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Chapter 10 of the book "Bioinformática con Ñ" a project aiming to provide specialized educational bibliography on Bioinformatics for Spanish speakers. The result consists on more than 500 pages where the following matters are covered: biomedical databases, sequence analysis, phylogeny and evolution, structural biology, including diverse topics such as docking, virtual screening or molecular dynamics, statistics and R, systems biology, programming skills, data mining, parallel computation, bibliography management and science article writing.
\n\nNote: Exercises related with the contents of this section can be found in:
\n\nNido GS, Bachschmid-Romano L, Bastolla U, Pascual-García A. (2016) Learning structural bioinformatics and evolution with a snake puzzle. PeerJ Computer Science 2:e100 10.7717/peerj-cs.100
\n\n\n\n
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Please contact Álvaro Sebastián or Alberto Pascual-García.
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"Bioinformática con Ñ" is a project born in 2013 aimed to provide specialized educational bibliography on Bioinformatics for Spanish speakers. The first release, published in 2014 and edited by Álvaro Sebastián and Alberto Pascual-García, consists on more than 500 pages where the following matters are covered: biomedical databases, sequence analysis, phylogeny and evolution, structural biology, including diverse topics such as docking, virtual screening or molecular dynamics, statistics and R, systems biology, programming skills, data mining, parallel computation, bibliography management and science article writing.
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\r\n\r\n(English version below)
\r\n\r\n"Bioinformática con Ñ" es un proyecto nacido en 2013 cuyo objetivo es proporcional bibliografía educativa especializada sobre Bioinformática en lengua española. Su primera edición, publicada en 2014 y editada por Alberto Pascual-García y Álvaro Sebastián, contiene más de 500 páginas divididas en dos volúmenes (ver descripción de contenidos debajo)
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\r\n\r\n"Bioinformática con Ñ" is a project born in 2013 aimed to provide specialized educational bibliography on Bioinformatics for Spanish speakers. The first release, published in 2014 and edited by Álvaro Sebastián and Alberto Pascual-García, consists on more than 500 pages where the following matters are covered: biomedical databases, sequence analysis, phylogeny and evolution, structural biology, including diverse topics such as docking, virtual screening or molecular dynamics, statistics and R, systems biology, programming skills, data mining, parallel computation, bibliography management and science article writing.
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All chapters can be downloaded from this page.
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El libro está dividido en seis grandes bloques, que a su vez han sido organizados en dos Volúmenes. El primer volumen trata sobre cuestiones generales, de utilidad independientemente del área de bioinformática en que se pueda estar interesado, como bases de datos o fundamentos de programación. También se tratan análisis bioinformáticos de uso muy extendido, como puede ser el alineamiento de secuencias. El segundo volumen se centra en bioinformática estructural y biología de sistemas, con una carga teórica más elevada y tratando técnicas computacionales más complejas. El índice detallado se encuentra con el resto de los capítulos del libro.
\r\n\r\nVolumen 1 - Principios de Bioinformática
\r\n\r\nI. Bases de datos biomédicas, servidores web y otros recursos online.
\r\n\r\nII. Macromoléculas biológicas, alineamiento de secuencias y filogenia.
\r\n\r\nVolumen 2 - Biolog\u0131\u0301a Estructural y de Sistemas
\r\n\r\nIII. Biolog\u0131\u0301a estructural de prote\u0131\u0301nas.
\r\n\r\nIV. Biolog\u0131\u0301a estructural de ácidos nucleicos
\r\n\r\nV. Dinámica estructural y diseño de fármacos
\r\n\r\nVI. Biología de Sistemas
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Edición y coordinación:
\r\nÁlvaro Sebastián y Alberto Pascual-Garc\u0131\u0301a
Autores:
\r\nF. Abascal, J. Aguirre, E. Andrés-León, D. Bajic, D. Baú, J. A. Bueren-Calabuig, Á. Cortés-Cabrera, I. Dotu, J. M. Fernández, H. G. D. Santos, B. Garc\u0131\u0301a-Jiménez, R. Guantes, I. Irisarri, N. Jiménez-Lozano, J. Klett, R. Méndez, A. Morreale, A. Pascual-Garc\u0131\u0301a, A. Perona, A. Sebastian, M. Stich, S. Tarazona, I. Yruela y R. Zardoya
Portada:
\r\nEnrique Sahagún (http://www.scixel.es)
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\r\n\r\nBioinformática con Ñ., (2014) Coordinators and editors: Sebastián, A. and Pascual-García, A., ISBN:978-84-617-1976-X. (https://zenodo.org/communities/bioinfconn/)
\r\n\r\nPascual-García, A., Modelos simplificados de plegamiento de estructura de proteínas , (2014) en: Bioinformática con Ñ, ISBN:978-84-617-1976-X (doi.org/10.5281/zenodo.1066348)
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La bioinformática y la biolog\u0131\u0301a computacional persiguen ordenar el conocimiento que se deriva del análisis de datos biológicos, fundamentalmente secuencias y genomas, con ayuda de algoritmos y sistemas informáticos. Por su naturaleza transversal han colonizado a otras disciplinas y ya son parte integral de los métodos de trabajo de áreas tan amplias como la biotecnolog\u0131\u0301a, la ecolog\u0131\u0301a, la biolog\u0131\u0301a o la medicina. Proyectos cient\u0131\u0301ficos de gran impacto en nuestras vidas, como la secuenciación del genoma humano, la caracterización de las diferentes variedades de cáncer, el diseño de nuevos medicamentos o la selección genómica en el sector agropecuario han sido y seguirán siendo posibles gracias, en gran medida, a los avances de la bioinformática. Todo esto ha ocurrido en los últimos 30 años, y a un ritmo muy dif\u0131\u0301cil de seguir incluso para los especialistas. De hecho, es fácil abrumarse con el volumen de literatura al alcance de la mano, ya sea en canales convencionales como las revistas Bioinformatics o PLoS Computational Biology, editadas por cient\u0131\u0301ficos de prestigio, o foros como Biostar o SEQanswers, donde usuarios de todo el mundo comparten protocolos y experiencia al estilo peer to peer.
\r\nComo dec\u0131\u0301a, la bioinformática ha evolucionado rápidamente en años recientes y eso se ha traducido en
\r\nuna demanda creciente de profesionales cualificados en el diseño y aplicación de esta clase de herramientas computacionales. Estos especialistas pueden tener curr\u0131\u0301culum vitae muy distintos, habiendo recorrido itinerarios académicos posiblemente diferentes, pero finalmente han de tener una serie de habilidades fundamentales como son conocimientos en genética y biolog\u0131\u0301a molecular, dominio de lenguajes de programación y la capacidad de administrar y sacar el máximo rendimiento a los datos y el hardware disponible, ya sea en un laboratorio de investigación o una pequeña empresa biotecnológica. Aunque la bioinformática tiene una dimensión global y se habla en inglés, también es cierto que en muchas universidades a éste y al otro lado del Atlántico la lengua vehicular para la enseñanza es el español.
\r\nEn consecuencia hay un espacio y una demanda real de materiales educativos en español, y muestra de ellos son los cada vez más numerosos blogs y bitácoras que tratan sobre esta materia en nuestra lengua. Este libro es el esfuerzo colectivo de un buen elenco de investigadores expertos, en su mayor\u0131\u0301a por debajo de los 40 años, por contribuir a llenar ese espacio con contenidos cient\u0131\u0301ficos. En efecto, tras el texto pionero publicado por el profesor Lahoz-Beltrá en 2004, este libro es el primero escrito en
\r\nnuestra lengua que hace un repaso tan amplio y ambicioso del área, y complementa de manera natural los recursos disponibles en la Red.
\r\nEn esta edición inicial los autores tocan de forma exhaustiva una selección de temas fundamentales de la biolog\u0131\u0301a computacional, y por tanto es de esperar que este libro se convierta en un recurso valioso para estudiantes y profesores de las universidades de habla hispana. Para los estudiantes, porque aqu\u0131\u0301 podrán encontrar material para ahondar en su estudio de la bioinformática, incluyendo citas a art\u0131\u0301culos de la literatura cient\u0131\u0301fica, normalmente en inglés; para los profesores universitarios, porque podrán apoyarse en este libro para programar y dotar de contenido a las asignaturas y materias relacionadas con la bioinformática, que todav\u0131\u0301a en muchas universidades son claramente insuficientes.
\r\nFinalmente, seguramente este libro contribuya a introducir y traducir al español el caudal constante de términos y conceptos de la bioinformática. El reto que tiene por delante será sin duda el de la renovación permanente para no sucumbir a la evolución del área, de modo que los temas incluidos sean representativos de las áreas vigentes de la disciplina. La filosof\u0131\u0301a colaborativa de este proyecto, donde tanto los editores como los autores han participado en la selección de materiales y en la toma de deciciones
\r\neditoriales, parece adecuada para este fin.
\r\nBruno Contreras MoreiraZaragoza, Septiembre de 2014
\r\nEl Dr. Bruno Contreras es director del Laboratorio de Biolog\u0131\u0301a Computacional en la Estación Experimental de Aula Dei (EEAD/CSIC, Zaragoza, España) y profesor invitado de la Universidad Autónoma de México (Cuernavaca, México).
\r\n\r\n
Mi primera impresión cuando examiné la recopilación de cap\u0131\u0301tulos que se agrupan en este volumen doble fue la de que, ¡por fin!, alguien hab\u0131\u0301a cogido al toro por los cuernos y acometido la ingente tarea de explicar y dar forma a una serie de conceptos y disciplinas de actualidad relacionados con los nuevos enfoques sobre los seres vivos. Cabr\u0131\u0301a pensar que este conocimiento, que dirige una buena parte de los esfuerzos cient\u0131\u0301ficos encaminados a comprender la vida y aliviar las enfermedades, se estuviera impartiendo en todos o la mayor\u0131\u0301a de los grados universitarios actuales en ciencias de la salud. La sobria realidad es que, lamentablemente, sigue siendo mayoritariamente ignorado aunque esta carencia se pueda paliar posteriormente en másteres o cursos de especialización.
\r\n\r\nLa sorpresa que vino a continuación fue que esta valent\u0131\u0301a correspond\u0131\u0301a a dos jóvenes investigadores que han conseguido coordinar las aportaciones de otros colegas igual de jóvenes (¡o incluso más!), con flamantes doctorados en materias relacionadas con los temas tratados, y que demuestran haber recogido el testigo recibido de profesores y maestros para facilitar la tarea a cualquier persona hispanohablante interesada en introducirse en el fascinante mundo de la información biológica moderna, su tratamiento y algunas de sus aplicaciones. Entre estas últimas se encuentran metodolog\u0131\u0301as de diseño de fármacos basadas en el conocimiento estructural con detalle atómico de la macromolécula diana, la simulación de los movimientos de estos componentes de la maquinaria que hace posible la vida y el apasionante mundo de los complejos procesos interrelacionados que constituyen la biolog\u0131\u0301a de sistemas.
\r\nEstos dos volúmenes son como los abrigos crecederos que se compran a los niños para que les duren más de una temporada. Por un parte, cada cap\u0131\u0301tulo recoge una información más que abundante para una introducción a la materia y, por otro lado, hay espacio suficiente entre cap\u0131\u0301tulos para rellenar los huecos que una obra de este tipo necesariamente deja sin cubrir, a la espera de ediciones posteriores.
Desde estas breves l\u0131\u0301neas env\u0131\u0301o mi felicitación a coordinadores y autores, agradeciéndoles su dedicación y buen hacer, que tendrá como merecida recompensa el reconocimiento de sus lectores, que no dudo serán numerosos a ambos lados del Atlántico.
\r\n\r\nFederico Gago Badenas. Madrid, Septiembre de 2014
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\r\nEl Dr. Federico Gago es director del grupo de investigación ‘Mecanismo de acción de moléculas con actividad biológica’ en la Universidad de Alcalá (Madrid, España), además de catedrático y profesor en la misma Universidad.
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