacctactcctctcatccacattccaggccgagtcacaaatctt ctggaaataattcaagtagattcaatgatcccaataaacaacacagtctta------cca gacggagttgaaaaatacagagtaccattggtgcaaaac---------caacaagagagt caggtttttggtttttccctattcttaggaggcaatgttctcaagacaacaatgttgggc gagatagcacagtactatacacattgggcaggctccattagaatatctttcatgtataca ggtccagcgttatctagtgctaaactcttaatagcttatacaccaccaggagcaccagga cccaccactagaaaggaagcaatgttgggcactcatgtagtgtgggatattggtttgcaa tcaactgtagtgatgaacataccttggactgctggtgcacaattcagatatacagatcca gacacttacacacacccaggttatatatcatgttggtatcagacttcactagtattacca ccagaaaccaatcagaaagtatacatacttggttttatcagtgcatgtccagatttcaaa ctccgtctcatgaaggacacttcatcaatctcacaatcagaggcacttactgaagga--- ------ctaggtgaagaacttgaagaagtaatagttgacaaagcaaagcagactattgcc tcagcatctagtagttcaaaacacacacagaaagttccaactttatcagccagtgagact ggtgcaactctaccaacagtaccttcagataatgttgagaccagaactacatacatgcac tatgatggtactgaaacaagcatagaaagcttccttggtagggcagcttgtgtacatgtt actgatatagaaaaca-agttgccaaatac------------------------aactga caatcacaaggcc---caaaa---gttatttaatgactggaaaatcaacctatccagttt agtgcaactaagaagaaaactagatatgtttacatatgttagatttgactcagagtacac aatcattgcaacttcatcacaaccagaaaatgcacagttttcaaacacattgacagtgca agctatgtttataccaccaggagcccccaacccaatacaatgggatgattacacatggca aagtgcttcaaaccccagtgtgtttttcaatgttggtagatcag---cacgcttcagcgt tccatatttgggcatagcttctgcatataataatttctatgatggttactcacatgacaa caag------gacacagtctatggaataaatgtgctaaatcatatgggtagtatagcttt tagagtagttaatgaaaatgatgcccacttgaccaaagttaaaatcagagtctaccatcg tgctaaacatgttatagcatgggttcctagacctcccagagcaaaaccctatctcaaaat aggtaggactaactatgct---------------------------------------g- --aatcaggcaacataattcctaaaagaaa---------t---ggcatttca-------- -----------act------------tatgggtttgggccaagatttggaggtgtgtgca cagggagtataaaaataatgaattaccatctaatgacacatgagg------acactttga acttacaaaccccactcccagaaagagatttggcggtagtcaacacaaatgctcatggtt cagaaaccgttccacaatgtaattgcacttcaggagtttactattcaaggtactacaaca aatattatccagtgatttgtgaaaaacctacatgtatttggattgaaggcaataactatt acccaagcaggtatcaacaaggggtcatgaaaggtgtgggaccagctgaaccaggagatt gtggtggtatacttagatgtatacatggaccgattggactgttgactgcagggggtggtg gttttgtctgcttcgcagatatcagaggtctggacatgtttagagcagaatatcaagg-- -aatatctgattacattttgaaccttggaaaggcatttggaaccggtttcacagaccata tcagtgagaaagttagtgagcttcaaaatattacaatgggatacttgaatacaaaagttc tttctaaagtgatcaaaatagtttcagctttagttattatatgtagaaatcatgaagact tggttactgttactgctactctagcattactagggtgtgatgggtcaccatggaggttct taaagatgtatattagtaaacacttccacttaccctacattgaaagacagtcaaatgact tatggttcaaaaagtttaatgacatgtgcaatgctgcaaagggattagaatggatagcaa ataaaatatcaaaattgattgattgggtgaaaaataaaattctaccacaagctagagaca aattagacttctgcaaaagacttaaacaattagatatactggaaagacagattgacacct tgcacatgaatcagactaatgaaagtgacagggaaacattgtttaacaatgtgctgtggt tagaacaaatgtcacaaaagtttgctccattgtacgctttggaggcaaaaagaattagat cacttaaaaataaaataaccaattttatacagtttcggtccaaacacagaaccgaaccag tttgtgttctaatccatggtacaccggggtctggaaaatcccttactacctctttgatag gaagatctatagcagacatatacaaatcttcagtgtattctcttccaccagatcccaagc actttgatggttatcaacaacaggctgtagtgattttagatgacttgaaccagaacccaa atggtgaagatataagtacattttgtcagatggtgtcttcagttgattttatcccgccaa tggctaatttagataacaaaggtatgctgttcactagtagttttgtgttggcttcaacta actcccaaaccctaaaccctccaacagtcttgaatccagaggcattagctcgtaggtttg gatttgatttggacatgtgtctgcattcctcattcacaaaatca---ggtaagttgaatg ctgccatggcatgtgaattgtgcaaggactgccacaaacccacaaattttaaaaagtgtt gtccactgatttgtggcaaagcccttagcttggtggatagacataccaatgttagatata gtatagatcaattagtcacagccattctgcaagagcataataataaaacaaaaataacca actcccttgaagtcttgttccaaggccctgtgtacaaggacataaccatagatgtacatg ataaacctccaccagactgtatagtggacttgctcaaatcagtagatagtgaggaggtaa gacaatactgcagagaaaagaaatggcttataccagaagtgcccactaacattgataggg cagtcaatcaggcaacatctttaataaacacaatactcatgttcattaccacaatgggca ttgtatatatgatatataaaatgtttgctcaaacacaaggaccatactctggattggata ctaaaaccaaattaaaggcgccagtgctgcgcgcagttgtcacacaaggccccaatactg aatttgcattgtcattgctcagaaagaacattgtcacgataacaacatccaagggagaat ttacagctctaggaatttatgacagaatttgtgttgtaccaactcactcccaaccagaaa atgaggtactccttaatggatacagtattaaagtgaaggataaatggaaattagtggatc cagacaacttaaatctagaagttacagtactagaattagatagaaatgagaagttcaggg atatcagaatgtttattgcagatgatttg---gaatgctctgaggctagtttagtgattc actccaacaattacaaaaacaccataatgtctgttggacacattactatggctggtataa tcaatttgagcaacacacccactgctaggatgataagatatgattatccaaccaaaactg gacaatgtggtggagttctatgttcaacaggcaaaatttatggaatacatgttggtggta atggtagacaaggtttttcagcacagctaaagaaacaatactttgttcagaagcagggtg agataattagtagaagaaaagtgcatgatttgggattgaaaccaataaatacacccagca agacaaaattactccctagtgtcttttacaatgtatttccaggaacaaaagaaccagcag ttttgcatccattagatgagagattagaggtagactttgaggaatctttattttcaaagt acaagggaaatgtgaaaatgaacattactgaaaacatgtgcattgcaattgatcactacg caggacaattgctctcactggacatacctactaaggaactttctttaaaagaagccttat atgggaccgatggtctagaaccaattgatctcaacaccagtgcaggatacccatatgtta gtttaggaattaagaaaaaatcaatattgaataaggagactaaagatacagttaagatgg aggaatgcttaaataaatatggtattgatctgcctctagttacatatattaaggatgagc tcagggggaaagataaggtcagactagggaaaagtagattaatagaagcatctagcctaa atgattctgtaaacatgagagttaagttaggtgaactatacaaagctttccataaaaacc ctggaatcttaactgggtctgctgtaggatgtgatcctgatactttctggtctgttatac caagtcttttagatggtgaac---tcctggcattcgattattctaattttgatgcaagct tgtctccagtgtggtttgattgtcttgaaatggttctcaaaaagttaggttttgaatcag cagatcttataaagaaaatatcaactacccatcacatattcaaggaccagatctatgttg tggaaggtggaatgccatcaggttgctcaggtactagcatcttcaattcaatgattaaca acataattattagaactttaatacttgacacatataaaggcattgatttggacaaactga gaataatagcttatggtgatgatatcatagcatcatacccatttgaattagactcagaga aaattgcacaacagggaacgaaatatggcttgactatcacaccaccagataagtcagcac aattccacaaaataacgtgggagaatgtaacatttctaaaaagatatttcagaccagata aacaattccccttccttgtacacccagttatgccaatgtcagacatacatgaatcaatca gatggacaaaagatcctaaaaatacacaggatcatgttagatctctgtgtatgttagcat ggcactcaggtgagaaggaatatg-atgaatttgtgcgtggtatccgcagcacagatatt gggaaagttctgataattccatcttattcagttctcagacacagatggcttgaaatgttt taaaa-------gatt-tag---atatat---ag-------------------agattt- ---------aatt----------------------------------------------- ------------------------------------ >FJ445165.1 Human rhinovirus 89 isolate F09, complete genome -------ttaaaactgggagtgggttgtt-cccactcactccacccatgcggtgtt---g tactctgttattacggtaaccttgtacgccagtttt----------------------c- ------------cca-ccc-------------ttccccaca------------------- ------atgtaac----ttagaagt-ttgtacaa------ta-tgaccagtagg-tgaca attat-ccagattg-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg aggatatgctttacccaaggc-aaaaaccttaaagatcgttatccccacactgcctacac agagcctagtacca-cttttg-at-gtagttaggttggtcgctcc-ctg------caaac cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacattccccactggcgacagtggttcagcc tgcgtggctgcctgctcaccc--ttttg-ggt----------gagaagcctaa-ttattg acaaggtgcgaagagccgcgtgtgctcagtgt--gcttcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccgttgcccataatccaatgggtttgcggtcgtaacgcgcaagt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct---gt---ttttc-ttttga- ----ttgcattttatggtgacaa-tttat-a-g--------ag----------tatagat tgtcatcatgggtgcacaggtatctagacagaatgttgggacacactccacacaaaattc agtgagcaatggttctagcttaaactacttcaacatcaattatttcaaggatgcagcctc aagtggtgcttctagattagatttctcccaagatcctagcaaattcactgaccctgttaa ggatgttttagaaaaaggtattccaacactccaatcaccaacagttgaggcttgtggtta ttcagacaggctaatacaaataacccgaggagattccactataacgtctcaggatattgc aaatgcagttgtcgcttatggtgtctggccatcatacctaactccagatgatgcaactgc tattgacaaacctacacaacccgatacttcatctaatagattctacactctggatagtcg ttcctggacatctgcctcatctggttggtggtggaaattgcctgatgcccttaagaacat gggtatttttggtgaaaacatgttttatcactttctagggagatctggatacacaataca tgtacagtgcaattctagcaagttccatcagggtttattgatagttgctgctatcccaga acatcaattggcatctgcgacaagtggaaatgtatcagttggatacaaccatacccaccc aggtgagcaaggtagagaagtggtgccatcacggact-----------tctagtgaca-- -acaaaagacctagtgatgatagttggttaaattttgatgggacattacttggtaacctg cctatttatccccaccaatatattaatttaaggaccaataattcagctacccttatttta ccttatgttaatgctgtaccaatggattctatgcttagacataataattggagtttagtc ataatcccaatatgccctcttcaagttcaaccaggggggacacaat---ccatacctata acagtatcaatcagccctatgttttcagaattctcagggccgaggaataaggttgtgt-- -ttagt------------------------------acca------ctcaaggtttgcca gttatgttaacacccggatctggtcaatttctaacaacagatgacactcagtccccgtca gcatttccatatttccatccaaccaaggaaatattcatacctggacaggtcaggaattta attgaaatgtgtcaagttgatacactcattcctgttaataacacacaggaaaat---gta agatctgtaaatatgtacactgttgacttgcgcacacaagttgatc------tagctaaa gaagtattctccataccagtagatattgcctcacaacctttagccactaccctcataggt gaacttgcaagttattatacacactggactggtagcctacgcttcagctttatgttttgt ggttctgctagctctactttgaagttattaattgcatacacacctcctggtgttggaaaa cctagatccaggagagaagccatgcttggtacacacttagtgtgggacgtgggattgcag tccactgcctcgctagttgtaccatgggttagtgctagccatttcagattcactacacct gatacttactcttcagctggttatatcacatgctggtaccagactaactttgttgtacct gatagtacaccagacaatgctaaaatggtgtgcatggtttctgcatgtaaagatttttgt ttaagattagccagagacactaacctacacacacaagaaggggtactcacacaaaat--- ------ccagttgaaaattacatagatagtgtgttaaatgaagtccttgtggtaccaaat attcaacctagtacatctgtatcaagtcatgcagcgcctgcattggatgctgcagaaact ggacacaccagctctgttcaacctgaagatatgattgaaactagatatgtcataactgac cagacaagggatgaaacaagtattgaaagcttcttgggtagatcaggttgtattgctatg atagaatttaatacaa-gtagtgataaagtt----------------------------- -gaacatgataaa---attggcaaaggattcaaaacgtggaaaatcagtctccaagaaat ggcacaaattagaaggaaatttgaattattcacatatacaagatttgattcagaaataac aatagttactgcagctgcaactaagggagatg------ataatggacacatagtgttgca gtttatgtatgtacccccaggagcacctgtccccgaaaaacgtgatgattacacatggca atcaggaacaaatgcatctgtgttttggcaagaaggacaaccataccctagattcacaat cccttttatgagcattgcatcagcttattatatgttttatgatggttatgatggagatag tgcg------gcatcaaaatatggttctgtagtcactaatgacatgggaactatatgtgt cagaatggttacatctaatcagaagcatgatttaaacattgtgtgtcgcatttaccacaa ggctaagcacataaaagcttggtgtccgcgcccaccaagggctgttgcctaccaacacac acactcaactaactac------ataccactcaatgg---------------------tg- --aggctacaactcagatcaaaactagacc---------c---gatgttttt-------- -----------accatcacaa---------acgtcggaccatctagtatgtttgtacatg taggtaacctaatctatagaaatcttcatctttttaattctgatc---ttgatgattcta ttcttgtatcatattctag------tgatctagtcatataccgaacaaacactgaaggta atgatgtaatccccaattgtgattgtactgaatgtacatattactgccaccacaaagata gatattttcccatcaaagtcactgcacatgattggtatgagattcaagaatcagaatatt acccaaaacatatccaatataatctcctgatcggagagggtccatgtgaaccaggggatt gtggaggaaaactactgtgtaagcatggtgttataggtatggttacagccggaggtgagg gccatgttgcttttattgacctaagaaaat------tccaatgcgctgaagaacaagg-- -gttatctgattatgtggaacatcttggacaagtttttggtgtaggttttgtagacagta tcaagcaacaagtaaatttcatcaacc------ccactagcaagattggctcaaaagtaa tcaaatggttgttgagaatagtttcagctatgataataatggtaaggaatagttctgacc cacaaactgttattgccactcttacccttttaggttgttcaggttcaccatggagatttc ttaaagaaaagctttgtgcgtggcttcagcttagttatgtgcacaaacagtct---gatt catggcttaagaaatttactgaagcatgtaatgcagcacgcggactagaatggattggac aaaagatatccaaatttatagattggataaagagca---tgctgccacaagctcaattaa aaattgactacctaactaaattaaaacaacttaatctcttggagaaacaaatagaaa--- ---caatcagacttgcacctgctagtgatcaagagaaaatttacattgaaataaacaccc tccatgatctatccttgaaattcttaccactgtatgcatctgaagcacgaagaattaaga atttatatatcaagtgtagcaacgttat------caaaggaggaaagaggaatgaaccag ttgcagttctaatacatggttctcctggcactggaaaatctcttgccacctctgttcttg ctcgaatgttaactgttgaaactgat------atatattctttacccccagatcctaaat attttgatgggtatgaccaacagagtgttgttatcatggatgatatcatgcagaatccta gtggtgaagatatgactctgttttgccaaatggtgtcaagtgtccctttcatacctccta tggcagatcttccagataagggaaaaccatttacatctaaatttgtgcttgcaagtacca atcacactctattaacaccaccaacagtgtcctcattaccagcaatggcaaggagatttt actttgatctagacattcaagttaaaaaagaatatcttttagat---ggtaaattagata tagcaaagagttttcggccatgtgatgtcaatactaaaataggcaatgctaag---tgct gtccatttatctgtggaaaagctgtagagtttaaagatagaaattcatgtacaaccttgt cattatctcaactatatagtcacataaaagaagaagacaggagaagaagcagtgcagctc aagcaatggaagccatatttcaagg---tatagatc---------------------tcc aatcccctccacctccagctatagctgatcttcttagatctgtaaaaacgccagagatta tcaagtattgtcaagacaataactggattgttccagcagagtgttcca---ttgagagag atttagggatagcaaacatgactataggtataatagctaatgtagtttctatagtaggtg ttatttacataatttataaattgttttgtacacttcaaggtccatactcaggggaac--- ctaaacccaaaagcagagctccagag---agaagagtagttactcaaggcccagaggaag aatttggtcgctcactactcaaacataattgctgtgttgtgaccactgataaaggcaaat ttacaggtcttggtatatatgaccaagtcatggtacttccaactcattctgatccaggct ctgagatcttaatagatggagtgaaagttaaagtctctgattcctatgatttgcacaacc atgagggagtcaagctagaaatcacagtagtaaaattagctagaaatgaaaaatttaaag atatcagaaagtatttaccctcacgcgaggatgattatcctgcttgtaaccttgctttat tagctaatcaggatgagccaacaataataagtgtaggtgatgcagtatcttatggtaaca tcttgctaagtggtactaatactgcacgaatgattaagtaccactacccaacaaaagctg gatattgtgggggtgttttatataaagttggctccattcttggcatacatgttggtggta atggtagagatggattttctgcaatgcttcttaaatcttactttggtgaaactcagggct taattactaaagagctacctgtatctgtaaagaatttaccatccatacatgtttcatcca aaacccggctacagcccagtgtttttcatgatgttttccctggaacaaaggagcctgcag tccttagtagtaatgatccaagattagaaactgattttgattcagcacttttctctaaat ataaaggcaaccctgcttgtcaagtgactccacacatgaaaattgctgtagcacattatg cagcacagttatctacactagacataaacccccaacccctctcattggaagagagtgtgt ttggcattgagggattagaagccttagatctaaatactagtgcagggtttccttacgtct cattaggaataaagaagaaagatcttatagataaaaagactagagacattacaaaactta agaaagcaattgatgaatacggtattgatctacccatggttacttttttaaaagatgaac tcagaaagaaggagaaaataaaagatggaaaaactagagttatagaggccaatagtgtga atgataccgtgttgttcagaagtgtgtttggaaatctcttctctgctttccacaaaaatc caggtatagttactggctcagcagtggggtgtgatcctgaggtattctggtcaactatac ctcttatgttagatggtgagtgtttgatggccttcgattactcaaattatgatggtagtt tacatcctgtttggttcaaatgtcttagtatgcttctagaggacataggtttcccttct- --caacttattaatcaaatctgtaattctaaacatatatacaaatctaaatattatgaag tagaaggaggtatgccgtctggatgtgctggtactagtatttttaatacaataattaaca atatcatcatcagaactctggtgttagatgcttacaagaatatagatttagacaaattaa aaattttggcatatggagatgatgtcattttttcctacaactttaaacttgacatggcag ttcttgctaaagaaggggaaaagtatggactaacaattactcctgcagacaaatctgatg ttttccaagagttaacttacaagaatgtgacttttctcaaaagaggattcagagctgatg aacgccactcttttcttgtgcatcctacctttcctgtggctgaaatttatgattccatta gatggactaagaacccttcatgtatgcaagagcacgtgctatctttgtgtcacttaatgt ggcacaacggtagacatgcatatc-aggaattcatcaagggtatacgcagtgtatctgct ggtcgggcactgtatataccagcttatgaagttcttgagcatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctgttaa atata-gctagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >DQ473506.1 Human rhinovirus 46, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacccagatttcccatgtggagta---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------att-ccc-------------taccccga-------------------- --------gtaac----ttagaaga-t-aagcaca----ca--aggccaatagt-gggtg attag-ccaaatca-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gtttcccccggtcaa--gg ttgatatgctctacc-agggc-aaaaacaactgagatcgttatccgcaaaatgcctacac aaagcctagtatca-tcttgg-aa-ggcacagagttggtcgctccactat--------tc cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaaatccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtgcct---tgcgaggc----------acgaagccctg-tgtttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatttt--gattcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcacacaaaccagtgtgtatctagtcgtaatgagtaatt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cctttt- ----aat-tgcttatggtgacaa-tatat-a--------------taaa----tatatat tgacaccatgggcgcacaagtttctagacaaaatgttggtacacattccacacaaaatac agttgctaatggttctagcttgaattacttcaacattaattattttaaagatgcagcgtc atctggagcatcaagattggatttttcacaagatcccagcaaattcactgatccagttaa ggatgttttaacaaaaggcatccctacactacaatccccttcagttgaagcatgtggata ctctgacagaatcatacaaataactcgtggtaattcaactattacatcacaagatatagc taatgctgttgtaggatatggagtttggccggaatatctgactgatgatgatgctagtgc catagataaaccaacacatccagatacatcatccaaccgattctataccttggaaagtaa acattgggaaaataattctaaaggatggtggtggaaattaccagatgcattaaagagtat gggcatattcggtgagaatatgttttatcaccacttaggtagagctggttacactataca tgtacaatgtaatgccagtaaattccatcagggtactttaatagtcgttgccataccaga acatcagttggcttacataggtgggggcaatgttactgttggatataaccatacacaccc aggtgagtcagggagacggattggaggttttgatggt-----------actgagcgta-- -acagacaacctagtgatgaaaactggcttaattgtaatggaaccctattaggaaattta actatttttccccaccagtttattaatttgagaagtaacaattcagcaactcttatatta ccatatgttaatgcagtgcccatggactcaatgcttagacacaacaattggagcctagtc attataccagtttgccctcttgaggtagcacaaggatcagagcaat---atgtgccaata accatatcaattagcccgatgtgctcagaattctccggagcacgtaatg----------- -cagca------------------------------agga------cacagggattacca gtattcattactccaggctctgcacaattccttaccactgatgatacacaatcaccatca gcattaccatatttccatcctactaaggaaatattcataccaggtgaagttaagaatctc tcagaaatctgccaagtagactctatgatacctataaacaatgttgaacagcat---aaa aactctgtggatatgtactctgttgtcctcactaaacaaacaaacc------cagcagaa gagatctttgcaatcccagtagacgtagcttctcaaccattagctacaacactcataggt gaaattgctagttactacacacactggacaggaagcataagaatcagttttatgttttgt ggatctgctaacaccagtcttaaattactaatagcatatactcctccaggtgttcctaaa cctactagtagaaaagaagcaatgcttggaacacacttggtctgggatgtaggtttgcaa tcaacagcttccatggttataccatgggtgtctgcatcccattacagattcacaactcca gatatctacactctagcaggttatgtaacatgttggtaccaaacaaatcttgttgtggcg ccaaatacaccaacaacagctagaatgatttgttttgtatcaggatgtaaggacttctgt ctacgaatggctagagacactaatctacacagccaaactggggctattacccaaaat--- ------ccagtggaaaaatatacagaagctgttcttaatgaggtccttgtagtacctaac atcaatgccagtagtggacatacatctaattcagctccagcacttgatgcagcagaaact ggacacactagccagatacaaccagaagacatgatagaaaccagatatgttatcacagac caaacaaaagatgaaatgagtatagaaagttttctaggaaggtcaggctgcattgccatt attgagacagaattga-atcatgaagaaggg----------------------------- -aaatacaatgca---gaagatcaaaacttctcaaaatggaaaatgacactgttggaaat ggcacaaatcagaagaaagtgtgaactttttacatatctcagatttgattcagaaataac aatagtcaccacattggcaggccaaggggatg------atattggacatgtggtcataca atatatgtatgtgcctcctggtgctccattaccgagatatcggaatgattatacttggca gtctggtactaatgcttcagtgttctggcagcaagggcagccataccctagattcactat cccgttcatgagtatagcctcagcatattacatgttttatgatggctacgaaagtgataa a---------ggcaagatctatggaactgcagtcaccaatgatatgggaactatatgtgt cagaattgttaccgaacaacaaaaacataaggttcttataactagcagaatatatcacaa ggctaaacacattaaagcatggtgccccagggcacccagagcagtcccatatcaacatat ttataatccaaatttc---aagactactcaacctga------------------gacta- --taccagatactcatattaaaattagaagg------------gatataaagt------- -----------aca-ttaaaa---------cagctggtccatcagatcctcatgttcacg cgggagacttaatatacagaaatctacatttatgtgaatcagaaaatctaaatgattcaa ttctaattagttactctag------tgatcttgtcatttaccgcacaaatactacaggtg atgacatagtcccaacatgtgactgcacactaggcacatactactgtaaacataaagaca gatattaccctgtgagtgtaacaaaacaccagtggtatgagatacaggaatcagattatt atcctaaacacatccaatataatatcttgttgggtgtaggaccttgtaaaccaggtgatt gtgggggcaagctcctttgtaaacatggtgtaattggtataataactgctggaggtgaca accatgtagcttttatagatcttagggatt------tccagattgctgaggaacaagg-- -aataccagaatatattcactctcttggtgaagcttttggttcagggttcgtggacaata ttaaagatcaaatccagtctatcaacc------caatcaataaaataacaagtaaaataa tcaagtgggtgataaggatcatttcagctgtcactataataatcagaaacagtgcagatc cacatacaatagtagccacactagctttgttgggctgttcaggctcaccttggagattta ttaaagaaaaagtttgtggatggttgcagctcacttacatacacaaagaatca---gatg gatggatcaagaaattcacagagatgtgtaacgctgccagaggtttggaatggttaggta ataaaatatcaaagtttattgattggcttaaatcca---tgttaccacaggctagattga aagtagattttatcaagaaccttaaacagctgccattgttagaaaaacaagtggatg--- ---gactgagacttgcaacacaaaaacaacaacaggaatacatagacaccctcaccctga tgctagactcatcaaacaaattcttgcccctttatgcactagagaataaacgaattaaag agttgcttaaaaggggtcagatgatact------ccgtacatccaaaagaactgaaccag ttggggttattttccatggtgaaccaggtacaggaaaatcaatcacaacatctattcttg ctagaatgctcacctcagaatcagat------atctactcactgcctccatcgcccaaat attttgatgggtatgaccagcaaagtgtggttattatggatgacataatgcaaaacccca gtggagaggatatgtcattattctgtcaaatggtatcgtctgttccatttataccaccta tggctgacctaccagacaaaggaaaaccattttcatcagattatgtgcttgcgagtacta atcatactttactccaccccccaacaatcacgtgtacaacagcaatgaacaggagattct tcctggatttagatatcattgtcaaagatgaatacaaattaaatcaaggtaaattaaatc tacagtgtgcactcagaccatgcaaggaaggg---aaaattggtaatgcaaaa---tgct gccctcttatctgtggaaaggctctgcagtttagagatagaagcaacggggagcatttat ccctggctactatatataacagaatcactcacgaaagcaagaacagaaaagagttaacaa actcattacaggcaattttccagggaccaattgatgttg------------------taa ataaaccaccaccgccagccattgtggatttacttaaatcagttaggaatccagatgtaa ttagatattgtgaagaaaataaatggataatccctgcagattgtaggc---ttgaacggg atcttaattatgcaaatttaataatatctatgatagctaatgtaatcagtataatgggtg tgatctatattatatataaattgttttgctccttacagggaccatattcaggagaac--- caaaaccagtaacaaagaaaccagag---agaagagtagtcacacaaggaccccaagaag agtttggacgtagtttgattaagcataacacatgtgtagtcaccacaagtaatggaaaat tcactggtttgggtatctatgacaatgtaatgataataccaacacatgctgatgcaggcc aagaagtggaaatagatggaattaaaaccaaagttagtgatgcatatgacctgcacaata tgcatggtgtcaagttagagattacagtattgaagttgagcagaaatgaaaaatttaggg acataagaaaatacatcccagaaagtgaggatgactacccagaatgctgtttggcattgg ttgctaatcagactgagcctacaattctagaagttggtgattgttgttcctatgggaata ttttactgagtggtaatcaaactgctaggatgattaaatacaactatcctactaaatcag gattttgtggtggggttttgtataagataggtttagtcttaggaatacatgtaggtggta atgggagggatggcttttctgcaatgttactaagatcttacttcaatgagcaacaaggaa agattgtgtcaagagctgatgtgaaagaatataatatgtatagcatacatactcccacta aaacaaaattacaacccagtgtttttcatgatgtattcccaggtagcaaagaacctgctg tgttatctacaaaagatccaagattggaagtagaccttgatagttctattttttcaaaat ataaaggaaatgaggcaattaaaattactgataacatgttagttgctgctgctcactaca cagctcaactgtcaacattggacattgatccacaaccaattagtttggaggatagcgtgt atggaattgaaggtttggaagcgctagacctccacactagtgctggttatccatacacag ctcatggaattaagaagaaagatcttataccaaagga---cagaaatctaacaaaactca aagttgctatggaaaaatatgggctagacttaccaatgataacatttcttaaagatgagc tcagaaaaccagagaaaataagtgctggaaaaactagaattatagaggctagtagtttaa atgatactgtacaattcagaatggcatttggtaacctcttttctaaattccataaaaacc caggcattgttactggttcagctgtagggtgtgacccagagatattctggtcaaaaattc cagtaatgttggatggagattgtctcatggcatttgactattccaattatgatgggagtt taaatccagtatggttcgaactcttagaaaaagtccttaatgatcttggtttccctggt- --aaactggtcaataaattgtgtcactctaagcacatttacaaaacaacatactatgaag ttgaaggtgggatgccttcaggttgtgctggaactagtatatttaattcaatgattaata acatcataattagaacactagtcttggatacctataagcacattaatctggacaaactta aaatacttgcatatggagatgatgttttgttttcatacccttttgatttagatatggcag aactagccaaagaaggtgataaatatggtttaacaattacacctgcagataaatctgaca aatttgaaaaactagactatggaaatgccacctttctgaagcgagggtttaaacaagata atagatacaagtttctaatacatcccatttacccagaaagtgaagtttgggagtccatta gatggacgaagaacccaagaaacatgcaagaacatgttctctccttgtgccacctcatgt ggcacaatggtagggataaatatg-aatcattcgtgaacaggattaggagtgttagcgct ggtcgtgcactctatatcccaccatacgaagttctgttgcacgaatggtatgaaaaattt taaa-------------tac---ntatag---aa-------------------agtataa --atgaagtagtttat------------------agtttttgt----------------- ------------------------------------ >DQ473508.1 Human rhinovirus 28, complete genome -------ttaaaactgggtctaggttgtt-cccgcctagattacccatgtggtgta---g tactctattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------atc-ccc-------------ccccccctgt------------------ ------ttgtaac----ttagaagt-t-ttgaact----tgg-agaccaatagg-cggtg attat-ccagatca-t----c-aacggtcaagca-cttct-gttt-cccccggtta--ga ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacaactctaatcgttatccgcaagatgcctacgc aaagcttagtacca-ccttcg-at-tctatttggttggtcgttcagctac-----aaaac cc-agtagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaat-tagttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gattcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccaatgtacacaatccagtgtattattggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctc----t---tttttaccttta- ----ttattgcttatggtgacag-tatat-g-g--------t----ata----tatatat tgtcactatgggcgctcaagtatctagacagaatgttggcacacacactacacaaaatgc tgtatcaaatggttctagtttgaattattttaatatcaactacttcaaagatgctgcttc aagtggagcttcaagattagatttttcacaggatcccagtaagttcactgatccagtcaa agatgtcctcacaaaaggtataccaacactgcaatcacccagtgttgaagcatgtggtta ttcagataggatcatgcaaataacacgagggaattcaacaatcacttcacaagatgtagc aaatgctgtcgtggcttatggagtttggcccgaatacttgcctagtcaggatgctagtgc aatagacaaaccaacacaccctgacacttcttctaatagattttatacattagaaagtaa aaactggactgaaacttcaaaagggtggtggtggaaactcccagatgctctcaagaacat gggaatctttggtgagaacctcttttatcatttccttggcagagctggatacactgtaca tgtacagtgcaatgctagcaagtttcatcaaggtactttgatagtcgctgctatcccaga acaccaattggctttcatttccaaaggtaacgtcacagttggctacaattatacacaccc tggtgagcagggccgtgagataggtacttttggacct-----------agcagtacatta gacagacaacccagtgatgaaaattggcttaactgtgatggcacacttttaggaaatata acagtatatccacaccagtttatcaacctcagaagcaataattcagcaacattaatatta ccatatgttaatgccgtacctatggattccatggttaggcataacaactggagtatagtg attatacccatatccaaactagaaactcaa---ggagggacatcaa---ttgtacccata accatatccatcagcccgatgttctcagaattctctggggcaagaaac------------ ---aat------------------------------atcc------ctcaaggcttgccg gtcatgttaacaccagggtctgcacaattcttgacaactgatgatgctcaatccccatct gcactcccctatttccatcccaccaaggagatattcatcccgggtagagtaaacaattta tcagaaatttgtcagatagactcaatgataccaataaataacactcatgctgtt---aaa aacacagttaatatgtatactgtggaggtcaggagccaaacatcat------tggctgct gaagtttttgcaatcccagcagacatagcctcccagcccttagctactacattgatagga gagattgctagttattacacacattggacaggaagtcttagatttagttttatgttttgt ggtacagctaacactagtctcaaattactcatagcatatacaccacctggagttcctaaa ccagattctagacagaaagcaatgctctcgactcatgtggtgtgggatgttggattgcaa tctactgtctcattggttgttccttggatatcagctagtcactacagatacactactcca gacacatactcaaaagctggctacatcacttgttggtatcaaacaaactttattgtacca cccagcacaccaaactcagcaaacattatatgctttgtttcagcatgtaaagacttttgc ttaagaatggcaagagatactaatctacatacccaggttggtgccataacccaaaat--- ------ccagttgaaaaatatactgaagcactacttaatgaagtgcttgttgtgccaaac atcaatcctagcaacgcacaaactacaaatgcagctcccgctctcgatgccgctgagacg gggcacacaagccaaacacaacctgaagacatggttgagactaggtatgtaatcacagat cagacccgtgatgaaatgagtatagagagtttcttaggtaggtctagttgcattgcaata atccatactgatgttg-tgcatgaaacagac----------------------------- -aagtacaaccac---ccagggaagaattttagtaaatggaatatcactctcaaagaaat ggcccaaatcagaagaaagtgtgaaatgtttacatatctcagatttgattctgaaattac tatagtggtgtcagttgcaagtaaaggtgatg------ataatgggcatgtagttatgca atatatgtatgtacctccaggagcccccatccccactaccagaaatgattacacatggca atccagtaccaatgcctctgttttctggcaacaaggacaaccatatcccagattcactat accttttatgagtattgcctcagcttattacatgttttatgatggttatgaagatgacaa t---------ggaactacctatggtgcagtggttacaaatcatatgggaacactctgtgc tcgcatagtaactgaacaacagaagcatgaagtcaaaataaccagcataatattccacaa agctaaacatgtcagtgcatggtgccccagacctccacgcgctgtagcttatcaacatac atacagtccaaacttt------gtgcctcaggaagg---------------------tg- --atgttgagactcatattaaatttagaaca------------gatgttaaac------- -----------aga-tcacaa---------cagttggtccatctgatctttatgtacata ctgggaatcttgtatatagaaacttacacttgtgtgaaccagaaaacctaaatgactcaa cattaatatgctactccag------cgatcttgtcatttaccgaacaaacacgacaggta atgatgtgatccctacatgtaattgcacagaagcaacttactactgtaagcataaagaca ggtattacccaataaatgtaaagaaacatcaatggtatgagattcaagaatcagaatatt acccaaaacacattcagtataatattttaattggtgaaggaccttgtgaaccaggtgatt gtggagggaaacttttgtgtaaacatggggttataggcatagtaactgcaggaggtgaga atcatgttgcattcatagatttgagagatt------tcctagttgctgaagagcaagg-- -tgtattagattatgtccatacccttggtgaagcttttggggcaggttttgtagataata ttaaggaacaaattcagacaattaatc------caatcaataagattactagcaaaataa ttaaatggacaattagaattatctcagctattactattataatcaggaataatgctgacc cacatactattatagctaccctagccttgctaggatgctcaggttcaccctggagattca tcaaagaaaaggcgtgcaactggttacaattagtatatatccataaagaatca---gatg gttggatcaaaaaatttacagagatgtgtaatgcagctaggggcctagaatggttaggca ataaaatatcaaaatttattgattggctcaaatcaa---tgctacctcaggcaaagttaa agatggaattcattaaaaatttgaaacaactgccattgctagaaaagcaagttgatg--- ---gattgcggttggctacacaaaaacaacagcaagactacatagacattttaacactga tgctagattcatcaaacaaattcttacccctgtatgctgttgagaataaacgcattaagg aacttcttaaacgaagtcaaatgattct------tcgtacatcaaaaagaacagaaccag ttggggtgatattccatggagaacctggtactggcaaatccataactacttcaattcttg cccgcatgctcacaactgaatcagac------atatactccttgccaccctccccaaagt actttgatgggtatgatcagcaaagtgtggttatcatggatgatataatgcaaaacccta gtggcgaagatatgtcactgttttgtcaaatggtatcatcagtgccatttataccaccca tggcagatctgccagataagggaaaaccattttcttcagattatgtgctggcgagcacaa atcatactctactccacccaccaactataacatgtacaacagctatgaatagaaggtttt tccttgacttagatatagttgttaaggatgaatataaacttagtcaaggcaaacttaatc tacaatgtgctcttaagccttgtaatgtaggg---aagattggaaatgctaaa---tgtt gtcccttgatctgtggaaaagcattgcaatttaaagataggaatagtggtgattacttat ccctagccacagtgtacaatagaatcacccaagagagcaaaaataggaaggacttaacaa actccttacaagcaatcttccagggacctatagatgtgg------------------taa ataaaccacctccaccagctataatagacttgcttaaatcagttagaaatccagatgtta ttagatactgtgaagaaaacaaatggataataccctcagattgcaagc---ttgagcgtg acttgaattacgcaaatctaataatatctatgttagcaaatgttattagtataatgggtg taatatatattatatataaactgttctgttcacttcaaggtccatactcaggtgagc--- ccaaaccaatcacaaagaaaccagag---agaagagtggttacacagggaccccaggaag aatttgggagaagtttaattaaacataacacctgtgttgtaacaacaaataacggaaagt tcactggattaggaatttatgataatgttatgatcattccaacacatgctgatgcaggca gagaagtggagatagatgggattaaaactcagattgatgatgcctatgatttgcataact cccagggagttaaattggaaattactgttctcaaattacacaggaatgaaaaatttagag acatcaggaagtacataccagaatctgaggatgactatccagagtgccatttagcactag ttgccaatcaacaggaacccaccatattagaagttggtgactgctgttcatatggaaata tactcctgagtggtaatcaaacagctaggatgattaaatacaattacccaacaaaatcag gattttgtggtggagtcttatacaaaataggactagttctaggtattcatgttggaggaa atggtagagatggtttctctgcaatgttattaagatcatactttactgaacaccagggta agatagtatcaaaagctaatgttaaagaatgtaatttgtacagtatacacactccatcaa atactaaattgcaacccagcgttttccatgacatcttccctggcagcaaagagcctgctg ttctgtctagtaaggaccccagactagaagttaatttagatgaatctatattctcaaaat ataagggtaatgaaccagttgaaattacacaaaacatgctgacagcagctgctcattata cagcccagttatccactctagatatagactccacaccattaagtctggaagagagtgtgt atggcatagaaggtttagaggcgctggatttacacactagtgctggctacccatacacag catgcggtattaaaaagaaagatttgataccaaaaga---taggaatctaacaaaactta agtgtgccattgaaaaatatggcttagacttacccatgataacctttttgaaagatgaac ttaggaaaccagagaaaatcaagactggaaaaaccagaataatagaagctagtagtttaa atgatacagtgcaatttagaatggcctttggtaatttgttttctaagtttcatcagaacc caggcattgttacagggtctgcagtagggtgtgatcctgaagtattctggtcaaaagtac cagtgatgctagatggtgaatgtctcatggcttttgattatacaaattatgatgggagtc ttaatccagtctggtttaaattacttaataaggtgttaactgatttgggttttccaggt- --gatttagtcaataaattgtgcaattccagacacatatacaaaaccacttactatgagg ctgagggtggtatgccatcaggatgtgctggaactagtattttcaataccattattaata atataataattaggactttggtactagacacctacaaattcataaatttagataaactca agatactagcatatggtgatgatgtgatcttttcatacccttatgaccttgacatgaaag aacttgcaagtgagggtaccaaatatggtttatctatcacaccagctgataaatcagaca cattcaagaagttagattacaacaatgccaccttccttaaaaggggttttaagcaagatg aaaaatacagttttcttatccatcctatttatccagaaacagaagtttgggaatccataa ggtggactaaaaaccccaggaacatgcaagaacatgtcctatctttgtgtcaccttatgt ggcataatggaaaggaaaagtata-aacactttgtggacaagatcaggagtgttagtgct ggtcgcgcactctatataccaccatatgaggtcttgctccacgagtggtatgagaagttt taat-------------cag---atatag---aa-------------------attataa --atg-attagtttat------------------agattttgt----------------- ------------------------------------ >DQ473503.1 Human rhinovirus 7, complete genome -------ttaaaactgggagtggg-tgtt-cccactcactccacccacgtggtgct---g tacactgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------tc ------------cct-ccc-------------ttccctcatt------------------ ------atgtaac----ttagaagc-atgaacat------at-ggaccaatagg-caata atcat-ccagatta-t----t-gaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ta aagatatgctttacccaaggc-aaaaacttttgagatcgttacccgcacatcaactacgc aaagcctagtatca-cctttg-at-gtactaagactggtcgtttc-ctg------caacc cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacgtaccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgctcgccc--atatg-ggc----------gagaagcctta-ttattg acaaggtgtgaagagccgcgtgtgcttggtgt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccattgctcataatccaatgagttagtggtcgtaatgcgcaagt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt---at---ttttt-ctttca- ---tgtgtgttatatggtgacaa-tttat-a-g--------ta----------tataagt tgtcatcatgggcgcacaagtatctagacaaaatgttggtacacactcaactcaaaatgc agtgactaacggttctagcctcaattatttcaacatcaactatttcaaagatgctgcctc aagtggagcatccagattagatttttcccaagatcctagtaaatttactgatcctgtcaa agatgtgttagagaaaggaatcccaacactccaatcaccaacagttgaggcttgtggtta ctcagacaggttgatgcaaatcacccgtggagattccaccataacatcccaggatatagc taatgcagtagttggttatggcgtgtggccgtcatatttaacacctgacgacgctactgc cattgacaaaccaactcaaccggatacttcttccaacagattttacactctggatagccg tacctggacatctgcctcattagggtggtggtggaaattacctgacgctcttaagaatat gggcatatttggagaaaatatgttttatcactttttggggagatcaggatatactataca tgtacaatgtaactctagcaagtttcatcaaggcttattgattgttgctgctatacctga acaccaactagcatcagcagtcaaaggaaatgtttcagtggggtataagcacactcatcc aggtgaacaaggtagagaaatatcttcagagcgtaga-----------actgatgatg-- -atagaagacccagtgatgatagttggctaaattttgatggaactctacttggtaattta cctatatatcctcaccaatatattaacctgagaactaacaattcagccactctcatcctt ccatacattaatgcagttccaatggattctatgcttagacataacaattggagtttggtg ataatacctatatgtcctcttcaagttgagtcatcaggtataccaa---ctgtacctata acagtgtcaattagtccaatgttttctgaattctcagggcctaggaacaaagttgtct-- -ttac------------------------------------------ccaaggcttgcca gtgatgcttacaccaggatctggtcaatttttgacaacagatgatacacaatctccatct gcatttccatactttcatccgactaaggaaatatttatacctgggcaagttagaaactta atagaaatgtgtcaggttgatacactcatccccatcaataatacgggaaataat---gta agatcagcaaatatgtacactgttgatttaactacacaagatcatc---catatgcacaa gaagtttttgctatacctgttgatgttgcttcacacccattagcaaccacctatcttggg gaaatgagtagttgctttacacactggactgggagtttacgatttagctttatgttttgt ggttctgcctgtacaacacttaaattattgatagcatatacccctcccggaattgcaaaa ccaacatccagaaaagaggcaatgcttggtacacacctagtgtgggatgttggactccag tcaacagcctcacttgtagtgccatgggtcagtgcaagtcattttagattcactacccca gatacatactcagcagctggttatatcacatgctggtaccagacaaattttgtagtgcct ccaaacacaccaagaagtgcaaagatggtctgcatggtgtcagcttgcaaagacttttgc ttgcgattggctagagatactaatttacacatgcaggagggtgtacttgaacaaaac--- ------ccggtagagaattatgtagatagcttactaaatgaagtattagtggtacctaat attcagccaagtacatctgtttcaagtcactctgtaccagcattggatgctgcagagact ggacatactagttctgttcaacctgaagatatgatcgagacaaggtatgtcataacagac caaacaagggatgaaactagtatagagagtttcttaggtagatctggatgtattgctaaa gttaaacttgacacaa-cacagggt----------------------------------- -gactatgacacaggcaaaggtgttggtttcactacatggaaaatcagcttacaagaaat ggcacaagtcagaagaaagtttgaactattcacatacactagatttgattctgagataac aatagtcacagcagcagcagcacaaggtaatg------gtattggacatatagttatgca atttatgtatgcacctccaggggccccagttccaataaaacgcgaagattatacatggca atcaggaacaaatgcttctatattttggcaggagggtcaaccataccctagattcacaat tccttttatgagtattgcatcagcttattatatgttctatgatggatatgatggtgatga tgcg------tcatccaaatatggttccgtagtaaccaatgacatgggaaccatatgtgt tagactagttacatctacacaaaaacacaatttaaagattgtgagtcgcatttaccacaa agccaaacatataaaagcatggtgcccacgcccaccacgagctgtgccttatcaacacac tcactccaccaactat------gtgccacaaaatgg---------------------ag- --aggtcgcaactcaaatcaaaaccagagc---------c---aatcttttc-------- -----------accctcaaat---------cagctggtccctctagtatgtatgtacatg tgggtaatctaatatatagaaacctccatttatttaactctgagc---ttcatgattcta ttcttgtgtcttattctag------tgatttaatcatttaccgaacaaacactgaaggtg atgatgtaatccctaattgtaattgtactgactgtacatattactgttatcataaggata gatactttccaattaaagttactgctcatgattggtatgaaattcaagaatctgaatatt acccaaaacatatccaatacaacattttaattggagagggaccttgtgaaccaggagatt gtggaggaaagctgttatgtaaacatggagtcattggcatagtaacagctgggggtgagg gtcatgttgctttcatcgacttgaggaaat------ttcaatgtgctgaagaacaagg-- -aatctctgattatgtagaacaccttggtcaagtttttggtgttggctttgtggacagta taaaacaacaagtaaattttattaatc------ccaccagtaaaattggctcaaaagtga ttaaatggttattaagaatagtctcagctatgattataatggttagaaatagttctgatc ctcaaaccatagttgctactcttaccctactaggttgttcaggttcaccatggagatttt tgaaagagaaattttgctcgtggcttcaattaaattacatacataaagaatct---gatt cctggctcaagaaatttacagaagcatgcaatgctgctcgtgggctagagtggattggtc aaaagatctcaaagtttatcgattggataaagagta---tgttaccacaagcccaattaa aagtagaatatttaaataaacttaaacagcttaatctcctggaaaaacaaattgaga--- ---ccattagacttgccccgacctgtaatcaggagaaaattttttgtgatataaacactc ttcatgatttatcccttaaattcttgccactgtatgcatctgaagcacgtagaattaaga atctttataataaatgtaataatgttat------taaaggagggaaaagaaatgaaccag ttgctgtgcttatacatggatcccctggtactggaaaatcgcttgcaacctctgtccttg ctcgaatgttgactgttgagactgat------atatactctctacctccagatccaaaat actttgatggttatgatcaacaaagtgttgtcattatggatgacattatgcaaaacccaa atggtgaagatatgacattattttgtcagatggtctcaagtgtgcccttcataccgccaa tggctgatcttccagacaaaggaaaaccatttacatcaaaatttgtgcttgcaagtacta atcatactcttctcacaccaccaactgtgtcatcattaccagctatgtcaagaagatttt attttgatttagatattcaagttaagaaagattatcttgtagat---gggaaattggata tagccaaaagtttcaaaccatgtgatgttaataataaaataggtaatgcaaaa---tgtt gtccatttatatgtggaaaagctgtggaattcaaagatagaaatacatgtgctgtattat ctttatctcgactgtataatcacattagagaagaggatagaaggagaagcagcgcagccc aagcaatggaggctatatttcaagg---tatagatc---------------------ttc acacaccacctccaccagccataactgatcttcttagatctgttagaactccagaagttg ttaaatattgtcaagataataattggattgttccagctgaatgtacta---tagaaaggg atctaggattagcaaacttaaccataagtataatagctaacgtagtttcaatagtgggta tcatttatataatttataagttattttgcactctacaaggcccatactcaggtgaac--- ccaaacctaagacaagagctcctgag---agaagagtcgtgacccaaggtccagaagaag agtttggccgttcactaattaaacataactgttgtgttgtgacaactgataagggtaaat tcactggtcttggtatttacaaccaaattatggttcttcctacacattctgatccaggat ctgagattttgatagatggtgttaaagttaaaattctagactcctatgatctacataacc atgaaggaattaaattagagattacagttatcaaattagaccgcaatgagaaatttagag atattagaaaatacttgcccacccgtgatgatgattacctcggatgcaatcttgctttat tggctaatcaggatgaaccaacaattttaaatgtaggagatgcaatttcttatggtaata tcttgttgagtggcaccaacacagcacgaatgattaaatatcactatccaacaaaagccg gtttttgtggtggtgtcttgtacaaagttggttctattcttggcatacatgtaggtggta atggtagagatggattttctgcaatgctcttacaatcttacttttctgaaacacaaggtt taataactaaagaattacctgtgtcaagtaaaaatttaccatctattcatgtttcatcca aaacacgcttacaacctagtgtattttatgatgtctttcctggaacaaaagaacctgctg ttttaagtagcaatgaccctagactagaagttgattttgattcagcattattttccaagt ataaagggaatgttaattgtcaattgaccccacatatggagatagccgttgcgcattatg cagcacagttatcaacattggatataaatcctcaacctctctcactagaagaaagtgtgt ttgggatagatggacttgaagctttagatttaaatactagtgcaggttttccctatgtct cattaggaattaaaaagaaagatcttatagataagaaagcaagagatatttcaaaattaa gaaaggcaattgataagtatggtattgacctgcctatggtgacttttttaaaagatgaac tccgaagaaaggagaagattaaagaaggcaagactagggtcatagaagcaaatagtgtca atgatactgtagtctttagaagtacatttggcaacctcttttccacgttccataaaaacc caggtatagtgactggatctgcagtaggatgtgacccagaagtcttttggtcaaccatac ccttaatgttagatggagaatgtttaatggcttttgattactcaaattatgatggtagtt tacaccctatttggttcaagtgtttaaaaatgctcctggaagatataggattctcttca- --caattgattgaccaaatttgcaactcaaaacatatatataaatctaaatattatgaag ttgaaggtggcatgccatctggatgtgcaggtacaagtatttttaatactatgattaata acatcataattagagttttagtgttagatgcatataagaacatagatttagataaattaa aaatcctggcatacggagatgatgttattttttcttacaattttaaattagacatggaaa tacttgccagagaaggggacaaatatggtctaactattacacctgcagacaaatccagta cttttcaggaattaacctacaaaaatgttacattccttaaacgtgggttcagagctgacg atcgtcactcttttctcatacaccctacttttccagcaacagagatttatgattctatta gatggacaaagaacccgtcatgcatgcaggagcatgtgttatcactgtgtcatctaatgt ggcacaatggtagacatgagtatc-agaattttgtcaaaggtatacgcagtgtgtccgct ggtcgcgcattgtatataccagcctatgaagttcttgagcatgaatggtatgagaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctgttaa atgta-gttagtttat------------------tagttttgt----------------- ------------------------------------ >FJ445176.1 Human rhinovirus 7 strain ATCC VR-1117, complete genome -------ttaaaactgggagtgggttgtt-cccactcactccacccacgtggtgct---g tacactgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------tc ------------cct-ccc-------------ttccctcatt------------------ ------atgtaac----ttagaagc-atgaacat------at-ggaccaatagg-caata atcat-ccagatta-t----t-gaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ta aagatatgctttacccaaggc-aaaaacttttgagatcgttacccgcacatcaactacgc aaagcctagtatca-cctttg-at-gtactaagactggtcgtttc-ctg------caacc cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacgtaccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgctcgccc--atatg-ggc----------gagaagcctta-ttattg acaaggtgtgaagagccgcgtgtgcttggtgt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccattgctcataatccaatgagttagtggtcgtaatgcgcaagt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt---a----ttttt-ctttca- ---tgtgtgttatatggtgacaa-tttat-a-g--------ta----------tataagt tgtcatcatgggcgcacaagtatctagacaaaatgttggtacacactcaactcaaaatgc agtgactaacggttctagcctcaattatttcaacatcaactatttcaaagatgctgcctc aagtggagcatccagattagatttttcccaagatcctagtaaatttactgatcctgtcaa agatgtgttagagaaaggaatcccaacactccaatcaccaacagttgaggcttgtggtta ctcagacaggttgatgcaaatcacccgtggagattccaccataacatcccaggatatagc taatgcagtagttggttatggcgtgtggccgtcatatttaacacctgacgacgctactgc cattgacaaaccaactcaaccggatacttcttccaacagattttacactctggatagccg tacctggacatctgcctcattagggtggtggtggaaattacctgacgctcttaagaatat gggcatatttggagaaaatatgttttatcactttttggggagatcaggatatactataca tgtacaatgtaactctagcaagtttcatcaaggcttattgattgttgctgctatacctga acaccaactagcatcagcagtcaaaggaaatgtttcagtggggtataagcacactcatcc aggtgaacaaggtagagaaatatcttcagagcgtaga-----------actgatgatg-- -atagaagacccagtgatgatagttggctaaattttgatggaactctacttggtaattta cctatatatcctcaccaatatattaacctgagaactaacaattcagccactctcatcctt ccatacattaatgcagttccaatggattctatgcttagacataacaattggagtttagtg ataatacctatatgtcctcttcaagttgagtcatcaggtacaccaa---ctgtacctata acagtgtcaattagtccaatgttttctgaattctcagggcctaggaacaaagttgtct-- -ttac------------------------------------------ccaaggcttgcca gtgatgcttacaccaggatctggtcaatttttgacaacagatgatacacaatctccatct gcatttccatactttcatccgactaaggaaatatttatacctgggcaagttagaaactta atagaaatgtgtcaggttgatacactcatccccatcaataatacgggaaataat---gta agatcagcaaatatgtacactgttgatttaactacacaagatcatc---catatgcacaa gaagtttttgctatacctgttgatgttgcttcacacccattagcaaccacctatcttggg gaaatgagtagttactttacacactggactgggagtttacgatttagctttatgttttgt ggttctgcctgtacaacacttaaattattgatagcatatacccctcccggaattgcaaaa ccaacatccagaaaagaggcaatgcttggtacacacctagtgtgggatgttggactccag tcaacagcctcacttgtagtgccatgggtcagtgcaagtcattttagattcactacccca gatacatactcagcagctggttatatcacatgctggtaccagacaaattttgtagtgcct ccaaacacaccaagaagtgcaaagatggtctgcatggtgtcagcttgcaaagacttttgc ttgcgattggctagagatactaatttacacatgcaggagggtgtacttgaacaaaac--- ------ccggtagagaattatgtagatagcttactaaatgaagtattagtggtacctaat attcagccaagtacatctgtttcaagtcactctgtaccagcattggatgctgcagagact ggacatactagttctgttcaacctgaagatatgatcgagacaaggtatgtcataacagac caaacaagggatgaaactagtatagagagtttcttaggtagatctggatgtattgctaaa gttaaacttgacacaa-cacagggt----------------------------------- -gactatgacacaggcaaaggtgttggtttcactacatggaaaatcagcttacaagaaat ggcacaaatcagaagaaagtttgaactattcacatacactagatttgattctgagataac aatagtcacagcagcagcagcacaaggtaatg------atattggacatatagttatgca atttatgtatgtacctccaggggccccagttccaataaaacgcgaagattatacatggca atcaggaacaaatgcttctatattttggcaggagggtcaaccataccctagattcacaat tccttttatgagtattgcatcagcttattatatgttctatgatggatatgatggtgatga tgcg------tcatccaaatatggttccgtagtaaccaatgacatgggaaccatatgtgt tagactagttacatctacacaaaaacacaatttaaagattgtgagtcgcatttaccacaa agccaaacatataaaagcatggtgcccacgcccaccacgagctgtgccttatcaacacac tcactccaccaactat------gtgccacaaaatgg---------------------ag- --aggtcgcaactcaaatcaaaaccagagc---------c---aatcttttc-------- -----------accctcaaat---------cagctggtccctctagtatgtatgtacatg tgggtaatctaatatatagaaacctccatttatttaactctgagc---ttcatgattcta ttcttgtgtcttattctag------tgatttaatcatttaccgaacaaacactgaaggtg atgatgtaatccctaattgtaattgtactgactgtacatattactgttatcataaggata gatactttccaattaaagttactgctcatgattggtatgaaattcaagaatctgaatatt acccaaaacatatccaatacaacattttaattggagagggaccttgtgaaccaggagatt gtggaggaaagctgttatgtaaacatggagtcattggcatagtaacagctgggggtgagg gtcatgttgctttcatcgacttgaggaaat------ttcaatgtgctgaagaacaagg-- -aatctctgattatgtagaacaccttggtcaagtttttggtgttggctttgtggacagta taaaacaacaagtaaattttattaatc------ccaccagtaaaattggctcaaaagtga ttaaatggttattaagaatagtctcagctatgattataatggttagaaatagttctgatc ctcaaaccatagttgctactcttaccctactaggttgttcaggttcaccatggagatttt tgaaagagaaattttgctcgtggcttcaattaaattacatacataaagaatct---gatt cctggctcaagaaatttacagaagcatgcaatgctgctcgtgggctagagtggattggtc aaaagatctcaaagtttatcgattggataaagagta---tgttaccacaagcccaattaa aagtagaatatttaaataaacttaaacagcttaatctcctggaaaaacaaattgaga--- ---ccattagacttgccccgacctgtaatcaggagaaaattttttgtgatataaacactc ttcatgatttatcccttaaattcttgccactgtatgcatctgaagcacgtagaattaaga atctttataataaatgtaataatgttat------taaaggagggaaaagaaatgaaccag ttgctgtgcttatacatggatcccctggtactggaaaatcgcttgcaacctctgtccttg ctcgaatgttgactgttgagactgat------atatactctctacctccagatccaaaat actttgatggttatgatcaacaaagtgttgtcattatggatgacattatgcaaaacccaa atggtgaagatatgacattattttgtcagatggtctcaagtgtgcccttcataccgccaa tggctgatcttccagacaaaggaaaaccatttacatcaaaatttgtgcttgcaagtacta atcatactcttctcacaccaccaactgtgtcatcattaccagctatgtcaagaagatttt attttgatttagatattcaagttaagaaagattatcttgtagat---gggaaattggata tagccaaaagtttcaaaccatgtgatgttaataataaaataggtaatgcaaaa---tgtt gtccatttatatgtggaaaagctgtggaattcaaagatagaaatacatgtgctgtattat ctttatctcgactgtataatcacattagagaagaggatagaaggagaagcagcgcagccc aagcaatggaggctatatttcaagg---tatagatc---------------------ttc acacaccacctccaccagccataactgatcttcttagatctgttagaactccagaagttg ttaaatattgtcaagataataattggattgttccagctgaatgtacta---tagaaaggg atctaggattagcaaacttaaccataagtataatagctaacgtagtttcaatagtgggta tcatttatataatttataagttattttgcactctacaaggcccatactcaggtgaac--- ccaaacctaagacaagagctcctgag---agaagagtcgtgacccaaggtccagaagaag agtttggccgttcactaattaaacataactgttgtgttgtgacaactgataagggtaaat tcactggtcttggtatttacaaccaaattatggttcttcctacacattctgatccaggat ctgagattttgatagatggtgttaaagttaaaattctagactcctatgatctacataacc atgaaggaattaaattagagattacagttatcaaattagaccgcaatgagaaatttagag atattagaaaatacttgcccacccgtgatgatgattacctcggatgcaatcttgctttat tggctaatcaggatgaaccaacaattttaaatgtaggagatgcaatttcttatggtaata tcttgttgagtggcaccaacacagcacgaatgattaaatatcactatccaacaaaagccg gtttttgtggtggtgtcttgtacaaagttggttctattcttggcatacatgtaggtggta atggtagagatggattttctgcaatgctcttacaatcttacttttctgaaacacaaggtt taataactaaagaattacctgtgtcaagtaaaaatttaccatctattcatgtttcatcca aaacacgcttacaacctagtgtattttatgatgtctttcctggaacaaaagaacctgctg ttttaagtagcaatgaccctagactagaagttgattttgattcagcattattttccaagt ataaagggaatgttaattgtcaattgaccccacatatggagatagccgttgcgcattatg cagcacagttatcaacattggatataaatcctcaacctctctcactagaagaaagtgtgt ttgggatagatggacttgaagctttagatttaaatactagtgcaggttttccctatgtct cattaggaattaaaaagaaagatcttatagataagaaagcaagagatatttcaaaattaa gaaaggcaattgataagtatggtattgacctgcctatggtgacttttttaaaagatgaac tccgaagaaaggagaagattaaagaaggcaagactagggtcatagaagcaaatagtgtca atgatactgtagtctttagaagtacatttggcaacctcttttccacgttccataaaaacc caggtatagtgactggatctgcagtaggatgtgacccagaagtcttttggtcaaccatac ccttaatgttagrtggagaatgtttaatggcttttgattactcaaattatgatggtagtt tacaccctatttggttcaagtgtttaaaaatgctcctggaagatataggattctcttca- --caattgattgaccaaatttgcaactcaaaacatatatataaatctaaatattatgaag ttgaaggtggcatgccatctggatgtgcaggtacaagtatttttaatactatgattaata acatcataattagagttttagtgttagatgcatataagaacatagatttagataaattaa aaatcctggcatacggagatgatgttattttttcttacaattttaaattagacatggaaa tacttgccagagaaggggacaaatatggtctaactattacacctgcagacaaatccagta cttttcaggaattaacctacaaaaatgttacattccttaaacgtgggttcagagctgacg atcgtcactcttttctcatacaccctacttttccagcaacagagatttatgattctatta gatggacaaagaacccgtcatgcatgcaggagcatgtgttatcactgtgtcatctaatgt ggcacaatggtagacatgagtatc-agaattttgtcaaaggtatacgcagtgtgtccgct ggtcgcgcattgtatataccagcctatgaagttcttgagcatgaatggtatgagaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctgttaa atgta-gttagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >MF775367.1 Human rhinovirus C53 strain USA/2015-20994, complete genome agggattttaaaacagtcgaccggttgtt-cccacc---ggcgagcatactgtgcgtt-g tacactggaattacggttcctttgtatgcctgtttt----------------------at ------------aat-ccc-------------ttcccctcttttctatc---gtctctaa ttttccacgtaac----ttagaagc-aaagtacat--------gagcccaatag-gagcg gctaacccatagcc-g----t-atagggcaagca-cttct-gtta-ccccggatgt---g tgaatagacttctcacgaggt-tgaagctgaagcattcgttacccgcacttgtactgcgc ggaaattagtagca-cctttg-ccagcttcatggcgtttcgctcagcgt--------ttc cc-ccacgtagatcagggcaatggggctacacaacccccaccggcgacggtggtgtagcc cgcgtggtgccccgcccgagcta--tca-gct---------cgggacgccatg-atgaag acagggtgtgaaggttcgagtgcgctacaagt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccgtagctgtggtatgcatgccagcataaacacagtcgtaatgggcaact acgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttt-ccttaa- ----atttgtcttatggttacaggtttat-gca--------------aa----t-agatc tgtaatcatgggcgctcaggtgactaaacaaaaagttggatcacatgataataccattgc agcacagagtggctcggtagtcaagtattttaacatcaattactacaaagatgctgccag ttcagggctctctaaacaagatttctcacaagacccatctaagtttacacaaccgcttgc cgatgttctgacaaa------ccctgcgcttatgtcacccagcattgaagcttgcggtta ctctgacagacttaagcagatcacaattggagactccactataacaactcaagacacctt gaatagtgttgtggcatatggagaatggcctgaatacttatctgatatagatgcctcatc aatagacaagcctacacacccagaaacatcagctgatagattttatacccttgatagtgt tgattggtctgaaaactcaactggatggtggtggaaattgccagactgcctgagagatat gggtctgtttggtcagaatatgtattatcatgctatggggaggactggttacattgtaca cgtgcagtgtaatgcaaccaaatttcacagtggttgtctgatggtagcggctataccaga acatcagctagcatacattggtggaggtaatgccaacgttaaatataagcacacccaccc aggagacagaggacacactatgagaccatcggat--------------gtacgaggtg-- -ataacaacccagatgaggatcccttctacttgtgtaatggcacactgtttgggaacata caggtttatccacaccagatgatcaatttgcgcacaaacaactcagcaactttgatcata ccttacatcaactgcttgcctatggacagcatgctcagacacaacaacatctctcttgtg ataattccacttgtcagactcaagacgggagcaactggtagcacaa---ctctccccata acaatcactattgcccccgataaatctgaattctctggcccaatgcaaa----------- --acca------------------------------gaag--------caaggtatacca acccgcatacccagtggatctcagcagtttatgaccacagaggatgaacaatcaccaaac attctacctgagtacagtccaactaaagttgtacatattccaggagaagtgaccaatctg atacatcttgcacaggtagaatcattcatccctctaaacaacattaaacaacac---gag gggaagattgacatctactcagtcacaatcacaaggaaac---------ccactcgagat cttattgtgaccatcccactgcagatggataatgcattgtttgcaaccacactcctaggt gagattcttaactactatgctaactggtccgggagtgttagaatcactttcatgtgtgtg tgtgatggattcagcactggaaaattccttatggcatacactccacctggtggaacagta ccaacatccagaaagcaagcaatgttgggcccacatgtggtatgggacttaggcctacaa tccagttgtagcatggtagcaccttggatatccagcaccttcttccgcaggacaaactca gacaactactcatcgggtggttatatcactctgtggtatcagacagactttgtcagtgat agtcccaacaacaa---tggagctattgtagccacttgttcggggtgcccagatatatcc gtacgcatgctgcgtgacacccccactttagcattcccacgttccacactccagaat--- ------ccagtagaagattttattgataccacactcaaagaagtgttggttgttccagac acgcacccatcgggacctgtccacaccacacgaccgacggtgcttggagcaatggaaatt ggggcaacaccaaacgtcctaccagaagatgtaattgagaccagatatgtgatcaataac catgtaaacaatgaagcactactggaaaattttcttggccgctcatctctgtgggcagaa tttcagtt---acaga-g------------------------------------------ ------------------------taaattcaagaaatgggaaatcaattttcaagagca accacaattcagaaggaaaatagaattcttcacatatgtgagatttgacatggaaatcac tgttgttacaaataacacagggt------------------------------tgatgca aataatgtatgtgccaccaggtgctaaagcaccaaccacccacagtgacaataaatggga tggtgcctcaaaccctagtgtgttttaccaacccaagagtggatttccccgtttcaccat cccctttacaggtcttggatcagcatattatgtattctatgatgggtatgatcaagttgg tgat---gatgtgaccaaatatggaatatcctccacaaatgatatgggcaccttgtgttt cagagcacttgaggatgagcagaataatga------------tgtcaaaatttttgtaaa acccaagcatactagagcatggtgtcccagaccaccccgagcaacatcatacactcacaa gttctctcccaattaccatatttcagt--aggccag----------gatcagcccctgg- --aggtggaccactccttcactttccgcac---------c---gatattaag-------- -----------gagctccaaa---------ctgtgggcccaagtgatcaatatgttcaca ccaaagatgctatttacagaaatgcccatcttgctactgccaatg------acaatacaa tcttgatagccctgacatc------agatttacaggtagattacacagatacacctggtt cagattacatcccagaatgtgattgtttagaaggctgctattactgcaaatcacaagacc ggtatttcccaatcaaatgtactgcatatgattggtatgaaatccaagagacatcctact acccaaagcatatccagtataatattttgataggggaaggtccagcattacctggtgact gtggcggtaagctgctttgtaagcatggtgtgatcgggattctcactgcaggaggcgagg gatacgctgccttcacagatctaagaccctacc---gtgatttgaacacacaacaggggc caataactgattacttaacacaacttggcaacgcatttggtgagggcttcacacaaaaca tcaaagatgggtttaatgatatagggaagaacatcacagacaaattaacatctaaagtgt ttaaatggcttattagaataataagtgctctcaccatcatggttagaaacagtgctgaca ctcccactgtgttagctacattagccctactaggctgcagtaaatctccatggacttttc tcaaagataagatatgcagctggcttaatattcccaagcctccagggcatcagggggatg gttggttgaagaaatttactgagtgctgcaacgcagctaaaggcctagagtggattggtg taaagattagcaaatttatagattggctaaaagaaaaacttataccagctgtccaatcaa agaaacaaactctcactgagtgcaagaagatccctctctaccaagaacaagtcaagg--- ---gatacccctacgcatctgaggatgcccaacgagagctttgtgtcaacattgataaac tcaagaaagggctggacagtttggcaccactctacgcaaaggaaaacaaattagtgagtg acatgcaaaagcaactcaaacagatgttctcataccagagatcacatagggtggaacccg tatgtgtactcatacatgggagtccaggttccggtaaatctttaaccacaaccattctgt ccagagggttggctggggaggcagat------atatactcattacctccaaatccaaaac actttgatggttacacacaacagaaagttgtcatcatggatgatgtggggcaaaacccag atggtggtgacctaagtattttttgtcaaatggtttctacaactgatttccatgtaccca tggcagcactagaagataagggtatgtgttttactagcgagtatgtgttagctagcacaa acttatcaaatcttacacctcctacagttcaaatcccagaggcactacacaggagattct tcatggacatggatatcaagataatgccaaacttttgcacccctacaggaatgctcaata ctgcaaaggccctctctaaatgtgatggttgcccaagccctcctcattacaagacatgct gccccatgctgtgtggtaaagcaatagttttacaagacaggaagaccaaagttaactatt caataaacatggtggttgcccagatccgtgaagaattgtcaggcaggaaaagtgtgcagc taaacctaaataacatcttccagggattgg---------------------------gag acaatgagacaccaggctttattatagacttgttatcctcatcaaaggacccaaaagtta tcagatactgtgaggaaaatggattaatagggaaagccaaatgtacaa---ttgaaagaa atattgaccacctacagtatacactcaattgtttaggtagtttagttattatacttggta ctgtctatgcactctacaaacttatgtgtctcactcaaggagcatactctggttaca--- cgcaaccagtagccaagaaacctgaactgagaagagccacggtgcagggtccagaacatg aattcctttatgctcttatcaaaagaaactgccacattgctaccacagatcgtggcgagt tcaacatgctgggcatatatgacaactgtgcagtgttgcccacccatgcagaatgtggtg aaacccttaatatcgacggccgtgatattaaggtaattaagagacaaatcttgaccgaca tgaatgatgtggacactgagattacactcatatggttagaccagaatgaaaagttcaggg acatcagacggtttataccggagagcatacaagagtgggaccatatgaaattggccacaa atgtcacaaaatttccaatgttactggttgatgtgggacaagcccagccctatggggaga taaacctaagtggcaacccaacatgccgactgcttaagtatgactaccccacgagacccg gccagtgtggaggggtcattggaagcactgggcacatcatcggcatccatgtcggtggaa atggtagagtgggatattgtgcagccttacttagaaagtactttgccacttctcagggag aaattacttcaaaaaagaatgtgtctgaagcaaacctacccccaatcaacacaccttctt catccaaactatatcccagtgtattctatgatacatttcctgggaaaaaagaaccagcag ctttgcatccaaaagacaagagattagaagctgacctaaacacagctgtgttcagcaaat ataaaggtaatcttcaggtggagagtaatcagtacattgatattgcagtggatcattatg ccgcgcagttgagtgtgctaaacatatcccctgaaccattaacactggaacaagctgtgt gtggcataaaaaatttggaacctcttgacctaacaaccagtgcaggattcccatacgtca caatgggggttaaaaagagggacctggtgaacaaaacaacacgtgatgtgactaaactcc agaaaatgatagataaatttggattagatctcccatacatcacttacctaaaagatgaac tcagagcaccagaaaagatcaaggctggtaagaccagaattatagaagctagtagcatca atgatactgctcatttccgcatggtgttcggaaatttattttccactttccatgctaacc caggtgtgctgactggttcagcagtgggatgtgacccggatgtattctggtcacaaatac actctatgcttggaggtgagc---ttctagcttttgactacactaattacgatggcagcc tacatcctgtgtggttcaaagccctgggtaaagtcttggatcaacttggttttcctggt- --tccatgatggataaactgagtaaaacaactcatatttataaggacaccatatacacca ctgagggcggcatgccttctggcatctgtgggacatccatatttaatacaatgattaaca atatcattctcagaacaattgtcatagaaacatacaaaaatattgacttagataaattga aaataatagcttacggggatgacgtgatagcatcatacccggaaaaactcaaccctaaag aactggccctgacgggtgcacgatatggtctcaccataacgcccgcagataagtcagaag agtttacagatattaattgggacaatttatcattcctcaaaaggaagttcagaccagacc ctcaatatcctttccttatccaccctgtctactctatggatgatgtgtatgaatccatca gatggacccgtgatcctaagaacactcaggatcacgtgcggtcgctatgccaacttgctt ggcacaatggtagggaagtgtacg-agaccttcttacagaaaattagatcagttgaagtt ggtcgaacactaaacttaccaccttattcatacttgcatcacaggtggatagataatttt -----------------------atttga---------------ttgaacaatatagta- ------tactatttgga---gtagaatagaccctcaatatccttt--------------- ---------------------------cccttttag >DQ473491.1 Human rhinovirus 41, complete genome -------ttaaaactgggtttgggttgat-cccacccaaaccacccacgtggtgta---g tacactgttatctcggtaactttgtacgccagtttt----------------------at -c----------tcc-ccc-------------tccccc-ct------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-c-atgcac------aa-tgaccaatagc-aggca atcat-ccagattg-t----c-atcggtcaagta-cttct-gttt-ccccggttca--ga ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaacctggatcgttatccgcaagatgcctacgc agaacctagtatca-cactgg-aa-gattctcggttggtcgctcagtta------caacc cc-agtaacagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--gtttg-ggt----------gtgaagcctag-aattgg acagggtgcgaagagtcgagtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccctgcagccattgcccacaaaccagtgggtctatggttgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cttatt- -----atttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gata----catatat tgacaccatgggcgctcaggtttctagacaaaatgttggaactcattcaactcaaaattc agtctcaaatggttcaagtctaaattacttcaatattaattattttaaggatgcagcatc aagtggtgcttctaagctggaattttcgcaagacccaagtaaatttacagatccagtcaa agatgtcttagagaaaggaatccccaccttacaatctcctacagtggaagcatgtggcta ttcggatagaattatacaaatcacaagaggtgactccaccattacctcgcaagatgtggc caatgcagttgttggttatggcgtgtggcctcattatttaacatcacaggatgccactgc tatagataaaccaactagacctgatacttcttccaatagattctatacattagaaagtca gttgtggaccaatacctccaagggatggtggtggaaactacctgatgctttaaaggacat ggggatttttggtgaaaacatgttctatcattttttaggtaggagtggttacactgtaca tgtgcagtgcaatgccagcaaattccatcaagggactttactaatagcaacgataccaga acatcagctggccactgctgttggtggcagtgtctctgcaggatataactacacacaccc tggtgagaaaggtagagatgttggaaagatggatcgt-----------gaaagaaacg-- -accgacaacctagtgatgatagctggctgaattttgatgggacgcttttaggaaattta accatttttcctcaccaatttattaaccttaggagcaataattcagctaccattatagta ccatatgtaaatgcagtcccaatggattctatgcttagacataacaactggagcctagtt atcatacccatatgtgaactcaaatgtgatactactgct---gcaa---ctgtacccatt acaatatccatcagtcccatgtgtgctgagttttctggagcaagggctaggaatgtt--- ---------------------------------------a------cacaaggtcttcca acattattgacacctggatctggtcaattcttaacaacggacgattaccagtcccctagt gcattaccatggtatcatcccaccaaggaaatttcaatcccaggacaagtacaaaattta atagagttgtgtcaagtagctaccatgataccaattaataataccaatacaaat---atc agggataaaagcatgtacacaatcagacttggtggagagactgata------ttaaggag gccatttttgcaatgagggtcgatattgcatctcagcctttggcaactacattaattggt gagatagctagttattacacacactggacaggaagtctccgcttcagcttcatgttctgt ggctccgctttcacaacacttaaattgctgattgcatacacaccaccaggaattgatgtt cctagcactagaaagcaagccatgcttggtacacatgtcatatgggatgttgggcttcaa tctacagtatcaatggtagttccatgggttagtgctagtcattatagaaacacaacacca gatacatactcttcggctggttacatcacttgctggtatcagacaaatttgataatacct ccaaatgctgccccagtagctgatatgatatgttttgtatcaggatgtaaagatttttgc ctccgcatggcaagagacacaaacttgcacaaacaaagtggtgtgatagaacaaaat--- ------cctgtagaaaggtatgtggatgaggtcctgaatgaggttcttgtggtaccaaat attagtgaaagcagtccaactacttctaattcagctccagccctagatgcagcagagact ggtcataccagtaatgtacaaccagaggacatgattgaaacacgatatgtccaaacctca caaactagagatgaaatgagcatagaaagctttttaggtagatcaggctgtgtacataag tccactttgaatatag-attatact----------------------------------- -gattatgatgat---tctatccagaacttcaagaagtggaaaattagcttacaggagat ggcccaaatacgtagaaagtttgagctttttacgtatgttagatttgactcagaaataac aattgtgccaagtatagctggacagggtagtg------atgtcggacatgttgtcatgca atacatgttcgtaccacctggcgcacccctcccagaaaagagagatgattacacatggca atctggcaccaatgcatctgtattctggcagtatggtcaagtttaccctaggttttctct accatttcttagcattgcttccgcatattacatgttttatgatggttatgaagaaggctc taca------aatgcacgctatggaacaacagtcacaaatgacatgggtacattatgctt tagaatagttactgaagaacacaccaacaaagttaaggtcacaactagagtttaccacaa agctaaacatgttaaagcatggtgtcctagacctcccagggctgtggagtacaccaatgt gcatgtcacaaattac------aaaccaaaagcaggag------------------cag- --agattgtggcttctgtcagacctagaga---------c---aatgttaga-------- ----------caag-taagaa---------attatggacccagtgacatgtatgtacatg ttggaaatttaatctatagaaacttacacttatttaactcagaaa---tgcatgactcaa tcctagtgtcctactcatc------tgatttagtcatctaccgaacaaacactataggtg atgactacattccatcttgtgattgcactcaagctacatactactgtaaacataaaaata gatattacccaatcacagttactagtcatgattggtatgagatacaagagagtgaatatt acccaaagcacatacagtacaatttactaattggtgagggaccatgtgaacctggggatt gtggtggcaaattattgtgtaaacatggagtgatagggattataacagctggtggtgagg gtcacgtggcctttattgacctgagacact------tcctttgtgcagaagaacaagg-- -tgtgacagactacatacacatgctaggtgaagcttttggtaatgggtttgtagacagtg ttaaggaacatgttaatgcaataaatc------ctataaataacatcagtaaaaaagtca ttaaatggttattgagaattgtatctgctatggtaataattattagaaactcctcagacc cccacactgttgttgccacattaacattaattggctgttctggttcaccatggaggttct tgaaagagaaattctgtaaatggacccaacttaattacatccacaaagaatct---gact catggctcaagaaatttactgagatgtgcaatgcggcacgcggtcttgaatggataggca acaaaatatcaaaattcatagaatggatgagatcaa---tgttaccacaggcacagctta aggtcaagtatctaagtgagctaaagaaattgaatcttttggagaaacaggttgaaa--- ---acctaagatgtgctgattcaaaaactcaggaaaagatcaagattgaggtagacactt tacatgacctgtcttgcaaattccttccattatatgctagtgaggcaaaaagaattaaag ttgtttataataaatgcaataacatcat------taaacaaaagaagagaagtgaacctg tagcagtgatgatacatggctcaccaggaactggcaagtctatcacaactagctttttag ctagaatgatcacaaatgagagtgac------atttattccttaccacctgatcccaagt attttgatggttacgaccaacagagtgttgtcataatggatgatatcatgcagaatcctg atggtgaagacatgtcactgttctgccaaatggtatctagtgttactttcattcctccaa tggctgatctacctgataaagggaaaccttttgattcaagatttgttctttgtagcacta accactctcttttggctccccccactatcacatctctgcaggccatgaataggcgattct tccttgatttagatattgtagtccatgaaaattataaagatgcccagggtaaattagatg tatcaagagcattcaagccttgtgatgtggacactaaaataggcaatgctcgg---tgtt gtccatttatctgtggtaaagcagtcacattcaaagatcgcaacacctgcttaaattatt cactaagtcaaatttacaatttgatcttagaagaggataaaaggcggacacatgttgtgg atgtcatgtctgctatatttcagggccccatctcta---------------------tgg aagttccacccccacccgccataactgatctcctacgctctgtaaaaacaccagaagtca ttaaatattgtgaaaacaataagtggattattccagctgaatgcaaaa---ttgaacgtg atttaaatcttgcaaataacataatcaccataattgcaaacataatcagtatagcaggta ttatatatataatatacaaattattctgctctttccaaggtccatactcgggtgaac--- caaaacctaaaactagggtccctgag---aggagggtggtcgcacagggtcctgaggaag aatttggtcgatcactgatcaaacacgatacttgtgtggtcaccactgataatggcaagt tcactggattggggatatatgacaaactcatggtgctcccaactcatgctgaccccagta gtatgatttatgtgaatgggattgctactaaagtcaaagattcatatgatttatataaca aacagggtattaaattagaaatcactgttgtaatattagatagaaatgaaaaatttaggg acataaggaaatatataccagaaaaggaagatgattatcctgagtgtaatttggcacttg tagcaaaccaaccagaaccaactatcattaatgttggagatgtgatctcttatggtaata tattacttagtggtaaccaaacagcacggatgcttaaataccattaccccaccaaatccg ggtactgtggaggcgtgctttacaagatagggcaaattatgggaatacatgtgggtggta atggtagggatggcttctcagcaatgttactcagatcttactttagtgaaactcagggtg aaataacaacaacaaggaaagtcagtgaacttaatcttccaacaatacatactcctgcca aaaccaaattacaaccaagtgttttctttgatgtctttgaagggactaaggagcctgctg tgttgactgaaagagatccccgtctgacaactgactttaacacggctttgttctctaaat ataaaggtaatgtcaaatgtgaaatgtctgaacacatgaaggttgccatatcccattact cagcccaattaatgacacttgatattgaccctacaaaaatatctttggaagagagtgttt ttggcactgagggtttggaagctcttgatttgaatactagtgcaggatttccatatataa gcatggggattaagaaaagagacttgatcaataacagcacaaaggatataacaaaactca agatagcacttgacaaatatggtgtagacctgcccatggttacatttcttaaagatgagc tcagaaagaaagagaaaatagctgcaggtaaaaccagggttattgaagccagtagtgtta atgacaccattgcatttagagttacctatggaaatttattttcgacctttcacaggaacc caggcattataacaggatctgcagtgggatgtgatcctgaaacattttggtcaaagatcc cagtcatgcttgatggagagtgcataatggcatttgattacaccaattatgatggcagta tacaccctgtttggtttgaagctctgaagcaggtcttggccaatttatcctttgaagac- --agattaattgacagattatgtaaatcaaaacacatattcagagacacatattatgaag ttgaaggaggtgtaccatctggatgttcaggaaccagcatattcaacaccatgataaaca atataatcataagaactttggttcttgatgcatacaagcacatagatttggataaactta aaataatagcatatggtgatgatgtcatcttctcatataaatacccactagatatggaag caattgcatctgaagggattaaatatggattaaccataacaccagctgacaaatcagata cttttaaaaaacttgattatgatagtgtgaccttccttaagagggggttcagacaagatg caaaatatcctttcctaatacatcctacatttcctgtttctgaaatacatgaatcaatca ggtggaccaaaaaaccctcgcagatgcaagagcacgtcctgtccttgtgtcacttaatgt ggcataatgggcaggatgtgtaca-gggagtttgaaaggaaaatacgcagtgttagcgct ggacgtgcactgtatatccctccttacgagcttcttttgcatgagtggtatgaaaaattt taatt-------aact---a---atatag---aa-------------------ataataa --aca-attagttttt------------------tagttttgc----------------- ------------------------------------ >EF173418.1 Human rhinovirus 78, complete genome -------ttcaaactgaatcatggttgtt-cccaccatgattacctacg-ggtgta---g tacacttgtatcccggtacatttgtgcgccagtttt----------------------at ------------atc-ccc-------------tacccc-aa------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-aagcaac-----acaagatcaatagg-cggtg gttat-ccaaacca-t----c-aatgatcaagta-cttct-gtct-ccccggtagg--tg tgaatatgctttaaccaaggc-agaagctaatcctatcgttatccgcaaggtgcctacgg gaagcctattaaca-ctttga-aa-gaaatttggctggtcgctcagttgcg----caatc ccacgcaatagacctggcagatggggctagacaaaccccaccagcgatggtggtctagcc cgcgtggctgcctgcacacccttttttg-ggt----------gtgaagccaga-aattgg acagggtgcgaagagcctactgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccctgcagctgttgcacaagatccattgtgtatacagtcgtaatgagcaatt gcgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----t---gtttt-ctttta- ----tcattgcttatggtgacaagtatat-a--------------taga----tatat-t tgtcatcatgggcgctcaagtatcaaggcagaatgttggtactcattcaacacagaactc agtctcaaatggttcaagtctaaactactttaacatcaattattttaaagatgcagcctc ttcaggagcatctagacttgatttttcacaagacccaagcaaattcactgatccagtcaa agatgtactcaccaaaggagtaccaacacttcagtctccatctgttgaagcatgtggata ttctgatagaataatacagattacaagaggtgattccaccataacatctcaagacatagc caatgcagttgtagcatatggagtatggcccagctatctcactgcaaaagatgcatctgc aattgacaagccaacacaaccggacacctcatccaatcggttctatactctggagagcaa aaactggcaaagtgactctaaaggatggtggtggaagcttccagatgctttaaaggacat gggcatttttggtgaaaatatgttttatcatttcctaggaagatcagggtatacagttca tgtccagtgtaatgccagcaaatttcatcaaggaacattgttagttgttgctatcccaga acatcaacttgcttatataggtactggtaatgtcacagttgggtacaagcacacacatcc tggagagtctggtagaataatagcaactaattcagtt-----------aataataaca-- -caagacaacccagtgatgataactggctaaactgtaatggtactttaatggggaatcta cccattttcccacatcaatttatcaacttaagaagcaacaattcagcaacactcatactg ccatatatgaatgcagtaccaatggattccatgttaaggcataacaactggagcatagtt attatcccagtttgttcattacaaagtgaggcaggtgccactgggc---ttgtaccaatc acagtgtccattagcccaatgtttgctgaattttctggagcaagaaatgcagtggttc-- ----------------------------------------------aacagggtttacca gttatgcttacaccaggatcagaacaatttctaaccacagatgacaatcagtctccctca gcactaccatggtttcatccctctaaggagatattcatcccaggtagagtgactaatttg gcagaaatatgccaagtggatactttgatcccggttaataatgtacaagcttct---aaa aataatgttagtatgtatactgtcatgctgtcaacccaaacacaaa------ctgctcag gaaatatttgccatcccagttgatgtggcctctcagcctcttgctacgacattgattggt gaaatagctagttactacactcattggactggaagtctaaggttcagcttcatgttttgc ggcacagcaaacacgacattaaaactacttatagcttacaccccaccaggagtcccaaaa ccagatactaggaagaaagcaatgctgggcacacatcttgtatgggatgttggtttacaa tcaacagtgtctctagttgtaccttgggttagtgcaagtcacttcagattcaccacccct gacacgtactctaaagctgggtatataacatgctggtaccaaactaactttgtagtaccc ccaggaacccctaacactgcaaatatgctgtgttttgtttctggttgcaaggatttttgc ttgcgaatggctagggatacagacttacatgttcaaacaactcccataacacaaaat--- ------ccagtggaagaatatgttgatcaggttttaaatgaggttttagttgttccaaac ataaaagaaagtaaaccccagtctagcaactccgctccagttttggacgctgcagaaaca ggtcatacgaaccaagtacagcctgaagacaccatagaaactagatatgttataactgac caaacaagagatgaaatgagcattgaaagtttcctcggaagatcaggttgtgcaacaatt atgagactagaattgg-accacact----------------------------------- -gattacaatgct---gaagggaaaaattttacaacgtggaaaatcaacttacaggagat ggcccagattagaagaaagaatgagatgttcacatatctcagatttgattcagaaatcac tcttgtgtgtgcagtggcctcacaaggagaca------ataatggacatgtggtgcttca atttatgtttgttccacctggagcccctataccaaagaagagagatgactatacttggca gtcaggcaccaatgcatctgtgttttggcaacaaggtcaaacataccccaggttctctat accattttctagtattgcctcagcttattacatgttttatgatggatactcggatgacag caca------tcctctccatatggcactgtagttaccaatgacatgggtacactgtgtat gaggatggttacagatcaacaacaacataaggtcacaattacagctagagtctaccacaa ggccaaacatattagtgcatggggcccaagacctcctagagctgtaccttatcagcacat atataaccctaattat------aaaactgaagaagg---------------------aa- --ctccagacaccaaagtggcaattagagc---------t---aatattaaa-------- -----------act------------------gttggaccctcagatctttacgtgcatg tgggaaatttagtatatagaaacttacacttatgcaccaatgagaatcttagtgactcaa cactcattcgctactcgtc------ggatttagtcatataccgcacaaacaccagaggtg atgactacattccaacatgtgattgcacacaatgcacttattattgcaagagtaaaggca gatactacccaataatagttagaaagcatgattggtatgagattcaagaatcagagtatt acccgaaacatattcagtataatatattaataggtgagggaccatgtgaaccaggagact gtggtggaaaattactatgcaagcatggtgtcattggcattgtgacagctggtggagaag gacacgttgccttcatagacattagagatt------tccaatgtgctgaggaacaggg-- -aatatcagactacatgcagtacttaggtgaagcttttggaactggatttgtagatagtg taagagagcatgtacaaagcataaacc------caattaacaagattaattccaaaatgg tcaagtggttactcagaatcatttcagcaatggttataattattagaaataatgctgatc cccagactataatagcaaccctcactcttcttggatgtagtggatcaccatggaggtttc taaaaaacaaattttgtaattggtttggtttaacttatgtacacaaagaatca---gact catggttgaagaaatttacagagatgtgtaatgctgcacgtggccttgaatggataggaa ataagatttcaaaattcattgattggattaagtcta---tgctacctcaagcaaaactaa aagtgacatatatacaatcccttaaacaattgccactactggagaagagtgttgatg--- ---gactaagacttgccaatccagaaaaacaatatttatttttaaagcaaattgaagaga tgaaagacctatccaataaatttctaccactttatgctaatgaggcaaaaagaattaaag cccttgctcataaagcatccaatatagt------caagaatgcaaaaagagttgagcctg ttgcagttatgttccatgggaatccaggaacaggtaaatctttggcaacaaattttcttg gcagaatgattactagtgaaacagat------atatattcattaccaccagatccaaagc actttgatggttatgatcaacaaacggtggtaataatggatgatgtcatgcagaatcctg atggagaggacatgtccttattctgtcaaatggtatcctcagtaccatttatcccaccca tggcagaccttccggataagggcaaacccttctcatccagatatgttttatgctccacaa accacaccatattaacaccccccacaatatcatctttacctgctatgaatagaaggttct ttttagacctggatattgaagttagtgagaattataaagatggaaatggtagaattcagt tagattgtgcactcaagccatgtaatgacaacattaagattgggaatgctaaa---tgct gtccatttgtatgtggtaaagcaataacatttagagatagaaatagttgtgagaagtata ctctagcccgaatttaccacaagatcttagaggaggataaaagaagacaatgcctttcta atgctttggaagcagtctttcaaggtccaataacac---------------------taa atggaccaccaccaccagctatactagatttactcaagtcagttcgtacgccagaggtca tcaagtattgtgaggataacaaatggattgtgccagctgagaatacca---ttgaacgag acttaaatgtggcaaactcagtaataaccataattgctaaccttatcagtatagttggtg ttatctatattatatataaactattctgctcactacaaggcccatattcaggagaac--- ccaaacctaaaacaaaaaccccagaa---cgtagagtagtaacgcagggaccagtagaag aatttggcagaagcttgataaagcacaatacttgtgtagtgacaacagagaatggaaagt ttacaggattaggtgtgcatgataatgttatgattatacctacacattcagaaccaggta gccaaattgaaattgatggagttaagacaaatgtggtggatagttatgatctgtataata aagatggtgttaaactagagataacagttgttaaattaaataggaatgagaagttcaggg acattagaaagtatttacctgagcatgaagatgattacatggagtgcaaccttgctttgg tggctaatcaggaacaaccaactattatagaagttggagatgtttgctcatatggcaaca ttctcctaagtggaacccaaacagctagaatgcttaagtataactacccaaccaaatctg gattctgtggaggagtattatacaagattggtcatatcattggaatacatgtaggaggga atggtagagatggattttccgctatgattttaagatcttacttcaatgaaaaccagggtc tcatcaagaataagactgatgttagtgttgcaggttttaacccggtacatgttccatcta aaacaaagttacaacccagtattttctttgatgtctttcctggtgataaagaaccagccg ttcttagtaagcatgatccaagactagagactgatttccacactgcattattttcaaaat actcaggcaaccagcaaattgagatgtcagataacatcaaagttgctgtagcccattatt cagcacagttatccacacttgatataaacccagcaccactgtcattagaagaatgtgtgt tcgggatagatggacttgaagccctggacttacataccagtgcaggatacccttacacca ctatgggaatcaaaaagaaagatctaataaacactaaaactaaagatgttactaagctta aagaagtgatgaataaatatggagtagatctcccaatgataacatttctaaaagatgaac ttaggaagaaagacaaaattgtggcagggaagactagagttatagaggccagcagtatca atgacacagtacaatttagaatgacttttggtaggctttttcaagcattccataacaatc caggcatagtcactggttctgcagttggatgtgaccctgacactttttggtcaaaaattc cacttatgcttgatggagaatgtcttatggcttttgattactctaattatgatggaagtt tgaacccagtgtggtttcaagcactaaaggaaatattgcagaatctggggtttgagtca- --aagcttattgatagattgtgcaattccaaacacatcttctcctctcaatattatgagg tggaaggtggaatgccatcaggttgtgcaggaaccagcatcttcaatactatgattaata atgtaattataaggactttagtattagatacatatagacatattaatctagacaaattaa agatccttgcttatggagatgatgtgcttttctgttatccatacaaattggatatgtctg aattagctagtgaaggaaggaagtatggtcttaaaatcactccagcagataaatcagaaa aatttatagatttgagttatgaaaatgccacgttcctgaaaagaggattccaaccagacc aaaaacattcatttcttatacatcctacttttccaatttctgaaatacacaactcaatca gatggaccagaagcccccgaaacatgcaagagcatgttttgtctttatgccaactcatgt ggcacaatggagaggaagcataca-aggaatttgtgtgcaagatacgcagtgttagtgct ggtcgcgcactgtatatccctccatttgaagtgctcagacatgagtggtatgataaattt taaa-------------tag---atatag---ag-------------------atattaa ttgcc-tgtagattag------------------tatttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445183.1 Human rhinovirus 78 strain ATCC VR-1188, complete genome -------ttaaaactgaatcatggttgtt-cccaccatgattacctacg-ggtgta---g tacacttgtatcccggtacatttgtgcgccagtttt----------------------at ------------atc-ccc-------------tacccc-aa------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-aagcaac-----acaagatcaatagg-cggtg gttat-ccaaacca-t----c-aatgatcaagta-cttct-gtct-ccccggtagg--tg tgaatatgctttaaccaaggc-agaagctaatcctatcgttatccgcaaggtgcctacgg gaagcctattaaca-ctttga-aa-gaaatttggctggtcgctcagttgcg----caatc ccacgcaatagacctggcagatggggctagacaaaccccaccagcgatggtggtctagcc cgcgtggctgcctgcacacccttttttg-ggt----------gtgaagccaga-aattgg acagggtgcgaagagcctactgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccctgcagctgttgcacaagatccattgtgtatacagtcgtaatgagcaatt gcgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----t---gtttt-ctttta- ----tcattgcttatggtgacaagtatat-a--------------taga----tatat-t tgtcatcatgggcgctcaagtatcaaggcagaatgttggtactcattcaacacagaactc agtctcaaatggttcaagtctaaactactttaacatcaattattttaaagatgcagcctc ttcaggagcatctagacttgatttttcacaagacccaagcaaattcactgatccagtcaa agatgtactcaccaaaggagtaccaacacttcagtctccatctgttgaagcatgtggata ttctgatagaataatacagattacaagaggtgattccaccataacatctcaagacatagc caatgcagttgtagcatatggagtatggcccagctatctcactgcaaaagatgcatctgc aattgacaagccaacacaaccggacacctcatccaatcggttctatactctggagagcaa aaactggcaaagtgactctaaaggatggtggtggaagcttccagatgctttaaaggacat gggcatttttggtgaaaatatgttttatcatttcctaggaagatcagggtatacagttca tgtccagtgtaatgccagcaaatttcatcaaggaacattgttagttgttgctatcccaga acatcaacttgcttatataggtactggtaatgtcacagttgggtacaagcacacacatcc tggagagtctggtagaataatagcaactaattcagtt-----------aataataaca-- -caagacaacccagtgatgataactggctaaactgtaatggtactttaatggggaatcta cccattttcccacatcaatttatcaacttaagaagcaacaattcagcaacactcatactg ccatatatgaatgcagtaccaatggattccatgttaaggcataacaactggagcatagtt attatcccagtttgttcattacaaagtgaggcaggtgccactgggc---ttgtaccaatc acagtgtccattagcccaatgtttgctgaattttctggagcaagaaatgcagtggttc-- ----------------------------------------------aacagggtttacca gttatgcttacaccaggatcagaacaatttctaaccacagatgacaatcagtctccctca gcactaccatggtttcatccctctaaggagatattcatcccaggtagagtgactaatttg gcagaaatatgccaagtggatactttgatcccggttaataatgtacaagcttct---aaa aataatgttagtatgtatactgtcatgctgtcaacccaaacacaaa------ctgctcag gaaatatttgccatcccagttgatgtggcctctcagcctcttgctacgacattgattggt gaaatagctagttactacactcattggactggaagtctaaggttcagcttcatgttttgc ggcacagcaaacacgacattaaaactacttatagcttacaccccaccaggagtcccaaaa ccagatactaggaagaaagcaatgctgggcacacatcttgtatgggatgttggtttacaa tcaacagtgtctctagttgtaccttgggttagtgcaagtcacttcagattcaccacccct gacacgtactctaaagctgggtatataacatgctggtaccaaactaactttgtagtaccc ccaggaacccctaacactgcaaatatgctgtgttttgtttctggttgcaaggatttttgc ttgcgaatggctagggatacagacttacatgttcaaacaactcccataacacaaaat--- ------ccagtggaagaatatgttgatcaggttttaaatgaggttttagttgttccaaac ataaaagaaagtaaaccccagtctagcaactccgctccagttttggacgctgcagaaaca ggtcatacgaaccaagtacagcctgaagacaccatagaaactagatatgttataactgac caaacaagagatgaaatgagcattgaaagtttcctcggaagatcaggttgtgcaacaatt atgagactagaattgg-accacact----------------------------------- -gattacaatgct---gaagggaaaaattttacaacgtggaaaatcaacttacaggagat ggcccagattagaagaaagaatgagatgttcacatatctcagatttgattcagaaatcac tcttgtgtgtgcagtggcctcacaaggagaca------ataatggacatgtggtgcttca atttatgtttgttccacctggagcccctataccaaagaagagagatgactatacttggca gtcaggcaccaatgcatctgtgttttggcaacaaggtcaaacataccccaggttctctat accattttctagtattgcctcagcttattacatgttttatgatggatacccggatgacag caca------tcctctccatatggcactgtagttaccaatgacatgggtacactgtgtat gaggatggttacagatcaacaacaacataaggtcacaattacagctagagtctaccacaa ggccaaacatattagtgcatggggcccaagacctcctagagctgtaccttatcagcacat atataaccctaattat------aaaactgaagaagg---------------------aa- --ctccagacaccaaagtggcaattagagc---------t---aatattaaa-------- -----------act------------------gttggaccctcagatctttacgtgcatg tgggaaatttagtatatagaaacttacacttatgcaccaatgagaatcttagtgactcaa cactcattcgctactcgtc------ggatttagtcatataccgcacaaacaccagaggtg atgactacattccaacatgtgattgcacacaatgcacttattattgcaagagtaaaggca gatactacccaataatagttagaaagcatgattggtatgagattcaagaatcagagtatt acccgaaacatattcagtataatatattaataggtgagggaccatgtgaaccaggagact gtggtggaaaattactatgcaagcatggtgtcattggcattgtgacagctggtggagaag gacacgttgccttcatagacattagagatt------tccaatgtgctgaggaacaggg-- -aatatcagactacatgcagtacttaggtgaagcttttggaactggatttgtagatagtg taagagagcatgtacaaagcataaacc------caattaacaagattaattccaaaatgg tcaagtggttactcagaatcatttcagcaatggttataattattagaaataatgctgatc cccagactataatagcaaccctcactcttcttggatgtagtggatcaccatggaggtttc taaaaaacaaattttgtaattggtttggtttaacttatgtacacaaagaatca---gact catggttgaagaaatttacagagatgtgtaatgctgcacgtggccttgaatggataggaa ataagatttcaaaattcattgattggattaagtcta---tgctacctcaagcaaaactaa aagtgacatatatacaatcccttaaacaattgccactactggagaagagtgttgatg--- ---gactaagacttgccaatccagaaaaacaatatttatttttaaagcaaattgaagaga tgaaagacctatccaataaatttctaccactttatgctaatgaggcaaaaagaattaaag cccttgctcataaagcatccaatatagt------caagaatgcaaaaagagttgagcctg ttgcagttatgttccatgggaatccaggaacaggtaaatctttggcaacaaattttcttg gcagaatgattactagtgaaacagat------atatattcattaccaccagatccaaagc actttgatggttatgatcaacaaacggtggtaataatggatgatgtcatgcagaatcctg atggagaggacatgtccttattctgtcaaatggtatcctcagtaccatttatcccaccca tggcagaccttccggataagggcaaacccttctcatccagatatgttttatgctccacaa accacaccatattaacaccccccacaatatcatctttacctgctatgaatagaaggttct ttttagacctggatattgaagttagtgagaattataaagatggaaatggtagaattcagt tagattgtgcactcaagccatgtaatgacaacattaagattgggaatgctaaa---tgct gtccatttgtatgtggtaaagcaataacatttagagatagaaatagttgtgagaagtata ctctagcccgaatttaccacaagatcttagaggaggataaaagaagacaatgcctttcta atgctttggaagcagtctttcaaggtccaataacac---------------------taa atggaccaccaccaccagctatactagatttactcaagtcagttcgtacgccagaggtca tcaagtattgtgaggataacaaatggattgtgccagctgagaatacca---ttgaacgag acttaaatgtggcaaactcagtaataaccataattgctaaccttatcagtatagttggtg ttatctatattatatataaactattctgctcactacaaggcccatattcaggagaac--- ccaaacctaaaacaaaaaccccagaa---cgtagagtagtaacgcagggaccagtagaag aatttggcagaagcttgataaagcacaatacttgtgtagtgacaacagagaatggaaagt ttacaggattaggtgtgcatgataatgttatgattatacctacacattcagaaccaggta gccaaattgaaattgatggagttaagacaaatgtggtggatagttatgatctgtataata aagatggtgttaaactagagataacagttgttaaattaaataggaatgagaagttcaggg acattagaaagtatttacctgagcatgaagatgattacatggagtgcaaccttgctttgg tggctaatcaggaacaaccaactattatagaagttggagatgtttgctcatatggcaaca ttctcctaagtggaacccaaacagctagaatgcttaagtataactacccaaccaaatctg gattctgtggaggagtattatacaaggttggtcatatcattggaatacatgtaggaggga atggtagagatggattttccgctatgattttaagatcttacttcaatgaaaaccagggtc tcatcaagaataagactgatgttagtgttgcaggttttaacccggtacatgttccatcta aaacaaagttacaacccagtattttctttgatgtctttcctggtgataaagaaccagccg ttcttagtaagcatgatccaagactagagactgatttccacactgcattattttcaaaat actcaggcaaccagcaaattgagatgtcagataacatcaaagttgctgtagcccattatt cagcacagttatccacacttgatataaacccagcaccactgtcattagaagaatgtgtgt tcgggatagatggacttgaagccctggacttacataccagtgcaggatacccttacacca ctatgggaatcaaaaagaaagatctaataaacactaaaactaaagatgttactaagctta aagaagtgatgaataaatatggagtagatctcccaatgataacatttctaaaagatgaac ttaggaagaaagacaaaattgtggcagggaagactagagttatagaggccagcagtatca atgacacagtacaatttagaatgacttttggtaggctttttcaagcattccataacaatc caggcatagtcactggttctgcagttggatgtgaccctgacactttttggtcaaaaattc cacttatgcttgatggagaatgtcttatggcttttgattactctaattatgatggaagtt tgaacccagtgtggtttcaagcactaaaggaaatattgcagaatctggggtttgagtca- --aagcttattgatagattgtgcaattccaaacacatcttctcctctcaatattatgagg tggaaggtggaatgccatcaggttgtgcaggaaccagcatcttcaatactatgattaata atgtaattataaggactttagtattagatacatatagacatattaatctagacaaattaa agatccttgcttatggagatgatgtgcttttctgttatccatacaaattggatatgtctg aattagctagtgaaggaaggaagtatggtcttaaaatcactccagcagataaatcagaaa aatttatagatttgagttatgaaaatgccacgttcctgaaaagaggattccaaccagacc aaaaacattcatttcttatacatcctacttttccaatttctgaaatacacaactcaatca gatggaccagaagcccccgaaacatgcaagagcatgttttgtctttatgccaactcatgt ggcacaatggagaggaagcataca-aggaatttgtgtgcaagatacgcagtgttagtgct ggtcgcgcactgtatatccctccatttgaagtgctcagacatgagtggtatgataaattt taaa-------------tag---atatag---ag-------------------atattaa ttgcc-tgtagattag------------------tatttttat----------------- ------------------------------------ >MN369037.1 Human rhinovirus A41 strain SC9861, complete genome --------taaaactgggtttgggttgat-cccacccaaaccacccatgtggtgta---g tacactgttatttcggtaactttgtacgccagtttt----------------------at -c----------t-c-ccc-------------ttcccc-ct------------------- ------tcgtaac----ttagaagt-a-acacat------aa-tgaccaatagc-gggca atcat-ccagattg-t----c-actggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttca--ga ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacagtttgaatcgttacccgcaagatgcctacgc agaacctagtatca-cactga-aa-gattcttggttggtcgttcagtta------catcc cc-agtaacagacctggcagatgaggctagaagttccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--atttg-ggt----------gtgaagcctag-aattgg acagggtgtgaagagtcgagtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccgcagccattgcccacaaaccagtgggtttatggtcgtaatgagcaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cttatt- -----atttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gata----catatat tgacaccatgggcgctcaggtttctagacagaatgttggaactcactcaactcaaaattc agtttcaaatggctcaagtctaaattactttaacatcaattatttcaaagatgcagcatc aagtggtgcctccaaattggaattctctcaagacccaagcaaattcacagacccagttaa agatgtattagagaaaggaattcccactttacaatctcctacagtggaagcatgtggcta ctcagatagaattatacagatcacaagaggtgactccaccattacctcacaggatgtggc taatgcagttgttggctatggggtatggcctcattatctaacatcacaggatgctactgc catagataaaccaaccaggcctgatacctcttccaatagattttacacattggaaagtca attgtggactaatacttcaaagggatggtggtggaagttgcctgatgccttgaaagatat ggggatttttggagagaatatgttctaccattttttgggtaggagtggttatactgtaca tgtgcagtgcaatgctagcaaattccatcaaggaactctactgatagcaatgataccaga acatcagctggccactgctgtaggtggcagtgtctctgcaggatacaactatacacaccc tggtgagaagggtagagatgttggaaagatggaccgt-----------gaaagaaatg-- -atcggcaacctagtgatgacagctggctgaattttgatgggacactactaggaaatttg accattttccctcatcaattcatcaatcttaggagcaataactcagctaccattatagtc ccatatgtaaatgcagttccaatggactccatgcttagacacaacaactggagtttggtt attatacccatctgtgaactcaaatgtgatactactgct---gcaa---ctgtacccatc acaatatcaattagccctatgtgtgctgaattctctggagctagagccaggaatgtt--- ---------------------------------------a------cacaaggtcttcca acactattaacacctggatctggacagttcttaacaacagatgactatcaatctcccagt gcattgccatggtaccaccctaccaaggaaatttcaatcccaggacaagttcaaaattta atagagttgtgtcaagtagataccatgataccaatcaataacactaatacaaat---att agagataaaagcatgtatacaatcagacttggtggagagacagata------tcaaggaa gccatttttgcgatgagagttgatatcgcctctcagcccttagcaactacattaattggg gagatagctagttattacacacattggacaggaagtctccgtttcagcttcatgttttgt ggttctgccttcacaacactcaaactgctaattgcatacacaccaccaggaattgatgtc cctagcactagaaagcaagccatgctcggcacacatgtcatatgggatgttggacttcaa tctacaatatcaatggtagtcccgtgggttagtgctagtcattatagaaacacaacacca gacacatattcttcagctggttatattacttgctggtaccaaacaaatttaataatacct ccaaatgctgctccggtggctgatatgatatgttttgtgtctgggtgtaaagatttttgc ctacgaatggcaagagacacaaatttgcacaagcaaagtggtgtgatagaacaaaac--- ------cctgtagagaggtatgtagatgaagttctgaatgaggttcttgtagtgccaaat attagtgagagcaacccaaccacttctaactcagccccggcccttgatgccgctgagact ggtcatactagtaatgtgcagccagaggacatgattgagacacgttatgtccaaacttca caaaccagagatgaaatgagtatagaaagttttctaggtagatcagggtgtatacataag tccactctaaacatag-attacact----------------------------------- -gattatgatgac---tctattcataacttcaaaaagtggaaaatcagcttacaagagat ggctcaaatacgtagaaagtttgagctctttacatatgtcagatttgattcagaaataac aatagtgccaagtatagctggacagggtaatg------atgttggacatgttgttatgca atacatgttcgtaccacctggtgcaccccttccggagaaaagagatgattatacatggca atctggcaccaatgcatctgtgttttggcagtatggccaagtttaccctagattctctct accatttcttagcattgcctctgcatattatatgttttatgatggatatgaagaaggttc caca------aatgcacgttatggaacaacagtcacaaatgacatgggcacattgtgctt taggatagtaactgaagagcacactaacaaggtcaaagtcacaactagagtttaccacaa agctaaacatgttaaagcatggtgtcccaggccccccagagctgtggagtacaccaatgt acatgtcacaaactac------aagccaaaagctggcg------------------cag- --agcttgtagcttctgttaaacctagaga---------t---aatgttaga-------- ----------caag-ttagaa---------attatggacctagtgatatgtatgtgcatg ttggaaatttaatctacagaaacctacatttatttaactcagaaa---tgcatgattcaa tcttggtgtcctactcatc------tgatttagtcatttaccgaacaaacactataggtg atgactatattccatcttgtgattgcacccaggctacatattattgcaagcacaaaaata gatattaccctatcacagttaccagccatgactggtatgagatacaagaaagtgagtatt acccaaaacacatacaatacaatttactaattggtgagggaccatgtgaacctggagact gtggtggcaagctgctgtgtaaacatggtgtgataggaatcataacagctggtggtgaag gtcatgtggcatttattgatttgagacact------ttctttgtgctgaagaacaggg-- -tgtgacagactacatacacatgttaggtgaagcttttggtaatggatttgtagatagtg ttaaggaacatgttaatgcaataaatc------ctataaataatattagtaagaaagtta tcaaatggctgttgagaatcgtttctgctatggtaataatcattagaaattcttcagatc cccacactgttgttgctacattaacattaattggttgttctggatcaccatggagattcc taaaagaaaagttttgtaaatggacacaacttaactatgttcataaagaatca---gact catggcttaaaaaattcactgagatgtgcaatgcagcccgaggtcttgaatggataggca acaagatatcaaagtttatagaatggatgaagtcaa---tgttaccacaagcacaactca aggtcaagtacctaagtgagctaaagaaattgaatctcttggaaaaacaggtagaaa--- ---atttgagatgtgctgattcaaagacccaggagaaaattaagattgaagtagatactt tacatgatctatcctgcaaattcctcccgttgtatgctagtgaagcaaaaagaatcaaag tagtctacaataaatgtaataacattat------caaacaaaagaaaaggagtgagcctg tggcagtaatgatacacggctcaccaggaactggtaaatctatcacaactagtttcttag ctagaatgattacaaatgagagtgat------atctactctttaccacctgatcccaaat actttgatggttatgatcaacaaagtgttgttataatggatgatatcatgcagaatcctg atggtgaggatatgtcactgttttgtcaaatggtatctagtgtcacttttattcctccga tggctgatttacctgacaaaggaaaaccatttgattcaagatttgttctttgtagcacta atcattctcttttagctcctcctactattacatccttacaggccatgaatagacgatttt tccttgacttggatattgtggtacatgaaaattacaaggatggtcagggtaaattagatg tatcaagagcattcaaaccttgtgatgtagatactaaaattggcaatgcccgg---tgtt gcccgtttatttgtggtaaagcagtcacattcaaggaccgcaacacctgtttaaattaca cactaagccaaatttacaacttgattctggaagaggacaaaagacgaacgcacgtcgtgg atgtcatgtctgctatatttcaaggccccatttcca---------------------tgg aggttccacctccacctgccataactgacctcctacgctcagtgaagacaccagaggtca ttaaatactgtgaagacaataaatggatcattccagctgaatgcaaga---ttgaacgtg atctaaatcttgcaaacaatataatcactataattgcaaatataatcagcatagctggca tcatatacataatatacaaactattttgttcctttcaaggcccatattcaggtgagc--- caaaacccaaaactagagtccctgaa---aggagagtggtcgcacaaggacctgaggagg aatttgggcgatcactgatcaaacacaatacctgtgtggtcaccactgacaatggcaaat tcactggattagggatatatgataaactcatggtgcttccaactcatgctgatcctagta gcacaatttatgtgaatggtatctctactaaagttaaggattcttatgatctatacaaca aacagggcattaaattagaaattacagttgtagtgctagatagaaatgaaaaatttaggg acataagaaagtatataccagaaaaagaggatgattatcctgagtgtaatctagcacttg tggcaaaccaaccagagccaaccatcattaatgttggagatgtgatatcatatggtaaca tattacttagtggtaatcaaacagcacgaatgctaaaatatcattatcccactaaatctg gatattgtggaggtgtactttacaaaataggccaaatcatgggaatacatgtgggtggta atggtagagatggtttctcagcaatgctactcagatcttactttagtgagactcagggtg aaatagtgtcaacaaagaaagtcagtgagcttggtcttccaacaatacatacacctgcca aaaccaaattgcaacccagtgttttctttgatgtttttgagggaactaaagagcctgctg tgttgaccgaaaaggatccccgtctaacaactgatttcaatacagccttgttttccaaat acaaaggtaatgtcaaatgtgagatgtctgaccatatgagagtggccatttctcattact cagcccaattaatgacgcttgatattgaccctgcaaagatatctttggaagagagtgttt ttggcactgaaggtttggaggctcttgatttaaatactagtgcaggatttccatatataa gcatgggaattaagaaaagggatttgatcaataataacacaaaggacataacaaaactca gattggcacttgacaaatatggtgtagatttacctatggttacattccttaaagatgaac tcagaaagaaagagaaaatatctgctggtaaaactagggttatagaggctagtagtgtta atgatactattgcatttagagtcacttatggaaacttattttcaacctttcacaagaacc caggtatcataacaggatctgcagtgggatgtgacccagaaacattctggtcaaagatcc ctgtcatgcttgatggagaatgcataatggcttttgattacactaattatgatggtagta tacacccagtatggtttgaagctttgaaacaggtcctaactaatttatcttttgaagac- --aggttaattgatagattatgtaaatcaaaacatatatttaaagatacatattatgaag ttgaaggtggtgtgccatctgggtgctcaggaactagcatatttaacaccatgataaata atattataataagaactttagtcctcgatgcatacaaacacatagatttggataagctta agataatagcatatggtgatgatgttatcttctcatataaatacccactagacatggaag caattgcatctgagggagttaagtatgggttaaccataacaccagctgataaatcagaca ctttcaagaagcttgattatgacagtgtaactttccttaagaggggttttagacaggata caaaatattcttttctaatacatcctactttccctgtttctgaaatacatgaatcaatca ggtggactaaaaaaccctcacaaatgcaggagcacgtcttgtctttgtgtcatctgatgt ggcacaatgggcaggaggtgtaca-gagagtttgaaaggaaaatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtatattcctccttacgaactcctcctacatgagtggtatgaaaaattt taatt-------aact---a---atatag---aa-------------------ataataa --aca-attagttttt------------------tagttttata---------------- ------------------------------------ >MN749147.1 Human rhinovirus 1B strain 12J7, complete genome -------ttaaaactgggtgtgggttgtt-cccactcacaccacccaatgggtgtt---g tactctgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------cc ctcccttctccccct-cct-------------accctt-tt------------------- ------acgtaac----ttagaagc-t-ttaaac------atgagaccaatagc-aggca acttt-ccaggttg-t----c-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--cg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgatatcgttatccgcaaagtgcctacac agagcctagtagga-ttctga-aa-gatctttggttggtcgctcagctg------catac cc-agcagtagacctcgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacacctc-ttacgaggt----------gtgaagccaag-gattcg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccatagctcataagccaatgagtttatggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcat----t---ttttc-ctttta- ---tcaattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tatat--atatatat tggcatcatgggcgctcaggtatccagacaaaatgttggcacacactcaacccaaaattc agtatcaaatggatcaagcttaaattacttcaatataaattatttcaaggatgctgcctc aagtggtgcatctagattagatttttctcaagatccaagcaaattcactgatccagttaa agatgtcttagaaaaagggattccaacattacaatcaccatctgttgaggcttgtggtta ctcagataggattatacaaattaccagaggtgactcaacaatcacatcacaagatgtggc aaatgctgtggttggatacggagtctggccacattatttaacaccacaggatgccactgc catagataaaccaacgcaacctgacacatcatcaaataggttttatacattagatagtaa acattggactaatacttcaaaaggatggtggtggaaattgccagatgctcttaaagaaat gggcatctttggagaaaacatgttttaccatttcctgggtagaagtgggtatacagttca tgtgcagtgtaatgctagtaaattccatcaaggtaccttgttagtcgcaatgataccaga acatcaattagcaagtgcaaagcatggaagtgtgaccgttggatacaaactaacacaccc aggtgaagctggtagagatgtgagtcaggatcgtaac-----------ac---aagtt-- -taaatcaacctagtgatgatagttggctcaattttgatggtaccctgcttggaaattta ttgattttcccacatcagtttataaaccttagaagtaataattctgcaactataatagta ccatatgtaaatgctgtgccaatggattcaatgcttcgacacaataattggagcctagtc attataccaatttgttcattacgtagtgaaacttcatctactaata---tagtaccgatc actgtgtcaataagccctatgtgtgctgagttttctggtgcaagagcaaaaaatgtt--- ---------------------------------------a------aacaaggattacct gtatacatgaccccaggatctggacaattcatgaccactgatgatatgcaatcaccttgt gcgttaccttggtaccatcccactaaagaaatatctattccaggtgaagttaaaaacctt atagaaatgtgtcaagttgacaccttgattccagtcaataatgtaggcaacaat---gtt ggaaacattagtatgtatactgtgcaactggaaaacaaaacagata------tggcacaa aaagtcttttcaataaaagtagacataacatcacagcctttagccacaactttacttgga gagattgcaagttattacactcactggactggcagtctacggtttagttttatgttctgt ggaactgcaaacacaacacttaaattactacttgcatatacaccacctggtattgatgaa ccaacaaatagaaaagatgcaatgctaggaacacatgtcgtgtgggatgttggactgcaa tctactatatctcttgttgtgccatgggtgagtgctagtcattttagattaactgcagat aacaaatattccatggctggttatatcacatgttggtaccaaactaacctagtagtaccc ccaagcacaccacaaactgctgatatgttatgctttgtctctgcatgtaaagatttctgt ttgcgaatggcaagggacacagatttgcacatacaaagtggcccaatagagcaaaat--- ------ccagtagaaaattacattgatgaagttttgaatgaagttttagtggtgccaaat ataaaagagagtcatcacactacatcaaattctgctccacttttggacgctgcagaaacg ggacacaccagtaatgtgcaaccagaggatgctatagaaacaaggtatgttataacatca caaacaagagatgaaatgagtatagaaagtttccttggtaggtctggttgtgttcacact tcaaaaataaaagttg-attatact----------------------------------- -aactataatgga---gaaaacttaaactttacaaaatggaagatcacactacaggagat ggcacaaattagaaggaaatttgaattgtttacatatgtcaggtttgattcagaagtaac cttggtgccttgtattgctggtaggggagatg------acatcggacacgttgtaatgca atatatgtatgtccctccaggagctccaataccctcaaaaagagatgattttgcatggca atcaggtactaatatgtctatattctggcaacatgggcagccattccctagattttcttt accatttcttagtattgcatcagcttattacatgttttatgatggatatgatggagacaa ccct------tcttcaaagtatggtagtatagttactaatgacatgggtactatatgttc aaggatagttacagaaaaacagaaacaccaaattgttatcacaacacacatatatcataa agctaagcacataaaagcttggtgtcccaggcctcctagagctgtaccttatacacacag tcatgtaactaattat------aaaccagaaacagg---------------------tg- --atgtgagaacagccatagtccgcagaga---------t---gccataaca-------- -----------act------------------gctgggcctagtgatctatatgtgcatg tgggtaatctaatatatagaaatttacatctgttcaattctgaaa---tgcatgattcaa ttttggtctcatactcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactacaggtg atgattatatccctaattgcaattgtactgaggctacatattattgcaagcacaagaaca ggtattatccaataaaagttacttcacatgattggtatgaaatacaagagagtgaatatt accccaaacatatccaatacaacctgttaattggtgaaggaccatgtgaacccggtgatt gtggcggtaaactcctttgtagacatggtgttatcggcataatcacggcaggtggtgaag ggcatgtagcattcatagatcttagacaat------ttcaatgtgctgaggagcaagg-- -cataactgattacatacatatgctaggagaggcctttggtaatggttttgtagatagtg ttaaggaacagataaatgcaattaatc------caatcaataacattagtaaaaagatta ttaagtggttgcttaggataatctcagctatggtcatcataatcagaaactcctctgatc ctcaaacaatcatagcaaccttaacgcttattggttgcaatggttcaccatggaggtttc ttaaggaaaagttttgcaaatggacccaattgacttacatccacaaagaatct---gatt catggttgaagaaattcactgagatgtgtaatgccgcacgtggtcttgaatggattggta acaaaatttcaaaatttatagattggatgaagtcaa---tgttacctcaagctcaattaa aagtcaaatatttaaatgaaatgaagaagctcaatttgcttgaaaaacaaattgaga--- ---atctacgtgcagcggatagtgcaacacaggagaaaattaaatgtgaaattgacactt tacatgacttatcatgtaaatttctccctttgtatgcacatgaagcaaaaagaatcaaag tactatataacaaatgctctaacataat------caaacaaagaaagagaagtgagccag tagctgtgatgatacatggaccacctggcactggcaaatccataacaactagtttcttag ccagaatgataacaaatgaaagtgat------gtgtactcattacctccagatcctaaat actttgatggttatgacaatcagagtgttgtaattatggatgacattatgcagaacccag atggggaggacatgacactattctgtcagatggtttcaagtgttacgtttataccaccta tggctgacttgcctgataagggcaaaccatttgattcaaggtttatcttgtgtagtacta accactcacttttggccccacccactatatcttcattacctgcaatgaacagaagatttt tctttgacttggatattgtggtacatgacaattacaaggatgtgcaagggaaattagatg tatccaaggcttttcaaccctgtgatgtcaacaccaaaattggtaatgcaaaa---tgtt gtccatttgtatgtggcaaggcagttacatttaaagatcgtagtacttgctcaacataca ccttagcccaagtttataatcatattttagaagaagacaagagaaggagacaggtagtag atgtcatgtctgcaatattccaagggccaatttctt---------------------tgg atgctccaccaccaccagctatagcagacctactacaatcagttagaacacctgaagtaa ttaaatactgtcaagataataaatggattgttccagcagagtgtcaaa---ttgagagag atttaaatatagccaatagcataataactatcatagcaaatataataagtatagctggta tcatatttgtaatttacaaattgttttgctcattacaaggaccatattcaggtgaac--- ctaaacctaagactaagatgcctgaa---agaagagtagttgctcaaggtccagaggaag aatttggaaggtcaattcttaaaaataatacttgtgttatcactacaggtaatggaaaat ttacaggccttggtatatatgatagaattctaatcatcccaacacatgctgatccaggta gagaggttcaagttaatggtgttcacactaaagtcttagattcatatgatctttataata gagatgggattaaacttgaaataacagttatacaattagacagaaatgaaaaatttagag atatcagaaagtatatacctgaaacagatgatgattacccagaatgtaatttagcactct cagctaatcaagatgagccaactataattaaagtaggagatgtggtatcttatggtaata ttttacttagtggaaatcaaacagctaggatgcttaaatataactaccccacaaaatcag ggtattgtggaggggtgctatataaaattggccaaattcttggtattcatgtgggcggaa atggaagggatggtttctcagctatgttacttaggtcatactttacagatacccaaggcc aaattaaaatcaataaacatgctactgaatgtggtcttccaaccatacatactcctagta aaaccaaacttcagcctagtgtattttatgatgtttttccaggttctaaggaaccagctg tgctcacagataatgaccctagattggaagttaattttaaagaagctttattttccaaat ataaaggtaatgtagaatgtaatttaaatgaacacatggaagtcgctgttgcccactact cagcgcaattaatgacactagatattgattctaaaccaatagcattggaagatagtgtgt ttggaatagaaggacttgaggctttagatttaaataccagtgcagggtttccttatgtta caatgggtattaaaaagagagacctaataaataacaagacaaaggacatatctaggctta aagaggctctggataaatacggagtcgatttacccatgattaccttcttaaaagatgagc ttaggaaaaaagagaaaatcttaacaggtaaaactagagttatagaagcaagtagtgtaa atgacaccatattgtttagaactacttatggtaatttgttctctaagtttcatttaaacc caggtgttgttactggttctgcagttggatgtgaccctgagaccttttggtctaagattc cagtcatgctagatggagattgcataatggcttttgactatacaaattatgatggtagta tacaccctgtctggttccaagctttaaaaagggtccttgaaaatttatctttccactct- --aatttaattgacagattgtgttattccaaacacttattcaaatcaacatattatgaag tggagggtggagttccttctgggtgttctgggacaagcatattcaatactatgattaaca acattataataagaacactggtcttagatgcatacaaaaatattgatttggacaagctta aaataattgcatatggtgatgatgtgatcttctcttacaaatatactcttgatatggaag ctattgccaatgaaggaaggaaatatggacttacaataacaccagcagacaaatccaatg aatttaaaaaacttgattataataatgtaacttttcttaaacgtgggtttaagcaagatg agagacatacatttcttattcatcctacatttccagtagaagagatatatgaatcaatta gatggaccaaaaaaccttcacagatgcaagaacacgtgctatcactatgccacctaatgt ggcacaatggacgtaaggtgtatg-aggatttctctaacaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtacatcccaccttatgatctattgagacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ataatga --atg-agtgattctt------------------tacttctat----------------- ------------------------------------ >DQ473504.1 Human rhinovirus 88, complete genome -------ttaaaactgggagtgagttgtc-cccactcactctacccacgcggtgtt---g tacactgttattacggtaactttgtatgccagtttt----------------------tg ------------ttc-ccc-------------tatcccccttt----------------- -----aaagtaac----ttagaagc-atgaactt------ac-agaccaaaagg-tgatg atcac-ccagatca-t----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg aggatatgctttacccaaggc-aaaaaccttaaagatcgttatccgcacattaactacgc aaagcctagtatcg-cctttg-at-gtattaagactggtcgttcc-ctg------catac cc-agcagtagacctggcagatgaagctggacgttccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgctcaccc--atttg-ggt----------gagaagcctta-ttattg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttaatgt--gaatcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccccgcagccgttactcacaatccagtgaaatgacggtcgtaacgcgaaagt gtgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct---at---ttttt-ccttaa- ---tgtgtgttatatggtgacaa-tttat-a-g--------cg----------tataagt tgtcatcatgggcgcacaagtatctagacagaatgttgggacacactctacacaaaatgc agtgactaatggatctagtctcaattattttaacatcaattactttaaggacgctgcttc aagtggtgcttctagattggacttttcccaagatcctagcaaattcaccgatcctgttaa agatgttttagagaaaggcattccaaccctccaatccccatctgttgaggcgtgtgggta ttcagacaggttaatgcagatcacccgtggggattctacaataacatcacaagatatagc taatgcagtggttggttacggtgtgtggccatcatacttgacacctgatgatgctactgc cattgataaaccaacacaaccagatacttcatctaataggttttacactttggagagtcg cacctggacaactgcttcgactggatggtggtggaaattacccgatgctctcaaaagtat gggtatatttggtgagaatatgttttaccattttctaggaagatctggttatactataca tgtacaatgtaactccagcaaatttcaccaaggtttgttaatagttgctgctattccaga acaccaacttgcttctgcattgactggaaatgtttcagttgggtataaacacactcatcc aggtgaacaaggcagagaaatatcgtccaatcggtct-----------tctgaagaca-- -atagaaggcccagtgatgatagctggttaaactttgatggcacattacttggaaaccta cccatttatccacatcaatatataaatttaaggactaataactcagccaccctcattctc ccatacgtcaatgctgtcccaatggactctatgcttagacataataattggagtttggtg atcataccaatatgtcctttacaggttgaaatgtcaggaacgcaaa---ctgtacctata acagtgtcaattagcccaatgttttcggaattttcaggacctagaaataaggttgtat-- -ttaa------------------------------------------tcaaggttttcct gtcatgcttacacctgggtctggtcagttcttaacaactgatgacatgcaatctccgtct gcattcccgtatttccacccaacaaaggagatattcatacctggagaagttaaaaattta gtagagatgtgccaggttgatacacttatcccagtcaacaacacagaaggtaat---gtg aaatctgcaaacatgtacactgtccatttagctactcaagataatc------atgcacaa gaagttttctcaataccagttgatgttgcatcacaaccattagctactacttatcttgga gaaatgagtagttactttacacactggaccggaagcttacgtttcagcttcatgttttgt ggttctgctagtacaacactgaaattactgctggcatacacgccccctggcgtaggaaaa ccaacatctaggagagaagcaatgcttggcacacacttagtctgggacgtggggttgcaa tcaactgcttcactggtggtaccatgggttagtgctagtcattttagattcaccactcct gacacatactcttctgctggttacatcacttgctggtaccagactaactttgtagtcccc cctggtacaccaaagaatgcaaagatggtctgtatggtttcagcttgtaaggatttttgc ttaagattggccagagatactaacttacacatgcaggaaggtgtacttacacaaaat--- ------ccagtagaaaactatgtagataacttgttaaacgaagtgctagtagttcctaac attcaacctagcacatccgtttcaagtcactctgtgccagctctggatgctgcggaaaca gggcatactagttctgttcaacctgaagatatgatagaaactagatatgttataacagat caaacaagggatgaaaccagcattgaaagctttctgggtaggtctggatgcatagcaaaa attaaacttgacacaa-atgaaggt----------------------------------- -gattacgacaca---ataggtgttggatttgtaacatggaagattagcttgcaagaaat ggcacaaatcaggagaaaatttgaattgtttacatacactagatttgactcagaaataac aatagtcacagcagctgcagcacaaggtgatg------atactggacatatagtactgca attcatgtatgtgcctccaggtgcaccaattcccaagaaacgtgatgattacacatggca gtcaggaacaaatgcatctgtgttctggcaagaaggacaaccatacccaagatttaccat tccctttatgagtattgcatcagcttactatatgttttatgatggatatgatggtgatga tgca------tcatctaggtatggctcagtggtaactaatgatatgggaactatatgtat tagattggtcacctccacccaaaagcataaactgaatatcattagccgtatatatcacaa ggctaaacatataaaggcatggtgtccacgcccaccaagagccgtaccttatcagcacac acactccaccaattat------gtaccaaaagatgg---------------------gg- --aagtagcaactcaaatcaaaaccagacg---------a---gatgtttac-------- -----------actgttacca---------ctgctggtccatccagcatgtatgtacatg taggcaacttgatctacagaaatctccatctatttaattctgatc---ttgatgaatcta ttcttgtttcatactctag------tgatctaatcatttaccgaacaaacacaaaaggcg atgatgtgattccaaactgtgattgcactgattgtacatactattgtcatcacaaagaca ggtattatccaattaaagttacctcccatgattggtacgaaattcaagaatcagaatact atccaaaacacatccaatataatattttaattggagaagggccttgtgaaccaggtgatt gcgggggtaaacttttatgcaaacatggtgttattggaatagtgacagctgggggcgaag gccatgttgcttttattgatcttagaaagt------ttcaatgtgctgaagaacaagg-- -aatctcagattatgtggaacaccttggccaagtctttggcgttggctttgtagatagta ttaaacagcaaataaactttatcaatc------caaccagtaaaattggctcaaaagtaa taaagtggctgcttagaatagtttcggctatgattataatgattagaaatagctcagatc ctcaaactatagttgctaccttaactttacttggttgctcaggttcaccatggagatttc taaaagaaaaattctgttcatggctccaacttaattatgtgcataaagagtct---gatt catggcttaagaaattcactgaagcttgtaatgcagcacgtggtttagaatggattggac aaaagatatctaaattcatagattggattaagagta---tgttaccacaagctcaactta aggttgattatttgactaaactcaaacaactaaatcttttagaaaaacaaatagagt--- ---caattaggcttgctccatcctgtgaccaagaaaaaattttcaatgaaataaacacac tccatgatctatccctcaaatttttaccactatatgcttctgaagcacgtagaattaaga atttgtatattaaatgcaacaacattat------caaaggtggaaaaaggaatgagcctg ttgctgtgctcatacatggctctccaggaactgggaaatcacttgcaacatctgtacttg ctcgaatgttaactgtagaaactgat------atctattctcttcccccagatccaaaat attttgatggctatgaccagcaaagtgttgttattatggatgacatcatgcaaaacccaa atggtgaagacatgacattattttgtcagatggtatctagtgtcccttttataccaccca tggcagatcttccagataaaggaaaaccatttacatcaaagtttgtgcttgcaagcacta atcacaccttgttgactccaccaactgtatcatcactaccagccatgtcacgaagatttt actttgatttagatatccaagttaagaaagaatacctcatgggt---ggcaaattagaca tagcaaagagctttagaccatgtgatgttgatattaaaataggtaatgctaaa---tgtt gtccattcatatgtggtaaggctgttgaatttaaggatagaaacacttgtgccacattat ccttatcccagctatataaccacattagggaagaagacagaagaagaagcagtgcagctc gggcaatggaagccatatttcaagg---tatagacc---------------------ttc aatcacctccacctccagctataactgatcttctcagatcagtcaggaccccagagatta ttaaatactgtcaagataataattggattgttccagctgagtgttcta---ttgaaagag atttagggttagcaaatttaactattagtataatagctaatgtagtgtctatagtaggta ttatttacataatttacaaattattttgtactcttcagggtccttattcaggtgaac--- ctaaacccaagactagagctccagag---agaagagttgttacccaaggtccagaagaag aatttggccgctcactacttaaacacaactgttgtactgtgacaactgacaaaggtaaat ttactggtcttggtatctatgatcagatcatggttctcccaacacattcagatccaggtt ctgaagtgatgatagatggtgtgaaaataaaggtcttagattcttatgatttacataatc atgaaggtgttaaattagaaattacagtcattaaattagcccgtaatgaaaagtttaagg atatcaggaaatatttacccacccgtgaggatgattaccctgcttgtaaccttgctttat tggctaatcaagatgagccaacaattctgaatgtaggagatgcaatatcttatggaaata tcttactgagtggaaccaatacagcacggatgatcaaataccactacccaacaaaagctg ggtactgcggtggtgtgctgtataaggtgggctctattcttggcatacatgttgggggta atgggagagatggtttttctgcaatgcttcttaaatcttattttaatgaaactcaaggtt taatcactaaagaacttcctgtgtcagccaaaaacttaccttctatccatgtgtcgtcta aaactcgcttacaacctagtgtgtttcatgatgttttccctggaacaaaagaacctgctg ttcttagtgatagagatcctagattagaggtagatttcaactcagcactcttttctaaat acaaaggtaatgccgattgtccattaacttcgcacatgaaggtggctgtagcgcactatg ctgctcaactctcaactcttgacataaaccctcagcctctctcgctagaggagagtgtat ttggcatagaagggcttgaggccttagaccttagcactagtgcaggttttccttatgtct cattagggataaaaaagaaagatcttatagacaagaaaacaaaagatattacaaagctga aaaaagcaattgatgaatatggccttgatttacctatggtgacttttctaaaagatgaac ttcggagaaaagaaaagatcaaagatggaaaaaccagagtcatagaagcaaatagtgtaa atgatactgtaatatttaggagtgtgtttggtaatcttttctctgcttttcataaaaatc caggtgtggtcactggatcagcagtggggtgtgatcctgaagtgttttggtcaactatac cattaatgttagatggagagtgtttaatggcttttgattattcaaattatgatggtagcc tgaatcccatatggtttaaatgtcttaaaatgcttttagaagatattgggtttccctct- --caattaattgaccaaatttgtaattctaaacacatatacaaatccaaatattatgagg ttgaagggggtatgccatctggatgtgctggcactagtatttttaatacaatcataaata atattataattagaaccttggtactagatgcatacaaaaatatagatctagacaaactta agattttagcatatggagatgatgttatattctcttacaatttcaaattggacatggcaa ttcttgctaaagagggagagaaatatggtctaacaattactcctgctgataaatcaaacg tttttcaagaattgacttacaataatgtaacatttctaaaacgagggtttagggctgatg aaaaacactcattcctcatacatcccacctttcctgtggctgaaatctatgactccatca gatggacaaaaaacccttcatgcatgcaagaacatgtactatcattgtgccatttaatgt ggcataatggtaggcatgagtatc-agagctttgttgaccgtatacgcagtgtatccgct ggccgtgcactgtatataccagcttatgaagttcttgagtatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctactga atgta-gctagtttgt------------------tagttttac----------------- ------------------------------------ >DQ473507.1 Human rhinovirus 53, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgct-cccacccagattacccaagtggtgta---g tactctgttattacggtagctttgtacgccagtttt----------------------at ------------cac-ccc-------------tccccacaa------------------- -------tgtaac----ttagaagt-t-ttacact----tac-agaccaatagg-atgtg attat-ccaaatca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttag--at ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacagatctgatcgttatccgcaagatgcctacgc aaagcttagtagcg-ctctga-at-gctttttggctggttgttccacta------caaac cc-agtagtaaacctggcagatgaggctagaagttccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaat-cagttg acagggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacccgcagccaaggtgtgcaaaccagcacattcttggtcgtaacgagtaatt gtgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----t---ttatt-ctttta- ----caa-tgcctatggtgacaa-tatat------------------ag----tatatat tgtcattatgggcgctcaggtatccagacagaatgttggtacacacagtacacaaaatgc agtgactaatggttcaagtttaaattacttcaacattaattactttaaagatgctgcatc cagtggagcctccagattagatttttcacaagacccaagtaaatttactgaccctgttaa agatgttcttacaaaaggtatcccgactttgcaatccccttctgttgaggcgtgtggtta ctcagatagaattatccagataacccgagggaactcaacaataacttcacaggatgttgc aaatgctgtagtggcttatggtgtatggccagagtatttatctgctcaagatgctagtgc catagataaaccttcacaccctgatacatcatcaaataggttttatacattagagagtaa aaactggacaaacacatctaaggggtggtggtggaaacttccagacgcgcttaaaaacat gggcatctttggagaaaacctcttctaccacttccttggaagggctggatacacggttca tgttcaatgtaatgctagtaaatttcatcaaggaaccttaatagttgcagcaatcccaga acatcaattagcctttataaagagtggaaatgttacagttggttacaaatatacacatcc tggagaacaaggcagagaaatagggacttttggggag-----------aatagcgtatta gacagacaacccagtgatgaaaattggttgaattgtgatggcaccctccttgggaatatc acagtgtatccacatcagtatatcaaccttagaagcaataattcagctacattaatactt ccctatgtgaatgcagtaccaatggactctatggttagacataacaattggagtatagtc ataattccaatatctaaattggtgtcagtaggtgggacag---cat---atgtacccata acaatatccatcagtcctatggcatcagaattctcaggagctagaaat------------ ---aat------------------------------agtc------ctcagggtctacca gtcatgttaacccctggttcagaacaatttctaacaactgatgatgcccagtcaccttct gctttgccctatttccatccaactaaagaaatctttattccaggtagggtcactaatctg tcagaaatttgtcagattgattcaatgattcccataaataacacccatggggtc---aaa aatacagtaaacatgtatacggtacaagttcaagaacaaaccactc------cggcaaaa gaggtatttgccataccagtggatgtagcttcacaacctttggccacaacactgatagga gaaatagctagttactacactcattggactggaagtgtcagatttagttttatgttctgt ggtacagctaatactagccttaaattactcattgcatacacaccccctggggtccccaag ccaaccagtagaaaagatgcaatgctctctactcatgtagtatgggatgttggactgcaa tctacaatgtccatggtagtaccatgggtttcagcaagtcactacaggtacacaactcct gatacatattcaaaggctggatatatcacatgctggtatcagacaaattttatagtccct cctagcacacccaactcagcagatattatatgttttgtatcaggatgtaaagatttttgc ttaaggatggcaagagatacaaatctacatacacaagtaggagcaataacacaaaac--- ------ccggtagagaaatacacagaggctatcttaaatgaagtattagtagtcccaaac attaatgcaagcaatccacaaacttcaaattcagcaccagcactagatgctgcagaaacg ggtcatacaagtcagacacaacctgaggacatgctggaaactagatatgtcatcacagac caaacccgggatgaaatgagcattgaaagtttcttaggcagatcaagttgcattgctgag atccataccaatttag-accatact----------------------------------- -ggatacaatgag---cctgggaaaaaccactcagaatggaagattacactcaaagaaat ggcccagattagaagaaaatgtgagatgttcacatatcttagatttgattcagaaataac tatagtggtatcagtggctagtaaacaaggga------ataacgggcacgtggtgataca atacatgtatgtaccaccgggtgctccaatacccaaaaccagagatgattatacctggca atctggaactaatgcttcagtcttttggcaacaaggacaaccataccctagattcacaat ccctttcatgagtattgcgtcagcatattatatgttctatgatgggtatgaagatgacaa t---------ggcaccacttatggggctgttgttactaatgatatgggaacactttgtgt gcgcatagtgactgagcaacagaaaaatgaggtcaagataaccagtaggatttatcacaa ggctaaacatatcagtgcatggtgtccaagaccaccaagagcagttgcatatcaacacac atatagcccaaatttt------gtaccgcaaacagg---------------------aa- --cagttgaaactcacattaagttcagacc---------t---gatgttaaagatgta-- -----------aca-tcagta-----atgacagcaggtccatcagatttgtatgtgcact ctagtaattttatttataaaaacttgcacttgtgtgaaccagaaaacctaaatgattcag tcctaatcagttactccag------tgatcttgtcatttaccgcacaaatactacaggtg atgacataatcccaacatgcgactgtacactaggtacttactactgtaaacataaggata gatattaccccattagtgtgacaaaacatcagtggtatgaaatacaagaatcagaatatt accctaagcatatccaatataacatattattaggtgtaggaccctgcaaaccaggtgatt gtgggggcaagctcctctgcaaacacggtgtgattggtataataaccgctggaggtgaca atcatgtagctttcatagatcttagagact------ttcaagttgctgaggagcaagg-- -aataccagaatacattcattcccttggcgaagcttttggctctggatttgtggataaca tcaaggatcagatccaaactattaatc------caattaacaagatatctagtaaaatag ttaaatgggtaataagaatcatttcagctatcactataataatcagaaacaatgctgacc cacatacaatagtagccacattagctctgttaggttgctcaggttcaccatggagattta tcaaggagaaagtttgtggatggttgcaacttaactatatacataaggaatct---gatg ggtggataaagaaattcacagagatgtgtaatgctgctagaggtcttgagtggttaggta acaaaatatccaaattcattgattggctcaagtcta---tgttacctcaagccagattaa aggtggattttattaaaaaccttaaacaattaccattattagaaaaacaggtagatg--- ---ggttgagacttgcaacacaaaaacagcaacaggagtatattgatacccttaccctaa tgttggattcatcaaataaattcttacccctttatgcacttgaaaacaagcgaatcaagg aactactcaagaggggccagatgattct------tcgcacatctaagagaactgaaccag ttggtgttatctttcatggtgagccagggacgggaaaatcaatcacaacatctatccttg cccgaatgcttacctcagaatcagat------atttactcactacctccatcacccaaat attttgatgggtatgatcaacagagtgtagtcatcatggatgatataatgcaaaatccca gtggagaagacatgtccttattctgtcaaatggtatcatcagtaccatttataccaccta tggcagatctaccagacaaaggaaaaccattctcttcagactatgtacttgctagcacta atcatactctactccaccctccaacaattacatgcacaacagcaatgaataggaggtttt tcttggatttagatatcattgttaaagatgattataaattaggtcaaggcaaactaaatt tacagtgtgcactcaaaccatgcaaggaaggg---aaaattggcaatgcaaaa---tgtt gcccccttatttgtgggagagccttacaatttagagatagaagtaatggagaacacttgt cccttgccacaatatataataggatcacacaggaaagcaaaaacagaaaggagttaacaa actcactgcaggcgattttccagggaccaattgatattg------------------tga acaaaccaccaccaccagctatagtagatttacttaaatcagttagaaatccagatgtaa ttagatattgtgaagaaaataaatggataattccagcagattgtaaac---ttgaaaggg atctcaactatgctaatgtaataatatctatgattgccaatgtaattagtataatgggtg tgatttatattatatacaaactattctgctctttgcaaggaccatattcaggagaac--- caaaaccagtaacgaaaaaaccagag---agaagggtggtcacacaagggcctcaggagg aatttggacgaagcctaatgaaacataatacatgtgtggtcacaactaacaatggaaagt tcaccggtttaggtatctatgacaacgtaatgataataccaacacacgctgatgcaggtc aggaggtggaagtggatgggattaagaccaaagtcagtgatgcatatgatttatacaaca cacaaggtgttaaattagaaatcacagtgttaaaactaaacaggaatgagaaattcagag atattaggaaatacattccagagagtgaagatgattacccagaatgctgcttggcactag ttgcaaatcaggtagaacccacaattttagaagttggtgattgctgttcatatggaaaca tcttattaagtggtaatcaaactgctaggatgatcaaatacaattaccccactaaatcag gtttttgtggcggggtcttatataaaataggcttgatcttgggtatacatgtgggaggca atggaagagatggtttttctgcaatgttattaagatcttactttaatgaacaacaaggga aaattgtgtcaaaagctgaagtgaaagaacataatctatatagcatacacactcccacta agactaaattacaacctagtgttttccatgatgtgttcccaggtagcaaagagcctgctg tattatccacaagagatccaaggttagaggtagatttggacagctctattttctcaaaat ataagggtaatgaggcagtaaaaatttctgaaaacatgcttgttgctgctgcgcactaca cggcccagttgacaacactagatattgacccacagccaattagtctagaggatagtgtat atggaattgagggtttagaagcattggatctccacaccagtgctggatacccatacacgg ctcatggaattaagaagaaagatcttataccaaaaga---taaaaatttgacaaaactta aaattgctatggagaagtatggattggacttaccaatgataacatttctcaaggatgaac ttagaaaaccagagaaaattagtgcaggaaaaactagaataatagaagctagtagtttaa atgatactgttcagtttagaatggcatttggtaatctcttttctaaattccacaaaaacc caggtattgtcactggatcagcagtggggtgtgatccagaggtgttttggtcaaaaattc cagttatgctggacggggattgccttatggcatttgattattccaattatgatggcagtc tgaatccagtgtggtttgagcttcttgagagagttttaaatgatctcggtttccctgga- --aaattagttaataaattgtgccactctaagcatatctataaaacaacatactatgaag tagagggtggaatgccatcaggttgtgctggaaccagtatattcaattcaatgattaata atattataattaggacattagttttagacacttataaatatattaatctggacaagttaa aaatacttgcatatggtgatgatgtgttattctcttacccttatgatttggatatggcag aactagctaaagaaggtaacaaatatggtctgacaatcacacctgcagataaatcagaca aatttgaaaaattaaactatgaaaatgcaacctttctgaaacggggctttaaacaagatg acagatataaattcttaatacatccaatttacccagaaagtgaggtttgggaatccatta gatggacaaagaatcccagaaatatgcaggaacatgttctttccctgtgtcaccttatgt ggcataatggtaaagacaaatatg-attcattcgtgaacaagatcaggagtgttagtgct ggtcgcgcactctatatcccaccgtatgaactcttgttgcatgaatggtatgaaaaattt taaa-------------cag---atatag---aa-------------------agtataa --atgaggtagtttat------------------agtttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445117.1 Human rhinovirus 13 isolate F03, complete genome -------ttaaaactgggtctgggttgtt-cccacccaaaccacccacgcggtgta---g tacactgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-cca-------------cccccc-tt------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-atgcac------ac-tgaccaatagt-gggca atcat-ccagattg-t----c-atcggtcgagca-cttct-gttt-ccccggtttg--ag ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaactcagatcgttatccgcaagatgcctacac agaacttagtacca-ttctgg-aa-aattcttggctggtcgttcaatta------ctacc cc-agtaatagacctggcagatgaggctagaagttccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct-tctgg-ggt----------gtgaagcctag-aattgg acagggtgtgaagagtcgcgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccctgcagccattgcccacaatccagtgggtttatggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cttatt- -----atttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gata----catatat tgacaccatgggcgcccaagtttctagacagaatgttggaactcactcaactcagaattc agtttcaaatggttcaagcctaaactactttaacatcaattattttaaagatgcagcatc aagtggtgcttctaaattagagttttcacaagatccaagtaaattcacagatccagttaa ggatgtattagagaaaggaatccccactttacaatctccaacagttgaggcatgtggtta ttcagataggatcatccaaatcaccagaggcgactctactataacctcacaggatgttgc taatgcagtcgttggatatggcgtatggccacattatcttacaccacaagatgctactgc catagacaaaccaactaggcctgacacttcctctaataggttctacacattggaaagtca gttgtggactgctgaatccaaaggttggtggtggaaactacctgatgccttaaaggacat gggaatctttggtgagaacatgttttaccactttttgggtagaagtggctataccgtaca tgttcaatgcaatgccagcaaatttcatcagggaactctcttaatagcaatgataccaga gcatcaattggccactgctgctggtggaagtgtttctgcaggatataaatacacacatcc tggtgagaaaggtagggatgttggcaagacaggccga-----------gagagaaatg-- -accgacaacctagtgatgataattggttaaattttgatggaactctcttgggaaacctg accatcttcccacaccaatttatcaatctcaggagcaacaattcagctaccatcatagta ccatatgttaatgcagtaccaatggactccatgcttagacataataactggagcttagta atcatacctatctgtgaactcaaatgcaataacactgct---gtta---ctgtacctatt acaatatctatcagtcctatgtgtgctgagttctctggtgccagagctagaaatgtt--- ---------------------------------------a------ctcaaggattgcct acactgctgacacctggatcaggccaattccttacaacagatgatttccaatcccctagt gctttgccatggtatcacccaactaaagaaatttcaattccagggcaagttagaaattta attgaattgtgtcaagttgataccatgataccaattaataacaccaatgatact---att agggacaagagtatgtacacaattagacttggtggtgtgacaaatg------ctaaggaa gccattttcgccatgagagttgatattgcatcccaacctttggcaactacaatgattggc gaaatttctagttattatacacattggacagggagcctccgattcagttttatgttttgt ggctctgcttttacaacacttaaattgcttattgcatacacaccaccaggaatcactgtt ccagagaataggaaaaaagctatgcttggcacacatgtcatatgggatgttggacttcaa tcaactgtgtcaatggtggttccatgggttagtgctagtcattatagaaataccacacca gatacctattctgcagctggatacatcacttgctggtatcaaactgacttgattacacct ccaaacacagccccagtagctgacatgatatgttttgtgtcaggatgtaaggatttctgc cttcgcatggcaagggataccaacttgcataaacaaagtggggttatagcacaaaat--- ------cctgttgagaggtacgtagatgaagtcttgaatgaagttcttgtagtaccaaat attagtgaaagtaagccaaccacatctaattcagccccagctttggatgctgcagaaact ggccatacaagtagtgtacaaccagaggacatggttgaaacacgttatgttcaaacttca caaactagggatgaaatgagtgttgagagttttctaggaagatctggctgtatatacatg cataccatgaacatag-attatgat----------------------------------- -gcttatgatgat---tctgttaataattttgtgaaatggaaaataagtttgcaagaaat ggcccaagtgcgaagaaaatttgagctgtttacctatgtaagatttgattcagaaataac aattgtaccatgcatagctgggcaaggtggtg------atgtcggacatgttgttatgca atacatgtacgtaccacccggtgcaccccttccaacaaagagaaatgactacacatggca atctggtaccaatgcatctgttttttggcagcatggccaaatctatcctcgattctcgct accatttcttagtatcgcttctgcatattacatgttttatgatgggtataatggagactc caca------gatgcacgttatggaacaacagtcactaatgatatgggcacactttgctt tagaatagtaactgaggaacataccaacaaggtcaaagtcacaactagaatctatcataa ggctaagcatatcaaagcatggtgccctagacctcccagagctgttgaatacactaatgt gcatgttacaaactac------aaaccaaaaacagg---------------------ag- --atgttgcagtttccattgtacccaggac---------a---aatgttagg-------- ----------gaaa-tcagaa---------actttggacccagtgacatgtatgtacatg ttggaaatttaatatatagaaatttgcatcttttcaactcagaaa---tgcatgattcaa tcttagtgtcctattcatc------agatttagtcatctatcgaacaaacactataggtg atgactatatcccagcctgtgattgcactcaagccacatactactgtaaacataagaaca gatattatccaattaatgttactagtcatgattggtatgaaatacaagaaagtgaatatt acccaaaacacattcagtacaatttgttaattggtgaaggcccctgtgaacctggagatt gtggaggtaaattactgtgtaaacatggagtgattggaattattacagctggtggtgaag gccatgtggctttcattgacttaagacact------tcttgtgtgctgaagaacaagg-- -tgttaccgactacatacacatgctaggtgaagcttttggcaatggctttgtagatagtg ttaaagaacatgtgaatgcaataaatc------ccataaacaatattagtaaaaaagtca ttaaatggttactaagaattgtatctgccatggtcataatcattagaaactcttcagatc cacatacagttgttgctactctgacattaattggttgttctgggtcaccatggagatttc taaaggagaaattttgtaaatggactcagttgaactatatccataaagaatct---gact catggcttaaaaaatttactgaaatgtgcaatgcagcaaggggccttgaatggataggta acaagatatctaaatttatagaatggatgaaatcaa---tgttaccacaagcacaactca aagttaagtacttaaatgaattaaagaagttaaacttacttgaaaaacaggttgaaa--- ---acttaagatgtgctgataccaaaacccaagagaagataaaagttgaagtagacactt tgcatgatctatcctgcaaatttctcccactgtatgctagtgaagctaaaagaattaaag tcatttacaacaaatgcagcaacatcat------taagcaaaggaaaagaagtgagcccg tggcagtgatgatacatggttcacctgggactggcaaatctattacaacaagctttctag caagaatgattactaatgaaagtgat------atatattccttacctcctgatccaaaat actttgatggttatgaccagcaaagtgttgtcataatggatgatattatgcaaaaccctg atggtgaggatatgtcactattttgtcaaatggtttctagtgtcacttttattccgccaa tggctgatttaccagataagggaaaaccttttgactcaagatttgttttgtgcagtacta atcattctcttttggctcctcccacaatcacttcccttcaggcaatgaacagacggtttt tcttggacttggatattgtggttcatgataattataaagatgcacaagggaaattggatg tgtccaaagcatttaagccatgtgacatagacacaaaaattggaaatgctcgc---tgtt gtccattcatatgtggtaaggcagtaaccttcaaagaccgcaacacttgccaaagttacc cattaagccagatttacaatttgattctccaagaggacaagagacgtactcatgttgtgg atgtgatgactgcaatattccaaggaccaatttcaa---------------------tgg aagcccctcctcctcctgctatagctgacctcttacgctctgtcaagacaccagaagtta tcaaatattgtgaagacaataaatggattatcccagctgactgcagga---ttgagcgtg acttaaaccttgcaaacaacatcataacaattattgctaatataattagcatagcaggca ttatatatatcatatataagttattttgttctttccaaggcccttactcaggtgagc--- ccaaacccaagacaaaaattccagaa---agaagggtagttgcgcaaggtccagaagagg aatttggacgctcaataatcaaacacaacacatgtgtggttactactgacaatggcaaat tcactggattgggaatctatgacaaacttatggtattacccacacatgctgatcctggca aagaggtttgcatcaatggaattacaaccaaagttagtgattcatatgatttatataaca aacaaggtgttaaattagagattacagctatagtattagatagaaatgagaaattcaggg atatacgaaagtatataccagagagagaggatgattaccctgattgcaatttagcccttg tagctaatcaaccagaacccaccatcataaatgtaggagatgttatttcctatgggaaca tcctacttagtggtaatcagacagcacggatgcttaaatataactatcccacaaaatcag gctattgtggtggtgttctatacaaaataggtcagatcatagggattcatgtgggaggta atggtagagatggattttctgcaatgttactcagatcctattttaatcaaactcaaggag aaataacagtggcaaagaaagtagccgaatgtgggcttccaacaatacacaccccatcca aaaccaaattacaacccagtgtcttctttgatgtctttgaggggtctaaggaaccagctg ttctaacagataaggatcctcgattaactactgattttaataaagctttattttctaagt ataagggtaatatagaatgtagtatgactgatcatatgagagttgctatatcacattatt cagctcaattgatgactttagacattgactcagtaaatatatctttagaagagagtgtat ttggcactgaaggtctagaagcccttgatctaaatacaagtgcaggtttcccatatataa gtatgggaataaagaaaagagacctaataaataacaccacaaaagacataactaaattga agttagcacttgacaagtatggggttgatttgccaatggtgacatttcttaaagatgaac ttaggaaaaaagagaaaatatccactggaaaaacaagagtcatcgaagctagtagtgtga atgatacaatagcctttagagtagtgtatggaaatctattttcttctttccacaaaaatc ctggagtagtcacaggatctgctgtagggtgtgaccctgaaactttttggtcaaaaatac cagtaatgttagatggggattgtataatggcatttgattacactaattatgatggtagta tacacccaatttggtttgaagctcttaaacaagttttaagaaacttgtcatttgaagac- --aaacttatagacagattgtgtaaatcaaagcatatattcagagacacatactatgaag ttgaaggtggagtgccctcaggctgttcaggaactagcatatttaatactatgataaata atattatcattaggactttagttcttgatgcttacaaacacattgatttggataaactca aaataatagcatatggtgatgatgttattttttcctacaaataccctttagacatggagg caattgctacagaaggaaacaaatacggtctaaccatcacaccggctgacaaatcagata ctttcaagaaacttgactatgacaatgtgactttcttaaaaagaggatttaaacaggatg ctaagtacccattcctaattcatccaacattcccagtttctgaaattcatgagtccatta gatggactaagaaaccttcacaaatgcaggagcatgtcttgtccttgtgccatttgatgt ggcataatggacgggatgtataca-atgaatttgagaggaagatacgtagcgtgagcgct ggacgcgcgctatatatccctccatatgagctactcctgcatgagtggtatgaaaaattc tgaat-------tata---a---atatag---aa-------------------atattaa --ata-tttagttttt------------------tagttctat----------------- ------------------------------------ >DQ473505.1 Human rhinovirus 36, complete genome -------ttaaaactgggagtgggttgtt-cccactcactccacccatgcggtgtt---g tacactgttattacggtaaccttgtacgccagtttt----------------------g- ------------cca-ccc-------------ttccccatt------------------- ------atgtaac----ttagaagt-ttgtacaa------ca-agaccaatagg-tgata attat-ccagatta-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcga--tg aggatatgctttacccaaggc-aaaaaccttaaagatcgttatccccacactgcctacac agagcctagtacca-cttttg-at-gtaattaggttggtcgctcc-ctg------caaac cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacactccccactggtgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgctcaccc--tattg-ggt----------gagaagcctac-ttattg acaagatgtgaagagccgcgtgtgctcagtgt--gcttcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccgctgcccataatccaatgggtttacggtcgcaacgcgcaagt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct---at---ttttc-ttttat- ----ttgcattttatggtgacaa-tttat-a-g--------ta----------tatagat tgtcgtcatgggtgcacaagtgtctagacaaaatgttggtacacattctacacaaaattc agttagcaatggatctagtctgaactattttaacatcaattattttaaagatgcagcttc aagtggtgcttccaggttagatttctcccaagatcctagtaaatttactgatcctgtcaa agatgtactggaaaaaggtattccaacactccaatcaccgacagttgaagcttgtggcta ttcagataggttgatacagataacccgtggagattccaccataacatcccaagacattgc aaatgcagttgttggttatggtgtatggccatcatacctaaccccagatgatgcaactgc tattgataaacccacacaaccagacacttcatctaacagattttatactttggagagccg ttcttggacgtcctcttcatctggctggtggtggaaattacctgatgcccttaaaaatat gggcatatttggtgagaacatgttttatcactttctaggaagatctggatacacaataca tgtgcaatgtaattccagcaaatttcaccagggtttgctgatagttgctgccattccaga acatcaattggcatctgcaacaagtgggaatgtatcagtgggatacaaccacacccaccc tggtgaacaaggtagagaagtggtgccatcacgaaac-----------tccgaagaca-- -acaaaagacctagtgatgatagttggctaaattttgatggaactttacttggtaactta cctatttacccccaccaatatatcaatttgagaactaacaattcagccactcttattttg ccttatgtcaatgctgtgccaatggactctatgcttagacataataattggagtttggtc ataattccaatatgccctttgcaggtccagactgggggaacaaatt---ctatacctata acagtatcaattagccctatgttttcagaattctcaggaccaagaaataaagttgtgt-- -ttggt------------------------------gcca------ctgaaggtttacca gtcatgctgacacctggatctggacaatttttaacaactgatgacacacaatccccatca gcattcccttattttcacccaaccaaggaaatattcatacctggacaagttaggaattta attgaaatgtgccaagttgatacactcattcctgttaacaataaagaggaaaat---gta aaatctgtgaatatgtacactgttgatttacgcacgcaaactgaat------tagcaaaa gaagttttttctataccagtagatgttgcctcacaaccactggccaccaccctcataggt gaacttgcaagttattatacacactggactggcagtttgcgttttagtttcatgttctgt ggttctgccagctccaccttaaagctgttgattgcatatactcctcctggtgttggaaaa cccaaatctagaagagaagccatgcttggtacacatctagtatgggatgtaggattacag tccactgcctcgctggtcgtgccatgggttagtgctagccactttagattcaccacacct gacacgtattcctcagctggttacattacatgctggtatcaaaccaacttcgtagttcct gctagcacaccagacaatgctaaaatggtgtgtatggtttcagcttgcaaagatttttgt ttgagattagccagggataccaatttgcatatgcaagaaggggtgcttacacaaaat--- ------ccagttgaaaattacatagataatgtattaaatgaagtacttgtagtgccaaac atccaacctagttcatctgtgtcaagtcattcagctcccgccttagacgctgcggaaact ggacataccagctctgtccaaccagaggacatgatcgagaccagatatgtcataactgat caaacaagagatgagacaagtattgaaagcttcttaggtaggtcagggtgcatagctatg atagaatttagcacaa-gtagtgataaagat----------------------------- -gaacatgataaa---attggcaagggattcaaaacatggaagattagtcttcaagaaat ggcacaaattagaaggaaatatgaattgtttacatacacaagatttgactcagaaataac aatagtcaccgcagctgcagtgcagggagatg------atagtgggcatgtagtattaca attcatgtatgtacctccaggagcgcctgttcctgtgaagcgtgatgactacacatggca atcagggacaaatgcatctgtgttctggcaagaagggcaaccatatcctagatttacaat cccctttatgagtattgcatcagcttattatatgttttatgatggttatgatggtgataa tgcc------gcatcaaaatatggatctgtggttactaacgacatgggaaccatatgtgt tagaatagttacatccaaccaaaaacatgatttaaatattgtatgccgcatttatcataa agctaaacacataaaggcctggtgcccgcgtccaccaagggccgttccttaccaacacac acattccactaattat------ataccatacaaagg---------------------tg- --agatcacaacccaaattaaaaccagacc---------t---aatgtcttc-------- -----------ac------------------tgttggaccatctagtatgtttgtacatg taggtaatttaatttatagaaaccttcatctctttaactctgctc---ttgatgattcca ttcttgtgtcatactccag------tgatctagtcatataccgaacaaacactgaaggtg atgatgtgatcccaaattgtgactgtactgaatgcacatattactgtcatcataaggata gatattttcctattaaagttactccacatgattggtatgaaattcaggagtcagagtatt acccaaaacatatccagtataatctcttaattggagagggaccctgtgaaccaggtgatt gtggaggtaaactattatgtaaacatggggtcataggtatggttacagctggtggtgatg gtcatgttgctttcattgacctcagaaaat------tccaatgtgctgaagaacaagg-- -attgtctgattatgtggaacaccttggccaagtttttggtgttggctttgtggatagca tcaagcaacaagtaaactttattaatc------ccactagtaaaattggctcaaaagtaa ttaaatggttgctaaggatagtctcagccatgataataatggtgagaaacagttctgacc ctcaaaccataattgctactcttaccctcctaggttgctcaggctcaccatggagattcc ttaaagaaaaactctgtgcatggcttcagcttagttatgttcataaacaatct---gatt catggcttaaaaaattcactgaagcgtgtaatgcagcacgtggattagaatggattggac agaaaatatctaaattcatagattggataaagagta---tgttaccacaagctcaattaa aagttgactacctgaccaaattaaagcaacttaatctcttagagaaacaaatagaaa--- ---caattacgcttgcacctgctaatgaccaggaaaaaatatttactgagataaacactc tccatgatctatccttgaaatttctaccactgtatgcatctgaagcacgcaggatcaaaa gtctatatattaaatgtagtaacatcat------taaaggagggaaaaggaatgaaccag ttgcagtattaatacatggttcccctggtactggaaaatctcttgccacttcagttctcg ctcggatgctaactgttgagactgat------atatattctttacccccagatcccaaat attttgatgggtatgaccaacaaagtgttgttatcatggatgatatcatgcaaaacccta gtggtgaagatatgaccctattttgccaaatggtatcaagtgttcctttcatacctccta tggcagatcttccagataaagggaaaccattcacatccaaatttgtgcttgcaagtacta atcacaccatgttgacaccaccaacagtatcttcgctaccagcaatgtcaaggagatttt actttgatctagatattcaagttaagaaggattatcttttagat---ggtaagttagata tagcaaaaagttttcgaccatgtgatgttaacactaaaataggtaatgccaag---tgct gcccattcatttgtggaaaagctgtggaatttaaagacagaaattcatgcactaccttat ccttgtcccaattatacaaccatattaaagaggaagataggagaagaagtagtgcagcac aagcaatggaggctatatttcaagg---tatagatc---------------------tcc aatctcccccacctccagccatagctgatcttcttagatctgtgaaaacaccagaaatta ttaaatattgtcaaggtaataattggattgtcccagcagagtgttcta---ttgaaagag atttagggatagcaaatatgactataggtataatagctaatgtagtatccatagtaggtg ttatctacataatttataaattattttgcacactccaaggtccatactcaggagagc--- ctaagcccaaaagtaaagctccagaa---agaagggtagtcactcagggcccagaagaag aatttggtcgttcactgctcaaacataactgttgtattgtgacaaccgataaaggcaaat tcacaggccttgggatatatgatcaggtcatggtacttccaacacattctgatccaggct ctgaaatcttagtggatggagtaaaagttaaaatttctgactcttatgacttacataacc atgaaggtgtcaaactagagattacagttgtaaagctagttaggaatgagaagttcaagg atatcagaaaatatttgccctcacgtgaggatgattaccctgcttgcaatcttgctttac tagccaaccaggatgaaccaacaataataaatgttggagatgcagagtcttatggtaata tattattaagtggtaccaatactgcacgaatgatcaagtaccattatccaacaaaagctg gatattgtgggggtgtcttatataaggttggttccatccttggcatacatgttggtggta atggtagagatggattttctgcaatgcttcttaaatcttactttggtgaaactcaaggct taattactaaagaactacctgtatctgccaggaacctaccatctatacatgtttcatcca aaacccgcttgcaacccagtgtttttcatgatgtttttcctggaacaaaggaacctgcag tcctaagtaataatgacccaagattagagactgactttgacacggcactcttctcaaagt ataaaggtaaccctgcttgtgaagtgaccacacatatgaaaattgctgtagcacattatg cagcacagctatccacactagatataaatccccagcccctttcattagaggaaagtgtgt ttggtattgaaggactagaggctttagacctgaatactagtgcagggtttccttatgttt cactagggataaaaaagaaggaccttatagataagaaaacaaaagatattacaaaactta agaaagcaattgataagtatggtattgatctacccatggttaccttccttaaagatgagc ttagaaagaaggagaaaataagggatggcaaaactagagtcatagaagccaatagtgtga atgacactgtactttttagaagtgtgtatggaaacctcttttccgccttccatagaaacc caggtatagttactggttcagcagtagggtgtgatcctgaaatattctggtcaaccatac ctcttatgttagatggggaatgtctaatggcttttgattactcaaattatgatggtagtt tacatccggtttggttcaagtgcttgagcatgcttttagaagatataggattctcttct- --caacttattaatcaaatttgtaattctaaacatatatacaaatctaaatattatgaag tggaaggaggcatgccatctggatgtgcaggtactagtattttcaacacaatgattaaca acattattattagaactctagtactggatgcttacaaaaatatagatttggataaattga aaattttggcatatggggatgatgttatcttttcttacaactttaaacttgatatgacag tccttgctaaggaaggagagaaatatggattgacaatcacccctgctgataaatctgata cctttcaggaattaacctacaagaatgtgacctttctaaaaagaggattcagagctgatg agcgccattcttttcttgtacatcctaccttccctgtggcagagatccatgactccatca gatggactaaaaacccttcatgcatgcaggaacacgtactatccttgtgccatttaatgt ggcacaatggtaaacacacatacc-aagaatttgttaaaggtatacgcagtgtgtctgct ggtcgggcactgtatataccagcttacgaagttcttgagcatgagtggtatgaaaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ccattaa atgta-gttagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445146.1 Human rhinovirus 63 strain ATCC VR-1173, complete genome -------ttaaaactgggtccaggttgtt-cccacctggacctcctaagtggagtg---g tacactattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -c----------tcc-cca-------------cccccc-tt------------------- ------ttgtaat----ttagaagt-t-atgaac------ac-agaccaatagg-tggca actag-ccaagttg-t----t-aaaggtcaagca-cttct-gtct-ccccggctga--cg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaatgaaagtcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtaaca-ctttga-aa-tgtctatggttggtcgctcagcta------t--tc cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcaccct-ccccg-ggt----------gcgaagccata-tatatg acaaggtgcgaagagccccgtgtgctcacttt--gaatcctccggctcctgaatgtggct aaccttaaccccgcagccagtgcacataagccaatgtgtggctggtcgtaatgagcaatt gtgggatgggaccaactactttggatgtccgtgtttcct----g---ttttt-ctttta- ----ttcttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag--ttta----tatatat tggcatcatgggcgcacaagtttcaaggcaaaatgttggcacacactcaacacaaaattc tgtttccaacgggtctagtctaaattattttaacatcaattactttaaagatgctgcatc aagtggcgcttccaaattagaattttcacaagacccaagtaaatttactgacccggtaaa agatgttttagagaaaggtattccaactttacaatccccaactgtagaggcctgcggcta ctcagatagaattatccaaataactagaggtgattccacaataacatctcaagatgtggc caatgcagtggtagggtatggtgtgtggcctcagtatttatcatcacaggacgccacagc tatagacaaacccactcaaccagacacatcctccaatcgcttctacactttagagagcaa agtgtggactcgaacatcaaaaggatggtggtggaagttgccagatgcactcaaagatat gggtgtctttggtgaaaacatgttttaccactttctggggagatctggatatactgtaca tgtacagtgcaatgctagcaaatttcatcaaggtactttactagttgcaatggttccaga acatcaattggctagtgctagcgctggaaatgtgactgctggatacaattacacccaccc tggtgaagcaggtagggatgttggccaaaatagagat-----------gc---taatt-- -acaaacaaccaagtgatgataactggttaaattttgatggtactctcttagggaatttg ctgatttttcctcaccaatttatcaatcttagaagtaacaattctgcaacaatcatagta ccatatgtaaatgcagtgcccatggactctatgcttagacacaataattggagcttactc ataatacccattagtcctctgaatagtgatccattggcaacagcta---aggtcccaatt accatttcaattagtcctatgtgtgctgaattttctggagcacgagctaaaccag----- -tggct------------------------------gtgg------gccaaggattgcca gtttatgtcacaccaggttctggtcaatttatgacaacagatgatctccaatccccatcg gctctgccctggtatcactcaactaaagaaatttttatacctggtgaagttaaaaattta attgagatgtgccaggttggtaccctaatacctgtgaataataccaacgctaac---atc aagaatgtgagtatgtacactgtccaactaactagtcaaacagatc------tggcccaa gaaatctttgctataaaagtggatgttgcatcccaaccactttcaagtactctcttgggt gaaatatgtagttactacacacactggactggtagtttgcgttttagtttcatgttctgt ggtacagcaaacaccaccctcaaattactattagcttacaccccacctggtataaagaaa cctgagagtagaaaacaagctatgctaggcactcatattgtctgggatgtgggattgcaa tcaactatatcactagtagtcccatgggttagtgctagccatttccgatacaccactcca gataattactctgctgcagggtatataacatgttggtaccagactaactttgtatttcca cccaacactcctaactctgcagatatgttatgctttgtttctgcttgtaaagacttttgc ttacgcatggcaagagatacagacatgcatgtacagaatgtccccatcacacagaat--- ------ccagtagagaattatgtaaatgatgttcttaatgaagtgttagttgttccaaac atacaagaaagccatccaaccacatcaaacgctgctcctgtacttgatgctgcggaaaca ggacacacaagcagtatacaacctgaggatactgtagaaactagatatgtgcaaacgtct caaacaagggatgaaatgagtgtagagagctttcttggtagatcaggatgcatacacata tcaactatcactgttg-acaaaaccatt-------------------------------- -gactatgacac---------tggacattttaataaatggcaaataacattacaagagat ggcacaaattagaaggaaatttgaattcttcacatatgtcagatttgattcagaagtcac tcttgtaccatgtatagcaggaaaaggtgatg------acattggtcatatagttatgca gtacatgtacgttccacccggtgcccctctacccacccgaagagaagattacacatggca atctggcactaatgcttcaatattctggcaacatggacaagcttttccaaggttttctct acctttcttgagtattgcatcagcatattacatgttttatgatggatatgatggagataa atca------agctctaggtatggtgtttcagttactaaccacatggggactttatgttc tagaattgtaacaaacagccaagaacatccagttgaggtgactacacgtgtatatcataa agctaaacacatcagagcctggtgcccaagagctcctagggctgttccatacacacatag ttatgtcactaactat------aaaattacaggaca---------------------gg- --agactgaaattttcttaaaacctagagc---------a---actatcaag-------- -----------aca------------------gcaggacccagtgatatgtatgtgcatg ttggtaacctcatatacagaaatcttcatttgttcaattcagaaa---tgcatgagtcca ttctaatatcttattcatc------tgatctagtcatataccgcacaaacacaaaaggtg atgactatatacccacttgtgactgtactcaagctacctattactgtaaacacaaaaata gatattatccaattaatgttacaagtcatgactggtatgaaatacaagagagtgaatatt acccaaagcacatccagtataatttgttgattggtgaaggtccttgtgagccaggtgact gtggtggtaagctcttatgtaaacatggtgtcataggtatcattactgctggaggagagg gtcatgtggcttttatagacctgaggcaat------ttcactgtgctgaagaacaagg-- -ggttacagactacatccatatgctgggtgaagcttttggtacaggatttgtagatagtg tgaaagagcagataaatgccataaatc------caattaacaatattagtaaaaagataa ttaaatggatgctcagaattatatctgcaatggtcataattatcagaaattcatctgacc ctcaaaccataattgccacacttacattgatcggctgctcaggatcaccatggagattct taaaggaaaaattttgtaagtggactcagttaaattatatacataaagaatca---gata cctggttaaagaaatttactgaaatgtgtaatgcagctagaggtttggagtggataggta acaagatatctaaattcatagaatggatgaagtcta---tgttaccacaagcacaactca aagttaagtatctcaaagaacttaaaaaactgaattttcttgaaaagcaaattgagc--- ---atctcagagttgcagattcacaaacacaagaaaagattaaatgtgaaattgacacat tacacgatctgtcatgcaaatttctgccactgtatgcaagtgaagccaaaaggattaagg tactgcacaataaatgtaacataataat------taagcaaaagaaaagatgtgaaccag tggctgtagtgatccatggagaaccaggtactggaaagtctatgacaacaaactttctgg ctagaatgataacaaatgacagtgat------atatattcactacctcctgatcctaaat actttgatggttatgaccaacagagtgttgtcataatggatgatatcatgcaaaatccta gtggtgaagacatgactttgttttgtcagatggtgtcaagtgtcacatttatacctccaa tggctgatttgcctgacaaaggtaagccttttgattctagatttgttttgtgtagtacta accacaacatgttagccccacctactataacttcactaccagcaatgaatagaagattct tcctcgacttagacatagtggtaaatgatagatataaggattcacagggtaaactaaatg tttctgcagcctttcaaccatgtgatgttaatgcaaaagttggcaatgctaga---tgtt gtccttttatttgtggtaaagctgtcacttttagagaccgtaacacttgtcaaaactaca ccctttctcaggtttacaaccacatgcttgaggaagataagagacgacgccaagtggtgg acgtcatggcagctattttccaaggtccaataactc---------------------tcg agggcccaccaccggctgccataagtgaccttcttcagtcagttcgaacaccagaagtca ttaaatactgtgagaaaaataaatggataatcccagctgagtgtaagg---ttgaaagag acttgaatatagcaaacactattatcactatcatagcaaatattattagtatttctggta taatttatgtaatatacaaattgttttgtacactacaaggaccatattcaggagaac--- ctaaaccaaagaccaaaattccagaa---agacgtgttgtggcacagggtccagaagagg agtttggaagatcactaatcaaacataattcgtgtattgtgacaactcaaaatggtaaat tcacaggtttaggaatttatgatagagtattaatcttaccaacacatgcagaccccggtc atgaagtacaaatagatggcatcacaactaaagtggaagactcttttgacttatttaaca aagatggagttaaactagagattacagtacttaaattgaaaagaaatgaaaaatttaagg atattagaaagtacataccagagagtgaggatgattacccagattgtaacttggcccttt ccgccaatcaaccagaaaccactataatcaatgtgggagatgtggtatcctatggtaaca ttctcctcagtggtactcaaacagctagaatgcttaaatacaattatccaacaaaatcag gatattgtggtggcattttatacaaaattggacaagtccttgggatccatgttggaggta atggtagggatggatttgctgctatgctgttaaggtcctacttttctgagacacagggta aagtaattgtctcaaaatttgcaaaagaatgtgggttacccagtattcacacaccaagca aaactaaactccaacccagtgtattttatgatgtgtttccgggtaccaaggagcctgctg ttctttcaagtaatgatcctaggctagaagtagatttcaatgaagctttattttctaagt ataaggggaataatgaatgtgctataaataatcatgttaaagtggctatttcccattact cagcacaactcatgactttagatattaaccctgaacctatttctcttgaggatagtgttt ttggcatagagggcctagaagctttagacctcaacactagtgcagggttcccatatgtgt caatgggcattaagaagagggacttgattaataagcaaacaaaagatataaccaagctca aagtagctttagataaatatggtgttgatttgccaatggtcactttccttaaagatgagc ttagaaagaaggagaaaatttccgctgggaagacccgtgttattgaagctagtagtgtga atgatactgtattattcagaacaacttttggcaatctattttccaaatttcacttgaacc caggtattgttacaggatctgctgtgggttgtgatccagaaacattctggtcaaagatac cagttatgttagatggagagtgtataatggcatttgattacactaactatgatggtagca tacaccctatgtggtttcaagctctaaaagaagttctatctaacttatcctttgaagct- --agtttaatagatagattgtgtaactctaaacatatctttaagaacatgtattatgaag tggaaggaggagtcccatcaggttgctctggaactagtatatttaatacaatgattaata atatcatcattagaacattagtactagatgcatataaaaacattgatttagataagttga aaataatagcttatggagatgatgtgattttctcctataaatatcagcttgacatggaag caatagctaaagaaggtactaagtatggattgacaataacacctgctgacaaatccagta cttttacacagcttaattatgacaatgtcactttcttgaagagagggtttaaacaagatg aaaagcaccaattcctaatacatccaacctttccagtcgaggagattcaagaatccattc gctggacaaagaaaccatctcagatgcaagaacatgtcttgtcactgtgtcatttaatgt ggcacaatggtagggatatttaca-agcaatttgaggagcgaatacgtagtgttagtgct ggtcgcgcactatatatccctccttatgatttgctcttgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------gtattaa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >KF958307.1 Rhinovirus A isolate 2916, complete genome -------ttaaaactgggagtgggttgtt-cccactcactccacccatgcggtgtt---g tacactgttattacggtaaccttgtacgccagtttt----------------------g- ------------cca-ccc-------------ttccctaat------------------- ------atgtaac----ttagaagt-ttgagcaa------ta-agaccaatagg-tgata attat-ccagatta-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg aggatatgctttacccaaggc-aaaaaccttagagatcgttatccccacactgcctacac agagcctagtatca-cttttg-at-gtaattaggttggtcgctcc-ctg------caaac cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacattccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgctcaccc--tatcg-ggt----------gagaagcctac-ttattg acaaggtgtgaagagccgcgtgtgctcagtgt--gcttcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccgctgcccataatccaatgggtctacggtcgtaacgcgcaagt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt---at---ttttc-ctttat- ----ttgcattttatggtgacaa-tttat-g-g--------ta----------tatagat tgtcatcatgggtgcacaagtatctagacaaaatgttggtacgcattctacacaaaattc agtgagcaatggatcaagtctgaactattttaacattaattattttaaagatgcagcatc gagtggtgcttccagattagatttttcccaagatcctagtaaatttactgaccccgtcaa agatgtactagaaaagggtatcccaacactccaatcaccaacagttgaagcttgtggtta ttcagataggttaatacagataacccgtggagactctactataacatcccaggacattgc aaatgcagttgttggttatggtgtatggccatcatacctaaccccagatgatgcaactgc tattgataaacctacacaaccagacacttcatccaacagattctatacattggagagccg ttcctggacgtcctcttcatctggctggtggtggaagttacctgatgctcttaagaacat gggcatatttggtgaaaatatgttttatcactttctaggaagatctggatacacaataca tgtacaatgtaattctagtaaatttcaccagggtttactgatagttgctgctattccaga acatcaattggcatctgcaacaagtgggaatgtatcagtggggtataaccacacccatcc aggtgaacaaggtagagaagtggtaccatcacgaaat-----------tctgatgaca-- -acaaaagacctagtgatgatagctggttaaattttgatgggactttacttggcaaccta cctatttacccacatcaatatattaacttgagaaccaacaactcagccactctcatttta ccttatgtcaatgctgtgccaatggactctatgcttagacataataattggagtctagtc attattccaatatgccctttacaagttcaggctggggggacaaatt---ccatacccata acagtgtcaattagccccatgttttcagaattttcaggaccaagaaataaagttacat-- -ttggt------------------------------acta------ctgaaggtttacca gtcatgcttacacctggatctggacaatttttaacaactgatgacacacaatctccatca gcatttccatacttccacccaaccaaggaaatattcatacctggacaagtcagaaatttg attgaaatgtgccaagttgatacactcattcccgttaacaataaagaggaaaat---gta aaatctgtaaatatgtacactgttgatttacgcactcaaactgagt------tagcaaaa gaagtcttttctataccagtggatgttgcctcacaaccgctggccactaccctcataggt gaacttgcaagttactacacacactggactggtagtttgcgttttagtttcatgttctgt ggctctgccagctccactttaaagctgttgattgcttatactcctcctggtgttggaaaa cctagatcaagaagagaagccatgcttggtacacacttagtatgggatgtagggttacag tccactgcctctctagtagtaccatgggttagtgctagtcattttagattcaccacacct gatacatattcttcagctggttacattacatgctggtatcaaaccaattttgtagttccc gccagtacaccagacaatgctaaaatggtgtgtatggtttcagcttgcaaagatttttgt ctgagattagctagggataccaatctacacatgcaggaaggggtacttacacaaaac--- ------ccagttgaaaattacatagataatgtgttaaatgaagtgcttgtagtgccaaat atccaacctagttcatctgtgtcaagtcactcagctcctgctctagatgctgcagaaact ggacatactagctccgtccaaccagaggatatgattgaaaccagatatgttataactgat caaacaagagatgaaacaagtattgagagcttcttaggcaggtcaggatgtatagctatg atagaattcagtacaa-gtagtgataaagat----------------------------- -gaacatgacaaa---attggtaagggattcaaaacatggaagattagtcttcaagaaat ggcacaaatcagaagaaaatatgaattgtttacatacacaaggtttgattcagaaatcac aatagtcactgcagcagcagtgcaaggggatg------acagtgggcatgtagtgttgca attcatgtatgtgcctccgggagcacccgtccctgtgaaacgtgatgactacacatggca atcgggaacaaatgcatctgtgttttggcaagaaggacaaccatatcctagatttacaat tccctttatgagcattgcatcagcttattacatgttttatgatggttatgatggtgataa tgct------gcatcaaaatatgggtctgtggttactaatgatatgggaaccatatgtgt cagaatagttacatctaaccagaaacatgatttaaatattgtgtgccgcatttatcacaa ggctaaacacataaaggcctggtgtccacgcccaccaagagccgttccttaccaacacac acattccactaattat------ataccatctaaagg---------------------tg- --agatcacaacccaaattaagaccagacc---------t---aatgttttc-------- -----------ac------------------tgttgggccctccagcatgtttgtacatg taggtaatttaatttatagaaaccttcatctttttaactctactc---ttgatgattcca tccttgtgtcatattccag------tgatctagtcatataccgaacaaacaccgaaggtg atgatgtgatcccaaattgtgattgtactgaatgtacatattattgtcatcacaaagata gatactttcccattaaggttaccccacatgattggtacgaaattcaagaatcagagtatt acccaaagcatatccagtacaatctcctaattggagagggaccttgtgaaccaggtgatt gtggaggtaaattactgtgtaaacatggggttataggcatgattacagctggtggtgatg gtcatgttgctttcattaaccttagaaaat------tccaatgtgctgaagaacaagg-- -attatctgattatgtggaacatcttggtcaagtctttggtgttggttttgtagatagta tcaaacaacaagtaaattttattaacc------ccactagcaaaattggctcaaaagtaa ttaaatggttactaaggatagtatcagctatgataataatggtaagaaacagttctgacc ctcaaaccataattgctactcttaccctcttaggctgttcaggttcaccatggagattcc tcaaagagaagctctgtgcatggcttcagctcagttatgtacataaacaatct---gatt catggcttaaaaaatttactgaagcgtgtaatgcagcacgtggattggaatggattggac agaaaatatctaaattcatagattggataaagagta---tgttaccacaagctcaattaa aggttgattatctgactaaattaaaacaacttaatctcttagagaaacagatagaga--- ---caatcaggcttgcacctgctaatgaccaggaaaaaatatttactgaaataaatactc tccatgatctatccttaaaatttttaccactgtacgcatctgaagcgcgcaggatcaaga atctatatatcaagtgtagtaacatcat------taaaggagggaaaagaaatgaaccag ttgcagtattaatacatggttctcctggcactggaaaatctcttgctacttcagttcttg ctcggatgctgactgttgagactgac------atatattctttgcccccagatcccaaat attttgatgggtatgatcaacaaagtgttgttattatggatgatattatgcaaaacccta gtggtgaggatatgaccctattctgccaaatggtatcaagtgttcctttcatacctccta tggcagatcttccagataaggggaaaccatttacatctaaatttgtgcttgcaagtacta atcataccatgttgacaccaccaacagtatcttcactaccagcaatgtcaaggaggtttt attttgatttagatattcaggttaagaaagattatctcttagat---ggtaagttagata tagcaaaaagtttccgaccatgtgatgtaaacaccaaaataggtaatgctaag---tgct gcccatttatttgtggaaaagctgtggaatttaaagatagaaactcatgcaccaccttat ccttgtctcaattatacaaccacattaaggaagaggacaagagaagaagtagcgcggcac aagcaatggaagctatatttcaagg---tatagatc---------------------tcc agtcccccccacctccagccatagctgatcttctcagatctgtgaagacaccagaaatta ttaaatattgtcaagataataattggattgtcccagcagagtgttcta---ttgagagag atttagggatagcaaacatgaccataggtataatagctaatgtagtgtctatagtaggtg ttatctatataatctataaattattttgcacactccaaggtccatattcaggagagc--- ctaagcccaagagtaaagctccagaa---agaagggtagtcacccagggcccagaagagg aatttggtcgctcactgcttaaacacaattgttgcattgtgacaactgataaaggtaaat ttacaggtcttgggatatatgatcaggttatggtgcttccaacacactctgatccaggtt ctgaaattttagtagatggagtgaaagttaaaatttctgactcttatgacctacataacc atgagggtgttaagttagaaataacagtagtaaagctagttagaaatgagaaattcaagg atattagaaaatatttaccctcccgtgaagatgattaccccgcttgcaatcttgctttat tagccaatcaagatgaaccaacaataataaatgttggagatgcagaatcttatggtaaca tattgttaagtggtactaatactgcacgaatgattaagtaccattacccaacaaaagctg gatattgtgggggtgtcttatataaggttggttctattcttggtatacatgttggtggta atggtagagatggattttctgcaatgctccttaagtcttactttggtgaaactcaaggtt taattactaaagaactacctgtgtctgtcaagaatttaccatctatacatgtttcatcca aaacccgcctgcaacctagtgtttttcatgatgtttttcccggaacaaaggaacctgcag ttctaagcaacaatgacccaagattagagactgactttgacacagcacttttctcaaagt acaaaggtaaccctgcttgtgaagtgaccacacatatgaagatcgctgtagcacattatg cagcacaattatccacactagacataaatccccaacccctctcacttgaggagagtgtct ttggtattgaagggctggaggccctagatctaaacactagtgcaggattcccttatgttt cattagggattaaaaagaaagatctcatagataagaaaacaaaagacatcacaaaactta agaaagcaattgataaatatggtattgatctacccatggtcacctttctcaaagatgagc ttagaaagaaagagaaaataagggatgggaaaactagagttatagaagccaatagtgtga atgatactgtacttttcagaagtgtgtatggaaaccttttctctgcttttcataaaaacc caggcatagttactggttctgcggtagggtgtgaccctgagatattctggtcaaccatac cccttatgttagatggagaatgtttaatggcttttgattactcaaattatgatggtagtt tacatccggtctggttcaagtgcctaagcatgcttctagaagatataggattttcttct- --caacttattaaccaaatttgcaattctaagcatatatacaaatctaaatattatgaag tggaaggaggtatgccatctggatgcgcaggtactagcatttttaacacaatgattaata atgttattattagaactctagtgcttgatgcttacaaaaatatagatttggacaagttaa aaattttagcatatggtgatgatgttatcttttcttataactttaaacttgatatggcag tccttgctaaagaaggagagaaatatggactgacaatcacccctgctgataaatctgaca cctttcaggaattgacttataaaaatgtgacctttctaaagagaggattcagagctgatg agcgccattcttttcttatacatcctacctttcctgtggcagagatccatgattccatta gatggactaagaacccttcatgtatgcaagaacatgtactatccttgtgccatctaatgt ggcacaatggtaaacacacatacc-aggaatttgttaaaggtatacgcagtgtgtctgct ggccgggcactgtatataccagcttacgaagttcttgagtatgagtggtatgaaaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctattaa atgta-gttagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >DQ473492.1 Human rhinovirus 73, complete genome -------ttaaaactgggtttgggttgtt-cccacccaaaccacccacgcggtgtt---g tacactgttattccggtaaccttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-ctt--------------ccccc-cc------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-c-atgcga------at-cgaccaatagc-aggca atcaa-ccagattg-t----c-accggtcaagca-cttct-gttt-ccccggctct--cg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaattggagtcgttacccgcaagatgcctacgc aaaacctagtagca-tcttcg-aa-gatttttggttggtcgctcagttg------ctacc cc-agcaatagacctggcagatgaggctagaaataccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--acacg-ggt----------gtgaagccaaa-gattgg acaaggtgtgaagagtcacgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccgtagccattgctcgcaatccagcgagtatatggtcgtaatgagtaatt acgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cttatc- ----aatttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------taga----tatatat tgacaccatgggcgcccaagtatctagacagaatgttggtacgcactctacacaaaactc tgttacaaatggatcaagtttaaattacttcaacatcaactacttcaaggatgcggcatc aagtggagcttccaaattagaattttcacaagaccccagcaaattcacagacccagtgaa agatgttctagagaaaggaattcccaccctacaatctcccacagttgaagcgtgtggtta ttcagacaggataatccaaatcactagaggtgattctacgattacttcacaggatgtagc taatgcagttgttgcatatggagtttggcctcattatctcacaccacaagatgcaactgc tatagataaaccaactagacctgatacttcctccaatagattttatactttagaaagcca gatgtggtcccctgaatccaaaggatggtggtggaagttacctgatgctttgaaggacat gggcatttttggggaaaacatgttttaccatttccttgggagaagtggttatacagtcca tgttcaatgtaatgccagtaaatttcatcaaggaacactattagttgccatgataccaga acatcagttggctgccgccaagggtggcactgtcacagcaggatataaatacacgcatcc tggtgaagcgggcagggatgttgggaaaactgaccgc-----------aagcaaaaca-- -accgacagcctagtgatgacaattggctcaatttcgatggtactctcttaggcaactcg accatcttcccacaccaatttatcaatctcaggagtaataattcagctactattatagtt ccatatgttaatgcagttccaatggactctatgcttagacacaataattggagtttggtg attatacctatatgcaaacttaggtgtcaaggtatatcc---ccag---ttgtacctatc acaatatctataagccctatgtgtgctgagttttctggagctagagctagaaatgtc--- ---------------------------------------a------ctcaaggactgcca acatttataacacctggatctggtcaattcttaactacagatgatttccaatctcccagt gcattgccgtggtatcaccctacaaaagaaatatcaataccaggacaagtccgaaaccta gttgaactatgtcaagttgatactatgataccaatcaacaatattgcagcaaat---gtc accaatgagagcatgtatgccattagtcttgagagcaatgctgata------ttaaacaa gctgtgtttgcaatgagagttgacatcacctcacaacccttagctacaacattaataggt gagatagctagttattacactcattggacagggagccttcgatttagtttcatgttttgt ggttctgcattttcaactcttaaattgctacttgcttatacaccaccagggattgctgtt ccagatagcagaaagaaagctatgcttggtacacatgtcatatgggatgttggtttgcaa tcaacagtatcaatagtggtaccatgggtgagtgctagccattacagaaatacaacccct gacacttattcattagctggttatatcacatgctggtatcaaacaaaactagtggaaccc ccaaacacaaccccagtggcagacatgatatgctttgtttcagggtgtaaggatttttgt ttacgcatggcaagagatacaaatctacataaacaaagtggtgtgattgcacaaaat--- ------cctgtagaaagatatgtagatgaagttttgaatgaagtccttgtagtacccaat atcaatgaaagtaatccgactacatccaactcagcacctgcactggacgctgcagaaact ggccataccagtggtgtacaaccagaagacatgattgagacccgttatgtccaaacatca cagactagagatgaaatgagcattgaaagcttccttggcaggtcaggttgtatacacatg tcaactatgaatataa-attatgaa----------------------------------- -aattatgatgat---gctcctgaaaattttaccaaatggaaaataagtttacaagagat ggctcaaatacgtaggaaatttgaattattcacctatgtaagatttgattcagaagtgac aattgtaccatgtatagctggtcaaagtggag------atgtgggacatgtagttatgca gtatatgtatgtcccacctggagcccctctacccacaaaaagaaatgactacacatggca gtccggcactaatgcatcagtattctggcaacatggtcaaacttaccccagattctcatt accattccttagtatagcatccgcatattatatgttttatgatggatatgatggtgactc cgca------caatcacattatggcaccacagtagttaatgacatgggcacattatgctt taggatagtgactgaagaacacactagcagggtaaaggttactactagaatctatcataa ggctaaacatgttaaagcttggtgtccaagacctcctagggcagtagaatatacaaatgc acatgtgaccaattat------aaacccactgatgg---------------------ag- --aagttactactgccattaggcatagaga---------t---aatgttaga-------- ----------gcca-tccaaa---------attttggacctagtgacatgtatgtgcatg ttggaaacctaatatacagaaatctacacttgttcaactcagaga---tgcatgattcaa tcttggtatcctactcatc------tgatctagtcatttaccgaacaaacactataggtg atgactttatcccatcttgtgattgcactgaagctacatattactgtaaacacaaaaata gatattatccaatcaaagtcactagtcatgattggtatgaaatacaagagagtgagtatt atccaaaacacatacagtacaatttgctaattggcgaaggtccctgtgaacctggagatt gtggaggtaaactactatgtaaacatggggtgattgggatcattacagctggtggtgagg gccatgttgctttcattgatttgagacatt------tcttatgtgctgaggaacaagg-- -tgttactgactatatacatatgttaggtgaagcttttggcaatggttttgtagatagtg ttaaagaacatgttaatgcaataaacc------ctattaatagtattagtaaaaaagtga ttaaatggctactgaggattgtatccgctatggtcattatcattagaaattcttcagatc cacatactgtcattgctactctaacattaattggttgttctgggtcgccatggaggttct tgaaagagaaattttgcaaatggacccagttaaattatatccataaagaatct---gatt catggctaaagaaatttactgaaatgtgtaatgcagcgagaggtcttgagtggataggca ataagatatctaagtttatagaatggatgaaatcaa---tgttaccacaagcacaactca aagttaagtatttgaatgagttaaagaaattgagcttacttgaaaaacaggttgaaa--- ---acttaagatgtgccgacactaagactcaagagaagataaaagttgagatagacaccc tgcatgatttatcttgtaaatttctcccattatatgccagtgaggctaaaagaatcaaag ttatttataacaaatgcaataatatcat------caagcaaaagaaaagaagtgaacctg ttgcagtaatgatacatggttcacctgggactggcaaatctatcacaacaagctttctgg caagaatgattactaatgaaagtgac------atatactctttacctcctgacccaaagt actttgatggctatgatcagcaaagtgtcgttataatggatgacattatgcaaaatcctg acggtgaggacatgtcactgttttgccaaatggtttccagtgtgaccttcattccaccaa tggctgatttgccagacaaggggaaaccctttgactcaagatttgttctatgtagcacta accactctctcttagctcctcccaccatcacctctcttcaggcaatgaataggcggttct tcttagacttagatattgtggtccatgataattacaaagatacacaaggcaagttggatg tgtccaaagcatttaaaccatgtgatgttgggacaaaaataggaaatgcccgc---tgtt gcccatttatatgtggcaaagcagtaacctttaaagaccgcaatacttgcctgagttatt cattgagccaaatttacaacttgattcttcaggaagacaaaaggcgcacccatgttgtgg acgtcatgactgctatatttcaaggaccaatttcaa---------------------tgg aagtccccccccctcctgctataactgatctcttacgctctgtcagaacaccagaagtta ttaaatactgtgaaaacaacaaatggatcgttccagctgactgcaaaa---ttgagcgag atttgaaccttgcaaataatatcataacaatcattgctaatataattagtatagcaggca tcatatacattatatacaaactgttctgctcttttcaaggaccctattcaggtgaac--- ccaaaccaaaaacaaaagtcccagag---aggagggtggttgcacaaggtccggaggaag aatttggccgctctctaatcaaacacaacacatgtgtagtcactactgataatggtaaat ttactgggctgggaatctatgacaaacttatgatattacccacacatgctgatcctggta aggaggtatatatcaatgggattgcaaccaaagttagtgattcatatgacttgtataata aacagggtgttaaattagagattacagctatagtgctagatagaaatgaaaagttcaggg atatacgcaagtatataccggaaagggaggatgattaccctgattgcaacttagcccttg tagccaatcaatctgaacccactattataaatgtaggggatgtgatctcctatggtaaca tcttgctcagtggcaatcaaacggcacgaatgcttaaatataattatcccacaaaatcag ggtattgtggtggtgttctatataaaataggccaaattataggaatccatgtgggtggta atggcagggatggattttctgcaatgttactcagatcttacttcaatcaaactcaaggag aaataacagtgacaaagaaggtggctgaatgtggacttccaacgatacacactccgtcca aaactaagctacaacctagtgtcttctttgatgtttttgaaggatccaaagaaccagctg tcctaactgacaaagacccccgattaactactgattttaataaagctctattttccaaat acaagggtaatatagaatgtagcatgactgatcatatgagggttgctatctcacactatt cagctcaattaatgaccctggacattgattcaacaaatatgtccctagaggagagtgtat ttggcactgaaggcttggaggctcttgatttaaatacaagtgcaggctttccatatataa gtatgggaattaggaaaaaagatctaattaataacagtacaaaggacataactaaattga agctagcacttgataaatatggggttgatttaccaatggttacattcctcaaagatgaac ttagaaagaaggagaaaatatccactggcaaaacaagagtcattgaagctagtagtgtga atgatacaatagcttttagggtagtgtatggaaatttgttttctacttttcacaagaacc ctggtgtagtcacaggatctgcggtgggatgtgaccctgagaccttttggtcaaagatac cagtgatgctagatggggaatgtataatggcatttgattacaccaattatgatggtagta tacacccaatttggtttgaagctctaaaacaagttttaaacaatttatcatttgaagac- --aagcttatagatagattgtgtagatcaaaacatatatttagagacacatactatgaag ttgaaggtggggtgccctcaggttgttcaggaactagcatatttaatactatgataaata acatcattattaggactttagttcttgatgcttataagcatattgacttggacaaactta aaataatagcttatggtgatgatgttattttctcttataagtatcccttagacatggaag caattgctgtagaaggaaataagtacggtttgaccattacaccggctgataaatcagata cttttaggaagcttgattatgacaatgtaactttcctgaaaagaggttttaggcaagatg ctaaatatccattcctaattcatcctacatttcctgtttctgagattcatgaatcaatta gatggaccaagaaaccctcacagatgcaggaacatgttttatccttgtgtcatttaatgt ggcacaatggacgggatgtgtaca-aggagtttgagaggaagatacgcagcgtgagcgct ggacgcgcgctgtacatccccccttatgagctactcctgcatgagtggtatgaaaaattt tgaat-------tat--------atatag---aa-------------------ataataa --aca-tttagttttt------------------tagttttac----------------- ------------------------------------ >FJ445116.1 Human rhinovirus 13 strain ATCC VR-1123, complete genome -------ttaaaactgggttcgggttgtt-cccacccaaaccacccacgtggtgta---g tacactgttatcccggtaactttgtacgccagtttt----------------------at ------------ctc-ccc-------------accccc-tt------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-atgcac------aa-tgaccaatagt-gggca atcat-ccagattg-t----c-atcggtcgagca-ctcct-gttt-ccccggttca--ag ttgatatgctctaac-agggc-aaaaacaatttgaatcgttacccgcaaggtgcctacac agaacttagtacca-ttctgg-aa-aattcttggctggtcgctcagtta------ctacc cc-agtaatagacctggcagatggggctagaagttccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct-tcttg-ggt----------gtgaagcctag-aattgg acagggtgtgaagagtcgcgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccctgcagccattgcccacaacccagtgggtctatggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cttatt- -----atttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gata----catatat tgacaccatgggcgcccaagtttctaggcagaatgttggaactcactcaactcagaattc agtttcaaatggttcaagcctgaattacttcaacatcaactactttaaggatgcagcatc aagcggtgcttctaaattagagttttcacaagatccaagcaaattcacagatccagttaa ggatgtactagaaaagggaatccctactttgcaatctccaacagttgaagcatgtggtta ttcagataggatcattcaaatcaccagaggtgactctaccataacctcacaagatgttgc caatgcagtcgttggttacggtgtatggccacattatcttacaccacaagatgccactgc catagataagccaactagacctgacacctcttccaataggttctatacactaaaaagtca gttgtggactgctgaatccaaaggctggtggtggaaactgcctgatgccctaaaagatat gggaatttttggagagaatatgttttatcactttttaggtagatgtggttacactgtgca tgttcagtgtaacgctagcaaatttcatcagggaactcttttaatagcaatgataccaga acatcaattggccactgctgctggtggaagtgtttctgcagggtataaatacacacatcc tggtgagaaaggtagggatgttgggaagataaaccga-----------gagagaaatg-- -accggcagcccagtgacgacaattggttaaattttgatggaactctcttgggaaacctg accattttcccacatcagtttattaatcttaggagtaacaattcagctactatcatagta ccatatgttaatgcagtaccaatggattccatgcttaggcataataactggagcctggta atcatacctatctgtgaactcaagtgcaataacactgcc---gtca---ctgtacccatc acaatatctatcagccctatgtgtgctgaattctctggtgctagagctaggaatgtt--- ---------------------------------------a------ctcaaggtctgccc acactgttaacacctgggtcaggtcaattcttgacaacagatgatttccagtcccctagt gctttgccgtggtatcacccaactaaagaaatttcaattccagggcaagtcagaaattta attgaattgtgtcaagttgatactatgataccaattaacaacaccaatgataat---att agagataaaagcatgtacacaattagacttggtggtgtaacaaatg------ctaaggaa gccattttcgcaatgagagttgatattgcatctcaacctttggcaaccacaatgattggt gaaatttccagctattacacacattggacagggagtctccgattcagtttcatgttttgt ggttctgcttttacaacacttaaattgttgattgcatacacaccaccaggaatcactgtt ccagaaaacaggaaaaaagctatgcttggcacgcatgttatatgggatgtcgggcttcaa tcaactgtgtcgatggtggttccatgggtcagtgctagtcattacagaaacactacacca gatacttattctgcagccggatacatcacttgctggtatcaaactgatttaataacacct ccaaacacagccccagtagctgacatgatatgttttgtgtcaggatgtaaagatttctgc cttcgcatggcaagggatacgaacttgcataagcaaagtggggttatagcacaaaat--- ------cctgttgaaaggtatgtagatgaagtcttgaatgaagttcttgtagtaccaaat atcagtgaaagtagctcaactacatctaattcagctccagccttagatgctgcagaaact ggccacacaagcagtgtacaaccagaagacatggttgaaacacgttatgtccaaacttca caaactagggatgaaatgagtgttgagagctttttaggcagatctggttgtatacacatg tctaccatgaacatag-attatact----------------------------------- -aattatgatgat---tctgttaataattttgtgaaatggaaaataagtttgcaagaaat ggcccaagtgcgcagaaaatttgagttgttcacctatgtaagatttgattcagaaataac aattgtgccatgtatagccgggcaaggtggtg------atgtcggacatgttgttatgca atacatgtatgtaccgcccggtgcaccccttccaacgaagagaaatgattacacatggca atctggcaccaatgcatctgttttctggcaacatggtcaaatttacccccgattctcttt accatttcttagtattgcatctgcatattatatgttttatgatggatataatggagattc ctca------gatgcacgctatgggacaacaatcactaatgatatgggcacactttgctt cagaatagtaactgaagaacatactaacaaggtcaaggttacaactagaatctatcataa agctaaacatgtcaaagcatggtgtcctagacctcccagagctgttgaatatactaatgt gcatgttacaaactac------aaaccagggacagg---------------------ag- --atgttgcagtctccattgtacctagagc---------a---aatgttagg-------- ----------gaaa-ttagaa---------actttggacccagtgacatgtatgtgcatg ttggaaatttaatatatagaaatttgcatctgttcaattcagaaa---tgcatgactcaa tcttagtatcctattcatc------agatctagtcatctaccgaacaaacactataggtg atgactacatcccatcctgtgattgcactcaagccacatactactgcaaacataaaaaca gatattatccaattgaagttactagtcatgattggtatgaaatacaagaaagcgaatatt accctaaacatattcagtacaatctgttgattggtgaaggcccttgtgaacctggagact gtgggggcaaattactatgtaagcatggagtgattggaattatcacggctggtggcgagg gtcatgtggctttcattgacttgagacact------tcttgtgtgctgaggagcaagg-- -tgttactgactatatacatatgctaggtgaagcttttggtaatggctttgtagatagtg ttaaagaacatgtcaatgcaataaatc------ccataaacaatatcagtaaaaaagtca tcaaatggttattaagaattgtgtctgctatggtcataatcattaggaattcctcagatc cacacaccgtcgttgctactctaacactaattggttgttctggctcaccatggagatttt tgaaagagaaattttgtaagtggactcagttaaactatatccacaaagaatct---gact catggcttaaaaaatttactgaaatgtgcaatgcagcaagaggccttgagtggataggta ataagatatctaaatttatagaatggatgaaatcaa---tgttaccacaagcacaactca aagttaagtatttaaatgaattaaagaaattaaacttgcttgaaaaacaggttgaaa--- ---acttgagatgtgctgataccaaaactcaagagaaaataaaagttgaaatagacacct tgcatgatctatcctgcaaatttctcccactatatgctagtgaagccaaaagaattaaag tcatttacaataaatgcaataacatcat------caaacaaaggaaaagaagtgaacctg tggcagtaatgatacatggtttgcctgggactggtaagtctattacaacaagttttctag caagaatgattactaatgaaagtgac------atatactccttgccccctgacccaaagt actttgatggttacgatcagcaaagtgttgttataatggatgatattatgcagaaccctg atggtgaggatatgtcactattttgtcaaatggtttctagtgttaccttcattccgccaa tggccgacttaccagacaagggaaaaccctttgactcaagatttgttctgtgcagtacta atcattctcttttggcccctcccactatcacttctcttcaggcaatgaacaggcggttct tcttggacttggacattgtggttcatgataattataaagatgcacaagggaaattggatg tgtccaaagcatttaggccatgtgatgttaagacaaaaattggaaatgctcgc---tgtt gtccattcatatgtggtaaagcagtaaccttcaaagatcgtaacacttgccaaagttacc cattgagtcagatttacaatttgattcttgaagaagacaaaagacgcactcatgttgtag atgtcatgactgcaatattccaagggccaatttcaa---------------------tgg aagtcccccctcctcctgctataactgacctcttacgctctgtcaagacaccggaagtta tcaaatattgcgaagacaataaatggattattccggctgattgtaaaa---ttgagcgtg acttgaatcttgcaaataatattatagcaattattgctaatataatcagcatagcaggta ttatatacatcatatacaaattgttctgttctttccaaggcccctactcaggtgagc--- ccaagcccaagacaaaaatcccagaa---agaagggtggttgcacaaggtccagaagaag agtttggtcgctcaataatcaaacacaacacatgtgtggttactactgataatggcaaat tcactggattgggaatctatgataaactcatgatattacccacacatgccgatcctggca aagaggtgtgtatcaatggaattgcaaccaaagttagtgactcatatgatttatataaca aacaaggtgttaaattagagatctcagctatagtattagatagaaatgagaaattcaggg atatacgaaaatacataccagagagagaggatgattaccctgattgcaacttagcccttg tagctaaccaaccagaacccaccattataaatgtaggagacgttatctcctatgggaaca tcttacttagtggcaatcaaacagcacggatgcttaaatataattaccccacaaaatcag gatactgtggtggtgttctatataaaataggtcagattatagggattcatgtgggaggca atggtagagatgggttttctgcaatgctactcagatcttattttaaccaaactcaaggag aaataacagtgacaaagaaagttactgaatgtgggcttccaacaatacacaccccatcca aaaccaagttgcaacctagtgttttctttgatgtctttgaagggtccaaggaaccagctg tcctaactgatagagatcctcgattaaccactgactttaataaggctttattctctaaat ataagggtaatatagaatgtagcatgactgatcatatgagagttgctgtatcacattatt cagctcaactaatgaccttagatattgattcagtaaatatatctttagaggaaagtgtgt ttggcactgaaggtctggaagcccttgatttaaatacaagtgcaggtttcccatatataa gtatgggaataaagaaaagagatctaataaacaacagcacaaaagacataaccaaattaa agctagcacttgataaatatggggttgatctaccaatggtaacatttcttaaagatgaac ttagaaagaaagaaaaaatatctactggaaaaacaagagtcattgaagctagtagtgtaa atgatacaatagcctttagagtagtgtatggaaatttgttttctacttttcataaaaatc ctggtgtagttacaggatctgcagtagggtgtgaccctgagactttttggtcaaaaatac cagtaatgttagatggggactgcataatggcgtttgattacactaattatgatggtagca tacacccaatttggtttgaggctcttaaacaagttttgataaatttatcatttgaagac- --aagcttatagacagattgtgtaggtcaaaacatatattcagagacacatattatgaag ttgaaggtggggtaccctcaggttgttcaggaactagcatatttaacactatgataaata acattatcattagaactttagttcttgatgcttataaacatattgatttggacaaactca aaataatagcatatggtgatgatgttattttttcctacaaataccctttagacatggagg caattgctatagaaggaaataagtacggtttgaccatcacaccggctgacaaatcagata ctttcaagaagcttgattatgacaatgtaaccttcttaaaaaggggttttaagcaggatg ctaaatacccattcctgattcacccaacatttccagtttctgaaatccatgagtccatca gatggactaagaaaccttcacaaatgcaggaacatgtcttgtccttgtgtcacttaatgt ggcataatggacaggatgtgtata-aagaatttgagaggaagatacgtagcgtgagcgct ggacgtgcgctatatatccctccatatgaattactcctgcatgagtggtacgaaaaattc tgaat-------tat--------atatag---aa-------------------atattaa --ata-tttagttttt------------------tagttctat----------------- ------------------------------------ >FJ445142.1 Human rhinovirus 58 strain ATCC VR-1168, complete genome -------ttaaaactgggagtaggttgtt-cccacctactctacccacgtggtgtt---g tacactgttatcacggtaactttgtatgccagtttt----------------------g- ------------cca-ccc-------------ttccccgta------------------- ------gcgtaac----ttagaagt-ttgtacac------tt-agaccaatagg-cgata atcat-ccagatta-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg aggatatgcttttcccaaggc-aaaaaccttagagatcgttatccccacattgcctacac agagcctagtatca-cctttg-at-gtatttagactggtcgctcc-ctg------caaac cc-agcagtagacctggcagatgaggctggacgttccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcccaccc--atttg-ggt----------gggaagcctaa-ctattg acatggtgtgaagagccgcgtgtgctcaatgt--gcctcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccccgcagccgctgcccatgatccagtgggtatacggtcgtaacgcgcaagt gtgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct---gt---ttttc-ttttttt ---tatgcattttatggtgacaa-tttat-g-g--------ta----------tatagat tgtcatcatgggtgcacaagtgtcaagacagaatgttggaacacactctacacaaaattc agtaagtaatggatcaagtctgaattattttaatattaactactttaaggatgcagcttc aagtgstgcttctagattggatttttcccaggaccctagtaaattcactgatcctgttaa agatgtacttgaaaaaggtattccaacacttcaatcaccaacagttgaagcatgtggtta ttcagataggctaatacagataactcgtggagattctactataacatcacaagacattgc aaatgcggttgttggttatggggtgtggccatcatatctgactccagatgatgcaaccgc aattgacaaacccacacaacctgacacttcctccaatagattctacaccttggaaagtcg gaattggacaaactcttcgactggatggtggtggaaattgcctgatgcccttaaaggtat gggtatatttggagaaaacatgttttatcactttttgggaagatcagggtacactattca tgtgcaatgtaactctagtaagttccaccaaggcttattgatagttgctgccataccaga acaccagttggcatctgcaacgagtggaaatgtgtgggtaggatacaaccacactcaccc tggtgagcaaggtagggaagtagttccaactcgaagc-----------tccactgaca-- -acaaaagacccagtgatgatagttggttaaattttgatggaacattacttggtaattta cctatttatcctcaccagtacattaatctaaggactaataattcagccactcttatttta ccctatgttaatgctgtaccaatggactctatgcttaggcataacaactggagtctagtg attataccaatatgtcccctccaagttgaaggtggaggcacaccat---ctatacccata acagtatcaattagtccaatgttctcagaattttcaggaccaagaaataaagttgttt-- -ttag------------------------------------------tcagggtttacca gttatgttgactcctggatcaggacaattcttaacaactgatgatacacaatcgccatca gcatttccttatttccatccaaccaaggaaatattcatacctgggcaagtcaagaatttg attgaaatgtgtcaggttgatacactcatccctattaataatgtaggagaaaat---gtt aaatctgtaaatatgtacactgttgatttaagatctcaaactgaac------ttgcacaa gaagtctttgctataccagttgacattgcttcgcaacccttagctaccacatatataggc gagattgctagttattacactcattggactggtagtttgcgctttagcttcatgttctgt ggttctgctagtgccactttaaaactactaattgcttacactcctcctggtgttgccaaa cccaagtccaggaaagaagccatgcttggcactcatttggtgtgggatgttggtctacag tctactgcttcactagttgtaccatgggttagtgctagtcactttaggttcacaacacct gatacatattcttccgcaggttacattacatgttggtaccaaaccaattttgttgtacct gccaatacaccagccaatgcaaagatggcgtgtatggtgtcagcttgtaaagatttttgc ctgaggttagccagagataccaatctacacatgcaagatggagtgctcacacaaaat--- ------ccagtagaaaattacatagataatgtgttaaatgaagtacttgtagttccaaat atccaacctagtacatctgtatcaagtcattctgtgcctgccttggatgctgcagaaacg ggacacacaagttctgttcagcctgaggatatgattgaaactagatatgttatcacagat caaacaagagatgaaactagcattgaaagctttttaggtagatctggttgcattgctatc ataaaatttaacacaa-ataagact----------------------------------- -aattatgatgac---ataggtgtaggatacaaaacatggaaaattagccttcaagagat ggcacaaattagaaggaaatttgagttgtttacatatacaagatttgactcagagattac aatagtcactgcagcagctgctcaaggagaag------ataatggacatattgtgttaca atttatgtatgtacccccaggagcacctgtacccaagaatcgtgatgactttacatggca atcaggcacaaatgcatctgttttctggcaggaaggacaaccataccctagatttacaat cccttttatgagcattgcatcagcttactatatgttttatgatggctatgatggtgatga tgct------aaatcaatatatggttctgtggtaacaaatgacatgggaactatatgtgt tagaatagtcacatccaaacaaagacacaatttaaacattgtctgtcgcatttaccacaa agccaagcatataaaagcatggtgtccacgcccaccaagggctgttccttatcaattcac acattctactaattac------ataccagatagtgg---------------------tg- --aggtaacaacacaaatcaaacccagaac---------c---aatgttttt-------- -----------actattacat---------ctgctggaccatcctctatgttcgtgcatg tgggtaatttgatttacagaaaccttcatctcttcaactctgatc---tagatgattcta ttcttgtctcatactctag------tgatttaatcatacaccgaacaaacactgaaggtg atgatataattcctaattgtgattgcactgaatgcacatattactgtcatcatagagata gatatttccctatcaaagttactgcacatgattggtatgaaattcaagaatcagaatact acccaaaacatattcaatacaacctgttgattggagaaggaccttgtgagcctggagatt gtggaggtaaattactgtgtaaacatggagtcatcggtatagtgacagctggaggtgatg gccatgttgcctttattgatcttagaaagt------ttcaatgtgctgaagaacaggg-- -actctcagattatgtggagcatttgggacaagtttttggtgtaggttttgtagatagca ttaaagaacaggtgaatttcatcaacc------ctactagtaaaattggatcaaaggtag ttaaatggctactaaggatagtttcagctatgataataatggttaggaatagttcagatc ctcaaactataattgccaccctcaccttgttgggctgctcagggtcgccatggaaattcc ttaaggagaaattttgtgcatggctccaacttaactatgtgcataaacaatct---gatt catggcttaagaaattcactgaagcatgcaacgctgcacgcgggttggaatggattggac aaaagatatccaaatttatagattggattaagggta---tgttaccacaagcccagttaa aagttgattatttaaccaaattgaagcagctcaatttgttagaaaagcagatagaaa--- ---caatcagactagccccagctaatgatcaggagaaaatctttacagagataagcaccc tccatgatttatctttgaaatttttaccattatatgcgtctgaagcacgcaggattaaaa atttgtatattaaatgcaacaacatcat------caagggagggaagcgaaatgaaccag ttgcagtacttatacatggttctcctggtactgggaaatctcttgctacttctgttcttg ctcgaatgttaactgttgaaactgac------atatactcattacccccagatcccaaat attttgatggatatgatcagcagagtgttgtcatcatggacgacatcatgcaaaatccta atggtgaagatatgacgctattttgtcaaatggtgtctagtgtccctttcatacctccta tggcagatcttccagacaaaggaaaaccatttacatctaaatttgtgcttgcaagtacta accatactctcctcacaccaccaacagtatcttcactaccagcaatgtcaagaagatttt attttgatctagatattcaagtcaagaaagattatcttttagat---gggaaactagata tagcaaaaagcttccggctctgtgacatcaacaccaaaataggtaatgccagg---tgct gcccatttatctgtggtaaagctgtagaattcaaggatagaaacacatgtaatgtcttgt ctttatctcaactctataaccatatcagagaagaagatagaaggaggagtagtgcagcac aagcaatggaggctattttccaagg---tatagatt---------------------tgc aatctccaccacctccagctataactgatctactgagatctgttagaactccagaaatta tcaaatactgtcagggtaataattggattgttccagctgaatgctcta---ttgagagag acttagggatagcaaacatggctataagtataatagccaatgtagtatctatagtaggtg ttatttatataatatacaaactgttttgcacacttcagggtccatactcaggagaac--- caaagcccaaaagtagagctccagaa---agaagagtggtcacccaaggtccagaggaag agtttggtcgttcactgcttaaacataactgctgtattgtaacaactgataaaggcaaat ttacaggtcttggtatatatgatcaagtcatggtgcttccaacacattctgacccaggct ctgaaatcttggtggatggagtgaaagttaaaatctctgattcttatgacctacataatc atgagggtatcaagttggaaattacagttgtaaagttagttagaaatgagaaattcaagg atattagaaaatatttaccctcgcgtgaagatgattaccctgcttgcaatcttgccttac tagctaatcaagatgaacctacaataataaatgttggagatgcagaatcttatggcaaca tattattaagcggcaccaacaccgcacgaatgatcaagtaccattatccaacgaaagctg gatattgtgggggtgtcttgtacaaagttggctccattctcggtatccatgttggtggta atggtagagatgggttttctgcgatgctcctcaaatcctactttggtgaaactcaaggtt tgatcactaaagaactacctgtatctgttaagaatttgccatccatacatgtttcatcca agactcgcttacaacccagtgttttccatgacgtttttcctggaacaaaagaacctgcag ttctaagtaataatgatccaagattagaaactgactttgacacagcactcttctcaaaat ataaaggcaatcctacttgtgaagtgaccccacacatgaaaattgctgtagcacactatg cagcacaattatctacactagatataagcacccaacccctttcactagaagagagtgtgt ttggtattgatggattagaggctctagatctaaacactagtgcaggatttccttatgttt cattaggaataaaaaagaaagaccttatagataagaaaacaaaagatatcacaaaactta agaaagcaattgacaaatatggtattgatttacccatggtcactttcctaaaagatgaac ttagaaagaaggaaaaaataagagatggaaagactagagttatagaagctaatagtgtaa atgatactgtgctatttagaagtgtatatggaaatctcttttctacttttcacaagaacc caggtatagttactggttcagcagtgggatgtgatcctgaagtgttctggtcaactatac ctcttatgctagatggagaatgcttaatggcttttgactactcaaattatgatggtagtt tacatccagtttggtttaagtgcttgagcatgcttttggaagatatagggttttcttct- --cagcttattaaccaaatttgtaattccaagcacatatataagtctaaatattatgagg tagaaggaggtatgccatctggatgtgccggtactagcatttttaacacaataatcaata atattattattagaactttagtactagatgcttataagaacatagatttagacaaattga aaattttggcatatggcgatgatgtcattttttcttacaattttaaacttgatatggcag tccttgctaaggaaggggagaaatatgggctaacaatcacccctgctgataagtctgatg tttttcaggagttgacttataagaatgtaacttttcttaaaagaggatttagagctgatg atcgccattcttttcttatacatcctacctttcctgttgtagaaattcatgactccatca ggtggaccaaaaacccttcatgtatgcaagagcatgtgttatctttgtgtcacttaatgt ggcataatggtagacacgcatatc-aggaatttgtcaaaggtatacgcagtgtatttgct ggtcgggcactgtatataccggcttatgaagttcttgagcatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atataa---aa-------------------ctgttaa atgta-gttagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445163.1 Human rhinovirus 85 strain ATCC VR-1195, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatttcctacatggagtt---g tactctgttattccggtaaccttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-ctt-------------c-cccc---------------------- ------ttgcaac----ttagaagt-t-aagcac------gc-agaccaatagg-tggtg attat-ccaaatca-c----t-aacggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttta--aa ctgatacgctccaac-agggc-gaaaacagtgcaaatcgttatccgcaaggtgcctacac aaagcttagtagcg-ctttgg-ag-aatgtgtggttggtcgctcagcta------t--ac cc-cctagtagacctggcagatgaggctagaagcaccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttatg-ggt----------gtgaagccata-catttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctggtgcatgtaatccaacatgttgctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cctttt- ----aatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ac--aaca----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggaacgcactcaactcaaaactc agtctctaatggatccagtctaaattatttcaacataaattattttaaagatgccgcgtc aagtggagcatcaaaacttgaattttcacaagatccaagtaaatttactgatccagtaaa agatgtcttagagaaaggaataccaactttgcaatctccaacagtagaggcttgtggtta ttcagatagaattatacagattactagaggagactctacaataacatctcaagatgtagc aaatgcagtggttggatatggagtgtggcctcactacctaacaccgcaagacgccacagc tatagacaaacccagccaacctgacacatcatcaaatagattttataccttagagagtaa agaatggaccaattcctctcaagggtggtggtggaaactacctgatgcattgaaggacat gggaatatttggtgaaaatatgtattatcattttcttggtagatcagggtatacagtgca tgtgcaatgtaatgcaagcagatttcaccagggaacattattagttgtgatgatccctga acaccaattagctagtgcaaccaagggcaatgtaacagcaggttataattatacacatcc aggagaactaggtagaattgttggacaaacaagggct-----------gaaataaaca-- -acaagcaacctagtgatgacaattggttaaattttgatgggacttttcttggcaatgtt ttaatatttccccaccaatttattaacctgagaagcaataactcagcaacaatcattgta ccatatgttaatgcagtaccaatggactcaatgcttagacataataattggagtttggta attattccaattagtccccttaaaagtgataccactgccacatcaa---aagtccctatc actatatcaataagtcccatgtgtgctgaattctctggcgctagagcaaggcctg----- -ttgca------------------------------gctg------cacaaggtttacca gtataccttacaccaggttcaaatcagttcatgaccacagatgactttcaatctccatgt gccttaccctggtatcatccaaccaaagagatttttatacctggtgaggttaagaacctt attgaaatgtgccaagtggataccctaataccaataaataacacttctcaaaat---ctg cgtaacattaataagtacactgttcaattaactagtcaagtaaatt------tagctcag gaaatctttgcaataaaagttgatgtggcttcacaacctttgtccagcacacttcttgga gaaatttgttcatactatacacactggactggtagcctacggtttagtttcatgttttgt ggtactgctaatacaacacttaaacttctgcttgcctacacaccacctggaatagataag ccaaagaacaggaagcaagccatgcttggtacacacatagtatgggatgtgggtttacaa tcaacaatatcactggtggtaccttgggtgagcgctagtcacttcagatatacaacacca gatacatattctgccgctggctacataacatgctggtaccagactaattttgtgttccca ccaaatacacctgctacagctgatatgctatgctttgtttctgcttgcaaggatttttgt ctacgaatggccagggacactgatatgcacgtgcaagatgtgccaattactcaaaat--- ------cctgttgaaaaatacgttgatgaagtccttaatgaggttctagtggttccaaat atcaaagagagtcacccaactacatcaaattcagctcctgctttggatgcagcagagact ggccatacaagtagtatacagcccgaggatacaatagagaccaggtttgttcaaacttca cagactagggatgaaatgagtttagaaagtttcttgggaagatctggatgtatccatata tctacaattactgtga-ataacaaccta-------------------------------- -gattatgatga---------aaatcactttgatcagtggcagataactatacaggaaat ggcacaaattagaaggaagtttgagttctttacttacactagatttgattcagaaatcac tttagtcccttgtatagctggaaagggtgatg------atattggacacattgtaatgca gtatatgtatgtgccccccggagcaccaataccaaggaaaagagatgattacacatggca atcaggtactaatgcttccgtgttttggcaacatgggcaaactttccccagattttcctt acctttcttgagtgttgcttcagcatattacatgttttatgatggttatgatggtgatac acca------ggctcaatgtatgggacgtcagtcaccaaccacatgggaacactgtgctc gaggatagttaccaacaaacagcagcatgaggttgaaatcaccacgcgtgtgtatcataa ggccaagcatgtaaaggcttggtgtccaagagcaccaagagcggtgccttatacacacac acgctcaaccaactat------gtgccacaagatgg---------------------tg- --aagttaagatcttcctcaaagagagagc---------t---agtttaacc-------- -----------aca------------------gcagggcccagtgacatgtatgtgcatg ttgggaacttaatttacagaaacctacacctctttaattctgaaa---tgcatgattcaa ttttagtgtcttattcctc------tgacttagtcatataccgaacaaatacgataggtg atgactacattcctacatgtgattgcaccgaagccacttattactgtaaacataaaaata ggtattatccaattagagtcacaagtcatgattggtatgaaattcaggagagtgaatact atccaaaacatatacaatacaatcttttaattggagagggaccatgtgaacctggtgatt gtggaggaaagttattatgtaaacatggtgtgattggtataatcactgctggtggagaag gacatgtagctttcattgacctcagacatt------tccactgtgctgaagaacaggg-- -cataactgattacatccacatgcttggtgaggccttcggcacaggatttgttgatagtg tcaaagaacaaattagtgccattaacc------caatcaacaatattagtaagaaaataa ttaagtggctccttaggattatatcagctatggttataatcataagaaattcatctgacc cacagacaataattgctacattaactctaattggttgctcaggttctccttggagatttc ttaaggaaaaattctgtaaatggacccaattaacttatattcacaaggaatct---gact catggcttaaaaaattcacagaaatgtgtaatgcagcaagaggcttggaatggattggaa ataaaatatcaaaattcattgaatggatgaaatcca---tgcttcctcaagctcaattga aggtcaagtacttgagtgaattaaagaaattaaaccttcttgaaaagcaaatagagc--- ---atctcagggttgctgattctcatacacaagaaaaaataaaacatgaaattgacaccc ttcatgatctttcatgtaaatttcttccactttatgcaagtgaagcaaaaagaatcaaaa tattacacaacaagtgtagtgcaattat------caaacaaaagaaaagatgtgaacctg ttgctgttgtaattcatggtgagcctggtactggcaaatctatgactacaaactttttag ctaggatgataacaagtgatagtgat------atctactccctacctccagatcccaaat attttgatgggtatgatcaacagagtgtggtcatcatggatgatgttatgcaaaatccta gtggggatgacatgactttgttttgtcagatggtatctagtgtcacattcataccaccta tggctgacttaccagacaaaggaaaaccttttgattctagatttgtgctgtgtagtacta atcataatttgttggcacctcctactataacctctctaccagccatgaatagaagattct tccttgatttggatattattgtgtgtgataaatataaagatgcacaaggaaaattaaatg tgtgtgcagctttcaaaccctgtgatattgacacaaaaattggaaacgctaaa---tgtt gcccttttatatgtggtaaagctgtcattttcagggaccgaaacacgtgtcaaacttaca cactggcacaagtctacaacctaatacttgatgaagacaaaaggcgtaggcaagtcattg atgtaatggcagcaatatttcaaggaccaatctcac---------------------ttg taggaccaccaccagcagcaataagtgatctcttgcaatcagtcagaaccccagaagtga ttagatactgtgaagtgaacaaatggataatacctgctgaatgtaagg---tagagaggg atttaaacattgcaaacaccattattacaattattgcaaacattattagcatttctggaa ttatatacgtcatatacaaactcttttgcacactacaaggtccatactcaggtgaac--- ccaaacctaaaacaaaaataccagaa---agaagagtagtagcccaaggaccagaagagg aatttggcagatcactcatcaaacataactcatgcatagtgaccacttcaaatggtaaat ttacaggtttagggatatatgacagaacgctgatcataccaacacatgctgatccaggta aagaggtgcaaatagatggcattacaacccaagtacaagactcttatgatttatacaata aggatgggataaagttagagatcacagttcttaaactgaaaagaaatgagaaatttaaag atattagaaaatatatcccagaaaatgaagatgattatccagactgcaatttggcccttt ctgcaaaccaaccagaaaccaccataattaatgttggggatgtagtatcatatggtaata tcttactcagtggaaatcaaacagcaagaatgcttaaatacaactacccaacaaaatcgg gatattgtgggggaattttgtacaaaattggtcaggttttaggcattcatgtcggtggta atgggagagatggatttgcagctatgttactgagatcctatttttcagagacccaaggac aaataatttccactaaatctactactgagtgtaattatcctagtgtacatacaccaagca aaaccaagttacaacctagtgtcttttatgatgttttccctggtaataaagaacctgctg tgctctcagaacatgatcctagattgaaagttgacttcaaggaggccttgttctccaagt acaagggaaatggcccatgtgagatgaatgatcatattaaggtagcaatttcccactatt cagcacagttgatgacactagatattgactcaaatcccatttctttggaagatagtgttt ttggtatggaaggtctagaagctcttgacctcaataccagtgcagggtttccttatgttt ctatgggtattagaaagagggatttgattaacaagcaaacaaaggacattactaaactga agatggcattagacaagtatggtgttgatttacctatggttacattccttaaagatgaac ttagaaagaaggaaaaaatttctgctggcaagacaagggtcatagaggctagtagtgtaa atgatactgtgttgtttagaacaacctttggaaaccttttctcaaaatttcacttgaatc caggaattgtgactggttctgctgtaggttgtgatccagagacattttggtcaaagatac cagtaatgctagatggtgagtgcataatggcatttgattacacaaattatgatggaagta tacaccctatatggttccaagcccttaaagaagtcttatccaacttggggtttgactcc- --aatttaatagacagaatatgtaagtcaaagcacatttttaaaaacatgtattatgaag ttgaaggaggggtaccatctggctgttctggaacaagtatattcaatacaatgattaata atattatcattagaacattagttttagatgcatataaaaatattgacttggataaattga aaataatagcatatggagatgatgtcatattttcatataaatatcaattggatatggaag caattgctaaagagggtgtcaaatatggtcttactataaccccagcagataaatcaagtg aatttaagcaattgaattacaataatgtgacttttttaaaaagaggatttaaacaagatg acaaatatcaatttttgatacatccaacctttccaattgaagagattcaagagtccatac gatggactaagaaaccatctcagatgcaggaacacgttttgtcgttgtgtcacttaatgt ggcataatggcaaagacgtataca-agcagtttgagcagaagatacgcagtgttagcgct ggacgtgcactgtatattcctccctacgagctgcttttgcacgagtggtatgaaaaattt tagat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------gtaataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445175.1 Human rhinovirus 100 strain ATCC VR-1300, complete genome -------ttaaaactgaatccagattgtt-cccatctggatttcctacatggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -c----------acc-cct-------------t-cccc---------------------- -------cgtaac----ttagaagt-t-tgaaaca-----aa-agaccaatagg-aggta actat-ccaagtta-c----t-ataggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaattgagatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtagta-tcttga-aa-agcatgtggttggttgctccgctg------t--ac cc-cacagtaaacctggcagatgaggctagaagttccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcactc---tttg-agt----------gcgaagccata-tgtttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatgcaatccagcatgtggctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac---tt---ttttc-ctttta- ----taattgcttatggtgacaa-tatat-agt------------ga------tatatat tgacaccatgggcgcacaggtatccagacagaacgttggcactcactcaacacaaaacac agtatcaaatggatctagtttaaattattttaatataaattatttcaaagatgcagcatc tagcggtgcctcaaagttagaattctcacaagacccaagtaaattcacagaccctgtcaa agatgtccttgagaaaggaattccaacactgcaatccccaacagtggaagcctgtggtta ttcagataggatcatacagataactagaggtgattcaacaataacatcacaagatgtggc taatgctgtggttggttacggtgtttggccccactatctgagtgcagcagatgcaactgc tattgacaaacctacacaacctgatacatcttcaaacaggttttacactttggaaagtaa aatatggacaggtacctcacagggttggtggtggaagttgccagatgcgcttaaagatat gggcatttttggagaaaacatgttctaccattatcttggtagaagtggatacactgttca tgtccaatgtaatgctagtaagtttcatcagggaactttgttagtagttatgataccaga gcatcaattggcaagcgcacacaccggcaatgttacagctggttacaattttacacaccc tggtgagaagggtagaactgttggtgatgaacgcaaa-----------ca---tcgcg-- -aaaaacaacctagtgatgacaattggctgaattttgatggtaccttattaggcaatgct ttaatatttcctcaccagttcatcaatttgaggagtaataattctgcaactattatagtc ccatatgtgaatgctgtacccatggattcaatgctcaggcataataactggagtttagtg attatcccaattagtcctttgaaatctgaacctggcgccagcgcct---tggttccaata actatatccattagtccaatgtttgctgaattttctggagcaagagctaagacca----- -ttgca------------------------------gcac------cacaagggctccca gtgtatataacacctggatctgggcagtttttaacaactgatgatctgcagtcaccatct gctctgccatggtatcatcctactaaggaaattctgatcccaggtgaggttaaaaattta atagaaatgtgccaagttgatacattaattcccattaacaacacgatagcaaat---ttg aggaaggtaaacatgtacacaatacagttaactaatcaaactgaaa------tggctaag gagatttttgcaatcaaagtggatattgcctcacaacctctttcaagtactatgattgga gaaatagctagctactttacacattggactggaagcttgcgcttcagtttcatgttttgt ggtacagcaaacaccactcttaaattactgctagcctacacaccacctggcattaggaaa ccaacaaccagaaaacaagccatgcttggtactcacatagtttgggatgtggggttacaa tcaaccgtgtcacttgttgttccgtgggttagtgctagtcactttagatataccactcca gacacgtactcagcagctggctatataacatgctggtatcaaacaaactttgtgttccca cccaatgcacctaatacagcagacatgttatgttttgtgtcagcgtgtaaagacttctgt ctgcgcatggccagagacacagacatgcatatacaaaatgatgccatacaacaaaat--- ------ccagtagaaaattatgttgaaggtgtgctgaatgaagtactagtggtacctaat attagagagagccatccaagcacctcaaactctgctccaatccttgatgctgctgaaact ggccacactagtaatgtgcaacctgaagatacagttgaaactcgatatgtgcagacatca cagaccagggatgaaatgagtattgagagctttcttggaagatctggttgtatacacacc tcaacaattactgtaa-gtaaaatgaaa-------------------------------- -aattataatga---------gcacacttttgacaaatggcaaataaccctacaggaaat ggcccaaattagaaggaaatttgaaatgtttacatatgtcagatttgactcagaaatcac attggtaccctgtattgcaggaaaaggagatg------acatagggcatatcgtaatgca gtacatgtatgtgccacctggagctccagttccaacaaaaagggatgattttgcatggca atcaggcacaaatgcatcagttttttggcagcatgggcagccattccctagaatttcttt acctttcttgagcattgcttctgcatactacatgttttatgatggatatgatggtgatac acat------gattcacactatggtactactgtaattaaccacatgggtacactttgtat gaggatagttacaaatcagcaagcacatgaggtggaaattactactaatatctatcacaa ggccaaacatgttaaagcttggtgcccaagaccacctcgggctgtgccgtacacacatag tcactctacaaattac------aaaccacatgaggg---------------------tg- --atgtaaagattttcattagacccagaga---------t---gatccaaagt------- ------ttgtaact------------------gctggaccaagtgacatgtatgtgcatg taggcaatttgatatacagaaatctccacctattcaactcagaga---tgcatgattcaa ttttggtgtcatattcttc------agatttagtcatttaccgaacaaacactacaggta atgactacatccccacctgtgattgcactgatgccacatattattgcaagcacaaggaca ggtattatcctataaaagtcactagtcatgattggtacgaaattcaagagagtgagtatt atcctaaacatatccaatacaatcttttaataggtgagggaccatgtgaaccaggtgact gtggaggaaaactattatgtaaacatggagtgattggcataattactgcaggtggtgagg gtcatgtggcatttattgacctaagacaat------ttcattgtgtggaagaacaagg-- -agtaactgactatgtccacatgctgggtgaagcttttggcatgggttttgttgacagtg ttaaggatcaaataaatgctatcaatc------caattaatggtatcagcaaaaagataa tcaaatggcttcttagaatcatctctgcaatggtcataattattaggaattcttctgatc ctcaaacaattatagcaacattaactttaattggatgctcaggttccccatggaggttcc tcaaggaaaaattttgcaaatggacacaattaaattatatacataaggagtcc---gatt catggcttaagaaattcactgaaatgtgcaatgcagctagggggctagagtggattggaa ataaaatatcaaagttcattgaatggatgaaatcaa---tgcttcctcaagcccagctta aggttaaatacttaagtgaacttaagaaattaagttttcttgagaaacagatggagc--- ---accttagagttgctgatacacaaactcaggaaaaaatcaaacatgagattgatactc ttcatgatctgtcttgtaaatttcttccactttatgctagtgaggctaaaagaattaaaa ttttacataataaatgcaatgccattat------caaacaaagaaagagatgtgaaccag ttgcagtagttatacatggtgaacctggtactggtaaatctatgactacaaatttccttg ctagaatgattacaagtgacagtgat------atttattctttacctcctgatcctaaat attttgatggatatgatcaacaaagtgtggttattatggatgacatcatgcaaaacccga gtggagatgatatgaccttgttttgccaaatggtatctagtgttacatttataccaccaa tggctgatttgcctgataagggaaaaccctttgactcaagatttgtgttgtgtagcacta atcacaatttgttagcaccccccacaatcacatcattaccagccatgaacagaagatttt tcttagatttagatattattgtttgtgataaatataaagattcccaaggtaaattaaatg tatctgctgcttttaaaccatgtgatgtagatgcaaaaattggaaatgcacgg---tgtt gtccatttatctgtggaaaagctgttgtcttcagagatcgtaatacatgtcaaagctaca cattggcacaagtatacaatcaaatacttgttgaagacaaaagacgtcggcaagttattg atgtcatggcagcaattttccaagggcccatttcac---------------------ttg atggacccccaccggcagcaataagtgacctactacaatcagttaggacccctgaagtca ttaagtactgtgagaacaatagatggattattccagcagaatgcaagg---ttgaaaggg acttaaatattgctaatactataattacaatcattgcaaacatcattagtatatctggga ttatctatgtcatatacaaactgttttgcacactgcagggaccatactcaggtgaac--- caaaacctaaaactaaagtaccagaa---agaagagtggtggcacagggaccagaagaag aatttggtcgatcactcattaaacataactcatgtgttgtaaccacaaataatggaaagt ttacaggattaggtatttatgatagaacattgattatacctacacatgcagaccctggta gagaagtacaaattgatggcattgccacaaaggtagaagattcatatgatctatataata aggatggaattaagctagaaatcacagtacttaaattgaagagaaatgaaaaattcaaag atattagaaagtatataccagaaaatgaggatgattacccagattgcaacctggctcttt ctgccaaccaaccagaaaccactataatcaacgttggagatgttgtatcatatggtaaca tcttgcttagtggtaaccaaacagctagaatgctaaaatacaactatccaacaaaatcag gctattgtggtggcattttgtacaaaattggtcaagttcttggcatacatgttggtggta atggaagagatgggtttgctgctatgttactgcggtcttacttctctgagacgcagggtc agataattaccactaaaaccacacttgaatgtaacttacccagcattcatacaccaagta aaaccaagttacagcccagtgtattttatgatgtcttccctggtagtaaagaaccagctg tcctttcgagtagtgatcctagattagaggtggattttaaggaagctctattctccaaat ataagggaaatgaacattgtgttttaaacgatcatattagggtagctgtttcacattatt cggctcaactaattactttggatattgatccaaaacctatttctttagaggatagtgtct ttggtatagagggcttagaagcccttgaccttaataccagtgcaggatttccttatgtgt ctatgggtattaagaagagggatctgatcaataaacaaactaaagatgtaacaaaactta aaatggcactggataagtatggggttgatctgcccatggttacatttcttaaagatgaac tcaggaagaaagagaagatccgtgctgggaagacacgtgtgattgaagctagtagtgtaa atgatactgtactatttaggacaacttttggtaacctattttctaagtttcatttaaacc caggaattgttactggttcagctgtgggatgtgatccggaaaccttttggtctaaaatac ctgtaatgttagatggtgaatgcataatggcatttgattacacaaattatgatggaagta tacatcctatttggtttcaagctcttaaagaagtgttaaccaatttatcttttgatgct- --agtttaatagataggctatgtaaatctaagcacattttcaaaaacatgtattatgaag ttgaaggtggggtcccttcaggatgttctggaactagcatattcaacacaatgattaaca acatcattattaggacgctggtattggatgcttataaaaacatagatttagataaattga agattatagcctatggtgatgatgtaatcttttcatataaataccaacttgacatggagg caattgctaaggaaggcaccaaatatggattggcaataactcctgctgacaaatccaatt gcttcaaacaacttgattatgataatgtgacatttttaaagagaggatttaggcaagatg aaaaacaccaatttctaatacacccaacatttccagttgaagaaattcaagaatccatac ggtggactaagaaaccatctcagatgcaagaacacgtcttatcactgtgtcatttaatgt ggcataatggtagagatgtgtata-agcagtttgaggataagatacgcagtgttagtgct ggtcgcgcactgtatatacctccttatgatctgcttctgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------atattaa --aca-gttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445143.1 Human rhinovirus 60 strain ATCC VR-1473, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatctcctaacgggagta---g tacactattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ga----------tcc-cct-------------ccccct---------------------- -----tttgtaac----ttagaagt-t-aaacaa------aa-tgaccaatagg-cggca atctc-ccagattg-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacagctgagatcgttacccgcaaagtgcctacgc aaagcttagtaaca-cttttg-aa-gttacgtggttggtcgctcagcca--------aac cc-catggtagacctggcagatgaggctagaagtaccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tctg-ggt----------gtgaagccata-taatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatgcaatccagtatgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----t---tttat-ccttat- ----tgattgcttatggtgacaa-tatat-agt--------at----------tatatat tgacrccatgggcgcccaggtatctagacagaatgttggtacacactcaactcaaaatgt ggtttctagtggatctagtttaaattatttcaacatcaattatttcaaagatgcagcctc gagcggtgcatcaaaattggaattttcacaagatccaagtaaattcactgatccagtcaa agatgtactagagaaaggcattcccactcttcaatccccaacggtcgaagcgtgtggata ctctgacagaatcattcaaattactagaggagattctactataatatcacaagatgtggc caatgctgttgttggctatggagtatggcctcactatctcacagcacaggatgccaccgc aatagacaaaccatcacaacctgacacatcatctaatagattttatacattagagagtaa attgtggacaaatgaatcaaaaggttggtggtggaagttgcctgatgctcttaaggatat gggtgtttttggacaaaacatgtactaccacttcctcggaagaagtggttatacagtcca tgtccaatgcaattctagcaaatttcaccagggcacattgatagtagcaatgataccaga acatcaattagcagcagcagaaaagggaaatgtaactgctggttacaacttgacacatcc aggtgagaaaggtagaacaattggaatacccgatcgt-----------ttgcatccaa-- -gtaaacaacctagtgatgacaattggttaaatttcgatggcacattgctaggaaatata accatctttccacatcaattcatcaacttgaggagcaacaattcagctacaataattgtt ccttatgtgaatgcagtacctatggattccatgctcagccataacaattggagtttggtt ataatccccatctgtcctttagaagttagtactactggaactaatg---gtatacctata actgtgtctatcagtcctatgtttgctgaattttctggtgcacg---------------- --tgct------------------------------agaa------gccaaggtttgcca actatgctaacacctgggtctggacaatttatgactacagatgatttccaatcaccttgt gcactaccatggttccaccccacaaaggagatttcaatacctggtgaagttaagaatttg attgaattgtgccaagttgatagtatgattccaataaataatgttgcagacaaa---atc aggagtgtggacatgtatacagtagtgctgcagagacaagatgaac------taatgcaa gaggtctttgctataagggttgatgtggcatcgcaaccgcttgcaacaacattaattggt gaaatctcaagttattatacccaatggactggaagtctccgcttcagcttcatgttttgt ggaacagctaatacaacacttaaacttttaatagcatacacacccccaggcatagcaaaa cccaaaagtaggaaagaagcaatgttgggaacccatattgtatgggatgtgggtttacaa tcaacaatatccatgattgtaccttgggttagtgctagccatttcagaaataccacacct gatacatactcttcagctgggttcataacatgctggtatcaaactaatcttgtgtttcct ccagataccccaaccactgctagaatgctttgcttcgtatctggctgtaaagatttttgt ctacgtatggctagagatacaaacctgcacaaacaatctggtatcattacacagaat--- ------ccagtagaaagctacatagatggggtcttaaacgaagtccttgtggttccaaac attagggagagccaacccactacttctaattctgctccagcattggatgctgctgagact ggtcacactagtaatgtacagcctgaggacgtgattgaaacacgttatgtgcagattaca caaactagagatgagatgagtgttgagagcttcctcggcagatctggatgtattcatatt tccaaattagaaattg-actatagt----------------------------------- -aactacaatgag---gagaataaaaatttcacaacttggcaaattaacctaaaggaaat ggcacaaataagaagaaagtttgaattatttacatatgtaagatttgattcagaattgac tctggtcccatgcatagcagcaaaaaatgatg------gcataggtcatgttgtcatgca atacatgtatgtccccccaggagcaccattacctactaaaagagacgattacacatggca atctggcacaaatgcttctgtattttggcagcatggacaaacataccctagattttcact tccatttctaagtattgcatctgcctactacatgttttatgatggttatgatggtcactc aact------gaatcacattatgggacggttgtgaccaatgacatgggaacgttgtgctc cagaatagttactgaacaccatggtacacaggttcacgtcgcaacaagaatatatcataa agcaaagcatgttaaggcttggtgtccaagacctccaagggcagttgaatatagacacac acatgtaaacaactat------agaccagatgatgg---------------------ag- --aagcagccataacaatccccattagaac---------t---gatatacga-------- -----------gcaatcagaa---------cagttggtcctagtgatatgtatgtgcatg tagggaacttaatatatagaaatttacatttgtttaactcagaaa---ttagtgattctg ttttagtttcttactcatc------ggatttagtcatttaccgaacaaacaccacaggtg atgactacattccaacttgtgactgtacagatgcaacatattactgcaagcacaaaaaca ggtattatccaatcaaagttaccagccatgattggtatgaaattcaggaaagtgagtatt acccaaaacatatacaatacaacttattaattggtgaagggccttgtgaacctggtgatt gtggtggaaaattactatgtaagcatggtgtgattggtatcatcacagctggtggagaag ggcatgtggcgtttatagatctacgccact------tccattgtgcagaggagcaagg-- -aatcactgattacatacatatgcttggagaagcatttggtaatggatttgtagatagtg taagagatcaagttaacgccataaatc------caattaataatatcagtaaaaaattaa ttaaatggatgcttaggataatttcagcaatggtgataataattagaaattcttcggacc ctcaaacaattgtagccacactaacattaatagggtgctctggatcaccatggcgttttc ttaaggagaaattctgcaaatggacacaattaacttatatccataaggaatca---gact catggcttaaaaaatttacagaaatgtgtaatgcagctagaggtcttgagtggattggta ataaaatatctaaatttattgattggatgaaatcca---tgctaccacaagcacaattaa aagtcaaataccttagtgaattgaagaaattaaatttactagaaaagcaaattgaga--- ---atttgcgtggtgctgatactaatacacaagaaaaaattaaattagaaattgacacac tacatgatttgtcctgtaaatttctccctctatatgctagtgaagctaaaaggattaaag tattattcaacaagtgcaacacaatcat------aaagcagaagaagagaagtgaaccag ttgccatcatgatacatggcccaccaggaacaggcaaatctataacaaccagtttccttg caaggatgataaccaatgagagtgat------atttattcattacctccagacccaaaat actttgatggttatgatcagcagagtgttgttataatggatgatattatgcaaaatccag atggagaagatatgtcactattttgtcagatggtatcaagtgtggcatttatacctccaa tggctgatcttccagataaaggtaaaccatttgactctagatttgttttttgtagtacaa atcaatccttactagctccaccaactattacctctctctctgcaatgaatcggagattct atctagacttggacatcacagttcatgataattataaggataatctgggtaaactggatg tgccaaaggcattcaaaccatgtgatgttgacacaaaaataggtaatgctaaa---tgtt gtccatttatctgtggtaaagctgtgtcattcaaagatcgcaatacctgccaggtgtacc cacttagtcaaatctataatttaattatagaagaggataagcgccgtagaaatgttgttg atgttatgtcggcaattttccagggccctatatcca---------------------tga atgctcccccaccaccagcaatagcagatttgttgcaatcagttagaactccagaagtca ttaaatactgtgaggagaataaatgggttatcccagcagattgcaaaa---tagaacgtg atttaaacttagcaaataatataacaacaatcatagcaaacattattagtatagcaggta ttatatttgtaatttataaattattctgttcacttcaaggtccctattctggggaac--- ctaaacctaaaactaaagttccagaa---aggagagtagtagcacagggaccagaagaag aatttggtcggtcacttattaaacataactcatgtgtggtaaccacctcaaatggtaaat ttacaggactaggaatttatgatagaacactcattataccaacacatgcagacccaggta aagaggtacaaatagatggtattacaactacagtacaagattcttatgatttatacaata aggatggggtaaagctagagatcacagttcttaaacttaagagaaatgagaagttcaaag acatcagaaagtatattccagagaatgaagatgattacccagattgtaatttggctttat ctgctaaccagccagaaactaccataattagtgttggagatgtcgtgtcatatggcaaca tcttacttagtgggaatcagacagcaagaatgcttaaatacaattaccctacaaaatcag gatattgtggtggaattctatataaaattggacaagtcttgggtatacatgttggtggta atgggagagatggatttgcagctatgttactaagatcttacttcacagaagcacaaggcc aaataaccaccaccaaaactactgctgagtgtaacttacctagtattcacaccccaagta aaaccaaattgcaacctagtgtattttataatgtctttccaggaaacaaagagccagctg tactttcagaacatgaccctagattaaagactaactttaaagaagctttgttctctaagt ataaaggaaataaccagtgtgagattaatgaccatattagagtggcaatttcccattatt cagcacaattggcaacattagatattgacccaagtccaatttctttagaagatagtgttt ttggtatagaaggactagaagcacttgatctcaacactagtgctggatttccctatgtct ccatgggtattaagaaaagggatctgattaataagcaaacaaaagatatcacaaagctta agatggcaatggacaaatatggtgttgatttacccatggtcacatttcttaaagatgaac ttagaaaacaggaaaagatttctgctggaaaaacacgtgtcatagaagctagtagtgtaa atgatactgtactatttagaacaacatttgggaatctcttttcaaaatttcatttaaacc ctgggattgtaactggttccgctgtgggttgtgacccagaaatattttggtctaaaatac cagctatgttaaatggtgaatgtttgatggcatttgattacacaaattatgatggtagta ttcatccaatgtggttccaagctcttaaagaaattttatctaatttggggtttcaacct- --gatctaatagacagattatgcaagtcaaaacacatttttaaaaacatatactatgagg ttgaaggtggtgtaccatcaggctgttctgggaccagtatattcaacacaatgataaata atgtcataatcagaacattagttttagatgcatataaaaacattgatttggataaactta aaataatagcatatggtgatgatgttattttctcatacatatatcaactagacatggagg caattgccaaggaaggttcaaaatatggcctcacaataactcctgctgataaatctagtg aatttaaacaattggattatagtaatgtaacttttctaaaaagaggatttaaacaagatg acaaatatcattttttaatacatccaacttttccaattgaagagattcatgagtccatac gatggacaaagaaaccatctcagacacaagaacatatcctttcactgtgccatttaatgt ggcacaatggtagggatgtgtaca-agcagtttgaacacaagatacgcagtgtgagcgct ggtcgcgcactgtacattcccccttatgaattgcttcagcatgagtggtatgagaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------ataataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445144.1 Human rhinovirus 61 strain ATCC VR-1171, complete genome -------ttaaaactgggtctgggttgct-cccacccagaccacccatgtggtgtt---g tacactgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------ga -a----------ctc-ccc-------------tacccc-tt------------------- ------ttgtaac----ttagaagc-t-aaacac------at-cgaccaatagc-aggca atcac-ccagattg-c----t-tatggtcaagta-cttct-gttt-ccccggtctc--ct ctgatatgctctacc-agggc-aaaaacagagtagatcgttatccgcaagatgcctacgc aacgcctagtaaca-ctttga-ag-tgtttttggttggtcgctcagtta------caacc cc-agtaatagacctggcagatgaggctagatatcccccactggcgacagtgatctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct-ttatg-ggt----------gtgaagccaaa-catatg acaaggtgcgaagagccacgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aacctcaaccctgcagccattgctcacaagccagtgggtatgtggtcgtaatgagaaatt gcgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttt-acctta- -----ttttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tacag--atatatat tgacaccatgggcgctcaggtatccagacaaaacgttggtactcattctactcagaattc tgtttcaaatggttctagtttaaactattttaacattaattactttaaagatgcggcttc aagtggagcatccaaattggaattttcacaagaccccagcaaatttacagatccagtcaa ggatgttttagagaagggaataccaactctacaatcaccaactgttgaagcatgtggtta ttcagatagaatcatccaaattacaagaggtgactccacaattacctcacaagatgttgc taatgctgtagttgggtatggagtttggccacattacttaacaccacaagatgccactgc tatagataaaccttctaagcctgacacatcttctaatagattttacacattagaaagcca gacctggaccaatgaatccaagggctggtggtggaaattaccagatgctttgaaagacat gggtatttttggagaaaacatgttttaccattttctaggcagaagtggatacacggttca tgtccagtgcaacgccagcaagtttcatcagggaactcttctggtagcaatgataccaga gcaccagctagctaccgctgtaggcggcagtgtatctgcaggatacaattacacacaccc tggtgaaaagggtagggatgttggaaaattaaaccgt-----------gaatccaatc-- -caagacaacctagtgatgacaattggttaaattttgatggcacattattaggaaacttg acaatatttcctcaccaattcattaaccttagaagtaacaactcggctactattatagta ccatatgttaatgctgtcccaatggattcaatgctaaggcacaataattggagtttagtc atcatacccatttgtgagcttagaggtagcggtgttgat---ctca---ccatccctatt acaatttccattagtcctatgtgtgctgaattctctggagcaagagcaaacagc------ ------------------------------------------------caggggttgccg gtcttactaacacccggttctggccaattcatgacaacagatgattttcaatctcccagt gctctaccctggtaccatcctaccaaggaaatttcaatacctggacaggttagaaatcta gtggaattatgccaagtagataccttgataccaattaacaacacagaagccaac---atc agaaataaaaatatgtacaccgtacaacttggtggtgaacctgacc------ctacaacc ccggttttcacaattagggttgatattgcatcacaaccattagccactacacttataggt gaagtttccagctactacacacattggactgggagtgttagatttagttttatgttctgt ggatcagcacttacaacactaaagttattgattgcatataccccacctggtattagagtt ccaagaaatagaaaagaagcaatgcttggtacacatctaatatgggacgttggtctacag tccacagtgtcaatggtggttccctgggtcagtgctagtcattatagaaacacaacccca gatacatattcaatagctggcttcattacatgctggtatcaaacaaaactggtagttccc ccaaacacagcctccacagctgatatgctgtgctttgtttcagggtgcaaagatttctgc ctacgcatggcaagagatactaacttacacaagcaaagtggacctattgagcaaaac--- ------cctgtggaaagatatgtagatgaagttttaaatgaagtgcttgtagtcccaaac attaatcagagcaaccctacaacatccaactcagcaccagtcttagacgctgctgaaaca ggtcataccagcaatgttcaaccggaggacatgattgaaacacgatatgttcaaacctca cagacaagagatgaaatgagtgtagaaagtttcttgggtagatcagggtgcatacatatg tcaacattaaatataa-actatgat----------------------------------- -aactatgatgat---tctattgaaaacttcaaggtgtggaaaataaacctgcaagagat ggcacaaatacgtagaaaatttgagttgttcacatatgctagatttgattcagagattac aattgtaccttgtgttgctgggcaaggtggtg------acattggacacgtggtcatgca atacatgtatgttccacctggtgcacctacacctgagaaaagaaatgatttcacatggca atcaggcacaaatgcatctgttttctggcaacatggtcaagcttatcccagattttcatt accattcctaagtattgcatctgcatattatatgttttatgatggttatgatggagattc tgaa------ataacgcgctatggaacatcagtgacaaatgatatgggtgcattgtgctt tagaatagtaactgaacagcatacaaatcaagttaaaatcacaactaggatttaccataa agctaaacatgttaaagtctggtgtcctagaccccccagagcagtggaatatactaatgt gcatttgaccaattac------aagcccaaagatagtgaa---------------aaac- --aagttaccactttcatcaaacctagagc---------t---aacttaaga-------- ----------gaga-ttagaa---------catttgggcccagtgacatgtatgtgcatg tcggaaatttaatatatagaaatctgcacttatttaattcagagg---cacatgattctg tattagtatcctactcatc------agatttagtcatttaccgcacaaacaccgtaggtg atgactttataccaacatgtgattgcacacaagctacatattattgtaagcacaaaaaca ggtacttcccaatcacagtcactagtcatgattggtacgaaatccaagagagtgaatatt atccaaaacatattcaatataatctattaattggtgagggtccttgtgaaccaggtgatt gtggagggaagttactgtgtaaacatggagtcattggcattataactgctggtggtgaag ggcatgttgccttcatagatttaagacatt------tcctgtgtgctgaagagcaagg-- -agtaacagattatatccacatgttaggtgaggcttttggaaatggctttgtagatagtg ttaaagaacatgtgaatgctataaatc------ctgtaaataatattagtaaaaaagtaa ttaagtggttgttgagaattgtatctgctatggttataataatcagaaactcatctgatc cccaaaccgttgttgccactttaacattaattggatgttctgggtcaccatggagattct taaaagaaaaattctgtaaatggacccaactaacttacattcataaagaatct---gatt cttggctcaaaaaattcaccgaaatgtgcaatgcagcaagaggacttgaatggataggga ataaaatatcaaaatttatagaatggatgaaatcaa---tgttgccacaagcacagctta aagttaaatatttaaatgagttgaaaaaattaaaccttcttgaaaagcagattgaga--- ---acctgagaagtgctgattctaaaactcaagaaaggattaaggttgagatagacacat tacatgatttgtcctgtaaatttcttccactttatgctagtgaagccaagaggatcaagg tgatacacaataaatgtaatactatcat------aaaacaaaagaaaaggagtgaaccgg ttgcagtgatgatacatggttcaccaggtactggaaaatccataacaacaaattttctgg caagaatgataacaaatgagagtgac------atatattcattaccacctgatcctaaat attttgatgggtacgatcagcagtctgttgtcataatggatgatatcatgcaaaatccag atggtgaagacatggcactattttgtcagatggtctctagtgtaacttttatacccccaa tggctgatttacctgataaaggaaaaccctttgactccagatttgttctttgcagtacta accactccatgttggcccctccaacaattacatcccttcaggcaatgaatagacgcttct ttcttgatttagatattgtggtacatgataattacaaagattcacaagggaaactaaatg tgtctaaagcttttaaaccatgtgatgttggaacaaaaataggtaacgcacgt---tgtt gtccattcatttgtggcaaggcagttacattcaaagatcgcaacacgtgcttgagctacc cattgagtcaaatttacaacctaattctccaagaggacaagaggcgtactcatgttgtag atgttatgtctgctatatttcagggaccaatctcta---------------------tgg aagtacctcctcctcctgcaataactgatttgctccgatctgttaagacacctgaagtta ttaaatattgtgaagacaataaatggaccattccagctgattgtaaga---ttgagaggg acttaattcttgctaacaacattattacaattatagcaaacataattagcatagcaggta ttatctacattatatataaactattttgctcatttcaaggaccatactctggtgaac--- ccaaacctaaaacaaaaattcctgag---aggagagttgtgacacagggtcctgaggaag agtttggtcgctccctgatcaaacataacacttgtgtggtgaccactgataatggaaaat ttactggattgggcatttatgacaaactcatgattttacccacccatgctgaccctggaa aagaaatttacatcaatgggattgcaacaagggtcagtgattcatatgatatgtacaata aacaaggaattaaactagagattacagctgtactattggataggaatgaaaaatttagag acattaggagatatataccagagagggaagatgattaccctgagtgtaacctagcactgg tagcaaatcagcctgaaccaactatcataagtgtgggtgatgtcatttcttacggcaata tattgcttagtggcaaccaaacagcacgcatgcttaaatacaactatcccacaaaatctg ggtactgtggtggagtcttgtacaaaatagggcaaattatagggatacatgtgggtggaa atggtagagatggattttcagcaatgttacttaggtcctattttagtgaaactcagggtg aaatcattacatcaaagaaagttcatgaatgtgggtatccaactatacacacccctgcaa aaacaaagttacagcctagtgttttctttgatgtgtttgaaggttcaaaagaaccagcag tgctcacagaaaaggatccccgtttaacaactgattttaatcaagccttattttccaaat acaaaggaaatgttgaatgcaacatgtctgaacacatgaaggttgccatatcacattatt ctgctcaattaatgactttagatatagaccctagcaatataaccctagaggagagtgtgt ttggcactgaaggtttggaagctctcgatctaaatactagtgcaggtttcccatacatta gcatgggtatccgaaagagagatttaataaacaatagtacaaaagatatcaccaagttaa aagtggcccttgacaagtatggagttgatttacctatggtaacattccttaaagatgaac tcagaaagaaaggaaaaatcatggctggcaaaacaagagtcattgaagcaagcagtatca acgatacagttgctttcagaatgacatatggtaaactcttctctagtttccataaaaacc cagggatcatcacaggttcagcggtaggatgtgatcccgaaacattttggtcaaaaatcc cagttatgctcgatggggagtgcataatggcatttgattacactaattatgatggtagta tacatcccatctggtttgaagcactcaaacaagttctcataaatttatcctttgagcat- --aggttaatagacaggttatgtaaatcaaaacacatattcaaggacacttactatgaag ttgaagggggggtaccgtcaggatgttctggcactagtatttttaatacaatgattaaca atgtaataataagaactctagtccttgatgcatacaaatatatagatttagataagctta aaataatagcatatggtgatgatgtcatcttctcttacaaataccctctggatatggaag caattgctgcagaaggaaacaagtatggtttaacaatcacaccagctgacaagtctgata ccttcaagaagcttgattacagcagtgttacattcttgaagagaggtttcaaacaagatg acaaatattcttttttgattcatcctacttttccaatttctgaaatacatgaatcaatta ggtggactaagaagccctcacaaatgcaggaacacgtactatccttgtgtcacttaatgt ggcataatggccgggatgtgtata-aagaattcgaaaggaaaatacgcagtgttagcgct ggacgtgcactgtatattcctccttacgatctcctgttgcatgagtggtatgaaaaattt taat-------------------atatag---aa-------------------ataataa --aca-attagtttct------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445148.1 Human rhinovirus 66 strain ATCC VR-1176, complete genome -------ttaaaactggatctaggttgtt-cccacctagatctcccatgtggagta---g tactctattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-cct-------------t-cccc-tt------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-c-gtgaac------ac-agaccaatagg-tggcg atcac-ccagatcg-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaacggagatcgttatccgcaaggtgcctacgc aaagcctagtaacc-tcttgg-ag-gatatatggttggtcgctcagcta------t--ac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaactccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcactc--ttatg-agt----------gcgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccctaaccctgcagctagtgcatgaaatccatcatgttgctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--aaca----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtttccagacaaaatgttggcactcactcaacacaaaatgc agtatcaaatggatcaagtctcaattattttaatattaactattttaaagatgcggcttc tagtggagcatcaaaattagaattctcacaagatcccagcaaatttacagacccagtcaa agatgttcttgraaaaggaattccaacactccaatctccaactgttgaggcatgtgggta ttcagatagaataatacaaatcacaaggggtgactccacaattacatcacaagatgttgc caatgcagtcgttggttatggtgtttggccacattacttaagtggtgcagatgctactgc tattgataaacccagtagaccagatacatcatcaaatagattttatacccttgaaagtaa agtatggaccccaacttcccagggatggtggtggaaattaccggatgcacttaaggatat gggtatttttggagagaatatgttttatcactatctaggaaggagcggatataccgttca tgtgcagtgtaatgctagtaaatttcaccaaggcaccctgctggtggttatgataccaga acatcaattagcagccgcaagcactggcaatgttgcagcaggatacaatttcacacaccc tggtgaaaaagggagggaagttggaagcccacgagaa-----------ac---gcatc-- -caaaccacccaagtgatgacagttggttaaacttcgatggcaccttattaggtaatgct cttatatttcctcaccagttcattaatcttagaagtaataattcagcaacaataatagtg ccatatgtgaatgcagtgccaatggattcaatgctcagacataataattggagtttagtg ataattcctgttagtccattgaaggcagaaaatgctactagtgtca---tagtcccaata actatatccattagccccatgttcgcagaattctctggagcacgagcccgacctgtgg-- ----------------------------------------------ctcaaggactgccc gtgtacattacacctggatctggacagtttatgactactgatgacctgcaatcaccatca gccttaccatggtatcacccaacaaaagagattatgataccaggcgaggtcaagaatttg atagaaatgtgtcaagtagatactttaattcccattaataacacacaagcaaat---tta aagaaaatcaacatatatacaatacaattgtccaaccaacctaaga------tggctgag gaaatctttgccattaaagtggacattgcatcacagcctttatcaagcactctacttgga caaattgctagttattttacacattggactggtagcttacgctttagttttatgttttgt ggtacagctaacacaaccctgaaattacttctagcatacacaccaccaggcataaggaag cctgagaatagaaaacaggcaatgcttggtactcatatagtgtgggatgtgggtttgcaa tcaactgtgtccctggttgttccatgggttagtgccagccattttagatacaccacacca gatacatactcagcagctgggtacataacttgctggtatcagacaaactttgtttttcct ccaaacaccccaagcacagctgacatgctatgttttgtttcagcatgcaaggatttttgc ctacgcatggctagagatactgacatgcacgtccaaaatgatgccattacacaaaat--- ------ccagttgaagattatgttgagggtgttttaaatgaagttttagtagtaccaaac atcaaggaaagccatccaagcacatcaaatgctgccccaatactagatgcagctgaaaca ggtcacactagtaaagtacaaccagaagatacagttgagactcgttacgtgcaaacatca cagactagagatgaaatgagcatagaaagttttctaggtaggtcaggatgtatccatata tcaacaattaatgtgg-atagcacaaaa-------------------------------- -acatatgatga---------atccaaatttagaacatggcaaattacattgcaagaaat ggctcaaatcagacgcaaatttgagatgttcacatatgttaggtttgattctgaaattac attagtcccatgcattgcaggaaagggtgatg------atataggacatattgtgatgca atacatgtatgtaccacctggagccccaattccagataatagaacacactttgcttggca atcaggaacaaatgcatctatattctggcaacttggacaaccattcccaagattctcgct accttttctaggcatagcttcagcatattacatgttctatgatggttatgatggagatac tcct------gggtctcgttatggaaccacagtagttaatcatatgggtacattatgtat taggattgttacaaatgaacagcaccataatgttgaaattactactagagtataccataa ggctaagcatgttaaagcctggtgtcctagaccacttagagctgtaccatacacaactgt aaactcaaccaattat------atgcctcatactgg---------------------tg- --atctgcaaattttcattaaacctagaac---------a---gatccaaaag------- ------tagtcaat------------------gtaggacctagcgacatgtttgtacatg ctggtaaccttatatatagaaatcttcacttgttcaactcagaaa---tgcatgattcag tgctagtgtcttactcatc------agatttagtcatttaccgcacaaatactacaggca atgactacatcccaacgtgtgattgtactgatgccacatattattgtagacacaaagata gatattacccaatcaaagtgacaagtcatgactggtatgaaattcaagagagtgaatact accccaaacacatacaatataaccttttaattggtgagggaccatgtgagccaggtgatt gtggaggaaagttactctgtaaacatggtgtgattgggataattactgctggtggagaag gtcatgtagcatttattgatctcaggcatt------ttcactgtgcagaggaacaagg-- -cataactgattacatccacacgcttggtgaagcctttggtacaggttttgtagatagtg tgaaagatcagataaacgctataaacc------caatcaacaacattagtaagaaaataa tcaaatggttacttaggataatatcagcaatggttataattattagaaactcatctgatc cacaaaccataatagcaacattaacactaattggttgttcaggttccccctggagatttc ttaaagaaaaattttgcaaatggacacaattaaattatatccacaaagaatca---gatt catggcttaaaaaattcactgaaatgtgtaacgcagctagaggactggaatggataggta acaaaatctcaaaatttattgactggatgaaatcta---tgttaccgcaagctcaattaa aagttaagtatcttagtgagttaaagaaactaaacttcctagaaaaacaaatagagc--- ---atttaagagtggcagattcaaaaacacaggagaaaattaaacatgaaattgatacac tacatgatctgtcctgcaagtttctccctttatatgctagtgaagcaaagagaattaaaa ttttacacaatagatgcagtacaatcat------taaacagaagaagaggtgtgagccag ttgcagttgttatacatggtgaacctggtactggaaagtctatgaccacaaattttctag ctaggatgataacaagtgatagtgac------atctactctctgccacctgatcctaagt actttgatggttacgaccaacagagtgtggtcataatggatgacataatgcaaaatccaa gtggtgatgacatgactttattctgtcagatggtatcaagtgtaacatttataccaccaa tggccgatttaccagataagggaaaaccatttgattctaaatttgtactgtgtagtacca atcatcatttattagcaccacccacaataacctcgttgccagctatgaataggagatttt tcttagatctagatattgtagtgtgtgataaatataaagattctcagggaaaattaaatg tgtcagctgcttttcgaccatgtgatgtcaacacaaaaataggaaatgcccgc---tgtt gtccattcatttgtggtaaagctgtagtttttagggatcgtaacacatgccagacttaca ctttggcccaggtatacaatttaatgcttgaagaagataggaaacgtacacaagttattg atgtcatggctgcaattttccaaggtccaattactc---------------------ttg aaggaccaccaccagcagcaatcagtgatttgttacagtcagtaagaactcctgaagtga ttaaatactgtgaaggcaacaagtggataatacctgctgaatgtaagg---tggaaagag atcttaacatagctaacactattataacaataattgctaatatcattagtatttctggta taatctatgtcatttacaagcttttctgtacactacagggaccatactcaggtgaac--- ctaaaccaaaaactaggattccagaa---agaagggtagtagcacaaggaccagaggaag agtttggtagatccctaatcaaacataactcatgcattgtaaccacatcaaatggaaaat tcactggtttaggtatttatgacagaacactcataataccaacacatgctgatccaggta aagaagtgcaaatagatggcatcacaaccaaagttgaagattcatatgacttatacaaca aagatggagttaaattagaaatcactgtacttaaattaaagagaaatgaaaaatttaaag acatcaggaagtatataccagaaaatgaagatgattacccagattgtaatttggcacttt ctgctaatcaaccagaaactactattatcaatgttggagatgtggtgtcatatggaaata ttctactcagtggtactcagacagcaagaatgcttaagtatagttatccaacaaaatcag ggtattgtggcggcatactgtacaaaattggccaaattattggaatccatgttggaggta atggaagagatgggttctcagctatgttgttaagatcatatttttctgaaacacagggcc aaattgtcgctaagaaatccacgattgaatgtaatcttcctagtatacacactccaagca agactaaactacaacctagcatcttttatgatgtgtttccaggcaataaagagccagctg tactttctgatcatgatcccagactagaagttgactttaaagaagctctcttctcaaagt acaagggaaataataaatgtgaattaaatgaccacattaaagtagcaacttctcactatg cagctcaattggcaacactggatattgattcaaaccctattacgctagaagacagtgtct ttggtgtggaaggattagaagcacttgaccttaacaccagtgcagggttcccatacgtaa ccatgggtgttaagaaaagggacttaattaataagcaaaccaaagatgttactaaactca aagcagcaatggacaaatatggtgtagatttacccatggttactttcctcaaggatgagc ttaggaaaaaggagaaaatttctgctgggaagactagggtcatagaagctagtagtgtga atgatactatcctatttagaatgactttcgggaatcttttctcaaaatttcacctaaacc ctggagttgtgacaggttctgctgttgggtgtgatccagaaacattctggtcgaaaatcc ctgtgatgctagacggagaatgcataatggcttttgattatacaaactatgatggtagta tacacccaatctggtttcaagctctgaaagaagtgttgtctaatcttaactttgaaccc- --aacttaatagatagattgtgtaaatcaaaacatattttcaaaaacatgtattatgagg ttgaaggtggagtcccgtcaggatgctctggaacaagtatatttaacacaatgattaaca atatcattattaggacattagttttagatgcatataaaaatattgatttagataagctta aaataatagcatatggggatgatgttattttttcatataaatatcaacttgatatggaag caattgctaaagagggcacaaaatatggtcttacaatcactcctgctgataaatcaagtg aattcaaacagctagattataacaatgtgacctttctaaaaagaggattcagacaagatg agagatatactttcttgatacatccaactttcccaattgaagaaatacaagagtccatac gttggactaaaaaaccatctcaaatgcaggagcatgtcttgtcattgtgtcatttaatgt ggcataatggtagggatgcatata-aacaatttgagcagaaaatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtatattcctccttacgacttgctcctccatgaatggtatgaaaaattt tagat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------ataataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >JF317013.1 Human rhinovirus C isolate LZ269, complete genome -------ttaaaactgggcatgggttgac-cccacccatgccacccaagtggtgta---g tgctcttgtatttcggtacatttgcacgccagttt-----------------------gc ------------cac-ccct------------tacccc---------------------- ------aagtaac----ttagaagc-atgtaactt--------tgatcaatagg-gagtg g-taagccatacca-c----t-tgagatcaagca-cttct-gttt-ccccgg-ctctaga ggaatagaccttgcaaagggt-tgaagccacgaaagtcgttatccgcacacatactacgc aaagcttagtattt-ccttga-aa-gctcgccggttggtcactccgttaat------acc cc-attaacagacctggcagatgaggcaggaaactccccactggcgacagtgttcctgcc tgcgtggctgcctgcacaccct-c-tcg-ggt----------gtgaagccgac-tagtgg acaaggtgagaagagccccgtgtgctatgtgt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacatctgtcgcacacaatccagtgtgtaggcagtcgtaacgggcaact gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---tattt-ctttta- ---tgaa-tgcttatggtgaca-----at-atc--------------ga----gtaatat tgttaccatgggcgcacaagtgagcaagcagaatgttggttcacacgagaacactgtctc agccagtaatggttcggttatcaaatacttcaacatcaactactacaaagactcggcaag ttcaggattaagtaaacaggatttctcccaagacccatcgaaatttacacagccactagt ggatacattgactaa------ccctgctcttatgtcaccaactgtggaggcatgtgggtt ttccgataggcttaaacagattactatcggaaactccactattactactcaggattcttt aaacaccattgcagcatatggagaatggccccagtacttatcagatatggatgctacatc agtagacaaacccactcatcctgaaacatcagctgatcgcttctacacccttgccagtgt tacttggacttcctcttcacacggttggtggtggaaactccctgatgcactgaaggatat ggggatctttggacaaaatctttatttccactctctggggagaactgggtatattatcca cactcaatgtaatgccaccaaattccacagtggggctttaatagttgctgtggtccccga acaccaattagcttacattggcggtgtcaaagtcaatgttggctacgagcacacacatcc aggggaggcaggccacactatcctaggaccaaacccaag-----taatgcacgggggg-- -ctaacaatccagatgaagaccccctttttaattgtaatggcactctgttgggcaacctt acaatcttcccccatcaactaatcaatttaagaacaaacaactccagtactataatagtt ccttacatcaactgtgtaccaatggacaacatgttgaagcacaacaacttatcactcttg atcgtacctcttgtaccactgaagcctggtaatagtggggtcaaca---cagtacccatc acagtatccatagccccacttaaatctgagttctcaggcgcaatggaaa----------- --cacg------------------------------gttt--------cagggtttgcct actcgcatacctagcggtggtcaacaatttatgaccaccgaagatgaacaatcagcaaat ttattaccaggtttccatcccacaaagaagatccatatcccagggttagtaaccaatatc atgcatatagccagagtggattctttcattccattgaataatattgagggccaa---gtt gggagggtcagtatgtattatgtacctgtcacaaagaagg---------ttaatgatgag aggattctagtgttgcccttggaaatgaacaacactttgttttccacaactttactggga gaagttctaaattacttcacaaactggtcaggtagcataaccatcacatttatgtgtgtc tgtgatgcatttagtactggaaaattcttactagcttacaccccaccaggaggagccctg ccaaccacacgtaagcaagccatgctaggcgttcatgtcatctgggatctaggcttgcag tcttcatgcactatagtggtgccgtggatatcatcagggttttatcgccgcaccaaggca gataactatacagaggggggctacgtatcattgtggtaccaaacagattttataccatct aatggcacatcagc---tggatccattgtggctacttgcagtgcatgcccagacatgtcc gccagaatgctcagagatagcccaatgatgcaacag---agcgggactctgcaaaataat gac---ccagtatctaactttatagatacaactctacaagaggtccttgtagttcctgac accaaaccctctggtccacaacacactactaaacccacagccttaggggcaatggagatt ggtgcgtccagtgacgccacaccagaagcaaccatcgaaacacgctatgtctacaatgac aacactaatgcagaagcagatgtggaaatgttcctgggtagatcagcaatttgggctaat atcacactcaatcaa--------------------------------------------- -------------------------gggttctacaaatgggatattaattttcaggagca tgcacatgttaggaaaaagtttgagctgttcacctatgtcagatttgatatggaagttac aattgttaccaacaatacagggt------------------------------tgatgca aattatgtttgtccccccaggaatagaccctcctacctcaaccactgacaggagatggga ttcagcttctaatccaagtgtcttttaccaacctaaatcagggttcccgaggttcacaat ccccttcactggggtagcatcagcatattacatgttctatgatggatatgccaccacagc caaaactggagataacacttatggtattgccccaacaaatgatatgggtactctttgctt cagagcacttgatgacactgtgaagaatga------------tgttaaggtgtttgtcaa acctaaacacatatcagcatgggtaccccgaccccccagagccacagagtacacacataa atacagcacaaactaccattacaaaccagatggagagggacacg---------cactaa- --cagacagacacttcattcagaagaggaa---------c---aacataa---------- ------------------aga---------atgtaggtcccagtgacttacatgtccaca cgagggatgccatctacacttgtgcccacctaaccaaaccaagtg------acaagacaa tcctgctagcccttactgc------agacctccaagttgacagtgctgacacaccaggtg gtgaccacataccatcatgtgattgcaccgtagggtgttattactccaaacacaatgaca gatacattcctgtagaagttaagccctatgactggtatgaaatccaagaatcagattact accccagacatattcaatataatctattgataggtaatggacctagcaagcctggagact gtggtggtaagttactctgtaaacacggtgtgattggaataattacagctggtggtgata acttagttgccttcaccgatttaaggccttact---catgcctgtcctcccaccaaggta tggtctcagactacttcacccaattgggaaatgcctttggtgagggtttcaccaccaata ttcaagaccatttcagtaaactaggacaatctattaatgataagctcacatctaaagctg ttaagtggttaattcgtgttgtcagtgctcttacaattatgatcagaaacaactcagacc tacctacagtgttagccaccttggcactgcttgggtgtagctcatccccatggtccttcc tcaaggataaaatctgcaagtggttacaaataccacgacccccatccaaacaaagcgatt cttggttaagaaagtttacagaatgctgtaatgctgctaagggcctggagtggattagtt tgaagattggtaaattcattgattggttaaaagagaaacttatacctacagtacaaaaga agaaggaaattcttgacaaatgcaaaaagatctcccttttggaggaacaggtgaatg--- ---gctttagctctgctgattcagaagcacaacaacagctcattgtagaggtggatatac tcaagaaaggattggatgatttagcaccactgtacgccgcagaaaataaaagggttacta acattcagaagaacctcaagcaacagacagcctatcttaagacccacagacatgaaccag tgtgtttgctgttacatggaaacccagggtgtggaaaatcactagttacctctgtagtgg cacgcggcctcactagtgaagcccaa------gtgtactctctacccccggaccccaaat attttgatgggtatgatcaacaagtggtggttataatggatgacctgggccaaaacccag atggtaaagacctcagtaccttctgccagatgatctccactactgactttattgtcccta tggcatctctagaagataaaggtaaatcattcacaagtcagtatgtgcttgcaagcacaa acttagataccttaacccctccgactgttacactcccagaagccatcaagcgtcgctttt tcatggacgctgacttaattgtgacatccaaattccgcaacagtgctggattgttagatg tggcaaaagctttgcaaccgtgtacacaatgtcccaaaccagaccattacaaggtgtgct gccctatcctctgtggacaagcagtggtgattcgagacaggaaaacccagataagctatt cagtcaattctgtggtggaacaacttcgcaatgaaaatgatgtcaggagaaaggtcaaac ataatctaaatgccattttccaaggtctcg---------------------------ggg atacgcaaccaccagggtttattgttgatctcctatcagcttcaaaagatccaaaagttc tggagtattgtgtggaacagggatgggtgggcaaagcaacatctacta---tagaaagag atttcaactacgttcaatacctgttgaactgcttaggaagtttagtgcttatccttggaa caatatatgccctttacaaattaatgtgtttgacccaaggcccctattcaggtctcc--- ccaaccccccttctaaaagacctgagctgaggaaagcaacactgcaaggacctgaacatg aatttattagagccttgattaagaggaactgccatattgtaactactcctagaggtgaat tcaacttgctggggatccatgacaactgttgtgtggtacctacgcatgctgaatgcggag agactgtggacatagatggtagggaagtcaaggttttaaaacaacagattctaacagaca tgcatgatactgatacagaaattacactcttgtggttggaccagaatgaaaaatttaggg atattagaagattcatccctgaacaccagcaggagtggacaaacatgcacttagcaacta atgtttcaaagtttccaatgttagatgtggaagtggggacagtcatcccatatggtgaaa tcaatctaagtggtaatcccacctgcagattaatgaaatataactaccctacaaaacctg gccaatgtggtggggttattgccaacacaggcaatattgttgctatccatgttgggggca atgggcgtgtcgggtatggcgcagctcttttgcgtaagtactttgtccaagcccagggag acataatagcaaaacataaagttggagtggaaggaatttcaccaattaacacccccaaca agaccaaattacaacccagtgtattccatgatattttcccaggtaccaagcaaccagcag ccctgactaagaaagatccacggttagaggtggatcttgatgctgcagtgttctcaaagt ataaaggcaacccaccagtgacctggaatgacaatatccaggtggctgttgaccactatt cagcccagctatacatgttggatataaaccctagccctctaactatggaacaagcagttt atggtattgaaaatctagagcccctggacttgaccaccagtgcagggtttccctatgtta ccatgggcattaagaaaaaggatattataaataaggttacaaaagacacaaccaaactcc aaaacatgatagacaagtatggtatagatcttccatatgtcacttatctaaaagatgaat tgagagcccctgaaaagatcaaaatggggaaaacccgaatagtggaagctgctagtttga atgacacgacccactttcggatggtgtttggcaatctcttcagtaccttccatgctaatc ctggtatcctcaccggctcagctgtgggctgtaacccagatacattctggtctcagatgt atgcctcaatggatggtgagt---tgcttgctttcgactacaccaattatgatggtagtt tacaccccatatggttccaggccttaggtaaggtattaaacaatcttggctttccaggg- --gagttaatgagtaagctatgcaatactactcatatctacaaggatgacatctatagag tggagggtggcatgccatctggtatctgtggtactagcatttttaacacaatgattaaca acattataatcagagtcttagtgttagatacttataaaaacattgatctggacaaactaa agattgtggcatatggggatgatgttgtggcatcttatccctatgagctagatcctagtg agatatccaagagagcccagcactatggcttgaccataactccaccagataagggagaga ctttccaaaagatggattggtccacagttactttcttaaagaggcacttcaaaccagaca ctaagtacaaattcttgatacatccagtttacaagatggaagatgtctatgaatctatca gatggaccaaagatcccaagaacacacaggatcatgttcattcactctgcctgctagcat ggcacaatggtgaggaagtgtatg-aagagttcaggaagaaaatcagatcagttcctcta gggaggatgctctacacaccaccatattccttgctgtaccgacagtggatagatcagttt -----------------------atttag---a------------------atataata- ------caatgtttggg---tagaact-------tagtattataaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa----------aaa >FJ445129.1 Human rhinovirus 40 strain ATCC VR-341, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatttcctacatggagtt---g tactctgttattccggtaaccttgtacgccagtttt----------------------at -a----------t-c-ccc-------------c-ccc---a------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-atgcat------ac-agaccaatagg-tggtg atcct-ccagatca-c----t-aacggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtttg--aa ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacagtttaaatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtagca-ctttag-aa-aatctatggttggtcgttcagcta------t--ac cc-cctagtggacctggcagatgaggctagaagtaccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttatg-ggt----------gtgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatgtaatccaacatgttgctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac--------ttttt-cctttt- ----aatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--aaca----tatatat tggcatcatgggcgcacaggtttctagacagaatgttggaacgcactccactcaaaattc agtttctaatgggtctagtttaaactactttaacatcaattatttcaaagatgctgcatc aagtggggcatcaaagcttgaattctcacaagatccaagcaaatttactgatccagttaa agatgttctagaaaaaggaataccgactttgcaatctccaacagtagaggcttgtggtta ttcagacaggattatacaaatcactagaggtgattcgaccataacatctcaagatgtggc aaatgctgtagttgggtatggagtatggccccattatttgacaccacaggatgctacagc gattgacaaacctagccagcctgatacatcatcaaatagattttataccctagagagtaa agaatggactaattcttcccagggatggtggtggaaattgcctgatgcattaaaagatat ggggatatttggagagaatatgttctatcactttcttggtagatcaggttacacagtaca tgtacagtgtaatgcaagcaaatttcatcagggcactttgttaatagttatgattcctga acaccagttagctagtgcaactacaggcaatgttacagcaggttataattacacacaccc aggagaacttggtagaactgtgggtcagagaagatct-----------gaagtgaata-- -tcaaacaacccagtgatgacaattggttaaattttgatgggacctttcttggcaatcta ttgatcttcccacaccaatttatcaacttgagaagcaataattcggcaacaatcattgtt ccgtatgtcaatgcagtaccaatggactcaatgcttagacacaacaactggagtctattg attatcccaatcagtcctctcaagagtgatatgtcagctacatcta---aagtccccata acaatatcaataagtccaatgtgcgctgaattttctggtgcaagggcaagaccca----- -gcgca------------------------------acca------cgcagggtttacca gtatatttgacaccaggttcaaatcaattcatgactacagatgatttccaatccccatgt gctttaccttggtaccatccaactaaggaaatttttatacctggagaggttaaaaatctt attgaaatgtgtcaagtggatactctaataccaataaacaacaccatgccaaat---cta cgaaacatcaataaatatactgtgcaattaacaagccaaatggatt------tagctcaa gaaatttttgcacttaaagtagatgtagcttctcaacctttatctagtacactcttggga gaaatatgttcatactacacacattggactggtagtttacgctttggttttatgttctgt ggtactgctaatacaactcttaaacttttgattgcttatacaccacctggaataaagaag ccggagaatagaaaacaagccatgcttggtacacacatagtatgggatgtaggattgcaa tcaacaatatctttagtagtaccttgggtgagtgctagtcattttagatatacaacacca gacacatacactgctgctgggtatataacatgttggtaccaaacaaattttgtatttcca ccaaacacacctgccacagctgacatgttatgctttgtttctgcttgtaaagatttttgc ctgcgcatggctagagacactgatatgcatgtgcaaaatgtgccaatcacccagaac--- ------cccgttgaaaggtatgttgatgaggttcttaatgaagttctggtagttccaaat atcagagagagccatccaactacatcaaattcggcccctgccttggatgcagcagagact ggacatacaagcaacatacaacctgaagatacaatagaaacaagatttgtgcagacatca caaactagagatgaaatgagcatagagagtttcttgggaagatctgggtgcattcatata tccacaattacagtgg-ataacagtttg-------------------------------- -gaatatgatga---------ccaccactttgataagtggcagataaccatacaagagat gtcacaaattaggagaaaatttgaattctttacatatgctaggtttgattcagaaattac cttagttccttgtatagccggtaagggtgaag------acattggacacattgtgatgca atatatgtatgtaccccctggcgcacccataccaaagaaaagaaatgattacacatggca gtcaggcactaatgcttctgtattctggcaacatggtcaaactttccctagattttcttt acctttcctaagcatagcttcagcatactacatgttttatgatggatacgatggtgatac atcg------acctcaagatatggcacatcagtcactaaccatatgggaacgctatgctc aagaatagtcaccaacaagcagcagcatgaagttgagattaccacacgtatatatcacaa ggccaagcatattaaagcatggtgtccaagggccccaagagcagtaccttacacacatac acactcaacaaattat------aaacctcaagaagg---------------------tg- --aagtccagattttcctcaaagagagagc---------c---agcctaaca-------- -----------aca------------------gttggacctagtgatatgtatgtgcatg ttgggaatctaatatataggaacttacatctttttaactctgaaa---tgcatgattcaa ttttggtatcacattcttc------tgacttagtcatataccgcacaaacacaataggtg atgactacattcccacatgtgattgcacagaggctacctactactgtaagcataaaaaca gatattacccaattaaagtaacaagtcatgactggtatgaaattcaggagagtgaatatt acccaaagcacatacaatacaatcttttgattggagaagggccatgtgaaccaggtgatt gtggagggaaattgttatgtaaacatggcgtgattggcataattactgctggtggggaag ggcatgttgctttcattgaccttagacatt------tccattgtgctgaagaacaggg-- -cataactgattacatccatatgctcggtgaagcttttggcacaggttttgttgatagcg tcaaagaccagataagtgctattaatc------caattaacaacattagtaagaaagtaa tcaagtggcttcttagaatcatatcagctatggtgataatcataagaaattcatctgatc ctcaaacaataatagctacgctaactttaattggttgttcaggttccccttggagatttc tcaaagaaaaattttgtaaatggactgaattaacatatatccataaagagtct---gact catggcttaagaaatttacagaaatgtgcaatgctgcaaggggtttagaatggattggca ataaaatatctaaatttattgactggatgaagtcta---tgttacctcaagcccaactta aggttaaatacctaagtgaattgaagaaattgagtttccttgagaagcaaatggagc--- ---atctaagagtggctgattcccagacacaagaaaagataaaacatgaaattgacactc ttcatgatctttcatgcaagtttctcccactttatgcaagtgaagcaaaaagaatcaaag ttctacacaataaatgcagtgcaattat------taaacaaaagaaaagatgtgaacctg ttgctgttgttattcatggtgagcctggtactggcaaatcaatgaccacaaacttcttag ctaggatgataacaagtgatagtgac------atttactctttgcctccagatcctaagt attttgatggatatgatcagcaaagtgtagtcattatggatgatgttatgcagaatccaa gtggggatgacatgactttattttgtcaaatggtttctagtgttactttcataccaccta tggctgatctaccagataaaggaaaaccctttgattctagatttgtattatgtagtacaa accacaacttactagcaccacccacaataacctctcttccagccatgaatagaagatttt tccttgatctggacattatagtgtgtgataaatataaggttgcacaaggaaagttgaatg tatctgctgcatttaaaccatgtgatgttaacacaaaaattggaaatgccaaa---tgtt gtccattcatatgtggtaaagctgtcatttttagggatcgtaatacatgccaaacataca ctctagcacaagtatataacttgatacttgatgaagacaagagacgtaggcaggttattg atgtaatggcagcaatatttcaagggcccatttctc---------------------ttg aaggaccaccaccagcagcaataagtgatcttttgcaatcagtcagaactcctgaagtga ttaaatactgtgaagataataaatggataataccagctgggtgtaagg---tagaaagag atttaaacattgcaaatactattatcacaattattgcaaacatcatcagtatttctggaa ttatctatgttatatataaacttttttgcacacttcaaggcccatattcgggtgaac--- ctaaaccaaagacaaaaataccggag---agaagagtggtggcccaaggtccagaggaag aatttggtagatcactcatcaaacataactcttgtgtggtaactacctccaatggtaaat ttacaggattaggcatttatgatagaacattgattataccaacacatgctgacccaggta aagaggtgcaaatagatggcatcacaactgaagtacaagattcctatgatctgtacaaca aagatgggataaaattggaaatcacagttcttaaacttaaaaggaatgagaaatttaagg atattagaaagtatattccagaaaatgaagatgactacccagattgcaatttggctttat ctgctaaccaaccagaaactacaataattaatgttggtgatgtagtgtcatatggtaata ttctgcttagtggaagtcaaacagcaagaatgctcaaatacaattatccaacaaaatcgg ggtactgtggtggaattttatacaaaataggccaagtcctgggcattcatgtcggtggta atggaagagatggttttgcagcaatgttgttaagatcttattttacagaaacacaaggtc agataattacttccaaatccactattgaatgcaatttgcctagtatccacacaccaagca aaaccaaattacaacccagtgtcttctatgatgtctttcctggtaacaaagaaccagcag tgctttcagagcatgatcctagattaaaagttgattttaaagaagccctgttttcaaagt acaaaggaaataacccatgtgaagtgaatgatcacattaaagtagcaatctctcactact cagcacaattaatgacattggatattgattcaaatcctatttcattagaagatagtgttt ttggtatagaaggattagaagcacttgatcttaacaccagtgcaggttttccttatgttt ccatgggtatcaagaagagagatttgattaataaacaaacaaaggatattacaaaattaa aagcagcactagataaatatggtgttgacttgcccatggttacattccttaaagatgaac ttaggaaaaaagagaaaatctccgctggaaagacacgagttatagaggctagtagtgtga atgatactgtattatttagagcaacttttggaaatctcttttcaaaatttcatctgaacc ctggaattgtgactggatctgctgtgggttgtgatccagagacattctggtcaaagatac cagtaatgctggatggtgagtgtataatggcatttgattacacaaattatgatggtagca tacacccaatatggtttcaagctcttaaagcagtgttatccaatctagggtttaattct- --aatctaatagatagactatgtagatctaagcatatcttcaaaaatgtgtattatgaag ttgaaggaggagtgccatcagggtgttcaggtacaagtatattcaatacaatgatcaaca atattataattaggacattagttttagatgcatataagaatattgatttggataagctta aaataatagcatatggagatgatgttatattctcatacaaataccaattggatatggaag caatagctaaagaaggttctaaatatggtcttaccataactcccgcagataagtcaaatg aattcaagcagctgaattataacaatgtaactttcttgaaaagaggatttaagcaggatg acaagtaccagtttttaatacacccaacttttccaattgatgagatacatgagtccataa gatggacaaagaaaccatctcagatgcaggaacatgttctatcactgtgccatctaatgt ggcataatggtaaggatgtataca-aacagtttgagcagagaatacgcagtgttagcgct ggtcgtgcactgtatattcctccatatgaactgctcctgcacgaatggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------ataataa --ata-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445156.1 Human rhinovirus 80 strain ATCC VR-1190, complete genome -------ttaaaactraatccaggttgtt-cccacctggatttcccacgaggagca---g tactctactattccggtagttttgtacaccagtttt----------------------at ------------ctc-cct-------------tccccg---------------------- -------tgtaac----ttagaaga-c-aagcact----tc--agaccaataggatggta actaa-ccaagtta-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--aa ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacagttttgatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcttagtaaca-ctttga-ag-aatgtgtggttggtcgttccgctat--------tc cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaaatccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcacct--ctttgaggt----------gcgaagccatt-cctttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatgcaatccagcatgtctctagtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctc----t---tttta-ctttta- ----aat-tgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag--taca----tatatat tgacaccatgggcgcacaagtttctagacagaatgttggcacacactccacacagaatgc agttacaaatggctctagtttgaactacttcaatataaattattttaaggatgcagcatc atctggagcatcaagattggacttctcacaagaccctagtaaattcactgatccggttaa agatgttctaacaaagggtataccaactctacaatctccttcagttgaggcgtgtgggta ctctgacaggatcatccagataacccgtggtaactcaacaatcacatcacaggatatagc taatgctgttgtagcatacggagtctggcctgaatatctatctagtgatgatgctagtgc tatagataaaccaacccatccagacacttcatctaaccggttctacacactagaaagcaa acaatgggacacgaattctaagggatggtggtggaaactacctgatgcactaaagagcat gggtatatttggagaaaatatgttctatcaccacttaggtagggctgggtacaccataca tgtgcagtgtaatgctagtaaattccaccagggcactttgatagtagtggctataccaga acatcaattagcttatgtaggaggaggaaatgttactgtcgggtacaaccatacacatcc aggagaaacaggaagaaggataggtggatatgaaaacgtcccacgca------------- -ataggcagcccagtgatgaaaattggcttaactgcaatggtaccttgttaggtaattta accattttcccacaccagttcataaacttgaggagcaacaactcagcaacacttatttta ccatacgttaatgcagtacccatggattctatgcttagacacaataactggagcttagtg attattcctgtttgtccactggaagttgcagttgggtcagaacagt---atgtaccaata actatatctattagtccaatgtgctcggaattttcaggtgcacgtaac------------ ------------------------------------atgg------tacagggattacca gtttttcttaccccaggatcagcacaattccttacaactgatgatactcagtcaccatca gcattaccatacttccaccctactaaagaaatattcataccaggtgaggtgaagaatctc tcagaaatatgtcaggtggattctatgataccagtgaacaatgtccagggcaat---aaa aactctgtgaatatgtattccattattttagataaacaaacaacat------cagcaggg gaagtttttgcaatcccagttgacatagcttcacaacccttagctacaacccttataggt gagattgcaagttactacacacattggacaggaagcataagattcagtttcatgttttgt ggttcagccaacactagtcttaaactactaatagcatacacacctccaggtgtacccaaa cctaccagtaggagggaagccatgcttggaacacatctggtgtgggatgttgggttgcaa tcaactgcttccatggttgtaccctgggtatctgcatctcattatagatttacaacacca gacatgtactctctagcaggttatataacatgctggtatcagacaaacctcattgttgca ccaaatacaccatcaacagctaggatgatttgttttgtgtcaggttgcaaggatttctgt ttacgaatggctagagacaccaatctgcatgttcaaactggaccaataacccaaaat--- ------ccagtcgaaaaatacacagaagcaatcctcaatgaagttcttgttgtaccaaac atcagtgctagcaatggacatacatcaaactcagctccaacacttgatgcagcagaaact ggtcacactagccaggtgcaaccagaagacatgatagaaactagatatgttattactgat cagacaaaggatgagatgagcattgaaagtttcttaggaagatctggttgtgttgctatc attgaaaccaaattaa-accatgaaacagac----------------------------- -atgtacaatgct---gatggtcagaatttttcaaagtggaaaataacattaatggaaat ggcacaaattagaagaaagtgtgagcttttcacttacctcagatttgactcagaaataac aatagtaactaccttagcaggacaaggggagg------acattggtcatgtagttattca atacatgtacgtaccaccaggggccccgttgccaaacaaacgcaatgattatacttggca gtctggcacgaatgcttcagtcttctggcaacagggtcagccataccccagattcactat tccattcatgagtatagcctcagcttattacatgttctatgatgggtatgagagtgataa a---------ggcaacatttatggaacagcagttaccaatgatatgggaaccctgtgtgc tagaattgttacagaacaacagaaacataaagtcctaatcaccagcagaatatatcacaa agctaaacacatcaaagcatggtgtccaagagcacctagagcagtcccataccaacatac ctacagcccaaatttc-----aaaaacactgatgaa-------------------tcta- --taccagatacacaaattaaaatcagaga---------t---aatatcaggc------- -----------agg-ttagaa---------cagttgggccctcagatctttatgttcata ctggtgaattaatatatagaaatctacacttatgtgaaccagaaaatctagatgattctg tcttaatatgttactcaag------tgatttagtcatctaccgcacaaatactaaagggg atgatgtaattcctgtgtgtgattgcacacacgctacatattattgtaaacataaaaata gatattaccctatagaagtgaagaaacaccaatggtatgaaattcaagaatcagaatact atccaaaacatatacaatacaatatcttaattggagttggaccatgtgaaccaggtgatt gtggtggcaaacttttatgtaagcatggtgtcataggtatagttacagcaggtggtgatg accatgttgcattcatagatttgagggatt------ttcattgtgcagagaaccaggg-- -catatcagattacatacactcattaggggaagcctttggtgctggcttcattgataaca tcaaagatcaaatccagaccattaacc------ctatgaacaagatcaccagtaaaattg ttaaatggttgattagaattatctcagctgtcacaattattattagaaataatgcagacc cacacaccatcatcgcaaccttggctttgattggatgttcaggctccccctggagattca ttaaagaaaaagtgtgcaattggttgcaacttaattatgtacataaagaatca---gata attgggtaaagaaatttacagaaatgtgtaatgctgctagaggtttagagtggttaggca ataaaatatcaaagtttattgactgggttaaatcaa---tgctaccccaggccaagctca aagtagagtttattaaaatgttgaagcagttacccttacttgagaaagaaatagatg--- ---gtcttagactggccagccaaaaacaacaacaagaatatgtagaaaccctcaggataa tggctgattcatctaggaaatttctaccattgtatgcatctgaaaacaaacgcataaatg acctcctcagaaggagtgaaatggtaat------gttaacagccaagagaacagaacctg ttggagttttatttcatggagaaccaggtactggcaaatctattgcaacctcaatattgg gtagaatgctaacaaatgaatcagat------atatactcactacctccatcacccaagt atttcgatgggtatgatcagcagagtgttgtcataatggatgatatcatgcagaatccta gtggtgaggatatgtctctcttttgccagatggtgtcttcagtccctttcatacctccta tggcagatttaccagacaagggcaaacctttttcatcagattttgttttagctagtacaa atcatacccttctgcacccaccaactattacatgcacaacagccatgaacagaagatttt tccttgatttagatataacagttaaagaggagtacaagatacaacaaggtaaattaaatt taagatgtgcattaaaaccatgcaaagaaggc---aaggtaggaaacgctaaa---tgct gcccattaatatgtgggaaagcactagtgtttagagacagaaacacaggtgaacacctat cattagccacaatctataatagaatagttgaagaaagtaagaataggaaggaattaacta attctctacaggccatatttcaaggcccaattgata---------------------tga acaggccaccccccccagcaattgttgatcttcttaagtctgttagaaacccagatgtta ttaagtactgtgaagataacaaatgggtagttcctactgagtgtaagt---tagagagag accttaattatgctaatttagttatttctatgctagctaatgtaattagtattgttggtg ttatatatataatatataaactgttctgttcactacagggaccatattcaggtgagc--- cgaaacctgtaacaaagaaaccagaa---agaagagtagttacccagggaccacaagaag aatttggtcgtagcattattaaacacaatacatgtgtgctcactaccaataatggaaaat tcacaggccttggtatacatgataatttcatggtgatacccacccatgctgatgtagggg gagaaattgaagttgatggtatcaaaaccaaagtattagactcatatgacctctacaata aacagggtgttaaattagagatcacagtcataaaattagatagaaatgaaaaatttagag atataagaaagtacattccagaggtggaagatgattatgttgactgttgtcttgcactga ctgctaaccaatcagagccaacaattttgcaagttggtgattcagtctcatatgggaata tcctacttagtggtaatcaaactgctagaatgatcaaatacaactatcctactaaatcag ggtactgtggaggggttttatacaaaataggtttgatcatagggatccatgttgggggaa atggaaaagatgggttttctgcaatgttattacgctcatatttcaacaaccaccaaggac agattgtaaataagaccactacaaaagagaaaggcatatacagtatacatacaccaacaa aaacaaaattacaaccaagtgtatttcatgatgtttttcccggcacaaaggaaccagctg tgttatccccttatgacaacagattaaatgtggatctggaagactctatattttctaaat acaaaggtaacacaagcttagaagtgactcataacatgaaggttgctgcaacccattatg cagctcaattaatgactctagatattgatccaaaaccactaactttagaagaaagtgtgt atggaatagaaggattagaagcactagacttgcatacaagtgctggatacccatacacag caaatggtataaagaaaaaagatcttatcccaaaaga---tagagatttgactaaactca aactggccatggaaaaatatggattggatctgccaatgataacttttctaaaagatgagt taagaaaaccagaaaagatccgtgagggcaagacgcgtatcattgaagctagtagtctaa atgatactgttcacttcagagttacttttggcaatttattttcaaagtttcatcagaatc caggtatagtgactggttcagcagttggttgtgatcctgaaactttttggtcaaagattc ctgttatgttagatggtgactgtcttatggcttttgattactcaaactatgatggaagtc ttaacccagtatggtttaaattacttgagggtgtgttaaatgaacttggatttcagggg- --gacctagttagaaaactgtgctactctaagcatgtgtataaggcttcctattatgagg tagagggtgggatgccatcaggttgtgctgggactagtattttcaacactatgattaata atatcattattagaactttggtcttagatacatacaaacatataaatttagacaaattaa aaattttagcatatggagatgatgtcttattttcatatccttttgaattagatatgaaag aactagctagtgaaggggtcaagtatggattaacaataacacctgctgataaaacagaag aattcagaaaacttgattttggcaatgctacatttttaaaaagagggttcaaggtggatg acaaatattcatttcttgtgcatcccttatatccagaaaaagaggtgtgggagtccatta gatggacaaagaatccycgcaatatgcaagaacatgttctttctctgtgtcatttaaygt ggcataatgggaaggagccatata-accattttgtggcaaagatcaggagtgttagtgca ggtcgcgcactctatataccaccttatgaagttctttgtcacgagtggtatgacaaattt taag-------------ca----atatag---aa-------------------tagatga --atg-aatagttcat------------------agattttat----------------- ------------------------------------ >MK167031.1 Human rhinovirus A40 strain 7D5, complete genome -------ttaaaactgggtccaggttgtt-cccacctggatctcctacatggagtt---g tactctgttattccggtaaccttgtacgccagtttt----------------------at -a----------t-c-ccc-------------t-cccc-aa------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-atacac------ac-agaccaatagg-cggtg atcct-ccagatca-c----t-aacggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtttg--aa ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacaatttgaatcgttacccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtagca-ctttag-aa-aatttatggttggtcgctcagcta------t--ac cc-cctagtagacctggcagatgaggctagaagtaccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tcacg-ggt----------gtgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatgtaatccaacatgttgctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ccttt-- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t------------aata----tatatat tggcatcatgggcgcacaggtttctagacagaacgttgggactcactccactcagaattc agtttctaatggatctagtttaaactattttaacatcaattacttcaaagatgctgcatc aagcggggcatcaaagcttgagttctcacaagatccaagcaaatttactgatccagtcaa agatgttctagagaaaggaattccaactttgcaatctccaacagtagaggcttgtggtta ttcagacaggattatacaaattaccagaggtgattcgaccataacatctcaagatgtagc aaatgctgtggttgggtatggagtgtggcctcactatttgacaccgcaagatgccacagc aattgataaacccagccaacctgatacatcatcaaacaggttttataccctggaaagtaa agaatggaccaactcctcccagggatggtggtggaaactacctgatgcattaaaggacat ggggatatttggagagaatatgttctatcattttcttggtaggtcaggttacacagtaca tgtacagtgcaatgcaagcaaattccatcaaggtactctattaatagcaatgatccctga acatcaattagctagtgcaaccacgggtaatgttacagcaggttataactacacacaccc aggagaacttggtagaactgtgggtcagagaagatct-----------gaggtgaaca-- -ataaacaacccagtgatgacaactggctaaattttgatggtacttttcttggcaatcta ttgatctttcctcaccagttcatcaacctgagaagcaataattcggcaacaattattgtt ccatatgtcaacgcagtgccaatggattcaatgcttagacataacaactggagtctattg attattccaattagccccttaaagagtgacatatcagctacatcta---aagttcccata acaatatcaattagcccaatgtgtgctgaattttctggtgcaagggcaagaccca----- -gtgca------------------------------gcta------cacagggtttgcca gtgtatttaacacctggctcaaaccagtttatgactacagatgatttccaatccccatgt gctttaccctggtatcatccaaccaaggaaattttcatacctggagaggttaagaatctt attgaaatgtgtcaggtggataccttaataccaataaataacactatgccaaat---ttg cgaaacatcaataaatacactgtgcagctaacaagccaaatggatt------tagctcaa gaaatttttgcacttaaagtagatgtggcctctcaacctttatctagtacactattaggg gaaatatgttcatattatacacattggactggtagtttgcggtttagttttatgttttgt ggtactgctaacacaactcttaaactcttgattgcttacacaccacctggaataaagaaa ccagagaataggaaacaagccatgcttggcacacacatagtatgggatgtaggattacaa tcaacaatatctttagttgtgccttgggtaagtgctagccacttcagatatacaacacca gatacatactctgctgctgggtatataacatgctggtatcaaacaaattttgtatttcca ccaaacacacctgccacggctgacatgttatgttttgtttctgcttgtaaagacttctgc ctgcgtatggcaagagacactgatatgcatgttcaaaatgtgccaattactcagaac--- ------cctgttgaaaagtatgttgatgaggttcttaatgaagtgctagtagttccaaat atcagagagagtcatccaacaacatcaaattcagctcctgccttggatgcagcagagact gggcacaccagcagtatacaacctgaagatacaatagaaacaaggtatgtgcaaacatca caaactagagatgaaatgagcatagaaagtttcctaggaagatctggatgcatacatata tctacaattacagtgg-ataataatcta-------------------------------- -gaatatgatga---------ccaccactttgacaagtggcagataaccatacaagaaat gtcacaaattaggagaaaatttgaattcttcacatatgctagatttgattcagaaattac tttggttccttgcatagctggtaagggcgaag------acattggacacattgtgatgca atatatgtatgtaccccctggtgcacccataccaaagaaaagaaatgattacacatggca gtcaggcaccaatgcctctgtattttggcaacatggtcaaactttccctaggttttctct accctttctaagcattgcctcagcatactacatgttttatgatggatatgatggtgatac atca------acctcaaggtatggtacatcagtcactaatcatatggggacattgtgctc gagaatagtcaccaacaagcagcagcatgaagttgaaatcaccacacgtatatatcacaa agctaaacacattaaagcatggtgtccaagagccccaagagcagtaccctacacacacac acattcaacgaattat------aaacctcaggatgg---------------------tg- --aggtccaaattttcctcaaagaaagagc---------c---agcttgaca-------- -----------aca------------------gttggacctagtgatatgtatgtgcatg ttggaaacctaatatacaggaatttacatcttttcaactctgaaa---tgcacgattcaa ttttagtgtcatactcttc------tgatttagtcatataccgcacaaacacaataggtg atgactatattcctacatgtgattgtacagaagccacctactactgtaaacacaaaaaca gatactacccaattaaagtaacaagccatgactggtatgaaattcaggaaagtgaatact acccaaaacatatacaatacaaccttttgattggggaagggccatgtgaaccaggtgatt gtggagggaaactgctatgcaaacatggtgtaattggtataattactgctggtggggaag ggcatgttgctttcattgaccttagacatt------tccattgtgctgaagagcaggg-- -tataactgattacatccacatgcttggtgaagcctttggcacaggctttgttgatagcg tcaaagaccagataagcgctatcaatc------caattaataacatcagtaagaaagtaa ttaagtggcttcttagaatcatatcagctatggtaataatcataagaaactcatctgacc ctcaaacaataatagccacactaactttaattggttgttctggttctccttggaggtttc tcaaagaaaaattttgcaaatggactgaactaacatatattcacaaagaatcc---gact catggcttaagaaattcacggaaatgtgtaatgcagccaggggtctagaatggattggca acaaaatttcaaaatttattgaatggatgaagtcaa---tgctacctcaagcccaattga aagtcaaatatctgagtgagcttaagaaattaaacttccttgagaagcaagtggaca--- ---atcttagagttgctgattcccaaacccaagagaaaataaagcatgaaattgatacac tacatgatctttcatgtaaatttcttccactttatgctagtgaagccaaaaggataaaga tcttgcacaacaaatgctgcacaattat------gaaacagaagaaaagatgtgaacctg ttgctgttgtaatacatggtgaacctggtactggaaagtctatgactacaaacttcttgg ctagaatgataaccagtgacagtgat------atttactctttaccaccagatcctaaat attttgatggctatgatcaacaaagtgtggttatcatggatgatgtgatgcagaatccaa gtggagatgacatgaccctcttttgccaaatggtctctagtgttacattcataccaccta tggctgatttaccagataaaggcaaaccttttgattctagatttgtattgtgtagtacta accataatttgctagcaccccctacaatcacctctctaccagctatgaatagaagattct tcttagatttagatattgtggtatgtgataaatataaagattcacaagggaaattaaatg ttgctgctgcttttaaaccatgtgatgtcaacactaaaattggaaatgctaag---tgct gtccttttgtgtgcggaaaagctgttatctttagggaccgaaacacatgtcagacataca ctctagcacaaatttataaccaaatacttgatgaagacaaaagacgcagacaggttgttg acgttatggcagcaatattccaagggcccataacac---------------------ttg aaggaccgccgccagctgcaataagtgatctattacagtcagttaggactccagaggtga tcaaatactgtgaggacaacaaatggatagtaccagctgagtgtaaag---tagaaaggg acttaaacatagcaaatactattattacaattattgctaatataatcagtatttctggta taatttatgtcatatacaaactcttttgcacacttcaagggccttactcaggtgaac--- ctaaacctaaaactaaaatgccagaa---agaagagtggttgctcaaggccctgaagaag aatttggcagatcattaatcaaacataattcgtgtgtggtaaccacctcaaatggaaaat ttacaggcttagggatttatgatagaacacttattataccaacccatgcagatccaggaa aggaagtacaaatagatggcattaaaactgaagtacaagattcttatgatctatacaata aagatggtataaaattggagatyacagttcttaagcttaaaagaaatgaaaagtttaaag acattaggaaatatatcccagaaaatgaggatgactacccagattgtaacttagctttgt ctgccaaccaaccagaaaccactataattagtgttggagatgtggtatcatatggtaaca tcttgcttagtggaagtcaaacagctagaatgctcaagtataattacccaacaaaatcag gttattgtggtgggattttatacaaaattggtcaggtcttgggtatccatgttggtggta atggaagagatggatttgcagccatgttgttacgatcatactttacagaaacacaaggtc agatagttacttccaagcatactaatgaatgtaatttgcctagtattcacacaccaagca agactaagttacaaccaagcgtcttttatgacgttttccctggtagcaaagaaccagctg tactatcagaacatgaccccaggttaaaagctgatttcaaagaggctttattctctaaat acaagggaaataacccatgtgaaataaatgatcatgtcagggtggcaatctctcactact cagcgcaattaatgacgctggatattgactcaaatccaattcccttagaagatagtgtat ttggaatagaaggattagaagcacttgatctcaatactagtgctggattcccttatgtat ctatgggtgttaagaagagagatttaatcaataaacaaacaaaagatatcacaaaactta aaatagcattagataagtatggtgttgatttaccaatggttacttttcttaaggatgaac taagaaagaaggaaaaaataatggctgggaaaacacgtgtcatagaggctagtagtgtga atgacactgtgcagtttagaatgacctttggtaatcttttctcaaagttccacttaaacc ctgggattgtaactggttctgctgtaggatgtgaccctgaaacattttggtcaaaaatac cagtcatgttggatggtgaatgtataatggcttttgattacacaaattatgatggaagta tacatccaatgtggtttcaagctctaaaggaggtgttatctaacctaggttttgaatct- --ggattaatagataggttatgtaaatctaaacacattttcaaaaacatatattatgagg ttgaaggaggtgttccatcagggtgttcaggaacaagtatattcaatactatgattaaca acattattatcagaacattagtgttagatgcttacaaaaatattgatttggataagctta aaataatagcatatggggatgatgttattttttcctacaaataccaattggacatggaag caattgccaaagagggtgtgaaatatggacttacaataacccctgctgacaaatccagtg aattcaaacaattggattacagcaatgtaacattcttgaagaggggtttcaaacaagatg ataaacatcacttcctaatacacccaacttttccaatagaggagattcaagagtccatac gatggacaaagaaaccatctcaaatgcaggagcatgttttgtcattgtgtcacttaatgt ggcataatggcaaggatgcttaca-gacaatttgagcaaaggatacgcagtgtgagcgct ggtcgtgcactgtatatacctccttatgatatgctcttgcatgaatggtatgaaaagttt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------gtaataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >AY751783.1 Human rhinovirus 39, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacctagatcacctacagggtgta---g tacactgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------at at----------ccc-ccc--------------cccca---------------------- ------acgtaac----ttagaagc-a-agcaca------aa-cgtccaatagg-cggtg atcat-ccaaatca-c----t-tacggacaagca-cttctagtct-ccccggcaac--tg ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacagcgggagtcgttatccgcaaaatgcctacgc aaagcctagtatca-ccctag-aa-ggtgtgtggttggtcgctcagccg------tgaac cc-gacggtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tcacg-ggt----------gtgaagccatt-cattgg acagggtgagaagagcccagtgtgctcatttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccaatgcacacaatccagtgtgtatttggtcgtaacgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt--------tttat-tcttat- ---cattttgcctatggtgaca--tatat-act--------gt----------tatatat tgttatcatgggtgcccaggtgtctagacagaatgttggaactcactcaactcaaaattc agtgtctggtggatctagtcttaattactttaacatcaattactttaaggatgcagcatc cagcggcgcatctaagctagagttttcacaggatccaagcaaattcacagacccagttaa agatgtattggagaaaggtataccaacactacaatcaccaacagtggaggcttgtgggta ttcagacagaataattcaaatcaccagaggtgactctactataacatcacaagatgtggc caatgccgtggtgggatatggtgtgtggccacactacttaacagcagatgatgcctcagc aattgacaaaccaacacagcctgacacatcttcaaacagattttacaccttagagagtaa ggtatggaagagggactcaaagggatggtggtggaagttacctgatgcacttaaagacat gggaatatttggtgaaaacatgtattaccactttctgggtagaagtggttacactgtgca tgtacagtgcaatgcaagcaaattccatcaaggcacacttctaattgctatggttcctga acatcaacttgctagtgctaactatggtaatgttacagctggatataattatactcaccc tggtgaggcaggaagagatgtgggtcaacaaagg--------------acaaataatg-- -aaaagcaacctagtgatgacaattggctaaactttgatggcacgctgctaggaaaccta cttatattcccacatcaattcataaatttacgcagtaacaactcagcaacaattatagta ccttatgttaatgcagttcccatggattctatgctcagacataacaactggagtctgcta attatcccagtcagtcctcttgaggcagatacatctgctactgcta---ttgtcccaatt actgtatcaatcagccccatgttttcagaattctcaggtgccagagctaggccag----- -ctgcg------------------------------gcaa------cacagggtctgcca gtctacatgacgcccggctcagggcagtttttgacaactgatgacttacaatcgccatca gcgttgccttggtaccaccctactaaagagattttcataccagggcaagttagaaattta attgagatgtgccaggttgataccatgattccaataaacaacacaaatgaaaga---att ggcaatgttaatatgtacactgtatcattaactagtcaaacaaata------cagcagaa caaatatttgcaatcaaagttgacattgcttcacaaccactatctagcactttgataggt gaaattgcaagttactacacacattggacaggtagtctcaggtttagtttcatgttctgt ggcacggcaaacaccactctcaagttactgctggcatatacacctccaggcatagataaa ccaacaaccaggaaacaagctatgctcgggacgcatatagtgtgggatgttgggttgcaa tcaactgtctctttggttgtaccatgggtaagtgctagtcattttagatacacaactcca gatacatactcaatggctggatatataacatgttggtaccaaacaaactttgtcttccca ccaaatactccaaacaatgcaaatatgatatgctttgtgtctggttgcaaggacttttgc ctccggatggctagagatactgacatgcatgttcagaatgtaccaatcactcaaaat--- ------ccagtagaaaattatatagatgaagtattaaatgaggtattagttgttcctaat ataagagagagccatccaactacatctaatgcagctacagctttggatgctgctgaaact ggacacacaagtagcatccaacctgaagacacaattgaaacaagatatgtgcaaacctca catactagggatgaaatgagtgttgaaagtttcttaggcagatctggctgtattcacatt tccacaattactatga-agaaggag----------------------------------- -aactataatga---------acataattttgtggattggaaaattactttgcaggagat ggcacaggttagaaggaaatttgaaatgttcacctacgttagatttgactcagagattac tttagtcccatgcatagctggaagaggtgaag------atattggacacatagtaatgca atacatgtatgtcccacccggtgcacctgtacctaagaagagagatgattacacatggca atctggaacaaatgcctcagttttctggcaacacggacagccttaccctagattttcatt accatttctaagcatagcctcagcatattatatgttctatgatggatatgatggtgataa atcg------tcatctaggtatggtgtttctgtcactaatgatatgggtacactttgcac tagaattgtaacaaaccaacagaaacacctagtggaggttacaaccagagtttaccataa agccaagcatgttaaagcatggtgccctagggctcccagagcagtcccttacacacacag caatgttacaaattac------aaagtacgggacgg---------------------tg- --aaccaacactctttataaaaccaagaga---------g---aatcttacc-------- -----------aca------------------gctggtccaagtgacatgtatgtgcacg tgggcaaccttatttacagaaatcttcatctttttaattctgaga---tgcatgactcca ttttagtttcttactcatc------agatttagtcatataccgaacaaacacccaaggtg atgactatattcccacctgtgactgtactcaagctacctactactgtaaacataagaata ggtattttccaatcacagttactagccatgactggtatgaaattcaggagagtgagtact atccaaaacatatacaatacaacctgttaataggagaaggaccttgtgaacctggtgatt gtggaggaaaactactatgtaaacatggtgtaataggcattattacagctggtggtgata atcatgtagcttttatagatcttagacatt------tccattgtgctgaagaacaagg-- -tgtcacagactacatacacatgcttggagaagcgtttggcaatgggtttgttgatagtg taaaagagcatgtgaaagcaattaatc------cagtaggtaatattagtaagaaaatta ttaaatggatgttaagaattatatcagcaatggttataataattagaaattcttcagatc cccagactattttagctacactgactttgattggatgttcaggatcaccatggagattcc taaaagagaaattctgtaaatggacacaactcacatatatacataaggaatca---gact cttggcttaaaaaattcactgagatgtgcaatgcagctagaggtcttgaatggataggga acaaaatatccaaatttattgagtggatgaaatcaa---tgctcccacaagcacaactaa aagttaaatatctaaatgaacttaaaagattgaacttatatgagaagcaagttgaaa--- ---acttgcgagtagcagacattaaaacacaagaaaagattaagatggaaattgataccc tccacgatttgtcatgtaagttccttccattatatgcaagtgaggcaaaaagaataaaaa ttctacacaacaaatgtgacactataat------taaacaaaagaagagaagtgaaccag tggctattgttgtgcatggcccaccaggtacagggaaatcaataacaactagttttctag ctagaatgattactaatgacagtgac------atttactcattaccccctgatcctaaat actttgatggttatgatcaacagagtgtagttataatggatgatattatgcaaaacccca ctggagaggacatgactttgttttgccaaatggtttctagtgtaacatttataccaccaa tggctgacttgccagataaaggtaaagcatttgattctagatttgtgttatgtagtacta accattctttactagcacccccaacaatcacctctcttcctgccatgaataggcgatttt tccttgatttggacataatagttcatgacaactacaaggatgcccaaggtaaactcaatg tggcagctgcttttcgaccgtgtgatgtcaatacaaaaattggtaatgcacga---tgct gcccatttgtttgcggaaaagcagtctcattcaaggatcgaaattcatgtaacaagtata ctcttgcacaaatatacaacataatgcttgaagaagataaacgcaggagacaagtgatag atgtcatgtctgccatatttcaaggaccaatcagtc---------------------tac aaaatccacccccacctgcgattgctgatcttcttcaatcagttagaactccagaggtga ttaagtattgtgaggaaaacaaatggataattcctgcagagtgtaaaa---tagaaaaag aacttaacttagctaatacaatcattacaataattgccaatgtaattaatatagctggta ttatatatgtgatatataagttattttgcaccctgcagggtccatactcaggtgagc--- ccaagcccaaaactaagattccagag---cggagggtagttgctcagggtccagaagaag aatttggaagatctttgatcaaacacaactcatgtgtagtcacaacacaaaatggaaagt ttactggcctaggaatttatgatagagtcatgattatccctacacatgctgatccagaca aagaggtccaaattgatggaataactaccaaagtattggattcatatgacctatataata aggatggagtaaagctagaaatcacagttttgaaattggatagaaatgaaaaatttagag atatcagaaagtatatcccagaaaatgaagatgactaccctgaatgtaatttggctctgt ctgcaaaccaacctgaaacaaccattcttaacgttggtgatgtggtatcttatggcaaca ttctgcttagtggaaatcaaacagctagaatgctcaaatacaattatcctaccaagtctg ggtattgtggtggtatactttacaagattgggcaagttctggggattcatgtgggtggca atggtagagatggattttcagctatgttgcttagatcctactttacagacacacaaggtc agatcacactatcaaagaaaaccagtgaatgtggattacctagtatacataacccaagta aaacaaaattgcaacctagtgtattttatgatattttccctggctccaaacaaccagctg ttctatctgaaaaagatactcgacttcaggttgacttcaacgaagctctattttcgaaat acaaagggaatgttgactgtcctatgaatgatcatataaaaattgcttcatcacactatg ctgcacaattaatcacccttgacattaacccaaatcctattacgcttgaagatggtgtct ttggcacagaaggactagaagctttagacctaaacaccagtgctgggttcccttatatca caatgggtattaaaaagagggatcttattaacaataagacaaaagacataagtagactta agcaagcaattgataaatatggtgttgatttgcccatggttactttcttaaaggatgaac ttagaaaggaagaaaaaattgcaaagggtaaaactagggttattgaagcaagcagtgtga atgatactttgctgtttagaacaacttttggaaatctcttttcaaaatttcatttgaatc ctggaatagttacaggttcagcagttggttgtgatccagaaacattttggtccaaaatac cagctatgttagatgataaatgcataatggcttttgattacacaaattatgacggtagta tacaccctgtttggtttcaggcactcaagcaagttctttcagatctttcgtttgatcca- --tccttgatagacaggctatgcaagtctaaacacatttttagaaacacttattatgagg ttgaaggtggagttccatcagggtgttcaggtaccagcatattcaacactatgatgaata acatcattataagaactctagtattggatgcatacaaaaacattgatctggacaaactta aaataatagcatatggtgatgatgtgatattctcatatgtttatgagttagacatggaag caatagctatggaaggcaagaaatatggattgaccattacccctgctgataagtctgata tttttaggaaattagattatagcaatgtgactttcttgaaaagaggattcagacaagatg aaaaatacaatttcctgattcaccccacttttccagagagtgaaatttttgaatctatta gatggacaaagaaaccttctcagatgcaggagcatgtgctgtccttgtgtcacttaatgt ggcataatgggcagagtgcttata-agagttttgtagagaggattcgcagtgttagcgct ggacgtgcactgtacattcctccctatgatctgctcttgcatgaatggtatgagaaattt taact-------a-at-taattgatatag---aa-------------------atattaa --acg-aatagtttgt------------------tagttttata---------------- ------------------------------------ >DQ473498.1 Human rhinovirus 10, complete genome -------ttaaaactggatccagattgtt-cccatctggatttcccacgtggagtt---g tacactattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------gta-ccc-------------c-cccc---------------------- -------tgtaac----ttagaagt-t-ttgaac------aa-ggaccaatagg-cagta accac-ccaggttg-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgagatcgttacccgcaaggtgcctacgc aaagcctagtaacc-ccttga-ac-gatgtgtggttggtcgttcggctg------t--ac cc-cacagtagacctggcagatgaggctagatgttccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcactc---tctg-agt----------gcgaagccata-catttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtacatgcaatccagcatgcagctagtcgtaacgagcaatt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gatt----tatatat tgtcaccatgggcgctcaagtatccagacagaatgttggtactcactcaacacaaaatgc agtttcaaatggatctagtttaaattattttaacatcaactatttcaaagatgcagcatc tagcggtgcttccaaattggaattttcacaagaccctagtaaatttacagaccctgttaa agatgtccttgagaaaggaattccaacattacaatctccaactgtagaagcatgtggtta ctcagacagaatcattcagatcaccagaggtgattcaacaataacttcacaagatgttgc caatgcagtggtgggttatggcgtgtggcctcactatttaagtgcaacggatgccactgc tattgacaaacctactcagcctgacacttcttcaaatagattttacactcttgaaagcaa agtttggacgagcacatctcagggttggtggtggaagttaccagatgcacttaaggacat gggtatttttggagaaaatatgttttatcactatcttggcaggagtggatacacagtaca tgtccaatgcaatgctagcaaatttcatcaggggaccttactagtagtcatgataccaga acatcaattggcaagtgcacatactggtaatgtaacagctggttataatttcactcatcc aggagaaaagggtaggactgttggagatcgtcgtgac-----------ca---ccatg-- -acaaacaacctagtgatgacaattggttgaattttgatggtacttcactgggtaatgca ctaatatttccccatcaatttattaatttgaggagtaataattcagcaactataatagta ccttatgtcaatgcagtcccaatggattcaatgcttaggcacaataattggagtttagta ataattcctattagtcctttaaagtcagaccctagtgctagtgctt---tagttcctata actatttctatcagtccaatgtttgctgaattttctggggcacgtgctaaaactg----- -ccgca------------------------------gcca------atcaaggactacca gtgtatgttacacctggttctggtcaatttatgacaactgatgatctgcaatcaccatcc gcattaccgtggtatcatccaaccaaagaaatcctaataccaggagaggtcaaaaatcta atagaaatgtgccaggtagattcactgattccaatcaacaataccactgcaaat---tta aggaaagtaaatatgtatacaatacaattggcaaaccaaactaata------tggctgaa gaaatctttgcaattaaggtggacattgcatcacaacctctttcaaatactataattgga gaaattgctagttacttcacacattggactggaagcctgcggttcagttttatgttctgt ggcactgcaaatactacccttaaattgttattagcatatacaccaccaggcataaagaaa ccaacaaacaggaagcaggcaatgcttggtacacacattgtttgggatattgggttacaa tcaaccgtatctctggttgttccatgggtcagtgctagccatttcaggtacaccactcca gatacatattcagcagctggatacataacatgctggtatcaaaccaactttgtgttccca ccaaacacaccgagcactgcagatatgttgtgttttgtgtcagcatgtaaagacttttgc ctgcgtatggctagagatacaaatatgcacatacaaagtgatgccattacacaaaat--- ------ccagttgaaaattacattgataatgtacttaatgaagtcctagtggtacccaac atcagagaaagtcatccaagcacctctaactctgccccaattctcgatgcagctgagact ggtcataccagtagtgtacaaccagaagatacggttgaaacacgatatgtgcaaacatcc cagacgagagatgaaatgagtattgaaagttttcttggcaggtcaggttgtatacacacc tcaacaataactgtta-ataatacaaga-------------------------------- -ccctacaatga---------acacacttttgacacatggcaaataactctacaagaaat ggcccaaattagaaggaaatttgaaatgtttacatatgttagatttgactcagaagtcac tttagtaccttgcatcgcaggcaagggcgatg------acataggtcacatagttatgca atatatgtatgtgccacctggggctccagtaccaactaagagagatgattttgcttggca gtcgggaacaaatgcatcagtcttctggcaacatggacaacctttccctagattttcttt acccttcttaagcattgcatctgcttactacatgttctatgatggttatgatggtgatac acat------gactcacgttatggcacaacagtgataaatcacatgggcactttgtgcat gcgaatagtcacaaaccagcaagcacatgaggtggaaattaccaccagtgtttatcacaa agccaagcatgtcaaagcatggtgtccaagaccacccagagctgtaccatatacacatgc ccattccacaaattac------aaaccacatggcaa---------------------ag- --aattacaaatatttattaggtctagaga---------t---gatcccaaag------- ------tagtaact------------------gctggaccaagtgatatgtatgtccatg ttggtaatttaatttatagaaacttacaccttttcaattcagaaa---tgcatgattcaa ttctagtatcatactcttc------agatttagtcatttaccgaacaaacactataggta atgactacatccccacttgtgattgcactgatgccacttattattgtaaacataaagaca ggtactaccccatcaaagttactagtcacgactggtatgagattcaggaaagtgaatatt accccaagcatattcaatacaatctcttaattggagagggaccatgtgagcctggtgact gtggaggaaagttactctgtaaacatggagtaattggaataattactgctggtggagagg ggcatgtggcatttatagatctcaggcaat------ttcattgtgcggatgaacaagg-- -aataactgactacatccacatgttgggtgaagcttttggaacaggttttgtggacagtg tcaaagagcaaataaatgccataaacc------caataaataacataagtaagaaaataa taaaatggcttcttagaattatatctgcaatggtaataattattagaaattcatctgatc cacagacaattatagcaactttaactctaattggatgttcaggctcaccatggagatttc ttaaggaaaagttttgtaaatggacccaacttacttatattcataaagaatct---gact catggctcaaaaaattcacggaaatgtgtaatgcagctagaggtttggagtggatcggga ataaaatatctaaatttattgagtggatgaagtcca---tgttaccccaagctcagctta aagttaagtatctgagtgaacttaaaaaactaagcttcctggagaaacaaatggaac--- ---acctcagagttgctgattcaaaaacccaagagaagattaaacatgaggtggatactc ttcatgacctttcatgtaaatttctaccactctatgctagtgaggctaaaagaattaaga ttttacacaataagtgtaatacaatcat------caagcaaaggaaaagatgtgagccag tagcagttgtgatacatggtgaacccgggactggtaaatcaatgaccacaaactttctag ctaggatgataacaagtgagagtgat------atctattctctaccacctgatcccaaat actttgatggatatgatcaacagagtgtagttattatggatgatgtgatgcagaacccaa gtggagaagacatgaccttgttttgccaaatggtatcaagtgttacattcataccaccca tggcagatctgccagataagggtaagccatttgattctagatttgtgttatgtagtacca atcataatctattagcacctccaacaataacatctttaccagccatgaataggagatttt tctttgatctagatatcatagtgtgtgaaaagtacaaagacccacaaggcaaattaaatg tgactgctgctttccgaccatgtgatgtggatgcaaaaattggcaatgcacgc---tgtt gtccattcatttgtggcaaagcagtgatgttcagagaccgcaatacatgccaaacttaca cactagcacaagtgtacaatcgaatacttgatgaagataagcggcgtagacaggtgatcg atgtcatggccgcaatttttcagggacccatcactc---------------------ttg agggaccaccaccagctgcaatcagcgacttattgcagtcagtcagaactcctgaagtaa ttaaatactgtgaaggtaacaaatggatcataccagcggaatgtaagg---ttgagaggg atcttaatatagcaaacaccatcatcacaattattgccaatatcattagtatttctggaa ttatttatgttatctacaagctattctgtacattgcagggaccatattcaggggaac--- ctaaaccaaaaaccaagataccagaa---agaagagtggtggctcagggtccagaagagg agtttggaagatcactcattaagcacaactcatgtattgtgacaacacaaaatggtaaat ttacaggcttaggaatttatgacagaatgttaattttaccaacacatgcagaccctggcc gtgaagtgcaaatagatggtattacaaccaaggtggaagattcttttgacctgtacaaca aggatggggttaaactagagattactgtgcttaaactaaagagaaatgaaaaattcaaag atattaggaaatacatacctgaaaatgaagatgactatccagattgtaatctagctcttt ctgctaatcaaccagaaactactataatcaatgtaggggatgtggtatcctatggaaata ttctccttagtggcactcaaacagctagaatgctcaaatataattacccaacaaaatcag gttattgtggtggtatcttgtataaaattggacaagtcttaggaatccatgttggaggta atgggagggatggattcgctgccatgctattgagatcttacttttctgaaacacagggtg aaataataatttcaaaatccacaagcgaatgtgggttacccagtatccacacaccaagca aaaccaaacttcagcctagtgtattctttgatgtatttccaggtactaaagaaccagctg tcctctcaagtaacgatcctagattagaggttgattttaataaagctttgttttctaagt ataaaggaaataatgagtgtgttataaatgatcatgttaaagtagctgtctctcactact cagcccaactcatgaccttagatattaatccagagcctatctcacttgaggacagtgtct ttggaacagaaggcttggaagctcttgatcttaacactagtgcaggatttccatacgtgt cgatgggcattaaaaagaaagatctaattaacaagcaaacaaaggatgtgactaaactta aaatggccctagacaagtatggtgttgacttaccaatggttacctttcttaaagatgagc ttaggaaaagagagaaaatcaccgccggaaagacccgcgtgattgaagctagtagtgtga atgacactgtactgttcagaacaacttttggtaatctcttctcaaaatttcacttaaatc caggcattgtcacaggttctgctgtaggctgtgatcctgaaacattctggtcaaaaatac ctgttatgctagatggagaatgtataatggcatttgattacacaaattatgatggaagta tacatcctatgtggtttcaagctcttaaagaagttttgtctaatttatcttttgaggct- --agtttaatagatagactgtgcaaatccaagcacatcttcaagaatatgtattatgaag tggaaggtggagttccatcaggttgttctggaaccagtatatttaatacaatgataaata atatcattatcagaacattagtgctagatgcttataagaatattgacttggataaactta aaattatagcttatggagatgatgtaattttttcttacaaatatcaacttgacatggaag caattgccaaggagggtaccaagtatggattaacaataacaccagctgacaaatctgata ctttcaaacaacttaattatggcaatgttacattcctgaaaagaggatttaaacaagatg agaaatatcagtttttgatacacccaacatttccagttgaagaaattcaagagtctattc gatggacaaagaaaccatcccaaatgcaggaacatgtcctgtcgttgtgtcatttaatgt ggcataatggcaggagtgtttaca-agcagtttgaggagcggatacgcagtgttagcgct ggtcgtgcactgtacattcctccttacgatttgctgctgcatgagtggtatgaaaagttt taaat-------tgtt-tag---atataa---aa-------------------atattaa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >DQ473510.1 Human rhinovirus 75, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatcacccaatgggtgta---g tatactgttattacggtaactttatacgacggtttt----------------------at -----------ctcc-ccc-------------cccccctt-------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-ttgcac------ac-cgaccaatagt-ggaca atcag-ccagattg-t----t-ttaggtcaagca-ctact-gtttcccccggtcaa--cg ttgatatgctccgac-agggc-aaaaacaacagcgatcgttatccgcaaggtgcctacac agagcttagtaccg-ccttag-aa-ggattgtggttggtcgctcagttg------caacc cc-agcaatagacctggcagatgaggctggacattccccactggtgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacacct--ctatgaggt----------gtgaagccaga-atttcg acaaggtgcgaagagccgcgtgtgctcacctt--gaatcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacccgcagccatggtccacaatccagtggatgtatggtcgtaatgagtaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-tctttt- ----atactgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ga----------tatatat tggcaccatgggcgctcaagtatccagacagaatgttggtacacactcaacacaaaatgc tgtttcaaatggatcaagtctaaattatttcaacatcaattattttaaagatgctgcctc tagcggagcttccaagctagaattttcacaggatccaagtaaattcactgatcccgttaa agatgttcttgaaaagggaattccaactttgcagtcaccaacagttgaagcatgtggtta ctctgatagaattattcagataaccagaggagactcaactatcacatcccaagatgttgc aaatgcagtggtcgcatatggtgtatggccacactacctaacaccacaagatgcaactgc cattgacaagccatcacaaccggaaacatcctctaatagattctacacattagaaagcaa aacctgggactcatcatcaaaaggttggtggtggaaactaccagatgcattgaaagacat gggcatatttggacaaaatatgtattaccacttccttggcagaagtggatatacagtgca tgttcaatgtaatgccagtaaatttcaccaaggcactctaattgtggcaatgatcccaga acatcagttagctagtgcaagacatggaaatcttaccgctggttacaacttcacacaccc aggtgagaatggaagaaatgttgggcaattaagaaca-----------gaatatttag-- -ataaacagccaagtgatgacaattggttgaattttgatggaacattacttggtaatatt acaatattccctcatcaatttattaatctgagaagcaataattcagctacaataattgtc ccctatgtgaatgctgtcccaatggattctatgcttagacataacaattggagcttggtt attataccaatatgtgaattgcaagtggacacaggcgtcccagcta---ctgtaccaata accatatccataagcccaatgtttgcagaattttcaggagcaagagcaaga--------- ---------------------------------------a------gccagggtattcca accatgcttacacctgggtcagggcaattcatgactactgatgacttccaatcccctagt gcgttaccatggtatcatcctactaaagaaatatccatccctggacaagttagaaatctg attgaattgtgtgaggttgataccctcataccaataaacaacacttcagagaat---cta aaaactacaaacatgtatactgtctatttggagagacgttcagact------tagcacag gaaatatttgcaataagagtggatattgcttcacagcccttagcaaccacattaatagga gaaattgctagttactacacacactggaccggtagtcttcggtttagtttcatgttttgt ggatctgcaagtgcaactttaaaactcttattagcatatacaccaccagggattgctaaa cccaccactaggaaacaagctatgttaggaacacacgtagtgtgggatgtgggattacag tcaactatttcaatgattgtgccatgggttagcgctagccattttagaaacacaacccca gatacctattcacttgcaggctatgtaacttgctggtaccagactaacttagttgttcca cctaataccccaccaaatgccaaaatgctttgttttgtttctggctgtaaagatttttgc ttaaggatggcgagggataccaacttacataaacaaagtggtgtcatagagcaaaat--- ------ccagttgaaaattatgtggatgaaattttaaatcaagttctggtagttccaaac accatggagagccatccaacaacgtctaatgctgctccagctttagatgcagctgaaact ggccataccagccatgttcaaccagaagacatgttagaaacaaggcaagtacaaaatttc caaactagagatgaaatgagtattgagagtttcctaggcagatctggatgtattcatatt tcaacacttgagatag-attataca----------------------------------- -aactataatgga---gaaggcaaaaacttcactcagtggccaatcaatctacaggaaat ggctcaaattagaaggaaatatgaattatttacatatcttagatttgattcagaggttac tctggtgccatgcattgcagctaaagggaatg------acataggccatgtagtaatgca atatatgtatgtaccaccaggagcaccaataccaacaactagaaaagattatgcatggca atctggaacaaatgcatctgtattttggcaacatggacaaacatttccaagattttcact accatttctgagcattgcatcagcatattacatgttttatgatggatatgaaggggatca aaat------acatcccgttatggcaccattgctagtaatcacatggggacactgtgttc tagaatagttacagaagaacatcgaaataaagttgaagtaaccactagaatatatcacaa agccaaacatataaaagcttggtgtccgaggccgcccagggctgttgaatacacatttag acgtgtaacaaattac------aaaagagatggaca---------------------ac- --aagttgagattgctattgagcccagaag---------a---gatgtta---------- -----------agt-ttgtaa---------atgcaggcccaactgatctatatgtgcacg tagggaatttgatttatagaaacttacatcttttaaattctgaaa---tgcatgattcca tattaatctcttattcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacacaaaaggtg atgattatattccaacatgtgattgtacagaagccacatattattgcagacataagaata gatactacccaattaaagtaactagtcatgattggtatgagatccaagagagtgaatatt accctaaacatatacaatacaatttattaataggggaaggtccatgtgagcctggtgact gtggtggaaaattgttgtgtaggcatggagtgataggtattgtaacagctgggggtgagg gtcatgtggcttttattgatttaagacaat------tccactgtgctgaggaacaagg-- -tataacagactacatccatatgcttggtgaagcttttggtaatggatttgtagaaagtg ttaaagaacaagtcagtgcaataaatc------caattaataacattagcaaaaagatag tcaagtggatacttagaataatatcagcaatggttataataattagaaataactctgacc cacaaacaatcattgctactctaaccttgattggctgttcaggatcaccatggcgtttcc tgaaggagaaattttgtaaatggacacaactcagttatatccataaagaatca---gatt cttggcttaagaaattcactgaaatgtgtaatgcagcacggggattagaatggattggca acaagatttcaaaattcatagagtggatgaagtcca---tgttacctcaagcccaactta aagtgaaatacctttctgaacttcggaaactcaatcttctggaaaagcagattgaga--- ---acctaagggcagcagacgcaaacacacaagagaaaattaagttagaaatcgataccc tccatgatttgtcatgcaaatttctgccattgtatgctagtgaagcaaagagaattaaag ctttatacaataaatgtaataacataat------taaacaaagaaagaggagtgagccag ttgctataatgatacatggtcctccaggtactggaaaatcaataaccacaagctttcttg ccaggatgataaccaatgagagtgat------gtgtattctttgccacctgaccctaagt attttgatgggtacgatcaacaaagtgtggttataatggatgatatcatgcaaaatccag atggagaagacatgtcattattttgtcaaatggtgtctagtgtaacttttatacccccaa tggctgatttacctgataaaggaaaaccttttgactctaggtttgttttctgtagcacaa atcaaactctcttggcccctcctacaattacatctctgccagccatgaataggcgtttct tcttagatttagatatagtggttcatgataactataaagatattcagggtaaattggatg ttccaaaagcatttaaactatgtgatatagatacaaaagtgggtaatgctcgt---tgtt gcccatttatatgtggtaaagctgtaactttcaaagaccgcaacacatgtcagagttata cccttagtcagatctataacaaaatactagaagaagacaaacgccgcagaaatgtggttg atgttatgattgctatctttcagggacctataacac---------------------tgg atgcaccaccacctcctgctataacggatttattacggtctgttagaactccagaagtaa ttaaatattgtgaggaaaataaatggataattccaactgattgtagaa---tagaaaggg atttaaacttagccaataatatcattacaatcattgctaatgtggtaagcattgcaggca tcatctgtgtgatatataaactgttttgttcattacagggcccatactctggggaac--- ccaagcctaagactaagatacctgaa---agaaggatagtagcccagggtccagaggaag aatttgggcgttctcttatcaaacataacacatgtgtggttaccactgagaatggtaaat ttacaggattgggcatatatgacaaagtaatgatcttgcccacacatgctgatcctggaa aacaagtccagataaatggaatcaatgtcaatgttagcgattcatatgatctatataaca aagatggtgttaaactagaaattacagtcataaaattggataggaatgaaaaatttagag atattagaaagtacataccagaaaaagaagatgattatccagaatgcaatctggcacttg tggctaaccaaccagaacccactataataggtgttggagacgtagtgtcatatgggaaca ttttattgagtggaaaccaaacagcaagaatgcttaaatacaattaccctactaaatcag gttattgtggtggtgttttatacaaaattggaaatatcctggggatccatgtgggtggta atggcagggatgggttttctgcaatgttactgaggtcatatttcaatgaaacacaaggga aaatagttgcagcaaaggatgtaaggaacattggatacccaaccattcacacacccagta agacaaaattgcaaccaagtgttttctttgatgtctttgagggcacgaaagaaccagcag tattatctgagagtgacccgcgcttgaaaactgattttaaaacagcactattttcaaaat acaagggaaatcctgaatgtgaaatgaatgaccacataaaagtggcaattgcccattatt cagcccaactaatgactctagatatccaaacaagtagtgtctcactagaagagagtgtgt ttggaattgatggcctggaggccttagatctgaatacaagtgcaggattcccatatatta gcatgggtatcaaaaagagagacttaattaacaacacaacaaaagatttaagtaaattaa aggctgcaatggataaatatggagttgatctacccatggtaactttcctaaaagatgaac ttaggaagaaggaaaaaatctctgctggcaagacacgtgtaatagaggctagtagtatca atgacacaattatctttagacaaacctatggtaacctatttgcagcatttcacaaaaatc ctggcattattactggttctgcagttgggtgtgaccctgaaactttttggtcaaagatac ctgtaatgttagatggagattgtataatggcttttgattacacaaattatgatggtagta tacacccaatctggtttgaggctctaaagcaagtcttgaataatttatcctttgattcc- --aaattaatagacagattatgtaattctaaacatatctttaaaaactcctactatgagg ttgaaggtggtatcccctccgggtgttccggaacaagtattttcaatacaatgattaata acataataataagaacattgatacttgatgcttacaaatacattgatctggacaaactta aaataatagcatatggggatgatataatctttacatacaaatatccattagaaatggagg ccattgcaaaggaaggaattaagtatggtttaacaatcacacctgctgataaatcagaaa catttgagaaattagattataataatgttactttccttaagagaggattcaaacaggatg caaaatacccctttttagtgcaccctacatttccagttcaggagatacatgaatcaatca gatggacaaagaaaccctcacaaatgcaggagcatgttctgtcattgtgtcacttaatgt ggcataatggaccggaggtttata-aggattttgagaataaaattcgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtatatacctccttatgacctccttttgcatgagtggtatgaaaaattt taaac-------a----tat---atatag---aa-------------------gtagaaa --atg-tttagttttt------------------tagttttac----------------- ------------------------------------ >FJ445111.1 Human rhinovirus 1 strain ATCC VR-1559, complete genome -------ttaaaactgggtgtgggttgtt-cccacccacaccacccaatgggtgtt---g tactctgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------tc cc------tcccctc-ccc-------------atcctt-tt------------------- ------acgtaac----ttagaagt-t-ttaaat------acaagaccaatagt-aggca actct-ccaggttg-t----c-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaacagataccgttatccgcaaagtgcctacac agagcttagtagga-ttctga-aa-gatctttggttggtcgttcagctg------catac cc-agcagtagaccttgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcgcacctc-tcatgaggt----------gtgaagccaaa-gatcgg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccatggctcataagccaatgagtttatggtcgtaacgagtaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac--------ttttt-ccttta- ---ttaattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tattg--atatatat tggcatcatgggcgcccaggtatctagacaaaatgttggtacacactcaacccaaaattc agtgtcaaatggatcaagtttaaattactttaatataaattacttcaaggatgctgcctc aagtggtgcatctagattagatttctctcaagatccaagcaaattcactgacccagttaa agatgtcttagaaaaggggatcccaacactacaatcaccatctgttgaggcttgtggcta ttcagacaggattatgcaaataaccagaggagattcaacaatcacatctcaagatgtagc aaatgctgtggttgggtatggggtctggccgcattacttaacaccacaagatgccactgc tatagacaaaccaacacaacctgatacatcatcaaatagattttatacactagagagtaa acattggaatggtagttcaaaaggatggtggtggaaattaccagatgctcttaaagacat gggtatttttggagaaaatatgtattatcatttcctgggtagaagtggatatacagttca tgtgcagtgtaatgctagtaaattccatcagggtaccttgttagttgcaatgataccaga acaccagctagcaagtgcaaaacacggaagtgtgactgctggttacaaactcacacaccc aggtgaggctggcagagatgtaagtcaagaacgtgat-----------gc---aagtt-- -taagacaacctagtgatgatagttggcttaattttgatggcacccttcttggaaattta ttaattttcccacatcaatttataaaccttaggagtaataattctgcaactctaatagta ccatatgtaaatgctgtgccaatggattcaatgcttcgacataataactggagcctggtc atcataccaattagtccattacgtagtgaaactacatcttctaata---tagtgccaatc actgtatcaataagtcccatgtgtgctgaattttctggtgcaagagcaaaaaacatt--- ---------------------------------------a------aacaaggattacct gtatatataactccaggatctgggcaattcatgactactgatgatatgcaatcaccttgt gcactaccctggtaccatcctactaaagaaatatctattccgggtgaagttaaaaacctt atagaaatgtgtcaagttgataccttgattccagtcaataatgtgggtaacaat---gtt ggaaatgtcagtatgtacactgtacaactagggaaccaaacaggca------tggcacaa aaagtcttttcaataaaagtagacattacatcacagcctttggctacaactttaattggg gagattgcaagctattacacccattggactggcagtctgcgatttagttttatgttttgt gggactgcaaacacaacacttaaattattacttgcatacacaccacctggtattgatgaa ccaacaactagaaaggatgcaatgctagggacacatgttgtgtgggatgttggattgcag tctactatatctcttgttgtaccatgggtgagtgccagccacttcaggttaactgcagat aataaatactccatggctggttatatcacatgttggtaccaaactaatttagtagtgccc ccaagtacgccacagactgctgatatgctgtgttttgtttctgcatgtaaagatttttgt ctacgaatggcaagggatacagatttacacatacaaagtggtccaatagagcaaaat--- ------ccagtagaaaactacattgatgaagttttaaatgaagttttagtagtgccgaat ataaaagaaagtcatcacactacatcaaactctgccccacttttagatgctgcagagacg ggacacaccagtaatgttcaaccagaagatgctatagagacaaggtatgttataacatca caaacaagagatgagatgagtatagaaagtttccttggtagatctggttgtgtccacatc tcaagaataaaggttg-attacact----------------------------------- -gactataatgga---caggacataaatttcacaaaatggaaaatcacactacaggaaat ggcacagattaggagaaaatttgaattgtttacatatgtcaggtttgactcagaaataac cttggtgccttgtattgctggtagaggagacg------acattggacatattgtaatgca atatatgtatgttcctccaggagctccaattccttcaaaaagaaacgatttctcatggca atcaggcaccaatatgtcaatattctggcaacatggacagccatttcctagattttcttt accatttcttagcattgcatcagcttattatatgttttatgatggatatgatggagacaa cact------tcttccaagtatggtagcgtagttactaatgatatgggtactatatgctc aagaatagttacagaaaaacagaaacattctgttgtcatcacaacacacatatatcataa agctaaacacacaaaagcttggtgtcctaggccccctagagctgtcccttacacacatag tcatgtgactaattat------atgccagaaacagg---------------------tg- --acgtgacaacagccatagtccgcagaaa---------c---actataaca-------- -----------act------------------gctgggcccagtgatctatatgtgcatg taggtaacttaatatatagaaacttacatctgttcaattctgaaa---tgcatgattcaa ttttgatttcatactcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactataggtg atgattatattcccaattgtaactgcactgaggctacttattattgtagacacaaaaata ggtattacccaataaaagttactccacatgattggtatgaaatacaagagagtgaatatt accccaaacacatccaatacaacctattaattggtgaaggaccatgtgaacctggtgatt gtggtggaaaacttctttgtagacatggtgtcattggcataatcacagcaggtggtgaag gtcatgtagcatttatagatcttagacaat------ttcactgtgctgaggaacaagg-- -cataactgattacatacacatgttgggagaggcttttggcaatggttttgtagatagtg ttaaagaacaaataaatgcaataaatc------caatcaataacattagtaagaaggtta ttaagtggctacttagaataatctcggctatggttattataatcagaaactcctctgacc ctcaaacgatcatagcaaccttgacactaattggttgcaatggttcaccatggagatttc tcaaagaaaagttttgcaaatggacccaattaacttatatccacaaagagtct---gatt catggcttaagaaattcactgaaatgtgtaatgctgcacgtggtcttgaatggattggta ataaaatttcaaaatttatagattggatgaaatcta---tgctaccccaggcccaattga aagttaaatacttgaatgaaataaagaaactcagtttgcttgaaaaacagattgaaa--- ---atctacgtgcggcagatagtgcaacacaagagaaaatcaaatgtgaaattgacaccc tacatgatctatcgtgcaaatttcttcctttgtatgcacatgaggcaaaaagaatcaaag tgctttataataaatgttccaatataat------taaacaaagaaagagaagtgaaccgg tggcggtgatgatacatggaccacccggtactggtaaatctataacaactaacttcttgg ctagaatgataacaaatgaaagtgat------gtgtactcattacctccagatcccaaat attttgatggttatgacaatcagagtgttgtaatcatggatgatattatgcaaaatccag atggagaagacatgacactattttgccaaatggtttcaagtgttacatttataccaccca tggctgatttgcctgacaagggtaaaccatttgattcaagatttatcttatgtagtacta accactcgcttttagccccacctactatatcttcattacccgcaatgaatagaagatttt tctttgacttagatattgtagttcatgacaattataaagatacacaagggaaattagatg tatccaaagcttttcgaccttgtaatgttaacaccaaaattggcaatgcaaaa---tgtt gtccatttgtatgtggtaaggcagtgwcattcaaagatcgcagcacttgctcaacataca ccttagctcaagtttacaatcacattttggaagaagacaaaagaaggagacaggtggtgg atgtcatgtctgcaattttccaaggaccaatttctt---------------------tag acgytccaccaccaccagctatagyagatctgttacaatcagttagaacacctgaggtaa tcaagtactgtcaagataataaatgggtcattccagcagagtgccaag---tggaaagag acttaaatatagccaatagcataatagctattatagcaaatataataagtatagctggca ttatatttgtaatttataaattgttttgttcattacaaggaccatactcaggtgaac--- ctaaacctaaaaccaaagtacctgaa---agaagagtagttgctcaaggtccagaagaag aatttggaaggtcaattctcaaaaacaatacttgtgtgattactacaggtaatggaaaat ttacaggtcttggtatacatgacagaattctaatcatcccaacacatgctgatccaggta gagaggtccaagttaatggtgtccacactaaggttctagactcatatgatctttataata gagatggagttaaacttgaaataacggtcatacaattagatagaaatgaaaaatttaggg acattagaaagtatatacctgaaacagaagacgattatccagaatgcaatttggcacttt cagctaatcaagatgaaccaactataattaaagtaggagatgtagtgtcctatggcaata ttttgcttagtggaaatcaaacagccagaatgcttaaatataattaccccacaaaatcag ggtattgtggaggggtactatataaaattggtcaaattctaggtattcatgtgggtggaa atggaagggatggtttttcagctatgttacttagatcatactttacagatactcagggcc aaattaaagtcaataagcatgctactgaatgtggtcttccaactatacacactcctagca aaaccaaacttcagcctagtgtattttatgatgtcttcccaggctctaaggaaccagctg tgctcacagataatgaccctagattggaagttaattttaaagaagctttattttctaaat ataaaggtaatgtggaatgtaatttgaatgaacatatggaaattgctattgcccattact cagcacaattaatgacactagatattgattccaggccaatagcattggaagatagcgtgt ttgggatagaaggacttgaggctttagatctaaacaccagtgcagggtttccttatgtca caatgggtattaaaaagagagatttaataaataacaaaacaaaagatatatccaggctta aagaggctctagataaatatggagttgacttacccatgatcactttcttaaaagacgagc ttaggaaaaaggagaaaatttcaacaggtaaaactagagttatagaagcaagtagtataa atgacacaatattatttagaactacttttggcaatttgttctctaagtttcatttaaacc caggcgttgttactggctctgcagtagggtgtgaccctgagactttctggtctaaaatcc cagttatgcttgatggagattgtataatggcttttgactatacaaattatgatggtagta tacaccctgtctggtttcaagctctgaaaaaagttcttgaaaatttatctttccaatct- --aatttaattgatagattgtgttattccaagcacttgtttaaatcaacatattatgaag tggcaggtggagttccttctgggtgttctggaaccagtatattcaatactatgattaata acattataataagaacactagttctagatgcatacaaaaatattgatctggacaagctta aaataattgcatatggtgatgatgtgattttctcttataaatatactctagatatggaag ctattgctaatgaaggaaagaaatatggacttacaataacaccagcagataagtccaatg aattcaagaaacttgattatagtaatgtgacttttcttaaacgtggttttaagcaagatg aaagacatacattccttattcatcctacattcccagtggaagagatacatgaatcaatta gatggaccaagaaaccttcacagatgcaagaacatgtgctatcattatgtcacctgatgt ggcacaatggacgtaaggtgtatg-aagatttctctagtaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtatatcccaccttatgatctgttgaaacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ataatga --atg-aatgattctt------------------taattctat----------------- ------------------------------------ >FJ445178.1 Human rhinovirus 10 strain ATCC VR-1120, complete genome -------ttaaaactggatccagattgtt-cccatctggatttcccacgtggagtt---g tacactattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------gta-ccc-------------c-cccc---------------------- -------tgtaac----ttagaagt-t-ttgaac------aa-ggaccaatagg-cagta accac-ccaggttg-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgagatcgttacccgcaaggtgcctacgc aaagcctagtaacc-ccttga-ac-gatgtgtggttggtcgttcggctg------t--ac cc-cacagtagacctggcagatgaggctagatgttccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcactc---tctg-agt----------gcgaagccata-catttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtacatgcaatccagcatgcagctagtcgtaacgagcaatt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gatt----tatatat tgtcaccatgggcgctcaagtatccagacagaatgttggtactcactcaacacaaaatgc agtttcaaatggatctagtttaaattattttaacatcaactatttcaaagatgcagcatc tagcggtgcttccaaattggaattttcacaagaccctagtaaatttacagaccctgttaa agatgtccttgagaaaggaattccaacattacaatctccaactgtagaagcatgtggtta ctcagacagaatcattcagatcaccagaggtgattcaacaataacttcacaagatgttgc caatgcagtggtgggttatggcgtgtggcctcactatttaagtgcaacggatgccactgc tattgacaaacctactcagcctgacacttcttcaaatagattttacactcttgaaagcaa agtttggacgagcacatctcagggttggtggtggaagttaccagatgcacttaaggacat gggtatttttggagaaaatatgttttatcactatcttggcaggagtggatacacagtaca tgtccaatgcaatgctagcaaatttcatcaggggaccttactagtagtcatgataccaga acatcaattggcaagtgcacatactggtaatgtaacagctggttataatttcactcatcc aggagaaaagggtaggactgttggagatcgtcgtgac-----------ca---ccatg-- -acaaacaacctagtgatgacaattggttgaattttgatggtacttcactgggtaatgca ctaatatttccccatcaatttattaatttgaggagtaataattcagcaactataatagta ccttatgtcaatgcagtcccaatggattcaatgcttaggcacaataattggagtttagta ataattcctattagtcctttaaagtcagaccctagtgctagtgctt---tagttcctata actatttctatcagtccaatgtttgctgaattttctggggcacgtgctaaaactg----- -ccgca------------------------------gcca------atcaaggactacca gtgtatgttacacctggttctggtcaatttatgacaactgatgatctgcaatcaccatcc gcattaccgtggtatcatccaaccaaagaaatcctaataccaggagaggtcaaaaatcta atagaaatgtgccaggtagattcactgattccaatcaacaataccactgcaaat---tta aggaaagtaaatatgtatacaatacaattggcaaaccaaactaata------tggctgaa gaaatctttgcaattaaggtggacattgcatcacaacctctttcaaatactataattgga gaaattgctagttacttcacacattggactggaagcctgcggttcagttttatgttctgt ggcactgcaaatactacccttaaattgttattagcatatacaccaccaggcataaagaaa ccaacaaacaggaagcaggcaatgcttggtacacacattgtttgggatattgggttacaa tcaaccgtatctctggttgttccatgggtcagtgctagccatttcaggtacaccactcca gatacatattcagcagctggatacataacatgctggtatcaaaccaactttgtgttccca ccaaacacaccgagcactgcagatatgttgtgttttgtgtcagcatgtaaagacttttgc ctgcgtatggctagagatacaaatatgcacatacaaagtgatgccattacacaaaat--- ------ccagttgaaaattacattgataatgtacttaatgaagtcctagtggtacccaac atcagagaaagtcatccaagcacctctaactctgccccaattctcgatgcagctgagact ggtcataccagtagtgtacaaccagaagatacggttgaaacacgatatgtgcaaacatcc cagacgagagatgaaatgagtattgaaagttttcttggcaggtcaggttgtatacacacc tcaacaataactgtta-ataatacaaga-------------------------------- -ccctacaatga---------acacacttttgacacatggcaaataactctacaagaaat ggcccaaattagaaggaaatttgaaatgtttacatatgttagatttgactcagaagtcac tttagtaccttgcatcgcaggcaagggcgatg------acataggtcacatagttatgca atatatgtatgtgccacctggggctccagtaccaactaagagagatgattttgcttggca gtcgggaacaaatgcatcagtcttctggcaacatggacaacctttccctagattttcttt acccttcttaagcattgcatctgcttactacatgttctatgatggttatgatggtgatac acat------gactcacgttatggcacaacagtgataaatcacatgggcactttgtgcat gcgaatagtcacaaaccagcaagcacatgaggtggaaattaccaccagtgtttatcacaa agccaagcatgtcaaagcatggtgtccaagaccacccagagctgtaccatatacacatgc ccattccacaaattac------aaaccacatggcaa---------------------ag- --aattacaaatatttattaggtctagaga---------t---gatcccaaag------- ------tagtaact------------------gctggaccaagtgatatgtatgtccatg ttggtaatttaatttatagaaacttacaccttttcaattcagaaa---tgcatgattcaa ttctagtatcatactcttc------agatttagtcatttaccgaacaaacactataggta atgactacatccccacttgtgattgcactgatgccacttattattgtaaacataaagaca ggtactaccccatcaaagttactagtcacgactggtatgagattcaggaaagtgaatatt accccaagcatattcaatacaatctcttaattggagagggaccatgtgagcctggtgact gtggaggaaagttactctgtaaacatggagtaattggaataattactgctggtggagagg ggcatgtggcatttatagatctcaggcaat------ttcattgtgcggatgaacaagg-- -aataactgactacatccacatgttgggtgaagcttttggaacaggttttgtggacagtg tcaaagagcaaataaatgccataaacc------caataaataacataagtaagaaaataa taaaatggcttcttagaattatatctgcaatggtaataattattagaaattcatctgatc cacagacaattatagcaactttaactctaattggatgttcaggctcaccatggagatttc ttaaggaaaagttttgtaaatggacccaacttacttatattcataaagaatct---gact catggctcaaaaaattcacggaaatgtgtaatgcagctagaggtttggagtggatcggga ataaaatatctaaatttattgagtggatgaagtcca---tgttaccccaagctcagctta aagttaagtatctgagtgaacttaaaaaactaagcttcctggagaaacaaatggaac--- ---acctcagagttgctgattcaaaaacccaagagaagattaaacatgaggtggatactc ttcatgacctttcatgtaaatttctaccactctatgctagtgaggctaaaagaattaaga ttttacacaataagtgtaatacaatcat------caagcaaaggaaaagatgtgagccag tagcagttgtgatacatggtgaacccgggactggtaaatcaatgaccacaaactttctag ctaggatgataacaagtgagagtgat------atctattctctaccacctgatcccaaat actttgatggatatgatcaacagagtgtagttattatggatgatgtgatgcagaacccaa gtggagaagacatgaccttgttttgccaaatggtatcaagtgttacattcataccaccca tggcagatctgccagataagggtaagccatttgattctagatttgtgttatgtagtacca atcataatctattagcacctccaacaataacatctttaccagccatgaataggagatttt tctttgatctagatatcatagtgtgtgaaaagtacaaagacccacaaggcaaattaaatg tgactgctgctttccgaccatgtgatgtggatgcaaaaattggcaatgcacgc---tgtt gtccattcatttgtggcaaagcagtgatgttcagagaccgcaatacatgccaaacttaca cactagcacaagtgtacaatcgaatacttgatgaagataagcggcgtagacaggtgatcg atgtcatggccgcaatttttcagggacccatcactc---------------------ttg agggaccaccaccagctgcaatcagcgacttattgcagtcagtcagaactcctgaagtaa ttaaatactgtgaaggtaacaaatggatcataccagcggaatgtaagg---ttgagaggg atcttaatatagcaaacaccatcatcacaattattgccaatatcattagtatttctggaa ttatttatgttatctacaagctattctgtacattgcagggaccatattcaggggaac--- ctaaaccaaaaaccaagataccagaa---agaagagtggtggctcagggtccagaagagg agtttggaagatcactcattaagcacaactcatgtattgtgacaacacaaaatggtaaat ttacaggcttaggaatttatgacagaatgttaattttaccaacacatgcagaccctggcc gtgaagtgcaaatagatggtattacaaccaaggtggaagattcttttgacctgtacaaca aggatggggttaaactagagattactgtgcttaaactaaagagaaatgaaaaattcaaag atattaggaaatacatacctgaaaatgaagatgactatccagattgtaatctagctcttt ctgctaatcaaccagaaactactataatcaatgtaggggatgtggtatcctatggaaata ttctccttagtggcactcaaacagctagaatgctcaaatataattacccaacaaaatcag gttattgtggtggtatcttgtataaaattggacaagtcttaggaatccatgttggaggta atgggagggatggattcgctgccatgctattgagatcttacttttctgaaacacagggtg aaataataatttcaaaatccacaagcgaatgtgggttacccagtatccacacaccaagca aaaccaaacttcagcctagtgtattctttgatgtatttccaggtactaaagaaccagctg tcctctcaagtaacgatcctagattagaggttgattttaataaagctttgttttctaagt ataaaggaaataatgagtgtgttataaatgatcatgttaaagtagctgtctctcactact cagcccaactcatgaccttagatattaatccagagcctatctcacttgaggacagtgtct ttggaacagaaggcttggaagctcttgatcttaacactagtgcaggatttccatacgtgt cgatgggcattaaaaagaaagatctaattaacaagcaaacaaaggatgtgactaaactta aaatggccctagacaagtatggtgttgacttaccaatggttacctttcttaaagatgagc ttaggaaaagagagaaaatcaccgccggaaagacccgcgtgattgaagctagtagtgtga atgacactgtactgttcagaacaacttttggtaatctcttctcaaaatttcacttaaatc caggcattgtcacaggttctgctgtaggctgtgatcctgaaacattctggtcaaaaatac ctgttatgctagatggagaatgtataatggcatttgattacacaaattatgatggaagta tacatcctatgtggtttcaagctcttaaagaagttttgtctaatttatcttttgaggct- --agtttaatagatagactgtgcaaatccaagcacatcttcaagaatatgtattatgaag tggaaggtggagttccatcaggttgttctggaaccagtatatttaatacaatgataaata atatcattatcagaacattagtgctagatgcttataagaatattgacttggataaactta aaattatagcttatggagatgatgtaattttttcttacaaatatcaacttgacatggaag caattgccaaggagggtaccaagtatggattaacaataacaccagctgacaaatctgata ctttcaaacaacttaattatggcaatgttacattcctgaaaagaggatttaaacaagatg agaaatatcagtttttgatacacccaacatttccagttgaagaaattcaagagtctattc gatggacaaagaaaccatcccaaatgcaggaacatgtcctgtcgttgtgtcatttaatgt ggcataatggcaggagtgtttaca-agcagtttgaggagcggatacgcagtgttagcgct ggtcgtgcactgtacattcctccttacgatttgctgctgcatgagtggtatgaaaagttt taaat-------tgtt-tag---atataa---aa-------------------atattaa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >NC_038311.1 Human rhinovirus 1 strain ATCC VR-1559, complete genome -------ttaaaactgggtgtgggttgtt-cccacccacaccacccaatgggtgtt---g tactctgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------tc cc------tcccctc-ccc-------------atcctt-tt------------------- ------acgtaac----ttagaagt-t-ttaaat------acaagaccaatagt-aggca actct-ccaggttg-t----c-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaacagataccgttatccgcaaagtgcctacac agagcttagtagga-ttctga-aa-gatctttggttggtcgttcagctg------catac cc-agcagtagaccttgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcgcacctc-tcatgaggt----------gtgaagccaaa-gatcgg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccatggctcataagccaatgagtttatggtcgtaacgagtaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac--------ttttt-ccttta- ---ttaattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tattg--atatatat tggcatcatgggcgcccaggtatctagacaaaatgttggtacacactcaacccaaaattc agtgtcaaatggatcaagtttaaattactttaatataaattacttcaaggatgctgcctc aagtggtgcatctagattagatttctctcaagatccaagcaaattcactgacccagttaa agatgtcttagaaaaggggatcccaacactacaatcaccatctgttgaggcttgtggcta ttcagacaggattatgcaaataaccagaggagattcaacaatcacatctcaagatgtagc aaatgctgtggttgggtatggggtctggccgcattacttaacaccacaagatgccactgc tatagacaaaccaacacaacctgatacatcatcaaatagattttatacactagagagtaa acattggaatggtagttcaaaaggatggtggtggaaattaccagatgctcttaaagacat gggtatttttggagaaaatatgtattatcatttcctgggtagaagtggatatacagttca tgtgcagtgtaatgctagtaaattccatcagggtaccttgttagttgcaatgataccaga acaccagctagcaagtgcaaaacacggaagtgtgactgctggttacaaactcacacaccc aggtgaggctggcagagatgtaagtcaagaacgtgat-----------gc---aagtt-- -taagacaacctagtgatgatagttggcttaattttgatggcacccttcttggaaattta ttaattttcccacatcaatttataaaccttaggagtaataattctgcaactctaatagta ccatatgtaaatgctgtgccaatggattcaatgcttcgacataataactggagcctggtc atcataccaattagtccattacgtagtgaaactacatcttctaata---tagtgccaatc actgtatcaataagtcccatgtgtgctgaattttctggtgcaagagcaaaaaacatt--- ---------------------------------------a------aacaaggattacct gtatatataactccaggatctgggcaattcatgactactgatgatatgcaatcaccttgt gcactaccctggtaccatcctactaaagaaatatctattccgggtgaagttaaaaacctt atagaaatgtgtcaagttgataccttgattccagtcaataatgtgggtaacaat---gtt ggaaatgtcagtatgtacactgtacaactagggaaccaaacaggca------tggcacaa aaagtcttttcaataaaagtagacattacatcacagcctttggctacaactttaattggg gagattgcaagctattacacccattggactggcagtctgcgatttagttttatgttttgt gggactgcaaacacaacacttaaattattacttgcatacacaccacctggtattgatgaa ccaacaactagaaaggatgcaatgctagggacacatgttgtgtgggatgttggattgcag tctactatatctcttgttgtaccatgggtgagtgccagccacttcaggttaactgcagat aataaatactccatggctggttatatcacatgttggtaccaaactaatttagtagtgccc ccaagtacgccacagactgctgatatgctgtgttttgtttctgcatgtaaagatttttgt ctacgaatggcaagggatacagatttacacatacaaagtggtccaatagagcaaaat--- ------ccagtagaaaactacattgatgaagttttaaatgaagttttagtagtgccgaat ataaaagaaagtcatcacactacatcaaactctgccccacttttagatgctgcagagacg ggacacaccagtaatgttcaaccagaagatgctatagagacaaggtatgttataacatca caaacaagagatgagatgagtatagaaagtttccttggtagatctggttgtgtccacatc tcaagaataaaggttg-attacact----------------------------------- -gactataatgga---caggacataaatttcacaaaatggaaaatcacactacaggaaat ggcacagattaggagaaaatttgaattgtttacatatgtcaggtttgactcagaaataac cttggtgccttgtattgctggtagaggagacg------acattggacatattgtaatgca atatatgtatgttcctccaggagctccaattccttcaaaaagaaacgatttctcatggca atcaggcaccaatatgtcaatattctggcaacatggacagccatttcctagattttcttt accatttcttagcattgcatcagcttattatatgttttatgatggatatgatggagacaa cact------tcttccaagtatggtagcgtagttactaatgatatgggtactatatgctc aagaatagttacagaaaaacagaaacattctgttgtcatcacaacacacatatatcataa agctaaacacacaaaagcttggtgtcctaggccccctagagctgtcccttacacacatag tcatgtgactaattat------atgccagaaacagg---------------------tg- --acgtgacaacagccatagtccgcagaaa---------c---actataaca-------- -----------act------------------gctgggcccagtgatctatatgtgcatg taggtaacttaatatatagaaacttacatctgttcaattctgaaa---tgcatgattcaa ttttgatttcatactcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactataggtg atgattatattcccaattgtaactgcactgaggctacttattattgtagacacaaaaata ggtattacccaataaaagttactccacatgattggtatgaaatacaagagagtgaatatt accccaaacacatccaatacaacctattaattggtgaaggaccatgtgaacctggtgatt gtggtggaaaacttctttgtagacatggtgtcattggcataatcacagcaggtggtgaag gtcatgtagcatttatagatcttagacaat------ttcactgtgctgaggaacaagg-- -cataactgattacatacacatgttgggagaggcttttggcaatggttttgtagatagtg ttaaagaacaaataaatgcaataaatc------caatcaataacattagtaagaaggtta ttaagtggctacttagaataatctcggctatggttattataatcagaaactcctctgacc ctcaaacgatcatagcaaccttgacactaattggttgcaatggttcaccatggagatttc tcaaagaaaagttttgcaaatggacccaattaacttatatccacaaagagtct---gatt catggcttaagaaattcactgaaatgtgtaatgctgcacgtggtcttgaatggattggta ataaaatttcaaaatttatagattggatgaaatcta---tgctaccccaggcccaattga aagttaaatacttgaatgaaataaagaaactcagtttgcttgaaaaacagattgaaa--- ---atctacgtgcggcagatagtgcaacacaagagaaaatcaaatgtgaaattgacaccc tacatgatctatcgtgcaaatttcttcctttgtatgcacatgaggcaaaaagaatcaaag tgctttataataaatgttccaatataat------taaacaaagaaagagaagtgaaccgg tggcggtgatgatacatggaccacccggtactggtaaatctataacaactaacttcttgg ctagaatgataacaaatgaaagtgat------gtgtactcattacctccagatcccaaat attttgatggttatgacaatcagagtgttgtaatcatggatgatattatgcaaaatccag atggagaagacatgacactattttgccaaatggtttcaagtgttacatttataccaccca tggctgatttgcctgacaagggtaaaccatttgattcaagatttatcttatgtagtacta accactcgcttttagccccacctactatatcttcattacccgcaatgaatagaagatttt tctttgacttagatattgtagttcatgacaattataaagatacacaagggaaattagatg tatccaaagcttttcgaccttgtaatgttaacaccaaaattggcaatgcaaaa---tgtt gtccatttgtatgtggtaaggcagtgwcattcaaagatcgcagcacttgctcaacataca ccttagctcaagtttacaatcacattttggaagaagacaaaagaaggagacaggtggtgg atgtcatgtctgcaattttccaaggaccaatttctt---------------------tag acgytccaccaccaccagctatagyagatctgttacaatcagttagaacacctgaggtaa tcaagtactgtcaagataataaatgggtcattccagcagagtgccaag---tggaaagag acttaaatatagccaatagcataatagctattatagcaaatataataagtatagctggca ttatatttgtaatttataaattgttttgttcattacaaggaccatactcaggtgaac--- ctaaacctaaaaccaaagtacctgaa---agaagagtagttgctcaaggtccagaagaag aatttggaaggtcaattctcaaaaacaatacttgtgtgattactacaggtaatggaaaat ttacaggtcttggtatacatgacagaattctaatcatcccaacacatgctgatccaggta gagaggtccaagttaatggtgtccacactaaggttctagactcatatgatctttataata gagatggagttaaacttgaaataacggtcatacaattagatagaaatgaaaaatttaggg acattagaaagtatatacctgaaacagaagacgattatccagaatgcaatttggcacttt cagctaatcaagatgaaccaactataattaaagtaggagatgtagtgtcctatggcaata ttttgcttagtggaaatcaaacagccagaatgcttaaatataattaccccacaaaatcag ggtattgtggaggggtactatataaaattggtcaaattctaggtattcatgtgggtggaa atggaagggatggtttttcagctatgttacttagatcatactttacagatactcagggcc aaattaaagtcaataagcatgctactgaatgtggtcttccaactatacacactcctagca aaaccaaacttcagcctagtgtattttatgatgtcttcccaggctctaaggaaccagctg tgctcacagataatgaccctagattggaagttaattttaaagaagctttattttctaaat ataaaggtaatgtggaatgtaatttgaatgaacatatggaaattgctattgcccattact cagcacaattaatgacactagatattgattccaggccaatagcattggaagatagcgtgt ttgggatagaaggacttgaggctttagatctaaacaccagtgcagggtttccttatgtca caatgggtattaaaaagagagatttaataaataacaaaacaaaagatatatccaggctta aagaggctctagataaatatggagttgacttacccatgatcactttcttaaaagacgagc ttaggaaaaaggagaaaatttcaacaggtaaaactagagttatagaagcaagtagtataa atgacacaatattatttagaactacttttggcaatttgttctctaagtttcatttaaacc caggcgttgttactggctctgcagtagggtgtgaccctgagactttctggtctaaaatcc cagttatgcttgatggagattgtataatggcttttgactatacaaattatgatggtagta tacaccctgtctggtttcaagctctgaaaaaagttcttgaaaatttatctttccaatct- --aatttaattgatagattgtgttattccaagcacttgtttaaatcaacatattatgaag tggcaggtggagttccttctgggtgttctggaaccagtatattcaatactatgattaata acattataataagaacactagttctagatgcatacaaaaatattgatctggacaagctta aaataattgcatatggtgatgatgtgattttctcttataaatatactctagatatggaag ctattgctaatgaaggaaagaaatatggacttacaataacaccagcagataagtccaatg aattcaagaaacttgattatagtaatgtgacttttcttaaacgtggttttaagcaagatg aaagacatacattccttattcatcctacattcccagtggaagagatacatgaatcaatta gatggaccaagaaaccttcacagatgcaagaacatgtgctatcattatgtcacctgatgt ggcacaatggacgtaaggtgtatg-aagatttctctagtaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtatatcccaccttatgatctgttgaaacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ataatga --atg-aatgattctt------------------taattctat----------------- ------------------------------------ >MN749156.1 Human rhinovirus 1B strain 12O2, complete genome -------ttaaaactgggtgtgggttgtt-cccactcacaccacccaatgggtgtt---g tactctgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------cc ct-------ccccct-cct-------------acccct-tt------------------- ------acgtaac----ttagaagt-t-ttaaac------acgaggccaatagc-aggca acttt-ccaggttg-t----c-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgatatcgttatccgcaaagtgcctacac agagcctagtagga-ttctga-aa-gatctttggttggtcgctcagctg------catac cc-agcagtagaccttgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacacctc-ttacgaggt----------gtgaagccaag-gattgg acagggtgcgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccatagctcataagccaatgagtttatggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcat----t---ttttc-ctttta- ---tcaattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tataa--atatatat tggcatcatgggcgctcaggtatccagacaaaatgttggcacacattcaacccaaaattc agtatcaaatgggtcaagtttaaattacttcaatataaattatttcaaggatgctgcctc aagtggtgcatctagattagatttttcccaagatccaagcaaattcactgatccagttaa agatgtcttagaaaaagggattccaacattacaatcgccatctgttgaggcttgtggtta ctcagataggattatacaaattaccagaggtgactcaacaatcacatcacaagatgtggc aaatgctgtggttggatacggagtctggccacattatttaacaccacaagatgccactgc catagataaaccaacacaacctgacacatcatcaaatagattttatacattagatagtaa acattggtccaatacttcaaaaggatggtggtggaaattgccagatgctcttaaagaaat gggcatctttggagaaaacatgttttaccatttcctgggtagaagtgggtatacagttca tgtgcagtgtaatgctagtaaattccatcaaggtaccttgttagtcgcaatgataccaga acatcaattagcaagtgcaaagcatggaagtgtgaccgttggttacaaactaacacaccc aggtgaagctggtagagatgtgagtcaggatcgtaat-----------ac---aagtt-- -taaatcaacctagtgatgatagttggctcaattttgatggtaccctgcttggaaattta ttgattttcccacatcagtttataaaccttagaagtaataattctgcaactataatagtg ccatatgtaaatgctgtgccaatggattcaatgcttcgacacaataattggagtctagtc attataccaatttgttcgttacgtagtgaaacttcatctactaata---tagtaccaatc actgtgtcaataagccctatgtgtgctgaattttctggtgcaagagcaaaaaatgtt--- ---------------------------------------a------tacaaggactacct gtatacatgaccccaggatctggacaattcatgaccactgatgatatgcagtcaccttgt gcgttaccttggtaccatcccactaaagaaatatctattccaggtgaagttaaaaacctt atagaaatgtgtcaagttgacactttgattccagtcaataacgtgggcaataat---gtt ggaaacattagtatgtatactgtgcaactggaaaacaaaacagaaa------tggcacaa aaagtcttttcaataaaagtagacataacatcacagcctttagctacaactttacttgga gagattgcaagttattacactcactggactggcagtctacggtttagttttatgttctgt ggaactgcaaacacaacacttaaattactacttgcatatacaccacctggcattggtgaa ccaacaaatagaaaagatgcaatgctaggaacacatgtcgtgtgggatgttggactacaa tctactatatctcttgttgtgccatgggtgagtgctagtcactttagattaactgcagat aacaaatactccatggctggctatatcacatgttggtaccaaactaacttagtagtaccc ccaagcacaccacaaactgctgatatgctatgctttgtctctgcatgtaaagatttctgt ttgcgaatggcaagggatacagatttacacatacaaagtggcccaatagagcaaaat--- ------ccagtagaaaattacattgatgaagttttgaatgaagttttagtggtgccaaat ataaaagagagtcatcacactacatcaaattctgctccacttttggatgctgcagaaacg ggacacaccagtaatgtgcaaccagaggatgctatagaaacaaggtatgttataacatca caaacaagagatgaaatgagtatagaaagtttccttggtaggtctggttgtgttcacact tcaaaaataaaagttg-attatact----------------------------------- -aactataatgga---gaaaactcaaactttacaaaatggaagatcacactacaggagat ggcacaaattagaaggaaatttgaattgtttacatatgtcaggtttgattcagaagtaac tctggtgccttgtattgctggtaggggagatg------acatcggacacgttgtaatgca atacatgtatgtccctccaggagctccaataccctcaaaaagagatgattttgcatggca atcaggtactaatatgtctatattctggcaacatgggcagccattccctagattttcttt accatttcttagtattgcatcagcttattacatgttttatgatggatatgatggagacaa ccct------tcttcaaagtatggtagtgtagttactaatgacatgggtactatatgttc aaggatagttacagaaaaacagaaacaccaaattgttatcacaacacacatatatcataa agctaagcacataaaagcttggtgtcccaggcctcctagagctgtaccttatacacacag tcatgtaaccaattat------aaaccagaaacagg---------------------tg- --atgtgagaacagccatagtccgcagaga---------t---gccataaca-------- -----------act------------------gctgggcctagtgatctatatgtgcatg tgggtaatctaatatatagaaatttacatctgttcaattctgaaa---tgcatgattcaa ttttggtctcatactcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactacaggtg atgattatatccctaattgcaattgtactgaggctacatattattgtaagcacaagaaca ggtattatccaataaaagttacttcacatgattggtatgaaatacaagagagtgaatatt accccaaacatatccaatacaacctgttaattggtgaaggaccatgtgaacccggtgatt gtggcggtaaactcctttgtagacatggtgttatcggcataatcacagcaggtggtgaag ggcatgtagcattcatagatcttagacaat------ttcaatgtgctgaggagcaagg-- -cataactgattacatacatatgctaggagaggcctttggtaatggttttgtagatagtg ttaaggaacagataaatgcaattaatc------caatcaataacattagtaaaaagatca ttaagtggttgcttaggataatctcagctatggtcatcataatcagaaactcctctgatc ctcaaacaatcatagcaaccttaacgcttattggttgtagtggttcaccatggaggtttc tcaaagaaaagttttgcaaatggacccaattgacttacatccacaaagaatct---gatt catggttgaagaaattcactgagatgtgtaatgccgcacgtggtcttgaatggattggta acaaaatttcaaaatttatagattggatgaagtcaa---tgctacctcaagctcaattaa aagtcaaatatttaaatgaaatgaagaagctcaatttgcttgaaaaacaaattgaga--- ---atctacgtgcagcggatagtgcaacacaggaaaaaattaaatgtgaaattgacactt tacatgacttatcatgtaaatttctccctttgtatgcacatgaggcaaaaagaatcaaag tactgtataataaatgctctaacataat------caaacaaagaaagagaagtgagccag tggctgtgatgatacatggaccacctggtactggtaaatccataacaactagtttcttag ccagaatgataacaaatgaaagtgat------gtgtactcattacccccagatcctaaat actttgacggttatgacaatcagagtgttgtaatcatggatgacattatgcagaacccag atggggaggacatgacactattctgtcagatggtttcaagtgttacgtttataccaccta tggctgacttgcctgataagggcaaaccatttgattcaaggtttatcttatgtagtacta accactcacttttggccccacccactatatcttcattacctgcaatgaacagaagatttt tctttgacttggacattgtggtacatgacaattacaaggatatgcaagggaaattagatg tatccaaggcttttcaaccctgtgatgtcaacactaaaattggtaatgcaaaa---tgtt gtccatttgtatgtggcaaggcagttacatttaaagatcgtagtacttgctcaacatata ccttagcccaagtttataatcatattttagaagaagataagagaaggagacaggtagtag atgtcatgtctgcaatattccaagggccaatttctt---------------------tag atgctccaccaccaccagctatagcagacttactacaatcagttagaacacctgaagtaa ttaaatactgtcaagataataaatggattgttccagcagagtgtcaaa---ttgagagag atttaaatatagccaatagtataataactatcatagcaaatataataagtatagctggta tcatatttgtaatttacaaattgttttgctcattacaaggaccatattcaggtgaac--- ctaaacctaagactaagatgcctgaa---agaagagtagttgctcaaggtccagaggaag aatttggaaggtcaattctcaaaaataatacttgtgttatcactacaggtaatggaaaat ttacaggccttggtatatatgatagaattctaatcatcccaacacatgctgatccaggta gggaggttcaagttaatggtgttcacactaaagtcttagattcatatgatctttataata gagatggggttaaacttgaaataacagttatacaattagacagaaatgaaaaatttagag atatcagaaagtatatacctgaaacagatgatgattacccagaatgtaatttagcactct cagctaatcaagatgagccaactataattaaagtaggagatgtggtgtcttatggtaata ttttacttagtggaaaccaaacagctaggatgcttaaatataactaccccacaaaatcag ggtattgtggaggggtgctatataaaattggccaaattcttggtattcatgtgggcggaa atggaagggatggtttctcagctatgttacttaggtcatactttacagatacccaaggcc aaattaaaatcaataaacatgctactgaatgtggtcttccaaccatacatactcctagta aaaccaaacttcagcctagtgtattttatgatgtttttccaggttctaaggaaccagctg tgctcacagataatgaccctagattggaagttaattttagagaagctttattttccaaat ataaaggtaatgtagaatgtaatttaaatgaacacatggaagttgctgttgcccactact cagcacaattaataacactagatattgattctagaccaatagcattggaagatagtgtgt ttggaatagaaggacttgaggctttagatttaaataccagtgcagggtttccttatgtta caatgggtattaaaaagagagacctaataaataacaagacaaaggacatatctaggctta aagaggctctggataaatacggagtcgatttacccatgatcactttcttaaaagatgaac ttaggaaaaaagagaaaatctcaacaggtaagactagagttatagaagcaagtagtgtaa atgacactatattgtttagaaccacctatggtaatttgttctctaagtttcatttaaacc caggtgttgttactggttctgcagttggatgcgaccctgaaaccttttggtctaagattc cagtcatgctagatggagattgcataatggcttttgactatacaaattatgatggtagta tacaccctgtctggttccaagctttaaaaagagtccttgaaaatttatctttccactct- --aatttaattgacagattgtgttattccaaacacttgtttaaatcaacatattatgaag tggagggtggagttccttctgggtgttctgggacaagcatattcaatactatgattaaca atattataataagaacactggtcttagatgcatacaaaaatattgatttggacaagctta aaataattgcatatggtgatgatgtgatcttctcttacaaatatactcttgatatggaag ccattgccaatgaaggaaggaaatatggacttacaataacaccagcagacaaatccaatg aatttaagaaacttgattataacaatgtgacttttcttaaacgtgggtttaagcaagatg agagacatacgtttcttattcatcctacatttccagtagaagagatatatgaatcaatta gatggaccaaaaaaccttcacagatgcaagaacatgtgctatcactatgccacctaatgt ggcacaatggacgtaaggtgtatg-aggatttctctaacaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtacatcccaccttatgatctattgagacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ataatga --atg-agtgattctt------------------tacttctat----------------- ------------------------------------ >DQ473495.1 Human rhinovirus 38, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccactcagatctcccatgcggagtt---g tactctattattccggtaatcttgtacgccagtttt----------------------ta ca----------ccc-tcc-------------c-ccc----------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-aagtacat------aa-cgaccaatagg-tggca attaa-ccaaattg-t----c-aacggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ga ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacaattgagatcgttatccgcaaagtgcccacgc aaagcctagtaaca-ctttga-aa-ggtctatggttggtcgttcagcta--------aac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tcacg-ggt----------gtgaagccata-tactcg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccccgcagctagtgcatacaaaccagtatgtggctagtcgtaatgagcaatt gtgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttt-cctt-t- ----tgtttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag----------tatatat tgacaccatgggcgcgcaggtttctagacagaatgttgggacacactccacgcaaaactc tgtttcaaatggatccagtttaaattactttaacataaattacttcaaagatgcagcatc aagcggtgcatcaaaattggaattctcacaagatccaagtaaatttactgatccagtcaa ggatgtcctggaaaaaggaatccccacgctacaatcaccaacagttgaagcatgtggata ttctgatagaataatacaaattactagaggagattcaactattacatcacaggatgtggc taatgcagttgttggatatggggtgtggccacattatctaacttcacgagatgccaccgc tatagataagccttcacaaccagacacatcttccaataggttttacactctagaaagcaa aacatggacaagtgattccaaggggtggtggtggaagctacctgatgcccttaaggagat gggagtctttggccaaaacatgtattaccatttccttggaaggagtggctatacagtcca tgtgcagtgcaactctagtaaatttcatcagggcacactaattgtagcaatgataccaga acaccaattggctgcagctgaaaaaggaaatgtaactgctggttacaatcttacacaccc aggtgagacgggcagggatgtcggtataactgttcgt-----------gaacatccaa-- -acaaacaacctagtgatgataactggcttaattttgatggtacattgttgggaaatata accatttttccgcatcaatttattaatttgaggagcaataattcagccacaataatagtc ccttatgtaaatgcagtgcctatggattctatgcttagacacaataattggagtttagtg ataatacccatttgtccattagaggttagtagtcctggaagtaata---gcatcccaatc actgtgtctataagtccaatgtttgctgaattttctggtgcacg---------------- --tgcc------------------------------agaa------gtcaaggtctgcca acaatgatgacacctgggtcaggacaatttatgaccacagatgatttccaatctccttgt gctttaccatggttccacccaactaaagagatttctatacctggtgaggtcaaaaatcta attgaattgtgccaagttgacacaatgattcctataaataatgttggaaataat---act aagagtgtggatatgtatacagtagtattacaaagacaggatcaac------taatgcaa gaagtttttgctattagagttgatgtggcatcacaacctttagcaacaacactaattgga gaaatttcaagttattatactcagtggactggtagcttacgcttcagtttcatgttttgt ggaacggccaacacaactctcaaacttttaatagcatacacaccaccaggtatagttaaa cccagaaataggaaggaagcaatgctaggaacacacattgtctgggatgtgggtctacag tctacaatttctatgattgtaccatgggttagtgctagtcactttagaaataccacacct gacacatactcattagctgggtttataacatgttggtatcagaccaatcttgtagtccct ccagacactccagccacagccagaatgctatgttttgtatcaggttgcaaagatttttgt ctacgtatggctagagacacaaacttacacaaacaatctggagctataacccaaaac--- ------ccagtagaggaatacatagatggagtcttgaatgaggttcttgtggttccgaac attaaggaaagccactccagcacatcaaattcagcaccagcattagatgctgctgagact ggacacaccagtaatgtgcagcctgaggatatgattgaaactcgctatgtacagacatca caaactagagatgaaatgagtgtagaaagttttctaggaagatcaggttgtgtacatata tccaatcttgacatag-attacatt----------------------------------- -aattacaactct---gaagacaaaaactttacaacatggcaaatcaatctcaaagaaat ggctcaaatcagaagaaagtttgaaatgtttacatatgtgagatttgattcagaagttac attagtcccatgtatagcagcacaaaatgaag------gtgtggggcatgttgttatgca gtatatgtatgtccctccaggggcaccattacccaggaagagagatgattacacttggca atctggtacaaatgcctctgttttctggcaatatggtcagacatatcctcgattttcctt acctttcttaagcattgcatctgcctattatatgttttatgatggatatgatggggactc aaca------gaatcacattatgggacagcggtgaccaatgatatggggacactttgttc aagaatagtcactgaaaatcatgggacccaagtgaagataacaactagaatttatcataa ggcaaaacatgtaaaagcctggtgtccaagacccccaagggcagttgaatatagacatac acatgttaacaattac------aaaccagaccaagg---------------------gg- --aagtaaccactatgattccaactagaac---------c---aacataaga-------- -----------accatcgtaa---------atgttggtcccagtgacatgtatgtgcatg tagggaatttaatctacagaaacttacatttatttaactcagagg---ttagtgattctg ttttagtttcatattcatc------agacttagtcatttaccgaacaaacacaacaggtg atgactatatcccaacttgtgactgtactgatgcaacatactattgtaaacataaaaata gatacttcccaataaaagttactagccatgattggtatgaaatacaagaaagtgaatatt atccaaagcacattcagtataatctgttaattggtgaagggccatgtgaacctggggatt gtggtggcaagctgctgtgcaaacatggtgtgatcggcatcatcacagctggtggtgagg gtcatgtggcatttatagatctacgccact------tccattgtgcagaagagcaggg-- -catcacagactacatacacatgttaggtgaggcatttggtaatgggtttgtagatagtg ttaaagaacaggtgaatgctattaatc------caataaataatgttagtaagaaaataa tcaaatggatgctcagaattatatcagcaatggtaataataattagaaactcctctgatc cacaaacgatcatagctacactcactctaattggatgttctgggtcaccttggcgattcc ttaaggagaaattttgtaaatggactcaattaaattatattcataaggaatca---gatt catggctcaaaaaatttaccgaaatgtgcaatgcagctaggggtcttgaatggattggta acaaaatttctaaatttattgattggatgaaatcta---tgttacctcaagcacaactta aggttaaatatcttagtgaattgaagaaattgaatttactggaaaagcagattgaca--- ---atttacgctgtgcagattcaaaagttcaagagaagattaaattagagattgacaccc ttcatgatctatcttgtaaatttcttcccttatatgctagtgaagccaaaagaattaaag tattatttaacaagtgtaataccataat------taaacaaaagaagagaagtgaaccag tcgccattatggtgcacggtccaccagggaccggtaagtccataacaactagtttccttg ctagaatgataactaatgaaagtgat------gtctactcactacctccggatcctaaat attttgatggctatgatcaacaaagtgttgtcataatggatgatatcatgcaaaatccag acggtgaggacatgtcattgttttgtcaaatggtatccagtgttacattcataccgccaa tggctgatctacctgataaaggcaaaccatttgattcaagatttgttttttgcagcacaa accaatctcttctagctccaccaaccatcacgtcactctcagcaatgaatagaagatttt tcctggatctagacatcacagttcatgataactacaaggataatcaagggaaattgaatg ttccaaaatcatttaaaccatgtgatgtggataataaaataggtaacgcaaag---tgtt gcccattcatatgtggaaaagctgtctcattcaaagatcgaaacacatgccaaacttact cactcagccagatttataacatgatcattgaagaggataaacggcggagaaatgtggtcg atgtcatgtcagcaatcttccagggccctatttcaa---------------------tga atgctccaccacctccagcaatagaagatttgttgcaatcagtcagaactccagaagtca taaaatattgtgaggaaaataaatggataattccagcagattgcaaaa---ttgagcgtg atttaaaccttgcaaataatataataacaatcatagcaaatattattagtatagcaggca ttatatttgtgatttataaattattttgctcactccagggtccatattctggtgaac--- ctaaacctaagactagaactccagaa---agaagagtggtcgcacaaggaccagaggaag aatttggccgatcactcattaaacacaactcttgcattgtaactacacaaaacggtaaat ttacagggttaggaatatatgataggacattaataataccaacacatgcagatccaggaa atgaggtccaaattgatggaatcaccactaaagtagaagactcttatgatttgtttaata aagatggagtcaaattggaaatcactgtacttaaattgaagagaaatgaaaaattcaaag atattaggaagtacataccagaaaatgaggatgattaccctgattgtaatttggccctct ccgccaatcaacctgaaactactataattaatgttggagatgttatatcatatggtaata ttttactcagtggaaatcagacagccagaatgctcaaatacaattacccaacaaaatcag gctattgtggtggtattttgtacaagattggacaggtcttgggtatacatgttggtggta atgggagagatggatttgcagccatgttactcaggtcatacttcacagaagtgcaaggtc agataaccactaccaagtctactagtgagtgtaatttacctagtattcacacgccaagca aaactaaattacaacctagtgtgttccatgatgtctttccagggagtaaagagccagctg tactctcagagcatgaccctagattaaaggttaatttcaaagaagctatattttctaagt acaaaggaaataaccagtgtgaaatgaatgaccacattagagtagcaatttcacattact cagcacaattggcaacactggatattgatccaaatccaatctccctagaagatagtgtct ttggcatagaaggtctagaagcacttgaccttaacactagtgctggatttccttatgttt ccatgggtgttaagaaaagagatttgattaacaaacaaaccaaagatgtaacaagattaa aagcagcaatggacaaatatggtgttgacttacctatggttacatttcttaaagatgagc ttaggaaacaggagaagatttctgctggaaagacacgtgtcatagaggctagtagtgtga gtgacactgtgatgtttagaacaaattttggaaatcttttttcaaaatttcatttaaacc ctggaattgtgactggctctgctgtgggttgtgatccagagacgttctggacaaagatac cagtgatgttagatggtgaatgcataatggcattcgattacacaaattatgatggtagta tacaccctatatggttccaggctctcaaggaagtactatccaatctgggttttcaacct- --aatttaatagatagattatgtaaatcaaaacatatctttaaaaatacatactatgagg ttgagggaggagtaccatcaggctgctctgggacaagcatatttaatacaatgatcaata atgtaataattagaacattagtcttggatgcttacaaaaacattgatttggacaaattga aaataatagcatatggagatgatgtcatattctcatacaaatatcaattagatatggaag caatagccaatgaaggtgtgaagtatggtcttacaataactcctgctgacaaatcaagtg agttcaagcaattggattatagcaatgtaacttttttaaaaagaggatttaaacaagatg acagataccaatttctgatacatccaacttttccaattgatgagatacaagaatccataa ggtggacaaagaaaccatctcaaatgcaggagcatgttctgtcattgtgtcacctaatgt ggcataatggtaaggatgtgtaca-agcagtttgaaaggaagatacgcagtgtcagcgct ggtcgcgcactgtatatccctccctatgaagtgcttctgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atataa---aa-------------------gtaataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445140.1 Human rhinovirus 56 strain ATCC VR-1166, complete genome -------ttaaaactgrgttcaggttgtt-cccacctggacttcctatgtggagtt---g tacactgttatcccggtaaccttgtacgccagtttt----------------------at ------------aca-ccc-------------t-tccc---------------------- -------tgtaac----ttagaagt-t-ataagca----cga-ggaccaatagg-tagtg acttt-ccaggtca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtcaa--ag ttgatatgctctccccagggc-aaaaacaattgagatcgttatccgcaatgtgcctacgc aaagcctagtaata-tcttag-at-gatatatggttggtcgctccgcca------t--tt cc-catggtagacctggcagatgaggctagaaactccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcactc---tctg-agt----------gcgaagccata-tatttg acaaggtgtgaaragccccgtgtgctcacatt--gaatcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacctgcagctagtgcacacaaaccagtgtgtagctagtcgtaacgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac---tt---ttttc-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t------------aata----catatat tgacaccatgggcgctcaagtatctagacaaaatgttggtacacactccactcaaaacac agtttcaaatggatctagtctaaattatttcaacatcaattattttaaggatgctgcttc tagcggtgcatccaaattggaattttcacaagatccaagcaagttcactgacccagttaa agatgtcttggagaaaggaatacccactctgcaatctccaactgtagaagcttgtggtta ttcagacagaattatacaaatcactagaggagattcaaccatcacatcacaagatgttgc aaatgcggtagttgggtatggtgtgtggcctcattacctaacaccacaagatgctactgc aatagacaaacctactcaaccagacacttcctccaacagattttatacattggaaagtaa agtttggacacaaacttcaaaaggatggtggtggaaattaccggatgctctaaaagatat gggaatctttggggaaaacatgttctaccatttcttaggcaggtcagggtacacagtaca tgtacaatgtaatgcaagtaaatttcaccaaggtaccttattggttgctatggttccaga acaccaactagcaagtgcaaataaaggtaatgtcacagcaggatacaactacacccatcc tggtgaggctggcagggatgtgggacaaacaagagtg-----------aa---taatg-- -acagacaacccagtgatgataattggttaaattttgatggtacttttatggggaatctg ttgattttcccacatcaatttataaacttaaggagtaataattcagcaactataatagta ccatatgttaatgcagtgccaatggattccatgcttagacataacaattggagtttgtta ataatacctgttagcccattaaagagtgacacactagcaacatccc---aggtacctatc actatatctatcagtcctatgtgtgctgagttctcaggtgccagagcaaagccaa----- -atgca------------------------------gccc------ctcagggattacca gtttatgtaacgccaggatctggtcaattcatgacaacagatgatttgcaatcaccctct gcactgccatggtatcacccaaccaaagaaatattcatcccaggagaggtaaaaaatttg attgaaatgtgtcaagtaggcacacttatacctgtaaataatactgatgcaaac---ttg cgaaacatcaataaatacactgttcaattaagtagtcaaactgatt------tagctaaa gaaatatttgcaattaaggtggatgtggcctcacaaccgctctctagtacacttcttgga gaaatatgtagttactacacacattggactggtagccttagatttagctttatgttttgt gggaccgctaacacaaccttaaaggttttgcttgcctataccccacctggcatcaagaaa ccagagagcaggaaacaggctatgttaggcacacatattgtatgggatgtgggcctacaa tcaactgtatctctagtagtaccctgggttagtgccagtcattttagatacacaactcct gacacatactcagcagcaggttatatcacatgctggtatcaaacaaattttgtatttcca cctaatacaccaaacactgctgatatgttatgctttgtctctgcgtgtaaagacttttgt ttgcgcatggcaagagatacggatatgcatgttcagaatgtaccaataacacaaaac--- ------ccagttgagagatatgtagatgatgttttaaatgaagttttagttgttccaaat attagggagagccatccatccacatcaaattctgcccctgcattagatgctgctgaaact ggccatactagtgcaatccaaccagaagacactatagaaaccagatatgtacagacatca caaactagggatgaaatgagtatagagagttttctaggtagatcaggttgtatacatata tcaactataactgtgg-ataatgatgta-------------------------------- -gattataattc---------aaagcattataataaatggcaaataaccttacaagaaat ggctcaagttaggcgtaaatttgaattctttacttatgtcagatttgattcagaggttac tttggtaccttgtgtagccggcaagggagatg------atattggacacattgtaatgca atacatgtatgtgcctcctggtgcaccacttccaaactcaagagatgattttacatggca atctggcaccaatgcttctgtcttttggcaacatggccaagctttccccagattctctct acctttcttaagtattgcttctgcttattacatgttttatgatggttatgatggagacac ttca------agctccagatatggtacatcagttacaaaccacatggggacactctgttc aagaattgtgacaaataaacaacttcatcctgttgaagtcacaactcgtgtatatcataa ggcaaagcatattcgagcatggtgtcctagagcaccaagggctgtgccttatacacatgc tcacgtcaccaattat------aaaccacaagatgg---------------------tg- --atgtacagatcttcttaaaacccaga------------------cccagcc------- ------taacaaca------------------tttggacctagtgacatgtatgtacatg ttggaaatctcatttacagaaatcttcatcttttcaattcagata---tgcatgactcta tattagtttcttattcatc------tgatttagtcatttaccgcacaaacactacaggtg atgactatatcccaacatgtgactgcacccaagctacttactactgtaaacacaagaata gatatttcccaattaatgttaatagtcatgattggtatgaaatccaggaaagtgagtatt acccaaaacacatacaatacaacctgctaattggtgaagggccttgtgagccaggtgatt gtggtggcaaattattatgtaaacatggtgttataggcatcattactgctggtggagagg gacatgtagcatttatcgatcttagacact------ttcactgtgctgaggaacaagg-- -cataactgactacatacacatgttgggtgaagcttttggaacaggttttgttgacagtg ttaaggatcaaataagtgctataaacc------caataaacaatataagtaaaaaaataa tcaaatggcttcttagaattatatctgcaatggttataattattagaaattcatctgacc cacaaacaataatagctactctaactttaatcgggtgttcaggttctccatggcgattcc tcaaagaaaaattctgtaaatggacccaacttaattacgttcacaaagagtct---gatt catggcttaaaaaattcacagagatgtgcaatgcagccagaggcttagaatggattggta acaaaatatcaaagtttattgagtggatgaaatcta---tgttacctcaagctcaactta aaatcaaatatttaagtgaacttaaaaaattaaattttctagaaaaacaaatggaac--- ---atcttagaattgctgattcacaaactcaagagaaaataaaacatgaggtagacactc ttcatgatctttcatgtaaatttcttccactttatgctagtgaagcaaagagaattaaaa ttttatacaataagtgtaacacaattat------caagcagaggaaaagatgtgaaccag tagcagttgtaatacatggtgaacctggaactggcaaatcaatgaccactaatttcctgg ctagaatgattacaactgagagtgac------atttactctctaccacctgatcccaaat attttgatggatatgatcaacaaagtgtagttatcatggatgatgtgatgcaaaatccaa gtggagaagatatgactctattttgtcaaatggtatcaagtgtcacatttataccaccaa tggcagatttaccagataaaggcaaaccatttgattctagatttgtgttgtgtagtacta atcataatctattagctccaccaacaataacctctttgccagctatgaacagaagatttt tctttgatttagatatcatagtatgtgataaatataaggacccacagggcaaactgaatg tgtctgctgctttccaaccgtgtgatgttgacacaaagattggcaatgcacgt---tgtt gtccattcatttgcggtaaggcagtgatgtttagggatcgcaatacatgtcaaacttaca cattagcacaagtgtacaatcaaatacttgaagaggacagaaggcgtagacaggtgattg atgtgatggctgcaattttccaagggcctattaccc---------------------ttg agggaccaccaccagcagcaattagtgacctgctacagtcagtgagaaccccagaagtga ttaagtattgtgagaataacaaatggattataccagcagagtgtaaaa---ttgaaaggg accttaatatagcaaatactattattacaatcattgctaatattattagtatttctggga taatttatgtaatatacaagttattttgcacactgcaaggaccatattcaggagaac--- ctaagccaaaaactaagattccagaa---agaagagtggttgcccagggtccagaagaag aatttggaagatcacttattaagcataattcatgtattgtaacaacacagaatggtaaat ttacaggtcttggaatttatgatagagtgttaatcctaccaacacatgcagatcctggtc atgaagtacaaatagatggcattacaactaaagtagaggagtcatttgatctatttaaca aggatggagtcaagttagaaattactgtactcaaattaaaaaggaatgaaaagtttaaag acattagaaaatacataccagaaaatgaggacgattacccagattgcaatctagcccttt ctgccaatcaaccagagaccactattattaatgtgggagatgtggtatcctatggtaaca ttcttcttagcggcacccaaacagctagaatgcttaaatataattatccaacaaagtctg gttattgtggtggtatcttatataaaataggacaagttcttggaattcatgtaggaggaa atggaagagatggctttgctgctatgttgttgagatcttacttttcagagacacaaggga aaatagtcacttcaaagtccactagtgaatgtggtttgcctagtatccatacaccaagca agactaaactccaacctagtgtattctttgatgtatttccaggcactaaagaaccagctg ttctcacaaatagtgaccatagactagaggtggattttaatcaagctctattttctaaat acaaaggaaataaccagtgtgttatgaatgatcatgtcaaagtagccatttctcactact cagcacaactcatgactctggacatcaacccagaacctatttctttagaagatagtgtct ttggtacagaaggtctggaagctcttgaccttaacactagtgcaggattcccatatgtgt caatgggcattaagaagaaagatttaatcaataagcaaacaaaagatttgactaaactta aaatagcattagataagtatggtgttgatttacctatggttacctttctcaaagatgagc ttaggaagaaggaaaagattgctgctgggaaaactcgtgtgattgaagctagtagtgtga atgatactatactgtttaggacaacttttggtaaccttttctccaaatttcatttgaatc caggtattgttacaggctctgctgtaggttgtgatccagagacattttggtcaaaaattc cagttatgttggatggtgaatgcataatggcttttgattatactaattatgatggaagca tacaccccatgtggtttcaagctcttaaagaggttttgtccaacttatcctttgaagct- --agtttaattgacagattgtgtaaatccaaacatattttcaaaaatatgtattatgaag tggagggtggagtcccatcaggttgttctggaactagcatatttaatacaatgattaata atattattattaggacactagtgttagatgcctataaaaacattgatttggataaactca agataattgcctatggagatgatgtactcttttcatataaataccagcttgatatggaag ctattgctaatgaaggtaccaaatatggattaacaataacacctgctgacaaatctagta cttttaaacaacttgattatagtaatgttacttttcttaaaaggggatttaaacaagatg agaagtaccaattcttaatacacccaacattcccagttgaagagattcaggagtccattc gctggacaaagaaaccatctcaaatgcaggagcatgtcttgtcattgtgccacttaatgt ggcataatggtagaagtgcctata-agcaatttgaggagcgaattcgcagtgttagtgct ggtcgcgcactgtatattcctccttatgacttgctcttgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------gtattaa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445154.1 Human rhinovirus 77 strain ATCC VR-1187, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacttggatcccccaagaggggta---g tactctattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -c----------tcc-ctt-------------a-cccc-ct------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-t-ttaaac------ac-agaccaatagg-cgacg atcat-ccagatcg-t----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ctgatatgctctacc-agggc-aaaaacagtagagatcgttatccgcaaggtgcctacac aaagcttagtaaca-ttttga-ag-agcatttggttggtcgctcagctat-----t--ac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaagttccccactggcgacagtgttcttgcc tgcgtggctgcctgcgcactc--tcatg-agt----------gcgaagccata-tgtttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatgaaatccatcatgtaactagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag----------catatat tgacaccatgggcgcacaagtctccagacagaacgttggtactcactcaacgcaaaatat ggtttcaaatggatcaagccttaattattttaatatcaattatttcaaggatgcagcctc tagcggtgcttctaagttagagttttcacaagatcccagcaaatttacagaccctgtcaa agatgttttagaaaaaggaatcccaacacttcaatctccaactgtagaggcatgtggata ttcagataggataattcaaattacaagaggtgattcaacaatcacatcacaagatgtagc caatgcagttgttggttatggtgtatggccacattacttaagtgctgcagatgccactgc tattgataaacccactcaaccagacacgtcatcaaataggttttacactctggaaagtaa ggtttggtcatcaacctcacaaggatggtggtggaaattgccagatgctctgaaagacat gggtatatttggggaaaatatgtattatcattatttgggtaggagtggatatactgtaca tgtgcaatgtaatgctagtaaattccaccagggcactttgctagtagttatgataccaga acaccagttggcgagtgcaagcagtggtaatgttacagcaggttacaactttacacatcc tggtgagcagggaagggaagtgggcagtacacgtgaa-----------ag---tcact-- -tgaaacatccaagtgatgataactggttaaattttgatggtaccttgttaggtaatgcc cttatatttcctcatcagttcatcaatctcagaaccaataattcggcaacaataattgtg ccatatgtaaatgcagtaccaatggattcaatgcttagacataataattggagcttagtc ataattcctataagtccattgaagtcagacactgctgctactgcca---tagtaccaata accatatctattagccccatgtttgctgaattttctggagcccgagctcatcccacgg-- ----------------------------------------------ctcagggattacct gtgtatatcacacctggatctggacagttcatgaccaccgatgatttacaatcaccatct gctctaccgtggtatcacccgaccaaagagatcatgataccaggtgaagttaaaaactta attgagatgtgccaagtggatacattgattcctattaataacacacaggaaaat---tta aagaaagttaatgtatatacaatacaattaaccaatcaactaaaga------tggcagaa gaaatctttgcaataaaagtagatattgcctcacaacccttatcaaacactatgcttggt cagattgcaagttattttacacattggactggcagcttgcgctttagctttatgttttgt ggcacagcaaatactactttgaagttacttttagcatatacaccaccaggtataaagaaa cctgagactaggaaacaagcaatgcttggtactcatatagtatgggatgttggattgcaa tcgactgtatccttggttgtcccatgggttagtgctagtcattttagrtacaccacacca gatacatactctgcagctggatacataacatgttggtatcaaacaaattttgtttttcca cccaatactccaaatacagctgatatgttgtgtttcgtgtcagcatgcaaagatttttgt ctacgtatggctagagacactgacatgcatatccaaaatgatgctatcacacaaaat--- ------ccagttgaggactatatcgataatgtacttaatgaagtcttagtagtaccaaat accaaggagagtcatccaagcacttctaactctgctcctatactagatgcagctgaaaca ggccatactagtagtgtgcaaccagaagatacagttgagacccgctatgtacaaacttcc cagacaagggatgagatgagtattgagagctttctgggtaggtctggttgtattcacatt tcaacaataaatgtag-aagatggtaaa-------------------------------- -acttatgatga---------atctaaatttagaaaatggcaaattacactacaagaaat ggctcaaattaggcgcaaatttgaaatgtttacatatgtaagatttgattcagaaattac attggtcccatgtattgctggaaaaggtgatg------acataggacatgttgtcatgca atacatgtatgtaccaccaggggcacccataccagatagcaggactcattttgcatggca gtcagggactaatgcatcaatattctggcaacatggacaaccattcccaagattttcact accttttctgagtattgcttcagcttactacatgttttatgatggctatgatggggatac ctat------gaatcacgttatggtactacagtggttaatcacatgggcacactgtgcat tagaatagtcactaatcagcaaaatcatgaggttgaaatcaccactagagtataccacaa ggctaaacatattaaagcttggtgtcccagaccacctagagctgtaccatacacagcagt agattcaacaaattac------aaacctatgagagg---------------------gg- --atgtacaaatctttattaaagagagagc---------a---agcccaaaag------- ------tagttact------------------tttggaccaagtgatatgtttgtgcatg ttggtaatcttgtgtacagaaatcttcatttgtgcaattcagaaa---tgcatgactcag tactagtctcatattcatc------agatttagtcatataccgtacaaacaccataggta atgactacattcctacatgtgactgcacagaagctacttattactgcaaacacaaagaca gatattatccaattagagtcactagccatgattggtatgaaatccaagaaagtgagtatt acccaaaacatatccagtacaatcttttgattggagaaggaccatgtgaaccaggtgatt gtgggggaaaattactttgtaagcacggggtgattggaatagtcactgctggtggtgagg gtcatgtggcttttattgatcttagacact------ttcattgtgctgaagaacaagg-- -tataactgattatattcacatgcttggtgaagcctttggtacaggttttgttgacagtg ttaaagatcagataaatgccattaatc------caattaacaacattagtaaaaagataa tcaaatggttactcagaataatatctgccatggttattattattagaaattcatcagatc cacaaacaataatagcgactttaacattaattggatgctcaggatccccttggagatttc ttaaagaaaaattctgtaagtggacacaattaaattatgttcataaagaatca---gatt catggcttaaaaaattcactgaaatgtgtaatgcagctaggggtttagaatggattggta ataagatatcaaagtttattgagtggatgaaatcta---tgttacctcaggcacagctta aagtgaaatatctgagtgaactcaaaaagttaaatttcttagaaaagcaaatagagt--- ---acctaagagttgctgattcaaggactcaggaaaagattaaacatgagattgatacac tacatgatttatcttgtaaatttctaccactttatgctagtgaggcaaagagaataaaaa tcttgcacaacagatgtaatacaatcat------taagcagaagaaaagatgtgaaccgg tggcagttgtcatacatggtgagcctggtactggaaaatccatgacaacaaatttcttag ctagaatgataacaaatgatagtgac------atttattccctgccacctgatcctaaat attttgatggctacgatcaacaaagtgtagtcataatggatgatataatgcagaatccaa gtggtgatgacatgactttattttgtcagatggtatcaagtgtgacttttataccaccaa tggctgatttaccagataagggaaaaccatttgattctagatttgtgttgtgtagtacca atcaccatctactggcaccacctacgataacatcactaccagctatgaatagaagatttt tccttgatttagatatagtagtatgtgataaatataaagattctcaaggcaagttaaatg tatctgctgcttttcaactatgtgatgtcaacactaaagtagggaatgcccgc---tgct gcccatttatttgtggaaaagcagtggttttcagagatcggaacacatgtcaaacatata ctctatcccaggtatacaatttgatccttgaagagaacagaaaacgcacacaagttgttg atgtcatggcagcaatattccaaggtccaattactc---------------------ttg aaggacctccaccagcagcaatcaatgatttgttacawtctgtgagaactcctgaagtaa ttaagtattgtgaagataataaatggattataccakcagaatgtaaag---tagaaagag atcttaatatggctaacacaataataacaatcattgctaatattattagtatttctggta ttatttatgttatttataaactcttttgcacactacaaggaccttattcaggtgagc--- ccaaacccaagaccaaagtgccagag---agaagagtggttgctcaaggacctgaagagg aatttggtagatcactgattaaacataattcttgtgtggtgactacctcaaatggcaaat tcacgggtttaggaatttatgacaggactttaattttaccaacacatgcagacccaggta gggagatacaagtagatggaattacaactgaggtacaagattcttatgatttatacaata aagatggtgttaaattagagataacagttcttaagcttaaaagaaatgaaaaatttaaag acattagaaagtatattccagagaatgaagatgactatccagattgcaacttggctctat ctgctaatcaaccagaaactactatcattaatgttggagatgtggtctcatatggcaata ttctacttagtggaaatcaaacagcaagaatgcttaaatacaattatccaactaaatcag gctattgtggtggcatcttatacaagattggtcaagtcttaggaatacatgttggtggta acgggagggatggctttgcagctatgctattgagatcttattttacagaggcacagggtc aaatagtcaccacaaaacccaccaccgaatgtaatttacctagtatccatacaccaagca agaccaaattacaacctagtatcttttatgatattttccctggtaataaagagccagctg tgctttcagaaaatgatcccaggttagaagttaactttaaggaagctctattctctaaat ataagggaaacaacccgtgtgaaatraatgaccacattaaagtggccgtttctcactatt cggcacagctaatgacattagatattgattcaaacccaatttccttagagagtagtgtct ttggcatagaaggtttagaagcacttgatcttaatactagtgcagggtttccttatgtat ctatgggtataaagaagagagacctgattaacaaacaaacaaaagatattacaaaactca aggtggcacttgataagtatggtgttgacttgcccatggttacatttcttaaagatgagc ttagaaagaaagaaaagatctctgcagggaagacacgtgtaatagaagctagtagtataa atgatactgtattgtttagatcaacttttggaaatcttttttcaaaatttcatttaaacc ctggaattataactggctctgctgtagggtgtgatccagaaactttctggtcaaaaatac cagctatgctagatgatgagtgtataatggcatttgattacacaaactatgatggaagca tacacccagtgtggtttcaggcccttaaagagatattatctaatttagggtttgaacca- --ggtctaatagatagattatgcaaatcaaaacatatctttaagaatacatactatgaag ttgaaggaggagtgccatcaggctgctctgggacaagtatattcaacacaatgattaaca atgttattattaggacattagttttagatgcatataagaacattgatttggataaactta agataatagcatatggggatgatgtaattttttcctataaatatcaattagacatggaag caattgctaaagagggcgtgaagtatggccttactataaccccagctgacaaatcaagtg aatttaagcaattagattataacaatgtgacttttctaaagagagggtttaggcaagatg acaaatacaaattcttaatacatccaacttttccagttgatgaaatccatgagtccatac gatggactaagaaaccatctcaaatgcaggagcatgtcttatcattgtgtcacttaatgt ggcataatggcaaggacgtgtaca-aacagtttgagcaaaagatacgcagtgtgagcgct ggtcgcgcactgtatatccccccttatgaactactcctgcatgaatggtatgaaaaattt taagt-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------atattaa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445180.1 Human rhinovirus 38 strain ATCC VR-1148, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccactcagatctcccatgcggagtt---g tactctattattccggtaatcttgtacgccagtttt----------------------ta ca----------ccc-tcc-------------c-ccc----------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-aagtacat------aa-cgaccaatagg-tggca attaa-ccaaattg-t----c-aacggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ga ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacaattgagatcgttatccgcaaagtgcccacgc aaagcctagtaaca-ctttga-aa-ggtctatggttggtcgttcagcta--------aac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tcacg-ggt----------gtgaagccata-tactcg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccccgcagctagtgcatacaaaccagtatgtggctagtcgtaatgagcaatt gtgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttt-cctt-t- ----tgtttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag----------tatatat tgacaccatgggcgcgcaggtttctagacagaatgttgggacacactccacgcaaaactc tgtttcaaatggatccagtttaaattactttaacataaattacttcaaagatgcagcatc aagcggtgcatcaaaattggaattctcacaagatccaagtaaatttactgatccagtcaa ggatgtcctggaaaaaggaatccccacgctacaatcaccaacagttgaagcatgtggata ttctgatagaataatacaaattactagaggagattcaactattacatcacaggatgtggc taatgcagttgttggatatggggtgtggccacattatctaacttcacgagatgccaccgc tatagataagccttcacaaccagacacatcttccaataggttttacactctagaaagcaa aacatggacaagtgattccaaggggtggtggtggaagctacctgatgcccttaaggagat gggagtctttggccaaaacatgtattaccatttccttggaaggagtggctatacagtcca tgtgcagtgcaactctagtaaatttcatcagggcacactaattgtagcaatgataccaga acaccaattggctgcagctgaaaaaggaaatgtaactgctggttacaatcttacacaccc aggtgagacgggcagggatgtcggtataactgttcgt-----------gaacatccaa-- -acaaacaacctagtgatgataactggcttaattttgatggtacattgttgggaaatata accatttttccgcatcaatttattaatttgaggagcaataattcagccacaataatagtc ccttatgtaaatgcagtgcctatggattctatgcttagacacaataattggagtttagtg ataatacccatttgtccattagaggttagtagtcctggaagtaata---gcatcccaatc actgtgtctataagtccaatgtttgctgaattttctggtgcacg---------------- --tgcc------------------------------agaa------gtcaaggtctgcca acaatgatgacacctgggtcaggacaatttatgaccacagatgatttccaatctccttgt gctttaccatggttccacccaactaaagagatttctatacctggtgaggtcaaaaatcta attgaattgtgccaagttgacacaatgattcctataaataatgttggaaataat---act aagagtgtggatatgtatacagtagtattacaaagacaggatcaac------taatgcaa gaagtttttgctattagagttgatgtggcatcacaacctttagcaacaacactaattgga gaaatttcaagttattatactcagtggactggtagcttacgcttcagtttcatgttttgt ggaacggccaacacaactctcaaacttttaatagcatacacaccaccaggtatagttaaa cccagaaataggaaggaagcaatgctaggaacacacattgtctgggatgtgggtctacag tctacaatttctatgattgtaccatgggttagtgctagtcactttagaaataccacacct gacacatactcattagctgggtttataacatgttggtatcagaccaatcttgtagtccct ccagacactccagccacagccagaatgctatgttttgtatcaggttgcaaagatttttgt ctacgtatggctagagacacaaacttacacaaacaatctggagctataacccaaaac--- ------ccagtagaggaatacatagatggagtcttgaatgaggttcttgtggttccgaac attaaggaaagccactccagcacatcaaattcagcaccagcattagatgctgctgagact ggacacaccagtaatgtgcagcctgaggatatgattgaaactcgctatgtacagacatca caaactagagatgaaatgagtgtagaaagttttctaggaagatcaggttgtgtacatata tccaatcttgacatag-attacatt----------------------------------- -aattacaactct---gaagacaaaaactttacaacatggcaaatcaatctcaaagaaat ggctcaaatcagaagaaagtttgaaatgtttacatatgtgagatttgattcagaagttac attagtcccatgtatagcagcacaaaatgaag------gtgtggggcatgttgttatgca gtatatgtatgtccctccaggggcaccattacccaggaagagagatgattacacttggca atctggtacaaatgcctctgttttctggcaatatggtcagacatatcctcgattttcctt acctttcttaagcattgcatctgtctattatatgttttatgatggatatgatggggactc aaca------gaatcacattatgggacagcggtgaccaatgatatggggacactttgttc aagaatagtcactgaaaatcatgggacccaagtgaagataacaactagaatttatcataa ggcaaaacatgtaaaagcctggtgtccaagacccccaagggcagttgaatatagacatac acatgttaacaattac------aaaccagaccaagg---------------------gg- --aagtaaccactatgattccaactagaac---------c---aacataaga-------- -----------accatcgtaa---------atgttggtcccagtgacatgtatgtgcatg tagggaatttaatctacagaaacttacatttatttaactcagagg---ttagtgattctg ttttagtttcatattcatc------agacttagtcatttaccgaacaaacacaacaggtg atgactatatcccaacttgtgactgtactgatgcaacatactattgtaaacataaaaata gatacttcccaataaaagttactagccatgattggtatgaaatacaagaaagtgaatatt atccaaagcacattcagtataatctgttaattggtgaagggccatgtgaacctggggatt gtggtggcaagctgctgtgcaaacatggtgtgatcggcatcatcacagctggtggtgagg gtcatgtggcatttatagatctacgccact------tccattgtgcagaagagcaggg-- -catcacagactacatacacatgttaggtgaggcatttggtaatgggtttgtagatagtg ttaaagaacaggtgaatgctattaatc------caataaataatgttagtaagaaaataa tcaaatggatgctcagaattatatcagcaatggtaataataattagaaactcctctgatc cacaaacgatcatagctacactcactctaattggatgttctgggtcaccttggcgattcc ttaaggagaaattttgtaaatggactcaattaaattatattcataaggaatca---gatt catggctcaaaaaatttaccgaaatgtgcaatgcagctaggggtcttgaatggattggta acaaaatttctaaatttattgattggatgaaatcta---tgttacctcaagcacaactta aggttaaatatcttagtgaattgaagaaattgaatttactggaaaagcagattgaca--- ---atttacgctgtgcagattcaaaagttcaagagaagattaaattagagattgacaccc ttcatgatctatcttgtaaatttcttcccttatatgctagtgaagccaaaagaattaaag tattatttaacaagtgtaataccataat------taaacaaaagaagagaagtgaaccag tcgccattatggtgcacggtccaccagggaccggtaagtccataacaactagtttccttg ctagaatgataactaatgaaagtgat------gtctactcactacctccggatcctaaat attttgatggctatgatcaacaaagtgttgtcataatggatgatatcatgcaaaatccag acggtgaggacatgtcattgttttgtcaaatggtatccagtgttacattcataccgccaa tggctgatctacctgataaaggcaaaccatttgattcaagatttgttttttgcagcacaa accaatctcttctagctccaccaaccatcacgtcactctcagcaatgaatagaagatttt tcctggatctagacatcacagttcatgataactacaaggataatcaagggaaattgaatg ttccaaaatcatttaaaccatgtgatgtggataataaaataggtaacgcaaag---tgtt gcccattcatatgtggaaaagctgtctcattcaaagatcgaaacacatgccaaacttact cactcagccagatttataacatggtcattgaagaggataaacggcggagaaatgtggtcg atgtcatgtcagcaatcttccagggccctatttcaa---------------------tga atgctccaccacctccagcaatagaagatttgttgcaatcagtcagaactccagaagtca taaaatattgtgaggaaaataaatggataattccagcagattgcaaaa---ttgagcgtg atttaaaccttgcaaataatataataacaatcatagcaaatattattagtatagcaggca ttatatttgtgatttataaattattttgctcactccagggtccatattctggtgaac--- ctaaacctaagactagaactccagaa---agaagagtggtcgcacaaggaccagaggaag aatttggccgatcactcattaaacacaactcttgcattgtaactacacaaaacggtaaat ttacagggttaggaatatatgataggacattaataataccaacacatgcagatccaggaa atgaggtccaaattgatggaatcaccactaaagtagaagactcttatgatttgtttaata aagatggagtcaaattggaaatcactgtacttaaattgaagagaaatgaaaaattcaaag atattaggaagtacataccagaaaatgaggatgattaccctgattgtaatttggccctct ccgccaatcaacctgaaactactataattaatgttggagatgttatatcatatggtaata ttttactcagtggaaatcagacagccagaatgctcaaatacaattacccaacaaaatcag gctattgtggtggtattttgtacaagattggacaggtcttgggtatacatgttggtggta atgggagagatggatttgcagccatgttactcaggtcatacttcacagaagtgcaaggtc agataaccactaccaagtctactagtgagtgtaatttacctagtattcacacgccaagca aaactaaattacaacctagtgtgttccatgatgtctttccagggagtaaagagccagctg tactctcagagcatgaccctagattaaaggttaatttcaaagaagctatattttctaagt acaaaggaaataaccagtgtgaaatgaatgaccacattagagtagcaatttcacattact cagcacaattggcaacactggatattgatccaaatccaatctccctagaagatagtgtct ttggcatagaaggtctagaagcacttgaccttaacactagtgctggatttccttatgttt ccatgggtgttaagaaaagagatttgattaacaaacaaaccaaagatgtaacaagattaa aagcagcaatggacaaatatggtgttgacttacctatggttacatttcttaaagatgagc ttaggaaacaggagaagatttctgctggaaagacacgtgtcatagaggctagtagtgtga atgacactgtgatgtttagaacaacttttggaaatcttttttcaaaatttcatttaaacc ctggaattgtgactggctctgctgtgggttgtgatccagagacgttctggtcaaagatac cagtgatgttagatggtgaatgcataatggcattcgattacacaaattatgatggtagta tacaccctatatggttccaggctctcaaggaagtactatccaatctgggttttcaacct- --aatttaatagatagattatgtaaatcaaaacatatctttaaaaatacatactatgagg ttgagggaggagtaccatcaggctgctctgggacaagcatatttaatacaatgatcaata atgtaataattagaacattagtcttggatgcttacaaaaacattgatttggacaaattga aaataatagcatatggagatgatgtcatattctcatacaaatatcaattagatatggaag caatagccaatgaaggtgtgaagtatggtcttacaataactcctgctgacaaatcaagtg agttcaagcaattggattatagcaatgtaacttttttaaaaagaggatttaaacaagatg acagataccaatttctgatacatccaacttttccaattgatgagatacaagaatccataa ggtggacaaagaaaccatctcaaatgcaggagcatgttctgtcattgtgtcacctaatgt ggcataatggtaaggatgtgtaca-agcagtttgaaaggaagatacgcagtgtcagcgct ggtcgcgcactgtatatccctccctatgaagtgcttctgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atataa---aa-------------------gtaataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >GQ223229.1 Human rhinovirus A isolate N13, complete genome -------ttgaaactgagtgtgggttgtt-cccacccacacttcccatgtggagta---g tacactgttattacggtaaccttgtacgccagtttt----------------------at -c----------atc-cct-------------t-tccc--t------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-tttaaact------tg-agaccaatagg-tggtg atcag-ccagatca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtcaa--cg ctgatatgctccgcc-agggc-aaaaacagctgcgatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtaata-tcttga-at-gatatatggttggtcgttcagcta------a--ac cc-catagtagacctggcagatgaggctggaaataccccactggtgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcgcactc--ttgcg-agt----------gcgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatacaatccagtgtgtggctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttat- ----aatttgcttatggtgacag-tatat-a-g--------ct--t--------atatat tgttaccatgggcgcacaagtctccagacagaatgttggcacacactccacgcaaaacat ggtctcaaatgggtctagtttaaattattttaatataaattactttaaggatgcagcctc cagcggcgcttcaaaattagaattttcacatgacccaagcaaatttactgacccagtcaa agatgtccttgaaaaaggaattccaacactgcaatctcctacagtagaggcatgtggtta ttcagatagaataatgcaaatcacaagaggtgactctacaataacatcacaggatgttgc aaatgcagtggtgggttatggggtgtggccacactatttaagtgcaaaggacgccactgc tattgataagcccacacaaccagacacttcatcaaacagattctacacactagatagcaa aatatggaaaccaggttctaagggctggtggtggaagctacccgatgcattgaaggaaat gggtatatttggagaaaatatgcactatcattatcttggcagaagtggttatactgtaca tgttcaatgcaatgccagtaaatttcatcaagggactttactaattttgatgatacctga gcaccagttggcaaatgcaaatgctaccaatgcagacgctggatacaattatacccatcc tggtgaacgaggcagagaggttggtagcgatcgtgtt-----------gc---tcatg-- -ctaaccttccaagtgatgataattggcttaattttgatggtactttattgggtaatgct cttatatttccccaccaattcattaatttgagaagcaacaactctgcaacactgatagtc ccttatgtaaatgctgttccaatggattcaatgcttagacataataattggagtttagtg ataattccaatttgtgaattactagtagatgctaatgccagtgctg---tagttccaatc actatatcaataagcccaatgtttgccgaattctctggggcacgtgcaaaaccag----- -tggct------------------------------gctc------cacagggtctacca atttatatgacacctggctcaggccaatttatgacaactgatgatttccaatcaccttca gccttaccatggtatcacccaaccaaagaaatcttaattccaggggaggtcaaaaattta atagagatgtgtcaggtggatacttcgatccctatcaataacacaacacaaaac---ttg agaaagataaatatgtatactatacagttagaaaatcaaacagaaa------tggccaaa gagatttttgctattaaagtagatattgcatcacaacctttagcaaataccatgattgga gaaattgcaagttattttacacattgggctggtagtttgcgttttagttttatgttctgt ggtacagcaaataccactctcaaactacttctagcttacacaccaccaggcataggcaaa ccaagagacagaaagcaagctatgcttgggacacacatagtttgggacgttgggttgcaa tcaacagtgtctttagttgttccatgggttagtgccagtcatttcaggtacacatctagg gatgaacattcagcagctggattcataacatgttggtatcagacaaattttgtttttccc ccgaacactcccaatagggctgacatgctgtgttttgtatcagcgtgcaaggatttctgc ttgcgtatggccagagacacggatatgcacaaacaagatgatgccattgaacaaaac--- ------ccagttgaaaattatgtgggagaggcgcttaatgaggtcttggttgtaccaaat atcaaagagagtcatccaagcacgtccaactctgccccaattttagatgctgctgaaact gggcatactagtaatgtacaaccagaggatacaattgaaacccgatatgtacaaacaaca caaacaagagatgaaatgagcattgagagcttccttggtaggtcaggatgcgtgcattcc tcaacaataacacatg-atgaacaa----------------------------------- -------cacac---------taagaaatttagagtgtggcgcatcaatttacaagaaat ggcccagattaggcgtaaatatgaaatgtttacatatgtaagatttgattcagagatgac tatggttccaagcattgcagggtatggtaatg------atgtaggtcatatagttatgca atacatgtatgtaccgcctggagctccagaaccaacaagtagagaacattttgcatggca atcaggcactaatgcatctatcttctggcaacaaggacaacccttcccaaggttttcact accatttttgagtgttgcatctgcttattacatgttttatgatggttataatggtgacac acct------ggatccaaatatggcaccacagtagtcaatcgcatgggtgcactgtgtat gagggttgtgacaaacaaacaaatcaataaagttgaaatcacaactaatatataccataa agttaagcatgtgaaagcatggtgtcccagaccacccagagctgttccatacaggtatgt tggatcaacaaattat---aaaaaacctgatcagga---------------------ag- --atgttacaattttcattgaacgtagaca---------a---gacccaaaat------- ------tcattaca------------------acaggaccaagtgatttgttcgtacatg tgggtaatttgatatacagaaatttacatctatttaattcagaag---tacatgactcag tattaatatcgtattcctc------agatttagtcatctaccgcacaaactctacaggta atgactacattcccacatgtgactgcactcaagcaacctattattgtagacataaagata ggtattacccaattaatgttaccagtcatgactggtatgagattcaagaaagtgaatact acccaaaacacattcaatataaccttttgataggtgaaggtccatgtgaaccaggagact gtggaggaaagctattgtgtaaacatggagtgattggaataataacagcaggtggagagg gtcatgtggcatttattgatctcaggcaat------ttcattgtgcagatgagcaagg-- -aataactgattacatccacatgctgggtgaagcctttggatcaggatttgttgacagtg ttaaaggccaaataaacgctatcaatc------caattaacaacattagtaaaaagatag tcaagtggttgcttagaataatctctgcaatggttgtaattattagaaattcctctgatc cacaaacaatcatagccacattaacactaattggatgctcaggttccccctggcgatttc ttaaagaaaaattttgcaaatggacccaattaaattacatacacaaggaatct---gatt catggttaaagaaattcaccgaaatgtgtaatgcagccagaggcttagaacggattggca ataaaatatcaaaattcattgaatggatgaaatcta---tgcttcctcaggctcagctta aaatcaaatatttgagtgagctcaagaaacttagttttttagagaagcagatggagt--- ---acttaagagttgctgactcacaaacacaggaaaaaattaaatgtgagattgacactt tacatgatctttcttgtaaatttttaccactctatgctagtgacgctaaaagaataaaga tattatataacaaatgtaacacaattat------taaacagaagaaaaggtgtgaaccag ttgcagttgccatacatggtgaacctggtactggtaagtctatgactacaaactttcttg ctagaatgataactaatgatagtgac------atatactccttaccacctgatcccaaat actttgatggatacgaccagcaaagtgtggttattatggatgacattatgcaaaatccaa gtggggaagatatgaccttattctgtcaaatggtgtctagtgtcacattcataccaccga tggccgatttgcctgataagggtaaaccttttgattccaggtttgtgttgtgcggtacta atcataatttattagcacctcctacaattacttcattgccagctatgaacagaagattct ttctagatttagatattgtggcgtgtgataaatacaaggatccacagggaaagctaaatg tggctgctgcctttcaaccttgtgatgtaaatacaaaaattggaaatgctcgc---tgct gtccctttatctgtggtaaagctgtcatttttagagatcgtaataattgtcagacttaca ctctggcacaagtgtataatcaaatacttactgaggacaaaagacgtaggcaagtagtag atgttatggcagcaatttttcagggacccattactc---------------------ttg aaggacctccacctgcagcaataaatgatttattgaaatcagttagaactccagaagtca ttaagtactgtgaggacaataaatggatagttccagctgagtgtaagg---ttgaaagag atctcaatatagccaacactgttattacaattattgctaatattatcagtatttctggaa taatttatgttatatataaacttttctgtacattacaaggaccatattcaggtgaac--- ccaagcccaaaaccaagatgccagaa---aggagggtggtggctcaaggaccagaagagg agtttggtaggtcccttattaaacacaattcatgcattgtaacaacacagaatggtaaat tcacaggtctagggatatatgatagaacactaatcctaccaacacatgcagatccaggta gtgaaatacagatagatggcattacaactaaagtggaagactcttatgacctattcaata aagatggaatcaagctagaaattacagtgcttaaacttaagagaaatgaaaagttcaaag atatcaggaaatacattccagaaaatgaagatgattacccagattgtaatttggccctat ctgctaatcaaccagaaaccacaataatcaatgtaggggatgtagtatcatatggaaaca ttttacttagtggaaatcaaacagcaaggatgctcaaatacaattacccaacgaaatcag gttattgtggtgggattctatataaaattggacaagttttgggaattcatgttggtggta atggaagagatgggtttgcagctatgttattaagatcatatttttcagaaacacaaggtc aaataactactactaaacctactattgaatgcaatctacctagtatacatacacctagca aaatcaagttacaacctagtgtattttatgatgtctttcctggtagtaaggaaccagctg tgctctcagaatttgatcccagattagaggttgatttcaaacaagccttattttctaaat acaaaggtaataaccaatgtgaaataaatgatcatgttagggtagcaatttcccactatt cagcacagttgatgacattggatattgattcaagtccaatttcattagaagatagtgttt ttggtacagagggtctggaggcactcgatcttaccactagtgctggatttccttatgtgt ctatgggcattaagaaaagagacttaattaataaacaaacaagagatatcacaaaactta aaatggcattggataagtatggtgttgacttgcctatggttacacttcttaaggatgaac ttagaaagaaggagaaaatctctgctgggaaaacacgtgtcattgaagctagtagtgtaa atgacactgtgctgtttaggacaacttttggcaacctcttctccaaatttcacttaaacc ctggtatcgttactggctccgcagtgggatgcgatccagagaccttttggtcaaaagtac cagtaatgttagatggtgagtgcataatggcatttgattatacaaattatgatggtggta tacatccaatttggtttaaagctcttaaagaagtgctctttaatctagggtttaggccc- --aatctaatagataggttgtgtaaatcaaaacacatttttaagaatgtatattatgaag tagaagggggggtcccatcaggttgctctggaacaagcatatttaatacaatgattaata atattattattaggacattagttttggatgcttacaaaaatattgatttagacaagctta ggataatagcttatggggatgacgtcatcttttcttacaagtatcagttggacatggaag caattgctaaagaaggtattaagtatggtcttacaatcactccagctgacaaatcaagtg aattcaagaaattggactatagtagtgtgacctttctaaaaagagggtttaaacaagatg acaaatactcatttttaatacatccaacctttccagttgatgagatacatgaatccattc gatggactaaaaaaccatcacagatgcaagagcacgttctgtcactgtgtcatttaatgt ggcacaatggtagggacgtgtata-agcagtttgagcaaaggatacgcagtgtgagcgct ggtcgcgcactgtatatccctccatatgacctgcttttgcatgaatggtatgaaaaattt taagt-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------ataataa --aca-attagttttt------------------tagttttata---------------- ------------------------------------ >DQ473500.1 Human rhinovirus 59, complete genome -------ttaatactggatccaggttgtt-cccacctggatctcccaagcggagtg---g tacactattatcccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -a----------acc-cct----------------ccc-ct------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-t-gtaaac------ac-agaccaatagg-tggta actaa-ccaagtta-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggctga--ta ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaatagaagtcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtaaca-ctttga-at-tgtttatggttggtcgctcagcta------t--tc cc-cctagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcaccc--ctccg-ggt----------gcgaagccata-cacatg acaaggtgcgaagagccccgtgtgctcacttt--gaatcctccggctcctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccagtgcacataagccaatgtgtatctggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttggatgtccgtgtttctt----g---ttttt-cc-tta- ----attttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gata---atatatat tggcatcatgggcgctcaggtttctagacagaatgttggtacacactcaacacagaactc tgtttcaaatggatctagtcttaattattttaacatcaattattttaaggatgctgcttc aagcggggcttccaaacttgaattttcacaagatccaagcaaatttactgacccagttaa ggatgttcttgagaaaggaattccaactctacagtctccaacagtagaagcttgtggcta ctcagatagaatcatccaaataacccgaggtgactctacaataacatcccaagacgtagc caatgcagtagtgggatatggtgtgtggccccattatttaacaccacaagatgccacagc tattgataaacctacacaaccagacacatcatcaaacagattttacaccttagaaagtaa aacatgggttgaaacatcgaaaggatggtggtggaaactaccagatgcacttaaagatat gggtatttttggtgaaaacatgttctatcacttcttaggtcgatctggttacacagttca tgtgcagtgcaatgctagcaaattccaccaaggtacattattagtcgctatggtgcctga gcaccagttggctagtgcaaacattggcaatgttactgttggatataattacacacaccc tggtgaatctggtagagatgttggacaagacagaagg-----------ag---caatg-- -acaaacaacccagtgatgataattggctaaactttgatggaactcttctgggaaattta ttaatctttcctcatcaatttattaaccttaggagtaacaattctgcaacaattattgta ccttatgtaaatgctgttccaatggattctatgctcagacacaataattggagtttatta attattccagttagcccacttaaaagtgatgcatcagcaacatcaa---aagtcccaatt actatctcaataagcccaatgttcgctgagttctctggagcaagagcgaaaccga----- -tggca------------------------------gtag------gccaaggacttccg gtgtatatcacacctggatcaggtcagtttatgactactgatgatctccaatctccatca gcgttaccttggtaccacccaacaaaggaaatctttatacctggtgaagtcaagaattta attgagatgtgtcaagttgatactttgatacccataaataacactgcatctaat---att aggaacgttagtatgtacactgtacagctaactagtcaagtgaatt------tggcccaa gaaatttttgcaataaaagttgatgttgcatcccaaccactgtcaagcactttgttaggt gaaatttgcagttattacacacactggactggcagcttacgctttagctttatgttttgt ggtacagccaacaccacccttaagttactattagcttacacaccacctggaataaagaag ccagaaaacaggaaacaagccatgttaggaacacacattgtttgggatgtaggattacag tctacaatctcactagtggtaccatgggttagtgccagccactttagatacacaacccca gacaattattcatctgctggatttataacatgctggtaccaaacaaattttgtgttcccg ccaaacacaccatcttctgcagacatgctatgttttgtttctgcatgcaaagatttttgt ctgcgtatggccagagacactgatacacacacacagattgttcctataactcaaaac--- ------ccagtggaaaactatgttaatgatgtacttaatgaggttttagtagtaccaaat atacaggaaagccacccaaccacctcaaatgctgctccagcattagatgcagcagagact ggacatacaagcagtatacaacctgaggataccatagaaacaagatatgttcagacatca caaactagagatgagatgagtgtagaaagtttcttaggtagatctgggtgtatacatatt tcaactattactgtca-ataaagacata-------------------------------- -aaatatgatga---------tggacactttcttaaatggcctataacattacaagaggt ggcacaaattaggagaaaatttgaattcttcacatatgttagatttgactcagaaatcac tttggtgccttgcatagctggaaaaggggatg------acattggtcatatagtcatgca atatatgtatgttccaccaggtgctccactgcccacaaagagagatgattacacatggca atctggtactaatgcttcaatattctggcaacatggacaaacattcccaagattttcatt gcccttcctgagcatagcatcagcttattacatgttttatgatggttatgatggagataa atct------gaatctaggtatggtgtgtctgtaaccaaccacatgggcactttatgttc tagaatagttacaaacagtcaggagcatccagtggaggttgtcacacgtgtgtatcacaa agctaaacacgtcaaagcctggtgccctagagctcctagagcagtcccttacacacacag ctacgtaactaactac------aagattgctggaaa---------------------ag- --aacctgaaattttcttaaaaccaagaat---------g---aatattaca-------- -----------aca------------------gctggacccagtgacatgtatgtccatg tcgataatctcatatacaggaatcttcatctatttaattcagaaa---tgcatgagtctg tccttgtatcttactcatc------tgatctagtcatataccgaacaaacacaaaaggtg atgactacatacctacatgtgattgcactcaagctacctactactgcaaacataagaata gatactacccaatcaatgtcacaagccatgactggtatgaaatccaagaaagtgaatatt acccaaaacacatccagtataatttgctgattggtgagggaccttgtgaaccaggggatt gtggaggaaaactcttgtgcaaacatggtgtcataggcatcattactgcaggtggggaag gtcatgttgctttcatagatttaagacatt------tccattgtgctgaagagcaagg-- -tatcacagattacatacacatgctaggtgaggcctttggcactgggtttgtagacagtg tgaaagaacaaataagtgccataaacc------cagttaataacattagtaaaaagataa ttaaatggatgcttaggattatatctgctatggttataattattagaaattcatcagacc cccaaactataatagctacactcacactaattggatgctcagggtctccttggaggttct taaaagagaaattctgtaagtggactcaattaaattatatacacaaggaatca---gaca cttggttgaagaaatttactgaaatgtgcaatgcagctaggggtttagaatggataggaa ataaaatatcaaaatttatagagtggatgaaatcca---tgttgccacaggcacagttaa aagtcaaatatcttgaaggacttaagaagctcaatttcctggaaaaacaaattgaac--- ---accttagagtggcagactcacaaacacaagagaaaattaaatgtgaaattgatactt tgcatgacttatcatgcaaattcttaccattatatgcaagtgaggctaagagaatcaagg tattgcataacaaatgtaatgtaataat------taaacaaaagaaaaggtgtgaaccag tggctgttgtaattcatggagaaccaggtactggcaagtctatgacaacaaattttctag ctaggatgataacaaatgatagtgac------atatactcattacctcctgaccccaaat attttgatggttatgaccagcagagtgttgtcataatggatgatattatgcagaatccta gtggtgatgacatgactttattctgtcagatggtgtcaagtgttacatttatacccccaa tggctgatctacctgataaaggcaaaccttttgattctagatttgtgttatgtagtacaa accataacatgttagccccacccactataacttcattaccagcaatgaacaggagattct atcttgatttagacataatagttaatgatagatataaagacccgcaagggaaactaaatg tttctgcagcctttcaaccttgtgatgttgatgcaaaggttggaaatgctcga---tgtt gtccttttatctgtggcaaagcagtcactttcagggatcgcaacacctgccaaaattaca ctctctcccaagtttacaatcagatgcttgaagaggacaagaggcggcgtcaagtggtag atgttatggcagctatctttcagggtcctataaccc---------------------ttg aaggaccaccaccggccgccataaatgatcttcttcagtcagtacgcacaccagaggtca ttaagtactgtgagtataacaagtggataatcccagctgagtgtaaag---ttgagagag acttgaatattgctaacaccattattaccattatagcaaacatcattagtatatctggta taatttatgtaatatataaattgttttgtacattgcaaggcccatattcaggagaac--- ccaagccaaagacaaaaatcccagaa---aggcgtgtggtggcacaaggtcctgaggagg aatttggtagatcacttattaaacataattcatgtgtagtaactacacaaaatggtaagt ttacaggccttggaatttatgacaggacaataattataccaacacatgccgacccaggtg gtgaagtccagattgatggcatagtcacaaaagtagaagattcttatgatttattcaaca aagatggtattaaattagaaataacagttcttaaattaaagagaaatgaaaaatttaggg acattaggaaatacataccagagagtgaagatgattacccagattgtagtttagctcttt ctgcaaatcaacctgagaccacaataatcaatgttggtgatgtggtttcatatggtaata ttctattaagtggaaaccagactgctagaatgcttaaatacaattatcctactaaatcag gttactgtggtggtatactgtataaaataggacaagttctgggaatccatgttggtggga atggaagggatggattttctgcaatgctactaaggtcctatttttctgaaacccagggtc aaattatatctcctaaaccaactagtctctgcgggctacctagtatacacactcctagca aaacaaaattacagcctagtgtcttccatgatattttcccaggtagtaaagagccagcag ttctttctagtaaagatcccagattagaagtggattttgatgaagccttgttttctaaat acaaagggaatgttgattgccctatgaatgatcatattagagtgtcagttgcacattact cagctcaattagccactctggatattgatccaaatcctgtctctatggaggaaggtgtct ttggaatggaaggattagaggctttggatttgaacacaagtgcagggtttccatatgttg ccatgggtattaaaaagaaggatttgattgataatcgaacaaaagatatatccaaactta aggtagctttagataaatatggagttgatctacctatggttactttccttaaagatgagc ttaggaagaaagacaaaattagagctggtaagactcgtgtcatcgaggctagtagtatta atgacactctgttgtttaggactacctttggtaatttattctcaaaattccatctaaatc caggcatagttacaggatcaggtgtggggtgtgatccagaaacattttggtccaaaatac cagttatgttagatggtgaatgtataatggcttttgattacactaattatgatggtagca tacaccctgtatggtttcaagctcttaagctagttttagaaaatctaggatttgaatct- --ggcctaatagatagattatgtaaatcaaaacacatctttaaaaatatctattatgaag ttgaaggtggtgttccatcaggatgttctggtacaagtatattcaacactatgatcaata atataataataaggactttagttttggatgcatacaaaaacattgatctagataaactta aaatcatagcatatggtgatgatgtcatctttacatataaataccaattggatatggaag caattgctgcagaagggaagaagtatggtttaactataacacctgcagataaatcaacca ctttcaagcaattggactatagtaatgtaacatttttgaaaagaggcttcaaacaggatg acaaataccggtttttgattcatcccactttccctgttgaagaaattcaagagtccattc gttggacaaagaaaccatcacaaatgcaagagcatgtcttgtctctgtgtcatcttatgt ggcacaatggaagagacacataca-agcagtttgaggacaagatacgcagtgttagcgct ggtcgtgcactgtatatccccccatacgacctgctcttgcacgagtggtatgaaaaattt taaat-------gtttatat---atatag---aa-------------------gtaataa --aca-cttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445119.1 Human rhinovirus 19 strain ATCC VR-1129, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacccagatcatccacgtgatgtt---g tgctctattattccggtaattttgcacgccagtttt----------------------tc at-----------cc-ctt-------------ccccct---------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-cttaaaca------aa-tgaccaatagg-aagca acaaa-ccagttgc-g----a--taggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ttgatatgctccaac-ggggc-aaaaacagcagcgatcgttatccgcaaggtgcctacgc aaagcctagtagcg-ctcttg-aa-attgtttggttggtcgctcaagta------caaac cc-agtactagacctggcagatgaggctagaaaacccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--atttg-ggt----------gtgaagccaaa-caacgg acagggtgtgaagagccacgtgtgctcatctt--gattcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccattgctcacaatccagtgagttggtggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ccttgt- ----tttatgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gtag----tatatat tgacaccatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggtacacactccacacaaaactc agtttctaatggatctagcttgaattattttaacattaattatttcaaagatgccgcttc tagtggtgcttcaaaattagaattttctcaagatcccagtaaatttacagacccagtgaa agatgttttggaaaaaggaatacccacactacaatcaccaactgttgaagcctgtggata ctcagataggattatacaaatcaccagaggcgattccacaataacctcacaagakgttgc caatgctgttgttgggtatggggtttggcctcattatttaacacctgaagatgcgacagc cattgataagccttcacaaccagacacctctacaaacagattctatactctagagagtaa agtttgggattctgaatcaaaaggatggtggtggaaactacctgatgctcttaaagacat gggtgtttttgggcagaacatgtactaccacttccttggaaggagtgggtatacaataca tgttcaatgcaatgccagcaaatttcatcaaggaacactcatagtagctgccataccaga acaccaattggctagtgccacaaaaggaaatgttactgctgggtacaattacacacatcc tggtgaaatgggcagagatgtaggtaagattggtaga-----------gaaaacaatg-- -gaaaacaacctagtgatgataattggcttaactttgatggaaccttattgggaaatata acaatctttccccatcaatttataaatataagaagcaataactcagctactttaattctc ccatatgtcaatgcagtccctatggattctatgcttagacacaacaactggagtttagtt ataattcctatctgcccacttgaatcacagggtacggaa---ggtg---tggttcctata actgtatccataagtccaatgtttgctgaattttctggagctcgtgcaaga--------- ---------------------------------------a------gtcaaggtttacca gtcatgatcacgccaggctctggtcaatttatgaccacagatgactatcaatcacctagt gccctaccatggttccattctactaaagaaatatcaatacctggccaggtaagaaattta gcagaattgtgccaagttgacacaatcatcccaatcaatcacactacagcaaca---acg tctagtgtcaacatgtatactgtagtgttggacaagaaaacaagct------tggcagaa gaagtatttgctatcaaagttgacattgcttcacagcccttagcaacaactcttataggt gagatgtctagctactatacacactggactggtagtcttcgctttagttttatgttttgt ggaacagctggtactactcttaaattattacttgcttacacccctccaggtattgcaaaa ccacagaagagaaaagatgccatgttgggcacgcatgttgtttgggatgttggtttacaa tcaactatctcaatgattgtaccatgggttagtgcaagccattatcgaaatacaactcca gacactttctcactggcaggttatataacatgttggtatcagactaatcttgttactcca cccaacacaccttccacagctagaatgttgtgcttcgtttcaggatgcaaagatttttgc ttacgcatggccagagacacgaacttacataagcaaacaggtaccattacacaaaat--- ------cctgtagagaaatatgtggacaccattctgaatgaggtgctagttgtcccaaat atcaatgaaagtcatccaagtacatcaaatgctgctcctgccttagatgcagccgagaca ggacatactagcaatgtacagcctgaggacatgatcgaaacacgctatgttcaaacgtcc cagactagggatgaaatgagcatagaaagttttcttggcagatccggttgtgtacatgtt tcagagctccaattag-attatacc----------------------------------- -aattacaatcaa---gaaaataataatttcaaaacttggcaaataaacttgaaagaaat ggcacagattagaagaaaatttgaacttttcacttacctcagatttgattcagaggtaac attagtcccttgcatagctgctaaaagtaaaa------acattggacatgttgttatgca atacatgtatgtgcctcctggtgctcctatcccaaaaactagaaatgattacacatggca atcaggtactaatgcatctatattttggcaacatggtcaaccatacccaagattttcatt accttttctaagtatagcttctgcatattacatgttttatgatgggtatgatggagattc acca------ggatcccgctatggaacaatagtaactaatgatatgggaaccttatgctc cagaatagtaactgatgaacaccaaacacaggttgcaatcacaactagagtatatcataa agctaaacatataaaagcttggtgcccacgaccacccagagccgtggaatatacccacac tcatgtgactaattat------aaaccccagacagg---------------------tg- --aagtcactcttccaattgaaataagaga---------t---aaccctaga-------- ----------cata-taaaga---------atgtaggacctagtgatatgtatgttcatg tgggaaatttgatttacagaaatttacatttatttaattcagata---tgcatgattcta tattagtctcttactcatc------ggatttagttatttaccgaacaaacactgtaggtg atgactatatcccaacttgtgattgcacagatgcaacatattactgtaaacataaaaaca gatacttcccaattaaagttaccagtcatgattggtatgagattcaagagagtgaatatt accctaaacacatccaatacaatcttttaattggtgagggtccatgtgaacctggtgatt gtgggggaaaattactatgcaaacatggagtgattggtattatcacagctggtggtgagg gtcatgttgcatttatagatttaaggcatt------tccactgtgcagaagagcaagg-- -aatcactgattacatacatatgctgggggaggcttttggtaatggttttgtggatagtg tgagagatcaagtgaatgctataaatc------caattaataatattagcaagaaactta tcaaatggatgcttagaattatatctgcaatggtgatcattatcagaaattcttcagatc ctcaaacaatagttgctacattgacattggtaggttgctcaggttcaccatggcgctttc tcaaggaaaaattttgtaaatggactcaactaaattacatccataaagaatca---gatt catggctcaagaaatttacagaaatgtgtaatgctgctagaggacttgagtggattggaa ataaaatctctaaattcattgattggatgaaatcta---tgttgccacaagcacagctca aggtaaaatatcttagtgagcttaaaaaattaggatttcttgaaaaacaaatagaaa--- ---atctgcgttgtgctgacacaaaaactcaggagaaaataaaattggagatagatacac tacatgatctttcctgtaaatttcttcccttgtatgcaagtgaagctaagagaataaagg tgttatacaataagtgtaacaacataat------caagcagaaaagaaggagtgagccag ttgccatcatgatacatgggcctccaggtaccggaaaatccataacaactagtttcttgg ctagaatgattacaaatgaaagtgat------gtttattcattgcctccagatcctaaat attttgatggttatgatcagcaaagtgttgtaataatggatgatatcatgcaaaatccag atggagaagacatgtcattgttttgtcaaatggtttcaagtgtcacatttataccaccaa tggctgatctcccagataaaggcaagccctttgattcaagatttgttttctgtagtacga accattctttactagctccaccaacaattacctcactatcagccatgaatagaaggtttt atttagatctagacattatagttcatgacaattacaaggatggtcagggaaaattggatg ttccaaagtcatttaaaccttgtgatgtggatagcaaaataggtaatgccaag---tgtt gccctttcatttgtgggagagctgtgtcttttaaggatcgaaacacatgccgagaatatt cccttagccaaatttacaatgtgataatggaagaagacaaacgccgcagaaatgtggtag atgtgatgtcagcaatatttcagggcccaatctcaa---------------------tga acgcacctcccccaccagcaataaccgacttattgcagtcggtcagaaccccagaggtta tcaaatattgtgaagacaacaaatggrtaatcccagcagattgcaaga---ttgagagag acctaaatattgcaaataacatcataaccattatagcaaatatcataagtatagcaggaa tcatatttgtaatttataaattattttgctcactacaaggtccttattctggtgaac--- ctaaaccaaaaacaaaagtgccagaa---aggagggttgttgctcagggaccagaggagg agtttgggcgttccctcattaagcataatacatgtgtggttactactgataatggaaaat ttactggtttgggcatatatgacagagttatgattcttccaacccatgcagacccgggaa aaactcttcaaattaatggtatcaacacaagtgtcactgactcatatgatttgtataata aagatggaatcaaacttgagatcactgttgttaaattggacagaaacgaaaaatttagag atattaggaaatacataccagaaaaagaggatgattatccagattgcaacttagctcttg tagcgaatcagcctgaacctactatactaagtgttggtgatgttgtatcatatggtaaca tactacttagtggaaatcaaactgcaaggatgcttaaatataattatccaactaaatcag gttactgtggtggtgttctatataaaataggtgttgtgttaggtatacatgtagggggaa atggtagggatggcttttcttctatgttgcttagatcatacttcagtgaaactcagggag aaataacaaagacagagaatgttagagaaagggatctcccaaccatacacactccaagca aaacaaaattgcaacctagtgctttctttgatgtgtttgagggtaccaaggaaccagctg tactatcagacagagatccacgcctacaaactgattttaaaactgccttgttttctaaat ataaaggcaataaaaaatttgaaatgaacgatcatataagagtagcagtttcacactact cagctcagttaatgaccttagatattgaccacagtaacatgtccttagaagatagtgttt ttggtatagagggtcttgaggcattggatttaaacactagtgcaggctttccatatataa gcatgggtattaaaaagagagatttgataaataacagtactaaagatatatcaaaactca aaatggcattagataaatatggtgtggatctgcccatggttactttcctaaaagatgaac ttagaaagaaagaaaaaatttcagctggaaaaacccgtgtcatcgaggctagtagcatta atgacacagtggcttttagaatagtttatggcaagttgtttgctgcttttcacaaaaatc caggagtagtgacaggttctgcagtcgggtgtgatccagaagtcttttggtcaaaaatcc ctgttatgctggatggtgactgtattatggcctttgattatacaaattatgatggaagca tacatccagtttggtttgaagctctaaagatgattttagaaaatttgcaatttgagccc- --aaattaattgacagattgtgtaattctaagcacatatacagagattcttactatgaag tagaaggaggagttccatctggatgctctggaaccagcatatttaatacaatgataaaca atgtaataataaggaccttagtgctagatgcttataagcatatagatttggacaaactca aaataatagcttatggggatgatgtgattttttcttacaagtatgttttggacatggaag caattgcgcaagagggtactaaatatggcttgacaattacacctgcagataaatctgaga cttttaccaagcttgattatagtaatgtcacctttttaaaaagaggctttaaacaggata taaaataccctttcttgatacacccaacttttccaattaatgagattcatgaatcgatta gatggactaagaaaccttctcaaatgcaggagcatgtactctcgttgtgtcacttaatgt ggcataatggaagggatgaataca-aagaatttgaacggaggattcgcagtgttagcgct ggacgtgcgctgtacattcctccatacgaaatgctcttgcatgagtggtatgaaaaattt tagat------------aat---atatag---aa-------------------ataacaa atata-tgtagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445149.1 Human rhinovirus 67 strain ATCC VR-1177, complete genome -------ttaaaactggatctaggttgtt-cccacctagatctcccaagtggagtg---g tacactattatcacggtaattttgtacgccggtttt----------------------at -c----------tcc-cct-------------tacccc---------------------- ------aagtaac----ttagaagt-a-ttacat------aa-agaccaacagg-cagtg attat-ccagatca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtcaa--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgagatcgttatccgcaaagtgcctacgc agagcctagtaact-accttg-aa-attacttggttggtcgttccacca------a--ac cc-catggtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tttg-ggt----------gtgaagccaag-taatgg acagggtgtgaagagccgagtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagagcgcgcaaaccagcgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttct---------tttta-ttctta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-aat--------ta----tt----tgtatat tggcaccatgggcgctcaagtgtctagacagaatgttggcactcactctacacaaaattc agtttcaaatggatctagtttaaattattttaacataaattatttcaaggacgccgcctc gagtggcgcatcaaaacttgaattttcacaggatcccagcaaattcacagacccagtcaa agatgttcttgagaaggggataccaaccttgcaatcacctacagttgaagcatgtgggta ttctgatagaataattcagattacaagaggggattcaacaattacctcccaggatgttgc aaatgctgtggttggttatggagtatggcctcattaccttaccccccaagatgcaactgc catagacaaaccctcacaccccgatacctcttctaacagattctacactttggaaagtaa gacatggagtgctgattctaaaggatggtggtggaagttgcctgatgcactgaaagacat gggggtgtttggacaaaacatgtattaccacttcctcggcagaagcgggtacacagttca tgtgcaatgtaattcaagtaaatttcatcaaggaacactaatagttgccatgataccaga acatcagctagctgcagcggagagagggaatgttactgctggttacaacttcacccaccc tggtgagactggtagagatgttgggaaaactgaacgt-----------gtgtatcaga-- -acaaacaacctagtgatgataattggcttaattttgatggtactcttttaggaaacata accatcttcccacaccaatttattaacttaagaagcaataactcagccacaataatagta ccatatgtaaatgcagtgccaatggattctatgcttaggcataataactggagcttggta atcataccaatttgtcccctacaggttgagggagcaggttcaaaca---taatacctatt acagtttctattagtcccatgtttgctgagttttctggtgcacg---------------- --agca------------------------------cgga------atcaaggtttacca gtactaacaacaccaggttctggtcaatttatgaccacagatgatttccagtcgcccagt gcattaccatggtttcatcccacaaaggaaatatccatacctggccaagttaggaattta attgagatatgtcaagtagacacacttatacctataaacaatactgggacaaac---act acaagcattaatatgtacacagtgcagttacagagacaggctgagc------ttatgcaa gaaatttttgccatcaatgtagacatagcctcacatcctttagcaaccacattgttaggg gaaattgcaagttactatacacactggacaggcagtttacgctttagtttcatgttttgt gggtcagcgagctccactttgaagcttcttcttgcatacactccaccagggatctctaaa cctacaagtagaaaggaagcaatgttaggtacacatgtagtttgggatgtaggattacaa tcaactatatccatgatagtaccatggattagcgctagccactttagaaatacaacacct gacaaatactcattagctggattcattacatgttggtatcaaaccaatcttgtggtgcct gcaaacacaccaaccacagccaatttgctttgttttgtatctgcatgcaaggatttctgt ctgcgcatggctagggacacaaaccttcataaacaaacggggcccattacccaaaac--- ------ccagtagaagattatgtagatcaggtattgaatgaggtcctggtggtgccaaat ataaagcaaagtgaacccacgacttccaattcagccccagctctagatgctgctgagaca ggtcacactagcagtgtacaacctgaagatatgatcgagactcgttatgtacaggcatca aataccagagatgaaatgagtctcgagagctttcttggaaggtcaggctgtattcatata tcaaaattgaatattg-attataat----------------------------------- -gcatatgatgaa---agtagggacaatttcacaatttggaaaataaatataaaagaaat ggcccagattaggaggaaatttgaactattcacatatacaagatttgattctgagataac actggtaccatgcatagctgcagagagtgaca------gcattgggcatgttgtaatgca atatatgtatgtacctccaggagcaccattaccaacaaaaagagatgactacacatggca atcaggtacaaatgcatccatcttttggcaacatggacaatcataccccagattctcact accattcttaagtattgcctctgcttattacatgttttatgatggctatgatggtggac- --ca------gattcactatatggcaccatagtaactaatgatatgggttccttgtgttc gcgtatagttactgaagaacatggttctcgcgtaaaaattgcaacgcgggtgtatcataa ggctaaacatgtaaaagcttggtgcccaaggccccctagagcagttgaatacatacacac acatgttacaaactat------agaccagaaacagg---------------------tg- --aggctcaaacggttatacctgttagagc---------a---gatgttaga-------- -----------acaattagaa---------atgtaggtcctagtgatttgtatgtgcatg tgggaaatctcatatacagaaatctgcatttatttaattcagagg---ccaatgattcag tgctaatatcatactcttc------agacttagtcatataccgcacaaacactgtaggcg atgactatataccaacatgtgattgcacagaagccacttattattgtagacacaaaaaca gatactacccaattagagtcactagtcatgactggtacgaaatacaggagagtgagtact atccaaaacacatacaatacaatttactaattggagaaggaccttgtgaacccggtgatt gtggtggaaagctgttatgcaaacatggagtgataggtataattacagctggtggtgagg gtcatgttgcattcatagatctaagacact------ttcattatgcagaagaacaagg-- -cattactgattacatacacatgttaggtgaagcatttggaaatggttttgtagatagtg tcaaagaacaagtcaatgccattaacc------caataaataacataagtaagaaaataa ttaaatggatgcttaggataatttcagctatggttatcataattagaaatagttcagacc cacaaactataattgctactttaaccttaataggctgctctggttcaccttggagattcc taaaggaaaaattttgtaaatggacacaattaaattatgtgcacaaggaatca---gact cttggcttaaaaaattcacagagatgtgcaatgcagcaagaggtcttgaatggataggga ataaaatatctaagtttatagattggatgaagtcta---tgctaccacaagcacaactta aagttaagtatttgagtgaattgaagaagcttaatttattagaaaaacaaattgaca--- ---atctgcgttgtgctgacactaaagtgcaagagaaaataaaatttgaaatagatacac ttcatgatttatcatgtaaattcctcccattatatgctagtgaagctaagaggattaaaa tattgcataataaatgctgcaatataat------taaacagaaaaagagaagtgaaccag ttgcaatcatgatacatggcccacctggcactggaaagtctataactaccagtttccttg ctagaatgataacaaatgaaagtgat------atttactcacttccaccagatcccaaat actttgatggttacgatcaacagagtgttgttataatggatgacatcatgcaaaaccctg gtggtgaggatatgtctttgttttgtcaaatggtctctagtgttacatttatacctccaa tggcagatttaccggataaaggaaaaccctttgattcaaggtttgtattttgtagcacta atcactcacttttagcccctcctacgatcacatccctttctgcaatgaatagaaggttct acttagatttagatattgtagttaatgagaattatagagatacacaagggaaactaaatg tgccaaagtctttcaagccatgtgacatagataacaaaattggaaatgcaaaa---tgtt gccccttcatatgtggaaaagcagttgtgttcaaagatcgtaacacatgtcagacataca cactgtgccaaatatacaatatgattattgaagaagacaagcggcgcagaaatgtcattg atgtcatgactgcaatattccaaggtcccatatcaa---------------------tga acttaccaccaccacctgccataactgatttattgcagtcagtaagaactccagaagtag ttaaatactgtgaagataataattggataattcctgcagagtgtaaaa---tagagagag atttaaatcttgctaataacataatagcaataattgcaaacatcattagtatcgcaggta tcatatttgtcatatacaagttgttttgttctttgcagggaccatactcaggtgaac--- ctaaacccaaaacaaaaatccctgaa---agaagagtggtggcccagggtcctgaggaag aatttggccgctcattaatcaagcacaacacatgtgtggtcactacagacaatgggaaat tcaccggtctgggtatatatgatagatacttaatcatacctacacatgctgatcctggaa agacagtacaaattaatgggattataacaaatgttactgattcatatgatctacacaata aagagggtattaaacttgaaattacagttataaagctggacagaaatgagaaattcaggg atatacgcaagtatatacctgaaagagaggatgattacccagactgtaatttagctcttg tagccaatcaggtagaaccaacaataatcagtgtaggtgatgttgtatcatatggaaaca tattacttagtggtaaccagacagctaggatgcttaaatatcattatccaaccaagtcag gatattgtggaggagtgctttataaaataggtagtgttataggaatacatgtggggggta atggtagagatggattttcagcaatgctgcttagatcatatttcagtgaaactcaagggc aaatcactagctcgagaaatgttaaagatcttggatacccaaccatacacactccaaata aaacaaaattacaccccagtgttttccacgatgtgtttaagggcaccaaagaacctgcag ttttatcagataaagatccacgtttagagactgactttagaacatctttattctctaaat acaaaggtaatgtagaatgtgaattgaacgaccatatgaaagtagctatagcacattatt ctgcccaattgatgacccttgatataaatcccagtaatataactatagaagatagtgtat ttgggactgatggattagaggctttagatttaaatacaagtgcaggatttccctatatta gtatgggtattaagaaaagggacctcattaacaactctaccaaggatatttctaaactta aaatagcattagataagtatggagtagatttacccatggttactttccttaaagatgaac ttagaaagaaagagaaaatatcttctggtaagactagggttatagaggctagtagtatta atgacacaataacatttagaatgacctatggaaatttattttcatgctttcacaaaaatc caggggtcgttaccggctcagcagtgggttgtgaccctgaaaccttctggtcaaagattc ctgtaatgctggatggagattgcataatggcatttgattacacaaattatgatggcagca tccaccctgtgtggttcgatgcactcaaagaagtgctaaaggatctacaatttgaacat- --agattaattgacagattgtgtaactccaaacacatattcaaggattcctactatgagg ttgaggggggggtgccctcggggtgttcaggaaccagtgtatttaatacaatgattaata acataatcataaggactttggttttagatgcatacaagcatatagatttggataagttaa agataatagcttatggggatgatgtgattttttcttacaaataccctttggatatggaag ccattgcaatggaagggaagaaatatgggttaaccatcaccccagcagataaatcagata cctttaagaaattggattatgatagtgtcacatttctgaagagaggttttaaacaagatt ccaaatatcccttcttgatacacccaacatttccagtaaatgagatacatgaatcaatta gatggacaaagaaaccatctcagatgcaggagcacgtcctttcactgtgtcacttaatgt ggcacaatggacgtgatgtgtaca-aagagtttgaacgtggaatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtacattccaccttatgagctcttgctgcatgagtggtatgaaaagttc taatt-------ctttatat---atatag---aa-------------------gtaataa --ata-tgtagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >KY369885.1 Human rhinovirus A22 strain SC1029, complete genome -------ataaaactgg-cgtgcatagtt-cccatccagatcacccaagtggtgta---g tgctctgttattccggtaactttgcacgccagtttt----------------------at ta-----------cc-cct-------------ttcccc---------------------- ------a-gtaac----ttagaagc-tttaatac------ac-tgaccaatagg-gtgcg ac-aa-ccagtcgt-a----c--aaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ttgatatgctcctcc-agggc-aaaaacaatagcgatcgttatccgcaagatgcctacgc aaagcctagtagca-tctttg-aa-aatacttggttggtcgctcatgtg------caacc cc-agcattagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--taacg-ggt----------gtgaagcctgg-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccattgcttacaatccagtgagtttatggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc--------ttttt-acttaa- ---atttgagcttatggtgacaa-tatat-a--------------gcaa----tatatat tggcatcatgggcgctcaagtctctagacagaatgttggcacacactccactcagaacac tgtatcaaatggatctagcttaaattatttcaacattaattattttaaggatgcagcctc cagtggggcatcaaaattggaattttcacaagatccaagtaaatttacagatcctgttaa agatgttttggaaaagggcatacccactttacaatcgccaactgttgaagcctgtggtta ttctgataggattattcaaattacaagaggagattccaccataacatcacaggatgttgc aaatgcagttgttggatatggggtttggccccattatttaacccctcaagatgccacagc aatagataaaccaactcaacctgacacatcttccaacagattttatacactggagagcaa aacatgggcctccaactcaaagggctggtggtggaagctaccggatgctctcaaagacat gggagtatttggtcaaaacatgtattatcatttcttgggcagaagtggatacacaatcca cgttcagtgcaacgcaagtaaattccatcagggaactttgatagtggctgctataccaga acaccaattggctagtgcagatagaggcaatgtagctgctggatataattatacacaccc tggtgaagttggtagagatgttggcaaggaaaatcga-----------gagccggcaa-- -ataaccaacccagtgatgataattggctaaattttgatggtacgcttttgggtaatata acaatattcccccatcaattcatcaacctaagaagtaacaattctgcaactctaatcctc ccatatgtcaatgctgtacctatggattctatgcttagacataataattggagcttagtt ataattccaatttgtcccttagaggctagcggcactgat---gtca---ctgtacctatt acaatatctatcagccccatgttcgctgagttttctggagctcgtgcaagag-------- -cagct------------------------------gcta------accaaggattacct gttctacttacacctggatctggtcaatttttaacaacagatgattatcaatctccaagt gcgttgccttggtttcatcccacaaaagagatatttataccaggtcaagtccataatcta tcagagttgtgccaagttgataccatcattccaattaaccacacaacagcaacc---acc tccagtgtgaatatgtacacaattgaattaacaaaacagcca---g------cagggaca gaagtttttgctatgagggttgatgtagcatcacagcctttggcaaccacattaatagga gaaatctctagttactttacaaattggactggaagcttacgttttagccttatgttttgt ggttctgcaggaacaactcttaaaatgcttgttgcttatactcctccaggaatagcaaag ccagaaactagaaaagatgctatgttaggtactcatgttgtgtgggatgttggtttgcaa tccactatatcaatggtagtcccttggattagtgctagtcattacagaaataccacacca gacaccttttcacaggcaggatacataacgtgctggtatcaaacttcccttgtaacaccc cccagcacgcctgcgacagctaggatgatatgctttgtttcgggatgcaaagacttttgc ttgcgcatggctagagatacaaatttacacaagcaagtgggggctatcactcaaaat--- ------cctgtagaaaagtatattgatagtgtgttaaatgaagtactagttgttccaaat acaaatgaaagtcactctagcacatcaaacgctgcaccagcattagatgctgctgaaact ggacacacaagcaatgtgcaaccggaggatatgatagagacacgttttgtgttgaattca cagactagggatgagatgagtattgaaagttttctaggaagatctggttgcatacatata tcacatttggaagtga-aatacaca----------------------------------- -ggttataatgaa---cagggtaacaatttcaatacatggcagataaatcttaaagaaat ggcccagataagaaggaaatttgagttattcacatatcttaggtttgattctgaaataac tttagtaccatgtattgcctcacagagtgaaa------atattggtcatgtagttatgca atacatgtatgttcctcctggagctcccaaaccagaaaagagagatgactacacatggca atctggcactaatgcatctgttttctggcagcatggccaaccctatccccgtttctctct tccttttcttagtgtagcttcagcatattatatgttttatgatgggtatgatggagg--- tcct------ggatcacgttatggggcagttgtgacaaatgatatgggcacattgtgttc tagaattgtaactgaagaacaccaaacacgggttaaaatcacaaccagagtgtatcacaa ggcaaagcatgtaaaagcatggtgcccgcgtcctccaagggctgttggatacacacacac acatgtaacaaattat------aaaccatctgtagg---------------------gg- --actatacactacctatcccaacaagaac---------t---aaccctaga-------- ----------caaa-ttttga---------atgtggggccaagtgatatgtatgtacacg ttggcaatttaatctacagaaatttgcacctcttcaattctgaca---tgcatgattctg tgttggtctcctattcatc------tgatttagtcatctaccgaacaaacactacaggtg atgactatattccaacatgtgattgtacagatgcaacttactattgtaaacacaagaaca gatactacccaatcaaggttacaagtcatgattggtatgaaatccaagaaagtgaatatt acccaaaacatatccaatacaatttgttgattggtgaaggaccatgtgaacctggagact gtggtggtaaactgctgtgtaaacatggagtgataggcattattacagctggtggagaag gacatgtggcattcatagacttacgacatt------tccattgtgcggaagaacaggg-- -cattacagactacattcacatgttaggggaggcttttggcaatggatttgttgatagtg tcagggagcaagtgaatgcaatcaatc------caatcaacaatattagcaagaaattag ttaaatggttgctcaggattgtttctgccatggtgataataataagaaatagttcagatc cacaaacagttatagccacactcacactaattggatgttcagggtccccttggcgttttc ttaaagaaaaattctgcaagtggacacagcttaattatgtgcacaaagaatca---gatt catggcttaagaagtttactgaaatgtgcaatgctgcaaggggtcttgagtggattggga ataaaatatccaaatttatagactggatgaaatcca---tgctgccacaagctcaactaa aagttaaatatcttagtgaactaaagaaattaaatttgttggaaaaacaaattgaaa--- ---atctgcgaggtgcagattcaaaaacccaggaaaaaattaaattagagatagatactc tccatgatctatcgtgtaaatttcttcctctatatgctagtgaagcaaagagaatcaagg ttttgtacaacaagtgcaacaacgtgat------taaacagaagaaaaggagtgaaccag tcgccgtaatgatacatggcccacctggtacaggaaaatccataaccactagttttctag ctagaatgttaacaaatgagagtgac------atatactcactccccccagatcccaaat actttgatggatatgatcaacagagtgttgtcataatggatgacatcatgcaaaacccag atggggaggatatgtccttgttctgtcaaatggtatcaagtgtgacttttattcctccaa tggctgacctgccagacaaaggtaaaccctttgactctagatttgtcttttgtagcacta atcactcacttctagccccccctactattacctccctgtctgcaatgaatagaagattct tcttagatttggacattgttgtgcatgagaattacaaggataacctagggaagctggatg taccaaaatcttttaaaccatgtgatgtagataataaaataggcaatgctaaa---tgtt gcccattcatatgtggtaaagctgtgtcatttaaagatagaaatacatgccaagaatact cacttagtcaaatttacaacatgattatagaagaggacaaacgccgcagaaatgtggtgg atgtcatgacagcaatattccaaggtccaatttcaa---------------------tga gtgcaccacctcctccagccattgctgatcttttgcaatcggttcggacaccagaggtta ttaagtattgtgaggagaacaaatggataatcccagcagagtgcaagg---ttgaaagag atctaaatttagcaaataacataataactattatagcaaatgtgattagcatagctggta ttatatttgtgatttacaagttgttttgcactcttcaaggtccatactctggtgagc--- ctaaacctaaaacaaaaattcctgaa---agaagagtcgttgctcaaggtccagaagagg aatttggacgctctctaattaaacataacacatgtgtggtcactacagacaatgggaaat tcacaggcctgggtatctatgataaagttatgatactaccaacacatgctgatccaggaa aaacaattcaggtgaatggaatcaacactgccatcagtgactcttatgatttgtacaaca aaaatggaattaaattggagattactgttgtcaagctggatagaaatgaaaagttcagag atatacgaaagtatatcccagagagagaggatgactacccagattgcaacttggctttag ttgcaaaccaacctgaaccaaccataatcaatgtgggtgatgtggtgtcctatggtaaca tactcctcagtggagatcaaacagctagaatgctaaagtataactaccccactaaatctg gttattgtggaggagttttgtataaaattggtagcatcttaggtatacatgtgggtggca atggaaaggatggtttttctgctacacttctcagatcttacttcagtgagacgcagggac aaattactaagacaacaaatgttagggagtgtggtttaccaactatacatacaccaagta agaccaaattacaacccagtgttttttatgatgtgtttgaaggtactaaagagccagcag tactaacagagaaggacccacgtttagaaactgatttcaaaacagccctattttccaagt ataaaggtaatctaccatgtgaaatgaatgatcatgtgaaaattgctgttgcacactact cagctcaactgatgaccttagaaattgacccaagaaacatgagcttagaagacagcgttt ttgggactgaaggtcttgaagcgcttgatttaaacactagtgcaggatttccctacatca gtatgggcattaaaaagagagatctaattaacaacagtactaaagacatatctaaactta aattggcattagacaaatatggagtggacttacctatggtcactttcctcaaagatgagc tgagaaagaaagaaaagattacagcgggcaagacccgagtcattgaagctagtagtgtaa atgatacagtagccttcagaatggtttatggtaacctattttcagcttttcacaaaaatc ctggaatcataacaggttctgcagtggggtgtgatcctgagaccttttggtcaaagatcc ctgtgatgctagatggtgattgtataatggcttttgattacacaaattatgatggcagca tccatccaatgtggtttgaagcactcaaaatggtcctacacaatttagaatttgaacct- --agattgattgatagactgtgcaattctaagcatatctataaagattcatattatgagg tggaaggaggtgtgccatctggatgttcaggtaccagtatttttaatactatgataaaca atgtgattataagaactctagttctagatgcatacaaacacatagatttagacaaactga aaatcatagcatatggagatgatgtgattttttcatataagtacacacttgatatggagg caatcgcatcagaaggtacaaaatatggtctaactataacaccagcagacaaatctgaaa cattcagggagcttagctatgacacagttacatttctcaaaaggggctttaaacaggata caaaatacccatttcttgtccacccaacatttcctgtgaaagaaattcatgaatcaatta ggtggacaaagaaaccatctcaaatgcaagagcatgtcctatcattgtgtcacttaatgt ggcataatggtagggatgtttaca-gtgagtttgagcggaagatacgcagtgtcagcgca ggtcgtgcactgtatatcccgccttatgagctgttgcagcatgagtggtatgaaaaattt taatt---------gt-tac---atatag---aa-------------------ataacaa --ata-attagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >DQ473493.1 Human rhinovirus 15, complete genome -------ttaaaactgggttcaggttgat-cccacctgaacctcccaagcggagta---g tactctgttatttcggtaactttgtacgccagtttt----------------------at ------------atc-ccc-------------ctcccc---------------------- ------atgtaac----ttagaaga-t-gagctc------ac-agaccaatagc-cggca atcat-ccagattg-t----c-aatggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgagatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtaatg-ctttcg-aa-gtcatttggttggtcgctccgctg------t--aa cc-cacagtagacctggcagatgaggctagaaactccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tttg-ggt----------gtgaagccaaa-ttacgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagagtgcacaatccagtgtatttctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttctt-tttttat cttttatttgcttatggtgacaa-tatat-tga--------at----------tatatat tgacaccatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggtactcactcaacacagaacac agtgtcaaatggatctagtttaaattactttaatattaactattttaaagatgcagcatc cagtggagcctcaaaattagagttttcacaagatccaagcaagttcacagacccagtaaa ggatgtacttgagaaaggcataccaaccttacaatcacctacagttgaggcttgtggata ttctgatagaatcattcaaatcacgagaggggattccactataacctctcaagatgttgc aaatgcagttgttggttatggtgtatggccacactacttgacaccagaggatgctactgc aatagataaaccttctcaccccgacacttcatcaaacagattttatacattagatagcaa actatggagtggtgattcaaagggttggtggtggaagttgcctgatgccttgagagacat gggagtgtttggtcagaatatgtattatcacttccttggaagaagtggatacacagtgca tgtacaatgtaactctagtaaatttcatcagggcactctcatagtagctatgataccaga acatcaattggccagtgctgaaaaaggtaatgtcacggctggttacaagctaacacatcc cggtgaagctgggagggatgtgagtataaccaatcgt-----------gatcatgtta-- -gtagacaaccaagtgacgaaaattggttaaattttgatggtacattgttaggtaatata acaatcttcccacatcagtttattaatcttagaagtaataactctgcaactttaatagtt ccttatgtaaatgctgttccaatggattccatgctaagacacaataattggagcttggtt attatacctatttgccagttagaagttgtgggaggtgtatcaaata---cagtaccaata accatatcaattagtcccatgtttgcagaattctctggtgcccg---------------- --tgcc------------------------------agaa------gtcaaggactgcct gtcatgatgactccgggctccggtcaatttatgaccactgatgattatcaatcaccaagt gcattgccatggtttcacccaaccaaagagatctctataccaggagaagtaaaaaacttg gtagagatgtgtcaagttgatacgcttattccaataaacaacaccccaggaaat---gta aacaccataaacatgtacacagtattgctagaaaggaaagatgatt------tgatgcag gaggttttctccataagagttgacattgcatcacaaccacttgcaaccactatgattggt gaaattgcaagttattacacacactggacagggagcctacgatttagtttcatgttttgt ggaacagctaatacaacactgaaattattacttgcatacactccaccaggcattgctaaa ccatcaaacagaaaggaagcaatgttaggaacccatgttgtctgggatgttgggctacaa tccaccatatccatgattgttccctgggttagtgcaagtcattttaggaataccactcct gacacattttcctcagcaggttacatctcatgttggtatcaaacaaaccttgtggtccca ccaaatacaccaacaacagcaaagatgttatgttttgtttctgggtgtaaagatttctgt ttacgaatggctagggatacagacttacacaaacagagaggtaatattacacaaaac--- ------ccagtggagaattacatagatgaagtgttaaatgaggttctagtagttccaaac attaaggagagtcactcaagcacatccaactcagcaccagcactagatgcagctgagacc ggccatactagcagtgttcaacctgaggatatgattgaaactcgttacgtccaaacatca cagaccagagatgaaatgagtattgagagcttccttggtagatcagggtgtgtccatatt tctgatttgaaaatac-attatgaa----------------------------------- -gattataataaa---gatgggaaaaactttactaaatggcaaattaatctcaaagaaat ggcccagattagaaggaaatttgaattattcacatatgtaaggtttgattcagaaataac acttgtaccatgcattgcagcaaagagtgata------acatcggtcatgttgtcatgca atatatgtatgttcctccgggagcccctttacccaataaaaggaatgattacacatggca atcaggtacaaatgcctctgttttctggcaacatggtcaaccttaccccagattttcttt gccttttctcagcattgcatctgcttactacatgttctatgatggatatgatggagattc cact------gaatcacattatggtacagtggtcactaatgacatggggacactgtgttc tagaatagtaactgaagagcatgggacgcgtgtagagattacaactagagtgtatcacaa agctaaacatgtaaaggcttggtgccccagaccccctagagcagtggaatatacacacac acatgtcacaaattac------aaaccacaagatgg---------------------tg- --atgtaactacagttattccaactagaga---------a---aatgttaga-------- -----------gctatagtaa---------atgttggacctagtgatatgtatgttcatg tgggtaacctgatatatagaaatctgcatttatttaactcagaag---ccaatgattcag ttttaatctcttattcttc------agatttagtcatttaccgaacaaacactaaaggtg atgactacatccctacatgtgattgcactcaagctacatattactgtagacacaaaaata gatactatccaattgaagtcacaagtcatgattggtatgagatacaagaaagtgaatatt atccaaaacacatacaatacaatttgttaattggcgaggggccctgtgaaccaggtgact gtggtggaaaacttctgtgtaaacatggtgtaataggtataataacagctggtggtgaag ggcatgtggcattcatagatcttagacact------ttcattgtgcagaggaacaggg-- -tgtgacagattatatacatatgttaggagaagcctttggtgatggttttgttaatagtg ttaaggaacaaattagtgcaataaacc------ctgttaacaacatcagtaaaaagatag ttaaatggatgctaagaattatatcagcaatggttataataataagaaacagttctgacc cacaaactgtgatagccactttaacattgattggatgctctggatcaccatggcgattcc ttaaagagaagttttgcaagtggacacaattaaattatgttcataaagaatca---gact cttggcttaaaaaatttactgaaatgtgtaatgcagcaagaggtttagaatggataggga acaagatttccaaatttattgaatggatgaaatcaa---tgttaccacaagcacaactta aagtgaaatatttgagtgagcttaaaaaattgaacctccttgaaaagcagattgaaa--- ---atctgcgaggtgctgacacaaaaacgcaggacaaaataaagtttgagattgacacgc tacatgatctatcatgtaagttcctcccactttatgccagtgaagcaaaaagaataaaag cactgcataataagtgtaacatcatcat------taaacagaagaaaaggagtgaaccag tagcaataatgatacatggtcctccagggactggcaaatcaataacaactagttttcttg ccagaatgataacaagtgaaagtgac------atatattcactcccccctgatccaaaat atttcgatggatacgaccagcaaagtgtggtcataatggatgatattatgcaaaatcctg gtggtgaagatatgtcactattttgtcagatggtttcaagtgtaacttttattcctccaa tggctgatctgcctgataagggtaagccttttgattctaggtttgtgttctgcagtacta atcattctctcttagctccgcctactattacatcactgtcagcaatgaatagaaggttct ttttagatttagatattgtgattcatgataattataaggacaatcaaggaaaattggacg tatcaaaatcctttaaaccatgtgatgtggataataaaattgggaacgccaaa---tgtt gcccatttatctgtggcaaggctgtaacttttaaggataggaacaattgccaagcttatt ctctcagtcggatttataacatgataatggaagaggacaagcgccgtaggaatgtggtag atgtaatgactgccatattccaagggcctatttcta---------------------tga ataatccaccaccccctgcaatagtagatttattacaatcagttagaacaccagaggttg ttaaatactgtgaagacaataaatggatgttacctgcagattgtaaaa---tagagagag acttaaatcttgctaacagtataataactataatagcaaatatcatcagtatagcaggta ttatatttgtaatctataaattgttttgttcactacaaggtccatattctggtgaac--- ctaaacctaaaacaaagatcccagaa---agaagggttgtagcacaaggccctgaagaag aatttggacgctccttgatcaaacacaatacttgtgtagttaccactgataatggcaaat ttacaggattaggtatatatgataggtatatgattgtacctacacactctgatcccggaa aagtagttcaagttgatgggataaacacaaatgttctagatgcctatgatttacacaaca aagatggaataaaacttgaaattacagttataaaattggataggaatgagaagttcaggg atataaggaaatatataccagagagtgaggatgattaccccgattgcaatttagcccttg tagcaaaccaagtagagccaactataataagtgtaggtgatgtaatctcatatggtaaca tactactgagtggaagccaaactgctaggatgcttaaatacaactatcccacaaaatcag gatattgtgggggtgtcttatacaaaattggcagtgttattggcattcatgttggcggta atggaagagatggtttttctgcaatgctccttagatcatattttagtgaaactcaaggcc aaataacattaaagaaaaaagtgcaggaatgtgggtatcctaccatacacaacccaaata agactagattacaccccagtgtgttttttgaggtcttcaaggggaataaggaaccagctg tattgtcagaaaaggacccacgacttagtgttgattttaaaacagctttattttctaaat acaaaggaaacaatacatgtgaattgaatgaccacattaaggtcgctgttgcgcactact cggcacaactagctacccttgatattggcccagcaagtatgtctttggaagatagtgtgt ttgggaccgatggtcttgaagcactggacttaaatactagtgcaggatttccatatatca gcctaggaattaaaaaaagagacttaataaataacaacacaaaagatttatctagactta aaagtgcacttgacaagtatggagtagatctgcctatggtaacttttttaaaagatgaac tcaggaaaaaagagaaaatttcagctggcaaaacaagagtgattgaggctagtagtgtga atgatacagtgactttcagaatggtatatggaaatttattctcaacctttcataaaaacc caggcataattactggttctgcagtgggctgtgatccagaaacattttggtcgaagatcc ctgtgatgttagatggtgattgtataatggcctttgattacaccaattatgacggaagta tacacccaatatggtttgaagcacttaaaatgattttaacaaatttgcactttgaacct- --agtttaattgatagattatgcaattcaaaacatatttttaaggacacatattatgagg ttgaaggtggtgtaccatcaggttgttctggaactagtatatttaatacaatgattaaca atgtaattataagaacccttgtgttagatgcatataaacatatagaccttgataagctca aaataattgcctatggggatgatgttatattttcttacaaatacaatttggacatggaag taattgcagctgaaggacttaaatatgggttaactataacacccgcagacaaatcagaca attttcaaaaacttacttatgagaatgtcacattcttaaaaaggggatttaaacaagatg ataagtaccctttcctgattcacccaacctttcctattcaggaaatacatgaatctatta gatggactaagaaaccctcacaaatgcaggaacatgttctatcattgtgtcatcttatgt ggcataatggacgggatgtgtaca-aggagtttgagaaggggattcgcagtgtgagcgct ggtcgcgcactgtatattcccccttacgaactccttcagcatgagtggtatgaaaaattt taatt------------------atatag---aa-------------------gtaataa --ata-agtagtttat------------------tagttttac----------------- ------------------------------------ >FJ445114.1 Human rhinovirus 9 isolate F01, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccactcaggtctcccacgtggagta---g tacactgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------ac -a----------tcc-cct-------------cccccc---------------------- ------aagtaac----ttagaaga-t-aagcac------ac-aggccaatagg-agatg atcag-ccagatca-t----t-atgggccaagca-cttct-gttt-ccccggtcga--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgagatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcctagtaact-atctgg-aa-attacttggttggtcgctccgcca------t--ac cc-catggtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct-ttttg-ggt----------gtgaagccaag-taatgg acagggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccccgcagctagagcacacaacccagtgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-agt--------ga----------tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatctagacaaaatgttggaactcactctacacaaaactc agtttcaaatggatctagcctgaattatttcaacataaattactttaaggatgctgcttc aagtggcgcatcaaaattggaattttcacaagaccctagtaaatttactgatccagtcaa agatgttcttgaaaaagggatacctactttgcagtcacccactgttgaggcatgtggata ctcagatagaataatccaaattacaagaggggattcaacaattacttcacaagatgttgc taacgcagttgttggctatggagtctggccccattaccttactccacaggatgcaactgc catagataaaccctctcaccctgacacttcatcaaataggttttacactctggagagtaa aacatggagtaatgaatccaagggctggtggtggaaattacctgatgctttaaaggacat gggaatatttggacaaaacatgtattaccactttcttggtcgaagtgggtacacagttca tgtgcagtgtaattcaagcaaatttcatcaagggaccttgattgttgctatgataccaga acaccaattagctgcagcagaaaggggcaatgtcactgctggatacaatttcacacatcc tggtgagcctggtagagaggttggaaaacctaatcgt-----------cagtatacaa-- -gtaaacaacctagtgatgacaattggctcaattttgatggcacacttttgggtaatata actatttatccacaccagtttataaatctaagaagcaacaattcagccacaataatagtg ccatatgtgaatgcagtacccatggattccatgctcagacataacaattggagtttagta atcatacctatttgcccactacaatctagtggaactgagtcaagta---caatccctatt actatttctattagccccatgtttgctgaattttcaggtgcacg---------------- --tgca------------------------------aaaa------gtcaaggattacct gtgttaacaacaccagggtctggtcagttcatgaccacagatgattttcaatctcctagt gcattaccatggttccacccaactaaagagatatctatacctggacaggtaagaaattta atagaaatgtgtcaagtagataccatcatacctataaacaacactggaaccaac---act acaagcatcaacatgtacacagtgcagttggaaagaacagctgatt------tgatgagt gaagtttttgctataaatgtagatatagcatcccaccccttagcaaccaccatgctagga gaaattgcaagttattacacacactggacaggtagcttgcgtttcagttttatgttctgt ggatcagccagcaccactttgaagcttctattggcatacactccaccagggattgcaaaa cccataagtagaagagatgcaatgttaggtacccatgtagtgtgggatgttggcttgcag tcaactatatccatggtagtgccctgggttagtgctagtcatttcagaaacacaaccccg gataaatactcactggcagggttcataacttgttggtaccagactaaccttgtggttcca gccgataccccaactacagcaaatctactctgtttcgtatccgcttgcaaggatttctgc ttgcgaatggctcgggacactaatctacacaaacagagtgggccaataacccagaat--- ------ccagtggaaaattacatagatcaggtgcttaatgaagttctggtagtcccaaac atcaaagaaagtaatcctacaacctctaattcagcccctgctctagatgctgctgaaaca ggtcacaccagtaatgttcaacctgaagacatgattgagacacgttatgtacaaacatca caaaccagagatgaaatgagccttgagagcttcttaggaaggtcaggctgtatacacata tctaaattaaatgttg-attatgat----------------------------------- -aattatgataag---agtgtcaaaaatttcacaatttggaagataaacataaaagaaat ggcccaaatcagaagaaagtttgaattgtttacatatgccagatttgactctgaaataac actggttccatgtatagcagcagaaagtgaaa------gtgttggccatgtggttatgca gtacatgtatgtgccaccaggagcacccctaccaaggaccagagatgactatgcatggca atcaggcacaaatgcttccattttctggcaacatggacaatcatatcccagattttcact tccatttttgagcattgcttctgcatattacatgttttatgatggctatgatggtggac- --ca------gattctcaatatggtacaattgtgacaaatgatatgggatcattgtgttc ccgtatagtcactgaagagcatggatctcgtgtaaaaatttcaactagaatataccacaa agctaagcatgtcaaagcttggtgtccaaggcctcccagggcagttgaatatatacacac acatgtcacaaattac------aagccaagtgaagg---------------------tg- --aatattctacagttataccagttagaga---------c---aacgttagg-------- -----------gcagtaagga---------atgtaggacccagtgatatgtatgtccatg taggaaacctaatatatagaaatctccacttgttcaattcagaag---caaatgattcag ttttaatatcatactcatc------agatttagtcatataccgcacaaacactacaggtg atgactacataccaacttgtgattgtactgatgctacctactactgtaaacataaaaata gatattaccctataaaagttactagccatgattggtatgagatacaggagagtgagtatt atccaaaacatatacaatacaatttactaataggtgaaggaccttgcgaacctggtgact gtggtggaaaactattgtgcaaacatggtgtgataggtatgattacagctggtggtgagg gtcatgttgcatttatagatttaagacact------ttcactgtgctgaagagcaagg-- -cattactgactatatacacatgctgggtgaagcttttgggaatggcttcgtagatagtg tcagagagcaagtcaatgcaataaacc------ccataaataacataagtaagaaaataa tcaaatggatgcttaggataatatcagccatggtcattatcattagaaatagttctgatc cacaaacaataatagccacactaactttgattgggtgttctggttcaccatggcggttct taaaagagaaattttgtaaatggacacaactaaattatgtacataaagaatca---gact cttggcttaagaaatttacagagatgtgtaatgctgccagagggcttgagtggataggaa acaaaatatccaaattcattgattggatgaagtcaa---tgttgccacaagcacagctta aggtcaaatacctaagtgaattaaagaagttaaatttgctagaaaaacaaattgaca--- ---acctacgttgtgctgacacaaaagtgcaggaaaagataaaatttgaaatagagacac ttcatgatttatcatgtaaatttcttccattatatgcaagtgaggcaaaaagaataaaaa ttttacacaataaatgttgtaacataat------taaacaaaggaaaaggagtgaacctg ttgccatcatgatacatggaccgcctggtactggtaagtccattaccactagttttcttg ccagaatgataacaaatgagagtgac------atttattcattacctccagaccctaaat actttgatggctatgaccaacaaagtgtagtcataatggatgatatcatgcaaaatcctg gtggtgaagacatgtctctattctgtcagatggtgtccagtgtgactttcatacctccaa tggctgacttacctgataaaggaaaaccttttgactccagatttgttttttgtagtacca atcactcacttctagctccacccactattacctcactctctgcaatgaatagaagattct tcctagatttggatattatagtgaacgaaaatttcagagactctcaagggaaattagatg tgccaaaatctttcaaaccctgtgatatagataacaaaattggaaatgcaaaa---tgct gtccctttatatgtggaaaagcagtcgtgtttaaagatagaaacacatgtcaaacatata cactgtgccaaatttacaacatgatcattgaggaagacaagcggcgcagaaatgttattg acgtcatgactgcaattttccagggtcctataacca---------------------tga actcaccacctccccctgcaatagctgatttactacaatcggtgaggactccagaagttg ttaaatattgtgaggataacaaatggataattccagctgaatgtaaga---tagaaaggg atctcaatcttgcaaataatataataacaatcattgcaaatatcattagtatagcaggta ttatatttgttatttataaattgttttgctcattgcaagggccatattctggtgaac--- ccaaaccaaaaacaagagttcctgaa---agaagagtggtagcacagggacctgaagaag aatttggccgttcattgatcaaacataatacatgtgtggttacaactgataatggaaaat tcactggtttaggtatctatgatagatatatgattatcccaacacatgctgatccaggaa aaactgtgcaaattaatggtattgtcacaaatgttgttgactcatatgacttacataaca aagatgggattaaacttgaaatcacagttatcaaactagacaggaatgaaaaatttagag acatacgcaagtacataccagaaagagaagatgactatcctgagtgtaatctagcacttg tagcaaatcaggatgaaccaacaatcattagtgtgggtgatgttatatcatatggtaaca tactacttagtggcaatcaaactgctagaatgcttaaatatcattacccaaccaaatctg gatactgcgggggtgtcttatacaaaataggtagtataataggaattcatgtgggtggca atggtagagatgggttctcagcaatgttattaagatcatactttaatgaaacacaaggac aaatagttagttcaagaaatgttaaagacattgggtatccaacaatccatacccctagta aaaccaaattacatccaagtgtttttcatgatgtattcaaaggtacaaaggaacctgctg ttttatcagagagagatccgcgtttagaagtggatttcaagacttctttattctccaaat acaaaggtaatgtagattgtacattaaatgaacacatgagagtagccatagcacattact cagctcaattaatgactcttgacataaacccaaacaacataactatggaagagagtgtat ttggaacagatggtttagaggctttagatttaaacacaagtgcaggatttccatatgtga gtatgggaattaagaagagggatcttatcaacaatagcactaaagacatatctaaattaa gagctgcacttgataagtatggggtggacttaccaatggtcactttccttaaagatgaac ttagaaagaaagagaaaatctcatctgggaaaaccagagtcatagaagccagtagtgtta atgacactgtagcatttagaatgacttatggcaacttatttgcatgctttcacaagaacc ctggaattgtcactggttcagcagtaggatgtgatcctgagactttttggtcaaagatac ctgtgatgttagatggcgaatgcataatggcatttgactatacaaattatgatggtagta tccaccctgtttggtttgaagcattgaaggaaattctaaaagaattaaaatttgagcat- --aggttaatagataggttgtgtaattctagacatatatttagagacacttattatgaag ttgaagggggggtaccctcaggatgttctggaactagcatatttaatactatgattaata atgtgatcattagaaccttggttttagatgcctataaaaatatagatttagataagctta agataatagcttatggggatgatgtcattttctcctacaaatacccattagacatggagg ctattgcaatggaaggaaagaaatatgggttgaccatcactcctgcagacaagtctgaca ccttcaagaaattggattatgacagtgtcacatttctgaaaagaggattcaaacaagact ctaaatatcctttccttatacatcccacttttccgattaatgaaattcatgaatcaatca gatggacaaagaaaccatctcaaatgcaagagcacgtgctttcattgtgtcatttaatgt ggcataatggacgcgacgtgtata-aggagttcgagaatgggatacgcagcgtcagcgct ggacgtgcgttgtatatcccaccttatgagctcctgttgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tc---tat---atatag---aa-------------------ataacaa --ata-cttagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445121.1 Human rhinovirus 21 strain ATCC VR-1131, complete genome -------ttaaaactgggtccaggttgtt-cccacctggatctcctattgggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -c----------tcc-cct-------------t-cccc-aa------------------- ------ttgcaac----ttagaagt-t-tatcaa------ta-tgaccaatagg-cggta gttag-ccaaacta-c----c-agaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgagatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtaaca-cctttg-aa-gatttatggttggtcgttccgcta------t--tt cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcaccc---cttg-ggt----------gcgaagccata-cattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatgtaatccaacatgttgctagtcgtaatgagcaatt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttta- ----atattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------a---aaca----tatatat tgacaccatgggcacccaggtatctagacagaatgttggaactcactccacacaaaattc agtatccaatggttcaagtttgaactattttaatataaattatttcaaagatgccgcctc cagtggtgcatcaaaattagagttctcacaagaccctagtaaatttacagacccagttaa agatgtacttgaaaaaggtatccccactctgcaatctccaaccgttgaggcatgcggtta ttcggatagaatcatacaaattactagaggggattctactataacatcacaagatgtggc caatgctgttgttggttatggagtttggccacattacttaacaccacaagatgctactgc aattgacaaaccatctagaccagacacttcctcaaataggttttacacactagagagtaa gatgtggacaagtgattcaaaaggctggtggtggaaattacctgatgcccttaaaaatat ggggatctttggagagaatatgttttaccattttttgggtaggagtgggtacacagtgca tgttcagtgcaatgcaagtaaatttcatcaaggtactctgattgttgtaatgattccaga acatcaattggcatctgcttcaacaggaaatgttacagctggctacaatttaactcatcc tggtgaacaaggtagagatgtaggtataacacgagtg-----------gaggatttgt-- -tgaagcaacctagtgatgatagctggcttaactttgatggtactctattggggaacata accatctttccacatcagttcatcaacttaagaagtaataactcagcaacaattatagtt ccatatgtgaatgcagttccaatggattcaatgcccagacataataactggagtttggtt ataatacccatatgccccttagaatctgatggt---cagac---tc---cagtgcctatt actatttctatcagccctatgtgtgctgagttttctggggcacg---------------- --tgca------------------------------aaga------gccaaggacttcca gttatgttaactccaggttcaggtcaatttatgactacagatgattttcaatctccgagt gccttaccgtggtttcaccccaccaaagaaatctcaatcccagggcaagtcacaaatttg atagagctatgtcaggttgatacactaataccagtgaataacacagaaactaatggggtt acaaatattaacatgtatactgtgacaataaatagagaagtaaatattaccccagccaaa gaaatttttgccattaaggttgatattgcttcgcaacctcttgcaaccactttgattggt gaaatagctaactattacacacattggactggtagtataagatttagctttcttttttgt ggtacagcaaacacaacacttaagttacttgtagcatacacaccccctggaattaaaaaa cctgaaaataggaaagatgcaatgttaggaacccatgtcgtatgggatgttggattgcaa tccacaatctcaatggttgtcccatggattagtgctagtcactacagaaataccacacca gataagtactcctcagcaggttacataacatgttggtaccaaacaaatttggttgtccca cccaacactcctactagtgctaagatgttgtgttttgtgtctggttgtaaagatttttgc ttgaggatggcacgtgacactagcttacacaagcaaagtgcacctataacacagaat--- ------cctgtagagaattatatagatgaagtcctaaatgaagtcttagtagtgccaaat atcagagagagtcatggaacaacatcaaactctgctcccgcacttgatgctgcagaaact ggacacactagtaatgtacagccggaggatatggttgaaacaaggtatgttcagacatca caaacacgtgatgaaatgagtattgaaagttttctgggcagatcagggtgcattcacatg tcaaaattagtagtta-actatgat----------------------------------- -aattacaatact---ggagaaaataacattagtacatggcaaataaatattaaagagat ggcacaaattaggagaaaatttgaaatgttcacctatactagatttgattcagaaataac tttggtgccgtcaattgcagctagagcgggtg------acataggacatgttgtaatgca atatatgtatgtcccaccaggtgctccaattccaaaaactagggaagattttgcttggca gtcaggcactaatgcatccattttctggcagcatggccagacttatcctagattttcatt acccttccttagtatagcatcagcatactacatgttttatgatggttatgatggtgacca gact------gactcacaatatggtgcagtagtaactaatgatatgggatctctatgcta cagaatagtaactggccagcataagcataagatagaagtgaccacaagaatataccataa ggcaaagcatgttaaagcttggtgccccagaccaccgagggccgttgaatacacacatac acacgtaaccaattac------aaaattgcaaatca---------------------tg- --aagtcacttctgcagttgagtccagaag---------aacaattgtcaca-------- --------------------------------gttgggcctagtgacatgtatgtgcatg ttgggaatctcatatatagaaatttgcacctcttcaattcagaaa---tgcatgactcta tcctaatatcttattcatc------tgacttagtcatctaccgaacaaacaccacaggtg atgactacataccaacatgtgactgcactgaagcaacatattattgtaaacacaaaaata gatattttccaattaaagtcaccagtcatgattggtacgagatccaagaaagtgagtatt accccaagcatattcaatacaacttattaataggtgaagggccatgtgaaccgggtgact gtgggggcaaacttttgtgcaaacatggtgtcatcggaatgattacagcaggaggagatg gacatgttgcattcatcgatcttagacact------tccactgtgctgaagagcaagg-- -aataactgattacattcatatgttaggtgaagcatttggaagtggctttgttgatagtg tcaaggaacaaataaatgcaataaatc------caatcaataatatcagtaaaaagatta taaaatggctccttagaataatttcagcaatggtcataatcataagaaactcatctgatc cccaaactataatagcaacactaactttaattggctgttcaggatcaccatggaggtttc taaaagaaaaattttgtaagtggacacagttaaactacatacataaagaatca---gact catggcttaagaaatttactgagatgtgtaatgcagctagggggttggagtggataggaa acaaaatttctaaattcattgactggatgaaatcaa---tgttaccacaagcacaactta aagttaagtatttgagtgaacttaaaaaattgaatctcctagaaaagcagatagaac--- ---atctccgggctgcggattccgctacacaagaaaaaattaaatgtgaaatagatacac tacatgacctctcttgtaaattcttgccattgtatgctagtgaggcaaaaagaatcaaag tccttcacaacaaatgtaatgtggttat------taaacaaaagaagagatgtgaacctg tagctgtcgtcatccatggtgaaccaggaacaggaaaatcaatgacaactaatttccttg caagaatgataaccaatgatagtgat------atttactcattacctcctgaccctaaat acttcgatgggtatgatcagcaaagtgtggtcataatggatgatatcatgcaaaatccca gtggagatgacatgactttattctgtcaaatggtttcaagtgttactttcatacccccaa tggctgatttaccagataaaggaaaaccttttgattctagatttgttttgtgtagtacta atcatagtctgttaacaccccctaccatcacatcattacctgctatgaataggagatttt tcatggacttagatattatagtttgtgataaatataaggatgcacaaggaaaactcaatg tatctgcagcctttaaaccctgtgatgttgacacaaaaattggtaatgcacgc---tgtt gtccatttatatgtggcaaagcagtaatgtttaaagacagaaacacttgccgaacatata ccttggcacaaatttacaaccaaattcttgaagaggacaaaagacgtagacaggtgattg atgtcatgtctgcaatcttccagggacctatttcct---------------------tag aaggccctcccccagctgctattagtgatctccttcaatcagttaggactcctgaagtta tcaaatattgtgaggccaacaaatggataatccccgctgagtgtaaag---tagaaagag atttgaatatagctaacacaattataacaattatagcaaacattatcagtatatcaggaa taatctatgttatttacaaactcttttgcacattacaaggaccttactcaggagaac--- ccaagcccaaaactaaaatgccagaa---agaagggttgtagctcaagggccagaggaag agtttggtagatcacttataaaacacaactcatgtgtagtgacaacacaaaatggcaaat tcacgggtttgggtatctatgacagaacattgattatcccaactcatgctgatccaggga aggaagtccaaattgatggtattgccacaaaagtagaagactcatatgatctatttaaca aagatggtgtaaaattagaaattactgtattgaaattaaagagaaatgaaaagtttaagg acattaggaaatatataccagaaaacgaggatgattacccagattgtaatttagctttat ctgcaaaccaaccagaaactacaataatcaatgtaggggatgtcatatcatatggtaata ttttacttagtggaactcagacagctagaatgcttaagtataactayccaacaaaatcag ggtattgtggtggaatcttatacaaaattgggcaagttctagggatacatgtgggtggta atggaagagatggatttgctgccatgttgttaagatcttacttctctgagacacaaggtc aaataatcaattcaaaacccacggataaatgtggcttaccaagtatccatacaccaagta aaaccaagctacaacctagtgtcttttatgacatattcccaggcaacaaggaaccagctg ttctttcaaataaggaccctagattagaagttgattttgaaaaagctcttttctctaaat ataaagggaatgaacactgtgttatgaatgatcatattaatgtagctatctctcattact cagcacaattagctaccttagatatcaacccacaacctatctctatagaagaaagtgtct tcggcatggatggtttggaagcacttgatttgaacactagcgcaggttttccttatgtca ccatgggtattaagaaaagggatttgattaacaagcaaaccaaggatataactaaactca aaatggcactagataaatatggtgttgatctacccatggttacttttcttaaggatgaac tcagaaagaaggaaaaaatttctgctggaaagacccgtgttatcgaggctagcagtgtaa atgatactgttttgttcagaacaacatttggcaatcttttctccaaatttcacctaaacc caggcatagttacaggctctgctgtagggtgtgatcctgaagtattttggtcaaaaatac cagtgatgctagatggggattgcataatggcatttgattacacaaattatgatggtagta tacacccaatctggttccaagcattaaagcaagtcctgactaatttatcttttgaagcc- --agtttaatagacagattgtgcaaatcaaaacatatttttaagaacatatactatgaag ttgaagggggtgtgccatcagggtgttctgggactagtatttttaatacaatgattaaca atgttataattagaacattggttttagatgcttacaagaacatagatttagataaattaa aaataatagcctatggtgatgatgtaatcttctcctacaaataccaacttgatatggagg caattgcaaatgaaggtactaaatatggattaacaataacgcctgcagacaaatccacat gttttaaacaacttgactacagtaatgtgacattcttaaagagagggttcaagcaggatg agaagcatcaattcctaatacatccaacatttccaattgaggagatacatgaatccattc gatggactaaaaatccatctcagatgcaggagcatgttctgtcactgtgccatctaatgt ggcataatggtagagatgtgtaca-agcagtttgagaagcggatacgcagtgttggcgct ggtcgcgcactgtatattcctccttatgatctgcttctgcatgaatggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------atattaa --aca-gttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445138.1 Human rhinovirus 54 strain ATCC VR-1164, complete genome -------ttaaaactgggtctaggttgtt-cccacctagacctcctacatggagtt---g tactctattatttcggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-cct-------------t-tccc--c------------------- ------acgtaac----ttagaagt-t-taacac------ac-tgaccaatagg-tggca attaa-ccaaattg-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ga ttgatacgctctacc-agggc-gaaaacaattgagatcgttamccgcaaagtgcctacgc gaagcctagtaaca-tcttga-ag-aatttatggttggtcgctccacta------t--tc cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttacg-ggt----------gtgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagcctagtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacccgtagctagtgcatacaatccagtgtgtggctagtcgtaacgagcaatt acgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-g--------at----------tatatat tgacaccatgggtgctcaagtatctagacagaatgttggtactcattcaactcagaactc tgtgtcaaatggatctagtttgaattattttaatataaattatttcaaggatgctgcttc aagtggagcatcaaaattagaattttcacaagatccaagtaaatttacagacccagtaaa ggatgttttggagaaagggataccaactttacaatcacccacagtggaagcttgtggtta ctcagacaggattatacaaataaccagaggagattcaacaatgacatcacaagatgtagc aaatgctgttgtgggatacggcgtctggccacattacttaacagcacaagatgctacagc tatagataaacctacacaacctgacacatcttctaacagattttatacacttgaaagcaa attatgggatgagacatcaaaaggctggtggtggaaattacctgatgcacttaaagatat gggtatatttggtgagaatatgttctatcatttccttgggagatcaggatacactgtgca tgtacagtgtaatgcaagtaaattccatcaaggcacattattggttgctatggtaccaga acatcaactagctagtgcaagtcgtggtaatgtcactgcagggtataattacacacaccc cggagaactcggtagagtagttgggcaagctagagtc-----------cagaccaatg-- -ataatcaacctagtgatgacaactggttaaattttgatggtacttttcttggaaacttg ttaatattcccacaccaattcattaatttgagaactaacaactcagcaacaatcattgtt ccatatgtaaatgcagtacccatggactcaatgttgagacataacaattggagtttgttg attattcctgtgagccctctgaaaagtgaccaagcatctg---tta---gagtgccaata acaatttcaattagtccaatgtgtgccgaattctctggcgccagagcaagaccag----- -ctgcc------------------------------gcag------cacagggtttacca gtttatgttacaccaggatctggacaattcatgactacagatgacttgcaatccccatgt gctttgccatggtatcacccaaccaaagaaattttcatacctggcgaggttagaaacctc attgaaatgtgtcaagttgatacactcattccaattaataacacatttgcaaat---ctt cgtaatgttaacaagtatgctgtctcattgtttagccaaactgatt------ttgccaag gaaatatttgccattaaggtagatgtagcttctcaacctctttcaagtacactcctgggt gaaatatgtagttattacacacactggacaggtagtttgcgttttagtttcatgttttgt ggtacggctaacacaacactcaaggtgctcattgcttacacaccaccagggatcaagaaa cctgaaaccaggaaacaagccatgctgggtacacatatagtatgggatgtgggattacaa tcaactgtttctttagttgtcccttgggttagtgctagtcattttagatacacaactcca gatacatactctgcagcagggtatataacttgttggtaccaaacaaatttcgtgtttcca cctaacacaccaaatagcgctgatatgttgtgctttgtgtctgcttgtaaagacttctgc ttacgtatggctagggacactgacatgcatgtgcaaaatgtgccaatagaacaaaat--- ------cctgtagaaagatatgttgatgaagtgttaaatgaagtgttagttgtcccaaac attagagaaagtcatccagctacatctaattcagcccctgcgctagatgcggcagaaact ggacacactagtggaatacaacccgaggacaccatagaaacaagatttgtgcagacatca caaactagagatgaaatgagcatagaaagttttctaggcagggctggttgcatacatgaa tccaccattacaattc-aaaatgatgta-------------------------------- -gaatacaatga---------tcaccattttaagaaatgggatataacattacaagagat ggcacaaatacgaaggaaatttgaattctttacttatgttaggtttgattcagaaattac tctagtcccctgtatagctggtaagggagttg------atattggacacattgtcatgca attcatgtatgtaccgcctggtgcaccaaaaccagaaaaaaggaatgattacacctggga gtcaagcacaaacccttctatattttggcaacatggccaagcttatccaagattctcttt accatttttaagtattgcatctgcttactacatgttttatgatgggtatgatggtgacgc acct------ggatcaagatatgggacttcagttaccaatcatatgggtactttgtgttc aagagtggttactggtaaacaaaaacacccagttgaaatcaccacacgggtgtatcacaa ggcaaaacacattagagcatggtgtccacgtgcacctagggctgtcccatacacacatac tagatcaacaaattac------atgccacgggaggg---------------------tg- --atccaacaattttccttaaacacaggac---------a---aaccttgta-------- -----------aca------------------gctggaccaagtgacatgtatgtgcatg ttggtaatttaatatacagaaacttacatcttttcaattctgaaa---tgcatgattcta ttctggtttcttactcttc------tgacttagtcatataccgcacaaacacaataggag atgactatatcccaacatgtgattgtacagaagctacatactactgtaagcataagaata gatattatccaattaaagtaactagccatgattggtatgaaatacaggaaagtgaatatt atcccaaacatatacaatacaacctcttgattggagaagggccatgtgaaccaggagact gtggagggaaattactatgtaaacatggggttattggaataatcactgctggtggagaag ggcatgtggcatttattgatcttagacatt------tccactgtgctgaagaacaagg-- -tataactgattatatccacatgcttggtgaggcctttggcacaggttttgttgatagcg tcaaggatcaaataaacgctattaacc------ccatcaatagcatcagcaagaaagtga ttaaatggctccttagaatcatatcagctatggtgataattattagaaactcatcagatc cacagacaatcatagccacattgaccttaattggttgctcaggttcaccttggagatttc ttaaagagaagttttgcaaatggactcaactcaactacattcacaaagagtct---gatt catggctcaaaaaattcacagaaatgtgtaatgcagcaaggggattagagtggattggca ataaaatatctaaatttattgattggatgaaatcta---tgttaccacaagctcaactta agataaaatacttgagtgagcttaaaaaattaaatttccttgaaaagcaaatggagc--- ---atctcagggttgcagattcgcaaacacaagagaagattaaacatgaaattgatactc ttcatgatctttcatgcaaatttcttccactgtatgcaagtgaagcaaagaggattaaag tcttatacaatagatgtagtaccattat------caagcaaaagaaaaggtgtgagcccg ttgctgtcgtaatacatggcgaaccgggtacgggtaaatctatgactacaaacttcctag ctagaatgataaccaatgacagtgat------atatattctttacctccagatcccaaat attttgatggatatgatcaacaaagtgtggttatcatggatgatgtaatgcaaaatccaa gtggagatgacatgactctgttttgccaaatggtctctagtgtcacatttataccaccta tggctgatctgccagataagggaaaaccttttgattctagatttgtgttgtgcagtacta atcacaatttattggcaccccctacaataacctctttaccagctatgaacaggagattct ttcttgatttagacatagtagtgtgtgacaaatacaaagattcacaagggaaactaaacg tgtctgctgccttcaaaccatgtgatgttaacacaaaaattggaaatgccaaa---tgtt gcccttttatatgtgggaaagctgtcgttttcagagacagaaacacatgccaaacctaca cgctatctcaagtatacaatcaaatacttgatgaagataaaaggcgtagacaggttgttg atgtgatggcagcaatatttcaaggtccaatttcac---------------------ttg aaggaccaccaccagcagcaataagtgatcttttgcagtcagttagaactccagaagtaa ttaaatactgtgaatataataaatggataataccagcagagtgtaaaa---tagagagag acttgaacttagcaaataccattattacaatcattgcaaatattattagtatttcaggca taatctatgtaatatacaaactcttttgtacacttcagggtccatattcaggtgaac--- ccaaacctaaaaccaaagtgccagaa---agaagggtagtggcacaaggtcctgaggaag aatttggcagatcacttattaaacataactcatgtgtggttactacttcaaatggtaaat ttacaggtttggggatttatgatagaacattgattgtgcccacacatgcagatccaggca aagaggtgcaaatagatggcatcacaactgaggtacaagactcttatgatctgtacaata gagatggtataaaattggaaattacagtccttaaacttaaaagaaatgagaaattcaaag acattaggaaatatattccagaaaatgaggatgattatccagattgtaatttggctttat ctgctaaccaaccagaaactacaattattaatgttggagatgtggtgtcatatggaaaca ttttgctcagtggaaatcaaacagcaagaatgctcaaatacaattacccaacaaaatcag gatattgtggtgggattctctacaagattggtcaagtcttgggtattcatgttggtggca atgggaaggatgggtttgcagctatgctattaagatcatactttacagaagcacaaggtc aaatagtcaccaccaaacctactatagagtgtaatctacctagtatccatacacctagca aaaccaaattacagcctagtgtattttatgatgttttccctggtagtaaagagccagctg tactttcagaacatgatcctagactagaggttgattttaaacaagctctattttcaaagt ataaaggtaacaatcagtgtgaaatgaatgaacatattaaagtggcagcatcccactatt cagcacaattaatgacattggatatcgattcaaatccaatttcactagaagatagtgtct tcggtacagagggtctggaagcacttgaccttaccaccagtgctgggtttccttatgtat ctatgggtattaagaaaagggatttaatcaataaacaaacaaaagacatcactaagctta agatggctctggacaagtatggtgttgatctacctatggtcacattccttaaagatgaac tcaggaaaaaagagaaaatttctgctgggaagacacgtgtcatcgaagccagtagtgtaa atgacactgtgttatttaggacaacctttggaaatctcttttcaaaatttcacttgaatc ctggtattgtcactggttctgcagtggggtgtgatccagagaccttttggtcaaaaatac cagtgatgttagatggtgaatgcataatggcatttgattatacaaattatgatggtagca tacatccgatctggttccaggctctcaaagaagtgctatctaacttagggttccaatcc- --aacttaatagatagattgtgtaaatcaaaacatatcttcaaaaatgtgtactatgaag ttgaggggggagtgccatcaggttgttctggaacaagtatatttaacacaatgatcaaca atattatcattagaacactggttttagatgcatacaaaaacattgatctggataaactca aaataatagcttatggagatgatgtcatcttttcctataaatatcagctagacatggagg caatagctaaagaaggtgttaagtatggtctaactataaccccagctgataaatcaagtg aattcaaaaaattagattacagcaatgtgacctttctaaaaagaggattcaagcaggatg acagatattcatttctaatacatccaacctttccagtcaatgaaattcaagagtccatac gatggacaaagaaaccatctcagatgcaggaacacgttctatcgctgtgtcacttaatgt ggcataatggcaaggatgtgtata-agcaattcgaacagaagatacgcagtgttggcgct ggtcgcgcactgtatattcctccctatgatctgcttctgcatgagtggtatgaaaagttt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------gtaataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445141.1 Human rhinovirus 57 isolate fs ship#1-hrv-57, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatctcctacg-ggagtt---g tactctgttatttcggtaaccttgtacgccagtttt----------------------at -c----------tcc-cct-------------c-cccc-aa------------------- ------ttgtaac----ttagaagc-a-atacac------aa-ggaccaatagg-cagtg attaa-ccagatca-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtctg--ag ttgatatgctctaac-agggc-aaaaacaagtcagatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtatca-tctttg-aa-aatgtatggttggtcattccgctg------a--ac cc-cacagtagacctggcagatgaggctagaaaccccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttatg-ggt----------gtgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccctaaccctgcagctagtgcatacaagccagtatgttgctagtcgtaacgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ccttt-- ----atactgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--agca----tatatat tgacaccatgggcgctcaggtatccagacagaatgttggaactcactctacacaaaattc agtgtcaaatggatccagcttaaattattttaacatcaattatttcaaggatgctgcgtc aagcggtgcatcaaaacttgaattctcacaagatcctagcaagtttactgacccagtcaa agatgtgctagaaaaaggcattccaacactacagtcaccaacagttgaggcatgtgggta ttctgataggattattcagatcacaaggggagattctacaattacttcacaggatgtggc taatgctgtggttggttatggtgtatggccacactatttaacaccacaagacgccactgc catagacaaaccatctagaccagatacttcttccaatagattctatactttagaaagtaa aatgtggagtagcacctcaaaaggatggtggtggaaattaccagatgccttaaagaacat gggcatttttggtgaaaatatgttttatcactttcttggcaggagtggttacacagtgca tgttcagtgtaatgcaagcaagtttcatcaaggaactttggttgttgctatgataccaga acaccaattagctagcgcaacatatgggaatgttgcagctggatacagattaacacatcc tggtgaggcaggtagagatgttagcctttcaagatca-----------gaaaatacag-- -aaaaacaacctagcgatgataactggcttaattttgatggcacactattaggtaacata accattttcccacaccaatttattaatttgagaagcaataattcagcaactattatagtt ccttatgtaaatgctgtccccatggactcaatgcttagacataacaactggagtctagta attatccccatatgtcccttggaagctaatggtatacaacctgttg---ttgtcccaatt acaatatcaattagcccaatgtgtgctgaattttcaggtgcacg---------------- --tgct------------------------------aaaa------gccagggactacca gttatggtcacaccaggatctggtcagtttatgacaacagatgattaccagtctcctagt gctttaccttggttccaccctactaaagaaatatcaataccaggacaagtgaggaattta attgagatgtgtcaagtagacacgcttataccagtaaataatttagaacaaaat---att aggaaagtagatatgtattcagtaattttaggccaagaaacaacac------cagctaaa gaaatatttgcaatcaaagtggacattgcatcacaaccacttgcaactacaatgattggt gaaattgctagttattacactcactggacaggtagtttacgctttagttttctattttgt ggcacagctaatactacacttaaattattattggcctacacaccccctggtattgaaaaa ccacagagcagaaaagatgctatgttgggaacacatgtggtgtgggatgtagggttacaa tcaacaatatctatggttgtaccatgggttagtgctagccactatagaaacaccacacca gacacttactcacaagcaggatacataacatgttggtatcaaactaatttaattgtgcct ccaaatacaccaaccactgcaagaatgctgtgctttgtgtcaggatgtaaagatttttgt ttaagaatggctcgtgatacaaatttacatatgcaaagcatgccaataactcaaaac--- ------ccagtagaaaattttgtagatgaagttttaaatgaagttttagtagttccaaac atcaaacaaagtcaggcaacaacatcaaattcagcacctgcgttggatgcagctgagact ggacacactagcaatgtacaacctgaggatatgattgaaactagatatgttcagacatca caaacacgtgatgagatgagtcttgagagcttcttaggaaggtcaggttgtattcatatc tcagaactgattgtag-attatgac----------------------------------- -aactacaacac---------aaagaactttactgagtggaaaataaatctacaggaaat ggcacagattaggagaaaatttgaattgtttacatatgttagatttgactctgaagtgac attagttccctcaatagcagcccagggcgagg------acgtgggtcatgttgtaatgca atatatgtatgtcccccctggtgcaccaattcccaaaacaaggaaagattatgcatggca atctggtactaatgcctcaatattttggcaacatggtcaaacatacccaaggttctcttt acctttcttaagcatagcctcagcatactacatgttttatgatgggtatgatggtgatca aact------gaatccagatatggcactgtagttaccaacgatatgggtactttgtgttc tagaattgttactgaccagcacacacatcatgtgaaagtgacaaccagagtgtaccacaa agccaagcatgttaaagcctggtgtcctagaccaccaagagccattgagtatacacacac acatgttactaattat------aaagttaaaggtaa---------------------ac- --aagaagagacagcaatcaaatacagaag---------a---gacatcaaa-------- -----------gttgtcaaga---------atgtaggtcctagtgacatgtatgtacatg tagggaacctcatttatagaaatctacacctctttaattcagaca---tgcatgatagta ttctagtctcatattcatc------agatttagtcatataccgaacaaatactacaggtg atgactatataccaacatgtgattgcactgaagcaacatattactgtagacacaaaaata gatattacccaattaaagttactagccatgattggtatgaaatccaagagagtgagtatt accctaaacacatacaatacaatttactaataggagaaggaccatgtgaacctggtgatt gtggaggtaaattactctgtaaacatggagtgataggcatgatcacagcaggaggagaag gccatgttgcattcattgatcttagacact------ttcactgtgctgaagaacaggg-- -cataactgactatattcatatgttaggtgaagcatttgggaatgggtttgtagatagtg ttaaggagcaaataaatgcaattaacc------caatcaatagtattagtaagaagatta tcaaatggttactcagaataatatcagcaatggttataattataagaaattcctctgacc ctcaaacgataatagcaacactaactctaattggttgttcaggatcaccatggaggttct taaaggaaaaattttgcaagtggacacaattaaattatatacataaagaatca---gatt catggcttaagaaatttactgaaatgtgtaatgcagctaaaggcttagagtggattggta ataaaatctctaaatttatagattggatgaaatcaa---tgctaccacaggcacagctta aaattaaatatttaagtgagttgaagaaactaaacctccttgaaaaacaaatagaac--- ---atcttagagttgcagattctgctacacaggaaaagataaagtgtgaaatagacacat tacatgatctctcttgcaaatttcttcctctatatgctagtgaagcaaaaagaatcaaag tcctttacaacaagtgtaatgttgtcat------caagcaaaagaaaagatgtgaacctg tggctgttgttatacatggtgagcccgggacaggaaagtcaatgacaacaaatttcttgg caagaatgataactaatgacagtgat------atttattcacttccaccagaccccaagt attttgatggatatgaccagcaaagtgtagttataatggatgatatcatgcagaatccaa gtggagaagacatgactttgttttgtcagatggtatcgagtgtcacctttatacctccaa tggctgatttgccggataaaggaaaaccttttgattctagatttgtattgtgtagtacca accatagtatgttagctccacccacaatcacatcattgcctgcaatgaatagaaggtttt tcatggatttagacattatagttaatgataagtataaagatgcccagggcaaactcaatg tatctgcagccttcaaaccatgtgatgttgacacaaagattggcaatgcacgc---tgct gcccatttatatgtggtaaagcagtcacatttaaggatagaaatacttgtcrcactttct ctttagcgcaggtctataaccaaattcttgatgaagacaaaagacgtaggcaagtcatag acgttatgtctgcaatctttcaaggaccgatctctt---------------------tag aaggtcctcctccagctgcaattagtgatttacttcaatcagtcagaactcctgaggtta ttaaatattgtgaacaaaacaaatggataattccagctgagtgtaaaa---tagaaagag atctaaatgtggcaaatacaatcataacaataatagcaaatatcataagtatttctggga taatttatgttatttacaaactattctgcacactacaaggaccctactcaggtgaac--- ccaaacccaaaacaagaatgccggag---agaagggtagtggctcagggaccagaagagg aatttggtaggtcacttatcaagcataattcctgtgttgtcactacacaaaatggtaagt ttactggtttaggaatttatgatagagtattaatcattccaacacatgcagacccaggaa aagaagtgcaaattgatggcatcactacaggagtggaagattcatatgatttgttcaaca aggatggtgtcaagttagaaatcactgtgttaaaattaaagaggaatgaaaaatttaaag atattaggaaatacataccagaaagagaggatgattacccagattgtaatttagccttat cagccaatcaaccagaaactaccataattaatgtaggagatgtagtatcatatggtaata ttttacttagtggaaaccaaacagctagaatgcttaagtacaactacccaacaaaatcag ggtattgtggtgggattctatacaaaattggccaagtactaggaatacatgttggtggaa atggaagagacgggtttgctgctatgttgctgagatcctacttttctgaagcacaaggtc agataatcagctccaaatctacggataaatgtggtctgcccagtatccatacaccaagta aaaccaaattacagcctagtgttttctatgatgtgtttccaggtagtaaagaaccagctg tactttcaagcaatgaccctagattagaagttgattttgaaaaagctctcttctctaaat ataaaggaaatgaacattgtgttatgaatgatcacatcaatgtagctgtctctcattact cagctcaattggctaccctggatattaatccacaacccatttctatagaggaaagtgttt ttggtatagaaggactggaagcacttgatctcaacaccagtgcaggttttccttatgttg ctatggggatcaaaaagagagacttaatcaataaacaaactagggatataactaagctaa agatggcattagataaatatggtgttgatttacctatggttactttcctcaaagatgaac ttaggaaaaaagaaaaaatatctgctggaaaaactcgtgtcattgaagctagtagtgtga atgacactgtcctgtttagaacaacctttggtaatctcttctcaaagtttcacttgaacc caggtattgtcacaggttctgctgtaggatgtgatccagaagtattttggtcaaaaatac cagtaatgttagatggagattgtataatggcatttgattacacaaattatgatggtagta tacatccaatctggtttcaagcactaaaggaagttctagtgaatttgtcttttgaagct- --aaccttatagatagattatgtaaatcaaaacacatctttaagaatgtttattatgagg ttgaggggggcgttccatcaggatgttctgggactagcatttttaatactatgattaata atataataattagaacattagttttagatgcttataagaatatagacctggataaactca aaataatagcatatggtgatgatgtgatattctcatacaaatatcagctagacatggaag caattgcgcaggaaggtgttaagtatggactgacaataactcctgctgacaaatccacac actttaaacaacttgattataacaatgtaacattcttaaaaagaggattcagacaagatg aaaaacatcaattcttgatacatcctacatttccaattgaagaaatctatgagtccatcc gatggacaaaaaatccatctcagatgcaggaacatgttttgtcattgtgtcatttaatgt ggcataatggtaaagatgtgtata-agaaatttgagaagcagatacgcagtgttggcgct ggtcgcgcattgtatatccctccttatgacctactcctgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------atattaa --aca-gttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445171.1 Human rhinovirus 96 strain ATCC VR-1296, complete genome -------ttaaaactgggtctgggttgtc-cccacctagatcacccaagtggtgta---g tacactgttatttcggtaaccttgtacgccagtttt----------------------at -a----------acc-ccc--------------tcccc-aa------------------- ------atgtaac----ttagaagc-t-gtacac------aa-cgaccaataga-gggta atcat-ccagatta-c----t-tacggtcaagca-cttct-gtct-ccccggttta--ct ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaaagtgaatcgttacccgcaagatgcctacgc aacgcctagtaaca-tcctga-at-tgtttatggttggtcgctcaatta------caacc cc-agtaatagacctggcagatgaggctagatattccccactggcgacagtgatctagcc tgcgtggctgcctgcacacccc-ttgtg-ggt----------gtgaagccata-atcatg acagggtgcgaagagccacgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccctaaccctgcagccattgcctacaaaccagtgggtatgtggtcgtaacgagaaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ccttat- -----atttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------cgagt--ttatatat tgacaccatgggcgcccaagtttctagacagaatgttggaactcactcaacacagaattc tgtttcaaatggatctagtctaaattatttcaatatcaattatttcaaagatgcagcatc tagtggagcttcaaaactagaattttcacaagatcctagtaaattcacagatccagtcaa agatgttctggagaagggaattccaaccttacaatcccctacagttgaagcatgtggtta ctcagacaggattatacaaatcacaagaggagattcaacaatcacgtcacaagatgttgc caacgctgtggttggttatggggtttggcctcattatcttacaccccaagatgccactgc tatagacaaaccctccagacctgacacatcttccaatagattctacactctagagagtca aacatggagtggcgattctaagggatggtggtggaaactgcctgatgctttaaaggacat ggggatttttggagaaaacatgttctaccatttccttggtagaagcggatacacagttca tgtccaatgtaatgctagcaaattccatcagggcactctcttggtagtaatgataccaga acaccaattagctacagctgctggcggtagtgtttcagcagggtataattatacacatcc tggtgaaaaaggtagagatgttgggaaggagggtcgg-----------gaggcaaatg-- -taagacaacctagtgatgataattggttaaattttgatggaacattattgggtaatcta acaatatttccccaccagtttattaatcttaggagcaataactcagccactataatagta ccatatgtgaatgctgttccaatggattcaatgctcagacataacaactggagcttagtc attatacccatttgccggcttaatagcatgggtggtgaa---ccaa---ctgtacccatc acaatttccattagtcctatgtgtgctgagttctctggagcaagagcaaagaac------ ------------------------------------------------cagggattacca gtattactaacacctggatctggccaatttatgaccacagatgatttccaatcccccagt gctttaccttggtaccatcctacaaaggaaatttcaatccccggccaggttagaaaccta atagaattatgtcaagttgatactttaatacctattcacaacacagcaactaat---gca aaaaacataaatatgtacacagtgcaacttggtggtgaacccaacc------ctaaaact ccagttttcacaataagggtagatattgcatcacaacctttggcaactacattgattggt gagattgctagctattacacacactggacaggtagtgtacggttttctttcatgttttgt ggttcagctctcactacactcaaattgttaattgcatacactccacccggaattagagtt ccagaaaacaggaaagaggccatgctaggaacacatctcatatgggatgtcggtttgcaa tctactgtgtcaatggtggttccatggattagtgctagtcattttagaaacacaactcca gatacatactctttagctggttacatcacctgctggtatcaaactaagttagtagccccc ccaaatacacctacaactgcagacatgttgtgctttgtatcgggatgtaaggatttctgc cttcgtatggcgagagacactaacttgcataaacaaagtggacccatcgcacaaaac--- ------cctgtagagagatatgtagatgaagtcttgaatgaggttcttgtagtccctaat attaatgaaagttacccaacaacttccaattcagccccagtgctagatgccgctgaaaca ggtcatactagcaatgtccaaccagaggatatgattgagactcgatatgttcagacatcg cagacgagagatgaaatgagcattgagagctttttgggtagatcagggtgtatacacatg tcaacattaaacatag-attatgac----------------------------------- -aattatgatgac---tcccctaagaattttaaggtgtggaaaataaatctacaagaaat ggctcaaattcgcaggaagtttgaactgttcacttatgctagatttgattcagagataac aattgttccatgtgttgctgtgcagagtggtg------atattggtcatgtggtcatgca atatatgtatgttccaccaggtgcccccacacctgagaagagagatgactttacatggca atcaggcacaaatgcatctgtgttttggcagcacgggcaagcatatcctagattttcact gcctttccttagtattgcctctgcatattacatgttttatgatggatatgatggtgactc tgaa------tcaacacgctatggaacatctgttaccaatgacatgggcactttatgttt tagaatagtgacagaggaacacaccaacaaggtcaaaattacaaccagagtttaccacaa agctaaacatgttaaggtgtggtgcccgagaccccctagagcagttgaatacacaaatgt gcatctcacaaattat------aaacccaacaatg------------------------- --aggttaccacttttatcaaacctagaga---------a---aatctaagg-------- ----------gata-ttagaa---------attttggacccagtgacatgtatgtgcatg ttggaaacttaatatacagaaatttacatttatttaattcagaga---tatctgattctg tgctagtatcctactcatc------agatttagtcatataccgaacaaacactataggtg atgactatataccagcatgtgattgcacgcaagccacttattactgtaaacacaaaaata gatattacccaataacagtcaaaagtcatgattggtatgagatacaggagagtgaatatt acccaaaacacattcaatataatctattgattggtgaaggaccctgtgaacctggtgatt gtggagggaaattgttgtgtaagcatggtgtaattgggataataactgctggtggtgagg ggcatgttgctttcatagatttaagacact------tcttatgtgctgaggaacaggg-- -agtaacagactacatacacatgttaggtgaagcctttggaaatgggtttgtagatagtg taaaggagcatgtcaatgcaattaacc------ctgtaaatagcatcagcaagaaagtga ttaaatggttactgaggattgtctctgctatggtaataataatcagaaattcttcagatc cccagactgttgtcgccactcttacattgattgggtgctctgggtcaccatggaggtttt taaaagagaaattctgtaaatggacccaattaaattatatacacaaagaatca---gatt cctggcttaaaaagtttactgaaatgtgcaatgcagcaagagggcttgagtggataggga ataaaatatcaaagtttatagaatggatgaaatcaa---tgctgccacaagctcaactga aagtcaagtacttaaatgaacttaagaaattaaatcttttagagaaacagatagaaa--- ---atttaagaagtgctgactcaaagactcaagaaagaataaagatagaaatagacacat tgcatgatttatcatgcaagttccttccactttatgctagtgaagctaagaggatcaagg tgatacataataaatgtaacaacatcat------taaacagaagaaaaggagtgagcccg ttgcagtgatgatacatggttcaccgggtactggcaaatctataacaactagcttcttgg caagaatgattaccaatgagagtgat------atatactcactaccacctgatcctaaat attttgacggatatgaccaacagtctgttgttataatggatgatattatgcaaaatccag acggtgaagatatgtcactgttttgtcaaatggtctccagtgtcactttcatccctccaa tggctgacttaccagataagggaaaaccttttgattctagatttgttctttgtagtacca atcactctttgctagcccctccaacaattacatctcttcaggcaatgaatagacgctttt tcctagatttagatatcgtggtacatgacaattataaggatgcacaagggaaattggacg tttccaaagcatttaaaccatgtgatgtgrakgcaaaaatagggaatgcacgg---tgtt gccccttcatttgtggcaaggcagtcacatttaaagatcgcaacacttgtctaagttacc cattgagtcaaatttacaatctaatcctccaagaagataagagacgcacacatgttgttg atgtcatgtctgcaatatttcaaggaccaatatcaa---------------------tgg aagtacctcccccccctgccataacagatctattacgttctgttaaaacacctgaagtta tcaaatattgtgaaaacaataaatggattattccagctgattgtaaaa---ttgaaaggg atctaaatcttgccaataatatcatcacaatcatagcaaatataatcagcatagcaggta taatatatataatctataaactcttttgctcatttcaaggaccatactctggtgaac--- ctaaacctaagaccaagatacctgaa---agaagagtagtggcacaaggccctgaggagg agtttggtcgttcccttattaaacataatacctgtgtagttactactgacaatgggaagt tcacaggattaggtatttatgacagacttatgattttacctacccatgctgatcctggaa aagaaatttctataaatggaattgtaacaaaagttagtgattcatatgatatgtacaaca aacaaggtattaagttagagattactgctgtagtgttagatagaaatgaaaagtttagag acattagaaagtacataccagaaggagaggatgattatccggaatgtaatttagctttag tggcaaaccaacctgaaccaactatcataaatgtgggtgatgtcatctcttatggcaata tattacttagtggtacccaaacagcacgtatgctcaaatacaattaccctacaaagtctg gatactgtggtggagttctatacaaaatagggcagatcataggaatacatgtgggtggaa atggtagagatggattttcagcaatgttattgagatcctacttcagtgaaactcagggtg agattaaaacaacaaagaaagtcaatgaatgtggataccctaccatacacacacccgcaa aaacaaaattgcaacccagtgttttctttgatgtgttcgaaggttcgaaagaaccagcag tgttatcagagaaagaccctcgtttaaaaactgacttcaatcaggctttgttttcaaagt ataaaggaaatgttaattgtgatatgtctgagcatatgaaagttgctgtttcacactact ctgcacaattaatgaccctagatatagaccctagtaatataactttagaggagagtgtgt ttggcactgagggtttggaagcacttgatttgaatacaagtgcgggctttccatacatta gcatgggtattagaaagagggatttaatcaacaataacacaaaggatataaccaagctaa aaatagcccttgataagtatggtgttgacctgcccatggtgacatttcttaaagatgaac ttagaaagaaggaaaagatttcagccggcaaaacaagggttattgaagctagcagtatca atgatacagtagcttttagaatggtttatggtaggctgttctctactttccacaaaaacc caggaattattacaggttcagcggtcgggtgtgatcctgagactttctggtcaaaaattc cagttatgcttgatggagagtgcattatggcatttgattacactaattatgatggtagta tacaccctgtctggtttgaagctcttaaacaagttctcctaaatttatcatttgaacat- --aggttgatagacagactttgcaattctaaacacatcttcaaagatacttactatgagg ttgaagggggaataccatcagggtgttctggcactagtatattcaacacaatgataaata atgtgattataaggactctagtcttggatgcatacaaacacattgatttggataaactca aaataatagcatatggtgatgatgttatcttttcatataaataccctttggacatggaag caattgctctagaaggaaataaatatggactgacaattacaccagctgataaatctgata cttttaagaagcttgattacaatagtgtgacttttctgaaaagaggttttaaacaagatg acaagtatcctttcttgattcaccccactttcccaatttctgaaattcatgagtcgatta ggtggaccaagaaaccttcacaaatgcaggagcatgtgctttccttgtgtcatttgatgt ggcacaatggtcgcgacgtgtaca-aggagtttgagaggaagatacgcagtgtaagcgct ggacgtgcactgtatatccctccatatgaactcctcttgcatgagtggtatgaaaaattt taacta------aat--------atatag---aa-------------------ataataa --aca-tttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >EF186077.2 Human rhinovirus C3 strain HRV-QPM, complete genome -------ttaaagctggatcatggttgtt-cccaccatgattacccacgcggtgca---g tggtcttgtattacggtacatttccataccagtttt----------------------at ------------aca-ccc-------------cacccc---------------------- ------gaaactc----atagaagt-ttgtacac------aa-tgaccaatagg-tggtg g-ccatccaggtcg-c----t-aatggtcaagca-cttct-gttt-ccccggcacc--ct tgtatacgcttcacccgaggc-gaaaaatgaggttgtcgttatccgcaaagtgcctacga aaagcctagtaaca-ctttga-a--aacccatggttggtcgctcagctgtt------tac cc-aacagtagacctggcagatgaggctagacattccccaccagcgatggtggtctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct--gccg-ggt----------gtgaagccaga-aagtgg acaaggtgtgaagagcctattgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccctaaccccgtagctgttgcatgtaacccaacatgtatgcagtcgtaatgggcaact atgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----g---tttta-cttttt- -----cattgcttatggtgaca-----at-tgt--------atc-t-ga----t-acact tgttaccatgggcgctcaagtatctagacaaagtgttgggagccatgagacaatgatcca tgctgggaccggggctgtggtcaaatattttaatgttaactactacaaagatgcagcaag ttctggattaaccaagcaagacttctctcaagatccatctaaattcacccaacctgtagc agacattttgacaaa------ccctgcattgatgtctccctcaattgaggcatgtgggtt ttccgataggctcaagcaaatcactatcggaaactccactattacaacacaagatgctgt taacacaattgttgcatatggtgaatggcctagttacttgtcagacatagacgcaacttc agttgacaaacccacccaccctgaaacatcatcagataggttctacacgctgaagagcgt tacttgggaggttggatcatcaggctggtggtggaaattaccagactgtctaagggatat gggtgtatttggacaaaacatgtaccaccatgccatgggaagatctgggtatattataca cactcagtgcaatgccaccaaatttcatagtggttgcttactagtagcagtagtgcctga acatcagttggcatacattggaggtgataacacccgggttaaatacaagcatacacatcc aggtgaattgggccacaaaattggtagtaactca--------------gaaagaggcg-- -acaatcaaccagatgaaaaccctttcttcaactgcaatggaactttactagggaattta accatcttcccacaccaacttataaacttgaggacaaacaactcaagcaccattgttgtg ccctatatcaactgcacacccatggacagcatgttgcgtcataataatgtgtcactcgtt attatacctatatgccctctgcgagcgccagccacagctccctcaa---ccttaccaatt acaatatctattgcccctatcaaatcagaattttcaggtgcaagacagt----------- -ctgca------------------------------aaag------cgcaaggtctacca gtgagaatgccaagtggagccaatcagttcatgacaacagaggatgaacagtcccccaac atactccccagcttccattcaaccaaacaaattcacatacctggtgaaatcaagacaatt atggatatggctcgcgtagactccttcatgcccataaataatgtg---aatcag---tct catacactgggagtttactacatcacaatatcaaatgtga---------gcagtgagagg aaaatactggctataccactagatatgagcaatacacttttctctacaacacttatgggg gaagttctaaactactactcaaactggtccggatcaatcaaacttacattcttttgtgtt tgtgacagtttcagtactggcaagttcttgatagcatacacccctccaggtgctgacatc ccagagtcacgccgtgatgcaatgctcggcacgcacgttgtgtgggacctgggcctccaa tcgtcatgtcaccttgttgtaccttggatcagctctcatttcttcagaaggaccagaaag gataattacacagagagtgggttcgtcacattgtggcaccagacagcattcgtgtccaat ggaacttc---------aggatctataatggtcacttgctctgcatgctctgacatgtca gtccgcatgttacgagacacacccatgatgaagcaagaagataacatcacccaaaac--- ------ccagtggaggagtttgtagagcacacattaaaggaggtgttggtagttccagac actcaagcttcagggcctgtccataccaccaaaccacaagctctaggtgccgtagaaata ggagcaactgctgatgtgggcccagaaacactaattgaaacaagatacgtaatgaatgac aacacaaatgctgaagcagcagtggagaacttcctgggaagatctgctttgtgggcaaac ctaagatt---ggacc-a------------------------------------------ ------------------------gggtttcaggaaatgggagataaacttccaagaaca tgcccaagttaggaaaaagtttgagatgtttacatatgttagatttgacttggagataac aattgtcaccaacaacaagggat------------------------------tgatgca aattatgtttgtacctccaggaattacacctccaggtggaaaggatggtagagaatggga cacagcctccaaccctagtgttttcttccaaccaaactctggtttcccgagattcacgat acctttcacagggttgggatcggcatattacatgttctatgatggatatgatggtactga cgat---gccaatataaactatggaatctcattaacaaatgacatgggaactttatgttt ccgtgctttagatggaaccggagcgagtga------------catcaaagtgtttggtaa acccaagcacataactgcatggattcctcgcccgcccagagcaacccaatacctgcacaa gttcagtactaattataacaagccaaaaacaagtgg---------cagtactgagttgg- --aaccaaaacacttcttcaagtacagaca---------a---gacatcaca-------- -----------agtatcacta---------acttgggacccagtgacatgtatgttcaca caaaagaggccatttataaatgtgcacatctaactgaacctaatg------aaaacacca tactcctggccatatcatc------agatctccaagttgacagcacaagtatccctggcc ctgacaacatacccacctgtgattgcactacaggcacctactattgcaaaagcagggaca gatactacccaataaacctaacacaccacagttggtatataatacaggaatccagttatt acccaaaacacatccagtatgacatactgattggtgaagggccatgctctccaggggatt gtggtggtaaactactatgtacacatggaaccatagggatggtgacggcaggtggagaga accatgttgcattcatagatctgagaaactaca---gctcactcagtgaacaccaggg-- -tattacagactatgtcacacaactgggaaatgcatttggagatggattcacaagttcta ttagagaaacactagtatctgcatgtgatg---tatcagacaaactcactggaaaaatca tcaagtggacaattagattgattagtgccttgtcaattatagttagaaatagcactgaca cccctactgtcatagccacacttgccctgttaggatgctctggttcaccatggcgctact tgaaagacaaagtttgcaagtggctgggtattgatccaccacctagcagacagagtgatt catggttgaaaaaatttactgagttctgtaatgcagcccgtggactagaatggattggtg ataaattatctaaattcattgattggctaaaaggaaaaatactacccactctccgacgca agtcagatacacttaaggagtgtaagaagattccattgtacaaagagcaagtcaaag--- ---cattcgccacagcatcagaggaagcacaagatgaattaatggtaaaggtcaacaaac ttgaaaaagggctccaggatcttgccccactatacgcactagaggccaaacaagtgcgtg agatgtctagagaactacagcgcatgatgtgctacaagaagacccacagaacagagcctg tctgtatattattgcatggacaaccaggatgtggtaaatctttggcttccaaagttattg ctaggggcctcactagtgagagcaat------gtttactccttaccacctgatcccaagt actttgatgggtacaaccaacaggaagtggtgatcatggatgatgttggccaaaacccag atggaaaagatttgagtctattttgtcagatggtgtcaagcaccgagttcataacaccaa tggccaatcttgaagacaagggtagagcatttactagtgattatgtcatagccagtacaa atatgtctgtcctcacaccacctactgtctcatcacctgaagccatagatagaagattct tcttggactgcgatgtcaaaatcatgccagcatataacacaaac---aaccttctaaatg ttgctaaagctttgttgccatgtactgattgcccaaaaccagaattttataagcaatgtt gccccctaacctgtggcaaggctttgattctacaaaataaaagaacaaaggctagttact ccatcaacactgtggtacaacagctacggcaggagaagaaaaacagaaaatgtgtggagc acaatctcactgccattttccaggggttgg---------------------------gag atgattcaacaccagggttcattatagacctccttagtgcctctaaagacccaaaagtca tagagttttgtgagaaggaaggatggattaagcaatctagatgctcaaaaattgagcgtg acttcaattatgcacaatactgcattaactgtgtgggtagcatcatcttaatcttaggaa ctgtttatgcactgtacaagttgatgtgtatagcacaaggcccttacactggattac--- cacaaccaaaagtaagaaaacctgaactaaggaaagctgtcatccaaggtccagaacacg agtttggaatggccttaatcaaaagaaactgtcatatagccacaacagacagaggagact tcaacctactaggagtgtatgacaactgtgcagtgatacccacacatgcccaaccagaag acacaatccttattgatggtgttgagacaaaaattctgaaacagacaattatcacagatg agaatgatgtggatacagaggtgacaatactgtggttagaccgcaatgaaaagtttaggg atataagaaggttcataccagattatcagagagattggcagaatatgcgtcttgtcacca atgtgcccaaatttcccatgctagacatagagataggtgatgtaataccatatggagaca tcaatctgagtggaaacccaacaactagactgctcaagtatgactaccccacaaaaccag gtcagtgtggtggtgttatcttgaatacaggcaatataataggtatacatgtagggggga atggtagagtgggatactgtgcatcactaacaaagagctactttgcttctgcccagggtg aaatagtcaacaagtgcaaggtacaggatgtaggtctcaaacccatcaacacaccagaac actctaaattacaccccagtgtgttctatgatatatttcctggggagaaagagccggctg tactaacacagagagatcccaggttggaaactgatttgaaaacagccgttatgtccaaat acaaagggaatgtgaaaattgaaatgagtgaaaacatacagattgcagtggaacactatt cagctcaactgtttatgctagatattaacccagagcccatatccttggaacaagctgtgt atggcatggaaaacctagaaccactcgatctcaccacgagcgcaggctttccctatgtca ccatgggagttaaaaagagagacattttaaacagaaacacaagagatgtcacaaagcttc aacacatgattgacacctatggacttgacctaccatatgtgacctatctgaaagatgagc ttcgggctcctgctaaagtgaaagcagggaaaacaagagccatcgaagcagctagtatga atgacacagcaaatttcagaagagtgtttggcaacttgtacgctggcttccatgcaaatc caggcatcctaactgggtcagctataggctgtgatcctgacatcttctggtcacaactat atgcttcgatggaaaaacacc---tgttagtgtttgattacacaaattatgatggaagtc tacacccagtgtggttccaagcacttgaacaacttctaaacaacttgggttttcctggt- --gaattggcatacaaactgtgtaacacaacccacatatacaaggatgaaatatacacgg tgaaggggggaatgccctcagggatctcgggaacctccattttcaacacaattataaaca acataataatcaggactttggttttagatacatacaaagggattgaattggataagttaa aaattgtggcatatggtgatgatgtgatagcttcctacccagaagagcttgacccagcac aaattgcagtgtctggcctcaaatacgggctaacaataacacctgctgacaagtctgacc agtttgtgaaggttaactgggacaatgccacatttttgaaaagagggttccgtgtggatg aaagatacagttttcttgtacacccggttttcccagaaaaagagatttttgaatcgatca ggtggaccagagacccgaagaacactcaagaccatgtatactctttatgtcttctgatgt ggcacaatggtgaagagccttaca-aggaattcatatctaaaattaggaagacagaagtg ggtcgtaggttgtatcttccaccatataacctgctagagcgtacttggattgataaattt -----------------------atttaa---atag-------taacagtaatgtagaa- ------atctacctgag---taggagta------gggttttataaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa----------- >MN749157.1 Human rhinovirus 1B strain 12O3, complete genome -------ttaaaactgggtgtgggttgtt-cccactcacaccacccaatgggtgtt---g tactctgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------cc ct-------ccccct-cct-------------acccct-tt------------------- ------acgtaac----ttagaagt-t-ttaaac------acgaggccaatagc-aggca acttt-ccaggttg-t----c-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgatatcgttatccgcaaagtgcctacac agagcctagtagga-ttctga-aa-gatctttggttggtcgctcagctg------catac cc-agcagtagaccttgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacacctc-ttacgaggt----------gtgaagccaag-gattgg acagggtgcgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccatagctcataagccaatgagtttatggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcat----t---ttttc-ctttta- ---tcaattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tatat--atatatat tggcatcatgggcgctcaggtatccagacaaaatgttggcacacattcaacccaaaattc agtatcaaatgggtcaagtttaaattacttcaatataaattatttcaaggatgctgcctc aagtggtgcatctagattagatttttcccaagatccaagcaaattcactgatccagttaa agatgtcttagaaaaagggattccaacattacaatcgccatctgttgaggcttgtggtta ctcagataggattatacaaattaccagaggtgactcaacaatcacatcacaagatgtggc aaatgctgtggttggatacggagtctggccacattatttaacaccacaagatgccactgc catagataaaccaacacaacctgacacatcatcaaatagattttatacattagatagtaa acattggtccaatacttcaaaaggatggtggtggaaattgccagatgctcttaaagaaat gggcatctttggagaaaacatgttttaccatttcctgggtagaagtgggtatacagttca tgtgcagtgtaatgctagtaaattccatcaaggtaccttgttagtcgcaatgataccaga acatcaattagcaagtgcaaagcatggaagtgtgaccgttggttacaaactaacacaccc aggtgaagctggtagagatgtgagtcaggatcgtaat-----------ac---aagtt-- -taaatcaacctagtgatgatagttggctcaattttgatggtaccctgcttggaaattta ttgattttcccacatcagtttataaaccttagaagtaataattctgcaactataatagtg ccatatgtaaatgctgtgccaatggattcaatgcttcgacacaataattggagtctagtc attataccaatttgttcgttacgtagtgaaacttcatctactaata---tagtaccaatc actgtgtcaataagccctatgtgtgctgaattttctggtgcaagagcaaaaaatgtt--- ---------------------------------------a------tacaaggactacct gtatacatgaccccaggatctggacaattcatgaccactgatgatatgcagtcaccttgt gcgttaccttggtaccatcccactaaagaaatatctattccaggtgaagttaaaaacctt atagaaatgtgtcaagttgacactttgattccagtcaataacgtgggcaataat---gtt ggaaacattagtatgtatactgtgcaactggaaaacaaaacagaaa------tggcacaa aaagtcttttcaataaaagtagacataacatcacagcctttagctacaactttacttgga gagattgcaagttattacactcactggactggcagtctacggtttagttttatgttctgt ggaactgcaaacacaacacttaaattactacttgcatatacaccacctggcattggtgaa ccaacaaatagaaaagatgcaatgctaggaacacatgtcgtgtgggatgttggactacaa tctactatatctcttgttgtgccatgggtgagtgctagtcactttagattaactgcagat aacaaatactccatggctggctatatcacatgttggtaccaaactaacttagtagtaccc ccaagcacaccacaaactgctgatatgctatgctttgtctctgcatgtaaagatttctgt ttgcgaatggcaagggatacagatttacacatacaaagtggcccaatagagcaaaat--- ------ccagtagaaaattacattgatgaagttttgaatgaagttttagtggtgccaaat ataaaagagagtcatcacactacatcaaattctgctccacttttggatgctgcagaaacg ggacacaccagtaatgtgcaaccagaggatgctatagaaacaaggtatgttataacatca caaacaagagatgaaatgagtatagaaagtttccttggtaggtctggttgtgttcacact tcaaaaataaaagttg-attatact----------------------------------- -aactataatgga---gaaaactcaaactttacaaaatggaagatcacactacaggagat ggcacaaattagaaggaaatttgaattgtttacatatgtcaggtttgattcagaagtaac tctggtgccttgtattgctggtaggggagatg------acatcggacacgttgtaatgca atacatgtatgtccctccaggagctccaataccctcaaaaagagatgattttgcatggca atcaggtactaatatgtctatattctggcaacatgggcagccattccctagattttcttt accatttcttagtattgcatcagcttattacatgttttatgatggatatgatggagacaa ccct------tcttcaaagtatggtagtgtagttactaatgacatgggtactatatgttc aaggatagttacagaaaaacagaaacaccaaattgttatcacaacacacatatatcataa agctaagcacataaaagcttggtgtcccaggcctcctagagctgtaccttatacacacag tcatgtaaccaattat------aaaccagaaacagg---------------------tg- --atgtgagaacagccatagtccgcagaga---------t---gccataaca-------- -----------act------------------gctgggcctagtgatctatatgtgcatg tgggtaatctaatatatagaaatttacatctgttcaattctgaaa---tgcatgattcaa ttttggtctcatactcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactacaggtg atgattatatccctaattgcaattgtactgaggctacatattattgtaagcacaagaaca ggtattatccaataaaagttacttcacatgattggtatgaaatacaagagagtgaatatt accccaaacatatccaatacaacctgttaattggtgaaggaccatgtgaacccggtgatt gtggcggtaaactcctttgtagacatggtgttatcggcataatcacagcaggtggtgaag ggcatgtagcattcatagatcttagacaat------ttcaatgtgctgaggagcaagg-- -cataactgattacatacatatgctaggagaggcctttggtaatggttttgtagatagtg ttaaggaacagataaatgcaattaatc------caatcaataacattagtaaaaagatca ttaagtggttgcttaggataatctcagctatggtcatcataatcagaaactcctctgatc ctcaaacaatcatagcaaccttaacgcttattggttgtagtggttcaccatggaggtttc tcaaagaaaagttttgcaaatggacccaattgacttacatccacaaagaatct---gatt catggttgaagaaattcactgagatgtgtaatgccgcacgtggtcttgaatggattggta acaaaatttcaaaatttatagattggatgaagtcaa---tgctacctcaagctcaattaa aagtcaaatatttaaatgaaatgaagaagctcaatttgcttgaaaaacaaattgaga--- ---atctacgtgcagcggatagtgcaacacaggaaaaaattaaatgtgaaattgacactt tacatgacttatcatgtaaatttctccctttgtatgcacatgaggcaaaaagaatcaaag tactgtataataaatgctctaacataat------caaacaaagaaagagaagtgagccag tggctgtgatgatacatggaccacctggtactggtaaatccataacaactagtttcttag ccagaatgataacaaatgaaagtgat------gtgtactcattacccccagatcctaaat actttgacggttatgacaatcagagtgttgtaatcatggatgacattatgcagaacccag atggggaggacatgacactattctgtcagatggtttcaagtgttacgtttataccaccta tggctgacttgcctgataagggcaaaccatttgattcaaggtttatcttatgtagtacta accactcacttttggccccacccactatatcttcattacctgcaatgaacagaagatttt tctttgacttggacattgtggtacatgacaattacaaggatatgcaagggaaattagatg tatccaaggcttttcaaccctgtgatgtcaacactaaaattggtaatgcaaaa---tgtt gtccatttgtatgtggcaaggcagttacatttaaagatcgtagtacttgctcaacatata ccttagcccaagtttataatcatattttagaagaagataagagaaggagacaggtagtag atgtcatgtctgcaatattccaagggccaatttctt---------------------tag atgctccaccaccaccagctatagcagacttactacaatcagttagaacacctgaagtaa ttaaatactgtcaagataataaatggattgttccagcagagtgtcaaa---ttgagagag atttaaatatagccaatagtataataactatcatagcaaatataataagtatagctggta tcatatttgtaatttacaaattgttttgctcattacaaggaccatattcaggtgaac--- ctaaacctaagactaagatgcctgaa---agaagagtagttgctcaaggtccagaggaag aatttggaaggtcaattctcaaaaataatacttgtgttatcactacaggtaatggaaaat ttacaggccttggtatatatgatagaattctaatcatcccaacacatgctgatccaggta gggaggttcaagttaatggtgttcacactaaagtcttagattcatatgatctttataata gagatggggttaaacttgaaataacagttatacaattagacagaaatgaaaaatttagag atatcagaaagtatatacctgaaacagatgatgattacccagaatgtaatttagcactct cagctaatcaagatgagccaactataattaaagtaggagatgtggtgtcttatggtaata ttttacttagtggaaaccaaacagctaggatgcttaaatataactaccccacaaaatcag ggtattgtggaggggtgctatataaaattggccaaattcttggtattcatgtgggcggaa atggaagggatggtttctcagctatgttacttaggtcatactttacagatacccaaggcc aaattaaaatcaataaacatgctactgaatgtggtcttccaaccatacatactcctagta aaaccaaacttcagcctagtgtattttatgatgtttttccaggttctaaggaaccagctg tgctcacagataatgaccctagattggaagttaattttagagaagctttattttccaaat ataaaggtaatgtagaatgtaatttaaatgaacacatggaagttgctgttgcccactact cagcacaattaataacactagatattgattctagaccaatagcattggaagatagtgtgt ttggaatagaaggacttgaggctttagatttaaataccagtgcagggtttccttatgtta caatgggtattaaaaagagagacctaataaataacaagacaaaggacatatctaggctta aagaggctctggataaatacggagtcgatttacccatgatcactttcttaaaagatgaac ttaggaaaaaagagaaaatctcaacaggtaagactagagttatagaagcaagtagtgtaa atgacactatattgtttagaaccacctatggtaatttgttctctaagtttcatttaaacc caggtgttgttactggttctgcagttggatgcgaccctgaaaccttttggtctaagattc cagtcatgctagatggagattgcataatggcttttgactatacaaattatgatggtagta tacaccctgtctggttccaagctttaaaaagagtccttgaaaatttatctttccactct- --aatttaattgacagattgtgttattccaaacacttgtttaaatcaacatattatgaag tggagggtggagttccttctgggtgttctgggacaagcatattcaatactatgattaaca atattataataagaacactggtcttagatgcatacaaaaatattgatttggacaagctta aaataattgcatatggtgatgatgtgatcttctcttacaaatatactcttgatatggaag ccattgccaatgaaggaaggaaatatggacttacaataacaccagcagacaaatccaatg aatttaagaaacttgattataacaatgtgacttttcttaaacgtgggtttaagcaagatg agagacatacgtttcttattcatcctacatttccagtagaagagatatatgaatcaatta gatggaccaaaaaaccttcacagatgcaagaacatgtgctatcactatgccacctaatgt ggcacaatggacgtaaggtgtatg-aggatttctctaacaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtacatcccaccttatgatctattgagacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ataatga --atg-agtgattctt------------------tacttc-------------------- ------------------------------------ >D00239.1 Human rhinovirus 1B, complete genome -------ttaaaactgggtgtgggttgtt-cccactcacaccacccaatgggtgtt---g tactctgttattccggtaactttgtacgccattttc----------------------cc tc---------cctc-ccc-------------atcctt-tt------------------- ------acgtaac----ttacaact-t-ttaaac------acaagaccaatagt-aggca actct-ccaggttg-t----c-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--cg ttgatatgctctaac-agggc-aaaaacaactgatatcgttacccgcaaagtgcctacac agagcttagtagga-ttctga-aa-gatctttggttggtcgctcagctg------catac cc-agcagtagaccttgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacactc--ttatgaggt----------gtgaagccaaa-gattgg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccatggctcataaaccaatgagcttatggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac--------ttttt-ccttta- ---tcaattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------catag--atatatat tggcatcatgggtgcccaggtatctaggcaaaatgttggtacacactcaactcaaaattc agtgtcaaatggatcaagtttaaattacttcaatataaattactttaaggatgctgcttc gagtggtgcatccagattagacttctctcaagatccaagcaaattcactgatccagttaa agatgtcttagaaaaaggaatcccaacactacaatcaccatctgttgaagcttgtggcta ttcagataggattatacaaataaccagaggagactcaacaatcacatcccaggacgtggc aaatgctgtggttggatatggggtttggccacactacttaaccccacaagatgcaaccgc catagacaaaccaacacaacccgatacatcatcaaataggttctatacactagaaagtaa acactggaatggtgattctaaaggatggtggtggaaattaccagatgctcttaaagaaat gggcatttttggagagaatatgtattatcacttcttgggtagaagtggatatacagttca cgtacagtgtaatgctagcaaattccatcaaggtaccctcttagttgcaatgataccaga acatcaactagcaagtgcaaagaatggaagtgtaactgctggttataatctcacacaccc aggtgaggccggtagagttgtgggtcaacagcgtgat-----------gc---caatc-- -taaggcaacctagcgatgatagctggcttaattttgatggcactcttcttggaaatctg ttaattttcccacatcagtttataaatcttagaagtaataattctgcaactttgatagta ccatatgtgaatgctgtaccaatggattcaatgcttcgacacaataattggagtttagtc attataccaatcagtccattacgtagtgaaaccacatcttctaaca---taagaccaatc actgtatcaattagtcctatgtgtgctgaattttctggtgcaagagcaaagaatgtc--- ---------------------------------------a------gacaaggtttacct gtatatataactccaggatctgggcaatttatgacgactgatgacatgcagtcaccttgt gcactaccatggtaccatcctactaaggaaatatctattccaggtgaagttaaaaacctc atagagatgtgtcaagtggataccttaatcccagtcaataatgtgggtaccaat---gtt ggaaacattagtatgtacactgtgcaattaggaaaccaaatggata------tggcacag gaagtctttgcaataaaagtagatattacatcacaacctttagctacaaccctaattgga gaaattgcaagttattatacccactggactggaagtttacgatttagtttcatgttttgt gggactgcaaacaccacacttaaattattacttgcatacacaccacctgggattgacaag ccagctaccagaaaagatgcaatgctgggaacacatgttgtgtgggatgtcggtttgcaa tctaccatatctcttgttgtaccatgggtaagtgccagtcattttaggttaactgcaaat gacaaatattcgatggctggttatattacatgttggtatcaaactaatctagtagtgccc ccaaacacgccacaaactgctgacatgttgtgttttgtttctgcatgtaaggacttttgt ctacggatggctagggatacagatttacatatacaaagtggtccaatagagcaaaat--- ------ccagtggaaaattacattgatgaagttttaaatgaagttctagtagtaccaaat ataaaagaaagccatcacactacatcaaattctgctccactcttggatgctgcagagaca ggacacaccagtaatgtacaaccagaggatgctatagaaacaagatatgttatgacatca caaacaagagatgagatgagtatagaaagttttcttggtagatctggctgtgtgcatatt tcaagaataaaggttg-attacaat----------------------------------- -gactacaatgga---gtgaacaaaaactttacaacatggaaaatcacactgcaggagat ggcacaaattagaagaaaattcgaactatttacttatgttaggtttgattcagaagtaac tttagtaccctgtattgctggtagaggagatg------acattggtcatgttgtaatgca gtatatgtatgttcccccaggagctccaattccaaaaacaagaaatgatttctcatggca atcaggcactaatatgtcaatattctggcaacatggacaaccgttccctagattctcttt accatttcttagcattgcgtcagcttattacatgttttatgatggatatgatggagataa ttcc------tcttccaaatatggtagtatagtcaccaatgatatgggaaccatatgttc aagaatagttacagagaagcaggaacaccctgtcgttattacaacacacatatatcacaa agctaaacacacaaaagcttggtgccctagacctcctagagctgttccttacacacatag tcgtgtaactaattat------gtaccaaaaacagg---------------------tg- --atgtgacaacagctatagttcctagagc---------t---agcatgaaa-------- -----------act------------------gttggacccagtgatttgtatgtacatg taggtaacttaatatataggaatttacatttgtttaactctgaaa---tgcatgattcaa ttctggtttcatactcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactacaggtg atgattatattcctagttgtaactgcacagaggctacctattattgtaaacacaaaaata gatattacccaataaaggttactccacatgattggtatgaaatccaagaaagtgaatatt accctaaacatatccaatacaatttattaattggtgaaggaccatgtgaacctggtgatt gtggtgggaaacttctttgtagacatggtgttattggcataattacagcaggtggtgaag gccatgtagcatttacagatcttagacagt------ttcaatgtgctgaagaacaggg-- -tataactgattatatacacatgttaggagaggcctttggtaatggttttgtagatagtg tcaaagaacaaattaatgcaataaatc------caatcaatagcattagcaaaaaagtta tcaagtggctacttagaataatttcagctatggtcattataattagaaattcttctgacc ctcaaacaatcatagcaactctaactttaattggctgcaatggttcgccatggaggtttc tcaaggaaaagttttgtaaatggacccaattaacttacatccacaaagaatct---gatt catggctcaagaaatttactgaaatgtgtaatgccgcgcgtggtcttgagtggattggca ataaaatttcaaagttcatagattggatgaaatcaa---tgctacctcaggctcagttga aagtcaaatatctgaatgagataaagaaacttagcttgcttgaaaaacaaattgaaa--- ---atctacgcgcagcagataatgctacacaagaaaagatcaaatgtgaaattgacacct tgcatgacttatcatgtaaatttctccctttatacgcacatgaagcaaaaaggattaaag tgctctacaataaatgttccaatataat------caaacaaagaaagagaagtgagccag tggcagtaatgatacatggaccacctggtactggtaagtctataacaaccaatttcctag ccagaatgataacaaatgaaagtgat------gtgtattcattacccccagatcctaaat attttgatggatatgacaatcagagtgttgtgatcatggatgatatcatgcagaaccctg atggagaagacatgacactattttgtcaaatggtttcaagtgttacattcataccaccta tggctgacctgcctgataagggtaagccgtttgactcaagatttgttttgtgtagtacta atcactctctcctagctccacccaccatatcttcattacctgcaatgaacagaaggtttt tctttgacttagatattgtagttcatgataattacaaggatgcacaagggaaattaaatg tatctaaggctttccaaccttgtaatgtcaatactaaaattggcaatgcaaaa---tgtt gtccatttgtgtgtggtaaggcagtgtcatttaaggatcgtagcacttgttcaacatata ccttggctcaagtttacaatcacattttggaagaagataagagaaggagacaggtggtag atgtaatgtctgcaattttccaagggccaatttctc---------------------tag atgctccgccgccaccagccatagcagatctgttacaatcagttagaacacctgaagtaa ttaaatattgtcaggacaacaaatggatagtcccagcagaatgccaaa---tagagagag acttaagcatagccaatagcataataactattatagcaaatataataagtatagctggta ttatatttgtaatttacaaattgttttgcacactacaaggaccatactcaggtgagc--- ctaaacccaaaaccaagatgcctgaa---aggagagtagttgcccaaggtccagaagaag aatttggaagatcaatcttaaagaacaacacttgtgtgattactacagacaatggaaaat ttacaggtcttggtatctatgacagaactttgatcattccaacacatgctgatccaggta gagaggttcaagtcaacggcattcacactaaggtcttagattcatatgacctttataata gggatggagttaaacttgaaataacagttatacagttagatagaaatgaaaaatttaggg atattaggaagtacatacctgaaacagaggatgattatccagaatgtaatttagcacttt cagctaatcaagttgaaccaactataattaaagtaggggatgtagtgtcttatggtaaca ttttacttagtgggaaccaaacagctagaatgctaaaatataattaccctacaaaatcag gatattgtggaggtgtattatataaaattggtcagattctaggtattcatgtaggtggaa atggaagagatggattttcagccatgttacttaggtcatactttacagacactcagggtc agattaaaatctccaaacatgctaatgaatgtggtcttccaaccatacatacccctagta aaactaaacttcaacctagtgtgttctacgatgtcttcccaggttctaaggaaccagctg tctcacgagataatgaccctagactaaaagttaattttaaagaagctctattctctaaat ataaaggtaatacagaatgtagtttaaatcaacatatggaaattgccatcgctcactatt cagcacaattaataacattagatattgattctaaaccaatagcattagaggacagtgtgt tcgggatagaggggctcgaagctttagacttaaacactagtgctggttttccttatgtta caatgggcatcaaaaagagagacctaataaataataaaacaaaagacatatctagactta aagaggctttagataaatatggtgttgacttgcctatgattactttcttaaaggatgaac ttagaaagaaggagaaaatctcagcaggtaaaactagagttatagaagcaagtagcataa atgatacaatactatttagaactacttttggtaacttattctctaagtttcacttgaatc caggtgttgttactggttctgcagtagggtgtgatcctgagactttctggtccaaaatcc ctgttatgcttgatggagactgcataatggcctttgattatacaaactatgatggtagca tacaccctgtttggtttcaagctttaaagaaagttcttgaaaacttatcctttcaatct- --aatttaattgataggttgtgttactctaagcatttgtttaagtcaacatactatgaag tggcaggtggagttccttctggatgttctgggactagcatatttaatactatgattaata acattataataagaacattagttttagatgcatataagaatattgatttggacaagttga aaataatcgcatatggtgatgatgtgattttttcttacaagtatactttagatatggaag ccattgctaatgaaggaaagaaatatggactcacaataacaccagcagataaatctactg aattcaagaaacttgattacaacaatgtgacttttcttaaacgtggttttaaacaagatg agaaacacacatttcttattcaccccacatttccagtagaagaaatatatgaatcaatta gatggactaagaagccttcacaaatgcaagaacatgtactatcattatgccatttgatgt ggcacaatggacgtaaggtgtatg-aggatttttccagtaagatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtatatcccaccttatgatctattaaagcatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ataatga --atg-aatgattctt------------------taattctat----------------- ------------------------------------ >FJ445115.1 Human rhinovirus 9 isolate F02, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccactcaggtctcccacgtggagta---g tacactgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-cct-------------cccctc---------------------- ------aagtaat----ttagaaga-t-aaacac------ac-agaccaatagg-agatg atcag-ccagatca-t----t-atgggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcga--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgagatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcctagtaact-atctgg-aa-attacttggttggtcgctccgcca------t--ac cc-catggtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttttg-ggt----------gtgaagccaag-taacgg acagggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagagcacacaacccagtgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-agt--------ga----------tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatctagacaaaatgttgggactcactctacacaaaactc agtttcaaatggatctagtctgaattatttcaacataaattactttaaggatgctgcttc aagtggcgcatcaaaattggaattttcacaagaccctagtaaatttactgatccagtcaa agatgttcttgaaaaaggaatacctactttgcagtcacccactgttgaggcatgtggata ctcagatagaataatccaaattacaagaggggattcaacaattacttcacaagatgttgc taacgcagttgttggttatggagtctggccccattaccttactccacaggatgcaactgc catagataaaccctctcaccctgacacttcatcaaataggttttacactctggagagtaa aacatggagtaatgaatccaagggctggtggtggaaattacctgatgctttaaaggacat gggaatatttggacaaaatatgtattaccactttcttggtcgaagtgggtatacagttca tgtgcagtgtaattcaagcaaattccatcaagggaccttgattgttgctatgataccaga acatcaattggctgcagcagaaaggggcaatgttactgctggatacaatttcacacatcc tggtgagcctggtagagaggttggaaaacccaatcgt-----------cagtatacaa-- -gcaaacaacctagtgatgataactggctcaattttgatggcacacttttgggtaatata actatttatccacaccaatttataaatttaagaagcaacaattcagctacaataatagtg ccatatgtgaatgcagtacccatggattccatgctcagacataacaattggagtttagtg atcatacctatttgcccactacaatctagtggaactgagtcaagca---caatccctatt actatttctattagccccatgtttgctgaattctcaggtgcacg---------------- --tgca------------------------------aaaa------gtcaaggattgcct gtgttaacaacaccagggtctggtcagttcatgaccacagatgattttcaatctcctagt gcattgccatggttccacccaactaaagagatatctatacctggacaggtaagaaactta atagaaatgtgtcaagtagataccatcatacctataaacaacactggaaccaac---act acgagcattaatatgtacacagtgcagttggaaagaacagctgatt------tgatgagt gaagtttttgctataaatgtagatatagcctcccaccccttagcaaccactatgctagga gaaattgcaagttattacacacattggacaggtagcttgcgtttcagttttatgttctgt ggatcagccagcaccactttgaagctcctattggcatacactccaccagggattgcaaaa cctacaagtagaagagatgcaatgttaggtacccatgtagtgtgggatgtcggtttgcag tcaactatatccatggtggtgccctgggttagtgctagtcattttagaaacacaaccccg gataaatactcactagcaggattcataacctgttggtaccagactaaccttgtggttcca gctgacaccccaactacagcaaatttactctgtttcgtgtccgcttgcaaggatttctgc ttgcgaatggctcgggacactaatctacacaaacagagtggaccaataacccagaat--- ------ccagtggaaaattatatagatcaggtgcttaatgaagttctggtagtcccaaac atcaaagaaagcaaccctacaacctctaattcagcccctgctctagatgctgccgaaaca ggtcacaccagtaatgttcaacctgaagacatgattgagacacgttatgtacaaacatca caaaccagagatgaaatgagccttgagagtttcttaggaaggtcaggctgtatacacata tctaaattaaatgttg-attatgat----------------------------------- -aattatgataag---agtgttaaaaatttcacaatttggaagataaacataaaagaaat ggcccaaatcagaaggaagtttgaattgtttacatatgctagatttgactctgaaataac actggttccatgcatagcagcagaaagtgaaa------gtgttggccatgtggttatgca gtacatgtatgtgccaccaggagcacccctaccaaggaccagagatgactatgcatggca atcaggcacaaatgcctccattttttggcaacatggacaatcatatcccagattttcact tccatttttgagcattgcttctgcatattacatgttttatgatggttatgatggtggac- --ca------gattctcaatatggcacaattgtgacaaatgatatgggatcattgtgttc ccgtatagtcactgaagagcatggatcccgtgtaaaaatttcaactagaatataccacaa agctaagcatgtcaaagcttggtgtccaaggcctcccagggcagttgaatatatacacac acatgtcacaaattac------aagccaagtgaagg---------------------tg- --aatattctacagttataccagttagaga---------t---aatgttagg-------- -----------gcagtaagga---------atgtaggacccagtgatatgtatgtccatg taggaaacctaatatatagaaatctccacttgttcaattcagaag---caaatgattcag ttttaatatcatactcatc------agatttagtcatataccgcacaaacactacaggtg atgactacataccaacttgtgattgtactgatgctacctactactgtaaacataaaaata gatattaccctataaaagttactagccatgattggtatgagatacaggagagtgagtatt atccaaaacatatacaatataatttactaataggtgaaggaccttgtgaacctggtgact gtggtggaaaactattgtgcaagcatggtgtgataggtataattacagctggtggtgagg gtcatgttgcatttatagatttaagacact------ttcactgtgctgaagaacaagg-- -cattactgactatatacacatgctaggtgaagcttttgggaatggcttcgtggatagtg tcagagagcaagtcaatgcaataaacc------ccataaataatataagtaagaaaataa tcaaatggatgcttaggataatatcagctatggtcattatcattagaaatagttctgatc cacaaacaataatagccacattaactttgattgggtgttctggttcaccatggcggtttt taaaagagaaattttgtaaatggacacaactaaattatgtacataaagaatca---gact cttggcttaagaaatttacagaaatgtgtaatgctgccagagggcttgagtggataggaa acaaaatatccaaattcattgattggatgaagtcaa---tgttgccacaagcacagctta aggtcaaatacctaagtgaattaaagaagttaaatttgctagaaaaacaaattgaca--- ---acctacgttgtgctgacacaaaagtgcaggaaaagataaaatttgaaatagagacac ttcatgatttatcatgtaaatttcttccattatatgcaagtgaggcaaaaagaataaaaa ttttacataataaatgttgtaacataat------caaacaaaggaaaaggagtgaacctg ttgccatcatgatacatggaccgcctggtactggtaagtccattaccactagttttcttg ccagaatgataacaaatgagagtgac------atttattcattacctccagaccctaaat actttgatggctatgaccaacaaagtgtagtcataatggatgatatcatgcaaaaccccg gtggtgaagacatgtctctattctgtcagatggtgtccagtgtgactttcatacctccaa tggctgacttacccgataagggaaaaccttttgactccagatttgttttttgtagtacca accactcacttctagctccacccactattacctcgctctctgcaatgaatagaagattct tcttagatttggatattatagtgaatgagaatttcagagactctcaagggaaattagatg tgccaaaatctttcaaaccctgtgatatagataacaaaattggaaacgcaaaa---tgct gtccctttatatgtggaaaagcagtcgtgttcaaagatagaaacacatgtcaaacatata cactgtgccaaatttacaacatgattattgaggaagacaagcggcgcagaaatgttattg acgtcatgactgcaattttccagggtcctataacca---------------------tga actcaccacctccccctgcaatagctgatttactgcaatcagtgaggactccagaagttg ttaaatattgtgaagataacaagtggataattccagctgaatgtaaga---tagaaaggg atctcaatcttgcaaacaatataataacaatcattgcaaatatcattagtatagcaggta taatatttgtcatttataaattattttgctcattgcaagggccatattctggtgaac--- ccaaaccaaaaacaagagttcctgaa---agaagagtggtagcacagggacctgaagaag aatttggccgttcattgatcaaacacaatacatgtgtagttacaactgacaatggaaaat tcactggtttaggtatctatgatagatatatgattatcccaacacatgctgatccaggaa aaactgtgcaaattaatggtattgttacaaatgttgttgactcatatgacttacataaca aagatgggattaagcttgaaatcacagttatcaaactagacagaaatgaaaagtttagag acatacgcaaatacataccagaaagagaagatgattatcctgagtgtaatctagcacttg tagcaaatcaggatgaaccaacaatcattagtgtgggtgatgttatatcatatggtaaca tactacttagtggcaaccaaactgctagaatgcttaaatatcattacccaaccaaatctg gatactgcgggggtgtcttatacaaaataggtagtataataggaattcatgtgggtggca atggtagagatgggttctcagcaatgttattaagatcatactttaatgaaacacaaggac aaatagttagttcaagaaatgttaaagacattgggtatccaacaatccatacccctagta aaaccaaattacatccaagtgtctttcatgatgtgttcaaaggtacaaaagaacctgctg ttttatcagagagagatccacgtttagaagtggatttcaagacttctttattctccaaat acaaaggcaatgtagattgtacattaaatgaacacatgagagtagccatagcacattact cagctcaattaatgactcttgacataaacccaaacaacataactatggaagagagtgtat ttggaacagatggtttagaggctttagatttaaatacaagtgcaggatttccatatgtga gtatgggaattaagaagagggatcttatcaataatagtactaaagacatatctaaactaa gagctgcacttgataagtatggggtggacttaccaatggtcactttccttaaagatgaac ttagaaagaaagagaaaatctcatctgggaaaaccagagtcatagaagccagtagtgtta atgacactgtagcatttagaatgacttatggcaacttatttgcatgctttcacaagaacc ctggaattgtcactggttcagcagtaggatgtgatcctgaaactttttggtcaaagatac ctgtgatgttagatggtgaatgcataatggcatttgactatacaaattatgatggtagta tccaccctgtttggtttgaagcattgaaggaaattctaaaagaattaaaatttgagcat- --aggttaatagataggttgtgcaattctagacatatatttagagacacttattatgaag ttgaagggggggtaccctcaggatgttctggaactagcatatttaataccatgattaata atgtgatcattagaaccttggttttagatgcctataaaaatatagatctagataagctta agataatagcttatggagatgatgtcattttctcctacaaatacccattagacatggagg ctattgcaatggaagggaagaaatatggattgaccatcactcctgcagacaagtctgaca ccttcaagaaattggattatgacagtgtcacatttctgaaaagaggattcaaacaagact ctaaatatcctttccttatacatcccacttttccgattaatgaaattcatgaatcaatca gatggacaaagaaaccatctcaaatgcaagagcacgtgctttcattgtgtcatttaatgt ggcataatggacgcgacgtgtata-aggagttcgagaatgggatacgcagcgtcagcgct ggacgtgcgttgtatatcccaccttatgagctcctgttgcatgaatggtatgaaaaattt taaat-------tc---tgt---atatag---aa-------------------ataacaa --ata-cttagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445127.1 Human rhinovirus 32 strain ATCC VR-1142, complete genome -------ttaaaactggatccgggttgtt-cccacccggatctcccacgtggagtt---g tacactattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------atc-cct-------------tacccc---------------------- ------aagtaac----ttagaaga-t-aaacac------ac-agaccaatagg-aggtg gtcat-ccagatca-c----t-aagggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--gg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacagctgagatcattatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtaact-acctcg-aa-agtacttgactggtcgctccgcca------t--ac cc-catggtagacctggcagatgaggctagaaatcccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tttg-ggt----------gtgaagccaag-taatgg acagggtgtgaagagtcgagtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccctaaccctgcagctagggcacacaatccagtgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-cattta- ----taattgcttatggtgacaa-tatat-agt--------at----------tatatat tggcgtcatgggcgctcaggtatccaggcaaaacgttggaactcactctacacagaattc agtcacaaatgggtctagtttaaattattttaacataaactacttcaaagatgctgcatc aagtggtgcatccaaacttgaattttcacaggacccaagcaaatttactgatccggttaa agatgttcttgaaaagggaatacctactttacaatcacccactgttgaagcgtgtggata ttctgatagaataatccaaatcacaagaggagattcaacaatcacttcacaagatgtagc taatgcagttgttgcttatggagtttggccccattacctcaccccacaggacgcaactgc cattgataaaccttctcatccagacacttcatcaaataggttttacactcttgaaagtaa aaattgggatagtgagtcaaaaggttggtggtggaaactgcctgatgcattaaaggatat gggggtctttggccaaaatatgtactaccatttccttggcaggagtgggtatacagttca tgtgcagtgcaactcaagcaaattccatcaaggaaccctaattgtggctatgatacctga acaccaattggcagcggcagagaggggaaatgtcaccgctggatacaatttcacacatcc tggtgaaattggaagggatgttggaaaaactgaacgc-----------caacatacaa-- -gcaagcaacccagtgatgacaactggctcaattttgatggaacactgttgggtaatatt accatctttccacaccagtttattaacttaagaagtaataactcagcaacaataatagtg ccatatgttaatgctgtacctatggattccatgcttagacataataactggagtttggtg attatacctatctgtccactacaatctgaaggaactgtatcaacta---ctattccaatt actatttctatcagtcctatgtttgctgagttctctggtgcacg---------------- --tgca------------------------------aaga------gtcaaggtttacca gtactaatgacaccaggatctggccaattcatgaccactgatgactttcagtcacctagt gcgttaccatggtttcaccctaccaaggagatatccatacctggacaggttagaaattta atagaaatgtgtcaggtggataccatcataccaataaataacactggtaataac---acc acaagcattaatatgtacacagtacggcttgaaaggcagacaaatt------taatgggt gaagtttttgccataaacgtggacatagcctctcatcctttagcaactacattattaggg gaaattgctggttattatacccattggacaggcagtttacgttttagctttatgttttgt gggtctgctagtactaccttaaagcttctgttggcatacactccaccaggaatctcaaaa cctacaaccaggaaggaagcaatgttgggtactcatgtggtttgggatgttggcttacaa tcaactatttctatgatagtaccttgggttagcgctagccattttagaaacacaacacca gataagtactccttagcaggattcattacctgttggtatcaaacaaatcttgtagttcct gcagatacaccagccacagccaacttactatgttttgtgtccgcttgcaaagacttttgc ttgcgaatggctagagataccaacttgcacaaacaaagtggtccaataacccaaaat--- ------cctgtggagaattacatagatcaagttttaaatgaagttttggtagttccaaac atcaaagaaagcaatcccacaacctctaattcagccccagccttagatgctgccgaaaca ggtcataccagtaatgttcaacctgaagacatgattgaaacacgttatgtgcaaacaaca cacactagagatgagatgagtcttgagagcttcttagggaggtcaggatgtgtacatata tccaaattagatattg-attatacc----------------------------------- -aattacaataaa---agtgttaagaatttcacaatttggaagataaatataaaagaaat ggcccagattaggagaaaatttgagttgtttacatacacaaggtttgattctgaaataac attagtaccttgtatagctgcagaaagtgaca------gcattggtcatgttgttatgca gtacatgtatgtaccaccaggggctcctctaccacaagcaagagatgactacacatggca atctggcacgaatgcatctatcttttggcagcatggacaggcatatcccaggttttcact tccatttctaagtattgcctctgcatactacatgttttatgatggttatgatggtgggc- --ca------gattcacaatatggaacaattgtaacaaatgatatgggttccctgtgttc tcgtatagtcaccgaagagcacggatcccgtgttgatatttcaactagggtatatcacaa agctaaacacgtcaaagcttggtgcccacgaccacctagggcagttgaatatacacatac acatgttacaaattac------aaaccaagcacagg---------------------tg- --attacaccacagccatacaaaccagaga---------g---catgttaga-------- -----------gcagtcaaaa---------atgtaggtcctagtgacatgtatgtccatg taggtaatcttatatatagaaaccttcatttattcaactcagaag---caagtgattcag tgttaatatcacattcatc------tgatttagtcatataccgcacaaacacaacaggtg atgactacataccaacttgtgactgtacagatgccacttactattgcagacacaagaata gatattaccccattaaggtcactagtcatgattggtatgaaatacaagaaagtgaatatt acccaaaacacattcaatataacttattaataggtgaaggaccttgtgagcctggtgatt gtggtggaaaattattgtgcaagcatggtgtaataggtataattacagctggtggtgagg gtcatgttgcatttatagatttgagacatt------ttcactgtgctgaagaacaggg-- -aattactgactatgtacatatgctaggtgaagcttttggaaatggttttgtagatagtg ttagggatcaagttaatgcaataaatc------ctataaatagtataagtaagaaaataa ttaaatggatgcttagaataatatcagctatggttattataattaggaatagttctgacc cgcaaacaataattgctacattaactctaataggatgttctggttcaccgtggcgattct taaaagaaaaattctgcaaatggacacaactaaattatgtacacaaagaatca---gatt cttggcttaagaaatttactgagatgtgcaatgctgccagaggtcttgaatggataggga ataaaatatccaaatttattgattggatgaaatcaa---tgttgccacaagcacaactta aagttaaatatttgagtgagctaaagaaacttaatttattagaaaaacagattgaca--- ---atttacgttgtgctgatacaaaggtgcaggaaaaaataaaatttgaaatagatacac ttcatgatttgtcttgcaagtttctgccattatatgcaagtgaagcaaagagaataaaaa cattgcataacaaatgctgcaatataat------aaagcaaaagaaaaggagtgagccag ttgccattatgatacatggacctcctggcactggtaaatccataacaaccagctttcttg ccaggatgataacaaatgaaagtgat------atctactcacttccaccggatcctaaat attttgatggttatgatcaacagagtgttgtcataatggatgatatcatgcagaaccctg gtggtgaagatatgtctctgttttgtcaaatggtttccagtgtaacttttatacctccaa tggcagatttacctgataaaggaaaaccctttgattcaagatttgttttttgcagcacca atcattcacttcttgcccctcctaccattacctcactttctgcaatgaatagaaggtttt atttagatttagatattgtagtaaatgaaaattacaaagatacccaaggaaaattgwatg tcccaaaatcttttaaaccgtgtgacatagataataagattggaaatgcaaaa---tgtt gcccctttatatgtggaaaagcagtcgtgttcaaggatcggaacacgtgtcaaacatata cactgtgtcaaatctataacatgatcattgaggaagacaaacgacgcagaagcgttgttg atgttatgtctgcaattttccaaggtcccatatcta---------------------tga attccccacctccacctgccatagctgatttattacaatcagtaagaactccagaggttg ttaagtattgtgaatataataagtggataattccagctgaatgtaaaa---tagagagag atttaaatcttgcaaacaacataataacaattattgcaaatatcattagtatagcaggta ttatatttgttatttataaattattttgctcattgcaaggaccatattcaggtgagc--- ctaagccaaaaaccaagattcctgaa---agaagggtagtagcacaaggacctgaggaag aatttggacgttcattaataaaacacaatacatgtgtgattacaacagataatggaaaat ttactggattgggtatttatgataaatacatgatcattccaacacatgctgatccgggca agactgtccaaatcaatggtattattacaaatgttattgactcttatgatttacataaca aagatggagttaaacttgaaattacagtcattaagctagatagaaatgaaaaattcagag atatacgcaagtatataccagagagggaagatgattatcctgattgtaatttagcacttg tagcaaatcaacctgaaccaactattatcaatgtaggtgatgtgatttcttatggaaaca tattacttagtggaaaccaaacagctagaatgttaaagtaccattacccaactaaatctg gatattgtggtggtgttttatacaagataggtagtataataggaattcatgtaggtggta atggtagagacggcttctcagcaatgctacttagatcatactttagtgaaacacaaggtc aaatcactagctcaagaaatgttaaggatcttggatacccgactatacacacccctaaca agactaaactacacccaagtgtcttttatgatgtgttcaagggcactaaagaacctgctg ttttgtcggagaaggatccacgtttagaaactgattttaaaactgctttattctctaaat ataaagggaatgttaattgtgaattgaatgatcatatgagagttgctatagcgcactact cagctcaattaatgacccttgatattgatccaagcaacatgacaatggaagaaagtgtgt ttggaactgatggtttggaagcattagacctaaatacaagtgcagggtttccatatataa gtatggggattaaaaagagagatcttatcaacaacagtacaaaggatatatctaaactta aaatagcattagataaatatggagtggacttgcctatggttaccttcttaaaagatgagc ttaggaaaaaagaaaagatcccatctggaaaaactagggttatagaggctagtagtgtta atgacaccatagcatttagaatgacatatggaaatttgtttgcatgtttccacaaaaacc ctggagttgtaactggttcagcagtagggtgtgatcctgaaactttttggtcaaaaatac ctgtgatgttagatggtgattgtataatggcatttgattacacaaattatgatggcagta tacaccctgtgtggtttgaagcactgaaggaaatcttaaaagacttacagtttgaacat- --aggttaatagatagattgtgtaactccaaacatatatttaaagattcttattatgaag ttgagggaggggtgccttcaggttgttcaggaactagcatattcaacacaatgattaata atgtgattataagaaccttagtcctagatgcctataagcatatagatctagataaactta agataatagcttatggagatgatgttattttctcttacaaataccctttggaaatggagg caattgcaatagaaggcaagaaatatggtctaactattacccctgcagacaaatctgata ctttcaagaaattggattatgatagtgtcacattcttaaaaagaggattcaaacaagatt ccaaatacccattcttgatacatcccacttttccagtaagtgaaattcatgaatcaatca gatggacaaagaaaccatcccaaatgcaggaacatgttctttcattgtgtcacttaatgt ggcataatggacgtgatgtttaca-aagagtttgaacgtgggattcgcagcgttagcgct ggacgtgcgttgtatatcccaccctatgaacttttactgcatgagtggtatgagaaattt taact-------ttca-tat---atatag---aa-------------------gtagtga --ata-cttagttcat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445128.1 Human rhinovirus 33 strain ATCC VR-330, complete genome -------ttaaaactggatctaggttgtt-cccacctagatctcctacacggagtt---g tactctgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------at -a----------ccc-cct-------------t-cccc-ct------------------- ------ttgtaac----ttagaagc-t-gaacat------ac-tgaccaatagg-cggca ttcaa-ccagaatg-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttaa--ag ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacagccttaatcgttatccgcaagacaactacgc aaagcctagtatca-tctttg-aa-agtatgtggttggtcgctccgcta------taaac tc-aatagcagacctggcagatgaggctagaaactccccactggcgacagtgttctagcc tgcgcggctgcctgcgtgccct-atacg-ggt----------acgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgtctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctggtatgcacaatccagtacatggccagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----a---tttta-ccttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--aaca----tatatat tggcatcatgggcgctcaagtttcaagacagaatgttggtacgcactccacacagaatgc agtttcaaatggatcaagtctgaactatttcaatataaattattttaaggatgctgcctc cagcggtgcatcaaaacttgaattctcacaggatccaagtaaatttacagacccagtcaa ggatgtattggaaaaaggaatccccactctacaatcccctactgtagaagcatgtggata ttcagatagaatcatacaaatcacaagaggagattctacaataacatcacaagatgttgc aaatgctgttgttggttatggcgtgtggcctcattatttgacacctcaagatgctacagc tatagacaaaccttctcgaccagatacttcctctaatagattttacactttggcaagtaa ggaatgggactttaattctaaaggatggtggtggaagttgcctgatgctcttaaggatat gggaatttttggtgaaaacatgttttaccatttccttggtagaagtggttatacagtaca tgtgcagtgtaatgcaagcaagtttcaccaaggtactttgattgttgccatgatacctga gcatcaattggcaagtgcaacaaccgggaatgccacagctgggtacaaccttacgcatcc tggagaggcaggtagagatgtcagcccaaagactcgt-----------gaaaatattg-- -ataaacagcccagtgatgatgcatggctcaattttgatggcacactgctaggtaacata actgtatatccacatcagcttattaacttaagaagcaacaattcagccacaattattgtt ccttatgtgaatgcagttcctatggattcaatgctaagacacaacaactggagtttggtt ataataccaatttgtccactagaatctgtaccagcttcaa---------ctgtacctatt actatctctataagccctatgtgtgctgagttttctggtgcccgcgctg----------- -ctgcg------------------------------agaa------accaaggcttacca gtatttataacaccaggatctggtcaatttatgacaacagatgattttcaatcacccagt gctctgccctggtttcatcccaccagagaaatttcaatcccaggtcaagttaaaaacctt gttgaactttgccaaatagatacactgattcccataaacagcacaactgcaaat---aat gataacacaagtatatacactgtgactttggaaaaacagactaatt------tagcacaa gaagtatttgcaattaaagttgatattgcatctaatcctcttgccactaccttaattggt gaaatagctagttattttactcactggacaggcagcgtccgatttagttttcttttctgt ggtactgcaaacactactcttaaattgttgttagcctacacaccccctggaatacgtaaa cctattagcagaaaggaagcaatgcttggtactcatgtggtgtgggacgttggtctgcaa tcaacaatgtccatggttgttccctgggttagtgctagtcattttagaaataccacacca gatacatattccttagctgggtatgtgacctgctggtaccagaccagcctggtggtacca agcagtacaccaatcactgccaagatgttgtgttttgtttcgggctgtaaagacttttgt ctaagaatggcacgagatacaaatttacatttacaaagtggcattataacacaaaat--- ------ccagtagagaattatatagaagaggtgttgaatgaggttttagtagtgcctaat atcagagagagtcaagcaaccacatcaaattcagcacctgccttagatgcagctgagact ggacacactaataatgtacaaccagaagatatgattgaaacaagatatgtacaaacatca caaactcttgatgagatgagtgtggaaagcttcttaggaaggtctggttgcattcacatg tcaaaattagtagtga-aatatgaa----------------------------------- -gactataatga------gaaaaagaattttatgacatggaaaataaatctacaagagat ggcacagattaggaggaaatttgaaatgtttacatatgccagatttgattcagagatcac cctagtcccttctatagctgcccagggagatg------atgttggtcatgttgtaatgca gtacatgtatgtcccaccaggtgcaccagctccagaaaagagagatgattacacatggca atcaggaacaaatgcatctgtcttttggcaatatggacaaacatatcctaggttctcatt acctttccttagcatagcttcagcatattacatgttctatgatggatatgatggggacca accc------aattccaggtatggtaatatggttaccaatgacatgggcactttatgctc tagaatagttacagataatcataagcatccaatagaagttacaacaagagtataccataa agcaaaacatgtcaaagtctggtgcccaagaccacctagagctgtggaatacacccatac tcatgttacaaattat------aaatcaacaactcg---------------------tg- --aagtgaagacagctattagaccaagagc---------a---acaatcaag-------- -----------act------------------gcaggaccaagtgacatgtatgtacatg ttggtaatctcatatatagaaatttgcaccttttcaattcagaca---ttcatgactcca tatcagtatcatactcatc------agatttagtcatataccgaacaaacactacaggtg atgactacataccaacttgtgactgtactgatgcaacttacttttgcaagcacaaaaaca gatattatccaataaaagtcactagtcatgattggtatgaaattcaggaaagtgagtatt acccaaaacacatacagtacaacttattaataggtgagggcccatgtgaacctggtgatt gtggtggtaaactgctgtgcaaacacggagttattggaataataactgcaggtggtgagg gacatgtggcattcatagatttaagacatt------tccattgtgctgaagaacaggg-- -gattaccgattacatacacatgcttggtgaggcatttggtagtgggtttgttgatagtg tcaaagaccaaataaatgccataaacc------caattaacaatataagtaggaaaattg taaaatggattctaagaataatatcagcaatggttgtgattattagaaattcatctgatc cccagacaataatagccacattaactttaattggttgctctggatcaccatggagatttc ttaaagaaaagttctgtaaatggacacaactaaattacatccacaaagagtca---gatt cctggctaaagaaatttactgaaatgtgcaatgcagctagaggtctagagtggattggta acaagatatccaaatttattgagtggatgaaatcaa---tgctaccacaggcacaactta aaatcaaataccttaatgaactcaagaagttgaaccttttagaaaagcaaattgagc--- ---acttgagaatagctgattctagtactcaagagaaaattaagtgtgagatagacactt tacatgatttatcatgcaaatttcttcccttatatgctagtgaggctaaaagaattaaag tcttatataataagtgtaatgtaattat------caaacagaagaagagatgtgaaccgg tggcagtcgtcatacatggggaacctggagccggaaaatctatgacaacaaacttcctag caagaatgataactaatgatagtgac------atatactcactcccaccagatcccaaat actttgatggctatgatcagcagagtgtggttataatggatgatatcatgcaaaacccaa gtggtgatgacatgactcttttctgccagatggtgtctagtgtcacatttatcccaccta tggctgatcttccagacaaaggcaaaccttttgactccagatttgttttgtgtagtacaa atcatagtatgttggcaccaccaactatcacatctttgccagcaatgaataggagattct atctagatttggatattgtagttagtgaaaaatacaaagaccagcaagggaagcttaatg ttgctgccgcattccaaccttgtgatgtcaatgcaaaaattggcaatgcacgc---tgtt gtccattcatatgtggaaaggcagtaatgttcaaggatagaaacacttgtcaatcctaca cattggcacaggtgtacaaccatatacttgaagaggacagaaggcgcagacaagttgtag atgttatgtctgcaattttccaaggaccaatctctt---------------------tgg aargaccaccaccagctgcaataagtgatctgctgcaatcagtaagaactccagaagtca tcaagtactgtgaggacaacaaatggataatccctgctgggtgtagaa---tagaaagag atttaaatattgccaacaccataattacaatcatagcaaatgtaattagcatttctggga ttatttatgtgatatacaagctattttgtacattacaaggaccttactctggtgaac--- ccaaacaaaggacaaaaattcctgag---aggagagttgttgcacaaggccctgaggagg aatttgggagatcactaattaagcacaactcatgtgtggtcaccacgcaaaatggaaagt tcacaggtctaggaatttatgatagaacaatcataattccaacacatgcagacccaggta aagaagttcagattgatggcatttctacaaaagttgaggattcttatgacttatacaata aagatggtatcaaattggaaattactgttctcaaacttcaaagaaatgaaaaatttaggg atattaggaagtacatacctgaaaaagaagatgactaccctgaatgcaacctggctttgt ctgccaatcaacctgagaccaccataatcagtgttggagatgttgtatcatatggaaata ttctacttagtggcaatcaaacagctaggatgcttaaatacaattatccaacaaaatcag gatattgtggtggtatactatataaaattggtcaagttcttggcattcatgttggtggta atggtagagatggatttgcagcaatgttgttgagatcctacttttctgagacacagggcc agattaccatttcaaaaccagtagttgaacttggcttacctagtatccacacaccaagca agacaaaattgcaacctagtgttttccatgatgtttttcctggaagtaaagagccagctg ttctctctgataatgatcccagattagaagtagatttcaaacaagcactgttttctaagt ataaaggtaacaatgaatgtgcaatgaatgaacatatcaaagttgccgtttcccactact cggcacaattacacacactagatgttgaccctaggcccataaccgtagaagacagtgtct ttggtgtagaaggcttagaagctcttgatcttaacacaagtgcagggtatccctatgtaa ctatgggcattaaaaagaaagacttgatagacaaccgtgccaaagacttgaccaaactaa aaatagcaatggataaatatggagttgatttacccatggtcactttcctcaaggatgagc ttagaaagaaagaaaaaatttctgctggaaaaactcgtgtcattgaagccagtagtgtaa atgatactgtgttatttagatcagtctatggcaatcttttctcaaaatttcatctaaacc ctggtatcatcaccggttctgcagtaggatgcgatccagagactttttggtcaaaaatac ctgtaatgttagatggtgagtgtataatggcttttgactacacaaattatgatggtagta tacacccagtttggtttgatgcacttaagttagtcctggcaaacctttcatttagaact- --gatttgatagacagattgtgtaagtcaaagcacatattcaaaggcacatattatgagg tagaaggtggggtcccatcaggatgctctggcacaagtatatttaatacaatgattaaca atgtgattattagaacactagtgctagatgcttacaaaaacattgatttggataaactca aaattattgcttatggagatgatgtcattttctcttacaaatatcagcttgatatggagg caattgctttggagggtgttaagtatggattaacaataacccctgcagataaatccagta tcttcaagaagcttgattatagtaacataacttttctaaagagaggctttaggcaagatg agaagcataatttcctyattcacccaacttttccaattgatgaaattcatgagtcaatca ggtggaccaagaaaccatctcagatgcaggagcacgtcctgtcattgtgtcatttgatgt ggcataatggtagagatgtgtata-ctcaatttgaaaggaggatacgtagtgtcagcgct ggtcgtgcactatatatacctccttatgacctgcttctgcatgagtggtatgaaaaattt taaac-------tgtt-taa---atatag---aa-------------------atattaa --aca-tttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445139.1 Human rhinovirus 54 isolate F05, complete genome -------ttaaaactggatctaggttgtt-cccacctagatctcctacatggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-cta-------------c-cccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-aagcac------aa-cgaccaatagg-aggca attga-ccaaattg-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ga ttgatacgctccacc-agggc-gaaaacaattgagatcgttatccgcaaagtgcctacgc gaagcctagtaaca-ctttga-ag-agtttatggttggtcgctccgcta------t--tc cc-catagcagacctggcagatgaggctagaagctccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttatg-ggt----------gtgaagccata-tacttg acagggtgtgaagagcctagtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacccgtagctagtgcacacaatccagtgtgtggctagtcgtaatgagcaatt acgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-cttttg- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-g--------at----------tatatat tgacaccatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggtactcactcaactcaaaactc tgtgtcaaatggatccagcttgaattatttcaatataaattattttaaagatgctgcttc aagtggagcgtccaaattggaattctcacaagatccaagtaagtttactgacccagtaaa agatgttctggaaaaagggataccaactttacaatcacccacagtggaggcttgtggcta ctcagataggattatacaaataactagaggagattcaacaataacatcacaagatgtggc aaatgccgttgtgggatatggtgtctggccacattatttaacagcacaggatgccacagc catagataaacctacacaacctgacacatcatccaacagattttacacacttgacagtaa attgtgggacgagacatcaaaaggctggtggtggaagttgcctgatgcactcaaagacat gggcatatttggtgagaatatgttttaccatttccttgggagatcaggatacactgtaca tgtacagtgtaatgcaagtaaatttcatcaaggtacactgctaatcgccatggtaccaga acatcaattagccagcgcaagtcgtggcaatgtcactgcaggatataattatacacaccc tggtgaacttggtagagtagttgggcaacctaggaca-----------cagattaatg-- -atcaccaacctagtgatgacaactggttaaattttgatggtactttccttggaaatctg ttaatattcccacaccaatttattaatttaagaagcaataattcagcaacaatcattgtt ccatatgtgaatgcagtgccaatggactcaatgctaagacataacaattggagtttgtta attatccctgtgagttctctgaaaagcgatcaggcatctg---tta---gagtgccaata acaatttcaattagtccaatgtgtgctgaattctctggtgccagagcaagaccag----- -ctgct------------------------------gcag------cacaaggtttgccg gtttatattacaccaggatctggacagttcatgactacagatgatttacaatccccatgt gctctaccatggtaccacccgactaaggaaattttcatacctggtgaggttagaaacctt attgagatgtgccaagtcgacacactcatcccaattaataacacacttccaaac---ctt cgtaatgttagtaagtatgctgtttcactgtctagtcaaactgatt------ttgctaag gaaatatttgctattaaagtggatgtagcttcccaacctctttcaagtacacttttaggt gaaatatgtagttattacacacactggacaggtagtttacgttttagcttcatgttctgt ggtacagccaatacaacgcttaaggtgctcattgcttacacaccaccagggatcaagaaa cctgaaaccagaaagcaagccatgctgggtacacatatagtgtgggatgtggggctacaa tcgactgtttctctggttgtcccttgggttagtgctagccacttcagatacacaactcca gatacatactctgcagcagggtacataacttgttggtatcaaacaaactttgtatttcca cctaatacacctaataatgctgacatgttgtgttttgtgtctgcttgtaaagacttttgc ttacgcatggctagagacactgacatgcacgtgcaaaatgtgccaatagagcaaaat--- ------cctgtagaaaagtatgttgatgaagtgttaaatgaagtattagttgttccaaac atcagagaaagtcatccagctacatccaattcagcccctgcgttggatgcggcagaaact ggacatactagtggaatacaacctgaggacactatagaaacaagatacgtacagacttca caaaccagagatgaaatgagcatagagagctttttaggtagagctggttgcatacatgaa tccaccatcacaattc-ggaatgatgtt-------------------------------- -gaatacaatga---------tcatcacttcaagaaatgggacataacattacaagaaat ggcacaaatacggagaaaatttgaattctttacttatgttaggtttgattcagaaattac tctagtcccttgtatagctggtaagggagctg------atattgggcatattgtcatgca attcatgtatgtaccacctggtgcaccaaaaccagagaaaaggaatgattacacctggga gtcaagtacaaacccttctatattttggcaacatggtcaagcttatccaagattctcttt acccttcttaagcattgcatctgcttactacatgttctatgatggttatgatggtgatgc acca------gggtcaaggtatgggacctcagtcaccaaccacatgggtacattgtgctc aagagtggttactggtaaacaagaacatccagttgagatcactacaagagtgtatcataa agcaaaacacattagagcatggtgtccacgtgcacctagggctgtcccatacacacatac tagatcaacaaattac------atgccacaggatgg---------------------tg- --aaccaacaattttccttaagcacaggga---------a---actcttaca-------- -----------aca------------------gctggacccagtgacatgtatgtacatg tcggtaatttaatatacaggaatctacatcttttcaattctgaaa---tgcatgactcta ttctgatttcttactcttc------tgatttagtcatataccgcacaaacacaataggag atgactatattccaacatgtgattgcacagaagccacatattactgtaagcacaagaata gatattacccaattaaagtaactagtcatgattggtatgaaatacaagaaagtgaatatt accctaaacacattcaatataaccttttgattggagaaggaccatgtgaaccaggagact gtggaggcaaattactgtgtaaacatggggtcatcggaataatcactgctggtggagaag gacatgtggcatttattgatcttagacatt------tccattgtgccgaagagcaagg-- -cataactgactacatccacatgcttggtgaagcctttggtacaggttttgttgatagtg ttaaggatcaaataaatgctatcaacc------caatcaataatattagtaagaaaataa ttaaatggctccttagaatcatatcagctatggtaataataatcagaaattcatcagatc cacagacaattatagccactttaactttaattggttgttcaggttcaccatggagatttt tgaaggagaaattctgcaaatggactcaacttaactacatccacaaggagtct---gatt cgtggctcaaaaaatttacagaaatgtgcaatgcagcaagaggattagagtggattggca ataagatatctaaatttattgattggatgaaatcta---tgctaccacaagctcagctta aaataaaatacttgagtgagctaaagaaattgaatctcctggaaaagcagatggaac--- ---accttagagttgcggattctcaaacacaggagaaaattaaacatgaaatcgacactc ttcatgacctttcatgcaaatttcttccattatatgcaagtgaagcaaagagaattaaaa ttttacacaataggtgtagtactattat------taagcaaaagaaaaggtgtgagcctg ttgccgttgtaatacatggtgaaccaggtacaggaaaatctatgaccacaaacttcctag ctagaatgataaccaatgatagtgat------atatattctttacctccagatcctaaat attttgatggatatgatcaacaaagtgtggtcatcatggatgacgtgatgcaaaatccaa gtggagatgatatgactctattttgtcagatggtctctagtgtcacttttataccaccta tggctgatttaccagataagggaaaaccttttgattctagatttgtgttatgtagtacta atcataatttactggcacctcccacaataacttctttaccagctatgaacaggagattct ttcttgatctagatatagtggtgtgtgataaatataaagattcacaaggaaaattaaatg tgtctgctgcttttaaaccatgtgatgttaacacaaaaattggaaatgccaag---tgct gccccttcatatgtggcaaggctgtcatgttcagggatagaaatacatgtcaaacctata cactatctcaagtctataatcaaatacttgatgaagataaaaggcgtagacaggttgttg acgtgatggcagcaatatttcaaggcccaatttcac---------------------ttg aaggaccaccaccagcagcaataagtgaccttttgcaatcagttagaaccccagaggtga tcaagtattgtgaagacaataaatggataataccagcagagtgcaaga---tagagagag atctgaatttggcaaacaccattatcacaatcattgcaaatattattagtatttcaggta taatttatgtgatatacaaactcttttgtacacttcaaggtccatattcaggtgaac--- ccaaacccaaaaccaaagtgccagaa---agaagagtagtagcacaaggtcctgaagaag aatttggtagatcacttattaaacacaactcatgtgtggtcaccacttcaaatggtaaat ttacaggtttaggaatttatgatagaacattgattgtacccacacatgcagatccaggta aagaagtacaaatagatggcatcacaactgaggtccaagattcttatgatttgtataaca aagatggtataaaattggaaattacagttcttaaacttaaaagaaatgagaaattcaagg acattaggaagtatattccagaaaatgaagatgattatccagattgtaatttggctttat ctgccaaccaaccagaaactacaattattaatgttggagatgtagtatcatatgggaaca ttttactcagtggaaatcaaacagcaagaatgctcaaatacaactacccaacaaaatcag ggtattgtggtgggatactatacaaaattgggcaagtcttgggcattcatgttggtggca atggaagggatggatttgcagctatgctattaagatcatactttacagaggcacaaggtc aaatagttaccactaaatctaccatagagtgtaacctacctagcattcatacacctagta aaaccaaattacaacccagtgtattttatgatgtcttccccgggagtaaagagccagctg tgctctcagaacatgatcctagattagaagttgattttaaacaagctttgttttcaaagt ataaaggcaataatcagtgtgaaataaatgagcacatcaaagtggcagcatcccactatt cagcacagttaatgacattggacattgattcaaatccaatttcactagaagatagtgtgt tcggcacagagggcctagaagcacttgatctcaccactagtgctggatttccttatgtgt ctatgggtatcaagaaaagagatttgattaacaaacaaacaaaagacatcaccaagctta agatagctctagataaatatggtgttgatctgcccatggtcacatttcttaaagatgaac ttaggaaaaaagaaaagattcacactggaaagacacgtgttattgaggctagtagtgtaa atgacactgtgttatttagaacaacctttggaaatcttttttcaaaatttcatttgaatc ctggcattgtcactggttccgcagtggggtgtgatccagagaccttttggtcaaaaatac cagtgatgttagatggtgaatgcataatggcatttgattacacaaactatgatggtagca tacatccaatatggttccaggctcttaaagaagtactatccaacttagggttccaaccc- --aatttaatagatagattgtgcaaatctaaacatatttttaaaaatgtgtattatgaag ttgaagggggggtaccatcaggttgttctgggacaagtatattcaacacaatgattaaca atatcatcattagaacactagtgctggatgcatataaaaatattgatctggacaagctca aaataatagcttatggggatgatgtcatcttttcctataaatatcaattagatatggaag caattgctaaagaaggtgttaaatatggtctaactataaccccagctgataaatcaagtg aatttaagaaattagattatagcaatgtaacttttcttaaaagagggttcaagcaggatg aaagatattcatttttaatacatccaacttttccagtcaatgaaattcaagagtccatac gatggacaaagaaaccatctcagatgcaggagcatgttctatcactgtgtcacttaatgt ggcataatggtagggatgtgtata-agcaatttgaacagaagatacgcagtgttagcgct ggccgtgcactgtacattcctccttatgatctgcttctgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------ataataa --aca-gttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445173.1 Human rhinovirus 98 strain ATCC VR-1298, complete genome -------ttaaaactgggtctaggttgtt-cccacctaggcctcctacatggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-ctt-------------c-cccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-tgacac------ac-tgaccaatagg-tggca attaa-ccaaattg-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ga ttgatacgctctacc-agggc-gaaaacaattgagatcgttatccgcaaagtgcctacgc gaagcctagtaata-tcttga-ag-aatttatggttggtcgctccgcca------t--ta cc-catggtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tcacg-ggt----------gtgaagccata-cgtttg acaaggtgtgaagagcctagtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacccgtagctggtgcacacaaaccagtgtgtagctagtcgtaatgagcaatt acgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-g--------at----------tatatat tggcaccatgggcgctcaggtctccagacagaatgttggcactcactcaactcaaaactc tgtttcaaatggatccagtttgaattactttaacataaattatttcaaggatgctgcttc aagcggcgcatcaaaattggagttctcacaagacccaagtaagttcactgatccagttaa agatgtcttagaaaaaggaataccaactttacaatcacccacagtggaggcttgtggtta ttcagacaggattatacaaataactaggggagattcaacaataacatcacaagatgtggc aaatgctgttgtaggatacggtgtctggccacattacttgacagcacaagatgccacagc catagacaagcccacgcaaccagatacatcttcaaatagattttacacacttgagagtaa actatggcatgaaacatcaaaaggttggtggtggaaattgcctgatgcacttaaagatat gggtatatttggtgaaaatatgttttatcatttcctagggagatcaggatatactgtaca tgtacaatgtaatgcaagcaaatttcatcaaggcacactgttagttgctatggtaccaga acatcaactagctagtgcaagccgtggtaatgtcactgcaggatataattatacacaccc tggggagctcggaagagtggttggacaagccagaact-----------cagactagtg-- -gtaatcaacccagtgatgataattggttaaattttgatggcactttcctcggtaattta ttaatattcccacaccaattcatcaacttgagaagtaataattcagcaacaatcattgtt ccttatgtaaatgctgtacccatggattcaatgttaagacataataattggagtctatta attattcctgtgagccctttgaagagtgatcaagcatcca---tta---gagtaccaata acaatctcaattagtccaatgtgtgctgaattttctggagccagagcaaaaccaa----- -ctgct------------------------------gcag------cacaaggtctccca gtttatgttacaccaggatctggacaatttatgactacagatgatttacaatctccatgt gctttaccatggtaccacccaaccaaggaaattttcataccaggtgaggttaaaaacctt attgaaatgtgccaagttgacacactcattccagttaacaatacaattgcaaac---cta cgtaatgttaataaatatgctgtttcattgtctagtcagactgatt------ttgctaaa gaaatatttgccattaaggtggatgtggcttcccaacccctttcaagtacacttttaggt gaaatatgtagttactacacacactggacaggtagcctacgctttagttttatgttttgt ggtacagctaacacaacacttaaagtactcattgcttacacaccaccaggaatcaagaaa cctgaaaacaggaagcaggccatgctaggtacacatatagtgtgggatgtgggattgcaa tcaacagtttccttagtcgtcccttgggttagtgctagccattttagatacacaactcca gacacatactctgcagcaggttacataacctgttggtaccaaacaaaccttgtgtttcca cctaacacaccaaacagtgctgacatgttatgctttgtttccgcatgtaaagatttttgc ttgcgcatggctagagatactgacatgcacgttcaagaggtaccaatagaacaaaat--- ------cctgtagagagatatgttgatgaagtattaaatgaagtgttagttgttccaaac attaaagaaagtcatccagctacatctaattcggcccctacactagatgcagcagaaact gggcacactagtggaatacaacctgaggatactatagaaacaagatatgtgcagacatca caaaccagagatgaaatgagtatagaaagttttctaggtagggccggttgtatacatgaa tctactatcactattc-aaaatgatgta-------------------------------- -gaatataacga---------tcatcattttagacaatgggatataacattacaagaaat ggcacaaattcgaagaaaatttgaattctttacttatgttagatttgattcagaagttac cttagttccttgcatagctggcaagggagctg------acattggacacattgtcatgca attcatgtatgttccacctggtgcacctaaacctaaaaagaggaatgattatacttggga atcaagcacaaacccttctatattctggcagcatggtcaggcctatccaagattttctct accattcttgagcattgcatctgcttactacatgttttacgatgggtatgatggtgatgc acct------ggatcaagatatggaacctcagtcactaatcacatgggcactttgtgttc aagagtagttactggcaaacaagaacacccagttgaaatcactacacgtgtgtaccacaa agcaaaacacattagagcatggtgtccacgtgcacctagagctgttccatacacacacac tagatcaactaattac------atgcctcaagatgg---------------------tg- --aaccaacaatctttcttaagcatagaaa---------a---gatcttgta-------- -----------aca------------------gctgggcctagtgatatgtatgtgcatg ttggtaatttaatatacagaaatttacaccttttcaattccgaaa---tgcatgactcta ttctggtttcatattcttc------tgacctagtcatataccgcacaaacacaataggtg atgactacattccaacatgtgattgcacagaagctacatattactgtaaacacaaaaata gatattatccaattaaagtaaccagtcatgattggtatgaaatacaggaaagtgaatatt atcctaaacacatacaatataatcttttaattggagagggaccatgtgagccaggcgatt gtggagggaaattactgtgtaaacatggagtcattggaataatcactgctggtggagagg gacatgtggcattcattgatcttagacatt------tccattgtgctgaagagcaagg-- -cataactgattatattcacatgctcggtgaagcctttggtacaggttttgttgacagtg tcaaggatcaaataaatgctatcaacc------ctattaacaacattagtaagaaaataa tcaaatggcttcttagaatcatatcagctatggtaataataattagaaactcatctgatc cacagacaatcatagctacattaactttaattggttgttcaggttcaccctggagattcc ttaaggaaaagttttgtaaatggactcaactaaattatattcataaggaatct---gatt catggcttaaaaagttcacagaaatgtgcaatgcagcaagggggctggaatggattggta acaagatatctaaattcattgattggatgaaatcca---tgctaccacaagctcaactta agataaaatacttaagtgaattaaagaagttaagcttccttgaaaaacaaatggaac--- ---acctcagggtcgctgattctcaaactcaggaaaagattaaacatgaaattgatactc tccatgacctttcatgtaaatttctcccattgtatgcaagtgaggcaaaaagaataaaaa ttttacataatagatgtagtacaatcat------caggcaaaagaaaagatgtgaacctg ttgctgttgtgatacacggtgaaccaggcactggcaaatctatgactacaagcttcctag ccagaatgataactaatgacagtgac------atatactccctacctccagatcctaaat attttgatgggtatgaccaacaaagtgtggttattatggatgatgtgatgcaaaacccaa gtggagatgatatgaccctattttgtcaaatggtttctagtgtcacatttataccaccaa tggctgatttaccagataaaggaaaaccttttgattctaggtttgtattgtgtagtacta atcataatttattagcacctcccacaataacctctttaccagctatgaataggagatttt tccttgatttagacataatagtgtgtgacaaatataaagattcacaagggaagttgaatg tatctgctgctttcaagccatgtgatgttgacacaaaaattgggaatgccaaa---tgct gtccttttgtatgtggaaaggctgttgtctttagagatagaaacacgtgtcaaacataca cattatcacaagtatataaccaaatactttatgaagataaaagacgcagacaggttgtgg atgtgatggcagcaatatttcagggtccaatatcac---------------------ttg aaggaccaccaccagcagcaataagtgatcttttacaatcagttagaactccagaagtaa ttaagtattgcgagtacaataaatggataataccagcagagtgtaaga---tagaaagag acttaaatatagcaaacactattattacaattattgcaaacattattagtatctctggta ttatttatgttatatataaactcttctgcacacttcagggtccatattcaggtgaac--- ctaaacccaaaactaaaatacctgaa---agaagggtggtggcacaaggtcctgaagagg aatttggtagatcactcattaagcacaactcatgtgtggttaccacttcaaatggtaaat ttacaggcttaggaatttatgatagaacactaatcataccaacacatgcagacccaggta aagaggtgcaaatagatggcatcacaactgaagtacaagactcttatgatttatataata aagatggcataaaactggaaattacagtccttaaacttaaaagaaatgagaaatttaaag acattaggaaatatattccagagaatgaagatgattatccagattgcaatttggctctat ctgccaatcaaccagagaccacaatcattaatgttggagatgtagtgtcatatggaaata ttttgcttagtggaaatcaaacagcaagaatgcttaagtacaattacccaaccaaatcag gatattgtggtggaattttatacaaaattggtcaagtcttgggtattcatgttggtggta acgggagagatgggtttgctgcaatgttgttaagatcatattttacagaaacacaaggtc aaattgttaccaccaaatccactattgagtgtaatttacccagcattcatacacctagca aaactaaactgcaacccagtgtgttttatgatgttttccctggtagcaaagaaccagctg tactttcagaacatgaccctagactagaggttgatttcaaacaagccttattttcaaagt ataaaggtaacaatcagtgtgaaatgaatgaacatattaaagtagcagtatctcactatt cagcacaattgatgacactggatattgattcaaatccaatttcattagaagatagtgttt ttggcacagaaggtctagaagcacttgatcttaccactagtgctgggtttccctatgtat ctatgggtatcaagaaaagagatttgattaacaaacaaacaaaagatatcacaaagctta aaatagctttagacaaatatggtgttgatctacccatggttacatttcttaaagatgaac ttaggaagagggagaaaatttctgctggaaaaacacgtgttattgaggccagtagcgtga atgacactgtattatttaggacaacctttggaaatcttttctcaaaatttcatttaaatc ctgggattgttactggttctgcagtaggatgtgatccagagactttttggtcaaaaatac cagtgatgttagatggtgaatgtataatggcatttgattatacaaattatgatggtagta tacatccagtttggttccaagcccttaaggaagtgctatctaatttaggatttcaaccc- --aatttgatagacagattatgtaaatcaaaacatattttcaaaaatgtatactatgaag ttgagggaggggtaccatcagggtgttctggaacaagcatatttaatacaatgattaata atgttattattaggacattagttttggatgcatataaaaacattgatttagataaactca aaataatagcctatggagatgatgttatcttttcttataagtaccagctagatatggaag caatagccaaagaaggtgttaagtatggtctcaccataactccagccgataagtcaaatg aatttaagaaattagattatagtaatgtgacttttctgaaaagagggtttaagcaagata ataaatactcatttctgatacatccaacttttccaattgatgagatccaagagtccatac gatggacaaagaaaccatctcagatgcaggaacatgtactatcactgtgtcacttaatgt ggcataatggtagagatgtgtata-agcagtttgaacagaagatacgcagtgtgagcgct ggtcgcgcactgtatatccctccctatgatctgcttctgcacgagtggtatgaaaaattt taagt-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------ataataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >EF173416.1 Human rhinovirus 24, complete genome -------ttaaaactggatctaggttgtt-cccacctaaatctcctacatggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -c----------ctc-ccc-------------t-cccc-tta------------------ ------aagtaac----ttagaagt-t-ggacat------at-cgaccaatagg-taaca tttat-ccaaaatg-t----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--gg ttgatgtgctctaac-agggc-aaaaacagctgcgatcgttatccgcaaagcaactacgc aaagcctagtagcattttttg-ag-agtatgtggttggtcgctccacta------taaac cc-aatagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtgctcc-ttgtg-agc----------acgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagcgtgtacaatccagtacaaagctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--aaca----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatccagacagaatgttggcacacactccacacagaattc agtttccaatggatcaagtttaaattactttaatataaactacttcaaggatgctgcctc tagtggtgcttcaaaacttgagttttcacaggatccaagtaaatttacagaccctgttaa ggatgtgttagagaagggtatccccacattacaatccccaacagttgaggcatgtggata ttcagacaggatcatgcaaataacacgaggagattccacaatcacatcacaggatgttgc taacgctgtggttgcctatggtgtgtggcctcactacttaacacctcaagatgccactgc tattgacaaaccatcgcgcccagacacctcttccaacagattttacaccttagagagcaa aacatggacagggacgtccaagggatggtggtggaaattaccagatgcactcaaggaaat gggaatctttggtgaaaacatgttttaccatttccttggtagaagtgggtatacagtgca tgttcagtgcaatgcaagtaaattccaccaaggcactcttatcgtggctatgataccaga acatcagttggcaagtgcaacaacaggaaatgttagagctggatacaatttaacacatcc tggtgaaagtggcaggaatgttgacccaataactagg-----------gataatccaa-- -caaagcaacctagtgatgatagctggcttaattttgatggaacactattaggaaatata acaatattcccacaccagtttattaatttgaggagcaacaattctgctacaattattgtg ccatatgtaaatgcagtcccaatggattctatgctcagacataacaattggagtttagtg ataataccaatttgtccacttgaaaactcaactgaagtgcctaatg---cagtaccaatt accatatctataagtcccatgtgtgccgagttttctggcgcgcg---------------- --tgca------------------------------agaa------gtcaaggattacca gttatgatcacacctggctctggccaatttttgaccacagatgactttcaatcacccagt gctctaccttggtttcaccctactaaagagatatctataccaggacaagtcagaaatctt gttgaattgtgtcaagtggacacactcattccaattgacagtgtggaagctaac---att aaaagcacaaatatgtatactgtcactttgactagagaaacggact------cagccaaa gagatctttgccattaaagttgacattgcatcacacccacttgcaaccacattgattggt gagatagctagctattacacccattggacaggcagtcttcgttttagctttctcttttgc ggtacagcgtgtactactttaaaactgttaatagcctatacaccccctggtattagaaaa cctgagaacaggagagaagcaatgttaggtacgcatgttgtatgggatgtgggcttacaa tccactatttcaatggttgttccttgggttagcgctagccactttagaaatactacccca gacaaatattccctggcaggatacataacatgttggtatcaaactaatcttgtagttcca ccaaatacaccaacaacagcaaaaatgctgtgttttgtttcaggctgtaaagatttctgt ttaagaatggcacgagacaccaatttacacttacaaagtgctcctattacacaaaac--- ------ccagtagaaaattatatagatgaggttttgaatgaagtactggttgtgcctaat attaaggaaagtaaaccatcaacatcaaactcagcaccagctttggatgcagcagaaact ggacatacgagtagcgtgcagccagaagatatggttgaaactagatatgtccaaacatca caaacattacatgagatgagtgttgaaagtttcttgggtagatcaggttgcatacacatg tccaagttgactgtgg-attatgac----------------------------------- -aattatgatac---------aaaaaattttttcaaatggcaaataaatctacaagaaat ggcccaagtcagaagaaaatttgaattattcacatatactagatttgactctgagattac aatagttccatccatagctggcaagggagatg------acattggacatgttgtaatgca gtacatgtatataccacctggagcaccagtcccaacaaagagagatgattatacatggca atcaggaacaaatgcatctgtcttttggcaacatggacaaacctatcctagattttccct tccttttctgagtgtagcctctgcatattacatgttttatgatggatatgatggtgatca acac------gactcagtgtatggttcagttgttacaaacgacatgggaactctatgcta tagaatagtcactgacaagcataatcaccaaatagaaattacaacaagaatataccacaa agcaaagcacattaaggtctggtgtccaaggccacccagagctgttgagtatacacatac tcacgtgaccaattat------aagcatcagactcg---------------------tg- --aagtcaagacagcaattgaacctagaag---------a---ggaattaaa-------- -----------aca------------------gttggtcctagtgacatgtatgtacatg ttggtaatctcatatacagaaacctacatctcttcaattcagaga---tgcatgattcca ttctgatttcttattcatc------tgacttagtcatataccgaacaaacacaataggtg atgactatataccaacatgcgattgcactgaggcaacttattactgtaaacacaaaaaca gatactacccaattaaggtaactagtcatgattggtatgagatacaagaaagtgagtact accccaaacatattcaatataacttattaataggtgagggaccatgtgaaccaggtgatt gtggtggcaaattgttatgcaaacatggagttataggaatagttactgctggtggtgaag gtcatgtagctttcattgatcttagacact------ttcactgtgctgatgaacaggg-- -gataactgattatatccatatgctaggggaagcttttggcaatgggtttgtagacagtg ttaaggatcagataaatgcaataaatc------caatcaacagtataagtaagaaaataa ttaaatggttacttagaataatatcagcaatggttattatcataagaaactcgtcagacc ctcagactatagtagcaacacttactttaataggatgttctggctccccatggagattcc ttaaagaaaaattttgtaaatggacacaactaaactacattcacaaggaatct---gatt cctggcttaagaaattcactgagatgtgcaatgcagctcgtggtttagaatggattggta ataaaatatcaaaattcattgaatggatgaaatcca---tgctaccacaggcccagctta aaataaaatacctcagtgaacttaaaaaactcaatctcctagaaaaacagatagaac--- ---atcttagaattgcagattcaagtacccaagaaaagatcaagtgtgagattgacactc tacatgatttatcatgtaaatttctcccgctatatgctagtgaagccaagagaataaaaa ttttatataataaatgtaatgtgattat------taaacaaaagaagagatgtgaaccag ttgcagttgtaattcatggtgagcctggtacaggaaaatcaatgactactaacttcctag caaggatgataacaaatgacagtgat------atttattcactcccaccagaccctaaat attttgatggatatgatcagcaaagtgtagttatcatggatgacattatgcaaaatccaa gtggtgaagacatgacacttttctgtcaaatggtttcaagtgttactttcattcctccca tggctgacttacctgataaaggtaagccatttgattccagatttgttttatgtagtacta atcatggcatgttagcaccaccaacaattacatcactaccagcaatgaatagaagattct tcctagatttagatattgtagtaaatggcaaatataaagactctcagggtaagctaaatg tatctgctgcttttcgaccttgtgatgttgatgcaaaaattggcaatgctcga---tgtt gtccatttatctgtggcaaagctgttatgtttaaggatagaaacacatgcacatcataca ctctatcacaggtatataataatatacttgatgaggataaaagaaggaggcaagttgtag atgttatgtctgcaatcttccaagggccaataaccc---------------------ttg aagggcctccaccagctgccataaatgaccttctaaaatcagttagaactcctgaagtaa ttaaatattgtgaagataacaagtggacagttcctgctgaatgtaaaa---tagagagag acttaaatgtagctaacacaatcattacaattatggcaaatattataagcattgctggta taatttatgtaatatacaagctgttctgcaccttacaagggccatattcaggtgaac--- ctatcaagaaaactaaagtcccagaa---agaagagttgttgctcaaggcccagaagaag aatttgggcgatcacttataaagcacaactcatgcattgtaactacacaaaatggtaaat ttactggtctaggtatatatgacagagtccttattatcccaactcatgctgaccctggta gagaagtacaaattgatggcattaatactacagtggaggattcttatgatctatacaaca aggatggaatcaaactagagattacagtacttaaattgaaaagaaatgagaaatttaaag atattaggaaatatctaccagaaaatgaagatgactacccagattgtagtctagccttgt cagccaatcaacctgaaaccactataattaatgtgggtgatgtcatatcatatggtaata tcttacttagtggaaaccaaactgccagaatgctcaagtataactatcccactaaatcag ggtattgtggtggtattttatacaagattggccaggttttaggtattcatgttgggggta atggaagagatggttttgcggccatgttattaagatcttatttttctgaaacacaaggac aaatagttactagaaaatctactcttgattgcaaccttcctagtatacatactccaagta aaacaaaattgcaacctagtgtcttttatgatgtttttccaggcaataaggagccagctg ttctctctgaacatgaccccagattagaagtcaatttcaaagaagccttattttcaaaat acaaaggaaatagccagtgtgaattgaatgatcacatcaaggtagcaatttcacattact cagcacaattgacaacactagacatatgtccagatcccatttctttggaagacagtgttt ttggtgtagaaggtttagaagcacttgaccttaacactagtgcaggatttccatatgtga ctatgggaataaagaagagagatttaataaataaacaaaccagggacattactaaattga aaatggcaatggacaagtatggtgttgatttacctatggtaacctttcttaaggatgagc ttaggaagagagagaaaatctctgctgggaaaactagggttatagaagctagtagtgtga atgatactgttttattcaggacaacctttggaaacctattctcaaaatttcacttaaacc caggaattgtaacaggatcagctgttgggtgtgacccagaaacattttggtcaaagatac ctgtaatgttggatggagaatgtatcatggcatttgattatacaaattatgatggtagta ttcacccaatttggtttcaagctctgaaagaagttttatctaatcttggattcgaatct- --agtctgatagatagattgtgcaaatcaaaacatattttcaaaaacatgtattatgagg ttgagggtggggttccatcaggatgttctggcacaagtatattcaatacaatgattaata acattattattaggacattagttttggatgcatacaagaatattgatttagacaaactca aaataatagcatatggagatgatgttattttctcttataaatatcaacttgacatggaag caattgccaaagaaggaacaaagtatggtttgacaataacccctgctgacaaatcatgtg aatttaaacaactggattatagcaatgtgactttcttaaaaagaggatttagacaagatg aaaaacatcacttcttaatacacccaacttttccagtagaggaaatacaagagtccataa gatggactaaaaaaccatctcaaatgcaggagcatgttctatcattgtgtcatttaatgt ggcataatggtagagatatataca-agcagtttgagcagaagatacgcagtgttagcgct ggccgtgcactgtatgtccctccttatgacttgctccttcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------gtaataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >EF173419.1 Human rhinovirus 94, complete genome -------ttcaaactggatctgggttgtt-cccacccagatcacccaagaggtgta---g tgctctgtcattccggtgaccttgcacgccagtttt----------------------at ca-----------cc-cct-------------tccctc---------------------- ------ttgtaac----ttagaag--aattaaac------tc-agaccaatagg-aagcg acaag-ccagtcgt-g----a--caggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgcttcacc-aaggc-aaaaacaacagcgatcgttatccgcaagatgcctacgc aaagcctagtagtg-cctttg-aa-aatatttgtctggttgctcaagta------caacc cc-agtactaaacctggcagatgaggctggagcttccccactggtaacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttacg-ggt----------gtgaagccaaa-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccacagccattgctcacaatccagtgagtgtatggtcgtaacgagcaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----t---ttttt-ccttttt ---aattctgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gtgt----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggcacacactcaacgcaaaactc agtttccaatggttcaagcttaaattattttaacatcaattattttaaagatgctgcatc tagtggagcatctaagcttgaattttcccaagacccgagtaaatttactgaccctgtgaa ggatgtactggagaaaggcattcccactttacaatcaccaaccgtggaggcttgtgggta ttctgataggattattcaaatcacaagaggggattccacgatcacttcacaagatgtggc aaatgcagttgtgggatatggtgtgtggccgcattatttgacccctcaagatgctacagc tattgacaagccaactcagcccgacacttcctcgaacaggttttatacactagagagtaa aatatggacaacagattcaaagggctggtggtggaagttaccagatgcactcaaggatat ggggatatttggtcaaaatatgtattaccatttcctgggcaggagtggttacacaataca tgtacaatgtaatgctagtaagttccatcaaggcacattgatagtggctgcaataccaga acatcaattagctagtgcacacaaaggtaatgttaatactggatacaattacacacaccc tggtgaaaccggtagagatgtcggcacggaagtccgt-----------gacacagcta-- -attatcaacctagtgatgatgcatggctcaattttgatggcaccctattaggaaatata acgatatttcctcaccaatacatcaatctaagaagtaataactctgcaactttaatacta ccctatgtgaatgctgttcctatggattctatgcttagacataataattggagcctagtg atcattccaatctgccctttagagacccaaagtcaagat---acta---cagtacccata acaatatctatcagccctatgtatgcagagttttcaggagcacgtgcaaga--------- ---------------------------------------a------gtcagggattacca gtgctcatgactcctggctctggccagtttatgacaactgatgactaccaatctcccagt gccctgccctggtttcacccgacaaaagagatattcatcccaggacaagttcagaatttg tcagaattatgtcaggttgacactattattccaatcaacaatatatcttcaaac---aca actagtgtgaacatgtactctctcgtgttgacgaaggagaga---c------cagggcac gaggtttttgcaatgaaagtagatatagcatcacaacctttggcaacaacaattattgga gagatttccagttattatactcattggactggtagtctacgattcagtttcatgttctgt ggttcagctggcacaacactcaagctgctgattgcctacacaccccctgggatagataaa ccaaccaagaggaaggatgcaatgctaggcacacatgtagtgtgggatgttggtttacaa tccactatctcaatgattgtaccatgggtcagtgcaagccattacagaaacacaacacct gacaaattctcacaagccgggtatataacatgttggtatcaaacatcacttgtgtcacct cccagcaccccccaacaagctagaatgctatgttttgtatcaggatgcaaagatttttgc ttgcgcatggccagggacacaaatctgcataaacagataggggctataacccaaaat--- ------ccagttgagaaatacattgatggtgtattgaatgaagttttagttgttccaaat atcaatgagagtcaccctagcacatccaatgcagcgccagccttagatgctgccgaaact ggacacacaagcaatgtacaacctgaggatatgattgaaacacgctatgtacaaaacact caaacaagggatgaaatgagcattgaaagcttcttgggaagatctggctgtatacacata gcacatctagagatca-agtatgat----------------------------------- -ggttacaatgat---gctggcaacaatttccaatcatggcaaattaccctaaaagaaat ggcacaaataagaaggaaatttgaactatttacttatgttagatttgattcagaaataac tttagtaccttgcatatcatctcaaagtgcta------atattggtcatgttgtcatgca gtacatgtatgttcctcctggagctccaaaaccagacaaaagagatgattatgtttggca atcaggaactaatgcatctatattctggcaacatggtcaaccctaccctcgattctcact tccatttcttagtatagcctcagcatattacatgttctatgatggttatgatggtgg--- acct------ggctcacgctatggcacagtggtgacaaatgacatgggaacattatgctc caggattgtgactgaggagcacaagacacaggttaacatcactactagagtgtaccacaa agcaaaacatgtgaaagcgtggtgcccgcgccctccaagagctgttggatacacacatac gcatgtcactaattac------aaaccatctgaagg---------------------gg- --agtacaagccacctgtcccagttaggaa---------t---agccccaga-------- ----------gaca-ttgtca---------cagtaggacctagtgacatgtatgtgcatg ttggaaacctaatctatagaaatctacatctttttaattctgaaa---tgcatgactcga tactaatctcttattcttc------tgatttagtcatataccgaacaaacacaaaaggtg atgactatatcccaacttgtgattgcacagacgcaacttattactgcaaacataaaaata gatactatccaatcaaagtaaccagccatgactggtatgagattcaggagagtgaatatt acccaaagcacattcaatacaacctgcttattggtgagggaccatgtaaacctggggact gcggtggcaagttattatgcaagcatggtgttataggtattataacagctggtggtgaag gccatgtggcgtttatagacttgagacatt------tccactgtgcagaagagcaggg-- -catcacagattatatccatatgttaggagaagcttttggtaatgggtttgttgacagtg ttagggaacaagtaaatgctattaacc------caatcaataatatcagcaaaaaactag tcaaatggctacttaggatagtttctgctatggtgataataataagaaatagttctgatc cacaaacagttatagccacacttacattgattggatgttcagggtcaccctggcgctttc ttaaggaaaagttttgtaaatggacacaattgaactatgttcacaaagaatca---gatt catggctaaagaaatttacagaaatgtgtaatgctgctagaggtcttgaatggattggca ataagatctcaaagttcatagactggatgaaatcaa---tgttgccacaagctcagttaa aagtcaaatatctgagtgagttgaagaaattaaatttattggaaaaacagattgaga--- ---acctacgtggtgcagacacaaggactcaagaaaagattaaactagaaatagacacac tccacgatttgtcatgcaaatttctccctctctatgctagtgaagcaaaaagaatcaagg tactatataataaatgcaataatattat------taaacaaaagaaaagaagtgaaccag ttgctgtcatgatacacggcccgcctggaactggaaaatccataaccaccagttttctgg ctagaatgttgacaaatgagagtgac------atatattcgctcccaccagatccaaaat attttgatggatatgatcaacagagtgtggtcataatggatgacatcatgcaaaatccag atggagaggatatgtccttattctgtcagatggtctcaagtgtcacatttattcccccaa tggctgatttacctgataaaggcaaaccatttgattctagatttgttttttgtagcacaa atcactcacttctcacccctccaactatcacctcactatctgcaatgaacagaagatttt tcctagatttggatatagtagtgcatgagagatataaagataaccaagggaaactagatg tgccaaaatcatttaaaccatgtgacgtggataacaagattggcaatgccaaa---tgtt gcccgttcatatgtggtaaggctgtttcatttagagatagaaatacctgtcaagaatatt cacttagtcagatttataacatgataatagaagaagataaacgccgcagaaatgtggtag atgtcatgacagcaatattccaaggtccaatttcaa---------------------tga atgccccaccaccacccgcaatagcagatttgttacaatcagttagaacaccagaggtta ttaaatattgtgaggagaataaatgggtaattccagcagattgtaaaa---ttgaaaggg atttgaacctggcaaataatataataactataatagcaaatgttattagtatagcaggca ttatatttgtcatatataaattgttttgcacacttcaaggcccatattctggtgaac--- ccaaacccaaaacaaaaaccccagaa---agaagagttgttgcacagggtccggaagaag agtttggacgctctctgatcaaacataacacatgtgttgtgaccacagataatggtaagt tcacaggcttaggaatctatgatagagtcatgatattgcctactcatgctgaccctggaa agacaattcaaatcaatggaattaatactaatgttactgactcatatgacttatataata agaatggtattaaattagaaattactgttgtcaagctagataggaatgaaaagttcaggg acatacgtaaatatattccagaaagagaagatgattacccagattgtaatttagctctag ttgcaaatcaaccagaaccaactatcatcaatgtgggcgatgtagtatcttatggtaaca tactccttagtggtgaccaaacagctagaatgcttaaatacaactaccctacaaaatcag gatattgtggtggggtcttatacaaaataggcaacattctaggtatacatgtaggtggta atggaaaagatggattctcagcaactttaattagatcatattttagtgaaacacaaggac aaatcactaagaggacaagcactaaagaatatggtttaccaactatacacactcctagta agaccaaattacaaccaagtgtcttctatgatgtgtttgaagggaccaaagaaccagcag tgttaacagacaaggatccacgtcttgaaactgacttcaagacagctttgttttccaagt ataaaggaaatctaccatgtgaaatgaatgatcatgtaaagattgctgttgcacactatt ctgcccaattaatgacacttgatattgacccaaggaacatgaccctcgaagatagtgtat ttggagccgatggtcttgaggcacttgatctaaatacaagtgcagggttcccctacataa gcatgggtatcaaaaagagggatcttataaataatagtactaaggacatatccaagctca aaatagcactagataaatatggagtagatctacctatggttactttccttaaagatgagc tcagaaagaaaggaaaaatatcaactggaaaaacccgtgttattgaggctagtagtgtta atgatacagtagcatttagaatggtgtatggcaatttattttcagccttccacagaaatc ctggaattgtcaccggctccgcagtagggtgcgatcctgagactttttggtcaaaaattc ctgtgatgttagatggtgagtgcataatggcttttgattacacgaattatgatggaagca tacaccctatgtggtttgaagcacttaaaatgatattacacaatttggaatttgaacca- --aagttaattgatagactatgtaattcaaagcatatttacagagattcatactatgaag ttgaagggggggtaccatcaggatgttcaggcactagcatattcaatacaatgattaata atgtgattattaggactttagttctagatgcatacaagtacatagacctggataaactca aaattatagcttatggagatgatgtaatattttcttacaagtatgttttggatatggagg caattgcccaggaaggtgttaaatatggcctaaccatcacaccagcagacaaatctgaca ctttcaaggagcttagttatgacaatgtcacatttctcaagagaggtttcaaacaggata caaaatattctttcttggttcacccaacatttccagtcaaagaaattcatgagtcaatta gatggactaagaagccctcacaaatgcaggagcatgtgctttcattgtgtcacttaatgt ggcataatgggcaagaagagtaca-atgattttgtgcggaagatacgcagcgtcagcgct ggacgcgcgctgtatattcctccttatgaaatgctgctgcatgagtggtatgaaaaattc tgatt-------tatg-tat---atatag---aa-------------------ataacaa --ata-cttagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445133.1 Human rhinovirus 47 strain ATCC VR-1157, complete genome -------ttaaaactgggtgtgggttgtt-cccacccacacctcccacgtggagta---g tacactgttatcacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -a----------acc-cct-------------t-tccc-tt------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-tgaact------tg-agaccmatagg-cggtg gtcaa-ccagatca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg ttgatatgctccagc-agggc-aaaaacagytgcgatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcttagtaaca-tcttga-at-gatatatggttggtcgttccacta------a--ac cc-catagtagacctggcagatgaggctggaaattccccactggcgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcgcactc--ttatg-agt----------gcgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatacaatccagtgtgtagctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttcc-ttttat- ----gatttgcttatggtgacag-tatat-a-g--------tt--t--------atatat tgttgccatgggcgcacaagtttccagacagaatgttggtacacactccacacagaacat ggtttcaaatggatctagtttaaattactttaatataaattactttaaggatgcggcctc cagtggtgcttcaaaattggaattttcacaagatccaagtaaattcactgacccagtcaa agatgttcttgagaagggaatcccaacattacaatctcctacagtagaagcatgtggtta ctcagatagaataatgcaaattacaagaggtgattctacaataacatcacaggacgttgc aaatgcagtggtgggctatggagtatggccacattatttaagtgcaaaagatgccactgc cattgacaaacccacacaaccagacacttcatcaaatagattctacacactggaaagcaa aatatggaaaccagattccaagggatggtggtggaagttaccagatgcactgaaggacat gggtatattcggagaaaatatgtattaccattaccttggtagaagtggttacactgtgca tgttcaatgtaatgctagtaaatttcatcaaggaactttgctaattatgatgatacctga acaccagttagcaaatgaaaattctactagggcagatgctggatacaattacacccatcc tggcgagcgaggcagagaggttggtggtgagcgtatt-----------tc---tcatg-- -ctaaccttccaagtgatgataattggctcaactttgatggcactttattaggtaatgct cttatatttccccatcagttcattaatttgagaagtaacaattctgcaacactgatagtc ccttatgtgaatgctgtcccaatggattcaatgcttagacataataattggagtttagtg ataatcccaatttgtgagttattagcagattccaaagctagtgctg---tggttccaatc actatatcaataagtccaatgtttgctgaattctctggagcgcgtgcaaaaccag----- -tagct------------------------------gctc------cacaaggcctacca atttatatgacacctggttcaggtcaatttatgacgactgatgacttccaatcaccttca gccttaccatggtatcacccaaccaaggagatcttgattccaggggaagtaagaaattta atagaaatgtgccaagtagacaccttaatccctattaataatacagcacaaaat---tta agaaaggtgaacatgtataccatacaattatctaatcaaacagaaa------tggcccaa gagatttttgctatcaaggtagatattgcctcacagcctttggcaagcaccatgcttgga gaaattgcaagttactttacacattggactggtagtttgcgttttagctttatgttttgt ggcacggcaaatactaccctcaaattgcttttggcatacacaccaccaggcattggtaaa ccaagagacagaaagcaagctatgcttggaacacatatagtttgggatgttgggttgcaa tcaacagtgtctttagttgtcccatgggttagtgctagtcattttagatacacatctaga gatgaacattcagcagctgggtatataacatgttggtatcaaacaaattttgtttttccc ccaaacactcctaatagggctgacatgttgtgttttgtatcagcatgcaaggatttttgc ttgcgtatggctagagatacagatatgcatattcaaaatgatgctattacacaaaac--- ------ccagtcgaaaattatgtggaagaggtacttaatgaggtcttagttgtaccaaat atcaaagaaagtcatccaagtacatccaactctgccccgattttagatgctgctgaaact ggacacactagcaatgtacagccagaagatacaattgaaactcgatatgtacaaacagca caaacaagagatgaaatgagcattgagagcttccttggcaggtcaggatgtgtgcattcc tcaacaatacaatcaa-atgagcaa----------------------------------- -------cacat---------taataaatttaaagtatggcacattaatttacaagaaat ggcccagatcaggcgtaaatatgaaatgtttacatatgtaagatttgattcagaagtaac catggttccatgtattgcagggtatggtgatg------acataggtcacatagttatgca atacatgtatgtgccgcctggggctccagtgccaacaagtagagagcactttgcatggca gtcaggtaccaatgcatcaattttctggcaacaagggcaaccctttccaagattttcatt accatttttgagtgttgcatctgcttattacatgttttatgatggctataatggtgacag aagt------ggagccaagtatggcaccacagtggtcaatcgcatgggtgcattgtgtat gagagttgtaacaaacaagcaactccataaagttgaaatcacaactaacatctaccataa agccaagcatgtgaaagcatggtgtcctagaccacctagagctgttccatatagatatgt tggatcaacaaattac------aaacctgatcaagg---------------------ag- --aagttgcaattttcattgagcatagaga---------a---aatccaaaat------- ------tcattaca------------------gcagggccaagtgatctgtttgtacatg tgggtaatttgatatacagaaatttacatttatttaattcagaag---cacatgattcag tgttagtatcatattcctc------agatttagtcatctaccgcacaaacactacaggca atgactatattcctacatgtgattgcactcaagcaacttattattgtagacacaaagata ggtattacccaattgatgtcaccagtcacgattggtatgaaattcaagagagtgaatact atccaaaacacattcaatacaatcttttaattggtgaaggaccatgtgaaccaggagact gtggaggaaagctattgtgcaaacatggagtgattggaataataacagcaggtggagaag gtcacgtggcattcattgatctcagacaat------ttcactgtgcagatgagcaagg-- -aataactgactacatccacatgttgggtgaggcttttggatcaggatttgttgatagtg ttaaagatcaaataaatgctatcaatc------caattaacaatatcagcaaaaagataa ttaaatggttgcttaggataatatctgcaatggttataatcatcagaaattcctctgatc cacaaacaatcatagctacattaacactaattggttgctcaggttctccttggcggtttc ttaaagaaaagttttgtaaatggacccaattaaattatatacataaggaatct---gatt catggctaaagaaatttactgaaatgtgcaacgcagccaggggcctagagtggattggaa acaaaatatcaaaattcattgaatggatgaaatcta---tgctccctcaagctcagctta aagtcaaatatttgagtgagcttaaaaaacttagttttttagagaagcaaatagaac--- ---acttgagagttgctgattcacaaacacaggaaaagatcaaatgtgagattgatacct tacatgatctctcttgcaaatttttgccactctatgccagtgaagctaaaagaataaaga ttctacataacaagtgtaatacaattat------taagcagaagaaaaggtgtgaaccag ttgcagttgccatacatggtgaacctggtactggcaaatctatgactacaaattttcttg ctagaatgataactaatgatagtgac------atttactccctaccacctgaccctaaat attttgatggatatgaccagcagagtgtagttatcatggatgacattatgcagaacccaa gtggggaagatatgaccctattctgtcaaatggtatctagtgttacatttataccaccaa tggctgacctacctgataagggcaaaccttttgattccagatttgtattgtgcagtacta accataatttattagcaccacccacgattacttcgttgccagccatgaacagaagattct ttttagatttagatattgtggtgtgtgataaatataaggatccacagggaaaattaaatg tagctgctgcttttcaaccttgtgatgtaaatacaaaaattggaaacgctcgc---tgct gtccttttatttgtggtaaagctgttattttcagagatcgtaataattgtcaaacttaca ctctggcacaagtgtataatcgaatacttgttgaagacaaaaggcgtaggcaagttgtgg atgttatggcagcaatctttcagggacctattactc---------------------ttg aggggcctccacctgcagcaataaatgatctattgaaatcagtcagaactccagaagtca ttaaatattgtgaggataataaatgggtagtgccagctgagtgtaagg---ttgagagag atctcaatatagccaatacagttattacaattattgctaacattattagtatctctggaa taatttatgttatatataaacttttctgtacattgcaagggccatattcaggtgaac--- ccaagcctaaaaccaagataccagaa---aggagagtagtggctcaagggccagaagaag aatttggtaggtcgcttattaaacacaactcatgtattgtaacaacacagaatggcaaat tcacaggtttagggatttatgatagaacattaatcttgccaacacatgcagatccaggtg gtgaaatacaaatagatggtattacaactaaagtagaagattcctatgatttgtttaata aagatgggatcaagctagaaattacagtgcttaaacttaagagaaatgaaaagtttaagg atatcagaaagtacattccagaaaatgaagatgattatccagattgtaatttggccctat ctgctaatcaaccagagactacaataattaatgtcggggatgtagtgtcatatggaaaca ttttgcttagtggaaatcaaacagcaaggatgctcaaatataattacccaacaaaatcag gttattgtggtgggattctatacaaaattggacaagttttggggattcatgttggtggta atggaagggacgggtttgcagccatgctactaagatcatatttttcagaaacacaaggcc aaataaccaccactaagcctactattgaatgtaatttacctagtattcacacacctagta aaactaagttacaacctagtgtattttatgatgtctttcccggtagtaaggagccagctg tgctctcagaatatgaccccagattagaggttgattttaaacaagctttattttctaaat acaaaggtaataaccaatgtgaaataaatgatcatgtcagggtggcaatttctcattatt cagcacagttaatgacattagatattgattcaaatccaatctcattagaagatagtgttt ttggtacggagggtttggaagcgcttgatcttaccactagtgctggatttccttatgtat ctatgggtattaagaaaagagacttgattaataaacaaacaagagacattacaaaactca aaatggcattagataagtatggtgttgatttacctatggtcacatttctcaaggatgaac ttaggaaaaaagaaaagatttctgctggaaaaacacgtgtcattgaagctagtagtgtaa atgacactgtactgtttagaacaacctttggtaacctcttttctaaatttcatctaaatc ctggcatcgttactggttctgcagtgggatgtgatccagaaaccttctggtcaaaaatac cagtgatgttagatggtgagtgcataatggcatttgattatacaaattatgatggtagca tacacccaatctggtttgaagccctcaaagaagtactctctaatttggggttcaagcct- --aatttaatagatagattgtgtagatcaaaacatatttttaaaaatgtatattatgagg ttgaggggggggtgccatcaggttgttctggaacaagcatatttaatacaatgattaata atgttattattagggcattagttctagatgcttacaaaaatattgatttagataagctta agataatagcctatggagatgatgttatcttttcttataagtatcagttagatatggaag caattgccaaggaaggtatcaagtatggtcttacaatcaccccagctgataaatcaagtg aattcaaaaagttagactacaacagtgtaacctttctaaagagaggattcaaacaggatg acaagtactcatttctaatacatccaacttttccagttgatgagatacaagaatccattc gatggactaaaaaaccatctcagatgcaagaacatgttctgtcactgtgtcacttaatgt ggcacaacggcagggatgtgtata-agcagttcgagcaaaagatacgcagtgtgagcgct ggtcgcgcactgtatatcccaccatacgatctgcttttgcatgaatggtatgaaaaattt taagt-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------ataataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445177.1 Human rhinovirus 9 strain ATCC VR-489, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccactcagatctcccacgtggagta---g tacactattattacggtaatcttgtacgccagtttt----------------------at -a----------atc-ccc-------------ttaccc---------------------- ------aagtaac----ttagaaga-t-aaacac------aa-agaccaatagg-agatg atcat-ccagatca-t----c-ataggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--gg ttgatatgctctaac-agggc-aaaaacagctgagatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcctagtaact-atctgg-aa-gttgcttggttggtcgctccgcca------t--at cc-catggtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tctg-ggt----------gtgaaaccaag-taatgg acagggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagggcacacaatccagtgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttta- ----tgtttgcttatggtgacaa-tatat-agt--------aa----------tatatrt tggcatcatgggcgctcaggtatctagacaaaatgttgggactcactccacacaaaactc agtttcaaatggatctagcctaaattatttcaatataaattactttaaggatgctgcatc aagcggtgcatcaaagcttgaattttcacaagaccctagtaagtttactgatccagtcaa agatgttcttgaaaaagggatacccactttgcaatcacccactgttgaggcgtgtggata ctcagacagaataatccaaatcacaagaggagattcaacaattacttcacaagatgttgc caatgcaatcgttggttatggagtttggcctcattaccttactccacaagatgcaactgc tatagrcaagccttctcaccctgatacttcgtcaaataggttttacaccttggagagcaa aacgtggagcagtgattccaaaggctggtggtggaagttacctgatgcattgaaggacat gggaatttttgggcaaaatatgtactaccacttcctcggtagaagtggatatacagtcca tgtgcaatgcaactcaagtaagttccaccaagggaccttgattgttgccatgataccaga acatcaattggctgcagcagagagaggcaatgtcaccgccgggtataacttcacacaccc tggtgaacctggtagagaggttggaaagcctaaccgt-----------cagtatacta-- -gtaaacaacccagtgatgataattggctcaattttgatggcacacttttgggcaacata actatttatccacaccagtttataaacttaagaagcaacaattcagccacaataatagta ccatatgtgaatgcagtgcctatggactctatgctcagacacaataactggagtctagta attatacctatctgcccactgcaatccagtggaactgagtcaagta---camtccctatt actatttccattagccccatgtttgctgaattttctggtgcacg---------------- --tgcg------------------------------aaga------gtcagggattaccc gtgctaacaacaccaggatctggccaatttatgactacagatgactttcaatctcctagt gcattaccatggtttcatccaactaaagaaatatctatacctgggcaagttagaaactta atagaaatgtgtcaagtagatactatcatacctataaacaatactggaactaac---act acaagcattaacatgtatacagtacaagtagagagacaagctgatt------tgatgagt gaagtttttgctataaatgtagatatagcttcccaccccttagcaaccactatgttagga gagattgcaagttattacacacactggacaggtagtttgcgttttagctttatgttctgt gggtcagctagttccactttgaaacttttattagcatacaccccaccaggaattgcaaaa cctacaagtagaagagatgcaatgttaggtactcatgtagtatgggatgttggtttacaa tcaactatatctatggtggtaccttgggttagtgctagtcactttagaaacacaactcca gataagtactcattagcaggatttataacttgctggtaccaaaccaaccttgtagttcca gctgacacaccaactacagcaaacttactttgctttgtatctgcttgcaaggacttctgc ttgcgaatggctcgggataccaatctacacaagcaaagtggcccaataacccaaaat--- ------ccagtggagaattacatagatcaggtgcttaatgaggttttggtagtcccaaac attaaagagagcaaccctacaacctctaactcagctccagctctagatgctgctgagaca ggccatactagcaatgttcaacctgaagacatgattgaaacacgttatgtgcagacatca caaaccagagatgaaatgagtcttgaaagcttcttagggagatcaggttgtatacacata tctaaattgaatattg-attacagt----------------------------------- -gactatgataag---agtgttgaaaatttcacaatctggaaaataaatataaaggaaat ggcccagatcaggaggaaatttgaattgtttacatatgcaagatttgactctgaaataac attggtcccgtgtatagcagcagaaagtgata------gcgttggccatgttgttatgca gtacatgtatgtaccaccaggggcacctttaccaaggactagagatgattatgcatggca atcaggcacaaatgcttccatcttttggcaacatggacaatcatatcccagattttcact tccgttyttgagcattgcctctgcatattacatgttctatgatggttatgatggtggac- --ca------gattctctgtatggaacaattgtaacaaatgatatgggatctttatgttc ccgtgtagttactgaagagcatggaccccgtgtcaaaatttcaaccagaatatatcacaa agccaaacatgttaaagcctggtgcccaagacctcctagggcagttgagtatatacatac acatgtcacaaattac------aagccaagcacagg---------------------cg- --attatgccacagttataccagttagaga---------c---aatgttagg-------- -----------gcagtaaaga---------atgtaggacccagtgatatgtatgttcatg taggaaatttgatatacagaaatctccacttattcaactcagaag---caaatgactctg ttttaatatcatactcatc------agatttagtcatataccgcacaaacactataggtg atgactatataccaacttgtgattgtactgatgccacttactactgtaaacataaaaata gatattaccccattaaggtcaccagtcatgattggtatgaaatacaagagagtgaatact acccaaaacacatacaatacaatttgttaataggtgaaggaccttgtgaacctggtgatt gtggtggaaaattattatgcaaacatggtgtgataggaataattacagctggtggtgagg gtcatgttgcatttatagatttaagacact------tccattgtgctgaagaacaggg-- -cattactgattacatacacatgctgggagaggcttttggaaatggctttgtagatagtg ttagggatcaagtcaatgcaataaacc------ctataaataatataagtaagaaaatag tcaaatggatgcttagaataatatcagccatggtcatcattattagaaatagttctgatc cacaaacaataatagccacattgactttgattgggtgttctgggtcgccatggcgattct taaaagaaaagttttgtaaatggacacaactgaattatgtacacaaggagtca---gatt cttggcttaagaaattcacagagatgtgtaatgcagctagaggacttgaatggataggaa ataaaatatctaagttcattgattggatgaaatcaa---tgctaccacaggcacagctta aggtcaaatacttgagtgaattaaagaagttaaatttactagagaaacaaattgata--- ---acctacgttgtgctgacacaaaagtacaggaaaagataaaatttgaaatagacacac tccatgacttatcctgtaaatttcttccattatatgcaagtgaggcaaagagaataaaga ttttgcataacaaatgttgtaatataat------taaacaaaggaaaagaagtgagcctg tcgcyatcatgatacatggaccacctggtactggcaagtctataacaactagctttctcg ccagaatgataacaaatgagagtgac------atttattcactacctccagaccctaagt actttgatggctacgaccaacaaagtgtagtcattatggatgatatcatgcagaatcctg gtggtgaagatatgtctttattttgtcagatggtttccagtgtgacctttatacccccaa tggctgatttacctgataaaggaaaaccttttgactccagatttgttttttgtagtacca atcattcacttctagccccacccaccatcacttcactttctgcaatgaatagaagatttt acctagatttggatattgtagtgaatgagaattttagagactctcaagggaaattggatg tgtcaaaatcattcagaccatgtgatatagataataagattggaaatgcaaag---tgct gccctttcatatgtggaaaagcagttgtgttcaaggacagaaacacatgccaaacatata cactgtgccagatttataacatgattattgaggaggataagcggcgtagaaatgtcattg atgtcatgactgcaattttccagggtcctataacta---------------------tga actcaccacccccccctgccatagccgacttgttacaatcagtgagaactccagaagttg ttaaatactgtgaatataataaatggataatcccagctgaatgcaaga---tagaaagag atctgaaccttgcaaacaatataataacaattattgcaaatattattagtatagcaggta tcatatttgttatttataaattattctgttcattacagggaccatattcgggcgaac--- ccaagccaaaaacaagaattcctgag---aggagagtggtggcacagggtcccgaagaag aatttggccgctcactaataaaacacaacacatgtgtagtcacaactgataatgggaaat tcactggtttaggcatttatgatagatacatgattgttccaacacatgctgatccaggaa aaactgtgcaaattaatggcattgtcacaaatgttgttgattcatatgatttgcataaca aagatgggattaagcttgagatcacagtcatcaaactagacagaaatgaaaagtttagag atatacgtaagtatatacccgaaagggaggatgactaccctgaatgtaatttggcacttg tagcaaaccaggttgaaccaacaatcattagtgtaggtgatgttatatcatatggtaata tattacttagtggtaaccagactgctagaatgcttaaatatcattacccaactaaatctg ggtattgtgggggtgtcctgtataaaataggtagtataataggaattcatgtgggtggta atggtagagatggattttcagcaatgctactaagatcatactttaatgaaacacaaggac aaataatcagctcaagaaatgttaaagatcttggatacccaacaattcacactcctagta aaaccaaactacatccaagtgtttttcatgatgtattcaaaggcacaaaagaacctgctg ttttaacagaaaaagatccacgtttggaggtggattttaaaacttccttattctccaaat acaagggtaatgtagactgcacattgaatgaacacatgagggtggctatagcgcattatt cagcccaattaatgactcttgacataaatccagataacataactatggaagagagtgttt ttggaacagatggtctggaggccttggatttaaacacaagtgcaggatttccatatgtga gtatgggaattagaaagagggatctyatcaataacagcactaaagatatatctaaactaa gagcagcacttgataaatatggggtggatttgcctatggtcactttcctcaaagatgaac ttagaaagaaagagaagatctcatctgggaaaaccagagttatagaagctagtagtatta atgatactgtagcatttagaatgacttatggcaatttgtttgcatgttttcacaagaacc ctggaattatcactggttcagcagtgggatgtgatcctgaaactttttggtcaaaaatac ctgtgatgttggatggtgagtgtataatggcatttgattacacaaattatgatggcagta tccaccctgtatggtttgaagcattgaaggaaattttgaaagaattgaaatttgaacat- --agattgatagacaggttatgtaactctagacatatatttagggattcctattatgagg ttgaagggggggtaccctcaggatgttctggaactagtatatttaacacaatgattaata atgtgattataaggactttagtgctagatgcttataaacatatagatttagataaactta aaataatagcttatggggatgatgttattttttcctataaatatcctctagacatggaag ctattgcaatggaaggaaagaaatatggattaaccatcactcctgcagacaagtctgaca cctttaagaagttagattatgacagtgtcacatttctaaaaagaggatttaaacaagact ccaaatatcccttccttatacatcctactttcccagtgagtgaaattcatgaatcaatca gatggacaaagaaaccatctcaaatgcaggaacacgtgctctcgttgtgccatttgatgt ggcataatgggcgtgacgtgtata-aggagttcgagaacgggatacgcagcgtcagcgct ggacgtgcgttgtatattccgccttatgagctcctgttgcatgagtggtatgaaaaattt taaac-------tt---tat---atatag---aa-------------------ataataa --aca-cttagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445185.1 Human rhinovirus 94 strain ATCC VR-1295, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacccagatcacccaagaggtgta---g tgctctgtcattccggtgaccttgcacgccagtttt----------------------at ca-----------cc-cct-------------tccctc---------------------- ------ttgtaac----ttagaag--aattaaac------tc-agaccaatagg-aagcg acaag-ccagtcgt-g----a--caggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgcttcacc-aaggc-aaaaacaacagcgatcgttatccgcaagatgcctacgc aaagcctagtagtg-cctttg-aa-aatatttgtctggttgctcaagta------caacc cc-agtactaaacctggcagatgaggctggagcttccccactggtaacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttacg-ggt----------gtgaagccaaa-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccacagccattgctcacaatccagtgagtgtatggtcgtaacgagcaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----t---ttttt-ccttttt ---aattctgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gtgt----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggcacacactcaacgcaaaactc agtttccaatggttcaagcttaaattattttaacatcaattattttaaagatgctgcatc tagtggagcatctaagcttgaattttcccaagacccgagtaaatttactgaccctgtgaa ggatgtactggagaaaggcattcccactttacaatcaccaaccgtggaggcttgtgggta ttctgataggattattcaaatcacaagaggggattccacgatcacttcacaagatgtggc aaatgcagttgtgggatatggtgtgtggccgcattatttgacccctcaagatgctacagc tattgacaagccaactcagcccgacacttcctcgaacaggttttatacactagagagtaa aatatggacaacagattcaaagggctggtggtggaagttaccagatgcactcaaggatat ggggatatttggtcaaaatatgtattaccatttcctgggcaggagtggttacacaataca tgtacaatgtaatgctagtaagttccatcaaggcacattgatagtggctgcaataccaga acatcaattagctagtgcacacaaaggtaatgttaatactggatacaattacacacaccc tggtgaaaccggtagagatgtcggcacggaagtccgt-----------gacacagcta-- -attatcaacctagtgatgatgcatggctcaattttgatggcaccctattaggaaatata acgatatttcctcaccaattcatcaatctaagaagtaataactctgcaactttaatacta ccctatgtgaatgctgttcctatggattctatgcttagacataataattggagcctagtg atcattccaatctgccctttagagacccaaagtcaagat---acta---cagtacccata acaatatctatcagccctatgtatgcagagttttcaggagcacgtgcaaga--------- ---------------------------------------a------gtcagggattacca gtgctcatgactcctggctctggccagtttatgacaactgatgactaccaatctcccagt gccctgccctggtttcacccgacaaaagagatattcatcccaggacaagttcagaatttg tcagaattatgtcaggttgacactattattccaatcaacaatatatcttcaaac---aca actagtgtgaacatgtactctctcgtgttgacgaaggagaga---c------cagggcac gaggtttttgcaatgaaagtagatatagcatcacaacctttggcaacaacaattattgga gagatttccagttattatactcattggactggtagtctacgattcagtttcatgttctgt ggttcagctggcacaacactcaagctgctgattgcctacacaccccctgggatagataaa ccaaccaagaggaaggatgcaatgctaggcacacatgtagtgtgggatgttggtttacaa tccactatctcaatgattgtaccatgggtcagtgcaagccattacagaaacacaacacct gacaaattctcacaagccgggtatataacatgttggtatcaaacatcacttgtgtcacct cccagcaccccccaacaagctagaatgctatgttttgtatcaggatgcaaagatttttgc ttgcgcatggccagggacacaaatctgcataaacagataggggctataacccaaaat--- ------ccagttgagaaatacattgatggtgtattgaatgaagttttagttgttccaaat atcaatgagagtcaccctagcacatccaatgcagcgccagccttagatgctgccgaaact ggacacacaagcaatgtacaacctgaggatatgattgaaacacgctatgtacaaaacact caaacaagggatgaaatgagcattgaaagcttcttgggaagatctggctgtatacacata gcacatctagagatca-agtatgat----------------------------------- -ggttacaatgat---gctggcaacaatttccaatcatggcaaattaccctaaaagaaat ggcacaaataagaaggaaatttgaactatttacttatgttagatttgattcagaaataac tttagtaccttgcatatcatctcaaagtgcta------atattggtcatgttgtcatgca gtacatgtatgttcctcctggagctccaaaaccagacaaaagagatgattatgtttggca atcaggaactaatgcatctatattctggcaacatggtcaaccctaccctcgattctcact tccatttcttagtatagcctcagcatattacatgttctatgatggttatgatggtgg--- acct------ggctcacgctatggcacagtggtgacaaatgacatgggaacattatgctc caggattgtgactgaggagcacaagacacaggttaacatcactactagagtgtaccacaa agcaaaacatgtgaaagcgtggtgcccgcgccctccaagagctgttggatacacacatac gcatgtcactaattac------aaaccatctgaagg---------------------gg- --agtacaagccacctgtcccagttaggaa---------t---agccccaga-------- ----------gaca-ttgtca---------cagtaggacctagtgacatgtatgtgcatg ttggaaacctaatctatagaaatctacatctttttaattctgaaa---tgcatgactcga tactaatctcttattcttc------tgatttagtcatataccgaacaaacacaaaaggtg atgactatatcccaacttgtgattgcacagacgcaacttattactgcaaacataaaaata gatactatccaatcaaagtaaccagccatgactggtatgagattcaggagagtgaatatt acccaaagcacattcaatacaacctgcttattggtgagggaccatgtaaacctggggact gcggtggcaagttattatgcaagcatggtgttataggtattataacagctggtggtgaag gccatgtggcgtttatagacttgagacatt------tccactgtgcagaagagcaggg-- -catcacagattatatccatatgttaggagaagcttttggtaatgggtttgttgacagtg ttagggaacaagtaaatgctattaacc------caatcaataatatcagcaaaaaactag tcaaatggctacttaggatagtttctgctatggtgataataataagaaatagttctgatc cacaaacagttatagccacacttacattgattggatgttcagggtcaccctggcgctttc ttaaggaaaagttttgtaaatggacacaattgaactatgttcacaaagaatca---gatt catggctaaagaaatttacagaaatgtgtaatgctgctagaggtcttgaatggattggca ataagatctcaaagttcatagactggatgaaatcaa---tgttgccacaagctcagttaa aagtcaaatatctaagtgagttgaagaaattaaatttattggaaaaacagattgaga--- ---acctacgtggtgcagacacaaggactcaagaaaagattaaactagaaatagacacac tccacgatttgtcatgcaaatttctccctctctatgctagtgaagcaaaaagaatcaagg tactatataataaatgcaataatattat------taaacaaaagaaaagaagtgaaccag ttgctgtcatgatacacggcccgcctggaactggaaaatccataaccaccagttttctgg ctagaatgttgacaaatgagagtgac------atatattcgctcccaccagatccaaaat attttgatggatatgatcaacagagtgtggtcataatggatgacatcatgcaaaatccag atggagaggatatgtccttattctgtcagatggtctcaagtgtcacatttattcccccaa tggctgatttacctgataaaggcaaaccatttgattctagatttgttttttgtagcacaa atcactcacttctcacccctccaactatcacctcactatctgcaatgaacagaagatttt tcctagatttggatatagtagtgcatgagagatataaagataaccaagggaaactagatg tgccaaaatcatttaaaccatgtgacgtggataacaagattggcaatgccaaa---tgtt gcccgttcatatgtggtarggctgtttcatttagagatagaaatacctgtcaagaatatt cacttagtcagatttataacatgataatagaagaagataaacgccgcagaaatgtggtag atgtcatgacagcaatattccaaggtccaatttcaa---------------------tga atgccccaccaccacccgcaatagcagatttgttacaatcagttagaacaccagaggtta ttaaatattgtgaggagaataaatgggtaattccagcagattgtaaaa---ttgaaaggg atttgaacctggcaaataatataataactataatagcaaatgttattagtatagcaggca ttatatttgtcatatataaattgttttgcacacttcaaggcccatattctggtgaac--- ccaaacccaaaacaaaaaccccagaa---agaagagttgttgcacagggtccggaagaag agtttggacgctctctgatcaaacataacacatgtgttgtgaccacagataatggtaagt tcacaggcttaggaatctatgatagagtcatgatattgcctactcatgctgaccctggaa agacaattcaaatcaatggaattaatactaatgttactgactcatatgacttatataata agaatggtattaaattagaaattactgttgtcaagctagataggaatgaaaagttcaggg acatacgtaaatatattccagaaagagaagatgattacccagattgtaatttagctctag ttgcaaatcaaccagaaccaactatcatcaatgtgggcgatgtagtatcttatggtaaca tactccttagtggtgaccaaacagctagaatgcttaaatacaactaccctacaaaatcag gatattgtggtggggtcttatacaaaataggcaacattctaggtatacatgtaggtggta atggaaaagatggattctcagcaactttaattagatcatattttagtgaaacacaaggac aaatcactaagaggacaagcactaaagaatatggtttaccaactatacacactcctagta agaccaaattacaaccaagtgtcttctatgatgtgtttgaagggaccaaagaaccagcag tgttaacagacaaggatccacgtcttgaaactgacttcaagacagctttgttttccaagt ataaaggaaatctaccatgtgaaatgaatgatcatgtaaagattgctgttgcacactatt ctgcccaattaatgacacttgatattgacccaaggaacatgaccctcgaagatagtgtat ttggagccgatggtcttgaggcacttgatctaaatacaagtgcagggttcccctacataa gcatgggtatcaaaaagagggatcttataaataatagtactaaggacatatccaagctca aaatagcactagataaatatggagtagatctacctatggttactttccttaaagatgagc tcagaaagaaagraaaaatatcaactggaaaaacccgtgttattgaggctagtagtgtta atgatacagtagcatttagaatggtgtatggcaatttattttcagccttccacagaaatc ctggaattgtcaccggctccgcagtagggtgcgatcctgagactttttggtcaaaaattc ctgtgatgttagatggtgagtgcataatggcttttgattacacgaattatgatggaagca tacaccctatgtggtttgaagcacttaaaatgatattacacaatttggaatttgaacca- --aagttaattgatagactatgtaattcaaagcatatttacagagattcatactatgaag ttgaagggggggtaccatcaggatgttcaggcactagcatattyaatacaatgattaata atgtgattattaggactttagttctagatgcatacaagtacatagacctggataaactca aaattatagcttatggagatgatgtaatattttcttacaagtatgttttggatatggagg caattgcccaggaaggtgttaaatatggcctaaccatcacaccagcagacaaatctgaca ctttcaaggagcttagttatgacaatgtcacatttctcaagagaggtttcaaacaggata caaaatattctttcttggttcacccaacatttccagtcaaagaaattcatgagtcaatta gatggactaagaagccctcacaaatgcaggagcatgtgctttcattgtgtcacttaatgt ggcataatgggcaagaagagtaca-atgattttgtgcggaagatacgcagcgtcagcgct ggacgcgcgctgtatattcctccttatgaaatgctgctgcatgagtggtatgaaaaattc tgatt-------tatg-tat---atatag---aa-------------------ataacaa --ata-cttagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445190.1 Human rhinovirus 24 strain ATCC VR-1134, complete genome -------ttaaaactggatctaggttgtt-cccacctagatctcctacatggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -c----------ctc-ccc-------------t-cccc-tta------------------ ------aagtaac----ttagaagt-t-ggacat------at-cgaccaatagg-taaca tttat-ccaaaatg-t----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--gg ttgatgtgctctaac-agggc-aaaaacagctgcgatcgttatccgcaaagcaactacgc aaagcctagtagcattttttg-ag-agtatgtggttggtcgctccacta------taaac cc-aatagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtgctcc-ttgtg-agc----------acgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagcgtgtacaatccagtacaaagctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--aaca----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatccagacagaatgttggcacacactccacacagaattc agtttccaatggatcaagtttaaattactttaatataaactacttcaaggatgctgcctc tagtggtgcttcaaaacttgagttttcacaggatccaagtaaatttacagaccctgttaa ggatgtgttagagaagggtatccccacattacaatccccaacagttgaggcatgtggata ttcagacaggatcatgcaaataacacgaggagattccacaatcacatcacaggatgttgc taacgctgtggttgcctatggtgtgtggcctcactacttaacacctcaagatgccactgc tattgacaaaccatcgcgcccagacacctcttccaacagattttacaccttagagagcaa aacatggacagggacgtccaagggatggtggtggaaattaccagatgcactcaaggaaat gggaatctttggtgaaaacatgttttaccatttccttggtagaagtgggtatacagtgca tgttcagtgcaatgcaagtaaattccaccaaggcactcttatcgtggctatgataccaga acatcagttggcaagtgcaacaacaggaaatgttagagctggatacaatttaacacatcc tggtgaaagtggcaggaatgttgacccaataactagg-----------gataatccaa-- -caaagcaacctagtgatgatagctggcttaattttgatggaacactattaggaaatata acaatattcccacaccagtttattaatttgaggagcaacaattctgctacaattattgtg ccatatgtaaatgcagtcccaatggattctatgctcagacataacaattggagtttagtg ataataccaatttgtccacttgaaaactcaactgaagtgcctaatg---cagtaccaatt accatatctataagtcccatgtgtgccgagttttctggcgcgcg---------------- --tgca------------------------------agaa------gtcaaggattacca gttatgattacacctggctctggccaatttttgaccacagatgactttcaatcacccagt gctctaccttggtttcaccctactaaagagatatctataccaggacaagtcagaaatctt gttgaattgtgtcaagtggacacactcattccaattgacagtgtggaagctaac---att aaaagcacaaatatgtatactgtcactttgactagagaaacggact------cagccaaa gagatctttgccattaaagttgacattgcatcacacccacttgcaaccacattgattggt gagatagctagctattacacccattggacaggcagtcttcgttttagctttctcttttgc ggtacagcgtgtactactttaaaactgttaatagcctatacaccccctggtattagaaaa cctgagaacaggagagaagcaatgttaggtacgcatgttgtatgggatgtgggcttacaa tccactatttcaatggttgttccttgggttagcgctagccactttagaaatactacccca gacaaatattccctggcaggatacataacatgttggtatcaaactaatcttgtagttcca ccaaatacaccaacaacagcaaaaatgctgtgttttgtttcaggctgtaaagatttctgt ttaagaatggcacgagacaccaatttacacttacaaagtgctcctattacacaaaac--- ------ccagtagaaaattatatagatgaggttttgaatgaagtactggttgtgcctaat attaaggaaagtaaaccatcaacatcaaactcagcaccagctttggatgcagcagaaact ggacatacgagtagcgtgcagccagaagatatggttgaaactagatatgtccaaacatca caaacattagatgagatgagtgttgaaagtttcttgggtagatcaggttgcatacacatg tccaagttgactgtgg-attatgac----------------------------------- -aattatgatac---------aaaaaattttttcaaatggcaaataaatctacaagaaat ggcccaagtcagaagaaaatttgaattattcacatatactagatttgactctgagattac aatagttccatccatagctggcaagggagatg------acattggacatgttgtaatgca gtacatgtatataccacctggagcaccagtcccaacaaagagagatgattatacatggca atcaggaacaaatgcatctgtcttttggcaacatggacaaacctatcctagattttccct tccttttctgagtgtagcctctgcatattacatgttttatgatggatatgatggtgatca acac------gactcagtgtatggttcagttgttacaaacgacatgggaactctatgcta tagaatagtcactgacaagcataatcaccaaatagaaattacaacaagaatataccacaa agcaaagcacattaaggtctggtgtccaaggccacccagagctgttgagtatacacatac tcacgtgaccaattat------aagcatcagactcg---------------------tg- --aagtcaagacagcaattgaacctagaag---------a---ggaattaaa-------- -----------aca------------------gttggtcctagtgacatgtatgtacatg ttggtaatctcatatacagaaacctacatctcttcaattcagaga---tgcatgattcca ttctgatttcttattcatc------tgacttagtcatataccgaacaaacacaataggtg atgactatataccaacatgcgattgcactgaggcaacttattactgtaaacacaaaaaca gatactacccaattaaggtaactagtcatgattggtatgagatacaagaaagtgagtact accccaaacatattcaatataacttattaataggtgagggaccatgtgaaccaggtgatt gtggtggcaaattgttatgcaaacatggagttataggaatagttactgctggtggtgaag gtcatgtagctttcattgatcttagacact------ttcactgtgctgatgaacaggg-- -gataactgattatatccatatgctaggggaagcttttggcaatgggtttgtagacagtg ttaaggatcagataaatgcaataaatc------caatcaacagtataagtaagaaaataa ttaaatggttacttagaataatatcagcaatggttattatcataagaaactcgtcagacc cccagactatagtagcaacacttactttaataggatgttctggctccccatggagattcc ttaaagaaaaattttgtaaatggacacaactaaactacattcacaaggaatct---gatt cctggcttaagaaattcactgagatgtgcaatgcagctcgtggtttagaatggattggta ataaaatatcaaaattcattgaatggatgaaatcca---tgctaccacaggcccagctta aaataaaatacctcagtgaacttaaaaaactcaatctcctagaaaaacagatagaac--- ---atcttagaattgcagattcaagtacccaagaaaagatcaagtgtgagattgacactc tacatgatttatcatgtaaatttctcccgctatatgctagtgaagccaagagaataaaaa ttttatataataaatgtaatgtgattat------taaacaaaagaagagatgtgaaccag ttgcagttgtaattcatggtgagcctggtacaggaaaatcaatgactactaacttcctag caaggatgataacaaatgacagtgat------atttattcactcccaccagaccctaaat attttgatggatatgatcagcaaagtgtagttatcatggatgacattatgcaaaatccaa gtggtgaagacatgacacttttctgtcaaatggtttcaagtgttactttcattcctccca tggctgacttacctgataaaggtaagccatttgattccagatttgttttatgtagtacta atcatggcatgttagcaccaccaacaattacatcactaccagcaatgaatagaagattct tcctagatttagatattgtagtaaatggcaaatataaagactctcagggtaagctaaatg tatctgctgcttttcgaccttgtgatgttgatgcaaaaattggcaatgctcga---tgtt gtccatttatctgtggcaaagctgttatgtttaaggatagaaacacatgcacatcataca ctctatcacaggtatataataatatacttgatgaggataaaagaaggaggcaagttgtag atgttatgtctgcaatcttccaagggccaataaccc---------------------ttg aagggcctccaccagctgccataaatgaccttctaaaatcagttagaactcctgaagtaa ttaaatattgtgaatataacaagtggacagttcctgctgaatgtaaaa---tagagagag acttaaatgtagctaacacaatcattacaattatggcaaatattataagcattgctggta taatttatgtaatatacaagctgttctgcaccttacaagggccatattcaggtgaac--- ctatcaagaaaactaaagtcccagaa---agaagagttgttgctcaaggcccagaagaag aatttgggcgatcacttataaagcacaactcatgcattgtaactacacaaaatggtaaat ttactggtctaggtatatatgacagagtccttattatcccaactcatgctgaccctggta gagaagtacaaattgatggcattaatactacagtggaggattcttatgatctatacaaca aggatggaatcaaactagagattacagtacttaaattgaaaagaaatgagaaatttaaag atattaggaaatatctaccagaaaatgaagatgactacccagattgtagtctagccttgt cagccaatcaacctgaaaccactataattaatgtgggtgatgtcatatcatatggtaata tcttacttagtggaaaccaaactgccagaatgctcaagtataactatcccactaaatcag ggtattgtggtggtattttatacaagattggccaggttttaggtattcatgttgggggta atggaagagatggttttgcggccatgttattaagatcttatttttctgaaacacaaggac aaatagttactagaaaatctactcttgattgcaaccttcctagtatacatactccaagta aaacaaaattgcaacctagtgtcttttatgatgtttttccaggcaataaggagccagctg ttctctctgaacatgaccccagattagaagtcaatttcaaagaagccttattttcaaaat acaaaggaaatagccagtgtgaattgaatgatcacatcaaggtagcaatttcacattact cagcacaattgacaacactagacatatgtccagatcccatttctttggaagacagtgttt ttggtgtagaaggtttagaagcacttgaccttaacactagtgcaggatttccatatgtga ctatgggaataaagaagagagatttaataaataaacaaaccagggacattactaaattga aaatggcaatggacaagtatggtgttgatttacctatggtaacctttcttaaggatgagc ttaggaagagagagaaaatctctgctgggaaaactagggttatagaagctagtagtgtga atgatactgttttattcaggacaacctttggaaacctattctcaaaatttcacttaaacc caggaattgtaacaggatcagctgttgggtgtgacccagaaacattttggtcaaagatac ctgtaatgttggatggagaatgtatcatggcatttgattatacaaattatgatggtagta ttcacccaatttggtttcaagctctgaaagaagttttatctaatcttggattcgaatct- --agtctgatagatagattgtgcaaatcaaaacatattttcaaaaacatgtattatgagg ttgagggtggggttccatcaggatgttctggcacaagtatattcaatacaatgattaata acattattattaggacattagttttggatgcatacaagaatattgatttagacaaactca aaataatagcatatggagatgatgttattttctcttataaatatcaacttgacatggaag caattgccaaagaaggaacaaagtatggtttgacaataacccctgctgacaaatcatgtg aatttaaacaactggattatagcaatgtgactttcttaaaaagaggatttagacaagatg aaaaacatcacttcttaatacacccaacttttccagtagaggaaatacaagagtccataa gatggactaaaaaaccatctcaaatgcaggagcatgttctatcattgtgtcatttaatgt ggcataatggtagagatatataca-agcagtttgagcagaagatacgcagtgttagcgct ggccgtgcactgtatgtccctccttatgacttgctccttcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------gtaataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >JF317014.1 Human rhinovirus C isolate LZY79, complete genome -------ttaaaactgggtataggttgtt-cccacctgtaccacccacgtggtgta---g tgctcctgtattccggtacacttgcacgccagttt-----------------------gc ------------cct-ccc-------------ttcc------------------------ -------tgtaac----gtagaagt-aatataaac--------agaccaatagg-ggatg g-cgaaccacgccg-t----t-caaggtcaagca-cttct-gttt-ccccgg-catgcga ggaatagaccttttcaagggt-tgaagccacaagtgtcgttacccgcattggtactacac agagcttagtaccg-ctctgg-aa-acttattggttggtcgttcagcca-------tttt cc-cctggtagacccggcagatgaggcaagaagctccccactggtaacagtgttcttgcc tgcgtggctgcctgcacaccct-a-atg-ggt----------gtgaagccaat-aagtag acagggtgtgaagagccgcgtgtgctaccaat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctatggcatgcaatccagcatgtgcgtagtcgtaatgagtaatt gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttccc--------ttatt-ctctta- ---tgtcttgcctatggtgaca-----at-att--------aag---ta----ttaatat tgctaccatgggcgcccaggtcagtagacaaaacaatggtacacatgagaatggtgtaac agctaacaatggatcagtcatcaagtatttcaacatcaattactataaagactcagcaag ttctggtttgagtcgtcaagacttttctcaggatccatccaaatttacccagccccttgt ggatacactcacaaa------cccagcacttatgtcaccatctgttgaagcatgtggata ttctgataggctcaagcaaatcactatcggaaattccacaatcacgacacaagactctct acacacagtacttgcatatggtgaatggcccacatacttgtctgacattgatgcaacgtc cgttgataaacccactcacccagaaacatcagctgacagattttacactctggatagtgt tgaatgggaagtaggttctcatggttggtggtggaagctgccagatgccctcaaagacat gggtgtgtttggtcaaaatatgtactaccactcaatgggtagatcaggtttcataatcca tacacagtgcaatgcaaccaaattccacagtggtgcactgataatcgcagtgataccaga acaccaacttgcttatgtagggggggtgaaagttaatataggatatgatcatacacaccc agggcaaggtggtcatcgaatacttgggcccaagcaatc-----aaatgaccggggag-- -gtggtaaaccagatgaggacccactgttcaattgcaacggaacattgttaggaaacata acaatttacccacatcaaattataaatttgagaaccaacaactccagcacaataattgta ccttacataaattgtgtccctatggacaacatgctaaaacataacaatctgtctttagtg gttatcccgttggtgccgctacatccaggttctagtggtatcaatt---ctgttccgatt actgtaacaatagcaccttataagtcagaattctcaggtgccatggagg----------- --ctca------------------------------acgc--------cagggcttgcca acacgtcttcccagtggtagccaacaattcatgacaactgaggatgagcaatcacccaac attctacctggttttcacccaagtaagaaaatacacatacctggtatgattacaaatgtg atgcacatggctagagtggattcattcatacccattaataatattcagggagaa---gtt ggaaaagtgagcatgtactatatcccagtgataaaaaaga---------caacgacagaa aagattcttgttctgcccttagaaatgagcaacacactatttgctacaactcttttgggt gaagttctgaactactatgccaactggtcaggtagtatcaccatcaccttcatgtgcgtg tgtgatgcgttcagtacgggaaagtttcttgttgcgtacacgccaccaggaggtgcacta ccagaaaacagaaaacaagcaatgttaggtgttcacatcatatgggatttgggcctacag tcgtcttgcaccattgtggtaccatggatttcatccggtttttaccgccgcactaaagca gacagcttcacccacggtggatatgtctccttgtggtaccagacagcttttgtaccccca gtgagtggagggac---aggacgcattcttgccacctgtagtgcttgtcccgacatgtct gttaggatgctgcgggacagtccaatgatggaacaa---aagaatgaattgcagaacaat gatgacccagttgagaactttgtggagtccaccttaaaagaggtgttggtcgtgccggac acaaagccctcaggacctcaacacacaacaaaaccatcaatattgggtgccatggagatt ggtgcctccagtgacgcaaccccagaatccacaatagagactaggtatgtatacaacaca aacacaaatgcagaagcagatatagaaatgtttctaggtagatccgccctttggagtaag gtatcactcacaaac--------------------------------------------- -------------------------caatatgccaaatgggaaataaactttcaagaaca ggcacacatcaggaaaaaatttgagtttttcacctatctgaggtttgacatggagatcac catagtgaccaacaacacagggt------------------------------tgatgca gataatgtttattccaccagggatagatcaccccgaaacacataatgatgggagatggga ttccgcttccaaccccagtgtatttttccaacctaaatcaggatttcctaggtttaccat cccatttactggattagcttcagcatactacatgttttatgatggatatgacaaacccaa gggttcagacaacaatgaatatggaattgctcccaccaatgacatgggtttgttatgctt caggactttggatagtagtggtggaaatga------------tgtaaaaatatacgtcaa acccaaacacataacggcgtgggtaccaagaccaccaagggcaacacagtacacccataa gtatagtacaaactaccattacaaacccaactctagtggacctgatcaacatgtgcttg- --aagacagacactttatcaaaaccagacc---------c---cacatca---------- ------------------gct---------cagcaggaccgagcgacatgtttgtgcaca caaaggatgcaatttacaagtgtgcacatctaaccaatccaactg------atgaaacca tactcctggcattgactgc------agatctacaggtggatagtacaaatgttccaggcc ccgatgtgattccgtgctgcgattgcacagctggttgctattactctagaagcaaagata gatactttccagtggagtgtgttagtcatgactggtatgagatacaagaatctggctact atcccaaacatatacaatataatctactcattggggaaggacattgtgagccaggtgatt gtggaggcaagctactgtgcaagcatggtgtgattggcatgattactgcaggtggtgata accatgttgctttcactgatctacgcccatact---ctagcctgtcagaacaccaagggg ttatttcagactactttacccagttgggtaatgcatttggtgagggcttcacaaccaaca ttcaagaccacttttcccaaatcaccaagtcaatctctgataaatttacatcaaaggcta ttaaatggctggtgcgcatcataagcgcccttacaattatgattagaaacaactcagact tacctaccatacttgctactctatcattattggggtgcagtagctcaccatggtctttcc tgaaggacaaaatctgcaactggcttcaaatccagcgtcccgcaagtaaacagaatgatt catggttgcgcaaattcacagagtgttgtaatgcagcaaaaggacttgaatggatcagta tcaagattggcaagtttattgattggttgaaagggaaactagtccctgctgtccaaagaa aaagagacaccctagatagatgcaagaaaatatctctcttagaagaacaagtaaatg--- ---gatttagttctgctagctcagaagcacaacaacaacttattgtagaagtagatactc taaagaagggtttagatgagctagcaccattatatgctagtgagaataaaagagtgacta agattcaaaaagatctcaaacaattatcagcttatctaaagaaccataggcatgaaccag tttgtttattgttacatggcaacccaggatgtggaaaatcactagtcacaaccataatcg ccaggggactcacccaagaggcacag------gtatattcactaccacctgatcccaagt attttgatggttatgaccagcaacaggttgtcatattagatgatcttggacaaaatcctg atggtaaagatttaagcacattctgccagatggtatcaacaacagatttcatagtaccta tggcatcactagaggataagggcaagtctttcaccagccaatatgtgcttgccagcacta acctggacactttgtcaccaccaacagtcacaatacctgaggctataaaacggcgattct tcctggatgccgacctcatcacaacatctaagttcagaaatactacaggactgctagatg tagcaaaggcactacaaccatgcacaggttgtcccaaaccagcacactataaaacgtgct gtcctttgttgtgtggcaaggcagttgtagttcaggacaggaaaacaaaagcaaacttct cagtgaatacaatagtagagcagctgaggcatgaaaatgctaccaggaaaaaggttaaac acaatcttgatgcaatatttcagggccttg---------------------------gtg actcggaaacaccaggttttatagttgatctactatcctcatccaaagaccccaaagtta tagaatattgtgctgaacagggatggataggtaaagcaaactcaacca---tagagaggg atttcaattatgtgcactacatgttgaattgcttaggtagtctaataattatcttaggaa ctgtatatgcattatacaagctgatgtgtatgactcaagggccttacaccggcttac--- caaacccccacaccaaaagaccagaacttaggaaagccacactacagggtcccgagcatg aattcgtcagggctttaattaaaagaaactgtcatgtgataactacttcaaaaggggagt tcaacatgcttggaatccatgataactgcgcagtggtgccaacacacgctgaatgtggtg actttgtcacaattgatggtaggaaagtcagggttctcaaacaatgcattctcactgaca caaatgacacagacactgaaataacgctcctctggttagatcagaatgaaaaatttaggg acattagaaggttcatcccagagcaccaacgcgaatggtcaaatatgcatcttgctacaa atgtaactaaattccccatgctagatgtggaggttggcactgtagtaccatatggagagg tcaaccttagtggtaatccaacatgtcggcttctcaagtacaactatcctacaaaaccag gacagtgtggtggtgtcattgcaaatacaggaaacatagtagcaattcatgttggtggaa atggacgtgtgggatatggagcagcattgctacgcaagtacttcgcacagtctcaaggtg agatcactgccaaacatgatgttagagagaaaggtttaccacaaattaacacacctaata aaacaaaattacaacccagtgtgttctatgatgtttttccaggagtgaaggaaccagcag ccttaagcaatggagacccacggcttgaggttgatctcagtacatctgtgttaagtaagt acaaaggtaacacacaagtggaatggaatgataatatccagatcgcagttgaccactact cagctcaactttatatgctagacattaatcctcaaccattaaccatggaacaggcagtct atggtatagagcatctggaaccactagaccttactaccagtgcagggttcccctatgtaa ctatgggtataaagaaaaaggatatagtcaataaagtgacaaaggatgtaaccaaactcc aggaaatgattgacaaatatggaatagacttgccttatgtcacctacctgaaggatgaat tgagagctcctgagaaaatcaagaaagggaaaacgagagcaatagaggcagctagcataa atgacacaacccacttccgcatggtgttcggtaatctcttttccgtgttccatgctaatc caggtgtacttacaggttctgcagtgggctgtaaccctgatgtgttctggtctcaaatgt atgcatgtatggatggtgagt---tgcttgcttttgattacacaaactatgatggcagtt tgcacccaatctggttcaaagcattaggcaaagtcttagacaatttgggattcccaggt- --cacctagtaaatagattgtgcaacacaacacacatctttaagaatctgatttatactg tagaaggaggtatgccctctggcatctgtggcacaagtattttcaataccatgatcaaca acataatcattagagtgttggttcttgaaacatacaagaatatagatctggacaagctaa agattatagcatatggtgatgatgtagtggtgtcatacccttttgaattggatccaatgg aaattgccaataaagcggagaggtatgggttgaccatcactccaccagacaaaggtagta catttcagaagattgattggacaaatgtcactttcctcaaaaggcattttaaaccagaca ccaaatacaaatttttgatacatccagtgtacaagatggaggatatctatgaatcaatta gatggacaaaggacccaaaaaatacacaagaccatgttcactcattgtgtctactcgcat ggcacaacggggaggaggtctatg-agaagtttagggagaaaatcagatccacaagtgtt ggcaaggttctctatacccctccttactcattgttgtacaggcaatggatagatcaattc -----------------------atataa---ac------------aagtaatataata- ------caatgtttgag---tagaact-------tagtattaaaaaaaaaaaaaaaaaaa aaa--------------------------------- >JF317016.1 Human rhinovirus C isolate LZ651, complete genome -------ttaaaactgaatcatggttgtt-cccaccatgattacccacgcggtgca---g tggtcttgtattacggtacatttccataccagtttt----------------------at ------------aca-ccc-------------cacccc---------------------- ------gaaacat----atagaagt-ttgtacac------aa-tgaccaatagg-tggtg g-ccatccaggtta-c----t-gacggtcgagca-cttct-gttt-ccccggtacc--ct tgtatacgcttcacccgaggc-gaaaaacgaggttatcgttatccgcaaagtgcctacga gaagcctagtaaca-cttttg-a--aacctatggctggtcgctcagctgct------cac cc-agcagtagacctggcagatgaggctagacattccccaccagcgatggtggtctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct--attg-ggt----------gtgaagccaga-aagtgg acagggtgtgaagagcctattgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtagctgttgcatgcaacccagcatgtatgcagtcgtaatgggcaact atgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctc----g---tttca-ctttt-- -----cattgcttatggtgaca-----at-tgt--------agt-t-ga----t-acact tgttaccatgggcgcacaagtgtctaggcagagtgttgggagccacgaaacgatgatcca cgctggaacaggagctgtggtgaaatattttaatgtcaactactacaaggacgcagcaag ttctggactaaccaagcaagatttctctcaagacccttccaaatttacccaacctgtagc agacatcttgtcaaa------tccagcactaatgtccccttcaattgaagcatgtgggtt ctccgataggctcaagcaaatcactatcggaaattctactatcacaacacaggatgcagt caacacaattgtcgcatatggagaatggcctagttacttatcagatatggatgcaacttc agttgataaacccacccaccctgaaacttcgtcagatagattctacacactgaatagtgt cacttggcagggtgggtcgttgggttggtggtggaagctaccagactgtctgagagatat gggtgtttttggacagaatatgtatcatcatgctatggggagatctggatatatcataca tactcaatgtaatgcaaccaaattccacagtgggtgtctgctggtggcagtagtacctga acatcagttggcatacatcggaggtactaacgcacaagtgaaatataaacatactcatcc aggtgaacagggacacaggattggtagtaactca--------------gaaaggaatg-- -agaaccaaccagatgagaatccatttttcaactgtaatggaacactgctcggaaacctt accatcttcccacaccagctcataaacttgaggacaaacaattcaagtaccattgttgta ccctacatcaactgtacacctatggacagcatgctacgtcacaacaatgtatcacttgtc atcataccaatttgccccctacgggctccggcaacagccccccaga---ccctgccgatt acaatatccatcgcccctatcaagtcagaattctctggcgcaagacaat----------- -ccaca------------------------------aaa---------caaggactacca gttagaatgccaagtggagccaatcaattcatgacaacagaagatgagcaatcacccaac atactccccagctttcactccactaaacagatccacatacctggccaaatcagaacaatc atggatatggctcgtgtggattccttcatgcctataaataatgta---aatcaa---tct caggcaatagggatctattacattccaatatcaaacacac---------ataacgacaga agaatattggctataccattagacatgagcaacacacttttctctacaacactcttagga gaagtgctaaactattattcaaattggtctggatcaataaagctcacattcttctgtgtc tgtgatagtttcagtactggtaagttcttgatagcatacacccctccaggtgctgacatc ccggagacacgtcgtgatgcaatgcttggtacacatgtcgtgtgggacttaggtctccag tcatcatgtcacctcgttgtaccctggatcagctcccacttcttcagaaggactaggaaa gacaactacacagaaagcggatttgtcacactatggcatcaaacagcattcgtgtccaat ggaactac---------aggatctataatggttacctgctctgcatgctctgacatgtcg gttcgcatgttacgggacacacctatgatgagacaggatgaagacattacccagaat--- ------ccagtagaagaatttgtagaacacacattgaaagaggttttagtggttccagac actcaggcctcgggacctgtccacaccacaaaaccacaagccctgggtgctgtagaaata ggagcaaccgctgatgtgggcccagagacactaattgaaacaaggtatgtaatgaatgac aatacaaatgctgaggcaacagtagagaactttctgggaagatctgccttgtgggcaaac ttaaagtt---gaacc-a------------------------------------------ ------------------------gggtttcaaggaatggaagataaattttcaagaaca tgcccaagttagaaagaagtttgagatgttcacctacgttaggttcgacttggaagtgac tatagtcaccaacaatacaggac------------------------------tgatgca aatcatgtttgtacccccagggattccagctccaagtgggaagaatagtagggaatggga tacagcttcaaaccccagtgttttctttcagccaaattccgggttcccaagattcacaat accctttacagggttgggatcggcatactacatgttttatgatggatacgatggtactga tgct---gccaacacaaactatggaatttcactgacaaatgacatgggaaccttgtgttt tcgggcactggatgggactgaggtgagtga------------catcaaagtttttgctaa gcccaaacacacggctgcatggatcccccgtccacctagagcaactcagtacttgcacaa atttagcaccaattataacaagccaaagacaaaggg---------cagcaatgagttag- --aacccaaacatttcctcaagtatagaga---------t---gatatcaca-------- -----------aatattacta---------ccctaggacccagtgacatgtatgttcaca caaaggaagccatctacaagtgtgcacacttaactgagcctaatg------agaacacta tacttctggccatatcatc------agatcttcaagtcgacagtacaaatgttcctggtc ctgataacatacccacctgcgactgcaccacaggcacttattactgcaagagtagggaca gatactatccagtcaacctagcacaccatagttggtacataatacaagaatctagttatt atccaaaacacattcagtatgacatactgataggtgagggaccgtgctctccaggggatt gtggtggcaagttactgtgtgtacatggaaccataggaatggtgacagcagggggagaga accatgttgcatttatagacttgaggaactaca---gctcactcagtgaacatcaagg-- -tattacagattatgtcacacaactgggaaatgcatttggagatgggttcactagctcca ttagagaaactctggtgtctgcctgtgatg---tatcagataaactcaccggaaagatca tcaaatggacaatcagattaatcagtgctctatcaatcatagtcaggaacagcactgaca cccccaccatcatagctacattagcactacttggatgttctggttcaccgtggcgctacc taaaagacaaggtctgcaagtggttaggtattgatccaccacctagtaagcaaggtgatt catggctaaagaaattcactgagttctgcaacgcagcccgtgggcttgaatggattggtg acaagctatctaaattcattgattggctaaaaggaaaaatcttacccacacttcgccgca agtcagacacacttaaggagtgcaagaaaatcccattatataaggaacaggttaaag--- ---cctttgccactgcatcagaagaagcacaggatgaattgatagtcaaagtcaacaagc ttgaaaaaggactccaggatctcgccccattgtatgcatgtgaagccaaacaggtgcgtg agatgtccagagagctgcagcgcatgatgtgctacaagaagactcacagaacagaacctg tttgcatactgttacatgggcaaccagggtgtggcaaatccttagcttccaaggtcattg ctaggggtctcacaaatgaaagtaat------gtttattccctgccacctgatcccaagt attttgatggatataaccaacaggaagtagtgatcatggacgatgttggtcaaaacccag atggaaaggatctgagcttgttttgccaaatggtctcaagtactgagttcataacaccaa tggctaaccttgaagacaagggcagagcatttaccagtgattatgtaatagctagcacaa acatgactgtcctcacaccacccactgtctcatcacccgaagccatagatagaagatttt tcttagattgtgatgttaaaattatgccagcatacaatacaaac---aacctgctgaatg ttgccaaggctttgttaccatgtactgattgcccaaaaccagaattctacaaacagtgct gtcctctaacctgcggcaaggccctaattttgcaaaacaaaagaacaaaggccagttatt ctatcaacactgtggtgcaacaactgcggcaggaaaagaaaaacagaaagtgtgtagagc acaatctcactgccatattccaaggattgg---------------------------ggg atgattcaacaccaggattcattgtggatctccttagtgcctccaaggacccgaaagtca tagagttttgtgagaaagagggatggattaaacagtcaaagtactcaaagattgagcgtg atttcaactacgcacaatactgtatcaactgtgtgggtagtatagtactaatcctaggaa ctgtttatgcactgtacaaattgatgtgtatagcacaaggcccctataccggcttac--- cacaaccaaaaccaagaaaaccagaattaagaaaggctgtgatccaagggccagaacacg aatttggtatggccctgattaaaagaaactgtcacatagccacaacagatagaggagatt tcaatctgcttggtgtgtatgacaattgtgcagtgatacccacacatgctcagccagaag acacaatcctgattgatggtgttgaaacaaagattttgaagcaaacaattattacagatg aaaatgatgtggacacagaaattacaattttgtggctagatcgtaatgaaaagttcagag acataagaaggttcataccagattatcagagagactggcagaacatgcgtcttgtaacca atgtacccaaatttccaatgctggacatagaggtaggtgatgttataccatatggagata taaacctgagtggaaacccaacaactagattactcaaatatgactaccccacaaaaccgg gccagtgtggtggagttgtcttgaacacaggtaacatagtaggtatacatgtggggggta atggtagggtaggatactgtgcatcactaacaaagagttactttgcctccgctcagggtg aaataatcaacaagtgtaaagtgcaagatgttggtctcaaacccatcaacacaccagaac actctaagttacaccctagtgtgttctatgatatattccctggtgagaaggaacctgctg tgttaacacaaaaagatcccagactagaaactgatctgaaaacagctgtcttgtccaaat ataaaggaaatgtggaaattgaaatgagtgagaatatgcagattgctgtagaacactatt ctgctcaattgttcatgctagacatcaacccagaacccatatctttagaacaggctgtgt atggaatggagaatctagaaccactcgatcttaccacgagtgctggatttccctatgtca ctatggggataaaaaagagggacatcttgaacagaaatacaaaggacattacaaaacttc agcaaatgattgacacctatgggcttgacctgccatatgtaacctacttaaaggatgaac ttcgtgctcccactaaggtgaaagcagggaaaacaagggctattgaagcagctagtatga atgatacagcaaacttcagaagagtatttggcaatttgtatgctggttttcatgcaaacc caggtattttaactggatcggctataggctgtgatcctgatgtcttctggtcacaactgt atgcttcaatggagaaacacc---tcctggtgtttgattacacaaattatgatgggagcc tacatccagtatggtttcaagcacttgaacaacttctgaataacttgggttttcctggt- --gagttggcatataagttatgcaatacaactcacatatacaaagatgaaatatacacag taaaagggggaatgccttcaggaatttcaggtacctccatttttaatacaataataaaca acataataatcagaactctggttttagacacatataaaggaatagaattggataaattga aaattgtggcatatggagatgatgtgataccctcatatccagaagaacttgacccagcac aaattcccatctctggtctcaagtatgggctcacaataacacctgctgacaaatctgatc attttgtaaaagttgactggagtaatgctacatttttgaagagagggtttcgtgtggaca aaaaatacaatttccttgtccccccggttttcccagagaaagaaattttcgaatcaatca gatggactagagatccaaagaatccccaagcccatgtgtattctctatttcttttgatgt ggcacaacggtgaagaaccgtaca-aagagttcataaacaaaatcagaaaggcagaggtg ggtcgtaggttgtatcttcccccgtccaatctactagaacccacttggattgataaattc -----------------------atttaa---att--------ttttagtaatgtagaa- ------atctccctgag---taggagta------ggattttacaaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa--------aaa >FJ445126.1 Human rhinovirus 31 strain ATCC VR-506, complete genome -------ttaaaactgggtgcgagttgtt-cccactcgcacttcctacgtggagta---g tacactattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -a----------acc-ctt-------------c-ccct--t------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-tgaact------tg-agaccaatagg-tggtg atcaa-ccagatcg-c----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ca ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaattgcgatcgttacccgcaaagtgcctacgc aaagcttagtaata-tcttga-ac-gatatatggttggtcgctccacta------a--tc cc-catagtagacctggcagatgaggctggaaactccccactggcgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcgcactc--tcacg-agt----------gcgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatacaaaccagtatgtggctagtcgtaatgagcaatt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ttttat- ----ggtttgcttatggtgacag-tatat-a-g--------tg--t--------atatat tgttaccatgggtgcacaagtctccagacagaatgttggtacgcattccacacagaatat ggtttcaaatggatccagtttaaattacttcaacataaattattttaaggatgcagcctc tagtggtgcttcaagattggatttttcacaagacccaagcaaattcactgacccagtcaa ggatgttcttgaaaagggaatcccaactttacaatctcctacagtagaagcatgtggtta ctcagacagaataatgcaaattacaagaggtgattctacaataacatcacaggatgttgc aaatgcagtggtaggttatggaatatggccacactacttaagtgcaaaagatgctactgc cattgataaacccacgcagccagacacctcatcaaatagattttatacactagagagtaa aatatggacacgagattctaagggatggtggtggaagttaccagatgcactaaaagacat gggtatatttggggaaaacatgtattaccattatcttggtagaagtggttatactgtgca cgttcagtgcaacgctagtaaattccaccaagggactttattaattatgatgatacctga gcatcagctagcaaatgaaaaccgtactagagcagatgctggatataacttcacacatcc tggtgagttaggtagggaagttggtaacagacgcaac-----------cc---ccatg-- -acaaccttccaagtgatgacaattggcttaactttgatggtactttattaggcaatgct cttatatatcctcaccaattcattaacttaaggagtaataattctgcaacattgatagtc ccttatgtgaatgctgttccaatggattcaatgcttagacataataattggagtttagtg ataattccaatttgtgagttactagtagactctacagtcaatgcta---tagtccccatc actatatcaataagtccaatgtttgctgaattctctggagcacgtgcaaaaccag----- -aagct------------------------------gcct------cacaaggcctccca atttatatgacacctggctcaggccagttcatgacaactgatgactttcaatcaccttca gccttaccatggtatcatccaaccaaggagattttgattccgggagaagtcaaaaattta atagaaatgtgtcaagttgataccttaatccctattaacaatacaatgcagaat---tta aggaaggtaaatatgtacaccatacaattgtccagtcaaacagaaa------tggcccaa gagatctttgctattaaagtagacattgcctcacaacctttggcaaacaccatgcttgga gaaattgcaagttacttcacacactggactggtagtttgcgtttcagctttatgttttgt ggcacagcaaacaccaccctcaaattacttttggcatacacaccaccaggcattggtaaa ccaagcagtaggaaacaagctatgcttgggacacacatagtttgggacgttggattacaa tctacagtatctctagttgtcccatgggttagtgccagccattttagatacacatctagg gatgaacattcagcagctgggtatataacgtgttggtatcaaacaaattttgtttttccc ccaaatactcctaatacagccaacatgttgtgttttgtatcagcttgcaaggatttctgt ttacgtatggctagagacacagatatgcatattcaagatgatgctatcacacaaaat--- ------ccagttgaaaactatgtggaagaggttcttaatgaagtcttagtagtacctaat atcaaagaaagccatccaagcacatctaattctgccccaatcctggacgctgctgaaact ggacacactagtaatgtacaaccagaagatacaattgaaactcgctacgtgcaaacatca caaacaagagatgaaatgagcattgaaagtttccttggtaggtcaggatgtgtacatact tcaataatagaaccag-atggactc----------------------------------- -------catga---------tagcaaatataaagtatggcacattaatttacaagagat ggcccagattaggcgaaaatttgaaatgttcacatatgtaagatttgattcagaagtgac catagttccatgcattgcaggacatggtagtg------acataggccatatagtcatgca atacatgtatgtaccacctggggccccagtaccaacaaatagaaaacattttgcatggca atcaggtactaatgcatcgattttctggcaacatggacaaccctttccaagatttacatt accctttttgagtgtcgcatccgcttattacatgttttatgatggttatgatggagacaa aagt------ggagccaagtatggtactacagtagttaatcgcatgggtgcactatgcat gagagttgtcactaacaaacaagctcataaagttgaaatcacaaccaatatttaccataa ggccaaacatgtaaaggcatggtgtcctaggccacctagagcagttccatacaggtatgt tggatcaacaaactac------aaacctgatgaaaa---------------------tg- --aagttacaatctttgttaaacacaggga---------t---aatccaaaga------- ------ttatcaca------------------gcaggaccaagtgatctgtttgtacatg taggtaatctaatatatagaaatttacacttgttcaactcagaaa---tgcatgattcag tgttagtatcatattcctc------agacttagtcatttaccgcacaaacactacaggca atgactatattcctacatgtgattgtacccaagctacttactattgtaaacataaagata ggtattatccaattgttgtcaccagtcatgattggtatgaaattcaagagagtgaatact acccaaaacatattcaatataatcttttaattggtgaaggaccatgtgagccaggagact gtggaggaaagctattgtgtaaacatggagtgattggaataataacagcaggtggggaag ggcatgtggcattcatcgatctcagacaat------tccactgtgcagatgaacaggg-- -aataactgactacattcacatgttaggtgaagcttttggatcgggattcgttgatagtg tcaaagatcaaataaacgctatcaacc------caattaataacatcagtaagaagataa tcaagtggttactcaggataatttctgcaatggttataatcattagaaattcttctgacc cacaaacaattgtggctacactaacattgattggttgctcaggttccccttggcgattcc ttaaagagaggttttgtaaatggactcaactaaattacatacataaggaatct---gatt catggcttaagaagtttactgaaatgtgtaatgcagctagaggtttggaatggattggaa ataaaatatcaaaatttattgagtggatgaagtcta---tgctcccccaagctcaactta aaatcaagtatctgagcgagcttaagaaactcagctttctagaaaaacaaatagaat--- ---atctgagggttgctgattcccaaacacaggaaaagattaaatgtgagattgatactt tacatgacctctcttgcaaatttttgccactctatgctagtgaagccaaaagaataaaaa ttctacataataaatgtaacacaattat------caaacaaaggaaaaggtgtgaaccag ttgcagttgctatacatggtgagcccggtactggtaagtccatgaccacaaactttcttg ctagaatgataaccaatgatagtgat------atttattctttaccacctgaccccaaat attttgatggatacgatcaacagagtgtggttatcatggatgatattatgcaaaatccaa gtggggaggatatgaccttgttttgccaaatggtatccagtgttacatttataccaccaa tggctgacctacctgacaagggcaaaccttttgattctagatttgtattgtgtagcacta atcataacttgttagcaccacctacaatcacttcattaccggctatgaacagaaggttct ttttagatttagatattrtagtatgtgataaatataaagatccacaaggaaagttaaatg tggctgctgcttttcgaccttgtgatgtggatacaaaaattggaaatgctcgc---tgtt gtcctttcatttgtggtaaagctgttatttttagggatcgcaataattgtcaaacttata ctctggcacaagtgtacaatcaaatacttgctgaagacaagagacgtaggcaagttgtgg atgtcatggcagcaatctttcaggggcctattactc---------------------ttg aagggcccccacctgcagcaataaatgatctattgaaatcagttagaactccagaggtca ttaaatattgtgaggataacaaatggatagtgccaactgagtgtaaga---ttgagagag atcttaatattgctaataccattattacaattattgctaatattattagtatttctggaa taatttatgttatatataagcttttctgtacattacaaggaccatattcaggtgagc--- ccaagcctaaaaccaagataccagaa---agaagagtggtagctcaaggtccagaggaag aatttggtagatcactcatcaaacacaattcatgtattgtaacaacacaaaatggtaaat ttacaggtctgggtatctatgatagaacgctagtcttaccaacacatgcagatccaggta atgaaatacaaatagatggtatcacaactaaggtagaagattcttacgatctgttcaata aagatgggatcaaattggaaatcacagtgctcaaactcaagagaaatgaaaagtttaagg atattaggaagtatatcccagaaaatgaagatgattatccagattgcaatttggctttat ctgctaatcaaccagaaaccacaataatcaatgttggggatgtagtgtcatatggaaata ttttacttagtggaaatmaaacagcaagaatgctcaaatataattatccaacaaaatcag gttattgtggtggaattttgtacaaaattggacaagtcttagggattcatgttggtggta atggaagggatggatttgcagccatgctactaagatcatatttttcagaaacacaaggcc aaatagttgtcactaaacctactattgagtgcaatttacctagtatccacacacccagta agactaagttacaacctagtgtattttatgatgttttccctggtagtaaagaaccagctg tactttcagaacacgactctaggttagaagttgatttcaaacaagctttattttctaaat ataaaggtaatagtcagtgtgaaataaatgatcatgttaaagtggcaatttctcattatt cagcacaactaatgacattggatattgacccaaatccaatctcattagaggatagcgttt ttggtgcggaaggtttagaagcacttgaccttactaccagtgctggatttccctatgtgt ccatgggtattaagaagagagatttgattaacaagcaaacaaaagacatcacaaaactta aaatggcactagataagtatggtgttgacttgcccatggtcacatttcttaaagatgaac ttaggaaaaaagagaaaattgccactggaaagacacgtgtcattgaagccagcagtgtaa atgacactattctgtttagaacaacttttgggaatctcttttcaaaatttcacctaaatc ctggcattgttactggttctgcagtaggttgtgacccagaaactttttggtcaaaaatac cagtaatgttaaatggcgagtgcataatggcatttgattatacaaattatgatggcagca tacatccaatttggtttgaagctcttaaagaagtgctatccaatttagggttccagtct- --gatctaatagatagattatgcaggtctaaacacatttttaaaaatgtatattatgagg tagaagggggggtgccatcaggttgttctggaacaagcatatttaatacaatgattaaca atattatcattaggacactagttctggatgcatataagaacattgatttagataagctta agataatagcttatggagatgatgttatcttttcttataaatatcaattagacatggaag tgattgcaaaggaaggcattaagtatggacttacaatcactccagctgataaatcaagtg aatttaagaaattggattataatagtgtgactttcttgaagagagggtttaagcaagatg aaaggtattcatttctgatacatccaatttttccaattgatgaaattcatgagtccattc gatggactaagaaaccatctcagatgcaagaacacgttctgtcactgtgtcatttaatgt ggcataatggtagggatgtgtata-agcagttcgaacaaaagatacgcagtgtgagcgct ggtcgcgcactgtatatcccaccgtatgatctgcttttgcatgaatggtatgaaaaattt taagt-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------ataataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445145.1 Human rhinovirus 62 strain ATCC VR-1172, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatytcctacgtggagtt---g tactctattattccggtaatcttgtacgccagtttt----------------------at -a----------ttc-cct-------------a-cccc-tt------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-aagcac------ac-agaccaatagg-cggtg accac-ccaagtca-c----t-aacggtcaagca-cttyt-gttt-ccccggttaa--ga ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacaatytaaatcgttaaccgcaaagtgactacgc aaagcttagtaata-ccttga-ag-aatttatggctggtcgttccgcta------t--aa cc-cctagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct-ttttg-ggt----------gtgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgtatgtaatccaacatatggctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-cttt-t- ----attttgcttatggtgacaa-tatat-a-t------------aata----tatatat tggcatcatgggcgcacaagtatctagacagaatgttggaactcattctactcaaaactc agtttcaaatgggtcaagtctgaattattttaatataaattattttaaggatgctgcatc cagtggagcctcaaaacttgaattttcacaagatcctagtaagttcactgatccagtcaa agatgtcttggagaaaggaattccaacattacaatctccaactgtggaagcatgtggcta ttcagatagaataatacagattacaagaggtgattctacaataacatcacaagatgtggc taatgcagttataggttatggaatctggccacattatctgagcgctgaagatgctactgc cattgacaaacctacacaaccagacacttcatctaataggttttacactttagagagtaa aatatggcatactaattccaaaggatggtggtggaagttaccagacgcacttaaagatat gggtatatttggagaaaatatgtactaccactatcttggcaggagtggatatacggtaca tgttcagtgcaatgctagtaaattccatcaagggacattactggtggttatgataccaga gcaccagttggcaaatgcaaactctgctaaagcgggagctgggtataattacacacatcc tggtgagcgaggtagacaagttggtgacccacgtgaa-----------aacatcactg-- -cagcacaccctagtgatgataattggcttaattttgatggtacaatgctaggtaatgtt cttatatttccacaccaatttattaatcttaggagtaataactctgcaacaataatagtc ccttatgtgaatgctgtcccaatggattcaatgctcagacacaacaattggagtttggta ataataccagttagtaagttgcaagctgataacactggtagtgttg---tagtcccaatc actatatcaataagtccaatgttcgctgaattttccggagcacgagcgagacccgcaa-- -gagct------------------------------acta------cagaaggcttacca acatacataacaccaggttcaggtcagtttatgacaactgatgattttcaatcaccttct gctttaccatggtatcatccaactaaagaaattttaattccaggagaagttaaaaatcta atagaaatgtgccaagttgatacacttatccctataaacaatacagataacaat---tta aggaaagtgaatttatacactgtggagttaactaaccaaccaacac------cagctcaa aagattttttctattaaagtagacattgcctcacagcccttagcaaacactatgcttggt caaattgctagttattacacacactggactggtagtttacgctttagttttatgttttgt ggcacagcaaacacaacccttaaactgcttctagcatatacaccaccaggtattggagaa ccaagagataggaaacaagctatgcttggtacacacatagtctgggatgttggactgcaa tcaacagtatccttagttgtcccgtgggttagttctagtcactttagatacacttctaga gatgaacattcagcggctggatacataacatgctggtaccagacaagtcttgtttttccc cctaacacccccggcacagctgatatgttgtgttttgtgtcagcttgtaaagacttttgc ttacgcatggctagggacacagatatgcacactcagagtgatgctattgaacaaaat--- ------ccaattgaaaattatgtagatcaagtacttaatgaagttttagttgtaccaaat attaaagaaagtcaccctagtacgtcaaactctgccccaattctagatgctgctgaaacc ggacacactagtaatgtacaaccagaagacactattgaaacccgttatgttcaaaccaca caaactagagatgaaatgagcattgagagctttcttggtaggtcagggtgcgtacacact tcaacaattgaaacaa-cgcttagt----------------------------------- -------cataa---------agatagattcaaaacatggaatattaacttacaagagat ggctcaaatcaggagaaagtttgaaatgtttacatatgtaagatttgattcagaaataac cctggttccatctattgcaggacgtggtgcag------atataggtcacatagttatgca atatatgtatgtaccacctggggctccactaccaacagacagaaagcattttgcctggca atcaagtactaatgcatcaatattttggcaacatgggcaaccctttcctagattttcatt accttttttgagtgttgcatctgcttattacatgttttatgatggctataatggtgatga ctat------acagcaaaatacggtaccaccgtggttaatcgtatgggggcactgtgtat gaggattgtcacaaacaaacaagttcatgatgttgaggtcacaactaatatttaccacaa ggctaagcatgtaaaagcgtggtgccctagaccacctagagctgttccatataaatatgt tgatttcaataattat------gcagccagtgatag---------------------tg- -----ttgacatttttataaaatcaaggca---------a---aacttgcaa-------- -----------aca------------------gctgggccaagcgacatgtatgtccatg tcggtaacttgatatacagaaatctccatcttttcaattcagaaa---tgcatgatacaa tcttagtgtcayactcttc------agatttagtcatttaccgaacaaatacaacaggtg atgactacatccctacttgtgattgtactgatgccacatattactgtaaacataagaata ggtactatcccattaaagttaccagtcacgattggtatgaaattcaagagagtgagtact accctaaacatattcaatataatcttttaattggtgaagggccatgtgaaccaggtgatt gcgggggaaaattgttatgcaaacatggagtgattgggatagtgactgcaggtggagaag gacatgtagcttttattgaccttagacaat------tccactgtgtagatgaacaagg-- -agtgactgactatatccatatgctgggtgaagcttttggcgcaggttttgttgacagtg ttaaggagcaaataaatgctatcaacc------caattaatagtattagtaagaaaataa ttaaatggcttcttagaataatctctgcaatggttataattattagaaattcttccgatc cacaaacaattatagccacattaactttgattggatgttcaggttccccctggagatttc ttaaagagaaattctgtaaatggacccaattaaattacatacacaaagaatct---gatt catggcttaagaaatttactgaaatgtgtaatgcagccaggggtttagaatggattggaa acaaaatatcaaaatttattgagtggatgaaatcta---tgcttcctcaggctcaactta aggtgaaatatttgagtgagcttaaaaaattaagctttcttgagaagcagatggaac--- ---accttagagttgctgactctcaaacccaggaaaaaattaagcatgagattgatacct tacatgacctttcttgtaaatttcttccactttatgctagtgaagcaaagagaattaaga tattacataataagtgtagcacaataat------caaacagagaaaaagatgtgaaccag ttgcagttgtcatacatggagaacctggcactggcaaatccatgaccacaaatttccttg ctagaatgataacaaatgatagtgac------atatattctttgccacctgatcccaaat attttgatggatatgatcagcaaagtgtagttattatggatgatatcatgcagaatccaa gtggtgaggatatgactttattttgtcaaatggtatctagtgttacatttatacctccaa tggctgacttacctgataaaggtaaaccttttgattcaagatttgtattatgtagtacca atcataatatgttggcaccacccacaattacttcattgcctgctatgaatagaagattct tttttgacttagatattgtagtgtgtgacaagtataaagactcacagggaaagcttaatg tgtcagctgcttttcgaccatgcgacattgacacaaaaattgggaatgcccgt---tgtt gccctttcatttgtggtaaagctgtcattttcagggatcgtaatacttgtcaaacctata ctttagcacaggtctacaatcaaatacttgctgaagacaaaaggcgtagacaggttattg atgtaatggcagcaatttttcagggccctattacta---------------------ttg aaggaccaccgcctgcagcaataaatgacttgttaaaatcagtcagaaccccggaagtaa tcagatactgtgaagaaaacaaatggatggtaccggctgagtgtaaag---ttgaaagag atcttaacatagcaaacacaattatcacaatcatagctaatattattagcatatctggaa taatttatgtaatatacaaacttttttgtacattacaaggaccatactcaggtgaac--- ctaggccaaagactaaaataccagaa---aggagggttgtagcccagggtccagaagaag aatttggtagatcacttattaaacataattcatgtgtagtatcaacacagaatggtaaat ttacaggtttagggatttatgacagaacactaatattaccaacacatgcagaccctggta atgaaatacagattgatggaatcacaactaaagtagaaggctcctatgatttatacaata aagaaggggtaaagttagaaattacagtcttgaaacttaaaagaaatgagaagtttaaag atatcagaaaatatataccagaaagtgaagatgactatccagattgtaatctagccctgt ctgctaatcaaccagagaccactataattaatgtaggagatgtggtatcttatggtaata ttttgcttagtggaaaccaaacagctagaatgcttaaatataattatccaacaaaatcag gttattgtggtggtatcctatacaaaattggccaagtccttggaatccatgttggaggaa atgggagagatggattcgctgccatgctgttacgatcatacttttctgaaacacagggtc aaataatcacttccagatctacaagtgaatgcggtttacctagtattcacacaccaaata aaacaaaattgcagcctagtgtcttttatgatgtgtttcctggtagtaaagaaccagctg tccttacaagtaatgatcctagattagaagtagacttcaaagaggctttgttttctaagt ataaaggaaataaccagtgcactataaatgaccatattaaagtggccatttcccattact cagcacaactgatgacattggatattgattctaagcctatttccttggaggagagtgttt ttggtatagaaggtttagaagcattagatcttaacactagtgcaggatttccatacgtat ccatgggcattaagaaaagggatttaatcaacaaacaaactagagatctgacaaaactaa aagtggcactagataagtatggtgttgatttacctatggtaactttccttaaggatgaac ttagaaagaaggaaaagatttgtgctggaaagacccgtgtgattgaagctagtagtgtaa atgatactatattgtttaggacaacttttggtaacctcttctcaaaatttcacttaaacc caggtattattactggttctgctgtgggatgtgatccagaaacattttggtcaaaaatac cagtgatgttagacggagagtgcataatggcttttgactatacgaattatgatggaagta tacatcccatttggttccaagctttaaaggaagtattaatcaacttatcatttgagcca- --accttaatagataggttatgtagatccaaacatatttttaaaaatacatattatgagg ttgaaggtggggttccatcgggctgttccggtactagtatatttaatactatgattaata atataattataagaaccttagtattagatgcttacaagaacattgatctggataagctaa agattttggcttatggagatgatgtaattttttcctacaaatatcaacttgacatggaag caattgctaaagaaggcatcaaatatggattgacaataacacctgctgacaaatctaatg acttcaagcaactggattataataatgtaacatttctaaaaagaggatttagacaagatg agaaacatcaattcctgatacatccaacatttccagttgaggaaattcaagagtccattc gatggacaaagaaaccatctcaaatgcaggaacatgtactatcactgtgtcatttaatgt ggcataatggcagagatgtgtaca-aaaaatttgaggagcgcatacgtagtgttagcgct ggtcgtgcactatatattcctccttatgatttactactgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------atattaa --aca-tttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >GQ415051.1 Human rhinovirus A isolate hrv-A101, complete genome -------ttaaaactggatcatggttgtt-cccaccatgattacctacg-ggtgta---g tatacttgtatcccggtacatttatacgccagtttt----------------------at ------------aac-ccc-------------caccccaaa------------------- -------tgtaac----ttagaag--c-atgtaca----caa-tgatcaatagggtggtg gctat-ccaagtca-t----c-taagatcaagca-cttct-gtct-ccccggtgag--tg tgaatatgctttacccaaggc-aaaagctaatctcatcgttatccgcaaggtgcctacgg gaagcctagtaaca-ttctga-ag-atattttggttggtcgatcagttgca---ctcacc ca-tgcaatagacctggcagatggggctaggcatacctcactggtaacagtggcctagcc cgcgtggctgcctgcacacct----tcg-ggt----------gtgaagccata-atattg acagggtgcgaagagcctactgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtatccattgcacacaaaccagtgtgtctatggtcgtaatgggtaact acgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt--------gtttt-tcttta- ----atactgcttatggtgacat-tatat-a-t--------tg-----------atatag tgtcatcatgggtgcacaggtttccagacagaatgttggaactcactcaacacaaaatgc agtgtctaatggctcaagtctgaattattttaacatcaactacttcaaagatgcagcatc aagtggagcgtcaagattggatttttcacaagaccctagcaaatttactgatccagttaa agatgttctaacaaaaggaatcccaacattgcagtccccatctgttgaggcttgtggata ttcagacaggataatacagataacaagaggaaactcaacaataacatcacaagatgtagc aaatgcagttgttgggtatggagtgtggccccaatatttacctgatgatgatgctagtgc tattgacaaaccaactcatccagacacatcctcaaataggttctatacattagaaagtaa agagtggaaaagtgactctaagggatggtggtggaaactaccggatgccctcaagaacat gggaatttttggggaaaatctattttaccatttcttgggtagagctggatatacggtgca tgtgcagtgcaatgcaagcaaattccaccaaggtgcattagttgttgccgcaatcccaga acatcagttggcatacataggatcagagaatgttagtgtaggatacaaacacacacaccc tggggaatcaggacgaacacttaatgatagagag--------------aataataact-- -cacaacaacctactgatgaaagttggctgaactgtgatgggacactattaggaaatatc actatcttcccacatcagtttattaatttgaggagtaacaactcagccaccttaattcta ccttatgtcaatgctgttcccatggattcaatggttaggcataataactggagtattgtg ataatacccgtatcaccactccagactata---gaaggaacacctt---atgtcccaatt acactatcaataagtcctatggcttcagagttttcaggtgctcgaaaca----------- -catcc------------------------------ag---------acaaggtctacca gttatgctcaccccaggttcaggacaatttctcaccacagatgatgcacaatcaccatca gctttaccctatttccacccaacaaaagaaatattcataccaggtagggttactaatcta tcagaaatttgccaagtagattcaatgatcccaattaacaacacagtggcgagt---cat aaaagggtaagtatgtatgctgttcgcgtgggtgtccaaacagcgc------cagccaga gaagtctttgctataccagtagatgttgcctctcaacctttagcaaccactcttattgga gaaatagctagctattacacacactggacaggttctattagattctctttcatgttttgt ggtacagctaataccagtctcaaactacttgttgcatacacaccgcctggagtgcccaaa ccagactcaagaacaaaagccatgttaggaactcatgtggtatgggatgttggcttacag tccactgtatcaatggtggttccctgggtttccgcaagtcactataggcttaccacacct gatacatactcaaaagctggatacattactagctggtatcagacaaactttgtagtacct ccatgcactccaaaaactgcagatatcatatgttttgtgtctggttgcaaggatttctgt ttgaggatggctagagacacaaacctacattcccaaactgtcaatatcacacaaaat--- ------ccagttgagaagtacactgaagcaattctaaatgaagtcctaacagtcccaaat atacaacctagttcaggtaatacttctaacgcagctccagtcctagatgctgctgagact ggtcacaccagccaaacacaaccagaagacacagtggaaaccaggtatgtcatcacagat caaactcgtgatgaaatgagtgttgaaagtttcttagggagatcaggttgtatttctgaa atgcataccattgtgg-aacatggtgaaggt----------------------------- -gtatataatgca---gtggataaaaatttcactaaatggaagattaccttaaaagagat ggcacaaatcagaaggaaatgtgaattgttcacatatttgagatttgattcagaaataac tatagtacccacaatagctggacaagggaatg------acattggacatgtggtgctcca atatatgtttgttccaccaggggctccaatccctacaaaaagagatgattacacatggca gtctggcacaaatgcttcagtcttctggcagcaaggtcaaacctaccccagattcacaat acctttcatgagcattgcctcagcatattacatgttttatgatggatatgaggatgatac acca------aattcaaaatatggtgcagttgtaacaaatgacatgggaacattgtgtgt gcgtattgtaactgagcaacaagcaaatactgtacacattacaagcagggtctatcataa agcaaaacatattagtgcatggtgtccacgaccacccagggctgtggcatatcagcgtgt acataataccaacttt------gttccagcaacagg------------------------ acaagtagagatacagatacctacaagagc---------a---gatcttact-------- -----------------------------actgtgggcccctcagatatgtatgtacata tggataatctcatatacagaaacctacatttgtgtaacccagaagacttagatgattcag tattaatttgttactccag------tgatttagtcatataccgaacaaatactaaaggtg atgattacattccagtgtgcaactgcactgaagcaacatactactgcaaacacaaggata gatatttcccagtaaatgttaagaaacatcagtggtatgaaatacaagaatctgaatatt acccaaaacacatacaatataatatattaattggagaagggccatgcactcctggagact gtggaggaaaattgctatgtaagcatggagttatcggcatagtcactgcaggtggagaga atcatgtagcatttattgatttgagagatt------ttcatgttgctgatgaacaggg-- -tataacagattatatacacacacttggagaggcatttggtgcaggctttgtagataaca ttaaagatcagatacaggctataaatc------caataaacagaataactagcaagatag ttaaatggataatcagaatcatatcagcagtcacaatcatcattagaaatagtgcagatc cacatacaattgttgcaactttagccttgattggttgctctggttcaccatggagattta ttaaagaaaaagtgtgtaattggttacaattatcatacatacataaagaatca---gatg gttggattaaaaagtttactgaaatgtgcaatgctgctaggggtttagaatggcttggaa acaaaatatcaaagtttattgactggctcaaatcaa---tgctaccacaagctaaactca aagttgacttcattgggaaactcaagcaactacccttattagagaaagagattgatg--- ---gattaagactagcaacccagaaacagcagcaagaatacattgataccctcagagtca tgttagatgcatccaataaatttctgcctctgtatgcacttgagaataaaagaatcaaag agttacttaaaagaagtgaaatgattct------ccgtacagccaagaggactgaacctg ttggggtactctttcatggtgaaccaggtacaggcaaatcaatcgctacatccatattag caagaatgataaccacagaatctgac------atatattcactaccaccatcaccaaaat actttgatggctatgaccagcaaagtgttgttattatggatgacattatgcagaacccca gtggtgaggatatgtcacttttctgtcagatggtgtcatcagttccctttatcccaccca tggcagatttaccagacaaagggaaacctttctcctcagattatgtactagctagtacga accacaccttgctacatcctccaactataacatgcactacagcaatgaacagaagatttt tcctagatttagacataatagttaaggaaaactacaaactcagtcagggcaaacttaact tacagtgtgcacttaaaccatgccaggatggt---aaaattggaaatgcaaaa---tgtt gccccctgatatgtggaaaagctgtagtgtttaaagacagagatacaggagatcacttat ctctggctacagtctataacaaaatagttgaggaaagtaagaacagaaaggagttaacta gctcactacaggcaatttttcaaggcccaattgatgtag------------------tta ataaaccacccccacctgccatattggatcttctcaaatcagttaggaatccagatgtta ttaaatactgtgaggaaaataagtggattgtaccagcagattgtaaat---tagaaagag atttaaattatgctaatttagtaatatccatgattgctaatgttatcagtataatggggg ttatatatattatatacaagttgttttgctcattacagggaccatattcaggtgagc--- ccaaaccaaccaccaagaaaccagag---agacgtgttgtgacacaaggaccacaggaag aatttggacgtagtttaattaaacataacagctgtgtggtcactacatgtaatggaaagt tcacagggttagggatatatgataatgtcatgattatacccacacatgcagatgcaggca cccaggtagagattgatggaattaagactaatgttgtagactcatatgatttgtgtaact cacaaggtgtcaagcttgaaataacagtccttaaacttaaaaggaatgaaaaatttagag acattagaaaatacataccagaaacagaagatgactacccagagtgttgtttggcactag tagccaaccaagtagaaccaaccatcattgaagttggagattgtctgtcttatggtaata tattattaagtggtaatcaaactgcaaggatgatcaaatacaactacccaactaaatcag ggtattgtgggggtattttatacaaaataggtttagtattgggtatacatgtgggaggaa atggaagggatggtttttctgctatgttacttagatcttatttcaatgaacaacaaggtc aaataatgacaaagaaggatgtcaaggaaatcaatttatatagtatacacacacctagta agacaaaactacaacctagtgtttttcatgatatttttcccggggaaaaagcacctgtag tactatcaccaaaagatcccagattacttgtagatctagatggtgccatattctctaagt ataagggtaataagaatgttgagctgactgataacatggtcacagctgctgctcactatg cagcacaattagctactctagatatcaacccagagcctatcagtttagaagagagtgtgt atggtattgaggggttagaagctttggatttacacactagtgcaggatatccatacactg ctcatggaattaagaagaaagatttgataccaaagga---caggaatcttgcaaaactta aatgtgctatggaaaaatatggactggatctaccaatgattacttttctcaaagatgagt tacgtaaaccagaaaagatctgtagtggaaagactaggattatagaagctagtagtctta atgacactgtacagttcagaatggtttttggaaatctcttttcaacctttcataagaatc caggaactattactggttctgctgttggatgtgatcctgaagttttctggtcaaaaatac ctcttatgcttgatggtgattgtttgatggcttttgactatacaaattatgatggcagtc ttcacccgatctggtttgagttacttaaaaagattttggatgaactagggttcccaggg- --gatatggttaggaaattatgcaattctaaacacatatataagacatcatattatgaag tagaagggggaatgccttcaggctgtgctggaactagcatttttaatactatgataaata atgtcataatcagaactctagttttagatacatacaagcacataaacctagataaattaa agatactagcatatggagatgatgtactattctcatacccttttgaactagacatggcag aattagctagtgagggtgtcaaatatgggttgacaattacaccagcagacaaatcagata agttccaaaaactcacttatgagaatgccacttttctcaaaaggggttttaaaccagatg agaaacacagctttctgatacatccaatatatccagttagtgaagtgcaggaatctatca ggtggacaaagaaccccagaaacatgcaagaacatgttctctcactgtgtcatttattat ggcatagtggaagagacaaatatg-accagtttgtggccaagattaggagtgttagcgct ggtcgtgcactctatataccaccatacgaactcttgtgccacgagtggtatgataagttc taat-------------cag---atatag---aa-------------------attataa --gtg-agtagtttat------------------agtttttat----------------- ------------------------------------ >KY629935.1 Human rhinovirus 59 strain 16-J2, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatctcccaagtggagtg---g tacactattatcccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -a----------acc-cct-------------c-cccc-cc------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-t-gtaaac------ac-agaccaatagg-tggta actaa-ccaagtta-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggctga--ta ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaatagaagtcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtagca-ctttag-at-tgtgtatggttggtcgctcagcta------t--tc cc-cctagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcaccc--tttcg-ggt----------gcgaagccata-tacatg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggctcctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccagtgcacataagccaatgtgtagctggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttggatgtccgtgtttctt----g---ttttt-ccttta- ----attttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gata---atatatat tggcatcatgggcgctcaggtttctagacagaacgttggcacgcactcaacacaaaactc tgtttcaaatggatcaagccttaattatttcaacatcaattactttaaggatgctgcctc gagtggggcttccaaacttgaattttcacaagatccaagtaaattcactgacccagttaa agatgttcttgaaaagggaattccaactctgcaatctccaacagtagaggcttgtggtta ttcggatagaattatccaaataacccgaggtgactcaacaataacatctcaagatgtggc caatgcagtagtaggatatggtgtgtggcctcattatttaacaccacaagatgccacagc tattgacaaacccacacaaccagatacatcatcaaatagattttacaccttagaaagcaa aacatgggttgaagcatcaaaagggtggtggtggaaactaccggatgcactcaaagacat gggtatttttggtgaaaacatgttctatcacttcttaggtcgatctggttatacaatcca tgtgcagtgcaatgctagtaaattccaccaaggtacattgctagttgctatggtacctga acaccaattggctagtgcaaatactggcaatgttactgctggatataattacacacaccc tggcgaatctggtagggacgtcgggcaaaacaggcag-----------aa---taatg-- -acaagcaacccagtgatgacaattggctgaattttgatggtaccctgctaggaaatttg ttgattttccctcatcaatttattaatcttagaagtaataattctgcaacaattattgta ccttatgtaaatgctgtcccaatggattctatgcttagacataataattggagtttgttg attattccaattagcccgcttaaaagtgatgcatcagcaacatcaa---aagtcccaatt actatctcaataagtccaatgtttgctgaattttctggagcaagagcaaaaccga----- -tggca------------------------------gtgg------gccaaggacttcca gtgtacatcacacctggatcaggccagtttatgactactgatgatcttcaatctccgtca gcattgccttggtaccacccaacaaaggaaatctttatacctggtgaagtcaaaaattta attgaaatgtgtcaagttgatactttgatacctataaataatactgcatctaat---ata aagaatgttagtatgtatactgtacagttaactagtcaagtgaatt------tggcccaa gaaatttttgcaataaaagttgatgttgcatctcaaccactgtcaagtactttgttaggt gaaatttgcagttattacacacactggactggtagcttgcgcttcagtttcatgttctgt ggtacagccaacaccacccttaagttattattagcttacacaccacctggaataaagaaa ccagagaacaggaaacaagccatgttagggacacacatcgtttgggacgtagggttacaa tctacaatctctttagttgtaccatgggtcagtgccagccactttagatatacaactcca gataattattcatctgctggatacataacatgttggtaccaaacaaattttgtgttccca cctaatacaccatcttctgcagatatgctatgttttgtctctgcatgcaaagatttctgt ctgcgtatggccagagatactgatacgcacacacagcttgtcccgataactcaaaat--- ------ccagtggaaaattatgtcaatgatgtgctcaatgaggttttggtggtaccaaat atacaggaaagtcacccaaccacttcaaatgctgccccagcactagatgcagcagagact ggacatacaagtagtatacaacctgaggatactatagaaacaagatatgttcagacatca caaactagagatgaaatgagtgtagaaagtttcctgggtagatctgggtgcatacacatt tcaaccattacagtta-ataaaaacata-------------------------------- -gaatatgatgg---------tggacacttcctcaaatggcccataacactacaagaaat ggcacaaatcagaagaaaatttgaattgttcacatatgttagatttgattcagaaattac cttagtaccctgcatagctggaaaaggggatg------atattggccatatagttatgca atacatgtatgttccaccaggtgctccactgcccacaaagagagatgattatacatggca atctggtactaatgcttcaatattttggcaacatgggcaaacatttccaagattctcact accttttctaagcatagcatcagcttactatatgttctatgatggttatgatggggacaa atct------gaatctaggtatggtgtgtctgtaactaaccaaatgggtactttgtgttc taggatagttacaaatagtcaggaacatccagtggaagttgttacacgtgtgtaccataa agccaaacatgtcaaagcctggtgtcctagagctcctagagcagttccctacacacacag taatgtgaccaactac------aagattactggaaa---------------------gg- --aacctgaaattttcttaaagccaagact---------g---aacattaca-------- -----------acg------------------gctggacctagtgacatgtatgttcatg ttggtaatcttatatataggaatcttcatctatttaattcagaaa---tgcatgattcta tccttgtatcttactcatc------tgatctagtcatataccgaacaaacacaaaaggtg atgactacatacctacatgtgattgcactcaagctacatactactgcaaacataagaata gatactatccaatcaatgttacaagtcatgactggtatgaaattcaagagagtgaatatt acccaaaacacattcagtataatctgctgatcggtgaggggccttgtgaaccaggagatt gtggaggaaaacttttgtgtaaacatggtgttataggtatcatcactgcaggtggggaag gtcatgttgctttcatagatttaaggcatt------tccattgtgctgaggagcaggg-- -tatcacagattatatacacatgctgggtgaagcctttggcacgggttttgtggacagcg tgaaagaacaaataagtgctataaacc------cagtcaacaatatcagcaagaaaataa ttaaatggatgctcagaatcatatcagctatggttataatcatcagaaactcatcagatc cccagaccataatagccacactcacactaattggatgttcaggatctccttggagattcc tcaaagagaaattctgtaaatggacgcaactaaattatgtgcataaggaatca---gaca cttggttgaagaaatttactgaaatgtgtaatgcagctagaggcttagaatggataggaa ataaaatatctaagtttatagaatggatgaaatcta---tgttgccacaagcacagttaa aagtcaaatatcttaaagagcttaagaaacttaattttttagaaaaacaaattgaac--- ---accttagagtggcagattcacaaacacaagagaaaatcaaatgtgagattgacactt tacatgacttgtcatgcaaattcctaccattgtatgcaagtgaggccaaaagaattaagg cattgcataacaaatgtaatgtaataat------taaacaaaagaaaagatgtgaaccag tggccgttgtgattcacggagaaccaggtactggcaagtctatgacaacaaattttctag ctaggatgataacaaatgatagtgac------atatactcattgcctcctgaccccaaat attttgatggttatgatcagcaaagtgttgtcataatggatgatatcatgcagaatccaa gtggagatgacatgactctattttgtcaaatggtgtcaagtgttacatttataccaccaa tggctgatctacctgataaaggtaaaccttttgattctagatttgtattgtgtagtacaa accacaacatgttagccccacccactataacctcattaccagcaatgaacaggagatttt atcttgatttagatataatagttaatgatagatacaaagatccacaagggaaattaaatg tctctgcagcctttcagccttgtgatgttgatgcaaaggttggaaatgctcga---tgct gtccttttatttgtggtaaagcagttactttcagggatcgtaacacctgccaaaattaca ccctctctcaagtttataatcaaatgcttgaggaagacaaaagacggcgtcaagtggtag atgttatggcagctatctttcaaggccctataaccc---------------------ttg agggaccaccaccagccgccataagtgatcttcttcaatcagtacgcacaccagaggtca ttaaatactgtgaggaaaataaatggataatcccagctgagtgtaaag---ttgagagag acttgaacattgctaacactattatcactatcatagcaaatattattagtatttctggta taatttatgtaatatataaattgttttgcacactgcaaggcccatattcaggagaac--- ccaaaccaaagacaaaagtcccagaa---aggcgtgtggtagcacaaggtcctgaagaag aattcggtagatcacttatcaaacataattcatgtgtagtaactacacaaaatggcaaat ttactggccttggaatttatgacaggacaataatcataccaacacatgctgacccgggca gtgaggttcaaattgatggcatagtcacaaaagtggaagattcctatgatttgttcaata aagatggtgttaaattagaaataacagtccttaaattaaagaggaatgaaaaatttagag atatcaggaaatatataccagagagtgaggatgactatccagattgtagtttagcccttt ctgcaaatcaacctgagaccacaataattaatgttggtgatgtggtttcgtatggcaaca tcttgttaagtggaaatcagacagctagaatgcttaaatataattatcctaccaaatcag gttactgtggtggtatactgtataagataggacaagttcttggaatccacgttggtggaa atggaagagatggattctctgcaatgctactaaggtcatatttttctgaaacccagggcc aaattgtatcttctaaaccaactaatctttgtgggctacctagcatacatactcctaaca aaacaaagttacagcctagtgttttctatgacatcttcccaggtagtaaggaaccagcag ttctttccagtaaagatcctagattagaagttgactttgaagaagccttattctctaaat acaaagggaatgttgattgtcctatgaatgatcatattagggtgtcagttgcacattact cagctcaattagccactctagacatcaatccaaatcctgtgtctatggaagaaggtgttt ttggaatggagggattggaagctctggatttgaacacaagtgcagggtttccatatgttg ccatgggtattaagaagaaagatttgattgacaatcgaacaaaagacatatccaaactca aagtggctctagataaatatggggttgatctacccatggttactttccttaaagatgaac tcaggaagaaagataaaattagggctggtaagactcgtgtgatcgaggctagcagcatca atgacaccctgttgtttaggactacatttggcaatctattctcaaagtttcatctaaatc caggtatagttacaggatcaggtgtggggtgtgatccagaaacattctggtctaaaatac cagttatgttggatggtgaatgcataatggcctttgattataccaactatgatggtagta tacaccctgtatggtttcaagccctcaaatcagtcttggaaaatctgggatttgaatct- --ggcctaatagatagattatgtagatcaaaacacatttttaagaatgtctactatgaag tagaaggtggtgttccatcaggatgttctggcacaagtatattcaatactatgattaaca atgtaataataaggactttagttttggatgcatataagaacattgatctagataaactta aaatcatagcatatggtgatgatgttattttttcatataagtatcaattggacatggaag caattgctgcagaaggaaagaaatatggcttgaccataacacctgcagacaaatcaacca cttttaagaaattggattatagtaatgtaacatttttaaagagaggtttcaaacaggatg acaaataccagtttttgatccaccctacctttcctgttgaagaaatccaagagtccattc gttggacaaagaaaccatcacaaatgcaagagcatgttttgtctctatgtcatctcatgt ggcataatggaagagacatataca-agcaatttgaggataagatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtacatccctccatatgacctgcttttgcatgagtggtatgaaaaattt tgaat-------gtt--tat---atatag---aa-------------------ataataa --aca-cttagttttt------------------tag----------------------- ------------------------------------ >DQ473502.1 Human rhinovirus 76, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatctcctacaaggagtt---g tactctattattgcggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -c----------tcc-cct-------------c-cccg-at------------------- ------atgtaac----ttagaagc-t-gaacac------aa-agaccaatagg-tgaca tttaatccaaaatg-t----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggccaa--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacagctgcggtcgttatccgcaaaacaactacgc aaagcctagtacca-ccttct-ag-agcatgtggctggtcgctccacta------taaac cc-aatagtagacctggcagatgaggctaggagctcctcactggtaacagtgtcctagcc tgcgtggctgcctgcgcaccc--tgaca-ggt----------gcgaagccaaa-tgtttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgtttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgtgtacaatccagtgcatagctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----a---ttttt-tcctta- ----tatttgcttatggtgacaa-tgtat-a-t--------at--aacg----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatccagacagaatgttggtacacactccacacaaaatgc tgtttcaaatggatcaagtctcaattatttcaatataaattacttcaaagatgctgcttc tagcggcgcttcaaagcttgaattttcacaagacccaagcaaattcacagatccagttaa agatgtattggagaaaggcattcccacattacaatccccaactgtcgaggcatgtggata ttcagacaggattatacaaataaccagaggagattctacaataacatcacaagatgttgc aaatgctgtagttggttatggcgtatggcctcactatttgacatcacaagatgctactgc tatagataaaccctcccgcccagacacctcctctaatagattctatactctagaaagcaa ggaatggagtgcaaattctaaaggttggtggtggaagttgcctgatgcacttaaagatat gggaatttttggagaaaacatgttttatcatttcctcggtagaagtggttacacagtaca tgtccagtgcaatgcaagtaagtttcatcaaggcactttaattgttgctatgataccaga acatcagctggctagtgcaacaacaggaaatgctacagctggatacaatctcacacaccc tggtgaaggtggtagggatgtcagcctgtcaaatcga-----------gctgacctta-- -gtaagcaacctagtgatgatgcctggcttaattttgatggtactttgttaggcaacata actgtatatccacatcagctaatcaatttaaggactaacaattcagccacaattattgtc ccttatgtaaatgcagtccctatggattcaatggttaggcataacaattggagtctagtt ataataccaatatgtccattagaatctttgccaagttcaa---------ctgtacccatt accatttcaataagccctatgtgtgctgaattttctggtgctcgtgcca----------- -ctgca------------------------------agga------accaaggcttacca gttttcataactcctggatctggtcaattcatgacaacagatgatttccaatctcctagt gccctaccctggttccaccccactagggaaatttcaattcctggtcaagtgaagaatttt gttgagctttgccagattgacactttgatcccaataaacagtgtgactggtaat---acc aacaatactagcatatacactgtaactttaactagagaaaccagtt------tagcacaa gaaatatttgcaattaaggttgatattgcctcagatcctcttgcaactaccttgattggt gaaatagccagttactatactcattggacaggtagtatccgattcagttttctcttttgt ggctctgcaaatactacccttaaattgcttatagcatacacaccccctggtatacgcaaa ccaaagaacagaaaggaagcaatgttgggcactcatgtagtgtgggatgttggtctgcaa tctacaatatctatggttgtaccctgggtcagtgctagccattttagaaatactacacca gacacatactctttggctggttatgtgacctgttggtatcagaccaacctagtggtgcca cccaacacaccaactactgccaaaatgctctgctttgtttcaggatgcaaagatttctgc ttgagaatggcacgtgatacaaatttacatttacaaagtggtcctataacacaaaac--- ------ccagttgaaaattacgtggatgagatattaaatgaggttcttgtagtaccaaac atcaaagagagtcaggctaccacatcaaatgcagcacctgctttggatgcagctgagact gggcacacaagcagcgttcaaccagaggacatggttgagactaggtatgtgcaaacatca caaactcttgatgagatgagtatggagagtttcttagggagatctggttgtattcatatt tcaaagctagttgtag-aatatgag----------------------------------- -ggatatgatga------tacaaaaaactttaagacatggaaaataaacctacaagaaat ggcacaagttagaagaaaatttgagatgtttacatatactagatttgattcagaagttac tctagttccttctatagctgccaaaggggatg------acattggtcatgtagtgatgca atacatgtatgtcccaccaggcgctccagttccaaagaagagagatgactacacatggca gtcaggaaccaatgcatctattttctggcaatatggacaaacataccctaggttttcatt accctttctaagcatagcttcagcttattacatgttttatgatggatatgatggagacca acct------agttctaggtatggtaatatagttaccaatgacatgggcaccctatgttc caggatagtaactgatgatcataagcacaagattgaagttacaacaagagtatatcacaa agcaaagcatgttaaggtatggtgcccgagaccacctagagctgtagagtatacatacac ccatgtaacaaactac------aaaccacattctgg---------------------tg- --atgtgcaaacagctattagaccaagagc---------a---acaattaag-------- -----------act------------------gcagggccaagtgacatgtacgtgcatg tcggaaaccttatatatagaaatctacacctctttaattcggata---tccatgattcca tattagtatcttactcatc------agatttagtcatataccgaacaaacactacaggtg atgactacataccaacctgtgattgtactgatgcaacttacttttgcaagcacaaaaaca gatactatccaataaaagttactagtcatgattggtatgagattcaagagagtgagtatt acccaaaacacatacaatacaatctgttaataggtgagggcccatgtgaacctggtgact gtggtggtaaactgctgtgtaaacatggagtcattggaataataactgcaggtggtgagg gacatgtagcattcatagatttaagacatt------tccattgtgctgaagaacaggg-- -aattactgactacatacacatgctaggtgaagcatttggcagtggatttgttgatagtg ttaaggaccaaataaatgccataaacc------caattaacaacataagtaggaaaattg taaaatggatcctaagaataatatcagcaatggttgtaatcattagaaattcatctgacc ctcaaacaataatagctacattaacactgattggttgctctggatcaccatggagatttc tcaaagaaaagttttgtaaatggacacaactaaactacattcacaaggagtcg---gatt cctggcttaaaaaattcactgaaatgtgcaatgcagctagaggtttagagtggattggta acaagatatcaaaatttattgagtggatgaaatcaa---tgctaccacaagcacaactca aaatcaaataccttaatgaacttaagaagctgaaccttttagaaaagcaaatcgaac--- ---acctgagaatagctgattccagcactcaagggaaaattaagtgtgagatagatactc tacatgatttgtcatgtaaatttcttcccttatatgctagtgaagctaagagaatcaaag tcctacataacaagtgcaatgtaatcat------caaacagaaaaagagatgtgaaccag tggcagttgtcatacatggtgaacctggagctggaaaatctatgaccacaaatttcctag caagaatgataactaatgatagtgat------atctattcactcccaccagatccaaaat attttgatggttatgatcagcaaagtgtagttataatggatgacatcatgcagaatccaa gtggtgaggatatgactcttttctgccaaatggtatctagtgtcacgtttatccccccta tggctgatcttccagacaaaggtaaaccttttgactctagatttgttttgtgtagtacaa accacagtatgttggcaccaccaaccatcacatccttaccagcaatgaatagaagattct atctagatttagacattgtagttagtgaaaaatataaagatcagcaagggaagcttaatg ttgctgctgcattccaaccttgtgatgtcaatgttaaaattggcaatgcacgc---tgtt gcccatttatatgtgggaaggcagtaatgtttaaggacaggaacacttgccaatcctaca cattagcacaagtatacaaccacatacttaatgaagataagaggcgtagacaagttgtag atgttatgtctgcaatcttccaagggccaatctctt---------------------tgg aaggaccgcctccagctgcaataagtgacctattgcaatcagttagaactccagaagtta tcaagtattgtgaatataataaatggatagtccctgctgagtgtagaa---tagaaagag atttaaatatagccaacaccataattacaattatagcaaatgtaattagtatttctggaa ttatctatgtgatatataaactattctgcacattacaaggaccttattccggtgaac--- ctaaacaaaagacaaagattccagaa---agaagagttgttgcacaaggtcctgaggagg agtttgggagatcactgattaaacataactcatgtgtagtcaccacacaaaatggaaaat tcacaggtttaggaatctatgatagaactatcataataccaacacatgcagatccaggta aggaagttcagattgatggcatttctacaaaagttgaagattcttatgatttatataata aggatggtgttaagctagaaatcactgttctcaaacttcaaagaaatgaaaaatttagag acattaggaagtacatacctgaaaaagaagatgattatcctgagtgtaacctggccttgt ctgctaatcaacccgaaactaccataattagtgttggggatgttgtgtcatatggaaaca ttctacttagtggtaatcaaacagctaggatgcttaaatataattacccaacaaaatcag gatactgtggtggtatactatacaaaattggccaagttcttggtattcatgttggtggta atgggagagatggatttgcagcaatgctgctaagatcctatttttctgaaacacaggggc aaattactatctccaaaccaacagttgagcttggtttacctagtatccacacaccaagca agacaaaattacaacctagtgtgtttcatgatgttttccctggaagtaaagaaccagctg tcctttctgacaatgaccccagattggaggtagatttcaaacaagcattgttctccaagt ataaaggtaacaatgaatgcacaatgaatgagcacatcaaagttgctgtttctcactatt cagcacagttgcacacattagatattgatcctaagtctataactgtagaagatagtgtct ttggtatagagggtctagaagcccttgatcttaacacaagtgcagggtatccctatgtaa ccatgggtattaagaagaaagatttaatagacaaccgtaataaagatttaaccaaactca aaatagcaatggacaaatatggagttgatctacccatggttactttccttaaggatgaac ttagaaagaaggagaaaatctctgctgggaaaacccgtgtcattgaagctagcagtgtta atgatactgtattgttcaggtcagtctatggtaaccttttctcaaaatttcatctaaacc ctggcatcatcacaggttctgcagtgggatgtgacccggaaaccttttggtcgaaaatac ccgtaatgctagatggtgagtgtataatggcttttgattacacaaactatgatggtagta tacacccaatttggtttgatgcacttaagttagttttatctaacccttcatttagaact- --gatttgatagacagattatgtaagtcaaaacatatattcaaaggcacatattatgagg tagagggtggggtcccatcagggtgctctggtacaagtatatttaatacaatgattaata atgtgattattagaacattagtgctagatgcttacaaaaacattgatttggataaactca agatcattgcttatggggatgatgtcattttctcttacaaataccagcttgatatggaag caattgcctcggagggtgtcaagtacggattaacaataacccctgcagacaaatccagtg tttttaagaggcttgattatagtaatataactttcctgaagagaggttttagacaagatg agaaacataatttccttattcatccaacttttccaattgatgaaattcatgaatcgatca gatggacaaagaaaccatctcagatgcaggagcatgtcttgtcactgtgtcatttaatgt ggcataacggtagagatgtgtata-ctcaatttgaaaggaggatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtatatacctccttatgacttgcttttgcatgagtggtatgaaaaattt tagtt------------taa---atatag---aa-------------------atattaa --aca-tttagttttt------------------tagttttac----------------- ------------------------------------ >DQ473509.1 Human rhinovirus A, complete genome -------ttaaaactgggagtgagttgtc-cccactcactctacccacgcggtgtt---g tacactgttattacggtaactttgtatgccagtttt----------------------tg tt----------ccc-cta-------------tcccccttta------------------ ------aagtaac----ttagaagc-atgaactt------ac-agaccaaaagg-tgatg atcac-ccagatca-t----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ttgatatgcttcaac-aaggc-aaaaacaacagcgatcgttatccgcaagatgcctacac aaagcttagtacct-cctttg-at-ggtatttgtctggtcgctcaggtg------tttcc cc-aacactagacctggcagatgaggctagaaactccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tttcg-ggt----------gtgaagccaaa-tactgg acaaggtgcgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacccgcagccattactcacaatccagtgagcagatggtcgtaatgagcaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcat----g---tttta-ctttat- ----gacttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gaga----tatatat tggcatcatgggcgctcaagtatctagacagaatgttggtacacattcaactcaaaacat ggtttcaaatggatctagtttgaattatttcaacattaattactttaaggatgctgcttc tagtggagcatctaaattggaattttcacaagatcccagtaaatttacagacccagtcaa ggatgttttagaaaagggaatcccaactttgcagtcgccaacagttgaagcctgtggata ctcggatagaattattcaaataacaagaggagattccacaattacatcacaggatgtagc aaatgctgttgtggggtacgggatatggccacactacttatcccctgaagatgctacagc tatagataaaccaacacgccctgatacgtcatctaataggttctacactttagaaagtaa aatttggacaagagactcgaaaggttggtggtggaaattgccagatgcactcaaggaaat gggagtttttggacagaacatgtattaccatttcctagggagaagtggctatacaatcca tgtacaatgtaatgctagcaaattccaccagggcacattgatagtggctgctataccaga acatcaattggcaagtgcagagaaaggaaatgttaatactggctataattacacacaccc tggtgaaaggggtagggatgttgggcaggagaga--------------gaaagtacca-- -gctatcagcccagtgatgataattggcttaattttgatggcactctattgggtaatata accattttcccacatcaatttataaacttgagaagcaacaattctgcaacacttattctc ccatatgtaaatgctgtacctatggactctatgcttagacacaataattggagtttggta ataatcccaatttgtcctctagaaactaatggtggtgat---gtca---ctgtacctata acaatatctattagtccaatgtttgctgaattctctggagcgcgagcccgt--------- ---------------------------------------a------gccagggattgcca gtattaatgaccccaggatctggtcagttcatgacaactgatgattaccagtcgcccagt gcattaccatggttccattcaacaaaggaaatatttatcccaggtcaagtacataatttg gcagaactgtgtcaggttgatacaattataccaattaattatacaacagcaaat---aca actagtgttaatatgtacactgtggtgctgcaaaaagaaaac---c------ctggaaca gaagtttttgctatgagagttgacatagcaacacaacctctagctacaacattaattgga gagattgccagttattatacacattggactggtagtttgagatttagcctcatgttttgc ggaacggcaggcaccacacttaaattactagttgcctacacacctcctggaattgccaag ccagaaaacaggaaagacgcaatgcttggtacccatgttgtttgggatgttggcctacaa tcaaccatatcaatgattgtgccttgggtcagtgctagtcattttagaaacaccacacca gataaattctcacaagcaggatacataacatgttggtaccaaaccactcttgtcacaccc cctagcacgcctgccacagccagaatgctctgttttgtatcagggtgtaaggatttctgc ctacgcatggctagagacactaacttacataaacaagttggacccatcacacaaaat--- ------ccagttgaaaaatatgttgacagtgttctgaatgaggtgttagttgttcccaat attaatgaaagtcaccctagtacttcaaattcagctcctgcactggatgctgcagagacg gggcacacaagtactgtacaacctgaagacatgattgaaacacggtatgtccaaacatca caaactagggatgagatgagtcttgagagtttcttagggaggtctggctgtatacatata tcacatctaaatgtta-agtataca----------------------------------- -gattacaatga------aaagaataactttagatcatggccaataagtataaaggagat ggcacaaataagaagaaagtttgaacttttcacgtatgtgagatttgattcagaaattac cctagtgccttgtatagcctctcaaagtaatg------acattgggcatgtagtgatgca atacatgtatgtcccacctggtgcacccaaaccagaaaagagagatgattacacttggca atctggaactaatgcttcaattttctggcaacacggtcaaccttaccctcgcttttcact tcctttcttaagcatagcctcagcttattacatgttttatgatggttatgatggtgatgt tccc------gggtcaagatatgggaccatagtaacaaatgatatgggcacactgtgttc tagaattgtaactgaagaacaccaaactcaagtcaatatcaccacaaggatatatcataa agccaaacatgtgaaagcgtggtgcccacgacccccaagagctgtgggttacacacacac acatgttaccaactac------aaaccatcagaagg---------------------ag- --actacagtgtcagtattccaattagaga---------t---agccctaga-------- ----------cata-ttctca---------atgtgggacctagtgacatgtatgtacatg tcggcaatttaatatacagaaatttacatctttttaattctgatg---tccatgattcta tcttagtctcttattcatc------tgatctagtcatttaccgcacaaacactacaggtg atgactatatcccaacatgtgattgcacagatgcaacttattactgtaggcataagaata gatattacccaataaaagttactagccatgattggtatgaaatacaagaaagtgagtatt atcccaaacacatccaatataatctcttaattggtgaaggcccatgtgaaccaggggatt gtggtggaaaactcctttgcaagcatggtgtgattggaattattacagcaggtggtgagg gacatgtggctttcatagatttgagacatt------tccattgtgcagaagaacaagg-- -tatcacagactacatacatatgctaggggaagcctttggaagtggatttgtggacagtg ttaaggatcaaatcaatgcaataaacc------ccataaataatattagcaagaaactag ttaaatggatccttaggataatatctgctatggtgataatcataaggaatagctcagatc cgcaaacagttatagctacacttacactaataggttgttcaggatcaccatggcggtttc taaaggaaaagttctgtaaatggacacagctgcattatgtacacaaagagtca---gact catggcttaagaaattcacagaaatgtgcaatgcagcaagaggtcttgagtggattggaa ataaaatatccaaattcatagaatggatgaagtcta---tgttgccccaggcccaattaa aggtcaagtatctcaatgaacttaaaaagctgagtttgctggagaagcagattgaga--- ---acttgcgctgtgcagatgcaaaaacccaggagaaaataaaagtagaagttgataccc tccatgatttatcatgcaagttccttcctttgtatgctagtgaagctaagagaatcaaag ttttgtacaataaatgcaataatataat------caagcagaaaaagaggagtgaaccag ttgctgtgatgatacatggtccacctggaactggtaagtctataactacaagctttcttg ctaggatgataacaaatgaaagtgac------atttattcattaccaccagatcccaaat actttgatggatatgaccaacagagtgtagttatcatggatgatataatgcagaatccag atggagaggacatgtccctgttttgtcagatggtgtcaagtgtcacgtttattccaccaa tggccgatttgccagataagggtaaaccatttgattctcgttttgtcttctgtagcacaa accaatcccttttagctccaccaactattacttcactttctgctatgaatagaagatttt atttagatttggatataattgtgcatgaaaattacaaaaacgcccaagggaaattggacg tgtccagatcttttaaaccatgtgatgtggatactaaaataggcaatgcaaaa---tgct gcccattcatatgtggtaaggctgtgtcttttaaagaccgaaacacatgtgaggtatatt ctctctgccagatttacaacatgattatgcaggaggataggcaccgtaggagtgttgtgg atgtgatgacagcaatatttcaaggacctatcacaa---------------------tga atgccccaccaccacctgcgatagcagatttactacaatcagtcagaactccagaggtaa ttaagtattgtgaagagaacaagtggataattccagcagattgtaaaa---ttgagaggg atttaaatttagcaaacaatattataacaatcatagcaaatgttattagtatagctggta ttatttttgttatttacaagttattttgtacactccagggcccatactctggggagc--- ctaaacccaaacccaaaattccagaa---agaagagttgtggctcaaggacctgaagagg aatttggtcgctccctaattaaacataatacatgtgttgttaccacggagaatggaaaat tcacaggcttaggtatatatgacaaaaccatgattataccaacacatgctgatccaggta agacaatccaaatagatgggataaatgttaaaatttcagactcttatgatctatataata agaatggtgtgaagcttgagataacagtggttaaattagataggaatgaaaaatttaggg atattcgaaaatacatcccagagaaggaagatgattatccagaatgtaatttggccttag tagctaaccagcctgagcctacaatactaaatgtaggtgatgttgtatcatatggaaata tattacttagtggaaatcaaactgcaagaatgcttaaatacaattatccaactaaatcag gatattgtgggggggttctgtataaaataggtaatgttctgggtatacatgttggaggta atggtaaggatggattctcagctacattactcagatcttactttagtgagactcaaggac agataacaaaaactgcaaatgttaaggaacatggattccctactatacacacccctagca aaaccaaattacaacccagtgtattttatgatgtattcaaagggaccaaagaaccagctg tactatctgagaaagatccacgcttagaaacagatttcaagaaagccttattttccaaat acaaggggaatctaaactgtgaaataaatgaccatgttaagattgcagttgcacactatt ctgcccaactaatgacacttgatatagattcaaacaatatgagtttagaagatagtgtgt ttggctcagatggactagaggctttggatttgaatactagtgcaggttttccatacataa gcatgggaataaagaaaagagacctaatcgacaaaaacaccaaagacatatctaaactta aaattgcattagataaatatggagtggatttacccatggtcactttccttaaagatgagc ttagaaagaaagagaagatatcatctggaaaaactcgtgtcatagaggctagcagtgtga atgatacagtagcatttagaatggtatatggtaatttatttgcagcttttcataaaaacc ctgggatagtaacaggctctgcagttggatgtgatccggaaacattctggtcaaagatcc ctgtcatgttagatggtgaatgcataatggcttttgattatacaaactacgatggtagta tacacccaatgtggtttgaagctttgaaaatggtattaagtaacttgcaatttgaaccc- --aggttaattgatagattgtgtaattctaagcatatatacaaagattcatactatgagg ttgaggggggggtgccttcaggatgttctggaacaagcatatttaatactatgatcaata atgtaattataagaacattagtgttagatgcatacaaacatatagatttggataaattga aaataatagcatatggtgatgatgtgattttctcatacaaatacactcttgatatggaag cgattgctcaagagggcagcaaatatggactaaccatcacacctgctgacaaatctgaga cttttaagaagcttgattatagtaatgttacctttctgaaaagaggcttcaaacaagatg aaagatacccatttttaatccatccaacctttccaattgatgagatacatgagtcaatta gatggacaaagaaaccctcacaaatgcatgagcacattctctcattgtgtcatttaatgt ggcacaatggtcatgaagtctata-gagactttgagcggaagatacgcagtgttagcgct ggacgtgcactgtatatccctccctatgaagtgctcttgcatgagtggtatgaaaaattt taata-------------ga---atatag---aa-------------------atgataa --aca-tttagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >EF173417.1 Human rhinovirus 64, complete genome -------ttcaaactggatctgggttgtt-cccacccagatcacccaagtggtgta---g tactctgtcattccggtgactttgtacgccagtttt----------------------ta ca-----------cc-ccc-------------cccttc---------------------- ------ttgtaac----ttagaag--aattaagt------tc-agaccaataggaaaacg acaaa-ccagtcgt-t----t--aaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ctgatatgcttcacc-aaggc-aaaaacagcagcgatcgttacccgcaagacgcctacgc aaagcctagtaatg-cctttg-aa-gatatttgtctggtcactcaggta------caatc cc-agtactagacctggcagatgaggctggaaaatccccactggcgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--atacg-ggt----------gtgaagccaaa-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgtctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccacagccattgcttgcattccagcaagtctatggtcgtaatgagcaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cctttt- ----attatgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gcgt----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatctagacaaaatgttggcacacactcaacacaaaactc agtgtctaatggttcaagtctgaacttctttaacattaattattttaaggatgcagcatc tagtggggcgtctaaacttgagttttcccaagacccgagcaagttcacagatcccgttaa agatgtattagaaaagggtatccccaccttgcaatcacctacagtggaagcttgtggata ttctgataggattattcaaattacaagaggagattctacaattacctcacaggatgtagc caatgcagttgttggatacggggtgtggcctcattacttgactccacaagatgctacagc aattgataaacctactcaaccagatacatcctcaaacagattctacacattagagagcaa gacatgggcatcaaattcaaaaggctggtggtggaaattacctgatgcactcaaggacat ggggatatttggccaaaacatgtattaccatttcttgggcagagctggatatacaattca tgtgcagtgtaatgctagtaaatttcaccagggtacactaatagttgctgctataccaga acatcagttggctagtgctcataagggtaatgtcactacaggatacaattacacccatcc tggtgaaagtggcagagatgttagtgtggaggtgcgt-----------gacacagcta-- -attaccaacccagtgatgatgcatggcttaattttgatggaactttattaggaaacata acaatatttccccaccaattcatcaatttaagaagcaacaactctgcaactttgatactt ccttatgtgaatgctgttcccatggactctatgcttagacataacaactggagcttggtg attattccaatttgtcctttggaaactgaaagtgtggat---acta---ctgtacccata actatatccatcagtcccatgtatgccgagttttctggagctcgtgcaaga--------- ---------------------------------------a------gccaaggtctacca gtactgctcacccccggatctggacaatttatgacaactgacgactaccaatctcccagt gctttaccttggtttcacccaacaaaagagatctttatcccagggcaagtgcagaattta tcagaattatgtcaagttgacactataatcccaattaacaacacaactgcaaac---aca actagtgtaaacatgtatacacttcaattgaccaagcaatca---c------caggacat gaggtttttgcaatgaaggttgatatagcatcacaacctttggcaacaacaatgattgga gaaatgtctagctatttcacacattggacaggcagtctacgctttagtttcatgttttgt ggttctgcaggcacaacacttaagttgcttattgcttacactccccctggaatcgagaaa ccaacaaagaggaaagatgcaatgcttggaactcatgtagtgtgggatgttggccttcag tctactatttcaatgattgtaccatgggttagtgccagtcattacaggaacacaacacct gatacattttctcaggcagggtatataacaggctggtatcaaacatcacttgtaacaccc ccaagcacaccccaaacagccagaatgttgtgctttgtctcaggatgtaaggatttttgt ttacgcatggccagagacacaaatttacataaacaaataggagctataactcaaaac--- ------ccagttgaacaatacattgatggtgtgttgaatgaagttttgattgtcccaaac atcaatgagagccatcccagcacttccaatgcagcgccagctttagatgcagctgagacc ggacacaccagtaatgtacagcctgaagatatgattgaaacgcgctatgtacaaaacact caaactagagatgaaatgagcattgagagtttcttgggcaggtctggttgtatacacata tcagatttaaaagtaa-attatact----------------------------------- -gggtataatgat---gaaggtaacaattttaacaaatggcagatcaccttgaaagaaat ggctcagataagaaggaagtatgaattatttacatatgttagatttgattctgaaataac cttagtgccttgcatatcttctcagagtgcta------acattggtcatgttgttatgca atatatgtatgtccctcctggagctccaataccaaccaaaagaaatgattacgtctggca gtcaggcaccaatgcatccatcttttggcaacacggtcaaccataccctcgattttctct ccctttccttagcatagcctcagcatattacatgttttatgatggttatgacggtgg--- acct------ggttcccgttatggcacagcggtgacaaatgatatgggcactttgtgttc tagaattgtgactgaggaacacacaacacaggtcaacatcactactagggtttatcacaa agcaaaacatgtcaaggcatggtgtccacggcccccaagagctgttggatatacacatac aaatgtcaccaattat------aaaccatccaaagg---------------------ag- --aatacacaccacccgttccgtcacgtaa---------c---agccccaga-------- ----------gata-ttgtca---------cagtaggacctagtgatatgtatgtgcatg ttggaaatttgatatatagaaacttgcacctctgtaactctgaca---tgcatgattcta tactagtttcttattcctc------tgatttagtcatataccgaacaaacacaataggtg atgactatattccaatgtgtgattgtacagatgccacttactattgcaaacacaaaaaca gatattacccaattaaagtaaccagccatgattggtatgaaatccaagagagtgaatact acccaaagcacattcaatacaatttactcattggtgagggaccctgtgagcctggtgact gtggtggaaaattactgtgcaagcatggagtaatagggattattacagctggaggtgagg gacatgtggcatttatagacttgagacact------tccactgtgcagaagaacaagg-- -tatcacagattacatccatatgctaggagaggcttttggcaacggatttgtagatagtg ttagagaacaagtcaatgctattaacc------caataaacaacatcagcaaaaaattaa ttaaatggttacttagaatagtttctgccatggttataataataaggaatagctcagatc cacaaacagtaattgcaacacttacattgattggctgctcgggatcgccatggcgtttcc ttaaggagaaattttgcaagtggacgcaattaaattatgttcataaggaatca---gatt catggctcaagaaatttacagaaatgtgcaatgctgccagaggtcttgaatggattggta ataagatatccaaatttatagactggatgaaatcaa---tgctgccccaagctcaactga aagtcaagtatcttagtgaacttaagaaactaaacttgttagagaagcaaattgaaa--- ---atttacgcggtgcagatacaaagactcaagaaaaaatcaagttagagattgatacac tgcacgacttatcatgcaaattccttcccctttatgccagtgaagctaagagaatcaagg ttttgtacaataagtgtaataatgttat------taagcaaaagaaaaggagtgaaccag ttgctgttatgatacacggcccacctggaactgggaagtcaataactactagttttctgg ctagaatgttgacaaatgaaagtgac------atatattcactcccaccagacccaaaat actttgatggatatgatcaacagagtgtggttatcatggatgacatcatgcaaaacccag atggtgaggacatgtctttattctgccagatggtatcaagtgtgacatttattcccccaa tggctgacttgccagataaaggtaaaccatttgattctagatttgttttctgtagcacca atcactcactattagctccaccaactattacttcactctctgcaatgaacagaaggtttt tcttagatctagatatagttgtgcatgagagatataaagacaatcaagggaagctagatg taccaaaatcattcaaaccatgtgatgtggataataaaattggaaatgctaaa---tgtt gtccatttatatgtggaaaagctgtatcattcagggatagaaacacttgccaagaatact cactctgccagatttacaatataataatagaggaagataaacgccgcagaaatgtggtgg atgtcatgacagcaatatttcaaggtccaatatcaa---------------------tga gtgcaccaccaccacctgctatcgcagacttattacaatcagttagaaccccagaagtga tcaagtactgtgaggaaaataaatggataataccagcagattgtaaga---ttgagagag atttgaatttggcaaataatataacaactataatagctaatgtgattagtatagcaggta ttatatttgtcatctacaaattgttttgcacactccaaggcccatactctggtgaac--- caaagcctaaaacaaaagtccctgag---aggagggttgtggcacaaggaccagaggaag aatttggacgctccctgattaaacacaatacatgtgtggtcactacagaaaatggtaagt ttacaggtttgggaatttatgacaaaataatgatattacccacacatgctgaccctggga aaacaatccagattaatggaataaacactaatgttcttgattcatatgacttgtataata agaatggtgttaaactagagataacagttgttaagttagataggaatgagaaatttaggg atatacgcaaatacatcccagagagagaagatgactatccagattgtaacttagctttgg ttgcaaatcaacccgagccaactattattaatgtaggtgatgtagtatcctatggtaata tacttcttagtggcaaccaaacagctagaatgctcaaatataattatcctacaaaatcag ggtattgtggtggggttttgtataaaataggtagtgttttaggtatacatgtaggcggta atggtagagatggattttcagccacactaattagatcatatttcagtgaagcacaaggtc agattacaaaaagaacaaatgttaatgagtgtggcttaccaaccatacatacacctagca aaactaaattgcaacccagtgtcttttatgatgtatttgagggaactaaagaaccagcag tattaacagacaaggacccacgtcttgaaaccgatttcaaaacagctctattctctaaat acaaaggaaacttaccatgtgagatgaatgatcatgttaaagttgctgttgcacactatt ctgcccagttaatgacacttgaaattgattcaagaaatatgagtttagaggacagtgtgt ttggggccgatggtcttgaagcacttgacttaaacacaagtgcagggttcccttacataa gcatgggaatcaaaaagagagaccttatcaataacagcaccaaagacatatccaaactta aattagcattagataaatatggagtggatttacccatggtcacattcctcaaggatgagc tcaggaagaaagagaagatctcagctggaaaaacccgtgttattgaagctagtagtgtca atgatacagtagcatttaggatggtgtatggcaacttatttgcagctttccataaaaacc ctggaattatcacaggttctgctgttggttgtgatccagaaactttttggtcaaaaatcc ccgtgatgttagatggtgagtgtataatggcttttgattacacaaattatgatggaagta ttcacccaatgtggtttgaagccctcaaaatgatactacacaatttagaatttgaaccc- --aaattgattgacaggttgtgtaactcaaagcatatttacagagactcatactatgagg ttgaagggggagtgccatcagggtgttcgggaaccagcatatttaacacaatgattaata atataattataaggactttagtcttagatgcatataaacatatagacttggacaaactta agattatagcttatggggatgatgttattttttcctataaatatgcccttgacatggaag caattgccctggagggtgttaaatatggcttaaccattacaccagcagacaaatctgaga cttttagacaacttgattacagcaatgtcacatttttaaaaaggggctttaagcaagatg caaaatatccttttctaatccacccaaccttcccgataaaagaaattcatgaatcaataa ggtggacaaagaaaccctcacaaatgcaggatcatgtgctctcattgtgccatttaatgt ggcataatggacaggatgtctaca-aagaatttgaacggaaaatacgcagcgttagtgct ggacgcgcgctgtatattcctccgtacgagttactgctgcatgagtggtatgagaaattc taatc---------tg-tat---atatag---aa-------------------ataacaa --ata-attagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445122.1 Human rhinovirus 22 strain ATCC VR-1132, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacccagatcacccaagtggtgta---g tgctctgttatttcggtaaccttgcacgccagtttt----------------------at ca-----------cc-cc--------------ttcccc---------------------- ------acgtaac----ttagaagc-ttttaaac------ac-agaccaatagg-gagcg acaaa-ccagtcgt-g----a--aaggtcaagca-cttct-gtyt-ccccggtcaa--tg ttgatatgctcctcc-agggc-aaaaacaacagcgatcgttacccgcaagatgcctacgc aaagcttagtaata-tcttcg-aa-gatacttggttggtcgctcatgtg------caacc cc-agcattagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--taacg-ggt----------gtgaagcccag-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaarcctgcagccattgctcacaatccagtgagtctatggtcgtaatgagcaatt gcrggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----t---ttttt-ccttat- ---atttgagcttatggtgacaa-tatat-a--------------gtga----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggtacacactcaacccaaaacac tgtatcaaatggttctagtttaaatttcttcaacatcaactactttaaggacgcagcctc tagtggggcgtctaaattagagttttcacaagatccaagcaaatttacagatcctgttaa agatgttctggaaaaaggtatacccactttacaatcaccaaccgttgaagcttgtggata ctctgacaggattattcaaattacaagaggagactctaccataacatcacaagatgttgc aaacgcagttgttgggtacggagtttggcctcattatttaactcctgaggatgcaacagc aatagacaaaccaactcaacctgacacatcttcyaacagattttacacattagaaagcaa aatatgggcatctaattcaaagggttggtggtggaaattaccagatgcccttaaagacat gggtatatttggtcaaaacatgtattatcatttcttgggcagaagtggatatacaattca tgttcagtgcaatgcaagcaaatttcaccaggggactttaatagtggctgccataccaga acaccaattggctagtgcgggcagaggcaatgtggctgctggatataattacacacaccc tggtgagattggtagggatgttggcaaggaaaatcgg-----------gaacaagcaa-- -acaaccaacctagtgatgacaattggcttaattttgatggaacacttttgggaaatata accatattcccccatcaattcattaatttgagaagcaacaattctgcaaccttaatactt ccatatgttaatgctgtgcccatggattccatgctcagacataataactggagcttagtt ataatcccaatatgtcccttagaggctagcggtgctgat---gtaa---cagtgcccata acaatatccatcagtcccatgtttgctgagttctctggagctcgtgcaaga--------- ---------------------------------------a------gccaggggttgccc gttctactgacacctggatctggtcaatttttaacaacagatgactaccaatcccctagc gcactaccttggttccaccccacaaaggaaatatttataccaggtcaagttcggaaccta tcagagttatgtcaagttgacactattatcccaatcaaccacacaacgtcaact---acc tctagtgtgaacatgtacacaattcaattaacaaaacagcaa---c------cagggact gaagtttttgctatgagagttgatgttgcatcacaacctttggcaactacattaataggg gaaatctccagctactttacaaactggactggtagcctacgtttcagtcttatgttttgt ggctctgcaggaacaacgcttaagatgttagttgcttacactcctccaggaatagcaaag ccagaaaccagaaaggatgcaatgttaggcactcatgtcgtgtgggatgtcggtctgcag tccactatatcaatgatagtgccttggattagtgctwgtcactttagaaacaccacacca gacactttctcacaagcaggatacataacatgctggtatcaaacttcccttgtaacaccc cctagcacacctgaaacagctagaatgttatgctttgtgtcgggatgcaaagacttttgc ttacgtatggctagggatacaaacttgcacaagcaaataggggccatcacccaaaac--- ------cctgtagagaaatacattgatggtgtattgaatgaagtattggttgttccaaac acaaatgaaagtyamcccagtacatcaaatgctgcaccagcactagatgctgctgaaact ggacacacaagcaatgtgcagccagaagacatgatagaaacacgctatgtgttaaattca caaactagagatgaaatgagtattgagagcttcctgggaagatctggttgcatacatata tcacacttagaagtaa-aatacaca----------------------------------- -gggtataatgaa---gagggtaataactttaacatatggcaaattaaccttaaagagat ggctcagataagaaggaagtttgagctatttacatatctcaggtttgattctgaaatcac tttggtaccatgcattgcttcacaaagtaaaa------acattggtcatgtggtcatgca atacatgtatgttccgcctggagctcctaaacctgaaaagagagatgactacacatggca atctggcactaatgcatctgttttctggcagcatggtcaaccttatccccgattctcact ccctttcctcagtgtagcttcagcatattacrtgttttatgatgggtatgatggagg--- tccc------ggatcacgttatggagcagtggtaacaaatgatatgggcacactgtgctc taggattgtgactgaagaacaccagacacaagtcaaaattacaactagagtgtaccacaa agcaaaacatgtaaaggcatggtgcccacgtcctccaagagctgttggatatacacacac acatgtgacaaactac------aaaccatctgtagg---------------------gg- --attacacactacctatcccaacaagagc---------c---aaccctaga-------- ----------caaa-ttttga---------atgtagggccaagtgacatgtacgtgcatg ttggcaatctaatttatagaaatctacacctctttaattctgata---ttcatgattctg tgctagtctcctattcttc------agatttagtcatctaccgaacaaacactacaggtg atgattacattccaacatgtgactgtactgatgcaacctactattgcaaacacaaaaata ggtactacccaattaaagtaacaagtcatgattggtatgaaattcaagagagtgagtact atccaaaacatatccaatacaatttgttgattggtgagggaccctgtgaacctggagact gtggtggtaaattactgtgtaaacatggagtaataggtatcattacagctggtggtgagg gacatgtggcattcatagatttaagacatt------ttcactgtgcagaggagcaggg-- -cattacagactacattcatatgttaggggaagcctttggtaatggatttgttgacagtg ttagggagcaagttaatgcaatcaacc------caatcaataatatcagcaagaaattgg ttaagtggttacttagaatagtttctgctatggtaataataataaggaacagttcagatc cacaaacagttatagccacgctcacattaattgggtgttcggggtctccttggcgttttc ttaaagaaaaattctgtaaatggacccagcttaattatgtgcataaagaatca---gatt catggctaaaaaaatttactgaaatgtgcaatgctgcaaggggtcttgaatggattggga ataaaatatctaaatttatagactggatgaaatcta---tgctgccacaggcccagctca aggttaagtatctcagtgaattaaagaaattaaatttactagagaaacaaattgaaa--- ---atctgcgaggtgcggattcaaaaactcaggaaaagattaaattagaaatagatactc tccatgatttatcatgtaaatttcttcctctttacgctagtgaagcaaagagaattaagg ttttayataacaagtgtaacaatgtaat------caaacagaagaaaaggagtgaaccag ttgccgtgatgatacatggcccaccaggcactggaaaatctataaccactagttttttgg ctagaatgttaacaaatgagagtgat------atatattcacttcccccggatcctaagt attttgatggatatgatcaacagagtgttgttataatggatgacatcatgcaaaatccag atggggaggatatgtccttgttttgccaaatggtctcaagtgttacctttattcctccaa tggctgatctaccagacaagggcaaaccttttgactctagatttgtcttttgcagtacta atcactcacttttagctcccccaactattacttcattgtctgcaatgaatagaagatttt tcttggacttggatattgttgtacatraaaaktacaaagacaacttagggaaattggacg tgccaaaatctttcagaccatgtgacgtggataacaagattggcaacgctaag---tgtt gtccatttatatgcggcaaagccgtatcatttaaagatagaaatacttgccaagaatact cactcagtcrgatctacaatatgatcatagaggaagataaacgccgcagraatgtggtgg atgtcatgacagcaatattccaaggcccaatttcaa---------------------tgg atgyaccacctcctccagccattgmtgatctcttacaatcagttcgaacaccagaagtga ttaaatattgtgaggraaataagtggataatcccagcagaatgtaaaa---ttgaaagag atttaaatttagcaaataacataataactattatagcaaatgtgattagtatagcaggca ttatatttgtgatctacaaattattttgtactcttcaaggtccatattctggtgaac--- ccaaacccaaaactaaaattcctgaa---agaagggttgttgcccaaggtccagaagagg agtttgggcgctctttaataaaacacaacacatgtgtggtcaccacagacaatggaaagt ttacaggcttaggtatctatgacagggtcatgatactaccaacacatgctgatcctggaa agataattcaagtgaatggaattaatactactgtttgtgactcttatgatttgtataaca aaaatggaatcaaattagaaataactgttgtcaaattggatagaaatgaaaaattcagag atatacggaagtatataccagagagagaagacgattacccagactgtaacctggctttgg ttgcaaaccaacctgaaccaaccataataaatgtgggtgatgttgtatcctatggaaaca tacttcttagtggagaccaaacagccagaatgctcaagtataactaccccactaaatcag gatattgtggaggagttttatacaaaattggtaacatcttaggtatacatgtgggtggta atggaaaagatggtttttctgctacactacttagatcctatttcagtgaaacacagggac aaattacaaagacaacaagtgtcagggagtgtggtctaccaactatacacacaccaagta aaactaagttacaacccagtgtcttttatgaagtgtttgagggcactaaagaaccagcag tgttaacagataaagacccacgtttggaaactgactttaaaacagctctgttttctaaat acaaaggtaatctgccatgtgaaatgaatgaccatgtgaaagttgctgttgcacactact cagctcaattaatgacactagaaattgattcaagaaacatgagcttggaagatagtgttt ttggaactgaaggtcttgaagcgcttgatttaaacactagcgcaggatttccctatatta gtatgggtattaaaaagagagatctaataaataacagcacaaaagacatatctaaactta aattggctttggataaatatggagtagacttacccatggtcactttcctcaaagatgaac tgagaaagaaggaaaagattgcagctggaaaaactcgagtcattgaagctagtagtgtga atgatacagtggctttcagaatggtctatggtaacctattctcagctttccacaaaaatc ctgggattgttacaggttctgcagtggggtgcgatcctgaaactttctggtcaaaaattc ctgtaatgctagatggtgattgcataatggcctttgattatacaaattatgatggtagta ttcatccaatgtggtttgaagcactcaaaatgattttacataatcttgaatttgaaccc- --aaattgattgatagactttgcaactctaaacacatttatagagactcatactatgaag tagaaggaggtgttccatctggatgctcgggcactagcatttttaacacaatgataaata atgtgatcataagaactttagttttagatgcatataagcacatagacttagacaagctca aaattatagcatatggggatgatgtgatcttttcatacaagtacgcactygatatggagg cgattgcatcggagggtacaaaatatggtttaaccataacaccagcagataaatctgaaa cctttaaggaacttaattatgatactgtcacatttcttaaaagaggctttaaacaggata taaaatacccatttttagtccacccaacatttcctgtaaaagaaattcatgagtcaatca ggtggacaaagaaaccatctcaaatgcaggaacatgtactctcattgtgtcacttaatgt ggcataatggtagagatgtttaca-gcgagtttgaacggaagatacgcagtgtcagcgca ggtcgcgcactgtacatcccgccttatgagctgttactgcatgagtggtatgaaaaattt taatt---------at-cag---atatag---aa-------------------ataacaa --ata-attagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445131.1 Human rhinovirus 43 strain ATCC VR-1153, complete genome -------ttaaaactgggtccaggttgct-cccacctggatcactcactgagtgtt---g tatactgttattacggtaactttatacgccagtttt----------------------at -----------ctcc-cct-------------tacccc--a------------------- ------atgtaac----ttagaagt-ttgtacat------ac-cgaccaatagt-gagca atcat-ccagattg-t----t-taaggtcaagca-cttct-gtta-ccccggtcag--cg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaacaatgatcgttatccacaagatgcctacac agagcctagtaaca-ttctag-aa-aaattctggttggtcgctcaattg------caaac cc-agcaatagacctggcagatgaggctggacattccccactggcgacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacactc--ctttggagt----------gtgaagccata-atttgg acagggtgcgaagagccgcgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccattgtttgcaatccagcagatrtatggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct--------ttatt-tccatt- ----tatatgcttatggtgacaa-tatatga----------------------tatatat tgacaccatgggcgctcaagtgtctagacaaaatgttggcacacactcaacacagaatac ggtctcaaatggatcaagcttgaattatttcaacatcaattattttaaagatgcggcatc tagcggtgcctctaaattagagttctcacaggatcctagtaagtttactgacccagtcaa ggatgttttggaaaagggaataccaactttacaatctccaactgtagaagcatgtggtta ttcagatagaattattcaaataactagaggagattcaacaatcacatcccaagatgttgc aaacgcagtagtggcttatggggtgtggccacactatttgacaccacaggatgcaactgc tattgacaaaccatcacaaccagaaacttcatcagatagattttacactttggagagtag gtcatgggattctacatcaaagggttggtggtggaaattgcctgatgcactgaaggacat gggcatattcggacagaatatgtattatcactttcttggtaggagtggttatacagtgca tgtgcaatgtaacgctagcaagttccatcagggtactctgattgtggcaatgattccaga gcatcagttggctagtgcaacacatggtaatgttacagctggatataatttcaccaaccc tggggaagctggaagaaatgttggacaaattagaaat-----------gaacrcctta-- -ctaaacaaccaagtgatgataattggttaaattttgatggcacgctgcttggcaacatt actatctttcctcatcagtttatcaatttgagaagcaataattcagccactataattgtc ccatatgtgaatgctgttcctatggattccatgcttaggcataacaattggagtttagtt attattcctatatgtgaattgcaagtagaggggggtgttccacgca---ctgtgccaata actatatcaataagtccaatgtatgctgagttctcaggtgctagagcaaaa--------- ---------------------------------------a------gtcagggcatacct accatgttaacacctggctctgggcagtttatgacaactgatgactttcaatcaccaagt gcattaccttggtaccaccctacaaaagaaatatccatcccaggtcaggttagaaacttg atagagatgtgcgaggttgataccctaatacctataaacaatgtaggcacaaat---gtt aaaaatgttaatatgtatacagtgcttctagagagacaagacaacc------tagcacag gaaatttttgcaattagagtagatattgcttctcaaccccttgctactacactgatagga gaaattgccagttattacacacactggactggtagtcttcgatttagtttcatgttctgt ggatctgctagcacaacacttaaactcttattagcatacacaccaccaggaatagcaaag cctactacaaggaaggatgccatgttaggcacgcatgtagtgtgggatgtgggtctacag tctacaatttctatgattgttccatggattagtgctagtcatttcagaaacacaactcca gacgcttactcattagcaggatatatcacttgttggtaccaaacaaatttggttgttcca cccaatacaccatcaactgctaaaatgctttgctttgtatcgggttgcaaggatttttgt ttaagaatggcaagggatacaaatctacataaacagagtggtgccattgtacaaaat--- ------cctgttgaaaattatgttgatgaaattttaaatcaagttcttgtagtcccaaac actgtagaaagtcattcaacaacatccaatgcagcccctgcacttgatgcagctgaaact gggcatactagccaggtgcaacctgaagacatggtagagacaaggtcagtacataatttc caaaccagagatgaaatgagtattgaaagtttcttgggcagatctggttgcatacatatt tcaacacttgaagtaa-attatgat----------------------------------- -gattataatggg---acaggcaaaaattttacccaatggccaatcaacttgcaagaaat ggcacaaattagaagaaagtatgaattgttcacatacttaaggtttgattctgaaattac ccttgttccttgcattgcagcaaaaagcaatg------atataggccatgtggtaatgca gtacatgtatgtaccaccaggtgcgccaattccaaaaactaggaaagattatgcatggca atctggcacaaatgcatctgttttctggcaacatggtcaaacatttccaagattttcctt accttttctgagcatagcatcagcatattacatgttttatgatggatatgaaggtgacca aaaa------acatcccgttatggcacaattgcaagcaaccacatgggaacattatgttc taggatagttacagaagaacaccaaaatcaaatcgagataactaccaggatatatcataa agccaagcatatcaaagcttggtgcccaagaccacccagagctgttgaatacacacacac acatgtcacaaattat------aaaagagaaggaaa---------------------gg- --aggtagaaacagccatagtatctaggag---------g---gatatca---------- -----------aaa-ttgtca---------atgcaggcccaacagacatgtatgtgcatg tgggaaatttgatatatagaaatttacatctctttaattcagaaa---tgcatgagtctg tattagtctcttactcctc------tgacttagtcatataccgaacaaacactgtaggtg atgactatattccaacatgtgattgcacagatgccacatattactgcaaacacaaaaata gatactacccaatcaaagtgaccagtcatgattggtatgagatacaagaaagtgaatatt atcccaagcatatacagtacaatttattaataggtgagggcccatgtgaaccaggtgatt gtggtggtaaattgttgtgtaagcacggtgtaataggtatcataactgcaggtggagagg gtcatgttgcattcatagaccttagacatt------ttcactgtgctgaagaacaggg-- -cataacagattacatccatttacttggggaagcttttggcaatggatttgttgaaagtg ttaaggaacaggtaaatgcaataaatc------caattaataatatcagcaaaaagatgg tcaaatggatgctcagaataatttcagcaatggttattattattagaaatagttctgacc cacaaacaatcattgctactttaacattaattggctgctctggatcaccatggcgcttct taaaagaaaaattttgcaaatggactcagcttaattacatccataaagaatca---gact cttggttaaagaagtttactgaaatgtgtaatgcagccagaggtttagaatggattggta acaaaatttcaaaatttatagagtggatgaagtcca---tgttaccccaagctcaactta aagttaaataccttgctgagctcaagaagttaaacttgttggagaagcaaattgaaa--- ---atttgaggggagctgatacaaatacacaggagaagataaaacttgagattgatacac tgcatgatttatcatgtaaatttctacctctgtatgcaagtgaagcaaaaaggataaaag ttttacataacaaatgtaacaatataat------taagcagagaaagagaagtgaaccag tagccataatgatacatggacccccgggtactggcaagtcaatcactacaagtttcctag ctagaatgataacaaatgaaagtgat------gtatactctctaccccctgacccaaaat attttgatgggtatgatcaacagagtgtggtcataatggatgatatcatgcaaaatcctg atggagaggatatgtcattattctgtcaaatggtatccagtgtgacatttatacccccaa tggctgatttacctgataaaggtaaaccctttgactcgaggtttgtattctgcagtacaa atcaaactctgttagcaccgcctactataacatccttaccagctatgaataggcgtttct tcttagatctagatatagtagtccatgataattacaaggatgcccaagataagcttaatg ttccaaaagcattcaaaccatgtgatgtagacaataaaataggaaatgctagg---tgct gcccattcatatgtggaaaagctgtctcattcaaagatcgaaacacatgtcaaagctatg ctttatgtcagatttataacaaagtgttggaggaagacaaacgccgcaggaatgtggttg atgtcatgtctgcgatatttcaaggacctatcacat---------------------tgg atgcaccaccccctcctgcaatcactgatttgttacgttctgtcagaaccccagaggtta ttaaatactgtgaggacaacaaatggatgataccagcaggttgtaaga---tagaaagag atctgaacctggctaacaatatcatcaccataatagctaatataataagtatagcaggca taatttttgtaatatacaaactcttttgttcactacaaggaccatactcaggtgagc--- ctaaacctaaaactaaggtgccagaa---agaaggatagtagcacaaggtccagaggaag aatttggacgttctcttatcaaacataatacatgtgttgtcacaactgataatggaaagt ttacaggtttaggtatatatgataaattaatgattttacctacacatgctgaccctggga aagaaatttatataaatgggataaaagttaaagttagtgattcatatgatttatataata aagatggtgtgaaattggaaatcactgtagtcaagttagatagaaatgagaaatttaggg atattaggagatatattccagagaaagaagatgattaccctgaatgtaatttagctcttg tggcaaatcaaccagaaccaaccataataaatgtaggggatgtagtatcatatggtaata ttttattgagtggaaatcaaacagcaagaatgctcaagtataactacccaacaaaatcag gatattgtggtggtgttttatacaagataggaaatgttttgggaattcatgtaggtggga atggcagagatggtttttccgctatgctattaagatcatactttaatgagacccaaggga aaatcatcacagaaaaaagtgtcagagagtatggatttcctaccatacataccccaagta aaacaaagttgcaacccagtgtcttctttgacgtgtttgatggtagcaaagagccagctg tgttatcagataaagacccacgccttgaaactgattttaaaacagcattattctccaagt acaagggtaataaagaatgtgaaatgaatgaccatataaaagttgctgttgctcactact cagctcaattaatgacattagatattgaccacagcaacatgtctctaggagatagtgtct ttggtatagaaggtcttgaagcactagacttgaatacaagtgcagggtttccttatatta gtatgggaattaaaaagagggatttgataaacaaaaacactagagacatttccaagctta aagcagcattagataaatatggagtagatctaccaatggtaacctttttaaaagatgaac tcagaaagaaagagaagatttcagctggaaaaactcgtgtgattgaagctagtagtgtta atgatacagtagcctttagaatgatttatggcaacttatttgctgcttttcataaaaacc ctggaatagtgacaggctctgcagtagggtgtgatccagaaactttctggtcaaaaatac ctgtaatgttagatggtgaatgtattatggcctttgattatacaaactatgacggtagca tacatcctgtttggtttcaagcccttaaatctgtacttgagaatttacaatttgaaccc- --aaactagtagatagattatgcaattctaaacacatttatagagattcttattatgagg tggaaggaggggttccatcagggtgttctggaactagcatattcaatacaatgattaata atgtaattattagaactttggttttggatgcctataaacacatagatctagataaattga agataatagcctatggggatgatgttatattctcctataagtatacattagacatggagg ctattgcaaatgagggtataaaatatggattaacaattacacctgcagataaatctgaaa catttaccaaacttgattataataacgtcacctttcttaagcggggtttcaaacaggatg taaaatatccttttcttatacacccaacttttccagtacaagagattcatgaatcaatta gatggacaaagaaaccatcacaaatgcaggagcatgtactgtcactgtgccacttaatgt ggcacaatggacaagatgtctaca-aggaatttgagcggagaattcgtagtgtaagcgct ggtcgtgcactatatattcctccctatgaaatgcttctgcatgagtggtatgaaaaattt taaag------------------atatag---aa-------------------ataacaa --ata-tttagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445181.1 Human rhinovirus 64 strain ATCC VR-1174, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacccagatcacccaagtggtgta---g tactctgtcattccggtgactttgtacgccagtttt----------------------ta ca-----------cc-ccc-------------cccttc---------------------- ------ttgtaac----ttagaag--aattaagt------tc-agaccaataggaaaacg acaaa-ccagtcgt-t----t--aaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ctgatatgcttcacc-aaggc-aaaaacagcagcgatcgttacccgcaagacgcctacgc aaagcctagtaatg-cctttg-aa-gatatttgtctggtcactcaggta------caatc cc-agtactagacctggcagatgaggctggaaaatccccactggcgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--atacg-ggt----------gtgaagccaaa-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgtctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccacagccattgcttgcattccagcaagtctatggtcgtaatgagcaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cctttt- ----attatgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gcgt----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatctagacaaaatgttggcacacactcaacacaaaactc agtgtctaatggttcaagtctgaacttctttaacattaattattttaaggatgcagcatc tagtggggcgtctaaacttgagttttcccaagacccgagcaagttcacagatcccgttaa agatgtattagaaaagggtatccccaccttgcaatcacctacagtggaagcttgtggata ttctgataggattattcaaattacaagaggagattctacaattacctcacaggatgtagc caatgcagttgttggatacggggtgtggcctcattacttgactccacaagatgctacagc aattgataaacctactcaaccagatacatcctcaaacagattctacacattagagagcaa gacatgggcatcaaattcaaaaggctggtggtggaaattacctgatgcactcaaggacat ggggatatttggccaaaacatgtattaccatttcttgggcagagctggatatacaattca tgtgcagtgtaatgctagtaaatttcaccagggtacactaatagttgctgctataccaga acatcagttggctagtgctcataagggtaatgtcactacaggatacaattacacccatcc tggtgaaagtggcagagatgttagtgtggaggtgcgt-----------gacacagcta-- -attaccaacccagtgatgatgcatggcttaattttgatggaactttattaggaaacata acaatatttccccaccaattcatcaatttaagaagcaacaactctgcaactttgatactt ccttatgtgaatgctgttcccatggactctatgcttagacataacaactggagcttggtg attattccaatttgtcctttggaaactgaaagtgtggat---acta---ctgtacccata actatatccatcagtcccatgtatgccgagttttctggagctcgtgcaaga--------- ---------------------------------------a------gccaaggtctacca gtactgctcacccccggatctggacaatttatgacaactgatgactaccaatctcccagt gctttaccttggtttcacccaacaaaagagatctttatcccagggcaagtgcagaattta tcagaattatgtcaagttgacactataatcccaattaacaacacaactgcaaac---aca actagtgtaaacatgtatacacttcaattgaccaagcaatca---c------caggacat gaggtttttgcaatgaaggttgatatagcatcacaacctttggcaacaacaatgattgga gaaatgtctagctatttcacacattggacaggcagtctacgctttagtttcatgttttgt ggttctgcaggcacaacacttaagttgcttattgcttacactccccctggaatcgagaaa ccaacaaagaggaaagatgcaatgcttggaactcatgtagtgtgggatgttggccttcag tctactatttcaatgattgtaccatgggttagtgccagtcattacaggaacacaacacct gatacattttctcaggcagggtatataacakgctggtatcaaacatcacttgtaacaccc ccaagcacaccccaaacagccagaatgttgtgctttgtctcaggatgtaaggatttttgt ttacgcatggccagagacacaaatttacataaacaaataggagctataactcaaaac--- ------ccagttgaacaatacattgatggtgtgttgaatgaagttttgattgtcccaaac atcaatgagagccatcccagcacttccaatgcagcgccagctttagatgcagctgagacc ggacacaccagtaatgtacagcctgaagatatgattgaaacgcgctatgtacaaaacact caaactagagatgaaatgagcattgagagtttcttgggcaggtctggttgtatacacata tcagatttaaaagtaa-attatact----------------------------------- -gggtataatgat---gaaggtaacaattttaacaaatggcagatcaccttgaaagaaat ggctcagataagaaggaagtatgaattatttacatatgttagatttgattctgaaataac cttagtgccttgcatatcttctcagagtgcta------acattggtcatgttgttatgca atatatgtatgtccctcctggagctccaataccaaccaaaagaaatgattacgtctggca gtcaggcaccaatgcatccatcttttggcaacacggtcaaccataccctcgattttctct ccctttccttagcatagcctcagcatattacatgttttatgatggttatgacggtgg--- acct------ggttcccgttatggcrcagyggtgacaaatgatatgggcactttgtgttc tagaattgtgactgaggaacacacaacacaggtcaacatcactactagggtttatcacaa agcaaaacatgtcaaggcatggtgtccacggcccccaagagctgttggatatacacatac aaatgtcaccaattat------aaaccatccaaagg---------------------ag- --aatacacaccacccgttccgtcacgtaa---------c---agccccaga-------- ----------gata-ttgtca---------cagtaggacctagtgatatgtatgtgcatg ttggaaatttgatatatagaaacttgcacctctgtaactctgaca---tgcatgattcta tactagtttcttattcctc------tgatttagtcatataccgaacaaacacaataggtg atgactatattccaatgtgtgattgtacagatgccacttactattgcaaacacaaaaaca gatattacccaattaaagtaaccagccatgattggtatgaaatccaagagagtgaatact acccaaagcacattcaatacaatttactcattggtgagggaccctgtgagcctggtgact gtggtggaaaattactgtgcaagcatggagtaatagggattattacagctggaggtgagg gacatgtggcatttatagacttgagacact------tccactgtgcagaagaacaagg-- -tatcacagattacatccatatgctaggagaggcttttggcaacggatttgtagatagtg ttagagaacaagtcaatgctattaacc------caataaacaacatcagcaaaaaattaa ttaaatggttacttagaatagtttctgccatggttataataataaggaatagctcagatc cacaaacagtaattgcaacacttacattgattggctgctcgggatcgccatggcgtttcc ttaaggagaaattttgcaagtggacgcaattaaattatgttcataaggaatca---gatt catggctcaagaaatttacagaaatgtgcaatgctgccagaggtcttgaatggattggta ataagatatccaaatttatagactggatgaaatcaa---tgctgccccaagctcaactga aagtcaagtatcttagtgaacttaagaaactaaacttgttagagaagcaaattgaaa--- ---atttacgcggtgcagatacaaagactcaagaaaaaatcaagttagagattgatacac tgcacgacttatcatgcaaattccttcccctttatgccagtgaagctaagagaatcaagg ttttgtacaataagtgtaataatgttat------taagcaaaagaaaaggagtgaaccag ttgctgttatgatacacggcccacctggaactgggaagtcaataactactagttttctgg ctagaatgttgacaaatgaaagtgac------atatattcactcccaccagacccaaaat actttgatggatatgatcaacagagtgtggttatcatggatgacatcatgcaaaacccag atggtgaggacatgtctttattctgccagatggtatcaagtgtgacatttattcccccaa tggctgacttgccagataaaggtaaaccatttgattctagatttgttttctgtagcacca atcactcactattagctccaccaactattacttcactctctgcaatgaacagaaggtttt tcttagatctagatatagttgtgcatgagagatataaagacaatcaagggaagctagatg taccaaaatcattcaaaccatgtgatgtggataataaaattggaaatgctaaa---tgtt gtccatttatatgtggaaaagctgtatcattcagggatagaaacacttgccaagaatact cactctgccagatttacaatataataatagaggaagataaacgccgcagaaatgtggtgg atgtcatgacagcaatatttcaaggtccaatatcaa---------------------tga gtgcaccaccaccacctgctatcgcagacttattacaatcagttagaaccccagaagtga tcaagtactgtgaggaaaataaatggataataccagcagattgtaaga---ttgagagag atttgaatttggcaaataatataacaactataatagctaatgtgattagtatagcaggta ttatatttgtcatctacaaattgttttgcacactccaaggcccatactctggtgaac--- caaagcctaaaacaaaagtccctgag---aggagggttgtggcacaaggaccagaggaag aatttggacgctccctgattaaacacaatacatgtgtggtcactacagaaaatggtaagt ttacaggtttgggaatttatgacaaaataatgatattacccacacatgctgaccctggga aaacaatccagattaatggaataaacactaatgttcttgattcatatgacttgtataata agaatggtgttaaactagagataacagttgttaagttagataggaatgagaaatttaggg atatacgcaaatacatcccagagagagaagatgactatccagattgtaacttagctttgg ttgcaaatcaacccgagccaactattattaatgtaggtgatgtagtatcctatggtaata tacttcttagtggcaaccaaacagctagaatgctcaaatataattatcctacaaaatcag ggtattgtggtggggttttgtataaaataggtagtgttttaggtatacatgtaggcggta atggtagagatggattttcagccacactaattagatcatatttcagtgaagcacaaggtc agattacaaaaagaacaaatgttaatgagtgtggcttaccaaccatacatacacctagca aaactaaattgcaacccagtgtcttttatgatgtatttgagggaactaaagaaccagcag tattaacagacaaggacccacgtcttgaaaccgatttcaaaacagctctattctctaaat acaaaggaaacttaccatgtgagatgaatgatcatgttaaagttgctgttgcacactatt ctgcccagttaatgacacttgaaattgattcaagaaatatgagtttagaggacagtgtgt ttggggccgatggtcttgaagcacttgacttaaacacaagtgcagggttcccttacataa gcatgggaatcaaaaagagagaccttatcaataacagcaccaaagacatatccaaactta aattagcattagataaatatggagtggatttacccatggtcacattcctcaaggatgagc tcaggaagaaagagaagatctcagctggaaaaacccgtgttattgaagctagtagtgtca atgatacagtagcatttaggatggtgtatggcaacttatttgcagctttccataaaaacc ctggaattatcacaggttctgctgttggttgtgatccagaaactttttggtcaaaaatcc ccgtgatgttagatggtgagtgtataatggcttttgattacacaaattatgatggaagta ttcacccaatgtggtttgaagccctcaaaatgatactacacaatttagaatttgaaccc- --aaattgattgacaggttgtgtaactcaaagcatatttacagagactcatactatgagg ttgaagggggagtgccatcagggtgttcgggaaccagcatatttaacacaatgattaata atataattataaggactttagtcttagatgcatataaacatatagacttggacaaactta agattatagcttatggggatgatgttattttttcctataaatatgcccttgacatggaag caattgccctggagggtgttaaatatggcttaaccattacaccagcagacaaatctgaga cttttagacaacttgattacagcaatgtcacatttttaaaaaggggctttaagcaagatg caaaatatccttttctaatccacccaaccttcccgataaaagaaattcatgaatcaataa ggtggacaaagaaaccctcacaaatgcaggawcatgtgctctcattgtgccatttaatgt ggcataatggacaggatgtctaca-aagaatttgaacggaaaatacgcagcgttagtgct ggacgcgcgctgtatattcctccgtacgagttactgctgcatgagtggtatgagaaattc taatc---------tg-tat---atatag---aa-------------------ataacaa --ata-attagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >GQ415052.1 Human rhinovirus A isolate hrv-A101-v1, complete genome -------ttaaaactggatcatggttgtt-cccaccatgattacctacg-ggtgta---g tatacttgtattccggtacatttatacgccagtttt----------------------at ------------aat-ccc-------------caccccaaa------------------- -------tgtaac----ttagaag--c-atgtaca----caa-tgatcaatagggtggtg gctat-ccaagtca-c----c-taagatcaagca-cttct-gttt-ccccggtgag--tg tggatatgctttacccaaggc-agaaactaatctcatcgttatccgcaaggtgcctacgg gaagcctagtaata-ctctga-ag-gtattttggttggtcgctcagttgca---ttcacc ca-tgcaatagacctggtagatggggctaggcataccccactggtaacagtggcctagcc cgcgtggctgcctgcacacct----tcg-ggt----------gtgaagccata-atattg acagggtgtgaagagcctactgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtatccattacacacaagccagtgtgtttatggtcgtaatgggtaact acgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt--------gtttt-tcttta- ----acattgcttatggtgacat-tatat-a-t--------tg-----------atatag tgtcatcatgggcgcacaggtttccagacaaaacgttggaactcactcaacacaaaatgc agtgtctaatggctcaagtttaaattattttaacatcaattattttaaagatgcagcatc gagtggagcatcaagattagatttttcacaagaccccagtaaatttactgacccagtcaa agatgttttaacaaaaggaattccaacattgcagtccccatctgttgaggcttgtggata ttcagacagaataatacaaataacaagagggaactcaacaataacatcacaagatgtagc aaatgcagttgttgggtatgccctttggccccaatatttacctgatgatgatgctagtgc cattgacaaaccaactcatccagatacgtcttcaaacagattctatacattagacagtaa agagtggaaaaatgattctaagggatggtggtggaaactaccagatgctctcaaaaatat gggaatttttggagaaaatctattttatcatttcctaggcagagctggatatacagtgca tgtgcaatgcaacgcaagcaaatttcaccaaggtgcattagttgttgctgcaattccaga acaccagttggcatatatagggtcagaaaatgtcagtgtgggatataaacatacacaccc tggggaaacagggcgaacactcaatgatagagca--------------aataataact-- -cacagcaacccactgatgaaagctggttaaactgtgatgggacattgttaggaaatatc accatctacccacaccaatttatcaatctgaggagtaacaactcagctactttaattcta ccttatgtaaatgctgttcctatggattcaatggttaggcataacaactggagtatcgtg ataatacccgtatcaccactccagact------aagggaacacctt---atgtgccaatc acactatcaataagccccatggcctcagaattttcaggtgctcggaaca----------- -cagcc------------------------------agac------cacaaggtctacca gttatgctcaccccaggttcaggacaattcctcactacagatgatgcacaatcaccatca gctttaccctatttccatccaacaaaagaaatatttataccaggtagggtcactaactta tcagagatttgccaagtggactcaatgattccaattaacaacacagtggcaggc---cac aaaaaggtgggtatgtatgcagttcgtgtgggtgtccaaacagcat------cagccaga gaagtctttgctataccagtggatgttgcctctcaacctttagcaaccactcttattgga gaaatagctagttattatacacactggacaggatctataagattctctttcatgttttgt ggtacagccaacactagtctcaaactactcatagcatacacaccacctggagtagccaaa ccagattcaaggacgaaagccatgttaggaactcacgtagtgtgggatgttggattacag tccactgtgtcaatggtagtcccttgggtctctgcaagtcactatagacttaccacacct gatacatactcaaaagctggatacattacttgctggtatcaaacaaattttgtagtgcct ccaagtaccccaagcactgcagatatcatatgctttgtgtctggttgcaaggatttctgt ttgaggatggccagagacacaaacttacactctcaaactgttaatattacacaaaat--- ------ccagttgagaagtatactgaagcaattctaaatgaagtcttaacagtcccaaat atacaacctagttcaggtaacacttctaatgcagccccagcccttgatgctgctgagact ggtcacaccaatcagacacaaccagaagacacagtagaaactaggtatgtcatcacagat caaacgcgtgatgaaatgagtgttgagagtttcttagggagatcaggttgtatctctgaa atgcataccattgtgg-aacatggtaaagat----------------------------- -gtgtataatgca---gtgaataaaaattttactacatggaagattaccctaaaagagat ggcacaaatcagaagaaagtgtgaattatttacatacttgagatttgattcagaaataac tatagtgcccacagtagctggacaagggaatg------acaccggacatgtggtgcttca atacatgtttgtcccaccaggggctccagtccctaagaaaagagatgattatacatggca atctggcacgaatgcttcagttttctggcagcaaggtcaaacctaccccagattcacaat acctttcatgagcattgcctcagcatactatatgttttatgatggatatgaggatgatac acca------aattcaaaatatggtgcagttgtaacaaatgacatgggaacattgtgtgt acgtattgtaactgaacaacaagcaaatactgtacacattacaagcagggtctatcataa agcaaaacatattagtgcatggtgtccacgaccacccagagctgtagcatatcagcgtgt acacaataccaacttt------gttccagaaacagg------------------------ gcaagtagaaatacaaatacctacaagaac---------a---gatcttact-------- -----------------------------actgtgggcccctcagatatgtatgtacata tggataacctcatatatagaaatctacatttgtgtaatccagaagacttagatgattcag tattaatttgttattccag------tgatttagtcatataccgagcaaatactaaaggtg atgattatattccagtgtgtaactgcactgaagcaacatactactgtaaacataaggata ggtacttcccaataaatattaagaaacatcagtggtatgaaatacaagaatctgaatact acccaaaacacatacaatacaatatattaattggagaaggaccatgcactcctggagact gtgaagggaaactactatgtaagcatggagttattggaatagtcactgcaggtggagaaa accatgtagcatttattgatttgagagact------tccatgttgctgatgaacaggg-- -cataacaaattacatacacacacttggagaggcgtttggtgcaggttttgtagataata ttaaggatcagatacaggctataaacc------caataaatagagtaactagcaagatag ttaagtggataatcaggatcatatcagcagtcacaataatcattagaaacagtgcagacc cacacacaattattgcaactctagctttaattggttgttctggctcaccgtggagattca ttaaagagaaagtgtgtaattggttacaattatcatacatacataaagagtca---gatg gatggatcaaaaagtttaccgagatgtgcaatgctgctaggggtttagaatggcttggaa acaagatatcaaaatttatcgactggctcaagtcaa---tgctaccacaagctaaactca aagttgacttcattgggaaactcaaacagctacccttattagaaaaagagattgatg--- ---gattaagactagcaacccagagacagcagcaagaatacattgataccctcagagtta tgttagatgcatctaataaatttctgcctctatacgcacttgagaacaaaagaatcaaag aacttcttaagagaagtgaaatgatcct------ccgcacagctaagaggactgaaccag ttggggtgctctttcatggtgaaccaggcacaggtaaatcaattgctacatcaatattgg caagaatgataaccacagaatctgat------atatattcactaccaccatcaccaaaat actttgatggctatgaccagcaaagtgttgttatcatggatgacattatgcagaacccca gtggtgaggatatgtcacttttttgtcaaatggtgtcatcagttccctttatcccaccta tggcagatttaccagacaaagggaaacctttctcttcagattatgtactagctagtacaa atcatactttactacatcccccaactataacatgcaccacagcaatgaacagaagatttt tcctagatctagacataatagttaaggagaactacaaacttagtcagggtaaactcaatt tacaatgtgcattgaaaccatgccaggatggt---aaaatagggaatgcaaaa---tgtt gtcctctgatatgtgggaaggctgtagtgtttaaagatagagatacaggagatcacctgt ctctagccacagtttataataaaataattgaggaaagtaaaaacagaagggaactaacca gttcactacaggcaattttccaaggcccaattgatgtag------------------tta ataaaccacctccacctgccatattggatcttcttaaatcagttaggaatccagatgtca ttaaatattgtgaggaaaataaatggattataccagcagattgtaaat---tagagagag atttaaactatgctaatttagtaatttctatgattgctaatgttatcagtataatggggg ttatatatattatatataaactattttgctcattacagggaccatattcaggtgagc--- ccaaaccaattactaagaaaccagag---agacgtgttgtgacacaaggaccacaggagg aattcggacgtagtttaattaaacataatagctgtatagtcaccacatgtaatggaaaat tcacagggctagggatatatgataatgtcatgattatacctacacatgcagatgcaggca cccaggtagagattgatggaatcaagactgatgttgtagactcatatgatttgtgtaact cacagggtgttaaacttgaaataacagttcttaaactcaaaagaaatgagaaattcagag acattaggaaatacattccagaaacagaagatgactacccagagtgttgtttagcactag tggccaaccaaatagaaccaactatcattgaagttggagattgtctatcctatggtaaca tactattaagtggtagtcaaactgcaagaatgatcaaatacaattacccaactaaatcag ggtattgtgggggtattttatacaaaataggtttagtactgggaatacatgtgggaggaa atggaagggatggtttctctgctatgctactcagatcttatttcaatgaacaacaaggtc aaataatgacaaagaaggatgttaaggaaatcaatttatatagcatacacacacctagta agacaaaattacaacctagtgtttttcacgacatctttcccggagagaaagcacctgcag tactttcaccaaaagacccaagattacttaagggtttagatgatgctatattctctaagt ataagggtaacaagaatgtagaactgactgacaacatgatcacagctgctgctcactacg cagcacaattagccaccttagatattaactcagaacctatcagtctagaggaaagtgtgt atggcattgagggtttggaagctttggatttacacactagtgcaggatacccatacactg ctcatgggattaggaagaaagatttaataccaaaaga---caggaatcttacaaaactta aatgtgctatggagccctttggactggatctaccaatgatcactttcctcaaagatgagc ttcgcaaaccagagaaaatttatagtgggaagaccagaattatagaagctagtagtctta atgatactgtgcagtttagaatggcttttgggaatcttttttcaacttttcataagaatc cagggaccattaccggttctgccgttggatgtgaccctgaagttttctggtcaaagatac ctctcatgctagatggtgattgtttgatggcttttgattatacaaactatgatggcagtc ttcatccgatttggtttgaattacttaaaaagattctagatgaactaggattcccaggg- --agtatggttaggaagttatgcaactctaaacacatatataaaacatcatattatgaag tagaaggggggatgccctcgggatgtgctgggactagtatttttaatactatgataaaca atgttataatcagaactctagttttagacacatacaagcatataaatctagacaaattaa agatactggcatatggagatgatgtgctattctcatacccctttgaactagacatggcag aaggggctagtgaaggtgtcaaatatggattgacaattacaccagcagataagtcagata agttccaaaaactcacctatgagaatgccacttttcttaagaggggttttaaaccagatg aaaaacacaatttcttgatacacccaatatacccagtcagtgaagtgcaggaatccatca ggtggacaaagaaccccagaaacatgcaagaacatgttctttcactgtgccatctattat ggcatagtggaaaagataaatatg-accagttcgtggccaagattaggagtgttagcgct ggacgcgcactctatataccaccatatgaactcttgtgccacgagtggtatgataaattt taat-------------cag---atatag---aa-------------------attataa --gtg-agtagtttat-------------------agttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445182.1 Human rhinovirus 76 strain ATCC VR-1186, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatctcctacaaggagtt---g tactctattattgcggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -c----------tcc-cct-------------c-cccg-at------------------- ------atgtaac----ttagaagc-t-gaacac------aa-agaccaatagg-tgaca tttaatccaaaatg-t----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggccaa--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacagctgcggtcgttatccgcaaaacaactacgc aaagcctagtacca-ccttct-ag-agcatgtggctggtcgctccacta------taaac cc-aatagtagacctggcagatgaggctaggagctcctcactggtaacagtgtcctagcc tgcgtggctgcctgcgcaccc--tgaca-ggt----------gcgaagccaaa-tgtttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgtttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgtgtacaatccagtgcatagctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----a----tttt-tcctta- ----tatttgcttatggtgacaa-tgtat-a-t--------at--aacg----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatccagacagaatgttggtacacactccacacaaaatgc tgtttcaaatggatcaagtctcaattatttcaatataaattacttcaaagatgctgcttc tagcggcgcttcaaagcttgaattttcacaagacccaagcaaattcacagatccagttaa agatgtattggagaaaggcattcccacattacaatccccaactgtcgaggcatgtggata ttcagacaggattatacaaataaccagaggagattctacaataacatcacaagatgttgc aaatgctgtagttggttatggcgtatggcctcactatttgacatcacaagatgctactgc tatagataaaccctcccgcccagacacctcctctaatagattctatactctagaaagcaa ggaatggagtgcaaattctaaaggttggtggtggaagttgcctgatgcacttaaagatat gggaatttttggagaaaacatgttttatcatttcctcggtagaagtggttacacagtaca tgtccagtgcaatgcaagtaagtttcatcaaggcactttaattgttgctatgataccaga acatcagctggctagtgcaacaacaggaaatgctacagctggatacaatctcacacaccc tggtgaaggtggtagggatgtcagcctgtcaaatcga-----------gctgacctta-- -gtaagcaacctagtgatgatgcctggcttaattttgatggtactttgttaggcaacata actgtatatccacatcagctaatcaatttaaggactaacaattcagccacaattattgtc ccttatgtaaatgcagtccctatggattcaatggttaggcataacaattggagtctagtt ataataccaatatgtccattagaatctttgccaagttcaa---------ctgtacccatt accatttcaataagccctatgtgtgctgaattttctggtgctcgtgcca----------- -ctgca------------------------------agga------accaaggcttacca gttttcataactcctggatctggtcaattcatgacaacagatgatttccaatctcctagt gccctaccctggttccaccccactagggaaatttcaattcctggtcaagtgaagaatctt gttgagctttgccagattgacactttgatcccaataaacagtgtgactggtaat---acc aacaatactagcatatacactgtaactttaactagagaaaccagtt------tagcacaa gaaatatttgcaattaaggttgatattgcctcagatcctcttgcaactaccttgattggt gaaatagccagttactatactcattggacaggtagtatccgattcagttttctcttttgt ggctctgcaaatactacccttaaattgcttatagcatacacaccccctggtatacgcaaa ccaaagaacagaaaggaagcaatgttgggcactcatgtagtgtgggatgttggtctgcaa tctacaatatctatggttgtaccctgggtcagtgctagccattttagaaatactacacca gacacatactctttggctggttatgtgacctgttggtatcagaccaacctagtggtgcca cccaacacaccaactactgccaaaatgctctgctttgtttcaggatgcaaagatttctgc ttgagaatggcacgtgatacaaatttacatttacaaagtggtcctataacacaaaac--- ------ccagttgaaaattacgtggatgagatattaaatgaggttcttgtagtaccaaac atcaaagagagtcaggctaccacatcaaatgcagcacctgctttggatgcagctgagact gggcacacaagcagcgttcaaccagaggacatggttgagactaggtatgtgcaaacatca caaactcttgatgagatgagtatggagagtttcttagggagatctggttgtattcatatt tcaaagctagttgtag-aatatgag----------------------------------- -ggatatgatga------tacaaaaaactttaagacatggaaaataaacctacaagaaat ggcacaagttagaagaaaatttgagatgtttacatatactagatttgattcagaagttac tctagttccttctatagctgccaaaggggatg------acattggtcatgtagtgatgca atacatgtatgtcccaccaggcgctccagttccaaagaagagagatgactacacatggca gtcaggaaccaatgcatctattttctggcaatatggacaaacataccctaggttttcatt accctttctaagtatagcttcagcttattacatgttttatgatggatatgatggagacca acct------agttctaggtatggtaatatagttaccaatgacatgggcaccctatgttc caggatagtaactgatgatcataagcacaagattgaagttacaacaagaatatatcacaa agcaaagcatgttaaggtatggtgcccgagaccacctagagctgtagagtatacatacac ccatgtaacaaactac------aaaccacattctgg---------------------tg- --atgtgcaaacagctattagaccaagagc---------a---acaattaag-------- -----------act------------------gcagggccaagtgacatgtacgtgcatg tcggaaaccttatatatagaaatctacacctctttaattcggata---tccatgattcca tattagtatcttactcatc------agatatagtcatataccgaacaaacactacaggtg atgactacataccaacctgtgattgtactgatgcaacttacttttgcaagcacaaaaaca gatactatccaataaaagttactagtcatgattggtatgagattcaagagagtgagtatt acccaaaacacatacaatacaatctgttaataggtgagggcccatgtgaacctggtgact gtggtggtaaactgctgtgtaaacatggagtcattggaataataactgcaggtggtgagg gacatgtagcattcatagatttaagacatt------tccattgtgctgaagaacaggg-- -aattactgactacatacacatgctaggtgaagcatttggcagtggatttgttgatagtg ttaaggaccaaataaatgccataaacc------caattaacaacataagtaggaaaattg taaaatggatcctaagaataatatcagcaatggttgtaatcattagaaattcatctgacc ctcaaacaataatagctacattaacactgattggttgctctggatcaccatggagatttc tcaaagaaaagttttgtaaatggacacaactaaactacattcacaaggagtcg---gatt cctggcttaaaaaattcactgaaatgtgcaatgcagctagaggtttagagtggattggta acaagatatcaaaatttattgagtggatgaaatcaa---tgctaccacaagcacaactca aaatcaaataccttaatgaacttaagaagctgaaccttttagaaaagcaaatcgaac--- ---acctgagaatagctgattccagcactcaagagaaaattaagtgtgagatagatactc tacatgatttgtcatgtaaatttcttcccttatatgctagtgaagctaagagaatcaaag tcctacataacaagtgcaatgtaatcat------caaacagaaaaagagatgtgaaccag tggcagttgtcatacatggtgaacctggagctggaaaatctatgaccacaaatttcctag caagaatgataactaatgatagtgat------atctattcactcccaccagatccaaaat attttgatggttatgatcagcaaagtgtagttataatggatgacatcatgcagaatccaa gtggtgaggatatgactcttttctgccaaatggtatctagtgtcacgtttatccccccta tggctgatcttccagacaaaggtaaaccttttgactctagatttgttttgtgtagtacaa accacagtatgttggcaccaccaaccatcacatccttaccagcaatgaatagaagattct atctagatttagacattgtagttagtgaaaaatataaagatcagcaagggaagcttaatg ttgctgctgcattccaaccttgtgatgtcaatgttaaaattggcaatgcacgc---tgtt gcccatttatatgtgggaaggcagtaatgtttaaggacaggaacacttgccaatcctaca cattagcacaagtatacaaccacatacttaatgaagataagaggcgtagacaagttgtag atgttatgtctgcaatcttccaagggccaatctctt---------------------tgg aaggaccgcctccagctgcaataagtgacctattgcaatcagttagaactccagaagtta tcaagtattgtgaatataataaatggatagtccctgctgagtgtagaa---tagaaagag atttaaatatagccaacaccataattacaattatagcaaatgtaattagtatttctggaa ttatctatgtgatatataaactgttctgcacattacaaggaccttattccggtgaac--- ctaaacaaaagacaaagattccagaa---agaagagttgttgcacaaggtcctgaggagg agtttgggagatcactgattaaacataactcatgtgtagtcaccacacaaaatggaaaat tcacaggtttaggaatctatgatagaactatcataataccaacacatgcagatccaggta aggaagttcagattgatggcatttctacaaaagttgaagattcttatgatttatataata aggatggtgttaagctagaaatcactgttctcaaacttcaaagaaatgaaaaatttagag acattaggaagtacatacctgaaaaagaagatgattatcctgagtgtaacctggccttgt ctgctaatcaacccgaaactaccataattagtgttggggatgttgtgtcatatggaaaca ttctacttagtggtaatcaaacagctaggatgcttaaatataattacccaacaaaatcag gatactgtggtggtatactatacaaaattggccaagttcttggtattcatgttggtggta atgggagagatggatttgcagcaatgctgctaagatcctatttttctgaaacacaggggc aaattactatctccaaaccaacagttgagcttggtttacctagtatccacacaccaagca agacaaaattacaacctagtgtgtttcatgatgttttccctggaagtaaagaaccagctg tcctttctgacaatgaccccagattggaggtagatttcaaacaagcattgttctccaagt ataaaggtaacaatgaatgcacaatgaatgagcacatcaaagttgctgtttctcactatt cagcacagttgcacacattagatattgatcctaagtctataactgtagaagatagtgtct ttggtatagagggtctagaagcccttgatcttaacacaagtgcagggtatccctatgtaa ccatgggtattaagaagaaagatttaatagacaaccgtaataaagatttaaccaaactca aaatagcaatggacaaatatggagttgatctacccatggttactttccttaaggatgaac ttagaaagaaggagaaaatctctgctgggaaaacccgtgtcattgaagctagcagtgtta atgatactgtattgttcaggtcagtctatggtaaccttttctcaaaatttcatctaaacc ctggcatcatcacaggttctgcagtgggatgtgacccggaaaccttttggtcgaaaatac ccgtaatgctagatggtgagtgtataatggcttttgattacacaaactatgatggtagta tacacccaatttggtttgatgcacttaagttagttttatctaacctttcatttagaact- --gatttgatagacagattatgtaagtcaaaacatatattcaaaggcacatattatgagg tagagggtggggtcccatcagggtgctctggtacaagtatatttaatacaatgattaata atgtgattattagaacattagtgctagatgcttacaaaaacattgatttggataaactca agatcattgcttatggggatgatgtcattttctcttacaaataccagcttgatatggaag caattgcctcggagggtgtcaagtacggattaacaataacccctgcagacaaatccagtg tttttaagaggcttgattatagtaatataactttcctgaagagaggttttagacaagatg agaaacataatttccttattcatccaacttttccaattgatgaaattcatgaatcgatca gatggacaaagaaaccatctcagatgcaggagcatgtcttgtcactgtgtcatttaatgt ggcataatggtagagatgtgtata-ctcaatttgaaaggaggatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtatatacctccttatgacttgcttttgcatgagtggtatgaaaaattt tagtt------------taa---atatag---aa-------------------atattaa --aca-tttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >KP890664.1 Rhinovirus C isolate 8097-MY-11, complete genome -------ttaaaacagccgtgtggttgtt-cccacc---accggacacactgtgtgtt-g tgcactggaatctcggttcctttgcatgcctgtttt----------------------at ------------aac-ccc-------------ttcccctttactttctatcattcttttc ttcc--aagtaac----ttagaagc-tgaacaac---------agtccaatagg-aagtg accaacccatggtc-a----c-taaggacaagca-cttct-gttt-ccccggatgc---g tgaatagactctaaa-agggt-tgaagctgtagcattcgttatccgcacttgtactacgc gatggctagtatca-tcctgc-tctttccattggcgtttcgctcagcgtgg-----tatc cc-ccacgtagatcagggtaatgaggctacatgtaccccaccggcgacggtgatgtagcc tgcgtagtgccccgc----------ctg-ggtc-ttgtgcccaggacgccata-ggtcag acagggtgtgaagacttgagtgtgctacaagt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcctaaccccgcggctatcgtacgcaatccagcgtattggtagtcgtaatgagcaatt gtgggatggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct--------ttatt-tcttga- ---catgttgcttatggtcacaagtttat-ggt--------------ta----t-aaatt tgtgatcatgggcgcccaagtgagcagacagagtgttggatcacatgagaacactattag tacagggaatggatcaattgtcaagtatttcaacatcaattactataaggatgcagcaag ctctggattaacaaagcaggacttctcccaagatccctcaaaatttactcaaccattagc agaagcactcacaaa------cccagccttgatgtcacctagtgtggaagcttgtggatt ctctgataggctaaagcaaatcactattggcgactccacaattaccactcaggatacatt aaatagtgttgtggcatatgcacaatggcccgaatacttatcagatgtggatgcatcatc aattgataaaccaacccaccctgaaacatcatctgatagattctacacgcttaagagcgt cgaatggggttcagagtcactaggatggtggtggaaattacctgactgccttaaggatat gggactgtttgggcaaaacatgtactaccatgctatgggcagggccggctttattgtgca cgtgcaatgcaatgcaaccaaattccatagtggctgtcttatggtagcggtagtaccaga gcaccagatagcttatataggtgctggaaacaccaatgtaaaatacaaacacacacaccc aggtgaaatgggccatactattcaaagttcagta--------------aaccgcagtg-- -acaacaacccagatgaggatcccttttatatgtgtaatggcacactctttggcaacata cagatattcccacatcagatgataaacttgaggacaaataattcagcaacaatcattatc ccatatgttaactgccttcccatggacagtatgctgaggcataataatttgacactttta atcatccctttggtaaaactacgcaatggaggtatggggagtacaa---ccctgccaata acagttacaatagcaccatgcaaatcagagttttctggcccaatgcagt----------- --caca------------------------------aaag--------caaggcattccc acacgggcaccaagtggttcacagcagtttatgaccactgaagatgagcaatctgcaaat attcttccaggttatacaccaacaaaacaaatacacattccaggtgaaatcaccaacatg cttcacattgcacaggtagaatctttcttacctatcaacaatatcccaagcaac---aag ggcaaaattgatatctacaccatcccgatatcaaagaaag---------gggacaatgat ctcattgtagtcatcccactgcagatggataatacattgtttgccacaaccctccttggt gaggtacttaactactatggtaattgggctggtagtgtcaggataacattcatgtgtgta tgtgatagttttagcacaggaaaattcctcatggcttacacaccacctggtggccagtta ccaaagaaccgtaaggaggcaatgcttgggacccacctgatatgggatttgggtttacaa tcctcttgtactatggtggcaccctggatatcaagcactttctttcgaaggactagagct gataactattcctcaggtggcattatatcactgtggttccaaacagactttgttagtggt aacactgctaacgt---gggcaccattgtggccacatgttcaggttgccccgatatctct gtacgcatgttgcgtgacactccaatgactaagcaacctgagaacataacacagaat--- ------cctgtcgaggagtacattgatgagaccctcaaggaggtgcttgttgtgccaaat accaaaccaacaggtcccacccacacaaccaaaccatcagcacttggagcaatggagatt ggagcaaccccagatgttatcccagaggatgtgattgaaactaggtatgttatcaacaac catgttaatagtgaagccttgattgaaaattttctaggacggtcagcactctgggcagag ctcgagct---gccct-c------------------------------------------ ------------------------agggtttaagaaatgggatatcaacttccaggagca agcacaaattagacgaaagttagaattcttcacatatgttaggtttgatatggaagttac agtagttacaaacaatacaggac------------------------------ttatgca gatcatgtatgtacctccaggtatacaaccaccaacatcactcagagacaaaaagtggga tggtgcatcaaatccaagtgtattctaccagccaaaaagtggttttccccggttcacaat accattcaccggattaggatctgcctactacatgttttatgatggctatgatgaggcaaa ggat---ggatctactgcatatggaatatcttccaccaatgacatgggtacactatgttt cagagcacttgaggacacagaccataatga------------tgttaaaatattcataaa acccaagcataccagagcatggtgtccaagaccccctagggcagttgactatacacacaa atactcaaccaactaccacactaaggcagatgaatctggt------------aacctaa- --aagaggagcactatttccgtttcagacg---------g---gatatcaag-------- -----------ggtattgaaa---------ccatgggccccagtgacatgtatgtgcata cacagaatgccaagtataccaatgcacacctcacaacccccagag------atgacacca tactactcgctatcacagc------tgacttacaagttgatccagtggatgaaccaggaa atgactatataccagaatgtgattgcacagatggatgctactattgtaggagtcaggata ggtacttcccaatacaaaccaggaaatatgactggtatgagatccaagaaacctgctact atccaagacacatccaatataacctgctaattggtgaaggaccttcccaaccaggtgact gtggaggaaaactgctgtgcaagcatggagttattggtattttgacagcaggtggggatg ggaatgtcgcattcacagatctaagaccataca---gagatttgaatcatcatcagggaa tagtatcagattacctcacgcagcttggtaatgcatttggtgagggtttcacacaaaata tcaaagatagctttactagtattagcaactccataacagacaagttaacctctaagattg ttaaatggttgattagaattattagtgcttttacaataatggtcagaaacagtgctgatg gaccaacagtattagcaacactggctctacttggttgcaattcctcaccgtggtctttcc ttaaagccagggtgtgtgcgtggttgggcgtgcctaaacccccctcacgccaaggggata gttggttaaagaaattcactgaatgctgcaatgcagccaagggactggaatggattggga ttaagattagcaagttcattgattggcttaaagacaaattgataccaactgttcagtcaa agaaagctacattatcggagtgtaagaagatcccactttatcaagagcaaattaaag--- ---gttatcccatggccacacaagaagcccagaatgagctctgcatagcaatagataaac tgaagagagggctagatgaattagcaccactttatgcaaaggagaataaacaggtcagtg atatgcaaaagcatcttaaacaactcacagcatatcagagaacccaccgtacagagcctg tgtgtgtcctaatacacggtggcccaggaagtggtaaatctcttgctactaccataatat ctaggggtttagcagcagaaggagat------atttactccctacccccaaacccaaagc actttgatggatacaaccagcaaaaggtggtcattatggatgacgtaggtcaaaatccag atggggaggacttgagtatcttttgccagatggtgtcaaccacagatttccatgtgccca tggctgctattgaggagaaagggaggtgctttacaagtgattacatcctggctagcacaa acctatcacgtctcacaccaccaaccgtacaaatacctgaagctctagaccgcaggtttt tcctagatatggacctcaaaataatgccaaattatgtgagtaat---ggcttgctcaaca ctgctaaggcactacaaaggtgtgacgggtgctctactcctccacactacaagcagtgct gtcccatgttgtgtggcaaagcagttgttttacagaataggagaacacaagcaaactact caatcaatatggttgttgaacagctcagacaggagcaatttgacaggaagtgtgttaagg aaaacctacatgcaatcttccaagggttgg---------------------------gta gtgatgagacacctggctttataatagatctgctagcatcatctaaggaccccagagtta tccagtattgtgaagatgaaggcctacttaagaaagcaacctgtcata---ttgagaagg agatcaagtatttgcaatacatactaaattgcttaggcagtcttattttaattttaggga cagtttatgcactctacaaactaatgtgtatagcacaaggaccatacacaggattta--- cacagccatcacccaaaaagccagagctcaggagagcagtcaaacagggaccagaacatg agtttatgtatgctctcatcaaaagaaactgtcacatagcaactactgacaagggtgaat ttaacctcctgggcattcacgacaattgtgctgtgctaccaacccatgctgactgtggtg agaccattaacatagatggtagagaagtgagagtgcttaaaagacaaataataacagatc tgaatgacacagatacagaaataactattgtgtggttggaacagaacgagaagttcaggg acatcagaagattcatccccgaatacatccaggaatgggatcacatgaaactggctacta acgtgaccaaattcccaatgttctttgctgatgtgggtttaaccataccctatggtgaga tcaacttgagtgggaatccaacatgtcggcttatgaaatatgactaccccacaaaaccag ggcagtgtggtgccgtcattggttcaacaggtcacattgttggtattcatgttggtggga atgggcgcgtgggttactgtgcggccctacttcgaaagtacttctgtgaagcccagggtg caatcttaacaacccaacatgtcagtgaagtgggtatcaaccctattaacacaccaaata catctaaattgagacctagtgcattctatgatgtttttcccggaaagaaagaaccggcag ctctgcacccaaaggactctagactggaagtggaccttgacaaggctgtgttcagcaaat acaaagggaatgtagaaatacaattcaaccagtacatggaggtagcagttgaccactacg ctgcacaactatccgttctggagatcaatacagaagccttaactctagagcaagcagttt gtggtatcaaaaatcttgagccactagatctcacaactagtgctggtttcccatatgtga ccatggggatcaagaaaagagacctagtaaacaaaactacacgggatgtgtccaaattac agaaaatgatggataaatttggtattgacttgccatatgtgacataccttaaagatgagc taagggcaccagagaaaatcaaggctggaaaaactagaattatagaagctagtagtgtga atgatacatctcatttccgcatggtctttggcaaccttttctcagtcttccatgccaatc ctggtatcttaactggatctgctgtcggctgtgaccccgacatattttggtcacagattt actccaccttggatggacact---tgcttgccttcgactacaccaactatgacggcagct tacaccctgtttggtttcaagctcttgggagagttctagacaaattgggtttcccaggg- --gatatgatgcaaaaattgagcaaaactactcacatatataaggataaaatctacacaa cagagggaggtatgccttctggtatatgtggcacatcaatattcaatacaatgattaaca acataatcatcagaacaattgtcctagaaacatataaaaacatagatctggataagctga gaatcatcgcatatggtgatgatataatagcctcgtatccagataagctagacccaaaag agttagctacaacaggaaccaaatatggcttgaccataacaccagcaaataaaactgaaa actttgaggacttgacttgggacaccatcactttcttaaaaagaggttttaaaccagata cagaatttcctttccttatacaccctgtatatgccatgagtgatgtgtatgaatcaatca gatggactaaggatccgcgtaacacacaagatcatgtgcgctctttgtgctccttagcat ggcataatgggaagaaagtttatg-aagatttcctagaccaaatcaaaacagtacatctg ggtagaatactacacctaccaccctactcatacctaaggtctaggtggttagataatttc -----------------------atttaattgatt----------aaagatatatagca- ------tactatttgtg---gtagaat-------agatatgatat--------------- ------------------------------------ >MN369038.1 Human rhinovirus C11 strain SC9849, complete genome ------------------------ttgat-cccacc---agcgggcacaatgtgcgtt-g tacactgcgatctcggtcgctttgtatgcctgtttttaccacccaccccaactttactgt ------------ctt-ctt-------------tatttcac-------------------- ------aagtaac----atagaagc-atgtacat---------gatgcccagta-ggata a-cgtcccagacgg-ctgttt-taagggcaagca-cttct-gttt-ccccggatgt---g tgaataggcttcacccgaggc-tgaaactgtagcattcgttatccgcatggctactacgc gactgctagtagca-ttctgt-at-ggcatgtggggtttcgctcagcag-------agac ccagtctgtagatcagggtaatgaggctacacaatccccactggtgacagtggtgtagcc tgcgtggtgccctgcccga----------ggt--tcatcctcgggaccctcca-tgttag acagggtgtgaagacactagtgtgctagtcat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcttaaacctgcagccatcgcatgcatgccagcgtgtaggtggtcgtaatgagtaatt gcgggatggaaccgactactttgggtgtccgtgtttccc----t---tttta-catttg- ---tgtgtctcttatggttaca-------------------------------tcattgg tgtaatcatgggtgcacaggtcagcaaacagaatgttggatcacatgaaaactctgtgtc tgctagtaatggttctgtaattaaatattttaatatcaattactataaagactctgccag ctctgggttgactaaacaagacttttcacaagatccatctaaatttactcagccacttgt tgacacactcacaaa------tcctgccttgatgtccccaagtgttgaagcttgtgggtt ttccgataggcttaaacaaatcactatcggaaactccactatcacaacacaagactcact caacaccatcctggcatatggggaatggccttcatacctctctgacttagatgccacctc agtagataaaccctcacacccggaaacctcctcagaccggttctatacactggaaagtgt caactgggagtctggatctaaaggttggtggtggaaattcccagatgctttaaaagatat gggaatgtttgggcaaaacatgtatcaccattcaatgggtaggtttggagctctcataca tgtccaatgtaatgccaccaaatttcacagtggttgtctcctgattatggttgtcccgga gcaccagttagcatatataggagcagagggtgtcaaggttaggtatgaacacacacaccc aggagaaaggggccatactttgagagatagccga--------------gatagatcaa-- -ctaacaacccagatgacaacccattttacatgtgtaatggtacattgctaggtaatggt atgatataccctcaccagatgattaacctccgcaccaataattcagctactattgtaatt ccatacatcaactgtatacccatggacaatatgttacgccacaacaacttcagcctggtg attgtaccaatagtacccttgagacctggaaactcaggagctccta---tcctacctatc actgtgaccatagcgccatataaatcagagttttctggagctatgaaat----------- --cccaacccaatattcctaacatcacagagtctacacat--------cagggtatccct actagggctcctgctggttcacagcaatttatgacaacagaagatgagcaatccccaaat atactacctgaatacagcccaactaaggaaatacacattccaggaaaaatagataacatg ttgcatatagctatggttgactcactcatccccataaacaatcagcagtcacat---gca ggccaggtcgccatgtataatgtgcaagtctttaagagat---------cagacacagac ctaattttagcactaccattacaaatggacaatacactttttgcaaccaccctgcttggt gaggtgttgaactactttggaaattggtcaggtagtattaaagtgacattcatgtgtgtg tgtgactcttttagctcaggtaaatttcttgtagcatacacacctcctggtggtggtgta ccgaccaacaggaaagaggcaatgcttggcactcacctcatttgggatctaggtctacag tcctcatgtacactagttgctccttggatgtctagcaccttctaccgcagaacaaaaggt gatgcctacacttctggaggttacattactctatggtatcaaacagatttcatccctagc tcgtcaggtggagt---aggtactattttagccacatgttcagcgtgtccagacctttct gtgcgcatgatgcgtgatacaccaatgattaagcaaccagcaaataacatccagaat--- ------ccagtggaagagtttattgataccactcttaaggaagtgttggtggtgccaaac aacccagcttctggcccaacacacaccacacatccatccacgcttggagccatggagata ggggccactgcagatatcacacctgctgacaccatcgaaactaggtatgttatcaataat cacactaataatgaggctattattgagaacttcctaggtaggtcatcactgtgggctgaa ttgagccttgggaaca-a------------------------------------------ ------------------------aaagttttgtaagtgggatatcagcttccaagaaca agcacatattaggaagaaaatggaatggttcacctatgtgagatttgatatggaagtgac tgtggtgacaaataatcatagtc------------------------------taatgca aatcatgtttatacctccagggattgacccaccctcgactcatgatgataagaaatggaa tggagcctctaaccccagtgtattttatcagcctaaaagtggatttccccgattcaccat acccttcactggcttgggagctgcatactacatcttttatgatggatatgatgagaacaa ggct---gggaatgtgaactatggcatatctgccactaatgacatgggcacactgtgctt cagatcacttgaagaagcgcaaggcacaga------------tataaaggtgtacataaa acccaaacacataacagcatggtgtcctcgcgcacccagagcagttgactacacacataa gcactccccaaattaccatacaaaggttaatgacac------------acaagtcctga- --aagaggaacattacatcgagtttagagattcccctaga---actattgta-------- -----------a------------------ctgctggacctagtgacctttacgtgcaca ctgcagatgccatctatcgcaacgcccacttgactacggcaagtg------atgacacca tcttacttgccataacagc------agacttgcaagttgatgcagcacatgaacccggac ctgattacatccccgattgtgactgcacagagggttgttactatagtaaaagcctagata ggtatataccagtgcagtgtgtagctcatgattggtacccaatagaagaatcatcttatt accctaaacatatccagtataacattttactcggtgagggacattgccagcctggtgact gtggaggtaaacttttgtgcaagcatggtgtcataggtatcatcacggctggtggtgagg atcatgtggcatttactgatctcaggccatacc---gctctctgtctacacaccagggtc ctattggtaactacatcaatcaattgggcacggcatttggggatggctttacaacagcca tcaaatcccaactggacatgctgggtaacactgtgtgtgaccaattgactggtaaagtca tcaaatggctggtcagggttattagtgctattaccattatggttagaaatagttcagata tccccactgtgttagctaccttagccttgttagggtgccacacatctccatggtcatttt tgaaggacaaagtttgcaagtggttaggcataccagcaccagcgagaaagcaaggagata actggttaaagaaatttacagaatggtgtaatgctgcaaagggtcttgagtgggtaggag tgaaaatcagcaaattcattgattggatcaagagtaaagtgataccacaagtcaagtcaa agaaagaactgctggagcactgtaaaaggataccactataccaggaacaagtaaagg--- ---gttttccttatgctagtgaggagtcacagaatgagctcatgatcaacattgagaagt tgaaaaaaggactagatgggttagcaccactgtatgcagcagaaaataaaattgtgacta acttacataaagagctcaagcaattgcagtgctacaaaaggactaaaagaacagagcctg tttgtttaatgatacatggacctccagggtgtggtaaatctcttgtcaccacggtcatag ccaggggtttagctactgaaggagac------atatattctttgccacctaatcccaaac attttgacgggtataaccaacagaaagtggtgatcatggatgacgttggacaaaacccgg atggtgaagacttaagcaccttttgccaaatggtttcaactgcagactttcacgtgccta tggcagcattagaggataaaggaagatcatttaccagtgattttgtcttggcatctacca acttggcttcccttgtgccacaaacagtacaaactcctgaggccctcttgcggcgcttct atcttgacactgaacttaaagccctgagtaattatgtggaacat---ggtttgttaaaca cagcaaaagcattgcaaccatgcactggatgccctaaacctaagtattacagtaagtgtt gtcccctcctatgtggcaaagctgttgtattatacaacaagagaacacaagccagttata gtataaatatggttgttgaacaactaagagaggagtgtgcaaacaggaaaagcgtaggaa aaaacctcagtgcaattttccaaggcttgg---------------------------gtg atgatgagactccaggtttcattatagatctactaagagcttccaaagacccaaaagtca tacagtactgtgaagaccaaggtttaattgttcaaaccacctcaacca---tagaaaggc acatagatagagtgcaacatgtgctcaactgtttaggtagtcttacccttatcttaggta cgctatatgcattgtacaaactgatgtgcatgacacaaggtgcctactctggtatgc--- caaccccagtcatcaaacgaccagagctgaggcgtgccactgtacaaggacctgaacatg aattcatgtatgcactgataaaaagaaattgccacatagttgaaacagacaaaggtgaat ttaacatgctaggcatctatgacaattgtgcagtactaccaacacacgccaattgtgggg attccctactcttaaatggtatcaagactcctatcctaaaacaacagattatcacggacc tgaatgacacagacacagaaattaccataatttggttagacagaaatgaaaaattccgtg acatcaggcggttcctcccagaatcaatacaagaatgggaccacatgaggttagctacta atgtaagtaagtttcccatgttctttgctgatgttgggtctgttaccccctatggtgaaa ttaacttgagtgggaaccctacttgtaggttactcaagtatgactaccctacacgccctg gtcaatgtgggggtgtcattggtaacacaggtcatatcataggtatacatgtaggaggta atggcagagtgggatattgtgcagctttacttaggaaatattttgcagaatgtcagggtg aaatagtttcaataagggatgttagggaagaaggaattaaaccagttaataccccaacac atactaagcttagacccagtgtgttctatgatgttttcccagggtgcaaagaaccagcag cattatcaaataatgatccacgtttggaaaccaacttggatgatgctgtattagctaagt acaaaggtaacccaaaagtagagtttaatgagttcatccaagtggcggtggatcattacg cagcacaactctatcccctagacataaatcccagcccaatcagcatcgaacaagcagttt atggataccctaatcttgaaccattagacttaacaactagtgcaggctatccatacacca ccttgggggttaagaagagggatatattcaacaaacagtcaagagatgtagtcaaaatgc aggagcttctggacaaatatggtgtggacctgccatatgtaacatatcttaaagatgagc tgagggcacctgagaaaattagatctggcaaaactagaataatagaagcagcaagtgtta atgatactgtgaacttcagaatgatatatgggaatctattttccatgttccatgcaaacc ctggtatccagaccggctcagctgtggggtgtaacccggatacattctggtcacaacttt attcaacaatgggtggacatt---tattggcttttgattacacaaactatgatggtagta tacacccaatttggtttgatgcccttggaaaagtgttagatcaattaggattcccaggt- --cacttgatgaaaaggttgaacagcaccagacacatttacaagaatgccttctatatca ctgagggagggatgccatcaggtatctgtggtacttcaatttttaacactatgataaaca acattattattaggactttagtcattcaaacctataaacacattgacttggataagctga gaatagtggcctatggtgatgatgtcatcgcctcatatcctgagctactagacccacaag aaatagcaaacactgctaaagtatatggtttgacaatcacaccagctgataaatctgcta ccttcaaacctatcacatgggagaatgttacctttcttaaaagaggctttaggccagaca agagatacccttttctggtacacccaatttattccatgtcagatatctttgaatctatta ggtggacaaaggaccctaaaaacacccaggaccatgtgagatcgctatgtcttatggcat ggcacaatggagaggctgagtata-acaacttcttgtccaaaatcaggtctgtctccgtg ggtagaactttggagttacctccttattcatacctataccaacagtgggtggataatttt -----------------------gtttaa---aca---------attacagatacagta- ------tattatttgta---gtagaat-------taatata------------------- ------------------------------------ >FJ445123.1 Human rhinovirus 25 strain ATCC VR-1135, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatctcctacatggagtt---g tactctattattccggtaatcttgtacgccagtttt----------------------at -a----------ccc-cct-------------a-accc--c------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-aagcac------at-agaccaatagg-cggtg gccac-ccaggtcg-c----t-aacggtcaagca-cttct-gttt-tcccggttaa--ga ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacagtctgaatcgttaaccgcaaagtgactacgc aaagyttagtaatg-ccttga-ag-aatttatgactggtcgttccgcta------t--aa cc-cctagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tttcg-ggt----------gtgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgtatgtaatccaacatatggctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-cttt-t- ----attttgcttatggtgacaa-tatat-a-t------------atta----tatatat tggcatcatgggcgcacaagtatctagacagaatgttggaacccactccactcagaactc agtttcaaatgggtcaagtttgaattattttaacataaattattttaaggatgctgcatc cagtggagcctcaaaacttgaattttcacaagaccccagcaaatttaccgatccagtcaa agatgtcttggagaaaggaattccaacactacaatccccaactgtagaggcatgtggtta ttcagatagaataatgcagattacaagaggtgattctacaataacatcacaagatgtagc caatgcagttataggttatggaatctggccacattacctgagtgccgaagatgctactgc tattgacaaacccacacaaccagacacttcatctaataggttttatactttagagagtaa aacatggcatgctgattctaagggatggtggtggaagttaccagatgcacttaaagatat gggtatatttggagagaatatgtactaccactatcttggtagaagtggatatacagtgca cgttcagtgtaatgctagtaagttccaccaagggacattactggttgtaatgataccaga acaccaattggcaaatgcagattctactaaggtgggagctgggtataattatacacatcc tggtgaacgaggaagacaggttggtgacgcacgtgat-----------cctatcaccg-- -cagtgcacccaagtgatgataattggcttaattttgatggtactatgcttggtaatgtt cttatatttccacaccaatttattaatcttaggagcaacaactctgcaacaataatagtt ccttatgtaaatgctgttccaatggattcaatgctcagacacaacaattggagtttagtg ataataccagttagtaagctgcaagctgataatac---tagtgttg---tagttccaatc actatatcaataagtccaatgtttgctgagttctctggagcgcgagcaaggcctacaa-- -gagct------------------------------gctt------cacaaggcttacca acatttataacaccaggttcaggacaatttatgacaactgatgatttccaatcaccttca gccttaccatggtatcatccaactaaggaaatcttaattccaggagaagtcaaaaatcta atagagatgtgccaagttgacacacttatccccattaacaacacaaataacaat---tta agaaaggtaaacttatataccgtggagctaaccaatcaaccaatgc------cagctcaa aagattttttctattaaagtggatattgcctcacaacctttagtaaacactatgcttggc caaattgccagctatttcacacactggactggtagcttgcgctttagttttatgttttgt ggcacggcaaacacaacccttaaactgcttttagcatacacaccaccgggcattggagag ccacaagatagaaaacaagctatgcttggtacacacatagtctgggatgtcgggttacaa tcaacagtatctttagtagttccatgggttagttctagtcactttagatacacctctaga gatgaacattcagcagctggatatataacatgttggtaccaaacaagtcttgtttttccc cctaatacccccagcacagctgatatgttatgctttgtgtcagcttgtaaagacttttgt ttgcgcatggctagggacacagacatgcatgttcagagtgaagctattgaacaaaat--- ------ccaattgaaaattatgtagatcaagtacttaatgaggttctagtcgtaccaaat attaaagaaagtcacccaagcacatcaaattctgccccaattctagatgctgctgaaact ggacatactagcaatgtgcaaccagaggataccattgaaactcgttatgttcaaaccaca caaactagagatgaaatgagtattgaaagttttcttggtaggtcagggtgtgtacatact tcaacaattgaaacaa-aacttaaa----------------------------------- -------catga---------tgaaagatttaaaacatggaatatcaatttacaagaaat ggctcaaattaggagaaagtttgagatgtttacatatgtgagatttgattcagagataac cctagttccatctattgcaggacgtggtgcag------atataggtcacatagttatgca atatatgtatgtgccacctggagccccattgccaacagacagaaaacactttgcatggca atcaagtactaatgcatcaatattttggcaacatggacaacccttccctagattttcatt gccatttctgagtgttgcatctgcttattacatgttttatgatggctataatggtgatga tcac------acagcgagatatggtaccactgtggttaaccgtatgggagcactgtgcat gagaattgtcacaaataaacaagtccatgatgttgaggttacaactaacatttaccataa agctaagcatgtaaaagcatggtgccctagaccacctagagctgtcccatataaatatgt tgacttcaataattat------gcagccagtgataa---------------------tg- -----ttgacatctttatacaaccaagaaa---------c---agtttaaaa-------- -----------aca------------------gctggaccaagtgacatgtatgtccatg ttggcaatttgatatacagaaatctccatcttttcaattcagaaa---tgcatgattcaa tcctagtgtcacattcctc------agatctagtcatttaccgaacaaacacaacaggta atgactatattcctacttgtgattgcactgatgctacgtattactgtaaacataaggata gatattatcccattaaagtcactagtcatgattggtatgaaatacaagagagtgagtatt accctaaacatatccagtataatcttttgattggtgaggggccatgtgaaccaggtgatt gcggtggaaaactactatgcaaacatggagtaattgggatagtaactgcaggtggagagg gacatgtggcttttattgatcttagacagt------ttcactgtgcagatgaacaagg-- -agtgactgattatatccatatgttaggtgaagcttttggtgcaggttttgttgacagtg ttaaagagcaaataaatgctattaatc------caattaataacattagcaagaaaataa ttaaatggcttcttagaataatttctgcaatggttataattattagaaattcttctgatc cacaaacaattatagccacattaactctgattggatgttcaggttccccttggagatttc tcaaggaaaaattttgtaaatggacccaattaaattacatacataaagaatct---gatt catggcttaagaaatttactgagatgtgcaatgcagccaggggattggaatggattggaa ataaaatatcaaaatttattgaatggatgaaatcta---tgcttcctcaagctcaactta aggttaagtatttgagtgagcttaaaaaattaaactttcttgagaagcagatggaac--- ---accttagagttgctgactctcaaactcaggaaaaaattaagcatgagattgacactt tacatgatctttcttgtaaatttctcccactttatgctagtgaagcaaagagaattaaga tattgcataataagtgtagtacaataat------caaacagagaaaaagatgtgaaccag ttgcagttgtcatacatggggaacctggcactggcaaatccatgaccacaaatttccttg ctagaatgataacaaatgatagtgac------atatactctttgccacctgatcccaagt attttgatggatatgatcagcaaagtgtggttattatggatgatatcatgcagaatccaa gtggtgaggatatgaccttattttgtcaaatggtgtctagtgttacattcatacccccaa tggctgacttacctgataaaggtaagccttttgattcaagatttgtgttatgtagtacca atcataatatgttagcaccacctacaattacctcattacctgctatgaatagaagattct tttttgacctagatattgtagtgtgtgacaagtacaaagacccacaagggaaactcaatg tgtcagctgcctttcgaccatgtgatattgacacaaaaattgggaatgcccgt---tgct gtcccttcatttgtggtaaagctgtcgttttcagagatcgcaatacttgccaaacttata ccttggcacaggtgtataaccaaatacttgttgaagacaaaaggcgcaggcaagttattg atgtgatggcagcaattttccaaggccctattacta---------------------ttg aaggaccaccacctgcagcaataaatgatttgttaaaatcagttagaactccagaagtaa ttagatattgtgaagagaataaatggatagtgccagctgagtgtaaaa---ttgaaagag accttaatatagcaaatacaattattacaatcatagccaatattattagtatatctggga taatttatgtaatttacaaacttttctgtacattgcaaggaccatactcaggtgagc--- ctaaaccaaaaactaaaataccagag---aggagagttgtggctcagggtccagaagaag aatttggcagatcacttattaaacacaattcatgtgtggtatcaacacagaatggtaaat ttacaggtttagggatttatgatagaacattaatcttaccaacacatgcagatcctggta atgagatacagattgatggaattgcaactaaagtagaagattcctatgacttatataata aagatggagtaaagttagaaattacagtcttgaaacttaagagaaatgagaagttcaaag atattaggaaatatataccagaaaatgaagatgactacccagattgtaatttggccttat ctgctaatcaaccagaaacgactataattaatgtaggagatgtagtatcttatggtaata tcttacttagtggaaaccaaacagctagaatgcttaaatacaattacccaacaaaatcag gttattgtggtggtattctgtataaaattggtcaagtccttggaatccatgttggaggaa acgggagggatggattcgctgccatgctgttacgatcttacttttctgaaacacagggtc aaataatcacctccaaatctacaagtgagtgtggtttgcctagtattcacacaccaaata aaacaaaattgcaacctagtgttttttatgatgtgtttcctggtagtaaagaaccagctg tcctcacaagtaatgatcctagattagaggtagactttaaagaggctttgttttctaaat ataaaggaaataatcagtgcactatgaatgatcatattaaagtagccatttctcactatt cagcacaactgatgacactagatattgatcccaaacctatatccttagaagagagtgttt ttggtatagaaggcctggaggcattagatcttaacactagtgcaggatttccttatgtat ctatgggtattaagaaaagagatttaattaataaacaaaccaaagacctgacaaaactaa aggtagcattggacaagtatggtgttgatttacccatggtaactttccttaaggatgagc ttagaaagaaggagaagatccgtgctggaaagacccgtgtaattgaagctagcagtgtaa atgatactatattgtttagaacaacttttggcaaccttttctcaaaatttcacttaaacc caggtattatcactggttctgctgtgggatgtgacccagaaacattttggtcaaaaatac cagtcatgttggatggagagtgtataatggcctttgactacacaaattatgatggaagta tacatcctatttggtttcaagccttgaaagaagtgttaatcaacttatcatttgagcca- --accttaatagacaggttgtgtagatccaaacatatcttcaaaaacacatattatgagg ttgagggtggggttccatcaggttgttctggtactagcatatttaataccatgattaata atataattataagaaccttagtgctagatgcttacaggaacattgatctggacaagttaa agattttggcttatggggatgatgtaattttttcctacaaatatcaacttgacatggaag caattgccaaagaaggtatcaaatatgggctaacaataacacctgctgataaatctaatg atttcaagcaacttaattacaataatgtaacatttctgaaaagaggatttagacaggatg agaaacatcaattcctgatacacccaacatttccaattgaagaaattcaagagtccatac gatggacaaagaaaccatctcaaatgcaggaacacgtgctatcattgtgtcacttaatgt ggcataatggcagagatgtgtaca-agaaatttgaggagcgtatacgtagtgttggcgct ggtcgtgcactatatattcctccttatgatttattgctgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------atattaa --aca-tttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >KY369887.1 Human rhinovirus A68 strain SC305, complete genome --------------------------------------------ccatgtggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------ctc-ccc-------------tccccctttt------------------ ------acataac----ttagaag--t-ttgtaca----cat-cgaccgatagg-tggca tttat-ccaaaatg-t----t-gaaggtcaagca-cttct-gtta-ccccggttaa--aa ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacagttttaatcgttatccgcaaagcaactacgc aaagcctagtatca-tttttg-at-aatatacggttggtcgctccactg------tgaac cc-gacagtagacctggcagatgaggctggaaaccccccactggtgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcgtacccctttgtg-ggt----------acgaagccata-tgtttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgtttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgtgtacaatccagtacatagctagtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------acatcaca----tatatat tggcaccatgggcgcccaggtatccagacagaatgttgggacacactccactcaaaatgc tgtatcaaatggctcaagtttaaattactttaatattaattattttaaggatgcagcttc tagtggtgcttctagattagatttttcacaagaccctagcaaatttacagatccagtcaa agatgttctaatgaaagatataccaacattgcaatcaccatctgttgaggcgtgtgggta ttcagacagaatcattcaaataacacgtggaaattcaaccattacctcacaggatatagc taatgctgttgtcgcttatggtgtctggccacagtacttgtctcctgatgatgctagtgc aattgataaaccaactcatccagacgtttcatccaacagattttatacattggatagtaa ggagtggactagtgattctaaaggctggtggtggaaattacctgatgccctaaagaacat gggtatatttggtgagaacttgttttatcatttccttggcagggctggatatacagttca cgtgcagtgtaacgccagcaaattccatcaaggcaccctaatagtggcagcaatacctga acatcagctagcttacataggtaaaggaaatgttacagttggatacaaccacactcatcc aggggaaaagggtaggagaattggtggctttgta--------------gataatgaaa-- -gtagacaacccagtgatgaaaattggttaaattgtgatggtaccctattagggaacata acaatatacccccaccagtacattaatcttagaagcaacaactctgcaacattgatctta ccatatgtgaatgcagtacccatggattctatggttagacacaataactggagtatagtg atcataccagtttcacaacttaggtctgaaccaggagccactacat---tcatacccatc acattatccataagcccaatgtgttcagaattctctggtgccagaaat------------ ---aac------------------------------acta------cacaaggattacct gtgatgctaacaccaggttcagcgcagtttctgactactgatgatgcacaatccccatct gccttgccttattttcaccctacaaagaaaatatttataccaggtgaagttaaaaatttg tcagagatttgccaagtggactccatgataccaattaacaacacaccagctgca---aga aactcaactaacatgtatactgttcaggtgggacagcaagtaaaaa------cagctcag gaagttttctccatactagtggatgtagcatcacaaccattggcaaccactctaataggt gaaattgctagttactacacccactggactggcagcctgagattcagctttatgttttgt ggaactgctaacacaagccttaaactactaattgcatatacaccacctggagtaccaaaa cctgattctagacagaaggcaatgctctcaacacatgtagtttgggatgttggactgcaa tctacagtctccatggttgtaccatgggtttcagcaagccattataggtacacaaccccg gatacctattctcaagctggttatattacatgctggtatcagaccaactttgtagttcca ccaaatacaccaaatactgcagatattatatgttttgtttctggttgcaaagacttctgt ttgagaatggctagagacaccaatttgcatacgcaaacgggtgttatagaacaaaat--- ------ccagttgagaaatatacagaagctattctcaatgaagttcttgtggtaccaaat ataccagcaagtaacacccaaacttcaaatgcagctccagctctagatgctgctgaaact ggacacacaaaccaggtccaaccagaagatgtggttgaaacacgctatgttataacagac caaacaagagatgaaatgagtatagaaagcttccttggtagatcaggttgtattgcagtt atacacactatcttag-accatgatgagaac----------------------------- -caatataatgca---cttgggaagaacttttctcaatggaaaattacaatcaaggaaat ggctcaaatcagaaggaaatgtgagctatttacataccttagatttgactctgagatcac aatagtagcaacaatagctgctcttggacaag------ataatggacatgtggtcttgca gtatatgtatgtaccaccaggggcacccataccaaaaactagagatgactacacatggca atcaggcactaatgcatcagtgttttggcaacaaggacaaccttaccccagattcaccat tccatttatgagtatagcttcagcatattacatgttttatgatgggtatgaagatgacaa a---------ggaagtgtgtatggatcagttgtcacaaacgatatgggtacattatgtgt ccgtattgtaactgaacaacagatgcataaggtcaaaataactagcagaatatttcacaa agcaaaacacatcaacgcgtggtgtccaagggctccaagagcagtaccctaccaacacac tggaagcacaaacttg------gtaccaaaagaagg---------------------tg- --atattaaaactcatattagatatagaaa---------t---actgtcacagatctaac atatcctaaagaac-tggcaa---------atcttggaccatctgatatctatgtacata ctggaaaccttatatacaggaacttgcatttgtgtgaaccagaaaacttgaatgactcaa cattaatatgctactcaag------tgatcttgtcatctaccgaacaaatacaacaggtg atgacataatccctacatgtgattgtacacaggcaacctattactgtagacacaaggata ggtattatcctataaatgttaagaagcaccagtggtatgaaattcaagaatcagaatatt acccaaaacatatccagtacaatattttaatgggtgaaggaccctgtgaaccaggtgact gtggtgggaaacttctttgtaaacatggagtcatagggatagttacagcaggaggtgata atcatgttgcattcatagatttaagagact------tccaagttgctgaagaacaggg-- -tatatcagattatgtacatacacttggtgaagcctttggagctggttttgtggataata tcaaagaacagatccagacaattaacc------caattaacaaaattacaagtaaaatag tcaaatggactataagaatagtttcagctattaccattataattagaaataatgctgatc cacacactattgtagccactctagctttattaggttgctcaggttcaccatggaggttta ttaaagagaaagtttgcaactggttacagttagtatacatacacaaggaatca---gatg gttggatcaaaaagttcacagagatgtgtaatgcagccaggggtcttgaatggttaggca ataaaatatccaaattcattgattggcttaaatcaa---tgctaccccaggcaaaattaa aggtggaatttatcaaaaacttgaaacaattaccactactagaaaagcaggttgatg--- ---gattaagacttgccacacaaaaacaacaacaagagtacatagacaccttgacactaa tgttagattcatcaaacaagttcttacctttgtatgcaactgaaaacaaacgcatcaaag agctacttaaacgaagccaaatgattct------tcgtacatcaaagagaacagaaccag ttggggtgatatttcatggtgagcctggcactggcaagtctataaccacatcaattcttg ctcgcatgcttacagttgaatcagac------atatactccttacctcccaatccaaaat attttgatgggtatgatcagcaaagtgtggtcatcatggatgacataatgcagaacccta gtggtgaagacatgtcattgttctgtcaaatggtatcatcggtaccattcataccgccta tggcagatctaccagataaaggaaaaccattctcctcagattatgtgctagcaagcacaa atcataccctactccacccgccaaccataacatgtacaacagctatgaacagaagatttt tccttgacttagacatagttgtcaaggatgaatacaaacttagtcagggtaagcttaatt tacaatgtgctctcaagccctgcaatgaaggg---aaaattggaaatgccaag---tgtt gccctttaatctgtggtaaagcactacaattcagggacaggaataatggagaatatttat ctctagccacaatatataacaggattacccaagagagcagaaataggaaggacttaacaa actccctgcaagcaatctttcaaggacctatagatgtag------------------tga ataaaccacctccaccagctataatagatctacttagatcagtcaggaacccagatgtta ttaaatattgtgaagagaacaagtggataataccatcagattgcaagc---ttgaacgtg atttaaactatgcaaatctaataatatcaatgctggcaaatgtcatcagcataatgggtg taatatatatcatatacaagctgttctgttcactccaaggcccatattcaggtgaac--- ccaaaccagttacaaagaaaccagaa---agaagagtggtcactcaaggaccacaggaag agtttggaaggagtttaatcaaacacaacacttgtgttgtgacaacaagtaacgggaaat tcactggattaggaatttatgacaacattatgattatcccaacacatgctgatgcaggta aggaagtagagatagatggaatcaaaactcaaattgatgatgcctatgatttgtataatt ctcagggggttaaactagaaatcactgttctcaaactgcataggaatgaaaaatttagag acatcagaaaatatataccagagtctgaagatgattacccagaatgccatttagcattag ttgctaaccaacaagaacctaccatactagaagttggtgattgctgttcatatgggaata tactcttgagtggcaatcaaacagctaggatgattaaatacaactatccaacaaaatcag gattttgtggtggggtcttatacaaaatagggttggtcttgggtatacatgttggaggaa atggtagagatggtttctctgcaatgttattaagatcatattttactgaacaacagggca agatagtatcaaaagttgatgttaaagaatgcaatctatacagtatacacactccatcaa acaccaagttacaacctagtgttttttatgatattttccctggcagtaaggaacctgctg tcctatctggtaaagaccccagattagaggttaatttagatgaatctatattctctaaat ataaaggtaatgaatcagttgaaattacacaaaacatgctgacagcagctgcccactaca cagcccaactttccactctagatatagacccagcaccattaagtttggaagagagtgtgt atggtatagaaggcttagaggcattggatctacatactagtgctggctatccatacacag catgtggtattaaaaagaaagatctcataccaaaaga---cagaaacttaacaagactta agtgtgctattgaaaaatatggtttagatctacccatgataactttcttgaaagatgagc ttagaaaaccagagaaaatcaaaactggaaaaaccagaataatagaagctagcagtttaa atgatacaatacaattcagaatggcttttggcaatctattttctaagtttcatcaaaatc caggcattattacagggtctgcagtggggtgtgatcctgaaatattctggtcaaaagtac cagtaatgctagatggtgagtgcctcatggcttttgattacacaaactatgatgggagtc tcaatccagtttggtttaaattactcaataaagtgctaactgacctgggtttcccaggt- --gatctggtcaataaattgtgtaactccaaacacatatacaagactacttactatgagg ttgagggtggtatgccatcagggtgtgctggaactagtatctttaatactatcattaaca atataataatcagaactctagttttagatacttataaatttataaatttggacaaactta aaatactagcatatggtgatgatgtgatcttttcatacccttatgatcttgatatgaagg agcttgcaagtgaaggcactaagtatggcttgtctatcacaccagctgataagtcagata catttaagaagctagactacagcaatgctacctttcttaaaaggggttttaaacaggatg agaaatacagttttcttgttcaccctgtttatccagaaacagaagtttgggaatccataa gatggactaaaaaccccagaaatatgcaagagcatgtcttatctttgtgtcatcttatgt ggcacaatggaaaagaaaaataca-aacactttgtggacaagatcaggagtgttagcgct ggtcgtgcactctatataccaccatatgaggtcttgctccacgaatggtatgaaaaattt taat-------------cag---atatag---aa-------------------attataa --atg-attagtttat------------------agat---------------------- ------------------------------------ >KY342346.1 Human rhinovirus A22 strain HRV-A22/Lancaster/2015, complete genome ----cacttggg---tgatctgggtggga-acaacccagatcccccaagtggtgta---g tgctctgttattccggtaaccttgcacgccagtttt----------------------at ca-----------cc-cct-------------ttcccc---------------------- ------atgtaac----ttagaag--ttttaaac------ac-agaccaatagg-gagcg acaaa-ccagtcgt-g----a--aaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg ttgatatgctctccc-agggc-aaaaacaacagcgatcgttacccgcaagatgcctacgc aaagcttagtaacg-ccctcg-aa-gatactcggttggtcgttcatgtg------caacc cc-agcattagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tgacg-ggt----------gtgaagcctag-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccattgctcacaatccagtgagtttgtggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----t---tttta-ccttac- ---attttagcttatggtgacaa-tatat-a--------------gtga----tatatat tggcatcatgggcgctcaagtatctagacagaatgttggcacacactcaacccaaaatac tgtatcaaatggttctagtttaaatttcttcaacatcaattactttaaggatgcagcctc cagtggggcatctaaattagaattctcacaagatccaagcaaattcacagatcctgtcaa agatgttttggaaaaaggcatacctactctacaatcaccaactgttgaagcttgtggata ctctgacagaattattcaaattacaagaggagactctaccataacatctcaagatgttgc aaatgcagttgtcggttacggagtttggccccattacctaactccagaagatgccacagc aatagataaacccacccaacctgacacatcttctaacagattttacacactagaaagtaa aatatgggcatctaactcaaagggatggtggtggaaactaccagatgcccttaaagacat gggtatatttggtcaaaatatgtactatcatttcttaggcagaagtggatatacaattca tgtacagtgcaatgcaagcaagtttcaccagggaaccttaatagtagctgccataccaga gcaccaattagctagtgcaagcagaggcaatgtagctgctggatacaattacacacaccc tggtgagattggtagggatgttggaaaggagaaccgg-----------gaacaggcaa-- -acaaccaacccagtgatgacaattggcttaattttgatggaacactcttgggaaatata actatatttcctcatcaattcatcaatttaagaagtaataactctgcaactttaatactc ccatatgttaatgctgtgcccatggattccatgcttagacataataactggagtttagtt ataattccaatatgtcccttagaggctagtggtgctgat---gtga---cagtacctata acaatatccatcagtcccatgtttgctgagttctctggagctcgtgcaaga--------- ---------------------------------------a------gccaagggttgccc gttctactaacacctggatctggtcaatttttaacaacagatgattaccagtctcctagt gcattaccttggttccaccccacaaaagaaatatttataccaggtcaagttcgaaatcta tcagagttatgtcaagttgatacaattgtccctattaaccacacaacatcaacc---acc tctagtgtaaatatgtatacaattcagctaacaaaagagcaa---c------caggaact gaagtctttgctatgagagttgatgtagcatcacaacccttggcgaccacgctaataggg gagatctccagttactatacaaattggactggtagcctacgctttagtcttatgttttgt ggttctgcaggaacaacacttaagatgttggttgcttatacacccccaggaatagcaaag ccagaaactagaaaggatgcaatgttaggcactcatgttgtgtgggatgttggtttgcaa tctactatgtcaatgatagtgccctggatcagtgccagcnnnnnnnnnnncactacacct gataccttttcacaagctgggtatataacatgctggtatcaaacttcccttgtaacaccc cctagtacacctgaaacagctaggatgttgtgttttgtgtctgggtgcaaagatttttgt ttacgcatggctagagacacaaatttacacaagcaagtaggggccattacccaaaac--- ------ccagtggagaaatacattgatggtgtgctgaatgaagtgttagttgttccaaat acaaatgaaagccaccccagtacatcaaatgctgcaccagcactagatgctgctgaaact ggacacacaagcaatgtacaaccagaagacatgatagaaacacgctatgtgttgaattca caaactagagatgaaatgagcattgaaagttttctgggaagatctggttgtatacacata tcacacctggaagtaa-aatacaca----------------------------------- -gggtacaatgaa---gagggcaataactttaatatatggccaattaaccttaaagaaat ggctcagataagaagaaaatttgagttatttacataccttaggtttgattcagaaataac tttagtaccatgtatagcttcacaaagtgaga------atattggtcatgtagtcatgca atacatgtatgttccccctggggctcctaaacctgaaaagagagatgattacacatggca atctggcactaatgcatctgttttctggcagcacggccaaccttacccccgattctcgct tccttttctcagtgtggcttcagcatattatatgttttatgatgggtatgatggagg--- tcct------gggtctcgttatggggcagtggtaacaaatgacatgggtacactgtgttc cagaattgtcactgaagaacatcaaacgcaggttaaaattacaactagggtgtaccacaa ggcaaaacatgtgaaggcatggtgtccacgtcctccaagagctcttggctacacacatac acatgtaaccaattat------aaaccatctacagg---------------------ag- --aatatacactacccatcccaacaagagc---------c---aatcctaga-------- ----------caaa-ttttga---------atgtagggccaagcgacatgtacgtgcatg ttggcaatctaatttatagaaatctacacctctttaattctgatg---ttcatgattccg tattagtctcctattcctc------agatttagtcatctaccgaacaaacactacaggtg atgattatatcccaacatgtgactgtacagatgcaacctactattgcaaacacaaaaata gatactatccaatcaaagtgacaagtcacgattggtatgaaattcaagagagtgaatact atccaaaacacatccaatacaatttgttaattggtgagggaccttgtgagcctggagact gtggaggtaaactactgtgtaaacatggagtaataggtatcattacagctggtggtgagg gacatgtggcatttatagatttaagacatt------ttcattgtgcagaggaacaggg-- -cattacagattacattcacatgctaggggaagcttttggtaatggatttgttgatagtg ttagagagcaagtcaatgcaatcaatc------caattaacaacattagtaagaaactgg tcaagtggttgcttaggatagtttccgctatggtgataataataaggaacagctcagatc cacaaacagttgtagccacacttacactaattgggtgttcagggtccccctggcgtttcc ttaaagaaaagttctgtaaatggacccagcttaattatgtgcataaggaatca---gact catggcttaaaaaatttactgaaatgtgcaatgctgcaagaggccttgaatggattggga acaaaatatctaagtttatagactggatgaaatcta---tgctaccacaggcccagctta aggttaaatacctcagtgaattaaagaaactaaatttactagagaaacaaattgaaa--- ---acctgcgaggtgcagattcaaagattcaggagaagatcaaattggaaatagatactc tccatgatctatcatgcaagtttcttcctctttatgctagtgaagcaaagagaattaagg ttttatataacaagtgtaataatgtaat------caagcaaaagaaaaggagtgaaccag ttgctgtgatgatacatggtccacctggtactggaaaatctataaccaccagttttttag ctagaatgttaacaaatgaaagtgac------atatattcacttcccccagatcctaagt attttgatggatatgaccaacagagtgttgttataatggatgatatcatgcaaaatccag atggggaagatatgtctttattttgtcaaatggtctcaagtgttactttcattccaccaa tggctgatctaccagataaaggaaaaccttttgactccagatttgtcttctgtagtacca atcactcactcttggctcctccaactattacctcattatctgcaatgaatagaagattct ttttagacttagacattgttgtgcatgagaattataaagacaacttaggcaaattggatg tgccaaagtctttcagaccatgtgatgtggataacaaaattggcaatgctagg---tgtt gtccatttatatgcggcaaggccgtatcattcaaagacagaaatacctgccaagaatatt cactcagtcagatctacaacctgatcatagaggaagataaacgccgcaggaatgtggtgg atgtcatgacagcaatattccaaggtccaatctcga---------------------tgg atgcaccacccccaccggctattgctgatctcttgcagtcagttcgaacacctgaagtga ttaaatattgtgaagataataaatggataatcccagcagaatgtaaag---ttgagagag atttaaatttggcaaataacataataactattatagcaaatgtaattagcatagcaggca ttatatttgttatttacaaattgttttgcactctccaaggcccatattctggtgagc--- ctaaacctaaaaccaaaattcctgaa---aggagagttgttgcccagggtccagaagaag agtttggacgctccttaattaaacacaacacatgtgtggtcaccacagacaatggaaaat ttacaggcctaggtatctatgatagggtcatgatactgccaacacatgctgaccctggaa agacaatccaagtaaatggaatcaataccactgtttgtgattcttatgatttgtacaaca agaatgggattaaattagagataactgttgtcaaattggatagaaatgaaaaattcagag atatacgaaagtatataccagaaagagaagatgattacccagactgtaatctagctttag ttgcaaaccaacctgaaccaaccataatcaatgtgggtgatgttgtatcctatggaaata tacttcttagtggagatcaaacagcaagaatgctcaagtacaattaccccactaaatcag ggtattgtggaggagttttatacaaaattggcaatattctaggtatacatgtaggtggta atggaaaagatggtttttctgctacactacttagatcctattttagtgaaacacagggac aaatcacaaaaacaacgagtgtcaaagaatttggattgccaactatacacacaccaagca agactaaattgcagcctagtgtcttttatgaagtgtttgaaggaactaaagaaccagctg tattaacagataaagacccacgtttagaaactgactttaaaacagctttattttccaaat acaaaggtaatttaccatgtgaaatgaatgatcatgtgaaggttgctgttgcacactact cagctcaattaatgacactagaaattgatccaaggagcatgagtttagaagacagtgtct tcggaactgaaggtctcgaagcacttgatttgaacaccagtgcaggttttccctatatta gcatgggtataaagaagagagatttaataaacaacagtacaaaagacatatccaaactca aattggccttagacaaatatggagtggatttacctatggttactttccttaaagatgagt tgagaaagaaggaaaagattgcagctggaaaaacccgagttattgaagctagcagtgtga atgatacagtggcttttagaatggtctatggtaatttattttcagctttccataaaaatc ctggaattgtcacaggctctgcagtaggatgtgatcctgaaactttctggtcgaaaattc ctgtcatgctagatggtgattgcataatggcttttgattatacaaattatgatggcagca ttcacccgatgtggtttgaagcactcaaaatgattttacaaaatcttgaatttgagccc- --aaattgattgataggctttgcaattctaaacacatctatagggactcatactatgaag tagaaggaggtgttccatcaggatgctcaggtactagcatttttaatacaatgataaata atgtgattataagaactttagttttagatgcatataagcatatagatttggataagctca aaatcatagcatatggagatgatgtaatcttttcatacaagtatgcacttgacatggaag taattgcatcagagggtacaaagtatggcttaactataacaccagcagacaaatctgaaa ctttcaaggaacttaattatgatactgttacatttcttaaaagaggctttaaacaggatg caaagtacccctttttagttcacccaacatttcccgtaaaggaaatacatgagtctatca ggtggacaaagaaaccatctcaaatgcaggaacatgtgctttcgttgtgtcacttaatgt ggcataatggtagagatgtttaca-gtgaattcgagcgaaagatacgcagtgtcagcgca ggccgcgcactgtatatcccgccttatgagctgttactgcatgagtggtatgaaaaattt taatt---------at-tat---atatag---aa-------------------ataacaa --ata-attagtttgt------------------tagttt-------------------- ------------------------------------ >EF173414.1 Human rhinovirus 11, complete genome -------ttcaaactggatccaggttgtt-cccacctggatctcccacgtggagtt---g tactctattattccggtaattttgtatgccagtttt----------------------at -c----------tcc-cct-------------t-ccc--tt------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-t-gaactc------ac-cgaccaatagg-tggca tttat-ccagaatg-t----c-aaaggtcaagcaccttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacatctgcgatcgttatccgcaaagcaactacgc aaagcctagtatca-cttttg-ag-agtatgtggttggtcgctccacta------taaac cc-aatagtagacctggcagatgaggctagaagtcccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtgcctc-tggta-ggc----------acgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgtgcataatccaatgcatggctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctc----a----tttt-tccttt- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------aa--taca----tatatat tggcatcatgggcgcccaggtatccagacagaacgttggcacacactccacacagaactc ggtttcaaatggttcaagcttgaattattttaatataaactactttaaagatgctgcctc aagtggtgcttcaaaacttgaattctcacaagatcccagtaaatttacagatccagttaa agatgtactggaaaaaggcatccctactttgcaatctccaacagtcgaggcatgtggata ttcagacaggattatacaaattacaagaggtgattctacaataacatcacaagatgtggc aaatgctgtggttggatacggggtgtggcctcattatctaacatctcaagatgctacagc catagataaaccctcccgtccagacacctcctcaaatagattctatactttagaaagcaa acattggacttcaacttctaaaggatggtggtggaaattacctgatgctcttagagatat gggaatttttggtgagaatatgttttatcactttcttggtaggagtggctatacagtgca tgttcaatgtaatgctagcaagtttcaccaaggcaccttaatagttgcaatgataccaga acaccaattggcaagtgcaacaactggcaatgtgacagctggttataagctcacacaccc tggtgagcgcggtagagatgtcagtctcacagaccgc-----------caagatatta-- -caaagcaacctagtgatgacagctggcttaattttgatggtacattattgggtaacata acaatatatccacaccagtttattaaccttagaagtaacaactcagctacgattattgta ccctatgtaaatgcagttccaatggactcaatgttaagacataacaattggagtttagtt atcataccaatatgcccattagaatcagatctaaacacac---------ctgtgcctatc actatatccataagccctatgtgtgctgaattctctggtgcccg---------------- --tgca------------------------------cgca------atcaaggcctgcca gtattgataacaccaggatctggtcaatttatgacaacagatgattttcaatctcccagt gcactaccttggtttcaccctactaaagaaatctcaataccaggtcaagtgagaaacctc attgaactttgccaagttgatacattaattcctataaatagtgtagagggaaat---act gataatacaagcatatacactgtcacattaaccagagagaccaatt------tagcacaa gagatatttgcaatcaaggttgacatagcatcacaccctcttgccaccactttgattggt gagatagctagctattatacccactggacaggcagtattcgctttagtttcctcttctgt ggtactgcaaatactactcttaaattattaatagcttacacaccacctggcataagcaaa cccactagtaggaaagaagcaatgttgggtactcatgtggtttgggatgttggtttgcaa tctacaatttcaatggtagtcccatgggttagtgctagccattataggaatactacacca gatacatactcccttgctggctttgtcacctgttggtatcaaaccaatttagtggtacca cctagcacgccaactactgccaagatgctgtgctttgtctcaggctgcaaagacttctgc ttgagaatggcgcgagacactaatttacatctacaaagtggtcctatagaacaaaac--- ------ccagtggaggattatgttgatggaattctaaatgaggttttagttgtacctaat ataaaggagagccaagctaccacatcaaactcagcacctgctctagatgcagctgaaacc ggacatactagcaaagtgcagccagaggatatgattgagactagatatgtgcagacttca cagactcttgatgaaatgagcattgagagcttcctaggtagatctggttgtattcacatg tccaagttaattgtgc-agtatgaa----------------------------------- -gactataatgg------aaagaaaaactttaacacatggaaaataaacttgcaagagat ggcacaaattagaaggaaatttgaaatgttcacatacactagatttgattcagagatcac attggtgccttgtatagctgcaaaaggaaatg------atattggtcatgttgtaatgca atatatgtatgtcccaccaggtgctccagttccagagaaaagagatgattatacatggca atcaggaacaaatgcatctattttctggcaatatggtcaaacatacccaagattttctct acctttcatgagtatagcctcagcatattacatgttttatgatggatatgatggagatca acca------aactccagatatggtaatatagttaccaatgatatgggcactctgtgtta tagaatagtaactgatgaccatagacacaaaattgaagtcacaactagggtgtatcataa agcaaagcatgtgaaggtgtggtgtccaagaccacctagagctgtagaatatactcacac tcatgtaaccaattac------aaaccacaggaagg---------------------ac- --aggtgaaaacagctgtcaaggctaggaa---------a---acaattaaa-------- -----------aca------------------gcaggaccaagtgacatgtatgtgcatg ttggaaatctcatatacagaaatttacatcttttcaactcagaca---ttcatgactcta tactagtgtcatattcatc------agatttagtcatataccgaacaaacactgtaggtg atgactatataccaacttgtgattgtacagatgcaacttatttctgcaaacataaaaata gatactatccaataaaagtcactagccatgattggtatgaaatccaagaaagtgagtact atccaaaacacatacaatacaacctattgataggtgagggaccttgtgagccaggtgact gtggtggcaaattactatgcaaacatggggttattgggataataactgcaggtggtgagg gtcatgtggcattcattgacttgagacatt------tccattgtgctgaagaacaagg-- -aatcaccgattatatacatatgcttggggaagcttttggtagtggatttgttgatagtg tgaaagatcaaattaatgccataaatc------caatcaacaatataagtaggaaaattg tcaagtggatccttagaataatatcagcaatggtggtaattattagaaattcatctgatc ctcaaacaataatagccacactgaccttacttggttgttctggttcaccatggaggttct taaaagaaaaattctgcaaatggacacaattaaattatgttcataaagaatca---gata catggttaaagaaattcactgaaatgtgcaatgcagctagaggtttagagtggattggca ataaaatatcaaagtttattgagtggatgaaatcga---tgttaccacaagcacaactca aaattaagtaccttaatgagttaaagaaattgaatcttttagaaaaacaaattgagc--- ---atttaaggattgctgattctaacacccaggagaaaattaaatgtgaaatagatactc tacatgatctatcatgcaaatttcttccactgtatgccagtgaagccaagagaatcaaag ttctacacaataaatgcaatgtgattat------aaagcaaaagaaaaggtgtgaaccag tagcagttgtcatacatggtgagcccggaactggaaaatccatgacaacaaactttttgg caagaatgataaccaatgatagtgat------atttattcacttccacctgatcccaaat actttgacgggtatgatcaacagagtgtagtcataatggatgatatcatgcaaaatccaa gtggtgatgatatgactctattttgccaaatggtgtctagtgttacatttattcctccca tggctgatcttccagataagggtaagccctttgattctaggtttgttttatgtagtacaa atcatagtatgttagcaccacctactattacatctttaccagcaatgaacagaagatttt tcctggatttagacatagtagtcaatgagaaatataaagatttacagggaaaacttaatg tgactgctgctttccaaccttgtgatgtcaatgtcaggattggtaatgcacgc---tgtt gcccatttatatgtggcaaggcggtaatgtttaaagacagaaacacctgccaatcttaca cactagcacaagtgtacaatcgtatccttgatgaggacaaaaggcgcagacaagttgtgg atgtcatgtctgcaatttttcaagggccaatctcac---------------------tag aaagacccccaccagctgcaatcagtgatttactgcaatcagttagaaccccagaggtta ttaaatactgtgaggggaataagtggataatcccagctgaatgtaaaa---tagaaagag atttgaatatagctaacactataattacaattatagcaaatgtaattagcatttctggca ttatttatgtgatatataagctattttgcacattgcaaggaccttattctggagaac--- ccaagcaaaaaacaaaaattccagaa---agaagagttgttgcgcaagggcctgaggagg aatttggaagatcattaatcaagcacaactcatgtgtggtgacaacacaaaatggaaaat tcacgggtctgggaatttacgatagaacaattgtaatcccaactcatgctgatccagggg aggaagtccaaattgatggtattaccacaaaagttgaagactcttatgatttatataata aggatggtattaaattagagatcactgttctcaagctccagagaaatgaaaagttcagag acatcagaaaatacatacctgaaagagaagatgattaccctgaatgtaatttagccctat cagcaaaccaacctgaaactacaataattaatgttggagatgttgtatcatatgggaata tcttgcttagtggcaatcaaacagctaggatgctcaaatacaattatccaacaaaatcag gatattgtggtggtatactgtacaaaattgggcagattcttggcattcacgttggtggta atggaagagatggttttgcagcaatgttgctaagatcctatttttctgaagcacaaggac aaatcaccacttctaaatcagtaactgaacttggtttacccagtatccatacaccaagta aaaccaaattacaacctagtatatttcatgatgtcttccctggaagtaaagaaccagctg ttctatctgataatgatcctagattaaaagtgaattttaaggaagcactattttccaaat acaaggggaataatgattgtgtgatgaacgaccacattaaagttgctgtttctcactact cagcacaactccttacactagacattgactctaaaccaataactgtagaggatagtgtct ttggtatagatggtttagaagctcttgaccttaacactagtgcaggatacccttatgtaa ctatgggtattaagaagaaagatttgattgacaatcgtaacaaagatctaacaaaactta aagtagcactagataaatatggagttgatttgcccatggttacttttcttaaagatgagc tcaggaagaaagagaagatttctgctggaaaaacacgtgtcattgaggcaagtagtgtaa atgatactgtcctatttagatcaatctatggaaacctcttttcaaaatttcatctaaacc ctggtgttgttactggttctgctgtaggatgtgatccagagaccttctggtcaaaaatac ctgtaatgttagatggtgaatgtataatggcttttgattacactaattatgatggtagta tacacccaatttggtttgatgcacttaagattgttttggcaaacctctcatttagaact- --gatttgatagatagattatgtaaatcaaaacatatattcaaaggcacatattatgaag tagaaggtggagttccatcagggtgttctggaacaagcatatttaacacaatgattaata atgtaataataagaacattagtattagatgcttataaaaacatagatttagacaaactta agattatagcttatggagatgatgttatcttttcttacaagtatgaacttgacatggagg ctattgctaaagaaggtgtcaagtatggattgacaataacgcctgcagataagtccaatg ttttcaagaaacttgattataacaacataaccttcctgaaaaggggttttagacaagatg acaaacacaatttccttattcatccaacttttccaattgatgaaattcatgaatcaataa gatggacaaagaaaccatcacaaatgcaggagcacgtcctatcactgtgtcatttaatgt ggcataatggtagagatgtgtaca-cccaatttgagaagaggatacgcagcgtcagcgct ggtcgtgcgctgtatatacctccttatgatttgctcctgcatgagtggtatgaaaaattt taatt--------gtt-tat---atatag---aa-------------------gtattaa --aca-tttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >KP890663.1 Rhinovirus C isolate 3805-MY-10, complete genome -------ttaaaactgagtgtgggttgca-cccacccacactgtctacg-gacgtt---g tacacttgtatcccggtacatttgtacgccagttt-----------------------gc ------------ctc-ccc-------------ttcccttt-------------------- ------atgtaac---gtaagaagc-ctcagcacaa-------tggccaacagg-tggta a-caatccatgtta-c----c-tacggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtacgaaga gtgttaagtcttacccaagac-cgaagctttgagtatcgttatccgcataactactggac aaagcccagtaaca-ccccac-gatgtaggatggttggtcgttccaccagt----gtaac cc-cctggtagacctggcagatgaggctagagtttccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgctccctta-t------gg----------gagaagccatt-ctattg acaaggtgtgaagagccccgtgcgctagttat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccctgcagccattgcatggaaaccaccatgtagatggtcgtaatgagcaatt gcgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-cttat-- ----caattgcttatggtgaca-----at-atatacagct-------aa----t-atatt gttcaccatgggcgctcaagtatcaagacagaccactggctcgcatgagaatgcaatcac tgcaaataatggaggcttagtaaaatacttcaacatcaattactataaggactccgccag ttcaggactcgcaaaacaagatttctcacaggatccctcaaaattcacccaaccgttggc agatgtactaactaa------tccagcactcatgtccccatcagtggaggcctgtgggtt ttccgataggctcaagcaaattactatcggaaactccacaataactactcaagatgcact taatacagtcttagcatatggtgaatggccagaatacttagcagatgttgatgccacgtc agtagataaacccacccaccctgagacttcatccgataggttttataccctagctagtgt ggattgggtaagtacatcaaaaggctggtggtggaagcttccagatgcactcaaggacat gggcatatttggacagaacttatattatcactcaatgggaagagcaggttatatcataca cacacagtgtaatgctaccaaattccacagtggtgcattgctagttgtgctcattcctga gcatcaattggcttacgctggtggtacaaaagccaatgttggatacactcatactcatcc aggtgagagaggtcacgagattcgtg------------a-----ccagggtagggaca-- -ataatcggcctgatgaggatcccttctttaattgcaatgggactctgtttggtaacctc accatattcccccaccaaatcattaacttgaggactaataattccagcacaatcataact ccatacatcaattgtcagccaatggataatatgctcaaacacaataacctaacactgttg atagtgccgctagtgaacttgagaccagcaccaaatgcatcaccca---gtgtggcaata acaatatctgttgccccatacaagtctgaattttccggagccatggaaacgcggttca-c tgtcca------------------------------gaca--------caaggtctccca gtacgcatgcctagtggtgcgcaacagtttatgaccactgaagatgaacagtccccaaat attttaccaggataccattctagcaagaagatacacatacctggaaagatcacaagtgtg ctccatatggccagagttgactcttttatgcctattaacaatgtggaatctgaa---att ggaaaagtctcaatctacaatgtcacagtgacaaagaaggctc---ctaacagtgatgga ttaattctatccataccacttgatatgagtaacagtctcttctccaccacattactgggt gagatactcaactactttaccaactggtcaggcagcataaccctcactttcatgtgtgtt tgtgactcattctctacaggaaaattcctgttggcatacactccacccgggggtgctcat ccaaagacccggaaagaagccatgttaggagtacatgtgatctgggatttgggcctgcaa tcgtcctgtaccatggttgtaccatggatatcttcaggattctatcgtaacaccaagtca gacaaccacacagaagcagggtttgtatcactctggcatcaaacagatttcatagctact accacaactggcca---aggagccattttagtaacatgtagtgggtgcccagatatatca gtgagaatgttgggagacacacccatgatgaagcag---gaagatacactacaaaataat gac---ccagtggagcaattcatacatgacaccctaaatgaagttgtggttgtgccaaac acacaagcatcagggccacaacacaccactaaacccagtgcattaagtgccatggagata ggggcttcaagcacagccactccagaatcaaccatggaaactagatatgtagtgaatgat aacaccaatgaggaagcagaaatagagatcttcttaggtagatcggcaatctggacacat atccaact---aaaga-a------------------------------------------ ------------------------aggatttgaaaagtggaacattaacttccaagagca ggcacacattagaaagaaatttgaattattcacttatcttaggtttgacatggaagtgac gattgtcaccaacaaccatgggt------------------------------taatgca gacaatgtatgtcccaccagggatagacccacccaaaacaaaaactgacaatgcatggga ttcagcatcaaacccaagtgtattctatcagcccaagagtggcttccctcgcttcactat acctttcactggtttagcttcagcctattacatgttctacgatggttacagcactacatc catgcaaccagagaacacttatggtatatctcccaccaatgacatgggcacactgtgttt tcgggtcttggatggcgctgatgatgccat------------tgtaaaggtgtacataaa accaaaacacacaacagcatggatcccacggcctccacgtgccgtacaatacacacatac ctatagcacaaattaccattacagaactggcactgagggtaact------acaccttaa- --agaacagacacttcatacaacataggaa---------c---aacataaaa-------- -----------ggtctacaaa---------atgttggacctagtgatctacatgtccaca ctagggatgcaatctacacctgtgctcacttaacacagcccagtg------acaaaacca tcctgttagcatatacagc------agatttgcaggttgatgcatgtgcaacagagggac cagacaggatacccacatgtgattgtgcagtgggttgctactatgttaaacatttagaca gatacttcccagttacagtgactgctcacgattggtatgaaatacaagaatcacaatact atccaaaacatatacaatacaacattttgataggtgagggaccttgtaagccaggagatt gtggagggaagttgttgtgtaagcacggtgtgataggaatcatcacagctggtggtgaag gccatgtcgctttcactgacctccgcccatact---cttgcttagcacaacaacaaggtg tagtttcagattacttcacacaattaggtggtgcttttggtgagggctttacacacaata tcagagaacattttacaaatctgagtactagtattactgacaaactcaccagcaaagtgg tcaaatggttagtgcgtatcattagcgctctgaccataatgattagaaactcatcagata cagcgacagtgctggccacactagcgctactaggttgtcaaagctcaccatggaatttct tgaagaataagatctgtcactggttagacatacccagaccagcatccaaacaaggtgatt cttggattaaaaaattcactgaatgttgcaatgcagcaaaaggtttggagtgggttgcca ttaagatagggaagtttattgactggctaaaagaaaagttacttcccactgttcaaagga agaaggagactctagagcagtgcaagaagctagcattatatgaggaacagtgcaagg--- ---ggttctctaaatctgatgctcaagcacaacaacagcttattttggaagttgcaaagt tgaagaaagggttggatgacctagcacctctatatgcttgtgaaaacaagagagcatcaa tgatccggaaggagctacaacgcatgacagcgtatcacaaaacacatcgccatgaaccgg tgtgctgtctgatacgtggtccacctgggtgtgggaaatcactcattacatctgtgattg cacgtggcttgacctctgaagctcag------atttattcactacccccagaccccaaat actttgatggatatgaccaacaaaaagtggttattatggatgatatagggcaaaatccag acgggaaagatctcagcatgttttgccaaatggtttcgaccacagaatatatagttccta tggccagtgtagaggagaaaggtaggtctttcaccagtgagtacattctggctagtacaa acttagattcacttgctccgcccactatcactatcccagaagcaatcaaaaggcgattct tcattgatgtagatctggttattatcagtaaatttagaaatgcaaatggactattggata cagccaaagcattgcaaccatgtgcaaattgcccaaaaccagcatgcttcaaacagtgtt gtcctttactctgtggccaagcagttgtcctacaagacagaagaagcaaggcaaactacc ccgtcaatgctgtagttcagcagctattgcatgaaaactcaacacgcaggaaagtaaagg acaatttgactgccatcttccaaggcttag---------------------------gtg acccaacccccccagggtttatagtggacctgttatcggcctctaaggaccccaaggttg tagagtactgtgtggaacagggttggattggtaaagctaacacctcag---tagagaggg acttgaattatgttcactatgtgctcaactgcttaggtagtctaatactcatacttggta ccatctatgttctatataaattgatgtgcttcacacaaggtgcctatagtggattac--- caagcccagtgcccaagaaaccagagttaagaaaagccacactacaggggcctcagcacg aatttgtacgagcattaataaagaggaactgtcatgtcctaacaacaaatagaggagaat ttaatttactagggatacatgataactgtgctgtagtgccaacacatgcagaatgtgggg acatagtaaacatagatggcagggatatcaaagtgctgaaacaacagattcttactaaca cagatgatgtagatacagaaatcacactattatggcttgaccaaaatgagaaattcagag acattagaagattcattccagaacatcagcaagagtggtgtaacatgcatctggccacga atgtcactaagtaccccatgttagatgtggaggttggggatgttgtcccatatgggcaat taaacctaagcggcaatcccacttgccgactcatgaagtacgattatccaactcggccag gtcagtgtggtggagtgatcatgaatacaggcaatatagtggccatccacgttggtggaa atggaagagtgggatacggcgctgctttactgcgcaagtactttgcagtggcccagggtg aaataacaaagaaaacacaagttaaagagatgggtttgcagactgttaatacacccacta agacaaagttacaacccagtgtcttttaccacatattcccaggtgtcaaggagcccgcac ctttacacacaaatgatcccagacttgaaacagacttagatcaggccattatggccaaat acaaaggcaatttagaggtggaatggaatgattatatacaaactgctgtggatcactatg cagctcaattatacactttagatataaacccagaacccttgacactagagcaagcagtct atggtatagagcatttagaaccattagatttgacaacaagtgcaggatatccatatgcaa ctatgggtattcgaaagaaagatattgtaaatagaacaaacagggacaccactaaactac aacaaatgatggatttgtatggtattgacttaccatatataacttacctaaaagatgaac tgaggagtccagaaaagataaagagaggtaaaactagagctattgaagcagcaagcatta atgacactgtacaattcaggatgatttttggaaatttattctcaagctttcatgcaaacc ctggaattctaacaggatcagctgttggttgcaaccctgatatattttggtcacaacttt atgcaactctagatggacatt---tacttgcatttgattacaccaactatgatggtagtc tacatcccatatggttcaaagcattaggaaaggtattgacacaactgggtttcccaggg- --aatctcatggacaagttgtgtaagactacacatatatacaaagaccaatgttacctgg tagagggtggcatgccatctggtatttgtgggaccagcatttttaacaccatgattaaca acatcataatccgtactttagtacttgaaacttacaaatcaattgacctggacaagttga agattgtagcctacggtgatgatgtaatagcatcatacccgtaccctttagattccaagt ttatagcagagactgctagtagatatggtcttactatcacccccccagataaatctgatg aattcaaggaggttagctggagcaatgtgactttcttaaaaagaggctttcaacctgatc agaggtacaagtttctaatccatccagtttacagcatgtctgatgtgtgtgaatcaatta gatggactaaggatcccaagaacactcaagatcatgttaggtcgctgtgtctactggctt ggcataatggacaagagaaatacg-aagacttcttagcgaagattcgtagttgtaatgtt ggaaaacagttgtaccttcctccttaccaaagcttgtacacgcagtggattgatgaattc -----------------------atttaa----------------gaaaatatatagta- ------caatgtttagc---tgaacaa-------a-gtattat----------------- ------------------------------------ >EF173415.1 Human rhinovirus 12, complete genome -------ttcaaactgggttgtggttgat-cccaccacaactgctcactgagcgta---g tgctctcatattccggtatgcttgcacgccagtttt----------------------ac ------------t-c-ccc-------------tcccct-ca------------------- ------ttgtaac----ttagaagc-a-aagcac------acctgatcaatagg-agata acttg-ccaggtta-t----c-taagatcaagca-cttct-gttt-ccccggcaag--tg tgaatatgctttacccaaggc-aaaagctgatcttgtcgttatccgcaaggtgcctacga gaagcctagtaatg-ctcaag-at-gtggtttgactggtcgctccgctgt--------tc cc-cacagtagacctggcagatgaggctggacattccccaccagcgatggtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaaatttactg acagggtgtgaagagcctattgtgctcacctt--gattcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgctgctattgcacacgaaccagtgtgtagatagtcgtaatgagcaata gtgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-cttt--- ----atttgtcttatggtcacaa-tatat-a--------------tata---acgtatat tgtgatcatgggcgctcaggtatcaagacaaaatgttggtacacactcaactcagaattc agtttcaaatgggtctagcttaaattatttcaacatcaattacttcaaagatgcagcatc tagcggggcatccagattagatttttctcaagatccaagtaaatttactgatccagtgaa agatgtcttaactaaaggaatacctacattgcaatcaccaactgttgaagcctgtggtta ttctgatcgcattatacagattaccagaggagactcaactataacatcacaagatatagc aaatgctgttgttgcctatggtgtttggccacactacctctctgctgaagatgcaaatgc aatagacaaaccgactcgcccagacacgtcatctaaccgattttacactctagagagtaa acagtggatggagaactcaaaaggttggtggtggaaattgccagatgctctcaaggacat gggaatatttggagagaatatgttctaccatttcctaggaagagctggatatacaataca tgtgcaatgcaatgctagtaagttccatcaaggcacactaatggttgttgcaattcctga acatcaacttgcttacattggtactggcaatgttacagtgggatacaagcacacacatcc aggagagtcaggtagaataatagcaaacaatgca--------------gataataaca-- -ccagacaacctagtgatgacaattggcttaattgtgatggcacactaatgggcaactta ccaatattcccacaccagtttattaacctccggaccaacaactccgcgactttaatacta ccatacatgaattgtgtatccatggactcaatgttaagacacaacaactggtcactgttg ataatccctgtttgcccattacaggttgatgcgcaagcaaccagat---ttgtgccaata acaatttcaatcagtccaatgtctgcagagtttagtggagctaggaatgcaacaatac-- ----------------------------------------------ctcaaggtctacca gttatgataacaccaggatctggtcaattcttgacaacagatgatgctcaatcaccctca gctttaccttactttcaccctacaaaggagatctttataccagggcaagttaaaaactta attgaaatgtgtcaagttgataccttaatacctgtgaacaatgtacaagcttcc---aaa aacaacataagtatgtacacagtccaattgactacacaaactgatg------ttgcaaaa gaggtttttgctattccagtagatgtagcttctcaacccttagctactaccatgcttgga gagctttctagttacttcacccactggacaggcagcttgcgcttcagtttcatgttttgt ggaacagcaaatactaccttgaaacttttgattgcatacacacctcctggtgttcctaaa ccagacactaggaaaaaagccatgcttggcacacacctggtgtgggatgtagggctgcaa tcaacagtatctatgatagtgccatgggtgtcagcaagtcactttcgctttacaactcca gacacttactcaaaagctggttacataacttgttggtatcaaacaaattttgttgtacct ccaggaactccaaattcagccaacatgttgtgttttgtatctgcatgtaaagatttctgc ttgagaatggcccgtgatacagatttacactcacaggacacacccattacacaaaat--- ------ccagtagagagatatgttgatgaggtgctaaatgaagttctagttgttccaaac ataaacaaaagtaatgggcagttatcaaacgcagcaccagcgttggacgctgcagaaact ggtcataccagccaaacacaaccagaagatgtgattgaaaccaggtatgtgattacagac cagactagagatgagatgtcaattgaatctttccttggtcggtccggatgcatttcaatt atcgaattggatttag-accatgaa----------------------------------- -ggttattcagca---gaagggaaaaactttaaaacatggaagataaatcttaaggaaat ggcccagattagaaggaaaaatgagcttttcacctacttaaggtttgattctgaaatcac cattgttccaagcaatgcagcaatagaaggaa------gcaatggtcacgtggtggtcca atacatgtatgtacctcctggtgccccactacccaaaaaacgtgatgattacacatggca atctggcaccaacgcctcagttttttggcaggaaggtcaaccttaccccagattcacaat cccttttattagtattgcctcagcatattacatgttttatgatggttatgctgatgacaa ccca------agtgcaccttatggaactgtagttaccaatgacatgggttcactgtgtgt cagaatagttacagaccagcaaaaacataaagttaagattaccagtagaatataccataa agcaaaacatatcagtgcctggggccctagaccaccaagagctgtaccataccagcatat acacaatccaaattac------aagacaagtaatgg---------------------ag- --ttccagacaatagagtcaaactcagaga---------g---acactcacc-------- -----------aca------------------gttggaccatctgatttatatgtacact gtggagatcttatttacagaaatctgcatttgtgtgaaccggaacacctaaatgatagtg tgctcatttgttacagctc------ggacttagtcatctaccgcacaaactctaaaggag atgattatgtaccaagttgtgattgcactgactgtactttctactctaaacacaaagata gatactttcctattacagttaagaaatataattggtttgagatacaagagagtgagtact acccaaaacatatacaatacaatattttaattggtgatggaccttgtcaggctggagatt gtggaggaaagctgctttgcaagcacggtgtaattggtattgttacagcaggtggcagtg gcaaggtagctttcatcgatctacgtgatt------ttcatgtggctgatgaacaagg-- -aatttctgattacatcacaaatctaggagaggcttttggccaaggcttcatgtcacagg tcaaggatcagatttctgaattaaacc------ctatgaacaaaataacagggaaagtac tcaaatggacaatccgcataatttcagctctaacaatagttgttagaaatagttcagatc ccctgaccattgtagcaacacttgcaatgctaggatgtaatggttcaccctggcgctttc taaaagagaaaatttgtaaatggtttcaactaaattatgtccacaaagagtca---gatg gatggcttaagaaatttactgagatgtgcaacgcagccagaggacttgaatggattggaa acaaaatctcaaaattcattgactggttgaaagcca---tgctaccacaaacacagctaa aactagaatatttaaaactgttgaaacagttgcctttacttgagaaacaaattgatg--- ---gtttgagagcagccacagaaaaacaaagggaagattacacagagacaatttccaggt tagacgatttgtcaaaaaaatttctaccattgtatccttcagaggccaaaagaatatcag tcctatacaaaagaagtcagacaattct------taagacctcaaaaagaactgagcctg tgggtatattatttcatggagaaccaggtactggaaaatcaatcactacttctgtcttag caaggatgttaaccagtgattctgat------atatattccttgccaccagcccccaaat attttgatg--tacgacca-caaacaggtgtcatcatggatgacattatgcagaacccta gtggagaagatatgacactcttttgtcaaatggtatcttcagttccctttataccaccaa tggcagatttgccagacaaaggtaaacattttacatcagagtatgttttagctagcacca accactctattctaaatcctccaactatcacttctactactgctatgaatagaaggtttt accttgatttagatattgtagtgcacccaaggtttcaaattaaccagggtaaactaaatc ttgttgctgcactcaagccttgtgacaccggt---aaagtaggaaatgctact---tgtt gtcctctgatctgtggtaaagccataacctttagagacagaaatacaaatgaatcatatg cactttcaaccatatataacaagattgtggaagagaataagaacagaaagatgctttcaa aaagcttagaagctattttccagggtcctatttctc---------------------tga aaaacccaccgcctccagcaatatcagatttgttgaatgctgttagaacaccagaagtta taaaatattgtgaagagaacaactggacagttccagcccaatgtacaa---ttgagagag aattaaactattgtaatttagtgttgtccatgatagcaaatctagttagtataattggca ttgtgtatgtgatatataaattattttgtagttttcagggaccctactcaggtcaac--- cagaaccaaatacaagacaaccagag---agaagggttgtcattcaaggcccagtggaag agtttggaagatcattaattaaacataataccagaattgtgactacaaagaatggaaaat tcactggattagggatatatgacaacttgatggtcattccaacccatgctgatcctgaga aagttgtgcaaattgatggcattaatgttaatgtaactgattcgtatgacttatgcaata aacaaggggttaaattggaaataacagtcattaaattggatcaaaatgaaaagtttagag atataaggaaatttatcccagatagagaagatgattaccctgaatgtcacttggcactaa ctgcaaatcaggagcaaccaactattcttgaagttggggatgccgtttcctatggaaaca ttctgttgagtggtaatgaaactgcaagaatgattaaatataattacccaacaaaatcag gatattgtggtggggtcttgtataaaattggacagattgttggcatacatgtggggggca atggccgagacggcttttcagcaatgctgctcagaagttatttcacaaatttccaaggtg tcatcactatgcaggatgatgttagaaatcttgccatgccccctatacatgtgcccacaa aaacaaagttacagcccagtgtctttcatgatatctttccaggtgttaaggaaccagctg ttctctcaaaaagtgatagtcgtctggagacagattttgaaacagctttgttttcaaagt ataaaggcaatgtgcacatggatttaacaccacacatggaagttgccatttcacattata ccgctcagctttctagtttagatattcctaatacagagttgtcactggaagaatgtgtgt atggtgcagaaggtctggaggcccttgatctgaacaccagtgcaggatatccttacacca gtttaggtattaagaaaagagacttaattggaagaga---taaagatctgagtaagttaa aagctgctataaacaaatatggtctagatttaccaatgataactttcctgaaagatgaat taaggaaaccagaaaagataaaagctggaaaaactcgtgttattgaagcatcaagcatta atgacactattcatttcagaatgaagtttggaaacctcttctccagcttccatttgaacc caggaattgttacaggctcagctgttggatgtgatcctgatgtgttctggtcaaagattc ccttaatgttagatggagattgccttatggcttttgactacagcaattatgatgggagtt taagtccagtgtggtttcaagctttagaaaaagttttaaataacttaggtttcccaggc- --catttagtgcaaaacttatgtagttcaaaacatatattcaggtccaagtactatgaag ttgatggtggaatgccatcaggctgtagtggtactagcatatttaattccatgatcaaca atatcatcataagaactcttgttctagatacatataaacatatcaatctggacaaactca aaattttatcttatggtgatgatgttcttttctcttacccttatgaattgtcaatggagg acattgccttggctggtcaaaaatatggattgaatattacacctgcagataaatctgata aatttactaaaattgatttctccaatgctacatttctaaagagaggctttagaatggact ccaaacattcttttcttgttcatccaaccttcccagttgaagaaatttgtgaatcaataa gatggacaaagaacccacgatgcatgcaggagcatgtcttatccttgtgttacttaatgt ggcacaatggtaagcaggcttatg-aagactttgtgtctaaaattcgcagtgttgctgct ggacgggcactgtatatacctggatacgaagtactcgagcatgagtggtatgacaaattt taaat-------t----ctg---atataa---aa-------------------cttttaa --ata-gttagtttag------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445167.1 Human rhinovirus 90 strain ATCC VR-1291, complete genome -------ttaaaactgggttcaggttgtt-cccacctgaatctcctacatggagtt---g tactctattatcccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -c----------ctc-ccc-------------t-cccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagc-t-gtacac------aa-cgaccaacagg-taaca ttcat-ccagagtg-t----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgcgatcgttatccgcagagcaactacgc aaagcttagtacca-ctttca-at-ggtgtatggctggtcgctccacta------taaac cc-aatagtagacctggcagatgaggctagaaactccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtgccc--ttttg-ggc----------acgaagcctta-catttg acaaggtgcgaagagccccgtgtgcttgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgtgtgcaatccagcacatggctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag--aata----tatatat tggcatcatgggcgctcaggtatcaagacaaaatgttggaacacactcaacacaaaattc agtctcaaatggttcaagtttaaattattttaatataaattattttaaggatgctgcttc tagcggcgcctcaaaattggaattttctcaagatccaagtaaatttacagaccctgtcaa agatgtacttgaaaaaggtatacctacattacaatccccatctgtcgaagcatgtggtta ttcagacaggattattcaaattacaaggggcgattccacaattacatcacaggatgttgc caatgctgtggtagcctatggtgtttggccacattacctgacaccgcaggatgctactgc tattgacaaaccatcccgtccagacacctcatctaatagattttacactttggaaagtaa gacttggacggggagttcaaaagggtggtggtggaaattgccagatgcgctcaagggcat gggaatctttggtgagaatatgttttaccatttccttggcaggagtggttacacagtaca tgttcaatgtaatgcaagcaaatttcaccaaggcacacttattgtggctatgatcccaga acaccaattggcaagtgctttggcaggaaatgtaacagctggatacaacttgacacatcc tggtgaagggggcagaaccgttgatcaaacaaataga-----------gagaatcagt-- -ccaaacaacccagtgatgacagttggcttaattttgatggtacattattaggtaacata acaatttttccacatcaattcatcaaccttagaagcaataattctgctacaatcatagta ccttatgtaaatgcagtacctatggactctatgctcagacacaacaactggagcttagtt attatcccaatatgtccattagaatccatgcaagttcctaa---ca---cagtgcctatt acaatttctattagtcctatgtgtgctgaattctctggagctcg---------------- --tgca------------------------------agaa------gtcagggactgcca gtcatgataacacctgggtcagggcaatttttgaccacagatgactttcaatcacctagt gctttaccgtggttccatccaactaaagagatctctatacctggacaagttagaaattta gttgagttatgccaagtagacacattgattccaatagatagtgtagaggccaat---gcc aagaatacaagtatgtatacagttactttgagtagagaaacagagt------tagcaaag gaaatctttgcaataaaggtagatattgcatcacaccctcttgcaactacattaattggt gaaatagctagttactatacccattggacaggtagtatccgctttagtttcctcttctgc ggtactgcaaatactactctaaaattattactggcctacacacctcctggtattagaaaa cctcgggatagaagagaagccatgttgggaacacatgttgtatgggatgtaggtttgcaa tcaactatttcaatggttgtcccctgggttagtgctagtcattacaggaacactacaccg gataaatattctttagcaggatttgtaacatgttggtaccaaacaaatctcatagtccca cctaatacaccaacaacagccaaaatgttgtgttttgtttcaggttgtaaagatttttgt ctgagaatggcacgggacacaaacctacatttgcaaagtggccctatcacacaaaat--- ------ccagtggaaaattatatagatgaagtcctaaatgaggtattggttgtccctaat attaaggaaagtaaaccttcaacttcaaactcagcgccagctttagatgcagcagaaacc ggacatactagtgatgtccagccagaagatgtggtagagaccagatacgtgcaaacatca caaacaagagatgaaatgagtgttgaaagttttctagggagatcaggttgcattcatatg tcaaaattagttgtaa-actatgat----------------------------------- -aattatgatga---------aaacaacttccataaatggcaaattaacctgcaagagat ggcacagattagaagaaaatttgaattgtttacatatgctagatttgattctgaaattac aatagtaccatctatagctggcaagggcaatg------atattggacatgttgtgatgca atacatgtatataccacctggggcaccagtacctgagaagagggatgattatgcatggca atcaggcactaatgcatctatcttttggcaacatggacaaacataccctagattttcact tcctttcttaagtatagcttctgcatactatatgttttatgatggatatgatggtgacca aact------gattcgagatatggtaccattgttactaatgatatgggaaccttatgtta tagaatagttacagatgaacatgcccacaaaatagagatcactacaagaatataccataa agcaaaacacattaaggtttggtgtccaagaccacctagggcagttgaatacacacacac tcatgtaacaaactac------aaacatgcaacacg---------------------tg- --aacttaagactgcaattaggcccaggaa---------a---acaatcaca-------- -----------aca------------------gcaggacccagtgacatgtatgtacatg ttgggaaccttatatacagaaatttacatctttttaactctgaaa---tgtatgattctg tcttagtgtcctactcatc------tgatttagtcatataccgtacaaacaccacaggtg atgactatataccaacatgtgattgtacagaagcaacttattactgcaaacataagaata gatattaccctattagagtgaccagtcatgactggtatgagatacaagaaagtgaatatt atccaaaacacattcaatacaacttgctaataggtgaagggccatgtgaaccaggtgact gtggaggcaaattgttatgtaagcatggagtcattggcataataacagctggtggtgagg gacatgtggcttttattgaccttagacact------tccattgtgctgaagaacaagg-- -gataactgattacatacacatgcttggtgaggcttttggtagcgggtttgtggatagtg taaaggatcagataaatgcaataaacc------caataaacaacataagcaaaaagataa tcaaatggttgcttagaataatatcagcaatggtcataatcattagaaattcatcagatc cccaaacaataatagcaacattaaccttgattggctgctctggctctccatggaggtttc ttaaggaaaaattctgtaaatggacccagttaaattatgttcacaaggagtca---gatt cttggcttaagaaatttaccgaaatgtgtaatgcagctcggggtttagaatggattggca acaaaatatcaaaatttattgaatggatgaaatcca---tgctgcctcaggcgcaactca aaattaagtacctcgcagaacttaaaaaattaaattttctggaaaaacaaattgaac--- ---acttgagagttgcagactcaaaaacacaagaaaagataaagtgtgaggtagatactc tgcatgacttgtcttgtaaatttcttccactttatgctagtgaggcaaagaggatcaaag ccttacacaataagtgtaatgtgatcat------taaacaaaagaaaagatgtgagccag tagccgttgtaattcatggtgagcctggcactgggaagtcaatgacaactaacttcctgg caaggatgataacaaatgacagtgat------atatactctttaccaccagatcccaaat attttgatgggtatgatcaacaaagtgtagtcataatggatgacatcatgcaaaacccaa gtggtgaagatatgacactcttttgccaaatggtctcaagtgttacttttataccaccaa tggcagatctacctgacaaagggaaatcatttgattctagatttgtcttgtgtagcacta atcatggaatgttagcaccacctacaatcacgtccttgccagcaatgaatagaagattct ttctagacttagatattgtagtgaatgacaaatataaggattctcaaggaaaattaaatg tttctgctgccttccaaccctgtgatgttgatgcaaaaattggaaatgcacgg---tgct gtccatttgtatgtggtaaggcagtaatgtttaaagacaggaatacttgcaratcataca cattagcacaagtgtacaatacaatacttgatgaagataaaagaagaagacgagtcattg atgttatgtctgcaatattccaaggcccaataaccc---------------------ttg agggaccccctccagctgcaataaatgacctccttaaatctgttaggacacctgaagtca tcaaatattgtgaaggtaacaaatggatagttccagctgaatgtaaaa---tagaaagag acttaaatgtagctaataccatcattacaattatagcaaatattataagcatatctggta taatctatgtaatatataaattattttgcacattacaaggaccttactcaggggaac--- ctgtaaagaagaccaaaattcctgaa---agaagagttgttgcccaaggtccagaggaag aatttggccgatcactcatcaaacacaactcatgtgttgttactacacaaaatggtaaat ttactggtttaggtatctatgatagagtaattattgtcccaacacatgctgatcctggta aggaaatacagattgatggcattagtacaaaggttgaagactcatatgatttatacaaca aagatggaattaaattggagatcactgttctcaaattgaagaggaatgaaaaatttaaag acattagaaagtatataccagaaagtgaagatgattacccagattgtaaccttgctctat ctgccaatcaacctgaaactaccataattaatgttggagacgtagtatcatatggtaata ttttgttaagtggtaatcaaactgcaagaatgcttaaatacaactacccaacaaaatcgg gttattgtggtggcatcctatacaaaattggccaagtccttggaatccacgtagggggca atggtagagatggttttgcagcaatgttactgagatcttacttttctgagacacagggac aaataacatccacaaaaactacacatgaatgtgccttacctagtatacacactcctagta aaacaaaattacaacccagtgtattctatgatgtgtttccaggtagtaaagaaccagcag tcctctctgatcatgatcccaggttagaagttgatttcaaagaagcattattttctaaat ataaagggaataaccaatgtgtgatgaatgaccatataaaagtagcaatctctcattact cagcacaattaatgacattagatattgatccaaaacccatctctatagaggatagtgtct ttggtatagagggccttgaggcattagatcttaatactagtgcagggttcccatatgtca ccatgggtataaagaaaagggacttgatcaataaacaaactaaagacatcactaaactta agatggcaatggataagtatggtgttgatttgccaatggttacctttctgaaagatgaac ttagaaagaaggaaaagatatctgctggcaaaactagagttatagaagctagtagtgtga atgacactgtcctatttagaacaacatttggaaatctcttctcaaagttccacttgaatc caggagttgtaacaggttctgctgtagggtgtgatcctgagacattttggtcaaaaatac ctgtgatgttagatggagagtgcataatggcatttgattatacaaattatgatggtagta tacacccaatttggttccaagctctcaaagaagtattgacaaatcttgggtttgagtca- --aatttaatagatagattatgtagatccaaacatatctttaaaaacatgtattatgaag ttgagggtggtgtaccatcaggatgttctggtacaagtatattcaatacaatgataaaca atgttatcattaggacactagttttggatgcatataaaaatattgatttagataaactta agataatagcttatggtgatgatgtcattttctcatacaagtaccagcttgacatggaag caattgccaatgaaggaaagaaatatggtcttacaatcacacctgctgataaatctagtg agtttaaacaattgagttatgaaaatgtcactttcttaaagagagggtttaggcaagatg agaaacactccttcctaatacatccaatttttccaattgaagaaatacatgagtccatac gatggacaaagaaaccatctcagatgcaagagcatgttttatcactatgtcacttaatgt ggcataatggtaaagatgtgtaca-agcaatttgaacagaagatacgcagtgttagcgct ggtcgtgcactgtatattcctccttatgatgtgctcttgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------gtaataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >DQ473499.1 Human rhinovirus 44, complete genome -------ttaaaactgggtccaggttgtt-cccacctggatctcctacatggagtt---g tactctattatcccggtaatcttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-ctt-------------c-cctt--t------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-aaacac------ac-agaccaatagg-tggtg gctat-ccaagtca-t----t-aatggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttta--ga ttgatacgctccacc-agggc-gaaaacaatttaaatcgttatccgcaaaatgactacgc aaagcctagtaata-tcttga-ag-gacttatggttggtcgctccacta------a--ac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggagacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccata-ctttcg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatgcaatccagcatgttgctagtcgtaacgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-cttt--- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag--taca----tatatat tggcatcatgggcgctcaagtatccagacagaacgttggaactcattccacccaaaattc agtttcaaatggatcgagtttgaattattttaatataaattactttaaggatgctgcatc aagtggagcttcaaaacttgaattttctcaagatcctagcaaattcactgatccagtgaa agatgttttagaaaaaggtattccaacactacaatctcctacagtagaggcatgtggcta ttcagataggataatgcaaattacaagaggtgactccacaataacatcacaagatgtggc caatgcagttataggttatggggtctggccacactatctgagtgctgaggatgctactgc tattgacaaacctacccagccagacacctcgtcaaatagattttataccttagagagtaa gacatgggataggcaatctaaaggatggtggtggaaattgccagatgcacttaaagacat gggcatatttggagaaaacatgtattaccattaccttggcagaagtggttatacagtaca tgtccaatgcaatgctagtaagtttcatcaagggacattattggtagtgatgatacttga acaccaactagcaagtgtaggtactgagaaggtcgggcctggatataatttcacacatcc tggtgaggcaggtagacagattggcaatgtgagtgat-----------cg---gactt-- -caaagcatccaagtgatgacaattggcttaactttgatggcaccttactgggtaatgtt cttatattcccacaccaatttatcaatttaaggagcaataactctgcaacaataatagtt ccttatgtaaatgctgttccaatggactcaatgttaagacataacaattggagtttagtg ataatcccaatcagtgaattacaaacagagaatgccactaatctca---cggtccctatc actgtatcaattagcccaatgtttgctgaattttctggagcacgtgcaaggccagcaa-- -gagct------------------------------gctg------cacagggattacct atatatatgacaccgggttcaggccagttcatgacaactgacgatttccaatcaccttca gctttaccgtggtatcacccaacaaaagaaattttaattccaggagaagtaaaaaattta atggaaatatgccaagttgacacattaatccctatcaacaatgtgaataataat---tta agaaaggtaaatctttacactgtacaattaactagccaaacaacac------cagctcag caggtttttgccattaaagtagatattgcttcacaacctttagcaaatactatgcttgga caaattgccagttacttcacacactggactggaagcttgcgatttagctttatgttctgt gggacagcaaacaccactctcaagctacttatagcatatacaccacctggtattgggaag ccagagaacagaaaacaggcgatgcttggtacacatatagtttgggatgttgggttgcaa tcaacagtatctttagttgtcccgtgggttagtgctagtcactttagatacacctctagc gatgaacgttcagcagctggatacataacatgttggtatcagacacaacttgtcttccct ccaaacactccaaatacagctgatatgttatgttttgtatcagcttgtaaggatttttgc ttacgtatggctagagacacagacatgcacactcacaatgaaattatcacacagaac--- ------ccagttgaaaattatgtggatgaagtacttaatgaagtcttagttgtgcctaat atcagagagagccacccaagcacatctaactctgctccaattttggatgctgctgaaact ggacatactagtaatgtacaaccagaagataccattgagactcgatatgtacaaacctca caaactagagatgaaatgagcattgaaagttttcttggcagatcagggtgtatacatgtt tcaacaataaagacaa-atcaggca----------------------------------- -------cacaa---------taccaagtttgataaatggaatatcaacttacaagaaat ggctcaaattagacgcaaatttgaaatgttcacatatgtgagatttgattcggaaataac tctagttccatgcattgcaggacatggtgatg------atataggccacatagttatgca gtacatgtatgtactacctggagctccagtaccagatgacagaaaccactttgcatggca atcggggactaatgcatcaatattctggcaacatggtcaacctttcccaagattttcatt gccatttctaagtgttgcatctgcctattacatgttttatgacggttataatggaggtga tcat------acagcaacttatggcaccacagtggttaaccggatggggacgctttgcgt caggatcgttacgggcaaacaggctcatgatgtccaagttacaacaagcatttatcacaa agctaaacatgtaaaagcatggtgccctagaccaccaagggttgtcccatacaagtatgt tggcctaactaattac------acacttaaagaaac---------------------ag- --------atacagttgtggaacctagaca---------c---agcataatg-------- -----------aca------------------gctggaccaagcgacatgtatgtccatg ctggtaacttgatatatagaaaccttcatctttgcaactcagaaa---tgcatgactcaa tcctaatatcatattcatc------agatttagtcatttatcgaacaaacaccacaggta atgactatatccccacttgtgactgcactgatgctacttattactgtaaacataaggata ggtactatcctatcaaagtcactagtcatgattggtatgagatacaagaaagtgaatact atccaaaacacattcagtataatcttttaattggtgaaggaccatgtgaaccaggagatt gtggaggaaaattattatgtaaacatggagtaattgggataatcactgcaggtggggagg gtcatgtagcattcatcgatctcaggcaat------tccattgtgcagatgaacaagg-- -aataactgattacatccacatgttgggtgaggcttttggaacaggttttgttgatagtg tcaaggaacaaataaatgccattaacc------caattaacaatattagcaagaaaataa ttaaatggcttcttagaataatttctgcaatggttataataatcaggaactcttctgatc cacagacaatcatagccacattaactttaattggatgctcaggctccccttggagatttc ttaaagagaaattttgtaaatggacccaattaaactatatacacaaggagtct---gact catggcttaaaaaatttactgagatgtgcaatgcagctagaggtttagaatggattggga ataaaatatcaaaatttattgaatggatgaaatcta---tgcttcctcaagctcagctta aggtgaaatacttaagtgagcttaaaaaattaagtttccttgagaagcagatagaac--- ---acctaagagtagctgatactcaaactcaggaaaagatcaagcatgaaattgacactc ttcatgatctttcttgcaaattcctcccactttatgctagtgaagcaaaaagaatcaaga tattgcacaataagtgtagtacaataat------taaacaaaggaaaagatgtgagccag ttgctgttgttatacatggtgatcctggcactggtaaatctatgactacaagtttccttg ctagaatgataacaaatgaaagtgat------atatactccttgccacctgaccccaaat attttgatggatatgaccagcaaagtgtggttataatggatgatgttatgcaaaatccaa gtggagatgatatgactttgttttgtcagatggtatccagtgttacctttatacctccca tggctgatttacccgataaaggcaaaccctttgactcacgatttgtactatgtagcacta atcataatatgctagcaccacctacaatcacttcattgccagctatgaatagaagattct tttttgatctagatattgtagtgtgtgataagtacaaagattcacaaggaaagcttaatg tatcagctgccttccaaccctgtgatgtggatgtaaagattggaaatgcccgc---tgtt gtccatttatctgtggcaaagctgtcaattttagggatcgcaatacttgtcagacttata ctttagcacaagtatacaatcaaatacttgctgaagataaaaggcgtagacaggttgttg atgttatggcagcaattttccagggtcctattactc---------------------ttg aagggcctccacctgcagcaataaatgatctattgaaatcagttagaactccagaggtga taaagtattgtgagggaaataaatggataataccagctgagtgtaaaa---ttgaaagag atcttaatttagcaaacaccatcatcacaattattgctaatattattagtatttctggaa tcatttatgtaatatataaacttttctgtacactacaaggaccatactcaggtgaac--- caaaaccaaaaacaaagataccagaa---aggagagttgtagcccaaggaccggaagaag aatttggtagatcacttattaaacataattcatgcgttgtgtcgactcagaatggtaaat ttacaggcttaggaatttatgatagaacactaatcttaccaacacatgcagatcctggta gtgaggtacaaattgatggaattgcaactaaagtagaggattcttttgatttatataata aagatggggttaagttggagatcacagtcttgaaactcaagaggaatgagaaattcaaag acattagaaaatacataccagaaaatgaagatgactatccagattgcaacttggccctgt ctgccaaccaaccagagactaccataattaatgtaggggatgtagtgtcttatggtaaca tcttactgagtggtaatcagactgctagaatgcttaaatataattacccaacaaaatcag gttactgtggtggtattttgtataagattggccaagttcttggtattcacgtgggtggaa atgggaaagatgggtttgctgccatgttattaagatcatacttttctgaaacacagggac agataattacttccaaatctacaagcgaatgtggtgtacctagcattcacacgccaagca aaactaagttgcaacccagtgtcttttatgatgtctttccaggtaataaagaaccggctg tcctttccagtaatgatcctaggttgaaagtagattttaaggaagctttattttcaaagt ataaaggtaataaccagtgtattatgaatgatcatatcaaggtggccatctcacattatt cagcacaactgatgacattagatattgaccccaaacctatatctttggaagaaagtgtct ttggtatagagggcttagaagctttagaccttaatactagtgcagggttcccttatatat ctatgggtatcaagaaaagagatttaatcaacaagcaaactaaggatgtgacaaaactca aaatggcattagataagtatggtgttgatctacctatggttacttttctcaaagatgaac tcaggaagagggaaaagatttgtgatggaaagactcgtgtgattgaagccagtagcgtga atgacactatactgttcaggacaacttttggcaatctcttctcaaaatttcatttaaatc caggtgttgttactggttctgcagtgggatgtgatccagaaacattttggtcaaaaatac cagtgatgttagatggggaatgtataatggcttttgattacacgaattatgatggaagta tacaccctatctggttccaagctttaaaggaagtgttggcaaacctatcatttgaacca- --gctttaatagatagactgtgtagatctaagcatattttcaaaaatacatattatgagg ttgaaggaggaatcccatcaggttgctctggaactagcatttttaacactatgattaata atgtgatcattagaaccctagttttagatgcttataaaaacattgatttggataaattaa agattctagcctatggggatgatgtgatcttttcttataaatatcagcttgacatggagg caattgccaaagagggtacaaaatatgggttaacaataacgcccgctgataaatctgatt gttttaaacaacttgattacaacaatgtgacatttttgaaaagagggtttagacaggatg aaaaacataattttctaatacaccctacatttccagtagaagagatccaagagtctatcc gatggaccaaaaaaccatctcagatgcaggagcatgtgttatcactgtgtcatttaatgt ggcatgatggtagagatgtgtaca-agcagtttgtggaacggatacgtagtgtcagcgct ggtcgtgcactatatattcctccttatgacttgcttttgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atataa---aa-------------------atattaa --aca-gttagttttt------------------tagttttac----------------- ------------------------------------ >FJ445125.1 Human rhinovirus 29 strain ATCC VR-1139, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacctggatctcctacatggagtt---g tactctattattccggtaatcttgtacgccagtttt----------------------at -a----------ccc-ctt-------------t-ccct--t------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-aaacac------ac-agaccaatagg-tgatg gctat-ccaagtca-t----t-aacggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttta--aa ttgatacgctccacc-agggc-gaaaacaatttaaatcgttatccgcaaaatgactacgc aaagcctagtaaca-tcttga-ag-aacttatggttggtcgttccacta------a--ac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggagacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccata-tttttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatgcaatccagcatgttgctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-cttt--- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag--taca----tatatat tggcatcatgggcgctcaagtatccagacaaaatgttggaactcattctacccaaaattc agtttcaaatggatcgagtttaaattattttaacataaattactttaaggatgctgcatc aagtggagcctcaaaacttgaattttctcaagatcctagcaaattcactgacccggtgaa agatgttttagaaaaaggtattccaacactacaatcccctacggtggaggcatgtggtta ttcagatcggataatgcaaattacaagaggtgactccacaataacatctcaagatgtggc taatgcagttataggttatggagtctggccacactatctgagtgctgaagatgctactgc tattgataaacctacccagccagacacctcatcaaatagattttacaccttggagagtaa gacatggaataggcaatccaaaggatggtggtggaaattgccagatgcacttaaagatat gggcatatttggagaaaatatgtattatcattaccttggcaggagtggttatacagtaca tgtccaatgcaatgctagtaagtttcatcaaggaacattactggtagtgatgatacctga gcaccaactggcaagtgtaggtactgataaagtcggacctggatatgctttcacgcatcc cggtgaggcaggtagacagattggcaatgtgagtgaa-----------cc---gactt-- -caaagcatccaagtgatgacaattggctcaactttgatggcaccttactgggtaatgtt cttatattcccacaccaatttatcaatttaaggagcaataattctgcaacaataatagtt ccttatgtgaatgctgtcccaatggattcaatgttaagacataataattggagtttagtg ataattccaatcagtgaattacaagcagagaatgccactaatgtca---cggtccctatt actgtatcaattagtccaatgtttgctgaattttctggagcacgtgcaaggccagcaa-- -gagct------------------------------acta------cacagggattacct atatatatgacaccaggttcaggccagtttatgacaactgatgatttccaatcaccttca gccttaccatggtatcacccaaccaaagaaattttaattccaggagaagtaaaaaattta atagaaatatgtcaagtcgacacattaatccctatcaacaatgtaagtagcaat---ttg agaaaggtaaatctttacactgtacaattaaccagtcaaacaacac------cagcccag caggtttttgccattaaagtggatattgcttcacaacctttagcaaatacaatgcttggg caaattgctagttacttcacacactggactggaagcttgcgctttagctttatgttctgt ggaacagcaaataccactctcaagctacttttagcatacacaccacctggtattgggaag ccagaaactagaaaacaggctatgcttggtacacatatagtttgggatgttgggttgcaa tcaacagtatctttagttgtcccatgggttagtgctagtcactttaggtacacctctagt gacgaacattcagcagctggatacataacatgttggtatcaaacacaacttgtcttccct ccaaacactccaaatacagctgatatgttgtgttttgtatcagcttgcaaagatttctgc ttacgtatggctagagacacagacatgcatattcataatgaaattatcacacagaac--- ------ccagttgaaaactatgtggatgaggtgcttaatgaagttttagttgtgcctaac atcagggagagccacccaagcacgtccaactctgcaccaatcttggatgctgctgagact ggacatactagtaatgtacaaccagaagataccattgagactcgttatgtacaaacctca catactagagatgaaatgagcattgaaagttttcttggtagatcaggatgtatacatgtt tcaacaataaaagcaa-atcaggca----------------------------------- -------catga---------cgccaagttcgataaatggaatgttaacttacaagaaat ggctcaaattaggcgcaaatttgaaatgttcacatatgtgagatttgactcagaaataac tctggttccatgcattgcaggacgtggtaatg------atataggtcacatagttatgca gtacatgtatgtaccacctggagctccagtaccaaatgacagaaatcattttgcatggca atcagggactaatgcatcaatattctggcaacatggtcagcctttcccaagattttcatt accattcctaagtgttgcatctgcttattacatgttttatgatggttacaatggaggtga tcat------acagcaacttatggcaccacagtggttaaccggatggggacgctttgtgt cagaattgttacaggcaaacaagctcatgatgttcaagttacaacaagtatctatcataa agctaaacatgtaaaggcgtggtgtcctagaccaccaagagttgtcccatacaagtatgt tggcctaactaattac------acacttaaagaaga---------------------ag- --------atacagttgtggaatccagacc---------a---agcttaatg-------- -----------aca------------------gctggaccaagtgacatgtatgtccacg ttggtgacttaatatatagaaatcttcacctttgtaactcagaaa---tgcatgattcaa tcctaatatcatattcatc------agatttagtcatttatcgaacaaacaccacaggta atgactatatccctacttgtgactgtactgatgcaacttattactgtaaacataaggata ggtattatcccatcaaagtcactagtcatgattggtatgagatacaagaaagtgaatact atccaaaacacatccagtataatcttttaattggtgaagggccatgtgaaccaggtgatt gtggaggaaaattactatgtaaacatggagtaattggaataattactgcaggtggggagg gtcatgtagcattcattgatctcaggcaat------tccattgtgcagatgaacaagg-- -aataactgattacatccacatgttaggtgaagcttttggaacaggttttgttgatagtg tcaaggaacaaataaatgccattaacc------caattaacaatattagcaagaaaataa ttaaatggctccttagggtaatttctgcaatggttataataattaggaactcttctgatc cacaaacaatcatagccacattaactttaattggatgctcaggctccccttggagatttc ttaaagagaaattctgtaaatggacccaattaaattatatacataaggagtct---gact catggcttaagaaatttactgagatgtgcaatgcagctagaggtttagaatggattggaa ataaaatatcaaaatttattgagtggatgaaatcta---tgctccctcaagctcagctta aggtaaaatacttaagtgagcttaaaaaattaagtttccttgagaagcagatggaac--- ---atctaagagtagcagacactcaaactcaggaaaaaattaaacatgaaattgacactc ttcatgatctttcttgtaaattcctcccactttatgctagtgaagcaaagagaatcaaga tattgcacaataagtgtagtacaataat------taaacaaaggaaaagatgtgaaccag ttgctgttgttatacatggtgatcctggtactggtaaatctatgactacaagcttcctag ctagaatgataacgaacgaaagtgac------atatactccttaccacctgaccccaaat attttgatggatatgaccaacaaagtgtggttataatggatgatgttatgcaaaatccaa gtggagatgacatgactttgttttgtcagatggtgtctagtgttaccttcatacctccca tggctgatctacctgataaaggtaaaccttttgactcacgatttgtactatgtagtacta atcataatatgttagcacctcccacaatcacttcattgccagccatgaacagaagattct tttttgatctggatattgtggtgtgtgacaagtacaaagattcacaaggaaagcttaatg tatcagctgcctttcaaccctgtgatgtggatataaagattggaaatgctcgt---tgtt gtccatttatctgtggcaaagctgttaatttcagggatcgcaatacctgtcagacttaca ctttagcacaggtatataaccaaatacttgctgaagacaaaaggcgtagacgagttattg atgttatggcagcaattttccagggtcccattactc---------------------ttg aagggcctccacctgcagcaataaatgatctattaaaatcagtcagaactccagaagtga taaagtactgtgaggaaaacaaatggataataccaactgagtgtaaag---ttgagagag atcttaatttagcaaacaccatcatttcaattattgctaatatcatcagtatttctggaa ttatttatgtaatatataaacttttctgtacactacaagggccatactcaggtgaac--- caaaaccgaaaacaaaggtaccggag---aggagggttgtagcccaaggaccggaagaag aatttggtaggtcacttattaaacataattcatgtgttgtgtcaactcagaatggtaaat ttacaggtttaggaatttatgatagaacactaatcttaccaacacatgcagaccctggta gtgaggtgcaaattgatggaattacaactaaagtagaggattcttttgatttatataata aagatggggttaagctggagatcacagtcttaaaacttaagaggaatgagaagttcaagg acattagaaaatacataccagaaaatgaagatgactatccagattgcaatttggccctat ctgccaatcaaccagagactactataattaatgtaggggatgtagtgtcttatggcaaca ttctactaagtggtaatcagactgctagaatgcttaaatataattacccaacaaaatcag gttactgtggtggtattttgtataagattggtcaagttcttggcattcacgtaggtggaa atgggaaagatgggtttgctgctatgttattaagatcatacttttctgaaacacaagggc agataattacttccaaatctacaagtgaatgtggtctgcctagcattcacacaccaagca aaaccaagttgcagcctagtgtcttttatgatgtctttccaggtaacaaagaaccagctg tcctctctagtaatgatcctaggttaaaagtagattttaaagaggccttattttcaaaat ataaaggtaacaatcagtgtactatgaatgatcatatcagggtggccatctcccattatt cagcacaactgatgacattagacattgatcccaaacctatatctttagaagaaagtgtct ttggtatagagggcttagaagctttagatcttaatactagtgcagggttcccttacatat ccatgggtatcaagaaaagagatttaatcaacaaacaaactaaggatgtgacaaaactca aaatggcattagataaatatggtgttgatctacctatggttacttttctcaaggatgaac tcaggaagagggaaaaaatttgtgctggaaagactcgtgtgattgaagccagtagtgtaa atgatactatactgttcaggacaacttttggcaatctcttctcaaaatttcacttaaatc caggtgttgtcaccggttctgcagtggggtgtgatccagaaacattttggtcaaaaatac cagtgatgctagatggggaatgtataatggcttttgattacacaaattatgatggaagta tacaccctatctggttccaagctttaaaggaagtgttagcaaatctatcatttgaacca- --gctttaatagatagactgtgtagatctaagcatatttttaaaaatacatattatgagg ttgaaggaggaatcccatcaggttgctctggaactagcatttttaacactatgatcaata atgtgatcattagaacccttgttttagatgcttataaaaacattgatttggacaaattaa agattctagcctatggggatgatgtgatcttttcttataaatatcagcttgatatggagg caattgctaaagaaggcacaaagtacggattaacaataacacccgctgataaatctgatt gtttcaaacaacttaattataataatgtgacatttttgaaaaggggatttagacaggatg aaaaacataattttctaatacaccctacatttccagtagaagagatccaagagtccattc gatggacaaaaaagccatctcagatgcaggaacatgtgctatcgctgtgtcatttaatgt ggcataatggtagagacgtgtaca-agcmgtttgaggatcggatacgtagtgtcagcgcc ggtcgtgcactatatatccctccttatgacttgcttttgcatgagtggtacgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atataa---aa-------------------gtattaa --aca-gttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445160.1 Human rhinovirus 82 strain ATCC VR-1192, complete genome -------ttaaaactgggagtgggttgtt-cccacccagaccacccacgtggtgtt---g tgctctgttattccggtaaccttgcacgccaatttt----------------------at aa----------ccc-cct-------------ttcccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt--tttgcac------at-aggccaatagc-aagca gcgaa-ccagctgt-a----t--aaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ttgatatgcttcaac-aaggc-aaaaacaacagcgatcgttatccgcaagatgcctacac aaagcttagtacct-cctttg-ac-ggtatttgtctggtcgctcaggtg------tttcc cc-agcactagacctggcagatgaggctagaaactccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttctg-ggt----------gtgaagccaaa-tactag acaaggtgtgaagagccccgtgtgttcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacccgcagccattactcacaatccagtgagcggatggtcgtaatgagcaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcat----g---ttttt-ctttat- ----aatttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gtga----tatatat tggcatcatgggcgctcaagtgtctagacaaaatgttggtacgcactcaactcaaaacat ggtttcaaatggttctagtttgaattatttcaacattaattactttaaggatgctgcttc cagcggagcatccaaattggaattttcacaagatcctagcaaattcacagacccggttaa agatgttttagaaaagggaattccaactttgcaatcaccaacagttgaagcttgtggata ttcagatagaatcattcagattacaagaggagattccacaattacatcacaagatgtagc aaatgctgttgtagggtatggaatatggcctcattacttatccccagaagatgccacagc catagataaaccaacacgccctgacacatcatccaatagattttacactttggagagcaa gatttggacaagtgattcaaaaggttggtggtggaaattgcctgatgcacttaaagatat gggagtttttggacaaaacatgtattaccatttcctaggaagaagcggctatacaatcca tgtgcaatgcaatgccagcaaattccaccagggcactttgatagtagctgccataccaga acatcaattggcaagcgcggaaagaggaaacgttaatactggctataattatacacaccc tggtgaatctggtagggatgttgggaaagatagg--------------gaaagtacta-- -gatatcaacccagtgatgataattggctcaattttgatggtactttattgggtaatata accattttcccccatcaattcataaatttaagaagtaataattctgcaacactgattctc ccatatgtaaatgctgtacctatggactctatgcttagacataataactggagtttagtt ataatcccaatttgtcctttagaaactaatggaggtgat---gcta---ctgtgcctata acaatatctattagtccaatgtttgctgaattctctggagcacgagcccgt--------- ---------------------------------------a------gccaaggattgcca gtgctaatgaccccgggttctggccaattcatgacaactgatgactatcagtcacccagt gcattgccatggtttcgttcaacaaaggaaatatttatcccaggtcaagtgcataatttg gcagaattgtgtcaggttgatacaattataccaatcaattacacatcagcaaat---aca actagtgtcaatatgtatactgtagtgttggacaaaggtgat---c------ctggaaga gaagtttttgccatgagagctgacatagcaactcaccctctagccacaacattaattgga gagattgccagttattacacacattggactggtagtttgagatttagcctcatgttttgt ggtacagctggcactacacttaaattgctagtagcctacacaccccctggaattgctaaa ccaacaaacaggaaagatgcaatgcttggtacccatgttgtttgggatgttggcctgcag tcaaccatatcaatgattgtgccctgggttagtgctagtcattttagaaataccacacca gacaaattctcacaagcaggatatataacatgctggtatcagactgctcttgtcacacct cccagcacacctgctacagccagaatgctttgttttgtatcagggtgtaaggatttctgt ttacgcatggctagagacactaatttacataaacaaattggacccatcacacaaaat--- ------ccagttgaaaagtatgttgatagtgttttaaacgaggtattagttgttcctaac attaatgaaagtcatcctagtacttcaaattcagctcctgccttggacgctgcagagaca ggacatacaagtactgttcaacctgaggacatgattgaaacacggtatgttcaaacatca caaactagagatgagatgagccttgagagtttcctagggagatctggctgcatacacata tcacacctaaatgtca-gatacact----------------------------------- -gattataatga------aggtaataactttagatcatggcaaataagcataaaggaaat ggcacaaattagaaggaagtttgaacttttcacatatgtgagatttgattcagaaattac tttagtgccttgcatagcctctcaaagtaatg------atattgggcatgtagtgatgca atacatgtatgtcccaccaggtgctcctaaaccagaaaagagagacgactacacttggca atctggaactaatgcttcaattttctggcaacatggacaaccttaccctcgcttctcact tcctttcttgagtatagcctcagcttactatatgttctatgatggctatgatggtgatgc tccc------ggatcgcgatacgggaccatagtgacaaatgacatgggtacactgtgttc tagaattgtaactgaagaacaccagactcaagtcagcattaccacaagaatatatcacaa agcaaaacatgtgaaagcgtggtgtccacgacccccgagggctgtgggttatacacacac acatgttaccaactac------aagccatcacaggg---------------------ag- --attacagtgttgttattccagttagaga---------g---agtcccaga-------- ----------caga-ttctta---------atgtaggacctagtgacatgtatgtacatg tcggcaacttgatatatagaaatctacatctttttaactctgatg---cccatgactcta ttttagtctcttattcatc------tgatttagtcatctaccgaacaaacaccacaggtg atgactatatcccaacatgtgattgtacagatgcaacttactactgtagacataagaata ggtactacccaataaaagtcactagccatgattggtatgagatacaagagagtgagtatt atcccaaacacatccaatacaatctcttaattggtgaaggtccatgcgaaccgggagatt gtggcgggaaacttctttgtaaacatggtgtgattggaattattacagcaggtggtgagg ggcatgtggctttcatagatttgagacatt------tccattgtgcagaagagcaggg-- -tatcacagattatatacatatgttaggggaagcctttggtagtggatttgtagatagtg ttaaggatcaaattaatgctataaacc------ccataaacaatatcagcaagaagctag ttaagtggattcttagaataatatctgctatggtaataattattaggaatagttcagacc cacaaacagttatagccacacttacattgataggctgttcaggatcgccatggcgatttc ttaaggaaaagttctgtaaatggacacagttgcactatgtacacaaggaatca---gatt catggcttaagaagttcacagaaatgtgcaatgcagcaagaggtcttgagtggattggta acaaaatatctaaattcatagaatggatgaagtcca---tgttacctcaggcccaattga aggtcaagtatctcaatgagctcaaaaaactgagtttattggagaaacaaattgaga--- ---acttgcgctgtgcagacacaaaaacccaggagaaaataaaagtagaagttgacaccc tccatgatttatcatgtaaatttctccctttatatgctagtgaagcaaaaagaattaagg ttttgtataataaatgtaataatataat------taagcagaaaaagagaagtgaaccag ttgctgtaatgatacatggtccacctgggactggtaaatctataactacaagctttcttg ctaggatgataacaaatgaaagtgac------atttactcactaccaccagatcctaaat actttgatggatacgatcagcagagtgtagttatcatggatgacataatgcaaaatccgg atggagaggatatgtccttattttgtcagatggtttcaagtgtcacattcattccaccaa tggctgacttaccagataagggcaagccatttgattctcgctttgttttctgtagtacaa accaatctctcctagctccaccaactatcacttcgctctctgctatgaatagaaggtttt atttagatttagatataattgtgcatgagaattacaaaaacactcagggaaagttggatg tgtctagatcttttaagccatgtgatgtagataccaaaataggtaatgcaaaa---tgct gtccattcatatgtggtaaggctgtgtcttttaaagaccggaacacatgtgaggtgtatt ctctctgccggatttataacatgattatgcaggaagacagacaccgtaggagtgttgtgg atgtaatgacagcaatattccaagggcctatcacta---------------------tgg atgctccaccaccacctgcaatagcagatttattgcaatcagttagaaccccagaggtaa tcaagtactgtgaggaaaacaaatggataattccagcagattgtaaga---ttgagaggg atctaaacttagcaaataatatcataacaattatagcaaatgttattagtatagctggta ttatttttgtcatttacaagcttttctatacactccagggcccatattccggtgagc--- ctaaacctaaacctaagattccagaa---agaagagttgtagctcaaggacctgaagagg aatttggccgttccctgattaaacataacacttgtgttgttaccacagacaatggaaaat ttacaggcttgggtatatatgataagaccatgattataccaacacatgccgatccaggta atacaatccaaatagatgggataaatgttaaaatttcagattcttacgacctatacaata aaaatggtgtgaaacttgaaataacagtaattaaattagataggaatgaaaaatttaggg acattcgaaagtacataccagaaaaggaggatgattatccagattgtaatttggctttag tagctaatcagcctgaacccacaatattgaatgtgggagatgttgtgtcatatgggaata tattgcttagtgggaatcaaactgcaagaatgctcaaatacaattacccaactaaatcag gatattgtgggggagttttatataaaataggtaatattctgggtatacatgttgggggta atggtaaagatggattctcagccacattgctcagatcttactttagtgaaactcaaggac agataacaaaaactgcaaatgtgagagaatatggacttcctaccatacacactcctagca aaaccaagctacaacctagtgtattccatgatgtgttcaaaggaaccaaagagccagctg tactatctgagaaagatccacgcttggagacagatttcaagaaagccctattctctaaat acaaagggaatttagactgtgaaatgaatgatcatgttaaagttgcagttgcacactatt ctgctcaactaatgacactcgatatagattcaagcaacatgagtctagaagatagtgtgt ttggttcagaggggcttgaagctttagacttgaatactagtgcaggttttccatacataa gcatgggtataaagaaaagggacctaattgataaaagcactaaagatatatctaaactta aggttgcattagataaatatggagtggatttacccatggtcactttccctaaagatgagc ttagaaagaaagaaaagatctcttctggaaaaactcgtgtcatagaggccagtagtgtga atgatacagtagcctttaggatggtatatggtaacttatttgcagcctttcacaaaaatc ctggaatagtaacaggttctgcagttggctgtgatccagaaactttctggtcaaagatcc ctgtcatgttagatggtgaatgcataatggcttttgattatacaaattatgatggtagta tacatccaatgtggtttgaagctttgaaaatggtattaaataatttgcaatttgagtcc- --agactaatagataggctgtgtaattccaagcacatatacaaagactcatactatgagg ttgaaggtggagtaccttcaggatgttctggaacaagtatattcaacactatgattaaca atgtgattataagaacattagtattagatgcatacaaacatatagatttggataaattaa agataatagcatatggtgatgatgtaattttctcatataaatacactcttgatatggaag caattgctcaagagggcagtaaatatggactaactatcacacctgctgataaatctgaaa ctttcaaaaaacttgattatagcaatgttacctttctgaaaagaggctttaagcaagatg aaagatactcatttttaattcatccaaccttcccaattgatgagatacatgaatcaatta gatggacaaagaaaccctcccaaatgcaggagcatgttctctcattgtgtcacttaatgt ggcataatggttacgaagtctaca-gagactttgaacggaagatacgcagtgtcagcgct ggacgcgcactgtatatccctccatacgaaatgctcctgcatgagtggtatgaaaaattt taata-------------ga---atatag---aa-------------------atgataa --ata-tttagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >KJ675505.1 Rhinovirus C isolate 1570-MY-10, complete genome -------ttaaaactgagtgtgggttgttccccacccacactgtctacgggacgtt---g tactcttgtattccggtacacttgtacgcccagttt----------------------gc ------------cac-cctaaa----------cacccc---------------------- --------gtaac---aatagaagt-ctacgcacactt-----agaccaatagg-gggtg t-tcatccagttca-c----c-caaggtcaagca-cttct-gttt-ccccgg-cataggg gtgttaggcttcgcccgaggc-caaagctctgattgtcgttatccgcacaactactggac aaagcctagtagca-ccctac-gatgtagcatggttggttgttccgcca-------gtat cc-cctggtaaacctggcagatggggctagaagttcctcactggcgacagtgttctagcc cgcgtggctgcctgctccctta-t------gg----------gagaagccatt-ctactg acaaggtgtgaagagccccgtacgctagttgt--gattcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccctgcagccattacatggaagccaccatgtggatggtcgtaatgagtaatt gcgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttta- ----ctgacgtttatggtgacaa---tat-atatataacg-------ta----t-atatt gttcatcatgggcgctcaagtatctagacaaaccactggatcgcatgaaaatgctatcac agctaccagcggaggtcttatcaagtatttcaatataaactactacaaggattcggctag ttcaggtttggctaaacaagacttcactcaagatccatccaaatttactcaacccctggc agaggttctaacaaa------tccagcacttatgtccccgactgttgaagcatgtgggtt ctccgataggctcaagcaaattactattggaaactccactatcaccacacaggatgctct tcacacagtactggcttatggtgaatggcccagttatttgtcagatcttgatgccacttc agtagataaacccacacacccagaaacttcatcagacagattttatacccttactagtgt agattgggatgcttcttcgagtggatggtggtggaagcttccagacgctctaaaagacat gggaatttttggccaaaacttgtattaccactcaatgggtagagcagggtacataataca tacacaatgtaatgccaccaaattccacagtggagctttgatggttgttctaatacctga acaccaactggcatatgcaggtggtgcgaatgccagtgttgggtataaacacactcatcc aggtgagaatggccataagattgaga------------a-----gcgcggttttgatg-- -acaacaagccagatgaagaccccttcttcaactgtaacgggacactgtttggtaatctc actatattcccacatcagattattaatcttagaactaataattccagcacaattattagc ccttacattaattgccagccaatggacaacatgctaaagcacaataatctcacactgctg atagtgccactggttaaactcacacctggaactggtgcttcaccca---gcgtgtctata acagtgtcaattgcaccatataaatcagagttctctggtgccatggaaacacgttata-c agtgca------------------------------gcaa--------cagggtttacct gttcgtatgccaagtggatcccagcaattcatgactactgaggatgaacaatcacccaac atgctacctggctaccactccagcaagaaaatacacataccaggtatgatcacaaacgtc ttgcacatggccagagttgattcctttatgcctatcaacaacatccgtaccgag---att ggcaaggtatcaatatacaacataccaatattaaggaaaa------gtaacaatgatgga ctaatactctctatacccttagacatgagcaacagtctgtttgccactacacttttgggg gaagtgctgaattactttactaactggtcaggtagtattactctcactttcatgtgtgtg tgtgattctttctcaactggaaaattcttgttagcgtacaccccccctgggggagcacac ccagctagcagaaagcaagctatgttaggggtacatgttgtttgggacctgggtttacaa tcatcatgtactatggtaataccttggatatcctctggtttttatcgtaataccaaatct gatgaccacactgaagcagggtacgtttcactttggtaccaaacagatttcgtgactacc acaacagcaggaca---gggtgctatactagttacttgtagtgggtgcccggatatctca gttagaatgttaagagatacaccaatgatgaaacaagatgatgatgtgttgcagaacaat gac---ccaatagagcaatttgtacatgatacactaaatgaagttgtagtggtacccaac acacatgcttctggacctcaacacaccacacgacccagtgcattaagtgcaatggaaata ggagcctccagcacagccactcctgaatccacactagagactagatacgtggtaaatgat aacacaaatgaagaagctgaaatagaaatattcctggggagatcagcaatatggaccaaa agggcttt---ggatc-a------------------------------------------ ------------------------aggattcttgaaatggaagataagttttcaggaaca ggctcacattaggaaaaagtttgaactgttcacttacctcagatttgatatggaaatcac aatagttattaataaccaagacc------------------------------taatgca gataatgtatgtaccacctggcatagccacacctgatagtaagggtgacaacaaatggga ttcagcttccaatccaagtgttttctatcaacctaaaagtggattcccccgcttcacaat acccttcacgggtctagcctcagcttattacatgttctatgatggttatagtaacacaac tggtgagcctaggaatacctatggtatctctcctaccaatgacatgggcaccttatgctt ccgctcattggaaggaacaggcaatgcaga------------ggtgagggtctatgtgaa accaaagcatactacagcatggattcccaggcctccccgcgctgtacaatacacacacac ctacagtacaaactaccactacaaaa---------agggggatg------cccccttgg- --aggacagacacttcatacaacacagaga---------a---ggcatcaaa-------- -----------attctgcaga---------atgcaggtccaagtgatctgtacgtccata ctaaagatgctatctatatatgtgcacacttgaccaaaccaaatg------acaacacta tcctgctggcctacacagc------agatctgcaagttgataacagtgaaactgagggtc cagatcacatcccagattgtgactgcacttcaggttgttactatgtcagacatttggata gatactgcccagtaaccttaacttctcatgattggtatgaaatacaagagtcaaattact accccaaacatatacaatacaatatcttgattggcgagggtccttgcaaacctggagatt gcggtggtaaattactctgtaaacatggggtcataggcattgtcactgctggtggtgagg ggcacgtggcattcactgatttacgcccatact---caagtctctccactcaccagggaa ttgtatcagattacttcacccaattgggcgacgcctttggtgagggcttcacacataata taaaagagcatttttctaatctgtcttcaaacattactgataaaattacaggcaaagtag ttaaatggttagtgcgtattattagtgctctcactattatgattagaaactcaacagaca cagcaacaatacttgccactctggcgctattagggtgtcagagttccccatggaacttcc ttaaaaataagatatgccaatggctagacatacccaaacccccttccaaacaaggtgatt catggattaagaaatttacagaatgttgtaatgcagctaagggcttagaatgggttgcca tcaaaatagggaaatttattgactggttgaaagaaaaactaatccccacagtacagcgga aaaaggaaacactggaacaatgcaagaaactggccctttatgaagagcaatgcaaag--- ---gattctccaaatcagatgcccaggctcaacaacaactcatcatagaagtggccaagc tgaagaaaggtctagatgagttagcacctttatatgctaatgagaataagagagcaacag gaatccagaaagagctacaacgcatgactgcataccacaaaacacatcgacatgaaccag tctgttgtctaatacgtggacaacctggatgtgggaaatcactggtcacttcaattattg cacgtggacttgcaccagaagcccat------gtttactcattgcccccagatccaaaat attttgatggttacgatcaacagaaggttgtcataatggatgatatagggcaaaatccag atgggaaagacctcagtatgttctgccaaatggtttccaccacagaattcatagtaccaa tggccaacatagaagaaaagggtagatcatttactagtgaatacattttggccagcacaa atcttgatgcactcaccccacccacaataactattccagaggcaattaaaagaaggttct ttatagatgtggatttagtcattattagtaagtttagaaattctagtggtcttttagata cagcaaaggcactccaaccctgcgctaattgccctaaaccagcttgctttaagcaatgtt gccccctgctgtgtggtcaagcagttgtcttacaagatagaagaagcaaggccaattatc ctgtaaatgcaatagtacagcaactccaacatgagaactcaacgcgcaagaaggtaaaag ataatctagaagccatatttcaaggactgg---------------------------gcg acccaacccccccaggatttattgtggatttgctgtcagcctcaaaggacccaaaagtca ttgagtactgtgtggaacaagggtgggttggtaaagcaaactctacca---ttgaaaggg acttaaactatgttcattacatactcaattgcttggggagtctcatcctcatactaggga ctatctatgtgttgtacaagttaatgtgtttcacccagggtgcttatagtgggttac--- ccaacccagttccaaagaaaccagaactaagaaaagcaacattgcagggtcctcaacatg aattcatccgggcattggtcaaaagaaactgtcacatcttgaccacaaaaaggggcgaat tcaatctgctcggaattcatgacaattgtgctgttgtaccaactcatgctgaatgtggag atatagttaatatagatggtagagacattagagtcctgaaacaacaaattctaactaaca ctgatgatgtggatacagagataacactattgtggctggaccagaatgagaagttcaggg acatcagaaggttcatcccagaacaccaacaagaatggtgtaacatgcatttagccacca atgttaccaagttccccatgttagacgtagaggtgggtgaggtcatcccatatggacaac taaatctgagcggcaaccccacttgccgtttaatgaaatataattatcctacaaaacctg ggcaatgtggtggagtgattctaaatacaggaaacatcattgcaatacatgtgggtggaa atggtaaagtcggatatggagcagcattgctacgcaaatactttgctgttgcccaggggg aaattgttaagagaggacaaactaaggaattaggctttcaatcagttaacactcctacaa aaacaaaattacagccaagtgctttctaccatattttcccaggaacaaaagaaccagccc ccttacatgccagtgatcctagactcgaaacaaacttggatcaagcagttttgtctaagt acaagggtaatccacaggttgaatggaatgactatatacagactgctgtggaccactatg ctgcccaactatatacattagatattaacccagaaccattgacaattgatcaagcggtct atggtattgataaccttgaaccactagatataaccactagtgcaggttatccttatgcca ccatgggtatcaggaaaaaggatattgtcaatagagttgaaaagagcactacaagacttc aagaaatgatggacttgtatggaattgacttaccctacatcacatatttgaaagatgaac tcagaagcccagagaagattaggaaagggaagactagggccatagaagctgctagcctca atgacacagttcatttccgaatgctattcggaaatctcttctcaacttttcatgcaaacc caggaatcctgactggttctgcggtaggttgcaacccagatattttctggtcacaattat atgctacactagatgggcact---tactagcttttgattacacaaactatgatggcagtt tacaccccatatggttcaaagcattgggcaaggtcttgaccttactgggtttccctggt- --aatctcatggacagattatgcaacacaacacacatatacagagaccaagtttatttag tggaaggtggtatgccctcaggaatatgtggtaccagtatctttaacactatgatgaata acataataataagaacaatagtgcttgagacttatagatcaatagatttagacaaactaa aaatagttgcttatggtgatgatgtgatagcatcctatccttatcctttggatcctacac atatagcagaaacagcagccagatatggattgaatattacccctcctgataaatcagata agtttcaagaagtaacatgggacaatgtgacctttctcaaaagagctttcagaccagatg agaaatacaagtttttaatacaccctgtttatagtatgactgatgtccacgaatcaatac ggtggactaaagacccaaagaatacacaggaccatgttagatcactgtgcttactagctt ggcacaatggaaaagagaagtatg-aggaatttttaacaaaggtgagaagttgccatgta gggaaacaactctatctccccccttatcaaagcttgtacacacagtggcttgatgaattt -----------------------atttaa---tcatt---------aataaatatagta- ------caatgtttaga---ggaacaa-------a-gtattat----------------- ------------------------------------ >KY369889.1 Human rhinovirus A101 strain SC1124, complete genome -------ttaaaactgagtcatggttgtt-cccaccatgattacccacg-ggtgta---g tatacttgtatcccggtacatttatacgccagtttt----------------------at ------------aat-ccc-------------caccccaaa------------------- -------tgtaac----ttagaag--c-ttgtaca----caa-tgatcaataggatgatg gctat-ccaagtca-t----c-taagatcaagca-cttct-gtct-ccccggtgag--tg tgaatatgctttacccaaggc-aaaagctaatctcatcgttatccgcaaggtgcctacgg gaagcctagtaata-ctctga-ag-atattttggttggtcgatcagttgca---ctcacc ca-tgcaatagacctggcagatggggctaggcacacctcactggtaacagtggcctagcc cgcgtggctgcctgcacacct----tcg-ggt----------gtgaagccata-atattg acagggtgtgaagagcctactgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtatccattgcacacaaaccagtgtgtctatggtcgtaatgggtaact acgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt--------gtttt-tcttta- ----atactgcttatggtgacat-tatat-a-t--------tg-----------atatag tgtcatcatgggtgcacaggtttccagacagaatgttggaactcactcaacacaaaatgc agtatccaatggttcaagtttaaactattttaatatcaattacttcaaagatgcagcatc aagcggagcgtcaagattagatttttcacaagatcctagtaaattcactgacccagttaa agatgttttaacaaaaggaattccaacattgcaatccccatctgttgaggcttgtggata ttcagacaggataatacagataacaaggggaaattcaacaataacatcacaagatgtagc aaatgcagttgttgggtatggagtgtggccccaatatttacctgatgatgatgctagtgc tattgacaaaccaactcatccagacacatcctcaaacagattctacacactagaaagtaa agagtggaaaagtgactccaagggatggtggtggaaactaccggatgccctcaagaatat gggaatttttggggaaaacctattctaccatttcttgggcagagctggatatacggtaca cgtgcagtgcaatgcaagcaaattccatcaaggtgcattagttgttgctgcgatcccaga acaccagctggcatacataggatcagagaatgttagtgtaggatataaacacacacaccc tggggaatcaggacgaacacttaatgatagagag--------------aataataact-- -cacaacaacctactgatgaaagctggctgaactgtgatgggacactattaggaaatatt actatcttcccacatcagttcattaatttgaggagcaacaattcagccaccctaattcta ccttatgtcaatgctgtccccatggattcaatggttagacacaataactggagtattgtg ataatacccgtatcaccactccagactata---gaaggaacacctt---atgtcccaatc acattatcaataagtcctatggcttcagaattttcaggtgctcgaaaca----------- -catcc------------------------------ag---------acaaggtctacca gttatgctcactccaggctcaggacaatttctcactacagatgatgcacaatcaccatca gctttaccctatttccatccaacaaaagaaatattcataccaggtagggttactaatcta tcagaaatttgccaagtagattcaatgattccaattaataacacagtggcgagt---cat aaaagggtgagtatgtatgcagttcgtgtgggtgtccaaacagcac------cagccagg gaggtctttgctataccagtagatgttgcttctcaacccttagcaaccactcttattgga gaaatagctagctattacacacactggacaggctctataagattctctttcatgttctgt ggcacagctaataccagcctcaaactacttgttgcatatacaccacctggagtacccaag ccagactcaaggacaaaagccatgttaggaactcatgtggtgtgggatgttggtttgcag tccactgtatcaatggtggtgccctgggtttctgcaagccattataggcttaccacacct gatacatactcaaaagctggatatattacttgctggtatcagacaaactttgtggtacct ccaagcactccaaaaactgcagatatcatatgttttgtgtctggttgcaaggatttctgt ctgaggatggccagagacacaaacctacattcccaaactgtcaacatcacacaaaac--- ------ccagttgagaagtatactgaagcaattttgaatgaagtcctaacagtcccaaac atacaacctagttcgggcaatacttctaatgcagctccagtcctagatgctgctgagact ggtcacaccagccaaacacaacctgaagatacagtggaaaccaggtatgtcatcacagat caaacccgtgatgagatgagtgttgaaagtttcttagggagatcaggttgtatttctgaa atgcacaccattgtgg-aacatggtgaagat----------------------------- -gtatataatgca---gtggataaaaatttcactaaatggaagattaccttaaaggagat ggcacaaatcagaagaaaatgtgaattgttcacatatttgagatttgattcagagataac tatagtacctacaatagctggacaaggaaatg------acattggacatgtggtgctcca atatatgtttgttccaccaggagctccaatccccacaaagagagatgattatacatggca atctggtacaaatgcttcagtcttctggcagcaaggtcagacctaccctagatttacaat acctttcatgagcattgcctcagcatactacatgttttatgatggatatgaggatgatac acca------aattcaaagtatggtgcagttgtaacaaatgacatgggaacattgtgtgt gcgtattgtaactgagcaacaagcaaatactgtacacattacaagcagggtctatcataa agcaaaacatatcagtgcatggtgcccacgaccacccagagctgtggcatatcagcgtgt acataataccaatttt------gttccagcaacagg------------------------ acaagtagagatacaaatacccacaagagc---------a---gatcttact-------- -----------------------------actgtgggcccctcagacatgtatgtacata tggataatctcatatatagaaacctacatctgtgtaacccagaagacttagatgattcag tattaatttgttactccag------tgatttagtcatataccgaacaaatactaaaggtg atgattacattccaatgtgcaactgtactgaagcaacatactactgcaagcacaaggata gatatttcccagtaaatgtcaagaaacatcagtggtatgaaatacaagaatctgaatatt acccaaaacacatacaatataatatattaattggggaaggaccatgtgcacctggagatt gtgggggaaaattactatgcaagcatggagttattggcatagtcactgcaggtggagaga atcatgtagcatttattgatttgagggatt------ttcacattgctgatgagcaggg-- -tataacagattatatacatacacttggagaggcatttggtgcaggctttgtagataaca ttaaagatcagatacaggctataaacc------caataaatagagtaactagcaagatag ttaaatggataatcagaatcatatcagcagtcacaatcatcattagaaatagtgcagatc cacatacaattattgcaactttagccttgattggttgctctggttcaccatggagattta ttaaagaaaaagtgtgtaattggttacaattatcatacatacataaagaatca---gatg gttggattaaaaagtttactgaaatgtgcaatgctgctaggggtttagaatggcttggaa ataaaatatcaaagtttattgactggctcaaatcaa---tgctaccacaagctaaactca aagttgacttcattgggaaacttaagcaactacctttgttagagaaggagattgatg--- ---gactaagactagcaactcagaaacagcagcaagaatacattgatactctcagagtca tgttagatgcatctaataaatttctgcctctgtacgcacttgagaataaaagaatcaaag agttacttaaaagaagtgagatgatcct------ccgcacagctaagaggactgaacccg ttggggtactctttcatggtgaaccaggtacaggcaaatcaatcgctacatccatattag caagaatgataaccacagagtctgac------atatattcactaccaccatcaccaaaat actttgatggttatgaccagcaaagtgttgtcatcatggatgatatcatgcagaacccca gtggtgaagacatgtcacttttctgtcagatggtgtcatcagttccctttatcccaccta tggcagatttaccagacaaagggaaacctttctcctcagattatgtactagctagcacga atcacaccttgctacatcctccaactataacatgcactacagcaatgaacagaagatttt tcctagatttagatataatagttaaagagaactacaaactcagtcagggcaaacttaact tacagtgtgcacttaaaccatgccaagatggt---aaaattggaaatgcaaag---tgtt gccccctaatatgtggaaaagctgtagtgtttaaagatagagatacaggagatcatttat ctctggccacagtctacaacaagatagttgaagaaagtaagaacagaaaggagttaacca gctcactacaggcaattttccaaggtccaattgacgtag------------------tca ataaaccacccccacctgccatattggatcttctcaaatcagtcagaaatccagatgtta ttaaatactgtgaggaaaataaatggattgtaccagcagattgtaagt---tagagagag atttaaattatgccaatttagtaatatctatgattgctaatgttatcagtataatggggg ttatatatatcatatataaattgttctgctcattacagggaccatattcaggtgaac--- ccaaaccaaccaccaagaaaccagag---agacgtgttgtgacacaaggaccacaggaag aattcggacgcagtctgattaaacataacagttgtgtggttactacatgtaatggaaagt tcacaggcttgggaatatatgacaatgtcatgattatacccacacatgcagatgcaggta cccaggtagagattgatggaattaaaactgatgttgtagattcatatgatttgtgtaatt cacaaggtgtcaagcttgaaataacagtccttaaacttaaaagaaatgaaaaatttagag acattagaaaatatataccagaaacagaagatgactatccagaatgttgtctggcactag tagccaaccaagtagaaccaaccatcattgaagttggagattgcctgtcttatggtaaca tattgttaagtggtaatcaaactgctaggatgatcaaatacaactatccaactaaatcag ggtattgtggaggtattttatacaagataggtttagtattaggtatacatgtgggaggaa atggaagggatggtttttctgctatgttacttagatcttatttcaatgaacaacaaggtc aaataatgacaaaaaaagatgtcaaggaaattaatctgtacagtatacacacacctagta agacaaaactacaacctagtgtttttcatgatattttccctggggaaaaagcacctgcag tactatcaccaaaagatcccagattacttgtagatttagatgatgccatattctctaagt ataagggtaataagaatgttgaattgactgataatatggtcacagctgctgctcactatg cagcgcaattagctactctagacattaatccagagcccatcagtttggaggagagtgtgt atggtattgatgggttagaggctttagatttacacactagtgcaggatatccatacactg ctcatggaattaagaagaaagatttgataccaaagga---caggaatcttgcaaaactca aatgtgctatggaaaaatatggactagatctaccaatgattacttttctcaaagatgagc tacgtaaaccagaaaagatctgtagtggaaagaccaggattatagaagctagcagtctta atgacactgtacagttcagaatggcttttggaaatctcttttcaacctttcataagaatc caggaattatcactggttctgctgttggatgtgatcctgaagttttctggtcaaaaatac ctctcatgcttgatggtaactgtttaatggcttttgactatacaaattatgatggcagtc ttcacccgatttggtttgaattacttaagaaaattttagatgaactagggttcccaggg- --ggcatggttaagaaattatgcaattctaaacacatatacaaaacatcatattatgaag tagaaggggggatgccttcaggttgtgctgggactagtattttcaatactatgataaata atgtcataatcagaactctagttttggatacatacaagtacataaatctagataagttaa agatactagcatatggagatgatgtactattctcatatccctttgaactagacatggcag aactggctagtgagggagttaaatatgggttgacaatcacaccagcagataaatcagata agttccaaaaacttacttatgagaatgccacttttcttaaaaggggttttaaaccagatg aaaaacacagttttctaatacatccaatatatccagttagtgaagtgcaagaatctatca gatggacaaagaaccccagaaacatgcaagagcatgttctctcactctgtcatttactat ggcatagtggaagagataaatatg-atcagtttgtggccaagattaggagtgtcagcgct ggacgtgcactctatataccaccatatgaactcttgtgccacgagtggtatgataaattt taat-------------cag---atatag---aa-------------------attataa --gtg-agtagtttat------------------ag------------------------ ------------------------------------ >KY369888.1 Human rhinovirus A20 strain SC1006, complete genome --------------------------------------gatctcctacatggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------ctc-ccc-------------tacccccttt------------------ ------atgtaac----ttagaagt-t-ttgtaca----cac-cgaccaatagg-tggta tttaa-ccaaaata-c----c-aaaggtcaagca-cttct-gtta-ccccggtcaa--ga ttgatatgctccacc-agggcaaaaaacagtcgcgatcgttacccgcaaagcaactacgc aaagcctagtatca-tttttg-at-ggtgtatggttggtcgttccgcta------tgaac ct-gatagtagacctggcagatgaggctagaaaatccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtacccc-ttgtg-ggt----------acgaagccgta-catttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccccgcagctagtgtgcacaagccagtgcatagctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-t-t--------a----ata----catatat tgacaccatgggcgcccaggtatctagacagaatgttggaacacactctactcaaaatgc tgtttcaaatggttcaagtttgaattattttaacatcaattatttcaaggatgctgcttc tagtggtgcttccagattagatttctctcaggatcctagtaagttcacagatccagttaa agatgtattaatgaaagacataccaacattacagtcaccctctgttgaagcttgtggata ctctgacagaattatccaaatcactcgtgggaattcaaccatcacttcacaagacatagc taatgccgtggttggatatggcgtgtggccgcaatacctaccccctgatgatgccagtgc aattgataaaccaacacatccagacatatcctcaaataggttttacacactagaaagtaa agaatggactggagaatctaaggggtggtggtggaaattacctgatgcattaaagaacat ggggatatttggtgagaacttgttttaccacttcttaggcagagcagggtacacagtgca tgtgcaatgtaacgctagcaaattccaccagggcaccttgatagtagcagccatacctga acaccaactagcctacataggtaaggggagcgtcactgttggatataaccacacccaccc aggggaaacaggcagagtgattggtggtttcact--------------aataataaca-- -gtagacaacctagtgatgaaaattggctaaattgtgatggaaccttactcggtaacata acaatatacccacaccagtacatcaatctacgcagtaataattctgctactttaatactg ccatatgtgaacgcagtacctatggactctatggttaggcataataattggagcatagtt atcatacctatctcaaaattacagtatgagactggagccaccccgt---atgtccccatt acactatccataagcccaatgtgttcagaattttctggagccagaaat------------ ---aat------------------------------acaa------cacagggtttacct gtaatgttaaccccaggttcggcacaattcctgactacagatgatgctcaatcaccatca gccttgccctatttccaccccacaaaggaaatattcataccaggcaaagtaaacaatttg tcagaaatatgccaggtagattctatgatcccaatcaacaacacaatagctgct---aaa aacacaactggcatgtacactgtccgagttagtcagcagactcaac------cagctcaa gaaattttctctatcttggtggatgtagcttcacaaccaatagcaacaacactaataggt gaaatagccagttattacacacactggacaggaagccttaggtttagtttcatgttttgt gggacagctaacaccagtcttaagctgctgattgcatacacaccaccaggggttccaaaa cctgaaaacagacagaaagcaatgctctcaactcatgtggtttgggatgtgggtcttcaa tccactgtttccatggtagttccatgggtatcagcaagtcactacagatatacaacacca gacacctactcacaagcaggctatatcacatgttggtatcagacaaatttcatagttcca cccaacacaccacgagaagcagacattatatgttttgtttcaggttgtaaagacttttgt ctaagaatggccagggataccaacttacacacacaagtaggtgttatggagcagaat--- ------ccagtggaaaaatacacagaagctatcttaaatgaagttcttgtagtcccaaac attacacccagtaactcccaaacatcaaatgcagcgccagcactagatgctgctgaaaca ggacatacaagccaggtccaaccagaagatatggttgagacaagatatgtgatcactgac caaactcgtgatgagatgagtgtggaaagtttccttggtagatctggctgtattgctatc atacatactgacttag-atcatgaagcagag----------------------------- -cagtataatgca---ccaggcaagaacttttctcagtggaagatcacaatcaaggaaat ggcccaaatcagaaggaaatgtgagctcttcacatatcttagatttgattctgagatcac aatagtagcaacagttgctgcactgggtcaag------ataatgggcatgttgttttaca gtacatgtatgtaccaccaggggcacctataccaaagactagggatgattatacatggca gtcagggacaaatgcatcagtattttggcaacaaggtcaaccttaccctagatttaccat cccattcatgagcatagcctcagcatattacatgttttatgatggttatgaagatgacaa g---------ggtagtgtatatggatctgttgtcacaaacgacatgggcacattgtgtgt tcgtatcgtgactgagcagcagacacataaagtcaaaataactagtaggatattccataa agcaaaacacattagtgcatggtgcccaagagctccaagagcagtgccctatcaacacac taagagcacaaacctg------gtaccaaggacagg---------------------tg- --aaatcacaactcatatcagattcaggaa---------c---actgttaaagatctaac ataccccacagaaa-tgacaa---------atcttgggccatctgatctttatgtgcata ctggtaatcttatatatagaaatttacatttgtgtgaaccagagaatctaaatgactcaa ctttgatatgctattctag------tgatcttgtcatttaccgaacaaacacaacaggtg atgacatgatccctacatgtgattgtacacaagcaacttactactgcaaacacaaagaca gatactacccaataaatgtcaagaagcaccaatggtatgaaattcaggaatcagaatact atccaaaacacatccagtataacatcttaataggtgaaggaccttgtgaaccaggtgact gtggtggaaaactcctatgtaaacatggagttataggaatagtaacagcaggaggtgata accatgtcgccttcatagacttgagagact------tccaagttgctgaggagcaagg-- -aatatcagattatgtacacaccctcggtgaagcttttggagctggttttgtagataaca tcaaagaacagatccagacaattaacc------caattaacaaaattacaagtaaaatag ttaaatggacaataagaatagtttcagccattaccattataatcaggaacaatgctgacc cacatacaattgtagctactttagctttattaggctgctcaggttcaccatggagattca ttaaagaaaaagtgtgcaattggttgcaattagtgtatgtgcataaggaatca---gatg gttggatcaagaaattcacagaaatgtgtaatgcagccagaggtcttgaatggttaggta acaaaatatcaaaatttattgactggctcaaatcaa---tgttaccccaggcaaagttaa aagtagaatttattaaaaacctaaagcaattaccactcctggagaaacaggttgatg--- ---gactaagacttgcctcacaaaagcaacaacaagaatatatagataccctaacattaa tgttggattcctctaataaatttttacctttgtatgctattgagaacaaacgcatcaaag aattgctcaaacgaagtcagatgatcct------ccgcacatcaaaaaggacagaaccag ttggggtaatattccatggagaaccaggcactggaaaatctataaccacttcaattcttg ctcgcatgcttacaactgaatcagat------atatactctcttcccccatcacctaagt actttgatgggtatgatcaacaaagtgtggttattatggatgatataatgcaaaatccta gtggtgaggatatgtcattgttctgccaaatggtttcatcagtaccattcataccaccta tggcagacctaccagataaaggaaaaccattttcctcagattatgtgttagcaagtacaa accatactctgcttcacccaccaactataacatgcacaacagccatgaataggagatttt tcttagacttagatatcattgttagagatgattataaacttaatcatggtaaactcaatt tacagtgtgctcttaaaccttgtaatgagggg---aagattgggaatgctaag---tgtt gccccttaatttgtggcaaagctctacaatttagagacagaaataccggtgagcacttat ccctagctactatatataacagaatcacccaggagagtaagaatagaaaagaactaacaa actctttgcaggcaatctttcaaggacctatagatgtgg------------------tga ataaaccaccaccaccagctataatagacttacttaaatcagttagaagtccagatgtta ttaagtattgtgaagaaaataaatggatagtaccctcagattgtaaac---ttgaacgtg atttaaattatgcaaatttgataatatccatgttagcaaatgttattagtataatgggtg taatatnnnnnnnngtaaaattattttgttcattgcaagggccatattcaggagaac--- ctaaaccaactacaaggaaaccagag---agaagagtggttactcaaggaccacaggagg aatttggacgcagtttaatcaaacacaacacttgtgttgtaacaacagataatggcaaat ttactggacttgggatctatgacaatataatgattataccaacacatgccgatgctggga aggaagtggaaatagatggaattaaaactcaggttgatgatgcctatgacttacacaatt cccaggggattaagctggaaatcacagttcttaaattacatagaaatgaaaaatttagag acattagaaaatacataccagagactgaagatgattatccagagtgccacctggcactgg ttgccaatcagcaggagcctaccatattagaagttggtgactgttgctcatatggaaaca tattgttgagtggtaaccagacagccagaatgatcaaatataactacccaacaaaatcag gattctgtgggggggttttgtataaaataggattggtactaggtatacatgtaggaggaa atggtagagatggtttttctgcaatgttgttaagatcatacttcactgaacaacaaggaa agattacatcgaaaattagtgttaaggaatgtaatttgtacagtatacacaccccatcaa atactaaattgcaacctagtgttttccatgatatctttcctggcagcaaagaacctgctg tcttatcttgcagggatcccagattagaagttgatttagatgaatcaatattttctaaat ataaaggtaatgaatcaattgaaatcacccaaaacatgttgacagcagctgcccattaca cagcccaattatctactctagatataaaccccaaaccattgagcctggaagaaagtgtgt acggtatagaaggtctggaagcattggatctacatactagtgcaggctacccatacacag catgtggtattaagaaaaaggatctaataccaaaaga---caagaacttaacaaagctca aaaatgctattgagaagtatgggttggatttacctatgattaccttcttgaaagatgaac ttaggaaaccagagaaaattaaaactggcaaaactagaataattgaagcaagcagtctga atgatacagtgcagtttagaatggcatttggcaatctattttcaaaattccaccaaaatc caggaatcgtgacagggtctgcagtgggatgtgatccagaagtgttctggtccaagatac cagttatgttggatggtgactgcttgatggcttttgattacacaaattatgatggaagtc ttaatccagtctggttcaaattactcagcatagtactaaatgatttagggtttccaggt- --gaactagtgaataaattatgtaattctaaacatatatacaaaacaacttattatgaag ttgagggtggcatgccatcaggatgtgcaggaactagcattttcaatactattatcaata atataataataaggactctagttttagatgcttataaatttataaacttagacaagctta aaatattagcatatggtgatgatgtcattttttcatacccttttgatcttgacatgaaag aacttgcaggtgaaggtattaagtatggtctatccatcacaccagctgataaatcagata cattcaggaaactagattacaacaatgccacttttctgaagaggggtttcaaacaagatg aaaagtacggattcctcattcatcccatttacccagaaacagaggtttgggagtctataa gatggacaaagaaccccagaaacatgcaagaacatgtcttatccttatgccatcttatgt ggcacaatggaaaggataagtata-aacactttgtggacaagatcaggagtgtcagcgct ggacgtgcactctatataccaccatatgaggtcttgctccacgagtggtatgaaaaattt tagt-------------cag---atatag---aa-------------------attataa --atg-attagtt----------------------------------------------- ------------------------------------ >MN306047.1 Human rhinovirus A25 strain SC0881, complete genome -------ataaaactggatccaggttgtt-cccacctggatctcctacgtggagtt---g tactctattattccggtaatcttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-cct-------------a-cccc--t------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-aaacac------ac-agaccaatagg-cggtg gctat-ccaagtca-c----t-aatggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ga ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacagtcaagatcgttaaccgcaaagtgactacgc aaagcttagtaatg-ccttga-ag-agtctatggctggtcgttccgcta------t-aac cc-cctagtagacctggcagatgaggctagaaacaccccactggcaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tttcg-ggt----------gtgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagcgtatgtaatccaacatattgctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttt-cctt-t- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t------------agta----tatatat tggcatcatgggcgcacaagtgtctagacagaatgttggaactcattctactcaaaactc agtttcaaatggatcaagtttaaattactttaacataaattattttaaggatgctgcatc cagtggagcttcaaaacttgaattttcacaagatcctagtaaattcactgacccagttaa agatgtcctagagaaaggaattccaacattacaatctccaactgtggaagcatgtggcta ttcagatagaataatacaaattacaagaggtgattccacaataacgtcacaagatgtggc taatgcagttataggttatggagtctggccacattacttgagtgatgaggatgctactgc tattgacaaacctacacaaccagacacttcatctaacagattttacactttggaaagtaa aatatggcatactgactccaagggatggtggtggaagttgccggatgcacttaaagatat gggaatatttggagaaaacatgtactatcactatcttggtaggagtgggtacacagtaca tgttcagtgcaatgccagtaaattccatcaaggaacgctactggtggtgatgataccaga gcaccagttagcaaatgcaaattctactaaagcaggagccgggtataattacacacatcc tggtgagcggggaagacaagttggtgatcaacgcgca-----------aacatcactg-- -gagcacatcctagtgatgataactggctcaattttgacggcacaatgctaggtaatgtc ctaatattcccacatcaatttattaatcttagaagcaataactctgcaacaataatagtc ccttatgtaaatgctgttccaatggattcaatgctcagacacaataactggagcctggta ataataccaattagcaagttgcaagctgataatactgctagtgtta---cagttccaatc actatatcaataagcccaatgtttgctgaattttctggagcacgagcaagacctacaa-- -gagct------------------------------gtta------cagaaggcttacct acatatacaacaccaggttcaggtcagtttatgacaactgatgattttcaatcaccttct gcattaccatggtatcatccaactaaagaaattttaattccaggagaagttaaaaattta atagaaatgtgtcaggttgatacacttatacctatcaataacttagaaaataat---tta aggaaagttaatttatacactgttgaactaaccaatcagacaacac------cagcccaa aagatcttctctattaaagtggacattgcctcacaacctttagcaaatactatgcttggc caaattgctagttatttcacacactggactggtagtttacgctttagttttatgttttgt ggtacagcaaacacaactcttaaattacttctagcatacacaccaccaggcattggggaa ccaacagacaggaaacaagctatgcttggtacacatatagtctgggatgttggattacaa tcgacagtatctttggttgtcccgtgggttagttctagtcattttagatacacctctaga gatgaacactcagcagcaggatacataacatgctggtaccaaacaagtcttgtctttcct ccgagcactcctggtacagctgatatgttgtgttttgtatcagcttgtaaggacttttgt ctacgtatggctagggacacagacatgcacactcaaaatgatgccattgaacaaaat--- ------ccaattgaaaattatgtggatcaagtgcttaacgaagttttggttgtaccaaat attaaagagagtcaccctagtacatcaaactctgccccaattttagatgctgctgaaact ggacatactagtaatgtgcaaccagaggacactattgaaacccgctatgtccaaaccaca caaactagagatgagatgagcattgagagtttccttggtagatcaggatgtgtacatacc tcaacaattgaaacga-cactcaag----------------------------------- -------cacaa---------agacagatttaaaacatggaatattaatcttaaagagat ggctcaaattaggagaaagtttgaaatgtttacatatgtaagatttgattcagaaataac cttagttccatctattgcaggacacggtgcag------atataggacacatagttatgca gtacatgtatgtaccacctggggctccactaccagaagacagagaacacttcgcctggca atcaagcaccaatgcatcaatattttggcaacatggacaaccctttcctagattttcatt acccttcttgagtgttgcatctgcttattatatgttttatgatggttataatggtgacat tcct------ggagcaaaatatggtaccactgtggttaatcgcatgggggcactgtgtat gagaattgtcacaaacaagcaagttcatgatgttgaagttacaactaatatttatcataa agctaaacatataaaagcatggtgccctagaccacctagagctgttccatacaaatatgt taactataataattat------gcagatagtagtaa---------------------tg- -----ttgacatttttatagaatcaagaag---------a---agtttacta-------- -----------aca------------------gctggaccaagcgacatgtatgtccatg tcggtaatctgatatatagaaaccttcatctcttcaattcagaaa---tgcaagactcag tgttagtgtcatactcttc------agatttagtcatttaccgaacaaacacaacaggta atgactacattcctacttgtgattgtactgatgccacatattactgtaagcataaagata gatactatcccattaaggtcaccagtcatgattggtatgaaatacaagagagcgagtact atcccaaacacatccagtacaatctcctgattggtgaaggaccatgtgagccaggtgact gtggtggaaaactattgtgcaggcatggagtaattgggatagtaactgcaggtggggagg gacatgtagcttttattgatcttagacagt------ttcattgtgcagatgagcaagg-- -ggtgactgattatattcatatgttaggtgaggcttttggtgcaggttttgttgatagtg ttaaggagcaaataaatgccattaatc------caattaataatattagcaagaaaataa ttaaatggcttcttagaataatttcggcaatggtcataattattagaaattcctctgatc cacaaacaattatagctacattgactttgattgggtgttcaggttccccttggagattcc tcaaggaaaaattttgtaaatggactcagttgaattacatacataaagaatct---gatt catggctcaaaaaatttactgaaatgtgtaatgcagccagaggtttggagtggattggga ataaaatatcaaaatttattgaatggatgaaatcca---tgcttcctcaagctcaactta aagttaaatatctgagtgaacttaaaaaattaaactttcttgaaaagcagatagagc--- ---accttagagttgctgattcccaaactcaggaaaaaattaagcatgagattgacactt tgcatgacctttcttgtaaatttcttccactttatgctagtgaagcaaaaagaattaaga tattacacaataagtgtagcacaattat------caaacaaaagaaaaggtgtgagccag ttgctgttgttatacatggagagcctggtactggtaagtctatgaccacaaatttccttg ccagaatgataacaagtgatagtgac------atatactctttaccacctgaccccaaat attttgatggatatgaccaacaaagtgtggtcattatggatgacatcatgcaaaatccaa gtggtgaagacatgaccttattttgtcagatggtgtctagtgttacattcatacccccaa tggctgatttgcctgataaaggtaaaccttttgattcaagatttgtcttgtgtagtacta atcataatatgctagcaccacctacaatcacttcattgcctgctatgaataggagattct attttgacctagatattgtagtatgtgacaaatataaagactcacaaggaaagcttaatg tgtcagctgcttttcaaccatgcgatgttgacacaaaaattggaaatgcccgt---tgct gtccttttatttgtggtaaagctgtcatctttagggaccgcaatacctgtcaaacctaca ccttggcacaagtgtataaccaaatgcttgctgaagacaaaaggcgcaggcaagttattg atgtaatggcagcaattttccaaggccctattacta---------------------ttg aaggaccaccacctgcagcaataaacgacttactgaaatcagttagaactccagaagtaa ttagatattgtgaagagaataaatggatagtgcctgctgagtgcaaag---ttgaaagag accttaatatagcaaatacaattattacaattatagctaatattattagtatatctggaa taatttatgtaatttacaaacttttctgcacattgcaaggaccatactcaggtgagc--- ctaagccaaagaccaagataccagag---aggagagttgtggctcagggtccagaagaag aatttggtagatcactcattaaacataattcatgtatagtgtcaacgcagaatggaaaat tcacaggcttagggatttatgatagaacattaatcttaccaacacatgcagatcctggta atgagatacagattgatggaattacaactaaagtagaggattcttatgatttgtataata aagatggaataaagctagaaattacagtcctaaaacttaagagaaatgaaaagtttaaag acattaggaaatacataccagagaatgaagatgattatccagattgtaatttggccttat ctgccaatcaaccagaaacaaccataatcaatgtaggggatgtagtatcttatggcaata ttttacttagtggaaatcagacagctaggatgcttaaatataattacccaacaaaatcag gttattgtggtggcatcctgtataaaattggtcaagtccttggaattcatgttggaggaa atgggagagatggatttgctgccatgctgctacgatcttacttttctgagacacaaggtc aaataattacttccaaatctacaagtgagtgtggtttacctagtatccacacaccaaaca aaacaaagttacaacctagtgttttttatgatgtgtttcctggtaataaagagccagctg ttcttacaagtgatgaccctaggctagaagtagattttaaagaagctttgttttctaaat ataaaggaaataatcagtgtaccatgaatgatcatattaaagtggctatttctcattact cagcacaattgatgacattagatattgatccaaaacctatatccttagaagaaagtgttt ttggcatagagggcttggaagcactagatctcaacaccagtgcaggatttccttatgtat ctatgggcattaagaaaagagatttaattaataaacaaactaaagatctgacaaaattaa agatggcattagataagtacggtgttgatttgcctatggtaacctttcttaaagatgagc ttaggaaaaaggagaaaatctgtgctggaaagacccgtgtaattgaagctagtagtgtaa atgatactgtgttatttagaacaacttttggcaatcttttttcaaaatttcacttaaatc caggtattatcactggctctgctgtgggatgtgatccagaaacattttggtcaaaaatac cagttatgctagatggagaatgtataatggcctttgattatacaaattatgatgggagta tacatcctatttggtttcaagccttgaaagaagtcttagtcaatttatcatttgaatca- --actttaatagataggttgtgcagatccaaacatatcttcaaaaacacatattatgagg ttgagggcggggttccatcaggttgctctggtactagcatatttaacaccatgatcaaca acataatcataaggactttggtgctggatgcttacaaaaatatagatttagataagttaa agatcttggcttatggggatgatgtaatcttttcctacaaatatcagcttgacatggaag caattgctaaagaaggcgtcaagtatgggctgacaataacacctgctgacaaatccaatg attttaagcagcttaattatgacaatgtaacatttctcaaaagaggatttagacaggatg aaaagcatcaatttctgatacacccaacatttccaattgaagagatccaagagtccatac gatggacaaagaaaccatctcaaatgcaggaacatgtactgtcattgtgtcacttaatgt ggcataatggcagagatgtgtaca-agaagtttgaggagcgtatacgtagtgttagcgct ggtcgtgcactatatattcctccttacgacttactactgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------atattaa --aca-tttagttttt------------------t------------------------- ------------------------------------ >DQ473494.1 Human rhinovirus 74, complete genome -------ttaaaactgggtttgggttgat-cccacccaaacctcccaagcggagtg---g tactctgttatttcggtaactttgtacgccagtttt----------------------at ------a-----ttc-cct-------------cccccc---------------------- ------tttaaac----tgtaaagc-t-aagcac------ac-agaccaatagc-tgaca atcat-ccagattg-t----t-aatggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgcgatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtagca-cctttg-aa-gtcatttggttggtcgctccgctg------t--tc cc-cacagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tttg-ggt----------gtgaagccaaa-tcatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagagtgcacaatccagtgcatttctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac--------ttttt-acctat- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-ata--------at----------tatatat tggcaccatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggtacacactcaacacagaactc agtatcaaatggttctagtttaaattacttcaatatcaactattttaaagatgcagcatc tagtggagcctcaaaattggagttttcgcaagatccaagcaaatttactgacccagttaa agatgttctggaaaaaggcataccaactcttcaatcacccacggttgaagcatgcgggta ttcagataggattattcaaatcactagaggcgattccaccataacatcccaagatgttgc aaatgcagttgttgggtatggcgtttggccacattatctgacaccagaagatgcaactgc tatagataagccctcacaccctgatacttcagctaacagattttacactttggaaagtaa gttgtggaatggtgagtcaaaagggtggtggtggaaattacctgatgctctaagagatat gggagtttttggtcaaaacatgtattatcattttttgggaagaaacggatacacagtaca tgtgcaatgtaattctagcaaattccatcaaggaacattaatagttgccatgatacctga acaccaactggctagtgcagagagaggaaatgtcacggctggttataaactcactcaccc tggcgaggctggcagggatgtgagtataactactcgt-----------gaacacacca-- -gtagacaacccagtgatgataattggttaaattttgatggtacattattaggaaacata acaatttttccccaccaatttattaatctcaggagtaataattcagcaactttaatagtt ccatatgtgaatgcagtgccaatggattcaatgcttagacacaacaactggagcttagtt attatacctatttgtccattggaagtctcaggaaatgaggtaaaca---cagtgccaata actatatcaataagccccatgttcgcagaattttccggcgctcg---------------- --tgca------------------------------agaa------gccaagggctgcct gttatgatgacaccaggttctgggcagttcatgaccactgatgattttcaatcgccaagt gcattaccatggtttcacccaacaaaagaaatatctattccaggacaggttaggaattta gttgaaatgtgtcaagtggacactcttatcccaataaataacactgctgggaat---gta aataatgtaaacatgtatacagtattattagaaagaaagcctgatt------tgatgcag gaagtatttgccataaaggtagatatagcttcacaaccacttgcaactacaatgattggt gagatatcaagctacttcacacactggacagggagtttgcgttttagttttatgttttgt ggtacagcaaactcaaccctaaaattactacttgcatacacccccccaggtattgataaa ccaagaagtagaaaagatgctatgctggggactcatgttgtttgggatgttggcctgcag tcaacaatttcaatgattgttccttgggttagtgcaagtcattttagaaataccacccct gatacattctcatcagcagggtttatcacttgctggtaccaaaccaatttggttgtccct ccaaacacacctgtgacagcaagaatgttgtgttttgtttctggatgcaaggacttttgt ttacgcatggccagagacacagatctacataaacaaagaggtaatattacacaaaac--- ------ccagtggagaattacatagatgaagtgttgaatgaagtgttagttgttccaaat attagagaaagccattcaagtacttcaaactcagcaccagcactggatgcagctgaaact ggccataccagtaatgtgcaaccagaagatatggttgagacacgctatgtgcaaacctca cagacaagagatgagatgagtgtagaaagttttcttggaagatcaggatgcatccatatc tcacatctaaaaattg-attataca----------------------------------- -aactataatgtt---gaagggaagaattttactaaatggcaaataaatcttaaagaaat ggcacagattaggagaaaatttgagttgttcacatatgttagatttgactcagaagtgac attagttccatgcattgctgctaaaagtgaca------acattggccatgttgttatgca atacatgtatgtccccccaggagcacctttacccaagaaaagagatgattacacatggca atctggcacaaatgcatctgtgttttggcagcatggacagccataccctagattctcatt acctttccttagcatagcatctgcttattacatgttttatgatggatatgatggagactc tact------gaatcacattatggtacagtagtaacaaatgacatgggaactctatgttc tagaattgtgactgaagaacacgatgcacgtgtggaaattacaactagagtgtaccataa agcaaagcatgtgaaggcatggtgtcctagaccccctagagcagttgaatatactcacac acatgtcacaaattac------aaaccacaagaagg---------------------tg- --acgtaactacagtcatcccaactaggag---------a-------------------- -----------tcaatagtga---------atgttggtcctagtgatatgtatgtccatg ttggaaacttgatatacaggaatttgcatttattcaattcagagg---ccaatgattcag ttttgatctcctactcatc------agatttagtcatataccgaacaaacaccaaaggtg atgactacattcccacatgtgattgtactgaagcaacatactattgcaagcataagaata gatactacccaattaaagttaccagccatgactggtatgaaatacaagaaagtgaatact acccaaaacatatacaatacaatctactaattggtgagggcccttgtgaaccaggtgact gtggtgggaaacttttatgcaaacatggagtaattggaatagttactgctgggggtgaag ggcatgtagcattcatagatcttagacact------ttcattgtgcagaagaacaagg-- -cataacagactacatacatatgttgggggaagcatttggtaatggatttgtagatagtg ttagagaacaagttaatgcaatcaacc------caattaataacatcagcaaaaagattg tcaaatggatgttaagaataatttcagccatggttataataataaggaactgttctgatc ctcaaactataattgcaacactaacattgattgggtgctctggttctccgtggagatttt taaaagagaaattttgcaaatggacacaattgagctacatacacaaagaatca---gatt cctggcttaaaaaatttactgagatgtgcaatgcagctagaggtctagaatggataggca acaagatatctaaatttatagactggatgaaatcca---tgctaccacaagcacaactca aagttaaatatctgagtgagttaaagaaattaaatcttcttgagaagcaaattgaga--- ---atttgcgaagtgctgacacaaagacacaggaaaagataaagcttgaaattgacactc tacacgatttatcatgtaagttccttcctttgtatgctagtgaggccaagagaatcaaag ctttgcataataaatgtaatattgttat------taaacaaaagaagagaagtgaaccag ttgcagtgatgatacatgggcccccgggaacaggcaaatcaattacaactagttttcttg ctcgaatgataacaaatgaaagtgat------atatactcactaccaccagatcctaagt attttgatggatacgatcagcaaagtgtagtcataatggatgatatcatgcaaaatcctg gtggtgaggacatgtcactcttctgtcagatggtctccagtgttactttcatccctccta tggctgatttgcccgataaaggtaaaccatttgactctagatttgtgttttgtagtacaa atcattcacttttggcaccacccactataacttcattatcagcaatgaataggagatttt tcttagatttagatattgtagtgcatgataactatagagacaatcagggaaagttatatg tgccaaaatcttttaaaccatgtgacatagataacaaaattggcaatgccaaa---tgct gtccattcatctgcggtaaagcggtaacatttaaggatagaaataattgtcaaatttact cccttagtcaaatatataatatgattatagaagaagacaagcgccgcagaaatgtaatag atgtgatgacagctatatttcaagggccaatctcca---------------------tga ataaccccccaccgcctgcaatagctgatttattgcaatcagtgagaaccccagaagtca taaagtactgtgaagataacaagtggattattcctgctgaatgtaaaa---tagagagag acttaaatctcgccaacaacataataacaatcatagcaaacattatcagtattgcaggta ttatacttgtaatatacaagctgttttgttcacttcaggggccatactccggggaac--- ccaaacctaaaccaaagataccagag---aggagaattgtggcgcaagggccggaagaag aatttggtaggtctttaattaaacacaatacttgtgtagttactactgaaaatggaaaat tcacaggtctaggcatctatgacagaattatgattgtaccaacacactcagatccaggga caacaatacaaattgatggtattaatactaaagttctagactcctatgatttacataaca aagatggcattaaacttgaaattactgttattaaattggataggaatgagaagtttagag atattaggaaatacataccagaaagggaggatgactatcctgaatgcaatttagctcttg tagcaaaccaaattgaaccaactattattagtgtgggtgatgtggtctcatatggaaaca tactgctaagtggtaaccaaactgccagaatgctcaaatataactatccaactaaatcag gatactgtgggggtgttctatacaagattgggagtgtccttggtatccatgtaggtggta atggaagggatgggttctctgcaatgctacttagatcatactttagtgaaactcaaggac aattaacaacaacaaagaaagtccaggattgtggttatccaactatacacaacccaacca aaactaagctgctacccagtgttttctttgatgttttcaagggaagcaaagagccagctg ttctatcagagaaagacccacgcttggaaacagactttagaacagctttattctccaagt acaagggaaacaacacatgccagatgaatgatcacattagagttgctgttgcacattact cagctcaattagccactttagatataaacccagcaaatataactttagaggatagtgttt ttggaattgaaggtctggaggctttagatctaaacaccagcgctgggtttccatatatta gcatgggaattaagaagagagatctaataaataacagcacaaaagacatttctaagctca aaactgcattagataaatatggggtagatttacctatggtaacctttctaaaggatgaac ttaggaagaaagagaagatctcagctgggaaaacaagagtgattgaagcaagcagtataa atgatactgtaacattcagaatggtatatggaaacttgtttacaaatttccacaaaaacc caggagtggtcacaggatctgcagtggggtgtgacccagaaacattttggtcaaagatcc ctgtaatgcttgatggggactgcataatggcttttgattacacaaattatgatggaagca tacacccagtgtggtttgaagcacttaaaatggttttaacaaatttacaatttgaatct- --ggtttaattgacagactgtgtaaatcaaaacatatctttagagactcatactatgaag tagagggtggagtaccatcaggttgttctggaaccagcatatttaatacaatgattaata atgtaattataagaaccctagttttagatgcttataaacacattgatcttgacaagctaa aaataattgcatatggagatgatgtcatattttcttataaatacaacttggatatggagg ccatagcagctgagggactcaaatatggacttacaatcacacctgcagataagtcagatt gttttaagaaacttgactataatactgtaacctttctaaaaagaggatttaaaccagatg ataagtaccctttcttaattcacccaacctttcctatacaggaaatacatgagtccatta gatggacgaagaaaccctcacaaatgcaagaacacgttttatcactgtgtcaccttatgt ggcataatgggaaagatgtataca-aggagtttgagagaggtatacgcagtgtaagcgct ggacgtgcactgtatattcctccctacgagctccttcagcatgagtggtatgagaaattc tagat------------------atatag---aa-------------------gtaataa --ata-attagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >KY369884.1 Human rhinovirus A31 strain SC1031, complete genome -------taataatagtgtacta-----c-tccacgtgggaagtacgggtggagta---g tacactattattacggtaatcttgtacgccagtttt----------------------at -a----------acc-cct-------------t-cccc--t------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-tgaact------ca-agaccaacagg-tggta atcaa-ccagatta-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ta ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaattgcgatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcttagtaaca-ttttga-at-aatatatggttggtcgttccgcta------t--tc cc-catagtagacctggcagatgaggctggaaactccccactggcgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcgcactc--tcacg-agt----------gcgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatacaagccagtatgtagctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttat-ctttat- ----tatttgcttatggtgacag-tatat-a-g--------tg--t--------atatat tgttaccatgggcgcacaggtctccagacagaatgttggcacacactccactcagaatat ggtttcaaatggttctagcttaaactactttaacataaattattttaaggatgcagcctc tagtggtgcttcaagattagatttttcacaagatccaagcaaattcactgatccagtcaa agatgttcttgaaaaaggaattccaactttacaatctcccacagtagaagcatgtggata ttcagatagaataatacaaatcacaaggggtgactccacaataacatcgcaggacgttgc aaatgcagtggtgggttatggagtatggccacactatttaagtgcaaaagatgctactgc tattgacaagcctacacagccagatacctcatcaaatagattttatacactagagagtaa agtatggagacaagattccaagggatggtggtggaagttgccagatgcactaaaagacat gggcatatttggggaaaacatgttttaccactatcttggtagaagtggttatactgtaca tgttcagtgcaatgctagcaaattccatcaagggactttattggttatgatgatacctga gcatcaactagcaaatgaaaaccgtaccaaagcagatgccggatataatttcacacatcc tggtgagattggcagagaagttggcaatccacgcaat-----------ac---tcata-- -ataacctcccaagtgatgataattggcttaattttgatggtaccttgctaggtaatgct ctcatatacccccaccaatttattaacttaaggagtaacaattctgcaacattgatagtc ccttatgtgaatgctgttccaatggattcaatggttagacacaataattggagtttagtg ataatcccaatctgtaaattacaagtggaccgctcagtcactgcta---tagttcccatt actatatcaataagtccaatgtttgctgaattctctggggcacgtgcaagaccggagagg caagct------------------------------accc------cacaaggtcttcca atttacatgacacctggttctggtcagtttatgacaactgatgacttccaatcaccttca gccttaccatggtatcatccaaccaaggaaatcttaattccaggagaggttaaaaattta atagaaatgtgtcaagttgacaccctgatccctatcaataacacagcagacaac---ctt aggaaggtgaatatgtacaccatacagttgtccagtcaaacacaaa------cagctcag gaaatctttgctattaaagtagacattgcctcacagcctttggcaaacaccatgcttgga gaaatcgcaagttactttacacactggactggtagcctgcgctttagcttcatgttttgt ggtacagcaaacactactcttaaactacttttagcatatacaccaccaggtattggtaaa ccaaccagtaggaaacaagccatgcttggaacacatatagtttgggatgttggactgcaa tctacagtatctttagttgtcccatgggttagtgctagtcattttagatacacatctaga gatgaacattcagcagctggatacataacgtgttggtaccaaacaaattttgtttttccc ccaaatactcctaacacagctgacatgttatgttttgtatcagcttgcaaggatttttgt ctacgaatggctagagacacagacatgcacattcaagatgatgctatcgcacaaaat--- ------ccagttgagaattatgtggaagaagtccttaatgaggtcttggtagtacctaac atcaaagaaagccaccctagtacatcaaattctgccccaattttagatgcagctgaaact gggcatactagcaatgtacagccagaggatacaattgaaacccgatatgtacaaacatca caaacaagagatgaaatgagtattgaaagtttccttggcagatcaggatgcatacatact tcaacaataggaccag-atggacta----------------------------------- -------catga---------cacaaaatttactgtgtggcacattaatttacaagaaat ggctcaaattagacgcaaatatgaaatgtttacatatgtaagatttgattcagaagtaac tatggtaccatgcattgcaggacatggtagtg------atataggtcacatagttatgca atacatgtatgtgccacctggagctccagtaccaacaactagaacacattttgcatggca atcaggcaccaatgcatcaattttctggcaacatggacaaccctttccaagattcacatt accctttttaagtgttgcatctgcttattatatgttttatgatggttatgatgaagataa gagc------gggtccaggtatggcactacagtggttaatcggatgggtgcactatgtat gagacttgtaacaaataaacaagcccacaaagttgaaatcacaaccaatatttaccacaa ggctaaacatgtaaaagcatggtgtcctagaccacctagggcagtcccatacagatttgt tggatcaacaaattat------aatcctgatgaaaa---------------------tg- --atgttaaaatctttattaagcatagaga---------a---aatccaaagg------- ------ttgttaca------------------gcaggaccaagtgacctgtttgtgcatg taggcaacttagtatacagaaatttacatctatgcaattcagaaa---tgcatgattcag tgttagtatcatactcttc------agatttagtcatttaccgcacaaacactacaggta atgactacattcccacatgtgattgtacagatgctacatattactgtagacacaaagata gatactatccaattaaagttaccagtcacaactggtatgagattcaggaaagtgattatt atccaaaacatattcaatacaacctcttgattggtgaaggaccctgtgagccaggtgatt gtggagggaaattactttgtaaacatggagttattggaataatcacagctggtggagagg gtcatgtagcatttgttgatctcagacact------tccattgcgctgaagaacaagg-- -cataactgattatatccatatgcttggggaagcttttggtgcagggtttgttgatagtg ttaaagatcagataaatgctattaacc------caattaacaatattagcaagaaaataa taaaatggttacttagaataatatcagctatggtcataattattagaaattcatcagatc cccaaacgataatagcaacactaacattaattgggtgttcaggatctccttggaggtttc ttaaggaaaaattttgcaagtggacacaattgaattatgtgcacaaagaatct---gatt catggcttaaaaaatttacagagatgtgtaatgcagccaggggcttggaatggattggta acaaaatatcaaaatttattgaatggatgaaatcaa---tgctaccacaggcccaactaa aagttaaatatctgagtgaacttaagaagttgagcttccttgagaaacagatagaca--- ---atctcagagttgcagactcccagactcaagagaggatgaaacatgaaattgatactc tacacgacctctcatgcaaatttctcccactatatgccagtgaagctaaaaggattaaga ttttgcacaataaatgtagtacaattat------gaagcaaaagaaaagatgtgaacctg ttgctgtggtaatacatggtgaacccggtaccggaaaatctatgactacaaattttttag ctagaatgataactagtgatagtgac------atctattctttgccaccagatcccaaat actttgatggttatgatcaacagagtgtagtgattatggatgatgtaatgcaaaacccaa gtggggatgacatgaccctgttttgtcagatggtttccagtgtcacattcataccaccta tggctgacttaccggacaaagggaaaccttttgattctagatttgtactatgtagtacca accacaatttactagcacctcctacaattacttcattaccagctatgaatagaagattct tcctagatttagatattgttgtgtgtgataagtataaagattcacagggtaaattgaatg ttgctgctgctttcaaaccatgtgatgttaataccaaaattggaaatgccaag---tgct gcccttttgtgtgtggaaaagctgttatttttagggatcgaaacacatgccaaacataca ctctgtctcaagtttataatcagatccttgatgaggataaaagacgcagacaggttgttg atgttatggcagcaatatttcaaggacccataacat---------------------tag aaggaccaccaccagctgcaataaacgatttgttacaatcagttagaactccagaagtga ttaaatactgtgaggataacaaatggataataccagctgactgtaaag---tagagaggg acttaaacatagcaaacactattattacaattattgctaatataattagtatttctggta taatttatgttatatacaaactcttttgcacacttcaagggccttattcaggtgaac--- ccaaacctaaaactaaaatgccagaa---agaagagtagttgctcaaggtcccgaagagg aatttggtagatcactgattaagcacaattcgtgtgtggtgactacctcaaatggaaaat ttacaggtttagggatttatgatagaacactgattataccaactcatgcagatccaggaa aagaagtgcaaatagatggcatccaaactgaagtgcaagattcttacgatctatacaata gggatggtattaaattagaaatcacagttctcaagcttaaaagaaatgaaaagtttaaag atattaggaaatatatcccagagaatgaagatgattacccagactgtaatttagctctat ccgctaatcagccagaaactactataattaatgtgggagatgtagtgtcatatggaaaca tcttacttagtggaaaccaaacagccagaatgctcaaatataattacccaacaaaatcag gttattgtggtggaatcttgtataaaattggtcaagttttaggcatccatgttggtggca atggaagagatgggtttgcagctatgttgttaagatcctacttttcagaaacgcaaggcc aaataatcacttccaaacacactaatgagtgtaatttgcctagcattcacacaccaagta agactaaattacaaccaagtgtcttttatgatgtttttcccggcagtaaagaaccagccg tgttatcagaacatgatcctagattaaaagctgatttcaaagaagccttattctctaaat ataaaggcaataaccaatgtgaaataaatgatcatgttaaagtggcaatttctcattact cagcacagttaatgacattagatattgattcaaacccaatacccttagaagatagtgtct ttggaatagaaggattagaggcacttgatcttaacaccagtgctgggtttccctatgtct ctatgggtattaagaaaagggatttgattaacaaacaaacaaaagacattacaaaactta aaatagcattggataagtatggtgttgatttacctatggtcactttcctcaaagatgaat tgagaaagaaagagaaaattctgactgggaaaacacgtgtgatagaagccagtagtgtaa atgacactgtacaattcagaatgacttttggaaatcttttctcaaaatttcacttgaacc ccgggattgtaactggttctgctgtgggatgtgatccagagacattttggtcgaaaatac cagttatgttagatggtgaatgtataatggcttttgattacacaaattatgatggaagta tacacccaatgtggttccaagctttaaaagaagtgttgtgtaacctaggttttgaatct- --agattaatagatagattatgtaaatccaagcacattttcaaaaacatatattatgagg ttgagggaggagttccatcaggatgctcgggaacaagcatatttaacacaatgattaaca atattattattagaacattagtgttagatgcctataaaaacatagacttggataaactta aaataatagcatatggggatgatgtcattttctcttacaagtatcaactagatatggaag caattgccaaagagggtgtgaagtatggtctcacaataacccctgctgataaatccaatg cattcaaacaattggattacagcaatgtgactttcttgaagagaggcttcaaacaagatg aaaaacaccatttcctaatacacccaacctttccaatagaggagattcaagagtccatac gatggacaaagaaaccatctcaaatgcaagagcacgttttgtctctgtgtcacttaatgt ggcacaatggcaaagatgcttata-aacagtttgaacaaaggatacgcagtgtaagcgct ggtcgtgcactgtatatacctccttatgaaatgctcttgcacgaatggtatgaaaaattt taagt-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------ataataa --aca-attagtt----------------------------------------------- ------------------------------------ >MN369033.1 Rhinovirus C strain SC9941, complete genome -------ttaaaactgggtataggttgtt-cccacctgtaccacccacgcggtgta---g tgctcctgtattccggtacacttgcacgccagttt-----------------------gc ------------cct-ccc-------------tccc------------------------ -------tgtaac----gtagaaga-aatacgaac--------agaccaatagg-ggatg g-cgaaccacgccg-t----t-caaggtcaagca-cttct-gttt-ccccgg-catgcga ggaatagacctttccaggggt-tgaagccacaagtgtcgttacccacattggtactacac agagcctagtatcg-ctctag-aa-acttgttggttggtcgttcagcca--------ttt cc-catggtagacctggcagatgaggcaagagactccccactggtaacagtgttcttgcc tgcgtggctgcctgcacaccct-a-atg-ggt----------gtgaagccaat-gagtgg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctaccagt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctatggcatgcaatccagcatgtgcgtagtcgtaatgagtaatt gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct--------ttatt-ctctta- ---tgtcttgcctatggtgaca-----at-att--------aag---ta----ttaatat tgctaccatgggcgctcaggtcagcagacaaaacaatggcacacatgagagtggtgtaac agccagcaatggatcagttattaagtattttaacatcaattactacaaagattcagcaag ttctggtttgagtcgtcaagatttttcccaggatccatccaaatttacccagccccttgt ggatacacttacaaa------cccagcacttatgtcaccatctattgaagcatgtggata ttctgataggctcaagcaaatcactatcggaaactccacaatcacaacacaagactctct acacacagtacttgcatatggtgaatggcccacatacttatctgacattgatgcaacatc cgttgacaaacctactcacccagaaacatcagctgacagattctacactctggatagtgt tgattgggaagtaggttctcatggttggtggtggaagctgccagatgctctcaaagacat gggtgtgtttggtcaaaacatgtattaccactcaatgggtagatcaggcttcataattca tacacagtgcaatgcaaccaaattccacagtggtgcactcataattgcagtgataccaga gcaccaacttgcttatgtaggaggggtgaaagttaatataggatatgatcatacacaccc agggcaaagtggccatcgaatacttggacccaaccaatc-----aaatgaccgaggtg-- -gtggtaagccagatgaggacccactgttcaattgcaacggaacattgttgggaaacata acaatttatccacaccaaattataaatttgaggaccaacaactccagcacaatagttgtg ccttacataaattgtgtccctatggacaatatgttaaaacataacaatctgtctttagtg gttatcccgttagtaccactccatccaggttctagtaatatcaact---ctgttccaatt actgtaacaatagcaccttataagtcagaattctcaggtgccatggagg----------- --ctca------------------------------acgc--------caaggcttacca acacgtcttcctagtggtagccaacaattcatgacaactgaggatgagcaatcacccaac attctacctggtttccatccaagtaagaaaatacacatacctggtatgattacaaatgtg atgcacatggctagagtggattcattcatacccattaataatattaaaacagaa---gtt ggtaaggtgagcatgtactatatcccagtggtcaaaaaga---------caacgacagaa aagatccttgttctgcccttagaaatgaacaacacattatttgctacaactcttttaggt gaggttctaaactactatgccaactggtcagggagtatcaccattactttcatgtgcgtg tgtgatgcattcagtacaggaaagtttctcgttgcatacacaccaccaggaggtaaacta ccagaaaacagaaaacaggcaatgttaggtgttcacatcatatgggatttgggcctgcag tcgtcttgcaccattgtggtaccatggatttcatccggtttctaccgtcgcactagggca gacagcttcacccacggtggatatgtctctttgtggtaccagacagcctttgtaccccca gtgagtggagggac---aggacgcattcttgccacctgtagtgcttgtcccgacatgtct gttaggatgctacgggacagcccaatgatggaacaa---agcaatgagttgcagaacaat gatgacccagttgagaactttgtggagtccaccttacaagaggtgttggtcgtaccggac acgaagccctcaggacctcaacacacaacaaaaccatcaatattgggtgccatggagatt ggtgcttccagtgacgcgactccagaatccacaatagagactaggtatgtatataataca aacacaaatgcagaagcagatgtagaaatgtttctaggtagatctgccctttggggcaag gtaacacttgaaaac--------------------------------------------- -------------------------caatatgccaagtgggaaataaactttcaagaaca ggcacacatcaggaaaaaatttgagtttttcacttacctgagatttgacatggaaatcac tatagtaaccagcaacacagggt------------------------------tgatgca agtaatgttcgtcccaccggggatagaccaccctaaaacacataatgacggaaaatggga ctctgcttccaaccccagtgtgttcttccaacctaaatcaggatttcctaggtttaccat cccatttactggattagcttcagcatactacatgttttatgatggatatgataaacccga gggttcagatgacaatgaatatggaattgctcccaccaatgacatgggtatgttatgctt caggaccttggacaatagtggtggaaatga------------tgtaaagatatacgtcaa acccaagcacataacggcgtgggtaccaagaccaccaagggcaacacagtacacccataa gtatagtacaaactatcattacaaacccaactctagtgggcctgatcaacatgtgctta- --aagacagacactttatcacacccaggcc---------c---cacatca---------- ------------------gct---------cagcaggaccgagcgacatgcttgtgcaca caaaggatgcaatttacacgtgtgcacatctaaccaacccaactg------atgaaacca tactcctggcattgactgc------agatctacaagtggatagcacagatgtcccaggcc ccgatgtgattccatgttgtgattgcacaactggttgctactactctaaaagcaaagata gatacttcccagtggagtgtgttagccatgactggtatgagatacaagaatctgactact atcccaaacatatacaatataacctactcatcggggagggacactgtgaaccaggtgact gtggaggcaagctaatgtgcaagcatggtgtgattggtatgattactgcaggtggtgata accatgttgccttcactgatctgcgcccatact---ctagcctatcagaacaccaagggg ttatttcagattatttcacccaattgggtaatgcatttggtgaaggcttcacaactaaca ttcaagaccacttttcccaagtcaccaaatcaatctctgacaaatttacatcaaaggcta ttaaatggctggtgcgcatcataagcgcccttacaattatgattagaaacaactcagact tgcctaccatacttgctaccctgtcattattggggtgcagtagctcaccatggtctttcc tgaaggacaagatctgcaactggcttcaaatccagcgccctgcaagtaaacaaagtgatt catggttgcgcaaattcacagagtgttgtaatgcagcaaaaggacttgaatggatcagta tcaagattggcaggtttattgattggctgaaagggaaactagtccctactgtccagagga aaagagacaccctagatagatgtaagaaaatacctctcttagaggaacaagtaaatg--- ---gattcagttctgctagctcagaagcacaacaacagcttattgtggaagttgatactc taaagaagggtctagatgagctagcaccattatatgccagtgagaataaaagagtgacta agattcaaaaagatctcaaacaattatcagcttatctgaagaaccacaggcatgaaccag tttgtttattattgcatggcaatccaggatgtggaaaatcactagtcacaaccataatcg ccaggggactcacccaagaggcgcag------gtatattcactaccacctgatcccaaat attttgacggctatgatcagcagcaggtcgtcatattagatgatcttggacaaaatcctg atggtaaagatttgagcacattctgtcagatggtatcaacaactgatttcatagtaccta tggcatcactagaagacaagggcaagtccttcaccagtcaatatgtgcttgctagcacta atctggacactttgtcaccaccaacagtcacaatacctgaggccataaaacgacgattct tcctggatgccgacctcatcacaacatctaagttcagaaacactacaggattgctagatg tagcaaaggcactgcaaccatgcacaggttgtcccaaaccagcacactataagacatgct gtcctctgttgtgtggcaaggcagttgtagttcaggacaggaaaacaaaggcaaatttct cagtaaatacaatagtagaacagttgagacacgagaatgccatcaggaaaaaggttaaac acaaccttgatgcaatattccagggtcttg---------------------------gtg actcggaaacaccaggttttatagttgatctactatcttcatctaaggaccccaaagtta tagaatactgtgctgaacagggatggataggtaaagcaaactcaacca---tagagaggg atttcaattatgtacactacatgttaaattgcttaggtagtctaatcattatcttaggaa ctgtatatgcattatacaaactgatgtgtatgactcaagggccttacactggtttac--- caaacccccagaccaaaagaccagaactcaggaaagccacactacagggtcccgagcatg aatttgtcagagctttaattaaaagaaattgtcatgtgataactacttcaaaaggggagt tcaacatgcttggaatccatgataactgtgcagtggtgccaacacacgctgaatgtggtg actttgtcacaattgatggtagggaagttagggttctcaaacaatgcattctcactgaca caaatgacacagatactgaaataacactcctctggttagatcagaatgaaaaatttaggg acattaggaggtttatcccagaacaccaacgcgaatggtcaggtatgcaccttgctacaa atgtaactaaattccctatgctagatgtggaggttggtactgtaataccatatggagagg tcaatcttagtggtaatccaacatgtcggcttctcaagtacaactaccctacaaaaccag ggcaatgtggtggtgtcattgcaaacacaggaaacatagtagcgatccatgttggtggga atggacgtgtgggatatggagcagcattgctacgcaaatatttcgcacagtctcaaggtg agatcactgctaagcatgatgttagagagaaaggcttaccacaaatcaacacacctaaca aaacaaaattacaacccagtgtattttatgatgtttttccaggagtgaaggaaccagcag ctttaagcaatggagacccacggctcgaggttgatctcagcacagctgtgttaagcaagt acaaaggtaacacacaagtggagtggaacgataatatccagattgcagttgaccactact cagctcaactttatatgctagatattaaccctcaaccattaaccatggaacaggcagtct atggcatagagcatctggaaccactagacctcaccactagtgcagggttcccctatgtag ctatgggcataaagaaaaaagacatagtcaataaagtgacaaaggatgtaaccaaactcc aggaaatgattgacaaatatggaatagacttgccttatgtcacctacctgaaagatgaat tgagagctcctgagaaaatcaagaaagggaaaacgagagcaatagaggcagctagtataa atgacacaacccactttcgcatggtgttcggtaacctcttttccgtgttccatgctaatc caggtgtactcacaggctctgcagtaggttgtaaccctgatgtgttctggtctcaaatgt atgcatgtatggatggtgagt---tgcttgcttttgactacacaaactatgatggtagtt tgcacccaatctggttcaaagcactgggtaaagtcttggataatctgggcttcccagga- --cacttagtaaatagattgtgcaacacaacacacatctttaagaacttaatttacacag tggaaggaggtatgccctctggcatctgtggcacaagtattttcaataccatgatcaaca atataatcattagagtattggttcttgaaacatacaagaacatagatctagataagctaa agattatagcatatggtgatgatgtggtggtgtcttacccttttgaactagatccaatgg aaattgccaataaagcagagaggtatgggttaaccattactccaccagacaaaggcagca catttcagaagattgattggacaaatgtcactttcctcaaaaggcatttcaaaccagaca ccaaatacaaattcttgatacatccagtgtacaagatggaggatatctatgaatcaatta ggtggacaaaagacccaaaaaatacacaagaccatgttcactcattatgtctactcgcat ggcacaatggggaggaggtttatg-agaagtttagggagaaaatcagatccacaagtgtt ggcaaggttctctacaccccaccttactcattgttgtacaggcagtggatagatcaattc -----------------------atataa---ac------------aagtaatataata- ------caatgtttgag---tagaact-------tagtattataaaaaaaaa-------- ------------------------------------ >DQ473501.1 Human rhinovirus 34, complete genome -------ttaaaactgggtccaggttgtt-cccacctggacttcccacgtggagtt---g tgcactgttattccggtaactttacacgccagtttt----------------------at -------------ct-ccc-------------t-tccc-aa------------------- ------atgtaac----ttagaaga-t-gtacac------ag-cgaccaatagg-tggca actag-ccaagttg-c----t-taaggtcaagca-cttct-gtcc-ccccggtcaa--tg ttgatacgctctccc-agggc-gaaaacaactgagatcgttatccgcaaggcgcctacac aaaacctagtaaca-tcttga-at-ggtatgtggctggtcgttccgcta------a--ac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtgtcc--ttacg-gac----------acgaagccata-tacttg acaaggtgtgaagagtcccgtgtgctcgtctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccagtgcgcacaaaccagtgtgtagctggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cctttt- ----attatgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gatg----catatat tgacaccatgggcgcacaggtttctagacagaatgttggtacacactcaactcagaacac agtttcaaatggttcaagtttaaattattttaacatcaattattttaaagatgctgcatc acacggtgcttccaaattagatttttcacaagatccaagcaaatttaccgaccctgttaa agatgtgcttgagaaaggcattcctacactccaatccccaaccgtagaagcatgtggtta ttcagataggattatacagataacaagaggggattccacaatcacttcccaagatgtagc aaatgcagtagttgggtacggagtgtggccccactatttaacaccacaagatgctacagc tattgacaaaccctcgcggccagacacctcttctaatagattttacactctggagagcaa aatgtgggacagttcatcaaagggatggtggtggaagttaccagatgccctcaaggacat gggaatttttggtgaaaatatgtattatcatttcttggggcgaagtggttacactgtaca tgttcaatgtaatgccagcaaatttcatcagggtacacttattgtagcaatgataccaga acaccaactggcaagtgcaacctatgggaatgttgccgccgggtataattacacacaccc aggtgaacgtggcagagtcatcaatgttactacgcgt-----------gaacaaaatg-- -ataaacaacctagtgatgacaattggcttaattttgatggtacattattaggtaatatc acaatttacccacatcaactcattaatttaagaagtaataattcagctacaattattgtc ccatatgttaatgcagtacctatggattccatgcttagacacaataactggagtttagtg ataatacccatatgccaactagag------ggaactccagg---ca---ctgtgcctatt accatttccatcagcccgatgtgtgctgagttctcaggggctag---------------- --agca------------------------------aaaa------accagggcttacca gttatgttaacacctggctctggacaatttatgaccactgatgatttccaatccccttgt gctttaccttggtaccaccctaccaaagagatatctatcccaggtcaagttaggaattta attgaattatgtcaagtggatacactaatacccataaataatttacaacaaaat---atc agcaatactgatatgtattcagttgtattaaacaatgaaacagaac------tagcaaaa gagatctttgctatcagggttgatattgcctctcagcctctggctaccaccctgcttggc gaaattgcaagttactacactcattggactggtagtcttagatttagttttatgttttgt gggtctgctaacaccactcttaaacttttaatagcatacacaccaccaggtattagcaaa ccaaccaagagaaaagaagccatgttaggaacacatgttgtctgggatgttggattacag tccactatgtcaatggtagtcccttgggtgagtgctagtcattttagaaacacaactcct gacaaatattccttagctggatacataacttgttggtatcaaacaaatcttatagcacca cagaacacaccccaaacagccaagatactatgctttgtttcggcatgtaaagatttttgc ttaagaatggcaagagacacaaacttacataaacaatctggacctatagaacaaaat--- ------ccagttgaaaattacatagatgaggtactaaatgaggtattggttgtaccaaac attaaagaaagccaagccaccacatcaaactctgcccccgcactggatgcagctgagact ggtcacactagcagtgtacaacctgaagatatgattgagaccaggtacgtacaaacatca caaacaagagatgaaatgagcattgagagtttcctgggtaggtctggctgtatacacatg tccaaacttgttgtag-attatgaa----------------------------------- -aattacaatgca---aaaacaaagaactttatgacatggcaaattaatttacaggaaat ggcacagattagaaggaaatttgaaatgttcacctacgtcagatttgattctgaagtcac cctagtaccatcaatagcggccaaaggtgatg------atattggacatgttgtgatgca atacatgtatgtaccaccaggtgcaccaatacctaaaactagagatgattttgcatggca atctggaacaaatgcctcaatattttggcaacatggtcaaacataccctagattttccct ccctttcttaagcatagcctcagcatactacatgttttatgatggatatgatggtgatca acat------gattcaagatatggtacagtagtgactaatgacatgggtactttatgctc cagaattgtaactgatgaacaccaaaacagagtagaaataacaactagagtttatcacaa agctaaacatgtaaaaacctggtgtccaagaccaccaagagctgttgagtacacacacac acatgttactaactac------aaagttaggggtaa---------------------aa- --ctgagaagactgcaatcaaacacagagc---------a---aagatcaca-------- -----------atg------------------gccggtccaagtgatatgtatgtgcatg tagggaatcttatatatagaaacctacacctattcaactcagaaa---tgcatgattcta tcttgatttcttactcttc------tgatttagtcatataccgcacaaacacaataggtg atgactatattccaacatgtgattgtactgaagccacatacttttgcaaacataaaaaca ggtatttcccaattagagttacaagtcatgactggtatgaaattcaagaaagtgagtact atccaaagcatatacaatataacctcttaattggagaagggccatgtgaaccaggtgatt gtggagggaaactattatgtaaacatggtgttattggaattgtaactgctggtggtgagg ggcatgtggctttcattgatctcaggcatt------tccattgtgctgaagaacaggg-- -cataaccgattatgttcatatgcttggtgaggcttttggcttgggttttgtggacagtg tcaaggaccaaataaatgcgattaacc------cgattaatggtattagtaagaaaatca tcaaatggttactgagaataatatcagcaatggtaatcataattagaaattcatctgatc cacaaacaataatagccacattgaccctaattggttgttcaggatcaccatggagatttt taaaagagaaattctgtaaatggacccaacttaattatattcacaaagaatca---gatt catggcttaagaagttcactgaaatgtgcaatgcagctagaggtttggagtggattggca ataagatatcaaaatttattgattggatgaaatcta---tgttgccccaggcacaactta aagtcaaataccttaatgaactaaagaaattaagcttccttgaaaaacaaatggaac--- ---atctcagagttgctgattctcaaactcaagaaaaaataaaatgtgaaattgacactt tgcatgatctatcctgtaaattccttccactttacgctagtgaggcaaaaagaataaaga ttttgcataatagatgtagtacaatcat------caaacaaagaaagagatgtgaaccag tggctgttgttatacatggtgaacctggtactggaaaatccatgactacaaacttcctgg caagaatgataacaaatgatagcgac------atctattccttaccacccgacccaaaat attttgatgggtatgatcaacaaagtgtggtcattatggatgatatcatgcagaatccta gtggagatgacatgaccttgttttgtcaaatggtatcaagtgtgactttcataccaccta tggcagatttaccagataaagggaaaccatttgattctagatttgtattgtgcagtacta atcataatttgttagcaccccccaccataacgtctttaccagcaatgaatagaaggtttt tccttgatttagatattgtagtgtgtgagaaatacaaggattcacaaggaaaactaaatg tttctgctgccttccgaccatgtgatgtcaatacaaaaattggcaatgcccga---tgct gtccattcatctgtggtaaagcagtcaatttcagagaccgaaatacatgtcagacataca cgctttcacaagtgtacaaccagatgcttgaagaggataaaaggcgtagacaagtcattg atgtcatggcagcaatatttcaaggacctatctcca---------------------tgg agggccctccaccagcagcaataagtgacctgttgcaatcagttagaactcctgaagtaa ttaaatattgtgaggtaaataaatggatgattccagcagaatgtaaag---tggaaagag atttaaatatagctaacactatcatcacaatcatagcaaatattattagtatctctggaa ttatttatgttatatataaacttttttgtacattacaagggccttattctggagaac--- ctaaacccaaaacaaaagtgccagag---agaagagtggttgcacaaggacctgaggagg aatttggtagatcactcatcaaacataattcatgtgtggtaactactgaaaatggaaaat tcacaggactgggcatctatgacagaacattgattgtgccaacacatgcagaccctggta aggaggtacaaatagatggtattactactaaagtggaagattcctttgatttgtttaata aagatggtgtgaaactggaaatcactgtgctaaaattaaagagaaatgaaaagttcaagg acattaggaaatatataccagaacatgaagatgattacccagactgcaatctggctttat ctgctaatcagccagaaactactataatcaaagtgggtgatgttgtgtcgtatgggaaca tcttattaagtggtaaccaaacagctaggatgcttaagtataactacccaacaaaatcag gatactgtggtggcatattatataaaattggacaagtccttggaatccatgttggtggta atggaagagatggatttgctgcaatgttgttaagatcttactttactgaagcacaaggtc aaataatcacctccaaaagcactgctgagtgtaatttacctagcatccacacaccaagta aaacaaaattacagcctagtgtcttctatgatgtgtttccaggtaataaggaaccagctg ttctttcagaccatgacccaagattaaaggttaatttcagtgaggcacttttctctaaat ataaaggtaacaatcagtgcaccataaatgatcacattaaagtggccatctcccattact cggcacaattgaccacactagatatagatccaaatcctataactttagaagaaagtgtct ttggcatagagggtttagaggcacttgaccttaatactagtgctggatttccttatgtgt caatgggcataaagaaaagagatttaattaacaaacagaccaaggacatttctaaattga aattggcattagataaatatggtgttgatttacccatggtcacatttcttaaagatgaac ttagaaagaaagagaagatttctgcgggtaagacccgtgtgatagaagctagtagtgtga atgacactgtattatttagaacaacctttggcaacctcttctctaaatttcaccttaatc ctgggattgttactggttctgctgtggactgcgatccagaaacattttggtcgaaaatac cagtgatgttagatggggactgcattatggcatttgattacacaaattatgatggcagta tacatccaatttggtttcaagcattaaaagaggtattaggcaatttgtcatttgaagct- --aatttaatagataggttatgtaattccaaacacatctttaagaatgtatattatgaag ttgagggtggggttccatcagggtgttctggtacaagtatattcaatacaatgataaaca acattattattaggacactagttcttgatgcatacaaaaatattgatttggataaactga aaataatagcttatggagatgatgttattttttcatacaagtaccaacttgacatggaag caattgctatggagggcaccaaatatggattaacaataacccctgctgacaagtcggaca aatttaaacagcttgattatagcaatgtgacctttcttaaaagaggatttaagcaagatg aaaaacacaatttcctaatacatccaactttcccaattgaagaaattcaagaatctattc gttggacaaagaaaccatctcaaatgcaagaacatgttctgtcattgtgtcatttaatgt ggcataatggtagggatgtgtaca-agcagtttgaggagcgaatacgtagtgtaagcgct ggtcgtgcactatatatccctccttatgatctgcttttgcatgagtggtatgaaaaattt tagat-------tatt-tag---atataa---aa-------------------gtattaa --ata-attagttttt------------------tagttttgc----------------- ------------------------------------ >FJ445118.1 Human rhinovirus 18 strain ATCC VR-1128, complete genome -------ttaaaactgaatccaggttgtt-cccacctggatttcccatgtggagta---g tacactgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------at -a----------acc-cct-------------t-cccc-tt------------------- ------atgtaac----ttagaaga-t-aagcac------aa-agaccaatagg-tggtg gctat-cccagtca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaaccgagatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtagca-ctttga-at-agcatgtggttggtcgctccacta------t--tc cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaatcccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtgtcc--taacg-gac----------acgaagccata-tgtttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccccgaatgtggct aaccttaaccctgcagctggggcatacaatccagtgtgaactcagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttt-----tttt- ----ataatgcttatggtgaca---atat-a-t--------aat-aatt----tgtatat tggcaccatgggcgcacaagtatccagacagaacgttggtacacactctactcaaaattc agtttcgaatggctcaagtttgaattattttaacatcaactatttcaaggatgccgcatc gcatggtgcctcaaaattagatttctctcaagatccaagtaaattcactgacccagttaa ggatgtgttagaaaagggtattcccacgcttcagtctccaactgttgaggcgtgtggata ttctgatagaatcattcaaataaccagaggagactctacaatcacttcccaggatgtggc aaatgcagtggttgggtatggagtttggccccactacttgacaccacaagatgctacagc aattgataaaccatcaagacctgacacttcatccaatagattctatacactggagagtaa aacttgggatagttcatctaagggatggtggtggaaacttccagatgcacttaaagacat gggcatatttggtgagaacatgtattaccatttcttgggaagaagtggttatacagtaca tgtccaatgcaatgctagtaaatttcatcagggcacactgattgtagcaatgataccaga gcatcaactggccagtgcaattggagggaacgttactgctggatacaaatacacccatcc tggagaaagaggtagagtcattaatgtagcaagtcgt-----------ggagacaatg-- -aaaaacagcctagtgatgacaattggctcaactttgatggaacattattaggcaatatc acaatatacccacatcaacttatcaacttaagaagtaacaattcagccacaatcatagtg ccttatgttaatgctgtaccaatggattcaatgctcagacataacaattggagtctggtg attatacccatatgtcaattagag------ggagatccacc---aa---caataccaata accatctccattagtcctatgtgtgctgagttttcaggagtccg---------------- --tgct------------------------------cgta------gccaaggtctacca gccatgctaacccctgggtctggacaatttatgaccacagatgatttccaatccccttgt gctttaccttggttccatcctactaaagagatatctataccaggccaggttaggaactta attgagttgtgtcaagtggacactttgattccgataaacaacttgcaagcaaat---att acaaatttagacatgtactcagtggttttaaatagagaaatagacc------cagcaaag gaagtctttgcaataaaagttgacattgcctcccagccattagccactacattaattgga gagatatcaagctattatacccattggactggcagtcttaggtttagtttcctattctgt ggttcagctaataccacacttaaactcctagtggcatacacaccaccaggaattgccaaa ccagcagataggaaggcagccatgctaggaactcatgttgtttgggatgttggattacaa tccactatctctatggttgtgccatgggttagtgctagtcattttagaaacacaacccct gatacatattcgctggctggatacataacatgctggtaccaaacaaaccttattgctcca acaaatgccccacaaactgcaagaatgctgtgttttgtctcagcctgtaaggatttttgc ttaagaatggcacgtgacactaatctgcacacacaatctggcactattgaacaaaat--- ------ccagtagagaattatatagatgaagtacttaatgaagtgttagtggtcccaaat gtgaatgaaagtcacgcaattacatcaaattcagcccctgctttagatgccgctgaaact ggtcacaccagcaatgtgcaacctgaagatatgattgagactaggtatgtacaaacatca caaacaagagatgaaatgagtatagagagttttctaggcagatcagggtgtatacatatc tccaagttagttgtac-attatgaa----------------------------------- -gattataatgca---gaaacaaggaactttgtaaaatggcaaataaatctacaggaaat ggcccagattaggagaaaatttgagatgtttacatatgttagatttgattcagaaattac actagtaccatctgtagctgctaagggtgatg------acataggacatattgttatgca gtacatgtatgttcctccaggagcaccaataccaaaaaccagagatgattttgcctggca atctggaacaaatgcatcaatcttctggcaacatggtcaaacataccccagattttcact tcctttcctcagtatagcatcagcttattacatgttctatgatggctacgacggtgacca gacc------tcatcgcggtatggcacagttgcaacaaatgacatgggtaccttgtgctc tagaatagtcacagataaacataagaatgaggtggaaataacaaccagaatataccacaa ggcaaaacatgttaaagcatggtgcccaaggccaccgagagctgtggagtacacacatac acatgtaactaactac------aagcctaaggaagg---------------------aa- --gagagaaaactgccatagtacccagagc---------a---aggattaca-------- -----------atg------------------gctgggcctagtgacatgtatgtacatg taggtaacctcatatatagaaatttacatttgtttaactcagaaa---tgcatgactcaa ttctaatctcatactcatc------agatttagtcatataccgaacaaacacaacaggtg atgactacattccaacatgtgattgcacagatgctacttattactgcaagcacaagaata gatactatccaattaaagttactagtcatgattggtatgaaatacaagagagtgagtact acccaaaacatatccaatacaatttactgattggagagggcccatgtgaaccaggtgatt gtgggggtaaactattatgcaaacatggtgtaattggaataatcactgctggtggagagg ggcatgtggcatttatagatcttaggcatt------ttcaatgtgctgaagagcaagg-- -cataacagattacatccatatgcttggtgaagcgtttggcacaggttttgttgacagtg tcaaagatcaaataaatgctattaacc------ccattaacaacattagtaaaaagataa ttaaatggttacttagaataatatcagcaatggtcataataattagaaattcatcagatc cacagactataatagctactttaacattgattggctgctcaggttccccttggagatttc ttaaagagaaattttgtaaatggacacagttaaattacatacacaaggaatca---gatt catggcttaaaaaatttactgagatgtgtaatgcagctagaggcctggagtggattggca acaagatatcaaaatttattgaatggatgaaatcta---tgttaccccaagcccaattga aagttaaatacttgagtgaattaaagaaattaagtttcttggagaagcaaatggaac--- ---acctgcgggtggctgattctaaaacccaggagaaaattaaacacgagattgacacat tgcatgatttatcttgtaaatttctacccctctatgctagtgaggcaaaaagaattaaga tcctacacaataagtgtaacacaattat------taaacaaaagaaaagatgtgaaccag tggctgttgtcatacatggtgaacctggcactggaaaatcaatgactacaaacttcttag ctagaatgataacaagtgatagtgat------atctattccttaccacctgatcccaagt attttgatggttatgatcaacaaagtgtagtcataatggatgatataatgcagaatccaa gtggtgatgacatgactctattttgtcagatggtctcgagtgttacttttataccaccaa tggcagatttgccagataagggaaaaccatttgactctagatttgtattatgtagcacca atcataacttattagcaccacctactataacctccttaccagctatgaataggagattct ttcttgatttagatattatagtatgtgacaaatataaagactcacaagggaaactaaatg tgtctgcagctttccaactatgtgatgtgaatactaaagtaggaaatgcccgc---tgtt gtccttttatttgtggaaaggctgtaatttttagggacaggaatacatgccaaacttaca ccttatcacaagtgtataacctaatattggaggaagacagaaagcggacgcgggttgttg atgtcatggcagcaatatttcaaggtccaataacac---------------------ttg agggtcccccaccagcagctattagtgatttattacaatcagttagaacccctgaagtaa ttaaatattgtgaagaaaacaaatggataatacctgctgaatgtaagg---tagaaagag atttgaatatagctaacactataataacaatcattgctaacattgttagtatatctggta ttatttatgtcatttacaaactcttctgtacactgcaaggaccctattctggtgaac--- ccaaaccaaagacaaaaattccagag---agaagagtagtggcacaagggccagaagagg aatttggaagatctttaattaagcacaactcatgcattgtcactacacaaaatggaaaat ttacaggcctaggcatatatgacagaacacttataataccaacacatgctgatccaggta aagaggtgcaaatagatggtatcacaactgaagtacaagattcttatgatttatacaaca aagatggagtgaagctagaaattacagttcttaaattaaaaagaaatgagaaatttaaag acatcaggaaatacattccagaagatgaggatgattatccagattgtaatttggctttgt cagcaaaccagccagaaaccaccattatcaacgtgggggatgtggtatcatatggtaaca ttttacttagtggtaaccaaacagcaaggatgctcaaatacaattacccaacaaaatcag ggtattgtggaggaattctatacaaaattggccaagttctgggcattcatgttggtggta atgggagagatgggtttgcagctatgttacttagatcatatttctcagaaactcaaggcc agatagtttcttccaaatccactgctgaatgcaattatcctagcatacacacaccaagca agactaaattacaacccagtgttttttatgacatcttccctggcaataaagaacctgctg tactctcagaacaagatcctagattgaaagttgattttaaagaggctttattctctaaat acaaaggaaataatccatgtgagataaatgaacatattaaggtagcagtctctcattatt cagcacaattaatgacattagatattgatccaagtcccatttccttagaagatggtgttt tcggtatggagggtttagaagcactagaccttaataccagtgcaggatttccctatgttt ccatgggcattagaaaaagagatctaatcaacaagcaaaccaaagatattacaaaattaa agttagcactagacaagtatggtgtcgaccttcccatggtcacattccttaaggatgagc ttaggaagaaagaaaaaatctctgctgggaagactcgagtcatagaagccagtagtgtga atgacactgtattatttaggacaacttttgggaatcttttctcaaaatttcatttgaatc ctgggattgtaaccggctcagctgtgggatgtgatccagagacattttggtctaagatac cagtgatgttggatggtgagtgtataatggcttttgattacacaaattatgatgggagca tacatccaatatggtttcaagcactcaaagaagtactgtctaatctggggttcaatcct- --aatttaattgacagattatgcaagtcaaaacacatttttaaaaatatctattatgagg ttgaaggaggagtgccatctggatgttctggaacaagcatattcaacacaatgattaaca acattatcattagaacactagttttggatgcatacaaaaacattgatttggataaattaa aaataatagcatatggggatgatgtcatattctcatataagtaccaattggacatggaag caattgctaaggaaggtaccaagtatggtcttaccataaccccagctgacaaatcaagtg aatttaagcaattagattatagcaatgtgacctttttgaagagaggatttagacaagatg acaaataccaattcttaatacacccaacttttccaattgaagaaatacatgagtccatac gatggaccaagaaaccatctcaaatgcaggaacatgtgttgtcgttgtgtcatttaatgt ggcataatggcaaaaacgtgtaca-agcagtttgaacaaaggatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtatatccctccctacgaactgcttctgcatgaatggtacgaaaaattt tgaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------gtaataa --aca-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445189.1 Human rhinovirus 34 strain ATCC VR-1144, complete genome -------ttaaaactgggtccaggttgtt-cccacctggacttcccacgtggagtt---g tgcactgttattccggtaactttacacgccagtttt----------------------at -------------ct-ccc-------------t-tccc-aa------------------- ------aygtaac----ttagaaga-t-gtacac------ag-cgaccaatagg-tggca actag-ccaagttg-c----t-taaggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtcaa--tg ttgatacgctctccc-agggc-gaaaacaactgagatcgttatccgcaaggcgcctacac aaaacctagtaaca-tcttga-at-ggtatgtggctggtcgttccgcta------a--ac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtgtcc--ttacg-gac----------acgaagccata-tacttg acaaggtgtgaagagtcccgtgtgctcgtctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccagtgcgcacaaaccagtgtgtagctggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cctttt- ----attatgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gatg----catatat tgacaccatgggcgcacaggtttctagacagaatgttggtacacactcaactcagaacac agtttcaaatggttcaagtttaaattattttaacatcaattattttaaagatgctgcatc acacggtgcttccaaattagatttttcacaagatccaagcaaatttaccgaccctgttaa agatgtgcttgagaaaggcattcctacactccaatccccaaccgtagaagcatgtggtta ttcagataggattatacagataacaagaggggattccacaatcacttcccaagatgtagc aaatgcagtagttgggtacggagtgtggccccactatttaacaccacaagatgctacagc tattgacaaaccctcgcggccagacacctcttctaatagattttacactctggagagcaa aatgtgggacagttcatcaaagggatggtggtggaagttaccagatgccctcaaggacat gggaatttttggtgaaaatatgtattatcatttcttggggcgaagtggttacactgtaca tgttcaatgtaatgccagcaaatttcatcagggtacacttattgtagcaatgataccaga acaccaactggcaagtgcaacctatgggaatgttgccgccgggtataattacacacaccc aggtgaacgtggcagagtcatcaatgttactacgcgt-----------gaacaaaatg-- -ataaacaacctagtgatgacaattggcttaattttgatggtacattattaggtaatatc acaatttacccacatcaactcattaatttaagaagtaataattcagctacaattattgtc ccatatgttaatgcagtacctatggattccatgcttagacacaataactggagtttagtg ataatacccatatgccaactagag------ggaactccagg---ca---ctgtgcctatt accatttccatcagcccgatgtgtgctgagttctcaggggctag---------------- --agca------------------------------aaaa------accagggcttacca gttatgttaacacctggctctggacaatttatgaccactgatgatttccaatccccttgt gctttaccttggtaccaccctaccaaagagatatctatcccaggtcaagttaggaattta attgaattatgtcaagtggatacactaatacccataaataatttacaacaaaat---atc agcaatactgatatgtattcagttgtattaaacaatgaaacagaac------tagcaaaa gagatctttgctatcagggttgatattgcctctcagcctctggctaccaccctgcttggc gaaattgcaagttactacactcattggactggtagtcttagatttagttttatgttttgt gggtctgctaacaccactcttaaacttttaatagcatacacaccaccaggtattagcaaa ccaaccaagagaaaagaagccatgttaggaacacatgttgtctgggatgttggattacag tccactatgtcaatggtagtcccttgggtgagtgctagtcattttagaaacacaactcct gacaaatattccttagctggatacataacttgttggtatcaaacaaatcttatagcacca cagaacacaccccaaacagccaagatactatgctttgtttcggcatgtaaagatttttgc ttaagaatggcaagagacacaaacttacataaacaatctggacctatagaacaaaat--- ------ccagttgaaaattacatagatgaggtactaaatgaggtattggttgtaccaaac attaaagaaagccaagccaccacatcaaactctgcccccgcactggatgcagctgagact ggtcacactagcagtgtacaacctgaagatatgattgagaccaggtacgtacaaacatca caaacaagagatgaaatgagcattgagagtttcctgggtaggtctggctgtatacacatg tccaaacttgttgtag-attatgaa----------------------------------- -aattacaatgca---aaaacaaagaactttatgacatggcaaattaatttacaggaaat ggcacagattagaaggaaatttgaaatgttcacctacgtcagatttgattctgaagtcac cctagtaccatcaatagcggccaaaggtgatg------atattggacatgttgtgatgca atacatgtatgtaccaccaggtgcaccaatacctaaaactagagatgattttgcatggca atctggaacaaatgcctcaatattttggcaacatggtcaaacataccctagattttccct ccctttcttaagcatagcctcagcatactacatgttttatgatggatatgatggtgatca acat------gattcaagatatggtacagtagtgactaatgacatgggtactttatgctc cagaattgtaactgatgaacaccaaaacagagtagaaataacaactagagtttatcacaa agctaaacatgtaaaaacctggtgtccaagaccaccaagagctgttgagtacacacacac acatgttactaactac------aaagttaggggtaa---------------------aa- --ctgagaagactgcaatcaaacacagagc---------a---aagatcaca-------- -----------atg------------------gccggtccaagtgatatgtatgtgcatg tagggaatcttatatatagaaacctacacctattcaactcagaaa---tgcatgattcta tcttgatttcttactcttc------tgatttagtcatataccgcacaaacacaataggtg atgactatattccaacatgtgattgtactgaagccacatacttttgcaaacataaaaaca ggtatttcccaattagagttacaagtcatgactggtatgaaattcaagaaagtgagtact atccaaagcatatacaatataacctcttaattggagaagggccatgtgaaccaggtgatt gtggagggaaactattatgtaaacatggtgttattggaattgtaactgctggtggtgagg ggcatgtggctttcattgatctcaggcatt------tccattgtgctgaagaacaggg-- -cataaccgattatgttcatatgcttggtgaggcttttggcttgggttttgtggacagtg tcaaggaccaaataaatgcgattaacc------cgattaatggtattagtaagaaaatca tcaaatggttactgagaataatatcagcaatggtaatcataattagaaattcatctgatc cacaaacaataatagccacattgaccctaattggttgttcaggatcaccatggagatttt taaaagagaaattctgtaaatggacccaacttaattatattcacaaagaatca---gatt catggcttaagaagttcactgaaatgtgcaatgcagctagaggtttggagtggattggca ataagatatcaaaatttattgattggatgaaatcta---tgttgccccaggcacaactta aagtcaaataccttaatgaactaaagaaattaagcttccttgaaaaacaaatggaac--- ---atctcagagttgctgattctcaaactcaagaaaaaataaaatgtgaaattgacactt tgcatgatctatcctgtaaattccttccactttacgctagtgaggcaaaaagaataaaga ttttgcataatagatgtagtacaatcat------caaacaaagaaagagatgtgaaccag tggctgttgttatacatggtgaacctggtactggaaaatccatgactacaaacttcctgg caagaatgataacaaatgatagcgac------atctattccttaccacccgacccaaaat attttgatgggtatgatcaacaaagtgtggtcattatggatgatatcatgcagaatccta gtggagatgacatgaccttgttttgtcaaatggtatcaagtgtgactttcataccaccta tggcagatttaccagataaagggaaaccatttgattctagatttgtattgtgcagtacta atcataatttgttagcaccccccaccataacgtctttaccagcaatgaatagaaggtttt tccttgatttagatattgtagtgtgtgagaaatacaaggattcacaaggaaaactaaatg tttctgctgccttccgaccatgtgatgtcaatacaaaaattggcaatgcccga---tgct gtccattcatctgtggtaaagcagtcaatttcagagaccgaaatacatgtcagacataca cgctttcacaagtgtacaaccagatgcttgaagaggataaaaggcgtagacaagtcattg atgtcatggcagcaatatttcaaggacctatctcca---------------------tgg agggccctccaccagcagcaataagtgacctgttgcaatcagttagaactcctgaagtaa ttaaatattgtgaggwaaataaatggatgattccagcagaatgtaaag---tggaaagag atttaaatatagctaacactatcatcacaatcatagcaaatattattagtatctctggaa ttatttatgttatatataaacttttttgtacattacaagggccttattctggagaac--- ctaaacccaaaacaaaagtgccagag---agaagagtggttgcacaaggacctgaggagg aatttggtagatcactcatcaaacataattcatgtgtggtaactactgaaaatggaaaat tcacaggactgggcatctatgacagaacattgattgtgccaacacatgcagaccctggta aggaggtacaaatagatggtattactactaaagtggaagattcctttgatttgtttaata aagatggtgtgaaactggaaatcactgtgctaaaattaaagagaaatgaaaagttcaagg acattaggaaatatataccagaacatgaagatgattacccagactgcaatctggctttat ctgctaatcagccagaaactactataatcaaagtgggtgatgttgtgtcgtatgggaaca tcttattaagtggtaaccaaacagctaggatgcttaagtataactacccaacaaaatcag gatactgtggtggcatattatataaaattggacaagtccttggaatccatgttggtggta atggaagagatggatttgctgcaatgttgttaagatcttactttactgaagcacaaggtc aaataatcacctccaaaagcactgctgagtgtaatttacctagcatccacacaccaagta aaacaaaattacagcctagtgtcttctatgatgtgtttccaggtaataaggaaccagctg ttctttcagaccatgacccaagattaaaggttaatttcagtgaggcacttttctctaaat ataaaggtaacaatcagtgcaccataaatgatcacattaaagtggccatctcccattact cggcacaattgaccacactagatatagatccaaatcctataactttagaagaaagtgtct ttggcatagagggtttagaggcacttgaccttaatactagtgctggatttccttatgtgt caatgggcataaagaaaagagatttaattaacaaacagaccaaggacatttctaaattga aattggcattagataaatatggtgttgatttacccatggtcacatttcttaaagatgaac ttagaaagaaagagaagatttctgcgggtaagacccgtgtgatagaagctagtagtgtga atgacactgtattatttagaacaacctttggcaacctcttctctaaatttcaccttaatc ctgggattgttactggttctgctgtgggctgcgatccagaaacattttggtcaaaaatac cagtgatgttagatggggactgcattatggcatttgattacacaaattatgatggcagta tacatccaatttggtttcaagcattaaaagaggtattaggcaatttgtcatttgaagct- --aatttaatagataggttatgtaattccaaacacatctttaagaatgtatattatgaag ttgagggtggggttccatcagggtgttctggtacaagtatattcaatacaatgataaaca acattattattaggacactagttcttgatgcatacaaaaatattgatttggataaactga aaataatagcttatggagatgatgttattttttcatacaagtaccaacttgacatggaag caattgctatggagggcaccaaatatggattaacaataacccctgctgacaagtcggaca aatttaaacagcttgattatagcaatgtgacctttcttaaaagaggatttaagcaagatg aaaaacacaatttcctaatacatccaactttcccaattgaagaaattcaagaatctattc gttggacaaagaaaccatctcaaatgcaagaacatgttctgtcattgtgtcatttaatgt ggcataatggtagggatgtgtaca-agcagtttgaggagcgaatacgtagtgtaagcgct ggtcgtgcactatatatccctccttatgatctgcttttgcatgagtggtatgaaaaattt tagat-------tatt-tag---atataa---aa-------------------gtattaa --ata-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >GU219984.1 Human rhinovirus C strain HRV-C15 isolate W10, complete genome -------ttaaaactgggtataggttgtt-cccacctgtaccacccacgtggtgta---g tgctcctgtattccggtacacttgcacgccagttt-----------------------gc ------------cct-ccc-------------ttcc------------------------ -------tgtaac----gtagaagc-aatgtaaac--------ggaccaaaagg-ggacg g-caaaccacgtcg-t----t-caaggtcaagca-cttct-gttt-ccccgg-catgcga ggaatagaccttctcaagggt-tgaagccacaagtgtcgttacccgcattggtactacac agagcctagtactg-ctctag-aa-acttattggttggtcgttcagcca--------ttt cc-cctggtagacctggcagatgaggcaagaagttccccactggtaacagtgttcttgcc tgcgtggctgcctgcacaccct-a-acg-ggt----------gtgaagccaat-gagtgg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctaccaat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctatggcatgcaagccagcatgtgcgtagtcgtaatgagtaatt gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct--------ttatt-ctctta- ---tgttttgcctatggtgaca-----at-att--------aag---ta----ttaatat tgctaccatgggcgcccaggtcagtagacaaaacaatggcacacatgagaatggtgtaac agctagcaatggatcagtcatcaagtatttcaacatcaattactataaagactcagcaag ttctggtttgagtcgtcaagacttttctcaggacccatccaaatttacccaaccccttgt ggatacactcacaaa------cccagcacttatgtcaccatctgttgaagcatgtggata ttctgataggctcaagcaaatcactatcgggaattccacaatcacaacacaagactccct acacacagtacttgcatatggtgagtggcctacatacttatccgacattgatgcaacgtc cgtcgataaacccactcacccagaaacatcagctgatagattttatactctggatagtgt tgaatggcaagtaggctctcatggttggtggtggaagctgccagatgccctcaaagacat gggtgtgtttggccaaaatatgtattaccactcaatgggtagatcaggtttcataatcca tacacagtgcaatgcaactaaatttcacagtggtgcactcatagtcgcggtgataccaga acaccaacttgcttatgtggggggggtgaaggtcaatgtaggatatgatcatacacaccc agggcaaagtggtcatcaaatacgtgggcccagtcaatc-----aaatgaccggagcg-- -gtggcaaaccagatgaggacccactgtttaattgcaatggaacattgttagggaacata acaattttcccacatcaaattataaatttgaggaccaacaactccagcacaatagttgta ccttacataaattgtgtccctatggacaacatgctaaaacacaacaatctatctttagtg attatcccgttggtaccgctacgtccaggttctagtggcattaatt---ctgtcccgatt actgtaacaatagcaccctataagtcagaattctcaggtgccatggagg----------- --ctca------------------------------acgc--------caaggcttgcca acgcgtcttcctagtggtagccaacaattcatgacaactgaggatgagcaatcacccaac attcttcctggcttccacccaagtaagaaaatacacatacctggaatgattacaaacgtg atgcacatggccagagtagattcattcatacccattaataatattcaaggagaa---gtt ggaaaagtgagtatgtactatatcacagtgacaaaaaaga---------cagtgacagag aggatccttgttctgcccctagaaatgagcaacacactatttgctacaactcttttaggt gaagttctgaactactatgccaactggtcagggagtattaccatcacctttatgtgtgtg tgtgatgcgttcagcacaggaaagtttctcgttgcatacacaccaccaggaggtaaacta ccagaagacaggaaacaagcaatgttaggtgttcacatcatatgggacttgggcctgcag tcgtcctgcaccattgtggtaccatggatttcatctggtttctaccgccgcaccaaagca gacagtttcacccacggtggatatgtctccttgtggtaccagacagcttttgtaccccca gtgagtggagggac---aggaagtattcttgccacctgtagtgcttgccccgacatgtcc gttaggatgctgcgggatagcccaatgatggaacaa---aagaatgaactgcaaaacaat gatgacccagttgagaactttgtagagtccaccctaaaagaggtgttagttgtgccagac acaaaaccctcaggacctcaacacacaacaaaaccgtcaatattgggtgccatggagatt ggtgcctccagtaacgcaaccccagaatccacaatagagactaggtatgtatacaacaca aatacaaatgcagaagcagatgtagaaatgttcctaggtaggtccgccctttggggtaag gtaacactcacacgc--------------------------------------------- -------------------------caatatgccaaatgggaaataaactttcaagaaca ggcccacattaggaaaaaatttgagttcttcacttatctgaggtttgacatggaggttac catagtaaccaacaacacagggt------------------------------tgatgca aataatgttcgttccaccagggatagaccaccctgagacacatgatgacagaaaatggga ttccgcttccaaccccagtgtatttttccaacctaaatcaggatttcctaggtttaccat cccatttactgggctagcttcagcatactacatgttttatgatggatatgacaagcccaa gggttcagacaacaatgaatatggaattgctcccaccaatgacatgggtttgttatgctt caggactttggacaatagtggtggaaatga------------tgtgaaaatatacgtcaa acccaaacacataacggcatgggtaccaagaccaccaagggcaacacagtacacccacaa gtacagtacaaactaccattacaaacctaactctagtggacctgatgaacacgtgctta- --aagacagacactttatcaaaaccagacc---------c---ctcatca---------- ------------------gct---------cagcgggaccgagcgacatgtttgtgcaca caagagatgcaatttataaatgtgcacatctaaccaatccaactg------atgaaacca tacttctggcattgactgc------agatctacaggtggatagtaccaatgttccaggcc ccgatgtgattccgtgttgtgattgcactgctggttgctactactctagaagcaaagaca gatacttcccagtggagtgtgttagtcatgactggtatgagatacaagaatctggctact atcccaaacatatacaatataatctactcattggggaaggacactgtgaaccaggtgact gtggaggcaagttactatgcaagcatggtgtgattggtatgatcactgcaggtggtgata accatgttgctttcactgacctacgcccatact---caagcttatcagaacaccaagggg ttatttcagattacttcacccagttgggtaatgcatttggtgagggcttcacaaccaaca ttcaagaccacttttcacaaatcaccaagtcaatttctgacaaatttacatcaaaggcta ttaaatggttggtgcgcatcataagcgcccttacaattatgattagaaacaactcagact tgcctaccatacttgctactctgtcattgttggggtgtagtagctcaccatggtctttcc tcaaggacaaaatctgcagctggcttcaaatccagcgtcccgcaagcaaacagagtgatt catggttgcgcaaattcacagaatgttgcaatgcagcaaaaggacttgaatggatcagta tcaagattggcaagtttattgattggctgaaagggaaactagtccccgctgtccagagga aaagagacaccctagatagatgcaagaaaatatctctcttagaagaacaagtgaatg--- ---gattcagttctgctagctcagaagcacaacaacaacttattgtagaagtggatactc taaagaagggtttagatgagctggcaccattgtatgctagtgaaaacaaaagggtgacta agattcaaaaagatctcaaacaactatcagcttatctaaagaaccataggcatgaaccag tttgcttattgttacatggcaacccaggatgtggaaaatcactagttacaaccataatcg ctagaggactcacccaggaggcacag------gtatactcactaccacctgatcccaaat atttcgatggttatgaccaacagcaggttgtcatattggatgatcttggacaaaatcctg atggtaaagatttaagcacattctgtcagatggtatcaacaacagatttcatagtaccta tggcatcactagaggataagggtaagtctttcaccagccaatatgtgcttgccagcacta acctggacactctgtcaccaccaacagtcacaatacctgaggctataaaacggcgattct ttctggatgccgatctcatcacaacatctaagttcagaaataccacaggactgctagatg tagcaaaggcactacaaccatgcacaggttgtcccaaaccagctcactataaaacgtgct gtcctctgttgtgtggcaaggcagttgtagttcaggacaggaaaacaaaagcaaatttct cagtgaacacaatagtagagcagctgaggcatgagaatgctaccaggaaaaaggttaaac acaaccttgatgcaatattccagggtcttg---------------------------gtg actcagaaacaccaggttttatagttgatctgctatcctcatctaaagaccccaaagtta tagaatattgtgctgaacagggatggataggtaaagcaaactcaacca---tagagaggg attttaattatgtgcattacatgttaaattgcttaggtagtctaataattatcttaggga ctgtatatgcactatacaagctgatgtgtatgactcaaggaccttacactggcttac--- caaacccccaaaccaaaagaccagagctcaggaaagccacactacagggccctgagcatg aattcgtcagggctttaattaaaagaaactgccatgtgataaccacctcaaaaggggagt tcaacatgcttggaatccatgataactgtgcggtggtgccaacacacgctgaatgtggtg actctgtcacaattgacggcagggaagtcagggttcttaaacaatgcattctcactgaca caaatgacacagacactgaaataactctcctctggttagatcagaatgaaaaatttaggg acattagaaggttcatcccagaacaccaacgcgaatggtcaaatatgcatcttgccacaa atgtaactaaattccccatgctagatgtggaggttggcactgtaataccatatggagagg tcaacctcagtggtaacccaacatgtcggcttctcaagtacaactatcctacaaagccag gacaatgtggtggtgtcattgcaaacacaggaaacatagtagcaattcatgttggcggaa atggacgtgtggggtatggagcagcattgctacgtaagtacttcgcacagtctcaaggtg agatcactgccaaacatgatgttagagaaaaaggtttgccacaaattaacacacctaata aaacaaaattacaacccagtgtattttatgatgtttttccaggggtgaaggaaccggcag ccttaagcaatggagacccacggcttgaggttgatctcagtacatctgtgttaagtaagt acaaaggtaacacacaagtggaatggaatgataatatccagattgcagttgaccactact cagctcaactttacatgttagacatcaatcctcaaccattaaccatggaacaggcagtct atggcatagagcatctggaaccactagacctcaccaccagtgcaggattcccctatgtaa ctatgggtataaagaaaaaggatatagtcaacaaagtgacaaaggatgtaaccaaacttc aggaaatgattgacaaatatggaatagacttgccttatgtcacctatctaaaagatgaat tgagagctcctgagaaaatcaagaaagggaaaacgagagcaatagaggcagctagcataa atgacacaacccacttccgcatggtgttcggtaatctcttttctgtattccatgctaacc caggtgtacttacaggctctgcagtaggctgtaaccctgatgtgttctggtctcaaatgt atgcatgtatggatggtgagt---tgcttgcttttgattacacaaactatgatggtagtt tgcacccaatctggttcaaagcactaggtaaagtcttagacaatttgggattcccaggt- --cacttagtaaatagattgtgcaatacaacacacatctttaaaaacttgatttatactg tggaaggaggtatgccctctggtatctgtggcacaagtattttcaataccatgatcaata atataatcattagagtgttggttcttgaaacatacaagaatatagatctggacaagctaa aaattatagcatatggtgatgatgtagtagtgtcatacccttttgaattggatccaatgg aaattgccaataaggcagtgaggtatgggttaaccatcactccaccagacaagggcagta catttcataagattgattggacaaatgtcacctttctcaaaaggcatttcaaaccagaca ccaaatacaaatttctgatacatccagtatacaagatggaggacatctatgaatcaatta gatggacaaaggacccaaagaacacacaagaccatgttcactcattgtgtctacttgcat ggcacaacggagaggaggtctatg-aaaagtttagggagaaaatcagatctacaagtgtt ggtaaggttctctacacccctccttactcattgttgtacaggcaatggatagatcaattc -----------------------atataa---ac------------aaataatataata- ------caatgtttgag---tagaact-------tagtattataaaaaaaa--------- ------------------------------------ >FJ445135.1 Human rhinovirus 50 strain ATCC VR-517, complete genome -------ttaaaactgggtccaggttgtt-cccacctggatctcctaatgggagtt---g tactctgttattccggtaactttgtatgccagtttt----------------------at ------------ctc-cct-------------a-cccc-ca------------------- ------atgtaac----ttagaaga-t-gtacac------aa-cgaccaatagg-tgatg atcaa-ccagatta-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-tcccggttag--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactttaatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcctagtaaca-gcttcg-aa-gatttatggttggtcgttccgctg------t--tc cc-cacagtagacctggcagatgaggctagagattccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcaccc---ttcg-ggt----------gcgaagccata-tttcgg acaaggtgcgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatacaaaccagtatgtggctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctc----t---ttttc-ctttta- ----ttattgcttatggtgacaa-tatat-agtt-------------------tatatat tggcaccatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggcacacactcaacacaaaattc agtatcaaatggatccagcctaaattattttaacatcaattattttaaggatgctgcctc acatggcgcttcaaaattagatttttcccaggatccaagtaaatttactgacccagtcaa agatgttttggagaagggtatccctactcttcaatcaccaactgtagaggcatgtgggta ttcagataggatcattcaaattacaaggggagattctacaataacatctcaagatgtggc aaatgcggtagttggctatggagtatggccccactacttatcatcacaagatgccacagc tattgataaaccatcacgtcctgacacttcatcaaacagattttacactttagagagtaa atcatgggatagcatgtcaaaaggatggtggtggaaattgccagatgctcttaaagaaat gggtatttttggtgaaaatatgtattatcatttcttgggaaggagtggttacactgtaca tgtacagtgtaatgcaagtaaatttcatcaaggaacattaattgtggcaatgataccaga acatcaattagcaagtgcaacccatgggaatgtgactgctgggtacaattacacacaccc cggggagaggggtagaaccattaatgtagtgaaccgt-----------gatcaaaatg-- -acaaacaacctagtgatgataattggctcaactttgacggaacactattaggtaatatc acaatctacccacatcagcttattaacttgaggagcaacaactcagccacaattatagtc ccatatgttaatgcagtaccaatggactctatgcctagacacaataattggagtttagta attatacctatatgcccattagaa------ggaaccccaac---ca---cagtacccatt actatttccattagtccaatgtgtgctgagttctctggtgctcg---------------- --agca------------------------------aaaa------gtcaaggtctaccg gttatgctaacacctggatctggccagtttatgactactgatgatttccaatctccttgt gctttaccttggtaccacccaaccaaagagatatcaataccaggtcaggttaggaattta attgagttatgtcaagtagatacattaatcccaataaacaatcttgagcacaat---acc actaacattaacatgtattcagttgtcttgagcaatgaaacagaga------tggcaaag gaaatttttgccatcaaagttgatattgcttcccaacccttagcaactaccttgattgga gaggtttcaagttactacacacactggactggcagtctcaggttcagttttttgttctgt ggatctgctaacactacactcaaactcctaatagcttacacaccaccaggtattggtaaa ccaactaacaggaaagaagctatgttaggcactcatgttgtctgggatgtcggactacaa tccaccatatcaatggtggtgccatgggttagtgccagtcactacagaaacacaactcct gacacatactctttagccggatatataacctgttggtatcaaacaaatctcatagcacca ccaaacacaccgtcaacagctagaatgctctgttttgtttcaggatgcaaggatttctgc ttaaggatggcccgagataccaatttacacactcaatctggaaatattgaacaaaat--- ------ccagtggagaattacatagatgaagtattaaatgaggtattagttgtcccaaat atcaaggagagtcaagccactacatcaaactctgcccctgctttagatgcagctgaaact ggacacacaagtaatgtgcagcctgaagatatgcttgaaactagatatgtgcaaacatcg cagacaagagatgaaatgagcattgaaagtttcctaggtagatctggttgtatacatata tctaaattagttgttg-attatgat----------------------------------- -ggttacaatgag---gaaacaaagaacttcaagaaatggcaaatcaacctacaagaaat ggcacagatcagaaggaaatttgagatgttcacctatgtgaggtttgattctgaggtcac attagtaccatccatagctgccaagggtgttg------atattggacatgttgtcatgca atacatgtatgtcccaccaggtgcaccaatacccaagactagggatgattttgcctggca atctggaactaatgcttcaatcttttggcaacatggtcaaacataccctagattctctct accattcttgagtatagcatctgcatattacatgttttatgatggttatgatggtgataa atct------acatccaggtatggtacagtagttaccaatgacatgggcactttgtgttc taggattgtcactgatgagcaccaaaataaagtggaaatcacaaccagagtataccataa agccaaacacataaaagtctggtgtccaagaccaccaagagctgttgaatacacacacac ccatgtcactaactac------aagaaaagtgatgc---------------------ta- --ctgagaagactgcaattgcaactagacc---------a---aagatcaca-------- -----------gtg------------------gctggccccagtgacatgtatgtacatg tagggaatcttatatatagaaatttacatctattcaactcagaga---tgcatgattcaa tcttagtctcctattcctc------agacttagtcatataccgcacaaatacaataggtg atgactatatcccaacatgtgattgtactgatgccacttattattgcaaacacaaaaaca ggtattacccaattaaagtaacaagtcatgattggtacgaaatccaggaaagtgaatatt acccaaagcacatacaatataaccttttaattggggaaggaccatgtgaaccaggtgatt gtggaggcaagttgttgtgtaaacatggagtaattggaattgtgactgctggtggagaag gacatgtggcattcattgatcttagacatt------tccattgtgctgaagaacaggg-- -tataactgactatgtccacatgttaggtgaagcctttggtttggggtttgtagatagtg ttaaagatcaaataaatgcaatcaacc------caattaatagtatcagtaagaagatta taaaatggcttttgagaattatatcagcaatggtaatcataataagaaattcatctgatc cacaaacaataattgcaacattaactctaattggttgttctggttcaccatggagatttc ttaaagaaaaattctgtaaatggactcaactcaactatatccacaaggaatca---gact catggttaaagaaatttactgagatgtgtaatgcagctagaggtctagaatggattggca ataaaatctcaaagtttattgagtggatgaaatcta---tgctgccccaagctcaactta aaatcaagtacttaagtgaactaaagaaattgaactttcttgagaaacaaatggaac--- ---accttagagttgctgattcccagattcaagaaaaaattaaacatgaagttgacacac tacatgatttatcctgcaaatttctcccactttatgccagtgaggcaaaaagaattaaag tcttgtataacaaatgtaataccatcat------caagcaaaagaaaaggtgtgaacccg tagctgtggtgatacatggtgaacctggaactggcaagtctatgactacaagctttctgg caaggatgataaccaatgaaagtgat------atctactcgctaccaccagatcctaaat actttgatggatatgatcaacagagtgtggttatcatggatgatgtgatgcaaaatccca gtggagatgacatgaccctattttgtcagatggtgtctagtgtcacttttataccaccaa tggctgatttaccagataaagggaagccatttgattccagatttgtgttgtgtagtacta accatagtttgctagcacctcctactatawcttccttaccagctatgaatagaaggtttt tcttagatttagatattatagtgtgtgataagtataaagattcacaagggaaattaaatg tttctgctgctttccaaccatgtgatgtaaatacaaaaattggtaatgcccgc---tgtt gcccttttatttgtggtaaagctgttaactttagggatcgtaacacatgccaaacttaca ccttggcacaagtctacaaccaaatgcttgaagaagataaaagacgcaggcragtcattg atgttatgacagcaatattccaagggccaattagtc---------------------tag agggacccccaccagcagcaataagtgatctattgcattctgttagaactcctgaagtga tcaaatactgtgaagacaataaatggattgtaccagcagaatgtaaga---tagaaagag accttaatatagctaatacaatcattacaattatagctaatattattagtatttcaggaa taatttatgtaatatacaaacttttctgcacactgcaaggaccatactcaggagaac--- ctaaacctaagaccaggatgccagaa---cgtagagtagtagctcaaggacctgaagaag aatttggcagatctcttattaaacataattcatgtgttgtgactactgaaaatggaaaat ttacaggtttaggaatttatgatagaacattaattataccaacacatgctgacccaggaa aggaggtacaaatagatggcattactactaaagtggaagactcctatgatttgttcaata aagatggagtcaagctagagattactgtgcttaaacttaagaggaatgaaaaatttaaag atattaggaagtatatcccagaaaatgaagatgattacccagattgtaatttggcattgt ccgctaatcaaccagaaaccaccataattagagtaggtgatgtagtttcttatggaaaca tcttattaagtgggaaccaaacagccagaatgctcaagtataactatccaacaaaatcag gatattgcggtggtattttatacaaaattggacaggtccttggaattcatgttggtggaa atggaagagatggatttgctgcaatgttactcagatcctacttttccgaaacacaaggtc agataattacctccaaatccactatagagtgcaacttacccagtatacacacaccaagca aaactaaattgcaacccagtgtcttctatgatgtgtttccaggtaataaagaaccagctg tcctttctaatcatgatccaaggttgaaagttgattttaatgaagcactcttttccaaat ataaaggaaataaccattgcacaatgaatgatcatattaaggtggctatctcacattatt cagcacaattggctacgttagatataaacccaagtcctatatctatagaagatagtgttt ttggtatagagggtctagaagcacttgatctcaataccagtgcaggattcccctatgtat ccatgggaattaaaaagagagatttaataaacaaacaaactaaagacatttccaaattaa agatggcattggataaatatggtgttgatttacccatggtcactttccttaaggatgagc ttagaaagaaagaaaaaatctctgcaggcaagactcgtgtgatagaagcaagcagtgtga atgatactgtattgtttaggacaacctttggtaatcttttttctaaatttcatctcaatc caggaattgttactggctctgcagtggggtgtgacccagaaactttttggtcaaaaatac cagtcatgctagatggtgaatgtataatggcatttgattatactaattatgatggtagca tacatccaatatggtttcaagcccttaaagaggttttaaataacctgtcatttgaagct- --agtttgatagataggctttgcaactcaaaacacattttcaaaaacatgtattatgaag ttgagggtggagttccatcaggatgctctggcacaagcatatttaatacaatgattaata atgtcattatcagaacattagttttagatgcatataaaaacattgatttagataagctta aaataatagcatatggagatgatgtaattttctcatacaaataccaacttgatatggaag caattgcaaaggagggtgtgaaatatggtctaacaataaccccagctgacaaatctgaga attttaaacaacttgattacaataatgtgacctttctaaaaaggggttttaagcaagatg agaaatacagttttctgatacacccaacctttccaattgaagaaattcaagaatccattc gatggacaaagaaaccatcacaaatgcaggagcacgttctgtccttgtgtcatctaatgt ggcacaatggtagagatgtgtaca-aacaatttgagcagcggatacgcagtgttggtgct ggtcgcgcactgtacattcccccatacgatctgctcttgcatgaatggtatgaaaaattt tagat-------tatt-tag---atatag---aa-------------------gtaataa --ata-attagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >KX398052.1 Human rhinovirus A12 isolate p211, complete genome -----------------gttgtggttgat-cccacc-acactgcccactgggcgta---g tgctctcatattccggtatgcttgcacgccagtttt----------------------at ------------tcc-ccc-------------ttcccc-ca------------------- ------ttgtaac----ttagaagc-a-aagcac------acatgatcaatagg-agata acctg-ccaggtta-t----t-taagatcaagca-cttct-gttt-ccccggcaag--tg tgaatatgctttacccaaggc-aaaagctaatcttgtcgttatccgcaaggtgcctacga gaagcctagtaatg-ctcaag-at-gtaatttggctggtcgctccgctgt--------tt cc-cacagtagacctggcagatgaggctagacattccccaccagcgatggtggtctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaaatttactg acagggtgtgaagagcctattgtgctcacctt--gattcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgctgctattgcacacgaaccagtgtgtggatagtcgtaatgagcaata gtgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-cttta-- ----atttgtcttatggtcacaa-tatat-a--------------tata---acatatat tgtgatcatgggcgctcaggtatcgagacaaaatgttggtacgcactcaactcagaactc agtttcaggtggatctagcttaaattattttaacatcaattattttaaagatgcagcatc tagcggagcatctagattggatttctctcaagacccaagtaaattcactgatccagtaaa agatgtgttgactaaaggaatacccacactgcaatcaccaactgttgaagcttgtggtta ctctgaccgcattatacagattaccagaggagattcaactataacatcacaggacatagc aaatgctgttgttgcttatggcgtttggccacattacctctctgctgaggatgcaaatgc aatagacaaaccaactcgcccagacacgtcatccaaccgattctacactttagagagcaa acagtggatggagaactcaaaaggttggtggtggaaattaccagatgccctcaaggatat gggaatatttggagaaaatatgttttatcatttcttgggaagagccggatatacaataca tgttcaatgtaatgctagtaaatttcatcaaggtacattgatggttgttgcaattcctga acatcagcttgcatacataggtactggcaatgtcacagtgggatacaagcatacacatcc aggagaatcaggtagaataatagcaaacaatgca--------------gacaataaca-- -ccagacaacctagtgatgataattggcttaattgtgatggcacattaatgggcaactta ccaatattcccacaccagttcattaatctccgaactaacaattctgcaactttgatattg ccatacatgaattgtgtgcctatggactcaatgctgagacacaacaactggtcactgtta ataatccctgtttgtccattacaggttgatcagcaggcaactaggt---ttgtaccaata actatttcaatcagtccaatgtttgcagagtttagtggagccagaaatgcaacaatac-- ----------------------------------------------ctcagggtttgcca gttatgataacaccaggatctggtcaatttctgacaacggatgatgctcaatcaccttca gctttaccttattttcatcctacaaaagaaatctttataccagggcaagttaagaacttg attgaaatgtgtcaagttgataccttaatacctgtaaacaatgtgcaggcttcc---aaa aataacataagtatgtacacagttcaattgaacacacaaactgatg------ttgcaaaa gaggtttttgctattccagtagatgtagcttctcaacccttagctaccaccatgcttgga gagctytccagttacttcacccactggacaggcagtctacgcttcagtttcatgttttgt ggaacggcaaatactaccttgaaactcctgattgcatacacgccccctggtgttcctaaa ccagatactaggaagaaagctatgcttggcacccacctagtgtgggatgtgggattacaa tcaacagtatctatgattgtaccatgggtatcagcaagccatttccgctttacaactcca gatacctattcaaaagctggctacataacttgttggtaccaaacaaactttgttgtaccc ccaggaactccaaactcagctaacatgttatgttttgtgtctgcgtgtaaagatttctgc ttgagaatggcccgtgacacagacttgcattcacaagacacacccattacacagaat--- ------ccagtagagaggtatgttgatgaagtactaaatgaggttttagttgttccaaat ataaacaaaagtaatgggcagtcgtcaaatgcagcgccagcactggatgccgcagaaact ggtcacactagccaaacacaaccagaagatgtgattgaaaccagatatgtgattacagac cagactagggacgagatgtcaattgaatcttttcttggccgctctggttgtatttcaatt attgaattggatctag-accatgaa----------------------------------- -aattattcagca---gaagggagcaactttaagacatggaagataaatctcaaggaaat ggcccaaattagaaggaaaaatgaacttttcacctatttaaggtttgattcagaaattac cattgttccaagcaatgcagcaatagaaggaa------gcaatggtcacgtggtaatcca gtacatgtatgtgcctcccggtgctccactgcccaagaagcgtgatgattacacgtggca atctggtaccaatgcctcagtcttttggcaggagggccaaccttaccccagattcacaat tcctttcattagcattgcttcagcatattacatgttttacgatggatatgctgacgacaa ccca------agtgcaccttatggaactgtagtcaccaatgacatgggttcactatgtgt cagaatagttacagaccagcaaaaacataaagtcaagattactagtagaatataccacaa agcaaaacacatcagtgcctggggtcccagaccaccaagagccgtaccataccagcatat acacaaccctaattac------aaaacaagcagtgg---------------------ag- --ttccagataatagagttaaacttaggga---------a---acacttact-------- -----------aca------------------gttggaccatctgatttatacgtccact gtggagaccttatttacaggaatctacatttgtgtgagccagaacatctaaatgatagtg tgctcatttgttacagctc------ggacttagtcatctaccgcacaaactctaaaggag atgattatgttccaagctgtgactgtactgaatgcactttctattccaaacacaaggata gatacttccctatcacagtaaagaaatacaactggtttgaaatacaagagagtgattact acccaaaacatatacagtacaatattttgattggtgatggtcctgtccaggctggagatt gtggaggaaagctgctttgcaagcatggtgtgattggtattgttacagcaggtggtagtg gtaaggtggccttcattgacctgcgagact------ttcatatggctgacgaacaagg-- -aatttctgattacatcacaaatttaggggaagcttttggccaaggtttcatgtcacagg ttaaggatcagatttctgaattaaacc------ctatgaataaaataacagggaaagtgc tcaaatggacgatccgcataatttcagctctaacaatagttgttagaaacagttcagatc ctttgactattgtggcaacacttgcaatgttaggatgtaatggttcaccctggcgttttc taaaagaaaaaatctgtaaatggtttcaactaaattatgtacataaagaatca---gatg gatggttgaaaaaatttactgagatgtgtaatgcagccagaggactcgaatggattggaa acaaaatttcaaagttcattgactggttaaaagcta---tgttgccacaaacacagttaa agctggaatacttaaaattgttgaaacagctacccctgctcgagaaacaaattgacg--- ---gtttgagagcagctacagaaaaacaaagagaagactacacagagacaatttctaggt tagatgacttatcaaaaaagttcctgccactgtacccttcagaggctaaaagaatatcag tcctgtacaaaagaagccagacaattct------taagacttcaaaaagaactgagcctg taggcatattgtttcatggagagccgggtactggaaaatcaatcaccacttctgttttag caaggatgttaactagtgactctgat------atatattctctgccaccagctcctaaat actttgatggttatgaccaacaaacagttgtcatcatggatgacattatgcaaaatccca gtggagaagatatgacactcttttgtcaaatggtatcttcagttccttttataccaccaa tggcagatttgccagataagggtaaacactttacatcagagtatgttctagcaagtacta atcactctattctaaatcctccaactattacttctactactgctatgaatagaaggttct atcttgacttggatattgtagtacacccaagtttccagatcaaccaaggcaaactaaatc ttgttgctgcactcaaaccttgtgacactggt---aaagttggaaatgccacc---tgct gtcctttgatttgtggtaaagccctaacctttagagacagaaacacaaatgagtcatatg cactttcaaccatatacaataagattgtggaggagaacaaaaacagaaaaatgctttcaa aaagtctggaggctattttccaaggtcctatttctc---------------------tta agaacccaccacctccagcgatagcagacttgttaaatgctgtcagaacaccagaagtca taaaatattgtgaggaaaacaactggatagtcccagcccagtgcacaa---ttgaaaggg aattaaattattgcaacttagtgttatctatgatagcaaatttagtcagtataattggta ttgtatatgtgatatataagttgttttgcagtttccaagggccctactcaggccaac--- caaaacccaagacaagacaaccagaa---agacgagttgtcatccagggcccagtggagg agtttggaagatcattaatcaaacacaataccagaatagtgaccacaaagaacggaaaat ttactggattaggaatatatgacaatttaatggttattccaactcatgctgatcctgaga gggttgtacaaattgatggtatcaatgttaatgtaattgattcatatgatttgtgcaaca aacaaggagttaaattagaaattacagttattaaattggatcaaaatgaaaaattcagag acataagaaaattcatcccagatagagaagatgactaccctgaatgtcatttagcattga ctgcaaatcaggaacaaccaactatccttgaagttggggatgctgtctcctatggaaaca tcctgttaagtggtaatgaaactgcaagaatgattaagtataattatccaacaaaatcag gatactgtggtggagtcttgtacaaaattgggcagattgttggcatacatgtaggtggca atggtagagatggcttctcagcaatgttgcttagaagttatttcacaaactttcaaggtg tcattactatgcaagatgacgtcagaaatcttgccatgcctcctatacatgtacccacaa aaacaaagttacaacccagtgttttccatgatgtctttccaggtgtaaaggagccagctg ttctctcaaaaagtgacaatcgtctggaaacagattttgaaacagctttgttttcaaagt acaaaggtaatgtgcacatggatttaacaccacacatggaagttgctatttcacattaca ctgctcagctttctagtttagatattcccaatacggaattgtcactggaagaatgtgtgt atggtgcagaaggcttggaagcccttgatttgaataccagtgcaggatatccttatacca gtttaggcatcaagaaaagggacctaattggaaaaga---caaagatttaagtaaattaa aagctgccatgaacaagtatggtcttgatttaccaatgataactttcctgaaagatgaat taaggaaaccagaaaagataaaagctggaaaaactcgtgttattgaagcatcaagcatca atgacactattcatttcagaatgaagtttggaaacctcttttccagcttccacttgaacc caggaattgttacaggctcagctgttgggtgtgatcctgatgtgttctggtcaaaaattc ccttaatgttggatggagattgcctcatggcttttgactacagcaattatgatggaagct taagtccagtatggttccaagctctagaaaaagtcttgaataatttgggtttcccaggt- --catctagtacaaaacttatgtagttcaaaacatatattcagatccaagtactatgaag ttgatggtggaatgccatcaggctgtagtggcactagcatattcaattctatgatcaata atatcatcataagaactcttgttttagatacatacaaacacattaatttggataaactca aaattttgtcttatggtgatgatgttctcttttcttatccttatgaattatcaatggagg acattgctttggctggtcaaaaatacggattaaacattacacctgcagataaatctgata aatttactaaaattgatttctccaatgctacatttctaaagagaggctttagaatggatt ccaaacattcttttcttgttcatccaactttcccagttgaagaaatctgtgagtcaataa gatggacaaagaacccacgatgcatgcaggagcatgtcttatccttgtgttacttaatgt ggcacaatggtaagcaggcttatg-aagactttgtgtctaaaatccgcagtgttgccgct ggtcgggcactgtatatacctggatacgaagtactcgagcatgagtggtatgacaaattt taaat-------t----ctg---atataa---aa-------------------cttttaa --ata-gttagtttag------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445157.1 Human rhinovirus 81 strain ATCC VR-1191, complete genome -------ttaaaactggatctrggttgtt-cccacccagatcacctacatggtgtt---g tacactattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------acc-ccc-------------ttccca---------------------- ----aaatgtaac----ttagaagc-a-atacaa------ac-tgatcaatagg-aagca atcat-ccagattg-c----t-aacgatcaagca-cttct-gtct-ccccggtcaa--gg ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacagctaagatcgttatccgcaagatgcctacgc aaagcctagtaatg-ctttcg-aa-gatacttggttggtcgctcagctg------tgcac cc-gacagtagacctggcagatgaggctagaagtacccctctggtgacagagttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tattg-ggt----------gtgaagccaaa-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccagtgcacacaaaccagtgtgtagctggtcgtaacgagcaatt gcaggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ccctta- -----tattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag--tata----tatatat tgttatcatgggcgctcaagtatctagacagaatgttggtacacactcaacacaaaactc agtatcaaatggctccagtctcaattatttcaacataaactacttcaaggatgctgcatc tagtggtgcctcacgactggatttttctcaggaccctagtaagtttactgacccggttaa ggatgttttggaaaaaggtattcccactctacaatctccctctgttgaagcctgtgggta ctcagatagaataatccaaattactagaggtgattcaaccataacttcacaagatgttgc caatgcagtggttgggtatggagtgtggccacattatctgaattcacgagatgctgtggc tatagacaagccaacccagccagatacatcatcaaatagattttacaccttagatagtaa gatgtgggataacaactccaaaggatggtggtggaaactgcctgatgcactcaaggacat gggcatttttggtgaaaacatgttttatcatttcttgggaagaagtggttacacagtgca cgtgcagtgtaatgctagtaaatttcatcaaggcactttactggtgaccatgataccaga acatcaactggctacagttaataaagctaatgtcactgcaggttataaatacacacatcc aggtgaatcaggcagagtagttggtacacaagcagat-----------g------aca-- -caaagcaacccagtgatgataactggttaaattttgatgggacacttttaggcaatcta ttgatctttccacaccagtttattaatttgaggagcaataattcagccacaattatagta ccatatgtcaatgctgtaccaatggactcaatggttagacataataattggagtttggta ataattccaatttgtcaactccaaagcaacaatacatct---aaca---ttgtccctatc actgtttctattagtccaatgtttgctgagttctctggagcacgtgcaaaaacagtc--- ---------------------------------------g------tgcaaggcctgcca gtttatgttacaccaggctcgggtcagtttatgacaactgatgacatgcagtccccttgt gcattaccctggtatcatccaacaaaagagattttcataccaggtgaggttaaaaatcta attgaaatgtgccaagtggatacactaataccaataaacagcacaagaactaat---ata ggtaatgttaacatgtacacagttactctccaaccacagactgaca------tggcaact gaggtttttgcaatcaaggtggacattgcatcacatccactggccacaactttaattggt gagattgccagttacttcactcattggacaggaagtctgagatttagcttcatgttttgt ggaacagcaaacaccactttaaaactcttgttagcttatacacccccagggattagtaaa cccaagaatcggaaggaagcaatgttaggcacacatgtcgtatgggatgtgggcttgcag tcaacagtatctttggttgtaccatgggttagtgctagtcaatatagattcaccacacca gacacatattccycagctggttatatcacatgttggtatcaaaccaattttgttgttcca ccaaacacaccaaacactgctgaaatgttatgttttgtgtctgggtgcaaggacttttgt ctacgcatggcaagagatacagatttacacaaacaaagtgggcctataacacaaaac--- ------ccagtggagcggtatgtggatgaagtcttaaatgaggtattggtagtccctaat attaatgaaagccaccctacaacatctaattcagctcctgttttagatgcagctgaaact ggacacaccagtaatatacaacctgaggatactattgagaccagatatgtacaatcttca cagacactggatgaaatgagtgtagaaagttttttaggcagatcaggttgcattcatgaa tccatattggacatta-aagaggat----------------------------------- -tacaatacc------------cagagctttactaaatggaaaattaacttacaagagat ggcacagattaggagaaagtttgaaatgttcacatacactagatttaactctgagattac actggtaccaagtattgcaaacaaggaaggtc------atattggtcatatagtaatgca atacatgtatgtaccaccaggagcacccattccaacaactagagaagactatgcttggca atctggaacaaatgcatctatattctggcaacatgggcaaccctttccccggttttcact cccttttctaagtgtagcatcagcatattacatgttctatgatggatatgatggtgatac ttat------cactccagatacgggactgtagtcactratgatatgggaacattatgctc acggatagtgacaagtgagcaagtgcacaaggtgaaaatagtaacaagaatatatcacaa agctaagcacaccaaagcttggtgtccaagaccacccagggctgttcagtacacacatac acatgtaactaattat------aaattagaaacaga---------------------tgt ccacactagtgtagccataaaacctagaac---------a---agtctaaca-------- -----------aat------------------gttggacccagtgacatgtatgtgcatg ttggtaatcttatatatagaaacctacatctttttaactcagaca---tgcacgactcta tcttggtttcatactcatc------ggatttagtcatataccgaacaaacacacaaggtg atgattatatccccacatgtaattgtactgatgctacttactattgtaaacacaaaaaca ggtattacccaattaaagtcacaccacatgattggtatgagattcaagagagtgaatatt atccaaaacacattcagtataacttattgataggtgagggaccatgtgagccaggtgatt gtggtgggaaattactatgtaagcatggtgtgattggtattatcacagctggtggtgagg gccacgtggcattcattgatctcagacatt------tccattgcgccgaagaacaagg-- -aataactgattacatacacatgcttggtgaagcttttggaagtggatttgtagatagtg ttaaagatcagattaattcaattaatc------caatcaacagcattagtagtaaaatgg ttaaatggatgctcaggatcatatcagctatggttataataattagaaattcctcggatc cacaaactataattgccactctcacactgattggatgcaatggttcaccatggaggttcc tcaaagagaagttttgcaagtggactcaattaacctatatacataaggaatca---gatt catggcttaagaaatttactgaaatgtgcaatgcagctaggggtttagaatggattggca ataaaatttctaaatttattgactggatgaagtcta---tgctacctcaggcccaactta aggtcaagtacttgaatgagctcaagaaattgaatctcctggaaaaacagattgaaa--- ---atctcagagcagctgatgcaaactctcaggagaagattaaatgtgaaattgatacac tacatgatttatcttgcaaatttctacctttatatgctagtgaagcaaaaagaataaaag tgttatatcacaagtgcaccaacataat------caaacagaaaaagagaagtgaaccag tggcagtcatgatacatggtccccctggaacaggtaagtctatcactactagttttttag ccagaatgatcactaatgagagtgac------atatactcacttccaccagatccaaaat actttgatggatatgataaccaaagtgtggtgataatggatgacattatgcaaaatcctg gtggtgaggacatgacactattctgtcaaatggtgtccagtgttacatttatacctccca tggcagacttaccagataaaggaaaaccttttgactctagatttgtcttgtgtagtacca atcactctctcctggctcccccaactatatcatcattaccagcaatgaatagaagatttt atctggatttggatatcactgtgcatgacaactttaaagacaatcagggcaagttggatg tatcaagagcatttcaaccatgtgacactaacttaaaaattggaaatgcaaag---tgct gcccatttgtttgcggtaaagcagtaatgtttaaagaccgcaacacatgcagaacttact cactctcacaggtatataatcaaattttagaagaggacaagagaagaagacaagtggttg atgtcatgtcagcaattttccaaggtcctatatcaa---------------------tgg acaaacctccaccaccggccataacagatcttttacggtcagtgagaacacctgaagtga tcaaatattgccaagacaacaagtggatagtgcctgcagattgccaaa---ttgaaagag accttaatatagccaataatataattacaattatagctaacatcataagcattgctggaa ttatatacataatctataagcttttctgcacattacaaggaccatattcaggagagc--- ccaaacccaagacaaagattcctgaa---agaagagtagttgctcagggaccagaggaag aatttggtatgtcaataataaagaacaacacttgtgttgtgactacagcaaatggcaagt ttactgggcttggtatatatgataaaattctaataataccaacacatgctgatccaggta gtgaaattcaagtgaatggcatacatacaaaaatacttgattcatatgatttgtataata aagagggtgtcaaattggaaatcactgttttgaaattagatagaaatgagaaatttagag atatacgtaagtatataccagaaacagaagatgattacccagaatgtaatttggcattag tggcaaatcaaccagaaccaaccataattaaagtaggtgatgttatatcctatggtaata tattactcagtggaacacagacagctagaatgcttaagtataattatccaactaaatctg ggtactgtggtggtgttttatataaaattggcctgatcttgggtatacacgtgggtggaa atggaagggatgggttttcatctatgctcttaagatcctatttcactgagcaacagggtc aaattaaaatctcccaacacgtcaaagatgttggattgccctccatacatacaccaagta aaaccaagcttcaacctagtgtattctatgatgtctttccaggtagcaaagaaccagctg ttttgacagataaggaccctagattaaaagtggactttgaaacagcactgttttcaaaat ataagggtaatgtgaaatgtgacctgaatgaccacatgcaagttgctgtagcccattatt cagcccagttagccactctagacatagacccacaaccaatagcactggaagatagtgtgt ttggaatggatggtttggaagctttggacctcaacaccagtgctggttacccatatgtag cattagggattaagaaaaaggatctaattaataataaaaccaaagacatttccaaactta aagtagcattagataaatatggtgttgatttacctatgattacttttttaaaagatgagc ttaggaaaaaagataaaatacctgtaggcaaaactagggttatagaagctagtagcataa atgatactgtcctcttccgaacaacttatggaaacttattctctaaatttcacttgaatc caggggttgttacaggttgtgcagtaggttgtgatccagaaaccttttggtctaaaatac ccctgatgttagatggagattgtatcatggcttttgactatacaaattatgatggaagca tacacccagtttggttcaaagctttgagaatggtgcttgataacctatccttcaactct- --gcactcattgataaactttgtaattctaagcatatttttaaatccacatattatgaag ttgagggtggtgtaccctctggatgttctggtactagtatatttaattcaatgattaata atataattattagaactctagttctggatgcatataaacatattgatcttgataaactca aaataattgcttatggtgatgatgtgattttttcctacaaatacaagcttgatatggagg caattgccagtgaaggacagaaatatgggcttaccataacacctgcagataagtccacta aattcaaggatctggattacaaaaatgtgacttttctcaagagaggatttagacaagatg aaagatatagttttcttatacatcctacattcccagttgaagaaatttatgaatcaatca gatggacaaagaaaccatcacaaatgcaggagcatgtcttatcgttgtgtcatctaatgt ggcacaatggccctgagatttata-gggattttgaaacaaagatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtatattccaccctatgatcttttgagacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ctgataa --ata-attaattcgt------------------ttgttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445158.1 Human rhinovirus 81 isolate F06, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacccagatcacctacatggtgtt---g tacactattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------atc-ccc-------------ttcccc---------------------- ----aaatgtaac----ttagaagc-a-atgcaa------ac-tgatcaatagg-gggca atcat-ccagattg-c----t-aatgatcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--gg ttgatatgctccaca-agggc-aaaaacaaccgagatcgttatccacaagatgcctacgc aaagcctagtaatg-cttttg-aa-gatacttggttggtcgctcagctg------tgcac cc-gacagtagacctggcagatgaggctagaagtacccctctggcgacagagttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttttg-ggt----------gtgaagccaag-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gaatcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccagtgcacacaaaccagtgtgtagctggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ccttta- -----tattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag--caca----tatatat tgttatcatgggcgctcaagtgtctagacagaatgttggtacacactcaacacaaaactc agtgtcaaatggctctagtctcaattatttcaacataaattactttaaagatgctgcatc tagtggtgcttcaagactggacttttctcaggatcctagcaaatttactgacccggttaa ggatgttttggaaaaaggtatccctactttgcaatctccctctgttgaagcttgtgggta ttcagataggataattcaaatcaccaggggcgactcaactataacttcacaagatgtcgc caatgcagtagttggttatggggtatggccgcattatctaaattcacgagatgctgtggc catagacaaaccaactcaaccagacacatcatcaaatagattttacaccttggacagtaa aatgtgggatagtaactccaaaggatggtggtggaaactacctgatgcacttaaggacat gggcatctttggtgagaacatgttttatcatttcctgggaagaagtggctacacagtaca tgtgcaatgcaatgctagcaaattccaccaaggcactttattggtgactatgataccaga acatcaattggccacagttaataaagctaatgttactgcaggttacaaatacacacaccc tggagagtctggtagagtggttggcacacaagcagat-----------g------aca-- -caaggcaacccagtgatgacaattggctgaattttgatggcacacttttaggtaatttg ttaatcttcccccatcaatttattaatttaaggagcaacaattcagccactattatagta ccatatgtcaatgctgtaccaatggattctatggttaggcacaacaactggagtttggtg ataataccaatttgtcaacttcaaagtaacaatacatcc---aata---ttgtccccatc actgtttctattagtccaatgtttgctgagttctcgggagcacgtgcaaaaacagtc--- ---------------------------------------g------tgcaaggcctgcca gtctacgttacaccaggctcaggtcagttcatgacaactgatgacatgcagtccccttgt gcattaccctggtatcacccaacaaaagagatttttataccaggcgaagttaagaatcta attgaaatgtgtcaagtagatacactaatcccaataaacagtacaagagctaac---ata ggtaatgtcaacatgtatacagttactctccaacctcaaactgaca------tggctact gaagtttttgcaattaaggtggatatcgcatcacatccactggccacaaccttaattgga gagattgccagttacttcacccactggacaggaagtttgagatttagtttcatgttttgt ggaacagcaaacaccaccttgaaactcttgctagcttacacacctccagggattagtaaa cccaaaaataggaaagaggcaatgttaggaacacatgttgtatgggatgtgggcttgcag tcaacagtatctttagttgtaccatgggttagtgctagtcaatataggttcaccacacca gacacatactcctcagctggttacatcacatgttggtatcaaaccaattttgttgttcca ccgaatacaccaaacactgctgagatgttgtgttttgtatctggttgcaaggatttttgt ttacgtatggcaagagacacagacttacacaagcagagtgggcctatagaacaaaac--- ------ccagtagagcggtatgtagatgaagttctaaatgaggtcttagtagtccctaat atcaatgaaagtcaccctacaacatccaatgcagctcctgttctagatgcagctgaaacc ggacatactagcaacatacaacctgaggatactattgaaaccagatacgtacaatcctca caaacattggatgagatgagtgtagagagtttcttaggtagggcaggctgcattcatgag tctatactggatatca-aagaggat----------------------------------- -tataacact------------caaagttttactaagtggaaaatcaacttacaagagat ggcacaaattagaagaaaatttgaaatgtttacatacaccaggtttgattctgagatcac attggtgccaagtattgcaaacaaagagggtc------acattggtcacatagtcatgca atatatgtatgtaccaccaggggcacctattccaacaaccagagaagattatgcttggca atctgggacaaatgcatctatattctggcagcatggacaaccttttcctcgcttttcgct cccctttctaagtgttgcatcagcatattatatgttttatgatgggtatgatggagacac ttac------caatccagatacgggactgtggttaccaatgatatggggacactgtgttc aaggatagtgacaagtgagcaagtacataaggttaaagtagtaacaagaatataccacaa agccaaacataccaaagcttggtgtccaagaccacccagagctgtacaatacacacacac ccatgtgactaattac------aaactagaaacaga---------------------tgt tcacaccagtgtagccataagacctagaac---------a---agtttaaca-------- -----------aat------------------gttggtcccagtgacatgtatgtgcatg ttggtaatcttatatataggaatttacatcttttcaattcagaca---tgcatgactcca tcttggtctcttactcatc------agatttagtcatataccgaacaaacacacaaggtg atgattatatccctacatgtaactgtactgatgctacatactattgtaaacacaaaaaca gatattatccaattaaagtcacaccacatgattggtatgaaattcaggagagtgagtatt acccaaaacacattcagtacaatctgttgataggtgagggaccatgtgagccaggtgatt gtggtgggaaattgctgtgtaaacatggtgtgattggcattatcacagctggtggtgagg gccatgtggcattcatagatctcagacact------ttcattgtgccgaagagcaagg-- -gataactgattacatacacatgcttggtgaagcttttggaagtggatttgtagacagtg ttaaagagcagatcaactcaattaatc------caattaatagcattagtagcaaaatgg ttaaatggatgcttaggataatatcagctatggtcataataattaggaattcttcagatc cacaaactataattgccactcttacactaattggatgcaatggctcaccatggagatttc ttaaagagaaattttgtaaatggacccagttaacctatgtacataaagaatca---gatt catggctcaaaaaatttactgaaatgtgtaatgcagctaggggtttggaatggattggca acaaaatttctaagtttattgattggatgaaatcca---tgctacctcaggcccaactta aggttaagtatttgaatgaactcaaaaaattgaatctcctagaaaaacagattgaaa--- ---atctcagagcagctgacacaaacactcaagagaagattaagtgtgagattgacacac tacatgatttatcttgtaaatttctacccttgtatgctagtgaagcaaaaaggattaaag tgttgtaccataaatgtactaatattat------taaacagaaaaagagaagtgagccag tggcagttatgatacatgggcctcctggaacaggcaagtctatcaccactagttttttag ctaggatgattaccaatgagagtgac------atatactcactcccgccagacccaaaat actttgatgggtacgacaaccagagtgtggtaataatggatgacatcatgcaaaatcctg gtggggaggacatgacattgttctgccaaatggtatctagtgttacattcatacccccta tggcagatttgccagataaaggaaaacctttcgattccaggtttgtgctatgtagtacca accactctctcctagctcctccaactatatcatcactaccagcaatgaatagaagatttt acttggatttagatattactgtgcatgacaactttaaagataatcaaggcaaattggatg tatcaagagcatttcaaccatgtgacactaatttgaaaattgggaatgcaaaa---tgct gtccatttgtgtgcggtaaagcagtgatgttcaaagaccgcaacacttgtaaaacttact cactttcacaagtatatagtcaaattttagaggaagacaagagaagaaggcaagtaatag atgtcatgtcagcaattttccaaggtcctatatcaa---------------------tgg acaaacccccaccaccggccataacagatctattacggtcagtgaggacacctgaagtga tcaagtactgtcaagataacaaatggatagtgcctgcagattgtcaaa---ttgagagag atcttagtatagctaatagtataattacaataatagctaatatcgtaagcattgctggga ttatatatataatttataaacttttctgtacactgcaaggaccatattcaggagaac--- ctaaacctaaaacaaaagttcctgaa---agaagggtggttgctcagggaccagaggaag aatttggtatgtcaataataaagaataacacttgtgtggtgaccacagcaaatggcaaat tcactggacttggtatatatgataaaatcttaataataccaacacatgctgatccaggta gtgaaattcaagtgaatggtatacaaacaaaaatacttgattcatatgatttgtttaaca aagaaggtgtcaaattagaaattactgttttgaaattagatagaaatgaaaagtttagag atatacgcaagtatattccagaaacagaagatgattatccagagtgtaatttggcattgg tagcaaatcaacctgaaccaaccataattaaagtgggtgatgttatatcttatggtaaca tattacttagtggaacacagacagctaggatgcttaaatacaactatccaaccaaatctg gatactgtggtggtgttttatacaaaattggtctggttttgggcatacacgtgggtggaa atggaagggatgggttttcatctatgcttttgagatcttatttcactgagcaacagggcc aaattaaaatctccaaacatgttaaggacgttgggctaccttccatacacacaccaagta aaaccaagctccagcctagtgtgttttatgatatcttcccaggtagtaaggaaccggctg tcctgacagataaagaccctagattaaaggtggattttgaaacagcattattttcaaaat ataagggtaatgtggaatgtgaactgaatgatcatatacaagttgctgtagcccactatt cagcccagttagctactctagacatagacccacaaccagtaacactagaagatagtgtat ttggaatggatggtttggaggctctagacctcaatactagtgctggttatccatatgtat cattgggaatcaagaaaagggatcttatcaacaataaaaccaaagatatttccaagctta aagtagcattagataaatatggtgttgatttacctatgattaccttcttgaaagatgagc ttaggaaaaaagataaaatatctgcaggcaaaactagggttatagaagctagtagtataa atgacaccattctattccgaacaacttacggaaacctattttctaagttccacttaaatc caggggttgttacaggatgtgcagtgggttgtgatccagaaactttttggtccaaaatac cgctcatgttagatggagactgtatcatggcctttgattatacaaattatgatggaagta tacacccagtttggttcaaagctttgagaatggtacttgacaatttatcctttaactct- --acactcattgataaactttgtaattctaagcacatttttaagtctacatattatgaag ttgagggtggtgtgccatctgggtgttcaggcactagcatatttaattctatgattaata atataattattagaactctagttctggatgcatataaacatattgatcttgataaactta aaataattgcttatggtgatgatgtgattttttcctataaatataaactagatatggaag caattgccaatgaaggacagaaatatgggcttaccattacacctgcagacaaatctactg aatttaaagaactggattacaaaaatgtaacttttcttaagaggggattcaggcaggatg agagatacagctttcttatacatcctacttttccagttgaagaaatttatgagtcaatta ggtggacaaagaagccatcacagatgcaggaacatgtcttatcattgtgtcacttaatgt ggcataatggccctgagatctata-gggattttgaaacaaagatacgcagtgtcagcgct ggtcgcgcactgtacatcccaccctatgatcttctgagacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ctaataa --ata-attaatttgt------------------ttgttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445159.1 Human rhinovirus 81 isolate F07, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacccagatcacctacatggtgtt---g tacactattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------atc-ccc-------------ttcccc---------------------- ----aaatgtaac----ttagaagc-a-atgcaa------ac-tgatcaatagg-gggca atcat-ccagattg-c----t-aatgatcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--gg ttgatatgctccaca-agggc-aaaaacaaccgagatcgttatccgcaagatgcctacgc aaagcctagtaatg-cttttg-aa-gatacttggttggtcgctcagctg------tgcac cc-gacagtagacctggcagatgaggctagaagtacccctctggcgacagagttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttttg-ggt----------gtgaagccaag-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gaatcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccagtgcacacaaaccagtgtgtagctggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ccttta- -----tattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag--caca----tatatat tgttatcatgggcgctcaagtgtctagacagaatgttggtacacactcaacacaaaactc agtgtcaaatggctctagtctcaattatttcaacataaattactttaaagatgctgcatc tagtggtgcttcaagactggacttttctcaggatcctagcaaattcactgacccagttaa ggatgttttggaaaaaggtatccctactttgcaatctccctctgttgaagcttgtgggta ttcagataggataattcaaatcaccaggggcgactcaactataacttcacaagatgtcgc caatgcagtagttggttatggggtatggccgcattatctaaattcacgagatgctgtggc catagacaaaccaactcaaccagacacatcatcaaatagattttacaccttggacagtaa aatgtgggatagtaactccaaaggatggtggtggaaactacctgatgcacttaaggacat gggcatctttggtgagaacatgttttatcatttcctgggaagaagtggctacacagtaca tgtgcaatgcaatgctagcaaattccaccaaggcactttattggtgactatgataccaga acatcaattggccacagttaataaagctaatgttactgcaggttacaaatacacacaccc tggagagtctggtagagtggttggcacacaagcagat-----------g------aca-- -caaggcaacccagtgatgacaattggctgaattttgatggcacacttttaggtaatttg ttaatcttcccccatcaatttattaatttaaggagcaacaattcagccactattatagta ccatatgtcaatgctgtaccaatggattctatggttaggcacaacaactggagtttggtg ataataccaatttgtcaacttcaaagtaacaatacatcc---aata---ttgtccccatc actgtttctattagtccaatgtttgctgagttctcgggagcacgtgcaaaaacagtc--- ---------------------------------------g------tgcaaggcctgcca gtctacgttacaccaggctcaggtcagttcatgacaactgatgacatgcagtccccttgt gcattaccctggtatcacccaacaaaagagatttttataccaggcgaagttaagaatcta attgaaatgtgtcaagtagatacactaatcccaataaacagtacaagagctaac---ata ggtaatgtcaacatgtatacagttactctccaacctcaaactgaca------tggctact gaagtttttgcaattaaggtggatatcgcatcacatccactggccacaaccttaattgga gagattgccagttacttcacccactggacgggaagtttgagatttagtttcatgttttgt ggaacagcaaacaccaccttgaaactcttgctagcttacacacctccagggattagtaaa cccaaaaataggaaagaggcaatgttaggaacacatgttgtatgggatgtgggcttgcag tcaacagtatctttagttgtaccatgggttagtgctagtcaatataggttcaccacacca gacacatactcctcagctggttacatcacatgttggtatcaaaccaattttgttgttcca ccgaatacaccaaacactgctgagatgttgtgttttgtgtctggttgcaaggatttttgt ttacgtatggcaagagacacagacttacacaagcagagtgggcctatagaacaaaat--- ------ccagtagagcggtatgtagatgaagttctaaatgaggtcttagtagtccctaat atcaatgaaagtcaccctacaacatccaatgcagctcctgttctagatgcagctgaaact ggacatactagcaacatacaacctgaggatactattgaaaccagatacgtacaatcctca caaacattggatgagatgagtgtagagagtttcttaggtagggcaggctgcattcatgaa tctatactggatatca-aagaggat----------------------------------- -tataacact------------caaagttttactaagtggaaaatcaacttacaagagat ggcacaaattagaagaaaatttgaaatgtttacatacaccaggtttgattctgagatcac attggtgccaagtattgcaaacaaagagggtc------acattggtcacatagtcatgca atatatgtatgtaccaccaggggcacctattccaacaaccagagaagattatgcttggca atctgggacaaatgcatctatattctggcagcatggacaaccttttcctcgcttttcgct cccctttctaagtgttgcatcagcatattatatgttttatgatgggtatgatggagacac ttac------caatccagatacgggactgtggttaccaatgatatggggacactgtgttc aaggatagtgacaagtgagcaagtacataaggttaaagtagtaacaagaatataccacaa agccaaacataccaaagcttggtgtccaagaccacccagagctgttcaatacacacacac ccatgtgactaattac------aaactagaaacaga---------------------tgt tcacaccagtgtagccataagacctagaac---------a---agtttaaca-------- -----------aat------------------gttggtcccagtgacatgtatgtgcatg ttggtaatcttatatataggaatttacatcttttcaattcagaca---tgcatgactcca tcttggtctcttactcatc------agatttagtcatataccgaacaaacacacaaggtg atgattatatccctacatgtaactgtactgatgctacatactattgtaaacacaaaaaca gatattatccaattaaagtcacaccacatgattggtatgaaattcaggagagtgagtatt acccaaaacacattcagtataatctgttgataggtgagggaccatgtgagccaggtgatt gtggtgggaaattgctgtgtaaacatggtgtgattggcattatcacagctggtggtgagg gccatgtggcattcatagatctcagacact------ttcattgtgccgaagagcaagg-- -gataactgattacatacacatgcttggtgaagcttttggaagtggatttgtagacagtg ttaaagagcagatcaactcaattaatc------caattaatagcattagcagcaaaatgg ttaaatggatgcttaggataatatcagctatggtcataataattaggaattcttcagatc cgcaaactataattgccactcttacactaattggatgcaatggctcaccatggagatttc ttaaagagaaattttgtaaatggacccagttaacctatgtacataaagaatca---gatt catggctcaaaaaatttactgaaatgtgtaatgcagctaggggtttggaatggattggca acaaaatttctaaatttattgattggatgaaatcca---tgctacctcaggcccaactta aggttaagtatttgaatgaactcaaaaaattgaatctcctagaaaaacagattgaaa--- ---atctcagagcagctgacacaaacactcaagagaagattaagtgtgagattgacacac tacatgatttatcttgtaaatttctacccttgtatgctagtgaagcaaaaaggattaaag tgttgtaccataaatgtactaatattat------taaacagaaaaagagaagtgagccag tggcagttatgatacatgggcctcctggaacaggcaagtctatcaccactagttttttag ctaggatgattaccaatgagagtgac------atatactcactcccgccagacccgaaat actttgatgggtacgacaaccagagtgtggtaataatggatgacatcatgcaaaatcctg gtggggaggacatgacattgttctgccaaatggtatctagtgttacattcatacccccta tggcagatttgccagataaaggtaaaccttttgattccaggtttgtgctatgtagtacca accactctctcctagctcctccaactatatcatcactaccagcaatgaatagaagatttt acttggatttagatattactgtgcatgacaactttaaagataatcaaggcaaattggatg tatcaagagcatttcaaccatgtgacactaatttgaaaattgggaatgcaaaa---tgct gcccatttgtgtgcggtaaagcagtgatgttcaaagaccgcaacacttgtaaaacttact cactttcacaagtatatagtcaaattttagaggaagacaagagaagaaggcaagtaatag atgtcatgtcagcaattttccaaggtcctatatcaa---------------------tgg acaaacccccaccaccggccataacagatctattacggtcagtgaggacacctgaagtga tcaagtactgtcaagataacaaatggatagtgcctgcagattgtcaaa---ttgagagag atcttagtatagctaacagtataattacaataatagctaatatcataagcattgctggga ttatatatataatttataaacttttctgtacactgcagggaccatattcaggagaac--- ctaaacctaaaacaaaagttcctgaa---agaagggtggttgctcagggaccagaggaag aatttggtatgtcaataataaagaataacacttgtgtggtgaccacagcaaatggcaaat tcactggacttggtatatatgataaaatcttaataataccaacacatgctgatccaggta gtgaaattcaagtgaatggtatacaaacaaaaatacttgattcatatgatttgtttaaca aagaaggtgtcaaattagaaattactgttttgaaattagatagaaatgaaaagtttagag atatacgcaagtatattccagaaacagaagatgattatccagagtgtaatttggcattgg tagcaaatcaacctgaaccaaccataattaaagtgggtgatgttgtatcttatggtaaca tattacttagtggaacacagacagctaggatgcttaaatacaactatccaaccaaatctg gatactgtggtggtgttttatacaaaattggtctggttttgggcatacacgtgggtggaa atggaagggatgggttttcatctatgcttttgagatcttatttcactgagcaacagggcc aaattaaaatctccaaacatgttaaggacgttgggctaccttccatacacacaccaagta aaaccaagctccagcctagtgtgttctatgatatctttccaggtagtaaggaaccggctg tcctgacagataaagaccctagattaaaggtggattttgaaacagcattattttcaaaat ataagggtaatgtggaatgtgaactgaatgatcatatacaagttgctgtagcccactatt cagcccagttagctactctagacatagacccacaaccagtaacactagaagatagtgtat ttggaatggatggtttggaggctctagacctcaatactagtgctggttatccatatgtat cattgggaatcaagaaaagggatcttatcaacaataaaaccaaagatatttccaagctta aagtagcattagataaatatggtgttgatttacctatgattaccttcttgaaagatgagc ttaggaaaaaagataaaatatctgcaggcaaaactagggttatagaagctagtagtataa atgacaccattctattccgaacaacttacggaaacctattctctaagttccacttaaatc caggggttgttacaggatgtgcagtgggttgtgatccagaaactttttggtccaaaatac cgctcatgctagatggagactgtatcatggcctttgattatacaaattatgatggaagta tacacccagtttggttcaaagctttgagaatggtacttgacaatttatcctttaactct- --acactcattgataaactttgtaattctaagcacatttttaagtctacatattatgaag ttgagggtggtgtgccatctgggtgttcaggcactagcatatttaattctatgattaata atataattattagaactctagttctggatgcatataaacatattgatcttgataaactta aaataattgcttatggtgatgatgtgattttttcctataaatataaactagatatggaag caattgccaatgaaggacagaaatatgggcttaccattacacctgcagacaaatctactg aatttaaagaactggattacaaaaatgtaacttttcttaagaggggattcaggcaggatg agagatacagctttcttatacatcctacttttccagttgaagaaatttatgagtcaatta ggtggacaaagaagccatcacagatgcaggaacatgtcttatcattgtgtcacttaatgt ggcataatggccctgagatctata-gggattttgaaacaaagatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtacatcccaccctatgatcttctgagacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ctaataa --ata-attaatttgt------------------ttgttttat----------------- ------------------------------------ >KX891411.1 Human rhinovirus A16 isolate KC939 clone pR16.939, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccactcagatcacctacatggtgtt---g tacactattatcacggtaattttgtacgccagtttt----------------------at ------------acc-ccc-------------ttcccc---------------------- ----aaatgtaac----ttagaagc-a-aagcaa------ac-tgatcaacagg-gggca atcgt-ccagattg-t----c-aaagatcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgctccaca-agggc-aaaaacaactgagatcgttatccgcaagatgcctacgc aaagcctagtaata-cattga-aa-gatacttggttggtcgctcagctg------ttaac cc-aacagtagacctggtggatgaggctagagattcccctccggcgacggagttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---attg-ggt----------gtgaagccaag-tattgg acaaggtgtgaagagccgcgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccagtgcacacaaaccagtgtgtagctggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttta- ----ttattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ag--cata----tatatat tgttatcatgggcgctcaagtatctagacagaatgttggtacacactcaacacaaaatat ggtgtcaaatggatccagcctcaattattttaatatcaattatttcaaagatgcagcttc cagtggtgcctctcgattggacttctctcaggaccccagtaaattcacagacccagttaa ggatgtgttggagaaaggcatacccactctgcaatctccaagtgtagaagcttgtggata ctctgacagaataatccaaattacaaggggtgattcaaccataacatctcaagatgttgc taatgcagtggttgggtatggggtatggccacactacctaactccgcaggatgcaacggc tatagacaagccaacacaaccagatacatcatcaaataggttttacacactggatagtaa gatgtggaacagtacctccaaaggttggtggtggaaactaccagatgctcttaaagacat gggtatttttggtgaaaatatgttttatcatttcttgggtagaagtggttatacagtgca cgtacagtgcaatgcaagtaaattccatcagggtacactactagtggctatgataccaga acatcagttagctacagtaaataaagggaatgtaaatgcaggttacaaatacacacatcc tggtgaagctggtagagaagtgggtacacaagttgaa-----------a------atg-- -agaaacaacctagtgatgataattggctaaattttgatggcacgttattaggtaattta ctgatattcccacaccagtttatcaacttaaggagcaataattcagcaactcttatagta ccatatgttaatgctgttccaatggattctatggttagacataacaattggagtttggta ataataccagtttgtcaactacaaagcaataatatatcc---aaca---ttgttcccatc actgtttccattagcccaatgtgtgctgaattctctggagcacgtgccaaaacagtt--- ---------------------------------------g------tgcaaggtctacca gtatatgttacaccaggatcaggacagttcatgacaacagatgatatgcaatctccatgt gcactgccttggtaccatccaacaaaagagatctttataccaggggaggtcaagaacttg attgaaatgtgtcaggtagatacactcataccaataaatagcacacagtctaac---att ggcaatgtcaacatgtacacagtaactctatcaccacaaacaaaat------tagctgaa gaaatttttgcaattaaagtagatattgcctcacatcctttagccacaacccttattggt gagatagcaagttactttacacactggacagggagcctgcgattcagtttcatgttttgc gggactgcaaacaccaccctaaaagttttgctagcatacacacccccagggattggtaag cctagaaatagaaaggaggcaatgttagggacacacgtggtgtgggatgtaggtctacaa tccacagtgtcattggttgtaccatggatcagtgctagtcagtatagattcactacacca gacacatactcctcagcaggctacattacatgctggtatcaaactaattttgttgttcca ccaaacacacctaacactgctgagatgttgtgttttgtatctggatgcaaagatttttgc cttcggatggcaagagacacagatctgcacaagcaaacaggaccgataacacaaaat--- ------ccagtggaaagatatgtagatgaagtcttaaatgaagtgttagtagtgcctaat attaatgagagccaccctaccacatcaaatgcggctccagttttggatgctgctgaaaca ggacataccaataagatacagccagaagacaccatagaaaccagatatgtgcaatcttca cagacattggatgaaatgagtgtggaaagcttcctaggcagatcagggtgtatccatgaa tcagtgttggatattg-tggacaat----------------------------------- -tacaatgat------------caaagtttcactaaatggaaaataaacctgcaagaaat ggcacaaattagaagaaaatttgaaatgttcacttatgccagatttgactctgaaattac tatggtgccaagtgtagcagccaaagatggtc------acattggtcatatagttatgca atatatgtatgtaccaccaggagcacctataccaactactagagatgactatgcttggca atctggaacaaatgcatctgtattttggcagcatgggcaacctttccctcgcttttcact tccctttctaagtattgcatcagcatattacatgttttatgatggttatgatggggacac atat------aaatctagatatggaactgtagtcaccaatgacatgggaactttgtgctc gcgtattgtgaccagtgagcaattacataaagtcaaagtggtgacaaggatatatcacaa agctaaacacaccaaagcttggtgcccaagaccacccagagccgttcaatactcacacac acataccaccaactac------aaattgagttcaga---------------------agt acacaatgatgtggctataagacccagaac---------a---aatctaaca-------- -----------act------------------gttggacctagtgacatgtatgtgcatg ttggcaatctaatatatagaaatctacatttatttaactctgaca---tgcatgattcca ttttagtgtcttattcatc------agatttagtcatataccgaacaagcacacaaggtg atgattatattccaacatgtgattgcactgaagctacatattactgcaaacacaaaaaca ggtactatccaattaaagttacacctcatgactggtatgagatacaagaaagtgaatatt atccaaaacatatccagtacaatttactaataggtgaaggaccatgtgaaccaggtgatt gtggtgggaaattattatgcaagcatggagtgataggtattatcacagcaggtggtgagg gccatgttgcattcatagatcttagacact------ttcactgtgctgaagaacaagg-- -aatcactgattacatacacatgcttggtgaagcttttggtagtggatttgtagatagtg ttaaggaccagattaattcaataaatc------ccatcaataacattagcagtaagatgg ttaaatggatgttaagaattatatcagctatggttataattattagaaattcttcagatc cgcaaacaataattgccactttaacactgattggatgcaatggttctccttggagatttc tcaaagaaaagttttgtaaatggactcaattaacttatatacacaaagaatca---gatt catggctcaaaaaattcactgagatgtgtaatgcagctagggggttagaatggattggaa acaaaatatctaaatttatcgattggatgaaatcaa---tgctaccccaggcacaattaa aagttaagtatttgagtgaacttaagaagctcaactttttggagaaacaggttgaaa--- ---atctcagagcagctgatactaacactcaagaaaaaattaagtgtgagatagatacat tacatgacttatcctgtaagtttttacctttgtatgccagtgaagcaaagagaattaaag tgttgtatcacaagtgcactaacataat------caaacagaagaaaagaagtgaacctg tagcagttatgatacatggacctcctgggaccggaaaatcaatcactacaagcttcctgg ctagaatgattactaatgagagtgat------atatactcacttccaccagaccctaaat attttgatggttatgataatcagagtgtagtaataatggatgatatcatgcaaaaccctg gtggtgaggacatgacactattctgtcaaatggtatctagtgtgacttttatacccccaa tggctgatttaccagataagggaaaaccctttgattctagatttgtattgtgtagtacta atcactcactcttggcacccccgactatatcgtcactcccagcaatgaatagaagattct atttagatttagatattcttgtgcatgatagctataaagataaccagggtaaattagatg tatctagagcatttcaactatgtgatgttgattcaaagattggaaatgcaaaa---tgtt gtccatttgtatgtggcaaggcagtgacattcaaggatcgcaatacatgtaaaacttatt cactttcccaaatatacaaccaaattcttgaggaagacaagagaaggagacaggtggttg atgtcatgtctgcaattttccaaggacctatatcaa---------------------tgg ataaacccccaccaccagctataacagaccttttacgctcagtaaggacaccagaagtaa ttaagtactgccaagataataaatggatagttcctgcagactgtcaaa---ttgaaaggg atctgaacatagctaatagcataatcacaatcatagctaatatcatcagtatagcaggaa ttatatatataatttacaaactcttttgctctctacagggtccttactcaggggagc--- ccaaacctaagacaaaaattcccgag---agaagagttgtagctcaaggtccagaagagg aatttggaatgtctattattaaaaataatacctgtgttgtgaccacagcaaatgggaaat ttacaggattaggcatttatgacagaatcttaatattaccaacacatgctgacccaggca gtgaaattcaagtgaatggaatacacaccaaggtgcttgattcttatgacttatttaata aggaaggtgtcaaattagaaattactgtgctaaaattagatagaaatgagaagttcaggg atatacgtaagtacatacctgaatcagaagatgactatcctgaatgcaacctagcactag tggccaatcaaacagaaccaactataattaaggtaggggatgttgtgtcttatggtaata tattactcagtggtacacaaacagccagaatgcttaaatataactatcctacaaaatctg ggtattgtggtggtgtgttgtacaaaattggccaaatcttaggcatacatgtgggtggca atggtagagatgggttctcatctatgctattgagatcatactttactgagcaacaaggtc aaattcaaatctctaaacatgttaaagatgttggcttaccctcaatacacacaccaacta aaactagactgcagccaagtgtcttctatgacattttcccaggcagcaaggagccagcag tcctcacagaaaaagatcctagattgaaagtggactttgactcagctcttttttcaaaat acaaaggtaacacagagtgcagtttaaatgaacatatacaagttgcagtagcacactact cagctcagctagcaacactagatatagatccacaaccaattgcaatagaagatagtgttt ttggaatggatggcttggaagctttggatctaaacactagtgcaggttatccctatgtaa cactaggaattaaaaagaaagatcttattaataacaagactaaagatatttccaaactta agttagcattagacaaatatggtgttgatttgcccatgattactttcttaaaagatgaac ttagaaagaaagacaaaatagcagcaggtaaaaccagagttatagaagctagtagtataa atgataccatcttgtttagaacagtttatggaaacctattttctaaatttcacttgaacc caggagtggtaacaggctgtgcagttggatgtgatccagaaaccttttggtctaaaattc ccttgatgttagatggagattgtattatggcttttgattatacaaattatgatggtagca ttcatccaatttggtttaaagctcttgggatggtgcttgataatttgtcctttaaccct- --actctaatcaatagactttgtaactcaaaacatattttcaagtctacatattatgaag ttgaaggtggtgtaccctctggttgttctggaactagtatatttaactcaatgattaata atataatcattagaaccttagttttggatgcatataaacatattgatttagataagctta aaataattgcctatggcgatgatgtgatcttttcttacaagtataaattagacatggaag ccatagctaaggaaggacagaaatatggactcaccataacacctgcagataaatctagtg aattcaaagaacttgattatggaaatgtaacttttcttaaaagaggatttagacaagatg ataaatacaaatttttgatacatcctacttttccagttgaagagatttatgaatccatta gatggacaaagaaaccatctcaaatgcaggagcatgtcttatccttgtgtcacttaatgt ggcacaatggtcctgagatttata-aggactttgaaacaaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtatatccctccttatgaactcctaagacatgaatggtatgaaaaattc tag--------------------atatag---aa-------------------ttgataa --atg-aatagtttgt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >MN749148.1 Human rhinovirus A51 strain 12K5, complete genome ------------------------ttgta-cccacccacactgtctacg-gacgta---g tgctctcatattacggtatgcttgcacgccagtttt----------------------ta ------------ccc-ccc-------------ttttcccaat------------------ ------ttgtaac----attagaag-t-ttgtactattaatt-tggtcaatagg-aggta gcaag-ccatgcta-t----c-taagaccaagca-cttct-gtta-ccccggtata-cgg agaatagactccaaa-agggt-tgaagctccaaatatcgttatccgcacaattactacgc aaagcctagtaaca-tcttgataa-gctctttggttggtcgctcagctg------ttacc cc---cagtagacttggcagatgaggctgggtattccccactggcgacagtgacccagcc tgcgtggctgcctacacacctggcgaca-ggt----------gtgaagccaaa--agtgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctaattgt--gattcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagccaatgcatgtaaaccaacatgtatttggtcgtaacgggcaact gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-ttaaat- ----gacttgcttatggtgacaa--atat-t--------------ggtg----tatat-t tgtcatcatgggcgcccaggtttccagacagaatgtagggactcactctacccaaaacac agttgctaatggatctagcttgaactattttaacatcaactattttaaagatgctgcttc taatggtgcttcccgtttggatttttcccaggaccctagtaagtttactgatccagttaa agatgttttaataaagggagtgccaacattacaatcaccaacagtagaagcttgtgggta ctcagataggataatccaaataactcgtggaaattcaactatcacatcacaggacatagc aaatgcagtagttgcatatggtgtttggcctcattatttatctgatactgatgccaatgc tattgataaaccatcacatccagacacttcatcagacagattttacactttagacagcaa actatggtcaaatgaatctaagggttggtggtggaaattaccagatgctcttaaagatat gggcatctttggagaaaacatgttctaccatttccttggcaggacagggtatacaatcca tgtgcagtgcaatgccagtaaatttcatcaagggacattaattgtggctgctataccaga acatcaattggctttcattggaaaaggtaatgtgagtgttggctacagacacacacaccc aggagaaaatggacgaacacttaatggctcaaggaca-----------gatggtaatt-- -caaaacaacccactgaggagagttggttgaattgtgatggtacacttttaggtaatatc acaatatatccacatcaatttattaatctcagaagtaacaactcagctacactcatccta ccctatgtcaatgctgtacccatggattcaatgcttagacataataactggagcctagtt atcattcctatatcacccctggtttct------gagtcttcagata---aagttccaata acaatctctataagccctatgtgttcagagttttcaggtgctagaaatcaa--------- tctgct------------------------------aaaa------tacaaggtttgcct gtcatgttgactccaggttctgcacaatttcttactacagatgacacccagtctccctca gccctcccttatttccatccgacgaaagaaatttttatacctggtaaggtgagcaatttg tcagaaatttgccaagtagattcaatgataccagtgaacaacaccattccagta---aac aattcaattggcatgtacacagtagaggttcgggtgcaaacagatt------ttaaacaa gaaatttttgccatccctgttgacgtagcatcacaacctctatcaaccacactcataggc gaaattgctagttattacactcattggacaggttctcttagattctctttcatgttctgt ggtacagcaaacaccagtttgaagttactcattgcatatacaccaccaggagttgataaa cccaccacaagaactaaagctatgttaggaactcatgtggtatgggatgttgggttgcaa tccacagtttctatggtggttccctggatatctgctagtcactacaggttcactactcca gacacatattcacaggcaggatacatcacctgttggtatcaaacaaattttgtgaccccc ccaagcactccaaaacatgctgacattatatgttttgtttcaggatgtaaagatttttgc ttaagaatggccagagatactaacttacactctcaaacagtaaacattacacaaaat--- ------cctgttgaaaaatacacagaggctctgcttaatgaagtattggtagttcccaac atacaacctagtagtggtcatacatctaatgctgcaccagctctagatgctgctgagaca ggacatactagccaagtccaaccagaagatgtgatagaaaccaggtctgttatcacagac caaactagggatgaaatgagtgtggagagtttcttgggtagatctgcttgcatagcaatc attcatacaaaccttg-aacatgatgaaacaga---------------------taggca ggtctacaatgca---caaaagaaaaatttctccacatggaagattacacttaaggagat ggcccaaattagaaggaaatgtgaactcttcacatacttaagatttgattcagagattac catagttgctactattgctgggcagggtgatg------atatagggcacattgtactaca atacatgtatgtaccccctggaggaccagtaccactcactaggaaagatgatgaatggca atcaggaactaatgcctcagtgttttggcaacatggacaaccataccccagatttacaat cccttttgtaagcatagcctcagcatactacatgttttatgatgggtatgaaggtgacag ttta------acttcacagtatggctcagtagtcacaaatgctatggggacactatgtgt tcgtgtggttacagaacaacagagacataaagttaacataactagcagaatttaccacaa agctaagcacattagtgcatggtgccctcgccctcctcgcgctgtagcataccaacatac atacagtacaaacttt------gtcccacgagaaggattt---------------gatg- --gcctgaaaactcagattaaaactaggac---------a---gatattaag-------- -------------c-ttgtga---------actttggaccctcagacctgtttgcacaca tggatgatttagtatacagaaatttacacttgtgtgagccagaagacttaaatgattcag tactgatctgttactcaag------tgatttagtcatataccgaacaaacacaaaaggtg atgacataatcccaacatgtgattgcacccaagccacatattactgtaaacacaaaaaca gatactatccaattagtgtcaagaaacatgattggtatgagattcaagaatctgaatatt acccaaaacatatccagtacaatatattaattggagaaggaccctgtgaaccaggtgatt gtggtggaaaactactttgtaaacatggggtcattggactattgactgctggtggatgtg gacatgtagccttcattgatctcagagatt------ttcatgttgcagacacacaggg-- -aatcacagattatatccaccaccttggagaagcatttggtgctgggtttatagataaca ttagagaacaaattcaggtgattaatc------ccatcaataagattacagggaaaatag taaaatggattatcagaattatatcagctattacaattataattagaaatagtgcagatc cccacacagttgtggctactctagcattaataggatgttctggatcaccctggagattta ttaaggagaaggtatgcaattggttgcaattaagttatgtccacaaagaatca---gatg gctggatcaagaagttcacagagatgtgtaacgcagctagaggtttagaatggttaggca ataaaatatcaaaatttattgactggattaaatcaa---tgcttccacaggcaaaactta aagtagagtatattaagaatctaaaacaactccctttgttagagaaagaaattgatg--- ---gattgcgactggcctcccagaaacagcaacaagattatattgatacactcagaatta tgttagattcatcaaataaattcttgccactctatgcctctgaaaataagaggattaaag agctccttaaaagaagtgaaatgatttt------gcgtacttctaaaagaacagaaccag ttggagtacttttccatggtgaaccaggaacaggtaaatcaattgccacttctatcttag ctagaatgctaactactgaatcagat------atatattctcttccaccctcgcctaagt attttgatgggtatgaccaacaaagtgtagtcataatggatgatataatgcaaaacccaa atggtgaggatatgtctctattttgccagatggtttcatcagtcccatttatcccaccta tggctgacctacctgataagggcaaacctttctcttctgattatgttttagccagtacca atcataatttattgcatccacccacaataacctgtacaacagctatgaacaggagatttt ttcttgatttggatatagtggtcaaagatgattttaaaattaatcaaggtagacttaatc tacagtgtgctcttaaaccgtgcaaggaaggg---aaagtgggtaatgctaag---tgtt gccctctcatatgtgggaaagctgtagtctttagagatagaaatacaggggactacctct ctttatcaactatatataatagaataacagaggaaagtagaaacagaaaagaattaaaca cctcattacaggctatcttccagggcccgatagatgtca------------------tca acaaaccaccaccaccagcaattttagatctacttaaatcagttagaaaccctgaagtta tcaagtattgtgaagaaaacaaatggataataccagctgaatgccggt---tagaaaggg atctaaattatgccaatttagttatatcaatgattgctaatgtagttagtattttgggtg taatatatattatctataagctcttctgttcactgcagggaccatattctggtgaac--- caaaaccaatatctagaaaaccagag---aggagagttgtaacacaaggtccacaagaag aatttggacgcagtttactcaaacataatgcatgtgtagttaccacagagaatggtaaat ttactggtttagggatttatgataatgttatgattttaccaactcatgctgatgtaggga aaactgtggacatagatggcatacaaacaaaagtagcagatgcctatgacctacacaatt cacaaggggtaaaacttgagatcacagtggttaaattaaacagaaatgaaaagtttaggg atatcagaaaatatattccagatagtgaggatgactaccctgattgttgcttggctttat tggctaaccaaccagaaccaacaataattgaagtaggtgatagctgttcctatggaaaca ttttacttagtggcaatcaaacagccagaatgattaaatataattacccaacaaaatcag gattctgtggtggtgtcttatataaaataggtttgatcctgggtattcatgttggaggta atggcagaaatggtttttctgccatgttgctgaggtcatactttaatgaacaacagggtc aaataatgactaaagctgatgttagagagaagaacctttatagcatacacacccccacca agacaaaactgcaacccagtgtttttcatgatgttttccctggaaaaaaagaacctgctg tcttatctccaaaagaccccagattgcaagtagatctagaagaagcaatattttcaaaat ataagggaaataaagaaattaaaataactcaaaacatggaggtagcagccgcacactatg cagcgcaactctcaactttaaacataaacccagaaccactcaccatggaagaaagcgtgt atggtatagaagggctagaagctttagatttgcatactagtgcagggtatccgtacacag catgtggtattaagaagaaggatttgataccaaaaga---tagggacttaactaagttta aacaagccttggagaaatatggtctagatctacctatgattacctttcttaaggatgaac tcagaaaacctgaaaaaattcaagcaggaaagactaggattatagaagcaagtagtttaa atgacacagttcagttcagaatggcctttggtagattattctctgcctttcaccaaaatc caggtatagttacaggttcagctgtgggttgtgatcccgaagtcttctggtcaaaaatac cagtcatgcttgatggtgaatgtcttatggcttttgactattcaaattatgatgggagcc tcaacccagtatggtttgaattgcttgctaaggttcttgatgatttaggatttccaggt- --aagttagttgaaaagttatgttactccaaacacatatttaaaactcagtactatgaag tggaaggagggatgccatcagggtgtgctggaaccagtatatttaataccataattnnnn nnnnnnnnnnnnnnnctctggtattggacacatataagtatgtgaatttagataaattga aaatactggcatatggtgatgatatattgttttcttatccttatgatttggacatgaagg aactagcagatgagggatctaaatatggactaactataactcctgctgacaaatcagata ctttccaaaagcttaattttagtaatgctactttcttgaaaaggggtttcagaccagatg aaaaacacagtttcttagtacaccctctctaccctgaggaagaggtgtgggagtccatta ggtggacaaagaaccccagaaatatgcaagagcatgtattatcattgtgccaccttatgt ggcataatggtaaatccaagtact-gcgaattcgtggccaagataaggagcgtcagcgct ggtcgttcgcnctatataccaccatttgaactcttgtgccacgagtggtatgaaaaattt taaa-------------cag---atatag---aa-------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >JN205461.1 Human rhinovirus C strain WA823M02, complete genome -------ttaaaactgaatcatggttgtt-cccaccatgattgtctactggacgtt---g tactcttgtattccggtacacttgtacgccagtttt----------------------at ------------aac-ccc-------------ttcccct--------------------- ------ttgcaac----ttagaaga-aagtaaac------ac-tggccaatagg-aaata g-caaaccacgcta-t----t-tacggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtctg--ac gggatatgcttcacccgaggc-agaaactcagatgatcgttatccgcaaagtgcctacgg gaagcctagtagca-ctttgg-aa-gttgttgggctggtcgctcaattgctg-----acc ccgagcaatagacttggcagatgaggctggacgtgccccaccagtgatggtggtccagcc tgcgtggctgcctactcaccct-aacag-ggt----------gagaagcctat-caatag acaaggtgtgaagagcctactgtgctcacttt--gattcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtatctatcgcatgcacaccagcatgtaggtagtcgtaatgggcaact acgggacggaaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----t---gttct-tttatt- -----acttgcgtatggtgaca-----at-tgt--------atg-a-aa----t-acgat tgacaccatgggcgcgcaagtttccaagcagagtgttggagcacatgaaaccactgtaca cgcggggagtggagcggtggttaagtatttcaatataaactactacaaagatgctgctag ttcaggtttaaccaaacaagattttagccaagacccatctaaattcactcaacccattgc agatgctctcaccaa------cccagcactaatgtcaccatcagtagaggcttgtgggta ctccgataggctaaaacaaatcactatcggaagttctacaataactacacaggatgccgt gaacaccgtcttggcatatggggagtggcctagttacttatcagatcttgatgctacttc agtggataaacccacacatcctgaaacttcttctgacagattttacactcttgccagtgt cacatggggtgcaacatctaagggttggtggtggaaattacctgattgtttaaaagatat gggaatatttggtcagaacatgtactatcactctatgggtagatctgggtacattattca tacacagtgcaacgccacaaagttcaacagtggttgtttgctagttgttgtaattccaga acatcagttagcatatataggtggaacaaatgcatcagttagttataaccacacacaccc aggagaatcagggcatgagataggaaagaacaccact-----------aacagaggta-- -ctaatgagcccgatgagaacccattctttagttgtaatggaactttattaggaaatcta actatcttcccccaccagcttatcaacctgagaacaaacaattccagtacaattgttgtg ccatacattaactgtacacctatggacaacatgttgaggcacaataacgtgtcattgttg atcatccccatttgtcctttaagaacatctaatggtgcgcctacaa---ctctgcccatt actgtgtccatagcaccaaacaaatcggaattttctggtgccaaacaga----------- -accag------------------------------aca---------cagggaatccca gtgcgcatgcccagtgggtctaatcaatttatgaccactgaagatgaacaatctccaaac atattaccaaattttcaccctacgaaaaagatacacatcccaggtgagattaaaacaatc atggacatggcacgggtggactcattcatgccaataaacaacattcagaaccaa---ata caagatgtcagcgtgtaccatgtacaagtcacaccaggag------------caaaggat aagatattggtcataccgttggatatgagcaataccttgttttccacaacattacttggg gaggtcctgaactactactccaactggtcaggttcaattaagcttagttttatgtgtgta tgtgatagtttcagcactggaaaatttctgatcgcctacacacctccaggagcaggttta ccaactgaccgcaagcaagctatgcttggggtccataccatctgggacttagggttacaa tcaacatgtaacatggttattccgtggatctcagcacacaattacaggaggacaaaagct gataagttcactgagggtggatatgtcagtgtgtggtatcaaacaacatttgtctctaca agcttagc---------agggtgtataatggtcacatgttcagcttgtccagacatggct gtgcgcatgatgcgtgatacacctatgatgaaacaggaaataaatattcagcagaat--- ------ccagtggagaatttcattgatgaaacactcaaggaggtgttagtggttcccgac actaaagagactggtcctatacacacaaccaagccaacttcattgagtgcacttgagatt ggagcaaccgcccaagttgaaccagaggacatgatagaaaccaggtatgtttacaatgac aacacaaatgctgagacaaccattgaaaactttctgggtagatcagctttgtgggctaat cttacact---ggaaa-g------------------------------------------ ------------------------aggcttcaaaaagtgggagatcaatttccaagagca tgctcaggtgagaaagaagtttgaaatgttcacatacctgcgatatgacctagaaataac agttgtcaccgataatacaggtc------------------------------taatgca gattatgtatgttcctccaggtatagatgcaccaaactcagcaagtagccctctgtggga ttctgcttcaaaccctagcgtgttttaccaaccacactctggattccccagatttaccat tcctttcaccggtattgcttcagcttactacatgttttatgatggttatgattcaaatga acaa---ggcaacaccagatatgggattggtaccaccaatgatatgggccacctatgtat tagagcacttaacaacacagataaggataa------------agtgaaaatctttgcaaa gcccaagcatataactgcgtggataccacgtccaccacgagccacgcagtatgtgtccag atacagtgtcaattacaatgtaatcaaaacaggaaccac------aactggtgagttag- --aacaaaagcactttttggttgctagacc---------a---gatataaag-------- -----------aa------------------tgtgggccccagtgatatgtttgtgcata ctcatgatgccatcttcagatgtgcacacttgaccaacccaactg------aagacacaa tattgctagctatcagttc------agatctacaagtggatagtgccagtgagccaggcc cagattatattccaaattgtgattgcatcattggcacctactattgtcacagtaaggata ggtattatccaatagagttcaagcaacatgactggtatgagatacaagaatctatttatt acccaaaacacattcaatacaatatattaattggtgagggaccatgtcaacctggagact gtgggggcaagctcctttgcaagcatggggtcattggtatgataactgcaggtggggaca atcacgtggccttcattgacctcagatgttaca---ctgacctcgcacagcatcaagg-- -gctcaaagattatgtcaaccaattgggtggtgcatttggtgaaggattcacatctacaa tcaaacaaacattaactgagacttgcaatggtatcactgataaactgacatccaaggtgg tgaaatggctaatacgtattattagtgctctaacaatcatgatacgtaatagcgcagaca tcccaaccatcaccgccacattggcactactgggttgttcgggctcaccatggaaattta ttaaatcaaaagtgtgccactggttgggagtgcagccaccaccgagtcgccaaggggact cttggctgaagaagttcactgaattttgcaatgctgcacgtggtctggaatggattgggg acaaactgtcaaagtttattgactggttaaaatctaagattgttcccacagttcaaagaa aggctgagacactacgtgagtgcaagaaaatccccctttacaaagaacaggttaagg--- ---cattcagtaaggcaactgaagaagcccaaaatgagttaataaccaacataaacaaac tagagaaaggcttactagagctagctccattgtatgcagtggaagccaaacaagtgaaag agatccagacagaaatcagaagaatgatgtgtttcaaaaagagccaccgtgcagaaccag tgtgtatattactccacgggcaaccaggatgtggtaaatcactgttgacaacagtcattt cgagaggtctcacaacagaagcggag------gtttactcacttcctccagatcccaagc attttgatggttataatcagcagcatgtagttataatggatgatgtagggcaaaatcctg atggtagagatttaagtttgttttgtcaaatggtatcaacaacagagtttgtagtgccta tggctagcctggaagataaaggcaaaactttcactagcgattatgttttagctagtacca acctgaactctctgtcgcctcccacagtgaccatcccagaagcaatagaccgtagatttt tcttggattgtgatgttaagattatgactggttacagcaataat---ggggtgctaaatg tggcaaaatcactgcagccctgcgcttcatgtcctgttcctaactactataaacagtgtt gtcctcttctatgcggaaaggcagtggtcctacaaaataagagaacacaaggcagctact cagtcctaactgttgtggagcaactgcgtcaagagaggaagaatcgccaaagtgtgcagg ttgatttgagtgccattttccagggcttgg---------------------------gtg atgaacaaacaccaggtttcataattgatctgcttagtgcttcaaaggaccccagagtga tagagtactgtgagagtgaaggatggataaaatctttgaaacagaacaagttagaaagag aactaaattacacccagtattgcttgaattgtctaggaagcctagtgttgattttaggca ctgtttatgcagtctataaacttatgtgtttagcccagggaccttattcaggattac--- cacagcccaaaccctcaaaacccgaactcagaaaagccatgatacaaggcccagaacatg aatttggaatggctctactcaagcgcaattgccatactgtcactacagatagaggtgaat tcaacctcctaggtattcatgacaattgcgctgtgatacccactcacgctgaacctggtg acaccattttacttgatggctatgaggtgaatgttctaaaacaacagataataactgatc tcaatgatgttgacacagaggtgacaattctgtggttggacagaaaggaaaaatttaggg acattcgcaggtttattccagaacatgtgaaagaatggagcaatatgcgcttaatcacaa atgtcagcaaatttccaatgttagatgtggaagtaggtggtgtagtgccctttggagagt tgagcctcagtggtaacccgaccacacggttgatgaaatacaattacccaacacaacctg gacagtgtggaggtgtcataatgagcacaggtaatattattggcatacacgtgggcggta atggtagagtgggttattgcgcctctttaacccgcaattactttgctgccacacagggtg agatcatagctaaatttggtgtgaaagatttgggtctcaatacaataaacacacccagta agacaaaactacaccccagtgtcttttatgatgtatttccaggtgtgaaggagcctgctg cactctctaactttgaccctagactagaagttaatcttaaggaaagtgttttatctaaat acaaaggtaatgcaggatgtgagatgaatgagttcattaaaacagctgttgaccattaca cggcacaattatttatgctagacatcaacccagagcccataacactagaacaagctgttt atggaacagaaggtttggaaccattggacctcaacacaagtgcagggtttccatatgtca cactaggggtcaagaaaaaggacatactaaatcgcaccactaaagatgttactaagctcc aacagatgatggataagtttggcctagatttaccttatgtgacctacttaaaagatgagc ttagggcaccagagaagataagaaaaggaaaaaccagggcaatcgaggctgccagtatga atgacacagcatttttccggatgacatttgggaacttgtatgcagcatttcataaaaacc ctggtaccttgactggttcagcaattggctgtgatccagacatattctggtcacaaattt actcatgtatggaacagaacc---tattggcatttgattacaccaattatgatggaagcc tggacccagtatggtttaaagccctagaaatggtcttggacagcttaggatttcctggt- --tacttaatgagtagattgaacaaaactacacacatatttaaggatgaggtatacaagg ttgagggaggtatgccatcaggaatatctgggacttcagtgtttaacaccatgataaaca atattatacttagaacactgattcttgagacctacaagaatattaatttggacaagctca agatagtagcttatggtgatgatatcttagcttcataccctgaagaattggatccagaac aactggctcaagcgggtgtgaagtatggtctcactataacacctgcagacaagtccacag agttcaagaaagtgacatggcaaaatgcaaccttcttgaaaagaggatttgaaccagata caaaatacccattcttaatccacccaatcttccctatgagtgaagtgtttgaatcaatta gatggactaaagatccaaagaacacacaggatcatgtatactcactgtgtctactctcgt ggcacaatggggaggagaagtaca-atgattttattcaaaaagtgcggtctacatcagtt ggaagaaccctatatcttcctccttattcagttttgtaccgtgcctggattgacaagttc -----------------------atttaa---gtggtaa--gaataaatgcatatagaa- ------tattatctgtt---taggaata------gtattttataaaaaaaaaaaaaaaa- ------------------------------------ >KF958311.1 Rhinovirus C isolate 2536, complete genome -------ttaaaactgggtaggggttgtt-cccacccctaccacccacgtggtgta---g tgctcctgtattacggtacacttgcacgccagttt-----------------------gc ------------ctc-cct-------------acccccttcccat-------tcacaccc aaccctgcgtaac----ttagaagc-tatgcaca---------agaccaatagg-tggta a-caatccatgtta-c----t-aaaggtcaagta-cttct-gttt-ccccgg-catgcgt ggaataaacagtgcaaacggt-tgaggccacaaatgtcgttacccgcgcatgaactacgc agagcctagtatcc-ccctga-aa-gtccattggttggtcgctcagcta--------atc cc-catagtagacctggcagatgaggcaagacgcaccccactggcgacagtggtcttgcc tgcgtggctgcctgcacaccct-t-cgg-ggt----------gtgaagccaat-tgatag acagggtgtgaagagccgagtgtgcttcatgt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccgcagctgtggcacacaatccagtgtgtatgcagtcgtaacgggcaact gcgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-ctttaa- ---tcaagtacttatggtgaca-----at------------------aa----taaatat tgttaccatgggtgcacaggtgagcaaacagagcaatggtactcacgagaatattgtttc agcaagtaatggagctgtagtcaagtatttcaacatcaactactacaaagattcagctag ttcaggtttatccagacaggatttttcccaagatccatctaagtttacccaacctcttgt tgataccctcacgaa------ccccgctcttatgtccccaacagttgaggcatgtgggtt ttccgataggctaaagcaaatcactatcggaaactccactataacaacccaggactccct aaattctgtgttagcctatggggagtggcctacctatctgtcagatatagatgcaacatc cgtggacaaaccaacccaccctgaaacctcggctgatagattctacacactacgcagtgt taattggggtgcaacttctaaggggtggtggtggaaatttcctgatgcactcagtgagat gggggtgtttggtcaaaacatgtattaccatgctatgggcagatctggttacataatcca tacacagtgcaatgccaccaaattccatagtggggccattattgttgcagtcgtacctga acatcagttagcatacataggaggaacaaaagctaatgtgagctacggccacacacatcc aggtgaaaacggccatgagatacgtggccctgacagtgg-----acatgacagaggaa-- -acaacaaccctgacgaggatccactatttaattgcaatggtactttactaggtaatatc accatattccctcatcagataattaatttaagaaccaataactccagtacaattattgtc ccttacatcaattgtacacccatggacagcatgctgaaacacaacaacgtgtccctggtt attatccccatagtcccactgagagtgaatgggactggccccacta---ctatccctatc actgtttctgtagccccttataagtctgaattttctggagcaatggaag----------- --caca------------------------------gaga--------cagggtcttccc acacgaatgcctagtggggcacagcaatttatgacaacagaggatgaacaatcagcaaac atcctaccggggttccacccctcaaagaagattcatatacctggaatgataaccaacgta atgcatatggccagggttgattcttttataccattaaataacatagaaggggag---aca acaaaacccagtgtttattgtgtgacagttccaaagaaaa---------caaatgataat gtgatattggtcctcccacttgaaatggataatacactcttctccaccactctgcttggt gaaatcctaaattatttcgccaactggtcaggtagcataacaataacattcatgtgtgtt tgtgatgcttttagcacagggaagttcctattagcctatacaccacctggtggtagattg ccactgagtaggaaagaagcaatgcttggtgtgcatgtaatttgggatctggggctgcaa tcgtcatgcactattgtagtaccatggatatcttcaaatttctatcgtagaacaaaatct gatagttatacagaagcaggttatgtatccttgtggtaccaaactgatttcatcccttca gttaacgcaggcac---aggtaccatcattgctacttgtagcgcctgccctgacatgtct gttaggatgatgagggatagtccaatgatgaagcaa---gaagggaagctccaaaacaat gat---cccgtggaatccttcattcacacaacgctagaggaagtactagttgtgccagac accaaaccatcaggcccacaacatactaccaaaccatcagcacttggggcgatggaaatt ggagcatcaagcgatgcaactcctgaatcagtgatagaaactaggtatgtgttcaacaca aacaccaatgcagaagctgacattgaaatgtttctgggtagatcagctttatgggctaat ttgacacttagagaa--------------------------------------------- -------------------------ggattcactgaatgggagataaatttccaggagaa tgcacacatcaggaagaagtttgaactattcacctatattaggtttgacatggaagttac aatagtaacgaacaacacagggt------------------------------taatgca gatcatgttcgtgccacctggaatcactggtccaaagaatgctgaggatattcgatggga ttccgcctcaaatcccagtgtattttaccaacctaagtctggctttcctcggttcaccat tcctttcacaggactggcttctgcatactacatgttttatgatgggtatagtagcactaa gaagacaccagataatcaatatggaatagcaccaacaaatgacatgggaatattatgctt cagggcactggatgataaagagaaaactga------------tatcaaggtctttgttaa gcccaaacatataacagcatgggttcctagaccacctagagcagtgcaatatacacacaa gtacagtactaattaccattacaaggctgatgaaaatagcccc------------ctta- --aggacagacacttcataacaaccaggga---------a---agtatca---------- ------------------aga---------atgtgggacccagtgatatgtacgtccata cccaagatgcaaggtacatgtgtgcccacttgacaaaaccaggaa------ccaacacca ttcttctagccatctcatc------tgatttacaggtcgacagtgttgacacaccaggag atgacataattccgacatgtgattgtactgttggatgttacttctcaaagagccgcaatc ggtattttcccattgaagtaaccccccacgattggtatgagattcaagaatcagaatact acccaaaacacatacagtacaatctactcattgggaaaggacactgtcaaccaggagact gtggagggaaactactgtgcaaacatggagtcataggcatgataacagctggaggggagc aacacgttgccttcattgacttaagaccctact---catgtttatcagagcaccaaggtg tgatttccgattatttcacacaactaggaaatgccttcggggaaggattcactacaaaca ttcaaaaccactttacccagattagtcaatcaatatctgacaaattgaccaggaaagtaa tcaagtggttggtgcgtatcattagtgcacttactatcatgatcagaaataattcagatc tccccaccattttggcaacacttgctttactaggatgcagtggctcaccatggtcatttc tcaaggacaaaatatgtgattggcttggcatacaacgacctccaaaaaaacagggtgatt catggttacgaaaatttactgaatgctgcaatgctgcgaaaggtttggagtggatcagtc tgaagattggtaggtttatagattggcttaaagaaaagttagtacctacagtgcaaagga aaagagaaatattagagaagtgcaagaaaatatctctcctagaggagcaagccaacg--- ---gcttcagttcagctagttcagaggaccagcaagcattgatcattgaagtggataagt taaagaagggactggatgaattggccccgctctatgcagtagaaaataaaagggttacaa agatccagcaaaatcttaaacaacttacagcttatctaaaaacccacagacatgaaccag tgtgtgtcttactacacgggaaccccggttgtggtaaatctcttgctacgtccgtcattg cacgtggcctcacaacagaagcaggt------gtttattcactccctccagatccaaagc attttgatggttacgaccaacagaaagttgtcataatggatgaccttggacagaacccag atggcaaagatctagcaattttctgccagatggtttccaccactgatttcatagtaccca tggcagccctagaagataagggtaaatcatttacaagtcagtacatccttgctagcacaa atttggacactctgtctcccccgacaatcacaatacctgaagccatcaagagacggtttt tcatcgatgcggatcttgttgtgatgtctaaatacagaaataatattggtctactagata ctggtaaggcattgaccccatgcactacatgcccaaaacccccctactacaagtcctgct gcccacttttatgtgggaaagctgtggtggttcaagacagaaagacaaaagcaaattttt ccataaacacaattgtagaacaacttaagcatgaaaacgagtgcagaagacgtgttaagc acaacctagaagcaatattccaaggtcttg---------------------------gtg atgataccacacctggtttcatcgtggacttgttgtcttcatctaaagatcccaaggtca tagagtattgtgcagaacaggggtggattggaagggctggttctacag---tagaaaggg atttcaactatgttcattacatactaaattgcttgggtagccttatcatcattctaggta ctatctatgctttgtacaagctgatgtgtctggcacaaggtccctactctggtctac--- cgcaaccacccacaaagagacctgaactcagaaaagctactctacagggcccagaacatg agttcattaaagcactgattaaacgaaactgtcatgtcataacaacagatagaggtgagt tcaacatgctgggcattcatgacaattgtgcagtggtaccaacacatgctgagtgtggag acatcgtcaatatcgacgggagggaggtgcgagtgctcaaacaatgcatcttgaccgaca caaatgatgttgatacagaaataactctattgtggttggaccaaaatgaaaagttcaggg acattagacggtttataccagaacaccagcaagagtggtcaaacatgcacttggcaacta acgtgtcaaaatttcctatgatggatgttgagattgggcgagtcatcccttatggtaata tcaccctcagtggaaatccaacatgcaggttgcttaaatatgattaccccacaaaacctg ggcagtgtggaggtgtcgttgtcaacacaggtaatattgtggccatacatgttggtggta atggtaaagtaggatatggtgcaactctactccgcaaatactttgcacaggcacaaggtg aaatcacatcaatcagcaacgtgagagatcatggctacagctcaataaacactcccacta aaacaaaactccaacccagcgtcttttatgacgtgtttccaggtgagaaagaacctgctg cccttagtgagaaagatccacgcctagaggttgacctcaaaggagcagtgcttgccaaat ataaaggaaattcagaggttgagtggaatgagaacattcaaacagctgtcgatcattaca ccgcacaactgtacatgctagatattaacccagaacctataactattaatcaggcaatct atggcatggagcacttggaaccattagacctaacaactagtgctggtttcccttacgtct caatgggcataaaaaagaaggacttgataaataagaccacaaaggatgtcaccaaaatgc aggaaatgatggataaatatggcatagacttgccgtatgtgacatatctaaaagatgaat taagggcacctgaaaagataaagaaaggaaagactagggccatagaagcatcaagcataa atgacacagtacagtttcgcatgatctttggcaacctgttttccacatttcatgctaatc ctggtattttaacaggctcagctgtgggctgtaacccagatgtattttggtcacaaatgc atgcttgtatggatggagaac---tactagcctttgattacacaaactatgatggtagct tgcatcctgtgtggttcagagccctaggtgatgtactagataaattaggcttcccaggc- --cacttggcttctaagctttgtaatacaacacacatatacaaagaccaagtgtacactg tagaaggaggaatgccatcaggaatatgtggaaccagcatttttaatacaataataaaca atttaataataagaactcttgttctggacacttataaaggaatagacttagacaaactca aaatagtggcttatggagatgatgttgtggtgtcatatccttttaaattggatcctcagg aaatagcaaatagtggaaaaagctatggattgaccatcactccaccagataagggtgaaa cattcacagatgtaaactggtcaaatgttaccttccttaaaagaggttttagacctgaca agaaatatgaatttttaatccatcctgtttatgatatgaaaaatgtctatgaatccatca gatggactaaagacccaaagaacactcaagatcatgtgtattctttgtgtcttttggcat ggcacaatggagaagacatctatg-aagaattcagatctaagatcagaagtacagcagta ggaagatccttatacacccccccttactctgtactgtatagacagtggattgatttattt -----------------------gtttag---at-----------aattaaatataata- ------cagtgtttgct---tagaact-------tagtattat----------------- ------------------------------------ >MH752985.1 Human rhinovirus C42 strain USA/CA/2016-23027, complete genome -------ttaaaactgagtgtgggttgct-cccacccacactgtctacgggacgtt---g tactcttgtattccggtacacttgtacgccagttt-----------------------gc ------------cac-cctaaa----------tacccc---------------------- --------gtaac---aatagaagt-ctacgcacactt-----agaccaatagg-gggtg t-tcatccagttca-c----c-caaggtcaagca-cttct-gttt-ccccgg-cataggg gtgttaggcttcacccgaggc-caaagctctgattgtcgttatccgcacaactactggac aaagcctagtagcg-ccctac-gatgtagtatggttggttgttccgcca-------gtat cc-cctggtaaacctggcagatggggctagaagttcctcactggcgacagtgttctagcc cgcgtggctgcctgctccctca-c------gg----------gagaagccatt-ctactg acaaggtgtgaagagccccgtacgctagttgt--gattcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccctgcagccattacatggaagccaccatgtggatggtcgtaatgagtaatt gcgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttta- ----ctgacgtttatggtgacaa---tat-atatataacg-------ta----t-atatt gttcatcatgggcgctcaagtatctagacaaaccactggatcgcatgagaatgctatcac tgctaccaatggaggccttatcaagtattttaacataaactactacaaggattcggctag ttcaggcttggctaaacaagactttactcaagatccatccaaatttactcaacccctggc agaggttttaacaaa------tccagcacttatgtccccgactgttgaggcatgtgggtt ttccgataggctcaagcaaattactatcggaaactccactatcactacacaggacgctct tcacacagtgctggcttatggtgaatggcccagttatttatcagatcttgatgccacttc agtagataaacccacacacccagaaacttcatcagataggttttacacccttactagtgt agaatgggatgcttcttcgagcggttggtggtggaagcttccagacgctctaaaagatat gggaatttttggtcaaaacttgtactaccactcaatgggtagggcagggtacataataca tacacaatgtaatgctaccaaattccacagtggggctttgatggttgttctgatacccga acaccaactggcgtatgcaggtggtgcaaatgccagtgttgggtataaacacactcaccc aggtgagaatggccataagattgaga------------a-----gcgcggttttgatg-- -ataacaagccagatgaagaccccttctttaactgcaatggaacactgtttggcaatctc actatatttccacatcagattattaatcttagaaccaataattccagcacaattattagt ccttacattaattgccagccaatggacaacatgctgaagcataacaatctcacattgctg atagtgccactggttaaacttacacctggaactggtgcctcaccca---gtgtgtcaata acagtgtcaattgcaccatacaaatcagagttttctggtgccatggagacacgttaca-c agtgca------------------------------acaa--------cagggtctacct gttcgcatgccaagtgggtcccagcaattcatgacaactgaggatgaacaatcacccaac atgctacctggctaccattccagcaagaaaatacacataccaggtatgatcacaaacgtc ttacacatggccagagttgactcctttatgcctatcaacaatatccgtaccgag---att ggcaaggtatcaatatacaatataccaatattaaggaaaa------ccaacaatgatgga ttaatactctccatacccttggacatgagcaacagtttgtttgccaccacactactgggg gaagtgctgaattactttactaactggtcaggcagtattactctcactttcatgtgtgtg tgtgattctttctcaactggaaaattcttgttagcatacaccccccctggaggagcacac ccagctagcagaaagcaagccatgttaggggtgcatgttgtttgggatctgggtttacaa tcatcatgtactatggtaataccttggatatcctctggattttatcgtaataccaaatct gatgaccacactgaagcagggtacgtttcactttggtaccaaacagatttcgtgaccact acaacagcaggaca---gggtgctatactagttacttgtagtggatgcccggatatctca gttagaatgttaagagatacaccaatgatgaaacaagatgatgatgtgctgcagaacaat gat---ccaatagagcaatttgtacatgacacactaaatgaagttgtggtggtgcccaac acacatgcctctggacctcaacacaccacacgacccagtgcattaagtgcaatggagata ggagcttccagcacagccactcctgaatccacactagagaccaggtatgtggtgaatgat aacacaaatgaagaagctgaaatagaaatattcctggggagatcagcaatttggaccaaa agggcttt---gaatg-a------------------------------------------ ------------------------gggattcttgaaatggaagataagtttccaggaaca agctcacattaggaaaaagtttgaactgttcacttacctcagatttgatatggaaatcac aatagttattaataatcaagatc------------------------------taatgca gataatgtatgtacctcctggtatagccacacctgataccaagggtgataacaaatggga ctcagcttctaatccaagtgttttctatcagcctaaaagtggattcccccgtttcacaat acccttcacgggcctagcctcagcttattacatgttctatgatggttatagtaatacaac tggtgagcctaggaatacctatggcatctctcctaccaatgatatgggtaccttgtgttt ccgctcgttggaagggacaggcaatgcaga------------ggtgagggtctatgtgaa accaaaacatactacagcgtggatccccagacctcctcgcgctgtacaatacacacacac ctacagtacaaactaccactacaaaa---------agggggatg------cccccttgg- --aagacagacactttatacaacacagaga---------a---ggcatcaaa-------- -----------attctgcaga---------atacaggtcctagtgatttgtacgtccaca ctaaagatgccatctatacatgtgcacatctaaccaaaccaaatg------ataacacca tcctgttggcctacacggc------agatctgcaagttgatagcagtgaaaccgagggtc cagatcacatcccagattgtgactgtacctcaggttgttactatgtcagacatttggata gatactgcccagtaaccctaacttctcatgattggtatgaaatacaagaatcaaattact accccaaacatatacaatacaacattttgattggtgagggtccttgcaaacctggagatt gtggtggtaaattactctgtaaacacggggtcataggcattgtcactgctggtggtgagg ggcacgtggctttcactgatttacgcccatact---caagtctctccacccaccagggaa ttgtgtcagattacttcacccaattgggtgatgcctttggtgagggcttcacacataata taaaagagcatttttctaatctgtcttcaaacattactgataaaattacaggcaaagtag ttaaatggttagtgcgcattattagtgctctcactattatgattaggaactcaacagata cagcaacaatacttgctactctggcgctattagggtgtcagagttccccatggaacttcc ttaaaaataagatatgccaatggctagatatacccaaacccccttccaaacaaggtgatt catggattaagaaattcacagagtgttgtaatgcagctaaaggcttagaatgggttgcca tcaaaatagggaaatttattgactggttgaaggaaaaactaatccccacagtacagcgga aaaaggaaacattggaacaatgcaagaaactggccctttatgaagagcaatgcaaag--- ---gattctccaaatcagatgcccaggcccaacaacaactcatcatagaagtagctaagc tgaagaaaggtttggatgagttagcacctttgtatgctagtgagaataaaagagcaacag gaattcagaaagagctgcaacgcatgaccgcgtaccacaaaacacatcggcatgaaccag tctgttgtctaatacgtggacaacctggatgtgggaaatcgctggtcacctcaatcattg cacgtgggctcgcaccagaggctcat------gtttactcattgcccccagacccaaaat attttgatggttacgatcaacagaaggttgttataatggatgatatagggcaaaatccag atgggaaagacctcagtatgttctgccaaatggtttccaccacagaattcatagtaccaa tggccaacatagaagaaaagggtagatcatttactagtgaatacattctggccagtacaa atcttgatgcactcactccacccacaataactattccagaggcaattaaaagaaggttct ttatagatgtggatttagttattattagcaagtttagaaattccagtggtcttctggaca cagcaaaagcactccaaccctgcgctaattgccccaaaccagcctgctttaagcaatgtt gccccctgctgtgtggtcaagcagttgtcttacaagatagaagaagtaaagccaattatc ctgtgaatgcaatagtacagcagctccaacatgaaaactcaacgcgcaagaaggtaaaag ataacctagaagccatatttcaaggactgg---------------------------gtg acccaacccccccagggtttattgtggatttgctgtcagcttcaaaagacccaaaagtta ttgagtactgtgtagagcaaggatgggttggtaaagcaaactctaccg---ttgaaaggg acttaaactatgttcactacatattaaattgcttggggagcctcatcctcatactaggga ctatttatgtgttgtataagttaatgtgtttcacccagggtgcttacagtgggttac--- ctaacccggttccaaagaaaccagaactaagaaaagcaacattacagggccctcaacatg aatttatccgggcattggtcaagagaaactgtcacatcttgaccacaaaaaggggcgaat tcaatctgctcggggttcatgacaattgtgctgttgtaccaactcatgctgagtgtggag atgtggttaacatagatggtagggacattagagtcctgaaacaacaaattctgaccaaca cagatgatgtggacacagaaataacactattgtggctggaccaaaatgagaagttcagag acatcagaaggttcatcccagaacaccaacaagaatggtgtaacatgcatttagccacca atgttaccaagtttcccatgttagacgtagaggtgggtgaggttgtcccgtacggacaac taaatctaagcggcaatcccacttgccgcttaatgaaatataactatcctacaaaacctg ggcaatgtggtggagtgattctaaatacaggaaacatcattgcaatacatgtgggtggaa atggcaaagtcgggtatggagcagcattgctgcgtaaatattttgctgttgcccaggggg aaattgttaagaaaggacaaactaaggaattaggctttcagtcagtgaacactcccacaa agacgaaactacagccaagtgctttctaccacatcttcccaggaacaaaagaaccagccc ccttacatgccagtgatcctagactcgaaacaaacttggaccaggcagttttgtctaagt ataagggtaacccacaggttgaatggaatgactatatacagactgctgtggaccattatg ctgctcagctatacacattagatattaacccagaaccactgacaattgaccaagcggtct atggtattgataaccttgaaccattagatataactactagtgcaggttatccttatgcca ccatgggtatcaggaagaaggatattgtcaatagggtggaaaaaagtaccaccagacttc aagaaatgatggatttatatggaattgatttaccctacatcacatatttgaaagatgaac tcagaagcccagagaaaattaggaaagggaagactagggccatagaagctgctagtctta atgacacagttcatttccgaatgctattcggaaatctcttctcaactttccatgcaaacc cagggatcctgactggttctgcggtaggttgcaacccagatattttctggtcacaattat atgctacactagatgggcact---tactagcttttgattacacaaactatgatggtagtc tgcatcccatatggtttaaagcattgggcaaggtcttgacttcactgggtttccctggt- --aatcttatggacagattgtgcaacacaacacacatatacagagatcaagtctacttag tggaaggtggtatgccctcagggatatgtggtaccagcatcttcaataccatgatgaata acataataataagaacaatagtactggagacttataaatcaatagatttagacaaactga aaatagttgcctatggtgatgatgtaatagcatcctatccttatcctttggatcctacac acatagcagagacagcagccagatatggattgaatatcacccctcctgacaaatcagata agtttcaagaagtgacatgggataatgtgacctttctcaaaagagccttcagaccagatg agaaatacaagtttttgatacaccctgtctatagcatgactgatgtccacgaatcaatac ggtggaccaaagacccaaagaacacacaggaccacgtcagatcactgtgcttactagctt ggcataatggaaaagagaaatatg-aggaatttctaacaaaggtaagaagttgccatgta gggaaacagctctatcttcccccttatcaaagcttgtacacacagtggcttgatgaattt -----------------------atctaa---ttatta-----ataaataaatatagta- ------caatgtttaga---ggaac----------------------------------- ------------------------------------ >EF582386.1 Human rhinovirus C strain 025, complete genome -------ttaaaactgggtacaggttgtt-cccacctgtaccacccaagtggtgta---g tgctcttgtattccggtacatttgcacgccagttt-----------------------gc ------------cac-ccc-------------taccctct-------------------- ------atgtaac----ttagaagc-ttacacaa---------agaccaatagg-cggtg gtaaacccatacca-c----t-aacggtcaaaca-cttct-gttt-ccccgg-catatga ggaataggctccaaa-agggc-tgaagccactagtgtcgttatccgcattggtactacgc aaagcctagtatcg-gcctga-aa-atttcttggttggtcgttcggccagt-----tacc cc-actggtagacctggcagatgaggcaggacttaccccactggcgacagtggtcctgcc tgcgtggctgcctgcacaccct-tatgg-ggt----------gtgaagcctag-gaacgg acagggtgtgaagagccccgtgtgctaccaat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatct-taccccgcagctgttgcacacaatccagtgtgtatgcagtcgtaatgagcaatt gtgggatggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---gtttt-cctt--- ---atatttgcttatggtgaca-----at-att--------gat-atta----tcagtgt tgtcatcatgggcgcccaggtcagcaagcagaatgttggctcacatgaaagtggaatatc agcatcatcaggttcagtcataaaatattttaacattaattactacaaagactcggctag cagtggtttaagcaaacaagacttctccatggacccagagaaatttactaaacctttggc tgatgttatgaccaa------cccagcattgatgagtccaagtatagaggcttgtgggtt ttccgataggctcaaacaaatcactatcggcagctccacaataacaacacaggacacttt gaacacagtcgtggcttatggtgaatggccagaatatctgaaggacactgatgcgagcgc tgtagataaacctactcatccagaaacatctacagaccgtttttacacgctcacaagtgt aaatggcatggcctcatcaaagggctggtggtggaaaatcccagattgccttaaggacat gggcatgtttggtcagaatatgtattaccatgctctggggcgctcaggttacatctttca tgtacagtgtaatgccaccaaatttcacagtggtttacttcttgttgctattgtaccaga gcaccaattggcatatattggtggtacaaatgcaaatgtggggtataaccacactcatcc aggtgaagggggccatgaaattggtaagaacacc--------------gaaagaaacg-- -acaagcagcctgatgaggacccacttttcaactgcaatggcactctactaggaaattta actatttttccacatcaattaataaatttgaggaccaataattcagctactatagtggta ccttatataaactgtgttcccatggacagtatgctcagacacaacaacatatcattggtc atcataccacttgtaccactacgttcaggatctacacaaactatcaacagactacctatt acaatatctattgcgccagataaatcagaattctctggtgcacggcaaagt--------- --aaca------------------------------aagt-------gcaaggcttacca gtgagaatgcctagtggtgctcaacagtttatgaccactgaagatgaacaatcagcaaat ttgttacctggctttcatccaacccccataatgcatataccaggtgagattacaaatatc atgcatatggctagagtggattctttcatgccaattaacaatattacagaccag---aag atagatgtacctatctatagtaggacagtaactgcacgacctgctagcaatagtagtgac cttatactagctataccacttgacatgaacaacactctgttttccactacactactaggt gaggtgttaaattacttttctacttgggcagggagcatcacattgagttttttgtgtgtc tgtgatagttttagtacaggtaaatttctcatagcctacacaccaccagggggcggactt ccaaagaatagaaaagaagcaatgcttggtgtccatgtcatatgggatttgggactacaa tcgacatgcaccattgtggtaccatggatagctcagggatactaccgtcataccaaagct gataactacacagaatcaggatatgttacactatggtaccaaacaaactttgttccaggt agtgctatagcaca---aggttctatattagtcacatgctctgcatgtccagatatggca gttcgcatgttacgtgacacccccatgattacacaagacaagaacaccctacaaaac--- ------cctgtggagcagtttgtggataatgtcttagaggaagtcttggttgtacctaac acacaaccaagtggaccaattcacactactaaaccaactgcactgtcagcaatggagata ggagcatcttcagatgtgaaaccagaggatatgattgagacacgctatgtagtgaattcc agaactaatggtgaagcaacaattgaaaatttcttgggtagatcagccttatgggctaat atagatat---ggcga-a------------------------------------------ ------------------------tggctatgctacatggtcaatcacctaccagggaaa tgcacagataaggaagaaattagagctttttacctatgttaggtttgacttagaaattac aattataaccagtaactccagtt------------------------------taatgca gatcatgtatgtaccaccaggtgccaaaccacctaataacaatagctcaatggaatggaa cacagcctctaacccaagcatattctttcaaccaggaaatggtttcccacgttttactat accctttactggcttaggatcagcttactatatgttctacgatggctatgataaagtgag tcat---gatgaagggacatatggaactagtgtaaccaatgatatgggcagattgtgttt cagaaccccaaacaacaattcaggaactgacat---------tattagaatatttggaaa accaaaacacacacgtgcttggatccctcgaccaccaagagcaacagagtacacacataa agatagtactaactacaacaggagagtgaatcctaa---ctctgaagacagtacactta- --ccagggaccactacattaaaaccagggc---------a---acagtcaca-------- -----------a------------------cagctggacctagtgatatgtatgtacaca ctaaagaagctatctacagaaatgctcacctaaccagtgcaaatg------aacagacta tacttatagcactgactgc------agaccttcaagtggatgcagctgaacacccaggtg atgacatcatacctgattgtgattgcactacgggtacatactactgcaaaagtaaagacc gctattaccctgtgagtgtggtttcacacgcatggtatccaatagaggaatcttcttact acccaaaacatgtacaatacaacatacttttgggtgagggcccgtgtgaacctggagact gtggtggcaagttgctctgcaaacatggtgttataggaatagttacagctggaggggaag gccatgttgctttcacggatctaagaccataca---gtagcttagcacacacacagggac caattagtgattacataacacagttaggtaacgcatttggcacaggctttacacaaacac ttgaaactaacctcaaagagacatgttcaggcatgttcgatgcaataacatcaaaaacag taaagtggatcgtacgcataataagtgcgcttaccattgtgatccgcaacagttctgata caccaactgttctcgctacaatggctttgttgggttgcacaggttcaccatggcaatacc ttaaaacaaaactgtgtgcttggttaggagtgcaaaaacctccttcaaagcagagtgaca gttggctcaagaagttcactgaatggtgtaatgctgcaaagggattagaatggataggat acaaaataagcaaattcattgactggctgaaagaaaaactcataccaactgtgcagagaa agaaggataccctacttgaatgtaagaagttaaccctttatgaagatcaagtcaagg--- ---ctttcccccaatcttcagaaatttttcaaaacgaactaaccacaaaattacaggtct taaagaaaaatttagatgacatgtgtcccctctacgctgtagaaaataaaagagtgacca atatgcttaaagaaatcaaaacaatgacagcatacaagaaaacccatcgcacggaaccag tgtgtatcttaatacatggtgggcctggatgtggaaagtcacttgctactacagtaattg ctagaggcctagcagacagtgggaat------gtgtactcactacccccaaacccaaaac actttgatgggtattgtcaacaacaggtagtgatgatggatgatttaggtcaaaacccag atgggcaggacctagcaatgttctgtcaaatggtttctaccactgactttatagtgccta tggcagcattagaggataaaggaaaaagtttcactagtgattatgtgctggctagtacaa atttgaaccagctgagtccccccactataaccattccagaagcaattacacgtagattct tcctagacgtagatttgaaaataatgccaggatataagactcatgcaggattactagata cagctaaagcattgcaagcatgttcagactgtgcaaaaccactccattacaaacagtgtt gcccacttctttgtggcaaagcaataattctccagaacaggcgcacatcagcaagccttt caattaatatggttgtttcacaactgagagaagagtctaccaccagaaagagagtccaca ctaatttaaatgctattttccagggtttag---------------------------gat cagatgaaaccccaggatttatagtagacttactttcatcttcccgagatccccgggtta ttgagtactgtgagaaagagggactaattgtgaaggccacacacacct---tagaaaaga acttggagtatacacagtattgtttaaattgcttaggtagcttaatacttatcataggta ccatctatgctatatacaagttactatgtgtgtcacaaggggcctattcaggcaatg--- caaaccccattcctagaaaaccagaacttagaaaggctgttaaacagggtcctgagcatg agtttgtacattctctcatacgcaggaattgtcatgttgctacaacaagcagaggagatt tcaatctcttaggtatacacgacaattgtgcagttcttccaacacatgcagaatgtggtg ataccattttgattgacaacatccagaccaaggtcatcaaacaacaaatcattacagaca gcaatgatgttgacacagagatcacaatagtgtggctggataggaatgaaaaatttagag atataagaagattcataccagagcatatagaagaatggaggaacatgagattggctacca atgtacctaaattccctatgatggatgtagaagtaggtgatgtcaccccttatggagaaa tcaacctgagtggaaacttgacatgccgactgctcaagtacaactaccccacacaaccag gccaatgtggagctgttatcgctaatgtgggcaatataattgctattcatgtgggaggca atggtagagtgggttatggtgccgctctcttaagaaagtactttgcagcaacacagggtg aaataacaacaagaaagtcagtcagagatgttggcatgtcaccaattaacacaccttgta aaacaaaactataccccagtgttttctatgacatctttcctggaaaaaaagaaccagctg ctctaagtgacaaagacccacgacttgaagtaaacctaaaagaagctgttatgtccaaat ataaaggaaataagggctgtcaaatgaatgactatgtgttaacagcagcaaagcactatg cagctcagttgttccctcttgacatcaaccctgaacctataacaatggaacaagctgtgt atggaacagactatttggaaccactagatctcaataccagtgctgggtatccatatgtta cactaggtgttaagaagagggacatactaaatcgcaacactaaagatttatccaagttac agcacatgatggacctctatggaattgacctaccctatattacttacttgaaagatgaac tcagagcaccagaaaagattaggtgtggcaaaactaggtgtattgaggcagcgagcatga atgacactgtgtattttcgcatggtgtttgggaacttgtatggtgctttccacaaaaacc caggtgtgctgactggatcggctgtaggatgcgatcctgatgtcttttggtcacagatga aagccacaatgggggaaaata---tactagcctttgattacaccaactatgatggaagtt tggatccaatctggtttgatgctcttaaaattgtgttgaatgaattaggttttgatggt- --gaattaactgaaaaactcaagaaaactacacatgtgtacaaagatgaggtttacacag tactgggagggatgccatcagggacttctggaacatctgtattcaacaccatgatcaata acatcatcattagaactataaccattgaaacatataaaaacatagatttggacaaactta agatagttgcctatggtgatgatgtggtcatctcatacccagatatgctagatgcagcac aattagctgatactggttccaagtatggcctaaccataacacctgccgacaaaggcacag atttcaaacaagttacctgggacactgtcacctttctcaaaaggggatttagaaatgacc taaaataccctttcttggttcatccagtatatccaatggaagatgtttttgaatcaatca gatggactaaagacccacgtaacacacaagatcatgtaaattctctgtgcctactagcat ggcacaatggaaaacaacaatatg-atgactttatccaaaaggtccgtactacttctgtg ggccgaaccttgtacttaccaccctatgagtatttggaaaggaggtggatagacaaattc -----------------------atat-g---atgagat--------------atggta- ------ttcaaattgct---tagaatt-------gactatcat----------------- ------------------------------------ >FJ445132.1 Human rhinovirus 45 strain ATCC VR-1155, complete genome -------ttaaaactgggtcgtggttgtt-cccaccacgactatctacg-gatgta---g tgctcttgtattccggtacgcttgcacgccagtttt----------------------gt ca--------------ccc-------------ccccctaca------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-t-taacac------aa-agaccaatagg-cggca atgaa-ccacattg-t----c-aacggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tc tagatatgctttaccaaaggc-aaaaactggagcgatcgttatccgcaaggtgcctacgg gaaacccagtagca-ttcttt-at-ttgatctggttggttgctcagccgtt----aaacc ca-aacggtaaacctggcagatgaggctggaagatccccaccagcgatggtgttccagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--gaaag-ggt----------gtgaagccttt-tcaaag acagggtgcgaagagtctactgtgctcacctt--gattcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtagctgtggtgtgcaatccagcacattcgcagtcgtaatgggtaact gcgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctc----t---ttttc-ctttta- ----tatatgcttatggtgacaa--ttat-a--------------cgga----tata-gt tgtcatcatgggcgctcaagtctcaaggcagaatgttggtacccactctacacaaaacac agttacaggaggatccagtcttaattattttaatattaattacttcaaagatgctgcttc atctggagcgtcaaggttggacttttctcaagacccaagtaaatttacagacccagtcaa agatgttttaaccaagggtatcccaaccctacagtcacctacagtagaagcttgtgggta ttcagatagaataatacaaattaccagaggagacacaacaataacatcccaggacattgc aaacgctgtagttggatatggagtttggcctacttatttagattcaaaggatgcctcagc tatagataagcccacacaaccagatacttctgcaaataggttttacacactggaaagtaa ggaatggactccagatagtaaaggatggtggtggaaattaccagatgcactcaaagatat gggtgtttttggtgaaaacatgttctaccatgcacttggtaggtctggttacctaattca tgttcagtgcaatgcaagtaaatttcattcagggacccttcttgttgttgctatcccaga gcaccagttggcatatataggcacaggaaatgtaacagtaggatacaaacacacccatcc tggagagactggaagagtcatagcaacaaccaca--------------gacaaacaga-- -caagacagccatcgtttgacagttggctcaattgtaatggtacccttttaggcaatgcc ttaatatttccacatcaatttatcaatttgagaacaaacaatgctgccaccttgatcctg ccgtacgtaaatgcaactcccatggattccatgttaagacataataattggtcattacta atagtgcctgtatcagaactaagaggtgacaccag---------------tataccaatt actgtatcaatctctcccatggcagctgaattttctggagcacggaaccgc--------- agtgca------------------------------cgtg------tggaaggtttacca gtgatgttaacaccaggatcaggacaattcttgacaactgatgacatgcaatcaccatca gttttaccttacttccactcaacacaagaaatcttcataccaggagaagttaaaaatctt attgaattgtgccaagtggacaccatggtaccattaaacaacttgcacataaat---aaa aacaagattggaatgtatgctctaccacttacacgacagaatacac------cagctgct gaactctttgcaatgccagtcgacattacatcttcacctttagcaaccacgcttttagga gagattgcttcttattacaccaactggacaggtagtataagattgagtttcatgttttgt ggcagtgcaaacacctcactcaagcttcttctagcatatactccacctggagtgagtaaa ccaaccagtaggagagaagctatgctgggcacccatcttgtatgggatgtaggtcttcaa tccacatgttctttagtcatcccgtggatatcagcatcacattttcggaataccacgcca gacacctactcaaaagctggttatgtgacatgctggtatcagacaaatttcatcacagca ccaaacacaccacctacagctgacattatttgtctggtttcagcatgtaaggatttttgc ttacgcatggctagagatactaaccagcacactcagcttggagcaatagagcaaaac--- ------cctgttgaacaatttgcagaagcagtccttgatcaagtattagtagttccaaac actcgacccagcgatgggttgattgcaaactcagccccagctttggatgcagctgaaact ggacacaccagttcagtgcagcctgaggaccttatagagactagatatgtgattgcagac caaaccagacatgaaacctccattgaatcttttttgggtagggctggatgtgtggccact attagtttagacatta-accatgat----------------------------------- -gactaccaaaa------------gaattacaaaaattgggcaattagtttacaagaaat gtcacaaattaggaggaaatttgaaatgtttacatatgtcagatttgattccgaaataac aatagtaccatgtgttgctgccacagaaggta------acttgggacacattgttgtgca atacatgtttgtaccaccaggagcacctctccctgttagtagaactgacaacacttggca atctagcacaaatgcatcagtcttttggcaggttggtcaaacttatcccagattttctat acctttctcaagtatagcttcagcttactacatgttttatgatggatacgacactgatgg caca------gatgcagtgtatggtgttagtgtgactaacgatatggggactatatgtgt tagaattgttacagaccaacaacaacatagagttaagatcgactccatggtatatctaaa agctaaacacatcaaggcatggtgtcccagacctccaagagcagtcacatataaccatac atataatccaaattat------gttagggctgatga---------------------aa- --cagc---cacaaaagtccaaactagagc---------a---aatgtcaca-------- -----------aca------------------gtaggtccatcagacatgtttattcacg cctcagagtttttatacagaaattaccatctcactccagaaaaggaactgaaagaagcat gccaaattgtatatactgc------agatctagttatacaccgcacaagagacaaaggtg atgactatatcccacaatgcaattgtacagattgctgttactactgtgcccacaaagaca ggtatattcccatcaaagtagaataccatagctactacaccatccagaaatcagattatt atccaaaacatatacagtatgatatactaattggtgagggaccttcgcaaccaggtgatt gtggaggaaaacttttatgcagacatggtgttattggtatggtgacagctggaggggaag gacatgtagcatttactgatttgaggaagtatagaatggtagaggctgaggagcaagg-- -tataacagattatgttaaatccttaggtgatgcttttggagtaggatttgtagatcaaa ttaaagaacaaattaataatataaacc------cattaaataaaatcagtgctaaagtga tcaaatggctaatcagagtaatatcagcactagtgatagcagtgcgtagccaaggggatc cagcaacactatcagctactctacttttacttgggtgctctaattccccgtggcggttcc tgaaacagaaggtgtgtacatggttggggcttagatacatacacaaagaatca---gatg gttggatcaagaaatttactgaaatgtgcaatgcagccagaggcttagaatggatagggt gtaagatttcaaaattcattgactggctgaaatcca---tgctacctcaagcacagaaca aaatcaagtttctccacttcatgaaacaattgcagctaaaagaaaaacagatcgatg--- ---gtttaccttatgcaacagttaagcaacaagaagattatctcaaagaaatggaagaga tgttggacatttcaaataaactattaccactatacccaaaggagaataagattataaaag atctactcaaacaagctaaaagcatgac------aacaacatcaaagagagttgaaccag ttgcaatcatgtttcatggagatccagggtcagggaaatcagtgtgcacaaacatccttg cccgcatgataactaatccatcagac------atatattccctacccccaaatccaaagt attttgatggataccatcaacagactgtagtaataatggatgatgtgatgcaaaacccag atggggaagacatgagcaccttctgccaaatggtttcctcagttaattatgtagtgccaa tggctgatctaccagataagggtaccctgttttcatcagattatgtcttttgcagtacaa atcagcatgttttgattcctccaaccatatctaccatacccgccctgaatcggcgattgt tcttcgatctaactgttaaggtgaaccccagatatcaggaagca---ggaaaactaaatc tggactgtgcattaaaaccatgcaatcatgagttaaaggttggaaatgcaagg---tgtt gtcctctcatttgtggtaaggctataaccttcattaacagacacaacaatgaagaattga cactgtcccaaatatacaatcaagtagtaaatgaacacaaccgcagattaaacgtgtcaa aacacatggaagcaattttccagggacctattgata---------------------tgc aagcacctcccccaccagcaatagttgatttacttagatccaccagaaatgaagatgtca tcaactactgcaaaaaccaaaattggattattcctgctgacatcagta---ttgagagag aattgaatctggtaaatctttcaatatcaattctggcaaatctaattagtgtgataggaa tcatttacattatatataaattatttgtatcattacaaggaccttatagtggactac--- ccaccaagaaaaaagtgattccagag---aaaagagtggtagtacaaggtccttctactg aatttggcctaagtttaataaaacataacacatgtattgtagaaacagaaaatggtaagt ttacaggtttaggaatatacgataacctattagtcatccccacacatgctgatcccagta gaactgtcaaggtggatggagtggaaacagaagtgttggactcttacgatttgtacaaca aagaaggagtaaaattagaaatcacagttctgatcttatccagaaatgaaaagtttaggg atattagaaaatacataccaaattctgaggatgattatgtcaactgtaatctggctttag ttgcaaaccaagatatgccacagatactggaggtcggagatgttgtctcttatggcaata tactcttgagtggtaataacaccgccagaatgctcaaatatgaataccctacaaaatcgg gtttttgtggaggtgttttgtacaaggtgggtcaagtaattggcatacacgtaggtggca atggaagacaaggattctcagccatgttacttaaaagatatttcaaccaacaacaaggtc agataattctaaagaaaccagtcaaggaagttgattatcccagtatacatacccctacta agacaaaactccaaccaagtgttttccatgatatttttcccggagttaaggaacctgcag ttctaacagaaaaagacccccggttggaagtagacttgaactcctctcttttttcaaaat atgctggaaatgttaatttagaaatgaatgagtacatgattgttgcagcatcccattatg catcacaacttgaaacactagacatatccaaccagcaaatgtctattgaggaatgtgtgt atggaacagataacttagaagccttggatttaaatactagtgcaggatttccctatgtgg ctttgggaattaagaagaaggacttaataaatagagagactagagatgtcagtaaaatta aaaattgcttagacacttatggtgtagatttaccaatgataacatatttaaaagatgagc tcagaacaccagaaaaaataaagttaggaaaaactagggtaatagaagcaagtagtttaa atgatactattcatatgagaatgctctttggaaacttgtttaaagcctttcacgcaaatc caggcatagtaacagggtgtgcagttggttgtgatccagaaacattttggtctaaaattc ctccaatgctgggtgatgggtgtgtgatggcatttgattatacaaattatgatggaagtt tacatccaatatggtttaggctacttgaaagagtgctggataggttgggattcccaggc- --tgtgcagttagaaaattatcacactccacccatatatacaaaggaatgtactatgaag ttgatggaggaatgccatctgggtgtgcaggtacttcaatcttcaactcaatgatcaata acatcataatcagaacaataattctacatgcttacaagaatatagacctggatcagttga ggatacttacatatggtgatgatataatttttacttacccagataaactagacatggctt atttagcccaaattggagaaaaatatggtttaaaaatgacacctgcagacaagtcagata catttaaggatttggatctgagtacagcaactttcctaaaaagaggctttaaacctgact caaaacacccatttttagtccatcccatatatccaatccaggatatctatgaatcaatca gatggacaaagaatcccagatgtttacaggagcatgtgctcagtttggctcacttatgct ggcatagtggaccagagcagtatg-ctgattttgtcaagagaatcagatcaacatctgtt gggaagaacctatacataccatcttatgatgtactactttatgagtggtatgagaaattt taagt-------t----aat---atatac---ag-------------------ttactat ------ttaggtagtt------------------tgggtgtat----------------- ------------------------------------ >KJ675506.1 Rhinovirus C isolate 8713-MY-10, complete genome -------ttaaaactgggcaggagttgtt-cccactcttgccacccacagggtgtg---g tgctcttgtattacggtacacttgcatgccagttt------------------------- -------------ta-tct-------------cccccctcccca---------------- ----caatgtaat----ttagaagc-caatcaca---------tgaccaatagg-aagtg g-taagccatacca-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccgg-tatgcgt ggaataggcctcttaaggggc-tgaagccacaattatcgttacccgcatgtgaactacgc gaaacctagtacta-ccttga-aa-gtacattgtctggtcgctcagcca--------atc cc-catggtagacctggcagatgaggcaagaggtaccccactggtaacagtgttcttgcc tgcgtggctgcctgcacaccct-taccg-ggt----------gtgaagccaat-gtatag acagggtgagaagagtcgagtgtgcttcacat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccgcagctgtagtatgcaagccagcatatgtgcagtcgtaatgggtaact gcgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-ccttta- ---ttca-tgcttatggtgaca-----at-att--------gag---aa----ttaatat tgtcactatgggcgctcaggtgagtagacagaacaatggcacacatgaaaatggcatcac agccactcagggttcagttattaaatacttcaacatcaactactacaaagactcggctag ttcgggtttgtcccgacaagacttttctcaggatccttctaaattcacccaacccttagt ggataccctcactaa------tcctgcattaatgtcaccatcagtagaggcatgtgggtt ttctgataggctcaagcaaatcactattggaaactccactataacaactcaggactctct gaacactgtcttagcctatggggaatggcctacttatttgtcagacatagacgctacatc agtagacaaacccactcaccctgaaacctcagctgacaggttctacacactcacaagtgt taataggggagccacatcaaatggttggtggtggaagctaccagatgcactcaaagatat gggtgtgtttggtcagaatatgtattaccactctatgggtagatctggatttatagtaca tgtacagtgtaatgccaccaagtttcatagtggtgccttgattgtggcggttgtaccaga acaccagttagcatacattggaggtactaaagtcaacataggatacaaccatacacaccc tggtgaagatggccacaccatacttggcccagaccccac-----acacaatcggggac-- -agaataacccagatgaggaccctttattcaactgcaatggtactctgcttgggaacatc accatatatccacatcagttaataaacctacgtactaataattctagtacaatagtaatc ccctatttaaattgtgttcccatggataatatgttgagacacaacaacgtctcattggtg attatacctcttgtcaagttgaggccaggtaccagtggtattaaca---caataccaatt acagtgtctattgccccctacaagtcagagttttctggggctatggaaa----------- --aaca------------------------------acagtt--acatcagggccttcct accaggctaccaagtggttctcaacaatttatgaccacagaagatgagcaatcagcaaac atactacctggattccacccaagcaagaaaatacacattcctgggcaaataaccaacatt atgcacatggctagagtggattcattcataccactgaacaatactgcagcagag---att ggaaaagtgggtatgtactgcattcccataccaaagaaaa---------caaataatgac ttaatccttgctctaccactcaaaatggacaacaccttgttttccaccactctcctaggt gaggtgcttaactactttgctaattggtcagggagcattactataacctttatgtgtgtg tgtgatgcatttagtactgggaaattcctgattgcttacactcctccaggtggtagatta ccccagagcaggaaagaagctatgttgggggtgcacattatctgggatttgggcttgcaa tcctcctgtacactagtggtaccctggatatcatcaggattctatcgcagaacgacatca gacaatttcaccgcgggtggttatatctctctgtggtaccagacagattttgtaccttct actgcaagcacaat---aggcaccatagtagctacatgtagtgcctgtccagacatgtca gttagaatgctacgtgacagccctatgatgaaacaa---gaacaggcactgcaaaacaat gac---cctgtgtctaattttattgatgctacattggaagaagtgctagtagtacctgac accaaaccatcagggccccaacacactacacgaccttcaaatttaggtgcaatggaaatc ggagcttccagtgatgccaccccagagtcaatgttggagactagatatgtatacaacaca aacacaaatgttgaagcagaaattgaaatgtttcttggtaggtctgcagtatggggcaat atccagttgaacaacac------------------------------------------- ------------------------tggttactacaaatggaaaataaattttcaagaaca ggcacacatacgcaagaagtttgagttgttcacatatcttagatttgacatggagataac catagtcaccaacaacactggct------------------------------tgatgca aataatgtttgtaccgcctggcatagagggtccaaaagatcatgaagatatgcgatggga ctctgcttctaaccccagtgtgttttaccaacctaactcagggttcccccgtttcaccat cccctttacgggcttggcatcagcttattatatgttctatgatggttacagtactacaag cacttcaactgaaaatgaatatggtattgccccaacaaatgatatgggtacactgtgttt tagggccctggatgataaggagagaagaaa------------catcagaatctttgttaa accaaagcacattactgcatggatgccaagaccccctagagcagtagaatacacacacaa gtatagtaccaattaccactacaaagcagatgacaacacatcca---------cactca- --cagataggcatttcctaacccccagaga---------c---actatca---------- ------------------cta---------cagcaggtcctagtgatttgtgtgtccata ccaaagaagctaagtacatgtgcgcccatttaacacaaccagggg------acgacacta ttctgttggccatctcagc------agatcttcaagtagatagtgttagggaaccaggtg aggatttcatacctacatgtgactgcacatttggatgctactactccagaagcaaggatc gctatttccctatccaggtggttgcccatgattggtatgagattcaagaatcagattatt atccaaaacatatccaatacaacctgctaataggagagggacattgccagccaggtgatt gtggaggtaaattactgtgcaagcatggagtaataggaatgataactgcagggggtgaca accatgtagcatttatagatttaagaccttatg---catgcttgtcagaacatcaaggag ttgtttcagagtacttcacccaattggggagtgcatttggtgagggattcactactaatg tccaaaaccactttagtcaattaagtcaatccataacagacaaccttactcaaaaagtgg ttaagtggttaatacgcataattagtgcgttaacaatcatgattagaaataactctgacc ttcccacagtactagcaacactggcattacttggatgcagtggttctccatggtccttcc tgaaggataagatctgcaaatggttggaaatccaacgaccggctagtaaacagagtgact cttggttacggaagttcactgagtgttgtaatgctgccaagggcctggaatggattagct tgaaaataggaaaattcattgattggctaaaagagaaattaattcccacagtgcaacgaa agaaagatattctagataggtgtaagaaaatatctctgttagaggaacaagtcaatg--- ---gattcagctcagcagattcttgtgcacagcaacaactgattgtagaggtagatacat tgaagaaaggcttagacaatcttgctccactgtatgcttatgagaacaaaagagtgacaa aaatacaaaaagacttaaggcaacttacagcatacctgaaaacacatagacatgagccag tatgcatgctgttgcacggaagtccgggaagtgggaaatcattggtcacatctgtaattt cgcgtgggctcaccacagaagctggt------gtgtactcactccccccagatccaaagc attttgatggctatgatcaacaaaaagttgtcataatggatgatttaggacaaaacccag atggtaaagatctaagtacattttgccaaatggtgtcaactacagactttgtagtcccca tggccgcacttgaggacaagggtaaatcatttacaagtcagtacgttttggctagtacaa atcttgacacccttacacctcccacagttacaatacccgaggccatcaagagaaggttct tcattgatgctgacctagttgtgacatcaaaatacaggaacagccaaggattattggaca cagcaaagtcattacaaccatgtacagattgtcctaaaccaccccattacaagtcatgct gccccttattgtgtggtaaggctgtagtagtgcaagatagaaagactaaagctaacttct ctgttaatacagtagtggaacagctcagacatgagaatgaagtcagaaggaaggtcaagc acaatttagaggcaattttccagggattag---------------------------gtg actcaaccactccaggcttcatagtggaccttctatcctcctcaaaagatcccagagtta tagaatattgcaatgagcaaggttggatagggaaagcagggtcaacaa---tagagcgtg actttaattatgtacactacatattaaattgtctaggtagtcttgtactcatattaggta ccatctatgccctatacaaattgatgtgtatgacacaagggccttacacaggacttg--- ccgcgcctcctgtaaagaaacctgaacttaggaaagctaccctgcagggtccagagcatg agtttattcgggcacttgtcaaaagaaactgccatgtcattacaactagtaggggtgagt ttaacatgctcgggatacatgataattgtgctgtagtacctacccatgcagagtgtggtg atgtagtggatatagatgggagggaggtgcgtgtcttgaaacagcaagtgctcactgatt tgaatgatgtagatacagagataacacttttatggttagatcaaaatgaaaagtttagag acattagaaggtttattcctgaacatatacaggagtggcccaacatgcacctagccacca atgtgacaaagttccctatgttagatgttgaggttggtagagttataccatatggtgaaa tcaatttaagtggcaaccctacttgcagattactaaagtacaactatcctaccaaacccg ggcagtgtgggggtgtgattgtcaacactggaaatgtgattgccatccatgttggcggca atggaagggtgggatatggcgctgctttgctgcgcaagtactttgtacaagcacaaggtg agataacatccaagtccagtgtgaaggatcataatataaatcctattaacacacctgaga aatcaaagctgcaaccaagcatcttttatgacatctttccgggaaagaaagaaccagcag cacttagcaacagggacccacgcctggaagttgatttgaaagagtcagtgcttgcaaaat acaaaggtaatccagaagtgagttggaatgaaaatatccagatagcagttgatcattaca gtgcacaattgtacatgctagatatcaaccctgaaccaatatccatggaacaagcagttt atggtatagaaaacttagaacctctggatttgaccaccagtgctgggtacccttatgtga ccttgggtttgaaaaagaaagatttggtcaataaaaccaccagggatgtaaccaaattac aggacatgatagacaaatatggtatagatctgccatacgtcacatacttgaaagatgaat tgagaacaccagagaaaatcaagaaagggaaaacacgggcaatagaggcagccagcatca atgatacagtgcaatttcgcatgatatttggtaatctgttttctgtcttccatgccaacc caggggtactcacaggctcagcagtggggtgcaatccagatgttttttggtcccagatgt acgcatgtatggatggtaacc---tgttagcctttgattacacaaattatgatgggagct tgcatccaatatggttcaaagcactaggaaaagttttagacaatttaggctttccagga- --catttaaccagtaaattatgcaacaccacacacatctacagagaccaggtgtacactg ttgagggtggaatgccatctggtatatgtgggacaagtatctttaacacaatgatcaata atattatcataagaactcttattttggacacatacaagaatatagatttagacaaattga aaatcattgcttatggggatgatgtggtggtttcttacccatttaatttagagtcaaagg aaatagctgctactgggaagaactatggccttactatcacaccacctgacaaaggtgagg aattcactacagttgattggtcaaacgtgactttcctgaagaggcacttcaaaccagata gtaaatacaagtttctaatccacccagtgtatgccatggatgatgtttatgaatccatca gatggactaaggaccctaaaaacactcaggatcatgtacactccttgtgtctgcttgcat ggcacaatggtgaggaggtgtatg-aggactttcgctcaaaaatcaggtcaacacctatt gggcgatctttgtatacacccccttactcagtgctgtacaggcagtggatagatttgttt -----------------------atttag---at----------------aatataata- ------cattgtttgct---tagaact-------tagtattat----------------- ------------------------------------ >KY369886.1 Human rhinovirus A61 strain SC628, complete genome -------ttaaaactgggtctgggttgtc-cccacccagaccacccacgtggtgtt---g tacactgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------ga -a----------ctc-ccc------------ttacccc-tt------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-aaacaa------ac-cgaccgatagc-aggca atcac-ccagattg-c----t-tatggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtctc--ct ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacagagtagatcgttatccgcaagatgcctacgc aacgcctagtagca-ttttga-ag-taattttggctggtcgctcattta------caacc cc-agtaatagacctggcagatgaggctagatactccccactggtgacagtgatctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct-ttccg-ggt----------gtgaagccaaa-cttatg acaaggtgtgaagagccacgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctgcagccattgcctacaagccagtgggtatgtggtcgtaatgagaaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ccttat- -----atttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tatag--atatatat tgacaccatgggcgcccaggtatccagacaaaatgttggtactcactctacccagaactc tgtttcaaatggttccagcttgaattattttaacattaattattttaaagatgcagcctc aagcggagcatccaaattggaattttcacaagatcctagtaaatttactgatccagtcaa agatgttttggagaaaggaataccaactttacaatcacctactgttgaggcatgtggtta ctcagataggatcattcaaatcacaagaggtgactccacaatcacctcacaagacgtggc caacgctgttgttggatatggtgtttggccacactacttgacaccacaggatgccactgc tatagataaaccttctaaacctgacacatcctccaatagattttacacactagaaagcca gacctggactaatgaatccaaaggttggtggtggaaactaccagatgctttaaaagacat gggaatttttggagagaacatgttttatcattttctaggcaggagcggatacacagttca tgttcagtgtaatgctagcaagtttcaccaaggaactcttttggtagcaatgatacccga gcatcagctagctacagctgtaggtggcagtgtgtctgcaggatacaattacacacaccc tggtgagaaaggtagagatgttggaaaattaaaccgt-----------gaatctaatc-- -agagacaacctagtgatgacaattggttaaactttgatggtacattactgggaaatttg acaatattccctcaccagttcatcaaccttaggagcaacaactcagctactattatagta ccttatgtcaatgctgtcccaatggattcaatgctgaggcataacaattggagtttagtc attatacccatctgtgagcttagaggtagtggtgttgat---ctca---ctattcctatc acaatttctattagtcctatgtgtgctgaattctctggagcaagagcaagcagt------ ------------------------------------------------cagggattacca gttctattaacacctggttctggtcaattcatgactacagatgattttcaatctcctagt gctttaccctggtatcaccctaccaaagaaatttcaatacctggacaggttagaaactta gtggaattatgccaagtggacactttaataccaattaacaacacagaggctaat---atc agaaataaaaacatgtacactgtacagcttggtggtgaacctgatc------ccacaacc ccagtcttcacaattagagttgatattgcatcacagccactagccaccacacttataggt gaaatctccagctattacacacattggactgggagtgttagatttagtttcatgttttgt gggtcggcactcacaacgttaaagttattaatagcatacaccccacctggaattagagtt ccgagaaacagaaaagaagcaatgcttggcacacatcttatatgggatgttggtttgcag tctacagtatcaatggtggttccctgggtcagtgctagtcattacagaaacacaactcca gatacatactcattagctggcttcattacatgttggtatcagacaaaattagtagttcct ccaaatacagcctccacagctgacatgttatgttttgtttcaggatgtaaagatttctgc ctacgcatggctagagataccaatttacataagcaaagtggacccattgagcaaaac--- ------cctgtagaaaggtatgtggatgaggtcttaaatgaggtacttgtggttccaaac atcaatcaaagtaacccttcaacatccaattcagcaccagttctagatgctgctgaaaca ggtcacactaacagtgttcaaccagaggacatgattgaaacacggtatgttcaaacatca cagacaagagatgaaatgagcatagaaagctttttgggtagatcagggtgcatccacatg tccacattgaatataa-attatgag----------------------------------- -aattatgatgat---tcaattgacaatttcaaagtatggaaaataaacctacaagagat ggctcagatacgcagaaaatttgagctattcacatatgctagatttgactcagagattac aattgtaccttgtgttgctggacagggtggcg------acattgggcatgtggtcatgca atacatgtatgtcccacctggtgcacccacaccggagaaaaggagtgatttcacatggca atctggcacaaatgcatctgttttctggcagcacggtcaagcttaccccagattttcact gccattcttaagcattgcatctgcatattacatgttctatgatggttatgatggggattc tgaa------tcgacacgctatggaacatcagtgacaaatgacatgggtgcattgtgttt taggatagtaactgaacaacatacaaaccaggttaaaatcacaactaggatttatcacaa agctaaacatgttaaagtctggtgtcctagaccccccagagcagtggagtatactaatgt acaccttaccaactat------aaacctaaagatagagaa---------------aagc- --aagttagcactttcattaagcctagaac---------t---gacttgagg-------- ----------gaaa-ttagaa---------catttggacctagtgacatgtatgtgcatg ttggaaatttaatatacagaaatttacacttatttaattcagaag---cacatgattctg tattggtgtcctactcatc------agatttagtcatttaccgcacaaacactgtaggtg atgactttataccaacatgtgattgcacacaagccacgtactattgtaaacacaaaaaca gatactacccaattacagtcactagccatgattggtatgaaattcaagaaagtgaatact atccaaaacatattcaatacaatttgttaattggtgaaggtccttgtgagccaggtgatt gtggtgggaagctgctgtgtaaacatggggttattggcattataactgctggtggtgaag gacatgttgcctttatagatttaagacatt------ttttgtgtgctgaagaacaagg-- -ggtgacagattatatccacatgttaggtgaagcttttggaaatggtttcgtagatagtg ttagagaacatgtaaatgccataaatc------ccataaacaatattagtaaaaaggtaa ttaagtggttactgagaattgtctctgccatggttataataattaggaactcatctgatc cccaaactgttgttgctaccttaacactaattggatgttctgggtcgccatggagatttt taaaagaaaaattttgtaaatggacccaactaacctatattcataaagaatct---gatt cttggctcaaaaaattcactgagatgtgcaatgcagctagagggcttgaatggataggaa ataagatatcaaaatttatagaatggatgaaatcaa---tgttaccgcaagcacaactta aggtgaaatatctaaatgaacttaaaaagttgaacctccttgaaaagcagattgaga--- ---atcttaggagtgccgactcaaaaacacaagaaaggatcaaagtagaaatagacacat tgcatgatttatcctgtaaatttctaccactttatgctagtgaagctaagaggattaagg tgatacataacaagtgtaataccatcat------aaaacaaaagaaaaggagtgaaccag ttgcagtcatgatacatggttcaccaggtactggaaagtccataacaacaaactttctag ccagaatgataacaaatgagagtgac------atatattcactaccacctgatcctaaat actttgatggctatgaccaacagtcagttgttataatggatgacattatgcaaaatccag atggtgaggatatggcgctgttttgtcagatggtatccagtgtaacctttatacccccaa tggctgatctacctgataaaggaaaaccctttgattctagatttgttctttgtagcacta atcactctatgttggctcccccgacaattacttctcttcaagcaatgaataggcgcttct ttcttgatttagacatagtagtgcatgataattacaaagattcacaaggaaaactagatg tatctaaagctttcaagccatgtgatgttgaaacaaaaataggcaacgcacgc---tgtt gcccgtttatttgcggtaaggcagttacattcaaagaccgcaacacatgcttgagttatc cattgagtcaaatttacaacctaatccttgaagaagataaaagacgcactcatgttgtag atgtcatgtctgccatatttcagggaccaatttcta---------------------tgg aagtaccccctcctcctgcaataactgacttacttcgatctgttaagacgcctgaagtta ttaaatactgtgaagataacaaatggattattccagctgattgtaaaa---ttgagaggg atttgaatcttgccaataatatcattacaatcatagcaaacataattagtatagcaggca ttatatatattatctataaattattttgttcattccaaggaccatactctggtgaac--- ccaaacctaaaacaaaagttcctgag---agaagagttgtcacacagggccctgaggagg agtttggtcgctccctaatcaagcacaatacttgtgtagtgaccactgacaatggaaaat ttactggattgggtatttatgataaacttatgattctacccacccatgctgaccctggaa aagaaatttatattaatggtattgcaacaagggtcagtgattcatatgatatgtataata agcaaggaattaaattagaaataacagctgtaatattagacagaaatgaaaaattcaggg atattaggagatacataccagagagagaagacgattaccccgagtgtagcttagcactag tagcaaatcagcctgaatcaactattataagtgtgggtgatgtcatttcctatggtaata tattactcagtggcaaccaaacagcacgcatgcttaaatacaactatcccacaaaatctg ggtattgtggtggagttttgtataaaatagggcaagtcatagggatccatgtaggtggaa atggcagagatgggttttcagcaatgttactcagatcttatttcagtgagacccagggag aaatcaccacatcaaagaaggttcatgagtgtggttatccaactatacacacccctgcaa aaacaaagttacaacccagtgtgttttttgatgtatttgaaggttcaaaggagccagcag tgcttacagataaggacccccgcttaacaactgattttaatcaagccttgttctccaagt ataaaggaaatgttgaatgcaacatgtctgaacatatgatggttgccatatcacattatt ctgcccagctaatgactctagatatagaacctagtaatataactttagaagaaagtgttt ttggtactgaaggcttagaagctcttgatttaaatactagtgcgggtttcccatatatta gtatgggtatccgaaagagagatctaataaataataatacaaaagatatcactaaactaa aagtagcccttgataaatatggagttgatctacccatggtgacatttcttaaggatgaac ttagaaagaaagaaaagatcatggctggcaaaacaagagttattgaagcaagtagtatta atgacacaattgctttcagaatgacatatggtaagctcttttctagttttcacaaaaacc cagggatcatcacgggctcagcagtggggtgtgaccctgaaacattttggtctaaaatcc cagttatgcttgatggagagtgcataatggcatttgattacacaaattatgatggcagca tacatcccgtctggtttgaagcactcaagcaagttcttataaatttgtcttttgagcat- --aggctaatagatagattatgtaagtcaaaacatattttcaaagacacctactatgaag ttgaggggggagtaccatcaggatgttctggtactagtattttcaatacaatgattaata atataataataagaactttagtccttgatgcatacaaatacatagatttagataagctta agataatagcatatggtgatgatgtcatcttttcttacaaataccccctagacatggaag caattgctgcagaagggaataaatatggcttaacaatcacaccagctgataaatctgata ccttcaagaaacttgattatagtagtgtcacattcttgaagagaggtttcaaacaagatg acaaatatccttttctgattcacccaacctttccagtttctgaagtgcatgaatcaatta ggtggactaagaaaccctcacaaatgcaggaacatgtgctgtccttatgtcacttaatgt ggcataatggccgggatgtgtaca-aagaattcgaaaggaaaatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtatattcctccttacgatctcctgttgcatgagtggtatgagaaattt taat-------------------atatag---aa-------------------------a ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >MN749158.1 Human rhinovirus A66 strain 12O6, complete genome -------ttaaaactggatctaggttgtc-cccacctagatctcccatgtggagtg---g tactctattattccggtaatcttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-cct-------------c-cccc-tt------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-atgaac------at-agaccaatagg-tggtg atcat-ccagatca-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcga--cg ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaacagagatcgttatccgcaaggtgcctacac aaagcctagtaacc-ccttgg-ag-agtatgtggttggtcgctcagcta------t--tc cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcactc--ttatg-agt----------gcgaagccata-tatttg acaaggtgcgaagagccccgtgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccctaaccctgcagctagtgcatgaaatccatcatgttgctagtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--aaca----tatatat tggcatcatgggcgcacaggtttctagacagaatgttggaacacactcaacacagaatgt agtgtcaaatggatcaagcctcaattatttcaacatcaattatttcaaggatgcggcttc tagtggggcatcaaaattggagttttcacaagatcctagcaaattcacagacccagtcaa agatgttcttgaaaaaggaattccaacacttcaatctccaactgttgaggcatgtggata ttcagacaggataatacagattacaaggggtgactccacaattacatcacaagatgttgc caatgcagtcgttggttatggtgtttggccacattatctgagtggtacagatgctactgc cattgacaaacctagtagacctgacacatcatcaaatagattctatacccttgaaagtaa ggtgtggaccccaacttcacagggatggtggtggaaattaccagatgcacttaaggatat gggcatttttggggagaacatgttttatcactatctaggaaggagtggatatactgtaca tgtacaatgtaatgctagtaagtttcaccaaggcaccttgctagtggttatgataccaga acatcaattggcagccgcaaacactggtaacgttgcagcagggtacaatttcacacaccc tggtgaaaaaggaagagaggttgggagtccacgagag-----------gc---acatc-- -caaaccacccaagtgatgataactggttaaattttgatggtaccttattaggtaatgca cttatatttcctcatcaattcattaatcttagaagcaataattcggcaacaataatagta ccatatgtaaatgcagtgccaatggattcaatgcttagacataataactggagtttggtg ataatccctattagtccattaaaagcagaaaatgctactagtgtca---tagtcccaata actatatccattagtcctatgtttgcagaattttctggagcaagagcccgacctgtag-- ----------------------------------------------ctcaggggctgcct gtgtatattacgcctggatctggacaatttatgactactgatgacttgcaatcaccgtcg gcactgccatggtaccacccaacaaaggagatcatgataccaggtgaggttaagaacttg atagaaatatgtcaagtggacactttgatccccattaataacacacaagccaat---tta aagaaaatcaacatatacacaatacaattgtctagtcagtccagag------tagctgag gaaatctttgccattaaggtggacattgcatcacagcccttatcaaacactctacttgga caaattgctagttatttcacacactggaccggtagcttacgctttagttttatgttttgt ggcacagctaacacaactctgaaattacttctagcatacacaccaccaggtataaggaag cctgagaacaggaaacaagcaatgcttggaactcacatagtgtgggatgtaggcttacaa tcaactgtgtccctagttgttccatgggttagtgctagtcactttagatatacaacacca gacacatactcagcagctgggtacataacttgttggtatcagacaaactttgtttttccc ccaaacaccccaaacacagctgatatgctgtgttttgtctcagcatgtaaggatttctgc ctgcgcatggccagggatactgacatgcatgttcagaatgatgctattacacaaaat--- ------ccagttgaagattatgttgaaggtgttctaaatgaggttttagtagtaccaaac attaaagaaagccacccaagcacatcaaacgctgccccaatattagatgcagctgaaacg ggccacactagcaaagtacagccagaggatactgttgaaacccgctatgtgcaaacatca cagactagagatgaaatgagtatagaaagttttctgggcaggtcagggtgtatccatata tcaacaattagtgtgg-acagcacaaaa-------------------------------- -acatatgatga---------atctaaattcagaatatggcaaatcacattacaagaaat ggctcaaataagacgcaaatttgagatgttcacatatgttaggtttgattctgaaattac attagttccatgtgttgctgggaagggtgatg------atataggacacattgtaatgca atacatgtatgtaccacctggagccccaattccagacaacagaacacactttgcttggca gtcgggaacaaatgcatctatattctggcaacttggacaaccattcccaagattttcact accttttctaagtatagcttcagcatactacatgttttatgatggttatgatggagatgc tcct------gggtctcgctatggaaacacagtagtcaatcacatgggtacattatgtat tagaatagttacaaatgagcaacaccataatgtcgagatcactaccagagtatatcataa agctaaacatgtcaaagcttggtgtcctagatcactcagagctgtaccatacacaactat aaattcaactaattat------gtacctcatactgg---------------------tg- --acttacaaattttcattaaacctaggac---------a---gatccaaaag------- ------ttgttact------------------gtagggcctagtgatatgtttgtacatg ttggtaatctcatatacagaaatcttcacttatttaactcagaga---tgcatgattcag tattagtatcttactcatc------agatttagtcatttaccgcacaaataccacaggta atgactacatcccgacatgtgactgtacagatgccacatattattgtagacacaaagata gatattatccaatcaaagtgacaagccatgactggtatgaaatccaagagagtgaatatt accccaaacacatacaatataaccttttaattggtgagggaccgtgtgaaccaggtgatt gtggaggaaagttgctttgcaaacatggtgtgattgggataatcactgctggtggagaag gacatgtagcatttattgatcttaggcatt------tccactgtgcagaggaacaagg-- -cataactgattacatccacatgctcggcgaggcctttggtacaggttttgtagatagtg taaaagatcagataagtgctataaatc------caattaacaacattagtaagaagataa ttaaatggttacttaggataatatcagcaatggtcataattattagaaattcatctgatc cacaaaccataatagcaacattaacactgattggctgttcaggctccccatggagatttc tcaaagaaaaattttgcaaatggacacaattaaattatgttcataaggaatca---gatt catggctcaagaaatttactgaaatgtgcaatgcagccaggggtctggaatggattggta ataaaatctcaaaatttattgactggatgaaatcta---tgttaccacaagcccaattaa aagtcaagtatcttaatgaattaaagaaacttaatttcctggaaaagcagatggagc--- ---atttgagagtagcagactcaaaaacacaagagaaaattaaacatgaaattgatacat tgcatgatttgtcctgtaagttcctccccttatatgctagtgaggcaaagagaatcaaaa tcctacataacagatgcagcacaattat------taaacaaaagaaaaggtgtgaaccag ttgcagttgtcatacatggtgaacctggtactggaaaatctatgactacaaattttctag ctaggatgataacaagtgatagtgat------atctattctctaccacctgatccaaaat actttgatggttatgaccagcaaagtgtggtcataatggatgacataatgcagaacccaa gtggtgatgacatgactttattctgccaaatggtttcaagtgtaacatttataccaccaa tggctgatttaccagataagggaaaaccatttgattccaagtttgtgctatgtagtacta atcatcatttattagcaccacctacaataacttcattgccagctatgaataggagatttt tcttagatctagatattgtagtatgtgataagtataaggattctcagggaaaactaaatg tgtcagctgcttttcaaccatgtgatgttaatacaaaaataggaaatgcccgc---tgct gtccatttatttgtggtaaagctgtaattttcagggatcgtaatacatgtcagacttaca ctctagctcaagtgtataatttaatgcttgaagaagacaggaaacgtacacaagttgttg atgtcatggctgcaatcttccagggtccaattaccc---------------------ttg aaggaccaccaccagcagcaatcagtgacttgttacagtcagtaagaactcctgaagtca ttaagtactgtgaagacaacaaatggataatacctgctgagtgtaaag---tagaaagag accttaacatagccaataccattataacaataattgctaatattattagcatttctggta taatctatgtcatctataaacttttctgcacattacagggaccatactcaggtgaac--- ctaaacccaagacaagagttccagaa---agaagagtggtagcacagggaccagaggaag aatttggaagatccttaatcaaacacaattcgtgtattgtaaccacatcaaatggaaaat ttaccggcttaggtatttatgataggacactcataataccaacacatgctgacccaggta aagaggtgcaaatagatggcattttaactaaagtggaagattcatatgacttatataaca aagatggaattaaattagaaatcactgtacttaagttgaagagaaatgaaaaatttaagg acattaggaagtacataccagaaaatgaggatgactacccagattgcaacttggcacttt ctgctaaccagccagagaccactattattaatgttggagatgtggtgtcatatggaaaca ttctactcagtggcacacagacagcaagaatgcttaaatacagttatccaacaaaatcag gatactgtggtggtatactgtataaaattggccaaattattgggattcatgtcggaggca atggaagagatggattctcagctatgttattaagatcatacttctccgagatacagggcc aaattgtcactaagaaatccacaattgaatgtaatctccccagcatacacaccccaagca agaccaaattgcaacctagcgttttttatgatgtatttccaggtaataaagaaccagctg tactctctgatcatgaccccagattagaagttgattttaaggaagctctcttttcaaaat ataagggaaataacaaatgtgaattgaatgatcacattaaggtagctacttctcactatg cagctcaattagcaacactggacattgattcaaaccccattacattagaagacagtgttt ttggtgtagaaggattagaagcacttgatcttaataccagcgcaggatttccatacgtaa ccatgggagtcaagaaaagggacttgatcaataaacaaactaaggatgttactagactta aagcagcaatggacaaatatggtgtggatttgcctatggtcacctttctaaaggatgaac ttaggaaaaaggagaaaatttctgctggaaagaccagggtcatagaagctagcagtgtga atgatactatcttatttagaatgacttttggaaatcttttttctaaattccatttaaacc caggagttgtaacaggctccgcagttggatgtgacccagaaacattttggtcaaaaatcc ctgtgatgctagatggagagtgcataatggcttttgattacacgaattatgatggtagca tacatccaatctggtttcaagctctgaaggaagtgttgtctaatctcaattttgaacca- --aacttgatagatagattatgtagatcaaaacacattttcaaaaacatgtattatgaag ttgagggtggggtcccatcaggatgttctggaacaagcatattcaatacaatgataaaca acatcattattagaacattagttttagatgcatataaaaatattgacttagacaaactca agataatagcatatggggatgatgtcattttctcatataaatatcagcttgacatggaag caattgctaaagagggtacaaagtatggtcttaccatcacccctgctgataaatcaagtg aattcaagcaactagactatagtaatgtgacctttctgaaaagaggatttagacaagatg aaaaatatactttcttaatacatccaacctttccaattgaagaaatacaagagtccatac gttggactaagaagccatctcaaatgcaggagcacgtcttgtcattgtgtcatttaatgt ggcataatggtagggatgcataca-aacaatttgagcagaaaatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtatattcctccttatgacttgctcctccatgaatggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------at----- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >GQ223228.1 Human rhinovirus C isolate N10, complete genome -------ttaaaacagccgtgtggttgta-cccacc---accgggcacattgtgcgtg-g tacactggaattacggttcctttgtacgcctgtttt----------------------cc ------------ctt-ccc-------------actttctttcttccttc---acttccta attgtaacataa-----ttagaagc-atgacatac--------agtccaatagg-aggcg gttaatccataacc-g----t-catagacaagca-cttct-gttt-ccccggatgt---g tgaataggcttccaccgaggc-tgaagctgtagcattcgttatccgcacacgtactacgc gaaaactagtaaca-ccttga-ttggtggtgtggtgtttcactcggcgc--------tac cc-cagcgtagatcagggcaatggggctacggaaaccccaccggcgacggtgtcgtagcc cgcgtggtgccctgcccagatc-cttgc-gat--------ctgggacaccata-tcattg acagggtgtgaagattctagtgtgctacgtgt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccccgcagctatggtgtgcaaaccagcacattcgtagtcgtaatgggcaact gtgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-cttata- ----attttccttatggttacaagcttat-ggt--------------ta----t-aggtt tgtaaccatgggagcacaggtttcaagacaaaaagttggctcgcatgacaatgcaataaa tgcttcttctggatctgttgttaaatattttaacataaattattacaaggatgctgctag ttcaggattgtctaagcaagacttttcacaagacccctcgaagttcacgcaacctgttgt ggaggctttgacaaa------cccggcactcatgtcacctagtattgaagcttgtgggtt ctccgataggctaaagcaaatcactatcggggactctacaattaccactcaagatacact gaacacaattgtggcttatggtgaatggccatcatacttagctgatattgatgccacttc tgttgataaacctacacacccagaaacatcagcagataggttttatacattggatagtgt acaatggacctctgactctaagggctggtggtggaaattacccgatgcactgaaagacat gggactatttggtcaaaacatgtactatcattcaatgggtcgttctggttacatcgtgca tgtccagtgtaacgcaaccaaatttcacagtggttgcctaatggttgcagtcatacctga gcaccagttgtcctatatagggggagatggtacgaatgtcaaatacaaacacacccaccc gggtgaagcaggacaccgcatcggtgcgagaacg--------------gaccgtggag-- -atcacaacccagacgaaaacccgttttatctatgtaatggaactttgtttggcaatatc caaatatacccccaccagatgataaacctaagaacaaataattcagccaccattgtcgta ccctacataaattgcctcccaatggacaacatgcttagacataacaatgtaacacttggc ataataccattggttccccttagatctggaaacaccggtagaacca---ccttacatata acagttaccatcgcaccagacaaatctgagctttcaggacccatgcaga----------- --ctca------------------------------aaaa--------caagggatacct acacgtatgcccagtggttctcaacaatttatgacaacagaagatgagcaatcaccaaat attctcccagagtacagccccactaagttaatgcacatcccaggagaaataactaatgta ctacatatggcacaagttgaaccttttataccaatcaacaacatccaggcccaa---att ggccggattagtatgtacactatccctgtaaccaggaaag---------caagcaacgat ctcattgttgttatccccttacagatggacaataccttatttgctaccaccttattaggg gagatcttgaactactatgcaaattggtctggtagtattagagtcacatttatgtgtgta tgtgatagttttggtactggtaagtctctaatggcctacaccccaccgggtggtaagctg ccaacttccagaaaggaggcaatgcttggtgttcacgtcatatgggatttgggtctacaa tcaagttgcaccatggttgcaccatggatctcaagcacatacttccgcaggactaaagca gacaaatactcatcagggggaattatttctctatggtatcaaacagactttgtgggtggg agtgatcctac------gggtacaatcgtggcaacatgctctggatgtccagacatctcc gtccggatgttgcgagacactcccatgatacaacaccccgggtcaaccttgcagaat--- ------cctgtggaagatttcatagatgaaactttaaaagaagtcctggtggttccgaac actcaaccatccggccaagttcacaccactaaaccttcagccttaaacgcaatggaagtg ggagtcactccagatgtgcgacctgaaaacttgattgaaaccagatatgtcataaataac catgcaaataatgaagctctcattgaaaacttcctaggacgatcttcgctttgggcggag ttcgacct---aactg-a------------------------------------------ ------------------------aggattcaagaaatgggaaataagtttccaggagca atcacacatcagaaagaaaattgagctgttcacatacatcaggtttgacatggaggtaac tatcgtcacaaataatacaggtt------------------------------taatgca gattatgtatgtacccccaggtgtagactctccagcaaggagcaatgacaaaaggtggga tggggcatcaaacccaagtgtcttctaccaaccaaagagtggtttcccacggttcactat ccctttcacaggtcttggatcggcatattatgtcttttatgatggatatgatgaggttag ggaa---gatgctattagctatgggatctcatccactaatggcatgggagtgctttgctt tagggctctggaagataagacaaacaatga------------tgtcaaagtgttcatcaa gcctaagcatataagagcatggtgcccaagacctccaagagccacaagttacacacacaa aaattccaccaactaccatacaccaactggggctagt---------gatggtacactta- --aggaaaaacattacctgaaacacagaga---------t---gatatcaaa-------- -----------aa------------------cttggatcccagtgacttatttgtccaca ctaaggaagccatttaccgcaatgcacacttaacaacccccacag------atgatacca ttctggttgcctatactgc------tgacttacaagttgtccctgctacccacccgggct ctgattatatcccagattgcgattgcctagagggttgttattactgcaagagtcaagatc gctacttcccaatccaatgccaggcacatgattggtatgaaatacaagaatcagattact accccaaacacatccaatacaacatcttgattggagaaggagtggcattacctggtgatt gtggtgggaaacttctgcgcaaacatggtgtaattggtatcttgactgctggtggtgaag ggcatgctgctttcactgatctcagaccatacc---gaaaattagcagtccaccaaggtc ccataacagattatcttactcaattaggtaatgcatttggagagggctttacccagaaca taagagatggattcaacgatgttagcaaagtcgtgacagataagttaacatcaaaggtat tcaaatggttggttagaatcattagtgccctcacaatcatggtcaggaacagtgccgata cgcctacaattcttgccactcttgcactattgggttgcagcaaatccccatggactttcc tcaaagagaggatatgcacttggcttggtgtccccaaacctccaggacatcaaggtgatg gttggttgaagaaatttacagaatgctgtaatgcagctaaaggcctagaatggataggga ataaagtcagtaagtttattgattggctaaaagaaaaactcataccagcagttcaaaaca agaaacaaactctccttgaatgcagaaagatttcactgtatcaagaacaggtaaagg--- ---gattccctactgcaacagaacaagcccaaaatgaattacgggtcaacatagataaac ttaagaaaggtttggatcaattggccccactgtatgctaaggaaaataaactagtaagtg acatgcagaagcaacttaaacagatgtttagctatcaaagaacccatagatgtgagcccg tctgtgtgctgatacatggtgaccctggatcaggaaaatcgcttgccaccacagttatat ctagaggtctagccagtgaaggtgaa------gtctactcccttccaccaaacccaaaac actttgacgggtacaatcaacagaaagttgttataatggatgatgtaggacaaaacccag atggaaatgatttaggaattttctgtcaggtggtgtctacaactgacttccatgtgccta tggccgcccttgaagaaaaaggcatgtgtttcactagtgattatgtcctggccagcacta atttgtttcagctcacgccaccaacagttcagattccagaggcacttaacaggagattct ccttagatatggatattaaaataatgccagggtataccactactggaggactgttgaaca ctgctaaggcgctacaaaagtgtgatgggtgtccaaccccccccttattaaaatcctgct gtcccatcctgtgtggtaaggctctaactttaaagaataggaaaaatgatgtgcactact ccatcaacatggtagtagcccaacttcgtgaggaattacaagctcgcaagtgtgttaaga tgaaccttaacgccatctttcaggggttgg---------------------------gtg atgatgaaacaccaggatttatagtggaccttctgtcatcctctaaggatccaaaagtta ttaagtactgtgaaggtaatggcctactaaagaaagctgcatgctcct---tggagcgaa acattgattacatccagtacatactaaattgtcttggtagtctagtaattatccttggca ctgtatacgccctatatagattaatgtgcctaacccaaggcccatattctggagctc--- cccaacctattccaaagaagccagaactgaggagggcacctctccaaggaccagaacatg agtttcttcacgcactcatcaaacgaaactgccacattgctacaacagatcgtggtgaat ttaatctgttaggtatacatgataactgtgcagtgttgcctacacatgcagaatgtggtg agatactcaatgttgatggtcgtgacattaaggtaatcaaaagacagatcttaactgata tgaatgatgtagatactgagatcacccttgtttggttggatcaaaatgagaagtttagag acatcagaagattcataccagagagtatacaagaatgggaccatatgaaactagctacaa atgtcacaaaatttccaatgctttttgttgatgttggtcatgcccagccttatggagaaa taaacttaagtggaaatccaacatgccgccttctcaagtacgattaccccaccaaacctg gtcagtgtggtggcgtaattggaagcacgggtcatgtcatcgggatccatgttggaggaa atggaagagtgggttattgtgcagctttgctgcgacggtactttgccacgccacaagggg aaatcatgacaaagaagagtgtgtcagaggcaggtataccacccataaatacacctgcat caactaaactacaccccagtgttttctatgacatattccctggaaagaaggaacccgcag cattacacccaaaggataaaagattagaagctgatctcaacgcagcgatattcagcaaat acaagggaaatctacaggtagaatgcaaccaatatatagaaattgcagctgaccactatg ctgctcaactcagtgttttaaatatttccccagagccactatcattagaacaggctgtat gtggcataaaaaatttggaacccttggacctcgcaaccagtgctggtttcccttatgtga ctatgggaatcaagaaaagggacttagtcaacaaaaccacacgtgatgttaccaaactgc aaaagataatagacaaatttggtttggatctcccatatgtcacatacttaaaggatgaac tccgggcacctgagaaaatcaaagcagggaaaacccgcatcatcgaagccagtagcatta atgacacagcccatttccgtatggtctttggtaatttattctccactttccatgctaacc cgggtgtgctgacaggatcagcagtgggctgtgatcctgatgttttctggtctcaaatct actctatgcttggtggggaac---tcttagcatttgattacactaattatgatggtagtc tgcaccctgtttggtttaaagctctaggcagagtcctggatcaacttggatttccaggt- --ataatgatggataaactgagtaacaccacacacatatataaagacatcatatacacta ccgagggtggtatgccttccggtatatgtggcacatccgtattcaattcaatgattaata atattatcctaaggactattgttatagaaacatacaaaaatatagacctagataaattga aaatcatagcatatggtgatgacgtgattgcttcatacccagagaagcttgatcctaaag agttatccataactggagcaaaatatggtctcaccataaccccagcagacaaatcagata agtttagtgaaaccacctgggataatatatcttttctcaaaaggaaattcaaaccagaca ctaaataccccttcctcattcatccaatctattcaatggatgatgtctatgagtcaatca gatggacacgtgatccaaagaatactgaagaccatgtgcgctcactgtgtcaactggctt ggcacaatggcaaagaggtctatg-aagatttcatccaaaagatcaagacagtagaagtt gggaggactctaaatttaccaccttatttatatctgtaccacaggtggatagacaatttt -----------------------atttag---at---------------caatatagta- ------tactgtttact---gtagaac-------atgtataata---------------- ------------------------------------ >FJ445170.1 Human rhinovirus 95 strain ATCC VR-1301, complete genome -------ttaaaactgagttcaggttgtt-cccatctgaacttcccacgtggagta---g tacactattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------gc ct--------------ccc-------------tcccc--aa------------------- ------atgtaac----ttagaaga-t-gtacac------aa-cggccaacagg-cggtg gttat-ccaaacca-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgcgatcgttatccgcaagatgcctacgc aaagcttagtaaca-ctttgg-aa-gatttatggctggtcgttccactat--------ac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcaccc---tatg-ggt----------gcgaagccata-cattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccccgcagccaatgcacacaatccagtgtgtttttggtcgtaatgagtaatt gtgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttat- ----ta--tgcttatggtgacaa-tatat-a--------------taca----tatatat tgacaccatgggcgctcaagtttccaggcagaatgttggaacgcactctacgcaaaacgc agtttctggaggatctagtttaaattattttaatattaactactttaaagatgctgcatc atcaggcgcatctaggcttgatttttctcaagaccctagcaaatttacagacccagtgaa agatgttcttaccaagggtattcccacactacaatcacccacagtcgaagcgtgtggata ttcagataggataatacagattacaaggggtgacaccaccatcacatcacaagatatagc aaatgcagttgttgcctatggtgtatggcctacatacctcaactcaaaagatgcaacagc cattgataaacctactcaacctgatacctcaaccaatagattttacacattagaaagtag agagtggagaagtgatagtaaaggttggtggtggaagctaccagatgcgctcaaagacat gggtgtatttggggagaatatgttttaccattcactaggtagagcaggttatttgattca tgttcagtgtaatgcaagtaaatttcactcagggactctcttggttgtcgctatcccaga acaccaactatcgtaccttggcacaggtaatgtaacagttggatacaggcacacacaccc aggagagaatggtagagaaattgctgaagttgca--------------aataggaatg-- -aaagacaaccatcatatgacagctggttgaactgtaatggcacattattgggtaatgcc ctgattttcccacatcagtttataaatttaagaacaaacaatgctgcaaccctaatacta ccatatgtgaatgcaacccccatggattccatgctcagacacaacaactggtcattgttg attgtacccatctctcaacttagaggtgatacaaact------------ccatacccatt acaatttccatttctcccatggcagcagaattctctggtgcgcgcaatcgc--------- agtgca------------------------------cgaa------tagaagggctacca gttatgctcacaccaggttcagggcaatttctaacaactgatgatatgcaatccccttca gttttaccatacttccacccaactcaggaaatctttataccaggggaagttaaaaacttg gtggagttatgccaagttgataccatggtccctttaaataacatcaatgctagt---aga aacagaattgacatgtatgcactaccactcacgagacaaccccaat------ccgctgta aaattgtttaccatcccaattgatattgcatcaccaccacttaatacaacacttttgggt gagatagcttcttattatacacactggactggtagtattagattaagttttatgttctgt ggcagtgcaaattcatcattaaagttactcattgcttatacccccccaggagcaccagaa cccactaagagaaaggaagcaatgttaggtacacatatagtgtgggatgtaggtctgcaa tccacttgttcattaattatcccctgggtctctgcctctcatttccgtaacaccacacca gatacatactctaaagctggttttgtaacatgttggtaccaaactaattttgttacagct ccagatgcacctaccactgcggatatcatttgtttggtgtctgcatgcaaagacttttgt ttaagaatggcaagagatacagatcaacatactcaggtgggtgctataacacaaaac--- ------cctattgaacaattcacagaggcagtattaaacgaggttcttgtagttccaaat acacaagccagtaatggatctatagcaaattcagcaccagcattagatgcagcagagact ggacacacaagttcagtgcaacctgaagatcttatagagactaggtatgtaattacagat caaactaggtatgagacatcactggaatctttcttgggtagagcaggatgcattaaaatt attgcattagaactag-atcatgac----------------------------------- -aactatgataa------------aaatttcaggacctggggaataaacatacaagagat gtcacaaattagaaggaaatttgaaatgttcacttatgtaagatttgattcagagataac aattgtaccatgtattgcagctatagaaggtg------accttggacacatagtcctcca atacatgtatgttcccccgggtgcacctcttccagataaaaggatgcacgatgcctggca aaccagtacaaatgcctcagtcttctggcaagttggacagacttatcccagattcaccat acctttctccagtatagcatcagcttattacatgttctatgatggttatgattcagatgg ttta------gatgctatttatggtattcctgttacaaatcacatgggcacaatatgtgt gagaatggtgacagataaacagaaaattaaaactaaaattgattcaagaatatacctgaa agcaaagcatattaaagcttggtgtcctagaccccccagagcagttacgtataaccatat atacaaccccaattat------gttagagagggagt---------------------aa- --caccagaaactaaggtcaaatatagagc---------t---gaagtcaca-------- -----------acc------------------attggaccttctgaaatgtttgtacata ctaccaaccttatgtacaggaattaccatttgaccccagagcaagagttagatagtgcaa ttcaagtagtttacactgc------agacttagtcatacaccgcacaaacgataaaggtg atgactacatcccagattgtaattgtacagattgctgttattattgtgcccacaaaaaca gatacataccagttaaagttaagtattacaattattacaccatacaggagtcagaatact acccaaaacacatacaatatgacattttattaggtgaaggaccatcagaaccaggagact gtggaggaaaattgttatgcaaacatggtgttattggaatggtaacagcaggtggggata atcatgttgctttcatagatctcagaaaatacaggatcacagaagctgaagagcaagg-- -tataactgattatgtaaaatctcttggtgatgcctttggggtaggttttgttgagcaaa ttaaagagcaagtgagcaacataaatc------cattaaacaaaattagtgctaaggtta taaaatggttgattagagtaatatcagcattagttattgcagttcgaagtcaaggggact tagcaacattatcagctacattagttcttcttggatgctcagattcaccctggcgttttc taaaacaaaaagtatgccaatggttgggtcttagatatgtgcacaaagaatca---gatg gttggattaagaaatttacagagatgtgcaatgcagcaagggggttggaatggattggat gcaaaatatcaaaattcattgactggctgaaatcta---tgcttccacaagctcaaaaca aaattaagttcttacagttcacaaaacaactacaactcaaggagaaacagattgatg--- ---gattgccctatgcaaccattaaacagcaggaggaatatctacaggagatggaggaaa tgttagatatttcaaacaaactattaccattataccccagagaaaataaaatgataaaag atttgttgaaacaggcaaaaaacatgac------agtagcatcaaagagaattgaaccag tggctgttatgtttcatggagatccaggatcagggaaatccatctgcacaaacattcttg ctcgaatgatcactaacccatcagac------atatactcattaccacctgatccaaaat acttcgatggataccaccaacaaacagttgtgatcatggatgatgtgatgcagaacccaa acggagaagacatgagtacattctgtcaaatggtatcatcagttaactatgtagttccta tggctgacctaccagataaaggcactctgttttcatcagattatgtattctgtagtacca accagcatattctaacccctccaactatatcaacactacctgccctaaaccgtagactgt tcttggatctgacaatcaaggtgaacccaaaatacttagaatca---ggtaagcttaatt tggattgtgctcttaaggcttgtgatcaagaacagaaaattggaaatgcacgc---tgct gtcctttgatatgtggtaaagctgtctcatttgtaaacaggaataacaatgaggaactat cactatcacgggtatacaatcagattgtacatgagcacaaccgccgcctaaatgtatcaa aacatatggaggcgatttttcaaggtccaatcaaca---------------------tgc aatcacctccacctccagctatagttgatttacttagatctactagaaatgaggaggtta tcaattattgtaaaaaccagaactggatcattcctgctgatgttagtg---tagagagag agttaaacttggtaaacttatccatatcaatattggcaaacataatcagcatagttggaa ttatatatataatatacaaactatttatttcattgcaaggtccatacagtggtttgc--- catcaaagaaaaagactataccagaa---aaaagaattgttgtacagggacccacaacag aatttggtcttagcctaattaaacacaacacatgtgttgtggaaacagataatggtaaat ttacaggtttgggcatatttgataatgtgcttgtaatacctacccatgctgatccaggta aaagtgttaatatagatggggttgaagtaaaagtggtagattcatatgatttgtttaata aagaaggagtgaaactagaaattacagtgatcctcttatccagaaatgagaaatttagag atattaggaaatacataccaaattcagaggatgactataccaattgcaacttagctctcg ttgcaaaccaagaagtgccccagatcttggaggttggtgatgtggtatcatatggtaaca tactactgagtggaaataacactgccaggatgcttaaatatgattaccccaccaaatcag ggttctgtggaggagtgttatacaaagtgggtcaagtaattggaatacatgtgggtggta atggaagacaaggattttcagccatgctactcaaaaggtactttaaccagcaacaaggtc aaattattataaagaaaccagtgaaggaagtagattatcccagtattcacacacctacta aaactaaactgcaacccagcattttccacgatgtattccctggggtcaaggaaccagcag tattatcagagaaagatccacgtctacaagtggatttaaacacatctcttttctcaaaat atgcaggcaacaagcaaatggaggtgaatgagtatatgaaagtagcagcatcacactatg catctcaactagaaactttagatatacctaatcaacaaatgtcaattgaagactgtgtct atggaacagacaatttggaggcattggacttgaacaccagtgcaggatttccatatgtgg cattaggtattaagaagaaagacataatcaacaagagcaccagagacacatcaaaaatca aaaactgtttagatacttatggagtagatttgccaatgataacatatctaaaggatgaac ttagagcaccagaaaaagttaaaatgggaaaaaccagagtgatagaagctagcagtctga atgacactgtgcacatgcgcatgttatttggtaacttatttaaagctttccatgccaatc caggtatcattacgggctgtgccgtgggctgtgatcctgaggtgttttggtctaaaattc caccaatgttaggtgatggaagtgttatggcttttgattatacaaattatgatggcagtt tgcatccagtctggtttaagatgttagaagtagtattagataggttaggattcccaggt- --tgtgctgttagaaaattatcacactctgctcatatctataagggcacttattatgagg tggatgggggaatgccatcaggatgtgctgggacatcaatctttaattcaatgattaaca atattataattagaacaataatattacatggatacaagaacattgatctggaccagttga gaatactaacatatggtgatgatataatattcacatacccagacaagcttgacatgagtt atctagcccaaattggtgagcaatatggcttgaggatgaccccagctgacaaatcagaca catttaaagatttagatttgagcactgctacctttttaaaaagaggtttcaaaccagaca cacaccatcccttcctgattcatcccacgtacccaattcaggacatttatgagtccataa gatggacaaagaatccaagatgcttgcaagaacatgttcttagcctggctcatttgtgct ggcacaatggaccagaacaatatg-ctgattttatcgggaaaatcagatctatcccgata ggaagaagcctgtacctaccatcctacgacgttttgttgtacgaatggtacgaaaaattt tga--------------aat---atatac---at-------------------tagttat ------ctgggtagct------------------taggtatat----------------- ------------------------------------ >FJ445134.1 Human rhinovirus 49 isolate F04, complete genome -------ttaaaactggatctgggttgtt-cccacttggatctcccaaagggagtg---g tactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------at cc----------tcc-cct-------------tacccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-tttcat------aa-agaccaatagt-tggta atcat-ccagatta-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgcgatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcttagtagca-cctttg-ag-attgtttggttggtcgttccgcca------tttcc cc---tggtagacctggcagatgaggctagaagtaccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tgtg-ggt----------gtgaagccaaa-taatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctgcagctagagcatacaaaccagtgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcacttttt---tttta-ctt--a- ----taattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--ag------tatatat tgacaccatgggcgcacaggtatctagacagaatgttggaacccactctacacaaaactc tgtatctaatggatctagcttaaactacttcaacatcaactacttcaaagatgctgcttc aaatggtgcatccaaattagagttcactcaggaccctagcaaattcacagatcccgttaa agatgtattagagaagggaataccaacactgcaatcacccacagttgaggcttgtggata ttcggatagaatcatacagattactagaggagattcaacaataacatcacaggatgtggc aaatgccgttgttgcatatggtgtttggccacactatttatcctctaaagatgcttctgc aattgacaagccttcccgcccagacacatcttccaatagattttatactttaaagagtgt gacttggtctaactcttcaaaaggttggtggtggaaattaccggatgcattgaaggaaat gggcatctttggtgaaaatatgttttaccactatttgggcagaagtggttatacaataca tgtacagtgtaatgctagtaaattccatcaaggtacattaatcgttgcactaatacctga acaccaaattgcaagtgcactccatggtgatgtgaatgttggttataaatatactcaccc aggagaagcagggagagaagttaaaagtgacagaaat-----------ataaacctaa-- -atgtgcaacccactgaagaatactggctgaattttgatggaacactacttggaaacatc accatattccctcatcaattcattaacctgagaagcaacaactctgctacaataattgct ccatatgttaatgcagttcccatggattcaatgcgcagtcacaacaactggagcctggtg ataatcccaatatgtcctcttgaaaca---tcaagtactgttaaca---caatacctatt acaatatcaataagtcccatgtgtgcagagttttctggagcacgtgccaa---------- --------------------------------------aa------accagggtctacca gttttcatcacgccagggtcaggtcaatttctaacaacagatgattttcaatccccatgt gcactcccttggtaccacccaaccaaggaaatatctatcccaggtgaggtaaaaaaccta gttgaaatatgtcaagtggatagcttagtaccaataaataatactgagaataac---atc accaatggggacatgtattcagttatattgcaatcaacaattggag------aaccagac aaaatcttttcaatcaaaacagatgtagcctctcagccactagccaccactctaattggt gaaatatccagctattacactcactggacaggaagcctccgtttcagtttcatgttttgt ggtacagccaacactactgttaaactcttactagcctatacaccgcctggtattagagag cccactacaagaagagaagcaatgttaggcactcatgtaatatgggatataggtcttcaa tctacaatatcaatggtggtaccatggattagtgctagccactacagaaacacatcatcg ggtgcat---ctacagctgggtatgtaacatgctggtatcaaaccagattagtaattcca cctcaaaccccacccacagctaggttactatgttttgtatcaggctgcaaggacttttgt ttacgcatggctcgagacactaatttacatctacagagtgggccaatagagcaaaac--- ------cctgttgaacaatatatagatgaggtccttaatgaggttttagttgttccaaat attaatagtagtcatcccacaacatcaaactctgccccagcactagacgctgcagaaaca gggcatactagtaatgtgcagcctgaagatgtcattgaaaccagatatgtacagacatca caaacaagagatgagatgagtttagagagttttcttggtagatcagggtgtatacatgaa tctaaactggaggtca-cgcttaca----------------------------------- -aattacaatga---------aaacaatttcaaagtgtggaacattaacctacaagagat ggcccagattagaaggaaatttgaactgttcacctatactagatttgactcagagataac cctagtcccatgtatttctgcacttagtgagg------acattggacatattactatgca atacatgtatgtaccaccaggtgcacctgtaccaaagagcagggatgattatgcatggca gtctggcactaatgcatctattttctggcaacatggacaagcatacccaagattttctct accctttctgagcgtggcttcagcttattatatgttttatgatggatataatgaggaagg gcaa------------aattatggtacggtgagcacaaataacatgggatcattatgttc tagaatagtgacagagaaacacattcataatatgcacattatgacaagaatctatcacaa agctaaacatgtcaaagcgtggtgcccgcgcccacccagagcactcgaatatactcgtgc acaccgcaccaatttt------aagattcaaaatag---------------------ag- --atatcaaaacaggaattaaatccagacc---------a---attattaca-------- -----------aca------------------gctggccctagtgatatgtatgtccatg ttggtaatcttatttatagaaatctacatctcttcaactctgaaa---tgcatgaatcta tactggtatcctactcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacactataggtg atgattatattccctcttgtgattgcacccaggctacatattattgtaaacataaaagta gatatttcccaataacagtgacaagccatgactggtatgaaatacaggaaagtgaatact atcccaaacatatacaatacaacttgctaattggcgaaggcccttgtgaaccaggtgatt gtggtgggaaattattatgtaaacatggtgttattggcatagtaacagctggtggtgaca atcatgtggctttcatcgatcttagacact------ttcattgtgctgaagagcaagg-- -agtcacagattacatacacatgctaggtgaagcatttggaaatggattcgtagatagtg taaaagaacacatacatgccattaacc------cagttggaaatattagcaaaaagatca tcaaatggatgctaaggataatatctgcaatggtcataataataaggaactcctctgatc cacaaactatattggcaacactcacactgattggatgttctggttcaccatggagatttt taaaagagaaattttgtaaatggacacaacttaattatatacacaaagagtca---gact catggttgaagaaatttactgaagcatgtaatgcagccagagggcttgagtggataggaa acaaaatatctaaattcattgaatggatgaagtcaa---tgcttccacaagcacaactca aggttaagtacttaaatgaacttaaaaaattgagcctgtatgaaaagcaagttgaaa--- ---gtcttagaatagcagatgtaagaacacaagaaaaaatcaaaatggaaattgacactc tacatgacttatcatgcaagtttctgccattatatgcaagtgaagcaaagagaataaaga cactacacatcaagtgtgataacattat------caaacaaaagaaaagatgtgagccgg tggctgtagtcatccatgggccacctggcgctggaaaatcaataacaacaaattttctag ccaggatgataaccaatgatagtgat------atatactctttacctccagatccaaaat attttgatggctacgatcaacaaagtgtcgtaataatggatgatatcatgcaaaatccag ctggggatgatatgaccctattctgtcaaatggtttccagtgtcacttttataccaccaa tggctgatttaccagacaagggcaaggcctttgactctaggtttgtactatgtagcacaa atcactcacttttagcaccacctacaataacatcactacctgcaatgaatagaaggttct ttttagatttagacatattagtgcatgataatttcaaggactcacaaggcaaacttaatg tagcagcagccttccaaccatgcgacgtggacaacaaaattgggaatgcccgg---tgtt gtccattcgtgtgtggaaaggctgtttctttcaaggatcgcaacacctgcaataaataca ccttagcacaagtatacaacataatgcttgaagaagacaaacgcaggagacaagtggttg acgttatgtcagccattttccagggaccaattgaca---------------------tga aaaacccaccgccgcctgcaattacagatctactccaatcagttaggactcccgaggtca tcaagtattgtgaagacaataggtggataataccagcagaatgtaaga---tagaaaagg agttaaatttagctaatacaatcataacaatcattgccaatgtcattagtatagcaggta ttatatatgttatctataaactcttctgcacactacaagggccatattcaggagaac--- ccaaacctaaaactaaagttccagag---aggcgcgttgtagcgcaaggaccggaggaag aatttggaatgtctttgattaagcacaattcatgtgtgattacaacagataatggaaagt ttacaggtcttggaatttatgacaagtttgtggttgtgccaacgcatgcagaccctggga aagaaattcaagttgatggtataactacaaaagttgctgactcattcgatttgtataata aagatggaataaagttggaaataacagtcttaaaattagataggaatgaaaaatttagag acatcagaaaatacataccaaataatgaagatgactaccctgactgtaacctagccttgc tagcaaatcaacctgagcccactataattaatgttggagatgttgtatcttatggcaaca tactactcagtggtaaccagacagctagaatgctcaagtacaactatccaacaaaatctg ggtactgtgggggtgttctgtataaaattgggcaggtgcttgggatacatgtaggaggga atggtagggatggattttcagctatgttacttagatcttacttcactgatgtgcagggtc aaatagtttcatcaaagaagactagtgagtgtaatctccccagtatacatagcccatcca aaacaaaattgcagcccagtgttttctatgatgttttccccggttcaaaagaaccagctg tgttgtccgagaaagatgctcgactccaggtcgactttaatgaggcactgttttccaaat acaaaggaaacacaaactgttctatgaatgatcacataaggattgcatcttcacactatg cagctcagttaattactttagatattgacccaagtcctatcactcttgaagatagtgttt ttggtactgatggactagaagctcttgatctaaacactagtgcaggattcccttacatca caatgggtataaagaagagagatctaataaataacaagaccaaggatataagtaaactta gggaagcaattgacaaatatggggttgacttgcctatggttactttcttaaaggatgaac ttaggaaacatgaaaaaataataaagggtaaaactagagtcattgaggctagtagtgtga atgatactctgctatttagaacaacttttgggaatcttttttcaaagtttcatttaaatc ctggaattgtcactggatcagcagtcgggtgtgacccagagatcttttggtcgaagatac cggcaatgttggatgataagtgtataatggcctttgattacacaaattatgatggtagta tacaccccatttggtttgaagctcttaaacaagtattgatggatttgtcttttgatcct- --atgttaatagatagattatgtaaatccaaacatatcttcagaaacacatactatgagg ttgaagggggcgttccatctggatgctcaggtactagtatttttaatacaatgattaata atattattataagaactttagtgttagatgcttataaaaatatagacttagataagctca agataattgcttatggtgatgatgttatattttcatatacatatgaattagacatggaag ctatagcaatggagggtactaaatatggcttaaccataacccctgctgacaaatctacca cttttgtgaaattaaattacaataatgtcacctttttaaaaagaggattcaagcaagatg agaaatacaacttcttgatacaccctacatttcctgagagtgaaatatttgaatccatca ggtggacaaagaaaccttcacaaatgcatgagcacgtactatccttgtgtcacttaatgt ggcataatgggcgtgatgcatacg-aaaagtttgtggagaagatacgcagtgtgagcgct ggtcgtgcattgtatatccctccatataacttgcttttgcatgagtggtacgaaaaattt taaac-------tg---------atatag---aa-------------------atattaa --aca-gttagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >FJ445113.1 Human rhinovirus 8 strain ATCC VR-1118, complete genome -------ttaaaactgggttcaggttgtt-cccatctgaacttcccacgtggagta---g tacactattattacggtaattttgtacgccagtttt----------------------ac ct--------------ccc-------------tcccc--aa------------------- ------atgtaac----ttagaaga-t-gtacac------aa-cgaccaacagg-cggtg gttat-ccaaacca-t----c-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgcgatcgttatccgcaagatgcctacgc aaagcttagtaaca-ctttgg-aa-gatttatggctggtcgttccactat--------ac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcaccc---tatg-ggt----------gcgaagccata-cattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccccgcagccagtgcacacaatccagtgtgtttttggtcgtaatgagtaatt gtgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttat- ----ta--tgcttatggtgaca---atat-a--------------taca----tatatat tgacaccatgggcgctcaagtttccaggcagaatgttggaacgcactctacgcaaaacgc agtttctggaggatctagtttaaattatttcaatattaactactttaaagatgctgcatc atcaggggcatctagacttgatttttctcaagaccctagcaaatttacagacccagtgaa agatgttcttaccaagggtattcccacactacaatcacccacagtcgaagcgtgtggata ttcagataggataatacagattacaaggggtgacaccaccatcacatcacaagatatagc aaatgcagttgttgcctatggtgtgtggcctacatacctcaactcaaaagatgcaacagc cattgataaacctactcaacctgatacctcaaccaatagattttacacattagaaagtag agagtggagaagtgatagtaaaggttggtggtggaagctaccagatgcgctcaaagacat gggtgtatttggggagaatatgttttaccattcactaggtagagcaggttatatgattca tgttcagtgtaatgcaagtaaatttcactcagggactctcttggttgttgctatcccaga acaccaactatcgtaccttggcacaggtaatgtaacggttggatacaggcacacacaccc aggagagaatggtagagaaattgctgaagttgca--------------aataggaatg-- -aaagacaaccatcatatgacagctggttgaactgtaatggcacattattgggtaatgcc ctgattttcccacatcagtttataaatttaagaacaaacaatgctgcaaccctaatacta ccatatgtgaatgcaacccccatggatttcatgctcagacacaacaactggtcattgttg attgtacccatctctcaacttagaggtgatacaaact------------ccatacccatt acaatttccatttctcccatggcagcagaattctctggtgcgcgcaatcgc--------- agtgcg------------------------------cgaa------tagaaggactacca gttatgctcacaccaggttcagggcaatttctaacaactgatgatatgcaatccccttca gttttaccatacttccacccaactcaggaaatctttataccaggggaagttaaaaacttg gtggagctatgccaagttgataccatggtccctttaaataacatcaatgctagt---aga aacagaattgatatgtatgcactaccactcacgagacaaccccaat------ccgctgta aaattatttaccatcccaattgatattgcatcaccaccacttaatacaacacttttgggt gagatagcttcttattatacgcactggaccggtagtattagattaagcttcatgttctgt ggtagtgcaaattcatcattaaagttactcattgcttatacccccccaggagcaccagaa cccactaagagaaaggaagcaatgttaggtacacatatagtgtgggatgtaggtctgcaa tccacttgttcattaattatcccttgggtctctgcctctcatttccgcaacaccacacca gatacatactctaaagctggttttgtaacatgttggtaccaaactaattttgttacagct ccagatgcacctaccactgcggatatcatttgcttggtgtctgcatgcaaagacttttgt ttaaggatggcaagagatacagatcaacatactcaggtgggtgctataacacaaaac--- ------cctattgaacaattcacagaggcagtattaaacgaggttcttgtagttccaaac acacaagctagtaatggatctatagcaaattcagcaccagcattagatgcagcagagact ggacacacaagttcagtgcaacctgaagatcttatagagactaggtatgtaattacagat caaactaggcatgagacatcactggaatctttcttgggtagagcaggatgcattaaaatc attgcattagaactag-atcatgac----------------------------------- -aactatgatga------------aagtttcaggacctggggaataaacatacaagagat gtcacaaattagaaggaaatttgagatgttcacttatgtaagatttgattcagagataac aattgtaccatgtattgcagctataaaaggtg------accttggacacatagtccttca atacatgtatgttcccccgggtgcacctcttccagataaaaggatgcacgatgcctggca aaccagtacaaatgcctcagtcttctggcaagttggacaaacttatcccagattcaccat acctttctccagcatagcatcagcttattacatgttctatgatggttatgattcagatgg ttta------gatgctatttatggtattcctgttacaaatcacatgggcacaatatgtgt gagaatggtgacagataaacagaaaattaaaactaaaattgattcaagaatatacctgaa agcaaagcacattaaagcttggtgtcctagaccccccagagcagttacgtataaccatat atacaaccccaattat------gttagagagggagt---------------------aa- --caccagaaactaaggttaaatatagagc---------t---gaagtcaca-------- -----------acc------------------attggaccttctgaaatgtttgtacata ctaccaaccttatgtacaggaattaccacttgaccccagagcaagaattagatagtgcaa ttcaagtagtttacactgc------agacttagtcatacaccgcacaaacgataaaggtg atgactacatcccagattgtaattgtacagattgctgttattattgtgcccacaaaaaca gatacataccagttaaagttaggtattacaattattacaccatacaggagtcagaatact acccaaaacacatacaatatgacattttactaggtgaaggaccatcagaaccaggagact gtggaggaaaattgttatgcaaacatggtgttattggaatggtaacagcaggtggagata atcatgttgctttcatagatctcagaaaatacaggatcacagaagctgaagagcaagg-- -tataactgattatgtaaaatctcttggtgatgcctttggggtaggttttgttgaacaaa ttaaagagcaagtgagcaatataaatc------cattaaacaaaattagtgctaaggtta taaaatggttgattagagtaatatcagcattagttattgcagttcgaagtcaaggggatt tagcaacattatcagctacattagttcttcttggatgctcagattcaccctggcgttttc taaaacaaaaagtatgccaatggttggatcttagatatgtgcacaaagaatca---gatg gttggattaagaagtttacagagatgtgcaatgcagcaagggggttggaatggattggat gcaaaatatcaaaattcattgactggctaaaatcta---tgcttccacaagctcaaaaca aaattaagttcttacagttcacaaaacaactacaactcaaggagaaacagattgatg--- ---gattgccctatgcaaccattaaacagcaggaagaatatctacaggagatggaggaaa tgttagatatttcaaacaaactattaccattataccccagagaaaataaaatgataaaag atttgttgaaacaggcaaaaaacatgac------agtagcatcaaagagaattgaaccag tggctgttatgtttcatggagatccaggatcagggaaatctatctgcacaaacattcttg ctcgaatgatcactaacccatcagac------atatactcattaccacctgatccaaaat acttcgatggataccaccaacaaacagttgtgatcatggatgatgtgatgcagaacccaa acggagaagacatgagtacattctgtcaaatggtatcatcagttaactatgtagttccta tggctgacctaccagataaaggcactctgttttcatcagattatgtattctgtagtacca accagcatattctaacccctccaactatatcaacactacctgccctaaaccgcagactgt tcttggatctgacaatcaaggtgaacccaaaatacttagaatca---ggtaagcttaatt tggattgtgctcttaaggcttgtgatcaagaacagaaaattggaaatgcacgc---tgct gtcctttgatatgtggtaaagctgtctcatttgtcaacaggaataacaatgaggaactat cactatcacgggtatacaatcagattgtacatgagcacaaccgccgcctaaatgtatcaa aacatatggaggcgatttttcaaggtccaatcaaca---------------------tgc aatcacctccacctccagctatagttgatttacttagatccactagaaatgaggaagtta ttaattattgtaaaaaccagaactggatcattcccgctgatgttagtg---tagagagag agttaaacttggtaaacttatccatatcaatattggcaaacataatcagtatagttggaa ttatatatataatatacaaactatttatttcattgcaaggtccatacagtggtttgc--- catcaaagaaaaagactataccagaa---aaaagaattgttgtacagggacccacaacag aatttggtcttagcctaattaaacacaatacatgtgttgtggaaacagataatggtaaat ttacaggtttgggcatatttgataatgtgcttgtaatacctacccatgctgatccaggta aaagtgttaatatagatggggttgaagtaaaagtggtagattcatatgatttgtttaata aagaaggagtaaaactagaaattacagtgatcctcttatccagaaatgagaaatttagag atattaggaaatacataccaaattcagaggatgactataccaattgcaacttagctctcg ttgcaaaccaagaagtgccccagatcttggaggttggtgatgtggtatcatatggtaaca tactactgagtggaaataacactgccaggatgcttaaatatgattaccccaccaaatcag ggttctgtggaggagtgttatacaaagtgggtcaagtaattggaatacatgtaggtggta atggaagacaaggattttcagccatgctactcaaaaggtactttaaccagcaacaaggtc aaattattataaagaaaccagtgaaggaagtagattatcccagtattcacacacctacta aaactaaactgcaacccagcattttccacgatgtattccctggggtcaaggaaccagcag tattatcagagaaagatccacgtctacaagtggatttaaacacatctcttttctcaaaat atgcaggtaacaagcaaatggaggtgaatgagtatatgaaagtagcagcatcacactatg cctctcaactagaaactttagatatacctaatcaacaaatgtcaattgaagactgtgttt atggaacagacaatttggaggcattggatttaaacaccagtgcagggtttccatatgtgg cattaggtattaagaagaaagacataatcaacaagagcaccagagacacatcaaaaatca aaaactgtttagatacttatggagtagatttgccaatgataacatatctaaaagatgaac ttagagcaccagaaaaagttaaaatgggaaaaaccagagtgatagaagctagcagtctaa atgacactgtgcacatgcgcatgttatttggtaacttatttaaagctttccatgccaatc caggtatcattacgggctgtgccgtgggctgtgatcctgaggtgttttggtccaaaattc caccaatgttaggtgatggaagtgttatggcttttgattatacaaattatgatggcagtt tgcatccagtctggtttaagatgttagaagtagtattagataggttgggattcccaggt- --tgtgctattagaaaattatcacactctgctcatatctataagggcacttattatgagg tggatgggggaatgccatcaggatgtgccgggacatcaatctttaactcaatgattaaca atattataattagaacaataatattacatggatacaagaacattgatctggaccagttga gaatactaacatatggtgatgacataatattcacatacccagacaagcttgacatgagtt atctagcccaaattggtgagcaatatggcttgaagatgaccccagctgacaaatcagaca catttaaagatttagatttgagcactgctacctttttaaaaagaggtttcaaaccagaca cacaccatcccttcctgattcatcccacgtacccaattcaggacatttatgagtccataa gatggacaaagaatccaagatgcttgcaagagcatgttcttagcctggctcatttgtgct ggcacaatggaccagaacaatatg-ctgattttatcgggaaaatcagatctatcccgata ggaagaagcctgtacctaccatcctacgacgttttgttgtacgaatggtacgaaaaattt taa--------------aat---atatac---at-------------------tagttat ------ctgggtagct------------------taggtatat----------------- ------------------------------------ >EU840952.2 Human rhinovirus C11 strain CL-170085, complete genome -------ttaaaactggatacaggttgtt-cccacctgtatcacccaagtggtgtg---g tgctcttgtatttcggtacgtttgcacgccagttt-----------------------gc ------------tac-ccc-------------ttccctttt------------------- ------acgtaac----ttagaagt-ttacacaa---------agaccaatagg-cggtg gtaaatccatacca-c----t-aacggtcaaata-cttct-gttt-ccccgg-catgcga ggaataggctccaaa-agggc-tgaagccactagtgtcgttatccgcattggtactacgc aaagcctagtatta-ccttga-aa-atttcttggctggtcgctccaccaga-----tacc cc-actggtagacctggcagatgaggcaggacttaccccactggcgacagtggtcctgcc tgcgtggctgcctgcacaccccttacgg-ggt----------gtgaagcccag-aaacag acaaggtgtgaagagccccgtgtgctactagt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatct-taccccacagctgttgcacgcaaaccagcgtgtatgcagtcgtaatgagcaatt gtgggatggaaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----t---ttatt-ccta--- ---ttatttgcttatggtgaca-----at-att--------gat-atta----tcagtgt tgtcatcatgggcgcccaggttagcaaacagaatgttggctctcacgaaagtggaatatc tgcgtcatcaggctcagttataaagtatttcaatattaattactataaagactcagctag cagtggcctaagtaaacaagatttctcaatggacccagagaagttcaccaaacctttagc tgatgtcatgaccaa------cccggcattgatgagtccaagtatagaggcttgtgggtt ctccgataggctaaaacaaatcactatcggtagttccacaattacaacacaagacacttt gaacacagttgtagcatacggcgagtggccagaatacttaaaagatactgatgctagtgc cgtggataaacctactcatcctgaaacttccaccgatcggttttacacactcactagtgt tacctggaatggttcatccaagggctggtggtggaaaattccagactgccttaaagatat gggcatgtttggacaaaatatgtaccaccatgccttagggcgctcaggatacatcttcca cgtacagtgcaatgctaccaagttccacagtggtttactacttgttgctatagtaccaga gcaccagttagcatacgtcggtggcacatatgctaatgttgggtacaaccatacccaccc tggtgaagggggtcatgagattagggaacctacc--------------ggtagagatg-- -acaagaaacctgatgaagacccgcttttcaactgcaatggcactctactagggaacctg actatattcccacaccagttgataaatttgagaactaacaactcagtgactatagtagta ccttacataaactgtgttcccatggatagcatgctcaagcataataatatttcactagtt atcataccacttgtgccattacgatcagggtcaacacaggcaccacaaacattacctatt acaatatctattgcacctgacaaatcagaattttccggtgctagacagagt--------- --aaca------------------------------aaac-------tcaaggcatacca atcagaatgcccagcggtgctcagcagtttatgaccacagaagacgaacagtcagccaac ctgttacccagtttccacccaacatccgtaatgcatataccaggtgaaatcacaaacatt atgcatatggcccgagtggattcattcatgccaattaacaacatca---aacaa---aag ctagatgtgcccatctatagtttgacagtgactgcacgatctgcaggtgttaatggtgag cttattttaaccataccactcaacatgagtaacacattattctctaccactctgttaggt gaggttctaaactatttttccacatgggcagggagcatcactctgaattttctatgtgtt tgtgacagttttagcacagggaagtttctcatagcatacactccaccaggaggtggcata cctgcaagcaggaaggatgctatgcttggtgtccatgtcatatgggacctaggattacaa tcaacatgttccattgtggtaccatggatatctcagggttactatcgccacaccaaagct gacaactacactgaatctggatatgttaccttgtggtaccagacggattttgtaccaggc agcaccattgctca---gggctctatccttgtcacctgctctgcatgttcagacatggca gtgcgcatgctccgtgatactccaatgatcaaacaagttgcagatttattgcagaac--- ------cctgtggaacagtttgtggataatgttttagaggaagttttagttgtacccaat actcagccaagtggaccaatacacactaccaaaccaactgctctatcggcaatggagatt ggagcatcttctgatgtaaaaccagaagatatgattgaaacacgatatgtagtgaattcc agaaccaatgatgaagcaacaattgaaaacttcctaggtagatcagctctatgggctaat gtgagtat---gacaa-g------------------------------------------ ------------------------tggttatgcaacttggtcaataacctaccaaggaaa tgcacaaataagaaagaaactagagttattcacctatgtcagatttgacttggagatcac aattataactagtagctctgatt------------------------------tgataca aattatgtatgtaccaccaggagctaacacaccaagaagtaataatgcaacagagtggaa cacagcctctaatccaagtatattctttcaaccaggaaatggtttcccacgtttcaccat acctttcactggtttaggatcagcttactatatgttttatgatggttatgacatagtgag tcat---gaaaatgggatatacgggataagcaccaccaatgatatgggaagtttgtgttt cagaactccaaacaacagttcaggaacagaaat---------cattagagtgtttggaaa gcctaaacatacacgtgcttggattccacgaccacccagagcaactggatacacacacag gtacagcacaaattacaacagaaaagttagtgatga---------tgacagtacattga- --ccagggatcactacatagaaaccagagc---------a---tccgtcaag-------- -----------a------------------cagcaggtcctagtgatatgtatgtacata ctaaagaagccatttataaaaatgcccatctgactagtgcaaatg------aacagacta tactcattgcactaactgc------agacctccaaattgatgcagctgaccacccaggtg atgatgttataccagattgtgattgtacaacgggtacatattactgcaagagcaaagacc gctattatcccatagaagtggtctcacatgcctggtacccaatagaggaaacatgttact acccaaaacacatacagtacaatatactcctgggtgaaggcccatgtgtacctggagatt gtggtggtaaactactctgcaaacatggtgttataggcatagtcacggctggaggggaaa atcatgtagctttcactgatttaagaccatata---gcaatctagcacacacacaaggac caattagtgactatgtaacacaattaggcaatgcttttggtacaggctttacacaaactc ttgagactaacctcaaagagacttgttcaggcatgtttgatgcaataacatcaaagacag tcaagtgggtagtgcgcataataagtgcgctcactattgtgatccgcaatagttctgaca tgccaacaattctagctacaatggctttactggggtgtacaggatcaccatggcagtatc ttaaaggtaaattatgcaattggttaggagtacagaaaccaccatccaaacagagtgaca gttggcttaaaaagtttactgagtggtgcaatgcagctaagggattggaatggatagggt acaaaataagcaaattcattgactggttgaaggaaaaactcataccaacagtacagagga agaaagacaccttgcttgaatgcaagaagttgaccctgtatgaagaccaggtcaggg--- ---catttcctcagtctccagaggcctttcagaatgaactcactaccaaattgcaaattt taaagaaaaacttagatgatatgtgtcctctctatgctgcagaaaacaaaagggtaacta acatgctcaaggacattaaaacgatgacagcatacaaaaagactcaccgcacggaaccag tatgtgttttaatacatggtggtccagggtgtggtaaatcacttgccactacagtgattg ctagaggtttaacagacagtggcaat------gtttattcgttgccaccaagtccaaagc attttgatgggtattgccaacaacaagtcgtcatgatggatgatttaggtcagaatccag acggccaagacttagctatgttttgccaaatggtatccactactgatttcatagtgccta tggcagcactagaagataaggggaagagctttaccagtgactttgtgttggctagtacaa atttaaaccagttaagcccccccactgtaacaatacctgaagcaattacacgtaggttct ttttagatgtggacttaaagataatgtctgggtatagaacccatgcaggactattggata cagctaaagcactacaagcatgcccagactgtgcaaaaccaccctactataaacagtgtt gcccgctgctatgtggcaaggcagtggttcttcagaaccggcgcacatcagcaagtttat cactcaatatggttgtctcacagttgagagaagaatccaataccagaaagaggatacaca caaacctaaatgctattttccaaggtctgg---------------------------gat cagatgaaactccaggatttatagtagatttgctttcatcatcaaaagaccctagagtta ttgaatattgtgaaaaagaagggttgattgtaaaagctacacactctt---tagaaaaga atttggaatacacacaatattgcttaaattgtttaggcagtttaatactcattttaggaa ccatctatgctatatacaaactactgtgtatttcacagggtgcttacacaggcaatg--- caaatcctgttcccagaaaaccagaacttagaaaagctgttaaacaaggacctgaacatg agtttgtgcattcacttatacgaagaaattgtcatgtggcaacaacatccagaggagact tcaacctgttaggaatacatgacaactgtgcagtcttgccaactcatgctgagtgcggtg atactattctgattgacaatatccaaactagggttatcaagcaacagatcatcacagatt gcaatgatattgacacagagatcacaatagtgtggttagatagaaatgaaaaatttagag acattagaagatttatcccagaacacatagaggagtggagaaacatgaggttagctacca atgtgcctaaatttcccatgatggatgtagaagttggtgatgtttgcccctatggagaaa tcaacctaagtggaaatttaacatgccgactcttaaaatacaactaccctacacaacctg gtcaatgtggagctgtcgttgccaacgtgggcaatatagttgctatccatgttggaggta atggtagggtaggttatggtgctgctctactaaggaagtactttgcagcagttcagggtg agataacatcaaggaaaactgttaaggatgttggcatagcaccaatcaatacacccagta aaacaaaattgtaccctagcgttttctatgacattttccctggtgagaaggaaccagcag ctttgcatgacaaggatccaagacttgatgtggaacttaaagaagcagtaatgtcaaaat ataagggtaacaagaactgccagatgaatgagtatgtgttaactgcagcaaaacactatg cagcccaattattcccattagatattaaccctgaacctataacaatggaacaagctgtgt atgggacagattatctggaaccactagatctcaataccagtgctgggtatccatatgtca cactaggtattaagaagaaagacatattgaatcgcaacaccaaagacttgtctaaactac aacacatgatggacttgtatggtattgatttaccatatatcacctatctaaaagatgaac ttcgaacaccagagaagatcaaatgtggtaaaaccagatgtattgaagcagcaagcatga atgacactgtgtatttccgcatggtgtttgggaatctatacagtactttccacaaaaatc caggtatattaactggctcagctgtagggtgtgatcctgatgttttctggtcacaaatga gagctacaatgggagaaaaca---tactagcctttgactacaccaactatgatggtagtt tagacccaatatggtttgatgctcttaagattgtgttaaatgaattgggttttgatggt- --gaattaactgaaaaactcaaaaagacagtacatgtatacaaggatgagatatacacag tattgggtggcatgccatcggggacttcagggacctccatattcaatactatgatcaaca atatcatcattagaactataactattgaaacttacaggaacatagatctagataaactta aaataattgcttatggtgatgatgtggttatttcctaccccgatccactggatgcatcac acttagctgaaactggctctagatatggtttgactataacacctgctgataaaagtgctg aattcaagcaaattacctgggatactgtcactttcctaaaaagagggttcaaaagtgatc taaaataccctttcttgattcacccagtatacccaatgaaagatgtttttgaatcaatta ggtggaccaaagatccacgtaatacacaagatcatgttaactccctgtgtctactagctt ggcataatgggaagcaacagtatg-atgactttgtccagaaagttcgatccgtccctgta ggtcgaaccttgtacttaccaccatatgagtacttagaaagaagatggatagataaattc -----------------------atat-a---attagat--------------atggta- ------ttcaagttgtt---tagaatt-------gactatcata---------------- ------------------------------------ >GQ223227.1 Human rhinovirus C isolate N4, complete genome -------ttaaaactgagtatgggttgtt-cccacccatactgcctacg-ggcgta---g tactcttgtgctccggtacatttgtacgccagttt-----------------------tt ------------cac-ccc-------------caccccct-------------------- ------aggtaact--cttagaagc-acttgcaca----ca---gacgaatagg-cagcc aacactccacgttg-g----t-caacgtcaagca-cttct-gttt-ccccggtatt--ag gggttaggcttttcaagaggc-tgaagcctgaagtatcgttacccgcgcaattactaagc agagcctagtatca-cttcga-cccttccactggctggtcgttcaatgaga-----aaac cc-actcatagacctggcagatggggctggaaataccccactggcgacagtgttccagcc cgcgtggctgcctgtcccccat---ttt-ggg----------ggaaagccaat-gtaagg acaaggtgtgaagagccgcgtttgctaattgt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatct-taccccacagctattgcatggaagccaccatgtggatagtcgtaacgggcaact gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-ccatt-- ----tattatctcatggtgaca-----ac-gtatacagat-------ta----t-atgtt gtttaccatgggtgctcaggtatctaaacaaaacactggttcgcatgaaagcgcaattaa tgctaataatgggggggtaatcaaatattttaatattaattactatagggactcggctag ttcaggattgaccaaacaagatttctcccaggacccatcaaagtttacccaacccttagt ggacactttgacaaa------cccagcactcatgtctccatcagtgggagcatgtggatt ttccgataggcttaaacagatcactatcggcaactccactatcaccacccaggatgcgct acatactattctagcctatggagaatggcctcaatatctctcagatgttgacgccacctc tgtggataagcccactcatccagaaacatcagcagacagattctacacactagctagtgt tgactggaaggttagctcaaagggatggtggtggaaattacctgatgcactcagagaaat gggtgtattcggccagaacatgtattaccattcaatgggtagatcaggatacatcataca cacacaatgtaatgccactaaatttcacagtggggcactattagtggtgctcatcccaga acatcaactggcttacatcggtggagacaaagtggatgtagcctacaagcatacccatcc aggagagggcggacacactatcggggaaaactcc--------------aacaggggtg-- -acaaccaaccagatgaagaccctttctataattgtaatggtaccttatttggtaatctc accatattcccacaccagattataaacctaaggacaaataactccagtaccatagtagca ccttatatcaattgtcaacccatggacaatatgcttaagcataacaacttgacactattg atagtaccattagtcacacttagagccagcactgatactacaccgg---tggtgtctata actgtaactatagccccttacaaatcagaattttctggcgctatggata----------- --gtca------------------------------gaaa--------cagggtcttccc acccgtatacccagtgggggccaacaattcatgaccacagaagatgaacaatcagctaac ttgctaccaggtttccatcctagtaaaaagattcacatcccaggtatgatcactaatatt ctccatatggctagagtggattctttcatgcctatcaacaatataagaaatcat---gag ggaaagatcagtatatacaacataacagttgtacgtaaaa------ccaacaatggtggc ttgatactcaccatacccttggaaatgaacaacacactcttttccaccactctattaggt gaggtactaaattacttcaccaactggtcaggcagtatcactctaacattcatgtgcgtg tgtgactccttctccacagggaaattcctcttagcatacacaccaccaggtggagctcac cccaaagaccgcaaggaggctatgcttggggtacatgtcatatgggatctaggtctacaa tcctcatgcaccatggttataccctggatgtcatctggtttttaccgtaggacaaaatca gatgagtacacacatgctggttatgtttccctatggtaccagacagattttataccatca tcacaaaccagtca---gggagccattttggtcacttgtagtggatgtccagatttatca gtcagaatgttgcgtgacacacctatgatgaagcaa---actcacaagttgcaaaacaat gat---ccagtggatggctttgtccatgaagttcttaatgaagtagtggtagtcccagat actaaaccttctggaccccagcacacaactagacccagtgctttaggtgcaatggaaata ggtgcatccagttcagtcatcccagaatctttaattgaaaccaggtatgtagtgaatgat aatactaatgaagaggcagagatagaaatgttcttagggagatctgcactgtgggctaac atagacat---gaggg-a------------------------------------------ ------------------------caaatttgccaaatgggatataagcttccaagaaca agcgaacattaggaaaaaatttgaactctttacctacctgcgcttcgatatggaagttac aatagttacaaacaacaaaggct------------------------------taatgca gatcatgtttgttccacctggtcttgaacctccaaatgggaaagacagccgcctttggga ctcagcttctaatcccagtgtatttttccaacccaagagtggattcccacgcttcactat accattcacaggactggcatcagcttattacattttttatgatggttacaccaccagact tgacccctcagacaacaaatatggtatatcgccaactaatgatatggggacattatgctt tagggcgttagatgattcaaccaataacca------------cattaaggtatatattaa gccaaagcacataacagcttggatccccagaccaccaagggcaacagaatacactcatgc atatagcactaattaccactataaagcaccagatgcaactccac------aacaacttg- --agagcagacacttcatgaaattcagaga---------a---caaataaag-------- -----------a------------------atgtgggacctagtgatcaatgtgtacata ccaaggatgcaatatacacttgtgcacacttgacaacgcccaaca------ataacacaa tattgttggcaataacagc------tgacttgcaagtggattcatctgccacacaaggtc cagatcacatacctacatgtgattgcactcaagcttgttactatgcaaaacatgctgaca ggtactatccagtaacactagtagctcatgattggtatgaaattcaagaatctgaatatt atccaaaacacatacaatacaatattttaataggtgagggtccatgtgaacctggtgact gtggagggaaactcctatgcaaacacggggtcatcggtattgttacagcaggaggagaag gccacgtggcattcactgatctacggccctatg---cttgtctcacaatacaccagggga tagtaactgattatgttaaccaactgggtactgcatttggtgatgggtttacaagtaata taaaagatcacctaacaggtctgtgtacatcaattactgataaaatcaccaccagagtca tcaaatggttgatccgcgttattagcgctttaaccatcatgatcagaaattcaacagata cagcaacagtgttagccacattagcactcttagggtgtcatggttcaccatggggctttt tgaaagacaaaatatgccagtggttaaacataccaaaaccaccaactagacaaggagact cttggttaaggaaatttactgagtgttgtaatgcagcaaaagggctggagtgggttgccc aaaagatagggaaatttatcgattggttaaaggaaaaattaatacccactgttcagagga aaagggaaaccttggagcaatgcaagaagatagcactgtatgaggaacaagcacaag--- ---gttttgcccactccgatgctgaggcccaacagcaattgcttgttgaagtatccaaac ttaaaaggggattagatgacttagctccattgtatgccagtgaaaataaaagaataacaa atgttcagaaagaattacaacgcttgtcagcttaccaaaagactcacagacatgagcctg tctgctgcttgatacgtggtactcctggttgtggtaaatcacttgtgacttctgttatag cacatggtctaacaaatgaagcaaac------atatactcattaccaccagatcccaaac attttgatggttacaaccaacaaacagttgtcataatggatgatgttggtcaaaacccag atggtaaggaccttagcatgttttgtcagatggtgtcaactactgagttcattgtaccca tggctagtattgaagataagggtagatcattcacaagccagtatgttttagcaagtacca acctagattcactatccccacctaccatatccataccagaagcaatagggagaaggttct tcttggatgctgatttacaagtcatcagtaaatacaagacatcaaatggtttactggatg tggctaaggctttacaaccttgtaccaagtgccctaaacctgtgcattataaacagtgtt gcccacttctgtgcggtcaagccttagtcctacgtgacaggaggacttcagccagctacc ccctattggcagtggttgagcagctgagaacagagaatgacacacggggcaaggtaaaaa ccaatcttagggcaatattccagggtctgg---------------------------gag atcccacaccacctggttttatagtggatttgttatcaagctcaaaagacccaaaagtaa tggagtactgtgtggaacagggttggatgggaaaggcacactccacca---tagaaagag attttaattatgtccaatatgttttaaattgtttgggtagtctcctaattattttaggaa caatatatgcattatataaattaatgtgcctgacccagggagcctactccggagtgc--- caaaccccacacctaaaaaacctgaacttaggaaagctacattacaaggtccacaacatg agttcatcaaagcacttgtaaagaggaactgccatatacttaccactgagaaaggggagt ttaatttactaggtatacatgataactgtgctgtggtccctacacacgctgagtgtggtg actttgtggacatagatggtaaagtggtgaaggtgcttaaacaacaaattctgacaaaca tggatgatgttgacacagaaataactctcatttggctcgatcaaaacgagaaattcaggg atattaggagattcattccagaacaacagcaggaatggtcacacatgcatcttgcaacca atgtcagtaagttcccaatgctagatgtagaggtagggaatgtggtaccttatggtcaac ttaacctcagtggaaaccccacatgtagattgatgaagtatgattatccaacacgcccag gacagtgtggtggggtcatactcaacacaggaaacattgttgccatccacgtgggtggta atggtagagtggggtatggagcaacactactgcgtaagtattttgcccaggcacagggtg acatagtaaagacagggaaagctaaggatatgggctatcataccatcaacacaccatcaa aaagtaaacttcatcccagtgtgtttcatgacatcttcccagggaacaaggagccagctg cactgaatccaagagaccaccgtctagaaatagatttagataccgcagtattttcaaaat acaaaggtaatatcaatgtggaatggaatgaacacctacaaacagcagtggaccactacg cagcccagctctatgtattggacataaacccagaacccatcaccatggagcaggctgtgt atggtgtgaccaatcttgaaccactggacctcacaaccagcgccggttatccatatgctg ctctaggtattaaaaagagggatattatcaataaaaccactagggatactgttaggctgc aagaaatgctcgaccgttatggtgtggatctaccatacatcacatacctcaaggatgaac tacgtagtccagaaaaaatcaaattgggtaaaacaagagcaattgaagcggccagtctga atgatacagtccaatttagaatgatatttgggaatctgttctctacatttcacgccaatc ctggcatccttacagggtcggctgtcggatgtaatcctgacattttctggtcacagctct atgccatgctagatgggaatc---tgctagcttttgattatacaaactatgatggtagtc tgcacccaatatggtttgaggcattagggaaggttttagatcagatagggtaccctggt- --aatttaatgaaaaaactgtgcaacactacccacatatacaaagatcaagtgtacatgg ttgagggtggaatgccatctggcatatgcggtaccagtatttttaacaccatgattaata acataataattagaactttgattctagaaacttatagaggtattgatctggataaactca aaatgatcgcatatggggacgacgtgattgcttcatacccagagaagcttgatcctaaag agttatccataactggagcaaaatatggtctcaccataactccagcagacaaatcagata agtttagtgaaaccacctgggataatatatcttttctcaaaaggaaattcaaaccagaca ctaaataccccttcctcattcatccaatctattcaatggatgatgtctgtgaatcaatca gatggactagggacccaaagaatactgaagaccatgtgcgctcactgtgtcaactggctt ggcacaatggcaaagaggtctatg-aagatttcatccaaaagatcaagacagtagaagtt gggaggactctaaatttaccaccttatttatatctgtaccacaggtggatagacaatttt -----------------------atttag---at---------------caatatagta- ------tactgtttact---gtagaac-------atgtataatac--------------- ------------------------------------ >DQ473496.1 Human rhinovirus 49, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatctcccaaagggagtg---g aactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------at cc----------tcc-ccc--------------acccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagc-t-tttcac------aa-agaccaatagt-tggta atcat-ccagatta-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg ttgatatgctctaac-agggc-aaaaacaactgcgatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcctagtaaca-cctttg-aa-attgtttggttggtcgttccgcca------ttttc cc---tggtagacctggcagatgaggctagaaacaccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tgtg-ggt----------gtgaagccaaa-taatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctgcagctagagcacacaagccagtgtgtatctagtcgtaatgagtaatt gcgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ctt--a- ----taattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--agta----tatatat tgacaccatgggcgcacaggtatctaggcaaaatgttggaactcattctacacaaaactc cgtatcaaatggatctagtttgaactatttcaacatcaactactttaaagatgctgcttc taatggcgcatccaaattggagtttactcaagaccctagcaaatttacagaccctgttaa agatgtattagagaaaggaataccaacactacaatcacccacagtcgaggcttgtggata ttcggatagaatcatacaaatcactagaggagattcaacaataacttcacaagatgtggc aaatgctgttgttgcatatggtgtttggccacattatctatcctccaaagatgcttctgc aattgacaaaccttctcgtccggatacatcttctaatagattttatactttgaagagtgt gacttggaccaactcttcaaaaggttggtggtggaaattgccagatgcactgagagaaat gggcatctttggtgaaaacatgttttatcactatttgggcaggagtggttacacaataca tgtacagtgcaatgctagcaaattccatcaaggcacgttaatcgttgcactaatacctga acaccaaattgcaagcgcccttcatggtgatgtgaatgttggttataactttacccatcc aggagaaacgggaagggaggtcaaaagtgacaggagc-----------atgaacctta-- -atttgcaacccactgaagagtattggcttaattttgatggaacactactcggaaatatt actatatttccccatcaatttattaacttgagaagcaacaactctgctacaataattgct ccatatgtcaatgcagtccctatggactcaatgcgcagccacaacaactggagtctggtg ataatcccaatatgccctcttgaaaca---tcaagtaccgttaaca---caatacctatc acaatatcaataagtcccatgtgtgcagagttctctggtgcgcgtgctaa---------- --------------------------------------ga------gtcagggtttaccg gttttcatcacgccagggtcaggccagtttctgacaacagatgactttcaatccccatgt gcactcccttggtatcacccaaccaaagaaatctctattccaggtgaggtaaaaaattta gttgaaatatgtcaagtagatagtttagtgccaataaataatactgaaaataac---atc actaatgaaaacatgtattcggttgtgctgcaatcaacagttggag------aaccagat aaaatcttttctatcaaaacagatgtagcctctcagccattagctactactctaattggt gaaatatccagttattatactcactggacaggaagtctccgcttcagcttcatgttctgt ggcacagccaataccactgttaaactcttgttagcctatacgccacctggcatcgcagaa cctactacaagaaaggaagcaatgttaggtactcatgtaatatgggatgtaggtcttcaa tctacaatatcaatggtggtaccatggatcagtgctagtcactacaggaacacatcacca ggtacat---ctacatctggatacataacatgctggtatcaaactaggctagtaattcca cctcaaactccagccacagctaggttattatgttttgtatcaggctgtaaagatttttgt ttacgcatggctcgggacactaatttgcatttgcagagtggggtaatagaacaaaat--- ------cctgttgaacactacatagatgaggtccttaatgaggttttagttgttccaaat attaatagtagtcaccccacgacatcaaactctgctccagcattagatgctgcagaaaca gggcacactagcaatgtgcaacctgaagatgtcattgaaaccagatatgtacagacatca caaacaagagatgaaatgagtttagagagttttcttggtaggtcagggtgtatacatgaa tccaaactagaggtca-cacttaca----------------------------------- -aattacaatga---------aaataatttcaaagtatggaacatcaatttgcaagaaat ggcccagatcagaagaaaatttgaactgtttacttacactagattcgattctgaaataac cttggttccatgcatttctgcacttagcaagg------atattggacacattacaatgca atacatgtatgtgccgccaggtgcacctgtaccaaagagcagagatgattatgcatggca gtctggcactaatgcatctgttttctggcaacatgggcaagcatacccaagattttctct accctttttgagtgtagcttcagcttactacatgttttatgatggatataatgaacaggg ccaa------------aattatggtacggtaagtacaaacaacatgggatcattatgctc taggatagtaacagagaaacacattcacagtatgcatatcatgacaagaatctatcataa agctaaacacgtcaaagcatggtgtccgcgcccacccagagcacttgaatatactcgcgc tcaccgtactaatttc------aaagttgaagacag---------------------ag- --acattaaaacaggaatcacatccagagc---------a---attattaca-------- -----------aca------------------gctggtcctagtgatatgtatgttcatg ttggtaatcttatctatagaaatttacatctcttcaattctgaaa---tgcatgaatcta tactggtatcttattcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacaccataggtg atgattatatcccctcttgtgattgcacccaggctacatattactgtaaacataaaaata gatatttcccaatcacagtgacaagccatgactggtatgaaatacaggaaagtgaatact accccaagcatatacaatacaatttactaattggtgagggcccttgtgaaccaggtgatt gtggtgggaaattgttatgtaaacatggtgttattggtatagtaacagctggtggtgata atcatgtggcttttattgatcttagacact------ttcactgtgctgaggagcaagg-- -aattacagattacatacacatgttaggtgaagcatttggaaatggatttgtagatagtg taaaagaacatatacatgccattaatc------cagtaggaaatgttagtaaaaagatca tcaaatggatgctgaggataatatcagcaatggttataataataaggaattcctctgatc cacaaactatattggcaacactcacgctaattggatgttctggttcaccatggagatttt taaaggagaaattttgcaaatggacacaactcaattatatacataaagaatca---gact catggttgaaaaaatttactgaagcatgcaatgcagccagaggacttgagtggataggga ataaaatatctaaattcattgaatggatgaaatcaa---tgctcccacaagcacaactta aggtcaagtacttaaatgaactcaaaaaattgagcttgtatgaaaaacaagttgaaa--- ---gtcttagagtagcagatgtaagaacacaagaaaagattaaaatggaaattgataccc tacatgacttatcatgcaaatttttaccattgtatgcaggtgaagcaaaaaggataaaga cgttacatattaagtgtgataacattat------caaacaaaagaaaaggtgtgaaccag tggctatagttatccacgggccacctggtgctggaaaatcaataacaacaaattttttag ctaggatgataactaatgatagtgat------atatactctttacccccagatccaaaat attttgatggctacgatcaacaaagtgtggtgataatggatgatatcatgcaaaatccag ctggggatgacatgactctattctgtcaaatggtttccagtgtcacgttcataccaccaa tggctgatttaccagataagggcaaggcctttgactctaggtttgtattatgcagcacaa atcactctcttttagcaccgcctacaataacctcactgcctgctatgaacagaagattct ttttagacttagacataatagtacatgataatttcaaggattcacagggtaaacttaatg tagcagcagccttccaaccatgtaatgtggacaataaaattgggaatgctcgt---tgtt gcccatttgtgtgtggaaaggctttttctttcaaagatcgcaattcttgcaataaataca ccctagcacaagtgtacaacataatgcttgaagaagacaaacggaggagacaagtggttg acgtcatgtcggccatattccaaggaccaattgaca---------------------tga aaaacccaccaccacctgcaattactgatttactccagtcagttaggactcctgaggtta tcaagtattgtgaagttaatagatggataattccagcagaatgtaaaa---tagagaagg aattaaatttagccaatacaatcataacaatcattgccaatgttattagtatagcaggta ttatatacgtcatctacaaactcttctgtacactacaaggaccatattcaggggaac--- ctaaacctaaaactaaagtcccagaa---agacgtgttgtggcacaggggccagaggaag aatttggaatgtctttgattaagcacaactcatgtgtgattacaacagagaatggaaagt ttacaggccttgggatatatgacaagtttgtggttgtaccaacacatgcagatcctggga aagaaattcaggttgacggcataactacaaaagttgctgactcatatgatttatataata aagatggaataaagttagaaataacagtcttaaaattagataggaatgaaaagttcagag acattagaaaatacataccaaataatgaggatgactaccctgactgcaacttagccttgt tagcaaatcaacctgaacccactataatcaatgttggagatgttatatcctatggcaaca tactgcttagtggtaaccagacagctagaatgctcaaatacagctatccaactaaatctg ggtactgtgggggtgttttgtataaaattgggcaagtgcttggaatacacgtaggaggaa atggtagagatggattttcagctatgttgcttagatcttactttactgatgtgcaaggcc aaataatctcatcaaagaaaactagtgaatgtaatcttcccagtatacataatccatcca aaacaaaattgcagcccagtgtcttctatgatgttttccctggttcaaaagaaccagctg tgttgtctgagaaagatacacggcttcaggttgactttaatgaagcattattttctaaat acaaaggaaacacaaactgctttatgaatgatcacataaggattgcatcttcacactatg cagctcaattaatcactttagatattgacccaagtcctatcacccttgaagatagtgttt ttggtactgatggattagaggctcttgacctaaatactagtgcaggatttccttacatta caatggggataaagaagagagatttaataaataacaaaaccaaagacataagtaaactta gggaagcaattgacaagtatggagttgacttgcctatggttactttcttaaaagatgaac ttagaaaacatgagaagataatcaaaggcaaaactagagttattgaagctagtagtgtga atgatactttgctgttcagaacaacttttgggaatcttttttcaaaatttcatctaaatc ctggaattatcactggatcagcagtcgggtgtgacccagaaactttctggtcaaagatac cagcaatgttagatgataagtgtattatggcttttgattatacaaattatgatggtagta tacaccctatttggtttgaagcccttaaacaagtattgatggatttatcctttgatcca- --atgttaatagatagattatgcaaatccaaacacatctttagaaacacatactatgagg ttgaaggaggtgttccatctggatgttcaggtactagtattttcaacactatgattaata atattattataaggaccttagtgttagatgcatataaaaatatagatttagacaaactta agataattgcctatggtgatgatgttatattttcatacacacatgaattggacatggaag ctatagcaatagagggtattaaatatggtctaaccataacccctgctgacaaatctacca cttttgtaaagttaaattacaataatgtcacctttttgaaaagaggattcaaacaagatg agaaatacaacttcttgatacaccccacctttcctgagagtgaaatatttgaatctatca ggtggacaaagaaaccttcacagatgcacgagcacgtactatctctgtgtcgcttaatgt ggcacaatgggcgtgatgcgtatg-aaaagtttgtggagaagatacgcagtgtgagcgct ggtcgcgcactgtacatccctccatataacttgcttttgcatgagtggtatgaaaaattt taaac-------tg---------atatag---aa-------------------atattaa --act-gttagtttat------------------tagttttac----------------- ------------------------------------ >KY369875.1 Human rhinovirus A98 strain SC176, complete genome -------ttaaaactgggtctaggttgtt-cccacctagatctcctacacggagtt---g tactctattattccggtaattttgtacgccagtttt----------------------aw -a----------tcc-ctt-------------c-cccc---------------------- ------acgtaac----ttagaagt-t-tgacac------ac-tgaccaatagg-cggca attaa-ccaaattg-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtcaa--ga ttgatacgctctacc-agggc-gaaaacagtcgagatcgttatccgcaaagtgcctacgc gaagcttagtaaca-tcttga-ag-aatttatgactggtcgctccgcca------t--ta cc-catggtagacctggcagatgaggctagaaactccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ttacg-ggt----------gtgaagccata-catttg acaaggtgtgaagagcctagtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacccgtagctagtgcacacaagccagtgtgtagctagtcgtaatgagcaatt acgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ctttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-g--------at----------tatatat tgacaccatgggcgctcaagtctccagacagaatgttggcactcattcaacccaaaactc tgtttcaaatggatccagtttaaactatttcaacataaactatttcaaggatgccgcttc aagcggtgcatcaaagttagagttctcacaggatccaagtaaatttactgacccagttaa ggatgttttggaaaagggaataccaactttgcaatcacctacagtggaagcttgtggtta ctcagacagaataattcagataactagaggagattcaacaataacatcacaagatgtggc aaatgctgttgtaggttacggtgtttggccacattacttgacagcacaagatgcaactgc catagataaacctacacaaccagacacatcctcaaacagattttacacacttgagagtaa attgtggcatgaaacgtcaaaaggctggtggtggaaattacctgatgcactgaaagatat gggtatatttggtgaaaatatgtactatcacttcctaggaagatcaggatacactgtaca tgtacagtgtaatgcaagtaaatttcatcaaggcacattgttaattgctatggtaccaga acatcaactagcaagtgcaagccgtggtaatgttgctgcgggatataattttacacaccc cggggaacttggaagagtagttggacaagctagaact-----------cagaatagtg-- -aaaatcagcctagtgatgataattggttgaactttgatggcactttcctcggaaacttg ttaatatacccacatcaattcatcaatttgagaagtaataactcagcaacaattattgtt ccttatgtaaatgctgtgcccatggactcaatgttaagacataataattggagtttatta ataattcctgttagccctctgaaaagtgaccaagcatcaa---tta---gagtaccaata acaatctcaattagtccaatgtgtgctgaattttctggagccagagcaagaccaa----- -ctgct------------------------------gcag------cgcaaggtctccca gtttatattacaccaggatctggacaatttatgaccacagatgatttgcaatctccatgc gctttgccatggtatcacccaaccaaggagattttcataccaggtgaggttaaaaacctt attgaaatgtgccaagttgatacactcattccagtcaacaacacaattgcaaat---ttg cgtaatgtcaataagtatgctgtatcattatctagtcagactgatt------ttgccatg gaaatatttgccattagggtagatgtggcctctcaacccctctcaagtacacttttaggt gaaatatgtagctactacacacattggacaggtagtctacgttttagcttcatgttctgt ggtacagccaacacaacactcaaaatacttattgcttatacaccaccaggaatcaagaaa cctgagaacaggaaacaagccatgttaggcacacatatagtgtgggatgtgggattgcag tcaacagtctccttggttgtcccttgggtcagtgctagtcattttagatatacaactcca gatacatactctgcagcaggttacataacctgttggtaccaaacaaattttgtgttccca ccaaatacgccaaacagtgctgacatgttatgttttgtttctgcatgcaaagatttttgc ttgcgcatggctagagatactgacatgcacgttcaggaagtgccaatagaacagaat--- ------cctgtagagagatatgtagatgaagtattaaatgaggtgttagttgtcccaaac attagagagagccatccagccacatccaattcagctcctgcattagatgcagcagaaact ggacacactagtggaatacaacctgaggatactatagaaacaagatatgtacagacatca cagactagagatgagatgagcattgaaagttttctaggtagggctggttgcatacatgaa tccaccattacaatcc-aaaacaatgta-------------------------------- -gagtataatga---------ccatcattttagacaatgggatataacactgcaagaaat ggcacaaattcgcaggaaatttgaattctttacctatgttagatttgattcagaagttac cctagttccttgcatagctggcaagggagctg------acattggacacattgttatgca atttatgtatgtcccacctggtgcacccaaacccaaaaagaggaatgattatacctggga atcaagcacaaacccttctatattctggcaacatggtcaagcctatccaagattttcttt accattcttgagtattgcatccgcttactacatgttctatgatgggtatgatggtgatgc gcct------ggatcaagatatggaacttcagtcactaaccacatgggcaccttatgctc aagagtagttacaggtaaacaagaacacccagttgaaatcaccacacgtgtgtatcataa agcaaaacatatcagagcatggtgtccgcgcgcacctagagctgttccatacacacacac tagatcaactaattat------gtacctcaagatgg---------------------tg- --agccaacaatctttctcaagcacagaaa---------a---gatcttgtg-------- -----------aca------------------gctggacccagtgacatgtatgtacatg ttggtaacttaatatacagaaatttgcacctctttaactcagaaa---tgcatgattcta ttttggtctcatattcttc------tgatctagtcatataccgcacaaacacaataggtg atgactatatcccaacatgtgactgtacagaagctacatattactgtaaacataagaata gatattacccaatcaaagtaactagtcatgactggtatgaaatacaagaaagtgagtatt atcctaagcacatacaatacaatcttttgattggggaagggccatgtgaaccaggtgatt gtggagggaaattattgtgtaaacatggagttattggaataatcactgctggtggagagg gacatgtggcatttattgatcttagacatt------tccattgtgctgaggaacaagg-- -tataactgattacattcacatgcttggtgaagcttttggtgcaggttttgttgatagcg tcaaggatcaaataaacgccatcaatc------ctattaacaatattagcaagaaaataa tcaagtggctccttagaattatatcagctatggtgataataattagaaactcatctgacc cacagacaatcatagctactttaactttaattggttgttcaggttcgccttggagattcc tcaaggaaaagttctgtaaatggactcaacttaattatattcacaaggaatct---gatt catggctcaaaaaatttacagaaatgtgcaatgcagcaagagggctagagtggattggta acaagatatccaaattcatagattggatgaagtcaa---tgctgccgcaagctcaactaa agattaaatacttgagtgaattaaagaaattaaatcttcttgaaaagcaaatggaat--- ---atcttagagttgctgactctcaaactcaagaaaaaattaaacatgaaattgatactc tccatgacctttcgtgcaagttccttccattgtacgcaagtgaggcaaaaagaataaaga ttttacataatagatgtagtacaattat------caagcagaagaaaagatgtgagcctg ttgctgttgttatacatggtgagccaggcactggtaaatctatgactacaaacttcttag ctagaatgataactaatgacagtgat------atatattccctacccccagatcctaaat attttgatgggtatgaccaacaaagtgtggttatcatggatgatgtgatgcagaacccaa gtggagatgacatgaccctgttttgccaaatggtttctagtgttacatttataccaccta tggctgatttaccagataaaggaaaaccctttgattctagatttgtactgtgcagcacta atcataatctattagcacctcctacaataacctctttgccagcaatgaacagaagattct tccttgatttagatataatagtgtgtgacaaatacaaagatccacaaggaaagctgaatg tatctgctgcttttaaaccatgtgatgttgatacaaaaattggaaatgctaaa---tgct gtccctttatatgtggaaaagctgtcatctttagagatagaaatacatgccagacataca cattatcgcaagtatataatcaaatacttgatgaagacaaaagacgcagacaagttgtgg atgtgatggcagcaatatttcagggcccaatcacac---------------------ttg aaggaccaccaccagcagcaataagtgatcttctacaatcagttaggactccagaagtaa tcaaatactgtgaggataacaaatggataataccagcagaatgtaaga---tagaaagag atttaaatatagcaaacactattattacaattattgcaaacattattagcatttctggta ttatctatgttatatacaaacttttctgtacactccaaggaccatactcaggtgaac--- ctaaacccaaaactaagataccagaa---agaagggtggtggcacagggtcctgaagaag aatttggtagatcacttattaaacacaactcatgtgtggttactacctcaaatggcaaat ttacaggtctaggaatttatgataggacattaattataccaacacatgcagatccaggca aagaggtacaaatagatggtattacaactgaagtgcaagactcttatgatttatacaata aagatggcataaagctggaaattacagttcttaaactcaaaagaaatgaaaagtttaaag acattaggaaatacattcctgaaaatgaagatgattatccagattgcaacttagctttat ctgccaatcaaccagaaaccacaatcattaatgtaggagatgtagtgtcatatggaaata ttctacttagtgggaatcaaacagcaagaatgcttaaatacaattatccaacaaaatcag gatattgtggtggaattttgtacaaaattggccaagttttgggtattcatgttggtggta atgggagagatggatttgctgcaatgttactaagatcatattttacagagacacaaggcc aaatcgttaccaccaagtctactattgagtgtaacctacctagtattcacacacctagca aaaccaagctacaacctagtgtattttatgatgttttccctggtagcaaagaaccagctg tgctctcagaacatgatcccagattagaagttgatttcaaacaagctttattttcaaagt ataaaggcaataaccagtgtgaaatgaatgaacacattaaagtggcagtatcccattatt cagcacaattaatgacactagatattgactcaaatccaatttcactggaagatagtgtct ttggtacagaaggtctagaagcacttgatcttaccactagtgctggatttccctatgtgt ctatgggcatcaagaaaagagacttgatcaacaaacaaacaaaagatatcacaaaactta agatggcattagataaatatggtgttgatctgcccatggtcacattccttaaagatgaac ttaggaaaaaggagaagatctctgctggaaagacacgtgtcattgaggctagcagtgtga atgatactgtactatttaggacaacttttggaaatcttttctcaaaatttcacttaaatc ctggaattgttaccggttctgcagtggggtgtgatccagaaactttttggtcaaaaatac cagtaatgttagatggtgaatgtataatggcatttgattatacaaattatgatggtagca tacatccaatttggtttcaggcccttaaggaagtactgtctaatttaggatttcaagct- --aatctaatagatagattatgcaagtcaaaacatatctttaaaaacatatattatgaag ttgaaggaggggttccatcgggatgttctgggacaagtatattcaacacaatgattaata atgttattattaggacattagttttagatgcatacaagaatattgatttagataaactaa agataatagcttatggagatgatgttattttttcctataagtatcaactagatatggaag caattgctaaagagggtgttaaatatggtcttaccataactccagctgataaatcaagtg agtttaagaaattggattacagtaatgtgactttcctgaaaagagggttcaaacaagaca gcaaatactcattcttgatacatccaacttttccaattgatgaaatccaagagtccatac gttggacaaagaaaccatctcagatgcaggaacacgtcttatcgctgtgtcacttaatgt ggcataatggtagggatgtgtata-agcagttcgagcaaaagatacgcagtgtgagcgct ggccgcgcactgtatatccctccttatgacctgcttctgcacgagtggtatgaaaaattt taagt-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >X02316.1 Human rhinovirus 2, complete sequence -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatttcccacagggagtg---g tactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------at ------------ctc-cct-------------tccccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-tttcac------aa-agaccaatagc-cggta atcag-ccagatta-c----t-gaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgcgatcgttaaccgcaaagcgcctacgc aaagcttagtagca-tctttg-aa-atcgtttggctggtcgatccgcca------tttcc cc---tggtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaaa-caatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagagcacgtaacccaatgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-cttta-- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-c--------aa--ta------tatatat tggcaccatgggtgcacaggtttcaagacaaaatgttggaactcactccacgcaaaactc tgtatcaaatgggtctagtttaaattattttaacatcaattatttcaaagatgctgcttc aaatggtgcatcaaaactggaattcacacaagatcctagtaaatttactgacccagttaa ggatgttttggaaaagggaataccaacactacagtcccccacagtggaggcttgtggata ctctgataggattatacagattaccagaggagattcaaccataacctcacaagatgtggc taatgctatcgttgcgtatggtgtttggccacattatctatcctccaaggatgcctctgc aattgataaaccctctcaaccagatacatcttctaatagattttatactctaaggagtgt gacctggagcagttcctcaaagggttggtggtggaaactacctgatgcactcaaggacat gggtatttttggtgaaaacatgttttatcattacctgggtaggagtggatacacaataca tgtgcagtgtaatgctagtaaatttcaccagggtacactaattgttgctctgatacctga gcatcagattgcaagtgccttacatggcaatgtgaatgttggttacaactacacacaccc aggtgaaacaggcagggaagttaaagctgagacgaga-----------ttgaatcctg-- -atctacaacctactgaagagtattggctaaactttgatgggacactccttggaaatatt accatattccctcatcaatttatcaacttgaggagtaataattctgccacaataattgcc ccttatgtcaatgcagttcctatggattcaatgcggagccacaataattggagtttggta ataataccaatatgtccccttgagaca---tcaagtgcaattaaca---caatacctatt acaatatctataagccccatgtgtgcagagttttccggcgcgcgtgccaa---------- --------------------------------------gc------gtcaaggattacca gttttcatcacaccaggttcaggacagtttttgacaacagatgatttccaatccccatgt gcacttccctggtatcacccaactaaggaaatttctattccaggtgaggttaaaaatttg gttgaaatttgtcaagtagacagcctagtaccaataaataacactgacacctac---atc aatagtgaaaatatgtattctgttgtattgcaatcatcaattaatg------caccagat aagatcttctctattcgaacagatgttgcttcccaacctttagctactactttgattggt gagatatctagctatttcacccactggacagggagtctccgtttcagcttcatgttttgt ggtactgccaacactactgttaagcttttgttggcatacacaccacctggtatcgcagaa cccaccacaagaaaggatgcaatgctaggcactcatgttatatgggatgtggggttgcag tctacaatatcaatggtagtgccatggattagcgctagtcattatagaaacacatcacca ggtagat---ctacatctgggtacataacatgctggtatcagactagattagtcattcca cctcagaccccaccaacagctagattgttatgttttgtatctgggtgcaaagacttttgc ttgcgcatggcacgagatactaacctacacctgcaaagtggtgcaatagcacagaac--- ------cctgttgagaattatatagatgaagttcttaatgaagttttagttgtcccaaat attaatagtagtaaccccacaacatcaaattctgccccagcattagatgctgcagaaaca gggcacactagtagtgttcaaccagaggatgtcattgaaactaggtatgtgcagacatca caaacaagagatgaaatgagtttagagagttttcttggcagatcaggatgcatacatgaa tctaaattagaggtta-cacttgca----------------------------------- -aattataacaa---------ggagaattttacagtgtgggctattaatctacaagaaat ggctcaaattagaaggaaatttgaattgttcacctatactaggtttgattctgaaataac cctagttccatgcatttccgcccttagtcagg------acattggacacatcacaatgca atacatgtatgttccaccaggtgcaccggtgcccaatagtagggacgattatgcatggca gtctggcactaatgcctctgttttctggcaacatggacaggcttatccaagattttcctt acctttcctaagtgtggcatctgcttattacatgttttatgatgggtatgatgaacaaga tcaa------------aactatggtacagcaaacacaaataacatggggtcactatgctc taggatagtaacagagaaacacattcataaagtacatataatgacaagaatctatcacaa ggctaaacatgtcaaggcatggtgtccacgcccacccagagcgcttgagtatactcgtgc tcatcgcactaatttt------aaaattgaggatag---------------------ga- --gtattcagacagcaattgtgaccagacc---------a---attatcact-------- -----------aca------------------gctggccccagtgacatgtatgttcatg taggtaaccttatttatagaaatcttcatcttttcaactctgaga---tgcatgaatcta ttttggtatcttattcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacactgtaggtg atgattacattccctcttgtgattgtacccaagctacttattattgcaaacataaaaata gatacttcccaattacagttacaagccatgactggtatgaaatacaggaaagtgagtact atcccaaacacatacagtacaatttgttgattggtgagggcccttgtgaaccaggtgact gtggtggaaagttgctatgcaaacatggtgtcataggtatagtaacagctggtggtgata atcatgtggcttttattgaccttagacact------tccattgtgctgaagaacaagg-- -ggttacagattatatacatatgctaggagaagcatttggaaatggatttgtggatagtg taaaagaacatatacatgccataaacc------cagtaggaaatatcagcaagaaaatta ttaaatggatgttgagaataatatcagcaatggtcataataattagaaactcttctgacc cccaaactatattagcaacactcacactgattgggtgttctggatcaccctggagatttt taaaggaaaaattctgtaaatggacacagcttaattatatacacaaagaatca---gatt catggttaaagaaatttactgaagcatgcaatgcagctagagggcttgaatggataggga ataagatatctaaatttattgaatggatgaagtcga---tgctcccgcaagctcaattga aggttaagtacttaaacgagcttaaaaaactcaacctatacgaaaagcaagttgaga--- ---gcttgcgggtggctgacatgaaaacacaagaaaaaattaaaatggaaatagacactt tacatgatttgtcacgtaaatttctacctttgtatgcaagtgaggcaaaaaggataaaaa ccctatacattaaatgtgataatatcat------caagcagaagaaaagatgtgaaccag tagctatagttattcatggaccacctggtgctggcaaatctataacaacaaatttcctgg ccaaaatgataactaatgatagtgac------atatactctctacctcctgatccaaaat attttgatggttatgaccaacagagtgtagtaataatggatgacattatgcagaatccag ccggggatgacatgacactgttctgccaaatggtttctagtgttacatttataccaccaa tggctgatctaccagataaaggcaaggcttttgattctaggtttgtattatgcagcacaa atcattcccttctaacacccccgacaataacttcactacctgcaatgaatagaagatttt tcctagatttagatataatagtacatgataacttcaaagatccacagggcaaacttaatg tggcagcagcgtttcgaccatgtgatgtagataatagaataggaaatgcacgt---tgtt gtccatttgtgtgtggaaaagcagtttctttcaaagatcgtaactcttgcaacaaataca gccttgcgcaggtgtacaacataatgattgaagaagacagacggagaagacaagtggttg atgtcatgacagctatattccaagggccaattgata---------------------tga aaaacccaccaccacctgctattactgacttgctccagtctgttagaacccctgaagtta ttaagtattgtgagggtaatagatggataattccagcagaatgcaaga---tagaaaagg agttgaacttggctaacacaatcataacaatcattgcaaatgttattggtatggcgagaa taatatatgttatttacaaacttttttgcacattacagggaccatattcaggagaac--- caaagcccaagactaaaatcccagaa---aggcgtgtagtaacacagggaccagaggagg aatttgggatgtctttaattaaacataactcatgtgttattacaacagaaaatgggaaat tcacaggtcttggagtatacgacagatttgtggtcgtaccaacacatgcagatcctggaa aggaaattcaggttgatggtataactacaaaagtcattgactcatatgacctatacaaca agaatgggataaagctagaaataacagtacttaaattagatagaaatgaaaaatttagag atatcaggagatatatacctaacaatgaagatgattaccccaattgcaacttagcactgc tagcaaaccagcctgaaccaactataatcaatgttggagatgttgtatcctatggcaata tactgctcagtggcaaccaaacggctagaatgcttaaatacagttacccaactaaatctg gttactgtggaggtgtcttatacaaaattgggcaagtgcttggaatacatgttgggggca atggtagggatggtttctcagctatgttactcagatcctatttcactgatgttcagggcc aaataacgttatcaaagaagaccagtgaatgtaacctacccagtatacacaccccatgca aaaccaaattgcagcctagtgttttctatgatgtattccctggttcaaaagaaccagctg tgttgtctgaaaaagatgcccggttacaagttgatttcaatgaagcactattttctaaat acaaagggaatacagattgctccattaatgaccacataagaattgcatcatcacattatg cagcacaactcattaccttagatattgacccaaaacctattacacttgaggacagtgtct ttggcactgatggattagaggctcttgatttgaacactagcgcaggatttccatatattg caatgggagttaaaaagagagatttaataaacaacaagaccaaggatataagcaaactta aagaagcaattgacaaatacggagttgacttacctatggtcaccttcttgaaagatgaac tcagaaagcatgaaaaggtaattaaaggtaaaactagagttattgaagctagtagtgtga atgataccctattatttagaacaacttttggcaacctcttttcaaagttccacttgaatc ctggaattgttactggatcagcagttggatgtgatccagaggtgttttggtcaaaaatac cagcaatgttggatgataaatgtattatggcttttgattatacaaattatgatggtagta tacaccctatttggtttgaagctcttaaacaggtactggtagatctatcatttaatcca- --acattaatagatagactatgcaagtctaaacacatcttcaaaaatacatactatgaag tggagggaggtgtaccatctgggtgttcaggtactagtatttttaacactatgatcaata atattatcataaggaccttagtgttagatgcatacaagaatatagatctagataagctta agataattgcctatggtgatgatgtcatattctcatacatacatgaactggacatggagg ctatagcaatagagggtgttaaatatggtttgactataactcctgctgataaatctaaca catttgtaaaattagactatagcaatgttacttttttaaaaagagggtttaagcaagatg agaagtataactttctaatacatccaactttccctgaagatgaaatatttgaatccatca gatggacaaagaaaccatcacaaatgcatgaacatgtgttgtctctgtgtcacttaatgt ggcacaatggacgtgacgcataca-aaaaatttgtggagaagatacgcagtgtaagcgct ggtcgtgcactgtacatccctccgtatgatttgcttttgcatgagtggtatgaaaaattt taaag------------------atatag---aa-------------------atagtaa --act-gatagtttat------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >MN306057.1 Human rhinovirus A25 strain SC9585, complete genome -------ataaaactgggtccaggttgtt-cccacctggatctcctacatggagtt---g tactctattattccggtaatcttgtacgccagtttt----------------------at -a----------tcc-cct-------------a-cccc--t------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-t-aaacac------ac-agaccaatagg-cggtg gctat-ccaggtca-c----t-aatggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ga ttgatacgctctaac-agggc-gaaaacagtcaagatcgttaaccgcaaagtgactacgc aaagcttagtaata-ccttga-ag-agtctatggctggtcgttccgcta------t-aac cc-cctagtagacctggcagatgaggctagaaacaccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tttcg-ggt----------gtgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagcgtatgtaatccaacatattgctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-cttt-t- ----attttgcttatggtgacaa-tatat-a-t------------agta----tatatat tggcatcatgggcgcacaagtgtctagacagaatgttggaactcattctactcaaaactc agtttcaaatggatcaagtttaaattactttaacataaattattttaaggatgctgcatc cagtggagcttcaaaacttgaattttcacaagatcctagtaaattcactgacccagttaa agatgtcctagagaaaggaattccaacattacaatctccaactgtggaagcatgtggcta ttcagatagaataatacaaattacaagaggtgattccacaataacatcacaagatgtggc taatgcagttataggttatggagtctggccacattacttgagtgatgaggatgctactgc tattgacaaacctacacaaccagacacttcatctaacagattttacactttggaaagtaa aatatggcatactgactccaagggatggtggtggaagttgccggatgcacttaaagatat gggaatatttggagaaaacatgtactatcactatcttggtaggagtgggtacacagtaca tgttcagtgcaatgctagtaaattccatcaaggaacgctactggtggtgatgataccaga gcaccagttagcaaatgcaaattctactaaagcaggagccgggtataattacacacatcc tggtgagcggggaagacaagttggtgatccacgcaca-----------aacatcactg-- -gagcacatcctagtgatgataactggctcaattttgacggcacaatgctaggtaatgtc ctgatattcccacatcaatttattaatcttagaagtaacaactctgcaacaataatagtc ccttatgtaaatgctgttccaatggattcaatgctcagacacaacaactggagcctggtg ataataccaattagcaagttgcaagctgataatactgctagtgtta---cagttccaatc actatatcaataagcccaatgtttgctgaattttctggagcacgagcaagacctacaa-- -gagct------------------------------gtta------cagaaggcttacct acacatataacaccaggttcaggtcagtttatgacaactgatgattttcaatcaccttct gcattaccatggtatcatccaactaaagaaattttaattccaggagaagttaaaaattta atagaaatgtgtcaggttgatacacttatacctatcaataacttagaaaataac---tta aggaaagttaatttatacacagttgaactaaccaatcagacaacac------cagcaaaa aagatcttctctattaaagtggatattgcctcacaacctttagcaaatactatgcttggt caaattgctagttatttcacacactggactggtagtttacgctttagttttatgttttgt ggtacagcaaatacaactcttaaattacttctagcatacacaccaccaggcattggggaa ccaacagataggaaacaagctatgcttggtacacatatagtctgggatgttggattacaa tcaacagtatctttggttgttccgtgggttagttctagtcactttagatacacctctaga gatgaacactcagcagcaggatacataacatgctggtaccaaacaagtcttgtctttcct ccaagcactcctggtacagctgatatgttgtgttttgtatcagcttgtaaggacttttgt ttacgcatggctagggacacagacatgcacactcaaaatgatgccattgaacaaaat--- ------ccaattgaaaattacgtggatcaagtgcttaatgaagttttagttgtaccaaat attaaagagagtcaccctagtacatcaaactctgccccaattttagatgctgctgaaact ggacacactagtaatgtgcaaccagaggacactattgaaacccgctatgtccaaacctca caaactagagatgagatgagcattgagagtttccttggtagatcaggatgtgtacatacc tcaacaattgaaacga-cgcccagg----------------------------------- -------cacaa---------agacagattcaaaacatggaatattaatcttaaagagat ggctcaaattaggagaaagtttgaaatgtttacatatgtaagatttgactcagaaataac cttagtcccatctattgcaggacacggtgcag------atataggacacatagttatgca gtacatgtatgtaccacctggggctccactaccagaagacagagaacactttgcctggca atcaagcaccaatgcatcaatattttggcaacatggacaaccctttcctagattttcatt acctttcttgagtgttgcatctgcttattatatgttttatgatggttataatggtgacac ttat------gaagcaaaatatggtaccactgtggttaatcgcatgggggcactgtgtat gagaattgttacaaacaagcaagttcatgatgttgaagttacaactaatatttatcataa agctaaacatataaaagcatggtgccctagaccacctagagctgttccatataaatatgt taactataataattat------gcagatagtagtaa---------------------tg- -----ttgacatttttatagaatcaagaaa---------a---agtttacta-------- -----------aca------------------gctggaccaagcgacatgtatgtccatg tcggtaatctgatatatagaaaccttcatctcttcaattcagaaa---tgcatgactcag tgttagtgtcatactcttc------ggatttagtcatttaccgaacaaacacaacaggta atgactacattcctacttgtgattgtactgatgccacatattactgtaagcataaagata gatactatcccattaaagtcaccagtcatgattggtatgaaatacaagagagcgagtact atcccaaacacatccagtacaatcttttgattggtgaaggaccatgtgagccaggtgact gtggtggaaaactattgtgcaggcatggagtgattgggatagtaactgcaggtggggagg gacatgtagcctttattgatcttagacagt------ttcattgtgcagatgagcaagg-- -ggtgactgattatattcatatgttaggtgaggcttttggtgcaggttttgttgatagtg ttaaggagcaaataaatgccattaatc------caattaataatattagcaagaaaataa ttaaatggcttcttagaataatttcggcaatggtcataattattagaaattcctctgatc cacaaacaattatagccacattgactttgattgggtgttcaggttccccttggagattcc tcaaggaaaaattttgtaaatggacccagttgaattacatacataaagaatct---gact catggctcaaaaaatttactgaaatgtgtaatgcagccagaggtttggagtggattggga ataaaatatcaaaatttattgaatggatgaaatcca---tgcttcctcaagctcaactta aagttaaatatctgagtgagctcaaaaaattaaactttcttgaaaagcagatagagc--- ---accttagagttgctgattcccaaactcaggaaaaaattaagcatgagattgacactt tacatgacctttcttgtaaatttctcccactttatgctagtgaagcaaaaagaattaaga tattacacaataagtgtagcacaattat------caaacaaaagaaaaggtgtgagccag ttgctgttgttatacatggagagcctggtactggtaagtctatgaccacaaatttccttg ccagaatgataacaagtgatagtgat------atatactctttaccacctgaccccaaat attttgatggatatgaccaacaaagtgtggtcattatggatgacatcatgcaaaatccaa gtggtgaagacatgaccttattttgtcagatggtgtctagtgttacattcatacccccaa tggctgatttgcctgataaaggtaaaccttttgattcaagatttgtcttgtgtagtacta atcataatatgctagcaccacctacaatcacttcattgcctgctatgaataggagattct attttgacctagatattgtagtgtgtgacaaatataaagactcacaaggaaagcttaatg tgtcagctgcttttcaaccatgtgatgttgatacaaaaattgggaatgcccgt---tgct gtccttttatttgtggtaaagctgtcatctttagggaccgcaatacctgtcaaacctaca ccttggcacaggtgtataaccaaatacttgctgaagacaaaaggcgcaggcaagttattg atgtaatggcagcaattttccaaggccctattacta---------------------ttg aaggaccaccacctgcagcaataaatgacttactgaaatcagttagaactccagaagtaa ttagatattgtgaagagaataaatggatagtgcctgctgagtgtaaag---ttgaaagag accttaatatagcaaatacaattattacaattatagctaatattattagtatatctggaa taatttatgtaatttacaaacttttctgtacattgcaaggaccatactcaggtgagc--- ctaagccaaagactaagataccagag---aggagagttgtggctcagggtccagaagaag aatttggtagatcactcattaaacataattcatgtatagtgtcaacgcagaatggaaaat tcacaggcttagggatttatgatagaacattaatcttaccaacacatgcagatcctggta atgagatacagattgatggaattacaactaaagtagaggattcttatgatttgtataata aagatggaataaagctggaaattacagtcctaaaacttaagagaaatgaaaagtttaagg acattaggaaatacataccagagaatgaagatgattatccagattgtaatttggccctat ctgccaatcaaccagaaacaactataatcaatgtaggggatgtagtatcttatggcaata ttttacttagtggaaatcagacagctaggatgcttaaatataattacccaacaaaatcag gttattgtggtggtatcctgtataaaattggtcaagtccttggaattcatgttggaggaa atgggagagatggatttgctgccatgctgctacgatcttacttttctgagacacaaggtc aaataattacttccaaatctacaagtgagtgtggtttacctagtattcacacaccaaaca aaacaaagttacaacctagtgttttttatgatgtgtttcctggtaataaagagccagctg ttcttacaagtgatgaccctagattagaagtagattttaaagaagctctgttttctaaat ataaaggaaataatcagtgtaccatgaatgatcatattaaagtggctatttctcattact cagcacaactgatgacattagatattgatccgaaacctatatccttagaagaaagtgttt ttggcatagagggtttggaagcactagatctcaacaccagtgcaggatttccttatgtat ctatgggcattaagaaaagagatttaattaataaacaaactaaggatttgacaaaattaa agatggcattagataagtacggtgttgatttgcctatggtaacctttcttaaagatgagc ttaggaaaaaggagaaaatctgtgctggaaagacccgtgtaattgaggctagtagtgtaa atgatactgtgttatttagaacaacttttggcaatcttttttcaaaatttcacttaaatc caggtattatcactggctctgctgtgggatgtgatccagaaacattttggtcaaaaatac cagttatgctagatggagaatgcataatggcctttgattatacaaattatgatgggagta tacatcctatttggtttcaagccttgaaagaagttttagtcaatttatcatttgaatca- --actttaatagataggttgtgcagatccaaacatatcttcaaaaacacatattatgagg ttgagggcggggttccatcaggttgctctggtactagcatatttaacactatgatcaaca acataatcataaggactttggtgctggatgcttacaaaaatatagatttagataagttaa agatcttggcttatggggatgatgtaattttttcctacaaatatcagcttgacatggaag caattgctaaagaaggcgtcaagtatgggctgacaataacacctgctgacaaatccaacg attttaagcagcttaattatgataatgtaacatttctcaaaagaggatttagacaggatg aaaagcatcaatttctgatacacccaacatttccaattgaagagattcaagagtccatac gatggacaaagaaaccatctcaaatgcaggaacatgtactgtcattgtgtcacttaatgt ggcataatggtagagatgtgtaca-agaagtttgaggagcgtatacgtagtgttagcgct ggtcgtgcactatatattcctccttacgacttactactgcatgagtggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >MN749144.1 Human rhinovirus A45 strain 12I7, complete genome -------ttaaaactgagtcgtggttgtt-cccaccacgactatctacg-gatgta---g tgctcttgtattccggtacacttgcacgccagtttt----------------------gt ta--------------ccc-------------tcccc-aca------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-t-caacac------aa-agaccaatagg-cggca atgaa-ccacattg-t----c-aacggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtcaa--tc tggatatgctttaccaaaggc-aaaaactggagcgatcgttatccgcaaggtgcctacgg gaaacctagtagca-ctcttt-at-ttgatctggttggttgctcagccgtt----aaacc ca-aacggtaaacctggcagatgaggctggaaaatccccaccagcgatggtgttccagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--gaaag-ggt----------gtgaagccttt-tcaaag acagggtgcgaagagtctactgtgctcacctt--gattcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgcagctgtagtgtgcaatccagcacatttgcagtcgtaatgggtaact gcgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctc----t---tttta-ccttta- ----tatttgcttatggtgacaa--ttat-a--------------caga----tata-gt tgtcatcatgggcgctcaagtatcaagacagaatgttggtacccactccacacaaaacac agttacaggaggatctagccttaattattttaacatcaattattttaaagatgctgcttc atctggagcctcaagattggacttttcacaagacccaagtaaatttacagacccagttaa agatgttctaaccaaaggtattccaactctacaatcacctacagtggaagcttgtgggta ttcagatagaataatacaaattaccagaggggacacaacaataacgtcccaggacattgc aaatgctgtagttgggtatggagtctggcctacttatttagattcaaaggatgcctcagc tatagacaagcccacacaaccagacacttctgcaaataggttttacacactggagagtaa ggattggaccccagatagtaaaggatggtggtggaaattgcctgatgcacttaaggacat gggtgtttttggtgaaaatatgttctatcatgcacttggtagatctggttacctaataca cgttcagtgtaatgcaagcaaatttcactcaggaaccctccttgtagttgctattccaga acaccaactggcatatataggtacaggaaatgtaacagtaggatacaaacacacccatcc aggggaaactggtagagtcatagcaacaactaca--------------gacaagaaaa-- -caagacaaccatcgtttgacagttggcttaattgcaatggtactcttttaggcaatgcc ctgatatttccacatcagttcatcaatttaagaacaaacaatgctgccactctaatacta ccatatgtaaatgcaactcctatggattccatgttgagacacaacaattggtcactacta atagtgcctatatcagaattaagaggtgacaccag---------------tataccaatt accgtatcaatctctcccatggcggctgaattttctggagcacggaaccgc--------- agcgcg------------------------------cgtg------tagaaggcctacca gtaatgttgacaccagggtcaggacaatttctaacaactgatgatatgcagtcgccatca gttttgccttacttccactcaacacaagaaatctttataccaggagaagtcaaaaatctc attgaattatgccaagtagacactatggtgccattaaataatttacacataaat---aaa aataagattgggatgtatgcactaccacttacacgacagaatacac------cagctgct gagctctttgcaataccagttgacattacatcttcacccttagcaaccacacttttggga gagattgcttcttattacaccaattggacaggtagtataagattaagtttcatgttttgt ggcagtgcaaacacctcactcaaacttcttctagcatacactccacctggagtaaataaa ccaactagcaggagggaagccatgctgggtacccatattgtgtgggatgttggtcttcag tctacgtgttctttggtcatcccatggatatcagcatcacactttaggaacactacacca gacacctactcaaaagctggttatgtgacgtgctggtatcagacaaatttcatcacagca ccaaacacaccccccacagctgacattatttgcctggtttcagcatgtaaggatttctgt ttacgcatggctagggatacaaatcaacatactcagcttggggcaatagagcagaac--- ------cctgttgaacaattcacggaagcagttcttgaacaagtattggtggttccaaac actcgacccagtgatggatcgattgcaaattcagcccctgctttggatgcagctgaaact ggacacaccagctcagtgcaacctgaggaccttatagagactaggtatgtgattgcagac caaaccagatatgaaacttccattgaatccttcttgggcagagctggatgtgtgactatt attactttagatatta-atcatgtt----------------------------------- -gactaccaaac------------aaactataaaaactgggcaattagtatacaggaaat gtcacagattaggagaaagtttgaaatgtttacatatgttaggtttgactctgaaataac aatagtaccatgtgttgctgccacagaaggaa------acttaggacacattgttgtgca atacatgtttgtgccaccaggagctcccctccccaccagtagaactgacaatacttggca atccagtacaaatgcatcagtcttttggcaggttggtcaaacctatcccagattttctat acctttttcaagcatagcttcagcttactacatgttttatgatgggtatgatactgacaa caca------gatgcagtgtatggtgttagtgtgactaatcatatggggaccatgtgtgt cagaattgttacagaccaacaacagcatagagttaaaatcgactctatggtatatctaaa agctaaacacatcaaggcatggtgtcccagacctccaagagcagtcacatataaccatac atataatccaaactat------gttaggactgagga---------------------aa- --caac---cacaaaagttgaaactagagc---------a---gctgttaca-------- -----------aca------------------gtaggtccatcagatatgtttgtacaca cttcagaattcatatacagaaattaccatcttactccagagaaggaaatgaaagaggcat gtcaggttgtgtatactgc------cgatttagttatacaccgcacaagtgataaaggtg atgactatatcccgcaatgtaattgcactgaatgctgttactattgcgcccacaaggaca ggtatattcccatcaaagtagaataccacaactactatactattcagaaatcagattatt atccaaaacatatacagtatgatatactgattggtgagggaccttcacaaccaggtgatt gcggaggaaaactcttatgcaaacatggtgttattggcatggtgacagctggaggggaag gacatgtagctttcattgatttgaggaagtatagaatgatagaagctgaagaacaagg-- -cataacagattatgttaaatcattaggtgatgcctttggggtggggtttgtagatcaaa ttaaggaacaaattaataatataaacc------cattaaataaaatcagtgccaaagtga tcaaatggttaattagagtgatatcagcactagtgatagcagtgcgcagccaaggtgatc cagcgacactgtcagccactctgctcttgcttgggtgttccaactccccatggcggttcc taaaacaaaaagtgtgcacatggttagggcttagatacatacataaggaatca---gatg gttggattaagaaattcactgaaatgtgcaatgcagccagaggtttagaatggatagggt gcaaaatttcaaaatttattgactggttaaaatcta---tgctacctcaagcacagaata aaattaaatttctccattttatgaagcaactacagctaaaagaaaagcagattgatg--- ---gtttaccttatgcaacagttaaacaacaagaagattatcttaaagaaatggaagaga tgttagacatctcgaataagctgttaccattatacccaaaagagaataaaatcataaaag atcttcttaaacaggccaaaagcatgac------aacaacatcaaaaagagttgaaccag ttgcaattatgtttcatggggatccaggatcagggaaatcagtctgcacaaatattcttg cccgcatgataaccaatccatcagat------atatattccctacccccaaatccaaaat attttgatggatatcatcaacagactgtagtaataatggatgatgtgatgcagaacccag atggagaagacatgagcactttctgccaaatggtttcctcagttaattacgtagtaccaa tggctgatctaccagataagggcactctattttcatcagattatgtcttttgtagtacaa atcagcatgtcttaattcccccaactatatccaccatacccgccttaaatcggcggttgt tctttgatttaactgtcaaggtaaaccccaaataccaggaagca---gggaaactgaatt tggattgtgcgctaaaaccatgcagtcatgagctaaaagttggaaatgcaagg---tgct gcccgctcatttgtggcaaagctataacttttatcaacaggcacaataatgaagagttga cactatcccaaatatacaatcaagtggtaaatgaacacaaccgcagattaaatgtatcaa aacacatggaggctatttttcagggacccattgata---------------------tgc aagcacctcccccaccagcaatagttgatttgcttagatccaccagaaatgaagatgtca tcaactattgtaaaagccaaaattggattattcctgctgatattggta---ttgagagag aattgaatctggtgaacctctcaatatcaattttagcaaacctaatcagtgtaataggaa tcatttacattatatacaaattatttgtgtcattacaaggaccttatagtggattac--- ctaccaagaaaaaagtgaccccagag---aaaagagtagtggtacaaggtccttctactg aatttggtctgagtctaataaaacataatacatgcattgtggaaacagaaaatggcaaat tcacaggtttagggatatatgataaccttttagttatacctacacatgctgaccccagta gaaatgtgaaagtagatggggtggaaacagaggtactagattcttatgacttgtataaca aagagggaattaaactagaagtcacagttctgatcctatccagaaatgagaagtttaggg atattagaaaatatataccaaattctgaggatgattatgtcaactgtaatttggctttag ttgcaaaccaggacatgccacaaatattagaggttggagatgttgtttcttatggcaata tactcctgagtggtaacaatactgctaggatgcttaaatatgaatacccaacaaagtcag ggttttgtggaggtgttctgtataaggtgggtcaagtaattggcatacatgtgggtggta atggaagacaaggtttctcagctatgttacttaaaagatatttcaaccaacaacaaggcc agataatcttgaagaaaccagttaaggaagttgattatcccagtatacatacccctacta agacaaaactccaaccaagtgttttccatgatgttttccctggagttaaggagcccgcag ttctaacagaaaaagacccccggttggaagtagacttgaactcttctcttttctcaaaat atgctggaaatgtcaacttagaaatgaatgattacatgactgttgcagcatcccattatg catcacagcttgaaacactagacatatccaaccagcaaatgcctattgaagagtgtgtat atggcacagataatttagaagctttagatttaaataccagtgcagggttcccttatgtag ctttaggaatcaaaaagaaagacttgataaatagagagactagggatgttagtaaaatta gaaattgcttagacacttatggtgtagatttgccaatgataacatatttaaaagatgaac tcagagcaccagaaaaaataaagctgggtaaaactagagtgatagaagcaagtagtttga atgataccattcacatgagaatgctttttggaaatctattcaaaactttccatgcaaatc caggcattgtaacaggatgtgcagttggttgtgatccagagacattttggtcaaaaattc ctccgatgctgggtgatgggcatgtgatggcatttgattatacaaattatgatggaagtt tgcatccaatatggtttagactacttgaaagagtgttggacaggttaggattccctggt- --tgtgcagttagaaagttgtcacactccacccatatttataaaggaatgtactatgaag ttgatggaggaatgccatctgggtgtgcaggtacctcaatttttaactcaatgattaata atattataattaggacaataattctacatgcttacaaaaatatagacttggatcagttga ggatacttacatatggtgatgatataattttcacttatccagataaactagatatggctt atttagctcaaattggggaaaaatatggtttaaagatgacacctgcagacaaatcagata catttaaagatctagatttaagtacagcaacttttctgaaaagaggctttaaacctgatt caaaacacccatttctagtccaccccatatatccaattcaagatatctatgaatcaatca ggtggacaaagaaccccagatgcttacaggagcatgtgctcagtttggctcacttatgct ggcatagtggaccagaacaatatg-ctgattttgtcaacaaaatcagatcaacatctgtt gggaagaacctatacataccatcttatgatgtgctactctatgaatggtatgagaaattt tagat-------t----aat---atatac---ag-------------------ttactat ------ttaggt------------------------------------------------ ------------------------------------ >MN749155.1 Rhinovirus A strain 12N2, complete genome -------ttaaaactgggtccaggttgtt-cccacctggatctcccaaagggagtg---g tactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------at cc----------tcc-ccc-------------tacccc---------------------- ------ctgtaac----ttagaagt-t-tttcac------aa-agaccaatagt-tggta atcat-ccagatta-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgcgatcgttatccgcaaagcgcctacac aaagcctagtagca-cctttg-aa-attatttggttggtcattccgcca------tttcc cc---tggtagacctggcagatgaggctggaagtaccccactggcgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaaa-taatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctgcagctggagcacacaaaccagtgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ctt--a- ----taattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--ag------tatatat tggcactatgggcgcacaggtatccagacagaatgttgggactcactctacacagaactc tgtatccaatggatctagtttaaactacttcaacatcaactacttcaaagatgctgcttc aaatggtgcatctaaattagagttcacccaagaccccagcaaatttacagaccctgttaa agatgtattagagaaaggaataccgacactgcaatcacctacagttgaagcttgtggata ttcagatagaatcatacagattaccagaggagattcaacaataacatcacaagatgtggc aaatgctgttgttgcatatggtgtttggccacactatctatcctctaaagatgcttctgc aattgacaagccttcccgcccagacacatcttccaataggttttataccttaaagagtgt gacttggtcttactcttcaaaaggttggtggtggaaattgccagatgcattgaaggaaat gggcatctttggtgaaaatatgttttaccactacttgggcagaagtggttatacaataca tgtacagtgtaatgctagtaaattccaccaaggcacactgattgttgcactgatacctga gcaccaaatcgcaagcgcactccatggtgatgtaaatgttggttataaatacactcaccc aggagaaggagggagagaggttaaaagtgacaggaat-----------ataaacctag-- -ctgtgcaacccactgaagaatattggctgaattttgatggaacactacttggaaacatt accatttacccccatcaatttattaacctgagaagtaacaactctgctacaataattgct ccatatgttaatgcagttcccatggattcaatgcgcagtcacaacaactggagcctggtt ataatcccaatatgtcctcttgaaaca---tcaagtactgtcaata---caatacctatt acaatatcaataagtcccatgtgtgcagagttttctggagcacgtgccaa---------- --------------------------------------aa------accagggtctacca gttctcatcacaccaggatcaggtcaatttctgacaacagatgatttccaatccccatgt gcactcccttggtatcacccaaccaaagaaatatccatcccaggtgaggtgaaaaattta gttgaaatatgtcaagtggatagcttagtaccaataaacaatactgaaaataac---atc accaacggggacatgtattcagtcatattgcaatcaacaattggag------aaccagat aaaatcttttcaatcaaaacagatgtagcctctcagccactggctacaactctaattggt gaaatatccagctattacactcactggacaggaagccttcgctttagttttatgttctgt ggtacagccaacactactgttaaactcctactagcctacacaccacctggtattagagag cctactacaagaagagaagcaatgttgggcactcatgtaatatgggatattggccttcaa tctacaatatcaatggtagtaccatggattagtgctagccattacagaaatacatcatcg ggtgcat---cttcagcaggatacataacatgctggtatcaaaccagattagtaattcca cctcaaactccacccacagctaggttgttgtgttttgtatcaggctgcaaggatttttgt ttacgcatggctcgtgatactaatttacatctacagagtgggccaatagagcaaaat--- ------cctgttgagcactatatagatgaggtccttaatgaggttttagtagttccaaat attaatagtagtcatcccacaacatcaaattctgccccagcactagatgccgcagaaaca ggacatactagtaatgtgcagcctgaagatgtaattgaaaccagatatgtacagacatca caaacaagagatgagatgagtttagagagttttcttggtagatcagggtgcatacatgaa tctaaactggaggtca-cgcttaca----------------------------------- -aattacaataa---------aaacaatttcaaagtgtggaatatcaatttacaagagat ggcccagattagaaggaaatttgagttgttcacttatactagatttgactctgagataac cctagttccatgtatttctgcacttagtgagg------acattggacatgttactatgca atacatgtatgtaccaccaggtgcacctgtaccagagagtagggatgattatgcatggca gtctggcactaatgcatctattttctggcaacatgggcaagcatacccaagattttctct accctttttgagtgtggcttcagcttactacatgttttatgatggatataatgaagaagg gcaa------------aattacggcacagtaagcacaaataacatgggatcattatgttc tagaatagtgacagagaaacacattcataatatgcatattatgacaagaatctatcataa agccaaacatgtcaaagcgtggtgcccgcgcccacccagagcacttgaatatactcgtgc tcaccgtactaatttc------aagattcaaaataa---------------------ag- --atatcaaaacaggaattaaatctagagc---------a---attattaca-------- -----------aca------------------gctggtcctagtgatatgtatgtccatg ttggcaatcttatttacagaaatttacacctcttcaactctgaaa---tgcatgaatcta tactggtatcttactcatc------agatttaatcatctaccgaacaaacaccataggtg atgattatattccctcttgtgattgtacccaggctacatactattgtaaacataaaaata gatatttcccaataacagtgacaagtcatgactggtatgaaatacaggaaagtgaatact atcccaaacatatacagtacaatttgctaattggtgagggtccttgtgaaccaggtgatt gtggtgggaaattattatgtaaacatggtgttattggcatagtaacagctggtggtgaca atcatgtggccttcatcgatcttagacact------ttcattgtgctgaagagcaagg-- -agtttcagattacatacatatgctgggtgaggcatttggaaatggattcgtagatagtg taaaagaacacatacatgccattaacc------cagttggaaatattagcaaaaagatca tcaaatggatgctaaggataatatctgcaatggtcataataataaggaactcctctgatc cacaaactatattagcaacactcacattgattggatgttctggttcaccatggagatttt taaaagaaaaattttgtaaatggacacaacttaattatatacataaagaatca---gact catggttgaaaaaattcactgaagcatgcaatgcggccagagggcttgaatggataggaa ataaaatatccaaattcattgaatggatgaagtcaa---tgctcccacaagcacaactca aagtgaagtacttaaatgaactcaaaaaattaagcctgtatgaaaagcaagttgaaa--- ---gtcttagaatagcagatgtaagaacacaagagaagatcaagatggaaattgacactt tacatgatttatcatgtaaatttctgccactgtatgcaagtgaagcaaagagaataaaga cactacacatcaaatgtgacaacattat------caagcaaaagaaaaggtgtgagccag tggctatagtcatccatgggccacctggtgctggaaaatcaataacaacaaattttttag ccaggatgataactaatgatagtgac------atatactctttacccccagatccaaaat attttgatggttacgatcaacaaagcgtcgtaataatggatgatattatgcaaaatccag ctggggatgatatgaccctattttgtcaaatggtttcaagtgtcacttttataccaccaa tggctgatttaccagacaagggcaaggcttttgactctaggtttgtgctatgcagcacaa atcactcacttttagcaccacctacaataacatcactacctgcaatgaatagaaggttct ttttagatttagatatattagtgcatgataatttcaaggactcacagggcaaacttaatg tagcagcagccttccaaccgtgcgatgtggataacaagatcgggaatgcccgg---tgtt gcccatttgtgtgtggaaaggctgtctctttcaaagatcgcaattcttgcagcaaataca ccttagcacaagtatataacataatgcttgaagaagacaagcgcagaagacaagtggttg atgttatgtcagctattttccagggaccaattgaca---------------------tga agaacccaccgccgcccgcaattacagatctactccagtcagttaggactcctgaagtta tcaagtattgtgaagacaataggtggataataccagcagaatgtaaga---tagaaaagg agttaaatttagctaatacaatcataacaatcattgccaatgtcattagtatagcaggta ttatatatgttatctataaactcttctgtacactacaagggccatactcaggagaac--- ccaaacctaaaaacaaagttccagaa---aggcgtgttgtagcgcaaggaccagaggagg aatttggtatgtccttaatcaaacacaattcatgtgtgattacaacggacaatggaaagt tcacaggtcttggaatttatgataaatttgtggttgtgccgacacatgcagaccctggaa aagaaattcaagttgatggtataactacaaaagttgctgactcatttgatttatataata aagatggtataaagttggagataacagtccttaaactagataggaatgagaaatttagag acatcagaaaatatataccaaatagtgaagatgactaccctgattgtaacttagccttgt tagcaaatcaacctgagcccactataatcaatgttggagatgttgtatcctatggtaaca tactactcagtggcaaccagacagctagaatgctcaagtacaactatccaacaaaatctg ggtattgtgggggtgttctatataaaattggacaagtacttgggatacatgtagggggaa atggtagagatggattttcagctatgttacttagatcttacttcactgatgtgcagggtc aaatagtttcatcaaagaaaactagtgagtgtaatctccccagtatacatagtccatcca aaacaaaattgcaacccagtattttctatgatgttttccccggttcaaaagaaccagctg tgttgtctgaaaaagatgctcgactccaggttgattttaatgaagcactgttttccaagt acaaaggaaacacgaactgttctatgaatgatcatataaagattgcatcttcacactatg cagctcagttaattactttagatattgacccaagtcccatcactcttgaagatagtgttt ttggtactgatggattagaagctcttgatctaaacactagtgcaggattcccttatatca caatgggtataaagaagagggatttaataaacaacaagaccaaagatataagtaaactta gagaggcaattgacaaatatggagttgacttgcctatggttactttcttaaaggatgaac tcaggaagcatgaaaagataatcaagggcaaaactagagtcattgaggctagtagtgtga atgatactctactatttagaacaacttttgggaatcttttttcaaaatttcatctaaatc ctggaatcgtcactggatcagcagtcgggtgtgacccagagactttctggtcaaaaatac cggcaatgttggatgacaagtgtataatggcctttgattatacgaattatgatggtagta tacaccccatttggtttgaagcccttaaacgagtattgatggacttgtcttttgatccc- --atgttgatagatagactgtgcaaatccaaacatatctttagaaacacatactatgagg ttgaagggggtgttccatctggatgctcaggtactagtatttttaacacaatgattaata atattattataaggaccctggtgttagacgcctataaaaacatagatttagataagctta aaataattgcatatggtgatgatgtcatattctcatatacatatgaattggacatggaag ctatagcagtagagggcactaaatatggtttaaccataacccctgctgacaaatccacca cttttgtgaaattaaattatgacaatgtcacctttttgaaaagaggattcaaacaagatg agaaatacaacttcttgatacaccctacatttcctgagagtgaaatatttgaatccatca ggtggacaaagaaaccttcacagatgcatgagcatgtactatccctgtgtcacttaatgt ggcataatgggcgtgatgcatacg-aaaagtttgtggagaagatacgcagtgtgagcgct ggtcgtgcactgtacatccctccatatgacttgctcttgcatgagtggtatgaaaaattt taaac-------tg---------atatag---aa-------------------atattaa --aca-gttagttttt------------------tagt---------------------- ------------------------------------ >DQ473512.1 Human rhinovirus 30, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtc-cccacctggatctcccacagggagtg---g tactctgttattacggtaactttgtatgccagtttt----------------------at -----------cctc-ccc-------------acccct---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-ttacat------aa-agaccaatagg-tagta atcat-ccagatta-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaacagaaatcgttacccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtagca-ctttag-aa-gttgtctggctggtcgctccgcca------tttcc cc---tggtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccata-caatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagggcacacaatccagtgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctc--------tttta-tcctta- ----tgtttgcttatggtgacaa-tatat-g-a--------a-----------tatatat tgacaccatgggcgcacaggtatctagacaaaatgttggaactcactccacacaaaattc tgtatcaaatggatctagtttaaattacttcaatatcaattattttaaggatgctgcctc aaatggggcatctaaattggacttcacgcaagaccctagtaaattcacagatccagttaa agatgttttggaaaaaggaataccaacactacaatcacctacagtggaagcctgcgggta ctctgataggattatacagattactagaggagattcaacaataacttcacaagatgtggc caatgctgttgttgcatacggtgtttggccacattacttgtcttccaaagatgctactgc aattgataaaccctctcgccttgacacatcttccaataggttttacaccttaaagagtat aatttggtctggagcttcaaagggatggtggtggaaattgccggacgcattgcgagatat gggtatttttggtgagaatatgttttaccattatctaggtaggagtgggtatacagtgca tgtacagtgtaatgcaactaaattccatcaaggtacactgattgttgcaatgatacctga gcatcaaattgctagtttacaacacggcaatgtaaatgttggatataaattcacccatcc aggagaagaggggagagaagtcagatcaaatagaact-----------gagtatctcg-- -gtcaacagcccacagaagagtactggctcaattttgatggcacattattagggaacatc acgatatttcctcaccaattcattaacttgagaagcaataactccgccacaataattgtc ccatatgtcaatgcagtccccatggactcgatgcggagtcacaacaactggagtctggta ataatcccaatctgtcctcttgaaaca---atgagcactatcacca---cagtacctatc acaatttccattagtccaatgtgtgcagaattttctggtgcgcgtgcaaa---------- --------------------------------------aa------gtcaaggattacca gtgttagttacaccaggttcaggacaatttttgacaacggatgactaccaatctccgtgc gcgttgccgtggtaccatccaactaaagaaatctttattcctggtgaagtcaagaattta gttgagatctgtcaagtggatagcttgataccaattaataatacagaagataat---atc accagtgaagccatgtactccataaagttacaatcatcagttgatca---------ggat aagatattttcccttagaacggatattgcttcacagcctctagccactactctaattggt gaaatatccaattacttcacacattggacagggagtctacgcttcagcttcatgttctgt ggtactgccaatactactgttaagctactattagcatatacaccacctggtattgctgag cctacaacaaggaaggatgcaatgttgggtactcatgttatatgggatataggtttgcaa tccacaatatcaatggtagtgccttggattagtgctagtcattatagaaatacatcacca gatgtat---ctccatctggatacataacctgttggtatcaaactggattagtaatacca cctgaaaccccccccacggccagattactgtgcttcgtatccgggtgtaaagacttctgc ttgcgcatggctcgggacacgagtctacacatgcaaaaaggtgtgatagaacaaaac--- ------ccggttgaaaattttgtagatgaagttcttagtgaagttttagttgttccaaac attaacagtagtcaccctactacatcaaactctgctccggcattagatgctgcagaaaca ggacatactagtaatgttcaacctgaagatgtcattgaaactagatatgttcaaacatca caaacaagggatgaaatgagtttagaaagctttcttggtagatcaggatgtatacacgag tctaaattagaacttg-agcttgca----------------------------------- -cactatgataa---------aaagaactttaccacatggaatattaatcttcaagaaat ggcccaaattagaagaaaatttgagctattcacttacactagatttgattctgagataac cttggttccgtgtatttcagctctcagccaag------atatcggacacattacaatgca gtatatgtatgttccacctggcgctccaattcccgagagcagaaatgactatgcatggca gtctggaacaaatgcatctgttttttggcaacacggacaaacatacccaagattctccct accatttttgagtgtagcatctgcttattacatgttctatgatggatacaatgagggagg caca------------aattatggtacagtgagcacaaacaacatgggcacactgtgttc cagagtggtaacagaaaaacacattcatgatgtgcgcataatgacaagggtctaccacaa ggctaaacatgtcaaagcgtggtgtccacggccacctagggcgcttgagtatacccgtgc tcatcgcaccaatttt------aaaattgatggcag---------------------gg- --aagttaaatcaagggttgaacacagagc---------t---agggtgacg-------- -----------aca------------------gctggccctagtgatatgtatgtacatg tgggtaacctcatctacagaaatctccatctctttaactctgaaa---tgcatgattcca tcttagtatcttactcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacactgtaggtg atgattatattccttcctgtgattgtacccaagctacttattactgtaaacataaaaata gatattttccaattactgtcacaagccatgattggtatgagatacaagaaagtgagtatt accctaagcatatacagtacaatctgctaattggtgaaggaccttgtgagccaggtgact gtggtggaaagttactgtgtaaacatggggttataggcattgtaacagctggtggtgaca atcatgtggctttcattgaccttagacatt------ttcactgtgctgaggagcaggg-- -aattacagattatatacacatgttgggtgaagcatttggaaatggatttgtagatagtg tcaaagagcatgtgcaagccataaatc------caatcggtaatattagcaaaaaaatta ttaaatggatgttgagagtaatatcagcaatggtcataataatcaagaattcttctgacc cgcaaaccatactagcaacacttacattaattggatgttcaggatccccatggaggttcc ttagagaaaaattttgcaaggggacacaacttagttatatacataaggagtca---gatt catggttgaaaaaattcactgaggcatgcaatgcagcaagaggtcttgaatggataggaa acaagatatccaaattcattgagtggatgaaatcaa---tgctcccacaagcccaactta aagtcaagtatttaaatgaacttaaaaaactaagcctgtatgagaaacaagttgaga--- ---gtttgagagtggcagatattaagacacaggaaaagatcaaaatggagattgacaccc ttcatgacttgtcatgcaaatttttgccactatatgcaagtgaggcaaaaagaataaaga atcttcacatcaaatgcaacaatattat------taaacaaaagaagagatgtgaaccag tagctatagtcattcatggaccacctggtgctggaaagtctataacaacaaattttctgg ctaaaatgatcacaaatgacagtgat------atatactccctgcccccagatccaaaat attttgatggttatgatcagcaaagtgtagtcattatggatgacattatgcaaaatccag ctggagatgatatgactttgttttgtcaaatggtatctagtgtcacttttataccaccta tggctgatttaccagataagggcaaaacttttgactctagatttgtcttgtgtagcacaa atcattctcttttggcaccacctacaatcacctcacttcctgctatgaatagaagattct ttttagatttagatataatagtgcatgatcgctttaaggatcctcaaggaaaacttaatg tagcagctgcttttagaccatgtgatgtggacaataaaataggaaatgcacgc---tgtt gtccatttgtgtgcggcaaagcagtttctttcaaagaccgcaatacctgcaacaaatata ctctagcacaaatctacaatataatgcttgaggaggatcaacgcagaagacaaatggttg atgtcatgtcagctatatttcaaggaccaatagata---------------------tga gaaatccaccaccacccgccatcactgacttacttcaagccgtcagaactcctgaagtca ttaagtactgtgaagagaataagtgggttattccagcagagtgcaaga---tagaaaagg gattaaatctagccaacacaattataacaattattgctaatgttattagtatagcaggca ttatatatgtgatctacaaattgttctgcacattacaaggaccttattcaggagaac--- ccaaacccaaaactaagattccagaa---cggcgtgtggtggctcagggcccagaggaag aatttgggctatccttgattaaacacaattcatgcgttgttacaacagaaaatggcaagt ttacaggtcttggtatacatgatagaatcatgattgtaccaacacacgctgatccgggaa aggaaatccagattgatggcataactacaaaagtaactgattcatatgacttatataata aagatggtatcaagcttgaaataacagttttaaagttagatagaaatgagaaatttagag atatcagaaaatatatacctagtaatgaagatgattacccagattgtaatttagccttat tagcaaaccaacctgaacctaccataattaatgttggtgatgttgtatcctatggtaata tcttgcttagtgggaatcaaactgccagaatgcttaaatacaattacccaactaaatctg ggtattgtgggggtgtgctatacaaaattggacaggtgctggggatacatgtaggtggaa atggtagagatgggttctcagctatgttacttagatcctactttgctgacacacagggtc aaataactttatcaaaaagaaccagtgagtgtaacctccctagtatacacaacccatgta aaaccaaattacaacccagtgtgttctatgatgtattccctggttcaaaagaacctgccg tattatctgaaaaagacactagattgcaagttgacttcaatgaggccttgttttcaaaat ataaaggaaatacacattgcacaatgaatgaccatatgaaaattgcatcatcacattatg cagcacaattaatcactcttgatatcaatccaagccctattacgcttgaagacagtgtct ttggtacagatggtctggaagcccttgatctaaataccagtgcaggatttccatacatta caatgggaattaaaaagagggatcttataaataacaggactaaagatataagtaaactta aagaagcaattgataaatatggagttgatttaccaatggttactttcttaaaggatgagc ttagaaaaccagagaaaatatcaaagggaaaaactagggttattgaggccagcagtgtta atgatactttgttgttcagaacaacttttgggaatcttttttcaaaatttcatctgaatc caggaattgtcactggatcagcagtgggttgtgatcctgaaactttttggtcaaaaatac cagcaatgctggatgataaatgtatcatggcctttgattatacaaactatgatggcagta tacatcctatttggtttgaagctctcaaactagtactttcagatttatcattcaatcca- --atgttaatagacaggttatgtaaatctaagcatatatttaaaaatacatactatgaag ttgagggaggtgtcccatctgggtgttctggaaccagcatattcaatactatgataaata atattattataaggactttggtgttagatgcatacaagaacatagatttagataagctta aaataattgcttacggtgatgatgtgatattttcatacatttatgaattggatatggaag ccatagcaatggagggtgttaaatatggtttaactataacccctgctgataaatccacta ctttcagaaaactagactatagtaatgttacttttttaaaaagaggatttaaacaagatg aaaagtacaactttttaattcatcccacttttcctgagaatgagatatttgaatcaatta gatggacaaagaaaccttcacagatgcatgagcatgttttgtctttgtgtcatttaatgt ggcataacggacgtgacgcataca-aaggattcgtggagaaaatacgcagtgttagcgct ggacgcatgctgtatattcctccatatgatttgctcttgcatgagtggtatgagaaattt taaac-------ag---------atatag---aa-------------------atattaa --act-attagtttac------------------tagttttgt----------------- ------------------------------------ >EF582385.1 Human rhinovirus C strain 024, complete genome -------ttaaaactgggctcgggttgta-cccacccgagctgcccatgtggcgtg---g tgctcttgtatcccggtacacttgcacgccagttt-----------------------gc ------------ctc-tcc-------------ttaccc---------------------- -------cgtaacatatctagaaga-atgtgcata----ac--ggaccaatagg-tggtg g-caacccatgcca-c----t-gacggtcaagta-cttct-gttt-ccccggtgtgatgt ggaatagact-ctctcagggt-tgaagccataagcatcgttatccgctacgtgcctacgc aaaacctagtagca-ttttga-ag-cttacttggttggccgctcagcca-------ctaa cc-cgtggtaggcctggcagatgaggctgggcgcaccccactggcgacagtggcccagcc tgcgtggctgcctgcccctctt-t-----gag----------gggaagccatt-taagtg acaaggtgtgaagagtctcgtgtgctccacgtagaatccttccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgcagctattgcacacaatccagtgtgttgatagtcgtaatgggcaact gtgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttcct--------gtttt-ctttaa- ---atacttgcttatggtgacaa----at-agt-------------gta----tactgtt tgacaccatgggcgcacaggtcagcaagcaaaatgtcggctcgcatgaaaactcagtctc agccacaggtggatccgtgattaagtatttcaacatcaattactacaaggattctgctag ctctggcttgactaaacaagatttttcccaagacccatcgaaattcacacaacctctagc agaagcacttacaaa------tccagctttaatgtcaccaactgttgaagcatgtgggat gtccgataggcttaaacaaattactatcgggaattccactataacaacacaagatacact aaactctatactggcatatggggagtggcccaaatacttgagtgacctggacgcttcctc agtggataaacctacccacccagaaacatcatctgatagattttacacattaactagtgt agattggaccactacgtctaaaggttggtggtggaagttgcctgattgccttaaagatat gggcatcttcgggcaaaatctgtaccatcatgcattgggtaggtcagggtacataataca cacccaatgtaatgccacaaaattcaatagtggttgtctaatagtggctgttgtaccaga acaccagctagcttacataggtgaagcaaatgtcaatgttggttatgatcacacacaccc tggtgagggaggacatgtaattggttcaaatgtt--------------aggagagata-- -acaagcaacctgatgaagaccccttctttaattgtaatgggaccctgcttggtaacatc actatattcccacaccagctcataaacttgaggacaaacaattccagcacaattgttgta ccatacattaattgtgtacctatggacaacatgctcaggcacaacaacctatctctagtt attattccaatcgttcctctcagagccgcaaatggtgtcaccaagg------tccccatt acaatctcaatagcaccagataagtcagagttctcaggggctagacagt----------- --------------------------------ctgtaaaa--------caggggttacca acacggctgccaagtggatctcaacaatttctcacaactgaggacgagcagtcggctaat cttctaccagactttagtgtcacaaagatcatcgacattcctggtaggatcacaaacata ctccacatggctatggtagattcattcatgccactaaacaacattgagaccaat---gta ggacaaatctcaatttacaatgtacaagtgaccaagaaaa---------cagcagacaag cccatagttgtgatacccatggacattagcaacactctcttttctaccactttactaggt gaagttcttaattactttgcaaattggtcaggtagtatctctataacttttatgtgtgtt tgtgatagctttagtacaggtaaatttttgctagcatacacacccccaggagccgctttg ccaccagacaggaaaaccgcaatgttaggtgtacatgtaatctgggatttgggactccaa tcctcgtgcaccattgtagtaccatggatgagcggcaccttccatagacggactaaagct gacaattacacccaggctggatatgtgtcactatggtaccagactgattttgtgtcacca aatgatgggat------tgggacaatcgttgctacatgctccggatgtcctgatttgtct gttagaatgctgcgtgacacaccaatgatgaaacaggaaaaagatttgactcaaaac--- ------ccagttgaggactacatagacaaggtggtcgacactgtactacaggtcccaaac acccaacccagtggtccacaacacagtattcaaccaagtgctttgggcgctatggaaatt ggggcatcttcaaccaccataccaggtgatctcatagagactaggtatgtaatcaactca aatactaacagtgaagccctaattgagaacttcatgggccgctcagctctttgggccaag atccaggt---ggcga-a------------------------------------------ ------------------------tggttttgcaaaatgggatataaacttccaagagca tgcacaagtcagaaagaaatttgaaatgtttacatatgctagatttgacatggaagttac tgttgtcaccaacaacacaggtt------------------------------tggtaca aatcatgtttgtaccacctggtatagatgcaccagatagtattgactcccgtctatggga ttctgcctccaacccgagtgttttctatcaaccaaaatcaggttttcctaggtttactat tccattcactggattgggttcagcttattatatgttttatgatggttatgatgtccccag aaataaaagtaatgctgtgtatggtatcacatctacaaatgatatggggacactttgctt cagagctatggaagacaccaatgaacacag------------cattagagtctttgtaaa gcctaaacataccatagcatggattccacgaccacctcgtgccacccaatacacccacaa attcagcacaaactaccatgttaagaaaccagatgacactactg------gactactaa- --tacagaaacactttattaaccacaggac---------t---gatataaaa-------- -----------a------------------ctgcaggcccaagtgatctctttgtccata cagccactatgatttacaggaatgcgcacttaaccagcttgaatg------acaaaaccg ttctactggctctcagtgc------agatctccaggtggacgcagctgaccagccaggcc cagataccatcccacaatgtgactgcttggagggctgctactatagcaaaagtttagata gatatataccagttaaattagaagcacacgactggtatcagatagaggaaacctgttatt acccacagcacatccagtataatataatgattggtgaaggacattgtcagcctggagact gcggagggaagttactgtgcactcatggtgtgattggcatcatcacagctggtggagaca atcatgtagctttcacagatctaagaccctatt---catgtttagacactcaccaaggtc ctattcaggactatgtgacacaattagggagtgcctttggtagcggtttcactgacacac ttaaagaccaattgacagatgtgagtgcccatattaaagacaaaattacttcaaaggtag ttaaatggctagtacgtatcatcagtgcacttaccataatgatacgtaacagtactgaca cacccactgtacttgcaacccttgctcttttaggctgtcacaagtcaccatggtcatttc tcaaggaccggttatgtcagtggttaaacatcactagaccgccaagccgacaaggtgatg gctggttgaagaaattcactgaatgctgcaacgccgctaagggccttgagtggattggca ttaagatcagtaaatttatagaatggcttaaaaatagactgcttcctaccttacaacaca aaaaagaaatcttagatgaatgcaagaaaatagatctttatcaagaacaggttaaag--- ---gattttccaaagttgatgaaccagctcagcaggaactactaattaaagttgaaaaac tgaagaaaggtttagacagcctagcacctctgtatgcagttgaaaacaaaagagttacaa acatctataaagaactcaaagcattgtctgcatataaaacaacacagagaactgaaccag tatgcatactgatcagaggagctcctgggtgtgggaaatctttggttacttcaataatag ccagaggtttaaccaaaccaggtgac------atttactcccttcctccagaccctaaac attttgatgggtatgatcaacaagaagtggtaattatggatgatctgggccaaaaccctg atggtaaggacctttctatgttctgtcagatggtgtcaaccactaatttcattcccccaa tggcagctctggaagataaggggaagacctttacaagtaaatatatattagccagcacaa atcttttaaatctccaaccacccacagtaacagtccccgaagccattgacaggcgcttct acttagatttagatcttaagatcttgcaagggtaccaaaatcaagtaggcttgctagata ctgccaaagcacttcagccctgtgcgaactgtagtaagccaccacattacaaacaatgtt gtcctttgctatgtggtaaagctgtagtactggtgaacaggagaactaagggcagttatg ctatcaacatggtggttcagcaacttatagaggagagcaaatccagaaagagtgttggca ataatttaacagctatatttcagggcttgg---------------------------gtg ataaggaaaccccaggtttcataatagatcttctatcatcatctaaagaccctaaagtca ttcaatactgccaagaccagggctacatctcaccagtccatggctcaa---ttgagcgag attttgcttatgtcacatatgctctaaattgtctaggtagtcttgtgattattctgggta ccatatacgcattatatcgcttgatgtgtattgcccaaggaccatacacaggcatgc--- ctactacacccaagaagaaacctgagttaagaagagcaaccttgcaaggtcctgaacatg aatttttgaatgcccttattagaagaaactgccatatcattaccactgacaaaggagaat ttaacctactaggtatatactctaactgtgctgtagtaccaacacatgctgaacctggtg acgtggtagatattgatggaaggttagttagagtgcttaaacaacaagtcctcactgata tgaatgatgtggatacggaagtaactgtgttgtggcttgaccagaatgaaaagttcagag acataagaagatttatacctgaacatcagcaagattggcacaatatacatttagctacca atgtcaccaaattccctatgctcaatgtagaagtaggacacactgtaccctatggggaaa tcaatcttagtggtaatgctacatgcaggttgtacaaatatgactatccaacccaaccag gtcaatgtggtgcagtgctggccaacacaggtaatatcataggaatacatgtgggtggaa atggtagggttggttacgcagcagcactacttaggaaatattttgctgaggaacaaggtg ccatcatttctaaatgtaatgttaaggaaaagaactggaaacccgtcaatacaccctccc agaccaaactacaccctagtgtcttccacgatgtgtttcctggtgttaaggaaccagcag ctttacaccccaaggatccacgattggaagtagacctcactacagctgttatgtcaaaat ataaaggtaatattgatgtccctatgaatgagtacatagaaacagccgttgaccactacg cggcacaactttacatgcttgacatcaacccagaaccaatcaccatggaacaagcaatat atggttatgctaacttggaaccattggaccttaccactagccctggtttcccttatgtgt ctttgggcgtgaaaaagaaagacatcttaaacaacgctactaaagacacaaggaaaatgc aacagatgttagatctgtatggtattgatctaccctacataactttcctaaaggatgaac tccgcgccccagagaaaattaaggctggtaagaccaggattgtggaggctgctagtgtca atgatacagtgtactttagaacaacttttggcaatctatacagtacttttcatgcaaacc caggtatcttaacaggctcagctgtggggtgtaatccagatgtgttttggtcacaaatgc atgctatgttagatggagaac---tcattgcttttgattacaccaattatgatggcagct tggaaccagtgtggtttaaagcgcttgggaaagtgttagatcagcttggcttccctgga- --caccttacacaaagattgtgtaatacaacccacatcttcagagacacaacctacgatg tcaaaggtggcatgccgtcaggaatttcaggtacctccatatttaacactatgatgaaca atatcataataagaactctggtcttggagacttacaaaaacatcaatttggacaaactac gcattattgcctacggtgatgatgtagtagcctcatatccagatgaattggacccaaagg agattgccatgacggccaagcgttatggtctcactatcactcccccagataaaacagatc aattttccaagatgacctgggataatgtgaccttccttaaacgtaaatttaaacctgact ccaaatacaaatttctgatacatcctgtttactcaatgcaggatgtttatgagtcaatca gatggactaaggatccaaagaacacgcaggaccacgtccattcgttgtgtttgttagcct ggcacaatggagaagaggtttatg-aggatttctgcgccaaaattaggacaactagtgtt ggcaagagtctgtatttaccaccatacaaatacttgtacagacagtggattgacctcttc -----------------------atttga------ttgg--cccacaatctatatacta- ------aattgtttgat---tagaacttag---ttagta--------------------- ------------------------------------ >NC_009996.1 Human rhinovirus C, complete genome -------ttaaaactgggctcgggttgta-cccacccgagctgcccatgtggcgtg---g tgctcttgtatcccggtacacttgcacgccagttt-----------------------gc ------------ctc-tcc-------------ttaccc---------------------- -------cgtaacatatctagaaga-atgtgcata----ac--ggaccaatagg-tggtg g-caacccatgcca-c----t-gacggtcaagta-cttct-gttt-ccccggtgtgatgt ggaatagact-ctctcagggt-tgaagccataagcatcgttatccgctacgtgcctacgc aaaacctagtagca-ttttga-ag-cttacttggttggccgctcagcca-------ctaa cc-cgtggtaggcctggcagatgaggctgggcgcaccccactggcgacagtggcccagcc tgcgtggctgcctgcccctctt-t-----gag----------gggaagccatt-taagtg acaaggtgtgaagagtctcgtgtgctccacgtagaatccttccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgcagctattgcacacaatccagtgtgttgatagtcgtaatgggcaact gtgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttcct--------gtttt-ctttaa- ---atacttgcttatggtgacaa----at-agt-------------gta----tactgtt tgacaccatgggcgcacaggtcagcaagcaaaatgtcggctcgcatgaaaactcagtctc agccacaggtggatccgtgattaagtatttcaacatcaattactacaaggattctgctag ctctggcttgactaaacaagatttttcccaagacccatcgaaattcacacaacctctagc agaagcacttacaaa------tccagctttaatgtcaccaactgttgaagcatgtgggat gtccgataggcttaaacaaattactatcgggaattccactataacaacacaagatacact aaactctatactggcatatggggagtggcccaaatacttgagtgacctggacgcttcctc agtggataaacctacccacccagaaacatcatctgatagattttacacattaactagtgt agattggaccactacgtctaaaggttggtggtggaagttgcctgattgccttaaagatat gggcatcttcgggcaaaatctgtaccatcatgcattgggtaggtcagggtacataataca cacccaatgtaatgccacaaaattcaatagtggttgtctaatagtggctgttgtaccaga acaccagctagcttacataggtgaagcaaatgtcaatgttggttatgatcacacacaccc tggtgagggaggacatgtaattggttcaaatgtt--------------aggagagata-- -acaagcaacctgatgaagaccccttctttaattgtaatgggaccctgcttggtaacatc actatattcccacaccagctcataaacttgaggacaaacaattccagcacaattgttgta ccatacattaattgtgtacctatggacaacatgctcaggcacaacaacctatctctagtt attattccaatcgttcctctcagagccgcaaatggtgtcaccaagg------tccccatt acaatctcaatagcaccagataagtcagagttctcaggggctagacagt----------- --------------------------------ctgtaaaa--------caggggttacca acacggctgccaagtggatctcaacaatttctcacaactgaggacgagcagtcggctaat cttctaccagactttagtgtcacaaagatcatcgacattcctggtaggatcacaaacata ctccacatggctatggtagattcattcatgccactaaacaacattgagaccaat---gta ggacaaatctcaatttacaatgtacaagtgaccaagaaaa---------cagcagacaag cccatagttgtgatacccatggacattagcaacactctcttttctaccactttactaggt gaagttcttaattactttgcaaattggtcaggtagtatctctataacttttatgtgtgtt tgtgatagctttagtacaggtaaatttttgctagcatacacacccccaggagccgctttg ccaccagacaggaaaaccgcaatgttaggtgtacatgtaatctgggatttgggactccaa tcctcgtgcaccattgtagtaccatggatgagcggcaccttccatagacggactaaagct gacaattacacccaggctggatatgtgtcactatggtaccagactgattttgtgtcacca aatgatgggat------tgggacaatcgttgctacatgctccggatgtcctgatttgtct gttagaatgctgcgtgacacaccaatgatgaaacaggaaaaagatttgactcaaaac--- ------ccagttgaggactacatagacaaggtggtcgacactgtactacaggtcccaaac acccaacccagtggtccacaacacagtattcaaccaagtgctttgggcgctatggaaatt ggggcatcttcaaccaccataccaggtgatctcatagagactaggtatgtaatcaactca aatactaacagtgaagccctaattgagaacttcatgggccgctcagctctttgggccaag atccaggt---ggcga-a------------------------------------------ ------------------------tggttttgcaaaatgggatataaacttccaagagca tgcacaagtcagaaagaaatttgaaatgtttacatatgctagatttgacatggaagttac tgttgtcaccaacaacacaggtt------------------------------tggtaca aatcatgtttgtaccacctggtatagatgcaccagatagtattgactcccgtctatggga ttctgcctccaacccgagtgttttctatcaaccaaaatcaggttttcctaggtttactat tccattcactggattgggttcagcttattatatgttttatgatggttatgatgtccccag aaataaaagtaatgctgtgtatggtatcacatctacaaatgatatggggacactttgctt cagagctatggaagacaccaatgaacacag------------cattagagtctttgtaaa gcctaaacataccatagcatggattccacgaccacctcgtgccacccaatacacccacaa attcagcacaaactaccatgttaagaaaccagatgacactactg------gactactaa- --tacagaaacactttattaaccacaggac---------t---gatataaaa-------- -----------a------------------ctgcaggcccaagtgatctctttgtccata cagccactatgatttacaggaatgcgcacttaaccagcttgaatg------acaaaaccg ttctactggctctcagtgc------agatctccaggtggacgcagctgaccagccaggcc cagataccatcccacaatgtgactgcttggagggctgctactatagcaaaagtttagata gatatataccagttaaattagaagcacacgactggtatcagatagaggaaacctgttatt acccacagcacatccagtataatataatgattggtgaaggacattgtcagcctggagact gcggagggaagttactgtgcactcatggtgtgattggcatcatcacagctggtggagaca atcatgtagctttcacagatctaagaccctatt---catgtttagacactcaccaaggtc ctattcaggactatgtgacacaattagggagtgcctttggtagcggtttcactgacacac ttaaagaccaattgacagatgtgagtgcccatattaaagacaaaattacttcaaaggtag ttaaatggctagtacgtatcatcagtgcacttaccataatgatacgtaacagtactgaca cacccactgtacttgcaacccttgctcttttaggctgtcacaagtcaccatggtcatttc tcaaggaccggttatgtcagtggttaaacatcactagaccgccaagccgacaaggtgatg gctggttgaagaaattcactgaatgctgcaacgccgctaagggccttgagtggattggca ttaagatcagtaaatttatagaatggcttaaaaatagactgcttcctaccttacaacaca aaaaagaaatcttagatgaatgcaagaaaatagatctttatcaagaacaggttaaag--- ---gattttccaaagttgatgaaccagctcagcaggaactactaattaaagttgaaaaac tgaagaaaggtttagacagcctagcacctctgtatgcagttgaaaacaaaagagttacaa acatctataaagaactcaaagcattgtctgcatataaaacaacacagagaactgaaccag tatgcatactgatcagaggagctcctgggtgtgggaaatctttggttacttcaataatag ccagaggtttaaccaaaccaggtgac------atttactcccttcctccagaccctaaac attttgatgggtatgatcaacaagaagtggtaattatggatgatctgggccaaaaccctg atggtaaggacctttctatgttctgtcagatggtgtcaaccactaatttcattcccccaa tggcagctctggaagataaggggaagacctttacaagtaaatatatattagccagcacaa atcttttaaatctccaaccacccacagtaacagtccccgaagccattgacaggcgcttct acttagatttagatcttaagatcttgcaagggtaccaaaatcaagtaggcttgctagata ctgccaaagcacttcagccctgtgcgaactgtagtaagccaccacattacaaacaatgtt gtcctttgctatgtggtaaagctgtagtactggtgaacaggagaactaagggcagttatg ctatcaacatggtggttcagcaacttatagaggagagcaaatccagaaagagtgttggca ataatttaacagctatatttcagggcttgg---------------------------gtg ataaggaaaccccaggtttcataatagatcttctatcatcatctaaagaccctaaagtca ttcaatactgccaagaccagggctacatctcaccagtccatggctcaa---ttgagcgag attttgcttatgtcacatatgctctaaattgtctaggtagtcttgtgattattctgggta ccatatacgcattatatcgcttgatgtgtattgcccaaggaccatacacaggcatgc--- ctactacacccaagaagaaacctgagttaagaagagcaaccttgcaaggtcctgaacatg aatttttgaatgcccttattagaagaaactgccatatcattaccactgacaaaggagaat ttaacctactaggtatatactctaactgtgctgtagtaccaacacatgctgaacctggtg acgtggtagatattgatggaaggttagttagagtgcttaaacaacaagtcctcactgata tgaatgatgtggatacggaagtaactgtgttgtggcttgaccagaatgaaaagttcagag acataagaagatttatacctgaacatcagcaagattggcacaatatacatttagctacca atgtcaccaaattccctatgctcaatgtagaagtaggacacactgtaccctatggggaaa tcaatcttagtggtaatgctacatgcaggttgtacaaatatgactatccaacccaaccag gtcaatgtggtgcagtgctggccaacacaggtaatatcataggaatacatgtgggtggaa atggtagggttggttacgcagcagcactacttaggaaatattttgctgaggaacaaggtg ccatcatttctaaatgtaatgttaaggaaaagaactggaaacccgtcaatacaccctccc agaccaaactacaccctagtgtcttccacgatgtgtttcctggtgttaaggaaccagcag ctttacaccccaaggatccacgattggaagtagacctcactacagctgttatgtcaaaat ataaaggtaatattgatgtccctatgaatgagtacatagaaacagccgttgaccactacg cggcacaactttacatgcttgacatcaacccagaaccaatcaccatggaacaagcaatat atggttatgctaacttggaaccattggaccttaccactagccctggtttcccttatgtgt ctttgggcgtgaaaaagaaagacatcttaaacaacgctactaaagacacaaggaaaatgc aacagatgttagatctgtatggtattgatctaccctacataactttcctaaaggatgaac tccgcgccccagagaaaattaaggctggtaagaccaggattgtggaggctgctagtgtca atgatacagtgtactttagaacaacttttggcaatctatacagtacttttcatgcaaacc caggtatcttaacaggctcagctgtggggtgtaatccagatgtgttttggtcacaaatgc atgctatgttagatggagaac---tcattgcttttgattacaccaattatgatggcagct tggaaccagtgtggtttaaagcgcttgggaaagtgttagatcagcttggcttccctgga- --caccttacacaaagattgtgtaatacaacccacatcttcagagacacaacctacgatg tcaaaggtggcatgccgtcaggaatttcaggtacctccatatttaacactatgatgaaca atatcataataagaactctggtcttggagacttacaaaaacatcaatttggacaaactac gcattattgcctacggtgatgatgtagtagcctcatatccagatgaattggacccaaagg agattgccatgacggccaagcgttatggtctcactatcactcccccagataaaacagatc aattttccaagatgacctgggataatgtgaccttccttaaacgtaaatttaaacctgact ccaaatacaaatttctgatacatcctgtttactcaatgcaggatgtttatgagtcaatca gatggactaaggatccaaagaacacgcaggaccacgtccattcgttgtgtttgttagcct ggcacaatggagaagaggtttatg-aggatttctgcgccaaaattaggacaactagtgtt ggcaagagtctgtatttaccaccatacaaatacttgtacagacagtggattgacctcttc -----------------------atttga------ttgg--cccacaatctatatacta- ------aattgtttgat---tagaacttag---ttagta--------------------- ------------------------------------ >MF973193.1 Human rhinovirus A1 strain 5Q1, complete genome ---------------------------------------accacccaatgggtgtt---g tactctgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------tc cc------tcccctc-ccc-------------atcctt-tt------------------- ------acgtaac----ttagaagt-t-ttaaat------acaagaccaatagt-aggca actct-ccaggttg-t----c-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaacagataccgttatccgcaaagtgcctacac agagcttagtagga-ttctga-aa-gatctttggttggtcgttcagctg------catac cc-agcagtagaccttgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcgcacctc-tcatgaggt----------gtgaagccaaa-gatcgg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccatggctcataagccaatgagtttatggtcgtaacgagtaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac--------ttttt-ccttta- ---ttaattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tattg--atatatat tggcatcatgggcgcccaggtatctagacaaaatgttggtacacactcaacccaaaattc agtgtcaaatggatcaagtttaaattactttaatataaattacttcaaggatgctgcctc aagtggtgcatctagattagatttctctcaagatccaagcaaattcactgacccagttaa agatgtcttagaaaaggggatcccaacactacaatcaccatctgttgaggcttgtggcta ttcagacaggattatgcaaataaccagaggagattcaacaatcacatctcaagatgtagc aaatgctgtggttgggtatggggtctggccgcattacttaacaccacaagatgccactgc tatagacaaaccaacacaacctgatacatcatcaaatagattttatacactagagagtaa acattggaatggtagttcaaaaggatggtggtggaaattaccagatgctcttaaagacat gggtatttttggagaaaatatgtattatcatttcctgggtagaagtggatatacagttca tgtgcagtgtaatgctagtaaattccatcagggtaccttgttagttgcaatgataccaga acaccagctagcaagtgcaaaacacggaagtgtgactgctggttacaaactcacacaccc aggtgaggctggcagagatgtaagtcaagaacgtgat-----------gc---aagtt-- -taagacaacctagtgatgatagttggcttaattttgatggcacccttcttggaaattta ttaattttcccacatcaatttataaaccttaggagtaataattctgcaactctaatagta ccatatgtaaatgctgtgccaatggattcaatgcttcgacataataactggagcctggtc atcataccaattagtccattacgtagtgaaactacatcttctaata---tagtgccaatc actgtatcaataagtcccatgtgtgctgaattttctggtgcaagagcaaaaaacatt--- ---------------------------------------a------aacaaggattacct gtatatataactccaggatctgggcaattcatgactactgatgatatgcaatcaccttgt gcactaccctggtaccatcctactaaagaaatatctattccgggtgaagttaaaaacctt atagaaatgtgtcaagttgataccttgattccagtcaataatgtgggtaacaat---gtt ggaaatgtcagtatgtacactgtacaactagggaaccaaacaggca------tggcacaa aaagtcttttcaataaaagtagacattacatcacagcctttggctacaactttaattggg gagattgcaagctattacacccattggactggcagtctgcgatttagttttatgttttgt gggactgcaaacacaacacttaaattattacttgcatacacaccacctggtattgatgaa ccaacaactagaaaggatgcaatgctagggacacatgttgtgtgggatgttggattgcag tctactatatctcttgttgtaccatgggtgagtgccagccacttcaggttaactgcagat aataaatactccatggctggttatatcacatgttggtaccaaactaatttagtagtgccc ccaagtacgccacagactgctgatatgctgtgttttgtttctgcatgtaaagatttttgt ctacgaatggcaagggatacagatttacacatacaaagtggtccaatagagcaaaat--- ------ccagtagaaaactacattgatgaagttttaaatgaagttttagtagtgccgaat ataaaagaaagtcatcacactacatcaaactctgccccacttttagatgctgcagagacg ggacacaccagtaatgttcaaccagaagatgctatagagacaaggtatgttataacatca caaacaagagatgagatgagtatagaaagtttccttggtagatctggttgtgtccacatc tcaagaataaaggttg-attacact----------------------------------- -gactataatgga---caggacataaatttcacaaaatggaaaatcacactacaggaaat ggcacagattaggagaaaatttgaattgtttacatatgtcaggtttgactcagaaataac cttggtgccttgtattgctggtagaggagacg------acattggacatattgtaatgca atatatgtatgttcctccaggagctccaattccttcaaaaagaaacgatttctcatggca atcaggcaccaatatgtcaatattctggcaacatggacagccatttcctagattttcttt accatttcttagcattgcatcagcttattatatgttttatgatggatatgatggagacaa cact------tcttccaagtatggtagcgtagttactaatgatatgggtactatatgctc aagaatagttacagaaaaacagaaacattctgttgtcatcacaacacacatatatcataa agctaaacacacaaaagcttggtgtcctaggccccctagagctgtcccttacacacatag tcatgtgactaattat------atgccagaaacagg---------------------tg- --acgtgacaacagccatagtccgcagaaa---------c---actataaca-------- -----------act------------------gctgggcccagtgatctatatgtgcatg taggtaacttaatatatagaaacttacatctgttcaattctgaaa---tgcatgattcaa ttttgatttcatactcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactataggtg atgattatattcccaattgtaactgcactgaggctacttattattgtagacacaaaaata ggtattacccaataaaagttactccacatgattggtatgaaatacaagagagtgaatatt accccaaacacatccaatacaacctattaattggtgaaggaccatgtgaacctggtgatt gtggtggaaaacttctttgtagacatggtgtcattggcataatcacagcaggtggtgaag gtcatgtagcatttatagatcttagacaat------ttcactgtgctgaggaacaagg-- -cataactgattacatacacatgttgggagaggcttttggcaatggttttgtagatagtg ttaaagaacaaataaatgcaataaatc------caatcaataacattagtaagaaggtta ttaagtggctacttagaataatctcggctatggttattataatcagaaactcctctgacc ctcaaacgatcatagcaaccttgacactaattggttgcaatggttcaccatggagatttc tcaaagaaaagttttgcaaatggacccaattaacttatatccacaaagagtct---gatt catggcttaagaaattcactgaaatgtgtaatgctgcacgtggtcttgaatggattggta ataaaatttcaaaatttatagattggatgaaatcta---tgctaccccaggcccaattga aagttaaatacttgaatgaaataaagaaactcagtttgcttgaaaaacagattgaaa--- ---atctacgtgcggcagatagtgcaacacaagagaaaatcaaatgtgaaattgacaccc tacatgatctatcgtgcaaatttcttcctttgtatgcacatgaggcaaaaagaatcaaag tgctttataataaatgttccaatataat------taaacaaagaaagagaagtgaaccgg tggcggtgatgatacatggaccacccggtactggtaaatctataacaactaacttcttgg ctagaatgataacaaatgaaagtgat------gtgtactcattacctccagatcccaaat attttgatggttatgacaatcagagtgttgtaatcatggatgatattatgcaaaatccag atggagaagacatgacactattttgccaaatggtttcaagtgttacatttataccaccca tggctgatttgcctgacaagggtaaaccatttgattcaagatttatcttatgtagtacta accactcgcttttagccccacctactatatcttcattacccgcaatgaatagaagatttt tctttgacttagatattgtagttcatgacaattataaagatacacaagggaaattagatg tatccaaagcttttcgaccttgtaatgttaacaccaaaattggcaatgcaaaa---tgtt gtccatttgtatgtggtaaggcagtgacattcaaagatcgcagcacttgctcaacataca ccttagctcaagtttacaatcacattttggaagaagacaaaagaaggagacaggtggtgg atgtcatgtctgcaattttccaaggaccaatttctt---------------------tag acgttccaccaccaccagctatagcagatctgttacaatcagttagaacacctgaggtaa tcaagtactgtcaagataataaatgggtcattccagcagagtgccaag---tggaaagag acttaaatatagccaatagcataatagctattatagcaaatataataagtatagctggca ttatatttgtaatttataaattgttttgttcattacaaggaccatactcaggtgaac--- ctaaacctaaaaccaaagtacctgaa---agaagagtagttgctcaaggtccagaagaag aatttggaaggtcaattctcaaaaacaatacttgtgtgattactacaggtaatggaaaat ttacaggtcttggtatacatgacagaattctaatcatcccaacacatgctgatccaggta gagaggtccaagttaatggtgtccacactaaggttctagactcatatgatctttataata gagatggagttaaacttgaaataacggtcatacaattagatagaaatgaaaaatttaggg acattagaaagtatatacctgaaacagaagacgattatccagaatgcaatttggcacttt cagctaatcaagatgaaccaactataattaaagtaggagatgtagtgtcctatggcaata ttttgcttagtggaaatcaaacagccagaatgcttaaatataattaccccacaaaatcag ggtattgtggaggggtactatataaaattggtcaaattctaggtattcatgtgggtggaa atggaagggatggtttttcagctatgttacttagatcatactttacagatactcagggcc aaattaaagtcaataagcatgctactgaatgtggtcttccaactatacacactcctagca aaaccaaacttcagcctagtgtattttatgatgtcttcccaggctctaaggaaccagctg tgctcacagataatgaccctagattggaagttaattttaaagaagctttattttctaaat ataaaggtaatgtggaatgtaatttgaatgaacatatggaaattgctattgcccattact cagcacaattaatgacactagatattgattccaggccaatagcattggaagatagcgtgt ttgggatagaaggacttgaggctttagatctaaacaccagtgcagggtttccttatgtca caatgggtattaaaaagagagatttaataaataacaaaacaaaagatatatccaggctta aagaggctctagataaatatggagttgacttacccatgatcactttcttaaaagacgagc ttaggaaaaaggagaaaatttcaacaggtaaaactagagttatagaagcaagtagtataa atgacacaatattatttagaactacttttggcaatttgttctctaagtttcatttaaacc caggcgttgttactggctctgcagtagggtgtgaccctgagactttctggtctaaaatcc cagttatgcttgatggagattgtataatggcttttgactatacaaattatgatggtagta tacaccctgtctggtttcaagctctgaaaaaagttcttgaaaatttatctttccaatct- --aatttaattgatagattgtgttattccaagcacttgtttaaatcaacatattatgaag tggcaggtggagttccttctgggtgttctggaaccagtatattcaatactatgattaata acattataataagaacactagttctagatgcatacaaaaatattgatctggacaagctta aaataattgcatatggtgatgatgtgattttctcttataaatatactctagatatggaag ctattgctaatgaaggaaagaaatatggacttacaataacaccagcagataagtccaatg aattcaagaaacttgattatagtaatgtgacttttcttaaacgtggttttaagcaagatg aaagacatacattccttattcatcctacattcccagtggaagagatacatgaatcaatta gatggaccaagaaaccttcacagatgcaagaacatgtgctatcattatgtcacctgatgt ggcacaatggacgtaaggtgtatg-aagatttctctagtaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtatatcccaccttatgatctgttgaaacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ataatga --atg-aatgattctt-------------------------------------------- ------------------------------------ >MG950179.1 Human rhinovirus C56 strain USA/2017/CA-RGDS-1003, complete genome ---------------------------------acccacaccgtctacg-gacgta---g tactcttgtatttcggtacatttgtacgccagttt-----------------------tc ------------cct-ccc-------------tcccccctt------------------- ----tcacgtaact--tatagaagc-ttgaacata----ca---ggcgaatagg-aagcc aacaaaccatgttg-g----t-aaacgccaagca-cttct-gttt-ccccgg-tattaga gtgttaggcttctcacgaggc-tgaagcttgatatatcgttacccgcacagttactaagc agagcctagtaaca-ctttga-tctctatactggctggtcgctccgtcaga------aac cc-cctgatagacctggcagatggggctggaaattccccactggtgacagtgttccagcc cgcgtggctgcctgtccccctt-t-ctt-ggg----------ggaaagccaat-atatag acaaggtgccaagagccgcgtttgctaattgt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctatcgcatggattccaccatgtaggtagtcgtaatgggcaact gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttata-cctta-- ----ttttatctcatggtgaca-----ac-atatattgacaa----gta----t-atgtt gactaccatgggtgcacaagtgtccaagcaaaacactggatctcacgaaaatgcaatcaa tgccaacaatggaggtgtgattaagtatttcaatattaactactataaggactctgccag ctcaggtttaaccaaacaggatttttctcaagatccgtctaagtttacacagcctcttgt tgacacattgacaaa------ccctgctttaatgtctccctcagtagaagcatgtggatt ttccgataggctcaaacaaatcactatcggcaactccacaattactacccaggatgctat acacacagttcttgcttatggggaatggccacagtatctttctgacatcgatgctacatc agttgataaacccacacacccagaaacatcagcggatagattctatactttagctagtgt ggactgggatgggaactccaagggttggtggtggaagctgccagatgctttaaaggagat gggaattttcgggcaaaatatgtactatcactcaatgggaaggtcaggttacataataca cacacagtgtaacgctaccaaatttcatagtggagcactcttggttgtccttataccaga acaccagttagcatatataggtagtgagaaggtagacgttgcttatgaacatacacaccc tggagaaaatggtcacaagataggcgttaacaag--------------ttaagggaca-- -actttcaaccagatgaggatccattctacaattgtaatggcactctttttggtaacctt actatcttcccccatcagattatcaatctgaggacaaataattccagtacaattataaca ccatatattaattgtcaaccaatggacaacatgctcaaacataataacttgacactgtta atagtaccattagtcacactcagagccagcatcactaccaccccta---cagtatctata actgttacaatagcaccatataaatctgagttttctggtgctatgcaac----------- --atca------------------------------aacc--------cagggattaccc acacgtatacctagtggagggcaacagtttatgaccacagaggatgagcaatcagccaac ttactccctgggtttcatccaagcaagaagatacaaattccaggcaagatcacaagtgtt cttcacatggcgagggtggactctttcatgcccattaacaatataccaaccgag---gaa ggtaaggtgagtatgtacaacattaccgtcacccgcaaag------gctcaaatagcggg ctcttgctcaccataccgctagaaatgagcaacacactcttttccactactctactaggt gaagtgcttaattacttcacgaactggtctggtagcataacactaacctttatgtgtgtg tgtgattcattttccactgggaaatttctcttagcttacacgccaccaggaggggcccac ccaaaaaaccgcaaggaagctatgcttggtgttcacatcatatgggatctaggcctgcaa tcttcttgcacaatggttgtaccatggatgtcttcaggattttatcgtagaacagagtca gataattatacacatgctggctacgtttcactgtggtaccaaacagacttcattccatct tcaacacaagtaactcagggggccattctagtcacttgcagtgggtgtcctgatctatct gtaagaatgttaagagatacaccaatgatgaaacaa---accaacgacttacagaacaat gat---cccattgacacatatgtccatgatgtcctcaatgaggttgttgtggttccagac accaaaccgtcgggaccacaacataccactagacccagtgcattgggtgcaatggaaata ggagcctccagctcaaccatccctgagtcagtaatagaaaccagatatgtagtgaatgac aacacaaatgaggaagctgaaatagagatgttcttgggtcgttccgctttgtggtcaaag tttaatct---aactg-g------------------------------------------ ------------------------taagtttgccaagtgggacattagtttccaggaaca ggctagcattaggaaaaagtttgaacttttcacatatctcagatttgacatggaagtcac aattgtcaccaacaacgagggtc------------------------------taatgca agtcatgttcatccctccaggacttgaaaaacccaccagtgatgcagatcgactatggga ctctgcatccaaccccagtgtctttttccaacccaagaatggattccctcgcttcaccat cccgttcactggactagcctcagcttattacatcttctatgatggatacaccacaagaga agtacccagagacaacacttatggcatctccccaactaatgatatggggacattgtgttt ccgatcattagatgattctgtcaatagtca------------catcaaggtgtacatcaa accaaagcacataactgcttggatccctagaccacccagagctactgagtatacccatgc atacagtacaaactatcactacagaaagaaaactgaaccagaac------aaaatctaa- --ggaatagacacttcatgaaatttaggga---------t---gagatcaaa-------- -----------acaacatatccactcgtttcagcaggacctagtgatttgtgtgtgcaca ccaaagatgccatatacacatgtgcgcatctcacccaacctaatg------aaaacacaa ttttactagcattgacagc------agatttgcaagtggatgcctcagatactcaaggcc cagacaacatacctacatgtgattgtacccaagcttgctactacgcaaagcatgcagaca gatattatcctgttaacctggttgcacatgattggtatgagattcaagaatcagagtact atccaaaacatatacagtataatatcctgataggtgaaggtccttgcaagcctggggatt gtgggggaaaactactctgtaaacatggtgtaatagggataatcacagcaggtggtgagg gacacgtggcgtttacagacttacgaccatatg---catgcctcacttcccaccaaggct tggtaactgactatgtcaatcaattgggtgttgcttttggagatggattctccagcaata ttaaggatcacttaacagggttgtgcacctcaatatcagataaaataactaccagggtca taaaatggctaattagaatcattagtgccttgactatcatgatcagaaattcaagtgaca ctgcaacaattctagcaacattagcacttctagggtgtcatggatccccatgggcttttc ttaaagacaaaatatgtcaatggttaaacatccccaagcccccatctagacagggagagt cctggctaaagaaattcacagaatgttgcaatgctgccaaaggtcttgagtgggtcgccc agaaaataggcaaatttattgactggttgaaagaaaaacttatacccacagtccaaagaa agagagaaactctggaacagtgtaaaaagatagggctatatgaacagcaggtgcaag--- ---gttttgcacattcagatgctgatgcccaacaacagctgatagtagaaatatccaaat tgaagagagggttggacgatcttgccccattgtatgctagtgagaataaaagggtaacca atatacagaaagatttgcagcgtctgacagcataccagaaaacccacaggcatgaacccg tatgctgcttgatacgaggaccacctgggtgtggtaagtccttggtaacatctataatag cacacggattaactaatgaggccaat------atatattcattgccaccagaccccaagc attttgatggttacaaccagcagacggtagtgattatggatgatgtgggtcaaaaccctg atggaaaagatcttagtatgttttgtcagatggtttcaactacagaatttattgtaccca tggcaagcattgaggataagggtagatcatttactagccattatgtccttgctagtacca acctggattctttatcccctccaaccattacaataccagaagcaatcagcaggaggtttt tcctagataccgatttacaagtgcttagcaaatttaaaacaccaaatggtttgctagatg tggctaaggcattacaaccttgtacaaagtgttccaaacctatgcactacaagcagtgct gcccaatactatgtggccaagcattagtattgaaggacagaagaacttcagctagttatc ccttattggcagtggtagaacaactcagggcagaaaatgagacgagaggcaaagtcaaaa ccaacctcagagctatattccaagggctag---------------------------gag acaccacaccacctggtttcatagtagatttgttatccagctcaaaagaccccaaagtga tggaatactgtgtagaacaaggatggatgggtaaagcacattccacaa---tagagagag atttcaaatatgtacaatatgctcttaattgtttaggtagtcttatcataatcttaggaa ctatttacgcactgtataagttgatgtgtctaacacaaggtgcttactctggaaatc--- caacaccagtggttaaaaagccagaactcaggaaagccacgttgcaaggaccacagcatg agttcatcagggcactcgtgaagagaaactgtcatataatcacaacaagcaagggtgagt ttaacctacttggagtgcatgataactgtgctgtggttcccacgcatgccgaatgcgggg aatttgtcaatgtggatggtagattagtgaaagtgctgaaacaacagattttaacagaca tggatgatgtggacaccgaaattactttaatttggctggatcaaaatgaaaaattcagag acatcagaagattcatcccagagcatcaacaggagtggtcacacatgcaccttgcaacta acgtcaccaaattcccaatgttagatgtcgagattggtgacgtggtaccatatggacagc ttaaccttagtggaaatcctacatgtagactgatgaaatatgactaccctacgcgccctg gacagtgtggaggggttatcttaaatacagggaatgtggttgccattcatgtggggggta atggtagagtaggttacggagcagcgttactacgcaaatactttgcccaagcacaaggtg acatctgtaaaagagcggcaactaaagatgcaggttactacaccattaataccccatcca aaagtaaattgcaccctagtgttttccatgacatctttcctggaaccaaggaaccagcag cattaagttcaaaggattctagattagaggtggatttggatacagctgtattttccaaat acaaaggtaatgtgactgttgaatggaatgaacacctacaaacagcggtggaccattatg cagcacagctctttgtcctggatatcaacccagaaccaatcacaatggagcaagcagtct atggtgtaacaaatttagaacctctggatttgacaacaagtgctggttacccgtatgctg cttttggaataaagaaaagggacattgtgaacaagactactagagatgtagttaaattgc aggaaatgttagatcgatatggtgttgatttgccatacatcacatacctgaaggatgaac tacgcagtccagagaaaataaagctgggtaagaccagagcaattgaagcagctagcctaa atgatacagtacattttagaatgatttttggtaatcttttctccacctttcatgctaacc caggcatattgacaggatcagcagtcggttgcaaccccgatattttctggtcccagttgt atgcatcattagatggtagtt---tactagcttttgattacaccaattatgatggtagtt tgcatccgatctggtttgaagccttgggcaaggttttagatcagatagggtttcctggt- --aatctaatgaagaaattatgtaacactactcatatatacaaagatcaagtttacatgg tggagggtggcatgccctcaggtatatgtggaaccagcatattcaacactatgataaaca acataataattaggacattaatactagaaacctataaaggtatagatttagataaactca agatggtagcttatggagatgatgtgttagcttcctaccccttccccttggatgcaaagg aactctcagagacagcaaagaaatatggactcaccatcactccacctgataaatcaacag agttcaaaccaatgtcatgggacaatgtcaccttcctgaagcggaaattccgtcccgatg atcgctacaagtttcttatacaccctgtatacagtatggaggatgttcatgaatcaatca gatggactaaagatccaaagaacactcaagatcatgtacgctccttgtgtcagctggcct ggcacaacggaaaggacctatacg-acgggttccttgaacagatccggagctgcgccgtg ggtaggcgcttgcagcttccaccatactccagtttgtacaggcagtggatagatgaattt -----------------------atttga---at----------------gatataata- ------ttatgtttgca---ttagaa---------------------------------- ------------------------------------ >MG950178.1 Human rhinovirus C56 strain USA/2016/CA-RGDS-1002, complete genome -----------------------------------ccacaccgtctacg-gacgta---g tactcttgtatctcggtacatttgtacgccagttt-----------------------tc ------------cct-ccc-------------tcccccctt------------------- ----tcacgtaact--tatagaagc-ttgaacata----ca---ggcgaatagg-aagcc aacaaaccatgttg-g----t-aaacgccaagca-cttct-gttt-ccccgg-tattaga gtgttaggcttctcacgaggc-tgaagcttgatatatcgttacccgcacagttactaagc agagcctagtaaca-ctttga-tctctatactggctggtcgctccgtcaga------aac cc-cctgatagacctggcagatggggctggaaattccccactggtgacagtgttccagcc cgcgtggctgcctgtccccctt-t-ctt-ggg----------ggaaagccaat-atatag acaaggtgccaagagccgcgtttgctaattgt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctatcgcatggattccaccatgtaggtagtcgtaatgggcaact gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttata-cctta-- ----ttttatctcatggtgaca-----ac-atatattgataa----gta----t-atgtt gactaccatgggtgcacaagtgtccaagcaaaacactggatctcacgaaaatgcaatcaa tgccaacaatggaggtgtgattaagtacttcaatattaactactataaggactctgctag ctcaggtttaaccaaacaggatttttctcaagatccgtctaagtttacacagcctcttgt tgacacattgacaaa------ccctgctttaatgtctccctcagtagaagcatgtggatt ttctgataggctcaaacaaatcactatcggcaactccacaattactacccaagatgctat acacacagttcttgcttatggggaatggccacagtatctttctgacattgatgctacatc agttgataaacccacacacccagaaacatcagcagatagattctatactttagctagtgt ggactgggatgggaattccaagggttggtggtggaagctgccagatgctttaaaggagat gggaattttcgggcaaaatatgtactatcactcaatgggaaggtcaggttacataataca cacacagtgtaatgctaccaaattccatagtggagcactcttggttgtccttataccaga acaccagttagcatatataggtagtgagaaggtagacgttgcttatgaacatacacaccc tggagaaaatggtcacaagataggcgttaacaag--------------ttaagggaca-- -actttcaaccagatgaggatccattctacaattgtaatggcactctttttggtaacctt actatcttcccccatcagattatcaatctgaggacaaataattccagtacaattataaca ccatatattaattgtcaaccaatggacaacatgctcaaacataacaacttgacactgtta atagtaccattagtcacactcagagccagcatcactaccaccccta---cagtatctata actgttacaatagcaccatataaatctgagttttccggtgctatgcaac----------- --atca------------------------------aacc--------cagggattaccc acacgtatacctagtggggggcaacagtttatgaccacagaggatgagcaatcagctaac ttactccctgggtttcatccaagcaagaagatacaaattccaggcaagatcaccagtgtt cttcacatggcgagggtggactctttcatgcccattaacaatataccaaccgag---gaa ggtaaggtgagtatgtacaacattaccgtcacccgcaaag------gctcaaatagcgga ctcttgctcaccataccgctagaaatgagcaacacactcttttccactactctactaggt gaagtgcttaattacttcacgaactggtctggtagcataacactaactttcatgtgtgta tgtgattcattttccactgggaaatttctcttagcttacacgccaccgggaggggcccac ccaaaaaaccgcaaggaagccatgcttggtgttcacatcatatgggatctaggcctgcaa tcttcttgcacaatggttgtaccatggatgtcttcaggattttatcgtagaacagagtca gataattatacacatgctggctacgtttcactgtggtaccaaacagacttcattccatct tcaacacaagtaacccagggggccattctagtcacttgcagtgggtgtcctgatctatct gtaagaatgttaagagatacaccaatgatgaaacaa---accaacgacttacagaacaat gat---cccattgacacatatgtccatgatgtcctcaatgaagttgttgtggttccagat accaaaccgtcgggaccacaacataccactagacccagtgcattgggtgcaatggaaata ggagcctccagctcaaccatccctgagtcagtaatagaaaccagatatgtagtgaatgac aacacaaatgaggaagctgaaatagagatgttcttgggtcgttccgctttgtggtcaaag tttaatct---aactg-g------------------------------------------ ------------------------taagtttgccaagtgggacattagtttccaggaaca ggctagcattaggaaaaagtttgaacttttcacatatctcagatttgacatggaagtcac aattgtcaccaacaatgagggtc------------------------------taatgca agtcatgttcatccctccaggacttgaaaaacccaccagtgatgcagatcgactatggga ctctgcatccaaccccagtgtctttttccaacccaagaatggattccctcgcttcaccat cccgttcactggactagcctcagcttattacatcttctatgatggatataccacaagaga agtacccagagacaacacttatggcatctccccaactaatgatatggggacattgtgttt ccgatcattagatgattctgtcaatagtca------------catcaaggtgtacatcaa accaaagcacataactgcttggatccctagaccacccagagctactgagtatacccatgc atacagtacaaactatcactacagaaagaaaactgaaccagaac------aaaatctaa- --ggaatagacacttcatgaaatttaggga---------t---gagatcaaa-------- -----------acaacatatccactcgtttcagcaggacctagtgatttgtgtgtgcaca ccaaagatgccatatacacatgtgcgcatctcacccaacctaatg------aaaacacaa ttttactagcattgacagc------agatttgcaagtggatgcctcagatactcaaggtc cagacaacatacctacatgtgattgtacccaagcttgctactacgcaaggcatgcagaca gatattatcctgttaacctggttgcacatgattggtatgagattcaagaatcagagtact atccaaaacatatacagtataatatcttgataggtgaaggtccttgcaagcctggggatt gtgggggaaaactactctgtaaacatggtgtaatagggataatcacagcaggtggtgagg ggcacgtggcatttacagacttacgaccatatg---catgccttacttcccaccaaggct tggtaactgactatgtcaatcaattgggtgttgcttttggagatggattctccagcaata ttaaggatcatttaacagggttgtgcacctcaatatcagataaaataactaccagggtca taaaatggctaattagaatcattagtgccttgaccatcatgatcagaaattcaagtgaca ctgcaacaattctagcaacattagcacttctagggtgtcatggatccccatgggcttttc ttaaagacaaaatatgtcaatggttaaacatccccaagcccccatctagacagggagagt cctggctaaagaaattcacagaatgttgcaatgctgccaaaggtcttgagtgggtcgccc agaaaataggcaaatttattgactggttgaaagaaaaacttatacccacagtccaaagaa agagagaaactctggaacagtgtaaaaagatagggctatatgaacagcaggtgcaag--- ---gttttgcacattcagatgctgatgcccaacaacagctgatagtagaaatatccaaat tgaagagagggttggacgatcttgccccattgtatgctagtgagaataaaagggtaacca atatacagaaagatttgcagcgtctgacagcataccagaaaacccacaggcatgaacccg tatgttgcttgatacgaggaccacctgggtgtggtaagtccttggtaacatctataatag cacacggattaactaatgaggccaat------atatattcattgccaccagaccccaagc attttgatggttacaaccagcagacggtagtgattatggatgatgtgggtcaaaaccctg atggaaaagatcttagtatgttttgtcagatggtttcaactacagaatttattgtaccca tggcaagcattgaagataaaggtagatcatttactagccattatgtccttgctagtacca acttggattctttatcccctccaaccattacaataccagaagcaatcagcaggaggtttt tcctggataccgatttacaagtgcttagcaaatttaaaacaccaaatggtttgctagatg tggctaaggcattacaaccttgtacaaagtgttccaaacctatgcactacaagcagtgct gcccaatactatgtggccaagcattagtattgaaggacagaagaacttcagctagttatc ccttattggcagtggtagaacaactcagggcagaaaatgagacgagaggcaaagtcaaaa ccaacctcagagctatattccaagggctag---------------------------gag acaccacaccacctggtttcatagtagatttgctatccagctcaaaagaccccaaagtga tggaatactgtgtagaacaaggatggatgggtaaagcacattccacaa---tagagagag atttcaattatgtacaatatgctcttaattgtttaggtagtcttatcataatcttaggaa ctatttacgcactgtataagttgatgtgtctaacacaaggtgcttactctggaaatc--- caacaccagtggttaaaaagccagaactcaggaaagccacgttgcaaggaccacagcatg agttcatcagggcactcgtgaagagaaactgtcatataatcacaacaagcaagggtgagt ttaacctacttggagtgcatgataactgtgctgtggttcccacgcatgccgaatgcgggg aatttgtcaatgtggatggtagattagtgaaagtgttgaaacaacagattttaacagata tggatgatgtggacactgaaattactttaatttggctggatcaaaatgaaaaattcagag acatcagaagattcatcccagagcatcaacaggagtggtcacacatgcaccttgcaacta acgtcaccaaattcccaatgttagatgtcgagattggtgacgtggtaccatatggacagc ttaaccttagtggaaatcctacatgtagactgatgaaatatgactaccctacgcgccctg gacagtgtggaggggttatcttaaatacagggaatgtggttgccattcatgtggggggta atggtagagtaggttacggagcagcgttactacgcaaatactttgcccaagcacaaggtg acatctgtaaaagagcggcaactaaagatgcaggttactacaccattaataccccatcca aaagtaaattgcaccctagtgttttccatgacatctttcctggaaccaaggaaccagcag cattaagttcaaaggattctagattagaggtggatttggatacagctgtattctccaaat acaaaggtaatgtgactgttgaatggaatgaacacctacaaacagcggtggaccattatg cagcacagctctttgtcctggatatcaacccagaaccaatcacaatggaacaagcagtct atggtgtaacaaatttagaacctctggatttgacaacaagtgctggttacccgtatgctg cttttggaataaagaaaagggacattgtgaacaagactactagagatgtagttaaattgc aggaaatgttagatcgatatggtgttgatttgccatacatcacatacctgaaggatgaac tacgcagtccagagaaaataaggctgggtaagaccagagcaattgaagcagctagcctaa atgatacagtacattttagaatgatttttggtaatcttttctccacctttcatgctaacc caggcatattgacaggatcagcagtcggttgcaaccccgatattttctggtcccagttgt atgcatcattagatggtagtt---tactagcttttgattacaccaattatgatggtagtt tgcatccgatctggtttgaagccttgggcaaggttttagatcagatagggtttcctggt- --aatctaatgaagaaattatgtaatactactcatatatacaaagatcaagtttacatgg tggagggtggcatgccctcaggtatatgtggaaccagcatattcaacactatgataaaca acataataattaggacattaatactagaaacctataaaggtatagatttagataaactca agatggtagcttatggagatgatgtgttagcttcctaccccttccccttggatgcaaagg agctctcagagacagcaaagaaatatggactcaccatcactccacctgataaatcaacag agtttaaaccaatgtcatgggacaatgtcaccttcctgaagcggaaattccgtcccgatg atcgctacaagtttcttatacaccctgtatacagtatggaggatgttcatgaatcaatca gatggactaaagatccaaagaacactcaagatcatgtacgctccttgtgtcagctggcct ggcacaacggaaaggacctatacg-acgggttccttgaacagatccggagctgcgccgtg ggtaggcgcttgcagcttccaccatactccagtctgtacaggcagtggatagatgaattt -----------------------atttga---at----------------gatataata- ------ttatgtttgca---ttagaac--------------------------------- ------------------------------------ >MN749151.1 Human rhinovirus A2 strain 12L4, complete genome -------ttaaaactggatccaggttgtt-cccacctggatctcccatagggagtg---g tactctgctattacggtagccttgtatgccagtttt----------------------at ------------ctc-ccc-------------tccccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-ttacac------aa-ggaccaatagt-cggta atcag-ccagatta-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacagcagcgatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcttagtagca-tctccg-aa-attgtctggttggtcgttccgcca------ttttc cc-cttggtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaaa-caatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gactcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagagcacgcaaaccagcgtgtttctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ttttt-- ----atattgcttatggtgacaa-tatat-a-c--------at--ca------tatatat tgacaccatgggcgcacaggtttcaagacaaaatgttggaactcactccacacaaaattc tgtgtcaaatggatctagtttaaattactttaatattaattattttaaagatgctgcttc aaatggagcatcaaaattggaattcacacaagatcctagcaagttcactgatccagttaa agatgttctagaaaagggaataccaacgttgcagtcccccacagtagaggcttgtggata ctctgataggattatacaaatcaccagaggagattcaactataacttcacaagacgtggc caacgctgtcgttgcatacggagtttggccacactatttatcctctaaagatgcttctgc aattgataagccctctcaaccggacacatcctctaacagattttacactctaaagagtgt gacttgggacagctcctcaaagggttggtggtggaaactacctgatgcacttaaggacat gggcatttttggtgaaaacatgttttaccactatctgggtagaagtggatacactataca tgtacaatgtaatgctagcaaatttcatcaaggtacactaattgttgctttaatacctga gcaccaacttgcaagtgcctcacacggtaatgtgaatgttggttacaactacacacaccc aggtgaaacaggcagggaggtcaaaagtggaaga--------------caaaatcctg-- -atctacaacccactgaggagtattggctaaattttgatggaacactccttggaaatatc accatattccctcatcaatttattaatttaaggagtaacaactctgctactataattgcc ccttatgttaatgctgtccccatggattcaatgcgtagtcataataattggagtctggta ataataccaatatgcccccttgagaca---tcaagcacaattaaca---ccatacccatc acaatatctataagccccatgtgtgcagaattttctggcgctcgtgccaa---------- --------------------------------------gc------gtcaaggattgcca gttttcatcacaccaggatcaggacagtttttaacaacagatgatttccaatccccatgt gcacttccttggtatcatccaacaaaggaaatttctattccaggtgaagtcaaaaatttg gttgaaatctgccaggtagacagcctggtaccaataaataatactgacacttac---atc aatagtgaaaatatgtattctgttgaattgcagtcatcaatcaaca------catcagag aagatcttttctattcgaacagatgttgcatcccaacccttagccactactttgattggt gaaatatctagctatttcacccattggacagggagccttcgtttcagttttatgttttgt ggtactgcaaacaccactgtcaaacttttgctggcatatacaccacctggtatcgcagaa ccagccaacaggaaggatgcaatgttaggtacccatgttatatgggatgtggggttacag tccacaatatcaatggtggtgccatggattagtgctagtcattatagaaacacatcacca ggtaggt---ctacagctgggtacataacatgctggtatcaaactagattagtcattcca cctcaaactccacaaacagccagactattatgttttgtgtctgcgtgtaaagatttttgt ttgcgcatggcacgagataccaacttacacctgcaaagtggtccaatagtacaaaac--- ------cctgttgagaactatatagatgaggtcttaaatgaagtcttggttgtcccaaat atcaatagtagtaaccctacaacatcaaactctgctccagcattagacgctgcagaaaca gggcatactagtaatgttcaaccagaggatgtcattgaaacaagatatgtgcaaacatca caaacaagagatgagatgagtttggagagctttcttggcagatcaggatgcatacatgaa tctaagttagaagtta-caattgaa----------------------------------- -aattacaataa---------gaaaaactatacagtatgggctattaatttacaagaaat ggctcaaattagaaggaaatttgaattgttcacctatactagatttgattctgaaataac tctagtcccatgcatttctgctattagtcagg------acattggacacatcacaatgca gtacatgtatgttccaccgggtgcaccagtgcctgatagtagggaccattatgcatggca atcgggtactaatgcttctgttttctggcaacatgggcaggcttatccaagattttctct accttttctgagtgtggcatctgcttattatatgttttatgatggatatgatgagcaaga tcaa------------aactatggtacagcaagcacaaacaatatgggatcactgtgttc cagaatagtaacagagaaacacattcacaaagtgcatataatgacaagaatttaccacaa ggccaagcatgttaaggcatggtgcccacgcccacccagagcgcttgaatacactcgtgc tcatcgcactaacttc------aaaatgcaggatac---------------------aa- --acatccaaacagcaatcacaaccagacc---------a---attatcact-------- -----------aca------------------gctggtcctagtgacatgtatgtccacg taggtaatcttatatatagaaatctccatcttttcaactctgaaa---tgcatgaatcta ttttagtgtcctactcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacactacaggtg atgattatattccttcatgtgattgcacccaagccacttattattgtaagcataaaaata gatactttccaattacagttacaagtcatgactggtatgaaatacaggagagtgagtact atcccaaacacatacaatataacttgctaattggtgagggcccttgtgagccaggtgatt gtggtgggaaactactttgcaaacacggtgtcataggcatagtaacagctggtggtgata atcatgtagcttttattgatcttagacact------ttcattgtgctgaagaacaagg-- -agtcacagattacatacacatgttaggggaagcatttggaaatggatttgtagatagtg tgaaggagcatgtgcatgccataaacc------caataggaaatatcagcaagaaaatta ttaaatggatgttgagaataatatcagcaatggtaataataattagaaactcctctgatc cccaaactatactagcaacactcactctgattgggtgctctgggtcaccctggagatttt tgaaggaaaaattctgcaagtggacacagcttaattatatacacaaagaatca---gatt catggttaaagaaatttactgaggcatgtaatgcagctagagggcttgaatggataggaa acaagatatctaaatttattgaatggatgaaatcaa---tgctcccacaggctcaactga aggttaaatacttaaatgaacttaaaaaacttggcttatatgaaaaacaagttgaaa--- ---gcctgcgtgtggctgatataagaacacaggaaaaaattaagatggaaatagacacct tacatgatctgtcatgtaaattcctacctttgtatgcaagtgaagcaaaaagaataaaaa ctttgtacatcaaatgtaataatattat------taaacagaagaaaaggtgtgaaccag tagctgtagttatccatggaccacccggtgctggtaagtctatgacaacaaatttcctag ccaaaatgataaccaatgatagtgat------atatactccttacctcctgatccaaaat actttgatggttatgatcagcagagtgtggtaataatggatgacatcatgcaaaatccca ctggagatgacatgacgctattctgtcagatggtttctagtgttacattcataccgccaa tggctgatttgccagataaaggtaaagcttttgattctagatttgtattgtgtagcacaa atcattcccttctaacacccccaacaataacctcattacctgcaatgaatagaagattct tcctagatctagatataatagtgcatgataactttaaggatcagcagggcaaacttaatg tggcagcagctttccagccatgtgatgtgaatagcaaaataggaaatgcacgc---tgtt gtccatttgtgtgtgggaaagcagtctccttcaaagatcgtaactcttgtaacaaataca cgcttgcacaggtgtataacataatgcttgaagaggacaagcgaaggagacaagtggttg atgtcatgacagctatatttcagggaccaattgaca---------------------tga aaaacccaccaccacctgctatcactgatttgcttcagtctgtcagaactcctgaagtta ttaagtattgtgaggataatagatggattattccagcagagtgtaaga---tagaaaaag aattgaacttagccaatacaatcataacaataattgcaaatgtcatcagtatagcaggaa taatatatgttatctataagctcttctgcacattacagggaccatattcgggagaac--- caaagcccaaaaccaaaattccagag---agacgtgtagtgacacaagggccagaggaag aatttgggatgtctttaatcaaacataactcatgtgttatcacaacagaaaatggaaagt tcacaggtcttggggtttatgacagatttgtggtcgtaccaacacatgcagatcctggga aggaaattcaggttgatggtatagctacaaaggttattgattcatatgacctatataaca aaaatggcataaagttagaaataacagtactcaaattagacaggaatgaaaaattcagag acattagaaaatatatacccaatagtgaagatgattaccccaattgcaatctagcactac tagccaaccagcctgaaccaactataatcaatgttggagatgttgtatcttatggcaata tactgcttagtggcaaccaaacagctagaatgcttaagtacaattacccaactaaatctg gttattgtggaggtgtcctttacaagatcgggcaagtgcttggaatacatgttgggggta acggcagagatggtttctcagctatgctgcttagatcctattttgctgatgtccaaggtc aaataacattgtcaaagaaaaccagtgaatgcaacctgcccagtatacatactccatcca aaactaaattacaacccagtgttttctatgatgtattccccggttcgaaagagccagctg tgttatccgaaaaagatactcgactacaagttgatttcaatgaagcactattttccaagt acaaagggaatacaaattgttccaccaatgatcatataaaaattgcatcatcacattatg cagcacagcttatcaccttagatattgatccaaaacccatcacacttgaagatagtgtct ttggtactgatggattggaagctcttgatttgaacactagtgcaggatttccatacattg caatgggagttaaaaagagagacttaataaataacaaaactaaggatataagcaaactca aagaagcaatagacaagtatggggttgatttacctatggtcactttcttgaaagatgagc ttagaaagcatgaaaagatagttaaaggcaaaactagagttattgaggctagtagtgtaa atgatactctattatttagaacaacctttggtaatcttttctcaaaatttcacctaaatc ctgggattgtcactggatcagcagttggatgtgatccagaagtattttggtcaaaaatac cagctatgttagatgataaatgtattatggcttttgattatacaaattatgatggtagca tacaccctatttggtttgaagctcttaaacaggtgttagtggacctatcatttaaccca- --acattaatagatagattatgcaagtctaagcacattttcaaaaacacatactatgaag tagagggaggtgttccatctggatgttcaggtactagcatctttaacactatgattaaca atattattataagaactttagtattagatgcatacaagaatatagacttagataagctta aaataattgcttatggtgatgatgtcatattctcatacacttatgaactggacatggagg ctatagcagcagagggtgttaaatatggtctgactataactcctgctgataaatctagca catttgtaaaattggactacagcaatgttactttcttaaaaagagggtttaaacaagatg aaaaatataactttctaatacatccaacctttcctgaagatgaaatatttgagtccatta gatggacaaagaaaccatcacaaatgcatgagcatgtgttatctctatgtcacttaatgt ggcataatggacgtgacacataca-aaaagtttgtggataagatacgcagtgtaagcgct ggtcgtgcactgtacatccctccatatgacttgctcttgcatgaatggtatgaaaaattt taaag------------------atatag---aa-------------------atagtaa --act-gatagtttat------------------tag----------------------- ------------------------------------ >FJ445179.1 Human rhinovirus 30 strain ATCC VR-1140, complete genome -------------ctggatccaggttgtc-cccacctggatctcccacagggagtg---g tactctgttattacggtaactttgtatgccagtttt----------------------at -----------cctc-ccc-------------acccct---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-ttacat------aa-agaccaatagg-tagta atcat-ccagatta-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaacagaaatcgttacccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtagca-ctttag-aa-gttgtctggctggtcgctccgcca------tttcc cc---tggtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccata-caatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagggcacacaatccagtgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctc--------tttta-tcctta- ----tgtttgcttatggtgacaa-tatat-g-a--------a-----------tatatat tgacaccatgggcgcacaggtatctagacaaaatgttggaactcactccacacaaaattc tgtatcaaatggatctagtttaaattacttcaatatcaattattttaaggatgctgcctc aaatggggcatctaaattggacttcacgcaagaccctagtaaattcacagatccagttaa agatgttttggaaaagggaataccaacactacaatcacctacagtggaagcctgcgggta ctctgataggattatacagattactagaggagattcaacaataacttcacaagatgtggc caatgctgttgttgcatacggtgtttggccacattacttgtcttccaaagatgctactgc aattgataaaccctctcgccctgacacatcttccaataggttttacaccttaaagagtat aatttggtctggagcttcaaagggatggtggtggaaattgccggacgcattgcgagatat gggtatttttggtgagaatatgttttaccattatctaggtaggagtgggtatacagtgca tgtacagtgtaatgcaactaaattccatcaaggtacactgattgttgcaatgatacctga gcatcaaattgctagtttacaacacggcaatgtaaatgttggatataaattcacccatcc aggagaagaggggagagaagtcagatcaaatagaact-----------gagtatctcg-- -gtcaacagcccacagaagagtactggctcaattttgatggcacattattagggaacatc acgatatttcctcaccaattcattaacttgagaagcaataactccgccacaataattgtc ccatatgtcaatgcagtccccatggactcgatgcggagtcacaacaactggagtctggta ataatcccaatctgtcctcttgaaaca---atgagcactatcacca---cagtacctatc acaatttccattagtccaatgtgtgcagaattttctggtgcgcgtgcaaa---------- --------------------------------------aa------gtcaaggattacca gtgttagttacaccaggttcaggacaatttttgacaacggatgactaccaatctccgtgc gcgttgccgtggtaccatccaactaaagaaatctttattcctggtgaagtcaagaattta gttgagatctgtcaagtggatagcttgataccaattaataatacagaagataat---atc accagtgaagccatgtactccataaagttacaatcatcagttgatca---------ggat aagatattttcccttagaacggatattgcttcacagcctctagccactactctaattggt gaaatatccaattacttcacacattggacagggagtctacgcttcagcttcatgttctgt ggtactgccaatactactgttaagctactattagcatatacaccacctggtattgctgag cctacaacaaggaaggatgcaatgttgggtactcatgttatatgggatataggtttgcaa tccacaatatcaatggtagtgccttggattagtgctagtcattatagaaatacatcacca gatgtat---ctccatctggatacataacctgttggtatcaaactggattagtaatccca cctgaaaccccccccacggccagattactgtgcttcgtatccgggtgtaaagacttctgc ttgcgcatggctcgggacacgagtctacacatgcaaaaaggtgtgatagaacaaaac--- ------ccggttgaaaattttgtagatgaagttcttagtgaagttttagttgttccaaac attaacagtagtcaccctactacatcaaactctgctccggcattagatgctgcagaaaca ggacatactagtaatgttcaacctgaagatgtcattgaaactagatatgttcaaacatca caaacaagggatgaaatgagtttagaaagctttcttggtagatcaggatgtatacacgag tctaaattagaacttg-agcttgca----------------------------------- -cgctatgataa---------aaagaactttaccacatggaatattaatcttcaagaaat ggcccaaattagaagaaaatttgagctattcacttacactagatttgattctgagataac cttggttccgtgtatttcagctctcagccaag------atatcggacacattacaatgca gtatatgtatgttccacctggcgctccaattcccgagagcagaaatgactatgcatggca gtctggaacaaatgcatctgttttttggcaacacggacaaacatacccaagattctccct accatttttgagtgtagcatctgcttattacatgttctatgatggatacaatgagggagg caca------------aattatggtacagtgagcacaaacaacatgggcacactgtgttc cagagtggtaacagaaaaacacattcatgatgtgcgcataatgacaagggtctaccacaa ggctaaacatgtcaaagcgtggtgtccacggccacctagggcgcttgagtatacccgtgc tcatcgcaccaatttt------aaaattgatggcag---------------------gg- --aagttaaatcaagggttgaacacagagc---------t---agggtgacg-------- -----------aca------------------gctggccctagtgatatgtatgtacatg tgggtaacctcatctacagaaatctccatctctttaactctgaaa---tgcatgattcca tcttagtatcttactcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacactgtaggtg atgattatattccttcctgtgattgtacccaagctacttattactgtaaacataaaaata gatattttccaattactgtcacaagccatgattggtatgagatacaagaaagtgagtatt accctaagcatatacagtacaatctgctaattggtgaaggaccttgtgagccaggtgact gtggtggaaagttactgtgtaaacatggggttataggcattgtaacagctggtggtgaca atcatgtggctttcattgaccttagacatt------ttcactgtgctgaggagcaggg-- -aattacagattatatacacatgttgggtgaagcatttggaaatggatttgtagatagtg tcaaagagcatgtgcaagccataaatc------caatcggtaatattagcaaaaaaatta ttaaatggatgttgagagtaatatcagcaatggtcataataatcaggaattcttctgacc cgcaaaccatactagcaacacttacattaattggatgctcaggatccccatggaggttcc ttaaagaaaaattttgcaagtggacacaacttagttatatacataaggagtca---gatt catggttgaaaaaattcactgaggcatgcaatgcagcaagaggtcttgaatggataggaa acaagatatccaaattcattgagtggatgaaatcaa---tgctcccacaagcccaactta aagtcaagtatttaaatgaacttaaaaaactaagcctgtatgagaaacaagttgaga--- ---gtttgagagtggcagatattaagacacaggaaaagatcaaaatggagattgacaccc ttcatgacttgtcatgcaaatttttgccactatatgcaagtgaggcaaaaagaataaaga atcttcacatcaaatgcaacaatattat------taaacaaaagaagagatgtgaaccag tagctatagtcattcatggaccacctggtgctggaaagtctataacaacaaattttctgg ctaaaatgatcacaaatgacagtgat------atatactccctgcccccagatccaaaat attttgatggttatgatcagcaaagtgtagtcattatggatgacattatgcaaaatccag ctggagatgatatgactttgttttgtcaaatggtatctagtgtcacttttataccaccta tggctgatttaccagataagggcaaagcttttgactctagatttgtcttgtgtagcacaa atcattctcttttggcaccacctacaatcacctcacttcctgctatgaatagaagattct ttttagatttagatataatagtgcatgatcgctttaaggatcctcaaggaaaacttaatg tagcagctgcttttagaccatgtgatgtggacaataaaataggaaatgcacgc---tgtt gtccatttgtgtgcggcaaagcagtttctttcaaagaccgcaatacctgcaacaaatata ctctagcacaaatctacaatataatgcttgaggaggatcaacgcagaagacaaatggttg atgtcatgtcagctatatttcaaggaccaatagata---------------------tga gaaatccaccaccacccgccatcactgacttacttcaagccgtcagaactcctgaagtca ttaagtactgtgaagagaataagtggattattccagcagagtgcaaga---tagaaaagg gattaaatctagccaacacaattataacaattattgctaatgttattagtatagcaggca ttatatatgtgatctacaaattgttctgcacattacaaggaccttattcaggagaac--- ccaaacccaaaactaagattccagaa---cggcgtgtggtggctcagggcccagaggaag aatttgggctatccttgattaaacacaattcatgcgttgttacaacagaaaatggcaagt ttacaggtcttggtatacatgatagaatcatgattgtaccaacacacgctgatccgggaa aggaaatccagattgatggcataactacaaaagtaactgattcatatgacttatataata aagatggtatcaagcttgaaataacagttttaaagttagatagaaatgagaaatttagag atatcagaaaatatatacctagtaatgaagatgattacccagattgtaatttagccttat tagcaaaccaacctgaacctaccataattaatgttggtgatgttgtatcctatggtaata tcttgcttagtgggaatcaaactgccagaatgcttaaatacaattacccaactaaatctg ggtattgtgggggtgtgctatacaaaattggacaggtgctggggatacatgtaggtggaa atggtagagatgggttctcagctatgttacttagatcctactttgctgacacacagggtc aaataactttatcaaaaagaaccagtgagtgtaacctccctagtatacacaacccatgta aaaccaaattacaacccagtgtgttctatgatgtattccctggttcaaaagaacctgccg tattatctgaaaaagacactagattgcaagttgacttcaatgaggccttgttttcaaaat ataaaggaaatacacattgcacaatgaatgaccatatgaaaattgcatcatcacattatg cagcacaattaatcactcttgatatcaatccaagccctattacgcttgaagacagtgtct ttggtacagatggtctggaagcccttgatctaaataccagtgcaggatttccatacatta caatgggaattaaaaagagggatcttataaataacaggactaaagatataagtaaactta aagaagcaattgataaatatggagttgatttaccaatggttactttcttaaaggatgagc ttagaaaaccagagaaaatatcaaagggaaaaactagggttattgaggccagcagtgtta atgatactttgttgttcagaacaacttttgggaatcttttttcaaaatttcatctgaatc caggaattgtcactggatcagcagtgggttgtgatcctgaaactttttggtcaaaaatac cagcaatgctggatgataaatgtatcatggcctttgattatacaaactatgatggcagta tacatcctatttggtttgaagctctcaaactagtactttcagatttatcattcaatcca- --atgttaatagacaggttatgtaaatctaagcatatatttaaaaatacatactatgaag ttgagggaggtgtcccatctgggtgttctggaaccagcatattcaatactatgataaata atattattataaggactttggtgttagatgcatacaagaacatagatttagataagctta aaataattgcttacggtgatgatgtgatattttcatacatttatgaattggatatggaag ccatagcaatggagggtgttaaatatggtttaactataacccctgctgataaatccacta ctttcagaaaactagactatagtaatgttacttttttaaaaagaggatttaaacaagatg aaaagtacaactttttaattcatcccacttttcctgagaatgagatatttgaatcaatta gatggacaaagaaaccttcacagatgcatgagcatgttttgtctttgtgtcatttaatgt ggcataacggacgtgacgcataca-aaggattcgtggagaaaatacgcagtgttagcgct ggacgcatgctgtatattcctccatatgatttgctcttgcatgagtggtatgagaaattt taaac-------ag---------atatag---aa-------------------atattaa --act-attagtttac------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >KF958310.1 Rhinovirus C isolate 6331, complete genome -------ttaaaactgggtacaggttgtt-cccacctgtatcacccacgtggtgtg---g tgctcttgtattccggtacatttgcacgccagttt-----------------------gc ------------cac-ccc-------------ctacccat-------------------- -------cgtaac----ttagaagc-catcaact---------cgaccaatagg-cggtg g-taaaccatacca-c----t-tacggtcaagca-ctcct-gttt-ccccgg-tatgcga ggaatagactcctac-agggt-tgaagcctcaagtatcgtcatccgcattggtactacgc aaagcttagtagtg-ccttga-aa-gtcttttggttggtcactccgcta-------gttt cc-cctagtagacctggcagatgaggcaggacattccccactggcgacagtggtcctgcc tgcgtggctgcctgcgcacccc--tagg-ggt----------gcgaagccaag-tgacgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctactaat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctattgcacacaagccagtgtgtatatagtcgtaacgagcaatt gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-cttatc- ----attctgcttatggtgaca-----at-act--------gtg-a--a----gtagtgt tgttaccatgggcgcccaagtgagtaaacaaaatgttggttcgcatgagaacagtgtttc tgccagtggaggttcagtcatcaagtattttaacatcaattactacaaggactcagctag ttctggtctcaccaaacaagatttctcccaagacccttcaaagtttacacagcccatagc tgatgtgttgactaa------tcctgcactcatgtcacctactgttgaggcatgtggttt ctctgataggctaaagcaaatcactattggaaattccactataacaacgcaggattcctt aaatactattgtagcttatggtgaatggcctgagtatctcactgatcttgatgccacatc cgtggacaaacctacccatccagaaacatcttctgaccgtttttacactctggaaagtgt gatgtggcatggtagttccagggggtggtggtggaaaataccagattgtcttaaggatat gggtatgtttggccagaatatgtaccaccattctatgggtagatcaggtatgttaatcca tgtacagtgcaatgcaaccaaattccacagtggatgtctccttgttgttgtggttccaga acatcagctagcatacattggcgctggtggggtcaatgttaagtacgaacacacccatcc aggagagagaggacatactttacaagcatccgac--------------gttcgctcaa-- -accataacccagatgaagaccctttttatctgtgtaatgggacactattaggaaatgca cttatatacccacaccagatgatcaatctccggacaaacaactctgcaaccatagtggtc ccatacataaactgtgtaccaatggacaatatgctcaggcacaataatgtgagtcttctc atcattccaattgtcccactgaaagcaaacacaaacgctgttaatt---ctctacccatt acagtgaccatcgccccagacaagtcagagttttcaggtgcaatgaaat----------- --caca------------------------------acag--------caaggtctcccc acacggagtccagcaggctcgcaacaatttatgaccactgaggatgagcagtctcctaat atattacctgagtattcccctaccaagatgatccacatcccagggaggattgataacatt ttgcatattgccatggtggaatcacttataccactaaacaatattccagggcag---gtt ggtacagtgggaatgtataatgttaccatagcatcaaagacag------cagaccaggaa atgatattggccatccccttgcaaatggacaatacactctttgccaccactttagttggg gagatactaaactatttctccaactggtcaggcagtatcagagtcacctgcatgtgtgtg tgtgatagctttagcactggtaagttcttgatggcttacacccctccaggaggtggattg cctacaactaggaaagaggccatgctgggtgtccatgttgtatgggatcttggactgcag tcttcatgcacacttgttgcaccatggatgtctagtactttctaccgcaggactaagggt agcaattacacttctgggggttatataactttatggtaccagacaaactttgtggccact actactggtgggac---tgggactatcatagctacatgttctgcatgccctgacttatct gtacgcatgatgcgtgatacaccaatgatcaaacaacctgaaaacaacatacagaat--- ------ccagtagacaattttatggatgaggtgcttaaagaagttcttgttgtcccggat accaagccttcaggaccaacacacacagtcaagcctacagttctaaatgctatggagatt ggtgttaccccagatgcaactccagaaagtgttatagaaacacggtatgtcataaacaac cacaccaacaatgaagctcttatagaaaactttcttggtagatcatctctttgggctgaa ttacagat---gtctg-a------------------------------------------ ------------------------tgggttcaagaaatgggatattaacttccaagaaca agctcacattaggaaaaagattgagatgtttacttacattaggtttgacatggaagtaac tatagtaactaataaccaaggtt------------------------------taatgca aatcatgtatgtaccaccaggcattgaagccccagaatccctcaacgacaagagatggaa tggggcttccaaccccagtgtcttttaccaacctaaatctggttttccccgcttcaccat tccctttactggtttaggctcagcatattatgttttctatgatggatatgatgaaaacaa agtg---ggatcaacaacatatggtatatctgctacaaatgacatgggcaccttgtgctt ccgtgcattggaagacacagctaaacagga------------tgtcaaggtttttgtaaa gcctaaacacatcacagcgtggtgtcccagaccaccacgagctgtggactatacccatag atatagtccaaactaccataccaacaagggtagcac------------cacagagcttg- --aagaaaagcattatatcaacaccagaac---------a---acaatcaaa-------- -----------a------------------cagctggacctagtgacctatttgttcata cagaacaagccatttacaaaaatgcacacttaaccacaccaaatg------atcagacaa tactactagcccttacagc------tgatttacagatagatgggtgtgaccaaccaggac cagacaacataccagattgtgattgtaccagtgggtgttattactcaagatcattggata ggtacataccagttgagtgtaaagcccacgattggtatcccgtggaggaaacccagtact atccaaaacacatacaatacaatcttttaattggagaaggaccatgtgtcccaggtgact gtggaggcaaattactgtgtagacatggggttatcggcatcataacagctggtggtgatg gccacgtggcctttacagatctaagaccttata---atatcaaagcaacctctcaaggtc cagtaacaaactatctcaatcaattaggaagtgcttttggagagggcttcacggcaaaca ttaaagaccaacttgcaactgtaggtaatacaattatggatggtttaacaaataaagtag ttaagtggttaatcagaattattagtgccatgacaatcatgatcagaaacagttcagata cccccacagtgttagctactttagcactgttgggatgtcatgagtccccatgggcttttc taaagagtaaagtgtgtaaatggcttggtattaacccacccgcaaagagacaaggagata gctggttaaagaaattcaccgaatggtgtaatgcagccaagggtcttgaatgggttgggc aaaagattagcaggtttatagattggcttaaagagaaggtactaccaacagttaaatcaa aaaaagagatattagatcattgcaagaaaatacctttataccaggagcagatcaaag--- ---ggttcccctatgccacacaagaatctcaagaagagttggcactaaacattgacaaac tgaaaaagggcctagatgggttagcaccactctatgctgtggaaaataaaactgtcacac agatgcaaaaggagattaaacaacttcaatgctacaaaagaacccaaaggatagaaccag tctgtatactactacatgggataccagggtgtggtaaatcacttattaccaccatcattg caagaggtttagccactgaaggaaac------atatattctctgcccccaaacccaaaac actttgatgggtacaatcagcaggatgtggtgatcatggatgatgtgtgtcagaacccgg atggcgaagatatgaatatgttttgccaaatggtctccactgctgacttccatgtgccaa tggcagccatagaggataagggcaaatcttttaccagcaagtatgttttggcatctacca atatggctaccctacagccccctactatacaaaccccggaagcattggagcgcaggttct ttttggatatggatgtcaaagtattgagtccatactccagtcagcgtggcttacttgaca cagcgaaggcgctgcaaccctgcactaaatgtgacaagcccacccattactctcgctgtt gtccacttctatgtggcaaggcagttgttttggtcaacagaaaaacacaggttagttata gtgtaaacatgatagttgaacaacttagaactgagtatgggaatagaagaagtgttaaga caaatctggctgcaattttccagggattag---------------------------gtg atcaggaaacacctgggttcattatagatttgctcagatcttcaaaagaccctaaagtca ttcaatattgtgaagaagaaggacttatcctgaggagctccaccacct---tagacagac acatagacagagtacagcaggccatcaattgcattgggagcctggtggtcatcttaggga caatctatgcactgtacaaattaatgagcatgactcagggagcgtatacaggacatg--- ttgaacccacactcaagcgtccggagttacgcaaagctgtaacacaaggccctgaacatg agttcatgtatgcactacttaagaggaactgccacattgcagaaactagaaaaggggagt tcaacctcttaggcatccattctaactgtgcagtgatccccacacacgctgagtgtgaca aagaaatacttatagatggaattcccaccaagattcttaaacaacaaataataactgatg ccagtgatgtagatacagaagttactttgttgtggctggaccgcaatgagaaatttaggg acattcgtcgtttcatacctgagaccatagaagaatggcatcacattagattagtcacaa atgtaagcaagtttcccatgttctttgcagatgtagggacagcaacaccttatggagaaa taacactaagtggaaaccccacctgcagactcctgaagtatgactatcccaccaaaccag gtcagtgtggtggtgtacttggaaatacagggcacatagtaggaatacatgttggaggaa atggccgtgttggttatggtgctgcattgctccgcaagtatttctgtgaacaacagggaa ctattaccagtattgtagatgtgagagaactagggtatagtccaataaacactccagcta agaccaaacttctacccagtgtcttttatgatatttttcctggggttaaagaaccagctc cactctccaatagggatagtagattggaatcaaatttggatgacaccgtattctccaaat acaagggtaatgcacaagtggagttcaatgaatttatgcaggtggctgtcgatcactact ctgcacagctatacactttagatatcaacccagctccacttactttagaacaggcagctt atgggattccaaacctggaagctctagaccttaccaccagtgccggttttccctacgtgt ctaagggtattaaaaagaaggacattttaaacaaaaccaccaaggacactacaaaactgg caaagttaatggaagagtatggtattgatttaccgtacgttacttatctgaaagatgaac ttagaactccagagaaaattaaggcaggcaagacaaggctcattgaagccgccagtctca atgatacagttcattatagaatggtttttggcaacctcttttctacccttcatgccaacc caggaattttaacggggtcagctgttgggtgtgacccagacattttctggtcacaacttc acgcttccctggggggacacc---ttttagcctttgactataccaattatgacggtagtt tacatccaatctggtttttatgtttagaaaaagtgttaactaaccttgggttcccgggt- --gagctaatggggaaattgagcaactccaaacacatatacaagaatgccttttacacaa ctgaaggaggaatgccttctggaatctgtggtacttctatatttaataccatgatcaaca atgtaataattaggacacttgtattggaaacctacaagaatatagatctagaccgactga agattgtggcctatggagatgatgtcattgcttcttatcctgaataccttgatccaaagg aaatagcagaaaccggtcttaagtatggtttaacaatcacccctgctgataagtcagaaa cttttaaaccaattacttgggagactgttacctttcttaaacggggcttcaaacctgatg aaaagtaccctttcctaattcacccagtttactcaatggcagatattcatgagtcaatta gatggacaaaggaccccaaaaacacacaagaccatgtgcgcagtctgtgcacattggctt ggcacaatggagaggaacagtaca-acactttcttatccaaaatccgaaccgtgccggtg ggtagaaccttgagtttgccaccttacagttacctacgccaccggtggttggatttattc -----------------------atttaa---at-------------gtagatataata- ------cacaatttgtc---tagaatta------gtgtagtat----------------- ------------------------------------ >KF734978.1 Rhinovirus C isolate 1515-MY-10, complete genome -------ttgaaactgaatcatggttgtt-cccaccatgattacccacgcggtgca---g tggtcttgtattacggtacatttccataccagtttt----------------------at ------------aca-ccc-------------tacccc---------------------- ------gaaacat----atagaagc-ttgtacac------aa-tgaccaatagg-tggtg g-ccatccaggtta-c----t-gacggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtacc--ct tgtatacgcttcaccagaggc-gaaaaacgaggttatcgttatccgcaaagtgcctacga gaagcctagtagca-ctttcg-a--aacctatggctggtcgctcagctgct------tac cc-agcagtagacctggcagatgaggctagacattccccaccagcgatggtggtctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct--atcg-ggt----------gtgaagccaga-aagtgg acaaggtgtgaagagcctattgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtagctgttgcatgcaacccagcatgtatgcagtcgtaatgggcaact atgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---tttta-ctttt-- -----cattgcttatggtgaca-----at-tgt--------agt-t-ga----t-acact tgttaccatgggcgcacaggtatctaggcaaagtgtcgggagtcacgaaacaatgatcca cgctggaacaggagctgtagtgaaatatttcaatgtcaactattacaaggatgcagcgag ttctggactaaccaagcaagatttctctcaagacccttccaaattcacccaacctgtggc agacatcttgtcaaa------tccagcactaatgtccccttcaattgaagcatgtgggtt ctccgataggcttaagcaaatcactatcggaaattctactatcacaacacaggatgcagt caacacaattgtcgcatatggagaatggcctagttacttatcagatatggatgcaacttc agttgataaacccacccaccctgaaacctcatcagacagattctatacactaaatagtgt gacctggcagggtgggtcattaggttggtggtggaagctaccagactgtctgagagatat gggcgtttttgggcagaatatgtatcatcatgccatggggagatctggatacatcataca tactcagtgtaatgcaaccaaattccacagtgggtgtctgctggtggcagtagtacctga gcatcagttggcatacattggaggtaccaacgcacaagtgaaatataaacacactcatcc aggtgaacagggacacaggattggcagtaactca--------------gaaagaaatg-- -agaaccagcctggtgagaacccatttttcaactgtaatgggacactgttgggaaaccta accattttcccacaccagctcataaacttgaggacaaataattcaagtaccattgttgtg ccctacatcaactgtacacctatggatagcatgctacgccacaacaatgtatcacttgtc atcataccaatttgccccctacgggctccagcaacagctccccaga---ccctgccgatc acaatatctattgcccccatcaagtcagaattctccggtgcaagacaat----------- -ctaca------------------------------aaa---------caaggactacca gttagaatgccaagtggagccaaccaattcatgacaacggaagatgagcaatcacctaac atactccccagctttcactccactaaacagatccacatacctggccaaatcaagacgatt atggacatggcccgtgtggattcctttatgcctataaacaatgta---aatcaa---tct caggcaatagggatctattacattccaatatcaaacacac---------acaacgacaga agaatattggctataccattggacatgagcaacacacttttctccacaacacttttagga gaagtgctaaattattattcaaactggtctgggtcaatcaagctcacattcttctgtgtc tgtgatagtttcagtactggtaagttcctgatagcatacacccctccaggtgctgacatc ccggagacgcgtcgtgatgcaatgcttggtacacacgtcgtgtgggacctaggtctccag tcatcatgccacctcgttgtaccgtggatcagctcccacttctttagaaggactaggaaa gacaactacacagaaagtggatttgtcacattgtggcatcaaacagcatttgtgtccaat ggaactac---------aggatccataatggttacctgctctgcatgttccgacatgtcg gttcgcatgttacgggacacacctatgatgagacaggatgaagacattacccagaat--- ------ccagtagaagaatttgtagaacacacattgaaagaagttttggtagttccagac actcaggcttcgggacctgtccacaccacaaagccacaagccctgggtgctgtagaaata ggagcaactgctgatgtgggcccagaaacactaattgaaacaaggtatgtaatgaatgat aatacaaatgctgaggcaacagtagaaaactttctaggaagatctgccttgtgggcaaac ttgaagtt---gaacc-a------------------------------------------ ------------------------gggttttagagaatggaagataaatttccaagaaca tgcccaagttagaaagaagtttgaaatgttcacctacgttaggtttgacctggaagtgac catagttaccaacagtacaggac------------------------------tgatgca aatcatgtttgtacccccaggaattccagctccaaatgggaagaatagcagggagtggga tacagcttcaaaccccagtgttttctttcaaccaaactccgggttcccaagattcacaat accctttacagggttgggatcggcatactacatgttctatgatggatatgatggtactga tgct---gccaacacaaactatggaatctcattgacaaatgacatgggaaccttgtgctt tcgagcactagatgggactaaggtaagtga------------catcaaagtttttgctaa gcccaaacacacggctgcatggatccctcgtccacctagagcaacccagtatttacataa attcagcaccaattataacaaaccaaagacaagggg---------cagcaatgagttgg- --aacccaagcatttccttaagtatagaga---------t---gatatcaca-------- -----------aacattacta---------ccctggggcccagtgacatgtatgttcaca cgaaggaagctatctacaggtgtgcacacttaactgagcccaatg------agaacacta tacttctggccatatcatc------agatcttcaagttgacagtacaaatgtccctggcc ctgacaacatacccacctgcgactgcaccacaggcacttattactgcaaaagcagggata gatactatccaatcaacctaacacaccatagttggtacataatacaagaatctagttatt atccaaagcacatccaatacgacatactgattggtgagggaccatgctctccaggagatt gtggtggtaagttactgtgtgtacatgggaccataggaatggtgacagcaggaggagaga accatgtcgcatttatagacttgaggaactaca---gctcactcagtgaacatcaagg-- -tatcacagattatgtcacacaattaggaaatgcatttggagatgggttcactagctcca ttagagaaactctggtgtctgcctgtgatg---tatcagataaactcaccggaaaaatca tcaaatggacaatcaggttaattagtgccctatcaattatagttaggaacagtactgaca ctcctaccatcatagccacattagcactacttggatgctctggttcaccatggcgctacc taaaagacaaggtttgcaagtggctgggtgttgacccaccacctagtaagcagggtgatt catggctaaaaaagtttactgaattctgcaatgcagcccgtgggcttgaatggattggtg acaagctatccaaattcattgattggctaaaaggaaaaatcttacccacactccgccgta aatcagacacacttaaagagtgtaagaaaatcccattatacaaggaacaggttaaag--- ---cttttgccactgcatcagaagaagcacaggatgaattgatggttaaagtcaacaagc ttgagaaaggactccaggatcctgccccattgtatgcatgtgaagccaaacaggtgcgtg agatgtccagagagttgcagcgcatgatgtgctacaagaagactcacagaacggaacctg tctgcatattgttgcatgggcagccagggtgtggcaagtccctagcttccaaggtcattg ccaggggcctcacaaatgaaaacaat------gtttactccttaccacctgatcccaagt attttgatggatacaaccaacaggaagtggtgatcatggatgatgttggtcagaacccag atggaaaggatctaagcttgttttgccaaatggtctcgagtactgaattcataacaccaa tggctaaccttgaagataagggcagagcatttaccagtgattatgtaatagctagcacaa acatgactgtcctcacaccacctactgtttcatcacccgaagccatagatagaagatttt tcttagattgtgatgtcaaaattatgccagcatacaacacaaac---aacctactgaatg ttgccaaggctctattgccatgcactgattgtccaaaaccagagttctacaaacagtgtt gtcccctgacctgtggcaaggccctaattttacaaaacaaaagaacaaaggctagttatt ctatcaacaccgtggtacaacaactgcggcaggaaaagaaaaacagaaagtgtgtagaac ataatctcactgccatatttcaggggttgg---------------------------gag atgattcaacaccaggattcattgtagatctccttagtgcctccaaggacccaaaagtca tagagttctgtgaaaaagagggatggattaaacagtcaaagtactcaaagattgagcgtg atttcaattacgcacaatattgtatcaattgtgtgggtagtatagtattaattctaggaa ctgtttatgcactgtacaaactgatgtgtatagcacaaggtccttacaccggcttac--- cacaaccaaaaccaagaaaaccagaactgagaaaggcagtgattcaaggaccagaacacg aatttggtatggctctgattaagagaaactgtcacatagccacaacagatagaggagatt tcaatctgcttggtgtgtatgacaattgtgcagtgatacccacacatgctcagccagaag acacaatcctgattgatggtgttgagacaaagattttaaagcaaacaatcatcacagatg aaaatgatgtggatacagaaattacaattttgtggctagatcgtaatgaaaagtttagag acataagaaggttcataccagattaccagagagactggcagaacatgcgccttgtaacca atgtgcccaaatttccaatgctagacatagagataggtgatgttataccatatggagata taaacctgagtggaaacccaacaactagattactcaagtatgactaccccacaaaaccgg gccagtgtggtggagttgtcttaaacacaggtaacatagtgggtatacatgtggggggta atggtagagtaggatattgtgcatcactaacaaagagttactttgcctccgctcaaggtg aaataatcaacaagtgcaaagtgcaggatgttggtctcaaacctatcaacacaccagaac actcaaaactgcaccctagtgtattctatgatatattccctggtgaaaaggaacctgccg tgctaacacaaaaagatcccagattagaaactgatctgaaaacagctgtcctgtccaagt atagaggaaatgtggaaattgaaatgagtgaaaatatacagattgctgtagagcactatt ctgcccaattgttcatgttagacatcaacccagaacccatatccttagaacaagctgtgt atggaatggagaacctggaaccactcgatcttaccacgagtgctggatttccctatgtta ctatggggataaaaaagagagatatcttgaacagaaatacaaaggacattacaaaacttc agcaaatgattgacacctatgggcttgacctaccatatgtgacctacttaaaggatgagc ttcgtgctcccaacaaagtgaaagcaggaaaaacaagggccattgaagcagctagtatga atgatacagcaaacttcagaagagtatttggtaatttgtatgctggttttcatgcaaacc caggtattttgactggatcggccataggctgtgatcctgatgtcttctggtcacaactgt atgcttcaatggagaaacacc---tcctagtatttgattatacaaattatgatgggagtc tgcatccagtatggtttcaagcacttgaacaactcctgaacaacttaggctttcctggt- --gagttagcatacaagctatgcaatacaactcacatatacaaagatgaaatatacacag taaaagggggaatgccttcaggaatttcgggaacttccatttttaacacaataataaaca atataataatcagaactctagttttagacacatataagggaatagaattggacaaattaa aaattgtggcatatggtgatgatgtgatagcctcatatccagaggaacttgacccagcac aaatcgccatctctggtctcaagtatgggctcacaataacacctgctgataaatctgacc attttgtaaaggttgactggagtaatgcaacatttttgaagagagggtttcgtgtggaca agaaatacagttttcttgtgcacccggttttcccagaaaaagaaatttttgaatcaatca gatggactagagatccaaagaatacgcaagaccacgtgtattctctatgtcttttgatgt ggcacaacggtgaggaaccgtaca-aagaattcataaacaaaatcagaaagacagaggtg ggccgtagattgtatcttccaccgtacaatctactagaacgcacttggattgataaattc -----------------------atttaa---atc--------ttttagcaatgtagaa- ------atctacctgag---taggagta------ggattttac----------------- ------------------------------------ >EF582387.1 Human rhinovirus C strain 026, complete genome -------ttgaaactgaatcatggttgtt-cccaccatgattacccacgtggtgca---g tggtcttgtattacggtacatttccataccagtttt----------------------at ------------aca-ccc-------------tacccc---------------------- ------gaaacat----atagaagc-ttgtacac------aa-tgaccaatagg-tggtg a-ccatccaggtta-c----c-gacggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtacc--ct tgtatacgcttcaccagaggc-gaaaaacgaggttatcgttatccgcaaagtgcctacga gaagcctagtagca-ctttcg-a--aacctatggctggtcgctcagctgct------cac cc-agcagtagacctggcagatgaggctagacatcccccaccagtgatggtggtctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct--atcg-ggt----------gtgaagccaga-aagtgg acaaggtgtgaagagcctattgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtagctgttgcatgcaacccagcatgtatgcagtcgtaatgggcaact atgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---tttta-ctttt-- -----cattgcttatggtgaca-----at-tgt--------agt-t-ga----t-acact tgttaccatgggcgcacaagtatctaggcaaagtgttgggagtcacgaaacaatgatcca cgctggaacaggagctgtggtgaaatatttcaatgtcaactattacaaggatgcagcaag ttctgggctaaccaagcaagatttctctcaagacccttccaaattcacccaacctgtggc agacatcttgtcaaa------tccagcattaatgtccccttcaattgaagcatgtgggtt ctccgataggcttaagcaaatcactatcggaaattccactatcacaacacaggatgcagt caacacaattgtcgcatatggagaatggcctagttacttatcagatatggatgccacttc agttgataaacctacccaccctgaaacttcatcggacagattctatacactgaatagtgt cacttggcaaggtgggtcattgggttggtggtggaagctaccagactgtctgagagacat gggtgtttttggacagaatatgtaccatcatgccatggggagatctggatacatcataca tactcagtgtaatgcaaccaaattccacagtgggtgtctgttggtggcagtggtgcctga acatcagttggcatatatcggaggtactaacgcacaagtgaaatataagcacactcatcc aggtgagcagggacacaggattggtagtaactca--------------gaaaggaatg-- -agaaccaaccagatgagaatccatttttcaactgtaatgggacactgctaggaaaccta accatcttcccacaccagctcataaacttgaggacaaacaattcaagtaccattgttgtg ccctacatcaactgtacacctatggatagcatgctacgtcacaacaatgtatcacttgtc atcataccaatttgccctctacgggctccggcaacagctcctcaga---ccctgccgatt acaatatccattgcccctatcaagtcagaattctccggtgcaagacaat----------- -ccaca------------------------------aaa---------caaggactacca gttagaatgccaagtggagccaatcaattcatgacaacagaagatgagcaatcacccaac atactccccagctttcactccactaaacagatccacatacctggtcaaatcaagacaatc atggacatggctcgtgtggactcctttatgcctataaacaatgta---aatcaa---tct caggcaataggaatctattacattccaatatcaaacacac---------acaacaacaga agaatattggctataccattggacatgagcaacacacttttctccacaacacttttagga gaagtgctaaattattattcaaattggtctgggtcaattaaactcacgttcttctgtgtc tgtgatagtttcagtactggtaagttcctgatagcatacacccctccaggtgctgatatc ccggagacacgtcgtgatgcaatgcttggtacacacgtcgtgtgggatttaggtcttcag tcatcatgtcacctcgttgtaccgtggatcagctcccacttcttcagaaggactaggaaa gacaactacacagaaagtggatttgtcacattgtggcatcaaacagcatttgtgtccaat ggaactac---------aggatctataatggttacctgctctgcatgttctgacatgtcg gttcgcatgttacgagacacacctatgatgagacaggatgaagacattacccagaat--- ------ccagtagaagaatttgtagaacacacattaaaagaagttttggtagttccagac actcaggcttcgggacctgtccacaccacaaagccacaggccctgggtgctgtagaaata ggagcaactgctgatgtgggtccagagacactaattgaaacaaggtatgtaatgaatgac aatacaaatgctgaggcaacagtagaaaactttctgggaagatctgccttgtgggcaaac ttaaagtt---gaacc-a------------------------------------------ ------------------------gggttttaaagaatggaagataaatttccaagaaca tgcccaagttagaaagaagtttgaaatgttcacctacgttaggttcgacttggaagtgac catagtcaccaacaatacaggac------------------------------tgatgca aatcatgtttatacccccagggattccagctccaaatgggaagaatagcagggagtggga tacagcttcaaaccccagtgttttctttcagccaaactccgggttcccaagattcacaat accctttacaggattgggatcggcatactacatgttctatgatggatatgatggtactga tgct---gccaacacaaactatggaatttcattgacaaatgacatgggaaccttgtgttt tcgggcactagatgggactgaggtgagtga------------catcaaagtttttgctaa gcccaaacacacggctgcatggatcccccgtccacctagagcaacccagtatttgcacaa attcagcaccaattataacaagccaaagacaaaggg---------cagcaatgagttag- --aacccaaacatttcctcaagtatagaga---------t---gatatcaca-------- -----------agcattacta---------ccctagggcccagtgacatgtatgttcaca cgaaggaagccatctacaggtgtgcacacttaactgagcctaatg------agaacacta tacttctggccatatcatc------agatcttcaagtcgacagtacaaatgttcctggtc ctgacaacatacccacttgcgactgcaccacaggcacttattactgtaagagcagggata gatactatccagtcaacctaacacaccatagttggtacataatacaagaatctagttatt atccaaaacacattcaatatgacatactgattggtgagggaccatgctctccaggagact gtggtggcaagttactgtgtatacatggaaccataggaatggtgacagcaggaggagaga accatgttgcattcatagacttgaggaactaca---gttcactcagtgaacatcaagg-- -tatcacagattatgtcacacaattaggaaatgcatttggagatgggttcactaactcca ttagagaaactctggtgtctgcctgtgatg---tatcagataaactcaccggaaaaatca tcaaatggacaatcaggttaatcagtgccctatcaattatagtcagaaacagcactgaca cccccaccatcatagccacattagcattactcggatgctctggttcaccgtggcgctacc taaaagacaaggtttgcaaatggctgggtattgacccaccacctagtaagcagggtgatt catggctaaagaaattcactgagttctgcaatgcagcccgtgggcttgaatggattggcg acaagctatccaaattcattgattggctaaaaggaaaaatcttacccacgctccgccgta aatcagacacactcaaggagtgcaagaaaatcccattatataaggagcaggttaaag--- ---cctttgccactgcatcagaagaagcacaggatgaattaatagtcaaagtcaacaagc ttgagaaaggactccaggatcttgccccattgtatgcatgtgaagccaaacaggtgcgtg agatgtccagagagttgcagcgcatgatgtgctacaagaagacccacagaacggaacctg tttgcatactgttacatgggcagccagggtgtggcaaatccttagcttccaaggtcattg ctaggggcctcacaaacgaaagcaat------gtttactccttaccacctgatcctaagt attttgatggatacaaccaacaggaagtggtgatcatggatgatgttggtcagaacccag atggaaaggatctgagcttgttttgccagatggtctcaagtactgagttcataacaccaa tggctaaccttgaagataagggcagagcatttaccagtgattatgtgatagctagcacaa acatgactgtcctcacaccacccactgtttcgtcacccgaagccatagatagaagatttt tcttagattgtgatgttaagattatgccagcatacaacacaaac---aacctactgaatg ttgccaaggctttattaccatgtactgattgcccaaaaccagaattctacaagcagtgtt gtcctctaacctgtggcaaggccctaattttgcaaaacaaaagaacaaaggctagttatt ctattaacaccgtggtgcaacaactgcggcaggaaaagaaaaacagaaagtgtgtagagc acaatctcactgccatatttcagggattgg---------------------------gag atgattcaacaccaggattcattgtagatctccttagtgcctccaaggacccaaaagtca tagagttttgtgagaaagagggatggattaaacagtcaaagtactcaaagattgagcgtg attttaattacgcacaatattgtatcaattgtgtgggtagtatagtattaattctaggaa ctgtttatgcactgtacaaactgatgtgtatagcacaaggtccttataccggcttac--- cacaacccaaaccaagaaaaccagaactaagaaaggctgtgattcaaggaccagaacacg aatttggtatggctctgattaaaagaaactgtcacatagccacaacagatagaggagact tcaatctgcttggtgtgtatgacaattgtgcagtgatacccacacatgctcagccagaag acacaatcctgattgatggtgttgagacaaagattttgaagcaaacaattatcacagatg aaaatgatgtggatacagaaattacaattttgtggctagatcgtaatgaaaagtttagag acataagaaggttcataccagattaccagagagactggcagaacatgcgccttgtaacca atgtacccaaatttccaatgctggacatagagataggtgatgttataccatatggggata taaacctgagtggaaacccaacaactagattactcaaatatgactaccccacaaaaccgg gccagtgtggtggagttgtcttaaacacaggtaacatagtaggtatacatgtggggggta atggtagagtaggatactgtgcatcactaacaaagagttactttgcctccgctcagggtg aaataatcaacaagtgtaaagtgcaggatgttggtctcaaacccatcaacacaccagaac attcaaaactgcaccctagtgtattctatgatatattccctggtgaaaaggaacctgccg tgttaacacaaaaagatcccagactagaaactgacctgaaaacagctgttctgtccaagt atagaggaaatgtggaaattgaaatgagtgaaaatatgcagattgctgtagaacactatt ctgcccaattgttcatgttagacatcaacccagaacccatatccttagaacaagctgtgt atggaatggagaacctggaaccactcgatcttaccacgagtgctggatttccctatgtta ctatggggataaaaaagagggacatcttgaacagaaatacaaaggacattacaaaacttc agcaaatgattgacacctatgggcttgacctgccatatgtgacctacttaaaggatgaac ttcgtgctcccaccaaagtgaaagcaggaaaaacaagggccattgaagcagctagtatga atgatacagcaaacttcagaagagtatttggtaatttgtatgctggttttcatgcaaacc caggtattttaactggatcggccataggctgtgatcctgatgtcttctggtcacaactgt atgcttcaatggagaaacacc---tcctggtatttgattatacaaattatgatgggagcc tgcatccagtatggtttcaagcacttgaacaactcctgaataacttgggctttcccggt- --gagttggcatacaagctatgcaacacaactcacatatacaaagatgaaatatacacag taaaagggggaatgccttcaggaatttcaggaacttccatttttaatacaataataaaca atataataatcagaactctggttttagacacatataaaggaatagaattggacaaattaa aaattgtggcatatggtgatgatgtgatagcctcatatccagaagaacttgacccagcac aaatcgccatctctggtctcaagtatgggctcacaataacgcctgctgacaaatctgacc attttgtgaaagttgactggagtaatgctacatttttgaagagagggtttcgtgtggaca agaaatacagtttccttgtgcacccggttttcccagagaaagaaatttttgaatcaatca gatggactagagatccaaagaatacacaagaccacgtgtattctctatgtcttttgatgt ggcacaacggtgaggaaccgtaca-aagagttcataaacaaaattagaaagacagaggtg ggtcgtagattgtatcttccaccgtacaatctactagaacgcacttggattgataaattc -----------------------atctaa---atc--------ttttagcaatgtagaa- ------atctacctgag---taggagta------ggatttta------------------ ------------------------------------ >MN749150.1 Human rhinovirus 1B strain 12L1, complete genome ---------------------------tt-cccactcacaccacccaatgggtgtt---g tactctgttattccggtaactttgtacgccagtttt----------------------cc cc------nnnnnnc-cct-------------acccct-tt------------------- ------acgtaac----ttagaagc-t-ttaaac------atgagaccaatagc-aggca acttt-ccaggttg-t----c-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgatatcgttatccgcaaagtgcctacac agagcctagtagga-ttctga-aa-gatctttggttggtcgctcagctg------catac cc-agcagtagaccttgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacacctc-ttacgaggt----------gtgaagccaag-gattgg acagggtgcgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccatagctcataagccaatgagtttatggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcat--------ttttc-ctttta- ---tcaattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tataaatatatatat tggcatcatgggcgctcaggtatccagacaaaatgttggcacacattcaacccaaaattc agtatcaaatgggtcaagtctaaattacttcaatataaattatttcaaggatgctgcctc aagtggtgcatctagattagatttttctcaagatccaagcaaattcactgatccagttaa agatgtcttagaaaaagggattccaacattacaatcgccatctgttgaggcttgtggtta ctcagataggattatacaaattaccagaggtgactcaacaatcacatcacaagatgtggc aaatgctgtggttggatacggagtctggccacattatctaacaccacaagatgccactgc catagataaaccaacgcaacctgacacatcatcaaatagattttatacattagatagtaa acattggtccaatacttcaaaaggatggtggtggaaattgccagatgctcttaaagaaat gggcatctttggagaaaacatgttttaccatttcctgggtagaagtgggtatacagttca tgtgcagtgtaatgctagtaaattccatcaaggtaccttgttagtcgcaatgataccaga acatcaattagcaagtgcaaagcatggaagtgtgaccgttggttacaaactaacacaccc aggtgaagctggtagagatgtgagtcaggatcgtaac-----------ac---aagtt-- -taaatcaacctagtgatgatagttggctcaattttgatggtaccctgcttggaaattta ttgattttcccacatcagtttataaaccttagaagtaataattctgcaactataatagtg ccatatgtaaatgctgtgccaatggattcaatgcttcgacacaataattggagcctagtc attataccaatttgttcattacgtagtgaaacttcatctactaata---tagtaccaatc actgtgtcaataagccctatgtgtgctgaattttctggtgcaagagcaaaaaatgtt--- ---------------------------------------a------tacaaggactacct gtatacatgaccccaggatctggacaattcatgaccactgatgatatgcagtcaccttgt gcgttaccttggtaccatcccactaaagaaatatctattccaggtgaagttaaaaacctt atagaaatgtgtcaagttgacactttgattccagtcaataatgtgggcaataat---gtt ggaaacattagtatgtatactgtgcaactggaaaacaaaacagaaa------tggcacaa aaagtcttttcaataaaagtagatataacatcacaacctttagctacaactttacttgga gagattgcaagttattacactcactggactggcagtctacggtttagttttatgttctgt ggaactgcaaacacaacacttaaattactacttgcatatacaccacctggcattggtgaa ccaacaaatagaaaagaagcaatgctaggaacacatgtcgtgtgggatgttggactgcaa tctactatatctcttgttgtgccatgggtgagtgctagtcactttagattaactgcagat aacaaatactccatggctggttatatcacatgttggtaccaaactaacttagtagtaccc ccaagcacaccacaaactgctgatatgctatgctttgtctctgcatgtaaagatttctgt ttgcgaatggcaagggatacagatttacacatacaaagtggcccaatagagcaaaat--- ------ccagtagaaaattacattgatgaagttttgaatgaagttttagtggtgccgaat ataaaagagagtcatcacactacatcaaattctgctccacttttggatgctgcagaaacg ggacacaccagtaatgtgcaaccagaggatgctatagaaacaaggtatgttataacatca caaacaagagatgaaatgagtatagaaagtttccttggtaggtctggttgtgttcacact tcaaaaataaaagttg-attatact----------------------------------- -aactataatgga---gaaaacttaaactttacaaaatggaagatcacactacaggagat ggcacaaattagaaggaaatttgaattgtttacatatgtcaggtttgattcagaagtaac tttggtgccttgtattgctggtaggggagatg------acatcggacacgttgtaatgca atacatgtatgtccctccaggagctccaataccctcaaaaagagatgattttgcatggca atcaggtactaatatgtctatattctggcaacatgggcagccattccctagattttcttt accatttcttagtattgcatcagcttattacatgttttatgatggatatgatggagacaa ccct------tcttcaaagtatggtagtgtagttactaatgacatgggtactatatgttc aaggatagttacagaaaaacagaaacaccaaattgttatcacaacacacatatatcataa agctaagcacataaaagcttggtgtcccaggcctcctagagctgtaccttatacacacag tcatgtaactaattat------aaaccagaaacagg---------------------tg- --atgtgagaacagccatagtccgcagaga---------t---gccataaca-------- -----------act------------------gctgggcctagtgatctatatgtgcatg tgggtaatctaatatatagaaatttacatctgttcaattctgaaa---tgcatgattcaa ttttggtctcatactcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactacaggtg atgattatatccctaattgcaattgtactgaggctacatattattgtaagcacaagaaca ggtattatccaataaaagttacttcacatgattggtatgaaatacaagagagtgaatatt accccaaacatatccaatacaacctgttaattggtgaaggaccatgtgaacccggtgatt gtggcggtaaactcctttgtagacatggtgttatcggcataatcacagcaggtggtgaag ggcatgtagcattcatagatcttagacaat------ttcaatgtgctgaggagcaagg-- -cataactgattacatacatatgctaggagaggcctttggtaatggttttgtagatagtg tcaaggaacagataaatgcaattaatc------caatcaataacattagtaaaaagatca ttaagtggttgcttaggataatctcagctatggtcatcataatcagaaactcctctgatc ctcaaacaatcatagcaaccttaacgcttattggttgtagtggttcaccatggaggtttc tcaaagaaaagttttgcaaatggacccaattgacttacatccacaaagaatct---gatt catggttgaagaaattcactgagatgtgtaatgccgcacgtggtcttgaatggattggta acaaaatttcaaaatttatagattggatgaagtcaa---tgttacctcaagctcaattaa aagtcaaatatttgaatgaaatgaagaagctcaatttgcttgaaaaacaaattgaga--- ---atctacgtgcagcggatagtgcaacacaggaaaaaattaaatgtgaaattgacactt tacatgacttatcatgtaaatttctccctttgtatgcacatgaggcaaaaagaatcaaag tactatataataaatgctctaacataat------caaacaaagaaagagaagtgagccag tggctgtgatgatacatggaccacctggtactggtaaatccataacaactagtttcttag ccagaatgataacaaatgaaagtgat------gtgtactcattacccccagatcctaaat actttgatggttatgacaatcagagcgttgtaatcatggatgacattatgcagaacccag atggggaggacatgacactattctgtcagatggtttcaagtgttacgtttataccaccta tggctgacttgcctgataagggcaaaccatttgattcaaggtttatcttatgtagtacta accactcacttttggccccacccactatatcttcattacctgcaatgaacagaagatttt tctttgacttggatattgtggtacatgacaattacaaggatatgcaagggaaattagatg tatccaaggcttttcaaccctgtgatgtcaacaccaaaattggtaatgcaaaa---tgtt gtccatttgtatgtggcaaggcagttacatttaaagatcgtagtacttgctcaacataca ccttagcccaagtttataatcatattttagaagaagataagagaaggagacaggtagtag atgtcatgtctgcaatattccaagggccaatttctt---------------------tag atgctccaccaccaccagctatagcagacttactacaatcagttagaacacctgaagtaa ttaaatactgtcaagataataaatggattgttccagcagagtgtcaaa---ttgagagag atttaaatatagccaatagcataataactatcatagcaaatataataagtatagctggta tcatatttgtaatttacaaattgttttgctcattacaaggaccatattcaggtgaac--- ctaaacccaagactaagatgcctgaa---agaagagtagttgctcaaggtccagaggaag aatttggaaggtcaattctaaaaaataatacttgtgttatcactacaggtaatggaaaat ttacaggccttggtatatatgatagaattctaatcatcccaacacatgctgatccaggta gggaggttcaagttaatggtgttcacactaaagtcttagattcatatgatctttataata gagatggggttaaacttgaaataacagttatacaattagacagaaatgaaaaatttagag atattagaaagtatatacctgaaacagacgatgattacccagaatgtaatttagcactct cagctaatcaagatgagccaactataattaaagtaggagatgtggtgtcttatggtaata ttttacttagtggaaaccaaacagctaggatgcttaaatacaactaccccacaaaatcag ggtattgtggaggggtgctatataaaattggccaaattctcggtattcatgtgggcggaa atggaagggatggtttctcagctatgttacttaggtcatactttacagatacccaaggcc aaattaaaatcaataaacatgctactgaatgtggacttccaaccatacatactcctagta aaaccaaacttcagcctagtgtattttatgatgtttttccaggttctaaggaaccagctg tgctcacagataatgaccctagattggaagttaattttagagaagctttattttccaaat ataaaggtaatgtagaatgtaatttaaatgaacacatggaagttgctgttgctcactact cagcacaattaataacactagatattgattctagaccaatagcattggaagatagtgtgt ttggaatagaaggacttgaggctttagatttaaataccagtgcagggtttccttatgtta caatgggtattaaaaagagagacctaataaataacaagacaaaggacatatctaggctta aagaggctctggataaatacggggtcgatttacccatgatcactttcttaaaagatgagc ttaggaaaaaagagaaaatctcaacaggtaagactagagttatagaagcaagtagtgtaa atgacactatattgtttagaaccacctatggtaatttgttctctaagtttcatttaaacc caggtgttgttactggttctgcagttggatgcgaccctgaaaccttttggtctaagattc cagtcatgctagatggagattgcataatggcttttgactatacaaattatgatggtagta tacaccctgtctggttccaagctttaaaaagagtccttgaaaatttatctttccactct- --aatttaattgacagattgtgttattccaaacacttgtttaaatcaacatattatgaag tggagggtggagttccttctgggtgttctgggacaagcatattcaatactatgattaaca atattataataagaacactggtcttagatgcatacaaaaatattgatttggacaagctta aaataattgcatatggtgatgatgtgatcttctcttacaaatatactcttgatatggaag ctattgccaatgaaggaaggaaatatggacttacaataacaccagcagacaaatccaatg aatttaagaaacttgattataacaatgtgacttttcttaaacgtgggtttaagcaagatg agagacatacgtttcttattcatcctacatttccagtagaagagatatatgaatcaatta gatggaccaaaaaaccttcacagatgcaagaacacgtgctatcactatgccacctaatgt ggcacaatggacgtaaggtgtatg-aggatttctctaacaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtacatcccaccttatgatctattgagacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------at----------------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >KY369877.1 Human rhinovirus C11 strain SC1065, complete genome cc-------------------------------------accgggcacactgtgcgta-g tactctgtgattacggtcactttgtacgcctgttt-----------------------gc ------------atc-ccc-------------aacccacatttcct------atcatctt ttatatccgtaac----ttagaagcataacacac---------agtccaatagg-aagca gctaaaccaagact-g----c-taaggacaaata-cttct-gttt-ccccgggcgt---g tgaatagactccaac-agggt-tgaagctgtagcgctcgttatccgcacaactactacgc gactgttagtagca-ctttgg-at-agcatgtggggttccgctccacagaa------acc cc-atctgtaggtcagggcaatggggctacacataccccactggcgacagtggtgtagcc cgcgtggtgccctgc----------ctg-ggac-tgtgtcccaggactccact-tgtttg acagggtgtgaaggcactagtgtgctagttgt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcctaaccctgcagccattgcaaacattccagtttgtgggtggtcgtaacgagtaatt gcgggatggaaccgactactttgggtgtccgtgtttctc----t---tttta-acttga- ---tgagtgtcttatggttaca-----at--------------------------tatac agtaaccatgggcgcacaggtgagtaaacaaaatgttggttcacatgagagcggcatatc agcatcttcaggatcagttattaagtattttaatattaactattacaaagactcagctag tagtggtctgagtaagcaggatttttccatggacccagagaaatttaccaaacccattgc tgaagtaatgaccaa------cccagccttaatgagccccagtattgaagcttgtggatt ctccgataggcttaaacaaatcactatcggtagctccacaatcacaacacaggacactct caatacaattgtggcttatggggaatggcctgaatacctaaaagacattgatgctagtgc tgtagataaacccactcatcctgagacatctacagaccggttttacacactaactagtgt caaatggcatggttcatctaagggatggtggtggaagattcctgattgcctcaaagatat ggggatgtttgggcaaaacatgtattatcatgcattggggcgctcaggttacatattcca tgtgcagtgcaatgccactaaattccacagtggcctcctacttgttgcaatagtgccaga acatcagttagcatatattggtgggacaaatgccattgtcgggtacaaacatactcatcc aggggagacaggccacgaaattgggagcaacgcc--------------ggccgagatg-- -acaaacaacctgctgaagacccactctttaattgcaatggtactctactaggaaatttg actatctttccacaccaattgatcaatttaagaaccaacaattcagcaactatagttgct ccatatatcaactgtgttccaatggacagtatgctcaaacataataacttgtctttggtt attattccacttgtaccattacgctcaggatcaaccccacctattaatgaacttcctatc acaatctccattgcaccagacaaatctgaattttcaggagcaagacagagt--------a gcaaca------------------------------aagt-------gcaaggattacca gttagaatgcccagtggagctcaacagtttatgacaactgaggatgaacaatcagccaat ctactacccagtttccatccaacaccagtgatgcacatacctggtgagattactaacata atgcatatggcgagggtggactccttcatgccaattaacaatattgaaggtcaa---gca attgatgtccccatttacaatgtacaagttcccagacaagctgctgacacccacggtggc ctgatccttgctatacccttagacatgactaatcctatattttctacaacactactgggt gaagtcttgaattacttttctacatggtctggcagcattactttaagcttcatgtgtgtt tgtgacagctttagcactgggaagttcttaatagcttacacaccaccaggtggaggactc ccaaccagtaggaaagaggccatgcttggtgtacatataatatgggatttagggctacaa tcaacatgcactatagttgtaccatggatatcccaaggatactatcgccatacaaaggca gataaatacactgaatctggatatgtcaccttgtggtatcagacaaactttgtaccaggc agtgctataccagt---aggctgcattctagtcacgtgttcagcatgtccagacatggca gcacgcatgttgcgtgatactccaatgatcacgcaagcacatgacatccagcagaac--- ------ccagtagagcagtttgtagacaatgttttagaggaagttctagtggtaccaaat actcaaccaagtgggccaattcacactaccaaaccaacagtactctcagcaatggagata ggaacatcatcagatgcaaaaccagaggacatgattgaaactagatatgtgataaactca aaaaccaatggtgaagcaaccattgagaactttctaggcagatcagctttatgggctaat gtgaatat---gaagc-a------------------------------------------ ------------------------gggttatgcagtatggcccattaactattatgaaaa tgcacaaatcagaaagaaactggagttgtttacatatgttaggtttgatctagaaatcac tgttttaactggtaacacaaatc------------------------------taatgca aataatgtacatacctccaggtgccccatcaccagcagacaacagttctgttgaatggaa tacagcttctaaccccagtgtcttttaccaaccagggaatggttttccgcgattcaccat acccttcactggtttaggatcagcctactacatgttctatgatggatatgatgtggctga tcat---gctgatggtatatatggcatcactaaaactaatgacatgggtaagttatgttt taggacattaaacagtaacacaacaacagacac---------tataaggatatttggaaa gcccaaacacacacgtgcttggattccacgccctcccagagctacagaatacacacacaa aaccagtacaaactacattagaaagctgac---------------agacaatagtctca- --aggtagatcactacattacaacccggca---------g---actgttaaa-------- -----------a------------------cagctggtcctagtgatctgtatgtacata ctaaggaggctgtttacaaaaatgcacatctaactagtgcaaatg------aaaatacca tactcattgcactgactgc------agacctccaagttgatgtggctgaggtaccaggtg atgatgttataccagattgtagttgtacagtaggcacttattattgtagaagtagggatc ggtattttcccatagaagtcacaccacatgaatggtacccaatagaagaaacatgttact acccaaaacatatacagtacaatatacttttaggtgagggtccatgtgagcctggagatt gtggaggtaaactgctgtgcaaacatggtgtcataggcataatcacagctgggggagaaa atcatgtggctttcacagatttaagaccataca---acaatttggctcaaacacaaggtc caattagtgattatgtaacacaactaggtaatgcctttggtaacggcttcacacagactc ttgaaaccaatctcagagaaacatgctcgggcatgtttgatgcaattacatcaaaaacag tcaaatggctcgtccgtataatcagtgctttaactattgtgatccgcaatagctctgatg tacctacggttctagctacaatggccctactggggtgctcaggttctccatggcagtatc tcaaaactaagttatgcacttggttaggaatacaaaaacctccatcaaaacagagtgata gttggctaaagaaattcactgaatggtgtaatgcagctaaaggcttagaatggatagggt acaaaattagcaaattcattgactggttaaaggagaaacttctaccaacagtgcaacgga aaaaagacacattgctcgaatgcaagaaattaaccctgtatgaagaccagattaaag--- ---ctttcccacattcttcagaggcttttcaaaatgaattaaccaccaaattacaagtac ttaaaaagaatttagatgacatgtgccccttgtatgctgcggagaataagagagtgacca atatgctcaaagaaattaaaacaatgacagcatacaagaaaactcaccgcacagaaccag tgtgtatgcttatacacgggggtcctggaagtggaaagtctcttgccactacagtaatag ctagaggtctaacagacagtggtaat------gtttactcattgcccccaaaccctaaac attttgatggatactgtcaacaacaagttgtgatgatggatgacttaggtcagaacccag acgggcaagatctagctatgttttgtcaaatggtgtccacaacagattttgtagtgccta tggctgctctagaagacaaaggtaagagttttaccagtgattatgtactagctagtacaa atctgaatcaactaagtcctcccactattacaatcccagaagcaatcacacgtaggttct ttctagatgtagacttgaagatcatgcctggttataaaactcatgcaggccttctagata cagctaaagcattgcaggcatgcccggagtgtgctaagccaccgcactataagcagtgct gccctttgctttgtggtaaagctatagtactccaaaatcgccgcacatctgctagtcttt cacttaacatggttgtgtcacaactgagagaagagtcaaacactagaaagagaattcact ccaacctgaatgccatattccaaggtttgg---------------------------gat caggtgaaactccagggttcataattgatttgctttcctcatctaaggacccacgggtgg tggagtattgtgaacaagaaggtttgatagcaaaggctacacacacaa---tagaaaaga acttagaatatacacaatactgcttaaattgcttaggtagtttagtgttgatattaggta caatctatgctatttacaaattactatgtgtaacacaaggtgcttactcaggtaatg--- ctaaccccgccccccgcaagccagaacttaggagggctgtcaagcaaggcccagaacatg aatttgtacactcactcataagaagaaattgtcatgttgctacaacactcagaggagatt ttaacttattagggattcatgacaattgtgcagttcttccaacacatgcagagtgtggtg acactattttgattgacaatatccaaactagagttatcaaacagcaaataatcactgata gcaatgacatagatacagaaattacaataatttggttggacagaaatgaaaaattcagag atatcaggagattcatccctgagcatgtagaggagtggagaaacatgagattggctacca atgtccctaaatttccaatgatggatgtagaggtaggagatgtgatcccttatggtgaaa ttaatttaagtggcaatcctacgtgccggttgctaaaatataactaccccactcaacctg gtcaatgtggagctgttgtagctaatgtgggcaacataatcgccatccatgttggtggca acggcagagtgggctatggagccgctttgctaaagaaatattttgcaacagcccaaggag agataacaactagaagatccgtcaaggaagttggattggcaccaatcaatacaccctgca aaactaaattatatcctagtgtcttttatgatattttccctggtgagaaggaaccagctg ctttacatgacaaagacccacggttaaacgtggagcttaaagaagctattatgtcaaagt acaaaggtaataaattatgccaaatgaatgattacataatgacagcagcaagacactatg ctgcccaactatttccattagatattaacccagaacctataacaatggaacaagcagtat atggcacagattacttagaaccattagacttaaacaccagtgctggatacccatatgtga cattaggaatcaagaaaagggatatattgaaccgcactaccaaagatctatctaagttac aacacatgatggatctatatggtattgacttaccttatatcacctatctaaaagatgaac ttcgagcaccggagaaaatcaaatgtggaaaaactaggtgtattgaagcagcaagcatga atgacacagtttatttccgaatggtattcgggaacctgtacagcactttccacaaaaatc caggcatattgacaggatcagctgtgggatgtgatccagatgtcttctggtcccaaatga gagctacaatgggggaaaaca---tattagcctttgactacaccaactatgatggtagtt tagatcctgtatggtttgatgctcttaagattgtattaaatgaattaggttttgatggt- --gaattaactgaaaaacttaaaaagacaacacatgtatataaggatgaagtgtacacag tcttgggtggcatgccatcaggaacatctgggacctcaatatttaacaccatgattaaca atataattattaggactatagcaattgaaacttacaagaatatagacttagacaaaatga agataattgcttatggtgatgatgttgtcatttcatacccagatgttttagatgcagcag aattagccgaaactggttccaaatatggtttgactataacacctgctgacaaaggtactc aatttcagctagtcacatgggattctgttactttcctaaaacggggttttaagaatgatt caaaataccccttccttattcacccagtatatccaatgaaagatgtctatgaatcaatta ggtggacaaaagatccgcgaaatacacaggatcatgttcattcattgtgcctattggctt ggcataatgggaagcagcagtatg-aagatttcattcagaaaatacgcaccaccccagtt ggtaaaagcctgtacttaccaccatatgaatatctggaaaggaggtggatagacaaattc -----------------------atataa---attaaat--------------atggta- ------ttcaagttgca---tagaatt-------gact---------------------- ------------------------------------ >KY369882.1 Rhinovirus C strain SC9795, complete genome ----------------------------------------------aagtggtgta---g tgctcttgtatttcggtacatttgcacgccagttt-----------------------gc ------------cac-ccc-------------tacccctt-------------------- ------atgtaac----ttagaagc-ttacacaa---------agaccaatagg-cggtg gtaaacccatacca-c----t-aacggtcaaata-cttct-gttt-ccccgg-cacgtga ggaataggctccaaa-agggc-tgaagccactagtgtcgttatccgcattggtactacgc aaagcctagtatca-gcctga-aa-attccttggttggtcgctcggccagt-----tatc cc-actggtagacctggtagatgaggcaggacttaccccactggcgacagtggtcctgcc tgcgtggctgcctgcacacccc-tatgg-ggt----------gtgaagcctag-gaacgg acagggtgtgaagagccccgtgtgctaccaat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatct-taccccgcagctgttgcacacaatccagtgtgtatgcagtcgtaacgagcaatt gtgggatggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---gtttt-tctt--- ---ttatttgcttatggtgaca-----at-att--------gat-atta----tcagtgt tgtcatcatgggtgcccaggtcagtaaacagaatgttggctcacatgagagtggaatatc agcatcatcaggttcagtcataaaatattttaacatcaattactacaaagactcggctag tagtggtttaagcaaacaagacttttccatggacccagagaaatttactaagcctttggc tgatgtcatgaccaa------tccagcactgatgagtccaagtatagaggcttgtggatt ctccgataggctcaaacaaatcactatcggtagctccacaataacaacacaggacacttt aaacacagttgtggcttatggtgaatggccagaatacctgaaagacactgatgcgagcgc tgtggataaacctactcatccagaaacatctacagaccgtttctatacgctcacaagtgt agaatggcatggctcatcaaagggctggtggtggaaaatcccagattgtcttaaggacat gggcatgtttggccagaacatgtattaccatgctctggggcgctcaggttacatccttca tgtacagtgcaatgccactaagtttcacagtggtctacttcttgttgctattgtaccaga gcaccaattggcatacattggtggcacaaatgcaaatgtggggtacaaccacactcatcc aggtgaagggggtcatgaaattggtaagaacact--------------gaaagaaacg-- -ataaacagcctgacgaagacccacttttcaattgtaatggtactctactaggaaattta actattttcccacatcaattaataaatctgagaactaataattcagctactatagtggtg ccttatataaactgtgttcccatggacagtatgctcagacacaacaatatatcactagtc atcataccacttgtgccactacgttcaggatctacacaaactattaacagactacctatt actatatctatcgcaccagataagtcagaattttctggcgcacgacagagt--------- --aata------------------------------aagt-------gcaaggcttacca gtgagaatgcctagtggtgcccaacagtttatgaccactgaagatgaacaatcagcaaat ctgttacctggttttcatccaacccccataatgcacataccaggtgagattacaaatgtc atgcatatggctagagttgattctttcatgccaattaataacattacagaccag---aaa atagatgtacccatctatagtaggacagtgaccgcacgacctgctagtaacagtagtgac ctcatactagctataccacttgacatgaacaacactttgttttccactacactactgggt gaagtgctgaattacttttctacttgggcagggagcatcacattgagctttttgtgtgtt tgtgatagttttagcacaggtaaatttctcatagcctacacaccaccaggaggcggactt ccaaagaacaggaaggaagcaatgcttggtgtccatgtcatatgggatttgggactacaa tcgacatgcaccattgtagtaccatggatagcccagggatactaccgccataccaaagct gataattacacagaatcaggatatgtcacactatggtaccaaacaaattttgttccaggt agtgctatagcaca---aggctctatactagtcacatgttctgcatgtccagatatggca gttcgcatgttgcgtgacactcccatgattacacaagacaagaacaccttacaaaac--- ------cctgtggaacagtttgtagataatgtcttagaagaagttttagttgtacctaac acacaaccaagtgggccaactcacactactaaaccaactgcactgtcagcaatggagata ggagcatcctcagatgtgaaaccagaggacatgattgagacacgctatgtggtgaattcc agaactaatggtgaagcaacaattgaaaatttcttgggtagatcagccttatgggctaat atagatat---gacaa-a------------------------------------------ ------------------------tggctatgccacatggtcaatcacttaccagggaaa tgcccagataaggaagaaattagagcttttcacttatgttaggtttgatttagaaattac aattataaccagcaactccagct------------------------------taatgca aatcatgtatgtaccaccaggtgctaaaccacctagcaacaataactcagtggaatggaa tacagcctccaacccaagcatattctttcaaccaggaaatggtttcccacgctttactat accctttactggcttaggatcagcttactatatgttctatgatggttatgacaaagtgag tcat---gatgaaggaatatatggaactagcgtaaccaatgatatgggcaaattgtgttt cagaaccccaaacaacaattcaggaactgatat---------tattagaatatttggaaa accaaaacacacacgtgcctggattcctcgaccaccgagagcaacagagtacacacataa agatagtactaactacaacaggaaggtgtatcctaa---ctctgaagacagtacactca- --ccagggaccactacattaaaaccagggc---------a---acagtcacg-------- -----------a------------------cagctgggcctagtgatatgtatgtacaca ctaaagaggctatctacagaaatgctcacctaactagtgcaaatg------aacaaacca tacttatagcactgactgc------agacctccaagtggatgcagctgagcacccaggtg atgacatcatacctgattgcgattgcactgtgggtacatactactgcaaaagcaaagatc gctattatcctgtgagtgtggtttcacatgcttggtatccaatagaagaatcctcttatt acccaaaacatatacagtacaacatacttttgggtgagggcccgtgtgaacctggagatt gtggcggcaagttgctctgtaaacatggtgttatagggatagttacagctggaggggaag gtcatgttgccttcacagatctaagaccataca---gtagcttagcacacacacagggac caattagtgactacataacacagttaggtaatgcatttggtacaggctttacacaaacac ttgaaactaatcttaaagagacgtgttcaggcatgtttgatgcaataacatcaaaaacag taaagtggatcgtgcgcataataagtgcgcttaccattgtgatccgcaacagctctgata caccaactattctcgctacaatggctttgttggggtgtacaggttcaccatggcaatacc ttaaaacaaaactgtgtgcttggctaggagtgcaaaaacctccctcaaaacagagtgaca gttggctcaagaagttcactgaatggtgtaatgctgcaaagggattagaatggataggat ataaaataagtaaatttattgactggttgaaggaaaaactcataccaactgtgcagagaa agaaggataccctgcttgaatgtaagaagttaaccctttatgaagatcaagtcaagg--- ---ctttcccccaatcctcagaaacttttcaaaatgaactaaccacaaaattacaggtct taaagaagaacctagatgacatgtgtcccctttacgctgtagaaaataaaagagtgacta atatgctcaaagaaattaaaacaatgacagcatataagaaaacccatcgcacggaaccag tgtgcatcctaatacatggtggacctggatgtggaaagtcacttgctactacagtaattg ccagaggtttagcagacagtgggaat------gtgtactcattacccccaaacccaaaac actttgatgggtattgtcaacaacaggtagtgatgatggatgatttaggtcaaaacccag atggacaagacctagcgatgttttgtcaaatggtttctaccactgactttatagtgccta tggcagcattagaggataaaggaaaaagtttcactagtgactatgtgctggctagtacaa atttgaaccagttgagtccccccactataaccattccagaggcaattacacgtagattct tcctggacgtagatttgaaaataatgccaggatataagactcatgcaggattactagata cagctaaagccttgcaagcatgtccagactgtgcaaaaccactccattacaaacagtgtt gtccacttctttgtggcaaagcgataatcctccagaataggcgcacatcagcgagccttt caattaatatggttgtttcacaactgagagaagaatctaccaccagaaagagggttcaca caaacttaaatgctatcttccagggtttag---------------------------gat cagatgaaaccccaggattcataatagacttactttcatcttcccgtgatcctcgggtta ttgagtactgtgagaaagagggactgattgtgaaagccacacacacct---tagaaaaga acttagaatatacacagtattgtttaaattgtttaggtagcctaatacttatcttgggta ccatctatgctatatacaagttactatgtgtgtcacaaggggcctactcaggcaacg--- caaatcctgttcctagaaaaccagaacttagaaaggctgttaaacagggtcctgaacatg agtttgtacactctctcatacgcaggaactgtcatgttgccacaacaagtagaggagact tcaatctcttaggtatacatgacaattgtgcagttcttccaacacatgcagaatgtggtg ataccattttgattgataatatccagaccaaagttatcaaacagcaaatcattacagaca gcaacgatgttgacacagagatcacaatagtgtggctggatagaaatgaaaaatttagag atataagaagattcataccagagcatatagaagaatggaggaacatgagattggctacca atgtacctaaattccctatgatggatgtagaggtaggtgatgtcaccccttatggagaaa tcaacctgagtggaaacttgacatgccgactgcttaagtacaactaccccacacaaccag gccaatgtggagctgttgtcgctaatgtgggcaatataattgctattcatgtgggaggca atggtagagtgggttatggtgccgctctcttaagaaagtactttgcagcaacacaaggtg aaataacaacaagaaagtcagttagagatgttggcatgtcaccaataaacacaccttgca aaacgaaactataccccagtgttttctatgacatctttcccggaaaaaaagaaccagctg ctctaaatgacaaagacccccgacttgaagtaaacctaaaagaagctgttatgtccaaat ataaaggaaataagggttgccaaatgaatgattatgtgttaacagcagcaaaacattacg cagcccagttgttcccccttgacatcaaccctgagcctataacaatggaacaagctgtgt atggaacagactatttggaaccactggatttaaataccagcgctgggtatccatatgtta cactaggtgttaagaaaaaggacatactaaatcgcaacactaaagatttatccaagttgc agcacatgatggacctctatggaattgatctaccctatatcacttacttgaaagatgaac ttagagcaccagaaaagattaggtgtggcaaaactagatgcattgaagcagcaagcatga atgacactgtgtattttcgcatggtgtttggaaacttgtatggtgctttccacaagaacc caggtgtgctgactggatcggctgtgggatgtgatcctgatgtcttttggtcacaaatga aagccacaatgggggaaaata---tactagcctttgattacactaactatgatggaagct tggatccaatctggtttgatgctcttaaaattgtgctcaatgaattaggttttgatggt- --gaattgactgaaaaacttaagaaaactacacatgtgtacaaagatgaggtctacacag tactaggaggtatgccatcagggacctctggaacatctgtgtttaacactatgatcaaca acattatcattagaactataaccattgaaacatataaaaacatagatttggataaactta agatagttgcctatggtgatgatgtggtcatctcatacccagatatgctagatgcagcac aattagctaatactggttccaaatatggcctaactataacacctgctgataagggcacag acttcaaacaagtcacctgggacactgtcacctttctcaaaagaggatttaggaatgact caaaataccctttcttggtacatccagtatatccaatggaagatgtttttgaatcaatca gatggaccaaagatccacgcaatacacaagatcatgtaaattctctgtgcctactagcat ggcacaatggaaaacaacaatatg-atgactttatccaaaaggtccgtaccacttctgtg ggccgaaccttgtacttgccaccgtatgagtatttggaaaggaggtggatagacaaattc -----------------------atat-g---attagat--------------atggta- ------ttcaaattgca---cagaatt-------gactatcataaaa------------- ---------------------------tc------- >MF806525.1 Human rhinovirus C47 isolate CA-RGDS-1001, complete genome ----------------ggcatgggttgta-cccacccatgccacccaagtggtgta---g tgctcctgtatcccggtacacttgcacgccagtt-----------------------tgc ------------cct-ccc-------------ttttcccc-------------------- ------aagtaac----ttagaagc-ttacacac---------aggccactagg-aggtg g-taatccatacca-c----t-gatggtcaagca-cttct-gtct-ccccgg-cacgcat ggaatagaccttgaaaagggt-tgaagccataaatgtcgttatccgcattggtactacac aaagcctagtaatg-ccttga-aa-cttctacggttggtcgttccgctaga---tgcacc cc-tctagtagacctggcagatgaggcagggcaaaccccactggcgacagtggccctgcc tgcgtggctgcctgcgcgccca--cttg-ggt----------gcgaagccgat-gaacag acaaggtgtgaagagccccgtgtgctaccaat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctattgcacacaaaccagtgtgtatgtagtcgtaatgagtaatt gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-ctttaa- -----atttgcacatggtgaca-----at-att--------ggt-agta----tcagtat tgtcatcatgggcgcccaagtaagcaagcagaatgttggttcacatgaaaatggtatctc agctagtggaggttcagtaatcaaatactttaacataaattactacaaagattcagctag ttcaggtttatctaaacaggatttttcccaagacccttccaaatttacacaaccactggc tgatgccttgaccaa------cccagcacttatgtcacctacagtagaggcttgtggatt ttccgataggctcaagcaaatcactatcggaaactccaccataacaacgcaagactcact acatactgttgtggcgtatggtgagtggcccgagtacttgtctgatgtggacgcctcatc tgtggataaacccacccatccagagacttcatcagaccgattctataccttagaaagtgt agattggactggcagttctagagggtggtggtggaagataccagattgtcttagagagat ggggatgtttggtcagaacatgtatcaccatgccatggggagatcaggaatgctaatcca cgtacagtgtaatgcaaccaagtttcacagtggttgcttactcgtagttgtggttccaga acaccagttagcatacataggtgctgataaggttaatgtcaagtatgagcacacccaccc aggtgagagaggacacacattgaaaatctctgat--------------gaccgttcaa-- -atcataacccagatgaggatcccttctacctatgtaatgggacactgttaggaaatgca ctcatatatccacaccaaatgatcaatttgcgtacaaacaactctgcaactattgtggtg ccctatataaactgtgttcccatggacaatatgcttagacacaacaacttcagtctttta gtcatcccaattgtcccattgaaggcaaacacaaatgctgccaata---ccctgcctatc actgtaagcatagccccagataagtcagaattttcaggtgcaatgaaat----------- --caca------------------------------gcag--------caaggtctacct actaggagtcctgcaggatcacaacaatttatgactactgaagatgagcaatccccaaac atcctcccggagtattctcctacaaaaatgatccatataccaggaagaattgacaacatc ctacacatggcaatggtagagtcacttataccgttaaacaatgtagatggccag---gtt ggtagagtggaaatgtataatgttaccataacatcaaaaaccg------caggtaaagac ttaatacttgtcattcctctgcaaatggacaataccttgtttgccacaacactagtaggt gaaattctaaattatttctccaattggtcaggtagcatcaaagtcacttgtatgtgtgtg tgtgacagcttcagtacaggcaagtttctgatggcttacactccgccaggtggaggccta cctacaactaggaaagaagcaatgttgggtgtacacgttatatgggaccttggattgcaa tcttcgtgcactctcgttgccccatggatgtccagtacattctatcgcagaacaaaagat agtaattacacttctggtgggtatattactctatggtatcagacaaactttgtgcccaca acaactgccggtac---tggaactattatagctacatgttcagcatgcccagatctgtct gtgcgaatgctccgtgacacaccaatgaccaagcaaccagagaacaatatacagaat--- ------ccagtggataactttgtggatgaagtactcaaggaggttcttgttgtacccgac actaaaccctcaggtcccacacacacggtgaaacccacagtgttaaatgccatggaaatt ggggcttcgtctgatgcaactccagagagtgttatagagacccgctatgtcataaacaac cacactaacaatgaggcactaatagaaaactttcttggtaggtcgtccttatgggcagat ttggaaat---gacag-g------------------------------------------ ------------------------aggctttaagagctgggacattaactttcaagagca ggctcaaattaggaggaaaatagaactattcacctatattagatttgacatggaagtaac aatagtcaccaacaatcaaggtc------------------------------tcatgca aatactatacgttccaccaggtatagatgccccaaagaaccaaaatgacaaaagatggga tggagcctccaatcccagtgtcttttaccaacctaaatctggtttccctcgtttcacaat ccctttcactggattaggatctgcatactatgtcttctatgatggctatgatgagaacaa aaca---gagtccgtagcttatggcatatcagctactaatgacatgggaactctgtgttt ccgcgcattagaagacatggatagacaccg------------gataaaggtgtatataaa accaaagcatataacagcttggtgccccagagcccccagagcggtggattacactcacaa atttatccccaactatcacacaaataagggaacaac------------tactgaacttg- --aagagaagcactacatcaagactaggga---------a---tctattaaa-------- -----------a------------------cagtaggacctagtgacctttttgtacaca cagaacaggcaatctacagaaatgctcatctaacaactcccaatg------aacgcacaa tacttcttgcaataactgc------agatctgcaagtggatgagtgtgaccaaccgggtc ctgacaaaattccagattgtgactgcaccagcggatgctattattcaaaagcacaggata ggtacataccagttgagtgtgaaccacatgactggtaccctatagaggagacacaatact atcccaaacacatacagtacaacctgcttttgggcaaaggaccctgcgtcccaggtgact gcgggggaaagctgctctgtgcccatggagtcattggcataataacagcaggtggagagg gttgtgtagcctttacagacctgagaccatata---acataaatgcatccacacaagggc ctgtcaccaattacctcaatcaacttggtaatgcattcggggatggattcacaacaaata tcaagcaacaatttgcagcagtcggaaataccatagtggatggcttaactaataaagtta taaaatggttgattagagtaatcagtgcactaacaataatgatcaggaacagcactgaca caccaacagttctggctacgcttgcattgcttggctgccatggttcaccttgggccttct taaaagacaaggtttgcaaatggctaggcatcaacccacccgcaaagaaacaaggggata gttggttgaaaaagtttaccgaatggtgcaatgcagccaagggccttgaatgggtaggaa tcaaaatcagcaaattcatagactggctcaaagaaaaggtgttgccaacagttaaatcaa agaaagaaatattagaccactgcaagaagataccactgtaccaagaacaggttaagg--- ---gattcccttatgccacacaagagtcccaggaggaactcattctaaatattgacaagt taaagaaaggacttgatggtttggcaccactctacgctgtagaaaacaaggttgttaccc aaatgcagaaggaacttaaacaactccagtgttataaaaggactcacagagtagaaccag tctgtatattactacatggagtgccgggatgtggcaaatcactcattactactatcattg ccagggggctagctactgagggaaat------atctactccttaccacccaatcccaagc attttgatggatataaccagcaagatgttgtaattatggatgatgtgtgccaaaacccag atggtgaagatatgaatatgttctgtcaaatggtatccacagcagatttccatgtcccaa tggcagcattagaggacaaagggaagtcattcaccagtaaatatgttcttgcatctacta atgtgtccactctgcaaccaccaacaatacaaaccccagaggccttagagcgcagatttt tcctagacatggatgtcaaagtcctaagtccgtactctggtcagcgcggactacttgaca cagccaaggcactacaaccttgcacaaaatgtgataaacctccccacttttcccgctgtt gtccccttttatgtggaaaagcagttgttttagtaaataggaagacacaagtcagttaca gtgtgaacatgattgtggaacagctcaaaaatgagtatgagaataggaaaggtgtcaaga caaacctagcagcaatattccagggtttag---------------------------gtg acccagaaacacctggtttcattgttgatttgcttcgatcttcaaaggatcccaaggtca tacaatattgtgaggatgaaggattaatagttaagagttccaccacac---tagaaaaac acattgatagggtgcaacaggccataaattgcataggaagcttagtagtcatactgggca caatctatgcattatacaaactaatgagcatgacacaaggagcatacactggacatg--- ttgaacctttatccaagcgtccagagttacgtaaagctgtaacacaaggtccagaacacg agttcatgtatgccctactcaaaagaaactgccacattgctgaaaccacaagaggtgaat tcaatcttttgggcatccattccaactgtgccgtgttgccaacacatgctgaatgtggga gtgagttacttatagatggagttcccaccaaagtcctcaaacaacagatcataactgaca ccaatgatgttgacactgagataacactactgtggctggaccgcaatgaaaaattcaggg atattcgccgcttcataccagagagtattgaggagtggcaccacatcaggctggctacaa atgtaagcaaattccccatgttctttgctgatgttggcacagccataccctatggagaaa taacactcagtggtaatcccacatgtagacttctcaagtacgactatcccacaaaaccag gacaatgtggaggagtactgggaaacacaggacacataattggtatacatgttgggggaa atggtcgtgttggttatggagccgcattgctccgtaaatacttctgtgaacagcagggtg ctataaccaacattgttgatgtgagagaattaggctaccccccagtaaacactccagcta aaactaaacttttacctagtgttttctttgatgtttttcctggtagtaaagaaccagccc cacttactaacaaagatagtaggttagaagctaatctggatgatgctgtattttcaaagt acaagggcaatttggaggttcaattcaatgagtatatgcaaatagctatagaccactatt ctgctcaattatacactctagatgttgatccaacacccttgacattagagcaagctgctt atggtatccccaacttggaagctctagatcttaccaccagtgctggctttccctatgtat ctaagggaattaagaaaaaagatatattaaataaaaccaccaaagacacaaccaaattag ctaaactaatggaggagtatggtattgatttgccatatgtcacttaccttaaagatgaac tcagagccccagaaaagattaaagctggaaaaacaagactcattgaagctgctagtttaa atgatacagttcactacaggatggtgtttggtaagttattttccacatttcacgccaatc ctggaatcttgacggggtcggcagttggctgtgatcccgacatcttctggtcacaactcc acgcttcattagggggccatt---tactagcctttgactacaccaactatgatgggagtt tacacccagtctggtttctgtgtttaaataaagtattgaccactcttgggttcccaggt- --gaattgatggagaaactgagcaattcaaagcacatatataaaaatgccttttatacca cagaaggaggaatgccatctggcatctgtggtacatccatattcaataccatgataaata atattataattaggacactggttattgagacttacaagaatatagatctagaccgcttga aaatagtggcttatggtgatgatgtcattgcttcatacccagattatcttgatccaaagg agatagcacaaacagggagtaggtatggtctaacaataacacctgctgataaatcagaaa cattcaagccaatcacctgggaaactgtaactttccttaagcgtggctttaagcctgaca agcagtacccttttctcattcatccaatctattcaatgtcagatatatatgaatcaatca ggtggactaaagatccaaagaacacacaagatcatgttcgcagcttgtgcatgctggcat ggcacaatggtgaagaacagtata-atgactttatcacaaaagtccgcacggtggcagta ggtaagacattgagtttaccaccatatagttacctccgtcaccggtggttggatcagttc -----------------------atataa---gta--------taatatagatataata- ------cacaatttgtc---tagaatta-------------------------------- ------------------------------------ >MN306025.1 Human rhinovirus B83 strain SC0340, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ --------------------------------------------gtacaatagg-ttgca ctacatccag-----tggtgt-ttcgtacaagca-cttct-gttt-ccccgga---gcgg ggtatagacggtacccactgtcaaaagccctta--accgttatccgccaatcaactacgt aatggctagtaaca-tcatgaa---ggtgagttgacgttcgatcaggtggt----aaccc cc-----actagtttggtcgatgaggctaggaatcccccacgggtaaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcgttt-----gct----------gggacgccaat-tcactg acatggtgcgaatacttgcatgtgcttgattgt-gattcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgcagcataaaccaatgttgtggaggtcgtaatgagcaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-ctcaa-- ----a-ttgtcttatggtcacag-catat-atat-------------tg----tatatac tgtgatcatgggagctcaagtgtctacacagaagagtggctcacacgagaatcaaaacat tttgactaatggatcacaccaaacatttacagtaattaattattacaaggatgcagcaag ttcatcatctgcaggtcaatcattatcaatggatccatcaaaatttactgaaccagttaa agatctgatgttaaaaggtgctccagcattaaattctccaaatgttgaagcatgtggtta tagtgatagagttcaacaaatcactcttggaaactctacaataaccacacaagaagcagc aaatgccgtggtgtgttatgctgagtggccagaatatttaccagatagagatgcaagtga tgtgaacaaaacatccaaaccagatacatctgtgtgtaggttttatacactagatagcaa ggactggagtgcaagctcaaaaggatggtgctggaagttacctgatgcactaaaggatat gggagtttttggtcagaacatgtttttccattcactagggagaactggctacacaattca tgtccaatgcaatgctacaaaattccacagcggttgtctgttagttgttgttattccaga acatcaattagcttctcatgatgggggaaccgtatctgtaaagtataaattcacacatcc aggtgaacagggtattgatttaggtactaatggtgaaa---------------------- -gaactggacctgctaaggatgcggtctataacatggatgggactttaattggaaaccta acaattttcccacaccaatttatcaacctcagaacaaataatacagctactataatagta ccttacatcaattcagtgccaattgattcaatgactcgccataacaacgtttcacttatg gttattcccattgtcccactctcagtccctaatggaaaccagccca---cacttcctatt acagtaacaattgcaccaatgtgcactgagttttcaggtataagatctaggactattg-- -tccca------------------------------aatgcatctccacagggattgccc actacaacactaccaggatcaggacagtttctaactactgatgacaggcaatcacccagt gctttgccgaattatgaaccaacacccagaattcatattccaggacaagttagaaactta ttagaaataatccaggttgataccatgatacctatgaacaagaccaaggta------aat gatgaagtgggaaattaccttataccactcatacaaggt---------cagaaaaatgag cagatctttggaacaaacttgtatataggggatggggtttttaagacaacacttttgggt gagatagttcaatactacactcattggtcaggttcacttagaatttccctaatgtatact ggtccagcattatctagtgctaaactcatattggcctatacaccacctggagcacaaggt ccaaccacaaagaaagacgcaatgttaggtacacatgttgtgtgggatattggcttgcaa tcaactatagtgatgacaataccatggacatcaggtgttcaattcagatacacagacaaa gacacatacactagcgctggttttctatcttgttggtatcaaacatcacttattctacca ccagaaacttcaggcacagtatacttattatctttcgtgagtgcatgtccagatttcaag ttaagactgatgaaagatacacaaacaatatcacaaacttcagcactaacagagggc--- ------ctcaatgatgagttagaggaagttattgtcgagaaaacgagacagactttagct tccgttgcatcaggaccaaaacacactcagagcgtgcccactttgacagcgaatgaaact ggtgccactatgccaacccaaccttcagataatgttgaaactagaactacttatatgcat ttcaatggatctgagacagatatagaaagtttcttgggtagagctgcatgtgtacatatg gttgaaatagttaaca-aaaacccacttaa------------------------tgttga aaatcagaagaag---gagaa---gctatttaatgattggagaataaatctatccagttt agttcaacttagaaagaaattagagttattcacttatgtcagatttgattcagagtatac catcttagctacagcttcacaaccaaccagctccagttactccagcaatttaactgtgca agcaatgtatgtgccaccaggcgcaccgaatccaacaaaatgggatgattatacatggca gagtgcttcaaatcctagtgttttcttcaaggttggtgatacag---ctagattcagtgt tccctttgttggccttgcatcagcatacaattgtttctatgatggttactcccatgatga tgaa------gacactccttatgggataacagtactcaaccacatgggtagtatggcttt tagggtggtaaatgagcatgatgcacataccacagaagtaaaaatcagagtctaccacag agccaaacatgttcaagcatgggtgcctaggccacccagagcactaccctatgtgtcaat agggcgcaccaactatgacaggcc---------------------------------aa- --atataaaaccagttattgaaaagagaac---------t---agtatcaag-------- -----------caa------------tatggattgggtccaagatttggaggggtataca ctggcaatgtaaagataatgaattaccatcttatgactccagaag------atcaattga acctggtctcttcctatccaaacagagatttggccgtggtatcaacaggcgctcatggtg ctgaaactataccccactgcagttgcacatctggtgtgtattattcaacatattacagaa aattttacccagtcatctgtgaaagatccacaacaatctggatagaaggcggtccctact acccaagtagataccaggctggtgtaatgaaaggggttggaccagcagagcccggggatt gtgggggcattttgagatgtgtccatggaccaattggactcttgacagcagggggtggtg gatatgtctgttttgcagatattagacagctag---agtgtattgctgaagaacaagg-- -tttaggagattacattaccagtttgggaagggcttttggtgtagggttcacagatcaaa tatcagctaaagtcacagagctacaggatgtggcaaaggatttccttacaacaaaagtgt tgtctaaagtggtgaaaatgatatctgctcttgttatcatatgtagaaaccatgatgatt tagttactgttactgctaccttagctcttttaggttgtgatggttctccatggagattcc ttaaaatgtacatttctaaacattttcaggtaccatacattgaaagacaggcaaatgatg gttggttcagaaaattcaatgatgcatgtaatgcagccaagggtctagaatggattgcta acaagatttcaaaacttatagagtggattaaaaataaaatcttaccacaggccagggaaa aactggaattttgcagtaaacttaaacagcttgacatattagagcgccagataactacaa tgcatgtatccaaccccacacaagaaaggagagaacagttgtttaacaatgttatgtggt tagaacagatgtcccaaaagtttgcccctctttacgctacagaagcaaggagaattaaag atctgaaaaataagatactcaattatatgcagtttaagaataaacaaagaactgaaccag tatgtgttctaattcatggtacccccggctcgggtaaatccctaacaacatcaatagtgg gacgtgcactagccgaacacttcaattcagcagtttattcactccccccagatccaaagc attttgatggttatcagcaacaggaggttgtgatcatggatgatttaaaccaaaatccag atggtcaggacattagcatgttttgtcaaatggtctcctctgtagattttctacctccta tggctagcttggacaataagggaatgttgttcaccagtaactttgtgctggcttctacaa actctaacactttaagtcccccaactattctaaatcctgaggcattagccagaagattcg gctttgatttggatatttgtttacacagtacttatacaaaaaat---ggaaagttgaatg ctgcaatggctacaagtatatgtaaggattgccaccaaccatcaaactttaagaaatgct gccccttagtttgtggcaaagcaattagtttagtggatagaacaaccaacattagataca gtgtggaccaactagtcacagccataattggtgattacaaaaacaaagttaaaattacag actcattagaaatattatttcaaggaccagtgtataaagatttagagatagatgtgtgta acacaccccctccagagtgtattaatgacttacttaaatcagttgactcagaagaggtta gagaatattgtaagaagaaaaattggatcattccacaaataccaacaaatatagaaagag cagtcaatcaggctagtatgatcataaacacaatattaatgtttgttagcacactaggaa tagtttatgtcatatacaaactgtttgcacaaacacaaggaccgtattctggcaatccat cacatggtaaattaaaagcaccaaccctaagacccgttatagtccagggtcccaatacag agtttgcattatctctgcttaggaaaaatatagtcactattacaacagaaaaaggtgaat tcaccggcctaggagtatatgatcaaatttgtgttttacctacacatgctcaacccacag atagtgttctcataaatggacaaaaggtccaaatcagagataaatataagttagttgacc cagagaatgttaatttagagctcactataataactcttgacagaaatgaaaaatttaggg atattaggggatttatatcagaggactta---gaagggtttgatgcttcattagttattc attctaataatttcaccaacactattctagatgtgggatcaataactatggcaggcttaa ttaacttgagtagtacacctacaaaccgaatgattcggtatgattatccaacaagaacag gacaatgtggtggagtattgtgcacaactgggaaaatatttggaatacatgtcggaggca atggaaggcagggcttctcggcacaacttagaaaacaatattttgtttctaaacagggac agatcacctccagacaaaaattgaaagatttaaatctgagcccagtaaatactcccacaa aaacaaagttacaccctagtgtgttccatgatgtttttcctggtagcaaacaaccagcag tcttaagtgataatgatcccaggcttgaggtcaaattgactgagtctctgttttcaaagt ataaaggaaatgtagaaatgaagcctacagaaaacatgttaattgctgtggatcactatg caggacaactcatgtcactagacattcccactggagaactaagtctcaaagaggcactgt atggtgttgatggtcttgaacctattgacattacaacaagtgctggttacccttatgtca gtctaggtatcaaaaagagagacatcttaaacaaagagacccaggaggtggacaaaatga aattttaccttgacaaatatggcatagacttacccttagtgacatacattaaagatgagt taaggagtgctgacaaagttaggttaggtaaaagtagattaatagaagcatctagtttaa atgattcagttaacatgagaatgaaattaggacacttgtacaagacttttcatcagaatc ctggtgttataactgggtcagctgtgggttgtgatcccgatgttttctggtcagtgatac catgcctaatggatggacatt---tgatggcttttgattactcaaattttgatgcttcct tatccccagtttggtttgagtgtttggaaaaagtgttagagaaaattgggttcagttgcg cctcactgattcaaacaatatgtaacactcatcatatctttaaagatgaaatttacacag ttaaaggtggaatgccatctggttgttctgggactagtatctttaattctatgattaaca acataataattagaacacttattttagatgcatacaagggtatagacttagacaaattaa aaattattgcttatggtgatgatttaattgcctcttatccttttgaactagacccagagg ttttggctaaattagggaagaattatggcttaaccattacaccacctgacaaatcagaaa ggtttgtcaaaatgacatgggaaaatttaacatttctaaaaaggtactttagaccagatg agcaatttccgtttctgattcacccagtcatgcccatgcaagacatacacgaatccattc gctggacgaaggatccacgtaacacgcaagatcatgttaggtcattgtgtatgttagctt ggcattcggggcaaaaagaataca-atgaatttataactaagatcagaactacagaaatt ggaaaatgtttaaacttacctgaatacagtgtccttagaaggcgctggttagacatgttt taaatga--ta-aaga-agt---agatat---ag-------------------acattt- ---------aatttgaa---tagaat---------------------------------- ------------------------------------ >MN749149.1 Human rhinovirus A2 strain 12K9, complete genome -------------------------tgtt-cccacctggatctcccatagggagtg---g tactctgctattacggtagccttgtatgccagtttt----------------------at ------------ctc-ccc-------------tccccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-ttacac------aa-ggaccaatagt-cggta atcag-ccagatta-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacagcagcgatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcttagtagca-tctccg-aa-attgtctggttggtcgttccgcca------ttttc cc-cttggtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaaa-caatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gactcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagagcacgcaaaccagcgtgtttctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ttttt-- ----atattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--ca------tatatat tgacaccatgggcgcacaggtttcaagacaaaatgttggaactcactccacacaaaattc tgtgtcaaatggatctagtttaaattactttaatattaattattttaaagatgctgcttc aaatggagcatcaaaattggaattcacacaagatcctagcaagttcactgatccagttaa agatgttctagaaaagggaataccaacgttgcagtcccccacagtagaggcttgtggata ctctgataggattatacaaatcaccagaggagattcaactataacttcacaagacgtggc caacgctgtcgttgcatacggagtttggccacactatttatcctctaaagatgcttctgc aattgataagccctctcaaccggacacatcctctaacagattttacactctaaagagtgt gacttgggacagctcctcaaagggttggtggtggaaactacctgatgcacttaaggacat gggcatttttggtgaaaacatgttttaccactatctgggtagaagtggatacactataca tgtacaatgtaatgctagcaaatttcatcaaggtacactaattgttgctttaatacctga gcaccaacttgcaagtgcctcacacggtaatgtgaatgttggttacaactacacacaccc aggtgaaacaggcagggaggtcaaaagtggaaga--------------caaaatcctg-- -atctacaacccactgaggagtattggctaaattttgatggaacactccttggaaatatc accatattccctcatcaatttattaatttaaggagtaacaactctgctactataattgcc ccttatgttaatgctgtccccatggattcaatgcgtagtcataataattggagtctggta ataataccaatatgcccccttgagaca---tcaagcacaattaaca---ccatacccatc acaatatctataagccccatgtgtgcagaattttctggcgctcgtgccaa---------- --------------------------------------gc------gtcaaggattgcca gttttcatcacaccaggatcaggacagtttttaacaacagatgatttccaatccccatgt gcacttccttggtatcatccaacaaaggaaatttctattccaggtgaagtcaaaaatttg gttgaaatctgccaggtagacagcctggtaccaataaataatactgacacttac---atc aatagtgaaaatatgtattctgttgaattgcagtcatcaatcaaca------catcagag aagatcttttctattcgaacagatgttgcatcccaacccttagccactactttgattggt gaaatatctagctatttcacccattggacagggagccttcgtttcagttttatgttttgt ggtactgcaaacaccactgtcaaacttttgctggcatatacaccacctggtatcgcagaa ccagccaacaggaaggatgcaatgttaggtacccatgttatatgggatgtggggttacag tccacaatatcaatggtggtgccatggattagtgctagtcattatagaaacacatcacca ggtaggt---ctacagctgggtacataacatgctggtatcaaactagattagtcattcca cctcaaactccacaaacagccagactattatgttttgtgtctgcgtgtaaagatttttgt ttgcgcatggcacgagataccaacttacacctgcaaagtggtccaatagtacaaaac--- ------cctgttgagaactatatagatgaggtcttaaatgaagtcttggttgtcccaaat atcaatagtagtaaccctacaacatcaaactctgctccagcattagacgctgcagaaaca gggcatactagtaatgttcaaccagaggatgtcattgaaacaagatatgtgcaaacatca caaacaagagatgagatgagtttggagagctttcttggcagatcaggatgcatacatgaa tctaagttagaagtta-caattgaa----------------------------------- -aattacaataa---------gaaaaactatacagtatgggctattaatttacaagaaat ggctcaaattagaaggaaatttgaattgttcacctatactagatttgattctgaaataac tctagtcccatgcatttctgctattagtcagg------acattggacacatcacaatgca gtacatgtatgttccaccgggtgcaccagtgcctgatagtagggaccattatgcatggca atcgggtactaatgcttctgttttctggcaacatgggcaggcttatccaagattttctct accttttctgagtgtggcatctgcttattatatgttttatgatggatatgatgagcaaga tcaa------------aactatggtacagcaagcacaaacaatatgggatcactgtgttc cagaatagtaacagagaaacacattcacaaagtgcatataatgacaagaatttaccacaa ggccaagcatgttaaggcatggtgcccacgcccacccagagcgcttgaatacactcgtgc tcatcgcactaacttc------aaaatgcaggatac---------------------aa- --acatccaaacagcaatcacaaccagacc---------a---attatcact-------- -----------aca------------------gctggtcctagtgacatgtatgtccacg taggtaatcttatatatagaaatctccatcttttcaactctgaaa---tgcatgaatcta ttttagtgtcctactcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacactacaggtg atgattatattccttcatgtgattgcacccaagccacttattattgtaagcataaaaata gatactttccaattacagttacaagtcatgactggtatgaaatacaggagagtgagtact atcccaaacacatacaatataacttgctaattggtgagggcccttgtgagccaggtgatt gtggtgggaaactactttgcaaacacggtgtcataggcatagtaacagctggtggtgata atcatgtagcttttattgatcttagacact------ttcattgtgctgaagaacaagg-- -agtcacagattacatacacatgttaggggaagcatttggaaatggatttgtagatagtg tgaaggagcatgtgcatgccataaacc------caataggaaatatcagcaagaaaatta ttaaatggatgttgagaataatatcagcaatggtaataataattagaaactcctctgatc cccaaactatactagcaacactcactctgattgggtgctctgggtcaccctggagatttt tgaaggaaaaattctgcaagtggacacagcttaattatatacacaaagaatca---gatt catggttaaagaaatttactgaggcatgtaatgcagctagagggcttgaatggataggaa acaagatatctaaatttattgaatggatgaaatcaa---tgctcccacaggctcaactga aggttaaatacttaaatgaacttaaaaaacttggcttatatgaaaaacaagttgaaa--- ---gcctgcgtgtggctgatataagaacacaggaaaaaattaagatggaaatagacacct tacatgatctgtcatgtaaattcctacctttgtatgcaagtgaagcaaaaagaataaaaa ctttgtacatcaaatgtaataatattat------taaacagaagaaaaggtgtgaaccag tagctgtagttatccatggaccacccggtgctggtaagtctatgacaacaaatttcctag ccaaaatgataaccaatgatagtgat------atatactccttacctcctgatccaaaat actttgatggttatgatcagcagagtgtggtaataatggatgacatcatgcaaaatccca ctggagatgacatgacgctattctgtcagatggtttctagtgttacattcataccgccaa tggctgatttgccagataaaggtaaagcttttgattctagatttgtattgtgtagcacaa atcattcccttctaacacccccaacaataacctcattacctgcaatgaatagaagattct tcctagatctagatataatagtgcatgataactttaaggatcagcagggcaaacttaatg tggcagcagctttccagccatgtgatgtgaatagcaaaataggaaatgcacgc---tgtt gtccatttgtgtgtgggaaagcagtctccttcaaagatcgtaactcttgtaacaaataca cgcttgcacaggtgtataacataatgcttgaagaggacaagcgaaggagacaagtggttg atgtcatgacagctatatttcagggaccaattgaca---------------------tga aaaacccaccaccacctgctatcactgatttgcttcagtctgtcagaactcctgaagtta ttaagtattgtgaggataatagatggattattccagcagagtgtaaga---tagaaaaag aattgaacttagccaatacaatcataacaataattgcaaatgtcatcagtatagcaggaa taatatatgttatctataagctcttctgcacattacagggaccatattcgggagaac--- caaagcccaaaaccaaaattccagag---agacgtgtagtgacacaagggccagaggaag aatttgggatgtctttaatcaaacataactcatgtgttatcacaacagaaaatggaaagt tcacaggtcttggggtttatgacagatttgtggtcgtaccaacacatgcagatcctggga aggaaattcaggttgatggtatagctacaaaggttattgattcatatgacctatataaca aaaatggcataaagttagaaataacagtactcaaattagacaggaatgaaaaattcagag acattagaaaatatatacccaatagtgaagatgattaccccaattgcaatctagcactac tagccaaccagcctgaaccaactataatcaatgttggagatgttgtatcttatggcaata tactgcttagtggcaaccaaacagctagaatgcttaagtacaattacccaactaaatctg gttattgtggaggtgtcctttacaagatcgggcaagtgcttggaatacatgttgggggta acggcagagatggtttctcagctatgctgcttagatcctattttgctgatgtccaaggtc aaataacattgtcaaagaaaaccagtgaatgcaacctgcccagtatacatactccatcca aaactaaattacaacccagtgttttctatgatgtattccccggttcgaaagagccagctg tgttatccgaaaaagatactcgactacaagttgatttcaatgaagcactattttccaagt acaaagggaatacaaattgttccaccaatgatcatataaaaattgcatcatcacattatg cagcacagcttatcaccttagatattgatccaaaacccatcacacttgaagatagtgtct ttggtactgatggattggaagctcttgatttgaacactagtgcaggatttccatacattg caatgggagttaaaaagagagacttaataaataacaaaactaaggatataagcaaactca aagaagcaatagacaagtatggggttgatttacctatggtcactttcttgaaagatgagc ttagaaagcatgaaaagatagttaaaggcaaaactagagttattgaggctagtagtgtaa atgatactctattatttagaacaacctttggtaatcttttctcaaaatttcacctaaatc ctgggattgtcactggatcagcagttggatgtgatccagaagtattttggtcaaaaatac cagctatgttagatgataaatgtattatggcttttgattatacaaattatgatggtagca tacaccctatttggtttgaagctcttaaacaggtgttagtggacctatcatttaaccca- --acattaatagatagattatgcaagtctaagcacattttcaaaaacacatactatgaag tagagggaggtgttccatctggatgttcaggtactagcatctttaacactatgattaaca atattattataagaactttagtattagatgcatacaagaatatagacttagataagctta aaataattgcttatggtgatgatgtcatattctcatacacttatgaactggacatggagg ctatagcagcagagggtgttaaatatggtctgactataactcctgctgataaatctagca catttgtaaaattggactacagcaatgttactttcttaaaaagagggtttaaacaagatg aaaaatataactttctaatacatccaacctttcctgaagatgaaatatttgagtccatta gatggacaaagaaaccatcacaaatgcatgagcatgtgttatctctatgtcacttaatgt ggcataatggacgtgacacataca-aaaagtttgtggataagatacgcagtgtaagcgct ggtcgtgcactgtacatccctccatatgacttgctcttgcatgaatggtatgaaaaattt taaag------------------atatag---aa-------------------atagtaa --act-gatagtttat------------------tag----------------------- ------------------------------------ >MN369031.1 Rhinovirus C strain SC9996, complete genome ----------------------------t-cccacc---accaggcacacagtgcgtg-g tacactggaatttcggttcctttgtacgcctgtttt----------------------cc ------------cac-cct-------------catgtttgtttgtctttac--------- ------gcgtaac----ttagaagcattgcacac---------agctcaatagg-aatag t-ccatccaggact-g----t-tacgagcaagta-cttct-gtct-ccccggacgt---g tgaatagacctcacc-aaggt-tgaagctgtagcgttcgttatccgctcatctactgcgc aaagactagtaact-aactgg-aa-ccttaatggtgtttcgctcagcag--------tac cc-cactgtagatcagggcaatgaggctacgcatcccccactggtgacagtggcgtagcc tgcgtggtgccctgcccaggtt---tcg-gcc---------tgggacaccatt-ttgatg acagggtgtgaagaccggcgtgcgctaggtgt--gaatcctccggcccctgaatgcggct aatcctaaccctgcagccattgcatgtgatccaacatgtggatggtcgtaatgagtaatt gcgggatggaaccgactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-c--caa- ---ttattgtctcatggttacaaatttgt-gta--------------------tcaagtt tgtaactatgggtgcccaagtgagtaaacaaaatgttggctcgcacgaaaactctgtttc cgccacaggaggttcagttatcaagtatttcaacatcaattattataaggattctgctag ttcgggattaacaaaacaagatttttcacaggatccatccaaatttacacaacccttagc tgaggcattaacaaa------cccggcacttatgtcacccagtattgaggcttgtggatt ctctgataggcttaaacaaatcactatcgggaattcaacaataacaacccaggatacttt acaaacagttcttgcttatggtgaatggcctgaatacctttcagcattagatgccacatc agttgacaaacccactcaccctgaaacatctgctgaccgcttttacaccctcaggagtgt gcagtgggatgctgtgtcaaaagggtggtggtggaagttacctgattgtttaaaagaaat gggaatctttggtcaaaacatgtactatcattcctttggtagatcaggctttctaatcca tgtccagtgtaatgcaactaagtttcacacggggtgtcttgttgttgcagttataccaga acatcagttgtcatatgtgggagcagctgatagtaaggtgcgctatgatcacacacaccc tggagagaatggacatactttttcaacaccaacc--------------aattttggag-- -ccaacaacccagatgaaaacccattttacttgtgtaatggtactctctttggcaacata actgcttaccctcaccagctgataaatctgcgcaccaacaactcatgcaccattgtagtg ccctatgtgaatgctgtacccatggataacatgctcagacacaacaacttgaccttaatg atagttcccatagtacctcttaaggctgggttggctgggtcgtcca---cattacctata actatcacaatcgccccaaccaaatctgagttttcaggtgccatgcaaa----------- --aaca-----------------------------------------gcaaggactaccc actcggatgcctagtggtgcacaacagtttatgaccactgaggatgagcaatcagctaat atactcccagagtttagtcctactaagcttatacatatcccaggaaagatagatagcatc ctacacatggccatgatagagtcttttataccaataaataatattccagggcac---ttg gggaagattgaaatatattcactccaggttaccagaaatg---------aaagtgaaaag aatatactaattctacctctagaaatggacaacaccctcttttcatccacacttttgggc gaagttttaaattacttcgcaaattggtctggcagcataactattacatttatgtgtgtt tgtgatagctttagcacagggaagtttctcgtagcttacacacccccaggtggccgacct ccagaaaaccgcaaagacgcaatgcttggtgtccacatcatatgggacttggggctgcag tcatcttgctccattgtagttccatggatgtctgctgggtttttcagacacacaaaaaca gacaaatactcatctggtggctatataaccctatggagacaaacagactttgtgcctgga tcaaataatggtat---cgggtatattttggcaacctgttcaggatgtccagatctgtcc gtacgcatgctaagggatacaccacttatcagttacgcacaaagtgctacccaaaat--- ------ccagtggaaaccttcacagaggaggtgcttaaggaagtgttagtggttcccaac acccaaccaagtggcccatcgcacactgtgcagccaacagctctcagcgcacttgaaatc ggagcgtcttccacggctacgccagaaacaaccatagagactaggtatgtgatcaacaac catgtgaataatgaagcattagtggaaaatttccttggtaggtcatcactatgggcaaat ctcaccctagacacta-a------------------------------------------ ------------------------tgggtatgtcaaatgggatatcaatttccaggaaca agcacaaattaggaaaaaactagagatgttcacttatgcccgttttgacatggaagttac agtggttacaaacaacaatggac------------------------------ttatgca gattatgtatgtaccaccaggtgccccatccccaacagcatataatgacacaaaatggga tggagcctctaaccccagtgtcttctatcaacccaaaagcggattcccacgctttaccat ccccttcactggcctaggttccgcatattacatattctatgatgggtatgatgaaaataa cacc---ggatcgacagcgtatggcaccaccatcttcaatgacatgggaaggctctgctt tcgggcgttagaggacaccacacagaagac------------tgtcaaagtgtacatcaa gccgaaacacatatcagcatggtgcccgcgcccaccacgggctacacagtaccttcataa atacagtcctaattatcacatcaagaaagtaggtac------------ccaggagctca- --ccgaaaaccattacttgacttcgagaga---------t---gacatcaag-------- -----------tcagtgacca---------ctgtaggacctagtgacttatatgtgcacg caggtcactataaatacattaatgcacatctgaccaacagcaact------cagatacaa tcctactggcacttacagc------agacctgcaagttgactatactgaagaaaggggtc cggatgttgttccatcgtgtgactgcatggagggatgttattactgtcacagtcaagacc gttacttcccagtgaaagtcaaggcgcatgaatggtatgagatccaagagagcccgtatt acccaaaacacatccagtacaatgtcctgatcggggagggtccctgtgtgcctggtgact gtggtggtaaactcttgtgtaaacatggagttattggcataatcaccgccggtggatcaa atcatgtggcattcacagacctcaggccatata---c---ctttgatgtacaccaaggaa ttgtctctgattatgttacccaactcggtggtgcattcggggagggtttcaccacaaacc tgaaggacagtttctcttctttagctagtcaagtgcaggataagatcacatctaaagtta tcaaatggctgatacgcattatcagtgccctcacaatcatggttagaaatagtgcagaca ccccaactgttctggctacactctcactcttgggttgccattcatcaccctggaactttc tcaaaaccaagctatgtgcgtggcttggtgtcaacagaccagcacacaagcaatctgact cttggctcaagaagtttactgaatggtgcaatgcagcaaaaggcttggaatggataggcc acaagattagtaagttcatagagtggctcaaggataagcttgtgccaactgttcagagga agagggaaatcctggaagagtgtaaaaagattaacttgtaccaggagcaggtaaacg--- ---gttacccacaagcaagtgaggatgcccagaacgagctattaacaaatgtagggaaac tgaagaaagggttagatacactggctcccttatatgctgcagagaacaagaaggtcacag acatgctcaagcaacttaaacaaatgagtgcttacaaaagggatcaccgtcaggaaccag tgtgtctgctaatacatggtagtccaggtacagggaaatctttaatcacaatgatggttg ctcgtggcctcacgaatgaagggggt------gtctactccttgccccctgacccaaagc atttcgatggctacaatcaacaacccgtggttattatggatgacctcgggcaaaaccctg atgggcaagatctaagcatgttctgtcaaatggtttcaagcaccaccttcgtcgtcccga tggcagcactagaggacaagggccgaacttttacgagcaaatacgtgctggccagtacaa atctttgcaatttaacaccacccacaatcactataccagaagctatcaacaggagattct tcttagacacagaaataaagattttgcaaggctacagtacccacgcaggccttctgaatg tctctaaagcactacaaccttgcactacatgtcccaagcctccgcattacaaacattgct gtcccattttgtgcggtaaggctgtagtcatggtcaatagaagaacacaagccagttact cagtgaatatgattgttgaacaaatgcgtgaggaatgccaatctaggaaaaatgttgggg caaatctccatgctatattccaggggttaa---------------------------ata atgatgacacaccagggtttatagttgacctactttcagcgtccaaagacccgaaagtaa tacagtactgtgaagagcaaggatggataggacgcacaacttccacaa---tagaaaggg aaataaacaaaatacaatacattcttaactgcttaggtagtttagtcttaattttaggaa cactctatgccttgtacaagttaatgtgcatcgctcaaggtccatattcaggaaatg--- ctcaaccaacccttaagagaccagaattacggaaagcaacactgcaagggccagagcatg agttcatacaagcactagtcagaagaaattgccatgtgttaacaacaaaaagaggggaat ttaatttgcttggaatacacgacaactgtgcagttgtccccacccatgctgaatgtggtg atgaagttaacattgatgggaggatggttaaagtactcaagcaacaaatattaactgaca ccaatgatgttgatactgaaattaccatactgtggttagaccaaaatgaaaagttccgtg atatacgtagattcatcccagagtatatacaggaatggtcccacatgaaaattgcaacaa atgtaactaaattccccatgttctgtgtagatgtaggcactgctataccctacggtgaag tgagcctgagtggaaaccctacttgtcgcctactaaaatatgactacccaacaaagcccg gccagtgtggtggcgttatagccaatacaggaaatattataggaatccatgttggtggca acgggcgtgtgggctattgtgctgccctgttaaggcgatactttgcacaaccacagggtg aaatcaccagtaagagaaatgtcactgaaattggtttgagtccaattaatacacccagga acactaaacttcaaccaagtgttttccatgacattttccctgggaagaaagaaccagctg cactacacccaagagaccccagactagaagtggatttggaccaagcagttatgtctaaat ataaaggcaacccacatgttgagttgaattcatacatcacaactgcagcagaccattacg ccgcccaactgttctcccttgatataaatccacaaccaattactttggatcaagctgcct atggcatggaaaacttagaaggactagacctcaccactagtgctggattcccctatgtta ccaagggtatcaagaagagagacatactgaacaaaaccaccaaagacacaagtaagttac agttaatgctggatacatacgggcttgatctgccgtatgtcacttatctgaaggatgagt tacgtaatccagataaaattagagctggtaaaactaggatcatagaggctgccagtctca atgatactgtacactttagaatggtgtttggtaaccttttctccactttccataaaaatc caggaattggaactgggtctgctgttgggtgtgacccggatgtgttctggtcccaaattt atgccagtatggatgggaact---tgatggcctttgactacaccaactttgatggcagca tccaccctgtttggttcaaagcacttggacgcgtgcttgatcagctagggtttccagga- --gagctaatggacaaattgtgctacaccacccacatatacaaggatgcagtgtacacag tagaaggtggtgtgccatctgggatctgtggcacatcaatattcaatactatgctaaata atattatcattagagctctagtactgcaaacatacagaggagtagatttagacaaattac gtataatagcctatggtgatgatgtgattgtctcctacccttaccaattggagccagagg aagtgtcaaatactggtaaatcttatggactcaccataactccagcagacaaaggagaga agttcacacccacaacttgggataatctaacattcctgaagagagggtttaaaccagatt ccagatatcaatttctcatccacccagtctacccaatgcaggatatctatgaatccatca ggtggacacgtgacccgaaaaacacccaggatcacgtgcgttccctatgccttatggctt ggcataatggaaaggaacagtaca-atgaattcctagagaaaattaggacaactagtgtt ggaaggaatttggttctaccaccttacagttatctagaacaacaatggttagataaattc -----------------------atatga---ataat----------------ataata- ------aattgactgtg---taggttca------atatcttat----------------- ------------------------------------ >KY369893.1 Human rhinovirus A59 strain SC1095, complete genome --------------------------------------------------ggagtg---g tacactattatcccggtaattttgtacgccagtttt----------------------at -a----------acc-cct-------------c-cccc---------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-t-gtaaac------ac-agaccaatagg-tggta actaa-ccaagtta-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggctga--ta ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaatagaagtcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtagca-ctttag-at-tgtgtatggttggtcgctcagcta------t--tc cc-cctagtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggtaacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgcaccc--tttcg-ggt----------gcgaagccata-tacatg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggctcctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccagtgcacataagccaatgtgtagctggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttggatgtccgtgtttctt----g---ttttt-ccttta- ----attttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gata---atatatat tggcatcatgggcgctcaggtttctagacagaacgttggcacgcactcaacacaaaactc tgtttcaaatggatcaagtcttaattatttcaacatcaattactttaaggatgctgcctc gagtggggcttccaaacttgaattttcacaagatccaagcaaattcactgacccagttaa agatgttcttgaaaagggaattccaactctacaatctccaacagtagaggcttgtggtta ttcggatagaattatccaaataacccgaggtgactcaacaataacatctcaagatgtggc caatgcagtagtaggatatggtgtgtggcctcattatttaacaccacaagatgccacagc tattgacaaacccacacaaccagatacatcatcaaatagattttacaccttagaaagcaa aacatgggttgaagcatcaaaagggtggtggtggaaactaccggatgcactcaaagacat gggtatttttggtgaaaacatgttctatcacttcttaggtcgatctggttatacagtcca tgtgcagtgcaatgctagtaaattccaccaaggtacattgctagttgctatggtacctga acaccaattggctagtgcaaatactggcaatgttactgctggatataattacacacaccc tggcgaatctggtagggacgttgggcaaaacaggcag-----------aa---taatg-- -ataagcaacccagtgatgacaattggctgaattttgatggtaccctgctaggaaatttg ttgattttccctcatcaatttattaatcttaggagtaataattctgcaacaattattgta ccttatgtaaatgctgtcccaatggattctatgcttagacataataattggagtttgttg attattccaattagcccgcttaaaagtgatgcatcagcaacatcaa---aagtcccaatt actatctcaataagtccaatgtttgctgaattctctggagcaagagcaaaaccga----- -tggca------------------------------gtgg------gccaaggacttcca gtgtacatcacacctggatcaggccagtttatgactactgatgatcttcaatctccgtca gcattgccttggtaccacccaacaaaggaaatctttatacctggtgaagtcaaaaattta attgaaatgtgtcaggttgatactttgatacctataaataatactgcatctaat---ata aagaatgttagtatgtatactgtacagttaactagtcaagtgaatt------tggcccaa gaaatttttgcaataaaagttgatgttgcatcccaaccactgtcaagtactttgttaggt gaaatctgcagttattacacacactggactggtagcttgcgcttcagtttcatgttctgt ggtacagccaacaccacccttaagttattattagcttacacaccacctggaataaagaaa ccagagaacaggaaacaagccatgttagggacacacatcgtttgggacgtagggttacaa tctacaatctctttagttgtaccatgggtcagtgccagccactttagatatacaactcca gataattattcatctgctggatacataacatgttggtaccaaacaaattttgtgttccca cctaatacaccatcttctgcagatatgctatgttttgtctctgcatgcaaagatttctgt ctgcgtatggccagagatactgatacacacacacagcttgtccccataactcaaaat--- ------ccagtggaaaattatgtcaatgatgtgctcaatgaggttttggtggtaccaaat atacaggaaagtcacccaaccacttcaaatgctgccccagcactagatgcagcagagact ggacatacaagtagtatacaacctgaggatactatagaaacaagatatgttcagacatca caaactagagatgaaatgagtgtagaaagtttcctgggtagatctgggtgcatacacatt tcaaccattacagtta-ataaaaacata-------------------------------- -gaatatgatga---------tggacactttctcaaatggcccataacactacaagaaat ggcacaaatcaggagaaaatttgaattgttcacatatgttagatttgattcagaaattac cttagtaccctgcatagctggaaaaggggatg------atattggccatatagttatgca atacatgtatgttccaccaggtgctccactgcccacaaagagagatgattatacatggca atctggtactaatgcttcaatattttggcaacatggacaaacatttccaagattctcact accttttctaagcatagcatcagcttactatatgttttatgatggttatgatggggacaa atct------gaatctaggtatggtgtgtctgtaactaaccatatgggtactttgtgttc taggatagttacaaatagtcaggaacatccagtggaagttgttacacgtgtgtaccataa agccaagcatatcaaagcctggtgtcctagagctcctagagcagttccctacacacacag taatgtgaccaactac------aagatcactggaaa---------------------gg- --aacctgaaattttcttaaagccaagact---------g---aacattaca-------- -----------aca------------------gctggacctagtgacatgtatgttcatg ttggtaatcttatatataggaatcttcatctatttaattcagaaa---tgcatgattcta tccttgtatcttactcatc------tgatctagtcatataccgaacaaacacaaaaggtg atgactacatacctacatgtgattgcactcaagctacatactactgcaaacacaagaata gatactatccaatcaatgttacaagtcatgactggtatgaaattcaagagagtgaatatt acccaaaacacattcagtataatttgctgatcggtgaagggccttgtgaaccaggagatt gtggaggaaaacttttgtgtaaacatggtgttataggtatcatcactgcaggtggggaag gtcatgttgctttcatagatttaaggcatt------tccattgtgctgaggagcaggg-- -tatcacagattacatacacatgctgggtgaagcctttggcacgggttttgtggacagcg tgaaagaacaaataagtgctataaacc------cagtcaataatatcagcaagaaaataa ttaaatggatgctcagaatcatatcagctatggttataatcatcagaaactcatcagatc cccagaccataatagccacactcacactaattggatgttcaggatctccttggagattcc tcaaagagaaattctgtaaatggatgcaactaaattatgtgcataaggaatca---gaca cttggttgaagaaatttactgaaatgtgtaatgcagctagaggcttagaatggataggaa ataaaatatctaagtttatagaatggatgaaatcta---tgttgccacaagcacagttaa aagtcaaatatcttaaagagcttaagaaacttaattttttagaaaaacaaattgaac--- ---accttagagtggcagattcacaaacacaagagaaaatcaaatgtgagattgacactt tacatgacttgtcatgcaaattcctaccattgtatgcaagtgaggccaaaagaattaagg tattacataacaaatgtaatgtaataat------taagcaaaagaaaagatgtgaaccag tggccgttgtgatccacggagaaccaggtactggcaagtctatgacaacaaattttctag ctaggatgataacaaatgatagtgac------atatactcattgcctcctgatcccaaat attttgatggttatgatcagcaaagtgttgtcataatggatgatatcatgcagaatccaa gtggagatgacatgactctattttgtcaaatggtgtcaagtgttacatttataccaccaa tggctgatctacctgacaaaggtaaaccttttgattctagatttgtattgtgtagtacaa accacaacatgttagccccacccactataacctcattaccagcaatgaacaggagatttt atcttgatttagatataatagttaatgatagatacaaagatccgcaagggaaattaaatg tctctgcagcctttcagccttgtgatgttgatgcaaaggttggaaatgctcga---tgct gtccttttatttgtggtaaagcagttactttcagggatcgtaacacctgccaaaattaca ccctctctcaagtttacaatcaaatgcttgaggaagacaaaagacggcgtcaagtggtag atgttatggcagctatctttcaaggccctataaccc---------------------ttg agggaccaccaccagctgccataagtgatcttcttcaatcagtacgcacaccagaggtca ttaaatactgtgaggaaaataaatggataatcccagctgagtgtaaag---ttgagagag acttgaacattgctaacactattatcactatcatagcaaatattattagtatttctggta taatttatgtaatatataaattgttttgcacactgcaaggcccatattcaggagaac--- ccaaaccaaagacaaaagtcccagaa---aggcgtgtggtagcacaaggtcctgaagaag aatttggtagatcacttatcaaacataattcatgtgtagtaactacacaaaatggcaaat ttactggccttggaatttatgacaggacaataatcataccaacacatgctgacccgggca gtgaggttcaaattgatggcatagtcacaaaagtggaagattcctatgatttgtttaata aagatggtgttaaattagaaataacagtccttaaattaaagaggaatgaaaaatttagag atatcaggaaatatataccagagagtgaggatgactatccagattgtagtttagcccttt ctgcaaatcaacctgagactacaataattaatgttggtgatgtggtttcgtatggcaaca tcttgttaagtggaaatcagacagctagaatgcttaaatataattatcctaccaaatcag gttactgtggtggtatactgtataagataggacaagttcttggaatccacgttggtggaa atggaagagatggattctctgcaatgctactaaggtcatatttttctgaaacccagggcc aaattgtatcttctaaaccaactaatctttgtgggctgcctagcatacatactcctaaca aaacaaagttacaacctagtgttttctatgacatcttcccaggtagtaaagaaccagcag ttctttccagtaaagatcctagattagaagttgactttgaagaagccttattctctaaat acaaagggaatgttgattgtcctatgaatgatcatattagggtgtcagttgcacattact cagctcaattagccactctagacatcaatccaaaccctgtgtctatggaagaaggtgttt ttggaatggagggattggaagctctggatttgaacacaagtgcagggtttccatatgttg ccatgggtattaagaagaaagatttgattgacaatcgaacaaaagacatatccaaactca aagtggctctagataaatatggggttgatctacccatggttactttccttaaagatgaac tcaggaagaaagataaaattagggctggtaagactcgtgtgatcgaggctagcagcatca atgacaccctgttgtttaggaccacatttggcaatctattctcaaagtttcatctaaatc caggtatagttacaggatcaggtgtggggtgtgatccagaaacattctggtctaaaatac cagttatgttggatggtgaatgcataatggcctttgattataccaactatgatggtagta tacaccctgtatggtttcaagccctcaaatcagtcttggaaaatctgggatttgaatct- --ggcctaatagatagattatgtagatcaaaacacatttttaagaatgtatactatgaag tagaaggtggtgttccatcaggatgttctggtacaagtatattcaatactatgattaata atgtaataataaggactttagttttggatgcatataagaacattgatctagataaactca aaattatagcatatggtgatgatgttattttttcatataagtatcaattggacatggaag caattgctgcagaagggaagaaatatggcttgaccataacacctgcagacaaatcaacca cttttaagaaattggattatagtaatgtaacatttttaaagagaggtttcaaacaggatg acaaatatcagtttttgatccaccctacctttcctgttgaagaaatccaagagtccattc gttggacaaagaaaccatcacaaatgcaagagcatgttttgtctctatgtcatctcatgt ggcataatggaagagacatataca-aacaatttgaggataagatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtatatccctccatatgacctgctcttgcatgagtggtatgaaaaattt tgaat-------gtt--tat---atatag---aa-------------------ataataa --aca-c----------------------------------------------------- ------------------------------------ >KP890662.1 Rhinovirus C isolate 7383-MY-10, complete genome -------ttaaaactgaaccatggttgtt-cccaccatggttacccacgtggtgca---g tggacttgtattacggtacatttccataccagtttt----------------------at ------------aac-ccc-------------taccct---------------------- ------gaaactt----ttagaagc-atgtacaca----tac-agaccaacagg-tggca a-tcagccagattg-c----t-aacggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtaat--ct tgcatacgcttcacccgaggc-gaaaagtgagattatcgttatccgcaaagtgcctacga gaagcccagtagca-cattga-a--agcctatggttggtcgctcagctgtt------cac cc-aacagtagacctggcagatgaggctagatattccccaccagcgatggtgatctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct--atcg-ggt----------gtgaagccaga-aagtgg acaaggtgtgaagagcctattgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtagctgttgcatgtaacccaacatgtctgcagtcgtaatgggcaact acgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttat- -----atttgcttatggtgaca-----at-tgt--------aga-t-ac----t-acact tgttaccatgggcgcacaggtgtctagacagagtgtcgggagccatgaaaccatgatcca tgctgggactggagccgtagtaaagtacttcaatgtcaattattacaaagatgcagcaag ctctggattgaccaagcaagatttctcccaggatccatccaaatttactcaacccgtggc cgacatcctgaccaa------cccagctttgatgtccccctccgttgaagcttgtgggtt ttccgataggctcaagcaaatcactattggaaactccactataacaacccaagatgcagt caatacaattgtggcatacggggaatggcccagttatctatcagatttggatgcgacttc agttgataaaccgacgcaccctgagacatcatcagacagattttacacgctgaggagtgt tgactggcgaggtggttcaaaagggtggtggtggaaactgcctgattgtctgaaagacat gggaatatttgggcaaaacatgttccaccatgccatgggaagatcaggatacatcataca cacccagtgcaatgcaactaaatttcacagtggatgtttactcgtggcagtagtgcctga acaccaattagcatacataggtg---cagatgcacgagtgagttatgagcacacccaccc tggtgagcgaggccatacaattggtagcaacgca--------------gacaggaata-- -accatcagccagatgaaaatcctttcttcaactgtaacgggactttacttggaaatttg actatcttcccacaccagcttataaatttaaggacaaacaactcaagcaccatcgtcgtg ccttacatcaattgcactcctatggatagcatgttacggcacaacaatgtatcacttgtt atcatacccatttgccctttacggcccccaaccacagggcagcaag---tcttaccgatc accatttctattgctcccataaaatcagagttttcaggggctaggcagg----------- -ccatt------------------------------aaa---------caaggtttacca gtgagaatgcctagtggagccaaccagttcatgacaacagaggatgaacaatctccaaat atactcccagggttccaccccaccaagcaaatccacatacctgggcaaattaaaacaatc atggatatggcacgggtggattcctttatgcctataaacaacacacccagttta---atc aatgatgtaggagcttataacatccctataacaggaggac---------atgatgacaag aggatactagttataccactagatatgagcaacactctcttttccacaacacttctgggg gaggttttgaattactactccaactggtctgggtctattaaactcacatttttctgtgtt tgcgatagcttcagtactggtaagttcttaatagcatacacacctccaggtgctggcatc ccagacacgcgacgtgatgccatgcttggcacgcatgttgtgtgggacttgggtctccaa tcctcatgtcatcttgtcattccctggatcagctcccatttcttcagaagaactagaaag gatgattacacagaaggtggctttgtcacattatggtaccaaacagcatttgtatccaat ggggctac---------aggggctataatggtcacatgctctgcatgctctgacatgtcg gttcgcatgctgcgagacacacccatgatgcaacaggacgaagatatagcccaaaat--- ------ccagtagaagaatttgtggagcgtacgctgcaaaatgcaatggccgtcccagac acacaagcctcaggacccacccacaccactaaaccacagactttaggtgctttggagatt ggggcaacagctgacataggaccagagacactaattgaaacaaggtatgtgatgaatgac aacacaaacgctgaggcaacagtggagaactttttgggtagatctgctctgtgggctaac ttcaacct---tagaa-a------------------------------------------ ------------------------cagtttcaatagctggaaaataaactttcaggaaca tgcccaaattaggaagaagtttgaaatgtttacttatgttagatttgatcttgaggttac tgttgtgactaataacagaggat------------------------------taatgca agtcatgtttgtacccccagggattactgcaccaacaaagaaagatggaaaagaatggaa tgccgcctcaaaccctagtgtattcttccaaccacactccggttttccaagatttacaat accctttacaggtttaggatcagcatattacatgttctatgatggatatgatggtattaa agcc---aacaatacaaactatggtatatccgaaaccaatgatatgggaaccttatgttt tcgggcactggatgggactgaagagagtga------------aatcaaaatctttgctaa acccaaacacacaaccgcctggattccccgtccacctagggccactcaatacttacacaa atttagcaccaattacaataaacaagtgccagacag---------tagtggacaagttg- --aaccaaaacactttctcatacctagaga---------t---gacatcaaa-------- -----------aa------------------cttgggacccagtgacatgttcgtacaca ccaaagaggctatttacagatgtgcacacttgactgaacccaacg------agaatacta tattattggccctttcatc------tgacctccagattgacagcacagacactcctggcc ctgacaacatacccacttgtgactgcactacaggtacttactactgtaggagtaaagaca gatactttcctgtgaatctcacacaccatagttggtacatcatacaggaatccagttact atccaaagcacattcagtatgacattttgatcggtgaaggaccatgctctccaggggatt gtggtggcaagctactgtgtatacatgggactatagggatggtaactgcaggtggagaga accatgttgcattcatagacttgagaaactaca---gttcgctcagtgagcatcaagg-- -catcacagattacgtgacacagctgggaagtgcttttggagatggtttcacaaattcaa tcagggacacactggtaggtgcttgtgatg---tatcagacaaattaactggaaagatta ttaagtggacaattaggctaataagtgctctatcaattatagttaggaacagtacagata ctcccacagtcatagccacgttggcgttgcttgggtgttctgggtcaccgtggcgttact tgaaggataaagtttgtaagtggcttggcattgacccaccacccagtagacagggtgact catggctgaagaagttcactgagttctgcaacgcagctcgtggtttggaatggattggtg acaaactatctaaatttattgactggctcaaaggaaagatactgcctacgctccggcgca aatcagacacattaaaggaatgtaagaagattccactatacaaagagcaagtcaaag--- ---cttttgccactgcatcagaggaagcacaagatgagctgctggttaaggttaatcagc tagaaaaaggactccaagatcttgccccactgtatgcgtgtgaggccaaacaagtgcgtg aaatgtccagagagctacaacgcatgatgtgctacaaaaagactcatagaacagaacctg tttgcatactactacatgggcaaccagggtgtggcaaatcactagcttccaaaatcatcg ccagaggcctgaccaatgagagcaat------gtctactcattgccacctgaccccaaat actttgatggttataaccagcaggaggtggtgatcatggatgatgttggtcaaaatccag atgggagggatcttagtctattctgccaaatggtctcaagcactgagtttataacaccaa tggccaaccttgaggacaagggtagggcattcaccagtgactatgtcattgccagcacaa acatgtctgtcctcacaccacccacagtttcaacacctgaggctatagatagacgatttt tcctggattgtgatgtcaaaattatgccagcttttaatacaaat---aatcttttaaatg ttgctaaagcccttttgccatgcactgactgtccaaaaccagaattctacaaacaatgct gtccattgacatgtgggaaagccctaatactacaaaacaaaagaactaaggctagttact ccattaacactgtggtgcaacaattacgccaggaaaggaaaaataggaagtgtgtagaac acaacctcactgctatattccaaggtctag---------------------------ggg atgactcaacaccaggattcattgtggacctccttagtgcctctaaagaccccaaagtca tagagttttgtgagagggaaggatggattaaacaatctagacactcaaagatagaacgtg acttcaattacgtgcagtactgcatcaactgtgtgggcagtatcattttgatattgggca cagtctatgctctatacaaattgatgtgtattgcacagggaccttacactggattac--- cacaaccgaaaccaaggaaaccagaactgaggaaagctgttatccagggccctgagcatg agtttggtatggcactaataaagagaaactgtcatatagctaccacagacaggggggatt ttaacctcctcggtgtctatgataattgtgcagtgatacccacccatgctcaagtagaag actcaattctaattgatggtgttgaaaccaaagttttgaaacaaacaattgtcacagatg aaaatgatgtagacacagaaataacaatcttgtggttggatcgaaatgagaaattcagag acataaggagattcataccagactaccagagagactggcaaggcatgcgccttgtaacca atgtacccaaattccccatgtttgacgctgaggtaggtgatgtcacaccatatggtgaca tcaacttgagtggcaacccaacaaccagactactaaagtatgactatccaacaaaaccgg gtcagtgtggtggagttattttaaacacaggaaatatagtgggtatacatgtgggtggaa atggaagagtggggtactgtgcttcactaacaaaaagttactttgcctccgctcaaggtg aaattgtgaacaagtgcaaagtacaggatgttggccttaaacccatcaacacaccagaac attccaagttgtaccccagtgtgttctatgacatattccctggtgaaaaggaacccgctg tgctgactcaaaaagaccccagattggaaactgacttgaaaacatctgtcctatctaagt acaaaggaaatgtccaaattgagatgaatgaaaatattcagattgctgtggagcactact ctgcccagctgtttatgctggatattaacccagagcccatatccctggagcaggctgtgt acggcatgcaaaatctagaaccacttgatttaaccacaagtgcaggtttcccatatgtca ctatgggagtgaagaaaagggatattttaaatagaaacacaaaagatgtcacaaagcttc agcacatgattgacacatatgggcttgatctcccatacataacctacttgaaagatgagc tccgggctcccgccaaaataaaagcagggaagacaagagccattgaagcagccagcatga atgatacagctaattttagaagagtgtttggtaacctctatgctggtttccatgcaaatc caggaattctcactggttccgccataggatgtgaccctgatgtcttctggtcacaactct atgcttcaatggaacagcatt---tgttagtgtttgactacacaaactatgatggaagct tacacccagtgtggttccaagcacttgaacaacttctgaacaatcttggatttcccggt- --gagctagcatacaaattatgcaatacaacccacatatataaagatgagatatacacag tgagagggggcatgccttcaggaatttcaggaacctccattttcaacaccattataaaca atatcataattagaacattggtgttggatacatacaagggaattgaattggacaaactaa aaattgttgcatatggtgatgatgtgatagcttcatacccggaagaacttgacccagcac aaatagccatatccggtctcaggtacgggttgactataacacctgctgacaaatccagcc aatttataaaagtggattgggacaatgccacatttttgaaaagaggatttcgagtagaca agaagcatagtttccttgtccacccagtttttccagaaaaagaaatttttgaatcaatta gatggaccagagatccaaaaaacacacaagatcatgtgtactccctatgtctcttgatgt ggcataatggtgaaaagccataca-aggaattcatagacaagatcaggagcacggaagtg ggccgtagattgtaccttccaccatacaatctattggagcgtgcttggatcgacaagttc -----------------------atttaa---at----------------aatgtagaa- ------atctacctgag---taggagta------ggattttac----------------- ------------------------------------ >KY369880.1 Rhinovirus C strain SC261, complete genome ----------------------------------------------aagtggtgta---g tgctcttgtatttcggtacatttgcacgccagttt-----------------------gc ------------cac-cct-------------tacccttt-------------------- ------atgtaac----ttagaagc-ttacacaa---------agaccaatagg-cggtg gtaaacccatacca-c----t-aacggtcaaaca-cttct-gttt-ccccgg-cacgtga ggaataggctccaaa-agggc-tgaagccactagtgtcgttatccgcattggtactacgc aaagcctagtatca-gcctga-aa-attccttggttggtcgctcggccagt-----tatc cc-actggtagacctggcagatgaggcaggacttaccccactggcgacagtggtcctgcc tgcgtggctgcctgcacacccc-tatgg-ggt----------gtgaagcctag-gaacgg acagggtgtgaagagccccgtgtgctaccaat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatct-taccccgcagctgttgcacacaatccagtgtgtatgcagtcgtaatgagcaatt gtgggatggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---gtttt-tctt--- ---ttatttgcttatggtgaca-----at-att--------gat-atta----tcagtgt tgtcatcatgggtgcccaggtcagtaaacagaatgttggctcacatgaaagtggaatatc agcatcatcaggttcagtcataaaatatttcaacatcaattactacaaagactcggctag tagtggtttaagcaaacaagacttctccatggacccagagaaatttactaagcccttagc tgatgtcatgaccaa------tccagcattaatgagtccaagcatagaggcttgtggatt ctccgataggctcaaacaaatcactatcggtagctccacaataacaacacaggacacttt aaacacagtcgtggcttatggtgaatggccagaatacctgaaagacactgatgcgagtgc tgtggataaacctactcatccagaaacgtctacagaccgtttctatacgctcacaagtgt ggaatggcatggctcatcaaagggctggtggtggaaaatcccagattgtcttaaggacat gggcatgtttggccagaatatgtattaccatgctctgggacgctcaggctacatctttca tgtacagtgtaatgccactaagtttcacagtggtttacttcttgttgctattgtaccaga gcaccaattggcatatattggtggcacaaatgcaaatgtggggtatgatcacactcatcc aggtgaagggggtcatgaaattggtaagaacact--------------gaaagaaacg-- -acaaacagcctgacgaagacccgcttttcaattgtaatggtactctactaggaaattta actattttcccacatcaattaataaatctgagaactaataattcagctactatagtggtg ccttacataaactgtgttcccatggacagtatgctcagacacaacaatatatcactagtc atcataccacttgtgccactacgttcaggatctacacaaactattaacagactacctatt actatatctatcgcgccagataagtcagaattttctggcgcacgacagagt--------- --aaca------------------------------aagt-------gcaaggcttacca gtgagaatgcctagtggtgcccaacagtttatgaccactgaagatgaacaatcagcaaat ctgttacctggctttcatccaacccccataatgcacataccaggtgagattacaaatatc atgcatatggctagagtagattctttcatgccaattaataacattacagaccag---aag atagatgtacctatctatagtaggacagtgaccgcacgacctgctagtaacagtagtgac cttatactagctataccacttgacatgaacaacactttgttctccactacactactaggt gaagtgctaaattacttttctacttgggcagggagcatcacattgagctttttgtgtgtt tgtgatagttttagcacaggtaaatttctcatagcctacacaccaccagggggcggactt ccaaagaataggaaagaagcaatgcttggtgtccatgttatatgggatttgggactacaa tcaacatgcaccattgtagtaccatggatagcccagggatactaccgccataccaaagct gataattacacagaatcaggatatgtcacactatggtaccaaacaaattttgttccaggt agtgctatagcaca---aggctctatactagtcacatgttctgcatgtccagatatggca gttcgcatgttgcgtgacactcccatgattacacaagacaagaacaccttacaaaac--- ------cctgtggagcagtttgtggataatgtcttagaggaagttttggttgtacctaac acacaaccaagtgggccaattcacactactaaaccaactgcactgtcagcaatggagata ggagcatcctcagatgtaaaaccagaggacatgattgagacacgctatgtggtgaattcc agaactaatggtgaagcaacaattgaaaatttcttgggtagatcagccttgtgggctaat atagatat---gacaa-a------------------------------------------ ------------------------tggctatgccacatggtcaattacctaccagggaaa tgcccagataaggaagaaattagagctttttacttatgttaggtttgatttagaaattac aattataaccagcaactccagtt------------------------------taatgca aatcatgtatgtaccaccaggtgctaaaccacctagcaacaataactcagtggaatggaa cacagcctccaacccaagcatattctttcaaccaggaaatggtttcccacgctttactat accctttactggcctaggatcagcttactatatgttctatgatggctatgacaaagtgag tcat---gatgaaggaatatatggaactagcgtaaccaatgatatgggcaaattgtgttt cagaaccccaaacaacaattcaggaactgatat---------tgttagaatatttggaaa accaaaacacacacgtgcctggattcctcgaccaccgagagcaacagagtatacacataa aggtagtactaactacaacaggagggtgaatcctaa---ctctgaagacagtacactca- --ccagggaccactacatcaaaaccagggc---------a---acagtcacg-------- -----------a------------------cagctgggcctagtgatatgtatgtacaca ctaaagaagctatctacagaaatgctcacctaactagtgcaaatg------aacaaacca tacttatagcactgactgc------agacctccaagtggatgcagctgagcacccaggtg atgacatcatacctgattgcgattgcactgtgggtacatactactgcaaaagcaaagacc gctattatcctgtgagtgtggtttcacatgcttggtatccaatagaagaatcctcttatt acccaaaacatatacagtacaacatacttttgggtgagggcccgtgtgaacctggagatt gtggcggcaagttgctctgtaaacatggtgttataggaatagttacagctggaggagaag gccatgttgctttcacagatctaagaccataca---gtagcttagcgcacacacagggac caattagtgactacataacacaattaggtaatgcatttggtacaggctttacacaaacac ttgaaactaatcttaaagagacgtgttcaggcatgtttgatgcaataacatcaaaaacag taaagtggatcgtgcgcataataagtgcgcttaccattgtgatccgcaacagctctgaca caccaactgttcttgctacaatggctttgttggggtgtacaggttcaccatggcaatacc ttaaaacaaaactgtgtgcttggctaggagtgcaaaaacctccctcaaaacagagtgaca gttggctcaagaagttcactgaatggtgtaatgctgcaaagggactagaatggataggat ataaaataagtaaatttattgactggttgaaggaaaaactcataccaactgtgcagagaa agaaggataccctgcttgaatgtaagaagttaaccctttatgaagatcaagtcaagg--- ---ctttcccccaatcctcagaaacttttcaaaatgaactaaccacaaaattacaggtct taaagaaaaacctagacgacatgtgtcccctttacgctgtagaaaataaaagagtgacta atatgctcaaagaaatcaaaacaatgacagcatacaagaaaacccatcgcacggaaccag tgtgtatcctaatacatggtggacctggatgtggaaagtcacttgctactacagtaattg ccagaggtttagcagacagtgggaat------gtgtactcactgcccccaaacccaaaac actttgatgggtattgccaacaacaggtagtgatgatggatgatttaggtcaaaacccag atggacaagacctggcaatgttttgtcaaatggtttctaccactgactttatagtgccta tggcagcattagaggataaaggaaaaagtttcactagtgactatgtgctggctagtacaa atttgaaccagttgagtccccccactataaccattccagaggcaattacacgtagattct tcctagacgtagatttgaaaataatgccaggatataagactcatgcaggattactagata cagctaaagccttgcaagcatgtccagactgtgcaaaaccactccattacaaacagtgtt gtccacttctttgtggcaaagcaataatcctccagaataggcgcacatcagcgagccttt caatcaatatggtcgtttcacaactgagagaagaatctaccaccagaaagagggttcaca caaacttgaatgctatcttccagggtttag---------------------------gaa cagatgaaaccccaggatttataatagacttactttcatcttcccgtgatcctcgggtta ttgagtactgtgagaaagagggactgattgtgaaagccacacacacct---tagaaaaga acttagaatatacacagtattgtttaaattgtttaggtagcctaatacttatcttgggta ccatctatgctatatacaagttactatgtgtgtcacaaggggcctattcaggcaatg--- caaatcctgttccaagaaaaccagaacttagaaaggctgtcaaacagggtcctgaacatg agtttgtacactctctcatacgcaggaactgtcatgttgccacaacaagcagaggagact tcaatctcttaggtatacatgacaattgtgcagttcttccaacacatgcagaatgtggtg ataccattttgattgacaatatccagaccaaagttatcaaacaacaaatcattacagaca gcaacgatgttgacacagagatcacaatagtgtggctggatagaaatgagaaatttaggg atataagaagattcataccagagcatatagaagaatggaggaacatgagattggctacca atgtacctaaattccctatgatggatgtagaggtaggtgatgttaccccttatggagaaa tcaacctgagtggaaacttgacatgccggctgcttaagtacaactaccccacacaaccag gccaatgtggagctgttgtcgctaatgtgggcaatataattgctattcatgtgggaggca atggtagagtgggttatggtgctgctctcttaagaaagtactttgcagcaacgcaaggtg aaataacaacaagaaagtcagtcagagatgttggcatgtcaccaataaacacaccttgca aaacgaaactataccccagtgttttctatgacatctttcccggaaaaaaagaaccagctg ctctaaatgacaaagaccctcgacttgaagtaaacctaaaagaagctgttatgtccaaat ataaaggaaataagggctgccaaatgaatgattatgtactaacagcagcaaaacactatg cagcccagttgttcccccttgacatcaaccctgaacctataacaatggaacaagctgtgt atggaacagactatttggaaccactggatctaaataccagtgctgggtatccatatgtta cactaggtgttaagaaaaaggacatactaaatcgcaacactaaagatttatccaaattac agcacatgatggacctctatggaattgatctaccctatatcacttacttgaaagatgaac ttagaacaccagaaaagattaggtgtggcaaaactagatgcattgaagcagcaagtatga atgacactgtgtattttcgcatggtgtttggaaacttatatggtgctttccacaagaacc caggtgtactgactggatcggctgtgggatgtgatcctgatgtcttttggtcacaaatga aagccacaatgggggaaaata---tactagcctttgattacaccaactatgatggaagct tggatccaatttggtttgatgctcttaaaattgtgctcaatgaattaggttttgatggt- --gaattgactgaaaaacttaagaaaactacacatgtgtacaaagatgaggtctacacag tactaggaggtatgccatcagggacctctggaacatctgtgtttaacaccatgatcaata acattatcattagaactataaccattgaaacatataaaaacatagatttggataaactta agatagttgcttatggtgatgatgtggtcatctcatacccagatatgctagatgcagcac aattagctgatactggttccaaatatggcctaactataacacctgctgataagggtacgg acttcaaacaagtcacctgggacactgtcacctttctcaagagaggatttagaaatgacc caaaataccctttcttggtacacccagtatatccaatggaggatgtttttgaatcaatca gatggaccaaggacccacgcaacacacaagatcatgtaaattctctgtgcctactagcat ggcacaatggaaaacaacaatatg-atgactttatccaaaaggtccgaaccacttctgtg ggccgaaccttgtacttgccaccgtatgagtatttggaaaggaggtggatagacaaattc -----------------------atat-g---attagat--------------atggta- ------ttcaaattgct---cagaatt-------gact---------------------- ------------------------------------ >MN749152.1 Human rhinovirus A2 strain 12L5, complete genome -------------------------------ccacctggatctcccatagggagtg---g tactctgctattacggtagccttgtatgccagtttt----------------------at ------------ctc-ccc-------------t-cccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-ttacac------aa-ggaccaatagt-cggta atcag-ccagatta-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacagtagcgatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcttagtagca-tctccg-aa-attgtctggttggtcgttccgcca------ttttc cc-catggtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaaa-caatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gattcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagaacacgcaaaccagcgtgtttctagtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttt-ctttt-- ----atattgcttatggtgacaa-tatat-a-c--------ag--ca------tatatat tgacaccatgggcgcacaggtttcaagacaaaatgttggaactcactccacacaaaattc tgtatcaaatggatctagtttaaattactttaatattaattattttaaagatgctgcttc aaatggagcatcaaaattggaattcacacaagatcctagcaagttcactgatccagttaa agatgttctagaaaagggaataccaacgttgcagtcccccacagtagaggcttgtggata ctctgataggattatacaaatcaccagaggagattcaactataacttcacaagacgtggc caatgctgtcgttgcatacggagtttggccacactatttatcctctaaagatgcttctgc aattgataagccctctcaaccggacacatcctctaacagattttatactctaaagagtgt aacttgggacagctcctcaaagggttggtggtggaaactacctgatgcacttaaggacat gggcattttcggtgaaaacatgttttatcactatctgggtagaagtggatacactataca tgtgcaatgtaatgctagcaaatttcatcaaggtacactaattgttgctttaatacctga gcaccaacttgcaagcgcctcacacggtaatgtgaatgttggttacaactacacacaccc aggtgaagcaggcagggaagtcaaaggtggaaga--------------caaaatcctg-- -atctacaacccactgaagagtattggctgaattttgatggaacactccttggaaatatc accatattccctcatcaatttattaatttaaggagtaacaactctgccactataattgcc ccttatgtcaatgctgtccccatggattcaatgcgtagtcataataattggagtctggta ataataccaatatgcccccttgagaca---tcaagcacaattaaca---ccatacccatc acaatatctataagccccatgtgcgcagaattttctggcgctcgtgccaa---------- --------------------------------------gc------gtcaaggattgcca gttttcatcacaccaggatcaggacagtttttaacaacagatgatttccaatccccatgt gcacttccctggtatcatccaacaaaggaaatttctattccaggtgaagtcaaaaatttg gttgaaatctgtcaggtagacagcctggtaccaataaataatactgacacttac---atc aatagtgaaaatatgtattctgttgaattgcagtcatcaatcaaca------catcagag aagatcttttctattcgaacagatgttgcatcccaacccttagccactactttgattggt gaaatatctagttatttcacccattggacagggagccttcgtttcagttttatgttttgt ggtactgcaaataccactgtcaaacttttgctggcatatacaccacctggtatcgcagaa ccagccaacaggaaggatgcaatgttaggtacccatgttatatgggatgtggggttacag tccacaatatcaatggtggtgccatggattagtgctagtcattatagaaacacatcacca ggcaggt---ctacagctgggtatataacatgctggtatcaaactagattagtcattcca cctcaaactccacaaacagccagactattatgttttgtgtctgcgtgtaaagatttttgt ttgcgcatggcgcgagataccaacttacacctgcaaagtggtccaatagtacaaaac--- ------cctgttgagaaatatatagatgaggtcttaaatgaagtcttagttgtcccaaat atcaatagtagtaaccccacaacatcaaactctgctccagcattggacgctgcagaaaca gggcatactagtaatgttcaaccagaggatgtcattgaaacaagatatgtgcagacatca caaacaagagatgagatgagtttggagagctttcttggcagatcaggatgcatacatgaa tctaaattggaagtta-caattgaa----------------------------------- -aattacaatag---------gaaaaactatacagtatgggctattaatctacaagaaat ggctcaaattagaaggaaatttgaattgttcacctatactagatttgattctgaaataac tctagtcccatgcatttctgctattagtcagg------acattggacacatcacaatgca gtacatgtatgttccaccgggtgcaccagtgcctgatagtagggaccattatgcatggca atcaggcactaatgcttctgttttctggcaacatgggcaggcttatccaagattttctct accctttctgagtgtggcatctgcttattatatgttttatgatggatatgatgagcaaga tcaa------------aactatggcacagcaagcacaaacaatatgggatcactgtgttc cagaatagtaacagagaaacacattcacaaagtgcatataatgacaagaatttatcacaa ggccaagcatgttaaggcatggtgtccacgcccaccccgagcgcttgaatacactcgtgc tcatcgcactaatttc------aaaaaacaggatac---------------------aa- --acatccaaacagcaatcacaaccagacc---------g---attatcact-------- -----------aca------------------gctggtcctagtgacatgtatgtccacg taggcaatcttatatatagaaatctccatcttttcaactctgaga---tgcatgaatcta ttttagtgtcttactcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacactacaggtg atgattatattccttcatgtgattgcacccaagccacttattactgtaagcataaaaata gatactttccaattacagttacaagtcatgactggtatgaaatacaggagagtgagtact atcccaaacacatacaatataacttgctgattggtgagggtccttgtgagccaggtgatt gtggtggaaaattactttgcaaacacggtgtcataggcatggtaacagctggtggtgata atcatgtagcttttattgatcttagacact------ttcattgtgctgaagaacaagg-- -agttacagattacatacacatgttaggggaagcatttggaaatggatttgtagatagtg tgaaggagcatgtgcatgccataaacc------caataggaaatatcagcaagaaaatta ttaaatggatgttgagaataatatcggcaatggtaataataattagaaactcctctgatc cccaaactatactagcaacactcactctgatcgggtgttctgggtcaccctggagatttt tgaaggaaaaattctgcaagtggacacagcttaattatatacacaaagaatca---gatt catggttaaagaaatttactgaggcatgtaatgcagctagagggcttgaatggataggaa acaagatatctaaatttattgaatggatgaaatcaa---tgctcccacaggctcaactga aggttaaatacttaaatgaacttaaaaaacttggtttatatgaaaaacaagttgaaa--- ---gcctgcgtgtggctgatataaaaacacaggaaaaaattaagatggaaatagacacct tacatgatctgtcatgtaaattcctacctttgtatgcaagtgaagcaaaaagaataaaaa ctttgtacatcaaatgtaataatattat------taaacagaagaaaaggtgtgaaccag tagctgtagttatccatggaccacctggtgctggtaagtctatgacaacaaatttcctag ccaaaatgataaccaatgatagtgat------atatactccttacctcctgacccaaaat actttgatggttatgatcagcagagtgtggtaataatggatgacatcatgcaaaatccca ctggagatgacatgacgctattctgccagatggtttccagtgttacattcataccgccaa tggctgatttgccagataaaggtaaagcttttgattctagatttgtattgtgtagcacaa atcattcccttctaacacccccaacaataacctcattacctgcaatgaatagaagattct tcctggatctagatataatagtgcatgataactttaaggatcagcagggcaaacttaatg tggcagcagcttttcagccatgtgatgtgaatagcaaaataggaaatgcacgc---tgtt gtccatttgtgtgtgggaaagcagtctccttcaaagatcgtaactcttgtaacaaataca cgctcgcacaggtgtataacataatgcttgaagaggacaagcggaggagacaagtggttg atgtcatgacagctatatttcagggaccaattgaca---------------------tga aaaacccaccaccacctgctatcactgatttgcttcagtctgtcagaactcctgaagtta ttaagtattgtgaggataatagatggattattccagcagagtgtaaga---tagaaaaag aattgaacttagccaacacaatcataacaataattgcaaatgtcatcagtatagcaggaa taatatatgttatttataagctcttctgcacattacagggaccatattcgggagaac--- caaagcccaaaaccaaaattccagag---agacgtgtagtgacacaagggccagaggaag aatttgggatgtccctaatcaaacataactcatgtgttatcacaacagaaaatggaaagt tcacaggtcttggggtttatgacagatttgtggtcgtaccaacacatgcagatcctggga aggaaattcaggttgatggtatagctacaaaggttattgattcatacgacctgtataaca aaaatggcataaagttagaaataacagtactcaaattagataggaatgaaaaattcagag acattaggaaatatatacccaatagtgaagatgattaccctaattgtaatctagcactac tagccaaccagcccgaaccaactataattaatgttggagatgttgtgtcttatggcaata tactgcttagtggcaaccaaacagctaggatgcttaagtacaattatccaactaaatctg gttattgtggaggtgtcctttacaagatcgggcaagtgcttggaatacatgttgggggta acggcagagatggtttctcagctatgctacttagatcctattttgctgatgtccaaggtc aaataacattgtcaaagaaaaccagtgaatgtaacctgcccagtatacatactccatcca aaactaaattacagcccagtgttttctatgatgtattccccggttcgaaagagccagctg tgttatccgaaaaagatactcgactacaagttgatttcaatgaagcactattttccaagt acaaagggaatacaaattgttccaccaatgatcatataaaaattgcatcatcacattatg cagcacagcttatcaccttagatattgatccaaaacccatcacacttgaagatagtgtct ttggtactgatggattggaagctcttgatctgaacactagtgcaggatttccatacattg caatgggagttaaaaagagagacttaataaataacaaaactaaggatataagcaaactca aagaagcaatagacaagtatggagttgatttacctatggtcactttcttgaaagatgagc ttagaaagcatgaaaaggtagttaaaggcaaaactagagttattgaggctagtagtgtaa atgatactctactatttagaacaacctttggtaatcttttctcaaaatttcacctaaatc ctgggattgtcactggatcagcagttggatgtgatccagaagtgttttggtcaaaaatac cagctatgttagatgataaatgtattatggcttttgattatacaaattatgatggtagca tacaccctatttggtttgaagctcttaaacaggtgttagtagacctatcatttaaccca- --acattaatagatagattatgcaagtctaagcacattttcaaaaacacatactatgaag tagagggaggtgttccatctggatgttcaggtactagcatctttaacactatgattaaca atatcattataagaaccttagtattagatgcatacaagaatatagacttagataagctta aaataattgcttatggtgatgatgtcatattctcatacatacatgaactggacatggagg ctatagcagcagagggtgttaaatatggtctgactataactcctgctgataaatctagta catttgtaaaattggactacagcaatgtcactttcctgaaaagagggtttaaacaagatg aaaaatatagctttctgatacatccaacctttcctgaagatgagatatttgagtccatta gatggacaaagaaaccatcacaaatgcatgagcatgtgttatctctatgtcacttaatgt ggcataatggacgtgacacataca-aaaaatttgtggataagatacgcagtgtaagcgct ggtcgtgcactgtacatccctccatatgacttgctcttgcatgaatggtatgaaaaattt taaag------------------atatag---aa-------------------atagtaa --act-gatagtttat------------------tag----------------------- ------------------------------------ >MK279354.1 Rhinovirus C41 strain USA/CA/2016-RGDS-1006, complete genome -----------------------gttgtt-cccacccctaccacccatgtggtgta---g tgctcttgtattacggtacacttgcacgccagttt-----------------------gc ------------ctc-ccc-------------accccctttccat-------ttacaccc aaccttatgtaac----ttagaagc-agtacact---------ggaccaatagg-tggta a-caatccatgtta-c----c-aaaggtcaagca-cttct-gtct-ccccgg-catgcgt ggaataaacagtgcaaacggt-tgagaccacaaatgtcgttacccgcgcatgaactacgc agagcctagtatct-ccctga-aa-gtccattggttggtcgttcagcta--------aac cc-catagtagacctggcagatgaggcaagacgcaccccactggcgacagtggtcttgcc tgcgtggctgcctgcacaccct-t-cgg-ggt----------gtgaagccaat-tgacag acagggtgtgaagagccgagtgtgcttcatgt--gaatcctccggcccctgaatgcggct aatct-aaccccgcagctgtggcacacaagccagtgtgtatgcagtcgtaacgggcaact gcgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-ctttta- ---tcaagtacttatggtgaca-----at------------------aa----taaatat tgttaccatgggtgcacaggtgagtaaacagagcaatggtactcatgaaaatgttgtttc agcaagtaatggagctgtagtcaagtacttcaacatcaactactacaaagattcagctag ttcaggtttatcgagacaggacttttctcaagatccatccaaattcacccaacctcttgt tgacactctcactaa------ccccgcacttatgtccccaacagttgaggcatgtgggtt ttccgataggctaaagcaaatcactatcgggaactccactataaccacccaagactcctt aaactccatactagcctatggagagtggcccacctacttgtcagacatagatgcaacgtc tgtggataaaccaacccaccctgaaacctcagctgatagattctacacactacgtagtgt caactggggcgcaacctccaagggatggtggtggaagttccccgatgctcttagcgagat gggggtgtttggtcaaaacatgtattaccacgccatgggtagatctggttatataatcca cacgcagtgcaatgccaccaaattccacagtggggctattattgttgcagttgtacctga acaccagttggcatacataggagggacaaaagctaatgtgagctatggccacacacatcc aggcgaaaatggtcatgagatacgtggtccggacagtgg-----acatgacaggggaa-- -acaacaaccctgatgaggatccattattcaattgcaatggcaccttgctaggtaatatc accatattcccccatcagataattaatctaagaaccaacaactccagtacaattattgtt ccttacattaattgtacgcccatggacagcatgctgaaacacaacaatgtgtcccttgtt attatccccatagtcccattgagagtgaatgggactggccctacta---ctatccctatt actgtttctgtggccccctataaatctgagttttctggagcaatggaag----------- --cgca------------------------------gagg--------cagggcctccct acacgaatgcctagtggagcacaacaattcatgacaacagaggatgaacaatcagcaaat attctaccagggttccacccttcaaaaaagattcatatacctggcatgataaccaatgta atgcatatggccagggttgactcttttataccattgaataacatagaaggggaa---aca acaaagcccagtgtttactgtgtgacagtcccaaagaaaa---------caaatgacaat gtgatattggttctcccacttgagatggataatactctcttctccaccaccctacttggt gaaatcctaaactattttgccaactggtcaggcagcataacaataacattcatgtgtgtc tgtgatgcctttagcacagggaagttcttattggcctacacaccacctggtggtagattg ccacagagtagaaaggaagcaatgcttggcgtgcatgtaatctgggacctggggttgcaa tcatcgtgcactattgtagtgccatggatatcctcaaatttctatcgtagaacaaagtct gacagttatacagaggcgggttatgtgtccttgtggtaccaaactgatttcatcccatca gttaatgcaggcac---gggcactattattgccacatgtagtgcctgtcctgatatgtca gtcaggatgatgagggacagcccaatgatgaaacaa---gaggggaaactccaaaacaat gat---cctgtggaatccttcatccacacaacgttagaggaggtattagttgtgccagac actaaaccatcaggcccacaacacaccaccaagccatcagcacttggagcaatggagatt ggagcatcaagcgatgcaactcccgaatcagtgatagaaaccagatatgtatacaataca aacaccaatgcagaagctgatatagaaatgtttctgggtagatcagctttatgggccaat ctgacactcagaaaa--------------------------------------------- -------------------------ggattcactgaatgggatataaacttccaggagaa tgcacacatcaggaagaagtttgaactgttcacttacattagatttgacatggaagtcac aatagtaacaaacaacacagggt------------------------------tgatgca gatcatgtttgtgccacctgggatcactggcccaaagagtgctgaagacattcgatggga ttccgcttcaaaccccagtgtgttttaccagcccaaatctggctttcctcggtttaccat ccctttcacaggattggcctctgcatactatatgttttatgatgggtacagcagcactaa gaagacaccagacaatcaatatggaatagcaccaacaaatgacatgggaatattgtgttt tagggcactggatgataaagagaaggttga------------tatcaaagtctttgtcaa gcccaaacatataacagcatgggtccccagaccacctagggcagtacaatatacacacaa gtatagtactaactaccattacaaggctgatgagaatagtccc------------cttg- --aggataggcactttataacaaccaggga---------g---agtatca---------- ------------------aga---------atgtgggacccagtgatatgtatgtccaca cccaagatgcaaaatacatgtgtgcccacttgacacaaccaggga------ccaacacca tccttctggccatttcatc------tgatttgcaggtcgacagtgtcgactcgccaggag atgatgtaattccagcatgtgattgcactgttggatgttacttctcaaagagccgcaatc ggtatttccccatcgaggtagtctcccacgactggtatgagattcaagaatcggagtact acccaaaacacatacagtacaatttgctcatcgggaaagggcactgtcaaccaggagact gtggaggtaaactactatgcaaacatggagtcataggcatgataacagctggaggagagc aacatgttgctttcattgacctaagaccctatt---catgtttatcagaacaccagggtg tgatttctgactacttcacacaactgggaaatgcttttggggaaggattcactacaaata tccaaaatcactttacgcaaattagccaatcaatatctgacaaattgacaggaaaagtga ttaagtggttagtgcgtatcatcagtgcactcaccattatgattagaaacaactcagatc tccccaccatcctggcaacacttgccttactgggatgcagtggttcaccatggtcatttc tcaaggacaaaatatgtgattggcttggcatacaaaggcctccaaagaaacagggtgact catggcttcggaaatttactgaatgctgcaatgctgcaaaaggtttagagtggatcagtc tgaagattggtaggtttatagattggcttaaagagaaattagtacctacagtgcaaagga aaagagagatactaggaaaatgcaagaaaatatctcttttggaggaacaagccaacg--- ---gtttcagctcagctagttcagaagatcagcaggcactgatcattgaggtggacaagt taaagaagggactggatgagctggctccactctatgcagtagaaaacaaaagagttacaa agatccagcagaatcttaagcaacttacagcttatctaaaaacccataggcatgaaccag tatgtgttttattacatggtaaccctggttgtggcaaatctctcgccacgtccgtcattg cacgtggtctcacaacagaagcaggt------gtttattcacttcctccagatccaaaac actttgatggttatgaccaacagaaagttgtcataatggatgaccttggacagaacccag atggtaaagatttagcaatcttctgccagatggtttctaccactgattttatagtgccca tggcagctctggaagacaagggtaaatcatttacaagtcagtatattcttgctagcacaa atttagacactctatcccccccaacaatcacaatacctgaagccattaaaaggcgattct tcattgatgcagatcttgttgtaatgtccaaatacagaaataatattggtttactggata ctggtaaggcattaaccccatgcaccacatgcccaaaaccaccctactacaagtcctgct gtccgctcctatgtgggaaagctgtagtggttcaagacaggaaaacaaaagcaaattttt ccataaacacaattgtggaacagcttaaacatgaaaatgagtgtaggagacgagttaagc acaacttagaggcaatattccaaggccttg---------------------------gtg atgataccacacctggctttattgtggatttgttgtcttcatccaaagaccccaaagtta tagagtattgtgcagaacaggggtggattgggaaggctggttccacag---tggaaagag atttcaactatgtccactacatattaaattgcctgggtagtctcatcatcattttaggca ctatctatgctttgtacaagttgatgtgtttagcacaaggtccctactctggtctac--- cacaaccacccacaaagagacctgaacttagaaaagccacactacagggtccagaacatg agtttattaaagcactgattaaacggaactgccatgtcataacaacagacagaggtgaat tcaatatgctaggcatccacgataattgtgcagtggttccaacacatgctgaatgtggag acattgtgaacatcgatgggagggaggtgcgagtgctcaagcaatgcatcttaactgaca caaacgatgttgacacagaaataactttattgtggttagaccaaaatgaaaagttcaggg acattaggcggtttataccagagcaccaacaagagtggtcaaacatgcacttggcaacta atgtttcaaagttccctatgatggatgttgagattggacgagttatcccttatggcaaca tcaccctcagtggaaatccaacatgcagattgcttaagtacgattaccccacaaaacctg ggcagtgtggaggtgttattgccaacacaggcaatattgtagccatacatgtaggtggta atggtagagtgggatatggtgcaaccctactccgcaaatattttgcgcaagcacagggtg aaatcacatcaatcagtaatgtgagagatcatggctacagctcaataaacactcctacca aaacaaaactccagcctagtgttttctatgatgtgtttccaggtgggaaagaacctgccg cccttagtgaaaaagatccacgcctggaggttgacctcaagggagcagtactttccaaat acaaaggaaactcagaggtgaagtggaatgagaacatccaaacagctgttgatcactaca ccgctcagctatacatgttagatatcaacccagaacctattactatcaatcaggcaatct atggcatggagcatttggaaccattggacttaacaactagtgctggttttccctacgtct taatgggtgtaaagaagaaagacttaataaataaaaccacaaaagatgttaccaaaatgc aggaaatgatggataaatatggtatagacttgccatatgtgacatatttaaaagatgagt taagggcacctgaaaagataaagaaagggaagaccagggctatagaagcagcaagcataa atgacacagtacagtttcgcatgatctttggcaacttgttttccacattccatgccaacc ctggtattttaacaggctcagctgtgggctgcaatccagatgtgttttggtcacaaatgc atgcttgtatggatggagaac---tactagcctttgactataccaactatgatggtagtt tgcatcctgtgtggttcagagccctaggtgatgtattagacaagttgggcttcccaggc- --cacttgacctctaggctttgtaacacaacacacatatacaaagatcaagtgtatactg tagaaggaggaatgccatcaggaatatgtggaaccagcatttttaatacaataataaaca atctaataataagaactcttgttttggatacttataaagggatagatttagataaactca aaatagtagcatatggagatgatgttgtagtgtcataccccttcaagttagaccctcagg aaatagcaaatagtggaaaaagctatggattgaccatcactccaccagacaagggtgaaa cattcacagatgtaagttggtcaaatgtcactttccttaaaagaggttttagacctgaca agaaatatgaatttttaatccatcctgtttatgacatgaaagatgtttatgaatccatca gatggactaaagacccaaagaacactcaagatcacgtgtattctttgtgtctattagcat ggcacaatggagaggacatctatg-aagaattcagatccaagatcagaagcacagcagtg ggaaggtccttgtacacccctccctattctgtactgtatagacagtggattgatttattt -----------------------gtttag---at-----------aatcaaatataa--- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >KY369881.1 Human rhinovirus C2 strain SC9735, complete genome -------------------------------ccacctgtaccacccacgtggtgtg---g tgctcttgtattccggtacatttgcacgccagttt-----------------------gc ------------cac-ccc-------------tcatcctt-------------------- -------tgtaac----ctagaagc-tatcaact---------cgaccaatagg-cggtg g-taagccatacca-c----t-tacggtcaagca-cttct-gttt-ccccgg-tatgcga ggaatagactctcac-agggt-tgaagcctcaaatatcgttatccgcattggtactacgc aaagcctagtagcg-cctcgg-aa-atcccttggttggtcgttccgcta-------gttt cc-cctagtagacctggcagatgaggcaggacattccccactggtgacagtggtcctgcc tgcgtggctgcctgcgcaccct--ccgg-ggt----------gcgaagccaag-tgatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctactaat--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctattgcacacaaaccagtgtgtatatagtcgtaacgagcaatt gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---ttatt-ctcatt- ----atcttgcttatggtgaca-----at-act--------gta-a--t----atagtgt tgttaccatgggcgctcaagtgagtaaacaaaatgttggttcgcatgaaaacagtgtttc tgccagcggtggctcagtcatcaagtatttcaacatcaattattacaaggattcagctag ctctggtctcaccaaacaagatttctcccaagatccttcaaagtttacacagcctatagc tgatgtgttaactaa------tcctgcactcatgtcacctactgttgaagcatgtggatt ctctgataggctaaagcaaatcactattggaaactccactataacaacgcaggactcctt gaatactgttgtagcctatggtgaatggcctgaatatctctctgatcttgatgccacatc tgtagacaaacccactcacccagaaacatcttctgaccgcttctacactttggaaagtgt tatgtggcatggtagctccagggggtggtggtggaaaataccagattgtcttaaggatat gggcatgttcggccagaatatgtaccatcactcaatgggtagatcgggtatgttaattca tgtacagtgtaatgcaaccaaattccatagtggatgcctccttgttgttgtggttccaga acatcagctagcatatattggtgctggtggtgttaatgtcaaatatgagcatactcaccc aggagagggggggcatactttgcaagcttctaac--------------gttcgttcaa-- -actacaacccagatgaagatcctttttatctgtgtaatgggacactgttgggaaacgca ctcatattcccacatcaaatgatcaatctccggacaaataactctgcaaccatagtagtc ccatacataaactgtgtaccaatggacaacatgctcaggcacaataatgtcagccttctc attatcccaattgtcccgttaagggcaaacacaggtgctgttaatt---ccctgcccatt acagtaaccattgcccctgataagtcagagttttcaggtgcgatgaaat----------- --caca------------------------------acag--------cagggcctccct acacgaagtccagcaggctcacaacaattcatgactactgaggatgaacagtcccctaat atattgccagagtattcccctaccaaaatgatccacattccaggaagaattgacaacatt ctgcacattgccatggtggagtcacttataccactgaacaacattccagggcag---gtc ggtatggtggggatgtacaatgtcaccatagcatccaaaacag------cagaccaggaa atgatactggctatccccctacaaatggacaatacactcttcgccactaccttagtaggt gagatactaaactatttctccaactggtcaggcagcatcagagtcacctgcatgtgtgtg tgtgatagctttagtactggaaagttcctgatggcttacactcctccaggaggtggcttg cccgcaactagaaaagaggccatgctgggtgttcatgttgtgtgggaccttggactgcag tcttcatgtacacttgttgcaccatggatgtccagtaccttctaccgcaggactaagggt agtaattacacttctgggggctatataactctatggtaccagacaaactttgtagccacc actactggtggaac---tggcactatcatagccacatgttctgcatgtccggatctgtct gtacgcatgatgcgtgatacaccaatgatcaaacaacctgaaaacaacatacagaat--- ------ccagtggacaactttgtagatgaagtgcttaaagaagttcttgttgtcccggat accaagccttcgggaccaactcacacagtcaagcctacagtcctaaatgccatggagatt ggtgctaccccagatgcaactccagaaagcgtcatagaaacgcggtatgtcataaataac cacaccaacaatgaggctcttatagagaacttccttggtagatcatctctctgggctgaa ttgcaaat---gtctg-a------------------------------------------ ------------------------aggattcaagaaatgggacattaactttcaagaaca agctcacatcaggaaaaagattgagatgtttacttacatcaggtttgacatggaggtaac tatagtaaccaataaccaaggct------------------------------taatgca aattatgtatgtaccaccaggtattgaagctccagactctctcaatgacaagaaatggaa tggggcttccaaccccagtgtcttttatcaacccaaatctggcttcccccgcttcactat tccctttactggcttaggttcagcatattatgttttctatgatgggtacgatgaaaacaa agtg---ggatcaacaacatacggtatatctgccacaaatgacatgggcaccttgtgctt ccgtgcattggaagatacaaccaagcagga------------tgttaaggtttttataaa gcctaagcacatcacagcgtggtgccccagaccaccgcgtgctgtggactacacccatag atacagtccaaattaccacactaacaagggtaacac------------tacagaccttg- --aagaaaagcattacatcaacaccagaac---------a---acaatcaaa-------- -----------a------------------cagctggacctagtgacctatttgtccaca cagaacaagccatttatagaaatgcacatctaactacaccaaatg------atcagacaa tattgttggcccttacagc------tgatctacagatagatgggtgtgaccgaccaggac cagacactattccagattgtgactgtaccagtgggtgttattactcaagatcactagata ggtacataccagttgagtgtgaagcccatgattggtatcctgtggaagaaacccaatact atccaaaacacatacaatacaatcttttaattggaaaaggaccatgtgtcccaggtgact gtggaggcaaactattgtgtagacatggggtcattggcatcataacagctggtggtgatg accatgtagcctttacagatctaagaccctaca---atattaaagcaacctctcaaggtc cagtgacaaactacctcaaccaactgggaagtgcttttggagagggcttcacagcaaaca tcagagaccaacttgctactgtaggtaacacaataatggatggtttaacaaacaaagtag ttaaatggttaatcagaattattagcgccctgacaatcatgatcagaaatagttcagaca cccccacagtattggccaccctagcactgttgggatgccatgagtcaccatgggcctttc taaagggcaaggtatgcaaatggcttggtatcaacccacctgcaaagagacagggggata gctggttaaagaaattcactgagtggtgtaatgcagccaaaggtcttgagtgggttgggc aaaagattagcaggtttatagattggcttaaagagaaggtgttaccaacggttaaatcaa agaaggagatattagaccattgtaagaaaatacccctataccaagagcagatcaaag--- ---ggtttccctatgccactcaagagtcccaggaagagttaacactaaatattgacaaat tgaaaaagggcctagacggattggcaccactctatgccgtggaaaataaaactgtgacac aaatgcagaaggagattaagcaacttcaatgctacaaaagggctcagagaatagaaccag tctgcatactactacatgggataccagggtgtggtaagtcacttataaccaccatcattg caaggggcttagccactgaaggaaac------atatactctctgcccccaaacccaaaac actttgatggatataaccagcaggatgtagtgatcatggatgatgtgtgtcagaatccag atggcgaagacatgaatatgttttgccaaatggtctccactgccgatttccatgtgccaa tggcggccatagaggataagggtaagtcttttaccagcaagtatgttttggcatccacca acatggctaccctacaaccccctaccatacaaaccccagaagcactggaacgcagattct ttttggatatggatgttaaagtgctaagtccatattccagtcagcgtggtttgcttgata cagcaaaagccttacaaccctgcaccaagtgtgacaaacccacccattactcgcgctgtt gtccactcctgtgtggtaaggcagttgttttagtcaatagaaaaacacaggttagttata gtgtaaacatgatagttgaacaacttaaaactgagtatgggaacaggagaagtgtcaaga caaatctggctgcgattttccagggactgg---------------------------gtg atcaggaaacacctgggttcattatagacctgctcagatcctcaaaagaccctaaagtca ttcaatactgtgaagaagaagggcttattttaaggagttccaccacct---tagacagac acatagacagagtccagcaggccatcaattgtatcgggagtctagtggtcatcttgggga caatttatgcactgtacaaattaatgagcatgactcagggggcatatacaggacatg--- ttgaacccacactcaaacgtccagagttacgtaaagccgtaacacaaggccctgaacacg agttcatgtatgccctactcaagaggaactgtcatattgcagaaaccaggaagggagagt tcaatctcttaggcatccactccaattgtgcagtgatccccacacacgctgagtgtgaca aggaaatacttgtagatggaatccctaccaaaattctgaaacagcaaataataactgatg ccagtgatgtagacacggaagtcactttattgtggctggaccgcaatgagaagttcaggg acatccgacgtttcatacctgaaaccattgatgaatggcaccatattagattagttacta atgtaagtaaatttcccatgttctttgcagatgtaggaacagcaacaccttatggagaaa taacattaagtggaaatcctacctgcagactcctcaaatatgactatcccactaagccag gtcagtgtggtggtgtgcttggaaacacaggacatataatagggatacatgttggaggaa atggccgtgttggctacggtgctgcactgctccgcaaatatttttgtgaacaacaggggg ctattaccaacattgtggatgtgagagaattagggtatagcccaataaatactccagcca agactaaacttttacctagtgtcttttatgatatctttcctggggttaaagaaccagctc cactctctaatagagatagtagattggaatcaaatttggacgacactgtgttctccaaat acaagggtaatgcaaaagtggagttcaatgaattcatgcaggtggctgttgaccactact ctgcacaactgtacactttagatatcaatccaaccccacttactttggaacaggcagcct atgggatcccaaatttagaagctttagaccttaccactagtgctggttttccctatgtgt ccaagggtataaagaagaaggacattttaaacaaaactactaaggacactacaaagttag caaagttgatggaagagtatggtattgatctgccatatgtcacttatttgaaggatgaac tcagaactccagagaaaattaaggcaggcaagacaagactcattgaggctgctagtctca acgacacagtccactatagaatggtttttgggaaccttttctctaccctacatgccaacc cagggattttaacaggttcagctgtagggtgtgatccagacattttctggtcacaacttc atgcttccctgggaggacacc---tattagcttttgattacaccaactatgatggcagtt tacatccagtctggttcctgtgtttagaaaaagtactaaccaaccttgggttcccaggt- --gagttaatggggaaattaagcaactccaaacatatatacaagaatgccttttacacaa ctgaaggaggaatgccttctggaatctgtggtacttccatattcaacaccatgatcaata atgtgataattaggacacttgtattggaaacttacaagaatatagatctagaccgactta aaattgtagcttatggagatgatgtcattgcttcttatcctgaatatcttgatcccaagg aaatagcagaaacaggccttaagtacggtctgacaattactcctgctgacaagtcagaaa cctttaaaccaattacttgggagactgttacctttctcaaacggggctttaaacctgatg aaaaatacccttttctaatacacccagtttactcaatggcagatattcatgagtcaatta gatggaccaaagacccgaagaacacacaagatcatgtgcgcagcttgtgtacactagctt ggcacaatggagaggaacagtaca-acactttcttatccaagatccgaaccgtgccggtg ggcaaaaccttgagtttgccaccctacagttacctgcgccaccggtggttggatttattc -----------------------atttaa---at-------------gtagatataata- ------cacaatttgtc---tagaatta------gtgtagtat----------------- ------------------------------------ >KY369873.1 Human rhinovirus A34 strain SC9783, complete genome ------------------------------------------------gtggagtt---g tgcactgttattccggtaactttacacgccagtttt----------------------at tt----------ccc-ccc-------------t-cccc-aa------------------- ------atgtaac----ttagaaga-t-gtacac------aa-cgaccaatagg-cggca actaa-ccaagttg-c----t-taaggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtcaa--cg ttgatacgctctccc-agggc-gaaaacaactgagatcgttatccgcaagacgcctacgc aaaacctagtaata-tcttga-at-ggtacatggttggtcgttccgcta------a--ac cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaactccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcgtgtcc--ttacg-ggc----------acgaagccatt-tacttg acaaggtgtgaagagtcccgtgtgctcgtctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagccagtacgcgcaagccagtgcgtagctggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cctttt- ----attatgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gata----tatatat tgacaccatgggcgcacaagtttctaggcagaatgttggtacacactcaactcaaaacac agtttcaaatggctcaagcttgaattactttaacatcaattacttcaaggatgctgcatc acatggtgcctctaaattggatttttcacaagacccaagtaaattcactgaccccgttaa agatgtgcttgagaagggtattcctacacttcaatctccaactgtagaagcatgtggtta ttcagataggatcatacagataacaagaggagattccacaatcacttctcaggatgtggc aaatgcggtagttgggtatggagtatggcctcactatctaacaccacaggatgctacagc cattgacaaaccttcacggccagacacctcctcaaacaggttttataccttagaaagtaa gatgtgggacagttcatcaaaaggatggtggtggaaattgccagatgcccttaaggaaat ggggatttttggtgaaaatatgtattatcacttcttgggtcgaagtggttacactgtaca tgtccaatgtaatgccagcaaatttcaccaaggtacactcattgtggcaatgataccaga acaccaattagcaagcgcaacatatggaaatgttgctgctggatataattacacacatcc aggtgaacgtggtagagtcattaacgttgccatgcgt-----------gaacaaaatg-- -acaaacaacctagtgatgataattggcttaactttgatggtacattattaggcaatatt acaatttatccacatcaactcattaatttaagaagcaataactcagctacaattattgtc ccatatgtcaatgcagttccaatggattccatgctcagacataataactggagtctagta ataatacccatatgccaactagaa------gggactccagg---ca---ctgtacccatc accatttctatcagtccaatgtgtgctgagttctcaggggccag---------------- --agcg------------------------------agaa------accagggcttacca gttatgctaactcctggttctgggcaatttatgactactgatgactttcagtctccttgt gcattaccttggtaccaccccactaaagagatatctatcccaggtcaggttaagaacttg attgaactgtgtcaagtagatacattaatacccataaacaacttagaacaaaat---gtc actaatactgatatgtattcagttgtgttaaataatgaaacagtat------tagaaaaa gagatctttgctattaaagttgacattgcctcccaacctttggccaccactcttattggt gaagttgcaagttactacactcattggactggcagccttagatttagtttcttgttctgt ggatctgctaacaccactcttaaacttctaatagcatacacaccaccaggtattagtaag ccaactaagaggaaagaagccatgttaggaacacatgttgtttgggatgttggactgcaa tccaccatatcaatggtggttccttgggtaagtgctagccatttcagaaatacaactcct gataaatactccttggctggatatataacctgttggtatcaaacaaatcttatagcacca ccaaacacacccccaacagccaggatgttatgctttgtttcagcatgtaaagatttttgt ttaagaatggcaagagacacaaatttgcacaaacaatctggacctatagaacaaaat--- ------ccagttgaaaattacatagatgaagtactaaatgaggtactggttgtcccaaac attaaagaaagtcaagccactacatctaactcagcccctgcactggatgcagccgagact ggccatacaagtaatgtacaacctgaggacatggttgaaaccagatatgtgcaaacatca caaacaagagatgagatgagtattgagagtttcctgggtagatctggttgtatacacttg tccaaactggtggtgg-attatgaa----------------------------------- -aattataatgca---aagaccaaaaacttcatgaaatggcaaattaatttgcaggaaat ggcacaaattagaaggaaatttgaaatgttcacttatgttagatttgattctgaaattac tttagtaccatcaatagcggccaaaggtgatg------atattggtcatgttgtgatgca atacatgtatgtgccaccgggtgcaccaatacccgaaactagagatgattttgcatggca atctggaacaaatgcctcaatattctggcagcatggtcaaacataccctagattctctct tcccttcttgagtatagcttcagcatactacatgttttatgatggatatgatggtgacca acat------gaatcaagatatggcacagtggttactaatgacatgggcactttatgttc tagaattgtaactgatgagcaccaaaacagggtggaaattacaactaggatttaccacaa agctaaacatgtgaagacctggtgcccaagaccaccaagggctgtagaatacacacatac acatgttactaattac------aaagttagggatca---------------------ga- --ctgaaaaaaccgcaatcaaaaccagaaa---------a---gccattaca-------- -----------acg------------------gctggcccaagtgacatgtatgtacacg tagggaaccttatatatagaaatctacatttattcaattcagaag---cacatgattcta tcttggtttcctactcttc------tgatctagtcatataccgaacaaacacaataggtg atgactatattccaacatgtgattgcaccgaagccacatacttttgcaagcataagaaca ggtactttccaattaaagttacaagtcatgattggtatgaaatccaggaaagtgaatatt atccaaaacatatacaatacaatctcttaattggagaaggaccatgcgaaccaggtgact gtggtgggaaactattatgtaaacatggtgttattgggattgtgactgctggtggtgaag ggcatgtggctttcattgatctcagacact------tccattgtgctgaagaacaggg-- -cataactgactatgttcacatgctcggtgaggcctttggtttgggtttcgtagacagtg ttaaggaccaaataaatgcaattaacc------cgattaatggtattagtaagaaaatta ttaaatggctattaagaataatatcagcaatggtgattataattagaaactcatctgacc cacaaacaataatagctactctaacactaattggctgttcaggatcaccatggagattcc tgaaggaaaaattttgcaaatggacccaactcaattacattcacaaggaatca---gatt cgtggctcaagaagttcactgaaatgtgtaatgcagctagaggtttagaatggattggca ataagatatcaaaattcattgattggatgaaatcta---tgttacctcaagcacaactta aagtaaagtacctcaatgagttaaagaaactaagttttcttgagaaacaaatggagc--- ---accttagagctgctgattctcaaactcaggaaaaaataaaatgtgaaattgatacct tgcatgatttgtcttgtaaatttcttcctttatatgctagtgaggcaaaaagaataaaga ttttacataataggtgtagcacaattat------caagcagaagaaaagatgtgagccag tagctgttgttatacatggtgagcctggcactggaaaatctatgaccacaaatttcttgg caagaatgataacaaatgatagtgat------atctattccctaccaccagacccaaaat attttgatggatatgaccaacaaagtgtggttattatggatgatattatgcagaatccta gtggagatgacatgactttattttgccagatggtgtcaagtgtgtccttcattccaccaa tggcagatttaccagataaagggaaaccatttgattctagatttgtattgtgtagtacta atcataatttattagcaccccccactataacatctttaccagcaatgaataggagatttt tccttgatttagatattgtagtatgtgaaaaatacaaagattcacaaggaaaattgaatg tttctgctgctttccaaccatgtgatgttaacacaaaaattggcaatgcccga---tgtt gcccatttatctgtggaaaagcagtcaactttagggatcgaaatacatgccagacatata cgctttcacaagtatacaatcagatgcttgaagaggacaagaggcgtagacaagtcattg atgtcatggcagcaatatttcaaggacctatctcca---------------------tgg aaggccctccaccagcagcaataagtgatctgttgcaatcggttagaacccctgaagtga tcaaatactgtgaggaaaacaaatggataattccagcagaatgcaagg---tagaaaggg atttaaatatagctaatactattatcacaatcatagcaaacattattagtatttctggaa ttatctatgttatatataaactcttttgtactttacaaggaccttattctggagaac--- ctaaacctaaaacaaaaatgccagaa---aggagagtagttgcacaaggacctgaagagg aatttggtagatcacttattaaacacaattcatgtgtggtaactactgagaatggaaagt ttacaggactgggcatttatgatagaacattgattgtgccaacacatgcagatcctggca aggaggtgcaaatagatggcattactactaaggtagaagattcctttgatttgtttaata aagatggtgtgaaactggagatcactgtattaaagttaaagagaaatgaaaagttcaagg acattaggaaatatataccagagcatgaagatgattacccagactgcaatttggctctat ctgccaatcaaccagaaaccactataatcaaagtgggtgatgttgtatcatatgggaaca tcttactaagtggtaatcaaacagccaggatgctcaagtataattacccaacaaaatcag gatactgtggtggtatactatataaaattggacaagttcttggaatccatgttggtggta atggaagggatggctttgctgcaatgttattaagatcttatttcactgaggtacaaggtc aaataaccacctccaaaagcaccactgaatgtaatttacccagtatacacacaccaagta aaacaaagttacagcctagtgtcttttatgatgtgtttccaggtaacaaagaaccagccg ttctttcagatcatgacccaagattagaggttaatttcaatgaggcacttttctccaaat ataaaggcaacaatcagtgcaccatgaatgatcatatcaaagtggccatttctcattact cagcacaattaaccacattagacatagatccaaaccccataactttagaggaaagtgtct ttggtatagagggtttagaagcacttgaccttaacactagcgctgggtttccttatgtgt caatgggcataaagaaaagagatttaatcaacaaacagactaaggatatctccaaattga aaatggcattagacaaatatggtgttgatttacccatggtcacatttcttaaggacgaac tcaggaagaaagaaaaaatttctgcaggcaagacccgtgtgatagaagccagtagtgtaa atgatactgtattgtttagaacaacctttggaaatctattttctaaatttcaccttaatc ctggaattgttactggttctgctgtgggctgtgatccagaaacattttggtcaaaaatac cagtgatgttggatggggactgtataatggcatttgattatacaaattatgatggtagta tacacccaatttggttccaagcactcaaacaggtattaagtaatttgtcattcgaggcc- --agtctaatagatagactatgcaactccaaacacatctttaagaatgtatattatgaag ttgagggtggggtcccgtcaggatgttctggtacaagtatattcaacacaatgataaata atattattattagaacattagtccttgatgcatataagaacattgatctagacaagctta aaataatagcctatggagatgatgttattttttcatataaataccaacttgacatggaag caattgctatggagggtaccaaatatggattaacaataactcctgctgataaatcagaca aatttaaacagcttgattatagtaatgtgacctttcttaaaagaggatttaagcaggatg aaaaacataatttcctgatacacccaacttttccaattgaagaaattcaggagtccattc gttggacaaagaaaccatctcaaatgcaggaacacgtcttatcattgtgtcatttaatgt ggcataatggtagggatgtataca-agaggtttgaggagcggatacgtagtgtgagcgct ggtcgcgcattatatatcccaccttatgacctacttttgcatgagtggtatgaaaaattt takat-------tatt-tag---atataa---aa-------------------g------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >MN306035.1 Rhinovirus C strain SC0645, complete genome ------------------------------------------------------------ -----------------------------cagttt-----------------------gc ------------cct-ccc-------------tccc------------------------ -------tgtaac----gtagaagt-aatacgaac--------agaccaatagg-ggatg g-cgaaccacgccg-t----t-cgaggtcaagca-cttct-gttt-ccccgg-catgcga ggaatagacccttccaggggt-tgaagccacaagtgtcgttacccacattggtactacac agagcctagtatcg-ctctag-aa-acttgttggttggtcgttcagcca--------ttt cc-catggtagacctggcagatgaggcaagaaattccccactggtaacagtgttcttgcc tgcgtggctgcctgcacaccct-a-atg-ggt----------gtgaagccaac-gagtgg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctaccagt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctatggcatgcaatccagtatgttcgtagtcgtaatgagtaatt gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttctt--------ttatt-ttctta- ---tgtcttgcctatggtgaca-----at-att--------aag---ta----ttaatat tgctaccatgggcgctcaggtcagcagacaaaacaatggcacacatgagagtggtgtaac agctagcaatggatcagtcattaagtattttaatattaattactacaaagactcagcaag ttctggtttgagtcgtcaagatttttctcaggatccatccaagtttacccagccccttgt ggatacacttacaaa------cccagcacttatgtcaccatctgttgaagcatgtggata ttctgataggctcaagcaaatcactatcggaaactccacaatcacaacacaagactctct acacacagtacttgcatatggtgaatggcccacatacttgtctgacattgatgcaacatc cgttgacaaacctactcacccagaaacatcagctgacagattctatactctggatagtgt tgattgggaagtgggttctcatggttggtggtggaagctgccagatgctctcaaagacat gggtgtgtttggtcaaaacatgtattaccactcaatgggtagatcaggcttcataattca tacacagtgcaatgcaaccaaattccacagtggtgcactcataatcgcagtgataccaga gcaccaacttgcttatgtagggggggtgaaagttaatataggatatgatcacacacaccc agggcaaagtggtcatcgaatacttggacccaaccaatc-----aaatgaccgaggtg-- -gtggtaagccagatgaggacccactgttcaattgcaacggaacattattgggaaacata acaatttatccacaccaaattataaatttgaggaccaacaactccagcacaatagttgtg ccttacataaattgtgtccctatggacaatatgctaaaacataacaatctgtctttagtg gttatcccgttggtgccactccatccaggctctagtaatatcaact---ctattccaatt actgtaacaatagcaccttacaagtcagaattctcaggtgccatggagg----------- --ctca------------------------------acgc--------caaggcttacca acacgtcttcctagtggtagccaacaattcatgacaactgaggacgagcaatcacccaac attctgcctggtttccatccaagtaagaaaatacacatacctggtatgattacaaatgtg atgcacatggctagagtggattcattcatacccattaataatattaaaacagaa---gtt ggtaaggtgagcatgtattacatcccagtggtcaaaaaga---------caacgacagaa aagatccttgttctgcccttagaaatgaacaacacattatttgctacaactcttttaggt gaggttctaaactactatgccaactggtcagggagtatcaccatcactttcatgtgcgtg tgtgatgcgttcagcacgggaaagtttctcgttgcatacacaccaccaggaggtaaacta ccagaaaacagaaaacaagcaatgttaggtgttcacatcatatgggatttgggcctgcag tcgtcttgcactattgtggtaccatggatttcatccggtttctaccgtcgcactaaggca gacaacttcacccacggtggatatgtctcattgtggtaccagacagcctttgtaccccca gtgagtggagggac---aggacgcattcttgctacctgtagtgcttgtcccgacatgtct gttaggatgctgcgggacagcccaatgatggaacaa---agcaatgagttgcagaacaat gatgacccagttgagaactttgtggagtccaccttacaagaggtgttggtcgtgccggac acgaagccctcaggacctcaacacacaacaaaaccatcaatattgggtgccatggagatt ggtgcctccagtgatgcaaccccagaatctacaatagagactaggtatgtatataataca aacacaaatgcagaagcagatgtagagatgtttctaggtagatctgccctttggggcaag gtaacacttgaaaac--------------------------------------------- -------------------------caatatgccaaatgggaaataaactttcaagaaca ggcacacatcaggaaaaaatttgagtttttcacctatctgagatttgacatggaaatcac catagtgaccaacaacacagggt------------------------------tgatgca aataatgttcgtcccaccagggatagatcaccctgaaacacataatgacagaaaatggga ctctgcttccaaccccagtgtgttcttccaacctaaatcaggatttcctagatttaccat cccatttactggattagcttcagcatactacatgttttatgatggatatgataaacccga gggttcagatgacaatgaatatggaattgctcccaccaataagatgggtttgttatgctt caggaccttggacaatagcggtggaaatga------------tgtaaagatatacgtcaa acccaagcacataacggcgtgggtgccaagaccaccaagggcaacacagtacacccataa atatagtacaaactatcattacaaacccaactctagtgggcctgatcaacatgtgctta- --aagacagacactttatcacacccagact---------c---cacatca---------- ------------------gct---------cagcaggaccgagcgacatgtttgtgcaca caaaagatgcaatttacacgtgtgcacatctaaccaatccaactg------atgaaacca tactcctggcattgaccgc------agatctacaagtggatagtacaaatgtcccaggtc ccgatgtgataccatgttgtgattgcacaactggttgctactactctaaaagcaaagata gatactttccagtggagtgtgttagccatgactggtatgaaatacaagaatctgactact accccaaacatatacaatataatctactcattggggagggacactgtgaaccaggtgact gtggaggcaagctaatgtgcaagcatggtgtgattggtatgattactgcaggtggtgata accatgttgccttcactgatctgcgcccatact---ctagcctatcagaacaccaagggg ttatttcggattatttcactcaattgggtaatgcatttggtgaaggcttcacaaccaaca ttcaagaccacttttcccaagtcaccaagtcaatctctgataaatttacatcaaaggcta ttaaatggctggtgcgcatcataagcgctcttacaattatgattagaaacaactcagact tgcctaccatacttgctaccctgtcattattggggtgcagtagctcaccatggtctttcc tgaaggacaaaatctgcaactggcttcaaatccagcgccccgcaagtaaacaaagtgatt catggctgcgcaagttcacagagtgttgtaatgcagcaaaaggacttgaatggatcagta tcaagattggcaagtttattgattggttgaaagggaaactagtccctactgtccagagga aaaaagacaccctagacaggtgtaagaaaataccactcttagaagaacaagtaaatg--- ---gattcagttctgctagctcagaagcacaacaacagcttattgtggaagtagatactc taaagaagggtctagatgagctagcaccattatatgccagtgagaataaaagagtgacta agattcaaaaagatctcaaacaattatcagcttatctaaagaaccacaggcatgaaccag tttgtttattattacatggtaatccaggatgtggaaaatcactagtcacaactataatcg ccaggggactcacccaagaggcgcag------gtatattcactaccacctgatcccaaat actttgacggctatgatcagcagcaggttgtcatattagatgatcttggacaaaatcctg atggtaaagatttaagcacattctgtcagatggtatcaacaactgatttcatagtgccta tggcatcactagaagacaagggcaagtccttcactagccaatatgtgcttgctagcacca atctggacactttgtcaccaccaacagtcacaatacctgaggccataaaacgacgattct tcctggatgccgatctcatcacaacatctaagttcagaaacactacaggattgctagatg tagcaaaggcactacaaccatgcacaggttgccccaaaccagcacactataaggcatgct gtcctctgttgtgtggcaaggcggttgtagtacaggacaggaaaacaaaggcaaatttct cagtaaatacaatagtagaacagttgagacatgagaatgccatcaggaaaaaggttaaac acaaccttgatgcaatattccagggccttg---------------------------gtg actcggaaacaccaggttttatagttgatctactatcttcatccaaggaccccaaagtta tagaatactgtgctgaacagggatggataggtaaagcaaactcaacca---tagagagag atttcaattatgtacactacatgttaaattgtttaggtagtctaatcattatcttaggaa ctgtatatgcattatacaaactgatgtgtatgactcaagggccttacactggcttac--- caaacccccaaaccaaaagaccagaactcaggaaagccacactacagggtccagagcatg aatttgtcagggctttaattaaaagaaactgtcatgtgataactacttcaaaaggggagt tcaatatgcttggaatccatgataactgtgcggtggtgccaacacacgctgagtgtggtg actttgtcacaattgatggtagggaagtcagggttctcaaacaatgcattctcactgaca caaatgacacagatactgaaataacactcctctggttagatcagaatgaaaaattcaggg acattaggaggtttatcccagaacaccaacgcgaatggtcaggtatgcaccttgctacaa atgtaactaaattccctatgttagatgtggaggttggtactgtaataccatatggagagg tcaatcttagtggtaatccaacatgtcgccttctcaagtataactatcctacaaaaccag ggcaatgtggtggtgtcattgcaaacacaggaaacatagtagcgattcatgttggtggaa atggacgtgtgggatatggagcagcattgctacgcaagtatttcgcacagtctcaaggtg agatcactgctaggcatgatgttagagagaaaggcttaccacaaattaacacacctaaca aaacaaaactacaacccagtgtattttatgatgtttttccaggagtgaaggaaccagcgg ctttaagcaatggagatccacggcttgaggttgatctcagcacagctgtgttaagcaagt acaaaggtaacacacaagtggagtggaatgataatatccagattgcagttgaccactact cagctcaactttatatgctagatattaaccctcaaccattaaccatggaacaggcagtct atggcatagagcatctggaaccgctagacctcaccactagtgcaggattcccctatgtaa ctatgggcataaagaaaaaagacatagtcaacaaagtgacaaaggatgtgaccaaactcc aggaaatgattgacaaatatggaatagacttaccctatgtcacctacctgaaagatgaat tgagagctcctgagaaaattaagaaagggaaaacaagagcaatagaggcagctagtataa atgacacaacccactttcgcatggtgttcggtaacctcttttccgtgttccatgctaatc caggtgtacttacaggctctgcagtaggttgtaaccctgatgtgttctggtctcaaatgt atgcatgtatggatggtgagt---tgcttgcttttgactacacaaactatgatggcagtt tgcacccaatctggtttaaagcactaggtaaagtcttggataatctgggtttcccagga- --catttagtaagtagattgtgcaacacaacacatatctttaagaacttaatttacacag tggaaggaggtatgccctctggcatctgtggcacaagtattttcaataccatgattaaca atataatcattagagtgctggttcttgaaacatacaagaacatagatctagataagctaa agattatagcatatggtgatgatgtggtggtgtcttacccttttgaattagatccaatgg aaattgccaataaagcggaaaggtatgggttaaccatcactccaccagacaaaggcagca catttcagaagattgattggacaaatgtcactttcctcaaaaggcatttcaaaccagaca ccaaatacaaattcttgatacatccagtgtacaagatggaggatatctatgaatcaatta gatggacaaaggacccaaaaaacacacaagaccatgttcactcattgtgtctactcgcat ggcacaatggggaggagatttatg-agaagtttagggagaaaattagatccacaagtgtt ggcaaggttctctacaccccaccttactcattgttgtacaggcagtggatagatcaattc -----------------------atataa---ac------------aagtaatataata- ------caatgtttgag---tagaact-------tagtattaaaaaaaaaaaaaaaaaaa aaa--------------------------------- >MN369039.1 Human rhinovirus B86 strain SC9848, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ctacacccag-----tggtgt-taagcacaagta-cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagacggtccccactgtcaaaagctctta--accgttatccgccaaccaactacgt gacgactagtagca-tcatttt---gacactttgacgttcgatcaggtagg----ttcac cccacctactagtttggtcgatgaggctgggagtccctcacaggtaactgtgtcccagcc tgcgtggcggccaacccagcaatt-----gct----------gggacgccaat-ttgttg acatggtgtgaagatcctaatgtgcttggttgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccccggagccttgtggcacaagccagtgacattaaggtcgtaaggagcaatt ctgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----a---ttttt-cttta-- ----aattgtcttatggtcacag-catat-atta-------------at----tatatac tgtgatcatgggcgctcaggtttcaacacagaaaagtggttcccacgagaatcaaaacat tcttacaaatggatcacatcaaaccttcaccgttatcaattattacaaggatgcagccag ttcctcatcagccgggcagtctttttcaatggatccatctaagtttactgaaccagttaa agatttaatgcttaaaggagctccagcactgaattctccaaatgttgaagcatgtggtta tagtgatagagtgcaacaaattaccctcggaaattctaccataactacccaagaagcagc gaatgccgttgtctgttatgctgaatggcctgaatatctgccagacaaggatgccagtga tgtaaataaaacctcaaaacctgacacatcagtatgtagattctacactttagatagcaa gacctggagtaatacatcaaaaggctggtgttggaagttaccagatgcactcaaggacat gggcgtgtttggtcaaaacatgttctttcactcacttggcaggtctgggtacactataca tgttcagtgtaatgctactaaatttcacagcggctgcttgttagtagtggtcattccaga acatcaacttgcgtcacaccaaggtggaaatgtatcagttaaatacactctcacacaccc cggtgaaactggtattgacttaagccaggcagaagtag---------------------- -acaaaggaccttctaacaatccagtctactcaatgaatggtacactattgggtaatctg cttatttttcctcaccagttcatcaacctacgaacaaacaacacagcaaccattgtggta ccctacatcaattcagtaccgattgactctatgacacgacataacaacgtgtctttgtta atcatacccatttccccattaactgctcccacaaattctccaaaca---cattaccagta actgtaactatagcaccaatgtgtacagaatttagtggaattagatctagatcaatag-- -tacca------------------------------------------cagggattacca accacaactttaccgggctcaggtcaatttttaacaactgatgatagacagtcacctagt gccttaccatgctatgaacccacacctaagatacacatcccaggggaggttaagaatctg ttggaaatgatccaagttgacacactaataccaatgaacaacactactgcc------aca gatgaggtcgggaattacctcattcctttaaatgttaac---------aaacagaatgaa cagatatttggaacaaacctcttcattggtgatggagttttcaaaaccacactattagga gaaatagctcagtactacacacattgggctgggtcactcaggttttcattaatgtataca ggtcctgcattatcaagtgctaaacttatactagcatatacacctcctggagttgttgga cctaaaacccgaaaggaagcaatgctaggaacacatgtagtgtgggacataggcctacaa tctaccattatcatgaacataccttggacctctggtgtgcaattcagatacactgaccca gacacatacacaagtgctggtcatctgtcatgctggtatcagacatctttgatattacca cctcaaaccagcggcactgtgtacttattatcttttatcagtgcttgtccagattttaag cttagactaatgaaagatactcagactatctcacaaactgatgcattagaagaaggg--- ------ttaggagatgagttagaggaagtcatagttgaaaaaacaaaacagacattggct tcagttacaacaggctcaaaacacacccagaaagtaccatcattgtcagccaatgaaaca ggagctaccatgcccacagtgccatcagacaacgtagaaaccaggaccacgtatatgaat tttacaggatctgaaacagatgtggaatgctttttgggtagagcagcatgtgtacacata acagaaattgagaata-aagatccaactga------------------------catcac aaatcagaaagag---gccaa---gctatataatgattggaaaattaatttatctagttt ggttcaattaaggaaaaagttggaactcttcacatatgttagatttgattcagagtacac aatccttgctacagcttcacagccaacccaatctagttactctagtaatcttactgttca agctatgtatgtaccaccaggtgcacctaatcctaagacctggaatgattatacgtggca aagtgcatcaaaccccagtgtctttttcaaagtgggagatacag---ctagatttagtgt tccattcgtgggacttgcttcagcatatagttgtttttatgatggttactctcatgatga tgaa------aataccccctatggtataacagtcttaaaccacatgggtagtattgcttt cagggtagtcaatgatcatgacctacacaaaacagtggttaaaattagagtctatcacag agcaaaacatattcaagcttggatccctagagcccctagagctctaccctacgaaacaat tggccgcacaaatttcccagca------------------------------------a- --atccacctaagataatcaagaaaaggca---------a---acaataaat-------- -----------aca------------tatggcttgggacctagatttggaggagtgttca ctggaaatgttaaaatcatgaattaccatctaatgactccagagg------atcacttaa acttggtaacgccttatccaaatagggacttagcagttgtgtccacaggagcacatggag cagagactattccccattgtagttgcacatcaggtgtgtactactccagatattataaaa agttctaccccataatatgtgaaaaatccactaacatttggatagagggtgggccatatt accctagtagatatcaatctggtgtcatgaaaggtgttggtcccgctgagccaggagatt gtgggggcatcttacgatgtgttcatggtccaataggtctcctaacagcaggtggaagtg gatttgtatgttttgctgacatcagagaactag---agtgcattgcagaagagcaagg-- -gatcagtgactatatatcaaatctagggaaagcttttggcgctggtttcactgaccaaa ttacaagcaagattggagagttacaagacacagtcaaagattatctcacaactaaaatgt tatccaaagtggttaagatggtatcagccttggttattatctgtagaaatcatgaagacc tagtgacagtaacagccaccctagcattattagggtgtgatggttccccttggagatttt taaaaatgtatgtgtcaaagcatttccaagtaccttacatagagaggcaagccaatgatg gatggtttagaaagtttaatgatgcctgcaatgcagctaaagggcttgaatggatagcca ataaaatctcaaaacttatagattgggttaaaaataaaatcctcccacaagctagagaga agctggatttctgcagaagactaaaacagctggatatcctagaaagacaaattaccacaa tgcatatctcaaaccctacacaggaaaagagggaacagctttttaacaacatattgtggt tagaacaaatgtctcagaaatttgcaccactatatgctacagagggaaaaagaatcaggg accttaaaaataagatgctaaattatatacaatttaaatcaaaacaaagaactgaaccag tctgtgtattgattcatggcacaccagggtctggaaagtccctaactacatcaattgtgg gacgggcattggctgagcactacaattcagcagtgtattcattaccaccagatcccaaac actttgatggatatcagcaacaggaggtcgttattatggacgacttaaaccaaaatccag atggtcaagatattagtatgttctgtcagatggtttcttcagttgactttttaccaccaa tggctagcttagataacaaaggtatgttattcactagtaattttgttttggcttccacga actcaaacaccttgagcccccccaccatcctcaatccagaggctttggcaaggagatttg gttttgatttggacatttgcttgcattcaacatacacaaagaat---ggtaaactgaatg cctcaatggctaccagtttgtgtaaggactgccacaaaccttctaatttcaagaaatgtt gcccattagtttgtgggaaagcaatcagtttagtagatagagccaccaatatcaggtata gtgttgatcagctagttactgcaattataaatgattataataacaagatcaagataacag attcacttgaaatacttttccagggacccgtatataaagacattgaaattgatatctgca acactcctccccctgaatgtataaatgatctcttaaagtctgtggactctgaagaagtca gagaatattgcaagaagaaaaagtggatcatcccagaaatacccacagatatcgaaagag ctgtaaatcaagcaagcatgatcataaacacaattttgatgtttgttagtactttaggta tagtatatgtcatttataaactatttgcacaaacccaaggtccttattctggtaatgtaa cacacaacaaattgaaaccccctacacttagaccagtagtagttcaagggcccaacacag aatttgcactatctcttcttaggaaaaatattgtaacaatcactacagaaaaaggggagt tcactggtctgggtatccatgatcgggtgtgtgtcatacccacacactcacacccaggtc aagaggtactactaaatggacaaaaagtgaaaatcagtgataaatacaggttagttgatt cagataatattaacttagagcttacagtattagtattagaaagaaatgagaagtttaggg atatcagacctttcatctgtgaagatcca---gaaggcatggaagcaaccttagtgatac attctaacaatttcacaaacaccataatagaagtgggacaaattactatggcaggtttaa taaacttaagtagcacacccacagggagaatgatacggtatgagtatccaaccaaaacag gacaatgtggaggggtattatgttctacaggtaaaatttttgggatccatgttgggggta atggtagacaaggattttcagcccagcttagaaaacaatattttgtagagaaacaaggtg aaatagtatcaaagcagaaagtgaaagagctgggtttgcatcccataaacaccccatcta aaagtaaactgcaccccagtgtgttttacaatgtatttgaaggaaataaacaaccagctg tactaagagatagtgatcccagattagaggttaacttctctgaatctttgttctcaaaat ataaaggtaatgttgagatggcaccaaccccaaatatgattgttgcagtggatcattatg ctggacagttaatgtccttagatataccaacaaaggaactaaccttaaaagaggccttat atggagttgatggtcttgagcccttagacataacaaccagtgctggctatccttatgtta gcttgggaataaagaaaagagacatcttgaacagagagactcaggatgtaacaaaaatgc aggcttatttggacaaatatggaatagacctaccactagtcacctatatcaaagatgaat taagaagtgtagataaggtaagattgggcaaaagtagattgattgaagcctccagtttga atgattcagtaaacatgagaatgaaactaggaagtctttacaaaacttttcatcaaaatc ctggtattatcactggttcagcagtcggatgtgatccagatgtgttttggtcagttatac catgcttgatggaggggcact---tgatggcctttgattattcaaattttgatgcttctt tatcaccagtgtggtttgactgcttggagagggttcttgagaaacttgggtttaaggatt ctaatttaatcaaatccatatgcaacacacatcatattttcagggatgagatctacaccg ttagaggaggaatgccatcggggtgctctggaactagtattttcaattctatgatcaata acataattataagaaccttgattctagatgcttacaagggtatagatcttgataaattga gagtcattgcatatggagatgatctaatagtctcatacccttttgaactcgatccatcag ttctagcatcaatggggagaaaatacgggttaaccatcacccctccagataaatctgaaa acttcacaaaaatgacatgggaaaacatcacttttctaaagcgatacttcaaaccagaca aggaatttcccttcctcgttcacccggttatgccaatgcaggacattcatgagtctatta gatggacaaaagacccaaggaacacccaagaccatgtaagatctctgtgtatgttagcat ggcattcaggtgagagtgagtata-atgatttcatttctaagattagaacaacagatata ggaaaatgcttaaacttacctgagtatagtgtgcttagaagaagatggttagacatgttt taaacaa----------------tgatat---ag-------------------aatttt- ---------aatttgtg-gttagaatta------gaaat--------------------- ------------------------------------ >KY369878.1 Human rhinovirus C43 strain SC174, complete genome -------ttaaaactgaaccatagttgtt-cccactgtggttgcccaaggggcgtg---g tggtcttgtattacggtacatttccatgccagtttt----------------------at ------------cac-ccc-------------ttcccg---------------------- ------aaacata----gaagaaa---tgcacac------ac-cgaccaatagg-aggtg g-tcaaccagacca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttgg--ct tggatatgcttcacccgaggc-aaaaaccgagccaatcgttatccgcaaagtgcctacga gaagcctagtagca-cccttg-a--agccaatggttggtcgctccgttgca------acc cc-agcagcagacctggcagatgaggctgagcattccccaccagcgatggtggctcagcc tgcgtggctgcctgcgcatcct--tcgg-gat----------gcgaagccaga-aagtgg acaaggtgtgaagagcctattgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgcagctactacacataagccaatgtgcaggtagtcgtaacgggcaact gtgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----t---gttat-cttttt- -----gaatgcctatggtgaca-----at-tgt--------aca-g-ta----t-acatt tgttaccatgggcgcccaggtttctaaacagagtgttggagcacatgaaaccacagttca tgcaggatccggagcagtggttaaatattttaacattaactattacaaagatgctgcaag ttcaggtctcacaaaacaagatttctctcaagatccatcaaaattcactcaacctgtggc cgatctgctgacgaa------tcctgctttgatgtctccgtcggttgaagcttgtggtta ctccgataggctcaagcaaatcactatcggtagttccaccattacaacccaggatgctgt caacacaatcgtagcatatggagagtggcccagctacctctcggatttggatgctacatc agttgataagccaacacaccctgagacctcatcagatcggttctacacattggagagtgt tacatggaatggctcctctcaaggctggtggtggaaacttcctgactgtctcaaggatat gggtatctttggtcagaatatgtaccaccatgctatgggtagatctggttacatcatcca cacccagtgcaatgctactaagtttcatagtggttgtttgttagtggcagtggttccaga acaccagctagcctacataggtggctctaatgctcaggttagttatgaacacacacaccc tggtgaacgtggtcatgaaataggttctaacaca--------------aatagagaca-- -gaaaccaaccggatgaagatcccttctttaactgcaatggtacactattaggaaatttg accatttttcctcaccagctcattaatttaagaacaaacaactctagtacaatagttgtc ccttacataaactgtgtgccaatggacagcatgttacggcacaataatgtatcattggtt atcataccaatatgccctttacgtacatccggcaatgcccctcaaa---ctctaccagtt accatttccattgcaccagacaaatcagaattctctggagctagacaat----------- -ctgtt------------------------------gaac------cccaaggtttacca gtgagaatgcctagtggatccaaccaattcatgactacagaagatgagcaatcacctaac atcctacctagcttccactctaccaagcagatacacataccaggccaaatcaagacaata atggacatggcaagagtggattcattcatgccaataaacaacattccttcacag---ata cagaaggtaggtatatataatatacaagtctctgcagcat------------ctacagga aaaatactaacactacctcttgacatgagtcacacagtttttgccacgacattattaggg gaggtcttaaactacttttcaaattggtcaggttctgtcaagctcacattcttctgtgtt tgtaacagctttagcactgggaaatttctgattgcttacacaccccctggggcaggaata cctgaaacccgtaaggatgctatgctgggcacccatgtagtttgggatctaggtttacag tcatcatgtcacctcatagtgccatggataagctctcacttttacaggagaacaaagaga gatgattatacagatggaggctacgtaacattgtggcttcaaacagcttttgtgtccaac gatacagt---------gggtgccatcatggttacatgctcagcgtgtcccgacatggcc gtgcgcatgcttcgagacacaccaatgatgaagcaggaagatgacattgtgcaaaat--- ------ccagtagaagagtttgtagaccatgcacttaaagaggttttagttgtcccagat actcaagcttcaggtccaatacatacaaccaaaccacaaaccctgggcgccttagagata ggtgctacatccaacgcaggcccagagaccatgattgaaacacgctatgtcatgaatgac aataccaatggtgaggccgccattgaaaattttctaggtaggtctgcactgtggtcaaat ttgacact---aagta-g------------------------------------------ ------------------------tggtttcgtggagtggaaaatcaacttccaggaaca cgcccaggtgaggaagaagtttgagatgtttacatatgtcagatttgatttggagataac agtagtcaccaacaatacaggct------------------------------tgatgca gattatgtatgtacccccgggtatcacagctcctgcgagaatcgatagcagagagtggga ttcggcctccaaccctagtgtcttctaccagccaaactctggttttcctagattcaccat accatttacaggccttggctcagcatattacatgttttatgatggttacgatggcactag cagt---agtaacacacggtatggaatctcacagaccaatgacatgggaaccttgtgcat acgtgcactagatgacaccaagagaaatga------------tgtaaaaatttttgctaa acccaaacatacatctgcatggataccacgccctcccagagctacacagtacctgcacaa attcagcaccaattacaacaagataaaggttgaagc---------taccaaagaattgg- --agcagaagcactttctcaaaccaagaca---------g---gatatcagg-------- -----------aa------------------tgtaggacccagtgatatgtatgtgcaca cgaaagaagctatctacaagtgtgctcatttgaccaatcccaatg------agaacacaa tactgctagccatctcatc------agatttacaggttgatggtgctgatagtcctggac cagaccacatacccacatgcaactgcacaaatggtacatattactgtaagagtagagata ggtactatccagtggaatttgtccaacacaattggtatgagatccaggaatctgactact acccaaaacatatacaatacaacattttaattggaaagggaccatgttcaccaggagatt gtggtggtaagttactatgtatgcatggaaccataggtatgattacagctggtggtgaag aacatgtggctttcattgacctcagaaattatg---cttcacttggtgaacatcaggg-- -aatctcagattatgttacaaatcttggcagtgcctttggtgaaggtttcacaaactcaa tcaaacaaacactcactagcgcttgtgatg---tatcagacaaactaacaggaaaggtga tcaaatggactattagattgattagcgccctggcaatcatggttagaaacagctcagacc ctgccacagtaatagctacactagctttgctaggttgttcaggttcaccgtggcgctact tgaaggacaaagtttgtaagtggctgggtattgatccacctcccagcaagcagggtgact catggttgaaaaagttcacagaattttgcaatgctgcacgtgggctggagtggattggag acaagctatccaaattcattgattggctaaaaggaaaaatcctgcccacattacgccgca aatcagacactttaaaagaatgtaagaaaattcccttgtacagagaacaagtgaaag--- ---catttggggctgcatcagaagaggcacagaatgagctcatcatcaacatcaacaagt tggagaagggactccaagagcttgcaccactttatgccagtgaagccaagcaggtgcgtg agatgagtagagaactacagcgcatgatgtgctacaagaaaactcacagaactgaacctg tttgtatattgctgcacgggcaacctggatgtggcaagtcactggcttctaaagtaatag caagaggcttatcatctgagagcaat------gtctactcactaccacctgaccccaagt actttgatggatacaatcagcaagaagttgtgattatggatgatgttggacaaaacccag acggtaaagatcttagtctgttttgtcaaatggtatccagcacagagtttatcacaccaa tggccaacctggaagacaaaggtagagcattcaccagtgattacgtgattgctagcacca atatgacagtcctcactccaccaaccgtctcttctccagaagccatagacagaagattct ttctagattgtgatgtgaagataatgccagcatttaataccaat---agtctcctgaatg tagccaaagcgcttctcccatgtacagattgccccaagcctgagcactacaagcagtgtt gtccactaatttgtggtaaggccttgatactccagaataaaagaactaaggccagttatt ctataaacacagtggtccaacaactaaggcaagagaagaaaaacaggaaatgtgtagagc acaacttgtctgccattttccagggccttg---------------------------gcg atgatactacaccaggtttcatcatagatctactaagtgcttccaaggatccaaaagtga ttgagttttgtgagaaagagggatggataaaacaatccaaacactcaaaattggagcgtg aattcaattatgtacaatattgtctaaattgtgtaggtagcatagtattaattttaggta cagtttatgctctgtacagactaatgtgtattgcccaaggcccgtatacgggtctcc--- cccaacccaaaacaactaaaccagaacttaggagagctgtagcacagggcccagatcatg aatttggtatggcattactaaagaggaactgtcacgtagctgtgactgcaaggggagagt tcaacttacttggaattcatgataactgtgctgtgattcctacacatgcccaacctgata acacaatcctcattgatggtgtggaaactaagatcataaaacaagaggtcattactgatg aaaatgatgttgatactgagataacaatcatgtggctggaccgcaatgaaaaatttaggg atatcagaagattcataccagactaccagagggattggaggaatatgcgcttgctaacaa atgtatcaaaattccctatgcttgatgtagaggttggagatgttgtaccatatggagata taaacctaagtggcaatccaacaaccagactattaaagtacaactatccaactaagccag gacagtgtgggggggtcatcctaaacacaggtaacatcgttggcatacatgttggtggta atgggagagtgggatattgtgcatccctcaccaggtcctatttcgcatcagctcaagggg agattgttaacaggtgtagtgtgaaagatgtgggcctttgtccaataaacacaccagaga gaacaaaactgcaccgcagtgtgttttatgatgtattccccggagagaaggaaccagcgg tgttaacccagaaggatccaagactggaagtgaatctaaaggatgctgttatgtcaaaat ataagggcaacactaaaattgagatgaatgaaaacatacacatagcagtagaacactatg cagcccaactctatatgctagatataaacccagagcccataaccttagagcaggcagtgt atggaatgaaaaacctagaaccattagatctcaccactagtgcaggattcccatatgtca caatgggggtaaagaagagggatattctaaatagaaacaccaaggatgtcaagaaattgc aaagcatgattgatacttatggattagatctaccctacatcacctacctgaaagatgagc ttcgcagtcctcagaagatcaaggttggaaaaactcgagctattgaggcagcaagtctca acgacacagccaacttcagaatgttatttggaaacttatattcaacatttcatgcaaacc cagggactttaactggatcagctattggttgtgacccagatatattttggtcacagttgt atgcttccatggaaaacaacc---tcttagtatttgactacactaattatgatggaagcc ttaacccggtctggttccaagcactagagcagctcttaaataaccttggcttccctggt- --gagttggcatacaaactgtgcaacaccacacatatttatagggatgaaatatacacag taaaaggtggaatgccctcagggatctcaggaacatctattttcaacactattataaaca atataataattaggacattagtgttggacacctataagggaatagatttagataaactca agattgtggcatatggagatgatgtgattgcatcttacccagaagagcttgacccagctg agatttctaaatctggtgttaaatatgggctaactatcacccctgcagacaagtcagaga aatttgaaaaagtcacttgggaaaatgccacgtttctcaagagaggcttcaagccagatg ataggtacccttttcttatacacccgacctttccagaacaagaaatctttgaatctataa gatggacaaaagacccaaagaatacacaagatcacgtgtactctctttgcctcctcatgt ggcacaatggggagaagacctata-ggcactttgttgacaaaatcagaacaactgaagtg ggtcgaagactttacctcccaccatattgcctattggagcgtgcatggattgataagttc -----------------------atatag------------------------attataa t-----ttctaccctta------------------------------------------- ------------------------------------ >KY369874.1 Human rhinovirus A57 strain SC9723, complete genome ---------------------------------------------------gagtt---g tactctgttattccggtaactttgtatgccagtttt----------------------at ------------ttc-cct---------------cccc-aa------------------- ------ttgtaac----ttagaaga-t-gtacat------aa-agaccaatagg-tggtg atcac-ccagatca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaacttggatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcttagtacca-tctttg-ag-agcctatggttggtcgctccactg------a--ac cc-cacagtagacctggcagatgaggctagaagacccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--ctacg-ggt----------gtgaagccata-cgtttg acaaggtgcgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatacaaaccagtatgttgctagtcgtaacgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ccttt-- ----attttgcttatggtgacaa-tatat-a-t------------agca----tatatat tgacaccatgggcgctcaggtatctagacagaatgttggaactcactccacacaaaactc agtatcaaatggatctagtcttaactattttaacatcaattatttcaaggatgccgcttc cagtggcgcttcaaagcttgagttttcacaggaccctagcaaattcacagatccagtcaa ggatgtattggagaaaggcattcccacactacaatcaccaacagttgaagcatgtggata ttctgatagaattatccaaattacaagaggagattctacaatcacttcacaagatgtggc aaatgctgtagtcggatatggcgtgtggccgcattatttgacaccacaagatgccactgc tatagacaaaccatctagaccagacacttcctctaacagattttatactttggaaagtaa gatgtggaatggtacatcaaaagggtggtggtggaagcttccagatgctctcaagaatat gggtatttttggtgaaaacatgttttatcatttccttggaagaagtggatacactgttca tgtccaatgtaatgcaagtaaattccatcaaggtactttaattgttgctatgataccaga acaccagttagccagtgcaacctatggaaatgttgcggctggatacaaattgacacatcc aggtgaaacaggtagagatgttagtctttcaagaaca-----------gaaaacagag-- -acaaacaacccagtgatgataattggcttaattttgatggtacattattgggtaacatc accatttttccacaccaattcatcaacttaagaagcaacaactctgcaaccatcattgtt ccctatgtgaatgctgtccctatggactcaatgcttaggcacaataattggagcttggtg attatccccatatgccccttagaagctaatggtgcacaacc---tg---ttgtcccaatt acaatatcaattagcccaatgtgcgctgagttttcaggtgcacg---------------- --tgca------------------------------aaaa------gtcagggattgcca gtcatggttactccgggatctggtcaatttatgaccacggatgattatcaatcccctagt gctctaccttggtttcaccctaccaaggaaatatcaataccagggcaagttaggaattta attgaaatgtgtcaggtagatacacttatcccaataaataacttagaacaaaat---att aggaatgtaaatatgtattcagtagtcctgaaccaagaaaccacaa------cagccaag gagatttttgcaattaaagtagacattgcatcacaaccacttgcaactacaatgattggt gaaattgctagttacttcactcactggacaggtagtttacgctttagctttctgttttgt ggtacagctaacaccacacttaaactattggtagcatacacacctcctggaattgagaaa ccacagaataggaaagatgctatgttaggtacacatgtggtatgggatgtagggttgcaa tcaacaatatctatggttgtgccatgggttagtgctagtcattatagaaatactacacca gatacttattcacaagcaggatatataacatgctggtatcaaaccaatttagttgtacct cccaacacaccaactacagcaagaatgttatgtttcgtgtcagggtgcaaggatttttgt ctgagaatggctcgtgacacgaatttacacatgcagagtatgccaataacccaaaat--- ------ccagtggaaaactttgtggatgaaattttgaatgaagttttggtggttccagat atcaaacagagccaatcaacaacatcaaactcggcacctgcattggatgcagctgagact ggacatactagtaatgtacagccagaagatatgattgaaactagatatgtccagacatca caaacacgtgatgaaatgagtcttgagagctttttaggaagatctggctgtattcatatt tcagaactcaaggtta-aatatgaa----------------------------------- -aattataatac---------agagaattttaccaaatggaaaataaatttacaagaaat ggcacaaatcagaagaaaatttgaactatttacatatgttaggtttgattctgaagttac actagttccttctatagctgctcaaggtgagg------acataggtcatgttgtaatgca atacatgtatgtccctcctggggcaccaattccaaaaacaagagaagattatacatggca atctggtacaaatgcttcgatattttggcagcatggtcaaacataccctagattttctct gcctttcttaagtatagcctcagcatactacatgttttatgatggatatgatggtgacca aact------gaatcaagatatggcacagtagttactaatgacatgggcactttatgttc tagaattgttactgaccagcacacacatcccataaaaataacaactagagtgtatcacaa agccaagcacgttaaggcttggtgccctagaccaccacgggccattgagtacacacatac acatgtcactaattat------aaaataagagataa---------------------ac- --aagaggaaacagcaattaaacatagaag---------g---gatattaag-------- -----------attgttaaga---------atgtgggccctagtgatatgtatgtacatg tgggaaaccttatatataggaacttacatctctttaactcagata---tgcatgatagta ttttagtttcatattcttc------tgatttagtcatctaccgaacaaatactacaggtg atgactatataccaacatgtgattgcactgaagcaacttattactgtagacataaaaata gatattacccaattaaagttacaagccatgactggtatgagattcaagaaagtgagtact atcctaagcacatacaatacaatctgttaataggtgaagggccatgtgaacctggagatt gtggtggtaaactgctctgtaagcatggggttataggtatcattacagcaggaggagagg gtcatgtggcattcatagaccttagacatt------tccattgtgctgaggaacaggg-- -tataactgattacattcacatgctgggtgaagcatttgggagtgggtttgttgatagtg ttaaagaacaaataaatgcaatcaatc------caatcaataacattagcaagaaaataa tcaaatggttacttagaataatatcagcaatggttataattataagaaattcctctgatc ctcaaacaataatagcaacattaaccttaattggatgctcaggatcgccatggagatttt taaaggaaaaattttgtaaatggacacaattaaattacatacacaaagaatca---gatt catggctaaagaagtttactgaaatgtgtaatgcagctaggggtttagagtggattggca acaaaatctctaaattcatagattggatgaagtcaa---tgctaccacaggcacaactta aaatcaaatacttaagtgagctaaagaaattaaacctcttagaaaaacaaatagaac--- ---atctcagagttgcagattctgctacacaggaaaaaataaaatgtgaaatagatacat tgcatgatctctcctgtaagtttcttcccttgtatgctagtgaagctaaaagaatcaaag ttctctataataaatgtaatgtagttat------caagcaaaagaaaagatgtgaaccag tagctgttgtcattcatggtgaacctggaactggaaagtcaatgacaacaaacttcctag caagaatgataaccaatgacagtgac------atttattcactccctccagatcctaaat actttgatggatatgatcagcaaagtgtggtcataatggatgatatcatgcaaaatccaa gtggagatgatatgactttgttctgtcagatggtgtcaagtgttacctttatacccccca tggcagatttaccagacaagggaaagccttttgactctaggtttgttttatgtagcacta atcatagcatgttagctccacccacaatcacatcactacctgcaatgaatcgaagattct tcatggatttagatattatagttaatgacaaatataaggatagccaaggtaaacttaatg tatctgcagcctttaaaccatgtgatgttgacacaaaaattggcaatgcacgt---tgct gtccgttcatatgtggcaaagcagttacatttaaagataggaacacttgtcatactttct ccttagcacaagtctataaccagattcttgatgaagacaaaagacgcaggcaagttatag atgtcatgtctgcaatattccaaggacccatttcct---------------------tag aggggcctcccccagctgcaattagtgacctactccaatcagttaggactcctgaggtta ttaaatactgtgaacaaaataagtggataattcctgctgagtgtaaga---tagaaagag accttaatgtagctaatacaattataacaataatagcaaacatcataagtatctctggga taatatatgttatttataaattattctgtacattacaaggaccttactcaggagagc--- caaaacccaagacaaggatgccagag---agaagagtagtggcacaaggaccagaagaag aatttggtagatcactcatcaaacacaactcttgtgttgtcacaacacaaaatggcaaat tcactggtttagggatttatgatagaacattgatcatcccaacacatgcagatccaggga aagaagtacaaattgatggtattgccacaaaggtagaagactcatatgatctatttaata aagatggtgtaaaattagaaattactgtactgaaattaaagagaaatgaaaaatttaaag atatcaggaagtacataccagagaatgaagatgactatccagattgtaatttggccttat ctgcaaatcaaccagaaactacaataatcaatgtaggggatgtcatatcatatggaaaca ttttacttagtgggacccaaacagccagaatgcttaaatataattatccaacaaaatcag ggtattgtggtgggatcttgtacaaaattgggcaagtactgggaatacacgtgggtggta atggaagggatggatttgctgccatgttgttaagatcttacttctctgaaacacaaggcc aaataactaattcgaaacccacgaatgagtgtggtctaccaagcatccatacaccaagta aaaccaagttacaacccagtgttttttatgatgcatttccaggtaacaaggagccagctg ttctttcgagtaaagaccctagattagaagttgattttgaaaaagcccttttctctaaat ataaggggaatgaacactgtgtcatgaatgatcatattaatgtggctgtctcccactact cagcacaattagctaccttagatattaacccacagcctatctctatagaagaaagtgttt ttggaatggaaggactagaagcacttgatttgaacactagtgcaggtttcccttatgtca ctatgggtatcaagaaaagggatttgatcaataagcaaactaaggatataactaagctta aaatggcactggataaatatggtgttgatttacccatggttacttttctcaaggatgaac tcagaaagaaggaaaaaatttctgctgggaaaactcgtgttatcgaggctagtagtgtga atgatactgttttattcagaacaacatttggtaatctcttttccaaatttcacctaaatc caggtatagttactggctctgctgtagggtgtgatccagaagtgttttggtcaaaaatac cagtgatgctagatggagattgtataatggcatttgattacacaaactatgacggtagca tacacccaatctggttccaagcattaaaacaagttctaactaacctatcctttgaagcc- --agtctaatagatagattgtgcaaatcaaaacacattttcaaaaacatatactatgaag ttgaagggggtgtgccatcagggtgttctggaactagtatttttaacacaatgattaaca atgttataattagaacattagttctagatgcttataagaacatagatttagataagctta aaataatagcctatggtgatgatgtaatcttttcttataaataccaactggatatggagg caattgcaagtgaaggcactaaatatggattaacaataacacctgcagacaaatctacat gttttaagcaacttgactatagcaatgtgacatttttaaagagaggatttaagcaggatg aaaaacaccaatttttgatacatccaacatttccagttgaagagatacatgaatccattc gatggactaaaaatccatctcagatgcaggagcatgttctgtcactgtgtcatctgatgt ggcataatggcagagatgtgtaca-aacagtttgagaagcggatacgcagtgttggcgct ggtcgcgcactgtatatccccccttatgatctgcttctgcatgaatggtatgaaaaattt taaat-------tgtt-tag---ata---------------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >MN306049.1 Human rhinovirus A53 strain SC0894, complete genome ------------------------------------------------------------ -----------------------gtacgccagtttt----------------------gc ------------cac-ccc-------------tccccacaa------------------- -------tgtaac----ttagaagt-t-ttgcact----tac-agaccaatagg-atgtg attat-ccaaatca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttag--at ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacagatctagtcgttatccgcaaggtgcctacgc aaagcctagtagca-ttctga-aa-gctttttgactggttgttccacta------caaac cc-agtagtaaacctggcagatgaggctagaaattccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tttg-ggt----------gtgaagccaat-cagttg acagggtgtgaagagccccgtgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacccgcagccaaggtgtgcaagccagcatattcttggtcgtaacgagcaatt gtgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----t---ttatt-ctttta- ----taa-tgcctatggtgacaa-tatat------------------ag----catatat tgtcattatgggcgcccaggtatctagacagaatgttggtacacacagtacacaaaatgc agtaactaatggttcaagtttgaattacttcaacatcaattactttaaagatgctgcatc cagtggagcttctagattggatttctcgcaagacccaagcaaatttactgacccagttaa ggatgttcttacaaaaggtattccaactttgcaatccccttctgttgaggcatgtggtta ttcagatagaatcatccagataaccagggggaactcaacaataacttcacaggatgttgc aaatgccgtagtggcctatggtgtgtggccagaatatttatctgctcaggatgctagtgc catagacaaaccttcacaccccgatacttcatcaaacaggttttatacattagagagtaa gaactggacaaatacatccaagggatggtggtggaaacttccagatgcactcaaaaatat gggcatctttggagaaaaccttttctaccatttccttgggagggcaggatatacagttca tgttcaatgcaatgcaagtaaatttcatcaaggaaccttaatagttgcagcaatcccaga acaccaattagctttcatacagaaaggaaatgttacagttggttacaagtacacacaccc tggggaacaaggcagagaaatagggacttttggagag-----------aacagtgtactg gacagacaacctagtgatgagaattggctgaattgtgatggcactctccttggaaatatt acagtgtatccacatcagtatattaatcttagaagcaacaactcagctacgctgatactt ccttacgtgaatgcagtaccaatggattctatggttaggcacaataattggagtatagtc ataattccaatatctaaattggtatcagtaggtgggacag---cat---atgtacctata acaatatccatcagccctatggcatcagagttctcaggagctagaaat------------ ---aac------------------------------agtc------ctcaaggcctacca gtcatgctaacccctggttcagaacaatttctaacaactgatgatgcccagtcaccttcc gctttaccttattttcatccaaccaaagaaatttttattccaggaagggtcactaatcta tcagaaatttgtcaaattgattcaatgattcccataaacaacactcatggagtt---aaa aatacagtaaatatgtatacggtacaagttcaagaacaaaccactc------cagcacaa gaagtgtttgccataccagtagatatagcctcacaacctttagccacaacactaataggt gagatagctagttactatacccattggactggaagtgtcagattcagttttatgttctgt ggcacagccaatactagtcttaaattactcatagcatacacaccccctggggttcccaag ccaaccagcagaaaagatgcaatgctttccactcatgtggtatgggatgttgggttgcag tctacaatgtccatggtagtaccatgggtttcagcaagccactacagatatacaactcct gatacatattcaaaggctggatatatcacatgctggtatcagacaaactttatagttcca tccaacacacccaattcagcagacatcatatgttttgtatcaggatgtaaagatttttgt ttaagaatggcaagggacacaaatctacatacacaaataggagctataacacaaaac--- ------ccagtagagaagtatacacaagccatcttgaatgaagtattggtggtcccaaat atcagtgcaagcagtccccagacttcaaattcagcaccagcattagatgctgcagaaacg ggtcatacaagtcagacacaacctgaggatatgctggaaactagatatgttattacagac caaacccgggatgaaatgagcattgaaagtttcctaggcagatcaagttgtattgctgag atccataccaatttag-atcatact----------------------------------- -gggtataatgac---cctgggaaaaatcattcagagtggaaaattacactcaaagagat ggcccagatcagaagaaaatgtgaaatgtttacatatctcagatttgactcagaaataac catagtagtatcagtggctagcaaacaagggg------acaatgggcatgtagtaataca gtacatgtatgtaccaccaggtgctccaatacctaaaactagagatgattacacctggca atccggaactaatgcttcagtcttttggcaacaaggacaaccatatcctagattcacaat ccccttcatgagcattgcatcagcatactacatgttctatgatgggtatgaagatgacaa t---------ggtaccacttatggggctgttgtcaccaatgatatgggaacactttgtgt gcgcattgtgactgaacaacagaaaaatgaagtcaaaataactagcaggatctatcacaa agctaaacatatcagtgcatggtgtccaagaccaccaagggctgttgcataccagcatac atacagtccaaatttt------gtaccacaaactgg---------------------ga- --cagttgaaacccacattaaatttagacc---------t---aatgttaaagatgta-- -----------aca-tcagta-----atgacagcaggtccatcagatttgtatgtgcatt ctagcaattttgtttataaaaacctacacttaagtgaaccagaaaatctgaatgattcag tattgatcagttactctag------tgatcttgtcatttaccgcacaaatactacaggtg atgacataatcccaacatgtgactgtacattaggtacttattattgcaaacataaggata gatattaccccattagtgtaacaaagcaccagtggtatgagatacaagagtcagagtact atcctaaacatatccaatataacatattgctaggtgtgggaccctgcaaaccaggtgatt gtggtggcaaactcctctgtaaacatggtgtaattggcataataactgccgggggtgaca atcatgtagcttttatagatcttagagatt------ttcaagttgcagaagaacaagg-- -aataccagaatacatccactcccttggtgaagcctttggctctggatttgtagataaca tcaaagatcagatccaaactattaatc------caattaacaaaatatctagtaaaatag ttaaatgggtaataagaatcatttcagccattactataataatcagaaataatgctgacc cacatacaatagtagccacattagctttgttaggttgctcaggttcaccatggagattta ttaaggagaaagtttgtggatggctacaactcaattatatacacaaggaatct---gatg gatggataaagaaattcacagagatgtgtaatgctgctagaggtcttgaatggttgggca ataaaatatccaaattcattgattggctcaaatcca---tgttacctcaagctagattga aggtggattttatcaaaaatcttaagcaactaccattattggaaaaacaagtagatg--- ---gattgagacttgcaacacaaaaacaacagcaggagtatattgatactcttactctaa tgctagattcatcaaataaattcttgcccctctatgcacttgaaaataaacgaatcaaag aactactcaaaagaggccagatgattct------ccgtacatccaagagaactgaaccag ttggtgttatcttccatggtgaaccggggacaggaaaatcaatcacaacatctatccttg cccgaatgcttacatcagaatcagat------atttactcactacctccatcacccaaat actttgatgggtatgatcaacagagtgtagtcatcatggatgatataatgcaaaatccca gtggagaagacatgtctttgttctgtcaaatggtatcatcagtaccatttataccaccta tggcagacctaccagataagggaaaacctttttcttcagattatgtgcttgctagcacca atcatactttactccaccctccaacaatcacatgcacaacagcaatgaataggagatttt tcttagacttagatattattgttaaagatgattataaactaggtcaaggcaagttaaacc tacagtgtgcacttaagccatgcaaggaagga---aaaatcggcaatgcaaaa---tgct gcccccttatctgtgggaaagccttgcaatttagagatagaagtaatggagaacacttgt cccttgctacaatatataataggattacacaagaaagcaaaaacagaaaggagctaacaa actcactacaggcaattttccagggaccaattgatattg------------------tga ataagccaccaccaccagccataatagacttacttaaatcagttaggaatccagatgtaa ttagatattgtgaagagaataaatggataatcccagcagattgtagac---ttgaaaggg atcttaattatgctaatgtaataatatctatgattgctaatgtaattagtataatgggtg tgatttatattatatataaattattttgctccctgcaaggaccatattcaggagaac--- caaaaccagtaacgaagaaaccagaa---agaagggtagtcacacaaggaccccaggaag aatttgggcgaagtctaatgaaacacaatacgtgtgtggttacaactaacaatggaaagt ttactggtttgggtatctatgataatgtgatgataataccaacacatgctgatgcaggtc aggaggtggaagtggatggtattaagaccaaagtcagtgactcatatgatttatacaaca cacaaggtgtaaaattagaaatcacagtgttaaaattaaacagaaatgagaaattcagag acattaggaaatacatcccagagagtgaagatgattaccaagagtgctgcctagcactag ttgcaaaccaaccagaacccacaattttagaagttggtgattgctgttcatatggaaata tcttactgagcggcaatcaaactgctagaatgatcaaatataattaccccaccaaatcag ggttttgtggtggtgtcttatataaaataggtttgatcttgggtatacatgtaggaggca atggaagagatggtttctctgcaatgttattaagatcttactttaatgaacaacaaggga aaattgtatcaaaggctgatgtgaaggaacacaacttgtatagcatacatactcccacta agaccaaattacaacccagtgttttccatgatgtattcccaggcagcaaggaacctgctg tactatctacaagagacccaaggctagaagtggatttggacaattctatattttcaaaat ataagggtaacgaggcaatcaaagtctcagaaaacatgctcgttgctgctgcgcactata cggctcagctgacaacattggatattgacccacaaccaattagtctagaagatagtgtat atggaattgaaggtttagaagcattggacctccatactagtgctggatatccatatacag ctcatggtattaaaaagaaagaccttataccaaaaga---tagaaacttgacaaaactta aaattgccatggagaaatatggattggatttaccaatgataacatttctcaaggatgaac ttagaaaaccagagaaaatcagtgcagggaaaactagaataatagaagctagtagtttaa atgacactgttcagtttagaatggcatttggtaatctcttttctaaattccacaaaaacc caggtattgttaccggatcagcagtgggatgtgatccagaggtattttggtcaaagattc cagttatgctggatggggattgtcttatggcatttgattattccaattatgatggtagtc tgaaccccgtgtggtttgaacttcttgagagagttttagatgatcttggtttccctgga- --aaattagttaataaattgtgtcattctaaacatatttataagacaacatactatgaag tggaaggtgggatgccatcaggttgtgctggaaccagtatattcaactcaatgattaaca atattataattaggacattagttttagatacttataaatatattaatctggacaaactaa agatacttgcatatggtgatgatgtattgttctcttatccctatgatttagatatggcag aactggctaaagagggcaacaaatatggtctgacaatcacacctgcagataaatcagata aatttgaaaaattaaattatgaaaatgcaacctttctaaagcggggttttaaacaagatg atagatacaaattcttaatacacccaatttatccagaaagtgaagtttgggaatccatca gatggacaaagaaccctagaaatatgcaggaacatgttctttccctgtgtcatcttatgt ggcataatggtaaagataaatatg-attcattcgtgaacaagatcaggagtgttagtgct ggtcgcgcactctatatcccaccatatgaactcttgttgcacgagtggtatgaaaaattt taag-------------cag---atatag---aa-------------------agtataa --atg------------------------------------------------------- ------------------------------------ >KT726984.1 Human rhinovirus A39 strain 2-D5-TW, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ----------------------------------ccaa---------------------- ------atgtaac----ttagaagc-a-agcaca------aa-cgtccaatagg-cggtg attat-ccaaatca-c----t-tacggacaagca-cttct-gtct-ccccggcaac--tg ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacagcgggagtcgttatccgcaaaatgcctacac aaagcctagtatca-ctctag-aa-ggtgtgtggttggtcgctcaaccg------tgaac ct-gacggtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tcacg-ggt----------gtgaagccatt-cattgg acagggtgagaagagcccagtgtgctcatttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacctgcagccaatgcacacaacccagtgtgtatttggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctc--------tttat-ttttat- ---cattttgcctatggtgacaa-tatat-act--------gt----------tatatat tgttatcatgggtgcccaagtgtctagacagaatgttggaactcactcaactcaaaattc agtgtctggtggatctagtcttaattactttaacatcaattactttaaagatgcagcatc tagtggtgcatctaaattggaattttcacaggatccaagcaagtttacagacccagttaa agatgtattggagaaaggtataccaactttacaatcaccaacagtggaggcttgtggata ttcagatagaataattcaaattactaggggtgattctactataacatcacaagatgtagc aaatgctgtagtgggatatggtgtgtggccacactacttaacagcagatgatgcctcagc aattgataaaccaacacagcctgatacatcctcaaacaggttttacactttagagagtaa aatatggaaaagagattcaaagggatggtggtggaagttacctgatgcactcaaagatat gggaatatttggagagaatatgtattaccattttttgggtagaagtggctacactgtaca tgtgcagtgtaatgcaagcaaattccatcaaggtacactcttaattgccatggttcctga acatcaacttgctagtgctaattatggtaatgttacagctggatataactatacccatcc tggtgaggcgggaagagatgtgggtcaacaaagg--------------acaaataatg-- -aaaaacaacctagtgacgacaattggttaaattttgatggtacactgttaggaaatcta ctcatattccctcatcaattcataaatctacgcagcaataactcagcaacaattatagta ccatatgtcaatgcagttcccatggattctatgcttaggcataataattggagcctgcta attatcccagttagcccccttgatgcagatacatctgctactgcta---ttgtgcctatt actgtatcaattagcccaatgttttcagaattctcaggtgccagagctaaaccgg----- -ctgca------------------------------gcaa------cacaaggcctaccg gtctatatgacacccggctcagggcagttcttaactactgatgacttgcaatcaccatca gcattgccttggtatcaccccaccaaagagatattcataccagggcaagttagaaatttg attgagatgtgccaagttgataccatgatcccaataaataacacaaatgagaga---att ggcaatgtcaacatgtataccatatcattatctagtcaaacagata------cggcacaa caaatatttgcaattaaggttgacattgcttcacaaccactgtctagcactttgataggt gaaattgcaagttactacacacattggacaggtagtcttaggtttagtttcatgttctgt ggtacggcaaacactactcttaagttattgctggcatatacacccccaggcatagataaa ccaacaactaggaaacaagctatgctcggaacacatatagtgtgggatattgggctgcaa tcaactgtctcattagttgtaccatgggtaagtgctagtcactttagatacacaactcca gatacatactcaatggctggttacataacatgctggtaccaaacaaattttgtctttcca ccaaacactccaaacaatgctaacatgatatgctttgtatcaggctgtaaggacttttgt ctccgaatggccagagacactgatatgcatgttcagaatataccaattacccaaaac--- ------ccagtggaaaattatgtagatgaagtattaaatgaggtattagttgttcccaac ataaaggaaagtcatccaacaacatctaatgcagctacagctttggatgctgctgaaact ggacatacaagtaacatccagcctgaagacacgattgaaaccagatatgtgcatacctca catactagagatgaaatgagcattgaaagcttcctaggtagatctggctgtattcacatt tctacaattactatga-agaaagag----------------------------------- -aactacaataa---------tcacaattttgtggattggaaaattactttacaggagat ggcacaggttagaaggaaatttgaaatgtttacctatgttagatttgattcagaaattac attagttccatgtatagctggaagaggtgagg------acattgggcatatagtaatgca atacatgtatgtcccacctggtgcacctgtacctaagaagagagatgattacacgtggca atctggaacaaatgcttcagttttctggcagcatggccaaccctatcccagattttcatt accatttctaagcatagcctcagcatattacatgttctatgatggatatgatggtgataa atca------tcatctagatatggtgtttctgtcactaatgatatgggtacactttgcac aagaattgtaacaaaccagcaggaacatctagttgaggttacaaccagagtttatcacaa ggctaagcacgttaaagcatggtgccctagagctcctagagcagtcccttacacacacag taatgtcacaaactat------aaagtaagagaagg---------------------tg- --agccaacactctttataagaccaagaga---------t---agccttact-------- -----------aca------------------gctggtccaagtgatatgtatgtgcatg tgggtaatcttatctacagaaatcttcatctctttaattctgaaa---tgcatgattcca ttctagtttcttactcatc------agacttagtcatataccgaacaaacactcaaggtg atgactatattcccacttgtgattgtactcaagccacctactactgtaaacataagaata ggtatttcccaatcacagttactagccatgactggtatgaaatccaagagagtgagtatt atccaaaacatatacaatacaatttattaataggagagggaccttgtgaacctggtgatt gtggaggcaaactgctatgcaaacatggtgtgataggcattattacagctggtggtgaca atcacgtagcttttatagatcttaggcatt------tccattgtgctgaagagcaagg-- -tgtcacagattacatacatatgcttggagaagcatttggcaatggatttgttgatagtg taaaagagcatgtgaaagcaattaacc------cagtaggtaatattagcaagaaaatca ttaaatggatgttaagaattatatcagcaatggttataataattagaaattcttcagatc cccagactatactagctacgctgactttgattggatgttcagggtcgccatggagattcc taaaagagaaattctgtaaatggacacaactcacatatatacacaaagaatca---gatt cttggcttaaaaaatttaccgagatgtgcaatgcagctagaggtcttgagtggataggga ataaaatatccaaatttatcgagtggatgaaatcaa---tgcttccacaagcacagctaa aggttaagtatctaaatgagcttaaaagattgaacttgtatgagaagcaagttgaaa--- ---atttgcgagtggcagacattaaaacacaagagaagattaaaatggaaattgacaccc tacatgatctgtcatgcaagttccttccattatatgcaagtgaggcaaaaagaataaaaa tcttacacaataaatgtgacacaataat------caaacaaaagaaaagaagtgaaccag tggctattgtcgtgcatggtccaccaggtacaggaaagtcaataacaactagtttcctag ctagaatgattacaaatgaaagtgac------atttactcattaccccctgatcccaaat acttcgatggttatgatcaacaaagtgtagttataatggatgatattatgcaaaacccta ctggagaggatatgactttgttttgccaaatggtttccagtgtaacatttataccaccaa tggctgacttgccagataaaggtaaagcatttgattctagatttgtgctgtgtagtacta accactccttactagcacctccaacaatcacctctctccctgccatgaataggcgatttt tccttgatttagatataatagttcatgacaactacaaagatgctcagggtaagcttaatg tggcagctgctttccaaccgtgcgatatcaacacaaaaattggtaacgcgcga---tgtt gtccatttgtttgcggaaaggcggtctcattcaaagatcgaaattcatgcaacaaatata ctcttgcacaaatatacaacataatgcttgaggaagacaaacgcagaagacaagtgatag atgttatgtctgccatatttcaaggacccatcagtt---------------------tac agaatccacccccacctgcgattgctgatcttctccagtcagttagaaccccagaagtga ttaagtattgtgagggaaacaagtggataatccctgcagagtgtaaaa---tagagaaag aacttaacctagctaatacaatcattacaataattgctaatgtaattagtatagctggta ttatatatgtgatatataagctattttgcactttgcagggtccatactcaggtgagc--- ccaaacccaaaactaagattccagaa---cggagggtagttgctcagggtccagaggaag aatttggaagatctttgattaaacataactcatgcatagtcacaacacaaaatggaaagt tcactggtttaggaatttatgatagagtcataattatccctacacatgctgatccgggca aggaagttcaaattgatggaataactaccaaagtgttggattcatatgacctatataaca aggatggagtgaagctggaaatcacagttttgaaactagatagaaatgagaaatttagag acattagaaagtacatcccagaaaatgaagatgactaccctgaatgcaacttggctttat ctgcaaaccaacccgaaacaaccattctcaacgttggtgatgtggtatcttatggcaaca ttctgcttagtggaaatcaaacagctagaatgcttaaatacaactatcccaccaaatctg ggtattgtggtggcatactatataagattgggcaagtcctggggatacatgtgggtggta atggcagggatggattttcagctatgctacttaggtcatattttacagacacacaaggtc agataacactatcaaagaaaaccagtgaatgtggattacctagtatacacaacccaagta aaacaaagttacaacctagtgtgttttatgacattttccctggctccaaacaaccagctg ttctatctgaaaaagacactcgacttcaggttgactttaatgaagccctattttcaaaat acaaaggaaatgttgactgtcctatgaatgatcatataaaaattgcctcatcacactatg ctgcacaattaatcacccttgacattaatccaaatcccatcacgcttgaagatggtgttt ttggtacagaaggactggaagctttagatttgaacaccagtgctggattcccttatatca caatgggtattaaaaagagagatcttattaataacaagacaaaagatataagtagactca aacaagcaattgacaaatatggagtggatttacctatggttactttcttaaaagatgaac ttagaaaggaagaaaaaattgtgaagggcaaaaccagggtcattgaggcaagcagtgtga atgatactttgctgtttagaacaacttttggaaatctcttttcaaaatttcatttaaatc ctggtatagttacaggttcagcagttggatgcgacccagaaacattttggtccaaaatac cagctatgttagacgacaaatgcataatggcttttgattacacaaactatgatggtagca tacaccctgtttggtttcaggcacttaagcaagttctttcagagctttcatttaatcca- --tccttgatagataggctatgtaaatctaaacacatctttagaaatacttactatgagg ttgaaggtggagtcccatcaggatgctcaggtaccagcatattcaacaccatgatgaaca atattattataagaactctagtgttagatgcatacaagaatattgacttagataaactta aaataatagcatatggtgatgatgtaatattctcatatgtttatgaattagatatggaag caatagctatggaaggtaaaaaatatggattgaccattacccctgctgacaaatctgata actttagaaaattagattatagtaatgtgactttcttaaaaagaggattcagacaagatg aaaaatataacttcctgatccaccccacttttccagagagtgaaatttttgaatctatta gatggacaaagaaaccttctcaaatgcaggagcatgtactgtccttgtgtcacctaatgt ggcataatgggcagagtgcttata-aaagttttgtagagaggattcgcagtgttagcgct ggacgtgcattgtacattcctccctatgatctgctcttgcatgaatggtatgagaagttt taact-------a-at-caattgatatag---aa-------------------atattaa --act-attagttttt------------------tagttttataaaaaaa---------- ------------------------------------ >KY369892.1 Human rhinovirus A101 strain SC1004, complete genome ------------------------------------------------g-ggtgta---g tatacttgtatcccggtacatttatacgccagtttt----------------------at ------------aat-ccc-------------caccccaaa------------------- -------tgtaac----ttagaag--c-ttgtaca----caa-tgatcaataggatgatg gctat-ccaagtca-t----c-taagatcaagca-cttct-gtct-ccccggtgag--tg tgaatatgctttacccaaggc-aaaagctaatctcatcgttatccgcaaggtgcctacgg gaagcctagtaata-ctctga-ag-atattttggttggtcgatcagttgca---ctcacc ca-tgcaatagacctggcagatggggctaggcacacctcactggtaacagtggcctagcc cgcgtggctgcctgcacacct----tcg-ggt----------gtgaagccata-atattg acagggtgtgaagagcctactgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtatccattgcacacaaaccagtgtgtctatggtcgtaatgggtaact acgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt--------gtttt-tcttta- ----atactgcttatggtgacat-tatat-a-t--------tg-----------atatag tgtcatcatgggtgcacaggtttccagacagaatgttggaactcactcaacacaaaatgc agtatccaatggttcaagtttaaactattttaatatcaattacttcaaagatgcagcatc aagcggagcgtcaagattagatttttcacaagatcctagtaaattcactgacccagttaa agatgttttaacaaaaggaattccaacattgcaatccccatctgttgaggcttgtggata ttcagacaggataatacagataacaaggggaaattcaacaataacatcacaagatgtagc aaatgcagttgttgggtatggagtgtggccccaatatttacctgatgatgatgctagtgc tattgacaaaccaactcatccagacacatcctcaaacagattctacacactagaaagtaa agagtggaaaagtgactccaagggatggtggtggaaactaccggatgccctcaagaatat gggaatttttggggaaaacctattctaccatttcttgggcagagctggatatacggtaca cgtgcagtgcaatgcaagcaaattccatcaaggtgcattagttgttgctgcgatcccaga acaccagctggcatacataggatcagagaatgttagtgtaggatataaacacacacaccc tggggaatcaggacgaacacttaatgatagagag--------------aataataact-- -cacaacaacctactgatgaaagctggctgaactgtgatgggacactattaggaaatatt actatcttcccacatcagttcattaatttgaggagcaacaattcagccaccctaattcta ccttatgtcaatgctgtccccatggattcaatggttagacacaataactggagtattgtg ataatacccgtatcaccactccagactata---gaaggaacacctt---atgtcccaatc acattatcaataagtcctatggcttcagaattttcaggtgctcgaaaca----------- -catcc------------------------------ag---------acaaggtctacca gttatgctcactccaggctcaggacaatttctcactacagatgatgcacaatcaccatca gctttaccctatttccatccaacaaaagaaatattcataccaggtagggttactaatcta tcagaaatttgccaagtagattcaatgattccaattaataacacagtggcgagt---cat aaaagggtgagtatgtatgcagttcgtgtgggtgtccaaacagcac------cagccagg gaggtctttgctataccagtagatgttgcttctcaacccttagcaaccactcttattgga gaaatagctagctattacacacactggacaggctctataagattctctttcatgttctgt ggcacagctaataccagcctcaaactacttgttgcatatacaccacctggagtacccaag ccagactcaaggacaaaagccatgttaggaactcatgtggtgtgggatgttggtttgcag tccactgtatcaatggtggtgccctgggtttctgcaagccattataggcttaccacacct gatacatactcaaaagctggatatattacttgctggtatcagacaaactttgtggtacct ccaagcactccaaaaactgcagatatcatatgttttgtgtctggttgcaaggatttctgt ctgaggatggccagagacacaaacctacattcccaaactgtcaacatcacacaaaac--- ------ccagttgagaagtatactgaagcaattttgaatgaagtcctaacagtcccaaac atacaacctagttcgggcaatacttctaatgcagctccagtcctagatgctgctgagact ggtcacaccagccaaacacaacctgaagatacagtggaaaccaggtatgtcatcacagat caaacccgtgatgagatgagtgttgaaagtttcttagggagatcaggttgtatttctgaa atgcacaccattgtgg-aacatggtgaagat----------------------------- -gtatataatgca---gtggataaaaatttcactaaatggaagattaccttaaaggagat ggcacaaatcagaagaaaatgtgaattgttcacatatttgagatttgattcagagataac tatagtacctacaatagctggacaaggaaatg------acattggacatgtggtgctcca atatatgtttgttccaccaggagctccaatccccacaaagagagatgattatacatggca atctggtacaaatgcttcagtcttctggcagcaaggtcagacctaccctagatttacaat acctttcatgagcattgcctcagcatactacatgttttatgatggatatgaggatgatac acca------aattcaaagtatggtgcagttgtaacaaatgacatgggaacattgtgtgt gcgtattgtaactgagcaacaagcaaatactgtacacattacaagcagggtctatcataa agcaaaacatatcagtgcatggtgcccacgaccacccagagctgtggcatatcagcgtgt acataataccaatttt------gttccagcaacagg------------------------ acaagtagagatacaaatacccacaagagc---------a---gatcttact-------- -----------------------------actgtgggcccctcagacatgtatgtacata tggataatctcatatatagaaacctacatctgtgtaacccagaagacttagatgattcag tattaatttgttactccag------tgatttagtcatataccgaacaaatactaaaggtg atgattacattccaatgtgcaactgtactgaagcaacatactactgcaagcacaaggata gatatttcccagtaaatgtcaagaaacatcagtggtatgaaatacaagaatctgaatatt acccaaaacacatacaatataatatattaattggggaaggaccatgtgcacctggagatt gtgggggaaaattactatgcaagcatggagttattggcatagtcactgcaggtggagaga atcatgtagcatttattgatttgagggatt------ttcacattgctgatgagcaggg-- -tataacagattatatacatacacttggagaggcatttggtgcaggctttgtagataaca ttaaagatcagatacaggctataaacc------caataaatagagtaactagcaagatag ttaaatggataatcagaatcatatcagcagtcacaatcatcattagaaatagtgcagatc cacatacaattattgcaactttagccttgattggttgctctggttcaccatggagattta ttaaagaaaaagtgtgtaattggttacaattatcatacatacataaagaatca---gatg gttggattaaaaagtttactgaaatgtgcaatgctgctaggggtttagaatggcttggaa ataaaatatcaaagtttattgactggctcaaatcaa---tgctaccacaagctaaactca aagttgacttcattgggaaacttaagcaactacctttgttagagaaggagattgatg--- ---gactaagactagcaactcagaaacagcagcaagaatacattgatactctcagagtca tgttagatgcatctaataaatttctgcctctgtacgcacttgagaataaaagaatcaaag agttacttaaaagaagtgagatgatcct------ccgcacagctaagaggactgaacccg ttggggtactctttcatggtgaaccaggtacaggcaaatcaatcgctacatccatattag caagaatgataaccacagagtctgac------atatattcactaccaccatcaccaaaat actttgatggttatgaccagcaaagtgttgtcatcatggatgatatcatgcagaacccca gtggtgaagacatgtcacttttctgtcagatggtgtcatcagttccctttatcccaccta tggcagatttaccagacaaagggaaacctttctcctcagattatgtactagctagcacga atcacaccttgctacatcctccaactataacatgcactacagcaatgaacagaagatttt tcctagatttagatataatagttaaagagaactacaaactcagtcagggcaaacttaact tacagtgtgcacttaaaccatgccaagatggt---aaaattggaaatgcaaag---tgtt gccccctaatatgtggaaaagctgtagtgtttaaagatagagatacaggagatcatttat ctctggccacagtctacaacaagatagttgaagaaagtaagaacagaaaggagttaacca gctcactacaggcaattttccaaggtccaattgacgtag------------------tca ataaaccacccccacctgccatattggatcttctcaaatcagtcagaaatccagatgtta ttaaatactgtgaggaaaataaatggattgtaccagcagattgtaagt---tagagagag atttaaattatgccaatttagtaatatctatgattgctaatgttatcagtataatggggg ttatatatatcatakrtwwcttggtgtgctcattacagggaccatattcaggtgaac--- ccaaaccaaccaccaagaaaccagag---agacgtgttgtgacacaaggaccacaggaag aattcggacgcagtctgattaaacataacagttgtgtggttactacatgtaatggaaagt tcacaggcttgggaatatatgacaatgtcatgattatacccacacatgcagatgcaggta cccaggtagagattgatggaattaaaactgatgttgtagattcatatgatttgtgtaatt cacaaggtgtcaagcttgaaataacagtccttaaacttaaaagaaatgaaaaatttagag acattagaaaatatataccagaaacagaagatgactatccagaatgttgtctggcactag tagccaaccaagtagaaccaaccatcattgaagttggagattgcctgtcttatggtaaca tattgttaagtggtaatcaaactgctaggatgatcaaatacaactatccaactaaatcag ggtattgtggaggtattttatacaagataggtttagtattaggtatacatgtgggaggaa atggaagggatggtttttctgctatgttacttagatcttatttcaatgaacaacaaggtc aaataatgacaaaaaaagatgtcaaggaaattaatctgtacagtatacacacacctagta agacaaaactacaacctagtgtttttcatgatattttccctggggaaaaagcacctgcag tactatcaccaaaagatcccagattacttgtagatttagatgatgccatattctctaagt ataagggtaataagaatgttgaattgactgataatatggtcacagctgctgctcactatg cagcgcaattagctactctagacattaatccagagcccatcagtttggaggagagtgtgt atggtattgatgggttagaggctttagatttacacactagtgcaggatatccatacactg ctcatggaattaagaagaaagatttgataccaaagga---caggaatcttgcaaaactca aatgtgctatggaaaaatatggactagatctaccaatgattacttttctcaaagatgagc tacgtaaaccagaaaagatctgtagtggaaagaccaggattatagaagctagcagtctta atgacactgtacagttcagaatggcttttggaaatctcttttcaacctttcataagaatc caggaattatcactggttctgctgttggatgtgatcctgaagttttctggtcaaaaatac ctctcatgcttgatggtaactgtttaatggcttttgactatacaaattatgatggcagtc ttcacccgatttggtttgaattacttaagaaaattttagatgaactagggttcccaggg- --ggcatggttaagaaattatgcaattctaaacacatatacaaaacatcatattatgaag tagaaggggggatgccttcaggttgtgctgggactagtattttcaatactatgataaata atgtcataatcagaactctagttttggatacatacaagtacataaatctagataagttaa agatactagcatatggagatgatgtactattctcatatccctttgaactagacatggcag aactggctagtgagggagttaaatatgggttgacaatcacaccagcagataaatcagata agttccaaaaacttacttatgagaatgccacttttcttaaaaggggttttaaaccagatg aaaaacacagttttctaatacatccaatatatccagttagtgaagtgcaagaatctatca gatggacaaagaaccccagaaacatgcaagagcatgttctctcactctgtcatttactat ggcatagtggaagagataaatatg-atcagtttgtggccaagattaggagtgtcagcgct ggacgtgcactctatataccaccatatgaactcttgtgccacgagtggtatgataaa--- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >KY983589.1 Human rhinovirus C11 strain SC3107, complete sequence ------------------------------------------------------------ ----ctgtgattccggtcaccttgtacgcctgttt-----------------------gc ------------tac-cct-------------accccgactttctt------tcactctt cacttccagtaac----ttagaagc-taacacag---------agtccaatagg-atgca gctaatccaagtct-g----c-tacggacaagca-cttct-gttt-ccccgggtgt---g tgaatagactccaac-agggt-tgaagctgtagcactcgttatccgcacaactactacgc gaatgttagtaaca-ccctct-ag-gtatagtgggatttcgctccgcagaa------acc cc-atctgtagattagggcaatgaggctacacggaccccactggcgacagtggtgtagcc tgcgtggtgccctacc---------tgg-ggtttcataccccaggattccact-ttactg acagggtgtgaaggcgctagtgtgctagttgt--gagtcctccggtccctgaatgtggct aatcctaaccccgtggccatttcatgtaaaccaacatgcaggtggtcgtaacgagtaatc acgggatggaaccaactactttgggtaaccgtgtttcct----g---tttta-ctttaa- ---tgtgtgtcttatggttaca-----at--------------------------tatag agtaaccatgggtgcacaagtgagtaaacaaaatgttggatctcacgaaagtggaatttc agcttcgtcaggttcagtgattaaatattttaatattaattactataaagactcagcaag tagtggattgagtaaacaggacttctcaatggatccagaaaaattcaccaagcctattgc agagacattgaccaa------tccagcacttatgagccctagcattgaagcttgtgggtt ttctgataggcttaaacagattactatcggtaactccactatcaccacccaggatgcact taatacagtggtagcttacggagagtggccacagtatttgagtgacatggatgctagtgc aattgacaaaccaactcacccagaaacctcaacagatcgattttacacattaaccagtgt aatatgggatacaacctcaaaaggatggtggtggaaaattcctgattgtctcaaggagat gggtatgtttggacagaacatgtaccaccatgctctgggtcgttcggggtttataataca tgtgcagtgtaatgctactaagtttcacagtggattgttaatagtagcagtggtaccaga acaccaactagcatacataggtggtaccaatgtaagtgttggatacaatcacactcaccc aggagaaaatggtcacacgattggccttaatgac--------------caacgaggtg-- -atagacaaccagatgaggatccctttttcaactgtaatggcacactcttaggaaattta actatattcccacatcagctgatcaacttaagaaccaacaattcagcaactattgtggta ccttacatcaattgtgttccaatggatagtatgcttaggcacaataacctatcacttgtc atcattccaatggttgatttgcggtttggaacaaccggagtcacca---ccctacccata acaatttcaattgcaccagtcaagtccgaattttctggtgctcgccagagt--------- ------------------------------------agga------ctcaaggtttacct gtcagattagcaagtggcactcagcagttcatgacaacagaagatgaacaatcagcaaac ttgttaccaggattccatcccacaccagtcatgcacataccaggtgaaatcacaaacctt atgcatatggcacgggtagactcattcatgccaataaacaatatcccaggccac---ata aacaaggtaccaatatataatgtacctattctgaaaaagtctagtggagctcaatcagat cttattttaaccatacccctaaagatggatgatacactgttctctaccactcttcttggt gaagtactgagttacttttcaaactggtcaggtagtataacactcagttttatgtgtgtg tgtgacagctttagcacaggcaagttcctcatagcatatactcccccagggggaggtcac ccaagtaatagaaaagaagccatgcttggtgtgcatgttatatgggacttgggattacag tcaacatgtacaatggtagtcccgtggatctcacagggttactatcgacgtaccaaagca gataagtacacagaggctggatttgtgaccctatggtaccaaactgattttgtagctggc tctacaactggtca---gggtgcaatactggttacgtgttcagcatgtccagacatggct gtgagaatgatgcgtgatacaccaatgatgtcacaaactctagacattgcacaaaac--- ------ccagtggaagacttcatagacaatactttggaacaggttcttgttgtcccagac accaagcccagcggaccaatgcacacaacaaaacccaccgcattgtccgcaatggagata ggagcttcaaccagcacaacaccagaaaccatgctggaaactaggtacgtcatcaactcc aaaacaaatgacgaagctttaatagaaaacttcctgggcagatcagcattgtgggcgact gtgacaat---ggaca-a------------------------------------------ ------------------------tggttttaaaacttggaaaataaactatcaggaaaa tgcacacattcggaagaaactagaaatgtttacatacgtccgatttgatctggagataac tattgtcactcataacaccggct------------------------------taatgca agtgatgtacacaccacctggcattacagccccaacaagtgctgatggtaaggaatggga cacagcatcaaaccccagtgttttctatcaacccaagtctggatttccacgtttcactat cccgttcacagggttaggatcagcatactacatgttctatgatggatatgatcactcagg tgat------ggatacacctatggcattaccactaccaatgacatgggcacactttgttt cagggcactggatgacaagcagagaaatga------------tgttaagatttttgctaa acccaaacatacacgagcatggattccaagaccgcctagagcaacagagtacacacacat gtacagtactaattacaacaagaagaaagttccaacagaccctaacaaccatgagttga- --ctaaggtacacttcttgaaatccagaac---------t---gagattaaa-------- -----------a------------------caacaggtcccagtgatatgtatgtccaca cacgggatgccatctacaaaaatgcacatttggctgaagccaatg------ataacacca tacttattgctcttactgc------tgatttacaagttgatgttgctgacacgcctggaa aagatgtgatacctgactgtaattgcaccagtggtacttattactgcaaaagtaaggacc gttactatcctattgatgttgtcacacatgattggtaccctattgaggaaagtcaatact accccaagcacatccagtacaacatcctgttaggtgaggggccatgtgaaccaggcgact gtggtgggaaattactttgcaagcatggtgttattggaatagttacagcaggtggagagg gacatgtggcatttacagatttgagaccatata---acaaccttgcaaaaacacaaggcc ccatcagtcaatatgtgacacaactgggtaatgcatttggagaaggattcactcaaacat tagaaactaatctaaaggagacctgctcaggtatttttgataaaataacgtcaaaaactg tcaaatggattattcgcataattagtgcattgacaattgtaatcagaaataattcagaca caccaaccattatggccactatggccttgctaggttgtagcggttcaccatggaactatc tgaagacaaaactctgtgcatggttgggagttaacaagccaccatcaaagcaaggagaca gttggattaagaagttcacagaatggtgcaatgctgctaaaggtctggaatggattggct acaaaatcagtaaatttattgactggctcaaagagaagcttttaccaactgtccaacgga aaaaagagactctaaccgaatgcaagaaattgacactgtatgaagatcaagtaaaag--- ---cttatcctcactcttcagagcaatttcagaacgagctcaccaccaagttgcaggttc ttaaaaagaatttagatgatctgagtccgctctatgcatgtgagaacaagagagtggcca acatgctcaaagatatcaaggcaatggcggcctacaaaaagtcccatcgtactgaaccag tgtgcattttgatccgaggaggtccagggtgtggaaaatccttagcaaccacagtgatag ctagagggctaactgatagtggaaac------atatactctctacccccaaaccctaaac actttgatggttactgcaaacaggatgtagtgataatggatgatttaggtcaaaacccag atggtcaagatttagccatgttttgtcaaatggtgtccacaacagattttgtagtgccta tggcagctattgaggataaaggcaagagctttacaagtgactatgtgttggctagtacta atatagcacatttgacccccccaactgttactattcctgaagctcttacacgtagattct tcttggatacagatttaaaaatcatgtcaaattacaaaaaccaacatgggttgttagata ctgccaaggcactgcaagcatgttctgattgtgacaagcccctatattacaaacagtgct gtccattattatgtggcaaagcaatagttctgcagaatcgaagaacctctgcaagcctat ccatcaacatggtggtagcacagttgagagaggaaagtagtgccagaaagaaaatacaca ccaatctgaatgcaattttccaaggcttag---------------------------gat cagatgacactccaggctttatagtagatctgttatcagcatctaaagaccccagagtga tacagtattgtgagaaagaaggattgatcacaaaatccccccactcgg---ttgaaagga gcttagaatatgttcaatattgtctaaattgcttaggaagcttagtcataattcttggta ccatctacactatatacaaactattgtgtgtgactcagggtgcctactcaggtaaca--- ccaaaccagtaccacgcaaaccagagctaagaagagcagtggtacaaggtccaaaccacg agttcctgtgttcactcatacgcagaaactgccatgtagccacaacagacagaggggatt tcaacctcttaggaatacatgacaactgtgctgtcctccccacacatgcaaactgtgaag gtacaattctattagatggtgtagaaacaaaagtcatcaaacaacaagtgattacagatg ggaatgacattgacactgagatcacaatcatttggttagataggaatgaaaaatttagag acatacgccgctttctcccagaacacatcaatgattggcgcaacatgcgtttggctacta atgtacctaagtttcccatgctagatgtagagataggagacgtgactccatatggagaaa taaaccttagtggcaacccaacatgccgcttactcaagtatgattatccaactcaaccag gtcaatgtggagcagtgatcgcaaatgtgggcaatattgttgctatccatgtggggggaa atggaaaggttggctatggggcagccttacttagaaggtattttgcagaagcccaaggtg aaataattagtaaaaggacaaccaaggaaatgggattaaacccaatcaacatacctaata aaaccaaattataccccagtgtgttttatgatgtcttccctggtgagaaagaacctgctg tgctaagcaacaatgaccccagactgaatgcaaacctcaaggaggctgtaatgtcaaagt acaagggtaacaaaaatgtggaaatgaatgaatatgtggtaactgcctccaaacattatg cagcacaattgttcccattagatattaacccagaaccaataacaatggatcaagcagtat atgggacagagggattggagccattagacctaaacaccagtgcagggttgccatatgtta ctttgggtgttaagaaaagagatgtgctaaaccgcaacaccagggatctgtctaaactgc agtatatgatggacttgtatggtctggatttaccttatgtcacatacctaaaagatgaac tcagagcaccggagaaaattaaattgggaaaaaccaggtcaattgaagccgccagcatga atgatacagtctttttccgcatggtcttcggcaacttgtacactactttccataaaaatc cgggggttctcacaggttcagcagttggatgcgatccagacgtattttggtcacaaatga gagcaaccatgggtgagaaca---tcctggcttttgattatacgaactatgatggtagct tggaaccagtctggtttgatgccctaaaattggtgctgaatgaactaggttttgatggg- --gagttgacagaaaagcttaagaccacaactcacatttacaaagatgaagtgtataccg taaagggtggcatgccatcaggtatatcagggacctcaattttcaatactatgataaaca acatcataatcagaactcttgctattgagacatacaaaaatgtagatttagataaactca agataatagcttatggggatgatgtggttatttcttatcctgatcctttagacccagcag agttggccaaaacaggttctgaatatggtttaacaatcactccagctgataagagtgcaa catttcaaccagtcacttgggataatgtcacctttttaaaaagaggcttcaggaatgatg ccaaatatcccttcctcattcacccagtgtatccaatgaaggatgtccacgaatcgatca gatggactaaagatcctcgcaacacccaagatcatgtacattcactgtgcctattggcct ggcacaatggaaaggaacagtatg-aggaattcctcagaggagtgcgatcaactagtgtt ggtcgaaccttgtacctcccaccatatgaatttctggagaggagatggattgacaagttt -----------------------atttga------ata-----------tataaatata- ------tata-------------------------------------------------- ------------------------------------ >KY369891.1 Human rhinovirus A101 strain SC996, complete genome --------------------------------caccatgattacctacg-ggtgta---g tatacttgtattccggtacatttatacgccagtttt----------------------at ------------gatcccc-------------caccccaaa------------------- -------tgtaac----ttagaag--c-atgtaca----caa-tgatcaatagggtggtg gctaa-ccaagtca-c----c-taagatcaagca-cttct-gttt-ccccggtgag--tg tggatatgctttacccaaggc-agaaactaatctcatcgttatccgcaaggtgcctacgg gaagcctagtaata-ttctga-ag-gtattctggttggtcgctcagttgca---ttcacc cg-tgcaatagacctggcagatggggctaggcataccccactggtaacagtggcctagcc cgcgtggctgcctgcacacct----tcg-ggt----------gtgaagccata-atattg acagggtgtgaagagcctactgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtatccattgcacacaagccagtgtgtttatggtcgtaatgggtaact acgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt--------gtttt-tcttta- ----atattgcttatggtgacat-tatat-a-t--------tg-----------atatag tgtcatcatgggtgcacaggtttccagacaaaacgttgggactcactcaacacaaaatgc agtgtctaatggctcaagtttaaattattttaacatcaattattttaaagatgcagcatc gagtggagcatcaaggttagatttttcacaagaccccagtaaattcactgacccagttaa agatgttttaacaaaaggaattccaacactgcagtccccatctgttgaggcttgtggata ttcagacagaataatacaaataacaagagggaactcaacaataacatcacaagatgtggc aaatgcagttgttgggtatggagtgtggcctcaatacttgcctgatgatgatgctagtgc tattgacaaaccaacccatccagatacgtcttcaaacaggttctatacattagacagtaa agagtggaaaaatgattctaagggatggtggtggaaactaccagatgctctcaaaaatat gggaatttttggagaaaatctattttatcatttcctaggcagagctggatacacagtgca tgtgcaatgcaatgcaagcaaatttcatcaaggtgcattagttgttgctgcaatcccaga acaccagttggcatatatcggatcagaaaatgtcagtgtgggatataaacatacacaccc tggggaaacagggcgaacactcaatgacagagca--------------aataataact-- -cacaacaacccactgatgaaagctggttaaattgtgatggaacattgttaggaaatatc accatctacccacaccaatttatcaacctgaggagtaacaactcagccactttaattcta ccttatgtaaatgctgttcccatggattcaatggttagacataacaactggagtatcgtg ataatacccgtgtctccgctccagaccata---gaaggaacacctt---atgtgccaatc acactatcaataagccccatggcctcagaattctcaggtgctcggaaca----------- -cagct------------------------------agac------cacaaggcctacca gttatgctcactccaggctcaggacaattcctcactacagatgatgcacaatcaccttca gctttaccctattttcatccaacaaaagaaatatttataccaggtagagtcactaactta tcagagatttgccaagttgattcaatgattccaattaataatacagtagcaggc---cat aaaaaggtgggtatgtatgcagttcgtgtgggtgtccaaacagcat------cagccaga gaagtcttcgctataccagtggatgttgcctctcaacccttagcaaccactcttattgga gaaatagctagttattatacacactggacaggatctataagattctctttcatgttttgt ggcacagccaacactagtctcaaactactcatagcatacacaccacctggagtagccaaa ccagattcaaggacaaaggccatgctaggaactcatgtagtgtgggatgttggattgcag tccactgtatcaatggtagtcccttgggtctctgcaagtcactatagacttaccacacct gatacatactcaaaagctggatacattacttgctggtatcaaacaaattttgtagtgcct ccaagtaccccaagtactgcagatatcatatgctttgtgtctggttgcaaggatttctgt ctaagaatggccagagacacaaacttgcactctcaaactgtcaacatcacacaaaat--- ------ccagttgagaagtatactgaagcaattctaaatgaagtcttaacagtcccaaat atacagcctagttcaggcaacacttctaatgcagccccagttttagacgctgctgagact ggtcacaccaatcagacacaaccagaagacacattagaaactaggtatgtcatcacagat caaacgcgtgatgaaatgagtgttgagagtttcttagggagatcaggttgcatctctgaa atgcataccattgtag-aacatggtagagat----------------------------- -gtgtataatgca---gtgaataaaaattttactacatggaagattaccctaaaagagat ggcacaaatcagaagaaagtgtgaattgtttacatacttgagatttgattcagaaataac tatagtacccacagtagctggacaagggaatg------acaccgggcatgtggtacttca gtacatgtttgtcccaccaggggctccagtccctaagaaaagagatgattacacatggca atctggcacgaatgcttcagttttctggcagcaaggtcaaacctaccccagattcacaat acccttcatgagcattgcctcagcatactatatgttttatgatggatatgaagatgatac acca------aattcaaaatatggtgcagttgtaacaaatgacatgggaacactgtgtgt acgtattgtaactgaacaacaagcaaataccgtacacattacaagcagggtctatcataa agcaaaacatattagtgcatggtgtccacgaccacccagagctgtagcatatcagcgtgt acacaataccaacttt------gttccagaaacagg------------------------ gcaagtagaaatacaaatacccacaagaac---------a---gatcttact-------- -----------------------------actgtgggcccctcagatatgtatgtacata tggataacctcatatacagaaatctacatttgtgtgatccagaagacttagatgattcag tattaatttgttattccag------tgatttagtcatataccgaacaaataccaaaggtg atgattatattccagtgtgtaactgcactgaagcaacatactactgtaaacacaaggata ggtatttcccaataaatgttaagaaacatcagtggtatgaaatacaagaatctgaatact acccaaaacacatacaatacaatatattaattggagaaggaccgtgtgcacctggagatt gtggagggaaactactatgtaagcatggagtcattggaatagtcactgcaggtggagaaa accatgtagcatttattgatttgagagact------tccatgttgctgatgaacaggg-- -cataacagattacatacacacacttggagaggcgtttggtgcaggttttgtagataata ttaaggatcagatacaggctataaacc------caataaatagagtaactagcaagatag ttaagtggataatcagaatcatatcagcagttacaataatcattagaaacagtgcagacc cacacacaatagttgcaactctagctttaattggttgttctggctcaccatggagattca ttaaagagaaagtgtgtaattggttacaattatcatacatacataaagaatca---gatg gatggatcaaaaaattcactgagatgtgcaatgctgctaggggtttggaatggcttggaa acaagatatcaaaatttatcgactggctcaagtcaa---tgctaccacaagctaaactca aggttgattttattgggaaactcaaacagctacccttattagaaaaagagattgatg--- ---gattaagactagcaacccagaaacaacaacaagaatacattgacacccttagagtta tgttagatgcatctaataaatttctgcctctatatgcacttgagaataaaagaatcaaag aacttcttaagagaagtgaaatgatcct------ccgcacagctaaaaggactgaaccag ttggggtgcttttccatggtgaaccaggtacaggtaaatcaattgctacatcaatattgg caagaatgataaccacagaatctgac------atatattcactaccaccatcaccaaaat actttgatggctatgaccagcagagtgttgttatcatggatgatattatgcagaacccca gtggtgaggatatgtcacttttttgtcaaatggtgtcatcagttccctttatcccaccta tggcagatttaccagacaaaggaaaacctttttcttcagattatgtactagctagtacaa atcatactttattacatcccccaactataacatgcaccacagcaatgaatagaagatttt tcctagatctagacataatagttaaggagaattacaaacttaaccagggtaaacttaatt tgcaatgtgcactgaaaccatgccaggatggt---aaaattgggaatgcaaaa---tgtt gccctctgatatgtgggaaggctgtagtgtttaaagatagagatacaggagaccacctat ctctagccacagtgtataataaaataattgaggaaagtaaaaacagaaaagaactaacca gttcactacaggcaattttccaaggtccaattgatgtag------------------tta ataaaccacctccacctgccatattggatcttcttaaatcagtcaggaatccagatgtca tcaaatattgtgaggaaaataaatggattgtaccagcagattgtaaat---tagagagag acttaaactatgctaatttagtaatttctatgattgctaatgttatcagtataatggggg ttatatatattatatacaaactattttgctcattacagggaccatattcaggtgaac--- ccaaaccaattaccaagaaaccagag---agacgtgttgtaacacaaggaccacaggaag aatttggacgtagtttaatcaaacacaatagctgtatagtcaccacatgtaatggaaaat tcacagggctagggatatatgataatgtcatgattatacctacacatgcagatgcaggca cccaggtggagatagatggaatcaagaccgatgttgtagactcatatgatttgtgtaact cacagggtgtcaaacttgaaataacagttcttaaactcaaaagaaatgagaaatttagag acattaggaaatacattccagaaacagaagatgactacccagagtgttgtttagcactag tggctaaccaaatagaaccaactatcattgaagttggagattgtctgtcttatggtaaca tactattgagtggtagtcaaactgcaagaatgattaaatacaattatccaactaaatcag ggtattgtgggggtattttatacaaaataggtttagtactgggaatacatgtgggaggaa atggaagggatggtttctctgctatgctactcagatcttatttcaatgaacaacaaggtc aaataatgacaaagaaagatgttaaggaaatcaatttatatagcatacacacacctagta agacaaaactgcaacctagtgttttccacgacatctttcccggagagaaagcacctgcag tactttcaccaaaagacccaagattacttgtagatttagatgatgccatattctctaagt ataagggtaacaaggatgtagaactgactgacaacatgatcacagctgctgctcattacg cagcacaattagccactttagatattaactcagaacctatcagtttagaggaaagtgtgt atggtattgagggtttggaagctttggatttacacactagtgcaggatacccatacactg ctcatgggattaagaagaaagatttaataccaaaaga---taggaatcttacaaaactta aatgtgctatggagaaatatggattagacttaccaatgatcactttcctcaaagatgagc ttcgcaaaccagaaaagatttatagtgggaaaaccagaattatagaagctagtagtctta atgatactgtgcagtttagaatggcttttgggaatcttttttcaaccttccataagaatc cagggaccattaccggttctgccgttggatgtgaccctgaagttttctggtcaaagatac ctcttatgctagatggtgattgtttgatggcttttgattatacaaactatgatggcagtc tccatccgatctggtttgaattgcttaaaaagattctagatgaactagggttcccaggg- --agtatggttaggaagttatgcaactctaaacacatatacaaaacatcatattatgaag tagaaggagggatgccctcgggatgtgctgggactagtatttttaatactatgataaata atgttataatcagaactctagttttagacacatacaagcatataaatctagacaaattaa agatactggcatatggagatgatgtgctattctcatacccctttgaattagacatggcag aattagctagtgaaggtgtcaaatatggattgacaattacaccagcagataagtcagata agttccaaaaactcacctatgagaatgccacttttcttaagaggggttttaaaccagatg aaaaacacaatttcctgatacacccaatatacccagttagtgaagtgcaggaatcaatca ggtggacaaagaaccccagaaacatgcaagaacatgttctttcgctgtgccatctattgt ggcatagtggaaaagacaaatatg-accagttcgtggccaagattaggagtgtcagcgct ggacgcgcactctacataccaccatatgaactc--------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >MK520815.1 Human rhinovirus C32 strain USA/CA/RGDS-2016-1008, complete genome ---------------------------at-cccaccatgattgttcactgaacgtt---g tactcttgtattacggtacacttgtacgccagtttt----------------------at ------------aat-ccc-------------ctcccc---------------------- ------ttgtaac----ttagaagc-aagtacac------ac-aggccaatagc-aagta g-caagccatgcta-c----t-tatggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtctg--ac gggatatgcttcacccgaggc-agaaactcagatgatcgttatccgcaaagtgcctacgg gaagcctagtagca-ccctgg-aa-actgttaggttggtcgctcaattgctg-----acc ccgagcaatagacttggcagatgaggctagacataccccaccagcgatggtggtctagcc tgcgtggctgcctacccaccct-aatag-ggt----------gggaagcctat-caatgg acagggtgtgaagagcctactgtgctcacttt--gactcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtatctatcgcatgcgcaccagcatgtaggtagtcgtaatgggcaact acgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttc-tttatt- -----atttgcttatggtgaca-----at-tgt--------atg-a-aa----t-acgat tgacaccatgggcgcacaagtttccaaacaaagcgttggagcacatgaaaccaccgtaca tgcagggagtggagcagtagttaagtacttcaacataaattactacaaggatgctgctag ttcaggtttaaccaaacaagatttcagtcaagatccatctaagttcactcaacccattgc ggatgttctaaccaa------cccagcgttaatgtcaccatcagtggaggcttgtgggta ctccgataggctaaagcaaatcactattggaagctccacaataaccacacaagatgctgt aaatactgttttagcatatggggagtggcctagttacttatcagatcttgacgccacttc agtagataagcctacacatcctgaaacatcttctgatagattctacacccttggtagtgt cacgtggaatgcgacatccaagggttggtggtggaagctgcccgactgtctaaaagatat gggtatatttggacagaacatgtactatcattccatgggcagatctggatacatcattca cacacagtgtaatgctacaaaattcaacagtggttgcttgctggttgtcgtggtcccgga acatcagctggcatatataggtggaacaaaagcatcagttagctataaccacacacaccc aggtgaatcagggcatgagatagggaaaaacaccacc-----------aacagaggca-- -accacgaacctgatgaaaatccattcttcagttgtaatggaaccctactaggaaatcta accattttcccccaccaacttattaatctgagaactaacaactctagtacaattgttgta ccttacattaattgcacacctatggacaacatgctgagacacaacaatgtgtcgctattg atcattcccatctgtcctttaagaacatccaatggcgcaccaacaa---ccctgcccatt accatttccatagcaccagacaagtcagaattttccggtgctaaacaga----------- -accag------------------------------aca---------cagggaattcct atgcgcttgcccagtggatccaaccagttcatgaccactgaagatgaacagtccccgaac atattgccaaattttcaccccacgaagaagatacacatcccaggtgaaattaagacaatc atggatatggcacgagtggattcattcatgccaataaacaacattcagagtcaa---ttg caagatgtcagcgtgtataatgtccaggtcacaccacaag------------cagaaggc aagatattggttataccactagatatgagcaacaccttatttgccacaacactacttgga gaggttttaaattactattctaattggtcaggttcgatcaaactaagtttcatgtgtgtg tgtgacagcttcagcacagggaaatttctgattgcctacacacctccaggggcaggtcta ccaaccgaccgtaaacaagctatgctaggggtccacactatttgggatttggggctacaa tcaacatgtaacatggttatcccgtggatttcagcgcacaactataggaggacaaaagct gataaattcactgaaggtggatatgtcagcgtgtggtatcagacaacatttgtctctaca agcttggc---------agggtgcataatggtgacatgttcagcttgcccagacatggct gtgcgcatgatgcgcgacactcctatgatgaagcaggaagtaaacatccagcagaat--- ------ccagtggaaaatttcattgatgagacacttaaagaagtgttagtggttcccaat actaaggaaactggtcccatacacacaaccaaaccaacctcactgagtgcacttgaaatt ggtgcaaccgcccaagttgaaccagaggatatgatagagaccaggtatgtgtacaatgac aactcaaacgcagagacaaccattgaaaatttcctgggtagatcagccttgtgggctaac ctcacact---agaaa-g------------------------------------------ ------------------------aggttttaaaaggtgggagattagctttcaagaaca tgcccaggtgagaaagaagtttgagatgttcacatatttgcgatatgacctggagataac agttgtgactgacaacacaggtt------------------------------taatgca aattatgtatgtccctccaggtattgatgctccagattcagcaaatagccaattgtggga ttcagcttcaaaccccagtgtgttttaccaaccacactctggattccccagattcactat ccccttcactggaatagcctcagcctactacatgttctatgatggttatgattcaaatga gcag---ggtagtactagatatggtattggtaccactaatgacatgggtcttctttgcat tagggcactcaacaacacagaaaaggacaa------------ggtgaaaatctttgcaaa acctaaacacataactgcatggataccacgcccaccacgggctacacagtatgtatccag atacagtgtcaattacaatatacctaaaacagggtctac------taccagtgaactag- --aacaaaaacactttttagttcccagaga---------g---gatataaag-------- -----------aa------------------tgtgggtcccagtgacatgtttgtacaca cccgtgatgccatcttcagatgcgcacacttaaccaatccaactg------aggacacaa tactactagctattagttc------agatctacaagtggatagcgctagtgaacctggac cagacttcatcccagattgtgattgtaccactggcacttattactgtcatagtaaggata ggtattacccaatagaatttaaacaacatgactggtacgagatacaagagtctatctact acccaaaacacatccaatacaacatactaattggtgagggaccatgccaacccggagact gcgggggtaaacttctctgcaaacacggggtaattggtatgataactgcaggtggggaca atcatgtggcctttattgacctcagatgctaca---ctgaccttgcacaacaccaagg-- -acttaaagattatgttaaccaactaggtggtgcatttggtgaaggtttcacatccacaa ttaaacaaacactaactgagacctgtggcactatcacagacaagttaacatccaaagtag tgaagtggttgatacgtatcattagtgctttaacaattatgatacgcaacagcgcagaca ttccaaccattactgccacactagcactgttaggttgttcaggctcaccatggaaattta tcaaatcaaaagtgtgccactggttaggagtgcaaccgccaccaagtcgccagggagatt cctggttgaaaaagtttactgaattttgcaatgccgcacgtggtctcgaatggattgggg ataaattgtcaaaattcattgattggctgaaatccaaaattgtaccaacagttcaaagga aagccgagacactacgcgagtgcaagaaaatccccctctacaaagaacaggtcaaag--- ---cattcagtaaggcaactgaagaggcccaaaatgagttgataactaacataaataagc tagagaaaggtctactggaattggctccactgtatgcggtggaagccaaacaggtcaggg aaattcagatagagattagaagaatgatgtgtttcaagaagagccaccgtgcagaaccag tgtgcatactacttcatgggcagcctggatgtggtaagtcattattaacaacagtcatct caagaggtctcactacagaagcagag------gtctattcactccctccagatcctaaac actttgatggttataatcaacagcatgtggttataatggatgatgtaggtcagaatcctg atggtagggatctaagtcttttctgtcaaatggtgtcaacaacagagtttgtcgtaccca tggctagcttggaggataaaggtaaaacattcactagtgattatgtcttagccagcacca acctaaactccctatcacctcccacagtgactattccagaggcaatagaccgtagattct ttttggattgtgatgtaaagatcatgactggctatagtaacaat---ggagtgttaaatg tggcaaagtcactgcaaccttgctcttcatgccctaccccaaatcactacaaacagtgtt gtcctcttctatgtggaaaagcagtggtcttacaaaacaaaagaacccagggcagctact cagttctaaccgttgtggagcagttacgccaggaaaggaaaaaccgtcaaagtgtgcagg ttgatctgagtgctattttccagggcttag---------------------------gtg acgagcaaacaccaggcttcataattgacttgcttagtgcatcaaaggaccccagagtaa tagagtactgtgaaagtgaaggatggataaaatctctgaaacaaaacaagttagaaagag aattaaattacacccagtactgtttaaattgtttaggaagtttagtgctaattttaggta ctgtctatgcagtttacaaacttatgtgtttggctcagggaccatactcaggactac--- cacaacccaaaccctcaaagcctgagcttagaaaagccatggtacaaggcccagagcatg aatttgggatggcactgctcaagcgcaattgccatattgccaccacagacagaggtgagt ttaacctcctaggtatccatgacaattgtgctgtactacccacccatgctgaaccaggtg acaccattttgctggatggttatgaagtgaatgttttaaaacaacaaataataactgatt ttaatgatgttgacacagagataacaattttatggttggataggaaggaaaaatttagag acattcgcagattcattccagagcatgtgaaagaatggagtaatatgcgactgatcacaa atgtcagtaaattcccaatgttggatcttgaagtaggtagtgtggttccctttggagaat taagtcttagtggtaacccaaccacacgactaatgaagtacaattatccaacacaacctg gacagtgtgggggtgttataatgagtacaggcaatatcattggaatacatgtgggtggta atggtagagtgggttactgtgcttctttgacccgcaattactttgctgctacacaaggtg aaatcataactaagtttagtgtgagggatttgggcctcaacacaataaacacgcccagca aaacaaagctacaccccagtgttttccatgatatatttccaggagtaaaagaacctgctg tactatccaattttgatcctagactagaggttgatctcaaggagagtgtcctgtccaaat acaaaggtaacaaaggatgtgagatgaatgagtttatcagaacagctgttgaccattata cagcacaactgtttatgttagacatcaatccagaacccataacactggagcaagctatct atggaacagaagggttagagccattggacctcaacacaagtgctggatttccatacgtca cattaggggttagaaagaaggatatacttaaccgcactactaaagatgtcactaaactcc aacaaatgatggataaatttggtctagacttgccttatgtaacatacttaaaagatgagc ttagggcaccagagaagataaggaaagggaagactagggcaattgaagccgccagcatga atgacacagcctttttccggatgacatttggaaatttgtatgcagcattccataaaaacc ctggtactctaacaggctcagcaattggctgtgacccagatattttctggtcacaaattt actcatgtatggaacaaaatc---tactagcctttgattacaccaattatgatggaagct tggacccagtgtggtttaaagccttagagatggttttggacaacttaggcttccctgga- --tacttgatgagtagattaaacaagactacacacatattcaaagatgaaatctataaag ttgagggaggtatgccatcaggaatatcaggaacttcagtgtttaataccatgataaata atattatacttagaacactagtccttgaaacctacaagaacatcaatctggataaactca aaatggtagcttatggtgatgacattttagcctcatacccagatgagttggacccagaac aactggcccaagcgggtgtgaagtatggtcttaccataacaccagctgacaagtctacag agtttagaaaggtgacatggcaaaatgtgactttcttgaagagaggatttgaaccagaca tgaaacacccctttttaattcacccaattttcccaatgagtgaaatttatgaatcaatta gatggaccaaggatcctaagaacacacaagatcatgtgtactcactgtgcttactttcat ggcacaatggggaagaaaaataca-acgacttcattcaaaaggtgcggtctacatcggtt ggaagagctctgtatcttccaccttactcagtcctgtaccgcgcctggattgataagttc -----------------------atttaa------------------------ttagta- ---------aacttgca------------------------------------------- ------------------------------------ >MN749153.1 Human rhinovirus 1B strain 12M3, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ct-tt------------------- ------acgtaac----ttagaagt-t-ttaaac------acaagaccaatagc-aggca acttt-ccaggttg-t----c-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttga--tg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgatatcgttatccgcaaagtgcctacac agagcctagtagga-ttctga-aa-gatctttggttggtcgctcagctg------catac cc-agcagtagaccttgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacacctc-ttacgaggt----------gtgaagccaag-gattgg acagggtgcgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccatagctcataagccaatgagtttatggtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcat----t---ttttc-ctttta- ---tcaattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tataa--atatatat tggcatcatgggcgctcaggtatccagacaaaatgttggcacacattcaacccaaaattc agtatcaaatgggtcaagtttaaattacttcaatataaattatttcaaggatgctgcctc aagtggtgcatctagattagatttttcccaagatccaagcaaattcactgatccagttaa agatgtcttagaaaaagggattccaacattacaatcgccatctgttgaggcttgtggcta ctcagataggattatacaaattaccagaggtgactcaacaatcacatcacaagatgtggc aaatgctgtggttggatacggagtctggccacattatttaacaccacaagatgccactgc catagataaaccaacacaacctgacacatcatcaaatagattttatacattagatagtaa acattggtccaacacttcaaaaggatggtggtggaaattgccagatgctcttaaagaaat gggcatctttggagaaaacatgttttaccatttcctgggtagaagtgggtatacagttca tgtgcagtgtaatgctagtaaattccatcaaggtaccttgttagtcgcaatgataccaga acatcaattagcaagtgcaaagcatggaagtgtgaccgttggttacaaactaacacaccc aggtgaagctggtagagatgtgagtcaggatcgtaac-----------ac---aagtt-- -taaatcaacctagtgatgatagttggctcaattttgatggtaccctgcttggaaattta ttgattttcccacatcagtttataaaccttagaagtaataattctgcaactataatagtg ccatatgtaaatgctgtgccaatggattcaatgcttcgacacaataattggagtctagtc attataccaatttgttcattacgtagtgaaacttcatctactaata---tagtaccaatc actgtgtcaataagccctatgtgtgctgaattttctggtgcaagagcaaaaaatgtt--- ---------------------------------------a------tacaaggactacct gtatacatgaccccaggatctggacaattcatgaccactgatgatatgcagtcaccttgt gcgttaccttggtaccatcccactaaagaaatatctattccaggtgaagttaaaaacctt atagaaatgtgtcaagttgacactttgattccagtcaataacgtgggcaataat---gtt ggaaacattagtatgtatactgtgcaactggaaaacaaaacagaaa------tggcacaa aaagtcttttcaataaaagtagacataacatcacagcctttagctacaactttacttgga gagattgcaagttattatactcactggactggcagtctacggtttagttttatgttctgt ggaactgcaaacacaacacttaaattactacttgcatatacaccacctggcattggtgaa ccaacaaatagaaaagatgcaatgctaggaacacatgtcgtgtgggatgttggactacaa tctactatatctcttgttgtgccatgggtgagtgctagtcactttagattaactgcagat aacaaatactccatggctggctatatcacatgttggtaccaaactaacttagtagtaccc ccaagcacaccacaaactgctgatatgctatgctttgtctctgcatgtaaagatttctgt ttgcgaatggcaagggatacagatttacacatacaaagtggcccaatagagcaaaat--- ------ccagtagaaaattacattgatgaagttttgaatgaagttttagtggtgccaaat ataaaagagagtcatcacactacatcaaattctgctccacttttggatgctgcagaaacg ggacacaccagtaatgtgcaaccagaggatgctatagaaacaaggtatgttataacatca caaacaagagatgaaatgagtatagaaagtttccttggtaggtctggttgtgttcacact tcaaaaataaaagttg-attatact----------------------------------- -aactataatgga---gaaaacttaaactatacaaaatggaagatcacactacaggagat ggcacaaattagaaggaaatttgaattgtttacatatgtcaggtttgattcagaagtaac tctggtgccttgtattgctggtaggggagatg------acatcggacacgttgtaatgca atacatgtatgtccctccaggagctccaataccctcaaaaagagatgattttgcatggca atcaggtactaatatgtctatattctggcaacatgggcagccattccctagattttcttt accatttcttagtattgcatcagcttattacatgttttatgatggatatgatggagacaa ccct------tcttcaaagtatggtagtgtagttactaatgacatgggtactatatgttc aaggatagttacagaaaaacagaaacaccaaattgttatcacaacacacatatatcataa agctaagcacataaaagcttggtgtcccaggcctcctagagctgtaccttatacacacag tcatgtaactaattat------aaaccagaaacagg---------------------tg- --atgtgagaacagccatagtccgcagaga---------t---gccataaca-------- -----------act------------------gctgggcctagtgatctatatgtgcatg tgggtaatctaatatatagaaatttacatctgttcaattctgaaa---tgcatgattcaa ttttggtctcatactcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactacaggtg atgattatatccctaattgcaattgtactgaggctacatattattgtaagcacaagaaca ggtattatccaataaaagttacttcacatgattggtatgaaatacaagagagtgaatatt accccaaacatatccaatacaacctgttaattggtgaaggaccatgtgaacccggtgatt gtggcggtaaactcctttgtagacatggtgttatcggcataatcacagcaggtggtgaag ggcatgtagcattcatagatcttagacaat------ttcaatgtgctgaggagcaagg-- -cataactgattacatacatatgctaggagaggcctttggtaatggttttgtagatagtg ttaaggaacagataaatgcaattaatc------caatcaataatattagtaaaaagatca ttaagtggttgcttaggataatctcagctatggtcatcataatcagaaactcctctgatc ctcaaacaatcatagcaaccttaacgcttattggttgtagtggttcaccatggaggtttc tcaaagaaaagttttgcaaatggacccaattgacttacatccacaaagaatct---gatt catggttgaagaaattcactgagatgtgtaatgccgcacgtggtcttgaatggattggta acaaaatttcaaaatttatagattggatgaagtcaa---tgttacctcaagctcaattaa aagtcaaatatttaaatgaaatgaagaagctcaatttgcttgaaaaacaaattgaga--- ---atctacgtgcagcggatagtgcaacacaggaaaaaattaaatgtgaaattgacactt tacatgacttatcatgtaaatttctccctttgtatgcacatgaggcaaaaagaatcaaag tactgtataataaatgctctaacataat------caaacaaagaaagagaagtgagccag tggctgtgatgatacatggaccacctggtactggtaaatccataacaactagtttcttag ccagaatgataacaaatgaaagtgat------gtgtactcattacccccagatcctaaat actttgacggttatgacaatcagagtgttgtaatcatggatgacattatgcagaacccag atggggaggacatgacactattctgtcagatggtttcaagtgttacgtttataccaccta tggctgacttgcctgataagggcaaaccatttgattcaaggtttatcttatgtagtacta accactcacttttggccccacccactatatcttcattacctgcaatgaacagaagatttt tctttgacttggatattgtggtacatgacaattacaaggatatgcaagggaaattagatg tatccaaggcttttcaaccctgtgatgtcaacactaaaattggtaatgcaaaa---tgtt gtccatttgtatgtggcaaggcagttacatttaaagatcgtagtacttgctcaacatata ccttagcccaagtttataatcatattttggaagaagataagagaaggagacaggtagtag atgtcatgtctgcaatattccaagggccaatttctt---------------------tag atgctccaccaccaccagctatagcagacttactacaatcagttagaacacctgaagtaa ttaaatactgtcaagataataaatggattgttccagcagagtgtcaaa---ttgagagag atttaaatatagccaatagcataataactatcatagcaaacataataagtatagctggta tcatatttgtaatttacaaattgttttgctcattacaaggaccatattcaggtgaac--- ctaaacctaagactaagatgcctgaa---agaagagtagttgctcaaggtccagaggaag aatttggaaggtcaattctcaaaaataatacttgtgttatcactacaggtaatggaaaat ttacaggccttggtatatatgatagaattctaatcatcccaacacatgctgatccaggta gggaggttcaagttaatggtgttcacactaaagtcttagattcatatgatctttataata gagatggggttaaacttgaaataacagttatacaattagacagaaatgaaaaatttagag atatcagaaagtatatacctgaaacagatgatgattacccagaatgtaatttagcactct cagctaatcaagatgagccaactataattaaagtaggagatgtggtgtcttatggtaata ttttacttagtggaaaccaaacagctaggatgcttaaatataactaccccacaaaatcag ggtattgtggaggggtgctatataaaattggccaaattcttggtattcatgtgggcggaa atggaagggatggtttctcagctatgttacttaggtcatactttacagatacccaaggcc aaattaaaatcaataaacatgctactgaatgtggtcttccaaccatacatactcctagta aaaccaaacttcagcctagtgtattttatgatgtttttccaggttctaaggaaccagctg tgctcacagataatgaccctagattggaagttaattttagagaagctttattttccaaat ataaaggtaatgtagaatgtaatttaaatgaacacatggaagttgctgttgcccactact cagcacaattaataacactagatattgattctagaccaatagcattggaagatagtgtgt ttggaatagaaggacttgaggctttagatttaaataccagtgcagggtttccttatgtta caatgggtattaaaaagagagacctaataaataacaagacaaaggacatatctaggctta aagaggctctggataaatacggagtcgatttacccatgatcactttcttaaaagatgagc ttaggaaaaaagagaaaatctcaacaggtaagactagagttatagaagcaagtagtgtaa atgacactatattgtttagaaccacctatggtaatttgttctctaagtttcatttaaacc caggtgttgttactggttctgcagttggatgcgaccctgaaaccttttggtctaagattc cagtcatgctagatggagattgcataatggcttttgactatacaaattatgatggtagta tacaccctgtctggttccaagctttaaaaagagtccttgaaaatttatctttccactct- --aatttaattgacagattgtgttattccaaacacttgtttaaatcaacatattatgaag tggagggtggagttccttctgggtgttctgggacaagcatattcaatactatgattaaca acattataataagaacactggtcttagatgcatacaaaaatattgatttggacaagctta aaataattgcatatggtgatgatgtgatcttctcttacaaatatactcttgatatggaag ccattgccaatgaaggaaggaaatatggacttacaataacaccagcagataaatccaatg aatttaagaaacttgattataacaatgtgacttttcttaaacgtgggtttaagcaagatg agagacatacgtttcttattcatcctacatttccagtagaagagatatatgaatcaatta gatggaccaaaaaaccttcacagatgcaagaacatgtgctatcactatgccacctaatgt ggcacaatggacgtaaggtgtatg-aggatttttctaacaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtacatcccaccttatgatctattgagacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ataatga --atg-agtgattctt------------------tacttctataa--------------- ------------------------------------ >MN749154.1 Human rhinovirus A2 strain 12M7, complete genome ------------------------------------------tcccacagggagtg---g tactctgctattacggtagccttgtatgccagtttt----------------------at ------------ccc-ccc-------------tccccc---------------------- ------atgtaat----ttagaagt-t-ttacac------aa-agaccaatagc-cggta atcag-ccagatta-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttaa--tg ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacagcagcaatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcttagtagca-tctccg-aa-attgtctggttggtcgttccgcca------tttcc cc-cttggtagacctggcagatgaggctagaaataccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaga-taatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagagcacgcaaaccagtgtgtttctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac--------ttttt-ccttt-- ----atattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------ac--ca------tatatat tgacatcatgggcgcacaggtttcacgacaaaatgttggaactcactccacacaaaattc tgtatcaaatggatctagtttaaattactttaatattaattattttaaagatgctgcttc aaatggagcatcaaaattggaattcacacaagatcctagcaagttcactgatccagttaa agatgttctagaaaagggaataccaacgttgcagtcccccacggtagaagcttgtggata ctctgataggattatacaaatcaccagaggagattcaactataacttcacaagacgtggc caacgctgttgttgcatacggagtttggccacactatttatcctctaaagatgcctctgc aatcgataaaccctctcaaccagatacatcctctaacagattttacactctaaagagtgt aacttgggatagctcctcaaagggttggtggtggaaactacctgatgcacttaaagaaat gggcatttttggtgaaaacatgttttatcattatctgggcaggagtggatacaccataca tgtacagtgtaatgctagcaaatttcatcaaggtacactaattgttgctttaatacctga gcaccaacttgcaagcgcctcacacggcaatgtgaatgttggttacaactacacacaccc aggtgaaacaggcagggaagtcaaaaatggaaga--------------caaaatcctg-- -atctacaacccactgaagaatattggctaaattttgatggaacactccttggaaatatc accatattccctcatcaatttatcaatttaaggagcaacaactccgctactataattgcc ccttatgtcaatgctgtccccatggattcaatgcgtagtcataataattggagtctggta ataataccaatatgcccccttgagaca---tcaagcacaattaaca---ccatacctatc acaatatctataagccccatgtgtgcagaattttctggcgctcgtgccag---------- --------------------------------------gc------gtcaaggattacca gttttcatcacaccaggatcaggacagtttttaacaacagatgattttcaatccccatgt gcgcttccctggtatcacccaacaaaggaaatttctattccaggtgaagtcaaaaatttg gttgaaatctgtcaggtagatagcctggtaccaataaataatactgacacttac---atc aatagtgaaaatatgtattctgttgaattgcaatcatcaattaata------catcagaa aagatcttttctattcaaacagatgttgcatcccaacccttagccactactttgattggt gaaatatctagttactttacccattggacaggaagccttcgtttcagttttatgttttgt ggcactgcaaataccactgtcaaacttttgctggcatatacaccacctggtatcgcagaa ccaaccaacaggaaggatgcaatgttaggcacccacgttatatgggatgtagggttacaa tccacaatatcaatggtagtgccgtggattagtgctagtcattacagaaacacatcacca ggtagat---ctacagctgggtatataacatgctggtatcaaaccagattggtcattcca cctcaaactccacaaacagccagactattatgttttgtgtctgcgtgtaaagacttttgt ttgcgcatggcgcgagacaccaacctacatctgcaaagtggtccaatattacaaaac--- ------cctgttgagaactatatagatgaagtcttaaatgaagtcttagttgtcccaaat atcaatagtagtaatcctacaacatcaaattctgctccagcattggatgctgcagaaaca gggcatactagtaatgttcaaccagaggacgtcattgaaacaagatatgtgcagacatca caaacgagagatgagatgagtttagagagctttcttggcagatcaggatgtatacatgaa tctaaattagaggtca-catttgag----------------------------------- -aaatacaatga---------gaaaaactttacagtgtgggctattaatctacaagaaat ggctcaaatcagaaggaaatttgaattgttcacctatactagatttgattctgaaataac tctagttccatgcatctctgctattagtcagg------atattggacacattacaatgca atatatgtatgttccaccaggtgcaccagtacctaatagtaggaaccattatgcatggca atcaggtactaatgcttctgttttctggcaacatgggcaagcttatccaagattttctct accctttctgagtgtggcatctgcttattacatgttttatgatggatatgatgagcaaga tcta------------aactatggcacagcaagcacaaacaatatgggaacactgtgttc taggatagtaacagaaaaacacatccacaaagtgcatataatgacaagaatttatcacaa ggccaaacatgtcaaggcatggtgtccacgcccacccagagcacttgaatacacccgcgc tcatcgcaccaatttc------aaaaaacaggacac---------------------aa- --atatccaaacagcaatcacaaccagacc---------a---attatcact-------- -----------aca------------------gctggtcccagtgacatgtatgtccatg taggtaatcttatatatagaaatctccatcttttcaactctgaga---tgcatgaatcca ttttagtgtcttactcatc------ggatttaatcatttaccgaacaaacactataggtg atgattatattccttcatgtgattgcacccaagccacttattactgtaagcataaaaata gatactttccaattacagttacaagtcacgactggtatgaaatacaggagagtgaatact atcccaaacacatacaatataacctgctgattggtgagggtccttgtgaaccaggtgatt gtggtggaaagttactttgcaagcacggtgtcataggcatagtaacagctggtggtgata atcatgtagcttttattgaccttagacact------ttcattgtgctgaagaacaagg-- -agttacagattacatacacatgctaggggaagcatttggaaatggatttgtagatagtg tgaaggagcatgtgcatgccataaacc------caataggaaatatcagtaagaaaattg ttaaatggatgttgagaataatatcagcaatggtaataataattagaaactcttctgacc cccaaaccatactggcaacgctcactctgatcgggtgctctggatcaccttggagatttt tgaaggaaaaattctgtaaatggacacagcttaattatatacacaaagaatca---gatt catggctaaagaaattcactgaggcatgtaatgcagctagaggacttgaatggataggaa acaagatatctaaatttattgaatggatgaaatcaa---tgctcccgcaggctcaactga aagttaaatatttaaatgaacttaaaaaacttagcttatatgaaaaacaagttgaga--- ---gcctgcgtgtggctgatataaaaacacaggaaaaaattaagatggaaatagacaccc tacatgatctgtcatgcaaattcctacctttgtatgcaagtgaagcaaaaagaattaaaa ctttgtacatcaaatgtaataatattat------taaacagaagaaaaggtgtgaaccag tagctgtgatcatccatggaccacctggtgctggcaagtctatgacaacaaatttcctag ccaaaatgataaccaatgatagtgat------atatactccttaccccctgatccaaaat actttgatggttatgatcagcagagtgtggtaataatggatgacattatgcaaaatccca ctggagatgacatgacgctattctgtcagatggtttctagtgttacattcataccgccaa tggctgatttgccagataagggcaaagcttttgattctagatttgtattgtgtagcacaa atcattcccttctgacacccccgacaattacctcattacctgcaatgaatagaagattct ttctggatttagatataatagtgcatgatagttttaaggatcagcaaggcaaacttaatg tggcagcagcttttcagccatgtgatgtgaacagcagaataggaaatgcacgc---tgtt gtccatttgtgtgtgggaaagcagtctccttcaaagatcgtaactcttgtaacaaataca cacttgcacaggtgtataacataatgcttgaggaggacaagcggaggagacaagtggttg atgtcatgacggctatatttcaggggccaattgaca---------------------tga aaaacccaccaccacctgctatcactgatttgcttcagtctgtcagaactcctgaagtta ttaagtattgtgaggataatagatggattattccagcagagtgtaaga---tagaaaaag aattgaacttagctaacacaatcataacaataattgcaaatgtcatcagcatagcaggaa taatatatgttatttataagctcttctgcacgttacagggaccatattcgggagaac--- caaagcccaaaaccaaaattccagaa---agacgtgtagtgacacagggaccagaggaag aatttgggatgtccttaatcaaacataactcatgtgttatcacaacagaaaatggaaagt tcacaggtcttggggtttatgacagatttgtggtcgtaccaacacatgcagatcctggga aggaaattcaggttgatggtatagctacaaaagttattgattcatatgacctatataaca aaaatggcataaagttagaaataacagtactcaaattagacaggaatgaaaaattcagag acattagaaaatatatacccaatagtgaagatgattaccccaattgcaatctagcactac tagccaaccaacccgaaccaactataatcaatgttggagatgttgtatcttatggcaata tactgcttagtggcaaccaaacagctagaatgcttaaatacaattatccaactaaatctg gttattgtgggggtgttctttacaagatcgggcaggtgcttggaatacatgttgggggta acggcagagatggtttctcagctatgttgcttagatcctattttactgatgtccagggtc aaataacattgtcaaagaaaaccagtgaatgcaacctacccagtatacatactccatcca aaaccaaattacagcccagtgttttctatgatgtattccccggttcaaaagaaccagctg tgttatctgaaaaagatactcgactacaagttgatttcaatgaggcactattttccaagt acaaggggaatacgaattgttccatcaatgatcatataaaaattgcatcatcacattatg cagcacaacttattaccttggatattgatccaaaacccattacactcgaagatagtgtct ttggtactgatggattggaagctcttgatctcaacactagtgcaggatttccatacattg caatgggagttaaaaagagagacttaataaataacaaaactaaagatataagcaaactca aagaagcaatagacaaatatggagttgatttacctatggtcactttcttgaaagatgagc ttagaaagcatgaaaaggtagttaaaggcaaaactagagttattgaggctagtagtgtaa atgatactctattatttagaacaacttttggtaatctcttctcaaaatttcacttaaatc ctggaattgtcactggatcggctgttggatgtgatccagaagtgttttggtcaaaaatac cagctatgttagatgataaatgtattatggcttttgattatacaaattatgatggtagta tacaccctatttggtttgaagctcttaaacaggtattagtagacctatcatttaatcca- --acattaatagatagattatgcaagtccaagcacattttcaaaaacacatattatgaag tagagggaggtgtaccatctggatgttcaggtactagcatttttaacactatgattaaca atatcattataagaaccttggtattagatgcatataagaacatagacttagataagctta aaataattgcttatggtgatgatgtcatattctcatacatacatgaactggacatggagg ctatagcagcagagggtgttaaatacggtttgactataactcctgctgataaatctagta catttgtaaaattggattacagcaatgtcactttcctaaaaagaggatttaaacaagatg aaaaatataactttctgatacatccaatctttcctgaagatgaaatatttgagtccatca gatggacaaagaaaccatcacaaatgcatgagcatgtgttatctctatgtcacttaatgt ggcataatggacgtgacacataca-aaaagtttgtggataagatacgcagtgtaagcgct ggtcgtgcactgtacatccctccatatgacttgctcttgcatgaatggtatgaaaaattt taaag------------------atatag---aa-------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >DQ473511.1 Human rhinovirus 55, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ -------------ac-ctt-------------c-ctcc-a-------------------- -------tgtaac----ttagaaga-t-gtacac------tc-agaccaatagg-tgata atcct-ccagatta-t----c-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcta--aa ctgatatgctccaac-agggc-aaaaacagtgcagatcgttatccgcaggatgcctacgc aaagtctagtaacc-cctttg-aa-gatatttggttggtcgctccacta------t--tc cc-catagtagacctggcagatgaggctagaaattccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tattg-ggt----------gtgaagccaaa-tattgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatcct--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatgcaatccagcatgtagctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-cctta-- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t------------tgca----tatatat tggcatcatgggcgctcaagtatctagacaaaatgttggcacacactctactcaaaattc agtatcaaatgggtcaagtttaaattatttcaatattaactatttcaaagatgctgcatc aagtggtgcttctaaacttgaattttcccaagatccaagcaaattcacagacccggttaa agatgtcttagaaaaagggattccaacattgcaatcaccatcagttgaggcatgtggtta ttcagataggattattcaaattactagaggagactcaacaattacctcacaagatgttgc caatgccgtagtaggttatggcgtttggccgcattatcttacaccacaagatgctaccgc acttgataaaccatctagaccagatacttcatccaatagattttatacactagaaagcaa aatttggaatggcacatctaaaggttggtggtggaaattgcctgatgctcttaaaaatat gggaatttttggtgaaaacatgttttatcactttcttggaaggagtggatacacagttca tgtacaatgtaatgccagcaaatttcaccaaggtacactaattgttgccatgataccaga acaccaattagcaagtgcaacttctggaaatgttactgctggatacaatttaactcaccc cggtgaacaagggagagatgttagtgtcacaggacgc-----------caaaatgcaa-- -caaagcaacccagtgatgataattggttaaattttgatggcacattacttggcaatata actatatacccccatcaacttattaatctaaggagcaataactcagcaaccattatagtc ccttatgtaaatgctgttcctatggactcaatgcttagacacaacaactggagtttagta attatacccatttgcccattggaagcacagggtgtcccaaa---ta---ctgtgcctatt acagtatctattagtccaatgtgtgctgaattctctggagctcg---------------- --ggca------------------------------aaaa------gccagggattacct gtcatgacaactccaggttcaggccaatttatgactacagatgactatcagtcaccgtgt gctctgccatggttccattctactaaagaaatctccataccaggccaagtcagaaacttg attgaactgtgtcaggtggataccctaattccagtgaataatgtagaagggaat---gaa aagagaatagatatgtacacagtcaccctaagtagagagacagatg------tggccaag gaaatccttgcaattagagttgacatagcatcacaaccacttgcaactactatgattggt gaaatagctagttattttacccaatggacaggtagccttcgcttcagcttcttattttgt ggtacagccaacaccacacttaaaatacttgtagcatacacacctcctggtatcaggaaa ccacagactaggagagaagcaatgttaggtactcatattgtgtgggatgtaggattgcaa tcaacagtgtcgatggtagtaccatgggtgagtgctagccatttcagaaacacaacacca gatacgtactccctagcagggtatataacatgttggtatcagacaaatttagttgtgcca cctaacacaccaactactgcaaggatgctgtgctttgtatccggctgcaaagacttctgt ttgaggatggcacgtgacactaatttacatctacagagtgcgcccattacacaaaat--- ------cctgtagagagatatgttgatgaagtcctgaatgaagtgctagtagttccaaat attagggagagtcaagcagcaacatcaaattcagctccagtactagatgcagcagaaact gggcatacaagcaatgtacaaccagaagatgtaattgagacaagatatgttcagacatca caaactcgtgatgagatgagcattgaaagttttctaggtagatcaggatgtgtacatata tcagagttagttgttc-attatgaa----------------------------------- -gaatataacaaa---gagggaaaaaattttactaagtggcaagtaaacatccaagagat ggctcagattagaagaaaatttgaaatgttcacctatactagatttgattcagaagttac attagtaccctctattgctgcaaagggagatg------acattggacatgtagtcatgca atacatgtatgttccacctggagcaccaattccaaagacaagagaagattatgcttggca atcagggaccaatgcatctatcttttggcaacatgggcaaacataccctagattttcact tcctttcctaagtatagcttctgcttattacatgttctatgatggatatgatggtgacca aact------gagtcacgctatggcactgcagtcactaatgacatgggtactttatgttc tagaataataactgataaccataagcacccaattgaagtgacgacaagagtctatcataa agctaaacacatcaaagcatggtgcccacgaccacctagggctgttgaatacacacacac acatgtcacaaattac------aagaagactgatgg---------------------ca- --cagaaaagacagcaattaaatacagaag---------g---gacattaaa-------- -----------aca------------------gtgggccctagtgacatgtatgtccatg ttggtaatctcatctacagaaatttacacctatttaattcagaca---tgcatgatagta tcttagtatcttattcatc------tgatctagtcatataccgaacaaatactataggtg atgactatataccaacatgtgattgtactgaggcaacatattactgcaaacacaaaaaca gatattacccaattaaagtcactagccatgattggtatgaaattcaagagagtgaatatt acccaaaacatatacagtacaacttactaataggtgaaggaccatgtgaaccaggagatt gtggagggaaactactttgtagacatggggttattggtatggttacagcaggaggagatg gacatgtggcatttattgatcttagacact------tccactgtgctgaagaacaagg-- -cataactgattacatccatatgctaggcgaggcatttggaagtgggtttgttgacagtg tgaaagatcagataaatgccattaacc------caattaataacattagcaaaaagatta ttaaatggttacttagaataatatcagcaatggtaataattataagaaattcatctgatc cccagacaatcatagcaacacttacattaataggatgctcaggttcgccctggaggttct taaaagaaaaattctgtaaatggacacaattgaattatgtacataaggaatca---gact catggcttaagaaatttactgaaatgtgtaatgcagccaggggtttagaatggattggta ataagatttctaaatttatagactggatgaaatcaa---tgttgcctcaagcacaactca aagtcaagtatttgagtgaactcaagaaactgaacctcctggaaaaacaaatagaac--- ---atctaagagctgcagattctgctacacaggagaaaataaaatgtgagattgatacac tacatgacctttcttgcaaatttcttccattatatgctagtgaggctaaaagaattaaag ttctccataacaagtgcaatgtggttat------caaacaaaggaaaagatgtgaacctg tggctgttgttatccatggtgaacctgggacaggaaaatctatgacaaccaatttcttgg caagaatgataactaatgatagtgac------atttattcacttccaccagatcccaaat attttgatggatatgaccaacagagtgtggtcataatggatgatatcatgcagaatccaa gcggagatgacatgaccctgttctgtcagatggtatcaagtgttacttttatacctccaa tggctgatttgccagataaaggaaaaccttttgattcaagatttgtcctgtgtagtacta accatagtatgcttgctccacccaccattacatcattacctgctatgaatagaagatttt tcatggatttagatattatagttaatgataagtacaaagactcccaaggtaaacttaatg tgtctgcagcttttaaaccatgtgatgttgatgtaaaaattggcagtgcccga---tgct gtccttttatatgtggtaaagcagttatgtttaaagatagaaacacttgtcacacatacg cattagcacaagtctataatcaaatccttgatgaagataagagacgtagacaagtgattg atgtcatgtctgcaattttccaaggtcccatatcct---------------------taa aaggccctcctccagctgctattagtgatcttcttcaatcagttaggactccagaggtta tcaagtattgtgaggaaaacaaatggataatccctactgaatgtaaag---tagaaagag atttgaacatagctaatacaatcataacaataatagcaaatattataagtatttctggta taatatatgtcatttataaactcttctgtacattgcaaggaccttattcaggagaac--- caaagccaaaaacaagaatgccagaa---aggagagtagtagcacaaggaccagaagaag agtttggtaggtcgttaatcaaacataattcatgtgttgttacaacatcaaatggtaaat ttacaggtttgggcatttatgacagaacgttaatcgttccaacacatgcagatccaggta aagagatccaagttgatggcatcactacaaaagtagaagattcatatgacttgtttaata aagatggggtaaaattagagatcactgtgctgaagttaaaaagaaatgaaaagtttaaag atatcaggaaatatataccagaaagtgaaagtgattatccagattgcaatttggccctct ctgcaaatcaaccagaaaccactatattaaatgtaggagatgttatctcttatggtaaca ttctactcagtggaacccaaacagcaagaatgctcaagtacaactacccaacaaaatcag gatactgtggtgggattttgtataaaattggacaagtccttgggatacacgttggtggta atggaagagatggatttgctgccatgctactgagatcttacttctctgaaactcagggtc aaataacaaactctagacctacaagtgaatgtggcttacctagcatacacacaccaagta aaacaaaattacaacctagtgttttttatgatgtattcccaggcaataaagagccagctg ttctttcaaatcatgaccccagattggaagttgattttgagaaagctattttttctaagt ataaagggaatgaacagtgtgttatcaatgatcatatcaaagtagctgtttctcattact cagctcaattagctaccctagatattaatccacaaccagtctctatagaggagagtgttt ttggcatggaaggattagaggcacttgatttaaacactagtgcaggattcccttatgtga ctatgggcataaagaaaagagatttgatcaataaacagaccaaagatatatccaaactta agatagctttagataaatatggtgttgatttacctatggttactttccttaaagatgaac ttaggaaaaaggataaaatatccgctggaaaaactcgtgtcattgaagctagtagtgtaa atgacactgtcttgtttagaacaacctttggaaatctcttttcaaaattccacctaaatc ctggtgtcgttacaggttctgctgtggggtgtgatcctgaggtattttggtcaaaaatac cagtaatgctggatggggattgtataatggcatttgactatacaaattatgatggaagta tacacccaatttggtttcaagctcttaaagaagttctgaccaatttatcttttgaagct- --aatctgatagacagactatgtagatcaaaacatatttttaaaagtgtatattatgagg ttgagggaggagttccatctggctgttctggaacaagtatttttaatacaatgatcaata atattatcattagaacattggtccttgatgcttataaatacatagatttagataagttga aaataatagcttatggtgatgatgttatcttctcctataaatatcaacttgatatggaag ccattgctaaagaaggaacaaaatatgggttaaccataacccctgctgataaatctactt catttaaacagcttgattataataatgtcactttcttgaaaagaggatttaagcaagatg agaaacaccagtttttaatacacccaacattcccagttgaagagattcacgaatctatcc gctggacaaaaaacccatctcagatgcaggaacacgtcctatcgctgtgtcgtttaatgt ggcacaatggtagggatgtgtata-aacagtttgaaaagcaaatacgcagtgttagcgct ggtcgcgcactgtatattcctccctatgatttgctcctgcacgagtggtatgaaaagttt taaat-------tgtt-tag---atatag---aa-------------------atattaa --aca-gttagttttt------------------tagttttat----------------- ------------------------------------ >MN228693.1 Human rhinovirus C3 strain USA/2019/CA-RGDS-1060, complete genome ------------------------------------------------------------ --ttcttgtattacggtacatttccataccagtttt----------------------at ------------ata-ccc-------------cacccc---------------------- ------gaaactc----atagaagt-ttgtacac------aa-cgaccaatagg-cggtg g-ccatccaggtca-c----t-aatggtcaagca-cttct-gttt-ccccggcacc--ct tgtatacgcttcacccgaggc-gaaaaacgaggtcgtcgttatccgcaaagtgcctacga aaagcctagtaaca-ctttga-a--aacctatggttggtcgttcagctgtt------cac cc-aacagtagacctggcagatgaggctagacactccccaccagcgatggtggtctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct--accg-ggt----------gtgaagccaga-aagtgg acaaggtgtgaagagcctattgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccctaaccccgtagctgttgcatgtaatccaacatgtatgcagtcgtaatgggcaact atgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----g---tttta-cttttt- -----cattgcttatggtgaca-----at-tgt--------atc-t-ga----t-acact tgtcaccatgggcgctcaagtgtctagacagagtgttggaagccatgagacaatgatcca cgctgggactggggctgtggtcaaatattttaatgtcaactactacaaagatgcagcaag ttctggattgaccaagcaagacttctctcaagatccatctaaattcactcaacctgtagc agatattttgacaaa------ccctgcattgatgtctccttccattgaggcatgtgggtt ttccgataggctcaagcaaatcactattggaaactccactatcacaacacaagatgctgt taacacaattgttgcatatggtgaatggcctagttacttatcagacatagacgcaacttc agttgacaaacccacccaccctgaaacatcatcagacaggttctacacactgaagagcgt tacttgggaggttggatcatcaggctggtggtggaaattaccagactgtttaagggacat gggtgtgtttggacaaaacatgtaccaccatgctatgggaagatctgggtatattataca cactcaatgtaatgccactaaatttcatagtggatgcttactagtagcagtagtacctga acatcagttagcatacattggaggtgacaacacccgggtcaaatataagcacacacatcc aggtgaattaggccacaaaattggtagtaactca--------------gagagaggtg-- -ataaccaaccagatgaaaaccctttcttcaactgcaatggaactttactgggaaatttg acaatcttcccacaccaactcataaacttgaggacaaacaactcaagcaccattgttgtg ccctatattaactgcacacccatggacagcatgttacgccataacaatgtgtcacttgtt attatacccatatgtcctctgcgagcaccagctacagctccctcaa---ccttaccaatc acaatatccattgcccccatcaaatcagaattttcgggcgcaaggcagt----------- -ctgcc------------------------------aaag------cacaaggcctacca gtgagaatgccaagtggagccaaccagttcatgacaacagaggatgaacagtctccaaac atactccccagcttccattcaaccaaacaaatccacatacctggtgaaattaagacaatt atggacatggctcgcgtggactcctttatgcctataaataatgtg---aatcag---tct catacgctgggggtttactacatcacaataccaaacgtga---------gcagtgagagg aaaatactggctataccactagatatgagtaatacacttttctctacaacacttatgggg gaagttctaaactactactcaaattggtctgggtcaatcaaacttacattcttctgtgtt tgtgacagcttcagtactggtaagttcttgatagcatacacccctccaggtgctgacgtc ccagagacacgccgtgatgcaatgctcggcacgcatgttgtgtgggatctaggtctccaa tcatcatgccaccttgttgtaccttggatcagctctcatttcttcaggaggaccagaaag gacaattacacagagagtgggttcgtcacattgtggcatcagacagcatttgtatccaat ggaacttc---------aggatctataatggttacctgctctgcatgctctgacatgtca gtccgcatgttgcgagacacacccatgatgaagcaagaagataacatcactcaaaac--- ------ccagtggaagagtttgtagagcacacactaaaagaggtgttagtagttccagac acccaagcttcagggcctgttcataccaccaaaccacaagctctaggtgctgtagaaata ggagcaactgctgatgtgggcccagaaacactaattgaaacaagatacgtaatgaatgac aacacaaatgctgaggcagcagtggagaacttcctgggaagatctgctttgtgggcaaat ctaagact---ggatc-a------------------------------------------ ------------------------gggtttcaggaaatgggagataaacttccaagaaca cgcccaagttaggaaaaagtttgagatgttcacatatgttagatttgacctggaaataac aattgtcaccaacaacaagggat------------------------------tgatgca aattatgtttgtacctccaggaatcacacctccaggagggaaggatggtagggaatggga cacagcctctaaccccagtgtattcttccaaccaaactctggtttcccgagattcacgat acccttcacagggttgggatcggcatactatatgttctatgatggatatgatggaactga cgat---gccaatataaattatggaatctcattaacaaatgacatgggaactttatgttt ccgtgctttggatggaactggagcaagtga------------tatcaaagtgtttggcaa acccaagcacataactgcatggattccccgcccacccagagcaacccaatacctgcacaa gtttagcactaactataataagccaaagacaactgg---------cagcactgagttgg- --aaccaaagcacttctttaagtacagaca---------a---gacattaca-------- -----------agtattacca---------acctgggacccagtgacatgtatgttcaca caaaagaggccatctataaatgtgcacacctaactgaacctaatg------aaaacacaa tactcctggctatatcatc------agatctccaagttgacagcacaagcatccctggcc ctgacaatatacctacctgtgattgcaccacaggtacttactattgcaaaagcaaggaca gatactatccagtgaacctaacacaccacagttggtatgtaatacaagaatccagctact acccgaagcacattcagtatgatatactgattggtgaaggaccttgctctccaggggatt gtggtggtaaactactgtgtatacatggaaccatagggatggtgacagcaggtggagaga accatgttgcattcatagacctaagaaactata---gctcacttagtgaacatcaggg-- -tattacagactatgtcacacaactgggaaatgcatttggagatgggttcacaagttcta ttagagaaacactagtatctgcatgtgatg---tgtcagacaaactcactggaaaaatca tcaaatggacgattagactgattagtgccttatcaattatagttagaaacagcactgaca cccccactgttatagccacacttgccctgttaggatgctccggttcaccatggcgctact tgaaagacaaagtttgcaagtggctgggtattgatccaccacctagtagacagagtgact catggctgaaaaagttcactgagttctgtaatgcagcccgtggactagaatggatcggtg ataaattatctaaattcattgattggctgaaaggaaaaatactgcccactctccgacgca agtcagacacacttaaggagtgtaaaaagattccattatacaaagaacaagtcaaag--- ---catttgctacagcatcagaggaagcacaggatgaattaatggtaaaggtcaacaaac ttgaaaaagggctccaggatcttgccccactatacgcactagaggccaaacaagtgcgcg agatgtctagagagctacaacgcatgatgtgctacaagaaaacccacagaacagaacctg tctgtatattgctgcatggacaaccagggtgtggtaagtccttagcctccaaagttattg ctagaggcctcactagtgagagcaat------gtttactccctgccacctgatcccaagt actttgatggatacaaccaacaggaagtagtgatcatggatgatgttggccaaaatccag atggaaaagatttgagtctattttgccagatggtgtcaagcaccgaattcataacaccaa tggctaatcttgaagataagggtagagcattcaccagtgattatgtcatagccagtacaa atatgtctgttctcacaccacctactgtctcatcacctgaagccatagataggaggttct tcttggattgtgatgttaaaatcatgccagcatataacacaaat---aaccttctgaatg ttgctaaagctttgctgccatgcactgattgcccaaaaccagaattttataagcaatgtt gccctttgacatgtggcaaggctttgattctgcaaaacaaaagaacaaaagctagttact ccatcaacactgtggtgcaacagctacggcaggagaagaaaaacagaaaatgcgtggagc acaatctcactgccattttccagggattag---------------------------gag atgattcaacaccagggttcattatagacctccttagtgcttctaaagacccaaaagtca tagagttctgtgagaaagagggatggattaagcagtccagatgctcaaagattgagcgtg acttcaactatgcacaatactgcattaactgtgtgggtagcatcatcttgattctaggaa ctgtttatgcactgtataagttgatgtgtatagcacaaggcccctacactggactac--- cacaaccaaaagtgagaaaacctgaactaaggaaagctgtcattcaaggtccagaacatg agtttggaatggcattgatcaaaagaaactgccatatagctacaacagatagaggagact tcaacctgttaggagtgtatgataactgtgcagtgatacccacacatgcccaaccagagg acacaattcttattgatggtgttgagacaaaaattctgaaacagacaattatcacagatg agaatgatgtggatacagaggtgacaatactgtggttggaccgcaacgaaaagtttaggg atataagaaggttcataccagattatcagagagattggcaaaatatgcgtcttgtcacta atgtgcccaaatttcccatgctagatatagagataggtgatgttgtaccatatggagaca tcaatctgagtggaaacccaacaaccagactgcttaagtatgactaccccacgaaaccag gtcagtgtggtggtgttatcttaaatacaggtaatataataggcatacatgtggggggaa atggtagagtaggatactgtgcatcactaacaaagagctactttgcctccgcccagggtg aaatagtcaataaatgcaaagtacaggatgtgggtcttaagcccatcaacacaccagaac actccaaattacaccccagtgtgttctatgacatatttcctggggaaaaagaaccggctg tactaacacagaaagatcccagattggaaactgatttgaagacagccgtcatgtccaaat acaaagggaatgtaaaaattgaaatgagtgagaacatacagattgcagtggaacactact cagctcagctgtttatgttagacattaacccagaacccatatctttggaacaggcagtat atggtatggaaaacctggaaccactcgatctcaccacgagtgcaggctttccctatgtca ccatgggggttaaaaagagagacattctgaacagaaacacaagggatgttacaaagcttc agcatatgattgacacctatggacttgatctaccatatgtgacctacctaaaagatgagc ttcgggctcctgttaaaataaaaacagggaaaacaagagctattgaagcagctagcatga atgacacagcaaacttcagaagagtgtttggcaacttgtacgctggcttccatgcaaatc caggtatcctaactgggtcagctataggctgtgatcctgatatcttctggtcacaactat atgcttcaatggaaaaacacc---tgttagtgtttgattacacaaattatgatggaagtt tgcacccagtgtggttccaagcacttgagcaacttttaaacaacttgggttttcctggt- --gagttagcatataaactgtgtaatacaacccacatatacaaggatgaaatatacacag tgaagggaggaatgccttcgggaatctcaggaacctccattttcaacacaattataaaca acataataattaggactttggttttagacacatacaaagggattgaattggataaattaa aaattgtggcatatggtgatgatgtgatagcttcctacccagaagagcttgacccagcac agattgctgtatctggtctcaagtacgggctaacaataacacctgctgacaagtctgacc agtttgtgaaggtcaactgggacaatgccacatttttgaaaagaggattccgtgtggatg agaaatacagtttccttgtacacccagttttcccagaaaaggagatctttgaatcgatca ggtggaccagagacccaaagaacactcaagaccatgtatactctttatgtcttttgatgt ggcacaatggtgaagaaccttaca-aggaattcatatctaaaattaggaagacagaagta ggccgtaggttgtatcttccaccatacaacctgctggagcgtacttggattgataaattc -----------------------atttaa---atag-------taatagtaatgtagaa- ------atctacctgag---taggagta------gg------------------------ ------------------------------------ >KY369894.1 Human rhinovirus A82 strain SC9702, complete genome ----------------------------------------------acgtggtgtt---g tgctctgttattccggtaactttgcacgccaatttt----------------------at aa-----------cc-cct-------------ttcccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt--tttgcac------ac-agaccaatagc-aagca gcata-ccagctgt-a----t--aaggtcaagca-cttct-gtct-ccccggtcga--tg ttgatatgcttcaac-aaggc-aaaaacaacagagatcgttatccgcaagatgcctacac aaagcctagtacct-cctttg-ac-ggtatttgtctggtcgttcaggtg------tttcc cc-agcactagacctggcagatgaggctagaaactccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tactg-ggt----------gtgaagccaaa-tactag acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacccgcagccattgctcacaatccagtgggtagatggtcgtaatgagcaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcat----g---tttta-ctttat- ----aatttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gtga----tatatat tggcatcatgggcgctcaagtttctagacagaatgttggtacacactcaactcaaaacat ggtttcaaatggttctagtttaaattattttaacatcaattattttaaggatgctgcttc tagtggagcatctaaattagaattttcacaagatcccagcaaattcacagacccagtcaa agatgttttagaaaagggaatcccaactctgcaatcacctactgttgaagcttgtggata ttcagatagaattatccaaataacaagaggagattccacgattacatcgcaagatgtggc aaatgctgttgtagggtatggagtatggcctcattacctatctccagaagatgccacggc cattgataaaccaacacgccctgacacatcatctaacagattttacactttggagagcaa aatttggatgagtgactcaaaaggttggtggtggaaattacctgatgcacttaaagatat gggagtttttggacaaaatatgtattaccatttccttggaagaagtggctatacaatcca tgtgcaatgcaatgctagcaaattccatcaaggcactttgatagtggctgccataccaga acatcagttagcaagtgcagagaagggtaatgtcaatactggctacaactacacacaccc tggtgaaactggtagagatgttggaaaggacagg--------------gaaagcacca-- -gataccaacctagtgatgacaattggctcaattttgatggtaccttattaggtaatata accattttccctcaccaattcatcaatttgaggagcaataattctgcaacactaatcctc ccatatgttaatgctgtacccatggactctatgcttagacacaacaattggagtttagta ataattccaatttgccctctagaaactaatgggggcgac---ccta---ctgtgcctata acaatatccattagcccaatgtttgctgaattttctggagcacgagcccgt--------- ---------------------------------------a------gccagggattacca gtgttaatgaccccaggttctggtcaattcatgacaactgatgattaccagtctcctagt gcattgccatggtttcattcaacaaaagaaatatttatcccaggtcaagtgcataattta tcagaattatgtcaagttgatacaatcataccaattaactacacatcagcaaat---aca actagtgttaacatgtacactgtggtgttggacaaaggagag---c------ccggaaga gaagtttttgccatgagagttgatatagcaacacaccctctagccacaacattaattgga gagattgccagttattatacacattggactggcagcttgagatttagccttatgttttgt ggaacagctggtaccacactcaaactattagttgcatacacaccccctggaattgccaaa ccaacaaacagaaaagatgcaatgcttggtactcatgttgtttgggatgttggtctgcaa tcaaccatatcaatgattgtaccctgggttagtgctagtcacttcagaaacaccacacca gacaaattttcgcaagcaggatatataacatgctggtatcagactgcccttgttacacct cccagtacacccattacagccaggatgctatgttttgtgtcagggtgtaaagatttctgc ttgcgtatggccagggacactaatctacataaacaagttggacccatcacacagaat--- ------ccagttgaaaaatatgttgatagtgttttaaatgaggtgttagttgttcccaat attaatgagagtcaccctagtacttcaaattcagctcctgcattggatgccgcagaaaca ggacacacgagtactgttcaacctgaagacatgattgaaacacgatatgtccaaacatca caaaccagagatgaaatgagtcttgagagcttcctgggtagatctggttgcatacacata tcacacttagaagtta-aatatact----------------------------------- -gattataatga------aggtaataattttagatcatggccaataagtataaaggagat ggcacaaataagaagaaagtttgagcttttcacatatgtgagatttgattcggaaatcac tctagtgccttgcatagcctctcaaagtagtg------atattggacatgtagtgatgca gtacatgtatgttccacctggtgcacctaaaccagaaaagagggatgattacacctggca atctgggactaatgcttcaatcttctggcaacatggacaaccttaccctcgcttctcact tcctttcttgagcatagcctcagcctattacatgttttatgatggttatgatggtgatgt ttct------ggatctcgttatgggaccatagtaacaaatgatatgggcacactgtgctc tagaattgtgactgaagaacaccaaactcaggttaacatcaccacgaggatataccacaa agctaaacatgtgaaggcatggtgtccacgaccccctagagctgtgggctacacacacac atatgttaccaattac------aaaccatcagtagg---------------------gg- --attacagtgttgttattccagttagaga---------a---agccctaga-------- ----------caga-ttctta---------atgtaggacccagtgacatgtatgtgcatg ttggaaacttgatatataggaatttacatctctttaactctgatg---tccatgactcta ttttagtgtcttactcatc------cgacctagtcatttaccgcacaaatactataggtg atgactatatcccaacatgtgattgtacagatgcaacttattactgtagacataaaaata gatactatccaataaaagtgactagccatgattggtatgagatacaagaaagtgaatatt atcccaaacatattcaatataacctcttaattggtgaaggcccatgtgaaccaggagatt gtggtgggaaacttctttgcaaacatggtgtgattggaattattacagcaggaggtgagg gacacgtggctttcatagacttgagacatt------tccattgtgcggaagagcaagg-- -tattacagactatatacacatgcttggggaagcctttggtagtgggtttgtagacagtg tcaaagatcaaatcaatgcaataaatc------ctataaataatatcagcaagaaactag ttaagtggattcttagaataatatctgctatggtgataattataagaaatagctcagacc cacaaacagttatagccacacttacactaataggttgttcaggatcaccatggcggtttc ttaaagagaagttttgcaaatggacacaactgcattatgtgcataaagaatca---gact catggcttaaaaaattcacagaaatgtgcaatgcagcaagaggtcttgagtggattggta acaaaatatctaaattcattgaatggatgaagtcca---tgttacctcaagcccaattga aagtcaagtaccttaatgaacttaaaaagttgagtttgttagaaaaacaaattgaga--- ---atctgcgctgtgcggacgcaaaaacccaagagaaaattaaagtagaagttgacaccc tccatgatttatcatgcaaatttcttcctttgtatgctagtgaagcaaagagaatcaagg ttctgtacaataaatgcaataatataat------caaacagaaaaagaggagtgaaccgg ttgctgtgatgatacatggtccacctggaactggcaaatccataaccacaagttttcttg ctaggatgataacaaatgaaagtgat------atttattcactgccaccagatcccaaat attttgatggatatgaccagcagagtgtggttattatggatgatattatgcaaaacccag atggagaggacatgtctttattctgtcagatggtgtcaagtgttacattcattccaccaa tggctgatttgccagataagggtaaaccatttgattctcgctttgttttctgtagcacaa atcaatccctcctagctccaccaactatcacttcactttctgctatgaatagaaggtttt acttagacttagatataattgtgcatgaaaattataaaaataatcaagggaaattggatg tgtctagatcttttaaaccatgtgatgtggatgcaaaaataggcaacgcaaaa---tgct gtccattcatatgtggtaaggctgtttctttcaaagaccggaacacatgtgaagtctatt ctctctctcagatttacaacatgattatgcaggaagataaacaccgcagaagtgttgtgg atgtcatgacagcaatatttcaaggaccaatcacta---------------------tgg aagccccaccaccacctgcaatagcagacttgttgcaatcagttagaaccccagaagtaa ttagatactgtgaggagaacaaatggataattccagcagattgtaaaa---ttgaaaggg atttaaacttagcaannnnnnnnnnnncaattatagcaaatgttattagcatagctggca ttatttttgttatttataagctgttttgcacactccagggtccatattctggtgagc--- ctaaacccaaacccaaaattccagaa---aggagagttgtagctcaaggacctgaagagg aattcggccgttccctgattaaacataatacatgtgttgttactacagataatggaaaat ttacaggcttgggtatatatgataaaaccatgattataccgacacatgctgatccaggta atacaattcaaatagatgggataaatgtgaaaatttcagattcctatgacctgtataaca agaatggtgtgaaacttgagataacagtagtcaaattagataggaatgaaaaatttagag acatacgaaagtacatcccagagaaagaagatgattacccagattgtaatttggcattag tagctaatcaacctgaacccacaatattaaatgtaggagatgttgtatcatatgggaata tattacttagtggaaatcaaactgcaagaatgcttaaatataactatccaactaaatcag gatattgtggaggggttttatataaaataggtaatattctgggcatacatgttggaggca atggaaaggatggattctcagctacattactcagatcttactttagtgaaactcagggac aaataacaaagactacaaatgtaaaggaatatgggctccctactatacacacacctagta aaaccaaactacaacccagtgtgttttatgatgtatttaaaggaaccaaagaaccagctg tattatctgagaaagacccacgcttagagactgattttaagaaagccctattctccaaat acaaaggaaacttgaactgtgagatgaatgaccatgttaaagttgcagttgcacactatt ctgcccaattaatgacacttgatatagactcaaacaacatgagtttggaggacagtgtat ttggctcagagggattagaggctttagatttaaacactagtgcaggctttccatatataa gcatgggcataaagaaaagggacttgattgacaagaatactaaagatatatctaaactta aaattgcattagataaatatggagtagatctacccatggttactttcctcaaagatgaac ttagaaagaaagaaaagatatcttctggaaaaactcgtgtcatagaggctagtagtgtaa atgatacagtagcatttagaatggtgtatggtaatctatttgcaacctttcataaaaacc ctgggatagtaacaggctctgcagttgggtgtgatccagaaaccttttggtcaaagatcc ctgttatgttagatggtgagtgcataatggcctttgattacacaaattatgatggtagta tacatccaatgtggtttgaagctttgaaaatggtattaagtaacttgcaatttgaaccc- --aggctaattgataggttatgcaactctaagcatatatataaagactcatactatgagg ttgaagggggggtgccttcaggatgttctggaacaagcatattcaatactatgatcaata acataatcataagaacattagtgttagatgcatatagacacatagacttggataaactga agataatagcatatggtgatgatgtgatcttttcttataaatacactcttgacatggaag caattgcccaagagggcattaaatatggtctgaccattacaccagctgacaaatctgaaa ctttcaagaagcttgattacagtaatgtcacctttctgaaaagaggctttaagcaagatg aaagatattcattcttaatccatccaacctttcccattgatgagatacatgaatcaatta gatggacaaagaaaccctcacaaatgcatgagcatgtactctcattgtgtcatctaatgt ggcacaatggccatgaggcttata-gagacttcgaacggaagatacgcagtgttagcgcc ggacgcgcactgtatatccctccctatgaagtgctyttgcatgagtggtatga------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >KY369890.1 Human rhinovirus A47 strain SC122, complete genome -----------------------------------------------tgtggagta---g tacactgttattacggtaaccttgtacgccagtttt----------------------at -c----------acc-cct-------------t-cccc--c------------------- ------ttgtaac----ttagaagt-tataaact------cg-agaccaatagg-cagtg atcaa-ccagatca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg ctgatatgctccacc-agggc-aaaaacagccgcgatcgttatccgcaaagtgcctacgc aaagcctagtaata-tcttga-at-gatgtatggttggtcgttcagcta------a--ac cc-catagtagacctggcagatgaggctggaaattccccactggcgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcgcactc--tcacg-agt----------gcgaagccata-tatttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgcatacaatccagtgtgtggctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttc-ctttat- ----aatttgcttatggtgacag-tatat-a-g--------ct--t--------atatat tgttaccatgggcgcacaagtctccagacagaatgttggcacacactccacacaaaacat ggtctcaaatgggtctagtttaaattattttaacataaattattttaaggatgcagcctc cagcggcgcttcaaaattagaattttcacaagacccaagtaaatttactgacccagtcaa agatgtccttgaaaagggaatcccaacattacaatctcctacagtagaggcatgtggtta ttcagatagaataatgcaaatcacaaggggtgattctacaataacatcacaggatgttgc aaatgcagtggtgggttatggggtatggccacactatttgagtgcaaaagatgccactgc tattgataaacccacacagccagacacttcatcaaatagattttacacattagacagtaa aatatggaaatcagattctaagggatggtggtggaagttaccagatgcattgaaggaaat gggtatatttggagaaaatatgtactaccattatcttggcagaagtggttatactgtaca cgttcaatgcaatgccagcaaatttcatcaagggactttactaattttgatgatacctga acatcagttagcaaatgcaaatgctaccaatgcagatgctggatacaattatacccatcc tggtgaacgaggcagagaggttggtggtgatcgcatt-----------gc---tcatg-- -ctaacctcccaagtgatgataactggctcaattttgatggtactttattaggtaatgct cttatatttccccaccaatttattaatttgagaagcaataactctgcaacactgatagtc ccttatgtaaatgctgttccaatggactcaatgcttagacataataactggagcttagta ataattccaatctgtgaattattggcagataccaaagccagtgctg---tagtcccaatc actatatcaataagcccaatgtttgctgaattctctggggcacgtgcaaaaccag----- -tagct------------------------------gcta------cacagggtctacca atttatatgacacctggctcaggtcaatttatgacaactgatgatttccaatcaccttca gccttaccgtggtatcacccaaccaaggaaatcctaatcccaggggaggtcaaaaattta atagagatgtgtcaggtggatactttgatccctatcaataacacaacacaaaac---ttg agaaaggtgaatatgtatactatacagttagaaaatcaaacagaaa------tggccaaa gagatttttgctattaaagtagatattgcatcacaacctttagcaaacaccatgattgga gaaattgcaagctattttacacattggactggtagtttgcgttttagtttcatgttctgt ggtacagcaaataccactctcaaactactcctagcatacacaccaccaggcattggcaaa ccaagagacaggaagcaagctatgcttgggacacacatagtttgggacgttgggctgcag tcaacagtgtctttagttgttccatgggttagtgccagtcattttagatacacatctagg gatgaacattcagcagctggatttataacatgttggtatcagacaaattttgtttttccc ccaaacactcctaatagggctgacatgctgtgtttcgtatcagcgtgcaaagatttctgc ctgcgcatggccagagacacagatatgcacatacaaaatgatgccattgaacaaaac--- ------ccaattgaaaattatgtggaggaggtgcttaatgaggttttagttgtaccaaat attaaagagagtcatccaagcacgtctaattctgctccaattttagatgctgccgaaact ggacacactagtaatgtacaaccagaggacacaattgaaacccgatatgtacaaacaaca caaacaagagatgagatgagcattgagagcttccttggcaggtcaggatgtgtacactct tcaacaatagcacatg-atgaacaa----------------------------------- -------cacac---------taataaatttagagtgtggcgcatcaatttacaagaaat ggcccagattaggcgtaagtatgaaatgtttacatatgtgagatttgattcagagataac catggttccaagcattgcagggtatggtaatg------atgtgggtcatatagtcatgca atatatgtatgtaccacctggagctccagaaccaacaagtagagaacattttgcatggca atcaggcaccaatgcatctatcttctggcaacaaggacagcccttcccaagattttcact accatttttgagtgttgcatctgcttattacatgttttatgatggttataatggtgacac acct------ggatccaaatatggtaccacagtagtcaaccgcatgggtgcactgtgcat gagggttgtgacaaataaacaagtcaataaagttgagattacaactaatatataccataa ggctaaacatgtgaaagcatggtgccccagaccacccagagctgttccatacaggtatgt tggatcaacaaattac---aagaagcctaatcaaga---------------------gg- --atgttacaattttcattgaacacagaga---------g---aacccaaaaa------- ------tcattaca------------------gcaggaccaagtgatttgtttgtacatg tgggtaatttaatatacagaaatttacatctgtttaattcagaag---tacatgactcag tattaatatcatattcctc------agatttagtcatctaccgcacaaacactacaggta atgactacattcccacatgtgactgcactcaagcaacctattattgtagacataaagata ggtattatccaatcaatgtcaccagtcacgactggtatgagattcaagaaagtgaatact acccaaaacacattcaatataaccttttgattggtgaaggtccatgtgaaccaggagact gtggaggaaagttattgtgtaaacatggagtgattggaataataacagcaggtggagagg gccatgtggcatttatcgatctcaggcaat------ttcactgcgcagatgagcaagg-- -aataactgattacattcacatgctgggtgaagcctttggatcaggatttgtagatagtg tcaaagatcaaataaatgctattaatc------caattaacaatattagtaaaaagatag ttaaatggttacttaggataatctctgcaatggttataattattagaaattcctctgatc cacaaacaatcatagccacattaacactaattggatgttcaggttccccctggcgatttc ttaaagaaaaattttgcaaatggacccaattaaattacatacataaggaatct---gatt catggttgaagaaatttactgaaatgtgcaatgcagctagaggcctagaatggattggta ataaaatatcaaaattcattgaatggatgaaatcta---tgcttcctcaggctcagctta aagtcaaatatttgagtgagctcaagaaacttagttttttagagaagcagatggagc--- ---acttgagagttgctgactcacaaacacaggaaaaaattaaatgtgaaattgacactt tacatgatctttcttgcaaatttttaccactctatgctagtgaagccaaaagaataaaga tattatacaacaaatgcaatacaattat------taaacagaagaaaaggtgtgaaccag ttgcagttgccatacatggtgaacctggtactggtaaatctatgactacaaactttcttg ctagaatgataactaatgatagtgac------atatactccctaccacctgatcctaaat actttgatggatatgaccagcagagtgtggttattatggatgacattatgcaaaatccaa gtggggaagatatgaccttattctgtcaaatggtatctagtgtcacattcataccaccaa tggctgatttacctgataagggtaaaccttttgattctaggtttgtattgtgcagtacta atcataatttgttagcaccccctacaattacctcattgccagctatgaatagaagattct tcttagatttagatattgtggtgtgtgataaatacaaagactcacagggaaagttaaatg tagctgctgccttccagccttgtgatgtaaatacaaaaattggaaatgctcgc---tgtt gcccctttatctgtggtaaagctgtcatttttagggatcgcaacaattgtcagacttaca ctctggcgcaagtgtacaatcaaatacttgctgaggacaaaagacgtaggcaagtagtag atgttatggcagcaatttttcagggacccattactc---------------------ttg aaggacctccacctgcagcaataaatgacttattgaaatcagttagaactccagaggtca ttaagtattgtgaggataataaatggataataccagctgagtgtaagg---ttgaaagag atctcaacatagctaacactgttattacaatcattgctaacattattagtatttctggaa taatttatgttatatataaacttttctgcacattacaaggaccatattcaggtgaac--- ccaagcccaaaactaagataccagaa---aggagagtagtggcccaaggaccagaagaag aatttggtaggtccctcattaagcacaattcgtgcgttgtaacaacacagaatggcaaat tcacaggtctaggaatatatgatagaacactgattctaccaacacatgcagatccaggta gtgaaatacagatagatggtattacaaccaaagtggaagactcttatgacctatttaaca aagatggaatcaagttagaaattacagtgcttaaactcaaaagaaatgaaaaatttaagg atatcaggaagtacattccagaaaatgaagatgattacccagattgtaatttggccttat ctgctaatcaaccagaaaccacaataatcaatgtaggggatgtagtatcatatggaaaca ttctgcttagtggaaatcaaacagcaaggatgcttaaatacaattacccaacgaaatcag gttattgtggtgggattctatacaaaattggacaagttttgggaattcatgttggtggta atggaagagatgggtttgcagctatgttattaagatcatatttttcagaaacacaaggcc aaataactactactaaacctactattgaatgcaatctacctagtatacacacacccagca aaaccaagttacaacctagtgtattttatgatgtctttcctggtagtaaggaaccagctg tactttcagagtatgaccccagattagaggttgatttcaaacaagccttattttctaaat acaaaggtaacaatcaatgtgaaataaatgatcatgttagagtagcaatttcccactatt cagcacagttgatgacattggatattgattcaagtccaatttcattagaagatagtgttt ttggtacagagggtctggaggcactcgatcttaccactagtgctggatttccttatgtgt ctatgggcattaagaaaagagatttgattaataaacaaactagagatatcacaaaactca aaatggcattggacaagtacggtgttgacttgcctatggttacatttctcaaggatgaac ttaggaagaaggaaaaaatctctgctgggaaaacacgtgttattgaagctagtagtgtaa atgatactgtgctgtttagaacaacttttggcaatctcttctccaaatttcatttaaacc ctggtatcgtcactggttctgcagtgggatgcgatccagagaccttttggtcaaagatac cagtgatgttagatggtgagtgcataatggcatttgattatacaaattatgatggtagta tacatccaatttggtttgaagctcttaaagaagtgctctttaatctagggtttaagcct- --aatttaatagatagattgtgcaaatcaaaacacatttttaaaaatgtgtattatgaag tagaaggaggggtcccatcaggttgctctggaacaagtatatttaatacaatgattaata atattattattaggacattagttctggatgcttacaaaaacattgatttagacaagctca agataatagcttatggagatgatgtcatcttttcttataagtatcagttagatatggaag caattgctaaagaaggcattaagtatggtctcacaatcactccagctgacaaatcaagtg aatttaagaaattggactataacagtgtgacctttctaaaaagaggatttaaacaagatg acagatactcatttttaatacatccaacctttccagttgatgagatacatgaatccattc gatggactaaaaaaccatcacagatgcaagagcatgttctgtcactgtgtcatttaatgt ggcacaatggtagggacgtgtaca-agcagtttgagcaaaggatacgcagtgtgagcgct ggtcgcgcactgtatatccctccatatgatctgcttttgca------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >DQ473497.1 Human rhinovirus 23, complete genome -------ccaaagtag-------------------------------------------- ---------------------ttgg----------------------------------- -------------tc-ccg-------------tcccgc---------------------- ------atgcaac----ttagaagc-t-ttgcac------aa-agaccaatagc-cagta atcat-ccagatta-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--ag ttgatatgctccacc-agggc-aaaaacaactgcgatcgttatccgcaaggcgcctacac aaagcttagtagca-ttctga-aa-gttgtctggttggtcgttccacca------ttccc cc---tggtagacctggcagatgaggctagaaactccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tctg-ggt----------gtgaagccata-cgatgg acagggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagagcacacaatccagtgtgtttctagtcgtaatgagcaatt gcgggacgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----t---gttct-ctttga- ---atatctgcttatggtgacaa-tatat-a-c--------g-----------tatatat tgacaccatgggcgcacaagtatccaggcaaaatgttggaactcactccacacagaattc tgtatcaaatggatctagtttgaattattttaatatcaattacttcaaggatgctgcttc aaatggagcatctaaattggagttttcacaagatcctagtaaatttactgatcctgttaa agatgttttggaaaaaggaataccaacactgcagtcgcctacagtggaagcttgtgggta ctctgatagaattatacaaattactagaggagattcaacaataacttcacaagatgtggc taatgctgttgttgcatatggtgtttggccgcactacttgtcatctgaagacgccactgc aattgacaaaccctcccgtcctgacacatcgtccaacagattctacacactaaagagtat aacttggtctagatcttcaaagggttggtggtggaaactaccagatgcattgagagatat gggtatctttggtgaaaacatgttctaccattatctgggtaggagtgggtatacagtgca tgtgcagtgtaatgctactaaatttcatcaaggcacactggtggttgcaatgatacctga acatcaaatcgctagtcttcaacacggcgatgtaaatgtcgggtacaattttacccaccc gggagaggaagggagagaggtcaaaaacactacacgt-----------gaacatcttc-- -agcagcagcctactgaagaacactggctcaattttgatggtacattattaggaaatatt acaatatttcctcatcaatttattaatctgaggagtaacaattctgccacaataattgtc ccgtacgttaatgcagttcccatggattcaatgcgaagccacaataattggagtttagtg ataatcccaatttgccctcttgagaca---atgagcaccatcacca---cggtacctatt acaatttccattagtccaatgtgtgcagaattctctggtgcacgtgctag---------- --------------------------------------aa------gccaaggcttaccg gtgttaattacaccaggctcaggtcaatttctaacaacagatgactttcaatctccatgt gcacttccatggtaccatccaactaaagaaattttcattccaggtgaagtcaaaaactta gttgaaatctgtcaagtagatagcttgataccaataaacaaccttgaagggaac---ata actagtgaagctatgtattcaatagaactgcagtcatcgactgaaca---------aagt aagatattttctattagaacagatattgcttcccaacctttagctactactctaattggt gaaatttctagttattttacacactggacagggagtttacgtttcagttttatgttctgt ggtactgccaatactactgtcaaacttttattagcatacacaccacctggtattgcagaa cctacaacaaggaaaaatgcaatgttgggtacccatataatatgggacataggtttgcaa tctacaatatcaatggtagtaccatggatcagtgccagccattatagaaacacatcacca gatgtgt---ctacatctggattcataacttgctggtatcaaactggattagttattcca cctgacactccttccacagctagattattgtgctttgtctctgggtgcaaagatttctgc ttgcgcatggcccgagacaccaatttgcacatgcagaaaggtataatagcacaaaat--- ------ccaattgagaactatgtagatgaagttcttaatgaagtcttagttgttcccaat atcaatagtagtcatcccacaacatcaaactctgctccagcattagacgctgcggaaacg ggtcacactagtaatgttcaaccagaagatgtcattgaaaccaggtacgttcaaacatca caaacaagagatgaaatgagtttagaaagtttccttggtaggtcagggtgtatacatgaa tctaaattaaaagttg-agatcgga----------------------------------- -aactatgatga---------aaacaattttaatacttggaatattaatttacaggaaat ggcccaaatcagaagaaagtttgaactgtttacttacactagatttgattctgaaattac tttggttccatgcatttctgctcttagtcaag------atattggtcacatcacaatgca gtatatgtatgtcccaccaggtgctccaataccgaaaagtagaaatgactatgcatggca atctggaacaaatgcgtccattttttggcaacatggacaaacatatccaaggttctcctt accctttttgagtgtggcatctgcttattacatgttttatgatggatacaatgagaaagg cacg------------cattatggaacagttagcacaaacaacatgggcacattgtgctc cagagtggtaacagagaaacacattcatgatatgcggataatgacaagggtctaccacaa agctaaacatgtcaaagcatggtgtccgcggccacccagagcacttgaatacacacgcgc tcaccgtactaatttc------aaaattgaaggtga---------------------aa- --atgtcaaatcaagggttgcacatagacc---------t---gcagtgata-------- -----------aca------------------gctggccccagtgatatgtatgtacacg tagggaacctcatttacagaaaccttcatctctttaattctgaga---tgcatgaatcta tcttggtgtcttactcttc------agatctaatcatttaccgaacaaacactataggtg atgattatatcccttcttgtgattgcactcaagctacatattactgtaaacacaaaaata gatattttccgatcactgttacaagccatgactggtatgaaatacaggagagtgaatatt accctaagcacatacaatacaacttgttaattggtgaagggccttgtgagccaggtgatt gtggtggaaaactactatgtaagcatggagttataggcattgtaacagctggtggtgata atcatgtagctttcattgaccttagacaat------ttcattgtgctgatgagcaagg-- -aatcacagactacatacatatgttaggtgaggcatttggaaatggatttgtagatagtg tgaaggagcatgtgcatgccattaacc------caattggtaatattagcaagaaaattg tcaaatggatgttaaggataatatcagcaatggttataataattagaaactcttctgacc cacaaaccatattggcaacactaacactgattggatgttcaggatctccatggaggtttc tcaaagaaaaattttgtaagtggacacagcttagttacatacataaggaatca---gact catggttaaagaaattcactgaagcatgtaatgcagcaagaggtcttgaatggataggga ataaaatatccaaattcattgagtggatgaagtcaa---tgcttccgcaagctcaactta aggtcaagtacttgaatgaacttaagaaattaagcctatatgaaaaacaagttgaga--- ---gtctaagggtggcagatataaaaacccaggagaaaatcaaaatggagattgatactt tgcatgacttgtcatgcaaattcttgccactgtatgcaagtgaagcaaaaagaataaaaa ccctccacattaaatgtgataatataat------taaacaaaagaagagatgtgaaccag tagctatagtcattcatggaccaccaggcgctggtaagtctataacaacaaatttcttag ccaaaatgatcactaatgacagtgat------atttattcccttcctccagacccaaaat actttgacggttatgaccagcagagtgtggttataatggatgacatcatgcaaaatccaa ctggagatgacatgactttattctgtcagatggtatctagtgttacctttataccaccaa tggctgatctgccagacaagggtaaagcttttgattctagatttgttttgtgtagtacaa accattctctcttggcaccacccacaataacctcgctccctgctatgaatagaagattct tttttgatctagatataatagtacatgataatttcaaagactcacagggaaaacttaatg tggcagcagctttcaaaccatgtgatgtagatatcaaaataggaaatgcacgc---tgtt gtccatttgtgtgtggaaaagcagtctccttcaaagatcgcaattcttgtaataagtata ccttagcacaaatttataacataatgcttgaagaggatcggcgcagaagacaaatggttg acgtcatgtcagctatattccaggggccaattgaca---------------------tga aaaatccaccaccacctgccatcactgatttactccaatccgttagaacccccgaggtta ttaaatattgtgaagaaaacagatggataatcccagcagagtgtaaaa---tagaaaaag agctaaacttggctaatacaattataacaattattgctaatgttattagtatagcaggta ttatatatgtgatttataaattgttctgcacactacaaggaccttactcaggggaac--- caaaaatcaaaactaagattccagag---aggcgtgtggtggcacaaggaccagaggggg agtttggaatgtctctgatcaaacataactcgtgtgttgtcacaacagaaaatggcaaat ttacaggccttgggatatatgatagaactttgattgtgccaacccatgctgatcctggaa aggaaatccaaattgatggcataacaacaaaagtgattgattcatatcacctatataaca aggatggtattaaacttgagataacagttttaaagttagataggaatgagaagtttagag atattagaaagtatataccaaacaatgaagacgactatccagattgtaacttggccctat tggcaaaccaacctgaacccactataattaatgttggtgatgttgtatcctatggtaaca ttttgcttagtggaagccagactgccagaatgctcaagtacaattatccaactaaatctg gatattgtgggggtgtactatacaaaattgggcaggtattagggatacatgtggggggaa atggcagagatggcttttcagctatgttactcagatcttattttgctgacacccaaggcc aaataaccttgtctaaaagaaccagtgagtgtaatcttcccagcatacataacccgtgta aaaccaaattacaacctagtgtgttttatgatgtgttccctggttcaaaagaaccagctg tgctgtctgacaaggatactagattgcaggttgattttaatgaatcactattttcaaaat acaagggaaacacacattgtgtgatgaatgaacacataaaaattgcatcagcacattatg cagcacagttgattactcttgacatagatccaaatcctataacacttgaagatagtgtct ttggcactgatggtctggaagctcttgatttgaatactagtgcaggttttccatatatta caatgggaattaaaaagagagaccttataaacaacaagaccaaggacataagtaagctta gagaagcccttgacaaatatggagttgacttacccatggtcactttcctaaaagatgaac ttagaaagcaagagaaaataataaaaggaaaaactagagtcattgaagctagtagtgtta atgatactttgctgtttagaacgacctttggaaaccttttctcaaaatttcatttgaacc caggtattgttactggatcagcggttggctgcgatccagagactttttggtcgaaaatac cagcaatgctagatgataaatgcattatggcctttgattacacaaattatgacggtagta tacatcctatttggtttgaagctcttaaacaagtactcacagatttatcattcaacccg- --atgttaatagacagattatgtaggtctaaacacatttttaaaaacacatattatgagg ttgagggaggtgttccatctggatgctcgggcactagtatatttaacactatgataaata acatcattataagaactttagtattagatgcatataagaacatagatttagacaaactta agataattgcctatggtgatgatgtcatattttcatacacatatgaattggatatggaag ctatagcaatagaaggtgttaaatatggcctaaccataactcctgctgataaatctacta ctttcagaaaactagactataacaatgttactttcctaaaaagagggtttaagcaagatg aaaagtatagttttttaatccatcccacttttcctgagaatgaaatatttgaatcaatta gatggacaaagaaaccttctcaaatgcacgagcatgttctgtctttgtgtcatttaatgt ggcataatggacgtgatgcataca-aaggatttgtggagaagatacgcagcgttagcgct ggtcgcatgctgtatatccctccatatgatctgctcttgcatgagtggtatgagaaattt taaat-------ag---------atatag---aa-------------------atattaa --aca-attagtttat------------------tagttttag----------------- ------------------------------------ >KY369896.1 Human rhinovirus A49 strain SC1066, complete genome -------------------------------------------------gggagtg---g tactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------at cc----------tcc-cct-------------tacccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-tttcac------aa-agaccaatagt-tggta atcat-ccagatta-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg ttgatatgccccaac-agggc-aaaaacaactgcgatcgttatccgcaaagcgcctacgc aaagcttagtagca-cctttg-ag-attatttggttggtcgttccgcca------tttcc cc---tggtagacctggcagatgaggctggaagtaccccactggcgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaaa-taatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctgcagctagagcacacaagccagtgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ctt--a- ----taattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--ag------tatatat tggcaccatgggcgcacaggtatccagacagaatgttgggactcactctacacaaaactc tgtatctaatggatctagtttaaactacttcaacatcaactacttcaaagatgctgcttc aaatggtgcatctaaattggagttcacccaggatcctagcaaattcacagaccctgttaa agatgtattagagaaaggaataccaacactgcagtcacccacagttgaggcttgtggata ttcagatagaattatacagattaccagaggggattcaactataacatcacaggatgtggc aaatgctgttgttgcatatggtgtttggccacactatctatcttctaaagatgcttctgc aattgataagccttcccgcccagacacatcttccaataggttttatactttaaagagtgt gacttggtctaactcttcaaaaggttggtggtggaaattaccagatgcactgaaggaaat gggtatttttggtgagaatatgttttaccactacttgggcagaagtggttatacaataca tgtacagtgcaatgctagtaaattccaccaaggcacactaatcgttgcactgatacctga acatcagattgcaagcgcactccatggtgatgtaaatgttggttataaatacactcaccc aggagaaacagggagagaggtcaaaagtgataggaat-----------ataaacctag-- -ctgtgcaacccactgaagagtattggctgaatttcgatggaacactacttggaaacatc accatataccctcatcaattcattaacctgagaagcaacaactctgctacaataattgct ccatatgttaatgcagttcctatggattcaatgcgcagccataacaactggagcctggtg ataatcccaatatgtcctcttgaaaca---tcaagtactgttaaca---caatacctatt acaatatcaataagtcccatgtgtgcagagttttctggagcacgtgccaa---------- --------------------------------------aa------accagggtttacca gttttcatcacaccaggatcaggtcaattcctaacaacagatgatttccaatccccatgc gcgctcccttggtatcacccaactgaggaaatatccatcccgggtgaggtgaaaaactta gttgaaatatgtcaagtggatagcttagtaccaataaacaatactgaaaacaac---atc accaatggggacatgtattcggtcatattgcaatcaacaattggag------aatcagat aaaatcttttcaatcaaagcagatgtagcctctcagccactagccaccactctaattggt gaaatatccagctattacactcactggacaggaagcctccgtttcagttttatgttctgt ggtacagccaacactactgttaaactcttactagcctatacaccacctggtattagagag cctactacaaggagagaagcaatgttaggtactcatgtaatatgggatataggccttcaa tccacaatatcaatggtggtaccatggattagtgccagccattacagaaatacatcatca ggtgcat---ctacagcaggatatataacatgctggtatcaaaccagattagtaattcca cctcaaactccacccacagctagattgttgtgttttgtatcaggctgcaaggacttttgt ttgcgcatggctcgtgatactaacttgcatctacagagtgggccaatagagcaaaat--- ------cctgttgaacactacatagatgaggtccttaatgaggttttagtagttccaaat attaatagtagtcatcccacaacatcaaattctgccccagcgctagatgctgcagaaaca ggacataccagtaatgtgcaacctgaagatgtcattgaaaccagatatgtacagacatca caaacaagagatgaaatgagcttagagagttttcttggtagatcagggtgcatacatgaa tctaaactggaggtca-cacttaca----------------------------------- -aattacaatga---------aaataattttaaagtgtggaatatcaacttacaagaaat ggcccaaattagaaggaaatttgaactattcacctacactagatttgactctgagataac cctagttccatgtatttctgcacttagtgagg------acattgggcatgttactatgca gtacatgtatgtaccaccaggtgcacctgtaccagagagcagagatgattatgcatggca gtctggtaccaacgcatctatcttctggcaacatgggcaagcatacccaagattttctct accctttctgagtgtggcctcagcttactatatgttttatgatggatataatgaaaaagg gcaa------------aattatggcacagtaagcacaaataacatggggtcattatgttc tagaatagtaacagagaaacacattcataatatgcatattatgacaagaatctatcataa agccaaacatgtcaaagcgtggtgcccacgcccacccagagcacttgaatatacccgtgc tcaccgcactaacttt------aagattcaaaataa---------------------ag- --atatcaaaacaggaattaaatccagagc---------a---attattaca-------- -----------aca------------------gctggccctagtgatatgtatgtccatg ttggtaatcttatttatagaaatttacacctcttcaactctgaga---tgcatgaatcta tactggtgtcttattcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacaccataggtg atgattatattccctcttgtgattgtacccaggctacatactattgtaaacataaaaata gatatttcccaataacagtgacaagtcatgactggtatgagatacaggaaagtgaatact acccaaaacatatacagtataatttgctaattggtgagggtccttgtgaaccaggtgatt gtggtgggaaattgttatgtaaacatggtgttattggcatagtaacagctggtggtgata atcatgtggctttcatcgatcttagacatt------ttcattgtgctgaagagcaagg-- -catttcagactacatacatatgctgggtgaagcatttggaaatggatttgtagatagtg taaaagaacacatacatgctattaacc------cagttggaaacattagcaaaaagatca ttaaatggatgctaaggataatatctgcaatggtcataataataaggaattcctctgatc cacaaactatattggcaacactcacattgattggatgttctggttcaccatggagatttt taaaagagaaattttgtaaatggacacagcttaattatatacataaagaatca---gatt catggttgaagaaattcactgaagcatgcaatgcagccagagggcttgagtggataggaa acaaaatatccaaattcattgaatggatgaagtcaa---tgctcccacaagcacaactca aggtgaaatacttaaatgaactcaaaaaattaagtctgtatgaaaaacaggttgaga--- ---gtcttagaatagcagacataagaacacaagaaaagatcaagatggaaattgacactt tacatgacttatcatgcaaattcttgccattatatgcaagtgaagcaaagagaataaaga cattacacatcaagtgtgacaccattat------taaacaaaagaaaaggtgtgagccag tagctatagtcatccatgggccacctggtgctggaaagtcaataacaacaaattttctag ctaggatgataactaatgatagtgat------atatactctttacccccagatccaaaat atttcgatggttacgaccaacaaagtgttgtaataatggatgatattatgcaaaatccag ctggggatgatatgaccctattctgtcaaatggtttcgagtgtcacttttataccaccaa tggctgatttaccagacaagggcaaggcttttgactctaggtttgtgttatgtagtacaa atcactcacttttagcaccacctacaataacatcactacctgcaatgaatagaagattct ttttagatctagacatactagtacatgataatttcaaggactcacagggcaagcttaatg tagcagcagctttccaaccatgcgacgtggacaacaaaatcgggaatgcccgg---tgtt gcccattcgtgtgtgggaaggctgtttctttcaaggaccgcaattcttgcaataaataca ccttagcacaagtatataacataatgcttgaagaagacaaacgcaggagacaagtggttg atgttatgtcagctatttttcagggaccaattgaca---------------------tga aaaacccaccaccacctgcaattacagatctactccaatcagttaggactcctgaggtca tcaagtattgtgaagataatagatggataataccagcagaatgcaaga---tagagaagg agttaaatttagctaataccattataacaatcattgccaatgttattagtatagcaggta ttatatatgttatctacaaactcttctgcacactacaggggccatactcaggagaac--- ccaaacctaaaactaaagttccagag---aggcgtgttgtagcgcaaggaccagaggaag agtttggaatgtccttaatcaaacacaactcatgtgtaatcacaacagataatggaaagt ttacaggtcttggaatttatgacaagtttgtagttgtgccaacacatgcagaccctggga aagaagttcaagttgatggtataactacaaaagttgctgattcatttgatttgtacaata aagatggtgtaaaattagagataacagtccttaaattagataggaatgagaaatttagag acatcagaaaatatataccaaatagtgaagatgactaccctgattgtaacttagccttgt tagcaaatcaacctgagcccactataatcaatgtcggagatgttgtatcctatggtaaca tactactcagtggcaaccagacagctaggatgctcaagtacaactatccaacaaaatctg ggtattgtgggggtgtcttatataaaattggacaagtactcgggatacatgtagggggga atggtagagatggattttcagctatgttacttagatcttactttactgatgtgcagggtc aaatagtttcatcaaagaaaactagtgagtgtaacctccccagtatacatagtccatcca aaacaaaattgcaacccagtattttctatgatgttttccccggttcaaaagaaccagctg tgttatctgagaaagatgctcgacttcaggtcgattttaatgaagcactgttctccaaat ataaaggaaacacaaactgctctatgaatgatcacataaagattgcatcttctcactatg cagctcagttaattactttagacattgacccaagtcctattactcttgaagatagtgttt ttggtactgatggattagaagctctcgacctaaacactagtgcagggttcccttacatca caatgggtataaagaagagagatttaataaacaacaagaccaaagatataagcaaactta gagaagcaattgacaagtatggagttgacttgcccatggttactttcttaaaggatgaac ttaggaagcatgaaaagataatcaagggtaaaactagggtcattgaggccagtagtgtga atgatactctgctatttagaacaacttttgggaatcttttttcaaaatttcatctaaatc ctgggatcgtcactggatcagcggtcggatgtgacccagagactttctggtcaaaaatac cggcaatgttagatgacaagtgtataatggcctttgattatacaaattatgatggtagca tacaccccatttggtttgaagcccttaaacgagtattgatggacttgtcttttgatccc- --atgcttatagatagactatgtaaatccaaacacatcttcaaaaacacatactatgagg ttgaagggggtgttccatctggatgttcaggtactagcatttttaacacaatgattaata acattattataaggactctggtgctagatgcttataaaaatatagatttagataagctta agataattgcatatggtgatgatgttatattctcatatacatatgaattagatatggaag ctatagcagtagagggcactaaatatggtctaaccataacccctgctgacaaatccacca cttttgtgaaattaaattacaataatgtcacctttttaaaaagaggattcaagcaagatg agaaatacaacttcttgatacaccctacatttcctgagagtgaaatatttgaatccatca ggtggacaaagaagccttcacagatgcatgagcacgtactgtccctgtgtcacttaatgt ggcataatgggcgtgatgcgtacg-aaaagtttgtggagaagatacgcagtgtgagcgct ggtcgtgcactgtatatccctccatatgacttgcttctgcatgagtggtatgaaaaattt taaac------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >LC530048.1 Human rhinovirus A49 sugckmmaht NGO1 genomic RNA, complete genome -------------------------------------------------gggagtg---g tactctgttattacggtaactttgtacgccagtttt----------------------at cc----------tcc-cct-------------tacccc---------------------- ------atgtaac----ttagaagt-t-tttcat------aa-agaccaatagt-tggta atcat-ccagatta-c----t-taaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--cg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgcgatcgttatccgcaaagcgcctacac aaagcctagtagcg-cctttg-ag-attatttggttggtcgttccgcca------tttcc cc---tggtagacctggcagatgaggctggaagtaccccactggcgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tatg-ggt----------gtgaagccaaa-taatgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcgcttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaccctgcagctagagcacacaagccagtgtgtatctagtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---tttta-ctt--a- ----taattgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------at--ag------catatat tggcaccatgggcgcacaggtatccagacagaatgttgggactcactctacacaaaactc tgtatctaatggatctagtttaaactatttcaacatcaactacttcaaggatgctgcttc aaatggtgcatctaagttggagttcactcaggatcctagcaagttcacagaccctgttaa ggatgtattagagaaaggaataccaacactgcagtcacccacagttgaggcttgtggata ttcagatagaatcatacagattacaagaggggattcaactataacatcacaggacgtggc aaatgctgttgttgcatatggtgtttggccacactatctatcctctaaggatgcttctgc aatcgataagcctacccgcccagacacatcttctaatagattttatactctaaagagtgt gacttggtctaactcttcaaaaggttggtggtggaaattaccagatgcactaaaggaaat gggcatttttggtgagaatatgttttaccactacttgggcagaagtggctatacaataca tgtacagtgcaatgccagtaaattccaccaaggcacactaatagttgcactgatacctga acaccagattgcaagtgcactccatggtgatgtaaatgttggttataaatacactcaccc aggagaaggagggagagaggtcaaaagtgataggaat-----------ataaatctag-- -ctgtgcaacctactgaagagtattggctgaattttgatggaacactacttggaaacatc accatataccctcatcaattcattaacctgagaagcaacaactctgctacaataattgct ccatatgttaatgcagttcctatggattcaatgcgcagccacaacaactggagcctggtg ataatcccaatatgtcctcttgaaaca---tcaagtactgttaaca---caatacctatt acaatatcaataagtcccatgtgtgcagagttttctggagcacgtgccaa---------- --------------------------------------aa------accagggtttacca gtttttatcacaccaggatcaggtcaatttctgacaacagatgatttccaatccccatgc gcgctcccttggtatcacccaactaaggaaatatccatcccaggtgaggtaaaaaactta gttgaaatatgtcaggtggatagcttagtaccgataaacaatactgaaaccaac---atc accaatggggacatgtattcagtcatattgcaatcaacaattggag------aatcagat aaaatcttttcaatcaaagcagatgtagcctctcaaccactagccactactctgattggt gaaatatccagttattacactcactggacaggaagtcttcgcttcagttttatgttctgt ggcacagccaacactactgttaaactcttgctagcctatacaccgcctggtattagagag cctactacaagaagagaagcaatgttaggtactcatgtaatatgggatataggccttcaa tctacaatatcaatggtggtaccatggattagtgccagtcattacagaaatacatcatca ggtgcat---ctacagcaggatacataacatgctggtatcaaaccagattagtaattcca cctcaaaccccacccacagccaggttgttgtgttttgtatcaggctgcaaggacttctgc ttacgcatggctcgtgatactaacttgcatctacagagtgggccaatagagcaaaat--- ------cctgttgaacactacatagatgaggtccttaatgaggttttagtagttccaaat attaacagtagtcatcccacaacatcaaactctgctccagcactagatgctgcagaaaca ggacatactagtaatgtgcaacctgaagatgtcattgaaaccagatatgtacagacatca caaacaagagatgagatgagcttagagagttttcttggtagatcagggtgtatacatgaa tctaaactggaggtca-cacttaca----------------------------------- -aattacaatga---------aaataattttaaagtgtggaatatcaacttacaagaaat ggcccagattagaaggaaatttgaactattcacctacactagatttgactctgagataac cctagtcccatgtatttctgcacttagcgagg------acattggacatgttactatgca gtacatgtatgtaccaccaggtgcacctgtaccagagagcagggatgattatgcatggca gtctggtactaatgcatctattttctggcaacacgggcaagcatacccaagattttctct accctttctgagtgtggcttcagcttactatatgttttatgatggatataatgaggaagg gcaa------------aattatggcacagtaagcacaaataacatggggtcattatgttc tagaatagtgacagagaaacacattcataatatgcatattatgacaagaatctatcataa agccaaacatgtcaaagcatggtgcccgcgcccacccagagcacttgagtatactcgtgt tcaccgcaccaacttt------aagattcaaaacaa---------------------ag- --atatcaaaacaggaattaaatccagaac---------a---attattaca-------- -----------aca------------------gctggccctagtgatatgtatgtccatg ttggtaatcttatttatagaaatttacacctcttcaactctgaaa---tgcatgaatcta tactagtgtcttattcatc------agatttaatcatttaccgaacaaacaccataggtg atgattatattccctcttgtgattgcactcaggctacatactattgtaaacataaaaata gatatttcccaataacggtgacaagtcatgactggtatgaaatacaggaaagtgaatact accccaaacatatacagtacaatttgctaattggtgagggtccttgtgaaccaggtgatt gtggtgggaaattattatgtaaacatggtgttattggcatagtaacagctggtggtgata atcatgtggctttcatcgatctcagacatt------ttcattgtgctgaagagcaagg-- -gatttcagattacatacatatgctgggtgaagcatttggaaatggatttgtagatagtg taaaagaacacatacatgccattaacc------cagttggaaatattagcaaaaagatca ttaaatggatgctaaggataatatctgcaatggtcataataataagaaattcctctgatc cacaaaccatattggcaacactaacattgattggatgttctggttcaccatggagatttt taaaagagaaattttgtaaatggacacaacttaattatatacataaagaatca---gact catggttgaagaaattcactgaagcatgcaatgcagccagagggcttgaatggataggaa acaaaatatccaaattcattgaatggatgaagtcaa---tgctcccacaagcacaactca aggttaaatacttgaacgaacttaaaaaattaagcctgtatgaaaagcaagttgaga--- ---gtcttagagtagcagatgtaagaacacaagaaaagatcaagatggaaattgacactt tacatgacttatcatgcaaatttttaccattatatgcaagtgaagcaaagagaataaaaa cactacacatcaagtgtgacaccattat------caaacaaaagaaaaggtgtgagccag tagccatagtcatccatgggccacctggtgctggaaaatcaataacaacaaattttctag ctaggatgataactaatgatagtgat------atatactctctacccccagatccaaaat attttgatggttacgaccaacaaagtgttgtaataatggatgatattatgcaaaatccag ccggggatgatatgaccctattctgtcaaatggtttcaagtgtcacttttataccaccaa tggctgacttaccagacaagggcaaggcctttgactctaggtttgtgctatgcagcacaa atcactcacttttagcaccacctacaataacatcactacctgcaatgaacagaagattct ttttagatctagacatattagtacatgataatttcaaggactcacagggcaagcttaatg tggcagctgccttccaaccatgcgacgtggacaacaaaatcgggaatgcacgg---tgtt gtccattcgtgtgtgggaaggctgtctctttcaaggaccgcaattcttgcaataaataca ccttagcacaagtatataacataatgcttgaagaagacaaacgtaggaggcaagtggttg atgttatgtcagctattttccaggggccaattgaca---------------------tga aaaatccaccaccgcctgcaattacagatctactccaatcagttaggacccctgaggtta ttaagtattgtgaagataataggtggataataccagcagaatgtaaga---tagagaagg agttaaatttagctaatacaatcataacaatcattgccaatgttattagtatagcaggta ttatatatgttatctacaaactcttctgcacactacaggggccatactcaggagaac--- ctaaacctaaaactaaagttccagag---aggcgtgttgtagcgcaaggaccggaggaag agtttgggatgtccttaatcaaacacaactcatgtgtaatcacaacagacaatggaaagt ttacaggtcttggaatttatgacaagtttgtggttgtgccaacacatgcagaccctggga aagaagttcaagttgatggtataactacaaaagttgctgactcatttgatttgtacaata aagatggtataaagttggagataacagtccttaaattagataggaatgagaaatttagag acatcagaaaatatataccaaataatgaagatgactaccctgattgtaacttagctttgt tagcaaaccaacctgagcccactataattaatgttggagacgttgtatcctatggtaaca tactactcagtggcaaccagacagctagaatgctcaagtacaactatccaacaaaatctg ggtattgtgggggtgttttatacaaaattggacaagtacttgggatacatgtagggggga atggtagagatggattttcagctatgttacttagatcttactttactgatgtgcagggtc aaatagtttcatcaaagaaaactagtgagtgcaatctccccagtatacatagtccatcca aaacaaaattgcaacccagtattttctatgatgttttccctggctcaaaagaaccagctg tgttatctgagaaagatgctcgacttcaggtcgattttaacgaagcactgttctctaaat ataaaggaaacacaaactgttctatgaatgatcacataaaaattgcatcttcacactatg cagctcagttaattactttagatattgacccaagtcccattactcttgaagatagtgttt ttggtactgatggattggaagctcttgacctgaacactagtgcggggttcccttacatca caatgggtataaagaaaagagatttaataaacaacaagaccaaagatataagcaaactta gagaggcaattgacaagtatggagttgacttgcccatggttactttcttaaaggatgaac ttaggaagcatgaaaagataatcaagggtaaaactagagtcattgaggccagtagtgtga atgatactctgctatttagaacaacttttgggaatcttttttcaaaatttcatctaaatc ctggaatcgtcactggatcagcagtcgggtgtgacccagagactttctggtcaaaaatac cggcaatgttagatgacaagtgtataatggcctttgattacacaaattatgatggcagca tacaccccatttggtttgaagcccttaaacgagtattgatggacttgtcttttgatccc- --atgttaatagatagactatgcaaatccaaacatatcttcaaaaacacatactatgagg ttgaagggggtgttccatctggatgttcaggtactagtatttttaacacaatgattaata acattatcataaggactctggtgttagatgcttacaaaaatatagatttagataagctta agataattgcatatggtgatgatgttatattctcttatacatatgaattagatatggaag ctatagcagtagagggcactaaatatggtctaaccataactcctgctgacaaatccacca cttttgtgaaattaaattacaacaatgtcacctttttaaaaagaggattcaagcaagatg agaaatacaacttcttgatacaccctacatttcctgagagtgaaatatttgaatccatca ggtggacaaagaagccttcacagatgcatgagcacgtactgtccctttgtcacttaatgt ggcataatgggcgtgatgcatacg-aaaagtttgtggagaagatacgcagtgtgagcgct ggtcgtgcactgtatatccctccatatgacttgcttctgcatgagtggtatgaaaaattt taaac------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >MN369042.1 Human rhinovirus A68 strain SC9799, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ----------------------------ttgtaca----cat-cgaccgatagg-tggca tttat-ccaaaatg-t----t-gaaggtcaagca-cttct-gtta-ccccggttga--aa ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacagttttaatcgttatccgcaaagcaactacgc aaagcctagtatca-tttttg-at-aatatacggttggtcgctccactg------tgaac cc-gacagtagacctggcagatgaggctggaaaccccccactggtgacagtgttccagcc tgcgtggctgcctgcgtacccctttgtg-ggt----------acgaagccata-tgtttg acaaggtgtgaagagccccgtgtgcttgcttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaccctgcagctagtgtgtacaatccagtacatagctagtcgtaatgagtaatt gcgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttcct----a---ttttt-ccttta- ----tatttgcttatggtgacaa-tatat-a-t--------acatcaca----tatatat tggcaccatgggcgctcaggtatccagacagaatgttgggacacactctactcaaaatgc tgtatcaaatggctcaagtttaaattactttaatattaattattttaaggatgcagcttc tagtggtgcttctagattagatttttcacaagaccctagcaaatttacagacccagtcaa agatgttctaatgaaagatataccaacattgcaatcaccatctgttgaggcgtgtgggta ttcagacagaatcattcagataacacgtggaaattcaaccattacctcacaggatatagc taatgctgttgttgcttatggtgtctggccacagtatttgtctcctgatgatgctagtgc aattgacaaaccaactcatccggacgtttcatccaacagattttacacattggatagtaa ggagtggactagtgattctaaaggctggtggtggaaattacctgatgccctaaagaacat gggtatatttggtgagaacttattttatcatttccttggtagggctggatatacagttca cgtgcagtgtaacgccagcaaattccatcaaggcactctaatagtggcagcaatacctga acatcagctagcttacataggtaagggaaatgttacagttggatacaaccacactcatcc aggggaaaagggtaggagaattggtggctttgta--------------gataatgaaa-- -gtagacaacccagtgatgaaaattggctaaattgtgatggtaccctattagggaacata acaatatacccccaccagtacattaatctcagaagcaacaactctgcaacattaatctta ccatatgtaaatgcagtacccatggattctatggttagacacaataactggagtatagta atcataccagtttcacaacttaggtctgaaccaggagccactacat---tcatacccatc acattgtccataagcccaatgtgttcagaattctctggtgccagaaat------------ ---aac------------------------------acta------cacaaggattacct gtgatgctaacaccaggttcagcgcagtttctgactactgatgatgcacaatctccatct gccctgccttattttcaccctacaaagaaaatatttataccaggtgaagttaaaaatttg tcagagatttgccaagtggactccatgataccaattaacaacacaccagctgca---aga aactcaactaacatgtatactgttcaggtggaacagcaagttaaaa------cagctcag gaagttttctccatattagtggatgtagcatcacaaccattggcaaccactctaataggt gaaattgctagttactacacccactggactggcagtctgagattcagctttatgttctgt ggaactgctaacacaagccttaaactactaattgcatatacaccacctggagtgccaaaa cctgattctagacagaaggcaatgctctcaacacatgtagtttgggatgttggactgcaa tctacagtttccatggttgtaccatgggtttcagcaagccattataggtacacaaccccg gatacctattctcaagctggttatattacatgctggtatcagaccaattttgtagttcca ccaaatacaccaaatactgcagacattatatgttttgtttctggttgcaaagacttctgt ttgagaatggctagagataccaatttgcatacgcaaacgggtgttatagaacaaaat--- ------ccagttgaaaaatatacagaagctattcttaatgaggttcttgtggtaccaaat ataccagcaagtgacacccaaacttcaaatgcagctccagctctagatgctgccgaaact ggacacacaaaccaggtccaaccagaagatgtggttgaaacacgctatgttataacagac caaacaagagatgaaatgagtatagaaagcttccttggtagatcaggttgtattgcagtt atacacactatcttag-accatgatgaaaac----------------------------- -cagtataatgca---cttgggaaaaacttttctcaatggaaaattacaatcaaggaaat ggctcaaatcagaaggaaatgtgagctatttacataccttagatttgactctgagatcac aatagtagcaacaatagccgctcttggacaag------ataatggacatgtggttttgca gtatatgtatgtaccaccaggggcacccataccaaaaactagagatgactacacatggca atcaggcactaatgcatcagtgttttggcaacaaggacaaccttaccccagatttaccat tccatttatgagtatagcttcagcatattacatgttttatgatgggtatgaagatgacaa a---------ggaagtgtgtatggatcagttgtcacaaacgatatgggtacattatgtgt ccgtattgtaactgaacaacagatgcataaggtcaaaataactagcagaatatttcacaa agcaaaacacatcaatgcatggtgtccaagggctccaagagcagtaccctaccaacacac tggaagcacaaacttg------gtaccaaaagaagg---------------------tg- --atattaaaactcatattagatatagaaa---------t---actgtcacagatctaac atatcctaaagaac-tggcaa---------atcttggaccatctgatctctatgtacaca ctggaaacctcatatacaggaacttgcatttgtgtgaaccagaaaacttgaatgactcaa cattaatatgctactcaag------tgatcttgtcatctaccgaacaaatacaacaggtg atgacataatccctacatgtgattgtacacaggcaacctattactgtagacacaaggata ggtattatcctataaatgttaagaagcaccaatggtatgaaattcaagaatcagaatatt acccaaaacatatccagtacaatattttaatgggtgaaggaccctgtgaaccaggcgact gtggtgggaaacttctttgtaaacatggagtcatagggatagtgacagcaggaggtgata atcatgttgcattcatagatttaagagatt------ttcaagttgctgaagaacaggg-- -tatatcagattatgtacatacacttggtgaagcctttggagctggttttgtggataata tcaaagaacagatccaaacaattaacc------caattaacaaaattacaagtaaaatag tcaagtggactataagaatagtttcagctattaccattataattagaaataatgctgacc cacacactattgtagccactctagctttattaggttgctcaggttcaccatggaggttta ttaaagagaaagtttgcaactggttacagctagtgtacatacacaaggaatca---gatg gttggatcaaaaagttcacagagatgtgtaatgcagccaggggtcttgaatggttaggta ataaaatatccaagttcattgattggcttaaatcaa---tgctaccccaggcaaaattaa aggtggaatttatcaaaaacttgaaacaattgccattactagaaaagcaggttgatg--- ---gattaagacttgccacacaaaaacaacaacaagagtacatagacaccttgacactaa tgttagattcatcaaacaagttcttgcctttgtatgcaactgaaaataaacgcatcaaag agctactcaaacgaagccaaatgattct------tcgtacatcaaagagaacagaaccag ttggggtgatatttcatggtgagcctggcactggcaagtctataactacatcaattcttg ctcgcatgcttacaactgaatcagac------atatactccttacctcccaatccaaaat attttgatgggtatgatcagcaaagtgtggtcatcatggatgacataatgcagaacccta gtggtgaagacatgtcattgttctgccaaatggtatcgtcggtaccattcataccgccta tggcagatctaccagataaaggaaaaccattctcttcagattatgtgctagcaagcacaa atcataccctactccacccgccaaccataacatgtacaacagctatgaacagaagatttt tccttgacttagacatagttgtcaaggatgaatacaaacttagtcagggtaagcttaatt tacaatgtgctctcaagccctgcaatgaaggg---aaaattggaaatgccaaa---tgtt gccctttgatctgtggtaaagcactacaattcagagacaggaacaatggagaatatttat ctctagccacaatatataacaggattacccaagagagcagaaataggaaggacttaacaa actccctgcaagcaatctttcaaggacctatagatgtag------------------tga ataaaccacctccaccagctataatagatctacttagatcagtcaggaacccagatgtta ttaaatattgtgaagagaacaagtggataataccatcagactgcaagc---ttgaacgtg atttaaactatgcaaatttaataatatcaatgctagcaaatgtcatcagcataatgggtg taatatatatcatatacaagctgttctgttcactccaaggcccatattcaggtgaac--- ccaaaccagttacaaagaaaccagaa---agaagagtggtcactcaaggaccacaggaag aatttggaaggagtttaatcaaacacaacacttgtgttgtgacaacaagtaatgggaaat tcactggactaggaatttatgataacattatgattatcccaacacatgctgatgcaggta aggaagtagagatagatggaatcaaaactcaaattgatgatgcctatgatttatataact ctcagggggttaaactagaaatcactgttctcaaactgcataggaatgaaaaattcagag acatcagaaaatatataccagagtctgaagatgattacccagaatgccatttagcactag ttgctaaccaacaagaacctaccatactagaagttggtgattgttgttcatatgggaata tactcttgagtggcaatcaaacagctaggatgatcaaatacaactacccaacaaaatcag gattttgtggtggggtcttatacaaaatagggttggtcttgggtatacatgttggaggaa atggtagagatggtttctctgcaatgttattaagatcatattttactgaacaacagggta agatagtatcaaaagttgatgttaaagaatgcaatctatacagtatacacactccatcaa ataccaagttacaacctagtgttttttatgatattttccctggcagtaaggaacctgctg tcttgtctggtaaagaccccagattagaggttaatttagatgaatctatattctctaaat ataaaggtaatgaatcagttgaaattacgcaaaacatgctgacagcagctgcccactaca cagccctccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattaagttgggaagagagtgtgt atggtatagaaggcttagaggcattggatctacatactagtgctggctatccatacacag catgtggtattaaaannnnnnnnnnnnnnccaaaaga---cagaaacttaacaagactta agtgtgctattgaaaaatatggtttagatctacccatgataactttcttgaaagatgagc ttaggaaaccagagaaaatcaaaactggaaaaaccagaataatagaagccagcagtttaa atgatacaatacaatttagaatggcttttggcaatctattttctaagtttcatcaaaatc caggcattattacagggtctgcagtggggtgtgatcctgaaatattctggtcaaaagtac cagtgatgctagatggtgagtgcctcatggcttttgattacacaaattatgatgggagtc tcaatccagtttggttcaaattactcaataaagtgctaactgatctgggtttcccaggt- --gatctggtcaataaattgtgtaactccaagcacatatacaagactacttactatgagg ttgagggtggtatgccatcagggtgtgctggaactagtattttcaatactatcatcaaca atataataatcagaactttagttttagatacttataaattcataaatttggataaactta aaatactagcatatggtgatgatgtgatcttttcatacccttatgatcttgatatgaagg agcttgcaagtgaaggcactaagtatggcttgtctatcacaccagctgataagtcagata catttaagaagctagactacagcaatgctacctttcttaaaaggggttttaaacaggatg agaaatacagttttcttgttcaccctgtttatccagaaacagaagtttgggaatccataa gatggactaaaaaccccagaaacatgcaagagcatgtcttatctttgtgtcatcttatgt ggcacaatggaaaagaaaaataca-agcactttgtggacaagatcaggagtgttagcgct ggtcgtgcactctatataccaccatatgaggtcttgctccacgaatggtatgaaaaattt taat-------------cag---atatag---aa-------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >GQ323774.1 Human rhinovirus C strain QCE, complete genome -----------------------------------catggttacccacgaggtgca---g tggtcttgtattacggtacatttccataccagtttt----------------------at ------------aaa-ccc-------------taccct---------------------- ------gaaactt----atagaagc-ttgtacac------ac-cgaccgacagg-tggca a-tcatccagattg-t----c-gaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtatc--ct tgtatacgcttcacccgaggc-gaaaaccgaggttatcgttacccgcaaagtgcctacga gaagcctagtatca-ctttgg-a--aacctatggttggtcgctcagctgtt------ttc cc-aacagtagacctggcagatgaggctggacgctccccaccagcgatggtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacaccct--gtgg-ggt----------gtgaagccaga-aagtgg acaaggtgtgaagagcctattgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtagctgttgcatgtaatccaacatgtatgcagtcgtaatgggcaact atgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-ctttat- ----atactgcttatggtgaca-----at-agt--------aat-t-ca----ttactct tgttaccatgggcgctcaggtatccagacagagtgttgggagtcacgagaccatgattca tgcaggaactggtgctgttgtcaaatatttcaatgtaaactactacaaggatgcggcaag ttcagggctctccaaacaggatttctctcaagacccatccaaatttacacaaccagtggc cgaccttttaaccaa------cccagcattgatgtctccctcaattgaggcttgtggatt ttctgataggctcaagcaaatcactattggaaactccactataacaactcaagatgctgt taactcaatcgttgcatatggagagtggccaagctatttatcagacatggatgcaacttc agttgacaaacccactcatcctgaaacatcatcagacagattttatactttgaggagtgt caattggcagggtggatcacagggttggtggtggaagctaccagactgtttaaaggaaat gggtatatttggacaaaacatgtttcaccatgctatgggaagatcaggttacatcataca cactcaatgtaatgctaccaaattttacagtggatgtttgttagtggcggttgtgcctga acatcaactggcatacataggcggaaccaacgcccaagtcagttacgaacacacccaccc aggcgaacgaggtcatgaaattggcagtaactcg--------------caaaggaata-- -agaaccagccagatgaggatcctttctttaattgtaatggtacactgttggggaactta accattttcccacaccaacttataaacctcagaaccaacaactcaagcactatagttgtg ccttacatcaactgcacacccatggacagcatgttgcgacacaacaatgtgtcacttgtc attatacccatttgccccctgcgggctcccactggatccccacagt---cgttaccaatc acaatatctattgcacctgtgaagtcagaattttccggtgctagacaag----------- -ccacc------------------------------agt---------cagggtttgcca gttagaatgcccagtgggtccaatcagttcatgacaacagaagatgaacaatcacccaac atacttcccagctttcactctaccaagcagatccatatccccggtgagattaagacaatt atggatatggcacgtgtggactctttcatgcctataaacaatatacagagccag---atc caaaaagtgggggtttacaatgtcacaatatcaaacacac---------gtagtgatggg agaatactggccataccattggacatgagcaatacattgttctccacgacactcttgggg gaagttttgaattactattccaattggtctggttctattaaactcacattcttctgtgtt tgtgacagctttagtactggcaagttcttgatagcatacacacccccaggtgcaagcatt ccagagtcccggcgtgacgcgatgctaggcacgcacgtcatatgggatttgggccttcag tcatcatgccatctcgttgtaccttggatcagttctcacttctttagaagaacaaggaaa gatgattacacagaaagtgggtttgtcacgctttggcatcagacagcatttgtatcaaat ggaacttc---------tgggtctataatggtcacgtgctccgcgtgttccgacatgtca gtccgcatgttgcgagatacaccaatgatgcgacaggaagatgacataacccaaaat--- ------ccagtagaggaatttgtggagcacaccttgaaagaggtcctggttgtccctgac acccaagcatctggccccacccacaccaccaaaccacaagcactgggtgccctagagatt ggagcaactgcagacttgaaaccagaggcaatgatagaaactaggtatgtcatgaatgat agtacaaatgctgaggcaacagttgaaaacttcttgggtagatctgctctatgggcaaac ttgaaact---aaagc-a------------------------------------------ ------------------------aggttttaaaagctggaaaatcaacttccaagaaca tgcccacgttaggaaaaagtttgagatgtttacttatgtcaggtttgacttagagatcac cattgtgacaaacaatgcaggtc------------------------------taatgca gatcatgtttgtgccaccagggattagagcacccactgagaagggcagcagggaatggga cactgcttcaaaccccagtgtatttttccaaccacactctggttttccaagattcacgat cccttttacaggcttgggatcagcttattacatgttttatgatgggtatgatggcaccaa agct---agcaacacaaactatgggatctctctgaccaacgacatgggaaccctgtgttt ccgcgcgttggatggcgccacaacaagtga------------catcaaggtgtttgccaa acccaaacacacaacagcatggataccccggccacccagagccacacagtatttgcacaa gtttagtactaattacaataaaccagagacagaagg---------tagtaacatactca- --tacagaaacacttcctagagcacagagc---------a---gacatcaca-------- -----------ac------------------cctaggacctagtgacatgtacgtccaca caaaagaagcaatctacaaatgtgcccacctaactgagcccaatg------agaacacca tacttctcgccatatcatc------tgacctccagattgatagcacgagtattcctggtc cagataccatacctacttgtgattgcaccacaggcacttactattgcaaaagcaaggaca gatactacccaatcaatctcacgcatcatagttggtacataatacaagaatccagttatt acccaaaacacattcaatatgacatcttgattggtgaaggaccatgttccccaggagatt gtggtggcaagttgctgtgcacacatgggactataggaatggttactgcaggtggtgaaa accatgttgcatttatagatctgagaaattata---gctcccttagtgaacatcaagg-- -catcacagactatgtcacacaattgggcaatgcatttggtgatggattcacaagttcca tcagagacacactggtaaacgcctgtgacg---tgtcagacaagttgacaggaaaaatta tcaaatggaccatcagactgattagtgcattgtcaattatagtcagaaatagtacagaca cccctacagtaattgcaacactagcactacttggatgctccggttcaccatggcgctatc taaaagataaagtatgcaaatggttaggtattgacccaccacccagtagacaaggtgatt catggcttaaaaaattcaccgagttttgcaatgcagctcgtggactagaatggattggtg ataaactgtcaaaattcattgactggctgaaagggaaaatattgcccacactccgacgca agtcagaaaccctcaaggagtgcaaaaagataccactatataaagagcaaattaaag--- ---cttttgctgctgcatcagaggaagcacaggatgaactagtgattaaagttaacaaac tggagaaaggcctccaagaccttgcacctttatatgcctgtgaggccaagcaggtgcgtg aaatgtccagggaactacaacgcatgatgtgctacaagaaaacacatagaacagaacccg tgtgcatactactgcatgggcaaccaggatgtggcaaatccctggcttcaaaagtcattg ccaggggtttgacaaatgagagcaat------gtttactctttgccaccggatcccaaat actttgatggctacaatcagcaagaggtggttatcatggatgatgttggccaaaatccag atggaaaggatttgagtttgttttgtcaaatggtctcaagcaccgagtttataacaccaa tggccaacttggaagacaaggggagagcattcactagtgattatgtcattgccagcacaa acatgactgtcttgacaccaccaactgtttcatcacctgaggctattgacagaagatttt ttctagattgtgatgtcaaaatcatgccagcctacaatacaaac---aatctcttaaatg ttgccaaagctttgctaccatgtacagattgtcccaaacctgagttcttcaagcaatgct gtccattaacttgtgggaaagccctgatcctacagaataagaggaccaaggccagctatt caatcaacactgtagtccaacagttgcgccaggaaaagaagaatagaaagtgtgtagaac acaaccttactgccatattccaaggcctgg---------------------------ggg atgatacaacaccagggtttattgttgacctcctcagcgcatccaaagacccaaaagtca tagagttttgtgaaaaagaagggtggattaaacaatctaaacactccaagatagagcgtg atttcaactttgcacaatactgcatcaattgtgtgggcagcatcatcttaatcttgggga ctgtctatgcactatataagctgatgtgcattgcccaaggaccttacactggtttac--- cacagcccaagcccaggaaaccagaacttagaagagctgttattcaaggtccagaacatg aatttggcatggctctgatcaaaagaaactgtcacatcgccaccacagacagaggagact tcaatctacttggtgtgtatgataactgcgctgtgataccaacgcatgcgcaggctgaag acacaattttaattgatggtgttgagacaaaaatcttgaaacaaacaattgttacagatg aaaatgatgtggacacagagataacaatcttatggttggatagaaatgaaaaattcaggg acatcagaagattcataccagactatcaaagagagtggcaaggcatgcgccttgtaacca atgtacccaagttccccatgcttgacatcgagattggtgatgttgtgccgtatggtgaca tcaacctgagtggcaacccaactacaagactgctcaaatatgactatcccacaaaacctg gtcagtgcggaggcgtcattctgaatacaggcaacatcgtgggtatacatgtgggaggga atggtagagtggggtattgtgcttcactaacaaaaagctattttgtgtctgcccaaggtg aaatagtaaacaggtgcaaagtgcaagacgcgggactcaaacccatcaacacaccagatc actcaaaattgcacccaagtgtgttttatgacgtgttccccggtgaaaaagaacctgctg tgcttagccaaaaggatcctagactagaaactgacttaaaaacaacagtactatccaaat acaaaggaaatgttcaaattgaaatgagtgaaaacatgcaaatcgctgtggaacattact ccgctcagctatttatgctggatatcaacccagaaccaataacatcggagcaagcagtgt atggtatgcagaacttggaaccacttgatctgaccacgagtgcgggcttcccatatgtca ccatgggagtgaaaaagcgagacatcctaaatagaaacaccaaggatgtcacaaagcttc aacacatgatcgacacttatggtcttgatctaccatacatcacttatttaaaagatgagc ttagagctcctgccaagatcaaagctggaaaaacaagggccattgaagcagctagcatga atgacacagcaaatttcagaagagtgtttggcaacttatatgctggtttccacgccaatc cagggattctaactggctcagcaatagggtgtgacccagacatcttctggtcacaactat atgcctcaatggagaaacacc---tgcttgtgtttgactacacaaattacgatggaagtt tacacccagtatggttccaagcattagaacaactcttgaataaccttggatttcctggt- --gaattggcgtataaattgtgcaataccacgcatatatacaaagatgaaatatatacag tgaaaggaggcatgccttcaggaatctcaggcacttccatttttaataccattataaata atattataattagaaccctggttttggacacatacaaggggattgaattagataagctaa agatagtagcatatggtgatgatgtaatagcctcttacccagaagaacttgacccagctc aaattgccatttcaggcctcaaatatggcctaacaataacacctgctgacaaatctgacc agtttgtgaaagtcacatgggataatgctacatttctaaagagaggtttccgtgtagatg gaaaacacagtttccttgttcacccagttttcccagagaaggaaatctttgaatcaatca gatggacaagggacccaaagaacacacaagaccatgtgtactctttgtgccttttgatgt ggcataatggtgaagaaccttaca-aggaatttgtcaacaaaattaggaagacagaagtg ggccgtagattgtatctcccaccatacaatctactggagcgcacttggattgacaaattt -----------------------atctga------------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >KY369897.1 Human rhinovirus A101 strain SC1104, complete genome --------------------------------------------------ggtgta---g tatacttgtatcccggtacatttatacgccagtttt----------------------at ------------aat-ccc-------------caccccaaa------------------- -------tgtaac----ttagaag--c-ttgtaca----caa-tgatcaataggatgatg gctat-ccaagtca-t----c-taagatcaagca-cttct-gtct-ccccggtgag--tg tgaatatgctttacccaaggc-aaaagctaatctcatcgttatccgcaaggtgcctacgg gaagcctagtaata-ctctga-ag-atattttggttggtcgatcagttgca---ctcacc ca-tgcaatagacctggcagatggggctaggcacacctcactggtaacagtggcctagcc cgcgtggctgcctgcacacct----tcg-ggt----------gtgaagccata-atattg acagggtgtgaagagcctactgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtatccattgcacacaaaccagtgtgtctatggtcgtaatgggtaact acgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt--------gtttt-tcttta- ----atactgcttatggtgacat-tatat-a-t--------tga---------tatatag tgtcatcatgggtgcacaggtttccagacagaatgttggaactcactcaacacaaaatgc agtatccaatggttcaagtttaaactattttaatatcaattacttcaaagatgcagcatc aagtggagcgtcaagattagatttttcacaagatcctagtaaattcactgacccagttaa agatgttttaacaaaaggaattccaacattgcaatccccatctgttgaggcttgtggata ttcagacaggataatacagataacaaggggaaattcaacaataacatcacaagatgtagc aaatgcagttgttgggtatggagtgtggccccaatatttacctgatgatgatgctagtgc tattgacaaaccaactcatccagacacatcctcaaacagattctacacactagaaagtaa agagtggaaaagtgactccaagggatggtggtggaaactaccggatgccctcaagaatat gggaatttttggggaaaacctattctaccatttcttgggcagagctggatatacggtaca cgtgcagtgcaatgcaagcaaattccatcaaggtgcattagttgttgctgcgatcccaga acaccagctggcatacataggatcagagaatgttagtgtaggatataaacacacacaccc tggggaatcaggacgaacacttaatgatagagag--------------aataataact-- -cacaacaacctactgatgaaagctggctgaactgtgatgggacactattaggaaatatt actatcttcccacatcagttcattaatttgaggagcaacaattcagccaccctaattcta ccttatgtcaatgctgtccccatggattcaatggttagacacaataactggagtattgtg ataatacccgtatcaccactccagactata---gaaggaacacctt---atgtcccaatc acattatcaataagtcctatggcttcagaattttcaggtgctcgaaaca----------- -catcc------------------------------ag---------acaaggtctacca gttatgctcactccaggctcaggacaatttctcactacagatgatgcacaatcaccatca gctttaccctatttccatccaacaaaagaaatattcataccaggtagggttactaatcta tcagaaatttgccaagtagattcaatgattccaattaataacacagtggcgagt---cat aaaagggtgagtatgtatgcagttcgtgtgggtgtccaaacagcac------cagccagg gaagtctttgctataccagtagatgttgcttctcaacccttagcaaccactcttattgga gaaatagctagctattacacacactggacaggctctataagattctctttcatgttctgt ggcacagctaataccagcctcaaactacttgttgcatatacaccacctggagtacccaag ccagactcaaggacaaaagccatgttaggaactcatgtggtgtgggatgttggtttgcag tccactgtatcaatggtagtgccctgggtttctgcaagccattataggcttaccacacct gatacatattcaaaagctggatatattacttgctggtatcagacaaactttgtggtacct ccaagcactccaaaaactgcagatatcatatgttttgtgtctggttgcaaggatttctgt ctgaggatggccagagacacaaacctacattcccaaactgtcaacatcacacaaaac--- ------ccagttgagaagtatactgaagcaattttgaatgaagtcctaacagtcccaaac atacaacctagttcgggcaatacttctaatgcagctccagtcctagatgctgctgagact ggtcacaccagccaaacacaacctgaagatacagtggaaaccaggtatgtcatcacagat caaacccgtgatgagatgagtgttgaaagtttcttagggagatcaggttgtatttctgaa atgcacaccattgtgg-aacatggtgaagat----------------------------- -gtatataatgca---gtggataaaaatttcactaaatggaagattaccttaaaggagat ggcacaaatcagaagaaaatgtgaattgttcacatatttgagatttgattcagagataac tatagtacctacaatagctggacaaggaaatg------acattggacatgtggtgctcca atatatgtttgttccaccaggagctccaatccccacaaagagagatgattatacatggca atctggtacaaatgcttcagtcttctggcagcaaggtcagacctaccctagatttacaat acctttcatgagcattgcctcagcatactacatgttttatgatggatatgaggatgatac acca------aattcaaagtatggtgcagttgtaacaaatgacatgggaacattgtgtgt gcgtattgtaactgagcaacaagcaaatactgtacacattacaagcagggtctatcataa agcaaaacatatcagtgcatggtgcccacgaccacccagagctgtggcatatcagcgtgt acataataccaatttt------gttccagcaacagg------------------------ acaagtagagatacaaatacccacaagagc---------a---gatcttact-------- -----------------------------actgtgggcccctcagacatgtatgtacata tggataatctcatatatagaaacctacatctgtgtaacccagaagacttagatgattcag tattaatttgttactccag------tgatttagtcatataccgaacaaatactaaaggtg atgattacattccaatgtgcaactgtactgaagcaacatactactgcaagcacaaggata gatatttcccagtaaatgtcaagaaacatcagtggtatgaaatacaagaatctgaatatt acccaaaacacatacaatataatatattaattggggaaggaccatgtgcacctggagatt gtgggggaaaattactatgcaagcatggagttattggcatagtcactgcaggtggagaga atcatgtagcatttattgatttgagggatt------ttcacattgctgatgagcaggg-- -tataacagattatatacatacacttggagaggcatttggtgcaggctttgtagataaca ttaaagatcagatacaggctataaacc------caataaatagagtaactagcaagatag ttaaatggataatcagaatcatatcagcagtcacaatcatcattagaaatagtgcagatc cacatacaattattgcaactttagccttgattggttgctctggttcaccatggagattta ttaaagaaaaagtgtgtaattggttacaattatcatacatacataaagaatca---gatg gttggattaaaaagtttactgaaatgtgcaatgctgctaggggtttagaatggcttggaa ataaaatatcaaagtttattgactggctcaaatcaa---tgctaccacaagctaaactca aagttgacttcattgggaaacttaagcaactacctttgttagagaaggagattgatg--- ---gactaagactagcaactcagaaacagcagcaagaatacattgacactctcagagtca tgttagatgcatctaataaatttctgcctctgtacgcacttgagaataaaagaatcaaag agttacttaaaagaagtgagatgatcct------ccgcacagctaagaggactgaacccg ttggggtactctttcatggtgaaccaggtacaggcaaatcaatcgctacatccatattag caagaatgataaccacagagtctgac------atatattcactaccaccatcaccaaaat actttgatggttatgaccagcaaagtgttgtcatcatggatgatatcatgcagaacccca gtggtgaagacatgtcacttttctgtcagatggtgtcatcagttccctttatcccaccta tggcggatttaccagacaaagggaaacctttctcctcagattatgtactagctagcacga atcacaccttgctacatcctccaactataacatgcactacagcaatgaacagaagatttt tcctagatttagatataatagttaaagagaactacaaactcagtcagggcaaacttaact tacagtgtgcacttaaaccatgccaagatggt---aaaattggaaatgcaaag---tgtt gccccctaatatgtggaaaagctgtagtgtttaaagatagagatacaggagatcatttat ctctggccacagtctacaacaagatagttgaagaaagtaagaacagaaaggagttaacca gctcactacaggcaattttccaaggtccaattgacgtag------------------tca ataaaccacccccacctgccatattggatcttctcaaatcagtcagaaatccagatgtta ttaaatactgtgaggaaaataaatggattgtaccagcagattgtaagt---tagagagag atttaaattatgccaatttagtaatatctatgattgctaatgttatcagtataatggggg ttatatatatcatatataaattgttctgctcattacagggaccatattcaggtgaac--- ccaaaccaaccaccaagaaaccagag---agacgtgttgtgacacaaggaccacaggaag aattcggacgcagtctgattaaacataacagttgtgtggttactacatgtaatggaaagt tcacaggcttgggaatatatgacaatgtcatgattatacccacacatgcagatgcaggta cccaggtagagattgatggaattaaaactgatgttgtagattcatatgatttgtgtaatt cacaaggtgtcaagcttgaaataacagtccttaaacttaaaagaaatgaaaaatttagag acattagaaaatatataccagaaacagaagatgactatccagaatgttgtctggcactag tagccaaccaagtagaaccaaccatcattgaagttggagattgcctgtcttatggtaaca tattgttaagtggtaatcaaactgctaggatgatcaaatacaactatccaactaaatcag ggtattgtggaggtattttatacaagataggtttagtattaggtatacatgtgggaggaa atggaagggatggtttttctgctatgttacttagatcttatttcaatgaacaacaaggtc aaataatgacaaaaaaagatgtcaaggaaattaatctgtacagtatacacacacctagta agacaaaactacaacctagtgtttttcatgatattttccctggggaaaaaacacctgcag tactatcaccaaaagatcccagattacttgtagatttagatgatgccatattctctaagt ataagggtaataagaatgttgaattgactgataatatggtcacagctgctgctcactatg cagcgcaattagctactctagacattaatccagagcccatcagtttggaggagagtgtgt atggtattgatgggttagaggctttagatttacacactagtgcaggatatccatacactg ctcatggaattaagaagaaagatttgataccaaagga---caggaatcttgcaaaactca aatgtgctatggaaaaatatggactagatctaccaatgattacttttctcaaagatgagc tacgtaaaccagaaaagatctgtagtggaaagaccaggattatagaagctagcagtctta atgacactgtacagttcagaatggcttttggaaatctcttttcaacctttcataagaatc caggaattatcactggttctgctgttggatgtgatcctgaagttttctggtcaaaaatac ctctcatgcttgatggtgactgtttaatggcttttgactatacaaattatgatggcagtc ttcacccgatttggtttgaattacttaagaaaattttagatgaactagggttcccaggg- --ggcatggttaagaaattatgcaattctaaacacatatacaaaacatcatattatgaag tagaaggggggatgccttcaggttgtgctgggactagtattbacaatactatgataaata atgtcataatcagaactctagttttggatacatacaagtacataaatctagataagttaa agatactagcatatggagatgatgtactattctcatacccctttgaactagacatggcag aactggctagtgagggagttaaatatgggttgacaatcacaccagcagataaatcagata agttccaaaaacttacttatgagaatgccacttttcttaaaaggggttttaaaccagatg aaaagcacagttttctaatacatccaatatatccagttagtgaagtgcaagaatctatca gatggacaaagaaccccagaaacatgcaagagcatgttctctcactctgtcatttactat ggcatagtggaagagataaatatg-atcagtttgtggccaagattaggagtgtcagcgct ggacgtgcactctatataccac-------------------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >KY369898.1 Human rhinovirus 1B strain SC9813, complete genome ------------------------------------------------------------ -------------------------ac--------------------------------- ------------------------------------------------------------ -----------------ttagaagt-ttctaaac------acaggaccaacagc-aggca actct-ccaggttg-t----c-caaggtcaagca-ctcct-gttt-ccccggttga--cg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgatatcgttatccgcaaagtgcctacac agagcttagtagtg-ctctga-aa-gatctttggttggtcgctcggctg------catac cc-agcagtagaccttgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcgcacctc-tcacgaggt----------gcgaagccaaa-gattgg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacccgcagccatggttcacaaaccagtgaacttatggtcgtaatgagtaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac----t---ttttt-ccttta- ---ttgattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------tatag--atatatat tgtcatcatgggcgcccaggtatccagacagaacgttggtacgcactcaactcaaaattc agtgtcaaatggatcaagtttaaattattttaacataaattactttaaggatgctgcttc aagtggtgcttctagattggatttctctcaagacccaagcaaatttactgatcctgttaa agatgttttagaaaaaggaatcccaacattgcaatcaccatctgttgaagcttgtggcta ttcagatagaatcatacaaataactagaggagactcaacaattacgtcacaggatgtggc aaatgccgtggttgggtatggagtttggccacactatctaaccccacaggatgcaactgc tatagataaaccaacacaacctgatacatcatcaaacagattttacacactggaaagcaa gcactggaatggtgattccaagggatggtggtggaaattaccagatgctcttaaagacat gggtatttttggagagaatatgtattaccacttcttgggtagaagtggatacacagtcca tgtacaatgtaatgctagtaaattccatcaaggtactcttttggttgcaatgataccaga acatcaactagcaagtgcaaagaatggaaaggtaactgctggctacaatctcacacaccc aggagaggctggtagagttgtgggtcaacaacgtgat-----------gc---caatt-- -taagacaacctagtgatgatagttggctcaattttgatggtactcttcttggaaaccta ttaatcttcccacatcaattcataaatcttagaagtaacaactctgcaactttaatagta ccatatgtaaatgctgtgccaatggattcaatgcttcggcataataattggagtttagta attatacctattagtccactacgtagtgaaactacatcctctaata---tagtgccaatt acagtgtcaataagtcctatgtgtgctgaattctctggtgcaagagcaaagaatgtt--- ---------------------------------------a------aacaaggcttacct gtttatataaccccagggtccgggcaatttatgacaactgatgacatgcagtcaccctgt gcattaccatggtaccatcctactaaagagatatctattccaggtgaagtcaaaaacctt atagaaatgtgtcaagtggacaccttgattccagttaataatgtgggtaccaat---gtt gggaacattagtatgtacactgtacaattaggaaaccaaatggata------tggcacag gaagtttttgcaataaaagtagacatcacatcacaacctctagctacaaccctacttgga gaaattgcaagttattacactcactggaccggaagtttacgattcagctttatgttctgt gggactgcaaatactacactcaaattactacttgcatatacaccacctgggattgataag ccagcaaataggaaagaagcaatgctaggaacacacgttgtgtgggatgttggcttgcaa tctactatttctcttgttgtaccatgggtaagtgctagccattttagattaactgcaaat gacaaatattcaatggctggttacattacatgttggtatcagactaatctggtagtaccc ccaaatactccacaaactgctgacatgttatgttttgtttctgcatgtaaagatttttgc ctacggatggctagagacacagacctacatatacagagtggtcccatagagcaaaac--- ------ccagtggaaaactacattgatgaggttttaaatgaagttctagtggtaccaaat ataaaagaaagccatcacactacatcaaattctgctccactcttagatgctgcagagaca ggacacactagcaatgtacagccagaagatgctatagaaacaaggtatgttataacatca caaacaagggatgaaatgagtatagagagtttccttggtaggtctggttgtgtgcacatt tcaagaataaaagttg-attacaat----------------------------------- -gactacaatgga---gagaataaaaatttcacagaatggaaaattacacttcaggagat ggcacaaatcaggagaaaatttgagttattcacatatgttagatttgattcagaagtaac tttagtaccttgtattgctggtaggggtgatg------atatcggccatgttgtaatgca gtatatgtatgttcctccaggagctccaattccaagaacaagaaatgatttttcatggca atcaggcaccaacatgtcaatattctggcaacatggacagcctttccctagattttctct accatttctcagtattgcttcagcttattatatgttttatgatggttatgatggagacaa ttct------tcttccaaatatggtagcatagttactaatgatatgggcaccatatgctc aagaatagttacagaaaagcaagaacatcctgttgtcattacaacacacatatatcacaa ggctaaacacacaaaagcttggtgtcctagacctcctagagctgttccttatacacacag tcatgtaaccaattat------gtgccaaagacggg---------------------tg- --atgtaacaacggccatagttcctagaac---------t---aacatgaag-------- -----------act------------------gtaggacctagtgatttatatgtacatg tgggtaacttaatatataggaatttacatctatttaattctgaaa---tgcatgactcaa ttttggtctcatattcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactataggtg atgattatattcctagttgcaactgtacagaggctacttattattgtaaacacaaaaata gatattatccaataaaagttactccacatgattggtatgaaattcaagagagtgagtatt atcccaaacatatccaatacaatttgttaattggcgaaggaccatgtgaacctggtgatt gtggtggaaaacttctttgtagacatggtgtcattggcataatcacagcaggtggtgaag gccatgtggcatttacagatcttagacagt------ttcaatgtgctgaagagcaggg-- -tgtgaccgactacatacacatgttaggagaagcctttggtaatggttttgtagatagtg ttaaggaacaaattaatgcaataaatc------caattaatagtattagcaagaaggtta tcaaatggctacttagaataatttcagctatggttattataattagaaattcttctgatc ctcaaacaatcatagcaaccctaactttaattggttgtaatggctcaccatggaggtttc ttaaggaaaagttctgcaagtggactcaattaacatatatccacaaagaatct---gatt catggcttaagaaatttactgaaatgtgtaatgctgcacgtggtcttgaatggattggta acaaaatttcaaagtttatagattggatgaaatcaa---tgctaccccaagcacagctaa aagttaagtatctaagtgagattaagaaacttaatctattagagaaacaaattgaga--- ---atctacgtgcagcagataatgccacacaagagaaaatcaagtgtgagattgacacct tacatgatttatcatgtaaatttcttcctttgtatgcacatgaagcaaaaagaattaagg tgctttataacaaatgttccaatataat------caaacagagaaagagaagtgaaccag tggcagtgatgatacatggaccgcctggtactggtaaatccattacaaccaattttctgg ctaggatgataacaaatgagagtgat------atatactcactacccccagatcccaaat attttgatgggtatgataaccagagtgttgtgattatggatgacatcatgcaaaatcctg atggggaggatatgacactattttgtcaaatggtatcaagtgttacatttataccaccta tggctgacctacccgataagggtaaaccatttgactcaagattcattttgtgtagtacca accattcactcctagccccacctaccatatcttcattacctgcaatgaatagaaggttct tctttgatttggacattgtggtccatgacaattataaagatgcacaaggaaaactagatg tgtctaaagcttttcaaccctgtgatgttaacactaagattggtaatgcaaaa---tgtt gtccgtttgtgtgtggaaaggcagtttcatttaaggaccgtagtacctgctcaacatata ctttagctcaagtttacaatcatattttagaagaagacaagagaagaagacaagtggtgg atgttatgtctgcaattttccaaggaccgatttctt---------------------tga atgctccaccaccaccagctatagcagatttgctacaatcagttaggacacctgaggtga tcaaatactgtcaggataacaagtggatagtcccagcagaatgccaag---tagaaagag acttaaatatagctaatagtataataactattatagcaaatatcataagcatagctggca ttatatttgtgatttacaaattgttctgcacactacaaggaccatactcaggcgaac--- ccaaacctaaaaccaaactgcctgaa---agaagagtagttgctcaaggcccagaagaag aatttggaagatcaattctgaagaataacacttgtgtaattactacagacaatggaaaat ttacaggtcttggtatctatgacaaaatcttaatcatcccaacacatgctgatccaggta gagaagttcaagttaatggtattcacactaaagtcttagactcatatgatctttataata gggatggagttaaacttgaaataacagtcataaaattggatagaaatgaaaagtttaggg atnnnaggaaatatatacctgaaacagaagatgattatccagagtgcaatttagcacttt cagctaaccaagttgaaccaactattattaaagtaggggatgtagtatcttatggcaaca ttttactcagtggaaatcaaacagctagaatgcttaaatacaactaccccacaaaatcag ggtactgtggaggtgtgttgtacaaaataggtcagattttgggtattcatgtgggtggga atggaagagatggattctcagctatgttgctcaggtcatacttcacagatacccagggtc aaattgaaacttccaagcatgccagtgaatgtggccttccaactatacacacccctagta aaactaaacttcagcctagtgttttttatgatgtcttcccaggctctaaagaaccagctg ttctcacagataatgaccctagattagaggttaatttcaaggaagctttattctctaaat ataaagggaatgtagaatgtagtttgaatgaacacatggaagttgctattgcacattact cagcacaattaacaacacttgatattgattctaaaccaatagcattagaggacagtgtat ttggaatagagggtctagaagccttagatctaaacactagtgctggttttccttatgtta caatgggtattaagaaaagggatttaataaacaataagacaaaagacatatctagactta aagaggctttggacaaatatggagttgacttacctatgattacttttctaaaggatgagc tcagaaagaaagagaagatctcagcaggcaaaactagagttatagaagcaagtagtataa atgacacaatattatttaggactacttttgggaatttattctctaagtttcacatgaatc caggagttgttactggctccgcagtcggatgtgatcctgaaactttctggtccaagattc cagttatgcttgatggggattgtataatggcctttgattatacaaattatgatggtagta tacaccctgtctggtttcaagctttaaagaaagttcttgaaaatctatctttccaatcc- --aatttaattgacagattgtgttactctaaacatttgttcaagtcaacatactatgaag tggcaggtggggttccttctggatgctctggcactagtatatttaatactatgattaaca acatcataataagaacactagttttggatgcatataagaacattgatttggacaagttga aaataatcgcatatggcgatgatgtaattttttcttacaaatatactctagacatggaag ctattgctaatgaaggaaagaaatatggacttacaataacaccagcagataaatccacag aatttaagaaacttgattatagtaatgtaacctttcttaagcgtggttttaaacaagatg aaagacatacatttcttattcaccctacatttccagtagaagaaatatatgaatcaatta gatggactaaaaaaccttcacaaatgcaagaacatgtattatcattatgccatttaatgt ggcacaatggacgtaaggtgtatg-aggatttctctaataagatacgcagtgtcagcgct ggtcgtgcactgtatatcccaccttacgatctgttgaagcatgagtggtatgaaaaattt tag--------------------------------------------------------- ------atctgtctct-------------------------------------------- ------------------------------------ >MN369045.1 Human rhinovirus A53 strain SC9746, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ --------------------------------------------gaccaatagg-atgtg attat-ccagatca-c----t-aaaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggttag--at ttgatacgctccaac-agggc-gaaaacagatctagtcgttatccgcaaggtgcctacgc aaagcctagtagca-ctctga-aa-gctttttgactggttgttccacta------caaac cc-agtagtaaacctggcagatgaggctagaaattccccactggtgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc---tttg-ggt----------gtgaagccaat-cagttg acagggtgtgaagagcctcgtgtgctcacctt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aaccttaaacccgcagccaaggtgtgcaagccagcatattcttggtcgtaacgagcaatt gtgggatgggaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----t---ttatt-ctttta- ----taa-tgcctatggtgacaa-tatat------------------ag----catatat tgtcattatgggcgcccaggtatctagacagaatgttggtacacacagtacacaaaatgc agtaactgatggttcaagtttgaattacttcaacatcaattactttaaagatgctgcatc cagtggagcttctagattggatttctcgcaagacccaagcaaatttactgacccagttaa ggatgttcttataaaaggtattccaactttgcaatccccttctgttgaggtatgtggtta ttcagatagaatcatccagataaccagggggaactcaacaataacttcacaggatgttgc aaatgccgtagtggcttatggtgtatggccagaatatttatctgctcaagatgctagtgc catagacaaaccttcacaccctgacacttcatcaaacaggttttatacattagagagtaa aaactggacaaatacatccaagggatggtggtggaaacttccagatgcactcaagagtat gggcatctttggagaaaaccttttctaccatttccttgggagggcaggatatacagttca tgttcaatgcaatgcaagtaaatttcatcaaggaaccttaatagttgcagcaatcccaga acaccaattagcttttatacagaaaggaaatgttacagttggttacaagtacacacaccc tggggaatatggcagagaaatagggacttttggagag-----------aacagtgtacta gacagacaacctagtgatgagaattggctgaattgtgatggcactctccttggaaatatc acagtgtatccacaccagtatattaatcttagaagcaacaactcagctacgctgatactt ccttatgtgaatgcagtaccaatggattctatggttaggcacaacaattggagtatagtc ataattccaatatctaaattggtatcagcaggtgggacag---cat---atgtacccata acaatatccatcagccctatggcatcagagttctcaggagctagaaat------------ ---aac------------------------------agcc------ctcaaggtctacca gtcatgctaacccctggttcagaacaatttctaacaactgatgatgcccagtcaccttcc gctttaccttattttcatccaaccaaagaaatttttattccaggaagggtcactaatcta tcagaaatttgtcaaattgattcaatgattcccataaacaacactcatggagtt---aaa aatacagtaaatatgtatacggtacaagttcaagaacaaaccactc------cagcacaa gaagtgtttgccataccagtagatatagcctcacaacctttagccacaacactaataggt gagatagctagttactatacccattggactggaagtgtcagattcagttttatgttctgt ggcacagccaatactagtcttaaattactcatagcatacacacctcctggggttcccaag ccaaccagcagaaaagttgcaatgctttccactcatgtggtttgggatgttgggttgcag tctacaatgtccatggtagtaccatgggtttcagcaagccactacagatatacaactcct gatacatattcaaaggctggatatatcacatgctggtatcagacaaactttatagttcca cccaacacacccaattcagcagacattatatgttttgtatcaggatgtaaagatttttgt ttaagaatggcaagggacacaaatctacatacacaaataggagctataacacaaaac--- ------ccagtagagaagtatacagaagccatcttgaatgaagtattggtggtcccaaat atcagtgcaagcagtccccagacttcaaattcagcaccagcattagatgctgcagaaacg ggtcatacaagtcagacacaacctgaggatatgctggaaactagatatgttattacagac caaacccgggatgaaatgagcattgaaagtttcctaggcagatcaagttgtattgctgag atccataccaatttag-atcatact----------------------------------- -gggtataatgac---cctgggaaaaatcattcagagtggaaaattacactcaaagagat ggcccagatcagaagaaaatgtgaaatgtttacatatctcagatttgattcagaaataac catagtagtatcagtagctagcaaacaagggg------acaatgggcatgtagtaataca gtacatgtatgtaccaccaggtgctccaatacctaaaactagagatgattacacctggca atccggaactaatgcttcagtcttttggcaacaaggacaaccataccccagattcacaat ccccttcatgagcattgcatcagcatactacatgttctatgatgggtatgaagatgacaa t---------ggtaccacttatggggctgttgtcaccaatgatatgggaacactttgtgt gcgcattgtgactgaacaacagaaaaatgaagtcaaaataactagcaggatctatcacaa agctaaacatatcagtgcatggtgtccaagaccaccaagggctgttgcataccagcatac atacagcccaaatttt------gtaccacaaactgg---------------------ga- --cagttgaaacccacattaaatttagacc---------t---aatgttaaagatgta-- -----------aca-tcagta-----atgacagcaggtccatcagatttgtatgtgcatt ctagcaattttgtttataaaaacctacacttaagtgaatcagaaaatctgaatgattcag tattgatcagttactctag------tgatcttgtcatttaccgcacaaatactacaggtg atgacataatcccaacatgtgactgtacattaggtacttattattgcaaacataaggata gatattaccccattagtgtaacaaagcaccagtggtatgaaatacaagagtcagagtact atcctaaacatatccaatacaacatattgctaggtgtgggaccctgcaaaccaggtgatt gtggtggcaaactcctctgtaaacatggtgtaattggcataataactgctggaggtgaca atcatgtagcttttatagatcttagagatt------ttcaagttgcagaagaacaagg-- -aataccagaatacatccactcccttggtgaagcctttggctccggatttgtagataaca tcaaagatcagatccaaactattaatc------caattaacaaaatatctagtaaaatag ttaaatgggtaataagaatcatttcagccattactataataatcagaaataatgctgacc cacatacaatagtagccacattagctttgttgggttgctcaggctcaccatggagattta ttaaggagaaagtttgtggatggctgcaactcaattacatacacaaggagtct---gatg gatggataaagaaattcacagagatgtgtaatgctgctagaggtcttgaatggttgggca ataaaatatccaaattcattgattggctcaaatcca---tgttacctcaagctagattga aggtggattttatcaaaaatcttaagcaactaccattattggaaaaacaagtagatg--- ---gattgagacttgcaacacaaaaacaacagcaggagtatattgatactcttactctaa tgctagattcatcaaataaattcttgcccctctatgcacttgaaaataaacgaatcaaag aactactcaaaagaggccagatgattct------ccgtacatctaagagaactgaaccag ttggtgttatcttccatggtgaaccggggacaggaaaatcaatcacaacatctatccttg cccgaatgcttacatcagaatcagat------atttactcactacctccatcacccaaat actttgatgggtatgatcaacagagtgtagtcatcatggatgatattatgcaaaatccca gtggagaagacatgtctttgttctgtcaaatggtatcatcagtaccatttataccaccta tggcagacctaccagataagggaaaacctttttcttcagattatgtgcttgctagcacca atcatactttactccaccctccaacaatcacatgcacaacagcaatgaataggagatttt tcttagacttagatattattgttaaagatgattataaactaggtcaaggcaagttaaact tacagtgtgcacttaagccatgcaaggaagga---aaaatcggcaatgcaaaa---tgct gcccccttatctgtgggaaagccttacaatttagagatagaagtaatggagagcacttgt cccttgctacaatatataataggattacacaagaaagcaaaaacagaaaggagttgacaa actcactacaggcaattttccagggaccaattgatattg------------------tga ataagccaccaccaccagccataatagacttacttaaatcagttaggaatccagatgtaa ttaggtattgtgaagagaataaatggataatcccagcagattgtaaac---ttgaaaggg atcttaattatgctaatgtaataatatctatgattgctaatgtaattagtataatgggtg tgatttatattatatataaactattttgctccctacaaggaccatattcaggagaac--- caaaaccagtaacgaagaaaccagaa---agaagggtagtcacacaaggaccccaggaag aatttgggcgaagtctaatgaaacacaatacgtgtgtggttacaactaacaatggaaagt ttactggtttgggtatctatgataatgtgatgataataccaacacatgctgatgcaggtc aggaggtagaagtggatggtattaagaccaaagtcagtgactcatatgatttatacaaca cacaaggtgtaaaattagaaatcacagtgttaaaattaaacagaaatgagaaattcagag acattaggaaatacatcccagagagtgaagatgattaccaagagtgctgcctagcactag ttgcaaaccaaccagaacccacaattttagacgttggtgattgctgttcatacggaaata tcttactgagcggtaatcaaactgctagaatgatcaaatataattaccccaccaaatcag ggttttgtggtggtgtcttatataaaataggtttgatcttaggtatacatgtaggaggca atggaagagatggtttctctgcaatgttattaagatcttactttaatgaacaacaaggga aaattgtatcaaaggctgatgtgaaggaacacaacttgtatagcatacatactcccacta agaccaaattacaacccagtgttttccatgatgtattcccaggcagcaaggaacctgctg tactatctacaagagacccaaggctagaagtggatttggacaattctatattttcaaaat ataagggtaacgaggcaatcaaggtctcagaaaacatgctcgttgctgctgcgcactata cggctcagctgacaacattggatattgacccacaaccaattagtctagaagatagtgtat atggaattgaaggtttagaagcattggacctccacactagtgctggatatccatacacag ctcatggtattaaaaagaaagaccttataccaaaaga---tagaaatttgacaaaactta aaattgctatggagaaatatggattggatttaccaatgataacatttctcaaggatgaac ttagaaaaccagagaaaatcagtgcagggaaaactagaataatagaagctagtagtttaa atgacactgttcagtttagaatggcatttggtaatctcttttctaaattccacaaaaacc caggtattgttaccggatcagcagtgggatgtgatccagaagtattttggtcaaagattc cagttatgctggatgggaattgtcttatggcatttgattattccaattatgatggtagtc tgaaccccgtgtggtttgaacttcttgagagagttttagatgatcttggtttccctgga- --aaattagttaataaattgtgtcattctaaacatatttataagacaacatactatgaag tggaaggtgggatgccatcaggttgtgctggaaccagtatattcaactcaatgattaaca atattataattaggacattagttttagatacttataaatatattaatctggacaaactaa agatacttgcatatggtgatgatgtattgttctcttatccctatgatttagatatggcag agctggctaaagagggcaacaaatatggtctgacaatcacacctgcagataaatcagata aatttgaaaaattaaattatgaaaatgcaacctttctaaagcggggttttaaacaagatg atagatacaaattcttaatacacccaatttatccagaaagtgaagtttgggaatccatca gatggacaaagaaccccagaaatatgcaggaacatgttctttccctgtgtcatcttatgt ggcataatggtaaagataaatatg-attcattcgtgaacaagatcaggagtgttagtgct ggtcgcgcactctatatcccaccatatgaactcttgttgcacgagtggtatgaaaaattt taag-------------cag---atatag---aa-------------------------- ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >MN369030.1 Rhinovirus C strain SC9810, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ -------------------------------------------------atagg-gagtg g-taagccatacca-c----t-tgagatcaagca-cttct-gttt-ccccgg-ctctaga ggaatagaccttgcaaagggt-tgaagccacgaaagtcgttatccgcacacatactacgc aaagcttagtattt-ccttga-aa-gctcgccggttggtcgctccgttaat------acc cc-attaacagacctggcagatgaggcaggaagctccccactggcgacagtgttcctgcc tgcgtggctgcctgcacaccct-c-tcg-ggt----------gtgaagccgac-tagtgg acaaggtgagaagagccccgtgtgctatgtgt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacatctgttgcacacaatccagtgtgtaggcagtcgtaacgggcaact gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----t---tattt-ctttca- ---tgaa-tgcttatggtgaca-----at-atc--------------ga----gtaatat tgttaccatgggcgcacaagtgagcaagcagaatgttggttcgcatgaaaacactgtctc agccagtaatggttcggttatcaaatatttcaacatcaactactacaaagactcagcaag ttcaggattgagcaaacaggatttctctcaagacccatccaaatttacacagccactagt ggatactttgactaa------ccctgctcttatgtcaccaactgtggaggcatgtgggtt ttccgataggcttaagcaaattactatcggaaactccactattactacccaggactcttt aaacaccattgcagcatatggagaatggccccagtacttatcagatatggatgccacatc agtagacaaacccactcatcctgagacatcagccgatcgcttttacacccttgccagtgt tacttggacttcctcttcacatggttggtggtggaaactccctgatgcactgaaggatat ggggatctttggacaaaatctttatttccactctctagggagaactgggtacattatcca cactcagtgtaatgccaccaaattccacagtggggctttaatagttgctgtggtccccga acaccaattagcttacattggcggtgtcaaagccaacgttggctacgagcacacgcatcc aggggagacaggccacactatcctaggaccaaacccgaa-----taatgcacgggggg-- -ctaacaatccagatgaagacccactttttaattgtaatggtactctgttaggcaacctt acaatcttcccccatcagttaatcaatttaagaacaaataactccagtactataatagtt ccttacatcaactgtgtaccgatggacaacatgttgaagcacaacaacttgtcactctta atcatacctcttgtaccattaaaacctggtaatagtggggttaaca---cagtacccatc acagtatccatagccccactcaaatctgagttctcaggtgcaatggaaa----------- --cacg------------------------------gttt--------cagggtttacct actcgcatacctagtggtggtcaacaatttatgaccaccgaagatgaacaatcagcaaat ttattaccaggtttccatcccacgaagaagatccatatcccagggttagtgaccaatatc atgcatatagccagagtggattctttcattccattgaataatattgagggccaa---gtt gggagggtcagtatgtattatgtgcctgtcacaaagaagg---------tcaatgatgag aggattctagtgttgcccttggaaatgaataacactttgttttctacaactttactggga gaggttctgaattacttcacaaactggtcaggcagcataaccatcacatttatgtgtgtc tgtgatgcatttagtactggaaaattcctactagcctacactccaccaggaggagcccta ccaaccacacgcaagcaagccatgctaggcgttcatgtcatctgggatctaggtttacag tcttcatgcactatagtggtgccatggatatcatcagggttttatcgccgtaccaaggca gataattacacagaagggggttacgtgtcattgtggtaccaaacagattttataccatct aatggcacatcagc---tggatccattgtggctacttgcagtgcatgcccggatatgtcc gccagaatgctcagagatagcccaatgatgcaacag---agcgggactttgcaaaacaat gac---ccagtatctaactttatagatacaaccctacaagaggtccttgtggttcctgac accaaaccctctggtccacaacacactactaaacccacagccttaggggcaatggagatt ggtgcatccagtgatgccacaccagaagcaaccatcgaaacacgttatgtctacaatgat aacaccaatgcagaagcagatgtggaaatgtttctgggtagatcagcaatttgggctaat atcacactcaatcaa--------------------------------------------- -------------------------gggttctataaatgggatattaactttcaggagca tgcacatgttaggaaaaagttcgaactgttcacctatgtcagatttgatatggaagttac aattgtcactaacaatacagggc------------------------------tgatgca aattatgtttgtccccccaggaatagactctcctacctcaaccactgacaggagatggga ttcagcttccaatccaagtgtcttttaccagcctaaatcagggttcccgaggttcacaat ccccttcactggggtagcgtcagcatattacatgttctatgatggatatgccactacagc caaaactggagataacacttatggtattgccccaacaaatgatatgggtactctttgctt cagagcacttgatgacactgtgaagaatga------------tgttaaggtgtttgtcaa acctaaacacatatcagcatgggtaccccgacctcccagagccacagagtacacgcataa atacagcacaaattaccattacaaaccagatggagagggacacg---------cattaa- --cagacagacacttcattcagaagaggaa---------c---aacataa---------- ------------------aga---------atgtaggtcccagtgacttacatgtccaca caagagatgccatctacacttgtgcccacctaaccaaaccaagtg------acaagacaa tcctgctagcccttactgc------agacctccaagttgacagcactgacacaccgggta gcgaccacataccatcgtgtgactgcaccgtagggtgttactactcaaaacacaatgaca gatatattcctgtagaagtcaagccctatgattggtatgaaatccaagagtcagattatt accccaaacatattcaatataatctactgataggtaatggacctagtagacctggagatt gtggtggtaagttactctgtaaacacggtgtgattggaataattacagctggtggtgaca acttagttgccttcaccgatttaaggccttact---catgcctttcctcccaccaaggtg tagtttcagactacttcacccaattaggaaatgcctttggtgagggcttcaccaccaata ttcaagaccatttcagtaaattaggacaatctattaatgataagctcacatctaaagctg tcaagtggttaatccgtgttgtcagtgcccttacaattatgatcaggaacaactcagacc tacctacagtgttagccaccttggcactgcttgggtgtagttcatccccgtggtccttcc tcaaggacaaaatctgcaagtggttgcaaataccacgacccccatccaaacaaagcgatt cttggttaaggaagttcacagaatgctgtaatgccgctaaaggcctggagtggattagtt tgaagattggtaagttcattgattggttaaaggagaagctcatacctacagtacaaaaga agaaggaaattcttgacaaatgcaaaaagatctcccttttggaagaacaggtgaatg--- ---gctttagctctgctgattcagaagcacaacaacagctcattgtagaagtggatatac tcaagaagggactggatgatttagcaccactgtacgctgcagagaataaaagagttacta acattcagaagaacctcaagcaacagacagcctatcttaagacccacaggcacgaaccag tgtgtttgctgttacatggaaatccagggtgtggaaaatcactagttacctctgtagtag cacgtggcctcaccagtgaagcccaa------gtgtattctcttcccccggaccccaaat attttgatgggtatgatcaacaagtggtggttataatggatgatctgggccaaaacccgg atggtaaagacctcagcaccttctgtcagatgatctccactactgactttattgtcccta tggcatccctagaagacaaaggtaaatcattcacaagtcagtacgtgcttgcaagcacaa acctagataccttaacccctccgactgttacactcccagaagccatcaagcgtcgctttt tcatggatgctgacttaatcgtgacatccaaattccgcaacagtgctggattgttggatg tggcaaaagctttgcaaccgtgtacacaatgtcccaaaccagaccattacaaggtgtgct gccctatcctctgtggacaagcagtggtgatccgagacaggaaaacccagataagctatt cagtcaattctgtggtggaacaacttcgcaatgagaatgatgtcaggagaaaggttaaac acaatctaaatgctattttccaaggtctcg---------------------------ggg atacacaaccaccaggctttattgttgatctcctatcagcttcaaaagacccaaaagttc tagagtattgtgtggaacagggatgggtgggcaaggcaacatctacca---tagaaagag atttcaactatgttcaatatctgttgaactgcttaggaagtttagtgcttatccttggaa caatatatgccctttacaaattaatgtgtctgacccaaggcccctactcaggcctcc--- ccaaccctccttccaaaaggcctgaactgaggaaagcaacgctgcaaggacctgaacatg aatttattagagccttaattaagaggaactgccatattgtaactactcctagaggtgagt tcaatttactggggatccatgacaactgttgtgtggtacccacgcatgctgaatgcggag agactgtggatatagatggtagggaagtcaaggtcttgaaacaacagattctaacagaca tgcatgacactgacacagaaattacactcctgtggctggatcagaatgaaaaatttaggg acattagaagatttatccctgaacaccaacaggagtggacgaacatgcacctagcaacta atgtttcaaagtttccaatgttagatgtggaaatagggacagtcatcccatatggtgaaa ttaatctaagtggcaatcccacctgcagattgatgaaatacaactaccctacaaaacctg gtcaatgtggtggggttattgccaacacaggtaatattgttgctatccatgttgggggca atgggcgcgttgggtatggtgcagctctcttgcgtaagtactttgctcaagcccagggag acataatagcaaaacataaagttggagtggaaggaatttcaccaattaacacccctaaca agaccaaattgcaacccagtgtattccatgatgtctttccaggtaccaaggaacctgcag ccctgactagaaaggatccacggttagaggtagatcttgatgctgcagtgttctcaaagt acaaaggcaacccaccagtggcctggaatgataatatccaggtggctgtcgaccattatt cagcccagctatacatgttggacataaaccccagccctttaactatggaacaagcagttt atggtattgaaaatctagaacccctggacttaactaccagtgcaggattcccctatgtta ctatgggcattaagaagaaggatattataaataaggttacaaaggacacaaccaagcttc aaaatatgatagataggtatggtatagatcttccatatgttacttatctaaaggatgaat tgagagcccctgaaaagatcaaaatggggaaaacccgaatagtagaagctgctagtttga atgatacaacccattttcggatggtgtttggcaatctcttcagcaccttccatgctaatc ctggtatcctcaccggctcagctgtaggttgtaacccagatacattctggtcccagatgt atgcctcaatggatggagagt---tgcttgctttcgactacaccaattatgatggtagtt tgcaccccatatggttccaggccttaggtaaggtgttaaacaatcttggttttccaggg- --gagttaatgagcaagctatgcaacaccactcatatctacaaggatgacatctataggg tggagggtggcatgccatctggtatctgtggtactagcatttttaacacaatgattaaca acatcataatcagagtcctagtgttagatacttataaaaacattgatctggacaaattaa agattgtggcatatggggatgatgttgtggcatcttatccctatgagttggatcctagtg agatatccaagagagctcagcactatggcttgactataactccacctgacaagggagaga ctttccaaaagatggactggtccacagtcactttcttaaagaggcacttcaaaccagaca ccaagtacaaattcttgatacacccagtttacaagatggaagatgtctatgaatctatca gatggaccaaagatcccaaaaacacacaggatcatgttcattcactctgcctgctagcat ggcataatggtgaggaagtgtatg-aagagttcaggaagaaaatcagatcagttcctcta gggaggatgctctatacaccaccatattccttgctgtaccggcagtggatagatcagttt -----------------------atttag---a------------------atataata- ------caatgtttagg---tagaact-------tagtat-------------------- ------------------------------------ >MN306020.1 Rhinovirus A strain SC0218, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ -----------------------aaggtcaagca-cttct-gttt-ccccggtcaa--tg ttgatatgcttcaac-aaggc-aaaaacancatcgatcgttatccgcaagatgcctacac aaagcctagtacct-ccttcg-at-ggtatttgtctggtcgctcaggtg------ttttc cc-aacactagacctggcagatgaggctagaaactccccactggcgacagtgttctagcc tgcgtggctgcctgcacaccc--tttcg-ggt----------gtgaagccaaa-tactgg acaaggtgtgaagagccccgtgtgctcatctt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacccgcagccattactcacaatccagtgagcggatggtcgtaatgagcaatt gtgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcat----g---tttta-ccttat- ----gatttgcttatggtgacaa-tatat-a--------------gaga----tatatat tggcatcatgggcgctcaagtatctagacagaatgttggtacgcactcaactcaaaatat ggtttcaaatggatctagcttaaattatttcaacattaattattttaaagatgctgcttc taatggagcatccaaattggaattctcacaagatcccagtaaatttacagacccagtcaa ggatgttttggaaaagggaatcccaactttgcagtcaccaacagttgaagcctgtggata ttcggatagaattattcaaataacaagaggagactccacaattacatcacaggatgtagc aaatgctgttgtggggtatgggatatggccacactacttatcccctgaggatgctacagc tatagataaaccaacacgccctgatacgtcatctaacaggttctatactttagaaagcaa aatttggacgagagactcaaaaggttggtggtggaaattgcctgatgcactcaaggaaat gggagtttttggacaaaacatgtattaccatttcctggggagaagtggctatacaattca tgttcaatgcaatgctagcaaattccatcagggcacgttgatagtggctgcaataccaga acatcaattggcaagtgcagagaaaggaaatgttaacactggctataattacacacaccc tggtgaaaggggtagggatgttgggcaggaaaga--------------gaaagtacca-- -gctatcagcccagtgatgataattggcttaattttgatggcactctattaggtaatata accattttcccacatcaatttatcaatttgagaagcaataattctgcaacacttattctt ccatatgtgaatgctgtacccatggactcaatgcttagacacaataattggagtttggta ataatcccaatttgtcctctagaaactaatggtggagat---gtta---ctgtacctata acaatatctattagcccaatgtttgctgagttctctggagcacgagcccgt--------- ---------------------------------------a------gccagggattgcca gtattaatgaccccaggatctggtcagttcatgacaactgatgattaccaatcacctagt gcattaccatggttccattcaacaaaagaaatattcatcccaggtcaagtacataattta gcagaactgtgtcaagttgatacaataataccaattaattatacaacagcaaac---acg actagtgttaatatgtacactgtggtgctgcaaaaagaaaac---c------ctggaaca gaagtttttgctatgagagttgatatagcaacacaacctttagctacaacattaattggt gagattgctagttattatacacattggactggtagtttgagatttagcctcatgttttgt ggaacagcaggcaccacacttaaattactagttgcctacacacctcctggaattgccaaa ccagaaaacaggaaagatgcaatgcttggtacccatgttgtctgggatgttggcctacag tcaaccatatcaatgattgtgccctgggtcagtgctagtcattttagaaacaccacacca gataaattctcacaagcaggatacataacatgttggtaccaaaccactcttgtcacaccc cctagcacgccttccacggccagaatgctctgttttgtatcagggtgcaaggatttctgt ctacgcatggctagagacactaacttacataaacaagttgggcccattacacagaat--- ------ccagttgaaaaatatgttgacagtgttctgaatgaggtgttagttgttcccaat attaatgaaagtcaccctagtacctcaaactcagctcctgcactggatgctgcagagact gggcacacaagtactgtgcaacctgaagacatgattgaaacacggtatgtccaaacatca caaactagagatgagatgagtcttgagagtttcttaggaaggtctggctgtatacatata tcacatctaaatgtca-agtataca----------------------------------- -gattacaatga------gaagaataatttcagatcttggccaataagcataaaggagat ggcacaaataagaagaaagtttgaacttttcacatatgtgagatttgattcagaaatcac cctagtgccttgcatagcctctcaaagtaatg------acattgggcatgtagtgatgca atatatgtatgtcccacctggtgcacccaaaccagagaagagagatgattacacttggca atctggaaccaatgcttcaattttctggcaacacggtcaaccttaccctcgtttctcact tcctttcctaagcatagcctcggcttattacatgttttatgatggttatgatggtgatgt tccc------ggatcaagatacgggaccatagtaacaaatgatatgggcacactgtgttc tagaattgtaactgaagagcaccaaactcaagttaacatcaccacaaggatatatcacaa agccaaacatgtgaaagcgtggtgcccacgacccccaagagctgtgggttacacacacac acatgtcactaactac------aaaccatcagaagg---------------------ag- --aatacagtatcagtattccaaccagaga---------c---agccctaga-------- ----------cata-ttctca---------atgtgggacctagtgacatgtatgtacatg tcggcaatttaatatatagaaatttacatcttttcaactctgatg---tccacgattcca tcttggtctcttattcatc------tgatctagtcatttaccgcacaaacactacaggtg atgactatattccaacatgtgattgcacagatgcaacttattactgtagacataaaaata gatattacccaataaaagttactagtcatgactggtatgaaatacaagaaagtgagtatt atcccaaacacatccaatacaatctcttgattggtgaaggcccatgtgaaccaggggatt gtggtgggaaactcctttgcaaacatggtgtgattggaattattacagcaggtggtgagg ggcatgtggctttcatagatttgagacatt------tccattgtgcagaagagcaagg-- -tatcacagattacatacatatgttaggggaagcctttggaagtggatttgtggacagtg ttaaggatcaaatcaatgcaataaacc------ctataaataatattagcaagaaactag ttaaatggatccttaggataatatctgctatggtgataattataaggaatagctcagatc cgcaaacagttgtagctacacttacactaataggttgttcaggatcaccatggcggtttc taaaggaaaaattttgtaaatggacacagcttcattatgtacacaaagagtca---gact catggcttaagaaattcacagaaatgtgcaatgcagcaagaggtcttgagtggattggaa ataaaatatctaaattcatagaatggatgaagtcta---tgttaccccaggcccaattga aagttaagtatctcaatgaacttaaaaaactgagtttgttggagaagcagattgaaa--- ---acttgcgctgtgcagacacaaaaacccaggagaaaataaaggtagaagttgatactc tccatgatttatcatgtaaattccttcctttatatgctagtgaagcaaaaagaatcaaag tcttgtacaataaatgcaataatataat------taagcagaaaaagaggagtgagccag ttgccgtgatgatacacggtccacctggaactggtaagtctataactacaagctttcttg ctaggatgataacaaatgaaagtgac------atttattcattaccaccagatcccaaat actttgatggatacgaccaacagagtgtagttatcatggatgatataatgcagaatccag atggagaggatatgtccctgttttgtcagatggtatcaagtgtcacatttattccaccaa tggctgatttgccagataagggtaaaccatttgattctcgctttgttttctgtagcacaa accaatctcttttagctccaccaactattacttcactttctgctatgaatagaagatttt atttagatttggatataattgtgcatgagaattacaaaaacagccaagggaaattagatg tgtccagatcttttaaaccatgtgatgtagatacaaaaataggcaatgcaaaa---tgct gtccattcatatgtggtaaggctgtgtctttcaaagaccgaaacacgtgtgaggtgtatt ctctctctcagatttacaacatgattatgcaagaggataagcaccgtagaagtgttgtag atgtgatgacagcaatatttcaaggacctatcacaa---------------------tga atgccccaccaccacctgcaatagcagatttattacaatcagttagaactccagaagtaa tcaaatattgtgaagagaataagtggataattccagcagattgcaaaa---ttgagaggg atttaaatttagcaaacaatatcataacaattatagcaaatgttattagtatagctggta ttatttttgttatttacaaattattttgcacactccagggcccatactccggagagc--- ctaaacctaaacccaaaattccagag---agaagagttgtggctcaagggcctgaagagg aatttggtcgctccttaattaaacataacacatgtgttgttaccacagagaatggaaaat tcacaggcttgggtatatatgacaaaactatgatcataccaacacatgctgacccaggta atacaatccaaatagatgggataaatgtcaaaatctcagactcttatgacctgtataata agaatggtgtgaagcttgagataacagtggttaaattagatagaaatgaaaaatttaggg atattcgaaaatatatcccagaaaaggaagatgactatccagaatgtaatttggccttag tagctaaccagcctgagcccacaatactaagtgtaggtgatgttgtatcatatggaaata tattacttagtggaaatcaaactgcaagaatgcttaaatacaattacccaactaaatcag gatattgtgggggggttctgtacaaaataggtaatgttctaggcatacatgttggaggca atggcaaggatggattttcagctacattactcagatcttactttagtgagactcaaggac agataacaaaaactgcaaatgttaaggagcatggattccctactatacacactcctagca aaaccaaattacaacccagtgtgttttatgatgtattcaaaggaaccaaggaaccagctg tgttatctgagagagatccacgcttagaaacagatttcaagaaagcgttattttccaaat acaaagggaatctaaactgtgaaataaatgaccatgtcaagattgcagttgcacactact ctgcccaactaatgacacttgatatagattcaaacaatatgagcttggaagatagtgtgt ttggctcggatgggctagaggctctggatttgaatactagtgcaggttttccatacataa gcatgggaataaagaaaagagacctaattgacaaaaacaccaaagacatatctaaactca aaattgcattggataaatatggagtggacttacccatggtcactttcctcaaggatgagc tcagaaagaaagaaaagatatcatctggaaaaactcgtgtcatagaggctagcagtgtga atgatacagtagcatttaggatggtgtatggtaatttatttgcagcttttcacaaaaacc ctgggatagtaacaggttctgcagtaggatgtgatccggaaacattctggtcaaaaatcc ctgtcatgttagatggtgaatgtataatggcttttgactatacaaactatgatggtagta tacacccaatgtggtttgaggctttgaaaatggtgttagataacttacaatttgaacct- --aggttaattgatagattgtgtaattctaagcatatatacaaagattcatactatgagg tggagggaggggtgccttcaggatgctctggaacaagcatatttaatactatgatcaata atgtaatcataagaacattagtattggatgcatacaaacatatagatttggataaattga aaataatagcatatggtgatgatgtgattttctcatacaaatacactcttgatatggaag caattgctcatgagggcagtaaatatggactaaccattacacctgctgacaaatctgaga ctttcaagaagcttgattatagtaatgttacctttctgaaaagaggcttcaagcaagatg aaaaatacccatttttgatccatccaacctttccaattgatgagatacatgagtcaatta gatggacaaagaaaccctcacaaatgcatgagcacattctctcattgtgtcatttaatgt ggcacaatggtcaggaagtctaca-gagactttgagcggaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtatatccctccctatgaagtgcttctgcatgagtggtatgaaaaattt taata-------------ga---atatag---aa-------------------atgataa --aca-tttag------------------------------------------------- ------------------------------------ >KY369902.1 Human rhinovirus B70 strain SC1060, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ -----------------------------------cttct-gttt-ccccgga---gcgg agtatagacggccaccgctgtcaaaagctctta--accgttatccgccaattaactacgc aacggctagtaaca-tcttgtt---atttttagggcgttcgatcaggtgag----tacac cc--ctcactagtctggtcgatgaggctgagaattccccacgggcgaccgtgtctcagcc tgcgtggcggccagcccagcttac-----gct----------gggacgcctta-attgtg acatggtgtgaagacccacgtgtgcttaattgt-gagtcctccggcccctgaatgcggct aacctaaaccctggagccttgagacacaatccagtgttggcaaggtcgtaatgagcaatt ccgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttatt-tccaa-- ----attgttcttatggtcacaa-tataa-gata-------------ta----catatat tgtgatcatgggtgcacaagtgtctactcagaaaagtggctcgcatgaaaatcaaaacat cctgacaaatggctcgacacaacactttacagtcataaattactataaagatgctgcaag ttcatcatctgctggtcagtccttctcaatggatccttctaagtttactgaacctgtcaa agacatcatgttgaaaggagcacccgctttgaactcccctaatgtggaagcatgtgggta cagtgatagggtacaacaaatcactcttggaaactcaacaattacaacccaggaagcagc caatgcggttgtagcttatgcggagtggcctagttacctggcagacaatgatgcaagtga tgtaaacaagacttcacaacctgacacgtcagtgtgtagattttacactttggagagcaa aacatggaccaacagttctaaaggatggtgctggaaacttccagatgcactaaaagacat gggagtgtttgggcaaaacatgtttttccatgcgttggggaggacagggtacactatcca tgtgcagtgcaatgccaccaaattccatagtggatgtctcttggtagttgttgttcctga acatcaactagcatcacatacacaagggaatgtgtctgttaagtacaaatacacccatcc aggtgaacaaggcatagatctgaatagtacagctgaag---------------------- -aagggggagcatcacatgatccagtatactctatgaatggaactttactaggaaacctt ttaatttttccacaccagtttattaatctcagaacaaacaatactgctacaatcattgta ccttacataaactcagtacctatggattctatgaccagacacaataatgtatccctgtta gttatcccagttgtaccgctggtaaatccggtaggtatgtctacaa---taataccagtt acagtgaccattgcccctatgtacacagaattctcaggtattaggtcaaaggctgtag-- -tgcca------------------------------------------caggggttacct actttaactactcctgggtctggccaatttttaacaacagatgatagacaatcacctagt gcaatgccaaattatgaaccaaccccactaatacatattccaggagaagttcacaacctt ctagaaattatacaagtggatactttaatacccatgaataacacaggtgct------aga gacacactggaagagtatcgcatcccactcacagtcaac---------aaaaagaatgac caaatattcggcaccagactgttcataggagatggggtgttcaagaccacactatttgga gaaatagcacagtactacactcactggtcaggttcaatcaggatctctctaatgtataca ggtcccgcactatcaagtgctaaattgattttggcatacactccaccaggaactgaaggc cctaaatccaggaaagaagcgatgttaggtacacatgtggtttgggatgttggactgcaa tccacagtcgtcatgaacataccatggacatctggcgtgcagttcaggtacacagatcct gatacttacaccagtgctgggcatctttcctgttggtaccagacatcccttattctaccc ccagacacaacagggacagtgtacctattggcttttgttagtgcgtgtccagatttcaaa ttaaggcttatgaaagacactcaaacaatatcgcaaacagaagctcttacagaagga--- ------tttgaagatgagctggaagaagttgttatcgacaaaatgaaacaggtgacagct tcaagtcagagtgggccaaaacacactcaaaaggtgccagcactaagtgctaatgaaact ggggccactttaccaacaaaaccatctgataatgtagaaactagaaccacatacatgcat ttcactggatcagaaacttctttagagaatttcttaggaaggtcagcttgtgttcacata acagaaattaagaata-agctacctacagagcctgtagccgaaggcaatcaaatgaaaaa cacccataaagag---caagg---gttgtttaatgattggaaaataaatttatccagttt ggtgcagttcaggaaaaagttagaactcttcacctatgtgagatttgattctgagtatac aatactagcaactgcttctcaacctaacacagcccaatatgccagcaacctaacagtgca agcaatgtatgtccctccaggtgcaccaaatcctattaaatgggatgattacacatggca gagtgcctcaaaccccagtgttttctttgaagtcggcaaaatgg---ctaggtttagtgt gccgttcataggcattgcatcagcctacaactgtttctatgacgggtactcacatgatga tgag------aatacaccgtatggcataaatgtcttaaatcatatgggtagtatagcttt tagaatagttaatgatcatgatgtgcatacaactcttgttaaaattagagtcttccacag agccaaacacattagagcttggataccaagaccacccagagcattaccatatacttccat aggaagaaccaacttcccaaag------------------------------------a- --cacctaataaggttattgctactaggga---------t---agtatcact-------- -----------act------------tatggaggaaactccaggtttggggctatttaca catgtaactacaagataatgaactaccatctgatgacacatgaag------accacataa acctattgactccttactataacagagatttggcagtggtggcaacaggagcgcagggtt cagaaacaattcctcattgtaactgtacttcgggtgtttactactctcagtactacaaca aatactacccaataatatgtgaaaaacccacaaacatatggattgaaggtggaaactact accccagcagattccagtcaggagttatgaaaggtgttggaccagcagaacccggggact gtggtggaatcttgcggtgcatgcacggcccaatcggtctgctgacagcaggcggaagtg ggtatgtatgcttcgcagatattagacaactag---attttattgctgagacacaagg-- -catcactgattacataacaaacttaggaaaagcatttggcgtgggttttacagatcaga tatcagcaaaagttacagagctccaagacagtgttaaggactatttaaatgttaaaatac tctccaaagttgtcaaaatgatatctgcattggtgatcatatgtaggaatcatgaggact tggttacagttactgctacgctagcattgcttgggtgtgacgggtcgccttggaggtttc tcaagatgtacatatcaaaacatttccaggtgccctacatagaaaggcaagccaatgatg gatggtttaggaagtttaatgatgcttgcaatgcagctaaaggtttggaatggatagcaa acaaaatttccaaacttatagagtggataaaggtaaaaataattccacaagcaaaggaaa aactagacttttgcaaaagactcaaacagttagatatcttggagagacaaattgcaacaa tgcatgtttccaacccaacccaggaaaaaagggaacagcttttcaacaatgtcttatggc tagagcagatgtcccaaaaatttgccccactgtatgcagtagaggctaggagaattaagg agctaaaaacaaagatagtaaactacatgcaattcaaatccaaacaaagaactgaaccag tatgtgtcttgatacacggctctcctgggtcagggaaatctctaaccacttccattattg gtagagctatagcagaaagattcaagtcaacagtttactcactccctccagatccaaaac actttgacgggtaccaacaacaagaggtcgtaatcatggacgacttaaatcaaaatcctg acggccaggacattagtatgttctgccaaatggtctcgtcagttgactttataccaccca tggctagtttggataacaaagggatcttgttcacaagcaactttgttcttgcctcaacta actcaaacacactcagtcctccaacaatcttaaatccagaagccttagctagaagatttg gatttgatttggacatatgtttacacactacatatactaaatct---ggaaagctgaatg cagcaatggcaacagaactttgcaaggattgccacaagcccagtaatttcaataagtgtt gtccactaatatgtggcaaagcaattagccttgtagatcggacctctaatgttagatata gcctagaccaactagttacagcaattataactgacttcaataataaactaaagattacag attctttagaagttttatttcaaggtcctgtttacaaagacttagaaatagatgttcaca gcacaccaccacctgaatgtattagtgacctacttaaatctgttgattctgaggaaataa gggaatattgtaaacaaaagaactggcttattccagaaatcccaactaacatagagaggg cagtaaaccaagctagcactataatcaacactatcttaatgtttgtgagtaccttaggga ttctttatgtaatatacaagctctttgcacaaacacagggcccttactcaggcaaccccg cgcacaccaagttgaaaccacccactttacgacaagtggtagttcaaggtccaaacactg aatttgctttatccctccttaggaagaatatagttactatcaccactactaagggagaat ttacagcattaggtatacatgataggatttgtgtagtacccacacactcacagcctgatg atgaagtgttagttaacgggcaaccagtaaagttaaaagataaatacaagctattagacc cagagaacaccaacctggagttaaccatactggttctagatagaaatgagaaatttaggg acataagaccattcatagcagaagaccca---gagggaatggagggtactctagtgataa attctaacaactttaaagacactatactagaagtgggacaattaacctttgctggcctaa taaacctcagtagtgttccaacaaaccgcatgatacgctatgagtaccctacaagaacag gacaatgtggaggtgttttatgttctactggtaaaatctatggtattcatgttggtggca acggacggcaaggtttttctgcacaattgaggaaacaatactttgtagaaaaacagggag caatcatcaacaaaagaaatgttaaagagttgggtttaaaacccattaacactccaacca aaacaaagcttcaccccagtgtgttttatgaaattttcccggggtcaaaagaaccagcag ctttgaatgactctgaccccagattggaggttaatttgcatgattctttattctcaaagt ataaagggaatatagaaattgacatcacagagaatatgcaaattgccattgatcaatact caggccaattattatcactggatatacctacagaagaactatcacttaaagaagctctgt acggaacagatggtttagagccaattgacattaacaccagtgctggttatccatatgtga gtctaggaataaggaaaagagatatattaaatagggacacacaagatattactaaaatgg aacattatttggacaaatatggcattgatctaccattggtcacatacataaaagatgaac tcaggagtagagacaaggttaggttagggaaaagtaggctaattgaagcatctagcttaa atgattcagtaaacatgagggtgaaactaggtaatctctataaggccttccacacgaatc cagggataataactggctcagcagtagggtgtgatccagatacattttggtcaattatac catgccttatggatgggcaac---tcatggcttttgattactcaaactttgatgcctctc tatctccagtgtggttcaaatgtctagaacaagtactttccaggcttggatttaaacact ccaatttaatccagacaatatgcaacacacaccacatattcagagatcagatctatgaag ttgagggaggcatgccatcaggatgttcaggcactagtgtcttcaattcaatgataaaca acataatcattagaacattgatactggatgtctacaaaggaattgatcttgataagttga aagtaattgcttatggtgatgatctcattgtatcctacccttttgaactccaaccagagt tattggcacttgctggtaagaaatatggcctgacaattacacccccagacaagtcagaaa aatttgtcaaaacaacatgggagaatgtgacatttctgaaaagatacttcaggcctgacc cccagtatcctttcctcatccacccagtaatgccaatgcaggatatacaagagtccatac ggtggacacgtgatccgaaaaacacacaggatcatgtacgctctctatgtatgttggctt ggcattcaggagaagaggaataca-aaaactttacagagaaaataagatcaaccagtatt ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------ >MF973194.1 Human rhinovirus A1 strain 7A2, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ---------------------------------------t----t-ccccggttga--cg ttgatatgctccaac-agggc-aaaaacaactgatatcgttatccgcaaagtgcctacac agagcctagtagga-ttctga-aa-gatctttggttggtcgctcagctg------catac cc-agcagtagaccttgcagatgaggctggacattccccactggtaacagtggtccagcc tgcgtggctgcctgcacacctc-ttatgaggt----------gtgaagccaag-gattgg acagggtgcgaagagccgcgtgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aaccttaaacctgcagccatagctcataagccaatgagtttatggtcgtaatgagcaatt gcgggatgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcac--------ttttt-ccttta- ---tcaattgcttatggtgacaa-tatat-a--------------taaat--atatatat tggcatcatgggcgctcaggtatccagacaaaatgttggcacacactcaacccaaaattc agtgtcaaatggatcaagtttaaattactttaatataaattatttcaaggatgctgcctc aagtggcgcatctagattagatttttctcaagatccaagcaaattcactgatccagttaa agatgtcttagaaaaagggattccaacattacaatcaccatctgttgaggcttgtggtta ttcagataggattatacaaatcaccagaggtgactcaacaattacatcccaagatgtggc gaatgctgtggttgggtatggagtctggccacattatttaacaccacaagacgccactgc catagataaaccaacacaacccgacacatcatcaaatagattttatacattagaaagcaa acattggactagttcttcaaaaggatggtggtggaaattgccagatgctcttaaagacat gggcatctttggagaaaacatgtattatcatttcctgggtagaagtggatatacagttca tgtgcagtgtaatgctagtaaattccatcaaggtaccttgttagtcgcaatgataccaga acatcaactggcaagtgcaaaacatggaagtgtgactgttggttacaagctaacacaccc aggtgaggctggtagagatgtgagtcaggaacgtgac-----------ac---aagtt-- -taagacaacctagtgatgatagttggcttaattttgatggtaccctgcttggaaattta ttgattttcccacatcagtttataaaccttagaagtaataattctgcaactataatagta ccatatgtaaatgctgtgccaatggattcaatgcttcggcacaataactggagcctagtt atcataccaatttgttcattgcgtagtgaaacttcatctactaata---tagtaccaatc actgtgtcaataagtcccatgtgtgctgaattttctggtgcaagagcaaaaaatgtt--- ---------------------------------------a------aacaaggattgcct gtatacatgaccccagggtctggacagttcatgaccactgacgatatgcaatcaccttgt gcactaccttggtaccatcctactaaagaaatatctattccaggtgaagttaaaaacctt atagaaatgtgtcaagttgataccttgattccagtcaataatgtgggcaataat---gtt gggaatattagtatgtacactgtgcaattagaaaaccaaacaggta------tggcacaa aaagtcttttcaataaaagtagatataacatcacaacctttggctacaactttaattgga gaaattgcaagttactacacccattggactggcagtctacgatttagtttcatgttttgt ggaactgcaaatacaacacttaaattactacttgcatacacaccacctggtattgatgaa ccaacaaatagaaaagatgcaatgctaggaacacatgtcgtgtgggatgttggattacaa tctactatatctcttgttgtgccatgggtgagtgctagtcactttagattaactgcagat aataaatactctatggctggttatattacatgttggtaccaaactaacctagtagtaccc ccaaacacaccacaaactgctgatatgctatgctttgtctctgcatgtaaggatttctgt ctgcgaatggcaagggatacagacttacacatacaaagtggcccaatagagcaaaat--- ------ccagtagaaaattacatcgatgaagttttgaatgaagttttagtagtgccaaat ataaaagagagtcatcacactacatcaaattctgctccacttttagatgctgcagaaacg ggacacaccagtaatgtgcaaccagaagatgctatagaaacaaggtatgtcataacatca caaacaagagatgaaatgagcatagaaagcttccttggtagatctggctgtgttcacact tcaagaataaaagttg-attatact----------------------------------- -gattataatgga---gagaacttaaattttacaaaatggaacatcacactgcaggagat ggcacagattagaaggaaatttgaattgtttacatatgtcaggtttgattcagaagtaac cttggtgccttgtattgctggtagaggagatg------acattggacacattgtaatgca atatatgtatgtccctccaggagccccaattccctcaaaaagaaatgattttacatggca atcaggcaccaatatgtctatattctggcaacatgggcagccattccctagattttcttt accatttcttagtattgcatcagcttattacatgttttatgatggatatgatggggacaa cact------tcttcaaagtatggtagtgtagttactaatgacatgggtactatatgttc tagaatagttacagaaaaacagaaacatcctattgttattacaacacacatatatcataa agctaaacacataaaagcttggtgtcccaggccccctagagctgtaccttacacacacag tcatgtaaccaattat------aaaccagaaacagg---------------------tg- --atgtagaaacagccatagttcgcagaaa---------t---gccataaca-------- -----------act------------------gctgggcctagtgatctatatgtgcatg taggtaacctaatatatagaaatttacatctgtttaattctgaaa---tgcatgattcaa ttttggtctcatactcttc------tgatttaatcatataccgcacaaacactacaggtg atgattatatccctaattgcaattgtactgaggctacatattattgtaaacacaagaaca ggtattacccaataaaagttacttcacatgattggtatgagatacaagagagtgaatatt accccaaacatatccaatacaacctcttgattggtgaaggaccatgtgagcccggtgatt gtggtggtaaactcctttgtagacatggtgttatcggcataatcacagcaggtggtgaag ggcatgtagcattcatagatcttagacaat------ttcaatgtgctgaggagcaagg-- -cataactgattatatacatatgttaggagaggcttttggtaatggttttgtagatagtg ttaaggaacagataaatgcaattaatc------caattaataatattagtaaaaagatta ttaagtggttgcttagaataatctcagctatggtcattataatcagaaactcctctgatc ctcaaacaatcatagcaaccttaacgcttattggttgcaatggttcaccatggaggtttc ttaaggaaaagttttgcaaatggacccaattaacttacatccacaaagaatct---gatt catggttaaagaaattcactgagatgtgtaatgctgcacgtggccttgaatggattggta acaaaatttcaaaatttatagattggatgaagtcaa---tgttacctcaagctcaattga aagtcaaatatttaaatgaaatgaagaagctcaatctacttgaaaaacaaattgaaa--- ---atctgcgtgcagcagatagtgcaacacaggaaaaaattaaatgtgaaattgacactt tacatgatctatcatgcaaatttctccctttgtatgcacatgaggcaaaaagaatcaaag tgctatataacaaatgttccaatataat------caaacaaagaaagagaagtgaaccgg tggctgtgatgatacatggaccacctggtactggtaaatccataacaactagtttcttag ccagaatgataacaaatgaaagtgat------gtgtactcattacctccagatcctaaat actttgatggttatgacaatcagagtgttgtaattatggatgacatcatgcagaacccag atggggaggacatgacactattctgtcagatggtttcaagtgttacatttataccaccta tggctgacttgcctgataagggcaaaccatttgattcaaggtttatcttatgtagtacca accactcacttttggccccacctaccatatcttcattgcctgcaatgaacagaagattct tctttgacttggatattgtggtacatgacaattacaaggatatgcaaggcaaattagacg tatccaaggctttccaaccctgtgatgtcaacactaaaattggcaatgcaaaa---tgtt gtccattcgtatgtggtaaggcagttacatttaaagatcgtagcacttgttcaacataca ccttagcccaagtttataatcacattttagaggaagacaagagaagaagacaggtagtag atgtcatgtctgcaatattccaagggccaatttctt---------------------tag atgctccaccaccaccagctatagcagacttgctacaatcagttagaacacctgaggtaa ttaaatattgtcaagacaataaatggattgttccagcagagtgtcaaa---ttgagagag acttaaatatagccaatagcataataactatcatagcaaatataataagtatagctggta tcatatttataatttataaattattttgctcattacaaggaccatattcaggtgaac--- ctaaacctaagactaagatgcctgaa---agaagagtagttgctcaaggtccagaagaag aatttggaaggtcaattctaaaaaataacacttgtgttattactacaggtaatggaaaat ttacaggccttggtatatatgatagaattttaatcatcccaacacatgctgatccaggta gagaggttcaggttaatggtgttcacactaaagtcttagattcatatgacctttataata gagatggggttaaacttgaaataacagttatacaattagacagaaatgaaaaatttagag atattagaaagtatatacctgaaacagaggatgactacccagaatgtaatttagcactct cagctaatcaagatgaaccaactataattaaagtgggagatgtagtatcctatggtaata tcttacttagtggaaaccaaacagccaggatgcttaaatataattaccccacaaagtcag ggtattgtggaggggtgctatataaaattggccaaattctcggtattcatgtgggcggaa atggaagagatggtttctcagctatgttacttaggtcatactttacagatacccaaggcc aaattaaaattaacaaacatgctactgaatgtggtctcccaactatacatacccctagca aaactaaacttcagcctagtgtattttatgatgttttcccaggttctaaggaaccagctg tgcttacagataatgaccctagattggaagttgattttaaagaagctttgttttccaagt ataaaggtaatgtagaatgtaatttaaatgaacatatggaagttgctgttgcccactact cagcacaattaatgacactagatattgattccagaccaatagcattagaagatagtgtgt tcgggatagaaggacttgaggctttagatttaaataccagtgcagggtttccttatgtta caatgggtattaaaaagagagatttaataaacaacaagacaaaggacatatctagactta aagaggctctggataaatacggagttgatttacccatgatcactttcttaaaagatgagc tcaggaagaaagagaaaatctcaacaggtaagactagggttatagaggcaagtagtgtaa atgacaccatattgtttagaactacttatggcaacttgttctctaagtttcatttaaacc caggtgttgttactggttctgcagttggatgtgatcctgaaactttctggtctaaaattc cagtcatgctagatggagattgtataatggcttttgactatacaaattatgatggtagca tacaccctgtttggttccaagctttaaaaagagttcttgaaaatttatctttccattct- --aatttaattgatagattgtgctattccaaacacttattcaaatcaacatattatgaag tggaaggtggagttccttctgggtgttctgggacaagtatattcaacactatgattaaca atattataataagaacactggtcttagatgcatacaagaacattgatttagataaactta aaataattgcttatggtgatgatgtgatcttctcttacaaatacactcttgatatggaag ctattgccaatgaaggaaagaaatatggacttacaataacaccagcagataaatccaatg aatttaagaaacttgattataacaatgtgacttttcttaaacgtgggttcaagcaagatg agagacatacatttcttattcatcctacatttccagtagaggagatatatgaatcaatta gatggaccaagaaaccttcacagatgcaagaacatgtgctatcattatgccacctaatgt ggcacaatgggcgtaaggtgtatg-aggatttctctactaagatacgcagtgtcagcgct ggacgtgcactgtatatcccaccttatgatctattgagacatgaatggtatgaaaaattt tag--------------------atatag---aa-------------------ataatga --atg-agtga------------------------------------------------- ------------------------------------ >MN306023.1 Rhinovirus C strain SC0323, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ----------------------------------------------ccaatagg-tggtg a-ccatccaggtca-c----t-gacggtcgagca-cttct-gttt-ccccggtacc--ct tgtatacgcttcgcccgaggc-gaaaaacgaggttatcgttatccgcaaagtgcctacga gaagcctagtagca-cttttg-a--aacctatggctggtcgctcaactgca------tac cc-agcagtagacctggcagatgaggctagacactccccaccagcgatggtggtctagcc tgcgtggctgcctgcacaccct--atcg-ggt----------gtgaagccaga-aagtgg acaaggtgtgaagagcctattgtgctcacttt--gagtcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgtagctgttgcatgcaacccagcatgtatgcagtcgtaatgggcaact atgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---tttta-ctttt-- -----cattgcttatggtgaca-----at-tgt--------aat-t-aa----t-acgct tgttaccatgggcgcacaagtgtctaggcaaagtgtcgggagtcacgaaacaatgatcca cgctggaacaggagctgtagtgaaatattttaatgtcaactactacaaggatgcagcaag ttccggactaaccaaacaggatttctctcaagacccttccaagttcacccaacctgtagc agatatcttgtcaaa------tccagcattaatgtccccttcaattgaagcatgtgggtt ttccgataggctcaaacaaatcactatcggaaattccactatcacaacacaggatgcagt caacacaattgtcgcatatggagagtggcctagttacttgtcagatatggatgcaacttc agttgataaacccacccaccctgaaacttcatcagacagattctatacgctgaatagtgt cacctggcagggtgggtcgttgggttggtggtggaagttaccagactgtctgagagacat gggtgttttcggacagaacatgtatcatcatgctatgggaagatctggatacatcataca tactcagtgtaatgcaaccaaattccacagtgggtgtttgttggtggcagtagtacctga gcatcagttggcatacatcggaggtactaacgcacaagtgaaatataaacatacacaccc aggtgaacagggacacaggattggtagtaactca--------------gaaagaaatg-- -agaaccaaccagatgagaatccgttttttaactgcaatggaacattgttgggaaacctc accatcttcccacaccagctcataaacttaaggacaaacaattcaagtactattgttgta ccctacatcaactgtacacccatggacagcatgttacgtcacaacaatgtgtcacttgtc atcataccaatctgccctctacgggctccggcaacggccccccaaa---ccctgccgatt acaatatccattgcccctatcaagtcagaattctctggcgcgagacaat----------- -ccaca------------------------------aaa---------cagggactacca gttagaatgccaagtggagccaatcaatttatgacaacagaagatgagcaatcacccaac atactccccagcttccactccactaaacagatccatatacctggtcaaattaaaacgatc atggatatggcccgtgtggactccttcatgcccataaacaatgta---aatcaa---tct caggcaataggaatttattacattccaatatcaaacacac---------ataatgatagg agaatattggccataccactagacatgagcaacacacttttctccacaacacttttagga gaagtgctaaactattattcaaattggtctggatcaataaagctcacattcttctgtgtc tgtgatagtttcagtactggtaaattcttaatagcatacacccctccaggtgccgacatc ccagagacgcgtcgtgacgcaatgcttggtacacacgtcgtgtgggacctgggtctccaa tcatcatgtcacctcgttgtaccctggatcagctcccacttcttcagaaggaccaggaaa gacaactatacagaaagtggatttgtcacattgtggcatcaaacagcatttgtatccaat ggaactac---------aggatctataatggtcacttgctctgcatgctctgacatgtca gttcgcatgttacgagacacacctatgatgagacaggatgaagacattacccaaaat--- ------ccagtggaagagtttgtggaacacacattgaaagaggttttggtggtcccagac actcaggcctcaggacctgtccacactacaaaaccacaagccctaggtgctgtagaaata ggagcaactgctgatgtgggcccagagacactaattgaaacaaggtatgtaatgaatgat aatacaaatgctgaggcaacagtagaaaactttctgggaagatctgccttgtgggcaaac ctaaagtt---gaacc-a------------------------------------------ ------------------------gggttttaaagaatggaagataaatttccaagaaca cgcccaagttaggaaaaagtttgaaatgttcacctatgttaggtttgatttggaagtgac tatagtcaccaacaacacaggac------------------------------taatgca aattatgtttgtacccccagggattccagctccaagtagaaagaatagcagggaatggga cacagcttcaaaccccagtgttttcttccagccaaactctgggttcccaagattcacaat accctttacagggttaggatcagcatactacatgttttatgatgggtatgatggtactga tgct---accaacacaaactatggaatttcattaacaaatgacatgggaaccctgtgttt tcgggcactagatgggactgaggtgagcga------------catcaaagtttttgctaa gcccaaacatacggctgcatggatcccccgtccacctagagcaactcagtatttgcacaa attcagcaccaattacaacaagccaaagacaaaggg---------cagcaatgagttag- --aacccaagcatttccttaagtatagaga---------t---gacatcaca-------- -----------agtgttacta---------ctttaggacccagtgacatgtatgttcaca caaaggaagctatctacaagtgtgcacacttgactgagcctaacg------aaaatacta tacttctggctatatcatc------agatcttcaggttgacagtacaaatgttccaggtc ccgataacatacccacctgcgactgcactacaggcacttattactgcaagagcagggaca gatactacccaatcaacctaacacaccatagttggtacataatacaagaatctagttatt atccaaagcacatccagtatgacatactgattggtgaaggaccatgctctccaggagatt gtggtggtaagctactgtgtgtacatggaaccataggaatggtgacagcaggaggagaga accatgttgcattcatagacttgaggaattaca---gttcactcagtgagcatcaagg-- -tatcacagattatgtcacacaattagggaatgcatttggggatgggttcaccagctcca ttagagaaactctggtatctgcctgtgatg---tgtcagataagcttactggaaaaatca tcaagtggacaatcaggttaatcagtgctctatcaatcatagtcagaaacagcactgaca cccccaccattatagctacattagcattacttggatgctctggttcaccgtggcgctacc tgaaagacaaggtttgcaagtggttaggcattgatccaccgcctagcaggcagggtgact catggttaaagaaattcactgagttctgcaatgcagcccgtgggcttgaatggattggag acaagctgtccaagttcattgattggctaaaaggaaaaatcttgcccacacttcgccgca aatcagacacactcaaggagtgcaagaaaatcccattatataaggaacaggtcaaag--- ---cctttgccactgcatcagaggaagcgcaggatgaattgatagtcaaagtcaacaagc ttgaaaagggactccaagaccttgccccattgtatgcatgtgaagccaaacaagtgcgtg agatgtccagggagttgcaacgcatgatgtgttacaagaagactcacagaacagaacctg tttgcatactgctgcatgggcaaccagggtgtggcaaatccctggcttccaaggtcattg ctaggggtctcacaaatgaaagcaat------gtttattccttgccacctgatcccaagt attttgatgggtataaccaacaggaggtggtgatcatggatgatgttggtcagaacccag atgggaaggatctaagcttgttttgccagatggtctcaagtactgagttcataacaccaa tggctaaccttgaagataagggcagagcattcaccagtgattatgtaatagctagcacaa acatgactgtcctcacaccgcccactgtttcatcacccgaagctatagatagaagatttt tcttagattgtgatgttaaaatcatgccagcatacaatacaaac---aaccttctgaatg ttgccaaggctttgttaccatgtactgattgcccaaaaccagagttctataagcagtgtt gtcctctgacctgcggcaaggccctaattttgcagaacaaaagaacaaaggctagttatt ctattaacaccgtggtgcaacaactgcggcaggaaaagaaaaacagaaagtgtgtagaac acaatctcactgctatatttcaaggattag---------------------------gag atgattcaacaccaggatttattgtggacctccttagtgcctccaaagacccgaaagtca tagagttctgtgagaaagagggatggatcaaacagtcaaaatactcaaagattgagcgtg atttcaactacgcacaatactgtatcaactgtgtgggtagtatagtattgattctaggaa ctgtttatgcactgtacaaactgatgtgtatagcacaaggcccctatactggcttgc--- cacaaccaaaaccaagaaaaccagaattaagaaaagctgtgattcaaggaccagaacacg aatttggcatggccctgattaaaagaaactgtcacatagccacaacagatagaggagatt tcaatctacttggtgtatatgacaattgtgcagtgatacccacgcatgctcagccagaag acacaatcttgattgatggtgttgagacaaagattctaaaacaaacaattattacagatg aaaatgatgtagacacagaaattacaattttgtggttagatcgtaatgaaaagtttagag acataagaaggttcataccggattaccagagagattggcagagcatgcgccttgtaacca atgtacccaaatttccaatgctggacatagaggtaggtgatgttataccatatggggata taaacctgagtggaaacccaacaactagactactcaagtatgactaccccacaaaaccag gccaatgcggtggagttatcttgaacacaggcaacatagtgggcatacatgtggggggta atggtagggtaggttactgtgcatcactaacaaagagctactttgcctccgcccagggtg aaataaccaacaagtgtaaagtacaagatgttggtctcaaacctatcaacacaccagaac actccaagctgcaccctagtgtgttctatgatatattccctggtgagaaggaacctgctg tgttaacacaaaaagaccccagactggaaactgatctgaaaacagctgtcctatccaaat acaaaggaaatgtggaaattgaaatgagtgagaacatgcagattgctgtagaacactact ctgcccaattgttcatgttagacatcaacccagaacccatatccctagaacaagctgtat atggaatggagaatttggaaccactcgatcttaccacgagtgctggatttccttatgtta ctatgggcataaagaagagggacatcttgaacaggaatacaaaggacatcacaaaacttc aacaaatgattgacacctatggacttgacctgccatatgtaacctatttgaaagatgaac ttcgtgctcccactaaagtgaaagcaggaaaaacaagagctattgaagcagctagtgtga atgatacagcaaacttcagaagagtgtttggcaatttgtatgctggttttcatgcaaacc caggtattctaactggatcagctataggctgtgatcctgacatcttctggtcacaactat atgcttcaatggaaaaacatc---tcctggtgtttgattatacaaattatgatggaagcc tacatccagtgtggtttcaagcacttgagcaactcctgaacaacttgggctttcctggt- --gaattggcatataagttatgtaatacaacccacatatataaagatgagatatatacag taaaaggaggaatgccctcaggaatttcgggaacttccattttcaacacaataataaaca acataataatcagaactctggttttggacacatataaaggaatagaattggacaaattga aaattgtggcatatggtgatgatgtgatagcttcatatccagaagaacttgacccagcgc aaattgccatctctggtctcaagtatgggctcacaataacacctgctgacaaatctgacc attttgtaaaagttgactggagtaatgctacatttttaaagagagggtttcgtgtggaca agaggtacagtttccttgtacacccggttttcccagagaaagaaatttttgaatcaatca gatggactagagatccaaagaatacacaagaccacgtgtattctctatgtcttttgatgt ggcacaacggtgaagaaccgtata-aagagttcataaataaaattagaaagacagaagtg ggtcgtaggttgtatcttccaccgtacaatctactggaacgcacttggattgacaaattc -----------------------atctaa---atc--------ttttagcaatgtagaa- ------atctacc----------------------------------------------- ------------------------------------ >MN369044.1 Human rhinovirus B35 strain SC9780, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ --------------------------------aggcgttcgatcaggtggc----tctcc cc--tccactagtttggtcgatgaggctaggaaatccccacgggtgaccgtgtcctagcc tgcgtggcggccaacccagcatca-----gct----------gggacgccttt-tcagag acatggtgtgaagactcgcatgtgcttgattgt-gattcctccggcccctgaatgcggct aacctcaaccccggagccttgtattgcaatccagcaatattaaggtcgtaatgagcaatt ctgggacgggaccgactactttgggtgtccgtgtttcct----g---ttttt-cataa-- ----atttttcttatggtcacag-catat-agta-------------ca----tatatac tgtgatcatgggagctcaagtgtcaactcagaagagtggttcgcacgaaaatcagaacat tttgaccaatggatccaaacaaacatttactgtcataaactattataaggatgcggcaag ttcatcatcagcaggacaatccttttcaatggacccttcaaagtttactgagccagttaa agatataatgttaaagggtgctccagcattaaattcaccaaatgtggaagcatgtggata tagtgatagggttcaacagatcacacttggtaattcaacaataaccacacaagaggctgc aaatgcggttgtgtgttatgcagagtggccaagttatttgtcagatagtgatgctagtga tgttaataagacctccaaaccagatacatcagtttgtagattctataccctggacagcaa aatgtggcaacagaattcaaagggatggtgttggaaattaccagatgcactcaaagacat gggtgtttttggccaaaacatgtttttccacaccctcggtagaactggatacacgattca tgttcagtgtaatgcaaccaaattccacagtggatgtttgttggtggttgtagtcccaga acatcaattagcatcccatgatggtggcagtgtttcagtcaaatacagttttactcaccc aggtgaacagggtattgatcttaacactgcagaagtaa---------------------- -atggtggaccaatgaaagatccagtttacaatatggatggaaccctattaggtaattta cttattttccctcatcagttcattaatctcagaacaaacaacacagcaacaataatagtc ccctacataaattcagtaccaatggattcaatgacacgccacaacaatgtatcactattg gttatcccaattgcgcccttggcggctccaactggttcagcaacaa---cattaccagtt actgtaaccattgcaccaatgttcactgaatttactggaattagatctaagaccatag-- -ttcca------------------------------ggtgctgcacctcaaggattacca accacaacattaccaggttcaggtcaatttctcaccactgatgatagacaatctccaagt gcattaccaaactatgaacccactcctgttatacacatcccaggagaggtgaagaaccta cttgagatcatacaggttgataccttgataccaatgaacaatacacacaca------ggt gataaggttgaaagttatctcataccattaatggttgac---------caacaagggaaa agaatatttggtacagacctgtttataggagatggagtttttaaaactacactactagga gaaattacccagtattatacacattggtctggttccctaaagatttccttaatgtataca ggaccggcattatccagtgccaaactgattctagcctacacaccacctggtgctcctgga cctgaaaacagaaaagatgccatgcttggcacacatgtagtgtgggacattgggttacaa tcaacaatagtaatgacaattccatggacctcaggagtacaatacaggtacacggaaaag gatacatacaccagtgcagggtacttatcctgttggtatcagacatcactcatattgccc ccccaaacacaaggtaaagtatacctgctttcttttattagtgcatgctcagattttaaa ttgagattaatgaaagacacacaaacaatctcccaaacagaggcacttacagaggga--- ------ctggatggtgaactagaagaagtcattgttgagaaaacgaaacagactttggct tcaattgcttcaggaccaaaacatactcaaagtgttccaactttaactgcaaatgaaacg ggagcaagcatgccagtgaagccctctgacaatgttgagaccagaactacttacatgcat tttgatggatcagagacagatgttgaaagtttcttaggtagagccgcctgtgtacacatg acagagattgtgaata-aaaacccagcaaa------------------------cagcac aaaccagaaagag---gataa---attatacaatgattggagaatcaacttgtcaagcct agtacaactcagaaagaaacttgaattttttacttatgttagatttgattcagaatatac cattttagccacagcatcacaaccaactaattcaaattattctagtgatttgactgttca agcaatgtacgttcctccaggagcaccaagccctacaaaatggaatgattacacatggca aagcgcttcaaatcccagtgtgttctttaaagtaggcagtacag---ctagatttagtgt tcctttcattggtttagcttcagcttataattgcttttatgatggttactctcatgataa tgag------gacacaccctatggcattacagtattaaaccacatgggtaggatggcatt tagaatagtcaatgatcatgatatgcacacaactgaagttaaaatcagagtctaccacag agcaaaacatgtccaagcttggattccaaggccacccagggcactcccatatgtgacaat aggacgcacaaattacaacagg------------------------------------c- --caattaaacccattattaagaagagaga---------c---caaataaca-------- -----------caa------------tacggattgggacccagatttggaggtgtattca ctagtaatgttaaggtaatgaactatcacttaatgacaccagaag------atcatctaa acttaatagctccatatccaaatagagacctggccatcgtctcaacaggtgcacatggag cagaaacaattccacactgtacttgcacttccggagtatactactccagatactacagga aatattatccaataatttgtgagagacctaccaccatttggattgaaggtagttcttatt atccaagcaggtaccaagttggggtcttaaaaggggtgggaccagcagaaccaggagatt gtggtggtattttgagatgtgtacatggaccaataggtttattaacagcaggtggaagtg gctatgtttgttttgctgacatcagacaacttg---atactattgcagaagagcaagg-- -tctgggtgactacataaccagtctaggtagggcttttggtgttggatttacagaccaaa tttcagcaaaggtcactgaactgcaggatgttgccaaggattttcttactacaaaagttc tttctaaagtagtcaaaatgatctcagctttagtcattatttgcagaaatcatgaagact tagttacagtgactgctactttagcattgctgggctgtgatggatcaccctggagatttc ttaaaatgtacatatctaagcatttccaagtaccatatattgaaaggcaggccaatgatg gatggtttagaaaattcaatgatgcatgtaatgcagcaaagggtttggaatggatagcta ataaaatttctaaattaattgagtggattaaaaataaaatattaccacaagctagagaaa aattggaattctgcagtaagttaaaacaattggatgttttggagaggcaaatttccacta tgcatgtttctaaccccacacaggagaaaagagaacaattatttaacaatgttttatggt tagaacaaatgtcacaaaaatttgctcctctctatgccactgaagcaaagagaatcagag accttaagaataaaattgtcaattacatgcaatttaggaacaagcaaaggaccgagcctg tttgtgttttaattcatggtacacctggatcggggaaatccttgaccacttccattgtgg ggagggcattggcagaacaattcaactcagcagtttattcactaccaccagatcccaaac actttgatggataccagcagcaagaagttgtaatcatggatgatttaaatcaaaatccag atggccaagatattagtatgttttgccaaatggtttcctcagtagattttctacccccga tggctagtttagataataagggaatgttgtttactagcaattttgtattagcttccacaa actcgaacactttaagtcccccgacaatcctgaacccagaagcgttggccagaagatttg gtttcgacttagacatttgtttacacagtacatacaccaaaaat---ggaaagttaaatg ccactatggcaaccacaatatgtaaagattgccatcagccctcaaatttcaagaagtgtt gtcctctagtgtgtggtaaagctataagccttgtagatagaactacaaatgttagataca gtgttgaccaactagttacagcaatcattagtgattatagaaataaagttaaaattactg actcactggaagtactctttcagggacctgtctacaaagatctggaaatagatgtaacca atactccagctccagaatgtatcaatgatttacttagatcagttgattctgaagaggtta gggaatattgcaaaaagaaaaattggattataccacagatccccaccaatattgaaaggg cagtcaatcaggctagtatgatcattaatacaatattaatgtttgttagcacattaggaa tagtatatgtaatatacaagttgtttgcacaaacccagggaccttattctggcaatcccc cgcacaacaaacttaaagccccaactttacgcccagtaatagtacaaggacctaatactg agttcgctttatctttactcagaaaaaatatagtaactgtaacaacagagaagggtgaat ttactgggcttggtatctatgatcaaatttgtgttatccccactcatgcacaaccaagtg atgatgttttagttaatggtcaaaaagttcacattaaagacaaatgtaaacttgttgatc cagacaatatcaacttagaacttactatattaacacttgacagaaatgaaaaatttaggg atattagggggtttatatcagatgatgta---gagggattggatgctacactagttattc actcaaatcactatactaatactatcatagatgtaggaccaattactatggcaggtctca ttaacctgagtagtacaccaacaaacagaatgattcgctatgattatccaacaaaaacag gccagtgtgggggtgtactgtgtacaactggtaaaatttttggtatacatgttgggggta atggtagacagggtttttctgcacagcttaaaaagcaatattttgtagcaagtcaggggc aagtagtttctagacagaagttaaaagaccttaatttgtccccagtcaacactcccacta agacaaagttacacccaagtgttttttatgatgtgtttccaggtagcaaagaaccagcag tgcttagtgagaatgatccaaggctcgaagtcaaactaactgagtctctattctcaaaat acaaaggaaatgtagaaatgaaaccaacagaaaacatgctggtagctgtagaccattatg ccggacagttactatcattagacatccctactgaagagttaacactaaaagaagcactat acggtgtagatggtctagaacctatagatattacaactagtgcaggatatccttatgtta gtttaggtattaaaaagagagacatcctaaataaagaaacacaagacatccagaaaatga gatattatctagataaatatgggatagatttaccattggttacatatattaaggatgaac taaggagtgcagataaagttagattaggaaagagtaggttgattgaagcatctagtctca atgattcagttaacatgagaatgaaattaggacatttatacaaagcttttcacaaaaatc ccggtatcataacaggttcagctgttggctgtgatcctgatactttttggtccgtcatac cgtgcttgatggatggacatc---taatggcatttgattattcaaactttgatgcttcct tatcaccagtgtggtttgattgtttagagaaagtcttgtccaaattaggctttaaatgct catcccttattcagactatctgcaacacacatcacatctttaaagatgaaatatatacag ttgaagggggcatgccctctggttgttctggtaccagcatttttaactctatgataaata atataataatcagaacattaatattggatgcatacaaaggaattgatttagacaatctta aggtcattgcatatggtgatgatttaattgtatcttacccttttgaattggatccagaaa tcttagcatcgatagggaaaaattatggtttgaccatcaccccacctgataaatctgaaa agtttaccaaaatgacatgggaaaacataacctttcttaaaaggtatttcaaaccagatg atcaattcccatttttggttcatccagtgatgccaatgcaggatatacaagaatctatca gatggacaaaggaccccagaaacacacaagatcatgtcagatcactatgcatgctagcat ggcattcaggtcgagatgagtacg-acaaattcatcagtaaaataagaacaacagacatt ggaaaatgtttgaatttgcctgaatttagcgttttgaggagacgctggctagacatgttt taaac-----a-aatt-tat---g-atat---ag-------------------acattt- ---------aatttgtg---tagaa----------------------------------- ------------------------------------ >MN369040.1 Human rhinovirus A12 strain SC9843, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------ccc---tatg-ggt----------gtgaagccaaacttactg acagggtgtgaagagcctattgtgctcacctt--gattcctccggcccctgaatgtggct aatcctaaccccgctgctattgcacacgaaccagtgtgtggatagtcgtaatgagcaata gtgggatggaaccaactactttgggtgtccgtgtttctt----g---ttttt-cttta-- ----atttgtcttatggtcacaa-tatat-a--------------tata---acgtatat tgtgatcatgggcgctcaggtatcaagacagaatgttggtacgcactcaactcagaactc agtttcaggtggatctagcttaaattatttcaacatcaattatttcaaagatgcagcatc tagcggagcatctagattggatttttctcaagacccaagtaaattcactgatccagtaaa agatgtgttgactaaaggaatacccacactgcaatcgccaactgttgaagcttgtggtta ctctgaccgcatcatacagatcaccagaggagattcaaccataacatcacaggacatagc aaatgctgttgttgcttatggcgtttggccacattacctctctgctgaagatgcaaatgc aatagacaaaccaactcgcccagatacgtcatccaaccgattttacaccttagagagcaa gcagtggatggagaactcaaaaggttggtggtggaaattaccagatgccctcaaagacat gggaatatttggagaaaatatgttttatcatttcttgggaagagccggatatacaataca tgtccaatgtaatgctagtaaatttcatcaaggtacattgatggtcgttgcaattcctga gcatcaacttgcatacattggcactggcaatgtcacggtgggatacaagcatacacatcc aggggaatcaggtagaataatagcaaacaatgca--------------gacaataaca-- -ccagacaacctagtgatgataattggcttaactgtgatggcacattaatgggcaacttg ccaatattcccacaccagttcattaatctccgaactaacaattctgcaactttgatactg ccatacatgaattgtgtacctatggactcaatgctgagacataacaactggtcactgtta ataattcctgtttgtccattacaggttgatcagcaggcaactaggt---ttgtaccaata actatttcaatcagtccaatgtttgcagagtttagtggagccagaaatgcaacaatac-- ----------------------------------------------ctcagggtttacca gttatgataacaccaggatctggtcaattcctgacaacggatgatgctcaatcaccttca gctttaccttattttcatcctacaaaagaaatctttataccagggcaggttaaaaacttg attgaaatgtgtcaagttgataccttaatacctgtaaacaatgtgcaggcttcc---aaa aataacataagtatgtacacagttcaattgaacacacaaactgatg------ttgcaaaa gaggtttttgctattccagtagatgtagcttctcaacccttagccaccaccatgcttgga gagctttccagttacttcacccactggacaggcagtctacgcttcagtttcatgttttgt ggaacggcaaatactactttgaaactcctgattgcatacacgccccctggtgttcctaaa ccagatactaggaagaaagctatgcttggcacccacctagtgtgggatgtagggttacaa tcaacagtatctatgattgtaccatgggtatcagcaagccatttccgctttacaactcca gatacctattcaaaagctggctacataacttgttggtaccaaacaaactttgttgtaccc ccaggaaccccaaactcagctaatatgttatgttttgtgtctgcgtgtaaagacttctgc ttgagaatggcccgtgacacagatttgcattcacaagacacacccatcacacagaat--- ------ccagtagagaggtatgttgatgaagtgctaaatgaggtcttagttgtcccaaac ataaacaaaagtaatgggcagtcgtcaaatgcagcaccagcattggatgccgcagagacc ggtcatactagccaaacacaaccagaagatgtaattgaaaccagatatgtgattacagac cagactagggacgagatgtcaattgaatcttttcttggccgctccggttgtatttcaatt attgaattggatctag-accatgaa----------------------------------- -aattattcagca---gaagggagcaactttaagacatggaagataaatcttaaggaaat ggcccaaattagaaggaaaaatgaacttttcacctatttaaggtttgattcagaaattac tattgttccaagtaatgcagcaatagaaggaa------gtaatggtcacgtggtaatcca gtacatgtatgtgcctcccggtgctccactgcccaagaagcgtgatgattacacatggca atctggtaccaatgcctcagtcttttggcaggaaggccaaccctaccccagatttacaat tcctttcattagcattgcttcagcatactacatgttttatgatggatatgctgacgacaa ccca------agtgcaccttatggaactgtagtcactaatgacatgggttcactatgtgt tagaatagttacagaccagcaaaaacacaaagtcaagattactagtagaatataccacaa agcaaaacacatcagtgcttggggtcccagaccaccaagagctgtaccataccagcatat acacaacccaaattac------aaaacaagtagtgg---------------------ag- --ttccagataatagagttaaacttagaga---------a---acacttact-------- -----------ann------------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccact gtggagatcttgtttacaggaacctacatttgtgtgagccagaacatctaaatgatagtg tgctcatttgttacagttc------agacttagtcatctaccgcacaaactctaaaggag atgattatgttccaagctgtgactgcactgaatgcactttctattccaaacacaaggata gatacttccctatcacagtaaagaaatacaactggtttgaaatacaggaaagtgattatt acccaaaacatatacagtacaacattttgattggtgatggtcctgtccaggctggagatt gtggaggaaagctgctttgcaagcatggtgtgattggtattgttacagcaggtggtagtg gcaaggtggccttcattgacctgcgagatt------ttcatgtggctgacgaacaagg-- -aatttctgattacatcacaaatttgggtgaagcttttggccaaggtttcatgtcacaag ttaaggaccagatttctgaattgaacc------ctatgaacaaaataacagggaaagtac tcaaatggacaatccgtataatttcagccttaacaatagttgttagaaacagttcagatc ctttgactattgtggcaacgcttgcaatgttaggatgtaatggttcaccctggcgttttc taaaagaaaagatctgtaaatggtttcaactaaattatatacataaagaatca---gatg gatggttgaaaaaattcactgaaatgtgcaatgcagcccgaggactcgaatggattggaa acaaaatctcaaagttcattgattggctaaaagcta---tgttgccacaaacacagttga agctggaatacttaaaattattaaagcaactacccttgcttgagaaacaaattgatg--- ---gtttgagagcagctacagaaaaacaaagagaagactacacggagacaatttccaggt tagatgacttatcaaaaaagtttctgccactgtacccttcagaggctaaaagaatatcag tcctgtacaaaagaagccagacaattct------taagacttcaaaaagaactgagcctg tgggcattttgtttcatggagagccaggtactggaaaatcaatcactacttctgtcttag caaggatgttaaccagtgactctgat------atatattctctgccaccagctcctaaat actttgatggttatgaccaacaaacagttgtcatcatggatgacattatgcaaaatccca gtggagaagatatgacactcttttgtcaaatggtatcttcagttccttttataccaccaa tggcagatttgccagataagggtaaacattttacatcagagtatgtcctagcaagtacta atcactctattctgaatcctccaaccattacttctactacagctatgaatagaaggttct accttgacttggatattgtagtacacccaagtttccagattaaccaaggcaaactgaatc ttgttgctgcacttaaaccttgtgacactggt---aaagttggaaatgccacc---tgct gtcctttgatttgtggcaaagccctaacctttagagacagaaacacaaatgagtcgtatg cactttcaaccatatacaataagattgtagaagagaacaaaaacagaaaaatgctttcaa aaagtctggaggctattttccagggtcctatttctc---------------------tta aaaacccaccacccccagcaatagcagacttgttaaatgctgtcagaacaccagaagnnn nnnnnnattgtgaggaaaacaactggatagtcccagcccagtgtacaa---ttgaaaggg aattaaattattgcaacttagtgttatctatgatagcaaatttagtcagtataattggta ttgtatatgtgatatataaattgttttgtagtttccaagggccatactcaggccaac--- caaaacccaagacaagacaaccagag---agacgagttgtcatccagggcccagtggagg agtttggaagatcattaatcaaacacaataccagaattgtgaccacaaaaaacggaaaat ttactggattaggaatatatgataatttaatggttattccaactcatgctgatcctgaga aggttgtgcaaattgatggcatcaatgttaatgtaattgattcatatgatttatgcaaca aacaaggngttaaattagaaataacagttattaaattggatcaaaatgaaaaattcagag acataagaaaattcatcccagatagagaagatgattaccctgaatgtcatttagcattga ctgcaaatcaggaacaaccaactatccttgaggttggggatgctgtctcctatggaaata tcctgttaagtggtaatgaaactgcaagaatgatcaagtacaattatccaacaaaatcgg gatattgtggtggagtcttgtacaaaattgggcagattgttggcatacatgtgggcggta atggtagagatggcttctcggcaatgttgcttagaagttatttcacaaactttcaaggtg tcattactatgcaagatgacgtcagaaatctcgccatgcctcctatacatgtacccacaa agacaaagttgcaacccagtgttttccatgatgtctttccaggtgtgaaggaaccagccg ttctctcaaaaagcgacaatcgtctggaaacagattttgaaacggctttgttttcaaagt acaaaggtaatgtacatatggatttaacaccacacatggaagttgctatttcacactata ctgctcagctttctagtttagatattcccaatacggaattgtcattggaagaatgtgtgt atggtgcagaaggcttggaagcccttgatttaaataccagtgcaggatatccttatacca gtttaggcatcaagaaaagggacctaattggaaaaga---caaagatttaagcaaattaa aagctgccatgaacaagtatggtcttgatttaccgatgataacttttctgaaagatgagt taagaaaaccagaaaagataaaagctggaaaaactcgtgttattgaggcgtcaagcatca atgacactattcatttcagaatgaagtttggaaacctcttttccagcttccacttgaacc caggaattgttacaggctcagctgttgggtgtgatcctgatgtgttttggtcaaaaattc ccctaatgttggatggagattgccttatggcttttgattacagcaattatgatggaagct taagtccagtgtggtttcaagctctagaaaaagtcttgaataatttgggtttcccaggt- --catttagtacaaaacttatgtagttcaaaacatatattcagatccaagtactatgaag ttgatggtggaatgccgtcaggctgtagtggcactagtatatttaattccatgatcaata atatcatcataagaactcttgttttagatacatacaaacacattaatttggataaactca aaattttgtcctacggtgatgatgttctcttttcttacccatatgaattatcaatggagg acattgctctggccggtcaaaaatacggtctaaacatcacacctgcagataaatctgata aatttactaaaattgacttttctaatgcaacctttttaaagagaggctttagaatggatt caaaacattcttttcttgttcatccgactttcccagttgaagaaatctgtgagtcaataa ggtggacaaagaacccacgatgcatgcaagagcatgtcttatctttgtgttacttaatgt ggcacaatggtaagcaggcttatg-aagactttgtgtctaaaatccgcagtgttgccgct ggtcgggcactgtatatacctggatacgaagtacttgagcatgagtggtatgacaaattc taaat-------t----ctg---atataa---aa-------------------cttttaa --ata-attagtttag------------------tagtttt------------------- ------------------------------------ >MN306026.1 Rhinovirus C strain SC0364, complete genome ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------ ------------------ccct-a-atg-ggt----------gtgaagccaat-gagtgg acagggtgtgaagagccgcgtgtgctaccagt--gagtcctccggcccctgaatgcggct aatcc-aaccccacagctatggcatgcaatccagcatgtgtgtagtcgtaatgagtaatt gtgggacggaaccgactactttgggtgtccgtgtttcct--------ttatt-ctctta- ---tgccttgcctatggtgaca-----at-att--------aag---ta----ttaatat tgctaccatgggcgcccaggtcagcagacaaaacaatggcacacatgagagtggtgtaac agctagcaatggatcagtcattaagtattttaacatcaactactacaaagactcagcaag ttctggtttgagtcgtcaagatttttctcaggatccatccaaatttacccagccccttgt ggatacacttacaaa------cccagcacttatgtcaccatctgttgaggcatgtggata ttctgataggctcaagcaaatcactatcggaaactccacaattacaacacaagactctct acacacagtacttgcatatggtgaatggcccacatacttgtctgacattgatgcaacatc cgttgacaaacctactcacccagaaacatcagctgacagattctacactctggatagtgt tgattgggaagtaggttcccatggttggtggtggaagctgccagatgctctcaaagacat gggtgtgtttggtcaaaacatgtattaccactcaatgggtagatcaggcttcataattca tacacagtgcaatgcaaccaaattccacagtggtgcactcataatcgcagtgataccaga gcaccaacttgcttatgtagggggggtgaaagttaatataggatatgatcacacacaccc agggcaaagtggtcatcgaatacttggacctaaccaatc-----aaatgatcgaggtg-- -gtggtaagccagatgaggacccactgttcaactgtaacggaacattgttgggaaacata acaatttatccacaccaaattataaatttgaggaccaacaactccagtacaatagttgta ccttacataaattgtgtccctatggacaatatgctaaaacataacaacctgtctttagtg gttatcccgttggtaccactccatccaggttctagtaacatcaact---ctgttccaatt actgtaacaatagcaccttataagtcagaattctcaggtgccatggagg----------- --ctca------------------------------acgc--------caaggcttacca acacgtcttcctagtggtagccaacaattcatgacaactgaggacgagcaatcacccaac attctacctggtttccatccaagtaagaaaatacacatacctggtatgattacaaatgtg atgcatatggctagagtggattcattcatacccattaataatattagaacagaa---gtt ggtaaggtgagcatgtactacatcccagtggtcaaaaaga---------caacgacagaa aagatccttgttctacctttagaaatgaacaacacattatttgctacaactcttttaggt gaggttctaaactattatgccaactggtcagggagtatcaccatcactttcatgtgcgtg tgtgatgcgttcagtacaggaaagtttctcgtcgcatacacaccaccaggaggtaaacta ccagaaaacagaagacaggcaatgttaggtgttcacatcatatgggatttgggcctgcag tcatcttgcaccattgtggtaccatggatttcatccggtttctaccgtcgcactaaggca gacaacttcacccacggtggatatgtctccttgtggtaccagacagcctttgtaccccca gtgagtggagggac---aggacgcatccttgctacctgtagtgcttgtcccgacatgtct gttaggatgttgcgggacagcccaatgatggaacaa---agcaatgagttgcagaacaat gatgacccagttgagaactttgtggagtccaccttacaagaggtgttggtcgtgccggac acgaaaccctcaggacctcaacacacaacaaaaccatcaatattgggtgccatggagatt ggcgcttccagtgacgcaactccggaatccacaatagagactaggtatgtatataataca aacacaaatgcagaagcagatgtagaaatgtttctaggtagatctgccctttggggcaag gtaacacttgaaaac--------------------------------------------- -------------------------caatatgccaagtgggaaataaactttcaagaaca ggcacacatcaggaaaaaatttgagtttttcacctacctgagatttgacatggaagtcac catagtaaccagcaacacagggt------------------------------tgatgca aataatgttcgtcccaccggggatagaccaccctaaaacacataatgacggaaaatggga ctctgcttccaaccccagtgtgttcttccaacctaaatcgggatttcctaggttcaccat cccattcactggattagcttcagcatactacatgttttatgatggatatgataaacccga gggttcagatgacaatgagtatggaattgctcccaccaatgacatgggtatgttatgctt cagaaccttggacaatagtggtggaaatga------------tgtaaagatatacgtcaa acccaagcacataacggcgtgggtaccaagaccaccaagggcaacacagtacacccacaa atatagtacaaactatcattacaaacccaactctagtgggcctgatcaacatgtgctta- --aagacagacactttatcatacccaggcc---------c---cacatca---------- ------------------gct---------cagcaggaccgagcgacatgtttgtgcata caaaagatgcaatttacacgtgtgcacatctaaccaatccaactg------atgaaacca tactcctggcattgactgc------agatctacaagtggatagtacaaatgccccaggtc ccgatgtgattccatgttgtgattgcacaactggttgctactactctaaaagcaaagata gatactttccagtggagtgtgttagtcatgactggtatgagatacaagagtctgactact atcccaaacatatacaatataatctactcattggggagggacattgtgaaccaggtgact gtggaggcaagctaatgtgtaagcatggtgtgattggtatgattactgcaggtggtgata atcatgttgccttcactgatctgcgcccatact---ctagcctatcagaacaccaagggg ttatttcagattattttacccaattgggtaacgcatttggtgaaggcttcacaactaaca ttcaagaccacttttcccaagtcaccaagtcaatctctgataaatttacatcaaaggcta ttaaatggctggtgcgcatcataagcgcccttacaattatgattagaaacaactcagact tgcctaccatacttgctaccctgtcattattggggtgcagtagctcaccatggtctttcc tgaaggacaagatctgcaactggcttcaaatccagcgccccgcaagtaaacaaagtgact catggttgcgcaaattcacagagtgttgtaatgcagcaaaaggacttgaatggatcagta tcaagattggcaagttcattgattggctgaaagggaaactaattcctactgtccagagga aaagagacaccctagatagatgcaagaaaatacctctcttagaagaacaagtaaatg--- ---gattcagttctgctagctcagaagcacaacaacagcttattgtggaagttgatactc taaagaagggtctagatgaactagcaccattatatgccagtgagaataaaagagtgacta agattcaaaaagatctcaagcaattatcagcttatctaaagaaccacaggcatgaaccag tttgtttattattacatggcaatccaggatgtggaaaatcactagtcacaaccataatcg ccaggggactcacccaagaggcgcag------gtatattcactaccacctgatcccaaat actttgatggctatgatcagcagcaggttgtcatattagatgaccttggacaaaatcctg atggtaaagatttaagcacattctgtcagatggtatcaacaactgatttcatagtgccca tggcatcactagaagacaagggcaagtcctttaccagccaatatgtgcttgctagcacta acctggacactttgtcaccaccaacagtcacaatacctgaagccataaaacgacgattct tcctggatgccgacctcatcacaacatctaagttcagaaacactacaggattgctagatg tagcaaaggcactacaaccatgcacaggttgccccaaaccagcacactataagacatgct gtcctctgttgtgtggcaaggcagttgtagttcaggacaggaaaacaaaggcaaatttct cagtgaatacaatagtagaacagttgagacatgagaatgccatcaggaaaaaggtcaaac acaaccttgatgcaatattccagggtcttg---------------------------gtg actcggaaacaccaggttttatagttgatctactatcttcatccaaggaccccaaagtta tagaatactgtgctgagcagggatggataggtaaagcaaactcaacca---tagagaggg atttcaattatgtacactacatgttaaattgtttaggcagtctaatcattatcttaggaa ctgtgtatgcattatacaaactgatgtgtatgactcaagggccttacactggtttac--- caaacccccaaaccaaaagaccagaactcaggaaagccacactacagggtcccgagcatg aatttgtcagggctttaattaaaagaaactgtcatgtgataactacttcaaaaggggagt tcaacatgcttggaatccatgataactgtgcagtggtgccaacacacgccgaatgtggtg actttgtcacgattgatggtagggaagtcagggttctcaaacaatgcattctcactgaca caaatgacacagatactgaaataacactcctctggttagatcagaatgaaaaatttaggg acattaggaggtttatcccagaacaccaacgcgaatggtcaggtatgcaccttgctacaa atgtaactaaattccctatgctagatgtggaggttggtactgttataccatatggagagg tcaatcttagtggtaatccaacatgtcggcttctcaagtacaactatcctacaaaaccag ggcaatgtggtggtgtcattgcaaacacaggaaacatagtagcgattcatgttggtggga atggacgtgtgggatatggagcagcattgctacgcaaatatttcgcacagtctcaaggtg agatcactgctaagcatgatgttagagagaaaggcttaccacaaatcaacacacctaaca aaacaaaattacaacccagtgtattttatgatgtttttccaggagtgaaggaaccagcag ctttaagcaatggagacccacggctcgaggttgatctcagcacatctgtgttaagcaagt acaaaggtaacacacaagtggagtggaatgataatatccagattgcagttgaccactact cagctcaactttatatgctagatattaaccctcaaccattaaccatggaacaggcagtct atggcatagagcatctagaaccactagacctcaccactagtgcagggttcccctatgtaa ccatgggcataaagaaaaaagacatagtcaataaagtgacaaaggatgtaaccaaactcc aggaaatgattgacaaatatggaatagacttgccttacgtcacctacctgaaagatgaat tgagagctcctgagaaaatcaagaaagggaaaacgagagcaatagaggcagctagtataa atgacacaacccactttcgcatggtgtttggtaacctcttctccgtgttccatgctaatc caggtgtactcacaggctctgcagtaggttgtaaccctgatgtgttctggtctcaaatgt atgcatgtatggatggtgagt---tgcttgcttttgactacacaaattatgatggcagtt tgcacccaatctggtttaaagcactaggtaaagtcttggataatctgggtttcccagga- --cacttagtaagtagattgtgcaacacaacacacatctttaagaacttaatttatacag tggaaggaggtatgccctctggcatctgtggcacaagtatcttcaataccatgatcaaca atataatcattagagtgttggttcttgaaacatacaagaacatagatctagataagctaa agattatagcatatggtgatgatgtggtggtgtcttacccttttgaattagatccaatgg aaattgccaataaagcggaaaggtatgggttaaccatcactccaccagacaaaggtagca catttcagaagattgattggacaaatgtcactttcctcaaaaggcatttcaaaccagaca ccaaatacaaattcttgatacatccagtgtacaagatggaggacatctatgaatcaatta gatggacaaaggacccaaaaaatacacaagaccatgttcattcattgtgtctactcgcat ggcacaatggggaggaggtttatg-agaagtttagggagaaaatcagatccacaagtgtt ggcaaggttctctacaccccaccttactcattgttgtacaggcagtggatagatcaattc -----------------------atataa---ac------------aagcaatataata- ------caatgtttg--------------------------------------------- ------------------------------------