10.5281/zenodo.2677815
https://zenodo.org/records/2677815
oai:zenodo.org:2677815
978-5-905504-05-1
Песляк Михаил Юрьевич
Песляк Михаил Юрьевич
0000-0001-6957-2312
Антипсориатическая Ассоциация "Есстественный путь"
Короткий Николай Гаврилович
Короткий Николай Гаврилович
0000-0002-0913-000X
Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова
Метагеномы крови и псориатической кожи. Проект исследования.
Zenodo
2019
бактериальная DNA
бактериальные продукты
биоинформатика
вирус папилломы человека
врожденный и приобретенный ответ
дендритные клетки
кератиноциты
кишечная проницаемость
липополисахарид
метагеном
микробиом
модель патогенеза
мурамилдипептид
моноциты
нейтрофилы
нетоз
нехозяйская DNA
пептидогликан
псорагенные бактерии
псориаз
псориатическая болезнь
секвенирование
системный псориатический процесс
T-лимфоциты
хемокины
фагоциты
kPAMP-носительство
PAMP-немия
2019-05-09
rus
10.5281/zenodo.2677818
10.5281/zenodo.2677822
10.5281/zenodo.2571445
10.5281/zenodo.1415418
r2.2
Creative Commons Attribution Non Commercial No Derivatives 4.0 International
Выполнено обоснование и подробное описание первого этапа проекта, посвященного изучению, диагностике и лечению псориаза. Целью первого этапа является проверка базовых гипотез новой системной YN-модели патогенеза псориаза. Проверка представляет собой комплексное изучение метагенома цельной крови и метагенома (фагоцитов) псориатической кожи. Метагеном это вся нехозяйская DNA (здесь – не принадлежащая человеку), содержащаяся в биоматериале. Предложены и обоснованы алгоритмы, необходимые для комплексного изучения метагеномов.
Проведена обзорно-аналитическая оценка результатов основных работ по изучению метагеномов крови и кожи. Выполнен аналитический обзор всех (опубликованных до начала 2019 года) работ по определению концентрации бактериальной DNA в цельной крови здоровых людей.
Выполнено детальное сравнение характеристик 16S-теста и WMS-теста.
Сформулированы цели и задачи (включая порядок их решения) первого этапа. Поставлены основные вопросы, на которые по итогам первого этапа должны быть получены ответы. Предложен порядок подготовки и выполнения WMS-теста цельной крови.
Проведено детальное сравнение YN-модели патогенеза с ранее опубликованной Y‑моделью. Выполнен аналитический обзор работ, посвященных изучению привлечения нейтрофилов крови в псориатическую кожу и последующего их возможного нетоза. Нетоз в псориатической коже нейтрофилов, являющихся носителями эндоцитированного в крови Y‑антигена, назван необходимым звеном порочного цикла псориатического воспаления в рамках YN-модели. Предложена классификация псориатической болезни как нетопатии.
Дано определение псорагенных бактерий, основанное на наличии генов, ответственных за формирование межпептидных мостиков. Определены наименьшие пептиды (фрагменты пептидогликана) – потенциальные Y-антигены.
A) Иллюстрации выполнены в виде презентации и находятся в отдельном файле:
http://doi.org/10.5281/zenodo.2677818
B) Дополнения S1-S8 находятся в отдельном файле:
http://doi.org/10.5281/zenodo.2677822
C) Расчетные данные находятся в отдельном файле:
http://doi.org/10.5281/zenodo.2571445
Авторизованный перевод на английский язык данной книги (а также Дополнений A и B):
https://doi.org/10.5281/zenodo.2667680