Book Open Access
Метагеномы крови и псориатической кожи. Проект исследования.
Песляк Михаил Юрьевич;
Короткий Николай Гаврилович
Выполнено обоснование и подробное описание первого этапа проекта, посвященного изучению, диагностике и лечению псориаза. Целью первого этапа является проверка базовых гипотез новой системной YN-модели патогенеза псориаза. Проверка представляет собой комплексное изучение метагенома цельной крови и метагенома (фагоцитов) псориатической кожи. Метагеном это вся нехозяйская DNA (здесь – не принадлежащая человеку), содержащаяся в биоматериале. Предложены и обоснованы алгоритмы, необходимые для комплексного изучения метагеномов.
Проведена обзорно-аналитическая оценка результатов основных работ по изучению метагеномов крови и кожи. Выполнен аналитический обзор всех (опубликованных до начала 2019 года) работ по определению концентрации бактериальной DNA в цельной крови здоровых людей.
Выполнено детальное сравнение характеристик 16S-теста и WMS-теста.
Сформулированы цели и задачи (включая порядок их решения) первого этапа. Поставлены основные вопросы, на которые по итогам первого этапа должны быть получены ответы. Предложен порядок подготовки и выполнения WMS-теста цельной крови.
Проведено детальное сравнение YN-модели патогенеза с ранее опубликованной Y‑моделью. Выполнен аналитический обзор работ, посвященных изучению привлечения нейтрофилов крови в псориатическую кожу и последующего их возможного нетоза. Нетоз в псориатической коже нейтрофилов, являющихся носителями эндоцитированного в крови Y‑антигена, назван необходимым звеном порочного цикла псориатического воспаления в рамках YN-модели. Предложена классификация псориатической болезни как нетопатии.
Дано определение псорагенных бактерий, основанное на наличии генов, ответственных за формирование межпептидных мостиков. Определены наименьшие пептиды (фрагменты пептидогликана) – потенциальные Y-антигены.
A) Иллюстрации выполнены в виде презентации и находятся в отдельном файле:
http://doi.org/10.5281/zenodo.2677818
B) Дополнения S1-S8 находятся в отдельном файле:
http://doi.org/10.5281/zenodo.2677822
C) Расчетные данные находятся в отдельном файле:
http://doi.org/10.5281/zenodo.2571445
Авторизованный перевод на английский язык данной книги (а также Дополнений A и B):
https://doi.org/10.5281/zenodo.2667680
| Name | Size | |
|---|---|---|
|
Metagenomes_of_blood_and_psoriatic_skin_Book_r2.2.pdf
md5:179017c3be6d81f24bc2f8cf022185e0 |
1.7 MB | Download |
| All versions | This version | |
|---|---|---|
| Views | 368 | 209 |
| Downloads | 296 | 158 |
| Data volume | 461.2 MB | 260.2 MB |
| Unique views | 254 | 167 |
| Unique downloads | 248 | 144 |
- Publication date:
- May 9, 2019
- DOI:
-
- Keyword(s):
- бактериальная DNA бактериальные продукты биоинформатика вирус папилломы человека врожденный и приобретенный ответ дендритные клетки кератиноциты кишечная проницаемость липополисахарид метагеном микробиом модель патогенеза мурамилдипептид моноциты нейтрофилы нетоз нехозяйская DNA пептидогликан псорагенные бактерии псориаз псориатическая болезнь секвенирование системный псориатический процесс T-лимфоциты хемокины фагоциты kPAMP-носительство PAMP-немия
- Related identifiers:
- Supplementary material
- Alternate identifiers:
-
- 978-5-905504-05-1 (ISBN)
- License (for files):
- Creative Commons Attribution Non Commercial No Derivatives 4.0 International