##fileformat=VCFv4.1 ##fileDate=20200817 ##source=freeBayes v1.0.2-dirty ##reference=wuhan.fasta ##phasing=none ##commandline="freebayes -p 1 -f wuhan.fasta -F 0.75 -C 4 -c" ##filter="AC > 0" ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT CaseA NC_045512.2 241 . C T 3172.08 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.03059;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.3832;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=124.701;PAIRED=0.616822;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3731;QR=36;RO=1;RPL=44;RPP=10.3365;RPPR=5.18177;RPR=63;RUN=1;SAF=57;SAP=4.00471;SAR=50;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:101:1:36:100:3479:-298.627,0 NC_045512.2 539 . C T 5401.98 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=186;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=38.2;EPP=4.69144;EPPR=10.7656;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=42.0215;MQMR=42.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=83.1849;PAIRED=0.607527;PAIREDR=0.714286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6571;QR=252;RO=7;RPL=72;RPP=23.6043;RPPR=5.80219;RPR=114;RUN=1;SAF=93;SAP=3.0103;SAR=93;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:191:2:72:186:6571:-559.706,0 NC_045512.2 1059 . C T 6199.5 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=206;CIGAR=1X;DP=209;DPB=209;DPRA=0;EPP=3.68493;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.5583;MQMR=41.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=282.448;PAIRED=0.626214;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7251;QR=86;RO=3;RPL=108;RPP=4.06441;RPPR=3.73412;RPR=98;RUN=1;SAF=113;SAP=7.22675;SAR=93;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:183:1:14:182:6413:-554.859,0 NC_045512.2 3037 . C T 14972.9 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=502;CIGAR=1X;DP=502;DPB=502;DPRA=0;EPP=3.0276;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.1275;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1198.49;PAIRED=0.533865;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17697;QR=0;RO=0;RPL=142;RPP=208.582;RPPR=0;RPR=360;RUN=1;SAF=284;SAP=21.8528;SAR=218;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:129:0:0:129:4556:-397.261,0 NC_045512.2 7921 . A G 6808.2 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=234;CIGAR=1X;DP=339;DPB=339;DPRA=0;EPP=3.60421;EPPR=3.03138;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=42.2137;MQMR=43.2718;NS=1;NUMALT=1;ODDS=663.998;PAIRED=0.598291;PAIREDR=0.76699;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8254;QR=3635;RO=103;RPL=100;RPP=13.7377;RPPR=3.53736;RPR=134;RUN=1;SAF=117;SAP=3.0103;SAR=117;SRF=45;SRP=6.5732;SRR=58;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:238:3:104:233:8218:-701.164,0 NC_045512.2 14408 . C T 16319 . AC=1;AF=1;AN=1;LEN=1;NS=1;TYPE=snp GT 1 NC_045512.2 16741 . G T 6248.3 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=217;CIGAR=1X;DP=228;DPB=228;DPRA=19.7273;EPP=3.26047;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.5945;MQMR=42.8182;NS=1;NUMALT=1;ODDS=47.2129;PAIRED=0.62212;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7608;QR=392;RO=11;RPL=106;RPP=3.26047;RPPR=7.94546;RPR=111;RUN=1;SAF=97;SAP=8.30389;SAR=120;SRF=6;SRP=3.20771;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:217:0:0:217:7608:-661.41,0 NC_045512.2 22831 . TA T 8410.46 . AC=1;AF=1;AN=1;LEN=1;NS=1;TYPE=del GT 1 NC_045512.2 23403 . A G 365694 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=12318;CIGAR=1X;DP=12337;DPB=12337;DPRA=0;EPP=457.69;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=41.2811;MQMR=43.5455;NS=1;NUMALT=1;ODDS=42854.3;PAIRED=0.561861;PAIREDR=0.363636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433747;QR=374;RO=11;RPL=8783;RPP=4858.15;RPPR=4.78696;RPR=3535;RUN=1;SAF=6055;SAP=10.6371;SAR=6263;SRF=5;SRP=3.20771;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:5662:5:158:5653:198777:-17053.3,0 NC_045512.2 25563 . G T 24896.3 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=831;CIGAR=1X;DP=832;DPB=832;DPRA=0;EPP=16.9354;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.2611;MQMR=44;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2457.45;PAIRED=0.706378;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28845;QR=36;RO=1;RPL=460;RPP=23.7085;RPPR=5.18177;RPR=371;RUN=1;SAF=370;SAP=24.6492;SAR=461;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:538:0:0:538:18555:-1593.38,0