Метагеномы крови и псориатической кожи. Проект исследования.

Выполнено обоснование и подробное описание первого этапа проекта, посвященного изучению, диагностике и лечению псориаза. Целью первого этапа является проверка базовых гипотез новой системной YN-модели патогенеза псориаза. Проверка представляет собой комплексное изучение метагенома цельной крови и метагенома (фагоцитов) псориатической кожи. Метагеном это вся нехозяйская DNA (здесь – не принадлежащая человеку), содержащаяся в биоматериале. Предложены и обоснованы алгоритмы, необходимые для комплексного изучения метагеномов.

Проведена обзорно-аналитическая оценка результатов основных работ по изучению метагеномов крови и кожи. Выполнен аналитический обзор всех (опубликованных до начала 2019 года) работ по определению концентрации бактериальной DNA в цельной крови здоровых людей.

Выполнено детальное сравнение характеристик 16S-теста и WMS-теста.

Сформулированы цели и задачи (включая порядок их решения) первого этапа. Поставлены основные вопросы, на которые по итогам первого этапа должны быть получены ответы. Предложен порядок подготовки и выполнения WMS-теста цельной крови.

Проведено детальное сравнение YN-модели патогенеза с ранее опубликованной Y‑моделью. Выполнен аналитический обзор работ, посвященных изучению привлечения нейтрофилов крови в псориатическую кожу и последующего их возможного нетоза. Нетоз в псориатической коже нейтрофилов, являющихся носителями эндоцитированного в крови Y‑антигена, назван необходимым звеном порочного цикла псориатического воспаления в рамках YN-модели. Предложена классификация псориатической болезни как нетопатии.

Дано определение псорагенных бактерий, основанное на наличии генов, ответственных за формирование межпептидных мостиков. Определены наименьшие пептиды (фрагменты пептидогликана) – потенциальные Y-антигены.

A) Иллюстрации выполнены в виде презентации и находятся в  отдельном файле:
http://doi.org/10.5281/zenodo.2677818
B) Дополнения S1-S8  находятся в  отдельном файле: 
http://doi.org/10.5281/zenodo.2677822
C) Расчетные данные находятся в отдельном файле:
http://doi.org/10.5281/zenodo.2571445

Авторизованный перевод на английский язык данной книги (а также Дополнений A и B):
https://doi.org/10.5281/zenodo.2667680