Dataset Open Access
Chytrý, Milan;
Tichý, Lubomír;
Boublík, Karel;
Černý, Tomáš;
Douda, Jan;
Hájek, Michal;
Hájková, Petra;
Hédl, Radim;
Kočí, Martin;
Krahulec, František;
Kučera, Tomáš;
Landucci, Flavia;
Láníková, Deana;
Lososová, Zdeňka;
Navrátilová, Jana;
Petřík, Petr;
Preislerová, Zdenka;
Řezníčková, Marcela;
Roleček, Jan;
Sádlo, Jiří;
Šumberová, Kateřina;
Vítková, Michaela;
Zelený, David
{ "files": [ { "links": { "self": "https://zenodo.org/api/files/8dc402b6-2d72-4e30-8b18-94d941f19a94/Checklist-Danihelka-et-al-2012-v2019-07-06.txt" }, "checksum": "md5:12dacfbe52fc9c92060a9fe6b4fe30d6", "bucket": "8dc402b6-2d72-4e30-8b18-94d941f19a94", "key": "Checklist-Danihelka-et-al-2012-v2019-07-06.txt", "type": "txt", "size": 735808 }, { "links": { "self": "https://zenodo.org/api/files/8dc402b6-2d72-4e30-8b18-94d941f19a94/CzechVeg-ESy-basic-v1-2020-01-12.txt" }, "checksum": "md5:9510a063a834846920dac2c33c9ed0e3", "bucket": "8dc402b6-2d72-4e30-8b18-94d941f19a94", "key": "CzechVeg-ESy-basic-v1-2020-01-12.txt", "type": "txt", "size": 489858 }, { "links": { "self": "https://zenodo.org/api/files/8dc402b6-2d72-4e30-8b18-94d941f19a94/CzechVeg-ESy-full-v1-2020-01-12.txt" }, "checksum": "md5:3213e4dc00d733dbe094197eddde409e", "bucket": "8dc402b6-2d72-4e30-8b18-94d941f19a94", "key": "CzechVeg-ESy-full-v1-2020-01-12.txt", "type": "txt", "size": 23742022 }, { "links": { "self": "https://zenodo.org/api/files/8dc402b6-2d72-4e30-8b18-94d941f19a94/TurbovegSlBackup_Czechia_slovakia_2015.zip" }, "checksum": "md5:2fdda452106fa947dac3fbf002fef2b0", "bucket": "8dc402b6-2d72-4e30-8b18-94d941f19a94", "key": "TurbovegSlBackup_Czechia_slovakia_2015.zip", "type": "zip", "size": 320746 } ], "owners": [ 84686 ], "doi": "10.5281/zenodo.3605562", "stats": { "version_unique_downloads": 236.0, "unique_views": 803.0, "views": 1037.0, "version_views": 1037.0, "unique_downloads": 236.0, "version_unique_views": 803.0, "volume": 2976497460.0, "version_downloads": 375.0, "downloads": 375.0, "version_volume": 2976497460.0 }, "links": { "doi": "https://doi.org/10.5281/zenodo.3605562", "conceptdoi": "https://doi.org/10.5281/zenodo.3605561", "bucket": "https://zenodo.org/api/files/8dc402b6-2d72-4e30-8b18-94d941f19a94", "conceptbadge": "https://zenodo.org/badge/doi/10.5281/zenodo.3605561.svg", "html": "https://zenodo.org/record/3605562", "latest_html": "https://zenodo.org/record/3605562", "badge": "https://zenodo.org/badge/doi/10.5281/zenodo.3605562.svg", "latest": "https://zenodo.org/api/records/3605562" }, "conceptdoi": "10.5281/zenodo.3605561", "created": "2020-01-12T18:11:15.565714+00:00", "updated": "2020-01-24T19:25:05.620444+00:00", "conceptrecid": "3605561", "revision": 11, "id": 3605562, "metadata": { "access_right_category": "success", "doi": "10.5281/zenodo.3605562", "description": "<p><strong>Expertní systém pro automatickou klasifikaci fytocenologických snímk\u016f z \u010ceské republiky </strong><br>\n[popis a instrukce v \u010deštin\u011b jsou uvedeny ní\u017ee]</p>\n\n<p>***************************************************************************************************************</p>\n\n<p><strong>CzechVeg-ESy</strong> is an expert system for automatic classification of vegetation plots from the Czech Republic to the vegetation types defined in the monograph <em>Vegetation of the Czech Republic</em> (<a href=\"https://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?page=monograph&lang=en\">Chytrý 2007-2013</a>). It is delivered in two main versions: The <strong>main version 1 (v1) </strong>is the original version used for the vegetation classification in that monograph, described in detail in its English Summary (<a href=\"https://www.sci.muni.cz/botany/chytry/Vegetation-Czech-Rep-Summary.pdf\">Chytrý 2007</a>). Its subversions (indicated by dates) contains corrections of minor errors and species nomenclature. This version only classifies vegetation to the phytosociological associations. The <strong>main version 2 (v2)</strong> uses the same classification system as accepted in the <em>Vegetation of the Czech Republic</em>, but includes more advanced functions to provide more accurate classification. Moreover, it is hierarchical, performing classification not only to associations but also to alliances and classes (for the plots not classified at lower levels).</p>\n\n<p>Each version is delivered in two variants. The <strong>basic variant </strong>(CzechVeg-ESy-basic-v1.txt) assigns vegetation plots to associations following their formal definitions created using the Cocktail method (<a href=\"https://doi.org/10.2307/3236796\">Bruelheide 2000</a>) modified by <a href=\"https://www.sci.muni.cz/botany/chytry/Koci_etal2003_JVS.pdf\">Ko\u010dí et al (2003)</a>. These definitions are based on the presence of sociological species groups and the dominance of selected species. The expert system evaluates individual vegetation plots and assigns them to the associations. A classification process is considerably faster when the basic variant is used, as opposed to the full variant. The <strong>full variant</strong> (file CzechVeg-ESy-full-v1.txt) performs the same functions as the basic variant, but in addition, it can also assign the plots not classified by formal definitions based on their numerical similarity to the plots that fulfil the requirements of the formal definitions. Most of such plots can be considered as untypical from the phytosociological point of view, i.e. with poor correspondence to any of the defined vegetation types, in most cases because of the lack of ecologically specialized species. The method of similarity-based assignment is the Frequency-Positive Fidelity Index (FPFI) described in <a href=\"https://www.sci.muni.cz/botany/chytry/Koci_etal2003_JVS.pdf\">Ko\u010dí et al. (2003)</a> and <a href=\"https://doi.org/10.1007/s11258-004-5798-8\">Tichý (2005)</a>.</p>\n\n<p><strong>Instructions for using CzechVeg-ESy version 1</strong></p>\n\n<ol>\n\t<li>Vegetation plots have to be stored in the TURBOVEG 2 program (<a href=\"https://www.synbiosys.alterra.nl/turboveg/\">https://www.synbiosys.alterra.nl/turboveg/</a>) with the species list Czechia-Slovakia-2015 (contained in the file TurbovegSlBackup_Czechia_slovakia_2015.zip), which is largely compatible with the older species lists called Czechia-Slovakia-2012 and Central-Europe.</li>\n\t<li>Export plots from TURBOVEG 2 to a CC! file (Export / Other formats / JUICE input files) and import this file to the JUICE program (<a href=\"https://www.sci.muni.cz/botany/juice/\">https://www.sci.muni.cz/botany/juice/</a>) using the species list in the file Checklist-Danihelka-et-al-2012-ver-2019-07-06.txt, which converts the plant nomenclature to correspond with the Checklist of vascular plants of the Czech Republic (<a href=\"http://www.preslia.cz/P123Danihelka.pdf\">Danihelka et al. 2012</a>).</li>\n\t<li>Select Analysis / Expert system in the JUICE program.</li>\n\t<li>Upload the expert system file (either CzechVeg-ESy-basic-v1.txt or CzechVeg-ESy-full-v1.txt) by pressing Load ES File button.</li>\n\t<li>Modify species nomenclature by pressing the Modify Species Names button.</li>\n\t<li>If there are juvenile species in the herb layer in the plots to be analysed, delete them by pressing Delete Juveniles button.</li>\n\t<li>In some cases, narrow species concepts were changed to broader concepts, resulting in repetitions of the same names in the table. These must be merged using the Merge Same Spec. Names button. This will also merge records of the same species in different vegetation layers because the expert system assumes that each species name is contained only once in the same plot.</li>\n\t<li>When using the full version of the expert system, a threshold similarity value for similarity-based assignment must be specified in the field in the bottom right part of the form. The higher the value, the fewer plots will be assigned, while only those plots will be assigned that have a high similarity to the association. If the threshold value is set to 0, all the plots will be assigned, but some of them may be very dissimilar to the associations which they are assigned to.</li>\n\t<li>Run expert system using the Classify Relevé button (a plot marked by a previous mouse click will be classified) or Classify [colour] Relevés button (all the plots of the selected colour will be assigned).</li>\n\t<li>If a single plot is classified, species groups present in this plot and the assignment of the plot to an association will be shown. If the plot is not classified, no association will be listed. Occasionally, a plot can be assigned to more than one association. If the full version of the expert system is used, the table will contain a list of associations ranked by decreasing similarity to the plot.</li>\n\t<li>If multiple plots are classified, association codes will appear in the header of those plots that were assigned based on the formal definitions. The legends for the codes can be found in a printed version of the <em>Vegetation of the Czech Republic</em>, in its online version (<a href=\"https://pladias.cz/en/vegetation/\">https://pladias.cz/en/vegetation/</a>) or in the expert system txt file. Plots not assigned to any association will be marked with ? and those assigned to more than one association will be marked with +. If the full version of the expert system is used, the output will contain the most similar associations for those plots which have remained unassigned to associations or were assigned to more than one association.</li>\n\t<li>Using the formal definition, the expert system normally assigns some plots of a single vegetation stand to a certain association while other plots of the same stand remain unassigned. This means that the stand consists of patches with species composition typical of the given association and patches with a less typical species composition. If different plots from a single relatively homogeneous stand are assigned to different associations, it is appropriate to interpret the stand as transitional between these associations.</li>\n</ol>\n\n<p>This electronic publication of CzechVeg-ESy was supported by the Czech Science Foundation (grant no. 17-15168S).</p>\n\n<p>***************************************************************************************************************</p>\n\n<p><strong>CzechVeg-ESy</strong> je expertní systém pro automatickou klasifikaci fytocenologických snímk\u016f z \u010ceské republiky do vegeta\u010dních typ\u016f definovaných v monografii <em>Vegetace \u010ceské republiky </em>(<a href=\"https://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&page=monograph\">Chytrý 2007-2013</a>). Existují dv\u011b hlavní verze tohoto expertního systému: <strong>Hlavní verze 1 (v1) </strong>je originální verze pou\u017eitá pro klasifikaci v této národní vegeta\u010dní monografii, která je podrobn\u011b popsaná v její metodické kapitole. Její díl\u010dí verze (ozna\u010dené datem) obsahují opravy drobných chyb a nomenklatury druh\u016f. Tato verze klasifikuje fytocenologické snímky pouze do fytocenologických asociací. <strong>Hlavní verze 2 (v2)</strong> pou\u017eívá stejný klasifika\u010dní systém, jaký byl pou\u017eit ve Vegetaci \u010ceské republiky, ale pou\u017eívá pokro\u010dilejší funkce umo\u017e\u0148ující p\u0159esn\u011bjší klasifikaci. Tato verze také provádí hierarchickou klasifikaci nejen do asociací, ale také do svaz\u016f a t\u0159íd (pro snímky neza\u0159azené do ni\u017eších jednotek).</p>\n\n<p>Ka\u017edá verze má dv\u011b varianty. <strong>Základní varianta </strong>(soubor CzechVeg-ESy-basic-v1.txt) p\u0159i\u0159azuje fytocenologické snímky do asociací na základ\u011b jejich formálních definic vytvo\u0159ených metodou Cocktail (<a href=\"https://doi.org/10.2307/3236796\">Bruelheide 2000</a>) v úprav\u011b podle práce <a href=\"https://www.sci.muni.cz/botany/chytry/Koci_etal2003_JVS.pdf\">Ko\u010dí et al (2003)</a>. Tyto definice jsou zalo\u017eeny na prezenci sociologických skupin druh\u016f a dominanci vybraných druh\u016f. Expertní systém vyhodnocuje ka\u017edý jednotlivý fytocenologický snímek v datovém souboru a \u0159adí jej do asociace. Klasifikace pomocí základní varianty je výrazn\u011b rychlejší ne\u017e klasifikace pomocí plné varianty. <strong>Plná varianta </strong>(soubor CzechVeg-ESy-full-v1.txt) zajiš\u0165uje stejné funkce jako základní varianta, ale navíc klasifikuje i snímky neklasifikované formálními definicemi, a to na základ\u011b jejich numerické podobnosti ke skupinám snímk\u016f, které vyhovují podmínkám formálních definic asociací. V\u011btšinu takových snímk\u016f lze pova\u017eovat z fytocenologického hlediska za netypické porosty, tj. takové, které pln\u011b neodpovídají definovaným vegeta\u010dním typ\u016fm, zpravidla kv\u016fli absenci ekologicky specializovaných druh\u016f. Klasifikace na základ\u011b podobnosti se po\u010dítá pomocí indexu FPFI (Frequency-Positive Fidelity Index), který definovali <a href=\"https://www.sci.muni.cz/botany/chytry/Koci_etal2003_JVS.pdf\">Ko\u010dí et al. (2003)</a> a <a href=\"https://doi.org/10.1007/s11258-004-5798-8\">Tichý (2005)</a>.</p>\n\n<ol>\n\t<li>Fytocenologické snímky ur\u010dené k analýze musí být ulo\u017eeny v databázi v programu TURBOVEG 2 (<a href=\"https://www.synbiosys.alterra.nl/turboveg/\">https://www.synbiosys.alterra.nl/turboveg/</a>) s druhovým seznamem Czechia-Slovakia-2015 (soubor TurbovegSlBackup_Czechia_slovakia_2015.zip), který je kompatibilní s druhovými seznamy Czechia-Slovakia-2012 a Central-Europe.</li>\n\t<li>Snímky se exportují z programu TURBOVEG 2 do souboru CC! (Export / Other formats / JUICE input files) a tento soubor se importuje do programu JUICE (<a href=\"https://www.sci.muni.cz/botany/juice/\">https://www.sci.muni.cz/botany/juice/</a>) s pou\u017eitím druhového seznamu v souboru Checklist-Danihelka-et-al-2012-ver-2019-07-06.txt, \u010dím\u017e se nomenklatura konvertuje do nomenklatury odpovídající Seznamu cévnatých rostlin kv\u011bteny \u010ceské republiky (<a href=\"http://www.preslia.cz/P123Danihelka.pdf\">Danihelka et al. 2012</a>).</li>\n\t<li>V programu JUICE se zvolí menu Analysis / Expert system.</li>\n\t<li>Tla\u010dítkem Load ES File se nahraje do pam\u011bti soubor s p\u0159íslušným expertním systémem (bu\u010f CzechVeg-ESy-basic-v1.txt, nebo CzechVeg-ESy-full-v1.txt).</li>\n\t<li>Tla\u010dítkem Modify Species Names se upraví nomenklatura druh\u016f tak, aby odpovídala nomenklatu\u0159e pou\u017eívané expertním systémem.</li>\n\t<li>Obsahují-li snímky ur\u010dené k analýze juvenilní d\u0159eviny v bylinném patru, je pot\u0159eba je vymazat tla\u010dítkem Delete Juveniles.</li>\n\t<li>P\u0159i p\u0159evodu nomenklatury se v n\u011bkterých p\u0159ípadech p\u0159evedlo u\u017eší pojetí druh\u016f na širší, \u010dím\u017e vznikly v tabulce druhové údaje vedené pod stejnými jmény. Ty je pot\u0159eba slou\u010dit tla\u010dítkem Merge Same Spec. Names. P\u0159itom se slou\u010dí i údaje stejného druhu v r\u016fzných patrech, proto\u017ee expertní systém p\u0159edpokládá jen jeden výskyt stejného druhového jména v jednom snímku.</li>\n\t<li>Pokud je pou\u017eívána plná (Full) verze expertního systému, je pot\u0159eba v okénku vpravo dole nastavit prahovou hodnotu podobnosti pro p\u0159i\u0159azování snímk\u016f k asociacím pomocí podobnosti. \u010cím vyšší hodnota, tím mén\u011b snímk\u016f se p\u0159i\u0159adí, ale p\u0159i\u0159adí se ty, které se dané asociaci více podobají. P\u0159i hodnot\u011b 0 se p\u0159i\u0159adí všechny snímky, ale n\u011bkteré budou dané asociaci velmi nepodobné.</li>\n\t<li>Spustí se b\u011bh expertního systému, a to bu\u010f tla\u010dítkem Classify Relevé (bude se klasifikovat jeden snímek, na který se p\u0159edtím kliklo myší) nebo Classify [colour] Relevés (budou se klasifikovat všechny snímky vybrané barvy).</li>\n\t<li>P\u0159i klasifikaci jednoho snímku se zobrazí v tabulce druhové skupiny, jejich zastoupení v daném snímku a asociace, do které byl snímek p\u0159i\u0159azen pomocí formální definice. Pokud p\u0159i\u0159azen nebyl, nezobrazí se \u017eádná asociace. Snímek m\u016f\u017ee být p\u0159i\u0159azen i do více ne\u017e jedné asociace. P\u0159i pou\u017eití plné verze expertního systému se do tabulky vypíší asociace v po\u0159adí klesající podobnosti ke snímku, a to u t\u011bch snímk\u016f, které nebyly p\u0159i\u0159azeny do \u017eádné asociace nebo byly p\u0159i\u0159azeny do více ne\u017e jedné asociace.</li>\n\t<li>P\u0159i klasifikaci více snímk\u016f se do záhlaví tabulky vepíší kódy asociací u t\u011bch snímk\u016f, které se p\u0159i\u0159adily na základ\u011b formálních definic. P\u0159evod kód\u016f na jména asociací lze dohledat v tišt\u011bné verzi <em>Vegetace \u010ceské republiky</em>, v její online verzi (<a href=\"https://pladias.cz/en/vegetation/\">https://pladias.cz/vegetation/</a>) nebo v textovém souboru expertního systému. U snímk\u016f, které se nep\u0159i\u0159adily k \u017eádné asociaci, se v záhlaví zobrazí znak ?. U snímk\u016f p\u0159i\u0159azených do více ne\u017e jedné asociace se zobrazí znak +. P\u0159i pou\u017eití plné verze expertního systému se do tabulky vypíší nejpodobn\u011bjší asociace u t\u011bch snímk\u016f, které nebyly p\u0159i\u0159azeny do \u017eádné asociace nebo byly p\u0159i\u0159azeny do více ne\u017e jedné asociace.</li>\n\t<li>Expertní systém b\u011b\u017en\u011b p\u0159i\u0159azuje pomocí formálních definic n\u011bkteré snímky v porostu nebo lokáln\u011b rozlišovaném rostlinném spole\u010denstvu do ur\u010dité asociace a jiné do \u017eádné asociace, co\u017e znamená, \u017ee se porost skládá z míst s druhovým slo\u017eením typickým pro danou asociaci a míst s mén\u011b typickým druhovým slo\u017eením. Pokud expertní systém p\u0159i\u0159adí r\u016fzné snímky z jednoho relativn\u011b homogenního porostu k r\u016fzným asociacím, je vhodné porost interpretovat jako p\u0159echodný mezi t\u011bmito asociacemi.</li>\n</ol>\n\n<p>Tato elektronická publikace expertního systému CzechVeg-ESy byla podpo\u0159ena Grantovou agenturou \u010ceské republiky (grant 17-15168S).</p>", "language": "eng", "title": "CzechVeg-ESy: Expert system for automatic classification of vegetation plots from the Czech Republic", "license": { "id": "CC-BY-4.0" }, "relations": { "version": [ { "count": 1, "index": 0, "parent": { "pid_type": "recid", "pid_value": "3605561" }, "is_last": true, "last_child": { "pid_type": "recid", "pid_value": "3605562" } } ] }, "version": "v1-2020-01-12", "references": [ "Bruelheide, H. (2000). A new measure of fidelity and its application to defining species groups. Journal of Vegetation Science, 11, 167-178. https://doi.org/10.2307/3236796", "Chytr\u00fd, M. (ed.) (2007-2013). Vegetace \u010cesk\u00e9 republiky 1-4 / Vegetation of the Czech Republic 1-4. Praha, CZ: Academia. https://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&page=monograph", "Chytr\u00fd, M. (2007). Project Vegetation of the Czech Republic: Preface and summary of methods. In: Chytr\u00fd, M. (ed.), Vegetace \u010cesk\u00e9 republiky 1. Travinn\u00e1 a ke\u0159\u00ed\u010dkov\u00e1 vegetace / Vegetation of the Czech Republic 1. Grassland and heathland vegetation, pp. 35-52. Praha, CZ: Academia. https://www.sci.muni.cz/botany/chytry/Vegetation-Czech-Rep-Summary.pdf", "Danihelka, J., Chrtek, J. Jr., & Kaplan, Z. (2012) Checklist of vascular plants of the Czech Republic. Preslia, 84, 647\u2013811.", "Ko\u010d\u00ed, M., Chytr\u00fd, M., & Tich\u00fd, L. (2003). Formalized reproduction of an expert-based phytosociological classification: A case study of subalpine tall-forb vegetation. Journal of Vegetation Science, 14, 601\u2013610. https://doi.org/10.1111/j.1654-1103.2003.tb02187.x - https://www.sci.muni.cz/botany/chytry/Koci_etal2003_JVS.pdf", "Tich\u00fd, L. (2005). New similarity indices for the assignment of relev\u00e9s to the vegetation units of an existing phytosociological classification. Plant Ecology, 179, 67\u201372. https://doi.org/10.1007/s11258-004-5798-8" ], "keywords": [ "Czech Republic", "expert system", "phytosociology", "plant community types", "vegetation classification", "vegetation-plot database", "vegetation survey" ], "publication_date": "2020-01-12", "creators": [ { "orcid": "0000-0002-8122-3075", "affiliation": "Department of Botany and Zoology, Masaryk University", "name": "Chytr\u00fd, Milan" }, { "orcid": "0000-0001-8400-7741", "affiliation": "Department of Botany and Zoology, Masaryk University", "name": "Tich\u00fd, Lubom\u00edr" }, { "name": "Boubl\u00edk, Karel" }, { "name": "\u010cern\u00fd, Tom\u00e1\u0161" }, { "name": "Douda, Jan" }, { "name": "H\u00e1jek, Michal" }, { "name": "H\u00e1jkov\u00e1, Petra" }, { "name": "H\u00e9dl, Radim" }, { "name": "Ko\u010d\u00ed, Martin" }, { "name": "Krahulec, Franti\u0161ek" }, { "name": "Ku\u010dera, Tom\u00e1\u0161" }, { "name": "Landucci, Flavia" }, { "name": "L\u00e1n\u00edkov\u00e1, Deana" }, { "name": "Lososov\u00e1, Zde\u0148ka" }, { "name": "Navr\u00e1tilov\u00e1, Jana" }, { "name": "Pet\u0159\u00edk, Petr" }, { "name": "Preislerov\u00e1, Zdenka" }, { "name": "\u0158ezn\u00ed\u010dkov\u00e1, Marcela" }, { "name": "Role\u010dek, Jan" }, { "name": "S\u00e1dlo, Ji\u0159\u00ed" }, { "name": "\u0160umberov\u00e1, Kate\u0159ina" }, { "name": "V\u00edtkov\u00e1, Michaela" }, { "name": "Zelen\u00fd, David" } ], "access_right": "open", "resource_type": { "type": "dataset", "title": "Dataset" }, "related_identifiers": [ { "scheme": "doi", "identifier": "10.5281/zenodo.3605561", "relation": "isVersionOf" } ] } }
All versions | This version | |
---|---|---|
Views | 1,037 | 1,037 |
Downloads | 375 | 375 |
Data volume | 3.0 GB | 3.0 GB |
Unique views | 803 | 803 |
Unique downloads | 236 | 236 |