pymatgen.core.periodic_table module

class DummySpecie(symbol='X', oxidation_state=0, properties=None)

Bases: pymatgen.core.periodic_table.Specie

A special specie for representing non-traditional elements or species. For example, representation of vacancies (charged or otherwise), or special sites, etc.

Parameters:

• symbol (str) – An assigned symbol for the dummy specie. Strict rules are applied to the choice of the symbol. The dummy symbol cannot have any part of first two letters that will constitute an Element symbol. Otherwise, a composition may be parsed wrongly. E.g., “X” is fine, but “Vac” is not because Vac contains V, a valid Element.
• oxidation_state (float) – Oxidation state for dummy specie. Defaults to zero.

symbol

Symbol for the DummySpecie.

oxi_state

Oxidation state associated with Specie.

Z

DummySpecie is always assigned an atomic number of 0.

X

DummySpecie is always assigned an electronegativity of 0.

X

DummySpecie is always assigned an electronegativity of 0. The effect of this is that DummySpecie are always sorted in front of actual Specie.

Z

DummySpecie is always assigned an atomic number equal to the hash of the symbol. The expectation is that someone would be an actual dummy to use atomic numbers for a Dummy specie.

as_dict()

classmethod from_dict(d)

static from_string(species_string)

Returns a Dummy from a string representation.

Parameters:species_string (str) – A string representation of a dummy species, e.g., “X2+”, “X3+”. Returns:A DummySpecie object. Raises:ValueError if species_string cannot be intepreted.

oxi_state

Oxidation state associated with DummySpecie

classmethod safe_from_composition(comp, oxidation_state=0)

Returns a DummySpecie object that can be safely used with (i.e. not present in) a given composition

symbol

class Element(symbol)

Bases: enum.Enum

Basic immutable element object with all relevant properties. Only one instance of Element for each symbol is stored after creation, ensuring that a particular element behaves like a singleton. For all attributes, missing data (i.e., data for which is not available) is represented by a None unless otherwise stated.

Parameters:symbol (str) – Element symbol, e.g., “H”, “Fe”

Z

Atomic number

symbol

Element symbol

X

Pauling electronegativity. Elements without an electronegativity number are assigned a value of zero by default.

number

Alternative attribute for atomic number

max_oxidation_state

Maximum oxidation state for element

min_oxidation_state

Minimum oxidation state for element

oxidation_states

Tuple of all known oxidation states

common_oxidation_states

Tuple of all common oxidation states

full_electronic_structure

Full electronic structure as tuple. E.g., The electronic structure for Fe is represented as: [(1, “s”, 2), (2, “s”, 2), (2, “p”, 6), (3, “s”, 2), (3, “p”, 6), (3, “d”, 6), (4, “s”, 2)]

row

Returns the periodic table row of the element.

group

Returns the periodic table group of the element.

block

Return the block character “s,p,d,f”

is_noble_gas

True if element is noble gas.

is_transition_metal

True if element is a transition metal.

is_rare_earth_metal

True if element is a rare earth metal.

is_metalloid

True if element is a metalloid.

is_alkali

True if element is an alkali metal.

is_alkaline

True if element is an alkaline earth metal (group II).

is_halogen

True if element is a halogen.

is_lanthanoid

True if element is a lanthanoid.

is_actinoid

True if element is a actinoid.

name

Long name for element. E.g., “Hydrogen”.

atomic_mass

Atomic mass for the element.

atomic_radius

Atomic radius for the element. This is the empirical value. Data is obtained from http://en.wikipedia.org/wiki/Atomic_radii_of_the_elements_(data_page).

atomic_radius_calculated

Calculated atomic radius for the element. This is the empirical value. Data is obtained from http://en.wikipedia.org/wiki/Atomic_radii_of_the_elements_(data_page).

van_der_waals_radius

Van der Waals radius for the element. This is the empirical value. Data is obtained from http://en.wikipedia.org/wiki/Atomic_radii_of_the_elements_(data_page).

mendeleev_no

Mendeleev number

electrical_resistivity

Electrical resistivity

velocity_of_sound

Velocity of sound

reflectivity

Reflectivity

refractive_index

Refractice index

poissons_ratio

Poisson’s ratio

molar_volume

Molar volume

electronic_structure

Electronic structure. Simplified form with HTML formatting. E.g., The electronic structure for Fe is represented as [Ar].3d⁶.4s²

thermal_conductivity

Thermal conductivity

boiling_point

Boiling point

melting_point

Melting point

critical_temperature

Critical temperature

superconduction_temperature

Superconduction temperature

liquid_range

Liquid range

bulk_modulus

Bulk modulus

youngs_modulus

Young’s modulus

brinell_hardness

Brinell hardness

rigidity_modulus

Rigidity modulus

mineral_hardness

Mineral hardness

vickers_hardness

Vicker’s hardness

density_of_solid

Density of solid phase

coefficient_of_linear_thermal_expansion

Coefficient of linear thermal expansion

average_ionic_radius

Average ionic radius for element in ang. The average is taken over all oxidation states of the element for which data is present.

ionic_radii

All ionic radii of the element as a dict of {oxidation state: ionic radii}. Radii are given in ang.

Ac = 'Ac'

Ag = 'Ag'

Al = 'Al'

Am = 'Am'

Ar = 'Ar'

As = 'As'

At = 'At'

Au = 'Au'

B = 'B'

Ba = 'Ba'

Be = 'Be'

Bi = 'Bi'

Bk = 'Bk'

Br = 'Br'

C = 'C'

Ca = 'Ca'

Cd = 'Cd'

Ce = 'Ce'

Cf = 'Cf'

Cl = 'Cl'

Cm = 'Cm'

Co = 'Co'

Cr = 'Cr'

Cs = 'Cs'

Cu = 'Cu'

Dy = 'Dy'

Er = 'Er'

Es = 'Es'

Eu = 'Eu'

F = 'F'

Fe = 'Fe'

Fm = 'Fm'

Fr = 'Fr'

Ga = 'Ga'

Gd = 'Gd'

Ge = 'Ge'

H = 'H'

He = 'He'

Hf = 'Hf'

Hg = 'Hg'

Ho = 'Ho'

I = 'I'

In = 'In'

Ir = 'Ir'

K = 'K'

Kr = 'Kr'

La = 'La'

Li = 'Li'

Lr = 'Lr'

Lu = 'Lu'

Md = 'Md'

Mg = 'Mg'

Mn = 'Mn'

Mo = 'Mo'

N = 'N'

Na = 'Na'

Nb = 'Nb'

Nd = 'Nd'

Ne = 'Ne'

Ni = 'Ni'

No = 'No'

Np = 'Np'

O = 'O'

Os = 'Os'

P = 'P'

Pa = 'Pa'

Pb = 'Pb'

Pd = 'Pd'

Pm = 'Pm'

Po = 'Po'

Pr = 'Pr'

Pt = 'Pt'

Pu = 'Pu'

Ra = 'Ra'

Rb = 'Rb'

Re = 'Re'

Rh = 'Rh'

Rn = 'Rn'

Ru = 'Ru'

S = 'S'

Sb = 'Sb'

Sc = 'Sc'

Se = 'Se'

Si = 'Si'

Sm = 'Sm'

Sn = 'Sn'

Sr = 'Sr'

Ta = 'Ta'

Tb = 'Tb'

Tc = 'Tc'

Te = 'Te'

Th = 'Th'

Ti = 'Ti'

Tl = 'Tl'

Tm = 'Tm'

U = 'U'

V = 'V'

W = 'W'

X

Xe = 'Xe'

Y = 'Y'

Yb = 'Yb'

Zn = 'Zn'

Zr = 'Zr'

as_dict()

Makes Element obey the general json interface used in pymatgen for easier serialization.

average_ionic_radius

block

Return the block character “s,p,d,f”

common_oxidation_states

Tuple of all known oxidation states

data

Returns dict of data for element.

static from_Z(z)

Get an element from an atomic number.

Parameters:z (int) – Atomic number Returns:Element with atomic number z.

static from_dict(d)

Makes Element obey the general json interface used in pymatgen for easier serialization.

static from_row_and_group(row, group)

Returns an element from a row and group number.

Parameters:

• row (int) – Row number
• group (int) – Group number

Note

The 18 group number system is used, i.e., Noble gases are group 18.

full_electronic_structure

Full electronic structure as tuple. E.g., The electronic structure for Fe is represented as: [(1, “s”, 2), (2, “s”, 2), (2, “p”, 6), (3, “s”, 2), (3, “p”, 6), (3, “d”, 6), (4, “s”, 2)]

group

Returns the periodic table group of the element.

icsd_oxidation_states

Tuple of all oxidation states with at least 10 instances in ICSD database AND at least 1% of entries for that element

ionic_radii

is_actinoid

True if element is a actinoid.

is_alkali

True if element is an alkali metal.

is_alkaline

True if element is an alkaline earth metal (group II).

is_chalcogen

True if element is a chalcogen.

is_halogen

True if element is a halogen.

is_lanthanoid

True if element is a lanthanoid.

is_metalloid

True if element is a metalloid.

is_noble_gas

True if element is noble gas.

is_rare_earth_metal

True if element is a rare earth metal.

is_transition_metal

True if element is a transition metal.

static is_valid_symbol(symbol)

Returns true if symbol is a valid element symbol.

Parameters:symbol (str) – Element symbol Returns:True if symbol is a valid element (e.g., “H”). False otherwise (e.g., “Zebra”).

max_oxidation_state

Maximum oxidation state for element

min_oxidation_state

Minimum oxidation state for element

number

Alternative attribute for atomic number

oxidation_states

Tuple of all known oxidation states

static print_periodic_table(filter_function=None)

A pretty ASCII printer for the periodic table, based on some filter_function.

Parameters:filter_function – A filtering function taking an Element as input and returning a boolean. For example, setting filter_function = lambda el: el.X > 2 will print a periodic table containing only elements with electronegativity > 2.

row

Returns the periodic table row of the element.

class Specie(symbol, oxidation_state=None, properties=None)

Bases: monty.json.MSONable

An extension of Element with an oxidation state and other optional properties. Properties associated with Specie should be “idealized” values, not calculated values. For example, high-spin Fe2+ may be assigned an idealized spin of +5, but an actual Fe2+ site may be calculated to have a magmom of +4.5. Calculated properties should be assigned to Site objects, and not Specie.

Parameters:

• symbol (str) – Element symbol, e.g., Fe
• oxidation_state (float) – Oxidation state of element, e.g., 2 or -2
• properties – Properties associated with the Specie, e.g., {“spin”: 5}. Defaults to None. Properties must be one of the Specie supported_properties.

oxi_state

Oxidation state associated with Specie

ionic_radius

Ionic radius of Specie (with specific oxidation state).

Changed in version 2.6.7: Properties are now checked when comparing two Species for equality.

as_dict()

cache = {(<class 'pymatgen.core.periodic_table.DummySpecie'>, 'X', 0, None): DummySpecie X0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ag', 1, None): Specie Ag+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ag', 0.0, None): Specie Ag0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ag', 2.0, None): Specie Ag2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ag', 3.0, None): Specie Ag3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Al', 0.0, None): Specie Al0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Al', 2.0, None): Specie Al2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Al', 3.0, None): Specie Al3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'As', -1, None): Specie As-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'As', 0.0, None): Specie As0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'As', 2.0, None): Specie As2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'As', -2.0, None): Specie As2-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'As', 3.0, None): Specie As3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'As', -3.0, None): Specie As3-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'As', 5.0, None): Specie As5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'B', 1, None): Specie B+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'B', -1, None): Specie B-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'B', 0.0, None): Specie B0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'B', 2.0, None): Specie B2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'B', -2.0, None): Specie B2-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'B', 3.0, None): Specie B3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'B', -3.0, None): Specie B3-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ba', 0.0, None): Specie Ba0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ba', 2.0, None): Specie Ba2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Be', 0.0, None): Specie Be0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Be', 2.0, None): Specie Be2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Bi', 1, None): Specie Bi+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Bi', 0.0, None): Specie Bi0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Bi', 2.0, None): Specie Bi2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Bi', 3.0, None): Specie Bi3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Bi', -3.0, None): Specie Bi3-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Bi', 5.0, None): Specie Bi5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Br', 1, None): Specie Br+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Br', -1, None): Specie Br-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Br', 0.0, None): Specie Br0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Br', 3.0, None): Specie Br3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Br', 5.0, None): Specie Br5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Br', 7.0, None): Specie Br7+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'C', 1, None): Specie C+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'C', -1, None): Specie C-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'C', 0.0, None): Specie C0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'C', 2.0, None): Specie C2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'C', -2.0, None): Specie C2-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'C', 3.0, None): Specie C3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'C', -3.0, None): Specie C3-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'C', 4.0, None): Specie C4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'C', -4.0, None): Specie C4-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ca', 0.0, None): Specie Ca0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ca', 2.0, None): Specie Ca2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cd', 0.0, None): Specie Cd0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cd', 2.0, None): Specie Cd2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ce', 0.0, None): Specie Ce0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ce', 2.0, None): Specie Ce2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ce', 3.0, None): Specie Ce3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ce', 4.0, None): Specie Ce4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cl', 1, None): Specie Cl+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cl', -1, None): Specie Cl-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cl', 0.0, None): Specie Cl0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cl', 3.0, None): Specie Cl3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cl', 5.0, None): Specie Cl5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cl', 7.0, None): Specie Cl7+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Co', 1, None): Specie Co+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Co', 0.0, None): Specie Co0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Co', 2.0, None): Specie Co2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Co', 3.0, None): Specie Co3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Co', 4.0, None): Specie Co4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cr', 0.0, None): Specie Cr0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cr', 2.0, None): Specie Cr2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cr', 3.0, None): Specie Cr3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cr', 4.0, None): Specie Cr4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cr', 5.0, None): Specie Cr5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cr', 6.0, None): Specie Cr6+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cs', 1, None): Specie Cs+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cs', 0.0, None): Specie Cs0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cu', 1, None): Specie Cu+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cu', 0.0, None): Specie Cu0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cu', 2.0, None): Specie Cu2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cu', 3.0, None): Specie Cu3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Cu', 4.0, None): Specie Cu4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Dy', 0.0, None): Specie Dy0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Dy', 2.0, None): Specie Dy2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Dy', 3.0, None): Specie Dy3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Er', 0.0, None): Specie Er0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Er', 3.0, None): Specie Er3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Eu', 0.0, None): Specie Eu0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Eu', 2.0, None): Specie Eu2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Eu', 3.0, None): Specie Eu3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Eu', 4.0, None): Specie Eu4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'F', -1, None): Specie F-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'F', 0.0, None): Specie F0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Fe', 1, None): Specie Fe+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Fe', 0.0, None): Specie Fe0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Fe', 2.0, None): Specie Fe2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Fe', 3.0, None): Specie Fe3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Fe', 4.0, None): Specie Fe4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Fe', 5.0, None): Specie Fe5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Fe', 6.0, None): Specie Fe6+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ga', 1, None): Specie Ga+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ga', 0.0, None): Specie Ga0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ga', 2.0, None): Specie Ga2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ga', 3.0, None): Specie Ga3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ga', 4.0, None): Specie Ga4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Gd', 1, None): Specie Gd+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Gd', 0.0, None): Specie Gd0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Gd', 2.0, None): Specie Gd2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Gd', 3.0, None): Specie Gd3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Gd', 4.0, None): Specie Gd4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ge', -1, None): Specie Ge-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ge', 0.0, None): Specie Ge0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ge', 2.0, None): Specie Ge2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ge', -2.0, None): Specie Ge2-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ge', 3.0, None): Specie Ge3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ge', 4.0, None): Specie Ge4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ge', -4.0, None): Specie Ge4-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'H', 1, None): Specie H+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'H', -1, None): Specie H-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'H', 0.0, None): Specie H0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Hf', 0.0, None): Specie Hf0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Hf', 2.0, None): Specie Hf2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Hf', 3.0, None): Specie Hf3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Hf', 4.0, None): Specie Hf4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Hg', 1, None): Specie Hg+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Hg', 0.0, None): Specie Hg0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Hg', 2.0, None): Specie Hg2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ho', 0.0, None): Specie Ho0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ho', 2.0, None): Specie Ho2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ho', 3.0, None): Specie Ho3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'I', 1, None): Specie I+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'I', -1, None): Specie I-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'I', 0.0, None): Specie I0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'I', 3.0, None): Specie I3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'I', 5.0, None): Specie I5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'I', 7.0, None): Specie I7+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'In', 1, None): Specie In+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'In', -1, None): Specie In-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'In', 0.0, None): Specie In0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'In', 2.0, None): Specie In2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'In', 3.0, None): Specie In3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ir', 1, None): Specie Ir+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ir', 0.0, None): Specie Ir0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ir', 3.0, None): Specie Ir3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ir', 4.0, None): Specie Ir4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ir', 5.0, None): Specie Ir5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ir', 6.0, None): Specie Ir6+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'K', 1, None): Specie K+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'K', 0.0, None): Specie K0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'La', 1, None): Specie La+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'La', 0.0, None): Specie La0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'La', 2.0, None): Specie La2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'La', 3.0, None): Specie La3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'La', 4.0, None): Specie La4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Li', 1, 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(<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Pb', -4.0, None): Specie Pb4-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Pd', 1, None): Specie Pd+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Pd', 0.0, None): Specie Pd0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Pd', 2.0, None): Specie Pd2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Pd', 3.0, None): Specie Pd3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Pd', 4.0, None): Specie Pd4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Pr', 0.0, None): Specie Pr0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Pr', 2.0, None): Specie Pr2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Pr', 3.0, None): Specie Pr3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Pr', 4.0, None): Specie Pr4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Rb', 1, None): Specie Rb+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Rb', 0.0, None): Specie Rb0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Re', 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None): Specie Sn0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Sn', 2.0, None): Specie Sn2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Sn', 3.0, None): Specie Sn3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Sn', 4.0, None): Specie Sn4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Sn', -4.0, None): Specie Sn4-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Sr', 0.0, None): Specie Sr0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Sr', 2.0, None): Specie Sr2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ta', 1, None): Specie Ta+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ta', 0.0, None): Specie Ta0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ta', 2.0, None): Specie Ta2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ta', 3.0, None): Specie Ta3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ta', 4.0, None): Specie Ta4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ta', 5.0, None): Specie Ta5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tb', 1, None): Specie Tb+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tb', 0.0, None): Specie Tb0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tb', 2.0, None): Specie Tb2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tb', 3.0, None): Specie Tb3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tb', 4.0, None): Specie Tb4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Te', 1, None): Specie Te+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Te', -1, None): Specie Te-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Te', 0.0, None): Specie Te0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Te', 2.0, None): Specie Te2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Te', -2.0, None): Specie Te2-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Te', 4.0, None): Specie Te4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Te', 5.0, None): Specie Te5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Te', 6.0, None): Specie Te6+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Th', 0.0, None): Specie Th0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Th', 2.0, None): Specie Th2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Th', 3.0, None): Specie Th3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Th', 4.0, None): Specie Th4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Th', 6.0, None): Specie Th6+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ti', 1, None): Specie Ti+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ti', 0.0, None): Specie Ti0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ti', 2.0, None): Specie Ti2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ti', 3.0, None): Specie Ti3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ti', 4.0, None): Specie Ti4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tl', 1, None): Specie Tl+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tl', -1, None): Specie Tl-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tl', 0.0, None): Specie Tl0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tl', 2.0, None): Specie Tl2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tl', 3.0, None): Specie Tl3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tm', 0.0, None): Specie Tm0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tm', 2.0, None): Specie Tm2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Tm', 3.0, None): Specie Tm3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'U', 0.0, None): Specie U0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'U', 2.0, None): Specie U2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'U', 3.0, None): Specie U3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'U', 4.0, None): Specie U4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'U', 5.0, None): Specie U5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'U', 6.0, None): Specie U6+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'V', 0.0, None): Specie V0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'V', 2.0, None): Specie V2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'V', 3.0, None): Specie V3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'V', 4.0, None): Specie V4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'V', 5.0, None): Specie V5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'W', 0.0, None): Specie W0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'W', 2.0, None): Specie W2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'W', 3.0, None): Specie W3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'W', 4.0, None): Specie W4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'W', 5.0, None): Specie W5+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'W', 6.0, None): Specie W6+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Y', 1, None): Specie Y+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Y', 0.0, None): Specie Y0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Y', 2.0, None): Specie Y2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Y', 3.0, None): Specie Y3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Yb', 0.0, None): Specie Yb0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Yb', 2.0, None): Specie Yb2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Yb', 3.0, None): Specie Yb3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Zn', 0.0, None): Specie Zn0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Zn', 2.0, None): Specie Zn2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Zn', 4.0, None): Specie Zn4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Zr', 1, None): Specie Zr+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Zr', 0.0, None): Specie Zr0+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Zr', 2.0, None): Specie Zr2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Zr', 3.0, None): Specie Zr3+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Zr', 4.0, None): Specie Zr4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'As', 4.0, None): Specie As4+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Co', -1, None): Specie Co-, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Ir', 2.0, None): Specie Ir2+, (<class 'pymatgen.core.periodic_table.Specie'>, 'Si', -3.0, None): Specie Si3-}

element

Underlying element object

classmethod from_dict(d)

static from_string(species_string)

Returns a Specie from a string representation.

Parameters:species_string (str) – A typical string representation of a species, e.g., “Mn2+”, “Fe3+”, “O2-“. Returns:A Specie object. Raises:ValueError if species_string cannot be intepreted.

get_crystal_field_spin(coordination='oct', spin_config='high')

Calculate the crystal field spin based on coordination and spin configuration. Only works for transition metal species.

Parameters:

• coordination (str) – Only oct and tet are supported at the moment.
• spin_config (str) – Supported keywords are “high” or “low”.

Returns:

Crystal field spin in Bohr magneton.

Raises:

• AttributeError if species is not a valid transition metal or has
• an invalid oxidation state.
• ValueError if invalid coordination or spin_config.

ionic_radius

Ionic radius of specie. Returns None if data is not present.

oxi_state

Oxidation state of Specie.

supported_properties = ('spin',)

get_el_sp(obj)

Utility method to get an Element or Specie from an input obj. If obj is in itself an element or a specie, it is returned automatically. If obj is an int or a string representing an integer, the Element with the atomic number obj is returned. If obj is a string, Specie parsing will be attempted (e.g., Mn2+), failing which Element parsing will be attempted (e.g., Mn), failing which DummyElement parsing will be attempted.

Parameters:obj (Element/Specie/str/int) – An arbitrary object. Supported objects are actual Element/Specie objects, integers (representing atomic numbers) or strings (element symbols or species strings). Returns:Specie or Element, with a bias for the maximum number of properties that can be determined. Raises:ValueError if obj cannot be converted into an Element or Specie.