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 V i r g i n i a   T e c h ,   D e p t   S t a t ,   B l a c k s b u r g ,   V A   2 4 0 6 1   U S A ;   [ M o r r i s ,   J e f f r e y   S . ]   U n i v   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 2 3 0   U S A ;   [ W e i ,   F e n g r o n g ]   U n i v   W e s t   G e o r g i a ,   D e p t   M a t h ,   C a r r o l l t o n ,   G A   3 0 1 1 8   U S A ;   [ C o x ,   D e n n i s   D . ]   R i c e   U n i v ,   D e p t   S t a t ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 0 5   U S A 	 Z h u ,   H X   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   V i r g i n i a   T e c h ,   D e p t   S t a t   M C 0 4 3 9 ,   2 5 0   D r i l l f i e l d   D r ,   B l a c k s b u r g ,   V A   2 4 0 6 1   U S A . 	 h o n g x i a o @ v t . e d u ;   j e f m o r r i s @ m d a n d e r s o n . o r g ;   f w e i @ w e s t g a . e d u ;   d c o x @ r i c e . e d u 	 	 	 I n s t i t u t e   f o r   C r i t i c a l   T e c h n o l o g y   a n d   A p p l i e d   S c i e n c e ,   V i r g i n i a   T e c h   [ I C T A S - J F C   1 7 5 1 3 9 ] ;   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ N S F - D M S   1 6 1 1 9 0 1 ] ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ R 0 1 - C A 1 0 7 3 0 4 ,   R 0 1 - C A 1 7 8 7 4 4 ,   P 3 0 - C A 0 1 6 6 7 2 ,   P O 1 - C A 0 8 2 7 1 0 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   D r u g   A b u s e   [ R 0 1 - D A 0 1 7 0 7 3 ] 	 T h e   a u t h o r s   t h a n k   L e e   A n n   C h a s t a i n   f o r   h e r   a s s i s t a n c e   i n   e d i t i n g .   H o n g x i a o   Z h u   w a s   s u p p o r t e d   b y   I n s t i t u t e   f o r   C r i t i c a l   T e c h n o l o g y   a n d   A p p l i e d   S c i e n c e ,   V i r g i n i a   T e c h   ( I C T A S - J F C   1 7 5 1 3 9 )   a n d   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   ( N S F - D M S   1 6 1 1 9 0 1 ) .   J e f f r e y   S .   M o r r i s   w a s   s u p p o r t e d   b y   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   ( R 0 1 - C A 1 0 7 3 0 4 ,   R 0 1 - C A 1 7 8 7 4 4 ,   P 3 0 - C A 0 1 6 6 7 2 )   a n d   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   D r u g   A b u s e   ( R 0 1 - D A 0 1 7 0 7 3 ) .   D e n n i s   D .   C o x   w a s   s u p p o r t e d   b y   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   ( P O 1 - C A 0 8 2 7 1 0 ) . 	 A u e   A ,   2 0 1 5 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 1 0 ,   P 3 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 4 . 9 0 9 3 1 7 ;   B a c k e n r o t h   D . ,   2 0 1 6 ,   J S M   2 0 1 6 ;   B a l a d a n d a y u t h a p a n i   V ,   2 0 0 8 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 4 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 0 7 - 0 0 8 4 6 . x ;   C a s t a n e d o   F ,   2 0 1 3 ,   S C I   W O R L D   J ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 7 0 4 5 0 4 ;   C h a n g   C Y ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 4 ,   P 2 2 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 4 1 1 2 2 4 3 6 ;   C h a n g   S K ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 4 9 ,   P 1 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 2 . 8 0 3 5 9 7 ;   C r a i n i c e a n u   C M ,   2 0 1 2 ,   S T A T   M E D ,   V 3 1 ,   P 3 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 5 4 3 9 ;   D e l i c a d o   P ,   2 0 1 0 ,   E N V I R O N M E T R I C S ,   V 2 1 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e n v . 1 0 0 3 ;   F a n   Y Y ,   2 0 1 5 ,   A N N   S T A T ,   V 4 3 ,   P 2 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 5 - A O S 1 3 4 6 ;   G e w e k e   J ,   1 9 9 2 ,   B A Y E S I A N   S T A T ,   V 4 ;   G i r a l d o   R ,   2 0 1 0 ,   J   A G R   B I O L   E N V I R   S T ,   V 1 5 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 5 3 - 0 0 9 - 0 0 1 2 - z ;   G o l d s m i t h   J ,   2 0 1 5 ,   B I O M E T R I C S ,   V 7 1 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b i o m . 1 2 2 7 8 ;   G o l d s m i t h   J ,   2 0 1 2 ,   J   R   S T A T   S O C   C - A P P L ,   V 6 1 ,   P 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 7 6 . 2 0 1 1 . 0 1 0 3 1 . x ;   G r e v e n   S ,   2 0 1 0 ,   E L E C T R O N   J   S T A T ,   V 4 ,   P 1 0 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 0 - E J S 5 7 5 ;   H o r m a n n   S ,   2 0 1 0 ,   A R X I V 1 0 1 0 0 7 9 2 ;   J a m e s   G M ,   2 0 0 2 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 4 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 0 0 3 4 2 ;   L e e   J S ,   2 0 0 5 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 9 9 ,   p S 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 5 2 ;   M a r i n   N M ,   2 0 0 6 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 1 6 6 3 8 9 ;   M e y e r   M . J . ,   2 0 1 5 ,   B I O M E T R I C S ;   M o r r i s   J S ,   2 0 0 8 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 4 ,   P 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 0 7 . 0 0 8 9 5 . x ;   M o r r i s   J S ,   2 0 1 5 ,   A N N U   R E V   S T A T   A P P L ,   V 2 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - s t a t i s t i c s - 0 1 0 8 1 4 - 0 2 0 4 1 3 ;   M o r r i s   J S ,   2 0 0 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 8 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 6 . 0 0 5 3 9 . x ;   N e w t o n   M A ,   2 0 0 4 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 5 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / 5 . 2 . 1 5 5 ;   P r a t o   G . D ,   2 0 0 6 ,   I N T R O   I N F I N I T E   D I M E N ;   Q i a o   X . ,   2 0 1 5 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   R a m a n u j a m   N ,   1 9 9 6 ,   L A S E R   S U R G   M E D ,   V 1 9 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 6 - 9 1 0 1 ( 1 9 9 6 ) 1 9 : 1 < 6 3 : : A I D - L S M 8 > 3 . 0 . C O ; 2 - O ;   R a m s a y   J . ,   1 9 9 7 ,   F U N C T I O N A L   D A T A   A N A L ;   R e i s s   P T ,   2 0 1 0 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 6 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 0 9 . 0 1 2 3 3 . x ;   R e i s s   P . T . ,   2 0 0 7 ,   J   A M   S T A T   A S S ,   V 1 0 2 ;   R u p p e r t   D . ,   2 0 0 3 ,   C A M B R I D G E   S E R I E S   S T A ;   S a n d e r s   J . ,   2 0 1 1 ,   C U D A   E X A M P L E   I N T R O   G ;   S c h e i p l   F . ,   2 0 1 4 ,   J   C O M P U T A T I O N A L   G R A P ,   V 2 4 ,   P 4 7 7 ;   S e a r l e   S .   R . ,   1 9 9 2 ,   V A R I A N C E   C O M P O N E N T S ;   S t a i c u   A M ,   2 0 1 0 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 1 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x p 0 5 8 ;   U l u d a g   K ,   2 0 1 4 ,   N E U R O I M A G E ,   V 1 0 2 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 1 8 ;   Y a m a l   J M ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 7 . 4 . 0 4 7 0 0 2 ;   Y a n g   J J ,   2 0 1 6 ,   B A Y E S I A N   A N A L ,   V 1 1 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 5 - B A 9 6 7 ;   Y a o   F ,   2 0 0 7 ,   J   M U L T I V A R I A T E   A N A L ,   V 9 8 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m v a . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 0 7 ;   Z h a n g   Y . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   N E U R A L   S Y S T ,   V 2 4 ;   Z h o u   L ,   2 0 1 0 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 5 ,   P 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / j a s a . 2 0 1 0 . t m 0 8 7 3 7 ;   Z h u   H . ,   2 0 1 6 ,   R O B U S T   S P A T I A L   U N P U B ;   Z h u   H . ,   2 0 0 9 ,   O P T I M A L I T Y ,   P 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 9 - L N M S 5 7 1 1 ;   Z h u   H X ,   2 0 1 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 7 ;   Z h u   H X ,   2 0 1 1 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 6 ,   P 1 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / j a s a . 2 0 1 1 . t m 1 0 3 7 0 ;   Z h u   H X ,   2 0 1 0 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 6 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 0 9 . 0 1 2 8 3 . x 	 4 5 	 0 	 0 	 2 	 2 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 1 6 7 - 9 4 7 3 	 1 8 7 2 - 7 3 5 2 	 	 C O M P U T   S T A T   D A T A   A N 	 C o m p u t .   S t a t .   D a t a   A n a l . 	 J U L 	 2 0 1 7 	 1 1 1 	 	 	 	 	 	 8 8 	 1 0 1 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 1 7 . 0 2 . 0 0 4 	 	 1 4 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c s 	 E S 9 H F 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 8 6 6 6 0 0 0 0 7 	 	 
 
 J 	 L i ,   F ;   M i a o ,   D Q ;   P e d r y c z ,   W 	 	 	 	 L i ,   F e n g ;   M i a o ,   D u o q i a n ;   P e d r y c z ,   W i t o l d 	 	 	 G r a n u l a r   m u l t i - l a b e l   f e a t u r e   s e l e c t i o n   b a s e d   o n   m u t u a l   i n f o r m a t i o n 	 P A T T E R N   R E C O G N I T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 G r a n u l a r   c o m p u t i n g ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   M u l t i - l a b e l   l e a r n i n g ;   M u t u a l   i n f o r m a t i o n 	 T E X T   C A T E G O R I Z A T I O N ;   M A T H E M A T I C A L - T H E O R Y ;   L U N G - C A N C E R ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   C O M M U N I C A T I O N ;   S E T S 	 L i k e   t h e   t r a d i t i o n a l   m a c h i n e   l e a r n i n g ,   t h e   m u l t i - l a b e l   l e a r n i n g   i s   f a c e d   w i t h   t h e   c u r s e   o f   d i m e n s i o n a l i t y .   S o m e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a l g o r i t h m s   h a v e   b e e n   p r o p o s e d   f o r   m u l t i - l a b e l   l e a r n i n g ,   w h i c h   e i t h e r   c o n v e r t   t h e   m u l t i - l a b e l   f e a t u r e   s e l e c t i o n   p r o b l e m   i n t o   n u m e r o u s   s i n g l e - l a b e l   f e a t u r e   s e l e c t i o n   p r o b l e m s ,   o r   d i r e c t l y   s e l e c t   f e a t u r e s ,   f r o m   t h e   m u l t i - l a b e l   d a t a   s e t .   H o w e v e r ,   t h e   f o r m e r   o m i t   t h e   l a b e l   d e p e n d e n c y ,   o r   p r o d u c e   t o o   m a n y   n e w   l a b e l s   l e a d i n g   t o   l e a r n i n g   w i t h   s i g n i f i c a n t   d i f f i c u l t i e s ;   t h e   l a t t e r ,   t a k i n g   t h e   g l o b a l   l a b e l   d e p e n d e n c y   i n t o   c o n s i d e r a t i o n ,   u s u a l l y   s e l e c t   a   f e w   r e d u n d a n t   o r   i r r e l e v a n t   f e a t u r e s ,   b e c a u s e   a c t u a l l y   n o t   a l l   l a b e l s   d e p e n d   o n   e a c h   o t h e r ,   w h i c h   m a y   c o n f u s e   t h e   a l g o r i t h m   a n d   d e g r a d e   i t s   c l a s s i f i c a t i o n   p e r f o r m a n c e .   T o   s e l e c t   a   m o r e   r e l e v a n t   a n d   c o m p a c t   f e a t u r e   s u b s e t   a s   w e l l   a s   e x p l o r e   t h e   l a b e l   d e p e n d e n c y ,   a   g r a n u l a r   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d   f o r   m u l t i - l a b e l   l e a r n i n g   i s   p r o p o s e d   w i t h   a   m a x i m a l   c o r r e l a t i o n   m i n i m a l   r e d u n d a n c y   c r i t e r i o n   b a s e d   o n   m u t u a l   i n f o r m a t i o n .   T h e   m a x i m a l   c o r r e l a t i o n   m i n i m a l   r e d u n d a n c y   c r i t e r i o n   m a k e s   s u r e   t h a t   t h e   s e l e c t e d   f e a t u r e   s u b s e t   c o n t a i n s   t h e   m o s t   c l a s s - d i s c r i m i n a t i v e   i n f o r m a t i o n ,   w h i l e   i n   t h e   m e a n t i m e   e x h i b i t s   t h e   l e a s t   i n t r a - r e d u n d a n c y .   G r a n u l a t i o n   c a n   h e l p   e x p l o r e   t h e   l a b e l   d e p e n d e n c y .   W e   s t u d y   t h e   r e l a t i o n   o f   t h e   l a b e l   g r a n u l a r i t y   a n d   t h e   p e r f o r m a n c e   o n   f o u r   d a t a   s e t s ,   a n d   c o m p a r e   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   w i t h   o t h e r   t h r e e   m u l t i - l a b e l   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s .   T h e   e x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   d e m o n s t r a t e   t h a t   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   c a n   s e l e c t   c o m p a c t   a n d   s p e c i f i c   f e a t u r e   s u b s e t s ,   i m p r o v e   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   p e r f o r m a n c e   a n d   p e r f o r m s   b e t t e r   t h a n   o t h e r   t h r e e   m e t h o d s   o n   t h e   w i d e l y - u s e d   m u l t i   l a b e l   l e a r n i n g   e v a l u a t i o n   c r i t e r i a .   ( C )   2 0 1 7   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ L i ,   F e n g ;   M i a o ,   D u o q i a n ]   T o n g j i   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   S h a n g h a i   2 0 1 8 0 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   F e n g ;   M i a o ,   D u o q i a n ]   T o n g j i   U n i v ,   K e y   L a b   E m b e d d e d   S y s t   &   S e r v   C o m p ,   M i n i s t   E d u c   C h i n a ,   S h a n g h a i   2 0 1 8 0 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   F e n g ;   P e d r y c z ,   W i t o l d ]   U n i v   A l b e r t a ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   E d m o n t o n ,   A B   T 6 G   1 H 7 ,   C a n a d a 	 M i a o ,   D Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T o n g j i   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   S h a n g h a i   2 0 1 8 0 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   M i a o ,   D Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T o n g j i   U n i v ,   K e y   L a b   E m b e d d e d   S y s t   &   S e r v   C o m p ,   M i n i s t   E d u c   C h i n a ,   S h a n g h a i   2 0 1 8 0 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 d q m i a o @ t o n g j i . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 6 7 3 3 0 1 ,   6 1 2 7 3 3 0 4 ,   6 1 5 7 3 2 5 9 ,   6 1 5 7 3 2 5 5 ] ;   S p e c i a l i z e d   R e s e a r c h   F u n d   f o r   t h e   D o c t o r a l   P r o g r a m   o f   H i g h e r   E d u c a t i o n   o f   C h i n a   [ 2 0 1 3 0 0 7 2 1 3 0 0 0 4 ] 	 T h e   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( S e r i a l   N o .   6 1 6 7 3 3 0 1 ,   6 1 2 7 3 3 0 4 ,   6 1 5 7 3 2 5 9 ,   6 1 5 7 3 2 5 5 ) ,   a n d   t h e   S p e c i a l i z e d   R e s e a r c h   F u n d   f o r   t h e   D o c t o r a l   P r o g r a m   o f   H i g h e r   E d u c a t i o n   o f   C h i n a   ( F i l e   N o .   2 0 1 3 0 0 7 2 1 3 0 0 0 4 ) . 	 B e r m i n g h a m   M . L . ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P ,   V 5 ;   B o u t e l l   M R ,   2 0 0 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 7 ,   P 1 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 0 9 ;   C h e n   W Z ,   2 0 0 7 ,   I E E E   D A T A   M I N I N G ,   P 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 0 7 . 1 8 ;   D i p l a r i s   S . ,   2 0 0 5 ,   P   1 0   P A N H   C   I N F   P C I ,   P 4 4 8 ;   D o q u i r e   G ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 2 2 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 3 5 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   M A C H   L E A R N ,   P 1 1 5 7 ;   K h a s r a g h i   M M ,   2 0 1 5 ,   A R C H   A G R O N   S O I L   S C I ,   V 6 1 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 3 6 5 0 3 4 0 . 2 0 1 4 . 9 8 1 1 6 3 ;   L e e   J ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 4 ,   P 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 0 5 ;   L i n   Y J ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 6 8 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 1 0 ;   M a d j a r o v   G ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 5 ,   P 3 0 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 4 ;   P a r k   C H ,   2 0 0 8 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 9 ,   P 8 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 3 ;   P a v l i d i s   P . ,   2 0 0 1 ,   P   5   I N T   C   C O M P   M O L   B ,   P 2 4 2 ;   P e d r y c z   W ,   2 0 0 8 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 1 ,   P 3 7 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 0 4 ;   P e d r y c z   W . ,   2 0 0 1 ,   I E E E ,   P 1 3 4 9 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P e s t i a n   J . ,   2 0 0 7 ,   P   W O R K S H   B I O N L P   2 0 0 7 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 3 1 1 5 / 1 5 7 2 3 9 2 . 1 5 7 2 4 1 1 ;   R e a d   J . ,   2 0 0 8 ,   P   2 0 0 8   N Z   C O M P   S C I   R ,   P 1 4 3 ;   S c h a p i r e   R E ,   2 0 0 0 ,   M A C H   L E A R N ,   V 3 9 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 7 6 4 9 0 2 9 9 2 3 ;   S H A N N O N   C E ,   1 9 4 8 ,   A T & T   T E C H   J ,   V 2 7 ,   P 6 2 3 ;   S p o l a o r   N . ,   2 0 1 3 ,   E L E C T   N O T E S   T H E O R E T I ,   V 2 9 2 ,   P 1 3 5 ;   T r o h i d i s   K . ,   2 0 0 8 ,   P   9   I N T   C   M U S   I N F   R E ,   P 3 2 5 ;   T s o u m a k a s   G . ,   2 0 0 8 ,   P   E C M L   P K D D   2 0 0 8   W O R ,   P 2 8 7 ;   T s o u m a k a s   G . ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   D A T A   W A R E H O U S ,   V 3 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 4 0 1 8 / J D W M . 2 0 0 7 0 7 0 1 0 1 ;   T s o u m a k a s   G ,   2 0 0 7 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 4 7 0 1 ,   P 4 0 6 ;   T s o u m a k a s   G ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 4 1 1 ;   T s o u m a k a s   G ,   2 0 1 0 ,   D A T A   M I N I N G   A N D   K N O W L E D G E   D I S C O V E R Y   H A N D B O O K ,   S E C O N D   E D I T I O N ,   P 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 0 - 3 8 7 - 0 9 8 2 3 - 4 _ 3 4 ;   T s o u m a k a s   G ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 3 ,   P 1 0 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 0 . 1 6 4 ;   V a l i p o u r   M o h a m m a d ,   2 0 1 5 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   H y d r o l o g y   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 5 ,   P 5 1 ;   V a l i p o u r   M . ,   2 0 1 2 ,   J o u r n a l   o f   A g r i c u l t u r a l   S c i e n c e   ( T o r o n t o ) ,   V 4 ,   P 1 2 5 ;   V a l i p o u r   M . ,   2 0 1 2 ,   J o u r n a l   o f   A g r i c u l t u r a l   S c i e n c e   ( T o r o n t o ) ,   V 4 ,   P 6 8 ;   V a l i p o u r   M ,   2 0 1 6 ,   M E T E O R O L   A P P L ,   V 2 3 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m e t . 1 5 3 3 ;   W u   J ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 8 1 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 6 1 5 1 8 2 9 ;   W u   J ,   2 0 1 6 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 7 6 ,   P 1 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 5 2 7 9 ;   W u   J ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 5 ,   P 1 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 1 8 ;   W Y N E R   A D ,   1 9 7 8 ,   I N F O R M   C O N T R O L ,   V 3 8 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 9 - 9 9 5 8 ( 7 8 ) 9 0 0 2 6 - 8 ;   Y a n n o p o u l o s   S I ,   2 0 1 5 ,   W A T E R - S U I ,   V 7 ,   P 5 0 3 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / w 7 0 9 5 0 3 1 ;   Y a o   Y Y ,   2 0 1 2 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 1 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 2 1 ;   Y a o   Y Y ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 3 9 ,   P 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C B . 2 0 0 9 . 2 0 1 3 3 3 4 ;   Y u   Y ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   A P P R O X   R E A S O N ,   V 5 4 ,   P 1 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j a r . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 3 ;   Z h a n g   J . ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 8 ,   P 2 7 6 1 ;   Z h a n g   M L ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 0 ,   P 2 0 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 1 9 ;   Z h a n g   M L ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 6 ,   P 1 8 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 3 . 3 9 ;   Z h a n g   M L ,   2 0 0 9 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 9 ,   P 3 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 1 0 	 4 3 	 0 	 0 	 1 8 	 1 8 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 3 2 0 3 	 1 8 7 3 - 5 1 4 2 	 	 P A T T E R N   R E C O G N 	 P a t t e r n   R e c o g n i t . 	 J U L 	 2 0 1 7 	 6 7 	 	 	 	 	 	 4 1 0 	 4 2 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 7 . 0 2 . 0 2 5 	 	 1 4 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E S 4 Q V 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 5 2 0 7 0 0 0 3 3 	 	 
 
 J 	 N i l a s h i ,   M ;   I b r a h i m ,   O ;   A h m a d i ,   H ;   S h a h m o r a d i ,   L 	 	 	 	 N i l a s h i ,   M e h r b a k h s h ;   I b r a h i m ,   O t h m a n ;   A h m a d i ,   H o s s e i n ;   S h a h m o r a d i ,   L e i l a 	 	 	 A   k n o w l e d g e - b a s e d   s y s t e m   f o r   b r e a s t   c a n c e r   c l a s s i f i c a t i o n   u s i n g   f u z z y   l o g i c   m e t h o d 	 T E L E M A T I C S   A N D   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r ;   W i s c o n s i n   D i a g n o s t i c   B r e a s t   C a n c e r ;   M a m m o g r a p h i c   m a s s ;   C l a s s i f i c a t i o n ;   F u z z y ;   l o g i c ;   C A R T 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   D I A G N O S I S ;   H Y B R I D ;   A L G O R I T H M ;   M O D E L 	 B r e a s t   c a n c e r   h a s   b e c o m e   a   c o m m o n   d i s e a s e   a r o u n d   t h e   w o r l d .   E x p e r t   s y s t e m s   a r e   v a l u a b l e   t o o l s   t h a t   h a v e   b e e n   s u c c e s s f u l   f o r   t h e   d i s e a s e   d i a g n o s i s .   I n   t h i s   r e s e a r c h ,   w e   a c c o r d i n g l y   d e v e l o p   a   n e w   k n o w l e d g e - b a s e d   s y s t e m   f o r   c l a s s i f i c a t i o n   o f   b r e a s t   c a n c e r   d i s e a s e   u s i n g   c l u s t e r i n g ,   n o i s e   r e m o v a l ,   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   t e c h n i q u e s .   E x p e c t a t i o n   M a x i m i z a t i o n   ( E M )   i s   u s e d   a s   a   c l u s t e r i n g   m e t h o d   t o   c l u s t e r   t h e   d a t a   i n   s i m i l a r   g r o u p s .   W e   t h e n   u s e   C l a s s i f i c a t i o n   a n d   R e g r e s s i o n   T r e e s   ( C A R T )   t o   g e n e r a t e   t h e   f u z z y   r u l e s   t o   b e   u s e d   f o r   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   b r e a s t   c a n c e r   d i s e a s e   i n   t h e   k n o w l e d g e - b a s e d   s y s t e m   o f   f u z z y   r u l e   b a s e d   r e a s o n i n g   m e t h o d .   T o   o v e r c o m e   t h e   m u l t i - c o l l i n e a r i t y   i s s u e ,   w e   i n c o r p o r a t e   P r i n c i p a l   C o m p o n e n t   A n a l y s i s   ( P C A )   i n   t h e   p r o p o s e d   k n o w l e d g e - b a s e d   s y s t e m .   E x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   o n   W i s c o n s i n   D i a g n o s t i c   B r e a s t   C a n c e r   a n d   M a m m o g r a p h i c   m a s s   d a t a s e t s   s h o w   t h a t   p r o p o s e d   m e t h o d s   r e m a r k a b l y   i m p r o v e s   t h e   p r e d i c t i o n   a c c u r a c y   o f   b r e a s t   c a n c e r .   T h e   p r o p o s e d   k n o w l e d g e - b a s e d   s y s t e m   c a n   b e   u s e d   a s   a   c l i n i c a l   d e c i s i o n   s u p p o r t   s y s t e m   t o   a s s i s t   m e d i c a l   p r a c t i t i o n e r s   i n   t h e   h e a l t h c a r e   p r a c t i c e .   ( C )   2 0 1 7   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ N i l a s h i ,   M e h r b a k h s h ;   I b r a h i m ,   O t h m a n ]   U n i v   T e k n o l   M a l a y s i a ,   F a c   C o m p ,   S k u d a i   8 1 3 1 0 ,   M a l a y s i a ;   [ N i l a s h i ,   M e h r b a k h s h ]   I s l a m i c   A z a d   U n i v ,   L a h i j a n   B r a n c h ,   D e p t   C o m p   E n g n ,   L a h i j a n ,   I r a n ;   [ S h a h m o r a d i ,   L e i l a ]   U n i v   T e h r a n   M e d   S c i ,   S c h   A l l i e d   M e d   S c i ,   H e a l t h   I n f o r m a t   M a n a g e m e n t   D e p t ,   5 t h   F l o o r , G h o d s   S t , E n g h e l a b   A v e 1 7 ,   T e h r a n ,   I r a n 	 N i l a s h i ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T e k n o l   M a l a y s i a ,   F a c   C o m p ,   S k u d a i   8 1 3 1 0 ,   M a l a y s i a . ;   S h a h m o r a d i ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T e h r a n   M e d   S c i ,   S c h   A l l i e d   M e d   S c i ,   H e a l t h   I n f o r m a t   M a n a g e m e n t   D e p t ,   5 t h   F l o o r , G h o d s   S t , E n g h e l a b   A v e 1 7 ,   T e h r a n ,   I r a n . 	 n i l a s h i d o t n e t @ h o t m a i l . c o m ;   l s h a h m o r a d i @ t u m s . a c . i r 	 	 	 R e s e a r c h   M a n a g e m e n t   C e n t e r   ( R M C )   a t   U n i v e r s i t i   T e k n o l o g i   M a l a y s i a   ( U T M )   u n d e r   t h e   P o s t - D o c t o r a l   F e l l o w s h i p   S c h e m e   G r a n t   [ J 1 3 0 0 0 0 . 2 1 A 2 . 0 3 E 2 6 ] 	 T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   t h e   R e s e a r c h   M a n a g e m e n t   C e n t e r   ( R M C )   a t   U n i v e r s i t i   T e k n o l o g i   M a l a y s i a   ( U T M )   f o r   s u p p o r t i n g   a n d   f u n d i n g   t h i s   r e s e a r c h   u n d e r   t h e   P o s t - D o c t o r a l   F e l l o w s h i p   S c h e m e   G r a n t   ( V o t e   n o .   Q . J 1 3 0 0 0 0 . 2 1 A 2 . 0 3 E 2 6 ) . 	 B a c h e   K . ,   2 0 1 3 ,   U C I   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   B h a r d w a j   A ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 4 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 6 5 ;   C A T T E L L   R B ,   1 9 6 6 ,   M U L T I V A R   B E H A V   R E S ,   V 1 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 7 / s 1 5 3 2 7 9 0 6 m b r 0 1 0 2 _ 1 0 ;   C h e n   C H ,   2 0 1 4 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 2 0 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 2 4 ;   D u i j m   L E M ,   2 0 0 4 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 1 ,   P 1 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 2 1 5 8 ;   E l t e r   M ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 4 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 7 8 6 8 6 4 ;   F a r   A h m a d i   A . ,   2 0 1 6 ,   J   S O F T   C O M P U T   D E C I S ,   V 3 ,   P 4 7 ;   H a n   J . ,   2 0 0 1 ,   D A T A   M I N I N G   C O N C E P T S ;   H e l l e n d o o r n   H ,   1 9 9 3 ,   I N T E L L I G E N T   F U Z Z Y   S Y ,   V 1 ,   P 1 0 9 ;   K a r a b a t a k   M ,   2 0 1 5 ,   M E A S U R E M E N T ,   V 7 2 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e a s u r e m e n t . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 2 8 ;   K h a r a z m i   E ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 5 2 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 1 5 ;   K o h a v i   R . ,   1 9 9 5 ,   I J C A I - 9 5 .   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   F o u r t e e n t h   I n t e r n a t i o n a l   J o i n t   C o n f e r e n c e   o n   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ,   P 1 1 3 7 ;   M a r c a n o - C e d e n o   A ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 1 6 7 ;   M c C a r t h y   A   M . ,   2 0 1 5 ,   A M   J   P U B L I C   H E A L T H ,   p e 1 ;   M i t r a   P ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 4 ,   P 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 0 2 ) 0 0 1 9 8 - 8 ;   N a u c k   D ,   1 9 9 9 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 6 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 8 ) 0 0 0 7 0 - 0 ;   N i l a s h i   M . ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P ,   V 6 ;   N i l a s h i   M . ,   2 0 1 6 ,   H L T H   I N F   J ;   N i l a s h i   M . ,   2 0 1 6 ,   J   S O F T   C O M P U T I N G   D E C ,   V 3 ,   P 2 4 ;   N i l a s h i   M . ,   2 0 1 6 ,   J   S O F T   C O M P U T   D E C I S ,   V 3 ,   P 4 4 ;   N i l a s h i   M ,   2 0 1 5 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 9 3 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 1 2 ;   O n a n   A . ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ;   P e l l e g   D . ,   2 0 0 0 ,   I C M L ,   P 7 2 7 ;   P e n d h a r k a r   P C ,   1 9 9 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 1 7 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 7 - 4 1 7 4 ( 9 9 ) 0 0 0 3 6 - 6 ;   P o l a t   K ,   2 0 0 7 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 1 7 ,   P 6 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 0 8 ;   Q u i n l a n   J R ,   1 9 9 6 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 4 ,   P 7 7 ;   S a h a n   S ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 7 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 0 3 ;   S h e i k h p o u r   R . ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ;   U b e y l i   E D ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 3 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 0 5 ;   W e n g   C H ,   2 0 1 6 ,   T E L E M A T   I N F O R M ,   V 3 3 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t e l e . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 6 ;   Z A D E H   L A ,   1 9 6 5 ,   I N F O R M   C O N T R O L ,   V 8 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 9 - 9 9 5 8 ( 6 5 ) 9 0 2 4 1 - X ;   Z h e n g   B C ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 1 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 4 4 	 3 2 	 0 	 0 	 1 9 	 1 9 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 7 3 6 - 5 8 5 3 	 	 	 T E L E M A T   I N F O R M 	 T e l e m a t .   I n f o r m . 	 J U L 	 2 0 1 7 	 3 4 	 4 	 	 	 	 	 1 3 3 	 1 4 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . t e l e . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 0 7 	 	 1 2 	 I n f o r m a t i o n   S c i e n c e   &   L i b r a r y   S c i e n c e 	 I n f o r m a t i o n   S c i e n c e   &   L i b r a r y   S c i e n c e 	 E P 9 K F 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 6 9 1 8 0 0 0 1 0 	 	 
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 I n s t   P a t h o l   &   N e u r o p a t h o l ,   T u b i n g e n ,   G e r m a n y ;   [ K o h l h o f e r ,   U r s u l a ;   Q u i n t a n i l l a - M a r t i n e z ,   L e t i c i a ]   U n i v   H o s p   T u e b i n g e n ,   C t r   C o m p r e h e n s   C a n c ,   T u b i n g e n ,   G e r m a n y 	 K a t i y a r ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   E b e r h a r d   K a r l s   U n i v   T u e b i n g e n ,   D e p t   P r e c l i n   I m a g i n g   &   R a d i o p h a r m ,   W e r n e r   S i e m e n s   I m a g i n g   C t r ,   R o e n t g e n w e g   1 3 ,   D - 7 2 0 7 6   T u b i n g e n ,   G e r m a n y . ;   K a t i y a r ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a x   P l a n c k   I n s t   I n t e l l i g e n t   S y s t ,   T u b i n g e n ,   G e r m a n y . 	 p r a t e e k . k a t i y a r @ m e d . u n i - t u e b i n g e n . d e 	 	 	 E u r o p e a n   U n i o n   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   u n d e r   E R C   [ 3 2 3 1 9 6 - I m a g e L i n k ] ;   G e r m a n   M i n i s t r y   f o r   E d u c a t i o n   a n d   R e s e a r c h / B u n d e s m i n i s t e r i u m   f u r   B i l d u n g   u n d   F o r s c h u n g   ( B M B F )   [ 0 3 1 6 1 8 6 E ] ;   E b e r h a r d   K a r l s   U n i v e r s i t y   T u e b i n g e n   ( E v a l u a t i o n   o f   T u m o r   H e t e r o g e n e i t y   U s i n g   C l u s t e r i n g   o f   M u l t i - M o d a l i t y   I m a g i n g   D a t a )   [ F o r t u e n e   2 1 3 1 - 0 - 0 ] 	 T h e   r e s e a r c h   l e a d i n g   t o   t h e s e   r e s u l t s   h a s   r e c e i v e d   f u n d i n g   f r o m   t h e   E u r o p e a n   U n i o n   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   ( F P 7 / 2 0 0 7 - 2 0 1 3 )   u n d e r   E R C   g r a n t   a g r e e m e n t   n o 3 2 3 1 9 6 - I m a g e L i n k ,   G e r m a n   M i n i s t r y   f o r   E d u c a t i o n   a n d   R e s e a r c h / B u n d e s m i n i s t e r i u m   f u r   B i l d u n g   u n d   F o r s c h u n g   ( B M B F ) ,   g r a n t   n u m b e r   0 3 1 6 1 8 6 E ,   a n d   E b e r h a r d   K a r l s   U n i v e r s i t y   T u e b i n g e n   ( E v a l u a t i o n   o f   T u m o r   H e t e r o g e n e i t y   U s i n g   C l u s t e r i n g   o f   M u l t i - M o d a l i t y   I m a g i n g   D a t a ,   F o r t u e n e   2 1 3 1 - 0 - 0 ) .   W e   t h a n k   D e n n i s   T h i e l e   f o r   t h e   e x c e l l e n t   h i s t o l o g i c a l   w o r k . 	 B e d a r d   P L ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 1 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 6 2 7 ;   B e r r y   L R ,   2 0 0 8 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 0 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 1 4 7 0 ;   C a r a n o   R A D ,   2 0 0 4 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 5 1 ,   P 5 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 0 7 3 1 ;   D e n k o   N C ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 8 ,   P 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 4 6 8 ;   D i v i n e   M R ,   2 0 1 6 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 7 ,   P 4 7 3 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 5 . 1 6 3 9 7 2 ;   D o r o s h o w   J H ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 4 . 1 5 8 ;   H a m   J ,   2 0 0 4 ,   2 1   I N T   C   M A C H   L E A R N ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 1 5 3 3 0 . 1 0 1 5 4 1 7 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   H e c t o r s   S J C G ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 9 9 3 6 ;   H e n n i n g   E C ,   2 0 0 7 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 5 7 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 1 1 6 1 ;   H i r a o k a   N ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 1 0 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 8 5 4 ;   J a i n   A K ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 1 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 1 1 ;   K a z e r o o n i   A F ,   2 0 1 5 ,   M A G N   R E S O N   M A T E R   P H Y ,   V 2 8 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 3 3 4 - 0 1 4 - 0 4 4 2 - 7 ;   L e m a i t r e   G ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 0 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 9 ;   M e y e r   C ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 0 ,   p S 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 3 - 2 3 8 2 - 2 ;   O ' C o n n o r   J P B ,   2 0 0 8 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 9 ,   P 7 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 8 ) 7 0 1 9 6 - 7 ;   O ' C o n n o r   J P B ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 0 9 9 0 ;   P a d h a n i   A R ,   2 0 1 0 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 6 ,   P 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 0 0 9 1 7 6 0 ;   R i c h e s   S F ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 1 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 4 - 3 4 7 9 - 0 ;   S c a f f i d i   P ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 8 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 0 8 5 8 ;   T u r k b e y   B ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   U R O L ,   V 1 1 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r u r o l . 2 0 1 4 . 2 7 3 	 2 1 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 1 5 3 6 - 1 6 3 2 	 1 8 6 0 - 2 0 0 2 	 	 M O L   I M A G I N G   B I O L 	 M o l .   I m a g i n g .   B i o l . 	 J U N 	 2 0 1 7 	 1 9 	 3 	 	 	 	 	 3 9 1 	 3 9 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 7 - 0 1 6 - 1 0 0 9 - y 	 	 7 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E T 4 U D 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 2 7 9 6 0 0 0 1 3 	 2 7 7 3 4 2 5 3 	 
 
 J 	 M u l v e y ,   C M ;   B r e c k e l s ,   L M ;   G e l a d a k i ,   A ;   B r i t o v s e k ,   N K ;   N i g h t i n g a l e ,   D J H ;   C h r i s t o f o r o u ,   A ;   E l z e k ,   M ;   D e e r y ,   M J ;   G a t t o ,   L ;   L i l l e y ,   K S 	 	 	 	 M u l v e y ,   C l a i r e   M . ;   B r e c k e l s ,   L i s a   M . ;   G e l a d a k i ,   A i k a t e r i n i ;   B r i t o v s e k ,   N i n a   K o c e v a r ;   N i g h t i n g a l e ,   D a n i e l   J .   H . ;   C h r i s t o f o r o u ,   A n d y ;   E l z e k ,   M o h a m e d ;   D e e r y ,   M i c h a e l   J . ;   G a t t o ,   L a u r e n t ;   L i l l e y ,   K a t h r y n   S . 	 	 	 U s i n g   h y p e r L O P I T   t o   p e r f o r m   h i g h - r e s o l u t i o n   m a p p i n g   o f   t h e   s p a t i a l   p r o t e o m e 	 N A T U R E   P R O T O C O L S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 F R E E - F L O W   E L E C T R O P H O R E S I S ;   Q U A N T I T A T I V E   P R O T E O M I C S ;   C E L L - L I N E ;   C O M P R E H E N S I V E   A N A L Y S I S ;   M E M B R A N E   T R A F F I C K I N G ;   O R G A N E L L E   P R O T E O M E ;   L O C A L I Z A T I O N ;   P R O T E I N S ;   D I S E A S E ;   C A N C E R 	 T h e   o r g a n i z a t i o n   o f   e u k a r y o t i c   c e l l s   i n t o   d i s t i n c t   s u b c o m p a r t m e n t s   i s   v i t a l   f o r   a l l   f u n c t i o n a l   p r o c e s s e s ,   a n d   a b e r r a n t   p r o t e i n   l o c a l i z a t i o n   i s   a   h a l l m a r k   o f   m a n y   d i s e a s e s .   M i c r o s c o p y   m e t h o d s ,   a l t h o u g h   p o w e r f u l ,   a r e   u s u a l l y   l o w - t h r o u g h p u t   a n d   d e p e n d e n t   o n   t h e   a v a i l a b i l i t y   o f   f l u o r e s c e n t   f u s i o n   p r o t e i n s   o r   h i g h l y   s p e c i f i c   a n d   s e n s i t i v e   a n t i b o d i e s .   O n e   m e t h o d   t h a t   p r o v i d e s   a   g l o b a l   p i c t u r e   o f   t h e   c e l l   i s   l o c a l i z a t i o n   o f   o r g a n e l l e   p r o t e i n s   b y   i s o t o p e   t a g g i n g   ( L O P L O P L O P I T ) ,   w h i c h   c o m b i n e s   b i o c h e m i c a l   c e l l   f r a c t i o n a t i o n   u s i n g   d e n s i t y   g r a d i e n t   u l t r a c e n t r i f u g a t i o n   w i t h   m u l t i p l e x e d   q u a n t i t a t i v e   p r o t e o m i c s   m a s s   s p e c t r o m e t r y ,   a l l o w i n g   s i m u l t a n e o u s   d e t e r m i n a t i o n   o f   t h e   s t e a d y - s t a t e   d i s t r i b u t i o n   o f   h u n d r e d s   o f   p r o t e i n s   w i t h i n   o r g a n e l l e s .   P r o t e i n s   a r e   a s s i g n e d   t o   o r g a n e l l e s   b a s e d   o n   t h e   s i m i l a r i t y   o f   t h e i r   g r a d i e n t   d i s t r i b u t i o n   t o   t h o s e   o f   w e l l - a n n o t a t e d   o r g a n e l l e  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 r e q u i r e s   s i m i l a r   t o   1   w e e k   t o   c o m p l e t e   s a m p l e   p r e p a r a t i o n   s t e p s ,   s i m i l a r   t o   2   d   f o r   m a s s   s p e c t r o m e t r y   d a t a   a c q u i s i t i o n   a n d   1 - 2   d   f o r   d a t a   a n a l y s i s   a n d   d o w n s t r e a m   i n f o r m a t i c s . 	 [ M u l v e y ,   C l a i r e   M . ;   B r e c k e l s ,   L i s a   M . ;   G e l a d a k i ,   A i k a t e r i n i ;   B r i t o v s e k ,   N i n a   K o c e v a r ;   N i g h t i n g a l e ,   D a n i e l   J .   H . ;   E l z e k ,   M o h a m e d ;   D e e r y ,   M i c h a e l   J . ;   G a t t o ,   L a u r e n t ;   L i l l e y ,   K a t h r y n   S . ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   D e p t   B i o c h e m ,   C a m b r i d g e   C t r   P r o t e ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d ;   [ B r e c k e l s ,   L i s a   M . ;   G a t t o ,   L a u r e n t ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   D e p t   B i o c h e m ,   C o m p u t a t   P r o t e   U n i t ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d ;   [ G e l a d a k i ,   A i k a t e r i n i ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   D e p t   G e n e t ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d ;   [ C h r i s t o f o r o u ,   A n d y ]   C I T R E ,   S e v i l l e ,   S p a i n 	 L i l l e y ,   K S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a m b r i d g e ,   D e p t   B i o c h e m ,   C a m b r i d g e   C t r   P r o t e ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d . 	 k . s . l i l l e y @ b i o c . c a m . a c . u k 	 	 	 W e l l c o m e   T r u s t   T e c h n o l o g y   D e v e l o p m e n t   G r a n t   [ 1 0 8 4 6 7 / Z / 1 5 / Z ] ;   B B S R C   S t r a t e g i c   L o n g e r   a n d   L a r g e r   g r a n t   [ B B / L 0 0 2 8 1 7 / 1 ] ;   A l e x a n d e r   S .   O n a s s i s   P u b l i c   B e n e f i t   F o u n d a t i o n ;   F o u n d a t i o n   f o r   E d u c a t i o n   a n d   E u r o p e a n   C u l t u r e   ( I P E P ) ;   E m b i r i c o s   T r u s t   S c h o l a r s h i p   o f   J e s u s   C o l l e g e   C a m b r i d g e ;   B B S R C   g r a n t   [ B B / L O O 2 8 1 7 ] ;   W e l l c o m e   T r u s t   [ 1 1 0 1 7 0 / Z / 1 5 / Z ] 	 C . M . M .   a n d   L . M . B .   w e r e   s u p p o r t e d   b y   a   W e l l c o m e   T r u s t   T e c h n o l o g y   D e v e l o p m e n t   G r a n t   ( g r a n t   n o .   1 0 8 4 6 7 / Z / 1 5 / Z ) .   L . G .   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   B B S R C   S t r a t e g i c   L o n g e r   a n d   L a r g e r   g r a n t   ( g r a n t   n o .   B B / L 0 0 2 8 1 7 / 1 ) .   A . G .   w a s   f u n d e d   t h r o u g h   t h e   A l e x a n d e r   S .   O n a s s i s   P u b l i c   B e n e f i t   F o u n d a t i o n ,   t h e   F o u n d a t i o n   f o r   E d u c a t i o n   a n d   E u r o p e a n   C u l t u r e   ( I P E P )   a n d   t h e   E m b i r i c o s   T r u s t   S c h o l a r s h i p   o f   J e s u s   C o l l e g e   C a m b r i d g e .   D . J . H . N .   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   B B S R C   g r a n t   ( g r a n t   n o .   B B / L O O 2 8 1 7 ) .   K . S . L .   i s   a   W e l l c o m e   T r u s t   J o i n t   S e n i o r   I n v e s t i g a t o r   ( g r a n t   n o .   1 1 0 1 7 0 / Z / 1 5 / Z ) . 	 A s h b u r n e r   M ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 5 ,   P 2 5 ;   B a l d w i n   D N ,   1 9 9 9 ,   J   V I R O L ,   V 7 3 ,   P 6 3 8 7 ;   B a t e m a n   A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 9 8 9 ;   B a u s c h - F l u c k   D ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 1 3 1 4 ;   B r a u n   C R ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 9 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 5 b 0 2 3 0 7 ;   B r e c k e l s   L M ,   2 0 1 3 ,   J   P R O T E O M I C S ,   V 8 8 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o t . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 1 9 ;   B r e c k e l s   L M ,   2 0 1 6 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 4 9 2 0 ;   B r e c k e l s   L . M . ,   2 0 1 6 ,   P R O L O C G U I   I N T E R A C T I V ;   B r e c k e l s   L . M . ,   2 0 1 6 ,   F 1 0 0 0   R E S ,   V 5 ,   P 2 9 2 6 ;   C h r i s t o f o r o u   A ,   2 0 1 6 ,   N A T   C O M M U N ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 9 9 9 2 ;   C h r i s t o f o r o u   A ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 1 5 6 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 0 6 8 5 - 7 _ 1 0 ;   C h r i s t o f o r o u   A ,   2 0 1 1 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 8 ,   P 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 7 3 6 ;   C o d y   N A L ,   2 0 1 3 ,   W I R E S   D E V   B I O L ,   V 2 ,   P 7 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / w d e v . 1 1 3 ;   D e   M a t t e i s   M A ,   2 0 1 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 5 ,   P 9 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M r a 0 9 1 0 4 9 4 ;   d e   M i c h e l e   R ,   2 0 1 6 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 9 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . 5 b 0 0 8 7 6 ;   D u n k l e y   T P J ,   2 0 0 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 3 ,   P 6 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 9 5 8 1 0 3 ;   d e   D u v e   C . ,   1 9 7 1 ,   J   C E L L   B I O L ,   V 5 0 ,   p 2 0 D ;   F o s t e r   L J ,   2 0 0 6 ,   C E L L ,   V 1 2 5 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 2 2 ;   G a t t o   L ,   2 0 1 4 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 3 ,   P 1 9 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 3 . 0 3 6 3 5 0 ;   G a t t o   L ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 1 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 0 1 3 ;   G a t t o   L ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 6 4 5 ;   G e n t l e m a n   R C ,   2 0 0 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 4 - 5 - 1 0 - r 8 0 ;   G r a h a m   J . ,   2 0 0 6 ,   C E L L   B I O L   P R O T O C O L S ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 0 0 3 3 4 8 7 . c h 5 ;   G r o e n   A J ,   2 0 1 4 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 4 0 0 8 4 6 4 ;   H a l l   S L ,   2 0 0 9 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 8 ,   P 1 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 8 0 0 3 9 4 - M C P 2 0 0 ;   H e a r d   W ,   2 0 1 5 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 4 ,   P 1 7 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 5 . 0 5 0 2 8 6 ;   H u b e r   W ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 1 1 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 2 5 2 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 2 5 2 ] ;   H u n g   V ,   2 0 1 4 ,   M O L   C E L L ,   V 5 5 ,   P 3 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 3 ;   I s l i n g e r   M ,   2 0 1 0 ,   E L E C T R O P H O R E S I S ,   V 3 1 ,   P 1 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e l p s . 2 0 0 9 0 0 7 7 1 ;   I t z h a k   D N ,   2 0 1 6 ,   E L I F E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 7 5 5 4 / e L i f e . 1 6 9 5 0 ;   J a d o t   M ,   2 0 1 7 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 6 ,   P 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 6 . 0 6 4 5 2 7 ;   J a k o b s e n   L ,   2 0 1 1 ,   E M B O   J ,   V 3 0 ,   P 1 5 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o j . 2 0 1 1 . 6 3 ;   J e a n   B e l t r a n   P i e r r e   M ,   2 0 1 6 ,   C e l l   S y s t ,   V 3 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l s . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 1 2 ;   K a l m a r   T ,   2 0 0 9 ,   P L O S   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 1 0 0 0 1 4 9 ;   L a z a r   C ,   2 0 1 6 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . 5 b 0 0 9 8 1 ;   L o h   K H ,   2 0 1 6 ,   C E L L ,   V 1 6 6 ,   P 1 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 4 1 ;   L u n d - J o h a n s e n   F ,   2 0 1 6 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 3 ,   P 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 9 6 7 ;   M A G I N   T M ,   1 9 9 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 0 ,   P 3 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 0 . 1 4 . 3 7 9 5 ;   M c A l i s t e r   G C ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 7 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 2 0 4 0 v ;   N a b a   A ,   2 0 1 6 ,   M A T R I X   B I O L ,   V 4 9 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t b i o . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 3 ;   N i k o l o v s k i   N ,   2 0 1 4 ,   P L A N T   P H Y S I O L ,   V 1 6 6 ,   P 1 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 4 / p p . 1 1 4 . 2 4 5 5 8 9 ;   O l k k o n e n   V M ,   2 0 0 6 ,   J   C E L L   S C I ,   V 1 1 9 ,   P 5 0 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / j c s . 0 3 3 0 3 ;   P a g l i a r i n i   D J ,   2 0 0 8 ,   C E L L ,   V 1 3 4 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 1 6 ;   P a r s o n s   H T ,   2 0 1 5 ,   F R O N T   P L A N T   S C I ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f p l s . 2 0 1 5 . 0 0 3 0 1 ;   P a r s o n s   H T ,   2 0 1 2 ,   P L A N T   P H Y S I O L ,   V 1 5 9 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 4 / p p . 1 1 1 . 1 9 3 1 5 1 ;   P e r t l - O b e r m e y e r   H ,   2 0 1 6 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 5 ,   P 2 8 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 6 . 0 6 0 1 2 9 ;   R a j   D B T G ,   2 0 1 1 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 1 1 . 7 4 ;   R h e e   H W ,   2 0 1 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 9 ,   P 1 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 0 5 9 3 ;   R i c k w o o d   D . E . ,   1 9 8 5 ,   I O D I N A T E D   D E N S I T Y   G R ,   P 1 4 7 ;   S a d o w s k i   P G ,   2 0 0 6 ,   N A T   P R O T O C ,   V 1 ,   P 1 7 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 6 . 2 5 4 ;   S h a h   A D ,   2 0 1 6 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 3 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . S b 0 1 0 3 5 ;   S h i n   S J ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 1 9 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 0 9 7 2 0 1 1 0 ;   S t a d l e r   C ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 0 ,   P 3 1 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 3 7 7 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 3 7 7 ] ;   T a n   D J L ,   2 0 0 9 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 8 ,   P 2 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 8 0 0 8 6 6 n ;   T h e r y   C . ,   2 0 0 6 ,   C U R R   P R O T O C   C E L L   B I O ,   V 3 ,   P 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 1 4 3 0 3 0 . C B 0 3 2 2 S 3 0 ;   T i n g   L ,   2 0 1 1 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 8 ,   P 9 3 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 7 1 4 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 7 1 4 ] ;   T o m i z i o l i   M ,   2 0 1 4 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 3 ,   P 2 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 4 . 0 4 0 9 2 3 ;   T r o s t   M ,   2 0 0 9 ,   I M M U N I T Y ,   V 3 0 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m m u n i . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 0 6 ;   T r o t t e r   M W B ,   2 0 1 0 ,   P R O T E O M I C S ,   V 1 0 ,   P 4 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 1 0 0 0 3 5 9 ;   T y a n o v a   S ,   2 0 1 6 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 3 ,   P 7 3 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 9 0 1 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 9 0 1 ] ;   W a n g   Y C ,   2 0 1 4 ,   Y E A S T ,   V 3 1 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / y e a . 3 0 0 2 ;   W e b b - R o b e r t s o n   B J M ,   2 0 1 5 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 4 ,   P 1 9 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 5 0 1 1 3 8 h ;   W y s o c k a   J ,   2 0 0 1 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 1 ,   P 3 8 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 2 1 . 1 1 . 3 8 2 0 - 3 8 2 9 . 2 0 0 1 	 6 3 	 0 	 0 	 1 	 1 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 1 7 5 4 - 2 1 8 9 	 1 7 5 0 - 2 7 9 9 	 	 N A T   P R O T O C 	 N a t .   P r o t o c . 	 J U N 	 2 0 1 7 	 1 2 	 6 	 	 	 	 	 1 1 1 0 	 1 1 3 5 	 	 1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 7 . 0 2 6 	 	 2 6 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 E U 5 Y A 	 W O S : 0 0 0 4 0 1 1 0 9 2 0 0 0 0 2 	 2 8 4 7 1 4 6 0 	 
 
 J 	 Z h a n g ,   X ;   L u ,   S H ;   L i a o ,   Y ;   Z h a n g ,   Z Y 	 	 	 	 Z h a n g ,   X i n ;   L u ,   S h a o h u a ;   L i a o ,   Y i ;   Z h a n g ,   Z h u o y o n g 	 	 	 S i m u l t a n e o u s   d e t e r m i n a t i o n   o f   a m i n o   a c i d   m i x t u r e s   i n   c e r e a l   b y   u s i n g   t e r a h e r t z   t i m e   d o m a i n   s p e c t r o s c o p y   a n d   c h e m o m e t r i c s 	 C H E M O M E T R I C S   A N D   I N T E L L I G E N T   L A B O R A T O R Y   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 T e r a h e r t z   t i m e - d o m a i n   s p e c t r o s c o p y   ( T H z - T D S ) ;   A m i n o   a c i d ;   P a r t i a l   l e a s t - s q u a r e s   ( P L S ) ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M ) ;   M u l t i v a r i a t e   c u r v e   r e s o l u t i o n   a l t e r n a t i n g   l e a s t   s q u a r e s   ( M C R - A L S ) 	 F A R - I N F R A R E D   S P E C T R A ;   Q U A N T I T A T I V E - A N A L Y S I S ;   G L U T A M I N E   S U P P L E M E N T A T I O N ;   F O X T A I L   M I L L E T ;   L E A S T - S Q U A R E ;   L - S E R I N E ;   D I F F E R E N T I A T I O N ;   C A N C E R ;   T H Z ;   C Y S T E I N E 	 T e r a h e r t z   ( T H z )   s p e c t r o s c o p y   d i s p l a y s   s p e c i a l   f e a t u r e s   c o m p a r i n g   t o   t h e   c o m m o n l y   u s e d   s p e c t r o s c o p i e s   l i k e   i n f r a r e d   a n d   R a m a n   a n d   p r o v i d e s   p o t e n t i a l   a p p l i c a t i o n s   i n   b r o a d   a r e a s .   I n   t h i s   w o r k ,   t e r a h e r t z   t i m e - d o m a i n   s p e c t r o s c o p y   ( T H z - T D S )   h a s   b e e n   u t i l i z e d   f o r   t h e   q u a l i t a t i v e   a n d   q u a n t i t a t i v e   a n a l y s e s   o f   t e r n a r y   m i x t u r e s   o f   L - G l u t a m i c   a c i d ,   L - G l u t a m i n e ,   a n d   L - T y r o s i n e  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 f u t u r e . 	 [ Z h a n g ,   X i n ;   L u ,   S h a o h u a ;   L i a o ,   Y i ;   Z h a n g ,   Z h u o y o n g ]   C a p i t a l   N o r m a l   U n i v ,   D e p t   C h e m ,   B e i j i n g   1 0 0 0 4 8 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   Z Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C a p i t a l   N o r m a l   U n i v ,   D e p t   C h e m ,   B e i j i n g   1 0 0 0 4 8 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 x i n k e v i n z h a n g @ o u t l o o k . c o m ;   g u s t o 2 0 0 8 @ v i p . s i n a . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t r u m e n t a t i o n   P r o g r a m   [ 2 0 1 2 Y Q 1 4 0 0 0 5 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 2 1 2 7 5 1 0 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   I n s t r u m e n t a t i o n   P r o g r a m   ( 2 0 1 2 Y Q 1 4 0 0 0 5 )   a n d   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 2 1 2 7 5 1 0 1 ) . 	 A b i n a   A ,   2 0 1 5 ,   T A L A N T A ,   V 1 4 3 ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 2 7 ;   A n t o n y   U ,   1 9 9 6 ,   F O O D   C H E M ,   V 5 6 ,   P 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 8 - 8 1 4 6 ( 9 5 ) 0 0 1 8 6 - 7 ;   B a x t e r   J B ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 3 ,   P 4 3 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 2 0 0 9 0 7 z ;   B e e b e   K . R . ,   1 9 9 8 ,   C H E M O M E T R I C S   P R A C T I C ;   C a l d e r o n   A . ,   1 9 6 4 ,   S T U D   M A T H ,   V 2 4 ,   P 1 1 3 ;   C h a n g   C . - C . ,   2 0 0 1 ,   L I B S V M   L I B   S U P P O R T   V ;   C h e n   Y ,   2 0 1 1 ,   J   A P P L   P H Y S ,   V 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 3 6 2 4 7 3 7 ;   C h e n   Z W ,   2 0 1 5 ,   J   Q U A N T   S P E C T R O S C   R A ,   V 1 6 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j q s r t . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 8 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C u l k a   A ,   2 0 1 0 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 7 7 ,   P 9 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 3 4 ;   D A U B E C H I E S   I ,   1 9 9 0 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 3 6 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 1 8 . 5 7 1 9 9 ;   D e c k e r - B a u m a n n   C ,   1 9 9 9 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 3 5 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 9 - 8 0 4 9 ( 9 8 ) 0 0 3 8 9 - X ;   D O N O H O   D L ,   1 9 9 4 ,   B I O M E T R I K A ,   V 8 1 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 8 1 . 3 . 4 2 5 ;   D o r n e y   T D ,   2 0 0 1 ,   J   O P T   S O C   A M   A ,   V 1 8 ,   P 1 5 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 1 8 . 0 0 1 5 6 2 ;   D u v i l l a r e t   L ,   1 9 9 9 ,   A P P L   O P T I C S ,   V 3 8 ,   P 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / A O . 3 8 . 0 0 0 4 0 9 ;   E l   H a d d a d   J ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 4 9 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 0 2 5 3 b ;   F e r g u s o n   B ,   2 0 0 2 ,   N A T   M A T E R ,   V 1 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m a t 7 0 8 ;   F i t z g e r a l d   A J ,   2 0 0 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 7 ,   p R 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 7 / 7 / 2 0 1 ;   G a i l l a r d   T ,   2 0 1 5 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 5 0 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 3 1 ;   G E E R V A N I   P ,   1 9 8 9 ,   P L A N T   F O O D   H U M   N U T R ,   V 3 9 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 0 9 1 9 0 0 ;   G E L A D I   P ,   1 9 8 5 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 3 9 ,   P 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 8 5 4 2 4 8 6 5 6 ;   H a r r i n g t o n   P D B ,   2 0 0 6 ,   T R A C - T R E N D   A N A L   C H E M ,   V 2 5 ,   P 1 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a c . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 1 0 ;   H a z e n   S L ,   1 9 9 6 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 9 8 ,   P 1 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 1 1 8 9 1 4 ;   H u a   Y F ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   I N S T R U M   M E A S ,   V 5 9 ,   P 1 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I M . 2 0 1 0 . 2 0 4 1 0 2 0 ;   H u f n a g l e   D C ,   2 0 1 2 ,   T A L A N T A ,   V 8 8 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 5 ;   J e n k i n s   A L ,   2 0 0 5 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 6 1 ,   P 1 5 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 5 5 ;   K E N N A R D   R W ,   1 9 6 9 ,   T E C H N O M E T R I C S ,   V 1 1 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 2 6 6 7 7 0 ;   K o r t e r   T M ,   2 0 0 6 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 4 1 8 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c p l e t t . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 9 7 ;   L i   Y N ,   2 0 1 2 ,   A P P L   O P T I C S ,   V 5 1 ,   P 5 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / A O . 5 1 . 0 0 5 8 8 5 ;   L u   S H ,   2 0 1 6 ,   F O O D   C H E M ,   V 2 1 1 ,   P 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 7 9 ;   M a   Y H ,   2 0 1 3 ,   J   Q U A N T   S P E C T R O S C   R A ,   V 1 1 7 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j q s r t . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 3 ;   M A D D E N   H H ,   1 9 7 8 ,   A N A L   C H E M ,   V 5 0 ,   P 1 3 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 0 3 1 a 0 4 8 ;   M a r k e l z   A ,   2 0 0 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 7 ,   P 3 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 7 / 2 1 / 3 1 8 ;   M a r k e l z   A G ,   2 0 0 0 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 3 2 0 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 9 - 2 6 1 4 ( 0 0 ) 0 0 2 2 7 - X ;   M a t e i   A ,   2 0 0 5 ,   C H E M   P H Y S ,   V 3 1 6 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m p h y s . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 3 3 ;   M a y   P E ,   2 0 0 2 ,   A M   J   S U R G ,   V 1 8 3 ,   P 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 2 - 9 6 1 0 ( 0 2 ) 0 0 8 2 3 - 1 ;   M u r a k a m i   H ,   2 0 1 3 ,   A D V   P R O T E I N   C H E M   S T R ,   V 9 3 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / B 9 7 8 - 0 - 1 2 - 4 1 6 5 9 6 - 0 . 0 0 0 0 6 - 3 ;   N a v e a   S ,   2 0 0 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 4 ,   P 6 0 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 2 5 9 1 4 d ;   N i s h i k i o r i   R ,   2 0 0 8 ,   C H E M   P H A R M   B U L L ,   V 5 6 ,   P 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 8 / c p b . 5 6 . 3 0 5 ;   P e r e - T r e p a t   E ,   2 0 0 4 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 7 8 ,   P 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 3 - 2 3 2 2 - 2 ;   Q i   N ,   2 0 1 5 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 7 ,   P 2 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a y 0 2 6 6 5 a ;   Q i   N ,   2 0 1 5 ,   M E D   O N C O L ,   V 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 3 2 - 0 1 4 - 0 3 8 3 - z ;   Q I U   L J ,   1 9 9 5 ,   I N T   J   E L E C T R O N ,   V 7 9 ,   P 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 2 0 7 2 1 9 5 0 8 9 2 6 3 0 2 ;   P e r e z   I S ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 8 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 0 1 1 1 9 h ;   S A V I T Z K Y   A ,   1 9 6 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 3 6 ,   P 1 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 6 0 2 1 4 a 0 4 7 ;   S A Y R E   F W ,   1 9 6 3 ,   E X P   P A R A S I T O L ,   V 1 3 ,   P 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 1 4 - 4 8 9 4 ( 6 3 ) 9 0 0 5 8 - 4 ;   S h i b a t a   T ,   2 0 1 5 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 5 0 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 5 9 ;   S T E I N I E R   J ,   1 9 7 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 4 4 ,   P 1 9 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 6 0 3 1 9 a 0 4 5 ;   U e n o   Y ,   2 0 0 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 8 ,   P 5 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 6 0 5 2 0 y ;   W a n g   J R ,   2 0 1 4 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 6 ,   P 7 6 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a y 0 0 5 5 5 d ;   W a n g   Q ,   2 0 1 3 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 1 2 7 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 1 1 ;   W a n g   W N ,   2 0 0 9 ,   A C T A   P H Y S - C H I M   S I N ,   V 2 5 ,   P 2 0 7 4 ,   D O I   1 0 . 3 8 6 6 / P K U . W H X B 2 0 0 9 0 9 3 1 ;   W o l d   H . ,   1 9 8 5 ,   E N C Y   S T A T   S C I ,   P 1 0 ;   Y o s h i d a   S ,   2 0 0 1 ,   N U T R I T I O N ,   V 1 7 ,   P 7 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 9 - 9 0 0 7 ( 0 1 ) 0 0 6 2 9 - 3 ;   Z h u   G Y ,   2 0 1 1 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 7 8 ,   P 1 1 8 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 7 9 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 7 ] 	 5 5 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 1 6 9 - 7 4 3 9 	 1 8 7 3 - 3 2 3 9 	 	 C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B 	 C h e m o m e t r i c s   I n t e l l .   L a b .   S y s t . 	 M A Y   1 5 	 2 0 1 7 	 1 6 4 	 	 	 	 	 	 8 	 1 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 7 . 0 3 . 0 0 1 	 	 8 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s ;   C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   M a t h e m a t i c s ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s ;   C h e m i s t r y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   M a t h e m a t i c s 	 E U 0 Q J 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 7 1 6 1 0 0 0 0 2 	 	 
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 F - 5 9 6 5 5   V i l l e n e u v e   D a s c q ,   F r a n c e 	 D u p o n c h e l ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   L i l l e ,   S c i   &   T e c h n o l ,   U M R   8 5 1 6 ,   L a b   S p e c t r o c h i m   I n f r a r o u g e   &   R a m a n   L A S I R ,   B a t i m e n t   C 5 ,   F - 5 9 6 5 5   V i l l e n e u v e   D a s c q ,   F r a n c e . 	 a s a v i c @ i m s i . r s ;   g e r g e l y . t o t h @ j r c . e c . e u r o p a . e u ;   l u d o v i c . d u p o n c h e l @ u n i v - l i l l e 1 . f r 	 	 	 	 	 C U R E T O N   E E ,   1 9 7 5 ,   P S Y C H O M E T R I K A ,   V 4 0 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 2 9 1 5 6 5 ;   G o l d f a r b   D . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 9 7 6 3 5 ;   H i n k s   T ,   2 0 1 5 ,   L A N C E T ,   V 3 8 5 ,   P 4 2 ;   l b e k w e   A . M . ,   2 0 1 4 ,   F R O N T   C E L L   I N F E C T   M I ,   P 4 ;   L i   L ,   2 0 1 5 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 7 ,   P 1 7 4 ;   L u m   P . Y . ,   2 0 1 2 ,   S C I   R E P O R T S ,   V 3 ,   P 1 2 ;   M a c k e y   L . W . ,   2 0 0 9 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 0 1 7 ;   M o n t a n a r e l l a   L ,   2 0 1 1 ,   S O I L   C O M P O N E N T   2 0 0 9 ,   P 2 0 9 ;   M o r a b i t o   V . ,   2 0 1 5 ,   B I G   D A T A   A N A L   I N N O V A ,   P 1 5 7 ;   N o c i t a   M ,   2 0 1 4 ,   S O I L   B I O L   B I O C H E M ,   V 6 8 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s o i l b i o . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 2 2 ;   O f f r o y   M ,   2 0 1 6 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 9 1 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 3 7 ;   P a c h e p s k y   A . ,   2 0 1 5 ,   A G R O K E M   T A L A J T A N ,   V 6 4 ,   P 3 3 9 ;   R u c c o   M . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 9 5 0 2 0 ;   S a r i k o n d a   G ,   2 0 1 4 ,   J   A U T O I M M U N ,   V 5 0 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a u t . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 0 3 ;   S c a n t a m b u r l o   T . ,   2 0 1 6 ,   A C M   S I G C A S   C O M P U T E R S ,   V 4 5 ,   P 2 1 8 ;   S i n g h   G . ,   2 0 0 7 ,   E U R   S   P O I N T   B A S   G R A P ,   P 9 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 3 1 2 / S P B G / S P B G 0 7 / 0 9 1 - 1 0 0 ;   T o r r e s   B Y ,   2 0 1 6 ,   P L O S   B I O L ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 1 0 0 2 4 3 6 ;   T o t h   G ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   A G R O N ,   V 5 5 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j a . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 0 8 ;   T o t h   G ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 8 5 ,   P 7 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 6 1 - 0 1 3 - 3 1 0 9 - 3 	 1 9 	 0 	 0 	 1 1 	 1 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 0 4 8 - 9 6 9 7 	 1 8 7 9 - 1 0 2 6 	 	 S C I   T O T A L   E N V I R O N 	 S c i .   T o t a l   E n v i r o n . 	 M A Y   1 5 	 2 0 1 7 	 5 8 6 	 	 	 	 	 	 1 0 9 1 	 1 1 0 0 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 7 . 0 2 . 0 9 5 	 	 1 0 	 E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s 	 E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   &   E c o l o g y 	 E R 4 H D 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 5 8 8 0 0 1 0 5 	 2 8 2 1 5 8 0 9 	 
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 M a s s e s   w e r e   r e c o g n i z e d   w i t h   a   s e n s i t i v i t y   o f   9 6 . 2 %   a n d   a   s p e c i f i c i t y   o f   9 3 . 1 % ,   w h i l e   s h a p e ,   m a r g i n   a n d   d e n s i t y   d e s c r i p t i o n s   s h o w e d   a v e r a g e d   s e n s i t i v i t y   r a t e s   b e t w e e n   8 7 . 4 %   a n d   9 6 . 7 %   a n d   s p e c i f i c i t y   b e t w e e n   8 5 . 6 %   a n d   9 6 . 7 % .   T h i s   r e s u l t s   o u t p e r f o r m e d   t h e   o b t a i n e d   w h e n   n o n - f u s e d   m u l t i r e s o l u t i o n   f e a t u r e s   w e r e   u s e d .   T h e s e   r e s u l t s   s u g g e s t   t h e   p r o p o s e d   s t r a t e g y   m a y   b e   u s e f u l   i n   c l i n i c a l   s c e n a r i o s   a n d   m a y   c o n t r i b u t e   t o   t h e   t r a i n i n g   o f   n e w   r a d i o l o g i s t s   a s   a   s e c o n d   r e a d e r .   ( C )   2 0 1 7   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ N a r v a e z ,   F a b i a n ;   P o v e d a ,   C e s a r ;   R o m e r o ,   E d u a r d o ]   U n i v   N a c l   C o l o m b i a ,   F a c   M e d ,   C o m p   I m a g i n g   &   M e d   A p p l i c a t   L a b ,   C I M   L a b ,   C r a   3 0   4 5 - 0 3   B l d g   4 7 1   F i r s t   F l o o r ,   B o g o t a ,   C o l o m b i a ;   [ D i a z ,   G l o r i a ]   I n s t   T e c n o l   M e t r o p o l i t a n o ,   F a c   E n g n ,   D e p t   I n f o r m a t   S y s t ,   C l l   5 4 A   3 0 - 0 1 ,   M e d e l l i n ,   C o l o m b i a ;   [ P o v e d a ,   C e s a r ]   I n s t   N a c l   C a n c e r o l ,   D e p t   D i a g n o s t   I m a g i n g ,   C l l   1   9 - 8 5 ,   B o g o t a ,   C o l o m b i a 	 R o m e r o ,   E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   N a c l   C o l o m b i a ,   F a c   M e d ,   C o m p   I m a g i n g   &   M e d   A p p l i c a t   L a b ,   C I M   L a b ,   C r a   3 0   4 5 - 0 3   B l d g   4 7 1   F i r s t   F l o o r ,   B o g o t a ,   C o l o m b i a . 	 f r n a r v a e z e @ u n a l . e d u . c o ;   g l o r i a d i a z @ i t m . e d u . c o ;   c a p o v e d a s @ u n a l . e d u . c o ;   e d r o m e r o @ u n a l . e d u . c o 	 	 	 E c u a d o r i a n   g o v e r n m e n t   t h r o u g h   " L a   S e c r e t a r i a   d e   E d u c a c i o n   S u p e r i o r ,   C i e n c i a ,   T e c n o l o g i a   e   I n n o v a c i o n   ( S E N E S C Y T ) "   [ 2 0 1 1 0 9 5 8 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   E c u a d o r i a n   g o v e r n m e n t   t h r o u g h   " L a   S e c r e t a r i a   d e   E d u c a c i o n   S u p e r i o r ,   C i e n c i a ,   T e c n o l o g i a   e   I n n o v a c i o n   ( S E N E S C Y T ) " ,   [ G r a n t   n u m b e r :   2 0 1 1 0 9 5 8 ,   2 0 1 1 ] . 	 A b d e l - N a s s e r   M ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 9 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 7 2 ;   A b u b a k e r   A .   A . ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   B I O M E D I C A L   S C I ,   V 1 ,   P 8 3 ;   A h m e d   M .   A . ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T E R   V I S I O N   I M A G ,   P 2 2 ;   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 5 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 9 3 / m e d / 9 7 8 0 1 9 9 3 6 3 3 1 5 . 0 0 3 . 0 0 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / M E D / 9 7 8 0 1 9 9 3 6 3 3 1 5 . 0 0 3 . 0 0 2 0 . ] ;   B a l a n i c a   V ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   C O M M U N ,   V 8 ,   P 3 5 4 ;   M i r a n d a   G H B ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 4 ,   P 3 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 6 ;   B e u t e l   J . ,   2 0 0 0 ,   H D B   M E D   I M A G I N G   P H Y S ,   V 1 ;   B i r d   R . ,   1 9 9 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 7 8 ,   P 2 3 4 ;   B o y e r   B ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 2 ,   P 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 5 ;   C a n d e s   E ,   2 0 0 6 ,   M U L T I S C A L E   M O D E L   S I M ,   V 5 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 0 5 0 6 4 1 8 2 X ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   d e   L i m a   S M L ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 3 4 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 2 9 ;   D h a h b i   S ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 4 ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 1 2 ;   D o n g   P ,   2 0 0 2 ,   2 0 0 2   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   I M A G E   P R O C E S S I N G ,   V O L   I I I ,   P R O C E E D I N G S ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 0 2 . 1 0 3 9 0 1 4 ;   E l - N a q a   I ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 1 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 4 . 8 3 4 6 0 1 ;   E l S o u d   M . A . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C A E T ,   V 4 ,   p 1 6 5   ,   D O I   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J C A E T . 2 0 1 2 . 0 4 5 6 5 5 ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 2 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 6 ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 0 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 2 ;   F e r r e i r a   P ,   2 0 1 1 ,   H E A L T H I N F   2 0 1 1 :   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   H E A L T H   I N F O R M A T I C S ,   P 3 3 7 ;   F r i n t r o p   S ,   2 0 0 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 6 6 3 ,   P 1 1 7 ;   G a n e s a n   K a r t h i k e y a n ,   2 0 1 3 ,   I E E E   R e v   B i o m e d   E n g ,   V 6 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 1 2 . 2 2 3 2 2 8 9 ;   G o m e z   F . ,   2 0 0 9 ,   P   1 4   I B   C   P A T T   R E C   P ;   G r i m m   L J ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 6 6 3 7 9 ;   G u p t a   S ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 1 8 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 1 8 8 0 8 0 ;   H e a t h   M . ,   2 0 0 1 ,   2 0 0 1   P   5   I W D M ,   P 2 1 2 ;   H o r s c h   A ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 6 ,   P 7 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 1 - 0 5 5 3 - 9 ;   H o s n y   K M ,   2 0 0 8 ,   J   R E A L - T I M E   I M A G E   P R ,   V 3 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 5 4 - 0 0 7 - 0 0 5 8 - 5 ;   H s u   C W ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 3 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 9 9 1 4 2 7 ;   J i a n g   L ,   2 0 0 8 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 5 ,   P 1 5 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 1 5 ;   K a z e r o u n i   I A ,   2 0 1 4 ,   I M A G I N G   S C I   J ,   V 6 2 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 9 / 1 7 4 3 1 3 1 X 1 3 Y . 0 0 0 0 0 0 0 0 5 4 ;   K I N T N E R   E C ,   1 9 7 6 ,   O P T   A C T A ,   V 2 3 ,   P 6 7 9 ;   K i s i l e v   P . ,   2 0 1 6 ,   I N T   W O R K S H   L A R G   S C A L ,   P 1 2 1 ;   K i s i l e v   P . ,   2 0 1 5 ,   P   B R I T   M A C H   V I S   C   B M ,   D O I   [ 1 0 . 5 2 4 4 / C . 2 9 . 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 5 2 4 4 / C . 2 9 . 1 7 1 ] ;   K o m   G ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 7 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 5 . 1 2 . 0 0 4 ;   K o p a n s   D . ,   2 0 0 7 ,   B R E A S T   I M A G I N G ;   L a z a r u s   E ,   2 0 0 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 9 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 9 2 0 4 2 1 2 7 ;   M a s m o u d i   A D ,   2 0 1 3 ,   E U R A S I P   J   I M A G E   V I D E ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 6 8 7 - 5 2 8 1 - 2 0 1 3 - 1 9 ;   M a z u r o w s k i   M A ,   2 0 1 2 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 9 ,   P 8 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 2 ;   M o a y e d i   F ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 0 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 6 ;   M o o n   W K ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 1 ,   P 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 1 7 ;   M o r e i r a   I C ,   2 0 1 2 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 9 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 1 4 ;   M o u r a   D C ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 8 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 3 - 0 8 3 8 - 2 ;   M u r a m a t s u   C ,   2 0 1 0 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 5 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 9 - 9 2 6 3 - z ;   N a r v a e z   F ,   2 0 1 2 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 9 1 1 6 8 0 ;   N a r v a e z   F ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 1 3 6 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 1 3 6 6 6 - 5 _ 9 1 ;   N i s h i k a w a   R M ,   2 0 1 4 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 1 ,   P 1 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 1 8 ;   N i t h y a   R ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 4 4 1 ;   O l i v e r   A ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 6 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 5 - 9 7 7 7 - 5 ;   P a p a k o s t a s   G A ,   2 0 0 7 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 7 ,   P 2 8 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 1 0 ;   P i s a n o   E D ,   1 9 9 8 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 1 1 ,   P 1 9 3 ;   R a m o s   R P ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 9 ,   P 1 1 0 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 2 0 ;   R e y a d   Y A ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 4 - 0 1 0 0 - 7 ;   S a h i n e r   B ,   2 0 0 8 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 6 9 1 5 ,   p N 9 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 7 7 0 7 5 2 ;   S a m p a t   M .   P . ,   2 0 0 5 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ,   P 1 6 ;   S e r a d o u r   B ,   2 0 1 4 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 2 0 2 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 2 . 1 0 4 1 9 ;   S h a r m a   S ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 4 - 9 7 1 9 - 7 ;   S i c k l e s   E A ,   2 0 1 3 ,   A C R   B I   R A D S   A T L A S   B R ;   S u r e n d i r a n   B . ,   2 0 1 2 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   M e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a n d   I n f o r m a t i c s ,   V 4 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J M E I . 2 0 1 2 . 0 4 5 3 0 2 ;   S u r e n d i r a n   B . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   B I O M E D I C A L   S I G ,   V 2 ,   P 4 3 ;   S u r e n d i r a n   B . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   M E D   E N G   I N F O R M ,   V 7 ,   P 6 5 ;   T a b a r   L ,   2 0 0 3 ,   L A N C E T ,   V 3 6 1 ,   P 1 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 3 ) 1 3 1 4 3 - 1 ;   T a h m a s b i   A ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 1 ,   P 7 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 9 ;   B r u n o   D O T ,   2 0 1 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 5 5 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 1 9 ;   T a o   Y M ,   2 0 1 1 ,   P R O C   S P I E ,   V 7 9 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 8 7 8 2 7 4 ;   T i m m e r s   J M H ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 1 ,   P 2 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 1 1 ;   V a d i v e l   A ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 3 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 4 ;   V a r m a   M . ,   2 0 0 9 ,   A C M   2 6   A N N   I N T   C   M A C ,   P 1 0 6 5 ;   V i b h a   L ,   2 0 0 6 ,   I N T   D A T A B A S E   E N G   A P P ,   P 2 6 3 ;   W e e   C Y ,   2 0 0 7 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   V 2 5 ,   P 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a v i s . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 1 0 ;   W e i   C H ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 6 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 2 ;   W e i   C H ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 4 ,   P 6 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 1 2 ;   W o o d s   R W ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 8 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 0 1 0 0 3 2 8 ;   W u   Y R ,   2 0 1 3 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 9 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 3 - 9 5 8 8 - 5 ;   Z h a n g   X . ,   2 0 0 9 ,   J   S O F T W A R E ,   V 4 ,   P 1 0 1 4 ;   Z h e n g   B ,   2 0 0 7 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 4 ,   P 9 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 1 2 	 7 6 	 0 	 0 	 2 1 	 2 1 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 M A Y   1 5 	 2 0 1 7 	 7 4 	 	 	 	 	 	 8 2 	 9 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 3 1 	 	 1 4 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 E K 7 A J 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 0 7 7 5 0 0 0 0 8 	 	 
 
 J 	 W a n ,   T ;   Z h a n g ,   W S ;   Z h u ,   M ;   C h e n ,   J H ;   A c h i m ,   A ;   Q i n ,   Z C 	 	 	 	 W a n ,   T a o ;   Z h a n g ,   W a n s h u ;   Z h u ,   M i n ;   C h e n ,   J i a n h u i ;   A c h i m ,   A l i n ;   Q i n ,   Z e n g c h a n g 	 	 	 A u t o m a t e d   m i t o s i s   d e t e c t i o n   i n   h i s t o p a t h o l o g y   b a s e d   o n   n o n - g a u s s i a n   m o d e l i n g   o f   c o m p l e x   w a v e l e t   c o e f f i c i e n t s 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H i s t o p a t h o l o g y ;   B r e a s t   c a n c e r ;   M i t o s i s   d e t e c t i o n ;   N o n - G a u s s i a n m o d e l ;   W a v e l e t 	 B R E A S T - C A N C E R   H I S T O P A T H O L O G Y ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   I M A G E - A N A L Y S I S ;   S E G M E N T A T I O N ;   T R A N S F O R M ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   D E P E N D E N C Y ;   D I S T A N C E ;   D E N S I T Y 	 T o   d i a g n o s e   b r e a s t   c a n c e r ,   t h e   n u m b e r   o f   m i t o t i c   c e l l s   p r e s e n t   i n   h i s t o l o g y   s e c t i o n s   i s   a n   i m p o r t a n t   i n d i c a t o r   f o r   e x a m i n i n g   a n d   g r a d i n g   b i o p s y   s p e c i m e n .   T h i s   s t u d y   a i m s   a t   i m p r o v i n g   t h e   a c c u r a c y   o f   a u t o m a t e d   m i t o s i s   d e t e c t i o n   b y   c h a r a c t e r i z i n g   m i t o t i c   c e l l s   i n   w a v e l e t   b a s e d   m u l t i - r e s o l u t i o n   r e p r e s e n t a t i o n s   v i a   a   n o n - G a u s s i a n   m o d e l i n g   m e t h o d .   T h e   p o t e n t i a l   m i t o s i s   c a n d i d a t e s   w e r e   d e c o m p o s e d   i n t o   m u l t i - s c a l e   f o r m s   b y   a n   u n d e c i m a t e d   d u a l - t r e e   c o m p l e x   w a v e l e t   t r a n s f o r m .   T w o   n o n - G a u s s i a n   m o d e l s   ( t h e   g e n e r a l i z e d   G a u s s i a n   d i s t r i b i t i o n   ( G G D )   a n d   t h e   s y m m e t r i c   a l p h a - s t a b l e   ( S a S )   d i s t r i b u t i o n s )   w e r e   u s e d   t o   a c c u r a t e l y   m o d e l   t h e   h e a v y - t a i l e d   b e h a v i o r   o f   w a v e l e t   m a r g i n a l   d i s t r i b u t i o n s .   T h e   m e t h o d   w a s   e v a l u a t e d   o n   t w o   i n d e p e n d e n t   d a t a   c o h o r t s ,   i n c l u d i n g   t h e   b e n c h m a r k   d a t a s e t   ( M I T O S ) ,   v i a   a   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   c l a s s i f i e r .   T h e   q u a n t i t a t i v e   r e s u l t s   s h O w s   t h a t   t h e   b i v a r i a t e   S a S   m o d e l   a c h i e v e d   s u p e r i o r   c l a s s i f i c a t i o n   p e r f o r m a n c e   w i t h   t h e   a r e a   u n d e r   t h e   c u r v e   v a l h e   o f   0 . 8 2   i n   c o m p a r i s o n   w i t h   0 . 7 9   f o r   b i v a r i a t e   G G D ,   0 . 7 7   f o r   u n i v a r i a t e   S a S ,   0 . 7 2   f o r   u n i v a r i a t e   G G D ,   a n d   0 . 5 9   f o r   G a u s s i a n   m o d e l .   S i n c e   b o t h   m i t o t i c   a n d   n o n - m i t o t i c   c e l l s   a p p e a r   a s   s m a l l   o b j e c t s   w i t h   a   l a r g e   v a r i e t y   o f   s h a p e s ,   c h a r a c t e r i z a t i o n   o f   m i t o s i s   i s   a   h a r d   p r o b l e m .   T h e   i n t e r - s c a l e   d e p e n d e n c i e s   o f   w a v e l e t   c o e f f i c i e n t s   a l l o w i n g   e x t r a c t i o n   o f   s a l i e n t   f e a t u r e s   w i t h i n   t h e   c e l l s   t h a t   a r e   m o r e   l i k e l y   t o   a p p e a r   a t   a l l   d i f f e r e n t   s c a l e s   w e r e   c a p t u r e d   b y   t h e   b i v a r i a t e   n o n - G a u s s i a n   m o d e l s ,   l e a d i n g   t o   m o r e   a c c u r a t e   d e t e c t i o n   r e s u l t s .   T h e   p r e s e n t e d   a u t o m a t e d   m i t o s i s   d e t e c t i o n   m e t h o d   m i g h t   a s s i s t   p a t h o l o g i s t s   i n   e n h a n c i n g   t h e   o p e r a t i o n a l   e f f i c i e n c y   a n d   p r o d u c t i v i t y   a s   w e l l   a s   i m p r o v i n g   d i a g n o s t i c   c o n f i d e n c e . 	 [ W a n ,   T a o ;   Z h a n g ,   W a n s h u ]   B e i h a n g   U n i v ,   S c h   B i o m e d   S c i   &   M e d   E n g n ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h u ,   M i n ]   K a r a m a y   C e n t   H o s p ,   D e p t   P a t h o l ,   K a r a m a y   C i t y   8 3 4 0 0 0 ,   X i n j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h e n ,   J i a n h u i ]   9 1   C e n t   H o s p   P L A ,   H e n a n   4 5 4 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ A c h i m ,   A l i n ]   U n i v   B r i s t o l ,   V i s u a l   I n f o r m a t   L a b ,   B r i s t o l   B S 8   1 U B ,   A v o n ,   E n g l a n d ;   [ Q i n ,   Z e n g c h a n g ]   B e i h a n g   U n i v ,   S c h   A u t o m a t   S c i   &   E l e c t   E n g n ,   I n t e l l i g e n t   C o m p   &   M a c h i n e   L e a r n i n g   L a b ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 W a n ,   T   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B e i h a n g   U n i v ,   S c h   B i o m e d   S c i   &   M e d   E n g n ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Q i n ,   Z C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B e i h a n g   U n i v ,   S c h   A u t o m a t   S c i   &   E l e c t   E n g n ,   I n t e l l i g e n t   C o m p   &   M a c h i n e   L e a r n i n g   L a b ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 t a o w a n @ b u a a . e d u . c n ;   z c q i n @ b u a a . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 4 0 1 0 1 2 ,   6 1 3 0 5 0 4 7 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   u n d e r   a w a r d   N o s .   6 1 4 0 1 0 1 2 ,   a n d   6 1 3 0 5 0 4 7 . 	 A c h i m   A ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 7 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 9 3 8 2 4 5 ;   A c h i m   A . ,   2 0 1 0 ,   P   I E E E   E N G   M E D   B I O L ,   P 1 ;   A g n e r   S C ,   2 0 1 1 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 0 - 9 2 9 8 - 1 ;   A k a n s u   A .   N . ,   2 0 1 0 ,   P H Y S   C O M M U N I C A T I O N ,   V 3 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . P H Y C O M . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 1 ;   A l b a r q o u n i   S ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 1 2 0 ;   A n a n t r a s i r i c h a i   N . ,   2 0 1 4 ,   P   I E E E   I N T   C   E L   C O M M ,   P 1 ;   B a s a v a n h a l l y   A N ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 5 3 0 5 ;   C h a n g   H . ,   2 0 1 2 ,   P   I S B I ,   P 6 1 1 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   C i r e s a n   D . ,   2 0 1 3 ,   P   M I C C A I ,   P 4 4 1 ;   D o   M N ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 1 ,   P 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 8 3 . 9 8 2 8 2 2 ;   D r a p e r   N .   R . ,   1 9 9 8 ,   A P P L   R E G R E S S I O N   A N A L ;   E l m o r e   J G ,   2 0 1 5 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 1 3 ,   P 1 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 1 5 . 1 4 0 5 ;   E L S T O N   C W ,   1 9 9 1 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 1 9 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 1 9 9 1 . t b 0 0 2 2 9 . x ;   H i l l   P R ,   2 0 1 5 ,   S I G N A L   P R O C E S S - I M A G E ,   V 3 5 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a g e . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 1 0 ;   T h e   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   f o r   P a t t e r n   R e c o g n i t i o n   ( I C P R ) ,   2 0 1 2 ,   M I T   D E T   B R E A S T   C A N C ;   T h e   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   f o r   P a t t e r n   R e c o g n i t i o n   ( I C P R ) ,   2 0 1 4 ,   D E T   M I T   E V   N U C L   A T   S ;   I r s h a d   H . ,   J   P A T H O L   I N F O R M ,   V 4 ;   I r s h a d   H u m a y u n ,   2 0 1 4 ,   I E E E   R e v   B i o m e d   E n g ,   V 7 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 1 3 . 2 2 9 5 8 0 4 ;   K h a n   A . ,   J   P A T H O L   I N F O R M ,   V 4 ;   K h a n   A M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 1 7 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 4 . 2 3 0 3 2 9 4 ;   K u r c   T ,   2 0 1 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 5 - 0 8 3 1 - 6 ;   L i   C M ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 9 ,   P 3 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 0 . 2 0 6 9 6 9 0 ;   L i u   Y H ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S C I - B A S E L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / a p p 6 0 5 0 1 4 2 ;   L o p e z   C . M . ,   2 0 1 3 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ;   L o z a   A ,   2 0 1 3 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 3 ,   P 1 8 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 2 ;   L o z a   A ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 1 1 4 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c v i u . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 0 2 ;   M a   J . ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C   M E T A S T A S ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 6 1 4 - 5 6 4 7 - 6 _ 1 ;   M a d a b h u s h i   A ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 5 ,   P 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 0 8 ;   M a l l a t   S ,   2 0 0 9 ,   W A V E L E T   T O U R   O F   S I G N A L   P R O C E S S I N G :   T H E   S P A R S E   W A Y ,   P 1 ;   M a l o n   C . D . ,   J   P A T H O L   I N F O R M ,   V 4 ;   T h e   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   M e d i c a l   I m a g e   C o m p u t i i n g   a n d   C o m p u t e r   A s s i s t e d   I n t e r v e n t i o n   ( M I C C A I ) ,   2 0 1 3 ,   A S S   M I T   D E T   A L G   A M I D ;   M i l l e r   M ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 7 ,   P 1 5 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 8 . 9 2 6 1 4 6 ;   M i l l e r   M ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 7 ,   P 1 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 8 . 9 2 6 1 4 7 ;   N a t e g h i   R . ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   J ;   N i k i a s   C .   L . ,   1 9 9 5 ,   S I G N A L   P R O C E S S I N G   A L ;   N i w a s   S . I . ,   2 0 1 0 ,   P   I E E E   C   C O M P   I N T   C O ;   N o l a n   J . P . ,   2 0 0 5 ,   S T A B L E   D I S T R I B U T I O N S ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P o z z o l o   A . ,   2 0 1 3 ,   P   I D E A L ,   P 2 4 ;   R o u x   L . ,   J   P A T H O L   I N F O R M ,   V 2 ;   S e l e s n i c k   I W ,   2 0 0 5 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 2 2 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M S P . 2 0 0 5 . 1 5 5 0 1 9 4 ;   S e n d u r   L ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 5 0 ,   P 2 7 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S P . 2 0 0 2 . 8 0 4 0 9 1 ;   S o m m e r   C ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   P A T T   R E C O G ,   P 2 3 0 6 ;   T a s h k   A ,   2 0 1 3 ,   2 0 1 3   5 T H   C O N F E R E N C E   O N   I N F O R M A T I O N   A N D   K N O W L E D G E   T E C H N O L O G Y   ( I K T ) ,   P 4 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I K T . 2 0 1 3 . 6 6 2 0 1 0 1 ;   T a s h k   A s h k a n ,   2 0 1 4 ,   J   M e d   S i g n a l s   S e n s ,   V 4 ,   P 1 3 9 ;   T e k   F . B . ,   J   P A T H O L   I N F O R M ,   V 4 ;   T r i p a t h i   A S ,   2 0 1 3 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 3 . 6 7 3 8 1 2 6 ;   V A R A N A S I   M K ,   1 9 8 9 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 8 6 ,   P 1 4 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 3 9 8 7 0 0 ;   V e t a   M ,   2 0 1 3 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 0 6 6 2 6 ;   V e t a   M ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 0 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 1 0 ;   V e t a   M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 1 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 4 . 2 3 0 3 8 5 2 ;   W a n   T ,   2 0 1 1 ,   I E T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 5 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / i e t - i p r . 2 0 0 9 . 0 3 0 0 ;   W a n   T . ,   N E U R O C O M P U T   I N   P R E S S ;   W a n   T ,   2 0 1 4 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 2 2 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 4 . 7 0 2 5 4 6 4 ;   W a n   T ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 9 7 9 ,   P 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 4 0 8 8 - 1 _ 7 ;   W a n   T ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   M U L T I M E D I A ,   V 1 1 ,   P 6 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M M . 2 0 0 9 . 2 0 1 7 6 4 0 ;   W a n g   H a i b o ,   2 0 1 4 ,   J   M e d   I m a g i n g   ( B e l l i n g h a m ) ,   V 1 ,   P 0 3 4 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J M I . 1 . 3 . 0 3 4 0 0 3 ;   W a n g   S H ,   2 0 1 5 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 7 ,   P 6 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 7 1 0 6 6 6 3 ;   W e y n   B ,   1 9 9 8 ,   C Y T O M E T R Y ,   V 3 3 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 3 2 0 ( 1 9 9 8 0 9 0 1 ) 3 3 : 1 < 3 2 : : A I D - C Y T O 4 > 3 . 0 . C O ; 2 - D ;   X u   J ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 9 1 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 3 4 ;   Z h a n g   X F ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 6 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 5 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 6 ,   S I M U L - T   S O C   M O D   S I M ,   V 9 2 ,   P 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 3 7 5 4 9 7 1 6 6 6 7 8 3 4 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 1 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 5 4 2 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 2 1 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 4 ;   Z h a n g   Z H ,   2 0 1 6 ,   I E E E   P H O T O N I C S   J ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J P H O T . 2 0 1 6 . 2 6 2 8 2 0 5 	 6 6 	 0 	 0 	 2 	 2 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 9 2 5 - 2 3 1 2 	 1 8 7 2 - 8 2 8 6 	 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 N e u r o c o m p u t i n g 	 M A Y   1 0 	 2 0 1 7 	 2 3 7 	 	 	 	 	 	 2 9 1 	 3 0 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 0 8 	 	 1 3 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E P 4 N H 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 3 5 6 7 0 0 0 2 7 	 	 
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 M a i n z .   I . H .   i s   p a r t l y   f u n d e d   b y   t h e   S w i s s   P l a t f o r m   f o r   A d v a n c e d   S c i e n t i f i c   C o m p u t i n g ,   S w i s s   N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   G r a n t   1 5 6 3 9 8   M S - G W a v e s ,   a n d   t h e   G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   ( M e r c a t o r   F e l l o w s h i p   i n   t h e   C o l l a b o r a t i v e   R e s e a r c h   C e n t e r   1 1 1 4   S c a l i n g   C a s c a d e s   i n   C o m p l e x   S y s t e m s ) . 	 P e r e z - H e r n a n d e z   G ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 1 3 9 ;   B e r r y   M W ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 5 2 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 0 6 ;   B o w m a n   G ,   2 0 1 3 ,   A D V   E X P T   M E D   B I O L ;   B u r n h a m   K P ,   2 0 0 2 ,   M O D E L   S E L E C T I O N   M U L T ;   C o i f m a n   R R ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 7 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 0 3 3 4 1 0 2 ;   D i n g   C ,   2 0 0 6 ,   P   2 1   N A T   C   A R T   I N T ,   V 1 ,   P 3 4 2 ;   D o n o h o   D L ,   2 0 0 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 0 ,   P 5 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 3 1 5 9 6 1 0 0 ;   E l t e r   M ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 4 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 7 8 6 8 6 4 ;   F i o r i n   G ,   2 0 1 3 ,   M O L   P H Y S ,   V 1 1 1 ,   P 3 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 2 6 8 9 7 6 . 2 0 1 3 . 8 1 3 5 9 4 ;   G a r d i n e r   H ,   2 0 0 4 ,   H D B   S T O C H A S T I C A L   M E T ;   G e r b e r   S ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 1 4 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 1 0 4 0 4 1 1 1 ;   H A N S E N   P C ,   1 9 9 3 ,   S I A M   J   S C I   C O M P U T ,   V 1 4 ,   P 1 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 0 9 1 4 0 8 6 ;   H o f m a n n   T ,   1 9 9 9 ,   S I G I R ' 9 9 :   P R O C E E D I N G S   O F   2 2 N D   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   R E S E A R C H   A N D   D E V E L O P M E N T   I N   I N F O R M A T I O N   R E T R I E V A L ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 3 1 2 6 2 4 . 3 1 2 6 4 9 ;   H o f m a n n   T ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 2 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 7 6 1 7 0 0 5 9 5 0 ;   H O L L A N D   P W ,   1 9 8 6 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 8 1 ,   P 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 9 0 6 4 ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   L i n d o r f f - L a r s e n   K ,   2 0 1 0 ,   P R O T E I N S ,   V 7 8 ,   P 1 9 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 2 7 1 1 ;   L i o u   C Y ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 3 9 ,   P 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 5 5 ;   N o c e d a l   J ,   2 0 0 6 ,   S P R I N G E R   S E R   O P E R   R E ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 0 - 3 8 7 - 4 0 0 6 5 - 5 ;   P r i n z   J H ,   2 0 1 1 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 3 5 6 5 0 3 2 ;   Q i n   G S ,   2 0 0 8 ,   S T A T   M E T H O D S   M E D   R E S ,   V 1 7 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 2 2 8 0 2 0 7 0 8 7 1 7 3 ;   R o b l i t z   S ,   2 0 1 3 ,   A D V   D A T A   A N A L   C L A S S I ,   V 7 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 6 3 4 - 0 1 3 - 0 1 3 4 - 6 ;   S c h m i d   P J ,   2 0 1 0 ,   J   F L U I D   M E C H ,   V 6 5 6 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 2 2 1 1 2 0 1 0 0 0 1 2 1 7 ;   S c h o l k o p f   B ,   1 9 9 7 ,   K E R N E L   P R I N C I P A L   C O M ,   P 5 8 3 ;   S c h u t t e   C ,   2 0 1 3 ,   M E T A S T A B I L I T Y   M A R K O V ;   v o n   L u x b u r g   U ,   2 0 0 7 ,   S T A T   C O M P U T ,   V 1 7 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 2 2 - 0 0 7 - 9 0 3 3 - z ;   W a h b a   G ,   1 9 9 0 ,   S P L I N E   M O D E L S   O B S E R V ;   Z h a o   Y P ,   2 0 1 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 8 ,   P 7 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 0 6 6 4 2 1 0 8 	 2 8 	 0 	 0 	 0 	 0 	 N A T L   A C A D   S C I E N C E S 	 W A S H I N G T O N 	 2 1 0 1   C O N S T I T U T I O N   A V E   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 4 1 8   U S A 	 0 0 2 7 - 8 4 2 4 	 	 	 P   N A T L   A C A D   S C I   U S A 	 P r o c .   N a t l .   A c a d .   S c i .   U .   S .   A . 	 M A Y   9 	 2 0 1 7 	 1 1 4 	 1 9 	 	 	 	 	 4 8 6 3 	 4 8 6 8 	 	 1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 6 1 2 6 1 9 1 1 4 	 	 6 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E U 1 X D 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 8 1 8 4 0 0 0 2 7 	 2 8 4 3 2 1 8 2 	 
 
 J 	 G a n d o m k a r ,   Z ;   T a y ,   K ;   R y d e r ,   W ;   B r e n n a n ,   P C ;   M e l l o - T h o m s ,   C 	 	 	 	 G a n d o m k a r ,   Z i b a ;   T a y ,   K e v i n ;   R y d e r ,   W i l l ;   B r e n n a n ,   P a t r i c k   C . ;   M e l l o - T h o m s ,   C l a u d i a 	 	 	 i C A P :   A n   I n d i v i d u a l i z e d   M o d e l   C o m b i n i n g   G a z e   P a r a m e t e r s   a n d   I m a g e - B a s e d   F e a t u r e s   t o   P r e d i c t   R a d i o l o g i s t s '   D e c i s i o n s   W h i l e   R e a d i n g   M a m m o g r a m s 	 I E E E   T R A N S A C T I O N S   O N   M E D I C A L   I M A G I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t ;   M a m m o g r a p h y ;   C o m p u t e r - a s s i s t e d ;   p e r c e p t i o n 	 F A L S E - P O S I T I V E   R E C A L L ;   D I G I T A L   M A M M O G R A M S ;   C O M P U T E R I Z E D   D E T E C T I O N ;   S C R E E N I N G   M A M M O G R A P H Y ;   B R E A S T   M A S S E S ;   P E R C E P T I O N ;   E D U C A T I O N 	 T h i s   s t u d y   i n t r o d u c e s   a n   i n d i v i d u a l i z e d   t o o l   f o r   i d e n t i f y i n g   m a m m o g r a m   i n t e r p r e t a t i o n   e r r o r s ,   c a l l e d   e y e - C o m p u t e r   A s s i s t e d   P e r c e p t i o n   ( i C A P ) .   i C A P   c o n s i s t s   o f   t w o   m o d u l e s ,   o n e   w h i c h   p r o c e s s e s   a r e a s   m a r k e d   b y   r a d i o l o g i s t s   a s   s u s p i c i o u s   f o r   c a n c e r   a n d   c l a s s i f i e s   t h e s e   a s   F a l s e   P o s i t i v e   (   F P )   o r   T r u e   P o s i t i v e   ( T P )   d e c i s i o n s ,   w h i l e   t h e   s e c o n d   m o d u l e   c l a s s i f i e s   f i x a t e d   b u t   n o t   m a r k e d   l o c a t i o n s   a s   F a l s e   N e g a t i v e   ( F N )   o r   T r u e - N e g a t i v e   ( T N )   d e c i s i o n s .   i C A P   r e l i e s   o n   b o t h   r a d i o l o g i s t s '   g a z e - r e l a t e d   p a r a m e t e r s ,   e x t r a c t e d   f r o m   e y e   t r a c k i n g   d a t a ,   a n d   i m a g e - b a s e d   f e a t u r e s .   I n   o r d e r   t o   e v a l u a t e   i C A P ,   e y e   t r a c k i n g   d a t a   f r o m   e i g h t   b r e a s t   r a d i o l o g i s t s   r e a d i n g   1 2 0   t w o - v i e w   d i g i t a l   m a m m o g r a m s   w e r e   c o l l e c t e d .   F i f t y - n i n e   c a s e s   h a d   b i o p s y   p r o v e n   c a n c e r .   F o r   e a c h r a d i o l o g i s t ,   a   u s e r - s p e c i f i c   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   m o d e l   w a s   b u i l t   t o   c l a s s i f y   t h e   r a d i o l o g i s t ' s   r e p o r t e d   a r e a s   a s   T P s   o r   F P s   a n d   f i x a t e d   l o c a t i o n s   a s   T N s   o r   F N s .   T h e   p e r f o r m a n c e s   o f   t h e   c l a s s i f i e r s   w e r e   e v a l u a t e d   b y   u t i l i z i n g   l e a v e - o n e - o u t   c r o s s   v a l i d a t i o n .   i C A P   w a s   t e s t e d   r e t r o s p e c t i v e l y   i n   a   s i m u l a t e d   s c e n a r i o   i n   w h i c h   i t   w a s   a s s u m e d   t h a t   t h e   r a d i o l o g i s t s   w o u l d   a c c e p t   a l l   i C A P   d e c i s i o n s .   U s i n g   i C A P   l e d   t o   a n   a v e r a g e   i n c r e a s e   o f   1 2 % + / -   6 %   i n   t h e   n u m b e r   o f   c o r r e c t l y   l o c a l i z e d   c a n c e r   a n d   a n   a v e r a g e   d e c r e a s e   o f   4 4 . 5 % + / -   2 2 . 7 %   i n   t h e   n u m b e r   o f   F P s   p e r   i m a g e . 	 [ G a n d o m k a r ,   Z i b a ]   U n i v   S y d n e y ,   S y d n e y ,   N S W   2 0 5 0 ,   A u s t r a l i a ;   [ T a y ,   K e v i n ]   P r i n c e   W a l e s   H o s p   &   C o m m u n i t y   H l t h   S e r v ,   D e p t   M e d   I m a g i n g ,   R a n d w i c k ,   N S W   2 0 3 1 ,   A u s t r a l i a ;   [ R y d e r ,   W i l l ;   B r e n n a n ,   P a t r i c k   C . ;   M e l l o - T h o m s ,   C l a u d i a ]   U n i v   S y d n e y ,   S y d n e y ,   N S W   2 0 0 6 ,   A u s t r a l i a 	 G a n d o m k a r ,   Z   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S y d n e y ,   S y d n e y ,   N S W   2 0 5 0 ,   A u s t r a l i a . 	 	 	 	 	 	 B r a k e   G M T ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 8 ,   P 6 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 7 9 0 4 6 2 ;   B r o d e r s e n   J ,   2 0 1 3 ,   A N N   F A M   M E D ,   V 1 1 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 0 / a f m . 1 4 6 6 ;   C h a p e l l e   O ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 5 0 3 2 7 3 8 7 ;   C h e n   Z . ,   2 0 1 0 ,   P R O G R A M M E R               M A Y ,   P 7 1 ;   G a n d o m k a r   Z . ,   2 0 1 6 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 9 7 8 7 ;   G u r   D ,   2 0 0 8 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 9 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 9 1 0 7 2 0 2 5 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H o f v i n d   S ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R ,   V 1 0 1 ,   P 1 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 0 5 2 8 ;   H u b b a r d   R A ,   2 0 1 1 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 5 5 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / 0 0 0 3 - 4 8 1 9 - 1 5 5 - 8 - 2 0 1 1 1 0 1 8 0 - 0 0 0 0 4 ;   H u m p h r e y   L L ,   2 0 0 2 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 3 7 ,   P 3 4 7 ;   K E G E L M E Y E R   W P ,   1 9 9 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 9 1 ,   P 3 3 1 ;   K o b a t a k e   H . ,   1 9 9 6 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   1 3 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   P a t t e r n   R e c o g n i t i o n ,   P 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 1 9 9 6 . 5 4 6 8 4 6 ;   K o b a t a k e   H ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 8 ,   P 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 7 7 4 1 6 4 ;   K r u p i n s k i   E A ,   1 9 9 8 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 0 9 ,   P 6 1 1 ;   K r u p i n s k i   E A ,   2 0 0 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 3 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 5 3 1 0 9 0 2 3 7 ;   K U N D E L   H L ,   1 9 8 9 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 2 4 ,   P 4 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 4 4 2 4 - 1 9 8 9 0 6 0 0 0 - 0 0 0 1 2 ;   K U N D E L   H L ,   1 9 9 0 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 8 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 4 4 2 4 - 1 9 9 0 0 8 0 0 0 - 0 0 0 0 4 ;   L i   H ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 4 ,   P 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 4 . 1 3 2 1 ;   M a z u r o w s k i   M A ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 3 0 1 5 7 5 ;   M e l l o - T h o m s   C ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 2 ,   P 1 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 3 . 8 1 7 7 8 4 ;   M e n d e z   A J ,   1 9 9 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 5 ,   P 9 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 8 2 7 4 ;   N i s h i k a w a   R A ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 9 ;   N O D I N E   C F ,   1 9 9 4 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 2 1 6 6 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 1 7 1 7 4 9 ;   R a n g a y y a n   R M ,   2 0 1 0 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 9 - 9 2 3 8 - 0 ;   t e   B r a k e   G M ,   2 0 0 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 5 ,   P 2 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 5 / 1 0 / 3 0 8 ;   T e r a d a   T . ,   2 0 1 0 ,   P   I N T   S   C O M M   I N F   T E C ,   P 1 1 7 6 ;   T o u r a s s i   G ,   2 0 1 3 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 0 ,   P 1 0 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 2 - 0 0 1 5 0 3 ;   V a r e l a   C ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 7 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 5 . 1 2 . 0 0 6 ;   V o i s i n   S ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 2 0 5 3 6 ;   W o l f e   J M ,   2 0 0 7 ,   J   E X P   P S Y C H O L   G E N ,   V 1 3 6 ,   P 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 0 0 9 6 - 3 4 4 5 . 1 3 6 . 4 . 6 2 3 ;   W o l f e   J M ,   2 0 1 0 ,   C U R R   B I O L ,   V 2 0 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 6 6 ;   Y a n k a s k a s   B C ,   2 0 0 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 4 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 4 2 0 4 0 0 4 8 ;   Z h a n g   J ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 5 4 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 7 	 3 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 0 2 7 8 - 0 0 6 2 	 1 5 5 8 - 2 5 4 X 	 	 I E E E   T   M E D   I M A G I N G 	 I E E E   T r a n s .   M e d .   I m a g i n g 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 3 6 	 5 	 	 	 	 	 1 0 6 6 	 1 0 7 5 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 6 4 5 8 8 1 	 	 1 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E U 2 O V 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 8 6 9 7 0 0 0 0 3 	 2 8 0 5 5 8 5 8 	 
 
 J 	 M a t t h e w s ,   T P ;   W a n g ,   K ;   L i ,   C P ;   D u r i c ,   N ;   A n a s t a s i o ,   M A 	 	 	 	 M a t t h e w s ,   T h o m a s   P . ;   W a n g ,   K u n ;   L i ,   C u i p i n g ;   D u r i c ,   N e b ;   A n a s t a s i o ,   M a r k   A . 	 	 	 R e g u l a r i z e d   D u a l   A v e r a g i n g   I m a g e   R e c o n s t r u c t i o n   f o r   F u l l - W a v e   U l t r a s o u n d   C o m p u t e d   T o m o g r a p h y 	 I E E E   T R A N S A C T I O N S   O N   U L T R A S O N I C S   F E R R O E L E C T R I C S   A N D   F R E Q U E N C Y   C O N T R O L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 I m a g e   r e c o n s t r u c t i o n ;   s o u n d   s p e e d   i m a g i n g ;   u l t r a s o u n d   c o m p u t e d   t o m o g r a p h y   ( U S C T ) ;   w a v e f o r m   i n v e r s i o n 	 I N V E R S E   S C A T T E R I N G ;   R I N G   T R A N S D U C E R ;   S P A C E   M E T H O D ;   B R E A S T ;   P R O P A G A T I O N ;   A L G O R I T H M ;   T I S S U E 	 U l t r a s o u n d   c o m p u t e d   t o m o g r a p h y   ( U S C T )   h o l d s   g r e a t   p r o m i s e   f o r   b r e a s t   c a n c e r   s c r e e n i n g .   W a v e f o r m   i n v e r s i o n - b a s e d   i m a g e   r e c o n s t r u c t i o n   m e t h o d s   a c c o u n t   f o r   h i g h e r   o r d e r   d i f f r a c t i o n   e f f e c t s   a n d   c a n   p r o d u c e   h i g h - r e s o l u t i o n   U S C T   i m a g e s ,   b u t   a r e   c o m p u t a t i o n a l l y   d e m a n d i n g .   R e c e n t l y ,   a   s o u r c e   e n c o d i n g   t e c h n i q u e   h a s   b e e n   c o m b i n e d   w i t h   s t o c h a s t i c   g r a d i e n t   d e s c e n t   ( S G D )   t o   g r e a t l y   r e d u c e   i m a g e   r e c o n s t r u c t i o n   t i m e s .   H o w e v e r ,   t h i s   m e t h o d   b u n d l e s   t h e   s t o c h a s t i c   d a t a   f i d e l i t y   t e r m   w i t h   t h e  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 a v e r a g i n g   m e t h o d   c a n   p r o d u c e   i m a g e s   w i t h   l e s s   n o i s e   a n d   c o m p a r a b l e   r e s o l u t i o n   t o   t h o s e   o b t a i n e d   b y   t h e   u s e   o f   S G D . 	 [ M a t t h e w s ,   T h o m a s   P . ;   W a n g ,   K u n ;   A n a s t a s i o ,   M a r k   A . ]   W a s h i n g t o n   U n i v ,   S c h   E n g n   &   A p p l   S c i ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   S t   L o u i s ,   M O   6 3 1 3 0   U S A ;   [ L i ,   C u i p i n g ;   D u r i c ,   N e b ]   D e l p h i n u s   M e d   T e c h n o l ,   P l y m o u t h ,   M I   4 8 1 7 0   U S A ;   [ D u r i c ,   N e b ]   W a y n e   S t a t e   U n i v ,   K a r m a n o s   C a n c   I n s t ,   D e t r o i t ,   M I   4 8 2 0 1   U S A 	 A n a s t a s i o ,   M A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   W a s h i n g t o n   U n i v ,   S c h   E n g n   &   A p p l   S c i ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   S t   L o u i s ,   M O   6 3 1 3 0   U S A . 	 a n a s t a s i o @ w u s t l . e d u 	 	 	 N I H   [ 1 S 1 0 R R 0 2 2 9 8 4 - 0 1 A 1 ,   1 S 1 0 O D 0 1 8 0 9 1 - 0 1 ,   C A 1 7 4 4 6 0 1 ,   E B 0 1 6 9 6 3 0 1 ] ;   N S F   [ D M S 1 6 1 4 3 0 5 ] 	 C o m p u t a t i o n s   w e r e   p e r f o r m e d   u s i n g   t h e   f a c i l i t i e s   o f   t h e   W a s h i n g t o n   U n i v e r s i t y   C e n t e r   f o r   H i g h   P e r f o r m a n c e   C o m p u t i n g ,   w h i c h   w e r e   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   N I H   G r a n t   1 S 1 0 R R 0 2 2 9 8 4 - 0 1 A 1   a n d   G r a n t   1 S 1 0 O D 0 1 8 0 9 1 - 0 1 .   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   N I H   a w a r d s   C A 1 7 4 4 6 0 1   a n d   E B 0 1 6 9 6 3 0 1   a n d   i n   p a r t   b y   N S F   a w a r d   D M S 1 6 1 4 3 0 5 . 	 A b d u l l a h   H ,   1 9 9 9 ,   I N V E R S E   P R O B L ,   V 1 5 ,   P 1 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 2 6 6 - 5 6 1 1 / 1 5 / 5 / 3 0 7 ;   A n d r e   M P ,   1 9 9 7 ,   I N T   J   I M A G   S Y S T   T E C H ,   V 8 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 8 - 1 0 9 8 ( 1 9 9 7 ) 8 : 1 < 1 3 7 : : A I D - I M A 1 5 > 3 . 3 . C O ; 2 - 1 ;   A n i s   F ,   2 0 1 4 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 9 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 4 2 6 3 6 ;   B a r a n i u k   R G ,   2 0 0 7 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 2 4 ,   P 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M S P . 2 0 0 7 . 9 0 . 9 7 1 8 ;   B a r r e t t   H .   H . ,   2 0 0 4 ,   W I L E Y   S E R I E S   P U R E   A P ;   B e c k   A ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 8 ,   P 2 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 9 . 2 0 2 8 2 5 0 ;   B i a n   J G ,   2 0 1 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 5 ,   P 6 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 5 / 2 2 / 0 0 1 ;   C A R S O N   P L ,   1 9 8 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 1 4 ,   P 1 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 7 3 0 2 5 8 5 ;   C h a m b o l l e   A ,   2 0 0 4 ,   J   M A T H   I M A G I N G   V I S ,   V 2 0 ,   P 8 9 ;   C h a m b o l l e   A . ,   2 0 1 0 ,   T H E O R E T I C A L   F D N   N U M E ,   P 2 6 3 ;   C o l t o n   D . ,   2 0 1 3 ,   I N V E R S E   A C O U S T I C   E L E ;   C o l t o n   D .   L . ,   1 9 9 8 ,   I N V E R S E   A C O U S T I C   E L E ,   V 9 3 ;   D u r i c   N . ,   2 0 1 4 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 1 3 5 ,   P 2 1 5 5 ;   D u r i c   N . ,   2 0 1 0 ,   E M E R G I N G   I M A G I N G   T E C ,   P 1 6 7 ;   D u r i c   N ,   2 0 1 4 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 0 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 4 3 7 6 8 ;   D u r i c   N ,   2 0 1 3 ,   I E E E   I N T   U L T R A   S Y M ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / U L T S Y M . 2 0 1 3 . 0 0 9 9 ;   D u r i c   N ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 4 3 2 1 6 1 ;   G a l a s s i   M . ,   G N U   S C I   L I B   R E F E R E N C ;   G e m m e k e   H . ,   2 0 1 6 ,   P   I E E E   I N T   U L T R   S   I U ,   P 1 ;   G r e e n l e a f   J .   F . ,   1 9 7 7 ,   P   I E E E   U L T R   S ,   P 9 8 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / U L T S Y M . 1 9 7 7 . 1 9 6 9 8 5 ;   H e s f o r d   A J ,   2 0 1 0 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 1 2 8 ,   P 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 3 4 5 8 8 5 6 ;   H o r m a t i   A ,   2 0 1 0 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 7 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 8 4 4 6 9 3 ;   H u t h w a i t e   P ,   2 0 1 1 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 1 3 0 ,   P 1 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 3 6 1 3 9 3 6 ;   K o l b   T M ,   2 0 0 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 5 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 5 1 0 1 1 6 6 7 ;   K r e b s   J R ,   2 0 0 9 ,   G E O P H Y S I C S ,   V 7 4 ,   p W C C 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 0 / 1 . 3 2 3 0 5 0 2 ;   L a v a r e l l o   R ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   U L T R A S O N   F E R R ,   V 5 7 ,   P 2 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T U F F C . 2 0 1 0 . 1 7 1 3 ;   L a v a r e l l o   R J ,   2 0 0 9 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 1 2 5 ,   P 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 3 0 5 0 2 4 9 ;   L i   C P ,   2 0 0 8 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 6 9 2 0 ,   P 9 2 0 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 7 7 1 4 3 6 ;   L i   C P ,   2 0 0 9 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 5 ,   P 1 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 1 1 ;   M a l l a t   S .   G . ,   2 0 0 9 ,   W A V E L E T   T O U R   S I G N A L ;   M a n o h a r   S ,   2 0 0 7 ,   A P P L   P H Y S   L E T T ,   V 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 2 7 8 9 6 8 9 ;   M a s t   T D ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   U L T R A S O N   F E R R ,   V 4 8 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 8 . 9 1 1 7 1 7 ;   M u l d e r   W .   A . ,   2 0 0 2 ,   P   6 4   E A G E   C   E X H   M A Y ,   P 1 ;   N e s t e r o v   Y ,   2 0 0 9 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 1 2 0 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 7 - 0 0 7 - 0 1 4 9 - x ;   N O R T O N   S J ,   1 9 8 2 ,   U L T R A S O N I C   I M A G I N G ,   V 4 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 1 - 7 3 4 6 ( 8 2 ) 9 0 0 0 9 - 8 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 5 ,   P G 0 2 8 2 9 0 0 1   N V I D I A   C O ;   P a r i k h   N . ,   2 0 1 3 ,   P R O X I M A L   A L G O R I T H M S ;   P e r e z - L i v a   M ,   2 0 1 6 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 6 . 7 4 9 3 3 6 5 ;   P r a t t   R .   G . ,   2 0 0 7 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 6 5 1 0 ;   Q u a n   Y L ,   2 0 0 7 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 6 5 1 3 ,   P 5 1 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 7 0 9 6 4 7 ;   R u i t e r   N V ,   2 0 1 1 ,   P R O C   S P I E ,   V 7 9 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 8 7 7 5 2 0 ;   S a n d h u   G Y ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 5 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 1 4 / 5 3 8 1 ;   S a n d h u   G Y S ,   2 0 1 5 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 8 1 2 2 7 ;   S c h r a u d o l p h   N . N . ,   2 0 0 7 ,   P   1 1   I N T   C   A R T   I N T   S ,   V 2 ,   P 4 3 6 ;   S C H R E I M A N   J S ,   1 9 8 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 5 0 ,   P 5 2 3 ;   S t a r c k   J . - L . ,   2 0 1 0 ,   S P A R S E   I M A G E   S I G N A L ;   T a b e i   M ,   2 0 0 2 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 1 1 1 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 1 4 2 1 3 4 4 ;   T r e e b y   B E ,   2 0 1 0 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 3 6 0 3 0 8 ;   v a n   L e e u w e n   T r i s t a n ,   2 0 1 1 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   G e o p h y s i c s ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 1 / 6 8 9 0 4 1 ;   W a n g   K ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   U L T R A S O N   F E R R ,   V 6 2 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T U F F C . 2 0 1 4 . 0 0 6 7 8 8 ;   W i s k i n   J ,   2 0 1 2 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 1 3 1 ,   P 3 8 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 3 6 9 9 2 4 0 ;   X i a   J ,   2 0 1 3 ,   O P T   L E T T ,   V 3 8 ,   P 3 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 3 8 . 0 0 3 1 4 0 ;   X i a o   L ,   2 0 1 0 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 1 ,   P 2 5 4 3 ;   Z a l e v   J ,   2 0 1 2 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 9 1 0 9 6 8 ;   Z h a n g   Z G ,   2 0 1 2 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 9 1 0 9 6 9 ;   S r a   S ,   2 0 1 2 ,   O P T I M I Z A T I O N   F O R   M A C H I N E   L E A R N I N G ,   P 1 ;   J o h n s o n   S .   A . ,   1 9 9 9 ,   U . S .   P a t e n t ,   P a t e n t   N o .   [ 6 0 0 5 9 1 6 ,   6 , 0 0 5 , 9 1 6 ] 	 5 7 	 0 	 0 	 2 	 2 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 0 8 8 5 - 3 0 1 0 	 1 5 2 5 - 8 9 5 5 	 	 I E E E   T   U L T R A S O N   F E R R 	 I E E E   T r a n s .   U l t r a s o n .   F e r r o e l e c t r .   F r e q .   C o n t r o l 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 6 4 	 5 	 	 	 	 	 8 1 1 	 8 2 5 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / T U F F C . 2 0 1 7 . 2 6 8 2 0 6 1 	 	 1 5 	 A c o u s t i c s ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 A c o u s t i c s ;   E n g i n e e r i n g 	 E T 7 H N 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 4 6 5 9 0 0 0 0 4 	 2 8 3 2 0 6 5 7 	 
 
 J 	 T a k a h a s h i ,   R ;   K a j i k a w a ,   Y 	 	 	 	 T a k a h a s h i ,   R y o h e i ;   K a j i k a w a ,   Y u y a 	 	 	 C o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s :   A   s u r v e y   w i t h   b i b l i o m e t r i c   a n a l y s i s 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   M E D I C A L   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 C o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s ;   C A D ;   C i t a t i o n   n e t w o r k   a n a l y s i s ;   B i b l i o m e t r i c   a n a l y s i 	 D E C I S I O N - S U P P O R T - S Y S T E M S ;   A R T I F I C I A L   N E U R A L - N E T W O R K S ;   O P T I C A L   C O H E R E N C E   T O M O G R A P H Y ;   D E N T A L   P A N O R A M I C   R A D I O G R A P H S ;   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   L I T E R A T U R E - B A S E D   D I S C O V E R Y ;   B R E A S T   U L T R A S O U N D   I M A G E S ;   P I G M E N T E D   S K I N - L E S I O N S ;   H E L I C A L   C T   I M A G E S ;   A L Z H E I M E R S - D I S E A S E 	 C o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s   ( C A D )   h a s   b e e n   a   p r o m i s i n g   a r e a   o f   r e s e a r c h   o v e r   t h e   l a s t   t w o   d e c a d e s .   H o w e v e r ,   C A D   i s   a   v e r y   c o m p l i c a t e d   s u b j e c t   b e c a u s e   i t   i n v o l v e s   a   n u m b e r   o f   m e d i c i n e   a n d   e n g i n e e r i n g - r e l a t e d   f i e l d s .   T o   d e v e l o p   a   r e s e a r c h   o v e r v i e w   o f   C A D ,   w e   c o n d u c t e d   a   l i t e r a t u r e   s u r v e y   w i t h   b i b l i o m e t r i c   a n a l y s i s ,   w h i c h   w e   r e p o r t   h e r e .   O u r   s t u d y   d e t e r m i n e d   t h a t   C A D   r e s e a r c h   h a s   b e e n   c l a s s i f i e d   a n d   c a t e g o r i z e d   a c c o r d i n g   t o   d i s e a s e   t y p e   a n d   i m a g i n g   m o d a l i t y .   T h i s  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 J a p a n . 	 t a k a h a s h i . r . a y @ m . t i t e c h . a c . j p 	 	 	 S c i e n c e   f o r   R E - d e s i g n i n g   S c i e n c e ,   T e c h n o l o g y ,   a n d   I n n o v a t i o n   P o l i c y   ( S c i R E X ) ;   R e s e a r c h   I n s t i t u t e   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   f o r   S o c i e t y   ( R I S T E X ) ;   J a p a n   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   A g e n c y   ( J S T ) 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   S c i e n c e   f o r   R E - d e s i g n i n g   S c i e n c e ,   T e c h n o l o g y ,   a n d   I n n o v a t i o n   P o l i c y   ( S c i R E X ) ,   t h e   R e s e a r c h   I n s t i t u t e   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   f o r   S o c i e t y   ( R I S T E X ) ,   a n d   t h e   J a p a n   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   A g e n c y   ( J S T ) . 	 A c h a r y a   U R ,   2 0 1 5 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 7 5 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 2 1 ;   A d a i   A T ,   2 0 0 4 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 4 0 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 0 4 . 0 4 . 0 4 7 ;   M e i n e l   L A ,   2 0 0 7 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 0 7 9 4 ;   A r i f i n   A Z ,   2 0 0 6 ,   O S T E O P O R O S I S   I N T ,   V 1 7 ,   P 7 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 9 8 - 0 0 5 - 0 0 4 5 - 2 ;   A r i k i d i s   N ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 5 8 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 3 0 2 4 6 ;   A r m a t o   S G ,   1 9 9 9 ,   R A D I O G R A P H I C S ,   V 1 9 ,   P 1 3 0 3 ;   A r m a t o   S G ,   2 0 0 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 8 ,   P 1 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 3 8 7 2 7 2 ;   A w a i   K ,   2 0 0 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 0 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 0 2 0 3 0 0 4 9 ;   B a r t h o l m a i   B J ,   2 0 1 5 ,   J   T H O R A C   I M A G ,   V 3 0 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R T I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 7 ;   B e h e s h t i   I ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 4 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 0 6 ;   B o n a n n o   L ,   2 0 1 5 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 4 1 ,   P 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 4 ;   B r a h i m   A ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 7 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 3 0 ;   B u r h e n n e   L J W ,   2 0 0 0 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 1 5 ,   P 5 5 4 ;   B u r r o n i   M ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 8 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 3 - 0 0 3 9 ;   C a i   L Y ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   E N G   O N L I N E ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 3 8 - 0 1 5 - 0 0 2 2 - 8 ;   C e l a y a - P a d i l l a   J . ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 5 ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 8 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 4 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 0 8 . 0 0 3 0 1 . x ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 7 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 3 ,   P 4 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 0 7 . 0 0 2 5 1 . x ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 3 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 0 2 ;   C H A N   H P ,   1 9 9 0 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 1 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 4 4 2 4 - 1 9 9 0 1 0 0 0 0 - 0 0 0 0 6 ;   C h a n   H P ,   1 9 9 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 1 2 ,   P 8 1 7 ;   C h a n   T ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 1 0 ;   C h a n g   R F ,   2 0 0 5 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 8 9 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 4 - 2 0 4 3 - z ;   C h a n g   W Y ,   2 0 1 5 ,   B M J   O P E N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j o p e n - 2 0 1 5 - 0 0 7 8 2 3 ;   C h a v e s   R ,   2 0 0 9 ,   N E U R O S C I   L E T T ,   V 4 6 1 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u l e t . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 5 2 ;   C h e n   C M ,   2 0 0 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 6 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 6 2 0 1 1 8 4 3 ;   C h e n   D R ,   2 0 0 2 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 2 8 ,   P 1 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 0 2 ) 0 0 6 2 0 - 8 ;   C h e n   D R ,   1 9 9 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 1 3 ,   P 4 0 7 ;   C h e n   W J ,   2 0 0 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 1 ,   P 1 0 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 6 9 5 6 5 2 ;   C h e n   Y ,   2 0 0 8 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 6 ,   P 2 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 6 . 0 0 2 4 6 9 ;   C h e n g   H D ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 1 2 ;   D a s   A ,   2 0 0 8 ,   G A S T R O I N T E S T   E N D O S C ,   V 6 7 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g i e . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 3 6 ;   D h e e b a   J . ,   2 0 1 5 ,   R E S E A R C H G A T E ,   V 5 7 5 ,   P 3 9 7 ;   D o i   K ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 2 ;   D r u k k e r   K ,   2 0 0 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 9 ,   P 1 4 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 4 8 5 9 9 5 ;   D u g g a n   N . ,   2 0 1 5 ,   R E S E A R C H G A T E ,   P 4 7 8 ;   E l t e r   M ,   2 0 0 9 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 6 ,   P 2 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 1 2 1 5 1 1 ;   F r e e r   T W ,   2 0 0 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 0 ,   P 7 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 0 3 0 0 1 2 8 2 ;   G i g e r   M L ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 5 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 0 1 3 5 5 5 ;   G I G E R   M L ,   1 9 8 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 1 5 ,   P 1 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 6 2 4 7 ;   G I G E R   M L ,   1 9 9 4 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 2 9 ,   P 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 4 4 2 4 - 1 9 9 4 0 4 0 0 0 - 0 0 0 1 3 ;   G i g e r   M L ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 1 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 1 . 9 7 4 9 1 5 ;   G o k t u r k   S B ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 1 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 9 7 4 9 2 0 ;   F l o r e s   W G ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 8 ,   P 1 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 6 ;   G o r d o n   M D ,   1 9 9 8 ,   J   A M   S O C   I N F O R M   S C I ,   V 4 9 ,   P 6 7 4 ;   G r a n a   M ,   2 0 1 1 ,   N E U R O S C I   L E T T ,   V 5 0 2 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u l e t . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 4 9 ;   G u o   L Y ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   I N D ,   V 6 9 ,   P 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p i n d . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 5 ;   G u r c a n   M N ,   2 0 0 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 9 ,   P 2 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 5 1 5 7 6 2 ;   H a m b r o c k   T ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 6 ,   P 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 1 1 6 3 4 ;   H a n   H ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 9 ,   P 6 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 4 . 2 3 2 8 8 7 0 ;   H e l b r e n   E ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 1 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 4 - 3 5 6 9 - z ;   H o e k s   C M A ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 1 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 1 0 9 1 8 2 2 ;   H o f f m a n n   K ,   2 0 0 3 ,   B R I T   J   D E R M A T O L ,   V 1 4 9 ,   P 8 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 1 3 3 . 2 0 0 3 . 0 5 5 4 7 . x ;   H o r i   M ,   2 0 1 5 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 2 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 1 ;   H o r i b a   K . ,   2 0 1 5 ,   S P I E   P ,   V 9 4 1 4 ;   H u a n g   P W ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 1 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 9 . 2 0 1 2 7 0 4 ;   H u n t   D L ,   1 9 9 8 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 0 ,   P 1 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 0 . 1 5 . 1 3 3 9 ;   I l l a n   I A ,   2 0 1 1 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 1 ,   P 2 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 1 9 ;   I l l a n   I A ,   2 0 1 1 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 8 1 ,   P 9 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 2 7 ;   I t t i p a n u v a t   V ,   2 0 1 4 ,   J   E N G   T E C H N O L   M A N A G E ,   V 3 2 ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e n g t e c m a n . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 6 ;   I y a t o m i   H ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 2 ,   P 5 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 0 5 ;   J i a n g   Y . ,   1 9 9 0 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 9 8 ,   P 6 7 1 ;   J i a n g   Y L ,   1 9 9 9 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 6 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 7 6 - 6 3 3 2 ( 9 9 ) 8 0 0 5 8 - 0 ;   J o o   S ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 1 2 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 4 . 8 3 4 6 1 7 ;   J o r r i t s m a   W ,   2 0 1 5 ,   C L I N   R A D I O L ,   V 7 0 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c r a d . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 1 7 ;   K a j i k a w a   Y ,   2 0 0 8 ,   T E C H N O L   F O R E C A S T   S O C ,   V 7 5 ,   P 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t e c h f o r e . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 0 5 ;   K a j i k a w a   Y ,   2 0 0 8 ,   T E C H N O L   F O R E C A S T   S O C ,   V 7 5 ,   P 1 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t e c h f o r e . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 7 ;   K a n a z a w a   K ,   1 9 9 8 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 2 2 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 5 - 6 1 1 1 ( 9 8 ) 0 0 0 1 7 - 2 ;   K a o   E F ,   2 0 1 5 ,   A C T A   R A D I O L ,   V 5 6 ,   P 6 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 2 8 4 1 8 5 1 1 4 5 3 8 0 1 7 ;   K a p l a n   B ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   M E D   I N F O R M ,   V 6 4 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 8 6 - 5 0 5 6 ( 0 1 ) 0 0 1 8 3 - 6 ;   K a v i t h a   M S ,   2 0 1 2 ,   B M C   M E D   I M A G I N G ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 3 4 2 - 1 2 - 1 ;   K a v i t h a   M S ,   2 0 1 5 ,   O R   S U R G   O R   M E D   O R   P A ,   V 1 1 9 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o o o o . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 9 ;   K E G E L M E Y E R   W P ,   1 9 9 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 9 1 ,   P 3 3 1 ;   K h e d h e r   L ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 5 1 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 7 2 ;   K h e d h e r   L . ,   2 0 1 5 ,   A R T I F I C I A L   C O M P U T A T I ,   P 7 8 ;   K i s s   G ,   2 0 0 2 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 2 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 0 1 0 1 0 4 0 ;   K o b a y a s h i   T ,   1 9 9 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 9 9 ,   P 8 4 3 ;   K o i z u m i   M ,   2 0 1 5 ,   A N N   N U C L   M E D ,   V 2 9 ,   P 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 1 4 9 - 0 1 4 - 0 9 2 1 - y ;   K o r o t k o v   K ,   2 0 1 2 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 6 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 2 ;   K o s t o f f   R N ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   E N G   M A N A G E ,   V 4 8 ,   P 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 1 7 . 9 2 2 4 7 3 ;   K u m a r   S S ,   2 0 1 3 ,   S I G N A L   I M A G E   V I D E O   P ,   V 7 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 6 0 - 0 1 1 - 0 2 2 3 - y ;   L e e   E S ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 4 ,   P 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 3 1 ;   L e e   T . K . ,   2 0 1 4 ,   T R E E   S T R U C T U R E   M O D E L ;   L e e   Y ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 9 3 2 7 4 4 ;   L e h m a n   C D ,   2 0 1 5 ,   J A M A   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 5 ,   P 1 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a i n t e r n m e d . 2 0 1 5 . 5 2 3 1 ;   L i m   S . - J . ,   2 0 0 4 ,   R E S E A R C H G A T E ;   L i m   S .   J . ,   2 0 0 6 ,   R E S E A R C H G A T E ,   V 1 7 ,   P 8 6 0 ;   L i n   D T ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 0 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 5 . 8 5 5 5 6 1 ;   L i u   B ,   2 0 1 5 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 2 6 0 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 2 2 3 9 - 0 _ 1 2 ;   L i u   J F ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 9 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 5 ;   L i u   X M ,   2 0 1 5 ,   E U R A S I P   J   A D V   S I G   P R ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 6 3 4 - 0 1 5 - 0 2 4 9 - 3 ;   L i u   X M ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 5 2 ,   P 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 4 0 ;   L o   C M ,   2 0 1 5 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 4 1 ,   P 2 0 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 3 ;   L o p e z   M ,   2 0 1 1 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 4 ,   P 1 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 2 5 ;   L o p e z   M M ,   2 0 0 9 ,   N E U R O S C I   L E T T ,   V 4 6 4 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u l e t . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 6 1 ;   M a n s o o r   A ,   2 0 1 5 ,   R A D I O G R A P H I C S ,   V 3 5 ,   P 1 0 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r g . 2 0 1 5 1 4 0 2 3 2 ;   M e r i d a   A .   G u b e r n ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 0 ,   P 2 6 5 ;   M I L L E R   R A ,   1 9 9 4 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 ,   P 8 ;   M o l l e r s e n   K . ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 5 ;   M o o k i a h   M R K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 6 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 1 2 ;   M o o k i a h   M R K ,   2 0 1 5 ,   J   M E C H   M E D   B I O L ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 5 1 9 4 1 5 5 0 0 4 5 1 ;   M o o n   W K ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 3 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 1 1 2 3 ;   M o o n   W K ,   2 0 1 1 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 7 ,   P 7 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 3 ;   M o t a i   Y . ,   2 0 1 5 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 6 ;   M u l l e r   H ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   M E D   I N F O R M ,   V 7 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m e d i n f . 2 0 0 3 . 1 1 . 0 2 4 ;   M u r c i a   F . J .   M a r t i n e z ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 9 ,   P 9 6 7 6 ;   N a k a z a w a   T ,   2 0 0 7 ,   G A S T R O I N T E S T   E N D O S C ,   V 6 5 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g i e . 2 0 0 6 . 0 3 . 9 2 9 ;   N a s i r u d i n   R . A . ,   2 0 1 5 ,   P   S P I E   I N T   S O C   O P T   E ,   V 9 4 1 2 ;   N e w m a n   M E J ,   2 0 0 4 ,   P H Y S   R E V   E ,   V 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v E . 6 9 . 0 6 6 1 3 3 ;   N g   K . H . ,   2 0 1 5 ,   R E S E A R C H G A T E ,   V 5 ;   N i a f   E ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 3 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 2 / 3 8 3 3 ;   N i e m e i j e r   M ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 5 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 5 . 8 4 3 7 3 8 ;   N i t h y a   R ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 4 4 1 ;   O l o u m i   F ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 6 ,   P 3 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 9 ;   O z k a n   M ,   2 0 1 6 ,   E N D O S C   U L T R A S O U N D ,   V 5 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 3 0 3 - 9 0 2 7 . 1 8 0 4 7 3 ;   P a k   F ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 2 2 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 9 ;   P e n g   Y H ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 7 ,   P 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 1 4 5 4 ;   P l u m b   A A ,   2 0 1 5 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 2 0 5 ,   p W 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 4 . 1 4 0 9 3 ;   P r a b u s a n k a r l   K M ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 4 ,   P 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 4 . 1 2 6 9 ;   Q i   X ,   2 0 0 6 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 3 3 7 3 1 4 ;   R a m i r e z   J ,   2 0 1 0 ,   N E U R O S C I   L E T T ,   V 4 7 2 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u l e t . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 5 6 ;   R o d r i g u e s   R ,   2 0 1 5 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 4 1 ,   P 1 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 1 2 ;   R u b i n   G D ,   2 0 1 5 ,   J   T H O R A C   I M A G ,   V 3 0 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R T I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 ;   S a u g e o n a   P .   S c h m i d ,   2 0 0 3 ,   C O M P U T E R I Z E D   M E D   I M A ,   V 2 7 ,   P 6 5 ;   S a x e n a   P ,   1 9 9 8 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 1 4 9 6 ,   P 6 2 3 ;   S c h e i p e r s   U ,   2 0 0 3 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 2 9 ,   P 1 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 0 3 ) 0 0 0 6 2 - 0 ;   S e g o v i a   F ,   2 0 1 2 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 5 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 5 0 ;   S e t h i   G ,   2 0 1 5 ,   A U S T R A L A S   P H Y S   E N G   S ,   V 3 8 ,   P 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 4 6 - 0 1 5 - 0 3 8 9 - 7 ;   S h a r m a   S ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 4 - 9 7 1 9 - 7 ;   S h e n   S W ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 5 7 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 8 ;   S h i b a t a   N a o k i ,   2 0 1 1 ,   F o r e s i g h t ,   V 1 3 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 8 / 1 4 6 3 6 6 8 1 1 1 1 1 7 0 2 1 1 ;   S h i b a t a   N ,   2 0 1 1 ,   J   A M   S O C   I N F   S C I   T E C ,   V 6 2 ,   P 1 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a s i . 2 1 4 7 7 ;   S h i b a t a   N ,   2 0 0 9 ,   J   A M   S O C   I N F   S C I   T E C ,   V 6 0 ,   P 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a s i . 2 0 9 9 4 ;   S h i m a u c h i   A ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 2 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 3 6 3 5 - 1 ;   S h i m i z u   K ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 2 ,   P 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 4 . 2 3 4 8 3 2 3 ;   S u m m e r s   R M ,   2 0 0 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 5 ,   P 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 5 2 0 1 1 6 1 9 ;   S u m m e r s   R M ,   2 0 0 5 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 2 9 ,   P 1 8 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 5 . 0 8 . 0 5 4 ;   S u n   J J ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 3 9 4 ;   S u z u k i   K ,   2 0 1 5 ,   I E E E   S Y S   M A N   C Y B E R N ,   P 2 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S M C . 2 0 1 5 . 3 9 5 ;   T a b e s h   A ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 1 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 7 . 8 9 8 5 3 6 ;   T a s c i   E ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 5 - 0 2 3 1 - 5 ;   T h i l o   C ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 6 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 4 - 3 4 6 0 - y ;   U n i y a l   N ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 6 5 0 3 0 ;   V e l i c k o v s k i   F ,   2 0 1 4 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 7 6 - 1 2 - S 2 - S 9 ;   V i d y a   K   S u d a r s h a n ,   2 0 1 5 ,   C o m p u t   B i o l   M e d ,   V 6 2 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 3 3 ;   V o s   P C ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 8 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 8 3 6 4 1 9 ;   V o s   P C ,   2 0 1 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 5 ,   P 1 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 5 / 6 / 0 1 2 ;   W a n g   B ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 1 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 0 7 9 6 1 ;   W a n g   H F ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 7 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 1 8 / 7 2 0 7 ;   W a n g   J ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 3 3 0 8 ;   W a n g   S H ,   2 0 1 5 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 7 ,   P 8 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 7 1 2 7 8 7 7 ;   W a n g   Z A ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 3 6 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 1 2 2 4 4 7 ;   W r o s c h   J K ,   2 0 1 5 ,   F R O N T   N E U R O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f n e u r . 2 0 1 5 . 0 0 2 3 9 ;   W u   C ,   2 0 1 1 ,   I F M B E   P R O C ,   V 3 5 ,   P 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 1 7 2 9 - 6 _ 1 5 4 ;   W U   Y Z ,   1 9 9 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 8 7 ,   P 8 1 ;   W y a t t   J ,   1 9 9 1 ,   P r o c   A n n u   S y m p   C o m p u t   A p p l   M e d   C a r e ,   P 3 ;   X i a n   M ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 8 ,   P 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 2 6 ;   Y o s h i d a   H ,   2 0 0 5 ,   A B D O M   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 6 1 - 0 0 4 - 0 2 4 4 - x ;   Y o s h i d a   H ,   2 0 0 2 ,   R A D I O G R A P H I C S ,   V 2 2 ,   P 9 6 3 ;   Y o s h i d a   H ,   2 0 0 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 2 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 2 2 0 1 0 5 0 6 ;   Y o s h i d a   H ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 1 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 9 7 4 9 2 1 ;   Y o s h i d a   H ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 1 1 ;   Z h a n g   M M ,   2 0 1 0 ,   G A S T R O I N T E S T   E N D O S C ,   V 7 2 ,   P 9 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g i e . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 4 2 ;   Z h a n g   Y . ,   2 0 1 5 ,   R E S E A R C H G A T E ,   V 1 5 2 ,   P 4 1 ;   Z h a n g   Y .   D . ,   2 0 1 5 ,   R E S E A R C H G A T E ,   V 2 5 ,   P 3 1 7 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   P E E R J ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 7 7 1 7 / p e e r j . 1 2 5 1 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   F R O N T   C O M P U T   N E U R O S C ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f n c o m . 2 0 1 5 . 0 0 0 6 6 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 7 ,   P 1 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 7 0 4 1 7 9 5 ;   Z h e n g   B ,   2 0 1 0 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 7 ,   P 1 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 9 ;   Z h u   M L ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 3 8 2 0 	 1 7 0 	 0 	 0 	 3 	 3 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 1 3 8 6 - 5 0 5 6 	 1 8 7 2 - 8 2 4 3 	 	 I N T   J   M E D   I N F O R M 	 I n t .   J .   M e d .   I n f o r m . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 1 0 1 	 	 	 	 	 	 5 8 	 6 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m e d i n f . 2 0 1 7 . 0 2 . 0 0 4 	 	 1 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E T 6 X Q 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 4 3 7 2 0 0 0 0 8 	 2 8 3 4 7 4 4 8 	 
 
 J 	 D e r e r ,   S ;   L e h n e r t ,   H ;   S i n a ,   C ;   W a g n e r ,   A E 	 	 	 	 D e r e r ,   S . ;   L e h n e r t ,   H . ;   S i n a ,   C . ;   W a g n e r ,   A .   E . 	 	 	 M o d u l a t i o n   o f   t h e   i n t e s t i n a l   M i c r o b i o t a   b y   N u t r i t i o n a l   I n t e r v e n t i o n s 	 I N T E R N I S T 	 	 	 G e r m a n 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 G U T   M I C R O B I O T A ;   M E T A B O L I C   B E N E F I T S ;   I N D U C E D   O B E S I T Y ;   F A T   S T O R A G E ;   D I E T ;   P R E B I O T I C S ;   C A P A C I T Y ;   C O L I T I S ;   I M P A C T ;   R A T S 	 H u m a n s   l i v e   i n   s y m b i o s i s   w i t h   b i l l i o n s   o f   c o m m e n s a l   b a c t e r i a .   T h e   s o - c a l l e d   m i c r o b i o t a   l i v e   o n   d i f f e r e n t   b i o l o g i c a l   i n t e r f a c e s   s u c h   a s   t h e   s k i n ,   t h e   u r o g e n i t a l   t r a c t   a n d   t h e   g a s t r o i n t e s t i n a l   t r a c t .   C o m m e n s a l   b a c t e r i a   r e p l a c e   p o t e n t i a l l y   p a t h o g e n i c   m i c r o b e s ,   s y n t h e s i z e   v i t a m i n s   a n d   f e r m e n t   d i e t a r y   f i b r e .   A n   i m b a l a n c e   i n   t h e   b a c t e r i a l   c o m p o s i t i o n   o f   t h e   i n t e s t i n a l   m i c r o b i o t a   h a s   b e e n   a s s o c i a t e d   w i t h   v a r i o u s   d i s e a s e s   i n c l u d i n g   g u t - a s s o c i a t e d   d i s o r d e r s   s u c h   a s   i n f l a m m a t o r y   b o w e l   d i s e a s e s ,   c o l o r e c t a l   c a n c e r   a n d   n o n a l c o h o l i c   f a t t y   l i v e r   d i s e a s e .   F u r t h e r m o r e ,   a   s h i f t   i n   t h e   m i c r o b i o t a   c o m p o s i t i o n   a p p e a r s   t o   b e   o f   p a t h o p h y s i o l o g i c a l   r e l e v a n c e   w h i c h   r e n d e r s   t h e   s p e c i f i c   m o d u l a t i o n   o f   t h e   i n t e s t i n a l   m i c r o b i o t a   a   p r o m i s i n g   a p p r o a c h   i n   t h e   t r e a t m e n t   o f   t h e   a b o v e   m e n t i o n e d   d i s e a s e s .   O u r   i n t e s t i n a l   m i c r o b i o t a   c o m p o s i t i o n   i s   m a i n l y   m o d u l a t e d   b y   d i e t a r y   m a c r o -   a n d   m i c r o n u t r i e n t s   b u t   a l s o   b y   s e c o n d a r y   p l a n t   c o m p o u n d s   a n d   s y n t h e t i c   f o o d   a d d i t i v e s   s u c h   a s   e m u l s i f i e r s   a n d   a r t i f i c i a l   s w e e t e n e r s .   N u t r i t i o n a l   i n t e r v e n t i o n s   w i t h   t h e   p u r p o s e   t o   m o d u l a t e   t h e   i n t e s t i n a l   m i c r o b i o t a   s h o w   o n l y   l i m i t e d   t h e r a p e u t i c   p o t e n t i a l   i n   t h e   t r e a t m e n t   o f   g u t - a s s o c i a t e d   d i s o r d e r s ,   w h i c h   m a y   b e   d u e   t o   i n d i v i d u a l   d i f f e r e n c e s   i n   t h e   i n t e s t i n a l   m i c r o b i o t a   c o m p o s i t i o n   a n d   a   l a c k   o f   s p e c i f i c i t y .   A   c o m b i n a t i o n   o f   n e w l y   e s t a b l i s h e d   t e c h n i c a l   a n a l y t i c   a p p r o a c h e s   i n v o l v i n g   a   m a c h i n e - l e a r n i n g   a l g o r i t h m   m a y   b r i d g e   t h e   c u r r e n t l y   e x i s t i n g   l i m i t a t i o n s   b y   p r o v i d i n g   a   p e r s o n a l i z e d ,   h i g h l y - s p e c i f i c   a n d   c o n s e q u e n t l y   t h e r a p e u t i c a l l y   e f f e c t i v e   m i c r o b i o t a   m o d u l a t i o n . 	 [ D e r e r ,   S . ;   S i n a ,   C . ;   W a g n e r ,   A .   E . ]   U n i v   L u b e c k ,   U n i v   K l i n i k u m   S c h l e s w i g   H o l s t e i n ,   I n s t   E r n a h r u n g s m e d ,   R a t z e b u r g e r   A l l e e   1 6 0 ,   D - 2 3 5 3 8   L u b e c k ,   G e r m a n y ;   [ L e h n e r t ,   H . ;   S i n a ,   C . ]   U n i v   L u b e c k ,   U n i v   K l i n i k u m   S c h l e s w i g   H o l s t e i n ,   M e d   K l i n   1 ,   L u b e c k ,   G e r m a n y 	 W a g n e r ,   A E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   L u b e c k ,   U n i v   K l i n i k u m   S c h l e s w i g   H o l s t e i n ,   I n s t   E r n a h r u n g s m e d ,   R a t z e b u r g e r   A l l e e   1 6 0 ,   D - 2 3 5 3 8   L u b e c k ,   G e r m a n y . 	 a n i k a . w a g n e r @ u k s h . d e 	 	 	 	 	 A N D E R S O N   R L ,   1 9 8 0 ,   F O O D   C O S M E T   T O X I C O L ,   V 1 8 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 1 5 - 6 2 6 4 ( 8 0 ) 9 0 1 8 8 - 1 ;   B a c k h e d   F ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 1 5 7 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 7 0 7 6 1 0 1 ;   C h a s s a i n g   B ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 9 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 2 3 2 ;   C L I N T O N   S K ,   1 9 8 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 4 8 ,   P 3 0 3 5 ;   D e   V a d d e r   F ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 6 ,   P 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 1 6 ;   D e l   R i o   D ,   2 0 1 3 ,   A N T I O X I D   R E D O X   S I G N ,   V 1 8 ,   P 1 8 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / a r s . 2 0 1 2 . 4 5 8 1 ;   F a v a   F ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   O B E S I T Y ,   V 3 7 ,   P 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / i j o . 2 0 1 2 . 3 3 ;   G I B S O N   G R ,   1 9 9 5 ,   J   N U T R ,   V 1 2 5 ,   P 1 4 0 1 ;   H a m e r   H M ,   2 0 1 2 ,   A M   J   P H Y S I O L - G A S T R   L ,   V 3 0 2 ,   p G 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / a j p g i . 0 0 0 4 8 . 2 0 1 1 ;   H E N T G E S   D J ,   1 9 7 7 ,   C A N C E R   R E S ,   V 3 7 ,   P 5 6 8 ;   H o o p e r   L V ,   2 0 0 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 2 ,   P 1 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 5 8 7 0 9 ;   J e n s e n   B A H ,   2 0 1 6 ,   M E T A B O L I S M ,   V 6 5 ,   P 1 7 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e t a b o l . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 2 ;   K e l l o w   N J ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 1 1 ,   P 1 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 1 3 0 0 3 6 0 7 ;   L e   C h a t e l i e r   E ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 0 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 5 0 6 ;   L e e   H C ,   2 0 0 6 ,   R E S   M I C R O B I O L ,   V 1 5 7 ,   P 8 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r e s m i c . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 0 4 ;   L e y   R E ,   2 0 0 6 ,   N A T U R E ,   V 4 4 4 ,   P 1 0 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 4 4 4 1 0 2 2 a ;   L o h   G u n n a r ,   2 0 1 2 ,   G u t   M i c r o b e s ,   V 3 ,   P 5 4 4 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / g m i c . 2 2 1 5 6 ;   M c A l l a n   L ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 8 9 0 4 ;   M u r p h y   E F ,   2 0 1 0 ,   G U T ,   V 5 9 ,   P 1 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 0 1 0 . 2 1 5 6 6 5 ;   P e d e r s e n   H K ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E ,   V 5 3 5 ,   P 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 8 6 4 6 ;   Q i a o   Y ,   2 0 1 4 ,   F O O D   F U N C T ,   V 5 ,   P 1 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 f o 6 0 6 3 0 a ;   S p r o n g   R C ,   2 0 1 0 ,   J   D A I R Y   S C I ,   V 9 3 ,   P 1 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 3 1 6 8 / j d s . 2 0 0 9 - 2 3 9 7 ;   S t a u d a c h e r   H M ,   2 0 1 6 ,   P   N U T R   S O C ,   V 7 5 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 2 9 6 6 5 1 1 6 0 0 0 0 2 1 ;   S u e z   J ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 1 4 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 7 9 3 ;   T h a i s s   C A ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E ,   V 5 4 0 ,   P 5 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 2 0 7 9 6 ;   T i l g   H ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 6 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M c i b r 1 1 1 3 1 5 8 ;   T u o h y   K M ,   2 0 1 2 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 6 0 ,   P 8 7 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 2 0 5 3 9 5 9 ;   T u r n b a u g h   P J ,   2 0 0 8 ,   C E L L   H O S T   M I C R O B E ,   V 3 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h o m . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 1 5 ;   T u r n b a u g h   P J ,   2 0 0 6 ,   N A T U R E ,   V 4 4 4 ,   P 1 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 4 1 4 ;   U s s a r   S ,   2 0 1 5 ,   C E L L   M E T A B ,   V 2 2 ,   P 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 0 7 ;   W a l s h   C J ,   2 0 1 4 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 8 ,   P 4 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 3 5 ;   W u   G D ,   2 0 1 1 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 4 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 0 8 3 4 4 	 3 2 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 0 2 0 - 9 5 5 4 	 1 4 3 2 - 1 2 8 9 	 	 I N T E R N I S T 	 I n t e r n i s t 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 5 8 	 5 	 	 	 	 	 4 3 5 	 4 4 0 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 0 8 - 0 1 7 - 0 2 1 7 - 0 	 	 6 	 M e d i c i n e ,   G e n e r a l   &   I n t e r n a l 	 G e n e r a l   &   I n t e r n a l   M e d i c i n e 	 E T 5 V P 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 3 5 7 3 0 0 0 0 3 	 2 8 2 8 3 6 9 1 	 
 
 J 	 F e r r o ,   A ;   M e s t r e ,   T ;   C a r n e i r o ,   P ;   S a h u m b a i e v ,   I ;   S e r u c a ,   R ;   S a n c h e s ,   J M 	 	 	 	 F e r r o ,   A n a b e l a ;   M e s t r e ,   T a n i a ;   C a r n e i r o ,   P a t r i c i a ;   S a h u m b a i e v ,   I v a n ;   S e r u c a ,   R a q u e l ;   S a n c h e s ,   J o a o   M . 	 	 	 B l u e   i n t e n s i t y   m a t t e r s   f o r   c e l l   c y c l e   p r o f i l i n g   i n   f l u o r e s c e n c e   D A P I - s t a i n e d   i m a g e s 	 L A B O R A T O R Y   I N V E S T I G A T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 C A N C E R ;   Q U A N T I F I C A T I O N ;   P R O L I F E R A T I O N ;   S P E C I F I C I T Y ;   S E N S I T I V I T Y ;   M I C R O S C O P Y ;   P A R A D I G M ;   D Y N A M I C S ;   F U C C I 2 A ;   V A L U E S 	 I n   t h e   p a s t   d e c a d e s ,   t h e r e   h a s   b e e n   a n   a m a z i n g   p r o g r e s s   i n   t h e   u n d e r s t a n d i n g   o f   t h e   m o l e c u l a r   m e c h a n i s m s   o f   t h e   c e l l   c y c l e .   T h i s   h a s   b e e n   p o s s i b l e   l a r g e l y   d u e   t o   a   b e t t e r   c o n c e p t u a l i z a t i o n   o f   t h e   c y c l e   i t s e l f ,   b u t   a l s o   a s   a   c o n s e q u e n c e   o f   t e c h n o l o g i c a l   a d v a n c e s .   H e r e i n ,   w e   p r o p o s e   a   n e w   f l u o r e s c e n c e   i m a g e - b a s e d   f r a m e w o r k   t a r g e t e d   a t   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   a n d   s e g m e n t a t i o n   o f   s t a i n e d   n u c l e i   w i t h   t h e   p u r p o s e   t o   d e t e r m i n e   D N A   c o n t e n t   i n   d i s t i n c t   c e l l   c y c l e   s t a g e s .   T h e   m e t h o d   i s   b a s e d   o n   d i s c r i m i n a t i v e   f e a t u r e s ,   s u c h   a s   t o t a l   i n t e n s i t y   a n d   a r e a ,   r e t r i e v e d   f r o m   i n  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 i m a g i n g   f r a m e w o r k   c l a s s i f i e d   6 4 . 7 %   o f   t h e   i m a g e d   n u c l e i ,   a s   b e i n g   a t   G 1   p h a s e ,   1 2 . 0 %   a t   G 2   p h a s e   a n d   2 3 . 2 %   a t   S   p h a s e .   P e r f o r m a n c e   o f   t h e   i m a g i n g   f r a m e w o r k   w a s   a s c e r t a i n e d   w i t h   n o r m a l   m u r i n e   m a m m a r y   g l a n d   c e l l s   c o n s t i t u t i v e l y   e x p r e s s i n g   t h e   F u c c i 2   t e c h n o l o g y ,   e x h i b i t i n g   a n   o v e r a l l   s e n s i t i v i t y   o f   9 4 . 0 % .   F u r t h e r ,   t h e   r e s u l t s   i n d i c a t e   t h a t   t h e   i m a g i n g   f r a m e w o r k   h a s   a   r o b u s t   c a p a c i t y   t o   b o t h   i d e n t i f y   a   g i v e n   D A P I - s t a i n e d   n u c l e u s   t o   i t s   c o r r e c t   c e l l   c y c l e   p h a s e ,   a s   w e l l   a s   t o   d e t e r m i n e ,   w i t h   v e r y   h i g h   p r o b a b i l i t y ,   t r u e   n e g a t i v e s .   I m p o r t a n t l y ,   t h i s   n o v e l   i m a g i n g   a p p r o a c h   i s   a   n o n - d i s r u p t i v e   m e t h o d   t h a t   a l l o w s   a n   i n t e g r a t i v e   a n d   s i m u l t a n e o u s   q u a n t i t a t i v e   a n a l y s i s   o f   m o l e c u l a r   a n d   m o r p h o l o g i c a l   p a r a m e t e r s ,   t h u s   a w a r d i n g   t h e   p o s s i b i l i t y   o f   c e l l   c y c l e   p r o f i l i n g   i n   c y t o l o g i c a l   a n d   h i s t o l o g i c a l   s a m p l e s . 	 [ F e r r o ,   A n a b e l a ;   C a r n e i r o ,   P a t r i c i a ;   S e r u c a ,   R a q u e l ]   U n i v   P o r t o ,   I 3 S ,   E p i t h e l i a l   I n t e r a c t   C a n c   E p I C   G r p ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ F e r r o ,   A n a b e l a ;   C a r n e i r o ,   P a t r i c i a ;   S e r u c a ,   R a q u e l ]   U n i v   P o r t o ,   I n s t   M o l   P a t h o l   &   I m m u n o l ,   I P A T I M U P ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ M e s t r e ,   T a n i a ;   S a h u m b a i e v ,   I v a n ;   S a n c h e s ,   J o a o   M . ]   U n i v   L i s b o n ,   I n s t   S u p e r   T e c n ,   B i o e n g n   D e p t ,   I n s t   S y s t   &   R o b o t   I S R   I S T , L A R S y S ,   L i s b o n ,   P o r t u g a l ;   [ S e r u c a ,   R a q u e l ]   U n i v   P o r t o ,   F a c   M e d ,   D e p t   P a t o l   &   O n c o l ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l 	 S e r u c a ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I 3 S   I P A T I M U P ,   E p i t h e l i a l   I n t e r a c t   C a n c   E P I C ,   R u a   A l f r e d o   A l l e n   2 0 8 ,   P - 4 2 0 0 1 3 5   O p o r t o ,   P o r t u g a l . 	 r s e r u c a @ i p a t i m u p . p t 	 	 	 F E D E R - F u n d o   E u r o p e u   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   R e g i o n a l   f u n d s   t h r o u g h   t h e   C O M P E T E   - O p e r a c i o n a l   P r o g r a m m e   f o r   C o m p e t i t i v e n e s s   a n d   I n t e r n a t i o n a l i z a t i o n   ( P O C I ) ,   P o r t u g a l ;   P o r t u g u e s e   f u n d s   t h r o u g h   F C T   -   F u n d a c a o   p a r a   a   C i e n c i a   e   a   T e c n o l o g i a / M i n i s t e r i o   d a   C i e n c i a ,   T e c n o l o g i a   e   I n o v a c a o   [ P O C I - 0 1 - 0 1 4 5 - F E D E R - 0 0 7 2 7 4 ,   P T D C / B I M - O N C / 0 1 7 1 / 2 0 1 2 ,   P T D C / B I M - O N C / 0 2 8 1 / 2 0 1 4 ,   P T D C / B B B - I M G / 0 2 8 3 / 2 0 1 4 ] ;   F C T   [ S F R H / B P D / 9 7 2 9 5 / 2 0 1 3 ] ;     [ N O R T E - 0 1 - 0 1 4 5 - F E D E R - 0 0 0 0 2 9 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   f i n a n c e d   b y   F E D E R - F u n d o   E u r o p e u   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   R e g i o n a l   f u n d s   t h r o u g h   t h e   C O M P E T E   2 0 2 0 - O p e r a c i o n a l   P r o g r a m m e   f o r   C o m p e t i t i v e n e s s   a n d   I n t e r n a t i o n a l i z a t i o n   ( P O C I ) ,   P o r t u g a l   2 0 2 0 ,   a n d   b y   P o r t u g u e s e   f u n d s   t h r o u g h   F C T   -   F u n d a c a o   p a r a   a   C i e n c i a   e   a   T e c n o l o g i a / M i n i s t e r i o   d a   C i e n c i a ,   T e c n o l o g i a   e   I n o v a c a o   i n   t h e   f r a m e w o r k   o f   t h e   p r o j e c t   ' I n s t i t u t e   f o r   R e s e a r c h   a n d   I n n o v a t i o n   i n   H e a l t h   S c i e n c e s '   ( P O C I - 0 1 - 0 1 4 5 - F E D E R - 0 0 7 2 7 4 ) ,   P T D C / B I M - O N C / 0 1 7 1 / 2 0 1 2 ,   P T D C / B I M - O N C / 0 2 8 1 / 2 0 1 4   a n d   P T D C / B B B - I M G / 0 2 8 3 / 2 0 1 4 .   A F   i s   a n   F C T   p o s t - d o c t o r a l   f e l l o w s h i p   r e c i p i e n t   ( S F R H / B P D / 9 7 2 9 5 / 2 0 1 3 )   a n d   P C   i s   f u n d e d   b y   N O R T E - 0 1 - 0 1 4 5 - F E D E R - 0 0 0 0 2 9 .   W e   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g e   P a t r i c i a   O l i v e i r a   a n d   J o a n a   C a r v a l h o   f o r   t h e   c r i t i c a l   r e a d i n g   o f   t h e   m a n u s c r i p t   a n d   i n s i g h t f u l   d i s c u s s i o n ,   C e c i l i a   D u r a e s   f o r   h e r   a s s i s t a n c e   i n   s t a t i s t i c a l   a n a l y s e s   a n d   J o a o   V i n a g r e   f o r   i n i t i a l   a s s i s t a n c e   i n   i m a g e   a c q u i s i t i o n .   I m a g i n g   a r t   w a s   c r e a t e d   u s i n g   S e r v i e r   M e d i c a l   A r t   ( w w w . s e r v i e r . c o m ) . 	 A L T M A N   D G ,   1 9 9 4 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 0 8 ,   P 1 5 5 2 ;   B e r t e r o   A ,   2 0 1 5 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 1 4 ,   P 9 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 3 8 4 1 0 1 . 2 0 1 5 . 1 0 0 6 5 4 9 ;   B i s h o p   C .   M . ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   B r u h n   C h r i s t o p h e r ,   2 0 1 4 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 1 2 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g p b . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 4 ;   C a m p   R L ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 5 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 8 . 1 7 . 3 5 6 7 ;   C h a t t o p a d h y a y   P K ,   2 0 1 5 ,   A M   J   T R A N S P L A N T ,   V 1 5 ,   P 1 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / a j t . 1 3 1 9 3 ;   D a n i e l s e n   H E ,   2 0 1 6 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 3 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 5 . 2 0 8 ;   D a r z y n k i e w i c z   Z . ,   2 0 1 1 ,   C U R R   P R O T O C   C Y T O M ,   V 7 2 ;   G o n z a l e z   R C ,   2 0 0 9 ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ;   G r e e n l a n d   S ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   E P I D E M I O L ,   V 3 1 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 5 4 - 0 1 6 - 0 1 4 9 - 3 ;   G r i m e s   D A ,   2 0 0 5 ,   L A N C E T ,   V 3 6 5 ,   P 1 5 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 5 ) 6 6 4 2 2 - 7 ;   H e n d e r s o n   L ,   2 0 1 3 ,   A M   J   P H Y S I O L - C E L L   P H ,   V 3 0 4 ,   p C 9 2 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 2 / a j p c e l l . 0 0 0 0 6 . 2 0 1 3 ,   1 0 . 1 1 5 2 / a j p c e l . 0 0 0 0 6 . 2 0 1 3 ] ;   H e s s   A S ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   C L I N   M I C R O B I O L ,   V 3 1 ,   P 2 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 0 9 6 - 0 1 2 - 1 6 0 2 - 1 ;   K A P U S C I N S K I   J ,   1 9 9 5 ,   B I O T E C H   H I S T O C H E M ,   V 7 0 ,   P 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 0 5 2 0 2 9 9 5 0 9 1 0 8 1 9 9 ;   L a h r m a n n   B ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 8 0 4 8 ;   M a l u m b r e s   M ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 9 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 6 0 2 ;   M a r c o s   R ,   2 0 1 2 ,   J   A N A T ,   V 2 2 0 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 9 - 7 5 8 0 . 2 0 1 2 . 0 1 4 7 5 . x ;   M a x i m   L D ,   2 0 1 4 ,   I N H A L   T O X I C O L ,   V 2 6 ,   P 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 8 9 5 8 3 7 8 . 2 0 1 4 . 9 5 5 9 3 2 ;   M e s t r e   T ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 5 1 0 1 ;   M o o n   T K ,   2 0 0 0 ,   M A T H   M E T H O D S   A L G O R I T ;   M o r t   R L ,   2 0 1 4 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 1 3 ,   P 2 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / 1 5 3 8 4 1 0 1 . 2 0 1 5 . 9 4 5 3 8 1 ;   P a d f i e l d   D ,   2 0 0 9 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 3 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 1 8 ;   P a r i k h   R ,   2 0 0 8 ,   I N D I A N   J   O P H T H A L M O L ,   V 5 6 ,   P 4 5 ;   P o z a r o w s k i   P i o t r ,   2 0 1 3 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 9 3 1 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 2 7 0 3 - 0 5 6 - 4 _ 1 1 ;   R a s b a n d   W S ,   1 9 9 7 ,   I M A G E   J ,   P 1 9 9 7 ;   R o s e n b l a t t   J ,   2 0 0 8 ,   C U R R   B I O L ,   V 1 8 ,   p R 2 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 1 3 ;   R o u k o s   V ,   2 0 1 5 ,   N A T   P R O T O C ,   V 1 0 ,   P 3 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 5 . 0 1 6 ;   S a k a u e - S a w a n o   A ,   2 0 0 8 ,   C E L L ,   V 1 3 2 ,   P 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 3 3 ;   S a k a u e - S a w a n o   A ,   2 0 1 1 ,   B M C   C E L L   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 2 1 - 1 2 - 2 ;   M i y a w a k i   A . ,   2 0 1 4 ,   C O L D   S P R I N G   H A R B   P R O ,   V 2 0 1 4 ,   P 5 2 5 ;   S a n c h e s   J M ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   H U M   G E N E T ,   V 2 3 ,   P 1 0 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j h g . 2 0 1 4 . 2 4 0 ;   S a r a h   P ,   2 0 0 8 ,   S C O T T   B R O W N S   O T O R H I N ,   P 3 4 ;   S e i w e r t   T Y ,   2 0 0 7 ,   N A T   C L I N   P R A C T   O N C O L ,   V 4 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c p o n c 0 7 1 4 ;   V e r m e u l e n   K ,   2 0 0 3 ,   C E L L   P R O L I F E R A T ,   V 3 6 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 1 8 4 . 2 0 0 3 . 0 0 2 6 6 . x ;   W e g n e r   K D ,   2 0 1 5 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 4 4 ,   P 4 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 c s 0 0 5 3 2 e ;   Y a z i j i   H ,   2 0 0 6 ,   A D V   A N A T   P A T H O L ,   V 1 3 ,   P 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . p a p . 0 0 0 0 2 1 3 0 4 1 . 3 9 0 7 0 . 2 f ;   Z i e l k e   N ,   2 0 1 5 ,   W I R E S   D E V   B I O L ,   V 4 ,   P 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / w d e v . 1 8 9 ;   Z i e l k e   N ,   2 0 1 4 ,   C E L L   R E P ,   V 7 ,   P 5 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 2 0 	 3 8 	 0 	 0 	 0 	 0 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 N E W   Y O R K 	 7 5   V A R I C K   S T ,   9 T H   F L R ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3 - 1 9 1 7   U S A 	 0 0 2 3 - 6 8 3 7 	 1 5 3 0 - 0 3 0 7 	 	 L A B   I N V E S T 	 L a b .   I n v e s t . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 9 7 	 5 	 	 	 	 	 6 1 5 	 6 2 5 	 	 1 0 . 1 0 3 8 / l a b i n v e s t . 2 0 1 7 . 1 3 	 	 1 1 	 M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l ;   P a t h o l o g y 	 R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e ;   P a t h o l o g y 	 E T 4 D Q 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 2 2 9 9 0 0 0 1 1 	 2 8 2 6 3 2 9 0 	 
 
 J 	 S u ,   J L ;   Z h a n g ,   Y Q ;   S u ,   H D ;   Z h a n g ,   C H ;   L i ,   W 	 	 	 	 S u ,   J i l i ;   Z h a n g ,   Y a n q i u ;   S u ,   H a o d o n g ;   Z h a n g ,   C h u a n h a i ;   L i ,   W e i 	 	 	 A   r e c u r r e n c e   m o d e l   f o r   l a r y n g e a l   c a n c e r   b a s e d   o n   S V M   a n d   g e n e   f u n c t i o n   c l u s t e r i n g 	 A C T A   O T O - L A R Y N G O L O G I C A 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L a r y n g e a l   c a n c e r ;   d i f f e r e n t i a l l y   e x p r e s s e d   g e n e s ;   f e a t u r e   g e n e s ;   s u r v i v a l   a n a l y s i s ;   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e 	 F O C A L   A D H E S I O N   K I N A S E ;   E X P R E S S I O N ;   S Y N D E C A N - 1 ;   P R E D I C T O R S 	 C o n c l u s i o n :   A   p r o g n o s t i c   m o d e l   w a s   o b t a i n e d   f o r   L C .   S e v e r a l   c r i t i c a l   g e n e s   w e r e   u n v e i l e d .   T h e y   c o u l d   b e   p o t e n t i a l l y   a p p l i e d   f o r   L C   r e c u r r e n c e   p r e d i c t i o n .   O b j e c t i v e :   G e n e   e x p r e s s i o n   d a t a   o f   l a r y n g e a l   c a n c e r   ( L C )   w e r e   a n a l y z e d   t o   i d e n t i f y   c r i t i c a l   g e n e s   a s s o c i a t e d   w i t h   r e c u r r e n c e .   M e t h o d s :   T w o   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a s e t s   w e r e   d o w n l o a d e d   f r o m   t h e   G e n e   E x p r e s s i o n   O m n i b u s .   D a t a s e t   G S E 2 7 0 2 0   i s   u s e d   a s   t h e   t r a i n i n g   s e t ,   c o n t a i n i n g   7 5   n o n - r e c u r r e d   L C   c a s e s   a n d   3 4   r e c u r r e d   L C   c a s e s .   R e s u l t s :   A   t o t a l   o f   7 2 5   D E G s   w e r e   i d e n t i f i e d   f r o m   t h e   t r a i n i n g   s e t .   A   t o t a l   o f   4 1 2 6   g e n e   p a i r s   s h o w e d   s i g n i f i c a n t   c o r r e l a t i o n s   i n   n o n - r e c u r r e d   L C   o n l y ,   c o r r e s p o n d i n g   t o   5 3 3   g e n e s .   A   t o t a l   o f   7 2 3 5   g e n e   p a i r s   s h o w e d   s i g n i f i c a n t   c o r r e l a t i o n s   i n   r e c u r r e d   L C   o n l y ,   c o r r e s p o n d i n g   t o   6 0 8   g e n e s .   B e s i d e s ,   1 6 9 4   g e n e   p a i r s   s h o w e d   s i g n i f i c a n t   c o r r e l a t i o n s   i n   b o t h   n o n - r e c u r r e d   a n d   r e c u r r e d   L C ,   c o r r e s p o n d i n g   t o   3 2 2   g e n e s .   F u n c t i o n a l   e n r i c h m e n t   a n a l y s i s   w a s   p e r f o r m e d   f o r   t h e   t h r e e   g r o u p s   o f   D E G s .   S e v e n   o v e r l a p p i n g   b i o l o g i c a l   f u n c t i o n s   w e r e   r e v e a l e d :   p o s i t i v e   r e g u l a t i o n   o f   c h o n d r o c y t e   d i f f e r e n t i a t i o n ,   a u t o i m m u n e   t h y r o i d   d i s e a s e ,   f o c a l   a d h e s i o n ,   l i n o l e i c   a c i d   m e t a b o l i s m ,   d r u g   m e t a b o l i s m ,   o r g a n i c   c a t i o n   t r a n s p o r t ,   a n d   E C M - r e c e p t o r   i n t e r a c t i o n .   E i g h t   f e a t u r e   g e n e s   ( P D I A 3 ,   M Y H 1 1 ,   P D K 1 ,   S D C 3 ,   R P E 6 5 ,   L A M C 3 ,   B T K ,   a n d   U P K 1 B )   w e r e   i d e n t i f i e d .   T h e i r   p r o g n o s t i c   e f f e c t   w a s   v a l i d a t e d   b y   i n d e p e n d e n t   t e s t   s e t   a s   w e l l   a s   s u r v i v a l   a n a l y s i s . 	 [ S u ,   J i l i ]   H e n a n   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   D e p t   O t o r h i n o l a r y n g o l   H e a d   &   N e c k   S u r g ,   L u o y a n g   C i t y ,   H e n a n   P r o v i n c e ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ S u ,   J i l i ]   H e n a n   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   C o l l   C l i n   M e d ,   L u o y a n g   C i t y ,   H e n a n   P r o v i n c e ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h a n g ,   Y a n q i u ]   X u z h o u   C a n c   H o s p ,   D e p t   O t o r h i n o l a r y n g o l   H e a d   &   N e c k   S u r g ,   X u z h o u ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ S u ,   H a o d o n g ]   Y o n g c h e n g   R e d   C r o s s   H o s p   H e n a n   P r o v ,   D e p t   O t o r h i n o l a r y n g o l   H e a d   &   N e c k   S u r g ,   Y o n c h e n g   C i t y ,   H e n a n   P r o v i n c e ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h a n g ,   C h u a n h a i ]   P e o p l e s   H o s p   J i a w a n g   D i s t   X u z h o u   C i t y ,   D e p t   O t o r h i n o l a r y n g o l   H e a d   &   N e c k   S u r g ,   X u z h o u ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   W e i ]   X u z h o u   M e d   C o l l ,   A f f i l i a t e d   H o s p ,   D e p t   O t o r h i n o l a r y n g o l   H e a d   &   N e c k   S u r g ,   9 9   H u a i h a i   R d ,   X u z h o u   2 2 1 0 0 2 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i ,   W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   X u z h o u   M e d   C o l l ,   A f f i l i a t e d   H o s p ,   D e p t   O t o r h i n o l a r y n g o l   H e a d   &   N e c k   S u r g ,   9 9   H u a i h a i   R d ,   X u z h o u   2 2 1 0 0 2 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 w e i w e i 1 2 3 w @ a l i y u n . c o m 	 	 	 	 	 A l m a d o r i   G ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 8 4 ,   P 1 8 8 ;   E l e n a   F ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ;   H u a n g   D W ,   2 0 0 9 ,   N A T   P R O T O C ,   V 4 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 8 . 2 1 1 ;   J i a   G ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 4 4 ,   P 4 8 1 ;   K l a t k a   J ,   2 0 0 2 ,   E U R   A R C H   O T O - R H I N O - L ,   V 2 5 9 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 0 5 - 0 0 1 - 0 4 2 9 - 7 ;   L o h i   J ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 9 4 ,   P 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 5 3 9 ;   K a r   L o k   K ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 0 ,   P 8 8 3 2 ;   M a r k o w s k i   J ,   2 0 0 9 ,   J   P H Y S I O L   P H A R M A C O L ,   V 6 0 ,   P 5 7 ;   M o n j i   M ,   2 0 0 8 ,   K O U T O U ,   V 2 0 ,   P 5 7 ;   N a g h a v i   M ,   2 0 1 5 ,   L A N C E T ,   V 3 8 5 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 4 ) 6 1 6 8 2 - 2 ;   P e n g   S ,   2 0 0 9 ,   W R I   W O R L D   C   C O M P   S C I ,   P 6 6 5 ;   P u l k k i n e n   J O ,   1 9 9 7 ,   A C T A   O T O - L A R Y N G O L ,   V 1 1 7 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 0 0 1 6 4 8 9 7 0 9 1 1 7 7 9 4 ;   R a i m o n d i   C ,   2 0 1 1 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 1 8 ,   P 2 7 6 3 ;   R o d r i g o   J P ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   P R E V   R E S ,   V 4 ,   P 1 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 9 4 0 - 6 2 0 7 . C A P R - 1 0 - 0 3 3 8 ;   R o d r i g o   J P ,   2 0 0 7 ,   A R C H   O T O L A R Y N G O L ,   V 1 3 3 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h o t o l . 1 3 3 . 2 . 1 4 5 ;   S a a r i l a h t i   K ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 7 ,   P 9 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 0 3 ) 0 0 7 3 6 - 3 ;   S m y t h   G .   K . ,   2 0 0 4 ,   A P P L   G E N E T   M O L   B I O L ,   V 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 2 0 2 / 1 5 4 4 - 6 1 1 5 . 1 0 2 7 ;   U c k u n   F M ,   2 0 0 7 ,   A N T I - C A N C E R   A G E N T   M E ,   V 7 ,   P 6 2 4 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 8 7 1 5 2 0 0 7 7 8 4 1 1 1 3 3 1 ;   V i l l a n u e v a   A ,   2 0 1 1 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 0 ,   P 1 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 6 ;   Y e   Y ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 5 9 4 	 2 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 T A Y L O R   &   F R A N C I S   L T D 	 A B I N G D O N 	 2 - 4   P A R K   S Q U A R E ,   M I L T O N   P A R K ,   A B I N G D O N   O R 1 4   4 R N ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 0 0 0 1 - 6 4 8 9 	 1 6 5 1 - 2 2 5 1 	 	 A C T A   O T O - L A R Y N G O L 	 A c t a   O t o - L a r y n g o l . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 1 3 7 	 5 	 	 	 	 	 5 5 7 	 5 6 2 	 	 1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 0 1 6 4 8 9 . 2 0 1 6 . 1 2 4 7 9 8 4 	 	 6 	 O t o r h i n o l a r y n g o l o g y 	 O t o r h i n o l a r y n g o l o g y 	 E T 3 G Y 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 1 6 7 1 0 0 0 1 9 	 2 7 8 0 9 6 3 8 	 
 
 J 	 B u z a t t o ,   A Z ;   S i l v a ,   M D ;   P o p p i ,   R J ;   S i m i o n a t o ,   A V C 	 	 	 	 B u z a t t o ,   A d r i a n a   Z a r d i n i ;   S i l v a ,   M a r i a n a   d e   O l i v e i r a ;   P o p p i ,   R o n e i   J e s u s ;   C o l n a g h i   S i m i o n a t o ,   A n a   V a l e r i a 	 	 	 A s s e s s m e n t   o f   n u c l e o s i d e s   a s   p u t a t i v e   t u m o r   b i o m a r k e r s   i n   p r o s t a t e   c a n c e r   s c r e e n i n g   b y   C E - U V 	 A N A L Y T I C A L   A N D   B I O A N A L Y T I C A L   C H E M I S T R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B l o o d   s e r u m ;   M i c e l l a r   e l e c t r o k i n e t i c   c a p i l l a r y   c h r o m a t o g r a p h y ;   T u m o r   b i o m a r k e r ;   N u c l e o s i d e s ;   T a r g e t   m e t a b o l o m e ;   P r o s t a t e   c a n c e r ;   C a r c i n o g e n e s i s 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   U R I N A R Y   N U C L E O S I D E S ;   D N A   M E T H Y L A T I O N ;   B R E A S T - C A N C E R ;   C A P I L L A R Y - E L E C T R O P H O R E S I S ;   C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   R N A ;   D I A G N O S I S ;   M A R K E R S ;   C H R O M A T O G R A P H Y 	 C a n c e r   i s   r e s p o n s i b l e   f o r   m i l l i o n s   o f   d e a t h s   w o r l d w i d e ,   b u t   m o s t   b a s e   d i s e a s e s   m a y   b e   c u r e d   i f   d e t e c t e d   e a r l y .   S c r e e n i n g   t e s t s   m a y   b e   u s e d   t o   i d e n t i f y   e a r l y - s t a g e   m a l i g n a n t   n e o p l a s m s .   H o w e v e r ,   t h e   m a j o r   s c r e e n i n g   t o o l   f o r   p r o s t a t e   c a n c e r ,   t h e   p r o s t a t e - s p e c i f i c   a n t i g e n   t e s t ,   h a s   u n s u i t a b l e   s e n s i t i v i t y .   S i n c e   c a n c e r   c e l l s   m a y   a f f e c t   t h e   p a t t e r n   o f   c o n s u m p t i o n   a n d   e x c r e t i o n   o f   n u c l e o s i d e s ,   s u c h   b i o m o l e c u l e s   a r e   p u t a t i v e   b i o m a r k e r s   t h a t   c a n   b e   u s e d   f o r   d i a g n o s i s   a n d   t r e a t m e n t   e v a l u a t i o n .   U s i n g   a   p r e v i o u s l y   v a l i d a t e d   m e t h o d   f o r   t h e   a n a l y s i s   o f   n u c l e o s i d e s   i n   b l o o d   s e r u m   b y   c a p i l l a r y   e l e c t r o p h o r e s i s   w i t h   U V - v i s   s p e c t r o s c o p y   d e t e c t i o n ,   w e   i n v e s t i g a t e d   6 0   s a m p l e s   f r o m   h e a l t h y   i n d i v i d u a l s   a n d   4 2   s a m p l e s   f r o m   p r o s t a t e   c a n c e r   p a t i e n t s .   T h e   c o n c e n t r a t i o n s   o f   n u c l e o s i d e s   i n   b o t h   g r o u p s   w e r e   c o m p a r e d   a n d   a   m u l t i v a r i a t e   p a r t i a l   l e a s t   s q u a r e s - d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   c l a s s i f i c a t i o n   m o d e l   w a s   o p t i m i z e d   f o r   p r e d i c t i o n   o f   p r o s t a t e   c a n c e r .   T h e   v a l i d a t i o n   o f   t h e   m o d e l   w i t h   a n   i n d e p e n d e n t   s a m p l e   s e t   r e s u l t e d   i n   t h e   c o r r e c t   c l a s s i f i c a t i o n   o f   8 2 . 4 %   o f   t h e   s a m p l e s ,   w i t h   s e n s i t i v i t y   o f   9 0 . 5 %   a n d   s p e c i f i c i t y   o f   7 6 . 7 % .   A   s i g n i f i c a n t   d o w n r e g u l a t i o n   o f   5 - m e t h y l u r i d i n e   a n d   i n o s i n e   w a s   o b s e r v e d ,   w h i c h   c a n   b e   i n d i c a t i v e   o f   t h e   c a r c i n o g e n i c   p r o c e s s .   T h e r e f o r e ,   s u c h   a n a l y t e s   a r e   p o t e n t i a l   c a n d i d a t e s   f o r   p r o s t a t e   c a n c e r   s c r e e n i n g . 	 [ B u z a t t o ,   A d r i a n a   Z a r d i n i ;   S i l v a ,   M a r i a n a   d e   O l i v e i r a ;   P o p p i ,   R o n e i   J e s u s ;   C o l n a g h i   S i m i o n a t o ,   A n a   V a l e r i a ]   U n i v   E s t a d u a l   C a m p i n a s ,   I n s t   C h e m ,   D e p t   A n a l y t   C h e m ,   P O B   6 1 5 4 ,   B R - 1 3 0 8 3 9 7 0   C a m p i n a s ,   S P ,   B r a z i l ;   [ P o p p i ,   R o n e i   J e s u s ;   C o l n a g h i   S i m i o n a t o ,   A n a   V a l e r i a ]   U n i v   E s t a d u a l   C a m p i n a s ,   N a t l   I n s t   S c i   &   T e c h n o l   B i o a n a l y t ,   I n s t   C h e m ,   P O B   6 1 5 4 ,   B R - 1 3 0 8 3 9 7 0   C a m p i n a s ,   S P ,   B r a z i l 	 S i m i o n a t o ,   A V C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   E s t a d u a l   C a m p i n a s ,   I n s t   C h e m ,   D e p t   A n a l y t   C h e m ,   P O B   6 1 5 4 ,   B R - 1 3 0 8 3 9 7 0   C a m p i n a s ,   S P ,   B r a z i l . ;   S i m i o n a t o ,   A V C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   E s t a d u a l   C a m p i n a s ,   N a t l   I n s t   S c i   &   T e c h n o l   B i o a n a l y t ,   I n s t   C h e m ,   P O B   6 1 5 4 ,   B R - 1 3 0 8 3 9 7 0   C a m p i n a s ,   S P ,   B r a z i l . 	 a v s i m i o n a t o @ i q m . u n i c a m p . b r 	 	 	 C o o r d i n a t i o n   f o r   t h e   I m p r o v e m e n t   o f   H i g h e r   E d u c a t i o n   P e r s o n n e l   ( C A P E S ) ;   N a t i o n a l   C o u n c i l   f o r   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   D e v e l o p m e n t   ( C N P q ) ;   S a o   P a u l o   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   ( F A P E S P ) 	 T h i s   s t u d y   w a s   f u n d e d   b y   C o o r d i n a t i o n   f o r   t h e   I m p r o v e m e n t   o f   H i g h e r   E d u c a t i o n   P e r s o n n e l   ( C A P E S ) ,   t h e   N a t i o n a l   C o u n c i l   f o r   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   D e v e l o p m e n t   ( C N P q ) ,   a n d   S a o   P a u l o   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   ( F A P E S P ) . 	 A k h a v a n - N i a k i   H ,   2 0 1 3 ,   C E L L   B I O C H E M   B I O P H Y S ,   V 6 7 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 3 - 0 1 3 - 9 5 5 5 - 2 ;   A l s e t h   I ,   2 0 1 4 ,   C U R R   O P I N   G E N E T   D E V ,   V 2 6 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g d e . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 8 ;   B r a z i l i a n   N a t i o n a l   H e a l t h   S u r v e i l l a n c e   A g e n c y   -   A N V I S A ,   2 0 0 3 ,   G U I A   V A L   M E T   B I O A N   R ;   A r a n   D ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 3 - 1 4 - 3 - r 2 1 ;   A r a n   D ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 4 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 8 ;   A t k i n s o n   A J ,   2 0 0 1 ,   C L I N   P H A R M A C O L   T H E R ,   V 6 9 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 7 / m c p . 2 0 0 0 . 1 1 3 9 8 9 ;   B a l l a b i o   D ,   2 0 1 3 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 5 ,   P 3 7 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a y 4 0 5 8 2 f ;   B l o o m f i e l d   V A ,   2 0 0 0 ,   N U C L   A C I D S   S T U C T U R E S ;   B r a w e r   M K ,   1 9 9 8 ,   U R O L O G Y ,   V 5 2 ,   P 3 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 0 - 4 2 9 5 ( 9 8 ) 0 0 2 4 1 - 6 ;   B u l l i n g e r   D ,   2 0 0 8 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 1 8 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 4 8 ;   B u z a t t o   A Z ,   2 0 1 4 ,   E L E C T R O P H O R E S I S ,   V 3 5 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e l p s . 2 0 1 3 0 0 4 7 0 ;   B u z a t t o   A Z ,   2 0 1 5 ,   E L E C T R O P H O R E S I S ,   V 3 6 ,   P 2 9 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e l p s . 2 0 1 5 0 0 1 6 1 ;   C a t a l o n a   W J ,   1 9 9 7 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 7 7 ,   P 1 4 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 7 7 . 1 8 . 1 4 5 2 ;   C h o   S H ,   2 0 0 6 ,   B I O M E D   C H R O M A T O G R ,   V 2 0 ,   P 1 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b m c . 6 8 9 ;   S i m i o n a t o   A V C ,   2 0 1 0 ,   E L E C T R O P H O R E S I S ,   V 3 1 ,   P 1 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e l p s . 2 0 0 9 0 0 6 7 1 ;   D j u k o v i c   D ,   2 0 1 0 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 2 4 ,   P 3 0 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 4 7 3 9 ;   D o m i n i s s i n i   D ,   2 0 1 1 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 2 ,   P 1 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g r 1 2 4 ;   E h r l i c h   M ,   2 0 0 2 ,   O N C O G E N E ,   V 2 1 ,   P 5 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 5 6 5 1 ;   E u r o p e a n   M e d i c i n e s   A g e n c y ,   2 0 0 9 ,   G U I D   V A L   B I O A N   M E T H ;   F e n g   B ,   2 0 0 5 ,   J   G A S T R O E N   H E P A T O L ,   V 2 0 ,   P 1 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 0 - 1 7 4 6 . 2 0 0 5 . 0 3 8 8 8 . x ;   F I S C H B E I N   A ,   1 9 8 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 4 3 ,   P 2 9 7 1 ;   F o o d   a n d   D r u g   A d m i n i s t r a t i o n ,   2 0 0 1 ,   G U I D   I N D   B I O A N   M E T H ;   F o r m o s a   A ,   2 0 1 3 ,   O N C O G E N E ,   V 3 2 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 2 . 1 4 ;   G a l l o   A ,   2 0 1 2 ,   B I O L   R E V ,   V 8 7 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 9 - 1 8 5 X . 2 0 1 1 . 0 0 1 8 6 . x ;   G a r c i a - C l o s a s   M ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 5 ,   P 5 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 5 - 0 7 4 9 ;   G r e a v e   M . ,   2 0 0 0 ,   C A N C   E V O L U T I O N A R Y   L E ;   G r o s j e a n   H ,   2 0 0 5 ,   T O P   C U R R   G E N E T ,   V 1 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / b 1 0 6 8 4 8 ;   H e n n e g e s   C ,   2 0 0 9 ,   B M C   C A N C E R ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 9 - 1 0 4 ;   H s u   W Y ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 1 7 0 1 ;   J a i n   K K ,   2 0 1 0 ,   H A N D B O O K   O F   B I O M A R K E R S ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 0 7 6 1 - 6 8 5 - 6 ;   C a r m o n a   F J ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   P R E V   R E S ,   V 6 ,   P 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 9 4 0 - 6 2 0 7 . C A P R - 1 2 - 0 5 0 1 ;   J e n g   L B ,   2 0 0 9 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 2 3 ,   P 1 5 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 4 0 3 4 ;   J i a n g   Y Q ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 6 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 0 1 2 1 6 n ;   K i m   K R ,   2 0 0 1 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 7 5 4 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 7 8 - 4 3 4 7 ( 0 0 ) 0 0 5 8 5 - 5 ;   K l e i n   E A ,   2 0 1 3 ,   M A N A G E M E N T   P R O S T A T E ;   L a   S ,   2 0 0 3 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 4 8 6 ,   P 1 7 1 ;   L i e b i c h   H M ,   1 9 9 7 ,   C H R O M A T O G R A P H I A ,   V 4 5 ,   P 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 5 0 5 5 9 1 ;   M a o   Y ,   2 0 0 7 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 5 9 8 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 3 8 ;   M a r k u s z e w s k i   M J ,   2 0 1 0 ,   E L E C T R O P H O R E S I S ,   V 3 1 ,   P 2 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e l p s . 2 0 0 9 0 0 7 8 5 ;   M y d l o   J H ,   2 0 0 3 ,   P R O S T A T E   C A N C   S C I   C L ;   N a y l o r   S ,   2 0 0 3 ,   E X P E R T   R E V   M O L   D I A G N ,   V 3 ,   P 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 6 / 1 4 7 3 7 1 5 9 . 3 . 5 . 5 2 5 ;   P a z   N ,   2 0 0 7 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 7 ,   P 1 5 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 6 4 9 3 1 0 7 ;   R a m a u t a r   R ,   2 0 1 3 ,   E L E C T R O P H O R E S I S ,   V 3 4 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e l p s . 2 0 1 2 0 0 3 9 0 ;   R u d d o n   R W ,   2 0 0 7 ,   C A N C   B I O L ;   S c h r a m   K H ,   1 9 9 8 ,   M A S S   S P E C T R O M   R E V ,   V 1 7 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 8 - 2 7 8 7 ( 1 9 9 8 ) 1 7 : 3 < 1 3 1 : : A I D - M A S 1 > 3 . 0 . C O ; 2 - O ;   S t r u c k   W ,   2 0 1 1 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 1 ,   P 2 0 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 1 - 4 7 8 9 - 6 ;   S z y m a n s k a   E ,   2 0 0 7 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 4 4 ,   P 1 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 1 0 ;   T h o m p s o n   I a n   M ,   2 0 0 8 ,   J   N a t l   C a n c e r   I n s t ,   V 1 0 0 ,   P 1 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j n 3 6 8 ;   T h o m p s o n   I M ,   2 0 0 5 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 9 4 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 9 4 . 1 . 6 6 ;   V a i d y a   V S ,   2 0 1 0 ,   B I O M A R K E R S   M E D   D R U G ;   W o o l f   S H ,   1 9 9 6 ,   H L T H   P R O M O T I O N   D I S   P ;   W o r l e y   B . ,   2 0 1 2 ,   C U R R   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 ,   P 9 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 2 2 1 3 2 3 5 X 1 1 3 0 1 0 1 0 0 9 2 ;   Z h e n g   Y F ,   2 0 0 5 ,   C L I N   B I O C H E M ,   V 3 8 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n b i o c h e m . 2 0 0 4 . 0 9 . 0 2 1 ;   Z h e n g   Y F ,   2 0 0 2 ,   E L E C T R O P H O R E S I S ,   V 2 3 ,   P 4 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e l p s . 2 0 0 2 9 0 0 2 7 ;   Z h e n g   Y F ,   2 0 0 5 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 1 1 ,   P 3 8 7 1 	 5 5 	 0 	 0 	 3 	 3 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 1 6 1 8 - 2 6 4 2 	 1 6 1 8 - 2 6 5 0 	 	 A N A L   B I O A N A L   C H E M 	 A n a l .   B i o a n a l .   C h e m . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 4 0 9 	 1 3 	 	 	 	 	 3 2 8 9 	 3 2 9 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 7 - 0 2 9 7 - 7 	 	 9 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y 	 E S 7 A H 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 7 0 1 4 0 0 0 0 2 	 2 8 3 4 3 3 4 5 	 
 
 J 	 I n g l e s e ,   P ;   M c K e n z i e ,   J S ;   M r o z ,   A ;   K i n r o s s ,   J ;   V e s e l k o v ,   K ;   H o l m e s ,   E ;   T a k a t s ,   Z ;   N i c h o l s o n ,   J K ;   G l e n ,   R C 	 	 	 	 I n g l e s e ,   P a o l o ;   M c K e n z i e ,   J a m e s   S . ;   M r o z ,   A n n a ;   K i n r o s s ,   J a m e s ;   V e s e l k o v ,   K i r i l l ;   H o l m e s ,   E l a i n e ;   T a k a t s ,   Z o l t a n ;   N i c h o l s o n ,   J e r e m y   K . ;   G l e n ,   R o b e r t   C . 	 	 	 D e e p   l e a r n i n g   a n d   3 D - D E S I   i m a g i n g   r e v e a l   t h e   h i d d e n   m e t a b o l i c   h e t e r o g e n e i t y   o f   c a n c e r 	 C H E M I C A L   S C I E N C E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   I O N I Z A T I O N ;   E X P R E S S I O N ;   D I S C O V E R Y ;   H I S T O L O G Y ;   A P O P T O S I S ;   N E T W O R K S ;   M O D E L S ;   T I S S U E ;   C E L L S 	 V i s u a l   i n s p e c t i o n   o f   t u m o u r   t i s s u e s   d o e s   n o t   r e v e a l   t h e   c o m p l e x   m e t a b o l i c   c h a n g e s   t h a t   d i f f e r e n t i a t e   c a n c e r   a n d   i t s   s u b - t y p e s   f r o m   h e a l t h y   t i s s u e s .   M a s s   s p e c t r o m e t r y   i m a g i n g ,   w h i c h   q u a n t i f i e s   t h e   u n d e r l y i n g   c h e m i s t r y ,   r e p r e s e n t s   a   p o w e r f u l   t o o l   f o r   t h e   m o l e c u l a r   e x p l o r a t i o n   o f   t u m o u r   t i s s u e s .   A   3 - d i m e n s i o n a l   t o p o l o g i c a l   d e s c r i p t i o n   o f   t h e   c h e m i c a l   p r o p e r t i e s   o f   t h e   t u m o u r   p e r m i t s   t h e   f o r m u l a t i o n   o f   h y p o t h e s e s   a b o u t   t h e   b i o l o g i c a l   c o m p o s i t i o n   a n d   i n t e r a c t i o n s   a n d   t h e   p o s s i b l e   c a u s e s   o f   i t s  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 2 - d i m e n s i o n a l   m a n i f o l d .   T h i s   t e c h n i q u e   a l l o w s   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   c l u s t e r s   n o t   v i s i b l e   w i t h   l i n e a r   m e t h o d s .   T h e   u n s u p e r v i s e d   c l u s t e r i n g   o f   t h e   t u m o u r   t i s s u e   r e s u l t s   i n   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   s u b - r e g i o n s   c h a r a c t e r i s e d   b y   t h e   a b u n d a n c e   o f   i d e n t i f i e d   m e t a b o l i t e s ,   m a k i n g   p o s s i b l e   t h e   f o r m u l a t i o n   o f   h y p o t h e s e s   t o   a c c o u n t   f o r   t h e i r   s i g n i f i c a n c e   a n d   t h e   u n d e r l y i n g   b i o l o g i c a l   h e t e r o g e n e i t y   i n   t h e   t u m o u r . 	 [ I n g l e s e ,   P a o l o ;   M c K e n z i e ,   J a m e s   S . ;   M r o z ,   A n n a ;   K i n r o s s ,   J a m e s ;   V e s e l k o v ,   K i r i l l ;   H o l m e s ,   E l a i n e ;   T a k a t s ,   Z o l t a n ;   N i c h o l s o n ,   J e r e m y   K . ;   G l e n ,   R o b e r t   C . ]   I m p e r i a l   C o l l   L o n d o n ,   D i v   C o m p u t a t   &   S y s t   M e d ,   D e p t   S u r g   &   C a n c ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ G l e n ,   R o b e r t   C . ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   D e p t   C h e m ,   C t r   M o l   I n f o r m a t ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d 	 T a k a t s ,   Z ;   N i c h o l s o n ,   J K ;   G l e n ,   R C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I m p e r i a l   C o l l   L o n d o n ,   D i v   C o m p u t a t   &   S y s t   M e d ,   D e p t   S u r g   &   C a n c ,   L o n d o n ,   E n g l a n d . ;   G l e n ,   R C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a m b r i d g e ,   D e p t   C h e m ,   C t r   M o l   I n f o r m a t ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d . 	 z . t a k a t s @ i m p e r i a l . a c . u k ;   j . n i c h o l s o n @ i m p e r i a l . a c . u k ;   r . g l e n @ i m p e r i a l . a c . u k 	 	 	 D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h ,   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h ,   B o w e l   a n d   C a n c e r   R e s e a r c h ;   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l ;   W e l l c o m e   T r u s t ;   I m p e r i a l   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C e n t r e ;   I m p e r i a l   C o l l e g e   S t r a t i f i e d   M e d i c i n e   G r a d u a t e   T r a i n i n g   P r o g r a m m e   i n   S y s t e m s   M e d i c i n e   a n d   S p e c t r o s c o p i c   P r o f i l i n g   ( S T R A T i G R A D ) ;   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   [ M R / L 0 1 6 3 2 X / 1 ] 	 W e   w o u l d   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   f u n d i n g   f r o m   t h e   D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h ,   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h ,   B o w e l   a n d   C a n c e r   R e s e a r c h ,   t h e   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   t h e   W e l l c o m e   T r u s t   a n d   t h e   I m p e r i a l   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C e n t r e   f o r   f u n d i n g   D E S I   r e s e a r c h .   M r   I n g l e s e   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   I m p e r i a l   C o l l e g e   S t r a t i f i e d   M e d i c i n e   G r a d u a t e   T r a i n i n g   P r o g r a m m e   i n   S y s t e m s   M e d i c i n e   a n d   S p e c t r o s c o p i c   P r o f i l i n g   ( S T R A T i G R A D ) .   W e   w o u l d   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   P r o f   R o b e r t   G o l d i n   a n d   D r   A b i g a i l   S p e l l e r   f o r   t h e   m a n u a l   a n n o t a t i o n   o f   t h e   H & E   s t a i n e d   i m a g e s .   T h i s   w o r k   u s e d   t h e   c o m p u t i n g   r e s o u r c e s   o f   t h e   U K   M E D i c a l   B l O i n f o r m a t i c s   p a r t n e r s h i p   -   a g g r e g a t i o n ,   i n t e g r a t i o n ,   v i s u a l i s a t i o n   a n d   a n a l y s i s   o f   l a r g e ,   c o m p l e x   d a t a   ( U K   M E D - B I O )   w h i c h   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   [ g r a n t   n u m b e r   M R / L 0 1 6 3 2 X / 1 ] . 	 A b d e l m o u l a   W M ,   2 0 1 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 3 ,   P 1 2 2 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 1 0 2 2 7 1 1 3 ;   A l e x a n d r o v   T ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - S 1 6 - S 1 1 ;   A n k e r s t   M . ,   1 9 9 9 ,   A C M   S I G M O D   R E C O R D ;   B a l l u f f   B ,   2 0 1 5 ,   J   P A T H O L ,   V 2 3 5 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 4 4 3 6 ;   B e n g i o   Y ,   2 0 0 4 ,   A D V   N E U R   I N ,   V 1 6 ,   P 1 7 7 ;   B i r g e   R B ,   2 0 1 6 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 2 3 ,   P 9 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 1 6 . 1 1 ;   C h a n   E C Y ,   2 0 0 9 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 8 ,   P 3 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 8 0 0 6 2 3 2 ;   C h a u r i o   R A ,   2 0 0 9 ,   M O L E C U L E S ,   V 1 4 ,   P 4 8 9 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 1 4 1 2 4 8 9 2 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C o o m b e s   K R ,   2 0 0 5 ,   P R O T E O M I C S ,   V 5 ,   P 4 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 0 4 0 1 2 6 1 ;   C o r n e t t   D S ,   2 0 0 6 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 5 ,   P 1 9 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 6 0 0 1 1 9 - M C P 2 0 0 ;   D A V I E S   D L ,   1 9 7 9 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 ,   P 2 2 4 ;   D e i n i n g e r   S O ,   2 0 0 8 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 7 ,   P 5 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 8 0 0 5 7 7 7 ;   D i n g   C . ,   2 0 0 4 ,   P   2 1   I N T   C   M A C H   L E A R ;   D o b r z y n s k a   I ,   2 0 0 5 ,   M O L   C E L L   B I O C H E M ,   V 2 7 6 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 1 0 - 0 0 5 - 3 5 5 7 - 3 ;   E b e r l i n   L S ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 6 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 2 4 6 5 ;   E s t e r   M . ,   1 9 9 6 ,   K N O W L E D G E   D I S C O V E R Y ;   F a h y   E ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p W 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 3 2 4 ;   F o n v i l l e   J M ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 5 ,   P 1 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 2 3 3 0 a ;   G e r b i g   S ,   2 0 1 2 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 3 ,   P 2 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 2 - 5 8 4 1 - x ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 9 ,   N I P S   2 0 0 9   W O R K S H   C L U ;   H a l k i d i   M . ,   2 0 0 1 ,   D A T   M I N   2 0 0 1   I C D M   2 0 ;   H a n d l   J ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 3 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 5 1 7 ;   H e   Q   P e t e r ,   2 0 1 1 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 1 0 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 4 1 3 7 / C I N . S 6 3 5 8 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 7 6 4 7 ;   H i n t o n   G .   E . ,   2 0 0 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ;   J o n e s   E A ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 4 9 1 3 ;   K o s h i j i   M ,   1 9 9 8 ,   C L I N   E X P   I M M U N O L ,   V 1 1 1 ,   P 2 1 1 ;   L a B o n i a   G J ,   2 0 1 6 ,   P R O T E O M I C S ,   V 1 6 ,   P 1 8 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 1 5 0 0 5 2 4 ;   L o u   S ,   2 0 1 6 ,   P R O T E O M I C S ,   V 1 6 ,   P 1 8 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 1 5 0 0 5 1 4 ;   M a a t e n   L . ,   2 0 0 9 ,   I N T   C   A R T   I N T   S T A T ;   M a n d a l   M K ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 1 6 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 3 6 5 5 4 a ;   M a r t i n e z - O u t s c h o o r n   U E ,   2 0 1 7 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 4 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 6 . 6 0 ;   M c C o m b i e   G ,   2 0 0 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 7 ,   P 6 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 5 1 0 8 1 q ;   M I L L I G A N   G W ,   1 9 8 5 ,   P S Y C H O M E T R I K A ,   V 5 0 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 2 9 4 2 4 5 ;   M o r a d   S A F ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 3 9 8 ;   M o r r i s   J H ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 4 3 6 ;   N e s s   R O ,   2 0 1 6 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 6 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . 5 b 0 0 9 1 1 ;   O e t j e n   J ,   2 0 1 5 ,   G I G A S C I E N C E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 7 4 2 - 0 1 5 - 0 0 5 9 - 4 ;   O p p e n h e i m e r   S R ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 9 ,   P 2 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 9 0 0 9 3 6 z ;   O t s u   N . ,   1 9 7 5 ,   A U T O M A T I C A ,   V 1 1 ,   P 2 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 9 . 4 3 1 0 0 7 6 ;   P a l m e r   A D ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 4 0 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 4 6 0 4 g ;   P e d r e g o s a   F ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 8 2 5 ;   R A N D   W M ,   1 9 7 1 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 6 6 ,   P 8 4 6 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 4 2 3 9 ;   S c h r a m m   T ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M I C S ,   V 7 5 ,   P 5 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o t . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 2 6 ;   S c h w a m b o r n   K ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 0 ,   P 6 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 9 1 7 ;   S h a n n o n   P ,   2 0 0 3 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 4 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 2 3 9 3 0 3 ;   S h e k h a r   K ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 2 1 4 0 5 1 1 1 ;   T r i m   P J ,   2 0 0 8 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 2 2 ,   P 1 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 3 4 9 8 ;   v a n   d e n   B e r g   R A ,   2 0 0 6 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 7 - 1 4 2 ;   v a n   d e r   M a a t e n   L ,   2 0 0 8 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 9 ,   P 2 5 7 9 ;   v a n   d e r   M a a t e n   L . ,   2 0 0 9 ,   R E V   B R A S   M E D ,   V 5 0 0 ,   P 5 0 0 ;   v a n   d e r   M a a t e n   L . J . ,   2 0 0 9 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 0 ,   P 6 6 ;   V e n n a   J . ,   2 0 0 6 ,   E S A N N   2 0 0 6   P   E U R   S   A ;   V e s e l k o v   K A ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 3 ,   P 5 8 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 2 0 1 0 6 5 j ;   W a n g   Z ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 3 ,   P 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 3 . 8 1 9 8 6 1 ;   W i j e t u n g e   C .   D . ,   2 0 1 4 ,   7   I N T   C   I N F   A U T   S U S T ;   Y u e   X S ,   2 0 1 6 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 4 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . 6 b 0 0 3 4 2 	 5 8 	 0 	 0 	 2 	 2 	 R O Y A L   S O C   C H E M I S T R Y 	 C A M B R I D G E 	 T H O M A S   G R A H A M   H O U S E ,   S C I E N C E   P A R K ,   M I L T O N   R D ,   C A M B R I D G E   C B 4   0 W F ,   C A M B S ,   E N G L A N D 	 2 0 4 1 - 6 5 2 0 	 2 0 4 1 - 6 5 3 9 	 	 C H E M   S C I 	 C h e m .   S c i . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 8 	 5 	 	 	 	 	 3 5 0 0 	 3 5 1 1 	 	 1 0 . 1 0 3 9 / c 6 s c 0 3 7 3 8 k 	 	 1 2 	 C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y 	 C h e m i s t r y 	 E T 8 M H 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 5 5 3 0 0 0 0 2 4 	 2 8 5 0 7 7 2 4 	 
 
 J 	 S h i a ,   W C ;   H u a n g ,   Y L ;   W u ,   H K ;   C h e n ,   D R 	 	 	 	 S h i a ,   W e i - C h u n g ;   H u a n g ,   Y u - L e n ;   W u ,   H w a - K o o n ;   C h e n ,   D a r - R e n 	 	 	 U s i n g   F l o w   C h a r a c t e r i s t i c s   i n   T h r e e - D i m e n s i o n a l   P o w e r   D o p p l e r   U l t r a s o u n d   I m a g i n g   t o   P r e d i c t   C o m p l e t e   R e s p o n s e s   i n   P a t i e n t s   U n d e r g o i n g   N e o a d j u v a n t   C h e m o t h e r a p y 	 J O U R N A L   O F   U L T R A S O U N D   I N   M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 b r e a s t   c a n c e r ;   c l i n i c a l   p r e d i c t i o n   r u l e ;   D o p p l e r   u l t r a s o u n d   i m a g i n g ;   n e o a d j u v a n t   t h e r a p y 	 B R E A S T - C A N C E R   P A T I E N T S ;   T U M O R ;   V A S C U L A T U R E ;   S O N O G R A P H Y ;   R E G R E S S I O N ;   P E R F U S I O N ;   T H E R A P Y ;   M A S S E S 	 O b j e c t i v e s S t r a t e g i e s   a r e   n e e d e d   f o r   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   a   p o o r   r e s p o n s e   t o   t r e a t m e n t   a n d   d e t e r m i n a t i o n   o f   a p p r o p r i a t e   c h e m o t h e r a p y   s t r a t e g i e s   f o r   p a t i e n t s   i n   t h e   e a r l y   s t a g e s   o f   n e o a d j u v a n t   c h e m o t h e r a p y   f o r   b r e a s t   c a n c e r .   W e   h y p o t h e s i z e   t h a t   p o w e r   D o p p l e r   u l t r a s o u n d   i m a g i n g   c a n   p r o v i d e   u s e f u l   i n f o r m a t i o n   o n   p r e d i c t i n g   r e s p o n s e   t o   n e o a d j u v a n t   c h e m o t h e r a p y .   M e t h o d s T h e   s o l i d   d i r e c t i o n a l   f l o w   o f   v e s s e l s   i n   b r e a s t   t u m o r s   w a s   u s e d   a s   a   m a r k e r   o f   p a t h o l o g i c   c o m p l e t e   r e s p o n s e s   ( p C R )   i n   p a t i e n t s   u n d e r g o i n g   n e o a d j u v a n t   c h e m o t h e r a p y .   T h i r t y - o n e   b r e a s t   c a n c e r   p a t i e n t s   w h o   r e c e i v e d   n e o a d j u v a n t   c h e m o t h e r a p y   a n d   h a d   t u m o r s   o f   2   t o   5   c m   w e r e   r e c r u i t e d .   T h r e e - d i m e n s i o n a l   p o w e r   D o p p l e r   u l t r a s o u n d   w i t h   h i g h - d e f i n i t i o n   f l o w   i m a g i n g   t e c h n o l o g y   w a s   u s e d   t o   a c q u i r e   t h e   i n d i c e s   o f   t u m o r   b l o o d   f l o w / v o l u m e ,   a n d   t h e   c h e m o t h e r a p y   r e s p o n s e   p r e d i c t i o n   w a s   e s t a b l i s h e d ,   f o l l o w e d   b y   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   c l a s s i f i c a t i o n .   R e s u l t s T h e   a c c u r a c y   o f   p C R   p r e d i c t i o n   b e f o r e   t h e   f i r s t   c h e m o t h e r a p y   t r e a t m e n t   w a s   8 3 . 8 7 %   ( a r e a   u n d e r   t h e   R O C   c u r v e   [ A U C ] = 0 . 6 9 5 7 ) .   A f t e r   t h e   s e c o n d   c h e m o t h e r a p y   t r e a t m e n t ,   t h e   a c c u r a c y   o f   w a s   8 7 . 9 %   ( A U C = 0 . 7 5 6 ) .   T r e n d   a n a l y s i s   s h o w e d   t h a t   g o o d   a n d   p o o r   r e s p o n d e r s   e x h i b i t e d   d i f f e r e n t   t r e n d s   i n   v a s c u l a r   f l o w   d u r i n g   c h e m o t h e r a p y .   C o n c l u s i o n s T h i s   p r e l i m i n a r y   s t u d y   d e m o n s t r a t e s   t h e   f e a s i b i l i t y   o f   u s i n g   t h e   v a s c u l a r   f l o w   i n   b r e a s t   t u m o r s   t o   p r e d i c t   c h e m o t h e r a p e u t i c   e f f i c a c y . 	 [ S h i a ,   W e i - C h u n g ]   C h a n g h u a   C h r i s t i a n   H o s p ,   C a n c   R e s   C t r ,   C h a n g h u a ,   T a i w a n ;   [ H u a n g ,   Y u - L e n ]   T u n g h a i   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i ,   T a i c h u n g ,   T a i w a n ;   [ W u ,   H w a - K o o n ]   C h a n g h u a   C h r i s t i a n   H o s p ,   D e p t   M e d   I m a g i n g ,   C h a n g h u a ,   T a i w a n ;   [ C h e n ,   D a r - R e n ]   C h a n g h u a   C h r i s t i a n   H o s p ,   C o m p r e h e n s   B r e a s t   C a n c   C t r ,   1 3 5   N a n h s i a o   S t ,   C h a n g h u a   5 0 0 0 6 ,   T a i w a n 	 C h e n ,   D R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h a n g h u a   C h r i s t i a n   H o s p ,   C o m p r e h e n s   B r e a s t   C a n c   C t r ,   1 3 5   N a n h s i a o   S t ,   C h a n g h u a   5 0 0 0 6 ,   T a i w a n . 	 d a r r e n _ c h e n @ c c h . o r g . t w 	 	 	 C h a n g h u a   C h r i s t i a n   H o s p i t a l   [ 1 0 1 - C C H - P R J - 0 6 ] ;   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   t h e   R e p u b l i c   o f   C h i n a ,   T a i w a n   [ 1 0 2 - 2 3 1 4 - B - 3 7 1 - 0 0 9 ,   1 0 1 - 2 2 2 1 - E - 0 2 9 - 0 3 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   r e s e a r c h   g r a n t s   f r o m   C h a n g h u a   C h r i s t i a n   H o s p i t a l   ( 1 0 1 - C C H - P R J - 0 6 )   a n d   t h e   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   t h e   R e p u b l i c   o f   C h i n a ,   T a i w a n   ( 1 0 2 - 2 3 1 4 - B - 3 7 1 - 0 0 9   a n d   1 0 1 - 2 2 2 1 - E - 0 2 9 - 0 3 1 ) . 	 A h - S e e   M L W ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 6 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 4 3 1 0 ;   B o s e r   B .   E . ,   1 9 9 2 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   F i f t h   A n n u a l   A C M   W o r k s h o p   o n   C o m p u t a t i o n a l   L e a r n i n g   T h e o r y ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 0 3 8 5 . 1 3 0 4 0 1 ;   B y v a t o v   E v g e n y ,   2 0 0 3 ,   A p p l   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 2 ,   P 6 7 ;   C h a n g   R F ,   2 0 0 7 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 3 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 3 1 0 6 0 0 4 1 ;   C h a n g   R F ,   2 0 0 6 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 2 ,   P 1 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 2 9 ;   C h e r k a s s k y   V ,   2 0 0 4 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 1 7 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 0 3 ) 0 0 1 6 9 - 2 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C r i s t i a n i n i   N . ,   2 0 0 0 ,   I N T R O   S U P P O R T   V E C T O R ;   D e m i   L ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   U L T R A S O N   F E R R ,   V 5 9 ,   P 2 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T U F F C . 2 0 1 2 . 2 4 7 6 ;   D u g d a l e   P E ,   1 9 9 9 ,   J   C O M P U T   A S S I S T   T O M O ,   V 2 3 ,   P 5 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 4 7 2 8 - 1 9 9 9 0 7 0 0 0 - 0 0 0 1 0 ;   E i s e n h a u e r   E A ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 5 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 2 6 ;   F a w c e t t   T ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 7 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 1 0 ;   G i a n n i   L ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 7 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 8 1 8 ;   H u a n g   Y L ,   2 0 1 3 ,   J   U L T R A S   M E D ,   V 3 2 ,   P 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 7 8 6 3 / u l t r a . 3 2 . 5 . 8 3 5 ;   J a i n   R K ,   2 0 0 5 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 7 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 0 4 8 1 9 ;   J a r v e l a   I Y ,   2 0 0 2 ,   U L T R A S O U N D   O B S T   G Y N ,   V 2 0 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 4 6 9 - 0 7 0 5 . 2 0 0 2 . 0 0 7 7 7 . x ;   J o a c h i m s   T . ,   1 9 9 9 ,   A D V   K E R N E L   M E T H O D S   S ,   P 1 6 9 ;   K a u f m a n n   M ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 2 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 3 . 0 1 . 1 3 6 ;   K i m   S H ,   2 0 0 8 ,   J   U L T R A S   M E D ,   V 2 7 ,   P 1 4 9 1 ;   K r o g h   A ,   2 0 0 1 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 0 5 ,   P 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 2 0 0 0 . 4 3 1 5 ;   K r o g h   A . ,   1 9 9 5 ,   A d v a n c e s   i n   N e u r a l   I n f o r m a t i o n   P r o c e s s i n g   S y s t e m s   7 ,   P 2 3 1 ;   K u e r e r   H M ,   1 9 9 9 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 7 ,   P 4 6 0 ;   A l c a z a r   J L ,   2 0 1 0 ,   J   U L T R A S   M E D ,   V 2 9 ,   P 7 6 1 ;   L y u   S ,   2 0 0 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 2 5 7 8 ,   P 3 4 0 ;   M a y r   N A ,   1 9 9 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 6 ,   P 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 7 ) 8 5 0 9 0 - 0 ;   P a i r l e i t n e r   H ,   1 9 9 9 ,   U L T R A S O U N D   O B S T   G Y N ,   V 1 4 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 4 6 9 - 0 7 0 5 . 1 9 9 9 . 1 4 0 2 0 1 3 9 . x ;   R a s t o g i   P ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 7 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 7 . 1 5 . 0 2 3 5 ;   S a d e g h i - N a i n i   A ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 3 4 9 7 ;   S h i a   W C ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 7 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 1 9 / 7 7 6 3 ;   S i n g l e t a r y   S E ,   2 0 0 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 6 ,   P 3 7 ;   S m o l a   A J ,   2 0 0 4 ,   S T A T   C O M P U T ,   V 1 4 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : S T C O . 0 0 0 0 0 3 5 3 0 1 . 4 9 5 4 9 . 8 8 ;   W e i s s   S M ,   1 9 9 0 ,   R E A D I N G S   M A C H I N E   L E A ,   P 1 7 7 	 3 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 2 7 8 - 4 2 9 7 	 1 5 5 0 - 9 6 1 3 	 	 J   U L T R A S   M E D 	 J .   U l t r a s o u n d   M e d . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 3 6 	 5 	 	 	 	 	 8 8 7 	 9 0 0 	 	 1 0 . 7 8 6 3 / u l t r a . 1 6 . 0 2 0 7 8 	 	 1 4 	 A c o u s t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 A c o u s t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E S 8 C I 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 7 7 8 5 0 0 0 0 5 	 2 8 1 0 9 0 0 9 	 
 
 J 	 N g u y e n ,   H T ;   S h a h ,   Z K ;   M o r t a z a v i ,   A ;   P o h a r ,   K S ;   W e i ,   L ;   J i a ,   G ;   Z y n g e r ,   D L ;   K n o p p ,   M V 	 	 	 	 N g u y e n ,   H u y e n   T . ;   S h a h ,   Z a r i n e   K . ;   M o r t a z a v i ,   A m i r ;   P o h a r ,   K a m a l   S . ;   W e i ,   L a i ;   J i a ,   G u a n g ;   Z y n g e r ,   D e b r a   L . ;   K n o p p ,   M i c h a e l   V . 	 	 	 N o n - i n v a s i v e   q u a n t i f i c a t i o n   o f   t u m o u r   h e t e r o g e n e i t y   i n   w a t e r   d i f f u s i v i t y   t o   d i f f e r e n t i a t e   m a l i g n a n t   f r o m   b e n i g n   t i s s u e s   o f   u r i n a r y   b l a d d e r :   a   p h a s e   I   s t u d y 	 E U R O P E A N   R A D I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B l a d d e r   m a l i g n a n c y ;   T u m o u r   h e t e r o g e n e i t y ;   A p p a r e n t   D i f f u s i o n   C o e f f i c i e n t ;   H i s t o g r a m   a n a l y s i s ;   K - m e a n s   c l u s t e r i n g 	 W E I G H T E D   M R I ;   C A N C E R - D E T E C T I O N ;   C O E F F I C I E N T ;   D I A G N O S I S ;   P R E D I C T I O N ;   L E S I O N S 	 T o   q u a n t i f y   t h e   h e t e r o g e n e i t y   o f   t h e   t u m o u r   a p p a r e n t   d i f f u s i o n   c o e f f i c i e n t   ( A D C )   u s i n g   v o x e l - b a s e d   a n a l y s i s   t o   d i f f e r e n t i a t e   m a l i g n a n c y   f r o m   b e n i g n   w a l l   t h i c k e n i n g   o f   t h e   u r i n a r y   b l a d d e r .   N i n e t e e n   p a t i e n t s   w i t h   h i s t o p a t h o l o g i c a l   f i n d i n g s   o f   t h e i r   c y s t e c t o m y   s p e c i m e n   w e r e   i n c l u d e d .   A   d a t a   s e t   o f   v o x e l - b a s e d   A D C   v a l u e s   w a s   a c q u i r e d   f o r   e a c h   p a t i e n t ' s   l e s i o n .   H i s t o g r a m   a n a l y s i s   w a s   p e r f o r m e d   o n   e a c h   d a t a   s e t   t o   c a l c u l a t e   u n i f o r m i t y   ( U )   a n d   e n t r o p y   ( E ) .   T h e   k - m e a n s   c l u s t e r i n g   o f   t h e   v o x e l - w i s e d   A D C   d a t a   s e t   w a s   i m p l e m e n t e d   t o   m e a s u r e   m e a n   i n t r a - c l u s t e r   d i s t a n c e   ( M I C D )   a n d   l a r g e s t   i n t e r - c l u s t e r   d i s t a n c e   ( L I C D ) .   S u b s e q u e n t l y ,   U ,   E ,   M I C D ,   a n d   L I C D   f o r   m a l i g n a n t   t u m o u r s   w e r e   c o m p a r e d   w i t h   t h o s e   f o r   b e n i g n   l e s i o n s   u s i n g   a   t w o - s a m p l e   t - t e s t .   E l e v e n   p a t i e n t s   h a d   p a t h o l o g i c a l   c o n f i r m a t i o n   o f   m a l i g n a n c y   a n d   e i g h t   w i t h   b e n i g n   w a l l   t h i c k e n i n g .   H i s t o g r a m   a n a l y s i s   s h o w e d   t h a t   m a l i g n a n t   t u m o u r s   h a d   a   s i g n i f i c a n t l y   h i g h e r   d e g r e e   o f   A D C   h e t e r o g e n e i t y   w i t h   l o w e r   U   ( P   =   0 . 0 1 6 )   a n d   h i g h e r   E   ( P   =   0 . 0 0 5 )   t h a n   b e n i g n   l e s i o n s .   I n   a g r e e m e n t   w i t h   t h e s e   f i n d i n g s ,   k - m e a n s   c l u s t e r i n g   o f   v o x e l - w i s e   A D C   i n d i c a t e d   t h a t   b l a d d e r   m a l i g n a n c y   p r e s e n t e d   w i t h   s i g n i f i c a n t l y   h i g h e r   M I C D   ( P   <   0 . 0 0 1 )   a n d   h i g h e r   L I C D   ( P   =   0 . 0 0 2 )   t h a n   b e n i g n   w a l l   t h i c k e n i n g .   T h e   q u a n t i t a t i v e   a s s e s s m e n t   o f   t u m o u r   d i f f u s i o n   h e t e r o g e n e i t y   u s i n g   v o x e l - b a s e d   A D C   a n a l y s i s   h a s   t h e   p o t e n t i a l   t o   b e c o m e   a   n o n - i n v a s i v e   t o o l   t o   d i s t i n g u i s h   m a l i g n a n t   f r o m   b e n i g n   t i s s u e s   o f   u r i n a r y   b l a d d e r   c a n c e r .   a E u r o   c e n t   H e t e r o g e n e i t y   i s   a n   i n t r i n s i c   c h a r a c t e r i s t i c   o f   t u m o r a l   t i s s u e .   a E u r o   c e n t   N o n - i n v a s i v e   q u a n t i f i c a t i o n   o f   t u m o u r   h e t e r o g e n e i t y   c a n   p r o v i d e   a d j u n c t i v e   i n f o r m a t i o n   t o   i m p r o v e   c a n c e r   d i a g n o s i s   a c c u r a c y .   a E u r o   c e n t   H i s t o g r a m   a n a l y s i s   a n d   k - m e a n s   c l u s t e r i n g   c a n   q u a n t i f y   t u m o u r   d i f f u s i o n   h e t e r o g e n e i t y .   a E u r o   c e n t   T h e   q u a n t i f i c a t i o n   h e l p s   d i f f e r e n t i a t e   m a l i g n a n t   f r o m   b e n i g n   u r i n a r y   b l a d d e r   t i s s u e . 	 [ N g u y e n ,   H u y e n   T . ;   S h a h ,   Z a r i n e   K . ;   K n o p p ,   M i c h a e l   V . ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   D e p t   R a d i o l ,   W r i g h t   C t r   I n n o v a t   B i o m e d   I m a g i n g ,   3 9 5   W   1 2 t h   A v e , R o o m   4 3 0 ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A ;   [ M o r t a z a v i ,   A m i r ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A ;   [ P o h a r ,   K a m a l   S . ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   D e p t   U r o l ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A ;   [ W e i ,   L a i ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   C t r   B i o s t a t ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A ;   [ J i a ,   G u a n g ]   L o u i s i a n a   S t a t e   U n i v ,   D e p t   P h y s   &   A s t r o n ,   B a t o n   R o u g e ,   L A   7 0 8 0 3   U S A ;   [ J i a ,   G u a n g ]   P e n n i n g t o n   B i o m e d   R e s   C t r ,   6 4 0 0   P e r k i n s   R d ,   B a t o n   R o u g e ,   L A   7 0 8 0 8   U S A ;   [ Z y n g e r ,   D e b r a   L . ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   D e p t   P a t h o l ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A 	 K n o p p ,   M V   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   O h i o   S t a t e   U n i v ,   D e p t   R a d i o l ,   W r i g h t   C t r   I n n o v a t   B i o m e d   I m a g i n g ,   3 9 5   W   1 2 t h   A v e , R o o m   4 3 0 ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A . 	 k n o p p . 1 6 @ o s u . e d u 	 	 	 N C I   N I H   H H S   [ P 3 0   C A 0 1 6 0 5 8 ] 	 	 A b o u - E l - G h a r   M E ,   2 0 0 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 1 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 5 0 3 0 8 0 7 2 3 ;   A l i c   L ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 0 3 0 0 ;   A n d e r s e n   E K F ,   2 0 1 1 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 0 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 1 . 5 7 8 5 8 6 ;   A v c u   S ,   2 0 1 1 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   V 8 4 ,   P 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 3 0 5 9 1 3 5 0 ;   B h a t t   J ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   R E V   A N T I C A N C ,   V 1 2 ,   P 9 2 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 5 8 6 / e r a . 1 2 . 7 3 ,   1 0 . 1 5 8 6 / E R A . 1 2 . 7 3 ] ;   D a g g u l l i   M ,   2 0 1 1 ,   U R O L   I N T ,   V 8 7 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 3 0 9 2 5 ;   D a v n a l l   F e r g u s ,   2 0 1 2 ,   I n s i g h t s   I m a g i n g ,   V 3 ,   P 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 4 4 - 0 1 2 - 0 1 9 6 - 6 ;   D o c q u i e r   P L ,   2 0 0 9 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 7 ,   P 1 4 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 1 7 ;   E l - A s s m y   A ,   2 0 0 9 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 9 ,   P 1 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 9 - 1 3 4 0 - 7 ;   G r a y   C ,   2 0 1 1 ,   C L I N   N U T R ,   V 3 0 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l n u . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 1 2 ;   J e r o m e   N P ,   2 0 1 7 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 7 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 6 - 4 3 1 8 - 2 ;   J u s t   N ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 1 ,   P 2 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 4 . 5 1 2 ;   K i l i c k e s m e z   O ,   2 0 0 9 ,   D I A G N   I N T E R V   R A D I O L ,   V 1 5 ,   P 1 0 4 ;   K o b a y a s h i   S ,   2 0 1 4 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 9 ,   P 1 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 1 4 8 ;   K o b a y a s h i   S ,   2 0 1 1 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 1 ,   P 2 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 1 - 2 1 7 4 - 7 ;   L a m b r e g t s   D M J ,   2 0 1 6 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 6 ,   P 2 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 4 0 6 2 - z ;   M a t s u k i   M ,   2 0 0 7 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 7 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 6 - 0 2 8 1 - 7 ;   N g u y e n   H T ,   2 0 1 5 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 1 ,   P 1 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 6 6 3 ;   N g u y e n   H T ,   2 0 1 4 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 4 9 ,   P 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 ;   N i s h i m u r a   K ,   2 0 0 9 ,   I N T   U R O L   N E P H R O L ,   V 4 1 ,   P 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 5 5 - 0 0 9 - 9 5 6 6 - 5 ;   S a d o w   C A ,   2 0 0 8 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 9 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 9 1 0 7 1 8 6 0 ;   S e t t y   B i n d u   N ,   2 0 0 7 ,   C u r r   P r o b l   D i a g n   R a d i o l ,   V 3 6 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 7 / j . c p r a d i o l . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 0 5 ;   S h a r i a t   S h a h r o k h   F ,   2 0 0 8 ,   R e v   U r o l ,   V 1 0 ,   P 1 2 0 ;   S r i n i v a s a n   A ,   2 0 1 0 ,   A M   J   N E U R O R A D I O L ,   V 3 1 ,   P 7 3 6 ,   D O I   1 0 . 3 1 7 4 / a j n r . A 1 9 0 1 ;   S u o   S T ,   2 0 1 4 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 1 ,   P 1 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 4 ;   T a k e u c h i   M ,   2 0 0 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 1 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 5 1 1 0 8 0 8 7 3 ;   T a t s u g a m i   K ,   2 0 1 0 ,   J   E N D O U R O L ,   V 2 4 ,   P 1 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / e n d . 2 0 1 0 . 0 0 5 5 ;   W a g n e r   M ,   2 0 1 6 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 6 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 3 8 0 0 - 6 	 2 8 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 9 3 8 - 7 9 9 4 	 1 4 3 2 - 1 0 8 4 	 	 E U R   R A D I O L 	 E u r .   R a d i o l . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 2 7 	 5 	 	 	 	 	 2 1 4 6 	 2 1 5 2 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 6 - 4 5 4 9 - 2 	 	 7 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E R 7 S N 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 0 1 3 9 0 0 0 4 0 	 2 7 5 5 3 9 2 4 	 
 
 J 	 P e r e z - M a r t i n ,   L ;   B u s t a m a n t e - R a n g e l ,   M ;   D e l g a d o - Z a m a r r e n o ,   M M 	 	 	 	 P e r e z - M a r t i n ,   L a r a ;   B u s t a m a n t e - R a n g e l ,   M y r i a m ;   M i l a g r o s   D e l g a d o - Z a m a r r e n o ,   M . 	 	 	 C l a s s i f i c a t i o n   o f   L e n t i l s ,   C h i c k p e a s   a n d   B e a n s   B a s e d   o n   T h e i r   I s o f l a v o n e   C o n t e n t 	 F O O D   A N A L Y T I C A L   M E T H O D S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 I s o f l a v o n e s ;   L e g u m e s ;   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ;   H i e r a r c h i c a l   c l u s t e r   a n a l y s i s ;   P a r t i a l   l e a s t   s q u a r e s   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s 	 C A N C E R ;   M E T A B O L I T E S ;   G E N I S T E I N ;   L E G U M E S ;   B R E A S T ;   R I S K 	 F o o d   l e g u m e s   ( F a b a c e a e )   f o r m   a n   i m p o r t a n t   p a r t   o f   t h e   h u m a n   d i e t ;   b e s i d e s ,   s e v e r a l   F a b a c e a e   s p e c i e s   a r e   a c k n o w l e d g e d   f o r   t h e i r   h i g h   l e v e l s   o f   b i o a c t i v e   c o m p o u n d s ,   a m o n g   w h i c h   a r e   i s o f l a v o n e s ,   b e i n g   r e c o g n i s e d   f o r   t h e i r   v a r i e d   t y p e s   o f   b i o l o g i c a l   a c t i v i t y .   T h e   a i m   o f   t h i s   w o r k   w a s   t o   c l a s s i f y   d i f f e r e n t   v a r i e t i e s   o f   t h r e e   t y p e s   o f   l e g u m e s   ( c h i c k p e a s ,   l e n t i l s   a n d   b e a n s )   a c c o r d i n g   t o   t h e i r   i s o f l a v o n e   c o n t e n t s .   T h e   a n a l y s i s   o f   i s o f l a v o n e s   w a s   c a r r i e d   o u t   u s i n g   h i g h - p e r f o r m a n c e   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y   c o u p l e d   t o   t r i p l e   q u a d r u p o l e   t a n d e m   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( H P L C - M S / M S ) .   T o   e x t r a c t   t h e   a n a l y t e s ,   a   m o d i f i e d   Q u E C h E R S   a p p r o a c h   w a s   u s e d .   T h e   c h r o m a t o g r a p h i c   p e a k   a r e a s   o b t a i n e d ,   a f t e r   s c a l i n g   i n   P a r e t o   m o d e ,   w e r e   u s e d   t o   b u i l d   s t a t i s t i c a l   m o d e l s .   B o t h   s u p e r v i s e d   a n d   u n s u p e r v i s e d   t e c h n i q u e s   w e r e   a p p l i e d   f o r   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   t h e   d i f f e r e n t   t y p e s   o f   p u l s e s   a n a l y s e d   i n   t h e   s t u d y :   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) ,   h i e r a r c h i c a l   c l u s t e r   a n a l y s i s   ( H C A )   a n d   p a r t i a l   l e a s t   s q u a r e s   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   ( P L S - D A ) .   T h e   s t a t i s t i c a l   m o d e l s   w e r e  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 d i f f e r e n t i a t e   a m o n g   s p e c i e s ,   s u b s p e c i e s ,   v a r i e t i e s   a n d   e v e n   e c o t y p e s   o f   d i f f e r e n t   t y p e s   o f   l e g u m e s   b a s e d   o n   t h e i r   i s o f l a v o n e   c o n t e n t . 	 [ P e r e z - M a r t i n ,   L a r a ;   B u s t a m a n t e - R a n g e l ,   M y r i a m ;   M i l a g r o s   D e l g a d o - Z a m a r r e n o ,   M . ]   U n i v   S a l a m a n c a ,   D e p t   Q u i m   A n a l i t   N u t r   &   B r o m a t o l ,   E - 3 7 0 0 8   S a l a m a n c a ,   S p a i n 	 D e l g a d o - Z a m a r r e n o ,   M M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S a l a m a n c a ,   D e p t   Q u i m   A n a l i t   N u t r   &   B r o m a t o l ,   E - 3 7 0 0 8   S a l a m a n c a ,   S p a i n . 	 m d z @ u s a l . e s 	 	 	 P r o g r a m a   P r o p i o   d e   F i n a n c i a c i o n   d e   G r u p o s   d e   I n v e s t i g a c i o n   d e   l a   U n i v e r s i d a d   d e   S a l a m a n c a   [ U S A L 2 0 1 5 - 1 6 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   f u n d e d   b y   t h e   " P r o g r a m a   P r o p i o   d e   F i n a n c i a c i o n   d e   G r u p o s   d e   I n v e s t i g a c i o n   d e   l a   U n i v e r s i d a d   d e   S a l a m a n c a "   R e f :   U S A L 2 0 1 5 - 1 6 . 	 A d l e r c r e u t z   H . ,   1 9 9 8 ,   C L I N   E N D O C R I N O L   M E T A ,   V 1 2 ,   P 6 0 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 0 - 3 5 1 X ( 9 8 ) 8 0 0 0 7 - 4 1 0 3 8 4 8 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 0 - 3 5 1 X ( 9 8 ) 8 0 0 0 7 - 4 1 0 3 8 4 8 1 6 ] ;   B r e r e t o n   R ,   2 0 0 9 ,   C H E M O M E T R I C S   P A T T E R N ,   P 4 7 ;   B u s t a m a n t e - R a n g e l   M ,   2 0 1 4 ,   P H Y T O C H E M   A N A L Y S I S ,   V 2 5 ,   P 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p c a . 2 4 8 7 ;   C a n o   A ,   2 0 1 0 ,   M A T U R I T A S ,   V 6 7 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t u r i t a s . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 1 5 ;   C a s s i d y   A ,   2 0 0 6 ,   P   N U T R   S O C ,   V 6 5 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 9 / P N S 2 0 0 5 4 7 6 ;   D e l g a d o - Z a m a r r e n o   M M ,   2 0 1 2 ,   T A L A N T A ,   V 1 0 0 ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 7 0 ;   E r i k s s o n   L ,   2 0 0 6 ,   M U L T I   M E G A V A R I A T E   1 ,   P 3 6 1 ;   F r e d e r i c k   M ,   2 0 0 6 ,   M E D   H Y P O T H E S E S ,   V 6 6 ,   P 1 0 9 3 ;   H a l e   G E ,   2 0 0 2 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 8 7 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 8 7 . 1 . 3 ;   H w a n g   C S ,   2 0 0 6 ,   J   S T E R O I D   B I O C H E M ,   V 1 0 1 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s b m b . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 2 0 ;   J a c k s o n   J E ,   2 0 0 4 ,   U S E R S   G U I D E   P R I N C I P A ,   P 4 ;   J a c o b s   A ,   2 0 0 9 ,   M O L   N U T R   F O O D   R E S ,   V 5 3 ,   P 1 0 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m n f r . 2 0 0 8 0 0 5 5 2 ;   K u m a r   V ,   2 0 1 0 ,   F O O D   R E S   I N T ,   V 4 3 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d r e s . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 9 ;   L e e   S J ,   2 0 1 0 ,   J   F O O D   C O M P O S   A N A L ,   V 2 3 ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f c a . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 5 ;   M a r t i n   L S M A ,   2 0 0 6 ,   J   L I Q   C H R O M A T O G R   R   T ,   V 2 9 ,   P 2 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 8 2 6 0 7 0 6 0 0 9 6 1 0 7 6 ;   M a z u r   W M ,   1 9 9 8 ,   J   N U T R   B I O C H E M ,   V 9 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 5 - 2 8 6 3 ( 9 7 ) 0 0 1 8 4 - 8 ;   M o r r i s   C ,   2 0 0 6 ,   J   N U T R ,   V 1 3 6 ,   P 1 1 6 6 ;   M o r r i s o n   M J ,   2 0 1 0 ,   F I E L D   C R O P   R E S ,   V 1 1 7 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c r . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 5 ;   R a m i s   R a m o s   G ,   2 0 0 1 ,   Q U I M I O M E T R I A ;   R a s c h k e   M ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 9 6 ,   P 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 9 / B J N 2 0 0 6 1 8 1 1 ;   R i m b a c h   G ,   2 0 0 8 ,   F O O D   C H E M   T O X I C O L ,   V 4 6 ,   P 1 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c t . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 2 9 ;   S j o s t r o m   M ,   1 9 8 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   P 4 8 6 ;   T r o c k   B J ,   2 0 0 6 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 8 ,   P 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j j 1 0 2 ;   V a m e r a l i   T ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   A G R O N ,   V 4 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j a . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 3 ;   W o o d   C E ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 1 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 S / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 5 - 2 0 6 / 	 2 5 	 0 	 0 	 3 	 3 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 1 9 3 6 - 9 7 5 1 	 1 9 3 6 - 9 7 6 X 	 	 F O O D   A N A L   M E T H O D 	 F o o d   A n a l .   M e t h . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 1 0 	 5 	 	 	 	 	 1 1 9 1 	 1 2 0 1 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 1 6 1 - 0 1 6 - 0 6 7 5 - 3 	 	 1 1 	 F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y 	 F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y 	 E R 7 S U 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 0 1 4 6 0 0 0 0 7 	 	 
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 ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   I l l i n o i s ,   D e p t   M a t h   S t a t   &   C o m p   S c i ,   C h i c a g o ,   I L   6 0 6 8 0   U S A . 	 m a o q 1 9 8 4 @ g m a i l . c o m ;   l i w a n g 8 @ u i c . e d u ;   I v o r . T s a n g @ u t s . e d u . a u 	 	 	 A R C   [ F T 1 3 0 1 0 0 7 4 6 ,   L P 1 5 0 1 0 0 6 7 1 ] 	 T h i s   p r o j e c t   i s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   A R C   F u t u r e   F e l l o w s h i p   F T 1 3 0 1 0 0 7 4 6   a n d   A R C   g r a n t   L P 1 5 0 1 0 0 6 7 1 . 	 B e l k i n   M ,   2 0 0 2 ,   A D V   N E U R   I N ,   V 1 4 ,   P 5 8 5 ;   B e l k i n   M ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 2 3 9 9 ;   B E S A G   J ,   1 9 7 5 ,   S T A T I S T I C I A N ,   V 2 4 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 9 8 7 7 8 2 ;   B o y d   S ,   2 0 0 4 ,   C O N V E X   O P T I M I Z A T I O N ;   B u r g e s   C . ,   2 0 0 9 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 ,   P 2 7 5 ;   B Y R D   R H ,   1 9 9 5 ,   S I A M   J   S C I   C O M P U T ,   V 1 6 ,   P 1 1 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 0 9 1 6 0 6 9 ;   C r e i g h t o n   C ,   2 0 1 2 ,   B I O L O G I C S ,   V 1 5 ,   P 4 4 0 ;   C u r t i s   C ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 6 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 9 8 3 ;   E l h a m i f a r   E ,   2 0 1 1 ,   N I P S ,   P 5 5 ;   F u k u n a g a   K .   F . ,   2 0 1 3 ,   I N T R O   S T A T   P A T T E R N   R ;   G r e a v e s   M ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 1 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 7 6 2 ;   G u p t a   A .   K ,   1 9 9 9 ,   M A T R I X   V A R I A T E   D I S T R ,   V 1 0 4 ;   H A S T I E   T ,   1 9 8 9 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 8 4 ,   P 5 0 2 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 9 9 3 6 ;   J e b a r a   T o n y ,   2 0 0 1 ,   T H E S I S ;   J i m e n e z   L O ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   C ,   V 2 8 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 3 2 6 . 6 6 1 0 8 9 ;   J o l l i f f e   J .   T . ,   1 9 8 6 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   K e g l   B ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 2 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 8 4 1 7 5 9 ;   K U L L B A C K   S ,   1 9 5 1 ,   A N N   M A T H   S T A T ,   V 2 2 ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o m s / 1 1 7 7 7 2 9 6 9 4 ;   L a w r e n c e   N ,   2 0 0 5 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 6 ,   P 1 7 8 3 ;   L a w r e n c e   N D ,   2 0 1 2 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 3 ,   P 1 6 0 9 ;   M a o   Q . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 4 ,   P 2 4 8 ;   N e n e   S .   A . ,   1 9 9 6 ,   C U C S 0 0 5 9 6 ;   N i e   F P ,   2 0 0 9 ,   2 1 S T   I N T E R N A T I O N A L   J O I N T   C O N F E R E N C E   O N   A R T I F I C I A L   I N T E L L I G E N C E   ( I J C A I - 0 9 ) ,   P R O C E E D I N G S ,   P 1 1 8 1 ;   N i e   F P ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 9 ,   P 1 9 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 0 . 2 0 4 4 9 5 8 ;   P a r k e r   J S ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 1 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 8 . 1 8 . 1 3 7 0 ;   R a s m u s s e n   C E ,   2 0 0 5 ,   A D A P T   C O M P U T   M A C H   L E ,   P 1 ;   S a u l   L K ,   2 0 0 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 4 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 4 3 2 2 9 7 2 6 6 7 ;   S c h o l k o p f   B ,   1 9 9 9 ,   A D V A N C E S   I N   K E R N E L   M E T H O D S ,   P 3 2 7 ;   S m o l a   A .   J . ,   2 0 0 3 ,   I C M L ,   P 1 4 4 ;   S o n g   L . ,   2 0 0 7 ,   I C M L ,   P 8 1 5 ;   S u n   Y J ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 4 - 0 4 4 0 - 0 ;   T i p p i n g   M E ,   1 9 9 9 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 1 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 0 0 1 9 6 ;   T u t u n c u   R H ,   2 0 0 3 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 9 5 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 7 - 0 0 2 - 0 3 4 7 - 5 ;   v a n   d e r   M a a t e n   L ,   2 0 0 8 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 9 ,   P 2 5 7 9 ;   V a n d e n b e r g h e   L ,   1 9 9 6 ,   S I A M   R E V ,   V 3 8 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 1 0 3 8 0 0 3 ;   v a n   d e r   M a a t e n   L . ,   2 0 0 9 ,   2 0 0 9 0 0 5   T I C C T R   T I L B ;   W e i n b e r g e r   K Q ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 7 0 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 0 5 - 4 9 3 9 - z ;   W e i n b e r g e r   K .   Q . ,   2 0 0 5 ,   P   1 0   I N T   W O R K S H   A R T ,   P 3 8 1 ;   W e i n b e r g e r   K .   Q . ,   2 0 0 4 ,   I C M L   0 4 ,   P 1 0 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 1 5 3 3 0 . 1 0 1 5 3 4 5 ;   Z h u   J ,   2 0 0 9 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 0 ,   P 2 5 3 1 	 4 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P R I N G E R 	 D O R D R E C H T 	 V A N   G O D E W I J C K S T R A A T   3 0 ,   3 3 1 1   G Z   D O R D R E C H T ,   N E T H E R L A N D S 	 0 8 8 5 - 6 1 2 5 	 1 5 7 3 - 0 5 6 5 	 	 M A C H   L E A R N 	 M a c h .   L e a r n . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 1 0 6 	 5 	 	 	 S I 	 	 6 2 7 	 6 5 0 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 1 6 - 5 6 0 2 - 8 	 	 2 4 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E S 3 U K 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 4 5 4 7 0 0 0 0 2 	 	 
 
 J 	 L u k m a n ,   S ;   N g u y e n ,   M N ;   S i m ,   K ;   T e o ,   J C M 	 	 	 	 L u k m a n ,   S u r y a n i ;   N g u y e n ,   M i n h   N . ;   S i m ,   K e l v i n ;   T e o ,   J e r e m y   C .   M . 	 	 	 D i s c o v e r y   o f   R a b 1   b i n d i n g   s i t e s   u s i n g   a n   e n s e m b l e   o f   c l u s t e r i n g   m e t h o d s 	 P R O T E I N S - S T R U C T U R E   F U N C T I O N   A N D   B I O I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 a l l o s t e r i c   s i t e ;   b i n d i n g   s i t e ;   d r u g   d e s i g n ;   G T P a s e ;   m o l e c u l a r   r e c o g n i t i o n ;   p r o t e i n   f l e x i b i l i t y ;   s t r u c t u r a l   c l u s t e r i n g ;   s t r u c t u r a l   b i o i n f o r m a t i c s 	 I N D E P E N D E N T   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   N O N N E G A T I V E   M A T R I X   F A C T O R I Z A T I O N ;   H O T - S P O T S ;   L I G A N D - B I N D I N G ;   3 D   S T R U C T U R E S ;   E N D O P L A S M I C - R E T I C U L U M ;   N U C L E O T I D E   E X C H A N G E ;   P R O T E I N   I N T E R F A C E S ;   D R U G   D I S C O V E R Y ;   H I V - I N T E G R A S E 	 T a r g e t i n g   n o n - n a t i v e - l i g a n d   b i n d i n g   s i t e s   f o r   p o t e n t i a l   i n v e s t i g a t i v e   a n d   t h e r a p e u t i c   a p p l i c a t i o n s   i s   a n   a t t r a c t i v e   s t r a t e g y   i n   p r o t e i n s   t h a t   s h a r e   c o m m o n   n a t i v e   l i g a n d s ,   a s   i n   R a b 1   p r o t e i n .   R a b 1   i s   a   s u b f a m i l y   m e m b e r   o f   R a b   p r o t e i n s ,   w h i c h   a r e   m e m b e r s   o f   R a s   G T P a s e   s u p e r f a m i l y .   A l l   R a s   G T P a s e   s u p e r f a m i l y   m e m b e r s   b i n d   t o   n a t i v e   l i g a n d s   G T P   a n d   G D P ,   t h a t   s w i t c h   o n   a n d   o f f   t h e   p r o t e i n s ,   r e s p e c t i v e l y .   R a b 1   i s   p h y s i o l o g i c a l l y   e s s e n t i a l   f o r   a u t o p h a g y   a n d   t r a n s p o r t   b e t w e e n   e n d o p l a s m i c   r e t i c u l u m   a n d   G o l g i   a p p a r a t u s .   P a t h o l o g i c a l l y ,   R a b 1   i s   i m p l i c a t e d   i n   h u m a n   c a n c e r s ,   a   n e u r o d e g e n e r a t i v e   d i s e a s e ,   c a r d i o m y o p a t h y ,   a n d   b a c t e r i a - c a u s e d   i n f e c t i o u s   d i s e a s e s .   W e   h a v e   p e r f o r m e d   s t r u c t u r a l   a n a l y s e s   o n   R a b 1   p r o t e i n   u s i n g   a   u n i q u e   e n s e m b l e   o f   c l u s t e r i n g   m e t h o d s ,   i n c l u d i n g   m u l t i - s t e p   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ,   n o n - n e g a t i v e   m a t r i x   f a c t o r i z a t i o n ,   a n d   i n d e p e n d e n t   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ,   t o   b e t t e r   i d e n t i f y   r e p r e s e n t a t i v e   R a b 1   p r o t e i n s   t h a n   t h e   a p p l i c a t i o n   o f   a   s i n g l e   c l u s t e r i n g   m e t h o d   a l o n e   d o e s .   W e   t h e n   u s e d   t h e   i d e n t i f i e d   r e p r e s e n t a t i v e   R a b 1   s t r u c t u r e s ,   r e s o l v e d   i n   m u l t i p l e   l i g a n d   s t a t e s ,   t o   m a p   t h e i r   k n o w n   a n d   n o v e l   b i n d i n g   s i t e s .   W e   r e p o r t   h e r e   a t   l e a s t   a   n o v e l   b i n d i n g   s i t e   o n   R a b 1 ,   i n v o l v i n g   R a b 1 - s p e c i f i c   r e s i d u e s   t h a t   c o u l d   b e   f u r t h e r   e x p l o r e d   f o r   t h e   r a t i o n a l   d e s i g n   a n d   d e v e l o p m e n t   o f   i n v e s t i g a t i v e   p r o b e s   a n d / o r   t h e r a p e u t i c   s m a l l   m o l e c u l e s   a g a i n s t   t h e   R a b 1   p r o t e i n .   P r o t e i n s   2 0 1 7 ;   8 5 : 8 5 9 - 8 7 1 .   ( c )   2 0 1 6   W i l e y   P e r i o d i c a l s ,   I n c . 	 [ L u k m a n ,   S u r y a n i ;   T e o ,   J e r e m y   C .   M . ]   K h a l i f a   U n i v ,   A b u   D h a b i   C a m p u s , P O B   1 2 7 7 8 8 ,   A b u   D h a b i ,   U   A r a b   E m i r a t e s ;   [ N g u y e n ,   M i n h   N . ]   A g c y   S c i   T e c h n o l   &   R e s ,   B i o i n f o r m a t   I n s t ,   3 0   B i o p o l i s   S t , 0 7 - 0 1 ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 7 1 ,   S i n g a p o r e ;   [ S i m ,   K e l v i n ]   O n e A n a l y t i x   P t e   L t d ,   O n n   W a h   B l d g   0 4 - 0 1 , 1 1   C h a n g i   S o u t h   L a n e ,   S i n g a p o r e   4 8 6 1 5 4 ,   S i n g a p o r e 	 L u k m a n ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K h a l i f a   U n i v ,   A b u   D h a b i   C a m p u s , P O B   1 2 7 7 8 8 ,   A b u   D h a b i ,   U   A r a b   E m i r a t e s . ;   T e o ,   J C M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A b u   D h a b i   C a m p u s , P O B   1 2 7 7 8 8 ,   A b u   D h a b i ,   U   A r a b   E m i r a t e s . 	 s u r y a n i . l u k m a n @ k u s t a r . a c . a e ;   j e r e m y . t e o @ k u s t a r . a c . a e 	 	 	 A l   J a l i l a   F o u n d a t i o n   [ A J F 2 0 1 5 0 7 ] 	 G r a n t   s p o n s o r :   A l   J a l i l a   F o u n d a t i o n ;   G r a n t   n u m b e r :   A J F 2 0 1 5 0 7 . 	 A l b e r t - W e i s s e n b e r g e r   C ,   2 0 0 7 ,   C E L L   M O L   L I F E   S C I ,   V 6 4 ,   P 4 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 1 8 - 0 0 6 - 6 3 9 1 - 1 ;   A l i   B R ,   2 0 0 5 ,   B I O C H E M   S O C   T ,   V 3 3 ,   P 6 5 2 ;   A n t o n y u k   S V ,   2 0 1 4 ,   I U C R J ,   V 1 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 7 / S 2 0 5 2 2 5 2 5 1 4 0 0 4 0 0 X ;   A o   X ,   2 0 1 4 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 2 1 ,   P 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 1 3 . 1 8 7 ;   A z i z   M F ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 5 0 5 8 ;   B a k a n   A ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 1 6 8 ;   B a t o k o   H ,   2 0 0 0 ,   P L A N T   C E L L ,   V 1 2 ,   P 2 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 5 / t p c . 1 2 . 1 1 . 2 2 0 1 ;   B o g a n   A A ,   1 9 9 8 ,   J   M O L   B I O L ,   V 2 8 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 1 9 9 8 . 1 8 4 3 ;   B o r a t y n   G M ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p W 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 2 8 2 ;   B u h r m a n   G ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 4 9 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 2 2 2 6 1 0 7 ;   C h e n g   W ,   2 0 1 2 ,   P L O S   P A T H O G ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p p a t . 1 0 0 2 5 2 8 ;   C o l i c e l l i   J o h n ,   2 0 0 4 ,   S c i   S T K E ,   V 2 0 0 4 ,   p R E 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s t k e . 2 5 0 2 0 0 4 r e 1 3 ;   C o o p e r   A A ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 3 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 9 4 6 2 ;   D o n g   N ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 5 0 ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 5 0 ;   G o m e z - G a r c i a   I ,   2 0 1 0 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 9 9 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 4 5 ;   G o r f e   A A ,   2 0 0 8 ,   S T R U C T U R E ,   V 1 6 ,   P 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t r . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 0 9 ;   G r a n t   B J ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 2 6 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 4 6 1 ;   G r a n t   B J ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 5 7 1 1 ;   G r a n t   B J ,   2 0 1 0 ,   B I O P H Y S   J ,   V 9 9 ,   p L 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p j . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 2 0 ;   G r a n t   B J ,   2 0 1 0 ,   C U R R   O P I N   S T R U C   B I O L ,   V 2 0 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s b i . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 4 ;   G r a n t   B J ,   2 0 0 9 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 3 2 5 ;   G r o v e   L E ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 1 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 1 0 2 ;   G u v e n c h   O ,   2 0 0 9 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 4 3 5 ;   H a j d u k   P J ,   2 0 0 5 ,   J   M E D   C H E M ,   V 4 8 ,   P 2 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 4 9 1 3 1 r ;   H a u p t   V J ,   2 0 1 1 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 2 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b r 0 1 1 ;   H e n z l e r - W i l d m a n   K ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 5 0 ,   P 9 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 6 5 2 2 ;   H y v a r i n e n   A ,   2 0 0 0 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 1 3 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 0 0 ) 0 0 0 2 6 - 5 ;   I r w i n   J J ,   2 0 1 2 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 2 ,   P 1 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 3 0 0 1 2 7 7 ;   K a p o o r   A ,   2 0 1 5 ,   P R O T E I N S ,   V 8 3 ,   P 1 0 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 4 8 0 5 ;   K a r   G ,   2 0 1 0 ,   C U R R   O P I N   P H A R M A C O L ,   V 1 0 ,   P 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o p h . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 2 ;   K I A R I S   H ,   1 9 9 5 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 7 ,   P 4 1 3 ;   K o z a k o v   D ,   2 0 1 5 ,   N A T   P R O T O C ,   V 1 0 ,   P 7 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 5 . 0 4 3 ;   L a r t i g u e   A ,   2 0 0 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 8 ,   P 3 0 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 3 0 4 6 8 8 2 0 0 ;   L e e   D D ,   1 9 9 9 ,   N A T U R E ,   V 4 0 1 ,   P 7 8 8 ;   L i e b e r m e i s t e r   W ,   2 0 0 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 8 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 8 . 1 . 5 1 ;   L i p a t o v a   Z ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 6 9 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 1 2 1 2 9 9 1 0 9 ;   L o p e z - R o d r i g u e z   M L ,   2 0 1 7 ,   C H E M I S T R Y ,   V 2 3 ,   P 1 6 7 6 ;   L u k m a n   S u r y a n i ,   2 0 1 6 ,   P r o c e d i a   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   V 8 0 ,   P 2 2 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 6 . 0 5 . 4 1 9 ;   L u k m a n   S ,   2 0 0 8 ,   P   6   A S   P A C   B I O I N F   C ,   V 6 ,   P 6 9 ;   L u k m a n   S ,   2 0 1 5 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 5 1 ,   P 7 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 5 . 0 5 . 1 9 2 ;   L u k m a n   S ,   2 0 1 4 ,   A D V   E X P   M E D   B I O L ,   V 8 0 5 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 0 2 9 7 0 - 2 _ 1 1 ;   L u k m a n   S ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 0 2 2 1 ;   L u k m a n   S ,   2 0 1 0 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 9 2 2 ;   L u k m a n   S ,   2 0 1 0 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 4 ,   P 1 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 3 5 ;   M a n t i n i   D ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 5 3 3 ;   M a t t o s   C ,   1 9 9 6 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 1 4 ,   P 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 0 5 9 6 - 5 9 5 ;   M u r r a y   C W ,   2 0 1 0 ,   C U R R   O P I N   S T R U C   B I O L ,   V 2 0 ,   P 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s b i . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 0 3 ;   N a r i t o m i   Y ,   2 0 1 1 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 3 5 5 4 3 8 0 ;   N g u y e n   M N ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p W 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 3 9 3 ;   N g u y e n   M N ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 9 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 7 5 2 ;   N g u y e n   M N ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 3 4 8 ;   O l e i n i k o v a s   V ,   2 0 1 6 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 1 3 8 ,   P 1 4 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a c s . 6 b 0 5 4 2 5 ;   P a r k   H H ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 4 ,   P 8 9 1 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 4 0 5 8 9 1 2 ;   P a s c u a l - M o n t a n o   A ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 3 6 6 ;   P e r e i r a - L e a l   J B ,   2 0 0 1 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 1 3 ,   P 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 5 0 7 2 ;   P e r e i r a - L e a l   J B ,   2 0 0 0 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 0 1 ,   P 1 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 2 0 0 0 . 4 0 1 0 ;   P f e f f e r   S R ,   2 0 1 2 ,   B I O C H E M   S O C   T ,   V 4 0 ,   P 1 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / B S T 2 0 1 2 0 1 6 8 ;   P L U T N E R   H ,   1 9 9 1 ,   J   C E L L   B I O L ,   V 1 1 5 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 3 / j c b . 1 1 5 . 1 . 3 1 ;   R e e s   D C ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 3 ,   P 6 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 1 4 6 7 ;   S a l e n t i n   S ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p W 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 3 1 5 ;   S c h a m e s   J R ,   2 0 0 4 ,   J   M E D   C H E M ,   V 4 7 ,   P 1 8 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 3 4 1 9 1 3 ;   S c h o e b e l   S ,   2 0 0 9 ,   M O L   C E L L ,   V 3 6 ,   P 1 0 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 1 4 ;   S c o t t   D E ,   2 0 1 2 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 5 1 ,   P 4 9 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 3 0 0 5 1 2 6 ;   S e c o   J ,   2 0 0 9 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 2 ,   P 2 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 8 0 1 3 8 5 d ;   S h i m a d a   K ,   2 0 0 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 2 ,   P 1 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 2 5 9 4 ;   S i m o n s o n   T ,   2 0 1 5 ,   B B A - G E N   S U B J E C T S ,   V 1 8 5 0 ,   P 1 0 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a g e n . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 6 ;   S t e i n   M ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 4 8 7 0 ;   S t e n m a r k   H ,   2 0 0 1 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 2 ;   S t e n m a r k   H ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 0 ,   P 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 2 7 2 8 ;   S u h   H Y ,   2 0 1 0 ,   E M B O   J ,   V 2 9 ,   P 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o j . 2 0 0 9 . 3 4 7 ;   S u m m a   V ,   2 0 0 8 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 1 ,   P 5 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 8 0 0 2 4 5 z ;   S z a t m a r i   Z ,   2 0 1 4 ,   A U T O P H A G Y ,   V 1 0 ,   P 1 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / a u t o . 2 9 3 9 5 ;   T a t u s o v a   T A ,   1 9 9 9 ,   F E M S   M I C R O B I O L   L E T T ,   V 1 7 4 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 7 4 - 6 9 6 8 . 1 9 9 9 . t b 1 3 5 7 5 . x ;   T h o m a s   J D ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 6 ,   P 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c e l l . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 8 ;   T O U C H O T   N ,   1 9 8 9 ,   F E B S   L E T T ,   V 2 5 6 ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 1 4 - 5 7 9 3 ( 8 9 ) 8 1 7 2 2 - 3 ;   W a n g   N K ,   2 0 1 3 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 1 3 5 ,   P 3 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 3 1 2 2 3 3 4 ;   W i n s l o w   A R ,   2 0 1 1 ,   A U T O P H A G Y ,   V 7 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / a u t o . 7 . 4 . 1 4 3 9 3 ;   W u   G Y ,   2 0 0 1 ,   C I R C   R E S ,   V 8 9 ,   P 1 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / h h 2 4 0 1 . 1 0 0 4 2 7 ;   Y a n g   L W ,   2 0 0 7 ,   S T R U C T U R E ,   V 1 5 ,   P 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t r . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 1 4 ;   Y a n g   L W ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 0 2 3 ;   Y a n g   X Z ,   2 0 1 6 ,   O N C O G E N E ,   V 3 5 ,   P 5 6 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 6 . 8 1 ;   Z e r b e   B S ,   2 0 1 2 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 2 ,   P 2 2 3 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 2 1 / c i 3 0 0 1 7 5 u ,   1 0 . 1 0 2 1 / c I 3 0 0 1 7 5 u ] ;   Z h u   Y Q ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 4 6 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 4 2 3 1 1 0 7 	 8 3 	 0 	 0 	 4 	 4 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 8 8 7 - 3 5 8 5 	 1 0 9 7 - 0 1 3 4 	 	 P R O T E I N S 	 P r o t e i n s 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 8 5 	 5 	 	 	 	 	 8 5 9 	 8 7 1 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 5 2 5 4 	 	 1 3 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o p h y s i c s 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o p h y s i c s 	 E S 2 T I 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 3 8 0 4 0 0 0 0 6 	 2 8 1 2 0 4 7 7 	 
 
 J 	 S a t h i s h ,   D ;   K a m a t h ,   S ;   P r a s a d ,   K ;   K a d a v i g e r e ,   R ;   M a r t i s ,   R J 	 	 	 	 S a t h i s h ,   D a y a k s h i n i ;   K a m a t h ,   S u r e k h a ;   P r a s a d ,   K e e r t h a n a ;   K a d a v i g e r e ,   R a j a g o p a l ;   M a r t i s ,   R o s h a n   J . 	 	 	 A s y m m e t r y   a n a l y s i s   o f   b r e a s t   t h e r m o g r a m s   u s i n g   a u t o m a t e d   s e g m e n t a t i o n   a n d   t e x t u r e   f e a t u r e s 	 S I G N A L   I M A G E   A N D   V I D E O   P R O C E S S I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r ;   B r e a s t   t h e r m o g r a p h y ;   A s y m m e t r y   a n a l y s i s ;   T e x t u r e   f e a t u r e s ;   B i f u r c a t i o n   l i n e ;   S t a t i s t i c a l   t e s t 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   C A N C E R   D E T E C T I O N ;   I N F R A R E D   I M A G E ;   C L A S S I F I E R 	 I n   t h i s   a r t i c l e ,   w e   p r e s e n t   a   n e w   a p p r o a c h   f o r   b r e a s t   t h e r m o g r a m   i m a g e   a n a l y s i s   b y   d e v e l o p i n g   a   f u l l y   a u t o m a t i c   s e g m e n t a t i o n   o f   r i g h t   a n d   l e f t   b r e a s t   f o r   a s y m m e t r y   a n a l y s i s ,   u s i n g   s h a p e   f e a t u r e s   o f   t h e   b r e a s t   a n d   P o l y n o m i a l   c u r v e   f i t t i n g .   S e g m e n t a t i o n   r e s u l t s   a r e   v a l i d a t e d   w i t h   t h e i r   r e s p e c t i v e   G r o u n d   T r u t h s .   H i s t o g r a m   a n d   g r e y   l e v e l   c o - o c c u r r e n c e   m a t r i x - b a s e d   t e x t u r e   f e a t u r e s   a r e   e x t r a c t e d   f r o m   t h e   s e g m e n t e d   i m a g e s .   S t a t i s t i c a l   t e s t   s h o w s   t h a t   f e a t u r e s   a r e   h i g h l y   s i g n i f i c a n t   i n   d e t e c t i o n   o f   b r e a s t   c a n c e r .   W e   h a v e   o b t a i n e d   a n   a c c u r a c y   o f   9 0 % ,   s e n s i t i v i t y   o f   8 7 . 5 %   a n d   s p e c i f i c i t y   o f   9 2 . 5 %   f o r   a   s e t   o f   e i g h t y   i m a g e s   w i t h   f o r t y   n o r m a l   a n d   f o r t y   a b n o r m a l   u s i n g   S V M   R B F   c l a s s i f i e r . 	 [ S a t h i s h ,   D a y a k s h i n i ;   K a m a t h ,   S u r e k h a ]   M a n i p a l   U n i v ,   I C E   D e p t ,   M I T   M a n i p a l ,   M a n i p a l   5 7 6 1 0 4 ,   K a r n a t a k a ,   I n d i a ;   [ P r a s a d ,   K e e r t h a n a ]   M a n i p a l   U n i v ,   S O I S   M a n i p a l ,   M a n i p a l   5 7 6 1 0 4 ,   K a r n a t a k a ,   I n d i a ;   [ K a d a v i g e r e ,   R a j a g o p a l ]   M a n i p a l   U n i v ,   K M C   M a n i p a l ,   M a n i p a l   5 7 6 1 0 4 ,   K a r n a t a k a ,   I n d i a ;   [ M a r t i s ,   R o s h a n   J . ]   V C E T   P u t t u r ,   P u t t u r   5 7 4 2 0 3 ,   K a r n a t a k a ,   I n d i a 	 S a t h i s h ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a n i p a l   U n i v ,   I C E   D e p t ,   M I T   M a n i p a l ,   M a n i p a l   5 7 6 1 0 4 ,   K a r n a t a k a ,   I n d i a . 	 d a y a k s h i n i @ g m a i l . c o m ;   s u r e k h a . k a m a t h @ m a n i p a l . e d u ;   k e e r t h a n a . p r a s a d @ m a n i p a l . e d u ;   r a j a g o p a l k v @ y a h o o . c o m ;   r o s h a n i i t s m s t @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 A c h a r y a   U R ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 1 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 0 - 9 6 1 1 - z ;   A l i   A .   S . ,   2 0 1 5 ,   P   F E D   C   C O M P   S C I   I N F ,   V 5 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 4 3 9 / 2 0 1 5 F 3 1 8 ;   A r a k e r i   M P ,   2 0 1 5 ,   S I G N A L   I M A G E   V I D E O   P ,   V 9 ,   P 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 6 0 - 0 1 3 - 0 4 5 6 - z ;   A r a u j o   M C ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 6 7 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 2 7 ;   A r a u j o   M .   C .   D . ,   2 0 0 8 ,   1 2   B R A Z   C   T H E R M   E N G ;   B o r c h a r t t   B . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 9 3 ,   P 2 7 8 5 ;   B o r c h a r t t   T .   B . ,   2 0 1 1 ,   2 1   B R A Z   C   M E C H   E N G   N ,   P 2 4 ;   C r u m   W R ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 1 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 6 . 8 8 0 5 8 7 ;   D a i s y   P .   A . ,   2 0 1 5 ,   I N D I A N   J   P H A R M   P H A R M ,   V 2 ,   P 6 ;   E t e h a d T a v a k o l   M ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   T H E R M   S C I ,   V 6 9 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j t h e r m a l s c i . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 0 1 ;   E t e h a d t a v a k o l   M ,   2 0 1 3 ,   J   M E C H   M E D   B I O L ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 5 1 9 4 1 3 3 0 0 0 1 9 ;   G a b e r   T ,   2 0 1 5 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 4 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 5 . 7 3 1 9 3 3 4 ;   K h a n   N M ,   2 0 1 4 ,   S I G N A L   I M A G E   V I D E O   P ,   V 8 ,   P 1 6 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 6 0 - 0 1 2 - 0 4 0 4 - 3 ;   K r a w c z y k   B ,   2 0 1 4 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 2 0 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 1 1 ;   L a g o   M A ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 7 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 5 8 ;   L e e   H ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 5 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 5 ;   L e e   J ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 9 ,   P 1 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 2 . 2 1 8 4 5 4 1 ;   L i p a r i   C A ,   1 9 9 7 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   V 1 9 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 1 9 9 7 . 7 5 7 7 1 3 ;   M a l l u c c i   P ,   2 0 1 2 ,   J   P L A S T   R E C O N S T R   A E S ,   V 6 5 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b j p s . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 6 ;   d e   M a r q u e s   R   S o u z a ,   2 0 1 2 ,   T H E S I S ;   M o g h b e l   M . ,   2 0 1 2 ,   I E E E   E M B S   I N T   C   B I O M ,   P 6 2 7 ;   M o g h b e l   M ,   2 0 1 3 ,   A R T I F   I N T E L L   R E V ,   V 3 9 ,   P 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 6 2 - 0 1 1 - 9 2 7 4 - 2 ;   M o t t a   L . ,   2 0 1 0 ,   P   1 0   W O R K S H   I N F   M E D ,   V 1 ,   P 1 6 1 0 ;   N i c a n d r o   C R ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M A T H   M E T H O D   M ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 2 6 4 2 4 6 ;   Q i   H R ,   2 0 0 0 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   V 2 2 ,   P 1 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 0 . 8 9 7 9 5 2 ;   S a t h i s h   D a y a k s h i n i ,   2 0 1 6 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   M e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a n d   I n f o r m a t i c s ,   V 8 ,   P 2 7 5 ;   S c h a e f e r   G ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 7 ;   S i l v a   L F ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 4 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 4 . 1 2 2 6 ;   T a n   T Z ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 3 ,   P 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 1 2 ;   W a l k e r   D . ,   2 0 1 2 ,   N A T   M E D ,   V 4 	 3 0 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P R I N G E R   L O N D O N   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   6 T H   F L O O R ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 8 6 3 - 1 7 0 3 	 1 8 6 3 - 1 7 1 1 	 	 S I G N A L   I M A G E   V I D E O   P 	 S i g n a l   I m a g e   V i d e o   P r o c e s s . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 1 1 	 4 	 	 	 	 	 7 4 5 	 7 5 2 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 6 0 - 0 1 6 - 1 0 1 8 - y 	 	 8 	 E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y 	 E n g i n e e r i n g ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y 	 E S 3 U Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 4 5 5 4 0 0 0 2 2 	 	 
 
 J 	 R a g h a v e n d r a ,   U ;   A c h a r y a ,   U R ;   G u d i g a r ,   A ;   T a n ,   J H ;   F u j i t a ,   H ;   H a g i w a r a ,   Y ;   M o l i n a r i ,   F ;   K o n g m e b h o l ,   P ;   N g ,   K H 	 	 	 	 R a g h a v e n d r a ,   U . ;   A c h a r y a ,   U .   R a j e n d r a ;   G u d i g a r ,   A n j a n ;   T a n ,   J e n   H o n g ;   F u j i t a ,   H a m i d o ;   H a g i w a r a ,   Y u k i ;   M o l i n a r i ,   F i l i p p o ;   K o n g m e b h o l ,   P a i l i n ;   N g ,   K w a n   H o o n g 	 	 	 F u s i o n   o f   s p a t i a l   g r a y   l e v e l   d e p e n d e n c y   a n d   f r a c t a l   t e x t u r e   f e a t u r e s   f o r   t h e   c h a r a c t e r i z a t i o n   o f   t h y r o i d   l e s i o n s 	 U L T R A S O N I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 T h y r o i d ;   C A D ;   C l a s s i f i c a t i o n ;   F r a c t a l   f e a t u r e s ;   M a r g i n a l   f i s h e r   a n a l y s i s 	 R E C O G N I T I O N   S Y S T E M   A I R S ;   U L T R A S O U N D   I M A G E S ;   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   D I A G N O S I S ;   D I S E A S E ;   C O M B I N A T I O N ;   N E T W O R K S ;   T I S S U E ;   F U Z Z Y 	 T h y r o i d   i s   a   s m a l l   g l a n d   s i t u a t e d   a t   t h e   a n t e r i o r   s i d e   o f   t h e   n e c k   a n d   o n e   o f   t h e   l a r g e s t   g l a n d s   o f   t h e   e n d o c r i n e   s y s t e m .   T h e   a b r u p t   c e l l   g r o w t h   o r   m a l i g n a n c y   i n   t h e   t h y r o i d   g l a n d   m a y   c a u s e   t h y r o i d   c a n c e r .   U l t r a s o u n d   i m a g e s   d i s t i n c t l y   r e p r e s e n t   b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t   l e s i o n s ,   b u t   a c c u r a c y   m a y   b e   p o o r   d u e   t o   s u b j e c t i v e   i n t e r p r e t a t i o n .   C o m p u t e r   A i d e d   D i a g n o s i s   ( C A D )   c a n   m i n i m i z e   t h e   e r r o r s   c r e a t e d   d u e   t o   s u b j e c t i v e   i n t e r p r e t a t i o n   a n d   a s s i s t s   t o   m a k e   f a s t   a c c u r a t e   d i a g n o s i s .   I n   t h i s   w o r k ,   f u s i o n   o f   S p a t i a l   G r a y   L e v e l   D e p e n d e n c e   F e a t u r e s   ( S G L D F )   a n d   f r a c t a l   t e x t u r e s   a r e   u s e d   t o   d e c i p h e r   t h e   i n t r i n s i c   s t r u c t u r e   o f   b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t   t h y r o i d   l e s i o n s .   T h e s e   f e a t u r e s   a r e   s u b j e c t e d   t o   g r a p h   b a s e d   M a r g i n a l   F i s h e r   A n a l y s i s   ( M F A )   t o   r e d u c e   t h e   n u m b e r   o f   f e a t u r e s .   T h e   r e d u c e d   f e a t u r e s   a r e   s u b j e c t e d   t o   v a r i o u s   r a n k i n g   m e t h o d s   a n d   c l a s s i f i e r s .   W e   h a v e   a c h i e v e d   a n   a v e r a g e   a c c u r a c y ,   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y   o f   9 7 . 5 2 % ,   9 0 . 3 2 %   a n d   9 8 . 5 7 %   r e s p e c t i v e l y   u s i n g   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e   ( S V M )   c l a s s i f i e r .   T h e   a c h i e v e d   m a x i m u m   A r e a   U n d e r   C u r v e   ( A U C )   i s   0 . 9 4 4 5 .   F i n a l l y ,   T h y r o i d   C l i n i c a l   R i s k   I n d e x   ( T C R I )   a   s i n g l e   n u m b e r   i s   d e v e l o p e d   u s i n g   t w o   M F A   f e a t u r e s   t o   d i s c r i m i n a t e   t h e   t w o   c l a s s e s .   T h i s   p r o t o t y p e   s y s t e m   i s   r e a d y   t o   b e   t e s t e d   w i t h   h u g e   d i v e r s e   d a t a b a s e .   ( C )   2 0 1 7   E l s e v i e r   B . V .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ R a g h a v e n d r a ,   U . ;   G u d i g a r ,   A n j a n ]   M a n i p a l   U n i v ,   M a n i p a l   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   I n s t r u m e n t a t   &   C o n t r o l   E n g n ,   M a n i p a l   5 7 6 1 0 4 ,   K a r n a t a k a ,   I n d i a ;   [ A c h a r y a ,   U .   R a j e n d r a ;   T a n ,   J e n   H o n g ;   H a g i w a r a ,   Y u k i ]   N g e e   A n n   P o l y t e c h ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   C l e m e n t i   5 9 9 4 8 9 ,   S i n g a p o r e ;   [ A c h a r y a ,   U .   R a j e n d r a ]   S I M   U n i v ,   S c h   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   C l e m e n t i   5 9 9 4 9 1 ,   S i n g a p o r e ;   [ A c h a r y a ,   U .   R a j e n d r a ]   U n i v   M a l a y a ,   F a c   E n g n ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   K u a l a   L u m p u r   5 0 6 0 3 ,   M a l a y s i a ;   [ F u j i t a ,   H a m i d o ]   I w a t e   P r e f e c t u r a l   U n i v ,   F a c   S o f t w a r e   &   I n f o r m a t   S c i ,   T a k i z a w a ,   I w a t e ,   J a p a n ;   [ M o l i n a r i ,   F i l i p p o ]   P o l i t e c n   T o r i n o ,   D e p t   E l e c t   &   T e l e c o m m u n ,   T u r i n ,   I t a l y ;   [ K o n g m e b h o l ,   P a i l i n ]   C h i a n g   M a i   U n i v ,   F a c   M e d ,   D e p t   R a d i o l ,   C h i a n g   M a i   5 0 2 0 0 ,   T h a i l a n d ;   [ N g ,   K w a n   H o o n g ]   U n i v   M a l a y a ,   D e p t   B i o m e d   I m a g i n g ,   K u a l a   L u m p u r ,   M a l a y s i a 	 R a g h a v e n d r a ,   U   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a n i p a l   U n i v ,   M a n i p a l   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   I n s t r u m e n t a t   &   C o n t r o l   E n g n ,   M a n i p a l   5 7 6 1 0 4 ,   K a r n a t a k a ,   I n d i a . 	 r a g h a v e n d r a . u @ m a n i p a l . e d u 	 	 	 	 	 A b e   N ,   2 0 0 5 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 3 6 8 4 ,   P 6 8 9 ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 3 ,   P   I   M E C H   E N G   H ,   V 2 2 7 ,   P 7 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 5 4 4 1 1 9 1 3 4 8 3 6 3 7 ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 6 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 1 0 7 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 1 0 ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 6 ,   I N F O R M   F U S I O N ,   V 2 9 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f f u s . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 6 ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 4 ,   J   U L T R A S   M E D ,   V 3 3 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 7 8 6 3 / u l t r a . 3 3 . 2 . 2 4 5 ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 7 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 1 ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 2 ,   U L T R A S O N I C S ,   V 5 2 ,   P 5 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 3 ;   A M A D A S U N   M ,   1 9 8 9 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 1 9 ,   P 1 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 1 . 4 4 0 4 6 ;   A z a r   A T ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 2 ;   B i e r s a c k   H . J . ,   2 0 0 5 ,   T H Y R O I D   C A N C ;   C h a n g   C Y ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 3 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 2 3 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 1 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 6 5 5 - 8 ;   C o s t a   F . ,   2 0 1 2 ,   P   2 5   S I B G R A P I   C   G R A P ,   P 3 9 ;   C O V E R   T M ,   1 9 6 5 ,   I E E E   T R A N S   E L E C T R O N ,   V E C 1 4 ,   P 3 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / P G E C . 1 9 6 5 . 2 6 4 1 3 6 ;   D a s h   M . ,   1 9 9 9 ,   A C M   S I G M O D   W O R K S H   R E ;   D i n g   J R ,   2 0 1 1 ,   J   U L T R A S   M E D ,   V 3 0 ,   P 1 2 5 9 ;   D o g a n t e k i n   E ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 2 9 ;   D o g a n t e k i n   E ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 7 ,   P 6 3 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 8 3 ;   D u   Y G ,   2 0 1 6 ,   U L T R A S O N I C S ,   V 6 9 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 1 5 ;   E r o l   R ,   2 0 0 8 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 2 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 0 7 - 9 1 2 5 - 5 ;   G h i s t a   D N ,   2 0 0 9 ,   J   M E C H   M E D   B I O L ,   V 9 ,   P 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 5 1 9 4 0 9 0 0 3 1 8 8 ;   G h i s t a   D N ,   2 0 0 4 ,   J   M E C H   M E D   B I O L ,   V 4 ,   P 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 5 1 9 4 0 4 0 0 1 1 5 6 ;   G h i s t a   D . N . ,   2 0 0 9 ,   A P P L   B I O M E D I C A L   E N G ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H E C K E R M A N   D ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 9 9 4 0 1 6 ;   I a k o v i d i s   D K ,   2 0 1 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 0 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 0 4 ;   K A I L A T H   T ,   1 9 6 7 ,   I E E E   T   C O M M U N   T E C H N ,   V C O 1 5 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C O M . 1 9 6 7 . 1 0 8 9 5 3 2 ;   K e c m a n   V o j i s l a v ,   2 0 0 1 ,   L E A R N I N G   S O F T   C O M P U T ;   K e l e s   A ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 4 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 2 8 ;   K e r a m i d a s   E G ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 1 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 0 - 9 5 8 8 - 7 ;   K o d a z   H ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 0 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 2 6 ;   L a r o s e   D . T . ,   2 0 0 4 ,   D I S C O V E R I N G   K N O W L E D G ;   L e g a k i s   I o a n n i s ,   2 0 1 1 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   C o m p u t e r s   &   A p p l i c a t i o n s ,   V 3 3 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 1 6 / J o u r n a l . 2 0 2 . 2 0 1 1 . 1 . 2 0 2 2 9 5 5 ;   L i   L N ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 3 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 2 - 9 8 2 5 - 3 ;   L i a o   P S ,   2 0 0 1 ,   J   I N F   S C I   E N G ,   V 1 7 ,   P 7 1 3 ;   L i u   D Y ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 3 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 8 1 5 - x ;   L u o   S ,   2 0 1 1 ,   U L T R A S O N I C S ,   V 5 1 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 0 8 ;   M a   J . ,   2 0 1 0 ,   I E E E   I N T   U L T R   S   P ,   P 1 3 7 2 ;   M a n d e l b r o t   B B ,   1 9 8 2 ,   F R A C T A L   G E O M E T R Y   N A T ;   O b u c h o w s k i   N A ,   2 0 0 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 9 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 9 1 0 1 0 8 9 8 ;   O z y i l m a z   L . ,   2 0 0 2 ,   P   I C O N I P   0 2   9   I N T   C ,   P 2 0 3 3 ;   P o l a t   K ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 2 ,   P 1 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 0 7 ;   R a h b a r i   R ,   2 0 1 0 ,   F U T U R E   O N C O L ,   V 6 ,   P 1 7 7 1 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / f o n . 1 0 . 1 2 7 ,   1 0 . 2 2 1 7 / F O N . 1 0 . 1 2 7 ] ;   A s h o k   R a o ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   S C I   R E V ,   V 4 ,   P 1 ;   S a v e l o n a s   M A ,   2 0 0 7 ,   C O M P   M E D   S Y ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C B M S . 2 0 0 7 . 3 3 ;   S i n g h   N . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   E N G   I N N O V A T I V E ,   V 1 ,   P 2 0 2 ;   S P E C H T   D F ,   1 9 9 0 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 3 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 9 0 ) 9 0 0 4 9 - Q ;   S u d a r s h a n   V K ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 9 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 6 ;   S u n d a r   N . ,   2 0 1 2 ,   J   R   S T A T   S O C   C - A P P L ,   V 6 1 ,   P 6 5 3 ;   T s a n t i s   S ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 3 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 1 0 ;   W a n g   H L ,   2 0 1 4 ,   U L T R A S O N I C S ,   V 5 4 ,   P 1 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 2 7 ;   W E S Z K A   J S ,   1 9 7 6 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 6 ,   P 2 6 9 ;   W I L C O X O N   F ,   1 9 4 5 ,   B I O M E T R I C S   B U L L ,   V 1 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 3 0 0 1 9 6 8 ;   W u   C .   M . ,   1 9 9 2 ,   M E D   I M A G I N G   I E E E   T ,   V 1 1 ,   P 1 4 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 1 4 1 6 3 6 ;   Y a g e r   R R ,   2 0 0 6 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 6 ,   P 5 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 0 6 ;   Y a n   S C ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 9 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 2 5 0 5 9 8 	 5 6 	 0 	 0 	 5 	 5 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 0 4 1 - 6 2 4 X 	 1 8 7 4 - 9 9 6 8 	 	 U L T R A S O N I C S 	 U l t r a s o n i c s 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 7 7 	 	 	 	 	 	 1 1 0 	 1 2 0 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s . 2 0 1 7 . 0 2 . 0 0 3 	 	 1 1 	 A c o u s t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 A c o u s t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E S 4 O R 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 5 1 5 1 0 0 0 1 4 	 2 8 2 1 9 8 0 5 	 
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 t h e   N a t i o n a l   C o u n c i l   f o r   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   D e v e l o p m e n t   ( C N P q ) ,   a n d   t h e   F o u n d a t i o n   f o r   t h e   P r o t e c t i o n   o f   R e s e a r c h   a n d   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   D e v e l o p m e n t   o f   t h e   S t a t e   o f   M a r a n h o   ( F A P E M A )   f o r   f i n a n c i a l   s u p p o r t 	 A k r a m   S ,   2 0 1 5 ,   J   E X P   T H E O R   A R T I F   I N ,   V 2 7 ,   P 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 9 5 2 8 1 3 X . 2 0 1 5 . 1 0 2 0 5 2 6 ;   A l - A b s i   H . ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   I N T   C   C O M P   I N F ,   V 1 ,   P 2 9 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / I C C I S c i . 2 0 1 2 . 6 2 9 7 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C I S C I . 2 0 1 2 . 6 2 9 7 2 5 7 . ] ;   A r m a t o   S G ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 2 8 2 0 4 ;   N e t t o   S M B ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 2 ,   P 1 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 0 3 ;   B a x e v a n i s   A .   D . ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S   P R A C T ;   B o l b o a c a   S o r a n a   D . ,   2 0 1 1 ,   I n f o r m a t i o n ,   V 2 ,   P 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i n f o 2 0 3 0 5 2 8 ;   C a n c e r   I .   N . ,   2 0 1 4 ,   E S T   I N C   M O R T   C A N C   B R ;   C h a n g   C .   C . ,   2 0 1 3 ,   L I B S V M   L I B   S U P P O R T   V ;   C h e n   W S ,   2 0 1 1 ,   F R O N T   B I O S C I - L A N D M R K ,   V 1 6 ,   P 1 1 7 2 ,   D O I   1 0 . 2 7 4 1 / 3 7 8 2 ;   C l a r k e   K R ,   1 9 9 8 ,   J   A P P L   E C O L ,   V 3 5 ,   P 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 6 6 4 . 1 9 9 8 . 3 5 4 0 5 2 3 . x ;   d a   S i l v a   I A ,   2 0 0 6 ,   D I V E R S   D I S T R I B ,   V 1 2 ,   P 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 6 - 9 5 1 6 . 2 0 0 6 . 0 0 2 6 4 . x ;   d e   C a r v a l h o   A O ,   2 0 1 4 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 0 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 2 ;   D e h m e s h k i   J ,   2 0 0 6 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 5 0 6 ;   D u d a   R . O . ,   1 9 7 3 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   F a r a g   A ,   2 0 1 1 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 1 . 5 8 7 2 3 8 0 ;   G a l l o w a y   M M ,   1 9 7 5 ,   C O M P U T E R   G R A P H I C S   I M ,   V 4 ,   P 1 7 2 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 6 - 6 6 4 X ( 7 5 ) 8 0 0 0 8 - 6 ,   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 7 4 - 0 0 4 - 0 5 3 6 - 9 ] ;   H a r d i e   R C ,   2 0 0 8 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 2 ,   P 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 0 4 ;   H u a n g   P W ,   2 0 1 3 ,   I N T   C O N F   S Y S T   S C I   E N ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C S S E . 2 0 1 3 . 6 6 1 4 7 1 0 ;   J i n g   Z . ,   2 0 1 0 ,   2 0 1 0   I E E E   5   I N T   C   B I ,   P 1 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B I C T A . 2 0 1 0 . 5 6 4 5 1 1 4 ;   K i n g   P .   H . ,   2 0 1 2 ,   I E E E   P u l s e ,   V 3 ,   P 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M P U L . 2 0 1 2 . 2 1 9 6 8 4 3 ;   L e e   S L A ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 4 ,   P 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 0 6 ;   L e e f   J L ,   2 0 0 2 ,   R A D I O L   C L I N   N   A M ,   V 4 0 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 3 - 8 3 8 9 ( 0 3 ) 0 0 1 1 3 - 1 ;   L i u   Y ,   2 0 0 9 ,   2 0 0 9   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   F U T U R E   B I O M E D I C A L   I N F O R M A T I O N   E N G I N E E R I N G   ( F B I E   2 0 0 9 ) ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / F B I E . 2 0 0 9 . 5 4 0 5 7 8 4 ;   M a g u r r a n   A .   E ,   2 0 0 4 ,   A F R   J   A Q U A T   S C I ,   V 2 9 ,   P 2 8 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 9 8 9 / 1 6 0 8 5 9 1 0 4 0 9 5 0 3 8 2 5 ;   O r o z c o   H .   M . ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   1 1 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   I n f o r m a t i o n   S c i e n c e s ,   S i g n a l   P r o c e s s i n g   a n d   t h e i r   A p p l i c a t i o n s   ( I S S P A ) ,   P 8 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S S P A . 2 0 1 2 . 6 3 1 0 6 7 6 ;   M o u r a   H A S ,   2 0 1 1 ,   B I O T E C H N O   2 0 1 1 :   T H E   T H I R D   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   B I O I N F O R M A T I C S ,   B I O C O M P U T A T I O N A L   S Y S T E M S   A N D   B I O T E C H N O L O G I E S ,   P 7 3 ;   S c h o l k o p f   B . ,   2 0 0 2 ,   L E A R N I N G   K E R N E L S   S U P ;   S i v a k u m a r   S ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   E N G   T E C H N O L ,   V 5 ,   P 1 7 9 ;   S o l i m a n   A A ,   2 0 1 2 ,   J   A P P L   S T A T ,   V 3 9 ,   P 2 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 6 6 4 7 6 3 . 2 0 1 2 . 7 2 5 4 6 6 ;   T a r t a r   A . ,   2 0 1 3 ,   C O M P   M A T H   M A T H   P H Y S ,   V 2 0 1 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 1 4 8 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 1 4 8 3 6 3 ] ;   v a n   E r k e l   A R ,   1 9 9 8 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 2 7 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 7 2 0 - 0 4 8 X ( 9 7 ) 0 0 1 5 7 - 5 ;   W a g n e r   J M ,   2 0 0 7 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 1 8 0 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j o r . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 4 8 ;   W a l k e r   R F ,   1 9 9 7 ,   D S P   9 7 :   1 9 9 7   1 3 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   D I G I T A L   S I G N A L   P R O C E S S I N G   P R O C E E D I N G S ,   V O L S   1   A N D   2 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D S P . 1 9 9 7 . 6 2 7 9 6 8 ;   Y e   X J ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 6 ,   P 1 8 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 1 7 0 2 7 	 3 4 	 0 	 0 	 3 	 3 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 1 9 3 9 - 8 0 1 8 	 1 9 3 9 - 8 1 1 5 	 	 J   S I G N A L   P R O C E S S   S Y S 	 J .   S i g n a l   P r o c e s s .   S y s t .   S i g n a l   I m a g e   V i d e o   T e c h n o l . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 8 7 	 2 	 	 	 	 	 1 7 9 	 1 9 6 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 5 - 0 1 6 - 1 1 3 4 - 5 	 	 1 8 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E R 9 W L 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 1 7 7 8 0 0 0 0 1 	 	 
 
 J 	 B u z i n ,   A R ;   M a c e d o ,   N D ;   D e   A r a u j o ,   I B B A ;   N o g u e i r a ,   B V ;   d e   A n d r a d e ,   T U ;   E n d r i n g e r ,   D C ;   L e n z ,   D 	 	 	 	 B u z i n ,   A l i n e   R o d r i g u e s ;   M a c e d o ,   N a y a n a   D a m i a n i ;   B i n o t t i   A b r e u   D e   A r a u j o ,   I s a b e l a   B a s t o s ;   N o g u e i r a ,   B r e n o   V a l e n t i m ;   d e   A n d r a d e ,   T a d e u   U g g e r e ;   E n d r i n g e r ,   D e n i s e   C o u t i n h o ;   L e n z ,   D o m i n i k 	 	 	 A u t o m a t i c   d e t e c t i o n   o f   h y p o x i a   i n   r e n a l   t i s s u e   s t a i n e d   w i t h   H I F - 1   a l p h a 	 J O U R N A L   O F   I M M U N O L O G I C A L   M E T H O D S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H I F   l   a l p h a ;   H y p o x i a ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   I m a g e   a n a l y s i s 	 S L I D E - B A S E D   C Y T O M E T R Y ;   T H R O U G H P U T   I M A G E - A N A L Y S I S ;   L A S E R - S C A N N I N G   C Y T O M E T R Y ;   I N D U C I B L E   F A C T O R   1 - A L P H A ;   B R E A S T - C A N C E R ;   Q U A N T I F I C A T I O N ;   M I C R O S C O P Y ;   C A R C I N O M A ;   S O F T W A R E ;   M A R K E R S 	 O b j e c t i v e :   T h e   o b j e c t i v e   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   t h e   s t a i n   H I F - a l p h a   u s i n g   t h e   I m a g e   C y t o m e t r y ,   a n d   t o   h e l p   t o   c o u n t   t h e   p o s i t i v e   c e l l s   ( w i t h   H I F - a l p h a )   a n d   t h e   n e g a t i v e   c e l l s   ( w i t h o u t   H I F - a l p h a )   f r o m   t h e   s a m e   s a m p l e .   M e t h o d :   1 7   i m a g e s   o f   r e n a l   t i s s u e s   f r o m   m a l e   r a t s   o f   W i n s t a r   l i n e a g e ;   o v e r a l l ,   t h e r e   w e r e   1 2 . 5 8 7   o b j e c t s   ( c e l l s )   i n   t h e   i m a g e s   f o r   a n a l y s i s .   T h e   a c q u i r e d   i m a g e s   w e r e   t h e n   a n a l y z e d   t h r o u g h   t h e   f r e e   s o f t w a r e s   C e l l P r o f i l e r   ( v e r s i o n   2 . 1 . 1 )   a n d   C e l l P r o f i l e r   A n a l y s t   ( v e r s i o n   2 . 0 ) .   I n   t h e   s o f t w a r e   C e l l P r o f i l e r   A n l y s t ,   t h e r e   w a s   a   s e p a r a t i o n   w i t h   t h e   c l a s s e s   o f   t h e   o b j e c t ,   u s i n g   a   c l a s s i f i e r ,   a n d   t h e   c l a s s e s   w e r e :   1 )   c l a s s   w i t h   H I F - a l p h a   a n d   2 )   c l a s s   w i t h o u t   H I F - a l p h a .   R e s u l t s :   W i t h   t h e   d a t a   o b t a i n e d   t h r o u g h   S c o r e   A l l ,   i t   w a s   p o s s i b l e   t o   c a l c u l a t e   t h e   p e r c e n t a g e   o f   c e l l s   t h a t   h a d   H I F a l p h a ;   o u t   o f   1 2 . 5 8 7   o b j e c t s   o f   t h e   s a m p l e ,   6 . 7 7 3   ( 5 4 % )   h a d   H I F - a l p h a   a n d   5 . 8 1 4   ( 4 6 % )   d i d   n o t   h a v e   H I F - a l p h a .   D a t a   o f   s e n s i b i l i t y   0 . 9 0 ,   s p e c i f i c i t y   0 . 8 4   a n d   s t a n d a r d   d e v i a t i o n   0 . 1 0   a n d   0 . 1 2 .   C o n c l u s i o n :   T h e   r e s e a r c h   s h o w s   t h a t   t h e   f r e e   s o f t w a r e   C e l l P r o f i l e r ,   t h r o u g h   t h e   l i g h t   m i c r o s c o p e ,   w a s   a b l e   t o   i d e n t i f y   t h e   s t a i n s ,   p e r f o r m   t h e   m a c h i n e ' s   l e a r n i n g ,   a n d   s u b s e q u e n t l y   c o u n t   a n d   s e p a r a t e   c e l l s   f r o m   d i s t i n c t   c l a s s e s   ( w i t h   a n d   w i t h o u t   t h e   s t a i n   o f   H I F - a l p h a ) .   ( C )   2 0 1 7   E l s e v i e r   B . V .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ B u z i n ,   A l i n e   R o d r i g u e s ;   M a c e d o ,   N a y a n a   D a m i a n i ;   d e   A n d r a d e ,   T a d e u   U g g e r e ;   E n d r i n g e r ,   D e n i s e   C o u t i n h o ;   L e n z ,   D o m i n i k ]   U n i v   V i l a   V e l h a ,   P h a r m a c e u t   S c i ,   V i l a   V e l h a ,   E S ,   B r a z i l ;   [ B i n o t t i   A b r e u   D e   A r a u j o ,   I s a b e l a   B a s t o s ;   N o g u e i r a ,   B r e n o   V a l e n t i m ]   U n i v   F e d   E s p i r i t o   S a n t o ,   D e p t   M o r p h o l ,   V i t o r i a ,   E S ,   B r a z i l ;   [ B i n o t t i   A b r e u   D e   A r a u j o ,   I s a b e l a   B a s t o s ]   T e c h   U n i v   D r e s d e n ,   F a c   M e d   C a r l   G u s t a v   C a r u s ,   D r e s d e n ,   G e r m a n y 	 L e n z ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   V i l a   V e l h a ,   A v e   C o m i s s a r i o   J o s e   D a n t a s   d e   M e l o   2 1 ,   B R - 2 9 1 0 2 9 2 0   V i l a   V e l h a ,   E S ,   B r a z i l . 	 d o m i n i k . l e n z @ g m a i l . c o m 	 	 	 C A P E S ;   C N P q   [ 5 5 2 4 8 8 / 2 0 1 1 - 9 ] ;   F A P E S   [ 5 4 6 8 7 9 8 5 / 2 0 1 1 ] 	 T o   C A P E S   f o r   t h e   s c h o l a r s h i p   p r o v i d e d ,   t o   C N P q   ( p r o c e s s   5 5 2 4 8 8 / 2 0 1 1 - 9 ) ,   a n d   t o   F A P E S   ( p r o c e s s   5 4 6 8 7 9 8 5 / 2 0 1 1 )   f o r   p r o v i d i n g   t h e   m i c r o s c o p e ,   s o f t w a r e   a n d   c o m p u t e r   u t i l i z e d   t o   c a p t u r e   t h e   i m a g e s . 	 B e a s l e y   N J P ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 2 ,   P 2 4 9 3 ;   B u z i n   A R ,   2 0 1 5 ,   J   I M M U N O L   M E T H O D S ,   V 4 2 0 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j i m . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 1 1 ;   C a r p e n t e r   A E ,   2 0 0 6 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 6 - 7 - 1 0 - r 1 0 0 ;   C h a n   L L ,   2 0 1 2 ,   J   I N D   M I C R O B I O L   B I O T ,   V 3 9 ,   P 1 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 9 5 - 0 1 2 - 1 1 7 7 - y ;   C h o i   H C ,   2 0 1 5 ,   A M   J   P H Y S I O L - L U N G   C ,   V 3 0 9 ,   p L 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / a j p l u n g . 0 0 0 2 7 . 2 0 1 5 ;   G o n z a l e z   J E ,   2 0 1 2 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 3 4 ,   P 6 6 ;   G e r s t n e r   A O H ,   2 0 0 2 ,   C Y T O M E T R Y ,   V 4 8 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . 1 0 1 1 9 ;   G i l   J ,   2 0 0 2 ,   M I C R O S C   R E S   T E C H N I Q ,   V 5 9 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j e m t . 1 0 1 8 2 ;   H a r d i e   D C ,   2 0 0 2 ,   J   H I S T O C H E M   C Y T O C H E M ,   V 5 0 ,   P 7 3 5 ;   H e   L ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 7 ,   P 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 7 ;   H i g g i n s   C ,   2 0 1 5 ,   B I O T E C H   H I S T O C H E M ,   V 9 0 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 0 5 2 0 2 9 5 . 2 0 1 5 . 1 0 4 4 5 6 6 ;   K a m e n t s k y   L ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 0 9 5 ;   K i m   B W ,   2 0 1 3 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 7 6 - 1 1 - 1 8 5 ;   L a f f e r s   W ,   2 0 0 6 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 6 9 A ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 0 2 1 6 ;   L a m p r e c h t   M R ,   2 0 0 7 ,   B I O T E C H N I Q U E S ,   V 4 2 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 4 / 0 0 0 1 1 2 2 5 7 ;   L e n z   D ,   2 0 0 5 ,   J   B I O L   R E G   H O M E O S   A G ,   V 1 9 ,   P 1 8 0 ;   L e n z   D ,   2 0 0 5 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 6 4 A ,   P 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 0 1 1 5 ;   M e n d e s   S O ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 4 9 2 3 ;   M i t t a g   A ,   2 0 0 5 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 6 5 A ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 0 1 4 0 ;   M i t t a g   A ,   2 0 0 6 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 6 9 A ,   P 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 0 2 8 5 ;   N e l i s s e n   B G L ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 0 2 8 9 ;   B r i t o   L G O ,   2 0 1 1 ,   C L I N I C S ,   V 6 6 ,   P 1 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 1 8 0 7 - 5 9 3 2 2 0 1 1 0 0 0 8 0 0 0 0 2 ;   P l a n c o u l a i n e   B ,   2 0 1 5 ,   V I R C H O W S   A R C H ,   V 4 6 7 ,   P 7 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 2 8 - 0 1 5 - 1 8 6 5 - x ;   R e x h e p a j   E ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 2 0 7 0 ;   R o g o j a n u   R ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 5 6 9 0 7 1 ;   R u i f r o k   A C ,   2 0 0 1 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 2 3 ,   P 2 9 1 ;   S i l v e s t r i   L ,   2 0 1 5 ,   F R O N T   N E U R O A N A T ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f n a n a . 2 0 1 5 . 0 0 0 6 8 ;   T i t f o r d   M ,   2 0 0 6 ,   J   H I S T O T E C H N O L ,   V 2 9 ,   P 9 9 ;   T o z e t t i   P a b l o   B ,   2 0 1 4 ,   H e m a t o l   O n c o l   S t e m   C e l l   T h e r ,   V 7 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h e m o n c . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 5 ;   U e h a r a   M ,   2 0 0 9 ,   O R A L   O N C O L ,   V 4 5 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o r a l o n c o l o g y . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 0 7 ;   V i r a y   H ,   2 0 1 4 ,   A P P L   I M M U N O H I S T O   M   M ,   V 2 2 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P A I . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 9 9 a 1 f 6 ;   W A N G   G L ,   1 9 9 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 0 ,   P 1 2 3 0 ;   Z h o n g   H ,   1 9 9 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 9 ,   P 5 8 3 0 	 3 3 	 0 	 0 	 5 	 5 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 0 2 2 - 1 7 5 9 	 1 8 7 2 - 7 9 0 5 	 	 J   I M M U N O L   M E T H O D S 	 J .   I m m u n o l .   M e t h o d s 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 4 4 4 	 	 	 	 	 	 4 7 	 5 0 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / 0 m . 2 0 1 7 . 0 2 . 0 0 5 	 	 4 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   I m m u n o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   I m m u n o l o g y 	 E R 2 T Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 6 4 7 9 0 0 0 0 7 	 2 8 2 1 2 8 8 0 	 
 
 J 	 C h o ,   H J ;   K i m ,   S J ;   C h o i ,   S J ;   J a n g ,   J S ;   K i m ,   I D 	 	 	 	 C h o ,   H e e - J i n ;   K i m ,   S a n g - J o o n ;   C h o i ,   S e o n - J i n ;   J a n g ,   J i - S o o ;   K i m ,   I l - D o o 	 	 	 F a c i l e   s y n t h e t i c   m e t h o d   o f   c a t a l y s t - l o a d e d   Z n O   n a n o f i b e r s   c o m p o s i t e   s e n s o r   a r r a y s   u s i n g   b i o - i n s p i r e d   p r o t e i n   c a g e s   f o r   p a t t e r n   r e c o g n i t i o n   o f   e x h a l e d   b r e a t h 	 S E N S O R S   A N D   A C T U A T O R S   B - C H E M I C A L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C h e m i c a l   s e n s o r s ;   B r e a t h   a n a l y s i s ;   P r o t e i n   c a g e ;   E l e c t r o s p i n n i n g ;   S e m i c o n d u c t o r   m e t a l   o x i d e ;   P a t t e r n   r e c o g n i t i o n 	 G A S - S E N S I N G   P R O P E R T I E S ;   P O L Y S T Y R E N E   C O L L O I D  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 R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   ( N R F )   o f   K o r e a   g r a n t   f u n d e d   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e ,   I C T   a n d   F u t u r e   P l a n n i n g   ( N R F - 2 0 1 5 R 1 A 2 A 1 A 1 6 0 7 4 9 0 1 ) .   T h i s   m a t e r i a l   i s   b a s e d   u p o n   w o r k   s u p p o r t e d   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   T r a d e ,   I n d u s t r y   &   E n e r g y   ( M O T I E ,   K o r e a )   u n d e r   I n d u s t r i a l   T e c h n o l o g y   I n n o v a t i o n   P r o g r a m   ( N o . 1 0 0 7 0 0 7 5 ) . 	 A y l i k c i   B a h a d i r   U g u r ,   2 0 1 3 ,   J   N a t   S c i   B i o l   M e d ,   V 4 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 9 7 6 - 9 6 6 8 . 1 0 7 2 5 5 ;   B a i   S L ,   2 0 1 6 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 2 2 6 ,   P 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 2 8 ;   B a i   X D ,   2 0 0 3 ,   N A N O   L E T T ,   V 3 ,   P 1 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n l 0 3 4 3 4 2 p ;   B a s u   S ,   2 0 0 9 ,   J o u r n a l   o f   S e n s o r s ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 0 9 / 8 6 1 9 6 8 ;   C h e n g   Z . ,   2 0 1 5 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 2 0 9 ,   P 5 3 0 ;   C h o i   S J ,   2 0 1 6 ,   S M A L L ,   V 1 2 ,   P 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s m l l . 2 0 1 5 0 2 9 0 5 ;   C h o i   S J ,   2 0 1 5 ,   C H E M   C O M M U N ,   V 5 1 ,   P 2 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 c c 0 9 7 2 5 d ;   C h o i   S J ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 8 0 6 7 ;   C h o i   S J ,   2 0 1 4 ,   N A N O S C A L E ,   V 6 ,   P 1 1 8 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 n r 0 3 7 0 6 e ;   C h o i   S J ,   2 0 1 4 ,   A C S   A P P L   M A T E R   I N T E R ,   V 6 ,   P 9 0 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a m 5 0 1 3 9 4 r ;   C h o i   S J ,   2 0 1 4 ,   A C S   A P P L   M A T E R   I N T E R ,   V 6 ,   P 2 5 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a m 4 0 5 0 8 8 q ;   C h o i   S J ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 5 ,   P 1 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 3 1 4 8 a ;   C h o i   S H ,   2 0 1 1 ,   C H E M   C O M M U N ,   V 4 7 ,   P 9 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 1 c c 1 0 7 0 7 k ;   C h o i   S .   J . ,   2 0 1 5 ,   N A N O S C A L E ,   P 9 1 5 9 ;   D a r y a k e n a r i   A A ,   2 0 1 3 ,   P H Y S   S T A T U S   S O L I D I   C ,   V 1 0 ,   P 1 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p s s c . 2 0 1 2 0 0 9 3 7 ;   D h a l l   S ,   2 0 1 4 ,   M E A S   S C I   T E C H N O L ,   V 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 9 5 7 - 0 2 3 3 / 2 5 / 8 / 0 8 5 1 0 3 ;   F e n g   C H ,   2 0 1 5 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 2 2 1 ,   P 4 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 5 . 0 6 . 1 1 4 ;   L i u   X . ,   2 0 1 6 ,   C A T A L   S C I   T E C H N O L ;   F i n e   G F ,   2 0 1 0 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 0 ,   P 5 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 0 0 6 0 5 4 6 9 ;   G o m e z - P o z o s   H ,   2 0 1 6 ,   M A T E R I A L S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m a 9 0 2 0 0 8 7 ;   G o t o   T ,   2 0 1 5 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 5 ,   P 3 1 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 5 1 2 2 9 8 7 3 ;   H e g e r   Z ,   2 0 1 4 ,   N A N O M E D I C I N E - U K ,   V 9 ,   P 2 2 3 3 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / n n m . 1 4 . 1 1 9 ,   1 0 . 2 2 1 7 / N N M . 1 4 . 1 1 9 ] ;   H w a n g   I S ,   2 0 1 1 ,   A C S   A P P L   M A T E R   I N T E R ,   V 3 ,   P 3 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a m 2 0 0 6 4 7 f ;   I n g a l e   S V ,   2 0 1 5 ,   I O P   C O N F   S E R - M A T   S C I ,   V 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 7 5 7 - 8 9 9 X / 7 3 / 1 / 0 1 2 0 7 6 ;   J a l e m   R ,   2 0 1 1 ,   N A N O   R E S ,   V 4 ,   P 7 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 7 4 - 0 1 1 - 0 1 3 1 - z ;   J a n g   B H ,   2 0 1 3 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 1 8 8 ,   P 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 1 1 ;   J a n g   J S ,   2 0 1 6 ,   A D V   F U N C T   M A T E R ,   V 2 6 ,   P 4 7 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a d f m . 2 0 1 6 0 0 7 9 7 ;   J a n g   J S ,   2 0 1 5 ,   N A N O S C A L E ,   V 7 ,   P 1 6 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 n r 0 4 4 8 7 a ;   J i n   W X ,   2 0 1 5 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 2 1 3 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 7 5 ;   K a r m a o u i   M ,   2 0 1 6 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 2 3 0 ,   P 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 6 . 0 2 . 1 0 0 ;   K i m   I D ,   2 0 1 3 ,   A C T A   M A T E R ,   V 6 1 ,   P 9 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c t a m a t . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 4 1 ;   K i m   N H ,   2 0 1 6 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 2 2 4 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 2 1 ;   K i m   N H ,   2 0 1 4 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 1 9 3 ,   P 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 1 1 ;   K o l m a k o v   A ,   2 0 0 5 ,   N A N O   L E T T ,   V 5 ,   P 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n l 0 5 0 0 8 2 v ;   K o o   W T ,   2 0 1 6 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 2 2 3 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 9 5 ;   K u m a r   V ,   2 0 1 3 ,   M A T E R   L E T T ,   V 1 0 1 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t l e t . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 7 3 ;   L i u   X Y ,   2 0 1 1 ,   J   M A T E R   C H E M ,   V 2 1 ,   P 7 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 1 j m 1 0 5 7 5 b ;   L i u   X ,   2 0 1 5 ,   N A N O S C A L E ,   V 7 ,   P 1 4 8 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 n r 0 3 5 8 5 f ;   L u p a n   O ,   2 0 1 0 ,   M A T E R   R E S   B U L L ,   V 4 5 ,   P 1 0 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t e r r e s b u l l . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 2 7 ;   M a   N ,   2 0 1 5 ,   A C S   A P P L   M A T E R   I N T E R ,   V 7 ,   P 1 5 6 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s a m i . 5 b 0 4 3 8 0 ;   N a m   C Y ,   2 0 0 5 ,   N A N O   L E T T ,   V 5 ,   P 2 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n l 0 5 1 5 6 9 7 ;   P e n g   G ,   2 0 0 9 ,   N A T   N A N O T E C H N O L ,   V 4 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n n a n o . 2 0 0 9 . 2 3 5 ;   R a m g i r   N ,   2 0 1 3 ,   C O L L O I D   S U R F A C E   A ,   V 4 3 9 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o l s u r f a . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 2 9 ;   R i g h e t t o n i   M ,   2 0 1 1 ,   J   B R E A T H   R E S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 7 5 2 - 7 1 5 5 / 5 / 3 / 0 3 7 1 0 9 ;   S h i n   J ,   2 0 1 3 ,   A D V   F U N C T   M A T E R ,   V 2 3 ,   P 2 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a d f m . 2 0 1 2 0 2 7 2 9 ;   T a n g e r m a n   A ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   P E R I O D O N T O L ,   V 3 4 ,   P 7 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 5 1 X . 2 0 0 7 . 0 1 1 1 6 . x ;   W a n g   L L ,   2 0 1 6 ,   A D V   F U N C T   M A T E R ,   V 2 6 ,   P 2 0 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a d f m . 2 0 1 5 0 4 9 4 0 ;   W a n g   L L ,   2 0 1 4 ,   J   M A T E R   C H E M   A ,   V 2 ,   P 1 0 0 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 t a 0 0 6 5 1 h ;   W a n g   L L ,   2 0 1 3 ,   N A N O S C A L E ,   V 5 ,   P 2 6 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 n r 3 3 0 8 8 a ;   W a n g   S C ,   2 0 1 5 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 5 ,   P 1 4 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 5 0 6 1 4 2 8 6 ;   W a n g   S H ,   2 0 1 5 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 5 ,   P 7 0 8 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 5 0 4 0 7 0 8 4 ;   W e i   S H ,   2 0 1 6 ,   V A C U U M ,   V 1 2 4 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v a c u u m . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 1 0 ;   W u   Y M ,   2 0 1 5 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 5 ,   P 1 4 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 5 0 6 1 4 2 3 0 ;   X u   X L ,   2 0 1 5 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 2 1 3 ,   P 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 7 3 ;   Y a m a z o e   N ,   2 0 0 3 ,   C A T A L   S U R V   A S I A ,   V 7 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 3 4 3 6 7 2 5 4 5 7 ;   Z h a n g   Y A ,   2 0 1 0 ,   N A N O T E C H N O L O G Y ,   V 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 9 5 7 - 4 4 8 4 / 2 1 / 2 8 / 2 8 5 5 0 1 ;   Z h a o   Q Q ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 7 8 7 4 ;   Z h o u   M G ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 4 1 3 ,   P 1 7 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 6 	 5 8 	 0 	 0 	 1 9 	 1 9 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   S A 	 L A U S A N N E 	 P O   B O X   5 6 4 ,   1 0 0 1   L A U S A N N E ,   S W I T Z E R L A N D 	 0 9 2 5 - 4 0 0 5 	 	 	 S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M 	 S e n s .   A c t u a t o r   B - C h e m . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 2 4 3 	 	 	 	 	 	 1 6 6 	 1 7 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 6 . 1 1 . 1 3 7 	 	 1 0 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   E l e c t r o c h e m i s t r y ;   I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n 	 C h e m i s t r y ;   E l e c t r o c h e m i s t r y ;   I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n 	 E N 4 H R 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 9 6 9 1 0 0 0 2 2 	 	 
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 U m e a   U n i v ,   D e p t   S u r g   &   P e r i o p e r a t   S c i ,   O r t h o p e d ,   U m e a ,   S w e d e n ;   [ E g e v a d ,   L a r s ]   K a r o l i n s k a   I n s t ,   U r o l   S e c t ,   D e p t   S u r g   S c i ,   S t o c k h o l m ,   S w e d e n ;   [ S t a t t i n ,   P a r ]   U m e a   U n i v ,   D e p t   S u r g   &   P e r i o p e r a t   S c i ,   U r o l   &   A n d r o l ,   U m e a ,   S w e d e n ;   [ W i d m a r k ,   A n d e r s ]   U m e a   U n i v ,   D e p t   R a d i a t   S c i ,   O n c o l ,   U m e a ,   S w e d e n 	 W i k s t r o m ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U m e a   U n i v ,   D e p t   M e d   B i o s c i ,   S - 9 0 1 8 5   U m e a ,   S w e d e n . 	 p e r n i l l a . w i k s t r o m @ u m u . s e 	 	 	 S w e d i s h   R e s e a r c h   C o u n c i l   [ K 2 0 1 3 - 6 4 X - 2 0 4 0 7 - 0 4 - 3 ] ;   S w e d i s h   C a n c e r   S o c i e t y   [ C A N   2 0 1 3 / 8 4 5 ,   C A N   2 0 1 3 / 1 3 2 4 ] ;   S w e d i s h   F o u n d a t i o n   f o r   S t r a t e g i c   R e s e a r c h   [ R B 1 3 - 0 1 1 9 ] ;   C a n c e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   i n   N o r t h e r n   S w e d e n ;   c o u n t y   o f   V a s t e r b o t t e n ;   E r l i n g - P e r s s o n   F a m i l y   F o u n d a t i o n ;   U m e a   U n i v e r s i t y 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   f r o m   S w e d i s h   R e s e a r c h   C o u n c i l   ( K 2 0 1 3 - 6 4 X - 2 0 4 0 7 - 0 4 - 3 ) ,   t h e   S w e d i s h   C a n c e r   S o c i e t y   ( C A N   2 0 1 3 / 8 4 5   a n d   C A N   2 0 1 3 / 1 3 2 4 ) ,   T h e   S w e d i s h   F o u n d a t i o n   f o r   S t r a t e g i c   R e s e a r c h   ( R B 1 3 - 0 1 1 9 ) ,   C a n c e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   i n   N o r t h e r n   S w e d e n ,   U m e a   U n i v e r s i t y ,   t h e   c o u n t y   o f   V a s t e r b o t t e n ,   a n d   t h e   E r l i n g - P e r s s o n   F a m i l y   F o u n d a t i o n .   T h e   s p o n s o r s   p l a y e d   n o   d i r e c t   r o l e   i n   t h e   s t u d y . 	 A n t o n a r a k i s   E S ,   2 0 1 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 1 ,   P 1 0 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 3 1 5 8 1 5 ;   B L A D E S   R A ,   1 9 9 5 ,   U R O L O G Y ,   V 4 6 ,   P 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 0 - 4 2 9 5 ( 9 9 ) 8 0 3 0 1 - X ;   B u k u r   J ,   2 0 1 2 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 2 2 ,   P 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 3 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 9 0 ,   P 2 6 5 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 1 5 . 6 7 6 1 3 0 ;   C h e n g   X H ,   2 0 1 4 ,   P L O S   G E N E T ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 4 6 5 6 ;   C r n a l i c   S ,   2 0 1 0 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 1 7 ,   P 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 6 7 7 / E R C - 1 0 - 0 0 5 9 ;   D a v i d s s o n   S ,   2 0 1 3 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 2 6 ,   P 4 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 2 0 1 2 . 1 6 4 ;   D o m i n g o - D o m e n e c h   J ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 2 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 1 6 ;   D r a k e   C G ,   2 0 1 4 ,   O N C O G E N E ,   V 3 3 ,   P 5 0 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 3 . 4 9 7 ;   E r i k s s o n   L ,   2 0 0 4 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 8 0 ,   P 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 4 - 2 7 8 3 - y ;   F l a m m i g e r   A ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 1 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 3 5 ;   F o n s a t t i   E ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 3 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 6 - 3 0 9 1 ;   G a n n o n   P O ,   2 0 0 9 ,   J   I M M U N O L   M E T H O D S ,   V 3 4 8 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j i m . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 0 4 ;   H a m m a r s t e n   P ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 1 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 9 - 0 1 0 3 ;   H o r n b e r g   E ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 9 0 5 9 ;   I d o r n   M ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   I M M U N O L   I M M U N ,   V 6 3 ,   P 1 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 6 2 - 0 1 4 - 1 5 9 1 - 2 ;   I g l e s i a s - G a t o   D ,   2 0 1 6 ,   E U R   U R O L ,   V 6 9 ,   P 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 5 3 ;   J e r n b e r g   E ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 7 4 0 7 ;   K i m   I J ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 4 5 ,   P 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j o . 2 0 1 4 . 2 4 8 5 ;   K i t a m u r a   H ,   2 0 0 7 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 8 ,   P 6 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 7 . 0 3 . 1 0 9 ;   L a n c i o t t i   M ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 4 8 6 7 9 8 ;   L u n d h o l m   M ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 5 6 5 1 ;   M a h o n e y   K M ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 4 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 4 5 9 1 ;   M a r c h e s i   M ,   2 0 1 3 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 7 6 - 1 1 - 2 4 7 ;   M l e c n i k   B ,   2 0 1 6 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . a a d 6 3 5 2 ;   N e l s o n   P S ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 0 ,   P 6 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 1 . 3 9 . 1 3 0 0 ;   O m l i n   A u r e l i u s ,   2 0 1 4 ,   T h e r   A d v   U r o l ,   V 6 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 7 5 6 2 8 7 2 1 3 5 0 9 6 7 7 ;   P o m e r a n t z   M M ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 1 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 4 1 9 ;   S a a d   F ,   2 0 1 5 ,   U R O L O G Y ,   V 8 5 ,   P 9 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 2 9 ;   S e l i g e r   B ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   I M M U N O L   I M M U N ,   V 5 9 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 6 2 - 0 0 9 - 0 7 6 9 - 5 ;   S o r r e n t i n o   C ,   2 0 1 1 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 7 ,   P 1 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 0 - 2 8 0 4 ;   S t r a s n e r   A ,   2 0 1 5 ,   F R O N T   O N C O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f o n c . 2 0 1 5 . 0 0 1 2 8 ;   T h y s e l l   E ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 4 1 7 5 ;   T i d e h a g   V ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 5 0 ,   P 1 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 4 . 0 3 . 2 7 8 ;   T r i g u n a i t e   A ,   2 0 1 5 ,   C E L L   I M M U N O L ,   V 2 9 4 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l i m m . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 4 ;   W a n g   L ,   2 0 1 5 ,   B M C   M E D ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 1 6 - 0 1 5 - 0 4 4 2 - 0 	 3 6 	 1 	 1 	 1 1 	 1 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 3 0 2 - 2 8 3 8 	 1 8 7 3 - 7 5 6 0 	 	 E U R   U R O L 	 E u r .   U r o l . 	 M A Y 	 2 0 1 7 	 7 1 	 5 	 	 	 	 	 7 7 6 	 7 8 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 3 3 	 	 1 2 	 U r o l o g y   &   N e p h r o l o g y 	 U r o l o g y   &   N e p h r o l o g y 	 E Q 0 P O 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 7 7 3 3 0 0 0 3 3 	 2 7 4 9 7 7 6 1 	 
 
 J 	 L o p e z ,   J ;   M a l d o n a d o ,   S 	 	 	 	 L o p e z ,   J u l i o ;   M a l d o n a d o ,   S e b a s t i a n 	 	 	 G r o u p - p e n a l i z e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a n d   r o b u s t   t w i n   S V M   c l a s s i f i c a t i o n   v i a   s e c o n d - o r d e r   c o n e   p r o g r a m m i n g 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e s ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   T w i n   S V M ;   S e c o n d - o r d e r   c o n e   p r o g r a m m i n g ;   G r o u p   p e n a l t y 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   G E N E - E X P R E S S I O N ;   B R E A S T - C A N C E R ;   F O R M U L A T I O N S ;   T U M O R 	 S e l e c t i n g   t h e   r e l e v a n t   f a c t o r s   i n   a   p a r t i c u l a r   d o m a i n   i s   o f   u t m o s t   i n t e r e s t   i n   t h e   m a c h i n e   l e a r n i n g   c o m m u n i t y .   T h i s   p a p e r   c o n c e r n s   t h e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   p r o c e s s   f o r   t w i n   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( T W S V M ) ,   a   p o w e r f u l   c l a s s i f i c a t i o n   m e t h o d   t h a t   c o n s t r u c t s   t w o   n o n p a r a l l e l   h y p e r p l a n e s   i n   o r d e r   t o   d e f i n e   a   c l a s s i f i c a t i o n   r u l e .   B e s i d e s   t h e   E u c l i d e a n   n o r m ,   o u r   p r o p o s a l   i n c l u d e s   a   s e c o n d   r e g u l a r i z e r   t h a t   a i m s   a t   e l i m i n a t i n g   v a r i a b l e s   i n   b o t h   t w i n   h y p e r p l a n e s   i n   a   s y n c h r o n i z e d   f a s h i o n .   T h e   b a s e l i n e   c l a s s i f i e r   i s   a   t w i n   S V M   i m p l e m e n t a t i o n   b a s e d   o n   s e c o n d   o r d e r   c o n e   p r o g r a m M i n g ,   w h i c h   c o n f e r s   r o b u s t n e s s   t o   t h e   a p p r o a c h   a n d   l e a d s   t o   p o t e n t i a l l y   b e t t e r   p r e d i c t i v e   p e r f o r m a n c e   c o m p a r e d   t o   t h e   s t a n d a r d   T W S V M   f o r m u l a t i o n .   T h e   p r o p o s a l   i s   s t u d i e d   e m p i r i c a l l y   a n d   c o m p a r e d   w i t h   w e l l - k n o w n   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s   u s i n g   m i c r o a r r a y   d a t a s e t s ,   o n   w h i c h   i t   s u c c e e d s   a t   f i n d i n g   l o w   d i m e n s i o n a l   s o l u t i o n s   w i t h   h i g h e s t   a v e r a g e   p e r f o r m a n c e   a m o n g   a l l   t h e   o t h e r   m e t h o d s   s t u d i e d   i n   t h i s   w o r k . 	 [ L o p e z ,   J u l i o ]   U n i v   D i e g o   P o r t a l e s ,   F a c   I n g n   &   C i e n c i a s ,   E j e r c i t o   4 4 1 ,   S a n t i a g o ,   C h i l e ;   [ M a l d o n a d o ,   S e b a s t i a n ]   U n i v   L o s   A n d e s ,   F a c   I n g n   &   C i e n c i a s   A p l i c a d a s ,   M o n s e i l o r   A l v a r o   P o r t i l l o   1 2 4 5 5 ,   S a n t i a g o ,   C h i l e 	 M a l d o n a d o ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   L o s   A n d e s ,   F a c   I n g n   &   C i e n c i a s   A p l i c a d a s ,   M o n s e i l o r   A l v a r o   P o r t i l l o   1 2 4 5 5 ,   S a n t i a g o ,   C h i l e . 	 s m a l d o n a d o @ u a n d e s . c l 	 	 M a l d o n a d o ,   S e b a s t i a n / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 7 1 2 4 - 0 4 3 7 	 F O N D E C Y T   [ 1 1 6 0 8 9 4 ,   1 1 4 0 8 3 1 ,   1 1 6 0 7 3 8 ] ;   C o m p l e x   E n g i n e e r i n g   S y s t e m s   I n s t i t u t e ,   I S C I   [ I C M - F I C :   P 0 5 - 0 0 4 - F ,   C O N I C Y T :   F B 0 8 1 6 ] 	 T h e   f i r s t   a u t h o r   w a s   s u p p o r t e d   b y   F O N D E C Y T   p r o j e c t   1 1 6 0 8 9 4 ,   w h i l e   t h e   s e c o n d   o n e   w a s   f u n d e d   b y   F O N D E C Y T   p r o j e c t s   1 1 4 0 8 3 1   a n d   1 1 6 0 7 3 8 .   T h i s   r e s e a r c h   w a s   p a r t i a l l y   f u n d e d   b y   t h e   C o m p l e x   E n g i n e e r i n g   S y s t e m s   I n s t i t u t e ,   I S C I   ( I C M - F I C :   P 0 5 - 0 0 4 - F ,   C O N I C Y T :   F B 0 8 1 6 ) .   T h e   a u t h o r s   a r e   g r a t e f u l   t o   t h e   a n o n y m o u s   r e v i e w e r s   w h o   c o n t r i b u t e d   t o   i m p r o v i n g   t h e   q u a l i t y   o f   t h e   o r i g i n a l   p a p e r . 	 A l i z a d e h   A A ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 3 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 0 0 5 0 1 ;   A l i z a d e h   F ,   2 0 0 3 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 9 5 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 7 - 0 0 2 - 0 3 3 9 - 5 ;   A l o n   U ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 6 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 1 2 . 6 7 4 5 ;   B a i   L ,   2 0 1 4 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 5 9 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 2 5 ;   B h a t t a c h a r y y a   C ,   2 0 0 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 5 ,   P 1 4 1 7 ;   B r a d l e y   P . S . ,   1 9 9 8 ,   M A C H   L E A R N   P   1 5   I N T ,   V 9 8 ,   P 8 2 ;   C a i   X . ,   2 0 1 1 ,   2 0 1 1   I E E E   1 1   I N T   C   D ,   P 9 1 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 1 1 . 1 0 5 ,   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 1 1 . 1 0 5 ] ;   C a n e l a s   A . ,   F E A S I B L E   D I R E C   U N P U B ;   C a r r a s c o   M ,   2 0 1 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 5 4 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 4 4 ;   C h a p e l l e   O . ,   2 0 0 8 ,   M U L T I C L A S S   F E A T U R E   S ;   C l a e s e n   M ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 6 0 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 8 1 ;   D e m s a r   J ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 1 ;   D u d a   R .   O . ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   G r a v i e r   E ,   2 0 1 0 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 4 9 ,   P 1 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 0 8 2 0 ;   G u o   J H ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 4 4 ,   P 1 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 4 0 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 6 ,   F E A T U R E   E X T R A C T I O N   F ;   J a v e d   K ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 5 7 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 3 1 ;   J a y a d e v a ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 9 ,   P 9 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 1 0 6 8 ;   K a t o   H ,   2 0 0 7 ,   O P T I M   L E T T ,   V 1 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 9 0 - 0 0 6 - 0 0 0 9 - 2 ;   L a n c k r i e t   G .   R .   G . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 1 8 9 7 7 2 6 ;   L i u   Y ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 0 5 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 3 1 ;   L o b o   M S ,   1 9 9 8 ,   L I N E A R   A L G E B R A   A P P L ,   V 2 8 4 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 4 - 3 7 9 5 ( 9 8 ) 1 0 0 3 2 - 0 ;   L o p e z   J ,   2 0 1 5 ,   I N T E L L   D A T A   A N A L ,   V 1 9 ,   p S 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / I D A - 1 5 0 7 7 3 ;   M a l d o n a d o   S ,   2 0 1 5 ,   I N T E L L   D A T A   A N A L ,   V 1 9 ,   P 1 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / I D A - 1 5 0 7 8 1 ;   M a l d o n a d o   S ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 7 9 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 3 . 1 1 0 ;   M a l d o n a d o   S ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 6 8 ,   P 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 4 1 ;   M a n g a s a r i a n   O .   L . ,   1 9 9 4 ,   N O N L I N E A R   P R O G R A M M I N ;   N a t h   S ,   2 0 0 7 ,   P   S I A M   I N T   C   D A T   M I N ;   N i e   F . ,   2 0 1 0 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 1 8 1 3 ;   N i e   F . ,   2 0 0 8 ,   P   2 3   N A T   C   A R T   I N T ,   V 2 ,   P 6 7 1 ;   P e a r s o n   K . ,   1 8 9 5 ,   P   R O Y   S O C   L O N D O N ,   V 5 8 ,   P 2 4 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / R S P L . 1 8 9 5 . 0 0 4 1 ;   P o m e r o y   S L ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 4 3 6 a ;   S h a o   Y H ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 6 3 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 3 ;   S h a o   Y H ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 2 ,   P 9 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 1 . 2 1 3 0 5 4 0 ;   S t u r m   J F ,   1 9 9 9 ,   O P T I M   M E T H O D   S O F T W ,   V 1 1 - 2 ,   P 6 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 5 5 6 7 8 9 9 0 8 8 0 5 7 6 6 ;   V a l e n t i n i   G ,   2 0 0 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 5 6 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 3 . 0 9 . 0 0 1 ;   W e s t   M ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 1 1 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 0 1 1 6 2 9 9 8 ;   W e s t o n   J . ,   1 9 9 9 ,   P   7   E U R   S   A R T   N E U R   N ;   Y a n g   Z M ,   2 0 1 3 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 1 7 ,   P 1 0 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 3 . 0 5 . 1 3 2 ;   Y e   Q L ,   2 0 1 2 ,   O P T I M   M E T H O D   S O F T W ,   V 2 7 ,   P 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 5 5 6 7 8 8 . 2 0 1 0 . 5 2 6 6 0 8 ;   Y u a n   M ,   2 0 0 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 8 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 5 . 0 0 5 3 2 . x ;   Z o u   H ,   2 0 0 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 7 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 5 . 0 0 5 0 3 . x ;   Z o u   H ,   2 0 0 8 ,   S T A T   S I N I C A ,   V 1 8 ,   P 3 7 9 	 4 4 	 0 	 0 	 5 	 5 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 9 2 5 - 2 3 1 2 	 1 8 7 2 - 8 2 8 6 	 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 N e u r o c o m p u t i n g 	 A P R   2 6 	 2 0 1 7 	 2 3 5 	 	 	 	 	 	 1 1 2 	 1 2 1 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 0 5 	 	 1 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E M 3 M Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 2 1 9 7 0 0 0 1 2 	 	 
 
 J 	 Y a m a m o t o ,   Y ;   S a i t o ,   A ;   T a t e i s h i ,   A ;   S h i m o j o ,   H ;   K a n n o ,   H ;   T s u c h i y a ,   S ;   I t o ,   K ;   C o s a t t o ,   E ;   G r a f ,   H P ;   M o r a l e d a ,   R R ;   E i l s ,   R ;   G r a b e ,   N 	 	 	 	 Y a m a m o t o ,   Y o i c h i r o ;   S a i t o ,   A k i r a ;   T a t e i s h i ,   A y a k o ;   S h i m o j o ,   H i s a s h i ;   K a n n o ,   H i r o y u k i ;   T s u c h i y a ,   S h i n i c h i ;   I t o ,   K e n - i c h i ;   C o s a t t o ,   E r i c ;   G r a f ,   H a n s   P e t e r ;   M o r a l e d a ,   R o d r i g o   R . ;   E i l s ,   R o l a n d ;   G r a b e ,   N i e l s 	 	 	 Q u a n t i t a t i v e   d i a g n o s i s   o f   b r e a s t   t u m o r s   b y   m o r p h o m e t r i c   c l a s s i f i c a t i o n   o f   m i c r o e n v i r o n m e n t a l   m y o e p i t h e l i a l   c e l l s   u s i n g   a   m a c h i n e   l e a r n i n g  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 p a r a c r i n e   c r o s s - t a l k - b a s e d   b i o l o g i c a l   m e c h a n i s m   o f   D C I S   p r o g r e s s i n g   t o   i n v a s i v e   c a n c e r .   O u r   o b s e r v a t i o n s   s u p p o r t   n o v e l   a p p r o a c h e s   i n   c l i n i c a l   c o m p u t a t i o n a l   d i a g n o s t i c s   a s   w e l l   a s   i n   t h e r a p y   d e v e l o p m e n t   a g a i n s t   p r o g r e s s i o n . 	 [ Y a m a m o t o ,   Y o i c h i r o ;   T a t e i s h i ,   A y a k o ;   S h i m o j o ,   H i s a s h i ;   K a n n o ,   H i r o y u k i ]   S h i n s h u   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   P a t h o l ,   N a g a n o ,   J a p a n ;   [ Y a m a m o t o ,   Y o i c h i r o ;   E i l s ,   R o l a n d ]   G e r m a n   C a n c   R e s   C t r ,   D i v   T h e o r e t   B i o i n f o r m a t ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y ;   [ Y a m a m o t o ,   Y o i c h i r o ;   E i l s ,   R o l a n d ]   H e i d e l b e r g   U n i v ,   D e p t   B i o i n f o r m a t   &   F u n c t   G e n o m ,   I n s t   P h a r m   &   M o l   B i o t e c h n o l ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y ;   [ Y a m a m o t o ,   Y o i c h i r o ;   E i l s ,   R o l a n d ]   H e i d e l b e r g   U n i v ,   B i o q u a n t ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y ;   [ Y a m a m o t o ,   Y o i c h i r o ;   S a i t o ,   A k i r a ]   R I K E N   C t r   A d v   I n t e l l i g e n c e   P r o j e c t ,   P a t h o l   I n f o r m a t   U n i t ,   T o k y o ,   J a p a n ;   [ S a i t o ,   A k i r a ]   T o k y o   M e d   U n i v ,   Q u a n t i t a t   P a t h o l   &   I m m u n o l ,   S h i n j u k u   K u ,   T o k y o ,   J a p a n ;   [ S a i t o ,   A k i r a ]   T o k y o   M e d   U n i v ,   D e p t   M o l   P a t h o l ,   S h i n j u k u   K u ,   T o k y o ,   J a p a n ;   [ T s u c h i y a ,   S h i n i c h i ]   R i t s u z a n k a i   I i d a   H o s p ,   D i a g n o s t   P a t h o l ,   N a g a n o ,   J a p a n ;   [ I t o ,   K e n - i c h i ]   S h i n s h u   U n i v ,   S c h   M e d ,   D i v   B r e a s t   &   E n d o c r i n e   S u r g ,   N a g a n o ,   J a p a n ;   [ C o s a t t o ,   E r i c ;   G r a f ,   H a n s   P e t e r ]   N E C   L a b s   A m e r ,   D e p t   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   P r i n c e t o n ,   N J   U S A ;   [ M o r a l e d a ,   R o d r i g o   R . ]   G e r m a n   C a n c   R e s   C t r ,   N a t l   C t r   T u m o r   D i s ,   A p p l   T u m o r   I m m u n   C l i n   C o o p e r a t   U n i t ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y ;   [ M o r a l e d a ,   R o d r i g o   R . ]   T e c h   U n i v   F e d e r i c o   S a n t a   M a r i a   V a l p a r a i s o ,   D e p t   I n f o r m a t ,   V a l p a r a i s o ,   C h i l e ;   [ G r a b e ,   N i e l s ]   H e i d e l b e r g   U n i v ,   N a t l   C t r   T u m o r   D i s ,   D e p t   M e d   O n c o l ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y ;   [ G r a b e ,   N i e l s ]   H e i d e l b e r g   U n i v ,   H a m a m a t s u   T i s s u e   I m a g i n g   &   A n a l   C t r ,   B i o q u a n t ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y 	 Y a m a m o t o ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S h i n s h u   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   P a t h o l ,   N a g a n o ,   J a p a n . ;   Y a m a m o t o ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G e r m a n   C a n c   R e s   C t r ,   D i v   T h e o r e t   B i o i n f o r m a t ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y . ;   Y a m a m o t o ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H e i d e l b e r g   U n i v ,   D e p t   B i o i n f o r m a t   &   F u n c t   G e n o m ,   I n s t   P h a r m   &   M o l   B i o t e c h n o l ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y . ;   Y a m a m o t o ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H e i d e l b e r g   U n i v ,   B i o q u a n t ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y . ;   Y a m a m o t o ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R I K E N   C t r   A d v   I n t e l l i g e n c e   P r o j e c t ,   P a t h o l   I n f o r m a t   U n i t ,   T o k y o ,   J a p a n . 	 y o i c h i r o @ s h i n s h u - u . a c . j p 	 	 	 J S P S   K A K E N H I   [ J P 1 5 K 1 8 4 2 8 ] ;   J a p a n   A g e n c y   f o r   M e d i c a l   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   J S P S   K A K E N H I   G r a n t   N u m b e r   J P 1 5 K 1 8 4 2 8   a n d   b y   J a p a n   A g e n c y   f o r   M e d i c a l   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t . 	 A d a m s   M ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 2 ,   P 3 2 8 9 ;   A l l e n   M D ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 5 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 1 8 4 1 ;   A l l i n e n   M ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 6 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 1 0 ;   B a r b a r e s c h i   M ,   2 0 0 1 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 2 5 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 0 4 7 8 - 2 0 0 1 0 8 0 0 0 - 0 0 0 1 0 ;   B e c k   A H ,   2 0 1 1 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 2 5 6 4 ;   B e n - S h l o m o   I z h a r ,   2 0 0 3 ,   S c i   S T K E ,   V 2 0 0 3 ,   p R E 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s t k e . 2 0 0 3 . 1 8 7 . r e 9 ;   B o u r z a c   K ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 2 ,   p S 9 2 ;   C a r p e n t e r   A E ,   2 0 0 6 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 6 - 7 - 1 0 - r 1 0 0 ;   C h a n g   C . ,   2 0 0 1 ,   L I B S V M   L I B   S U P P O R T   V ,   V 8 0 ,   P 6 0 4 ;   C h e n   Y W ,   2 0 0 6 ,   S T U D   F U Z Z   S O F T   C O M P ,   V 2 0 7 ,   P 3 1 5 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   C o s a t t o   E . ,   2 0 0 8 ,   I N T   C   P A T T   R E C ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 2 0 0 8 . 4 7 6 1 1 1 2 ;   C o s a t t o   E ,   2 0 1 3 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 0 7 0 4 7 ;   D a h l m a n   A ,   2 0 1 1 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 2 4 ,   P 7 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 2 0 1 0 . 2 3 8 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 1 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 2 7 ;   G y o r f f y   B ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 3 ,   P 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 9 - 0 6 7 4 - 9 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 9 ,   P   I E E E ,   V 6 7 ,   P 7 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / P R O C . 1 9 7 9 . 1 1 3 2 8 ;   H a r t m a n n   L C ,   2 0 1 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 2 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M s r 1 4 0 7 1 6 4 ;   H o w l a d e r   N . ,   2 0 1 4 ,   S E E R   C A N C   S T A T   R E V ,   P 1 9 7 5 ;   H u   M ,   2 0 0 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 7 ,   P 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 5 9 6 ;   H u   M ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 3 ,   P 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 0 7 ;   K o g a   K ,   2 0 0 8 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 2 8 ,   P 7 3 1 ;   K u b o   M ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 4 ,   P 6 0 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 0 4 1 6 ;   M a c i a s   H ,   2 0 1 1 ,   D E V   C E L L ,   V 2 0 ,   P 8 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d e v c e l . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 1 2 ;   M a r l o w   R ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 7 8 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 8 - 1 3 5 7 ;   N a t a r a j a n   N . ,   2 0 1 3 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 1 9 6 ;   N g u y e n   M ,   2 0 0 0 ,   O N C O G E N E ,   V 1 9 ,   P 3 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 3 6 7 7 ;   P a t t a r i   S K ,   2 0 0 8 ,   C Y T O J O U R N A L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 2 - 6 4 1 3 - 5 - 9 ;   P o l y a k   K ,   2 0 0 5 ,   J   M A M M A R Y   G L A N D   B I O L ,   V 1 0 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 1 - 0 0 5 - 9 5 8 4 - 6 ;   S a i t o   A . ,   2 0 1 3 ,   S P I E   P ,   V 8 6 7 6 ;   S a n d e r s   M E ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 2 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 1 0 6 9 ;   S h a o   Z M ,   1 9 9 8 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 2 4 1 ,   P 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / e x c r . 1 9 9 8 . 4 0 6 6 ;   S i m p s o n   P T ,   2 0 0 4 ,   J   P A T H O L ,   V 2 0 2 ,   P 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 1 5 3 0 ;   S o m m e r   C ,   2 0 1 1 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 1 . 5 8 7 2 3 9 4 ;   S t r i c k l a n d   P ,   2 0 0 6 ,   D E V E L O P M E N T ,   V 1 3 3 ,   P 8 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / d e v . 0 2 2 6 1 ;   T A V A S S O L I   F A ,   1 9 9 0 ,   C A N C E R ,   V 6 5 ,   P 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 0 0 2 0 1 ) 6 5 : 3 < 5 1 8 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 6 5 0 3 2 4 > 3 . 0 . C O ; 2 - O ;   U h l e n   M ,   2 0 1 0 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 8 ,   P 1 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 2 1 0 - 1 2 4 8 ;   V e t a   M ,   2 0 1 2 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 2 5 ,   P 1 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 2 0 1 2 . 1 2 6 ;   Y a m a m o t o   T ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 1 9 ,   P 2 7 1 ;   Y a z i j i   H ,   2 0 0 0 ,   A D V   A N A T   P A T H O L ,   V 7 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 1 2 5 4 8 0 - 2 0 0 0 0 7 0 2 0 - 0 0 0 0 5 ;   Y u a n   Y ,   2 0 1 2 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 5 2 9 8 ;   Z h a n g   R R ,   2 0 0 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 5 ,   p R 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 6 3 5 	 4 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 A P R   2 5 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 6 7 3 2 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 6 7 3 2 	 	 1 2 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E T 2 M Q 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 1 0 7 9 0 0 0 0 1 	 2 8 4 4 0 2 8 3 	 
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 J 	 C r a b t r e e ,   N M ;   M o o r e ,   J H ;   B o w y e r ,   J F ;   G e o r g e ,   N I 	 	 	 	 C r a b t r e e ,   N a t h a n i e l   M . ;   M o o r e ,   J a s o n   H . ;   B o w y e r ,   J o h n   F . ;   G e o r g e ,   N y s i a   I . 	 	 	 M u l t i - c l a s s   c o m p u t a t i o n a l   e v o l u t i o n :   d e v e l o p m e n t ,   b e n c h m a r k   e v a l u a t i o n   a n d   a p p l i c a t i o n   t o   R N A - S e q   b i o m a r k e r   d i s c o v e r y 	 B I O D A T A   M I N I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A r t i f i c i a l   i n t e l l i g e n c e ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   C l a s s i f i c a t i o n ;   G e n e t i c   p r o g r a m m i n g ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   D a t a   m i n i n g ;   B i o m a r k e r   d i s c o v e r y ;   E v o l u t i o n a r y   a l g o r i t h m ;   M u l t i - c l a s s 	 F E A T U R E - S E L E C T I O N   A L G O R I T H M S ;   R A N D O M  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 B i o i n f o r m a t   G r a d   P r o g r a m ,   L i t t l e   R o c k ,   A R   7 2 2 0 5   U S A ;   [ M o o r e ,   J a s o n   H . ]   U n i v   P e n n ,   I n s t   B i o m e d   I n f o r m a t ,   D e p t   B i o s t a t   &   E p i d e m i o l ,   D i v   I n f o r m a t , P e r e l m a n   S c h   M e d ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A ;   [ B o w y e r ,   J o h n   F . ]   U S   F D A ,   D i v   N e u r o t o x i c o l ,   N a t l   C t r   T o x i c o l   R e s ,   J e f f e r s o n ,   A R   U S A ;   [ G e o r g e ,   N y s i a   I . ]   U S   F D A ,   D i v   B i o i n f o r m a t   &   B i o s t a t ,   N a t l   C t r   T o x i c o l   R e s ,   J e f f e r s o n ,   A R   U S A 	 M o o r e ,   J H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   P e n n ,   I n s t   B i o m e d   I n f o r m a t ,   D e p t   B i o s t a t   &   E p i d e m i o l ,   D i v   I n f o r m a t , P e r e l m a n   S c h   M e d ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A . 	 J H M o o r e @ u p e n n . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   [ A I 1 1 6 7 9 4 ] ;   N C T R / F D A   p r o t o c o l s   [ E 7 2 9 5 ,   E 7 5 1 9 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   g r a n t   A I 1 1 6 7 9 4 .   R e s e a r c h   a n i m a l s ,   t h e i r   h o u s i n g   a n d   r e a g e n t s   w e r e   f u n d e d   u n d e r   N C T R / F D A   p r o t o c o l s   E 7 2 9 5   a n d   E 7 5 1 9 .   N a t h a n i e l   M a r k   C r a b t r e e   r e c e i v e d   a n   a p p o i n t m e n t   f r o m   t h e   R e s e a r c h   P a r t i c i p a t i o n   P r o g r a m   a t   t h e   U . S .   F o o d   a n d   D r u g   A d m i n i s t r a t i o n   a d m i n i s t e r e d   b y   t h e   O a k   R i d g e   I n s t i t u t e   f o r   S c i e n c e   a n d   E d u c a t i o n   t h r o u g h   a n   i n t e r a g e n c y   a g r e e m e n t   b e t w e e n   t h e   U . S .   D e p a r t m e n t   o f   E n e r g y   a n d   t h e   U . S .   F o o d   a n d   D r u g   A d m i n i s t r a t i o n . 	 B a r r e t t   T ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p D 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k l 8 8 7 ;   B O T T O U   L ,   1 9 9 4 ,   I N T   C   P A T T   R E C O G ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 1 9 9 4 . 5 7 6 8 7 9 ;   B o w y e r   J F ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 3 3 1 5 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C a r e y   V . ,   2 0 1 6 ,   G E U V P A C K   S U M M A R I Z E D ;   C h a i   H ,   2 0 0 4 ,   P   2   E U R   W O R K S H   D A T   M ,   P 3 ;   C l a r k   K ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   p D 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 2 7 6 ;   C O V E R   T M ,   1 9 6 7 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 1 3 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 1 9 6 7 . 1 0 5 3 9 6 4 ;   D E T E R M A N   C E ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   B I O L ,   V 7 ,   P 1 0 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 5 5 3 9 / i j b . v 7 n 1 p 1 0 0 ;   D i a z - U r i a r t e   R ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 3 2 8 ;   D i p t i   S ,   2 0 0 3 ,   E V   C O M P   2 0 0 3   C E C   0 3 ,   V 2 2 9 4 ,   P 2 2 9 2 ;   D u e l l   E J ,   2 0 1 3 ,   G E N E S   N U T R ,   V 8 ,   P 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 6 3 - 0 1 3 - 0 3 4 6 - 6 ;   E r i c h s e n   H C ,   2 0 0 8 ,   N U T R   C A N C E R ,   V 6 0 ,   P 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 3 5 5 8 0 8 0 2 0 3 3 1 1 0 ;   F i s h e r   R A ,   1 9 3 6 ,   A N N   E U G E N I C ,   V 7 ,   P 1 7 9 ;   F o r t i n o   V ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 7 8 0 1 ;   G h a f f a r i   N ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 3 0 7 ;   G r a n d o n i   F ,   2 0 1 0 ,   P R O C   A P P L   M A T H ,   V 1 3 5 ,   P 5 7 3 ;   H o r n   J . ,   1 9 9 4 ,   P   1   I E E E   C   E V   C O M P   I ,   P 8 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C E C . 1 9 9 4 . 3 5 0 0 3 7 ;   J e n i   L A ,   2 0 1 3 ,   I N T   C O N F   A F F E C T ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / A C I I . 2 0 1 3 . 4 7 ;   J o s e p h   C G ,   2 0 1 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 3 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 4 6 8 8 6 ;   K a l o u s i s   A ,   2 0 0 7 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 1 2 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 0 6 - 0 0 4 0 - 8 ;   K n e r r   S . ,   1 9 9 0 ,   N e u r o c o m p u t i n g ,   A l g o r i t h m s ,   A r c h i t e c t u r e s   a n d   A p p l i c a t i o n s .   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   N A T O   A d v a n c e d   R e s e a r c h   W o r k s h o p ,   P 4 1 ;   K u h n   M ,   2 0 0 8 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 2 8 ,   P 1 ;   L a p p a l a i n e n   T ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 1 ,   P 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 5 3 1 ;   L e v i   M S ,   2 0 1 3 ,   N E U R O T O X I C O L O G Y ,   V 3 7 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 0 3 ;   L i   S Q ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 4 5 0 ;   L i   T ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 2 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 2 6 7 ;   L i u   J ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   p I 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 1 4 5 ;   L o v e   M .   I . ,   2 0 1 4 ,   B I O R X I V ,   V 1 5 ,   P 5 5 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 1 / 0 0 2 8 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / S 1 3 0 5 9 - 0 1 4 - 0 5 5 0 - 8 ] ;   M a g n a g h i   P ,   2 0 1 3 ,   N A T   C H E M   B I O L ,   V 9 ,   P 5 4 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n c h e m b i o . 1 3 1 3 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N C H E M B I O . 1 3 1 3 ] ;   M o o r e   J H ,   2 0 0 7 ,   H U M   H E R E D ,   V 6 3 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 0 9 9 1 8 4 ;   M o o r e   J H ,   2 0 0 2 ,   G E N E T   E P I D E M I O L ,   V 2 3 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 0 1 1 1 7 ;   M o o r e   J ,   2 0 1 3 ,   G E N E T I C   P R O G R A M M I N G ,   P 8 7 ;   P o r c u   M ,   2 0 1 2 ,   B L O O D ,   V 1 1 9 ,   P 4 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 1 - 0 9 - 3 7 9 9 5 8 ;   S c h o l k o p f   B . ,   2 0 0 2 ,   L E A R N I N G   K E R N E L S   S U P ;   S h e n g   W ,   2 0 1 3 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 5 - 8 7 9 4 - 6 - 4 6 ;   S i v i k   T ,   1 7 B E T A   H Y D R O X Y S T E R O I ;   S o k o l o v a   M ,   2 0 0 9 ,   I N F O R M   P R O C E S S   M A N A G ,   V 4 5 ,   P 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i p m . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 2 ;   S o r d o   M ,   2 0 0 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 7 4 5 ,   P 1 9 3 ;   S t a t n i k o v   A ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 3 1 9 ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   W a n g   H Y ,   2 0 1 3 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 5 - 8 7 9 4 - 6 - S 1 - S 3 ;   W o l p e r t   D H ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   E V O L U T   C O M P U T ,   V 9 ,   P 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T E V C . 2 0 0 5 . 8 5 6 2 0 5 ;   W u   C ,   2 0 0 9 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 9 - 1 0 - 1 1 - r 1 3 0 ;   X i a n g   Z M ,   2 0 0 6 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 3 4 7 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 7 6 ;   Z a r a r s i z   G ,   C L A S S I F I C A T I O N   R N A   S ;   Z h a n g   C X ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 4 3 9 2 	 4 7 	 0 	 0 	 0 	 0 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 5 6 - 0 3 8 1 	 	 	 B I O D A T A   M I N 	 B i o D a t a   M i n . 	 A P R   2 4 	 2 0 1 7 	 1 0 	 	 	 	 	 	 	 	 1 3 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 0 - 0 1 7 - 0 1 3 4 - 8 	 	 1 8 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E T 2 P P 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 1 1 6 9 0 0 0 0 1 	 2 8 4 5 0 8 9 0 	 
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 H o s p   N H S   F d n   T r u s t ,   C h e l t e n h a m   G e n   H o s p ,   S a n d f o r d   R d ,   G l o u c e s t e r   G L 5 3   7 A N ,   G l o s ,   E n g l a n d ;   [ S h o r e ,   A n g e l a   C . ]   U n i v   E x e t e r ,   M e d   S c h ,   E x e t e r   E X 4   4 Q L ,   D e v o n ,   E n g l a n d ;   [ S h o r e ,   A n g e l a   C . ]   U n i v   E x e t e r ,   N I H R   E x e t e r   C l i n   R e s   F a c i l ,   E x e t e r   E X 4   4 Q L ,   D e v o n ,   E n g l a n d 	 F r o s t ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   E x e t e r ,   S c h   P h y s   &   A s t r o n ,   B i o m e d   P h y s ,   E x e t e r   E X 4   4 Q L ,   D e v o n ,   E n g l a n d . ;   F r o s t ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G l o u c e s t e r s h i r e   H o s p   N H S   F d n   T r u s t ,   B i o p h o t o n   R e s   U n i t ,   G r e a t   W e s t e r n   R d ,   G l o u c e s t e r   G L 1   3 N N ,   G l o s ,   E n g l a n d . 	 j . f r o s t @ n h s . n e t 	 	 	 B r i t i s h   S o c i e t y   f o r   t h e   S t u d y   o f   V u l v a l   D i s e a s e ;   G l o u c e s t e r s h i r e   H o s p i t a l s   N H S   F o u n d a t i o n   T r u s t   R e s e a r c h   a n d   I n n o v a t i o n   F o r u m ;   N I H R   E x e t e r   C l i n i c a l   R e s e a r c h   F a c i l i t y 	 W e   a c k n o w l e d g e   t h e   B r i t i s h   S o c i e t y   f o r   t h e   S t u d y   o f   V u l v a l   D i s e a s e   a n d   t h e   G l o u c e s t e r s h i r e   H o s p i t a l s   N H S   F o u n d a t i o n   T r u s t   R e s e a r c h   a n d   I n n o v a t i o n   F o r u m   f o r   f i n a n c i a l   s u p p o r t .   W e   t h a n k   J o   M o t t e   a n d   t h e   t e a m   a t   t h e   G l o u c e s t e r s h i r e   H o s p i t a l s   N H S   F o u n d a t i o n   T r u s t   h i s t o p a t h o l o g y   d e p a r t m e n t   f o r   t h e   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   t i s s u e   s e c t i o n s .   T h e   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N I H R   E x e t e r   C l i n i c a l   R e s e a r c h   F a c i l i t y .   T h e   i n t e r p r e t a t i o n s   o f   d a t a   i n   t h e   p a p e r   a r e   t h o s e   o f   t h e   a u t h o r s   a n d   n o t   o f   N I H R   o r   t h e   D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h . 	 B r o d r i c k   B ,   2 0 1 3 ,   C L I N   D E R M A T O L ,   V 3 1 ,   P 7 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n d e r m a t o l . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 1 7 ;   C a r l s o n   J A ,   1 9 9 8 ,   H U M   P A T H O L ,   V 2 9 ,   P 9 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 6 - 8 1 7 7 ( 9 8 ) 9 0 1 9 8 - 8 ;   C h i   C C ,   2 0 1 2 ,   J   A M   A C A D   D E R M A T O L ,   V 6 7 ,   P 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a a d . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 4 4 ;   C r o w l e y   T . ,   2 0 1 4 ,   R C O G ,   P 1 ;   F i s t a r o l   S K ,   2 0 1 3 ,   A M   J   C L I N   D E R M A T O L ,   V 1 4 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 4 0 2 5 7 - 0 1 2 - 0 0 0 6 - 4 ;   G n i a d e c k a   M ,   1 9 9 8 ,   J   I N V E S T   D E R M A T O L ,   V 1 1 0 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 5 2 3 - 1 7 4 7 . 1 9 9 8 . 0 0 1 4 6 . x ;   G n i a d e c k a   M ,   1 9 9 7 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 2 8 ,   P 1 2 5 ;   G o d o y   C A P ,   2 0 1 5 ,   C L I N I C S ,   V 7 0 ,   P 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 6 0 6 1 / c l i n i c s / 2 0 1 5 ( 0 5 ) 0 9 ;   G r i m b e r g e n   M C M ,   2 0 1 0 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 4 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 1 0 7 9 0 5 7 2 0 5 2 ;   H a e f n e r   H K ,   2 0 1 4 ,   J   W O M E N S   H E A L T H ,   V 2 3 ,   P 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / j w h . 2 0 1 4 . 4 8 0 5 ;   H A R R I N G T O N   C I ,   1 9 8 1 ,   B R I T   J   D E R M A T O L ,   V 1 0 4 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 1 3 3 . 1 9 8 1 . t b 0 8 1 7 2 . x ;   H a t a   T R ,   2 0 0 0 ,   J   I N V E S T   D E R M A T O L ,   V 1 1 5 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 5 2 3 - 1 7 4 7 . 2 0 0 0 . 0 0 0 6 0 . x ;   K n u d s e n   L ,   2 0 0 2 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 3 ,   P 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 8 8 8 ;   L e i b o v i t z   A ,   2 0 0 0 ,   A R C H   G E R O N T O L   G E R I A T ,   V 3 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 4 9 4 3 ( 0 0 ) 0 0 0 5 9 - 5 ;   L i e b e r   C A ,   2 0 0 3 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 5 7 ,   P 1 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 3 3 2 2 5 5 4 5 1 8 ;   L i e b e r   C A ,   2 0 0 8 ,   L A S E R   S U R G   M E D ,   V 4 0 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / l s m . 2 0 6 5 3 ;   L u i   H ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 2 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 4 0 6 1 ;   M E F F E R T   J J ,   1 9 9 5 ,   J   A M   A C A D   D E R M A T O L ,   V 3 2 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 9 0 - 9 6 2 2 ( 9 5 ) 9 0 0 6 0 - 8 ;   N e i l l   S . ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   D E R M A T O L ,   P 6 7 2 ;   N g u y e n   T .   T . ,   2 0 1 3 ,   A D V   B I O M E D   S P E C T R O S C ,   V 7 ,   P 1 0 5 ;   N i j s s e n   A ,   2 0 0 2 ,   J   I N V E S T   D E R M A T O L ,   V 1 1 9 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 5 2 3 - 1 7 4 7 . 2 0 0 2 . 0 1 8 0 7 . x ;   O b u c h o w s k i   N A ,   1 9 9 7 ,   S T A T   M E D ,   V 1 6 ,   P 1 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 7 0 7 1 5 ) 1 6 : 1 3 < 1 5 2 9 : : A I D - S I M 5 6 5 > 3 . 0 . C O ; 2 - H ;   O b u c h o w s k i   N A ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 0 ,   P 1 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 0 4 . 0 3 1 8 2 3 ;   O l d   O J ,   2 0 1 4 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 6 ,   P 3 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a y 4 2 2 3 5 f ;   O y a m a   N ,   2 0 0 3 ,   L A N C E T ,   V 3 6 2 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 3 ) 1 3 8 6 3 - 9 ;   P o w e l l   J J ,   1 9 9 9 ,   L A N C E T ,   V 3 5 3 ,   P 1 7 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 9 8 ) 0 8 2 2 8 - 2 ;   R e g a u e r   S ,   2 0 0 5 ,   E U R   J   C E L L   B I O L ,   V 8 4 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c b . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 0 3 ;   S a n n a   T . ,   2 0 1 6 ,   R C O G   W O R L D   C ;   S i g u r d s s o n   S ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 1 ,   P 1 7 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 4 . 8 3 1 5 3 8 ;   T a l a r i   A C S ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 5 0 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 8 . 2 0 1 4 . 9 2 3 9 0 2 ;   T H O M A S   R H M ,   1 9 8 8 ,   B R I T   J   D E R M A T O L ,   V 1 1 8 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 1 3 3 . 1 9 8 8 . t b 0 1 7 4 8 . x ;   W o o d   J J ,   2 0 1 4 ,   C O L O R E C T A L   D I S ,   V 1 6 ,   P 7 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c o d i . 1 2 6 6 4 	 3 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 R O Y A L   S O C   C H E M I S T R Y 	 C A M B R I D G E 	 T H O M A S   G R A H A M   H O U S E ,   S C I E N C E   P A R K ,   M I L T O N   R D ,   C A M B R I D G E   C B 4   0 W F ,   C A M B S ,   E N G L A N D 	 0 0 0 3 - 2 6 5 4 	 1 3 6 4 - 5 5 2 8 	 	 A N A L Y S T 	 A n a l y s t 	 A P R   2 1 	 2 0 1 7 	 1 4 2 	 8 	 	 	 	 	 1 2 0 0 	 1 2 0 6 	 	 1 0 . 1 0 3 9 / c 6 a n 0 2 0 0 9 g 	 	 7 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l 	 C h e m i s t r y 	 E U 0 G Z 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 6 8 9 7 0 0 0 0 5 	 2 7 8 2 7 4 7 9 	 
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 a n d   a c c u r a t e   d i a g n o s i s   o f   p r o s t a t e   c a n c e r   u s i n g   l i q u i d   p l a s m a   s a m p l e s . 	 [ M e d i p a l l y ,   D i n e s h   K .   R . ;   M a g u i r e ,   A d r i a n ;   L y n g ,   F i o n a   M . ;   M e a d e ,   A i d a n   D . ]   D u b l i n   I n s t   T e c h n o l ,   S c h   P h y s ,   K e v i n   S t ,   D u b l i n   8 ,   I r e l a n d ;   [ M e d i p a l l y ,   D i n e s h   K .   R . ;   M a g u i r e ,   A d r i a n ;   B r y a n t ,   J a n e ;   L y n g ,   F i o n a   M . ;   M e a d e ,   A i d a n   D . ]   D u b l i n   I n s t   T e c h n o l ,   F o c a s   R e s   I n s t ,   D I T   C t r   R a d i a t   &   E n v i r o n m   S c i ,   C a m d e n   R o w ,   D u b l i n   8 ,   I r e l a n d ;   [ A r m s t r o n g ,   J o h n ;   D u n n e ,   M a r y ;   F i n n ,   M a r i e ]   S t   L u k e s   H o s p ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   S t   L u k e s   R a d i a t   O n c o l   N e t w o r k ,   D u b l i n ,   I r e l a n d 	 L y n g ,   F M ;   M e a d e ,   A D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D u b l i n   I n s t   T e c h n o l ,   S c h   P h y s ,   K e v i n   S t ,   D u b l i n   8 ,   I r e l a n d . ;   L y n g ,   F M ;   M e a d e ,   A D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D u b l i n   I n s t   T e c h n o l ,   F o c a s   R e s   I n s t ,   D I T   C t r   R a d i a t   &   E n v i r o n m   S c i ,   C a m d e n   R o w ,   D u b l i n   8 ,   I r e l a n d . 	 f i o n a . l y n g @ d i t . i e ;   a i d a n . m e a d e @ d i t . i e 	 	 	 D u b l i n   I n s t i t u t e   o f   T e c h n o l o g y   F i o s r a i g h   F e e   a n d   M a t e r i a l s   S u p p o r t   A w a r d ;   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   I r e l a n d   [ 1 1 / R F P . 1 / B M T / 3 3 1 7 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   f u n d e d   b y   t h e   D u b l i n   I n s t i t u t e   o f   T e c h n o l o g y   F i o s r a i g h   F e e   a n d   M a t e r i a l s   S u p p o r t   A w a r d   a n d   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   I r e l a n d   ( 1 1 / R F P . 1 / B M T / 3 3 1 7 ) . 	 A b r a m c z y k   H ,   2 0 0 8 ,   S P E C T R O S C - I N T   J ,   V 2 2 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / S P E - 2 0 0 8 - 0 3 3 7 ;   A b r a m c z y k   H ,   2 0 1 6 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 9 0 9 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 3 8 ;   A b r a m c z y k   H ,   2 0 1 3 ,   C H E M   R E V ,   V 1 1 3 ,   P 5 7 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c r 3 0 0 1 4 7 r ;   A d h y a m   M o h a n ,   2 0 1 2 ,   I n d i a n   J   S u r g   O n c o l ,   V 3 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 1 9 3 - 0 1 2 - 0 1 4 2 - 6 ;   A r a v i n d h   L . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   B I O L   M E D   R E S ,   V 3 ,   P 1 6 5 5 ;   B a k e r   M J ,   2 0 1 4 ,   N A T   P R O T O C ,   V 9 ,   P 1 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 4 . 1 1 0 ;   B o n n i e r   F ,   2 0 1 4 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 7 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 3 0 0 1 3 0 ;   B o r c h e r s   H . ,   2 0 1 5 ,   P R A C T I C A L   N U M E R I C A L ;   B r o z e k - P l u s k a   B ,   2 0 0 8 ,   J   M O L   L I Q ,   V 1 4 1 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l l i q . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 1 5 ;   C a r m o n a   P ,   2 0 1 3 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 3 4 ,   P 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 1 2 2 0 4 1 ;   C l e m e n s   G ,   2 0 1 4 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 9 ,   P 4 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 0 6 3 6 d ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   p E 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 2 1 0 ;   F e r n a n d e z   D C ,   2 0 0 5 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 3 ,   P 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 0 8 0 ;   F i l i k   J ,   2 0 0 8 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 1 6 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 3 6 ;   G o n z a l e z   A . ,   2 0 1 4 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 2 9 ,   P 9 7 9 ;   G o o d   D M ,   2 0 0 7 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 6 ,   P 4 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 0 7 0 5 2 9 w ;   H a r r i s   A T ,   2 0 0 9 ,   H E A D   N E C K   O N C O L ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 8 - 3 2 8 4 - 1 - 3 4 ;   H u a n g   W E ,   2 0 1 0 ,   A D V   A P P L   M I C R O B I O L ,   V 7 0 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 6 5 - 2 1 6 4 ( 1 0 ) 7 0 0 0 5 - 8 ;   J e r m y n   M ,   2 0 1 5 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . a a a 2 3 8 4 ;   K e l l e r   M D ,   2 0 0 6 ,   S P E C T R O S C O P Y ,   V 2 1 ,   P 3 3 ;   K r a f f t   C ,   2 0 0 9 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 2 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 0 8 1 0 0 2 4 ;   L a c o m b e   C ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 2 2 8 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 1 9 4 2 c ,   1 0 . 1 0 3 9 / C 4 A N 0 1 9 4 2 C ] ;   L y n g   F M ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 8 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 5 - 8 9 4 6 - 1 ;   M a i n r e c k   N ,   2 0 1 1 ,   J   P H A R M   S C I - U S ,   V 1 0 0 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j p s . 2 2 2 8 8 ;   P A L A N   P R ,   1 9 9 1 ,   N U T R   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 1 3 ;   P i c h a r d o - M o l i n a   J L ,   2 0 0 7 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 2 2 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 3 - 0 0 6 - 0 4 3 2 - 8 ;   P o o n   K W C ,   2 0 1 2 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 7 ,   P 1 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 a n 3 5 0 4 2 d ;   R i p l e y   W . ,   2 0 0 2 ,   M O D E R N   A P P L   S T A T   S ;   S a h u   A ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 4 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 0 0 3 0 8 f ;   S a r k a r   S ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D   E N G   C O M P U T   B I ,   V 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 3 7 / B E C B . S 3 4 2 5 5 ;   S c a g l i a   E ,   2 0 1 1 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 1 ,   P 2 9 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 1 - 5 4 0 2 - 8 ;   S u r m a c k i   J ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 2 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 1 8 7 6 a ;   T h e o p h i l o u   G ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 3 4 6 5 ;   V a r m u z a   K . ,   2 0 0 9 ,   I N T R O   T I   M U L T I V A R I A T ;   W i c k h a m   H . ,   2 0 0 9 ,   E L E G A N T   G R A P H I C S   D A T ;   Z h a n g   X Q ,   2 0 1 3 ,   T R A N S L   R E S ,   V 1 6 2 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r s l . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 0 7 	 3 6 	 0 	 0 	 2 	 2 	 R O Y A L   S O C   C H E M I S T R Y 	 C A M B R I D G E 	 T H O M A S   G R A H A M   H O U S E ,   S C I E N C E   P A R K ,   M I L T O N   R D ,   C A M B R I D G E   C B 4   0 W F ,   C A M B S ,   E N G L A N D 	 0 0 0 3 - 2 6 5 4 	 1 3 6 4 - 5 5 2 8 	 	 A N A L Y S T 	 A n a l y s t 	 A P R   2 1 	 2 0 1 7 	 1 4 2 	 8 	 	 	 	 	 1 2 1 6 	 1 2 2 6 	 	 1 0 . 1 0 3 9 / c 6 a n 0 2 1 0 0 j 	 	 1 1 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l 	 C h e m i s t r y 	 E U 0 G Z 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 6 8 9 7 0 0 0 0 7 	 2 8 0 0 1 1 4 6 	 
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 S a l m a n ,   A . ]   S C E ,   D e p t   P h y s ,   I L - 8 4 1 0 0   B e e r   S h e v a ,   I s r a e l ;   [ K a t z ,   B .   S .   P o r a t ]   H e b r e w   U n i v   J e r u s a l e m ,   F o o d   &   E n v i r o n m   S c h   N u t r   S c i ,   R o b e r t   H   S m i t h   F a c   A g r ,   R e h o v o t ,   I s r a e l 	 M o r d e c h a i ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B e n   G u r i o n   U n i v   N e g e v ,   D e p t   P h y s ,   I L - 8 4 1 0 5   B e e r   S h e v a ,   I s r a e l . ;   S a l m a n ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S C E ,   D e p t   P h y s ,   I L - 8 4 1 0 0   B e e r   S h e v a ,   I s r a e l . 	 s h a u l m @ b g u . a c . i l ;   a h m a d @ s c e . a c . i l 	 	 	 I s r a e l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   ( I S F ) ;   I s r a e l   C a n c e r   A s s o c i a t i o n   ( I C A ) 	 T h i s   r e s e a r c h   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   I s r a e l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   ( I S F )   a n d   t h e   I s r a e l   C a n c e r   A s s o c i a t i o n   ( I C A ) .   M a n y   t h a n k s   a r e   d u e   t o   K e r e n   K a n t e r o w i t c h   f o r   h e r   h e l p   i n   t h e   d a t a   m e a s u r e m e n t s . 	 A l z h e i m e r s   A s s o c ,   2 0 1 5 ,   A L Z H E I M E R S   D E M E N T ,   V 1 1 ,   P 3 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a l z . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 3 ;   A n d r e a s s o n   U ,   2 0 1 2 ,   B I O M A R K   M E D ,   V 6 ,   P 3 7 7 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / b m m . 1 2 . 4 4 ,   1 0 . 2 2 1 7 / B M M . 1 2 . 4 4 ] ;   A r g o v   S ,   2 0 0 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 7 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 4 6 3 0 5 1 ;   B a k e r   M J ,   2 0 0 8 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 9 ,   P 1 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 4 7 5 3 ;   B a k e r   M J ,   2 0 1 6 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 4 5 ,   P 1 8 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 c s 0 0 5 8 5 j ;   B a r l e v   E ,   2 0 1 6 ,   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 5 1 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 3 5 - 0 1 5 - 1 0 9 5 - 7 ;   B e l e i t e s   C ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 7 6 0 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 7 ;   B e l l i s o l a   G ,   2 0 1 2 ,   A M   J   C A N C E R   R E S ,   V 2 ,   P 1 ;   B e n s e n y - C a s e s   N ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 1 2 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 2 6 6 7 b ;   B i s h o p   C .   M . ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   B l e n n o w   K ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   N E U R O L ,   V 6 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r n e u r o l . 2 0 1 0 . 4 ;   B o g o m o l n y   E ,   2 0 0 9 ,   E U R   B I O P H Y S   J   B I O P H Y ,   V 3 8 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 4 9 - 0 0 9 - 0 4 8 8 - z ;   B o s s   M A ,   2 0 0 0 ,   B B A - M O L   B A S I S   D I S ,   V 1 5 0 2 ,   P 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 5 - 4 4 3 9 ( 0 0 ) 0 0 0 4 4 - 2 ;   C a i n e   S ,   2 0 1 2 ,   N E U R O I M A G E ,   V 5 9 ,   P 3 6 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 3 3 ;   C a r m o n a   P ,   2 0 1 6 ,   C U R R   A L Z H E I M E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 6 7 2 0 5 0 1 3 6 6 6 1 5 1 1 1 6 1 3 0 3 0 1 ;   C a r m o n a   P ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 7 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 5 - 8 9 4 0 - 7 ;   C a r m o n a   P ,   2 0 1 3 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 3 4 ,   P 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 1 2 2 0 4 1 ;   C e d a z o - M i n g u e z   A ,   2 0 1 0 ,   E X P   G E R O N T O L ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e x g e r . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 0 8 ;   D u d a   R .   O . ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   D u k o r   R .   K . ,   2 0 0 6 ,   H D B   V I B R A T I O N A L   S P E C ,   P 1 6 9 ;   E r u k h i m o v i t c h   V . ,   2 0 0 5 ,   D N A   V I R U S E S ,   P 1 6 1 ;   F a o l a i n   E O ,   2 0 0 5 ,   J   H I S T O C H E M   C Y T O C H E M ,   V 5 3 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 9 / j h c . 4 A 6 5 3 6 . 2 0 0 5 ;   G o n z a l e z - D o m i n g u e z   R ,   2 0 1 5 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 1 0 7 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 1 0 ;   H e r h o l z   K ,   2 0 1 2 ,   B I O M A R K   M E D ,   V 6 ,   P 4 3 1 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / b m m . 1 2 . 5 1 ,   1 0 . 2 2 1 7 / B M M . 1 2 . 5 1 ] ;   H u d s o n   L . ,   1 9 7 6 ,   P R A C T I C A L   I M M U N O L O G Y ;   H u m p e l   C ,   2 0 1 1 ,   T R E N D S   B I O T E C H N O L ,   V 2 9 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i b t e c h . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 7 ;   K o n d e p a t i   V R ,   2 0 0 8 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 9 0 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 7 - 1 6 5 1 - y ;   K o s   G ,   2 0 0 4 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 7 8 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 3 - 2 2 4 5 - y ;   L a s c h   P ,   2 0 1 2 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 1 1 7 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 1 1 ;   L e a n d r o   G S ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 4 ,   P 1 2 3 8 0 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 4 0 6 1 2 3 8 0 ;   L e e - M o n t i e l   F T ,   2 0 1 1 ,   J   B I O L   E N G ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 4 - 1 6 1 1 - 5 - 1 6 ;   L e w i s   P D ,   2 0 1 0 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 0 - 6 4 0 ;   L l o r e n t e   M D ,   2 0 1 5 ,   J   N E R V   M E N T   D I S ,   V 2 0 3 ,   P 9 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / N M D . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 4 ;   L o p e s   D H J ,   2 0 0 7 ,   B I O P H Y S   J ,   V 9 3 ,   P 3 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 7 . 1 1 0 6 3 5 ;   M a j o u n i e   E ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 6 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M c 1 1 1 3 5 9 2 ;   M a n t s c h   H . ,   1 9 9 6 ,   I N F R A R E D   S P E C T R O S C O P ;   M a r i a n i   M M ,   2 0 1 0 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 2 ,   P 4 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 1 0 0 6 9 8 7 ;   M a r s h   S E ,   2 0 1 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 3 ,   p E 1 3 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 2 5 4 6 6 1 1 3 ;   M a t t s s o n   N ,   2 0 1 2 ,   B I O M A R K   M E D ,   V 6 ,   P 4 0 9 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / b m m . 1 2 . 3 9 ,   1 0 . 2 2 1 7 / B M M . 1 2 . 3 9 ] ;   M i c h a e l   R ,   2 0 1 4 ,   E X P   E Y E   R E S ,   V 1 1 9 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e x e r . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 1 6 ;   M O R I   H ,   1 9 9 5 ,   N E U R O S C I   L E T T ,   V 1 8 6 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 4 - 3 9 4 0 ( 9 5 ) 1 1 2 9 1 - 4 ;   M o v a s a g h i   Z ,   2 0 0 8 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 3 ,   P 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 0 7 0 1 8 2 9 0 4 3 ;   M u   X Y ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 2 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 1 8 3 2 j ;   M u l d e r   C ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 6 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 0 9 . 1 3 0 5 1 8 ;   N a b e r s   A ,   2 0 1 6 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 9 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 4 0 0 1 4 5 ;   N a b e r s   A ,   2 0 1 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 8 ,   P 2 7 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 5 b 0 4 2 8 6 ;   N a u m a n n   D . ,   1 9 9 8 ,   I N F R A R E D   N I R   R A M A N   S ;   N e e l y   A ,   2 0 0 9 ,   A C S   N A N O ,   V 3 ,   P 2 8 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n n 9 0 0 8 1 3 b ;   O ' B r y a n t   S E ,   2 0 1 0 ,   A R C H   N E U R O L - C H I C A G O ,   V 6 7 ,   P 1 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h n e u r o l . 2 0 1 0 . 2 1 5 ;   P i t s c h k e   M ,   1 9 9 8 ,   N A T   M E D ,   V 4 ,   P 8 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 0 7 9 8 - 8 3 2 ;   R i c e   D P ,   2 0 0 1 ,   A M   J   M A N A G   C A R E ,   V 7 ,   P 8 0 9 ;   R i c h a r t z - S a l z b u r g e r   E ,   2 0 0 7 ,   J   P S Y C H I A T R   R E S ,   V 4 1 ,   P 1 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p s y c h i r e s . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 1 0 ;   R o b e r t   P H ,   1 9 9 8 ,   A N N   M E D   I N T E R N E ,   V 1 4 9 ,   P 2 1 6 ;   S a l m a n   A ,   2 0 1 3 ,   B B A - G E N   S U B J E C T S ,   V 1 8 3 0 ,   P 2 7 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a g e n . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 2 3 ;   S a l m a n   A ,   2 0 0 2 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 6 7 ,   P 4 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i p . 1 0 1 7 1 ;   S a l m a n   A ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 7 . 1 . 0 1 7 0 0 2 ;   S c h e l t e n s   P ,   2 0 0 1 ,   A G I N G - C L I N   E X P   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 0 3 ;   S e l k o e   D J ,   2 0 0 1 ,   P H Y S I O L   R E V ,   V 8 1 ,   P 7 4 1 ;   S e v e r c a n   F ,   2 0 1 5 ,   B I O P H Y S   J ,   V 1 0 8 ,   p 4 7 9 A ;   S h a d   K F ,   2 0 1 3 ,   S Y N A P S E ,   V 6 7 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s y n . 2 1 6 5 1 ;   S H O N K   T K ,   1 9 9 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 9 5 ,   P 6 5 ;   S t o n e   N ,   2 0 0 4 ,   F A R A D A Y   D I S C U S S ,   V 1 2 6 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 3 0 4 9 9 2 b ;   S u d w o r t h   C .   D . ,   2 0 0 4 ,   R A M A N   S P E C T R O S C O P Y   A ;   S u l e - S u s o   J ,   2 0 0 5 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 3 8 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i b s p e c . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 1 0 ;   T o n g   H J ,   2 0 1 5 ,   A C T A   P H A R M   S I N   B ,   V 5 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a p s b . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 6 ;   U S   D e p a r t m e n t   o f   C o m m e r c e ,   2 0 1 5 ,   M I D   P O P   O L D   A G   G R O U P ;   W o j d a   U ,   2 0 1 6 ,   B I O M A R K   M E D ,   V 1 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / b m m . 1 5 . 7 9 ;   Z w i e l l y   A ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 2 9 8 0 1 3 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 3 ,   A L Z H E I M E R S   D E M E N T ,   V 9 ,   P 2 0 8 	 6 9 	 0 	 0 	 1 	 1 	 R O Y A L   S O C   C H E M I S T R Y 	 C A M B R I D G E 	 T H O M A S   G R A H A M   H O U S E ,   S C I E N C E   P A R K ,   M I L T O N   R D ,   C A M B R I D G E   C B 4   0 W F ,   C A M B S ,   E N G L A N D 	 0 0 0 3 - 2 6 5 4 	 1 3 6 4 - 5 5 2 8 	 	 A N A L Y S T 	 A n a l y s t 	 A P R   2 1 	 2 0 1 7 	 1 4 2 	 8 	 	 	 	 	 1 2 7 6 	 1 2 8 4 	 	 1 0 . 1 0 3 9 / c 6 a n 0 1 5 8 0 h 	 	 9 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l 	 C h e m i s t r y 	 E U 0 G Z 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 6 8 9 7 0 0 0 1 3 	 2 7 8 2 7 4 8 9 	 
 
 J 	 S i d d i q u e ,   M R ;   R u t t e r ,   A V ;   W e h b e ,   K ;   C i n q u e ,   G ;   B e l l i s o l a ,   G ;   S u l e - S u s o ,   J 	 	 	 	 S i d d i q u e ,   M .   R . ;   R u t t e r ,   A .   V . ;   W e h b e ,   K . ;   C i n q u e ,   G . ;   B e l l i s o l a ,   G . ;   S u l e - S u s o ,   J . 	 	 	 E f f e c t s   o f   n i l o t i n i b   o n   l e u k a e m i a   c e l l s   u s i n g   v i b r a t i o n a l   m i c r o s p e c t r o s c o p y   a n d   c e l l   c l o n i n g 	 A N A L Y S T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 T R A N S F O R M   I N F R A R E D - S P E C T R O S C O P Y ;   R E S I S T A N T   K 5 6 2   C E L L S ;   R A M A N - S P E C T R O S C O P Y ;   S E L E C T I V E   I N H I B I T O R ;   B C R - A B L ;   F T I R   M I C R O S P E C T R O S C O P Y ;   M A C R O M O L E C U L A R   C H A N G E S ;   M U L T I D R U G - R E S I S T A N C E ;   I N D U C E D   A P O P T O S I S ;   C L U S T E R - A N A L Y S I S 	 O v e r   t h e   l a s t   f e w   y e a r s ,   b o t h   s y n c h r o t r o n - b a s e d   F T I R   ( S - F T I R )   a n d   R a m a n   m i c r o s p e c t r o s c o p i e s   h a v e   h e l p e d   t o   b e t t e r   u n d e r s t a n d   t h e   e f f e c t s   o f   d r u g s   o n   c a n c e r   c e l l s .   H o w e v e r ,   c a n c e r   i s   a   m i x t u r e   o f   c e l l s   w i t h   d i f f e r e n t   s e n s i t i v i t y / r e s i s t a n c e   t o   d r u g s .   F u r t h e r m o r e ,   t h e   e f f e c t s   o f   d r u g s   o n   c e l l s   p r o d u c e   b o t h   c h e m i c a l   a n d   m o r p h o l o g i c a l   c h a n g e s ,   t h e   l a t t e r   c o u l d   a f f e c t   t h e   s p e c t r a   o f   c e l l s   i n c u b a t e d   w i t h   d r u g s .   H e r e ,   w e   s u c c e s s f u l l y   c l o n e d   s e n s i t i v e   a n d   r e s i s t a n t   l e u k a e m i a   c e l l s   t o   n i l o t i n i b ,   a   d r u g   u s e d   i n   t h e   m a n a g e m e n t   o f   l e u k a e m i a .   T h i s   a l l o w e d   b o t h   t h e   s t u d y   o f   a   m o r e   u n i f o r m   p o p u l a t i o n   a n d   t h e   s t u d y   o f   s e n s i t i v e   a n d   r e s i s t a n t   c e l l s   p r i o r   t o   t h e   a d d i t i o n   o f   t h e   d r u g   w i t h   b o t h   S - F T I R   a n d   R a m a n   m i c r o s p e c t r o s c o p i e s .   T h e   i n c u b a t i o n   w i t h   n i l o t i n i b   p r o d u c e d   c h a n g e s   i n   t h e   S - F T I R   a n d   R a m a n   s p e c t r a   o f   b o t h   s e n s i t i v e   a n d   r e s i s t a n t   c l o n e s   t o   n i l o t i n i b .   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   w a s   a b l e   t o   d i s t i n g u i s h   b e t w e e n   c e l l s   i n c u b a t e d   i n   t h e   a b s e n c e   o r   p r e s e n c e   o f   t h e   d r u g ,   e v e n   i n   t h e   c a s e   o f   r e s i s t a n t   c l o n e s .   T h e   l a t t e r   w o u l d   c o n f i r m   t h a t   t h e   s p e c t r a l   d i f f e r e n c e s   b e t w e e n   t h e   s o - c a l l e d   r e s i s t a n t   c l o n a l   c e l l s   p r i o r   t o   a n d   a f t e r   a d d i n g   a   d r u g   m i g h t   r e s i d e   o n   t h o s e   m o r e   o r   l e s s   s e n s i t i v e   c e l l s   t h a t   h a v e   b e e n   a b l e   t o   r e m a i n   a l i v e   w h e n   t h e y   w e r e   c o l l e c t e d   t o   b e   s t u d i e d   w i t h   S - F T I R   o r   R a m a n   m i c r o s p e c t r o s c o p i e s .   T h e   d a t a   p r e s e n t e d   h e r e   i n d i c a t e   t h a t   t h e   m e t h o d o l o g y   o f   c e l l   c l o n i n g   c a n   b e   a p p l i e d   t o   d i f f e r e n t   t y p e s   o f   m a l i g n a n t   c e l l s .   T h i s   s h o u l d   f a c i l i t a t e   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   s p e c t r a l   b i o m a r k e r s   o f   s e n s i t i v i t y / r e s i s t a n c e   t o   d r u g s .   T h e   n e x t   s t e p   w o u l d   b e   a   b e t t e r   a s s e s s m e n t   o f   s e n s i t i v i t y / r e s i s t a n c e   o f   l e u k a e m i a   c e l l s   f r o m   p a t i e n t s   w h i c h   c o u l d   g u i d e   c l i n i c i a n s   t o   b e t t e r   t a i l o r   t r e a t m e n t s   t o   e a c h   i n d i v i d u a l   p a t i e n t . 	 [ S i d d i q u e ,   M .   R . ;   R u t t e r ,   A .   V . ;   S u l e - S u s o ,   J . ]   K e e l e   U n i v ,   G u y   H i l t o n   R e s   C t r ,   I n s t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   T h o r n b u r r o w   D r ,   S t o k e   O n   T r e n t   S T 4   7 Q B ,   S t a f f s ,   E n g l a n d ;   [ W e h b e ,   K . ;   C i n q u e ,   G . ]   D i a m o n d   L i g h t   S o u r c e ,   H a r w e l l   S c i   &   I n n o v a t   C a m p u s ,   D i d c o t   O X 1 1   0 D E ,   O x o n ,   E n g l a n d ;   [ B e l l i s o l a ,   G . ]   U n i v   H o s p   V e r o n a ,   P o l i c l i n   G   R o s s i ,   D e p t   P a t h o l   &   D i a g n o s t ,   I m m u n o l   U n i t ,   P l e   L A   S c u r o   1 0 ,   I - 3 7 1 3 4   V e r o n a ,   I t a l y ;   [ S u l e - S u s o ,   J . ]   R o y a l   S t o k e   U n i v   H o s p ,   U H N M ,   O n c o l   D e p t ,   N e w c a s t l e   R d ,   S t o k e   O n   T r e n t   S T 4   6 Q G ,   S t a f f s ,   E n g l a n d 	 S u l e - S u s o ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K e e l e   U n i v ,   G u y   H i l t o n   R e s   C t r ,   I n s t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   T h o r n b u r r o w   D r ,   S t o k e   O n   T r e n t   S T 4   7 Q B ,   S t a f f s ,   E n g l a n d . ;   S u l e - S u s o ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R o y a l   S t o k e   U n i v   H o s p ,   U H N M ,   O n c o l   D e p t ,   N e w c a s t l e   R d ,   S t o k e   O n   T r e n t   S T 4   6 Q G ,   S t a f f s ,   E n g l a n d . 	 j o s e p . s u l e s u s o @ u h n s . n h s . u k 	 	 	 	 	 A l i k i a n   M ,   2 0 1 6 ,   J   M O L   D I A G N ,   V 1 8 ,   P 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m o l d x . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 5 ;   A l i k i a n   M ,   2 0 1 2 ,   A M   J   H E M A T O L ,   V 8 7 ,   P 2 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a j h . 2 2 2 7 2 ;   B a r a n   Y ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   P H A R M A C O T H E R ,   V 6 7 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o p h a . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 1 ;   B e l l i s o l a   G ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 3 9 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 a n 3 6 3 9 3 c ;   B e l l i s o l a   G ,   2 0 1 0 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 5 ,   P 3 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 0 a n 0 0 5 0 9 f ;   B u r k e   J R ,   2 0 0 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 8 ,   P 1 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 2 0 9 6 7 7 2 0 0 ;   C a m b i e r   N ,   1 9 9 8 ,   O N C O G E N E ,   V 1 6 ,   P 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 1 4 9 0 ;   C e y l a n   C ,   2 0 1 2 ,   T E C H N O L   C A N C E R   R E S   T ,   V 1 1 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 7 7 8 5 / t c r t . 2 0 1 2 . 5 0 0 2 8 1 ;   C h o w d a r y   M V P ,   2 0 0 6 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 8 3 ,   P 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i p . 2 0 5 8 6 ;   C o r t e z   D ,   1 9 9 6 ,   O N C O G E N E ,   V 1 3 ,   P 2 5 8 9 ;   E m o l e   J ,   2 0 1 6 ,   B I O L - T A R G E T S   T H E R ,   V 1 0 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / B T T . S 6 7 8 4 4 ;   G a i g n e a u x   A ,   2 0 0 2 ,   E U R   J   B I O C H E M ,   V 2 6 9 ,   P 1 9 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 4 3 2 - 1 0 3 3 . 2 0 0 2 . 0 2 8 4 1 . x ;   G a s p a r r i   F ,   2 0 0 3 ,   B I O C H E M   J ,   V 3 6 9 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / B J 2 0 0 2 1 0 2 1 ;   G a s p e r   R ,   2 0 0 9 ,   B B A - B I O M E M B R A N E S ,   V 1 7 8 8 ,   P 1 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m e m . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 1 6 ;   G a u l t   N ,   2 0 0 3 ,   R A D I A T   R E S ,   V 1 6 0 ,   P 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 6 6 7 / R R 3 0 2 0 . 1 ;   H o l m a n   H N ,   2 0 0 0 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 5 7 ,   P 3 2 9 ;   H u a n g   Z W ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 1 5 0 0 ;   J a m i n   N ,   1 9 9 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 5 ,   P 4 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 5 . 9 . 4 8 3 7 ;   K a n t a r j i a n   H M ,   2 0 1 1 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 2 ,   P 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 1 ) 7 0 2 0 1 - 7 ;   K h o r a s h a d   J S ,   2 0 1 3 ,   O N C O T A R G E T ,   V 4 ,   P 7 ;   K o h l e r   A ,   2 0 0 8 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 2 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 8 7 8 3 7 5 9 6 6 9 ;   K r i s h n a   C M ,   2 0 0 6 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 8 2 ,   P 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i p . 2 0 4 8 5 ;   L E G A L   J M ,   1 9 9 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 3 ,   P 3 6 8 1 ;   L i u   K Z ,   2 0 0 5 ,   B L O O D   C E L L   M O L   D I S ,   V 3 5 ,   P 4 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b c m d . 2 0 0 5 . 0 6 . 0 0 9 ;   L i u   K Z ,   2 0 0 1 ,   J   M O L   S T R U C T ,   V 5 6 5 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 2 8 6 0 ( 0 0 ) 0 0 8 1 7 - 6 ;   L i u   M J ,   2 0 0 3 ,   L E U K E M I A ,   V 1 7 ,   P 1 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . l e u . 2 4 0 3 0 1 9 ;   G o n z a l e z - S o l i s   J L ,   2 0 1 4 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 2 9 ,   P 1 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 3 - 0 1 3 - 1 5 1 5 - y ;   M a c h a n a   S ,   2 0 1 2 ,   T A L A N T A ,   V 9 3 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 5 8 ;   M a h a d e v a n - J a n s e n   A ,   1 9 9 8 ,   P H O T O C H E M   P H O T O B I O L ,   V 6 8 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 5 1 - 1 0 9 7 . 1 9 9 8 . t b 0 3 2 6 2 . x ;   M o r i t z   T J ,   2 0 1 0 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 1 ,   P 1 1 3 8 ;   P i j a n k a   J K ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 5 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 0 0 9 6 8 h ;   P i j a n k a   J K ,   2 0 0 9 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 4 ,   P 1 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 8 2 1 1 1 2 d ;   R a m e s h   J ,   2 0 0 3 ,   J   L A B   C L I N   M E D ,   V 1 4 1 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 2 1 4 3 ( 0 3 ) 0 0 0 2 5 - 8 ;   R O W L E Y   J D ,   1 9 7 3 ,   N A T U R E ,   V 2 4 3 ,   P 2 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 2 4 3 2 9 0 a 0 ;   R u t t e r   A V ,   2 0 1 4 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 8 5 A ,   P 6 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 2 4 8 8 ;   S a h u   R K ,   2 0 0 6 ,   L E U K E M I A   R E S ,   V 3 0 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l e u k r e s . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 1 1 ;   S o v e r i n i   S ,   2 0 1 6 ,   O N C O L O G I S T ,   V 2 1 ,   P 6 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 2 0 1 5 - 0 3 3 7 ;   T a n g   H W ,   2 0 0 7 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 9 ,   P 3 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 6 2 3 6 2 g ;   T r a v o   A ,   2 0 1 2 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 4 ,   P 1 7 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 2 - 6 2 8 3 - 1 ;   T z e - C h i e n   C . ,   2 0 1 6 ,   T O X I C O L   I N   V I T R O ,   V 3 1 ,   P 1 ;   W e i s b e r g   E ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 4 ,   P 1 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / s j . b j c . 6 6 0 3 1 7 0 ;   W e i s b e r g   E ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 7 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 0 7 ;   Y a n d i m   M K ,   2 0 1 6 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 7 ,   P 2 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 5 - 4 0 1 5 - 9 ;   Z e l i g   U ,   2 0 0 9 ,   B I O P H Y S   J ,   V 9 7 ,   P 2 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p j . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 2 6 ;   Z h o u   J B ,   2 0 0 1 ,   B I O T E C H N O L   A P P L   B I O C ,   V 3 3 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / B A 2 0 0 0 0 0 7 4 	 4 5 	 0 	 0 	 1 	 1 	 R O Y A L   S O C   C H E M I S T R Y 	 C A M B R I D G E 	 T H O M A S   G R A H A M   H O U S E ,   S C I E N C E   P A R K ,   M I L T O N   R D ,   C A M B R I D G E   C B 4   0 W F ,   C A M B S ,   E N G L A N D 	 0 0 0 3 - 2 6 5 4 	 1 3 6 4 - 5 5 2 8 	 	 A N A L Y S T 	 A n a l y s t 	 A P R   2 1 	 2 0 1 7 	 1 4 2 	 8 	 	 	 	 	 1 2 9 9 	 1 3 0 7 	 	 1 0 . 1 0 3 9 / c 6 a n 0 1 9 1 4 e 	 	 9 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l 	 C h e m i s t r y 	 E U 0 G Z 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 6 8 9 7 0 0 0 1 5 	 2 7 9 4 2 6 2 3 	 
 
 J 	 B r e z i l l o n ,   S ;   U n t e r e i n e r ,   V ;   M o h a m e d ,   H T ;   H o d i n ,   J ;   C h a t r o n - C o l l i e t ,   A ;   M a q u a r t ,   F X ;   S o c k a l i n g u m ,   G D 	 	 	 	 B r e z i l l o n ,   S . ;   U n t e r e i n e r ,   V . ;   M o h a m e d ,   H .   T . ;   H o d i n ,   J . ;   C h a t r o n - C o l l i e t ,   A . ;   M a q u a r t ,   F .   - X . ;   S o c k a l i n g u m ,   G .   D . 	 	 	 P r o b i n g   g l y c o s a m i n o g l y c a n   s p e c t r a l   s i g n a t u r e s   i n   l i v e   c e l l s   a n d   t h e i r   c o n d i t i o n e d   m e d i a   b y   R a m a n   m i c r o s p e c t r o s c o p y 	 A N A L Y S T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 H E P A R A N - S U L F A T E   P R O T E O G L Y C A N S ;   H U M A N   A R T I C U L A R - C A R T I L A G E ;   I N - V I V O ;   C H O N D R O I T I N / D E R M A T A N   S U L F A T E S ;   C A P I L L A R Y - E L E C T R O P H O R E S I S ;   T I S S U E - S E C T I O N S ;   G L A S S   S L I D E S ;   S P E C T R O S C O P Y ;   C A N C E R ;   D I F F E R E N T I A T I O N 	 S p e c t r o s c o p i c   m a r k e r s   c h a r a c t e r i s t i c   o f   r e f e r e n c e   g l y c o s a m i n o g l y c a n   m o l e c u l e s   w e r e   i d e n t i f i e d   p r e v i o u s l y   b a s e d   o n   t h e i r   v i b r a t i o n a l   s i g n a t u r e s .   I n f r a r e d   s p e c t r a l   s i g n a t u r e s   o f   g l y c o s a m i n o g l y c a n s   i n   f i x e d   c e l l s   w e r e   a l s o   r e c e n t l y   d e m o n s t r a t e d   b u t   p r o b i n g   l i v e   c e l l s   s t i l l   r e m a i n s   c h a l l e n g i n g .   R a m a n   m i c r o s p e c t r o s c o p y   i s   p o t e n t i a l l y   i n t e r e s t i n g   t o   p e r f o r m   s t u d i e s   u n d e r   p h y s i o l o g i c a l   c o n d i t i o n s .   T h e   a i m   o f   t h e   p r e s e n t   w o r k   w a s   t o   i d e n t i f y   t h e   R a m a n   s p e c t r a l   s i g n a t u r e s   o f   G A G s   i n   f i x e d   a n d   l i v e   c e l l s   a n d   i n   t h e i r   c o n d i t i o n e d   m e d i a .   B i o c h e m i c a l   a n d   R a m a n   a n a l y s e s   w e r e   p e r f o r m e d   o n   f i v e   c e l l   t y p e s :   c h o n d r o c y t e s ,   d e r m a l   f i b r o b l a s t s ,   m e l a n o m a   ( S K - M E L - 2 8 ) ,   w i l d   t y p e   C H O ,   a n d   g l y c o s a m i n o g l y c a n - d e f e c t i v e   m u t a n t   C H O - 7 4 5   c e l l s .   T h e   b i o c h e m i c a l   a s s a y   o f   s u l f a t e d   G A G s   i n   c o n d i t i o n e d   m e d i a   w a s   o n l y   p o s s i b l e   f o r   c h o n d r o c y t e s ,   d e r m a l   f i b r o b l a s t s ,   a n d   w i l d   t y p e   C H O   d u e   t o   t h e   d e t e c t i o n   l i m i t   o f   t h e   t e s t .   I n   c o n t r a s t ,   R a m a n   m i c r o s p e c t r o s c o p y   a l l o w e d   p r o b i n g   t o t a l   g l y c o s a m i n o g l y c a n   c o n t e n t   i n   c o n d i t i o n e d   m e d i a ,   f i x e d   a n d   l i v e   c e l l s   a n d   t h e   d a t a   w e r e   a n a l y s e d   b y   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s .   O u r   r e s u l t s   s h o w e d   t h a t   t h e   R a m a n   t e c h n i q u e   i s   s e n s i t i v e   e n o u g h   t o   i d e n t i f y   s p e c t r a l   m a r k e r s   o f   g l y c o s a m i n o g l y c a n s   t h a t   w e r e   u s e f u l   t o   c h a r a c t e r i s e   t h e   c o n d i t i o n e d   m e d i a   o f   t h e   f i v e   c e l l   t y p e s .   T h e   r e s u l t s   w e r e   c o n f i r m e d   a t   t h e   s i n g l e   c e l l   l e v e l   o n   b o t h   l i v e   a n d   f i x e d   c e l l s   w i t h   a   g o o d   d i f f e r e n t i a t i o n   b e t w e e n   t h e   c e l l   t y p e s .   F u r t h e r m o r e ,   t h e   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   l o a d i n g s   r e v e a l e d   p r o m i n e n t   g l y c o s a m i n o g l y c a n - r e l a t e d   s p e c t r a l   i n f o r m a t i o n .   R a m a n   m i c r o s p e c t r o s c o p y   a l l o w s   m o n i t o r i n g   o f   t h e   g l y c o s a m i n o g l y c a n   p r o f i l e s   o f   s i n g l e   l i v e   c e l l s   a n d   c o u l d   t h e r e f o r e   b e   d e v e l o p e d   f o r   c e l l   s c r e e n i n g   p u r p o s e s   a n d   h o l d s   p r o m i s e   f o r   i d e n t i f y i n g   g l y c o s a m i n o g l y c a n   s i g n a t u r e s   a s   a   m a r k e r   o f   c a n c e r   p r o g r e s s i o n   i n   t i s s u e s . 	 [ B r e z i l l o n ,   S . ;   U n t e r e i n e r ,   V . ;   H o d i n ,   J . ;   C h a t r o n - C o l l i e t ,   A . ;   M a q u a r t ,   F .   - X . ;   S o c k a l i n g u m ,   G .   D . ]   C N R S ,   U M R 7 3 6 9 ,   M a t r i c e   E x t r a c e l l u l a i r e   &   D y n a m   C e l l u l a i r e   M E D y C ,   R e i m s ,   F r a n c e ;   [ B r e z i l l o n ,   S . ;   H o d i n ,   J . ;   C h a t r o n - C o l l i e t ,   A . ;   M a q u a r t ,   F .   - X . ]   U n i v   R e i m s ,   L a b   B i o c h i m   M e d   &   B i o l   M o l ,   U F R   M e d ,   R e i m s ,   F r a n c e ;   [ U n t e r e i n e r ,   V . ;   H o d i n ,   J . ;   S o c k a l i n g u m ,   G .   D . ]   U n i v   R e i m s ,   M e D I A N   B i o p h o t o n   &   T e c h n o l   S a n t e ,   U F R   P h a r m ,   R e i m s ,   F r a n c e ;   [ U n t e r e i n e r ,   V . ]   U n i v   R e i m s ,   P I C T ,   R e i m s ,   F r a n c e ;   [ M o h a m e d ,   H .   T . ]   C a i r o   U n i v ,   D e p t   Z o o l ,   F a c   S c i ,   G i z a ,   E g y p t ;   [ M a q u a r t ,   F .   - X . ]   C H U   R e i m s ,   L a b   C e n t   B i o c h i m ,   R e i m s ,   F r a n c e 	 B r e z i l l o n ,   S ;   S o c k a l i n g u m ,   G D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C N R S ,   U M R 7 3 6 9 ,   M a t r i c e   E x t r a c e l l u l a i r e   &   D y n a m   C e l l u l a i r e   M E D y C ,   R e i m s ,   F r a n c e . ;   B r e z i l l o n ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   R e i m s ,   L a b   B i o c h i m   M e d   &   B i o l   M o l ,   U F R   M e d ,   R e i m s ,   F r a n c e . ;   S o c k a l i n g u m ,   G D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   R e i m s ,   M e D I A N   B i o p h o t o n   &   T e c h n o l   S a n t e ,   U F R   P h a r m ,   R e i m s ,   F r a n c e . 	 s t e p h a n e . b r e z i l l o n @ u n i v - r e i m s . f r ;   g a n e s h . s o c k a l i n g u m @ u n i v - r e i m s . f r 	 	 	 L i g u e   N a t i o n a l e   c o n t r e   l e   C a n c e r   ( C o m i t e   d e   l a   M a r n e   e t   C o m i t e   d e   H a u t e - M a r n e ) ;   L i g u e   N a t i o n a l e   c o n t r e   l e   C a n c e r   ( C o n f e r e n c e   d e   C o o r d i n a t i o n   I n t e r R e g i o n a l e   d u   G r a n d   E s t   ( C C I R - G E ) ) ;   F E D E R ;   R e g i o n   C h a m p a g n e - A r d e n n e ;   R I S E   [ 6 4 5 7 5 6 ] 	 T h e   a u t h o r s   t h a n k   t h e   R e i m s   P I C T - I B i S A   P l a t f o r m   a n d   t h e   S e r v i c e   d e   C h i r u r g i e   O r t h o p e d i q u e ,   C H U   d e   R e i m s .   T h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   o f   t h e   L i g u e   N a t i o n a l e   c o n t r e   l e   C a n c e r   ( C o m i t e   d e   l a   M a r n e   e t   C o m i t e   d e   H a u t e - M a r n e ,   C o n f e r e n c e   d e   C o o r d i n a t i o n   I n t e r R e g i o n a l e   d u   G r a n d   E s t   ( C C I R - G E ) ) ,   t h e   F E D E R   a n d   t h e   R e g i o n   C h a m p a g n e - A r d e n n e   ( C P E R   2 0 1 5 - 2 0 1 9 )   i s   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g e d .   H T M   a c k n o w l e d g e s   f u n d i n g   f r o m   R I S E   f o r   s e c o n d m e n t   v i s i t   t o   U R C A   ( P r o j e c t   G L Y C A N C   N o .   6 4 5 7 5 6 ) . 	 A f r a t i s   N ,   2 0 1 2 ,   F E B S   J ,   V 2 7 9 ,   P 1 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 2 - 4 6 5 8 . 2 0 1 2 . 0 8 5 2 9 . x ;   A z a n   A ,   2 0 1 7 ,   S C I   R E P - U K ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 0 4 4 8 ;   B a k e r   M J ,   2 0 1 4 ,   N A T   P R O T O C ,   V 9 ,   P 1 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 4 . 1 1 0 ;   B A N S I L   R ,   1 9 7 8 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 5 4 1 ,   P 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 4 - 4 1 6 5 ( 7 8 ) 9 0 1 6 3 - 0 ;   B A Y L I S S   M T ,   1 9 8 3 ,   B I O C H E M   J ,   V 2 0 9 ,   P 3 8 7 ;   B A Y L I S S   M T ,   1 9 7 8 ,   B I O C H E M   J ,   V 1 7 6 ,   P 6 8 3 ;   B e r n f i e l d   M ,   1 9 9 9 ,   A N N U   R E V   B I O C H E M ,   V 6 8 ,   P 7 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . b i o c h e m . 6 8 . 1 . 7 2 9 ;   B l a c k h a l l   F H ,   2 0 0 1 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 5 ,   P 1 0 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 4 / b j o c . 2 0 0 1 . 2 0 5 4 ;   B o d a n e s e   B ,   2 0 1 2 ,   P H O T O M E D   L A S E R   S U R G ,   V 3 0 ,   P 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / p h o . 2 0 1 1 . 3 1 9 1 ;   B r a u c h l e   E ,   2 0 1 4 ,   C L I N   E X P   D E R M A T O L ,   V 3 9 ,   P 6 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c e d . 1 2 3 5 7 ;   B r e z i l l o n   S ,   2 0 1 4 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 6 ,   P 5 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 4 - 7 9 9 4 - 2 ;   C a r t a x o   S B ,   2 0 1 0 ,   A C T A   C I R   B R A S ,   V 2 5 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 0 1 0 2 - 8 6 5 0 2 0 1 0 0 0 0 4 0 0 0 1 0 ;   C h a v e z   R . ,   2 0 1 6 ,   O S T E O A R T H R   C A R T I L A G E ,   P 3 0 3 1 8 ;   C o n r a d   A H ,   2 0 0 6 ,   I N V E S T   O P H T H   V I S   S C I ,   V 4 7 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 7 / i o v s . 0 5 - 0 8 0 6 ;   C r a i g   D ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 4 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 4 0 3 8 7 6 2 ;   D a n c i u   C ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   C E L L   I N T ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 2 8 6 7 - 1 3 - 7 5 ;   D r a u x   F ,   2 0 1 0 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 9 7 ,   P 2 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 0 - 3 7 5 9 - 8 ;   D r a u x   F ,   2 0 0 9 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 9 5 ,   P 2 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 9 - 3 1 4 0 - y ;   D r a u x   F ,   2 0 0 9 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 4 ,   P 5 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 8 1 2 6 1 0 k ;   E S K O   J D ,   1 9 8 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 8 2 ,   P 3 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 8 2 . 1 0 . 3 1 9 7 ;   F r a n c o   C R C ,   2 0 0 1 ,   B R A Z   J   M E D   B I O L   R E S ,   V 3 4 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 0 1 0 0 - 8 7 9 X 2 0 0 1 0 0 0 8 0 0 0 0 1 ;   F r a z i e r   S a r a h   B ,   2 0 0 8 ,   O p e n   G l y c o s c i ,   V 1 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 8 7 5 3 9 8 1 0 0 8 0 1 0 1 0 0 3 1 ;   F r e s c a l i n e   G ,   2 0 1 3 ,   T I S S U E   E N G   P T   A ,   V 1 9 ,   P 1 6 4 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 8 9 / t e n . T E A . 2 0 1 2 . 0 3 7 7 ,   1 0 . 1 0 8 9 / t e n . t e a . 2 0 1 2 . 0 3 7 7 ] ;   H a c k e r   U ,   2 0 0 5 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 6 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 1 6 8 1 ;   H a s s a n   H ,   2 0 1 3 ,   F E B S   J ,   V 2 8 0 ,   P 2 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / f e b s . 1 2 1 1 1 ;   I o z z o   R V ,   2 0 1 5 ,   M A T R I X   B I O L ,   V 4 2 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t b i o . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 3 ;   I t o   T ,   2 0 1 0 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 5 1 ,   P 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 2 4 ;   K a m i l a r i   E . ,   2 0 1 3 ,   9   P A N H   S C I   C H E M   E N G ;   K a r a m a n o s   N K ,   1 9 9 9 ,   B I O M E D   C H R O M A T O G R ,   V 1 3 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 9 - 0 8 0 1 ( 1 9 9 9 1 2 ) 1 3 : 8 < 5 0 7 : : A I D - B M C 9 5 5 > 3 . 0 . C O ; 2 - X ;   K a w a m u r a   D ,   2 0 1 4 ,   J   O R T H O P   S C I ,   V 1 9 ,   P 1 0 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 7 6 - 0 1 4 - 0 6 4 3 - y ;   K n u d s o n   C B ,   2 0 0 1 ,   S E M I N   C E L L   D E V   B I O L ,   V 1 2 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / s c d b . 2 0 0 0 . 0 2 4 3 ;   K o n g   K ,   2 0 1 5 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 8 9 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d r . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 9 ;   K o s h i i s h i   I ,   1 9 9 8 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 2 6 5 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / a b i o . 1 9 9 8 . 2 8 8 3 ;   K o s h i i s h i   I ,   1 9 9 9 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 2 6 7 ,   P 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / a b i o . 1 9 9 8 . 3 0 1 0 ;   K o u r k o u m e l i s   N ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 6 ,   P 1 4 5 5 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 6 0 7 1 4 5 5 4 ;   K u m a r   R ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 6 ,   P 9 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 6 0 5 9 3 4 1 ;   L a m a r i   F N ,   2 0 0 2 ,   B I O M E D   C H R O M A T O G R ,   V 1 6 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b m c . 1 4 4 ;   L a s c h   P ,   2 0 1 2 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 1 1 7 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 1 1 ;   L i m   L ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 9 . 1 1 . 1 1 7 0 0 3 ;   M a i n r e c k   N ,   2 0 1 2 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 8 3 6 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 1 7 7 9 - 4 9 8 - 8 _ 8 ;   M a i n r e c k   N ,   2 0 1 1 ,   J   P H A R M   S C I - U S ,   V 1 0 0 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j p s . 2 2 2 8 8 ;   M a r o u d a s   A . ,   1 9 9 0 ,   M E T H O D S   C A R T I L A G E   R E ,   P 2 0 9 ;   M i l l e r   G J ,   2 0 1 4 ,   C A R B O H Y D   R E S ,   V 4 0 0 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a r r e s . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 2 6 ;   M o v a s a g h i   Z ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 2 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 0 7 0 1 5 5 1 5 3 0 ;   N A G G I   A ,   1 9 9 4 ,   S E M I N   T H R O M B   H E M O S T ,   V 2 0 ,   P 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 2 0 0 7 - 1 0 0 1 9 0 0 ;   N i k i t o v i c   D ,   2 0 0 8 ,   I U B M B   L I F E ,   V 6 0 ,   P 8 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i u b . 1 3 1 ;   O g u m a   T ,   2 0 0 1 ,   B I O M E D   C H R O M A T O G R ,   V 1 5 ,   P 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b m c . 7 4 . a b s ;   P h i l i p s e n   P A ,   2 0 1 3 ,   P H O T O C H   P H O T O B I O   S C I ,   V 1 2 ,   P 7 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 p p 2 5 3 4 4 a ;   P l a a s   A   H ,   2 0 0 1 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 1 7 1 ,   P 1 1 7 ;   R u d d   T R ,   2 0 1 0 ,   C H E M   C O M M U N ,   V 4 6 ,   P 4 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 0 0 1 5 3 5 k ;   S a s i s e k h a r a n   R ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 2 ,   P 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 8 4 2 ;   S a x e n a   T ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 5 4 9 7 0 0 ;   S h a r m a   M ,   2 0 1 4 ,   R E V   S C I   I N S T R U M ,   V 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 8 9 0 1 9 9 ;   S i i s k o n e n   H . ,   2 0 1 3 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 1 ;   S i l v e i r a   L . ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ;   U y a m a   T . ,   2 0 0 7 ,   C O M P R E H E N S I V E   G L Y C O S ,   V 3 ,   P 7 9 ;   W a n g   H Q ,   2 0 1 2 ,   P H O T O D E R M A T O L   P H O T O ,   V 2 8 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 7 8 1 . 2 0 1 2 . 0 0 6 6 0 . x ;   W a n g   W B ,   2 0 1 5 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 8 ,   P 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 4 0 0 0 2 6 ;   W e g r o w s k i   Y ,   2 0 0 6 ,   C L I N   E X P   I M M U N O L ,   V 1 4 4 ,   P 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 2 4 9 . 2 0 0 6 . 0 3 0 5 9 . x ;   W e g r o w s k i   Y . ,   2 0 0 1 ,   P R O T E O G L Y C A N   P R O T O C O ,   V 1 7 1 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 8 5 / 1 - 5 9 2 5 9 - 2 0 9 - 0 : 1 7 5 ;   X i o n g   A Q ,   2 0 1 4 ,   F E B S   J ,   V 2 8 1 ,   P 4 9 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / f e b s . 1 3 0 9 7 ;   Z h a n g   B ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 4 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 7 1 0 9 0 ;   Z h a n g   Y T ,   2 0 0 5 ,   I N V E S T   O P H T H   V I S   S C I ,   V 4 6 ,   P 1 6 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 7 / i o v s . 0 4 - 1 4 5 3 	 6 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 R O Y A L   S O C   C H E M I S T R Y 	 C A M B R I D G E 	 T H O M A S   G R A H A M   H O U S E ,   S C I E N C E   P A R K ,   M I L T O N   R D ,   C A M B R I D G E   C B 4   0 W F ,   C A M B S ,   E N G L A N D 	 0 0 0 3 - 2 6 5 4 	 1 3 6 4 - 5 5 2 8 	 	 A N A L Y S T 	 A n a l y s t 	 A P R   2 1 	 2 0 1 7 	 1 4 2 	 8 	 	 	 	 	 1 3 3 3 	 1 3 4 1 	 	 1 0 . 1 0 3 9 / c 6 a n 0 1 9 5 1 j 	 	 9 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l 	 C h e m i s t r y 	 E U 0 G Z 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 6 8 9 7 0 0 0 1 8 	 2 8 3 5 2 8 8 7 	 
 
 J 	 C u i ,   D N ;   W a n g ,   X ;   C h e n ,   J Q ;   L v ,   B ;   Z h a n g ,   P ;   Z h a n g ,   W ;   Z h a n g ,   Z J ;   X u ,   F G 	 	 	 	 C u i ,   D o n g - N i ;   W a n g ,   X u ;   C h e n ,   J i a - Q i n g ;   L v ,   B o ;   Z h a n g ,   P e i ;   Z h a n g ,   W e i ;   Z h a n g ,   Z u n - J i a n ;   X u ,   F e n g - G u o 	 	 	 Q u a n t i t a t i v e   E v a l u a t i o n   o f   t h e   C o m p a t i b i l i t y   E f f e c t s   o f   H u a n g q i n   D e c o c t i o n   o n   t h e   T r e a t m e n t   o f   I r i n o t e c a n - I n d u c e d   G a s t r o i n t e s t i n a l   T o x i c i t y   U s i n g   U n t a r g e t e d   M e t a b o l o m i c s 	 F R O N T I E R S   I N   P H A R M A C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H u a n g q i n   d e c o c t i o n ;   d e l a y e d   d i a r r h e a ;   m e t a b o l o m i c s ;   m e t a b o l i t e s   d e r e g u l a t i o n   s c o r e ;   r e l a t i v e   a r e a   u n d e r   t h e   c u r v e 	 T R A D I T I O N A L   C H I N E S E   M E D I C I N E ;   P E R S O N A L I Z E D   A N A L Y S I S ;   H Y D R O C H L O R I D E   C P T - 1 1 ;   S Y S T E M S   P H A R M A C O L O G Y ;   I N T E S T I N A L   T O X I C I T Y ;   R A D I X - S C U T E L L A R I A E ;   H E R B A L   M E D I C I N E S ;   M U C I N   S Y N T H E S I S ;   C A N C E R - P A T I E N T S ;   D R U G   D I S C O V E R Y 	 H u a n g q i n   d e c o c t i o n   ( H Q D ) ,   a   t r a d i t i o n a l   C h i n e s e   m e d i c i n e   ( T C M ) ,   h a s   b e e n   w i d e l y   u s e d   t o   t r e a t   g a s t r o i n t e s t i n a l   s y n d r o m e   i n   C h i n a   f o r   t h o u s a n d s   o f   y e a r s .   C h e m o t h e r a p y   d r u g   i r i n o t e c a n   ( C P T - 1 1 )   i s   u s e d   c l i n i c a l l y   t o   t r e a t   v a r i o u s   k i n d s   o f   c a n c e r s   b u t   l i m i t e d   b y   i t s   s i d e   e f f e c t s ,  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 X u ;   C h e n ,   J i a - Q i n g ;   L v ,   B o ;   Z h a n g ,   P e i ;   Z h a n g ,   Z u n - J i a n ;   X u ,   F e n g - G u o ]   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   M O E   K e y   L a b   D r u g   Q u a l   C o n t r o l   &   P h a r m a c o v i g i l a n c e ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C u i ,   D o n g - N i ;   W a n g ,   X u ;   C h e n ,   J i a - Q i n g ;   L v ,   B o ;   Z h a n g ,   P e i ;   Z h a n g ,   Z u n - J i a n ;   X u ,   F e n g - G u o ]   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   N a t   M e d ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h a n g ,   W e i ]   M a c a u   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   S t a t e   K e y   L a b   Q u a l   R e s   C h i n e s e   M e d ,   M a c a u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   Z J ;   X u ,   F G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   M O E   K e y   L a b   D r u g   Q u a l   C o n t r o l   &   P h a r m a c o v i g i l a n c e ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Z h a n g ,   Z J ;   X u ,   F G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   N a t   M e d ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z u n j i a n z h a n g c p u @ h o t m a i l . c o m ;   f e n g g u o x u @ g m a i l . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 3 0 2 7 3 3 ,   8 1 5 7 3 3 8 5 ] ;   r e s e a r c h   p r o j e c t   o f   C h i n e s e   M i n i s t r y   o f   e d u c a t i o n   [ 1 1 3 0 3 6 A ] ;   P r o g r a m   f o r   J i a n g s u   p r o v i n c e   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m ;   P r o g r a m   f o r   N e w   C e n t u r y   E x c e l l e n t   T a l e n t s   i n   U n i v e r s i t y   [ N C E T - 1 3 - 1 0 3 6 ] ;   P r i o r i t y   A c a d e m i c   P r o g r a m   D e v e l o p m e n t   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s   ( P A P D ) 	 T h i s   s t u d y   w a s   f i n a n c i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o .   8 1 3 0 2 7 3 3 ,   8 1 5 7 3 3 8 5 ) ,   t h e   r e s e a r c h   p r o j e c t   o f   C h i n e s e   M i n i s t r y   o f   e d u c a t i o n   ( N o .   1 1 3 0 3 6 A ) ,   t h e   P r o g r a m   f o r   J i a n g s u   p r o v i n c e   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m ,   t h e   P r o g r a m   f o r   N e w   C e n t u r y   E x c e l l e n t   T a l e n t s   i n   U n i v e r s i t y   ( N o .   N C E T - 1 3 - 1 0 3 6 ) ,   a   p r o j e c t   f u n d e d   b y   t h e   P r i o r i t y   A c a d e m i c   P r o g r a m   D e v e l o p m e n t   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s   ( P A P D ) . 	 A a   J Y ,   2 0 1 1 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 7 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 0 - 0 2 4 1 - 8 ;   A r y a l   P ,   2 0 1 4 ,   F E B S   J ,   V 2 8 1 ,   P 4 6 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / f e b s . 1 2 9 6 9 ;   B r o a d h u r s t   D I ,   2 0 0 6 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 2 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 0 6 - 0 0 3 7 - z ;   C h e n g   Y u n g - C h i ,   2 0 1 5 ,   J   T r a d i t   C o m p l e m e n t   M e d ,   V 5 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t c m e . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 1 ;   D a i   D ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 4 1 3 6 ;   D r i e r   Y ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 6 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 1 9 6 5 1 1 1 0 ;   F a r r e l l   M i c h a e l   P ,   2 0 0 3 ,   C l i n   C o l o r e c t a l   C a n c e r ,   V 2 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 3 8 1 6 / C C C . 2 0 0 3 . n . 0 0 7 ;   F a u r e   M ,   2 0 0 5 ,   J   N U T R ,   V 1 3 5 ,   P 4 8 6 ;   F e n g   Y i - B i n ,   2 0 0 8 ,   Z h o n g g u o   Z h o n g   Y a o   Z a   Z h i ,   V 3 3 ,   P 1 2 2 1 ;   H A S T I E   T ,   1 9 8 9 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 8 4 ,   P 5 0 2 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 9 9 3 6 ;   H u a n g   C ,   2 0 1 4 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 5 ,   P 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b t 0 3 5 ;   H u a n g   S ,   2 0 1 6 ,   G E N O M E   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 7 3 - 0 1 6 - 0 2 8 9 - 9 ;   I K U N O   N ,   1 9 9 5 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 8 7 ,   P 1 8 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 8 7 . 2 4 . 1 8 7 6 ;   J i n   Y ,   2 0 1 6 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 8 1 ,   P 1 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 3 3 ;   K u m m a r   S ,   2 0 1 1 ,   C L I N   C O L O R E C T A L   C A N C ,   V 1 0 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l c c . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 3 ;   K u r i t a   A ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   C H E M O T H   P H A R M ,   V 4 6 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 8 0 0 0 0 0 1 5 1 ;   L a m   W ,   2 0 1 4 ,   B M C   C O M P L E M   A L T E R N   M ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 2 - 6 8 8 2 - 1 4 - 4 9 0 ;   L a m   W ,   2 0 1 0 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 1 2 7 0 ;   L i   C R ,   2 0 1 2 ,   B I O P H A R M   D R U G   D I S P O S ,   V 3 3 ,   P 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b d d . 1 8 1 5 ;   L i   J ,   2 0 1 6 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 9 3 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 5 1 ;   L i   S .   Z . ,   1 5 9 3 ,   C O M P E N D I U M   M A T   M E D   B ;   L i - W e b e r   M ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   T R E A T   R E V ,   V 3 5 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c t r v . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 5 ;   L i a n g   X L ,   2 0 1 2 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 3 9 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 1 ;   L i u   S H ,   2 0 1 2 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 4 0 ,   P 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 4 7 ;   L i v s h i t s   A ,   2 0 1 5 ,   M O L   O N C O L ,   V 9 ,   P 1 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l o n c . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 6 ;   L u o   S ,   2 0 0 9 ,   F A S E B   J ,   V 2 3 ,   P 4 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 6 / f j . 0 8 - 1 1 8 4 1 4 ;   M a o   X i a n g b i n g ,   2 0 1 1 ,   F r o n t   B i o s c i   ( E l i t e   E d ) ,   V 3 ,   P 1 1 9 2 ;   N a z   S ,   2 0 1 4 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 3 5 3 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 7 1 ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 7 2 8 ;   O s h i m a   T ,   2 0 1 6 ,   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 5 1 ,   P 7 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 3 5 - 0 1 6 - 1 2 0 7 - z ;   P e l k o n e n   O ,   2 0 1 2 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 4 0 ,   P 5 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 3 5 ;   R e m o n d   D ,   2 0 0 9 ,   J   N U T R ,   V 1 3 9 ,   P 7 2 0 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 0 8 . 1 0 1 6 7 5 ;   S a n t o s   A ,   2 0 0 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 6 ,   P 2 0 1 2 ;   S l a t t e r   J G ,   2 0 0 0 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 2 8 ,   P 4 2 3 ;   S o n g   H P ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 3 8 4 0 ;   S o u g l a k o s   J ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 4 ,   P 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 3 0 1 1 ;   S p a r r e b o o m   A ,   1 9 9 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 4 ,   P 2 7 4 7 ;   T A K A S U N A   K ,   1 9 9 5 ,   J P N   J   C A N C E R   R E S ,   V 8 6 ,   P 9 7 8 ;   T e d e s c h i   P M ,   2 0 1 3 ,   C E L L   D E A T H   D I S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d i s . 2 0 1 3 . 3 9 3 ;   W a n g   J ,   2 0 1 5 ,   R S C   A D V ,   V 5 ,   P 2 6 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 r a 0 2 5 8 1 h ;   W a n g   S P ,   2 0 1 2 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 4 3 ,   P 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 3 3 ;   W a n g   W W ,   2 0 1 4 ,   J   N U T R ,   V 1 4 4 ,   P 1 5 4 0 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 1 4 . 1 9 4 0 0 1 ;   W A N N E M A C H E R   R W ,   1 9 7 6 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 2 9 ,   P 9 9 7 ;   W u   G Y ,   2 0 0 9 ,   A M I N O   A C I D S ,   V 3 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 2 6 - 0 0 9 - 0 2 6 9 - 0 ;   W u   G Y ,   1 9 9 8 ,   J   N U T R ,   V 1 2 8 ,   P 1 2 4 9 ;   W y s s   M ,   2 0 0 0 ,   P H Y S I O L   R E V ,   V 8 0 ,   P 1 1 0 7 ;   X i e   R ,   2 0 0 2 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 0 ,   P 3 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 2 . 1 1 . 0 7 3 ;   Y a n g   P ,   2 0 1 1 ,   S C I   C H I N A   C H E M ,   V 5 4 ,   P 1 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 2 6 - 0 1 1 - 4 3 6 1 - 4 ;   Y a o   J ,   2 0 1 6 ,   P H A R M A C O G N   M A G ,   V 1 2 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 9 7 3 - 1 2 9 6 . 1 8 6 3 4 2 ;   Y a o   Y R ,   2 0 1 7 ,   F R O N T   P H A R M A C O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f p h a r . 2 0 1 7 . 0 0 1 2 2 ;   Z h a n g   A H ,   2 0 1 0 ,   P L A N T A   M E D ,   V 7 6 ,   P 2 0 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 0 - 1 2 5 0 5 4 2 ;   Z h a n g   P ,   2 0 1 6 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 9 ,   P 7 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . c h e m r e s t o x . 5 b 0 0 5 1 9 ;   Z h a n g   W J ,   2 0 1 6 ,   C U R R   P H A R M   D E S I G N ,   V 2 2 ,   P 3 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 1 6 1 2 8 2 2 6 6 6 1 6 0 2 2 4 1 4 2 8 1 2 ;   Z h u   W ,   2 0 1 6 ,   I N T   I M M U N O P H A R M A C O L ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n t i m p . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 3 0 ;   L i u   S . ,   2 0 1 3 ,   P a t e n t   N o .   [ C N   1 0 2 9 3 0 1 8 2   A ,   1 0 2 9 3 0 1 8 2 ,   C N ,   1 0 2 9 3 0 1 8 2   A ] 	 5 5 	 0 	 0 	 5 	 5 	 F R O N T I E R S   M E D I A   S A 	 L A U S A N N E 	 P O   B O X   1 1 0 ,   E P F L   I N N O V A T I O N   P A R K ,   B U I L D I N G   I ,   L A U S A N N E ,   1 0 1 5 ,   S W I T Z E R L A N D 	 1 6 6 3 - 9 8 1 2 	 	 	 F R O N T   P H A R M A C O L 	 F r o n t .   P h a r m a c o l . 	 A P R   2 1 	 2 0 1 7 	 8 	 	 	 	 	 	 	 	 2 1 1 	 1 0 . 3 3 8 9 / f p h a r . 2 0 1 7 . 0 0 2 1 1 	 	 1 2 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E S 8 A D 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 7 7 1 6 0 0 0 0 1 	 2 8 4 8 4 3 9 1 	 
 
 J 	 L u t z ,   C M ;   M o l l e r ,   D S ;   H o f f m a n n ,   L ;   K n a p ,   M M ;   A l b e r ,   M 	 	 	 	 L u t z ,   C .   M . ;   M o l l e r ,   D .   S . ;   H o f f m a n n ,   L . ;   K n a p ,   M .   M . ;   A l b e r ,   M . 	 	 	 R e l i a b i l i t y   o f   d o s e   v o l u m e   c o n s t r a i n t   i n f e r e n c e   f r o m   c l i n i c a l   d a t a 	 P H Y S I C S   I N   M E D I C I N E   A N D   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 r e l i a b i l i t y ;   d o s e - r e s p o n s e   m o d e l ;   p n e u m o n i t i s ;   N S C L C 	 C E L L   L U N G - C A N C E R ;   R A D I A T I O N - I N D U C E D   C O M P L I C A T I O N S ;   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   P A R A L L E L   A R C H I T E C T U R E ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   N O R M A L - T I S S U E S ;   C O N F O R M A L   R A D I O T H E R A P Y ;   H I S T O G R A M   A N A L Y S I S ;   R E C T A L   T O X I C I T Y ;   R I S K - F A C T O R 	 D o s e   v o l u m e   h i s t o g r a m   p o i n t s   ( D V H P s )   f r e q u e n t l y   s e r v e   a s   d o s e   c o n s t r a i n t s   i n   r a d i o t h e r a p y   t r e a t m e n t   p l a n n i n g .   A n   e x p e r i m e n t   w a s   d e s i g n e d   t o   i n v e s t i g a t e   t h e   r e l i a b i l i t y   o f   D V H P   i n f e r e n c e   f r o m   c l i n i c a l   d a t a   f o r   m u l t i p l e   c o h o r t   s i z e s   a n d   c o m p l i c a t i o n   i n c i d e n c e   r a t e s .   T h e   e x p e r i m e n t a l   b a c k g r o u n d   w a s   r a d i a t i o n   p n e u m o n i t i s   i n   n o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r   a n d   t h e   D V H P   i n f e r e n c e   m e t h o d   w a s   b a s e d   o n   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n .   F r o m   1 0 2   N S C L C   r e a l - l i f e   d o s e   d i s t r i b u t i o n s   a n d   a   p o s t u l a t e d   D V H P   m o d e l ,  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 B o t h   B o o t s t r a p   a n d   C o R e p M C   i n d i c a t e   t h a t   i n f e r e n c e   o f   t h e   c o r r e c t   o r   a p p r o x i m a t e   D V H P   f o r   t y p i c a l   c o h o r t   s i z e s   i s   h i g h l y   u n c e r t a i n .   C o R e p M C   r e s u l t s   w e r e   l e s s   s p u r i o u s   t h a n   B o o t s t r a p   r e s u l t s ,   d e m o n s t r a t i n g   t h e   l a r g e   i n f l u e n c e   t h a t   r a n d o m n e s s   i n   d o s e - r e s p o n s e   h a s   o n   t h e   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s . 	 [ L u t z ,   C .   M . ;   M o l l e r ,   D .   S . ;   H o f f m a n n ,   L . ;   K n a p ,   M .   M . ]   A a r h u s   U n i v   H o s p ,   D e p t   O n c o l ,   A a r h u s ,   D e n m a r k ;   [ A l b e r ,   M . ]   U n i v   H e i d e l b e r g   H o s p ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y ;   [ A l b e r ,   M . ]   U n i v   H e i d e l b e r g   H o s p ,   H I R O ,   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y 	 L u t z ,   C M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A a r h u s   U n i v   H o s p ,   D e p t   O n c o l ,   A a r h u s ,   D e n m a r k . 	 c h r i l u t z @ r m . d k 	 	 	 D a n i s h   C a n c e r   S o c i e t y   [ R 9 0 - A 6 2 4 4 - 1 4 - S 2 ] 	 F u n d e d   b y   T h e   D a n i s h   C a n c e r   S o c i e t y   ( K B - g r a n t   R 9 0 - A 6 2 4 4 - 1 4 - S 2 ) .   T h e   a u t h o r s   a c k n o w l e d g e   a n d   a p p r e c i a t e   t h e   a s s i s t a n c e   o f   A n e   L   A p p e l t   w i t h   r e t r i e v a l   o f   t r e a t m e n t   p l a n s   f o r   t h e   D V H s . 	 A l b e r   M ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 1 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 1 / 1 / 0 1 2 ;   A p p e l t   A L ,   2 0 1 4 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 3 ,   P 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 3 . 8 2 0 3 4 1 ;   B a u e r   J D ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 1 ,   P 5 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 1 / 2 0 / 0 0 3 ;   B e n t z e n   S M ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 4 0 ;   B r a d l e y   J D ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 9 ,   P 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 7 7 ;   C l a y t o n   D ,   1 9 9 3 ,   S T A T   M O D E L S   E P I D E M I O ;   D a w s o n   L A ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 2 ,   P 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r p b p . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 1 3 ;   G r a h a m   M V ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 4 5 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 9 ) 0 0 1 8 3 - 2 ;   H e r n a n d o   M L ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 1 ,   P 6 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 0 1 ) 0 1 6 8 5 - 6 ;   H u a n g   E X ,   2 0 1 1 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 0 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 0 . 5 2 1 1 9 2 ;   J A C K S O N   A ,   1 9 9 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 0 ,   P 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 7 0 5 6 ;   J A C K S O N   A ,   1 9 9 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 1 ,   P 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 4 ) 0 0 4 7 1 - 4 ;   J o h a n s s o n   S ,   1 9 9 8 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 4 9 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 9 8 ) 0 0 0 6 4 - 4 ;   K i m   T H ,   2 0 0 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 5 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 5 1 0 4 0 2 4 8 ;   K i r k p a t r i c k   J P ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 4 . 0 9 5 ;   M a r k s   L B ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 9 1 ;   M a y o   C ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 7 . 1 7 5 3 ;   M e h t a   V ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 3 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 4 7 ;   N a l b a n t o v   G ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 9 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 3 5 ;   N I E M I E R K O   A ,   1 9 9 3 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 1 3 5 ;   P r e s s   W   H ,   2 0 0 7 ,   N U M E R I C A L   R E C I P E S   C ;   S e p p e n w o o l d e   Y ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 0 ,   P 7 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 4 . 0 4 . 0 3 7 ;   S e p p e n w o o l d e   Y ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 5 ,   P 7 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 0 2 ) 0 3 9 8 6 - X ;   S e p p e n w o o l d e   Y ,   2 0 0 1 ,   S E M I N   R A D I A T   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / s r a o . 2 0 0 1 . 2 3 4 8 2 ;   S k w a r c h u k   M W ,   2 0 0 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 4 7 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 9 ) 0 0 5 6 0 - X ;   S o h n   M ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 9 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 6 6 ;   S o h n   M ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 7 ,   P 1 0 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 1 4 ;   T u c k e r   S L ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 2 ,   P 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 5 3 ;   T u c k e r   S L ,   2 0 1 4 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 3 ,   P 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 3 . 8 3 1 1 8 5 ;   v a n   L u i j k   P ,   2 0 0 3 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 8 ,   P 1 8 6 3 ;   Y O R K E   E D ,   1 9 9 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 9 3 ) 9 0 2 6 4 - 9 	 3 1 	 0 	 0 	 3 	 3 	 I O P   P U B L I S H I N G   L T D 	 B R I S T O L 	 T E M P L E   C I R C U S ,   T E M P L E   W A Y ,   B R I S T O L   B S 1   6 B E ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 9 1 5 5 	 1 3 6 1 - 6 5 6 0 	 	 P H Y S   M E D   B I O L 	 P h y s .   M e d .   B i o l . 	 A P R   2 1 	 2 0 1 7 	 6 2 	 8 	 	 	 	 	 3 2 5 0 	 3 2 6 2 	 	 1 0 . 1 0 8 8 / 1 3 6 1 - 6 5 6 0 / a a 6 3 d 4 	 	 1 3 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E Q 4 S C 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 0 6 7 5 0 0 0 0 2 	 2 8 3 5 0 5 4 5 	 
 
 J 	 B e r t o l l i ,   O ;   A r r i d g e ,   S ;   W o l l e n w e b e r ,   S D ;   S t e a r n s ,   C W ;   H u t t o n ,   B F ;   T h i e l e m a n s ,   K 	 	 	 	 B e r t o l l i ,   O t t a v i a ;   A r r i d g e ,   S i m o n ;   W o l l e n w e b e r ,   S c o t t   D . ;   S t e a r n s ,   C h a r l e s   W . ;   H u t t o n ,   B r i a n   F . ;   T h i e l e m a n s ,   K r i s 	 	 	 S i g n   d e t e r m i n a t i o n   m e t h o d s   f o r   t h e   r e s p i r a t o r y   s i g n a l   i n   d a t a - d r i v e n   P E T   g a t i n g 	 P H Y S I C S   I N   M E D I C I N E   A N D   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P E T   i m a g i n g ;   r e s p i r a t o r y   m o t i o n ;   d a t a - d r i v e n   g a t i n g 	 L U N G - C A N C E R ;   3 - D I M E N S I O N A L   P E T ;   M O T I O N   A R T I F A C T S ;   R A D I O T H E R A P Y ;   F E A S I B I L I T Y ;   T O M O G R A P H Y ;   S O F T W A R E ;   S Y S T E M S ;   I M P A C T ;   3 D 	 P a t i e n t   r e s p i r a t o r y   m o t i o n   d u r i n g   P E T   i m a g e   a c q u i s i t i o n   l e a d s   t o   b l u r r i n g   i n   t h e   r e c o n s t r u c t e d   i m a g e s   a n d   m a y   c a u s e   s i g n i f i c a n t   a r t i f a c t s ,   r e s u l t i n g   i n   d e c r e a s e d   l e s i o n   d e t e c t a b i l i t y ,   i n a c c u r a t e   s t a n d a r d   u p t a k e   v a l u e   c a l c u l a t i o n   a n d   i n c o r r e c t   t r e a t m e n t   p l a n n i n g   i n   r a d i a t i o n   t h e r a p y .   T o   r e d u c e   t h e s e   e f f e c t s   d a t a   c a n   b e   r e g r o u p e d   i n t o   ( n e a r l y )   ' m o t i o n - f r e e '   g a t e s   p r i o r   t o   r e c o n s t r u c t i o n   b y   s e l e c t i n g   t h e   e v e n t s   w i t h   r e s p e c t   t o   t h e   b r e a t h i n g   p h a s e .   T h i s   g a t i n g   p r o c e d u r e   t h e r e f o r e   n e e d s   a   r e s p i r a t o r y   s i g n a l :   o n   c u r r e n t   s c a n n e r s   i t   i s   o b t a i n e d   f r o m   a n   e x t e r n a l   d e v i c e ,   w h e r e a s   w i t h   d a t a   d r i v e n   ( D D )   m e t h o d s   i t   c a n   b e   d i r e c t l y   o b t a i n e d   f r o m   t h e   r a w   P E T   d a t a .   D D   m e t h o d s   t h u s   e l i m i n a t e   t h e   u s e   o f   e x t e r n a l   e q u i p m e n t ,   w h i c h   i s   o f t e n   e x p e n s i v e ,   n e e d s   p r i o r   s e t u p   a n d   c a n   c a u s e   p a t i e n t   d i s c o m f o r t ,   a n d   t h e y   c o u l d   a l s o   p o t e n t i a l l y   p r o v i d e   i n c r e a s e d   f i d e l i t y   t o   t h e   i n t e r n a l   m o v e m e n t .   D D   m e t h o d s   h a v e   b e e n   r e c e n t l y   a p p l i e d   o n   P E T   d a t a   s h o w i n g   p r o m i s i n g   r e s u l t s .   H o w e v e r ,   m a n y   m e t h o d s   p r o v i d e  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 r e q u i r e   t h e   P E T   r a w   d a t a ,   a n d   t h e y   r e l y   o n   t h e   a s s u m p t i o n   t h a t   o n e   o f   t h e   m a j o r   c a u s e s   o f   c h a n g e   i n   t h e   a c q u i r e d   d a t a   r e l a t e d   t o   t h e   c h e s t   i s   r e s p i r a t o r y   m o t i o n   i n   t h e   a x i a l   d i r e c t i o n ,   t h a t   g e n e r a t e s   a   c r a n i o - c a u d a l   m o t i o n   o f   t h e   i n t e r n a l   o r g a n s .   W e   a l s o   i m p l e m e n t e d   t w o   v e r s i o n s   o f   a   p u b l i s h e d   r e g i s t r a t i o n - b a s e d   m e t h o d ,   t h a t   r e q u i r e   i m a g e   r e c o n s t r u c t i o n .   T h e   m e t h o d s   w e r e   f i r s t   a p p l i e d   o n   X C A T   s i m u l a t i o n s ,   a n d   l a t e r   e v a l u a t e d   o n   c a n c e r   p a t i e n t   d a t a s e t s   m o n i t o r e d   b y   t h e   V a r i a n   R e a l - t i m e   P o s i t i o n   M a n a g e m e n t   ( T M )   ( R P M )   d e v i c e ,   s e l e c t i n g   t h e   l o w e r   c h e s t   b e d   p o s i t i o n s .   F o r   e a c h   p a t i e n t   d i f f e r e n t   t i m e   i n t e r v a l s   w e r e   e v a l u a t e d   r a n g i n g   f r o m   5 0   t o   3 0 0   s   i n   d u r a t i o n .   T h e   n o v e l   m e t h o d s   p r o v e d   t o   b e   g e n e r a l l y   m o r e   a c c u r a t e   t h a n   t h e   r e g i s t r a t i o n - b a s e d   o n e s   i n   d e t e c t i n g   t h e   c o r r e c t   s i g n   o f   t h e   r e s p i r a t o r y   s i g n a l ,   a n d   t h e i r   f a i l u r e   r a t e s   a r e   l o w e r   t h a n   3 %   w h e n   t h e   D D   s i g n a l   i s   h i g h l y   c o r r e l a t e d   w i t h   t h e   R P M .   T h e y   a l s o   h a v e   t h e   a d v a n t a g e   o f   f a s t e r   c o m p u t a t i o n   t i m e ,   a v o i d i n g   r e c o n s t r u c t i o n .   M o r e o v e r ,   C o r r W e i g h t s   i s   n o t   s p e c i f i c a l l y   r e l a t e d   t o   P C A   a n d   c o n s i d e r i n g   i t s   s i m p l e   i m p l e m e n t a t i o n ,   i t   c o u l d   e a s i l y   b e   a p p l i e d   t o g e t h e r   w i t h   a n y   D D   m e t h o d   i n   c l i n i c a l   p r a c t i c e . 	 [ B e r t o l l i ,   O t t a v i a ;   H u t t o n ,   B r i a n   F . ;   T h i e l e m a n s ,   K r i s ]   U C L ,   I n s t   N u c l   M e d ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ A r r i d g e ,   S i m o n ]   U C L ,   D e p t   C o m p   S c i ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ W o l l e n w e b e r ,   S c o t t   D . ;   S t e a r n s ,   C h a r l e s   W . ]   G E   H e a l t h c a r e ,   W a u k e s h a ,   W I   U S A 	 B e r t o l l i ,   O   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U C L ,   I n s t   N u c l   M e d ,   L o n d o n ,   E n g l a n d . 	 o t t a v i a . b e r t o l l i . 1 3 @ u c l . a c . u k 	 	 	 E P S R C   I n d u s t r i a l   C A S E   [ 1 3 2 2 0 0 9 3 ] ;   G E   H e a l t h c a r e ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h ;   U n i v e r s i t y   C o l l e g e   L o n d o n   H o s p i t a l s   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C e n t r e 	 T h i s   p r o j e c t   i s   s u p p o r t e d   b y   E P S R C   I n d u s t r i a l   C A S E   s t u d e n t s h i p   1 3 2 2 0 0 9 3 ,   c o - s p o n s o r e d   b y   G E   H e a l t h c a r e ,   a n d   b y   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h ,   U n i v e r s i t y   C o l l e g e   L o n d o n   H o s p i t a l s   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C e n t r e . 	 B a i l e y   D   L ,   2 0 0 5 ,   P O S I T R O N   E M I S S I O N   T O ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 1 - 8 4 6 2 8 - 0 0 7 - 9 _ 3 ;   B e t t i n a r d i   V ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 5 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 6 3 5 2 2 0 ;   B o u c h e r   L ,   2 0 0 4 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 5 ,   P 2 1 4 ;   B u t h e r   F ,   2 0 0 9 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 0 ,   P 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 0 8 . 0 5 9 2 0 4 ;   B u n d s c h u h   R A ,   2 0 0 7 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 8 ,   P 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 0 6 . 0 3 5 2 7 9 ;   D A U B E W I T H E R S P O O N   M E ,   1 9 8 7 ,   J   N U C L   M E D ,   V 2 8 ,   P 1 7 1 7 ;   E r d i   Y E ,   2 0 0 4 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 5 ,   P 1 2 8 7 ;   F a y a d   H ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 3 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 8 9 1 3 1 ;   F i n   L ,   2 0 0 8 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 5 ,   P 1 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 0 8 - 0 8 5 8 - 2 ;   F R E E M A N   M F ,   1 9 5 0 ,   A N N   M A T H   S T A T ,   V 2 1 ,   P 6 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o m s / 1 1 7 7 7 2 9 7 5 6 ;   G u i v a r c ' h   O ,   2 0 0 4 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 5 3 7 0 ,   P 1 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 5 3 6 3 2 9 ;   H e   J F ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   N U C L   S C I ,   V 5 5 ,   P 2 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N S . 2 0 0 8 . 2 0 0 1 1 8 7 ;   I o n a s c u   D ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 3 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 7 7 9 9 4 1 ;   K e s n e r   A d a m   L ,   2 0 1 4 ,   E J N M M I   P h y s ,   V 1 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 2 1 9 7 - 7 3 6 4 - 1 - 8 ;   K e s n e r   A L ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 5 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 4 8 3 7 8 4 ;   L i u   C ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 7 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 2 4 / 0 0 7 ;   N e h m e h   S A ,   2 0 0 3 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 4 ,   P 1 6 4 4 ;   N e h m e h   S A ,   2 0 0 2 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 3 ,   P 8 7 6 ;   N e h m e h   S A ,   2 0 0 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 9 ,   P 3 6 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 4 4 8 8 2 4 ,   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 4 8 8 2 4 ] ;   O t a n i   Y ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 6 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 1 2 7 9 8 ;   O z h a s o g l u   C ,   2 0 0 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 2 ,   P 1 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 0 1 ) 0 2 7 8 9 - 4 ;   P e a r s o n   K ,   1 9 0 1 ,   P H I L O S   M A G ,   V 2 ,   P 5 5 9 ;   P e p i n   A ,   2 0 1 4 ,   N U C L   M E D   C O M M U N ,   V 3 5 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M N M . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 8 ;   R a h m i m   A r m a n ,   2 0 0 7 ,   P E T   C l i n ,   V 2 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c p e t . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 0 2 ;   R i e d e l   M ,   2 0 0 6 ,   R E S P   M O T I O N   E S T I M A T I ;   S c h l e y e r   P J ,   2 0 1 1 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 6 ,   P 3 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 6 / 1 3 / 0 1 3 ;   S c h l e y e r   P J ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 1 9 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 7 / 0 0 5 ;   S e g a r s   W P ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 4 9 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 4 8 0 9 8 5 ;   T e r a s   M ,   2 0 0 7 ,   J   C H E M   S O C ,   V 3 4 ,   P 1 6 8 3 ;   T h i e l e m a n s   K ,   2 0 1 4 ,   I E E E   N U C L   S C I   S   M E D ,   P 1 ;   T h i e l e m a n s   K ,   2 0 1 1 ,   I E E E   N U C L   S C I   C O N F   R ,   P 3 9 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / N S S M I C . 2 0 1 1 . 6 1 5 3 7 4 2 ;   T h i e l e m a n s   K ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 4 / 8 6 7 ;   V i s v i k i s   D ,   2 0 0 6 ,   N U C L   I N S T R U M   M E T H   A ,   V 5 6 9 ,   P 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n i m a . 2 0 0 6 . 0 8 . 1 5 3 ;   V i s v i k i s   D ,   2 0 0 3 ,   N U C L   S C I   S   C   R E C   P O R ,   V 5 ,   P 3 2 7 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / N S S M I C . 2 0 0 3 . 1 3 5 2 5 9 6 ;   W a c h i n g e r   C ,   2 0 1 2 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 6 ,   P 8 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 8 	 3 5 	 0 	 0 	 7 	 7 	 I O P   P U B L I S H I N G   L T D 	 B R I S T O L 	 T E M P L E   C I R C U S ,   T E M P L E   W A Y ,   B R I S T O L   B S 1   6 B E ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 9 1 5 5 	 1 3 6 1 - 6 5 6 0 	 	 P H Y S   M E D   B I O L 	 P h y s .   M e d .   B i o l . 	 A P R   2 1 	 2 0 1 7 	 6 2 	 8 	 	 	 	 	 	 	 	 1 0 . 1 0 8 8 / 1 3 6 1 - 6 5 6 0 / a a 6 0 5 2 	 	 1 7 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E Q 2 M H 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 9 0 3 0 0 0 0 0 2 	 	 
 
 J 	 D a l l e a u ,   K ;   M a r z o u g u i ,   Y ;   D a   S i l v a ,   S ;   R i n g o t ,   P ;   N d i a y e ,   N C ;   C o u l e t ,   A 	 	 	 	 D a l l e a u ,   K e v i n ;   M a r z o u g u i ,   Y a s s i n e ;   D a   S i l v a ,   S e b a s t i e n ;   R i n g o t ,   P a t r i c e ;   N d i a y e ,   N d e y e   C o u m b a ;   C o u l e t ,   A d r i e n 	 	 	 L e a r n i n g   f r o m   b i o m e d i c a l   l i n k e d   d a t a   t o   s u g g e s t   v a l i d   p h a r m a c o g e n e s 	 J O U R N A L   O F   B I O M E D I C A L   S E M A N T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L i n k e d   d a t a ;   P h a r m a c o g e n o m i c s ;   D a t a   m i n i n g ;   K n o w l e d g e   d i s c o v e r y   f r o m   d a t a b a s e s ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   V a l i d   p h a r m a c o g e n e s 	 C E L L   L U N G - C A N C E R ;   S E M A N T I C   W E B ;   P E R S O N A L I Z E D   M E D I C I N E ;   K N O W L E D G E   D I S C O V E R Y ;   L I F E   S C I E N C E S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   R E S O U R C E ;   D R U G S ;   E G F R 	 B a c k g r o u n d :   A   s t a n d a r d   t a s k   i n   p h a r m a c o g e n o m i c s   r e s e a r c h   i s   i d e n t i f y i n g   g e n e s   t h a t   m a y   b e   i n v o l v e d   i n   d r u g   r e s p o n s e   v a r i a b i l i t y ,   i . e . ,   p h a r m a c o g e n e s .   B e c a u s e   g e n o m i c   e x p e r i m e n t s   t e n d e d   t o   g e n e r a t e   m a n y   f a l s e   p o s i t i v e s ,   c o m p u t a t i o n a l   a p p r o a c h e s   b a s e d   o n   t h e   u s e   o f   b a c k g r o u n d   k n o w l e d g e   h a v e   b e e n   p r o p o s e d .   U n t i l   n o w ,   o n l y   m o l e c u l a r   n e t w o r k s   o r   t h e   b i o m e d i c a l   l i t e r a t u r e   w e r e   u s e d ,   w h e r e a s   m a n y   o t h e r   r e s o u r c e s   a r e   a v a i l a b l e .   M e t h o d :   W e   p r o p o s e   h e r e   t o   c o n s u m e   a   d i v e r s e   a n d   l a r g e r   s e t   o f   r e s o u r c e s   u s i n g   l i n k e d   d a t a   r e l a t e d   e i t h e r   t o   g e n e s ,   d r u g s   o r   d i s e a s e s .   O n e   o f   t h e   a d v a n t a g e s   o f   l i n k e d   d a t a   i s   t h a t   t h e y   a r e   b u i l t   o n   a   s t a n d a r d   f r a m e w o r k   t h a t   f a c i l i t a t e s   t h e   j o i n t   u s e   o f   v a r i o u s   s o u r c e s ,   a n d   t h u s   f a c i l i t a t e s   c o n s i d e r i n g   f e a t u r e s   o f   v a r i o u s   o r i g i n s .   W e   p r o p o s e   a   s e l e c t i o n   a n d   l i n k a g e   o f   d a t a   s o u r c e s   r e l e v a n t   t o   p h a r m a c o g e n o m i c s ,   i n c l u d i n g   f o r   e x a m p l e   D i s G e N E T   a n d   C l i n v a r .   W e   u s e   m a c h i n e   l e a r n i n g   t o   i d e n t i f y   a n d   p r i o r i t i z e   p h a r m a c o g e n e s   t h a t   a r e   t h e   m o s t   p r o b a b l y   v a l i d ,   c o n s i d e r i n g   t h e   s e l e c t e d   l i n k e d   d a t a .   T h i s   i d e n t i f i c a t i o n   r e l i e s   o n   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   g e n e - d r u g   p a i r s   a s   e i t h e r   p h a r m a c o g e n o m i c a l l y   a s s o c i a t e d   o r   n o t   a n d   w a s   e x p e r i m e n t e d   w i t h   t w o   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d s   - r a n d o m   f o r e s t   a n d   g r a p h   k e r n e l - ,   w h i c h   r e s u l t s   a r e   c o m p a r e d   i n   t h i s   a r t i c l e .   R e s u l t s :   W e   a s s e m b l e d   a   s e t   o f   l i n k e d   d a t a   r e l a t i v e   t o   p h a r m a c o g e n o m i c s ,   o f   2 , 6 1 0 , 7 9 3   t r i p l e s ,   c o m i n g   f r o m   s i x   d i s t i n c t   r e s o u r c e s .   L e a r n i n g   f r o m   t h e s e   d a t a ,   r a n d o m   f o r e s t   e n a b l e s   i d e n t i f y i n g   v a l i d   p h a r m a c o g e n e s   w i t h   a   F - m e a s u r e   o f   0 . 7 3 ,   o n   a   1 0   f o l d s   c r o s s - v a l i d a t i o n ,   w h e r e a s   g r a p h   k e r n e l   a c h i e v e s   a   F - m e a s u r e   o f   0 . 8 1 .   A   l i s t   o f   t o p   c a n d i d a t e s   p r o p o s e d   b y   b o t h   a p p r o a c h e s   i s   p r o v i d e d   a n d   t h e i r   o b t e n t i o n   i s   d i s c u s s e d . 	 [ D a l l e a u ,   K e v i n ;   M a r z o u g u i ,   Y a s s i n e ;   D a   S i l v a ,   S e b a s t i e n ;   R i n g o t ,   P a t r i c e ;   C o u l e t ,   A d r i e n ]   U n i v   L o r r a i n e ,   L O R I A ,   C N R S ,   I n r i a   N a n c y   G r a n d   E s t ,   C a m p u s   S c i ,   N a n c y ,   F r a n c e ;   [ M a r z o u g u i ,   Y a s s i n e ]   E c o l e   N a t l   S u p e r   M i n e s ,   C a m p u s   A r t e m ,   N a n c y ,   F r a n c e ;   [ N d i a y e ,   N d e y e   C o u m b a ]   U n i v   L o r r a i n e ,   I N S E R M ,   U M R   I G E   P C V   U 1 1 2 2 ,   3 0   R u e   L i o n n o i s ,   N a n c y ,   F r a n c e 	 C o u l e t ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   L o r r a i n e ,   L O R I A ,   C N R S ,   I n r i a   N a n c y   G r a n d   E s t ,   C a m p u s   S c i ,   N a n c y ,   F r a n c e . 	 a d r i e n . c o u l e t @ l o r i a . f r 	 	 	 P r a c t i K P h a r m a   p r o j e c t   -   F r e n c h   N a t i o n a l   R e s e a r c h   A g e n c y   [ A N R - 1 5 - C E 2 3 - 0 0 2 8 ] ;   S n o w f l a k e 	 T h i s   p r o j e c t   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   P r a c t i K P h a r m a   p r o j e c t ,   g r a n t   A N R - 1 5 - C E 2 3 - 0 0 2 8 ,   f u n d e d   b y   t h e   F r e n c h   N a t i o n a l   R e s e a r c h   A g e n c y   ( h t t p : / / p r a c t i k p h a r m a . l o r i a . f r / )   a n d   b y   S n o w f l a k e ,   a n   I n r i a   a s s o c i a t e   t e a m   ( h t t p : / / s n o w f l a k e . l o r i a . f r / ) . 	 A m o r e s   J ,   2 0 1 3 ,   A R T I F   I N T E L L ,   V 2 0 1 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t i n t . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 3 ;   A n t e z a n a   E ,   2 0 0 9 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 0 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b p 0 2 4 ;   B i c e r   V ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 6 4 3 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 1 0 3 4 - 1 _ 4 ;   B I Z E R   C ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   S E M A N T   W E B   I N F ,   V 5 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 4 0 1 8 / J S W I S . 2 0 0 9 0 8 1 9 0 1 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e n n i n k m e i j e r   C Y A ,   2 0 1 3 ,   C E U R   W O R K S H O P   P ;   C a l l a h a n   A . ,   2 0 1 3 ,   L N C S ,   V 7 8 8 2 ,   P 2 0 0 ;   C a w l e y   G C ,   2 0 1 0 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 1 ,   P 2 0 7 9 ;   C o u l e t   A ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   S E M A N T ,   V 2 ,   P 1 0 ;   C o u l e t   A ,   2 0 1 1 ,   A D V   E X P   M E D   B I O L ,   V 6 9 6 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 4 1 9 - 7 0 4 6 - 6 _ 3 6 ;   D a l l e a u   K . ,   B I O J P 2 R D F   T O O L   R D F I Z ;   D a l l e a u   K ,   2 0 1 5 ,   P   8   S E M   W E B   A P P L   T O O ,   P 4 9 ;   D a t a 2 S e m a n t i c s ,   M U S T   M A C H   L E A R N   U S   S ;   d e   M e l l o   R A ,   2 0 1 3 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S ,   V 1 4 ,   P 1 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / p g s . 1 3 . 1 7 7 ;   d e   V r i e s   G . K . D . ,   2 0 1 3 ,   L N C S   L N A I ,   V 8 1 8 8 ,   P 6 0 6 ;   d e   V r i e s   G . K . D ,   2 0 1 5 ,   W E B   S E M A N T   S C I   S E R V ,   V 3 5 ,   P 7 1 ;   B i o 2 R D F   p r o j e c t ,   D R U G B A N K   E N D P ;   D u m o n t i e r   M ,   2 0 0 9 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 0 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b n 0 5 6 ;   F u n k   C h r i s t o p h e r   S ,   2 0 1 4 ,   P a c   S y m p   B i o c o m p u t ,   P 3 2 8 ;   G a r t e n   Y ,   2 0 1 0 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S ,   V 1 1 ,   P 1 4 6 7 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / p g s . 1 0 . 1 3 6 ,   1 0 . 2 2 1 7 / P G S . 1 0 . 1 3 6 ] ;   G a r t e n   Y a e l ,   2 0 1 0 ,   P a c   S y m p   B i o c o m p u t ,   P 3 0 5 ;   G o o d   B M ,   2 0 0 6 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 7 ,   P 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b l 0 2 5 ;   H a n s e n   N ,   2 0 0 9 ,   C L I N   P H A R M   T H E R ,   V 8 6 ;   H e i m   P ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 0 8 8 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 1 3 4 8 6 - 9 _ 2 1 ;   H o e h n d o r f   R ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 2 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 3 5 0 ;   H u a n g   Y ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   V 7 4 8 9 ,   P 9 2 ;   I m a n i s h i   T ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p W 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 3 5 5 ;   I o a n n i d i s   J P A ,   2 0 1 3 ,   C I R C - C A R D I O V A S C   G E N E ,   V 6 ,   P 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C G E N E T I C S . 1 1 3 . 0 0 0 1 0 6 ;   J u p p   S ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 1 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 7 6 5 ;   K i m   H K ,   2 0 1 2 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S   J ,   V 1 2 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / t p j . 2 0 1 0 . 8 7 ;   K i n j o   A R ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p D 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 8 1 1 ;   K o n d o r   R . ,   2 0 0 2 ,   I C M L ,   V 2 0 0 2 ,   P 3 1 5 ;   K u h n   M ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   p D 1 0 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 0 7 5 ;   K u h n   M ,   2 0 1 0 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 0 9 . 9 8 ;   L a n d r u m   M J ,   N U C L   A C I D S   R E S ;   L e i s t n e r   C ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 3 1 6 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 1 5 5 6 7 - 3 _ 3 ;   L o s c h   U . ,   2 0 1 2 ,   L N C S ,   V 7 2 9 5 ,   P 1 3 4 ;   M a r s h a l l   M . S . ,   2 0 1 2 ,   W E B   S E M A N T I C S   S C I   S E ,   V 1 4 ,   P 2 ;   M a r z o u g u i   Y . ,   P G X   L O D   M I N I N G   A D A P T ;   M a y o   C ,   2 0 1 2 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S ,   V 1 3 ,   P 7 8 9 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / p g s . 1 2 . 5 4 ,   1 0 . 2 2 1 7 / P G S . 1 2 . 5 4 ] ;   O k a b e   T ,   2 0 0 8 ,   M O L   C A N C E R   T H E R ,   V 7 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 5 - 7 1 6 3 . M C T - 0 7 - 0 5 6 7 ;   P e r c h a   B ,   2 0 1 2 ,   P A C   S   B I O C O M P U T ,   V 2 0 1 2 ,   P 4 1 0 ;   P h a r m G K B ,   L E V   E V   A N N ;   B i o 2 R D F   p r o j e c t ,   P H A R M G K B   E N D P ;   P i n e r o   J ,   2 0 1 5 ,   D A T A B A S E - O X F O R D ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / d a t a b a s e / b a v 0 2 8 ;   S a i g o   H ,   2 0 0 9 ,   M A C H   L E A R N ,   V 7 5 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 8 - 5 0 8 9 - z ;   S a m w a l d   M ,   2 0 1 2 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S ,   V 1 3 ,   P 2 0 1 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / p g s . 1 1 . 1 7 9 ,   1 0 . 2 2 1 7 / P G S . 1 1 . 1 7 9 ] ;   S a m w a l d   M ,   2 0 1 1 ,   J   C H E M I N F O R M A T I C S ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 8 - 2 9 4 6 - 3 - 1 9 ;   S a t o   Y ,   2 0 1 1 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 6 ,   P 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 0 0 f 4 1 5 ;   B i o 2 R D F   p r o j e c t ,   S I D E R   E N D P ;   T h o r   A ,   2 0 1 1 ,   P   1 0   I N T   C   S E M   W E B   I ,   P 7 1 4 ;   V o l z   J ,   2 0 0 9 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 5 8 2 3 ,   P 6 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 0 4 9 3 0 - 9 _ 4 1 ;   W a g n e r   A H ,   N U C L   A C I D S   R E S ;   W h i r l - C a r r i l l o   M ,   2 0 1 2 ,   C L I N   P H A R M A C O L   T H E R ,   V 9 2 ,   P 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c l p t . 2 0 1 2 . 9 6 ;   W i s h a r t   D S ,   2 0 0 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   p D 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 9 5 8 ;   X i e   H ,   2 0 0 5 ,   P E R S   M E D ,   V 2 ,   P 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / 1 7 4 1 0 5 4 1 . 2 . 4 . 3 2 5 ;   Y a n   X F ,   2 0 0 2 ,   2 0 0 2   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   D A T A   M I N I N G ,   P R O C E E D I N G S ,   P 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 0 2 . 1 1 8 4 0 3 8 ;   Z e n g   K ,   2 0 0 7 ,   P   1 2   W O R L D   C   H L T H   M E ,   P 3 8 6 ;   Z i n e h   I ,   2 0 1 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 9 ,   P 2 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M p 1 3 1 4 5 2 9 	 5 9 	 0 	 0 	 4 	 4 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 2 0 4 1 - 1 4 8 0 	 	 	 J   B I O M E D   S E M A N T 	 J .   B i o m e d .   S e m a n t . 	 A P R   2 0 	 2 0 1 7 	 8 	 	 	 	 	 	 	 	 1 6 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 3 2 6 - 0 1 7 - 0 1 2 5 - 1 	 	 1 2 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E S 8 E O 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 7 8 6 2 0 0 0 0 1 	 2 8 4 2 7 4 6 8 	 
 
 J 	 C i o m p i ,   F ;   C h u n g ,   K ;   v a n   R i e l ,   S J ;   S e t i o ,   A A A ;   G e r k e ,   P K ;   J a c o b s ,   C ;   S c h o l t e n ,   E T ;   S c h a e f e r - P r o k o p ,   C ;   W i l l e ,   M M W ;   M a r c h i a n o ,   A ;   P a s t o r i n o ,   U ;   P r o k o p ,   M ;   v a n   G i n n e k e n ,   B 	 	 	 	 C i o m p i ,   F r a n c e s c o ;   C h u n g ,   K a m a n ;   v a n   R i e l ,   S a r a h   J . ;   S e t i o ,   A r n a u d   A r i n d r a   A d i y o s o ;   G e r k e ,   P a u l   K . ;   J a c o b s ,   C o l i n ;   S c h o l t e n ,   E r n s t   T h . ;   S c h a e f e r - P r o k o p ,   C o r n e l i a ;   W i l l e ,   M a t h i l d e   M .   W . ;   M a r c h i a n o ,   A l f o n s o ;   P a s t o r i n o ,   U g o ;   P r o k o p ,   M a t h i a s ;   v a n   G i n n e k e n ,   B r a m 	 	 	 T o w a r d s   a u t o m a t i c   p u l m o n a r y   n o d u l e   m a n a g e m e n t   i n   l u n g   c a n c e r   s c r e e n i n g   w i t h   d e e p   l e a r n i n g 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 C O N V O L U T I O N A L   N E U R A L - N E T W O R K ;   C T   I M A G E S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   T R I A L ;   S C A N S 	 T h e   i n t r o d u c t i o n   o f   l u n g   c a n c e r   s c r e e n i n g   p r o g r a m s   w i l l   p r o d u c e   a n   u n p r e c e d e n t e d   a m o u n t   o f   c h e s t   C T   s c a n s   i n   t h e   n e a r   f u t u r e ,   w h i c h   r a d i o l o g i s t s   w i l l   h a v e   t o   r e a d   i n   o r d e r   t o   d e c i d e   o n   a   p a t i e n t   f o l l o w - u p   s t r a t e g y .   A c c o r d i n g   t o   t h e   c u r r e n t   g u i d e l i n e s ,   t h e   w o r k u p   o f   s c r e e n - d e t e c t e d   n o d u l e s   s t r o n g l y   r e l i e s   o n   n o d u l e   s i z e   a n d   n o d u l e   t y p e .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   p r e s e n t   a   d e e p   l e a r n i n g   s y s t e m   b a s e d   o n   m u l t i - s t r e a m   m u l t i - s c a l e   c o n v o l u t i o n a l   n e t w o r k s ,   w h i c h   a u t o m a t i c a l l y   c l a s s i f i e s   a l l   n o d u l e   t y p e s   r e l e v a n t   f o r   n o d u l e   w o r k u p .   T h e   s y s t e m   p r o c e s s e s   r a w   C T   d a t a   c o n t a i n i n g   a   n o d u l e   w i t h o u t   t h e   n e e d   f o r   a n y   a d d i t i o n a l   i n f o r m a t i o n   s u c h   a s   n o d u l e   s e g m e n t a t i o n   o r   n o d u l e   s i z e   a n d   l e a r n s   a   r e p r e s e n t a t i o n   o f   3 D   d a t a   b y   a n a l y z i n g   a n   a r b i t r a r y   n u m b e r   o f   2 D   v i e w s   o f   a   g i v e n   n o d u l e .   T h e   d e e p   l e a r n i n g   s y s t e m   w a s   t r a i n e d   w i t h   d a t a   f r o m   t h e   I t a l i a n   M I L D   s c r e e n i n g   t r i a l   a n d   v a l i d a t e d   o n   a n   i n d e p e n d e n t   s e t   o f   d a t a   f r o m   t h e   D a n i s h   D L C S T   s c r e e n i n g   t r i a l .   W e   a n a l y z e   t h e   a d v a n t a g e   o f   p r o c e s s i n g   n o d u l e s   a t   m u l t i p l e   s c a l e s   w i t h   a   m u l t i - s t r e a m   c o n v o l u t i o n a l   n e t w o r k   a r c h i t e c t u r e ,   a n d   w e   s h o w   t h a t   t h e   p r o p o s e d   d e e p   l e a r n i n g   s y s t e m   a c h i e v e s   p e r f o r m a n c e   a t   c l a s s i f y i n g   n o d u l e   t y p e   t h a t   s u r p a s s e s   t h e   o n e   o f   c l a s s i c a l   m a c h i n e   l e a r n i n g   a p p r o a c h e s   a n d   i s   w i t h i n   t h e   i n t e r - o b s e r v e r   v a r i a b i l i t y   a m o n g   f o u r   e x p e r i e n c e d   h u m a n   o b s e r v e r s . 	 [ C i o m p i ,   F r a n c e s c o ;   C h u n g ,   K a m a n ;   v a n   R i e l ,   S a r a h   J . ;   S e t i o ,   A r n a u d   A r i n d r a   A d i y o s o ;   G e r k e ,   P a u l   K . ;   J a c o b s ,   C o l i n ;   S c h o l t e n ,   E r n s t   T h . ;   S c h a e f e r - P r o k o p ,   C o r n e l i a ;   P r o k o p ,   M a t h i a s ;   v a n   G i n n e k e n ,   B r a m ]   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   M e d   C t r ,   D i a g n o s t   I m a g e   A n a l   G r p ,   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s ;   [ C i o m p i ,   F r a n c e s c o ]   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   M e d   C t r ,   D e p t   P a t h o l ,   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s ;   [ W i l l e ,   M a t h i l d e   M .   W . ]   G e n t o f t e   U n i v   H o s p ,   D e p t   R e s p   M e d ,   C o p e n h a g e n ,   D e n m a r k ;   [ M a r c h i a n o ,   A l f o n s o ;   P a s t o r i n o ,   U g o ]   F d n   I R C C S   I s t   N a z l   T u m o r ,   M i l a n ,   I t a l y 	 C i o m p i ,   F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   M e d   C t r ,   D i a g n o s t   I m a g e   A n a l   G r p ,   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s . ;   C i o m p i ,   F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   M e d   C t r ,   D e p t   P a t h o l ,   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s . 	 f r a n c e s c o . c i o m p i @ r a d b o u d u m c . n l 	 	 	 N e t h e r l a n d s   O r g a n i z a t i o n   f o r   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h ,   p r o j e c t   [ 6 3 9 . 0 2 3 . 2 0 7 ] ;   I t a l i a n   A s s o c i a t i o n   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h   ( A I R C )   [ 1 1 9 9 1 ] ;   s p e c i a l   p r o g r a m   I n n o v a t i v e   T o o l s   f o r   C a n c e r   R i s k   A s s e s s m e n t   a n d   e a r l y   D i a g n o s i s   [ 1 2 1 6 2 ] ;   I t a l i a n   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   [ R F - 2 0 1 0 ] 	 T h i s   p r o j e c t   w a s   f u n d e d   b y   a   r e s e a r c h   g r a n t   f r o m   t h e   N e t h e r l a n d s   O r g a n i z a t i o n   f o r   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h ,   p r o j e c t   n u m b e r   6 3 9 . 0 2 3 . 2 0 7 .   T h e   M I L D   p r o j e c t   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   f r o m   t h e   I t a l i a n   A s s o c i a t i o n   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h   ( A I R C ) :   I G   r e s e a r c h   g r a n t   1 1 9 9 1   a n d   t h e   s p e c i a l   p r o g r a m   I n n o v a t i v e   T o o l s   f o r   C a n c e r   R i s k   A s s e s s m e n t   a n d   e a r l y   D i a g n o s i s ,   5   1 0 0 0 ,   N o .   1 2 1 6 2 ;   I t a l i a n   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   ( R F - 2 0 1 0 ) .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   N V I D I A   C o r p o r a t i o n   f o r   t h e   d o n a t i o n   o f   a   G e F o r c e   G T X   T i t a n   X   g r a p h i c s   c a r d   u s e d   i n   t h e   e x p e r i m e n t s . 	 A b e r l e   D R ,   2 0 1 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 5 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 1 0 2 8 7 3 ;   A n t h i m o p o u l o s   M ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 5 8 6 5 ;   B a s t i e n   F . ,   2 0 1 2 ,   D E E P   L E A R N   U N S   F E A T ;   C i o m p i   F . ,   2 0 1 5 ,   P   S P I E ,   V 9 4 1 4 ;   C i o m p i   F ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 6 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 1 ;   C i o m p i   F ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 9 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 7 1 8 2 1 ;   C o a t e s   A . ,   2 0 1 1 ,   A I S T A T S ;   d e   H o o p   B ,   2 0 1 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 5 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 1 2 3 5 1 ;   d e   K o n i n g   H .   J . ,   2 0 1 3 ,   A N N   I N T E R N A L   M E D ;   F a r a g   A m a l ,   2 0 1 0 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 3 ,   P 6 2 6 ;   G l o r o t   X . ,   2 0 1 0 ,   I N T   C   A R T   I N T   S T A T ,   P 2 4 9 ;   H e n s c h k e   C I ,   2 0 0 2 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 7 8 ,   P 1 0 5 3 ;   J a c o b s   C ,   2 0 1 5 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 5 0 ,   P 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 1 ;   J a c o b s   C ,   2 0 1 4 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 8 ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 0 1 ;   K i n g m a   D . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 4 1 2 6 9 8 0 ;   K r i z h e v s k y   A . ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R   I N F   P R O C   S Y ,   V 2 5 ,   P 1 0 9 7 ;   K u h n i g k   J M ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 6 . 8 7 1 5 4 7 ;   L e c u n   Y ,   1 9 9 8 ,   P   I E E E ,   V 8 6 ,   P 2 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 7 2 6 7 9 1 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   M c W i l l i a m s   A ,   2 0 1 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 9 ,   P 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 1 4 7 2 6 ;   M e s s a y   T ,   2 0 1 0 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 4 ,   P 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 4 ;   P a s t o r i n o   U ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   C A N C E R   P R E V ,   V 2 1 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / C E J . 0 b 0 1 3 e 3 2 8 3 5 1 e 1 b 6 ;   P e d e r s e n   J H ,   2 0 0 9 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 4 ,   P 6 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 a 0 d 9 8 f ;   S c h m i d h u b e r   J ,   2 0 1 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 6 1 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 3 ;   S e r m a n e t   P . ,   2 0 1 4 ,   I N T   C   L E A R N   R E P R   I C L ;   S e t i o   A A A ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 5 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 9 5 6 2 ;   S e t i o   A A A ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 6 8 0 9 ;   S i m o n y a n   K . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 9 1 5 5 6 ;   S z e g e d y   C . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 9 4 8 4 2 V 1 ,   p [ 1 ,   6 ] ;   S e b a s t i a n   R o b e r t o   T a r a n d o   A .   F . ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G I N G ;   v a n   G i n n e k e n   B ,   2 0 1 5 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 5 . 7 1 6 3 8 6 9 ;   v a n   R i e l   S J ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 7 ,   P 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 5 1 4 2 7 0 0 ;   v a n   d e r   M a a t e n   L . ,   2 0 0 8 ,   V I S U A L I Z I N G   D A T A   U S I ,   P 2 5 7 9 ;   W i l l e   M M W ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 3 0 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 3 6 8 9 - 0 	 3 4 	 0 	 0 	 5 	 5 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 A P R   1 9 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 6 4 7 9 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 6 4 7 9 	 	 1 0 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E S 4 Y X 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 5 4 3 9 0 0 0 0 1 	 2 8 4 2 2 1 5 2 	 
 
 J 	 C r u z - R o a ,   A ;   G i l m o r e ,   H ;   B a s a v a n h a l l y ,   A ;   F e l d m a n ,   M ;   G a n e s a n ,   S ;   S h i h ,   N N C ;   T o m a s z e w s k i ,   J ;   G o n z a l e z ,   F A ;   M a d a b h u s h i ,   A 	 	 	 	 C r u z - R o a ,   A n g e l ;   G i l m o r e ,   H a n n a h ;   B a s a v a n h a l l y ,   A j a y ;   F e l d m a n ,   M i c h a e l ;   G a n e s a n ,   S h r i d a r ;   S h i h ,   N a t a l i e   N .   C . ;   T o m a s z e w s k i ,   J o h n ;   G o n z a l e z ,   F a b i o   A . ;   M a d a b h u s h i ,   A n a n t 	 	 	 A c c u r a t e   a n d   r e p r o d u c i b l e   i n v a s i v e   b r e a s t   c a n c e r   d e t e c t i o n   i n   w h o l e - s l i d e   i m a g e s :   A   D e e p   L e a r n i n g   a p p r o a c h   f o r   q u a n t i f y i n g   t u m o r   e x t e n t 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 I N T E R O B S E R V E R   V A R I A B I L I T Y ;   H I S T O P A T H O L O G I C A L   I M A G E S ;   D U C T A L   C A R C I N O M A ;   C E L L   C A R C I N O M A ;   A G R E E M E N T ;   P A T H O L O G Y ;   R I C H A R D S O N ;   D I A G N O S I S ;   F R A M E W O R K ;   S C H E M E 	 W i t h   t h e   i n c r e a s i n g   a b i l i t y   t o   r o u t i n e l y   a n d   r a p i d l y   d i g i t i z e   w h o l e   s l i d e   i m a g e s   w i t h   s l i d e   s c a n n e r s ,   t h e r e   h a s   b e e n   i n t e r e s t   i n   d e v e l o p i n g   c o m p u t e r i z e d   i m a g e   a n a l y s i s   a l g o r i t h m s   f o r   a u t o m a t e d   d e t e c t i o n   o f   d i s e a s e   e x t e n t   f r o m   d i g i t a l   p a t h o l o g y   i m a g e s .   T h e   m a n u a l   i d e n t i f i c a t i o n   o f   p r e s e n c e   a n d   e x t e n t   o f   b r e a s t   c a n c e r   b y   a   p a t h o l o g i s t   i s   c r i t i c a l   f o r   p a t i e n t  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 B r u n s w i c k ,   N J   U S A ;   [ T o m a s z e w s k i ,   J o h n ]   U n i v   B u f f a l o   S t a t e   U n i v   N e w   Y o r k ,   B u f f a l o ,   N Y   U S A ;   [ M a d a b h u s h i ,   A n a n t ]   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 0 6   U S A 	 C r u z - R o a ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   N a c l   C o l o m b i a ,   B o g o t a ,   C o l o m b i a . ;   C r u z - R o a ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   L l a n o s ,   V i l l a v i c e n c i o ,   C o l o m b i a . 	 a a c r u z @ u n i l l a n o s . e d u . c o 	 	 	 D G I - U n i l l a n o s   [ 1 2 2 5 - 5 6 9 - 3 4 9 2 0 ,   0 2 1 3 2 0 1 3 ,   C 0 3 - F 0 2 - 3 5 - 2 0 1 5 ] ;   A d m i n i s t r a t i v e   D e p a r t m e n t   o f   S c i e n c e ,   T e c h n o l o g y   a n d   I n n o v a t i o n   o f   C o l o m b i a   ( C o l c i e n c i a s )   [ 5 2 8 / 2 0 1 1 ] ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ 1 U 2 4 C A 1 9 9 3 7 4 - 0 1 ,   R 0 1 C A 2 0 2 7 5 2 - 0 1 A 1 ,   R 0 1 C A 2 0 8 2 3 6 - 0 1 A 1 ,   R 2 1 C A 1 7 9 3 2 7 - 0 1 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   D i a b e t e s   a n d   D i g e s t i v e   a n d   K i d n e y   D i s e a s e s   [ R 2 1 C A 1 9 5 1 5 2 - 0 1 ,   R 0 1 D K 0 9 8 5 0 3 - 0 2 ] ;   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   R e s e a r c h   R e s o u r c e s   [ 1   C 0 6   R R 1 2 4 6 3 - 0 1 ] ;   P r o s t a t e   C a n c e r   S y n e r g i s t i c   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d   [ P C 1 2 0 8 5 7 ] ;   D O D   L u n g   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   N e w   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   [ L C 1 3 0 4 6 3 ] ;   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d ;   D O D   P e e r   R e v i e w e d   C a n c e r   R e s e a r c h   P r o g r a m   [ W 8 1 X W H - 1 6 - 1 - 0 3 2 9 ] ;   C l e v e l a n d   C l i n i c   t h e   W a l l a c e   H .   C o u l t e r   F o u n d a t i o n   P r o g r a m   i n   t h e   D e p a r t m e n t   o f   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a t   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v e r s i t y ;   N V I D I A 	 T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   f u n d e d   b y   p r o j e c t   n u m b e r s   1 2 2 5 - 5 6 9 - 3 4 9 2 0   t h r o u g h   C o l c i e n c i a s   c o n t r a c t   n u m b e r   0 2 1 3 2 0 1 3 ,   a n d   C 0 3 - F 0 2 - 3 5 - 2 0 1 5   b y   D G I - U n i l l a n o s .   D r .   C r u z - R o a   w a s   s u p p o r t e d   v i a   a   d o c t o r a l   f e l l o w s h i p   g r a n t   f r o m   t h e   A d m i n i s t r a t i v e   D e p a r t m e n t   o f   S c i e n c e ,   T e c h n o l o g y   a n d   I n n o v a t i o n   o f   C o l o m b i a   ( C o l c i e n c i a s )   5 2 8 / 2 0 1 1 .   R e s e a r c h   r e p o r t e d   i n   t h i s   p u b l i c a t i o n   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   u n d e r   a w a r d   n u m b e r s   1 U 2 4 C A 1 9 9 3 7 4 - 0 1 ,   R 0 1 C A 2 0 2 7 5 2 - 0 1 A 1   R 0 1 C A 2 0 8 2 3 6 - 0 1 A 1   R 2 1 C A 1 7 9 3 2 7 - 0 1 ;   R 2 1 C A 1 9 5 1 5 2 - 0 1   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   D i a b e t e s   a n d   D i g e s t i v e   a n d   K i d n e y   D i s e a s e s   u n d e r   a w a r d   n u m b e r   R 0 1 D K 0 9 8 5 0 3 - 0 2 ,   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   R e s e a r c h   R e s o u r c e s   u n d e r   a w a r d   n u m b e r   1   C 0 6   R R 1 2 4 6 3 - 0 1   t h e   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   S y n e r g i s t i c   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d   ( P C 1 2 0 8 5 7 ) ;   t h e   D O D   L u n g   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   N e w   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   ( L C 1 3 0 4 6 3 ) ,   t h e   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d ;   t h e   D O D   P e e r   R e v i e w e d   C a n c e r   R e s e a r c h   P r o g r a m   W 8 1 X W H - 1 6 - 1 - 0 3 2 9   t h e   C a s e   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r   P i l o t   G r a n t   V e l a S a n o   G r a n t   f r o m   t h e   C l e v e l a n d   C l i n i c   t h e   W a l l a c e   H .   C o u l t e r   F o u n d a t i o n   P r o g r a m   i n   t h e   D e p a r t m e n t   o f   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a t   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v e r s i t y .   T h e   c o n t e n t   i s   s o l e l y   t h e   r e s p o n s i b i l i t y   o f   t h e   a u t h o r s   a n d   d o e s   n o t   n e c e s s a r i l y   r e p r e s e n t   t h e   o f f i c i a l   v i e w s   o f   t h e   N a t i o n a l  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 D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 7 6 3 - 5 _ 5 0 ;   A R E V A L O   J O H N ,   2 0 1 4 ,   r e v . f a c . m e d ,   V 2 2 ,   P 7 9 ;   A r e v a l o   J ,   2 0 1 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 4 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 4 ;   B a s a v a n h a l l y   A ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 0 ,   P 2 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 3 . 2 2 4 5 1 2 9 ;   B a s a v a n h a l l y   A j a y ,   2 0 1 1 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 2 ,   p S 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 9 2 0 2 7 ;   B a s a v a n h a l l y   A ,   2 0 1 1 ,   P R O C   S P I E ,   V 7 9 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 8 7 8 0 9 2 ;   B a s a v a n h a l l y   A N ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 5 3 0 5 ;   B e c k   A H ,   2 0 1 1 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 2 5 6 4 ;   B e n g i o   Y o s h u a ,   2 0 0 9 ,   F o u n d a t i o n s   a n d   T r e n d s   i n   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 6 1 / 2 2 0 0 0 0 0 0 0 6 ;   B e n g i o   Y ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 1 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 3 . 5 0 ;   C h i n   L ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 5 ,   P 1 0 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 3 8 5 ;   C i r e s a n   D C ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 1 5 0 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 7 6 3 - 5 _ 5 1 ;   C O H E N   J ,   1 9 6 0 ,   E D U C   P S Y C H O L   M E A S ,   V 2 0 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 1 3 1 6 4 4 6 0 0 2 0 0 0 1 0 4 ;   C o l l o b e r t   R . ,   2 0 1 1 ,   B I G L E A R N ;   C r u z - R o a   A ,   2 0 1 4 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 0 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 4 3 8 7 2 ;   C r u z - R o a   A . ,   2 0 1 4 ,   1 0   I N T   S   M E D   I N F   P R O ;   D a l l e   J R ,   2 0 0 8 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 3 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 8 . 4 6 4 9 8 4 7 ;   D e n g   L ,   2 0 1 4 ,   F D N   T R E N D S   S I G N A L   P R ,   V 7 ,   P 1 9 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 5 6 1 / 2 0 0 0 0 0 0 0 3 9 ;   D e S a n t i s   C ,   2 0 1 1 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 1 ,   P 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 3 4 ;   D I C E   L R ,   1 9 4 5 ,   E C O L O G Y ,   V 2 6 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 9 3 2 4 0 9 ;   D i l l o n   D .   A . ,   2 0 1 0 ,   D I S   B R E A S T ,   P 3 7 4 ;   D o n a h u e   J . ,   2 0 1 4 ,   I N T   C   M A C H   L E A R N   I C M ;   D o r a i   C ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 9 ,   P 1 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 6 2 5 1 1 3 ;   D o y l e   S . ,   2 0 0 6 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 5 0 4 ;   D o y l e   S . ,   2 0 0 8 ,   5   I E E E   I N T   S   B I O M   I M ,   P 4 9 6 ;   D u n d a r   M M ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 8 ,   P 1 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 1 . 2 1 1 0 6 4 8 ;   E L S T O N   C W ,   1 9 9 1 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 1 9 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 1 9 9 1 . t b 0 0 2 2 9 . x ;   F R I E R S O N   H F ,   1 9 9 5 ,   A M   J   C L I N   P A T H O L ,   V 1 0 3 ,   P 1 9 5 ;   F u c h s   T J ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 5 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 6 ;   G e n e s t i e   C ,   1 9 9 8 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   P 5 7 1 ;   G o m e s   D S ,   2 0 1 4 ,   D I A G N   P A T H O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 6 - 1 5 9 6 - 9 - 1 2 1 ;   G u r c a n   M .   N . ,   2 0 0 9 ,   B I O M E D I C A L   E N G   I E E E ,   V 2 ,   P 1 4 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 4 8 6 5 ;   H e   L ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 7 ,   P 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 7 ;   H i n t o n   G .   E . ,   2 0 1 2 ,   A R X I V 1 2 0 7 0 5 8 0 ;   I r s h a d   H u m a y u n ,   2 0 1 3 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 4 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 1 1 2 6 9 5 ;   K o t h a r i   S ,   2 0 1 4 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 8 ,   P 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 3 . 2 2 7 6 7 6 6 ;   K r i z h e v s k y   A ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 2 5 ,   P 1 1 0 6 ;   L A C R O I X T R I K I   M ,   2 0 1 0 ,   T H E   J O U R N A L   O F   P A T H O ,   V 2 2 2 ,   P 2 8 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / P A T H . 2 7 6 3 ;   L e   Q . ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   M A C H   L E A R N ;   L e   Q V ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   9 T H   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   B I O M E D I C A L   I M A G I N G   ( I S B I ) ,   P 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 2 . 6 2 3 5 5 4 4 ;   L e c u n   Y ,   1 9 9 8 ,   P   I E E E ,   V 8 6 ,   P 2 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 7 2 6 7 9 1 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 0 ,   I E E E   I N T   S Y M P   C I R C   S ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S C A S . 2 0 1 0 . 5 5 3 7 9 0 7 ;   L e w i s   J S ,   2 0 1 4 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 3 8 ,   P 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P A S . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 6 ;   L o n g a c r e   T A ,   2 0 0 6 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 1 9 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 3 8 0 0 4 9 6 ;   L u d o v i c   R ,   2 0 1 3 ,   J   P A T H O L   I N F O R M ,   V 4 ,   P 8 ;   M a d a b h u s h i   A . ,   2 0 0 9 ,   I M A G I N G   M E D ,   V 1 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / i i m . 0 9 . 9 ;   M a l o n   C h r i s t o p h e r   D ,   2 0 1 3 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 1 1 2 6 9 4 ;   M o n a c o   J a m e s ,   2 0 1 2 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 5 ,   P 3 6 5 ;   N a i k   S ,   2 0 0 8 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 8 . 4 5 4 0 9 8 8 ;   O t a l o r a   S . ,   2 0 1 5 ,   C O M B I N I N G   U N S U P E R V I S ,   P 5 8 1 ;   P e r e z   A m a n d a   A r a n t e s ,   2 0 1 3 ,   R e v   B r a s   G i n e c o l   O b s t e t ,   V 3 5 ,   P 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 0 1 0 0 - 7 2 0 3 2 0 1 3 0 0 0 4 0 0 0 0 6 ;   V a n   B a a r d w i j k   A ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 8 ,   P 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 6 7 ;   V e t a   M ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 0 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 1 0 ;   V e t a   M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 1 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 4 . 2 3 0 3 8 5 2 ;   V i e r a   A J ,   2 0 0 5 ,   F A M   M E D ,   V 3 7 ,   P 3 6 0 ;   W a n g   H a i b o ,   2 0 1 4 ,   J   M e d   I m a g i n g   ( B e l l i n g h a m ) ,   V 1 ,   P 0 3 4 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J M I . 1 . 3 . 0 3 4 0 0 3 ;   W e a v e r   D L ,   2 0 0 3 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 1 6 ,   P 1 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . M P . 0 0 0 0 0 9 2 9 5 2 . 2 1 7 9 4 . A D ;   W e i n s t e i n   J N ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 7 6 4 	 5 8 	 0 	 0 	 8 	 8 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 A P R   1 8 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 6 4 5 0 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 6 4 5 0 	 	 1 4 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E S 2 N K 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 3 6 5 0 0 0 0 0 1 	 2 8 4 1 8 0 2 7 	 
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 U n i v   T o r o n t o ,   S u n n y b r o o k   R e s   I n s t ,   D e p t   M e d   I m a g i n g ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a ;   [ W o n g ,   A l e x a n d e r ]   U n i v   W a t e r l o o ,   D e p t   S y s t   D e s i g n   E n g n ,   W a t e r l o o ,   O N ,   C a n a d a 	 K h a l v a t i ,   F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T o r o n t o ,   S u n n y b r o o k   R e s   I n s t ,   D e p t   M e d   I m a g i n g ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a . 	 f a r z a d . k h a l v a t i @ s r i . u t o r o n t o . c a 	 	 	 S u n n y b r o o k   R e s e a r c h   S u m m e r   S t u d e n t   A w a r d   P r o g r a m ;   O n t a r i o   I n s t i t u t e   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h   ( O I C R ) 	 T h i s   r e s e a r c h   h a s   b e e n   s u p p o r t e d   b y   S u n n y b r o o k   R e s e a r c h   S u m m e r   S t u d e n t   A w a r d   P r o g r a m   a n d   O n t a r i o   I n s t i t u t e   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h   ( O I C R ) . 	 A e r t s   H J W L ,   2 0 1 4 ,   N A T   C O M M U N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 5 0 0 6 ;   A l - S h a h i b   A l i ,   2 0 0 5 ,   A p p l   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 4 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 6 5 / 0 0 8 2 2 9 4 2 - 2 0 0 5 9 4 0 3 0 - 0 0 0 0 4 ;   A l l e m a n i   C ,   2 0 1 5 ,   L A N C E T ,   V 3 8 5 ,   P 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 4 ) 6 2 0 3 8 - 9 ;   B e r m i n g h a m   M L ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 0 3 1 2 ;   B l a g u s   R ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 1 0 6 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C a m e r o n   A ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 3 ,   P 1 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 5 . 2 4 8 5 7 7 9 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   D y   J G ,   2 0 0 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 5 ,   P 8 4 5 ;   F a w c e t t   T ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 7 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 1 0 ;   F i g u e r o a   R L ,   2 0 1 2 ,   B M C   M E D   I N F O R M   D E C I S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 2 - 6 9 4 7 - 1 2 - 8 ;   F o r t   G ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 1 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 1 1 4 ;   G a n e s h a n   B ,   2 0 1 2 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 2 ,   P 7 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 1 - 2 3 1 9 - 8 ;   G a n e s h a n   B ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   I M A G I N G ,   V 1 0 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 2 / 1 4 7 0 - 7 3 3 0 . 2 0 1 0 . 0 0 2 1 ;   G i l l i e s   R .   J . ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 8 ;   H a i d e r   M A ,   2 0 1 7 ,   C A N C E R   I M A G I N G ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 6 4 4 - 0 1 7 - 0 1 0 6 - 8 ;   H e a r s t   M A ,   1 9 9 8 ,   I E E E   I N T E L L   S Y S T   A P P ,   V 1 3 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 2 5 4 . 7 0 8 4 2 8 ;   H i r a   Z .   M . ,   2 0 1 5 ,   R E V   F E A T U R E   S E L E C T I O ,   V 2 0 1 5 ;   H u a n g   L C ,   2 0 0 9 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 7 6 - 7 - 8 1 ;   H u a n g   Y Q ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 8 1 ,   P 9 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 6 1 5 2 2 3 4 ;   J i a   W u ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 8 1 ;   K h a l v a t i   F ,   2 0 1 5 ,   B M C   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 0 - 0 1 5 - 0 0 6 9 - 9 ;   K o t s i a n t i s   S   B ,   2 0 0 7 ,   I n f o r m a t i c a ,   V 3 1 ,   P 2 4 9 ;   K o t s i a n t i s   S .   B . ,   2 0 0 7 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   R E V ,   P 1 5 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 6 2 - 0 0 7 - 9 0 5 2 - 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 0 4 6 2 - 0 0 7 - 9 0 5 2 - 3 ] ;   K r i z h e v s k y   A . ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 ;   K u h n   M ,   2 0 0 8 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 2 8 ,   P 1 ;   K u m a r   V ,   2 0 1 2 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 1 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 1 0 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 8 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 3 6 ;   L a r r a n   P . ,   2 0 0 7 ,   R E V   F E A T U R E   S E L E C T I O ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ;   M o n t i   S ,   2 0 0 3 ,   M A C H   L E A R N ,   V 5 2 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 3 9 4 9 5 0 9 4 8 7 ;   P a r e k h   V i s h w a ,   2 0 1 6 ,   E x p e r t   R e v   P r e c i s   M e d   D r u g   D e v ,   V 1 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 2 3 8 0 8 9 9 3 . 2 0 1 6 . 1 1 6 4 0 1 3 ;   P a r m a r   C ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 3 0 8 7 ;   P a r m a r   C ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 1 0 4 4 ;   P a r m a r   C ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 2 1 0 7 ;   P r o v o s t   F . ,   2 0 0 0 ,   P   A A A I   2 0 0 0   W O R K S H ,   D O I   1 0 . 1 . 1 . 3 3 . 5 0 7 ;   P y k a   T . ,   2 0 1 5 ,   R A D   O N C O L ,   V 2 2 ;   Z h a n g   J . ,   2 0 1 6 ,   J   C O M P U T   V I S   I M A G I N G ,   V 2 	 3 7 	 0 	 0 	 3 	 3 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 A P R   1 8 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 6 3 4 9 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 6 3 4 9 	 	 8 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E S 5 V Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 6 1 5 4 0 0 0 0 1 	 2 8 4 1 8 0 0 6 	 
 
 J 	 E s k e s ,   M ;   v a n   A l p h e n ,   M J A ;   B a l m ,   A J M ;   S m e e l e ,   L E ;   B r a n d s m a ,   D ;   v a n   d e r   H e i j d e n ,   F 	 	 	 	 E s k e s ,   M e r i j n ;   v a n   A l p h e n ,   M a a r t e n   J .   A . ;   B a l m ,   A l f o n s   J .   M . ;   S m e e l e ,   L u d i   E . ;   B r a n d s m a ,   D i e t a ;   v a n   d e r   H e i j d e n ,   F e r d i n a n d 	 	 	 P r e d i c t i n g   3 D   l i p   s h a p e s   u s i n g   f a c i a l   s u r f a c e   E M G 	 P L O S   O N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 E L E C T R O M Y O G R A P H Y ;   R E C O G N I T I O N ;   S U R G E R Y ;   C A N C E R ;   M O D E L 	 A i m   T h e   a i m   o f   t h i s   s t u d y   i s   t o   p r o v e   t h a t   f a c i a l   s u r f a c e   e l e c t r o m y o g r a p h y   ( s E M G )   c o n v e y s   s u f f i c i e n t   i n f o r m a t i o n   t o   p r e d i c t   3 D   l i p   s h a p e s .   H i g h   s E M G   p r e d i c t i v e   a c c u r a c y   i m p l i e s   w e   c o u l d   t r a i n   a   n e u r a l   c o n t r o l   m o d e l   f o r   a c t i v a t i o n   o f   b i o m e c h a n i c a l   m o d e l s   b y   s i m u l t a n e o u s l y   r e c o r d i n g   s E M G   s i g n a l s   a n d   t h e i r   a s s o c i a t e d   m o t i o n s .   M a t e r i a l s   a n d   m e t h o d s   W i t h   a   s t e r e o   c a m e r a   s e t - u p ,   w e   r e c o r d e d   3 D   l i p   s h a p e s   a n d   s i m u l t a n e o u s l y   p e r f o r m e d   s E M G   m e a s u r e m e n t s   o f   t h e   f a c i a l   m u s c l e s ,   a p p l y i n g   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   a n d   a   m o d i f i e d   g e n e r a l   r e g r e s s i o n   n e u r a l   n e t w o r k   ( G R N N )   t o   l i n k   t h e   s E M G   m e a s u r e m e n t s   t o   3 D   l i p   s h a p e s .   T o   t e s t   r e p r o d u c i b i l i t y ,   w e   c o n d u c t e d   o u r   e x p e r i m e n t   o n   f i v e   v o l u n t e e r s ,   e v a l u a t i n g   s e v e r a l   s E M G   f e a t u r e s   a n d   w i n d o w   l e n g t h s   i n   u n i p o l a r   a n d   b i p o l a r   c o n f i g u r a t i o n s   i n   s e a r c h   o f   t h e   o p t i m a l   s e t t i n g s   f o r   f a c i a l   s E M G .   C o n c l u s i o n s   T h e   e r r o r s   o f   t h e   t w o   m e t h o d s   w e r e   c o m p a r a b l e .   W e   m a n a g e d   t o   p r e d i c t   3 D   l i p   s h a p e s   w i t h   a   m e a n   a c c u r a c y   o f   2 . 7 6   m m   w h e n   u s i n g   t h e   P C A   m e t h o d   a n d   2 . 7 8   m m   w h e n   u s i n g   m o d i f i e d   G R N N .   W h e r e a s   p e r f o r m a n c e   i m p r o v e d   w i t h   s h o r t e r   w i n d o w   l e n g t h s ,   f e a t u r e   t y p e   a n d   c o n f i g u r a t i o n   h a d   l i t t l e   i n f l u e n c e . 	 [ E s k e s ,   M e r i j n ;   v a n   A l p h e n ,   M a a r t e n   J .   A . ;   B a l m ,   A l f o n s   J .   M . ;   S m e e l e ,   L u d i   E . ;   v a n   d e r   H e i j d e n ,   F e r d i n a n d ]   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   D e p t   H e a d   &   N e c k   O n c o l   &   S u r g ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s ;   [ E s k e s ,   M e r i j n ;   v a n   d e r   H e i j d e n ,   F e r d i n a n d ]   U n i v   T w e n t e ,   M I R A   I n s t   B i o m e d   E n g n   &   T e c h   M e d ,   E n s c h e d e ,   N e t h e r l a n d s ;   [ B a l m ,   A l f o n s   J .   M . ;   S m e e l e ,   L u d i   E . ]   A c a d   M e d   C t r ,   D e p t   O r a l   &   M a x i l l o f a c i a l   S u r g ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s ;   [ B r a n d s m a ,   D i e t a ]   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   D e p t   N e u r o o n c o l ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s ;   [ B r a n d s m a ,   D i e t a ]   S l o t e r v a a r t   H o s p ,   D e p t   N e u r o l ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s 	 E s k e s ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   D e p t   H e a d   &   N e c k   O n c o l   &   S u r g ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s . ;   E s k e s ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T w e n t e ,   M I R A   I n s t   B i o m e d   E n g n   &   T e c h   M e d ,   E n s c h e d e ,   N e t h e r l a n d s . 	 m . e s k e s @ n k i . n l 	 	 	 	 	 A r j u n a n   S P ,   2 0 0 8 ,   L E C T   N O T E S   B U S   I N F   P ,   V 1 2 ,   P 3 6 6 ;   B e s k o w   J . ,   2 0 0 3 ,   T A L K I N G   H E A D S   M O D E L S ;   B e t t s   B J ,   2 0 0 6 ,   I N T E R A C T   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 1 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n t c o m . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 1 2 ;   B r u m b e r g   J S ,   2 0 1 0 ,   S P E E C H   C O M M U N ,   V 5 2 ,   P 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s p e c o m . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 0 1 ;   D e n b y   B ,   2 0 1 0 ,   S P E E C H   C O M M U N ,   V 5 2 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s p e c o m . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 2 ;   G o r e   S M ,   2 0 1 5 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 3 7 ,   P 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 3 6 2 6 ;   H a m e d i   M a h y a r ,   2 0 1 1 ,   J o u r n a l   o f   C o m p u t e r   S c i e n c e s ,   V 7 ,   P 1 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 3 8 4 4 / j c s s p . 2 0 1 1 . 1 4 0 7 . 1 4 1 5 ;   H a m e d i   M ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   N A N O M E D ,   V 6 ,   P 3 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / I J N . S 2 6 6 1 9 ;   H O N D A   K ,   1 9 9 5 ,   J   P H O N E T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 5 - 4 4 7 0 ( 9 5 ) 8 0 0 4 6 - 8 ;   J o u   S C ,   2 0 0 6 ,   I N T   C O N F   A C O U S T   S P E E ,   P 6 0 5 ;   K r e e f t   A ,   2 0 0 9 ,   C L I N   O T O L A R Y N G O L ,   V 3 4 ,   P 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 9 - 4 4 8 6 . 2 0 0 9 . 0 1 8 8 4 . x ;   K r e e f t   A M ,   2 0 0 9 ,   E U R   A R C H   O T O - R H I N O - L ,   V 2 6 6 ,   P 1 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 0 5 - 0 0 9 - 1 0 8 9 - 2 ;   L a n g k v i s t   M ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 4 2 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 0 8 ;   L a p a t k i   B G ,   2 0 1 0 ,   P S Y C H O P H Y S I O L O G Y ,   V 4 7 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 9 - 8 9 8 6 . 2 0 0 9 . 0 0 9 3 5 . x ;   L a p a t k i   B G ,   2 0 0 5 ,   F A C I A L   P A L S I E S   C O M P L ,   P 8 9 ;   L u c e r o   J C ,   1 9 9 9 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 1 0 6 ,   P 2 8 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 4 2 8 1 0 8 ;   M e l t z n e r   G S ,   2 0 1 1 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 4 8 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 1 1 . 6 0 9 1 2 0 1 ;   M e l t z n e r   G S ,   2 0 0 8 ,   I N T E R S P E E C H   2 0 0 8 :   9 T H   A N N U A L   C O N F E R E N C E   O F   T H E   I N T E R N A T I O N A L   S P E E C H   C O M M U N I C A T I O N   A S S O C I A T I O N   2 0 0 8 ,   V O L S   1 - 5 ,   P 2 6 6 7 ;   P h i n y o m a r k   A ,   2 0 1 2 ,   E L E K T R O N   E L E K T R O T E C H ,   V 1 2 2 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 5 7 5 5 / j 0 1 . e e e . 1 2 2 . 6 . 1 8 1 6 ;   S c h u n k e   M ,   2 0 1 0 ,   T H I E M E   A T L A S   A N A T O M Y ,   P 4 4 ;   S c h u l t z   T ,   2 0 1 0 ,   S P E E C H   C O M M U N ,   V 5 2 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s p e c o m . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 2 ;   S P E C H T   D F ,   1 9 9 1 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 ,   P 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 9 7 9 3 4 ;   S t a u d e n m a n n   D ,   2 0 0 5 ,   J   E L E C T R O M Y O G R   K I N E S ,   V 1 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e l e k i n . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 0 8 ;   S t a v n e s s   I ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E C H ,   V 4 5 ,   P 2 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i o m e c h . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 3 1 ;   v a n   A l p h e n   M J A ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   O R A L   M A X   S U R G ,   V 5 1 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b j o m s . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 2 ;   v a n   d e r   H e i j d e n   F ,   2 0 0 5 ,   C L A S S I F I C A T I O N   P A R A M ;   W a n d   M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 4 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 4 . 6 9 4 4 5 5 0 	 2 7 	 0 	 0 	 0 	 0 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 A P R   1 3 	 2 0 1 7 	 1 2 	 4 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 7 5 0 2 5 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 7 5 0 2 5 	 	 1 6 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E T 0 M B 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 9 5 5 4 0 0 0 2 8 	 2 8 4 0 6 9 4 5 	 
 
 J 	 W a n g ,   L ;   Y o u ,   Z H ;   X i a ,   S X ;   L i u ,   F ;   C h e n ,   X ;   Y a n ,   X ;   Z h o u ,   Y 	 	 	 	 W a n g ,   L e i ;   Y o u ,   Z h u - H o n g ;   X i a ,   S h i - X i o n g ;   L i u ,   F e n g ;   C h e n ,   X i n g ;   Y a n ,   X i n ;   Z h o u ,   Y o n g 	 	 	 A d v a n c i n g   t h e   p r e d i c t i o n   a c c u r a c y   o f   p r o t e i n - p r o t e i n   i n t e r a c t i o n s   b y   u t i l i z i n g   e v o l u t i o n a r y   i n f o r m a t i o n   f r o m   p o s i t i o n - s p e c i f i c   s c o r i n g   m a t r i x   a n d   e n s e m b l e   c l a s s i f i e r 	 J O U R N A L   O F   T H E O R E T I C A L   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P o s i t i o n - s p e c i f i c   s c o r i n g   m a t r i x ;   M u l t i p l e   s e q u e n c e s   a l i g n m e n t s ;   R o t a t i o n   f o r e s t ;   C a n c e r 	 S E Q U E N C E - B A S E D   P R E D I C T I O N ;   R O T A T I O N   F O R E S T ;   P S I - B L A S T ;   T O O L ;   H Y P E R P L A N E S ;   G E N E R A T I O N ;   D A T A B A S E S ;   N E T W O R K S 	 P r o t e i n - P r o t e i n   I n t e r a c t i o n s   ( P P I s )   a r e   e s s e n t i a l   t o   m o s t   b i o l o g i c a l   p r o c e s s e s   a n d   p l a y   a   c r i t i c a l   r o l e   i n   m o s t   c e l l u l a r   f u n c t i o n s .   W i t h   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   h i g h - t h r o u g h p u t   b i o l o g i c a l   t e c h n i q u e s   a n d   i n   s i / i c o   m e t h o d s ,   a   l a r g e   n u m b e r   o f   P P I   d a t a   h a v e   b e e n   g e n e r a t e d   f o r   v a r i o u s   o r g a n i s m s ,   b u t   m a n y   p r o b l e m s   r e m a i n   u n s o l v e d .   T h e s e   f a c t o r s   p r o m o t e d   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   t h e   i n   s i l i c o   m e t h o d s   b a s e d   o n   m a c h i n e   l e a r n i n g   t o   p r e d i c t   P P I s .   I n   t h i s   s t u d y ,   w e   p r o p o s e   a   n o v e l   m e t h o d   b y   c o m b i n i n g   e n s e m b l e   R o t a t i o n   F o r e s t   ( R F )   c l a s s i f i e r   a n d   D i s c r e t e   C o s i n e   T r a n s f o r m   ( D C T )   a l g o r i t h m   t o   p r e d i c t   t h e   i n t e r a c t i o n s   a m o n g   p r o t e i n s .   S p e c i f i c a l l y ,   t h e   p r o t e i n   a m i n o   a c i d s   s e q u e n c e   i s   t r a n s f o r m e d   i n t o   P o s i t i o n - S p e c i f i c   S c o r i n g   M a t r i x   ( P S S M )   c o n t a i n i n g   b i o l o g i c a l   e v o l u t i o n   i n f o r m a t i o n ,   a n d   t h e n   t h e   f e a t u r e   v e c t o r   i s   e x t r a c t e d   t o   p r e s e n t   p r o t e i n   e v o l u t i o n a r y   i n f o r m a t i o n   u s i n g   D C T   a l g o r i t h m ;   f i n a l l y ,   t h e   e n s e m b l e   r o t a t i o n   f o r e s t   m o d e l   i s   u s e d   t o   p r e d i c t   w h e t h e r   a   g i v e n   p r o t e i n   p a i r   i s   i n t e r a c t i n g   o r   n o t .   W h e n   p e r f o r m e d   o n   Y e a s t   a n d   H .   p y l o r i   d a t a   s e t s ,   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   a c h i e v e d   e x c e l l e n t   r e s u l t s   w i t h   a n   a v e r a g e   a c c u r a c y   o f   9 8 . 5 4 %   a n d   8 8 . 2 7 % .   I n   a d d i t i o n ,   w e   a c h i e v e d   g o o d   p r e d i c t i o n   a c c u r a c y   o f   9 8 . 0 8 % ,   9 2 . 7 5 % ,   9 8 . 8 7 %   a n d   9 8 . 7 2 %   o n   i n d e p e n d e n t   d a t a   s e t s   ( C . e l e g a n s ,   E . c o l i ,   H s a p i e n s   a n d   M . m u s c u / u s ) .   I n   o r d e r   t o   f u r t h e r   e v a l u a t e   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   o u r   m e t h o d ,   w e   c o m p a r e   i t   w i t h   t h e   s t a t e - o f - t h e - a r t   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e   ( S V M )   c l a s s i f i e r   a n d   g e t   g o o d   r e s u l t s . 	 [ W a n g ,   L e i ;   X i a ,   S h i - X i o n g ;   Z h o u ,   Y o n g ]   C h i n a   U n i v   M i n   &   T e c h n o l ,   S c h   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   X u z h o u   2 2 1 1 1 6 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   L e i ]   Z a o z h u a n g   U n i v ,   C o l l   I n f o r m a t   S c i   &   E n g n ,   Z a o z h u a n g   2 7 7 1 0 0 ,   S h a n d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Y o u ,   Z h u - H o n g ]   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   X i n j i a n g   T e c h   I n s t   P h y s   &   C h e m ,   U r u m q i   8 3 0 0 1 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   F e n g ]   C h i n a   N a t l   C o a l   A s s o c ,   B e i j i n g   1 0 0 7 1 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h e n ,   X i n g ]   C h i n a   U n i v   M i n   &   T e c h n o l ,   S c h   I n f o r m a t   &   C o n t r o l   E n g n ,   X u z h o u   2 2 1 1 1 6 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Y a n ,   X i n ]   Z a o z h u a n g   U n i v ,   S c h   F o r e i g n   L a n g u a g e s ,   Z a o z h u a n g   2 7 7 1 0 0 ,   S h a n d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 X i a ,   S X   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n a   U n i v   M i n   &   T e c h n o l ,   S c h   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   X u z h o u   2 2 1 1 1 6 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Y o u ,   Z H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   X i n j i a n g   T e c h   I n s t   P h y s   &   C h e m ,   U r u m q i   8 3 0 0 1 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z h u h o n g y o u @ m s . x j b . a c . c n ;   x i a s x @ c u m t . e d u . c n 	 C h e n ,   X i n g / G - 6 8 4 4 - 2 0 1 6 	 	 N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 3 7 3 0 8 6 ,   6 1 5 7 2 5 0 6 ,   1 1 3 0 1 5 1 7 ,   1 1 6 3 1 0 1 4 ] ;   P i o n e e r   H u n d r e d   T a l e n t s   P r o g r a m   o f   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s ;   N a t i o n a l   K e y   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   P l a n   [ 2 0 1 6 Y F C 0 6 0 0 9 0 8 ] ;   G r a d u a t e   E d u c a t i o n   I n n o v a t i o n   p r o j e c t   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   [ I C Y L X 1 6 _ 0 5 3 5 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a ,   u n d e r   G r a n t s   6 1 3 7 3 0 8 6 ,   6 1 5 7 2 5 0 6 ,   1 1 3 0 1 5 1 7 ,   1 1 6 3 1 0 1 4 ,   i n   p a r t   b y   t h e   P i o n e e r   H u n d r e d   T a l e n t s   P r o g r a m   o f   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s ,   i n   p a r t   b y   t h e   N a t i o n a l   K e y   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   P l a n ,   u n d e r   G r a n t   2 0 1 6 Y F C 0 6 0 0 9 0 8 ,   a n d   i n   p a r t   b y   G r a d u a t e   E d u c a t i o n   I n n o v a t i o n   p r o j e c t   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e ,   u n d e r   G r a n t s   I C Y L X 1 6 _ 0 5 3 5 .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   a l l   a n o n y m o u s   r e v i e w e r s   f o r   t h e i r   c o n s t r u c t i v e   a d v i c e s . 	 A l o y   P ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 9 . 1 . 1 6 1 ;   A l t s c h u l   S F ,   1 9 9 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 5 ,   P 3 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 5 . 1 7 . 3 3 8 9 ;   A l t s c h u l   S F ,   1 9 9 8 ,   T R E N D S   B I O C H E M   S C I ,   V 2 3 ,   P 4 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 8 - 0 0 0 4 ( 9 8 ) 0 1 2 9 8 - 5 ;   B e n - H u r   A ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   p I 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 1 0 1 6 ;   B o c k   J R ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 9 . 1 . 1 2 5 ;   B o c k   J R ,   2 0 0 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   P 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 7 . 5 . 4 5 5 ;   B r a g a   P L ,   2 0 0 7 ,   I E E E   I J C N N ,   P 1 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I J C N N . 2 0 0 7 . 4 3 7 1 1 9 6 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C h a t f i e l d   C ,   2 0 0 4 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   A   S T A ,   V 1 6 7 ,   P 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 5 X . 2 0 0 4 . 0 2 0 5 7 _ 4 . x ;   C h e n   X W ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 5 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 0 3 9 ;   C u t l e r   D R ,   2 0 0 7 ,   E C O L O G Y ,   V 8 8 ,   P 2 7 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 8 9 0 / 0 7 - 0 5 3 9 . 1 ;   D e a n e   C M ,   2 0 0 2 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 ,   P 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 0 0 0 3 7 - M C P 2 0 0 ;   G a v i n   A C ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 1 4 1 a ;   G R I B S K O V   M ,   1 9 8 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 8 4 ,   P 4 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 8 4 . 1 3 . 4 3 5 5 ;   G u o   Y Z ,   2 0 0 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   P 3 0 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 1 5 9 ;   H a n   J D J ,   2 0 0 5 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 3 ,   P 8 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 1 1 6 ;   I t o   T ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 4 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 1 0 3 4 4 9 8 ;   J o n e s   D T ,   2 0 0 3 ,   P R O T E I N S ,   V 5 3 ,   P 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 1 0 5 2 8 ;   J o n e s   D T ,   1 9 9 9 ,   J   M O L   B I O L ,   V 2 9 2 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 1 9 9 9 . 3 0 9 1 ;   L e e   T H ,   2 0 0 6 ,   J   E C O N O M E T R I C S ,   V 1 3 5 ,   P 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e c o n o m . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 1 7 ;   L i   W Z ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 1 6 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 1 5 8 ;   L i   W Z ,   2 0 0 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   P 2 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 7 . 3 . 2 8 2 ;   L i u   B . ,   2 0 1 3 ,   B M C   G E N O M ,   V 1 4 ;   L i u   C H ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 6 2 0 ;   M a r c o t t e   E M ,   2 0 0 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 7 . 4 . 3 5 9 ;   M a r c o t t e   E M ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 5 ,   P 7 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 5 . 5 4 2 8 . 7 5 1 ;   M a r t i n   S ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 4 8 3 ;   N a n n i   L ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 1 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 0 5 5 ;   N a n n i   L ,   2 0 0 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 6 9 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 5 . 0 5 . 0 0 7 ;   N a n n i   L ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 8 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 6 5 ;   P a z o s   F ,   1 9 9 7 ,   J   M O L   B I O L ,   V 2 7 1 ,   P 5 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 1 9 9 7 . 1 1 9 8 ;   P a z o s   F ,   2 0 0 1 ,   P R O T E I N   E N G ,   V 1 4 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / p r o t e i n / 1 4 . 9 . 6 0 9 ;   P l a n a s - I g l e s i a s   J ,   2 0 1 3 ,   J   M O L   B I O L ,   V 4 2 5 ,   P 1 2 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 4 ;   P r i y a   S B ,   2 0 1 3 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 2 6 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 1 6 ;   R a t s c h   G ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 1 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 3 3 2 1 1 ;   R o d r i g u e z   J J ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 8 ,   P 1 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 6 . 2 1 1 ;   S a h a   I ,   2 0 1 4 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 0 ,   P 8 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 m b 7 0 4 8 6 f ;   S h e n   J W ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 4 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 0 7 8 7 9 1 0 4 ;   S i n g h a l   M . ,   2 0 0 7 ,   B I N E   B I O I N F O R M A ,   V 8 ;   S o u i a i   O u s s e m a ,   2 0 1 4 ,   B M C   R e s   N o t e s ,   V 7 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 6 - 0 5 0 0 - 7 - 1 5 7 ;   U e t z   P ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 3 ,   P 6 2 3 ;   W a s s   M N ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 0 3 7 ;   X e n a r i o s   I ,   2 0 0 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 0 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 3 0 . 1 . 3 0 3 ;   X i a   J F ,   2 0 1 0 ,   P R O T E I N   P E P T I D E   L E T T ,   V 1 7 ,   P 1 3 7 ;   Y a n g   L . ,   2 0 1 4 ,   S C I   W O R L D   J ;   Y a n g   L ,   2 0 1 0 ,   P R O T E I N   P E P T I D E   L E T T ,   V 1 7 ,   P 1 0 8 5 ;   Y o u   Z H ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - S 8 - S 1 0 ;   Z h a n g   Y N ,   2 0 1 1 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 8 3 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 2 3 ;   Z h o u   Y Z ,   2 0 1 1 ,   A D V   S C I   E D   A P P L   2 ,   V 2 0 2 ,   P 2 5 4 ;   Z h u   H ,   2 0 0 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 3 ,   P 2 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 6 2 1 9 1 ;   Z W E I G   M H ,   1 9 9 3 ,   C L I N   C H E M ,   V 3 9 ,   P 5 6 1 	 5 1 	 0 	 0 	 1 2 	 1 2 	 A C A D E M I C   P R E S S   L T D -   E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 L O N D O N 	 2 4 - 2 8   O V A L   R D ,   L O N D O N   N W 1   7 D X ,   E N G L A N D 	 0 0 2 2 - 5 1 9 3 	 1 0 9 5 - 8 5 4 1 	 	 J   T H E O R   B I O L 	 J .   T h e o r .   B i o l . 	 A P R   7 	 2 0 1 7 	 4 1 8 	 	 	 	 	 	 1 0 5 	 1 1 0 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 0 3 	 	 6 	 B i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E P 9 N W 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 7 0 1 3 0 0 0 1 1 	 2 8 0 8 8 3 5 6 	 
 
 J 	 T a n ,   Y Y ;   Y a n ,   B ;   X u e ,   L L ;   L i ,   Y ;   L u o ,   X Y ;   J i ,   P 	 	 	 	 T a n ,   Y i n g y u n ;   Y a n ,   B i n g ;   X u e ,   L i l i ;   L i ,   Y i ;   L u o ,   X i a n y a n g ;   J i ,   P i n g 	 	 	 S u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   o f   b l o o d   s e r u m   b a s e d   o n   g o l d   n a n o p a r t i c l e s   f o r   t h e   d i a g n o s i s   o f   t h e   o r a l   s q u a m o u s   c e l l   c a r c i n o m a 	 L I P I D S   I N   H E A L T H   A N D   D I S E A S E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 O r a l   s q u a m o u s   c e l l   c a r c i n o m a   ( O S C C ) ;   S u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   ( S E R S ) ;   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) ;   L i n e a r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s ( L D A ) ;   D i a g n o s i s 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   F A C E  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 O r a l   B i o m e d   E n g n   H i g h ,   C h o n g q i n g   4 0 0 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Y a n ,   B i n g ;   L u o ,   X i a n y a n g ]   X i a m e n   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   D e p t   O t o l a r y g o l   H e a d   &   N e c k   S u r g ,   X i a m e n   3 6 1 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ X u e ,   L i l i ]   X i a m e n   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   D e p t   S t o m a t o l ,   X i a m e n   3 6 1 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   Y i ]   S i c h u a n   U n i v ,   W e s t   C h i n a   H o s p   S t o m a t o l ,   D e p t   H e a d   &   N e c k   O n c o l ,   C h e n g d u   6 1 0 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 J i ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h o n g q i n g   M e d   U n i v ,   S t o m a t o l   H o s p ,   C h o n g q i n g   4 0 0 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   J i ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h o n g q i n g   K e y   L a b   O r a l   D i s   &   B i o m e d   S c i ,   C h o n g q i n g   4 0 0 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   J i ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h o n g q i n g   M u n i c i p a l   K e y   L a b   O r a l   B i o m e d   E n g n   H i g h ,   C h o n g q i n g   4 0 0 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 P i n g j i c q @ 1 6 3 . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 1 7 2 5 7 8 ] ;   P r o j e c t   o f   M e d i c a l   i n n o v a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   [ 2 0 1 5 - C X B - 3 5 ] ;   P r o j e c t   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   X i a m e n   C i t y   [ 3 5 0 2 Z 2 0 1 3 4 0 0 7 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   8 1 1 7 2 5 7 8 ) ,   t h e   P r o j e c t   o f   M e d i c a l   i n n o v a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   ( G r a n t   N o .   2 0 1 5 - C X B - 3 5 )   a n d   t h e   P r o j e c t   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   X i a m e n   C i t y   ( G r a n t   N o .   3 5 0 2 Z 2 0 1 3 4 0 0 7 ) .   T h e   f u n d e r s   h a d   n o   r o l e   i n   t h e   d e s i g n   o f   t h e   s t u d y   a n d   c o l l e c t i o n ,   a n a l y s i s ,   i n t e r p r e t a t i o n   o f   d a t a   a n d   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p t . 	 A g o s t o n   R ,   2 0 1 6 ,   N A N O M E D - N A N O T E C H N O L ,   V 1 2 ,   P 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n a n o . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 0 3 ;   B e l h u m e u r   P N ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 9 ,   P 7 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 5 9 8 2 2 8 ;   B o n i f a c i o   A ,   2 0 1 4 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 6 ,   P 2 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 4 - 7 6 2 2 - 1 ;   B r o c k l e b u r s t   P ,   2 0 1 0 ,   C O C H R A N E   D B   S Y S T   R E V ,   V 1 0 ;   B r o c k l e h u r s t   P ,   2 0 1 3 ,   C O C H R A N E   D B   S Y S T   R E V ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 4 6 5 1 8 5 8 . C D 0 0 4 1 5 0 . p u b 4 ;   C h e n   F N ,   2 0 1 6 ,   N A N O M E D - N A N O T E C H N O L ,   V 1 2 ,   P 1 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n a n o . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 0 1 ;   C o n n o l l y   J M ,   2 0 1 6 ,   N A N O M E D - N A N O T E C H N O L ,   V 1 2 ,   P 1 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n a n o . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 2 1 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 1 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 6 ,   P 3 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 2 0 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 0 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 5 ,   P 2 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 3 3 ;   F L E I S C H M A N N   M ,   1 9 7 4 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 2 6 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 9 - 2 6 1 4 ( 7 4 ) 8 5 3 8 8 - 1 ;   J i n - Y e   F ,   2 0 1 3 ,   O R A L   O N C O L ,   V 4 9 ,   P 9 1 8 ;   K e r r   R A ,   2 0 1 6 ,   A A O M   C L I N   P R A C T   S T A T ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . o o o o . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 0 9 . ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . O O O O . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 0 9 ] ;   K o n g   K ,   2 0 1 5 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 8 9 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d r . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 9 ;   K u m a r   S ,   2 0 1 6 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 2 3 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 4 7 ;   L a i   H S ,   2 0 0 5 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 5 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 0 3 ;   L e e   C C ,   2 0 1 6 ,   A U R I S   N A S U S   L A R Y N X ,   V 4 3 ,   P 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a n l . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 4 ;   L i   X Z ,   2 0 1 6 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 7 ,   P 9 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 4 9 2 4 ;   L i n   J Q ,   2 0 1 7 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 8 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 4 9 8 2 ;   L u   G F ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 5 ,   P 2 5 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 8 ;   M i s t r o   G ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 3 2 7 1 ;   P a t e l   P   S ,   2 0 0 4 ,   I n d i a n   J   C a n c e r ,   V 4 1 ,   P 2 5 ;   R a d o i   L ,   2 0 1 3 ,   C O M M U N I T Y   D E N T   O R A L ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 5 2 8 . 2 0 1 2 . 0 0 7 1 0 . x ;   R a s h i d   A ,   2 0 1 5 ,   J   O R A L   P A T H O L   M E D ,   V 4 4 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j o p . 1 2 2 1 8 ;   R e k h a   P ,   2 0 1 5 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 6 ,   P 7 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 4 6 9 3 ;   S a h u   A ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 2 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 1 8 6 0 e ;   W a n g   J ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 9 . 8 . 0 8 7 0 0 3 ;   X u e   L L ,   2 0 1 4 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 2 9 ,   P 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 3 - 0 1 3 - 1 3 9 8 - y ;   Y a n   B ,   2 0 1 5 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 5 - 0 1 5 - 1 6 5 3 - 7 ;   Y a n   B ,   2 0 1 4 ,   L A S E R   P H Y S ,   V 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 0 5 4 - 6 6 0 X / 2 4 / 1 1 / 1 1 5 6 0 1 ;   Y a n   B ,   2 0 1 1 ,   O R A L   O N C O L ,   V 4 7 ,   P 4 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o r a l o n c o l o g y . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 2 1 ;   Z h o u   C J ,   2 0 1 3 ,   O P T I K ,   V 1 2 4 ,   P 5 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j l e o . 2 0 1 3 . 0 4 . 1 0 8 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P ,   V 4 ,   P 4 	 3 2 	 0 	 0 	 6 	 6 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 6 - 5 1 1 X 	 	 	 L I P I D S   H E A L T H   D I S 	 L i p i d s   H e a l t h   D i s . 	 A P R   7 	 2 0 1 7 	 1 6 	 	 	 	 	 	 	 	 7 3 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 4 4 - 0 1 7 - 0 4 6 5 - y 	 	 9 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 E R 2 K A 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 6 2 1 7 0 0 0 0 1 	 2 8 3 8 8 9 0 0 	 
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 S w e d e n 	 V a n d e n b e r g h e ,   M E ;   B a r k e r ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A s t r a Z e n e c a ,   H O D G K I N ,   I M E D   B i o t e c h   U n i t ,   P e r s o n a l i s e d   H e a l t h c a r e   &   B i o m a r k e r s ,   B 3 1 0   C a m b r i d g e   S c i   P k , M i l t o n   R d ,   C a m b r i d g e   C B 4   0 W G ,   E n g l a n d . 	 m i c h e l . v a n d e n b e r g h e @ a s t r a z e n e c a . c o m ;   c r a i g . b a r k e r @ a s t r a z e n e c a . c o m 	 	 	 A s t r a Z e n e c a   I M E D   p o s t d o c   p r o g r a m 	 T h i s   w o r k   w a s   f i n a n c i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   A s t r a Z e n e c a   I M E D   p o s t d o c   p r o g r a m .   W e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   A l i s o n   B i g l e y   f o r   h e r   c o n s t r u c t i v e   c o m m e n t s   o n   t h e   m e t h o d o l o g y . 	 A l l o t t   E H ,   2 0 1 6 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 8 - 0 1 6 - 0 7 2 5 - 1 ;   A r t e a g a   C L ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 9 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 1 . 1 7 7 ;   B l o o m   K ,   2 0 0 4 ,   A M   J   C L I N   P A T H O L ,   V 1 2 1 ,   P 6 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 0 9 / Y 7 3 U 8 X 7 2 B 6 8 T M G H 5 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B u c k l e y   N E ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 3 3 8 3 ;   B u e n o - d e - M e s q u i t a   J M ,   2 0 1 0 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d p 2 7 3 ;   C h e n   T ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 6 7 9 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 0 5 8 1 - 9 _ 3 ;   C i r e s a n   D C ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 1 5 0 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 7 6 3 - 5 _ 5 1 ;   C O H E N   J ,   1 9 6 0 ,   E D U C   P S Y C H O L   M E A S ,   V 2 0 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 1 3 1 6 4 4 6 0 0 2 0 0 0 1 0 4 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   C r u z -   R o a   A . ,   2 0 1 4 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 4 3 8 7 2 ;   E L S T O N   C W ,   1 9 9 1 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 1 9 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 1 9 9 1 . t b 0 0 2 2 9 . x ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   p E 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 2 1 0 ;   G a v r i e l i d e s   M .   A . ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C E L L   P A T H O L ,   V 2 0 1 4 ;   G a v r i e l i d e s   M A ,   2 0 1 1 ,   A R C H   P A T H O L   L A B   M E D ,   V 1 3 5 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 3 / 1 5 4 3 - 2 1 6 5 - 1 3 5 . 2 . 2 3 3 ;   G o a c h e r   E ,   2 0 1 7 ,   A R C H   P A T H O L   L A B   M E D ,   V 1 4 1 ,   P 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 5 8 5 8 / a r p a . 2 0 1 6 - 0 0 2 5 - R A ;   H o u   L . ,   P   I E E E   C O M P   S O C   C   C O ,   V 2 0 1 6 ,   P 2 4 2 4 ;   J a n o w c z y k   A n d r e w ,   2 0 1 6 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 7 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 1 8 6 9 0 2 ;   K a u f m a n   P A ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 0 ,   P 2 6 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 8 7 1 0 ;   K e n d a l l   M G ,   1 9 3 8 ,   B I O M E T R I K A ,   V 3 0 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 3 3 2 2 2 6 ;   K o n d o   Y ,   2 0 1 2 ,   P A T H O L   I N T ,   V 6 2 ,   P 5 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 0 - 1 8 2 7 . 2 0 1 2 . 0 2 8 4 7 . x ;   K u m a r   R . ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   E N G ,   V 2 0 1 5 ,   P 1 ;   L a   T h a n g u e   N B ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 8 ,   P 5 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 1 . 1 2 1 ;   L a n   C Y ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 6 3 1 7 ;   L a w r e n c e   S . ,   1 9 9 7 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   I E E E ,   V 8 ,   P 9 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 5 5 4 1 9 5 ;   L e c u n   Y ,   1 9 9 8 ,   P   I E E E ,   V 8 6 ,   P 2 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 7 2 6 7 9 1 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L i t j e n s   G ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 6 2 8 6 ;   M o n t a l t o   M i c h a e l   C ,   2 0 1 6 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 7 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 1 8 0 0 1 4 ;   P e r e z   E A ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 3 0 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 3 . 4 7 4 4 ;   P o t t s   S J ,   2 0 1 2 ,   L A B   I N V E S T ,   V 9 2 ,   P 1 3 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / l a b i n v e s t . 2 0 1 2 . 9 1 ;   R o b b o y   S J ,   2 0 1 3 ,   A R C H   P A T H O L   L A B   M E D ,   V 1 3 7 ,   P 1 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 5 8 5 8 / a r p a . 2 0 1 3 - 0 2 0 0 - O A ;   R o c h e   P C ,   2 0 0 2 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 4 ,   P 8 5 5 ;   S h a n n o n   C . ,   1 9 4 9 ,   C O M M U N I C A T I O N ;   S i m a r d   P .   Y . ,   2 0 0 3 ,   7   I N T   C   D O C   A N   R E C   2 ,   V 1 ,   P 9 5 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / I C D A R . 2 0 0 3 . 1 2 2 7 8 0 1 . ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D A R . 2 0 0 3 . 1 2 2 7 8 0 1 ] ;   S i r i n u k u n w a t t a n a   K ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 5 8 0 3 ;   S r i v a s t a v a   N ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 9 2 9 ;   S t a l h a m m a r   G ,   2 0 1 6 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 2 9 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 2 0 1 6 . 3 4 ;   S u   H ,   2 0 1 5 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 5 . 7 1 6 3 8 1 5 ;   S u   H ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 5 1 ,   P 3 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 7 4 - 4 _ 4 6 ;   T a i g m a n   Y ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 7 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 2 2 0 ;   T h o m s o n   T A ,   2 0 0 1 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 1 4 ,   P 1 0 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 3 8 8 0 4 4 0 ;   v a n   d e r   L a a k   J A W M ,   2 0 0 0 ,   C Y T O M E T R Y ,   V 3 9 ,   P 2 7 5 ;   v a n   G i n n e k e n   B ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 1 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 1 0 9 1 7 1 0 ;   V I N C E N T   L ,   1 9 9 1 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 3 ,   P 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 8 7 3 4 4 ;   V o g e l   C . ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 1 ;   W o l f f   A C ,   2 0 1 4 ,   A R C H   P A T H O L   L A B   M E D ,   V 1 3 8 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 5 8 5 8 / a r p a . 2 0 1 3 - 0 9 5 3 - S A ;   X u   J ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 9 1 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 3 4 	 4 8 	 0 	 0 	 1 0 	 1 0 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 A P R   5 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 5 9 3 8 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 5 9 3 8 	 	 1 1 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E Q 8 M T 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 3 4 0 9 0 0 0 0 1 	 2 8 3 7 8 8 2 9 	 
 
 J 	 L i ,   Z W ;   Y o u ,   Z H ;   C h e n ,   X ;   L i ,   L P ;   H u a n g ,   D S ;   Y a n ,   G Y ;   N i e ,   R ;   H u a n g ,   Y A 	 	 	 	 L i ,   Z h e n g - W e i ;   Y o u ,   Z h u - H o n g ;   C h e n ,   X i n g ;   L i ,   L i - P i n g ;   H u a n g ,   D e - S h u a n g ;   Y a n ,   G u i - Y i n g ;   N i e ,   R u ;   H u a n g ,   Y u - A n 	 	 	 A c c u r a t e   p r e d i c t i o n   o f   p r o t e i n - p r o t e i n   i n t e r a c t i o n s   b y   i n t e g r a t i n g   p o t e n t i a l   e v o l u t i o n a r y   i n f o r m a t i o n   e m b e d d e d   i n   P S S M   p r o f i l e   a n d   d i s c r i m i n a t i v e   v e c t o r   m a c h i n e   c l a s s i f i e r 	 O N C O T A R G E T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 d i s e a s e ;   p o s i t i o n - s p e c i f i c   s c o r i n g   m a t r i x ;   w e b e r   l o c a l   d e s c r i p t o r ;   c a n c e r ;   p r o t e i n - p r o t e i n  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 C o m p   S c i   &   S o f t w a r e   E n g n ,   S h e n z h e n   5 1 8 0 6 0 ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Y o u ,   Z H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   X i n j i a n g   T e c h   I n s t   P h y s   &   C h e m ,   U r u m q i   8 3 0 0 1 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   C h e n ,   X   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n a   U n i v   M i n   &   T e c h n o l ,   S c h   I n f o r m a t   &   C o n t r o l   E n g n ,   X u z h o u   2 2 1 1 1 6 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z h u h o n g y o u @ m s . x j b . a c . c n ;   x i n g c h e n @ a m s s . a c . c n 	 C h e n ,   X i n g / G - 6 8 4 4 - 2 0 1 6 	 	 N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 3 7 3 0 8 6 ,   1 1 3 0 1 5 1 7 ,   6 1 5 7 2 5 0 6 ,   1 1 6 3 1 0 1 4 ] ;   G u a n g d o n g   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ 2 0 1 4 A 0 3 0 3 1 3 5 5 5 ] ;   P i o n e e r   H u n d r e d   T a l e n t s   P r o g r a m   o f   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a ,   u n d e r   G r a n t s   6 1 3 7 3 0 8 6 ,   1 1 3 0 1 5 1 7 ,   6 1 5 7 2 5 0 6 ,   1 1 3 0 1 5 1 7   a n d   1 1 6 3 1 0 1 4 ,   i n   p a r t   b y   G u a n g d o n g   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n ,   u n d e r   G r a n t   2 0 1 4 A 0 3 0 3 1 3 5 5 5 ,   a n d   i n   p a r t   b y   t h e   P i o n e e r   H u n d r e d   T a l e n t s   P r o g r a m   o f   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   a l l   a n o n y m o u s   r e v i e w e r s   f o r   t h e i r   c o n s t r u c t i v e   a d v i c e s . 	 A n   J Y ,   2 0 1 6 ,   P R O T E I N   S C I ,   V 2 5 ,   P 1 8 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o . 2 9 9 1 ;   B a d e r   G D ,   2 0 0 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 1 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k g 0 5 6 ;   C h e n   J ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 2 ,   P 1 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 9 . 1 5 5 ;   G u i   J ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   C Y B E R N E T I C S ,   V 4 6 ,   P 1 8 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C Y B . 2 0 1 5 . 2 4 5 7 2 3 4 ;   G u o   Y Z ,   2 0 0 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   P 3 0 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 1 5 9 ;   H a m p   T ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 1 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 0 7 7 ;   H e   R ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 3 ,   P 1 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 0 . 2 2 0 ;   H o   Y ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 1 8 0 a ;   I d e k e r   T r e y ,   2 0 0 2 ,   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 1 8   S u p p l   1 ,   p S 2 3 3 ;   I t o   T ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 4 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 1 0 3 4 4 9 8 ;   K o t l y a r   M ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 3 0 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 1 7 8 ] ;   L a n   X ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 6 6 9 ;   L i   S ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   C Y B E R N E T I C S ,   V 4 6 ,   P 1 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C Y B . 2 0 1 5 . 2 4 3 4 8 4 1 ;   L i   W Z ,   2 0 0 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   P 2 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 7 . 3 . 2 8 2 ;   L i   Z W ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 7 0 9 1 3 9 6 ;   L i u   W F ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 5 5 ,   P 5 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S P . 2 0 0 7 . 8 9 6 0 6 5 ;   M a r t i n   S ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 4 8 3 ;   M o r r i s   J H ,   2 0 1 4 ,   N A T   P R O T O C ,   V 9 ,   P 2 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 4 . 1 6 4 ;   N a n n i   L ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 1 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 0 5 5 ;   N a n n i   L ,   2 0 0 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 6 9 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 5 . 0 5 . 0 0 7 ;   N a n n i   L ,   2 0 0 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 6 8 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 0 4 ;   W o n g   L ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 7 0 1 0 0 2 1 ;   X e n a r i o s   I ,   2 0 0 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 0 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 3 0 . 1 . 3 0 3 ;   Y a n g   L ,   2 0 1 0 ,   P R O T E I N   P E P T I D E   L E T T ,   V 1 7 ,   P 1 0 8 5 ;   Y o u   Z H ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 5 8 1 1 ;   Y o u   Z H ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - S 8 - S 1 0 ;   Y o u   Z H ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 3 4 3 ;   Y u   J T ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 2 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 4 8 3 ;   Z a h i r i   J ,   2 0 1 3 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 2 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 6 ;   Z a n z o n i   A ,   2 0 0 2 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 1 3 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 4 - 5 7 9 3 ( 0 1 ) 0 3 2 9 3 - 8 ;   Z h u   H ,   2 0 0 1 ,   B I O P H Y S   J ,   V 2 9 3 ,   P 2 1 0 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 6 2 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I E N C E . 1 0 6 2 1 9 1 ] 	 3 1 	 0 	 0 	 2 	 2 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 O R C H A R D   P A R K 	 6 6 6 6   E   Q U A K E R   S T ,   S T E   1 ,   O R C H A R D   P A R K ,   N Y   1 4 1 2 7   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 A P R   4 	 2 0 1 7 	 8 	 1 4 	 	 	 	 	 2 3 6 3 8 	 2 3 6 4 9 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 5 5 6 4 	 	 1 2 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E Q 6 R P 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 2 1 1 1 0 0 1 1 3 	 2 8 4 2 3 5 6 9 	 
 
 J 	 L u r i e ,   K L ;   A n g s t ,   R ;   Z l a t e v ,   D V ;   L i a o ,   J C ;   B o w d e n ,   A K E 	 	 	 	 L u r i e ,   K r i s t e n   L . ;   A n g s t ,   R o l a n d ;   Z l a t e v ,   D i m i t a r   V . ;   L i a o ,   J o s e p h   C . ;   B o w d e n ,   A u d r e y   K .   E l l e r b e e 	 	 	 3 D   r e c o n s t r u c t i o n   o f   c y s t o s c o p y   v i d e o s   f o r   c o m p r e h e n s i v e   b l a d d e r   r e c o r d s 	 B I O M E D I C A L   O P T I C S   E X P R E S S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 E N D O S C O P I C   I M A G E S ;   S U R G E R Y ;   C A N C E R ;   R E G I S T R A T I O N ;   O P T I M I Z A T I O N ;   C A L I B R A T I O N ;   S U R F A C E ;   R E A L 	 W h i t e   l i g h t   e n d o s c o p y   i s   w i d e l y   u s e d   f o r   d i a g n o s t i c   i m a g i n g   o f   t h e   i n t e r i o r   o f   o r g a n s   a n d   b o d y   c a v i t i e s ,   b u t   t h e   i n a b i l i t y   t o   c o r r e l a t e   i n d i v i d u a l   2 D   i m a g e s   w i t h   3 D   o r g a n   m o r p h o l o g y   l i m i t s   i t s   u t i l i t y   f o r   q u a n t i t a t i v e   o r   l o n g i t u d i n a l   s t u d i e s   o f   d i s e a s e   p h y s i o l o g y   o r   c a n c e r   s u r v e i l l a n c e .   A s   a   r e s u l t ,   m o s t   e n d o s c o p y   v i d e o s ,   w h i c h   c a r r y   e n o r m o u s   d a t a   p o t e n t i a l ,   a r e   u s e d   o n l y   f o r   r e a l - t i m e   g u i d a n c e   a n d   a r e   d i s c a r d e d   a f t e r   c o l l e c t i o n .   W e   p r e s e n t   a   c o m p u t a t i o n a l   m e t h o d   t o   r e c o n s t r u c t   a n d   v i s u a l i z e   a   3 D   m o d e l   o f   o r g a n s   f r o m   a n   e n d o s c o p i c   v i d e o   t h a t   c a p t u r e s   t h e   s h a p e   a n d   s u r f a c e   a p p e a r a n c e   o f   t h e   o r g a n .   A   k e y   a s p e c t   o f   o u r   s t r a t e g y   i s   t h e   u s e   o f   a d v a n c e d   c o m p u t e r   v i s i o n   t e c h n i q u e s   a n d   u n m o d i f i e d ,   c l i n i c a l - g r a d e   e n d o s c o p y   h a r d w a r e   w i t h   f e w   c o n s t r a i n t s   o n   t h e   i m a g e   a c q u i s i t i o n   p r o t o c o l ,   w h i c h   p r e s e n t s   a   l o w   b a r r i e r   t o   c l i n i c a l   t r a n s l a t i o n .   W e   v a l i d a t e   t h e   a c c u r a c y   a n d   r o b u s t n e s s   o f   o u r   r e c o n s t r u c t i o n   a n d   c o - r e g i s t r a t i o n   m e t h o d   u s i n g   c y s t o s c o p y   v i d e o s   f r o m   t i s s u e - m i m i c k i n g   b l a d d e r   p h a n t o m s   a n d   s h o w   c l i n i c a l   u t i l i t y   d u r i n g   c y s t o s c o p y   i n   t h e   o p e r a t i n g   r o o m   f o r   b l a d d e r   c a n c e r   e v a l u a t i o n .   A s   o u r   m e t h o d   c a n   p o w e r f u l l y   a u g m e n t   t h e   v i s u a l   m e d i c a l   r e c o r d   o f   t h e   a p p e a r a n c e   o f   i n t e r n a l   o r g a n s ,   i t   i s   b r o a d l y   a p p l i c a b l e   t o   e n d o s c o p y   a n d   r e p r e s e n t s   a   s i g n i f i c a n t   a d v a n c e   i n   c a n c e r   s u r v e i l l a n c e   o p p o r t u n i t i e s   f o r   b i g - d a t a   c a n c e r   r e s e a r c h .   ( C )   2 0 1 7   O p t i c a l   S o c i e t y   o f   A m e r i c a 	 [ L u r i e ,   K r i s t e n   L . ;   B o w d e n ,   A u d r e y   K .   E l l e r b e e ]   S t a n f o r d   U n i v ,   D e p t   E l e c t   E n g n ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A ;   [ L u r i e ,   K r i s t e n   L . ;   Z l a t e v ,   D i m i t a r   V . ;   L i a o ,   J o s e p h   C . ]   S t a n f o r d   U n i v ,   D e p t   U r o l ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A ;   [ A n g s t ,   R o l a n d ]   M a x   P l a n c k   I n s t ,   S a a r b r a c e c k e n ,   G e r m a n y 	 B o w d e n ,   A K E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S t a n f o r d   U n i v ,   D e p t   E l e c t   E n g n ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A . ;   L i a o ,   J C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S t a n f o r d   U n i v ,   D e p t   U r o l ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A . 	 j l i a o @ s t a n f o r d . e d u ;   a u d r e y @ e e . s t a n f o r d . e d u 	 	 	 N S F G R F P   f e l l o w s h i p ;   N S F   [ I I P - 1 6 0 2 1 1 8 ] ;   N I H   [ R 0 1   C A 1 6 0 9 8 6 ] ;   M a x   P l a n c k   C e n t e r   f o r   V i s u a l   C o m p u t i n g   a n d   C o m m u n i c a t i o n 	 K L L   w a s   s u p p o r t e d   b y   a n   N S F G R F P   f e l l o w s h i p   a n d   N S F   I I P - 1 6 0 2 1 1 8 ,   J C L   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   N I H   R 0 1   C A 1 6 0 9 8 6 ,   a n d   R A   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   M a x   P l a n c k   C e n t e r   f o r   V i s u a l   C o m p u t i n g   a n d   C o m m u n i c a t i o n . 	 A g e n a n t   M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 4 3 4 8 ;   A i   D N ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 7 ,   P 2 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 7 . 0 0 2 5 6 5 ;   A l d o m a   A ,   2 0 1 2 ,   I E E E   R O B O T   A U T O M   M A G ,   V 1 9 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M R A . 2 0 1 2 . 2 2 0 6 6 7 5 ;   A t a s o y   S ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 6 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 1 . 2 1 7 4 2 5 2 ;   B e h r e n s   A ,   2 0 0 9 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 6 9 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 9 . 5 3 3 3 8 5 4 ;   B e n - H a m a d o u   A ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 1 1 7 ,   P 1 4 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c v i u . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 2 ;   B e n - H a m a d o u   A . ,   2 0 1 0 ,   C   P   I E E E   I M   P R O C ,   P 4 4 2 5 ;   B e r g e n   T . ,   2 0 1 4 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 2 1 9 4 ,   P 1 ;   B o u g u e t   J . - Y . ,   2 0 0 4 ,   C A M E R A   C A L I B R A T I O N   T ;   B o y k o v   Y ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 6 ,   P 1 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 4 . 6 0 ;   B u r s c h k a   D ,   2 0 0 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 9 ,   P 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 5 . 0 5 . 0 0 5 ;   D a s   A J ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 7 ,   P 1 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 7 . 0 0 1 4 4 5 ;   F I S C H L E R   M A ,   1 9 8 1 ,   C O M M U N   A C M ,   V 2 4 ,   P 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 3 5 8 6 6 9 . 3 5 8 6 9 2 ;   F o r s t e r   C .   Q . ,   2 0 0 0 ,   S I B G R A P I ,   P 9 0 ;   G a l   R ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   G R A P H   F O R U M ,   V 2 9 ,   P 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 8 6 5 9 . 2 0 0 9 . 0 1 6 1 7 . x ;   G r a s a   O G ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 3 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 8 2 9 9 7 ;   H a r t l e y   R . ,   2 0 0 3 ,   M U L T I P L E   V I E W   G E O M E T ;   H e r n a n d e z - M i e r   Y ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 4 ,   P 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 2 ;   H u   M X ,   2 0 1 2 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 6 ,   P 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 0 2 ;   J a c q u e s   S L ,   2 0 1 3 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 8 ,   p R 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 8 / 1 1 / R 3 7 ;   K a z h d a n   M . ,   2 0 0 6 ,   P   4   E U R   S   G E O M   P R O C ,   V 7 ,   P 6 1 ;   K i m   Y M ,   2 0 1 3 ,   J   G A S T R O I N T E S T   S U R G ,   V 1 7 ,   P 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 6 0 5 - 0 1 2 - 2 0 9 4 - 0 ;   K o l e v   K ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 8 4 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 0 9 - 0 2 3 3 - 1 ;   L i n d e g a a r d   J C ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 1 ,   P 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 3 2 ;   L o w e   D G ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 6 0 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : V I S I . 0 0 0 0 0 2 9 6 6 4 . 9 9 6 1 5 . 9 4 ;   M a i e r - H e i n   L ,   2 0 1 3 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 7 ,   P 9 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 0 3 ;   M e h m o o d   I ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 4 - 0 1 0 9 - y ;   M i r a n d a - L u n a   R ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 5 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 7 . 9 0 3 5 2 0 ;   M o r i   K ,   2 0 0 2 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 6 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 6 1 - 8 4 1 5 ( 0 2 ) 0 0 0 8 9 - 0 ;   M o u n t n e y   P e t e r ,   2 0 0 9 ,   C o n f   P r o c   I E E E   E n g   M e d   B i o l   S o c ,   V 2 0 0 9 ,   P 1 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 9 . 5 3 3 3 9 3 9 ;   N i s t e r   D ,   2 0 0 6 ,   I E E E   C O M P   S O C   C   C O M P ,   V 2 ,   P 2 1 6 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 6 . 2 6 4 ;   P a n   D ,   2 0 1 2 ,   E U R   U R O L ,   V 6 1 ,   P 1 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 1 8 ;   P e n n e   J o c h e n ,   2 0 0 9 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 2 ,   P 4 6 7 ;   R I L E Y   G F ,   1 9 9 5 ,   M E D   C A R E ,   V 3 3 ,   P 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 5 6 5 0 - 1 9 9 5 0 8 0 0 0 - 0 0 0 0 7 ;   S o p e r   T D ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 9 ,   P 1 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 2 . 2 1 9 1 7 8 3 ;   S t r a s d a t   H ,   2 0 1 0 ,   I E E E   I N T   C O N F   R O B O T ,   P 2 6 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R O B O T . 2 0 1 0 . 5 5 0 9 6 3 6 ;   T o t z   J ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 8 9 1 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 3 6 2 3 - 5 _ 1 2 ;   T r i g g s   B . ,   2 0 0 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   V 1 8 8 3 ,   P 2 9 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / 3 - 5 4 0 - 4 4 4 8 0 - 7 _ 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 3 - 5 4 0 - 4 4 4 8 0 - 7 _ 2 1 ] ;   U y t t e n d a e l e   M ,   2 0 0 4 ,   I E E E   C O M P U T   G R A P H ,   V 2 4 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M C G . 2 0 0 4 . 1 2 9 7 0 1 1 ;   W a e c h t e r   M . ,   2 0 1 4 ,   P   E C C V ,   P 8 3 6 ;   W e n g e r t   C . ,   2 0 0 6 ,   B I L D   M E D ,   V 8 ,   P 4 1 9 ;   Y o s h i m u r a   N . ,   2 0 0 9 ,   C A M P B E L L   W A L S H   U R O L ,   p [ e 1 7 ,   1 7 8 6 ] ;   Z a c h   C ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 3 1 4 ,   P 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 1 5 5 6 1 - 1 _ 2 6 ;   Z h a n g   R . ,   1 9 9 9 ,   R E V I E W ,   V 2 1 ,   P 1 	 4 4 	 0 	 0 	 0 	 0 	 O P T I C A L   S O C   A M E R 	 W A S H I N G T O N 	 2 0 1 0   M A S S A C H U S E T T S   A V E   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 0 3 6   U S A 	 2 1 5 6 - 7 0 8 5 	 	 	 B I O M E D   O P T   E X P R E S S 	 B i o m e d .   O p t .   E x p r e s s 	 A P R   1 	 2 0 1 7 	 8 	 4 	 	 	 	 	 2 1 0 6 	 2 1 2 3 	 	 1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 8 . 0 0 2 1 0 6 	 	 1 8 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E T 7 S T 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 4 9 9 3 0 0 0 0 7 	 	 
 
 J 	 R o v e r a t o ,   A ;   C a s t e l o ,   R 	 	 	 	 R o v e r a t o ,   A l b e r t o ;   C a s t e l o ,   R o b e r t 	 	 	 T h e   n e t w o r k e d   p a r t i a l   c o r r e l a t i o n   a n d   i t s   a p p l i c a t i o n   t o   t h e   a n a l y s i s   o f   g e n e t i c   i n t e r a c t i o n s 	 J O U R N A L   O F   T H E   R O Y A L   S T A T I S T I C A L   S O C I E T Y   S E R I E S   C - A P P L I E D   S T A T I S T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C o n c e n t r a t i o n   m a t r i x ;   C o v a r i a n c e   d e c o m p o s i t i o n ;   G e n e   c o e x p r e s s i o n ;   P a r t i a l   c o r r e l a t i o n ;   U n d i r e c t e d   g r a p h i c a l   m o d e l 	 S Y N T H E T I C   L E T H A L   I N T E R A C T I O N S ;   G A U S S I A N   G R A P H I C A L   M O D E L S ;   G E N O M E ;   D E C O M P O S I T I O N ;   L A N D S C A P E ;   F I T N E S S ;   C A N C E R ;   S C A L E ;   Y E A S T ;   S E T S 	 G e n e t i c   i n t e r a c t i o n s   c o n f e r   r o b u s t n e s s   o n   c e l l s   i n   r e s p o n s e   t o   g e n e t i c   p e r t u r b a t i o n s .   T h i s   o f t e n   o c c u r s   t h r o u g h   m o l e c u l a r   b u f f e r i n g   m e c h a n i s m s   t h a t   c a n   b e   p r e d i c t e d   b y   u s i n g ,   a m o n g   o t h e r   f e a t u r e s ,   t h e   d e g r e e   o f   c o e x p r e s s i o n   b e t w e e n   g e n e s ,   w h i c h   i s   c o m m o n l y   e s t i m a t e d   t h r o u g h   m a r g i n a l   m e a s u r e s   o f   a s s o c i a t i o n   s u c h   a s   P e a r s o n   o r   S p e a r m a n   c o r r e l a t i o n   c o e f f i c i e n t s .   H o w e v e r ,   m a r g i n a l   c o r r e l a t i o n s   a r e   s e n s i t i v e   t o   i n d i r e c t   e f f e c t s   a n d   o f t e n   p a r t i a l   c o r r e l a t i o n s   a r e   u s e d   i n s t e a d .   Y e t ,   p a r t i a l   c o r r e l a t i o n s   c o n v e y   n o   i n f o r m a t i o n   a b o u t   t h e   ( l i n e a r )   i n f l u e n c e   o f   t h e   c o e x p r e s s e d   g e n e s   o n   t h e   e n t i r e   m u l t i v a r i a t e   s y s t e m ,   w h i c h   m a y   b e   c r u c i a l   t o   d i s c r i m i n a t e   f u n c t i o n a l   a s s o c i a t i o n s   f r o m   g e n e t i c   i n t e r a c t i o n s .   T o   a d d r e s s   t h e s e   t w o   s h o r t c o m i n g s ,   h e r e   w e   p r o p o s e   t o   u s e   t h e   e d g e   w e i g h t   d e r i v e d   f r o m   t h e   c o v a r i a n c e   d e c o m p o s i t i o n   o v e r   t h e   p a t h s   o f   t h e   a s s o c i a t e d   g e n e   n e t w o r k .   W e   c a l l   t h i s   n e w   q u a n t i t y   t h e   n e t w o r k e d   p a r t i a l   c o r r e l a t i o n   a n d   u s e   i t   t o   a n a l y s e   g e n e t i c   i n t e r a c t i o n s   i n   y e a s t . 	 [ R o v e r a t o ,   A l b e r t o ]   U n i v   B o l o g n a ,   B o l o g n a ,   I t a l y ;   [ C a s t e l o ,   R o b e r t ]   U n i v   P o m p e u   F a b r a ,   B a r c e l o n a ,   S p a i n 	 R o v e r a t o ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   B o l o g n a ,   D e p t   S t a t   S c i ,   V i a   B e l l e   A r t i   4 1 ,   I - 4 0 1 2 6   B o l o g n a ,   I t a l y . 	 a l b e r t o . r o v e r a t o @ u n i b o . i t 	 	 	 S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E c o n o m y   a n d   C o m p e t i t i v e n e s s   [ T I N   2 0 1 5 - 7 1 0 7 9 - P ] ;   C a t a l a n   A g e n c y   f o r   M a n a g e m e n t   o f   U n i v e r s i t y   a n d   R e s e a r c h   G r a n t s   [ S G R   1 4 - 1 1 2 1 ] ;   E u r o p e a n   C o o p e r a t i o n   i n   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   [ C A 1 5 1 0 9 ] 	 W e   a c k n o w l e d g e   t h e   s u p p o r t   o f   t h e   S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E c o n o m y   a n d   C o m p e t i t i v e n e s s   ( T I N   2 0 1 5 - 7 1 0 7 9 - P ) ,   t h e   C a t a l a n   A g e n c y   f o r   M a n a g e m e n t   o f   U n i v e r s i t y   a n d   R e s e a r c h   G r a n t s   ( S G R   1 4 - 1 1 2 1 )   a n d   t h e   E u r o p e a n   C o o p e r a t i o n   i n   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   ( C A 1 5 1 0 9 ) .   W e   t h a n k   t h e   J o i n t   E d i t o r ,   t h e   A s s o c i a t e   E d i t o r   a n d   t h e   t w o   r e f e r e e s   f o r   t h e i r   c o m m e n t s   t h a t   h a v e   h e l p e d   t o   i m p r o v e   t h e   m a n u s c r i p t . 	 B a r y s h n i k o v a   A ,   2 0 1 0 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 7 ,   P 1 0 1 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 5 3 4 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 5 3 4 ] ;   B r e m   R B ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 8 7 0 9 1 0 2 ;   C a s t e l o   R ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 2 6 2 1 ;   C h e n   B . ,   2 0 1 5 ,   R 4 3 2   U   C A L   A N G   C O G N ;   C h i n   C S ,   2 0 0 8 ,   P L O S   B I O L ,   V 6 ,   P 1 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 0 0 6 0 1 4 6 ;   C o n d e - P u e y o   N ,   2 0 0 9 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 3 - 1 1 6 ;   C o s t a n z o   M ,   2 0 1 0 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 7 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 8 0 8 2 3 ;   C o x   D .   R . ,   1 9 9 6 ,   M U L T I V A R I A T E   D E P E N D E ;   d e   l a   F u e n t e   A ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 3 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 4 4 5 ;   D e L u n a   A ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 1 2 3 ;   D E M P S T E R   A P ,   1 9 7 2 ,   B I O M E T R I C S ,   V 2 8 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 5 2 8 9 6 6 ;   D e s h p a n d e   R ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 6 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 3 9 5 6 ;   E d d y   S R ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 1 ,   P 1 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 5 6 5 5 ;   E i s e n   M B ,   1 9 9 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 5 ,   P 1 4 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 5 . 2 5 . 1 4 8 6 3 ;   F r i e d m a n   N ,   2 0 0 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 3 ,   P 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 9 4 0 6 8 ;   H o t e l l i n g   H ,   1 9 3 6 ,   B I O M E T R I K A ,   V 2 8 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 2 8 . 3 - 4 . 3 2 1 ;   J e r b y - A r n o n   L ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 8 ,   P 1 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 2 7 ;   J o n e s   B ,   2 0 0 5 ,   B I O M E T R I K A ,   V 9 2 ,   P 7 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 9 2 . 4 . 7 7 9 ;   K i m   K . ,   2 0 0 6 ,   U N I V A R I A T E   M U L T I V A R I ;   K o h l h a w   G B ,   2 0 0 3 ,   M I C R O B I O L   M O L   B I O L   R ,   V 6 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M M B R . 6 7 . 1 . 1 - 1 5 . 2 0 0 3 ;   L a u r i t z e n   S .   L . ,   1 9 9 6 ,   G R A P H I C A L   M O D E L S ;   L u o   J ,   2 0 0 9 ,   C E L L ,   V 1 3 7 ,   P 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 6 ;   M a l i o u t o v   D M ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 2 0 3 1 ;   M a r d i a   K . V . ,   1 9 7 9 ,   M U L T I V A R I A T E   A N A L ;   N i j m a n   S M B ,   2 0 1 1 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 2 4 ;   R o b e r t   P . ,   1 9 7 6 ,   A P P L   S T A T ,   V 2 5 ,   P 2 5 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 3 4 7 2 3 3 ;   R O Z E B O O M   W W ,   1 9 6 5 ,   P S Y C H O M E T R I K A ,   V 3 0 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 2 8 9 7 4 7 ;   S c h a f e r   J ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 0 6 2 ;   T i m m   N .   H . ,   2 0 0 2 ,   A P P L   M U L T I V A R I A T E   A N ;   T u c k e r   C L ,   2 0 0 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 5 ,   P 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 1 0 3 - 2 0 4 ;   T u r   I ,   2 0 1 4 ,   G E N E T I C S ,   V 1 9 8 ,   P 1 3 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 4 / g e n e t i c s . 1 1 4 . 1 6 9 5 7 3 ;   W h i t t a k e r   J . ,   1 9 9 0 ,   G R A P H I C A L   M O D E L S   A P P ;   W i n z e l e r   E A ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 5 ,   P 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 5 . 5 4 2 9 . 9 0 1 ;   W i t t e n   D M ,   2 0 0 9 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 0 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x p 0 0 8 ;   W o n g   S L ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 1 5 6 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 6 6 1 4 1 0 1 ;   W r i g h t   S ,   1 9 2 0 ,   J   A G R I C   R E S ,   V 2 0 ,   P 0 5 5 7 ;   Z h o n g   W W ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 1 ,   P 1 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 3 2 8 7 ;   Z u o   Y M ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D S ,   V 6 9 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 0 	 3 8 	 0 	 0 	 0 	 0 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 0 3 5 - 9 2 5 4 	 1 4 6 7 - 9 8 7 6 	 	 J   R   S T A T   S O C   C - A P P L 	 J .   R .   S t a t .   S o c .   S e r .   C - A p p l .   S t a t . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 6 6 	 3 	 	 	 	 	 6 4 7 	 6 6 5 	 	 1 0 . 1 1 1 1 / r s s c . 1 2 1 6 6 	 	 1 9 	 S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 M a t h e m a t i c s 	 E T 8 Z E 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 5 9 3 2 0 0 0 1 1 	 	 
 
 J 	 M o r d a n g ,   J J ;   G u b e r n - M e r i d a ,   A ;   B r i a ,   A ;   T o r t o r e l l a ,   F ;   d e n   H e e t e n ,   G ;   K a r s s e m e i j e r ,   N 	 	 	 	 M o r d a n g ,   J a n - J u r r e ;   G u b e r n - M e r i d a ,   A l b e r t ;   B r i a ,   A l e s s a n d r o ;   T o r t o r e l l a ,   F r a n c e s c o ;   d e n   H e e t e n ,   G e r a r d ;   K a r s s e m e i j e r ,   N i c o 	 	 	 I m p r o v i n g   c o m p u t e r - a i d e d   d e t e c t i o n   a s s i s t a n c e   i n   b r e a s t   c a n c e r   s c r e e n i n g   b y   r e m o v a l   o f   o b v i o u s l y   f a l s e - p o s i t i v e   f i n d i n g s 	 M E D I C A L   P H Y S I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 b r e a s t   c a n c e r   s c r e e n i n g ;   m a m m o g r a p h y ;   c o m p u t e r - a i d e d   d e t e c t i o n ;   m i c r o c a l c i f i c a t i o n s ;   f a l s e   p o s i t i v e s 	 C L U S T E R E D   M I C R O C A L C I F I C A T I O N S ;   M A M M O G R A P H Y ;   D I A G N O S I S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   S E N S I T I V I T Y ;   P E R F O R M A N C E ;   M O R T A L I T Y ;   S Y S T E M S ;   I M P A C T ;   T R I A L 	 P u r p o s e :   C o m p u t e r - a i d e d   d e t e c t i o n   ( C A D e )   s y s t e m s   f o r   m a m m o g r a p h y   s c r e e n i n g   s t i l l   m a r k   m a n y   f a l s e   p o s i t i v e s .   T h i s   c a n   c a u s e   r a d i o l o g i s t s   t o   l o s e   c o n f i d e n c e   i n   C A D e ,   e s p e c i a l l y   w h e n   m a n y   f a l s e   p o s i t i v e s   a r e   o b v i o u s l y   n o t   s u s p i c i o u s   t o   t h e m .   I n   t h i s   s t u d y ,   w e   f o c u s   o n   o b v i o u s   f a l s e   p o s i t i v e s   g e n e r a t e d   b y   m i c r o c a l c i f i c a t i o n   d e t e c t i o n   a l g o r i t h m s .   M e t h o d s :   W e   a i m   a t   r e d u c i n g   t h e  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 d e t e c t e d   7 3 %   a n d   8 3 % ,   r e s p e c t i v e l y .   C o n c l u s i o n s :   O u r   s t u d y   s h o w e d   t h a t   b y   a d d i n g   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   t o   a   C A D e   s y s t e m ,   t h e   n u m b e r   o f   o b v i o u s   f a l s e   p o s i t i v e s   c a n   d e c r e a s e   s i g n i f i c a n t l y   ( P   <   0 . 0 0 0 2 ) .   ( C )   2 0 1 7   A m e r i c a n   A s s o c i a t i o n   o f   P h y s i c i s t s   i n   M e d i c i n e 	 [ M o r d a n g ,   J a n - J u r r e ;   G u b e r n - M e r i d a ,   A l b e r t ;   K a r s s e m e i j e r ,   N i c o ]   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   M e d   C t r ,   D e p t   R a d i o l   &   N u c l   M e d ,   D i a g n o s t   I m a g e   A n a l   G r p ,   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s ;   [ B r i a ,   A l e s s a n d r o ;   T o r t o r e l l a ,   F r a n c e s c o ]   U n i v   C a s s i n o   &   S o u t h e r n   L a z i o ,   D e p t   E l e c t   &   I n f o r m a t   E n g n ,   C a s s i n o ,   I t a l y ;   [ d e n   H e e t e n ,   G e r a r d ]   A m s t e r d a m   M e d   C t r ,   D e p t   R a d i o l ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s 	 M o r d a n g ,   J J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   M e d   C t r ,   D e p t   R a d i o l   &   N u c l   M e d ,   D i a g n o s t   I m a g e   A n a l   G r p ,   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s . 	 J a n - J u r r e . M o r d a n g @ r a d b o u d u m c . n l 	 	 	 D u t c h   C a n c e r   S o c i e t y   [ K U N   2 0 1 2 - 5 5 7 7 ] ;   F o u n d a t i o n   o f   P o p u l a t i o n   S c r e e n i n g   M i d   W e s t 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   f u n d e d   b y   g r a n t   K U N   2 0 1 2 - 5 5 7 7   o f   t h e   D u t c h   C a n c e r   S o c i e t y   a n d   s u p p o r t e d   b y   t h e   F o u n d a t i o n   o f   P o p u l a t i o n   S c r e e n i n g   M i d   W e s t . 	 B o r n e f a l k   H ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 4 1 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 8 4 4 4 3 3 ,   1 0 . 1 1 1 1 / 1 . 1 8 4 4 4 3 3 ] ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r i a   A ,   2 0 1 4 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 8 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 1 4 ;   B r o w n   J ,   1 9 9 6 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 1 2 ,   P 8 0 9 ;   B u r h e n n e   L J W ,   2 0 0 0 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 1 5 ,   P 5 5 4 ;   C o l e   E B ,   2 0 1 2 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 9 9 ,   p W 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 1 . 7 2 5 5 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   C u p p l e s   T E ,   2 0 0 5 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 8 5 ,   P 9 4 4 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 0 4 . 1 3 0 0 ;   E a d i e   L H ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 1 ,   p E 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 9 8 ;   E f r o n   B . ,   1 9 9 4 ,   I N T R O   B O O T S T R A P ,   V 5 7 ;   E l a n g e e r a n   M ,   2 0 1 4 ,   I N T   S E N S   S E N S   N E T W   I ,   P 1 ;   F e n t o n   J J ,   2 0 0 7 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 6 ,   P 1 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 6 6 0 9 9 ;   F r a n g i   A F ,   1 9 9 9 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 1 6 7 9 ,   P 3 5 8 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 0 0 ,   A N N   S T A T ,   V 2 8 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o s / 1 0 1 6 2 1 8 2 2 3 ;   H e   X ,   2 0 1 3 ,   M E D   I M A G I N G ;   H o r s c h   K ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 2 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 7 0 0 1 6 8 ;   H s u   C - W ,   2 0 1 0 ,   P R A C T I C A L   G U I D E   S U P P ;   H U   M ,   1 9 6 2 ,   I R E   T   I N F O R M   T H E O R ,   V 8 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 1 9 6 2 . 1 0 5 7 6 9 2 ;   H u y n h   P T ,   1 9 9 8 ,   R A D I O G R A P H I C S ,   V 1 8 ,   P 1 1 3 7 ;   K a r s s e m e i j e r   N ,   2 0 0 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 3 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 5 3 2 0 9 0 2 2 5 ;   L e h m a n   C D ,   2 0 1 5 ,   J A M A   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 5 ,   P 1 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a i n t e r n m e d . 2 0 1 5 . 5 2 3 1 ;   L i e n h a r t   R ,   2 0 0 2 ,   I C I P ,   V 1 ,   p I 9 0 0 ;   M o r d a n g   J J ,   2 0 1 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 3 ,   P 1 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 4 3 3 7 6 ;   N i s h i k a w a   R A ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 9 ;   P a p a g e o r g i o u   C ,   1 9 9 8 ,   C O M P   V I S   1 9 9 8   6   I N T ,   P 5 5 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C V . 1 9 9 8 . 7 1 0 7 7 2 ;   P h i l p o t t s   L E ,   2 0 0 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 3 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 5 3 1 0 9 0 6 8 9 ;   S a m u e l s o n   F W ,   2 0 0 6 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 3 1 2 ;   S k l a n s k y   J ,   1 9 8 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 1 ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 8 2 ) 9 0 0 1 6 - 2 ;   T A B A R   L ,   1 9 8 5 ,   L A N C E T ,   V 1 ,   P 8 2 9 ;   T a b a r   L ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 0 ,   P 6 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 1 1 1 0 4 6 9 ;   T o r r a l b a   A ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 9 ,   P 8 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 1 0 5 5 ;   v a n   L u i j t   P A ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 3 5 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 2 0 ;   V e l d k a m p   W J H ,   1 9 9 9 ,   P R O C   S P I E ,   V 3 6 6 1 ,   P 5 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 3 4 8 6 0 7 ;   V e l d k a m p   W J H ,   2 0 0 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 7 ,   P 2 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 3 1 8 2 2 1 ;   W e i   L Y ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 4 . 8 4 2 4 5 7 	 3 5 	 0 	 0 	 0 	 0 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 0 9 4 - 2 4 0 5 	 2 4 7 3 - 4 2 0 9 	 	 M E D   P H Y S 	 M e d .   P h y s . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 4 4 	 4 	 	 	 	 	 1 3 9 0 	 1 4 0 1 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / m p . 1 2 1 5 2 	 	 1 2 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E T 8 S Z 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 5 7 2 7 0 0 0 1 8 	 2 8 1 8 2 2 7 7 	 
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 M i c r o s c o p y   M o l   P a t h o l ,   N i c o s i a ,   C y p r u s ;   [ K a k k o u r a ,   M a r i a   G . ;   D e m e t r i o u ,   C h r i s t i a n a   A . ;   H a d j i s a v v a s ,   A n d r e a s ;   K y r i a c o u ,   K y r i a c o s ]   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   C y p r u s   S c h   M o l   M e d ,   N i c o s i a ,   C y p r u s ;   [ D e m e t r i o u ,   C h r i s t i a n a   A . ]   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   N e u r o l   C l i n   D ,   N i c o s i a ,   C y p r u s ;   [ L o u c a i d e s ,   G i o r g o s ]   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   N i c o s i a ,   C y p r u s ;   [ K a k o u r i ,   E l e n i ]   B a n k   C y p r u s   O n c o l   C t r ,   D e p t   M e d   O n c o l ,   N i c o s i a ,   C y p r u s 	 H a d j i s a v v a s ,   A ;   K y r i a c o u ,   K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   D e p t   E l e c t r o n   M i c r o s c o p y   M o l   P a t h o l ,   N i c o s i a ,   C y p r u s . ;   H a d j i s a v v a s ,   A ;   K y r i a c o u ,   K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   C y p r u s   S c h   M o l   M e d ,   N i c o s i a ,   C y p r u s . 	 a h s a v v a s @ c i n g . a c . c y ;   k y r i a c o s @ c i n g . a c . c y 	 	 	 E u r o p e a n   R e g i o n a l   D e v e l o p m e n t   F u n d ;   R e p u b l i c   o f   C y p r u s   t h r o u g h   t h e   R e s e a r c h   P r o m o t i o n   F o u n d a t i o n   [ Y G E I A / B I O S / 0 3 1 1 ( B I E / 0 7 ) ,   N E W   I N F R A S T R U C T U R E / N E K Y P / 0 3 1 1 / 1 7 ,   Y G E I A   0 1 0 4 / 1 3 ,   Y G E I A   0 1 0 4 / 1 7 ] ;   C y p r u s   I n s t i t u t e   o f   N e u r o l o g y   a n d   G e n e t i c s ;   E u r o b a n k   C y p r u s   S c h o l a r s h i p   t h r o u g h   t h e   C y p r u s   S c h o o l   o f   M o l e c u l a r   M e d i c i n e ;     [ N E K Y P / 0 3 1 1 / 1 7 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   c o - f u n d e d   b y   t h e   E u r o p e a n   R e g i o n a l   D e v e l o p m e n t   F u n d   a n d   t h e   R e p u b l i c   o f   C y p r u s   t h r o u g h   t h e   R e s e a r c h   P r o m o t i o n   F o u n d a t i o n   ( P r o j e c t   Y G E I A / B I O S / 0 3 1 1 ( B I E / 0 7 ) ,   P r o j e c t   N E W   I N F R A S T R U C T U R E / N E K Y P / 0 3 1 1 / 1 7 ,   N o r w a y   g r a n t s ,   Y G E I A   0 1 0 4 / 1 3 ,   Y G E I A   0 1 0 4 / 1 7 ) ,   a n d   t h e   C y p r u s   I n s t i t u t e   o f   N e u r o l o g y   a n d   G e n e t i c s .   M .   G .   K .   w a s   f u n d e d   b y   t h e   E u r o b a n k   C y p r u s   S c h o l a r s h i p   p r o v i d e d   t h r o u g h   t h e   C y p r u s   S c h o o l   o f   M o l e c u l a r   M e d i c i n e .   K .   S .   w a s   f u n d e d   b y   t h e   P r o j e c t   N E K Y P / 0 3 1 1 / 1 7 .   F u r t h e r ,   w e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   a l l   t h e   s t u d y   p a r t i c i p a n t s   a n d   a c k n o w l e d g e   t h e   h e l p   o f   t h e   f o l l o w i n g   c a n c e r   p a t i e n t ' s   o r g a n i z a t i o n s :   t h e   P a n c y p r i a n   A s s o c i a t i o n   o f   C a n c e r   P a t i e n t s   a n d   F r i e n d s ,   E u r o p a   D o n n a   C y p r u s ,   t h e   C y p r u s   A n t i c a n c e r   S o c i e t y   a s   w e l l   a s   D r .   V a i o s   P a r t a s i d e s ,   d i r e c t o r   o f   t h e   N a t i o n a l   b r e a s t   c a n c e r   s c r e e n i n g   p r o g r a m   a n d   h i s   t e a m .   W e   a l s o   w o u l d   l i k e   t o   e x p r e s s   o u r   a p p r e c i a t i o n   t o   t h e   f o l l o w i n g   d o c t o r s :   M a r i a   D a n i e l ,   P a n a y i o t i s   P a p a d o p o u l o s ,   S i m o n   M a l a s ,   a n d   Y i o l a   M a r c o u   a s   w e l l   a s   t o   a l l   t h e   n u r s e s   a n d   v o l u n t e e r s   w h o   p r o v i d e d   v a l u a b l e   h e l p   t o w a r d   t h e   r e c r u i t m e n t   o f   t h e   s t u d y   p a r t i c i p a n t s .   L a s t l y ,   w e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   D r .   K y r i a k i   M i c h a i l i d o u   f o r   h e r   a d v i c e   a n d   g u i d a n c e   c o n c e r n i n g   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s . 	 A n d e r s o n   O S ,   2 0 1 2 ,   J   N U T R   B I O C H E M ,   V 2 3 ,   P 8 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j n u t b i o . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 3 ;   A s h o o r i   M ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 1 1 ,   P 1 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 1 4 0 0 0 1 7 8 ;   A s t a r i t a   G ,   2 0 1 3 ,   J   N U T R I G E N E T   N U T R I G E ,   V 6 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 5 4 4 0 3 ;   A z z i n i   E ,   2 0 1 1 ,   N U T R   J ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 2 8 9 1 - 1 0 - 1 2 5 ;   B a g   A ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 7 ,   P 3 2 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 8 - 0 2 3 5 ;   D a   C o s t a   L A ,   2 0 1 2 ,   A N N   N U T R   M E T A B ,   V 6 0 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 3 7 3 1 1 ;   D e m e t r i o u   C A ,   2 0 1 2 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 2 - 1 1 3 ;   D u s i n s k a   M ,   2 0 0 1 ,   M U T A T   R E S - F U N D   M O L   M ,   V 4 8 2 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 7 - 5 1 0 7 ( 0 1 ) 0 0 2 0 9 - 3 ;   F r i s o   S ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 5 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 2 0 6 6 2 9 9 ;   F r i s o   S ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 2 ,   P 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 2 - 0 8 5 9 ;   F R O S S T   P ,   1 9 9 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 1 0 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 0 5 9 5 - 1 1 1 ;   F u k u d a   N ,   2 0 1 4 ,   J   N U T R   S C I   V I T A M I N O L ,   V 6 0 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 3 1 7 7 / j n s v . 6 0 . 2 3 1 ;   G e r b e r   M ,   2 0 0 3 ,   C L I N   C H E M   L A B   M E D ,   V 4 1 ,   P 9 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / C C L M . 2 0 0 3 . 1 5 3 ;   G i a c o s a   A ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R   P R E V ,   V 2 2 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / C E J . 0 b 0 1 3 e 3 2 8 3 5 4 d 2 d 7 ;   G r o s s o   G ,   2 0 1 3 ,   B M C   S U R G ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 8 2 - 1 3 - S 2 - S 1 4 ;   H a d j i s a v v a s   A ,   2 0 1 0 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 0 - 4 4 7 ;   H o d g e s   R .   E . ,   2 0 1 5 ,   J   N U T R   M E T A B ,   V 2 0 1 5 ;   H o f f m a n   R ,   2 0 1 5 ,   N U T R I E N T S ,   V 7 ,   P 7 9 2 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / n u 7 0 9 5 3 7 1 ;   K a k k o u r a   M G ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   N U T R ,   V 5 5 ,   P 1 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 9 4 - 0 1 5 - 0 9 7 1 - 5 ;   K a k k o u r a   M G ,   2 0 1 5 ,   G E N E S   N U T R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 6 3 - 0 1 5 - 0 4 5 3 - 7 ;   K a k k o u r a   M .   G . ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   N U T R ,   P 1 ;   K a p u t   J ,   2 0 0 4 ,   P H Y S I O L   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   P 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / p h y s i o l g e n o m i c s . 0 0 1 0 7 . 2 0 0 3 ;   K i m   D S ,   2 0 1 3 ,   J   L I P I D   R E S ,   V 5 4 ,   P 1 5 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 4 / j l r . P 0 3 5 2 3 8 ;   L a k s h m i   S V V ,   2 0 1 3 ,   C E L L   B I O C H E M   B I O P H Y S ,   V 6 7 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 3 - 0 1 1 - 9 3 2 2 - 1 ;   L a m p e   J W ,   2 0 0 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 9 ,   p S 1 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 2 0 0 9 . 2 6 7 3 6 D ;   L e e   D H ,   2 0 0 9 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 1 7 ,   P 1 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 9 / e h p . 0 9 0 0 7 4 1 ;   L e r t r a t a n a n g k o o n   K ,   1 9 9 7 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 1 2 0 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 4 - 3 8 3 5 ( 9 7 ) 0 0 3 0 0 - 5 ;   L i n   J ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 8 ,   P 2 0 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 8 - 1 1 7 4 ;   L o c a s a l e   J W ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 5 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 5 5 7 ;   L u   S C ,   2 0 0 9 ,   M O L   A S P E C T S   M E D ,   V 3 0 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a m . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 0 5 ;   M c C a f f e r y   J M ,   2 0 1 2 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 5 ,   P 1 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 1 . 0 2 6 9 5 5 ;   M o o s e r   V ,   2 0 0 3 ,   C U R R   O P I N   L I P I D O L ,   V 1 4 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . m o l . 0 0 0 0 0 6 4 0 4 3 . 6 8 9 3 6 . a 4 ;   N a u s h a d   S M ,   2 0 1 1 ,   C E L L   B I O C H E M   B I O P H Y S ,   V 6 1 ,   P 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 3 - 0 1 1 - 9 2 4 5 - x ;   N a z k i   F H ,   2 0 1 4 ,   G E N E ,   V 5 3 3 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 6 3 ;   N i s h i o   K ,   2 0 0 8 ,   J   E P I D E M I O L ,   V 1 8 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 8 8 / j e a . J E 2 0 0 7 4 1 7 ;   M u n o z   J M O ,   2 0 1 3 ,   N U T R   H O S P ,   V 2 8 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 0 5 / n h . 2 0 1 3 . 2 8 . s u p 5 . 6 9 1 9 ;   P o u n i s   G ,   2 0 1 4 ,   N U T R I T I O N ,   V 3 0 ,   P 8 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n u t . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 1 4 ;   P o w e r s   H J ,   2 0 0 3 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 7 7 ,   P 1 3 5 2 ;   R e s z k a   E ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 9 6 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 9 / B J N 2 0 0 6 1 8 7 8 ;   R e z k   B M ,   2 0 0 3 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 5 5 ,   P 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 4 - 5 7 9 3 ( 0 3 ) 0 1 3 5 8 - 9 ;   R u b i o - T a p i a   A ,   2 0 1 3 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 1 0 8 ,   P 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a j g . 2 0 1 3 . 7 9 ;   S c a g l i o n e   F ,   2 0 1 4 ,   X E N O B I O T I C A ,   V 4 4 ,   P 4 8 0 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 0 4 9 8 2 5 4 . 2 0 1 3 . 8 4 5 7 0 5 ;   S c a l b e r t   A ,   2 0 1 4 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 9 ,   P 1 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 3 . 0 7 6 1 3 3 ;   S c a r a m u z z a   A n d r e a   E ,   2 0 1 3 ,   W o r l d   J   D i a b e t e s ,   V 4 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 4 2 3 9 / w j d . v 4 . i 4 . 1 3 0 ;   S h i m o d a M a t s u b a y a s h i   S ,   1 9 9 6 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 2 2 6 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / b b r c . 1 9 9 6 . 1 3 9 4 ;   S i m o p o u l o s   A P ,   2 0 0 4 ,   E U R   J   C A N C E R   P R E V ,   V 1 3 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / c e j . 0 0 0 0 1 3 0 0 1 1 . 9 9 1 4 8 . 0 7 ;   S m i t h   G D ,   2 0 1 1 ,   G E N E S   N U T R ,   V 6 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 6 3 - 0 1 0 - 0 1 8 1 - y ;   S o f i   F ,   2 0 1 3 ,   B I O F A C T O R S ,   V 3 9 ,   P 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i o f . 1 0 9 6 ;   S t e c k   S E ,   2 0 0 7 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 8 ,   P 1 9 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g m 1 4 1 ;   S t e i n b r e c h e r   A ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 9 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 9 - 0 6 6 0 ;   S u t t o n   A ,   2 0 0 3 ,   P H A R M A C O G E N E T I C S ,   V 1 3 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . f p c . 0 0 0 0 0 5 4 0 6 7 . 6 4 0 0 0 . 8 f ;   T R I C H O P O U L O U   A ,   1 9 9 5 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 1 1 ,   P 1 4 5 7 ;   U e l a n d   P M ,   2 0 1 5 ,   A N N U   R E V   N U T R ,   V 3 5 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - n u t r - 0 7 1 7 1 4 - 0 3 4 3 3 0 ;   U e l a n d   P M ,   2 0 0 1 ,   T R E N D S   P H A R M A C O L   S C I ,   V 2 2 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 5 - 6 1 4 7 ( 0 0 ) 0 1 6 7 5 - 8 ;   v a n   d e r   K l o e t   F M ,   2 0 0 9 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 8 ,   P 5 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 9 0 0 4 9 9 r ;   V i s i o l i   F ,   2 0 0 4 ,   E U R   J   C A N C E R   P R E V ,   V 1 3 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . c e j . 0 0 0 0 1 3 7 5 1 3 . 7 1 8 4 5 . f 6 ;   W o o d s i d e   J V ,   2 0 0 5 ,   P   N U T R   S O C ,   V 6 4 ,   P 5 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 9 / P N S 2 0 0 5 4 6 4 ;   W u   A H ,   2 0 0 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 9 ,   P 1 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 2 0 0 8 . 2 6 9 1 5 ;   Y i   P ,   2 0 0 0 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 5 ,   P 2 9 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 0 0 2 7 2 5 2 0 0 ;   Z h a n g   R H ,   2 0 1 5 ,   N U T R I E N T S ,   V 7 ,   P 4 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / n u 7 0 6 4 6 6 1 	 6 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 1 6 1 3 - 4 1 2 5 	 1 6 1 3 - 4 1 3 3 	 	 M O L   N U T R   F O O D   R E S 	 M o l .   N u t r .   F o o d   R e s . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 6 1 	 4 	 	 	 	 	 	 	 U N S P   1 6 0 0 5 5 8 	 1 0 . 1 0 0 2 / m n f r . 2 0 1 6 0 0 5 5 8 	 	 1 4 	 F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y 	 F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y 	 E T 8 S R 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 5 7 1 9 0 0 0 0 8 	 	 
 
 J 	 J a n a ,   T ;   G h o s h ,   A ;   D a s   M a n d a l ,   S ;   B a n e r j e e ,   R ;   S a h a ,   S 	 	 	 	 J a n a ,   T a n m o y ;   G h o s h ,   A b h i r u p a ;   D a s   M a n d a l ,   S u k h e n ;   B a n e r j e e ,   R a j a ;   S a h a ,   S u d i p t o 	 	 	 P P I M p r e d :   a   w e b   s e r v e r   f o r   h i g h - t h r o u g h p u t   s c r e e n i n g   o f   s m a l l   m o l e c u l e s   t a r g e t i n g   p r o t e i n - p r o t e i n   i n t e r a c t i o n 	 R O Y A L   S O C I E T Y   O P E N   S C I E N C E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 p r o t e i n - p r o t e i n   i n t e r a c t i o n ;   m o d u l a t o r s ;   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ;   d o c k i n g 	 D A T A B A S E ;   I N T E R F A C E S ;   I N H I B I T O R S ;   B I N D I N G ;   F A M I L Y ;   M Y C ;   M A X 	 P P I M p r e d   i s   a   w e b   s e r v e r   t h a t   a l l o w s   h i g h - t h r o u g h p u t   s c r e e n i n g  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 T o   f u r t h e r   r e a l i z e   t h e   r o b u s t n e s s   o f   t h i s   a p p r o a c h ,   h i t s   w i t h   h i g h   a n d   r a n d o m   S V M   s c o r e s   w e r e   u s e d   f o r   m o l e c u l a r   d o c k i n g   i n   A u t o D o c k   V i n a   w h e r e i n   t h e   m o l e c u l e s   w i t h   h i g h   a n d   r a n d o m   p r e d i c t e d   S V M   s c o r e s   y i e l d e d   m o d e r a t e l y   s i g n i f i c a n t   d o c k i n g   s c o r e s   ( p - v a l u e s   <   0 . 1 ) .   I n   a d d i t i o n   t o   t h e   a b o v e - m e n t i o n e d   c l a s s i f i c a t i o n   s c h e m e ,   t h i s   w e b   s e r v e r   a l s o   a l l o w s   u s e r s   t o   g e t   t h e   s t r u c t u r a l   a n d   c h e m i c a l   s i m i l a r i t i e s   w i t h   k n o w n   c h e m i c a l   m o d u l a t o r s   o r   d r u g - l i k e   m o l e c u l e s   b a s e d   o n   T a n i m o t o   c o e f f i c i e n t   s i m i l a r i t y   s e a r c h   a l g o r i t h m .   P P I M p r e d   i s   f r e e l y   a v a i l a b l e   a t   h t t p : / / b i c r e s o u r c e s . j c b o s e . a c . i n / s s a h a 4 / P P I M p r e d / . 	 [ J a n a ,   T a n m o y ;   D a s   M a n d a l ,   S u k h e n ;   S a h a ,   S u d i p t o ]   B o s e   I n s t ,   B i o i n f o r m a t   C t r ,   P 1 - 1 2 , C I T   R d , S c h e m e   7   M ,   K o l k a t a ,   W   B e n g a l ,   I n d i a ;   [ G h o s h ,   A b h i r u p a ;   B a n e r j e e ,   R a j a ]   M a u l a n a   A b u l   K a l a m   A z a d   U n i v   T e c h n o l ,   D e p t   B i o i n f o r m a t ,   K o l k a t a ,   W   B e n g a l ,   I n d i a ;   [ B a n e r j e e ,   R a j a ]   M a u l a n a   A b u l   K a l a m   A z a d   U n i v   T e c h n o l ,   D e p t   B i o t e c h n o l ,   K o l k a t a ,   W   B e n g a l ,   I n d i a 	 S a h a ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B o s e   I n s t ,   B i o i n f o r m a t   C t r ,   P 1 - 1 2 , C I T   R d , S c h e m e   7   M ,   K o l k a t a ,   W   B e n g a l ,   I n d i a . 	 s s a h a 4 @ j c b o s e . a c . i n 	 	 	 D e p a r t m e n t   o f   B i o t e c h n o l o g y   f o r   R a m a l i n g a s w a m i   f e l l o w s h i p   [ B T / R L F / R e e n t r y / 1 1 / 2 0 1 1 ] ;   I n d i a n   C o u n c i l   o f   M e d i c a l   R e s e a r c h   f o r   S e n i o r   R e s e a r c h   F e l l o w s h i p 	 T h i s   p r o j e c t   w a s   s u p p o r t e d   b y   D e p a r t m e n t   o f   B i o t e c h n o l o g y   f o r   R a m a l i n g a s w a m i   f e l l o w s h i p   ( B T / R L F / R e e n t r y / 1 1 / 2 0 1 1 ) .   T . J .   t h a n k s   I n d i a n   C o u n c i l   o f   M e d i c a l   R e s e a r c h   f o r   S e n i o r   R e s e a r c h   F e l l o w s h i p . 	 A r k i n   M R ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 3 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 1 3 4 3 ;   B e r g   T ,   2 0 1 1 ,   C U R R   T O P   M I C R O B I O L ,   V 3 4 8 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 8 2 _ 2 0 1 0 _ 9 0 ;   B L A C K W O O D   E M ,   1 9 9 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 5 1 ,   P 1 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 0 0 6 4 1 0 ;   C a o   Y ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 1 7 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 3 0 7 ;   C h a k r a b o r t y   J ,   2 0 1 4 ,   E N V   M I C R O B I O L   R E P ,   V 6 ,   P 5 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 7 5 8 - 2 2 2 9 . 1 2 1 8 2 ;   D a i   H M ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 6 9 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 3 - 0 9 4 0 ;   G a n d h i   L ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 9 ,   P 9 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 0 . 3 1 . 6 2 0 8 ;   G a u l t o n   A ,   2 0 1 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 5 ,   p D 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k w 1 0 7 4 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a m o n   V ,   2 0 1 3 ,   J   R   S O C   I N T E R F A C E ,   V 1 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 9 8 / r s i f . 2 0 1 3 . 0 8 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / R S I F . 2 0 1 3 . 0 8 6 0 ] ;   H a u r y   A C ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 8 2 1 0 ;   H i g u e r u e l o   A P ,   2 0 0 9 ,   C H E M   B I O L   D R U G   D E S ,   V 7 4 ,   P 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 7 - 0 2 8 5 . 2 0 0 9 . 0 0 8 8 9 . x ;   H w a n g   J J ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 4 0 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 0 - 0 8 2 2 ;   I v a n o v   A S ,   2 0 0 7 ,   J   B I O I N F   C O M P U T   B I O L ,   V 5 ,   P 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 7 2 0 0 0 7 0 0 2 8 2 5 ;   J o a c h i m s   T ,   2 0 0 2 ,   L E A R N I N G   C L A S S I F Y   T E ;   K A T O   G J ,   1 9 9 2 ,   G E N E   D E V ,   V 6 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 6 . 1 . 8 1 ;   M o r e l l i   X ,   2 0 1 2 ,   E M B O   R E P ,   V 1 3 ,   P 8 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o r . 2 0 1 2 . 1 3 7 ;   M o r r i s   G M ,   2 0 0 9 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 3 0 ,   P 2 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 1 2 5 6 ;   M u l l a r d   A ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 1 ,   P 1 7 2 ;   M u r r a y   J K ,   2 0 0 7 ,   P E P T   S C I ,   V 8 8 ,   P 6 5 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / B I P . 2 0 7 4 1 ;   N e r o   T L ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 4 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 6 9 0 ;   P o r o i k o v   V V ,   2 0 0 3 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 3 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 2 0 0 4 8 r ;   S h a n g a r y   S ,   2 0 0 9 ,   A N N U   R E V   P H A R M A C O L ,   V 4 9 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . p h a r m t o x . 4 8 . 1 1 3 0 0 6 . 0 9 4 7 2 3 ;   S u n g h w a n   J ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   p D 1 2 0 2 ;   T a y l o r   I W ,   2 0 0 9 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 7 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 1 5 2 2 ;   T r o t t   O ,   2 0 1 0 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 3 1 ,   P 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 1 3 3 4 ;   v a n   D e l f t   M F ,   2 0 0 6 ,   C E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . c r . 7 3 1 0 0 2 8 ;   W e l l s   J A ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 5 0 ,   P 1 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 6 5 2 6 ;   W h i t e   A l e x   W ,   2 0 0 8 ,   E x p e r t   R e v   M o l   M e d ,   V 1 0 ,   p e 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 4 6 2 3 9 9 4 0 8 0 0 0 6 4 1 	 2 9 	 0 	 0 	 0 	 0 	 R O Y A L   S O C 	 L O N D O N 	 6 - 9   C A R L T O N   H O U S E   T E R R A C E ,   L O N D O N   S W 1 Y   5 A G ,   E N G L A N D 	 2 0 5 4 - 5 7 0 3 	 	 	 R O Y   S O C   O P E N   S C I 	 R .   S o c .   O p e n   S c i . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 4 	 4 	 	 	 	 	 	 	 1 6 0 5 0 1 	 1 0 . 1 0 9 8 / r s o s . 1 6 0 5 0 1 	 	 1 1 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E T 8 C Z 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 5 2 7 2 0 0 0 0 2 	 2 8 4 8 4 6 0 2 	 
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 a r e a   u n d e r   t h e   R O C   c u r v e   ( A U C )   v a l u e   o f   0 . 9 6 1 7 ,   w h i c h   o u t p e r f o r m s   m o s t   o t h e r   s t a t e - o f - t h e - a r t   b r e a s t   M R I   C A D x   s y s t e m s .   C o m p a r e d   w i t h   o t h e r   m e t h o d s ,   o u r   p r o p o s a l   s i g n i f i c a n t l y   r e d u c e s   t h e   f a l s e - p o s i t i v e   c l a s s i f i c a t i o n   r a t e . 	 [ L u ,   W e i ;   L i ,   Z h e ;   C h u ,   J i n g h u i ]   T i a n j i n   U n i v ,   S c h   E l e c t   I n f o r m a t   E n g n ,   T i a n j i n   3 0 0 0 7 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 C h u ,   J H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T i a n j i n   U n i v ,   S c h   E l e c t   I n f o r m a t   E n g n ,   T i a n j i n   3 0 0 0 7 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 l u w e i @ t j u . e d u . c n ;   t y w z l i z h e 2 9 1 2 1 @ 1 2 6 . c o m ;   c j h @ t j u . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   [ 6 1 2 7 1 0 6 9 ] 	 S u p p o r t   f o r   t h i s   r e s e a r c h   w a s   p r o v i d e d   b y   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   g r a n t   N o .   6 1 2 7 1 0 6 9 .   W e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   H o n g h u i   H o u ,   F e n g s h u o   H u ,   a n d   Z e r u i   W u   f o r   t h e i r   c o n t r i b u t i o n   i n   b u i l d i n g   t h e   d a t a   s e t   u s e d   i n   t h i s   p a p e r .   W e   a r e   a l s o   g r a t e f u l   t o   t h e   e d i t o r   a n d   r e v i e w e r s   f o r   t h e i r   v a l u a b l e   c o m m e n t s   a n d   s u g g e s t i o n s   o n   t h i s   p a p e r . 	 A b d e l - N a s s e r   M ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 9 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 7 2 ;   A l t h u i s   M . D . ,   I N T   J   E P I D E M I O L ,   V 3 4 ;   B i g l i a   N ,   2 0 1 1 ,   E J S O - E U R   J   S U R G   O N C ,   V 3 7 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j s o . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 1 ;   C a s c i o   D ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   N U C L   S C I ,   V 5 3 ,   P 2 8 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N S . 2 0 0 6 . 8 7 8 0 0 3 ;   C h a i e b   R ,   2 0 1 4 ,   2 0 1 4   6 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O F   S O F T   C O M P U T I N G   A N D   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N   ( S O C P A R ) ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S O C P A R . 2 0 1 4 . 7 0 0 8 0 0 6 ;   C h e n   D R ,   2 0 0 0 ,   S E M I N   U L T R A S O U N D   C T ,   V 2 1 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 8 7 - 2 1 7 1 ( 0 0 ) 9 0 0 2 5 - 8 ;   C h e n   Y ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   I N T E L   H U M   M A C H ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I H M S C . 2 0 1 2 . 1 3 8 ;   C h u   J H ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 3 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 1 6 1 2 ;   C O N N E R S   R W ,   1 9 8 0 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 ,   P 2 0 4 ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 2 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 6 ;   F a w c e t t   T . ,   2 0 0 4 ,   M A C H   L E A R N ,   V 3 1 ,   P 1 ;   F r e u n d   Y . ,   1 9 9 5 ,   C o m p u t a t i o n a l   L e a r n i n g   T h e o r y .   S e c o n d   E u r o p e a n   C o n f e r e n c e ,   E u r o C O L T   ' 9 5 .   P r o c e e d i n g s ,   P 2 3 ;   G a l a r   M ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   C ,   V 4 2 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C C . 2 0 1 1 . 2 1 6 1 2 8 5 ;   G a l l o w a y   M M ,   1 9 7 5 ,   C O M P U T E R   G R A P H I C S   I M ,   V 4 ,   P 1 7 2 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 6 - 6 6 4 X ( 7 5 ) 8 0 0 0 8 - 6 ,   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 7 4 - 0 0 4 - 0 5 3 6 - 9 ] ;   G E M A N   S ,   1 9 9 2 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 1 9 9 2 . 4 . 1 . 1 ;   G i g e r   M L ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 5 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 0 1 3 5 5 5 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H e   H B ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 1 ,   P 1 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 8 . 2 3 9 ;   H o n d a   E . ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   P 1 ;   H o n g   J i g u a n g ,   1 9 8 4 ,   A c t a   A u t o m a t i c a   S i n i c a ,   V 1 0 ,   P 2 2 ;   H o w l a d e r   N ,   1 9 7 5 ,   S E E R   C A N C   S T A T   R E V ;   K a n g   P S ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 2 3 2 ,   P 8 3 7 ;   K i r a   K . ,   1 9 9 2 ,   P   9   I N T   W O R K S H   M A C H ,   P 2 4 9 ;   K i t a n o v s k i   I ,   2 0 1 1 ,   2 0 1 1   4   I N T   C   I M   S I G N ,   V 2 ,   P 8 8 8 ;   K i t t l e r   J . ,   1 9 8 6 ,   H D B   P A T T E R N   R E C O G N I T ,   P 5 9 ;   K o h a v i   R ,   1 9 9 7 ,   A R T I F   I N T E L L ,   V 9 7 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 4 - 3 7 0 2 ( 9 7 ) 0 0 0 4 3 - X ;   K r i e g e   M ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 1 ,   P 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 3 1 7 5 9 ;   L a g   R . ,   1 9 7 5 ,   S E E R   C A N C   S T A T   R E V ;   L i u   X M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   S Y S T   J ,   V 8 ,   P 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S Y S T . 2 0 1 3 . 2 2 8 6 5 3 9 ;   M u d i g o n d a   N R ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 9 ,   P 1 0 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 8 8 7 6 1 8 ;   N i e   K ,   2 0 0 8 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 5 ,   P 1 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 0 5 ;   p i n g   T i a n   D . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   M U L T I M E D I A   U B I ,   V 8 ,   P 3 8 5 ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   1 9 8 6 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 1 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 3 2 0 4 8 7 7 ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   2 0 1 4 ,   C 4   5   P R O G R A M S   M A C H I N ;   G o n z a l e z   R a f a e l   C . ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ;   R e n z   D M ,   2 0 1 2 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 3 5 1 6 ;   S e i f f e r t   C ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   A ,   V 4 0 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C A . 2 0 0 9 . 2 0 2 9 5 5 9 ;   S o n g   S E ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 6 4 4 - 0 1 5 - 0 0 3 6 - 2 ;   T a n   P . - N . ,   2 0 0 6 ,   I N T R O   D A T A   M I N I N G ,   V 1 ;   T a n g   J S ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 8 . 2 0 0 9 4 4 1 ;   T h i r a n   J P ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 4 3 ,   P 1 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 1 0 . 5 3 6 9 0 2 ;   U e m a t s u   T ,   2 0 1 0 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 0 ,   P 2 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 0 - 1 8 1 3 - 8 ;   W u   X D ,   2 0 0 8 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 1 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 0 7 - 0 1 1 4 - 2 ;   Z h o u   Z . ,   2 0 1 6 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G 	 4 4 	 0 	 0 	 4 	 4 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 0 1 0 - 4 8 2 5 	 1 8 7 9 - 0 5 3 4 	 	 C O M P U T   B I O L   M E D 	 C o m p u t .   B i o l .   M e d . 	 A P R   1 	 2 0 1 7 	 8 3 	 	 	 	 	 	 1 5 7 	 1 6 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 7 . 0 3 . 0 0 2 	 	 9 	 B i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E S 9 F R 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 8 6 2 2 0 0 0 1 6 	 	 
 
 J 	 P o l a t ,   H ;   M e h r ,   H D ;   C e t i n ,   A 	 	 	 	 P o l a t ,   H u s e y i n ;   M e h r ,   H o m a y   D a n a e i ;   C e t i n ,   A y d i n 	 	 	 D i a g n o s i s   o f   C h r o n i c   K i d n e y   D i s e a s e   B a s e d   o n   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e   b y   F e a t u r e   S e l e c t i o n   M e t h o d s 	 J O U R N A L   O F   M E D I C A L   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ;   C h r o n i c   k i d n e y   d i s e a s e ;   M a c h i n e   l e a r n i n g 	 B R E A S T - C A N C E R ;   G E N E T I C   A L G O R I T H M ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   P R E D I C T I O N ;   N E T W O R K S 	 A s   C h r o n i c   K i d n e y   D i s e a s e   p r o g r e s s e s   s l o w l y ,   e a r l y   d e t e c t i o n   a n d   e f f e c t i v e   t r e a t m e n t   a r e   t h e   o n l y   c u r e   t o   r e d u c e  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 n a m e l y ,   w r a p p e r   a n d   f i l t e r   a p p r o a c h e s   w e r e   c h o s e n   t o   r e d u c e   t h e   d i m e n s i o n   o f   C h r o n i c   K i d n e y   D i s e a s e   d a t a s e t .   I n   w r a p p e r   a p p r o a c h ,   c l a s s i f i e r   s u b s e t   e v a l u a t o r   w i t h   g r e e d y   s t e p w i s e   s e a r c h   e n g i n e   a n d   w r a p p e r   s u b s e t   e v a l u a t o r   w i t h   t h e   B e s t   F i r s t   s e a r c h   e n g i n e   w e r e   u s e d .   I n   f i l t e r   a p p r o a c h ,   c o r r e l a t i o n   f e a t u r e   s e l e c t i o n   s u b s e t   e v a l u a t o r   w i t h   g r e e d y   s t e p w i s e   s e a r c h   e n g i n e   a n d   f i l t e r e d   s u b s e t   e v a l u a t o r   w i t h   t h e   B e s t   F i r s t   s e a r c h   e n g i n e   w e r e   u s e d .   T h e   r e s u l t s   s h o w e d   t h a t   t h e   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e   c l a s s i f i e r   b y   u s i n g   f i l t e r e d   s u b s e t   e v a l u a t o r   w i t h   t h e   B e s t   F i r s t   s e a r c h   e n g i n e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d   h a s   h i g h e r   a c c u r a c y   r a t e   ( 9 8 . 5 % )   i n   t h e   d i a g n o s i s   o f   C h r o n i c   K i d n e y   D i s e a s e   c o m p a r e d   t o   o t h e r   s e l e c t e d   m e t h o d s . 	 [ P o l a t ,   H u s e y i n ;   M e h r ,   H o m a y   D a n a e i ;   C e t i n ,   A y d i n ]   G a z i   U n i v ,   F a c   T e c h n o l ,   D e p t   C o m p   E n g n ,   T R - 0 6 5 0 0   A n k a r a ,   T u r k e y 	 P o l a t ,   H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G a z i   U n i v ,   F a c   T e c h n o l ,   D e p t   C o m p   E n g n ,   T R - 0 6 5 0 0   A n k a r a ,   T u r k e y . 	 p o l a t h @ g a z i . e d u . t r 	 	 	 	 	 A k a y   M F ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 9 ;   A k b a r i s a n t o   R . ,   2 0 1 6 ,   4   I N T   C   I N F   C O M M   T E C ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / I C o I C T . 2 0 1 6 . 7 5 7 1 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C O I C T . 2 0 1 6 . 7 5 7 1 9 1 0 ] ;   C h a v e s   R ,   2 0 0 9 ,   N E U R O S C I   L E T T ,   V 4 6 1 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u l e t . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 5 2 ;   C h e n   Z W ,   2 0 1 6 ,   I N T   U R O L   N E P H R O L ,   V 4 8 ,   P 2 0 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 5 5 - 0 1 6 - 1 3 4 6 - 4 ;   C h o   B H ,   2 0 0 8 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 4 2 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 0 5 ;   C o s o v i c   M ,   2 0 1 5 ,   P E R F O R M   E V A L U A T I O N ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / D I N W C . 2 0 1 5 . 7 0 5 4 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / D I N W C . 2 0 1 5 . 7 0 5 4 2 2 8 ] ;   C e n t e r   f o r   A p p l i e d   I n t e r n e t   D a t a   A n a l y s i s ,   2 0 1 6 ,   U C S D   N E T W   T E L   C O D   R E ;   C h a r l e s   P a t r i c k   D a v i s . , ,   2 0 1 6 ,   C R E A T I N I N E   B L O O D   T E S ;   D A V I T A . , ,   2 0 1 6 ,   S T A G   4   C H R O N   K I D N   D I ;   D E C H T E R   R ,   1 9 8 5 ,   J   A C M ,   V 3 2 ,   P 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 3 8 2 8 . 3 8 3 0 ;   D i   N o i a   T ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 4 4 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 4 6 ;   D P C   E d u c a t i o n   C e n t e r ,   2 0 1 6 ,   A L B   C H R O N   K I D N   D I S ;   D P C   E d u c a t i o n   C e n t e r ,   2 0 1 6 ,   W H A T   Y O U   N E E D   K N O W   A ;   F a w c e t t   T ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 7 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 1 0 ;   G o   A S ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 1 ,   P 1 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 1 0 3 1 ;   H a j i a n - T i l a k i   K a r i m o l l a h ,   2 0 1 3 ,   C a s p i a n   J   I n t e r n   M e d ,   V 4 ,   P 6 2 7 ;   H e a l t h l i n e ,   2 0 1 6 ,   R E D   B L O O D   C E L L   C O U N T ;   H e n n e g e s   C ,   2 0 0 9 ,   B M C   C A N C E R ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 9 - 1 0 4 ;   H u a n g   M J ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 2 ,   P 8 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 3 8 ;   J i a n g   L . ,   2 0 1 4 ,   8   I N T   C   S Y S T   B I O L   I S ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / I S B . 2 0 1 4 . 6 9 9 0 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B . 2 0 1 4 . 6 9 9 0 4 2 6 ] ;   J o s e   N . ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 9 ,   P 1 3 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 5 - 0 3 1 3 - 4 . ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 0 9 1 6 - 0 1 5 - 0 3 1 3 - 4 ] ;   K a r e g o w d a   A . G . ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C O M P U T   A P P ,   V 1 ,   P 1 3 ;   K a t h u r i a   P . ,   2 0 1 6 ,   C H R O N I C   K I D N E Y   D I S   Q ;   K u m a r i   B . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T E R   S C I   I ,   V 2 ,   P 1 0 4 8 ;   L a d h a   L . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T   S C I   E N G ,   V 3 ,   P 1 7 8 7 ;   L a v a n y a   D . ,   2 0 1 1 ,   I N D I A N   J   C O M P U T E R   S C ,   V 2 ,   P 7 5 6 ;   M a   S ,   2 0 0 8 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 9 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b n 0 2 7 ;   M A Y O   C L I N I C ,   2 0 1 6 ,   K I D N   I N F ;   M e d i c a l - b a s e . c o m ,   2 0 1 6 ,   P U S   C E L L   U R   C A U S   S Y M ;   M e d l i n e   p l u s . , ,   2 0 1 5 ,   U R   S P E C   G R A V   T E S T ;   M o o r e   D . ,   2 0 0 3 ,   I E E E   S E C U R I T Y   P R I V A C ;   M o u s i n   L . ,   2 0 1 6 ,   1 0   I N T   C   L I O N   1 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 5 0 3 4 9 - 3 _ 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 5 0 3 4 9 - 3 _ 1 0 ] ;   N L D A . , ,   2 0 1 6 ,   P U S   C E L L S   U R   C A U S   S Y ;   N o r d q v i s t   C . ,   2 0 1 6 ,   C H R O N I C   K I D N E Y   D I S   C ;   O n i k   A . R . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C O M P U T   A P P L ,   V 1 2 4 ,   P 1 ;   M u j a l l i   R O ,   2 0 1 1 ,   J   S A F E T Y   R E S ,   V 4 2 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s r . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 1 0 ;   O z c i f t   A ,   2 0 1 3 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 3 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 8 ;   P a t r o   V   M o h a n ,   2 0 1 4 ,   R A N S A C T I O N S   M A C H I N E ,   V 2 ,   P 7 7 ,   D O I   d o i : 1 0 . 1 4 7 3 8 / t m l a i . 2 4 . 3 2 8 ;   P e t e r   J o h n   T . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   S C I   R E S   P U B L ,   V 2 ,   P 5 7 7 ;   P o o r e   K . ,   2 0 0 1 ,   N I M D A   W O R M   W H Y   I S   I T ;   S a d e g h i   R ,   2 0 1 3 ,   E C O L   M O D E L ,   V 2 5 1 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e c o l m o d e l . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 1 0 ;   S a s i k a l a   S ,   2 0 1 5 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 5 0 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 5 ;   S i n g h   R K ,   2 0 1 5 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 5 0 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 6 0 ;   S u   C T ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 4 ,   P 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 1 0 ;   V i l l a c a m p a   O . ,   2 0 1 5 ,   T H E S I S ;   W a l d   R . ,   2 0 1 4 ,   P   2 7   I N T   F L O R   A R T   I N ;   W a n g   Y ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 9 5 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 4 ;   X i e   J Y ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 5 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 5 0 ;   Y e o m   J . S ,   2 0 1 4 ,   T H E S I S 	 4 9 	 0 	 0 	 4 	 4 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 1 4 8 - 5 5 9 8 	 1 5 7 3 - 6 8 9 X 	 	 J   M E D   S Y S T 	 J .   M e d .   S y s t . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 4 1 	 4 	 	 	 	 	 	 	 5 5 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 7 - 0 7 0 3 - x 	 	 1 1 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E S 8 S D 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 8 2 6 3 0 0 0 0 8 	 2 8 2 4 3 8 1 6 	 
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 A u s t r a l i a ;   [ L i n ,   F . ]   S t   V i n c e n t s   H o s p ,   D e p t   M e d   O n c o l ,   S y d n e y ,   N S W ,   A u s t r a l i a ;   [ S h e c k ,   L . ;   N g ,   S . ]   W a i k a t o   H o s p ,   D e p t   O p h t h a l m o l ,   H a m i l t o n ,   N e w   Z e a l a n d ;   [ S a l m o n ,   P . ]   S k i n   C a n c   I n s t ,   D e r m a t o l   S u r g   U n i t ,   T a u r a n g a ,   B a y   O f   P l e n t y ,   N e w   Z e a l a n d 	 T a n ,   E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   W e s t e r n   S k i n   I n s t ,   M e l b o u r n e ,   V i c ,   A u s t r a l i a . 	 e u g e n e d e r m @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 B a r n e s   E A ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   O P H T H A L M O L ,   V 9 0 ,   P 6 6 0 ;   B a s t i a e n s   M T ,   1 9 9 8 ,   J   I N V E S T   D E R M A T O L ,   V 1 1 0 ,   P 8 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 5 2 3 - 1 7 4 7 . 1 9 9 8 . 0 0 2 1 7 . x ;   B r o u g h a m   N i c h o l a s   D   L ,   2 0 1 0 ,   N   Z   M e d   J ,   V 1 2 3 ,   P 5 9 ;   B r o u g h a m   N D L ,   2 0 1 1 ,   A N Z   J   S U R G ,   V 8 1 ,   P 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 5 - 2 1 9 7 . 2 0 1 0 . 0 5 5 8 3 . x ;   C a r t e r   K D ,   1 9 9 9 ,   O P H T H A L M I C   P L A S T   R E C ,   V 1 5 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 2 3 4 1 - 1 9 9 9 0 3 0 0 0 - 0 0 0 0 4 ;   G U I N   G H ,   1 9 5 3 ,   A M   J   O B S T E T   G Y N E C O L ,   V 6 5 ,   P 1 0 8 1 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H A N L E Y   J A ,   1 9 8 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 4 3 ,   P 2 9 ;   H a w s   A L ,   2 0 1 2 ,   J   A M   A C A D   D E R M A T O L ,   V 6 6 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a a d . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 4 2 ;   K a m y a b - H e s a r i   K ,   2 0 1 4 ,   J   E U R   A C A D   D E R M A T O L ,   V 2 8 ,   P 2 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 8 - 3 0 8 3 . 2 0 1 2 . 0 4 6 9 5 . x ;   K A R J A L A I N E N   S ,   1 9 8 9 ,   I N T   J   D E R M A T O L ,   V 2 8 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 4 3 6 2 . 1 9 8 9 . t b 0 2 5 0 3 . x ;   K u m a r   B ,   1 9 9 7 ,   A U S T   N Z   J   O P H T H A L M O L ,   V 2 5 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 2 - 9 0 7 1 . 1 9 9 7 . t b 0 1 5 1 7 . x ;   L a n e   J o s h u a   E ,   2 0 0 5 ,   C u r r   S u r g ,   V 6 2 ,   P 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u r s u r . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 0 3 ;   L i t w i n   A S ,   2 0 1 3 ,   J   D E R M A T O L   T R E A T ,   V 2 4 ,   P 2 3 2 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 9 5 4 6 6 3 4 . 2 0 1 2 . 6 9 0 5 0 6 ;   M c C o r m a c k   C J ,   1 9 9 7 ,   A R C H   D E R M A T O L ,   V 1 3 3 ,   P 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h d e r m . 1 3 3 . 5 . 5 9 3 ;   M O H S   F E ,   1 9 8 6 ,   A R C H   O P H T H A L M O L - C H I C ,   V 1 0 4 ,   P 9 0 1 ;   R a a s c h   B A ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   D E R M A T O L ,   V 1 5 5 ,   P 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 1 3 3 . 2 0 0 6 . 0 7 2 3 4 . x ;   R a d e m a k e r   M ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   D E R M A T O L ,   V 1 7 2 ,   P 8 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b j d . 1 3 5 2 9 ;   R i c h m o n d - S i n c l a i r   N M ,   2 0 0 9 ,   J   I N V E S T   D E R M A T O L ,   V 1 2 9 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / j i d . 2 0 0 8 . 2 3 4 ;   S a l m o n   P J M ,   2 0 0 7 ,   A U S T R A L A S   J   D E R M A T O L ,   V 4 8 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 0 - 0 9 6 0 . 2 0 0 7 . 0 0 3 8 8 . x ;   S i n e s   D T ,   2 0 1 6 ,   O P H T H A L   P L A S T   R E C O N S ,   V 3 2 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / I O P . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 5 ;   S u n   M T ,   2 0 1 5 ,   O P H T H A L   P L A S T   R E C O N S ,   V 3 1 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / I O P . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 7 2 ;   T a n   E ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   D E R M A T O L ,   V 1 7 2 ,   P 1 0 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b j d . 1 3 4 7 0 	 2 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 9 2 6 - 9 9 5 9 	 1 4 6 8 - 3 0 8 3 	 	 J   E U R   A C A D   D E R M A T O L 	 J .   E u r .   A c a d .   D e r m a t o l .   V e n e r e o l . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 3 1 	 4 	 	 	 	 	 7 1 7 	 7 2 3 	 	 1 0 . 1 1 1 1 / j d v . 1 4 0 1 2 	 	 7 	 D e r m a t o l o g y 	 D e r m a t o l o g y 	 E S 7 X S 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 7 6 5 3 0 0 0 5 2 	 2 7 7 4 0 6 9 8 	 
 
 J 	 P e c e s ,   S R ;   N a v a r r o ,   C D ;   L o p e z ,   C M ;   C a b a ,   O ;   J i m e n e z - L u n a ,   C ;   M e l g u i z o ,   C ;   P r a d o s ,   J C ;   G e n i l l o u d ,   O ;   P e r e z ,   F V ;   d e l   P a l a c i o ,   J P 	 	 	 	 R i o s   P e c e s ,   S a n d r a ;   D i a z   N a v a r r o ,   C a r i d a d ;   M a r q u e z   L o p e z ,   C r i s t i n a ;   C a b a ,   O c t a v i o ;   J i m e n e z - L u n a ,   C r i s t i n a ;   M e l g u i z o ,   C o n s o l a c i o n ;   C a r l o s   P r a d o s ,   J o s e ;   G e n i l l o u d ,   O l g a ;   V i c e n t e   P e r e z ,   F r a n c i s c a ;   P e r e z   d e l   P a l a c i o ,   J o s e 	 	 	 U n t a r g e t e d   L C - H R M S - B a s e d   M e t a b o l o m i c s   f o r   S e a r c h i n g   N e w   B i o m a r k e r s   o f   P a n c r e a t i c   D u c t a l   A d e n o c a r c i n o m a :   A   P i l o t   S t u d y 	 S L A S   D I S C O V E R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 p a n c r e a t i c   d u c t a l   a d e n o c a r c i n o m a   ( P D A C ) ;   b i o m a r k e r ;   d i a g n o s i s ;   h y d r o p h i l i c   i n t e r a c t i o n   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y   ( H I L I C ) ;   r e v e r s e - p h a s e   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y   ( R P L C ) ;   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y - h i g h - r e s o l u t i o n   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( L C - H R M S ) 	 M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   S E R U M   M E T A B O L O M I C S ;   M E T A B O L I T E   I D E N T I F I C A T I O N ;   C A N C E R ;   P H O S P H O L I P A S E S ;   P L A T F O R M ;   U R I N E ;   B L O O D 	 P a n c r e a t i c   d u c t a l   a d e n o c a r c i n o m a   i s   o n e   o f   t h e   m o s t   l e t h a l   t u m o r s   s i n c e   i t   i s   u s u a l l y   d e t e c t e d   a t   a n   a d v a n c e d   s t a g e   i n   w h i c h   s u r g e r y   a n d / o r   c u r r e n t   c h e m o t h e r a p y   h a v e   l i m i t e d   e f f i c a c y .   T h e   l a c k   o f   s e n s i t i v e   a n d   s p e c i f i c   m a r k e r s   f o r   d i a g n o s i s   l e a d s   t o   a   d i s m a l   p r o g n o s i s .   T h e   p u r p o s e   o f   t h i s   s t u d y   i s   t o   i d e n t i f y   m e t a b o l i t e s   i n   s e r u m   o f   p a n c r e a t i c   d u c t a l   a d e n o c a r c i n o m a   p a t i e n t s   t h a t   c o u l d   b e   u s e d   a s   d i a g n o s t i c   b i o m a r k e r s   o f   t h i s   p a t h o l o g y .   W e   u s e d   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y - h i g h - r e s o l u t i o n   m a s s   s p e c t r o m e t r y   f o r   a   n o n t a r g e t e d   m e t a b o l o m i c s   a p p r o a c h   w i t h   s e r u m   s a m p l e s   f r o m   2 8   i n d i v i d u a l s ,   i n c l u d i n g   1 6   p a t i e n t s   w i t h   p a n c r e a t i c  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 E x c e l e n c i a   I n v e s t   M e d i c a m e n t o s   I n n o v a d o r e s   A n ,   G r a n a d a ,   S p a i n ;   [ M a r q u e z   L o p e z ,   C r i s t i n a ]   F d n   C t r   N a c l   I n v e s t   C a r d i o v a s c   C a r l o s   I I I   C N I C ,   M a d r i d ,   S p a i n ;   [ C a b a ,   O c t a v i o ]   U n i v   J a e n ,   D e p t   H l t h   S c i ,   J a e n ,   S p a i n ;   [ C a b a ,   O c t a v i o ;   J i m e n e z - L u n a ,   C r i s t i n a ;   M e l g u i z o ,   C o n s o l a c i o n ;   C a r l o s   P r a d o s ,   J o s e ]   U n i v   G r a n a d a ,   I n s t   B i o p a t h o l   &   R e g e n e r a t   M e d   I B I M E R ,   C t r   B i o m e d   R e s   C I B M ,   G r a n a d a ,   S p a i n ;   [ J i m e n e z - L u n a ,   C r i s t i n a ;   M e l g u i z o ,   C o n s o l a c i o n ;   C a r l o s   P r a d o s ,   J o s e ]   U n i v   G r a n a d a ,   D e p t   A n a t   &   E m b r y o l ,   F a c   M e d ,   G r a n a d a ,   S p a i n ;   [ M e l g u i z o ,   C o n s o l a c i o n ;   C a r l o s   P r a d o s ,   J o s e ]   U n i v   G r a n a d a ,   S A S ,   B i o s a n i t a r y   I n s t   G r a n a d a   I b s   G R A N A D A ,   G r a n a d a ,   S p a i n 	 d e l   P a l a c i o ,   J P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F d n   M E D I N A ,   A v e   C o n o c i m i e n t o   3 4 ,   G r a n a d a   1 8 0 1 6 ,   S p a i n . 	 j o s e . p e r e z d e l p a l a c i o @ m e d i n a a n d a l u c i a . e s 	 	 	 F u n d a c i o n   M E D I N A ;   M e r c k   S h a r p   &   D o h m e   d e   E s p a n a   S . A . / U n i v e r s i d a d   d e   G r a n a d a / J u n t a   d e   A n d a l u c i a ;   E u r o p e a n   U n i o n   [ I N P - 2 0 1 1 - 0 0 1 6 - P C T - 0 1 0 0 0 0 - A C T 6 ] ;   M i n i s t e r i o   d e   C i e n c i a   e   I n n o v a c i o n 	 T h e   a u t h o r s   d i s c l o s e d   r e c e i p t   o f   t h e   f o l l o w i n g   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f o r   t h e   r e s e a r c h ,   a u t h o r s h i p ,   a n d / o r   p u b l i c a t i o n   o f   t h i s   a r t i c l e :   T h e   M E D I N A   a u t h o r s   d i s c l o s e d   t h e   r e c e i p t   o f   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   F u n d a c i o n   M E D I N A ,   a   p u b l i c - p r i v a t e   p a r t n e r s h i p   o f   M e r c k   S h a r p   &   D o h m e   d e   E s p a n a   S . A . / U n i v e r s i d a d   d e   G r a n a d a / J u n t a   d e   A n d a l u c i a . ;   M o r e o v e r ,   s o m e   o f   t h e   e q u i p m e n t   u s e d   i n   t h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   M i n i s t e r i o   d e   C i e n c i a   e   I n n o v a c i o n   a n d   E u r o p e a n   U n i o n   ( g r a n t   I N P - 2 0 1 1 - 0 0 1 6 - P C T - 0 1 0 0 0 0 - A C T 6 ) . 	 A l o u l o u   A ,   2 0 1 2 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 8 6 1 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 1 7 7 9 - 6 0 0 - 5 _ 4 ;   B a t h e   O F ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 0 ,   P 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 0 - 0 7 1 2 ;   B o w e n   B P ,   2 0 1 0 ,   J   A M   S O C   M A S S   S P E C T R ,   V 2 1 ,   P 1 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a s m s . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 0 3 ;   B u s z e w s k i   B ,   2 0 1 2 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 2 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 1 - 5 3 0 8 - 5 ;   C a b a   O ,   2 0 1 4 ,   D I G E S T   D I S   S C I ,   V 5 9 ,   P 2 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 2 0 - 0 1 4 - 3 2 9 1 - 3 ;   C h r i s t i e   W .   W ,   2 0 0 3 ,   L I P I D   A N A L   I S O L A T I O N ;   C h u   Z T ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 5 5 0 7 ;   C o n t r e p o i s   K ,   2 0 1 5 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 4 ,   P 1 6 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 4 . 0 4 6 5 0 8 ;   C r e e k   D J ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 3 ,   P 8 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 2 0 2 1 8 2 3 ;   D u f f y   M J ,   2 0 1 0 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d p 3 3 2 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 0 9 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ,   V 1 ,   P 1 ;   G a r c i a - F o n t a n a   B ,   2 0 1 6 ,   T A L A N T A ,   V 1 4 8 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 7 0 ;   G e r t s m a n   I ,   2 0 1 4 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 0 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 3 - 0 5 8 2 - 1 ;   G o d z i e n   J ,   2 0 1 3 ,   E L E C T R O P H O R E S I S ,   V 3 4 ,   P 2 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e l p s . 2 0 1 3 0 0 0 5 3 ;   H o u n o u m   B M ,   2 0 1 6 ,   T R A C - T R E N D   A N A L   C H E M ,   V 7 5 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a c . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 3 ;   K i n d   T ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 1 0 5 ;   K o b a y a s h i   T ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 2 ,   P 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 2 - 1 0 3 3 ;   L a C o n t i   J J ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 6 - S 1 - S 1 ;   M a z z a r a   S ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 7 9 2 7 ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 7 2 8 ;   P a g l i a   G . ,   2 0 1 3 ,   W A T E R S   A P P L   L E T T ,   P 1 ;   P a t t i   G J ,   2 0 1 2 ,   N A T   P R O T O C ,   V 7 ,   P 5 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 1 . 4 5 4 ;   P u t r i   S .   P . ,   2 0 1 4 ,   M A S S   S P E C T R O M E T R Y   B A ;   R i c h m o n d   G S ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 2 ,   P 5 8 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 2 0 1 0 5 8 8 ;   R i t c h i e   S A ,   2 0 1 3 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 3 - 4 1 6 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 5 4 ;   S t e u e r   R a l f ,   2 0 0 7 ,   V 3 5 8 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 5 9 7 4 5 - 2 4 4 - 1 _ 7 ;   S u z u k i   M ,   2 0 1 4 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 9 6 6 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 4 2 ;   T u l i p a n i   S ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 5 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 2 9 1 9 t ;   v a n   d e n   B e r g   R A ,   2 0 0 6 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 7 - 1 4 2 ;   V i n a i x a   M a r i a ,   2 0 1 2 ,   M e t a b o l i t e s ,   V 2 ,   P 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m e t a b o 2 0 4 0 7 7 5 ;   W i s h a r t   D S ,   2 0 0 9 ,   B I O A N A L Y S I S ,   V 1 ,   P 1 5 7 9 ,   D O I   [ 1 0 . 4 1 5 5 / b i o . 0 9 . 1 3 8 ,   1 0 . 4 1 5 5 / B I O . 0 9 . 1 3 8 ] ;   W u   Z R ,   2 0 0 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 6 ,   P 8 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 3 5 1 6 7 0 ;   X i   B o w e i ,   2 0 1 4 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 1 1 9 8 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 1 2 5 8 - 2 _ 2 2 ;   X i a   J G ,   2 0 1 3 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 9 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 2 - 0 4 8 2 - 9 ;   X i a   J G ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p W 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 3 7 4 	 3 6 	 1 	 1 	 2 	 2 	 S A G E   P U B L I C A T I O N S   I N C 	 T H O U S A N D   O A K S 	 2 4 5 5   T E L L E R   R D ,   T H O U S A N D   O A K S ,   C A   9 1 3 2 0   U S A 	 2 4 7 2 - 5 5 5 2 	 2 4 7 2 - 5 5 6 0 	 	 S L A S   D I S C O V 	 S L A S   D i s c o v . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 2 2 	 4 	 	 	 	 	 3 4 8 	 3 5 9 	 	 1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 8 7 0 5 7 1 1 6 6 7 1 4 9 0 	 	 1 2 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   C h e m i s t r y 	 E T 1 V X 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 0 5 8 2 0 0 0 0 3 	 	 
 
 J 	 L i ,   X L ;   Z h a n g ,   Y Y ;   H e ,   Y 	 	 	 	 L i   X i a o - l i ;   Z h a n g   Y u - y i n g ;   H e   Y o n g 	 	 	 S t u d y   o n   D e t e c t i o n   o f   T a l c u m   P o w d e r   i n   G r e e n   T e a   B a s e d   o n   F o u r i e r   T r a n s f o r m   I n f r a r e d   ( F T I R )   T r a n s m i s s i o n   S p e c t r o s c o p y 	 S P E C T R O S C O P Y   A N D   S P E C T R A L   A N A L Y S I S 	 	 	 C h i n e s e 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 F T I R   s p e c t r o s c o p y ;   G r e e n   t e a ;   T a l c u m   p o w e d e r ;   C h e m o m e t r i c s ;   Q u a n t i t a t i v e   d e t e c t i o n 	 E N D O M E T R I A L   C A N C E R - R I S K ;   A U T H E N T I C A T I O N ;   S E L E C T I O N 	 T h i s   p a p e r   s t u d i e d   t h e   f e a s i b i l i t y   t o   d e t e c t   t a l c u m   p o w d e r   i l l e g a l l y   a d d e d   i n   t e a   b a s e d   o n   F o u r i e r   t r a n s f o r m   i n f r a r e d  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 w a s   u s e d   t o   s e l e c t   5   c h a r a c t e r i s t i c   w a v e n u m b e r s ,   w h i c h   o n l y   a c c o u n t e d   f o r   0 .   1 8 %   o f   t h e   w h o l e   w a v e n u m b e r s .   T h e n ,   P L S   r e g r e s s i o n   a n d   l e a s t   s q u a r e   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( L S - S V M )   w e r e   u t i l i z e d   t o   b u i l d   l i n e a r   a n d   n o n l i n e a r   m o d e l s   b a s e d   o n   t h e s e   5   c h a r a c t e r i s t i c   w a v e n u m b e r s ,   r e s p e c t i v e l y .   F i n a l l y ,   t h e   o p t i m a l   m o d e l   w a s   a c h i e v e d   w i t h   L S - S V M   w i t h   h i g h R ( p )   =   0 .   9 2 1   a n d   l o w   R N I S E P = 0 .   1 3 1 .   I t   c o n c l u d e d   t h a t   t a l c u m   p o w d e r   i n   g r e e n   t e a   c o u l d   b e   d e t e c t e d   b a s e d   o n   F T I R   s p e c t r o s c o p y   c o u p l e d   w i t h  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 1 0 . 1 1 3 6 / A N N R H E U M D I S - 2 0 1 4 - 2 0 6 9 9 6 ;   D o w n e y   G ,   1 9 9 7 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 4 5 ,   P 4 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 9 7 0 3 3 7 t ;   K a r a g e o r g i   S ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 9 ,   P 1 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 9 - 1 2 2 1 ;   K u m a r   R S S ,   2 0 1 1 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 2 9 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 4 2 ;   L i   S F ,   2 0 1 5 ,   J   S E R B   C H E M   S O C ,   V 8 0 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 9 8 / J S C 1 4 0 7 1 8 1 1 6 L ;   L i   X L ,   2 0 0 7 ,   J   F O O D   E N G ,   V 8 2 ,   P 3 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f o o d e n g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 4 2 ;   L i   X L ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   E L E C T R O N   A G R ,   V 9 8 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p a g . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 1 4 ;   N e i l l   A S ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 2 3 ,   P 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 2 - 0 1 1 - 9 8 9 4 - 5 ;   N g   K H ,   2 0 1 2 ,   J   S E P   S C I ,   V 3 5 ,   P 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s s c . 2 0 1 1 0 0 9 1 8 ;   N n o r o m   I C ,   2 0 1 1 ,   T O X I C O L   E N V I R O N   C H E M ,   V 9 3 ,   P 1 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 7 7 2 2 4 8 . 2 0 1 1 . 5 7 7 0 7 5 ;   P a r t y k a   J ,   2 0 1 6 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 5 2 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 4 5 ;   R o h m a n   A ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   F O O D   P R O P ,   V 1 9 ,   P 6 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 4 2 9 1 2 . 2 0 1 5 . 1 0 3 9 0 2 9 ;   S c h w a l f e n b e r g   G . ,   2 0 1 3 ,   J   T O X I C O L O G Y ,   V 2 0 1 3 ,   P 1 ;   v a n S o e s t   J J G ,   1 9 9 5 ,   C A R B O H Y D   R E S ,   V 2 7 9 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 8 - 6 2 1 5 ( 9 5 ) 0 0 2 7 0 - 7 ;   W o j c i c k i   K ,   2 0 1 5 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 8 7 ,   P 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 4 6 ;   W u   D ,   2 0 1 0 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 5 9 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 4 5 ;   X i a n g   L .   P . ,   2 0 0 5 ,   S C I   T E C H N O L   I N F ,   V 2 6 ,   P 9 8 ;   X u   X F ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 6 4 4 1 ;   Z o u   X B ,   2 0 0 7 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 4 4 ,   P 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i b s p e c . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 0 5 	 2 1 	 0 	 0 	 1 	 1 	 O F F I C E   S P E C T R O S C O P Y   &   S P E C T R A L   A N A L Y S I S 	 B E I J I N G 	 N O   7 6   C O L L A G E   S O U T H   R D   B E I J I N G ,   B E I J I N G   1 0 0 0 8 1 ,   P E O P L E S   R   C H I N A 	 1 0 0 0 - 0 5 9 3 	 	 	 S P E C T R O S C   S P E C T   A N A L 	 S p e c t r o s c .  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 U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   S e o u l   0 5 0 0 6 ,   S o u t h   K o r e a ;   [ H e w i t t ,   S t e p h e n   M . ]   N C I ,   T i s s u e   A r r a y   R e s   P r o g r a m ,   P a t h o l   L a b ,   C t r   C a n c   R e s , N I H ,   R o c k v i l l e ,   M D   2 0 8 5 2   U S A 	 K w a k ,   J T   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S e j o n g   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   S e o u l   0 5 0 0 6 ,   S o u t h   K o r e a . 	 j k w a k @ s e j o n g . a c . k r 	 	 	 N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   o f   K o r e a   ( N R F )   g r a n t   -   K o r e a   g o v e r n m e n t   ( M S I P )   [ 2 0 1 6 R 1 C 1 B 2 0 1 2 4 3 3 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   o f   K o r e a   ( N R F )   g r a n t   f u n d e d   b y   t h e   K o r e a   g o v e r n m e n t   ( M S I P )   ( N o .   2 0 1 6 R 1 C 1 B 2 0 1 2 4 3 3 ) . 	 B a r k e r   J ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 3 0 ,   P 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 2 ;   B a s a v a n h a l l y   A ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 0 ,   P 2 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 3 . 2 2 4 5 1 2 9 ;   B e c k   A H ,   2 0 1 1 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 2 5 6 4 ;   B e l o n g i e   S . ,   2 0 0 0 ,   N I P S ,   P 3 ;   B l u m   A . ,   1 9 9 8 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   E l e v e n t h   A n n u a l   C o n f e r e n c e   o n   C o m p u t a t i o n a l   L e a r n i n g   T h e o r y ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 7 9 9 4 3 . 2 7 9 9 6 2 ;   C h e n   J . M . ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P ,   V 5 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C I N T R A   M   L ,   1 9 9 1 ,   I n t e r n a t i o n a l   U r o l o g y   a n d   N e p h r o l o g y ,   V 2 3 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 5 8 3 9 8 8 ;   C o o p e r   L A D ,   2 0 1 2 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 9 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 1 - 0 0 0 7 0 0 ;   D i F r a n c o   M . ,   2 0 0 8 ,   P   I N T   W O R K S H   M I C R   I M ;   D o y l e   S ,   2 0 0 7 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 7 . 3 5 7 0 9 4 ;   D o y l e   S ,   2 0 0 6 ,   2 0 0 6   2 8 T H   A N N U A L   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O F   T H E   I E E E   E N G I N E E R I N G   I N   M E D I C I N E   A N D   B I O L O G Y   S O C I E T Y ,   V O L S   1 - 1 5 ,   P 5 5 5 8 ;   D o y l e   S ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 1 9 1 ,   P 5 0 4 ;   D o y l e   S ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - 2 8 2 ;   D o y l e   S ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 9 ,   P 1 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 0 . 2 0 5 3 5 4 0 ;   E g e v a d   L ,   2 0 1 3 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 6 2 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / h i s . 1 2 0 0 8 ;   G e r t y c h   A ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 4 6 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 2 ;   G L E A S O N   D O N A L D   F . ,   1 9 6 6 ,   C A N C E R   C H E M O   T H E R A P   R E P ,   V 5 0 ,   P 1 2 5 ;   G o r e l i c k   L ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 1 8 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 6 5 3 3 4 ;   G u o   Z H ,   2 0 1 2 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 1 ,   P 1 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 1 - 0 5 8 6 - 6 ;   G u r c a n   M .   N . ,   2 0 0 9 ,   B I O M E D I C A L   E N G   I E E E ,   V 2 ,   P 1 4 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 4 8 6 5 ;   H I G U C H I   T ,   1 9 8 8 ,   P H Y S I C A   D ,   V 3 1 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 2 7 8 9 ( 8 8 ) 9 0 0 8 1 - 4 ;   H u a n g   P W ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 1 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 9 . 2 0 1 2 7 0 4 ;   J a f a r i - K h o u z a n i   K ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 0 ,   P 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 3 . 8 1 2 1 9 4 ;   K a l k a n   H a b i l ,   2 0 1 2 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 5 ,   P 5 5 0 ;   K o c o   S ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 6 9 1 2 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 3 7 8 3 - 6 _ 1 4 ;   K o n g   J ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 0 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 3 5 ;   K o n g   J . ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ;   K w a k   J T ,   2 0 1 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 6 - 1 0 8 6 - 6 ;   K w a k   J T ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 1 1 ,   P 6 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 5 - 1 2 8 7 - x ;   K w a k   J T ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 1 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 2 0 2 6 4 9 6 ;   K w a k   J T ,   2 0 1 1 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 1 - 6 2 ;   K w a k   J . T . ,   2 0 1 4 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   P 9 0 4 1 ;   L i t j e n s   G . ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P ,   V 6 ;   M a d a b h u s h i   A ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 3 3 ,   P 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 3 7 ;   M a d a b h u s h i   A ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 5 ,   P 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 0 8 ;   M o n a c o   J P ,   2 0 1 0 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 4 ,   P 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 0 7 ;   M u l r a n e   L ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   R E V   M O L   D I A G N ,   V 8 ,   P 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 6 / 1 4 7 3 7 1 5 9 . 8 . 6 . 7 0 7 ;   N g u y e n   K ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 3 ,   P 2 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 3 6 8 8 3 ;   O j a l a   T ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 1 7 6 2 3 ;   O z d a m a r   S .   O . ,   1 9 9 6 ,   I n t e r n a t i o n a l   U r o l o g y   a n d   N e p h r o l o g y ,   V 2 8 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 5 5 0 1 4 1 ;   P a r w a n i   A V ,   2 0 1 0 ,   J   P A T H O L   I N F O R M ,   V 1 ,   P 1 ;   P e n g   J ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 6 9 1 2 ,   P 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 3 7 8 3 - 6 _ 3 8 ;   R o b i n   X . ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M ,   V 1 2 ;   R o u l l i e r   V ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 5 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 5 ;   S h a r m a   H . ,   2 0 1 5 ,   V I S A P P ,   V 3 ,   P 3 7 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 6 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 3 3 2 ;   S m i t h   Y ,   1 9 9 9 ,   C O M P U T   B I O M E D   R E S ,   V 3 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / c b m r . 1 9 9 8 . 1 5 0 0 ;   T a b e s h   A ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 1 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 7 . 8 9 8 5 3 6 ;   W o z n i a k   M ,   2 0 0 9 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 5 5 7 2 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 0 2 3 1 9 - 4 _ 6 5 ;   X u   J ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 9 1 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 3 4 ;   Z h a n g   D . ,   2 0 0 8 ,   M U L T I V I E W   L O C A L   L E A R ,   P 7 5 2 	 5 2 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 0 1 6 9 - 2 6 0 7 	 1 8 7 2 - 7 5 6 5 	 	 C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O 	 C o m p u t .   M e t h .   P r o g r a m s   B i o m e d . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 1 4 2 	 	 	 	 	 	 9 1 	 9 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 7 . 0 2 . 0 2 3 	 	 9 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E S 4 M Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 5 0 9 8 0 0 0 1 0 	 2 8 3 2 5 4 5 1 	 
 
 J 	 W a l k e r ,   L C ;   M a r q u a r t ,   L ;   P e a r s o n ,   J F ;   W i g g i n s ,   G A R ;   O ' M a r a ,   T A ;   P a r s o n s ,   M T ;   B a r r o w d a l e ,   D ;   M c G u f f o g ,   L ;   D e n n i s ,   J ;   B e n i t e z ,   J ;   S l a v i n ,   T P ;   R a d i c e ,   P ;   F r o s t ,   D ;   G o d w i n ,   A K ;   M e i n d l ,   A ;   S c h m u t z l e r ,   R K ;   I s a a c s ,   C ;   P e s h k i n ,   B N ;   C a l d e s ,   T ;   H o g e r v o r s t ,   F B L ;   L a z a r o ,   C ;   J a k u b o w s k a ,   A ;   M o n t a g n a ,   M ;   C h e n ,   X ;   O f f i t ,   K ;   H u l i c k ,   P J ;   A n d r u l i s ,   I L ;   L i n d b l o m ,   A ;   N u s s b a u m ,   R L ;   N a t h a n s o n ,   K L ;   C h e n e v i x - T r e n c h ,   G ;   A n t o n i o u ,   A C ;   C o u c h ,   F J ;   S p u r d l e ,   A B 	 	 	 	 W a l k e r ,   L o g a n ;   M a r q u a r t ,   L o u i s e ;   P e a r s o n ,   J o h n ;   W i g g i n s ,   G e o r g e ;   O ' M a r a ,   T r a c y ;   P a r s o n s ,   M i c h a e l   T . ;   B a r r o w d a l e ,   D a n i e l ;   M c G u f f o g ,   L e s l e y ;   D e n n i s ,   J o e ;   B e n i t e z ,   J a v i e r ;   S l a v i n ,   T h o m a s   P . ;   R a d i c e ,   P a o l o ;   F r o s t ,   D e b r a ;   G o d w i n ,   A n d r e w   K . ;   M e i n d l ,   A l f o n s ;   S c h m u t z l e r ,   R i t a   K a t h a r i n a ;   I s a a c s ,   C l a u d i n e ;   P e s h k i n ,   B e t h   N . ;   C a l d e s ,   T r i n i d a d ;   H o g e r v o r s t ,   F r a n s   B .   L . ;   L a z a r o ,   C o n x i ;   J a k u b o w s k a ,   A n n a ;   M o n t a g n a ,   M a r c o ;   C h e n ,   X i a o q i n g ;   O f f i t ,   K e n n e t h ;   H u l i c k ,   P e t e r   J . ;   A n d r u l i s ,   I r e n e   L . ;   L i n d b l o m ,   A n n i k a ;   N u s s b a u m ,   R o b e r t   L . ;   N a t h a n s o n ,   K a t h e r i n e   L . ;   C h e n e v i x - T r e n c h ,   G e o r g i a ;   A n t o n i o u ,   A n t o n i s   C . ;   C o u c h ,   F e r g u s   J . ;   S p u r d l e ,   A m a n d a   B . 	 	 B C F R ;   E M B R A C E ;   G E M O   S t u d y   C o l l a b o r a t o r s ;   H E B O N ;   K C o n F A B   I n v e s t i g a t o r s 	 E v a l u a t i o n   o f   c o p y - n u m b e r   v a r i a n t s   a s   m o d i f i e r s   o f   b r e a s t   a n d   o v a r i a n   c a n c e r   r i s k   f o r   B R C A 1   p a t h o g e n i c   v a r i a n t   c a r r i e r s 	 E U R O P E A N   J O U R N A L   O F   H U M A N   G E N E T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 A P O B E C 3   D E L E T I O N   P O L Y M O R P H I S M ;   H I D D E N - M A R K O V   M O D E L ;   S N P   G E N O T Y P I N G   D A T A ;   M U T A T I O N   C A R R I E R S ;   E X P R E S S I O N ;   D I S E A S E ;   G E N O M E ;   S U S C E P T I B I L I T Y ;   G A L A X Y ;   G E N E S 	 G e n o m e - w i d e   s t u d i e s   o f   p a t i e n t s   c a r r y i n g   p a t h o g e n i c   v a r i a n t s   ( m u t a t i o n s )   i n   B R C A 1   o r   B R C A 2   h a v e   r e p o r t e d   s t r o n g   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   s i n g l e - n u c l e o t i d e   p o l y m o r p h i s m s   ( S N P s )   a n d   c a n c e r   r i s k .   T o   c o n d u c t   t h e   f i r s t   g e n o m e - w i d e   a s s o c i a t i o n   a n a l y s i s   o f   c o p y n u m b e r   v a r i a n t s   ( C N V s )   w i t h   b r e a s t   o r   o v a r i a n   c a n c e r   r i s k   i n   a   c o h o r t   o f   2 5 0 0   B R C A 1   p a t h o g e n i c   v a r i a n t   c a r r i e r s ,   C N V   d i s c o v e r y   w a s   p e r f o r m e d   u s i n g   m u l t i p l e   c a l l i n g   a l g o r i t h m s   a n d   I l l u m i n a   6 1 0 k   S N P   a r r a y   d a t a   f r o m   a   p r e v i o u s l y   p u b l i s h e d   g e n o m e - w i d e   a s s o c i a t i o n   s t u d y .   O u r   a n a l y s i s ,   w h i c h   f o c u s e d   o n   f u n c t i o n a l l y   d i s r u p t i v e   g e n o m i c   d e l e t i o n s   o v e r l a p p i n g   g e n e   r e g i o n s ,   i d e n t i f i e d   a   n u m b e r   o f   l o c i   a s s o c i a t e d   w i t h   r i s k   o f   b r e a s t   o r   o v a r i a n   c a n c e r   f o r   B R C A 1   p a t h o g e n i c   v a r i a n t   c a r r i e r s .   D e s p i t e   o n l y   i n c l u d i n g   p u t a t i v e   d e l e t i o n s   c a l l e d   b y   a t   l e a s t   t w o   o r   m o r e   a l g o r i t h m s ,   d e t e c t i o n   o f   s e l e c t e d   C N V s   b y   a n c i l l a r y   m o l e c u l a r   t e c h n o l o g i e s   o n l y   c o n f i r m e d   4 0 %   o f   p r e d i c t e d   c o m m o n   ( > 1 %   a l l e l e   f r e q u e n c y )   v a r i a n t s .   T h e s e   i n c l u d e   f o u r   l o c i   t h a t   w e r e   a s s o c i a t e d   ( u n a d j u s t e d   P < 0 . 0 5 )   w i t h   b r e a s t   c a n c e r   ( G T F 2 H 2 ,   Z N F 3 8 5 B ,   N A A L A D L 2   a n d   P S G 5 ) ,   a n d   t w o   l o c i   a s s o c i a t e d   w i t h   o v a r i a n   c a n c e r   ( C Y P 2 A 7   a n d   O R 2 A 1 ) .   A n   i n t e r e s t i n g   f i n d i n g   f r o m   t h i s   s t u d y   w a s   a n   a s s o c i a t i o n   o f   a   v a l i d a t e d   C N V   d e l e t i o n   a t   t h e   C Y P 2 A 7   l o c u s   ( 1 9 q 1 3 . 2 )   w i t h   d e c r e a s e d   o v a r i a n   c a n c e r   r i s k   ( r e l a t i v e   r i s k = 0 . 5 0 ,   P = 0 . 0 0 7 ) .   G e n o m i c   a n a l y s i s   f o u n d   t h i s   d e l e t i o n   c o i n c i d e s   w i t h   a   r e g i o n   d i s p l a y i n g   s t r o n g   r e g u l a t o r y   p o t e n t i a l   i n   o v a r i a n   t i s s u e ,   b u t   n o t   i n   b r e a s t   e p i t h e l i a l   c e l l s .   T h i s   s t u d y   h i g h l i g h t e d   t h e   n e e d   t o   v e r i f y   C N V s   i n   v i t r o ,   b u t   a l s o   p r o v i d e s   e v i d e n c e   t h a t   e x p e r i m e n t a l l y   v a l i d a t e d   C N V s   ( w i t h   p l a u s i b l e   b i o l o g i c a l   c o n s e q u e n c e s )   c a n   m o d i f y   r i s k   o f   b r e a s t   o r   o v a r i a n   c a n c e r   i n   B R C A 1   p a t h o g e n i c   v a r i a n t   c a r r i e r s . 	 [ W a l k e r ,   L o g a n ;   W i g g i n s ,   G e o r g e ]   U n i v   O t a g o ,   D e p t   P a t h o l ,   P O B   4 3 4 5 ,   C h r i s t c h u r c h   8 1 4 0 ,   N e w   Z e a l a n d ;   [ M a r q u a r t ,   L o u i s e ]   Q I M R   B e r g h o f e r   M e d   R e s   I n s t ,   S t a t   U n i t ,   B r i s b a n e ,   Q l d ,   A u s t r a l i a ;   [ P e a r s o n ,   J o h n ]   U n i v   O t a g o ,   D e p t   D e a n ,   B i o s t a t   &   C o m p u t a t   B i o l   U n i t ,   C h r i s t c h u r c h ,   N e w   Z e a l a n d ;   [ O ' M a r a ,   T r a c y ;   P a r s o n s ,   M i c h a e l   T . ;   C h e n ,   X i a o q i n g ;   C h e n e v i x - T r e n c h ,   G e o r g i a ;   S p u r d l e ,   A m a n d a   B . ]   Q I M R   B e r g h o f e r   M e d   R e s   I n s t ,   G e n e t   &   C o m p u t a t   B i o l   D i v ,   B r i s b a n e ,   Q l d ,   A u s t r a l i a ;   [ B C F R ]   C a n c   P r e v e n t   I n s t   C a l i f ,   D e p t   E p i d e m i o l ,   F r e m o n t ,   C A   U S A ;   [ B a r r o w d a l e ,   D a n i e l ;   M c G u f f o g ,   L e s l e y ;   D e n n i s ,   J o e ;   F r o s t ,   D e b r a ;   A n t o n i o u ,   A n t o n i s   C . ;   E M B R A C E ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   C t r   C a n c   G e n e t   E p i d e m i o l ,   D e p t   P u b l   H l t h   &   P r i m a r y   C a r e ,   S t r a n g e w a y s   R e s   L a b ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d ;   [ B e n i t e z ,   J a v i e r ]   S p a n i s h   N a t l   C a n c   C t r   C N I O ,   H u m a n   G e n e t   G r p ,   M a d r i d ,   S p a i n ;   [ S l a v i n ,   T h o m a s   P . ]   C i t y   H o p e   N a t l   M e d   C t r ,   C l i n   C a n c   G e n o m   C o m m u n i t y   R e s   N e t w o r k ,   D e p t   P o p u l a t   S c i ,   D i v   C l i n   C a n c   G e n o m ,   D u a r t e ,   C A   U S A ;   [ R a d i c e ,   P a o l o ]   I s t   N a z l   T u m o r i ,   F d n   I R C C S   I s t   R i c o v e r o   &   C u r a   C a r a t t e r e   S c i ,   D e p t   P r e v e n t   &   P r e d i c t   M e d ,   U n i t   M o l   B a s e s   G e n e t   R i s k   &   G e n e t   T e s t i n g ,   M i l a n ,   I t a l y ;   [ G o d w i n ,   A n d r e w   K . ]   U n i v   K a n s a s ,   M e d   C t r ,   D e p t   P a t h o l   &   L a b   M e d ,   K a n s a s   C i t y ,   K S   6 6 1 0 3   U S A ;   [ M e i n d l ,   A l f o n s ]   T e c h   U n i v   M u n i c h ,   K l i n i k u m   R e c h t s   I s a r ,   D e p t   G y n a e c o l   &   O b s t e t ,   D i v   T u m o r   G e n e t ,   M u n i c h ,   G e r m a n y ;   [ S c h m u t z l e r ,   R i t a   K a t h a r i n a ]   U n i v   H o s p   C o l o g n e ,   M e d   F a c ,   C t r   H e r e d i t a r y   B r e a s t   &   O v a r i a n   C a n c ,   C o l o g n e ,   G e r m a n y ;   I n s t   C u r i e ,   D e p t   T u m o r   B i o l ,   P a r i s ,   F r a n c e ;   [ G E M O   S t u d y   C o l l a b o r a t o r s ]   I n s t   C u r i e ,   I N S E R M ,   P a r i s ,   F r a n c e ;   [ I s a a c s ,   C l a u d i n e ;   P e s h k i n ,   B e t h   N . ]   G e o r g e t o w n   U n i v ,   L o m b a r d i   C o m p r e h e n s   C a n c   C t r ,   W a s h i n g t o n ,   D C   U S A ;   [ C a l d e s ,   T r i n i d a d ]   H o s p   C l i n   S a n   C a r l o s ,   I d I S S C   E l   I n s t   I n v e s t   S a n i t a r i a   H o s p   C l i n   S a n   C a r ,   M a d r i d ,   S p a i n ;   [ H o g e r v o r s t ,   F r a n s   B .   L . ]   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   F a m i l y   C a n c   C l i n ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s ;   [ H E B O N ]   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   H e r e d i t a r y   B r e a s t   &   O v a r i a n   C a n c   R e s   G r p   N e t h e r l a ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s ;   [ L a z a r o ,   C o n x i ]   C a t a l a n   I n s t   O n c o l ,   I D I B E L L   B e l l v i t g e   B i o m e d   R e s   I n s t ,   M o l   D i a g n o s t   U n i t ,   H e r e d i t a r y   C a n c   P r o g r a m ,   G r a n   V i a   H o s p ,   B a r c e l o n a ,   S p a i n ;   [ J a k u b o w s k a ,   A n n a ]   P o m e r a n i a n   M e d   U n i v ,   D e p t   G e n e t   &   P a t h o l ,   S z c z e c i n ,   P o l a n d ;   [ M o n t a g n a ,   M a r c o ]   I R C C S ,   V e n e t o   I n s t   O n c o l   I O V ,   I m m u n o l   &   M o l   O n c o l   U n i t ,   P a d u a ,   I t a l y ;   P e t e r   M a c C a l l u m   C a n c   C t r ,   k C o n F a b ,   R e s   D e p t ,   M e l b o u r n e ,   A u s t r a l i a ;   [ K C o n F A B   I n v e s t i g a t o r s ]   U n i v   M e l b o u r n e ,   S i r   P e t e r   M a c C a l l u m   D e p t   O n c o l ,   P a r k v i l l e ,   V i c ,   A u s t r a l i a ;   [ O f f i t ,   K e n n e t h ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   D e p t   M e d   C a n c   B i o l   &   G e n e t ,   1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 1   U S A ;   [ H u l i c k ,   P e t e r   J . ]   N o r t h S h o r e   U n i v   H l t h   S y s t ,   C t r   M e d   G e n e t ,   E v a n s t o n ,   I L   U S A ;   [ A n d r u l i s ,   I r e n e   L . ]   M t   S i n a i   H o s p ,   L u n e n f e l d   T a n e n b a u m   R e s   I n s t ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a ;   [ L i n d b l o m ,   A n n i k a ]   K a r o l i n s k a   U n i v   H o s p ,   D e p t   C l i n   G e n e t ,   S t o c k h o l m ,   S w e d e n ;   [ N u s s b a u m ,   R o b e r t   L . ]   U n i v   C a l i f   S a n   F r a n c i s c o ,   D e p t   M e d ,   S a n   F r a n c i s c o ,   C A   U S A ;   [ N u s s b a u m ,   R o b e r t   L . ]   U n i v   C a l i f   S a n   F r a n c i s c o ,   I n s t   H u m a n   G e n e t ,   S a n   F r a n c i s c o ,   C A   U S A ;   [ N a t h a n s o n ,   K a t h e r i n e   L . ]   U n i v   P e n n ,   D e p t   M e d ,   P e r e l m a n   S c h   M e d ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A ;   [ N a t h a n s o n ,   K a t h e r i n e   L . ]   U n i v   P e n n ,   P e r e l m a n   S c h   M e d ,   A b r a m s o n   C a n c   C t r ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A ;   [ C o u c h ,   F e r g u s   J . ]   M a y o   C l i n ,   D e p t   L a b   M e d   &   P a t h o l ,   R o c h e s t e r ,   M N   U S A ;   M a y o   C l i n ,   D e p t   H l t h   S c i   R e s ,   R o c h e s t e r ,   M N   U S A 	 W a l k e r ,   L C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   O t a g o ,   D e p t   P a t h o l ,   P O B   4 3 4 5 ,   C h r i s t c h u r c h   8 1 4 0 ,   N e w   Z e a l a n d . 	 l o g a n . w a l k e r @ o t a g o . a c . n z 	 m o n t a g n a ,   m a r c o / E - 2 2 2 5 - 2 0 1 2 	 m o n t a g n a ,   m a r c o / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 4 9 2 9 - 2 1 5 0 	 H R C   S i r   C h a r l e s   H e r c u s   H e a l t h   R e s e a r c h   F e l l o w s h i p ;   N H M R C   S e n i o r   R e s e a r c h   F e l l o w s h i p ;   N H M R C   C J   M a r t i n   E a r l y   C a r e e r   F e l l o w s h i p ;   U S A   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ U M 1   C A 1 6 4 9 2 0 ] ;   C R U K   [ C 1 2 2 9 2 / A 1 1 1 7 4 ,   C 1 2 8 7 / A 1 0 1 1 8 ] ;   S p a n i s h   A s s o c i a t i o n   a g a i n s t   C a n c e r   ( A E C C 0 8 )   [ R T I C C   0 6 / 0 0 2 0 / 1 0 6 0 ,   F I S P I 0 8 / 1 1 2 0 ] ;   M u t u a   M a d r i l e n a   F o u n d a t i o n   ( F M M A ) ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ R C 4 C A 1 5 3 8 2 8 ] ;   O f f i c e   o f   t h e   D i r e c t o r ,   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h ;   F o n d a z i o n e   I R C C S   I s t i t u t o   N a z i o n a l e   T u m o r i ;   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   [ C 1 2 8 7 / A 1 0 1 1 8 ,   C 1 2 8 7 / A 1 1 9 9 0 ] ;   N I H R ;   R o y a l   M a r s d e n   N H S   F o u n d a t i o n   T r u s t ;   U n i v e r s i t y   o f   K a n s a s   C a n c e r   C e n t e r   [ P 3 0   C A 1 6 8 5 2 4 ] ;   K a n s a s   B i o s c i e n c e   A u t h o r i t y   E m i n e n t   S c h o l a r   P r o g r a m ;   C h a n c e l l o r s   D i s t i n g u i s h e d   C h a i r   i n   B i o m e d i c a l   S c i e n c e s   P r o f e s s o r s h i p ;   G e r m a n   C a n c e r   A i d   [ 1 1 0 8 3 7 ] ;   L i g u e   N a t i o n a l e   C o n t r e   l e   C a n c e r ;   A s s o c i a t i o n   ' L e   c a n c e r   d u   s e i n ,   p a r l o n s - e n ! '   A w a r d ;   C a n a d i a n   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   R e s e a r c h   f o r   t h e   ' C I H R   T e a m   i n   F a m i l i a l   R i s k s   o f   B r e a s t   C a n c e r '   p r o g r a m ;   F r e n c h   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   C a n c e r   ( I N C a ) ;   N o n t h e r a p e u t i c   S u b j e c t   R e g i s t r y   S h a r e d   R e s o u r c e   a t   G e o r g e t o w n   U n i v e r s i t y   ( N I H / N C I )   [ P 3 0 - C A 0 5 1 0 0 8 ] ;   F i s h e r   C e n t e r   f o r   H e r e d i t a r y   C a n c e r   a n d   C l i n i c a l   G e n o m i c s   R e s e a r c h ;   S w i n g   F o r e   t h e   C u r e ;   I S C I I I   ( S p a i n )   [ R D 1 2 / 0 0 3 6 / 0 0 0 6 ,   1 5 / 0 0 0 5 9 ] ;   E u r o p e a n   R e g i o n a l   D e v e l o p m e n t   F E D E R   f u n d s ;   D u t c h   C a n c e r   S o c i e t y   [ N K I 1 9 9 8 - 1 8 5 4 ,  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 G e o r g e t o w n   U n i v e r s i t y   ( N I H / N C I   g r a n t   P 3 0 - C A 0 5 1 0 0 8 ) ,   t h e   F i s h e r   C e n t e r   f o r   H e r e d i t a r y   C a n c e r   a n d   C l i n i c a l   G e n o m i c s   R e s e a r c h   a n d   S w i n g   F o r e   t h e   C u r e . ;   H C S C :   W e   a c k n o w l e d g e   A l i c i a   T o s a r   a n d   P a u l a   D i a q u e   f o r   t h e i r   t e c h n i c a l   a s s i s t a n c e .   H C S C   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   g r a n t   R D 1 2 / 0 0 3 6 / 0 0 0 6   a n d   1 5 / 0 0 0 5 9   f r o m   I S C I I I   ( S p a i n ) ,   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   E u r o p e a n   R e g i o n a l   D e v e l o p m e n t   F E D E R   f u n d s . ;   H E B O N :   T h e   H e r e d i t a r y   B r e a s t   a n d   O v a r i a n   C a n c e r   R e s e a r c h   G r o u p   N e t h e r l a n d s   ( H E B O N )   c o n s i s t s   o f   t h e   f o l l o w i n g  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 J o h a n n a   R a n t a l a ;   U m e a   U n i v e r s i t y   H o s p i t a l :   B e a t r i c e   M e l i n ,   C h r i s t i n a   E d w i n s d o t t e r   A r d n o r   a n d   M o n i c a   E m a n u e l s s o n ;   U p p s a l a   U n i v e r s i t y :   H a n s   E h r e n c r o n a ,   M a r i t t a   H e l l s t r o m   P i g g   a n d   R i c h a r d   R o s e n q u i s t ;   a n d   L i n k o p i n g   U n i v e r s i t y   H o s p i t a l :   M a r i e   S t e n m a r k - A s k m a l m   a n d   S i g r u n   L i e d g r e n .   S W E - B R C A   c o l l a b o r a t o r s   a r e   s u p p o r t e d   b y   t h e   S w e d i s h   C a n c e r   S o c i e t y . ;   U C S F :   W e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   D r   R o b e r t   N u s s b a u m   a n d   t h e   f o l l o w i n g   g e n e t i c   c o u n s e l o r s   f o r   p a r t i c i p a n t   r e c r u i t m e n t :   B e t h   C r a w f o r d ,   K a t e   L o r a n g e r ,   J u l i e   M a k ,   N i c o l a   S t e w a r t ,   R o b i n   L e e ,   A m i e   B l a n c o   a n d   P e g g y   C o n r a d .   A n d   t h a n k s   t o   M s   S a l i n a   C h a n   f o r   h e r   d a t a   m a n a g e m e n t .   F u n d i n g   w a s   p r o v i d e d   b y   t h e   U C S F   C a n c e r   R i s k   P r o g r a m   a n d   H e l e n   D i l l e r   F a m i l y   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r . ;   U P E N N :   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H ;   R 0 1 - C A 1 0 2 7 7 6   a n d   R 0 1 C A 0 8 3 8 5 5 ;   B r e a s t   C a n c e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n ;   S u s a n   G .   K o m e n   F o u n d a t i o n   f o r   t h e   c u r e ,   B a s s e r   R e s e a r c h   C e n t e r   f o r   B R C A . 	 A n t o n i o u   A C ,   2 0 1 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 2 ,   P 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 6 6 9 ;   B a r n e s   D R ,   2 0 1 2 ,   G E N E T   E P I D E M I O L ,   V 3 6 ,   P 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 2 1 6 2 0 ;   B e n j a m i n i   Y ,   2 0 0 1 ,   A N N   S T A T ,   V 2 9 ,   P 1 1 6 5 ;   B l a n k e n b e r g   D ,   2 0 1 0 ,   C U R R   P R O T O C   M O L   B I O L ,   V 8 9 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 1 4 2 7 2 7 . M B 1 9 1 0 S 8 9 ;   B o j e s e n   S E ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 5 6 6 ;   C a n c e r   G e n o m e   A t l a s   R e s e a r c h   N e t w o r k ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 4 ,   P 6 0 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N A T U R E 1 0 1 6 6 ;   C o l e l l a   S ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   P 2 0 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 0 7 6 ;   C o u c h   F J ,   2 0 1 3 ,   P L O S   G E N E T ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 3 2 1 2 ;   D i a l s i n g h   I ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 2 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 1 0 4 ;   D i e h n   M ,   2 0 0 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 1 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k g 0 1 4 ;   D u n h a m   I ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 9 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 2 4 7 ;   F a n c i u l l i   M ,   2 0 1 0 ,   C L I N   G E N E T ,   V 7 7 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 9 9 - 0 0 0 4 . 2 0 0 9 . 0 1 3 4 2 . x ;   F r a n k   B ,   2 0 0 7 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 8 ,   P 1 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g m 0 3 3 ;   G a u d e t   M M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   G E N E T ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 3 1 7 3 ;   G i a r d i n e   B ,   2 0 0 5 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 4 0 8 6 5 0 5 ;   G o e c k s   J ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 0 - 1 1 - 8 - r 8 6 ;   H n i s z   D ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 5 ,   P 9 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 5 3 ;   K u c h e n b a e c k e r   K B ,   2 0 1 4 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 8 - 0 1 4 - 0 4 9 2 - 9 ;   L i u   Y L ,   2 0 1 3 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 4 ,   P 2 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 3 - 0 8 1 5 - y ;   L o n g   J R ,   2 0 1 3 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 5 ,   P 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j t 0 1 8 ;   M a v a d d a t   N ,   2 0 1 3 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 5 ,   P 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j t 0 9 5 ;   M i l n e   R L ,   2 0 1 1 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 2 ,   p i 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d q 6 6 0 ;   M j e l l e   R ,   2 0 1 5 ,   D N A   R E P A I R ,   V 3 0 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d n a r e p . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 7 ;   N a k a n o   M ,   2 0 1 5 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 4 3 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 1 5 . 0 6 3 2 5 5 ;   Q i   G N ,   2 0 1 4 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 5 ,   P 5 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 4 - 1 7 5 8 - 7 ;   K u n d a j e   A ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 8 ,   P 3 1 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N A T U R E 1 4 2 4 8 ;   S t r a n g e r   B E ,   2 0 0 7 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 5 ,   P 8 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 3 6 6 7 8 ;   K r e p i s c h i   A C V ,   2 0 1 2 ,   F U T U R E   O N C O L ,   V 8 ,   P 4 4 1 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / f o n . 1 2 . 3 4 ,   1 0 . 2 2 1 7 / F O N . 1 2 . 3 4 ] ;   W a l k e r   L C ,   2 0 1 5 ,   M I C R O A R R A Y S ,   V 4 ,   P 1 7 ;   W a l s h   T ,   2 0 0 6 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 9 5 ,   P 1 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 9 5 . 1 2 . 1 3 7 9 ;   W a n g   K ,   2 0 0 7 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 7 ,   P 1 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 6 8 6 1 9 0 7 ;   X u   C ,   2 0 0 2 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 5 4 ,   P 1 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 9 - 4 0 9 X ( 0 2 ) 0 0 0 6 5 - 0 ;   X u a n   D ,   2 0 1 3 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 4 ,   P 2 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g t 1 8 5 ;   Z a r r e i   M ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 1 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 8 7 1 	 3 4 	 0 	 0 	 3 	 3 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 1 0 1 8 - 4 8 1 3 	 1 4 7 6 - 5 4 3 8 	 	 E U R   J   H U M   G E N E T 	 E u r .   J .   H u m .   G e n e t . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 2 5 	 4 	 	 	 	 	 4 3 2 	 4 3 8 	 	 1 0 . 1 0 3 8 / e j h g . 2 0 1 6 . 2 0 3 	 	 7 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E N 4 S C 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 9 9 6 2 0 0 0 1 0 	 2 8 1 4 5 4 2 3 	 
 
 J 	 H a m a d a c h e ,   M ;   L e e ,   D 	 	 	 	 H a m a d a c h e ,   M o u s s a ;   L e e ,   D o n g i k 	 	 	 P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   b a s e d   s i g n a l - t o - n o i s e   r a t i o   i m p r o v e m e n t   f o r   i n c h o a t e   f a u l t y   s i g n a l s :   A p p l i c a t i o n   t o   b a l l   b e a r i n g   f a u l t   d e t e c t i o n 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   C O N T R O L   A U T O M A T I O N   A N D   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 I n c h o a t e   f a u l t y   s i g n a l ;   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) ;   s i g n a l - t o - n o i s e   r a t i o   ( S N R ) ;   s u b s p a c e b a s e d   a p p r o a c h 	 D Y N A M I C   F D G - P E T ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   T R A C K I N G ;   S Y S T E M S ;   M O D E L S ;   C A N C E R ;   M R I 	 T h i s   p a p e r   a d d r e s s e s   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   a n   a l g o r i t h m   t h a t   c a n   i m p r o v e   t h e   s i g n a l - t o - n o i s e   r a t i o   ( S N R )   i n   i n c h o a t e   f a u l t y   s i g n a l s .   T h e   r e m o v a l   o f   n o i s e   a n d   p r e s e r v a t i o n   o f   f a u l t   i n f o r m a t i o n   c o m p o n e n t s   c a n n o t   b e   e a s i l y   a c h i e v e d .   M a n y   t e c h n i q u e s   f o r   S N R   i m p r o v e m e n t   i n   h e a l t h y   s i g n a l s   r e l y   o n   f r e q u e n c y   b a n d s .   S u c h   t e c h n i q u e s   h a v e   b e e n   p r o v e n   t o   b e   e f f i c i e n t   i n   i m p r o v i n g   t h e   S R N   b y   f i l t e r i n g   o u t   f r e q u e n c y   b a n d s   ( F o F B s ) .   H o w e v e r ,   t h e s e   t e c h n i q u e s   c a n n o t   r e d u c e   n o i s e   a n d   p r e s e r v e   f a u l t   i n f o r m a t i o n   w h e n   d e a l i n g   w i t h   i n c h o a t e  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 e f f i c i e n t   a p p r o a c h   i n   t e r m s   o f   o p t i m i z i n g   t h e   t r a d e - o f f   b e t w e e n   n o i s e   r e d u c t i o n   e f f i c i e n c y   a n d   p r e c i s i o n   o f   i n c h o a t e   f a u l t   i n f o r m a t i o n   c o n s e r v a t i o n ,   w i t h   t h e   f i n a l   g o a l   o f   i m p r o v i n g   t h e   f a u l t   d e t e c t i o n   c a p a b i l i t y .   F u r t h e r ,   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e   p r o p o s e d   P C A - L P F   a l g o r i t h m   w a s   d e m o n s t r a t e d   w i t h   a n   e x p e r i m e n t a l   s t u d y   o n   v i b r a t i o n - b a s e d   b a l l   b e a r i n g   f a u l t   d e t e c t i o n . 	 [ H a m a d a c h e ,   M o u s s a ;   L e e ,   D o n g i k ]   K y u n g p o o k   N a t l   U n i v ,   S c h   E l e c t   E n g n ,   8 0   D e a h a k   R o ,   D a e g u   4 1 5 6 6 ,   S o u t h   K o r e a 	 L e e ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K y u n g p o o k   N a t l   U n i v ,   S c h   E l e c t   E n g n ,   8 0   D e a h a k   R o ,   D a e g u   4 1 5 6 6 ,   S o u t h   K o r e a . 	 a s s u o m 2 5 @ y a h o o . f r ;   d i l e e @ e e . k n u . a c . k r 	 	 	 I n t e r n a t i o n a l   R e s e a r c h   &   D e v e l o p m e n t   P r o g r a m   o f   t h e   N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   o f   K o r e a   ( N R F )   -   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e ,   I C T   a n d   F u t u r e   P l a n n i n g   o f   K o r e a   [ N R F - 2 0 1 2 K 1 A 3 A 7 A 0 3 0 5 7 5 0 8 ] 	 T h i s   j o u r n a l   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   I n t e r n a t i o n a l   R e s e a r c h   &   D e v e l o p m e n t   P r o g r a m   o f   t h e   N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   o f   K o r e a   ( N R F )   f u n d e d   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e ,   I C T   a n d   F u t u r e   P l a n n i n g   o f   K o r e a ,   ( N R F - 2 0 1 2 K 1 A 3 A 7 A 0 3 0 5 7 5 0 8 ) . 	 A n z a i   Y ,   1 9 9 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 1 2 ,   P 2 8 5 ;   B a l v a y   D ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 8 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 0 1 0 0 2 3 1 ;   B e n a i c h a   A ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O N T R O L   A U T O M ,   V 1 1 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 5 5 - 0 1 2 - 0 1 4 2 - x ;   C h e n   J M ,   2 0 1 3 ,   I E T   C O N T R O L   T H E O R Y   A ,   V 7 ,   P 1 4 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / i e t - c t a . 2 0 1 2 . 0 9 3 2 ;   d e   C h e v e i g n e   A ,   2 0 0 7 ,   J   N E U R O S C I   M E T H ,   V 1 6 5 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j n e u m e t h . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 0 3 ;   D i e b o l d   B ,   2 0 0 5 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 1 ,   P 1 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 1 9 ;   D i n g   Y ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 3 9 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 1 2 / 0 2 0 ;   D o h l e r   M ,   2 0 1 4 ,   M E C H   S Y S T   S I G N A L   P R ,   V 4 5 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m s s p . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 2 3 ;   D o h l e r   M ,   2 0 1 3 ,   A U T O M A T I C A ,   V 4 9 ,   P 2 7 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a u t o m a t i c a . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 9 ;   D o u g h e r t y   C . ,   2 0 0 2 ,   I N T R O   E C O N O M E T R I C S ;   D u b e y   P . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   E M E R G I N G   T E C H N ,   V 3 ,   P 3 6 4 ;   G a r c i a - A l v a r e z   D ,   2 0 1 2 ,   J   P R O C E S S   C O N T R ,   V 2 2 ,   P 5 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o c o n t . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 0 7 ;   H a m a d a c h e   M . ,   2 0 1 4 ,   P   1 4   I N T   C   C O N T R   A U T ,   P 5 6 1 ;   H e   T ,   2 0 0 6 ,   P R O C E E D I N G S   O F   2 0 0 6   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   M A C H I N E   L E A R N I N G   A N D   C Y B E R N E T I C S ,   V O L S   1 - 7 ,   P 3 5 5 1 ;   H e r m u s   K ,   2 0 0 7 ,   E U R A S I P   J   A D V   S I G   P R ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 0 7 / 4 5 8 2 1 ;   J o l i f f e   I   T ,   1 9 9 2 ,   S t a t   M e t h o d s   M e d   R e s ,   V 1 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 2 2 8 0 2 9 2 0 0 1 0 0 1 0 5 ;   K i m   G J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C O N T R O L   A U T O M ,   V 1 3 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 5 5 - 0 1 3 - 0 3 8 2 - 4 ;   L i a o   Z ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C O N T R O L   A U T O M ,   V 1 0 ,   P 9 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 5 5 - 0 1 2 - 0 5 1 1 - 5 ;   M a n j o n   J V ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 3 0 2 1 ;   M o r a w s k i   R Z ,   2 0 1 6 ,   M E A S U R E M E N T ,   V 7 9 ,   P 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e a s u r e m e n t . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 2 6 ;   N o y e l   G ,   2 0 0 8 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 5 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 8 . 4 5 4 1 2 9 7 ;   N u f f e l   S .   V . ,   2 0 1 6 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 1 ,   P 9 0 ;   P E D E R S E N   F ,   1 9 9 4 ,   E U R   J   N U C L   M E D ,   V 2 1 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 4 2 6 6 9 1 ;   P y a t y k h   S ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 2 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 2 . 2 2 2 1 7 2 8 ;   Q u n   W .   L . ,   2 0 1 5 ,   C H I N E S E   J   G E O P H Y S ,   V 5 8 ,   P 5 8 9 ;   R o j a s   A J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C O N T R O L   A U T O M ,   V 1 3 ,   P 1 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 5 5 - 0 1 3 - 9 2 8 3 - 9 ;   S a m a l   M K ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C O N T R O L   A U T O M ,   V 8 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 5 5 - 0 1 0 - 0 4 0 3 - 5 ;   T h i r e o u   T ,   2 0 0 3 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 2 7 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 5 - 6 1 1 1 ( 0 2 ) 0 0 0 5 0 - 2 ;   W a n g   K S ,   2 0 1 1 ,   M E C H   S Y S T   S I G N A L   P R ,   V 2 5 ,   P 8 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m s s p . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 5 ;   W e i l   X . ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   A D A P T   C O N T R O L ,   V 2 4 ,   P 6 8 7 ;   W i l l i a m s   B . ,   2 0 1 2 ,   A J P ,   V 3 ,   P 1 ;   X u n   W . ,   2 0 0 8 ,   C O N T R O L   S Y S T   T E C H N O L ,   V 1 6 ,   P 1 2 2 ;   Y a q u b   M F ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I N S T R U M   M E A S ,   V 6 1 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I M . 2 0 1 1 . 2 1 7 2 1 1 2 ;   Y a q u b   M F ,   2 0 1 1 ,   I N T   R E V   E L E C T R   E N G - I ,   V 6 ,   P 2 3 8 ;   Y a q u b   M .   F . ,   2 0 1 2 ,   A U S T   J   E L E C T   E L E C T   E ,   V 9 ,   P 5 5 ;   Z h a o   S J ,   2 0 0 6 ,   J   P R O C E S S   C O N T R ,   V 1 6 ,   P 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o c o n t . 2 0 0 5 . 1 2 . 0 0 2 	 3 6 	 0 	 0 	 1 	 1 	 I N S T   C O N T R O L   R O B O T I C S   &   S Y S T E M S ,   K O R E A N   I N S T   E L E C T R I C A L   E N G I N E E R S 	 B U C H E O N 	 B U C H E O N   T E C H N O   P A R K   4 0 1 - 1 5 0 6 ,   1 9 3   Y A K D A E - D O N G   W O N M I - G U ,   B U C H E O N ,   G Y E O N G G I - D O   4 2 0 - 7 3 4 ,   S O U T H   K O R E A 	 1 5 9 8 - 6 4 4 6 	 2 0 0 5 - 4 0 9 2 	 	 I N T   J   C O N T R O L   A U T O M 	 I n t .   J .   C o n t r o l   A u t o m .   S y s t . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 1 5 	 2 	 	 	 	 	 5 0 6 	 5 1 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 5 5 - 0 1 5 - 0 1 9 6 - 7 	 	 1 2 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s 	 E S 1 Q Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 3 0 2 5 0 0 0 0 4 	 	 
 
 J 	 D e a n ,   J A ;   W e l s h ,   L C ;   W o n g ,   K H ;   A l e k s i c ,   A ;   D u n n e ,   E ;   I s l a m ,   M R ;   P a t e l ,   A ;   P a t e l ,   P ;   P e t k a r ,   I ;   P h i l l i p s ,   I ;   S h a m ,   J ;   S c h i c k ,   U ;   N e w b o l d ,   K L ;   B h i d e ,   S A ;   H a r r i n g t o n ,   K J ;   N u t t i n g ,   C M ;   G u l l i f o r d ,   S L 	 	 	 	 D e a n ,   J .   A . ;   W e l s h ,   L .   C . ;   W o n g ,   K .   H . ;   A l e k s i c ,   A . ;   D u n n e ,   E . ;   I s l a m ,   M .   R . ;   P a t e l ,   A . ;   P a t e l ,   P . ;   P e t k a r ,   I . ;   P h i l l i p s ,   I . ;   S h a m ,   J . ;   S c h i c k ,   U . ;   N e w b o l d ,   K .   L . ;   B h i d e ,   S .   A . ;   H a r r i n g t o n ,   K .   J . ;   N u t t i n g ,   C .   M . ;   G u l l i f o r d ,   S .   L . 	 	 	 N o r m a l   T i s s u e   C o m p l i c a t i o n   P r o b a b i l i t y   ( N T C P )   M o d e l l i n g   o f   S e v e r e   A c u t e   M u c o s i t i s   u s i n g   a   N o v e l   O r a l   M u c o s a l   S u r f a c e   O r g a n   a t   R i s k 	 C L I N I C A L   O N C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H e a d   a n d   n e c k   r a d i o t h e r a p y ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   m u c o s i t i s ;   N T C P   m o d e l l i n g ;   O A R   d e l i n e a t i o n ;   o r a l   m u c o s a 	 I N T E N S I T Y - M O D U L A T E D   R A D I O T H E R A P Y ;   Q U A L I T Y - O F - L I F E ;   N E C K - C A N C E R ;   R A D I A T I O N - T H E R A P Y ;   A C C E L E R A T E D   R A D I O T H E R A P Y ;   O R O P H A R Y N G E A L   C A N C E R ;   P R E D I C T I O N   M O D E L ;   C L I N I C A L - T R I A L ;   D O S E - R E S P O N S E ;   H E A D 	 A i m s :   A   n o r m a l   t i s s u e   c o m p l i c a t i o n   p r o b a b i l i t y   ( N T C P )   m o d e l   o f   s e v e r e   a c u t e   m u c o s i t i s   w o u l d   b e   h i g h l y  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 I n t e r n a l   v a l i d a t i o n   w a s   c a r r i e d   o u t   w i t h   1 0 0 - i t e r a t i o n   s t r a t i f i e d   s h u f f l e   s p l i t   c r o s s - v a l i d a t i o n ,   u s i n g   m u l t i p l e   m e t r i c s   t o   a s s e s s   d i f f e r e n t   a s p e c t s   o f   m o d e l   p e r f o r m a n c e .   A s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   t r e a t m e n t   c o v a r i a t e s   a n d   s e v e r e   m u c o s i t i s   w e r e   e x p l o r e d   u s i n g   R F C   f e a t u r e   i m p o r t a n c e .   R e s u l t s :   P e n a l i s e d   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   a n d   R F C   m o d e l s   u s i n g   t h e   o r a l   c a v i t y   O A R   p e r f o r m e d   a t   l e a s t   a s   w e l l   a s   t h e   m o d e l s   u s i n g   m u c o s a l   s u r f a c e   O A R .   A s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   d o s e   m e t r i c s   a n d   s e v e r e   m u c o s i t i s   w e r e   s i m i l a r   b e t w e e n   t h e   m u c o s a l   s u r f a c e   a n d   o r a l   c a v i t y   m o d e l s .   T h e   v o l u m e s   o f   o r a l   c a v i t y   o r   m u c o s a l   s u r f a c e   r e c e i v i n g   i n t e r m e d i a t e   a n d   h i g h   d o s e s   w e r e   m o s t   s t r o n g l y   a s s o c i a t e d   w i t h   s e v e r e   m u c o s i t i s .   C o n c l u s i o n s :   T h e   s i m p l e r   o r a l   c a v i t y   O A R   s h o u l d   b e   p r e f e r r e d   o v e r   t h e   m u c o s a l   s u r f a c e   O A R   f o r   N T C P   m o d e l l i n g   o f   s e v e r e   m u c o s i t i s .   W e   r e c o m m e n d   m i n i m i s i n g   t h e   v o l u m e   o f   m u c o s a   r e c e i v i n g   i n t e r m e d i a t e   a n d   h i g h   d o s e s ,   w h e r e   p o s s i b l e .   ( C )   2 0 1 6   T h e   R o y a l   C o l l e g e   o f   R a d i o l o g i s t s .   P u b l i s h e d   b y   E l s e v i e r   L t d . 	 [ D e a n ,   J .   A . ;   G u l l i f o r d ,   S .   L . ]   I n s t   C a n c   R e s ,   J o i n t   D e p t   P h y s ,   L o n d o n   S M 2   5 N G ,   E n g l a n d ;   [ D e a n ,   J .   A . ;   G u l l i f o r d ,   S .   L . ]   R o y a l   M a r s d e n   N H S   F d n   T r u s t ,   L o n d o n   S M 2   5 N G ,   E n g l a n d ;   [ W e l s h ,   L .   C . ;   W o n g ,   K .   H . ;   A l e k s i c ,   A . ;   D u n n e ,   E . ;   I s l a m ,   M .   R . ;   P a t e l ,   A . ;   P a t e l ,   P . ;   P e t k a r ,   I . ;   P h i l l i p s ,   I . ;   S h a m ,   J . ;   S c h i c k ,   U . ;   N e w b o l d ,   K .   L . ;   B h i d e ,   S .   A . ;   H a r r i n g t o n ,   K .   J . ;   N u t t i n g ,   C .   M . ]   R o y a l   M a r s d e n   N H S   F d n   T r u s t ,   H e a d   &   N e c k   U n i t ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ N e w b o l d ,   K .   L . ;   B h i d e ,   S .   A . ;   H a r r i n g t o n ,   K .   J . ;   N u t t i n g ,   C .   M . ]   I n s t   C a n c   R e s ,   D i v   R a d i o t h e r a p y   &   I m a g i n g ,   L o n d o n ,   E n g l a n d 	 D e a n ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n s t   C a n c   R e s ,   J o i n t   D e p t   P h y s ,   L o n d o n   S M 2   5 N G ,   E n g l a n d . ;   D e a n ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R o y a l   M a r s d e n   N H S   F d n   T r u s t ,   L o n d o n   S M 2   5 N G ,   E n g l a n d . 	 j a m i e . d e a n @ i c r . a c . u k 	 	 D e a n ,   J a m i e / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 5 4 3 4 - 8 0 3 2 	 E n g i n e e r i n g   a n d   P h y s i c a l   S c i e n c e s   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   P r o g r a m m e   [ A 1 3 4 0 7 ] ;   N H S ;   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   [ C R U K / 0 3 / 0 0 5 ,   C R U K / 0 8 / 0 0 4 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   E n g i n e e r i n g   a n d   P h y s i c a l   S c i e n c e s   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   P r o g r a m m e   G r a n t   A 1 3 4 0 7   a n d   N H S   f u n d i n g   t o   t h e   N I H R   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C e n t r e   a t   T h e   R o y a l   M a r s d e n   a n d   I C R .   T h e   P A R S P O R T   a n d   C O S T A R   t r i a l s   w e r e   s u p p o r t e d   b y   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   ( t r i a l   r e f e r e n c e   n u m b e r s   C R U K / 0 3 / 0 0 5   a n d   C R U K / 0 8 / 0 0 4 ) .   N o n e   o f   t h e   f u n d i n g   s o u r c e s   h a d   a n y   r o l e   i n   a n y   p a r t   o f   t h e   s t u d y   o r   m a n u s c r i p t   p r e p a r a t i o n   a n d   s u b m i s s i o n .   W e   w i s h   t o   t h a n k   H a n n a h   E y l e s ,   E m m a   W e l l s ,   J a m e s   M o r d e n   a n d   D r   E m m a   H a l l   a t   T h e   I n s t i t u t e   o f   C a n c e r   R e s e a r c h   C l i n i c a l   T r i a l s   a n d   S t a t i s t i c s   U n i t   f o r   d a t a   c o l l a t i o n ,   D r   C o r n e l i s   K a m e r l i n g ,   D r   A l e x   D u n l o p ,   D r   D u a l t a   M c Q u a i d ,   D r   S i m e o n   N i l l   a n d   P r o f e s s o r   U w e   O e l f k e   f o r   g e n e r a l   s u p p o r t   a n d   D r   J u n g   H u n   O h   a n d   P r o f e s s o r   J o s e p h   D e a s y   f o r   i n s i g h t f u l   d i s c u s s i o n s . 	 B e n t z e n   S M ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 7 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 9 5 0 ;   B h i d e   S A ,   2 0 1 0 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 7 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 1 3 ;   B o u r h i s   J ,   2 0 0 6 ,   L A N C E T ,   V 3 6 8 ,   P 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 6 ) 6 9 1 2 1 - 6 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r i e r   G W ,   1 9 5 0 ,   M O N T H L Y   W E A T H E R   R E V I ,   V 7 8 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 7 5 / 1 5 2 0 - 0 4 9 3 ( 1 9 5 0 ) 0 7 8 < 0 0 0 1 : V O F E I T > 2 . 0 . C O ; 2 ;   B u e t t n e r   F ,   2 0 1 2 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 3 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 6 ;   D e a n   J A ,   2 0 1 6 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 2 0 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 1 5 ;   D e a n   J A ,   2 0 1 6 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 9 ,   P 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 2 2 ;   D e a n   J A ,   2 0 1 5 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 5 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 2 0 ;   D e n h a m   J W ,   1 9 9 9 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 5 2 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 9 9 ) 0 0 1 0 7 - 3 ;   E l t i n g   L S ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 3 ,   P 2 7 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 3 8 9 8 ;   E p s t e i n   J B ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 0 9 ,   P 1 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 2 6 2 0 ;   G O O D   I J ,   1 9 5 2 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 1 4 ,   P 1 0 7 ;   G u j r a l   D M ,   2 0 1 4 ,   O R A L   O N C O L ,   V 5 0 ,   P 1 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o r a l o n c o l o g y . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 1 8 ;   H O E R L   A E ,   1 9 7 0 ,   T E C H N O M E T R I C S ,   V 1 2 ,   P 5 5 ;   J a c k s o n   S M ,   1 9 9 7 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 4 3 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 9 7 ) 0 1 9 4 4 - 0 ;   J a f f r a y   D A ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 9 3 ;   K e l l y   C ,   2 0 0 7 ,   O T O L A R Y N G   H E A D   N E C K ,   V 1 3 6 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o t o h n s . 2 0 0 6 . 0 6 . 1 2 7 8 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 2 . 1 9 6 ;   M a c i e j e w s k i   B ,   1 9 9 6 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 4 0 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 9 6 ) 0 1 7 7 6 - 8 ;   M c K i n n e y   W ,   2 0 1 0 ,   P   9   P Y T H   S C I   C ,   V 2 0 1 0 ,   P 5 1 ;   M i a h   A B ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   P 1 ;   M i a h   A B ,   2 0 1 6 ,   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   p e 1 ;   M i a h   A B ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 2 ,   P 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 5 5 ;   M o o n s   K G M ,   2 0 1 5 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 6 2 ,   p W 1 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / M 1 4 - 0 6 9 8 ;   M o o n s   K G M ,   2 0 1 4 ,   P L O S   M E D ,   P 1 1 ;   N a r a y a n   S ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 2 ,   P 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 6 0 ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e ,   2 0 0 6 ,   C O M M   T E R M   C R I T   A D V   E ;   T h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e ,   1 9 9 9 ,   C O M M   T O X   C R I T   C T C   V E ;   N u t t i n g   C ,   2 0 1 6 ,   A S C O ,   V 3 4 ,   P 6 0 0 6 ;   N u t t i n g   C M ,   2 0 1 1 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 2 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 0 ) 7 0 2 9 0 - 4 ;   O t t e r   S ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 3 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 5 . 0 7 . 2 2 6 3 ;   P a v l o u   M ,   2 0 1 5 ,   B M J - B R I T   M E D   J ,   V 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . h 3 8 6 8 ;   P e d r e g o s a   F ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 8 2 5 ;   R i c h a r d s   T M ,   2 0 1 6 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 8 ,   p E 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 3 5 ;   R o s s u m   G . ,   1 9 9 5 ,   P Y T H O N   R E F E R E N C E   M A N ;   S a n g u i n e t i   G ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 6 ,   P 9 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 6 0 ;   S a n g u i n e t i   G ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 3 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 1 . 0 6 . 2 0 0 0 ;   S a n g u i n e t i   G ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 9 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 5 7 ;   S o n i s   S T ,   2 0 1 3 ,   O R A L   D I S ,   V 1 9 ,   P 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / o d i . 1 2 1 4 6 ;   S o n i s   S T ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 3 1 8 ;   S o n i s   S T ,   1 9 9 9 ,   C A N C E R ,   V 8 5 ,   P 2 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 9 0 5 1 5 ) 8 5 : 1 0 < 2 1 0 3 : : A I D - C N C R 2 > 3 . 0 . C O ; 2 - 0 ;   S o n i s   S T ,   2 0 0 9 ,   O R A L   O N C O L ,   V 4 5 ,   P 1 0 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o r a l o n c o l o g y . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 6 ;   S t e y e r b e r g   E W ,   2 0 1 0 ,   E P I D E M I O L O G Y ,   V 2 1 ,   P 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / E D E . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 c 3 0 f b 2 ;   S t r o b l   C ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 2 5 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   T r o t t i   A ,   2 0 0 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 6 6 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 0 2 ) 0 0 4 0 4 - 8 ;   T r o t t i   A ,   2 0 0 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 4 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 9 ) 0 0 5 5 8 - 1 ;   T u c k e r   S L ,   2 0 1 2 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 4 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 2 3 ;   V e r a - L l o n c h   M ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R ,   V 1 0 6 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 1 6 2 2 ;   W a n g   Z H ,   2 0 1 2 ,   L A R Y N G O S C O P E ,   V 1 2 2 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / l a r y . 2 2 4 3 4 ;   W e r b r o u c k   J ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 3 ,   P 1 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 7 3 	 5 2 	 0 	 0 	 2 	 2 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   L O N D O N 	 L O N D O N 	 8 4   T H E O B A L D S   R D ,   L O N D O N   W C 1 X   8 R R ,   E N G L A N D 	 0 9 3 6 - 6 5 5 5 	 1 4 3 3 - 2 9 8 1 	 	 C L I N   O N C O L - U K 	 C l i n .   O n c o l . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 2 9 	 4 	 	 	 	 	 2 6 3 	 2 7 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 6 . 1 2 . 0 0 1 	 	 1 1 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E R 7 O U 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 0 0 3 6 0 0 0 0 8 	 2 8 0 5 7 4 0 4 	 
 
 J 	 B a n e r j e e ,   M ;   B a r ,   N ;   B a s u ,   R K ;   D a s ,   S K 	 	 	 	 B a n e r j e e ,   M u n m u n ;   B a r ,   N i r j h a r ;   B a s u ,   R a n j a n   K u m a r ;   D a s ,   S u d i p   K u m a r 	 	 	 C o m p a r a t i v e   s t u d y   o f   a d s o r p t i v e   r e m o v a l   o f   C r ( V I )   i o n   f r o m   a q u e o u s   s o l u t i o n   i n   f i x e d   b e d   c o l u m n   b y   p e a n u t   s h e l l   a n d   a l m o n d   s h e l l   u s i n g   e m p i r i c a l   m o d e l s   a n d   A N N 	 E N V I R O N M E N T A L   S C I E N C E   A N D   P O L L U T I O N   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A d s o r p t i o n ;   P e a n u t   s h e l l ;   A l m o n d   s h e l l ;   S a t u r a t i o n   t i m e ;   I n f l u e n t   c o n c e n t r a t i o n ;   B r e a k t h r o u g h   t i m e ;   L e v e n b e r g - M a r q u a r d t   a l g o r i t h m s ;   A N N   m o d e l l i n g ;   M a t h e m a t i c a l   m o d e l l i n g 	 H E X A V A L E N T   C H R O M I U M   R E M O V A L ;   A R T I F I C I A L   N E U R A L - N E T W O R K ;   A C T I V A T E D   C A R B O N ;   B R E A K T H R O U G H   C U R V E S ;   M E T H Y L E N E - B L U E ;   L E A F   P O W D E R ;   P R E D I C T I O N ;   A D S O R B E N T S ;   K I N E T I C S ;   E Q U I L I B R I U M 	 C r ( V I )   i s   a   t o x i c   w a t e r   p o l l u t a n t ,   w h i c h   c a u s e s   c a n c e r   a n d   m u t a t i o n   i n   l i v i n g   o r g a n i s m s .   A d s o r p t i o n   h a s   b e c o m e   t h e   m o s t   p r e f e r r e d   m e t h o d   f o r   r e m o v a l   o f   C r ( V I )   d u e   t o   i t s   h i g h   e f f i c i e n c y   a n d   l o w   c o s t .   P e a n u t   a n d   a l m o n d   s h e l l s   w e r e   u s e d   a s   a d s o r b e n t s   i n   d o w n f l o w   f i x e d   b e d   c o n t i n u o u s   c o l u m n   o p e r a t i o n   f o r  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 T e c h n o l o g y ,   W e s t   B e n g a l   [ 2 1   ( S a n c ) / S T / P / S T / 1 3 G - 1 / 2 0 1 3 ] 	 T h e   a u t h o r s   a r e   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g i n g   t h e   D e p a r t m e n t   o f   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y ,   W e s t   B e n g a l   ( S a n c t i o n   N o .   2 1   ( S a n c ) / S T / P / S & T / 1 3 G - 1 / 2 0 1 3   d t .   0 6 . 0 6 . 2 0 1 4 )   f o r   p r o v i d i n g   t h e   r e s e a r c h   f u n d . 	 A h m a d   A A ,   2 0 1 0 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 7 5 ,   P 2 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 0 3 ;   A h m e d   S A ,   2 0 1 3 ,   A M   E U R A   J   T O X   S C ,   V 5 ,   P 4 1 ;   A l - O t h m a n   Z A ,   2 0 1 2 ,   C H E M   E N G   J ,   V 1 8 4 ,   P 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e j . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 4 8 ;   A m e r i c a n   P u b l i c   H e a l t h   A s s o c i a t i o n   A m e r i c a n   W a t e r   W o r k s   A s s o c i a t i o n   W a t e r   E n v i r o n m e n t   A s s o c i a t i o n ,   1 9 9 8 ,   S T A N D A R D   M E T H O D S   E X A ;   B a r   N i r j h a r ,   2 0 1 2 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   F l u i d   M e c h a n i c s   R e s e a r c h ,   V 3 9 ,   P 4 1 6 ;   B a r   N . ,   2 0 1 1 ,   I N T   R E V   C H E M   E N G ,   V 3 ,   P 6 2 8 ;   B a r   N ,   2 0 1 3 ,   P R O C   T E C H ,   V 1 0 ,   P 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o t c y . 2 0 1 3 . 1 2 . 4 2 6 ;   B a r   N ,   2 0 1 0 ,   I N D   E N G   C H E M   R E S ,   V 4 9 ,   P 9 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / i e 1 0 0 7 7 3 9 ;   B a r   N ,   2 0 1 2 ,   A M   J   F L U I D   D Y N A M I C S ,   V 2 ,   P 7 ;   B h a t t a c h a r y a   A K ,   2 0 0 8 ,   C H E M   E N G   J ,   V 1 3 7 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e j . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 2 1 ;   B i s h n o i   N R ,   2 0 0 4 ,   B I O R E S O U R C E   T E C H N O L ,   V 9 1 ,   P 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 0 - 8 5 2 4 ( 0 3 ) 0 0 2 0 4 - 9 ;   B o h a r t   G S ,   1 9 2 0 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 4 2 ,   P 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 0 1 4 4 8 a 0 1 8 ;   C h e n   N ,   2 0 1 1 ,   D E S A L I N A T I O N ,   V 2 6 8 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d e s a l . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 5 3 ;   C h e n   S H ,   2 0 1 2 ,   B I O R E S O U R C E   T E C H N O L ,   V 1 1 3 ,   P 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o r t e c h . 2 0 1 1 . 1 1 . 1 1 0 ;   C i e s l a k G o l o n k a   M ,   1 9 9 6 ,   P O L Y H E D R O N ,   V 1 5 ,   P 3 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 2 7 7 - 5 3 8 7 ( 9 6 ) 0 0 1 4 1 - 6 ;   C i m i n o   G ,   2 0 0 0 ,   W A T E R   R E S ,   V 3 4 ,   P 2 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 3 - 1 3 5 4 ( 0 0 ) 0 0 0 4 8 - 8 ;   D a k i k y   M ,   2 0 0 2 ,   A D V   E N V I R O N   R E S ,   V 6 ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 3 - 0 1 9 1 ( 0 1 ) 0 0 0 7 9 - X ;   D u p o n t   L ,   2 0 0 3 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 7 ,   P 4 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 3 4 2 3 4 5 ;   E P A   ( E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n   A g e n c y ) ,   1 9 9 0 ,   E P A 6 2 5 5 9 0 0 2 5 ;   G o d e   F ,   2 0 0 5 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 1 9 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 0 4 ;   H a n   R P ,   2 0 0 9 ,   D E S A L I N A T I O N ,   V 2 4 5 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d e s a l . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 1 3 ;   H a n   R P ,   2 0 0 9 ,   C H E M   E N G   J ,   V 1 4 9 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e j . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 1 5 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   1 9 9 1 ,   1 0 5 0 0   I S ;   K a f s h g a r i   F ,   2 0 1 3 ,   I R A N   J   E N V I R O N   H E A L T ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 3 5 - 2 7 4 6 - 1 0 - 1 4 ;   K a r t h i k e y a n   T ,   2 0 0 5 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 2 4 ,   P 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h a z m a t . 2 0 0 5 . 0 5 . 0 0 3 ;   K h e j a m i   L ,   2 0 0 5 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 2 3 ,   P 2 2 3 ;   K u m a r   P A ,   2 0 0 9 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 6 2 ,   P 1 0 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 0 8 . 0 5 . 1 4 7 ;   K y z a s   G Z ,   2 0 1 4 ,   M A T E R I A L S ,   V 7 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m a 7 0 1 0 3 3 3 ;   L a n g m u i r   I ,   1 9 1 8 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 4 0 ,   P 1 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 0 2 2 4 2 a 0 0 4 ;   L a u w e r y s   R ,   2 0 0 7 ,   T O X I C O L O G I E I N D U S T R I E ;   L i n   X Q ,   2 0 1 3 ,   B I O T E C H N O L   B I O P R O C   E ,   V 1 8 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 5 7 - 0 1 2 - 0 5 4 9 - 5 ;   M a l k o c   E ,   2 0 0 6 ,   C H E M   E N G   J ,   V 1 1 9 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e j . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 1 9 ;   M a l k o c   E ,   2 0 0 6 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 3 8 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 5 1 ;   M a l l i c k   S ,   2 0 0 6 ,   J   C O L L O I D   I N T E R F   S C I ,   V 2 9 7 ,   P 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c i s . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 0 1 ;   M a z u m d e r   D . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C I V I L   E N V   E N G ,   V 3 ,   P 1 0 1 ;   M I N A S ,   2 0 0 1 ,   P O L L   C O N T R   A C T S   R U L ;   M i s h r a   V ,   2 0 1 3 ,   J   W A S T E   M A N A G E ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 6 3 2 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 6 3 2 1 6 3 ] ;   M o   I ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M   S O C   P A K I S T A N ,   V 3 5 ,   P 7 6 0 ;   N a g   S ,   2 0 1 6 ,   D E S A L I N   W A T E R   T R E A T ,   V 5 7 ,   P 1 6 9 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 9 4 4 3 9 9 4 . 2 0 1 5 . 1 0 8 3 8 9 3 ;   R a j i   C ,   1 9 9 8 ,   W A T E R   R E S ,   V 3 2 ,   P 3 7 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 3 - 1 3 5 4 ( 9 8 ) 0 0 1 5 0 - X ;   S a r k a r   S ,   2 0 1 6 ,   D E S A L I N   W A T E R   T R E A T ,   V 5 7 ,   P 2 0 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 9 4 4 3 9 9 4 . 2 0 1 5 . 1 1 0 7 7 5 4 ;   S h a n m u g a m   D ,   2 0 1 6 ,   A L E X   E N G   J ,   V 5 5 ,   P 2 9 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a e j . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 1 2 ;   S i n g h a   B ,   2 0 1 3 ,   C O L L O I D   S U R F A C E   B ,   V 1 0 7 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o l s u r f b . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 6 0 ;   S i n g h a   B ,   2 0 1 1 ,   C O L L O I D   S U R F A C E   B ,   V 8 4 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o l s u r f b . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 0 4 ;   S i r a j   S . ,   2 0 1 2 ,   J   B A N G L A D E S H   C H E M   S O ,   V 2 5 ,   P 5 3 ;   S u k s a b y e   P ,   2 0 0 8 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 6 0 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 8 3 ;   S w a t h i   M . ,   2 0 1 4 ,   S C H   J   E N G   T E C H   B ,   V 2 ,   P 2 5 3 ;   T c h o u n w o u   P B ,   2 0 1 2 ,   M O L   C L I N   E N V   T O X I C O L ,   V 1 0 1 ,   P 1 3 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 7 6 4 3 - 8 3 4 0 - 4 _ ;   T h o m a s   H C ,   1 9 4 4 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 6 6 ,   P 1 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 0 1 2 3 8 a 0 1 7 ;   U d d i n   M T ,   2 0 0 9 ,   J   E N V I R O N   M A N A G E ,   V 9 0 ,   P 3 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e n v m a n . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 3 0 ;   V i n o d h i n i   V ,   2 0 1 0 ,   D E S A L I N A T I O N ,   V 2 6 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d e s a l . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 7 3 ;   W O L B O R S K A   A ,   1 9 8 9 ,   W A T E R   R E S ,   V 2 3 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 4 3 - 1 3 5 4 ( 8 9 ) 9 0 0 6 6 - 3 ;   Y a n   G Y ,   2 0 0 1 ,   A D S O R P T   S C I   T E C H N O L ,   V 1 9 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 6 0 / 0 2 6 3 6 1 7 0 1 1 4 9 3 9 5 3 ;   Y o o n   Y . H . ,   1 9 8 4 ,   J   A M   I N D   H Y G   A S S O C ,   V 4 5 ,   P 5 0 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 2 9 8 6 6 8 4 9 1 4 0 0 1 9 7 	 5 4 	 0 	 0 	 5 	 5 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 0 9 4 4 - 1 3 4 4 	 1 6 1 4 - 7 4 9 9 	 	 E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R 	 E n v i r o n .   S c i .   P o l l u t .   R e s . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 2 4 	 1 1 	 	 	 	 	 1 0 6 0 4 	 1 0 6 2 0 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 6 - 0 1 7 - 8 5 8 2 - 8 	 	 1 7 	 E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s 	 E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   &   E c o l o g y 	 E S 3 B I 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 4 0 1 7 0 0 0 6 6 	 2 8 2 8 3 9 7 1 	 
 
 J 	 X u ,   X P ;   Z h a n g ,   X ;   T i a n ,   Q ;   Z h a n g ,   G P ;   L i u ,   Y ;   C u i ,   G B ;   M e n g ,   J ;   W u ,   Y X ;   L i u ,   T S ;   Y a n g ,   Z Y ;   L u ,   H B 	 	 	 	 X u ,   X i a o p a n ;   Z h a n g ,   X i ;   T i a n ,   Q i a n g ;   Z h a n g ,   G u o p e n g ;   L i u ,   Y a n g ;   C u i ,   G u a n g b i n ;   M e n g ,   J i a n g ;   W u ,   Y u x i a ;   L i u ,   T i a n s h u a i ;   Y a n g ,   Z e n g y u e ;   L u ,   H o n g b i n g 	 	 	 T h r e e - d i m e n s i o n a l   t e x t u r e   f e a t u r e s   f r o m   i n t e n s i t y   a n d   h i g h - o r d e r   d e r i v a t i v e   m a p s   f o r   t h e   d i s c r i m i n a t i o n   b e t w e e n   b l a d d e r   t u m o r s   a n d   w a l l   t i s s u e s   v i a   M R I 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   C O M P U T E R   A S S I S T E D   R A D I O L O G Y   A N D   S U R G E R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B l a d d e r   c a n c e r ;   M R I ;   T u m o r   d i f f e r e n t i a t i o n ;   T e x t u r e   a n a l y s i s ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   R F E - S V M ;   S M O T E 	 C O N T R A S T - E N H A N C E D   C T ;   F E A T U R E - E X T R A C T I O N ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   C A N C E R ;   S E L E C T I O N ;   C Y S T O S C O P Y ;   C A R C I N O M A ;   T H I C K N E S S ;   D I A G N O S I S ;   S U R V I V A L 	 T h i s   s t u d y   a i m s   t o   d e t e r m i n e   t h e   t h r e e - d i m e n s i o n a l   ( 3 D )   t e x t u r e   f e a t u r e s   e x t r a c t e d   f r o m   i n t e n s i t y   a n d   h i g h - o r d e r   d e r i v a t i v e   m a p s   t h a t   c o u l d   r e f l e c t   t e x t u r a l   d i f f e r e n c e s   b e t w e e n   b l a d d e r   t u m o r s   a n d   w a l l   t i s s u e s ,   a n d   p r o p o s e   a   n o n i n v a s i v e ,   i m a g e - b a s e d   s t r a t e g y   f o r   b l a d d e r   t u m o r   d i f f e r e n t i a t i o n   p r e o p e r a t i v e l y .   A   t o t a l   o f   6 2   c a n c e r o u s   a n d   6 2   w a l l   v o l u m e s   o f   i n t e r e s t   ( V O I )   w e r e   e x t r a c t e d   f r o m   T 2 - w e i g h t e d   M R I   d a t a s e t s   o f   6 2   p a t i e n t s   w i t h   p a t h o l o g i c a l l y   c o n f i r m e d   b l a d d e r   c a n c e r .   T o   b e t t e r   r e f l e c t   h e t e r o g e n e o u s   d i s t r i b u t i o n   o f   t u m o r   t i s s u e s ,   3 D   h i g h - o r d e r   d e r i v a t i v e   m a p s   ( t h e   g r a d i e n t   a n d   c u r v a t u r e   m a p s )   w e r e   c a l c u l a t e d   f r o m   e a c h   V O I .   T h e n   3 D   H a r a l i c k   f e a t u r e s   b a s e d   o n   i n t e n s i t y   a n d   h i g h - o r d e r   d e r i v a t i v e   m a p s   a n d   T a m u r a   f e a t u r e s   b a s e d   o n   i n t e n s i t y   m a p s   w e r e   e x t r a c t e d   f r o m  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 n a m e l y   t h e   s e n s i t i v i t y ,   s p e c i f i c i t y ,   a c c u r a c y   a n d   a r e a   u n d e r   t h e   c u r v e   ( A U C )   o f   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c s   w e r e   0 . 9 0 3 2 ,   0 . 8 5 4 8 ,   0 . 8 7 9 0   a n d   0 . 9 0 4 5 ,   r e s p e c t i v e l y .   B y   u s i n g   s y n t h e t i c   m i n o r i t y   o v e r s a m p l i n g   t e c h n i q u e   t o   a u g m e n t   t h e   s a m p l e   n u m b e r   o f   e a c h   g r o u p   t o   2 0 0 ,   t h e   s e n s i t i v i t y ,   s p e c i f i c i t y ,   a c c u r a c y   a n   A U C   v a l u e   o f   t h e   f e a t u r e   s e l e c t i o n - b a s e d   c l a s s i f i c a t i o n   w e r e   i m p r o v e d   t o   0 . 8 9 6 7 ,   0 . 8 7 8 0 ,   0 . 8 8 7 4   a n d   0 . 9 4 1 6 ,   r e s p e c t i v e l y .   O u r   r e s u l t s   s u g g e s t   t h a t   3 D   t e x t u r e   f e a t u r e s   d e r i v e d   f r o m  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 E n g n ,   X i a n   7 1 0 0 3 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ T i a n ,   Q i a n g ;   C u i ,   G u a n g b i n ]   F o u r t h   M i l   M e d   U n i v ,   T a n g d u   H o s p ,   D e p t   R a d i o l ,   X i a n   7 1 0 0 3 8 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Y a n g ,   Z e n g y u e ]   F o u r t h   M i l   M e d   U n i v ,   T a n g d u   H o s p ,   D e p t   U r o l ,   X i a n   7 1 0 0 3 8 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L u ,   H B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F o u r t h   M i l   M e d   U n i v ,   S c h   B i o m e d   E n g n ,   X i a n   7 1 0 0 3 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 l u h b @ f m m u . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r e   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 2 3 0 0 3 5 ] ;   S h a a n x i   P r o v i n c i a l   F o u n d a t i o n   f o r   S o c i a l   D e v e l o p m e n t   a n d   K e y   T e c h n o l o g y   [ 2 0 1 5 S F 1 7 7 ,   2 0 1 6 S F 3 0 2 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r e   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   u n d e r   G r a n t   N o .   8 1 2 3 0 0 3 5 ,   a n d   t h e   S h a a n x i   P r o v i n c i a l   F o u n d a t i o n   f o r   S o c i a l   D e v e l o p m e n t   a n d   K e y   T e c h n o l o g y   u n d e r   G r a n t   N o .   2 0 1 5 S F 1 7 7 ,   N o .   2 0 1 6 S F 3 0 2 .   W e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   M r .   L o n g - B i a o   C u i   f r o m   D e p a r t m e n t   o f   R a d i o l o g y ,   X i j i n g   H o s p i t a l ,   t h e   F o u r t h   M i l i t a r y   M e d i c a l   U n i v e r s i t y   f o r   t h e   i n s p i r a t i o n   a n d   d i s c u s s i o n   o f   t h e   r e s e a r c h   i d e a   i n   t h i s   s t u d y ,   a n d   M r .   D a n   X i a o   f o r   h i s   t e c h n i c a l   s u p p o r t   o n   m e d i c a l   i m a g e   p r o c e s s i n g .   M o r e   i m p o r t a n t l y ,   w e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   a l l   e d i t o r s   a n d   t h e   a n o n y m o u s   r e v i e w e r s   f o r   t h e i r   i n s i g h t f u l ,   h e l p f u l   a n d   t h o u g h t - p r o v o k i n g   s u g g e s t i o n s   o n   t h e   q u a l i t y   i m p r o v e m e n t   o f   t h i s   w o r k . 	 A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 5 ,   C A N C   F A C T S   F I G   2 0 1 5 ,   P 8 ;   A n a i s s i   A ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 5 7 3 3 0 ;   B a y a n a t i   H ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 4 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 4 - 3 4 2 0 - 6 ;   C h a n g   C ,   2 0 0 1 ,   C O M P U T E R ,   V 2 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   F a n g   Y P ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 2 4 7 6 ;   F e h r   D ,   2 0 1 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 2 ,   p E 6 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 0 5 9 3 5 1 1 2 ;   F e t i t   A E ,   2 0 1 5 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 8 ,   P 1 1 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 3 3 5 3 ;   F u   J J C ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 8 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 0 9 ;   G a n e s h a n   B ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 7 0 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 0 5 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H a n   F F ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 4 - 9 7 1 8 - 8 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H u   Y F ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 1 8 9 5 8 ;   I s a b e l l e   G . ,   2 0 0 3 ,   J   M A C H I N E   L E A R N I N G   R ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ;   J a k s e   G ,   2 0 0 4 ,   E U R   U R O L ,   V 4 5 ,   P 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r o r o . 2 0 0 3 . 1 2 . 0 1 6 ;   K I M   B H ,   1 9 9 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 9 3 ,   P 2 3 9 ;   L a i m i g h o f e r   M ,   2 0 1 6 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 2 3 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / c m b . 2 0 1 5 . 0 1 9 2 ;   L E R S K I   R A ,   1 9 9 3 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 1 1 ,   P 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 7 3 0 - 7 2 5 X ( 9 3 ) 9 0 2 0 5 - R ;   M a j t n e r   T ,   2 0 1 2 ,   S E C O N D   J O I N T   3 D I M / 3 D P V T   C O N F E R E N C E :   3 D   I M A G I N G ,   M O D E L I N G ,   P R O C E S S I N G ,   V I S U A L I Z A T I O N   &   T R A N S M I S S I O N   ( 3 D I M P V T   2 0 1 2 ) ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 D I M P V T . 2 0 1 2 . 6 1 ;   M a k r a m   M ,   2 0 0 3 ,   E U R   U R O L ,   V 4 3 ,   P 2 4 1 ;   N a i l o n   W H ,   2 0 0 8 ,   A C T A   O N C O L ,   V 4 7 ,   P 1 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 8 4 1 8 6 0 8 0 2 2 5 6 4 6 7 ;   N a t i o n a l   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   N e t w o r k ,   2 0 1 5 ,   N C C N   C L I N   P R A C T I C E   G ,   P 3 0 ;   N g   F ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 6 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 2 0 2 5 4 ;   R a i s - B a h r a m i   S ,   2 0 1 5 ,   U R O L   O N C O L ,   V 1 8 ,   P 1 6 8 ;   R a k o t o m a m o n j y   A . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 7 0 6 ;   S h e s h a d r i   H S ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 1 5 ;   S h i   Z X ,   2 0 1 3 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 0 ,   P 9 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 1 1 ;   S i m o e s   R ,   2 0 1 4 ,   N E U R O R A D I O L O G Y ,   V 5 6 ,   P 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 3 4 - 0 1 4 - 1 3 8 5 - 4 ;   S o n g   B W ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 9 ,   P 1 0 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 4 - 0 9 9 1 - 2 ;   S t e i n   J P ,   2 0 0 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 9 ,   P 6 6 6 ;   T A M U R A   H ,   1 9 7 8 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 8 ,   P 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 8 . 4 3 0 9 9 9 9 ;   T o r r e   L A ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 6 2 ;   X i a o   D ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 1 1 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 5 - 1 2 3 4 - x ;   X u   X Y ,   2 0 1 6 ,   S P R I N G E R   T H E S E S - R E C O ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 6 2 - 4 9 8 0 4 - 0 ;   Z a c h a r a k i   E I ,   2 0 0 9 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 2 ,   P 1 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 2 1 4 7 ;   Z a r o g i a n n i   E ,   2 0 1 7 ,   S C H I Z O P H R   R E S ,   V 1 8 1 ,   P 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c h r e s . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 2 7 ;   Z h a n g   G . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C A R S ,   V 7 ,   P 2 7 4 ;   Z h a n g   X ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 2 ,   P 2 4 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 5 . 2 4 2 9 6 1 2 ;   Z h a o   Y ,   2 0 1 3 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 8 / 1 5 / 5 1 7 3 ;   Z o u   J ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 6 ,   P 2 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 7 . 9 0 4 4 2 1 ;   Z y o u t   I ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 4 6 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 5 	 4 2 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 1 8 6 1 - 6 4 1 0 	 1 8 6 1 - 6 4 2 9 	 	 I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D 	 I n t .   J .   C o m p u t .   A s s i s t .   R a d i o l .   S u r g . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 1 2 	 4 	 	 	 	 	 6 4 5 	 6 5 6 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 7 - 1 5 2 2 - 8 	 	 1 2 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   S u r g e r y 	 E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   S u r g e r y 	 E R 4 K U 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 6 9 3 0 0 0 1 0 	 2 8 1 1 0 4 7 6 	 
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 J 	 H o h m a n n ,   M ;   K a n a w a d e ,   R ;   K l a m p f l ,   F ;   D o u p l i k ,   A ;   M u d t e r ,   J ;   N e u r a t h ,   M F ;   A l b r e c h t ,   H 	 	 	 	 H o h m a n n ,   M a r t i n ;   K a n a w a d e ,   R . ;   K l a e m p f l ,   F . ;   D o u p l i k ,   A . ;   M u d t e r ,   J . ;   N e u r a t h ,   M .   F . ;   A l b r e c h t ,   H . 	 	 	 I n - v i v o   m u l t i s p e c t r a l   v i d e o   e n d o s c o p y   t o w a r d s   i n - v i v o   h y p e r s p e c t r a l   v i d e o   e n d o s c o p y 	 J O U R N A L   O F   B I O P H O T O N I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 e n d o s c o p y ;   h y p e r s p e c t r a l ;   S V M ;   A d a B o o s t ;   s t o m a c h 	 H I G H - R E S O L U T I O N   E N D O S C O P Y ;   B A R R E T T S - E S O P H A G U S ;   G A S T R I C - C A N C E R ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   C H R O M O E N D O S C O P Y ;   T E C H N O L O G I E S ;   N E O P L A S I A ;   S Y S T E M 	 F o r   i n - v i v o   d i a g n o s t i c s   o f   c a n c e r   a n d   p r e - c a n c e r   i n   t h e   s t o m a c h ,   t h e r e   i s   n o   e n d o s c o p i c   p r o c e d u r e   o f f e r i n g   b o t h   h i g h   s e n s i t i v i t y   a n d   h i g h   s p e c i f i c i t y .   O u r   d a t a   s u g g e s t   t h a t   m u l t i s p e c t r a l   o r   h y p e r s p e c t r a l   i m a g i n g   m a y   b e   h e l p f u l   t o   s o l v e   t h i s   p r o b l e m .   I t   i s   s u c c e s s f u l l y   a p p l i e d   t o   t h e   d e t e c t i o n   a n d   a n a l y s i s   o f   e a s i l y   r e a c h a b l e   c a r c i n o m a s ,   e x - v i v o   s a m p l e s   o f   h o l l o w   o r g a n   m u c o s a l   c a r c i n o m a s   a n d   a l s o   h i s t o l o g i c a l   s a m p l e s .   A n   e n d o s c o p y   s y s t e m   w h i c h   a l l o w s   f l e x i b l e   m u l t i s p e c t r a l   v i d e o e n d o s c o p y  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 N e u r a t h ,   M .   F . ]   E r l a n g e n   G r a d   S c h   A d v   O p t   T e c h n o l   S A O T ,   P a u l   G o r d o n   S t r   6 ,   D - 9 1 0 5 2   E r l a n g e n ,   G e r m a n y ;   [ H o h m a n n ,   M a r t i n ;   D o u p l i k ,   A . ]   R y e r s o n   U n i v ,   D e p t   P h y s ,   3 5 0   V i c t o r i a   S t ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 B   2 K 3 ,   C a n a d a ;   [ M u d t e r ,   J . ;   N e u r a t h ,   M .   F . ;   A l b r e c h t ,   H . ]   F r i e d r i c h   A l e x a n d e r   U n i v   E r l a n g e n   N u r n b e r g   F A U ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d   1 ,   U l m e n w e g   1 8 ,   D - 9 1 0 5 4   E r l a n g e n ,   G e r m a n y ;   [ M u d t e r ,   J . ]   S a n a   C l i n   O s t h o l s t e i n ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   H o s p   S t r   2 2 ,   D - 2 3 7 0 1   E u t i n ,   G e r m a n y 	 H o h m a n n ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F r i e d r i c h   A l e x a n d e r   U n i v   E r l a n g e n   N u r n b e r g   F A U ,   I n s t   P h o t o n   T e c h n o l   L P T ,   K o n r a d   Z u s e   S t r   3 - 5 ,   D - 9 1 0 5 2   E r l a n g e n ,   G e r m a n y . ;   H o h m a n n ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   E r l a n g e n   G r a d   S c h   A d v   O p t   T e c h n o l   S A O T ,   P a u l   G o r d o n   S t r   6 ,   D - 9 1 0 5 2   E r l a n g e n ,   G e r m a n y . ;   H o h m a n n ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R y e r s o n   U n i v ,   D e p t   P h y s ,   3 5 0   V i c t o r i a   S t ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 B   2 K 3 ,   C a n a d a . 	 M a r t i n . H o h m a n n @ l p t . u n i - e r l a n g e n . d e 	 	 	 E r l a n g e n   G r a d u a t e   S c h o o l   i n   A d v a n c e d   O p t i c a l   T e c h n o l o g i e s   ( S A O T )   b y   t h e   D e u t s c h e   F o r s c h u n g s g e m e i n s c h a f t   ( G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   -   D F G )   w i t h i n   t h e   f r a m e w o r k   o f   t h e   I n i t i a t i v e   f o r   E x c e l l e n c e ;   C a n a d i a n   N S E R C   I n d i v i d u a l   D i s c o v e r y   G r a n t ;   R y e r s o n   G r a d u a t e   C h a n g   S c h o o l ;   R y e r s o n   P h y s i c s   D e p a r t m e n t 	 T h e   a u t h o r s   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g e   t h e   f u n d i n g   o f   t h e   E r l a n g e n   G r a d u a t e   S c h o o l   i n   A d v a n c e d   O p t i c a l   T e c h n o l o g i e s   ( S A O T )   b y   t h e   D e u t s c h e   F o r s c h u n g s g e m e i n s c h a f t   ( G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   -   D F G )   w i t h i n   t h e   f r a m e w o r k   o f   t h e   I n i t i a t i v e   f o r   E x c e l l e n c e . ;   A d d i t i o n a l   s u p p o r t   f r o m   C a n a d i a n   N S E R C   I n d i v i d u a l   D i s c o v e r y   G r a n t ,   R y e r s o n   G r a d u a t e   C h a n g   S c h o o l   a n d   R y e r s o n   P h y s i c s   D e p a r t m e n t   i s   g r e a t l y   a c k n o w l e d g e d . 	 A i d a   K ,   2 0 0 8 ,   J   G A S T R O E N   H E P A T O L ,   V 2 3 ,   P 6 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 0 - 1 7 4 6 . 2 0 0 8 . 0 5 3 4 6 . x ;   A k b a r i   H ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 7 . 7 . 0 7 6 0 0 5 ;   A k b a r i   H ,   2 0 1 2 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 9 1 2 0 2 6 ;   A k b a r i   H ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 2 ,   P 8 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 1 1 . 0 1 8 4 9 . x ;   A r n o l d   T ,   2 0 1 0 ,   I E E E   S E N S O R ,   P 2 6 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C S E N S . 2 0 1 0 . 5 6 9 0 2 0 5 ;   B e a r m a n   G .   H . ,   2 0 0 0 ,   S P E C T R A L   I M A G I N G   I N S ,   V 3 9 2 0 ;   B o u c h e r o n   L E ,   2 0 0 7 ,   B M C   C E L L   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 2 1 - 8 - S 1 - S 8 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   C r e w   K D ,   2 0 0 6 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 1 2 ,   P 3 5 4 ;   C u r v e r s   W L ,   2 0 0 8 ,   G U T ,   V 5 7 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 0 0 7 . 1 3 4 2 1 3 ;   F r e u n d   Y . ,   1 9 9 5 ,   C o m p u t a t i o n a l   L e a r n i n g   T h e o r y .   S e c o n d   E u r o p e a n   C o n f e r e n c e ,   E u r o C O L T   ' 9 5 .   P r o c e e d i n g s ,   P 2 3 ;   F r e u n d   Y . ,   2 0 0 9 ,   A R X I V 0 9 0 5 2 1 3 8 ,   V 2 1 3 8 ;   G o t o   A . ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D I C A L   O P T I C S ,   V 2 0 ;   H o h m a n n   M . ,   2 0 1 1 ,   E U R   C   B I O M   O P T ;   K a r a   M A ,   2 0 0 5 ,   E N D O S C O P Y ,   V 3 7 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 8 7 0 4 3 3 ;   K e s t e r   R T ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 5 7 4 7 5 6 ;   K i y o t o k i   S ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 8 . 2 . 0 2 6 0 1 0 ;   K o b e t s k i   M ,   2 0 1 5 ,   A D V   I N T E L L   S Y S T ,   V 3 1 8 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 2 6 1 0 - 4 _ 2 ;   L e e   K S ,   2 0 0 4 ,   R E M O T E   S E N S   E N V I R O N ,   V 9 1 ,   P 5 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r s e . 2 0 0 4 . 0 4 . 0 1 0 ;   L u   G L ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 9 . 1 . 0 1 0 9 0 1 ;   M a g g i o n i   M . ,   2 0 0 6 ,   B I O M E D I C A L   O P T I C S ;   M a l a g o n - B o r j a   L ,   2 0 0 9 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   V 2 7 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a v i s . 2 0 0 7 . 0 3 . 0 0 4 ;   M a s o o d   K . ,   2 0 0 7 ,   C L A S S I F I C A T I O N   C O L O N ;   M a s o o d   K . ,   2 0 0 8 ,   O P T I C A L   E N G   A P P L ;   M a s o o d   K ,   2 0 0 8 ,   A N N   B M V A ,   V 2 0 0 8 ,   P 1 ;   M a s o o d   K ,   2 0 0 9 ,   2 0 0 9   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   B I O M E D I C A L   I M A G I N G :   F R O M   N A N O   T O   M A C R O ,   V O L S   1   A N D   2 ,   P 1 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 9 . 5 1 9 3 2 2 6 ;   P a l   M ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R E M O T E   S E N S ,   V 2 6 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 4 3 1 1 6 0 4 1 2 3 3 1 2 6 9 6 9 8 ;   P e a r s o n   K ,   1 9 0 1 ,   P H I L O S   M A G ,   V 2 ,   P 5 5 9 ;   P e r e y r a   L ,   2 0 1 4 ,   D I G E S T   D I S   S C I ,   V 5 9 ,   P 3 0 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 2 0 - 0 1 4 - 3 2 9 5 - z ;   P l a z a   A ,   2 0 0 9 ,   R E M O T E   S E N S   E N V I R O N ,   V 1 1 3 ,   p S 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r s e . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 2 8 ;   P o h l   J ,   2 0 0 7 ,   E N D O S C O P Y ,   V 3 9 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 2 0 0 6 - 9 4 5 0 4 5 ;   Q u m s e y a   B J ,   2 0 1 3 ,   C L I N   G A S T R O E N T E R O L   H ,   V 1 1 ,   P 1 5 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c g h . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 7 ;   S h a r m a   P ,   2 0 0 9 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 1 ,   P 2 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M c p 0 9 0 2 1 7 3 ;   S i d d i q i   A M ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   C Y T O P A T H O L ,   V 1 1 4 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 3 2 8 6 ;   S t a t n i k o v   A ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 3 1 9 ;   S t i g e l l   P ,   2 0 0 7 ,   P a t t e r n   R e c o g n i t i o n   a n d   I m a g e   A n a l y s i s ,   V 1 7 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 4 / S 1 0 5 4 6 6 1 8 0 7 0 2 0 1 0 1 ;   S u b r a m a n i a n   V ,   2 0 1 4 ,   C L I N   G A S T R O E N T E R O L   H ,   V 1 2 ,   P 3 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c g h . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 5 ;   S w a g e r   A ,   2 0 1 5 ,   B E S T   P R A C T   R E S   C L   G A ,   V 2 9 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p g . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 1 1 ;   T a g h i z a d e h   M ,   2 0 1 1 ,   B I O S Y S T   E N G ,   V 1 0 8 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s y s t e m s e n g . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 5 ;   v a n   d e n   B r o e k   F J C ,   2 0 0 9 ,   G A S T R O I N T E S T   E N D O S C ,   V 6 9 ,   P 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g i e . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 4 0 ;   W a n g   Q . ,   2 0 1 2 ,   S P I E   B I O S ;   Y o s h i n a g a   S ,   2 0 1 5 ,   W O R L D   J   G A S T R O I N T E S T ,   V 7 ,   P 6 5 9 ,   D O I   1 0 . 4 2 5 3 / w j g e . v 7 . i 6 . 6 5 9 ;   Z u z a k   K J ,   2 0 0 7 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 9 ,   P 4 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 7 0 3 6 7 n 	 4 4 	 0 	 0 	 2 	 2 	 W I L E Y - V   C   H   V E R L A G   G M B H 	 W E I N H E I M 	 P O S T F A C H   1 0 1 1 6 1 ,   6 9 4 5 1   W E I N H E I M ,   G E R M A N Y 	 1 8 6 4 - 0 6 3 X 	 1 8 6 4 - 0 6 4 8 	 	 J   B I O P H O T O N I C S 	 J .   B i o p h o t o n i c s 	 A P R 	 2 0 1 7 	 1 0 	 4 	 	 	 	 	 5 5 3 	 5 6 4 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 6 0 0 0 2 1 	 	 1 2 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o p h y s i c s ;   O p t i c s 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o p h y s i c s ;   O p t i c s 	 E R 4 W J 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 8 0 2 3 0 0 0 0 8 	 2 7 4 0 3 6 3 9 	 
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 H o k k a i d o   U n i v ,   G r a d   S c h   M e d ,   D e p t   R a d i a t   M e d ,   K i t a   K u ,   N o r t h   1 5   W e s t   7 ,   S a p p o r o ,   H o k k a i d o   0 6 0 8 6 3 8 ,   J a p a n ;   [ W a n g ,   J e f f ;   C u i ,   Y i ;   L i ,   R u i j i a n g ;   O y a m a - M a n a b e ,   N o r i k o ;   S h i r a t o ,   H i r o k i ]   G l o b a l   I n s t   C o l l a b o r a t   R e s   &   E d u c   G I   C o R E ,   P r o t o n   B e a m   T h e r a p y   C t r ,   G l o b a l   S t n   Q u a n t u m   M e d   S c i   &   E n g n ,   K i t a   K u ,   N o r t h   1 4   W e s t   5 ,   S a p p o r o ,   H o k k a i d o   0 6 0 8 6 4 8 ,   J a p a n ;   [ K a t o ,   F u m i ;   O y a m a - M a n a b e ,   N o r i k o ]   H o k k a i d o   U n i v   H o s p ,   D e p t   D i a g n o s t   &   I n t e r v e n t   R a d i o l ,   K i t a   K u ,   N o r t h   1 4   W e s t   5 ,   S a p p o r o ,   H o k k a i d o   0 6 0 8 6 4 8 ,   J a p a n ;   [ Y a m a s h i t a ,   H i r o k o ;   B a b a ,   M o t o i ]   H o k k a i d o   U n i v   H o s p ,   D e p t   B r e a s t   S u r g ,   K i t a   K u ,   N o r t h   1 4   W e s t   5 ,   S a p p o r o ,   H o k k a i d o   0 6 0 8 6 4 8 ,   J a p a n ;   [ L i ,   R u i j i a n g ]   S t a n f o r d   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   2 9 1   C a m p u s   D r , L i   K a   S h i n g   B l d g ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A 	 K a t o ,   F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H o k k a i d o   U n i v   H o s p ,   D e p t   D i a g n o s t   &   I n t e r v e n t   R a d i o l ,   K i t a   K u ,   N o r t h   1 4   W e s t   5 ,   S a p p o r o ,   H o k k a i d o   0 6 0 8 6 4 8 ,   J a p a n . 	 f u m i k a t o @ m e d . h o k u d a i . a c . j p 	 	 	 C r e a t i o n   o f   I n n o v a t i o n   C e n t e r s   f o r   A d v a n c e d   I n t e r d i s c i p l i n a r y   R e s e a r c h   A r e a s   P r o g r a m   o f   t h e   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   C u l t u r e ,   S p o r t s ,   a n d   T e c h n o l o g y   o f   J a p a n 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   C r e a t i o n   o f   I n n o v a t i o n   C e n t e r s   f o r   A d v a n c e d   I n t e r d i s c i p l i n a r y   R e s e a r c h   A r e a s   P r o g r a m   o f   t h e   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   C u l t u r e ,   S p o r t s ,   a n d   T e c h n o l o g y   o f   J a p a n .   S p e c i a l   t h a n k s   t o   t h e   U C S F   S h e p h e r d   B r e a s t   a n d   B o n e   D e n s i t y   G r o u p   f o r   p r o v i d i n g   u s e   o f   t h e   G E N   I I I   p h a n t o m . 	 A b d e l - N a s s e r   M ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 9 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 7 2 ;   A l e x a n d e r   F E ,   1 9 9 9 ,   L A N C E T ,   V 3 5 3 ,   P 1 9 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 9 8 ) 0 7 4 1 3 - 3 ;   A l o n z o - P r o u l x   O ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 7 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 2 2 / 7 4 4 3 ;   A m e r i c a n   C o l l e g e   o f   R a d i o l o g y ,   2 0 1 3 ,   A C R   B R E A S T   I M   R E P   D A ;   B a r l o w   W E ,   2 0 0 6 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 8 ,   P 1 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j j 3 3 1 ;   B o y d   N F ,   1 9 9 8 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 7 ,   P 1 1 3 3 ;   B o y d   N F ,   2 0 0 7 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 6 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 6 2 7 9 0 ;   B r e m   R F ,   2 0 0 5 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 8 4 ,   P 4 3 9 ;   B y n g   J ,   1 9 9 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 1 6 2 9 ;   C h e n   Z J ,   2 0 0 4 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 5 9 ,   P 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a j e / k w h 0 2 8 ;   C H U   K C ,   1 9 8 8 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 8 0 ,   P 1 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 8 0 . 1 4 . 1 1 2 5 ;   C u z i c k   J ,   2 0 1 1 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 3 ,   P 7 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j r 0 7 9 ;   D i n g   H J ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 3 1 9 6 7 ;   D o n g   M ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 5 - 9 7 7 8 - 4 ;   D r o m a i n   C ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   R A D I O L ;   E l m o r e   J G ,   2 0 0 5 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 9 3 ,   P 1 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 9 3 . 1 0 . 1 2 4 5 ;   E n g   A ,   2 0 1 4 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 8 - 0 1 4 - 0 4 3 9 - 1 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   p E 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 2 1 0 ;   G a i l   M H ,   1 9 8 9 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   P 8 7 9 ;   G i g e r   M L ,   2 0 1 3 ,   A N N U   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 1 5 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - b i o e n g - 0 7 1 8 1 2 - 1 5 2 4 1 6 ;   G i n s b u r g   O M ,   2 0 0 8 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 9 ,   P 1 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 4 6 3 5 ;   H a u g e   I H R ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 6 6 3 5 7 9 ;   H e i n e   J J ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 7 ,   P 3 0 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 8 - 0 1 7 0 ;   H i g h n a m   R ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   P 3 4 2 ;   H O R N I K   K ,   1 9 8 9 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 2 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 8 9 ) 9 0 0 2 0 - 8 ;   J i a n g   J ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 4 ,   P 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 0 3 ;   K a l l e n b e r g   M G J ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 6 / 5 1 5 5 ;   K a t a n o d a   K ,   2 0 1 5 ,   J P N   J   C L I N   O N C O L ,   V 4 5 ,   P 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j j c o / h y v 0 0 2 ;   K l i f a   C ,   2 0 0 4 ,   C   P   I E E E   E N G   M E D   B I O ;   K o t s u m a   Y ,   2 0 0 8 ,   B R E A S T ,   V 1 7 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r e a s t . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 0 2 ;   L i   J ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T   C A N C ;   M a c h i d a   Y ,   2 0 1 5 ,   B R E A S T   C A N C ,   P 2 5 3 ;   M a l k o v   S ,   2 0 1 2 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   P 7 6 9 ;   M a n d e l s o n   M T ,   2 0 0 0 ,   J   N A T L   C A N C   I ;   M a r k e y   M K ,   2 0 0 6 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 6 ,   P 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / c o m p b i o m e d . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 0 1 ;   M a s a r w a h   A ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 1 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 3 6 2 6 - 2 ;   M a s k a r i n e c   G ,   2 0 0 2 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 2 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 0 6 7 3 ;   M c C o r m a c k   V ,   2 0 0 6 ,   C A N C   E P I D E M I O L   B I O M A ;   M c C o r m a c k   V A ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 7 ,   P 4 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 5 0 5 3 ;   M e a d s   C ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 3 2 ,   P 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 1 - 1 8 1 8 - 2 ;   N a g a o   Y ,   2 0 0 3 ,   B R E A S T   C A N C ,   V 1 0 ;   N a g a t a   C ,   2 0 0 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 2 ,   P 2 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 2 6 4 3 ;   N i c k s o n   C ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 3 4 7 4 ;   N y s t r o m   L ,   2 0 0 2 ,   L A N C E T ,   V 3 5 9 ,   P 9 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 2 ) 0 8 0 2 0 - 0 ;   O b e n a u e r   S ,   2 0 0 6 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 1 9 ,   P 2 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 6 - 0 5 9 2 - x ;   O l i v e r   A ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 6 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 5 - 9 7 7 7 - 5 ;   P e r t u z   S ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   P 1 ;   P e t e r   B o y l e ,   2 0 0 8 ,   W O R L D   C A N C   R E P O R T ;   S a n t e n   R J ,   2 0 0 7 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 1 4 ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 6 7 7 / E R C - 0 6 - 0 0 4 5 ;   S e o   J M ,   2 0 1 3 ,   C L I N   R A D I O L ,   V 6 8 ,   P 6 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c r a d . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 1 ;   S h e p h e r d   J A ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 0 ,   P 1 4 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 0 - 1 1 5 0 ;   S m i t h   R A ,   2 0 0 4 ,   R A D I O L   C L I N   N   A M ,   V 4 2 ,   P 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r c l . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 1 4 ;   T a m a k i   Y ,   2 0 0 9 ,   B R E A S T   C A N C ,   P 2 4 3 ;   T i c e   J A ,   2 0 0 8 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 4 8 ,   P 3 3 7 ;   T y r e r   J ,   2 0 0 4 ,   S T A T   M E D ,   V 2 3 ,   P 1 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 1 6 6 8 ;   V a c h o n   C M ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 1 1 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 8 9 2 6 6 0 7 4 2 8 ;   W a n g   J M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 2 9 5 4 ;   W a n g   S J ,   2 0 1 2 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 6 ,   P 9 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 5 ;   W u   S D ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 2 9 4 9 6 	 5 9 	 0 	 0 	 3 	 3 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 8 9 7 - 1 8 8 9 	 1 6 1 8 - 7 2 7 X 	 	 J   D I G I T   I M A G I N G 	 J .   D i g i t .   I m a g i n g 	 A P R 	 2 0 1 7 	 3 0 	 2 	 	 	 	 	 2 1 5 	 2 2 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 6 - 9 9 2 2 - 9 	 	 1 3 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E R 4 D T 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 5 0 0 0 0 0 1 3 	 2 7 8 3 2 5 1 9 	 
 
 J 	 A l i c k o v i c ,   E ;   S u b a s i ,   A 	 	 	 	 A l i c k o v i c ,   E m i n a ;   S u b a s i ,   A b d u l h a m i t 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r   d i a g n o s i s   u s i n g   G A   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a n d   R o t a t i o n   F o r e s t 	 N E U R A L   C O M P U T I N G   &   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L o g i s t i c   R e g r e s s i o n ;   D e c i s i o n   T r e e s ;   R a n d o m   F o r e s t ;   B a y e s i a n   N e t w o r k ;   M u l t i l a y e r   P e r c e p t r o n   ( M L P ) ;   R a d i a l   B a s i s   F u n c t i o n   N e t w o r k s   ( R B F N ) ;   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e   ( S V M ) ;   R o t a t i o n   F o r e s t ;   B r e a s t   c a n c e r   d i a g n o s i s ;   G e n e t i c   a l g o r i t h m   ( G A ) 	 C L A S S I F I C A T I O N   R U L E S ;   C L A S S I F I E R S ;   A L G O R I T H M S ;   O P T I M I Z A T I O N ;   P R O G N O S I S ;   S E T S 	 B r e a s t   c a n c e r   i s   o n e   o f   t h e   p r i m a r y   c a u s e s   o f   d e a t h   a m o n g   t h e   w o m e n   w o r l d w i d e ,   a n d   t h e   a c c u r a t e   d i a g n o s i s   i s   o n e   o f   t h e   m o s t   s i g n i f i c a n t   s t e p s   i n   b r e a s t   c a n c e r   t r e a t m e n t .   D a t a   m i n i n g   t e c h n i q u e s   c a n   s u p p o r t   d o c t o r s   i n   d i a g n o s i s   d e c i s i o n - m a k i n g   p r o c e s s .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   p r e s e n t   d i f f e r e n t   d a t a   m i n i n g   t e c h n i q u e s   f o r   d i a g n o s i s   o f   b r e a s t   c a n c e r .   T w o   d i f f e r e n t   W i s c o n s i n   B r e a s t   C a n c e r   d a t a s e t s   h a v e   b e e n   u s e d   t o   e v a l u a t e   t h e   s y s t e m   p r o p o s e d   i n   t h i s   s t u d y .   T h e   p r o p o s e d   s y s t e m   h a s   t w o   s t a g e s .   I n   t h e   f i r s t   s t a g e ,   i n   o r d e r   t o   e l i m i n a t e   i n s i g n i f i c a n t   f e a t u r e s ,   g e n e t i c   a l g o r i t h m s   a r e   u s e d   f o r   e x t r a c t i o n   o f   i n f o r m a t i v e   a n d   s i g n i f i c a n t   f e a t u r e s .   T h i s   p r o c e s s   r e d u c e s   t h e   c o m p u t a t i o n a l   c o m p l e x i t y   a n d   s p e e d   u p   t h e   d a t a   m i n i n g   p r o c e s s .   I n   t h e   s e c o n d   s t a g e ,   s e v e r a l   d a t a   m i n i n g   t e c h n i q u e s   a r e   e m p l o y e d   t o   m a k e   a   d e c i s i o n   f o r   t w o   d i f f e r e n t   c a t e g o r i e s   o f   s u b j e c t s   w i t h   o r   w i t h o u t   b r e a s t   c a n c e r .   D i f f e r e n t   i n d i v i d u a l   a n d   m u l t i p l e   c l a s s i f i e r   s y s t e m s   w e r e   u s e d   i n   t h e   s e c o n d   s t a g e   i n   o r d e r   t o   c o n s t r u c t  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 d i a g n o s i s   o f   b r e a s t   c a n c e r . 	 [ A l i c k o v i c ,   E m i n a ]   I n t   B u r c h   U n i v ,   F a c   E n g n   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   F r a n c u s k e   R e v o l u c i j e   B b ,   S a r a j e v o   7 1 0 0 0 ,   B o s n i a   &   H e r c e g ;   [ S u b a s i ,   A b d u l h a m i t ]   E f f a t   U n i v ,   C o m p   S c i   D e p t ,   C o l l   E n g n ,   J e d d a h   2 1 4 7 8 ,   S a u d i   A r a b i a 	 S u b a s i ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   E f f a t   U n i v ,   C o m p   S c i   D e p t ,   C o l l   E n g n ,   J e d d a h   2 1 4 7 8 ,   S a u d i   A r a b i a . 	 e a l i c k o v i c @ i b u . e d u . b a ;   a b s u b a s i @ e f f a t u n i v e r s i t y . e d u . s a 	 	 S u b a s i ,   A b d u l h a m i t / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 7 6 3 0 - 4 0 8 4 	 	 	 A b b a s s   H A ,   2 0 0 2 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 5 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 2 ) 0 0 0 2 8 - 3 ;   A b o n y i   J ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 4 ,   P 2 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 0 3 ) 0 0 0 4 7 - 3 ;   A l b r e c h t   A A ,   2 0 0 2 ,   9   I N T   C   N E U R   I N F   P R O ,   P 1 8 4 ;   A s t u d i l l o   C A ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 6 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 6 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C e v i k a l p   H ,   2 0 1 0 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 3 ,   P 3 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 1 8 ;   C h a n g   P C ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 7 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 9 . 0 4 . 0 6 2 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 4 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 2 3 9 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 3 9 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 0 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 1 2 0 ;   D u   K L ,   2 0 0 6 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   S O F T ;   F a n   C Y ,   2 0 1 1 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 1 ,   P 6 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 2 3 ;   F i e l d i n g   A H ,   2 0 0 7 ,   C L U S T E R   A N D   C L A S S I F I C A T I O N   T E C H N I Q U E S   F O R   T H E   B I O S C I E N C E S ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 2 2 7 7 /   0 5 2 1 6 1 8 0 0 2 ;   F O G E L   D B ,   1 9 9 5 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 9 6 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 4 - 3 8 3 5 ( 9 5 ) 0 3 9 1 6 - K ;   G a d a r a s   I ,   2 0 0 9 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 4 7 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 3 ;   G o o d m a n   D .   E . ,   2 0 0 2 ,   P   A R T   N E U R   N E T W   E N G ,   V 1 2 ,   P 1 7 9 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a m i l t o n   H J ,   1 9 9 6 ,   I N T   C   E N G   A P P L   N E U R ;   H A N L E Y   J A ,   1 9 8 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 4 3 ,   P 2 9 ;   H a s s a n   M R ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 0 ,   P 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 0 3 ;   H a s s a n   M R ,   2 0 0 6 ,   1 5   I N T   C   M A C H   M E D   B I ;   H a s s a n i e n   A E ,   2 0 0 4 ,   J   A M   S O C   I N F   S C I   T E C ,   V 5 5 ,   P 9 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a s i . 2 0 0 4 2 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 9 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   H a y k i n   S ,   2 0 0 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   C O M P ;   H s u   C - W ,   2 0 0 3 ,   P R A C T I C A L   G U I D E   S U P P ;   H u a n g   C L ,   2 0 0 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 1 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 5 . 0 9 . 0 2 4 ;   J e r e z - A r a g o n e s   J M ,   2 0 0 3 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 7 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 2 ) 0 0 0 8 6 - 6 ;   K i m   S B ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 5 7 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 6 3 ;   K o l o s e n i   D ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 4 0 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 4 0 ;   L a w   M H C ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 6 ,   P 1 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 4 . 7 1 ;   L i   D C ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 7 ,   P 3 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 1 9 ;   L i m   C K ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 3 4 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 2 5 ;   L i u   X D ,   2 0 1 0 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 0 9 ;   M a g l o g i a n n i s   I ,   2 0 0 9 ,   A P P L   I N T E L L ,   V 3 0 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 8 9 - 0 0 7 - 0 0 7 3 - z ;   M a r c a n o - C e d e n o   A ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 1 6 7 ;   M u l l e r   K R ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 2 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 9 1 4 5 1 7 ;   N a u c k   D ,   1 9 9 9 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 6 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 8 ) 0 0 0 7 0 - 0 ;   O b u c h o w s k i   N A ,   2 0 0 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 9 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 9 1 0 1 0 8 9 8 ;   P A W L A K   Z ,   1 9 8 2 ,   I N T   J   C O M P U T   I N F   S C I ,   V 1 1 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 0 0 1 9 5 6 ;   P e n a - R e y e s   C A ,   1 9 9 9 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 7 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 9 ) 0 0 0 1 9 - 6 ;   P e n g   L Z ,   2 0 0 9 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 9 ,   P 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 0 7 ;   Q u i n l a n   J R ,   1 9 9 6 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 4 ,   P 7 7 ;   Q u i n l a n   J . R . ,   1 9 9 3 ,   C 4   5   P R O G R A M S   M A C H I N ;   R o d r i g u e z   J J ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 8 ,   P 1 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 6 . 2 1 1 ;   S a e z   J A ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 3 9 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 2 ;   S a h a n   S ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 7 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 0 3 ;   S a l z b e r g   S L ,   1 9 9 7 ,   D A T A   M I N   K N O W L   D I S C ,   V 1 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 9 7 5 2 4 0 3 2 6 0 ;   S e b e   N . ,   2 0 0 5 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   C O M ;   S e t i o n o   R ,   2 0 0 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 8 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 9 ) 0 0 0 4 1 - X ;   S t e r   B . ,   1 9 9 6 ,   P   I N T   C   E N G   A P P L   N E U ,   P 4 2 7 ;   S t o e a n   R ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 2 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 7 ;   S W E T S   J A ,   1 9 7 9 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 1 4 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 4 4 2 4 - 1 9 7 9 0 3 0 0 0 - 0 0 0 0 2 ;   T a b a k h i   S ,   2 0 1 4 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 3 2 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 7 ;   V a p n i k   V N ,   2 0 0 5 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   W i t t e n   I .   H . ,   2 0 0 5 ,   D A T A   M I N I N G   P R A C T I C A ;   Z h a o   M Y ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 5 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 4 1 ;   Z h e n g   B C ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 1 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 4 4 ;   Z W E I G   M H ,   1 9 9 3 ,   C L I N   C H E M ,   V 3 9 ,   P 5 6 1 	 5 7 	 0 	 0 	 5 	 5 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 9 4 1 - 0 6 4 3 	 1 4 3 3 - 3 0 5 8 	 	 N E U R A L   C O M P U T   A P P L 	 N e u r a l   C o m p u t .   A p p l . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 2 8 	 4 	 	 	 	 	 7 5 3 	 7 6 3 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 5 - 2 1 0 3 - 9 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E R 3 W L 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 3 0 4 0 0 0 0 9 	 	 
 
 J 	 N o g u e i r a ,   M A ;   A b r e u ,   P H ;   M a r t i n s ,   P ;   M a c h a d o ,   P ;   D u a r t e ,   H ;   S a n t o s ,   J 	 	 	 	 N o g u e i r a ,   M a r i a n a   A . ;   A b r e u ,   P e d r o   H e n r i q u e s ;   M a r t i n s ,   P e d r o ;   M a c h a d o ,   P e n o u s a l ;   D u a r t e ,   H u g o ;   S a n t o s ,   J o a o 	 	 	 I m a g e   d e s c r i p t o r s   i n   r a d i o l o g y   i m a g e s :   a   s y s t e m a t i c   r e v i e w 	 A R T I F I C I A L   I N T E L L I G E N C E   R E V I E W 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 I m a g e   d e s c r i p t o r s ;   M e d i c a l   i m a g e s ;   C o m p u t e r   v i s i o n ;   H e a l t h c a r e   c o n t e x t s 	 C O M P U T E R - A I D E D - D I A G N O S I S ;   B R E A S T - C A N C E R   D I A G N O S I S ;   L U N G   N O D U L E   D E T E C T I O N ;   M U L T I P L E - S C L E R O S I S ;   T E X T U R E   A N A L Y S I S ;   D I G I T I Z E D   M A M M O G R A M S ;   A L Z H E I M E R S - D I S E A S E ;   P A T T E R N - R E C O G N I T I O N ;   A U T O M A T I C   D E T E C T I O N ;   F E A T U R E - E X T R A C T I O N 	 C l i n i c a l   d e c i s i o n s   a r e   s o m e t i m e s   b a s e d   o n   a   v a r i e t y   o f   p a t i e n t ' s   i n f o r m a t i o n   s u c h   a s :   a g e ,   w e i g h t   o r   i n f o r m a t i o n   e x t r a c t e d   f r o m   i m a g e   e x a m s ,   a m o n g   o t h e r s .   D e p e n d i n g   o n   t h e   n a t u r e   o f   t h e   d i s e a s e   o r   a n a t o m y ,   c l i n i c i a n s   c a n   b a s e   t h e i r   d e c i s i o n s   o n   d i f f e r e n t   i m a g e   e x a m s   l i k e   m a m m o g r a p h i e s ,   p o s i t r o n   e m i s s i o n   t o m o g r a p h y   s c a n s   o r   m a g n e t i c   r e s o n a n c e   i m a g e s .   H o w e v e r ,   t h e   a n a l y s i s   o f   t h o s e   e x a m s   i s   f a r   f r o m   a   t r i v i a l   t a s k .   O v e r   t h e   y e a r s ,   t h e   u s e   o f   i m a g e   d e s c r i p t o r s - c o m p u t a t i o n a l   a l g o r i t h m s   t h a t   p r e s e n t   a   s u m m a r i z e d   d e s c r i p t i o n   o f   i m a g e   r e g i o n s - b e c a m e   a n   i m p o r t a n t   t o o l   t o   a s s i s t   t h e   c l i n i c i a n   i n   s u c h   t a s k s .   T h i s   p a p e r   p r e s e n t s   a n   o v e r v i e w   o f   t h e   u s e   o f   i m a g e   d e s c r i p t o r s   i n   h e a l t h c a r e   c o n t e x t s ,   a t t e n d i n g   t o   d i f f e r e n t   i m a g e   e x a m s .   I n   t h e   m a k i n g   o f   t h i s   r e v i e w ,   w e   a n a l y z e d   o v e r   7 0   s t u d i e s   r e l a t e d   t o   t h e   a p p l i c a t i o n   o f   i m a g e   d e s c r i p t o r s   o f   d i f f e r e n t   n a t u r e s - e . g . ,   i n t e n s i t y ,   t e x t u r e ,   s h a p e - i n   m e d i c a l   i m a g e   a n a l y s i s .   F o u r   i m a g i n g   m o d a l i t i e s   a r e   f e a t u r e d :   m a m m o g r a p h y ,   P E T ,   C T   a n d   M R I .   P a t h o l o g i e s   t y p i c a l l y   c o v e r e d   b y   t h e s e   m o d a l i t i e s   a r e   a d d r e s s e d :   b r e a s t   m a s s e s   a n d   m i c r o c a l c i f i c a t i o n s   i n   m a m m o g r a m s ,   h e a d   a n d   n e c k   c a n c e r   a n d   A l z h e i m e r ' s   d i s e a s e   i n   t h e   c a s e   o f   P E T   i m a g e s ,   l u n g   n o d u l e s   r e g a r d i n g   C T s   a n d   m u l t i p l e   s c l e r o s i s   a n d   b r a i n   t u m o r s   i n   t h e   M R I   s e c t i o n . 	 [ N o g u e i r a ,   M a r i a n a   A . ;   A b r e u ,   P e d r o   H e n r i q u e s ;   M a r t i n s ,   P e d r o ;   M a c h a d o ,   P e n o u s a l ]   U n i v   C o i m b r a ,   F a c   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   I n f o r m a t   E n g n ,   C t r   I n f o r m a t   &   S y s t ,   P o l o   2 ,   P - 3 0 3 0 2 9 0   C o i m b r a ,   P o r t u g a l ;   [ D u a r t e ,   H u g o ;   S a n t o s ,   J o a o ]   I P O   P o r t o   R e s   C t r   C I   I P O P ,   R u a   D r   A n t o n i o   B e r n a r d i n o   d e   A l m e i d a ,   P - 4 2 0 0 0 7 2   O p o r t o ,   P o r t u g a l 	 A b r e u ,   P H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C o i m b r a ,   F a c   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   I n f o r m a t   E n g n ,   C t r   I n f o r m a t   &   S y s t ,   P o l o   2 ,   P - 3 0 3 0 2 9 0   C o i m b r a ,   P o r t u g a l . 	 m n @ s t u d e n t . d e i . u c . p t ;   p h a @ d e i . u c . p t ;   p j m m @ d e i . u c . p t ;   m a c h a d o @ d e i . u c . p t ;   h u g o . d u a r t e @ i p o p o r t o . m i n - s a u d e . p t ;   j o a o . s a n t o s @ i p o p o r t o . m i n - s a u d e . p t 	 	 	 	 	 M e i n e l   L A ,   2 0 0 7 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 0 7 9 4 ;   B a g u i   S C ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 6 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 0 2 ) 0 0 0 4 4 - 4 ;   B E L K A S I M   S O ,   1 9 9 1 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 2 4 ,   P 1 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 1 ) 9 0 1 4 0 - Z ;   B i c a c r o   E ,   2 0 1 2 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 1 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 2 . 6 4 6 7 0 9 0 ;   B o r o c z k y   L ,   2 0 0 5 ,   C O M P   M E D   S Y ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C B M S . 2 0 0 5 . 5 3 ;   B r o w n   M S ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 1 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 9 7 4 9 1 9 ;   B u c i u   I ,   2 0 1 1 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 6 ,   P 3 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 3 ;   C a b r a l   T . M . ,   2 0 1 2 ,   S Y N T H E S I S   L E C T   B I O M E ,   V 7 ,   P 1 ;   C a n d e s   E ,   2 0 0 6 ,   M U L T I S C A L E   M O D E L   S I M ,   V 5 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 0 5 0 6 4 1 8 2 X ;   C a n t e r a k i s   N ,   1 9 9 9 ,   P   1 1   S C A N D   C   I M   A N ,   P 8 5 ;   C h r i s t o y i a n n i   I ,   2 0 0 0 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 1 7 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 9 . 8 1 4 6 4 6 ;   C l a r k   K ,   2 0 1 3 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 1 0 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 3 - 9 6 2 2 - 7 ;   C o c o s c o   C . ,   1 9 9 7 ,   N E U R O I M A G E ,   V 5 ;   C o n s t a n t i n i d i s   A S ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 4 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 0 0 ) 0 0 0 8 8 - 1 ;   D a l a i   N . ,   2 0 0 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   V 1 ,   P 8 8 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 5 . 1 7 7 ;   D a v a t z i k o s   A C ,   2 0 0 6 ,   N E U R O B I O L   A G I N G ,   V 2 9 ,   P 5 1 4 ;   D e p e u r s i n g e   A ,   2 0 0 7 ,   C   P   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   V 2 0 0 7 ,   P 6 2 5 9 ;   D e t t o r i   L ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 7 ,   P 4 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 0 2 ;   D h a w a n   A P ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 0 0 0 6 3 ;   D u a   S ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 9 2 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 5 0 ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 0 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 2 ;   E s h e l m a n   L .   J . ,   1 9 9 1 ,   F D N   G E N E T I C   A L G O R I T H ,   V 1 ,   P 2 6 5 ;   F a n   Y ,   2 0 0 8 ,   N E U R O I M A G E ,   V 4 1 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 4 3 ;   F e h r   J ,   2 0 0 7 ,   P   F I N S I G ;   F e n g   M ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 6 ,   P 2 0 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 7 . 9 0 1 8 1 2 ;   F e r r e i r a   C B R ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 4 ,   P 9 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 0 2 ) 0 0 2 2 1 - 0 ;   G a l l o w a y   M M ,   1 9 7 5 ,   C O M P U T E R   G R A P H I C S   I M ,   V 4 ,   P 1 7 2 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 6 - 6 6 4 X ( 7 5 ) 8 0 0 0 8 - 6 ,   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 7 4 - 0 0 4 - 0 5 3 6 - 9 ] ;   G e r a r d i n   E ,   2 0 0 9 ,   N E U R O I M A G E ,   V 4 7 ,   P 1 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 3 6 ;   G u e v a r a - L o p e z   M A ,   2 0 1 5 ,   P   1 5   I N T   C   E X P   M E C H ,   P 1 ;   G u l i a t o   D ,   2 0 0 8 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 1 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 7 - 9 0 6 9 - 9 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H e a t h   M ,   2 0 0 0 ,   P   5   I N T   W O R K S H   D I G   M ,   P 2 1 2 ;   H e r l i d o u - M e m e   S ,   2 0 0 3 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 1 ,   P 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 7 3 0 - 7 2 5 X ( 0 3 ) 0 0 2 1 2 - 1 ;   H i l l   D L G ,   2 0 0 1 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 6 ,   p R 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 6 / 3 / 2 0 1 ;   H u   M K ,   1 9 6 2 ,   I R E   T   I N F   T H E O R Y ,   V 8 ,   P 1 7 9 ;   H u o   Z M ,   1 9 9 8 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 5 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 7 6 - 6 3 3 2 ( 9 8 ) 8 0 2 7 8 - X ;   I f t e k h a r u d d i n   K M ,   2 0 0 9 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 2 0 7 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 6 3 ;   J a c k   C R ,   2 0 0 8 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 7 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 1 0 4 9 ;   J e g o u   H ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 3 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 0 . 5 7 ;   K a t o   N ,   2 0 0 9 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 7 2 6 0 ,   P 1 ;   K i m   J K ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 8 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 7 6 4 8 9 6 ;   K l a s e r   A ,   2 0 0 8 ,   P   B R I T   M A C H   V I S   2 0 0 8 ;   K o   J P ,   2 0 0 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 1 8 ,   P 2 6 7 ;   L o i z o u   C P ,   2 0 1 1 ,   I F I P   A D V   I N F   C O M M   T E ,   V 3 6 4 ,   P 4 0 0 ;   L o w e   D G ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 6 0 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : V I S I . 0 0 0 0 0 2 9 6 6 4 . 9 9 6 1 5 . 9 4 ;   L o w e   D .   G . ,   1 9 9 9 ,   I N T   C   C O M P   V I S   C O R F ,   P 1 1 5 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C V . 1 9 9 9 . 7 9 0 4 1 0 ;   M a d a b h u s h i   A ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 1 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 5 . 8 5 9 2 0 8 ;   M a r c h e t t e   D ,   1 9 9 4 ,   P   2 6   S   I N T ,   P 2 5 ;   M a t h i a s   J M ,   1 9 9 9 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 4 2 ,   P 9 2 9 ;   M c N i t t - G r a y   M F ,   1 9 9 9 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 2 3 ,   P 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 5 - 6 1 1 1 ( 9 9 ) 0 0 0 3 3 - 6 ;   M i k o l a j c z y k   K ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 8 8 ;   M o r g a d o   P M ,   2 0 1 2 ,   T H E S I S ;   M o u r a   D C ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 8 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 3 - 0 8 3 8 - 2 ;   M u   T T ,   2 0 0 8 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 1 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 7 - 9 1 0 2 - z ;   M u r p h y   K ,   2 0 0 9 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 3 ,   P 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 1 ;   N a n n i   L . ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / J 0 U R N A L . P 0 N E . 0 0 8 3 5 5 4 ;   N a n n i   L . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   L A T E S T   R E S   S C I ,   V 3 ,   P 1 9 2 ;   N a n n i   L ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 8 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 5 5 ;   N a q a   I .   E . ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 6 2 ;   O j a l a   T ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 1 7 6 2 3 ;   O l i v e i r a   F P M ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H O D   B I O M E C ,   V 1 7 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 2 5 5 8 4 2 . 2 0 1 2 . 6 7 0 8 5 5 ;   O l i v e r   A ,   2 0 1 2 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 2 8 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 2 1 ;   P O R A T   M ,   1 9 8 9 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 3 6 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 1 0 . 1 6 4 5 7 ;   P r i e b e   C ,   1 9 9 4 ,   P   2 6   S   I N T   J U N ,   P 5 2 ;   R a m i r e z   J ,   2 0 1 3 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 3 7 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 1 2 ;   R a m o s - P o l l a n   R ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 2 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 6 9 3 - 2 ;   R a s h e d   E A ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 8 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 1 0 ;   R e d d y   K K ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   9 T H   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   B I O M E D I C A L   I M A G I N G   ( I S B I ) ,   P 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 2 . 6 2 3 5 5 6 0 ;   R o j a s - D o m i n g u e z   A ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 9 ,   P 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 2 ;   S a h i n e r   B ,   2 0 0 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 8 ,   P 1 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 3 8 1 5 4 8 ;   S c o v a n n e r   P . ,   2 0 0 7 ,   P   1 5   I N T   C   M U L T ,   P 3 5 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 2 9 1 2 3 3 . 1 2 9 1 3 1 1 ;   S h a r m a   S ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 4 - 9 7 1 9 - 7 ;   S h e s h a d r i   H S ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 1 5 ;   S h i r a i s h i   J ,   2 0 0 0 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 7 4 ,   P 7 1 ;   S i l v e i r a   M a r g a r i d a ,   2 0 1 0 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   2 0 1 0   2 0 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   P a t t e r n   R e c o g n i t i o n   ( I C P R   2 0 1 0 ) ,   P 2 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 2 0 1 0 . 6 2 6 ;   S o l t a n i a n - Z a d e h   H ,   2 0 0 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 7 ,   P 1 9 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 3 . 0 3 . 0 0 1 ;   S o t i r a s   A ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 1 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 6 5 6 0 3 ;   S u c k l i n g   J ,   1 9 9 4 ,   P   2   I N T   W O R K S H   D I G   M ,   P 2 1 1 ;   T a h m a s b i   A ,   2 0 1 0 ,   P   I E E E   1 7   I R   C   B I O M ,   P 1 ;   T a h m a s b i   A ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 1 ,   P 7 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 9 ;   T E A G U E   M R ,   1 9 8 0 ,   J   O P T   S O C   A M ,   V 7 0 ,   P 9 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A . 7 0 . 0 0 0 9 2 0 ;   T h e o c h a r a k i s   P ,   2 0 0 9 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 7 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 1 4 ;   T o l a   E ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 2 ,   P 8 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 9 . 7 7 ;   T s a i   F . ,   2 0 0 7 ,   I N T   W O R K S H   E N   M I N   M E ,   P 4 2 9 ;   U n a y   D ,   2 0 0 7 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 2 0 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 7 . 4 3 5 2 7 3 5 ;   V i o l a   P ,   2 0 0 1 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 5 1 1 ;   W a n g   D F ,   2 0 0 9 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 2 ,   P 3 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 1 5 ;   W i e m k e r   R ,   2 0 0 2 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 4 6 8 4 ,   P 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 4 6 7 2 1 0 ;   W u   B X ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 7 ,   P 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 1 - 0 6 6 9 - y ;   X u   D ,   2 0 0 5 ,   P   2 0 0 5   A N N   M   S O C   C O M ;   Y u   H ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 8 . 2 0 0 4 4 2 5 ;   Y u   O ,   1 9 9 9 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 1 7 ,   P 1 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 7 3 0 - 7 2 5 X ( 9 9 ) 0 0 0 6 2 - 4 ;   Y u   S Y ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 9 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 8 3 6 3 7 1 ;   Z a c h a r a k i   E I ,   2 0 0 9 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 2 ,   P 1 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 2 1 4 7 ;   Z h a n g   J ,   2 0 0 8 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 1 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 1 6 ;   Z i t o v a   B ,   2 0 0 3 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   V 2 1 ,   P 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 2 6 2 - 8 8 5 6 ( 0 3 ) 0 0 1 3 7 - 9 	 9 6 	 0 	 0 	 5 	 5 	 S P R I N G E R 	 D O R D R E C H T 	 V A N   G O D E W I J C K S T R A A T   3 0 ,   3 3 1 1   G Z   D O R D R E C H T ,   N E T H E R L A N D S 	 0 2 6 9 - 2 8 2 1 	 1 5 7 3 - 7 4 6 2 	 	 A R T I F   I N T E L L   R E V 	 A r t i f .   I n t e l l .   R e v . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 4 7 	 4 	 	 	 	 	 5 3 1 	 5 5 9 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 6 2 - 0 1 6 - 9 4 9 2 - 8 	 	 2 9 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E P 6 R I 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 5 0 6 2 0 0 0 0 5 	 	 
 
 J 	 H u n g ,   F H ;   C h i u ,   H W 	 	 	 	 H u n g ,   F e i - H u n g ;   C h i u ,   H u n g - W e n 	 	 	 C a n c e r   s u b t y p e   p r e d i c t i o n   f r o m   a   p a t h w a y - l e v e l   p e r s p e c t i v e   b y   u s i n g   a   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   b a s e d   o n   i n t e g r a t e d   g e n e   e x p r e s s i o n   a n d   p r o t e i n   n e t w o r k 	 C O M P U T E R   M E T H O D S   A N D   P R O G R A M S   I N   B I O M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C a n c e r   s u b t y p e ;   P r o t e i n - p r o t e i n   i n t e r a c t i o n ;   G e n e   e x p r e s s i o n ;   S i g n a l i n g   p a t h w a y ;   N e u r o e p i t h e l i a l   t u m o r ;   C o m p u t a t i o n a l   m e t h o d 	 B R A I N - T U M O R ;   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   U P D A T E ;   M R I ;   C A R C I N O M A ;   D I A G N O S I S ;   D A T A B A S E ;   G L I O M A S ;   L E S I O N S ;  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 I n f o r m a t ,   2 5 0   W u   H s i n g   S t ,   T a i p e i   1 1 0 3 1 ,   T a i w a n 	 C h i u ,   H W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T a i p e i   M e d   U n i v ,   G r a d   I n s t   B i o m e d   I n f o r m a t ,   2 5 0   W u   H s i n g   S t ,   T a i p e i   1 1 0 3 1 ,   T a i w a n . 	 h w c h i u @ t m u . e d u . t w 	 	 	 M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   T a i w a n   [ M O S T 1 0 4 - 2 2 2 1 - E - 0 3 8 - 0 0 6 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   a   g r a n t   f r o m   t h e   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   T a i w a n   ( M O S T 1 0 4 - 2 2 2 1 - E - 0 3 8 - 0 0 6 ) . 	 B a r r e t t   T ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 9 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 1 9 3 ;   B a u e r   S ,   2 0 1 3 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 8 ,   p R 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 8 / 1 3 / R 9 7 ;   B r e u e r   K ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 1 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 1 4 7 ;   B r o w n   K V ,   2 0 0 7 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 7 - 8 - 5 - r 9 5 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h o i   C ,   2 0 1 2 ,   N A T   M E D ,   V 1 8 ,   P 6 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 2 6 8 2 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D e m b e l e   D ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 9 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t g 1 1 9 ;   E b e r l i n   L S ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 6 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 2 4 6 5 ;   E l - D a h s h a n   E S A ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 5 5 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 2 1 ;   G h a s e m i   K ,   2 0 1 6 ,   M A G N   R E S O N   C H E M ,   V 5 4 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r c . 4 3 2 6 ;   G h o l a m i   B ,   2 0 1 3 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 7 ,   P 7 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 3 . 2 2 5 0 9 8 3 ;   H u n g   F H ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 5 1 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 2 3 ;   K a n t h   B . B . M .   K r i s h n a ,   2 0 1 1 ,   I J C S N S ,   V 1 1 ,   P 1 7 3 ;   K i m   S ,   2 0 1 2 ,   B I O L   D I R E C T ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 5 - 6 1 5 0 - 7 - 2 1 ;   K i r c h e r   M F ,   2 0 1 2 ,   N A T   M E D ,   V 1 8 ,   P 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 2 7 2 1 ;   L i c a t a   L ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p D 8 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 9 3 0 ;   M A B O G U N J E   O A ,   1 9 7 8 ,   G U T ,   V 1 9 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 1 9 . 5 . 4 2 5 ;   M a c Q u e e n   J . B ,   1 9 6 7 ,   P   5   B E R K   S   M A T H   S T A T ,   P 2 8 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 2 3 4 / 1 2 3 4 5 6 7 8 ;   N i   D L ,   2 0 1 4 ,   A D V   F U N C T   M A T E R ,   V 2 4 ,   P 6 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a d f m . 2 0 1 4 0 1 6 0 9 ;   O r c h a r d   S ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 1 1 5 ;   P e a r c e   M S ,   2 0 1 2 ,   L A N C E T ,   V 3 8 0 ,   P 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 2 ) 6 0 8 1 5 - 0 ;   P l e t s c h e r - F r a n k i l d   S ,   2 0 1 5 ,   M E T H O D S ,   V 7 4 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 2 0 ;   P r a s a d   T S K ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p D 7 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 8 9 2 ;   R a p p a p o r t   N . ,   2 0 1 4 ,   C U R R   P R O T O C   B I O I N F O R ,   V 4 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 2 5 0 9 5 3 . B I O 1 2 4 S 4 7 ;   S a l w i n s k i   L ,   2 0 0 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 2 ,   p D 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k h 0 8 6 ;   S e l a r u   F M ,   2 0 0 2 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 2 2 ,   P 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / g a s t . 2 0 0 2 . 3 1 9 0 4 ;   S h a i   R ,   2 0 0 3 ,   O N C O G E N E ,   V 2 2 ,   P 4 9 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 6 7 5 3 ;   S o n g   W M ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 1 9 2 9 ;   S t a r k   C ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   p D 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k j 1 0 9 ;   S u n   L X ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 9 ,   P 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 0 3 ;   T o t h i l l   R W ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 5 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 0 1 9 6 ;   Y O U   W C ,   1 9 9 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 3 ,   P 1 3 1 7 ;   Z a i n u d d i n   Z a r i t a ,   2 0 1 3 ,   A u s t r a l a s   M e d   J ,   V 6 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 4 0 6 6 / A M J . 2 0 1 3 . 1 6 4 0 	 3 4 	 0 	 0 	 2 	 2 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 0 1 6 9 - 2 6 0 7 	 1 8 7 2 - 7 5 6 5 	 	 C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O 	 C o m p u t .   M e t h .   P r o g r a m s   B i o m e d . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 1 4 1 	 	 	 	 	 	 2 7 	 3 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 0 6 	 	 8 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E O 8 W H 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 9 7 0 7 0 0 0 0 6 	 2 8 2 4 1 9 6 5 	 
 
 J 	 C h o k r i ,   F ;   F a r i d a ,   M H 	 	 	 	 C h o k r i ,   F e r k o u s ;   F a r i d a ,   M e r o u a n i   H a y e t 	 	 	 M a m m o g r a p h i c   m a s s   c l a s s i f i c a t i o n   a c c o r d i n g   t o   B i - R A D S   l e x i c o n 	 I E T   C O M P U T E R   V I S I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 m a m m o g r a p h y ;   c a n c e r ;   m e d i c a l   i m a g e   p r o c e s s i n g ;   i m a g e   c l a s s i f i c a t i o n ;   f e a t u r e   e x t r a c t i o n ;   m u l t i l a y e r   p e r c e p t r o n s ;   m a m m o g r a p h i c   m a s s   c l a s s i f i c a t i o n ;   B i - R A D S   l e x i c o n ;   b r e a s t   i m a g i n g   r e p o r t i n g   a n d   d a t a   s y s t e m ;   d i g i t i s e d   m a m m o g r a m s ;   p a t i e n t   a g e ;   m u l t i l a y e r   p e r c e p t r o n ;   b r e a s t   c a n c e r 	 S H A P E   C A T E G O R I E S 	 T h e   g o a l   o f   t h i s   s t u d y   i s   t o   p r o p o s e   a   c o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s   s y s t e m   t o   d i f f e r e n t i a t e   b e t w e e n   f o u r   b r e a s t   i m a g i n g   r e p o r t i n g   a n d   d a t a   s y s t e m   ( B i - R A D S )   c l a s s e s   i n   d i g i t i s e d   m a m m o g r a m s .   T h i s   s y s t e m   i s   i n s p i r e d   b y   t h e   a p p r o a c h   o f   t h e   d o c t o r   d u r i n g   t h e   r a d i o l o g i c   e x a m i n a t i o n   a s   i t   w a s   a g r e e d   i n   B I - R A D S ,   w h e r e   m a s s e s   a r e   d e s c r i b e d   b y   t h e i r   f o r m ,   t h e i r   b o u n d a r y   a n d   t h e i r   d e n s i t y .   T h e   s e g m e n t a t i o n   o f   m a s s e s   i n   t h e   a u t h o r s '   a p p r o a c h   i s   m a n u a l   b e c a u s e   i t   i s   s u p p o s e d   t h a t   t h e   d e t e c t i o n   i s   a l r e a d y   m a d e .   W h e n   t h e   s e g m e n t e d   r e g i o n   i s   a v a i l a b l e ,   t h e   f e a t u r e s   e x t r a c t i o n   p r o c e s s   c a n   b e   c a r r i e d   o u t .   2 2   v i s u a l   c h a r a c t e r i s t i c s   a r e   a u t o m a t i c a l l y   c o m p u t e d   f r o m   s h a p e ,   e d g e   a n d   t e x t u r a l   p r o p e r t i e s ;   o n l y   o n e   h u m a n   f e a t u r e   i s   u s e d   i n   t h i s   s t u d y ,   w h i c h   i s   t h e   p a t i e n t ' s   a g e .   C l a s s i f i c a t i o n   i s   f i n a l l y   d o n e   u s i n g   a   m u l t i - l a y e r   p e r c e p t r o n   a c c o r d i n g   t o   t w o   s e p a r a t e   s c h e m e s ;   t h e   f i r s t   o n e   c o n s i s t s   o f   c l a s s i f y   m a s s e s   t o   d i s t i n g u i s h   b e t w e e n   t h e   f o u r   B I - R A D S   c l a s s e s   ( 2 ,   3 ,   4   a n d   5 ) .   I n   t h e   s e c o n d   o n e   t h e   a u t h o r s   c l a s s i f y   a b n o r m a l i t i e s   o n   t w o   c l a s s e s   ( b e n i g n   a n d   m a l i g n ) .   T h e   p r o p o s e d   a p p r o a c h   h a s   b e e n   e v a l u a t e d   o n   4 8 0   m a m m o g r a p h i c   m a s s e s   e x t r a c t e d   f r o m   t h e   d i g i t a l   d a t a b a s e   f o r   s c r e e n i n g   m a m m o g r a p h y ,   a n d   t h e   o b t a i n e d   r e s u l t s   a r e   e n c o u r a g i n g . 	 [ C h o k r i ,   F e r k o u s ]   8   M a y   1 9 4 5   U n i v ,   L a b   S c i   &   T e c h n o l   I n f o r m a t   &   C o m m u n   L a b S T I C ,   G u e l m a ,   A l g e r i a ;   [ F a r i d a ,   M e r o u a n i   H a y e t ]   B a d j i   M o k h t a r   U n i v ,   L a b   R e c h   I n f o r m a t ,   A n n a b a ,   A l g e r i a 	 C h o k r i ,   F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   8   M a y   1 9 4 5   U n i v ,   L a b   S c i   &   T e c h n o l   I n f o r m a t   &   C o m m u n   L a b S T I C ,   G u e l m a ,   A l g e r i a . 	 f e r k o u s . c h o k r i @ u n i v - g u e l m a . d z 	 	 	 	 	 A l i   B . ,   2 0 1 2 ,   1 1   I N T   C   M A C H   L E A R N ,   P 1 3 9 ;   B e n m a z o u   S a r a h ,   2 0 1 4 ,   E v o l v i n g   S y s t e m s ,   V 5 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 3 0 - 0 1 4 - 9 1 0 5 - 1 ;   B e r r y   M . ,   1 9 9 7 ,   D A T A   M I N I N G   T E C H N I Q U ;   C h i s a k o   M . ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 7 2 ,   P 4 3 ;   D a s h   J . ,   2 0 1 2 ,   1   I N T   C   R E C   A D V   I N F ,   P 5 8 ;   E l f a r r a   B K ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 5 ,   P 1 ;   H a m d i - C h e r i f   M ,   2 0 1 4 ,   J   A F R   C A N C   A F R   J   C A N ,   V 6 ,   P 1 6 6 ;   H a m d i - C h e r i f   M . ,   2 0 1 5 ,   J   C A N C E R   R E S   T H E R ,   V 3 ,   P 1 0 0 ;   J i a n g   L ,   2 0 0 8 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 5 ,   P 1 5 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 1 5 ;   K A S S   M ,   1 9 8 7 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 ,   P 3 2 1 ;   K u n i o   D ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T E R I Z E D   M E D   I M A ,   V 3 1 ,   P 1 9 8 ;   L e v y   L ,   2 0 0 5 ,   G y n e c o l   O b s t e t   F e r t i l ,   V 3 3 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g y o b f e . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 0 6 ;   L i   Y F ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 5 2 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 8 ;   M a i t r a   I .   K ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T E R   G R A P H ,   V 2 ,   P 1 7 ;   M a r i a s   K ,   2 0 0 5 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 6 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 5 . 1 6 1 5 9 6 1 ;   M e n o n   D . ,   2 0 1 5 ,   A R T I F   I N T E L L   E V O L   A L ,   V 3 2 5 ,   P 4 9 5 ;   M i c h a e l   H . ,   2 0 0 1 ,   5   I N T   W O R K S H   D I G   M A M ,   P 2 1 2 ;   M i c h a e l   H . ,   1 9 9 8 ,   4   I N T   W O R K S H   D I G   M A M ,   P 4 5 7 ;   N a g a p p a n   A ,   2 0 0 8 ,   I n f o r m a t i o n   T e c h n o l o g y   J o u r n a l ,   V 7 ,   P 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 3 9 2 3 / i t j . 2 0 0 8 . 4 9 0 . 4 9 6 ;   O b e n a u e r   S ,   2 0 0 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 5 ,   P 1 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 4 - 2 5 9 3 - 9 ;   R a h i m e h   R . ,   2 0 1 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 6 ,   P 4 5 ;   R a n g a y y a n   R M ,   2 0 0 0 ,   M E D   B I O L   E N G   C O M P U T ,   V 3 8 ,   P 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 3 4 5 7 4 2 ;   R o b i n   S . ,   R A D I O L O G Y   A S S I S T A N T ;   R y a n   W . ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 8 ,   P 4 1 7 ;   S a b e l   M ,   1 9 9 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 1 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 1 / 3 / 0 0 1 ;   S a l a b a t   K . ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 4 4 ,   P 2 6 7 ;   S a m p a t   M P ,   2 0 0 5 ,   P R O C   S P I E ,   V 5 7 4 7 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 5 9 6 5 6 3 ;   S a u r a b h   K a r s o l i y a ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   E N G   T R E N D S   T E C ,   V 3 ,   P 7 1 4 ;   S i d n e y   M . ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 3 4 ,   P 1 1 ;   S o n a l   N . ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   R E C E N T   I N N O V   T ,   V 4 ,   P 6 7 5 ;   S u r e n d i r a n   B . ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R E C E N T   T R E N D S ,   V 3 ,   P 5 5 ;   V a d i v e l   A ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 3 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 4 ;   W a n g   Y ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 4 4 ,   P 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 5 0 ;   W e i - M i n g   C . ,   2 0 0 5 ,   W O R L D   F E D E R A T I O N   U L T ,   V 3 3 ,   P 7 6 3 	 3 4 	 0 	 0 	 5 	 5 	 I N S T   E N G I N E E R I N G   T E C H N O L O G Y - I E T 	 H E R T F O R D 	 M I C H A E L   F A R A D A Y   H O U S E   S I X   H I L L S   W A Y   S T E V E N A G E ,   H E R T F O R D   S G 1   2 A Y ,   E N G L A N D 	 1 7 5 1 - 9 6 3 2 	 1 7 5 1 - 9 6 4 0 	 	 I E T   C O M P U T   V I S 	 I E T   C o m p u t .   V i s . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 1 1 	 3 	 	 	 	 	 1 8 9 	 1 9 8 	 	 1 0 . 1 0 4 9 / i e t - c v i . 2 0 1 6 . 0 2 4 4 	 	 1 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E R 3 Q W 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 1 3 7 0 0 0 0 1 	 	 
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 P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s 	 O R O P H A R Y N G E A L   C A N C E R ;   S U R G I C A L   D I L E M M A ;   S U R F A C E   E M G ;   M U S C L E ;   M O D E L ;   J A W 	 I n   o r a l   c a n c e r ,   l o s s   o f   f u n c t i o n   d u e   t o   s u r g e r y   c a n   b e   u n a c c e p t a b l e ,   d e s i g n a t i n g   t h e   t u m o u r   a s   f u n c t i o n a l l y   i n o p e r a b l e .   O t h e r   c u r a t i v e   t r e a t m e n t s   c a n   t h e n   b e   c o n s i d e r e d .   C u r r e n t l y ,   p r e d i c t i o n s   o f   t h e s e   f u n c t i o n a l   c o n s e q u e n c e s   a r e   s u b j e c t i v e   a n d   u n r e l i a b l e .   W e   w a n t   t o   c r e a t e   p a t i e n t - s p e c i f i c   m o d e l s   t o   i m p r o v e   a n d   o b j e c t i f y   t h e s e   p r e d i c t i o n s .   A   f i r s t   s t e p   w a s   t a k e n   b y   c o n t r o l l i n g   a   3 D   l i p   m o d e l  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 N e t h e r l a n d s ;   [ B r a n d s m a ,   D i e t a ]   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   D e p t   N e u r o o n c o l ,   P l e s m a n l a a n   1 2 1 ,   N L - 1 0 6 6   C X   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s ;   [ B r a n d s m a ,   D i e t a ]   S l o t e r v a a r t   H o s p ,   D e p t   N e u r o l ,   L o u w e s w e g   6 ,   N L - 1 0 6 6   E C   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s 	 E s k e s ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   D e p t   H e a d   &   N e c k   O n c o l   &   S u r g ,   P l e s m a n l a a n   1 2 1 ,   N L - 1 0 6 6   C X   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s . ;   E s k e s ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T w e n t e ,   M I R A   I n s t   B i o m e d   E n g n   &   T e c h   M e d ,   D r i e n e r l o l a a n   5 ,   N L - 7 5 2 2   N B   E n s c h e d e ,   N e t h e r l a n d s . 	 m . e s k e s @ n k i . n l 	 	 	 	 	 A r j u n a n   S P ,   2 0 0 6 ,   P   I A D I S   I N T   C   E   S O C ,   P 3 8 1 ;   B e t t s   B J ,   2 0 0 6 ,   I N T E R A C T   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 1 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n t c o m . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 1 2 ;   C A M P B E L L   R ,   1 9 8 2 ,   B R I T   J   P S Y C H O L ,   V 7 3 ,   P 9 5 ;   H a m e d i   M a h y a r ,   2 0 1 1 ,   J o u r n a l   o f   C o m p u t e r   S c i e n c e s ,   V 7 ,   P 1 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 3 8 4 4 / j c s s p . 2 0 1 1 . 1 4 0 7 . 1 4 1 5 ;   H O N D A   K ,   1 9 9 5 ,   J   P H O N E T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 5 - 4 4 7 0 ( 9 5 ) 8 0 0 4 6 - 8 ;   K r e e f t   A ,   2 0 0 9 ,   C L I N   O T O L A R Y N G O L ,   V 3 4 ,   P 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 9 - 4 4 8 6 . 2 0 0 9 . 0 1 8 8 4 . x ;   K r e e f t   A M ,   2 0 1 1 ,   C L I N   O T O L A R Y N G O L ,   V 3 6 ,   P 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 9 - 4 4 8 6 . 2 0 1 1 . 0 2 2 9 9 . x ;   L a p a t k i   B G ,   2 0 0 5 ,   F A C I A L   P A L S I E S   C O M P L ,   P 8 9 ;   L u c e r o   J C ,   1 9 9 9 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 1 0 6 ,   P 2 8 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 4 2 8 1 0 8 ;   P e l t e r e t   J P V ,   2 0 1 4 ,   C L I N   A N A T ,   V 2 7 ,   P 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c a . 2 2 3 1 3 ;   P h i n y o m a r k   A ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 9 ,   P 7 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 0 1 . 1 0 2 ;   P r e n d e r g a s t   P M ,   2 0 1 3 ,   C O S M E T I C   S U R G   A R T   T E ,   P 3 6 ;   R o b e r t s o n   L D ,   2 0 0 9 ,   E S S E N T I A L S   E L E C T R O M Y ,   P 6 6 ;   S c h u m a n n   N P ,   2 0 1 0 ,   J   N E U R O S C I   M E T H ,   V 1 8 7 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j n e u m e t h . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 1 9 ;   S h a h   J P ,   2 0 0 9 ,   O R A L   O N C O L ,   V 4 5 ,   P 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o r a l o n c o l o g y . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 1 7 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 2 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 2 ,   P 1 0 ,   D O I   [ 1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 4 9 ,   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 3 8 ,   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 5 3 ] ;   S t a v n e s s   I ,   2 0 1 3 ,   J   S P E E C H   L A N G   H E A R   R ,   V 5 6 ,   P 8 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 4 / 1 0 9 2 - 4 3 8 8 ( 2 0 1 2 / 1 2 - 0 2 0 0 ) ;   S t a v n e s s   I ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E C H ,   V 4 5 ,   P 2 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i o m e c h . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 3 1 ;   v a n   A l p h e n   M J A ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   O R A L   M A X   S U R G ,   V 5 1 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b j o m s . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 2 ;   V a n   B o x t e l   A ,   2 0 0 1 ,   P S Y C H O P H Y S I O L O G Y ,   V 3 8 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 4 8 5 7 7 2 0 1 9 9 0 1 6 X ;   V A N S O N   N ,   1 9 9 4 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 9 6 ,   P 1 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 4 1 1 3 2 4 ;   V a t i k i o t i s - B a t e s o n   E ,   1 9 9 6 ,   S P E E C H R E A D I N G   H U M A N S ,   P 2 2 1 ;   V o g t   F ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 0 7 2 ,   P 1 9 ;   W u   X . ,   2 0 1 4 ,   A C O U S T I C A L   S C I   T E C H N ,   V 3 5 ,   P 2 0 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 2 5 0 / A S T . 3 5 . 2 0 1 	 2 4 	 0 	 0 	 2 	 2 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 0 1 4 0 - 0 1 1 8 	 1 7 4 1 - 0 4 4 4 	 	 M E D   B I O L   E N G   C O M P U T 	 M e d .   B i o l .   E n g .   C o m p u t . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 5 5 	 4 	 	 	 	 	 5 7 3 	 5 8 3 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 1 7 - 0 1 6 - 1 5 1 1 - z 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E Q 8 N W 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 3 4 3 8 0 0 0 0 5 	 2 7 3 7 0 7 8 5 	 
 
 J 	 D h u n g e l ,   N ;   C a r n e i r o ,   G ;   B r a d l e y ,   A P 	 	 	 	 D h u n g e l ,   N e e r a j ;   C a r n e i r o ,   G u s t a v o ;   B r a d l e y ,   A n d r e w   P . 	 	 	 A   d e e p   l e a r n i n g   a p p r o a c h   f o r   t h e   a n a l y s i s   o f   m a s s e s   i n   m a m m o g r a m s   w i t h   m i n i m a l   u s e r   i n t e r v e n t i o n 	 M E D I C A L   I M A G E   A N A L Y S I S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M a m m o g r a m s ;   M a s s e s ;   D e t e c t i o n ;   S e g m e n t a t i o n ;   C l a s s i f i c a t i o n ;   D e e p   l e a r n i n g ;   B a y e s i a n   o p t i m i s a t i o n ;   T r a n s f e r   l e a r n i n g ;   S t r u c t u r e d   o u t p u t   l e a r n i n g 	 C O M P U T E R - A I D E D   D E T E C T I O N ;   L E V E L   S E T   S E G M E N T A T I O N ;   N E U R A L - N E T W O R K S ;   B R E A S T - C A N C E R ;   D I G I T A L   M A M M O G R A M S ;   A C T I V E   C O N T O U R S ;   D I A G N O S I S   C A D ;   I N F O R M A T I O N ;   A L G O R I T H M ;   F E A T U R E S 	 W e   p r e s e n t   a n   i n t e g r a t e d   m e t h o d o l o g y   f o r   d e t e c t i n g ,   s e g m e n t i n g   a n d   c l a s s i f y i n g   b r e a s t   m a s s e s   f r o m   m a m m o g r a m s   w i t h   m i n i m a l   u s e r   i n t e r v e n t i o n .   T h i s   i s   a   l o n g   s t a n d i n g   p r o b l e m   d u e   t o   l o w   s i g n a l - t o n o i s e   r a t i o   i n   t h e   v i s u a l i s a t i o n   o f   b r e a s t   m a s s e s ,   c o m b i n e d   w i t h   t h e i r   l a r g e   v a r i a b i l i t y   i n   t e r m s   o f   s h a p e ,   s i z e ,   a p p e a r a n c e   a n d   l o c a t i o n .   W e   b r e a k   t h e   p r o b l e m   d o w n   i n t o   t h r e e   s t a g e s :   m a s s   d e t e c t i o n ,   m a s s   s e g m e n t a t i o n ,   a n d   m a s s   c l a s s i f i c a t i o n .   F o r  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 U n i v   B r i t i s h   C o l u m b i a ,   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   V a n c o u v e r ,   B C   V 5 Z   1 M 9 ,   C a n a d a ;   [ C a r n e i r o ,   G u s t a v o ]   U n i v   B r i t i s h   C o l u m b i a ,   A u s t r a l i a n   C t r   V i s u a l   T e c h n o l ,   V a n c o u v e r ,   B C   V 5 Z   1 M 9 ,   C a n a d a ;   [ B r a d l e y ,   A n d r e w   P . ]   U n i v   Q u e e n s l a n d ,   I T E E ,   B r i s b a n e ,   Q l d   4 0 7 2 ,   A u s t r a l i a 	 D h u n g e l ,   N   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   B r i t i s h   C o l u m b i a ,   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   V a n c o u v e r ,   B C   V 5 Z   1 M 9 ,   C a n a d a . 	 n e e r o z j @ g m a i l . c o m 	 	 D h u n g e l ,   N e e r a j / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 9 0 4 8 - 2 3 9 7 	 A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l ' s   D i s c o v e r y   P r o j e c t s   f u n d i n g   s c h e m e   [ D P 1 4 0 1 0 2 7 9 4 ] ;   A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   F u t u r e   F e l l o w s h i p   [ F T 1 1 0 1 0 0 6 2 3 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   c o n d u c t e d   w h i l e   N .   D h u n g e l   w a s   w i t h   t h e   U n i v e r s i t y   o f   A d e l a i d e .   2   T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l ' s   D i s c o v e r y   P r o j e c t s   f u n d i n g   s c h e m e   ( p r o j e c t   D P 1 4 0 1 0 2 7 9 4 ) .   P r o f .   B r a d l e y   i s   t h e   r e c i p i e n t   o f   a n   A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   F u t u r e   F e l l o w s h i p   ( F T 1 1 0 1 0 0 6 2 3 ) . 	 A u s t r a l i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   a n d   W e l f a r e ,   2 0 1 2 ,   A U S T R   I   H L T H   W E L F   C A ,   V 7 1 ;   B a l l   J E ,   2 0 0 7 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 4 9 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 7 . 4 3 5 3 4 5 7 ;   B e l l e r   M . ,   2 0 0 5 ,   B I L D V E R A R B E I T U N G   M E D ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 3 - 5 4 0 - 2 6 4 3 1 - 0 _ 9 7 ;   B e l l o t t i   R ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 3 0 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 2 1 4 1 7 7 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C a m p a n i n i   R ,   2 0 0 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 9 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 9 / 6 / 0 0 7 ;   C a r d o s o   J S ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 8 0 0 1 4 1 5 5 5 0 0 2 2 ;   C a r n e i r o   G ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 5 1 ,   P 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 7 4 - 4 _ 7 8 ;   C h a n   T F ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 0 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 8 3 . 9 0 2 2 9 1 ;   C i r e s a n   D C ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 1 5 0 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 7 6 3 - 5 _ 5 1 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D h u n g e l   N . ,   2 0 1 5 ,   D I G   I M   C O M P   T E C H N   A P ,   P 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / D I C T A . 2 0 1 5 . 7 3 7 1 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / D I C T A . 2 0 1 5 . 7 3 7 1 2 3 4 . ] ;   D h u n g e l   N . ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G E   C   I N   P R E S S ;   D h u n g e l   N ,   2 0 1 5 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 2 9 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 5 . 7 3 5 1 3 4 3 ;   D h u n g e l   N ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 4 9 ,   P 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 5 3 - 9 _ 7 4 ;   D h u n g e l   N ,   2 0 1 5 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 5 . 7 1 6 3 9 8 3 ;   D o m i n g u e s   I . ,   2 0 1 2 ,   2 3   C B E B ;   D o m i n g u e z   A R ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 6 ;   D o m k e   J . ,   2 0 1 3 ,   A R X I V 1 3 0 1 3 1 9 3 ;   D r o m a i n   C ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 2 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 5 ;   E l m o r e   J G ,   2 0 0 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 3 ,   P 6 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 5 3 3 0 8 2 3 0 8 ;   E l t o n s y   N . ,   2 0 0 7 ,   M E D   I M A G I N G   I E E E   T ,   V 2 6 ,   P 8 8 0 ;   F a r a b e t   C . ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   A N A L   M A C H I N E ,   V 3 5 ,   P 1 9 1 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 2 . 2 3 1 ;   F e n t o n   J J ,   2 0 0 7 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 6 ,   P 1 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 6 6 0 9 9 ;   G i g e r   M .   L . ,   2 0 1 4 ,   S P I E   O P T I C A L   E N G   A P P ;   G i l h u i j s   K G A ,   1 9 9 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 5 ,   P 1 6 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 8 3 4 5 ;   G i r s h i c k   R . ,   2 0 1 5 ,   P   I E E E   I N T   C   C O M P   V I ,   P 1 4 4 0 ;   G i r s h i c k   R ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 8 1 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 7 6 4 7 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 2 0 0 6 . 1 8 . 7 . 1 5 2 7 ;   J e m a l   A ,   2 0 0 8 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 8 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / C A . 2 0 0 7 . 0 0 1 0 ;   J o r s t a d   A . ,   2 0 1 4 ,   C O M P   V I S   E C C V   2 0 1 4   W ,   P 3 6 7 ;   K o z e g a r   E ,   2 0 1 3 ,   J   C A N C E R   R E S   T H E R ,   V 9 ,   P 5 9 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 9 7 3 - 1 4 8 2 . 1 2 6 4 5 3 ;   K r i z h e v s k y   A ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R   I N F O R M   P R O C ,   V 2 0 1 2 ,   P 1 0 9 7 ;   L e C u n   Y ,   1 9 9 5 ,   H D B   B R A I N   T H E O R Y   N E U ,   V 3 3 6 1 ,   P 1 9 9 5 ;   L o n g   J ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 9 6 5 ;   L u   Z . ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 1 0 0 2 2 5 1 ;   M e l t z e r   T . ,   2 0 0 9 ,   P   2 5   C   U N C   A R T   I N T ,   P 3 9 3 ;   M o r e i r a   I C ,   2 0 1 2 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 9 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 1 4 ;   N a i r   V ,   2 0 1 0 ,   I C M L ,   V 2 7 ,   P 8 0 7 ;   N o w o z i n   S . ,   2 0 1 1 ,   F D N   T R E N D S   C O M P U T   G R ,   V 6 ,   P 1 8 5 ;   O l i v e r   A ,   2 0 1 0 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 4 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 5 ;   R a h m a t i   P ,   2 0 1 2 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 6 ,   P 1 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 0 5 ;   R o n n e b e r g e r   O . ,   2 0 1 5 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 2 3 4 ;   S a h i n e r   B ,   2 0 0 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 8 ,   P 1 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 3 8 1 5 4 8 ;   S a m p a t   M P ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 2 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 8 9 0 0 8 0 ;   S e t h i a n   J A ,   1 9 9 9 ,   L E V E L   S E T   M E T H O D S   F A ,   V 3 ;   S h i   J Z ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 8 2 0 6 3 0 ;   S o n g   E M ,   2 0 0 9 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 6 ,   P 8 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 1 4 ;   S r i v a s t a v a   N ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 9 2 9 ;   T a n g   J S ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 8 . 2 0 0 9 4 4 1 ;   t e   B r a k e   G M ,   2 0 0 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 5 ,   P 2 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 5 / 1 0 / 3 0 8 ;   T i m p   S ,   2 0 0 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 1 ,   P 9 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 6 8 8 0 3 9 ;   N g o   T A ,   2 0 1 5 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 2 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 5 . 7 3 5 1 1 7 9 ;   N g o   T A ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 3 9 9 ;   v a n   G i n n e k e n   B ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 1 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 9 7 4 9 1 8 ;   V a r e l a   C ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 1 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 1 / 2 / 0 1 6 ;   W a i n w r i g h t   M ,   2 0 0 3 ,   W O R K S H   A R T   I N T   S T A T ,   V 2 1 ,   P 9 7 ;   W e i   J ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 2 8 2 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 9 9 7 3 2 7 ,   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 9 0 7 3 2 7 ] ;   Y u   M . ,   2 0 1 2 ,   P   A C M   S   A P P L   C O M P ,   P 3 9 ;   Y u   S Y ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 9 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 8 3 6 3 7 1 ;   Z h a n g   Y T ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 6 2 1 	 6 2 	 0 	 0 	 8 	 8 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 3 6 1 - 8 4 1 5 	 1 3 6 1 - 8 4 2 3 	 	 M E D   I M A G E   A N A L 	 M e d .   I m a g e   A n a l . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 3 7 	 	 	 	 	 	 1 1 4 	 1 2 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 0 9 	 	 1 5 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E P 7 I M 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 5 5 1 5 0 0 0 0 9 	 2 8 1 7 1 8 0 7 	 
 
 J 	 B j e d o v ,   S ;   J a k i m o v ,   D ;   P i l i p o v i c ,   A ;   P o s a ,   M ;   S a k a c ,   M 	 	 	 	 B j e d o v ,   S r d a n ;   J a k i m o v ,   D i m i t a r ;   P i l i p o v i c ,   A n a ;   P o s a ,   M i h a l j ;   S a k a c ,   M a r i j a 	 	 	 A n t i t u m o r   a c t i v i t y   o f   n e w l y   s y n t h e s i z e d   o x o   a n d   e t h y l i d e n e   d e r i v a t i v e s   o f   b i l e   a c i d s   a n d   t h e i r   a m i d e s   a n d   o x a z o l i n e s 	 S T E R O I D S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B i l e   a c i d ;   A n t i t u m o r   a c t i v i t y ;   W i t t i g   r e a c t i o n ;   E t h y l i d e n e ;   O x a z o l i n e ;   A m i d e 	 I S O L A T E D   R A T   H E P A T O C Y T E S ;   N U C L E A R   R E C E P T O R ;   C E L L - L I N E S ;   B I O L O G I C A L   E V A L U A T I O N ;   L A R G E - B O W E L ;   C A N C E R ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   A P O P T O S I S ;   L I G A N D S ;   A G E N T S 	 B i l e   a c i d   d e r i v a t i v e s   w i t h   m o d i f i c a t i o n s   i n   s i d e   c h a i n   a n d   m o d i f i c a t i o n s   o n   s t e r o i d   s k e l e t o n   w e r e   s y n t h e t i z e d   a n d   t h e i r   a n t i t u m o r   a c t i v i t y   a g a i n s t   f i v e   h u m a n   c a n c e r   c e l l   l i n e s   w a s   i n v e s t i g a t e d .   M o d i f i c a t i o n s   i n   s i d e   c h a i n   i n c l u d e   a m i d   g r o u p ,   f o r m e d   i n   r e a c t i o n   w i t h   2 - a m i n o - 2 - m e t h y l p r o p a n o l ,   a n d   4 , 4 - d i m e t h y l o x a z o l i n e   g r o u p ,   o b t a i n e d   a f t e r   c y c l i z a t i o n   o f   a m i d e s .   I n   t h e   s t e r o i d   s k e l e t o n   o x o   g r o u p s   w e r e   i n t r o d u c e d   i n   p o s i t i o n   7   ( 2 ,   2 a ,   2 b )   a n d   7 , 1 2   ( 3 ,   3 a ,   3 b ) .   E t h y l i d e n e   g r o u p s   w e r e   i n t r o d u c e d   r e g i o - a n d   s t e r e o s e l e c t i v e l y   o n   C - 7 ,   a n d / o r   w i t h o u t   s t e r e o s e l e c t i v i t y   o n   C - 3   b y   W i t t i g   r e a c t i o n .   B y   c o m b i n a t i o n   o f   t h e s e   m o d i f i c a t i o n s ,   a   s e r i e s   o f   1 9   b i l e   a c i d   d e r i v a t i v e s   w e r e   s y n t h e s i z e d .   C o m p o u n d s   c o n t a i n i n g   b o t h   C - 7   e t h y l i d e n e   a n d   C - 1 2   c a r b o n y l   g r o u p s   ( 6 ,   6 a ,   6 b )   s h o w n   v e r y   g o o d   a n t i t u m o r   a c t i v i t y   w i t h   I C 5 0   <   5   m u   M .   A l t e r i n g   c a r b o x y l i c   g r o u p   t o   a m i d e   o r   o x a z o l i n e   g r o u p   h a s   p o s i t i v e   e f f e c t   o n   c y t o t o x i c i t y .   D i f f e r e n t   m o l e c u l a r   d e s c r i p t o r s   w e r e   d e t e r m i n e d   i n   s i l i c o   a n d   a f t e r   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   w a s   f o u n d   t h a t   m o l e c u l a r   d e s c r i p t o r   B L T F 9 6   c a n   b e   u s e d   f o r   f a s t   a s s e s s m e n t   o f   e x p e r i m e n t a l   c y t o t o x i c i t y   o f   b i l e   a c i d   d e r i v a t i v e s .   ( C )   2 0 1 7   E l s e v i e r   I n c .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ B j e d o v ,   S r d a n ;   S a k a c ,   M a r i j a ]   U n i v   N o v i   S a d ,   F a c   S c i ,   D e p t   C h e m   B i o c h e m   &   E n v i r o n m   P r o t e c t ,   T r g   D   O b r a d o v i c a   3 ,   N o v i   S a d   2 1 0 0 0 ,   S e r b i a ;   [ J a k i m o v ,   D i m i t a r ]   U n i v   N o v i   S a d ,   F a c   M e d ,   I n s t   P u t   4 ,   O n c o l   I n s t   V o j v o d i n a ,   S r e m s k a   K a m e n i c a   2 1 2 0 4 ,   S e r b i a ;   [ P i l i p o v i c ,   A n a ;   P o s a ,   M i h a l j ]   U n i v   N o v i   S a d ,   F a c   M e d ,   D e p t   P h a r m ,   H a j d u k   V e l j k a   3 ,   N o v i   S a d   2 1 0 0 0 ,   S e r b i a 	 B j e d o v ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   N o v i   S a d ,   F a c   S c i ,   D e p t   C h e m   B i o c h e m   &   E n v i r o n m   P r o t e c t ,   T r g   D   O b r a d o v i c a   3 ,   N o v i   S a d   2 1 0 0 0 ,   S e r b i a . 	 s r d j a n . b j e d o v @ d h . u n s . a c . r s 	 	 	 M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g i c a l   D e v e l o p m e n t   o f   t h e   R e p u b l i c   o f   S e r b i a   [ 1 7 2 0 2 1 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g i c a l   D e v e l o p m e n t   o f   t h e   R e p u b l i c   o f   S e r b i a   ( P r o j e c t   N o   1 7 2 0 2 1 ) . 	 A g a r w a l   D S ,   2 0 1 6 ,   S T E R O I D S ,   V 1 0 7 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e r o i d s . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 2 2 ;   A N W E R   M S ,   1 9 7 5 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 6 4 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 6 - 2 9 1 X ( 7 5 ) 9 0 3 6 4 - 2 ;   A R M S T R O N G   B ,   1 9 7 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 1 0 1 5 0 4 1 1 ;   A x e l s o n   M ,   2 0 0 0 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 3 1 ,   P 1 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j h e p . 2 0 0 0 . 7 8 7 7 ;   B r o s s a r d   D ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 8 6 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m e c h . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 8 0 ;   C a s t r o   R E ,   2 0 0 7 ,   A M   J   P H Y S I O L - G A S T R   L ,   V 2 9 3 ,   p G 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / a j p g i . 0 0 0 9 3 . 2 0 0 7 ;   C h e n   X ,   2 0 0 2 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 7 ,   P 4 9 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 2 0 8 3 2 7 2 0 0 ;   C o h e n   B . I . ,   1 9 8 2 ,   S Y N T H E S I S   A M I D E S   O X A ,   V 2 6 ,   P 7 0 1 ;   E l   K i h e l   L ,   2 0 0 8 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 1 6 ,   P 8 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 4 6 ;   G u m p r i c h t   E ,   2 0 0 0 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 1 6 4 ,   P 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / t a a p . 2 0 0 0 . 8 8 9 4 ;   H A N S O N   R F ,   1 9 7 6 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 4 3 1 ,   P 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 5 - 2 7 6 0 ( 7 6 ) 9 0 1 5 4 - 5 ;   H I L L   M J ,   1 9 7 1 ,   L A N C E T ,   V 1 ,   P 9 5 ;   H o u t e n   S M ,   2 0 0 6 ,   E M B O   J ,   V 2 5 ,   P 1 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . e m b o j . 7 6 0 1 0 4 9 ;   K a w a m a t a   Y ,   2 0 0 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 8 ,   P 9 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 2 0 9 7 0 6 2 0 0 ;   K u h a j d a   K N ,   2 0 0 9 ,   H E M   I N D ,   V 6 3 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 9 8 / H E M I N D 0 9 0 4 3 1 3 K ;   K U R O K I   S ,   1 9 8 5 ,   J   L I P I D   R E S ,   V 2 6 ,   P 1 2 0 5 ;   M a k i s h i m a   M ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 4 ,   P 1 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 4 . 5 4 1 8 . 1 3 6 2 ;   M a r u y a m a   T ,   2 0 0 2 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 2 9 8 ,   P 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 6 - 2 9 1 X ( 0 2 ) 0 2 5 5 0 - 0 ;   P a r k s   D J ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 4 ,   P 1 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 4 . 5 4 1 8 . 1 3 6 5 ;   P o s a   M ,   2 0 1 4 ,   S T E R O I D S ,   V 8 6 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e r o i d s . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 1 8 ;   P o s a   M ,   2 0 1 2 ,   C U R R   O R G   C H E M ,   V 1 6 ,   P 1 8 7 6 ;   R E D D Y   B S ,   1 9 7 3 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 5 0 ,   P 1 4 3 7 ;   R o d r i g u e s   C M P ,   1 9 9 8 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 0 1 ,   P 2 7 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 1 3 2 5 ;   S A G A W A   H ,   1 9 9 3 ,   A M   J   P H Y S I O L ,   V 2 6 4 ,   p G 8 3 5 ;   S C U D I E R O   D A ,   1 9 8 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 4 8 ,   P 4 8 2 7 ;   W a n g   H B ,   1 9 9 9 ,   M O L   C E L L ,   V 3 ,   P 5 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 7 - 2 7 6 5 ( 0 0 ) 8 0 3 4 8 - 2 ;   Y A M A N A K A   K ,   1 9 7 6 ,   G a s t r o e n t e r o l o g i a   J a p o n i c a ,   V 1 1 ,   P 2 8 5 	 2 7 	 0 	 0 	 5 	 5 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 0 0 3 9 - 1 2 8 X 	 1 8 7 8 - 5 8 6 7 	 	 S T E R O I D S 	 S t e r o i d s 	 A P R 	 2 0 1 7 	 1 2 0 	 	 	 	 	 	 1 9 	 2 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e r o i d s . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 0 8 	 	 7 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   E n d o c r i n o l o g y   &   M e t a b o l i s m 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   E n d o c r i n o l o g y   &   M e t a b o l i s m 	 E P 9 I R 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 6 8 7 8 0 0 0 0 3 	 2 8 1 9 2 1 2 8 	 
 
 J 	 B o u c h e h a m ,   A ;   B a t o u c h e ,   M 	 	 	 	 B o u c h e h a m ,   A n o u a r ;   B a t o u c h e ,   M o h a m e d 	 	 	 H y b r i d   W r a p p e r / F i l t e r   G e n e   S e l e c t i o n   U s i n g   a n   E n s e m b l e   o f   C l a s s i f i e r s   a n d   P S O   A l g o r i t h m 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   A P P L I E D   M E T A H E U R I S T I C   C O M P U T I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B i o i n f o r m a t i c s ;   C a n c e r   D i a g n o s i s ;   E n s e m b l e   o f   C l a s s i f i e r s ;   G e n e   S e l e c t i o n ;   P a r t i c l e   S w a r m   O p t i m i z a t i o n ;   S u p e r v i s e d   M a c h i n e   L e a r n i n g ;   W r a p p e r / F i l t e r   F e a t u r e s   S e l e c t i o n 	 F E A T U R E   S U B S E T - S E L E C T I O N ;   C A N C E R ;   B I O I N F O R M A T I C S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   D I S C O V E R Y 	 B i o i n f o r m a t i c s   h a s   g r o w n   v e r y   q u i c k l y   f o r   t h e   l a s t   2 0   y e a r s ,   a n d   i t   w i l l   g r o w   e v e n   f a s t e r   i n   t h e   f u t u r e .   O n e   o f   t h e   l o n g - s t a n d i n g   o p e n   c h a l l e n g e s   i n   b i o i n f o r m a t i c s   i s   b i o m a r k e r   i d e n t i f i c a t i o n   a n d   c a n c e r   d i a g n o s i s   f r o m   g e n e   e x p r e s s i o n .   I n   t h i s   p a p e r ,   t h e   a u t h o r s   p r o p o s e   a   n o v e l   h y b r i d   w r a p p e r / f i l t e r   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a p p r o a c h   t o   i d e n t i f y   t h e   m o s t   i n f o r m a t i v e   g e n e s   f o r   c a n c e r   d i a g n o s i s ,   n a m e d   H W F - G S .   I t   h a n d l e s   s e l e c t i o n   t h r o u g h   t w o   s t e p s .   T h e   f i r s t   o n e   i s   a n   i t e r a t i v e   f i l t e r - b a s e d   m e c h a n i s m   t o   g e n e r a t e   p o t e n t i a l   s u b s e t s   o f   g e n e s .   T h e   s e c o n d   s t e p   i s   t h e   a g g r e g a t i o n   o f   t h e   b e s t - s e l e c t e d   s u b s e t s   b y   m e a n s   o f   a   w r a p p e r - b a s e d   c o n s e n s u s   p r o c e s s   t h a t   r e l i e s   o n   a   p a r t i c l e   s w a r m   o p t i m i z a t i o n   a d a p t e d   t o   f e a t u r e   s e l e c t i o n .   A n   e n s e m b l e   o f   c l a s s i f i e r s   ( S V M   a n d   K N N )   i s   e m p l o y e d   t o   e v a l u a t e   t h e   s e l e c t e d   g e n e s .   E x p e r i m e n t s   o n   n i n e   p u b l i c l y   a v a i l a b l e   c a n c e r   D N A   m i c r o a r r a y   d a t a s e t s   h a v e   s h o w n   t h a t   H W F - G S   s e l e c t s   r o b u s t   s i g n a t u r e s   w i t h   h i g h   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   a n d   c o m p e t e s   w i t h   a n d   e v e n   o u t p e r f o r m s   o t h e r   m e t h o d s   i n   t h e   l i t e r a t u r e . 	 [ B o u c h e h a m ,   A n o u a r ]   C o n s t a n t i n e   3   U n i v ,   F a c   I S C A ,   C o n s t a n t i n e ,   A l g e r i a ;   [ B a t o u c h e ,   M o h a m e d ]   C o n s t a n t i n e   2   A b d e l h a m i d   M e h r i   U n i v ,   N T I C   F a c ,   C o n s t a n t i n e ,   A l g e r i a 	 B o u c h e h a m ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C o n s t a n t i n e   3   U n i v ,   F a c   I S C A ,   C o n s t a n t i n e ,   A l g e r i a . 	 	 	 	 	 	 A b e e l   T ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 6 3 0 ;   A l b a   E ,   2 0 0 7 ,   I E E E   C   E V O L   C O M P U T A T ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C E C . 2 0 0 7 . 4 4 2 4 4 8 3 ;   B a n u   P .   N . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   A P P L   M E T A H E U R I ,   V 6 ,   P 1 4 ,   D O I   [ 1 0 . 4 0 1 8 / I J A M C . 2 0 1 5 1 0 0 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 4 0 1 8 / I J A M C . 2 0 1 5 1 0 0 1 0 2 ] ;   B e r m e j o   P ,   2 0 1 1 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 2 ,   P 7 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 6 ;   B o l o n - C a n e d o   V ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 8 2 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 4 2 ;   B o u c h e h a m   A n o u a r ,   2 0 1 5 ,   B i o i n f o r m a t i c s   a n d   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g .   T h i r d   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e ,   I W B B I O   2 0 1 5 .   P r o c e e d i n g s :   L N C S   9 0 4 4 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 6 4 8 0 - 9 _ 3 0 ;   B o u c h e h a m   A . ,   2 0 1 5 ,   I N T E L L I G E N T   S Y S T E M S ,   P 9 3 ;   C a d e n a s   J M ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 6 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 5 1 ;   C a s e y   T ,   2 0 0 9 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 1 4 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 8 - 9 9 8 2 - 8 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D a i   Q ,   2 0 1 3 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 3 7 ,   P 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 2 4 ;   D a s h   S a n j e e v   K u m a r ,   2 0 1 3 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   A p p l i e d   M e t a h e u r i s t i c   C o m p u t i n g ,   V 4 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 4 0 1 8 / j a m c . 2 0 1 3 0 1 0 1 0 3 ;   D i e t t e r i c h   T .   G . ,   2 0 0 0 ,   M U L T I P L E   C L A S S I F I E R ;   F i x   E .   a ,   1 9 5 1 ,   D T I C   D O C U M E N T ;   G e o r g e   G . ,   2 0 1 1 ,   A R X I V 1 1 0 9 1 0 6 2 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   K e n n e d y   J ,   1 9 9 5 ,   1 9 9 5   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   P R O C E E D I N G S ,   V O L S   1 - 6 ,   P 1 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C N N . 1 9 9 5 . 4 8 8 9 6 8 ;   K o h a v i   R ,   1 9 9 7 ,   A R T I F   I N T E L L ,   V 9 7 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 4 - 3 7 0 2 ( 9 7 ) 0 0 0 4 3 - X ;   K r i s h n a p u r a m   B . ,   2 0 0 4 ,   K E R N E L   M E T H O D S   C O M P U ,   P 2 9 9 ;   L a z a r   C ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 3 3 ;   M a b e r t   K ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   B I O L ,   V 9 0 ,   P 6 5 9 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 9 5 5 3 0 0 2 . 2 0 1 4 . 8 9 2 2 2 9 ;   M a r t i n e z   E ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   C H E M ,   V 3 4 ,   P 2 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 0 3 ;   M o h i d e e n   A b u b a c k e r   K a j a ,   2 0 1 4 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   A p p l i e d   M e t a h e u r i s t i c   C o m p u t i n g ,   V 5 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 4 0 1 8 / i j a m c . 2 0 1 4 0 7 0 1 0 3 ;   M o r a g l i o   A . ,   2 0 0 8 ,   J   A R T I F   E V O L   A P P L ,   V 2 0 0 8 ,   P 1 1 ;   O s l   M . ,   2 0 1 2 ,   A P P L   D A T A   M I N I N G   F R O ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   R o b n i k - S i k o n j a   M ,   2 0 0 3 ,   M A C H   L E A R N ,   V 5 3 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 5 6 6 7 3 0 9 7 1 4 ;   R o k a c h   L ,   2 0 1 0 ,   A R T I F   I N T E L L   R E V ,   V 3 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 6 2 - 0 0 9 - 9 1 2 4 - 7 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 8 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 5 2 1 2 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 8 7 4 8 1 - 2 _ 2 1 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S t o s s   O l i v e r ,   2 0 0 4 ,   D r u g   D i s c o v e r y   T o d a y   T a r g e t s ,   V 3 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 7 4 1 - 8 3 7 2 ( 0 4 ) 0 2 4 5 9 - 4 ;   W u   M Y ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 1 0 5 ;   Y a n g   P Y ,   2 0 1 0 ,   C U R R   B I O I N F O R M ,   V 5 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 7 4 8 9 3 1 0 7 9 4 0 7 2 5 0 8 ;   Y a z d a n i   S ,   2 0 1 3 ,   I S A   T ,   V 5 2 ,   P 3 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i s a t r a . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 5 ;   Z h a n g   S H ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 3 4 ;   Z h o u   Z . - H . ,   2 0 1 5 ,   E N C Y   B I O M E T R I C S ,   P 4 1 1 	 3 6 	 0 	 0 	 0 	 0 	 I G I   G L O B A L 	 H E R S H E Y 	 7 0 1   E   C H O C O L A T E   A V E ,   S T E   2 0 0 ,   H E R S H E Y ,   P A   1 7 0 3 3 - 1 2 4 0   U S A 	 1 9 4 7 - 8 2 8 3 	 1 9 4 7 - 8 2 9 1 	 	 I N T   J   A P P L   M E T A H E U R 	 I n t .   J .   A p p l .   M e t a h e u r .   C o m p u t . 	 A P R - J U N 	 2 0 1 7 	 8 	 2 	 	 	 	 	 2 2 	 3 7 	 	 1 0 . 4 0 1 8 / I J A M C . 2 0 1 7 0 4 0 1 0 2 	 	 1 6 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E O 5 J P 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 7 2 9 5 0 0 0 0 2 	 	 
 
 J 	 E u c e d a ,   L R ;   H a u k a a s ,   T H ;   G i s k e o d e g a r d ,   G F ;   V e t t u k a t t i l ,   R ;   E n g e l ,   J ;   S i l w a l - P a n d i t ,   L ;   L u n d g r e n ,   S ;   B o r g e n ,   E ;   G a r r e d ,   O ;   P o s t m a ,   G ;   B u y d e n s ,   L M C ;   B o r r e s e n - D a l e ,   A L ;   E n g e b r a a t e n ,   O ;   B a t h e n ,   T F 	 	 	 	 E u c e d a ,   L e s l i e   R . ;   H a u k a a s ,   T o n j e   H . ;   G i s k e o d e g a r d ,   G u r o   F . ;   V e t t u k a t t i l ,   R i y a s ;   E n g e l ,   J a s p e r ;   S i l w a l - P a n d i t ,   L a x m i ;   L u n d g r e n ,   S t e i n a r ;   B o r g e n ,   E l i n ;   G a r r e d ,   O y s t e i n ;   P o s t m a ,   G e e r t ;   B u y d e n s ,   L u t g a r d e   M .   C . ;   B o r r e s e n - D a l e ,   A n n e - L i s e ;   E n g e b r a a t e n ,   O l a v ;   B a t h e n ,   T o n e   F . 	 	 	 E v a l u a t i o n   o f   m e t a b o l o m i c   c h a n g e s   d u r i n g   n e o a d j u v a n t   c h e m o t h e r a p y   c o m b i n e d   w i t h   b e v a c i z u m a b   i n   b r e a s t   c a n c e r   u s i n g   M R   s p e c t r o s c o p y 	 M E T A B O L O M I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B e v a c i z u m a b ;   B r e a s t   c a n c e r ;   C h e m o t h e r a p y ;   H R   M A S   M R S ;   M e t a b o l o m i c s ;   N e o a d j u v a n t 	 M A L I G N A N T - T R A N S F O R M A T I O N ;   L A C T A T E ;   S U B T Y P E S ;   D Y S F U N C T I O N ;   H A L L M A R K S ;   A P O P T O S I S ;   S U R V I V A L ;   T I S S U E ;   C E L L S ;   T O O L 	 I n t r o d u c t i o n   M e t a b o l o m i c s   i n v e s t i g a t e s   b i o c h e m i c a l   p r o c e s s e s   d i r e c t l y ,   p o t e n t i a l l y   c o m p l e m e n t i n g   t r a n s c r i p t o m i c s   a n d   p r o t e o m i c s   i n   p r o v i d i n g   i n s i g h t   i n t o   t r e a t m e n t  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 P o s t b o k s   8 9 0 5 , M e d   T e k n i s k   F o r s k n i n g s s e n t e r ,   N - 7 4 9 1   T r o n d h e i m ,   N o r w a y ;   [ H a u k a a s ,   T o n j e   H . ;   S i l w a l - P a n d i t ,   L a x m i ;   B o r g e n ,   E l i n ;   G a r r e d ,   O y s t e i n ;   B o r r e s e n - D a l e ,   A n n e - L i s e ;   E n g e b r a a t e n ,   O l a v ;   B a t h e n ,   T o n e   F . ]   U n i v   O s l o ,   I n s t   C l i n   M e d ,   K G   J e b s e n   C t r   B r e a s t   C a n c   R e s ,   O s l o ,   N o r w a y ;   [ G i s k e o d e g a r d ,   G u r o   F . ]   U n i v   T r o n d h e i m   H o s p ,   S t   O l a v s   H o s p ,   T r o n d h e i m ,   N o r w a y ;   [ E n g e l ,   J a s p e r ]   U n i v   B i r m i n g h a m ,   S c h   B i o s c i ,   N E R C   B i o m o l   A n a l   F a c i l   M e t a b o l   N o d e   N B A F   B ,   B i r m i n g h a m ,   W   M i d l a n d s ,   E n g l a n d ;   [ S i l w a l - P a n d i t ,   L a x m i ;   B o r r e s e n - D a l e ,   A n n e - L i s e ]   O s l o   U n i v   H o s p ,   I n s t   C a n c   R e s ,   N o r w e g i a n   R a d i u m   H o s p ,   D e p t   C a n c   G e n e t ,   O s l o ,   N o r w a y ;   [ L u n d g r e n ,   S t e i n a r ]   N T N U   N o r w e g i a n   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   C a n c   R e s   &   M o l   M e d ,   F a c   M e d   &   H l t h   S c i ,   T r o n d h e i m ,   N o r w a y ;   [ L u n d g r e n ,   S t e i n a r ]   U n i v   T r o n d h e i m   H o s p ,   S t   O l a v s   H o s p ,   C a n c   C l i n ,   T r o n d h e i m ,   N o r w a y ;   [ B o r g e n ,   E l i n ;   G a r r e d ,   O y s t e i n ]   O s l o   U n i v   H o s p ,   D i v   D i a g n o s t   &   I n t e r v e n t ,   D e p t   P a t h o l ,   O s l o ,   N o r w a y ;   [ P o s t m a ,   G e e r t ;   B u y d e n s ,   L u t g a r d e   M .   C . ]   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   I n s t   M o l   &   M a t ,   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s ;   [ E n g e b r a a t e n ,   O l a v ]   O s l o   U n i v   H o s p ,   D e p t   O n c o l ,   O s l o ,   N o r w a y ;   [ E n g e b r a a t e n ,   O l a v ]   O s l o   U n i v   H o s p ,   D e p t   T u m o r   B i o l ,   O s l o ,   N o r w a y ;   [ E n g e b r a a t e n ,   O l a v ]   U n i v   O s l o ,   D e p t   C l i n   M e d ,   O s l o ,   N o r w a y 	 E u c e d a ,   L R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N T N U   N o r w e g i a n   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   C i r c u l a t   &   M e d   I m a g i n g ,   M R   C t r ,   F a c   M e d   &   H l t h   S c i ,   P o s t b o k s   8 9 0 5 , M e d   T e k n i s k   F o r s k n i n g s s e n t e r ,   N - 7 4 9 1   T r o n d h e i m ,   N o r w a y . 	 l e s l i e . e . w o o d @ n t n u . n o 	 	 	 F a c u l t y   o f   M e d i c i n e   a n d   H e a l t h   S c i e n c e s   a t   N T N U ;   C e n t r a l   N o r w a y   R e g i o n a l   H e a l t h   A u t h o r i t y ;   R e s e a r c h   C o u n c i l   o f   N o r w a y ,   I m a g i n g   t h e   b r e a s t   c a n c e r   m e t a b o l o m e   [ 2 2 1 8 7 9 ] ;   P i n k   R i b b o n   M o v e m e n t   a n d   N o r w e g i a n   B r e a s t   C a n c e r   S o c i e t y ;   K .   G .   J e b s e n   C e n t e r   f o r   B r e a s t   C a n c e r   R e s e a r c h ;   R o c h e   N o r w a y ;   S a n o f i - A v e n t i s   N o r w a y 	 T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   p h i   y v i n d   S a l v e s e n   f o r   u s e f u l   d i s c u s s i o n s   r e g a r d i n g   l i n e a r   m i x e d - e f f e c t s   m o d e l s   a n d   S a n t o s h   L a m i c h h a n e   f o r   t e c h n i c a l   s u p p o r t   d u r i n g   H R   M A S   M R S   a c q u i s i t i o n .   T h e   H R   M A S   M R S   a n a l y s i s   w a s   p e r f o r m e d   a t   t h e   M R   C o r e   F a c i l i t y ,   N o r w e g i a n   U n i v e r s i t y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   ( N T N U ) ,   w h i c h   i s   f u n d e d   b y   t h e   F a c u l t y   o f   M e d i c i n e   a n d   H e a l t h   S c i e n c e s   a t   N T N U   a n d   t h e   C e n t r a l   N o r w a y   R e g i o n a l   H e a l t h   A u t h o r i t y .   T h e   s t u d y   w a s   f u n d e d   i n   p a r t   b y   g e n e r o u s   g r a n t s   f r o m :   ( 1 )   T h e   R e s e a r c h   C o u n c i l   o f   N o r w a y ,   I m a g i n g   t h e   b r e a s t   c a n c e r   m e t a b o l o m e ,   P r o j e c t   n o   2 2 1 8 7 9 ,   ( 2 )   T h e   P i n k   R i b b o n   M o v e m e n t   a n d   N o r w e g i a n   B r e a s t   C a n c e r   S o c i e t y ,   ( 3 )   K .   G .   J e b s e n   C e n t e r   f o r   B r e a s t   C a n c e r   R e s e a r c h ,   ( 4 )   R o c h e   N o r w a y ,   ( 5 )   S a n o f i - A v e n t i s   N o r w a y .   T h e   f u n d e r s   h a d   n o   r o l e   i n   s t u d y   d e s i g n ,   d a t a   c o l l e c t i o n   a n d   a n a l y s i s ,   d e c i s i o n   t o   p u b l i s h ,   o r   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p t . 	 A b o a g y e   E O ,   1 9 9 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 9 ,   P 8 0 ;   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 1 ,   G L O B   C A N C   F A C T S   F I G ;   B a t h e n   T F ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 0 ,   P 6 6 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 0 - 0 4 3 7 ;   B e a r   H D ,   2 0 1 5 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 6 ,   P 1 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 5 ) 0 0 0 4 1 - 8 ;   B o r g a n   E ,   2 0 1 0 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 0 - 6 2 8 ;   C a o   M D ,   2 0 1 2 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 2 - 3 9 ;   C a o   M D ,   2 0 1 2 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 5 ,   P 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 1 7 6 2 ;   D i e t e r l e   F ,   2 0 0 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 8 ,   P 4 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 5 1 6 3 2 c ;   E i g e n v e c t o r   R e s e a r c h ,   2 0 1 3 ,   O R T H ;   F a c k   F ,   2 0 1 5 ,   A C T A   N E U R O P A T H O L ,   V 1 2 9 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 0 1 - 0 1 4 - 1 3 5 2 - 5 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 3 ,   I A R C   C A N C   B A S E ,   V 1 1 ;   F e r o n   O ,   2 0 0 9 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 2 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 2 5 ;   F e r r a r a   N ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 3 ,   P 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 1 3 8 1 ;   F r a n c o   R ,   2 0 0 9 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 1 6 ,   P 1 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 0 9 . 1 0 7 ;   G i b e l l i n i   F ,   2 0 1 0 ,   I U B M B   L I F E ,   V 6 2 ,   P 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i u b . 3 3 7 ;   G i o r d a n o   S H ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R ,   V 1 0 0 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 1 1 8 5 9 ;   G i s k e o d e g a r d   G u r o   F ,   2 0 1 5 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 1 2 7 7 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 2 3 7 7 - 9 _ 4 ;   G i s k e o d e g a r d   G F ,   2 0 1 2 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 5 ,   P 1 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 2 7 9 8 ;   G i s k e o d e g a r d   G F ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 9 ,   P 9 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 9 0 0 8 7 8 3 ;   G l u n d e   K ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 1 6 2 ;   G R I N D E   M T ,   2 0 1 4 ,   C A N C   R E S ,   V 0 0 1 6 ;   G y a n c h a n d a n i   R ,   2 0 1 3 ,   O R A L   O N C O L ,   V 4 9 ,   P 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o r a l o n c o l o g y . 2 0 1 3 . 0 3 . 4 5 2 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 0 0 ,   C E L L ,   V 1 0 0 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 0 0 ) 8 1 6 8 3 - 9 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   H a u k a a s   T H ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   M E T A B ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 1 7 0 - 0 1 6 - 0 1 5 2 - x ;   H e n s l e y   C T ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 3 ,   P 3 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 6 9 6 0 0 ;   H u a n g   C F ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 6 ,   P 9 2 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 6 0 1 0 9 2 4 ;   K i n g   A ,   2 0 0 6 ,   O N C O G E N E ,   V 2 5 ,   P 4 6 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 9 5 9 4 ;   M a l m g r e n   J A ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 3 ,   P 6 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 4 0 2 0 9 ;   M i l l e r   E l i z a b e t h ,   2 0 1 4 ,   F 1 0 0 0 R e s ,   V 3 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 6 8 8 / f 1 0 0 0 r e s e a r c h . 4 3 4 0 . 1 ;   M i l l e r   K ,   2 0 0 7 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 7 ,   P 2 6 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 7 2 1 1 3 ;   M o e s t u e   S ,   2 0 1 1 ,   C U R R   T O P   M E D   C H E M ,   V 1 1 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 6 8 0 2 6 1 1 7 9 3 6 1 1 8 6 9 ;   M o e s t u e   S A ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   p E 2 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 0 8 2 2 6 1 0 9 ;   N g   C K Y ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   R E V   A N T I C A N C ,   V 1 2 ,   P 1 0 2 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 5 8 6 / e r a . 1 2 . 8 5 ,   1 0 . 1 5 8 6 / E R A . 1 2 . 8 5 ] ;   P a r k e r   J S ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 1 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 8 . 1 8 . 1 3 7 0 ;   P e r o u   C M ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 6 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 2 1 0 9 3 ;   P i n h e i r o   J . ,   2 0 1 4 ,   R   P A C K A G E   V E R S I O N ,   V 3 ,   P 1 ;   P i n h e i r o   J C ,   2 0 0 0 ,   M I X E D   E F F E C T S   M O D E L S ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / b 9 8 8 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B 9 8 8 8 2 ] ;   R   C o r e   T e a m ,   2 0 1 4 ,   R   L A N G   E N V   S T A T   C O M P ;   R u b i n   D .   B ,   1 9 8 7 ,   M U L I T I P L E   I M P U T A T I O N ;   S a r a s w a t h y   S ,   2 0 0 9 ,   J   N E U R O - O N C O L ,   V 9 1 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 6 0 - 0 0 8 - 9 6 8 5 - 3 ;   S e l a k   M A ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 7 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 2 2 ;   S e m e n z a   G L ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 1 8 ,   P 3 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 3 7 3 7 3 ;   S i t t e r   B ,   2 0 0 2 ,   N M R   B I O M E D ,   V 1 5 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 7 7 5 ;   S o r l i e   T ,   2 0 0 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 0 ,   P 8 4 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 3 2 6 9 2 1 0 0 ;   v a n   B u u r e n   S ,   2 0 1 1 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 4 5 ,   P 1 ;   v a n   d e r   H a g e   J A ,   2 0 0 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 9 ,   P 4 2 2 4 ;   V a n d e r   H e i d e n   M G ,   2 0 0 9 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 4 ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I E N C E . 1 1 6 0 8 0 9 ;   V e g r a n   F ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 1 ,   P 2 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 0 - 2 8 2 8 ;   W a l e n t a   S ,   2 0 0 4 ,   S E M I N   R A D I A T   O N C O L ,   V 1 4 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m r a d o n c . 2 0 0 4 . 0 4 . 0 0 4 ;   W a l e n t a   S ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 0 ,   P 9 1 6 ;   W e s t e r h u i s   J A ,   2 0 0 8 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 4 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 0 7 - 0 0 9 9 - 6 ;   W O L D   S ,   1 9 8 7 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 2 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 9 - 7 4 3 9 ( 8 7 ) 8 0 0 8 4 - 9 ;   W o l d   S ,   2 0 0 1 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 5 8 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 9 - 7 4 3 9 ( 0 1 ) 0 0 1 5 5 - 1 ;   X i e   J S ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 4 9 2 7 	 5 5 	 0 	 0 	 5 	 5 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 1 5 7 3 - 3 8 8 2 	 1 5 7 3 - 3 8 9 0 	 	 M E T A B O L O M I C S 	 M e t a b o l o m i c s 	 A P R 	 2 0 1 7 	 1 3 	 4 	 	 	 	 	 	 	 3 7 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 7 - 1 1 6 8 - 0 	 	 1 4 	 E n d o c r i n o l o g y   &   M e t a b o l i s m 	 E n d o c r i n o l o g y   &   M e t a b o l i s m 	 E L 3 U N 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 5 4 4 9 0 0 0 0 6 	 	 
 
 J 	 S t r a t e ,   L L ;   K e e l e y ,   B R ;   C a o ,   Y ;   W u ,   K N ;   G i o v a n n u c c i ,   E L ;   C h a n ,   A T 	 	 	 	 S t r a t e ,   L i s a   L . ;   K e e l e y ,   B r i e z e   R . ;   C a o ,   Y i n ;   W u ,   K a n a ;   G i o v a n n u c c i ,   E d w a r d   L . ;   C h a n ,   A n d r e w   T . 	 	 	 W e s t e r n   D i e t a r y   P a t t e r n   I n c r e a s e s ,   a n d   P r u d e n t   D i e t a r y   P a t t e r n   D e c r e a s e s ,   R i s k   o f   I n c i d e n t   D i v e r t i c u l i t i s   i n   a   P r o s p e c t i v e   C o h o r t   S t u d y 	 G A S T R O E N T E R O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P C A ;   H P F S ;   A l t e r n a t i v e   H e a l t h y   E a t i n g   I n d e x ;   D i v e r t i c u l a r   D i s e a s e 	 F O O D - F R E Q U E N C Y   Q U E S T I O N N A I R E ;   M A L E   H E A L T H - P R O F E S S I O N A L S ;   U N I T E D - S T A T E S ;   C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   C E R E A L   F I B E R ;   C O L O N - C A N C E R ;   D I S E A S E ;   M E N ;   R E P R O D U C I B I L I T Y ;   V A L I D I T Y 	 B A C K G R O U N D   &   A I M S :   D i e t a r y   f i b e r   i s   i m p l i c a t e d   a s   a   r i s k   f a c t o r   f o r   d i v e r t i c u l i t i s .   A n a l y s e s   o f   d i e t a r y   p a t t e r n s   m a y   p r o v i d e   i n f o r m a t i o n   o n   r i s k   b e y o n d   t h o s e   o f   i n d i v i d u a l   f o o d s   o r   n u t r i e n t s .   W e   e x a m i n e d   w h e t h e r   m a j o r   d i e t a r y   p a t t e r n s   a r e   a s s o c i a t e d   w i t h   r i s k   o f   i n c i d e n t   d i v e r t i c u l i t i s .   M E T H O D S :   W e   p e r f o r m e d   a   p r o s p e c t i v e   c o h o r t   s t u d y   o f   4 6 , 2 9 5   m e n   w h o   w e r e   f r e e   o f   d i v e r t i c u l i t i s   a n d   k n o w n   d i v e r t i c u l o s i s   i n   1 9 8 6   ( b a s e l i n e )   u s i n g   d a t a   f r o m   t h e   H e a l t h   P r o f e s s i o n a l s   F o l l o w - U p   S t u d y .   E a c h   s t u d y   p a r t i c i p a n t   c o m p l e t e d   a   d e t a i l e d   m e d i c a l   a n d   d i e t a r y   q u e s t i o n n a i r e   a t   b a s e l i n e .   W e   s e n t   s u p p l e m e n t a l   q u e s t i o n n a i r e s   t o   m e n   r e p o r t i n g   i n c i d e n t   d i v e r t i c u l i t i s   o n   b i e n n i a l   f o l l o w - u p   q u e s t i o n n a i r e s .   W e   a s s e s s e d   d i e t   e v e r y   4   y e a r s   u s i n g   a   v a l i d a t e d   f o o d   f r e q u e n c y   q u e s t i o n n a i r e .   W e s t e r n   ( h i g h   i n   r e d   m e a t ,   r e f i n e d   g r a i n s ,   a n d   h i g h - f a t   d a i r y )   a n d   p r u d e n t   ( h i g h   i n   f r u i t s ,   v e g e t a b l e s ,   a n d   w h o l e   g r a i n s )   d i e t a r y   p a t t e r n s  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 r i s k   o f   d i v e r t i c u l i t i s ,   a n d   a   p r u d e n t   p a t t e r n   w a s   a s s o c i a t e d   w i t h   d e c r e a s e d   r i s k .   T h e s e   d a t a   c a n   g u i d e   d i e t a r y   i n t e r v e n t i o n s   f o r   t h e   p r e v e n t i o n   o f   d i v e r t i c u l i t i s . 	 [ S t r a t e ,   L i s a   L . ]   U n i v   W a s h i n g t o n ,   H a r b o r v i e w   M e d   C t r ,   S c h   M e d ,   D i v   G a s t r o e n t e r o l ,   S e a t t l e ,   W A   9 8 1 0 4   U S A ;   [ K e e l e y ,   B r i e z e   R . ]   H a r v a r d   M e d   S c h ,   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   D e p t   M e d ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ C a o ,   Y i n ;   C h a n ,   A n d r e w   T . ]   H a r v a r d   M e d   S c h ,   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   D i v   G a s t r o e n t e r o l ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ C a o ,   Y i n ;   C h a n ,   A n d r e w   T . ]   H a r v a r d   M e d   S c h ,   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   C l i n   &   T r a n s l a t   E p i d e m i o l   U n i t ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ C a o ,   Y i n ;   W u ,   K a n a ;   G i o v a n n u c c i ,   E d w a r d   L . ]   H a r v a r d   T H   C h a n   S c h   P u b l   H l t h ,   D e p t   N u t r ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ G i o v a n n u c c i ,   E d w a r d   L . ]   H a r v a r d   T H   C h a n   S c h   P u b l   H l t h ,   D e p t   E p i d e m i o l ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ G i o v a n n u c c i ,   E d w a r d   L . ;   C h a n ,   A n d r e w   T . ]   H a r v a r d   M e d   S c h ,   B r i g h a m   &   W o m e n s   H o s p ,   C h a n n i n g   D i v   N e t w o r k   M e d ,   D e p t   M e d ,   B o s t o n ,   M A   U S A 	 S t r a t e ,   L L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H a r b o r v i e w   M e d   C t r ,   3 2 5   9 t h   A v e , B o x   3 5 9 7 7 3 ,   S e a t t l e ,   W A   9 8 1 0 4   U S A . 	 l s t r a t e @ u w . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ R 0 1   D K 1 0 1 4 9 5 ,   R 0 1   D K 0 8 4 1 5 7 ,   K 2 4   D K   0 9 8 3 1 1 ,   U M 1   C A 1 6 7 5 5 2 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   R 0 1   D K 1 0 1 4 9 5 ,   R 0 1   D K 0 8 4 1 5 7 ,   K 2 4   D K   0 9 8 3 1 1 ,   a n d   U M 1   C A 1 6 7 5 5 2   f r o m   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h .   T h e   s t u d y   s p o n s o r s   p l a y e d   n o   r o l e   i n   t h e   d e s i g n   o r   c o n d u c t   o f   t h e   s t u d y ;   t h e   c o l l e c t i o n ,   a n a l y s i s ,   m a n a g e m e n t   o r   i n t e r p r e t a t i o n   o f   d a t a ;   t h e   w r i t i n g   o r   a p p r o v a l   o f   t h e   m a n u s c r i p t   o r   t h e   d e c i s i o n   t o   s u b m i t   t h e   a r t i c l e   f o r   p u b l i c a t i o n . 	 A l b e n b e r g   L G ,   2 0 1 4 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 6 ,   P 1 5 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 5 8 ;   A l d o o r i   W H ,   1 9 9 8 ,   J   N U T R ,   V 1 2 8 ,   P 7 1 4 ;   A L D O O R I   W H ,   1 9 9 4 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 6 0 ,   P 7 5 7 ;   B e l i n   R J ,   2 0 1 1 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 4 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 0 . 0 1 1 2 2 1 ;   B e r t o i a   M L ,   2 0 1 5 ,   P L O S   M E D ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p m e d . 1 0 0 1 8 7 8 ;   C a o   Y ,   2 0 1 7 ,   G U T ;   C h a n   A T ,   2 0 0 8 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 4 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 3 5 ;   C h a s a n T a b e r   S ,   1 9 9 6 ,   E P I D E M I O L O G Y ,   V 7 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 1 6 4 8 - 1 9 9 6 0 1 0 0 0 - 0 0 0 1 4 ;   C h i u v e   S E ,   2 0 1 2 ,   J   N U T R ,   V 1 4 2 ,   P 1 0 0 9 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 1 1 . 1 5 7 2 2 2 ;   C r o w e   F L ,   2 0 1 4 ,   G U T ,   V 6 3 ,   P 1 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t j n l - 2 0 1 3 - 3 0 4 6 4 4 ;   C r o w e   F L ,   2 0 1 1 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . d 4 1 3 1 ;   C U M M I N G S   J H ,   1 9 7 6 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 2 9 ,   P 1 4 6 8 ;   F O R S U M   E ,   1 9 9 0 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 6 4 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 9 / B J N 1 9 9 0 0 0 1 9 ;   F u n g   T e r e s a   T ,   2 0 1 3 ,   C u r r   N u t r   R e p ,   V 2 ,   P 4 8 ;   G u e n t h e r   P M ,   2 0 0 8 ,   J   A M   D I E T   A S S O C ,   V 1 0 8 ,   P 1 8 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a d a . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 1 1 ;   H j e r n   F ,   2 0 1 2 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 1 0 7 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a j g . 2 0 1 1 . 3 5 2 ;   H u   F B ,   2 0 0 0 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 7 2 ,   P 9 1 2 ;   H u   F B ,   1 9 9 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 6 9 ,   P 2 4 3 ;   K a n g   J Y ,   2 0 0 3 ,   A L I M E N T   P H A R M   T H E R A P ,   V 1 7 ,   P 1 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 0 2 6 9 - 2 8 1 3 . 2 0 0 3 . 0 1 5 5 1 . x ;   K i m   E ,   2 0 1 3 ,   N U T R   R E S ,   V 3 3 ,   P 9 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n u t r e s . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 1 8 ;   K i m   J .   O . ,   1 9 7 8 ,   F A C T O R   A N A L   S T A T   M E T ;   K l e i n b a u m   D G K L ,   1 9 8 8 ,   V A R I A B L E   R E D U C T I O N   F ;   L A M P E   J W ,   1 9 9 2 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 ,   P 2 0 7 ;   L e y   S H ,   2 0 1 4 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 9 ,   P 3 5 2 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 3 . 0 7 5 6 6 3 ;   L o p e z - G a r c i a   E ,   2 0 0 4 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 0 ,   P 1 0 2 9 ;   M A N O U S O S   O ,   1 9 8 5 ,   G U T ,   V 2 6 ,   P 5 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 6 . 6 . 5 4 4 ;   M i c h a   R ,   2 0 1 2 ,   C U R R   A T H E R O S C L E R   R E P ,   V 1 4 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 8 8 3 - 0 1 2 - 0 2 8 2 - 8 ;   P a n   A ,   2 0 1 1 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 4 ,   P 1 0 8 8 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 1 . 0 1 8 9 7 8 ;   P e e r y   A F ,   2 0 1 5 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 9 ,   P 1 7 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 4 5 ;   P e e r y   A F ,   2 0 1 2 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 3 ,   P 1 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 2 ;   Q i   L ,   2 0 0 6 ,   D I A B E T E S   C A R E ,   V 2 9 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d i a c a r e . 2 9 . 0 2 . 0 6 . d c 0 5 - 1 9 0 3 ;   R e e d y   J ,   2 0 0 8 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 6 8 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a j e / k w n 0 9 7 ;   R i m m   E   B ,   1 9 9 0 ,   E p i d e m i o l o g y ,   V 1 ,   P 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 1 6 4 8 - 1 9 9 0 1 1 0 0 0 - 0 0 0 0 9 ;   R I M M   E B ,   1 9 9 2 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 3 5 ,   P 1 1 1 4 ;   R i m m   E B ,   1 9 9 2 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 3 5 ,   P 1 1 2 7 ;   R o s e m a r   A ,   2 0 0 8 ,   D I S   C O L O N   R E C T U M ,   V 5 1 ,   P 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 3 5 0 - 0 0 7 - 9 1 7 2 - 5 ;   S a c k s   F r a n k   M . ,   1 9 9 5 ,   A n n a l s   o f   E p i d e m i o l o g y ,   V 5 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 1 0 4 7 - 2 7 9 7 ( 9 4 ) 0 0 0 5 5 - X ;   S t r a t e   L L ,   2 0 0 8 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 0 0 ,   P 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 3 0 0 . 8 . 9 0 7 ;   S t r a t e   L L ,   2 0 1 2 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 1 0 7 ,   P 1 4 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a j g . 2 0 1 2 . 1 9 4 ;   S t r a t e   L L ,   2 0 1 1 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 0 ,   P 1 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 4 ;   S t r a t e   L L ,   2 0 0 9 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 1 0 4 ,   P 1 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a j g . 2 0 0 9 . 1 2 1 ;   S t r a t e   L L ,   2 0 0 9 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 6 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 2 5 ;   v a n   D a m   R M ,   2 0 0 2 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 3 6 ,   P 2 0 1 ;   W h e a t   C L ,   2 0 1 6 ,   C L I N   G A S T R O E N T E R O L   H ,   V 1 4 ,   P 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c g h . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 3 0 ;   W u   K ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 1 5 ,   P 8 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 2 - 0 0 4 - 1 8 0 9 - 2 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   1 9 9 8 ,   O B E S   R E S   S 2 ,   V 6 ,   p 5 1 S 	 4 6 	 1 	 1 	 3 	 3 	 W   B   S A U N D E R S   C O - E L S E V I E R   I N C 	 P H I L A D E L P H I A 	 1 6 0 0   J O H N   F   K E N N E D Y   B O U L E V A R D ,   S T E   1 8 0 0 ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 3 - 2 8 9 9   U S A 	 0 0 1 6 - 5 0 8 5 	 1 5 2 8 - 0 0 1 2 	 	 G A S T R O E N T E R O L O G Y 	 G a s t r o e n t e r o l o g y 	 A P R 	 2 0 1 7 	 1 5 2 	 5 	 	 	 	 	 1 0 2 3 	 + 	 	 1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 6 . 1 2 . 0 3 8 	 	 1 0 	 G a s t r o e n t e r o l o g y   &   H e p a t o l o g y 	 G a s t r o e n t e r o l o g y   &   H e p a t o l o g y 	 E P 3 Q V 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 2 9 7 7 0 0 0 3 0 	 2 8 0 6 5 7 8 8 	 
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 P L - 2 5 3 1 4   K i e l c e ,   P o l a n d . 	 m . b . g o r z a l c z a n y @ t u . k i e l c e . p l ;   f . r u d z i n s k i @ t u . k i e l c e . p l 	 F e r n a n d e z ,   M a r i a / B - 4 4 9 9 - 2 0 1 5 	 F e r n a n d e z ,   M a r i a / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 3 2 8 6 - 9 3 0 1 	 	 	 B a c z y n s k i   M ,   2 0 0 8 ,   S T U D   F U Z Z   S O F T   C O M P ,   V 2 3 1 ,   P 1 ;   C h a o   C T ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 2 6 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 7 7 . 4 8 5 8 8 7 ;   C o r d o n   O ,   2 0 0 4 ,   F U Z Z Y   S E T   S Y S T ,   V 1 4 1 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 5 - 0 1 1 4 ( 0 3 ) 0 0 1 1 1 - 8 ;   C O R D O N   O S C A R ,   2 0 0 1 ,   A D V   F U Z Z Y   S Y S T E M S   A P ,   V 1 9 ;   C o r d o n   O ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   A P P R O X   R E A S O N ,   V 5 2 ,   P 8 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j a r . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 4 ;   D e b   K ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   E V O L U T   C O M P U T ,   V 6 ,   P 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 3 5 . 9 9 6 0 1 7 ;   D e b   K . ,   2 0 0 1 ,   M U L T I O B J E C T I V E   O P T I M ;   D u b o i s   D ,   1 9 9 6 ,   F U Z Z Y   S E T   S Y S T ,   V 8 4 ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 5 - 0 1 1 4 ( 9 6 ) 0 0 0 6 6 - 8 ;   D u b o i s   D . ,   2 0 0 0 ,   J o u r n a l   o f   L o g i c ,   L a n g u a g e   a n d   I n f o r m a t i o n ,   V 9 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 8 3 7 0 1 0 9 9 9 7 ;   D u b o i s   D ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   I N T E L L   S Y S T ,   V 1 8 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i n t . 1 0 1 0 3 ;   E s f a n d i a r i   N ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 4 4 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 1 ;   F a z z o l a r i   M ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 2 1 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T F U Z Z . 2 0 1 2 . 2 2 0 1 3 3 8 ;   F O N S E C A   C M ,   1 9 9 3 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   F I F T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   G E N E T I C   A L G O R I T H M S ,   P 4 1 6 ;   G a c t o   M J ,   2 0 1 1 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 8 1 ,   P 4 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 2 1 ;   G o r z a l c z a n y   M B ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 4 0 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 3 7 ;   G o r z a l c z a n y   M B ,   2 0 1 2 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 7 2 6 9 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 9 3 5 3 - 5 _ 2 7 ;   G o r z a l c z a n y   M B ,   2 0 1 2 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 7 2 6 9 ,   P 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 9 3 5 3 - 5 _ 2 6 ;   G o r z a l c z a n y   M B ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 6 1 1 3 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 1 3 2 0 8 - 7 _ 1 2 ;   G o r z a l c z a n y   M B ,   2 0 0 0 ,   P R O C E E D I N G S   O F   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   I N D U S T R I A L   T E C H N O L O G Y   2 0 0 0 ,   V O L S   1   A N D   2 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I T . 2 0 0 0 . 8 5 4 2 0 4 ;   G o r z a l c z a n y   M B ,   1 9 9 9 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 2 0 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 0 - 0 2 5 5 ( 9 9 ) 0 0 0 6 9 - 9 ;   G o r z a l c z a n y   M .   B ,   2 0 0 2 ,   S T U D I E S   F U Z Z I N E S S   S O ;   G U P T A   M M ,   1 9 9 2 ,   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   F U Z Z Y   S Y S T E M S ,   P 1 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / F U Z Z Y . 1 9 9 2 . 2 5 8 5 9 4 ;   H a n   J ,   2 0 0 6 ,   D A T A   M I N I N G   C O N C E P T ;   H e r r e r a   F r a n c i s c o ,   2 0 0 8 ,   E v o l u t i o n a r y   I n t e l l i g e n c e ,   V 1 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 6 5 - 0 0 7 - 0 0 0 1 - 5 ;   I s h i b u c h i   H ,   2 0 0 1 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 3 6 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 0 - 0 2 5 5 ( 0 1 ) 0 0 1 4 4 - X ;   I s h i b u c h i   H ,   1 9 9 7 ,   F U Z Z Y   S E T   S Y S T ,   V 8 9 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 5 - 0 1 1 4 ( 9 6 ) 0 0 0 9 8 - X ;   I s h i b u c h i   H ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   A P P R O X   R E A S O N ,   V 4 4 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j a r . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 0 4 ;   J i n   Y . ,   2 0 0 6 ,   S T U D I E S   C O M P U T A T I O N A ,   V 1 6 ;   J i n   Y C ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   C ,   V 3 8 ,   P 3 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C C . 2 0 0 8 . 9 1 9 1 7 2 ;   G a c t o   M J ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 1 8 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T F U Z Z . 2 0 1 0 . 2 0 4 1 0 0 8 ;   K A Y M A K   U ,   1 9 9 5 ,   P R O C E E D I N G S   O F   1 9 9 5   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   F U Z Z Y   S Y S T E M S ,   V O L S   I - I V ,   P 8 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / F U Z Z Y . 1 9 9 5 . 4 0 9 7 8 9 ;   L u u k k a   P ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 4 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 0 9 . 1 3 3 ;   L u u k k a   P ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 7 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 1 5 ;   M e e s a d   P ,   2 0 0 2 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   2 0 0 2   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   F U Z Z Y   S Y S T E M S ,   V O L   1   &   2 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / F U Z Z . 2 0 0 2 . 1 0 0 5 0 0 1 ;   N a u c k   D . ,   1 9 9 7 ,   F D N   N E U R O F U Z Z Y   S Y S T E ;   O r k c u   H H ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 3 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 2 8 ;   P a v l o p o u l o s   S   A ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T r a n s   I n f   T e c h n o l   B i o m e d ,   V 3 ,   P 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 3 3 . 7 4 8 9 7 1 ;   P o l a t   K ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 2 ,   P 1 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 2 4 ;   R o u b o s   H ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 9 ,   P 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 9 1 . 9 4 0 9 6 5 ;   R u d z i n s k i   F . ,   2 0 1 5 ,   P   2 0 1 5   C   I N T   F U Z Z   S Y ,   V 8 9 ,   P 1 7 8 ;   R u d z i n s k i   F ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 8 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 3 8 ;   R U S P I N I   E H ,   1 9 6 9 ,   I N F O R M   C O N T R O L ,   V 1 5 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 9 - 9 9 5 8 ( 6 9 ) 9 0 5 9 1 - 9 ;   R u t k o w s k i   L . ,   2 0 0 4 ,   F L E X I B L E   N E U R O   F U Z Z Y ;   S e e r a   M ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 2 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 2 2 ;   S e t n e s   M ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   C ,   V 2 8 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 3 2 6 . 6 6 1 1 0 0 ;   S e t n e s   M a g n e ,   2 0 0 0 ,   F U Z Z Y   S Y S T E M S   I E E E   T ,   V 8 . 5 ,   P 5 0 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 9 1 . 8 7 3 5 7 5 ;   S m i t h   S F ,   1 9 8 0 ,   T H E S I S ;   S t o e a n   R ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 2 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 7 ;   N g u y e n   T ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 2 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 2 7 ;   W a n g   H L ,   2 0 0 5 ,   F U Z Z Y   S E T   S Y S T ,   V 1 4 9 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f s s . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 1 3 ;   Y e n   J ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 2 9 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 7 7 . 7 4 0 1 6 2 ;   Z i t z l e r   E . ,   2 0 0 1 ,   P   E V   M E T H   D E S   O P T   C O ,   P 9 5 	 5 2 	 0 	 0 	 3 5 	 3 5 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 A P R   1 	 2 0 1 7 	 7 1 	 	 	 	 	 	 2 6 	 3 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 1 7 	 	 1 4 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 E I 8 P C 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 7 6 8 7 0 0 0 0 3 	 	 
 
 J 	 L o r e n t e ,   D ;   M a r t i n e z - M a r t i n e z ,   F ;   R u p e r e z ,   M J ;   L a g o ,   M A ;   M a r t i n e z - S o b e r ,   M ;   E s c a n d e l l - M o n t e r o ,   P ;   M a r t i n e z - M a r t i n e z ,   J M ;   M a r t i n e z - S a n c h i s ,   S ;   S e r r a n o - L o p e z ,   A J ;   M o n s e r r a t ,   C ;   M a r t i n - G u e r r e r o ,   J D 	 	 	 	 L o r e n t e ,   D . ;   M a r t i n e z - M a r t i n e z ,   F . ;   R u p e r e z ,   M .   J . ;   L a g o ,   M .   A . ;   M a r t i n e z - S o b e r ,   M . ;   E s c a n d e l l - M o n t e r o ,   P . ;   M a r t i n e z - M a r t i n e z ,   J .   M . ;   M a r t i n e z - S a n c h i s ,   S . ;   S e r r a n o - L o p e z ,   A .   J . ;   M o n s e r r a t ,   C . ;   M a r t i n - G u e r r e r o ,   J .   D . 	 	 	 A   f r a m e w o r k   f o r   m o d e l l i n g   t h e   b i o m e c h a n i c a l   b e h a v i o u r   o f   t h e   h u m a n   l i v e r   d u r i n g   b r e a t h i n g   i n   r e a l   t i m e   u s i n g   m a c h i n e   l e a r n i n g 	 E X P E R T   S Y S T E M S   W I T H   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S o f t   t i s s u e   d e f o r m a t i o n ;   B i o m e c h a n i c a l   b e h a v i o u r ;   L i v e r ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   T r e e - b a s e d   r e g r e s s i o n 	 S O F T - T I S S U E   D E F O R M A T I O N ;   S U R G E R Y   S I M U L A T I O N ;   I M A G E ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   R E G I S T R A T I O N 	 P r o g r e s s   i n   b i o m e c h a n i c a l   m o d e l l i n g   o f   h u m a n   s o f t   t i s s u e   i s   t h e   b a s i s   f o r   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   n e w   c l i n i c a l   a p p l i c a t i o n s   c a p a b l e   o f   i m p r o v i n g   t h e   d i a g n o s i s   a n d   t r e a t m e n t   o f   s o m e   d i s e a s e s   ( e . g .   c a n c e r ) ,   a s   w e l l   a s   t h e  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 P o l i t e c n   V a l e n c i a ,   D e p t   I n g n   M e c a n   &   M a t ,   C t r   I n v e s t   I n g n   M e c a n   C I M M ,   C a m i n o   V e r a   S - N ,   E - 4 6 0 2 2   V a l e n c i a ,   S p a i n ;   [ L a g o ,   M .   A . ;   M o n s e r r a t ,   C . ]   U n i v   P o l i t e c n   V a l e n c i a ,   D e p t   S i s t e m a s   I n f o r m a t   &   C o m p u t a t   D S I C ,   C a m i n o   V e r a   S - N ,   E - 4 6 0 2 2   V a l e n c i a ,   S p a i n 	 L o r e n t e ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   V a l e n c i a ,   D e p t   E l e c t   E n g n ,   I n t e l l i g e n t   D a t a   A n a l   L a b   I D A L ,   A v d a   U n i v   S - N ,   E - 4 6 1 0 0   V a l e n c i a ,   S p a i n . 	 d e l i a . l o r e n t e @ u v . e s ;   f r a n c i s c o . m a r t i n e z - m a r t i n e z @ u v . e s ;   m j r u p e r e @ u p v n e t . u p v . e s ;   M i g u e l . L a g o @ p s y c h . u c s b . e d u ;   m a r c e l i n o . m a r t i n e z @ u v . e s ;   p a b l o . e s c a n d e l l @ u v . e s ;   j o s e . m a r i a . m a r t i n e z @ u v . e s ;   s a n m a r s l @ u p v . e s ;   a n t o n i o . j . s e r r a n o @ u v . e s ;   c m o n s e r r @ d s i c . u p v . e s ;   j o s e . d . m a r t i n @ u v . e s 	 	 	 S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E c o n o m y   a n d   C o m p e t i t i v e n e s s   ( M I N E C O )   [ T I N 2 0 1 4 - 5 2 0 3 3 - R ,   D P I 2 0 1 3 - 4 0 8 5 9 - R ] ;   E u r o p e a n   F E D E R   f u n d s 	 T h i s   w o r k   h a s   b e e n   f u n d e d   b y   t h e   S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E c o n o m y   a n d   C o m p e t i t i v e n e s s   ( M I N E C O )   t h r o u g h   r e s e a r c h   p r o j e c t s   T I N 2 0 1 4 - 5 2 0 3 3 - R   a n d   D P I 2 0 1 3 - 4 0 8 5 9 - R ,   b o t h   a l s o   s u p p o r t e d   b y   E u r o p e a n   F E D E R   f u n d s .   T h e   a u t h o r s   a c k n o w l e d g e   t h e   k i n d   c o l l a b o r a t i o n   o f   t h e   p e r s o n n e l   f r o m   t h e   h o s p i t a l   i n v o l v e d   i n   t h e   r e s e a r c h . 	 A b d e l r a h m a n   W ,   2 0 1 1 ,   I E E E   S Y S   M A N   C Y B E R N ,   P 2 8 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C S M C . 2 0 1 1 . 6 0 8 4 1 1 2 ;   A p p i c e   A . ,   2 0 0 7 ,   P   1 8   E U R   C   M A C H   L E A R ,   P 5 0 2 ;   B a i t e r   J .   M . ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 1 ,   P 2 6 7 ;   B i s h o p   C .   M . ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L . ,   1 9 8 4 ,   C L A S S I F I C A T I O N   R E G R E ;   B r o c k   K K ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 4 ,   P 1 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 2 7 ;   B r o c k   K K ,   2 0 0 8 ,   A C T A   O N C O L ,   V 4 7 ,   P 1 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 8 4 1 8 6 0 8 0 2 2 5 6 4 9 1 ;   C o u r t e c u i s s e   H ,   2 0 1 0 ,   P R O G   B I O P H Y S   M O L   B I O ,   V 1 0 3 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p b i o m o l b i o . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 1 6 ;   D e   S ,   2 0 1 1 ,   P R E S E N C E - T E L E O P   V I R T ,   V 2 0 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / P R E S _ a _ 0 0 0 5 4 ;   D e l i n g e t t e   H . ,   1 9 9 4 ,   V I S U A L I Z A T I O N   B I O M E D ,   V 2 3 5 9 ,   P 6 0 7 ;   D e o   D ,   2 0 0 9 ,   W O R L D   H A P T I C S   2 0 0 9 :   T H I R D   J O I N T   E U R O H A P T I C S   C O N F E R E N C E   A N D   S Y M P O S I U M   O N   H A P T I C   I N T E R F A C E S   F O R   V I R T U A L   E N V I R O N M E N T   A N D   T E L E O P E R A T O R   S Y S T E M S ,   P R O C E E D I N G S ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / W H C . 2 0 0 9 . 4 8 1 0 8 9 6 ;   D u y s a k   A ,   2 0 0 3 ,   I N T   C O N G R   S E R ,   V 1 2 5 6 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 5 3 1 - 5 1 3 1 ( 0 3 ) 0 0 4 2 3 - 0 ;   F e r n a n d e z - D e l g a d o   M ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 3 1 3 3 ;   G e u r t s   P ,   2 0 0 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 6 3 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 6 - 6 2 2 6 - 1 ;   G o c e r i   E . ,   2 0 1 3 ,   T H E S I S ;   G o c e r i   E ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   N U M E R   M E T H   B I O ,   V 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n m . 2 7 6 5 ;   G o n z a l e z   D . ,   2 0 1 6 ,   A R C H   C O M P U T A T I O N A L   M ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 8 3 1 - 0 1 6 - 9 1 7 3 - 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 1 8 3 1 - 0 1 6 - 9 1 7 3 - 4 ] ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 9 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   H o s t e t t l e r   A ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 0 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 0 3 ;   H u   T . ,   2 0 0 4 ,   P   2 0 0 4   E U R ;   I k o n o m o v s k a   E . ,   2 0 1 1 ,   P   2 0 1 1   A C M   S   A P P L   C O ,   P 9 8 8 ;   I n o u e   Y . ,   2 0 0 6 ,   S y s t e m s   a n d   C o m p u t e r s   i n   J a p a n ,   V 3 7 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s c j . 2 0 1 8 0 ;   I z e n m a n   A J ,   2 0 0 8 ,   S P R I N G E R   T E X T S   S T A T ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 0 - 3 8 7 - 7 8 1 8 9 - 1 _ 1 ;   J a h y a   A ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   M E D   R O B O T   C O M P ,   V 9 ,   p E 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c s . 1 4 9 3 ;   K e n e d i   R . ,   1 9 7 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 2 0 ,   P 1 6 3 ;   L u   Y u a n - C h i a o ,   2 0 1 3 ,   S t a p p   C a r   C r a s h   J ,   V 5 7 ,   P 2 8 5 ;   M a a s   S A ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E C H   E N G - T   A S M E ,   V 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 5 / 1 . 4 0 0 5 6 9 4 ;   M a r t i n e z - M a r t i n e z   F ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M E T H O D   B I O M E C ,   V 1 6 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 2 5 5 8 4 2 . 2 0 1 1 . 6 3 7 4 9 2 ;   M a r t i n e z - M a r t i n e z   F ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 1 ,   P 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 5 ;   M a r t i n e z - M a r t i n e z   F . ,   2 0 1 4 ,   T H E S I S ,   P 1 3 3 ;   M e i e r   U ,   2 0 0 5 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 7 7 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 0 2 ;   M o r o o k a   K ,   2 0 0 8 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 5 2 4 2 ,   P 7 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 8 5 9 9 0 - 1 _ 8 9 ;   N i r o o m a n d i   S ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 9 1 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 8 ;   N i r o o m a n d i   S ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   N U M E R   M E T H   B I O ,   V 2 9 ,   P 5 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n m . 2 5 4 4 ;   P e a r s o n   K . ,   1 8 9 5 ,   P   R O Y   S O C   L O N D O N ,   V 5 8 ,   P 2 4 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / R S P L . 1 8 9 5 . 0 0 4 1 ;   P e d r e g o s a   F ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 8 2 5 ;   R u i t e r   N .   V . ,   2 0 0 6 ,   N U C L   S C I   I E E E   T ,   V 5 3 ,   P 2 0 4 ;   S t r u y f   J . ,   2 0 0 6 ,   P   4   I N T   W O R K S H   K N O W L ,   P 2 2 2 ;   S z e k e l y   G ,   2 0 0 0 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 4 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 6 1 - 8 4 1 5 ( 0 0 ) 0 0 0 0 2 - 5 ;   W a t e r s   K . ,   1 9 9 2 ,   P   V I S   B I O M   C O M P   C H A P ,   P 5 7 4 ;   Z h o n g   Y . ,   2 0 0 6 ,   P   9   I E E E   I N T   W O R K S H ,   P 3 8 0 ;   Z i e n k i e w i c z   O   C ,   1 9 8 9 ,   F I N I T E   E L E M E N T   M E T H O ,   V 1 	 4 3 	 0 	 0 	 5 0 	 5 0 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 A P R   1 	 2 0 1 7 	 7 1 	 	 	 	 	 	 3 4 2 	 3 5 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 3 7 	 	 1 6 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 E I 8 P C 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 7 6 8 7 0 0 0 2 5 	 	 
 
 J 	 S h e i k h p o u r ,   R ;   S a r r a m ,   M A ;   G h a r a g h a n i ,   S ;   C h a h o o k i ,   M A Z 	 	 	 	 S h e i k h p o u r ,   R a z i e h ;   S a r r a m ,   M e h d i   A g h a ;   G h a r a g h a n i ,   S a j j a d ;   C h a h o o k i ,   M o h a m m a d   A l i   Z a r e 	 	 	 A   S u r v e y   o n   s e m i - s u p e r v i s e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s 	 P A T T E R N   R E C O G N I T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S e m i - s u p e r v i s e d   l e a r n i n g ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   S u r v e y 	 P A R T I C L E   S W A R M   O P T I M I Z A T I O N ;   S E M I S U P E R V I S E D   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   T R A C E   R A T I O   C R I T E R I O N ;   B R E A S T - C A N C E R ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   R E D U C T I O N ;   M O D E L ;   R E C O G N I T I O N ;   C O N S T R A I N T S 	 F e a t u r e   s e l e c t i o n   i s   a   s i g n i f i c a n t   t a s k   i n   d a t a   m i n i n g   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   a p p l i c a t i o n s   w h i c h   e l i m i n a t e s   i r r e l e v a n t   a n d   r e d u n d a n t   f e a t u r e s   a n d   i m p r o v e s   l e a r n i n g   p e r f o r m a n c e .   I n   m a n y   r e a l - w o r l d   a p p l i c a t i o n s ,   c o l l e c t i n g   l a b e l e d   d a t a   i s   d i f f i c u l t ,   w h i l e   a b u n d a n t   u n l a b e l e d   d a t a   a r e   e a s i l y   a c c e s s i b l e .   T h i s   m o t i v a t e s   r e s e a r c h e r s   t o   d e v e l o p   s e m i - s u p e r v i s e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s   w h i c h   u s e   b o t h   l a b e l e d   a n d   u n l a b e l e d   d a t a   t o   e v a l u a t e   f e a t u r e   r e l e v a n c e .   H o w e v e r ,   t i l l - t o - d a t e ,   t h e r e   i s   n o   c o m p r e h e n s i v e   s u r v e y   c o v e r i n g   t h e   s e m i   s u p e r v i s e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s .   I n   t h i s   p a p e r ,   s e m i - s u p e r v i s e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s   a r e   f u l l y   i n v e s t i g a t e d   a n d   t w o   t a x o n o m i e s   o f   t h e s e   m e t h o d s   a r e   p r e s e n t e d   b a s e d   o n   t w o   d i f f e r e n t   p e r s p e c t i v e s   w h i c h   r e p r e s e n t   t h e   h i e r a r c h i c a l   s t r u c t u r e   o f   s e m i - s u p e r v i s e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s .   T h e   f i r s t   p e r s p e c t i v e   i s   b a s e d   o n   t h e   b a s i c   t a x o n o m y   o f   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s   a n d   t h e   s e c o n d   o n e   i s   b a s e d   o n   t h e   t a x o n o m y   o f   s e m i   s u p e r v i s e d   l e a r n i n g   m e t h o d s .   T h i s   s u r v e y   c a n   b e   h e l p f u l   f o r   a   r e s e a r c h e r   t o   o b t a i n   a   d e e p   b a c k g r o u n d   i n   s e m i   s u p e r v i s e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s   a n d   c h o o s e   a   p r o p e r   s e m i - s u p e r v i s e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d   b a s e d   o n   t h e   h i e r a r c h i c a l   s t r u c t u r e   o f   t h e m . 	 [ S h e i k h p o u r ,   R a z i e h ;   S a r r a m ,   M e h d i   A g h a ;   C h a h o o k i ,   M o h a m m a d   A l i   Z a r e ]   Y a z d   U n i v ,   D e p t   C o m p   E n g n ,   Y a z d ,   I r a n ;   [ G h a r a g h a n i ,   S a j j a d ]   U n i v   T e h r a n ,   I n s t   B i o c h e m   &   B i o p h y s ,   L a b   B i o i n f o r m a t   &   D r u g   D e s i g n   L B D ,   T e h r a n ,   I r a n 	 S a r r a m ,   M A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y a z d   U n i v ,   D e p t   C o m p   E n g n ,   Y a z d ,   I r a n . 	 r _ s h e i k h p o u r @ s t u . y a z d . a c . i r ;   m e h d i . s a r r a m @ y a z d . a c . i r ;   s . g h a r a g h a n i @ u t . a c . i r ;   c h a h o o k i @ y a z d . a c . i r 	 	 	 	 	 A k a y   M F ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 9 ;   A n g   J C ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 9 1 0 1 ,   P 4 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 9 0 6 6 - 2 _ 4 5 ;   B a m a k a n   S M H ,   2 0 1 4 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 3 1 ,   P 6 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 4 . 0 5 . 3 1 0 ;   B a r k i a   H . ,   2 0 1 1 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   2 0 1 1   I E E E   1 1 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   D a t a   M i n i n g   ( I C D M   2 0 1 1 ) ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 1 1 . 1 2 9 ;   B e l l a l   F ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 3 ,   P 1 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 1 ;   B e n a b d e s l e m   K . ,   2 0 1 1 ,   P   E C M L   P K D D   C ,   P 2 0 4 ;   B e n a b d e s l e m   K ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 6 ,   P 1 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 3 . 8 6 ;   B i s h o p   C .   M . ,   1 9 9 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   P A T T ;   B o l o n - C a n e d o   V ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 8 2 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 4 2 ;   C h a h o o k i   M A Z ,   2 0 1 4 ,   M A C H   V I S I O N   A P P L ,   V 2 5 ,   P 1 0 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 3 8 - 0 1 4 - 0 6 0 4 - 7 ;   C h a n d r a s h e k a r   G ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   E L E C T R   E N G ,   V 4 0 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p e l e c e n g . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 2 4 ;   C h a n g   X ,   2 0 1 4 ,   P   2 8   A A A I   C   A R T   I N T ,   P 1 1 7 1 ;   C h a n g   X . ,   2 0 1 4 ,   S E M I S U P E R V I S E D   F E A T U ,   V 1 1 ;   C h a p e l l e   O . ,   2 0 0 6 ,   S E M I S U P E R V I S E D   L E A R N ;   C h a r t r a n d   R ,   2 0 0 7 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   L E T ,   V 1 4 ,   P 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / L S P . 2 0 0 7 . 8 9 8 3 0 0 ;   C h a r t r a n d   R ,   2 0 0 9 ,   2 0 0 9   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   B I O M E D I C A L   I M A G I N G :   F R O M   N A N O   T O   M A C R O ,   V O L S   1   A N D   2 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 9 . 5 1 9 3 0 3 4 ;   C h e n   C H ,   2 0 1 4 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 2 0 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 2 4 ;   C h e n   C H ,   2 0 1 3 ,   J   I N F   S C I ,   V 3 9 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 1 6 5 5 5 1 5 1 2 4 5 6 5 0 2 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 0 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 1 2 0 ;   C h e n   L . C . L . ,   P   I N T   C   A U D   L A N G   I M ,   P 1 1 2 3 ;   C h e n   X ,   2 0 1 0 ,   I E E E   G E O S C I   R E M O T E   S ,   V 7 ,   P 7 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / L G R S . 2 0 1 0 . 2 0 4 8 1 9 7 ;   C h e n g   H . ,   2 0 1 1 ,   P   C O M P   S C I   E N V   E N G   E ,   P 2 5 9 ;   C h i n   A . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ;   D a i   K . ,   2 0 1 3 ,   J   A P P L   M A T H ,   V 2 0 1 3 ;   D o q u i r e   G . ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   P 2 4 8 ;   D o q u i r e   G ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 2 1 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 2 8 ;   F o u c a r t   S ,   2 0 0 9 ,   A P P L   C O M P U T   H A R M O N   A ,   V 2 6 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c h a . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 1 ;   G u   Q . ,   2 0 1 2 ,   C O R R ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   H a l d e r   A ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 6 ,   P 2 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 2 ;   H a l l   M A ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 5 ,   P 1 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 3 . 1 2 4 5 2 8 3 ;   H a n   Y . ,   P   2 0 1 1   2   A R T   I N T   M A N ,   P 4 5 8 1 ;   H a n   Y H ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 6 ,   P 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 4 . 2 3 1 4 1 2 3 ;   H e   X . ,   2 0 0 5 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 5 0 7 ;   H i n d a w i   M . ,   2 0 1 1 ,   P   I C D M ,   P 1 0 8 0 ;   L i   J . ,   2 0 0 8 ,   P   1 9   I N T   C   P A T T   R E C ,   P 1 ;   K a l a k e c h   M ,   2 0 1 1 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 2 ,   P 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 4 ;   K e r s t e n   J ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 2 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 1 5 ;   K r i s h n a n   D . ,   2 0 0 9 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 1 0 3 3 ;   L i   G u o - Z h e n g ,   2 0 0 8 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y   a n d   D r u g   D e s i g n ,   V 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J C B D D . 2 0 0 8 . 0 1 8 7 0 6 ;   L i u   Y . ,   2 0 1 0 ,   P   I N T   C   C O M P   I N F   A P P ,   P 2 9 3 ;   L i u   Y ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 0 5 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 3 1 ;   L v   S Z ,   2 0 1 3 ,   2 0 1 3   1 0 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   F U Z Z Y   S Y S T E M S   A N D   K N O W L E D G E   D I S C O V E R Y   ( F S K D ) ,   P 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / F S K D . 2 0 1 3 . 6 8 1 6 2 7 9 ;   M a   Z . ,   2 0 1 1 ,   P   1 9   A C M   I N T   C   M U L T ,   P 2 8 3 ;   M a   Z G ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M U L T I M E D I A ,   V 1 4 ,   P 1 6 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M M . 2 0 1 2 . 2 1 9 9 2 9 3 ;   M a l d o n a d o   S ,   2 0 1 1 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 8 1 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 4 7 ;   C h a h o o k i   M . A . Z . ,   2 0 1 1 ,   P   I R   C   M A C H   V I S   I M   P ,   P 1 ;   M i t r a   P ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 9 9 0 1 3 3 ;   N a k a r i y a k u l   S ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 4 5 ,   P 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 2 ;   N i e   F . ,   2 0 1 0 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 1 8 1 3 ;   N i e   F P ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 9 ,   P 1 9 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 0 . 2 0 4 4 9 5 8 ;   N o w o t n y   T ,   2 0 1 3 ,   S E N S O R   A C T U A T   B - C H E M ,   V 1 8 7 ,   P 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s n b . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 8 8 ;   P e n g   Y H ,   2 0 1 0 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 3 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 8 ;   P e r a l t a   B ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 6 9 ,   P 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 0 8 ;   P i s e   N . N . ,   2 0 0 8 ,   P   2 0 0 8   I N T   C   C O M P   I N ,   P 3 0 ;   P o h j a l a i n e n   J ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S P E E C H   L A N G ,   V 2 9 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s l . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 4 ;   P r a k a s h   V . J . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   T R E N D S ,   V 8 ,   P 2 5 ;   R a s h e d i   E ,   2 0 1 3 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 3 9 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 1 1 ;   R e i f   M ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 1 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 9 ;   R e n   J . ,   2 0 0 8 ,   P   P A C   A S   C   K N O W L   D I S ,   P 9 7 0 ;   R e n   Y . ,   2 0 1 1 ,   P   2 0 1 1   I N T   C   M A C H   L E ,   P 1 1 3 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S h e i k h p o u r   R ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 4 0 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 5 ;   S h e n   K Q ,   2 0 0 8 ,   M A C H   L E A R N ,   V 7 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 7 - 5 0 2 5 - 7 ;   S h i   C J ,   2 0 1 4 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   V 3 2 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a v i s . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 1 3 ;   S h i   P ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 3 7 5 ;   S o n g   X . ,   2 0 1 4 ,   M U L T I M E D   S Y S T ;   S u n   Y . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   B I O M E D   E N G ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 0 7 9 6 - 0 1 5 - 9 5 4 7 - 4 . ;   U g u z   H ,   2 0 1 1 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 2 4 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 1 4 ;   U n l e r   A ,   2 0 1 1 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 8 1 ,   P 4 6 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 3 7 ;   U n l e r   A ,   2 0 1 0 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 2 0 6 ,   P 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j o r . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 3 2 ;   W a n g   S G ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 8 6 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 7 7 ;   X u   Z L ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 1 ,   P 1 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 0 . 2 0 4 7 1 1 4 ;   X u   Z B ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 3 ,   P 1 0 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 2 . 2 1 9 7 4 1 2 ;   X u e   B ,   2 0 1 4 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 1 8 ;   X u e   B ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   C Y B E R N E T I C S ,   V 4 3 ,   P 1 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C B . 2 0 1 2 . 2 2 2 7 4 6 9 ;   Y a n g   J . ,   2 0 1 1 ,   K N O W L   B A S E D   S Y S T ,   V 2 4 ;   Y a n g   J D ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 1 3 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 4 ;   Y a n g   L . ,   2 0 0 7 ,   P   I C N C   0 7   3   I N T   C   N A ,   P 6 4 6 ;   Y a n g   M . ,   2 0 1 0 ,   P   I N T   C   M A C H   L E A R N   C ,   P 5 2 7 ;   Y a n g   W . ,   2 0 1 1 ,   P   I N T   C   C O M P   I N F   S C I ,   P 3 2 9 ;   Z e n g   Z . ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ;   Z h a n g   D Q ,   2 0 0 8 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 1 ,   P 1 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 0 9 ;   Z h a n g   K ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 6 ,   P 4 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 4 . 2 3 1 5 5 2 6 ;   Z h a n g   X ,   2 0 1 5 ,   J   F R A N K L I N   I ,   V 3 5 2 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f r a n k l i n . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 2 1 ;   Z h a o   J D ,   2 0 0 8 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 1 ,   P 1 8 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 1 4 ;   Z h a o   M B ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 5 ,   P 1 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 8 ;   Z h a o   Z . ,   2 0 1 0 ,   P   A A A I   C   A R T   I N T   C I T ;   Z h a o   Z D ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - S 1 4 - S 1 6 ;   Z h a o   Z ,   2 0 0 7 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   S E V E N T H   S I A M   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   D A T A   M I N I N G ,   P 6 4 1 ;   Z h o u   W G ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 7 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 4 ;   Z h u   X ,   2 0 0 3 ,   P   2 0   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 9 1 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 1 8 . 8 5 0 6 6 3 ;   Z h u   X . ,   2 0 0 8 ,   S E M I S U P E R V I S E D   L E A R N ;   Z h u   X . ,   2 0 0 9 ,   I N T R O   S E M I S U P E R V I S E D ;   Z u o   L ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 4 9 ,   P 9 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 3 7 ;   Y a n g   G . - Z . ,   2 0 0 6 ,   U . S .   P a t .   A p p l ,   P a t e n t   N o .   [ 1 2 / 0 6 4 , 9 9 3 ,   1 2 0 6 4 9 9 3 ] 	 9 6 	 1 	 1 	 7 5 	 7 5 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 3 2 0 3 	 1 8 7 3 - 5 1 4 2 	 	 P A T T E R N   R E C O G N 	 P a t t e r n   R e c o g n i t . 	 A P R 	 2 0 1 7 	 6 4 	 	 	 	 	 	 1 4 1 	 1 5 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 3 	 	 1 8 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E I 7 M P 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 6 8 2 4 0 0 0 1 2 	 	 
 
 J 	 L i u ,   Y ;   W a n g ,   Y J ;   H u a n g ,   C R ;   Z e n g ,   D L 	 	 	 	 L i u ,   Y i n g ;   W a n g ,   Y u a n j i a ;   H u a n g ,   C h a o r u i ;   Z e n g ,   D o n g l i n 	 	 	 E s t i m a t i n g   p e r s o n a l i z e d   d i a g n o s t i c   r u l e s   d e p e n d i n g   o n   i n d i v i d u a l i z e d   c h a r a c t e r i s t i c s 	 S T A T I S T I C S   I N   M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 w e i g h t e d   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ;   p e r s o n a l i z e d   s c r e e n i n g ;   P a r k i n s o n ' s   d i s e a s e 	 M I L D   C O G N I T I V E   I M P A I R M E N T ;   D Y N A M I C   T R E A T M E N T   R E G I M E S ;   P A R K I N S O N S - D I S E A S E ;   B R E A S T ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   C R I T E R I A 	 T h e r e   i s   a n   i n c r e a s i n g   d e m a n d   f o r   p e r s o n a l i z a t i o n   o f   d i s e a s e   s c r e e n i n g   b a s e d   o n   a s s e s s m e n t   o f   p a t i e n t   r i s k   a n d   o t h e r   c h a r a c t e r i s t i c s .   F o r   e x a m p l e ,   i n   b r e a s t   c a n c e r   s c r e e n i n g ,   a d v a n c e d   i m a g i n g   t e c h n o l o g i e s   h a v e   m a d e   i t   p o s s i b l e   t o   m o v e   a w a y   f r o m   o n e - s i z e - f i t s - a l l '   s c r e e n i n g   g u i d e l i n e s   t o   t a r g e t e d   r i s k - b a s e d   s c r e e n i n g   f o r   t h o s e   w h o   a r e   i n   n e e d .   B e c a u s e   d i a g n o s t i c   p e r f o r m a n c e   o f   v a r i o u s   i m a g i n g   m o d a l i t i e s   m a y   v a r y   a c r o s s   s u b j e c t s ,   a p p l y i n g   t h e   m o s t   a c c u r a t e   m o d a l i t y   t o   t h e   p a t i e n t s   w h o   w o u l d   b e n e f i t   t h e   m o s t   r e q u i r e s   p e r s o n a l i z e d   s t r a t e g y .   T o   a d d r e s s   t h e s e   n e e d s ,   w e   p r o p o s e  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 B i o s t a t ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 7   U S A . 	 y w 2 0 1 6 @ c u m c . c o l u m b i a . e d u 	 	 	 U . S .   N I H   [ N S 0 7 3 6 7 1 ,   N S 0 8 2 0 6 2 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   U . S .   N I H   g r a n t s   N S 0 7 3 6 7 1   a n d   N S 0 8 2 0 6 2 . 	 A l o n z o   T A ,   2 0 0 2 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 3 ,   P 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / 3 . 3 . 4 2 1 ;   A R O N S Z A J N   N ,   1 9 5 0 ,   T   A M   M A T H   S O C ,   V 6 8 ,   P 3 3 7 ;   B e c k   A .   T . ,   1 9 9 6 ,   B E C K   D E P R E S S I O N   I N V E ;   B I - R A D S   C o m m i t t e e   a n d   A m e r i c a n   C o l l e g e   o f   R a d i o l o g y ,   1 9 9 8 ,   B R E A S T   I M A G I N G   R E P O R ;   B o y d   S ,   2 0 0 9 ,   C O N V E X   O P T I M I Z A T I O N ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D o n o h u e   M C ,   2 0 1 4 ,   A L Z H E I M E R S   D E M E N T ,   V 1 0 ,   p S 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a l z . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 3 ;   D u b o i s   B ,   2 0 1 4 ,   L A N C E T   N E U R O L ,   V 1 3 ,   P 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 4 - 4 4 2 2 ( 1 4 ) 7 0 0 9 0 - 0 ;   E c k e r   C ,   2 0 1 0 ,   N E U R O I M A G E ,   V 4 9 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 2 4 ;   E m r e   M ,   2 0 0 3 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 1 8 ,   p S 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 1 0 5 6 5 ;   F a h n   E R S ,   1 9 8 7 ,   R E C E N T   D E V   P A R K I N S O N ;   F u   C H Y ,   2 0 0 8 ,   B I O L   P S Y C H I A T ,   V 6 3 ,   P 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o p s y c h . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 2 0 ;   H a n s e n   B E ,   2 0 0 8 ,   E C O N O M E T   T H E O R ,   V 2 4 ,   P 7 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 2 6 6 4 6 6 6 0 8 0 8 0 3 0 4 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 5 ,   M A T H   I N T E L L ,   V 2 7 ,   P 8 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 9 8 5 8 0 2 ;   H O F M A N N   T ,   2 0 0 8 ,   T H E   A N N A L S   O F   S T A T I S ,   P 1 1 7 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 0 9 0 5 3 6 0 7 0 0 0 0 0 0 6 7 7 ;   H u a n g   C ,   2 0 0 8 ,   N E U R O L O G Y ,   V 7 0 ,   P 1 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 2 / 0 1 . w n l . 0 0 0 0 3 0 4 0 5 0 . 0 5 3 3 2 . 9 c ;   H u a n g   C ,   2 0 1 3 ,   W O R L D   P A R K   C   M O N T R   C ;   H u a n g   C R ,   2 0 0 3 ,   N E U R O I M A G E ,   V 1 9 ,   P 1 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 5 3 - 8 1 1 9 ( 0 3 ) 0 0 1 6 8 - X ;   H U G H E S   A J ,   1 9 9 2 ,   J   N E U R O L   N E U R O S U R   P S ,   V 5 5 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j n n p . 5 5 . 3 . 1 8 1 ;   J a n k o v i c   J ,   2 0 1 4 ,   J A M A   N E U R O L ,   V 7 1 ,   P 1 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a n e u r o l . 2 0 1 4 . 1 7 1 7 ;   L i l i e n f e l d   S O ,   2 0 1 4 ,   B E H A V   R E S   T H E R ,   V 6 2 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r a t . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 1 9 ;   L i u   Y ,   A R X I V 1 6 1 1 0 2 3 1 4 S T A T M E ;   L i u   Y ,   2 0 1 7 ,   S T A T   M E D ,   V 3 6 ,   P 1 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 7 1 8 2 ;   M e t z   C E ,   1 9 9 8 ,   S T A T   M E D ,   V 1 7 ,   P 1 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 8 0 5 1 5 ) 1 7 : 9 < 1 0 3 3 : : A I D - S I M 7 8 4 > 3 . 3 . C O ; 2 - Q ;   M o y e r   V A ,   2 0 1 2 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 5 7 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / 0 0 0 3 - 4 8 1 9 - 1 5 7 - 2 - 2 0 1 2 0 7 1 7 0 - 0 0 4 5 9 ;   M u r p h y   S A ,   2 0 0 3 ,   J   R   S T A T   S O C   B ,   V 6 5 ,   P 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 0 0 3 8 9 ;   N a t i o n a l   C I ,   2 0 1 1 ,   P O P   B A S   R E S   O P T   S C R E ;   O n e g a   T ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 0 ,   P 2 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 8 7 7 1 ;   P a t a k y   R ,   2 0 1 3 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 3 - 3 3 9 ;   P e l c k m a n s   K ,   2 0 0 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 1 8 ,   P 6 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 0 5 . 0 6 . 0 2 5 ;   P e p e   M S ,   2 0 0 6 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 2 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 0 5 . 0 0 4 2 0 . x ;   P e p e   M S ,   2 0 0 3 ,   S T A T   E V A L U A T I O N   M E D ;   R o d r i g u e z - O r o z   M C ,   2 0 0 9 ,   L A N C E T   N E U R O L ,   V 8 ,   P 1 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 4 - 4 4 2 2 ( 0 9 ) 7 0 2 9 3 - 5 ;   S T E I N W A R T   I ,   2 0 0 7 ,   T H E   A N N A L S   O F   S T A T I S ,   P 5 7 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 0 9 0 5 3 6 0 6 0 0 0 0 0 1 2 2 6 ;   U S   F o o d   a n d   D r u g   A d m i n i s t r a t i o n ,   2 0 1 4 ,   M E M M   Q U A L   S T A N D   A C T ;   V a n   D e r   V a a r t   A . W . ,   1 9 9 6 ,   W E A K   C O N V E R G E N C E ;   W a n g   Y J ,   2 0 1 1 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 7 ,   P 8 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 1 0 . 0 1 5 3 3 . x ;   Z a p k a   J G ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 2 ,   P 4 ;   Z h a o   Y Q ,   2 0 1 5 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 1 0 ,   P 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 4 . 9 3 7 4 8 8 ;   Z h a o   Y Q ,   2 0 1 2 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 7 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 2 . 6 9 5 6 7 4 ;   Z h a o   Y F ,   2 0 0 9 ,   S T A T   M E D ,   V 2 8 ,   P 3 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 3 7 2 0 	 4 1 	 1 	 1 	 2 	 2 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 2 7 7 - 6 7 1 5 	 1 0 9 7 - 0 2 5 8 	 	 S T A T   M E D 	 S t a t .   M e d . 	 M A R   3 0 	 2 0 1 7 	 3 6 	 7 	 	 	 	 	 1 0 9 9 	 1 1 1 7 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 7 1 8 2 	 	 1 9 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s ;   M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l ;   S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s ;   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e ;   M a t h e m a t i c s 	 E M 5 Y E 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 3 8 9 1 0 0 0 0 4 	 2 7 9 1 7 5 0 8 	 
 
 J 	 M e l v i n ,   R L ;   T h o m p s o n ,   W G ;   G o d w i n ,   R C ;   G m e i n e r ,   W H ;   S a l s b u r y ,   F R 	 	 	 	 M e l v i n ,   R y a n   L . ;   T h o m p s o n ,   W i l l i a m   G . ;   G o d w i n ,   R y a n   C . ;   G m e i n e r ,   W i l l i a m   H . ;   S a l s b u r y ,   F r e d d i e   R . ,   J r . 	 	 	 M u t S   a l p h a ' s   M u l t i - D o m a i n   A l l o s t e r i c   R e s p o n s e   t o   T h r e e   D N A   D a m a g e   T y p e s   R e v e a l e d   b y   M a c h i n e   L e a r n i n g 	 F R O N T I E R S   I N   P H Y S I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M u t S   a l p h a ;   F d U ;   c i s p l a t i n ;   c a r b o p l a t i n ;   d e c i s i o n   t r e e ;   c l u s t e r i n g ;   m o l e c u l a r   d y n a m i c s ;   m i s m a t c h   r e p a i r 	 M O L E C U L A R - D Y N A M I C S   S I M U L A T I O N S ;   F D U - S U B S T I T U T E D   D N A ;   M I S M A T C H - R E P A I R ;   C E L L - D E A T H ;   C O M P U T A T I O N A L   M I C R O S C O P E ;   C O N F O R M A T I O N A L - C H A N G E S ;   T H Y M I N E L E S S   D E A T H ;   C R Y S T A L - S T R U C T U R E ;   R E G R E S S I O N   T R E E S ;   B A S E   E X C I S I O N 	 M u t S   a l p h a   i s   a   k e y   c o m p o n e n t   i n   t h e   m i s m a t c h   r e p a i r   ( M M R )   p a t h w a y .   T h i s   p r o t e i n   i s   r e s p o n s i b l e   f o r   i n i t i a t i n g   t h e   s i g n a l i n g   p a t h w a y s   f o r   D N A   r e p a i r   o r   c e l l   d e a t h .   H e r e i n   w e   i n v e s t i g a t e   t h i s   h e t e r o d i m e r ' s   p o s t - r e c o g n i t i o n ,   p o s t - b i n d i n g   r e s p o n s e   t o   t h r e e   t y p e s   o f   D N A   d a m a g e   i n v o l v i n g   c y t o t o x i c ,   a n t i - c a n c e r   a g e n t s - c a r b o p l a t i n ,   c i s p l a t i n ,   a n d   F d U .   T h r o u g h   a  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 F o r e s t   U n i v ,   D e p t   P h y s ,   S a l s b u r y   G r p ,   W i n s t o n   S a l e m ,   N C   2 7 1 0 9   U S A . 	 s a l s b u f r @ w f u . e d u 	 	 	 W a k e   F o r e s t   B a p t i s t   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r s   N C I   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   G r a n t   [ P 3 0 C A 0 1 2 1 9 7 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ R 0 1 C A 1 2 9 3 7 3 ,   T 3 2 - G M 0 9 5 4 4 0 ] ;   W a k e   F o r e s t   R e s e a r c h   F e l l o w s h i p   f r o m   W a k e   F o r e s t   U n i v e r s i t y ' s   U n d e r g r a d u a t e   R e s e a r c h   a n d   C r e a t i v e   A c t i v i t i e s   C e n t e r 	 C r y s t a l l o g r a p h y   a n d   C o m p u t a t i o n a l   B i o s c i e n c e s   S h a r e d   R e s o u r c e   s e r v i c e s   w e r e   s u p p o r t e d   b y   t h e   W a k e   F o r e s t   B a p t i s t   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r s  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 C H E M ,   V 4 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 5 4 0 0 4 0 2 1 1 ;   D A R D E N   T ,   1 9 9 3 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 9 8 ,   P 1 0 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 6 4 3 9 7 ;   d e   A m o r i m   R C ,   2 0 1 5 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 3 2 4 ,   P 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 3 9 ;   d e   A m o r i m   R C ,   2 0 1 4 ,   C L U S T E R S   O R D E R S   T R E E ,   P 1 0 3 ;   D r o r   R O ,   2 0 1 2 ,   A N N U   R E V   B I O P H Y S ,   V 4 1 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - b i o p h y s - 0 4 2 9 1 0 - 1 5 5 2 4 5 ;   D r o t s c h m a n n   K ,   2 0 0 4 ,   D N A   R E P A I R ,   V 3 ,   P 7 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d n a r e p . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 1 1 ;   E d e l b r o c k   M A ,   2 0 1 3 ,   M U T A T   R E S - F U N D   M O L   M ,   V 7 4 3 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r f m m m . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 8 ;   F i s c h e r   F ,   2 0 0 7 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 3 ,   P 1 8 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 0 3 ;   G a s s m a n   N R ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 7 9 0 7 ;   G h o s h   S ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M O L   S T R U C T   D Y N ,   V 3 1 ,   P 1 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 7 3 9 1 1 0 2 . 2 0 1 2 . 7 3 2 3 4 3 ;   G h o s h   S ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   P 4 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 0 2 9 ;   G m e i n e r   W .   H . ,   2 0 1 1 ,   J   N U C L   A C I D S ,   V 2 0 1 1 ,   P 1 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 4 0 6 1 / 2 0 1 1 / 6 3 1 3 7 2 ,   1 0 . 4 0 6 1 / 2 0 1 1 / 6 3 1 3 7 2 ] ;   G m e i n e r   W H ,   2 0 1 6 ,   F U T U R E   O N C O L ,   V 1 2 ,   P 2 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / f o n - 2 0 1 6 - 0 1 2 7 ;   G m e i n e r   W H ,   2 0 1 6 ,   F U T U R E   O N C O L ,   V 1 2 ,   P 2 0 0 9 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / f o n - 2 0 1 6 - 0 0 9 1 ;   G m e i n e r   W H ,   2 0 1 0 ,   M O L   C A N C E R   T H E R ,   V 9 ,   P 3 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 5 - 7 1 6 3 . M C T - 1 0 - 0 6 7 4 ;   G o d w i n   R C ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T A T I O N S   D R U G   D I ,   P 1 ;   G o e l l n e r   E M ,   2 0 1 4 ,   M O L   C E L L ,   V 5 5 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 3 4 ;   G R E G O R E T   L M ,   1 9 9 1 ,   P R O T E I N S ,   V 9 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 3 4 0 0 9 0 2 0 4 ;   H A R R A P   K R ,   1 9 8 5 ,   C A N C E R   T R E A T   R E V ,   V 1 2 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 5 - 7 3 7 2 ( 8 5 ) 9 0 0 1 5 - 5 ;   H a r v e y   M J ,   2 0 0 9 ,   J   C H E M   T H E O R Y   C O M P U T ,   V 5 ,   P 2 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c t 9 0 0 2 7 5 y ;   H a r v e y   M J ,   2 0 0 9 ,   J   C H E M   T H E O R Y   C O M P U T ,   V 5 ,   P 1 6 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c t 9 0 0 0 6 8 5 ;   H s i e h   P ,   2 0 0 8 ,   M E C H   A G E I N G   D E V ,   V 1 2 9 ,   P 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a d . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 1 2 ;   H u m p h r e y   W ,   1 9 9 6 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 1 4 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 2 6 3 - 7 8 5 5 ( 9 6 ) 0 0 0 1 8 - 5 ;   J a c o b s - P a l m e r   E ,   2 0 0 7 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 6 6 ,   P 1 0 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 9 2 ;   J a m i e s o n   E R ,   1 9 9 9 ,   C H E M   R E V ,   V 9 9 ,   P 2 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c r 9 8 0 4 2 1 n ;   J i a n g   Y ,   2 0 1 1 ,   E M B O   J ,   V 3 0 ,   P 2 8 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o j . 2 0 1 1 . 1 8 0 ;   J i r i c n y   J ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 7 ,   P 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 1 9 0 7 ;   K u n k e l   T A ,   2 0 0 5 ,   A N N U   R E V   B I O C H E M ,   V 7 4 ,   P 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . b i o c h e m . 7 4 . 0 8 2 8 0 3 . 1 3 3 2 4 3 ;   K u n z   C ,   2 0 0 9 ,   P L O S   B I O L ,   V 7 ,   P 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 1 0 0 0 0 9 1 ;   L a m e r s   M H ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 7 ,   P 7 1 1 ;   L a r r e a   A A ,   2 0 1 0 ,   C E L L ,   V 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 2 ;   L e e   E H ,   2 0 0 9 ,   S T R U C T U R E ,   V 1 7 ,   P 1 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t r . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 0 1 ;   L e e   M S ,   2 0 0 2 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 1 1 6 ,   P 1 0 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 4 8 0 0 1 3 ;   L i   G M ,   2 0 0 8 ,   C E L L   R E S ,   V 1 8 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c r . 2 0 0 7 . 1 1 5 ;   L i   Z D ,   2 0 1 6 ,   D N A   R E P A I R ,   V 3 8 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d n a r e p . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 1 9 ;   L i a o   Z Y ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 5 ,   P 4 8 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 1 3 0 2 ;   L i u   J Q ,   1 9 9 9 ,   A N T I S E N S E   N U C L E I C   A ,   V 9 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / o l i . 1 . 1 9 9 9 . 9 . 4 8 1 ;   L i u   J Q ,   1 9 9 9 ,   N U C L E O S   N U C L E O T ,   V 1 8 ,   P 1 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 7 3 2 8 3 1 9 9 0 8 0 4 4 8 4 3 ;   L o h   W Y ,   2 0 1 1 ,   W I R E S   D A T A   M I N   K N O W L ,   V 1 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / w i d m . 8 ;   M a c K e r e l l   A D ,   2 0 0 0 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 2 1 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 6 - 9 8 7 X ( 2 0 0 0 0 1 3 0 ) 2 1 : 2 < 1 0 5 : : A I D - J C C 3 > 3 . 0 . C O ; 2 - P ;   M a c K e r e l l   A D ,   2 0 0 1 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 5 6 ,   P 2 5 7 ;   M a c K e r e l l   A D ,   1 9 9 8 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 0 2 ,   P 3 5 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 9 7 3 0 8 4 f ;   M c G i b b o n   R T ,   2 0 1 5 ,   B I O P H Y S   J ,   V 1 0 9 ,   P 1 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p j . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 1 5 ;   M c K i n n e y   W ,   2 0 1 0 ,   P   9   P Y T H   S C I   C ,   P 5 1 ;   M e l v i n   R ,   2 0 1 5 ,   V I S U A L S T A T I S T I C S ;   M e l v i n   R ,   2 0 1 6 ,   H D B S C A N   A M O R I M   H E N N I ;   M e l v i n   R ,   2 0 1 6 ,   S C R I P T S   D A T A   M S H 2 6   D ;   M e l v i n   R L ,   2 0 1 6 ,   J   C H E M   T H E O R Y   C O M P U T ,   V 1 2 ,   P 6 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j c t c . 6 b 0 0 7 5 7 ;   M e l v i n   R L ,   2 0 1 6 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 2 0 ,   P 1 0 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p c b . 6 b 0 7 7 5 3 ;   M e l v i n   R L ,   2 0 1 6 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 6 7 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m g m . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 0 1 ;   M e r c a t a n t e   D R ,   2 0 0 2 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 7 ,   P 4 9 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 2 0 9 2 3 6 2 0 0 ;   M e y e r s   M ,   2 0 0 4 ,   E N V I R O N   M O L   M U T A G E N ,   V 4 4 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e m . 2 0 0 5 6 ;   M i c h a u d - A g r a w a l   N ,   2 0 1 1 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 3 2 ,   P 2 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 1 7 8 7 ;   N a g   N ,   2 0 0 7 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 7 4 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 6 5 ;   N e g u r e a n u   L ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M O L   S T R U C T   D Y N ,   V 3 2 ,   P 9 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 7 3 9 1 1 0 2 . 2 0 1 3 . 7 9 9 4 3 7 ;   N e g u r e a n u   L ,   2 0 1 3 ,   J   M O L   M O D E L ,   V 1 9 ,   P 4 9 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 8 9 4 - 0 1 3 - 1 9 9 8 - 2 ;   N e g u r e a n u   L ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M O L   S T R U C T   D Y N ,   V 3 0 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 7 3 9 1 1 0 2 . 2 0 1 2 . 6 8 0 0 3 4 ;   N e g u r e a n u   L ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M O L   S T R U C T   D Y N ,   V 2 9 ,   P 7 5 7 ;   P A L O M B O   F ,   1 9 9 5 ,   S C I E N C E ,   V 2 6 8 ,   P 1 9 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 7 6 0 4 2 6 5 ;   P o d g o r e l e c   V ,   2 0 1 5 ,   E N C Y   C O M P L E X I T Y   S Y S T ,   P 1 ;   Q i u   R Y ,   2 0 1 2 ,   E M B O   J ,   V 3 1 ,   P 2 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o j . 2 0 1 2 . 9 5 ;   R O S E N B E R G   B ,   1 9 6 5 ,   N A T U R E ,   V 2 0 5 ,   P 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 2 0 5 6 9 8 a 0 ;   S a l s b u r y   F R ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   P 2 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k l 2 3 8 ;   S a l s b u r y   F R ,   2 0 1 0 ,   C U R R   O P I N   P H A R M A C O L ,   V 1 0 ,   P 7 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o p h . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 1 6 ;   S c h e e f f   E D ,   1 9 9 9 ,   M O L   P H A R M A C O L ,   V 5 6 ,   P 6 3 3 ;   S e d l e t s k a   Y ,   2 0 0 7 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 6 9 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 4 8 ;   S h a r m a   A ,   2 0 1 3 ,   J   M O L   B I O L ,   V 4 2 5 ,   P 4 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 1 ;   S t e i n e r   T ,   2 0 0 2 ,   A N G E W   C H E M   I N T   E D I T ,   V 4 1 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 5 2 1 - 3 7 7 3 ( 2 0 0 2 0 1 0 4 ) 4 1 : 1 < 4 8 : : A I D - A N I E 4 8 > 3 . 0 . C O ; 2 - U ;   S t o n e   J . ,   1 9 9 8 ,   T H E S I S ;   S t r o b l   C ,   2 0 0 9 ,   P S Y C H O L   M E T H O D S ,   V 1 4 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / a 0 0 1 6 9 7 3 ;   S t u a r t   C H ,   2 0 1 4 ,   B I O C O N J U G A T E   C H E M ,   V 2 5 ,   P 4 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b c 4 0 0 5 4 2 7 ;   S u t h a h a r a n   S ,   2 0 1 6 ,   I N T E G R   S E R   I N F O R M   S Y ,   V 3 6 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 8 9 9 - 7 6 4 1 - 3 _ 1 4 ;   T a j i m a   A ,   2 0 0 4 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 2 7 ,   P 1 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 4 . 1 0 . 0 0 1 ;   T A K A H A R A   P M ,   1 9 9 5 ,   N A T U R E ,   V 3 7 7 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 7 7 6 4 9 a 0 ;   T e u b e n   J M ,   1 9 9 9 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 3 8 ,   P 1 2 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 9 9 0 4 7 5 7 ;   T h o m p s o n   W G ,   2 0 1 5 ,   T H E S I S ;   v a n   R o s s u m   G . ,   1 9 9 5 ,   P Y T H O N   R E F E R E N C E   M A N ;   V a s i l y e v a   A ,   2 0 0 9 ,   D N A   R E P A I R ,   V 8 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d n a r e p . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 8 ;   W a n g   D ,   2 0 0 5 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 4 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 1 6 9 1 ;   W a n g   R X ,   2 0 0 5 ,   J   M E D   C H E M ,   V 4 8 ,   P 4 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 4 8 9 5 7 q ;   W a r r e n   J J ,   2 0 0 7 ,   M O L   C E L L ,   V 2 6 ,   P 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 1 8 ;   W h e a t e   N J ,   2 0 1 0 ,   D A L T O N   T ,   V 3 9 ,   P 8 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 0 d t 0 0 2 9 2 e ;   W o o d   D O ,   2 0 0 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 0 ,   P 2 2 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 3 0 . 1 0 . 2 2 4 4 ;   X i a o   J ,   2 0 1 6 ,   M A T L A B   S C R I P T   P E R F O R ;   Y o r k   S J ,   2 0 0 6 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 1 ,   P 2 2 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 6 0 3 6 6 7 2 0 0 ;   Z h a n g   H ,   1 9 9 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 9 ,   P 3 0 2 1 	 8 7 	 0 	 0 	 3 	 3 	 F R O N T I E R S   R E S E A R C H   F O U N D A T I O N 	 L A U S A N N E 	 E P F L   S C I E N C E   P A R K ,   B L D G   D ,   L A U S A N N E ,   1 0 1 5 ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 2 9 6 - 4 2 4 X 	 	 	 F R O N T   P H Y S 	 F r o n t .   P h y s i c s 	 M A R   3 0 	 2 0 1 7 	 5 	 	 	 	 	 	 	 	 1 0 	 1 0 . 3 3 8 9 / f p h y . 2 0 1 7 . 0 0 0 1 0 	 	 1 6 	 P h y s i c s ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y 	 P h y s i c s 	 E Q 1 H T 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 8 2 1 4 0 0 0 0 1 	 	 
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 [ K r u m h o l z ,   H a r l a n   M . ]   Y a l e   S c h   M e d ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   S e c t   C a r d i o v a s c   M e d ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 1 0   U S A ;   [ K r u m h o l z ,   H a r l a n   M . ]   Y a l e   S c h   M e d ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   R o b e r t   W o o d   J o h n s o n   F d n ,   C l i n   S c h o l a r s   P r o g r a m ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 1 0   U S A ;   [ K r u m h o l z ,   H a r l a n   M . ]   Y a l e   S c h   P u b l   H l t h ,   D e p t   H l t h   P o l i c y   &   M a n a g e m e n t ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 1 0   U S A 	 K r u m h o l z ,   H M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y a l e   N e w   H a v e n   M e d   C t r ,   C t r   O u t c o m e s   R e s   &   E v a l u a t ,   2 0   Y o r k   S t ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 0 4   U S A . ;   K r u m h o l z ,   H M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y a l e   S c h   M e d ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   S e c t   C a r d i o v a s c   M e d ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 1 0   U S A . ;   K r u m h o l z ,   H M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y a l e   S c h   M e d ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   R o b e r t   W o o d   J o h n s o n   F d n ,   C l i n   S c h o l a r s   P r o g r a m ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 1 0   U S A . ;   K r u m h o l z ,   H M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y a l e   S c h   P u b l   H l t h ,   D e p t   H l t h   P o l i c y   &   M a n a g e m e n t ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 1 0   U S A . 	 h a r l a n . k r u m h o l z @ y a l e . e d u 	 	 	 A l b e r t   E i n s t e i n   [ C o l l e g e   o f   M e d i c i n e ]   S u m m e r   R e s e a r c h   F e l l o w s h i p ;   C e n t e r   f o r   C a r d i o v a s c u l a r   O u t c o m e s   R e s e a r c h   a t   Y a l e   U n i v e r s i t y   [ U 0 1   H L 1 0 5 2 7 0 ] ;   N H L B I   i n   B e t h e s d a ,   M a r y l a n d ;   E m e r g e n c y   M e d i c i n e   F o u n d a t i o n   H e a l t h   P o l i c y   S c h o l a r   A w a r d 	 J u l i a n   H a i m o v i c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   A l b e r t   E i n s t e i n   [ C o l l e g e   o f   M e d i c i n e ]   S u m m e r   R e s e a r c h   F e l l o w s h i p   d u r i n g   t h e   t i m e   t h e   w o r k   w a s   c o n d u c t e d .   D r .   K r u m h o l z   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t   U 0 1   H L 1 0 5 2 7 0   ( C e n t e r   f o r   C a r d i o v a s c u l a r   O u t c o m e s   R e s e a r c h   a t   Y a l e   U n i v e r s i t y )   f r o m   t h e   N H L B I   i n   B e t h e s d a ,   M a r y l a n d ,   d u r i n g   t h e   t i m e   t h e   w o r k   w a s   c o n d u c t e d .   D r .   V e n k a t e s h   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   E m e r g e n c y   M e d i c i n e   F o u n d a t i o n   H e a l t h   P o l i c y   S c h o l a r   A w a r d   d u r i n g   t h e   t i m e   t h e   w o r k   w a s   c o n d u c t e d .   A l l   o t h e r   a u t h o r s   r e p o r t   n o   e x t e r n a l   f u n d i n g   f o r   t h i s   w o r k .   T h e   f u n d e r s   h a d   n o   r o l e   i n   s t u d y   d e s i g n ,   d a t a   c o l l e c t i o n   a n d   a n a l y s i s ,   d e c i s i o n   t o   p u b l i s h ,   o r   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p t . 	 A l - A b d a l l a t   M ,   2 0 1 6 ,   I N F L U E N Z A   O T H E R   R E S P ,   V 1 0 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / i r v . 1 2 3 5 4 ;   A l m a g r o   P ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C H R O N I C   O B S T R ,   V 1 0 ,   P 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / C O P D . S 7 5 7 1 0 ;   A m r   M ,   2 0 1 2 ,   J   A F F E C T   D I S O R D E R S ,   V 1 3 7 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a d . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 3 9 ;   A r o n o w   W   S ,   2 0 0 0 ,   J   A m   M e d   D i r   A s s o c ,   V 1 ,   P 2 5 8 ;   B i g i   A ,   2 0 1 0 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 4 ,   P 2 0 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 2 8 ;   B o u l a y   F ,   1 9 9 9 ,   C I R C U L A T I O N ,   V 1 0 0 ,   P 2 8 0 ;   B r o w n   H K ,   2 0 0 9 ,   T H R O M B   H A E M O S T A S I S ,   V 1 0 2 ,   P 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 0 / T H 0 9 - 0 4 - 0 2 1 4 ;   C h o i   J H ,   2 0 0 7 ,   J   E P I D E M I O L   C O M M U N   H ,   V 6 1 ,   P 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j e c h . 2 0 0 6 . 0 4 9 0 2 5 ;   C l e v e l a n d   R C ,   1 9 9 0 ,   J   O F F   S T A T ,   V 6 ,   P 3 ;   E l i x h a u s e r   A ,   2 0 1 4 ,   C L I N   C L A S S I F I C A T I O N S ;   F r o s t   L ,   2 0 0 2 ,   E P I D E M I O L O G Y ,   V 1 3 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 1 6 4 8 - 2 0 0 2 0 3 0 0 0 - 0 0 0 1 7 ;   G a l l e r a n i   M ,   2 0 0 7 ,   C H R O N O B I O L   I N T ,   V 2 4 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 7 4 2 0 5 2 0 6 0 1 1 3 9 7 5 5 ;   G a l l e r a n i   M ,   2 0 1 1 ,   C L I N   C A R D I O L ,   V 3 4 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c l c . 2 0 8 9 5 ;   G e o f f r o y   P A ,   2 0 1 4 ,   J   A F F E C T   D I S O R D E R S ,   V 1 6 8 ,   P 2 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a d . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 2 ;   H e n n i g   C ,   2 0 0 4 ,   J   C O M P U T   G R A P H   S T A T ,   V 1 3 ,   P 9 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 1 0 6 1 8 6 0 0 4 X 1 2 7 4 0 ;   K e s s l e r   R C ,   1 9 9 7 ,   A R C H   G E N   P S Y C H I A T ,   V 5 4 ,   P 3 1 3 ;   L i e b e r m a n   D ,   1 9 9 9 ,   J   I N F E C T I O N ,   V 3 9 ,   P 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 3 - 4 4 5 3 ( 9 9 ) 9 0 0 0 5 - 1 ;   M A C L E A N   M H ,   1 9 8 4 ,   J   E P I D E M I O L   C O M M U N   H ,   V 3 8 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j e c h . 3 8 . 2 . 9 9 ;   M C L E L L A N   B A ,   1 9 9 0 ,   J   T R A U M A ,   V 3 0 ,   P 4 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 5 3 7 3 - 1 9 9 0 3 0 0 4 0 - 0 0 0 0 8 ;   M e l a m e d   R D ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 5 - S 6 - S 3 ;   M o h a m e d   A S ,   2 0 1 4 ,   P R E V   V E T   M E D ,   V 1 1 3 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r e v e t m e d . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 6 ;   P e r e n c e v i c h   E N ,   2 0 0 8 ,   I N F E C T   C O N T   H O S P   E P ,   V 2 9 ,   P 1 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 5 9 2 6 9 8 ;   R O U S S E E U W   P J ,   1 9 8 7 ,   J   C O M P U T   A P P L   M A T H ,   V 2 0 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 7 7 - 0 4 2 7 ( 8 7 ) 9 0 1 2 5 - 7 ;   H C U P   S t a t e   E m e r g e n c y   D e p a r t m e n t   D a t a b a s e s   ( S E D D ) ,   2 0 0 8 ,   H E A L T H C   C O S T   U T   P R O J ;   H C U P   S t a t e   I n p a t i e n t   D a t a b a s e s   ( S I D ) ,   2 0 0 8 ,   H E A L T H C   C O S T   U T   P R O J ;   T e a m   R ,   2 0 1 5 ,   R S T U D I O   I N T   D E V   R ;   V e r b e s s e l t   J ,   2 0 1 0 ,   R E M O T E   S E N S   E N V I R O N ,   V 1 1 4 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r s e . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 1 4 ;   W a n g   Y ,   2 0 0 3 ,   S T R O K E ,   V 3 4 ,   P 1 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / 0 1 . S T R . 0 0 0 0 0 6 7 7 0 3 . 7 1 2 5 1 . B 6 ;   Y a n g   R ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   p i 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 1 8 9 	 2 9 	 0 	 0 	 0 	 0 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 M A R   2 9 	 2 0 1 7 	 1 2 	 3 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 7 2 0 4 9 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 7 2 0 4 9 	 	 1 5 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E R 9 V G 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 1 7 4 6 0 0 0 0 2 	 	 
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 T a i w a n ;   [ W a n g ,   H s e i - W e i ]   T a i p e i   C i t y   H o s p ,   D e p t   E d u c   &   R e s ,   T a i p e i ,   T a i w a n ;   [ Y a n g ,   M u h - H w a ]   N a t l   Y a n g   M i n g   U n i v ,   I m m u n   &   I n f l a m m a t   R e s   C t r ,   T a i p e i ,   T a i w a n ;   [ Y a n g ,   M u h - H w a ]   A c a d   S i n i c a ,   G e n o m   R e s   C t r ,   T a i p e i ,   T a i w a n ;   [ L i ,   M i n g - C h u n ]   T a i p e i   C i t y   H o s p ,   Y a n g   M i n g   B r a n c h ,   D i v   P e d i a t ,   T a i p e i ,   T a i w a n ;   [ H u a n g ,   J a s o n   C . ]   N a t l   Y a n g   M i n g   U n i v ,   A I D S   P r e v e n t   &   R e s   C t r ,   T a i p e i ,   T a i w a n 	 H u a n g ,   J C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   Y a n g   M i n g   U n i v ,   D e p t   B i o t e c h n o l   &   L a b   S c i   M e d ,   T a i p e i ,   T a i w a n . ;   H u a n g ,   J C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   Y a n g   M i n g   U n i v ,   A I D S   P r e v e n t   &   R e s   C t r ,   T a i p e i ,   T a i w a n . 	 j c h u a n g 2 @ y m . e d u . t w 	 	 	 M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   [ M O S T   1 0 1 - 2 3 2 0 - B - 0 1 0 - 0 5 5 - M Y 3 ,   1 0 1 - 2 3 2 1 - B - 0 1 0 - 0 2 8 - M Y 2 ] ;   T a i w a n   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ' s   " A i m i n g   f o r   t h e   T o p   U n i v e r s i t y   P l a n " 	 T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   e x p r e s s   t h e i r   t h a n k s   t o   t h e   s t a f f   a t   t h e   S e q u e n c i n g   C o r e   L a b o r a t o r y   o f   t h e   V G H   N a t i o n a l   Y a n g - M i n g   U n i v e r s i t y   G e n o m e   R e s e a r c h   C e n t e r   ( Y M G C )   f o r   t e c h n i c a l   s u p p o r t .   F o r   e x p e r i m e n t a l   m a t e r i a l s   w e   a r e   g r a t e f u l   f o r   t h e   g e n e r o s i t y   o f   P r o f .   C h i - H u n g   L i n   a n d   D r .   C h i h - Y u n g   Y a n g   ( I n s t i t u t i o n   o f   M i c r o b i o l o g y   a n d   I m m u n o l o g y )   a n d   P r o f .   J e n g - F a n   L o   ( I n s t i t u t e   o f   O r a l   B i o l o g y )   a t   N a t i o n a l   Y a n g - M i n g   U n i v e r s i t y .   T h a n k s   a r e   a l s o   e x t e n d e d   t o   D r .   J u - Y u   T s e n g   f o r   t e c h n i c a l   a s s i s t a n c e ,   a n d   t o   a s s i s t a n t   r e s e a r c h e r s   Y a n - R u   L e e   a n d   J a i n - P i n g   L i n   f o r   c l i n i c a l   s a m p l e   p r e p a r a t i o n .   T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   g r a n t s   f r o m   t h e   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   ( M O S T   1 0 1 - 2 3 2 0 - B - 0 1 0 - 0 5 5 - M Y 3 ,   1 0 1 - 2 3 2 1 - B - 0 1 0 - 0 2 8 - M Y 2 ) ,   a n d   t h e   T a i w a n   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ' s   " A i m i n g   f o r   t h e   T o p   U n i v e r s i t y   P l a n "   t o   J . C . H .   a n d   t h e   P r o f e s s o r   T s u e i - C h u   M o n g   M e r i t   S c h o l a r s h i p   t o   H - Y C . 	 A n t c z a k   C ,   2 0 0 1 ,   J   B I O L   R E G   H O M E O S   A G ,   V 1 5 ,   P 1 3 0 ;   B a i   D ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 5 ,   P 2 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 7 4 8 ;   B r u i c k   R K ,   2 0 0 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 4 ,   P 1 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 6 6 3 7 3 ;   C h e n   L ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 1 7 9 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 1 0 1 2 3 1 0 9 ;   C h u a   H L ,   2 0 0 7 ,   O N C O G E N E ,   V 2 6 ,   P 7 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 9 8 0 8 ;   C r i s w e l l   T L ,   2 0 0 7 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 2 ,   P 3 2 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 7 0 4 4 3 4 2 0 0 ;   E d g e   S B ,   2 0 1 0 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 7 ,   P 1 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 0 - 0 9 8 5 - 4 ;   G L E N N E R   G G ,   1 9 6 2 ,   N A T U R E ,   V 1 9 4 ,   P 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 1 9 4 8 6 7 a 0 ;   G o m e z   I ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 8 0 2 3 ;   G o t o   Y ,   2 0 0 7 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 2 ,   P 3 7 0 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 7 0 7 2 5 1 2 0 0 ;   H a s h i d a   H ,   2 0 0 2 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 2 2 ,   P 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / g a s t . 2 0 0 2 . 3 1 0 9 5 ;   H u a n g   E H ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 9 ,   P 3 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 8 - 4 4 1 8 ;   I i n u m a   H ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 9 ,   P 1 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 0 . 3 0 . 5 1 5 1 ;   I n o   K ,   2 0 0 0 ,   P L A C E N T A ,   V 2 1 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / p l a c . 1 9 9 9 . 0 4 5 6 ;   J a v l e   M M ,   2 0 0 7 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 4 ,   P 3 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 0 7 - 9 5 4 0 - 3 ;   J e m a l   A ,   2 0 1 1 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 1 ,   P 2 0 1 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / C A A C . 2 0 1 0 7 ;   J e m a l   A ,   2 0 0 7 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 7 ,   P 4 3 ;   J o r i s s e n   R N ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 7 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 9 - 1 4 3 1 ;   K h a n   M A ,   2 0 1 3 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 4 ,   P 2 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 3 - 1 0 0 2 - x ;   K i m   Y H ,   2 0 1 4 ,   O N C O L   R E P ,   V 3 1 ,   P 1 3 8 0 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 4 . 2 9 7 0 ;   K u b o t a   R ,   2 0 1 0 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 0 2 ,   P 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 4 3 ;   K u w a i   T ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 5 ,   P 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 1 0 6 8 ;   L i   C W ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 1 2 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 3 1 2 3 ;   L I   L ,   1 9 9 3 ,   T I S S U E   A N T I G E N S ,   V 4 2 ,   P 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 9 9 - 0 0 3 9 . 1 9 9 3 . t b 0 2 1 9 3 . x ;   L i n   Q ,   1 9 9 8 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 6 0 ,   P 4 6 8 1 ;   L i u   Z h i - Q i a n g ,   2 0 1 4 ,   N   A m   J   M e d   S c i ,   V 6 ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 1 9 4 7 - 2 7 1 4 . 1 2 8 4 8 2 ;   M a n i   S A ,   2 0 0 8 ,   C E L L ,   V 1 3 3 ,   P 7 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 2 7 ;   M a r c h i o   S ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 5 ,   P 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 4 ) 0 0 0 2 5 - X ;   M e n t z e l   S ,   1 9 9 6 ,   N E P H R O L   D I A L   T R A N S P L ,   V 1 1 ,   P 2 1 6 3 ;   M i g a u d   M ,   1 9 9 6 ,   P E P T I D E S ,   V 1 7 ,   P 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 9 6 - 9 7 8 1 ( 9 6 ) 0 0 0 3 6 - 8 ;   N A N U S   D M ,   1 9 9 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 0 ,   P 7 0 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 0 . 1 5 . 7 0 6 9 ;   P a s q u a l i n i   R ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 0 ,   P 7 2 2 ;   P u i s i e u x   A ,   2 0 1 4 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 6 ,   P 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 2 9 7 6 ;   R e a u x   A ,   2 0 0 0 ,   B I O C H E M   S O C   T ,   V 2 8 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / 0 3 0 0 - 5 1 2 7 : 0 2 8 0 4 3 5 ;   R i d l e y   A J ,   2 0 0 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 2 ,   P 1 7 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 9 2 0 5 3 ;   R o z e n f e l d   R ,   2 0 0 3 ,   P   W   P H A R M A C O L   S O C ,   V 4 6 ,   P 3 9 ;   R u p p e n t h a l   R D ,   2 0 1 1 ,   P A T H O L   O N C O L   R E S ,   V 1 7 ,   P 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 5 3 - 0 1 1 - 9 3 9 5 - 6 ;   S a b b a h   M ,   2 0 0 8 ,   D R U G   R E S I S T   U P D A T E ,   V 1 1 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u p . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 0 1 ;   S a l c e d a   S ,   1 9 9 7 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 2 ,   P 2 2 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . 2 7 2 . 3 6 . 2 2 6 4 2 ;   S c o t t   A M ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 2 ,   P 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 2 3 6 ;   S i n g h   A ,   2 0 1 0 ,   O N C O G E N E ,   V 2 9 ,   P 4 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 0 . 2 1 5 ;   S o s i c   D ,   2 0 0 3 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 2 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 2 . 2 . 3 3 8 ;   S u g a n u m a   T ,   2 0 0 4 ,   L A B   I N V E S T ,   V 8 4 ,   P 6 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / l a b i n v e s t . 3 7 0 0 0 7 2 ;   T e r a n i s h i   J ,   2 0 0 8 ,   P R O S T A T E ,   V 6 8 ,   P 1 6 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o s . 2 0 8 3 5 ;   T h e o d o r o p o u l o s   P A ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 2 8 8 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 2 7 ;   U r o s e v i c   J ,   2 0 1 4 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 6 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 2 9 7 7 ;   V a l d e s - M o r a   F ,   2 0 0 9 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 6 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 0 8 - 0 1 6 6 - x ;   V e r m e u l e n   L ,   2 0 0 8 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 1 5 ,   P 9 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 0 8 . 2 0 ;   Y a n   W ,   2 0 0 9 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 3 8 2 ,   P 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 8 8 ;   Y a n g   M H ,   2 0 0 8 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 7 ,   P 2 0 9 0 ;   Y a n g   Y ,   2 0 1 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 8 ,   P 2 5 6 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 1 3 . 4 9 4 9 5 5 ;   Z i n i   S ,   1 9 9 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 3 ,   P 1 1 9 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 3 . 2 1 . 1 1 9 6 8 	 5 2 	 0 	 0 	 2 	 2 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 O R C H A R D   P A R K 	 6 6 6 6   E   Q U A K E R   S T ,   S T E   1 ,   O R C H A R D   P A R K ,   N Y   1 4 1 2 7   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 M A R   2 8 	 2 0 1 7 	 8 	 1 3 	 	 	 	 	 2 1 2 6 6 	 2 1 2 8 0 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 5 0 7 2 	 	 1 5 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E P 8 R L 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 6 4 2 4 0 0 0 6 3 	 2 8 1 7 7 8 8 5 	 
 
 J 	 M e k s i a r u n ,   P ;   I s h i g a k i ,   M ;   H u c k - P e z z e i ,   V A C ;   H u c k ,   C W ;   W o n g r a v e e ,   K ;   S a t o ,   H ;   O z a k i ,   Y 	 	 	 	 M e k s i a r u n ,   P h i r a n u p h o n ;   I s h i g a k i ,   M i k a ;   H u c k - P e z z e i ,   V e r e n a   A .   C . ;   H u c k ,   C h r i s t i a n   W . ;   W o n g r a v e e ,   K a n e t ;   S a t o ,   H i d e t o s h i ;   O z a k i ,   Y u k i h i r o 	 	 	 C o m p a r i s o n   o f   m u l t i v a r i a t e   a n a l y s i s   m e t h o d s   f o r   e x t r a c t i n g   t h e   p a r a f f i n   c o m p o n e n t   f r o m   t h e   p a r a f f i n - e m b e d d e d   c a n c e r   t i s s u e   s p e c t r a   f o r   R a m a n   i m a g i n g 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 S K I N   B I O P S I E S ;   M I C R O - S P E C T R O S C O P Y ;   O R A L - C A N C E R ;   D I S C R I M I N A T I O N ;   M E L A N O M A 	 T h i s   s t u d y   a i m e d   t o   e x t r a c t   t h e   p a r a f f i n   c o m p o n e n t   f r o m   p a r a f f i n - e m b e d d e d   o r a l   c a n c e r   t i s s u e   s p e c t r a   u s i n g   t h r e e   m u l t i v a r i a t e   a n a l y s i s   ( M V A )   m e t h o d s ;   I n d e p e n d e n t   C o m p o n e n t   A n a l y s i s   ( I C A ) ,   P a r t i a l   L e a s t   S q u a r e s   ( P L S )   a n d   I n d e p e n d e n t   C o m p o n e n t - P a r t i a l   L e a s t   S q u a r e   ( I C - P L S ) .   T h e   e s t i m a t e d   p a r a f f i n   c o m p o n e n t s   w e r e   u s e d   f o r   r e m o v i n g   t h e   c o n t r i b u t i o n   o f   p a r a f f i n   f r o m   t h e   t i s s u e   s p e c t r a .   T h e s e   t h r e e   m e t h o d s   w e r e   c o m p a r e d   i n   t e r m s   o f   t h e   e f f i c i e n c y   o f   p a r a f f i n   r e m o v a l   a n d   t h e   a b i l i t y   t o   r e t a i n   t h e   t i s s u e   i n f o r m a t i o n .   I t   w a s   f o u n d   t h a t   I C A ,   P L S   a n d   I C - P L S   c o u l d   r e m o v e   t h e   p a r a f f i n   c o m p o n e n t   f r o m   t h e   s p e c t r a   a t   a l m o s t   t h e   s a m e   l e v e l   w h i l e   P r i n c i p a l   C o m p o n e n t   A n a l y s i s   ( P C A )   w a s   i n c a p a b l e .   I n   t e r m s   o f   r e t a i n i n g   c a n c e r   t i s s u e   s p e c t r a l   i n t e g r i t y ,   e f f e c t s   o f   P L S   a n d   I C - P L S   o n   t h e   n o n - p a r a f f i n   r e g i o n   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   l e s s   t h a n   t h a t   o f   I C A   w h e r e   c a n c e r   t i s s u e   s p e c t r a l   a r e a s   w e r e   d e t e r i o r a t e d .   T h e   p a r a f f i n - r e m o v e d   s p e c t r a   w e r e   u s e d   f o r   c o n s t r u c t i n g   R a m a n   i m a g e s   o f   o r a l   c a n c e r   t i s s u e   a n d   c o m p a r e d   w i t h   H e m a t o x y l i n   a n d   E o s i n   ( H & E )   s t a i n e d   t i s s u e s   f o r   v e r i f i c a t i o n .   T h i s   s t u d y   h a s   d e m o n s t r a t e d   t h e   c a p a b i l i t y   o f   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   t o g e t h e r   w i t h   m u l t i v a r i a t e   a n a l y s i s   m e t h o d s   a s   a   d i a g n o s t i c   t o o l   f o r   t h e   p a r a f f i n - e m b e d d e d   t i s s u e   s e c t i o n . 	 [ M e k s i a r u n ,   P h i r a n u p h o n ;   I s h i g a k i ,   M i k a ;   S a t o ,   H i d e t o s h i ;   O z a k i ,   Y u k i h i r o ]   K w a n s e i   G a k u i n   U n i v ,   S c h   S c i   &   T e c h n o l ,   2 - 1   G a k u e n ,   S a n d a ,   H y o g o   6 6 9 1 3 3 7 ,   J a p a n ;   [ H u c k - P e z z e i ,   V e r e n a   A .   C . ;   H u c k ,   C h r i s t i a n   W . ]   L e o p o l d   F r a n z e n s   U n i v ,   C C B ,   I n s t   A n a l y t   C h e m   &   R a d i o c h e m ,   I n n r a i n   8 0 - 8 2 ,   A - 6 0 2 0   I n n s b r u c k ,   A u s t r i a ;   [ W o n g r a v e e ,   K a n e t ]   C h u l a l o n g k o r n   U n i v ,   F a c   S c i ,   D e p t   C h e m ,   S e n s o r   R e s   U n i t ,   2 5 4   P a t h u m w a n ,   B a n g k o k   1 0 3 3 0 ,   T h a i l a n d 	 O z a k i ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K w a n s e i   G a k u i n   U n i v ,   S c h   S c i   &   T e c h n o l ,   2 - 1   G a k u e n ,   S a n d a ,   H y o g o   6 6 9 1 3 3 7 ,   J a p a n . ;   H u c k ,   C W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   L e o p o l d   F r a n z e n s   U n i v ,   C C B ,   I n s t   A n a l y t   C h e m   &   R a d i o c h e m ,   I n n r a i n   8 0 - 8 2 ,   A - 6 0 2 0   I n n s b r u c k ,   A u s t r i a . 	 C h r i s t i a n . W . H u c k @ u i b k . a c . a t ;   o z a k i @ k w a n s e i . a c . j p 	 	 	 T y r o l e a n   g o v e r n m e n t   ( A u s t r i a )   [ 2 7 3 - 0 1 - 0 0 0 1 5 / 0 1 - 0 0 1 3 ] 	 T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   t h e   T y r o l e a n   g o v e r n m e n t   ( A u s t r i a )   f o r   p r o j e c t   f u n d i n g   " O r a l k a r z i n o m "   ( 2 7 3 - 0 1 - 0 0 0 1 5 / 0 1 - 0 0 1 3 )   b y   t h e   T r a n s l a t i o n a l   R e s e a r c h   i n i t i a t i v e . 	 B a r r o s o   E M ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 2 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 4 3 6 2 y ;   B u t l e r   H J ,   2 0 1 6 ,   N A T   P R O T O C ,   V 1 1 ,   P 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 6 . 0 3 6 ;   C a r v a l h o   L F C S ,   2 0 1 5 ,   E X P   M O L   P A T H O L ,   V 9 8 ,   P 5 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x m p . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 2 7 ;   C h e n   P H ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 0 0 9 7 ;   D o n g   Y ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 2 6 6 8 ;   G o p i n a t h a n   P A ,   2 0 1 5 ,   S C I E N T I F I C A ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 8 0 2 9 8 0 ;   G r a n t   J . ,   2 0 1 4 ,   A D V   H Y P E R S P E C T R A L   I M ;   H y v a r i n e n   A ,   2 0 0 0 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 1 3 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 0 0 ) 0 0 0 2 6 - 5 ;   J u s s i l a   T ,   2 0 0 4 ,   E U R   J   O B S T E T   G Y N   R   B ,   V 1 1 5 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 1 - 2 1 1 5 ( 0 2 ) 0 0 4 0 6 - 2 ;   L a i t a k a r i   J ,   2 0 0 1 ,   T O X I C O L   P A T H O L ,   V 2 9 ,   P 5 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 9 2 6 2 3 0 1 3 1 7 2 2 6 3 1 1 ;   M i a n   S A ,   2 0 1 4 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 9 ,   P 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 8 . 2 0 1 4 . 8 8 2 3 4 8 ;   M o v a s a g h i   Z ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 2 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 0 7 0 1 5 5 1 5 3 0 ;   N a g h a v i   M ,   2 0 1 5 ,   L A N C E T ,   V 3 8 5 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 4 ) 6 1 6 8 2 - 2 ;   N g u y e n   T . T . ,   2 0 1 2 ,   J   S P E C T R O S C ,   V 2 7 ,   P 4 2 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 6 8 6 1 8 3 ;   P A L L U A   J D ,   2 0 1 2 ,   T H E   A N A L Y S T ,   V 1 3 7 ,   P 3 9 6 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / C 2 A N 3 5 4 8 3 G ;   P a n g   W Y ,   2 0 1 2 ,   I N V E S T   O P H T H   V I S   S C I ,   V 5 3 ,   P 1 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 7 / i o v s . 1 1 - 9 2 6 2 ;   P A T E L   I I ,   2 0 1 0 ,   T H E   A N A L Y S T ,   V 1 3 5 ,   P 3 0 6 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / C 0 A N 0 0 5 1 8 E ;   S h l e n s   J o n a t h o n ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 4 1 1 0 0 ;   S t e w a r t   B . W . ,   2 0 1 4 ,   W O R L D   C A N C   R E P O R T   2 0 ;   S u   L ,   2 0 1 2 ,   L A S E R   P H Y S ,   V 2 2 ,   P 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 4 / S 1 0 5 4 6 6 0 X 1 2 0 1 0 1 8 5 ;   T f a y l i   A ,   2 0 0 5 ,   B B A - G E N   S U B J E C T S ,   V 1 7 2 4 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a g e n . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 2 0 ;   T f a y l i   A ,   2 0 0 9 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 3 ,   P 5 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 9 7 8 8 3 4 7 0 4 8 ;   T o r r e   L A ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 6 2 ;   V r a b i e   V ,   2 0 0 7 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 2 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 0 7 . 0 3 . 0 0 1 ;   W e s t a d   F ,   2 0 0 5 ,   J   C H E M O M E T R ,   V 1 9 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c e m - 9 2 0 	 2 5 	 0 	 0 	 5 	 5 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 M A R   2 2 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 4 8 9 0 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 4 8 9 0 	 	 1 0 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E O 9 P Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 0 2 1 8 0 0 0 0 1 	 2 8 3 2 7 6 4 8 	 
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 u p r e g u l a t i o n   o f   g e n e s   l i n k e d   t o   i n t e r f e r o n   s i g n a l i n g .   T h e   o b s e r v e d   I F N . - m e d i a t e d   r e s t o r a t i o n   o f   t h e   i n d u c i b i l i t y   o f   I L - 1 2   i n   t h e   p r e s e n c e   o f   a s c i t e s   p r o v i d e s   a   p o s s i b l e   e x p l a n a t i o n   f o r   t h e   a s s o c i a t i o n   o f   a n   i n t e r f e r o n   s i g n a l i n g - a s s o c i a t e d   s i g n a t u r e   w i t h   a   f a v o r a b l e   c l i n i c a l   o u t c o m e . 	 [ A d h i k a r y ,   T i l l ;   W o r t m a n n ,   A n n i k a ;   F i n k e r n a g e l ,   F l o r i a n ;   L i e b e r ,   S o n j a ;   M u e l l e r - B r u e s s e l b a c h ,   S a b i n e ;   M u e l l e r ,   R o l f ]   P h i l i p p s   U n i v ,   C t r   T u m o r   B i o l   &   I m m u n o l   Z T I ,   I n s t   M o l   B i o l   &   T u m o r   R e s   I M T ,   M a r b u r g ,   G e r m a n y ;   [ N i s t ,   A n d r e a ;   S t i e w e ,   T h o r s t e n ]   P h i l i p p s   U n i v ,   C t r   T u m o r   B i o l   &   I m m u n o l   Z T I ,   G e n o m   C o r e   F a c i l ,   M a r b u r g ,   G e r m a n y ;   [ W a g n e r ,   U w e ;   R e i n a r t z ,   S i l k e ]   P h i l i p p s   U n i v ,   C t r   T u m o r   B i o l   &   I m m u n o l   Z T I ,   C l i n   G y n e c o l   G y n e c o l   O n c o l   &   G y n e c o l   E n d o c r i n o l   I ,   M a r b u r g ,   G e r m a n y 	 M u l l e r ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   P h i l i p p s   U n i v ,   C t r   T u m o r   B i o l   &   I m m u n o l   Z T I ,   I n s t   M o l   B i o l   &   T u m o r   R e s   I M T ,   M a r b u r g ,   G e r m a n y . 	 r m u e l l e r @ i m t . u n i - m a r b u r g . d e 	 	 	 D e u t s c h e   F o r s c h u n g s g e m e i n s c h a f t   [ R E   1 5 9 0 / 1 - 1 ,   M U   6 0 1 / 1 7 - 1 ] ;   W i l h e l m - S a n d e r - S t i f t u n g ;   U K G M   M a r b u r g 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   r e s e a r c h   g r a n t s   f r o m   t h e   D e u t s c h e   F o r s c h u n g s g e m e i n s c h a f t   t o   S R   ( R E   1 5 9 0 / 1 - 1   a n d   R M   ( M U   6 0 1 / 1 7 - 1 ) ,   b y   t h e   W i l h e l m - S a n d e r - S t i f t u n g   t o   S R   a n d   U W   a n d   b y   U K G M   M a r b u r g   t o   T A   a n d   U W . 	 A d h i k a r y   T ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   P 5 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 3 3 1 ;   A l b e r t s   D S ,   2 0 0 6 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 1 0 0 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 0 5 . 0 7 . 1 1 7 ;   A L L A V E N A   P ,   1 9 9 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 0 ,   P 7 3 1 8 ;   A r c k   P ,   2 0 1 4 ,   M O L   C E L L   E N D O C R I N O L ,   V 3 8 2 ,   P 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m c e . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 2 2 ;   B o w t e l l   D D ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 6 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 4 0 1 9 ;   C a l l a h a n   M J ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 7 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 0 4 7 9 ;   C a m p b e l l   M J ,   2 0 1 1 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 8 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 0 - 1 1 5 4 - y ;   C h a r l e s   K A ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 1 9 ,   P 3 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 3 9 0 6 5 ;   C o h e n   C A ,   2 0 1 6 ,   J   I N T E R F   C Y T O K   R E S ,   V 3 6 ,   P 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / j i r . 2 0 1 5 . 0 0 4 9 ;   C u r i e l   T J ,   2 0 0 4 ,   N A T   M E D ,   V 1 0 ,   P 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 1 0 9 3 ;   D u l u c   D ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 5 ,   P 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 4 0 1 ;   E n g   K H ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 1 5 8 6 ;   F i n k e r n a g e l   F ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 7 5 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 2 1 8 0 ;   F r a n k l i n   R A ,   2 0 1 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 4 ,   P 9 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 5 2 5 1 0 ;   G a b r i l o v i c h   D I ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   I M M U N O L ,   V 1 2 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r i 3 1 7 5 ;   G e n t l e s   A J ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E D ,   V 2 1 ,   P 9 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 9 0 9 ;   G y o r f f y   B ,   2 0 1 2 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 1 9 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E R C - 1 1 - 0 3 2 9 ;   I s o b e   A ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 8 0 8 0 ;   J a n g   M ,   2 0 1 5 ,   O N C O I M M U N O L O G Y ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 2 1 6 2 4 0 2 X . 2 0 1 5 . 1 0 3 0 5 6 1 ;   K o n e c n y   G E ,   2 0 1 4 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 6 ,   P 1 0 6 ;   K o n e r u   M ,   2 0 1 5 ,   O N C O I M M U N O L O G Y ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / 2 1 6 2 4 0 2 X . 2 0 1 4 . 9 9 4 4 4 6 ;   K u s u d a   T ,   2 0 0 5 ,   O N C O L   R E P ,   V 1 3 ,   P 1 1 5 3 ;   L a n   C Y ,   2 0 1 3 ,   T E C H N O L   C A N C E R   R E S   T ,   V 1 2 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 7 7 8 5 / t c r t . 2 0 1 2 . 5 0 0 3 1 2 ;   L a n e   D ,   2 0 1 1 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 1 - 2 1 0 ;   L a n g y e l   E ,   2 0 1 0 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 7 7 ,   P 1 0 5 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 5 3 / a j p a t h . 2 0 1 0 . 1 0 0 1 0 5 ;   L e f f e r s   N ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 8 2 0 ;   L i u   Y ,   2 0 1 5 ,   C E L L   M O L   I M M U N O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c m i . 2 0 1 4 . 8 3 ;   L o   C W ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 1 ,   P 4 2 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 0 - 1 4 9 6 ;   M a   X J ,   1 9 9 6 ,   J   E X P   M E D ,   V 1 8 3 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 4 / j e m . 1 8 3 . 1 . 1 4 7 ;   M a n t o v a n i   A ,   2 0 0 2 ,   T R E N D S   I M M U N O L ,   V 2 3 ,   P 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 1 - 4 9 0 6 ( 0 2 ) 0 2 3 0 2 - 5 ;   M a r t h   C ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   G Y N E C O L   C A N C E R ,   V 1 6 ,   P 1 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 2 5 - 1 4 3 8 . 2 0 0 6 . 0 0 6 2 2 . x ;   M a r t h   C ,   2 0 0 4 ,   A M   J   O B S T E T   G Y N E C O L ,   V 1 9 1 ,   P 1 5 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j o g . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 0 7 ;   M a t t e   I ,   2 0 1 2 ,   A M   J   C A N C E R   R E S ,   V 2 ,   P 5 6 6 ;   N e w m a n   A M ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 4 5 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 3 3 7 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 3 3 7 ] ;   N o y   R ,   2 0 1 4 ,   I M M U N I T Y ,   V 4 1 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m m u n i . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 0 ;   P a r k e r   B S ,   2 0 1 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 6 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c . 2 0 1 6 . 1 4 ;   P o l l a r d   J W ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 2 5 6 ;   P u c c i   F ,   2 0 0 9 ,   B L O O D ,   V 1 1 4 ,   P 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 9 - 0 1 - 2 0 0 9 3 1 ;   P u j a d e L a u r a i n e   E ,   1 9 9 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 4 ,   P 3 4 3 ;   R e i n a r t z   S ,   2 0 1 6 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 6 - 0 9 5 6 - 6 ;   R e i n a r t z   S ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 4 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 3 3 5 ;   R o b i n s o n   M D ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 6 1 6 ;   R o h n a l t e r   V ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 4 0 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 5 5 5 2 ;   S a c c a n i   A ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 1 1 4 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 6 - 1 8 6 7 ;   S a n j a b i   S ,   2 0 0 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 7 ,   P 1 2 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 3 0 4 3 6 3 9 7 ;   S a t o   E ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 8 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 9 1 8 2 1 0 2 ;   S C A M B I A   G ,   1 9 9 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 7 1 ,   P 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 1 9 9 5 . 7 1 ;   S c h n e i d e r   W M ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   I M M U N O L ,   V 3 2 ,   P 5 1 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / A N N U R E V - I M M U N 0 L - 0 3 2 7 1 3 - 1 2 0 2 3 1 ;   T e n g   M W L ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E D ,   V 2 1 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 8 9 5 ;   T h i b a u l t   B ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   M E T A S T   R E V ,   V 3 3 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 5 - 0 1 3 - 9 4 5 6 - 2 ;   T r a n   E ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 5 6 2 5 ;   T y m o s z u k   P ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   I M M U N O L ,   V 4 4 ,   P 2 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e j i . 2 0 1 3 4 4 3 0 4 ;   W e i n m a n n   A S ,   2 0 0 1 ,   N A T   I M M U N O L ,   V 2 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 8 3 1 6 8 ;   W i l l i a m s   C B ,   2 0 1 6 ,   N P J   B R E A S T   C A N C ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p j b c a n c e r . 2 0 1 5 . 2 5 ;   W i n d b i c h l e r   G H ,   2 0 0 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 2 ,   P 1 1 3 8 ;   W y n n   T A ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 6 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 0 3 4 ;   Y a n a i h a r a   N ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 4 1 ,   P 1 0 9 4 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j o . 2 0 1 2 . 1 5 3 3 ;   Z e i m e t   A G ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 4 ,   P 2 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 2 1 4 ;   Z h a n g   L ,   2 0 0 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 8 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 2 0 1 7 7 ;   Z h a n g   M Y ,   2 0 1 4 ,   J   O V A R I A N   R E S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 7 - 2 2 1 5 - 7 - 1 9 	 6 0 	 0 	 0 	 1 	 1 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 6 4 	 	 	 B M C   G E N O M I C S 	 B M C   G e n o m i c s 	 M A R   2 1 	 2 0 1 7 	 1 8 	 	 	 	 	 	 	 	 2 4 3 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 7 - 3 6 3 0 - 9 	 	 1 4 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E O 7 W P 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 9 0 1 1 0 0 0 0 1 	 2 8 3 2 7 0 9 5 	 
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 L a b s ,   T a m p e r e ,   F i n l a n d 	 L a t o n e n ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T a m p e r e ,   F a c   M e d   &   L i f e   S c i ,   P r o s t a t e   C a n c   R e s   C t r ,   T a m p e r e ,   F i n l a n d . ;   L a t o n e n ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T a m p e r e ,   B i o M e d i T e c h ,   T a m p e r e ,   F i n l a n d . ;   L a t o n e n ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T a m p e r e   U n i v   H o s p ,   F i m l a b   L a b s ,   T a m p e r e ,   F i n l a n d . 	 l e e n a . l a t o n e n @ u t a . f i 	 	 K a r t a s a l o ,   K i m m o / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 9 4 7 0 - 4 7 8 3 	 F i n n i s h   F u n d i n g   A g e n c y   f o r   I n n o v a t i o n   ( p r o j e c t   T h r e e   d i m e n s i o n a l   h i s t o g e n o m i c   m o d e l i n g   o f   w h o l e   p r o s t a t e ) ,   A c a d e m y   o f   F i n l a n d   [ 2 7 9 2 7 0 ] ;   C a n c e r   S o c i e t y   o f   F i n l a n d ;   S i g r i d   J u s e l i u s   F o u n d a t i o n ;   M e d i c a l   R e s e a r c h   F u n d   o f   T a m p e r e   U n i v e r s i t y   H o s p i t a l ;   D o c t o r a l   P r o g r a m m e   o f   C o m p u t i n g   a n d   E l e c t r i c a l   E n g i n e e r i n g   a t   T a m p e r e   U n i v e r s i t y   o f   T e c h n o l o g y ;   E m i l   A a l t o n e n   F o u n d a t i o n 	 W e   t h a n k   M s .   P a i v i   M a r t i k a i n e n ,   M s .   M a r j a   P i r i n e n ,   a n d   M r s .   M a r i k a   V a h a - J a a k k o l a   f o r   s k i l l f u l   t e c h n i c a l   l a b o r a t o r y   a s s i s t a n c e .   G r a n t   s u p p o r t   h a s   b e e n   o b t a i n e d   f r o m   F i n n i s h   F u n d i n g   A g e n c y   f o r   I n n o v a t i o n   ( p r o j e c t   T h r e e   d i m e n s i o n a l   h i s t o g e n o m i c   m o d e l i n g   o f   w h o l e   p r o s t a t e ) ,   A c a d e m y   o f   F i n l a n d   ( g r a n t   n o .   2 7 9 2 7 0 ) ,   t h e   C a n c e r   S o c i e t y   o f   F i n l a n d ,   t h e   S i g r i d   J u s e l i u s   F o u n d a t i o n ,   t h e   M e d i c a l   R e s e a r c h   F u n d   o f   T a m p e r e   U n i v e r s i t y   H o s p i t a l ,   D o c t o r a l   P r o g r a m m e   o f   C o m p u t i n g   a n d   E l e c t r i c a l   E n g i n e e r i n g   a t   T a m p e r e   U n i v e r s i t y   o f   T e c h n o l o g y ,   a n d   E m i l   A a l t o n e n   F o u n d a t i o n . 	 B a r k e r   J ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 3 0 ,   P 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 2 ;   B e r e n s   P ,   2 0 0 9 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 3 1 ,   P 1 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C h a k r a v a r t h i   B V S K ,   2 0 1 6 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 8 6 ,   P 1 7 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j p a t h . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 2 3 ;   J a c k s o n   H . ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 8 0 1 6 5 8 ;   C r o s e t t o   N ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 8 3 2 ;   D i   C r i s t o f a n o   A ,   1 9 9 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 1 9 ,   P 3 4 8 ;   D i a m o n d   J ,   2 0 0 4 ,   H U M   P A T H O L ,   V 3 5 ,   P 1 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h u m p a t h . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 1 0 ;   E l l w o o d - Y e n   K ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 4 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 3 ) 0 0 1 9 7 - 1 ;   G r a b o w s k a   M M ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   M E T A S T   R E V ,   V 3 3 ,   P 3 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 5 - 0 1 3 - 9 4 8 7 - 8 ;   H e   L ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 7 ,   P 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 7 ;   K a r t a s a l o   K ,   2 0 1 6 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 2 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 6 . 7 5 3 2 7 8 1 ;   K o t h a r i   S ,   2 0 1 3 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 0 ,   P 1 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 2 - 0 0 1 5 4 0 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L o w e   D G ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 6 0 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : V I S I . 0 0 0 0 0 2 9 6 6 4 . 9 9 6 1 5 . 9 4 ;   M a a t e n   L . V . D . ,   2 0 0 8 ,   J   M A C H I N E   L E A R N I N G   R ,   V 9 ,   P 2 5 7 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 0 4 7 9 - 0 1 1 - 0 8 4 1 - 3 ;   M A S S E Y   F J ,   1 9 5 1 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 4 6 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 0 0 9 5 ;   M a t a s   J ,   2 0 0 4 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   V 2 2 ,   P 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a v i s . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 0 6 ;   O j a l a   T . ,   2 0 0 0 ,   C O M P U T E R   V I S I O N   E C C V ,   V 2 0 0 0 ,   P 4 0 4 ;   O t s u   N . ,   1 9 7 5 ,   A U T O M A T I C A ,   V 1 1 ,   P 2 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 9 . 4 3 1 0 0 7 6 ;   P i e t i k a i n e n   M ,   2 0 0 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 3 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 9 ) 0 0 0 3 2 - 1 ;   R o y c h o w d h u r y   S ,   2 0 1 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 6 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 3 2 9 ;   R u i f r o k   A C ,   2 0 0 1 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 2 3 ,   P 2 9 1 ;   R u u s u v u o r i   P . ,   2 0 1 6 ,   J   P A T H O L O G Y   I N F O R N ,   V 7 ;   W a h l b y   C . ,   2 0 1 6 ,   E U R   C   C O M P   V I S ,   P 2 3 1 ;   S c h n e i d e r   C A ,   2 0 1 2 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 9 ,   P 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 0 8 9 ;   S o n g   M S ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 3 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 3 3 3 0 ;   S t a h l   P L ,   2 0 1 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 5 3 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . a a f 2 4 0 3 ;   S t i n e   Z E ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 5 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 5 - 0 5 0 7 ;   T u o m i n e n   V J ,   2 0 1 0 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 4 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 9 - 9 2 0 0 - 1 ;   V e d a l d i   A . ,   2 0 0 8 ,   V L F E A T   O P E N   P O R T A B L E ;   W a n g   D . ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 6 0 5 7 1 8 ;   W a n g   P . ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 2 0 0 7 4 9 ;   Y u   K . - H . ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E   C O M M U N I C A T I O N ,   V 7 	 3 4 	 0 	 0 	 1 	 1 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G  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 c o l l e c t i o n   a n d   a n a l y s i s ,   d e c i s i o n   t o   p u b l i s h ,   o r   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p t . 	 A s h b u r n e r   M ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 5 ,   P 2 5 ;   B e l l   D ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 4 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 1 6 6 ;   B o d n a r   L ,   2 0 1 4 ,   J   O V A R I A N   R E S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 7 - 2 2 1 5 - 7 - 1 6 ;   B u t t e   A J ,   2 0 0 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 7 ,   P 1 2 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 2 0 3 9 2 1 9 7 ;   C a i   Y ,   2 0 1 2 ,   U T I L I Z I N G   R N A   S E Q   D A ;   C e r a m i   E ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 2 ,   P 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 2 - 0 0 9 5 ;   C h e n g   W Y ,   2 0 1 3 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 2 9 2 0 ;   C o l e   C ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 1 0 ,   P 4 9 5 ;   C o v e r   T .   M . ,   2 0 0 6 ,   E L E M E N T S   I N F O R M   T H E O ;   C u b i l l o s - R u i z   J R ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 1 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 2 5 ;   D ' A n d r e a   A D ,   2 0 1 5 ,   O N C O L O G I S T ,   V 2 0 ,   p S 3 ;   d e   H o o n   M J L ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 1 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 0 7 8 ;   F o l e y   O W ,   2 0 1 3 ,   O N C O L O G Y - N Y ,   V 2 7 ,   P 2 8 8 ;   F r a n c e s c h i n i   A ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 8 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 0 9 4 ;   G a o   J J ,   2 0 1 3 ,   S C I   S I G N A L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i s i g n a l . 2 0 0 4 0 8 8 ;   G l a s s   K ,   2 0 1 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 5 - 0 5 5 1 - y ;   G r o s s m a n   R L ,   2 0 1 6 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 5 ,   P 1 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M p 1 6 0 7 5 9 1 ;   H o m i c s k o   K ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 3 9 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 5 . 6 3 . 7 7 8 5 ;   H o w l a d e r   N ,   1 9 7 5 ,   S E E R   C A N C   S T A T   R E V   1 ;   I a n c u   O D ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 1 5 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 2 4 5 ;   J a n z e n   D M ,   2 0 1 5 ,   N A T   C O M M U N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 8 9 5 6 ;   J e n s e n   L J ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p D 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 7 6 0 ;   K a n e h i s a   M ,   2 0 0 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 8 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 8 . 1 . 2 7 ;   K r z y w i n s k i   M ,   2 0 0 9 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 9 ,   P 1 6 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 0 9 2 7 5 9 . 1 0 9 ;   L o n s d a l e   J ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 6 5 3 ;   M a d s e n   S K ,   2 0 1 5 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 9 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 5 . 7 1 6 4 0 3 5 ;   M a t s u z a k i   J ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 7 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 0 3 3 4 5 1 0 7 ;   M o r t a z a v i   A ,   2 0 0 8 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 5 ,   P 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 2 2 6 ;   P e n g   L ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 3 4 1 3 ;   P r e s t o n   C C ,   2 0 1 1 ,   I M M U N O T H E R A P Y - U K ,   V 3 ,   P 5 3 9 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / i m t . 1 1 . 2 0 ,   1 0 . 2 2 1 7 / I M T . 1 1 . 2 0 ] ;   R   C o r e   T e a m ,   2 0 1 5 ,   R   L A N G   E N V   S T A T   C O M P ;   R e s h e f   D N ,   2 0 1 1 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 4 ,   P 1 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 0 5 4 3 8 ;   S h i   Z A ,   2 0 1 0 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 4 - 7 4 ;   S l o n i m   N ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I ,   V 1 0 2 ;   S o n g   L ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - 3 2 8 ;   S o n g   S J ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 4 ,   P 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 2 6 ;   V e r   S t e e g   G ,   2 0 1 4 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 2 7 ,   P 5 7 7 ;   V e r   S t e e g   G ,   2 0 1 5 ,   P   1 8   I N T   C   A R T   I N T   S ,   P 1 0 0 4 ;   S t e l z e r   G ,   2 0 1 6 ,   C U R R   P R O T O C   B I O I N F O R ,   V 5 4 ,   p 1   3 0   3 1 ;   S u p e k   F ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 1 8 0 0 ;   T h e r n e a u   T M ,   2 0 0 0 ,   M O D E L I N G   S U R V I V A L   D A ;   T o t h i l l   R W ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 5 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 0 1 9 6 ;   v a n   D a m   S ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 1 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 4 2 ;   W a g n e r   A H ,   2 0 1 6 ,   N U C L   A C I D S ,   V 4 4 ,   P 1 0 3 6 ;   W a n g   Z ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 0 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 4 8 4 ;   W A T A N A B E   S ,   1 9 6 0 ,   I B M   J   R E S   D E V ,   V 4 ,   P 6 6 ;   Y a n g   Y ,   2 0 1 4 ,   N A T   C O M M U N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 4 2 3 1 ;   Z h a n g   B ,   2 0 0 5 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O   B ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 2 2 0 2 / 1 5 4 4 - 6 1 1 5 . 1 1 2 8 ;   Z h a n g   L ,   2 0 0 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 8 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 2 0 1 7 7 	 4 9 	 0 	 0 	 2 	 2 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 5 5 - 8 7 9 4 	 	 	 B M C   M E D   G E N O M I C S 	 B M C   M e d .   G e n o m i c s 	 M A R   1 5 	 2 0 1 7 	 1 0 	 	 	 	 	 	 	 	 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 2 0 - 0 1 7 - 0 2 4 5 - 6 	 	 1 8 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E N 8 X G 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 2 8 2 6 0 0 0 0 1 	 2 8 2 9 2 3 1 2 	 
 
 J 	 Y u ,   Z H ;   L i ,   A ;   W a n g ,   M H 	 	 	 	 Y u ,   Z h e n h u a ;   L i ,   A o ;   W a n g ,   M i n g h u i 	 	 	 C L I m A T - H E T :   d e t e c t i n g   s u b c l o n a l   c o p y   n u m b e r   a l t e r a t i o n s   a n d   l o s s   o f   h e t e r o z y g o s i t y   i n   h e t e r o g e n e o u s   t u m o r   s a m p l e s   f r o m   w h o l e - g e n o m e   s e q u e n c i n g   d a t a 	 B M C   M E D I C A L   G E N O M I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C o p y   n u m b e r   a l t e r a t i o n ;   L o s s   o f   h e t e r o z y g o s i t y ;   W h o l e - g e n o m e   s e q u e n c i n g ;   I n t r a - t u m o r   h e t e r o g e n e i t y ;   H i d d e n   M a r k o v   m o d e l ;   B a y e s i a n   i n f o r m a t i o n   c r i t e r i o n 	 N E X T - G E N E R A T I O N ;   B R E A S T - C A N C E R ;   C L O N A L   E V O L U T I O N ;   C E L L - P O P U L A T I O N S ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   A N E U P L O I D Y 	 B a c k g r o u n d :   C o p y   n u m b e r   a l t e r a t i o n s   ( C N A )   a n d   l o s s   o f   h e t e r o z y g o s i t y   ( L O H )   r e p r e s e n t   a   l a r g e   p r o p o r t i o n   o f   g e n e t i c   s t r u c t u r a l   v a r i a t i o n s   o f   c a n c e r   g e n o m e s .   T h e s e   a b e r r a t i o n s   a r e   c o n t i n u o u s l y   a c c u m u l a t e d   d u r i n g   t h e   p r o c e d u r e   o f   c l o n a l   e v o l u t i o n   a n d   p a t t e r n e d   b y   p h y l o g e n e t i c   b r a n c h i n g .   T h i s   i n v a r i a b l y   r e s u l t s   i n   t h e   e m e r g e n c e   o f   m u l t i p l e   c e l l   p o p u l a t i o n s   w i t h   d i s t i n c t   c o m p l e m e n t   o f   m u t a t i o n a l   l a n d s c a p e s   i n   t u m o r   s a m p l e .   W i t h   t h e   a d v e n t   o f   n e x t - g e n e r a t i o n   s e q u e n c i n g   t e c h n o l o g y ,   i n f e r e n c e   o f   s u b c l o n a l   p o p u l a t i o n s   h a s   b e c o m e   o n e   o f   t h e   f o c u s e d   i n t e r e s t s   i n   c a n c e r - a s s o c i a t e d   s t u d i e s ,   a n d   i s   u s u a l l y   b a s e d   o n   t h e   a s s e s s m e n t   o f   c o m b i n a t i o n s   o f   s o m a t i c   s i n g l e - n u c l e o t i d e   v a r i a t i o n s   ( S N V ) ,   C N A   a n d   L O H .   H o w e v e r ,   c a n c e r   s a m p l e s   o f t e n   h a v e   s e v e r a l   i n h e r e n t   i s s u e s ,   s u c h   a s   c o n t a m i n a t i o n   o f   n o r m a l   s t r o m a ,   t u m o r   a n e u p l o i d y   a n d   i n t r a - t u m o r   h e t e r o g e n e i t y .   A d d r e s s i n g   t h e s e   c r i t i c a l   i s s u e s   i s   i m p e r a t i v e   f o r   a c c u r a t e   p r o f i l i n g   o f   c l o n a l   a r c h i t e c t u r e .   M e t h o d s :   W e   p r e s e n t   C L I m A T - H E T ,   a   c o m p u t a t i o n a l   m e t h o d   d e s i g n e d   f o r   c a p t u r i n g   c l o n a l   d i v e r s i t y   i n   t h e   C N A / L O H   d i m e n s i o n s   b y   t a k i n g   i n t o   a c c o u n t   t h e   i n t r a - t u m o r   h e t e r o g e n e i t y   i s s u e ,   i n   t h e   c a s e   w h e r e   a   r e f e r e n c e   o r   m a t c h e d   n o r m a l   s a m p l e   i s   a b s e n t .   T h e   a l g o r i t h m   q u a n t i t a t i v e l y   r e p r e s e n t s   t h e   c l o n a l   i d e n t i f i c a t i o n   p r o b l e m   u s i n g   a   f a c t o r i a l   h i d d e n   M a r k o v   m o d e l ,   a n d   t a k e s   a n   i n t e g r a t e d   a n a l y s i s   o f   r e a d   c o u n t s   a n d   a l l e l e   f r e q u e n c y   d a t a .   I t   i s   a b l e   t o   i n f e r   s u b c l o n a l   C N A   a n d   L O H   e v e n t s   a s   w e l l   a s   t h e   f r a c t i o n   o f   c e l l s   h a r b o r i n g   e a c h   e v e n t .   R e s u l t s :   T h e   r e s u l t s   o n   s i m u l a t e d   d a t a s e t s   i n d i c a t e   t h a t   C L I m A T - H E T   h a s   h i g h   p o w e r   t o   i d e n t i f y   C N A / L O H   s e g m e n t s ,   i t   a c h i e v e s   a n   a v e r a g e   a c c u r a c y   o f   0 . 8 7 .   I t   c a n   a l s o   a c c u r a t e l y   i n f e r   p r o p o r t i o n   o f   e a c h   c l o n a l   p o p u l a t i o n   w i t h   a n   o v e r a l l   P e a r s o n   c o r r e l a t i o n   c o e f f i c i e n t   o f   0 . 9 9   a n d   a   m e a n   a b s o l u t e   e r r o r   o f   0 . 0 2 .   C L I m A T - H E T   s h o w s   s i g n i f i c a n t   a d v a n t a g e s   w h e n   c o m p a r e d   w i t h   o t h e r   e x i s t i n g   m e t h o d s .   A p p l i c a t i o n   o f   C L I m A T - H E T   t o   5   p r i m a r y   t r i p l e   n e g a t i v e   b r e a s t   c a n c e r   s a m p l e s   d e m o n s t r a t e s   i t s   a b i l i t y   t o   c a p t u r e   c l o n a l   d i v e r s i t y   i n   t h e   C A N / L O H   d i m e n s i o n s .   I t   d e t e c t s   t w o   c l o n a l   p o p u l a t i o n s   i n   o n e   s a m p l e ,   a n d   t h r e e   c l o n a l   p o p u l a t i o n s   i n   o n e   o t h e r   s a m p l e .   C o n c l u s i o n s :   C L I m A T - H E T ,   a   n o v e l   a l g o r i t h m   i s   i n t r o d u c e d   t o   i n f e r   C N A / L O H   s e g m e n t s   f r o m   h e t e r o g e n e o u s   t u m o r   s a m p l e s .   W e   d e m o n s t r a t e   C L I m A T - H E T ' s   a b i l i t y   t o   a c c u r a t e l y   r e c o v e r   c l o n a l   c o m p o s i t i o n s   u s i n g   t u m o r   W G S   d a t a   w i t h o u t   a   m a t c h   n o r m a l   s a m p l e . 	 [ Y u ,   Z h e n h u a ;   L i ,   A o ;   W a n g ,   M i n g h u i ]   U n i v   S c i   &   T e c h n o l   C h i n a ,   S c h   I n f o r m a t   S c i   &   T e c h n o l ,   H e f e i   2 3 0 0 2 7 ,   A H ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   A o ;   W a n g ,   M i n g h u i ]   U n i v   S c i   &   T e c h n o l   C h i n a ,   C t r   B i o m e d   E n g n ,   H e f e i   2 3 0 0 2 7 ,   A H ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S c i   &   T e c h n o l   C h i n a ,   S c h   I n f o r m a t   S c i   &   T e c h n o l ,   H e f e i   2 3 0 0 2 7 ,   A H ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   L i ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S c i   &   T e c h n o l   C h i n a ,   C t r   B i o m e d   E n g n ,   H e f e i   2 3 0 0 2 7 ,   A H ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 a o l i @ u s t c . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 5 7 1 4 1 4 ,   6 1 4 7 1 3 3 1 ,   3 1 1 0 0 9 5 5 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   f r o m   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 6 1 5 7 1 4 1 4 ,   6 1 4 7 1 3 3 1   a n d   3 1 1 0 0 9 5 5 ) . 	 B e n t i r e s - A l j   M ,   2 0 0 6 ,   N A T   M E D ,   V 1 2 ,   P 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 1 3 4 1 ;   C a r t e r   S L ,   2 0 1 2 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 0 ,   P 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 2 0 3 ;   D E M P S T E R   A P ,   1 9 7 7 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 3 9 ,   P 1 ;   G r e a v e s   M ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 1 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 7 6 2 ;   H a   G ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 4 ,   P 1 8 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 8 0 2 8 1 . 1 1 4 ;   H a   G ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 9 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 7 5 7 0 . 1 1 2 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   H i c k s   J ,   2 0 0 6 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 6 ,   P 1 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 5 4 6 0 1 0 6 ;   L a r s o n   N B ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 1 8 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 2 9 3 ;   L i   A ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   P 4 9 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 0 1 4 ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 0 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 5 2 ;   M c C a r r o l l   S A ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 1 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 3 8 ;   M e t z k e r   M L ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 1 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 6 2 6 ;   M i t e l m a n   F ,   2 0 0 0 ,   M U T A T   R E S - R E V   M U T A T ,   V 4 6 2 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 8 3 - 5 7 4 2 ( 0 0 ) 0 0 0 0 6 - 5 ;   N a v i n   N ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 0 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 0 9 9 6 2 2 . 1 0 9 ;   N O W E L L   P C ,   1 9 7 6 ,   S C I E N C E ,   V 1 9 4 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 9 5 9 8 4 0 ;   O e s p e r   L ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 3 5 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 6 5 1 ;   P a r k   P ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   I N V E S T ,   V 2 6 ,   P 9 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 7 3 5 7 9 0 0 8 0 1 9 9 3 4 3 2 ;   R A B I N E R   L R ,   1 9 8 9 ,   P   I E E E ,   V 7 7 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 1 8 6 2 6 ;   S h a h   S P ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 6 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 9 3 3 ;   S h e n d u r e   J ,   2 0 0 8 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 6 ,   P 1 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 4 8 6 ;   S t o r c h o v a   Z ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 5 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 1 2 7 6 ;   S t o r c h o v a   Z ,   2 0 0 8 ,   J   C E L L   S C I ,   V 1 2 1 ,   P 3 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / j c s . 0 3 9 5 3 7 ;   S t r a t t o n   M R ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 8 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 9 4 3 ;   V a n   L o o   P ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 1 6 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 0 9 8 4 3 1 0 7 ;   Y a t e s   L R ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 3 ,   P 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 3 1 7 ;   Y a u   C ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 4 1 6 ;   Y p m a   T J ,   1 9 9 5 ,   S I A M   R E V ,   V 3 7 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 1 0 3 7 1 2 5 ;   Y u   Z H ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 2 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 3 4 6 	 2 9 	 0 	 0 	 1 	 1 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 5 5 - 8 7 9 4 	 	 	 B M C   M E D   G E N O M I C S 	 B M C   M e d .   G e n o m i c s 	 M A R   1 5 	 2 0 1 7 	 1 0 	 	 	 	 	 	 	 	 1 5 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 2 0 - 0 1 7 - 0 2 5 5 - 4 	 	 1 1 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E N 8 X P 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 2 8 3 5 0 0 0 0 1 	 2 8 2 9 8 2 1 4 	 
 
 J 	 S i q u e i r a ,   L F S ;   A r a u j o ,   R F ;   D e   A r a u j o ,   A A ;   M o r a i s ,   C L M ;   L i m a ,   K M G 	 	 	 	 S i q u e i r a ,   L a u r i n d a   F .   S . ;   A r a u j o   J u n i o r ,   R a i m u n d o   F . ;   d e   A r a u j o ,   A u r i g e n a   A n t u n e s ;   M o r a i s ,   C a m i l o   L .   M . ;   L i m a ,   K a s s i o   M .   G . 	 	 	 L D A   v s .   Q D A   f o r   F T - M I R   p r o s t a t e   c a n c e r   t i s s u e   c l a s s i f i c a t i o n 	 C H E M O M E T R I C S   A N D   I N T E L L I G E N T   L A B O R A T O R Y   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 F T - M I R ;   L D A ;   Q D A ;   T i s s u e ;   P r o s t a t e   c a n c e r 	 Q U A D R A T I C   D I S C R I M I N A N T - A N A L Y S I S ;   T R A N S F O R M   I N F R A R E D   M I C R O S P E C T R O S C O P Y ;   V A R I A B L E   S E L E C T I O N   M E T H O D S ;   S T A G E   B R E A S T - C A N C E R ;   G L E A S O N   G R A D E ;   S P E C T R O S C O P Y ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   C L A S S I F I E R S ;   C E L L ;   S E G R E G A T I O N 	 D i s c r i m i n a t i o n / c l a s s i f i c a t i o n   o f   b i o l o g i c a l   m a t e r i a l   a   t o   m o l e c u l a r   l e v e l   i s   o n e   o f   t h e   k e y   a i m s   o f   c h e m o m e t r i c s   a p p l i e d   t o   b i o s p e c t r o s c o p i c   d a t a .   T w o   d i s c r i m i n a n t   f u n c t i o n s ,   n a m e l y   L i n e a r   D i s c r i m i n a n t   A n a l y s i s   ( L D A )   a n d   Q u a d r a t i c   D i s c r i m i n a n t   A n a l y s i s   ( Q D A ) ,   w e r e   c o n s i d e r e d   i n   t h i s   s t u d y   f o r   p r o s t a t e   c a n c e r   c l a s s i f i c a t i o n   b a s e d   o n   F T - M I R   d a t a ,   a n d   i l l u s t r a t e d   g r a p h i c a l l y   a s   b o u n d a r y   m e t h o d s .   P r i n c i p a l   C o m p o n e n t   A n a l y s i s   ( P C A )   W a s   a p p l i e d   a s   a   v a r i a b l e / d i m e n s i o n a l i t y   r e d u c t i o n   m e t h o d   a n d   G e n e t i c   A l g o r i t h m   ( G A )   a s   v a r i a b l e   s e l e c t i o n   m e t h o d ,   f o l l o w e d   b y   L D A   a n d   Q D A .   T h e   p e r f o r m a n c e   o f   e a c h   M e t h o d   w a s   d e t e r m i n e d   u s i n g   4 0 - 1 0 0   M I R   s p e c t r a   p e r   t i s s u e   s a m p l e   ( n = 4 5 ) ,   p r e v i o u s l y   c l a s s i f i e d   a c c o r d i n g   t o   G l e a s o n   t r a d i t i o n a l   g r a d i n g   b y   p a t h o l o g i s t s .   T h e   m e t h o d s   w e r e   u s e d   t o   s e p a r a t e   t h e   t w o - c a t e g o r y   o f   p r o s t a t e   c a n c e r :   L o w   g r a d e   ( G l e a s o n   g r a d e   2 )   v s .   H i g h   g r a d e   ( G l e a s o n   g r a d e   3   a n d   4 ) .   T h e   m o d e l s   w e r e   o p t i m i z e d   u s i n g   a   t r a i n i n g   s e t   a n d   t h e i r   p e r f o r m a n c e   w a s   e v a l u a t e d   u s i n g   a   t e s t   s e t .   C l a s s i f i c a t i o n   r a t e s   a n d   q u a l i t y   m e t r i c s   ( S e n s i t i v i t y ,   S p e c i f i c i t y ,   P o s i t i v e   ( o r   P r e c i s i o n )   a n d   N e g a t i v e   P r e d i c t i v e   V a l u e s ,   Y o u d e n ' s   i n d e x ,   a n d   P o s i t i v e   a n d   N e g a t i v e   L i k e l i h o o d   R a t i o s )   w e r e   c o m p u t e d   f o r   e a c h   m o d e l .   Q D A - b a s e d   m o d e l s   o b t a i n e d   h i g h e r   c l a s s i f i c a t i o n   r a t e s   a n d   q u a l i t y   p e r f o r m a n c e   t h a n   L D A - b a s e d   m o d e l s .   T h e   m o d e l s   s t u d i e d   i d e n t i f y   t h a t   s e c o n d a r y   p r o t e i n   s t r u c t u r e   v a r i a t i o n s   a n d   D N A / R N A   a l t e r a t i o n s   a r e   t h e   m a i n   b i o m o l e c u l a r   ' d i f f e r e n c e   m a r k e r s '   f o r   p r o s t a t e   c a n c e r   g r a d e s . 	 [ S i q u e i r a ,   L a u r i n d a   F .   S . ;   M o r a i s ,   C a m i l o   L .   M . ;   L i m a ,   K a s s i o   M .   G . ]   U n i v   F e d   R i o   G r a n d e   d o   N o r t e ,   I n s t   C h e m ,   B i o l   C h e m   &   C h e m o m e t r ,   B R - 5 9 0 7 2 9 7 0   N a t a l ,   R N ,   B r a z i l ;   [ A r a u j o   J u n i o r ,   R a i m u n d o   F . ]   U n i v   F e d   R i o   G r a n d e   d o   N o r t e ,   P o s t g r a d   P r o g r a m m e   S t r u c t   &   F u n c t ,   P o s t g r a d   P r o g r a m m e   H l t h   S c i ,   D e p t   M o r p h o l ,   B R - 5 9 0 7 2 9 7 0   N a t a l ,   R N ,   B r a z i l ;   [ d e   A r a u j o ,   A u r i g e n a   A n t u n e s ]   U n i v   F e d   R i o   G r a n d e   d o   N o r t e ,   P o s t g r a d   P r o g r a m m e   P h a r m a c e u t   S c i ,   P o s t g r a d   P r o g r a m m e   H l t h   S c i ,   D e p t   B i o p h y s   &   P h a r m a c o l ,   B R - 5 9 0 7 2 9 7 0   N a t a l ,   R N ,   B r a z i l 	 L i m a ,   K M G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   F e d   R i o   G r a n d e   d o   N o r t e ,   I n s t   C h e m ,   B i o l   C h e m   &   C h e m o m e t r ,   B R - 5 9 0 7 2 9 7 0   N a t a l ,   R N ,   B r a z i l . 	 k a s s i o l i m a @ g m a i l . c o m 	 	 M o r a i s ,   C a m i l o / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 2 5 7 3 - 7 8 7 X 	 P P G Q / U F R N / C A P E S ;   C N P q   [ 3 0 5 9 6 2 / 2 0 1 4 - 4 ] 	 L a u r i n d a   F . S .   S i q u e i r a   a n d   C a m i l o   L . M .   M o r a l s   w o u l d   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   t h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   t h e   P P G Q / U F R N / C A P E S .   K . M . G .   L i m a   a c k n o w l e d g e s   t h e   C N P q   ( G r a n t   3 0 5 9 6 2 / 2 0 1 4 - 4 )   f o r   f i n a n c i a l   s u p p o r t . 	 A b d i   H ,   2 0 1 0 ,   W I L E Y   I N T E R D I S C I P   R E ,   V 2 ,   P 4 3 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / W I C S . 1 0 1 ;   A l i   S ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 4 1 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 1 ;   B a i a   T C ,   2 0 1 6 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 8 ,   P 9 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 a y 0 2 3 4 2 d ;   B a k e r   M J ,   2 0 1 0 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 5 ,   P 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 9 2 0 3 8 5 k ;   B a k e r   M J ,   2 0 0 8 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 9 ,   P 1 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 4 7 5 3 ;   B a k e r   M J ,   2 0 1 4 ,   N A T   P R O T O C ,   V 9 ,   P 1 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 4 . 1 1 0 ;   B e l e i t e s   C ,   2 0 0 5 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 3 8 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i b s p e c . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 2 0 ;   B i c k e l   P . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ,   P 2 8 1 2 ;   B r a t t   O ,   2 0 0 2 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 6 7 ,   P 2 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 5 3 4 7 ( 0 5 ) 6 4 9 9 7 - X ;   C h e n   N ,   2 0 1 6 ,   C H I N E S E   J   C A N C E R   R E S ,   V 2 8 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 1 0 0 0 - 9 6 0 4 . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 4 ;   C o n c e i c a o   R C ,   2 0 1 1 ,   J   E L E C T R O M A G N E T   W A V E ,   V 2 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 3 / 1 5 6 9 3 9 3 1 1 7 9 3 8 9 8 3 5 0 ;   C o n c e i c a o   R C ,   2 0 1 0 ,   P R O G   E L E C T R O M A G N   R E S ,   V 1 0 5 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 2 5 2 8 / P I E R 1 0 0 5 1 9 0 4 ;   C u z i c k   J ,   2 0 1 1 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 2 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 0 ) 7 0 2 9 5 - 3 ;   D i x o n   S J ,   2 0 0 9 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 9 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 1 0 ;   D u n n   W B ,   2 0 0 5 ,   T R A C - T R E N D   A N A L   C H E M ,   V 2 4 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a c . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 2 1 ;   D u y g u   D . ,   2 0 0 9 ,   J   S C I ,   V 2 2 ,   P 1 1 7 ;   E l l i s   D I ,   2 0 0 7 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S ,   V 8 ,   P 1 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / 1 4 6 2 2 4 1 6 . 8 . 9 . 1 2 4 3 ;   E l l i s   D I ,   2 0 0 6 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 1 ,   P 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 6 0 2 3 7 6 m ;   E p s t e i n   J . I . ,   2 0 0 5 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ;   F r i c k e r   R . D . ,   2 0 1 5 ,   A M   S O C   Q U A L I T Y   R E V ,   V 4 7 ,   P 1 3 1 ,   D O I   [ 1 0 . 2 3 0 7 / 1 2 6 6 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 2 6 6 2 9 1 ] ;   G a z i   E ,   2 0 0 3 ,   J   P A T H O L ,   V 2 0 1 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 1 4 2 1 ;   G a z i   E ,   2 0 0 6 ,   E U R   U R O L ,   V 5 0 ,   P 7 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 3 1 ;   G e r m a n   M J ,   2 0 0 6 ,   B I O P H Y S   J ,   V 9 0 ,   P 3 7 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 5 . 0 7 7 2 5 5 ;   H a r v e y   T J ,   2 0 0 9 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 4 ,   P 1 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 9 0 3 2 4 9 e ;   H a r v e y   T J ,   2 0 0 7 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 2 ,   P 2 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 6 1 8 6 1 8 a ;   H u g h e s   C ,   2 0 1 4 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 6 ,   P 1 0 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a y 4 1 3 0 8 j ;   K e l l y   J G ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 1 0 6 7 u ;   K h a n m o h a m m a d i   M ,   2 0 1 4 ,   R S C   A D V ,   V 4 ,   P 4 1 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 r a 0 4 9 6 5 a ;   L a p o i n t e   J ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 3 0 4 1 4 6 1 0 1 ;   L a s c h   P ,   2 0 1 2 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 1 1 7 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 1 1 ;   L i m a   K M G ,   2 0 1 5 ,   B I O T E C H N O L   P R O G R ,   V 3 1 ,   P 8 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b t p r . 2 0 8 4 ;   M a l i n s   D C ,   2 0 0 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 0 ,   P 5 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 3 1 3 9 6 1 0 0 ;   P a m u k c u   E . ,   2 0 1 5 ,   N O V E L   H Y B R I D   D I M E N S I ;   P a t e l   I I ,   2 0 1 1 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 1 ,   P 9 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 1 - 5 1 2 3 - z ;   P a t e l   I I ,   2 0 1 0 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 5 ,   P 3 0 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 0 a n 0 0 5 1 8 e ;   P e z z e i   C ,   2 0 1 0 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 6 ,   P 2 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 0 m b 0 0 0 4 1 h ;   P i e r o r a z i o   P M ,   2 0 1 3 ,   B J U   I N T ,   V 1 1 1 ,   P 7 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 4 - 4 1 0 X . 2 0 1 2 . 1 1 6 1 1 . x ;   P u r a n d a r e   N C ,   2 0 1 4 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 6 ,   P 4 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a y 4 2 2 2 4 k ;   F I S H E R   S H E I L A   E . ,   2 0 1 1 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   P 1 ;   S i q u e i r a   L F S ,   2 0 1 6 ,   T R A C - T R E N D   A N A L   C H E M ,   V 8 2 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a c . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 2 8 ;   S i q u e i r a   L F S ,   2 0 1 6 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 1 ,   P 4 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 6 a n 0 1 2 4 7 g ;   T h e o p h i l o u   G . ,   2 0 1 5 ,   N A T   P U B L   G R ,   P 1 ;   T r e v i s a n   J ,   2 0 1 4 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 7 ,   P 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 3 0 0 1 9 0 ;   T r e v i s a n   J ,   2 0 1 2 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 7 ,   P 3 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 a n 1 6 3 0 0 d ;   V i s w a n a t h   S E ,   2 0 1 2 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 6 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 3 6 1 8 ;   W u   W ,   1 9 9 6 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 3 2 9 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 3 - 2 6 7 0 ( 9 6 ) 0 0 1 4 2 - 0 ;   Z h a n g   H Y ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - 2 9 8 	 4 7 	 0 	 0 	 2 	 2 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 1 6 9 - 7 4 3 9 	 1 8 7 3 - 3 2 3 9 	 	 C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B 	 C h e m o m e t r i c s   I n t e l l .   L a b .   S y s t . 	 M A R   1 5 	 2 0 1 7 	 1 6 2 	 	 	 	 	 	 1 2 3 	 1 2 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 2 1 	 	 7 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s ;   C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   M a t h e m a t i c s ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s ;   C h e m i s t r y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   M a t h e m a t i c s 	 E N 2 M D 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 8 4 3 7 0 0 0 1 3 	 	 
 
 J 	 L i u ,   Y ;   B a l a g u r u n a t h a n ,   Y ;   A t w a t e r ,   T ;   A n t i c ,   S ;   L i ,   Q ;   W a l k e r ,   R C ;   S m i t h ,   G T ;   M a s s i o n ,   P P ;   S c h a b a t h ,   M B ;   G i l l i e s ,   R J 	 	 	 	 L i u ,   Y i n g ;   B a l a g u r u n a t h a n ,   Y o g a n a n d ;   A t w a t e r ,   T h o m a s ;   A n t i c ,   S a n j a ;   L i ,   Q i a n ;   W a l k e r ,   R o n a l d   C . ;   S m i t h ,   G a r y   T . ;   M a s s i o n ,   P i e r r e   P . ;   S c h a b a t h ,   M a t t h e w   B . ;   G i l l i e s ,   R o b e r t   J . 	 	 	 R a d i o l o g i c a l   I m a g e   T r a i t s   P r e d i c t i v e   o f   C a n c e r   S t a t u s   i n   P u l m o n a r y   N o d u l e s 	 C L I N I C A L   C A N C E R   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 C O M P U T E D - T O M O G R A P H Y   C H A R A C T E R I S T I C S ;   L U N G   S C R E E N I N G   T R I A L ;   H I G H - R E S O L U T I O N   C T ;   P A T H O L O G I C A L   C O R R E L A T I O N ;   P R E T E S T   P R O B A B I L I T Y ;   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   B E N I G N ;   R I S K ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   O V E R D I A G N O S I S 	 P u r p o s e :   W e   p r o p o s e   a   s y s t e m a t i c   m e t h o d o l o g y   t o   q u a n t i f y   i n c i d e n t a l l y   i d e n t i f i e d   p u l m o n a r y   n o d u l e s   b a s e d   o n   o b s e r v e d   r a d i o l o g i c a l   t r a i t s   ( s e m a n t i c s )   q u a n t i f i e d   o n   a   p o i n t   s c a l e   a n d   a   m a c h i n e - l e a r n i n g   m e t h o d   u s i n g   t h e s e   d a t a   t o   p r e d i c t   c a n c e r   s t a t u s .   E x p e r i m e n t a l   D e s i g n :   W e   i n v e s t i g a t e d   1 7 2   p a t i e n t s   w h o   h a d   l o w - d o s e C T   i m a g e s ,   w i t h   1 0 2   a n d   7 0   p a t i e n t s   g r o u p e d   i n t o   t r a i n i n g   a n d   v a l i d a t i o n   c o h o r t s ,   r e s p e c t i v e l y .   O n   t h e   i m a g e s ,   2 4   r a d i o l o g i c a l   t r a i t s   w e r e   s y s t e m a t i c a l l y   s c o r e d   a n d   a   l i n e a r   c l a s s i f i e r   w a s   b u i l t   t o   r e l a t e   t h e   t r a i t s   t o m a l i g n a n t   s t a t u s .   T h e m o d e l w a s   f o r m e d b o t h w i t h   a n d   w i t h o u t   s i z e   d e s c r i p t o r s   t o   r e m o v e   b i a s   d u e   t o   n o d u l e   s i z e .   T h e   m u l t i v a r i a t e   p a i r s   f o r m e d   o n   t h e   t r a i n i n g   s e t   w e r e   t e s t e d   o n   a n   i n d e p e n d e n t   v a l i d a t i o n   d a t a   s e t   t o   e v a l u a t e   t h e i r   p e r f o r m a n c e .   R e s u l t s :   T h e   b e s t   4 - f e a t u r e   s e t   t h a t   i n c l u d e d   a   s i z e   m e a s u r e m e n t   ( s e t   1 ) ,   w a s   s h o r t   a x i s ,   c o n t o u r ,   c o n c a v i t y ,   a n d   t e x t u r e ,   w h i c h   h a d   a n   a r e a   u n d e r   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t o r   c h a r a c t e r i s t i c   c u r v e   ( A U R O C )   o f   0 . 8 8   ( a c c u r a c y   -   8 1 % ,   s e n s i t i v i t y   -   7 6 . 2 % ,   s p e c i f i c i t y   -   9 1 . 7 % ) .   I f   s i z e   m e a s u r e s   w e r e   e x c l u d e d ,   t h e   f o u r   b e s t   f e a t u r e s   ( s e t   2 )   w e r e   l o c a t i o n ,   f i s s u r e   a t t a c h m e n t ,   l o b u l a t i o n ,   a n d   s p i c u l a t i o n ,   w h i c h   h a d   a n   A U R O C   o f   0 . 8 3   ( a c c u r a c y   =   7 3 . 2 % ,   s e n s i t i v i t y   -   7 3 . 8 % ,   s p e c i f i c i t y   -   8 1 . 7 % )   i n   p r e d i c t i n g   m a l i g n a n c y   i n   p r i m a r y   n o d u l e s .   T h e   v a l i d a t i o n   t e s t   A U R O C   w a s   0 . 8   ( a c c u r a c y   =   7 4 . 3 % ,   s e n s i t i v i t y   =   6 6 . 7 % ,   s p e c i f i c i t y   =   7 5 . 6 % )   a n d   0 . 7 4   ( a c c u r a c y   =   7 1 . 4 % ,   s e n s i t i v i t y   =   6 1 . 9 % ,   s p e c i f i c i t y   =   7 5 . 5 % )   f o r   s e t s   1   a n d   2 ,   r e s p e c t i v e l y .   C o n c l u s i o n s :   R a d i o l o g i c a l   i m a g e   t r a i t s   a r e   u s e f u l   i n   p r e d i c t i n g   m a l i g n a n c y   i n   l u n g   n o d u l e s .   T h e s e   s e m a n t i c   t r a i t s   c a n   b e   u s e d   i n   c o m b i n a t i o n   w i t h   s i z e - b a s e d   m e a s u r e s   t o   e n h a n c e   p r e d i c t i o n   a c c u r a c y   a n d   r e d u c e   f a l s e - p o s i t i v e s .   ( C )   2 0 1 6   A A C R . 	 [ L i u ,   Y i n g ;   L i ,   Q i a n ]   T i a n j i n   M e d   U n i v   C a n c   I n s t   &   H o s p ,   D e p t   R a d i o l ,   N a t l   C l i n   R e s   C t r   C a n c ,   K e y   L a b   C a n c   P r e v e n t   &   T h e r a p y ,   T i a n j i n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   Y i n g ;   B a l a g u r u n a t h a n ,   Y o g a n a n d ;   L i ,   Q i a n ;   G i l l i e s ,   R o b e r t   J . ]   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   C a n c   I m a g i n g   &   M e t a b ,   T a m p a ,   F L   U S A ;   [ A t w a t e r ,   T h o m a s ;   A n t i c ,   S a n j a ;   W a l k e r ,   R o n a l d   C . ;   M a s s i o n ,   P i e r r e   P . ]   V a n d e r b i l t   U n i v ,   S c h   M e d ,   V a n d e r b i l t   I n g r a m   C o m p r e h e n s   C a n c   C t r ,   T h o r a c   P r o g r a m ,   N a s h v i l l e ,   T N   3 7 2 1 2   U S A ;   [ W a l k e r ,   R o n a l d   C . ;   S m i t h ,   G a r y   T . ;   M a s s i o n ,   P i e r r e   P . ]   V a n d e r b i l t   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   R a d i o l ,   N a s h v i l l e ,   T N   3 7 2 1 2   U S A ;   [ W a l k e r ,   R o n a l d   C . ;   S m i t h ,   G a r y   T . ;   M a s s i o n ,   P i e r r e   P . ]   V e t   A f f a i r s   M e d   C t r ,   N a s h v i l l e ,   T N   3 7 2 1 2   U S A ;   [ S c h a b a t h ,   M a t t h e w   B . ]   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   C a n c   E p i d e m i o l ,   T a m p a ,   F L   U S A 	 G i l l i e s ,   R J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   1 2 9 0 1   M a g n o l i a   D r , S R B   2 4 0 0 0 E ,   T a m p a ,   F L   3 3 6 1 2   U S A . 	 R o b e r t . G i l l i e s @ m o f f i t t . o r g 	 	 	 N I H   [ C A   1 4 3 0 6 2 - 0 1 ,   C A 1 8 6 1 4 5 ,   C A 1 5 2 6 6 2 ] ;   S t a t e   o f   F l o r i d a   D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h   [ 2 K T 0 1 ] ;   D e p a r t m e n t   o f   D e f e n s e   [ W 8 1 X W H - 1 1 - 2 - 0 1 6 1 ] 	 T h e   N I H   g r a n t   ( C A   1 4 3 0 6 2 - 0 1 )   a n d   S t a t e   o f   F l o r i d a   D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h   ( 2 K T 0 1 )   g r a n t   p r o v i d e d   p r o t e c t e d   t i m e   f o r   R . J .   G i l l i e s ,   Y .   B a l a g u r u n a t h a n ,   Y .   L i u ,   Q . L i ,   a n d   M .   S c h a b a t h   t o   w o r k   o n   t h e   r e s e a r c h   p r o j e c t . ;   T h e   N I H   g r a n t s   ( C A 1 8 6 1 4 5 ,   C A 1 5 2 6 6 2 )   a n d   t h e   D e p a r t m e n t   o f   D e f e n s e   g r a n t   W 8 1 X W H - 1 1 - 2 - 0 1 6 1   p r o v i d e d   f u n d i n g   s u p p o r t   f o r   P . P .   M a s s i o n .   T h e   c o s t s   o f   p u b l i c a t i o n   o f   t h i s   a r t i c l e   w e r e   d e f r a y e d   i n   p a r t   b y   t h e   p a y m e n t   o f   p a g e   c h a r g e s .   T h i s   a r t i c l e   m u s t   t h e r e f o r e   b e   h e r e b y   m a r k e d   a d v e r t i s e m e n t   i n   a c c o r d a n c e   w i t h   1 8   U . S . C .   S e c t i o n   1 7 3 4   s o l e l y   t o   i n d i c a t e   t h i s   f a c t . 	 A b e r l e   D R ,   2 0 1 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 5 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 1 0 2 8 7 3 ;   A b e r l e   D R ,   2 0 1 0 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 2 ,   P 1 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j q 4 3 4 ;   A r m a t o   S G ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G I N G ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J M I . 2 . 2 . 0 2 0 1 0 3 ;   H a d j i i s k i   L ,   2 0 1 5 ,   S P I E   A A P M   N C I   L U N G   N ;   B o i s e l l e   P M ,   2 0 1 4 ,   J   T H O R A C   I M A G ,   V 2 9 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R T I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 4 ;   B r a n d m a n   S ,   2 0 1 1 ,   J   T H O R A C   I M A G ,   V 2 6 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R T I . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 1 6 3 9 a 9 ;   C a r l e t t a   J ,   1 9 9 6 ,   C O M P U T   L I N G U I S T ,   V 2 2 ,   P 2 4 9 ;   C a w l e y   G C ,   2 0 0 7 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 8 ,   P 8 4 1 ;   C r o s w e l l   J M ,   2 0 1 0 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 5 2 ,   P 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / 0 0 0 3 - 4 8 1 9 - 1 5 2 - 8 - 2 0 1 0 0 4 2 0 0 - 0 0 0 0 7 ;   E F R O N   B ,   1 9 8 1 ,   B I O M E T R I K A ,   V 6 8 ,   P 5 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 6 8 . 3 . 5 8 9 ;   E f r o n   B . ,   1 9 9 3 ,   I N T R O   B O O T S T R A P ;   E l - B a z   A ,   2 0 1 1 ,   L U N G   I M A G I N G   C O M P U T E ;   F a n   L ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   V 8 5 ,   P 8 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 3 3 1 5 0 2 2 3 ;   G o m e z - S a e z   N ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 3 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 3 7 7 5 - 3 ;   G o o d   P . ,   2 0 0 5 ,   P E R M U T A T I O N   P A R A M E T R ;   G o u l d   M K ,   2 0 0 7 ,   C H E S T ,   V 1 3 1 ,   P 3 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 0 6 - 1 2 6 1 ;   H e m p h i l l   E ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 5 - S 1 3 - S 4 ;   H e n s c h k e   C I ,   2 0 0 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 1 ,   P 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 1 1 1 0 3 0 6 3 4 ;   H e n s c h k e   C I ,   2 0 0 2 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 7 8 ,   P 1 0 5 3 ;   H e n s c h k e   C I ,   2 0 1 5 ,   L U N G   C A N C E R ,   V 8 8 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 1 4 ;   H E R M A N   G T ,   1 9 9 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 4 ,   P 7 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 1 4 2 9 1 4 ;   H u   H Y ,   2 0 1 6 ,   T H O R A C   C A N C E R ,   V 7 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 7 5 9 - 7 7 1 4 . 1 2 2 8 0 ;   J a m e s   G . ,   2 0 1 3 ,   I N T R O   S T A T   L E A R N I N G ;   K u n d e l   H L ,   2 0 0 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 8 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 8 2 0 1 1 8 6 0 ;   K U R I Y A M A   K ,   1 9 8 7 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 4 9 ,   P 1 1 3 9 ;   L i   F ,   2 0 0 0 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 0 ,   P 1 7 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 0 0 0 0 4 2 6 ;   L i   F ,   2 0 0 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 3 ,   P 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 3 3 0 3 1 0 1 8 ;   M a s s i o n   P P ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   P R E V   R E S ,   V 7 ,   P 1 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 9 4 0 - 6 2 0 7 . C A P R - 1 4 - 0 3 6 4 ;   M a t s u g u m a   H ,   2 0 1 3 ,   C H E S T ,   V 1 4 3 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 1 1 - 3 3 0 6 ;   N a t i o n a l   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   N e t w o r k ,   2 0 1 5 ,   N C C N   G U I D   L U N G   C A N C ;   P a t e l   V K ,   2 0 1 3 ,   C H E S T ,   V 1 4 3 ,   P 8 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 1 2 - 1 4 8 7 ;   P a t z   E F ,   2 0 1 4 ,   J A M A   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 4 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a i n t e r n m e d . 2 0 1 3 . 1 2 7 3 8 ;   P i n s k y   P F ,   2 0 1 5 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 6 2 ,   P 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / M 1 4 - 2 0 8 6 ;   P i n s k y   P F ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   P R E V   R E S ,   V 7 ,   P 1 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 9 4 0 - 6 2 0 7 . C A P R - 1 3 - 0 4 3 8 ;   P r o s c h   H e l m u t ,   2 0 1 4 ,   T r a n s l   L u n g   C a n c e r   R e s ,   V 3 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 2 1 8 - 6 7 5 1 . 2 0 1 4 . 0 9 . 1 1 ;   R u o p p   M D ,   2 0 0 8 ,   B I O M E T R I C A L   J ,   V 5 0 ,   P 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i m j . 2 0 0 7 1 0 4 1 5 ;   S a y y o u h   M o h a m e d ,   2 0 1 3 ,   E x p e r t   O p i n   M e d   D i a g n ,   V 7 ,   P 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 7 5 3 0 0 5 9 . 2 0 1 3 . 8 5 8 1 1 7 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 8 ;   S i m   J ,   2 0 0 5 ,   P H Y S   T H E R ,   V 8 5 ,   P 2 5 7 ;   S K L A N S K Y   J ,   1 9 8 0 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 ,   P 1 0 1 ;   S m i a l o w s k i   P ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 6 2 1 ;   S w e n s e n   S J ,   2 0 0 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 5 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 5 1 0 4 1 6 6 2 ;   V e r o n e s i   G ,   2 0 1 2 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 5 7 ,   P 7 7 6 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / 0 0 0 3 - 4 8 1 9 - 1 5 7 - 1 1 - 2 0 1 2 1 2 0 4 0 - 0 0 0 0 5 ;   W a n g   H ,   2 0 1 5 ,   C L I N   L U N G   C A N C E R ,   V 1 6 ,   p E 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l l c . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 0 7 ;   W E B B   W R ,   1 9 9 0 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 5 4 ,   P 7 0 1 ;   W J   Y . ,   1 9 5 0 ,   C A N C E R ,   V 3 ,   P 3 2 ;   Y a n g   Z G ,   2 0 0 1 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 7 6 ,   P 1 3 9 9 ;   Y a n k e l e v i t z   D F ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R ,   V 9 7 ,   P 1 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 1 1 1 8 5 ;   Z E R H O U N I   E A ,   1 9 8 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 6 0 ,   P 3 1 9 ;   Z W I R E W I C H   C V ,   1 9 9 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 7 9 ,   P 4 6 9 	 5 0 	 1 	 1 	 3 	 3 	 A M E R   A S S O C   C A N C E R   R E S E A R C H 	 P H I L A D E L P H I A 	 6 1 5   C H E S T N U T   S T ,   1 7 T H   F L O O R ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 6 - 4 4 0 4   U S A 	 1 0 7 8 - 0 4 3 2 	 1 5 5 7 - 3 2 6 5 	 	 C L I N   C A N C E R   R E S 	 C l i n .   C a n c e r   R e s . 	 M A R   1 5 	 2 0 1 7 	 2 3 	 6 	 	 	 	 	 1 4 4 2 	 1 4 4 9 	 	 1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 5 - 3 1 0 2 	 	 8 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E P 4 I S 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 3 4 4 8 0 0 0 1 1 	 2 7 6 6 3 5 8 8 	 
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 A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ W a n ,   T a o ]   B e i h a n g   U n i v ,   S c h   B i o m e d   S c i   &   M e d   E n g n ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C a o ,   J i a j i a ;   Q i n ,   Z e n g c h a n g ]   B e i h a n g   U n i v ,   S c h   A u t o m a t   S c i   &   E l e c t   E n g n ,   I n t e l l i g e n t   C o m p   &   M a c h i n e   L e a r n i n g   L a b ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h e n ,   J i a n h u i ]   9 1   C e n t   H o s p   P L A ,   J i a o z u o   4 5 4 0 0 0 ,   H e n a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Q i n ,   Z C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B e i h a n g   U n i v ,   S c h   A u t o m a t   S c i   &   E l e c t   E n g n ,   I n t e l l i g e n t   C o m p   &   M a c h i n e   L e a r n i n g   L a b ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z c q i n @ b u a a . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 3 0 5 0 4 7 ,   6 1 4 0 1 0 1 2 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   u n d e r   a w a r d   N o s .   6 1 3 0 5 0 4 7   a n d   6 1 4 0 1 0 1 2 . 	 A d e p o j u   L ,   2 0 1 4 ,   A M   J   S U R G ,   V 2 0 8 ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m j s u r g . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 8 ;   A g n e r   S . ,   2 0 0 9 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 4 4 6 ;   A g n e r   S C ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 9 0 4 6 6 ;   A l - K o f a h i   Y ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 5 1 0 2 ;   B a s a v a n h a l l y   A . ,   2 0 1 4 ,   J   P A T H O L   I N F O R M ,   V 2 ;   B a s a v a n h a l l y   A ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 0 ,   P 2 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 3 . 2 2 4 5 1 2 9 ;   B a s a v a n h a l l y   A N ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 5 3 0 5 ;   B i a n c o n i   F ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 5 4 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 1 2 ;   B o s c h   A . ,   2 0 0 7 ,   P   6   A C M   I N T   C   I M   V I D ,   P 4 0 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 2 8 2 2 8 0 . 1 2 8 2 3 4 0 ;   C a o   J . ,   2 0 1 6 ,   P   I E E E   I N T   I N   P R E S S ;   C i r e s a n   D . ,   2 0 1 3 ,   P   M I C C A I ,   P 4 4 1 ;   D a l a i   N . ,   2 0 0 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   V 1 ,   P 8 8 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 5 . 1 7 7 ;   D a l l e   J R ,   2 0 0 8 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 3 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 8 . 4 6 4 9 8 4 7 ;   D o y l e   S . ,   2 0 0 8 ,   P   I E E E   I N T   S   B I O M   I M ,   V 2 9 ,   P 4 6 9 ;   D o y l e   S ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - 2 8 2 ;   D u n d a r   M M ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 8 ,   P 1 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 1 . 2 1 1 0 6 4 8 ;   E b e r t h   J M ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 2 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 3 . 5 2 . 8 2 5 7 ;   E l m o r e   J G ,   2 0 1 5 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 1 3 ,   P 1 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 1 5 . 1 4 0 5 ;   E L S T O N   C W ,   1 9 9 1 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 1 9 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 1 9 9 1 . t b 0 0 2 2 9 . x ;   E r g i n   S ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 5 1 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 0 8 ;   F r e u n d   Y ,   1 9 9 7 ,   J   C O M P U T   S Y S T   S C I ,   V 5 5 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j c s s . 1 9 9 7 . 1 5 0 4 ;   G a r d e z i   S . ,   2 0 1 5 ,   A P P L   M A T H   I N F O R M   S C I ,   V 9 ,   P 3 0 3 7 ;   G u r c a n   M .   N . ,   2 0 0 9 ,   B I O M E D I C A L   E N G   I E E E ,   V 2 ,   P 1 4 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 4 8 6 5 ;   H e   L ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 7 ,   P 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 7 ;   I r s h a d   H . ,   2 0 1 3 ,   J   P A T H O L   I N F O R M ;   I r s h a d   H u m a y u n ,   2 0 1 4 ,   I E E E   R e v   B i o m e d   E n g ,   V 7 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 1 3 . 2 2 9 5 8 0 4 ;   J i a n g   M . ,   2 0 1 5 ,   P   M E D   I M   C O M P   C O M P   A ,   P 3 6 6 ;   J i n g   J . ,   2 0 1 6 ,   P   I E E E   I N T   I N   P R E S S ;   K h a n   A M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 1 7 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 4 . 2 3 0 3 2 9 4 ;   K I R S C H   R A ,   1 9 7 1 ,   C O M P U T   B I O M E D   R E S ,   V 4 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 1 0 - 4 8 0 9 ( 7 1 ) 9 0 0 3 4 - 6 ;   K o n g   H ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 7 7 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 3 3 ;   K o t h a r i   S . ,   2 0 1 2 ,   A C M   C   B I O I N F   C O M P   B I ,   P 2 1 8 ;   K o t h a r i   S ,   2 0 1 3 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 0 ,   P 1 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 2 - 0 0 1 5 4 0 ;   K u r c   T ,   2 0 1 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 5 - 0 8 3 1 - 6 ;   L e e   G . ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ;   L e v i n a   E . ,   2 0 0 5 ,   C   P   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 ;   L i t j e n s   G J S ,   2 0 1 4 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 4 3 7 5 1 ;   M a d a b h u s h i   A ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 5 ,   P 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 0 8 ;   M a r c a n o - C e d e n o   A ,   2 0 1 1 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 4 ,   P 1 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 1 9 ;   O j a l a   T . ,   1 9 9 6 ,   J   P R ,   V 2 9 ,   P 5 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 5 ) 0 0 0 6 7 - 4 ;   O j a n s i v u   V . ,   2 0 1 3 ,   D I A G N   P A T H O L ,   V 8 ,   p S 2 9 ;   P e t u s h i   S o k o l ,   2 0 0 6 ,   B M C   M e d   I m a g i n g ,   V 6 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 3 4 2 - 6 - 1 4 ;   T e o t   L i s a   A ,   2 0 0 7 ,   P e d i a t r   D e v   P a t h o l ,   V 1 0 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 5 0 / 0 6 - 0 6 - 0 1 2 1 . 1 ;   V e t a   M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 1 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 4 . 2 3 0 3 8 5 2 ;   V e t a   M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 0 2 2 1 ;   W a n   T . ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P ,   V 6 ;   W a n   T ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 6 7 8 6 1 ;   W a n g   H a i b o ,   2 0 1 4 ,   J   M e d   I m a g i n g   ( B e l l i n g h a m ) ,   V 1 ,   P 0 3 4 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J M I . 1 . 3 . 0 3 4 0 0 3 ;   W a n g   X F ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 2 ;   W e y n   B ,   1 9 9 8 ,   C Y T O M E T R Y ,   V 3 3 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 3 2 0 ( 1 9 9 8 0 9 0 1 ) 3 3 : 1 < 3 2 : : A I D - C Y T O 4 > 3 . 0 . C O ; 2 - D ;   X u   J . ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G E I N G   I E E E   T ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 ;   X u   J ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 9 1 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 3 4 ;   X u   J ,   2 0 1 1 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 5 ,   P 8 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 0 2 ;   Y a n   S C ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 9 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 2 5 0 5 9 8 ;   Z h a n g   X . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H L T H   I ;   Z h a n g   X F ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 6 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 5 ;   Z h a n g   X F ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 6 1 4 8 1 ;   Z h u   J ,   2 0 0 9 ,   S T A T   I N T E R F A C E ,   V 2 ,   P 3 4 9 	 5 8 	 0 	 0 	 1 1 	 1 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 9 2 5 - 2 3 1 2 	 1 8 7 2 - 8 2 8 6 	 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 N e u r o c o m p u t i n g 	 M A R   1 5 	 2 0 1 7 	 2 2 9 	 	 	 	 S I 	 	 3 4 	 4 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 8 4 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E K 1 Y Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 7 2 5 0 0 0 0 0 5 	 	 
 
 J 	 P a n ,   X P ;   L i ,   L Q ;   Y a n g ,   H H ;   L i u ,   Z B ;   Y a n g ,   J X ;   Z h a o ,   L L ;   F a n ,   Y X 	 	 	 	 P a n ,   X i p e n g ;   L i ,   L i n g q i a o ;   Y a n g ,   H u i h u a ;   L i u ,   Z h e n b i n g ;   Y a n g ,   J i n x i n ;   Z h a o ,   L i n g l i n g ;   F a n ,   Y o n g x i a n 	 	 	 A c c u r a t e   s e g m e n t a t i o n   o f   n u c l e i   i n   p a t h o l o g i c a l   i m a g e s   v i a   s p a r s e   r e c o n s t r u c t i o n   a n d   d e e p   c o n v o l u t i o n a l   n e t w o r k s 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 N u c l e i   s e g m e n t a t i o n ;   D e e p   c o n v o l u t i o n a l   n e t w o r k s ;   H i s t o p a t h o l o g i c a l   i m a g e s ;   S p a r s e   r e c o n s t r u c t i o n 	 C E L L   S E G M E N T A T I O N ;   R O B U S T ;   D I C T I O N A R I E S ;   M I C R O S C O P Y ;   M O D E L 	 A u t o m a t e d   c e l l   s e g m e n t a t i o n   i s   a   c r i t i c a l   s t e p   f o r   c o m p u t e r   a s s i s t e d   p a t h o l o g y   r e l a t e d   i m a g e   a n a l y s i s ,   s u c h   a s   a u t o m a t e d   g r a d i n g   o f   b r e a s t   c a n c e r   t i s s u e   s p e c i m e n s .   H o w e v e r ,   a u t o m a t e d   c e l l   s e g m e n t a t i o n   i s   c o m p l i c a t e d   b y   ( 1 )   c o m p l e x i t y   o f   t h e   d a t a   ( p o s s i b l y   t o u c h i n g   c e l l s ,   s t a i n s ,   b a c k g r o u n d   c l u t t e r s ,   a n d   i m a g e   a r t i f a c t s )   a n d   ( 2 )   t h e   v a r i a b i l i t y   i n   s i z e ,   s h a p e ,   a p p e a r a n c e ,   a n d   t e x t u r e   o f   t h e   i n d i v i d u a l   n u c l e i .   R e c e n t l y ,   t h e r e   h a s   b e e n   a   g r o w i n g   i n t e r e s t   i n   t h e   a p p l i c a t i o n   o f   " D e e p   L e a r n i n g "   s t r a t e g i e s   f o r   t h e   a n a l y s i s   o f   n a t u r a l   a n d   p a t h o l o g i c a l   i m a g e s .   H i s t o p a t h o l o g y ,   g i v e n   i t s   d i v e r s i t y   a n d   c o m p l e x i t y ,   r e p r e s e n t s   a n   e x c e l l e n t   u s e   c a s e   f o r   a p p l i c a t i o n   o f   d e e p   l e a r n i n g   s t r a t e g i e s .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   p u t   f o r w a r d   a n   a u t o m a t e d   n u c l e i   s e g m e n t a t i o n   m e t h o d   t h a t   w o r k s   w i t h   h e m a t o x y l i n   a n d   e o s i n   ( H & E )   s t a i n e d   b r e a s t   c a n c e r   h i s t o p a t h o l o g y   i m a g e s ,   w h i c h   r e p r e s e n t   r e g i o n s   o f   w h o l e   d i g i t a l   s l i d e s .   T h e   p r o c e d u r e   c a n   b e   d i v i d e d   i n t o   t h r e e   m a i n   s t a g e s .   I n i t i a l l y ,   t h e   s p a r s e   r e c o n s t r u c t i o n   m e t h o d   i s   e m p l o y e d   t o  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 d a t a s e t s . 	 [ P a n ,   X i p e n g ;   L i ,   L i n g q i a o ;   Y a n g ,   H u i h u a ;   Y a n g ,   J i n x i n ]   B e i j i n g   U n i v   P o s t s   &   T e l e c o m m u n ,   S c h   A u t o m a t ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   L i n g q i a o ;   Y a n g ,   H u i h u a ;   L i u ,   Z h e n b i n g ;   Z h a o ,   L i n g l i n g ;   F a n ,   Y o n g x i a n ]   G u i l i n   U n i v   E l e c t   T e c h n o l ,   S c h   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   S e c u r ,   G u i l i n ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Y a n g ,   H H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B e i j i n g   U n i v   P o s t s   &   T e l e c o m m u n ,   S c h   A u t o m a t ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Y a n g ,   H H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G u i l i n   U n i v   E l e c t   T e c h n o l ,   S c h   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   S e c u r ,   G u i l i n ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 y h h @ b u p t . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 2 1 3 6 5 0 0 8 ,   6 1 1 0 5 0 0 4 ,   6 1 5 6 2 0 1 3 ,   6 1 4 6 2 0 1 8 ] 	 T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   D r .   G e l a s c a   e t   a l .   f o r   p u b l i s h i n g   t h e   d a t a s e t ,   t h e   a u t h o r s   o f   [ 9 , 2 8 ]   f o r   m a k i n g   t h e   c o d e   a v a i l a b l e .   W e   a r e   g r a t e f u l   f o r   h e l p f u l   c o m m e n t s   f r o m   t h e   a n o n y m o u s   r e v i e w e r s .   T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( G r a n t   n u m b e r s   2 1 3 6 5 0 0 8 ,   6 1 1 0 5 0 0 4 ,   6 1 5 6 2 0 1 3   a n d   6 1 4 6 2 0 1 8 ) . 	 A h a r o n   M ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 5 4 ,   P 4 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S P . 2 0 0 6 . 8 8 1 1 9 9 ;   A I - K o f a h i   Y . ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O M E D I C A L   E N ,   V 5 7 ,   P 8 4 1 ;   A l i   S ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 1 4 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 1 9 0 0 8 9 ;   B u g g e n t h i n   F ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 2 9 7 ;   C h e n   X W ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 3 ,   P 7 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 6 . 8 7 0 2 0 1 ;   C h e n g   L ,   2 0 1 2 ,   A D V   I N T E L   S O F T   C O M P U ,   V 1 2 0 ,   P 2 0 9 ;   C r u z - R o a   A . ,   2 0 1 3 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 4 0 3 ;   E l a d   M . ,   2 0 0 8 ,   E F F I C I E N T   I M P L E M E N T A ;   E l a d   M ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 5 ,   P 3 7 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 6 . 8 8 1 9 6 9 ;   G e l a s c a   E D ,   2 0 0 9 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 0 - 3 6 8 ;   G e l a s c a   E D ,   2 0 0 8 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 1 8 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 0 8 . 4 7 1 2 1 3 0 ;   G o n g   M G ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 2 ,   P 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 2 . 2 2 1 9 5 4 7 ;   H a t i p o g l u   N ,   2 0 1 4 ,   P   4   I N T   C   I M   P R O C   T H ,   P 1 ;   H a t i p o g l u   N . ,   2 0 1 5 ,   P   S I G N   P R O C   C O M M   A P P ,   P 4 5 5 ;   J a i n   V . ,   2 0 0 7 ,   I E E E   1 1   I N T   C   C O M P   V ,   P 1 ;   J a i n   V . ,   2 0 0 8 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   P 7 6 9 ;   L a w   Y N ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 1 ,   P 2 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 2 . 2 1 8 7 6 7 0 ;   L e C u n   Y . ,   2 0 0 4 ,   P   2 0 0 4   I E E E   C O M P   S O C ,   V 2 ,   P 1 1 ;   L i   X . ,   2 0 1 5 ,   P   S P I E   M E D   I M   2 0 1 5   D ,   V 9 4 2 0 ;   L i   X . ,   2 0 1 5 ,   P   I E E E   I N T   C   A C   S P E E ;   L i u   F J ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 5 1 ,   P 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 7 4 - 4 _ 4 2 ;   L o n g   J . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 1 1 4 0 3 8 ;   L u   C ,   2 0 1 2 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 3 4 ,   P 2 9 6 ;   L u   Z ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 4 ,   P 1 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 5 . 2 3 8 9 6 1 9 ;   M a l o n   C ,   2 0 0 8 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   5 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   S o f t   C o m p u t i n g   a s   T r a n s d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   2 0 0 8 .   I n   M e m o r y   o f   P r o f e s s o r   Y a s u h i k o   D o t e ,   P 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 4 5 6 2 2 3 . 1 4 5 6 3 1 6 ;   M e i j e r i n g   E ,   2 0 1 2 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 2 9 ,   P 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M S P . 2 0 1 2 . 2 2 0 4 1 9 0 ;   O T S U   N ,   1 9 7 9 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 9 ,   P 6 2 ;   R o n n e b e r g e r   O . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 5 0 4 5 9 7 ;   S e l v a k u m a r   J . ,   2 0 1 2 ,   P   I E E E   I N T   C   A D V   E N G ,   V 4 4 ,   P 1 8 6 ;   S o n g   Y . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   B I O M E D   E N G ,   V 6 2 ;   S u   H . ,   2 0 1 5 ,   P   I E E E   1 2   I N T   S   B I O M ;   S u   H ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 5 1 ,   P 3 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 7 4 - 4 _ 4 6 ;   S u   H ,   2 0 1 2 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 7 5 1 2 ,   P 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 3 4 5 4 - 2 _ 7 6 ;   T a n g   J R ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 2 8 3 0 ;   V e t a   M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 0 2 2 1 ;   W a n   T . ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ;   W a n g   H . ,   2 0 1 4 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ,   V 9 0 4 1 ;   X i e   Y P ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 5 1 ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 7 4 - 4 _ 4 5 ;   X i n g   F . ,   2 0 1 6 ,   I E E E   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 9 9 ;   X u   J ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 9 1 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 3 4 ;   X u   J ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 5 8 7 0 2 ;   Z h a n g   X . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H L T H   I ,   V 9 9 ;   Z h a n g   X F ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 6 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 5 ;   Z h a n g   X F ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 6 1 4 8 1 ;   Z h o u   X B ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 8 . 2 0 0 7 0 9 8 	 4 5 	 0 	 0 	 1 7 	 1 7 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 9 2 5 - 2 3 1 2 	 1 8 7 2 - 8 2 8 6 	 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 N e u r o c o m p u t i n g 	 M A R   1 5 	 2 0 1 7 	 2 2 9 	 	 	 	 S I 	 	 8 8 	 9 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 8 . 1 0 3 	 	 1 2 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E K 1 Y Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 7 2 5 0 0 0 0 1 0 	 	 
 
 J 	 C o s m a ,   G ;   B r o w n ,   D ;   A r c h e r ,   M ;   K h a n ,   M ;   P o c k l e y ,   A G 	 	 	 	 C o s m a ,   G e o r g i n a ;   B r o w n ,   D a v i d ;   A r c h e r ,   M a t t h e w ;   K h a n ,   M a s o o d ;   P o c k l e y ,   A .   G r a h a m 	 	 	 A   s u r v e y   o n   c o m p u t a t i o n a l   i n t e l l i g e n c e   a p p r o a c h e s   f o r   p r e d i c t i v e   m o d e l i n g   i n   p r o s t a t e   c a n c e r 	 E X P E R T   S Y S T E M S   W I T H   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 P r o s t a t e   c a n c e r   p r e d i c t i o n ;   P r e d i c t i v e   m o d e l i n g ;   C o m p u t a t i o n a l   i n t e l l i g e n c e ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   S o f t   c o m p u t i n g ;   D i s e a s e   c l a s s i f i c a t i o n ;   E v o l u t i o n a r y   c o m p u t a t i o n ;   M e t a h e u r i s t i c   o p t i m i s a t i o n 	 A R T I F I C I A L   N E U R A L - N E T W O R K ;   A N T   C O L O N Y   O P T I M I Z A T I O N ;   C O N T R A S T - E N H A N C E D   M R I ;   F U Z Z Y   C O G N I T I V E   M A P S ;   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   M U L T I O B J E C T I V E   O P T I M I Z A T I O N ;   L O G I S T I C - R E G R E S S I O N ;   G E N E T I C   A L G O R I T H M ;   B A Y E S I A N   N E T W O R K ;   R A N D O M   F O R E S T S 	 P r e d i c t i v e   m o d e l i n g   i n   m e d i c i n e   i n v o l v e s   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   c o m p u t a t i o n a l   m o d e l s   w h i c h   a r e   c a p a b l e   o f   a n a l y s i n g   l a r g e   a m o u n t s   o f   d a t a   i n   o r d e r   t o   p r e d i c t   h e a l t h c a r e   o u t c o m e s   f o r   i n d i v i d u a l   p a t i e n t s .   C o m p u t a t i o n a l   i n t e l l i g e n c e   a p p r o a c h e s   a r e   s u i t a b l e   w h e n   t h e   d a t a   t o   b e   m o d e l l e d   a r e   t o o  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 p a r t i c u l a r ,   t h e   p a p e r   c o n s i d e r s   a   b r o a d   d e f i n i t i o n   o f   c o m p u t a t i o n a l   i n t e l l i g e n c e   w h i c h   i n c l u d e s   m e t a h e u r i s t i c   o p t i m i s a t i o n   a l g o r i t h m s   ( a l s o   k n o w n   a s   n a t u r e   i n s p i r e d   a l g o r i t h m s ) ,   A r t i f i c i a l   N e u r a l   N e t w o r k s ,   D e e p   L e a r n i n g ,   F u z z y   b a s e d   a p p r o a c h e s ,   a n d   h y b r i d s   o f   t h e s e ,   a s   w e l l   a s   B a y e s i a n   b a s e d   a p p r o a c h e s ,   a n d   M a r k o v   m o d e l s .   M e t a h e u r i s t i c   o p t i m i s a t i o n   a p p r o a c h e s ,   s u c h   a s   t h e   A n t   C o l o n y   O p t i m i s a t i o n ,   P a r t i c l e   S w a r m   O p t i m i s a t i o n ,   a n d   A r t i f i c i a l   I m m u n e   N e t w o r k   h a v e   b e e n   u t i l i s e d   f o r   o p t i m i s i n g   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   p r o s t a t e   c a n c e r   p r e d i c t i v e   m o d e l s ,   a n d   t h e   s u i t a b i l i t y   o f   t h e s e   a p p r o a c h e s   a r e   d i s c u s s e d .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ C o s m a ,   G e o r g i n a ;   B r o w n ,   D a v i d ;   A r c h e r ,   M a t t h e w ]   N o t t i n g h a m   T r e n t   U n i v ,   S c h   S c i   &   T e c h n o l ,   N o t t i n g h a m ,   E n g l a n d ;   [ K h a n ,   M a s o o d ]   U n i v   H o s p   L e i c e s t e r   N H S   T r u s t ,   D e p t   U r o l ,   L e i c e s t e r ,   L e i c s ,   E n g l a n d ;   [ P o c k l e y ,   A .   G r a h a m ]   N o t t i n g h a m   T r e n t   U n i v ,   J o h n   v a n   G e e s t   C a n c   R e s   C t r ,   N o t t i n g h a m ,   E n g l a n d 	 C o s m a ,   G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N o t t i n g h a m   T r e n t   U n i v ,   S c h   S c i   &   T e c h n o l ,   N o t t i n g h a m ,   E n g l a n d . 	 g e o r g i n a . c o s m a @ n t u . a c . u k ;   d a v i d . b r o w n @ n t u . a c . u k ;   m . a r c h e r 1 9 9 2 @ h o t m a i l . c o . u k ;   m a s o o d . k h a n @ u h l - t r . n h s . u l ;   g r a h a m . p o c k l e y @ n t u . a c . u k 	 	 C o s m a ,   G e o r g i n a / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 4 6 6 3 - 6 9 0 7 	 N H S   N o t t i n g h a m   C i t y   C l i n i c a l   C o m m i s s i o n i n g   G r o u p ' s   o f   N I H R   R e s e a r c h   C a p a b i l i t y   F u n d i n g   [ C C G / N T U / 0 2 / R C F / 1 3   -   1 4 ] ;   J o h n   a n d   L u c i l l e   v a n   G e e s t   F o u n d a t i o n ;   H e a l t h c a r e   a n d   B i o s c i e n c e   i N e t ,   a n   E R D F ;   L e v e r h u l m e   T r u s t   [ R P G - 2 0 1 6 - 2 5 2 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   f u n d e d   f r o m   t h e   N H S   N o t t i n g h a m   C i t y   C l i n i c a l   C o m m i s s i o n i n g   G r o u p ' s   a l l o c a t i o n   o f   N I H R   R e s e a r c h   C a p a b i l i t y   F u n d i n g   ( C o n t r a c t   N u m b e r :   C C G / N T U / 0 2 / R C F / 1 3   -   1 4 ) .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   t h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   o f   t h e   J o h n   a n d   L u c i l l e   v a n   G e e s t   F o u n d a t i o n   a n d   t h e   H e a l t h c a r e   a n d   B i o s c i e n c e   i N e t ,   a n   E R D F   f u n d e d   i n i t i a t i v e   m a n a g e d   b y   M e d i l i n k   E a s t   M i d l a n d s .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   a l s o   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   t h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   o f   T h e   L e v e r h u l m e   T r u s t   ( R e s e a r c h   P r o j e c t   G r a n t   R P G - 2 0 1 6 - 2 5 2 ) . 	 A l e x e y   A .   D . ,   2 0 1 5 ,   D I S   M A R K E R S ,   V 2 0 1 5 ;   A r e v a l o   J ,   2 0 1 5 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 5 . 7 3 1 8 4 8 2 ;   A r e v a l o   J ,   2 0 1 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 4 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 4 ;   A z i z i   S ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 5 0 ,   P 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 7 1 - 3 _ 9 ;   B a l a c h a n d r a n   K . ,   2 0 1 3 ,   C O M P   C O M M   N E T W   T E C H N ,   P 1 ;   B e n e c c h i   L ,   2 0 0 6 ,   U R O L O G Y ,   V 6 8 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 0 3 ;   B e n g i o   Y . ,   2 0 1 3 ,   S T A T   L A N G U A G E   S P E E C H ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 9 5 9 3 2 _ 1 ;   B i a n c h i   L e o n o r a ,   2 0 0 9 ,   N a t u r a l   C o m p u t i n g ,   V 8 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 4 7 - 0 0 8 - 9 0 9 8 - 4 ;   B l a c k   W   C ,   1 9 9 9 ,   E f f   C l i n   P r a c t ,   V 2 ,   P 8 6 ;   B o u r d e s   V S ,   2 0 0 7 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 5 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 7 . 4 3 5 3 5 6 9 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C a s t a n h o   M J P ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 4 6 ;   C h a d h a   K a i l a s h   C ,   2 0 1 4 ,   C l i n   C a n c e r   I n v e s t i g   J ,   V 3 ,   P 7 2 ;   C h o u k r o u n   D ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   A E R O   E L E C   S Y S ,   V 4 2 ,   P 1 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T A E S . 2 0 0 6 . 1 6 0 3 4 1 3 ;   C i n a r   M ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 6 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 1 0 ;   C i r e s a n   D ,   2 0 1 2 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 2 . 6 2 4 8 1 1 0 ;   C o a t e s   J ,   2 0 1 6 ,   F R O N T   O N C O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f o n c . 2 0 1 6 . 0 0 1 4 9 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   C o s m a   G . ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   P 1 ;   D a s s   M V ,   2 0 1 4 ,   2 0 1 4   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   C O N T R O L ,   I N S T R U M E N T A T I O N ,   E N E R G Y   &   C O M M U N I C A T I O N   ( C I E C ) ,   P 5 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C I E C . 2 0 1 4 . 6 9 5 9 1 5 1 ;   D i a z   J .   M . ,   2 0 1 4 ,   I N F   I N T   S Y S T   A P P L   I I ,   P 1 ;   D I C E   L R ,   1 9 4 5 ,   E C O L O G Y ,   V 2 6 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 9 3 2 4 0 9 ;   D j a v a n   B ,   2 0 0 2 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 0 ,   P 9 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 . 4 . 9 2 1 ;   D o r i g o   M . ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T r a n s a c t i o n s   o n   E v o l u t i o n a r y   C o m p u t a t i o n ,   V 1 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 3 5 . 5 8 5 8 9 2 ;   D o y l e   S ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 9 ,   P 1 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 0 . 2 0 5 3 5 4 0 ;   E c k e   T .   H . ,   2 0 1 2 ,   I S R N   U R O L O G Y ,   V 2 0 1 2 ;   E d g e   S B ,   2 0 1 0 ,   A J C C   C A N C   S T A G I N G   M A ;   E l b e l t a g i   E ,   2 0 0 5 ,   A D V   E N G   I N F O R M ,   V 1 9 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a e i . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 0 4 ;   E l d e f r a w y   A ,   2 0 1 3 ,   U R O L   O N C O L - S E M I N   O R I ,   V 3 1 ,   P 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o n c . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 0 5 ;   E l k i n   E B ,   2 0 0 6 ,   N A T   C L I N   P R A C T   U R O L ,   V 3 ,   P 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c p u r o 0 5 5 6 ;   F a n   Y ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 1 1 0 6 9 ;   F e i   B W ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 9 6 3 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 3 9 4 4 - 1 _ 1 1 ;   F r a n t z i   M a r i a ,   2 0 1 4 ,   C l i n   T r a n s l   M e d ,   V 3 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 2 0 0 1 - 1 3 2 6 - 3 - 7 ;   F r o e l i c h   W ,   2 0 1 2 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 2 ,   P 3 8 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 5 ;   G a u l   D . ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P O R T S ,   V 5 ;   G e r t y c h   A ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 4 6 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 2 ;   G h a h r a m a n i   Z . ,   2 0 0 2 ,   I N T R O   H I D D E N   M A R K O V ,   P 9 ;   G o l u g u l a   A ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 4 8 3 ;   G o u l i o n i s   J .   E . ,   2 0 1 0 ,   O P S E A R C H ,   V 4 7 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 9 7 - 0 1 0 - 0 0 1 5 - 0 ;   G r e e n b l a t t   A ,   2 0 1 3 ,   I E E E   S Y S   M A N   C Y B E R N ,   P 1 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S M C . 2 0 1 3 . 1 9 9 ;   G u o   Y M ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 8 7 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 5 . 0 9 . 1 1 6 ;   G u o   Y L ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 1 6 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 1 5 - 0 8 2 4 - y ;   H a m e e d   W A ,   2 0 1 1 ,   C O M M   C O M   I N F   S C ,   V 1 4 0 ,   P 2 4 1 ;   H a n   J ,   2 0 1 2 ,   M O R   K A U F   D ,   P 1 ;   H a n d l   J ,   2 0 0 7 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 4 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 7 . 0 7 0 2 0 3 ;   H a q   N F ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 4 1 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 7 ;   H a s s a n   R ,   2 0 0 5 ,   P   1   A I A A   M U L T   D E S   O P ,   P 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 5 1 4 / 6 . 2 0 0 5 - 1 8 9 7 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 1 ,   S P R I N G E R   S E R I E S   S T A T ;   H i n t o n   G . E . ,   1 9 8 6 ,   P A R A L L E L   D I S T R I B U T E D ,   V 1 ,   P 2 8 2 ;   H o l l a n d   J .   H . ,   1 9 9 2 ,   A D A P T A T I O N   N A T U R A L   A ;   J E R N E   N K ,   1 9 7 4 ,   A N N   I N S T   P A S T E U R   I M M ,   V C 1 2 5 ,   P 3 7 3 ;   J i a n g   X i a ,   2 0 1 4 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 1 3 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 4 1 3 7 / C I N . S 1 3 0 5 3 ;   K a c h i t v i c h y a n u k u l   V . ,   2 0 1 2 ,   J   I N D   E N G   M A N A G E M E N T ,   V 1 1 ,   P 2 1 5 ;   K a r a k i e w i c z   P I ,   2 0 0 5 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 3 ,   P 1 9 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . j u . 0 0 0 0 1 5 8 0 3 9 . 9 4 4 6 7 . 5 d ;   K a w a k a m i   S ,   2 0 0 8 ,   E U R   U R O L ,   V 5 4 ,   P 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 1 7 ;   K e e g a n   K A ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 8 ,   P 3 5 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 6 6 8 8 ;   K e l e s   A ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 7 ,   P 1 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 7 . 0 3 . 0 0 6 ;   K e n n e d y   J ,   1 9 9 5 ,   1 9 9 5   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   P R O C E E D I N G S ,   V O L S   1 - 6 ,   P 1 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C N N . 1 9 9 5 . 4 8 8 9 6 8 ;   K i m   S .   G . ,   2 0 1 3 ,   J   I N F O R M   P R O C E S S I N G ,   V 9 ,   P 1 0 3 ;   K o h a v i   R ,   1 9 9 5 ,   P   1 4   I N T   J O I N T   C   A R T ,   V 2 ,   P 1 1 3 7 ;   K O S K O   B ,   1 9 8 6 ,   I N T   J   M A N   M A C H   S T U D ,   V 2 4 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 0 - 7 3 7 3 ( 8 6 ) 8 0 0 4 0 - 2 ;   K u m a r   S .   A . ,   2 0 1 1 ,   P R O C   A U T   C O N T R   C O M P ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / P A C C . 2 0 1 1 . 5 9 7 9 0 5 0 ;   K u o   R J ,   2 0 1 4 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 4 0 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 1 3 - 0 6 4 9 - 3 ;   K u o   R J ,   2 0 1 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 3 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 8 ;   L a c a v e   C ,   2 0 0 3 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 2 7 7 4 ,   P 1 3 4 5 ;   L a r r a n a g a   P ,   1 9 9 7 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 1 2 1 1 ,   P 2 6 1 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L e e   H . ,   2 0 0 9 ,   P   2 6   A N N   I N T   C   M A C H ,   P 6 0 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 5 5 3 3 7 4 . 1 5 5 3 4 5 3 ;   L e e   H J ,   2 0 0 6 ,   J   U L T R A S   M E D ,   V 2 5 ,   P 8 1 5 ;   L e h a i r e   J ,   2 0 1 4 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 2 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 4 . 7 0 2 5 4 5 6 ;   L i a n g   M X ,   2 0 1 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 2 ,   P 9 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 7 7 7 2 9 ;   L u q u e - B a e n a   R .   M . ,   2 0 1 4 ,   T H E O R   B I O L   M E D   M O D E L ,   V 1 1 ,   P 1 ;   M a r t e n s   D ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   E V O L U T   C O M P U T ,   V 1 1 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T E V C . 2 0 0 6 . 8 9 0 2 2 9 ;   M a t u l e w i c z   L ,   2 0 1 4 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 0 ,   P 1 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 4 8 7 ;   M a z z e t t i   S . ,   2 0 1 1 ,   I N T   S O C   O P T I C S   P H O T O ;   M c G e a c h y   P ,   2 0 1 5 ,   B R A C H Y T H E R A P Y ,   V 1 4 ,   P 6 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r a c h y . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 7 ;   M i k o l o v   T . ,   2 0 1 3 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   V 2 6 ,   P 3 1 1 1 ;   M o h a r e r i   O ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 6 7 3 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 0 4 0 4 - 1 _ 7 0 ;   M o n a c o   J . ,   2 0 0 9 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 7 2 5 9 ;   M u m f o r d   C L ,   2 0 0 9 ,   I N T E L   S Y S T   R E F   L I B R ,   V 1 ,   P 3 ;   N i   Y . ,   2 0 1 4 ,   C A N C   I N F O R M ,   P 3 9 ;   O s p i n a   J D ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 9 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 2 7 ;   P a r p i n e l l i   R S ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   E V O L U T   C O M P U T ,   V 6 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T E V C . 2 0 0 2 . 8 0 2 4 5 2 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P i e c z y n s k i   W ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 5 ,   P 6 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 3 . 1 1 9 5 9 9 8 ;   P o l i k a r   R . ,   2 0 0 9 ,   S C H O L A R P E D I A ,   V 4 ,   P 2 7 7 6 ,   D O I   [ 1 0 . 4 2 4 9 / s c h o l a r p e d i a . 2 7 7 6 ,   D O I   1 0 . 4 2 4 9 / S C H 0 L A R P E D I A . 2 7 7 6 ] ;   R o s s   K S ,   2 0 0 5 ,   U R O L O G Y ,   V 6 6 ,   P 1 0 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 0 5 . 0 5 . 0 3 0 ;   R u s s e l l   S .   J . ,   1 9 9 5 ,   P   1 4   I N T   J O I N T   C   A R T ,   V 2 ,   P 1 1 4 6 ;   S a d o u g h i   F . ,   2 0 1 3 ,   S T U D I E S   H L T H   T E C H N O L ,   V 2 0 5 ,   P 4 8 1 ;   S a l a k h u t d i n o v   R . ,   2 0 0 9 ,   P   I N T   C   A R T   I N T   S T A T ,   P 4 4 8 ;   S a n y a l   C ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 3 4 3 2 ;   S a r i t a s   I ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 7 ,   P 6 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 5 6 ;   S h a r i a t   S F ,   2 0 0 9 ,   F U T U R E   O N C O L ,   V 5 ,   P 1 5 5 5 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / f o n . 0 9 . 1 2 1 ,   1 0 . 2 2 1 7 / F O N . 0 9 . 1 2 1 ] ;   S h i   X B ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 5 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 0 7 9 5 ;   S h i   Y T ,   2 0 1 3 ,   I N T E L L   A U T O M   S O F T   C O ,   V 1 9 ,   P 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 7 9 8 5 8 7 . 2 0 1 3 . 8 6 9 1 1 1 ;   S i n g i r e d d y   S . ,   2 0 1 5 ,   C L O U D S T R 2 0 1 5 2   U   M E L B ,   P 1 ;   S m i t h   W P ,   2 0 0 9 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 4 6 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 0 2 ;   S o n n e n b e r g   F .   A . ,   1 9 9 3 ,   H E A L T H   E C O N ,   V 1 3 ,   P 3 2 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 2 7 2 9 8 9 X 9 3 0 1 3 0 0 4 0 9 ;   S t e p h a n   C ,   2 0 0 9 ,   U R O L O G Y ,   V 7 4 ,   P 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 5 4 ;   S t r o b l   A N ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 5 6 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 0 1 ;   S u k   H I ,   2 0 1 4 ,   N E U R O I M A G E ,   V 1 0 1 ,   P 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 7 7 ;   S u n   A B ,   2 0 0 8 ,   2 0 0 8   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   I T   I N   M E D I C I N E   A N D   E D U C A T I O N ,   V O L S   1   A N D   2 ,   P R O C E E D I N G S ,   P 5 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I T M E . 2 0 0 8 . 4 7 4 3 9 2 1 ;   S u n g   Y S ,   2 0 1 1 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 9 7 ,   P 1 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 0 . 6 0 6 2 ;   S w a n   A .   L . ,   2 0 1 3 ,   O M I C S ,   V 1 7 ;   T a n g   N . ,   2 0 0 5 ,   S A C   0 5   P   2 0 0 5   A C M   S ,   P 9 1 8 ;   T e o d o r o v i c   D ,   2 0 0 6 ,   N E U R E L   2 0 0 6 :   E I G H T   S E M I N A R   O N   N E U R A L   N E T W O R K   A P P L I C A T I O N S   I N   E L E C T R I C A L   E N G I N E E R I N G ,   P R O C E E D I N G S ,   P 1 5 1 ;   T e w a r i   A ,   2 0 0 1 ,   M O L   U R O L ,   V 5 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / 1 0 9 1 5 3 6 0 1 5 2 7 4 5 8 1 2 ;   T h a n g a v e l   K ,   2 0 1 4 ,   S O F T   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 1 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 0 0 - 0 1 3 - 1 1 3 5 - 2 ;   T h o m p s o n   I M ,   2 0 0 6 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 8 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j j 1 3 1 ;   T o n g   W D ,   2 0 0 4 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 1 2 ,   P 1 6 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 9 / t x g . 7 1 0 9 ;   T o o k   C C ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 5 7 ,   P 1 3 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S P . 2 0 0 8 . 2 0 1 0 6 0 0 ;   T s a m a r d i n o s   I ,   2 0 0 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 6 5 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 6 - 6 8 8 9 - 7 ;   U n d e r w o o d   D J ,   2 0 1 2 ,   H E A L T H   C A R E   M A N A G   S C ,   V 1 5 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 7 2 9 - 0 1 2 - 9 1 9 5 - x ;   V i j a y a   K a l a v a k o n d a ,   2 0 1 0 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   D a t a   M i n i n g ,   M o d e l l i n g   a n d   M a n a g e m e n t ,   V 2 ,   P 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J D M M M . 2 0 1 0 . 0 3 5 5 6 5 ;   V o s   P C ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 6 / 1 5 2 7 ;   W a l j e e   A . ,   2 0 1 4 ,   C L I N   T R A N S L A T I O N A L   G ,   V 5 ;   W a n g   Z ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 0 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 4 8 4 ;   X u e   B ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   E V O L U T   C O M P U T ,   V 2 0 ,   P 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T E V C . 2 0 1 5 . 2 5 0 4 4 2 0 ;   X u t a o   D . ,   2 0 0 7 ,   C A N C   I N F O R M ,   V 3 ;   Y a n g   Z L ,   2 0 1 4 ,   I N T   C   I N T E L   H U M   M A C H ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I H M S C . 2 0 1 4 . 1 5 0 ;   Y u   E ,   2 0 1 1 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 3 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 1 1 . 6 0 9 0 9 2 7 ;   Y u   Y ,   2 0 0 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 9 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 9 ) 0 0 0 4 9 - 4 ;   Z A D E H   L A ,   1 9 6 5 ,   I N F O R M   C O N T R O L ,   V 8 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 9 - 9 9 5 8 ( 6 5 ) 9 0 2 4 1 - X 	 1 2 3 	 0 	 0 	 2 7 5 	 2 7 5 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 M A R   1 5 	 2 0 1 7 	 7 0 	 	 	 	 	 	 1 	 1 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 6 	 	 1 9 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 E D 9 A J 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 1 6 2 0 0 0 0 0 1 	 	 
 
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 1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 0 2 ;   B a t i s t a   G . E . A . P . A . ,   2 0 0 4 ,   A C M   S I G K D D   E X P L   N E W S ,   V 6 ,   P 2 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 0 7 7 3 0 . 1 0 0 7 7 3 5 ;   B e r n a r d   S ,   2 0 0 9 ,   P   8   I N T   W O R K S H   M U L T ,   P 1 7 1 ;   B l a g u s   R ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 1 0 6 ;   B l a g u s   R ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 5 2 3 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   B r e i m a n   L . ,   1 9 9 6 ,   O U T   O F   B A G   E S T I M A T I O ;   B r e i m a n   L . ,   1 9 8 4 ,   C L A S S I F I C A T I O N   R E G R E ;   B u n k h u m p o r n p a t   C ,   2 0 0 9 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 5 4 7 6 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 0 1 3 0 7 - 2 _ 4 3 ;   C e r r a d a   M ,   2 0 1 6 ,   M E C H   S Y S T   S I G N A L   P R ,   V 7 0 - 7 1 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m s s p . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 3 0 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 3 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 2 8 3 8 ,   P 1 0 7 ;   C h e n   J ,   2 0 1 2 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 3 5 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m g m . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 0 2 ;   C h e n   J J ,   2 0 0 5 ,   S A R   Q S A R   E N V I R O N   R E S ,   V 1 6 ,   P 5 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 6 5 9 3 6 0 5 0 0 4 6 8 4 6 8 ;   C h i n n a s w a m y   A ,   2 0 1 6 ,   A D V   I N T E L L I G E N T   S Y S T ,   V 4 2 4 ,   P 2 2 9 ;   C i e s l a k   D A ,   2 0 0 6 ,   2 0 0 6   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   G R A N U L A R   C O M P U T I N G ,   P 7 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / G R C . 2 0 0 6 . 1 6 3 5 9 0 5 ;   D e s t r e r o   A u g u s t o ,   2 0 0 9 ,   C o m p u t a t i o n a l   M a n a g e m e n t   S c i e n c e ,   V 6 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 8 7 - 0 0 8 - 0 0 7 0 - 7 ;   D i a z - U r i a r t e   R ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 3 ;   E f r o n   B ,   1 9 9 3 ,   I N T R O   B O O S T R A P ;   E s p i n d o l a   R   P ,   2 0 0 5 ,   6   I N T   C   D A T   M I N   T E X T ,   V 3 5 ,   P 2 5 ;   F u r e y   T S ,   2 0 0 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   P 9 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 6 . 1 0 . 9 0 6 ;   [ ؚ  G a o   L e i f u ] ,   2 0 1 3 ,   [ {:g]zN^(u,   C o m p u t e r   E n g i n e e r i n g   a n d   A p p l i c a t i o n ] ,   V 4 9 ,   P 8 6 ;   G a r c i a   V ,   2 0 0 8 ,   M A T H   C O M P U T   S C I   E N G ,   P 3 8 9 ;   G h a l w a s h   M F ,   2 0 1 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 6 - 0 9 5 4 - 4 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G u h a   S ,   1 9 9 8 ,   A C M   S I G M O D   R E C O R D ,   V 2 7 ,   P 7 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 7 6 3 0 5 . 2 7 6 3 1 2 ;   G u o   S ,   2 0 1 6 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 4 0 0 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 3 4 ;   H a n   H ,   2 0 0 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 6 4 4 ,   P 8 7 8 ;   H a n   M i n ,   2 0 1 1 ,   C o n t r o l   T h e o r y   &   A p p l i c a t i o n s ,   V 2 8 ,   P 1 4 8 5 ;   H a s s a n   H ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M   B I O L   I N S I G ,   V 9 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 3 7 / B B I . S 2 6 8 6 4 ;   H e   H B ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 1 ,   P 1 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 8 . 2 3 9 ;   H o   T K ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 0 ,   P 8 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 7 0 9 6 0 1 ;   H o   T . K . ,   1 9 9 5 ,   P   3   I N T   C   I E E E ,   V 1 ,   P 2 7 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D A R . 1 9 9 5 . 5 9 8 9 9 4 ;   J a n i t z a   S ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 1 1 9 ;   J i a n - g e n g   L ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   E N G   A P P L ,   V 4 5 ,   P 1 3 1 ;   K a u s a r   N ,   2 0 1 6 ,   P A T T E R N   A N A L   A P P L ,   V 1 9 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 0 4 4 - 0 1 5 - 0 4 4 8 - 4 ;   K e n n e d y   J ,   1 9 9 5 ,   1 9 9 5   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   P R O C E E D I N G S ,   V O L S   1 - 6 ,   P 1 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C N N . 1 9 9 5 . 4 8 8 9 6 8 ;   K h o s h g o f t a a r   T M ,   2 0 0 7 ,   P R O C   I N T   C   T O O L S   A R T ,   P 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C T A I . 2 0 0 7 . 4 6 ;   L a r i v i e r e   B ,   2 0 0 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 2 9 ,   P 4 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 4 3 ;   L e i   L ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   E N G   A P P L ,   V 5 1 ,   P 1 6 2 ;   L i   H   B ,   2 0 1 0 ,   2 0 1 0   I E E E   7   I N T   C   I E ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C E B E . 2 0 1 0 . 9 9 ;   L i   S . ,   2 0 1 1 ,   J   M E T A L L ,   V 2 0 1 1 ,   P 1 ;   L o p e z   V ,   2 0 1 3 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 5 0 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 0 7 ;   [ lofIN  M a   J i n g y i ] ,   2 0 1 0 ,   [ pet~N{t,   A p p l i c a t i o n   o f   S t a t i s t i c s   a n d   M a n a g e m e n t ] ,   V 2 9 ,   P 8 0 5 ;   M a j i d   A ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 3 ,   P 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 0 1 ;   M a l i k   A J ,   2 0 1 5 ,   S E C U R   C O M M U N   N E T W ,   V 8 ,   P 2 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s e c . 5 0 8 ;   M a r t i n e z - M u n o z   G ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 1 0 ;   M e l l o r   A ,   2 0 1 5 ,   I S P R S   J   P H O T O G R A M M ,   V 1 0 5 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i s p r s j p r s . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 1 4 ;   M e n z e   B H ,   2 0 0 9 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 0 - 2 1 3 ;   M i n g - y u a n   Z ,   2 0 1 0 ,   C O N T R O L   D E C I S I O N ,   V 2 5 ,   P 1 1 3 3 ;   N e k o o e i m e h r   I ,   2 0 1 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 6 ,   P 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 3 1 ;   P a n   X Y ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   C H E M ,   V 5 3 ,   P 3 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 2 ;   P a v l i d i s   P . ,   2 0 0 1 ,   P   5   A N N   I N T   C   C O M P   B ,   P 2 4 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 3 6 9 1 3 3 . 3 6 9 2 2 8 ;   P e n g   L ,   2 0 0 7 ,   A C T A   E L E C T   S I N ,   V 3 5 ,   P 2 1 6 1 ;   Q u i n a l n   J   R . ,   1 9 9 3 ,   C 4   5   P R O G R A M S   M A C H I N ;   R o b n i k - S i k o n j a   M . ,   2 0 0 4 ,   I M P R O V I N G   R A N D O M   F O R ,   P 3 5 9 ;   R o d r i g u e z - G a l i a n o   V F ,   2 0 1 2 ,   I S P R S   J   P H O T O G R A M M ,   V 6 7 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i s p r s j p r s . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 2 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S a e z   J A ,   2 0 1 5 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 9 1 ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 5 1 ;   S h a r b a f   F V ,   2 0 1 6 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 7 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 0 1 ;   S h a r m a   A ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 1 . 1 5 1 ;   S h a r m a   A ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   M A C H   L E A R N   C Y B ,   V 3 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 0 4 2 - 0 1 1 - 0 0 6 1 - 9 ;   S t r o b l   C ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 2 5 ;   S t r o b l   C ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 3 0 7 ;   S u n   Y M ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 2 3 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 8 0 0 1 4 0 9 0 0 7 3 2 6 ;   T a h i r   M ,   2 0 1 3 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 3 ,   P 4 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 2 7 ;   W u   Q Y ,   2 0 1 4 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 6 7 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 4 ;   X i a o - l e i   L ,   2 0 0 2 ,   S Y S T E M S   E N G   T H E O R Y   P ,   V 2 2 ,   P 3 1 ;   X i n g u a n g   S . ,   2 0 0 6 ,   C O N T R O L   T H E O R Y   A P P L ,   V 2 3 ,   P 7 4 0 ;   Y a - j i a n   Z ,   2 0 1 0 ,   J   C O M M U N I C A T I O N S ,   V 3 1 ,   P 1 8 ;   Y a n   H ,   2 0 1 2 ,   S O F T W A R E ,   V 3 3 ,   P 1 0 7 ;   Y a n g   F ,   2 0 1 2 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 9 4 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 7 ;   Y u   L ,   2 0 1 1 ,   J   S Y S T   E N G ,   V 2 6 ,   P 5 6 6 ;   Z h a o   W B ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 9 4 3 7 ,   P 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 5 7 8 3 - 9 _ 3 1 ;   Z h e n g - f e n g   C . ,   2 0 1 4 ,   S T U D Y   O P T I M I Z A T I O N   R ;   Z h o u   Q F ,   2 0 1 6 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 9 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 1 0 ;   Z h u   S H ,   2 0 1 0 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 7 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 8 . 3 5 	 7 9 	 0 	 0 	 1 3 	 1 3 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 0 5 	 	 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 B M C   B i o i n f o r m a t i c s 	 M A R   1 4 	 2 0 1 7 	 1 8 	 	 	 	 	 	 	 	 1 6 9 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 7 - 1 5 7 8 - z 	 	 1 8 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E P 6 S F 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 5 0 8 5 0 0 0 0 3 	 2 8 2 9 2 2 6 3 	 
 
 J 	 Y o u s e f ,   M ;   K h a l i f a ,   W ;   A c a r ,   I E ;   A l l m e r ,   J 	 	 	 	 Y o u s e f ,   M a l i k ;   K h a l i f a ,   W a l e e d ;   A c a r ,   I l h a n   E r k i n ;   A l l m e r ,   J e n s 	 	 	 M i c r o R N A   c a t e g o r i z a t i o n   u s i n g   s e q u e n c e   m o t i f s   a n d   k - m e r s 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 m i c r o R N A ;   S e q u e n c e   m o t i f s ;   P r e - m i c r o R N A ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   D i f f e r e n t i a t e   m i R N A s   a m o n g   s p e c i e s ;   k - m e r ;   m i R N A   c a t e g o r i z a t i o n 	 G E N E   P R E D I C T I O N ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   S V M ;   F E A T U R E S ;   S Y S T E M S ;   D E A T H ;   B I R T H ;   R E A L ;   T O O L 	 B a c k g r o u n d :   P o s t - t r a n s c r i p t i o n a l   g e n e   d y s r e g u l a t i o n   c a n   b e   a   h a l l m a r k   o f   d i s e a s e s   l i k e   c a n c e r   a n d   m i c r o R N A s   (   m i R N A s )   p l a y   a   k e y   r o l e   i n   t h e   m o d u l a t i o n   o f   t r a n s l a t i o n   e f f i c i e n c y .   K n o w n   p r e - m i R N A s   a r e   l i s t e d   i n   m i R B a s e ,   a n d   t h e y   h a v e   b e e n   d i s c o v e r e d   i n   a   v a r i e t y   o f   o r g a n i s m s   r a n g i n g   f r o m   v i r u s e s   a n d   m i c r o b e s   t o   e u k a r y o t i c   o r g a n i s m s .   T h e   c o m p u t a t i o n a l   d e t e c t i o n   o f   p r e - m i R N A s   i s   o f   g r e a t   i n t e r e s t ,   a n d   s u c h   a p p r o a c h e s   u s u a l l y   e m p l o y   m a c h i n e   l e a r n i n g   t o   d i s c r i m i n a t e   b e t w e e n   m i R N A s   a n d   o t h e r   s e q u e n c e s .   M a n y   f e a t u r e s   h a v e   b e e n   p r o p o s e d   d e s c r i b i n g   p r e - m i R N A s ,   a n d   w e   h a v e   p r e v i o u s l y  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 ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I z m i r   I n s t   T e c h n o l ,   M o l   B i o l   &   G e n e t ,   T R - 3 5 4 3 0   I z m i r ,   T u r k e y . ;   A l l m e r ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B i o n i a   I n c ,   I Z T E K G E B   A 8 ,   T R - 3 5 4 3 0   I z m i r ,   T u r k e y . 	 m a l i k . y o u s e f @ g m a i l . c o m ;   j e n s @ a l l m e r . d e 	 A l l m e r ,   J e n s / E - 2 3 3 5 - 2 0 1 6 	 A l l m e r ,   J e n s / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 2 1 6 4 - 7 3 3 5 	 S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   o f   T u r k e y   [ 1 1 3 E 3 2 6 ] ;   Z e f a t   A c a d e m i c   C o l l e g e 	 T h e   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   o f   T u r k e y   [ g r a n t   n u m b e r   1 1 3 E 3 2 6 ]   t o   J A   a n d   b y   Z e f a t   A c a d e m i c   C o l l e g e   t o   M Y . 	 A l l m e r   J ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 1 0 7 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 2 7 0 3 - 7 4 8 - 8 _ 9 ;   A l l m e r   J e n s ,   2 0 1 2 ,   F r o n t i e r s   i n   G e n e t i c s ,   V 3 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 2 . 0 0 2 0 9 ;   A m a l d i   E ,   1 9 9 8 ,   T H E O R   C O M P U T   S C I ,   V 2 0 9 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 4 - 3 9 7 5 ( 9 7 ) 0 0 1 1 5 - 1 ;   B a g c i   C ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 5 0 6 5 ;   B a i l e y   T   L ,   1 9 9 4 ,   P r o c   I n t   C o n f   I n t e l l   S y s t   M o l   B i o l ,   V 2 ,   P 2 8 ;   B a i l e y   T L ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p W 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 3 3 5 ;   B a r t e l   D P ,   2 0 0 4 ,   C E L L ,   V 1 1 6 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 0 4 ) 0 0 0 4 5 - 5 ;   B a t u w i t a   R ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 1 0 7 ;   B e r t h o l d   M R ,   2 0 0 8 ,   S T U D   C L A S S   D A T A   A N A L ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 7 8 2 4 6 - 9 _ 3 8 ;   C a k i r   M .   V . ,   2 0 1 0 ,   5   I N T   S   H L T H   I N F   B I O ,   V 2 0 1 0 ,   P 3 1 ;   C h a p m a n   E J ,   2 0 0 7 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 8 ,   P 8 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 1 7 9 ;   L o p e s   I   d e   O .   N . ,   2 0 1 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   P 2 2 4 ;   D i n g   J D ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 2 1 6 ;   D i n g   J D ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - S 1 1 - S 1 1 ;   E r s o n - B e n s a n   A E ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 1 0 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 2 7 0 3 - 7 4 8 - 8 _ 1 ;   F a h l g r e n   N ,   2 0 0 7 ,   P L O S   O N E ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 0 2 1 9 ;   G e r l a c h   D ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p D 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 7 0 7 ;   G r e y   F ,   2 0 1 5 ,   J   G E N   V I R O L ,   V 9 6 ,   P 7 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 9 / v i r . 0 . 0 7 0 8 6 2 - 0 ;   J i a n g   P ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p W 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 3 6 8 ;   K h a l i f a   W ,   2 0 1 6 ,   P E E R J ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 7 7 1 7 / p e e r j . 2 1 3 5 ;   K o z o m a r a   A ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p D 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 1 0 2 7 ;   L e t u n i c   I ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p W 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 2 0 1 ;   L i a n g   H ,   2 0 0 9 ,   M O L   B I O L   E V O L ,   V 2 6 ,   P 1 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / m o l b e v / m s p 0 5 3 ;   L o n d i n   E ,   2 0 1 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 2 ,   p E 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 2 0 9 5 5 1 1 2 ;   L u   J ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 7 3 ;   M A T T H E W S   B W ,   1 9 7 5 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 4 0 5 ,   P 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 5 - 2 7 9 5 ( 7 5 ) 9 0 1 0 9 - 9 ;   N g   K L S ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 1 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 0 2 6 ;   S a c a r   M D ,   2 0 1 3 ,   2 0 1 3   8   I N T   S   H L T H   I N ,   P 1 ;   S a c a r   M D ,   2 0 1 3 ,   P A K I S T A N   J   C L I N   B I O M ,   V 1 ,   P 3 ;   S a c a r   M D ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 1 0 7 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 2 7 0 3 - 7 4 8 - 8 _ 1 0 ;   S h a l t o u t   N A N ,   2 0 1 4 ,   P   W O R L D   C   E N G   N E W S W ,   P 6 2 5 ;   T e u n e   J - H ,   2 0 1 0 ,   J   N U C L   A C I D S ,   D O I   [ 1 0 . 4 0 6 1 / 2 0 1 0 / 4 9 5 9 0 4 ,   D O I   1 0 . 4 0 6 1 / 2 0 1 0 / 4 9 5 9 0 4 ] ;   v a n   d e r   B u r g t   A ,   2 0 0 9 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 0 - 2 0 4 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 9 5 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   W u   Y G ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 1 0 7 ;   X u   Q S ,   2 0 0 1 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 5 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 9 - 7 4 3 9 ( 0 0 ) 0 0 1 2 2 - 2 ;   X u e   C H ,   2 0 0 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 6 - 3 1 0 ;   Y a n g   Y . ,   1 9 9 7 ,   I C M L ,   V 9 7 ,   P 4 1 2 ;   Y o n e s   C A ,   2 0 1 5 ,   B I O S Y S T E M S ,   V 1 3 8 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s y s t e m s . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 3 ;   Y o u s e f   M ,   2 0 1 5 ,   P L A N T   M I C R O R N A   P R E D I ;   Y o u s e f   M ,   2 0 1 7 ,   P   B I O S T E C   2 0 1 7   1 0   I N ,   V 3 ,   P 1 3 3 ;   Y o u s e f   M ,   2 0 1 6 ,   J   I N T E L L I G E N T   L E A R N I ,   V 8 ,   P 9 ,   D O I   [ 1 0 . 4 2 3 6 / j i l s a . 2 0 1 6 . 8 1 0 0 2 ,   D O I   1 0 . 4 2 3 6 / J I L S A . 2 0 1 6 . 8 1 0 0 2 ] 	 4 2 	 0 	 0 	 2 	 2 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 0 5 	 	 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 B M C   B i o i n f o r m a t i c s 	 M A R   1 4 	 2 0 1 7 	 1 8 	 	 	 	 	 	 	 	 1 7 0 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 7 - 1 5 8 4 - 1 	 	 9 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E P 6 S F 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 5 0 8 5 0 0 0 0 4 	 2 8 2 9 2 2 6 6 	 
 
 J 	 C i u c c i ,   S ;   G e ,   Y ;   D u r a n ,   C ;   P a l l a d i n i ,   A ;   J i m e n e z - J i m e n e z ,   V ;   M a r t i n e z - S a n c h e z ,   L M ;   W a n g ,   Y T ;   S a l e s ,   S ;   S h e v c h e n k o ,   A ;   P o s e r ,   S W ;   H e r b i g ,   M ;   O t t o ,   O ;   A n d r o u t s e l l i s - T h e o t o k i s ,   A ;   G u c k ,   J ;   G e r l ,   M J ;   C a n n i s t r a c i ,   C V 	 	 	 	 C i u c c i ,   S a r a ;   G e ,   Y a n ;   D u r a n ,   C l a u d i o ;   P a l l a d i n i ,   A l e s s a n d r a ;   J i m e n e z - J i m e n e z ,   V i c t o r ;   M a r t i n e z - S a n c h e z ,   L u i s a   M a r i a ;   W a n g ,   Y u t i n g ;   S a l e s ,   S u s a n n e ;   S h e v c h e n k o ,   A n d r e j ;   P o s e r ,   S t e v e n   W . ;   H e r b i g ,   M a i k ;   O t t o ,   O l i v e r ;   A n d r o u t s e l l i s - T h e o t o k i s ,   A n d r e a s ;   G u c k ,   J o c h e n ;   G e r l ,   M a t h i a s   J . ;   C a n n i s t r a c i ,   C a r l o   V i t t o r i o 	 	 	 E n l i g h t e n i n g   d i s c r i m i n a t i v e   n e t w o r k   f u n c t i o n a l   m o d u l e s   b e h i n d   P r i n c i p a l   C o m p o n e n t   A n a l y s i s   s e p a r a t i o n   i n   d i f f e r e n t i a l - o m i c   s c i e n c e   s t u d i e s 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 P R O T O N - P U M P   I N H I B I T O R S ;   S Q U A M O U S - C E L L   C A R C I N O M A ;   L A R G E   G E N E   L I S T S ;   T R A N S C R I P T I O N   F A C T O R ;   L U N G - C A N C E R ;   N E U R O E N D O C R I N E   D I F F E R E N T I A T I O N ;   B A C T E R I A L   M I C R O B I O T A ;   R E G U L A T O R Y   N E T W O R K S ;   M O L E C U L A R   A N A L Y S I S ;   H I G H - T H R O U G H P U T 	 O m i c   s c i e n c e   i s   r a p i d l y   g r o w i n g   a n d   o n e   o f   t h e   m o s t   e m p l o y e d   t e c h n i q u e s   t o   e x p l o r e   d i f f e r e n t i a l   p a t t e r n s   i n   o m i c   d a t a s e t s   i s   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) .   H o w e v e r ,   a   m e t h o d   t o   e n l i g h t e n   t h e   n e t w o r k   o f   o m i c   f e a t u r e s   t h a t   m o s t l y   c o n t r i b u t e   t o   t h e   s a m p l e   s e p a r a t i o n   o b t a i n e d   b y   P C A   i s   m i s s i n g .   A n   a l t e r n a t i v e   i s   t o   b u i l d   c o r r e l a t i o n   n e t w o r k s   b e t w e e n   u n i v a r i a t e l y - s e l e c t e d   s i g n i f i c a n t   o m i c   f e a t u r e s ,   b u t   t h i s   n e g l e c t s   t h e   m u l t i v a r i a t e   u n s u p e r v i s e d   f e a t u r e   c o m p r e s s i o n   r e s p o n s i b l e   f o r   t h e   P C A   s a m p l e   s e g r e g a t i o n .   B i o l o g i s t s   a n d   m e d i c a l   r e s e a r c h e r s   o f t e n   p r e f e r   e f f e c t i v e   m e t h o d s   t h a t   o f f e r   a n   i m m e d i a t e   i n t e r p r e t a t i o n   t o   c o m p l i c a t e d   a l g o r i t h m s   t h a t   i n   p r i n c i p l e   p r o m i s e   a n   i m p r o v e m e n t   b u t   i n   p r a c t i c e   a r e   d i f f i c u l t   t o   b e   a p p l i e d   a n d   i n t e r p r e t e d .   H e r e   w e   p r e s e n t   P C - c o r r :   a   s i m p l e   a l g o r i t h m   t h a t   a s s o c i a t e s   t o   a n y   P C A   s e g r e g a t i o n   a   d i s c r i m i n a t i v e   n e t w o r k   o f   f e a t u r e s .   S u c h   n e t w o r k   c a n   b e   i n s p e c t e d   i n   s e a r c h   o f   f u n c t i o n a l   m o d u l e s   u s e f u l   i n   t h e   d e f i n i t i o n   o f   c o m b i n a t o r i a l   a n d   m u l t i s c a l e   b i o m a r k e r s   f r o m   m u l t i f a c e t e d   o m i c   d a t a   i n   s y s t e m s   a n d   p r e c i s i o n   b i o m e d i c i n e .   W e   o f f e r   p r o o f s   o f   P C - c o r r   e f f i c a c y   o n   l i p i d o m i c ,   m e t a g e n o m i c ,   d e v e l o p m e n t a l   g e n o m i c ,   p o p u l a t i o n   g e n e t i c ,   c a n c e r   p r o m o t e r o m i c   a n d   c a n c e r   s t e m - c e l l   m e c h a n o m i c   d a t a .   F i n a l l y ,   P C - c o r r   i s   a   g e n e r a l   f u n c t i o n a l   n e t w o r k   i n f e r e n c e   a p p r o a c h   t h a t   c a n   b e   e a s i l y   a d o p t e d   f o r   b i g   d a t a   e x p l o r a t i o n   i n   c o m p u t e r   s c i e n c e   a n d   a n a l y s i s   o f   c o m p l e x   s y s t e m s   i n   p h y s i c s . 	 [ C i u c c i ,   S a r a ;   G e ,   Y a n ;   D u r a n ,   C l a u d i o ;   P a l l a d i n i ,   A l e s s a n d r a ;   M a r t i n e z - S a n c h e z ,   L u i s a   M a r i a ;   C a n n i s t r a c i ,   C a r l o   V i t t o r i o ]   T e c h   U n i v   D r e s d e n ,   D e p t   P h y s ,   C M C B ,   B i o m e d   C y b e r n e t   G r p , B i o t e c h n o l   C t r   B I O T E C ,   T a t z b e r g   4 7 - 4 9 ,   D - 0 1 3 0 7   D r e s d e n ,   G e r m a n y ;   [ C i u c c i ,   S a r a ;   P a l l a d i n i ,   A l e s s a n d r a ;   G e r l ,   M a t h i a s   J . ]   L i p o t y p e   G m b H ,   T a t z b e r g   4 7 ,   D - 0 1 3 0 7   D r e s d e n ,   G e r m a n y ;   [ P a l l a d i n i ,   A l e s s a n d r a ]   T e c h   U n i v   D r e s d e n ,   D Z D   P a u l   L a n g e r h a n s   I n s t ,   M e m b r a n e   B i o c h e m   G r p ,   T a t z b e r g   4 7 - 4 9 ,   D - 0 1 3 0 7   D r e s d e n ,   G e r m a n y ;   [ J i m e n e z - J i m e n e z ,   V i c t o r ]   F d n   C t r   N a c l   I n v e s t   C a r d i o v a s c   C a r l o s   I I I ,   I n t e g r i n   S i g n a l l i n g   G r p ,   M e l c h o r   F e r n a n d e z   A l m a g r o   3 ,   M a d r i d   2 8 0 2 9 ,   S p a i n ;   [ W a n g ,   Y u t i n g ;   S a l e s ,   S u s a n n e ;   S h e v c h e n k o ,   A n d r e j ]   M P I   M o l   C e l l   B i o l   &   G e n e t ,   P f o t e n h a u e r s t r s t r   1 0 8 ,   D - 0 1 3 0 7   D r e s d e n ,   G e r m a n y ;   [ W a n g ,   Y u t i n g ;   A n d r o u t s e l l i s - T h e o t o k i s ,   A n d r e a s ]   T e c h   U n i v   D r e s d e n ,   C M C B ,   C R T D ,   F e t s c h e r s t r   1 0 5 ,   D - 0 1 3 0 7   D r e s d e n ,   G e r m a n y ;   [ P o s e r ,   S t e v e n   W . ;   A n d r o u t s e l l i s - T h e o t o k i s ,   A n d r e a s ]   T e c h   U n i v   D r e s d e n ,   U n i v   H o s p   C a r l   G u s t a v   C a r u s ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d   3 ,   F e t s c h e r s t r   7 4 ,   D - 0 1 3 0 7   D r e s d e n ,   G e r m a n y ;   [ H e r b i g ,   M a i k ;   O t t o ,   O l i v e r ;   G u c k ,   J o c h e n ]   T e c h   U n i v   D r e s d e n ,   C M C B ,   C e l l u l a r   M a c h i n e s   G r p ,   B i o t e c h n o l   C t r   B I O T E C ,   D - 0 1 3 0 7   D r e s d e n ,   G e r m a n y ;   [ A n d r o u t s e l l i s - T h e o t o k i s ,   A n d r e a s ]   U n i v   N o t t i n g h a m ,   S c h   M e d ,   D i v   C a n c   &   S t e m   C e l l s ,   D e p t   S t e m   C e l l   B i o l , C t r   B i o m o l   S c i ,   N o t t i n g h a m   N G 7   2 R D ,   E n g l a n d 	 C a n n i s t r a c i ,   C V   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T e c h   U n i v   D r e s d e n ,   D e p t   P h y s ,   C M C B ,   B i o m e d   C y b e r n e t   G r p , B i o t e c h n o l   C t r   B I O T E C ,   T a t z b e r g   4 7 - 4 9 ,   D - 0 1 3 0 7   D r e s d e n ,   G e r m a n y . 	 k a l o k a g a t h o s . a g o n @ g m a i l . c o m 	 	 	 K l a u s   T s c h i r a   S t i f t u n g   ( K T S )   g G m b H ,   G e r m a n y   [ 0 0 . 2 8 5 . 2 0 1 6 ] ;   L i p o t y p e   G m b H ;   E u r o p e a n   U n i o n   [ 6 4 1 6 3 9 ] ;   G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n ;   O p e n   A c c e s s   P u b l i c a t i o n   F u n d s   o f   t h e   T U   D r e s d e n 	 C . V . C .   t h a n k s   J e n n i f e r   L a b u s   f r o m   t h e   U C L A   O p p e n h e i m e r   C e n t e r   f o r   N e u r o b i o l o g y   o f   S t r e s s   a n d   R e s i l i e n c e   f o r   t h e   p r e c i o u s   d i s c u s s i o n s   a n d   v a l u a b l e   s u g g e s t i o n s   o n   t h e   u n s u p e r v i s e d   p a t t e r n   a n a l y s i s .   W e   t h a n k   G r e g o r i o   A l a n i s   L o b a t o   f r o m   t h e   I n s t i t u t e   o f   M o l e c u l a r   B i o l o g y   M a i n z   f o r   t h e   u s e f u l   s u g g e s t i o n s   o n   t h e   p o p u l a t i o n   g e n e t i c s   d a t a s e t .   W e   t h a n k   M i g u e l   A n g e l   d e l   P o z o   f r o m   t h e   S p a n i s h   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   C a r d i o v a s c u l a r   R e s e a r c h   ( C N I C )   f o r   k i n d   s u p p o r t .   W e   t h a n k   P i e r o   C a r n i c i ,   A l i s t a i r   F o r r e s t ,   T i m o t h y   R a v a s i ,   t h e   R I K E N   O m i c s   S c i e n c e   C e n t e r   ( O S C )   i n   Y o k o h a m a   a n d   t h e   F A N T O M   c o n s o r t i u m   f o r   t h e i r   k i n d   s u p p o r t .   W o r k   i n   t h e   C V C   l a b o r a t o r y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   K l a u s   T s c h i r a   S t i f t u n g   ( K T S )   g G m b H ,   G e r m a n y   ( G r a n t   n u m b e r :   0 0 . 2 8 5 . 2 0 1 6 ) .   S . C .   P h D   f e l l o w s h i p   i s   s u p p o r t e d   b y   L i p o t y p e   G m b H .   V . J . J .   P h D   s c h o l a r s h i p   h a s   r e c e i v e d   f u n d i n g   f r o m   t h e   E u r o p e a n   U n i o n ' s   H o r i z o n   2 0 2 0   r e s e a r c h   a n d   i n n o v a t i o n   p r o g r a m m e   u n d e r   t h e   M a r i e   S k l o d o w s k a - C u r i e   g r a n t   a g r e e m e n t   N o   6 4 1 6 3 9 .   W e   a c k n o w l e d g e   s u p p o r t   b y   t h e   G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   a n d   t h e   O p e n   A c c e s s   P u b l i c a t i o n   F u n d s   o f   t h e   T U   D r e s d e n . 	 A l a n i s - L o b a t o   G ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 8 1 4 0 ;   A l v a r e z - F e r n a n d e z   S .   M . ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 1 1 8 1 ;   A m i r   I ,   2 0 1 4 ,   E N V I R O N   M I C R O B I O L ,   V 1 6 ,   P 2 9 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 4 6 2 - 2 9 2 0 . 1 2 2 8 5 ;   A m m i r a t i   E ,   2 0 1 2 ,   C I R C   R E S ,   V 1 1 1 ,   P 1 3 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C R E S A H A . 1 1 1 . 2 6 2 4 7 7 ;   B a l a r e s q u e   P L ,   2 0 0 7 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 1 6 ,   p R 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d m 2 4 2 ;   B a n s a l   M ,   2 0 0 7 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b 4 1 0 0 1 2 0 ;   B a r b i e r i   C E ,   2 0 0 6 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 3 1 2 ,   P 6 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x c r . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 2 8 ;   B a r t o n   C E ,   2 0 1 0 ,   C E L L   D E A T H   D I S ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d i s . 2 0 1 0 . 4 9 ;   B a s n e t   K . ,   1 9 9 3 ,   T R I B H U V A N   U   J ,   V 1 6 ;   B e l d a - F e r r e   P ,   2 0 1 2 ,   I S M E   J ,   V 6 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / i s m e j . 2 0 1 1 . 8 5 ;   B e l l   G W ,   2 0 0 6 ,   M E T H O D   E N Z Y M O L ,   V 4 1 1 ,   P 4 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 7 6 - 6 8 7 9 ( 0 6 ) 1 1 0 2 2 - 8 ;   B e l l m a n   R . ,   1 9 5 7 ,   D Y N A M I C   P R O G R A M M I N G ,   V 7 0 ;   B e r m a n   J J ,   2 0 0 4 ,   B M C   C A N C E R ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 4 - 1 0 ;   B i k   E M ,   2 0 0 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 3 ,   P 7 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 6 5 5 1 0 3 ;   B r e d e n k a m p   N ,   2 0 0 7 ,   D E V   G E N E S   E V O L ,   V 2 1 7 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 2 7 - 0 0 6 - 0 1 2 8 - x ;   B y t z e r   P ,   2 0 0 1 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 3 4 ,   P 8 1 5 ;   C a n d e s   E J ,   2 0 1 1 ,   J   A C M ,   V 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 7 0 3 9 2 . 1 9 7 0 3 9 5 ;   C a n n i s t r a c i   C V ,   2 0 1 3 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 5 - 8 7 9 4 - 6 - 5 ;   C a n n i s t r a c i   C V ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 2 0 8 ;   C a n n i s t r a c i   C V ,   2 0 1 3 ,   S C I   R E P - U K ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 1 6 1 3 ;   C a n n i s t r a c i   C V ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   p i 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 3 7 6 ;   C a p o r a s o   J G ,   2 0 1 0 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 7 ,   P 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . f . 3 0 3 ;   C a p o r a s o   J G ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 6 3 6 ;   C h a n   Y C ,   1 9 9 7 ,   J   A M   C O L L   N U T R ,   V 1 6 ,   P 2 2 9 ;   C h a p m a n   D B ,   2 0 1 1 ,   J   V O I C E ,   V 2 5 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j v o i c e . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 5 ;   C h e u n g   W K C ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 3 ,   P 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 0 9 ;   C h r i s t m a s   R o w a n ,   2 0 0 5 ,   A M   A S S   C A N C   R E S   E D   B ,   V 1 3 ,   P 1 2 ;   C o a l s o n   R .   E . ,   1 9 9 2 ,   E M B R Y O L O G Y ,   P 1 ;   C o r t i   V ,   2 0 0 8 ,   B M C   N E U R O S C I ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 2 0 2 - 9 - 3 6 ;   C o s t a l o n g a   M ,   2 0 1 4 ,   I M M U N O L   L E T T ,   V 1 6 2 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m l e t . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 1 7 ;   D a m i n e l l i   S ,   2 0 1 5 ,   N E W   J   P H Y S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 3 6 7 - 2 6 3 0 / 1 7 / 1 1 / 1 1 3 0 3 7 ;   D o n d e r s   A R T ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   E P I D E M I O L ,   V 5 9 ,   P 1 0 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c l i n e p i . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 1 4 ;   D o n l o n   T A ,   2 0 1 2 ,   J   G E R O N T O L   A - B I O L ,   V 6 7 ,   P 1 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / g e r o n a / g l s 0 6 7 ;   D u d e k   R .   W . ,   2 0 0 0 ,   H I G H   Y I E L D   H I S T O L O G Y ;   E r h a n   D ,   2 0 1 0 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 1 ,   P 6 2 5 ;   E v e r i t t   A V ,   2 0 0 6 ,   C L I N   I N T E R V   A G I N G ,   V 1 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / c i i a . 2 0 0 6 . 1 . 1 . 1 1 ;   F o r r e s t   A R R ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 0 7 ,   P 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 1 8 2 ;   G a r d n e r   T S ,   2 0 0 5 ,   P H Y S   L I F E   R E V ,   V 2 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l r e v . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 0 1 ;   G a r t e   S ,   2 0 1 0 ,   A M   J   H U M   B I O L ,   V 2 2 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a j h b . 2 0 9 8 4 ;   G i l b e r t   S . ,   2 0 0 3 ,   D E V   B I O L ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . y d b i o . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . Y D B I O . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 3 3 ] ;   H a a s   B J ,   2 0 1 1 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 1 ,   P 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 1 2 7 3 0 . 1 1 0 ;   H a n n   C L ,   2 0 0 8 ,   O N C O L O G Y - N Y ,   V 2 2 ,   P 1 4 8 6 ;   H e v n e r   R F ,   2 0 0 1 ,   N E U R O N ,   V 2 9 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 6 - 6 2 7 3 ( 0 1 ) 0 0 2 1 1 - 2 ;   H u a n g   D W ,   2 0 0 9 ,   N A T   P R O T O C ,   V 4 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 8 . 2 1 1 ;   H u a n g   D W ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 9 2 3 ;   I s i k   Z ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 7 4 1 7 ;   J a c k s o n   M A ,   2 0 1 6 ,   G U T ,   V 6 5 ,   P 7 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t j n l - 2 0 1 5 - 3 1 0 8 6 1 ;   J o b l i n g   M .   A . ,   2 0 0 3 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 7 6 ,   P 1 0 8 7 ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   2 0 0 2 ,   S P R I N G E R   S E R I E S   S T A T ,   V 9 8 ,   P 4 8 7 ;   K a w a s e   A ,   2 0 1 2 ,   J P N   J   C L I N   O N C O L ,   V 4 2 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j j c o / h y r 1 8 8 ;   K n i g h t s   A l e x a n d e r   J ,   2 0 1 2 ,   T r e n d s   C a n c e r   R e s ,   V 8 ,   P 6 1 ;   K o d z i u s   R ,   2 0 0 6 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 3 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h 0 3 0 6 - 2 1 1 ;   K o m i y a   Y u k o ,   2 0 0 8 ,   O r g a n o g e n e s i s ,   V 4 ,   P 6 8 ;   K u a n g   J L ,   2 0 1 3 ,   I S M E   J ,   V 7 ,   P 1 0 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / i s m e j . 2 0 1 2 . 1 3 9 ;   L a d a n y i   M ,   2 0 0 8 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 2 1 ,   p S 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 3 8 0 1 0 1 8 ;   L a n   M S ,   2 0 0 9 ,   F A S E B   J ,   V 2 3 ,   P 2 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 6 / f j . 0 8 - 1 2 5 9 7 1 ;   L A N   M S ,   1 9 9 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 3 ,   P 4 1 6 9 ;   L e t h - L a r s e n   R ,   2 0 1 0 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 9 ,   P 1 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . R 9 0 0 0 0 6 - M C P 2 0 0 ;   L i   X X ,   2 0 0 9 ,   P L O S   O N E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 7 9 8 5 ;   L i n d s t r o m   A K ,   2 0 0 9 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 2 9 ,   P 2 5 7 7 ;   L o d a t o   F ,   2 0 1 0 ,   B E S T   P R A C T   R E S   C L   G A ,   V 2 4 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p g . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 0 4 ;   M a r b a c h   D ,   2 0 1 2 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 9 ,   P 7 9 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 0 1 6 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 0 1 6 ] ;   M a r b a c h   D ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 6 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 3 3 5 7 1 0 7 ;   M a t e r i a l   S .   O .   W e b   S .   P r e s s   H .   Y o r k   N .   &   N w   A ,   2 0 1 1 ,   S C I E N C E ,   V 1 5 4 1 ,   P 1 5 4 1 ;   M e y e r   P E ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 4 6 1 ;   M o r r i s   B J ,   2 0 1 5 ,   G E R O N T O L O G Y ,   V 6 1 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 7 5 2 3 5 ;   M u r r a y   N ,   2 0 0 6 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 1 ,   P 2 7 0 ;   N e p h   S ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 5 0 ,   P 1 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 4 0 ;   N g a m p h i w   C ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 1 4 5 1 ;   N o b e l s   F R E ,   1 9 9 8 ,   E U R   J   C L I N   I N V E S T ,   V 2 8 ,   P 4 3 1 ;   N O G U C H I   M ,   1 9 9 5 ,   C A N C E R ,   V 7 5 ,   P 2 8 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 5 0 6 1 5 ) 7 5 : 1 2 < 2 8 4 4 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 7 5 1 2 0 9 > 3 . 0 . C O ; 2 - # ;   O l i v e r o s   J .   C .   V .   E .   N .   N .   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O G P   C N B   C S I C ;   O s u m i   N ,   2 0 0 8 ,   S T E M   C E L L S ,   V 2 6 ,   P 1 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / s t e m c e l l s . 2 0 0 7 - 0 8 8 4 ;   O t t o   O ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 4 ,   P 2 0 2 ;   P a l l i e r   K ,   2 0 1 2 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 3 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 1 - 0 2 3 9 - 5 ;   P a n s k y   B ,   1 9 8 2 ,   R E V   M E D   E M B R Y O L O G Y ;   P a r k   D M ,   2 0 1 3 ,   S C I   R E P - U K ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 1 0 9 5 ;   R a v a s i   T ,   2 0 1 0 ,   C E L L ,   V 1 4 0 ,   P 7 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 4 4 ;   R i n g n e r   M ,   2 0 0 8 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 6 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 0 3 0 8 - 3 0 3 ;   R o s e n   R ,   2 0 1 5 ,   J   P E D I A T R - U S ,   V 1 6 6 ,   P 9 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p e d s . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 6 7 ;   R O S S   P D ,   1 9 9 1 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 3 3 ,   P 8 0 1 ;   R u a n   J H ,   2 0 1 0 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 4 - 8 ;   S a l e s   S ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 7 7 1 0 ;   S a m a r a s   T T ,   2 0 0 2 ,   W E S T E R N   J   M E D ,   V 1 7 6 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / e w j m . 1 7 6 . 3 . 2 0 6 ;   S a n d u l e a n u   S ,   2 0 0 1 ,   A L I M E N T   P H A R M   T H E R A P ,   V 1 5 ,   P 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 0 3 6 . 2 0 0 1 . 0 0 8 8 8 . x ;   S e t h i   I ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 5 - 1 7 9 3 - 9 ;   S h e v c h e n k o   A ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 1 ,   P 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 2 9 3 4 ;   S m i a l o w s k i   P ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 6 2 1 ;   S n e l   B ,   2 0 0 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 8 ,   P 3 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 8 . 1 8 . 3 4 4 2 ;   S t e r b i n i   F P ,   2 0 1 6 ,   A P P L   E N V I R O N   M I C R O B ,   V 8 2 ,   P 6 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / A E M . 0 1 4 3 7 - 1 6 ;   S u l a h i a n   R ,   2 0 1 4 ,   O N C O G E N E ,   V 3 3 ,   P 5 6 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 3 . 5 1 7 ;   S u r m a   M A ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   L I P I D   S C I   T E C H ,   V 1 1 7 ,   P 1 5 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e j l t . 2 0 1 5 0 0 1 4 5 ;   S u z u k i   M ,   2 0 0 1 ,   A S I A   P A C   J   C L I N   N U T R ,   V 1 0 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 4 4 0 - 6 0 4 7 . 2 0 0 1 . 0 0 2 1 9 . x ;   S z k l a r c z y k   D ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 0 3 ;   T a k a h a s h i   H ,   2 0 1 2 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 7 8 6 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 1 7 7 9 - 2 9 2 - 2 _ 1 1 ;   T s u d a   A ,   2 0 1 5 ,   C L I N   T R A N S L   G A S T R O E N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c t g . 2 0 1 5 . 2 0 ;   V e s p e r   B J ,   2 0 0 9 ,   C U R R   D R U G   M E T A B ,   V 1 0 ,   P 8 4 ;   W a l l   J D ,   2 0 0 3 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 4 ,   P 5 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 1 1 2 3 ;   W a n g   Q ,   2 0 0 7 ,   A P P L   E N V I R O N   M I C R O B ,   V 7 3 ,   P 5 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / A E M . 0 0 0 6 2 - 0 7 ;   W e i n b e r g   R .   A . ,   2 0 0 7 ,   B I O L   C A N C ;   W I E D E N M A N N   B ,   1 9 8 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 8 3 ,   P 3 5 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 8 3 . 1 0 . 3 5 0 0 ;   W i l l c o x   B .   J . ,   2 0 1 6 ,   M E C H   A G E I N G   D E V ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . m a d . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . M A D . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 1 ] ;   W i l l c o x   B .   J . ,   2 0 1 3 ,   O K I N A W A   W A Y   I M P R O V E ;   W i l l c o x   D C ,   2 0 0 6 ,   A G E ,   V 2 8 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 7 - 0 0 6 - 9 0 2 0 - x ;   W i l l c o x   D C ,   2 0 0 9 ,   J   A M   C O L L   N U T R ,   V 2 8 ,   p 5 0 0 S ;   W i l l i a m s   C ,   2 0 0 6 ,   A L I M E N T   P H A R M   T H E R A P ,   V 2 3 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 0 3 6 . 2 0 0 6 . 0 2 7 0 7 ;   W u   W M ,   2 0 1 4 ,   J   D I G E S T   D I S ,   V 1 5 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 7 5 1 - 2 9 8 0 . 1 2 1 1 6 ;   Y a n   W ,   2 0 1 1 ,   A M   J   C A N C E R   R E S ,   V 1 ,   P 2 7 5 ;   Y u   X P ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   P 4 9 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k l 5 9 5 ;   Z a g a r   L ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 2 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 4 2 2 ;   Z h a n g   B ,   2 0 0 5 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O   B ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 2 2 0 2 / 1 5 4 4 - 6 1 1 5 . 1 1 2 8 ;   Z o r n   A M ,   2 0 0 9 ,   A N N U   R E V   C E L L   D E V   B I ,   V 2 5 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . c e l l b i o . 0 4 2 3 0 8 . 1 1 3 3 4 4 	 1 1 3 	 0 	 0 	 4 	 4 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 M A R   1 3 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 3 9 4 6 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 3 9 4 6 	 	 2 4 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E O 0 X I 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 4 2 1 5 0 0 0 0 1 	 2 8 2 8 7 0 9 4 	 
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 J 	 Y a o ,   Y R ;   Z h a n g ,   P ;   W a n g ,   J ;   C h e n ,   J Q ;   W a n g ,   Y ;   H u a n g ,   Y ;   Z h a n g ,   Z J ;   X u ,   F G 	 	 	 	 Y a o ,   Y i r a n ;   Z h a n g ,   P e i ;   W a n g ,   J i n g ;   C h e n ,   J i a q i n g ;   W a n g ,   Y o n g ;   H u a n g ,   Y i n ;   Z h a n g ,   Z u n j i a n ;   X u ,   F e n g g u o 	 	 	 D i s s e c t i n g   T a r g e t   T o x i c   T i s s u e   a n d   T i s s u e   S p e c i f i c   R e s p o n s e s   o f   I r i n o t e c a n   i n   R a t s   U s i n g   M e t a b o l o m i c s   A p p r o a c h 	 F R O N T I E R S   I N   P H A R M A C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C P T - 1 1 ;   m e t a b o l o m i c s ;   j e j u n u m ;   i l e u m ;   l i v e r ;   t i s s u e   s p e c i f i c i t y 	 F A T T Y   L I V E R - D I S E A S E ;   I N T E S T I N A L   T O X I C I T Y ;   C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   C P T - 1 1 ;   A C I D ;   C A R B O X Y L E S T E R A S E ;   P H O S P H A T I D Y L C H O L I N E ;   H E P A T O C Y T E S ;   I N V O L V E M E N T ;   M E T A B O L I S M 	 A s   a n   a n t i c a n c e r   a g e n t ,   i r i n o t e c a n   ( C P T - 1 1 )   h a s   b e e n   w i d e l y   a p p l i e d   i n   c l i n i c a l ,   e s p e c i a l l y   i n   t h e   t r e a t m e n t   o f   c o l o r e c t a l   c a n c e r .   H o w e v e r ,   i t s   c l i n i c a l   u s e   h a s   l o n g   b e e n   l i m i t e d   b y   t h e   s i d e   e f f e c t s   a n d   p o t e n t i a l   t i s s u e   t o x i c i t y .   T o   d i s c r i m i n a t e   t h e   t a r g e t   t o x i c   t i s s u e s   a n d   d i s s e c t   t h e   s p e c i f i c   r e s p o n s e   o f   t a r g e t   t i s s u e s   a f t e r   C P T - 1 1   a d m i n i s t r a t i o n   i n   r a t s ,   u n t a r g e t e d   m e t a b o l o m i c   s t u d y   w a s   c o n d u c t e d .   F i r s t ,   d i f f e r e n t i a l  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 P h a r m a c o v i g i l a n c e ,   M i n i s t   E d u c ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Y a o ,   Y i r a n ;   Z h a n g ,   P e i ;   C h e n ,   J i a q i n g ;   H u a n g ,   Y i n ;   Z h a n g ,   Z u n j i a n ;   X u ,   F e n g g u o ]   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   J i a n g s u   K e y   L a b   D r u g   S c r e e n i n g ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Y a o ,   Y i r a n ;   Z h a n g ,   P e i ;   C h e n ,   J i a q i n g ;   H u a n g ,   Y i n ;   Z h a n g ,   Z u n j i a n ;   X u ,   F e n g g u o ]   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   N a t   M e d ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   J i n g ]   S h a n x i   U n i v   C h i n e s e   M e d ,   S c h   P h a r m ,   X i a n y a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   Y o n g ]   J i a n g s u   I n s t   F o o d   &   D r u g   C o n t r o l ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   Z J ;   X u ,   F G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   K e y   L a b   D r u g   Q u a l   C o n t r o l   &   P h a r m a c o v i g i l a n c e ,   M i n i s t   E d u c ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Z h a n g ,   Z J ;   X u ,   F G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   J i a n g s u   K e y   L a b   D r u g   S c r e e n i n g ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Z h a n g ,   Z J ;   X u ,   F G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   N a t   M e d ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z u n j i a n z h a n g c p u @ h o t m a i l . c o m ;   f e n g g u o x u @ g m a i l . c o m 	 	 	 N S F C   [ 8 1 3 0 2 7 3 3 ,   8 1 5 7 3 3 8 5 ] ;   C h i n e s e   M i n i s t r y   o f   e d u c a t i o n   [ 1 1 3 0 3 6 A ] ;   P r o g r a m   f o r   J i a n g s u   p r o v i n c e   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m ;   P r o g r a m   f o r   N e w   C e n t u r y   E x c e l l e n t   T a l e n t s   i n   U n i v e r s i t y   [ N C E T - 1 3 - 1 0 3 6 ] ;   P r i o r i t y   A c a d e m i c   P r o g r a m   D e v e l o p m e n t   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s 	 T h i s   s t u d y   w a s   f i n a n c i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N S F C   ( N o .   8 1 3 0 2 7 3 3 ,   8 1 5 7 3 3 8 5 ) ,   t h e   r e s e a r c h   p r o j e c t   o f   C h i n e s e   M i n i s t r y   o f   e d u c a t i o n   ( N o .   1 1 3 0 3 6 A ) ,   t h e   P r o g r a m   f o r   J i a n g s u   p r o v i n c e   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m ,   t h e   P r o g r a m   f o r   N e w   C e n t u r y   E x c e l l e n t   T a l e n t s   i n   U n i v e r s i t y   ( N o .   N C E T - 1 3 - 1 0 3 6 ) ,   a   p r o j e c t   f u n d e d   b y   t h e   P r i o r i t y   A c a d e m i c   P r o g r a m   D e v e l o p m e n t   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s . 	 B a r d i n   S ,   2 0 0 5 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 0 7 3 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 6 0 ;   B j e r r u m   J T ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 9 ,   P 9 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 9 0 0 8 2 2 3 ;   B o n v e n t r e   J V ,   2 0 1 0 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 8 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 0 5 1 0 - 4 3 6 ;   B u a n g   Y ,   2 0 0 4 ,   J   N U T R   S C I   V I T A M I N O L ,   V 5 0 ,   P 2 7 2 ;   B U F F I N T O N   G D ,   1 9 9 5 ,   F R E E   R A D I C A L   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 0 7 1 5 7 6 9 5 0 9 1 4 7 5 3 5 ;   D A N I E L S S O N   H ,   1 9 7 5 ,   A N N U   R E V   B I O C H E M ,   V 4 4 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . b i . 4 4 . 0 7 0 1 7 5 . 0 0 1 3 1 3 ;   F a n g   Z Z ,   2 0 1 6 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 9 1 ,   P 2 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 3 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . l a a p . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 3 ] ;   G u i c h a r d   S ,   1 9 9 9 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 0 ,   P 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 9 0 3 6 4 ;   G U P T A   E ,   1 9 9 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 4 ,   P 3 7 2 3 ;   H a t f i e l d   M J ,   2 0 1 1 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 8 1 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b c p . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 1 ;   H u m e r i c k h o u s e   R ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 0 ,   P 1 1 8 9 ;   I k e g u c h i   M ,   2 0 1 1 ,   S U R G   T O D A Y ,   V 4 1 ,   P 1 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 9 5 - 0 1 1 - 4 5 4 6 - 7 ;   J i a n g   L M ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 3 8 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 3 0 0 3 5 2 9 ;   K o r o n e s   D N ,   2 0 0 1 ,   A M   J   H E M A T O L ,   V 6 6 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 6 - 8 6 5 2 ( 2 0 0 1 0 1 ) 6 6 : 1 < 4 6 : : A I D - A J H 1 0 0 7 > 3 . 0 . C O ; 2 - O ;   L a k e   A D ,   2 0 1 3 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 6 8 ,   P 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 2 2 ;   L a m   W ,   2 0 1 0 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 1 2 7 0 ;   L e n i c e k   M ,   2 0 1 1 ,   I N F L A M M   B O W E L   D I S ,   V 1 7 ,   P 1 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i b d . 2 1 5 0 2 ;   L i m a   R C P ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   C H E M O T H   P H A R M ,   V 6 9 ,   P 9 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 8 0 - 0 1 1 - 1 7 8 0 - z ;   L i n   X B ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 9 7 6 4 ;   M a t h i j s s e n   R H J ,   2 0 0 1 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 7 ,   P 2 1 8 2 ;   M c W h i r t e r   D ,   2 0 1 3 ,   C R I T   R E V   O N C O L   H E M A T ,   V 8 8 ,   P 4 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c r i t r e v o n c . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 1 1 ;   N a k a o   T ,   2 0 1 2 ,   J   S U R G   R E S ,   V 1 7 3 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s s . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 3 ;   N A N J I   A A ,   1 9 9 5 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 0 9 ,   P 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 1 6 - 5 0 8 5 ( 9 5 ) 9 0 3 4 4 - 5 ;   P A R K   J H Y ,   1 9 8 9 ,   D I G E S T I O N ,   V 4 4 ,   P 5 7 ;   R i d l o n   J M ,   2 0 0 6 ,   J   L I P I D   R E S ,   V 4 7 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 4 / j l r . R 5 0 0 0 1 3 - J L R 2 0 0 ;   R i n e l l a   M E ,   2 0 0 8 ,   J   L I P I D   R E S ,   V 4 9 ,   P 1 0 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 4 / j l r . M 8 0 0 0 4 2 - J L R 2 0 0 ;   S p y r o p o u l o s   B G ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   P H A R M A C O L ,   V 1 7 2 ,   P 4 7 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b p h . 1 2 7 1 9 ;   T a k a s u n a   K ,   1 9 9 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 6 ,   P 3 7 5 2 ;   T r i f a n   O C ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 2 ,   P 5 7 7 8 ;   v a n   d e n   B e r g   R A ,   2 0 0 6 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 7 - 1 4 2 ;   V A N C E   J E ,   1 9 8 5 ,   C A N   J   B I O C H E M   C E L L   B ,   V 6 3 ,   P 8 7 0 ;   V a v a s s o r i   P ,   2 0 0 9 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 8 3 ,   P 6 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 9 / j i m m u n o l . 0 8 0 3 9 7 8 ;   V e r m e   J .   L . ,   2 0 0 5 ,   M O L   P H A R M ,   V 6 7 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / m o l . 1 0 4 . 0 0 6 3 5 3 ;   V i d e l a   L A ,   2 0 0 4 ,   F R E E   R A D I C A L   B I O   M E D ,   V 3 7 ,   P 1 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f r e e r a d b i o m e d . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 3 3 ;   C o s t a   M L V ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   C H E M O T H   P H A R M ,   V 7 4 ,   P 7 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 8 0 - 0 1 4 - 2 4 3 4 - 8 ;   W a n g   E N ,   2 0 1 1 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 5 - 8 7 9 4 - 4 - 3 8 ;   W a n g   J ,   2 0 1 5 ,   R S C   A D V ,   V 5 ,   P 2 6 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 r a 0 2 5 8 1 h ;   W a n g   X . ,   2 0 1 1 ,   S C I   A G R   S I N ,   V 1 7 ,   P 2 0 ;   W a n g   Y l ,   2 0 0 8 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 0 ,   P 1 0 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 7 0 1 9 8 8 a ;   Y A O   Z M ,   1 9 8 8 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 6 3 ,   P 2 9 9 8 ;   Y E A G L E   P L ,   1 9 8 9 ,   F A S E B   J ,   V 3 ,   P 1 8 3 3 	 4 1 	 1 	 1 	 2 	 2 	 F R O N T I E R S   M E D I A   S A 	 L A U S A N N E 	 P O   B O X   1 1 0 ,   E P F L   I N N O V A T I O N   P A R K ,   B U I L D I N G   I ,   L A U S A N N E ,   1 0 1 5 ,   S W I T Z E R L A N D 	 1 6 6 3 - 9 8 1 2 	 	 	 F R O N T   P H A R M A C O L 	 F r o n t .   P h a r m a c o l . 	 M A R   1 0 	 2 0 1 7 	 8 	 	 	 	 	 	 	 	 1 2 2 	 1 0 . 3 3 8 9 / f p h a r . 2 0 1 7 . 0 0 1 2 2 	 	 1 1 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E N 3 M A 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 9 1 1 4 0 0 0 0 1 	 2 8 3 4 4 5 5 7 	 
 
 J 	 Y i n ,   X X ;   H a d j i l o u c a s ,   S ;   C h e n ,   J H ;   Z h a n g ,   Y ;   W u ,   J L ;   S u ,   M Y 	 	 	 	 Y i n ,   X .   - X . ;   H a d j i l o u c a s ,   S . ;   C h e n ,   J .   - H . ;   Z h a n g ,   Y . ;   W u ,   J .   - L . ;   S u ,   M .   - Y . 	 	 	 T e n s o r   b a s e d   m u l t i c h a n n e l   r e c o n s t r u c t i o n   f o r   b r e a s t   t u m o u r s   i d e n t i f i c a t i o n   f r o m   D C E - M R I s 	 P L O S   O N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 S O F T - T I S S U E   T U M O R S ;   L E S I O N S ;   C A N C E R ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   E N H A N C E M E N T ;   M A M M O G R A P H Y ;   S E L E C T I O N ;   F E A T U R E S ;   I M A G E S ;   B O N E 	 A   n e w   m e t h o d o l o g y   b a s e d   o n   t e n s o r   a l g e b r a   t h a t   u s e s   a   h i g h e r   o r d e r   s i n g u l a r   v a l u e   d e c o m p o s i t i o n   t o   p e r f o r m   t h r e e - d i m e n s i o n a l   v o x e l   r e c o n s t r u c t i o n   f r o m   a   s e r i e s   o f   t e m p o r a l   i m a g e s   o b t a i n e d   u s i n g   d y n a m i c   c o n t r a s t - e n h a n c e d   m a g n e t i c   r e s o n a n c e   i m a g i n g   ( D C E - M R I )   i s   p r o p o s e d .   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   i s   u s e d   t o   r o b u s t l y   e x t r a c t   t h e   s p a t i a l   a n d   t e m p o r a l   i m a g e   f e a t u r e s   a n d   s i m u l t a n e o u s l y   d e - n o i s e   t h e   d a t a s e t s .   T u m o u r   s e g m e n t a t i o n   o n   e n h a n c e d   s c a l e d   ( E S )   i m a g e s   p e r f o r m e d   u s i n g   a   f u z z y   C - m e a n s   ( F C M )   c l u s t e r   a l g o r i t h m   i s   c o m p a r e d   w i t h   t h a t   a c h i e v e d   u s i n g   t h e   p r o p o s e d   t e n s o r i a l   f r a m e w o r k .   T h e   p r o p o s e d   a l g o r i t h m   e x p l o r e s   t h e   c o r r e l a t i o n s   b e t w e e n   s p a t i a l   a n d   t e m p o r a l   f e a t u r e s   i n   t h e   t u m o u r s .   T h e   m u l t i - c h a n n e l   r e c o n s t r u c t i o n   e n a b l e s   i m p r o v e d   b r e a s t   t u m o u r   i d e n t i f i c a t i o n   t h r o u g h   e n h a n c e d   d e - n o i s i n g   a n d   i m p r o v e d   i n t e n s i t y   c o n s i s t e n c y .   T h e   r e c o n s t r u c t e d   t u m o u r s   h a v e   c l e a r   a n d   c o n t i n u o u s   b o u n d a r i e s ;   f u r t h e r m o r e   t h e   r e c o n s t r u c t i o n   s h o w s   b e t t e r   v o x e l   c l u s t e r i n g   i n   t u m o u r   r e g i o n s   o f   i n t e r e s t .   A   m o r e   h o m o g e n o u s   i n t e n s i t y   d i s t r i b u t i o n   i s   a l s o   o b s e r v e d ,   e n a b l i n g   i m p r o v e d   i m a g e   c o n t r a s t   b e t w e e n   t u m o u r s   a n d   b a c k g r o u n d ,   e s p e c i a l l y   i n   p l a c e s   w h e r e   f a t t y   t i s s u e   i s   i m a g e d .   T h e   f i d e l i t y   o f   r e c o n s t r u c t i o n   i s   f u r t h e r   e v a l u a t e d   o n   t h e   b a s i s   o f   f i v e   n e w   q u a l i t a t i v e   m e t r i c s .   R e s u l t s   c o n f i r m   t h e   s u p e r i o r i t y   o f   t h e   t e n s o r i a l   a p p r o a c h .   T h e   p r o p o s e d   r e c o n s t r u c t i o n   m e t r i c s   s h o u l d   a l s o   f i n d   f u t u r e   a p p l i c a t i o n s   i n   t h e   a s s e s s m e n t   o f   o t h e r   r e c o n s t r u c t i o n   a l g o r i t h m s . 	 [ Y i n ,   X .   - X . ;   Z h a n g ,   Y . ]   V i c t o r i a   U n i v ,   S c h   S c i   &   E n g n ,   C t r   A p p l   I n f o r m a t ,   M e l b o u r n e ,   V i c ,   A u s t r a l i a ;   [ H a d j i l o u c a s ,   S . ]   U n i v   R e a d i n g ,   S c h   S y s t   E n g n ,   R e a d i n g   R G 6   6 A Y ,   B e r k s ,   E n g l a n d ;   [ H a d j i l o u c a s ,   S . ]   U n i v   R e a d i n g ,   D e p t   B i o e n g n ,   R e a d i n g   R G 6   6 A Y ,   B e r k s ,   E n g l a n d ;   [ C h e n ,   J .   - H . ;   S u ,   M .   - Y . ]   U n i v   C a l i f   I r v i n e ,   D e p t   R a d i o l   S c i ,   T u   &   Y u e n   C t r   F u n c t   O n c o i m a g i n g ,   I r v i n e ,   C A   9 2 7 1 7   U S A ;   [ C h e n ,   J .   - H . ]   E D a   H o s p ,   D e p t   R a d i o l ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n ;   [ C h e n ,   J .   - H . ;   Z h a n g ,   Y . ]   I   S h o u   U n i v ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n ;   [ Z h a n g ,   Y . ]   F u d a n   U n i v ,   S c h   C o m p   S c i ,   S h a n g h a i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W u ,   J .   - L . ]   D a l i a n   U n i v ,   A f f i l i a t e d   Z h o n g s h a n   H o s p ,   D e p t   R a d i o l ,   D a l i a n ,   L i a o n i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Y i n ,   X X ;   Z h a n g ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   V i c t o r i a   U n i v ,   S c h   S c i   &   E n g n ,   C t r   A p p l   I n f o r m a t ,   M e l b o u r n e ,   V i c ,   A u s t r a l i a . ;   Z h a n g ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u d a n   U n i v ,   S c h   C o m p   S c i ,   S h a n g h a i ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   W u ,   J L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D a l i a n   U n i v ,   A f f i l i a t e d   Z h o n g s h a n   H o s p ,   D e p t   R a d i o l ,   D a l i a n ,   L i a o n i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 x i a o x i a . y i n @ v u . e d u . a u ;   y a n c h u n . z h a n g @ v u . e d u . a u ;   c j r . w u j i a n l i n @ v i p . 1 6 3 . c o m 	 	 	 A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   [ 1 4 0 1 0 0 8 4 1 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 3 1 3 2 0 1 3 ,   8 1 3 7 1 5 2 6 ] ;   N a n j i n g   N a n d i a n   T e c h n o l o g y   P T Y   L T D ,   C h i n a 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   D i s c o v e r y   P r o j e c t   1 4 0 1 0 0 8 4 1 ,   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   6 3 1 3 2 0 1 3 ,   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   8 1 3 7 1 5 2 6 ,   a n d   N a n j i n g   N a n d i a n   T e c h n o l o g y   P T Y   L T D ,   C h i n a .   T h e   f u n d e r s   h a d   n o   r o l e   i n   s t u d y   d e s i g n ,   d a t a   c o l l e c t i o n   a n d   a n a l y s i s ,   d e c i s i o n   t o   p u b l i s h ,   o r   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p t . ;   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   D i s c o v e r y   P r o j e c t   1 4 0 1 0 0 8 4 1 ,   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o .   6 3 1 3 2 0 1 3   a n d   N o .   8 1 3 7 1 5 2 6 )   a n d   N a n j i n g   N a n d i a n   T e c h n o l o g y   P T Y   L T D ,   C h i n a 	 A g n e r   S C ,   2 0 1 1 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 0 - 9 2 9 8 - 1 ;   A n d r e e a   G .   I . ,   2 0 1 1 ,   J   C U R R   H L T H   S C I ,   V 3 7 ,   P 5 5 ;   B a d e r   B W ,   2 0 0 7 ,   S I A M   J   S C I   C O M P U T ,   V 3 0 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 0 6 0 6 7 6 4 8 9 ;   B e c k m a n n   C F ,   2 0 0 5 ,   N E U R O I M A G E ,   V 2 5 ,   P 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 4 . 1 0 . 0 4 3 ;   B e d i o u   B ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 8 4 3 2 ;   B e n n a n i - B a i t i   B ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 6 0 3 4 6 ;   B r a d l e y   P S ,   1 9 9 8 ,   K D D ,   V 1 9 9 8 ,   P 9 ;   B r a w l e y   O W ,   2 0 1 2 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 5 6 ,   P 6 6 2 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / 0 0 0 3 - 4 8 1 9 - 1 5 6 - 9 - 2 0 1 2 0 5 0 1 0 - 0 0 0 1 2 ;   C i c h o c k i   A ,   2 0 0 9 ,   N O N N E G A T I V E   M A T R I X   A ;   D o r r i u s   M D ,   2 0 1 1 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 1 ,   P 1 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 1 - 2 0 9 1 - 9 ;   E v a n s   K K ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 4 3 6 6 ;   E y a l   E ,   2 0 0 9 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 2 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 1 2 2 1 ;   G i b b s   P ,   2 0 0 3 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 5 0 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 0 4 9 6 ;   G u b e r n - M e r i d a   A ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 0 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 1 ;   G u b e r n - M e r i d a   A ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 5 9 5 2 ;   H a u t h   E A M ,   2 0 0 8 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 6 6 ,   P 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 2 6 ;   H a w i g h o r s t   H ,   1 9 9 9 ,   J M R I - J   M A G N   R E S O N   I M ,   V 1 0 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 5 2 2 - 2 5 8 6 ( 1 9 9 9 0 9 ) 1 0 : 3 < 2 8 6 : : A I D - J M R I 9 > 3 . 0 . C O ; 2 - N ;   H e n d r i c k   R E . ,   2 0 0 8 ,   F U N D A M E N T A L S   A N D   T E C ;   K a r a t h a n a s i s   E ,   2 0 0 9 ,   P L O S   O N E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 5 8 4 3 ;   K o l d a   T G ,   2 0 0 9 ,   S I A M   R E V ,   V 5 1 ,   P 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 0 7 0 7 0 1 1 1 X ;   K r o o n e n b e r g   P M . ,   1 9 8 3 ,   T H R E E   M O D E   P R I N C I P A L ;   L a t h a u w e r   L . D . ,   2 0 0 0 ,   S I A M   J   M A T R I X   A N A L   A ,   V 2 1 ,   P 1 2 5 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / S 0 8 9 5 4 7 9 8 9 6 3 0 5 6 9 6 ;   L e e   S H ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 3 9 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 4 4 6 7 9 9 ;   L e v m a n   J ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 7 ,   P 6 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 8 . 9 1 6 9 5 9 ;   M o r r i s   E A ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 2 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 6 . 1 5 1 4 ;   N e w e l l   D ,   2 0 1 0 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 0 ,   P 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 9 - 1 6 1 6 - y ;   P a g e s   E B ,   2 0 1 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 4 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 1 1 9 1 7 ;   P a n   J ,   2 0 1 3 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 3 - 9 6 0 2 - y ;   P h a n   A .   H . ,   2 0 1 0 ,   N O N L I N E A R   T H E O R Y   I T S ,   V 1 ,   P 3 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 5 8 7 / N 0 L T A . 1 . 3 7 ;   R a k o c z y   M ,   2 0 1 3 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 2 - 9 5 0 6 - 2 ;   S t o u t j e s d i j k   M J ,   2 0 0 7 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 1 0 2 6 ;   S u n   J ,   2 0 0 6 ,   P   1 2   A C M   S I G K D D   I N T ,   V 2 1 ,   P 3 7 4 ;   S z a b o   A   B K ,   2 0 0 4 ,   A C T A   R A D I O L ,   V 1 1 ,   P 1 3 4 4 ;   T U C K E R   L R ,   1 9 6 6 ,   P S Y C H O M E T R I K A ,   V 3 1 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 2 8 9 4 6 4 ;   T w e l l m a n n   T ,   2 0 0 8 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 2 1 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 0 5 ;   v a n   R i j s w i j k   C S P ,   2 0 0 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 3 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 3 2 0 3 1 1 1 0 ;   V e r s t r a e t e   K L ,   2 0 0 0 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 3 4 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 7 2 0 - 0 4 8 X ( 0 0 ) 0 0 2 0 2 - 3 ;   W a n g   J M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 2 9 5 4 ;   W e l l s   W M ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 1 1 7 4 7 ;   Y a m a g u c h i   K ,   2 0 1 3 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 2 0 1 ,   P 1 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 2 . 9 7 0 7 ;   Y i n   X ,   2 0 1 2 ,   T E R A H E R T Z   I M A G I N G   F O ;   Z h e n g   Y J ,   2 0 0 9 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 6 ,   P 3 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 1 5 1 8 1 1 	 4 2 	 1 	 1 	 1 	 1 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 M A R   1 0 	 2 0 1 7 	 1 2 	 3 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 7 2 1 1 1 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 7 2 1 1 1 	 	 2 6 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E N 6 C J 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 0 9 1 8 0 0 0 0 7 	 2 8 2 8 2 3 7 9 	 
 
 J 	 X u ,   G R ;   Z h a n g ,   M H ;   Z h u ,   H X ;   X u ,   J H 	 	 	 	 X u ,   G u a n g r u ;   Z h a n g ,   M i n g h u i ;   Z h u ,   H o n g x i n g ;   X u ,   J i n h u a 	 	 	 A   1 5 - g e n e   s i g n a t u r e   f o r   p r e d i c t i o n   o f   c o l o n   c a n c e r   r e c u r r e n c e   a n d   p r o g n o s i s   b a s e d   o n   S V M 	 G E N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C o l o n   c a n c e r ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ;   R e c u r r e n c e ;   P r o g n o s i s 	 C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   C E L L - P R O L I F E R A T I O N ;   G E N E - E X P R E S S I O N ;   H E P A T O C E L L U L A R - C A R C I N O M A ;   H O X   G E N E S ;   P R O G R E S S I O N ;   S U R V I V A L ;   R H E B ;   M E T A S T A S I S ;   A C T I V A T I O N 	 O b j e c t i v e :   T o   s c r e e n   t h e   g e n e   s i g n a t u r e   f o r   d i s t i n g u i s h i n g   p a t i e n t s   w i t h   h i g h   r i s k s   f r o m   t h o s e   w i t h   l o w - r i s k s   f o r   c o l o n   c a n c e r   r e c u r r e n c e   a n d   p r e d i c t i n g   t h e i r   p r o g n o s i s .   M e t h o d s :   F i v e   m i c r o a r r a y   d a t a s e t s   o f   c o l o n   c a n c e r   s a m p l e s   w e r e   c o l l e c t e d   f r o m   G e n e   E x p r e s s i o n   O m n i b u s   d a t a b a s e   a n d   o n e   w a s   o b t a i n e d   f r o m   T h e   C a n c e r   G e n o m e   A t l a s   ( T C G A ) .   A f t e r   p r e p r o c e s s i n g ,   d a t a   i n   G S E 1 7 5 3 7   w e r e   a n a l y z e d   u s i n g   t h e   L i n e a r   M o d e l s   f o r   M i c r o a r r a y   d a t a   ( L I M M A )   m e t h o d   t o   i d e n t i f y   t h e   d i f f e r e n t i a l l y   e x p r e s s e d   g e n e s   ( D E G s ) .   T h e   D E G s   f u r t h e r   u n d e r w e n t   P P I   n e t w o r k - b a s e d   n e i g h b o r h o o d   s c o r i n g   a n d   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   a n a l y s e s   t o   s c r e e n   t h e   f e a t u r e   g e n e s   a s s o c i a t e d   w i t h   r e c u r r e n c e   a n d   p r o g n o s i s ,   w h i c h   w e r e   t h e n   v a l i d a t e d   b y   f o u r   d a t a s e t s   G S E 3 8 8 3 2 ,   G S E 1 7 5 3 8 ,   G S E 2 8 8 1 4   a n d   T C G A   u s i n g   S V M   a n d   C o x   r e g r e s s i o n   a n a l y s e s .   R e s u l t s :   A   t o t a l   o f   1 2 0 7   g e n e s   w e r e   i d e n t i f i e d   a s   D E G s   b e t w e e n   r e c u r r e n c e   a n d   n o - r e c u r r e n c e   s a m p l e s ,   i n c l u d i n g   7 2 6   d o w n r e g u l a t e d   a n d   4 8 1   u p r e g u l a t e d   g e n e s .   U s i n g   S V M   a n a l y s i s   a n d   f i v e   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l e   d a t a   c o n f i r m a t i o n ,   a   1 5 - g e n e   s i g n a t u r e   ( H E S S ,   Z N F 4 1 7 ,   G L R A 2 ,   O R 8 D 2 ,   H O X A 7 ,   F A B P 6 ,   M U S K ,   H T R 6 ,   G R I P 2 ,   K L R K 1 ,   V E G F A ,   A K A P I 2 ,   R H E B ,   N C R N A 0 0 1 5 2   a n d   P M E P A I )   w e r e   i d e n t i f i e d   a s   a   p r e d i c t o r   o f   r e c u r r e n c e   r i s k   a n d   p r o g n o s i s   f o r   c o l o n   c a n c e r   p a t i e n t s .   C o n c l u s i o n :   O u r   i d e n t i f i e d   1 5 - g e n e   s i g n a t u r e   m a y   b e   u s e f u l   t o   c l a s s i f y   c o l o n   c a n c e r   p a t i e n t s   w i t h   d i f f e r e n t   p r o g n o s i s   a n d   s o m e   g e n e s   i n   t h i s   s i g n a t u r e   m a y   r e p r e s e n t   n e w   t h e r a p e u t i c   t a r g e t s .   ( C )   2 0 1 6   P u b l i s h e d   b y   E l s e v i e r   B . V . 	 [ X u ,   G u a n g r u ;   Z h a n g ,   M i n g h u i ;   Z h u ,   H o n g x i n g ;   X u ,   J i n h u a ]   S h a n g h a i   U n i v   M e d   &   H l t h   S c i ,   P e o p l e s   H o s p   P u d o n g   D i s t ,   D e p t   O n c o l ,   4 9 0   S o u t h   C h u a n h u a n   R d ,   S h a n g h a i   2 0 1 2 9 9 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h u ,   H X ;   X u ,   J H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S h a n g h a i   U n i v   M e d   &   H l t h   S c i ,   P e o p l e s   H o s p   P u d o n g   D i s t ,   D e p t   O n c o l ,   4 9 0   S o u t h   C h u a n h u a n   R d ,   S h a n g h a i   2 0 1 2 9 9 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 w u w u u w g d g @ a l i y u n . c o m 	 	 	 	 	 G e l m a n   I .   H . ,   2 0 1 1 ,   J   S I G N A L   T R A N S D U C T I O ,   V 2 0 1 2 ;   A l b e r t s   S R ,   2 0 1 4 ,   P H A R M A C O E C O N O M I C S ,   V 3 2 ,   P 1 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 4 0 2 7 3 - 0 1 4 - 0 2 0 7 - 1 ;   A l f r e d o   P . ,   2 0 1 4 ,   J   M O L   G E N E T   M E D ;   B a n d r e s   E ,   2 0 0 7 ,   O N C O L   R E P ,   V 1 7 ,   P 1 0 8 9 ;   B h a t l e k a r   S ,   2 0 1 4 ,   J   M O L   M E D ,   V 9 2 ,   P 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 0 9 - 0 1 4 - 1 1 8 1 - y ;   C a m p o s   T ,   2 0 1 6 ,   M O L   C A R C I N O G E N ,   V 5 5 ,   P 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m c . 2 2 2 7 2 ;   C h e n   J ,   2 0 1 6 ,   T H E R   C L I N   R I S K   M A N A G ,   V 1 2 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / T C R M . S 9 6 8 6 9 ;   C h e n   P ,   2 0 1 4 ,   M E D   O N C O L ,   V 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 3 2 - 0 1 3 - 0 7 7 5 - 5 ;   E r i c   J .   T . ,   2 0 1 2 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 9 ,   P 6 8 2 ;   G e o r g e   M L ,   2 0 0 1 ,   N E O P L A S I A ,   V 3 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . n e o . 7 9 0 0 1 8 6 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   I r i z a r r y   R A ,   2 0 0 3 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 4 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / 4 . 2 . 2 4 9 ;   K a n a i   M ,   2 0 1 0 ,   O N C O L   R E P ,   V 2 3 ,   P 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r _ 0 0 0 0 0 7 0 6 ;   K o b a y a s h i   T ,   2 0 1 0 ,   P R O S T A T E ,   V 7 0 ,   P 8 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o s . 2 1 1 2 0 ;   K o h l   M ,   2 0 1 1 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 6 9 6 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 0 7 6 1 - 9 8 7 - 1 _ 1 8 ;   K o i d o   M . ,   2 0 1 6 ,   B I O C H   B I O P H Y S   R E S   C O ;   L e e   H ,   2 0 1 4 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 1 6 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 3 - 3 4 7 7 - 5 ;   L i   Y H ,   2 0 1 5 ,   O N C O L   R E P ,   V 3 3 ,   P 9 9 0 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 4 . 3 6 6 8 ;   L i u   J ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   G Y N E C O L   C A N C E R ,   V 2 0 ,   P 1 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / I G C . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 e a 7 4 a d ;   L i u   W W ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 9 ,   P 8 6 2 ;   L o p e z - S o t o   A ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   P 1 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 7 7 5 ;   L u   Z H ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 0 ,   P 3 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 9 - 3 4 6 7 ;   M a r   A C ,   2 0 1 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 9 0 ,   P 2 2 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 1 5 . 6 4 4 8 2 3 ;   M a s s i e   C E ,   2 0 1 5 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 2 2 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E R C - 1 4 - 0 4 5 4 ;   N i e   Z ,   2 0 1 6 ,   A C T A   B I O C H   B I O P H   S I N ,   V 4 8 ,   P 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a b b s / g m v 1 3 0 ;   O h m a c h i   T ,   2 0 0 6 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   P 5 0 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 5 - 2 0 4 5 ;   P e n g   Y F ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C L I N   E X P   M E D ,   V 8 ,   P 9 8 2 ;   P e r i   S ,   2 0 0 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 2 ,   p D 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k h 0 7 0 ;   S a i t o   H ,   2 0 1 2 ,   G A S T R I C   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 2 0 - 0 1 1 - 0 0 5 9 - 8 ;   S c h e w e   D M ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 1 0 5 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 0 9 3 9 1 0 5 ;   S h e n   Y J ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 4 0 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j o . 2 0 1 1 . 1 3 1 5 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 5 4 ;   S m y t h   G K ,   2 0 0 5 ,   S T A T   B I O L   H E A L T H ,   P 3 9 7 ;   S R I N I V A S A N   T ,   2 0 1 6 ,   C A N C   R E S ,   V 7 6 ;   T a n a k a   T ,   2 0 1 0 ,   J   E X P   C L I N   C A N C   R E S ,   V 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 6 - 9 9 6 6 - 2 9 - 8 3 ;   W e i   Y . ,   2 0 0 4 ,   J   C L I N   O N C O L   O F F   J   A ,   V 2 2 ,   P 1 5 6 4 ;   N g u y e n   T T V ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 5 ,   P 3 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c a s . 1 2 3 5 5 ;   T h e m e a u   T . ,   2 0 1 3 ,   P A C K A G E   S U R V I V A L   A N A ;   W a n g   Y X ,   2 0 0 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 2 ,   P 1 5 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 4 . 0 8 . 1 8 6 ;   X u   L L ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 3 ,   P 4 2 9 9 ;   X u   Y ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 1 1 ,   P 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c b t . 1 1 . 2 . 1 3 6 7 0 ;   Y a n g   J . ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ;   Y i l d i r i m   M ,   2 0 1 3 ,   J   B U O N ,   V 1 8 ,   P 6 3 5 ;   Y o u   Y N ,   2 0 1 5 ,   S U R G   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s u r o n c . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 1 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 3 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 4 0 ,   P 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 3 . 0 9 . 1 2 1 ;   Z h u   G Z ,   2 0 1 5 ,   E X P   M O L   P A T H O L ,   V 9 9 ,   P 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x m p . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 2 	 4 6 	 0 	 0 	 1 8 	 1 8 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 3 7 8 - 1 1 1 9 	 1 8 7 9 - 0 0 3 8 	 	 G E N E 	 G e n e 	 M A R   1 0 	 2 0 1 7 	 6 0 4 	 	 	 	 	 	 3 3 	 4 0 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 1 6 . 1 2 . 0 1 6 	 	 8 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E J 2 C D 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 0 1 6 6 0 0 0 0 4 	 2 7 9 9 8 7 9 0 	 
 
 J 	 C o n r a d ,   T O F ;   G e n z e l ,   M ;   C v e t k o v i c ,   N ;   W u l k o w ,   N ;   L e i c h t l e ,   A ;   V y b i r a l ,   J ;   K u t y n i o k ,   G ;   S c h u t t e ,   C 	 	 	 	 C o n r a d ,   T i m   O .   F . ;   G e n z e l ,   M a r t i n ;   C v e t k o v i c ,   N a d a ;   W u l k o w ,   N i k l a s ;   L e i c h t l e ,   A l e x a n d e r ;   V y b i r a l ,   J a n ;   K u t y n i o k ,   G i t t a ;   S c h u e t t e ,   C h r i s t o f 	 	 	 S p a r s e   P r o t e o m i c s   A n a l y s i s   -   a   c o m p r e s s e d   s e n s i n g - b a s e d   a p p r o a c h   f o r   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   o f   h i g h - d i m e n s i o n a l   p r o t e o m i c s   m a s s   s p e c t r o m e t r y   d a t a 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M a c h i n e   l e a r n i n g ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   C l a s s i f i c a t i o n ;   C o m p r e s s e d   s e n s i n g ;   S p a r s i t y ;   P r o t e o m i c s ;   M a s s   s p e c t r o m e t r y ;   C l i n i c a l   d a t a ;   B i o m a r k e r 	 P A N C R E A T I C - C A N C E R ;   L O G I S T I C - R E G R E S S I O N ;   M I S S I N G - D A T A ;   S E R U M ;   P E P T I D O M E ;   P L A T E L E T - F A C T O R - 4 ;   A D E N O C A R C I N O M A ;   D I S C O V E R Y ;   M O D E L S ;   B L O O D 	 B a c k g r o u n d :   H i g h - t h r o u g h p u t   p r o t e o m i c s   t e c h n i q u e s ,   s u c h   a s   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( M S ) - b a s e d   a p p r o a c h e s ,   p r o d u c e   v e r y   h i g h - d i m e n s i o n a l   d a t a - s e t s .   I n   a   c l i n i c a l   s e t t i n g   o n e   i s   o f t e n   i n t e r e s t e d   i n   h o w   m a s s   s p e c t r a   d i f f e r   b e t w e e n   p a t i e n t s   o f   d i f f e r e n t   c l a s s e s ,   f o r   e x a m p l e   s p e c t r a   f r o m   h e a l t h y   p a t i e n t s   v s .   s p e c t r a   f r o m   p a t i e n t s   h a v i n g   a   p a r t i c u l a r   d i s e a s e .   M a c h i n e   l e a r n i n g   a l g o r i t h m s   a r e   n e e d e d   t o   ( a )   i d e n t i f y   t h e s e   d i s c r i m i n a t i n g   f e a t u r e s   a n d   ( b )   c l a s s i f y   u n k n o w n   s p e c t r a   b a s e d   o n   t h i s   f e a t u r e   s e t .   S i n c e   t h e   a c q u i r e d   d a t a   i s   u s u a l l y   n o i s y ,   t h e   a l g o r i t h m s   s h o u l d   b e   r o b u s t   a g a i n s t   n o i s e   a n d   o u t l i e r s ,   w h i l e   t h e   i d e n t i f i e d   f e a t u r e   s e t   s h o u l d   b e   a s   s m a l l   a s   p o s s i b l e .   R e s u l t s :   W e   p r e s e n t   a   n e w   a l g o r i t h m ,   S p a r s e   P r o t e o m i c s   A n a l y s i s   ( S P A ) ,   b a s e d   o n   t h e   t h e o r y   o f   c o m p r e s s e d   s e n s i n g   t h a t   a l l o w s   u s   t o   i d e n t i f y   a   m i n i m a l   d i s c r i m i n a t i n g   s e t   o f   f e a t u r e s   f r o m   m a s s   s p e c t r o m e t r y   d a t a - s e t s .   W e   s h o w   ( 1 )   h o w   o u r   m e t h o d   p e r f o r m s   o n   a r t i f i c i a l   a n d   r e a l - w o r l d   d a t a - s e t s ,   ( 2 )   t h a t   i t s   p e r f o r m a n c e   i s   c o m p e t i t i v e   w i t h   s t a n d a r d   ( a n d   w i d e l y   u s e d )   a l g o r i t h m s   f o r   a n a l y z i n g   p r o t e o m i c s   d a t a ,   a n d   ( 3 )   t h a t   i t   i s   r o b u s t   a g a i n s t   r a n d o m   a n d   s y s t e m a t i c   n o i s e .   W e   f u r t h e r   d e m o n s t r a t e   t h e   a p p l i c a b i l i t y   o f   o u r   a l g o r i t h m   t o   t w o   p r e v i o u s l y   p u b l i s h e d   c l i n i c a l   d a t a - s e t s . 	 [ C o n r a d ,   T i m   O .   F . ;   C v e t k o v i c ,   N a d a ;   W u l k o w ,   N i k l a s ;   S c h u e t t e ,   C h r i s t o f ]   F r e e   U n i v   B e r l i n ,   D e p t   M a t h ,   A r n i m a l l e e   6 ,   B e r l i n ,   G e r m a n y ;   [ G e n z e l ,   M a r t i n ;   K u t y n i o k ,   G i t t a ]   T e c h   U n i v   B e r l i n ,   D e p t   M a t h ,   D u s t e r n b r o o k e r   W e g   2 0 ,   B e r l i n ,   G e r m a n y ;   [ L e i c h t l e ,   A l e x a n d e r ]   U n i v   B e r n ,   I n s e l s p i t a l ,   C t r   L a b   M e d ,   D u s t e r n b r o o k e r   W e g   2 0 ,   C H - 2 4 1 0 5   B e r n ,   S w i t z e r l a n d ;   [ V y b i r a l ,   J a n ]   C h a r l e s   U n i v   P r a g u e ,   D e p t   M a t h   A n a l ,   D u s t e r n b r o o k e r   W e g   2 0 ,   P r a g u e ,   C z e c h   R e p u b l i c ;   [ C o n r a d ,   T i m   O .   F . ;   S c h u e t t e ,   C h r i s t o f ]   Z u s e   I n s t   B e r l i n ,   T a k u s t r   7 ,   B e r l i n ,   G e r m a n y 	 C o n r a d ,   T O F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F r e e   U n i v   B e r l i n ,   D e p t   M a t h ,   A r n i m a l l e e   6 ,   B e r l i n ,   G e r m a n y . ;   C o n r a d ,   T O F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Z u s e   I n s t   B e r l i n ,   T a k u s t r   7 ,   B e r l i n ,   G e r m a n y . 	 c o n r a d @ m a t h . f u - b e r l i n . d e 	 V y b i r a l ,   J a n / L - 6 1 9 0 - 2 0 1 4 	 V y b i r a l ,   J a n / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 5 4 9 8 - 2 4 1 2 ;   C o n r a d ,   T i m / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 5 5 9 0 - 5 7 2 6 	 E R C   C Z   g r a n t   o f   t h e   C z e c h   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   [ L L 1 2 0 3 ] ;   E i n s t e i n   C e n t e r   f o r   M a t h e m a t i c s   B e r l i n   ( E C M a t h ) ,   p r o j e c t   g r a n t   C H 2 ;   D F G   R e s e a r c h   C e n t e r   M a t h e o n   M a t h e m a t i c s   f o r   k e y   t e c h n o l o g i e s ,   B e r l i n ;   G e r m a n   M i n i s t r y   o f   R e s e a r c h   a n d   E d u c a t i o n   ( B M B F )   [ 3 F O 1 8 5 0 1 ] ;   E i n s t e i n   F o u n d a t i o n   B e r l i n ;   D e u t s c h e   F o r s c h u n g s g e m e i n s c h a f t   ( D F G ) ;   D F G   [ T R R   1 0 9 ] 	 J V   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   E R C   C Z   g r a n t   L L 1 2 0 3   o f   t h e   C z e c h   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n .   T C ,   M G ,   N C ,   J V ,   G K   a n d   C S   w e r e   s u p p o r t e d   b y   t h e   E i n s t e i n   C e n t e r   f o r   M a t h e m a t i c s   B e r l i n   ( E C M a t h ) ,   p r o j e c t   g r a n t   C H 2 ,   a n d   b y   t h e   D F G   R e s e a r c h   C e n t e r   M a t h e o n   M a t h e m a t i c s   f o r   k e y   t e c h n o l o g i e s ,   B e r l i n .   T C   a n d   C S   a r e   s u p p o r t e d   b y   t h e   G e r m a n   M i n i s t r y   o f   R e s e a r c h   a n d   E d u c a t i o n   ( B M B F )   p r o j e c t   G r a n t   3 F O 1 8 5 0 1   ( F o r s c h u n g s c a m p u s   M O D A L ) .   G K   a c k n o w l e d g e s   s u p p o r t   b y   t h e   E i n s t e i n   F o u n d a t i o n   B e r l i n ,   b y   t h e   D e u t s c h e   F o r s c h u n g s g e m e i n s c h a f t   ( D F G ) ,   a n d   b y   t h e   D F G   C o l l a b o r a t i v e   R e s e a r c h   C e n t e r   T R R   1 0 9   D i s c r e t i z a t i o n   i n   G e o m e t r y   a n d   D y n a m i c s . 	 A e b e r s o l d   R ,   2 0 0 3 ,   N A T U R E ,   V 4 2 2 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 1 5 1 1 ;   A h d e s m a k i   M ,   2 0 1 0 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 4 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 9 - A O A S 2 7 7 ;   B o u f o u n o s   P T ,   2 0 0 8 ,   2 0 0 8   4 2 N D   A N N U A L   C O N F E R E N C E   O N   I N F O R M A T I O N   S C I E N C E S   A N D   S Y S T E M S ,   V O L S   1 - 3 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C I S S . 2 0 0 8 . 4 5 5 8 4 8 7 ;   B r a n d   R E ,   2 0 1 1 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 7 ,   P 8 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 0 - 0 2 4 8 ;   B u h l m a n n   P ,   2 0 1 1 ,   S P R I N G E R   S E R   S T A T ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 0 1 9 2 - 9 ;   C a n d e s   E J ,   2 0 0 6 ,   C O M M U N   P U R   A P P L   M A T H ,   V 5 9 ,   P 1 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c p a . 2 0 1 2 4 ;   C a n d e s   E J ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 5 1 ,   P 4 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 2 0 0 5 . 8 5 8 9 7 9 ;   C e g l a r e k   U ,   2 0 0 9 ,   M O L   C E L L   E N D O C R I N O L ,   V 3 0 1 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m c e . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 1 3 ;   C h e n   S S B ,   1 9 9 8 ,   S I A M   J   S C I   C O M P U T ,   V 2 0 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / S 1 0 6 4 8 2 7 5 9 6 3 0 4 0 1 0 ;   C o o m b e s   K R ,   2 0 0 5 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 3 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 0 3 0 5 - 2 9 1 ;   D a v e n p o r t   M ,   2 0 1 2 ,   I N T R O   C O M P R E S S E D   S E N ;   D i a o   L i x i a ,   2 0 1 1 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 1 0 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 4 1 3 7 / C I N . S 6 4 3 8 ;   D o n o h o   D L ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 5 2 ,   P 1 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 2 0 0 6 . 8 7 1 5 8 2 ;   E f r o n   B ,   2 0 0 4 ,   A N N   S T A T ,   V 3 2 ,   P 4 0 7 ;   F i e d l e r   G M ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 3 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 2 7 0 1 ;   F o u c a r t   S ,   2 0 1 3 ,   M A T H   I N T R O   C O M P R E S S I ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 0 8 ,   R E G U L A R I Z E D   P A T H S   G E ;   G e n k i n   A ,   2 0 0 7 ,   T E C H N O M E T R I C S ,   V 4 9 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 0 4 0 1 7 0 0 7 0 0 0 0 0 0 2 4 5 ;   G e n z e l   M ,   2 0 1 6 ,   P R E P R I N T ;   G i b b   S ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 3 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 3 3 4 ;   G i b b   S ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 2 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 4 4 7 ;   I s s a q   H J ,   2 0 0 7 ,   C H E M   R E V ,   V 1 0 7 ,   P 3 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c r 0 6 8 2 8 7 r ;   K o h   K ,   2 0 0 7 ,   S E L E C T E D   T O P I C S   S I G N ,   V 1 ,   P 6 0 6 ;   K r a t z s c h   J ,   2 0 0 5 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 1 ,   P 1 4 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 0 4 . 0 4 7 3 9 9 ;   L e   N ,   2 0 1 6 ,   D I G E S T   L I V E R   D I S ,   V 4 8 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d l d . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 0 1 ;   L e i c h t l e   A . ,   2 0 1 5 ,   J   L A B   M E D ,   V 3 9 ,   P 9 7 ;   L e i c h t l e   A ,   2 0 1 1 ,   S E R U M   A M I N O   A C I D   P R O ,   V 8 ,   P 6 4 3 ;   L e i c h t l e   A B ,   2 0 1 3 ,   S W I S S   M E D   W K L Y ,   V 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 4 4 1 4 / s m w . 2 0 1 3 . 1 3 8 0 1 ;   L e i c h t l e   A B ,   2 0 1 3 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 9 ,   P 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 2 - 0 4 7 6 - 7 ;   L i o t t a   L A ,   2 0 0 3 ,   N A T U R E ,   V 4 2 5 ,   P 9 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 2 5 9 0 5 a ;   M a r r u g a l   A ,   2 0 1 6 ,   P R O T E O M I C   B A S E D   A P P R ,   V 2 0 1 6 ,   P 1 ;   M i c h l   P ,   2 0 0 6 ,   B E S T   P R A C T   R E S   C L   G A ,   V 2 0 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p g . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 0 5 ;   N i e   S ,   2 0 1 4 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 1 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 4 0 0 9 6 7 x ;   P e t r i c o i n   E F ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 0 1 1 ;   P h i z i c k y   E ,   2 0 0 3 ,   N A T U R E ,   V 4 2 2 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 1 5 1 2 ;   P i g o t t   T .   D . ,   2 0 0 1 ,   E D   R E S   E V A L U A T I O N ,   V 7 ,   P 3 5 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 7 6 / E D R E . 7 . 4 . 3 5 3 . 8 9 3 7 ;   P l a n   Y ,   2 0 1 3 ,   C O M M U N   P U R   A P P L   M A T H ,   V 6 6 ,   P 1 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c p a . 2 1 4 4 2 ;   P l a n   Y ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 5 9 ,   P 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 2 0 1 2 . 2 2 0 7 9 4 5 ;   P o r u k   K E ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 9 ,   P 2 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 0 - 0 1 7 8 ;   R a f t e r y   A E ,   1 9 9 7 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 2 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 9 1 4 6 2 ;   R a i   A J ,   2 0 0 4 ,   A N N   N Y   A C A D   S C I ,   V 1 0 2 2 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 6 / a n n a l s . 1 3 1 8 . 0 4 4 ;   R e i t z   D ,   2 0 1 5 ,   C O M B I N A T I O N   T U M O U R   M ,   V 6 8 ,   P 4 2 7 ;   R i s s i n   D M ,   2 0 1 0 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 8 ,   P 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 1 6 4 1 ;   R U B I N   D B ,   1 9 7 6 ,   B I O M E T R I K A ,   V 6 3 ,   P 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 6 3 . 3 . 5 8 1 ;   S a u v e   A C ,   2 0 0 4 ,   P   D A T   P R O C   G E N S   B A L T ;   S c h a f e r   J L ,   1 9 9 8 ,   M U L T I V A R   B E H A V   R E S ,   V 3 3 ,   P 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 7 / s 1 5 3 2 7 9 0 6 m b r 3 3 0 4 _ 5 ;   S i t e k   B a r b a r a ,   2 0 1 2 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 8 9 3 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 1 7 7 9 - 8 8 5 - 6 _ 1 6 ;   S t r e n z i o k   R ,   2 0 1 0 ,   W O R L D   J   U R O L ,   V 2 8 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 4 5 - 0 0 9 - 0 4 3 4 - 9 ;   S t u h l e r   K ,   2 0 0 4 ,   C U R R   O P I N   M O L   T H E R ,   V 6 ,   P 2 3 9 ;   T a n g   S ,   2 0 1 6 ,   B R E A S T   C A N C ,   P 1 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   V i l l a n u e v a   J ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 1 6 ,   P 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 2 6 0 2 2 ;   W u   T T ,   2 0 0 8 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 2 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 7 - A O A S 1 4 7 ;   Y e o   T P ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   J ,   V 1 8 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P P O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 7 5 6 8 0 3 ;   Z h o u   W D ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 5 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 2 0 0 9 2 7 4 ;   Z o u   H ,   2 0 0 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 7 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 5 . 0 0 5 0 3 . x 	 5 7 	 0 	 0 	 5 	 5 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 0 5 	 	 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 B M C   B i o i n f o r m a t i c s 	 M A R   9 	 2 0 1 7 	 1 8 	 	 	 	 	 	 	 	 1 6 0 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 7 - 1 5 6 5 - 4 	 	 2 0 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E P 6 S D 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 5 0 8 3 0 0 0 0 1 	 2 8 2 7 4 1 9 7 	 
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 R e s e a r c h   C o o r d i n a t i n g   C o m m i t t e e   a w a r d   a n d   N I H   I n n o v a t o r   a w a r d   D P 2 - 0 0 7 2 3 7 .   C o m p u t i n g   t i m e   o n   S t a m p e d e   a n d   C o m e t   s u p e r c o m p u t e r s   w a s   p r o v i d e d   t h r o u g h   t h e   N S F   X S E D E   s u p e r c o m p u t e r   r e s o u r c e s   g r a n t   R A C   C H E 0 6 0 0 7 3 N   ( t o   R E A ) .   A d d i t i o n a l   s u p p o r t   f r o m   t h e   N a t i o n a l   B i o m e d i c a l   C o m p u t a t i o n   R e s o u r c e   N I H   P 4 1   G M 1 0 3 4 2 6   i s   a c k n o w l e d g e d . 	 A h n   J ,   2 0 0 1 ,   N A T   S T R U C T   B I O L ,   V 8 ,   P 7 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n s b 0 9 0 1 - 7 3 0 ;   A l t i n t a s   I ,   2 0 0 4 ,   1 6 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   S C I E N T I F I C   A N D   S T A T I S T I C A L   D A T A B A S E   M A N A G E M E N T ,   P R O C E E D I N G S ,   P 4 2 3 ;   A r l t   C ,   2 0 1 5 ,   P R O T E O M I C S ,   V 1 5 ,   P 2 7 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 1 4 0 0 5 4 9 ;   B A L A G U R U M O O R T H Y   P ,   1 9 9 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 2 ,   P 8 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 2 . 1 9 . 8 5 9 1 ;   B o c h k a r e v a   E ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 4 6 1 4 1 0 2 ;   C a s e   D A ,   2 0 1 5 ,   A M B E R   2 0 1 5 ;   D ' A b r a m o   M ,   2 0 1 6 ,   O N C O G E N E ,   V 3 5 ,   P 3 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 5 . 3 8 8 ;   D a r d e n   T ,   1 9 9 9 ,   S T R U C T   F O L D   D E S ,   V 7 ,   p R 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 9 - 2 1 2 6 ( 9 9 ) 8 0 0 3 3 - 1 ;   D u r r a n t   J D ,   2 0 1 4 ,   J   C H E M   T H E O R Y   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 5 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c t 5 0 0 3 8 1 c ;   E m a m z a d a h   S ,   2 0 1 4 ,   J   M O L   B I O L ,   V 4 2 6 ,   P 9 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 2 0 ;   E m a m z a d a h   S ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A N C E R   R E S ,   V 9 ,   P 1 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 4 1 - 7 7 8 6 . M C R - 1 1 - 0 3 5 1 ;   F i n k   A L ,   2 0 0 5 ,   C U R R   O P I N   S T R U C   B I O L ,   V 1 5 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s b i . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 0 2 ;   F r i e d l e r   A ,   2 0 0 5 ,   S T R U C T U R E ,   V 1 3 ,   P 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t r . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 2 0 ;   G r e e n   D R ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 8 ,   P 1 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 9 8 6 ;   H u m p h r e y   W ,   1 9 9 6 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 1 4 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 2 6 3 - 7 8 5 5 ( 9 6 ) 0 0 0 1 8 - 5 ;   H u p p   T R ,   1 9 9 9 ,   C E L L   M O L   L I F E   S C I ,   V 5 5 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 1 8 0 0 5 0 2 7 2 ;   H U P P   T R ,   1 9 9 2 ,   C E L L ,   V 7 1 ,   P 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 9 2 ) 9 0 5 6 2 - Q ;   J a c o b s   S A ,   2 0 0 2 ,   N A T   S T R U C T   B I O L ,   V 9 ,   P 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n s b 8 6 1 ;   J a n e r t   P K ,   2 0 1 0 ,   G N U P L O T   A C T I O N   U N D E R ;   J o e r g e r   A C ,   2 0 1 5 ,   S T R U C T U R E ,   V 2 3 ,   P 2 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t r . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 1 6 ;   J o e r g e r   A C ,   2 0 1 0 ,   C S H   P E R S P E C T   B I O L ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / c s h p e r s p e c t . a 0 0 0 9 1 9 ;   J O R G E N S E N   W L ,   1 9 8 3 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 7 9 ,   P 9 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 4 5 8 6 9 ;   K i t a y n e r   M ,   2 0 0 6 ,   M O L   C E L L ,   V 2 2 ,   P 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 1 5 ;   L a m b e r t   J M R ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 5 ,   P 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 3 ;   L a v e r y   R ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   P 5 9 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 6 0 8 ;   L e i t h   J S ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 1 6 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 1 2 0 4 5 2 1 0 9 ;   L i   T Y ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 9 ,   P 1 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 2 6 ;   L i m   K W ,   2 0 0 9 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 1 3 1 ,   P 4 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 8 0 7 5 0 3 g ;   L i u   X R ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   P 6 0 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 3 0 5 ;   L o w e   E D ,   2 0 0 2 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 4 1 ,   P 1 5 6 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 0 2 6 8 9 1 0 ;   L u k m a n   S ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 0 2 2 1 ;   M a   B Y ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   P 2 9 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 1 9 2 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 5 ,   M A E S T R   V E R S   1 0   4 ;   M a i e r   J A ,   2 0 1 5 ,   J   C H E M   T H E O R Y   C O M P U T ,   V 1 1 ,   P 3 6 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j c t c . 5 b 0 0 2 5 5 ;   M a r t i n s   C P ,   2 0 0 6 ,   C E L L ,   V 1 2 7 ,   P 1 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 0 7 ;   M c K i n n e y   K ,   2 0 0 4 ,   M O L   C E L L ,   V 1 6 ,   P 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 0 4 . 0 9 . 0 3 2 ;   M e l e r o   R ,   2 0 1 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 8 ,   P 5 5 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 1 5 5 2 0 1 0 7 ,   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 1 S 5 2 0 1 0 7 ] ;   M o l e c u l a r   O p e r a t i n g   E n v i r o n m e n t   ( M O E ) ,   2 0 1 6 ,   H 3 A   2 R 7 ;   N a g a i c h   A K ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 1 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 5 . 1 8 7 5 ;   N a t a n   E ,   2 0 1 1 ,   J   M O L   B I O L ,   V 4 0 9 ,   P 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 4 7 ;   N g a n   C H ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p W 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 4 4 1 ;   P a n g   Y P ,   1 9 9 9 ,   J   M O L   M O D E L ,   V 5 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 8 9 4 0 0 5 0 1 1 9 ;   P e t t e r s e n   E F ,   2 0 0 4 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 2 5 ,   P 1 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 0 0 8 4 ;   P e t t y   T J ,   2 0 1 1 ,   E M B O   J ,   V 3 0 ,   P 2 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o j . 2 0 1 1 . 1 2 7 ;   P h i l l i p s   J C ,   2 0 0 5 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 2 6 ,   P 1 7 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 0 2 8 9 ;   R   C o r e   T e a m ,   2 0 1 5 ,   L A N G   E N V   S T A T   C O M P ;   R u s t a n d i   R R ,   2 0 0 0 ,   N A T   S T R U C T   B I O L ,   V 7 ,   P 5 7 0 ;   S a n n e r   M F ,   1 9 9 9 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 1 7 ,   P 5 7 ;   T a f v i z i   A ,   2 0 1 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 8 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 1 6 0 2 0 1 0 7 ;   T i d o w   H ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 1 2 3 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 7 0 5 0 6 9 1 0 4 ;   T r a b u c o   L G ,   2 0 0 8 ,   S T R U C T U R E ,   V 1 6 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t r . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 0 5 ;   V a l e n t e   L J ,   2 0 1 3 ,   C E L L   R E P ,   V 3 ,   P 1 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 1 2 ;   V e n t u r a   A ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 4 5 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 5 4 1 ;   V i a d i u   H ,   2 0 0 0 ,   M O L   C E L L ,   V 5 ,   P 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 7 - 2 7 6 5 ( 0 0 ) 8 0 3 2 9 - 9 ;   V o g e l s t e i n   B ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 8 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 4 2 6 7 5 ;   V o t a p k a   L W ,   2 0 1 3 ,   C O M M U N   C O M P U T   P H Y S ,   V 1 3 ,   P 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 4 2 0 8 / c i c p . 1 7 0 7 1 1 . 1 1 1 1 1 1 s ;   V o u s d e n   K H ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 2 ,   P 5 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 8 6 4 ;   W a s s m a n   C D ,   2 0 1 3 ,   N A T   C O M M U N ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 2 3 6 1 ;   W e i n b e r g   R L ,   2 0 0 5 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 4 8 ,   P 5 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 1 4 ;   W e i n b e r g   R L ,   2 0 0 4 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 4 1 ,   P 1 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 7 1 ;   W i c k h a m   H ,   2 0 0 9 ,   U S E   R ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 0 - 3 8 7 - 9 8 1 4 1 - 3 _ 1 ;   W i m a n   K G ,   2 0 0 7 ,   A D V   C A N C E R   R E S ,   V 9 7 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 6 5 - 2 3 0 X ( 0 6 ) 9 7 0 1 4 - 6 ;   Y u   X ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 1 ,   P 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 4 2 	 6 3 	 1 	 1 	 5 	 5 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 0 9 5 0 - 9 2 3 2 	 1 4 7 6 - 5 5 9 4 	 	 O N C O G E N E 	 O n c o g e n e 	 M A R   9 	 2 0 1 7 	 3 6 	 1 0 	 	 	 	 	 1 4 5 1 	 1 4 6 0 	 	 1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 6 . 3 2 1 	 	 1 0 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E N 2 T G 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 8 6 2 5 0 0 0 1 3 	 2 7 6 4 1 3 3 3 	 
 
 J 	 S i e g e r ,   M ;   K o s ,   G ;   S u l y o k ,   M ;   G o d e j o h a n n ,   M ;   K r s k a ,   R ;   M i z a i k o f f ,   B 	 	 	 	 S i e g e r ,   M a r k u s ;   K o s ,   G r e g o r ;   S u l y o k ,   M i c h a e l ;   G o d e j o h a n n ,   M a t t h i a s ;   K r s k a ,   R u d o l f ;   M i z a i k o f f ,   B o r i s 	 	 	 P o r t a b l e   I n f r a r e d   L a s e r   S p e c t r o s c o p y   f o r   O n - s i t e   M y c o t o x i n   A n a l y s i s 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 M A S S - S P E C T R O M E T R I C   M E T H O D ;   Q U A N T U M   C A S C A D E   L A S E R S ;   F I L M   W A V E - G U I D E S ;   M I D I N F R A R E D   S P E C T R O S C O P Y ;   P A R A M E T E R S ;   S E N S O R S ;   C H E M O M E T R I C S ;   V A L I D A T I O N ;   M A I Z E ;   F U N G I 	 M y c o t o x i n s   a r e   t o x i c   s e c o n d a r y   m e t a b o l i t e s   o f   f u n g i   t h a t   s p o i l   f o o d ,   a n d   s e v e r e l y   i m p a c t   h u m a n   h e a l t h   ( e . g . ,   c a u s i n g   c a n c e r ) .   T h e r e f o r e ,   t h e   r a p i d   d e t e r m i n a t i o n   o f   m y c o t o x i n   c o n t a m i n a t i o n   i n c l u d i n g   d e o x y n i v a l e n o l   a n d   a f l a t o x i n   B - 1   i n   f o o d   a n d   f e e d   s a m p l e s   i s   o f   p r i m e   i n t e r e s t   f o r   c o m m o d i t y   i m p o r t e r s   a n d   p r o c e s s o r s .   W h i l e   c h r o m a t o g r a p h y - b a s e d   t e c h n i q u e s   a r e   w e l l   e s t a b l i s h e d   i n   l a b o r a t o r y   e n v i r o n m e n t s ,   o n l y   v e r y   f e w   ( i .   e . ,   m o s t l y   i m m u n o c h e m i c a l )   t e c h n i q u e s   e x i s t   e n a b l i n g   d i r e c t   o n - s i t e   a n a l y s i s   f o r   t r a d e r s   a n d   m a n u f a c t u r e r s .   I n   t h i s   s t u d y ,   w e   p r e s e n t   M Y C O S P E C   -   a n   i n n o v a t i v e   a p p r o a c h   f o r   s p e c t r o s c o p i c   m y c o t o x i n   c o n t a m i n a t i o n   a n a l y s i s   a t   E U   r e g u l a t o r y   l i m i t s   f o r   t h e   f i r s t   t i m e   u t i l i z i n g   m i d - i n f r a r e d   t u n a b l e   q u a n t u m   c a s c a d e   l a s e r   ( Q C L )   s p e c t r o s c o p y .   T h i s   a n a l y s i s   t e c h n i q u e   f a c i l i t a t e s   o n - s i t e   m y c o t o x i n   a n a l y s i s   b y   c o m b i n i n g   Q C L   t e c h n o l o g y   w i t h   G a A s / A l G a A s   t h i n -   f i l m   w a v e g u i d e s .   M u l t i v a r i a t e   d a t a   m i n i n g   s t r a t e g i e s   ( i .   e . ,   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s )   e n a b l e d   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   d e o x y n i v a l e n o l - c o n t a m i n a t e d   m a i z e   a n d   w h e a t   s a m p l e s ,   a n d   o f   a f l a t o x i n   B 1   a f f e c t e d   p e a n u t s   a t   E U   r e g u l a t o r y   l i m i t s   o f   1 2 5 0   m u   g   k g - ( 1 )   a n d   8   m u   g   k g - ( 1 ) ,   r e s p e c t i v e l y . 	 [ S i e g e r ,   M a r k u s ;   M i z a i k o f f ,   B o r i s ]   U n i v   U l m ,   I n s t   A n a l y t   &   B i o a n a l y t   C h e m ,   A l b e r t   E i n s t e i n   A l l e e   1 1 ,   D - 8 9 0 8 1   U l m ,   G e r m a n y ;   [ K o s ,   G r e g o r ]   M c G i l l   U n i v ,   A t m o s p h e r   &   O c e a n   S c i ,   8 0 5   S h e r b r o o k e   S t   W e s t ,   M o n t r e a l ,   P Q   H 3 A   0 B 9 ,   C a n a d a ;   [ S u l y o k ,   M i c h a e l ;   K r s k a ,   R u d o l f ]   U n i v   N a t   R e s o u r c e s   &   A p p l   L i f e   S c i ,   I F A   T u l l n ,   K o n r a d   L o r e n z   S t r   2 0 ,   A - 3 4 3 0   T u l l n ,   A u s t r i a ;   [ G o d e j o h a n n ,   M a t t h i a s ]   M G   O p t   S o l u t   G m b H ,   I n d   S t r   2 3 ,   D - 8 6 9 1 9   U t t i n g   A m m e r s e e ,   G e r m a n y 	 M i z a i k o f f ,   B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   U l m ,   I n s t   A n a l y t   &   B i o a n a l y t   C h e m ,   A l b e r t   E i n s t e i n   A l l e e   1 1 ,   D - 8 9 0 8 1   U l m ,   G e r m a n y . 	 b o r i s . m i z a i k o f f @ u n i - u l m . d e 	 	 	 E u r o p e a n   U n i o n ' s   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   [ 3 1 4 0 1 8   F P 7 - S M E - 2 0 1 2 - S M E ] ;   K o m p e t e n z n e t z   F u n k t i o n e l l e   N a n o s t r u k t u r e n   B a d e n   W u e r t t e m b e r g ,   G e r m a n y 	 T h e   r e s e a r c h   l e a d i n g   t o   t h e s e   r e s u l t s   h a s   r e c e i v e d   f u n d i n g   f r o m   t h e   E u r o p e a n   U n i o n ' s   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   m a n a g e d   b y   R E A   R e s e a r c h   E x e c u t i v e   A g e n c y   h t t p : / / e c . e u r o p a . e u / r e a   ( F P 7 / 2 0 0 7 - 2 0 1 3 )   u n d e r   g r a n t   a g r e e m e n t   n o .   3 1 4 0 1 8   F P 7 - S M E - 2 0 1 2 - S M E .   F u r t h e r m o r e ,   t h e   a u t h o r s   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g e   p a r t i a l   s u p p o r t   b y   t h e   K o m p e t e n z n e t z   F u n k t i o n e l l e   N a n o s t r u k t u r e n   B a d e n   W u e r t t e m b e r g ,   G e r m a n y . 	 A b r a m o v i c   B ,   2 0 0 7 ,   A C T A   C H I M   S L O V ,   V 5 4 ,   P 8 5 9 ;   B h a t t a c h a r y a   K ,   2 0 0 2 ,   M Y C O P A T H O L O G I A ,   V 1 5 5 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 0 4 7 5 4 1 1 1 2 5 ;   B r a d s h a w   J T ,   2 0 0 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 7 ,   p 2 8 A ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 5 3 3 0 3 q ;   B r a n d s t e t t e r   M ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 4 0 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 0 0 3 0 0 k ;   C h a n g   Y C ,   2 0 1 2 ,   L A B   C H I P ,   V 1 2 ,   P 3 0 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 l c 4 0 6 0 1 b ;   C h a u h a n   R ,   2 0 1 6 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 8 1 ,   P 5 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 0 4 ;   F A I S T   J ,   1 9 9 4 ,   S C I E N C E ,   V 2 6 4 ,   P 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 6 4 . 5 1 5 8 . 5 5 3 ;   G a l l o   A ,   2 0 1 5 ,   T O X I N S ,   V 7 ,   P 3 0 5 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / t o x i n s 7 0 8 3 0 5 7 ;   G a l v i s - S a n c h e z   A C ,   2 0 0 7 ,   F O O D   A D D I T   C O N T A M ,   V 2 4 ,   P 1 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 6 5 2 0 3 0 7 0 1 4 5 2 1 0 8 ;   G u i l l e n   M D ,   1 9 9 7 ,   J   S C I   F O O D   A G R ,   V 7 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 0 1 0 ( 1 9 9 7 0 9 ) 7 5 : 1 < 1 : : A I D - J S F A 8 4 2 > 3 . 0 . C O ; 2 - R ;   H a a s   J ,   2 0 1 6 ,   A N N U   R E V   A N A L   C H E M ,   V 9 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - a n c h e m - 0 7 1 0 1 5 - 0 4 1 5 0 7 ;   I n o n   F A ,   2 0 0 4 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 5 1 3 ,   P 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 1 4 ;   J a n o t t a   M ,   2 0 0 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 6 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 3 4 6 9 9 d ;   L e r m a - G a r c i a   M J ,   2 0 0 9 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 5 7 ,   P 9 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 9 0 1 7 6 3 n ;   J O H N S O N   L   A ,   1 9 7 9 ,   P e a n u t   S c i e n c e ,   V 6 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 3 1 4 6 / i 0 0 9 5 - 3 6 7 9 - 6 - 1 - 8 ;   K a r o u i   R ,   2 0 1 0 ,   C H E M   R E V ,   V 1 1 0 ,   P 6 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c r 1 0 0 0 9 0 k ;   K o s   G ,   2 0 0 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 5 ,   P 1 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 2 6 0 9 0 3 ;   M a l a c h o v a   A ,   2 0 1 4 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 3 6 2 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 3 7 ;   M C C A N C E   R A ,   1 9 4 5 ,   B I O C H E M   J ,   V 3 9 ,   P 2 1 3 ;   M c M u l l i n   D ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 4 - 8 1 4 5 - 5 ;   M i t c h e l l   N J ,   2 0 1 6 ,   F O O D   A D D I T   C O N T A M   A ,   V 3 3 ,   P 5 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 9 4 4 0 0 4 9 . 2 0 1 6 . 1 1 3 8 5 4 5 ;   M i z a i k o f f   B ,   2 0 1 3 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 4 2 ,   P 8 6 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 c s 6 0 1 7 3 k ;   P i e r n a   J A F ,   2 0 0 5 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 5 3 ,   P 6 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 0 5 0 1 5 4 4 ;   R a h m a n i   A ,   2 0 0 9 ,   C O M P R   R E V   F O O D   S C I   F ,   V 8 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 4 3 3 7 . 2 0 0 9 . 0 0 0 7 9 . x ;   R i c h a r d   J L ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   F O O D   M I C R O B I O L ,   V 1 1 9 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j f o o d m i c r o . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 1 9 ;   R o d r i g u e s   I ,   2 0 1 1 ,   F O O D   A D D I T   C O N T A M   B ,   V 4 ,   P 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 9 3 9 3 2 1 0 . 2 0 1 1 . 5 8 9 0 3 4 ;   S i e g e r   M ,   2 0 1 6 ,   P H O T O N I C S   R E S ,   V 4 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / P R J . 4 . 0 0 0 1 0 6 ;   S i e g e r   M ,   2 0 1 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 8 ,   P 2 5 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 5 b 0 4 1 4 4 ;   S u l y o k   M ,   2 0 0 6 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 2 0 ,   P 2 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 2 6 4 0 ;   S w a m y   H V L N ,   2 0 0 4 ,   P O U L T R Y   S C I ,   V 8 3 ,   P 5 3 3 ;   T u r n e r   N W ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 3 2 ,   P 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 1 0 ;   W a n g   X F ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 8 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 1 1 4 7 5 ;   W a n g   X F ,   2 0 1 2 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 7 ,   P 2 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 1 a n 1 5 7 8 7 f ;   W u   F ,   2 0 0 7 ,   A N I M   F E E D   S C I   T E C H ,   V 1 3 7 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a n i f e e d s c i . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 1 0 	 3 4 	 0 	 0 	 1 3 	 1 3 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 M A R   9 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 4 0 2 8 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 4 0 2 8 	 	 6 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E N 4 R I 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 9 9 4 2 0 0 0 0 1 	 2 8 2 7 6 4 5 4 	 
 
 J 	 L o o ,   L H ;   B o u g e n - Z h u k o v ,   N M ;   T a n ,   W L C 	 	 	 	 L o o ,   L i t - H s i n ;   B o u g e n - Z h u k o v ,   N i c o l a   M i c h e l l e ;   T a n ,   W e i - L i n g   C e c i l i a 	 	 	 E a r l y   s p a t i o t e m p o r a l - s p e c i f i c   c h a n g e s   i n   i n t e r m e d i a t e   s i g n a l s   a r e   p r e d i c t i v e   o f   c y t o t o x i c   s e n s i t i v i t y   t o   T N F   a l p h a   a n d   c o - t r e a t m e n t s 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 N F - K A P P A - B ;   T U M O R - N E C R O S I S - F A C T O R ;   C E L L - L I N E   S E T ;   D R U G - S E N S I T I V I T Y ;   I N D U C E D   A P O P T O S I S ;   L U N G - C A N C E R ;   P H O S P H O R Y L A T I O N ;   N E T W O R K S ;   K I N A S E S ;   A L G O R I T H M S 	 S i g n a l i n g   p a t h w a y s   c a n   g e n e r a t e   d i f f e r e n t   c e l l u l a r   r e s p o n s e s   t o  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 s i g n a l s   a r e   s u f f i c i e n t   t o   r e p r e s e n t   t h e   c o m p l e x   c e l l u l a r   r e s p o n s e s   t o   t h e s e   p e r t u r b a t i o n s .   O u r   s t u d y   p r o v i d e s   a   g e n e r a l   f r a m e w o r k   f o r   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   r a p i d ,   s i g n a l i n g - b a s e d   c y t o t o x i c i t y   s c r e e n s   t h a t   m a y   b e   u s e d   t o   p r e d i c t   c e l l u l a r   s e n s i t i v i t y   t o   a   c y t o t o x i c   a g e n t ,   o r   i d e n t i f y   c o - t r e a t m e n t s   t h a t   m a y   s e n s i t i z e   o r   d e s e n s i t i z e   c e l l s   t o   t h e   a g e n t . 	 [ L o o ,   L i t - H s i n ;   B o u g e n - Z h u k o v ,   N i c o l a   M i c h e l l e ;   T a n ,   W e i - L i n g   C e c i l i a ]   A g c y   S c i   T e c h n o l   &   R e s ,   B i o i n f o r m a t   I n s t ,   3 0   B i o p o l i s   S t , 0 7 - 0 1   M a t r i x ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 7 1 ,   S i n g a p o r e 	 L o o ,   L H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A g c y   S c i   T e c h n o l   &   R e s ,   B i o i n f o r m a t   I n s t ,   3 0   B i o p o l i s   S t , 0 7 - 0 1   M a t r i x ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 7 1 ,   S i n g a p o r e . 	 l o o l h @ b i i . a - s t a r . e d u . s g 	 	 	 J o i n t   C o u n c i l   O f f i c e   ( A g e n c y   f o r   S c i e n c e ,   T e c h n o l o g y   a n d   R e s e a r c h   ( A * S T A R ) )   [ 1 4 3 1 A F G 1 0 5 ] ;   B i o i n f o r m a t i c s   I n s t i t u t e   ( B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   A * S T A R ,   S i n g a p o r e ) 	 W e   t h a n k   m e m b e r s   o f   t h e   L o o   L a b   f o r   s u p p o r t   a n d   d i s c u s s i o n s .   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   g r a n t   f r o m   t h e   J o i n t   C o u n c i l   O f f i c e   ( A g e n c y   f o r   S c i e n c e ,   T e c h n o l o g y   a n d   R e s e a r c h   ( A * S T A R ) )   P r o j e c t   G r a n t   P r o g r a m   ( N o .   1 4 3 1 A F G 1 0 5 ) ,   a n d   t h e   B i o i n f o r m a t i c s   I n s t i t u t e   ( B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   A * S T A R ,   S i n g a p o r e ) .   T h e   f u n d e r s   h a d   n o   r o l e   i n   s t u d y   d e s i g n ,   d a t a   c o l l e c t i o n   a n d   a n a l y s i s ,   d e c i s i o n   t o   p u b l i s h ,   o r   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p t . 	 B a i n   J ,   2 0 0 7 ,   B I O C H E M   J ,   V 4 0 8 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / B J 2 0 0 7 0 7 9 7 ;   B a l k w i l l   F ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 9 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 6 2 8 ;   B a r r e t i n a   J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 3 ;   B e g   A A ,   1 9 9 6 ,   S C I E N C E ,   V 2 7 4 ,   P 7 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 7 4 . 5 2 8 8 . 7 8 2 ;   B e n - H u r   A ,   2 0 0 8 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 1 7 3 ;   B o u g e n - Z h u k o v   N . ,   2 0 1 7 ,   C Y T O M E T R Y   A   I N   P R E S S ;   C h e n   B J ,   2 0 0 9 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 0 9 . 6 9 ;   C h e n   L F ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 5 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 1 3 6 8 ;   C H E N   R H ,   1 9 9 2 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 1 2 ,   P 9 1 5 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   C o s t e l l o   J C ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 1 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 8 7 7 ;   C s e t e   M ,   2 0 0 4 ,   T R E N D S   B I O T E C H N O L ,   V 2 2 ,   P 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i b t e c h . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 0 7 ;   D i e t t e r i c h   T G ,   1 9 9 8 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 1 8 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 9 8 3 0 0 0 1 7 1 9 7 ;   E d e l m a n   G M ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 1 3 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 3 1 4 9 9 7 9 8 ;   F r a n c e s c h i n i   A ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 8 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 0 9 4 ;   G a r n e t t   M J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 5 ;   G r e t h e   S ,   2 0 0 4 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 2 9 8 ,   P 6 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x c r . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 0 7 ;   H a i b e - K a i n s   B ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 4 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 8 3 1 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 9 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   H a w k i n s   D M ,   2 0 0 4 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 3 4 2 4 7 2 ;   H O F F M A N   R M ,   1 9 9 1 ,   J   C L I N   L A B   A N A L ,   V 5 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c l a . 1 8 6 0 0 5 0 2 1 1 ;   I k e d i o b i   O N ,   2 0 0 6 ,   M O L   C A N C E R   T H E R ,   V 5 ,   P 2 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 5 - 7 1 6 3 . M C T - 0 6 - 0 4 3 3 ;   J a n e s   K A ,   2 0 0 5 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 0 ,   P 1 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 1 6 5 9 8 ;   J a n i c k e   R U ,   1 9 9 8 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 3 ,   P 9 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . 2 7 3 . 1 6 . 9 3 5 7 ;   J i n   G ,   2 0 1 0 ,   L U N G   C A N C E R ,   V 6 9 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 1 2 ;   K h o l o d e n k o   B N ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 7 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 1 8 3 8 ;   L a k s a m e e t h a n a s a n   D ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - S 1 6 - S 4 ;   L e m m o n   M A ,   2 0 1 0 ,   C E L L ,   V 1 4 1 ,   P 1 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 1 1 ;   L i n   Y ,   2 0 0 4 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 9 ,   P 1 0 8 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 3 1 3 1 4 1 2 0 0 ;   L o o   L H ,   2 0 0 7 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 4 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H 1 0 3 2 ;   L o o   L H ,   2 0 1 4 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 3 5 0 4 ;   N a n   J ,   2 0 1 4 ,   M O L   C A N C E R   T H E R ,   V 1 3 ,   P 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 5 - 7 1 6 3 . M C T - 1 3 - 0 4 6 4 ;   N i e p e l   M ,   2 0 1 3 ,   S C I   S I G N A L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i s i g n a l . 2 0 0 4 3 7 9 ;   O d a   K ,   2 0 0 6 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b 4 1 0 0 0 5 7 ;   O e c k i n g h a u s   A ,   2 0 0 9 ,   C S H   P E R S P E C T   B I O L ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / c s h p e r s p e c t . a 0 0 0 0 3 4 ;   P e n g   C ,   2 0 1 0 ,   F A S E B   J ,   V 2 4 ,   P 3 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 6 / f j . 0 9 - 1 5 1 2 9 0 ;   R e i n h o l d   W C ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 3 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 1 3 7 0 ;   R o f f e   M ,   2 0 1 5 ,   C E L L   S I G N A L ,   V 2 7 ,   P 1 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l s i g . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 4 ;   R o u x   J ,   2 0 1 5 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 1 1 ;   S a k u r a i   H ,   1 9 9 9 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 4 ,   P 3 0 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . 2 7 4 . 4 3 . 3 0 3 5 3 ;   S a p k o t a   G P ,   2 0 0 7 ,   B I O C H E M   J ,   V 4 0 1 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / B J 2 0 0 6 1 0 8 8 ;   S h a r m a   S V ,   2 0 0 7 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 7 ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 0 8 8 ;   S h o e m a k e r   R H ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 9 5 1 ;   S U Z U K I   H ,   1 9 9 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 2 ,   P 7 3 4 ;   T a n e n n i r a   S . ,   2 0 1 0 ,   C U R R   E N Z Y M   I N H I B ,   V 6 ,   P 2 6 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   U b e r s a x   J A ,   2 0 0 7 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 8 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 2 2 0 3 ;   V e n t u r a   J J ,   2 0 0 4 ,   G E N E   D E V ,   V 1 8 ,   P 2 9 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 1 2 2 3 0 0 4 ;   W a n g   C Y ,   1 9 9 8 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 1 ,   P 1 6 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 1 . 5 3 8 3 . 1 6 8 0 ;   Z o u   H ,   2 0 0 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 7 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 5 . 0 0 5 0 3 . x 	 5 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 M A R   8 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 3 5 4 1 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 3 5 4 1 	 	 1 5 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E N 0 D K 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 6 8 0 3 0 0 0 0 1 	 2 8 2 7 2 4 8 8 	 
 
 J 	 F e r g u s ,   P ;   H u s s a i n ,   A J ;   H e a r t y ,   J ;   F a i r c l o u g h ,   S ;   B o d d y ,   L ;   M a c k i n t o s h ,   K ;   S t r a t t o n ,   G ;   R i d g e r s ,   N ;   A l - J u m e i l y ,   D ;   A l j a a f ,   A J ;   L u n n ,   J 	 	 	 	 F e r g u s ,   P a u l ;   H u s s a i n ,   A b i r   J . ;   H e a r t y ,   J o h n ;   F a i r c l o u g h ,   S t u a r t ;   B o d d y ,   L y n n e ;   M a c k i n t o s h ,   K e l l y ;   S t r a t t o n ,   G a r e t h ;   R i d g e r s ,   N i c k y ;   A l - J u m e i l y ,   D h i y a ;   A l j a a f ,   A h m e d   J . ;   L u n n ,   J a n e t 	 	 	 A   m a c h i n e   l e a r n i n g   a p p r o a c h   t o   m e a s u r e   a n d   m o n i t o r   p h y s i c a l   a c t i v i t y   i n   c h i l d r e n 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P h y s i c a l   a c t i v i t y ;   O v e r w e i g h t ;   O b e s i t y ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   C l a s s i f i c a t i o n ;   N e u r a l   n e t w o r k s ;   S e n s o r s 	 O P E R A T I N G   C H A R A C T E R I S T I C   C U R V E S ;   F I T N E S S   I N S T R U C T I O N   T I M E ;   E N E R G Y - E X P E N D I T U R E ;   N E U R A L - N E T W O R K S ;   A C C E L E R O M E T E R ;   O B E S I T Y ;   C A L I B R A T I O N ;   M O D E L S ;   S Y S T E M ;   S O F I T 	 T h e   g r o w i n g   t r e n d   o f   o b e s i t y   a n d   o v e r w e i g h t   w o r l d w i d e   h a s   r e a c h e d   e p i d e m i c   p r o p o r t i o n s   w i t h   o n e   t h i r d   o f   t h e   g l o b a l   p o p u l a t i o n   n o w   c o n s i d e r e d   o b e s e .   T h i s   i s   h a v i n g   a   s i g n i f i c a n t   m e d i c a l   i m p a c t   o n   c h i l d r e n   a n d   a d u l t s   w h o   a r e   a t   r i s k   o f   d e v e l o p i n g   o s t e o a r t h r i t i s ,   c o r o n a r y   h e a r t   d i s e a s e   a n d   s t r o k e ,   t y p e   2   d i a b e t e s ,   c a n c e r s ,   r e s p i r a t o r y   p r o b l e m s ,   a n d   n o n - a l c o h o l i c   f a t t y   l i v e r   d i s e a s e .   I n   a n   a t t e m p t   t o   r e d r e s s   t h e   i s s u e ,   p h y s i c a l   a c t i v i t y   i s   b e i n g   p r o m o t e d   a s   a   f u n d a m e n t a l   c o m p o n e n t   f o r   m a i n t a i n i n g   a   h e a l t h y   l i f e s t y l e .   R e c o m m e n d a t i o n s   f o r   p h y s i c a l   a c t i v i t y   l e v e l s   a r e   i s s u e d   b y   m o s t   g o v e r n m e n t s   a s   p a r t   o f   t h e i r   p u b l i c   h e a l t h   m e a s u r e s .   H o w e v e r ,   c u r r e n t   t e c h n i q u e s   a n d   p r o t o c o l s ,   i n c l u d i n g   t h o s e   u s e d   i n   l a b o r a t o r y   s e t t i n g s ,   h a v e   b e e n   c r i t i c i s e d .   T h e   m a i n   c o n c e r n   i s   t h a t   i t   i s   n o t   f e a s i b l e   t o   u s e   m u l t i p l e   p i e c e s   o f   m e a s u r e m e n t   h a r d w a r e ,   s u c h   a s   V O 2   m a s k s   a n d   h e a r t   r a t e   m o n i t o r s ,   t o   m o n i t o r   c h i l d r e n   i n   f r e e - l i v i n g   e n v i r o n m e n t s   d u e   t o   w e i g h t   a n d   e n c u m b r a n c e   c o n s t r a i n t s .   T h i s   h a s   p r o m p t e d   r e s e a r c h   i n   t h e   u s e   o f   w e a r a b l e   s e n s i n g   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n o l o g y   t o   p r o d u c e   c l a s s i f i c a t i o n s   f o r   s p e c i f i c   p h y s i c a l   a c t i v i t y   e v e n t s .   T h i s   p a p e r   b u i l d s   o n   t h i s   a p p r o a c h   a n d   p r e s e n t s   a   s u p e r v i s e d   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d   t h a t   u t i l i s e s   d a t a   o b t a i n e d   f r o m   a c c e l e r o m e t e r   s e n s o r s   w o r n   b y   c h i l d r e n   i n   f r e e - l i v i n g   e n v i r o n m e n t s .   O u r   r e s u l t s   s h o w   t h a t   w h e n   u s i n g   a n   a r t i f i c i a l   n e u r a l   n e t w o r k   a l g o r i t h m   i t   i s   p o s s i b l e   t o   o b t a i n   a n   o v e r a l l   a c c u r a c y   o f   9 6 %   u s i n g   f o u r   f e a t u r e s   f r o m   t h e   i n i t i a l   d a t a s e t ,   w i t h   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y   v a l u e s   e q u a l   t o   9 5 %   a n d   9 9 %   r e s p e c t i v e l y .   E x p a n d i n g   t h e   d a t a s e t   w i t h   i n t e r p o l a t e d   c a s e s ,   i t   w a s   p o s s i b l e   t o   i m p r o v e   o n   t h e s e   r e s u l t s   w i t h   9 8 . 8 %   f o r   a c c u r a c y ,   a n d   9 9 %   f o r   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y   w h e n   f o u r   f e a t u r e s   w e r e   u s e d . 	 [ F e r g u s ,   P a u l ;   H u s s a i n ,   A b i r   J . ;   B o d d y ,   L y n n e ;   A l - J u m e i l y ,   D h i y a ;   A l j a a f ,   A h m e d   J . ;   L u n n ,   J a n e t ]   L i v e r p o o l   J o h n   M o o r e s   U n i v ,   B y r o m   S t ,   L i v e r p o o l   L 3   3 A F ,   M e r s e y s i d e ,   E n g l a n d ;   [ H e a r t y ,   J o h n ]   L i o n h e a d   S t u d i o s ,   O c c a m   R d , S u r r e y   R e s   P k ,   G u i l d f o r d   G U 2   7 Y Q ,   S u r r e y ,   E n g l a n d ;   [ F a i r c l o u g h ,   S t u a r t ]   E d g e   H i l l   U n i v ,   S t   H e l e n s   R d ,   O r m s k i r k   L 3 9   4 Q P ,   E n g l a n d ;   [ M a c k i n t o s h ,   K e l l y ;   S t r a t t o n ,   G a r e t h ]   S w a n s e a   U n i v ,   S i n g l e t o n   P k ,   S w a n s e a   S A 2   8 P P ,   W   G l a m ,   W a l e s ;   [ R i d g e r s ,   N i c k y ]   D e a k i n   U n i v ,   2 2 1   B u r w o o d ,   B u r w o o d ,   V i c   3 1 2 5 ,   A u s t r a l i a 	 H u s s a i n ,   A J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   L i v e r p o o l   J o h n   M o o r e s   U n i v ,   B y r o m   S t ,   L i v e r p o o l   L 3   3 A F ,   M e r s e y s i d e ,   E n g l a n d . 	 	 	 	 	 	 B a r s h a n   B . ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   J ;   B a s s e t t   D R ,   2 0 1 2 ,   M E D   S C I   S P O R T   E X E R ,   V 4 4 ,   p S 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 9 / M S S . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 3 9 9 c f 7 ;   B l u m   A L ,   1 9 9 7 ,   A R T I F   I N T E L L ,   V 9 7 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 4 - 3 7 0 2 ( 9 7 ) 0 0 0 6 3 - 5 ;   B R O W N   K M ,   1 9 7 2 ,   N U M E R   M A T H ,   V 1 8 ,   P 2 8 9 ;   C A S P E R S E N   C J ,   1 9 8 5 ,   P U B L I C   H E A L T H   R E P ,   V 1 0 0 ,   P 1 2 6 ;   C r o u t e r   S E ,   2 0 0 6 ,   J   A P P L   P H Y S I O L ,   V 1 0 0 ,   P 1 3 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / j a p p a l p h y s i o l . 0 0 8 1 8 . 2 0 0 5 ;   D a l t o n   A ,   2 0 1 3 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 7 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 2 . 2 2 2 3 8 2 3 ;   D e   V r i e s   S . I . ,   2 0 0 1 ,   M E D   S C I   S P O R T S   E X E R C ,   V 4 3 ,   P 1 0 1 ;   D e   V r i e s   S . I . ,   2 0 1 1 ,   M E D   S C I   S P O R T S   E X E R C ,   V 4 3 ;   D u f f e y   K J ,   2 0 1 0 ,   A R C H   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 0 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h i n t e r n m e d . 2 0 0 9 . 5 4 5 ;   E v e n s o n   K R ,   2 0 0 8 ,   J   S P O R T   S C I ,   V 2 6 ,   P 1 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 6 4 0 4 1 0 8 0 2 3 3 4 1 9 6 ;   H a g e n b u c h n e r   M ,   2 0 1 5 ,   J   S C I   M E D   S P O R T ,   V 1 8 ,   P 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s a m s . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 3 ;   H A N L E Y   J A ,   1 9 8 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 4 8 ,   P 8 3 9 ;   H o n a s   J J ,   2 0 0 8 ,   P E D I A T R   E X E R C   S C I ,   V 2 0 ,   P 4 3 9 ;   H u a n g   D S ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 5 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 0 4 . 8 2 4 4 2 4 ;   H u a n g   D S ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 1 3 ,   P 1 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 8 0 0 1 4 9 9 0 0 0 6 0 4 ;   J a g o   R ,   2 0 0 7 ,   J   S P O R T   S C I ,   V 2 5 ,   P 9 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 6 4 0 4 1 0 6 0 0 9 0 8 0 2 7 ;   K a u t i a i n e n   S ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   O B E S I T Y ,   V 2 9 ,   P 9 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . i j o . 0 8 0 2 9 9 4 ;   K o n s t a b e l   K ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   O B E S I T Y ,   V 3 8 ,   p S 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / i j o . 2 0 1 4 . 1 4 4 ;   L a y n e   C S ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   B E H A V   N U T R   P H Y ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 6 8 - 8 - 2 1 ;   L e t i c i a   G . ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   B E H A V   N U T R   P H Y ,   V 6 ;   L e v e n b e r g   K . ,   1 9 4 4 ,   Q u a r t e r l y   o f   A p p l i e d   M a t h e m a t i c s ,   V 2 ,   P 1 6 4 ;   L I S S A U   I ,   1 9 9 4 ,   L A N C E T ,   V 3 4 3 ,   P 3 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 9 4 ) 9 1 1 6 3 - 0 ;   M a c h k i n t o s h   K . A . ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ;   M A R Q U A R D T   D W ,   1 9 6 3 ,   J   S O C   I N D   A P P L   M A T H ,   V 1 1 ,   P 4 3 1 ;   M a r t i n e z - G o n z a l e z   M A ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   O B E S I T Y ,   V 2 3 ,   P 1 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . i j o . 0 8 0 1 0 4 9 ;   M c F e r r a n   B ,   2 0 1 0 ,   J   C O N S U M   R E S ,   V 3 6 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 6 4 4 6 1 1 ;   M c K e n z i e   T L ,   2 0 1 0 ,   R E S   Q   E X E R C I S E   S P O R T ,   V 8 1 ,   P 1 1 3 ;   M C K E N Z I E   T L ,   1 9 9 2 ,   J   T E A C H   P H Y S   E D U C ,   V 1 1 ,   P 1 9 5 ;   M c L e o d   A ,   2 0 1 6 ,   A R C H   P H Y S   M E D   R E H A B ,   V 9 7 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a p m r . 2 0 1 5 . 0 8 . 4 3 5 ;   O r m e   M ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   B E H A V   N U T R   P H Y ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 6 8 - 1 1 - 3 4 ;   O t t   A E ,   2 0 0 0 ,   P E D I A T R   E X E R C   S C I ,   V 1 2 ,   P 3 6 0 ;   O y e b o d e   O ,   2 0 1 3 ,   O B E S   R E V ,   V 1 4 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / o b r . 1 2 0 2 4 ;   P a n d e   A . ,   2 0 1 6 ,   J M I R   R E H A B I L   A S S I S T ,   V 3 ,   P 2 0 1 6 ;   P a t e   R . R . ,   1 9 9 5 ,   J A M A ,   V 2 7 3 ;   P o w e r s   D . M . W . ,   2 0 1 2 ,   P   I E E E   I N T   C   I N F   S C I ,   P 5 6 7 ;   R i d d o c h   C J ,   2 0 0 7 ,   A R C H   D I S   C H I L D ,   V 9 2 ,   P 9 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a d c . 2 0 0 6 . 1 1 2 1 3 6 ;   R o w e   P ,   2 0 0 4 ,   J   T E A C H   P H Y S   E D U C ,   V 2 3 ,   P 2 3 5 ;   R y l e y   A . ,   2 0 1 3 ,   H E A L T H   S U R V E Y   F O R   E N ;   S a e l e n s   B E ,   2 0 0 3 ,   A M   J   P U B L I C   H E A L T H ,   V 9 3 ,   P 1 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 2 1 0 5 / A J P H . 9 3 . 9 . 1 5 5 2 ;   S c r u g g s   P W ,   2 0 0 5 ,   M E A S   P H Y S   E D   E X E R C   S ,   V 9 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 7 / s 1 5 3 2 7 8 4 1 m p e e 0 9 0 4 _ 1 ;   S h a r m a   S h r e e l a ,   2 0 1 1 ,   M e a s   P h y s   E d u c   E x e r c   S c i ,   V 1 5 ,   P 2 5 7 ;   S i r a r d   J R ,   2 0 0 5 ,   J   P H Y S   A C T   H E A L T H ,   V 2 ,   P 3 4 5 ;   S t a u d e n m a y e r   J ,   2 0 1 5 ,   J   A P P L   P H Y S I O L ,   V 1 1 9 ,   P 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / j a p p l p h y s i o l . 0 0 0 2 6 . 2 0 1 5 ;   S t a u d e n m a y e r   J ,   2 0 0 9 ,   J   A P P L   P H Y S I O L ,   V 1 0 7 ,   P 1 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / j a p p l p h y s i o l . 0 0 4 6 5 . 2 0 0 9 ;   T r o s t   S   G ,   2 0 0 1 ,   E x e r c   S p o r t   S c i   R e v ,   V 2 9 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 3 6 7 7 - 2 0 0 1 0 1 0 0 0 - 0 0 0 0 7 ;   T r o s t   S G ,   2 0 0 5 ,   M E D   S C I   S P O R T   E X E R ,   V 3 7 ,   p S 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 9 / 0 1 . m s s . 0 0 0 0 1 8 5 6 5 7 . 8 6 0 6 5 . 9 8 ;   T r o s t   S G ,   2 0 1 2 ,   M E D   S C I   S P O R T   E X E R ,   V 4 4 ,   P 1 8 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 9 / M S S . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 5 8 a c 1 1 ;   T r o s t   S G ,   2 0 1 1 ,   M E D   S C I   S P O R T   E X E R ,   V 4 3 ,   P 1 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 9 / M S S . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 0 6 4 7 6 e ;   W E D D E R B U R N   R W M ,   1 9 7 4 ,   B I O M E T R I K A ,   V 6 1 ,   P 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 6 1 . 3 . 4 3 9 ;   W e i s s   G M ,   2 0 1 6 ,   2 0 1 6   3 R D   I E E E   E M B S   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   B I O M E D I C A L   A N D   H E A L T H   I N F O R M A T I C S ,   P 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B H I . 2 0 1 6 . 7 4 5 5 9 2 5 ;   W e l k   G J ,   2 0 0 5 ,   M E D   S C I   S P O R T   E X E R ,   V 3 7 ,   p S 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 9 / 0 1 . m s s . 0 0 0 0 1 8 5 6 6 0 . 3 8 3 3 5 . d e ;   W e l k   G . J . ,   1 9 9 5 ,   R E S   Q   E X E R C   S P O R T ,   V 6 6 ;   W e l k   G r e g o r y   J ,   2 0 0 7 ,   P e d i a t r   E x e r c   S c i ,   V 1 9 ,   P 1 4 5 	 5 4 	 0 	 0 	 4 7 	 4 7 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 9 2 5 - 2 3 1 2 	 1 8 7 2 - 8 2 8 6 	 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 N e u r o c o m p u t i n g 	 M A R   8 	 2 0 1 7 	 2 2 8 	 	 	 	 S I 	 	 2 2 0 	 2 3 0 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 4 0 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E J 2 C Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 0 1 7 9 0 0 0 2 4 	 	 
 
 J 	 C o l l i n s ,   R L ;   B r a n d ,   H ;   R e d i n ,   C E ;   H a n s c o m ,   C ;   A n t o l i k ,   C ;   S t o n e ,   M R ;   G l e s s n e r ,   J T ;   M a s o n ,   T ;   P r e g n o ,   G ;   D o r r a n i ,   N ;   M a n d r i l e ,   G ;   G i a c h i n o ,   D ;   P e r r i n ,   D ;   W a l s h ,   C ;   C i p i c c h i o ,   M ;   C o s t e l l o ,   M ;   S t o r t c h e v o i ,   A ;   A n ,   J Y ;   C u r r a l l ,   B B ;   S e a b r a ,   C M ;   R a g a v e n d r a n ,   A ;   M a r g o l i n ,   L ;   M a r t i n e z - A g o s t o ,   J A ;   L u c e n t e ,   D ;   L e v y ,   B ;   S a n d e r s ,   S J ;   W a p n e r ,   R J ;   Q u i n t e r o - R i v e r a ,   F ;   K l o o s t e r m a n ,   W ;   T a l k o w s k i ,   M E 	 	 	 	 C o l l i n s ,   R y a n   L . ;   B r a n d ,   H a r r i s o n ;   R e d i n ,   C l a i r e   E . ;   H a n s c o m ,   C a r r i e ;   A n t o l i k ,   C a r o l i n e ;   S t o n e ,   M a t t h e w   R . ;   G l e s s n e r ,   J o s e p h   T . ;   M a s o n ,   T a m a r a ;   P r e g n o ,   G i u l i a ;   D o r r a n i ,   N a g h m e h ;   M a n d r i l e ,   G i o r g i a ;   G i a c h i n o ,   D a n i e l a ;   P e r r i n ,   D a n i e l l e ;   W a l s h ,   C o l e ;   C i p i c c h i o ,   M i c h e l l e ;   C o s t e l l o ,   M a u r a ;   S t o r t c h e v o i ,   A l e x e i ;   A n ,   J o o n - Y o n g ;   C u r r a l l ,   B e n j a m i n   B . ;   S e a b r a ,   C a t a r i n a   M . ;   R a g a v e n d r a n ,   A s h o k ;   M a r g o l i n ,   L a u r e n ;   M a r t i n e z - A g o s t o ,   J u l i a n   A . ;   L u c e n t e ,   D i a n e ;   L e v y ,   B r y n n ;   S a n d e r s ,   S t e p h a n   J . ;   W a p n e r ,   R o n a l d   J . ;   Q u i n t e r o - R i v e r a ,   F a b i o l a ;   K l o o s t e r m a n ,   W i g a r d ;   T a l k o w s k i ,   M i c h a e l   E . 	 	 	 D e f i n i n g   t h e   d i v e r s e   s p e c t r u m   o f   i n v e r s i o n s ,   c o m p l e x   s t r u c t u r a l   v a r i a t i o n ,   a n d   c h r o m o t h r i p s i s   i n   t h e   m o r b i d   h u m a n   g e n o m e 	 G E N O M E   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S t r u c t u r a l   v a r i a t i o n ;   I n v e r s i o n ;   C o m p l e x   c h r o m o s o m a l   r e a r r a n g e m e n t ;   C h r o m o a n a g e n e s i s ;   C h r o m o t h r i p s i s ;   A u t i s m ;   N e u r o d e v e l o p m e n t a l   d i s o r d e r s ;   C o p y n u m b e r   v a r i a t i o n ;   W h o l e - g e n o m e   s e q u e n c i n g ;   G e r m l i n e   m u t a t i o n 	 C O P Y   N U M B E R   V A R I A T I O N ;   B A L A N C E D   C H R O M O S O M E   R E A R R A N G E M E N T S ;   G E N E R A T I O N   S E Q U E N C I N G   D A T A ;   P R O T E I N - C O D I N G   G E N E S ;   H I D D E N - M A R K O V   M O D E L ;   S N P   G E N O T Y P I N G   D A T A ;   C A N C E R   G E N O M E S ;   P R E N A T A L - D I A G N O S I S ;   P O L Y M O R P H I C   I N V E R S I O N S ;   D I S E A S E   S U S C E P T I B I L I T Y 	 B a c k g r o u n d :   S t r u c t u r a l   v a r i a t i o n   ( S V )   i n f l u e n c e s   g e n o m e   o r g a n i z a t i o n   a n d   c o n t r i b u t e s   t o   h u m a n   d i s e a s e .   H o w e v e r ,   t h e   c o m p l e t e   m u t a t i o n a l   s p e c t r u m   o f   S V   h a s   n o t   b e e n   r o u t i n e l y   c a p t u r e d   i n   d i s e a s e   a s s o c i a t i o n   s t u d i e s .   R e s u l t s :   W e   s e q u e n c e d   6 8 9   p a r t i c i p a n t s   w i t h   a u t i s m   s p e c t r u m   d i s o r d e r   ( A S D )   a n d   o t h e r   d e v e l o p m e n t a l   a b n o r m a l i t i e s   t o   c o n s t r u c t   a   g e n o m e - w i d e   m a p   o f   l a r g e   S V .   U s i n g   l o n g - i n s e r t   j u m p i n g   l i b r a r i e s   a t   1 0 5 X   m e a n   p h y s i c a l  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 c x S V   ( 9 3 . 8 % )   h a v e   n o t   b e e n   d e l i n e a t e d   i n   p r e v i o u s   s t u d i e s .   R a r e   S V s   a r e   m o r e   l i k e l y   t o   d i s r u p t   c o d i n g   a n d   r e g u l a t o r y   n o n - c o d i n g   l o c i ,   p a r t i c u l a r l y   w h e n   t r u n c a t i n g   c o n s t r a i n e d   a n d   d i s e a s e - a s s o c i a t e d   g e n e s .   W e   a l s o   i d e n t i f y   m u l t i p l e   c a s e s   o f   c a t a s t r o p h i c   c h r o m o s o m a l   r e a r r a n g e m e n t s   k n o w n   a s   c h r o m o a n a g e n e s i s ,   i n c l u d i n g   s o m a t i c   c h r o m o a n a s y n t h e s i s ,   a n d   e x t r e m e   b a l a n c e d   g e r m l i n e   c h r o m o t h r i p s i s   e v e n t s   i n v o l v i n g   u p   t o   6 5   b r e a k p o i n t s   a n d   6 0 . 6   M b   a c r o s s   f o u r   c h r o m o s o m e s ,   f u r t h e r   d e f i n i n g   r a r e   c a t e g o r i e s   o f   e x t r e m e   c x S V .   C o n c l u s i o n s :   T h e s e   d a t a   p r o v i d e   a   f o u n d a t i o n a l   m a p   o f   l a r g e   S V   i n   t h e   m o r b i d   h u m a n   g e n o m e   a n d   d e m o n s t r a t e   a   p r e v i o u s l y   u n d e r a p p r e c i a t e d   a b u n d a n c e   a n d   d i v e r s i t y   o f   c x S V   t h a t   s h o u l d   b e   c o n s i d e r e d   i n   g e n o m i c   s t u d i e s   o f   h u m a n   d i s e a s e . 	 [ C o l l i n s ,   R y a n   L . ;   B r a n d ,   H a r r i s o n ;   R e d i n ,   C l a i r e   E . ;   H a n s c o m ,   C a r r i e ;   A n t o l i k ,   C a r o l i n e ;   S t o n e ,   M a t t h e w   R . ;   G l e s s n e r ,   J o s e p h   T . ;   S t o r t c h e v o i ,   A l e x e i ;   C u r r a l l ,   B e n j a m i n   B . ;   S e a b r a ,   C a t a r i n a   M . ;   R a g a v e n d r a n ,   A s h o k ;   L u c e n t e ,   D i a n e ;   T a l k o w s k i ,   M i c h a e l   E . ]   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   M o l   N e u r o g e n e t   U n i t ,   C t r   G e n o m   M e d ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 4   U S A ;   [ C o l l i n s ,   R y a n   L . ;   B r a n d ,   H a r r i s o n ;   R e d i n ,   C l a i r e   E . ;   H a n s c o m ,   C a r r i e ;   A n t o l i k ,   C a r o l i n e ;   S t o n e ,   M a t t h e w   R . ;   G l e s s n e r ,   J o s e p h   T . ;   S t o r t c h e v o i ,   A l e x e i ;   C u r r a l l ,   B e n j a m i n   B . ;   S e a b r a ,   C a t a r i n a   M . ;   R a g a v e n d r a n ,   A s h o k ;   L u c e n t e ,   D i a n e ;   T a l k o w s k i ,   M i c h a e l   E . ]   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   P s y c h i a t   &   N e u r o d e v   G e n e t   U n i t ,   C t r   G e n o m   M e d ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 4   U S A ;   [ C o l l i n s ,   R y a n   L . ;   B r a n d ,   H a r r i s o n ;   R e d i n ,   C l a i r e   E . ;   H a n s c o m ,   C a r r i e ;   A n t o l i k ,   C a r o l i n e ;   S t o n e ,   M a t t h e w   R . ;   G l e s s n e r ,   J o s e p h   T . ;   S t o r t c h e v o i ,   A l e x e i ;   C u r r a l l ,   B e n j a m i n   B . ;   S e a b r a ,   C a t a r i n a   M . ;   R a g a v e n d r a n ,   A s h o k ;   L u c e n t e ,   D i a n e ;   T a l k o w s k i ,   M i c h a e l   E . ]   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   D e p t   N e u r o l ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 4   U S A ;   [ C o l l i n s ,   R y a n   L . ;   T a l k o w s k i ,   M i c h a e l   E . ]   H a r v a r d   M e d   S c h ,   D i v   M e d   S c i ,   P r o g r a m   B i o i n f o r m a t   &   I n t e g r a t   G e n o m ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 5   U S A ;   [ C o l l i n s ,   R y a n   L . ;   B r a n d ,   H a r r i s o n ;   R e d i n ,   C l a i r e   E . ;   H a n s c o m ,   C a r r i e ;   A n t o l i k ,   C a r o l i n e ;   S t o n e ,   M a t t h e w   R . ;   G l e s s n e r ,   J o s e p h   T . ;   M a s o n ,   T a m a r a ;   P e r r i n ,   D a n i e l l e ;   W a l s h ,   C o l e ;   C i p i c c h i o ,   M i c h e l l e ;   C o s t e l l o ,   M a u r a ;   S t o r t c h e v o i ,   A l e x e i ;   C u r r a l l ,   B e n j a m i n   B . ;   S e a b r a ,   C a t a r i n a   M . ;   R a g a v e n d r a n ,   A s h o k ;   M a r g o l i n ,   L a u r e n ;   L u c e n t e ,   D i a n e ;   T a l k o w s k i ,   M i c h a e l   E . ]   B r o a d   I n s t   M I T   &   H a r v a r d ,   P r o g r a m   P o p u l a t   &   M e d   G e n e t ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 4 2   U S A ;   [ C o l l i n s ,   R y a n   L . ;   B r a n d ,   H a r r i s o n ;   R e d i n ,   C l a i r e   E . ;   H a n s c o m ,   C a r r i e ;   A n t o l i k ,   C a r o l i n e ;   S t o n e ,   M a t t h e w   R . ;   G l e s s n e r ,   J o s e p h   T . ;   M a s o n ,   T a m a r a ;   P e r r i n ,   D a n i e l l e ;   W a l s h ,   C o l e ;   C i p i c c h i o ,   M i c h e l l e ;   C o s t e l l o ,   M a u r a ;   S t o r t c h e v o i ,   A l e x e i ;   C u r r a l l ,   B e n j a m i n   B . ;   S e a b r a ,   C a t a r i n a   M . ;   R a g a v e n d r a n ,   A s h o k ;   M a r g o l i n ,   L a u r e n ;   T a l k o w s k i ,   M i c h a e l   E . ]   B r o a d   I n s t   M I T   &   H a r v a r d ,   G e n o m   P l a t f o r m ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 4 2   U S A ;   [ P r e g n o ,   G i u l i a ;   M a n d r i l e ,   G i o r g i a ;   G i a c h i n o ,   D a n i e l a ]   U n i v   T o r i n o ,   D e p t   C l i n   &   B i o l   S c i ,   M e d   G e n e t   U n i t ,   O r b a s s a n o ,   I t a l y ;   [ D o r r a n i ,   N a g h m e h ;   M a r t i n e z - A g o s t o ,   J u l i a n   A . ;   Q u i n t e r o - R i v e r a ,   F a b i o l a ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   D e p t   P a t h o l   &   L a b   M e d ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A ;   [ D o r r a n i ,   N a g h m e h ;   M a r t i n e z - A g o s t o ,   J u l i a n   A . ;   Q u i n t e r o - R i v e r a ,   F a b i o l a ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   U C L A   C l i n   G e n o m   C t r ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A ;   [ A n ,   J o o n - Y o n g ;   S a n d e r s ,   S t e p h a n   J . ]   U n i v   C a l i f   S a n   F r a n c i s c o ,   D e p t   P s y c h i a t ,   S a n   F r a n c i s c o ,   C A   9 4 1 0 3   U S A ;   [ S e a b r a ,   C a t a r i n a   M . ]   U n i v   P o r t o ,   G A B B A   P r o g r a m ,   P - 4 0 9 9 0 0 2   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ L e v y ,   B r y n n ]   C o l u m b i a   U n i v ,   D e p t   P a t h o l ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 3 2   U S A ;   [ W a p n e r ,   R o n a l d   J . ]   C o l u m b i a   U n i v ,   D i v   M a t e r n a l   F e t a l   M e d ,   D e p t   O b s t e t   &   G y n e c o l ,   M e d   C t r ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 3 2   U S A ;   [ K l o o s t e r m a n ,   W i g a r d ]   U n i v   M e d   C t r   U t r e c h t ,   C t r   M o l   M e d ,   D e p t   M e d   G e n e t ,   N L - 3 5 8 4   C G   U t r e c h t ,   N e t h e r l a n d s 	 T a l k o w s k i ,   M E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   M o l   N e u r o g e n e t   U n i t ,   C t r   G e n o m   M e d ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 4   U S A . ;   T a l k o w s k i ,   M E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   P s y c h i a t   &   N e u r o d e v   G e n e t   U n i t ,   C t r   G e n o m   M e d ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 4   U S A . ;   T a l k o w s k i ,   M E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   D e p t   N e u r o l ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 4   U S A . ;   T a l k o w s k i ,   M E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H a r v a r d   M e d   S c h ,   D i v   M e d   S c i ,   P r o g r a m   B i o i n f o r m a t   &   I n t e g r a t   G e n o m ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 5   U S A . ;   T a l k o w s k i ,   M E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B r o a d   I n s t   M I T   &   H a r v a r d ,   P r o g r a m   P o p u l a t   &   M e d   G e n e t ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 4 2   U S A . ;   T a l k o w s k i ,   M E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B r o a d   I n s t   M I T   &   H a r v a r d ,   G e n o m   P l a t f o r m ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 4 2   U S A . 	 t a l k o w s k i @ c h g r . m g h . h a r v a r d . e d u 	 	 S e a b r a ,   C a t a r i n a / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 2 8 6 2 - 1 9 7 9 ;   M a n d r i l e ,   G i o r g i a / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 0 8 4 9 - 2 2 2 5 ;   C o l l i n s ,   R y a n / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 1 2 6 8 - 9 9 9 5 	 S i m o n s   F o u n d a t i o n   f o r   A u t i s m   R e s e a r c h   ( S F A R I )   [ 3 4 6 0 4 2 ] ;   N a n c y   L u r i e   M a r k s   F a m i l y   F o u n d a t i o n ;   M a r c h   o f   D i m e s ;   C h a r l e s   H o o d   F o u n d a t i o n ;   N A R S A D ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ R 0 0 M H 0 9 5 8 6 7 ,   H D 0 8 1 2 5 6 ,   G M 0 6 1 3 5 4 ] ;   S i m o n s   F o u n d a t i o n ;   R u t h   L .   K i r s c h s t e i n   N R S A   t r a i n i n g   g r a n t   f r o m   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N H G R I )   [ T 3 2 H G 0 0 2 2 9 5 - 1 4 ] 	 F u n d i n g   f o r   t h i s   w o r k   w a s   p r o v i d e d   b y   t h e   S i m o n s   F o u n d a t i o n   f o r   A u t i s m   R e s e a r c h   ( S F A R I   # 3 4 6 0 4 2 ) ,   t h e   N a n c y   L u r i e   M a r k s   F a m i l y   F o u n d a t i o n ,   t h e   M a r c h   o f   D i m e s ,   t h e   C h a r l e s   H o o d   F o u n d a t i o n ,   N A R S A D ,   a n d   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( R 0 0 M H 0 9 5 8 6 7 ,   H D 0 8 1 2 5 6 ,   G M 0 6 1 3 5 4 )   t o   M E T .   T h e   p r i n c i p a l   i n v e s t i g a t o r s   o f   t h e   S i m o n s   S i m p l e x   C o l l e c t i o n   ( S S C ) ,   w h i c h   i s   s p o n s o r e d   b y   t h e   S i m o n s   F o u n d a t i o n ,   c o l l e c t e d   t h e   s a m p l e s   i n   t h e   S S C .   N o   f u n d i n g   b o d y   p l a y e d   a   r o l e   i n   t h e   s t u d y   d e s i g n ,   a n a l y s i s ,   o r   i n t e r p r e t a t i o n   o f   d a t a .   R L C   i s   s u p p o r t e d   b y   a   R u t h   L .   K i r s c h s t e i n   N R S A   t r a i n i n g   g r a n t   f r o m   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N H G R I   # T 3 2 H G 0 0 2 2 9 5 - 1 4 )   t o   t h e   P h D   P r o g r a m   i n   B i o i n f o r m a t i c s   a n d   I n t e g r a t i v e   G e n o m i c s   o f   H a r v a r d   M e d i c a l   S c h o o l .   M E T   i s   t h e   s u p p o r t e d   a s   t h e   M G H   D e s m o n d   a n d   A n n   H e a t h w o o d   R e s e a r c h   S c h o l a r . 	 A b y z o v   A ,   2 0 1 5 ,   N A T   C O M M U N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 8 2 5 6 ;   A l k a n   C ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 2 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 9 5 8 ;   A m b r o z i a k   W ,   2 0 1 5 ,   J   A P P L   G E N E T ,   V 5 6 ,   P 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 3 5 3 - 0 1 5 - 0 2 8 2 - 9 ;   B a c a   S C ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 3 ,   P 6 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 2 1 ;   B a r n e t t   D W ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 1 7 4 ;   B e r g   J S ,   2 0 1 3 ,   G E N E T   M E D ,   V 1 5 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / g i m . 2 0 1 2 . 1 1 2 ;   B e r t e l s e n   B ,   2 0 1 6 ,   G E N E T   M E D ,   V 1 8 ,   P 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / g i m . 2 0 1 5 . 1 1 2 ;   B l e k h m a n   R ,   2 0 0 8 ,   C U R R   B I O L ,   V 1 8 ,   P 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 7 4 ;   B o e t t g e r   L M ,   2 0 1 6 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 8 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 5 1 0 ;   B r a n d   H ,   2 0 1 5 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 7 ,   P 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 2 ;   B r a n d   H ,   2 0 1 4 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 5 ,   P 4 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 5 ;   C a r v a l h o   C M B ,   2 0 1 1 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 3 ,   P 1 0 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 9 4 4 ;   C a r v a l h o   C M B ,   2 0 0 9 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 1 8 ,   P 2 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d p 1 5 1 ;   C h a i s s o n   M J P ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 7 ,   P 6 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 9 0 7 ;   C h e n   X Y ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 2 ,   P 1 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 7 1 0 ;   C h e n g   C X ,   2 0 1 6 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 8 ,   P 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 1 3 ;   C h i a n g   C ,   2 0 1 2 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 4 ,   P 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 2 0 2 ;   C o e   B P ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 1 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 0 9 2 ;   C o l e l l a   S ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   P 2 0 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 0 7 6 ;   C o l l i n s   R L ,   2 0 1 6 ,   B I O R X I V ;   C o n r a d   D F ,   2 0 1 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 2 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 5 6 4 ;   C r a s t a   K ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 2 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 8 0 2 ;   C u n n i n g h a m   F ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 6 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 1 0 ;   d e   P a g t e r   M S ,   2 0 1 5 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 6 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 5 ;   D i x o n   J R ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 5 ,   P 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 8 2 ;   T h u n g   D T ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 4 - 0 4 8 8 - x ;   D u n h a m   I ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 9 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 2 4 7 ;   E m a n u e l   B S ,   2 0 0 1 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 2 ,   P 7 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 9 3 5 0 0 ;   F a u s t   G G ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 2 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 3 1 4 ;   F e u k   L ,   2 0 0 6 ,   G E N E T ,   V 7 ,   P 8 5 ;   F i s c h b a c h   G D ,   2 0 1 0 ,   N E U R O N ,   V 6 8 ,   P 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o n . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 6 ;   F r a n c i o l i   L C ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 8 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 0 2 1 ;   G i l i s s e n   C ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 1 1 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 3 9 4 ;   G i r i r a j a n   S ,   2 0 1 1 ,   P L O S   G E N E T ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 2 3 3 4 ;   G l e s s n e r   J T ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 9 ,   P 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 9 5 3 ;   H a n d s a k e r   R E ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 2 0 0 ;   H a n s c o m   C ,   2 0 1 4 ,   C U R R   P R O T O C   H U M   G E N E ,   V 8 0 ,   P 7 2 2 2 1 ;   H a r r o w   J ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 5 3 5 0 . 1 1 1 ;   H e h i r - K w a   J Y ,   2 0 1 6 ,   N A T   C O M M U N ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 2 9 8 9 ;   H o l l a n d   A J ,   2 0 1 2 ,   N A T   M E D ,   V 1 8 ,   P 1 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 2 9 8 8 ;   J a n s s e n   A ,   2 0 1 1 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 3 ,   P 1 8 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 1 0 2 1 4 ;   K e n t   W J ,   2 0 0 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 6 5 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 1 / g r . 2 2 9 2 0 2 ,   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 2 2 9 2 0 2 .   A r t i c l e   p u b l i s h e d   o n l i n e   b e f o r e   M a r c h   2 0 0 2 ] ;   K l a m b a u e r   G ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 0 0 3 ;   K l o o s t e r m a n   W P ,   2 0 1 3 ,   C U R R   O P I N   C E L L   B I O L ,   V 2 5 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e b . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 0 8 ;   K l o o s t e r m a n   W P ,   2 0 1 2 ,   C E L L   R E P ,   V 1 ,   P 6 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 0 9 ;   K l o o s t e r m a n   W P ,   2 0 1 1 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 1 - 1 2 - 1 0 - r 1 0 3 ;   K l o o s t e r m a n   W P ,   2 0 1 1 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 0 ,   P 1 9 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d r 0 7 3 ;   K o r b e l   J O ,   2 0 0 7 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 8 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 4 9 5 0 4 ;   K o r b e l   J O ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 2 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 2 3 ;   K r z y w i n s k i   M ,   2 0 0 9 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 9 ,   P 1 6 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 0 9 2 7 5 9 . 1 0 9 ;   L a l   D ,   2 0 1 5 ,   P L O S   G E N E T ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 5 2 2 6 ;   L A N D E R   E   S ,   1 9 8 8 ,   G e n o m i c s ,   V 2 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 8 8 - 7 5 4 3 ( 8 8 ) 9 0 0 0 7 - 9 ;   L a n d r u m   M J ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 9 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 1 1 3 ;   L a y e r   R M ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 4 - 1 5 - 6 - r 8 4 ;   L e k   M ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E ,   V 5 3 6 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 9 0 5 7 ;   L i   H . ,   2 0 1 3 ,   A L I G N I N G   S E Q U E N C E   R E ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 0 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 5 2 ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 1 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 2 4 ;   L i o n e l   A C ,   2 0 1 1 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 2 4 6 4 ;   L i u   P F ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 6 ,   P 8 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 4 2 ;   M a c A r t h u r   D G ,   2 0 1 2 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 5 ,   P 8 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 1 5 0 4 0 ;   M a c D o n a l d   J R ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 9 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 9 5 8 ;   M a c e r a   M J ,   2 0 1 5 ,   P R E N A T A L   D I A G ,   V 3 5 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p d . 4 4 5 6 ;   M a r c a i s   G ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 7 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 0 1 1 ;   M a r s h a l l   C R ,   2 0 0 8 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 2 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 0 9 ;   M a r t i n e z - F u n d i c h e l y   A ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 1 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 1 2 2 ;   M a s s e t   H ,   2 0 1 6 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 7 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 2 9 8 4 ;   M i l l s   R E ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 0 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 9 7 0 8 ;   M o h a j e r i   K ,   2 0 1 6 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 6 ,   P 1 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 2 1 1 2 8 4 . 1 1 6 ;   M o n c u n i l l   V ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 3 0 2 7 ;   N a z a r y a n   L ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   H U M   G E N E T ,   V 2 2 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j h g . 2 0 1 3 . 1 4 7 ;   P e l l e s t o r   F ,   2 0 1 4 ,   F E R T I L   S T E R I L ,   V 1 0 2 ,   P 1 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e r t n s t e r t . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 6 ;   P e l l e s t o r   F ,   2 0 1 4 ,   H U M   R E P R O D ,   V 2 9 ,   P 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h u m r e p / d e u 0 0 3 ;   P e n d l e t o n   M ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 7 8 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 4 5 4 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 4 5 4 ] ;   P e t r o v s k i   S ,   2 0 1 3 ,   P L O S   G E N E T ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 3 7 0 9 ;   P l a i s a n c i e   J ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   M E D   G E N E T ,   V 5 7 ,   P 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m g . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 4 ;   Q u i n l a n   A R ,   2 0 1 4 ,   C U R R   P R O T O C   B I O I N F O R ,   V 4 7 ;   R a u s c h   T ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 8 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 1 3 ;   R e d i n   C ,   2 0 1 7 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 9 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 7 2 0 ;   R i g h o l t   C ,   2 0 1 2 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 5 1 ,   P 9 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 1 9 8 1 ;   R o s e n b l o o m   K R ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 0 1 5 ,   p D 6 7 0 ;   R o z e n   S ,   2 0 0 0 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 1 3 2 ,   P 3 6 5 ;   S a h o o   T ,   2 0 1 1 ,   G E N E T   M E D ,   V 1 3 ,   P 8 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / G I M . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 2 1 7 a 0 6 ;   S a m o c h a   K E ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 9 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 0 5 0 ;   S a n d e r s   A D ,   2 0 1 6 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 6 ,   P 1 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 2 0 1 1 6 0 . 1 1 5 ;   S a n d e r s   S J ,   2 0 1 5 ,   N E U R O N ,   V 8 7 ,   P 1 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o n . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 1 6 ;   S a n d e r s   S J ,   2 0 1 1 ,   N E U R O N ,   V 7 0 ,   P 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o n . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 0 2 ;   S c h e r e r   S W ,   2 0 0 7 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 9 ,   p S 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 2 0 9 3 ;   S c h u u r s - H o e i j m a k e r s   J H M ,   2 0 1 3 ,   J   M E D   G E N E T ,   V 5 0 ,   P 8 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j m e d g e n e t - 2 0 1 3 - 1 0 1 6 4 4 ;   S e k a r   A ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E ,   V 5 3 0 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 6 5 4 9 ;   S i m s   D ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 5 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 6 4 2 ;   S t e p h e n s   P J ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 5 5 ;   S t e v i s o n   L S ,   2 0 1 1 ,   G E N O M E   B I O L   E V O L ,   V 3 ,   P 8 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / g b e / e v r 0 8 1 ;   S u d m a n t   P H ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 6 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 5 3 9 4 ;   T a b e t   A C ,   2 0 1 5 ,   M O L   A U T I S M ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 2 2 9 - 0 1 5 - 0 0 1 5 - 2 ;   T a l k o w s k i   M E ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 7 ,   P 2 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 0 8 5 9 4 ;   T a l k o w s k i   M E ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 2 8 ;   T a l k o w s k i   M E ,   2 0 1 1 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 8 ,   P 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 1 3 ;   T a r a i l o - G r a o v a c   M ,   2 0 0 9 ,   C U R R   P R O T O C   B I O I N F O R ,   V 4 ,   P 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 2 5 0 9 5 3 . B I 0 4 1 0 S 2 5 ;   T a r a s o v   A ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 2 0 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 0 9 8 ;   T a t t i n i   L o r e n z o ,   2 0 1 5 ,   F r o n t   B i o e n g   B i o t e c h n o l ,   V 3 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f b i o e . 2 0 1 5 . 0 0 0 9 2 ;   T h u r m a n   R E ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 9 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 2 3 2 ;   T u r n e r   T N ,   2 0 1 6 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 8 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 2 3 ;   W a n g   K ,   2 0 0 7 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 7 ,   P 1 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 6 8 6 1 9 0 7 ;   W a p n e r   R J ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 7 ,   P 2 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 0 3 3 8 2 ;   W A R B U R T O N   D ,   1 9 9 1 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 4 9 ,   P 9 9 5 ;   W e c k s e l b l a t t   B ,   2 0 1 5 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 5 ,   P 9 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 9 1 2 4 7 . 1 1 5 ;   Y a n g   L X ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 3 ,   P 9 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 1 0 ;   Z a n a r d o   E A ,   2 0 1 4 ,   M O L   G E N E T   G E N O M I C S ,   V 2 8 9 ,   P 1 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 3 8 - 0 1 4 - 0 8 7 6 - 7 ;   Z h a n g   C Z ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 2 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 4 9 3 ;   Z h a n g   C Z ,   2 0 1 3 ,   G E N E   D E V ,   V 2 7 ,   P 2 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 2 2 9 5 5 9 . 1 1 3 ;   Z h a n g   F ,   2 0 0 9 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 1 ,   P 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 9 9 ;   Z h a o   Q ,   2 0 1 3 ,   S C H I Z O P H R E N I A   B U L L ,   V 3 9 ,   P 7 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / s c h b u l / s b r 1 9 7 ;   Z h e n g   G X Y ,   2 0 1 6 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 4 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 3 4 3 2 	 1 1 4 	 1 	 1 	 4 	 4 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 4 - 7 6 0 X 	 	 	 G E N O M E   B I O L 	 G e n o m e   B i o l . 	 M A R   6 	 2 0 1 7 	 1 8 	 	 	 	 	 	 	 	 3 6 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 7 - 1 1 5 8 - 6 	 	 2 1 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E P 0 Y G 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 1 1 2 0 0 0 0 0 1 	 2 8 2 6 0 5 3 1 	 
 
 J 	 L a r s s o n ,   K ;   B a k e r ,   S ;   S i l i n s ,   I ;   G u o ,   Y F ;   S t e n i u s ,   U ;   K o r h o n e n ,   A ;   B e r g l u n d ,   M 	 	 	 	 L a r s s o n ,   K r i s t i n ;   B a k e r ,   S i m o n ;   S i l i n s ,   I l o n a ;   G u o ,   Y u f a n ;   S t e n i u s ,   U l l a ;   K o r h o n e n ,   A n n a ;   B e r g l u n d ,   M a r i k a 	 	 	 T e x t   m i n i n g   f o r   i m p r o v e d   e x p o s u r e   a s s e s s m e n t 	 P L O S   O N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 O F - T H E - A R T ;   B I O M E D I C A L   T E X T ;   C A N C E R - R E S E A R C H ;   B I S P H E N O L - A ;   M E T A B O L I S M ;   H U M A N S ;   T O O L 	 C h e m i c a l   e x p o s u r e   a s s e s s m e n t s   a r e   b a s e d   o n   i n f o r m a t i o n   c o l l e c t e d   v i a   d i f f e r e n t   m e t h o d s ,   s u c h   a s   b i o m o n i t o r i n g ,   p e r s o n a l   m o n i t o r i n g ,   e n v i r o n m e n t a l   m o n i t o r i n g   a n d   q u e s t i o n n a i r e s .   T h e   v a s t   a m o u n t   o f   c h e m i c a l - s p e c i f i c   e x p o s u r e   i n f o r m a t i o n   a v a i l a b l e   f r o m   w e b - b a s e d   d a t a b a s e s ,   s u c h   a s   P u b M e d ,   i s   u n d o u b t e d l y   a   g r e a t   a s s e t   t o   t h e   s c i e n t i f i c   c o m m u n i t y .   H o w e v e r ,   m a n u a l   r e t r i e v a l   o f   r e l e v a n t   p u b l i s h e d   i n f o r m a t i o n   i s   a n   e x t r e m e l y   t i m e   c o n s u m i n g   t a s k   a n d   o v e r v i e w i n g   t h e   d a t a   i s   n e a r l y   i m p o s s i b l e .   H e r e ,   w e   p r e s e n t   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   a n   a u t o m a t i c   c l a s s i f i e r   f o r   c h e m i c a l   e x p o s u r e   i n f o r m a t i o n .   F i r s t ,   n e a r l y   3 7 0 0   a b s t r a c t s   w e r e   m a n u a l l y   a n n o t a t e d   b y   a n   e x p e r t   i n   e x p o s u r e   s c i e n c e s   a c c o r d i n g   t o   a   t a x o n o m y   e x c l u s i v e l y   c r e a t e d   f o r   e x p o s u r e   i n f o r m a t i o n .   N a t u r a l   L a n g u a g e   P r o c e s s i n g   ( N L P )   t e c h n i q u e s   w e r e   u s e d   t o   e x t r a c t   s e m a n t i c   a n d   s y n t a c t i c   f e a t u r e s   r e l e v a n t   t o   c h e m i c a l   e x p o s u r e   t e x t .   U s i n g   t h e s e   f e a t u r e s ,   w e   t r a i n e d   a   s u p e r v i s e d   m a c h i n e   l e a r n i n g   a l g o r i t h m   t o   a u t o m a t i c a l l y   c l a s s i f y   P u b M e d   a b s t r a c t s   a c c o r d i n g   t o   t h e   e x p o s u r e   t a x o n o m y .   T h e   r e s u l t i n g   c l a s s i f i e r   d e m o n s t r a t e s   g o o d   p e r f o r m a n c e   i n   t h e   i n t r i n s i c   e v a l u a t i o n .   W e   a l s o   s h o w   t h a t   t h e   c l a s s i f i e r   i m p r o v e s   i n f o r m a t i o n   r e t r i e v a l   o f   c h e m i c a l   e x p o s u r e   d a t a   c o m p a r e d   t o   k e y w o r d - b a s e d   P u b M e d   s e a r c h e s .   C a s e   s t u d i e s   d e m o n s t r a t e   t h a t   t h e   c l a s s i f i e r   c a n   b e   u s e d   t o   a s s i s t   r e s e a r c h e r s   b y   f a c i l i t a t i n g   i n f o r m a t i o n   r e t r i e v a l   a n d   c l a s s i f i c a t i o n ,   e n a b l i n g   d a t a   g a p   r e c o g n i t i o n   a n d   o v e r v i e w i n g   a v a i l a b l e   s c i e n t i f i c   l i t e r a t u r e   u s i n g   c h e m i c a l - s p e c i f i c   p u b l i c a t i o n   p r o f i l e s .   F i n a l l y ,   w e   i d e n t i f y   c h a l l e n g e s   t o   b e   a d d r e s s e d   i n   f u t u r e   d e v e l o p m e n t   o f   t h e   s y s t e m . 	 [ L a r s s o n ,   K r i s t i n ;   S i l i n s ,   I l o n a ;   S t e n i u s ,   U l l a ;   B e r g l u n d ,   M a r i k a ]   K a r o l i n s k a   I n s t ,   I n s t   E n v i r o n m   M e d ,   S t o c k h o l m ,   S w e d e n ;   [ B a k e r ,   S i m o n ;   G u o ,   Y u f a n ;   K o r h o n e n ,   A n n a ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   C o m p   L a b ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d ;   [ K o r h o n e n ,   A n n a ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   D T A L ,   L a n g u a g e   T e c h n o l   L a b ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d 	 L a r s s o n ,   K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a r o l i n s k a   I n s t ,   I n s t   E n v i r o n m   M e d ,   S t o c k h o l m ,   S w e d e n . 	 k r i s t i n . l a r s s o n @ k i . s e 	 	 L a r s s o n ,   K r i s t i n / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 0 3 9 8 - 0 2 8 9 	 C o m m o n w e a l t h   S c h o l a r s h i p   C o m m i s s i o n ;   C a m b r i d g e   T r u s t ;   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   U K   [ M R / M 0 1 3 0 4 9 / 1 ] 	 S . B .   r e c e i v e d   f u n d i n g   f r o m   C o m m o n w e a l t h   S c h o l a r s h i p   C o m m i s s i o n   ( h t t p : / / c s c u k . d f i d . g o v . u k / ) ,   C a m b r i d g e   T r u s t   ( h t t p s : / / w w w . c a m b r i d g e t r u s t . o r g / ) .   A . K .   r e c e i v e d   f u n d i n g   f r o m   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   U K   g r a n t   M R / M 0 1 3 0 4 9 / 1 .   T h e   f u n d e r s   h a d   n o   r o l e   i n   s t u d y   d e s i g n ,   d a t a   c o l l e c t i o n   a n d   a n a l y s i s ,   d e c i s i o n   t o   p u b l i s h ,   o r   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p t .   K . L . ,   I . S . ,   Y . G . ,   U . S .   a n d   M . B .   r e c e i v e d   n o   s p e c i f i c   f u n d i n g   f o r   t h i s   w o r k . 	 A n g e r e r   J ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   H Y G   E N V I R   H E A L ,   V 2 1 0 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j h e h . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 2 4 ;   A s i m a k o p o u l o s   A G ,   2 0 1 2 ,   T O X I C O L   L E T T ,   V 2 1 0 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t o x l e t . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 3 2 ;   B a k e r   S ,   2 0 1 6 ,   P   C O L I N G   I N   P R E S S ;   B a k e r   S ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 2 ,   P 4 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 5 8 5 ;   B e r g d a h l   I A ,   2 0 0 8 ,   J   T O X I C O L   E N V   H E A L   A ,   V 7 1 ,   P 1 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 2 8 7 3 9 0 8 0 2 2 0 9 5 2 5 ;   B i r d   S . ,   2 0 0 6 ,   P   C O L I N G   A C L   I N T   P R E ,   P 6 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 3 1 1 5 / 1 2 2 5 4 0 3 . 1 2 2 5 4 2 1 ;   C l a r k   S ,   2 0 0 2 ,   P   4 0   A N N   M   A S S   C O M P ,   P 3 2 7 ;   C l a r k   S ,   2 0 0 2 ,   P   6   I N T   W O R K S H   T R E E ,   P 1 9 ;   D a v i s   A P ,   2 0 1 6 ,   N U C L   A C I D S   R E S ;   E F S A ,   2 0 1 0 ,   E F S A   J ,   V 8 ,   P 1 5 7 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 9 0 3 / J . E F S A . 2 0 1 0 . 1 5 7 0 ;   [ W H O   F A O ] ,   1 9 9 5 ,   A P P L   R I S K   A N   F O O D   S T ;   F l e u r e n   W W M ,   2 0 1 5 ,   M E T H O D S ,   V 7 4 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 1 5 ;   F r e d e r i k s e n   H ,   2 0 0 7 ,   M O L   N U T R   F O O D   R E S ,   V 5 1 ,   P 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m n f r . 2 0 0 6 0 2 4 3 ;   G a s u l l   M ,   2 0 1 1 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 3 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v i n t . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 0 8 ;   G u o   Y ,   P   C O L I N G   2 0 1 2 ,   P 1 8 3 ;   H a r p a z   R ,   2 0 1 4 ,   D R U G   S A F E T Y ,   V 3 7 ,   P 7 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 4 0 2 6 4 - 0 1 4 - 0 2 1 8 - z ;   H u n t e r   L ,   2 0 0 6 ,   M O L   C E L L ,   V 2 1 ,   P 5 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 1 2 ;   I P C S ,   2 0 0 0 ,   I P C S   E N V   H L T H   C R I T ;   I P C S ,   1 9 9 7 ,   I P C S   E N V   H L T H   C R I T ;   J a n j u a   N R ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   A N D R O L ,   V 3 1 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 6 0 5 . 2 0 0 7 . 0 0 8 4 1 . x ;   J i a n g   J ,   2 0 0 7 ,   I N F O R M   R E T R I E V A L ,   V 1 0 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 7 9 1 - 0 0 7 - 9 0 2 7 - 7 ;   J o a c h i m s   T ,   2 0 0 2 ,   L E A R N I N G   C L A S S I F Y   T E ;   K a r i m i   S ,   2 0 1 5 ,   A C M   C O M P U T   S U R V ,   V 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 7 1 9 9 2 0 ;   K E M I ,   2 0 1 5 ,   4 1 5   K E M I ;   K o r h o n e n   A ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 3 4 2 7 ;   L e   Q . V . ,   2 0 1 4 ,   I C M L ,   V 1 4 ,   P 1 1 8 8 ;   L e e   M ,   2 0 1 4 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 1 8 - 0 1 4 - 0 0 9 3 - 3 ;   L e i t n e r   F ,   2 0 1 0 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 7 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 0 . 6 1 ;   L i u   H B ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   S E M A N T ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 2 0 4 1 - 1 4 8 0 - 3 - 3 ;   L O W E   H J ,   1 9 9 4 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 7 1 ,   P 1 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 7 1 . 1 4 . 1 1 0 3 ;   M a t t i n g l y   C J ,   2 0 1 2 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 6 ,   P 3 0 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 2 0 3 3 8 5 7 ;   N R C ,   1 9 8 3 ,   R I S K   A S S   F E D   G O V   M A N ;   R e n n e r   R ,   1 9 9 7 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 1 ,   p A 3 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 9 7 2 3 6 6 q ;   R i m e l l   L ,   2 0 0 9 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 2 ,   P 8 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 0 4 ;   S e b a s t i a n i   F ,   2 0 0 2 ,   A C M   C O M P U T   S U R V ,   V 3 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 5 0 5 2 8 2 . 5 0 5 2 8 3 ;   S e t t l e s   B ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 3 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 4 7 5 ;   S h a r m a   V K ,   2 0 0 9 ,   J   E N V I R O N   S C I   H E A L   A ,   V 4 4 ,   P 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 3 4 5 2 0 9 0 2 7 1 9 7 0 4 ;   S i l i n s   I ,   2 0 1 4 ,   T O X I C O L   L E T T ,   V 2 2 9 ,   p S 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t o x l e t . 2 0 1 4 . 0 6 . 5 6 5 ;   S i m p s o n   M S ,   2 0 1 2 ,   M I N I N G   T E X T   D A T A ,   P 4 6 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 6 1 4 - 3 2 2 3 - 4 _ 1 4 ;   S u n   L ,   2 0 0 9 ,   P   2 0 0 9   C   E M P   M E T H   N A ,   V 2 ;   U N E P ,   2 0 1 5 ,   G L O B   M O N   P L A N   P E R S   O ;   W i t t a s s e k   M ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   A N D R O L ,   V 3 1 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 6 0 5 . 2 0 0 7 . 0 0 8 3 7 . x ;   W i t t a s s e k   M ,   2 0 1 1 ,   M O L   N U T R   F O O D   R E S ,   V 5 5 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m n f r . 2 0 1 0 0 0 1 2 1 ;   W o r m u t h   M ,   2 0 0 6 ,   R I S K   A N A L ,   V 2 6 ,   P 8 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 3 9 - 6 9 2 4 . 2 0 0 6 . 0 0 7 7 0 . x ;   Z h u   F ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 6 ,   P 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 0 7 	 4 5 	 0 	 0 	 9 	 9 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 M A R   3 	 2 0 1 7 	 1 2 	 3 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 7 3 1 3 2 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 7 3 1 3 2 	 	 2 1 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E N 5 B R 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 0 2 1 1 0 0 0 6 3 	 2 8 2 5 7 4 9 8 	 
 
 J 	 N e t o ,   L P M ;   d e   C a r v a l h o ,   L F D E ;   d o s   S a n t o s ,   L ;   S o t o ,   C A T ;   C a n e v a r i ,   R D ;   S a n t o s ,   A B D ;   M e l l o ,   E S ;   P e r e i r a ,   M A ;   C e r n e a ,   C R ;   B r a n d a o ,   L G ;   M a r t i n ,   A A 	 	 	 	 M e d e i r o s   N e t o ,   L a z a r o   P i n t o ;   d a s   C h a g a s   e   S i l v a   d e   C a r v a l h o ,   L u i s   F e l i p e ;   d o s   S a n t o s ,   L a u r i t a ;   T e l l e z   S o t o ,   C l a u d i o   A l b e r t o ;   C a n e v a r i ,   R e n a t a   d e   A z e v e d o ;   d e   O l i v e i r a   S a n t o s ,   A n d r e   B a n d i e r a ;   M e l l o ,   E v a n d r o   S o b r o z a ;   P e r e i r a ,   M a r i n a   A p a r e c i d a ;   C e r n e a ,   C l a u d i o   R o b e r t o ;   B r a n d a o ,   L e n i n e   G a r c i a ;   M a r t i n ,   A i r t o n   A b r a h a o 	 	 	 M i c r o - R a m a n   s p e c t r o s c o p i c   s t u d y   o f   t h y r o i d   t i s s u e s 	 P H O T O D I A G N O S I S   A N D   P H O T O D Y N A M I C   T H E R A P Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R a m a n   s p e c t r o s c o p y ;   T h y r o i d ;   P a p i l l a r y   t h y r o i d   c a n c e r ;   G o i t e r ;   F o l l i c u l a r   t h y r o i d   c a n c e r 	 F I N E - N E E D L E - A S P I R A T I O N ;   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   C A N C E R ;   C A R C I N O M A ;   D I A G N O S I S ;   C E L L ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   M A L I G N A N C Y ;   E X P E R I E N C E ;   N O D U L E S 	 T h y r o i d   c a r c i n o m a s   a r e   t h e   m o s t   c o m m o n   e n d o c r i n e   m a l i g n a n c y .   I n c o n c l u s i v e   r e s u l t s   f o r   t h e   a n a l y s i s   o f   m a l i g n a n c i e s   a r e   a n   i s s u e   i n   t h e   d i a g n o s i s   o f   t h y r o i d   c a r c i n o m a s ;   2 0 %   o f   t h y r o i d   c a n c e r   d i a g n o s e s   a r e   i n d e t e r m i n a t e   o r   s u s p i c i o u s ,   r e s u l t i n g   i n   a   s u r g i c a l   p r o c e d u r e   w i t h o u t   i m m e d i a t e   n e e d .   T h e   u s e   o f   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   m a y   h e l p   i m p r o v e   t h e   d i a g n o s i s   o f   t h y r o i d   c a r c i n o m a .   I n   t h i s   s t u d y ,   3 0   t h y r o i d   s a m p l e s ,   i n c l u d i n g   n o r m a l   t h y r o i d ,   g o i t e r   a n d   t h y r o i d   c a n c e r ,   w e r e   a n a l y z e d   b y   c o n f o c a l   R a m a n   s p e c t r o s c o p y .   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) ,   l i n e a r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   ( L D A )   w i t h   c r o s s   v a l i d a t i o n   a n d   b i n a r y   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   ( B L R )   a n a l y s i s   w e r e   a p p l i e d   t o   d i s c r i m i n a t e   a m o n g   t i s s u e s .   S i g n i f i c a n t   d i s c r i m i n a t i o n   w a s   o b s e r v e d ,   w i t h   a   c o n s i s t e n t   r a t e   o f   c o n c o r d a n t   p a i r s   o f   8 9 . 2 %   f o r   n o r m a l   t h y r o i d   v e r s u s   c a n c e r ,   8 5 . 7 %   f o r   g o i t e r   v e r s u s   c a n c e r   a n d   8 0 . 6 %   f o r   n o r m a l   t h y r o i d   v e r s u s   g o i t e r   u s i n g   j u s t   t h e   a m i d e   I I I   r e g i o n .   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   w a s   t h u s   p r o v e n   t o   b e   a n   i m p o r t a n t   a n d   f a s t   t o o l   f o r   t h e   d i a g n o s i s   o f   t h y r o i d   t i s s u e s .   T h e   s p e c t r a l   r e g i o n   o f   1 2 0 0 - 1 4 0 0   c m ( - 1 )   d i s c r i m i n a t e d   n o r m a l   v e r s u s   g o i t e r   t i s s u e s   d e s p i t e   t h e   g r e a t   s i m i l a r i t y   o f   t h e s e   t i s s u e s .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   B . V .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ M e d e i r o s   N e t o ,   L a z a r o   P i n t o ;   d a s   C h a g a s   e   S i l v a   d e   C a r v a l h o ,   L u i s   F e l i p e ;   d o s   S a n t o s ,   L a u r i t a ;   T e l l e z   S o t o ,   C l a u d i o   A l b e r t o ;   C a n e v a r i ,   R e n a t a   d e   A z e v e d o ]   U n i v   V a l e   P a r a i b a   U n i V a p ,   I n s t   R e s   &   D e v   I P & D ,   L a b   B i o m e d   V i b r a t   S p e c t ,   A v   S h i s h i m a   H i f u m i   2 9 1 1 ,   B R - 1 2 2 4 4 0 0 0   S a o   P a u l o ,   S P ,   B r a z i l ;   [ d e   O l i v e i r a   S a n t o s ,   A n d r e   B a n d i e r a ;   M e l l o ,   E v a n d r o   S o b r o z a ;   P e r e i r a ,   M a r i n a   A p a r e c i d a ;   C e r n e a ,   C l a u d i o   R o b e r t o ;   B r a n d a o ,   L e n i n e   G a r c i a ]   U n i v   S a o   P a u l o ,   F a c   M e d ,   H o s p   C l i n ,   D i v   A n a t   P a t o l ,   A v   D r   E n e a s   d e   C a r v a l h o   A g u i a r   2 5 5 ,   B R - 0 5 4 0 3 0 0 0   S a o   P a u l o ,   S P ,   B r a z i l ;   [ M a r t i n ,   A i r t o n   A b r a h a o ]   U n i v   F e d   P i a u i   U F P I ,   C a m p u s   M i n i s t r o   P e t r o n i o   P o r t e l l a D e p t   F i s   C C N B a i r ,   B R - 6 4 0 4 9 5 5 0   T e r e s i n a ,   P I ,   B r a z i l 	 M a r t i n ,   A A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   V a l e   P a r a i b a ,   I n s t   P e s q u i s a   &   D i a g n o s t ,   L a b   B i o m e d   V i b r a t   S p e c t ,   A v e   S h i s h i m a   H i f u m i   2 9 1 1 ,   B R - 1 2 2 4 4 0 0 0   S a o   J o s e   D o s   C a m p o s ,   B r a z i l . 	 a m a r t i n @ u n i v a p . b r 	 	 	 C o n s e l h o   N a c i o n a l   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   C i e n t i f i c o   e   T e c n o l o g i c o   -   C N P q   [ 3 0 7 8 0 9 / 2 0 1 3 - 7 ] ;   F I N E P   [ 0 1 . 1 0 . 0 6 6 1 . 0 ] ;   F u n d a c a o   d e   A m p a r o   a   P e s q u i s a   d o   E s t a d o   d e   S a o   P a u l o   -   F A P E S P   [ 2 0 1 4 / 0 5 9 7 8 - 1 ] ;   C o o r d e n a c a o   d e   A p e r f e i c o a m e n t o   d e   P e s s o a l   d e   N i v e l   S u p e r i o r   -   C A P E S   [ 8 8 8 8 1 . 0 6 2 8 6 2 / 2 0 1 4 - 0 1 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   C o n s e l h o   N a c i o n a l   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   C i e n t i f i c o   e   T e c n o l o g i c o   -   C N P q ( 3 0 7 8 0 9 / 2 0 1 3 - 7 )   a n d   c o - f u n d e d   b y   F I N E P   ( 0 1 . 1 0 . 0 6 6 1 . 0 ) .   L u i s   F e l i p e   C S   C a r v a l h o   w a s   f u n d e d   F u n d a c a o   d e   A m p a r o   a   P e s q u i s a   d o   E s t a d o   d e   S a o   P a u l o   -   F A P E S P   f o r   p o s t   d o c t o r a l   r e s e a r c h   ( 2 0 1 4 / 0 5 9 7 8 - 1 )   a n d   L a u r i t a   d o s   S a n t o s   w a s   f u n d e d   b y   C o o r d e n a c a o   d e   A p e r f e i c o a m e n t o   d e   P e s s o a l   d e   N i v e l   S u p e r i o r   -   C A P E S   f o r   p o s t   d o c t o r a l   r e s e a r c h ( 8 8 8 8 1 . 0 6 2 8 6 2 / 2 0 1 4 - 0 1 ) . 	 B e c k e r - P u t s c h e   M ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 8 . 4 . 0 4 7 0 0 1 ;   B e w i c k   V ,   2 0 0 5 ,   C R I T   C A R E ,   V 9 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / c c 3 0 4 5 ;   B l a n s f i e l d   J A ,   2 0 0 2 ,   A R C H   S U R G - C H I C A G O ,   V 1 3 7 ,   P 8 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h s u r g . 1 3 7 . 7 . 8 1 8 ;   B o n n i e r   F ,   2 0 1 2 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 7 ,   P 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 1 a n 1 5 8 2 1 j ;   C a r v a l h o   C S ,   2 0 1 1 ,   T H E O R   C H E M   A C C ,   V 1 3 0 ,   P 1 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 4 - 0 1 1 - 0 9 0 5 - 0 ;   C a r v a l h o   L F C S ,   2 0 1 5 ,   E X P   M O L   P A T H O L ,   V 9 8 ,   P 5 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x m p . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 2 7 ;   C a s t r o   M   R e g i n a ,   2 0 0 3 ,   E n d o c r   P r a c t ,   V 9 ,   P 1 2 8 ;   R o d r i g u e s   H G C ,   2 0 1 2 ,   E N D O C R   J ,   V 5 9 ,   P 4 1 7 ;   C r a m e r   J D ,   2 0 1 0 ,   S U R G E R Y ,   V 1 4 8 ,   P 1 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s u r g . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 1 6 ;   D i e m   M ,   2 0 1 3 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 6 ,   P 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 3 0 0 1 3 1 ;   G o m e s   E M D ,   2 0 1 1 ,   A R Q   B R A S   E N D O C R I N O L ,   V 5 5 ,   P 3 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 0 0 0 4 - 2 7 3 0 2 0 1 1 0 0 0 5 0 0 0 0 5 ;   F R A N K   C J ,   1 9 9 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 6 7 ,   P 7 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 0 1 0 1 a 0 0 1 ;   G e r m a n   M J ,   2 0 0 6 ,   B I O P H Y S   J ,   V 9 0 ,   P 3 7 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 5 . 0 7 7 2 5 5 ;   H a r r i s   A . T . ,   2 0 0 9 ,   H E A D   N E C K   O N C O L ,   V 1 ,   P 1 ;   H a r r i s   A T ,   2 0 1 0 ,   H E A D   N E C K   O N C O L ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 8 - 3 2 8 4 - 2 - 2 6 ;   H e t z   S ,   2 0 1 4 ,   F R O N T   A G I N G   N E U R O S C I ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f n a g i . 2 0 1 4 . 0 0 2 7 6 ;   H u a n g   Z W ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 1 5 0 0 ;   I N C a ,   2 0 1 4 ,   E S T   2 0 1 4   I N C   C A N C   B R ;   J e s s   P R T ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 1 ,   P 2 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 3 0 4 6 ;   K a m e m o t o   L E ,   2 0 1 0 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 4 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 1 0 7 9 0 9 1 8 3 6 4 ;   K e l l y   J G ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 1 0 6 7 u ;   K o r e n i u s   T ,   2 0 0 7 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 7 ,   P 4 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 2 7 ;   L e s l i e   D G ,   2 0 1 2 ,   P E D I A T R   N E U R O S U R G ,   V 4 8 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 4 3 2 8 5 ;   L i n   J ,   2 0 1 0 ,   J   M E D   U L T R A S O U N D ,   V 1 8 ,   P 9 1 ;   L i u   K Z ,   2 0 0 3 ,   J   M O L   S T R U C T ,   V 6 6 1 ,   P 3 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l s t r u c . 2 0 0 3 . 0 7 . 0 2 1 ;   M a r t i n   F L ,   2 0 0 7 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 1 4 ,   P 1 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / c m b . 2 0 0 7 . 0 0 5 7 ;   M o r r i s   L G T ,   2 0 1 0 ,   A M   J   S U R G ,   V 2 0 0 ,   P 4 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m j s u r g . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 0 8 ;   M o v a s a g h i   Z ,   2 0 0 8 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 3 ,   P 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 0 7 0 1 8 2 9 0 4 3 ;   P u j a r y   P . ,   2 0 1 1 ,   P A T H O L   R E S   I N T ,   V 2 0 1 1 ;   R a v e t t o   C ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   C Y T O P A T H O L ,   V 9 0 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 2 0 0 0 1 2 2 5 ) 9 0 : 6 < 3 5 7 : : A I D - C N C R 6 > 3 . 0 . C O ; 2 - 4 ;   R e n s h a w   A A ,   2 0 0 1 ,   A M   J   C L I N   P A T H O L ,   V 1 1 6 ,   P 4 7 7 ;   R i e s c o - E i z a g u i r r e   G ,   2 0 0 7 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 1 4 ,   P 9 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 6 7 7 / E R C - 0 7 - 0 0 8 5 ;   D a s   R u c h i t a   S . ,   2 0 1 1 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 5 7 ,   P 1 6 3 ;   S a h a   A ,   2 0 1 1 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 2 ,   P 2 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 2 . 0 0 2 7 9 2 ;   S h e t t y   G ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 4 ,   P 1 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 3 1 0 2 ;   S i p o s   J A ,   2 0 1 0 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 2 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 4 ;   S t o n e   N ,   2 0 0 4 ,   F A R A D A Y   D I S C U S S ,   V 1 2 6 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 3 0 4 9 9 2 b ;   S t o n e   N ,   2 0 0 0 ,   L A R Y N G O S C O P E ,   V 1 1 0 ,   P 1 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 5 5 3 7 - 2 0 0 0 1 0 0 0 0 - 0 0 0 3 7 ;   T a y l o r   &   F r a n c i s   G r o u p ,   2 0 0 9 ,   I N T R O   M U L T I V A R I A T E   S ;   T e e   Y Y ,   2 0 0 7 ,   A N N   S U R G ,   V 2 4 6 ,   P 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / S L A . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 0 f 6 1 a d c ;   T e i x e i r a   C S B ,   2 0 0 9 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 4 ,   P 2 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 8 2 2 5 7 8 h 	 4 1 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 5 7 2 - 1 0 0 0 	 1 8 7 3 - 1 5 9 7 	 	 P H O T O D I A G N   P H O T O D Y N 	 P h o t o d i a g n o s i s   P h o t o d y n .   T h e r . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 7 	 	 	 	 	 	 1 6 4 	 1 7 2 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . p d p d t . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 1 8 	 	 9 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E S 4 L O 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 5 0 7 0 0 0 0 2 8 	 	 
 
 J 	 D j o k a m ,   M ;   S a n d a s i ,   M ;   C h e n ,   W ;   V i l j o e n ,   A ;   V e r m a a k ,   I 	 	 	 	 D j o k a m ,   M a j o l i e ;   S a n d a s i ,   M a x l e e n e ;   C h e n ,   W e i y a n g ;   V i l j o e n ,   A l v a r o ;   V e r m a a k ,   I l z e 	 	 	 H y p e r s p e c t r a l   I m a g i n g   a s   a   R a p i d   Q u a l i t y   C o n t r o l   M e t h o d   f o r   H e r b a l   T e a   B l e n d s 	 A P P L I E D   S C I E N C E S - B A S E L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 h e r b a l   t e a ;   t e a   b l e n d s ;   q u a l i t y   c o n t r o l ;   h y p e r s p e c t r a l   i m a g i n g ;   c h e m o m e t r i c s ;   r o o i b o s ;   h o n e y b u s h ;   c a n c e r   b u s h ;   b u c h u 	 C H E M I C A L   F I N G E R P R I N T   A N A L Y S I S ;   G R E E N   T E A ;   M E D I C I N E S ;   S P E C T R O S C O P Y ;   A N T I O X I D A N T ;   S A F E T Y ;   H P L C 	 I n   S o u t h   A f r i c a ,   i n d i g e n o u s   h e r b a l   t e a s   a r e   e n j o y e d   d u e   t o   t h e i r   d i s t i n c t   t a s t e   a n d   a r o m a .   T h e   a c c l a i m e d   h e a l t h   b e n e f i t s   o f   h e r b a l   t e a s   i n c l u d e   t h e   m a n a g e m e n t   o f   c h r o n i c   d i s e a s e s   s u c h   a s   h y p e r t e n s i o n   a n d   d i a b e t e s .   Q u a l i t y   c o n t r o l   o f   h e r b a l   t e a s   h a s   b e c o m e   i m p o r t a n t   d u e   t o   t h e   a v a i l a b i l i t y   o f   d i f f e r e n t   b r a n d s   o f   v a r y i n g   q u a l i t y   a n d   t h e   p r o d u c t i o n   o f   t e a   b l e n d s .   T h e   p o t e n t i a l   o f   h y p e r s p e c t r a l   i m a g i n g   a s   a   r a p i d   q u a l i t y   c o n t r o l   m e t h o d   f o r   h e r b a l   t e a   b l e n d s   f r o m   r o o i b o s   ( A s p a l a t h u s   l i n e a r i s ) ,   h o n e y b u s h   ( C y c l o p i a  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 d e t e r m i n e d   t h e   r e l a t i v e   p r o p o r t i o n s .   T h e   r e s u l t s   w e r e   c o r r o b o r a t e d   i n d e p e n d e n t l y   u s i n g   u l t r a - h i g h   p e r f o r m a n c e   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y   c o u p l e d   t o   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( U H P L C - M S ) .   T h i s   s t u d y   d e m o n s t r a t e d   t h e   a p p l i c a t i o n   o f   h y p e r s p e c t r a l   i m a g i n g   c o u p l e d   w i t h   c h e m o m e t r i c   m o d e l l i n g   a s   a   r e l i a b l e ,   r a p i d   a n d   n o n - d e s t r u c t i v e   q u a l i t y   c o n t r o l   m e t h o d   f o r   a u t h e n t i c a t i n g   h e r b a l   t e a   b l e n d s   a n d   t o   d e t e r m i n e   r e l a t i v e   p r o p o r t i o n s   i n   a   t e a   b a g . 	 [ D j o k a m ,   M a j o l i e ;   S a n d a s i ,   M a x l e e n e ;   C h e n ,   W e i y a n g ;   V i l j o e n ,   A l v a r o ;   V e r m a a k ,   I l z e ]   T s h w a n e   U n i v   T e c h n o l ,   F a c   S c i ,   D e p t   P h a r m a c e u t   S c i ,   P r i v a t e   B a g   X 6 8 0 ,   Z A - 0 0 0 1   P r e t o r i a ,   S o u t h   A f r i c a ;   [ V i l j o e n ,   A l v a r o ;   V e r m a a k ,   I l z e ]   T s h w a n e   U n i v   T e c h n o l ,   F a c   S c i ,   S A M R C   H e r b a l   D r u g s   R e s   U n i t ,   P r i v a t e   B a g   X 6 8 0 ,   Z A - 0 0 0 1   P r e t o r i a ,   S o u t h   A f r i c a 	 V e r m a a k ,   I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T s h w a n e   U n i v   T e c h n o l ,   F a c   S c i ,   D e p t   P h a r m a c e u t   S c i ,   P r i v a t e   B a g   X 6 8 0 ,   Z A - 0 0 0 1   P r e t o r i a ,   S o u t h   A f r i c a . ;   V e r m a a k ,   I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T s h w a n e   U n i v   T e c h n o l ,   F a c   S c i ,   S A M R C   H e r b a l   D r u g s   R e s   U n i t ,   P r i v a t e   B a g   X 6 8 0 ,   Z A - 0 0 0 1   P r e t o r i a ,   S o u t h   A f r i c a . 	 k a m g a m m d @ t u t . a c . z a ;   s a n d a s i m @ t u t . a c . z a ;   c h e n w @ t u t . a c . z a ;   v i l j o e n a m @ t u t . a c . z a ;   v e r m a a k i @ t u t . a c . z a 	 	 	 N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   ( S o u t h   A f r i c a ) ;   T s h w a n e   U n i v e r s i t y   o f   T e c h n o l o g y 	 T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   C o l e t t e   C r o n j e   f r o m   R o o i b o s   L i m i t e d   ( C l a n w i l l i a m ,   S o u t h   A f r i c a )   f o r   p r o v i d i n g   t h e   r a w   m a t e r i a l s   a n d   t e a   b a g   b l e n d s .   T h e   N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   ( S o u t h   A f r i c a )   a n d   T s h w a n e   U n i v e r s i t y   o f   T e c h n o l o g y   a r e   t h a n k e d   f o r   t h e i r   f i n a n c i a l   s u p p o r t .   N o   f u n d i n g   f o r   c o v e r i n g   t h e   c o s t s   t o   p u b l i s h   i n   a n   o p e n   a c c e s s   j o u r n a l   w a s   r e c e i v e d . 	 B u d i n o v a   G ,   1 9 9 8 ,   T A L A N T A ,   V 4 7 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 9 - 9 1 4 0 ( 9 8 ) 0 0 0 5 5 - 1 ;   C a n o   J H ,   2 0 0 4 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 9 0 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 0 3 . 1 0 . 0 1 2 ;   C h e n   Q S ,   2 0 0 9 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 1 3 ,   P 1 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 4 2 ;   D e n g   J W ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 7 8 5 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 5 6 ;   F e r d m a n   R .   A . ,   2 0 1 4 ,   W O R L D S   B I G G E S T   T E A   D ;   G o w e n   A A ,   2 0 0 7 ,   T R E N D S   F O O D   S C I   T E C H ,   V 1 8 ,   P 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i f s . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 0 1 ;   H A L L   M N ,   1 9 8 8 ,   F O O D   C H E M ,   V 2 7 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 8 - 8 1 4 6 ( 8 8 ) 9 0 0 3 6 - 2 ;   H e   X Y ,   2 0 1 5 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 7 1 ,   P 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 2 6 ;   J o u b e r t   E ,   2 0 1 1 ,   S   A F R   J   B O T ,   V 7 7 ,   P 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a j b . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 0 4 ;   K e a t i n g   B . ,   2 0 1 4 ,   S A L E S   T E A   H E R B A L   T E A ,   P 1 1 ;   K E L M A N   T ,   2 0 1 3 ,   A R T I F I C   I N T E L L   R E S ,   V 2 ,   P 8 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 5 4 3 0 / A I R . V 2 N 4 P 8 7 ;   L i   H J ,   2 0 0 8 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 5 6 ,   P 4 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 0 7 3 1 2 0 0 ;   L o r a n t y   A ,   2 0 1 0 ,   J   F O O D   C O M P O S   A N A L ,   V 2 3 ,   P 4 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f c a . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 0 7 ;   L u y p a e r t   J ,   2 0 0 3 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 4 7 8 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 3 - 2 6 7 0 ( 0 2 ) 0 1 5 0 9 - X ;   M a n l e y   M ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 8 6 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 4 2 ;   N e w m a s t e r   S G ,   2 0 1 3 ,   B M C   M E D ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 1 - 7 0 1 5 - 1 1 - 2 2 2 ;   Q i n   J W ,   2 0 1 3 ,   J   F O O D   E N G ,   V 1 1 8 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f o o d e n g . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 0 1 ;   S a n d a s i   M ,   2 0 1 4 ,   M O L E C U L E S ,   V 1 9 ,   P 1 3 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 1 9 0 9 1 3 1 0 4 ;   S a n d a s i   M ,   2 0 1 4 ,   P L A N T A   M E D ,   V 8 0 ,   P 1 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 4 - 1 3 8 3 0 3 7 ;   S h i k a n g a   E A ,   2 0 1 3 ,   P H Y T O C H E M   A N A L Y S I S ,   V 2 4 ,   P 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p c a . 2 4 3 1 ;   T a n k e u   S ,   2 0 1 6 ,   P H Y T O C H E M I S T R Y ,   V 1 2 2 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y t o c h e m . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 0 8 ;   T i a n   R T ,   2 0 0 9 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 2 1 6 ,   P 2 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 0 8 . 1 0 . 1 2 7 ;   V a n   W y k   B .   E . ,   1 9 9 7 ,   M E D   P L A N T S   S   A F R I C A ,   P 2 9 0 ;   V e r m a a k   I ,   2 0 1 3 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 7 5 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 3 9 ;   V i l j o e n   A ,   2 0 1 2 ,   S   A F R   J   B O T ,   V 8 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a j b . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 6 ;   W a t t   J .   M . ,   1 9 3 2 ,   M E D   P O I S O N O U S   P L A N T S ,   P 7 0 ;   X a n t h o p o u l o u   A ,   2 0 1 6 ,   F O O D   C O N T R O L ,   V 6 0 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c o n t . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 2 1 ;   Y a n g   D Z ,   2 0 1 1 ,   T A L A N T A ,   V 8 5 ,   P 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 5 9 ;   Y u   K Q ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   E L E C T R O N   A G R ,   V 1 0 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p a g . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 6 ;   Z e g a r a c   J .   P . ,   2 0 1 3 ,   H E R B A L   T E A S   F O C U S   A N ,   P 1 2 9 ;   Z h a n g   M H ,   2 0 0 4 ,   T A L A N T A ,   V 6 2 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 9 - 9 1 4 0 ( 0 3 ) 0 0 3 9 7 - 7 ;   Z h a o   J W ,   2 0 0 9 ,   A P P L   O P T I C S ,   V 4 8 ,   P 3 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / A O . 4 8 . 0 0 3 5 5 7 	 3 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 0 7 6 - 3 4 1 7 	 	 	 A P P L   S C I - B A S E L 	 A p p l .   S c i . - B a s e l 	 M A R 	 2 0 1 7 	 7 	 3 	 	 	 	 	 	 	 2 6 8 	 1 0 . 3 3 9 0 / a p p 7 0 3 0 2 6 8 	 	 1 6 	 C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y ;   M a t e r i a l s   S c i e n c e ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y ;   P h y s i c s ,   A p p l i e d 	 C h e m i s t r y ;   M a t e r i a l s   S c i e n c e ;   P h y s i c s 	 E R 3 S O 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 1 8 7 0 0 0 5 9 	 	 
 
 J 	 B a k h e e t ,   S 	 	 	 	 B a k h e e t ,   S a m y 	 	 	 A n   S V M   F r a m e w o r k   f o r   M a l i g n a n t   M e l a n o m a   D e t e c t i o n   B a s e d   o n   O p t i m i z e d   H O G   F e a t u r e s 	 C O M P U T A T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 m e l a n o m a   s k i n   c a n c e r ;   C A D ;   d e r m o s c o p y ;   H O G   d e s c r i p t o r s ;   S V M   c l a s s i f i c a t i o n 	 L E S I O N   B O R D E R   D E T E C T I O N ;   P I G M E N T E D   S K I N - L E S I O N S ;   G R A D I E N T   V E C T O R   F L O W ;   D E R M O S C O P Y   I M A G E S ;   E P I L U M I N E S C E N C E   M I C R O S C O P Y ;   P A T T E R N - A N A L Y S I S ;   E D G E - D E T E C T I O N ;   A B C D   R U L E ;   S E G M E N T A T I O N ;   D I A G N O S I S 	 E a r l y   d e t e c t i o n   o f   s k i n   c a n c e r   t h r o u g h   i m p r o v e d   t e c h n i q u e s   a n d   i n n o v a t i v e   t e c h n o l o g i e s   h a s   t h e   g r e a t e s t   p o t e n t i a l   f o r   s i g n i f i c a n t l y   r e d u c i n g   b o t h   m o r b i d i t y   a n d   m o r t a l i t y   a s s o c i a t e d   w i t h   t h i s   d i s e a s e .   I n   t h i s   p a p e r ,   a n   e f f e c t i v e   f r a m e w o r k   o f   a   C A D   ( C o m p u t e r - A i d e d   D i a g n o s i s )   s y s t e m   f o r   m e l a n o m a   s k i n   c a n c e r   i s   d e v e l o p e d   m a i n l y   b y   a p p l i c a t i o n   o f   a n   S V M   ( S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e )   m o d e l   o n   a n   o p t i m i z e d   s e t   o f   H O G   ( H i s t o g r a m   o f   O r i e n t e d   G r a d i e n t )   b a s e d   d e s c r i p t o r s   o f   s k i n   l e s i o n s .   E x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   o b t a i n e d   b y   a p p l y i n g   t h e   p r e s e n t e d   m e t h o d o l o g y   o n   a   l a r g e ,   p u b l i c l y   a c c e s s i b l e   d a t a s e t   o f   d e r m o s c o p y   i m a g e s   d e m o n s t r a t e   t h a t   t h e   p r o p o s e d   f r a m e w o r k   i s   a   s t r o n g   c o n t e n d e r   f o r   t h e   s t a t e - o f - t h e - a r t   a l t e r n a t i v e s   b y   a c h i e v i n g   h i g h   l e v e l s   o f   s e n s i t i v i t y ,   s p e c i f i c i t y ,   a n d   a c c u r a c y   ( 9 8 . 2 1 % ,   9 6 . 4 3 %   a n d   9 7 . 3 2 % ,   r e s p e c t i v e l y ) ,   w i t h o u t   s a c r i f i c i n g   c o m p u t a t i o n a l   s o u n d n e s s . 	 [ B a k h e e t ,   S a m y ]   S o h a g   U n i v ,   F a c   S c i ,   D e p t   M a t h   &   C o m p   S c i ,   S o h a g   8 2 5 2 4 ,   E g y p t ;   [ B a k h e e t ,   S a m y ]   O t t o   v o n   G u e r i c k e   U n i v ,   I n s t   I n f o r m a t   T e c h n o l   &   C o m m u n ,   P O B   4 1 2 0 ,   D - 3 9 0 1 6   M a g d e b u r g ,   G e r m a n y 	 B a k h e e t ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S o h a g   U n i v ,   F a c   S c i ,   D e p t   M a t h   &   C o m p   S c i ,   S o h a g   8 2 5 2 4 ,   E g y p t . ;   B a k h e e t ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   O t t o   v o n   G u e r i c k e   U n i v ,   I n s t   I n f o r m a t   T e c h n o l   &   C o m m u n ,   P O B   4 1 2 0 ,   D - 3 9 0 1 6   M a g d e b u r g ,   G e r m a n y . 	 s b a k h e e t @ o v g u . d e 	 	 	 T r a n s r e g i o n a l   C o l l a b o r a t i v e   R e s e a r c h   C e n t e r   -   G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   ( D F G )   [ S F B / T R R   6 2 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   T r a n s r e g i o n a l   C o l l a b o r a t i v e   R e s e a r c h   C e n t e r   S F B / T R R   6 2   " C o m p a n i o n   T e c h n o l o g y   f o r   C o g n i t i v e   T e c h n i c a l   S y s t e m s "   f u n d e d   b y   t h e   G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   ( D F G ) .   I   w o u l d   a l s o   l i k e   t o   g i v e   s p e c i a l   t h a n k s   t o   a n o n y m o u s   r e v i e w e r s   f o r   t h e i r   i n s i g h t f u l   c o m m e n t s   a n d   c o n s t r u c t i v e   s u g g e s t i o n s   t o   i m p r o v e   t h e   q u a l i t y   o f   t h e   p a p e r . 	 A b b a s   Q ,   2 0 1 1 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 7 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 1 0 . 0 0 4 7 2 . x ;   A r g e n z i a n o   G ,   1 9 9 8 ,   A R C H   D E R M A T O L ,   V 1 3 4 ,   P 1 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h d e r m . 1 3 4 . 1 2 . 1 5 6 3 ;   A r g e n z i a n o   G ,   2 0 0 3 ,   J   A M   A C A D   D E R M A T O L ,   V 4 8 ,   P 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 7 / m j d . 2 0 0 3 . 2 8 1 ;   B a k h e e t   S . ,   2 0 1 6 ,   B R   J   M A T H   C O M P U T   S C I ,   V 1 7 ,   P 1 ;   B a k h e e t   S ,   2 0 1 6 ,   I N F O R M A T I O N ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i n f o 7 0 4 0 0 6 8 ;   C A N N Y   J ,   1 9 8 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 8 ,   P 6 7 9 ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 8 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 4 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 0 8 . 0 0 3 0 1 . x ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 0 3 ;   C e l e b i   M E ,   2 0 1 3 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 9 ,   p E 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 1 2 . 0 0 6 3 6 . x ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 3 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 0 2 ;   C e l e b i   M .   E . ,   2 0 1 5 ,   D E R M O S C O P Y   I M A G E   A N A ,   D O I   [ 1 0 . 1 2 0 1 / b 1 9 1 0 7 - 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 1 / B 1 9 1 0 7 - 5 ] ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D a l a i   N . ,   2 0 0 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   V 1 ,   P 8 8 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 5 . 1 7 7 ;   E l g a m a l   M . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   A D V   C O M P U T   S C I ,   V 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 4 5 6 9 / I J A C S A . 2 0 1 3 . 0 4 0 3 4 2 ;   E r k o l   B ,   2 0 0 5 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 1 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 0 5 . 0 0 0 9 2 . x ;   G a r n a v i   R . ,   2 0 1 1 ,   T H E S I S ;   K o r o t k o v   K . ,   2 0 1 4 ,   T H E S I S ;   M a g l o g i a n n i s   I ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 9 . 2 0 1 7 5 2 9 ;   M a s o o d   A . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   B I O M E D I C A L   I M A ,   V 2 0 1 3 ,   P 2 2 ;   M e n z i e s   S W ,   2 0 0 1 ,   D E R M A T O L   C L I N ,   V 1 9 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 7 3 3 - 8 6 3 5 ( 0 5 ) 7 0 2 6 7 - 9 ;   N g   V T Y ,   2 0 0 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 5 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 3 . 1 1 . 0 0 4 ;   O T S U   N ,   1 9 7 9 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 9 ,   P 6 2 ;   P E H A M B E R G E R   H ,   1 9 8 7 ,   J   A M   A C A D   D E R M A T O L ,   V 1 7 ,   P 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 9 0 - 9 6 2 2 ( 8 7 ) 7 0 2 3 9 - 4 ;   R a j a b   M I ,   2 0 0 4 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 2 8 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 5 - 6 1 1 1 ( 0 3 ) 0 0 0 5 4 - 5 ;   S a d e k   S ,   2 0 1 0 ,   P r o c e e d i n g s   2 0 1 0   I E E E   I n t e r n a t i o n a l   S y m p o s i u m   o n   S i g n a l   P r o c e s s i n g   a n d   I n f o r m a t i o n   T e c h n o l o g y   ( I S S P I T   2 0 1 0 ) ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S S P I T . 2 0 1 0 . 5 7 1 1 7 2 9 ;   S a d e k   S . ,   2 0 1 3 ,   W S E A S   T   I N F O M   S C I   A P ,   V 1 0 ,   P 1 1 6 ;   S a d e k   S . ,   2 0 1 0 ,   P   B R I T   M A C H   V I S   C   B M ;   S a d e k   S . ,   2 0 1 2 ,   P   I E E E   I N T   C   I M   P R O C ,   P 7 6 7 ;   S a d e k   S ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   P A T T   R E C O G ,   P 2 1 8 ;   S a d e k   S ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 4 5 4 ,   P 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 1 7 2 7 4 - 8 _ 5 6 ;   S a d e k   S ,   2 0 1 1 ,   E U R A S I P   J   A D V   S I G   P R ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 1 / 5 4 0 3 7 5 ;   S c h m i d   P ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 8 ,   P 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 7 5 9 1 2 4 ;   S h e   Z S ,   2 0 0 7 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 3 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 0 7 . 0 0 1 8 1 . x ;   S h e h a   M . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C O M P U T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 2 2 ;   S l o o t   S ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   C O N T R O L ,   V 2 3 ,   P 1 2 ;   S T O L Z   W ,   1 9 9 4 ,   E U R   J   D E R M A T O L ,   V 4 ,   P 5 2 1 ;   S u m i t h r a   R ,   2 0 1 5 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 4 5 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 9 0 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 9 5 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   V a p n i k   V N ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 0 ,   P 9 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 7 8 8 6 4 0 ;   V e s t e r g a a r d   M E ,   2 0 0 8 ,   B R I T   J   D E R M A T O L ,   V 1 5 9 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 1 3 3 . 2 0 0 8 . 0 8 7 1 3 . x ;   V i n c e n t   L . ,   1 9 9 2 ,   N A T O   A S I   S E R ,   V 1 2 6 ,   P 1 9 7 ;   W o n g   A ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 5 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 1 . 2 1 5 7 8 2 9 ;   Y u a n   X J ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 0 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 6 ;   Z h o u   H Y ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 1 1 7 ,   P 1 0 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c v i u . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 1 5 ;   Z h o u   H Y ,   2 0 0 9 ,   I E E E   J - S T S P ,   V 3 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S T S P . 2 0 0 8 . 2 0 1 0 6 3 1 	 4 5 	 0 	 0 	 2 	 2 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 0 7 9 - 3 1 9 7 	 	 	 C O M P U T A T I O N 	 C o m p u t a t i o n 	 M A R 	 2 0 1 7 	 5 	 1 	 	 	 	 	 	 	 4 	 1 0 . 3 3 9 0 / c o m p u t a t i o n 5 0 1 0 0 0 4 	 	 1 3 	 M a t h e m a t i c s ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s 	 M a t h e m a t i c s 	 E R 3 I U 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 6 9 1 3 0 0 0 0 4 	 	 
 
 J 	 D e l m a r ,   P ;   I r l ,   C ;   T i a n ,   L 	 	 	 	 D e l m a r ,   P a u l ;   I r l ,   C o r n e l i a ;   T i a n ,   L u 	 	 	 I n n o v a t i v e   m e t h o d s   f o r   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   p r e d i c t i v e   b i o m a r k e r   s i g n a t u r e s   i n   o n c o l o g y :   A p p l i c a t i o n   t o   b e v a c i z u m a b 	 C O N T E M P O R A R Y   C L I N I C A L   T R I A L S   C O M M U N I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B e v a c i z u m a b ;   B r e a s t   c a n c e r ;   P e r s o n a l i z e d   m e d i c i n e ;   S u b g r o u p   a n a l y s i s ;   M u l t i v a r i a t e   s t a t i s t i c a l   c l a s s i f i c a t i o n ;   M a c h i n e   l e a r n i n g 	 I N D I V I D U A L I Z E D   T R E A T M E N T   R U L E S ;   M E T A S T A T I C   B R E A S T - C A N C E R ;   V A R I A B L E   S E L E C T I O N ;   S U B G R O U P   A N A L Y S E S ;   T R E A T M E N T   R E G I M E S ;   D O C E T A X E L ;   M O D E L S ;   T R I A L ;   C O M B I N A T I O N ;   D I F F E R E N C E 	 C u r r e n t   m e t h o d s   f o r   s u b g r o u p   a n a l y s e s   o f   d a t a   c o l l e c t e d   f r o m   r a n d o m i z e d   c l i n i c a l   t r i a l s   ( R C T s )   m a y   l e a d   t o   f a l s e - p o s i t i v e s   f r o m   m u l t i p l e   t e s t i n g ,   l a c k   p o w e r   t o   d e t e c t   m o d e r a t e   b u t   c l i n i c a l l y   m e a n i n g f u l   d i f f e r e n c e s ,   o r   b e   t o o   s i m p l i s t i c   i n   c h a r a c t e r i z i n g   p a t i e n t s   w h o   m a y   b e n e f i t   f r o m   t r e a t m e n t .   H e r e i n ,   w e   p r e s e n t   a   g e n e r a l   p r o c e d u r e   b a s e d   o n   a   s e t   o f   n e w l y   d e v e l o p e d   s t a t i s t i c a l   m e t h o d s   f o r   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   a n d   e v a l u a t i o n   o f   c o m p l e x   m u l t i v a r i a t e  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 I n c . ,   w h i c h   w a s   i n v o l v e d   i n   t h e   s t u d y   d e s i g n ,   c o l l e c t i o n ,   a n a l y s i s ,   a n d   i n t e r p r e t a t i o n   o f   d a t a ;   w r i t i n g   o f   t h e   r e p o r t ;   a n d   t h e   d e c i s i o n   t o   s u b m i t   f o r   p u b l i c a t i o n .   T h e   r e s e a r c h   o f   D r .   T i a n   w a s   a l s o   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   N I H   g r a n t   R 0 1   H L 0 8 9 7 7 8 - 0 5 . 	 B a k e r   S . G . ,   2 0 1 0 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 2 ,   P 1 ;   B E N J A M I N I   Y ,   1 9 9 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 7 ,   P 2 8 9 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   B r o o k e s   S   T ,   2 0 0 1 ,   H e a l t h   T e c h n o l   A s s e s s ,   V 5 ,   P 1 ;   B r o o k e s   S T ,   2 0 0 4 ,   J   C L I N   E P I D E M I O L ,   V 5 7 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c l i n e p i . 2 0 0 3 . 0 8 . 0 0 9 ;   C a i   T X ,   2 0 1 1 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 2 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x q 0 6 0 ;   C O X   D R ,   1 9 7 2 ,   J   R   S T A T   S O C   B ,   V 3 4 ,   P 1 8 7 ;   D U N N   O J ,   1 9 6 1 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 5 6 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 2 3 3 0 ;   F o s t e r   J C ,   2 0 1 1 ,   S T A T   M E D ,   V 3 0 ,   P 2 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 4 3 2 2 ;   F r e i d l i n   B ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 9 - 1 3 5 7 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 1 0 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 3 3 ,   P 1 ;   G i a n n i   L ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 1 ,   P 1 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 2 . 4 4 . 7 9 1 2 ;   G u n t e r   L ,   2 0 1 1 ,   J   B I O P H A R M   S T A T ,   V 2 1 ,   P 1 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 5 4 3 4 0 6 . 2 0 1 1 . 6 0 8 0 5 2 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 9 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   K a n g   C ,   2 0 1 4 ,   B I O M E T R I C S ,   V 7 0 ,   P 6 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b i o m . 1 2 1 9 1 ;   L a b e r   E B ,   2 0 1 5 ,   B I O M E T R I K A ,   V 1 0 2 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / a s v 0 2 8 ;   L a g a k o s   S W ,   2 0 0 6 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 4 ,   P 1 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M p 0 6 8 0 7 0 ;   L u   W B ,   2 0 1 3 ,   S T A T   M E T H O D S   M E D   R E S ,   V 2 2 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 2 2 8 0 2 1 1 4 2 8 3 8 3 ;   M c S h a n e   L M ,   2 0 1 3 ,   C L I N   T R I A L S ,   V 1 0 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 7 4 0 7 7 4 5 1 3 4 9 9 4 5 8 ;   M i l e s   D W ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 8 ,   P 1 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 3 . 6 9 ;   P i v o t   X ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 7 ,   P 2 3 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 1 8 ;   Q i a n   M ,   2 0 1 1 ,   A N N   S T A T ,   V 3 9 ,   P 1 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 0 - A O S 8 6 4 ;   S C H A P I R E   R E ,   1 9 9 0 ,   M A C H   L E A R N ,   V 5 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 8 8 0 0 7 6 0 ;   S o n g   R u i ,   2 0 1 5 ,   S t a t ,   V 4 ,   P 5 9 ;   T i a n   L ,   2 0 1 4 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 9 ,   P 1 5 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 4 . 9 5 1 4 4 3 ;   T i a n   L ,   2 0 1 1 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 2 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x q 0 4 7 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 7 ,   S T A T   M E D ,   V 1 6 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 7 0 2 2 8 ) 1 6 : 4 < 3 8 5 : : A I D - S I M 3 8 0 > 3 . 0 . C O ; 2 - 3 ;   U n o   H ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 2 3 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 5 . 2 2 0 8 ;   W e i s s   J . ,   2 0 1 5 ,   A M I A   A N N   S   P ,   P 1 3 0 6 ;   Z h a n g   Y C ,   2 0 1 5 ,   B I O M E T R I C S ,   V 7 1 ,   P 8 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b i o m . 1 2 3 5 4 ;   Z h a o   L H ,   2 0 1 3 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 8 ,   P 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 3 . 7 7 0 7 0 5 ;   Z h a o   L H ,   2 0 1 2 ,   C L I N   T R I A L S ,   V 9 ,   P 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 7 4 0 7 7 4 5 1 2 4 5 5 4 6 4 ;   Z h a o   Y Q ,   2 0 1 5 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 1 0 ,   P 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 4 . 9 3 7 4 8 8 ;   Z h a o   Y Q ,   2 0 1 2 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 7 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 2 . 6 9 5 6 7 4 	 3 4 	 0 	 0 	 1 	 1 	 E L S E V I E R   I N C 	 S A N   D I E G O 	 5 2 5   B   S T R E E T ,   S T E   1 9 0 0 ,   S A N   D I E G O ,   C A   9 2 1 0 1 - 4 4 9 5   U S A 	 2 4 5 1 - 8 6 5 4 	 	 	 C O N T   C L I N   T R I A L   C O M M 	 C o n t e m p .   C l i n .   T r i a l s   C o m m u n . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 5 	 	 	 	 	 	 1 0 7 	 1 1 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c o n c t c . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 0 7 	 	 9 	 M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E R 9 Q P 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 1 6 1 7 0 0 0 1 5 	 	 
 
 J 	 G a l v a n - T e j a d a ,   C E ;   Z a n e l l a - C a l z a d a ,   L A ;   G a l v a n - T e j a d a ,   J I ;   C e l a y a - P a d i l l a ,   J M ;   G a m b o a - R o s a l e s ,   H ;   G a r z a - V e l o z ,   I ;   M a r t i n e z - F i e r r o ,   M L 	 	 	 	 G a l v a n - T e j a d a ,   C a r l o s   E . ;   Z a n e l l a - C a l z a d a ,   L a u r a   A . ;   G a l v a n - T e j a d a ,   J o r g e   I . ;   C e l a y a - P a d i l l a ,   J o s e   M . ;   G a m b o a - R o s a l e s ,   H a m u r a b i ;   G a r z a - V e l o z ,   I d a l i a ;   M a r t i n e z - F i e r r o ,   M a r g a r i t a   L . 	 	 	 M u l t i v a r i a t e   F e a t u r e   S e l e c t i o n   o f   I m a g e   D e s c r i p t o r s   D a t a   f o r   B r e a s t   C a n c e r   w i t h   C o m p u t e r - A s s i s t e d   D i a g n o s i s 	 D I A G N O S T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 b r e a s t   c a n c e r ;   m a m m o g r a p h y   i m a g e   f e a t u r e s ;   m a m m o g r a p h y   d e s c r i p t o r s ;   C A D ;   m u l t i v a r i a t e   m o d e l ;   g e n e t i c   a l g o r i t h m ;   m a c h i n e   l e a r n i n g   a l g o r i t h m s 	 M E A N S   C L U S T E R I N G - A L G O R I T H M ;   A I D E D   D E T E C T I O N ;   R A N D O M   F O R E S T ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   S E G M E N T A T I O N ;   M A M M O G R A P H Y ;   R E G R E S S I O N 	 B r e a s t   c a n c e r   i s   a n   i m p o r t a n t   g l o b a l   h e a l t h   p r o b l e m ,   a n d   t h e   m o s t   c o m m o n   t y p e   o f   c a n c e r   a m o n g   w o m e n .   L a t e   d i a g n o s i s   s i g n i f i c a n t l y   d e c r e a s e s   t h e   s u r v i v a l   r a t e   o f   t h e   p a t i e n t ;   h o w e v e r ,   u s i n g   m a m m o g r a p h y   f o r   e a r l y   d e t e c t i o n   h a s   b e e n   d e m o n s t r a t e d   t o   b e   a   v e r y   i m p o r t a n t   t o o l   i n c r e a s i n g   t h e   s u r v i v a l   r a t e .   T h e   p u r p o s e   o f   t h i s   p a p e r   i s   t o   o b t a i n   a   m u l t i v a r i a t e   m o d e l   t o   c l a s s i f y   b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t   t u m o r   l e s i o n s   u s i n g   a   c o m p u t e r - a s s i s t e d   d i a g n o s i s   w i t h   a   g e n e t i c   a l g o r i t h m   i n   t r a i n i n g   a n d   t e s t   d a t a s e t s   f r o m   m a m m o g r a p h y   i m a g e   f e a t u r e s .   A   m u l t i v a r i a t e   s e a r c h   w a s   c o n d u c t e d   t o   o b t a i n   p r e d i c t i v e   m o d e l s   w i t h   d i f f e r e n t   a p p r o a c h e s ,   i n   o r d e r   t o   c o m p a r e   a n d   v a l i d a t e   r e s u l t s .   T h e   m u l t i v a r i a t e   m o d e l s   w e r e   c o n s t r u c t e d   u s i n g :   R a n d o m   F o r e s t ,   N e a r e s t   c e n t r o i d ,   a n d   K - N e a r e s t   N e i g h b o r  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 l e s i o n s . 	 [ G a l v a n - T e j a d a ,   C a r l o s   E . ;   G a l v a n - T e j a d a ,   J o r g e   I . ;   G a m b o a - R o s a l e s ,   H a m u r a b i ]   U n i v   A u t o n o m a   Z a c a t e c a s ,   U n i d a d   A c a d   I n g n   E l e c t ,   J a r d i n   J u a r e z   1 4 7   C t r ,   Z a c a t e c a s   9 8 0 0 0 ,   Z a c ,   M e x i c o ;   [ Z a n e l l a - C a l z a d a ,   L a u r a   A . ]   U n i v   A u t o n o m a   S a n   L u i s   P o t o s i ,   F a c   C i e n c i a s ,   L a t e r a l   A v   S a l v a d o r   N a v a   S - N ,   S a n   L u i s   P o t o s i   7 8 2 9 0 ,   S L P ,   M e x i c o ;   [ C e l a y a - P a d i l l a ,   J o s e   M . ]   U n i v   A u t o n o m a   Z a c a t e c a s ,   C O N A C Y T ,   J a r d i n   J u a r e z   1 4 7   C t r ,   Z a c a t e c a s   9 8 0 0 0 ,   Z a c ,   M e x i c o ;   [ G a r z a - V e l o z ,   I d a l i a ;   M a r t i n e z - F i e r r o ,   M a r g a r i t a   L . ]   U n i v   A u t o n o m a   Z a c a t e c a s ,   U n i d a d   A c a d   M e d   H u m a n a   &   C i e n c i a s   S a l u d ,   J a r d i n   J u a r e z   1 4 7   C t r ,   Z a c a t e c a s   9 8 0 0 0 ,   Z a c ,   M e x i c o 	 C e l a y a - P a d i l l a ,   J M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A u t o n o m a   Z a c a t e c a s ,   C O N A C Y T ,   J a r d i n   J u a r e z   1 4 7   C t r ,   Z a c a t e c a s   9 8 0 0 0 ,   Z a c ,   M e x i c o . 	 e r i c g a l v a n @ u a z . e d u . m x ;   l a u _ z a n e l l a @ h o t m a i l . c o m ;   g a t e j o @ u a z . e d u . m x ;   j o s e . c e l a y a @ u a z . e d u . m x ;   h a m u r a b i g r @ u a z . e d u . m x ;   i d a l i a g v @ u a z . e d u . m x ;   m a r g a r i t a m f @ u a z . e d u . m x 	 	 	 C O N A C Y T   [ C O N A C Y T   C a t e d r a   1 2 9   -   C o n v o c a t o r i a   2 0 1 6 ] 	 J o s e   M .   C e l a y a - P a d i l l a   w a n t s   t o   t h a n k   t o   C O N A C Y T ,   f o r   t h e   s u p p o r t   u n d e r   g r a n t   " C O N A C Y T   C a t e d r a   1 2 9   -   C o n v o c a t o r i a   2 0 1 6 " 	 A d a m s   P ,   2 0 1 3 ,   B   W O R L D   H E A L T H   O R G A N ,   V 9 1 ,   P 6 2 6 ,   D O I   1 0 . 2 4 7 1 / B L T . 1 3 . 0 2 0 9 1 3 ;   A H A   D W ,   1 9 9 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 6 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 1 5 3 7 5 9 ;   A s t l e y   S M ,   2 0 0 4 ,   C L I N   R A D I O L ,   V 5 9 ,   P 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c r a d . 2 0 0 3 . 1 1 . 0 1 7 ;   B i a u   G ,   2 0 1 0 ,   J   M U L T I V A R I A T E   A N A L ,   V 1 0 1 ,   P 2 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m v a . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 1 9 ;   B r a n t n e r   M ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 1 5 6 ,   P 1 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C a d y   B ,   2 0 0 5 ,   A M   J   C L I N   O N C O L - C A N C ,   V 2 8 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . c o c . 0 0 0 0 1 5 0 7 2 0 . 1 5 4 5 0 . 0 5 ;   C a m b r o n e r o   C .   G . ,   2 0 0 6 ,   A L G O R I T M O S   A P R E N D I Z A ;   C e l a y a - P a d i l l a   J ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 2 3 1 6 5 6 ;   C e l a y a - P a d i l l a   J .   M . ,   2 0 1 4 ,   P   S P I E   M E D   I M A G   I N T ;   C h e n g   H D ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 6 ,   P 2 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 0 3 ) 0 0 1 9 2 - 4 ;   C i a t t o   S ,   2 0 0 3 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 4 5 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 7 2 0 - 0 4 8 X ( 0 2 ) 0 0 0 1 1 - 6 ;   D h e e b a   J ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 9 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 0 ;   D i   M a g g i o   C . ,   2 0 0 8 ,   B R E A S T   C A N C ,   P 9 9 ;   D i x o n   A .   M . ,   2 0 1 4 ,   U L T R A S O U N D ,   V 2 2 ,   P 1 8 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 7 7 / 1 7 4 2 2 7 1 X 1 4 5 3 7 7 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 7 4 2 2 7 1 X 1 4 5 3 7 7 7 2 ] ;   D o i   K . ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   D O I   [ 1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 8 2 9 3 3 3 4 3 1 5 9 1 7 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / B J R / 8 2 9 3 3 3 4 3 1 5 9 1 7 4 4 3 ] ;   E a d i e   L H ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 1 ,   p E 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 9 8 ;   E l   A b b a d i   N .   K . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   A P P L ,   P 1 0 0 ;   G a l v a n - T e j a d a   J I ,   2 0 1 4 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 4 3 8 5 9 ;   G r o s g e s   T ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S C I - B A S E L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / a p p 6 1 1 0 3 5 7 ;   H o u g h t o n   L C ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   E N V   R E S   P U B   H E ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j e r p h 1 3 1 1 1 0 6 6 ;   H u a n g   L ,   2 0 1 6 ,   N E U R O B I O L   A G I N G ,   V 4 6 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o b i o l a g i n g . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 0 5 ;   J e m a l   A ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R ,   V 1 0 1 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 0 2 8 8 ;   K a n u n g o   T ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 8 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 1 7 6 1 6 ;   K a r a h a l i o u   A . ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   D O I   [ 1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 3 0 4 1 5 7 5 1 1 7 6 2 1 6 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / B J R / 3 0 4 1 5 7 5 1 1 7 6 2 1 6 0 4 ] ;   K u l k a r n i   V .   Y . ,   2 0 1 2 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   2 0 1 2   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   D a t a   S c i e n c e   &   E n g i n e e r i n g   ( I C D S E   2 0 1 2 ) ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D S E . 2 0 1 2 . 6 2 8 2 3 2 9 ;   L a c e y   J V ,   2 0 0 9 ,   B M C   C A N C E R ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 9 - 8 4 ;   L a r r a n a g a   P . ,   T E M A   1 4   C L U S T E R I N G ;   L e v n e r   I ,   2 0 0 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 6 - 6 8 ;   L i   B . ,   2 0 0 3 ,   C S 0 3 0 6 0 9 9   A R X I V ;   M c L a u g h l i n   J . ,   2 0 0 6 ,   C A N A D I A N   C A N C   S T A T   2 ;   M o f t a h   H M ,   2 0 1 4 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 4 ,   P 1 9 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 3 - 1 4 3 7 - 4 ;   M o u r a   D C ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 8 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 3 - 0 8 3 8 - 2 ;   R a m a n i   R . ,   2 0 1 4 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   I m a g e ,   G r a p h i c s   a n d   S i g n a l   P r o c e s s i n g ,   V 6 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 5 8 1 5 / i j i g s p . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 7 ;   R i n g n e r   M ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 7 9 1 1 ;   S c h n e i d e r   M . ,   2 0 0 0 ,   P   9   I N T   S   S P A T   D A T   H ,   P 3 ;   T o r t e y a   A . M . ,   2 0 1 2 ,   A L Z H E I M E R S   D E M E N T ,   V 8 ,   p P 2 8 5 ;   T r e v i n o   V ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 1 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 0 7 4 ;   V e n e t   D ,   2 0 1 1 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 2 2 4 0 ;   V r o o m a n   H A ,   2 0 0 7 ,   N E U R O I M A G E ,   V 3 7 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 1 8 ;   W o n g   S .   L . ,   2 0 0 3 ,   O N C O L   R E V ,   V 3 ,   P 2 5 7 ;   W u l a n i n g s i h   W ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 7 0 9 1 4 8 7 ;   X i a   C F ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   E N V   R E S   P U B   H E ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j e r p h 1 3 1 0 0 9 6 3 ;   Z h a n g   L . ,   2 0 1 4 ,   P   I N T   W O R K S H   M A C H   L E ,   P 3 2 3 	 4 4 	 0 	 0 	 3 	 3 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 0 7 5 - 4 4 1 8 	 	 	 D I A G N O S T I C S 	 D i a g n o s t i c s 	 M A R 	 2 0 1 7 	 7 	 1 	 	 	 	 	 	 	 9 	 1 0 . 3 3 9 0 / d i a g n o s t i c s 7 0 1 0 0 0 9 	 	 1 7 	 M e d i c i n e ,   G e n e r a l   &   I n t e r n a l 	 G e n e r a l   &   I n t e r n a l   M e d i c i n e 	 E R 3 D U 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 6 7 6 8 0 0 0 0 8 	 	 
 
 J 	 R a m o s ,   J ;   C a s t e l l a n o s - G a r z o n ,   J A ;   G o n z a l e z - B r i o n e s ,   A ;   d e   P a z ,   J F ;   C o r c h a d o ,   J M 	 	 	 	 R a m o s ,   J u a n ;   C a s t e l l a n o s - G a r z o n ,   J o s e   A . ;   G o n z a l e z - B r i o n e s ,   A l f o n s o ;   d e   P a z ,   J u a n   F . ;   C o r c h a d o ,   J u a n   M . 	 	 	 A n   A g e n t - B a s e d   C l u s t e r i n g   A p p r o a c h   f o r   G e n e   S e l e c t i o n   i n   G e n e   E x p r e s s i o n   M i c r o a r r a y 	 I N T E R D I S C I P L I N A R Y   S C I E N C E S - C O M P U T A T I O N A L   L I F E   S C I E N C E S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 G e n e   s e l e c t i o n ;   F i l t e r   m e t h o d ;   M u l t i - a g e n t   s y s t e m ;   C l u s t e r i n g ;   C l a s s i f i c a t i o n ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   V i s u a l   a n a l y t i c s ;   D N A - m i c r o a r r a y 	 L U N G - C A N C E R ;   P A T T E R N S 	 G e n e   s e l e c t i o n   i s   a   m a j o r   r e s e a r c h   a r e a   i n   m i c r o a r r a y   a n a l y s i s ,   w h i c h   s e e k s   t o   d i s c o v e r   d i f f e r e n t i a l l y   e x p r e s s e d   g e n e s   f o r   a   p a r t i c u l a r   t a r g e t   a n n o t a t i o n .   S u c h   g e n e s   a l s o   o f t e n   c a l l e d   i n f o r m a t i v e   g e n e s   a r e   a b l e   t o   d i f f e r e n t i a t e   t i s s u e   s a m p l e s   b e l o n g i n g   t o   d i f f e r e n t   c l a s s e s   o f   t h e   s t u d i e d   d i s e a s e .   D e s p i t e   t h e   f a c t   t h a t   t h e r e   i s   a   w i d e   n u m b e r   o f   p r o p o s a l s ,   t h e   c o m p l e x i t y   i m p o s e d   b y   t h i s   p r o b l e m   r e m a i n s   a   c h a l l e n g e   t o d a y .   T h i s   r e s e a r c h   p r o p o s e s   a   g e n e   s e l e c t i o n   a p p r o a c h   b y   m e a n s   o f   a   c l u s t e r i n g - b a s e d   m u l t i - a g e n t   s y s t e m .   T h i s   p r o p o s a l   m a n a g e s   d i f f e r e n t   f i l t e r   m e t h o d s   a n d   g e n e   c l u s t e r i n g   t h r o u g h   c o o r d i n a t e d   a g e n t s   t o   d i s c o v e r   i n f o r m a t i v e   g e n e   s u b s e t s .   T o   a s s e s s   t h e   r e l i a b i l i t y   o f   o u r   a p p r o a c h ,   w e   h a v e   u s e d   f o u r   i m p o r t a n t   a n d   p u b l i c   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a s e t s ,   t w o   L u n g   c a n c e r   d a t a s e t s ,   C o l o n   a n d   L e u k e m i a   c a n c e r   d a t a s e t .   T h e   a c h i e v e d   r e s u l t s   h a v e   b e e n   v a l i d a t e d   t h r o u g h   c l u s t e r   v a l i d i t y   m e a s u r e s ,   v i s u a l   a n a l y t i c s ,   a   c l a s s i f i e r   a n d   c o m p a r e d   w i t h   o t h e r   g e n e   s e l e c t i o n   m e t h o d s ,   p r o v i n g   t h e   r e l i a b i l i t y   o f   o u r   p r o p o s a l . 	 [ R a m o s ,   J u a n ;   C a s t e l l a n o s - G a r z o n ,   J o s e   A . ;   G o n z a l e z - B r i o n e s ,   A l f o n s o ;   d e   P a z ,   J u a n   F . ;   C o r c h a d o ,   J u a n   M . ]   U n i v   S a l a m a n c a ,   I B S A L   B I S I T E   R e s   G r p ,   E d i f i c i o   I   D   I ,   S a l a m a n c a   3 7 0 0 7 ,   S p a i n ;   [ C a s t e l l a n o s - G a r z o n ,   J o s e   A . ]   U n i v   C o i m b r a ,   C I S U C ,   E C O S   R e s   G r p ,   P o l o   2 ,   P - 3 0 3 0 2 9 0   C o i m b r a ,   P o r t u g a l ;   [ C o r c h a d o ,   J u a n   M . ]   O s a k a   I n s t   T e c h n o l ,   O s a k a   5 3 5 8 5 8 5 ,   J a p a n 	 C a s t e l l a n o s - G a r z o n ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S a l a m a n c a ,   I B S A L   B I S I T E   R e s   G r p ,   E d i f i c i o   I   D   I ,   S a l a m a n c a   3 7 0 0 7 ,   S p a i n . ;   C a s t e l l a n o s - G a r z o n ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C o i m b r a ,   C I S U C ,   E C O S   R e s   G r p ,   P o l o   2 ,   P - 3 0 3 0 2 9 0   C o i m b r a ,   P o r t u g a l . 	 j u a n r g @ u s a l . e s ;   j a n t o n i o @ u s a l . e s ;   a l f o n s o g b @ u s a l . e s ;   f c o f d s @ u s a l . e s ;   c o r c h a d o @ u s a l . e s 	 	 	 E u r o p e a n   S o c i a l   F u n d   [ E D U / 1 2 8 / 2 0 1 5   B O C Y L ] 	 T h i s   r e s e a r c h   h a s   b e e n   c o - f i n a n c e d   b y   t h e   E u r o p e a n   S o c i a l   F u n d   (   O p e r a t i o n a l   P r o g r a m m e   2 0 1 4 - 2 0 2 0   f o r C a s t i l l a   y   L e n ,   E D U / 1 2 8 / 2 0 1 5   B O C Y L ) . 	 A h d e s m a k i   M ,   2 0 1 0 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 4 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 9 - A O A S 2 7 7 ;   A h d e s m a k i   M ,   2 0 1 5 ,   S D A   S H R I N K A G E   D I S C R I ;   A l o n   U ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 6 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 1 2 . 6 7 4 5 ;   A m b r o i s e   C ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 6 5 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 2 1 0 2 6 9 9 ;   A u   W H ,   2 0 0 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 2 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 5 . 1 7 ;   B a l a g u e r   F r a n c e s c ,   2 0 1 4 ,   G a s t r o e n t e r o l   H e p a t o l ,   V 3 7   S u p p l   3 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 2 1 0 - 5 7 0 5 ( 1 4 ) 7 0 0 8 6 - X ;   B e r r a r   D .   P . ,   2 0 0 3 ,   P R A C T I C A L   A P P R O A C H   M ;   C a s t e l l a n o s - G a r z o n   J A ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 2 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 6 1 ;   C a s t e l l a n o s - G a r z o n   J A ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 3 8 ;   C a s t e l l a n o s - G a r z o n   J A ,   2 0 1 5 ,   A D V   D I S T R I B   C O M P U T   A ,   V 4 ,   P 1 ;   C h i p m a n   H ,   2 0 0 6 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 7 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x j 0 0 7 ;   D i a z - U r i a r t e   R ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 3 ;   E i s e n   M B ,   1 9 9 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 5 ,   P 1 4 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 5 . 2 5 . 1 4 8 6 3 ;   F L A C H   P E T E R ,   2 0 1 2 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   A R T ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G o n z a l e z   A ,   2 0 1 5 ,   9   I N T   C   P R A C T   A P P L   C ,   P 1 3 7 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   H a u r y   A C ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 8 2 1 0 ;   H e r n a n d e z   J C H ,   2 0 0 7 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 4 4 7 ,   P 9 0 ;   I n z a   I ,   2 0 0 4 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 3 1 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 4 . 0 1 . 0 0 7 ;   I s h w a r a n   H ,   2 0 0 5 ,   A N N   S T A T ,   V 3 3 ,   P 7 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 0 9 0 5 3 6 0 4 0 0 0 0 0 1 1 4 7 ;   I s h w a r a n   H ,   2 0 1 3 ,   S P I K E S L A B   P R E D I C T I O N ;   J a e g e r   J . ,   2 0 0 3 ,   P A C   S   B I O C ,   V 8 ,   P 5 3 ;   J a g e r   J ,   2 0 0 3 ,   P A C   B I O C   U W   C S E   C O M P ;   J a i n   A K ,   1 9 9 9 ,   A C M   C O M P U T   S U R V ,   V 3 1 ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 3 3 1 4 9 9 . 3 3 1 5 0 4 ;   J o l l i f f e   I T ,   2 0 0 0 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   K i m   S E ,   2 0 1 5 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 2 1 ,   P 5 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 3 7 4 8 / w j g . v 2 1 . i 1 7 . 5 1 6 7 ;   K u m a r i   B . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T E R   S C I   I ,   V 2 ,   P 1 0 4 8 ;   K u n e r   R ,   2 0 0 9 ,   L U N G   C A N C E R ,   V 6 3 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 3 3 ;   K u r s a   M B ,   2 0 1 0 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 3 6 ,   P 1 ;   L a z a r   C ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 3 3 ;   L i u   X . ,   2 0 0 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   P 1 ;   M a h m o u d   O ,   2 0 1 5 ,   P R O P O V E R L A P   F E A T U R E ;   M a h m o u d   O ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 5 - 2 7 4 ;   M a r k o w i t z   S ,   2 0 1 0 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 2 5 ,   P 2 4 4 9 ;   M a r q u e z   E ,   2 0 1 1 ,   I N T E C H   O P E N   A C C E S S   P ,   V 1 9 ,   P 4 2 5 ;   M a r t i n   T ,   2 0 1 3 ,   L A N D E S   B I O S C I E N C E ;   M i t r a   P ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 9 9 0 1 3 3 ;   M o o r t h y   K ,   2 0 1 2 ,   K N O W L E D G E   T E C H N O L O G Y ,   V 2 9 5 ,   P 1 7 4 ;   N g u y e n   T .   H . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C O R R ,   V 2 0 1 5 ,   P 1 ;   P e r e a   J ,   2 0 1 1 ,   R E V   E S P A N O L A   E N F E R M E ,   V 1 ,   P 2 9 ;   R o t h s c h i l d   S a c h a   I ,   2 0 1 5 ,   P r a x i s   ( B e r n   1 9 9 4 ) ,   V 1 0 4 ,   P 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 4 / 1 6 6 1 - 8 1 5 7 / a 0 0 2 0 5 8 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S a l l e h   A H M ,   2 0 1 5 ,   B I O T E C H N O L   B I O P R O C   E ,   V 2 0 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 5 7 - 0 1 5 - 0 2 7 6 - 9 ;   S c h w a r t z   A G ,   2 0 0 7 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 8 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g l 2 5 3 ;   T a n   P N ,   2 0 0 6 ,   I N T R O   D A T A   M I N I N G ;   W a n g   K J ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 9 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 3 ;   W e i s s   P ,   2 0 0 5 ,   M A T H   J ,   V 9 ,   P 8 0 3 ;   W o l t e r s   M ,   2 0 1 5 ,   G E N E T I C   A L G O R I T H M   F I ;   W o l t e r s   M A ,   2 0 1 5 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 6 8 ;   W u   X D ,   2 0 0 8 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 1 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 0 7 - 0 1 1 4 - 2 ;   X i a   C Y ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 8 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 6 . 3 8 ;   Y a n g   K ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 2 2 8 ;   Z a p p a   C ,   2 0 1 6 ,   T R A N S L   L U N G   C A N C E R   R ,   V 5 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 2 1 0 3 7 / t l c r . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 7 ;   Z h o u   Y . ,   2 0 0 7 ,   E V O L U T I O N A R Y   C O M P U T A ,   V 1 1 ,   P 6 0 8 	 5 5 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 1 9 1 3 - 2 7 5 1 	 1 8 6 7 - 1 4 6 2 	 	 I N T E R D I S C I P   S C I 	 I n t e r d i s c i p .   S c i . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 9 	 1 	 	 	 S I 	 	 1 	 1 3 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 3 9 - 0 1 7 - 0 2 1 9 - 6 	 	 1 3 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E R 4 N B 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 7 5 6 0 0 0 0 1 	 2 8 2 8 1 2 3 9 	 
 
 J 	 G i l b e r t ,   J M ;   G o n z a l e z ,   J A ;   C h e a h ,   L A ;   E l l ,   S R ;   G r e e n ,   P ;   M o o r e ,   R K ;   H o l d s w o r t h ,   E 	 	 	 	 G i l b e r t ,   J a m e s   M . ;   G o n z a l e z ,   J o s e   A . ;   C h e a h ,   L a m   A . ;   E l l ,   S t e p h e n   R . ;   G r e e n ,   P h i l ;   M o o r e ,   R o g e r   K . ;   H o l d s w o r t h ,   E d 	 	 	 R e s t o r i n g   s p e e c h   f o l l o w i n g   t o t a l   r e m o v a l   o f   t h e   l a r y n x   b y   a   l e a r n e d   t r a n s f o r m a t i o n   f r o m   s e n s o r   d a t a   t o   a c o u s t i c s 	 J O U R N A L   O F   T H E   A C O U S T I C A L   S O C I E T Y   O F   A M E R I C A 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 	 T o t a l   r e m o v a l   o f   t h e   l a r y n x   m a y   b e   r e q u i r e d   t o   t r e a t   l a r y n g e a l   c a n c e r :   s p e e c h   i s   l o s t .   T h i s   a r t i c l e   s h o w s   t h a t   i t   m a y   b e   p o s s i b l e   t o   r e s t o r e   s p e e c h   b y   s e n s i n g   m o v e m e n t   o f   t h e   r e m a i n i n g   s p e e c h   a r t i c u l a t o r s   a n d   u s e   m a c h i n e   l e a r n i n g   a l g o r i t h m s   t o   d e r i v e   a   t r a n s f o r m a t i o n   t o   c o n v e r t   t h i s   s e n s o r   d a t a   i n t o   a n   a c o u s t i c   s i g n a l .   T h e   r e s u l t i n g   " s i l e n t   s p e e c h , "   w h i c h   m a y   b e   d e l i v e r e d   i n   r e a l   t i m e ,   i s   i n t e l l i g i b l e   a n d   s o u n d s   n a t u r a l .   T h e   i d e n t i t y   o f   t h e   s p e a k e r   i s   r e c o g n i s a b l e .   T h e   s e n s i n g   t e c h n i q u e   i n v o l v e s   a t t a c h i n g   s m a l l ,   u n o b t r u s i v e   m a g n e t s   t o   t h e   l i p s   a n d   t o n g u e   a n d   m o n i t o r i n g   c h a n g e s   i n   t h e   m a g n e t i c   f i e l d   i n d u c e d   b y   t h e i r   m o v e m e n t .   ( C )   2 0 1 7   A c o u s t i c a l   S o c i e t y   o f   A m e r i c a 	 [ G i l b e r t ,   J a m e s   M . ;   C h e a h ,   L a m   A . ]   U n i v   H u l l ,   S c h   E n g n ,   K i n g s t o n   U p o n   H u l l ,   Y o r k s ,   E n g l a n d ;   [ G o n z a l e z ,   J o s e   A . ;   G r e e n ,   P h i l ;   M o o r e ,   R o g e r   K . ]   U n i v   S h e f f i e l d ,   D e p t   C o m p   S c i ,   S h e f f i e l d ,   S   Y o r k s h i r e ,   E n g l a n d ;   [ E l l ,   S t e p h e n   R . ]   H u l l   &   E a s t   Y o r k s h i r e   H o s p   T r u s t ,   C a s t l e   H i l l   H o s p ,   C o t t i n g h a m ,   E n g l a n d ;   [ H o l d s w o r t h ,   E d ]   P r a c t   C o n t r o l   L t d ,   S h e f f i e l d ,   S   Y o r k s h i r e ,   E n g l a n d 	 G i l b e r t ,   J M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   H u l l ,   S c h   E n g n ,   K i n g s t o n   U p o n   H u l l ,   Y o r k s ,   E n g l a n d . 	 J . M . G i l b e r t @ H u l l . a c . u k ;   J . G o n z a l e z @ S h e f f i e l d . a c . u k ;   L . C h e a h @ H u l l . a c . u k ;   s r e l l @ d o c t o r s . o r g . u k ;   P . G r e e n @ S h e f f i e l d . a c . u k ;   R . K . M o o r e @ S h e f f i e l d . a c . u k ;   E d . h o l d s w o r t h @ p r a c t i c a l c o n t r o l . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h   ( N I H R ) ' s   I n v e n t i o n   f o r   I n n o v a t i o n   P r o g r a m m e   [ I I - L B - 0 8 1 4 - 2 0 0 0 7 ] 	 T h i s   i s   a   s u m m a r y   o f   i n d e p e n d e n t   r e s e a r c h   f u n d e d   b y   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h   ( N I H R ) ' s   I n v e n t i o n   f o r   I n n o v a t i o n   P r o g r a m m e   ( G r a n t   N o .   I I - L B - 0 8 1 4 - 2 0 0 0 7 ) .   T h e   v i e w s   e x p r e s s e d   a r e   t h o s e   o f   t h e   a u t h o r ( s )   a n d   n o t   n e c e s s a r i l y   t h o s e   o f   t h e   N H S ,   t h e   N I H R ,   o r   t h e   D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h . 	 A r y a l   S ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   S P E E C H   L A N G ,   V 3 6 ,   P 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s l . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 3 ;   B o c q u e l e t   F ,   2 0 1 6 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 5 1 1 9 ;   C a n c e r   R e s e a r c h   U K ,   L A R   C A N C   S T A T ;   C h l a d k o v a   K ,   2 0 0 9 ,   I N T E R S P E E C H   2 0 0 9 :   1 0 T H   A N N U A L   C O N F E R E N C E   O F   T H E   I N T E R N A T I O N A L   S P E E C H   C O M M U N I C A T I O N   A S S O C I A T I O N   2 0 0 9 ,   V O L S   1 - 5 ,   P 4 6 4 ;   D e n b y   B ,   2 0 1 0 ,   S P E E C H   C O M M U N ,   V 5 2 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s p e c o m . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 2 ;   T h e   D e p a r t m e n t   o f   V e t e r a n s   A f f a i r s   L a r y n g e a l   C a n c e r   S t u d y   G r o u p ,   1 9 9 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 2 4 ,   P 1 6 8 5 ;   F a n   Y . ,   2 0 1 4 ,   P   I N T E R S P E E C H ,   P 1 9 6 4 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 7 ,   P 2 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 5 5 1 6 ;   F u k a d a   T . ,   1 9 9 2 ,   P   I C A S S P ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C A S S P . 1 9 9 2 . 2 2 5 9 5 3 ;   G e r s   F A ,   2 0 0 3 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 3 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 7 6 8 9 6 6 1 3 9 ;   G i l b e r t   J M ,   2 0 1 0 ,   M E D   E N G   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 1 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d e n g p h y . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 1 1 ;   G o n z a l e z   J .   A . ,   2 0 1 4 ,   P   1 5   I N T E R S P E E C H   S I N ,   P 1 0 1 8 ;   G o n z a l e z   J A ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   S P E E C H   L A N G ,   V 3 9 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s l . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 2 ;   G r a v e s   A ,   2 0 1 3 ,   I N T   C O N F   A C O U S T   S P E E ,   P 6 6 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C A S S P . 2 0 1 3 . 6 6 3 8 9 4 7 ;   H o c h r e i t e r   S ,   1 9 9 7 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 9 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 1 9 9 7 . 9 . 1 . 1 ;   H u e b e r   T ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   S P E E C H   L A N G ,   V 3 6 ,   P 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s l . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 5 ;   K a w a h a r a   H ,   1 9 9 9 ,   S P E E C H   C O M M U N ,   V 2 7 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 6 3 9 3 ( 9 8 ) 0 0 0 8 5 - 5 ;   K o m i n e k   J . ,   2 0 0 3 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   K o m i n e k   J . ,   2 0 0 8 ,   P   W O R K S H   S P O K   L A N G   T ;   K u b i c h e k   R . ,   1 9 9 3 ,   P   I E E E   P A C   R I M   C   C O M ,   P 1 2 5 ;   R o a c h   P . ,   2 0 0 1 ,   P H O N E T I C S ;   S u n i l   P . ,   2 0 1 4 ,   O T O L A R Y N G   H E A D   N E C K ,   V 1 5 0 ,   P 4 1 3 ;   T i m m e r m a n s   A J ,   2 0 1 6 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 3 8 ,   p E 1 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 4 2 0 0 ;   Y A T E S   A J ,   1 9 6 3 ,   P S Y C H O L   B U L L ,   V 6 0 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / h 0 0 4 4 1 5 5 	 2 4 	 0 	 0 	 0 	 0 	 A C O U S T I C A L   S O C   A M E R   A M E R   I N S T   P H Y S I C S 	 M E L V I L L E 	 S T E   1   N O   1 ,   2   H U N T I N G T O N   Q U A D R A N G L E ,   M E L V I L L E ,   N Y   1 1 7 4 7 - 4 5 0 2   U S A 	 0 0 0 1 - 4 9 6 6 	 1 5 2 0 - 8 5 2 4 	 	 J   A C O U S T   S O C   A M 	 J .   A c o u s t .   S o c .   A m . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 4 1 	 3 	 	 	 	 	 E L 3 0 7 	 E L 3 1 3 	 	 1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 4 9 7 8 3 6 4 	 	 7 	 A c o u s t i c s ;   A u d i o l o g y   &   S p e e c h - L a n g u a g e   P a t h o l o g y 	 A c o u s t i c s ;   A u d i o l o g y   &   S p e e c h - L a n g u a g e   P a t h o l o g y 	 E R 7 A P 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 9 6 2 5 0 0 0 2 1 	 2 8 3 7 2 1 0 4 	 
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 I r a n 	 O w j i m e h r ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S h i r a z   U n i v   T e c h n o l ,   M o d a r r e s   S t ,   S h i r a z   7 1 5 5 5 3 1 3 ,   I r a n . 	 m . o w j i m e h r @ s u t e c h . a c . i r 	 	 	 	 	 A l b r e g t s e n   F . ,   1 9 9 5 ,   S T A T   T E X T U R E   M E A S U R E ;   A n d r a d e   A ,   2 0 1 2 ,   P R O C   T E C H ,   V 5 ,   P 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o t c y . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 8 4 ;   C e y l a n   R ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 7 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 2 5 ;   C h a l a s a n i   N ,   2 0 1 2 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 5 5 ,   P 2 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 5 7 6 2 ;   C h e n   P H ,   2 0 0 5 ,   A P P L   S T O C H   M O D E L   B U S ,   V 2 1 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a s m b . 5 3 7 ;   D a u g m a n   J G ,   1 9 9 0 ,   C O M P U T A T I O N A L   N E U R O S ,   V 2 ,   P 4 0 3 ;   D u d a   R O ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   G a o   R X ,   2 0 1 1 ,   W A V E L E T S :   T H E O R Y   A N D   A P P L I C A T I O N S   F O R   M A N U F A C T U R I N G ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 4 1 9 - 1 5 4 5 - 0 _ 5 ;   H s u   C h i h - W e i ,   2 0 0 3 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   H u a n g   Y ,   2 0 1 0 ,   P   I N T   C   I M   S I G N   P R O C ,   V 2 ,   P 5 6 2 ;   I c e r   S ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 2 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 7 2 4 - z ;   K a d a h   Y M ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   P 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 1 1 7 5 0 ;   K o t s i a n t i s   S   B ,   2 0 0 7 ,   I n f o r m a t i c a ,   V 3 1 ,   P 2 4 9 ;   M i h a i l e s c u   D M ,   2 0 1 2 ,   1 0   I N T   S   E L   T E L   I S E T ,   P 3 1 1 ;   M i n h a s   F U A ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 3 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 8 0 3 - 1 ;   M o l d o v a n u   S . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   B I O L   B I O M E D   E N ,   V 6 ,   P 6 9 ;   M u k h e r j e e   S ,   2 0 0 7 ,   A D C O M   2 0 0 7 :   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   1 5 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   A D V A N C E D   C O M P U T I N G   A N D   C O M M U N I C A T I O N S ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / A D C O M . 2 0 0 7 . 1 6 ;   O O S T E R V E L D   B J ,   1 9 8 5 ,   U L T R A S O N I C   I M A G I N G ,   V 7 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 1 - 7 3 4 6 ( 8 5 ) 9 0 0 7 3 - 2 ;   P r o v o s t   F ,   2 0 0 1 ,   I S 0 0 0 4   C E D E R   N E W   Y O R ;   R i b e i r o   R ,   2 0 1 2 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 6 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 2 . 6 3 4 7 4 9 4 ;   R i b e i r o   R ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 6 6 9 ,   P 1 6 7 ;   R i b e i r o   R T ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 0 ,   P 1 3 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 2 . 2 2 3 5 4 3 8 ;   S i n g h   M ,   2 0 1 1 ,   C A N   C O N   E L   C O M P   E N ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C C E C E . 2 0 1 1 . 6 0 3 0 4 6 3 ;   S p i t a l n i c   S ,   2 0 0 4 ,   H O S P   P H Y S ,   V 4 0 ,   P 2 7 ;   S u d h a   S ,   2 0 0 9 ,   I E T E   J   R E S ,   V 5 5 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 3 7 7 - 2 0 6 3 . 5 4 9 0 5 ;   S u g a n y a   R ,   2 0 1 2 ,   I E E E   I N T   C   S I G N   P R O C ,   P 1 ;   T h i j s s e n   J M ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   U L T R A S O N   F E R R ,   V 5 5 ,   P 1 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T U F F C . 2 0 0 8 . 7 9 7 ;   V a l c k x   F M J ,   2 0 0 0 ,   U L T R A S O N I C   I M A G I N G ,   V 2 2 ,   P 5 7 ;   V i r m a n i   J ,   2 0 1 3 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 2 - 9 5 3 7 - 8 ;   W a n g   C - Y ,   2 0 1 3 ,   I E E E   I N T   S   N E X T   G E N ,   P 1 9 2 ;   W u   Y - H ,   2 0 1 0 ,   6   I N T   C   I N T   I N F   H I D ,   P 6 2 7 ;   Y a n g   Y ,   2 0 1 0 ,   3   I N T   C   I M   S I G N   P R O C ,   P 9 9 4 ;   Y e h   W C ,   2 0 0 4 ,   U L T R A S O N ,   P 2 1 6 9 ;   Y e h   W C ,   2 0 0 3 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 2 9 ,   P 1 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 0 3 ) 0 1 0 1 0 - X ;   Z h o u   G ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   B I O M   E N G   B I O T ,   P 7 7 5 ;   Z h u   W ,   2 0 1 0 ,   N E S U G   P   H L T H   C A R   L I F ,   P 1 	 3 6 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S A G E   P U B L I C A T I O N S   I N C 	 T H O U S A N D   O A K S 	 2 4 5 5   T E L L E R   R D ,   T H O U S A N D   O A K S ,   C A   9 1 3 2 0   U S A 	 0 1 6 1 - 7 3 4 6 	 1 0 9 6 - 0 9 1 0 	 	 U L T R A S O N I C   I M A G I N G 	 U l t r a s o n .   I m a g i n g 	 M A R 	 2 0 1 7 	 3 9 	 2 	 	 	 	 	 7 9 	 9 5 	 	 1 0 . 1 1 7 7 / 0 1 6 1 7 3 4 6 1 6 6 4 9 1 5 3 	 	 1 7 	 A c o u s t i c s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 A c o u s t i c s ;   E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E R 4 Z Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 8 1 2 2 0 0 0 0 1 	 2 7 6 9 4 2 7 8 	 
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 J 	 M c G u i n e s s ,   C E ;   T u r n b u l l ,   D ;   W i l s o n ,   C ;   D u n c a n ,   A ;   F l i g h t ,   I H ;   Z a j a c ,   I 	 	 	 	 M c G u i n e s s ,   C l a r e   E . ;   T u r n b u l l ,   D e b o r a h ;   W i l s o n ,   C a r l e n e ;   D u n c a n ,   A m y ;   F l i g h t ,   I n g r i d   H . ;   Z a j a c ,   I a n 	 	 	 T h i n k i n g   S t y l e   a s   a   P r e d i c t o r   o f   M e n ' s   P a r t i c i p a t i o n   i n   C a n c e r   S c r e e n i n g 	 A M E R I C A N   J O U R N A L   O F   M E N S   H E A L T H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 d i g i t a l   r e c t a l   e x a m ;   P S A   t e s t i n g ;   h e a l t h   p r o m o t i o n   a n d   d i s e a s e   p r e v e n t i o n ;   s o c i a l   d e t e r m i n a n t s   o f   h e a l t h ;   b e h a v i o r a l   r e s e a r c h 	 I N F O R M A T I O N - P R O C E S S I N G   S T Y L E S ;   H E A L T H - R E L A T E D   B E H A V I O R S ;   I N D I V I D U A L - D I F F E R E N C E S ;   C O G N I T I O N ;   N E E D ;   A T T I T U D E S ;   C O N S C I E N T I O U S N E S S ;   D I M E N S I O N A L I T Y ;   M E T A A N A L Y S I S ;   P E R S O N A L I T Y 	 M e n ' s   p a r t i c i p a t i o n   i n   c a n c e r   s c r e e n i n g   m a y   b e   i n f l u e n c e d   b y   t h e i r   t h i n k i n g   s t y l e .   M e n ' s   n e e d   f o r   c o g n i t i o n   ( N F C )   a n d   f a i t h   i n   i n t u i t i o n   w e r e   m e a s u r e d   t o   e x p l o r e   w h e t h e r   t h e y   v a r i e d   b y   d e m o g r a p h i c   v a r i a b l e s   o r   p r e d i c t e d   s c r e e n i n g   b e h a v i o r .   A u s t r a l i a n   m a l e s   ( n   =   5 8 5 ,   a g e d   5 0 - 7 4   y e a r s )   c o m p l e t e d   s u r v e y s   a b o u t   p a s t   s c r e e n i n g   a n d   w e r e   s u b s e q u e n t l y   o f f e r e d   m a i l e d   f e c a l   o c c u l t   b l o o d   t e s t s   ( F O B T s ) .   D e m o g r a p h i c   p r e d i c t o r s   i n c l u d e d   a g e ,   s o c i o e c o n o m i c   s t a t u s ,   e d u c a t i o n a l   a t t a i n m e n t ,   a n d   l a n g u a g e   s p o k e n   a t   h o m e .   T h e   s c r e e n i n g   b e h a v i o r s   w e r e   s e l f - r e p o r t e d   p r o s t a t e   c a n c e r   s c r e e n i n g   ( p r o s t a t e - s p e c i f i c   a n t i g e n   t e s t i n g   a n d   d i g i t a l   r e c t a l   e x a m i n a t i o n s   [ D R E s ] ) ,   a n d   c o l o r e c t a l   c a n c e r   s c r e e n i n g   ( s e l f - r e p o r t e d   F O B T   p a r t i c i p a t i o n   a n d   r e c o r d e d   u p t a k e   o f   t h e   F O B T   o f f e r ) .   A n a l y s i s   c o m p r i s e d   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   a n d   s t r u c t u r a l   e q u a t i o n   m o d e l l i n g .   N F C   w a s   p o s i t i v e l y   r e l a t e d   t o   d e m o g r a p h i c   v a r i a b l e s   e d u c a t i o n ,   s o c i o e c o n o m i c   s t a t u s ,   a n d   s p e a k i n g   E n g l i s h   a t   h o m e .   F a i t h   i n   i n t u i t i o n   w a s   n e g a t i v e l y   r e l a t e d   t o   e d u c a t i o n a l   a t t a i n m e n t .   N F C   p r e d i c t e d   v a r i a n c e   i n   s e l f - r e p o r t e d   D R E   p a r t i c i p a t i o n   ( r   = . 1 1 ,   p   = . 0 1 6 ) .   N o   o t h e r   r e l a t i o n s h i p s   w i t h   t h i n k i n g   s t y l e   w e r e   s t a t i s t i c a l l y   s i g n i f i c a n t .   T h e   r e l a t i o n s h i p   o f   N F C   t o   D R E   p a r t i c i p a t i o n   m a y   r e f l e c t   t h e   w a y   c e r t a i n   a t t r i b u t e s   o f   t h i s   s c r e e n i n g   m e t h o d   a r e   p r o c e s s e d ,   o r   a l t e r n a t i v e l y ,   i t   m a y   r e f l e c t   w i l l i n g n e s s   t o   r e p o r t   p a r t i c i p a t i o n .   T h e   r e l a t i o n s h i p   o f   t h i n k i n g   s t y l e   t o   a   r a n g e   o f   h e a l t h y   b e h a v i o r s   s h o u l d   b e   f u r t h e r   e x p l o r e d . 	 [ M c G u i n e s s ,   C l a r e   E . ;   T u r n b u l l ,   D e b o r a h ;   D u n c a n ,   A m y ]   U n i v   A d e l a i d e ,   A d e l a i d e ,   S A ,   A u s t r a l i a ;   [ M c G u i n e s s ,   C l a r e   E . ;   T u r n b u l l ,   D e b o r a h ]   F r e e m a s o n s   F d n ,   C t r   M e n s   H l t h ,   A d e l a i d e ,   S A ,   A u s t r a l i a ;   [ M c G u i n e s s ,   C l a r e   E . ;   F l i g h t ,   I n g r i d   H . ;   Z a j a c ,   I a n ]   C o m m o n w e a l t h   S c i   &   I n d   R e s   O r g ,   A d e l a i d e ,   S A ,   A u s t r a l i a ;   [ W i l s o n ,   C a r l e n e ]   C a n c   C o u n c i l   S A ,   E a s t w o o d ,   S A ,   A u s t r a l i a ;   [ W i l s o n ,   C a r l e n e ;   F l i g h t ,   I n g r i d   H . ]   F l i n d e r s   U n i v   S   A u s t r a l i a ,   B e d f o r d   P k ,   S A ,   A u s t r a l i a 	 M c G u i n e s s ,   C E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A d e l a i d e ,   S c h   P s y c h o l ,   N o r t h   T e r r a c e ,   A d e l a i d e ,   S A   5 0 0 5 ,   A u s t r a l i a . 	 c l a r e . m c g u i n e s s @ a d e l a i d e . e d u . a u 	 	 	 N a t i o n a l   H e a l t h   a n d   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   [ 1 0 2 6 5 1 0 ] 	 T h e   a u t h o r ( s )   d i s c l o s e d   r e c e i p t   o f   t h e   f o l l o w i n g   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f o r   t h e   r e s e a r c h ,   a u t h o r s h i p ,   a n d / o r   p u b l i c a t i o n   o f   t h i s   a r t i c l e :   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   H e a l t h   a n d   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   P r o j e c t   G r a n t   N o .   1 0 2 6 5 1 0 . 	 A J Z E N   I ,   1 9 9 1 ,   O R G A N   B E H A V   H U M   D E C ,   V 5 0 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 7 4 9 - 5 9 7 8 ( 9 1 ) 9 0 0 2 0 - T ;   A u s t r a l i a n   B u r e a u   o f   S t a t i s t i c s ,   2 0 1 3 ,   P E R S P   E D   T R A I N   S O C   I ;   A u s t r a l i a n   B u r e a u   o f   S t a t i s t i c s ,   2 0 1 1 ,   2 0 1 1   C E N S   E D   Q U A L   T A ;   A u s t r a l i a n   B u r e a u   o f   S t a t i s t i c s ,   2 0 1 3 ,   I R S A D ;   A u s t r a l i a n   B u r e a u   o f   S t a t i s t i c s ,   2 0 1 3 ,   C A U S   D E A T H   A U S T R   2 0 1 ;   A u s t r a l i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   a n d   W e l f a r e ,   2 0 1 4 ,   N A T   B O W   C A N C   S C R E E N ;   A u s t r a l i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   a n d   W e l f a r e ,   2 0 1 3 ,   P R O S T   C A N C   A U S T R ;   A u s t r a l i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   a n d   W e l f a r e ,   2 0 1 2 ,   A U S T R   H L T H   2 0 1 2 ;   B a n d u r a   A ,   1 9 9 8 ,   P S Y C H O L   H E A L T H ,   V 1 3 ,   P 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 8 8 7 0 4 4 9 8 0 8 4 0 7 4 2 2 ;   B o g g   T ,   2 0 0 4 ,   P S Y C H O L   B U L L ,   V 1 3 0 ,   P 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 0 0 3 3 - 2 9 0 9 - 1 3 0 . 6 . 8 8 7 ;   B o r l a n d   R . ,   2 0 1 4 ,   U N D E R S T A N D I N G   H A R D   M ;   B o r s   D A ,   2 0 0 6 ,   P E R S   I N D I V   D I F F E R ,   V 4 0 ,   P 8 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a i d . 2 0 0 5 . 0 9 . 0 0 7 ;   B r o w n   L J ,   2 0 1 5 ,   P E R S   I N D I V   D I F F E R ,   V 8 2 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a i d . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 9 ;   C A C I O P P O   J T ,   1 9 8 2 ,   J   P E R S   S O C   P S Y C H O L ,   V 4 2 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / / 0 0 2 2 - 3 5 1 4 . 4 2 . 1 . 1 1 6 ;   C a c i o p p o   J T ,   1 9 9 6 ,   P S Y C H O L   B U L L ,   V 1 1 9 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 0 0 3 3 - 2 9 0 9 . 1 1 9 . 2 . 1 9 7 ;   C a n c e r   C o u n c i l   A u s t r a l i a ,   2 0 1 6 ,   S C R E E N   P R O G R ;   C a n c e r   C o u n c i l   A u s t r a l i a ,   2 0 1 6 ,   P R O S T   C A N C   D E T ;   C h a n   E C Y ,   2 0 0 4 ,   A M   J   P U B L I C   H E A L T H ,   V 9 4 ,   P 1 3 3 6 ,   D O I   1 0 . 2 1 0 5 / A J P H . 9 4 . 8 . 1 3 3 6 ;   C o n n e r   M T ,   2 0 0 7 ,   P E R S   S O C   P S Y C H O L   B ,   V 3 3 ,   P 1 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 1 4 6 1 6 7 2 0 7 3 0 9 1 9 4 ;   C o v e y   J ,   2 0 1 4 ,   H E A L T H   P S Y C H O L ,   V 3 3 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / a 0 0 2 9 3 0 5 ;   C r o w e   J ,   2 0 1 5 ,   A U S T   J   P R I M   H E A L T H ,   V 2 1 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 1 / P Y 1 3 0 7 8 ;   d e   V r i e s   M ,   2 0 1 3 ,   P A T I E N T   E D U C   C O U N S ,   V 9 1 ,   P 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p e c . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 1 6 ;   D E M P S T E R   A P ,   1 9 7 7 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 3 9 ,   P 1 ;   D r a z e r   M W ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 9 ,   P 1 7 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 0 . 3 1 . 9 0 0 4 ;   D u n c a n   A ,   2 0 1 3 ,   T R I A L S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 5 - 6 2 1 5 - 1 4 - 2 3 9 ;   N a c c a r a t o   A M E P ,   2 0 1 1 ,   A G I N G   M A L E ,   V 1 4 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 3 6 8 5 5 3 8 . 2 0 1 0 . 5 2 2 2 7 7 ;   E p s t e i n   S ,   1 9 9 6 ,   J   P E R S   S O C   P S Y C H O L ,   V 7 1 ,   P 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 0 0 2 2 - 3 5 1 4 . 7 1 . 2 . 3 9 0 ;   E p s t e i n   S . ,   2 0 0 3 ,   H D B   P S Y C H O L ,   V 5 ,   P 1 5 9 ;   E v a n s   J S T ,   2 0 1 3 ,   P E R S P E C T   P S Y C H O L   S C I ,   V 8 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 7 4 5 6 9 1 6 1 2 4 6 0 6 8 5 ;   F L E T C H E R   G J O ,   1 9 8 6 ,   J   P E R S   S O C   P S Y C H O L ,   V 5 1 ,   P 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 0 0 2 2 - 3 5 1 4 . 5 1 . 4 . 8 7 5 ;   F r e d e r i k s e n   B L ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 1 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 9 6 2 ;   F r i e s e   M ,   2 0 1 1 ,   S E L F   I D E N T I T Y ,   V 1 0 ,   P 3 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 2 9 8 8 6 8 . 2 0 1 0 . 5 3 6 4 1 7 ;   F u r n h a m   A ,   2 0 1 3 ,   J   I N D I V I D   D I F F E R ,   V 3 4 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 7 / 1 6 1 4 - 0 0 0 1 / a 0 0 0 1 1 9 ;   G a l d a s   P M ,   2 0 0 5 ,   J   A D V   N U R S ,   V 4 9 ,   P 6 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 6 4 8 . 2 0 0 4 . 0 3 3 3 1 . x ;   G o l l e y   S ,   2 0 1 5 ,   P U B L I C   H E A L T H   N U T R ,   V 1 8 ,   P 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 3 6 8 9 8 0 0 1 4 0 0 0 6 5 2 ;   H e w i t s o n   P ,   2 0 0 7 ,   C O C H R A N E   D B   S Y S T   R E V ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 4 6 5 1 8 5 8 . C D 0 0 1 2 1 6 . p u b 2 ;   H o f m a n n   W . ,   2 0 0 8 ,   H L T H   P S Y C H O L   R E V ,   V 2 ,   P 1 1 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 7 4 3 7 1 9 0 8 0 2 6 1 7 6 6 8 ;   I l i c   D ,   2 0 1 3 ,   C O C H R A N E   D B   S Y S T   R E V ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 4 6 5 1 8 5 8 . C D 0 0 4 7 2 0 . p u b 3 ;   L i b e r a l i   J M ,   2 0 1 2 ,   J   B E H A V   D E C I S   M A K I N G ,   V 2 5 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b d m . 7 5 2 ;   L o   S H ,   2 0 1 6 ,   J   M E D   S C R E E N ,   V 2 3 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 9 1 4 1 3 1 5 5 9 9 0 1 5 ;   M e d i c a r e   A u s t r a l i a ,   2 0 1 5 ,   M E D   I T   R E P   M B S   6 6 6 5 5 ;   N a t i o n a l   H e a l t h   a n d   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   2 0 1 3 ,   P R O S T   S P E C   A N T   P S A   T ;   O S B E R G   T M ,   1 9 8 7 ,   J   P E R S   A S S E S S ,   V 5 1 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 7 / s 1 5 3 2 7 7 5 2 j p a 5 1 0 3 _ 1 1 ;   O s t e r   C ,   2 0 1 5 ,   P S Y C H O L   M E N   M A S C U L I N ,   V 1 6 ,   P 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / a 0 0 3 8 1 5 4 ;   P a c i n i   R ,   1 9 9 9 ,   J   P E R S   S O C   P S Y C H O L ,   V 7 6 ,   P 9 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 0 0 2 2 - 3 5 1 4 . 7 6 . 6 . 9 7 2 ;   P r o c h a s k a   J O ,   1 9 9 7 ,   A M   J   H E A L T H   P R O M O T ,   V 1 2 ,   P 3 8 ;   R a u s c h e r   G H ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 7 ,   P 7 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 7 - 2 6 2 9 ;   R O S E N S T O C K   I M ,   1 9 7 4 ,   H E A L T H   E D U C   Q U A R T ,   V 2 ,   P 3 2 8 ;   S h e e r a n   P ,   2 0 1 3 ,   H E A L T H   P S Y C H O L ,   V 3 2 ,   P 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / a 0 0 2 9 2 0 3 ;   S i n g h   S M ,   2 0 0 4 ,   C A N   M E D   A S S O C   J ,   V 1 7 1 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 3 / c m a j . 1 0 3 1 9 2 1 ;   S l a d e k   R M ,   2 0 0 8 ,   A M   J   I N F E C T   C O N T R O L ,   V 3 6 ,   P 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j i c . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 0 2 ;   S l a d e k   R M ,   2 0 1 0 ,   P E R S   I N D I V   D I F F E R ,   V 4 9 ,   P 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a i d . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 2 8 ;   S l e v i n   T J ,   1 9 9 9 ,   M E D   J   A U S T R A L I A ,   V 1 7 1 ,   P 1 8 5 ;   T a k a h a s h i   Y ,   2 0 1 3 ,   J   P E R S ,   V 8 1 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j o p y . 1 2 0 0 7 ;   T h o m a s   R ,   2 0 1 4 ,   B M J   O P E N ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j o p e n - 2 0 1 4 - 0 0 5 6 9 1 ;   T r e v e n a   J A ,   2 0 1 3 ,   A U S T   H E A L T H   R E V ,   V 3 7 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 1 / A H 1 3 0 9 2 ;   V i d r i n e   J I ,   2 0 0 7 ,   J   A P P L   S O C   P S Y C H O L ,   V 3 7 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 0 0 2 1 - 9 0 2 9 . 2 0 0 7 . 0 0 1 4 9 . x ;   v o n   S t u m m   S . ,   2 0 1 2 ,   J   A G I N G   R E S ,   V 2 0 1 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 9 4 9 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 9 4 9 8 3 7 ] ;   W i l l i a m s - P i e h o t a   P ,   2 0 0 3 ,   H E A L T H   C O M M U N ,   V 1 5 ,   P 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 7 / S 1 5 3 2 7 0 2 7 H C 1 5 0 4 _ 0 1 ;   Z a j a c   I T ,   2 0 1 6 ,   S O C   S C I   M E D ,   V 1 6 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s o c s c i m e d . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 3 6 	 6 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S A G E   P U B L I C A T I O N S   I N C 	 T H O U S A N D   O A K S 	 2 4 5 5   T E L L E R   R D ,   T H O U S A N D   O A K S ,   C A   9 1 3 2 0   U S A 	 1 5 5 7 - 9 8 8 3 	 1 5 5 7 - 9 8 9 1 	 	 A M   J   M E N S   H E A L T H 	 A m .   J .   M e n s   H e a l t h 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 1 	 2 	 	 	 	 	 3 1 8 	 3 2 9 	 	 1 0 . 1 1 7 7 / 1 5 5 7 9 8 8 3 1 6 6 8 0 9 1 3 	 	 1 2 	 P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h 	 P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h 	 E L 7 B K 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 7 7 5 9 0 0 0 1 5 	 2 7 9 2 3 9 6 6 	 
 
 J 	 B o l i s ,   M ;   G a r a t t i n i ,   E ;   P a r o n i ,   G ;   Z a n e t t i ,   A ;   K u r o s a k i ,   M ;   C a s t r i g n a n o ,   T ;   G a r a t t i n i ,   S K ;   B i a n c a r d i ,   F ;   B a r z a g o ,   M M ;   G i a n n i ,   M ;   T e r a o ,   M ;   P a t t i n i ,   L ;   F r a t e l l i ,   M 	 	 	 	 B o l i s ,   M . ;   G a r a t t i n i ,   E . ;   P a r o n i ,   G . ;   Z a n e t t i ,   A . ;   K u r o s a k i ,   M . ;   C a s t r i g n a n o ,   T . ;   G a r a t t i n i ,   S .   K . ;   B i a n c a r d i ,   F . ;   B a r z a g o ,   M .   M . ;   G i a n n i ,   M . ;   T e r a o ,   M . ;   P a t t i n i ,   L . ;   F r a t e l l i ,   M . 	 	 	 N e t w o r k - g u i d e d   m o d e l i n g   a l l o w s   t u m o r - t y p e   i n d e p e n d e n t   p r e d i c t i o n   o f   s e n s i t i v i t y   t o   a l l - t r a n s - r e t i n o i c   a c i d 	 A N N A L S   O F  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 B i o l   L a b ,   V i a   M a s a   1 9 ,   I - 2 0 1 5 6   M i l a n ,   I t a l y ;   [ B o l i s ,   M . ;   P a t t i n i ,   L . ]   P o l i t e c n   M i l a n ,   D e p t   E l e c t   I n f o r m a t   &   B i o e n g n ,   I - 2 0 1 3 3   M i l a n ,   I t a l y ;   [ C a s t r i g n a n o ,   T . ]   C I N E C A   C o n s o r z i o   I n t e r u n i v e r s i t a r i o   C a l c o l o   A u t o m ,   C o m p   C t r ,   R o m e ,   I t a l y ;   [ G a r a t t i n i ,   S .   K . ]   U n i v   H o s p ,   D e p t   M e d   O n c o l ,   U d i n e ,   I t a l y 	 G a r a t t i n i ,   E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I R C C S   I s t   R i c   F a r m a c o l o g i c h e   M a r i o   N e g r i ,   M o l   B i o l   L a b ,   V i a   M a s a   1 9 ,   I - 2 0 1 5 6   M i l a n ,   I t a l y . 	 e n r i c o . g a r a t t i n i @ m a r i o n e g r i . i t 	 	 	 A s s o c i a z i o n e   I t a l i a n a   p e r   l a   R i c e r c a   c o n t r o   i l   C a n c r o   ( A I R C )   [ 1 7 0 5 8 ] ;   F o n d a z i o n e   I t a l o   M o n z i n o 	 G r a n t s   f r o m   t h e   A s s o c i a z i o n e   I t a l i a n a   p e r   l a   R i c e r c a   c o n t r o   i l   C a n c r o   ( A I R C ;   G r a n t   N o .   1 7 0 5 8 )   a n d   t h e   F o n d a z i o n e   I t a l o   M o n z i n o   t o   E n r i c o   G a r a t t i n i   w e r e   f u n d a m e n t a l   f o r   t h e   c o m p l e t i o n   o f   t h i s   w o r k . 	 B a r n a   G ,   2 0 0 5 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 2 5 ,   P 4 1 7 9 ;   B a r r e t i n a   J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 3 ;   C e n t r i t t o   F ,   2 0 1 5 ,   E M B O   M O L   M E D ,   V 7 ,   P 9 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 5 2 / e m m m . 2 0 1 4 0 4 6 7 0 ;   C h a t t o p a d h y a y   C ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 2 ,   P 2 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 9 7 2 7 ;   G a r a t t i n i   E ,   2 0 0 7 ,   V I T A M   H O R M ,   V 7 5 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 8 3 - 6 7 2 9 ( 0 6 ) 7 5 0 1 2 - 9 ;   G a r a t t i n i   E ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   T R E A T   R E V ,   V 4 0 ,   P 7 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c t r v . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 0 1 ;   K a t a g i r i   Y ,   2 0 0 0 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 2 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 1 7 0 7 2 ;   L i u - C h i t t e n d e n   Y ,   2 0 1 6 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ;   L o - C o c o   F ,   2 0 1 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 9 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 3 0 0 8 7 4 ;   M a r g o l i n   A A ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - S 1 - S 7 ;   N a g y   Z ,   2 0 1 5 ,   A M   J   C A N C E R   R E S ,   V 5 ,   P 3 6 4 5 ;   N i i t s u   N ,   2 0 0 2 ,   L E U K E M I A   R E S ,   V 2 6 ,   P 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 5 - 2 1 2 6 ( 0 1 ) 0 0 2 0 2 - 8 ;   P a r o n i   G ,   2 0 1 2 ,   O N C O G E N E ,   V 3 1 ,   P 3 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 1 . 5 0 6 	 1 3 	 0 	 0 	 2 	 2 	 O X F O R D   U N I V   P R E S S 	 O X F O R D 	 G R E A T   C L A R E N D O N   S T ,   O X F O R D   O X 2   6 D P ,   E N G L A N D 	 0 9 2 3 - 7 5 3 4 	 1 5 6 9 - 8 0 4 1 	 	 A N N   O N C O L 	 A n n .   O n c o l . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 2 8 	 3 	 	 	 	 	 6 1 1 	 6 2 1 	 	 1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d w 6 6 0 	 	 1 1 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E P 3 R T 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 3 0 0 1 0 0 0 2 8 	 2 7 9 9 3 7 9 2 	 
 
 J 	 T a o ,   Y B ;   W a n g ,   L 	 	 	 	 T a o ,   Y e b i n ;   W a n g ,   L u 	 	 	 A d a p t i v e   C o n t r a s t   W e i g h t e d   L e a r n i n g   f o r   M u l t i - S t a g e   M u l t i - T r e a t m e n t   D e c i s i o n - M a k i n g 	 B I O M E T R I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B a c k w a r d   i n d u c t i o n ;   C a u s a l   i n f e r e n c e ;   C l a s s i f i c a t i o n ;   D y n a m i c   t r e a t m e n t   r e g i m e ;   P e r s o n a l i z e d   m e d i c i n e 	 D Y N A M I C   T R E A T M E N T   R E G I M E S ;   T R E A T M E N T   S T R A T E G I E S ;   T R E A T M E N T   R U L E S ;   C A N C E R ;   C H E M O R A D I O T H E R A P Y ;   N O N R E S P O N S E ;   R E G R E S S I O N ;   I N F E R E N C E ;   O U T C O M E S ;   M O D E L S 	 D y n a m i c   t r e a t m e n t   r e g i m e s   ( D T R s )   a r e   s e q u e n t i a l   d e c i s i o n   r u l e s   t h a t   f o c u s   s i m u l t a n e o u s l y  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 c a n   b e   s o l v e d   b y   e x i s t i n g   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e s .   T h e   a l g o r i t h m   i s   i m p l e m e n t e d   r e c u r s i v e l y   u s i n g   b a c k w a r d   i n d u c t i o n .   B y   c o m b i n i n g   d o u b l y   r o b u s t   s e m i p a r a m e t r i c   r e g r e s s i o n   e s t i m a t o r s   w i t h   m a c h i n e   l e a r n i n g   a l g o r i t h m s ,   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   i s   r o b u s t   a n d   e f f i c i e n t   f o r   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   t h e   o p t i m a l   D T R ,   a s   s h o w n   i n   t h e   s i m u l a t i o n   s t u d i e s .   W e   i l l u s t r a t e   o u r   m e t h o d   u s i n g   o b s e r v a t i o n a l   d a t a   o n   e s o p h a g e a l   c a n c e r . 	 [ T a o ,   Y e b i n ;   W a n g ,   L u ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   B i o s t a t ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A 	 T a o ,   Y B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   B i o s t a t ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A . 	 y e b i n t a o @ u m i c h . e d u ;   l u w a n g @ u m i c h . e d u 	 	 	 	 	 B a t h e r   J . ,   2 0 0 0 ,   D E C I S I O N   T H E O R Y   I N T R ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L . ,   1 9 8 4 ,   C L A S S I F I C A T I O N   R E G R E ;   B y r d   D .   R . ,   2 0 1 0 ,   A J C C   C A N C   S T A G I N G   M A ,   V 6 4 9 ;   C h a k r a b o r t y   B ,   2 0 1 3 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 9 ,   P 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b i o m . 1 2 0 5 2 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   G o l d b e r g   Y ,   2 0 1 2 ,   A N N   S T A T ,   V 4 0 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 2 - A O S 9 6 8 ;   H a d d a d   R ,   2 0 1 3 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 4 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 3 ) 7 0 0 1 1 - 1 ;   H e r n a n   M A ,   2 0 0 1 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 6 ,   P 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 1 7 5 3 1 6 8 1 5 4 ;   H u a n g   X L ,   2 0 1 5 ,   S T A T   M E D ,   V 3 4 ,   P 3 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 6 5 5 8 ;   J i n   J ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 0 ,   P 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 3 3 ;   L l o y d   S h a n e ,   2 0 1 4 ,   J   G a s t r o i n t e s t   O n c o l ,   V 5 ,   P 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 0 7 8 - 6 8 9 1 . 2 0 1 4 . 0 3 3 ;   M e n a r d   S ,   2 0 0 2 ,   A P P L   L O G I S T I C   R E G R E S ;   M o o d i e   E E M ,   2 0 1 2 ,   C A N   J   S T A T ,   V 4 0 ,   P 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c j s . 1 1 1 6 2 ;   M u r p h y   S A ,   2 0 0 5 ,   S T A T   M E D ,   V 2 4 ,   P 1 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 2 0 2 2 ;   M u r p h y   S A ,   2 0 0 3 ,   J   R   S T A T   S O C   B ,   V 6 5 ,   P 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 0 0 3 8 9 ;   R a g h u n a t h a n   T .   E . ,   2 0 0 2 ,   I V E W A R E   I M P U T A T I O N   V ;   R O B I N S   J ,   1 9 8 6 ,   M A T H   M O D E L L I N G ,   V 7 ,   P 1 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 2 7 0 - 0 2 5 5 ( 8 6 ) 9 0 0 8 8 - 6 ;   R o b i n s   J M ,   2 0 0 9 ,   C H   C R C   H A N D B   M O D   S T A ,   P 5 5 3 ;   R o b i n s   J M ,   2 0 0 4 ,   L E C T   N O T E S   S T A T ,   V 1 7 9 ,   P 1 8 9 ;   R O B I N S   J M ,   1 9 9 4 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 8 9 ,   P 8 4 6 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 9 0 9 1 0 ;   R o b i n s   J M ,   1 9 9 7 ,   L E C T   N O T E S   S T A T ,   P 6 9 ;   R O B I N S   J . M . ,   1 9 8 9 ,   H L T H   S E R V I C E   R E S   M E T ,   V 1 1 3 ,   P 1 5 9 ;   R o b i n s   J M ,   2 0 0 0 ,   S T A T   M O D E L S   E P I D E M I O ,   P 9 5 ;   R o t n i t z k y   A ,   1 9 9 8 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 3 ,   P 1 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 6 7 0 0 4 9 ;   S c h a r f s t e i n   D O ,   1 9 9 9 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 4 ,   P 1 0 9 6 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 6 6 9 9 2 3 ;   S c h u l t e   P J ,   2 0 1 4 ,   S T A T   S C I ,   V 2 9 ,   P 6 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 3 - S T S 4 5 0 ;   S u t t o n   R i c h a r d   S ,   1 9 9 8 ,   R E I N F O R C E M E N T   L E A R N I ;   T h a l l   P F ,   2 0 0 7 ,   S T A T   M E D ,   V 2 6 ,   P 4 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 2 8 9 4 ;   v a n   d e r   L a a n   M .   J . ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   B I O S T A T ,   V 2 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 2 0 2 / 1 5 5 7 - 4 6 7 9 . 1 0 4 3 ;   W a g n e r   E H ,   2 0 0 1 ,   H E A L T H   A F F A I R ,   V 2 0 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 7 / h l t h a f f . 2 0 . 6 . 6 4 ;   W a n g   F ,   2 0 1 6 ,   B I O M E T R I C S ,   V 7 2 ,   P 1 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b i o m . 1 2 4 9 6 ;   W a n g   L ,   2 0 1 2 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 7 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 1 . 6 4 1 4 1 6 ;   W A T K I N S   C J C H ,   1 9 9 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 8 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 9 9 2 6 9 8 ;   Z h a n g   B a q u n ,   2 0 1 2 ,   S t a t ,   V 1 ,   P 1 0 3 ;   Z h a o   Y Q ,   2 0 1 5 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 1 0 ,   P 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 4 . 9 3 7 4 8 8 ;   Z h a o   Y Q ,   2 0 1 2 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 7 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 2 . 6 9 5 6 7 4 ;   Z h o u   X . ,   2 0 1 5 ,   J   A M   S T A T   A S S ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 5 . 1 0 9 3 9 4 7 	 3 8 	 0 	 0 	 0 	 0 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 0 0 6 - 3 4 1 X 	 1 5 4 1 - 0 4 2 0 	 	 B I O M E T R I C S 	 B i o m e t r i c s 	 M A R 	 2 0 1 7 	 7 3 	 1 	 	 	 	 	 1 4 5 	 1 5 5 	 	 1 0 . 1 1 1 1 / b i o m . 1 2 5 3 9 	 	 1 1 	 B i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M a t h e m a t i c s 	 E Q 1 U U 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 8 5 5 9 0 0 0 1 4 	 2 7 2 1 3 9 1 3 	 
 
 J 	 O h a r a ,   K ;   A r a i ,   E ;   T a k a h a s h i ,   Y ;   I t o ,   N ;   S h i b u y a ,   A ;   T s u t a ,   K ;   K u s h i m a ,   R ;   T s u d a ,   H ;   O j i m a ,   H ;   F u j i m o t o ,   H ;   W a t a n a b e ,   S ;   K a t a i ,   H ;   K i n o s h i t a ,   T ;   S h i b a t a ,   T ;   K o h n o ,   T ;   K a n a i ,   Y 	 	 	 	 O h a r a ,   K e n t a r o ;   A r a i ,   E r i ;   T a k a h a s h i ,   Y o r i k o ;   I t o ,   N a n a k o ;   S h i b u y a ,   A y a k o ;   T s u t a ,   K o j i ;   K u s h i m a ,   R y o j i ;   T s u d a ,   H i t o s h i ;   O j i m a ,   H i d e n o r i ;   F u j i m o t o ,   H i r o y u k i ;   W a t a n a b e ,   S h u n - i c h i ;   K a t a i ,   H i t o s h i ;   K i n o s h i t a ,   T a k a y u k i ;   S h i b a t a ,   T a t s u h i r o ;   K o h n o ,   T a k a s h i ;   K a n a i ,   Y a e 	 	 	 G e n e s   i n v o l v e d   i n   d e v e l o p m e n t   a n d   d i f f e r e n t i a t i o n   a r e  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 D N A   m e t h y l a t i o n   a l t e r a t i o n s   d u r i n g   c a r c i n o g e n e s i s   i n   m u l t i p l e   o r g a n s . 	 [ O h a r a ,   K e n t a r o ;   A r a i ,   E r i ;   I t o ,   N a n a k o ;   K a n a i ,   Y a e ]   K e i o   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   P a t h o l ,   T o k y o   1 6 0 8 5 8 2 ,   J a p a n ;   [ A r a i ,   E r i ;   S h i b u y a ,   A y a k o ;   O j i m a ,   H i d e n o r i ;   K a n a i ,   Y a e ]   N a t l   C a n c   C t r ,   R e s   I n s t ,   D i v   M o l   P a t h o l ,   T o k y o   1 0 4 0 0 4 5 ,   J a p a n ;   [ T a k a h a s h i ,   Y o r i k o ]   M i t s u i   K n o w l e d g e   I n d   C o   L t d ,   S o l u t   C t r ,   B i o m e d   D e p t ,   T o k y o   1 0 5 6 2 1 5 ,   J a p a n ;   [ T s u t a ,   K o j i ;   K u s h i m a ,   R y o j i ;   T s u d a ,   H i t o s h i ]   N a t l   C a n c   C t r ,   D i v   P a t h o l ,   D e p t   P a t h o l   &   C l i n   L a b s ,   T o k y o   1 0 4 0 0 4 5 ,   J a p a n ;   [ T s u d a ,   H i t o s h i ]   N a t l   D e f   M e d   C o l l ,   D e p t   B a s i c   P a t h o l ,   S a i t a m a   3 5 9 0 0 4 2 ,   J a p a n ;   [ F u j i m o t o ,   H i r o y u k i ]   N a t l   C a n c   C t r ,   D e p t   U r o l ,   T o k y o   1 0 4 0 0 4 5 ,   J a p a n ;   [ W a t a n a b e ,   S h u n - i c h i ]   N a t l   C a n c   C t r ,   D e p t   T h o r a c   S u r g ,   T o k y o   1 0 4 0 0 4 5 ,   J a p a n ;   [ K a t a i ,   H i t o s h i ]   N a t l   C a n c   C t r ,   D e p t   G a s t r   S u r g ,   T o k y o   1 0 4 0 0 4 5 ,   J a p a n ;   [ K i n o s h i t a ,   T a k a y u k i ]   N a t l   C a n c   C t r ,   D e p t   B r e a s t   S u r g ,   T o k y o   1 0 4 0 0 4 5 ,   J a p a n ;   [ S h i b a t a ,   T a t s u h i r o ]   N a t l   C a n c   C t r ,   R e s   I n s t ,   D i v   C a n c   G e n o m ,   T o k y o   1 0 4 0 0 4 5 ,   J a p a n ;   [ S h i b a t a ,   T a t s u h i r o ]   U n i v   T o k y o ,   I n s t   M e d   S c i ,   C t r   H u m a n   G e n o m e ,   L a b   M o l   M e d ,   T o k y o   1 0 8 0 0 7 1 ,   J a p a n ;   [ K o h n o ,   T a k a s h i ]   N a t l   C a n c   C t r ,   R e s   I n s t ,   D i v   G e n o m e   B i o l ,   T o k y o   1 0 4 0 0 4 5 ,   J a p a n 	 A r a i ,   E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K e i o   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   P a t h o l ,   T o k y o   1 6 0 8 5 8 2 ,   J a p a n . ;   A r a i ,   E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   C a n c   C t r ,   R e s   I n s t ,   D i v   M o l   P a t h o l ,   T o k y o   1 0 4 0 0 4 5 ,   J a p a n . 	 e a r a i @ k e i o . j p 	 	 	 P r o m o t i o n   o f   F u n d a m e n t a l   S t u d i e s   i n   H e a l t h   S c i e n c e s   ( 1 0 - 4 2 )   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   B i o m e d i c a l   I n n o v a t i o n   ( N i B i o ) ;   A d v a n c e d   R e s e a r c h   &   D e v e l o p m e n t   P r o g r a m s   f o r   M e d i c a l   I n n o v a t i o n   ( A M E D - C R E S T )   [ 1 5 g m 0 5 1 0 0 0 3 h 0 4 0 5 ] ;   E m e r g i n g /   R e - e m e r g i n g   I n f e c t i o u s   D i s e a s e s   P r o j e c t   o f   J a p a n   [ 1 5 f k 0 2 1 0 0 3 4 h 0 0 0 1 ] ;   J a p a n   A g e n c y   f o r   M e d i c a l   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   ( A M E D )   [ 1 5 c k 0 1 0 6 0 2 3 h 0 0 0 2 ] ;   J a p a n   S o c i e t y   f o r   t h e   P r o m o t i o n   o f   S c i e n c e   ( J S P S )   [ 1 6 K 0 8 7 2 0 ] ;   N a t i o n a l   C a n c e r   C e n t e r   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   [ 2 6 - A - 1 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   P r o g r a m   f o r   P r o m o t i o n   o f   F u n d a m e n t a l   S t u d i e s   i n   H e a l t h   S c i e n c e s   ( 1 0 - 4 2 )   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   B i o m e d i c a l   I n n o v a t i o n   ( N i B i o )   a n d   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   A d v a n c e d   R e s e a r c h   &   D e v e l o p m e n t   P r o g r a m s   f o r   M e d i c a l   I n n o v a t i o n   ( A M E D - C R E S T ,   1 5 g m 0 5 1 0 0 0 3 h 0 4 0 5 ) ,   E m e r g i n g /   R e - e m e r g i n g   I n f e c t i o u s   D i s e a s e s   P r o j e c t   o f   J a p a n   ( 1 5 f k 0 2 1 0 0 3 4 h 0 0 0 1 )   a n d   P r a c t i c a l   R e s e a r c h   f o r   I n n o v a t i v e   C a n c e r   C o n t r o l   ( 1 5 c k 0 1 0 6 0 2 3 h 0 0 0 2 )   f r o m   t h e   J a p a n   A g e n c y   f o r   M e d i c a l   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   ( A M E D )   a n d   G r a n t s - i n - A i d   f o r   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   ( C )   ( 1 6 K 0 8 7 2 0 )   f r o m   t h e   J a p a n   S o c i e t y   f o r   t h e   P r o m o t i o n   o f   S c i e n c e   ( J S P S ) .   T h e   N a t i o n a l   C a n c e r   C e n t e r   B i o b a n k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   C e n t e r   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   F u n d   ( 2 6 - A - 1 ) . 	 A h u j a   N ,   2 0 1 6 ,   A N N U   R E V   M E D ,   V 6 7 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - m e d - 1 1 1 3 1 4 - 0 3 5 9 0 0 ;   A r a i   E ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 5 ,   P 1 3 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 7 6 8 ;   A r a i   E ,   2 0 1 2 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 3 ,   P 1 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g s 1 7 7 ;   A r a i   E ,   2 0 1 0 ,   E P I G E N O M I C S - U K ,   V 2 ,   P 4 6 7 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / e p i . 1 0 . 1 6 ,   1 0 . 2 2 1 7 / E P I . 1 0 . 1 6 ] ;   A r a i   E ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 5 ,   P 2 8 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 7 0 8 ;   A r a i   E ,   2 0 0 9 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 0 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g n 2 6 8 ;   B a y l i n   S B ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 7 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 1 3 0 ;   B e r n s t e i n   B E ,   2 0 0 6 ,   C E L L ,   V 1 2 5 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 4 1 ;   B i b i k o v a   M ,   2 0 0 9 ,   E P I G E N O M I C S - U K ,   V 1 ,   P 1 7 7 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / e p i . 0 9 . 1 4 ,   1 0 . 2 2 1 7 / E P I . 0 9 . 1 4 ] ;   B r o c k s   D ,   2 0 1 4 ,   C E L L   R E P ,   V 8 ,   P 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 5 3 ;   C o l b y   T . V . ,   2 0 1 1 ,   A D E N O C A R C I N O M A   W H O   C ;   E b l e   J . N . ,   2 0 0 4 ,   R E N A L   C E L L   C A R C I N O M A ;   E l l i s   I . O . ,   2 0 1 1 ,   W H O   C L A S S I F I C A T I O N   T ;   F l e j o u   J .   F . ,   2 0 0 9 ,   G A S T R I C   C A R C I N O M A   W H ;   G o r d o n   D F ,   1 9 9 6 ,   D N A   C E L L   B I O L ,   V 1 5 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / d n a . 1 9 9 6 . 1 5 . 5 3 1 ;   G r o s s   A M ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 2 6 1 8 ;   H i r o h a s h i   S . ,   2 0 0 9 ,   H E P A T O C E L L U L A R   C A R C I ;   H u e t h e r   R ,   2 0 1 4 ,   N A T   C O M M U N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 4 6 3 0 ;   I r i z a r r y   R A ,   2 0 0 9 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 1 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 9 8 ;   K a n a i   Y ,   2 0 1 4 ,   F R O N T   G E N E T ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 4 . 0 0 0 2 4 ;   K a n a i   Y ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 1 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 0 9 . 0 1 3 8 3 . x ;   K l e b a n e r   D ,   2 0 1 6 ,   C L I N   E P I G E N E T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 1 4 8 - 0 1 6 - 0 1 8 9 - 2 ;   K u   M ,   2 0 0 8 ,   P L O S   G E N E T ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 0 2 4 2 ;   L e e   J J ,   2 0 1 5 ,   C L I N   E P I G E N E T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 1 4 8 - 0 1 5 - 0 0 9 1 - 3 ;   L e e   J H ,   2 0 1 4 ,   J   N A N O M A T E R ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 5 6 7 8 2 7 ;   L i   J ,   2 0 1 6 ,   N E O P L A S M A ,   V 6 3 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 4 1 4 9 / 2 0 5 _ 1 5 0 6 0 1 N 3 0 6 ;   M a t a n o   M ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E D ,   V 2 1 ,   P 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 8 0 2 ;   M a u r y a   S K ,   2 0 1 2 ,   S U R G   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s u r o n c . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 3 ;   N a g a s h i o   R ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 9 ,   P 1 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 6 0 6 1 ;   N o u s h m e h r   H ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 7 ,   P 5 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 1 7 ;   O h m   J E ,   2 0 0 7 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 9 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 9 7 2 ;   O n a t   O E ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   H U M   G E N E T ,   V 2 1 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j h g . 2 0 1 2 . 1 7 0 ;   P a n   G J ,   2 0 0 7 ,   C E L L   S T E M   C E L L ,   V 1 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e m . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 0 3 ;   P l a n e l l o   A C ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 1 5 7 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 7 5 1 3 ;   P l a s s   C ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 4 ,   P 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 5 5 4 ;   R a k y a n   V K ,   2 0 0 8 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 8 ,   P 1 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 0 7 7 4 7 9 . 1 0 8 ;   S a n c h e z - V e g a   F ,   2 0 1 5 ,   E P I G E N E T   C H R O M A T I N ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 7 2 - 0 1 5 - 0 0 0 7 - 7 ;   S a t o   T ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 5 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 6 8 4 ;   S a t o   T ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 9 4 4 4 ;   S a w a n   C ,   2 0 0 8 ,   M U T A T   R E S - F U N D   M O L   M ,   V 6 4 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r f m m m . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 0 2 ;   S e l a m a t   S A ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 2 6 6 2 . 1 1 1 ;   S o b i n   L H ,   2 0 1 0 ,   I N T   U N I O N   C A N C   U I C C ;   S o t o   J ,   2 0 1 6 ,   T R A N S L   R E S ,   V 1 6 9 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r s l . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 0 3 ;   T e s c h e n d o r f f   A E ,   2 0 1 6 ,   N A T   C O M M U N ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 0 4 7 8 ;   T i a n   Y ,   2 0 1 4 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 4 - 7 7 2 ;   U z   E ,   2 0 1 0 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 6 ,   P 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 0 2 ;   Y a m a n o i   K ,   2 0 1 5 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 6 ,   P 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g v 0 1 3 ;   Y o u   J S ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 2 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 0 8 ;   Y u a n   H ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 1 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 2 3 7 7 ;   Z h a o   X D ,   2 0 0 7 ,   C E L L   S T E M   C E L L ,   V 1 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e m . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 0 4 	 5 0 	 0 	 0 	 2 	 2 	 O X F O R D   U N I V   P R E S S 	 O X F O R D 	 G R E A T   C L A R E N D O N   S T ,   O X F O R D   O X 2   6 D P ,   E N G L A N D 	 0 1 4 3 - 3 3 3 4 	 1 4 6 0 - 2 1 8 0 	 	 C A R C I N O G E N E S I S 	 C a r c i n o g e n e s i s 	 M A R 	 2 0 1 7 	 3 8 	 3 	 	 	 	 	 2 4 1 	 2 5 1 	 	 1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g w 2 0 9 	 	 1 1 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E Q 4 N F 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 0 5 3 9 0 0 0 0 2 	 2 8 0 6 9 6 9 2 	 
 
 J 	 K u r a m o t o ,   J ;   A r a i ,   E ;   T i a n ,   Y ;   F u n a h a s h i ,   N ;   H i r a m o t o ,   M ;   N a m m o ,   T ;   N o z a k i ,   Y ;   T a k a h a s h i ,   Y ;   I t o ,   N ;   S h i b u y a ,   A ;   O j i m a ,   H ;   S u k e d a ,   A ;   S e k i ,   Y ;   K a s a m a ,   K ;   Y a s u d a ,   K ;   K a n a i ,   Y 	 	 	 	 K u r a m o t o ,   J u n k o ;   A r a i ,   E r i ;   T i a n ,   Y i n g ;   F u n a h a s h i ,   N o b u a k i ;   H i r a m o t o ,   M a s a k i ;   N a m m o ,   T a k a o ;   N o z a k i ,   Y u i c h i ;   T a k a h a s h i ,   Y o r i k o ;   I t o ,   N a n a k o ;   S h i b u y a ,   A y a k o ;   O j i m a ,   H i d e n o r i ;   S u k e d a ,   A o i ;   S e k i ,   Y o s u k e ;   K a s a m a ,   K a z u n o r i ;   Y a s u d a ,   K a z u k i ;   K a n a i ,   Y a e 	 	 	 G e n o m e - w i d e   D N A   m e t h y l a t i o n   a n a l y s i s   d u r i n g   n o n - a l c o h o l i c  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 N a t l   C a n c   C t r ,   R e s   I n s t ,   D i v   M o l   P a t h o l ,   T o k y o   1 0 4 0 0 4 5 ,   J a p a n . 	 y k a n a i @ k e i o . j p 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   B i o m e d i c a l   I n n o v a t i o n   ( N i B i o ) ;   J a p a n   A g e n c y   f o r   M e d i c a l   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   ( A M E D )   [ 1 5 f k 0 2 1 0 0 3 4 h 0 0 0 1 ] ;   K A K E N H I   J a p a n   S o c i e t y   f o r   t h e   P r o m o t i o n   o f   S c i e n c e   [ J P 1 6 7 4 4 8 7 9 ] ;   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   G l o b a l   H e a l t h   a n d   M e d i c i n e   [ 2 5 D 1 0 2 ] ;   N a t i o n a l   C a n c e r   C e n t e r   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   [ 2 6 - A - 1 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   P r o g r a m   f o r   P r o m o t i o n   o f   F u n d a m e n t a l   S t u d i e s   i n   H e a l t h   S c i e n c e s   ( 1 0 - 4 2 )   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   B i o m e d i c a l   I n n o v a t i o n   ( N i B i o ) ,   t h e   R e s e a r c h   P r o g r a m   o n   H e p a t i t i s   ( 1 5 f k 0 2 1 0 0 3 4 h 0 0 0 1 )   f r o m   t h e   J a p a n   A g e n c y   f o r   M e d i c a l   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   ( A M E D ) ,   K A K E N H I   ( J P 1 6 7 4 4 8 7 9 )   f r o m   t h e   J a p a n   S o c i e t y   f o r   t h e   P r o m o t i o n   o f   S c i e n c e ,   a n d   a   G r a n t   ( 2 5 D 1 0 2 )   f r o m   t h e   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   G l o b a l   H e a l t h   a n d   M e d i c i n e .   T h e   N a t i o n a l   C a n c e r   C e n t e r   B i o b a n k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   C e n t e r   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   F u n d   ( 2 6 - A - 1 ) . 	 A k o b e n g   A K ,   2 0 0 7 ,   A C T A   P A E D I A T R ,   V 9 6 ,   P 6 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 5 1 - 2 2 2 7 . 2 0 0 6 . 0 0 1 7 8 . x ;   A r a i   E ,   2 0 1 0 ,   E P I G E N O M I C S - U K ,   V 2 ,   P 4 6 7 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / e p i . 1 0 . 1 6 ,   1 0 . 2 2 1 7 / E P I . 1 0 . 1 6 ] ;   A r a i   E ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 5 ,   P 2 8 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 7 0 8 ;   A s r i h   M ,   2 0 1 5 ,   M O L   C E L L   E N D O C R I N O L ,   V 4 1 8 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m c e . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 1 8 ;   B a y l i n   S B ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 7 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 1 3 0 ;   B i b i k o v a   M ,   2 0 0 9 ,   E P I G E N O M I C S - U K ,   V 1 ,   P 1 7 7 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / e p i . 0 9 . 1 4 ,   1 0 . 2 2 1 7 / E P I . 0 9 . 1 4 ] ;   B r u n t   E M ,   1 9 9 9 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 9 4 ,   P 2 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 7 2 - 0 2 4 1 . 1 9 9 9 . 0 1 3 7 7 . x ;   C h e n   Y A ,   2 0 1 3 ,   E P I G E N E T I C S - U S ,   V 8 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / e p i . 2 3 4 7 0 ;   C h e s i   M ,   1 9 9 8 ,   B L O O D ,   V 9 2 ,   P 3 0 2 5 ;   F a n   J e r o m e ,   2 0 0 6 ,   C J E M ,   V 8 ,   P 1 9 ;   H a l a d y n a   J N ,   2 0 1 5 ,   E P I G E N O M I C S - U K ,   V 7 ,   P 3 0 1 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / e p i . 1 4 . 8 8 ,   1 0 . 2 2 1 7 / E P I . 1 4 . 8 8 ] ;   H i r o h a s h i   S . ,   2 0 0 9 ,   W H O   C L A S S I F I C A T I O N   T ;   K a n a i   Y ,   1 9 9 6 ,   J P N   J   C A N C E R   R E S ,   V 8 7 ,   P 1 2 1 0 ;   K a n a i   Y ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 1 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 0 9 . 0 1 3 8 3 . x ;   K e a t i n g   S T ,   2 0 1 5 ,   C I R C   R E S ,   V 1 1 6 ,   P 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C R E S A H A . 1 1 6 . 3 0 3 9 3 6 ;   K l e b a n e r   D ,   2 0 1 6 ,   C L I N   E P I G E N E T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 1 4 8 - 0 1 6 - 0 1 8 9 - 2 ;   K l e i n e r   D E ,   2 0 0 5 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 4 1 ,   P 1 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 0 7 0 1 ;   l v e s - G u e r r a   M .   C . ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 7 ,   P 8 6 9 0 ;   M c E l h i n n y   A S ,   2 0 0 8 ,   O N C O G E N E ,   V 2 7 ,   P 5 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 0 8 . 2 2 8 ;   N a g a s h i o   R ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 9 ,   P 1 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 6 0 6 1 ;   N i s h i y a m a   N ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 1 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 0 9 . 0 1 3 3 0 . x ;   O n i s h i   H ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 7 1 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 1 2 ;   P l a n e l l o   A C ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 1 5 7 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 7 5 1 3 ;   P r i c e   E M ,   2 0 1 3 ,   E P I G E N E T   C H R O M A T I N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 6 - 8 9 3 5 - 6 - 4 ;   S a l o u r a   V ,   2 0 1 5 ,   M O L   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 4 1 - 7 7 8 6 . M C R - 1 4 - 0 2 9 2 - T ;   S a t o   T . ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ;   S a t o   T ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 5 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 6 8 4 ;   S c h m i d t   L S ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   U R O L ,   V 1 2 ,   P 5 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r u r o l . 2 0 1 5 . 2 0 6 ;   S e k i   Y ,   2 0 1 6 ,   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 5 1 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 3 5 - 0 1 5 - 1 1 1 4 - 8 ;   S o b i n   L .   H . ,   2 0 1 0 ,   L I V E R   H E P A T O C E L L U L A R ;   T i a n   Y ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 4 8 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 3 7 8 6 ;   T o y o k a w a   G ,   2 0 1 1 ,   N E O P L A S I A ,   V 1 3 ,   P 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / n e o . 1 1 0 4 8 ;   U t s u n o m i y a   T ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 5 ,   P 7 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c a s . 1 2 4 3 1 ;   X i e   X D ,   2 0 0 7 ,   M O L   C E L L   B I O C H E M ,   V 3 0 1 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 1 0 - 0 0 6 - 9 4 0 2 - 5 ;   Y a f u n e   A ,   2 0 1 3 ,   T O X I C O L   L E T T ,   V 2 2 2 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t o x l e t . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 6 ;   Y a m a n o i   K ,   2 0 1 5 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 6 ,   P 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g v 0 1 3 ;   Y o u   J S ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 2 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 0 8 ;   Z h a n g   Y . ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 2 5 8 2 	 3 8 	 0 	 0 	 1 	 1 	 O X F O R D   U N I V   P R E S S 	 O X F O R D 	 G R E A T   C L A R E N D O N   S T ,   O X F O R D   O X 2   6 D P ,   E N G L A N D 	 0 1 4 3 - 3 3 3 4 	 1 4 6 0 - 2 1 8 0 	 	 C A R C I N O G E N E S I S 	 C a r c i n o g e n e s i s 	 M A R 	 2 0 1 7 	 3 8 	 3 	 	 	 	 	 2 6 1 	 2 7 0 	 	 1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g x 0 0 5 	 	 1 0 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E Q 4 N F 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 0 5 3 9 0 0 0 0 4 	 2 8 4 2 6 8 7 6 	 
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 B o a s ,   F .   E d w a r d ;   P e t r e ,   E l e n a   N a d i a ;   B r o w n ,   K a r e n   T . ;   S o l o m o n ,   S t e p h e n   B . ;   E r i n j e r i ,   J o s e p h   P . ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   I n t e r v e n t   R a d i o l   S e r v ,   D e p t   R a d i o l ,   H o w a r d   1 1 8 , 1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 6 5   U S A ;   [ S o l i t ,   D a v i d ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   H u m a n   O n c o l   &   P a t h o g e n e s i s   P r o g r a m ,   G e n i t o u r i n a r y   O n c o l   S e r v ,   D e p t   M e d ,   H o w a r d   1 1 8 , 1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 6 5   U S A ;   [ R e i d y ,   D i a n e ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   D i v   S o l i d   T u m o r   O n c o l ,   D e p t   M e d ,   H o w a r d   1 1 8 , 1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 6 5   U S A 	 Z i v ,   E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   I n t e r v e n t   R a d i o l   S e r v ,   D e p t   R a d i o l ,   H o w a r d   1 1 8 , 1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 6 5   U S A . 	 e t a y . z i v @ g m a i l . c o m 	 	 	 S o c i e t y   o f   I n t e r v e n t i o n a l   R a d i o l o g y   P i l o t   G r a n t 	 T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   f u n d e d   b y   a   S o c i e t y   o f   I n t e r v e n t i o n a l   R a d i o l o g y   P i l o t   G r a n t . 	 A l t m a n   B J ,   2 0 1 2 ,   C S H   P E R S P E C T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / c s h p e r s p e c t . a 0 0 8 7 6 3 ;   A r t i n y a n   A ,   2 0 0 8 ,   H P B ,   V 1 0 ,   P 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 3 6 5 1 8 2 0 8 0 2 3 5 6 5 6 4 ;   B o y a u l t   S ,   2 0 0 7 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 4 5 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 1 4 6 7 ;   B r o w n   K T ,   2 0 1 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 4 ,   P 2 0 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 5 . 6 4 . 0 8 2 1 ;   C a o   Y A ,   2 0 0 9 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 9 ,   P 5 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 0 0 3 3 5 - 0 9 ;   C h a n g   M T ,   2 0 1 6 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 4 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 3 3 9 1 ;   C h e n   G ,   2 0 0 8 ,   M O L   C A N C E R   R E S ,   V 6 ,   P 1 8 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 4 1 - 7 7 8 6 . M C R - 0 7 - 2 2 0 6 ;   C h e n   Y ,   2 0 0 7 ,   J   C E L L   B I O C H E M ,   V 1 0 0 ,   P 1 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c b . 2 1 1 9 4 ;   C h e n g   D T ,   2 0 1 5 ,   J   M O L   D I A G N ,   V 1 7 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m o l d x . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 6 ;   C o v e y   A M ,   2 0 0 6 ,   J   V A S C   I N T E R V   R A D I O L ,   V 1 7 ,   P 1 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . R V I . 0 0 0 0 2 2 3 7 1 4 . 1 4 0 7 3 . 4 4 ;   D e l v a   E ,   2 0 0 9 ,   T R A F F I C ,   V 1 0 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 5 4 . 2 0 0 8 . 0 0 8 6 2 . x ;   E a s w a r a n   V ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 3 ,   P 3 1 4 5 ;   E j a e i d i   A A ,   2 0 1 5 ,   E X P   M O L   P A T H O L ,   V 9 9 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x m p . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 2 ;   G a b a   R C ,   2 0 1 5 ,   J   V A S C   I N T E R V   R A D I O L ,   V 2 6 ,   P 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j v i r . 2 0 1 4 . 1 2 . 6 1 0 ;   G a o   J J ,   2 0 1 3 ,   S C I   S I G N A L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i s i g n a l . 2 0 0 4 0 8 8 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 9 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   J i a o   Y C ,   2 0 1 1 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 1 ,   P 1 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 0 0 6 0 9 ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   K a h n   M ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 3 ,   P 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 4 2 3 3 ;   K w a n   S W ,   2 0 1 2 ,   L I V E R   T R A N S P L A N T ,   V 1 8 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / l t . 2 3 4 1 3 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 0 5 ,   P 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 9 1 2 ;   L i   X ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   M E D - U S ,   V 5 ,   P 1 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c a m 4 . 7 0 4 ;   L i n d s e y   S t e p h a n ,   2 0 1 4 ,   F r o n t   O n c o l ,   V 4 ,   P 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f o n c . 2 0 1 4 . 0 0 3 5 8 ;   L l o v e t   J M ,   2 0 0 3 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 3 7 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j h e p . 2 0 0 3 . 5 0 0 4 7 ;   L l o v e t   J M ,   2 0 0 2 ,   L A N C E T ,   V 3 5 9 ,   P 1 7 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 2 ) 0 8 6 4 9 - X ;   L y o n s - W e i l e r   J a m e s ,   2 0 0 5 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 1 ,   P 5 3 ;   M i n g   M ,   2 0 1 2 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 7 ,   P 2 2 6 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 1 2 . 3 4 2 0 8 9 ;   M o t t i s   A ,   2 0 1 3 ,   G E N E   D E V ,   V 2 7 ,   P 8 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 2 1 4 0 2 3 . 1 1 3 ;   P a p a c o n s t a n t i n o u   M ,   2 0 0 5 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 5 ,   P 9 9 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 2 5 . 2 2 . 9 9 6 0 - 9 9 7 2 . 2 0 0 5 ;   P a t e   K T ,   2 0 1 4 ,   E M B O   J ,   V 3 3 ,   P 1 4 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 5 2 / e m b j . 2 0 1 4 8 8 5 9 8 ;   R i a z   A ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 5 7 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 3 . 1 2 8 2 ;   S c a r t o z z i   M ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 2 6 5 3 ;   S o n g   L N ,   2 0 0 8 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 3 ,   P 2 5 9 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 8 0 0 3 2 5 2 0 0 ;   W a n g   X H ,   2 0 0 9 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 8 ,   P 1 5 6 7 ;   W a n g   Y ,   2 0 1 2 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 9 ,   P 3 5 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 2 - 2 3 6 8 - 5 ;   W e i n s t e i n   I B ,   2 0 0 2 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 7 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 7 3 0 9 6 ;   Y u   X H ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 3 4 1 6 ;   Z e r l i n   M ,   2 0 0 8 ,   A N G I O G E N E S I S ,   V 1 1 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 5 6 - 0 0 8 - 9 0 9 5 - 3 ;   Z h a n   M ,   2 0 1 4 ,   J   V A S C   I N T E R V   R A D I O L ,   V 2 5 ;   Z h a n g   L ,   2 0 1 3 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 3 - 1 0 8 ;   Z h e n g   Y B ,   2 0 1 4 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 5 ,   P 1 1 4 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 4 - 2 4 7 8 - 8 	 4 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 1 0 5 1 - 0 4 4 3 	 1 5 3 5 - 7 7 3 2 	 	 J   V A S C   I N T E R V   R A D I O L 	 J .   V a s c .   I n t e r v .   R a d i o l . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 2 8 	 3 	 	 	 	 	 3 4 9 	 3 5 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j v i r . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 4 	 	 7 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   P e r i p h e r a l   V a s c u l a r   D i s e a s e 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   C a r d i o v a s c u l a r   S y s t e m   &   C a r d i o l o g y 	 E P 0 K A 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 0 7 5 0 0 0 0 0 4 	 2 8 1 2 6 4 7 8 	 
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 C t r ,   S i n g a p o r e   1 1 9 2 2 8 ,   S i n g a p o r e ;   [ H u ,   Y o n g l i ]   A g c y   S c i   T e c h n o l   &   R e s ,   I n s t   I n f o c o m m   R e s ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 3 2 ,   S i n g a p o r e ;   [ B a n ,   K e n n e t h   H .   K . ]   N a t l   U n i v   S i n g a p o r e ,   D e p t   B i o c h e m ,   S i n g a p o r e   1 1 7 5 9 6 ,   S i n g a p o r e ;   [ T i a n g ,   Z e n i a ;   T a n ,   W i l s o n ;   F o o ,   R o g e r ]   G e n o m e   I n s t   S i n g a p o r e ,   6 0   B i o p o l i s   S t ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 7 2 ,   S i n g a p o r e ;   [ T i a n g ,   Z e n i a ;   F o o ,   R o g e r ]   N a t l   U n i v   H l t h   S y s t ,   C a r d i o v a s c   R e s   C t r ,   S i n g a p o r e   1 1 9 2 2 8 ,   S i n g a p o r e ;   [ L e e ,   J o a n n e ;   S e a h ,   E l a i n e ;   N g ,   C h i n   H i n ;   C h n g ,   W e e - J o o ]   N a t l   U n i v   H l t h   S y s t ,   N a t l   U n i v   C a n c   I n s t ,   D e p t   H e m a t o l   O n c o l ,   S i n g a p o r e   1 1 9 2 2 8 ,   S i n g a p o r e ;   [ T a n ,   T i n   W e e ]   N a t l   S u p e r c o m p   C t r ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 3 2 ,   S i n g a p o r e ;   [ C h n g ,   W e e - J o o ]   N a t l   U n i v   S i n g a p o r e ,   C a n c   S c i   I n s t ,   S i n g a p o r e   1 1 7 5 9 9 ,   S i n g a p o r e ;   [ C h n g ,   W e e - J o o ]   N a t l   U n i v   S i n g a p o r e ,   Y o n g   L o o   L i n   S c h   M e d ,   D e p t   M e d ,   S i n g a p o r e   1 1 7 5 9 7 ,   S i n g a p o r e 	 F o o ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G e n o m e   I n s t   S i n g a p o r e ,   6 0   B i o p o l i s   S t ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 7 2 ,   S i n g a p o r e . 	 f o o s y r @ g i s . a - s t a r . e d u . s g 	 	 	 N a t i o n a l   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   ( S i n g a p o r e )   [ N M R C / C S A / 0 4 6 / 2 0 1 2 ,   C I R G / 1 3 7 9 / 2 0 1 3 ] 	 T h e   p r e s e n t   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   C l i n i c i a n   S c i e n t i s t   A w a r d   ( g r a n t   n o .   N M R C / C S A / 0 4 6 / 2 0 1 2 )   a n d   t h e   C l i n i c i a n   S c i e n t i s t   I n d i v i d u a l   R e s e a r c h   G r a n t   ( g r a n t   n o .   C I R G / 1 3 7 9 / 2 0 1 3 )   f r o m   t h e   N a t i o n a l   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   ( S i n g a p o r e )   a w a r d e d   t o   R . F . 	 A l i z a d e h   A A ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E D ,   V 2 1 ,   P 8 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 9 1 5 ;   C o l l i n s   F S ,   2 0 0 4 ,   N A T U R E ,   V 4 3 1 ,   P 9 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 3 0 0 1 ;   C r a i g   F E ,   2 0 0 8 ,   B L O O D ,   V 1 1 1 ,   P 3 9 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 7 - 1 1 - 1 2 0 5 3 5 ;   C u n n i n g h a m   F ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 6 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 1 0 ;   D i n g   L ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 1 ,   P 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 7 3 8 ;   D o h n e r   H ,   2 0 1 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 3 ,   P 1 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M r a 1 4 0 6 1 8 4 ;   H e r z e n b e r g   L A ,   2 0 0 2 ,   C L I N   C H E M ,   V 4 8 ,   P 1 8 1 9 ;   H u g h e s   A E O ,   2 0 1 4 ,   P L O S   G E N E T ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 4 4 6 2 ;   K i m   D ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 3 - 1 4 - 4 - r 3 6 ;   K i m   J K ,   2 0 1 5 ,   N A T   C O M M U N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 9 6 8 7 ;   K i m   K T ,   2 0 1 5 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 5 - 0 6 9 2 - 3 ;   K l e i n   A M ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 1 ,   P 1 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 4 4 ;   L e e   D ,   2 0 1 5 ,   P A T H O L O G Y ,   V 4 7 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P A T . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 9 ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 0 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 5 2 ;   L i   M Y ,   2 0 1 1 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 3 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 0 7 0 1 8 ;   M a c o s k o   E Z ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 1 ,   P 1 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 0 2 ;   M c K e n n a   A ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 0 ,   P 1 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 0 7 5 2 4 . 1 1 0 ;   M i t r a   A K ,   2 0 1 6 ,   L E U K E M I A ,   V 3 0 ,   P 1 0 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / l e u . 2 0 1 5 . 3 6 1 ;   N g   S B ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 6 1 ,   P 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 2 5 0 ;   P a g u i r i g a n   A L ,   2 0 1 5 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . a a a 0 7 6 3 ;   P a p a e m m a n u i l   E ,   2 0 1 6 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 4 ,   P 2 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 5 1 6 1 9 2 ;   P a t e l   A P ,   2 0 1 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 4 ,   P 1 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 5 4 2 5 7 ;   P o l l e n   A A ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 1 0 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 9 6 7 ;   S h a l e k   A K ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 1 0 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 4 3 7 ;   S h a p i r o   E ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 4 ,   P 6 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 5 4 2 ;   T h o r v a l d s d o t t i r   H ,   2 0 1 3 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 4 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b s 0 1 7 ;   T r a p n e l l   C ,   2 0 1 0 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 8 ,   P 5 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 1 6 2 1 ;   T r e u t l e i n   B ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 0 9 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 1 7 3 ;   v a n   D o n g e n   J J M ,   2 0 1 2 ,   L E U K E M I A ,   V 2 6 ,   P 1 9 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / l e u . 2 0 1 2 . 1 2 0 ;   V a n   d e r   A u w e r a   G . A . ,   2 0 1 3 ,   C U R R   P R O T O C   B I O I N F O R ,   V 4 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 2 5 0 9 5 3 . B I 1 1 1 0 S 4 3 ;   Y a n   B ,   2 0 1 6 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 6 9 ,   P 8 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c l i n p a t h - 2 0 1 5 - 2 0 3 5 8 0 ;   Y a n   B ,   2 0 1 6 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 6 9 ,   P 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c l i n p a t h - 2 0 1 6 - 2 0 3 6 7 2 ;   Y e   K ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 8 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 9 4 	 3 3 	 0 	 0 	 2 	 2 	 S P A N D I D O S   P U B L   L T D 	 A T H E N S 	 P O B   1 8 1 7 9 ,   A T H E N S ,   1 1 6   1 0 ,   G R E E C E 	 1 7 9 2 - 1 0 7 4 	 1 7 9 2 - 1 0 8 2 	 	 O N C O L   L E T T 	 O n c o l .   L e t t . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 3 	 3 	 	 	 	 	 1 6 2 5 	 1 6 3 0 	 	 1 0 . 3 8 9 2 / o l . 2 0 1 7 . 5 6 6 9 	 	 6 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E O 9 H A 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 9 9 8 6 0 0 0 9 1 	 2 8 4 5 4 3 0 0 	 
 
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 I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 7 ;   B o y d   N F ,   2 0 0 7 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 6 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 6 2 7 9 0 ;   C h a n g   D H E ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 5 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 6 4 6 7 5 6 ;   C h e n   W J ,   2 0 0 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 1 ,   P 1 0 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 6 9 5 6 5 2 ;   E n g e l a n d   S V ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 2 7 3 ;   E r t a s   G ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 8 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 0 1 ;   G i a n n i n i   V ,   2 0 1 0 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 3 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 1 0 . 5 6 2 7 1 9 1 ;   G u b e r n - M e r i d a   A ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 9 ,   P 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 4 . 2 3 1 1 1 6 3 ;   H a r a l i c k   R .   M . ,   1 9 9 2 ,   C O M P U T E R   R O B O T   V I S I O ;   H a y t o n   P ,   1 9 9 7 ,   M e d   I m a g e   A n a l ,   V 1 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 6 1 - 8 4 1 5 ( 9 7 ) 8 5 0 1 1 - 6 ;   I s g u m   I ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 1 0 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 8 . 2 0 1 1 4 8 0 ;   K h a l v a t i   F ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 4 7 7 0 3 ;   K h a z e n   M ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 7 ,   P 2 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 7 - 2 5 4 7 ;   K l e i n   S ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 1 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 8 4 2 0 7 6 ;   L e e   C H ,   2 0 0 4 ,   R A D I O L   C L I N   N   A M ,   V 4 2 ,   P 9 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r c l . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 0 1 ;   L i n   M ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ;   M i l e n k o v i c   J ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 2 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 1 ;   M i n g q i a n g   Y ,   2 0 0 8 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   M o r r i s   E A ,   2 0 0 5 ,   B R E A S T   M R I   D I A G N O S I S ;   M y r o n e n k o   A ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 9 ,   P 1 8 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 0 . 2 0 5 3 0 4 3 ;   N i e   K ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 5 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 0 0 2 3 0 6 ;   O r t i z   C G ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 5 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 4 8 5 0 4 ;   R o h l f i n g   T ,   2 0 0 5 ,   T O P   B I O M E D   E N G N ,   P 4 3 5 ;   S a k i   F ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 3 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 0 6 ;   S a u v o l a   J ,   2 0 0 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 3 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 9 ) 0 0 0 5 5 - 2 ;   S h a f a i t a   F ,   2 0 0 8 ,   P   1 5   S P I E   C   D O C   R E C ,   P 1 0 ;   S i m   K S ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 9 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 3 ;   S l e d   J G ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 7 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 6 6 8 6 9 8 ;   S o i l l e   P ,   1 9 9 9 ,   M O R P H O L O G I C A L   I M A G E ;   T w e l l m a n n   T ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 1 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 5 . 8 5 4 5 1 7 ;   V e r m a   B ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 7 ,   P 3 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 6 ;   W a r n e r   E l l e n ,   2 0 0 8 ,   T o p   M a g n   R e s o n   I m a g i n g ,   V 1 9 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R M R . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 8 b c 9 9 4 ;   W e i   J ,   2 0 0 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 1 ,   P 9 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 6 6 8 5 1 2 ;   W u   S D ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 9 3 2 5 5 ;   Y a o   J H ,   2 0 0 9 ,   I E E E   J - S T S P ,   V 3 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S T S P . 2 0 0 8 . 2 0 1 1 1 1 0 ;   Y u s h k e v i c h   P A ,   2 0 0 6 ,   N E U R O I M A G E ,   V 3 1 ,   P 1 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 1 5 	 3 7 	 0 	 0 	 5 	 5 	 S P R I N G E R 	 D O R D R E C H T 	 V A N   G O D E W I J C K S T R A A T   3 0 ,   3 3 1 1   G Z   D O R D R E C H T ,   N E T H E R L A N D S 	 0 1 5 8 - 9 9 3 8 	 1 8 7 9 - 5 4 4 7 	 	 A U S T R A L A S   P H Y S   E N G   S 	 A u s t r a l a s .   P h y s .   E n g .   S c i .   M e d . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 4 0 	 1 	 	 	 	 	 6 9 	 8 4 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 4 6 - 0 1 6 - 0 5 1 3 - 3 	 	 1 6 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l 	 E n g i n e e r i n g 	 E Q 3 D F 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 9 5 0 6 0 0 0 0 1 	 2 8 1 1 6 6 3 9 	 
 
 J 	 R e g i e r ,   M C ;   M o n t a n e z - S a u r i ,   S I ;   S c h w a r t z ,   M P ;   M u r p h y ,   W L ;   B e e b e ,   D J ;   S u n g ,   K E 	 	 	 	 R e g i e r ,   M a r y   C . ;   M o n t a n e z - S a u r i ,   S a r a   I . ;   S c h w a r t z ,   M i c h a e l   P . ;   M u r p h y ,   W i l l i a m   L . ;   B e e b e ,   D a v i d   J . ;   S u n g ,   K y u n g   E u n 	 	 	 T h e   I n f l u e n c e   o f   B i o m a t e r i a l s   o n   C y t o k i n e   P r o d u c t i o n   i n   3 D   C u l t u r e s 	 B I O M A C R O M O L E C U L E S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 B R E A S T - C A N C E R   C E L L S ;   G R O W T H - F A C T O R S ;   M E C H A N I C A L - P R O P E R T I E S ;   T U M O R   P R O G R E S S I O N ;   I N - V I T R O ;   M A T R I X ;   E X P R E S S I O N ;   H Y D R O G E L S ;   T I S S U E ;   R E C E P T O R 	 A s   a   r e s u l t   o f   i m p r o v e d   r e l e v a n c e   t o   i n   v i v o   p h y s i o l o g y ,   i n   v i t r o   s t u d i e s   a r e   i n c r e a s i n g l y   p e r f o r m e d   i n   d i v e r s e ,   t h r e e - d i m e n s i o n a l   ( 3 D )   b i o m a t e r i a l s .   H o w e v e r ,   m a t e r i a l   c e l l   t y p e   p a i r i n g   e f f e c t s   o n   c y t o k i n e   a v a i l a b i l i t y   r e m a i n   u n c l e a r .   W e   c u l t u r e d   f i v e   c e l l   t y p e s   i n   a g a r o s e ,   a l g i n a t e ,   c o l l a g e n ,   M a t r i g e l ,   o r   R G D - f u n c t i o n a l i z e d   p o l y e t h y l e n e   g l y c o l   ( P E G )   h y d r o g e l s .   W e   m e a s u r e d   2 1   c y t o k i n e s   i n   t h e   c o n d i t i o n e d   m e d i a ,   a n d   w e   i d e n t i f i e d   d i f f e r e n c e s   i n   m e a s u r e d   c y t o k i n e   l e v e l s   t h a t   w e r e   c e l l - t y p e - o r   m a t e r i a l - d e p e n d e n t .   W e   f u r t h e r   e v a l u a t e d   o u r   d a t a   u s i n g   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s .   I n t e r e s t i n g l y ,   c o m p o n e n t   o n e   i d e n t i f i e d   t w o   c l a s s e s   o f   b i o m a t e r i a l s   w i t h   c h a r a c t e r i s t i c   c y t o k i n e   e x p r e s s i o n   l e v e l s .   C o m p o n e n t   t w o   i d e n t i f i e d   c e l l - t y p e - d e p e n d e n t   d i f f e r e n c e s   i n   c y t o k i n e s   r e l a t e d   t o   t h e   w o u n d   r e s p o n s e .   A l t h o u g h   e l e m e n t s   o f   s o l u b l e   c y t o k i n e   a v a i l a b i l i t y   a r e   s h a r e d   d e s p i t e   p a r a m e t e r   d i f f e r e n c e s ,   m a t e r i a l   a n d   c e l l u l a r   p r o p e r t i e s   v a r i a b l y   i n f l u e n c e d   c y t o k i n e   l e v e l s ,   u n d e r l i n i n g   t h e   i n f l u e n c e   o f   b i o m a t e r i a l   c e l l   t y p e   p a i r i n g s   o n   i n   v i t r o   a s s a y   o u t c o m e s .   R e l a t i o n s h i p s   b e t w e e n   m a t e r i a l   p r o p e r t i e s ,   c e l l u l a r   r e s p o n s e s ,   a n d   c y t o k i n e   a v a i l a b i l i t y   i n   3 D   i n   v i t r o   m o d e l s   w a r r a n t   f u r t h e r   i n v e s t i g a t i o n . 	 [ R e g i e r ,   M a r y   C . ;   S c h w a r t z ,   M i c h a e l   P . ;   M u r p h y ,   W i l l i a m   L . ;   B e e b e ,   D a v i d   J . ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   M a d i s o n ,   W I   5 3 7 0 6   U S A ;   [ M o n t a n e z - S a u r i ,   S a r a   I . ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   M a t   S c i   P r o g r a m ,   M a d i s o n ,   W I   5 3 7 0 6   U S A ;   [ R e g i e r ,   M a r y   C . ;   M o n t a n e z - S a u r i ,   S a r a   I . ;   S c h w a r t z ,   M i c h a e l   P . ;   M u r p h y ,   W i l l i a m   L . ;   B e e b e ,   D a v i d   J . ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   W i s c o n s i n   I n s t   M e d   R e s ,   M a d i s o n ,   W I   5 3 7 0 6   U S A ;   [ R e g i e r ,   M a r y   C . ;   M o n t a n e z - S a u r i ,   S a r a   I . ;   B e e b e ,   D a v i d   J . ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   U n i v   W i s c o n s i n   C a r b o n e   C a n c   C t r ,   M a d i s o n ,   W I   5 3 7 0 6   U S A ;   [ M u r p h y ,   W i l l i a m   L . ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   D e p t   M a t   S c i   &   E n g n ,   M a d i s o n ,   W I   5 3 7 0 6   U S A ;   [ M u r p h y ,   W i l l i a m   L . ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   D e p t   O r t h o p a e d   &   R e h a b i l ,   M a d i s o n ,   W I   5 3 7 0 6   U S A ;   [ S u n g ,   K y u n g   E u n ]   U S   F D A ,   C t r   B i o l   E v a l u a t   &   R e s ,   D i v   C e l l u l a r   &   G e n e   T h e r a p i e s ,   O f f   T i s s u e s   &   A d v   T h e r a p i e s ,   S i l v e r   S p r i n g ,   M D   2 0 9 9 3   U S A 	 S u n g ,   K E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U S   F D A ,   C t r   B i o l   E v a l u a t   &   R e s ,   D i v   C e l l u l a r   &   G e n e   T h e r a p i e s ,   O f f   T i s s u e s   &   A d v   T h e r a p i e s ,   S i l v e r   S p r i n g ,   M D   2 0 9 9 3   U S A . 	 k y u n g . s u n g @ f d a . h h s . g o v 	 S c h w a r t z ,   M i k e / O - 7 9 6 3 - 2 0 1 6 	 S c h w a r t z ,   M i k e / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 3 7 8 5 - 6 6 0 6 	 D i v i s i o n   o f   C e l l u l a r   a n d   G e n e   T h e r a p i e s ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ N I H   T 3 2   G M 0 0 8 3 4 9 ,   N I H   R O I   H L 0 9 3 2 8 2 ] ;   U n i v e r s i t y   o f   W i s c o n s i n   C a r b o n e   C a n c e r   C e n t e r   C a n c e r   C e n t e r   [ P 3 0   C A 0 1 4 5 2 0 ] ;   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n   A g e n c y - H u m a n   M o d e l s   f o r   A n a l y s i s   o f   P a t h w a y s   ( H - M A P s )   C e n t e r   [ 8 3 5 7 3 7 0 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   U S   F o o d   a n d   D r u g   A d m i n i s t r a t i o n   i n t r a m u r a l   r e s e a r c h   f u n d   f r o m   t h e   D i v i s i o n   o f   C e l l u l a r   a n d   G e n e   T h e r a p i e s .   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   N I H   T 3 2   G M 0 0 8 3 4 9   a n d   N I H   g r a n t   R O I   H L 0 9 3 2 8 2 ,   U n i v e r s i t y   o f   W i s c o n s i n   C a r b o n e   C a n c e r   C e n t e r   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   G r a n t   P 3 0   C A 0 1 4 5 2 0 ,   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n   A g e n c y   8 3 5 7 3 7 0 1 - H u m a n   M o d e l s   f o r   A n a l y s i s   o f   P a t h w a y s   ( H - M A P s )   C e n t e r . 	 A b d i   H ,   2 0 1 0 ,   W I L E Y   I N T E R D I S C I P   R E ,   V 2 ,   P 4 3 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / W I C S . 1 0 1 ;   A s t h a n a   A ,   2 0 1 6 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 2 1 ,   P 9 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 0 9 ;   B a c h e l d e r   R E ,   2 0 0 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 1 ,   P 5 7 3 6 ;   B A G G I O L I N I   M ,   1 9 8 9 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 8 4 ,   P 1 0 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 1 1 4 2 6 5 ;   B a k e r   B M ,   2 0 1 2 ,   J   C E L L   S C I ,   V 1 2 5 ,   P 3 0 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / j c s . 0 7 9 5 0 9 ;   B a r c u s   C E ,   2 0 1 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 8 ,   P 1 2 7 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 1 2 . 4 4 7 6 3 1 ;   B r a n d l   F ,   2 0 0 7 ,   B I O M A T E R I A L S ,   V 2 8 ,   P 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o m a t e r i a l s . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 1 7 ;   C h a v e y   C ,   2 0 0 7 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 1 6 4 8 ;   C h e n   J ,   2 0 1 2 ,   B I O P H Y S   J ,   V 1 0 3 ,   P 1 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p j . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 5 4 ;   C r o s s   M J ,   2 0 0 1 ,   T R E N D S   P H A R M A C O L   S C I ,   V 2 2 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 5 - 6 1 4 7 ( 0 0 ) 0 1 6 7 6 - X ;   D e   J o n g   J S ,   1 9 9 8 ,   J   P A T H O L ,   V 1 8 4 ,   P 4 4 ;   d e   V o s   P ,   2 0 1 4 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 6 7 - 6 8 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d r . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 5 ;   D e a k i n   N O ,   2 0 1 1 ,   M O L   B I O L   C E L L ,   V 2 2 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 1 / m b c . E 1 0 - 0 9 - 0 7 9 0 ;   D e b n a t h   J ,   2 0 0 3 ,   M E T H O D S ,   V 3 0 ,   P 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 4 6 - 2 0 2 3 ( 0 3 ) 0 0 0 3 2 - X ;   D e l   V e c c h i o   M ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 4 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 0 7 7 6 ;   D e t h l e f s e n   C ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 3 8 ,   P 6 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 3 - 2 4 8 8 - z ;   D r u r y   J L ,   2 0 0 3 ,   B I O M A T E R I A L S ,   V 2 4 ,   P 4 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 2 - 9 6 1 2 ( 0 3 ) 0 0 3 4 0 - 5 ;   E r i k s s o n   L . ,   2 0 1 3 ,   M U L T I   M E G A V A R I A T E   D A ;   E u b a n k   T D ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 9 ,   P 2 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 8 - 1 4 0 5 ;   E v e n - R a m   S ,   2 0 0 5 ,   C U R R   O P I N   C E L L   B I O L ,   V 1 7 ,   P 5 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e b . 2 0 0 5 . 0 8 . 0 1 5 ;   E w a l d   A J ,   2 0 0 8 ,   D E V   C E L L ,   V 1 4 ,   P 5 7 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . d e v c e l . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 0 3 ,   1 0 . 1 0 1 6 / i . d e v c e l . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 0 3 ] ;   F a i r b a n k s   B D ,   2 0 0 9 ,   A D V   M A T E R ,   V 2 1 ,   P 5 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a d m a . 2 0 0 9 0 1 8 0 8 ;   F E R R A R A   N ,   2 0 0 3 ,   J   N A T   M E D ,   V 9 ,   P 6 6 9 ;   F i s c h b a c h   C ,   2 0 0 7 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 4 ,   P 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H 1 0 8 5 ;   F i s c h b a c h   C ,   2 0 0 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 6 ,   P 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 8 9 3 2 1 0 6 ;   F u j i m o t o   H ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 5 ,   P 1 2 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 3 7 8 ;   F u r l a n   A ,   2 0 0 8 ,   J   C E L L   P H Y S I O L ,   V 2 1 5 ,   P 7 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c p . 2 1 3 6 0 ;   G a r c i a - T u n o n   I ,   2 0 0 7 ,   B M C   C A N C E R ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 7 - 1 5 8 ;   H A J I K A R I M   M ,   1 9 7 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 3 8 ,   P 1 4 5 7 ;   H a m i d u l l a h ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 3 3 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 1 - 1 8 5 5 - x ;   H a n s e n   T D ,   2 0 1 4 ,   B I O M A T E R   S C I - U K ,   V 2 ,   P 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 b m 6 0 2 7 8 h ;   H e c k e l   M C ,   2 0 1 1 ,   C E L L   I M M U N O L ,   V 2 6 6 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l i m m . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 1 0 ;   H e i n z m a n   J M ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   C E L L   I N T ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 2 8 6 7 - 8 - 1 1 ;   H i r s c h   H A ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 9 ,   P 7 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 9 - 2 9 9 4 ;   K e n n y   P A ,   2 0 0 7 ,   M O L   O N C O L ,   V 1 ,   P 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l o n c . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 4 ;   K i m   H ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 9 1 8 6 ;   K l e i n m a n   H K ,   2 0 0 5 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 5 ,   P 3 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 0 5 . 0 5 . 0 0 4 ;   K l o x i n   A M ,   2 0 1 0 ,   A D V   M A T E R ,   V 2 2 ,   P 3 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a d m a . 2 0 0 9 0 4 1 7 9 ;   K r z a n o w s k i   W . ,   2 0 0 0 ,   P R I N C I P L E S   M U L T I V A R I ;   K u p e r w a s s e r   C ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 4 9 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 1 0 6 4 1 0 1 ;   L a z e n n e c   G ,   2 0 0 1 ,   E N D O C R I N O L O G Y ,   V 1 4 2 ,   P 4 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / e n d o . 1 4 2 . 9 . 8 3 9 5 ;   L e e   G Y ,   2 0 0 7 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 4 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H 1 0 1 5 ;   L e e   J ,   2 0 0 8 ,   T I S S U E   E N G   P T   B - R E V ,   V 1 4 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t e b . 2 0 0 7 . 0 1 5 0 ;   L e R o u x   M A ,   1 9 9 9 ,   J   B I O M E D   M A T E R   R E S ,   V 4 7 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 4 6 3 6 ( 1 9 9 9 1 0 ) 4 7 : 1 < 4 6 : : A I D - J B M 6 > 3 . 0 . C O ; 2 - N ;   L i u   J ,   2 0 1 5 ,   J   T I S S U E   E N G   R E G E N   M ,   V 9 ,   P 9 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / t e r m . 1 6 5 4 ;   L o p e z - G a r c i a   M D C ,   2 0 1 0 ,   B I O - M E D   M A T E R   E N G ,   V 2 0 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / B M E - 2 0 1 0 - 0 6 4 9 ;   L y o n   D E ,   2 0 0 8 ,   N U R S   R E S ,   V 5 7 ,   P 5 1 ;   M a s u d a   H ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 3 6 ,   P 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 2 - 2 2 8 9 - 9 ;   M O R S T Y N   G ,   1 9 8 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 4 8 ,   P 5 6 2 4 ;   N a g a i   S ,   2 0 0 0 ,   B r e a s t   C a n c e r ,   V 7 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 9 6 7 4 5 7 ;   N o r m a n d   V ,   2 0 0 0 ,   B I O M A C R O M O L E C U L E S ,   V 1 ,   P 7 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b m 0 0 5 5 8 3 j ;   O v e r h o l t z e r   M ,   2 0 0 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 3 ,   P 1 2 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 0 5 5 7 9 1 0 3 ;   P a n t s c h e n k o   A G ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 2 6 9 ;   P a r k   K S ,   2 0 0 2 ,   E U R   J   I M M U N O G E N E T ,   V 2 9 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 0 9 6 0 - 7 4 2 0 . 2 0 0 1 . 0 0 2 6 0 . x ;   R i j a l   G ,   2 0 1 6 ,   B I O M A T E R I A L S ,   V 8 1 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o m a t e r i a l s . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 1 6 ;   R i v a s   M A ,   2 0 0 8 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 3 1 4 ,   P 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x c r . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 0 5 ;   R o w l e y   J A ,   1 9 9 9 ,   B I O M A T E R I A L S ,   V 2 0 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 2 - 9 6 1 2 ( 9 8 ) 0 0 1 0 7 - 0 ;   S c h e d i n   P ,   2 0 1 1 ,   C O L D   S P R I N G   H A R B   P E R ,   V 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / C S H P E R S P E C T . A 0 0 3 2 2 8 ;   S c h e l l e r   J ,   2 0 1 1 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 8 1 3 ,   P 8 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 3 4 ;   S h i e l d   K ,   2 0 0 9 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 1 1 3 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 3 2 ;   S o o f i   S S ,   2 0 0 9 ,   J   S T R U C T   B I O L ,   V 1 6 7 ,   P 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s b . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 5 ;   S r a b o v i c   N ,   2 0 1 1 ,   B I O C H E M   M E D I C A ,   V 2 1 ,   P 1 3 1 ;   S u l l i v a n   N J ,   2 0 0 9 ,   O N C O G E N E ,   V 2 8 ,   P 2 9 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 0 9 . 1 8 0 ;   S u n g   K E ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 6 3 7 3 ;   V o l o s h i n   T ,   2 0 1 1 ,   B L O O D ,   V 1 1 8 ,   P 3 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 0 - 1 1 - 3 2 0 8 1 2 ;   V U K I C E V I C   S ,   1 9 9 2 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 2 0 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 1 4 - 4 8 2 7 ( 9 2 ) 9 0 3 9 7 - Q ;   W e i g e l t   B ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 2 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 9 - 0 5 0 2 - 2 ;   W E L L S   A ,   1 9 9 0 ,   S C I E N C E ,   V 2 4 7 ,   P 9 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 3 0 5 2 6 3 ;   W H I T E S I D E   T L ,   1 9 9 5 ,   C U R R   O P I N   I M M U N O L ,   V 7 ,   P 7 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 9 5 2 - 7 9 1 5 ( 9 5 ) 8 0 0 8 0 - 8 ;   W i l s o n   J ,   2 0 0 2 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 2 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / s c b i . 2 0 0 1 . 0 4 1 9 ;   Y a m a s h i t a   H ,   2 0 0 6 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 6 7 7 / e r c . 1 . 0 1 0 9 5 ;   Y i a n g o u   C ,   1 9 9 7 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 7 5 ,   P 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 1 9 9 7 . 5 ;   Z h a n g   J M ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 2 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 6 2 0 5 ;   Z i e t a r s k a   M ,   2 0 0 7 ,   M O L   C A R C I N O G E N ,   V 4 6 ,   P 8 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m c . 2 0 3 1 5 	 7 4 	 0 	 0 	 6 	 6 	 A M E R   C H E M I C A L   S O C 	 W A S H I N G T O N 	 1 1 5 5   1 6 T H   S T ,   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 0 3 6   U S A 	 1 5 2 5 - 7 7 9 7 	 1 5 2 6 - 4 6 0 2 	 	 B I O M A C R O M O L E C U L E S 	 B i o m a c r o m o l e c u l e s 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 8 	 3 	 	 	 	 	 7 0 9 	 7 1 8 	 	 1 0 . 1 0 2 1 / a c s . b i o m a c . 6 b 0 1 4 6 9 	 	 1 0 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ,   O r g a n i c ;   P o l y m e r   S c i e n c e 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ;   P o l y m e r   S c i e n c e 	 E O 0 H T 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 3 7 9 6 0 0 0 0 5 	 2 8 1 5 7 2 9 0 	 
 
 J 	 K a n a s ,   V G ;   Z a c h a r a k i ,   E I ;   T h o m a s ,   G A ;   Z i n n ,   P O ;   M e g a l o o i k o n o m o u ,   V ;   C o l e n ,   R R 	 	 	 	 K a n a s ,   V a s i l e i o s   G . ;   Z a c h a r a k i ,   E v a n g e l i a   I . ;   T h o m a s ,   G i n u   A . ;   Z i n n ,   P a s c a l   O . ;   M e g a l o o i k o n o m o u ,   V a s i l e i o s ;   C o l e n ,   R i v k a   R . 	 	 	 L e a r n i n g   M R I - b a s e d   c l a s s i f i c a t i o n   m o d e l s   f o r   M G M T   m e t h y l a t i o n   s t a t u s   p r e d i c t i o n   i n   g l i o b l a s t o m a 	 C O M P U T E R   M E T H O D S   A N D   P R O G R A M S   I N   B I O M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M G M T   p r o m o t e r   m e t h y l a t i o n ;   G l i o b l a s t o m a ;   F e a t u r e   e x t r a c t i o n ;   M u l t i v a r i a t e   a n a l y s i s ;   P r e d i c t i o n   m o d e l 	 H I G H - G R A D E   G L I O M A S ;   N O N L I N E A R   D I M E N S I O N A L I T Y   R E D U C T I O N ;   P R O M O T E R   M E T H Y L A T I O N ;   M A L I G N A N T   G L I O M A S ;   S U R V I V A L ;   T E M O Z O L O M I D E ;   M U L T I F O R M E ;   R A D I O T H E R A P Y ;   F E A T U R E S ;   P R O J E C T 	 B a c k g r o u n d   a n d   O b j e c t i v e :   T h e   0 6 - m e t h y l g u a n i n e - D N A - m e t h y l t r a n s f e r a s e   ( M G M T )   p r o m o t e r   m e t h y l a t i o n   h a s   b e e n   s h o w n   t o   b e   a s s o c i a t e d   w i t h   i m p r o v e d   o u t c o m e s   i n   p a t i e n t s   w i t h   g l i o b l a s t o m a   ( G B M )   a n d   m a y   b e   a   p r e d i c t i v e   m a r k e r   o f   s e n s i t i v i t y   t o   c h e m o t h e r a p y .   H o w e v e r ,   d e t e r m i n a t i o n   o f   t h e   M G M T   p r o m o t e r   m e t h y l a t i o n   s t a t u s   r e q u i r e s   t i s s u e   o b t a i n e d   v i a   s u r g i c a l  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 E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   P a t r a s ,   G r e e c e ;   [ K a n a s ,   V a s i l e i o s   G . ;   Z a c h a r a k i ,   E v a n g e l i a   I . ;   M e g a l o o i k o n o m o u ,   V a s i l e i o s ]   U n i v   P a t r a s ,   D e p t   C o m p   E n g n   &   I n f o r m a t ,   P a t r a s ,   G r e e c e ;   [ Z a c h a r a k i ,   E v a n g e l i a   I . ]   U n i v   P a r i s   S a c l a y ,   I N R I A ,   C e n t r a l e S u p e l e c ,   C V C ,   P a r i s ,   F r a n c e ;   [ T h o m a s ,   G i n u   A . ;   C o l e n ,   R i v k a   R . ]   U n i v   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   D e p t   D i a g n o s t   R a d i o l ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A ;   [ Z i n n ,   P a s c a l   O . ]   B a y l o r   C o l l   M e d ,   D e p t   N e u r o s u r g ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A 	 Z a c h a r a k i ,   E I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   P a t r a s ,   D e p t   C o m p   E n g n   &   I n f o r m a t ,   P a t r a s ,   G r e e c e . ;   Z a c h a r a k i ,   E I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   P a r i s   S a c l a y ,   I N R I A ,   C e n t r a l e S u p e l e c ,   C V C ,   P a r i s ,   F r a n c e . 	 e v a n g e l i a . z a c h a r a k i @ c e n t r a l e s u p e l e c . f r 	 	 	 E u r o p e a n   U n i o n   ( E u r o p e a n   S o c i a l   F u n d   -   E S F ) ;   G r e e k   n a t i o n a l   f u n d s   t h r o u g h   t h e   O p e r a t i o n a l   P r o g r a m   " E d u c a t i o n   a n d   L i f e l o n g   L e a r n i n g "   o f   t h e   N a t i o n a l   S t r a t e g i c   R e f e r e n c e   F r a m e w o r k   ( N S R F )   -   R e s e a r c h   F u n d i n g   P r o g r a m :   T h a l e s ;   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   G r a n t   D i o d e s   [ E R C - S T G - 2 5 9 1 1 2 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   h a s   b e e n   c o - f i n a n c e d   b y   t h e   E u r o p e a n   U n i o n   ( E u r o p e a n   S o c i a l   F u n d   -   E S F )   a n d   G r e e k   n a t i o n a l   f u n d s   t h r o u g h   t h e   O p e r a t i o n a l   P r o g r a m   " E d u c a t i o n   a n d   L i f e l o n g   L e a r n i n g "   o f   t h e   N a t i o n a l   S t r a t e g i c   R e f e r e n c e   F r a m e w o r k   ( N S R F )   -   R e s e a r c h   F u n d i n g   P r o g r a m :   T h a l e s .   I n v e s t i n g   i n   k n o w l e d g e   s o c i e t y   t h r o u g h   t h e   E u r o p e a n   S o c i a l   F u n d .   T h i s   r e s e a r c h   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   G r a n t   D i o d e s   ( E R C - S T G - 2 5 9 1 1 2 ) . 	 A g r a f i o t i s   D K ,   2 0 0 3 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 2 4 ,   P 1 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 1 0 2 3 4 ;   B a d y   P ,   2 0 1 2 ,   A C T A   N E U R O P A T H O L ,   V 1 2 4 ,   P 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 0 1 - 0 1 2 - 1 0 1 6 - 2 ;   B A R T L   E ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E C O M P U T E R ,   P 2 6 ;   B e l k i n   M ,   2 0 0 3 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 5 ,   P 1 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 0 3 3 2 1 7 8 0 3 1 7 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r u z z o n e   M G ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   R E V   M O L   D I A G N ,   V 9 ,   P 7 0 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 5 8 6 / e r m . 0 9 . 4 4 ,   1 0 . 1 5 8 6 / E R M . 0 9 . 4 4 ] ;   C a r u a n a   R . ,   1 9 9 4 ,   G R E E D Y   A T T R I B U T E   S E L ,   P 2 8 ;   C h a n n i n   D S ,   2 0 0 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 3 ,   P 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 5 3 3 0 9 0 1 3 5 ;   C h a n n i n   D S ,   2 0 1 0 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 9 - 9 1 9 3 - 9 ;   C o l e n   R R ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 5 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 4 1 8 0 0 ;   C o l e n   R R ,   2 0 1 4 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 5 - 8 7 9 4 - 7 - 3 0 ;   C o s t e l l o   J F ,   2 0 0 1 ,   J   M E D   G E N E T ,   V 3 8 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j m g . 3 8 . 5 . 2 8 5 ;   C O V E R   T M ,   1 9 6 7 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 1 3 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 1 9 6 7 . 1 0 5 3 9 6 4 ;   D o n s o n   A M ,   2 0 0 7 ,   P E D I A T R   B L O O D   C A N C E R ,   V 4 8 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p b c . 2 0 8 0 3 ;   D r a b y c z   S ,   2 0 1 0 ,   N E U R O I M A G E ,   V 4 9 ,   P 1 3 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 4 9 ;   D u d a   R O ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   D u n n   J ,   2 0 0 9 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 1 ,   P 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 1 2 7 ;   E o l i   M ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 6 - 2 1 8 4 ;   G a n d h i   G .   M e e r a ,   2 0 1 0 ,   A D V   C O M P U T   S C I   T E C H N ,   V 3 ;   G u t m a n   D A ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 7 ,   P 5 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 0 1 1 8 ;   H a l l   M .   A . ,   1 9 9 9 ,   C O R R E L A T I O N   B A S E D   F E ;   H a m m o u d   M A ,   1 9 9 6 ,   J   N E U R O - O N C O L ,   V 2 7 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 1 4 6 0 8 6 ;   H a r m a n   H .   H . ,   1 9 6 0 ,   M O D E R N   F A C T O R   A N A L ;   H e g i   M E ,   2 0 0 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 2 ,   P 9 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 3 3 3 1 ;   J o h n   G . H . ,   1 9 9 5 ,   1 1   C   U N C   A R T   I N T   S A N ,   P 3 3 8 ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   K A R N O F S K Y   D A ,   1 9 4 8 ,   C A N C E R ,   V 1 ,   P 6 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 4 8 1 1 ) 1 : 4 < 6 3 4 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 0 1 0 4 1 0 > 3 . 0 . C O ; 2 - L ;   K o h a v i   R ,   1 9 9 7 ,   A R T I F   I N T E L L ,   V 9 7 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 4 - 3 7 0 2 ( 9 7 ) 0 0 0 4 3 - X ;   K o r f i a t i s   P ,   2 0 1 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 3 ,   p N I L _ 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 4 8 6 6 8 ;   L a c r o i x   M ,   2 0 0 1 ,   J   N E U R O S U R G ,   V 9 5 ,   P 1 9 0 ,   D O I   1 0 . 3 1 7 1 / j n s . 2 0 0 1 . 9 5 . 2 . 0 1 9 0 ;   L a g u n a   M . ,   2 0 0 3 ,   S C A T T E R   S E A R C H   M E T H O ;   L e v i n a   E . ,   2 0 0 4 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 7 7 7 ;   L e v n e r   I . ,   2 0 0 9 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 5 2 2 ;   L i u   H . ,   1 9 9 6 ,   P   1 3   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 3 1 9 ;   M a r t i   R ,   2 0 0 6 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 1 6 9 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j o r . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 0 4 ;   M o o n   W J ,   2 0 1 2 ,   N E U R O R A D I O L O G Y ,   V 5 4 ,   P 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 3 4 - 0 1 1 - 0 9 4 7 - y ;   P o p e   W B ,   2 0 0 5 ,   A M   J   N E U R O R A D I O L ,   V 2 6 ,   P 2 4 6 6 ;   P r a y s o n   R A ,   2 0 0 0 ,   J   N E U R O L   S C I ,   V 1 7 5 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 5 1 0 X ( 0 0 ) 0 0 2 7 4 - 4 ;   R i e m e n s c h n e i d e r   M J ,   2 0 1 0 ,   T A R G E T   O N C O L ,   V 5 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 2 3 - 0 1 0 - 0 1 5 3 - 6 ;   R o w e i s   S T ,   2 0 0 0 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 0 ,   P 2 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 9 0 . 5 5 0 0 . 2 3 2 3 ;   R u b i n   D a n i e l   L ,   2 0 0 9 ,   S u m m i t   T r a n s l   B i o i n f o r m ,   V 2 0 0 9 ,   P 1 0 6 ;   R u i z - O n t a n o n   P ,   2 0 1 3 ,   S T E M   C E L L S ,   V 3 1 ,   P 1 0 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s t e m . 1 3 4 9 ;   S c h o l k o p f t   B ,   1 9 9 9 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   S I G N ,   V 1 ,   P 1 ;   S c h r o t   R J ,   2 0 0 7 ,   J   N E U R O - O N C O L ,   V 8 5 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 6 0 - 0 0 7 - 9 4 0 1 - 8 ;   S t u p p   R ,   2 0 0 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 2 ,   P 9 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 3 3 3 0 ;   T e n e n b a u m   J B ,   2 0 0 0 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 0 ,   P 2 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 9 0 . 5 5 0 0 . 2 3 1 9 ;   v a n   d e r   M a a t e n   L . ,   2 0 0 7 ,   I N T R O   D I M E N S I O N A L I T Y ,   V 1 2 0 1 ,   P 6 2 ;   W a n g   Q ,   2 0 0 8 ,   I N F O R M   S Y S T ,   V 3 3 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i s . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 0 2 ;   W e l l e r   M ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   N E U R O L ,   V 6 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r n e u r o l . 2 0 0 9 . 1 9 7 ;   W i c k   W ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 5 8 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 3 . 6 4 9 7 ;   X u   L ,   1 9 8 8 ,   B E S T   1   S T R A T E G Y   F E A T ,   P 7 0 6 ;   Z a c h a r a k i   E I ,   2 0 1 2 ,   A M   J   N E U R O R A D I O L ,   V 3 3 ,   P 1 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 3 1 7 4 / a j n r . A 2 9 3 9 ;   Z i n n   P O ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 1 5 2 2 ;   Z i n n   P O ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 5 4 5 1 ;   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 5 ,   P 1 0 6 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N A T U R E 0 7 3 8 5 	 5 5 	 1 	 1 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 0 1 6 9 - 2 6 0 7 	 1 8 7 2 - 7 5 6 5 	 	 C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O 	 C o m p u t .   M e t h .   P r o g r a m s   B i o m e d . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 4 0 	 	 	 	 	 	 2 4 9 	 2 5 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 6 . 1 2 . 0 1 8 	 	 9 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E P 0 J T 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 0 7 4 3 0 0 0 2 5 	 2 8 2 5 4 0 8 1 	 
 
 J 	 M a k r i s ,   G M ;   P o u l i a k i s ,   A ;   S i r i s t a t i d i s ,   C ;   M a r g a r i ,   N ;   T e r z a k i s ,   E ;   K o u r e a s ,   N ;   P e r g i a l i o t i s ,   V ;   P a p a n t o n i o u ,   N ;   K a r a k i t s o s ,   P 	 	 	 	 M a k r i s ,   G e o r g i o s - M a r i o s ;   P o u l i a k i s ,   A b r a h a m ;   S i r i s t a t i d i s ,   C h a r a l a m p o s ;   M a r g a r i ,   N i k i ;   T e r z a k i s ,   E m m a n o u i l ;   K o u r e a s ,   N i k o l a o s ;   P e r g i a l i o t i s ,   V a s i l i o s ;   P a p a n t o n i o u ,   N i k o l a o s ;   K a r a k i t s o s ,   P e t r o s 	 	 	 I m a g e   A n a l y s i s   a n d   M u l t i - L a y e r   P e r c e p t r o n   A r t i f i c i a l   N e u r a l   N e t w o r k s   f o r   t h e   D i s c r i m i n a t i o n   B e t w e e n   B e n i g n   a n d   M a l i g n a n t   E n d o m e t r i a l   L e s i o n s 	 D I A G N O S T I C  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 e n d o m e t r i a l   n u c l e i   a n d   l e s i o n s   i n   c y t o l o g i c a l   s p e c i m e n s .   M e t h o d s :   W e   c o l l e c t e d   4 1 6   h i s t o l o g i c a l l y   c o n f i r m e d   l i q u i d - b a s e d   c y t o l o g i c a l   s m e a r s   f r o m   1 6 8   h e a l t h y   p a t i e n t s ,   1 5 2   p a t i e n t s   w i t h   m a l i g n a n c y ,   5 2   w i t h   h y p e r p l a s i a   w i t h o u t   a t y p i a ,   2 0   w i t h   h y p e r p l a s i a   w i t h   a t y p i a ,   a n d   2 4   p a t i e n t s   w i t h   e n d o m e t r i a l   p o l y p s .   T h e   m o r p h o m e t r i c   c h a r a c t e r i s t i c s   o f   9 0   n u c l e i   p e r   c a s e   w e r e   a n a l y z e d   u s i n g   a   c u s t o m   i m a g e   a n a l y s i s   s y s t e m ;   h a l f   o f   t h e m   w e r e   u s e d   t o   t r a i n   t h e   M P L - A N N   m o d e l ,   w h i c h   c l a s s i f i e d   e a c h   n u c l e u s   a s   b e n i g n   o r   m a l i g n a n t .   D a t a   f r o m   t h e   r e m a i n i n g   5 0 %   o f   c a s e s   w e r e   u s e d   t o   e v a l u a t e   t h e   p e r f o r m a n c e   a n d   s t a b i l i t y   o f   t h e   A N N .   T h e   M L P - A N N   f o r   t h e   n u c l e i   c l a s s i f i c a t i o n   ( n u m e r i c   a n d   p e r c e n t a g e   c l a s s i f i e r s )   a n d   t h e   a l g o r i t h m s   f o r   t h e   d e t e r m i n a t i o n   o f   t h e   o p t i m u m   t h r e s h o l d   v a l u e s   w e r e   e s t i m a t e d   w i t h   i n - h o u s e   d e v e l o p e d   s o f t w a r e   f o r   t h e   M A T L A B   v 2 0 1 1 b   p r o g r a m m i n g   e n v i r o n m e n t ;   t h e   d i a g n o s t i c   a c c u r a c y   m e a s u r e s   w e r e   a l s o   c a l c u l a t e d .   R e s u l t s :   T h e   a c c u r a c y   o f   t h e   M P L - A N N   m o d e l   f o r   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   e n d o m e t r i a l   n u c l e i   w a s   8 1 . 3 3 % ,   w h i l e   s p e c i f i c i t y   w a s   8 8 . 8 4 %   a n d   s e n s i t i v i t y   6 9 . 3 8 % .   F o r   t h e   c a s e   c l a s s i f i c a t i o n   b a s e d   o n   n u m e r i c   c l a s s i f i e r   t h e   o v e r a l l   a c c u r a c y   w a s   9 0 . 8 7 % ,   t h e   s p e c i f i c i t y   9 3 . 0 3 %   a n d   t h e   s e n s i t i v i t y   8 7 . 7 9 % ;   t h e   i n d i c e s   f o r   t h e   p e r c e n t a g e   c l a s s i f i e r   w e r e   9 5 . 9 1 % ,   9 3 . 4 4 % ,   a n d   9 9 . 4 2 % ,   r e s p e c t i v e l y .   C o n c l u s i o n :   C o m p u t e r i z e d   s y s t e m s   b a s e d   o n   A N N s   c a n   a i d   t h e   c y t o l o g i c a l   c l a s s i f i c a t i o n   o f   e n d o m e t r i a l   n u c l e i   a n d   l e s i o n s   w i t h   s u f f i c i e n t   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y .   D i a g n .   C y t o p a t h o l .   2 0 1 7 ;   4 5 :   2 0 2 - 2 1 1 .   ( C )   2 0 1 7   W i l e y   P e r i o d i c a l s ,   I n c . 	 [ M a k r i s ,   G e o r g i o s - M a r i o s ;   P e r g i a l i o t i s ,   V a s i l i o s ;   P a p a n t o n i o u ,   N i k o l a o s ]   U n i v   A t h e n s ,   G e n   H o s p   A t t i k o n ,   S c h   M e d ,   D e p t   O b s t e t   &   G y n e c o l   3 , U n i t   G y n e c o l   O n c o l ,   A t h e n s ,   G r e e c e ;   [ P o u l i a k i s ,   A b r a h a m ;   M a r g a r i ,   N i k i ;   K a r a k i t s o s ,   P e t r o s ]   U n i v   A t h e n s ,   G e n   H o s p   A t t i k o n ,   S c h   M e d ,   D e p t   C y t o p a t h o l ,   A t h e n s ,   G r e e c e ;   [ S i r i s t a t i d i s ,   C h a r a l a m p o s ]   U n i v   A t h e n s ,   G e n   H o s p   A t t i k o n ,   S c h   M e d ,   D e p t   O b s t e t   &   G y n e c o l   3 , A s s i s t e d   R e p r o d   U n i t ,   A t h e n s ,   G r e e c e ;   [ T e r z a k i s ,   E m m a n o u i l ;   K o u r e a s ,   N i k o l a o s ]   S t   S a v a s   H o s p ,   D e p t   G y n e c o l   2 ,   A t h e n s ,   G r e e c e 	 M a k r i s ,   G M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A t h e n s ,   G e n   H o s p   A t t i k o n ,   S c h   M e d ,   D e p t   O b s t e t   &   G y n e c o l   3 ,   R i m i n i   1 ,   A t h e n s   1 2 4 6 2 ,   G r e e c e . 	 m a k r i s m g @ h o t m a i l . c o m 	 	 	 	 	 A u n e   D ,   2 0 1 5 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 1 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d v 1 4 2 ;   B a a k   J ,   1 9 9 1 ,   M A N U A L   Q U A N T I T A T I V E ;   B A A K   J P A ,   1 9 8 1 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 5 ,   P 6 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 1 9 8 1 . t b 0 1 8 3 5 . x ;   B I B B O   M ,   1 9 8 6 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 8 ,   P 1 6 8 ;   B l a u s t e i n   A ,   2 0 1 1 ,   B L A U S T E I N S I   P A T H O L O G ;   B r i n t o n   L A ,   2 0 1 4 ,   J   S T E R O I D   B I O C H E M ,   V 1 4 2 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s b m b . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 1 ;   B u c c o l i e r o   A M ,   2 0 0 7 ,   C Y T O P A T H O L O G Y ,   V 1 8 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 3 0 3 . 2 0 0 7 . 0 0 4 6 3 . x ;   C e t i n   I ,   2 0 0 8 ,   P L A C E N T A ,   V 2 9 ,   p S 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 7 ;   C o c h a n d - P r i o l l e t   B ,   2 0 0 6 ,   O N C O L   R E P ,   V 1 5 ,   P 1 0 2 3 ;   D u d a   R .   O . ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   F i e s l e r   E B .   R ,   1 9 9 7 ,   H D B   N E U R A L   C O M P U T A T I ;   F o x   H ,   1 9 8 4 ,   O b s t e t   G y n e c o l   A n n u ,   V 1 3 ,   P 1 9 7 ;   G o o d m a n   A ,   1 9 9 6 ,   J   R E P R O D   M E D ,   V 4 1 ,   P 2 3 9 ;   H u   Y H ,   2 0 0 1 ,   H D B   N E U R A L   N E T W O R K   S ;   J a i n   A .   K . ,   1 9 8 9 ,   F U N D A M E N T A L S   D I G I T A L ;   K a r a k i t s o s   P ,   1 9 9 6 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 1 8 ,   P 2 4 5 ;   K a r a k i t s o s   P ,   2 0 0 2 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 2 4 ,   P 3 0 ;   K a r a k i t s o s   P ,   1 9 9 6 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 1 8 ,   P 4 9 4 ;   K a r a k i t s o s   P ,   2 0 1 1 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 3 3 ,   P 1 3 2 ;   L O N G F O R D   N T ,   1 9 8 7 ,   B I O M E T R I K A ,   V 7 4 ,   P 8 1 7 ;   M a r a s i n g h e   J P ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   G Y N E C O L   C A N C E R ,   V 1 7 ,   P 9 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 2 5 - 1 4 3 8 . 2 0 0 7 . 0 0 9 1 8 . x ;   M a r g a r i   N ,   2 0 1 6 ,   D I A G N   C Y T O P A T H O L ,   V 4 4 ,   P 8 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / d c . 2 3 6 0 5 ;   M e y e r   L A ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   C O N T R O L ,   V 1 6 ,   P 1 4 ;   N o r i m a t s u   Y ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   C Y T O P A T H O L ,   V 1 0 8 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 1 7 3 4 ;   P a n t a z o p o u l o s   D ,   1 9 9 8 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 5 9 ,   P 1 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 5 3 9 2 - 1 9 9 8 0 5 0 0 0 - 0 0 0 5 7 ;   P a p a e f t h i m i o u   M ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   C Y T O P A T H O L ,   V 1 0 5 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 1 0 2 5 ;   P a p a e f t h i m i o u   M ,   2 0 0 5 ,   C Y T O P A T H O L O G Y ,   V 1 6 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 3 0 3 . 2 0 0 4 . 0 0 2 2 4 . x ;   P o u l i a k i s   A ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D   E N G   C O M P U T   B I ,   V 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 3 7 / B E C B . S 3 1 6 0 1 ;   P o u l i a k i s   A ,   2 0 1 4 ,   D I A G N   C Y T O P A T H O L ,   V 4 2 ,   P 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / d c . 2 3 0 7 7 ;   R E A G A N   J W ,   1 9 8 0 ,   A C T A   C Y T O L ,   V 2 4 ,   P 8 7 ;   R U M E L H A R T   D E ,   1 9 8 6 ,   N A T U R E ,   V 3 2 3 ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 2 3 5 3 3 a 0 ;   R u s s   J .   C . ,   1 9 9 5 ,   I M A G E   P R O C E S S I N G   H D B ;   S a m s   S B ,   2 0 1 2 ,   A M   J   C L I N   P A T H O L ,   V 1 3 7 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 0 9 / A J C P L F B K 1 A 2 X J D Q I ;   S o n k a   M i l a n ,   1 9 9 3 ,   I M A G E   P R O C E S S I N G   A N A ;   T E Z U K A   F ,   1 9 9 2 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 4 5 ,   P 2 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c p . 4 5 . 4 . 2 9 2 ;   T h e o d o r i d i s   S ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ,   4 R T H   E D I T I O N ,   P 1 ;   T s i l i d i s   K K ,   2 0 1 5 ,   B M J - B R I T   M E D   J ,   V 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . g 7 6 0 7 ;   V A N D E R G R A A F   Y ,   1 9 8 7 ,   A C T A   C Y T O L ,   V 3 1 ,   P 4 3 4 ;   V a r l a t z i d o u   A ,   2 0 1 1 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 3 3 ,   P 3 2 3 ;   Y a n o h   K ,   2 0 0 9 ,   C Y T O P A T H O L O G Y ,   V 2 0 ,   P 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 3 0 3 . 2 0 0 8 . 0 0 5 8 1 . x ;   Z y g o u r i s   D ,   2 0 1 4 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O P A T H O ,   V 3 6 ,   P 1 8 9 	 4 1 	 0 	 0 	 2 	 2 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 8 7 5 5 - 1 0 3 9 	 1 0 9 7 - 0 3 3 9 	 	 D I A G N   C Y T O P A T H O L 	 D i a g n .   C y t o p a t h o l . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 4 5 	 3 	 	 	 	 	 2 0 2 	 2 1 1 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / d c . 2 3 6 4 9 	 	 1 0 	 M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y ;   P a t h o l o g y 	 M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y ;   P a t h o l o g y 	 E P 5 G K 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 4 0 6 8 0 0 0 0 4 	 2 8 1 6 0 4 5 9 	 
 
 J 	 K a k k o u r a ,   M G ;   L o i z i d o u ,   M A ;   D e m e t r i o u ,   C A ;   L o u c a i d e s ,   G ;   D a n i e l ,   M ;   K y r i a c o u ,   K ;   H a d j i s a v v a s ,   A 	 	 	 	 K a k k o u r a ,   M a r i a   G . ;   L o i z i d o u ,   M a r i a   A . ;   D e m e t r i o u ,   C h r i s t i a n a   A . ;   L o u c a i d e s ,   G i o r g o s ;   D a n i e l ,   M a r i a ;   K y r i a c o u ,   K y r i a c o s ;   H a d j i s a v v a s ,   A n d r e a s 	 	 	 T h e   s y n e r g i s t i c   e f f e c t   b e t w e e n   t h e   M e d i t e r r a n e a n   d i e t   a n d   G S T P 1   o r   N A T 2   S N P s   d e c r e a s e s   b r e a s t   c a n c e r   r i s k   i n   G r e e k - C y p r i o t   w o m e n 	 E U R O P E A N   J O U R N A L   O F   N U T R I T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M e d i t e r r a n e a n   d i e t ;   G S T P 1 ;   G S T M 1 ;   G S T T 1 ;   N A T 2 ;   B r e a s t   c a n c e r 	 S - T R A N S F E R A S E   P O L Y M O R P H I S M S ;   C R U C I F E R O U S   V E G E T A B L E   I N T A K E ;   G E N E T I C   P O L Y M O R P H I S M S ;   M E T A B O L I Z I N G - E N Z Y M E S ;   C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   M E A T   C O N S U M P T I O N ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   M E T A A N A L Y S I S ;   I S O T H I O C Y A N A T E S ;   G S T M 1 	 X e n o b i o t i c   m e t a b o l i s m   i s   r e l a t e d   t o   t h e   i n t e r p l a y   b e t w e e n   d i e t   a n d   b r e a s t   c a n c e r   ( B C )   r i s k .   T h i s   i n v o l v e s   d e t o x i f i c a t i o n   e n z y m e s ,   w h i c h   a r e   p o l y m o r p h i c   a n d   m e t a b o l i s e   v a r i o u s   d i e t a r y   m e t a b o l i t e s .   A n   i m p o r t a n t   c h a r a c t e r i s t i c   o f   t h i s   p a t h w a y   i s   t h a t   c h e m o p r o t e c t i v e   m i c r o n u t r i e n t s   c a n   a c t   n o t   o n l y   a s   s u b s t r a t e s   b u t   a l s o   a s   i n d u c e r s   f o r   t h e s e   e n z y m e s .   W e   i n v e s t i g a t e d   w h e t h e r   f u n c t i o n a l   G S T P 1   ( p . I l e 1 0 5 V a l - r s 1 6 9 5 ) ,   N A T 2   ( 5 9 0 G   >   A - r s 1 7 9 9 9 3 0 )   S N P s   a n d   G S T M 1   a n d   G S T T 1   d e l e t i o n   p o l y m o r p h i s m s   c o u l d   m o d u l a t e   t h e   e f f e c t   o f   t h e   M e d i t e r r a n e a n   d i e t   ( M D )   o n   B C   r i s k ,   i n   G r e e k - C y p r i o t   w o m e n .   G e n o t y p i n g   w a s   p e r f o r m e d   o n   w o m e n   f r o m   t h e   M A S T O S   c a s e - c o n t r o l   s t u d y   o f   B C   i n   C y p r u s .   A   3 2 - i t e m   f o o d - f r e q u e n c y   q u e s t i o n n a i r e   w a s   u s e d   t o   o b t a i n   d i e t a r y   i n t a k e   i n f o r m a t i o n .   A   d i e t a r y   p a t t e r n ,   w h i c h   c l o s e l y   r e s e m b l e s  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 9 5   %   C I   0 . 6 3 - 0 . 8 3 ,   f o r   5 9 0   G A   =   0 . 8 1 ,   9 5   %   C I   0 . 7 0 - 0 . 9 4 ) .   p   i n t e r a c t i o n   v a l u e s   w e r e   n o t ,   h o w e v e r ,   s t a t i s t i c a l l y   s i g n i f i c a n t .   T h e   h o m o z y g o u s   n u l l   G S T T 1   g e n o t y p e   c o u l d   b e   a   r i s k   a l l e l e   f o r   B C   a m o n g   G r e e k - C y p r i o t   w o m e n .   T h e   a n t i c a r c i n o g e n i c   e f f e c t s   o f   t h e   h i g h   a d h e r e n c e   t o   M D   a g a i n s t   B C   r i s k   c o u l d   a l s o   b e   f u r t h e r   e n h a n c e d   w h e n   c o m b i n e d   w i t h   t h e   w i l d - t y p e   a l l e l e s   o f   t h e   d e t o x i f i c a t i o n   G S T P 1   o r   N A T 2   S N P s . 	 [ K a k k o u r a ,   M a r i a   G . ;   L o i z i d o u ,   M a r i a   A . ;   K y r i a c o u ,   K y r i a c o s ;   H a d j i s a v v a s ,   A n d r e a s ]   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   D e p t   E M   M o l   P a t h o l ,   6   I n t   A i r p o r t   A v e ,   C Y - 2 3 7 0   N i c o s i a ,   C y p r u s ;   [ K a k k o u r a ,   M a r i a   G . ;   K y r i a c o u ,   K y r i a c o s ;   H a d j i s a v v a s ,   A n d r e a s ]   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   C y p r u s   S c h   M o l   M e d ,   N i c o s i a ,   C y p r u s ;   [ D e m e t r i o u ,   C h r i s t i a n a   A . ]   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   N e u r o l   C l i n   D ,   N i c o s i a ,   C y p r u s ;   [ L o u c a i d e s ,   G i o r g o s ]   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   N i c o s i a ,   C y p r u s ;   [ D a n i e l ,   M a r i a ]   B a n k   C y p r u s   O n c o l   C t r ,   N i c o s i a ,   C y p r u s 	 K y r i a c o u ,   K ;   H a d j i s a v v a s ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   D e p t   E M   M o l   P a t h o l ,   6   I n t   A i r p o r t   A v e ,   C Y - 2 3 7 0   N i c o s i a ,   C y p r u s . ;   K y r i a c o u ,   K ;   H a d j i s a v v a s ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C y p r u s   I n s t   N e u r o l   &   G e n e t ,   C y p r u s   S c h   M o l   M e d ,   N i c o s i a ,   C y p r u s . 	 k y r i a c o s @ c i n g . a c . c y ;   a h s a v v a s @ c i n g . a c . c y 	 	 	 C y p r u s   R e s e a r c h   P r o m o t i o n   F o u n d a t i o n   [ 0 1 0 4 / 1 3 ,   0 1 0 4 / 1 7 ] ;   C y p r u s   I n s t i t u t e   o f   N e u r o l o g y   a n d   G e n e t i c s ;   E u r o b a n k   C y p r u s   S c h o l a r s h i p   t h r o u g h   t h e   C y p r u s   S c h o o l   o f   M o l e c u l a r   M e d i c i n e 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   " C y p r u s   R e s e a r c h   P r o m o t i o n   F o u n d a t i o n "   g r a n t s   0 1 0 4 / 1 3 ,   0 1 0 4 / 1 7   a n d   t h e   C y p r u s   I n s t i t u t e   o f   N e u r o l o g y   a n d   G e n e t i c s .   M a r i a   G .   K a k k o u r a   i s   f u n d e d   b y   t h e   E u r o b a n k   C y p r u s   S c h o l a r s h i p   p r o v i d e d   t h r o u g h   t h e   C y p r u s   S c h o o l   o f   M o l e c u l a r   M e d i c i n e .   F u r t h e r ,   w e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   a l l   t h e   s t u d y   p a r t i c i p a n t s   a n d   a c k n o w l e d g e   t h e   h e l p   o f   t h e   f o l l o w i n g   c a n c e r   p a t i e n t ' s   o r g a n i s a t i o n s :   t h e   P a n c y p r i a n   A s s o c i a t i o n   o f   C a n c e r   P a t i e n t s   a n d   F r i e n d s ,   E u r o p a   D o n n a   C y p r u s ,   t h e   C y p r u s   A n t i c a n c e r   S o c i e t y   a s   w e l l   a s   D r   V a i o s   P a r t a s i d e s ,   d i r e c t o r   o f   t h e   N a t i o n a l   b r e a s t   c a n c e r   s c r e e n i n g   p r o g r a m m e   a n d   h i s   t e a m .   W e   a l s o   w o u l d   l i k e   t o   e x p r e s s   o u r   a p p r e c i a t i o n   t o   D o c t o r s   E l e n i   K a k o u r i ,   P a n a y i o t i s   P a p a d o p o u l o s ,   Y i o l a   M a r c o u   a n d   S i m o n   M a l a s   a s   w e l l   a s   t o   a l l   t h e   n u r s e s   a n d   v o l u n t e e r s   w h o   p r o v i d e d   v a l u a b l e   h e l p   t o w a r d s   t h e   r e c r u i t m e n t   o f   t h e   s t u d y   p a r t i c i p a n t s . 	 A l b u q u e r q u e   R C R ,   2 0 1 4 ,   N U T R   R E V ,   V 7 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / n u r e . 1 2 0 8 3 ;   A l i O s m a n   F ,   1 9 9 7 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 2 ,   P 1 0 0 0 4 ;   A m b r o s o n e   C B ,   2 0 0 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 1 ,   P 7 1 3 0 ;   A m b r o s o n e   C B ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   P R E V   R E S ,   V 2 ,   P 2 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 9 4 0 - 6 2 0 7 . C A P R - 0 9 - 0 0 3 7 ;   A u n e   D ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 3 4 ,   P 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 2 - 2 1 1 8 - 1 ;   B r e n n a n   S F ,   2 0 1 0 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 1 ,   P 1 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 2 0 0 9 . 2 8 7 9 6 ;   C h e n   X X ,   2 0 1 1 ,   C Y T O K I N E ,   V 5 6 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c y t o . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 8 ;   D e m e t r i o u   C A ,   2 0 1 2 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 2 - 1 1 3 ;   E g e b e r g   R ,   2 0 0 8 ,   E U R   J   C A N C E R   P R E V ,   V 1 7 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / C E J . 0 b 0 1 3 e 3 2 8 0 9 b 4 c d d ;   F N D D S   U ,   2 0 1 1 ,   U S D A   F O O D   N U T R   D A T   D ;   F o w k e   J H ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 3 ,   P 3 9 8 0 ;   G a g o - D o m i n g u e z   M ,   2 0 0 4 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 5 ,   P 2 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g h 2 3 0 ;   G a g o - D o m i n g u e z   M ,   2 0 0 7 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 1 6 2 8 ;   G e r b e r   M ,   2 0 0 3 ,   C L I N   C H E M   L A B   M E D ,   V 4 1 ,   P 9 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / C C L M . 2 0 0 3 . 1 5 3 ;   G e r v a s i n i   G ,   2 0 1 0 ,   N U T R   C A N C E R ,   V 6 2 ,   P 7 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 3 5 5 8 1 0 0 3 6 0 5 9 4 6 ;   H a d j i s a v v a s   A ,   2 0 1 0 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 0 - 4 4 7 ;   J a n c o v a   P ,   2 0 1 0 ,   B I O M E D   P A P ,   V 1 5 4 ,   P 1 0 3 ;   J o s e p h   M A ,   2 0 0 4 ,   N U T R   C A N C E R ,   V 5 0 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 7 / s 1 5 3 2 7 9 1 4 n c 5 0 0 2 _ 1 1 ;   K a k k o u r a   M G ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   N U T R ,   V 5 5 ,   P 1 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 9 4 - 0 1 5 - 0 9 7 1 - 5 ;   K a k k o u r a   M G ,   2 0 1 5 ,   G E N E S   N U T R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 6 3 - 0 1 5 - 0 4 5 3 - 7 ;   K a r e n - N g   L P ,   2 0 1 1 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 2 ,   P 1 1 6 1 ;   L a m p e   J W ,   2 0 0 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 9 ,   p S 1 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 2 0 0 9 . 2 6 7 3 6 D ;   L a r s s o n   S C ,   2 0 0 4 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 7 9 ,   P 9 3 5 ;   L e e   S A ,   2 0 0 8 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 7 ,   P 7 5 3 ;   L i n   J ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 8 ,   P 2 0 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 8 - 1 1 7 4 ;   L i u   J J ,   2 0 1 3 ,   M O L   B I O L   R E P ,   V 4 0 ,   P 3 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 3 3 - 0 1 2 - 2 3 9 6 - z ;   L o i z i d o u   M A ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 1 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 9 - 0 5 1 8 - 7 ;   L o i z i d o u   M A ,   2 0 0 9 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 1 5 ,   P 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 8 - 0 0 8 4 - 4 ;   L u   S ,   2 0 1 1 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 5 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 0 - 0 9 6 9 - x ;   N a v a r r o   S L ,   2 0 1 1 ,   F O O D   F U N C T ,   V 2 ,   P 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 1 f o 1 0 1 1 4 e ;   O c h s - B a l c o m   H M ,   2 0 0 7 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 6 6 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a j e / k w m 0 6 6 ;   O r t e g a   R M ,   2 0 0 6 ,   P U B L I C   H E A L T H   N U T R ,   V 9 ,   P 1 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 3 6 8 9 8 0 0 0 7 6 6 8 5 3 0 ;   P e r e z - L o p e z   F R ,   2 0 0 9 ,   M A T U R I T A S ,   V 6 4 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t u r i t a s . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 1 3 ;   R e s z k a   E ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 9 6 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 9 / B J N 2 0 0 6 1 8 7 8 ;   S c h w i n g s h a c k l   L ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 5 ,   P 1 8 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 8 2 4 ;   S e o w   A ,   2 0 0 5 ,   M U T A T   R E S - F U N D   M O L   M ,   V 5 9 2 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r f m m m . 2 0 0 5 . 0 6 . 0 0 4 ;   S e r g e n t a n i s   T N ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 1 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 9 - 0 5 2 0 - 0 ;   S i m o p o u l o s   A P ,   2 0 0 4 ,   E U R   J   C A N C E R   P R E V ,   V 1 3 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / c e j . 0 0 0 0 1 3 0 0 1 1 . 9 9 1 4 8 . 0 7 ;   S k j e l b r e d   C F ,   2 0 0 7 ,   B M C   C A N C E R ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 7 - 2 2 8 ;   S o l e   X ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 1 9 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 2 6 8 ;   S p i t z   M R ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 9 ,   P 1 0 1 7 ;   S t e c k   S E ,   2 0 0 7 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 8 ,   P 1 9 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g m 1 4 1 ;   S t e c k   S E ,   2 0 0 9 ,   E N V I R O N   M O L   M U T A G E N ,   V 5 0 ,   P 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e m . 2 0 4 5 6 ;   S t e i n b r e c h e r   A ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 9 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 9 - 0 6 6 0 ;   T u r n e r   F ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 1 2 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 0 4 0 4 ;   V e r a - R a m i r e z   L ,   2 0 1 3 ,   C R I T   R E V   F O O D   S C I ,   V 5 3 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 4 0 8 3 9 8 . 2 0 1 0 . 5 2 1 6 0 0 ;   V o g l   F D ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 3 ,   P 1 4 7 3 ;   W a n g   J ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 0 ,   P 1 8 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 6 1 9 9 ;   W a n g   L I ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 1 5 ,   P 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 2 - 0 0 4 - 1 0 9 3 - 1 ;   W u   A H ,   2 0 0 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 9 ,   P 1 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 2 0 0 8 . 2 6 9 1 5 ;   Z h a n g   J A ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 3 ,   P 8 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 0 - 0 8 0 7 - 1 ;   Z h a o   H ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 0 ,   P 2 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 2 5 4 9 	 5 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 1 4 3 6 - 6 2 0 7 	 1 4 3 6 - 6 2 1 5 	 	 E U R   J   N U T R 	 E u r .   J .   N u t r . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 5 6 	 2 	 	 	 	 	 5 4 5 	 5 5 5 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 9 4 - 0 1 5 - 1 0 9 9 - 3 	 	 1 1 	 N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 E N 5 I R 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 0 3 9 3 0 0 0 0 9 	 2 6 5 7 2 8 9 1 	 
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 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 1 6 ;   A l i z a d e h   A A ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 3 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 0 0 5 0 1 ;   A z a r   A .   T . ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T A T I O N A L I N T E L L I ;   B a e z a - Y a t e s   R .   A . ,   1 9 9 9 ,   M O D E R N   I N F O R M   R E T R I E ;   B a n d u r a   A . ,   1 9 6 3 ,   S O C I A L   L E A R N I N G   P E R S ;   B i e n k o w s k a   J R ,   2 0 0 9 ,   G E N O M I C S ,   V 9 4 ,   P 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 8 ;   B o l o n - C a n e d o   V ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 0 ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 3 5 ;   B o n f e r r o n i   C .   E . ,   1 9 3 6 ,   T E O R I A   S T A T   C L A S S I   C ;   C a i   R C ,   2 0 0 9 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 2 ,   P 9 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 5 ;   C a o   J ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 5 3 ,   P 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 9 ;   C a p r i o t t i   E ,   2 0 1 1 ,   G E N O M I C S ,   V 9 8 ,   P 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 1 0 ;   C h e n   D . ,   2 0 0 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 0 5 ,   P 1 3 2 ;   C h e n   X ,   2 0 1 2 ,   G E N O M I C S ,   V 9 9 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 3 ;   C h o   J H ,   2 0 0 4 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 7 1 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 8 7 ;   C h o   J H ,   2 0 0 3 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 5 1 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 4 - 5 7 9 3 ( 0 3 ) 0 0 8 1 9 - 6 ;   C h o   S B ,   2 0 0 7 ,   A P P L   I N T E L L ,   V 2 6 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 8 9 - 0 0 6 - 0 0 2 0 - 4 ;   D a s g u p t a   D . ,   2 0 1 3 ,   E V O L U T I O N A R Y   A L G O R I T ;   D e s s i   N . ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 3 ;   D e v o r e   J a y   L . ,   1 9 9 5 ,   P R O B A B I L I T Y   S T A T   E N G ;   D u d o i t   S ,   2 0 0 2 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 7 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 2 7 5 3 4 7 9 2 4 8 ;   E l   A k a d i   A ,   2 0 1 1 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 2 6 ,   P 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 1 0 - 0 2 8 8 - x ;   E l y a s i g o m a r i   V ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 5 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 1 5 ;   F O G E L   D B ,   1 9 9 0 ,   B I O L   C Y B E R N ,   V 6 3 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 2 0 3 0 3 2 ;   G a g l i a r d i   F ,   2 0 1 1 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 2 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 0 2 ;   G a r r o   B . A . ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G u o   P ,   2 0 1 4 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 3 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 1 ;   H a n c e r   E ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 6 ,   P 3 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 2 3 ;   H e   X . ,   2 0 0 5 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 5 0 7 ;   H e d e n f a l k   I ,   2 0 0 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 4 ,   P 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M 2 0 0 1 0 2 2 2 3 4 4 0 8 0 1 ;   H o c h b e r g   Y . ,   2 0 0 8 ,   M U L T I P L E   C O M P   P R O C E D ;   H u a n g   H L ,   2 0 0 7 ,   B I O S Y S T E M S ,   V 9 0 ,   P 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s y s t e m s . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 0 3 ;   H u e r t a   E d m u n d o   B o n i l l a ,   2 0 0 8 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 6 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 6 7 2 - 0 2 2 9 ( 0 8 ) 6 0 0 2 1 - 2 ;   J i n   Y . ,   2 0 1 3 ,   K N O W L E D G E   I N C O R P O R A T ;   K a r   S ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 6 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 1 4 ;   K h a n   J ,   2 0 0 1 ,   N A T   M E D ,   V 7 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 8 9 0 4 4 ;   K h a n   M W ,   2 0 1 2 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 0 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 1 4 ;   K h o d a r e v   N N ,   2 0 0 3 ,   G E N O M I C S ,   V 8 1 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 8 8 - 7 5 4 3 ( 0 2 ) 0 0 0 4 2 - 3 ;   K u m a r   A ,   2 0 0 7 ,   G E N O M I C S ,   V 9 0 ,   P 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 0 8 ;   L a z a r   C ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 3 3 ;   L e e   C P ,   2 0 1 1 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 1 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 1 0 ;   L e e   K E ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 9 . 1 . 9 0 ;   L e e   Y ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 1 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t g 1 0 2 ;   L i   G Z ,   2 0 0 7 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   7 T H   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   B I O I N F O R M A T I C S   A N D   B I O E N G I N E E R I N G ,   V O L S   I   A N D   I I ,   P 1 4 3 9 ;   L i   L B ,   2 0 0 5 ,   G E N O M I C S ,   V 8 5 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 0 4 . 0 9 . 0 0 7 ;   L i   L P ,   2 0 0 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   P 1 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 7 . 1 2 . 1 1 3 1 ;   L i a o   B ,   2 0 1 4 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 1 ,   P 1 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 2 8 3 3 4 ;   M A L I N A   W ,   1 9 8 1 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 ,   P 6 1 1 ;   M a n n i n g   C D . ,   2 0 0 8 ,   I N T R O   I N F O R M   R E T R I E V ;   M i s h r a   D . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   S C I   E N G   R E S ,   V 2 ,   P 1 ;   M o h a m m a d i   M ,   2 0 1 6 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 7 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 6 ;   M o w r e r   O . ,   1 9 6 0 ,   L E A R N I N G   T H E O R Y   B E H A ;   N A K A I   K ,   1 9 9 2 ,   G E N O M I C S ,   V 1 4 ,   P 8 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 8 8 - 7 5 4 3 ( 0 5 ) 8 0 1 1 1 - 9 ;   N i i j i m a   S ,   2 0 0 9 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 6 ,   P 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 7 . 7 0 2 5 7 ;   O l y a e e   S a e e d ,   2 0 1 3 ,   F r o n t i e r s   o f   O p t o e l e c t r o n i c s ,   V 6 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 0 0 - 0 1 3 - 0 3 3 7 - 7 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P e r e z   N P ,   2 0 1 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 3 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 4 ;   P i h u r   V ,   2 0 0 8 ,   G E N O M I C S ,   V 9 2 ,   P 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 0 3 ;   Q i   Y S ,   2 0 1 1 ,   G E N O M I C S ,   V 9 7 ,   P 3 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 2 ;   R a h m a n   M E ,   2 0 1 2 ,   G E N O M I C S ,   V 9 9 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 1 ;   R u s s e l l   S . ,   2 0 0 3 ,   A R T I F I C I A L   I N T E L L I G E ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S e n a r a t n a   N . I . ,   2 0 0 5 ,   G E N E T I C   A L G O R I T H M S   C ;   S i n g h   D ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 2 ) 0 0 0 3 0 - 2 ;   S R I N I V A S   M ,   1 9 9 4 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 2 4 ,   P 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 1 . 2 8 6 3 8 5 ;   T a n   F . ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   P 1 1 ;   T a n   Y D ,   2 0 0 6 ,   G E N O M I C S ,   V 8 8 ,   P 8 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 0 3 ;   T i b s h i r a n i   R ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 6 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 2 0 9 9 2 9 9 ;   T o n g   D L ,   2 0 1 1 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 3 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 8 ;   T u   K ,   2 0 0 4 ,   G E N O M I C S ,   V 8 4 ,   P 9 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 0 5 ;   v a n ' t   V e e r   L J ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 5 3 0 a ;   V o s s   S . ,   2 0 1 2 ,   M E T A H E U R I S T I C S   A D V   T ;   V u k u s i c   I ,   2 0 0 7 ,   G E N O M I C S ,   V 8 9 ,   P 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 0 1 ;   W a n g   A G ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 2 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 1 1 ;   W a n g   Y Q ,   2 0 1 1 ,   G E N O M I C S ,   V 9 8 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 1 1 ;   W h i t w o r t h   B . ,   2 0 1 0 ,   1   M O N D A Y ,   V 1 5 ;   X i a o   Y . ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 5 ;   X i o n g   W e i ,   2 0 0 8 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 6 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 6 7 2 - 0 2 2 9 ( 0 8 ) 6 0 0 2 3 - 6 ;   X u a n   J . ,   2 0 0 7 ,   E U R A S I P J   B I O I N F O R M A ,   V 2 0 0 7 ,   P 3 ;   Y a n g   A . ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   S T A T ,   P 1 ;   Y a n g   F ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 7 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 4 . 2 3 2 0 7 3 2 ;   Y a n g   J . ,   2 0 1 6 ,   G E N E T   M O L   R E S ,   V 1 5 ;   Y a n g   K ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 2 2 8 ;   Y u   H u a l o n g ,   2 0 0 9 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 7 ,   P 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 6 7 2 - 0 2 2 9 ( 0 8 ) 6 0 0 5 0 - 9 ;   Z a h i r i   J ,   2 0 1 3 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 2 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 6 ;   Z h a n g   D . ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 5 ;   Z h e n g   C h u n - H o u ,   2 0 0 8 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 6 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 6 7 2 - 0 2 2 9 ( 0 8 ) 6 0 0 2 2 - 4 ;   Z h o u   M . ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 5 ;   Z h o u   N i n a ,   2 0 0 7 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 5 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 6 7 2 - 0 2 2 9 ( 0 8 ) 6 0 0 1 1 - X ;   Z h o u   X ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 0 3 6 ;   Z i b a k h s h   A ,   2 0 1 3 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 2 6 ,   P 1 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 9 	 9 2 	 0 	 0 	 3 	 3 	 A C A D E M I C   P R E S S   I N C   E L S E V I E R   S C I E N C E 	 S A N   D I E G O 	 5 2 5   B   S T ,   S T E   1 9 0 0 ,   S A N   D I E G O ,   C A   9 2 1 0 1 - 4 4 9 5   U S A 	 0 8 8 8 - 7 5 4 3 	 1 0 8 9 - 8 6 4 6 	 	 G E N O M I C S 	 G e n o m i c s 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 0 9 	 2 	 	 	 	 	 9 1 	 1 0 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 0 4 	 	 1 7 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E Q 3 D X 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 9 5 2 5 0 0 0 0 4 	 2 8 1 5 9 5 9 7 	 
 
 J 	 L i u ,   K ;   K a n g ,   G 	 	 	 	 L i u ,   K u i ;   K a n g ,   G u i x i a 	 	 	 M u l t i v i e w   c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k s   f o r   l u n g   n o d u l e   c l a s s i f i c a t i o n 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   I M A G I N G   S Y S T E M S   A N D   T E C H N O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 l u n g   n o d u l e   c l a s s i f i c a t i o n ;   m u l t i v i e w   c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k s ;   b e n i g n ;   p r i m a r y   m a l i g n a n t ;   m e t a s t a t i c   m a l i g n a n t 	 C O M P U T E R - A I D E D   D I A G N O S I S ;   C T 	 T o   f i n d   a   b e t t e r   w a y   t o   s c r e e n   e a r l y   l u n g   c a n c e r ,   m o t i v a t e d   b y   t h e   g r e a t   s u c c e s s   o f   d e e p   l e a r n i n g ,   w e   e m p i r i c a l l y   i n v e s t i g a t e   t h e   c h a l l e n g e   o f   c l a s s i f y i n g  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 A p p l i c a t   L a b ,   C o l l   I n f o r m a t   &   C o m m u n   E n g n ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 l i u k u i _ 0 0 6 @ 1 2 6 . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   M a j o r   P r o j e c t   o f   C h i n a   [ 2 0 1 3 Z X 0 3 0 0 6 0 0 1 ] ;   N a t i o n a l   H i g h   T e c h n o l o g y   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( " 8 6 3 "   P r o g r a m )   [ 2 0 1 5 A A 0 1 A 7 0 9 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 4 7 1 0 6 4 ,   6 1 5 0 1 0 5 6 ] 	 G r a n t   s p o n s o r s :   N a t i o n a l   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   M a j o r   P r o j e c t   o f   C h i n a   ( N o .   2 0 1 3 Z X 0 3 0 0 6 0 0 1 ) ;   N a t i o n a l   H i g h   T e c h n o l o g y   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( " 8 6 3 "   P r o g r a m ,   N o .   2 0 1 5 A A 0 1 A 7 0 9 ) ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 6 1 4 7 1 0 6 4 ,   6 1 5 0 1 0 5 6 ) 	 A d e t i b a   E m m a n u e l ,   2 0 1 5 ,   S c i e n t i f i c   W o r l d   J o u r n a l ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 7 8 6 0 1 3 ;   A r m a t o   S G ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 2 8 2 0 4 ;   C h e n   L .   C . ,   2 0 1 4 ,   1 4 1 2 7 0 6 2   A R X I V ;   D u   Y ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 7 1 4 ;   F a r a b e t   C ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 1 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 2 . 2 3 1 ;   F a w c e t t   T ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 7 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 1 0 ;   G a t s o n i s   C A ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 8 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 0 0 9 1 8 0 8 ;   H a n   F F ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 4 - 9 7 1 8 - 8 ;   I o f f e   S . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 2 0 3 1 6 7 ;   K i m   B .   C . ,   2 0 1 6 ,   2 0 1 6   4   I N T   W I N T   C   B R ,   P 1 ;   K r i z h e v s k y   A l e x ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   P 1 0 9 7 ;   K u m a r   D . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 9 0 0 1 1 7 ;   K u m a r   D ,   2 0 1 5 ,   2 0 1 5   1 2 T H   C O N F E R E N C E   O N   C O M P U T E R   A N D   R O B O T   V I S I O N   C R V   2 0 1 5 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C R V . 2 0 1 5 . 2 5 ;   L a m p e r t   T A ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 5 ,   P 2 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 6 . 2 5 4 4 7 0 3 ;   L e C u n   Y . ,   1 9 8 9 ,   N e u r a l   C o m p u t a t i o n ,   V 1 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 1 9 8 9 . 1 . 4 . 5 4 1 ;   L e e   M C ,   2 0 1 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 0 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 1 1 ;   L i   Q ,   2 0 0 5 ,   S E M I N   U L T R A S O U N D   C T ,   V 2 6 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . s u l t . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 0 1 ;   O r o z c o   H M ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   E N G   O N L I N E ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 3 8 - 0 1 5 - 0 0 0 3 - y ;   R e n   S . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   P 9 1 ;   S h a f i e e   M .   J . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 1 1 0 3 3 6 1 ;   S h a n   C F ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 3 ,   P 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 1 6 ;   S h e n   W . ,   2 0 1 5 ,   I N F O R M   P R O C E S S I N G   M E ,   P 5 8 8 ;   S h e n   W ,   2 0 1 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 6 1 ,   P 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 2 9 ;   S h e w a y e   T .   N . ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 5 0 8 3 5 0 ;   S i m o n y a n   K . ,   2 0 1 4 ,   1 4 0 9 1 5 5 6   A R X I V ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 0 . 2 0 6 6 2 8 6 ;   S z e g e d y   C ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 5 9 4 ;   T a r t a r   A ,   2 0 1 4 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 4 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 4 . 6 9 4 4 6 6 1 ;   T o r r e   L A ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 6 2 ;   T s u d a   K . ,   2 0 0 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 7 2 9 ;   v a n   d e r   M a a t e n   L ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 3 2 2 1 ;   V e d a l d i   A . ,   2 0 1 5 ,   P   2 3   A C M   I N T   C   M U L T 	 3 1 	 0 	 0 	 6 	 6 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 8 9 9 - 9 4 5 7 	 1 0 9 8 - 1 0 9 8 	 	 I N T   J   I M A G   S Y S T   T E C H 	 I n t .   J .   I m a g i n g   S y s t .   T e c h n o l . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 2 7 	 1 	 	 	 	 	 1 2 	 2 2 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / i m a . 2 2 2 0 6 	 	 1 1 	 E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p t i c s ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y 	 E n g i n e e r i n g ;   O p t i c s ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y 	 E Q 0 A S 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 7 3 4 7 0 0 0 0 2 	 	 
 
 J 	 N g u y e n ,   T H ;   S r i d h a r a n ,   S ;   M a c i a s ,   V ;   K a j d a c s y - B a l l a ,   A ;   M e l a m e d ,   J ;   D o ,   M N ;   P o p e s c u ,   G 	 	 	 	 N g u y e n ,   T a n   H . ;   S r i d h a r a n ,   S h a m i r a ;   M a c i a s ,   V i r g i l i a ;   K a j d a c s y - B a l l a ,   A n d r e ;   M e l a m e d ,   J o n a t h a n ;   D o ,   M i n h   N . ;   P o p e s c u ,   G a b r i e l 	 	 	 A u t o m a t i c   G l e a s o n   g r a d i n g   o f   p r o s t a t e   c a n c e r   u s i n g   q u a n t i t a t i v e   p h a s e   i m a g i n g   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g 	 J O U R N A L   O F   B I O M E D I C A L   O P T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 q u a n t i t a t i v e   p h a s e   i m a g i n g ;   p r o s t a t e   c a n c e r   d i a g n o s i s ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   m i c r o s c o p y ;   h o l o g r a p h y 	 I N T E R F E R E N C E   M I C R O S C O P Y   S L I M ;   R E G R E S S I O N   F O R E S T S ;   T E X T U R E   A N A L Y S I S ;   R E A C T I V E   S T R O M A ;   N E E D L E - B I O P S Y ;   S E G M E N T A T I O N ;   C A R C I N O M A ;   L I G H T ;   A D E N O C A R C I N O M A ;   P R O G R E S S I O N 	 W e   p r e s e n t   a n   a p p r o a c h   f o r   a u t o m a t i c   d i a g n o s i s   o f   t i s s u e   b i o p s i e s .   O u r   m e t h o d o l o g y   c o n s i s t s   o f   a   q u a n t i t a t i v e   p h a s e   i m a g i n g   t i s s u e   s c a n n e r   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   a l g o r i t h m s   t o   p r o c e s s   t h e s e   d a t a .   W e   i l l u s t r a t e   t h e   p e r f o r m a n c e   b y   a u t o m a t i c   G l e a s o n   g r a d i n g   o f   p r o s t a t e   s p e c i m e n s .   T h e   i m a g i n g   s y s t e m   o p e r a t e s   o n   t h e   p r i n c i p l e   o f   i n t e r f e r o m e t r y   a n d ,   a s   a   r e s u l t ,   r e p o r t s   o n  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 T a n   H . ;   S r i d h a r a n ,   S h a m i r a ;   P o p e s c u ,   G a b r i e l ]   U n i v   I l l i n o i s ,   B e c k m a n   I n s t   A d v   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   Q u a n t i t a t   L i g h t   I m a g i n g   L a b ,   U r b a n a ,   I L   6 1 8 0 1   U S A ;   [ M a c i a s ,   V i r g i l i a ;   K a j d a c s y - B a l l a ,   A n d r e ]   U n i v   I l l i n o i s ,   D e p t   P a t h o l ,   C h i c a g o ,   I L   U S A ;   [ M e l a m e d ,   J o n a t h a n ]   N Y U ,   S c h   M e d ,   D e p t   P a t h o l ,   N e w   Y o r k ,   N Y   U S A ;   [ D o ,   M i n h   N . ]   U n i v   I l l i n o i s ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   C o o r d i n a t e d   S c i   L a b ,   C o m p u t a t   I m a g i n g   G r p ,   U r b a n a ,   I L   6 1 8 0 1   U S A 	 P o p e s c u ,   G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   I l l i n o i s ,   B e c k m a n   I n s t   A d v   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   Q u a n t i t a t   L i g h t   I m a g i n g   L a b ,   U r b a n a ,   I L   6 1 8 0 1   U S A . 	 g p o p e s c u @ i l l i n o i s . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ I I P - 1 3 5 3 3 6 8 ] ;   A g i l e n t   L a b o r a t o r i e s 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   ( N o .   I I P - 1 3 5 3 3 6 8 )   a n d   A g i l e n t   L a b o r a t o r i e s .   F o r   m o r e   i n f o r m a t i o n ,   p l e a s e   v i s i t   h t t p : / / l i g h t . e c e . i l l i n o i s . e d u / . 	 A l l s b r o o k   W C ,   2 0 0 1 ,   H U M   P A T H O L ,   V 3 2 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / h u p a . 2 0 0 1 . 2 1 1 3 5 ;   A m i n   M .   B . ,   2 0 0 3 ,   G L E A S O N   G R A D I N G   P R O S ;   B a r r o n   D A ,   2 0 1 2 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 1 9 ,   p R 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E R C - 1 2 - 0 0 8 5 ;   B a u t i s t a   P i n k y   A ,   2 0 1 4 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 5 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 1 2 6 1 5 3 ;   B h a d u r i   B ,   2 0 1 4 ,   A D V   O P T   P H O T O N I C S ,   V 6 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / A O P . 6 . 0 0 0 0 5 7 ;   B h a d u r i   B ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 6 9 3 0 ;   B o n   P ,   2 0 0 9 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 7 ,   P 1 3 0 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 7 . 0 1 3 0 8 0 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   C a r t e r   H B ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 0 ,   P 4 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 2 . 4 4 . 0 5 8 6 ;   C o o k s o n   M S ,   1 9 9 7 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 5 7 ,   P 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 5 3 4 7 ( 0 1 ) 6 5 2 0 1 - 7 ;   C r i m i n i s i   A ,   2 0 1 3 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 7 ,   P 1 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 1 ;   C r i m i n i s i   A . ,   2 0 1 3 ,   D E C I S I O N   F O R E S T C O M ;   C r o w   P ,   2 0 0 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 9 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 1 0 5 9 ;   C u c h e   E ,   1 9 9 9 ,   O P T   L E T T ,   V 2 4 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 2 4 . 0 0 0 2 9 1 ;   D e r a s   I L ,   2 0 0 8 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 9 ,   P 1 5 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 3 8 ;   D i a m o n d   J ,   2 0 0 4 ,   H U M   P A T H O L ,   V 3 5 ,   P 1 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h u m p a t h . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 1 0 ;   E d w a r d s   C ,   2 0 1 4 ,   O P T   L E T T ,   V 3 9 ,   P 6 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 3 9 . 0 0 6 1 6 2 ;   E p s t e i n   J I ,   2 0 1 0 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 8 3 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 4 6 ;   F a r j a m   R ,   2 0 0 5 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 5 7 4 7 ,   P 8 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 5 9 6 0 6 8 ;   F e h r   D ,   2 0 1 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 2 ,   p E 6 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 0 5 9 3 5 1 1 2 ;   F r a n k e l   S ,   2 0 0 3 ,   L A N C E T ,   V 3 6 1 ,   P 1 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 3 ) 1 2 8 9 0 - 5 ;   F r e e d m a n   D . A . ,   2 0 0 9 ,   S T A T   M O D E L S   T H E O R Y   P ;   G e u r t s   P ,   2 0 0 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 6 3 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 6 - 6 2 2 6 - 1 ;   G l e a s o n   D .   F . ,   1 9 7 7 ,   U R O L O G I C   P A T H O L O G Y   P ,   P 1 7 1 ;   G l o c k e r   B . ,   2 0 1 2 ,   E C C V ,   P 8 7 0 ;   G o o d m a n   J .   W . ,   2 0 0 7 ,   S P E C K L E   P H E N O M E N A   O P ;   G u r c a n   M .   N . ,   2 0 0 9 ,   B I O M E D I C A L   E N G   I E E E ,   V 2 ,   P 1 4 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 4 8 6 5 ;   H u m p h r e y   P A ,   2 0 0 4 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 1 7 ,   P 2 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 3 8 0 0 0 5 4 ;   J i a n g   Z ,   2 0 0 2 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 2 6 ,   P 1 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . P A S . 0 0 0 0 0 2 4 9 9 7 . 8 8 4 8 6 . 8 3 ;   J U L E S Z   B ,   1 9 8 1 ,   N A T U R E ,   V 2 9 0 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 2 9 0 0 9 1 a 0 ;   N g u y e n   K ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 3 ,   P 9 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 1 ;   K w a k   J T ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 8 7 5 8 ;   K w a k   J T ,   2 0 1 1 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 1 - 6 2 ;   L e u n g   T ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 4 3 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 1 1 2 6 9 2 0 6 3 8 ;   L e u n g   T . ,   1 9 9 9 ,   P   7   I E E E   I N T   C   C O M P ;   M A L I K   J ,   1 9 9 0 ,   J   O P T   S O C   A M   A ,   V 7 ,   P 9 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 7 . 0 0 0 9 2 3 ;   M a l i k   J ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 4 3 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 1 1 7 4 8 0 3 8 0 0 ;   M u l l e r   B G ,   2 0 1 6 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 9 ,   P 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 5 0 0 2 5 2 ;   N a i k   S . ,   2 0 0 7 ,   P   2   W O R K S H   M I C R   I M   A ;   N g u y e n   T H ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 4 ,   P 1 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 4 . 0 0 1 5 7 1 ;   P o p e s c u   G ,   2 0 0 6 ,   O P T   L E T T ,   V 3 1 ,   P 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 3 1 . 0 0 0 7 7 5 ;   P o p e s c u   G . ,   2 0 1 1 ,   Q U A N T I T A T I V E   P H A S E   I ;   S c h r o f f   F . ,   2 0 0 8 ,   P   B R I T   M A C H   V I S   C ,   P 1 ;   S h o t t o n   J . ,   2 0 0 8 ,   I E E E   C   C O M P   V I S   P A T T ;   S h o t t o n   J . ,   2 0 1 1 ,   I E E E   C   C O M P   V I S   P A T T ;   S h o t t o n   J ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 8 1 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 0 7 - 0 1 0 9 - 1 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 5 4 ;   S i g n o r e t t i   S ,   2 0 0 0 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 5 7 ,   P 1 7 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 2 - 9 4 4 0 ( 1 0 ) 6 4 8 1 4 - 6 ;   S r i d h a r a n   S h a m i r a ,   2 0 1 5 ,   S c i   R e p ,   V 5 ,   P 9 9 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 9 9 7 6 ;   S u n   M ,   2 0 1 2 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 2 . 6 2 4 8 0 7 9 ;   T u x h o r n   J A ,   2 0 0 2 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 8 ,   P 2 9 1 2 ;   U .   C .   S .   W .   G r o u p ,   2 0 1 3 ,   U S   C A N C   S T A T   1 9 9 9   2 0 ;   U t t a m   S ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 4 7 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 5 - 1 2 7 4 ;   V I N C E N T   L ,   1 9 9 1 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 3 ,   P 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 8 7 3 4 4 ;   W a n g   Z ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 6 5 6 7 3 2 ;   W a n g   Z ,   2 0 1 1 ,   O P T   L E T T ,   V 3 6 ,   P 1 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 3 6 . 0 0 1 2 1 5 ;   W a n g   Z ,   2 0 1 1 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 9 ,   P 1 0 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 9 . 0 0 1 0 1 6 ;   Y a g i   Y ,   2 0 1 1 ,   D I A G N   P A T H O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 6 - 1 5 9 6 - 6 - S 1 - S 1 5 ;   Z i k i c   D ,   2 0 1 2 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 7 5 1 2 ,   P 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 3 4 5 4 - 2 _ 4 6 	 6 0 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P I E - S O C   P H O T O - O P T I C A L   I N S T R U M E N T A T I O N   E N G I N E E R S 	 B E L L I N G H A M 	 1 0 0 0   2 0 T H   S T ,   P O   B O X   1 0 ,   B E L L I N G H A M ,   W A   9 8 2 2 5   U S A 	 1 0 8 3 - 3 6 6 8 	 1 5 6 0 - 2 2 8 1 	 	 J   B I O M E D   O P T 	 J .   B i o m e d .   O p t . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 2 2 	 3 	 	 	 	 	 	 	 0 3 6 0 1 5 	 1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 2 2 . 3 . 0 3 6 0 1 5 	 	 1 2 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E Q 3 B C 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 9 4 4 9 0 0 0 3 0 	 	 
 
 J 	 S h a i k h ,   N ;   S h a r m a ,   M ;   G a r g ,   P 	 	 	 	 S h a i k h ,   N a e e m ;   S h a r m a ,   M a h e s h ;   G a r g ,   P r a b h a 	 	 	 S e l e c t i v e   F u s i o n   o f   H e t e r o g e n e o u s   C l a s s i f i e r s   f o r   P r e d i c t i n g   S u b s t r a t e s   o f   M e m b r a n e   T r a n s p o r t e r s 	 J O U R N A L   O F   C H E M I C A L   I N F O R M A T I O N   A N D   M O D E L I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 D R U G   E F F L U X   T R A N S P O R T E R S ;   R E S I S T A N C E   P R O T E I N   B C R P ;   B R E A S T - C A N C E R ;   P - G L Y C O P R O T E I N ;   M O D E L S ;   B R A I N ;   Q S A R ;   P R O T E O C H E M O M E T R I C S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   B I O I N F O R M A T I C S 	 M e m b r a n e   t r a n s p o r t e r s   p l a y   a   c r u c i a l   r o l e   i n   d e t e r m i n i n g   f a t e   o f   a d m i n i s t e r e d   d r u g s   i n   a  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 I n d i a . 	 p r a b h a g a r g @ n i p e r . a c . i n 	 	 	 	 	 B e l e k a r   V ,   2 0 1 5 ,   C O M B   C H E M   H I G H   T   S C R ,   V 1 8 ,   P 4 7 6 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   C a o   D S ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 3 ,   P 3 0 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 4 0 0 1 2 7 q ;   D e e l e y   R G ,   2 0 0 6 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 0 ,   P 1 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 0 5 . 1 2 . 0 3 6 ;   D u r a n t   J L ,   2 0 0 2 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 2 ,   P 1 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 1 0 1 3 2 r ;   E s t u d a n t e   M ,   2 0 1 3 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 6 5 ,   P 1 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d r . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 4 2 ;   F i l i p i t s   M ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 1 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 3 3 ;   F r e y   B J ,   2 0 0 7 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 5 ,   P 9 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 3 6 8 0 0 ;   G a r g   P ,   2 0 1 5 ,   M O L   D I V E R S ,   V 1 9 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 3 0 - 0 1 4 - 9 5 6 2 - 2 ;   G i a c o m i n i   K M ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 9 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 3 0 2 8 ;   H a z a i   E ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 1 3 0 ;   H i l l g r e n   K M ,   2 0 1 3 ,   C L I N   P H A R M A C O L   T H E R ,   V 9 4 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c l p t . 2 0 1 3 . 7 4 ;   H o u   T J ,   2 0 0 7 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 7 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 6 0 0 3 4 3 x ;   K o n i g   J ,   2 0 1 3 ,   P H A R M A C O L   R E V ,   V 6 5 ,   P 9 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / p r . 1 1 3 . 0 0 7 5 1 8 ;   L a p i n s h   M ,   2 0 0 5 ,   M O L   P H A R M A C O L ,   V 6 7 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / m o l . 1 0 4 . 0 0 2 8 5 7 ;   L e s l i e   E M ,   2 0 0 5 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 0 4 ,   P 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 0 4 . 1 0 . 0 1 2 ;   L e v a t i c   J ,   2 0 1 3 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 6 ,   P 5 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 4 0 0 3 2 8 s ;   L i   D ,   2 0 1 4 ,   M O L   P H A R M A C E U T ,   V 1 1 ,   P 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / m p 4 0 0 4 5 0 m ;   L i n g i n e n i   K . ,   2 0 1 7 ,   M O L   D I V E R S ,   P 1 ;   L o s c h e r   W ,   2 0 0 5 ,   P R O G   N E U R O B I O L ,   V 7 6 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p n e u r o b i o . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 0 6 ;   M a k   L ,   2 0 1 5 ,   J   C H E M I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 3 2 1 - 0 1 5 - 0 0 8 3 - 5 ;   M a t s s o n   P ,   2 0 1 3 ,   C L I N   P H A R M A C O L   T H E R ,   V 9 4 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c l p t . 2 0 1 3 . 6 7 ;   M a t s s o n   P a r ,   2 0 1 5 ,   I n   S i l i c o   P h a r m a c o l ,   V 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 2 0 3 - 0 1 5 - 0 0 1 2 - 3 ;   P e d r e g o s a   F ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 8 2 5 ;   P l a t t s   J A ,   2 0 0 1 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 3 6 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 2 2 3 - 5 2 3 4 ( 0 1 ) 0 1 2 6 9 - 7 ;   P o o n g a v a n a m   V ,   2 0 1 2 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 2 0 ,   P 5 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 4 5 ;   R i n i k e r   S ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M I N F O R M A T I C S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 8 - 2 9 4 6 - 5 - 4 3 ;   R o s e   K ,   2 0 0 2 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 2 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 1 0 1 2 7 n ;   S e d y k h   A ,   2 0 1 3 ,   P H A R M   R E S - D O R D R ,   V 3 0 ,   P 9 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 9 5 - 0 1 2 - 0 9 3 5 - x ;   S h a i k h   N ,   2 0 1 6 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 2 ,   P 1 0 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 m b 0 0 6 5 0 c ;   S h a r o m   F J ,   2 0 0 8 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S ,   V 9 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / 1 4 6 2 2 4 1 6 , 9 . 1 . 1 0 5 ;   S p r o u s   D G ,   2 0 1 0 ,   C U R R   T O P   M E D   C H E M ,   V 1 0 ,   P 6 1 9 ;   S u b r a r n a n i a n   V ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 3 ,   P 3 0 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 4 0 0 3 6 9 z ;   S u n   H Y ,   2 0 0 3 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 5 5 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 9 - 4 0 9 X ( 0 2 ) 0 0 1 7 2 - 2 ;   V a p n i k   V l a d i m i r   N . ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   W a n g   W Y ,   2 0 1 5 ,   P H A R M   R E S - D O R D R ,   V 3 2 ,   P 3 0 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 9 5 - 0 1 5 - 1 6 8 7 - 1 ;   W i j n h o l d s   J ,   1 9 9 7 ,   N A T   M E D ,   V 3 ,   P 1 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 1 1 9 7 - 1 2 7 5 ;   W i k b e r g   J .   E .   S . ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T A T I O N A L   A P P R O A ,   P 5 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 1 1 1 8 1 3 1 4 1 1 ;   X u   Y ,   2 0 1 3 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 2 0 ,   P 2 1 1 8 ;   Z h a n g   H . ,   2 0 0 4 ,   1 7   F L O R   A R T   I N T   R E S ,   P 5 6 2 ;   Z h a n g   T . ,   2 0 0 4 ,   P   2 1   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 1 1 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 1 5 3 3 0 . 1 0 1 5 3 3 2 ;   Z h o n g   L ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 1 ,   P 1 0 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 9 ;   Z h o u   S   F ,   2 0 0 8 ,   D r u g   D i s c o v   T h e r ,   V 2 ,   P 3 0 5 ;   Z h o u   Z . - H . ,   2 0 1 2 ,   E N S E M B L E   M E T H O D S   F D N ;   Y o u   G ,   2 0 1 4 ,   W I L E Y   S E R   D R U G   D I S C ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 1 1 1 8 7 0 5 3 0 8 	 4 6 	 0 	 0 	 0 	 0 	 A M E R   C H E M I C A L   S O C 	 W A S H I N G T O N 	 1 1 5 5   1 6 T H   S T ,   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 0 3 6   U S A 	 1 5 4 9 - 9 5 9 6 	 1 5 4 9 - 9 6 0 X 	 	 J   C H E M   I N F   M O D E L 	 J .   C h e m   I n f .   M o d e l . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 5 7 	 3 	 	 	 	 	 5 9 4 	 6 0 7 	 	 1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j c i m . 6 b 0 0 5 0 8 	 	 1 4 	 C h e m i s t r y ,   M e d i c i n a l ;   C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y ;   C h e m i s t r y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E Q 1 N Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 8 3 8 1 0 0 0 2 1 	 2 8 2 2 8 0 1 0 	 
 
 J 	 I k u t a ,   N ;   C h i k a m o t o ,   K ;   A s a n o ,   Y ;   Y a s u i ,   Y ;   Y o k o k a w a ,   H ;   T e r a o ,   K ;   R i m b a c h ,   G ;   M a t s u g o ,   S 	 	 	 	 I k u t a ,   N a o k o ;   C h i k a m o t o ,   K e i t a ;   A s a n o ,   Y u y a ;   Y a s u i ,   Y o s h i a k i ;   Y o k o k a w a ,   H a r u k a ;   T e r a o ,   K e i j i ;   R i m b a c h ,   G e r a l d ;   M a t s u g o ,   S e i i c h i 	 	 	 T i m e   C o u r s e   E f f e c t   o f   R - A l p h a - L i p o i c   A c i d   o n   C e l l u l a r   M e t a b o l o m i c s   i n   C u l t u r e d   H e p a t o m a   C e l l s 	 J O U R N A L   O F   M E D I C I N A L   F O O D 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 a m i n o   a c i d s ;   e n a n t i o s e l e c t i v i t y ;   g l y c o n e o g e n e s i s ;   h e p a t o m a   c e l l s ;   H 4 I I E C 3 ;   l i p o i c   a c i d ;   m e t a b o l o m i c s 	 G L U C O S E - U P T A K E ;   A P O P T O S I S ;   P A T H W A Y ;   C O M P L E X ;   C A N C E R S 	 A l p h a - l i p o i c   a c i d   ( L A )   i s   a   p o w e r f u l   a n t i o x i d a n t .   L A   h a s   t w o   e n a n t i o m e r s ,   R ( + ) - L A   ( R - L A )   a n d   S ( - ) - L A   ( S - L A ) .   O f   t h e s e ,   R - L A   i s   n a t u r a l l y   o c c u r r i n g   a n d   a n   e s s e n t i a l   c o f a c t o r   i n   e n e r g y   m e t a b o l i s m .   R - L A   t r e a t m e n t   h a s   b e e n   r e p o r t e d   t o   a f f e c t   g l u c o s e   m e t a b o l i s m   i n   r a t   h e p a t o m a   c e l l s .   T h i s   s t u d y   a n a l y z e d   t h e   t i m e   c o u r s e   o f   m e t a b o l i t e   l e v e l s   i n   L A - t r e a t e d   c u l t u r e d   H 4 I I E C 3   r a t   h e p a t o m a   c e l l s ,   i n c l u d i n g   a   s p e c i f i c   e v a l u a t i o n   o f   t h e   e f f e c t   o f   R - L A   a n d   t h e   e n a n t i o s e l e c t i v i t y   o f  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 M a t s u g o ,   S e i i c h i ]   K a n a z a w a   U n i v ,   C o l l   S c i   &   E n g n ,   K a n a z a w a ,   I s h i k a w a   9 2 0 1 1 9 2 ,   J a p a n ;   [ T e r a o ,   K e i j i ]   C y c l o C h e m   B i o   C o   L t d ,   K o b e ,   H y o g o ,   J a p a n ;   [ R i m b a c h ,   G e r a l d ]   U n i v   K i e l ,   I n s t   H u m a n   N u t r   &   F o o d   S c i ,   K i e l ,   G e r m a n y 	 M a t s u g o ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a n a z a w a   U n i v ,   C o l l   S c i   &   E n g n ,   K a n a z a w a ,   I s h i k a w a   9 2 0 1 1 9 2 ,   J a p a n . 	 s - m a t s u g o h @ s e . k a n a z a w a - u . a c . j p 	 	 	 J a p a n   S o c i e t y   f o r   t h e   P r o m o t i o n   o f   S c i e n c e 	 W e   t h a n k   C h a n g s h u   F u s h i l a i   M e d i c i n e   &   C h e m i c a l   C o . ,   L t d .   a n d   T o y o   H a k k o   f o r   t h e i r   d o n a t i o n   o f   R ( + ) - a l p h a - l i p o i c   a c i d .   T h i s   w o r k   ( S . M . )   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   a   G r a n t - i n - A i d   f o r   E x p l o r a t o r y   R e s e a r c h   f r o m   J a p a n   S o c i e t y   f o r   t h e   P r o m o t i o n   o f   S c i e n c e . 	 A l f a r o u k   K h a l i d   O ,   2 0 1 4 ,   O n c o s c i e n c e ,   V 1 ,   P 7 7 7 ;   A l f a r o u k   K h a l i d   O ,   2 0 1 1 ,   C a n c e r s   ( B a s e l ) ,   V 3 ,   P 4 0 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / c a n c e r s 3 0 1 0 4 0 8 ;   C h o i   S Y ,   2 0 0 9 ,   A N N   N Y   A C A D   S C I ,   V 1 1 7 1 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 9 - 6 6 3 2 . 2 0 0 9 . 0 4 7 0 8 . x ;   D i e s e l   B ,   2 0 0 7 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 4 6 ,   P 2 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 6 0 2 5 4 7 m ;   E s t r a d a   D E ,   1 9 9 6 ,   D I A B E T E S ,   V 4 5 ,   P 1 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d i a b e t e s . 4 5 . 1 2 . 1 7 9 8 ;   F e u e r e c k e r   B ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 1 3 ,   P 1 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c b t . 2 2 0 0 3 ;   G a t e n b y   R A ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 8 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 4 7 8 ;   H e r m a n n   R o b e r t ,   2 0 1 4 ,   C l i n   P h a r m a c o l ,   V 6 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / C P A A . S 7 1 5 7 4 ;   I w a k a m i   S ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 7 4 0 1 ;   K i m   J W ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 8 9 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 6 - 1 5 0 1 ;   K o n r a d   D ,   2 0 0 1 ,   D I A B E T E S ,   V 5 0 ,   P 1 4 6 4 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d i a b e t e s . 5 0 . 6 . 1 4 6 4 ;   K o r i y a m a   Y ,   2 0 1 3 ,   N E U R O S C I   R E S ,   V 7 7 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r e s . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 0 1 ;   K o r i y a m a   Y ,   2 0 1 3 ,   B R A I N   R E S ,   V 1 4 9 9 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r a i n r e s . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 4 1 ;   L o m m e n   A ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 3 0 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 0 0 0 3 6 d ;   M i c h i k o s h i   H ,   2 0 1 3 ,   C A N C   L E T T ,   V 1 3 ,   p S 0 3 0 4 ;   N i k o l a i   S ,   2 0 1 5 ,   N U T R   R E S   R E V ,   V 2 8 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 9 5 4 4 2 2 4 1 5 0 0 0 0 6 2 ;   N i k o l a i   S ,   2 0 1 4 ,   N U T R I T I O N ,   V 3 0 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n u t . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 2 ;   P a c k e r   L ,   2 0 0 1 ,   N U T R I T I O N ,   V 1 7 ,   P 8 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 9 - 9 0 0 7 ( 0 1 ) 0 0 6 5 8 - X ;   R e e d   L J ,   1 9 9 8 ,   P R O T E I N   S C I ,   V 7 ,   P 2 2 0 ;   S h i   D Y ,   2 0 0 8 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 2 ,   P 1 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 2 1 ;   T s u g a w a   H ,   2 0 1 1 ,   J   B I O S C I   B I O E N G ,   V 1 1 2 ,   P 2 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i o s c . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 0 1 ;   T s u g a w a   H ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 1 3 1 ;   U c h i d a   R ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 6 ,   P 1 0 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 6 0 5 1 0 1 0 5 ;   W a l g r e n   J L ,   2 0 0 4 ,   M E T A B O L I S M ,   V 5 3 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e t a b o l . 2 0 0 3 . 0 9 . 0 0 8 ;   W e n z e l   U ,   A P O P T O S I S ;   Y a m a d a   T ,   2 0 1 1 ,   N E U R O C H E M   I N T ,   V 5 9 ,   P 1 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u i n t . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 0 5 	 2 6 	 0 	 0 	 1 	 1 	 M A R Y   A N N   L I E B E R T ,   I N C 	 N E W   R O C H E L L E 	 1 4 0   H U G U E N O T   S T R E E T ,   3 R D   F L ,   N E W   R O C H E L L E ,   N Y   1 0 8 0 1   U S A 	 1 0 9 6 - 6 2 0 X 	 1 5 5 7 - 7 6 0 0 	 	 J   M E D   F O O D 	 J .   M e d .   F o o d 	 M A R 	 2 0 1 7 	 2 0 	 3 	 	 	 	 	 2 1 1 	 2 2 2 	 	 1 0 . 1 0 8 9 / j m f . 2 0 1 6 . 3 8 3 7 	 	 1 2 	 C h e m i s t r y ,   M e d i c i n a l ;   F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y ;   N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y ;   F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y ;   N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 E P 7 M O 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 5 6 2 1 0 0 0 0 2 	 2 8 2 9 6 5 9 5 	 
 
 J 	 R o b i n s o n ,   S M ;   J a m e s o n ,   K A ;   B l o o m ,   I ;   N t a n i ,   G ;   C r o z i e r ,   S R ;   S y d d a l l ,   H ;   D e n n i s o n ,   E M ;   C o o p e r ,   C ;   S a y e r ,   A A 	 	 	 	 R o b i n s o n ,   S .   M . ;   J a m e s o n ,   K .   A . ;   B l o o m ,   I . ;   N t a n i ,   G . ;   C r o z i e r ,   S .   R . ;   S y d d a l l ,   H . ;   D e n n i s o n ,   E .   M . ;   C o o p e r ,   C . ;   S a y e r ,   A .   A . 	 	 	 D e v e l o p m e n t   o f   a   s h o r t   q u e s t i o n n a i r e   t o   a s s e s s   d i e t   q u a l i t y   a m o n g   o l d e r   c o m m u n i t y - d w e l l i n g   a d u l t s 	 J O U R N A L   O F   N U T R I T I O N   H E A L T H   &   A G I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 D i e t   q u a l i t y ;   d i e t a r y   a s s e s s m e n t ;   s h o r t   q u e s t i o n n a i r e ;   o l d e r   a d u l t s 	 F O O D - F R E Q U E N C Y   Q U E S T I O N N A I R E S ;   H E R T F O R D S H I R E   C O H O R T ;   C A R D I O V A S C U L A R - D I S E A S E ;   A L L - C A U S E ;   M O R T A L I T Y ;   P A T T E R N S ;   W O M E N ;   A G E ;   C A N C E R ;   I N D E X 	 T o   e v a l u a t e   t h e   u s e   o f   a   s h o r t   q u e s t i o n n a i r e   t o   a s s e s s   d i e t   q u a l i t y   i n   o l d e r   a d u l t s .   C r o s s - s e c t i o n a l   s t u d y .   H e r t f o r d s h i r e ,   U K .   3 2 1 7   c o m m u n i t y - d w e l l i n g   o l d e r   a d u l t s   ( 5 9 - 7 3   y e a r s ) .   D i e t   w a s   a s s e s s e d   u s i n g   a n   a d m i n i s t e r e d   f o o d   f r e q u e n c y   q u e s t i o n n a i r e   ( F F Q ) ;   t w o   m e a s u r e s   o f   d i e t   q u a l i t y   w e r e   d e f i n e d   b y   c a l c u l a t i n g   p a r t i c i p a n t s '   ' p r u d e n t   d i e t '   s c o r e s ,   f i r s t l y   f r o m   a   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   o f   t h e   d a t a   f r o m   t h e   f u l l   F F Q   ( 1 2 9   i t e m s )   a n d ,   s e c o n d l y ,   f r o m   a   s h o r t   v e r s i o n   o f   t h e   F F Q   ( i n c l u d i n g   2 4   i n d i c a t o r   f o o d s ) .   S c o r e s   c a l c u l a t e d   f r o m   t h e   f u l l   a n d   s h o r t   F F Q   w e r e   c o m p a r e d   w i t h   n u t r i e n t   i n t a k e   a n d   b l o o d   c o n c e n t r a t i o n s   o f   v i t a m i n   C   a n d   l i p i d s .   P r u d e n t   d i e t   s c o r e s   c a l c u l a t e d   f r o m   t h e   f u l l   F F Q   a n d   s h o r t   F F Q   w e r e   h i g h l y   c o r r e l a t e d   ( 0 . 9 1 2   i n   m e n ,   0 . 9 0 4   i n   w o m e n ) .   T h e   p a t t e r n   o f   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   n u t r i e n t   i n t a k e   ( f u l l   F F Q )   a n d   d i e t   s c o r e s   c a l c u l a t e d   u s i n g   t h e   s h o r t   a n d   f u l l   F F Q s   w e r e   v e r y   s i m i l a r ,   b o t h   f o r   m e n   a n d   w o m e n .   P r u d e n t   d i e t   s c o r e s   c a l c u l a t e d   f r o m   t h e   f u l l   a n d   s h o r t   F F Q s   a l s o   s h o w e d   c o m p a r a b l e   p a t t e r n s   o f   a s s o c i a t i o n   w i t h   b l o o d   m e a s u r e m e n t s :   i n   m e n   a n d   w o m e n ,   b o t h   s c o r e s   w e r e   p o s i t i v e l y   a s s o c i a t e d   w i t h   p l a s m a   v i t a m i n   C   c o n c e n t r a t i o n   a n d   s e r u m   H D L ;   i n   w o m e n ,   a n   i n v e r s e   a s s o c i a t i o n   w i t h   s e r u m   t r i g l y c e r i d e s   w a s   a l s o   o b s e r v e d .   A   s h o r t   f o o d - b a s e d   q u e s t i o n n a i r e   p r o v i d e s   u s e f u l   i n f o r m a t i o n   a b o u t   t h e   d i e t   q u a l i t y   o f   o l d e r   a d u l t s .   T h i s   s i m p l e   t o o l   d o e s   n o t   r e q u i r e   n u t r i e n t   a n a l y s i s ,   a n d   h a s   t h e   p o t e n t i a l   t o   b e   o f   v a l u e   t o   n o n s p e c i a l i s t   r e s e a r c h e r s . 	 [ R o b i n s o n ,   S .   M . ;   J a m e s o n ,   K .   A . ;   B l o o m ,   I . ;   N t a n i ,   G . ;   C r o z i e r ,   S .   R . ;   S y d d a l l ,   H . ;   D e n n i s o n ,   E .   M . ;   C o o p e r ,   C . ;   S a y e r ,   A .   A . ]   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   M R C ,   L i f e c o u r s e   E p i d e m i o l   U n i t ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 6   6 Y D ,   H a n t s ,   E n g l a n d ;   [ R o b i n s o n ,   S .   M . ;   B l o o m ,   I . ;   C o o p e r ,   C . ]   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   N I H R ,   S o u t h a m p t o n   B i o m e d   R e s   C t r ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 6   6 Y D ,   H a n t s ,   E n g l a n d ;   [ R o b i n s o n ,   S .   M . ;   B l o o m ,   I . ;   C o o p e r ,   C . ]   S o u t h a m p t o n   U n i v   H o s p   N H S   T r u s t ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 6   6 Y D ,   H a n t s ,   E n g l a n d ;   [ C o o p e r ,   C . ]   U n i v   O x f o r d ,   N I H R ,   M u s c u l o s k e l e t a l   B i o m e d   R e s   U n i t ,   N u f f i e l d   O r t h o p a e d   C t r ,   W i n d m i l l   R d ,   O x f o r d   O X 3   7 L D ,   E n g l a n d ;   [ S a y e r ,   A .   A . ]   N e w c a s t l e   U n i v ,   I n s t   A g e i n g ,   N e w c a s t l e   U p o n   T y n e ,   T y n e   &   W e a r ,   E n g l a n d ;   [ S a y e r ,   A .   A . ]   N e w c a s t l e   U n i v ,   I n s t   H l t h   &   S o c ,   N e w c a s t l e   U p o n   T y n e ,   T y n e   &   W e a r ,   E n g l a n d 	 R o b i n s o n ,   S M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   S o u t h a m p t o n   G e n   H o s p ,   L i f e c o u r s e   E p i d e m i o l   U n i t ,   M R C ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 6   6 Y D ,   H a n t s ,   E n g l a n d . 	 s m r @ m r c . s o t o n . a c . u k 	 	 	 A r t h r i t i s   R e s e a r c h   U K   [ 1 9 5 8 3 ] ;   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   [ M C _ U P _ A 6 2 0 _ 1 0 1 5 ,   M C _ U U _ 1 2 0 1 1 / 2 ] 	 	 A k b a r a l y   T N ,   2 0 0 9 ,   B R I T   J   P S Y C H I A T ,   V 1 9 5 ,   P 4 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 2 / b j p . b p . 1 0 8 . 0 5 8 9 2 5 ;   A l k e r w i   A ,   2 0 1 4 ,   N U T R I T I O N ,   V 3 0 ,   P 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n u t . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 1 ;   B a i l e y   R L ,   2 0 0 7 ,   J   N U T R ,   V 1 3 7 ,   P 4 2 1 ;   B a i l e y   R L ,   2 0 0 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 0 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 2 0 0 8 . 2 7 2 6 8 ;   B a r t a l i   B ,   2 0 0 3 ,   J   N U T R ,   V 1 3 3 ,   P 2 8 6 8 ;   B I N G H A M   S A ,   1 9 9 4 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 7 2 ,   P 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 9 / B J N 1 9 9 4 0 0 6 4 ;   B i n g h a m   S A ,   2 0 0 3 ,   L A N C E T ,   V 3 6 2 ,   P 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 3 ) 1 3 9 1 3 - X ;   C r o z i e r   S R ,   2 0 1 0 ,   E U R   J   C L I N   N U T R ,   V 6 4 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j c n . 2 0 0 9 . 1 1 4 ;   C r o z i e r   S R ,   2 0 0 8 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 9 9 ,   P 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 0 7 8 3 1 7 4 6 ;   E n g l a n d   C Y ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   C L I N   N U T R ,   V 6 9 ,   P 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j c n . 2 0 1 5 . 6 ;   F o r d   D a r a   W . ,   2 0 1 4 ,   J o u r n a l   o f   N u t r i t i o n   i n   G e r o n t o l o g y   a n d   G e r i a t r i c s ,   V 3 3 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 2 1 5 5 1 1 9 7 . 2 0 1 4 . 8 7 5 8 1 9 ;   F r e i s l i n g   H ,   2 0 1 3 ,   D I E T   Q U A L I T Y   E V I D E N C ,   V 2 ,   P 3 6 5 ;   H l e b o w i c z   J ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ;   H u   F .   B . ,   1 9 9 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 6 9 ,   P 8 9 0 ;   I r z   X ,   2 0 1 4 ,   P U B L I C   H E A L T H   N U T R ,   V 1 7 ,   P 1 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 3 6 8 9 8 0 0 1 3 0 0 1 1 4 6 ;   K a n t   A K ,   2 0 0 0 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 3 ,   P 2 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 3 . 1 6 . 2 1 0 9 ;   M A R G O L I S   S A ,   1 9 8 8 ,   C L I N   C H E M ,   V 3 4 ,   P 2 2 1 7 ;   M a y n a r d   M ,   2 0 0 6 ,   E U R   J   P U B L I C   H E A L T H ,   V 1 6 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / e u r p u b / c k i 1 6 7 ;   M a y n a r d   M J ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   C L I N   N U T R ,   V 6 3 ,   p S 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j c n . 2 0 0 8 . 6 6 ;   M c N a u g h t o n   S A ,   2 0 0 8 ,   J   N U T R ,   V 1 3 8 ,   P 8 6 ;   M c N a u g h t o n   S A ,   2 0 1 2 ,   J   N U T R ,   V 1 4 2 ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 1 1 . 1 4 8 6 9 2 ;   N i j h o l t   W ,   J   N U T R   H L T H   I N   P R E S S ;   R e e d y   J ,   2 0 1 4 ,   J   N U T R ,   V 1 4 4 ,   P 8 8 1 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 1 3 . 1 8 9 4 0 7 ;   R o b i n s o n   S ,   2 0 1 2 ,   J   A G I N G   R E S ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 5 1 0 8 0 1 ;   R o b i n s o n   S ,   2 0 0 9 ,   A G E   A G E I N G ,   V 3 8 ,   P 5 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a g e i n g / a f p 1 2 1 ;   R o b i n s o n   S M ,   2 0 0 6 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 4 ,   P 2 3 7 ;   R o b i n s o n   S M ,   2 0 0 4 ,   E U R   J   C L I N   N U T R ,   V 5 8 ,   P 1 1 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . e j c n . 1 6 0 1 9 4 6 ;   S c h r o d e r   H ,   2 0 1 2 ,   P U B L I C   H E A L T H   N U T R ,   V 1 5 ,   P 6 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 3 6 8 9 8 0 0 1 1 0 0 1 9 2 3 ;   S t a t a C o r p ,   2 0 1 5 ,   S T A T   R E L   1 4   S T A T   S O F ;   S y d d a l l   H E ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   E P I D E M I O L ,   V 3 4 ,   P 1 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / i j e / d y i 1 2 7 ;   V l i s m a s   K ,   2 0 1 0 ,   P U B L I C   H E A L T H   N U T R ,   V 1 3 ,   P 1 8 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 3 6 8 9 8 0 0 1 0 0 0 0 6 4 9 ;   W i l l e t t   W ,   1 9 9 8 ,   N U T R   E P I D E M I O L O G Y ;   W o o d   A D ,   2 0 1 4 ,   B R   J   N U T R ,   V 2 8 ,   P 1 3 4 1 ;   Z u n i g a   K ,   2 0 1 5 ,   J   N U T R   H E A L T H   A G I N G ,   V 1 9 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 6 0 3 - 0 1 4 - 0 5 6 6 - 5 	 3 4 	 1 	 1 	 0 	 0 	 S P R I N G E R   F R A N C E 	 P A R I S 	 2 2   R U E   D E   P A L E S T R O ,   P A R I S ,   7 5 0 0 2 ,   F R A N C E 	 1 2 7 9 - 7 7 0 7 	 1 7 6 0 - 4 7 8 8 	 	 J   N U T R   H E A L T H   A G I N G 	 J .   N u t r .   H e a l t h   A g i n g 	 M A R 	 2 0 1 7 	 2 1 	 3 	 	 	 	 	 2 4 7 	 2 5 3 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 6 0 3 - 0 1 6 - 0 7 5 8 - 2 	 	 7 	 G e r i a t r i c s   &   G e r o n t o l o g y ;   N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 G e r i a t r i c s   &   G e r o n t o l o g y ;   N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 E N 7 S S 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 2 0 3 1 0 0 0 0 3 	 2 8 2 4 4 5 6 2 	 
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 G l e a s o n   s c o r e   p r e d i c t i o n .   T u m o r s   w e r e   c l a s s i f i e d   i n t o   t h r e e   g r o u p s   ( 3 + 3 ,   3 + 4 , >   3 + 4 ) .   M a c h i n e   l e a r n i n g   a l g o r i t h m s   w e r e   u s e d   t o   e v a l u a t e   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e   c o m b i n e d   u s e   o f   t h e   p a r a m e t e r s .   S i m u l a t i o n   s t u d i e s   w e r e   p e r f o r m e d   t o   e v a l u a t e   r o b u s t n e s s   o f   t h e   f i t t i n g   m e t h o d s   a g a i n s t   n o i s e .   R e s u l t s :   M o n o e x p o n e n t i a l   m o d e l   w a s   p r e f e r r e d   o v e r   I V I M   b a s e d   o n   A I C .   T h e   "   p s e u d o d i f f u s i o n "   p a r a m e t e r s   d e m o n s t r a t e d   l o w   r e p e a t a b i l i t y   a n d   c l i n i c a l   v a l u e .   M e d i a n   "   p s e u d o d i f f u s i o n "   f r a c t i o n   v a l u e s   w e r e   b e l o w   8 . 0 0 % .   C o m b i n e d   u s e   o f   t h e   p a r a m e t e r s   d i d   n o t   o u t p e r f o r m   t h e   m o n o e x p o n e n t i a l   m o d e l .   C o n c l u s i o n :   M o n o e x p o n e n t i a l   m o d e l   d e m o n s t r a t e d   t h e   h i g h e s t   r e p e a t a b i l i t y   a n d   c l i n i c a l   v a l u e s   i n   t h e   r e g i o n s - o f - i n t e r e s t   b a s e d   a n a l y s i s   o f   p r o s t a t e   c a n c e r   D W I ,   b - v a l u e s   i n   t h e   r a n g e   o f   0 - 5 0 0   s / m m ( 2 )   ( C )   2 0 1 6   I n t e r n a t i o n a l   S o c i e t y   f o r   M a g n e t i c   R e s o n a n c e   i n   M e d i c i n e 	 [ M e r i s a a r i ,   H a r r i ;   M o v a h e d i ,   P a r i s a ;   P e r e z ,   I l e a n a   M . ;   T o i v o n e n ,   J u s s i ;   P e s o l a ,   M a r k o ;   K i v i n i e m i ,   A i d a ;   A r o n e n ,   H a n n u   J . ;   J a m b o r ,   I v a n ]   U n i v   T u r k u ,   D e p t   D i a g n o s t   R a d i o l ,   K i i n a m y l l y n k a t u   4 - 8 , P O B   5 2 ,   F I - 2 0 5 2 1   T u r k u ,   F i n l a n d ;   [ M e r i s a a r i ,   H a r r i ;   J a m b o r ,   I v a n ]   U n i v   T u r k u ,   T u r k u   P E T   C t r ,   T u r k u ,   F i n l a n d ;   [ M e r i s a a r i ,   H a r r i ;   M o v a h e d i ,   P a r i s a ;   P e r e z ,   I l e a n a   M . ;   T o i v o n e n ,   J u s s i ;   P e s o l a ,   M a r k o ;   K i v i n i e m i ,   A i d a ;   A r o n e n ,   H a n n u   J . ]   T u r k u   U n i v   H o s p ,   M e d   I m a g i n g   C t r   S o u t h w e s t   F i n l a n d ,   T u r k u ,   F i n l a n d ;   [ M o v a h e d i ,   P a r i s a ;   P e r e z ,   I l e a n a   M . ;   T o i v o n e n ,   J u s s i ;   P a h i k k a l a ,   T a p i o ;   J a m b o r ,   I v a n ]   U n i v   T u r k u ,   D e p t   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   T u r k u ,   F i n l a n d ;   [ T a i m e n ,   P e k k a ]   U n i v   T u r k u ,   D e p t   P a t h o l ,   T u r k u ,   F i n l a n d ;   [ T a i m e n ,   P e k k a ]   T u r k u   U n i v   H o s p ,   D e p t   P a t h o l ,   T u r k u ,   F i n l a n d ;   [ B o s t r o m ,   P e t e r   J . ]   T u r k u   U n i v   H o s p ,   D e p t   U r o l ,   T u r k u ,   F i n l a n d 	 J a m b o r ,   I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T u r k u ,   D e p t   D i a g n o s t   R a d i o l ,   K i i n a m y l l y n k a t u   4 - 8 , P O B   5 2 ,   F I - 2 0 5 2 1   T u r k u ,   F i n l a n d . 	 i v j a m b @ u t u . f i 	 	 	 I n s t r u m e n t a r i u m   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n ;   S i g r i d   J u s e l i u s   F o u n d a t i o n ;   T u r k u   U n i v e r s i t y   H o s p i t a l ;   T Y K S - S A P A   r e s e a r c h   f u n d ;   F i n n i s h   C u l t u r a l   F o u n d a t i o n 	 G r a n t   s p o n s o r :   I n s t r u m e n t a r i u m   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n ;   G r a n t   s p o n s o r :   S i g r i d   J u s e l i u s   F o u n d a t i o n ;   G r a n t   s p o n s o r :   T u r k u   U n i v e r s i t y   H o s p i t a l ;   G r a n t   s p o n s o r :   T Y K S - S A P A   r e s e a r c h   f u n d ;   G r a n t   s p o n s o r :   F i n n i s h   C u l t u r a l   F o u n d a t i o n . 	 A i r o l a   A ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 5 5 ,   P 1 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 1 8 ;   A k a i k e   H . ,   1 9 7 3 ,   2   I N T   S   I N F   T H E O R ,   P 2 6 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 6 1 2 - 1 6 9 4 - 0 _ ;   B e n n e t t   K M ,   2 0 0 3 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 5 0 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 0 5 8 1 ;   B l a n d   J M ,   1 9 9 9 ,   S T A T   M E T H O D S   M E D   R E S ,   V 8 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 1 / 0 9 6 2 2 8 0 9 9 6 7 3 8 1 9 2 7 2 ;   B o u r n e   R M ,   2 0 1 4 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 7 2 ,   P 1 4 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 5 0 3 2 ;   C h o   G Y ,   2 0 1 5 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 7 4 ,   P 1 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 5 4 8 4 ;   D r a i s m a   G ,   2 0 0 3 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 5 ,   P 8 6 8 ;   E p s t e i n   J I ,   2 0 0 5 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 2 9 ,   P 1 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . p a s . 0 0 0 0 1 7 3 6 4 6 . 9 9 3 3 7 . b 1 ;   E p s t e i n   J I ,   2 0 1 0 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 8 3 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 4 6 ;   F r o h l i c h   A F ,   2 0 0 6 ,   J   M A G N   R E S O N ,   V 1 7 9 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m r . 2 0 0 5 . 1 2 . 0 0 5 ;   H a l l   M G ,   2 0 0 8 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 5 9 ,   P 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 1 4 5 3 ;   H A N L E Y   J A ,   1 9 8 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 4 8 ,   P 8 3 9 ;   H E N K E L M A N   R M ,   1 9 9 0 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 1 6 ,   P 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 9 1 0 1 6 0 3 1 3 ;   J a m b o r   I ,   2 0 1 6 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 7 5 ,   P 2 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 5 8 0 8 ;   J a m b o r   I ,   2 0 1 5 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 7 3 ,   P 1 9 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 5 3 2 3 ;   J e n s e n   J H ,   2 0 0 5 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 5 3 ,   P 1 4 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 0 5 0 8 ;   J o h n s t o n   D C ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   R E V   B ,   V 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v B . 7 4 . 1 8 4 4 3 0 ;   J o n e s   E . ,   2 0 0 1 ,   S C I P Y   O P E N   S O U R C E   S C ;   K i m   S ,   2 0 1 2 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 5 ,   P 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 1 7 9 3 ;   K i s e l e v   V G ,   2 0 0 7 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 5 7 ,   P 4 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 1 1 6 4 ;   K o h   D M ,   2 0 0 9 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 9 ,   P 2 7 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 9 - 1 4 6 9 - 4 ;   K r i s t o f f e r s e n   A ,   2 0 1 2 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 2 8 2 6 ;   K r i s t o f f e r s e n   A ,   2 0 1 1 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 6 ,   P 1 6 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 2 9 6 0 ;   L a w s o n   C .   L . ,   1 9 7 4 ,   S O L V I N G   L E A S T   S Q U A R E ,   V 1 6 1 ;   L e   B i h a n   D ,   2 0 0 7 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 2 ,   p R 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 2 / 7 / R 0 2 ;   L e   B i h a n   D ,   2 0 0 8 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 9 ,   P 7 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 9 3 0 8 1 3 0 1 ;   L E B I H A N   D ,   1 9 9 2 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 2 7 ,   P 1 7 1 ;   L E B I H A N   D ,   1 9 8 8 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 6 8 ,   P 4 9 7 ;   L u c i a n i   A ,   2 0 0 8 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 9 ,   P 8 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 9 3 0 8 0 0 8 0 ;   M a d l e r   B ,   2 0 1 3 ,   P   2 1   A N N   M   I S M R M   S A L ;   M a d l e r   B ,   2 0 1 4 ,   P   J O I N T   A N N   M   I S M R M ;   M a z a h e r i   Y ,   2 0 1 2 ,   J   C O M P U T   A S S I S T   T O M O ,   V 3 6 ,   P 6 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R C T . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 6 b d b b d ;   P a n a g i o t a k i   E ,   2 0 1 5 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 5 0 ,   P 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 5 ;   P a n g   Y X ,   2 0 1 3 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 9 ,   P 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 4 2 7 7 ;   P e d r e g o s a   F ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 8 2 5 ;   P E K A R   J ,   1 9 9 2 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 2 3 ,   P 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 9 1 0 2 3 0 1 1 3 ;   P r u e s s m a n n   K P ,   1 9 9 9 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 4 2 ,   P 9 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 5 2 2 - 2 5 9 4 ( 1 9 9 9 1 1 ) 4 2 : 5 < 9 5 2 : : A I D - M R M 1 6 > 3 . 0 . C O ; 2 - S ;   R i c h e s   S F ,   2 0 0 9 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 2 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 1 3 2 8 ;   R o b i n   X ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 7 7 ;   S H R O U T   P E ,   1 9 7 9 ,   P S Y C H O L   B U L L ,   V 8 6 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / / 0 0 3 3 - 2 9 0 9 . 8 6 . 2 . 4 2 0 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 8 ;   T o i v o n e n   J ,   2 0 1 5 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 7 4 ,   P 1 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 5 4 8 2 ;   W a l s h   P C ,   2 0 0 7 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 7 ,   P 2 6 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M c p 0 7 0 6 7 8 4 ;   Y a b l o n s k i y   D A ,   2 0 0 3 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 5 0 ,   P 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 0 5 7 8 ;   Y u a n   Q ,   2 0 1 5 ,   P   2 3   A N N   M   I S M R M   T O R 	 4 5 	 1 	 1 	 3 	 3 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 7 4 0 - 3 1 9 4 	 1 5 2 2 - 2 5 9 4 	 	 M A G N   R E S O N   M E D 	 M a g n .   R e s o n .   M e d . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 7 7 	 3 	 	 	 	 	 1 2 4 9 	 1 2 6 4 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 6 1 6 9 	 	 1 6 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E P 5 G U 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 4 0 7 8 0 0 0 3 5 	 2 6 9 2 4 5 5 2 	 
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 G e e r t   G r o o t e p l e i n   Z u i d   1 0 ,   N L - 6 5 3 5   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s ;   [ d e n   H e e t e n ,   A r d ]   A c a d   M e d   C t r   A m s t e r d a m ,   D e p t   R a d i o l ,   N L - 1 1 0 0   D d   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s 	 K o o i ,   T   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R a d b o u d U M C ,   D e p t   R a d i o l   &   N u c l   M e d ,   G e e r t   G r o o t e p l e i n   Z u i d   1 0 ,   N L - 6 5 3 5   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s . 	 t h i j s . k o o i @ r a d b o u d u m c . n l 	 	 	 D u t c h   C a n c e r   S o c i e t y   [ K U N   2 0 1 2 - 5 5 7 7 ] ;   F o u n d a t i o n   o f   P o p u l a t i o n   S c r e e n i n g   M i d   W e s t 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   f u n d e d   b y   g r a n t   K U N   2 0 1 2 - 5 5 7 7   o f   t h e   D u t c h   C a n c e r   S o c i e t y   a n d   s u p p o r t e d   b y   t h e   F o u n d a t i o n   o f   P o p u l a t i o n   S c r e e n i n g   M i d   W e s t . 	 B a r   Y ,   2 0 1 5 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 8 3 1 2 4 ;   B r o d e r s e n   J ,   2 0 1 3 ,   A N N   F A M   M E D ,   V 1 1 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 0 / a f m . 1 4 6 6 ;   B r u n a   J ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 1 8 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 2 . 2 3 0 ;   C i o m p i   F ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 6 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 1 ;   C i r e s a n   D C ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 1 5 0 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 7 6 3 - 5 _ 5 1 ;   C o h e n   T S ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 1 2 7 6 5 9 ;   D i e l e m a n   S ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 2 0 2 6 6 0 ;   D i x o n   J M ,   1 9 9 9 ,   L A N C E T ,   V 3 5 3 ,   P 1 7 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 9 8 ) 0 6 4 0 8 - 3 ;   E F R O N   B ,   1 9 7 9 ,   A N N   S T A T ,   V 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o s / 1 1 7 6 3 4 4 5 5 2 ;   E r h a r d   K ,   2 0 1 6 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 5 1 ,   P 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 6 ;   F e n t o n   J J ,   2 0 1 1 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 3 ,   P 1 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j r 2 0 6 ;   F r i e d m a n   J H ,   2 0 0 1 ,   A N N   S T A T ,   V 2 9 ,   P 1 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o s / 1 0 1 3 2 0 3 4 5 1 ;   H e   K M ,   2 0 1 5 ,   I E E E   I   C O N F   C O M P   V I S ,   P 1 0 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C V . 2 0 1 5 . 1 2 3 ;   H o f m a n n i n g e r   J ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 6 4 3 ;   J a m e s   B ,   2 0 1 0 ,   P   P Y T H   S C I   C O M P   C   S C ,   V 4 ,   P 3 ;   K a r s s e m e i j e r   N ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 3 8 9 3 8 ;   K i n g m a   D . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 4 1 2 6 9 8 0 ;   K o o i   T h i j s ,   2 0 1 4 ,   B r e a s t   I m a g i n g .   1 2 t h   I n t e r n a t i o n a l   W o r k s h o p ,   I W D M   2 0 1 4 .   P r o c e e d i n g s :   L N C S   8 5 3 9 ,   P 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 0 7 8 8 7 - 8 _ 8 0 ;   K o o i   T ,   2 0 1 7 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 3 5 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 0 7 ;   K o o i   T ,   2 0 1 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 6 9 9 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 1 5 4 6 - 8 _ 7 ;   K u n i o   D ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T E R I Z E D   M E D   I M A ,   V 3 1 ,   P 1 9 8 ;   L a k e   B M ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 4 0 0 2 8 9 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L e h m a n   C D ,   2 0 1 5 ,   J A M A   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 5 ,   P 1 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a i n t e r n m e d . 2 0 1 5 . 5 2 3 1 ;   L o n g   J ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 4 1 1 4 0 3 8 ;   M a l i c h   A ,   2 0 0 6 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 6 ,   P 1 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 5 - 0 0 8 9 - x ;   M n i h   V ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 8 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 2 3 6 ;   N g   Y u e - H e i   J ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 3 0 8 9 0 9 ;   O q u a b   M ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 7 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 2 2 2 ;   P r a s o o n   A d h i s h ,   2 0 1 3 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 6 ,   P 2 4 6 ;   R a o   V M ,   2 0 1 0 ,   J   A M   C O L L   R A D I O L ,   V 7 ,   P 8 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a c r . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 1 9 ;   R o n n e b e r g e r   O ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 5 1 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 7 4 - 4 _ 2 8 ;   R u s s a k o v s k y   O ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 1 5 ,   P 1 ;   S c h m i d h u b e r   J ,   2 0 1 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 6 1 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 3 ;   S h i n   H C ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 1 6 2 ;   S h i n   H C ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 0 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 7 1 2 ;   S i c k l e s   E A ,   1 9 9 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 1 3 ,   P 1 1 ;   S i l v e r   D ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E ,   V 5 2 9 ,   P 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 6 9 6 1 ;   S i m o n y a n   K . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 9 1 5 5 6 ;   S r i v a s t a v a   N ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 9 2 9 ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 5 3 0 2 ;   T i m p   S ,   2 0 0 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 1 ,   P 9 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 6 8 8 0 3 9 ;   v a n   G i n n e k e n   B ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 1 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 1 0 9 1 7 1 0 	 4 3 	 0 	 0 	 9 	 9 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 0 9 4 - 2 4 0 5 	 2 4 7 3 - 4 2 0 9 	 	 M E D   P H Y S 	 M e d .   P h y s . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 4 4 	 3 	 	 	 	 	 1 0 1 7 	 1 0 2 7 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / m p . 1 2 1 1 0 	 	 1 1 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E Q 2 A N 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 8 7 0 8 0 0 0 2 0 	 2 8 0 9 4 8 5 0 	 
 
 J 	 Z h u ,   Y L ;   W a n g ,   L ;   L i u ,   M X ;   Q i a n ,   C J ;   Y o u s u f ,   A ;   O t o ,   A ;   S h e n ,   D G 	 	 	 	 Z h u ,   Y u l i a n ;   W a n g ,   L i ;   L i u ,   M i n g x i a ;   Q i a n ,   C h u n j u n ;   Y o u s u f ,   A m b e r e e n ;   O t o ,   A y t e k i n ;   S h e n ,   D i n g g a n g 	 	 	 M R I - b a s e d   p r o s t a t e   c a n c e r   d e t e c t i o n   w i t h   h i g h - l e v e l   r e p r e s e n t a t i o n   a n d   h i e r a r c h i c a l   c l a s s i f i c a t i o n 	 M E D I C A L   P H Y S I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 d e e p   l e a r n i n g ;   h i e r a r c h i c a l   c l a s s i f i c a t i o n ;   m a g n e t i c   r e s o n a n c e   i m a g i n g   ( M R I ) ;   p r o s t a t e   c a n c e r   d e t e c t i o n ;   r a n d o m   f o r e s t 	 C O M P U T E R - A I D E D   D E T E C T I O N ;   C O N T R A S T - E N H A N C E D   M R I ;   D I F F U S I O N ;   L O C A L I Z A T I O N ;   C O M B I N A T I O N ;   D I A G N O S I S 	 P u r p o s e :   E x t r a c t i n g   t h e   h i g h - l e v e l   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n   b y   u s i n g   d e e p   n e u r a l   n e t w o r k s   f o r   d e t e c t i o n   o f   p r o s t a t e   c a n c e r ,   a n d   t h e n   b a s e d   o n   h i g h - l e v e l   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n   c o n s t r u c t i n g   h i e r a r c h i c a l   c l a s s i f i c a t i o n   t o   r e f i n e   t h e   d e t e c t i o n   r e s u l t s .   M e t h o d s :   H i g h - l e v e l   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n   i s   f i r s t   l e a r n e d   b y   a   d e e p   l e a r n i n g   n e t w o r k ,   w h e r e   m u l t i - p a r a m e t r i c   M R   i m a g e s   a r e   u s e d   a s   t h e   i n p u t   d a t a .   T h e n ,   b a s e d   o n   t h e   l e a r n e d   h i g h - l e v e l   f e a t u r e s ,   a   h i e r a r c h i c a l   c l a s s i f i c a t i o n   m e t h o d   i s   d e v e l o p e d ,   w h e r e   m u l t i p l e   r a n d o m   f o r e s t   c l a s s i f i e r s   a r e   i t e r a t i v e l y   c o n s t r u c t e d   t o   r e f i n e   t h e   d e t e c t i o n   r e s u l t s   o f   p r o s t a t e   c a n c e r .   R e s u l t s :   T h e   e x p e r i m e n t s   w e r e   c a r r i e d   o n   2 1   r e a l   p a t i e n t   s u b j e c t s ,   a n d   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   a c h i e v e s   a n   a v e r a g e d   s e c t i o n - b a s e d   e v a l u a t i o n   ( S B E )   o f   8 9 . 9 0 % ,   a n   a v e r a g e d   s e n s i t i v i t y   o f   9 1 . 5 1 % ,   a n d   a n   a v e r a g e d   s p e c i f i c i t y   o f   8 8 . 4 7 % .   C o n c l u s i o n s :   T h e   h i g h - l e v e l   f e a t u r e s   l e a r n e d   f r o m   o u r   p r o p o s e d   m e t h o d   c a n   a c h i e v e   b e t t e r   p e r f o r m a n c e   t h a n   t h e   c o n v e n t i o n a l   h a n d c r a f t e d   f e a t u r e s   ( e . g . ,   L B P   a n d   H a a r - l i k e   f e a t u r e s )   i n   d e t e c t i n g   p r o s t a t e   c a n c e r   r e g i o n s ,   a l s o   t h e   c o n t e x t   f e a t u r e s   o b t a i n e d   f r o m   t h e   p r o p o s e d   h i e r a r c h i c a l   c l a s s i f i c a t i o n   a p p r o a c h   a r e   e f f e c t i v e   i n   r e f i n i n g   c a n c e r   d e t e c t i o n   r e s u l t .   ( C )   2 0 1 7   A m e r i c a n   A s s o c i a t i o n   o f   P h y s i c i s t s   i n   M e d i c i n e 	 [ Z h u ,   Y u l i a n ]   N a n j i n g   U n i v   A e r o n a u t   &   A s t r o n a u t ,   C t r   C o m p ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   L i ;   L i u ,   M i n g x i a ;   S h e n ,   D i n g g a n g ]   U n i v   N   C a r o l i n a ,   D e p t   R a d i o l ,   C h a p e l   H i l l ,   N C   2 7 5 1 4   U S A ;   [ W a n g ,   L i ;   L i u ,   M i n g x i a ;   S h e n ,   D i n g g a n g ]   U n i v   N   C a r o l i n a ,   B R I C ,   C h a p e l   H i l l ,   N C   2 7 5 1 4   U S A ;   [ Q i a n ,   C h u n j u n ]   N a n j i n g   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   S c h   S c i ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Y o u s u f ,   A m b e r e e n ;   O t o ,   A y t e k i n ]   U n i v   C h i c a g o ,   D e p t   R a d i o l ,   U r o l   S e c t ,   C h i c a g o ,   I L   6 0 6 3 7   U S A ;   [ S h e n ,   D i n g g a n g ]   K o r e a   U n i v ,   D e p t   B r a i n   &   C o g n i t   E n g n ,   S e o u l   0 2 8 4 1 ,   S o u t h   K o r e a 	 S h e n ,   D G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   N   C a r o l i n a ,   D e p t   R a d i o l ,   C h a p e l   H i l l ,   N C   2 7 5 1 4   U S A . ;   S h e n ,   D G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   N   C a r o l i n a ,   B R I C ,   C h a p e l   H i l l ,   N C   2 7 5 1 4   U S A . ;   S h e n ,   D G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K o r e a   U n i v ,   D e p t   B r a i n   &   C o g n i t   E n g n ,   S e o u l   0 2 8 4 1 ,   S o u t h   K o r e a . 	 d g s h e n @ m e d . u n c . e d u 	 l i u ,   m i n g x i a / E - 7 8 2 4 - 2 0 1 7 	 	 N C I   N I H   H H S   [ R 0 1   C A 2 0 6 1 0 0 ] 	 	 B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C h a n   I ,   2 0 0 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 0 ,   P 2 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 5 9 3 6 3 3 ;   F a r s a d   M ,   2 0 0 5 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 6 ,   P 1 6 4 2 ;   F r e u n d   Y . ,   1 9 9 5 ,   C O M P U T A T I O N A L   L E A R N I ,   V 5 5 ,   P 2 3 ;   F u t t e r e r   J J ,   2 0 0 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 1 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 1 2 0 5 1 8 6 6 ;   G r e v e   D N ,   2 0 0 9 ,   N E U R O I M A G E ,   V 4 8 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 6 0 ;   G u o   Y R ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 6 7 4 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 0 4 7 0 - 6 _ 3 9 ;   H a i d e r   M A ,   2 0 0 7 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 8 9 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 0 7 . 2 2 1 1 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 7 6 4 7 ;   H s u   C W ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 3 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 9 9 1 4 2 7 ;   J i n   T a e   K w a k ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 2 3 6 8 ;   K i t a j i m a   K ,   2 0 1 0 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 6 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 2 0 7 5 ;   L a n g e r   D L ,   2 0 0 9 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 1 8 2 4 ;   L i   D ,   2 0 1 3 ,   2 0 1 3   I E E E   I N T   C   A C   S ;   L i a o   S ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 1 5 0 ,   P 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 7 6 3 - 5 _ 3 2 ;   L i t j e n s   G ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 3 ,   P 1 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 0 3 8 2 1 ;   L i u   M X ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 1 5 0 2 1 ;   L i u   M X ,   2 0 1 5 ,   H U M   B R A I N   M A P P ,   V 3 6 ,   P 1 8 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h b m . 2 2 7 4 1 ;   L i u   X ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 2 9 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 8 9 1 3 4 ;   N i a f   E ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 3 ,   P 9 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 3 . 2 2 9 5 7 5 9 ;   N i a f   E ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 3 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 2 / 3 8 3 3 ;   P u e c h   P ,   2 0 0 9 ,   U R O L O G Y ,   V 7 4 ,   P 1 0 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 0 9 . 0 4 . 1 0 2 ;   Q i a n   C J ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 6 7 9 ,   P 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 0 5 8 1 - 9 _ 3 9 ;   R o t h e r   C . ,   2 0 0 6 ,   P   I E E E   C V P R ,   V 1 ,   P 9 9 3 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 3 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 3 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 6 6 ;   S u k   H I ,   2 0 1 5 ,   B R A I N   S T R U C T   F U N C T ,   V 2 2 0 ,   P 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 2 9 - 0 1 3 - 0 6 8 7 - 3 ;   S u n   Y ,   2 0 1 4 ,   2 0 1 4   I E E E   C   C O M P   V I S ;   T a n i m o t o   A ,   2 0 0 7 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 0 7 9 3 ;   T i w a r i   P ,   2 0 1 2 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 5 ,   P 6 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 1 7 7 7 ;   T u   Z W ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 2 ,   P 1 7 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 9 . 1 8 6 ;   V o s   P C ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 6 / 1 5 2 7 ;   W a n g   H ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   I M A G I N G ,   V 1 ,   P 1 ;   W a n g   S ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 4 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / J 0 U R N A L . P 0 N E . 0 0 8 9 8 4 8 ;   Z h a n g   J ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 2 5 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 8 2 3 8 6 ;   Z h a n g   J ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 2 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 2 . 2 2 1 4 0 4 5 ;   Z i k i c   D ,   2 0 1 3 ,   M E D   I M A G E   C O M P U T   C O M ,   V 2 0 1 3 ,   P 6 6 	 3 6 	 0 	 0 	 2 	 2 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 0 9 4 - 2 4 0 5 	 2 4 7 3 - 4 2 0 9 	 	 M E D   P H Y S 	 M e d .   P h y s . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 4 4 	 3 	 	 	 	 	 1 0 2 8 	 1 0 3 9 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / m p . 1 2 1 1 6 	 	 1 2 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E Q 2 A N 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 8 7 0 8 0 0 0 2 1 	 2 8 1 0 7 5 4 8 	 
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 4 D - C B C T   e s t i m a t i o n   a c c u r a c y   u s i n g   e x t r e m e l y   s m a l l   s c a n   a n g l e s   a n d   l o w   n u m b e r   o f   p r o j e c t i o n s   t o   p r o v i d e   f a s t   l o w   d o s e   4 D   t a r g e t   v e r i f i c a t i o n .   ( C )   2 0 1 7   A m e r i c a n   A s s o c i a t i o n   o f   P h y s i c i s t s   i n   M e d i c i n e 	 [ H a r r i s ,   W e n d y ;   Z h a n g ,   Y o u ;   Y i n ,   F a n g - F a n g ;   R e n ,   L e i ]   D u k e   U n i v ,   M e d   P h y s   G r a d   P r o g r a m ,   D u r h a m ,   N C   2 7 7 0 5   U S A ;   [ Y i n ,   F a n g - F a n g ;   R e n ,   L e i ]   D u k e   U n i v ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   M e d   C t r ,   D u r h a m ,   N C   2 7 7 1 0   U S A 	 R e n ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D u k e   U n i v ,   M e d   P h y s   G r a d   P r o g r a m ,   D u r h a m ,   N C   2 7 7 0 5   U S A . ;   R e n ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D u k e   U n i v ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   M e d   C t r ,   D u r h a m ,   N C   2 7 7 1 0   U S A . 	 l e i . r e n @ d u k e . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ R 0 1 - C A 1 8 4 1 7 3 ] ;   V a r i a n   M e d i c a l   S y s t e m s 	 T h e   a u t h o r s   t h a n k   D u k e   U n i v e r s i t y   c o l l e a g u e   D r .   P a u l   S e g a r s   f o r   u s e   o f   h i s   X C A T   d i g i t a l   p h a n t o m ,   D r .   T i n s u   P a n   a t   M D   A n d e r s o n   C a n c e r   C e n t e r   f o r   p r o v i d i n g   t h e   p a t i e n t   4 D - C B C T   d a t a ,   a n d   D r .   Y a w e i   Z h a n g   f o r   h i s   e n g a g i n g   d i s c u s s i o n s   a n d   v e r i f y i n g   r e s u l t s .   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   G r a n t   N o .   R 0 1 - C A 1 8 4 1 7 3   a n d   a   r e s e a r c h   g r a n t   f r o m   V a r d 	 C e r v i n o   L I ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 3 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 1 1 / 0 1 7 ;   D i e t r i c h   L ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 1 ,   P 2 9 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 1 / 1 1 / 0 1 7 ;   F a k i r i s   A J ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 5 ,   P 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 4 2 ;   K e a l l   P J ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 3 8 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 3 4 9 6 9 6 ;   L i   R J ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 2 7 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 8 2 6 9 3 ;   L i   T F ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 7 ,   P 1 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 2 4 ;   L u   J ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 3 5 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 7 6 7 1 4 5 ;   L u   W G ,   2 0 0 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 9 ,   P 3 0 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 9 / 1 4 / 0 0 3 ;   M a u r e r   J ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 3 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 9 5 3 5 6 1 ;   M a u r e r   J ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 9 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 2 8 5 2 9 1 ;   N a k a g a w a   K ,   2 0 1 3 ,   J   R A D I A T   R E S ,   V 5 4 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j r r / r r s 0 5 8 ;   N i n g   R ,   2 0 0 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 1 ,   P 1 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 7 1 1 4 7 5 ;   R e n   L ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 3 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 9 4 0 7 2 5 ;   R e n   L ,   2 0 1 6 ,   T E C H N O L   C A N C E R   R E S   T ,   V 1 5 ,   P 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 5 3 3 0 3 4 6 1 5 5 8 7 6 1 5 ;   R e n   L ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 6 1 8 2 0 ;   R e n   L ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 5 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 3 6 8 2 6 ;   S a n t o r o   J ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 3 1 2 2 7 6 ;   S a n t o s o   A P ,   2 0 1 6 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 1 4 - 0 1 6 - 0 6 7 7 - 8 ;   S e g a r s   W P ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 4 9 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 4 8 0 9 8 5 ;   S I D D O N   R L ,   1 9 8 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 1 2 ,   P 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 5 7 1 5 ;   S i e w e r d s e n   J H ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 1 8 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 1 4 8 9 1 6 ,   1 0 . 1 1 1 8 / 2 1 4 8 9 1 6 ] ;   S o i k e   M ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 7 ,   p S 5 4 7 ;   S o n k e   J J ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 1 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 8 6 9 0 7 4 ;   S w e e n e y   R A ,   2 0 1 2 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 8 - 7 1 7 X - 7 - 8 1 ;   V a r e l a   G ,   2 0 1 6 ,   T R A N S L   L U N G   C A N C E R   R ,   V 5 ,   P 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 2 1 8 - 6 7 5 1 . 2 0 1 5 . 1 0 . 1 0 ;   V e r g a l a s o v a   I ,   2 0 1 3 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 8 ,   P 7 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 8 / 2 0 / 7 2 3 9 ;   V e r g a l a s o v a   I ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 1 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 6 8 5 4 4 3 ;   W a n g   J ,   2 0 1 3 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 8 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 8 / 2 / 2 3 1 ;   Y a n   H ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 3 7 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 7 7 9 9 4 5 ;   Z e l e f s k y   M J ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 4 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 4 7 ;   Z h a n g   Q H ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 2 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 3 9 7 4 6 0 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 5 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 5 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 2 2 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 2 5 0 9 7 	 3 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 0 9 4 - 2 4 0 5 	 2 4 7 3 - 4 2 0 9 	 	 M E D   P H Y S 	 M e d .   P h y s . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 4 4 	 3 	 	 	 	 	 1 0 8 9 	 1 1 0 4 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / m p . 1 2 1 0 2 	 	 1 6 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E Q 2 A N 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 8 7 0 8 0 0 0 2 6 	 2 8 0 7 9 2 6 7 	 
 
 J 	 B u r k e ,   K ;   M c C a r t h y ,   M ;   L o w e ,   C ;   S a n d e r s ,   M R ;   L l o y d ,   E ;   B o w d e n ,   M ;   W i l l i a m s ,   L 	 	 	 	 B u r k e ,   K y l i e ;   M c C a r t h y ,   M a r i a ;   L o w e ,   C h e r i e ;   S a n d e r s ,   M a t t h e w   R . ;   L l o y d ,   E r i n ;   B o w d e n ,   M a d e l e i n e ;   W i l l i a m s ,   L a u r e n 	 	 	 M e a s u r i n g   c a n c e r - s p e c i f i c   c h i l d   a d j u s t m e n t   d i f f i c u l t i e s :   D e v e l o p m e n t   a n d   v a l i d a t i o n   o f   t h e   C h i l d r e n ' s   O n c o l o g y   C h i l d   A d j u s t m e n t   S c a l e   ( C h O C s ) 	 P E D I A T R I C   B L O O D   &   C A N C E R 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c a n c e r ;   c h i l d   a d j u s t m e n t ;   m e a s u r e m e n t ;   o n c o l o g y ;   p e d i a t r i c ;   p s y c h o m e t r i c 	 A C U T E   L Y M P H O B L A S T I C - L E U K E M I A ;   Q U A L I T Y - O F - L I F E ;   P E D I A T R I C   C A N C E R ;   Q U E S T I O N N A I R E ;   R E L I A B I L I T Y ;   I N V E N T O R Y ;   V A L I D I T Y ;   B E H A V I O R ;   F A T I G U E ;   P A R E N T S 	 B a c k g r o u n d :   C h i l d h o o d   c a n c e r   i s   a s s o c i a t e d   w i t h   c h i l d   a d j u s t m e n t   d i f f i c u l t i e s   i n c l u d i n g ,   e a t i n g   a n d   s l e e p   d i s t u r b a n c e ,   a n d   e m o t i o n a l   a n d   o t h e r   b e h a v i o r a l   d i f f i c u l t i e s .   H o w e v e r ,   t h e r e   i s   a   l a c k   o f   v a l i d a t e d   i n s t r u m e n t s   t o   m e a s u r e   t h e   s p e c i f i c   c h i l d   a d j u s t m e n t   i s s u e s   a s s o c i a t e d   w i t h   p e d i a t r i c   c a n c e r   t r e a t m e n t s .   T h e   a i m   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t o   d e v e l o p   a n d   e v a l u a t e   t h e   r e l i a b i l i t y   a n d   v a l i d i t y   o f   a   p a r e n t - r e p o r t e d ,   c h i l d   a d j u s t m e n t   s c a l e .   P r o c e d u r e :   O n e   h u n d r e d   t h i r t y - t w o   p a r e n t s   f r o m   t w o   p e d i a t r i c   o n c o l o g y   c e n t e r s   w h o   h a d   c h i l d r e n   ( a g e d   2 - 1 0   y e a r s )   d i a g n o s e d   w i t h   c a n c e r   c o m p l e t e d   t h e   n e w l y   d e v e l o p e d   m e a s u r e   a n d   a d d i t i o n a l   m e a s u r e s   o f   c h i l d   b e h a v i o r ,   s l e e p ,   d i e t ,   a n d   q u a l i t y   o f   l i f e .   C h i l d r e n   w e r e   m o r e   t h a n   4   w e e k s   p o s t d i a g n o s i s   a n d   l e s s   t h a n   1 2   m o n t h s   p o s t a c t i v e   t r e a t m e n t .   F a c t o r   s t r u c t u r e ,   i n t e r n a l   c o n s i s t e n c y ,   a n d   c o n s t r u c t   ( c o n v e r g e n t )   v a l i d i t y   a n a l y s e s   w e r e   c o n d u c t e d .  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 S P S S   W I N D O W S   S T E P   S T ;   G o o d l i n - J o n e s   B L ,   2 0 0 8 ,   J   D E V   B E H A V   P E D I A T R ,   V 2 9 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / D B P . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 6 3 c 3 9 a ;   H i n d s   P S ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 0 ,   P 2 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 3 0 3 9 ;   L o n g   K A ,   2 0 1 1 ,   C L I N   C H I L D   F A M   P S Y C H ,   V 1 4 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 6 7 - 0 1 0 - 0 0 8 2 - z ;   M a g a r e y   A ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   P E D I A T R   O B E S ,   V 4 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 7 4 7 7 1 6 0 9 0 2 8 4 6 1 6 1 ;   M a r c o u x   S ,   2 0 1 2 ,   P E D I A T R   B L O O D   C A N C E R ,   V 5 8 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p b c . 2 4 0 7 9 ;   M c C a r t h y   M C ,   2 0 1 6 ,   C A N C   M E D ;   P a i   A L H ,   2 0 0 8 ,   J   P E D I A T R   P S Y C H O L ,   V 3 3 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j p e p s y / j s m 0 5 3 ;   P a t e n a u d e   A F ,   2 0 0 5 ,   J   P E D I A T R   P S Y C H O L ,   V 3 0 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j p e p s y / j s i 0 1 2 ;   P E T E R S O N   R A ,   1 9 9 4 ,   J   C O N S U M   R E S ,   V 2 1 ,   P 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 2 0 9 4 0 5 ;   P o u n d   C M ,   2 0 1 2 ,   J   P E D I A T   H E M A T O L   O N C ,   V 3 4 ,   P 5 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M P H . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 5 7 f d a c ;   S a n d e r s   M R ,   2 0 0 0 ,   J   C O N S U L T   C L I N   P S Y C H ,   V 6 8 ,   P 6 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / / 0 0 2 - 0 0 6 X . 6 8 . 4 . 6 2 4 ;   O s t e r l i n d   S .   J ,   2 0 0 7 ,   U S I N G   M U L T I V A R I A T E   S ;   V a r n i   J W ,   1 9 9 8 ,   J   B E H A V   M E D ,   V 2 1 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 7 7 9 9 0 8 5 0 2 ;   V a r n i   J W ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R ,   V 9 4 ,   P 2 0 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 1 0 4 2 7 ;   V a r n i   J .   W . ,   2 0 0 7 ,   C H I L D   C A R E   H L T H   D E V ,   V 3 3 ,   P 6 4 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 7 5 2 5 - 5 - 2 ;   W i l l i a m s   B . ,   2 0 1 0 ,   A U S T R A L A S I A N   J   P A R A M ,   V 8 ,   P 1 ;   W i l l i a m s   L K ,   2 0 1 5 ,   C H I L D   C A R E   H L T H   D E V ,   V 4 1 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c c h . 1 2 1 8 8 ;   W i l l i a m s   L K ,   2 0 1 4 ,   P E D I A T R   B L O O D   C A N C E R ,   V 6 1 ,   P 2 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p b c . 2 5 1 6 4 ;   W i l l i a m s   L K ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   P S Y C H O L   M E D   S ,   V 2 2 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 8 0 - 0 1 5 - 9 4 2 9 - 4 	 2 4 	 0 	 0 	 1 	 1 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 1 5 4 5 - 5 0 0 9 	 1 5 4 5 - 5 0 1 7 	 	 P E D I A T R   B L O O D   C A N C E R 	 P e d i a t r .   B l o o d   C a n c e r 	 M A R 	 2 0 1 7 	 6 4 	 3 	 	 	 	 	 	 	 U N S P   e 2 6 2 2 3 	 1 0 . 1 0 0 2 / p b c . 2 6 2 2 3 	 	 8 	 O n c o l o g y ;   H e m a t o l o g y ;   P e d i a t r i c s 	 O n c o l o g y ;   H e m a t o l o g y ;   P e d i a t r i c s 	 E P 2 P H 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 2 2 5 0 0 0 0 2 2 	 	 
 
 J 	 Y e ,   S B ;   X u ,   L ;   L i ,   Y K ;   L i u ,   J G ;   L i u ,   W Q 	 	 	 	 Y e ,   S h u - b i n ;   X u ,   L i a n g ;   L i ,   Y a - k a i ;   L i u ,   J i a n - g u o ;   L i u ,   W e n - q i n g 	 	 	 S t u d y   o n   R e c o g n i t i o n   o f   C o o k i n g   O i l   F u m e   b y   F o u r i e r   T r a n s f o r m   I n f r a r e d   S p e c t r o s c o p y   B a s e d   o n   A r t i f i c i a l   N e u r a l   N e t w o r k 	 S P E C T R O S C O P Y   A N D   S P E C T R A L   A N A L Y S I S 	 	 	 C h i n e s e 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 F T I R ;   A N N ;   O i l   i d e n t i f i c a t i o n ;   P C A 	 L U N G - C A N C E R ;   E X P O S U R E ;   F T I R ;   S P E C T R A ;   C E L L S 	 W i t h   t h e   d e v e l o p i n g   o f   c a t e r i n g   t r a d e ,   c o o k i n g   o i l   f u m e   h a s   b e c a m e   o n e   o f   t h e   t h r e e   m a j o r   a i r   p o l l u t i o n   s o u r c e s   i n   s o m e   c i t i e s .   I n  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 T O X I C O L   P H A R ,   V 3 6 ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e t a p . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 1 1 ;   C h e n   X Y ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   P H O T O E N E R G Y ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 7 5 4 6 9 1 ;   G r a n a d a   E ,   2 0 1 2 ,   R E N E W   E N E R G ,   V 4 1 ,   P 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r e n e n e . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 2 0 ;   J o r g e n s e n   R B ,   2 0 1 3 ,   J   O C C U P   E N V I R O N   H Y G ,   V 1 0 ,   P 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 4 5 9 6 2 4 . 2 0 1 2 . 7 5 5 8 6 4 ;   K o d o g i a n n i s   V S ,   2 0 1 4 ,   J   F O O D   E N G ,   V 1 4 2 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f o o d e n g . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 8 ;   L a i   C H ,   2 0 1 3 ,   J   E X P O   S C I   E N V   E P I D ,   V 2 3 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / j e s . 2 0 1 2 . 8 7 ;   L I A N G   B i n ,   2 0 1 1 ,   A N H U I   C H E M   I N D ,   V 3 7 ,   P 5 9 ;   L i u   F ,   2 0 0 4 ,   J   E N V I R O N   S C I   H E A L   A ,   V 3 9 ,   P 1 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 1 / E S E - 1 2 0 0 3 7 8 5 1 ;   L u n a a   A d e r v a l   S ,   2 0 1 3 ,   A N A L   M O L   B I O M O L E C U L A ,   V 1 0 0 ,   P 1 1 5 ;   S m i t h   T E L ,   2 0 1 1 ,   A T M O S   M E A S   T E C H ,   V 4 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 5 1 9 4 / a m t - 4 - 9 7 - 2 0 1 1 ;   S u n   S ,   2 0 0 7 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 7 ,   P 7 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 1 9 0 ;   T u r n e r   N W ,   2 0 0 9 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 4 ,   P 3 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 0 9 . 0 4 . 0 3 0 ;   Y i n   Z H ,   2 0 1 4 ,   M E D   O N C O L ,   V 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 3 2 - 0 1 4 - 0 1 1 4 - 5 ;   Z h a n g   C ,   2 0 1 1 ,   E V I D - B A S E D   C O M P L   A L T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 1 / 1 4 0 4 6 2 ;   Z H O N G   F u - n i n g ,   2 0 0 6 ,   C H I N A   E C   Q ,   V 5 ,   P 1 3 1 1 ;   Z h o u   Y ,   2 0 1 5 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 1 4 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 4 ;   Z h o u   Y ,   2 0 1 5 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 7 ,   P 2 3 6 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a y 0 2 9 0 0 c ,   1 0 . 1 0 3 9 / C 4 A Y 0 2 9 0 0 C ] ;   Z h u   X D ,   2 0 0 1 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 4 9 ,   P 4 7 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 0 0 1 0 8 4 y 	 1 8 	 0 	 0 	 8 	 8 	 O F F I C E   S P E C T R O S C O P Y   &   S P E C T R A L   A N A L Y S I S 	 B E I J I N G 	 N O   7 6   C O L L A G E   S O U T H   R D   B E I J I N G ,   B E I J I N G   1 0 0 0 8 1 ,   P E O P L E S   R   C H I N A 	 1 0 0 0 - 0 5 9 3 	 	 	 S P E C T R O S C   S P E C T   A N A L 	 S p e c t r o s c .   S p e c t r .   A n a l . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 3 7 	 3 	 	 	 	 	 7 4 9 	 7 5 4 	 	 1 0 . 3 9 6 4 / j . i s s n . 1 0 0 0 - 0 5 9 3 ( 2 0 1 7 ) 0 3 - 0 7 4 9 - 0 6 	 	 6 	 S p e c t r o s c o p y 	 S p e c t r o s c o p y 	 E P 4 L S 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 3 5 2 6 0 0 0 1 5 	 	 
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 F u j i a n   M e d   U n i v ,   S h e n g l i   C l i n   M e d   C o l l ,   F u z h o u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 C h e n ,   G N   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   M i n i s t   E d u c ,   K e y   L a b   O p t o E l e c t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   F u z h o u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 e d a d o @ f j n u . e d u . c n 	 	 	 D e p a r t m e n t   o f   R a d i a t i o n   B i o l o g i c a l   L a b o r a t o r y ,   F u j i a n   P r o v i n c i a l   C a n c e r   H o s p i t a l ,   F u z h o u ,   C h i n a ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 1 0 1 1 1 0 ,   6 1 2 1 0 0 1 6 ,   6 1 1 7 8 0 9 0 ] ;   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o j e c t   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   [ 2 0 1 5 J 0 1 3 0 0 ] ;   P r o j e c t   o f   t h e   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   t h e   M i n i s t r y   o f   H e a l t h ;   U n i t e d   F u j i a n   P r o v i n c i a l   H e a l t h   a n d   E d u c a t i o n   P r o j e c t   f o r   T a c k l i n g   K e y   R e s e a r c h   [ W K J - F J - 0 1 ] ;   F u j i a n   P r o v i n c e   H e a l t h   C o m m i s s i o n   Y o u n g   a n d   M i d d l e - A g e d   T a l e n t   T r a i n i n g   P r o j e c t   [ 2 0 1 4 - Z Q N - J C - 6 ] 	 F i n a n c i a l   s u p p o r t   w a s   o b t a i n e d   f r o m   S u   Y i n g   ( D e p a r t m e n t   o f   R a d i a t i o n   B i o l o g i c a l   L a b o r a t o r y ,   F u j i a n   P r o v i n c i a l   C a n c e r   H o s p i t a l ,   F u z h o u ,   C h i n a )   f o r   n a s o p h a r y n g e a l   c a r c i n o m a   t i s s u e s   s u p p o r t .   T h i s   w o r k   w a s   a l s o   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( g r a n t   N o s .   8 1 1 0 1 1 1 0 ,   6 1 2 1 0 0 1 6 ,   a n d   6 1 1 7 8 0 9 0 ) ,   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o j e c t   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   ( g r a n t   N o .   2 0 1 5 J 0 1 3 0 0 ) ,   P r o j e c t   o f   t h e   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   t h e   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   a n d   U n i t e d   F u j i a n   P r o v i n c i a l   H e a l t h   a n d   E d u c a t i o n   P r o j e c t   f o r   T a c k l i n g   K e y   R e s e a r c h   ( g r a n t   N o .   W K J - F J - 0 1 ) ,   a n d   F u j i a n   P r o v i n c e   H e a l t h   C o m m i s s i o n   Y o u n g   a n d   M i d d l e - A g e d   T a l e n t   T r a i n i n g   P r o j e c t   ( g r a n t   N o .   2 0 1 4 - Z Q N - J C - 6 ) . 	 A b r a m c z y k   H ,   2 0 0 9 ,   J   M O L   S T R U C T ,   V 9 2 4 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l s t r u c . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 5 5 ;   A l m o n d   L M ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 7 . 8 . 0 8 1 4 2 1 ;   C a n e t t a   E . ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 6 ;   C h a n g   E T ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 5 ,   P 1 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 6 - 0 3 5 3 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C r o w   P ,   2 0 0 5 ,   U R O L O G Y ,   V 6 5 ,   P 1 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 5 8 ;   F a n g   W Y ,   2 0 0 8 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 7 6 - 6 - 3 2 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 0 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 5 ,   P 2 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 3 3 ;   F e n g   S Y ,   2 0 0 9 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 3 ,   P 1 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 9 7 8 9 5 5 3 2 9 1 ;   F o x   S A ,   2 0 1 4 ,   L A S E R   S U R G   M E D ,   V 4 6 ,   P 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / l s m . 2 2 2 8 8 ;   F R A N K   C J ,   1 9 9 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 6 7 ,   P 7 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 0 1 0 1 a 0 0 1 ;   G a j j a r   K ,   2 0 1 3 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 5 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 a y 2 5 5 4 4 h ;   H a k a   A S ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 2 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 1 3 9 0 1 0 2 ;   H u a n g   Z . ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 6 ;   K a n t e r   E M ,   2 0 0 9 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 2 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 0 9 1 0 0 0 1 ;   K r a f f t   C ,   2 0 0 6 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 7 ,   P 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 1 4 5 0 ;   L i   X i a o - z h o u ,   2 0 1 2 ,   G u a n g   P u   X u e   Y u   G u a n g   P u   F e n   X i ,   V 3 2 ,   P 3 9 1 ;   L i   Y ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 8 . 7 . 0 7 6 0 2 4 ;   L i e b e r   C A ,   2 0 0 8 ,   L A S E R   S U R G   M E D ,   V 4 0 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / l s m . 2 0 6 5 3 ;   L i n   D ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 4 7 5 1 ;   L i n   D ,   2 0 1 1 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 9 ,   P 1 3 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 9 . 0 1 3 5 6 5 ;   L i n   K ,   2 0 1 2 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 3 5 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 5 0 ;   L u o   S . ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B 0 . 1 8 . 6 . 0 6 7 0 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B 0 . 1 8 . 6 . 0 6 7 0 0 4 ] ;   L y n g   F M ,   2 0 0 7 ,   E X P   M O L   P A T H O L ,   V 8 2 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x m p . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 0 1 ;   M o r e n o   M ,   2 0 1 0 ,   T H E O R   C H E M   A C C ,   V 1 2 5 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 4 - 0 0 9 - 0 6 9 8 - 6 ;   M o v a s a g h i   Z ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 2 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 0 7 0 1 5 5 1 5 3 0 ;   N o t i n g h e r   I ,   2 0 0 4 ,   J   R O Y   S O C   I N T E R F A C E ,   V 1 ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s i f . 2 0 0 4 . 0 0 0 8 ;   O u Y a n g   P Y ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 9 ,   P 2 9 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 3 . 6 5 9 ;   Q i u   S F ,   2 0 1 6 ,   O N C O L   L E T T ,   V 1 1 ,   P 2 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o l . 2 0 1 6 . 4 2 3 9 ;   R a m a n   C V ,   1 9 2 8 ,   N A T U R E ,   V 1 2 1 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 1 2 1 5 0 1 c 0 ;   S t o n e   N ,   2 0 0 4 ,   F A R A D A Y   D I S C U S S ,   V 1 2 6 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 3 0 4 9 9 2 b ;   T o l l e f s o n   M ,   2 0 1 0 ,   B J U   I N T ,   V 1 0 6 ,   P 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 4 - 4 1 0 X . 2 0 1 0 . 0 9 1 8 5 . x ;   W a n g   L ,   2 0 1 4 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 9 ,   P 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 0 1 3 8 1 b 	 3 3 	 0 	 0 	 1 	 1 	 A O A C   I N T 	 G A I T H E R S B U R G 	 4 8 1   N   F R E D R I C K   A V E ,   S T E   5 0 0 ,   G A I T H E R S B U R G ,   M D   2 0 8 7 7 - 2 5 0 4   U S A 	 1 0 6 0 - 3 2 7 1 	 1 9 4 4 - 7 9 2 2 	 	 J   A O A C   I N T 	 J .   A O A C   I n t . 	 M A R - A P R 	 2 0 1 7 	 1 0 0 	 2 	 	 	 	 	 4 2 9 	 4 3 3 	 	 1 0 . 5 7 4 0 / j a o a c i n t . 1 6 - 0 1 9 1 	 	 5 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y 	 C h e m i s t r y ;   F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y 	 E N 4 H W 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 9 6 9 6 0 0 0 1 7 	 2 8 1 1 8 1 4 1 	 
 
 J 	 K o n g ,   A ;   A z e n c o t t ,   R 	 	 	 	 K o n g ,   A o ;   A z e n c o t t ,   R o b e r t 	 	 	 B i n a r y   M a r k o v   R a n d o m   F i e l d s   a n d   i n t e r p r e t a b l e   m a s s   s p e c t r a   d i s c r i m i n a t i o n 	 S T A T I S T I C A L   A P P L I C A T I O N S   I N   G E N E T I C S   A N D   M O L E C U L A R   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 b i o m a r k e r   s i g n a t u r e   d i s c o v e r y ;   G i b b s   d i s t r i b u t i o n s ;   M A L D I / S E L D I   d a t a ;   M a r k o v   R a n d o m   F i e l d s ;   o v a r i a n / c o l o r e c t a l   c a n c e r 	 S P E C T R O M E T R Y   D A T A ;   C A N C E R - D E T E C T I O N ;   P R O T E O M I C   D A T A ;   R A N D O M   F O R E S T ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   B I O M A R K E R S ;   D I S C O V E R Y ;   S E L E C T I O N ;   T U M O R S 	 F o r   m a s s   s p e c t r a   a c q u i r e d  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 F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 7 1 4 7 1 0 8 1 ) . 	 A e b e r s o l d   R ,   2 0 0 3 ,   N A T U R E ,   V 4 2 2 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 1 5 1 1 ;   A l e x e   G ,   2 0 0 4 ,   P R O T E O M I C S ,   V 4 ,   P 7 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 0 3 0 0 5 7 4 ;   A s s a r e h   A ,   2 0 0 7 ,   2 0 0 7   I E E E   S Y M P O S I U M   O N   C O M P U T A T I O N A L   I N T E L L I G E N C E   I N   B I O I N F O R M A T I C S   A N D   C O M P U T A T I O N A L   B I O L O G Y ,   P 5 0 2 ;   A Z E N C O T T   R ,   1 9 9 2 ,   1 1 T H   I A P R   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ,   P R O C E E D I N G S ,   V O L   I I I ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 1 9 9 2 . 2 0 1 9 6 1 ;   B a l l   G ,   2 0 0 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 8 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 8 . 3 . 3 9 5 ;   B E S A G   J ,   1 9 7 5 ,   S T A T I S T I C I A N ,   V 2 4 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 9 8 7 7 8 2 ;   B o u a m r a n i   A ,   2 0 1 0 ,   P R O T E O M I C S ,   V 1 0 ,   P 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 0 9 0 0 3 4 6 ;   B r e m a u d   P . ,   1 9 9 9 ,   M A R K O V   C H A I N S   G I B B S ;   C h a l m o n d   B . ,   2 0 0 3 ,   M O D E L I N G   I N V E R S E   P R O ;   C r u z - M a r c e l o   A ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 2 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 3 9 8 ;   D a t t a   S ,   2 0 0 8 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O L ,   V 7 ;   D i a m a n d i s   E P ,   2 0 0 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 1 ,   P 9 6 3 ;   D i a m a n d i s   E P ,   2 0 0 3 ,   C L I N   C H E M ,   V 4 9 ,   P 1 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / 4 9 . 8 . 1 2 7 2 ;   E c k e l - P a s s o w   J E ,   2 0 0 9 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 0 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x p 0 0 6 ;   G e i s s e r   S . ,   1 9 9 3 ,   P R E D I C T I V E   I N F E R E N C E ;   H a n a s h   S M ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 2 ,   P 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 6 9 1 6 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 1 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   H i l a r i o   M ,   2 0 0 3 ,   P R O T E O M I C S ,   V 3 ,   P 1 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 0 3 0 0 5 2 3 ;   I z m i r l i a n   G ,   2 0 0 4 ,   A N N   N Y   A C A D   S C I ,   V 1 0 2 0 ,   P 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 6 / a n n a l s . 1 3 1 0 . 0 1 5 ;   K o n g   A ,   2 0 1 4 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 1 ,   P 7 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 1 8 7 1 8 ;   L i   L H ,   2 0 0 4 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 3 2 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 0 6 ;   L i   Q H ,   2 0 1 2 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 6 ,   P 1 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 2 - A O A S 5 6 8 ;   L i   Q H ,   2 0 1 0 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 4 ,   P 9 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 9 - A O A S 3 1 6 ;   M e n z e   B H ,   2 0 0 6 ,   N M R   B I O M E D ,   V 1 9 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 1 0 4 1 ;   W a n g   Z F ,   2 0 1 1 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 2 ,   P 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x q 0 5 2 ;   W e g d a m   W ,   2 0 0 9 ,   P R O T E O M E   S C I ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 5 9 5 6 - 7 - 1 9 ;   Y a s u i   Y ,   2 0 0 3 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 4 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / 4 . 3 . 4 4 9 ;   Y u   J S ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 2 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 3 7 0 ;   Z h a n g   X G ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 1 - 1 9 7 ;   Z h u   W ,   2 0 0 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 0 ,   P 1 4 6 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 5 3 2 2 4 8 1 0 0 	 3 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 W A L T E R   D E   G R U Y T E R   G M B H 	 B E R L I N 	 G E N T H I N E R   S T R A S S E   1 3 ,   D - 1 0 7 8 5   B E R L I N ,   G E R M A N Y 	 2 1 9 4 - 6 3 0 2 	 1 5 4 4 - 6 1 1 5 	 	 S T A T   A P P L   G E N E T   M O L 	 S t a t .   A p p l .   G e n e t .   M o l .   B i o l . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 6 	 1 	 	 	 	 	 1 3 	 3 0 	 	 1 0 . 1 5 1 5 / s a g m b - 2 0 1 6 - 0 0 1 9 	 	 1 8 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M a t h e m a t i c s 	 E N 4 W P 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 0 0 7 9 0 0 0 0 2 	 	 
 
 J 	 A l e x a n d e r ,   J ;   G i l d e a ,   L ;   B a l o g ,   J ;   S p e l l e r ,   A ;   M c K e n z i e ,   J ;   M u i r h e a d ,   L ;   S c o t t ,   A ;   K o n t o v o u n i s i o s ,   C ;   R a s h e e d ,   S ;   T e a r e ,   J ;   H o a r e ,   J ;   V e s e l k o v ,   K ;   G o l d i n ,   R ;   T e k k i s ,   P ;   D a r z i ,   A ;   N i c h o l s o n ,   J ;   K i n r o s s ,   J ;   T a k a t s ,   Z 	 	 	 	 A l e x a n d e r ,   J a m e s ;   G i l d e a ,   L o u i s e ;   B a l o g ,   J u l i a ;   S p e l l e r ,   A b i g a i l ;   M c K e n z i e ,   J a m e s ;   M u i r h e a d ,   L a u r a ;   S c o t t ,   A l a s d a i r ;   K o n t o v o u n i s i o s ,   C h r i s t o s ;   R a s h e e d ,   S h a n a w a z ;   T e a r e ,   J u l i a n ;   H o a r e ,   J o n a t h a n ;   V e s e l k o v ,   K i r i l l ;   G o l d i n ,   R o b e r t ;   T e k k i s ,   P a r i s ;   D a r z i ,   A r a ;   N i c h o l s o n ,   J e r e m y ;   K i n r o s s ,   J a m e s ;   T a k a t s ,   Z o l t a n 	 	 	 A   n o v e l   m e t h o d o l o g y   f o r   i n   v i v o   e n d o s c o p i c   p h e n o t y p i n g   o f   c o l o r e c t a l   c a n c e r   b a s e d   o n   r e a l - t i m e   a n a l y s i s   o f   t h e   m u c o s a l   l i p i d o m e :   a   p r o s p e c t i v e   o b s e r v a t i o n a l   s t u d y   o f   t h e   i K n i f e 	 S U R G I C A L   E N D O S C O P Y   A N D   O T H E R   I N T E R V E N T I O N A L   T E C H N I Q U E S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R a p i d   e v a p o r a t i v e   i o n i z a t i o n   m a s s   s p e c t r o m e t r y ;   C o l o r e c t a l   c a n c e r ;   M e t a b o l i c 	 I O N I Z A T I O N   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   T I S S U E ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   M E T A B O L I S M ;   P O L Y P S 	 T h i s   p i l o t   s t u d y   a s s e s s e d   t h e   d i a g n o s t i c   a c c u r a c y   o f   r a p i d  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 D e p t   H i s t o p a t h o l ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ H o a r e ,   J o n a t h a n ]   I m p e r i a l   H e a l t h c a r e   N H S   T r u s t ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ K o n t o v o u n i s i o s ,   C h r i s t o s ;   R a s h e e d ,   S h a n a w a z ;   T e k k i s ,   P a r i s ]   R o y a l   M a r s d e n   H o s p   N H S   T r u s t ,   D e p t   C o l o r e c t a l   S u r g ,   L o n d o n ,   E n g l a n d 	 K i n r o s s ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I m p e r i a l   C o l l   L o n d o n ,   S t   M a r y s   H o s p ,   D e p t   S u r g   &   C a n c ,   P r a e d   S t ,   L o n d o n   N W 1   1 S Q ,   E n g l a n d . 	 j . k i n r o s s @ i m p e r i a l . a c . u k 	 	 K i n r o s s ,   J a m e s / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 0 4 2 7 - 7 6 4 3 ;   K O N T O V O U N I S I O S ,   C H R I S T O S / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 1 8 2 8 - 1 3 9 5 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h   ( N I H R )   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C e n t r e   b a s e d   a t   I m p e r i a l   C o l l e g e   H e a l t h c a r e   N a t i o n a l   H e a l t h   S e r v i c e   ( N H S )   T r u s t   a n d   I m p e r i a l   C o l l e g e   L o n d o n ;   B o w e l   a n d   C a n c e r   R e s e a r c h ;   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   [ 6 1 7 8 9 6 ] 	 T h e   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h   ( N I H R )   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C e n t r e   b a s e d   a t   I m p e r i a l   C o l l e g e   H e a l t h c a r e   N a t i o n a l   H e a l t h   S e r v i c e   ( N H S )   T r u s t   a n d   I m p e r i a l   C o l l e g e   L o n d o n .   I t   w a s   a l s o   f u n d e d   b y   B o w e l   a n d   C a n c e r   R e s e a r c h   a n d   t h e   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   u n d e r   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   C o n s o l i d a t o r   G r a n t ,   G r a n t   A g r e e m e n t   N o :   6 1 7 8 9 6 . 	 B a l o g   J ,   2 0 1 5 ,   A N G E W   C H E M   I N T   E D I T ,   V 5 4 ,   P 1 1 0 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a n i e . 2 0 1 5 0 2 7 7 0 ;   B a l o g   J ,   2 0 1 3 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 5 6 2 3 ;   B a l o g   J ,   2 0 1 0 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 2 ,   P 7 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 1 0 1 2 8 3 x ;   G o l f   O ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 2 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 4 6 7 5 2 ;   G u p t a   S ,   2 0 1 5 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 1 1 0 ,   P 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a j g . 2 0 1 4 . 4 1 1 ;   H i n z   K P ,   2 0 1 1 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 1 ,   P 3 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 1 - 5 4 6 5 - 6 ;   J i m e n e z   B ,   2 0 1 3 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 9 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 3 0 1 0 1 0 6 ;   K u i p e r   T ,   2 0 1 2 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 1 0 7 ,   P 5 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a j g . 2 0 1 2 . 1 4 ;   K u r e k   K ,   2 0 1 5 ,   L I P I D S ,   V 5 0 ,   P 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 4 5 - 0 1 4 - 3 9 8 7 - 3 ;   M c G i l l   S K ,   2 0 1 3 ,   G U T ,   V 6 2 ,   P 1 7 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t j n l - 2 0 1 2 - 3 0 3 9 6 5 ;   M e n e n d e z   J A ,   2 0 0 7 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 7 ,   P 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 2 2 2 ;   M i r n e z a m i   R ,   2 0 1 4 ,   M O L   O N C O L ,   V 8 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l o n c . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 0 ;   M i r n e z a m i   R ,   2 0 1 4 ,   A N N   S U R G ,   V 2 5 9 ,   P 1 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / S L A . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 9 d 5 c 4 5 ;   M i r n e z a m i   R ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 6 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M p 1 1 1 4 8 6 6 ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 1 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 7 0 8 ;   S a n t o s   C R ,   2 0 1 2 ,   F E B S   J ,   V 2 7 9 ,   P 2 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 2 - 4 6 5 8 . 2 0 1 2 . 0 8 6 4 4 . x ;   S c h a f e r   K C ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 3 ,   P 7 7 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 2 0 1 2 5 1 s ;   S h e p h e r d   M . B . L . ,   2 0 1 4 ,   D A T A S E T   C O L O R E C T A L   C ;   V e s e l k o v   K A ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 1 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 1 0 5 2 4 1 1 1 	 1 9 	 0 	 0 	 1 0 	 1 0 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 9 3 0 - 2 7 9 4 	 1 4 3 2 - 2 2 1 8 	 	 S U R G   E N D O S C 	 S u r g .   E n d o s c . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 3 1 	 3 	 	 	 	 	 1 3 6 1 	 1 3 7 0 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 6 4 - 0 1 6 - 5 1 2 1 - 5 	 	 1 0 	 S u r g e r y 	 S u r g e r y 	 E M 1 J X 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 0 7 5 0 0 0 0 4 5 	 2 7 5 0 1 7 2 8 	 
 
 J 	 N i s h i o ,   M ;   N a g a s h i m a ,   C 	 	 	 	 N i s h i o ,   M i z u h o ;   N a g a s h i m a ,   C h i h i r o 	 	 	 C o m p u t e r - a i d e d   D i a g n o s i s   f o r   L u n g   C a n c e r :   U s e f u l n e s s   o f   N o d u l e   H e t e r o g e n e i t y 	 A C A D E M I C   R A D I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C A D ;   C o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s ;   C T ;   L u n g   c a n c e r 	 L O C A L   B I N A R Y   P A T T E R N S ;   P U L M O N A R Y   N O D U L E S ;   N E U R A L - N E T W O R K ;   C T   S C A N S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   S E G M E N T A T I O N ;   R A D I O L O G I S T S ;   P E R F O R M A N C E ;   M A L I G N A N C Y ;   C U R V E S 	 R a t i o n a l e   a n d   O b j e c t i v e s :   T o   d e v e l o p   a   c o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s   s y s t e m   t o   d i f f e r e n t i a t e   b e t w e e n   m a l i g n a n t   a n d   b e n i g n   n o d u l e s .   M a t e r i a l s   a n d   M e t h o d s :   S e v e n t y - t h r e e   l u n g   n o d u l e s   r e v e a l e d   o n   6 0   s e t s   o f   c o m p u t e d   t o m o g r a p h y   ( C T )   i m a g e s   w e r e   a n a l y z e d .   C o n t r a s t - e n h a n c e d   C T   w a s   p e r f o r m e d   i n   4 6   C T   e x a m i n a t i o n s .   T h e   i m a g e s   w e r e   p r o v i d e d   b y   t h e   L U N G x   C h a l l e n g e ,   a n d   t h e   g r o u n d   t r u t h   o f   t h e   l u n g   n o d u l e s   w a s   u n a v a i l a b l e ;   a   s u r r o g a t e   g r o u n d   t r u t h   w a s ,   t h e r e f o r e ,   c o n s t r u c t e d   b y   r a d i o l o g i c a l   e v a l u a t i o n .   O u r   p r o p o s e d   m e t h o d   i n v o l v e d   n o v e l   p a t c h - b a s e d   f e a t u r e   e x t r a c t i o n   u s i n g   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ,   i m a g e   c o n v o l u t i o n ,   a n d  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 U n i v e r s i t y   o f   C h i c a g o 	 D a t a   u s e d   i n   t h i s   r e s e a r c h   w e r e   o b t a i n e d   f r o m   T h e   C a n c e r   I m a g i n g   A r c h i v e   s p o n s o r e d   b y   S P I E ,   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e / N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h ,   t h e   A m e r i c a n   A s s o c i a t i o n   o f   P h y s i c i s t s   i n   M e d i c i n e ,   a n d   T h e   U n i v e r s i t y   o f   C h i c a g o .   W e   t h a n k   t h e   o r g a n i z e r s   o f   t h e   L U N G x   C h a l l e n g e   f o r   p e r m i s s i o n   t o   u s e   t h e i r   R O C   r e s u l t s .   W e   u s e d   t h e i r   R O C   r e s u l t s   t o   v a l i d a t e   t h e   R O C   r e s u l t s   b a s e d   o n   t h e   s u r r o g a t e   g r o u n d   t r u t h .   O u r   A U C   v a l u e s   b a s e d   o n   t h e   a c t u a l   g r o u n d   t r u t h   c o u l d   n o t   b e   c o m p a r e d   d i r e c t l y   t o   o t h e r   p a r t i c i p a n t s '   v a l u e s   i n   t h e   L U N G x   C h a l l e n g e .   I n   a d d i t i o n ,   o u r   A U C   v a l u e s   b a s e d   o n   t h e   a c t u a l   g r o u n d   t r u t h   c o u l d   n o t   b e   c o m p a r e d   d i r e c t l y   t o   o t h e r   p a r t i c i p a n t s '   v a l u e s   i n   t h e   L U N G x   C h a l l e n g e . ;   T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   J S P S   K A K E N H I   ( G r a n t   N u m b e r   J P 1 6 K 1 9 8 8 3 ) .   W e   t h a n k   S u m i a k i   M a t s u m o t o . 	 A b e r l e   D R ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 1 ,   P 1 0 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 2 . 4 3 . 3 1 1 0 ;   A b e r l e   D R ,   2 0 1 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 5 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 1 0 2 8 7 3 ;   A e r t s   H J W L ,   2 0 1 4 ,   N A T   C O M M U N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 5 0 0 6 ;   A o y a m a   M ,   2 0 0 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 0 ,   P 3 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 5 4 3 5 7 5 ;   A r a i   K o h e i ,   2 0 1 2 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   A d v a n c e d   C o m p u t e r   S c i e n c e   a n d   A p p l i c a t i o n s ,   V 3 ,   P 8 9 ;   A r m a t o   S G ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G I N G ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J M I . 2 . 2 . 0 2 0 1 0 3 ;   A w a i   K ,   2 0 0 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 9 ,   P 2 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 8 3 0 5 0 1 6 7 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h e n   H ,   2 0 1 0 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 7 ,   P 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 9 ;   C h i c k l o r e   S ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 0 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 2 - 2 2 4 7 - 0 ;   D E L O N G   E R ,   1 9 8 8 ,   B I O M E T R I C S ,   V 4 4 ,   P 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 5 3 1 5 9 5 ;   E l - B a z   A ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   B I O M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 1 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 9 4 2 3 5 3 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   K a m i y a   A ,   2 0 1 4 ,   J P N   J   R A D I O L ,   V 3 2 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 6 0 4 - 0 1 3 - 0 2 6 4 - y ;   K u n d u   S ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   E P I D E M I O L ,   V 2 6 ,   P 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 5 4 - 0 1 1 - 9 5 6 7 - 4 ;   L a b u s c h   K ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 9 ,   P 1 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 0 8 . 2 0 0 5 8 3 0 ;   L e e   S L A ,   2 0 1 2 ,   M A C H   V I S I O N   A P P L ,   V 2 3 ,   P 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 3 8 - 0 1 0 - 0 2 7 1 - 2 ;   L i   F ,   2 0 0 6 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 3 ,   P 9 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 6 . 0 4 . 0 1 0 ;   L i   Z B ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 5 1 6 3 5 ;   L i a o   S ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 2 3 0 0 1 8 ;   M a t s u k i   Y ,   2 0 0 2 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 7 8 ,   P 6 5 7 ;   O j a l a   T ,   1 9 9 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 2 9 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 5 ) 0 0 0 6 7 - 4 ;   O j a l a   T ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 1 7 6 2 3 ;   P e n c i n a   M J ,   2 0 0 8 ,   S T A T   M E D ,   V 2 7 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 2 9 2 9 ;   R o b i n   X ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 7 7 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 8 ;   S u z u k i   K e n j i ,   2 0 1 2 ,   Q u a n t   I m a g i n g   M e d   S u r g ,   V 2 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 2 2 3 - 4 2 9 2 . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 2 ;   T E T K O   I V ,   1 9 9 5 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 3 5 ,   P 8 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 0 0 2 7 a 0 0 6 ;   T o n g   T o n g ,   2 0 1 3 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 6 ,   P 5 9 9 ;   V e l a z q u e z   E R ,   2 0 1 3 ,   S C I   R E P - U K ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 3 5 2 9 ;   W a y   T ,   2 0 1 0 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 7 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 6 ;   W a y   T W ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 2 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 2 0 7 1 2 9 ;   Z h a o   G Y ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 9 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 1 1 1 0 ;   Z h u   H C ,   2 0 1 5 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 8 2 3 8 1 	 3 4 	 0 	 0 	 5 	 5 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 1 0 7 6 - 6 3 3 2 	 1 8 7 8 - 4 0 4 6 	 	 A C A D   R A D I O L 	 A c a d .   R a d i o l . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 2 4 	 3 	 	 	 	 	 3 2 8 	 3 3 6 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 7 	 	 9 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E L 6 J J 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 7 2 7 7 0 0 0 1 1 	 2 8 1 1 0 7 9 7 	 
 
 J 	 S h a f i q u e ,   S ;   R a s h i d ,   S 	 	 	 	 S h a f i q u e ,   S h a g u f t a ;   R a s h i d ,   S a j i d 	 	 	 A n t i v i r a l   d r u g   a c y c l o v i r   e x h i b i t s   a n t i t u m o r   a c t i v i t y   v i a   t a r g e t i n g   b e t a   T r C P 1 :   M o l e c u l a r   d o c k i n g   a n d   d y n a m i c s   s i m u l a t i o n   s t u d y 	 J O U R N A L   O F   M O L E C U L A R   G R A P H I C S   &   M O D E L L I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 b e t a   T r C P 1 ;   A C V ;   M o l e c u l a r   d o c k i n g ;   M o l e c u l a r   d y n a m i c s   s i m u l a t i o n 	 E 3   U B I Q U I T I N   L I G A S E S ;   B E T A - T R C P ;   P R O T E I N ;   B I N D I N G ;   E X P R E S S I O N ;   C O M P L E X E S ;   C A N C E R ;   T O O L S ;   C E L L S 	 T h e   c r i t i c a l   r o l e   o f   b e t a   T r C P 1   i n   c a n c e r   d e v e l o p m e n t   m a k e s   i t   a   d i s c e r n i n g   t a r g e t   f o r   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   s m a l l   d r u g   l i k e   m o l e c u l e s .   C u r r e n t l y ,   n o   i n h i b i t o r   e x i s t s   t h a t   i s   a b l e   t o   t a r g e t   i t s   s u b s t r a t e   b i n d i n g   s i t e .   T h r o u g h   m o l e c u l a r   d o c k i n g   a n d   d y n a m i c s   s i m u l a t i o n   a s s a y s ,   w e   e x p l o r e d   t h e   c o m p a r a t i v e   b i n d i n g   p a t t e r n   o f   b e t a   T r C P 1 - W D 4 0   d o m a i n   w i t h   A C V   a n d   i t s   p h o s p h o - d e r i v a t i v e s   ( A C V M P ,   A C V D P   a n d   A C V T P ) .   C o n s e q u e n t l y ,   t h r o u g h   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ,   b e t a   T r C P 1 - A C V T P   w a s   f o u n d   t o   b e   m o r e   s t a b l e   c o m p l e x   b y   o b s c u r i n g   a   r e d u c e d   c o n f o r m a t i o n a l   s p a c e   t h a n   o t h e r   s y s t e m s .   T h u s   b a s e d   o n   t h e   r e s i d u a l   c o n t r i b u t i o n   a n d   h y d r o g e n   b o n d i n g   p a t t e r n ,   A C V T P   w a s   c o n s i d e r e d   a s   a   n o t e w o r t h y   i n h i b i t o r   w h i c h   d e m a r c a t e d   b i n d i n g   i n   t h e   c l e f t   f o r m e d   b y   b e t a   T r C P 1 - W D 4 0   s p e c i f i c   b e t a - p r o p e l l e r .   T h e   o u t c o m e s   o f   t h i s   s t u d y   m a y   p r o v i d e   a   p l a t f o r m   f o r   r a t i o n a l   d e s i g n   o f   s p e c i f i c   a n d   p o t e n t   I n h i b i t o r   a g a i n s t   b e t a   T r C P 1 ,   w i t h   s p e c i a l   e m p h a s i s   o n   a n t i c a n c e r   a c t i v i t y .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   I n c .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ S h a f i q u e ,   S h a g u f t a ;   R a s h i d ,   S a j i d ]   Q u a i d   I   A z a m   U n i v ,   N a t l   C t r   B i o i n f o r m a t ,   I s l a m a b a d   4 5 3 2 0 ,   P a k i s t a n 	 R a s h i d ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Q u a i d   I   A z a m   U n i v ,   N a t l   C t r   B i o i n f o r m a t ,   I s l a m a b a d   4 5 3 2 0 ,   P a k i s t a n . 	 s a j i d r w p @ y a h o o . c o . u k 	 	 	 	 	 A b r a h a m   M a r k   J a m e s ,   2 0 1 5 ,   S o f t w a r e X ,   V 1 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s o f t x . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 1 ;   A b r a h a m   M J ,   2 0 1 1 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 3 2 ,   P 2 0 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 1 7 7 3 ;   B e r m a n   H M ,   2 0 0 0 ,   N A T   S T R U C T   B I O L ,   V 7 ,   P 9 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 8 0 7 3 4 ;   B l e e s   J S ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 6 5 6 7 ;   B u l a t o v   E ,   2 0 1 5 ,   B I O C H E M   J ,   V 4 6 7 ,   P 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / B J 2 0 1 4 1 4 5 0 ;   C a m p o   M . G . ,   2 0 1 0 ,   P A P   P H Y S ,   V 2 ;   C o e n   N ,   2 0 1 4 ,   A N T I M I C R O B   A G E N T S   C H ,   V 5 8 ,   P 4 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / A A C . 0 2 8 2 5 - 1 4 ;   G e o r g e   P r i y a   D o s s   C ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P O R T S ,   V 4 ,   P 5 8 6 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 5 8 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / S R E P 0 5 8 6 8 ] ;   D u a n   Y ,   2 0 0 3 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 2 4 ,   P 1 9 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 1 0 3 4 9 ;   E l d r i d g e   M D ,   1 9 9 7 ,   J   C O M P U T   A I D   M O L   D E S ,   V 1 1 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 7 9 9 6 1 2 4 5 4 5 ;   E L I O N   G B ,   1 9 8 2 ,   A M   J   M E D ,   V 7 3 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 2 - 9 3 4 3 ( 8 2 ) 9 0 0 5 5 - 9 ;   F r e s c a s   D ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 8 ,   P 4 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 3 9 6 ;   F u c h s   S Y ,   2 0 0 4 ,   O N C O G E N E ,   V 2 3 ,   P 2 0 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 7 3 8 9 ;   G u o   L ,   2 0 1 4 ,   J   M O L   M O D E L ,   V 2 0 ,   P 1 ;   H a n w e l l   M D ,   2 0 1 2 ,   J   C H E M I N F O R M A T I C S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 8 - 2 9 4 6 - 4 - 1 7 ;   H i r o s e   K ,   2 0 0 8 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 3 7 4 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 7 2 ;   J o n e s   G ,   1 9 9 7 ,   J   M O L   B I O L ,   V 2 6 7 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 1 9 9 6 . 0 8 9 7 ;   K A B S C H   W ,   1 9 8 3 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 2 2 ,   P 2 5 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i p . 3 6 0 2 2 1 2 1 1 ;   K e l l e n b e r g e r   E ,   2 0 0 4 ,   P R O T E I N S ,   V 5 7 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 0 1 4 9 ;   K i m   S . ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   p D 1 2 0 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / N A R / G K V 9 5 1 ;   K o c h   A ,   2 0 0 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 1 ,   P 4 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 4 - 1 1 6 2 ;   K u d o   Y ,   2 0 0 4 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 4 ,   P 8 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 2 4 . 1 8 . 8 1 8 4 - 8 1 9 4 . 2 0 0 4 ;   L i u   J ,   2 0 0 7 ,   O N C O G E N E ,   V 2 6 ,   P 1 9 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 9 9 9 4 ;   M e n g   E C ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 3 3 9 ;   M i s h r a   A K ,   2 0 1 2 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 0 ,   P 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 1 2 ;   M o r r i s   G M ,   2 0 0 9 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 3 0 ,   P 2 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 1 2 5 6 ;   M u e r k o s t e r   S ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 5 ,   P 1 3 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 1 6 2 6 ;   S c h u t t e l k o p f   A W ,   2 0 0 4 ,   A C T A   C R Y S T A L L O G R   D ,   V 6 0 ,   P 1 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 7 / S 0 9 0 7 4 4 4 9 0 4 0 1 1 6 7 9 ;   S h a f i q u e   S ,   2 0 1 6 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 2 ,   P 2 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 6 m b 0 0 1 8 9 k ;   S i n d h u   T ,   2 0 1 5 ,   R S C   A D V ,   V 5 ,   P 1 4 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 r a 1 6 6 1 7 e ;   S o h a i l   I ,   2 0 1 4 ,   C N S   N E U R O L   D I S O R D - D R ,   V 1 3 ,   P 1 3 6 6 ;   V e r d o n k   M L ,   2 0 0 3 ,   P R O T E I N S ,   V 5 2 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 1 0 4 6 5 ;   W A L L A C E   A C ,   1 9 9 5 ,   P R O T E I N   E N G ,   V 8 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / p r o t e i n / 8 . 2 . 1 2 7 ;   W u   G ,   2 0 0 3 ,   M O L   C E L L ,   V 1 1 ,   P 1 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 7 - 2 7 6 5 ( 0 3 ) 0 0 2 3 4 - X ;   W u   Z H ,   2 0 1 6 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 3 6 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 1 6 ;   X u   C ,   2 0 1 1 ,   P R O T E I N   C E L L ,   V 2 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 3 8 - 0 1 1 - 1 0 1 8 - 1 ;   Y a o   J ,   2 0 1 3 ,   J   C O N T R O L   R E L E A S E ,   V 1 7 0 ,   P 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c o n r e l . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 9 ;   Z h a n g   C a i g u o ,   2 0 1 5 ,   J   G e n o m i c s ,   V 3 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 7 1 5 0 / j g e n . 1 1 0 1 5 ;   Z h a o   Y C ,   2 0 1 3 ,   C U R R   P H A R M   D E S I G N ,   V 1 9 ,   P 3 2 1 5 	 3 9 	 0 	 0 	 1 	 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 1 0 9 3 - 3 2 6 3 	 1 8 7 3 - 4 2 4 3 	 	 J   M O L   G R A P H   M O D E L 	 J .   M o l .   G r a p h . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 7 2 	 	 	 	 	 	 9 6 	 1 0 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j m g m . 2 0 1 6 . 1 2 . 0 1 8 	 	 1 0 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   C r y s t a l l o g r a p h y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   C r y s t a l l o g r a p h y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E N 2 L M 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 8 4 1 7 0 0 0 1 2 	 2 8 0 9 2 8 3 6 	 
 
 J 	 L a r s s e n ,   P ;   W i k ,   L ;   C z a r n e w s k i ,   P ;   E l d h ,   M ;   L o f ,   L ;   R o n q u i s t ,   K G ;   D u b o i s ,   L ;   F r e y h u l t ,   E ;   G a l l a n t ,   C J ;   O e l r i c h ,   J ;   L a r s s o n ,   A ;   R o n q u i s t ,   G ;   V i l l a b l a n c a ,   E J ;   L a n d e g r e n ,   U ;   G a b r i e l s s o n ,   S ;   K a m a l i - M o g h a d d a m ,   M 	 	 	 	 L a r s s e n ,   P i a ;   W i k ,   L o t t a ;   C z a r n e w s k i ,   P a u l o ;   E l d h ,   M a r i a ;   L o f ,   L i z a ;   R o n q u i s t ,   K .   G o r a n ;   D u b o i s ,   L o u i s e ;   F r e y h u l t ,   E v a ;   G a l l a n t ,   C a r o l i n e   J . ;   O e l r i c h ,   J o h a n ;   L a r s s o n ,   A n d e r s ;   R o n q u i s t ,   G u n n a r ;   V i l l a b l a n c a ,   E d u a r d o   J . ;   L a n d e g r e n ,   U l f ;   G a b r i e l s s o n ,   S u s a n n e ;   K a m a l i - M o g h a d d a m ,   M a s o o d 	 	 	 T r a c i n g   C e l l u l a r   O r i g i n   o f   H u m a n   E x o s o m e s   U s i n g   M u l t i p l e x   P r o x i m i t y   E x t e n s i o n   A s s a y s 	 M O L E C U L A R   &   C E L L U L A R   P R O T E O M I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 E X T R A C E L L U L A R   V E S I C L E S ;   M E M B R A N E - V E S I C L E S ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   H U M A N - S P E R M ;   C E L L S ;   P R O T E I N ;   B I O M A R K E R S ;   L I G A T I O N ;   R N A ;   M I C R O V E S I C L E S 	 E x t r a c e l l u l a r   v e s i c l e s   ( E V s )   a r e   m e m b r a n e - c o a t e d   o b j e c t s   s u c h   a s   e x o s o m e s   a n d   m i c r o v e s i c l e s ,   r e l e a s e d   b y   m a n y   c e l l - t y p e s .   T h e i r   p r e s e n c e   i n   b o d y   f l u i d s   a n d   t h e   v a r i a b l e   s u r f a c e   c o m p o s i t i o n   a n d   c o n t e n t   r e n d e r   t h e m   a t t r a c t i v e   p o t e n t i a l   b i o m a r k e r s .   T h e   a b i l i t y   t o   d e t e r m i n e   t h e i r   c e l l u l a r   o r i g i n   c o u l d   g r e a t l y   m o v e   t h e   f i e l d   f o r w a r d .   W e   u s e d   m u l t i p l e x   p r o x i m i t y   e x t e n s i o n   a s s a y s   ( P E A )   t o   i d e n t i f y   w i t h   h i g h   s p e c i f i c i t y   a n d   s e n s i t i v i t y   t h e   p r o t e i n   p r o f i l e s   o f   e x o s o m e s   o f   d i f f e r e n t   o r i g i n s ,   i n c l u d i n g   s e v e n   c e l l   l i n e s   a n d   t w o   d i f f e r e n t   b o d y   f l u i d s .   B y   c o m p a r i n g   c e l l s   a n d   e x o s o m e s ,   w e   s u c c e s s f u l l y   i d e n t i f i e d   t h e   c e l l s   o r i g i n a t i n g   t h e   e x o s o m e s .   F u r t h e r m o r e ,   b y   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   o f   p r o t e i n   p a t t e r n s   h u m a n   m i l k   E V s   a n d   p r o s t a s o m e s   r e l e a s e d   f r o m   p r o s t a t e   a c i n a r   c e l l s   c l u s t e r e d   w i t h   c e l l   l i n e s   f r o m   b r e a s t   a n d   p r o s t a t e   t i s s u e s ,   r e s p e c t i v e l y .   M i l k   e x o s o m e s   u n i q u e l y   e x p r e s s e d   C X C L 5 ,   M I A ,   a n d   K L K 6 ,   w h e r e a s   p r o s t a s o m e s   c a r r i e d   N K X 3 1 ,   G S T P 1 ,   a n d   S R C ,   h i g h l i g h t i n g   t h a t   E V s   o r i g i n a t i n g   f r o m   d i f f e r e n t   o r i g i n s   e x p r e s s   d i s t i n c t   p r o t e i n s .   I n   c o n c l u s i o n ,   P E A   p r o v i d e s   a   p o w e r f u l   p r o t e i n   s c r e e n i n g   t o o l   i n   e x o s o m e   r e s e a r c h ,   f o r   p u r p o s e s   o f   i d e n t i f y i n g   t h e   c e l l   s o u r c e   o f   e x o s o m e s ,   o r   n e w   b i o m a r k e r s   i n   d i s e a s e s   s u c h   a s   c a n c e r   a n d   i n f l a m m a t i o n . 	 [ L a r s s e n ,   P i a ;   E l d h ,   M a r i a ;   G a b r i e l s s o n ,   S u s a n n e ]   K a r o l i n s k a   I n s t ,   D e p t   M e d ,   U n i t   I m m u n o l   &   A l l e r g y ,   S E - 1 7 1 7 6   S t o c k h o l m ,   S w e d e n ;   [ L a r s s e n ,   P i a ;   C z a r n e w s k i ,   P a u l o ;   E l d h ,   M a r i a ;   V i l l a b l a n c a ,   E d u a r d o   J . ;   G a b r i e l s s o n ,   S u s a n n e ]   K a r o l i n s k a   U n i v   H o s p ,   S E - 1 7 1 7 6   S t o c k h o l m ,   S w e d e n ;   [ L o f ,   L i z a ;   G a l l a n t ,   C a r o l i n e   J . ;   O e l r i c h ,   J o h a n ;   L a n d e g r e n ,   U l f ;   K a m a l i - M o g h a d d a m ,   M a s o o d ]   U p p s a l a   U n i v ,   S c i   L i f e   L a b ,   D e p t   I m m u n o l   G e n e t   &   P a t h o l ,   S E - 7 5 1 0 8   U p p s a l a ,   S w e d e n ;   [ C z a r n e w s k i ,   P a u l o ;   V i l l a b l a n c a ,   E d u a r d o   J . ]   K a r o l i n s k a   I n s t ,   S c i   L i f e   L a b ,   D e p t   M e d ,   U n i t   I m m u n o l   &   A l l e r g y ,   S E - 1 7 1 7 6   S t o c k h o l m ,   S w e d e n ;   [ R o n q u i s t ,   K .   G o r a n ;   D u b o i s ,   L o u i s e ;   L a r s s o n ,   A n d e r s ;   R o n q u i s t ,   G u n n a r ]   U p p s a l a   U n i v ,   C l i n   C h e m ,   D e p t   M e d   S c i ,   S E - 7 5 1 8 5   U p p s a l a ,   S w e d e n ;   [ F r e y h u l t ,   E v a ]   U p p s a l a   U n i v ,   S c i   L i f e   L a b ,   D e p t   M e d   S c i   C a n c   P h a r m a c o l   &   C o m p u t a t   M e d ,   N a t l   B i o i n f o r m a t   I n f r a s t r u c t   S w e d e n ,   S E - 7 5 1 8 5   U p p s a l a ,   S w e d e n 	 K a m a l i - M o g h a d d a m ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U p p s a l a   U n i v ,   D e p t   I m m u n o l   G e n e t   &   P a t h o l ,   B o x   8 1 5 ,   S E - 7 5 1 0 8   U p p s a l a ,   S w e d e n . 	 m a s o o d . k a m a l i @ i g p . u u . s e 	 	 	 S w e d i s h   R e s e a r c h   C o u n c i l ;   E u r o p e a n   C o m m i s s i o n ' s   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   ( F P 7 )   u n d e r   t h e   g r a n t   a g r e e m e n t s   D I A T O O L S   [ 2 5 9 7 9 6 ] ;   G a s t r i c G l y c o E x p l o r e r   [ 3 1 6 9 2 9 ] ;   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   u n d e r   E u r o p e a n   U n i o n ' s   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   ( F P )   P r o t e i n S e q   [ 2 9 4 4 0 9 ] ;   I n g a B r i t t   o c h   A r n e   L u n d b e r g s   F o r s k n i n g s s t i f t e l s e ;   S w e d i s h   C a n c e r   F o u n d a t i o n   [ 2 0 1 3 / 8 6 7 ] ;   C a n c e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n s   o f   R a d i u m h e m m e t   [ 1 3 1 0 8 2 ] ;   S t o c k h o l m   C o u n t y   C o u n c i l   [ 2 0 1 4 0 4 0 5 ] ;   S w e d i s h   H e a r t - L u n g   F o u n d a t i o n   [ 2 0 1 4 0 4 9 7 ] ;   C e n t r e   f o r   A l l e r g y   R e s e a r c h ;   C h A M P   c o n s o r t i u m   a t   K a r o l i n s k a   I n s t i t u t e ;   H e s s e l m a n   F o u n d a t i o n ;   K I D   g r a n t   o f   t h e   K a r o l i n s k a   I n s t i t u t e ;   M i l k   d r o p   f o u n d a t i o n ;   C a n c e r   a n d   A l l e r g y   f o u n d a t i o n 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   S w e d i s h   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   t h e   E u r o p e a n   C o m m i s s i o n ' s   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   ( F P 7 / 2 0 0 7 - 2 0 1 3 )   u n d e r   t h e   g r a n t   a g r e e m e n t s   D I A T O O L S   ( p r o j e c t   n o   2 5 9 7 9 6 ) ,   G a s t r i c G l y c o E x p l o r e r   ( 3 1 6 9 2 9 ) ,   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   u n d e r   t h e   E u r o p e a n   U n i o n ' s   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   ( F P / 2 0 0 7 - 2 0 1 3 )   P r o t e i n S e q   ( 2 9 4 4 0 9 ) ,   I n g a B r i t t   o c h   A r n e   L u n d b e r g s   F o r s k n i n g s s t i f t e l s e .   T h e   S w e d i s h   C a n c e r   F o u n d a t i o n   2 0 1 3 / 8 6 7 ,   T h e   C a n c e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n s   o f   R a d i u m h e m m e t   1 3 1 0 8 2 ,   T h e   S t o c k h o l m   C o u n t y   C o u n c i l   2 0 1 4 0 4 0 5 ,   T h e   S w e d i s h   H e a r t - L u n g   F o u n d a t i o n   2 0 1 4 0 4 9 7 ,   T h e   C e n t r e   f o r   A l l e r g y   R e s e a r c h   a n d   t h e   C h A M P   c o n s o r t i u m   a t   t h e   K a r o l i n s k a   I n s t i t u t e ,   t h e   H e s s e l m a n   F o u n d a t i o n ,   t h e   K I D   g r a n t   o f   t h e   K a r o l i n s k a   I n s t i t u t e ,   T h e   M i l k   d r o p   f o u n d a t i o n   a n d   t h e   C a n c e r   a n d   A l l e r g y   f o u n d a t i o n . 	 A d m y r e   C ,   2 0 0 3 ,   E U R   R E S P I R   J ,   V 2 2 ,   P 5 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 3 / 0 9 0 3 1 9 3 6 . 0 3 . 0 0 0 4 1 7 0 3 ;   A d m y r e   C ,   2 0 0 7 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 7 9 ,   P 1 9 6 9 ;   A m a b i l e   N ,   2 0 1 0 ,   S E M I N   T H R O M B   H E M O S T ,   V 3 6 ,   P 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 0 - 1 2 6 7 0 4 4 ;   A s s a r s s o n   E ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 5 1 9 2 ;   B e l o v   L ,   2 0 1 6 ,   J   E X T R A C E L L   V E S I C L E S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 4 0 2 / j e v . v 5 . 2 5 3 5 5 ;   B i j n s d o r p   I .   V . ,   2 0 1 3 ,   J   E X T R A C E L L   V E S I C L E S ,   V 2 ,   D O I   [ 1 0 . 3 4 0 2 / j e v . v 2 i 0 . 2 2 0 9 7 ,   D O I   1 0 . 3 4 0 2 / J E V . V 2 I 0 . 2 2 0 9 7 ] ;   C o c u c c i   E ,   2 0 1 5 ,   T R E N D S   C E L L   B I O L ,   V 2 5 ,   P 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t c b . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 4 ;   D a r m a n i s   S ,   2 0 1 6 ,   C E L L   R E P ,   V 1 4 ,   P 3 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 2 1 ;   D a r m a n i s   S ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 5 5 8 3 ;   D a r m a n i s   S ,   2 0 1 0 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 9 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 9 0 0 2 4 8 - M C P 2 0 0 ;   E l d h   M ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 5 3 5 3 ;   F e v r i e r   B ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 9 6 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 3 0 8 4 1 3 1 0 1 ;   F o r s t e r   R ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   I M M U N O L ,   V 8 ,   P 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r i 2 2 9 7 ;   F r e d r i k s s o n   S ,   2 0 0 7 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 4 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H 1 0 2 0 ;   G r a v e s   L E ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 4 ,   P 7 0 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 1 8 0 0 ;   G u o   P ,   2 0 0 3 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 6 2 ,   P 1 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 2 - 9 4 4 0 ( 1 0 ) 6 3 9 0 5 - 3 ;   G y o r g y   B ,   2 0 1 1 ,   C E L L   M O L   L I F E   S C I ,   V 6 8 ,   P 2 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 1 8 - 0 1 1 - 0 6 8 9 - 3 ;   H o s h i n o   A ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 7 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 5 7 5 6 ;   K a r i n   M ,   2 0 0 0 ,   A N N U   R E V   I M M U N O L ,   V 1 8 ,   P 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . i m m u n o l . 1 8 . 1 . 6 2 1 ;   K e e r t h i k u m a r   S ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 1 5 3 7 5 ;   K h a n   S ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 6 7 3 7 ;   L e e k   J T ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 8 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 0 3 4 ;   L i n d   A L ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 9 8 2 1 ;   L o f   L ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 4 3 5 8 ;   L u g l i   G ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 9 2 3 3 ;   M a r a s k o v s k y   E ,   1 9 9 6 ,   J   E X P   M E D ,   V 1 8 4 ,   P 1 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 4 / j e m . 1 8 4 . 5 . 1 9 5 3 ;   N i l s s o n   J ,   2 0 0 9 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 0 ,   P 1 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 0 5 8 ;   P A N   B T ,   1 9 8 3 ,   C E L L ,   V 3 3 ,   P 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 8 3 ) 9 0 0 4 0 - 5 ;   R i t c h i e   M E ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 0 0 7 ;   R O N Q U I S T   G ,   1 9 8 5 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 8 2 2 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 4 - 4 1 5 7 ( 8 5 ) 9 0 0 0 8 - 5 ;   R o n q u i s t   G K ,   2 0 1 1 ,   M O L   R E P R O D   D E V ,   V 7 8 ,   P 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r d . 2 1 3 2 7 ;   R o u s s e l l e   A ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 3 ,   P 1 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 6 6 5 8 0 ;   S c a r i s b r i c k   I A ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 8 3 7 6 ;   S i m o n s   M ,   2 0 0 9 ,   C U R R   O P I N   C E L L   B I O L ,   V 2 1 ,   P 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e b . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 7 ;   S k o g   J ,   2 0 0 8 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 0 ,   P 1 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 1 8 0 0 ;   S T E G M A Y R   B ,   1 9 8 2 ,   U R O L   R E S ,   V 1 0 ,   P 2 5 3 ;   S t e n q v i s t   A C ,   2 0 1 3 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 9 1 ,   P 5 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 9 / j i m m u n o l . 1 3 0 1 8 8 5 ;   S t o o r v o g e l   W ,   2 0 0 2 ,   T R A F F I C ,   V 3 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 4 / j . 1 6 0 0 - 0 8 5 4 . 2 0 0 2 . 3 0 5 0 2 . x ;   S u z u k i   R ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 1 5 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 1 1 7 ;   T a u r o   B J ,   2 0 1 3 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 2 ,   P 2 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 2 . 0 2 7 0 8 6 ;   T a v o o s i d a n a   G ,   2 0 1 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 8 ,   P 8 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 1 9 3 3 0 1 0 8 ;   T h e r y   C ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   I M M U N O L ,   V 9 ,   P 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r i 2 5 6 7 ;   T h e r y   C P ,   1 9 9 9 ,   C E L L   B I O L ,   V 1 4 7 ,   P 5 9 9 ;   T h u m a   F ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 3 0 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 6 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 8 9 2 8 ;   v a n   B a l k o m   B W M ,   2 0 1 5 ,   J   E X T R A C E L L   V E S I C L E S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 3 4 0 2 / j e v . v 4 . 2 6 7 6 0 ;   v a n   D o o r m a a l   F F ,   2 0 0 9 ,   N E T H   J   M E D ,   V 6 7 ,   P 2 6 6 ;   v a n   H e r w i j n e n   M J C ,   2 0 1 6 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 5 ,   P 3 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 6 . 0 6 0 4 2 6 ;   W i k   L ,   2 0 1 2 ,   P R I O N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / p r i . 2 2 5 8 8 ;   W o l f e r s   J ,   2 0 0 1 ,   N A T   M E D ,   V 7 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 8 5 4 3 8 ;   Z i c h i   D ,   2 0 0 8 ,   C U R R   O P I N   C H E M   B I O L ,   V 1 2 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b p a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 1 6 	 5 0 	 0 	 0 	 4 	 4 	 A M E R   S O C   B I O C H E M I S T R Y   M O L E C U L A R   B I O L O G Y   I N C 	 B E T H E S D A 	 9 6 5 0   R O C K V I L L E   P I K E ,   B E T H E S D A ,   M D   2 0 8 1 4 - 3 9 9 6   U S A 	 1 5 3 5 - 9 4 7 6 	 1 5 3 5 - 9 4 8 4 	 	 M O L   C E L L   P R O T E O M I C S 	 M o l .   C e l l .   P r o t e o m i c s 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 6 	 3 	 	 	 	 	 5 0 2 	 5 1 1 	 	 1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 6 . 0 6 4 7 2 5 	 	 1 0 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 E M 9 Z U 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 6 7 0 9 0 0 0 1 3 	 2 8 1 1 1 3 6 1 	 
 
 J 	 S a l v u c c i ,   M ;   W u r s t l e ,   M L ;   M o r g a n ,   C ;   C u r r y ,   S ;   C r e m o n a ,   M ;   L i n d n e r ,   A U ;   B a c o n ,   O ;   R e s l e r ,   A J ;   M u r p h y ,   A C ;   O ' B y r n e ,   R ;   F l a n a g a n ,   L ;   D a s g u p t a ,   S ;   R i c e ,   N ;   P i l a t i ,   C ;   Z i n k ,   E ;   S c h o l l e r ,   L M ;   T o o m e y ,   S ;   L a w l e r ,   M ;   J o h n s t o n ,   P G ;   W i l s o n ,   R ;   C a m i l l e r i - B r o e t ,   S ;   S a l t o - T e l l e z ,   M ;   M c N a m a r a ,   D A ;   K a y ,   E W ;   L a u r e n t - P u i g ,   P ;   V a n   S c h a e y b r o e c k ,   S ;   H e n n e s s y ,   B T ;   L o n g l e y ,   D B ;   R e h m ,   M ;   P r e h n ,   J H M 	 	 	 	 S a l v u c c i ,   M a n u e l a ;   W u r s t l e ,   M a x i m i l i a n   L . ;   M o r g a n ,   C l a r e ;   C u r r y ,   S a r a h ;   C r e m o n a ,   M a t t i a ;   L i n d n e r ,   A n d r e a s   U . ;   B a c o n ,   O r n a ;   R e s l e r ,   A l e x a   J . ;   M u r p h y ,   A i n e   C . ;   O ' B y r n e ,   R o b e r t ;   F l a n a g a n ,   L o r n a ;   D a s g u p t a ,   S o n a l i ;   R i c e ,   N a d e g e ;   P i l a t i ,   C a m i l l a ;   Z i n k ,   E l i s a b e t h ;   S c h o l l e r ,   L i s a   M . ;   T o o m e y ,   S i n e a d ;   L a w l e r ,   M a r k ;   J o h n s t o n ,   P a t r i c k   G . ;   W i l s o n ,   R i c h a r d ;   C a m i l l e r i - B r o e t ,   S o p h i e ;   S a l t o - T e l l e z ,   M a n u e l ;   M c N a m a r a ,   D e b o r a h   A . ;   K a y ,   E l a i n e   W . ;   L a u r e n t - P u i g ,   P i e r r e ;   V a n   S c h a e y b r o e c k ,   S a n d r a ;   H e n n e s s y ,   B r y a n   T . ;   L o n g l e y ,   D a n i e l   B . ;   R e h m ,   M a r k u s ;   P r e h n ,   J o c h e n   H .   M . 	 	 	 A   S t e p w i s e   I n t e g r a t e d   A p p r o a c h   t o   P e r s o n a l i z e d   R i s k   P r e d i c t i o n s   i n   S t a g e   I I I   C o l o r e c t a l   C a n c e r 	 C L I N I C A L   C A N C E R   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 K A P P A - B   A C T I V A T I O N ;   M I C R O S A T E L L I T E   I N S T A B I L I T Y ;   B R A F   M U T A T I O N ;   M O L E C U L A R - M E C H A N I S M S ;   C A S P A S E   A C T I V A T I O N ;   S Y S T E M S   M E D I C I N E ;   S I N G L E   C E L L S ;   A P O P T O S I S ;   T H E R A P Y ;   P R O T E I N 	 P u r p o s e :   A p o p t o s i s   i s   e s s e n t i a l   f o r   c h e m o t h e r a p y   r e s p o n s e s .   I n   t h i s   d i s c o v e r y   a n d   v a l i d a t i o n   s t u d y ,   w e   e v a l u a t e d   t h e   s u i t a b i l i t y   o f   a   m a t h e m a t i c a l   m o d e l   o f   a p o p t o s i s   e x e c u t i o n   ( A P O P T O - C E L L )   a s   a   s t a n d - a l o n e   s i g n a t u r e   a n d   a s   a   c o n s t i t u e n t   o f   f u r t h e r   r e f i n e d   p r o g n o s t i c   s t r a t i f i c a t i o n   t o o l s .   E x p e r i m e n t a l   D e s i g n :   A p o p t o s i s   c o m p e t e n c y   o f   p r i m a r y   t u m o r   s a m p l e s   f r o m   p a t i e n t s   w i t h   s t a g e   I I I   c o l o r e c t a l   c a n c e r   ( n   =   1 2 0 )   w a s   c a l c u l a t e d   b y   A P O P T O - C E L L   f r o m   m e a s u r e d   p r o t e i n   c o n c e n t r a t i o n s   o f   P r o c a s p a s e - 3 ,   P r o c a s p a s e - 9 ,   S M A C ,   a n d   X I A P .   A n   e n r i c h e d   A P O P T O - C E L L   s i g n a t u r e   ( A P O P T O - C E L L - P C 3 )   w a s   s y n t h e s i z e d   t o   c a p t u r e   a p o p t o s o m e - i n d e p e n d e n t   e f f e c t s   o f   C a s p a s e - 3 .   F u r t h e r m o r e ,   a   m a c h i n e   l e a r n i n g   R a n d o m   F o r e s t   a p p r o a c h   w a s   a p p l i e d   t o   A P O P T O - C E L L - P C 3   a n d   a v a i l a b l e   m o l e c u l a r   a n d   c l i n i c o p a t h o l o g i c   d a t a   t o   i d e n t i f y   a   f u r t h e r   e n h a n c e d   s i g n a t u r e .   A s s o c i a t i o n   o f   t h e   s i g n a t u r e   w i t h   p r o g n o s i s   w a s   e v a l u a t e d   i n   a n   i n d e p e n d e n t   c o l o n   a d e n o c a r c i n o m a   c o h o r t   ( T C G A   C O A D ,   n   =   1 3 6 ) .   R e s u l t s :   W e   i d e n t i f i e d   3   p r o g n o s t i c   b i o m a r k e r s   ( P   =   0 . 0 4 ,   P   =   0 . 0 0 6 ,   a n d   P   =   0 . 0 0 0 4   f o r   A P O P T O - C E L L ,   A P O P T O - C E L L - P C 3 ,   a n d   R a n d o m   F o r e s t   s i g n a t u r e s ,   r e s p e c t i v e l y )   w i t h   i n c r e a s i n g   s t r a t i f i c a t i o n   a c c u r a c y   f o r   p a t i e n t s   w i t h   s t a g e   I I I   c o l o r e c t a l   c a n c e r .   T h e   A P O P T O - C E L L - P C 3   s i g n a t u r e   r a n k e d   h i g h e s t   a m o n g   a l l   f e a t u r e s .   T h e   p r o g n o s t i c   v a l u e   o f   t h e   s i g n a t u r e s   w a s   i n d e p e n d e n t l y   v a l i d a t e d   i n   s t a g e   I I I   T C G A   C O A D   p a t i e n t s   ( P   =   0 . 0 1 ,   P   =   0 . 0 4 ,   a n d   P   =   0 . 0 2   f o r   A P O P T O - C E L L ,   A P O P T O - C E L L - P C 3 ,   a n d   R a n d o m   F o r e s t   s i g n a t u r e s ,   r e s p e c t i v e l y ) .   T h e   s i g n a t u r e s   p r o v i d e d   f u r t h e r   s t r a t i f i c a t i o n   f o r   p a t i e n t s   w i t h   C M S 1 - 3   m o l e c u l a r   s u b t y p e .   C o n c l u s i o n s :   T h e   i n t e g r a t i o n   o f   a   s y s t e m s - b i o l o g y - b a s e d   b i o m a r k e r   f o r   a p o p t o s i s   c o m p e t e n c y   w i t h   m a c h i n e   l e a r n i n g   a p p r o a c h e s   i s   a n   a p p e a l i n g   a n d   i n n o v a t i v e   s t r a t e g y   t o w a r d   r e f i n e d   p a t i e n t   s t r a t i f i c a t i o n .   T h e   p r o g n o s t i c   v a l u e   o f   a p o p t o s i s   c o m p e t e n c y   i s   i n d e p e n d e n t   o f   o t h e r   a v a i l a b l e   c l i n i c o p a t h o l o g i c   a n d   m o l e c u l a r   f a c t o r s ,   w i t h   t a n g i b l e   p o t e n t i a l   o f   b e i n g   i n t r o d u c e d   i n   t h e   c l i n i c a l   m a n a g e m e n t   o f   p a t i e n t s   w i t h   s t a g e   I I I   c o l o r e c t a l   c a n c e r .   ( C ) 2 0 1 6   A A C R . 	 [ S a l v u c c i ,   M a n u e l a ;   W u r s t l e ,   M a x i m i l i a n   L . ;   M o r g a n ,   C l a r e ;   C u r r y ,   S a r a h ;   C r e m o n a ,   M a t t i a ;   L i n d n e r ,   A n d r e a s   U . ;   B a c o n ,   O r n a ;   R e s l e r ,   A l e x a   J . ;   M u r p h y ,   A i n e   C . ;   O ' B y r n e ,   R o b e r t ;   F l a n a g a n ,   L o r n a ;   Z i n k ,   E l i s a b e t h ;   S c h o l l e r ,   L i s a   M . ;   K a y ,   E l a i n e   W . ;   H e n n e s s y ,   B r y a n   T . ;   R e h m ,   M a r k u s ;   P r e h n ,   J o c h e n   H .   M . ]   R o y a l   C o l l   S u r g e o n s   I r e l a n d ,   C t r   S y s t   M e d ,   D u b l i n ,   I r e l a n d ;   [ S a l v u c c i ,   M a n u e l a ;   W u r s t l e ,   M a x i m i l i a n   L . ;   L i n d n e r ,   A n d r e a s   U . ;   R e s l e r ,   A l e x a   J . ;   M u r p h y ,   A i n e   C . ;   O ' B y r n e ,   R o b e r t ;   F l a n a g a n ,   L o r n a ;   Z i n k ,   E l i s a b e t h ;   S c h o l l e r ,   L i s a   M . ;   R e h m ,   M a r k u s ;   P r e h n ,   J o c h e n   H .   M . ]   R o y a l   C o l l   S u r g e o n s   I r e l a n d ,   D e p t   P h y s i o l   &   M e d   P h y s ,   1 2 3   S t   S t e p h e n s   G r e e n ,   D u b l i n   2 ,   I r e l a n d ;   [ M o r g a n ,   C l a r e ;   C r e m o n a ,   M a t t i a ;   T o o m e y ,   S i n e a d ;   H e n n e s s y ,   B r y a n   T . ]   R o y a l   C o l l   S u r g e o n s   I r e l a n d ,   D e p t   M e d   O n c o l ,   D u b l i n ,   I r e l a n d ;   [ C u r r y ,   S a r a h ;   K a y ,   E l a i n e   W . ]   B e a u m o n t   H o s p ,   D e p t   P a t h o l ,   D u b l i n ,   I r e l a n d ;   [ B a c o n ,   O r n a ;   M c N a m a r a ,   D e b o r a h   A . ]   B e a u m o n t   H o s p ,   D e p t   S u r g ,   D u b l i n ,   I r e l a n d ;   [ D a s g u p t a ,   S o n a l i ;   L a w l e r ,   M a r k ;   J o h n s t o n ,   P a t r i c k   G . ;   W i l s o n ,   R i c h a r d ;   S a l t o - T e l l e z ,   M a n u e l ;   V a n   S c h a e y b r o e c k ,   S a n d r a ;   L o n g l e y ,   D a n i e l   B . ]   Q u e e n s   U n i v   B e l f a s t ,   S c h   M e d   D e n t   &   B i o m e d   S c i ,   C t r   C a n c   R e s   &   C e l l   B i o l ,   B e l f a s t ,   A n t r i m ,   N o r t h   I r e l a n d ;   [ R i c e ,   N a d e g e ]   U n i v   P a r i s   0 5 ,   F a c   M e d ,   P a r i s ,   F r a n c e ;   [ P i l a t i ,   C a m i l l a ;   L a u r e n t - P u i g ,   P i e r r e ]   U n i v   P a r i s   0 5 ,   I N S E R M   U M R   S 1 1 4 7 ,   P e r s o n a l i z e d   M e d   P h a r m a c o g e n   T h e r a p e u t   O p t i m i z a t ,   P a r i s ,   F r a n c e ;   [ C a m i l l e r i - B r o e t ,   S o p h i e ]   U n i v   P a r i s   0 5 ,   D e p t   P a t h o l ,   P a r i s ,   F r a n c e ;   [ R e h m ,   M a r k u s ]   U n i v   S t u t t g a r t ,   I n s t   C e l l   B i o l   &   I m m u n o l ,   S t u t t g a r t ,   G e r m a n y 	 P r e h n ,   J H M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R o y a l   C o l l   S u r g e o n s   I r e l a n d ,   D e p t   P h y s i o l   &   M e d   P h y s ,   1 2 3   S t   S t e p h e n s   G r e e n ,   D u b l i n   2 ,   I r e l a n d . 	 p r e h n @ r c s i . i e 	 P r e h n ,   J o c h e n / A - 3 9 2 8 - 2 0 1 0 	 P r e h n ,   J o c h e n / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 3 4 7 9 - 7 7 9 4 	 E u r o p e a n   U n i o n   [ 3 0 6 0 2 1 ] ;   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   I r e l a n d   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   [ 1 3 / I A / 1 8 8 1 ] ;   I r i s h   C a n c e r   S o c i e t y   B r e a s t P r e d i c t   C o l l a b o r a t i v e   R e s e a r c h   C e n t r e   [ C C R C 1 3 G A L ] ;   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   I r e l a n d / D e p a r t m e n t   o f   E n t e r p r i s e   a n d   L e a r n i n g   P a r t n e r s h i p   A w a r d   [ 1 4 / I A / 2 5 8 2 ] ;   H e a l t h   R e s e a r c h   B o a r d   T r a n s l a t i o n a l   R e s e a r c h   S u p p l e m e n t a r y   A w a r d   [ T R A / 2 0 0 7 / 2 6 ] ;   E u r o p e a n   C o m m u n i t y   A c t i o n   S c h e m e   f o r   t h e   M o b i l i t y   o f   U n i v e r s i t y   S t u d e n t s   ( E R A S M U S ) 	 T h e   a u t h o r s   a c k n o w l e d g e   s u p p o r t   f o r   t h e i r   w o r k   b y   t h e   E u r o p e a n   U n i o n   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   7   ( F P 7   A P O - D E C I D E )   u n d e r   c o n t r a c t   n o .   3 0 6 0 2 1 .   J . H . M .   P r e h n   i s   s u p p o r t e d   b y   a   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   I r e l a n d   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   ( 1 3 / I A / 1 8 8 1 )   a n d   b y   t h e   I r i s h   C a n c e r   S o c i e t y   B r e a s t P r e d i c t   C o l l a b o r a t i v e   R e s e a r c h   C e n t r e   ( C C R C 1 3 G A L ) .   J . H . M .   P r e h n ,   M .   R e h m ,   a n d   D . B .   L o n g l e y   a r e   s u p p o r t e d   b y   a   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   I r e l a n d / D e p a r t m e n t   o f   E n t e r p r i s e   a n d   L e a r n i n g   P a r t n e r s h i p   A w a r d   ( 1 4 / I A / 2 5 8 2 ) .   E .   Z i n k   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   H e a l t h   R e s e a r c h   B o a r d   T r a n s l a t i o n a l   R e s e a r c h   S u p p l e m e n t a r y   A w a r d   ( T R A / 2 0 0 7 / 2 6 ) .   L . M .   S c h o l l e r   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   E u r o p e a n   C o m m u n i t y   A c t i o n   S c h e m e   f o r   t h e   M o b i l i t y   o f   U n i v e r s i t y   S t u d e n t s   ( E R A S M U S ) . 	 A l d r i d g e   B B ,   2 0 1 1 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 1 1 . 8 5 ;   B i e l e k o v a   B ,   2 0 1 4 ,   F R O N T   N E U R O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f n e u r . 2 0 1 4 . 0 0 1 0 2 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e n n a n   D J ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 0 ,   P 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 9 0 2 ;   B u d i n s k a   E ,   2 0 1 3 ,   J   P A T H O L ,   V 2 3 1 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 4 2 1 2 ;   D i e n s t m a n n   R ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 1 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 6 0 . 0 2 1 3 ;   D i   N a r z o   A F ,   2 0 1 4 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 6 ;   E w a l d   B ,   2 0 0 8 ,   O N C O G E N E ,   V 2 7 ,   P 6 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 0 8 . 3 1 6 ;   F l a n a g a n   L ,   2 0 1 5 ,   J   M O L   M E D ,   V 9 3 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 0 9 - 0 1 4 - 1 2 2 1 - 7 ;   F l u s b e r g   D A ,   2 0 1 5 ,   T R E N D S   C E L L   B I O L ,   V 2 5 ,   P 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t c b . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 3 ;   G e r d e s   M J ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 1 1 9 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 0 0 1 3 6 1 1 0 ;   G u i n n e y   J ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E D ,   V 2 1 ,   P 1 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 9 6 7 ;   H a m i l t o n   S R ,   2 0 1 3 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 5 ,   P 1 0 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j t 1 8 9 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 0 0 ,   C E L L ,   V 1 0 0 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 0 0 ) 8 1 6 8 3 - 9 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   H e a l y   M E ,   2 0 1 5 ,   S T E M   C E L L S   D E V ,   V 2 4 ,   P 2 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / s c d . 2 0 1 5 . 0 0 8 9 ;   H e c t o r   S ,   2 0 1 2 ,   G U T ,   V 6 1 ,   P 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t j n l - 2 0 1 1 - 3 0 0 4 3 3 ;   H u a n g   Q ,   2 0 1 1 ,   N A T   M E D ,   V 1 7 ,   P 8 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 2 3 8 5 ;   H u b e r   H J ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 6 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 6 8 4 ;   H u b e r   H J ,   2 0 1 1 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 8 1 3 ,   P 6 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 4 ;   J e m a l   A ,   2 0 1 1 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 1 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 0 7 ;   K a n d i o l e r   D ,   2 0 1 5 ,   E B I O M E D I C I N E ,   V 2 ,   P 8 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e b i o m . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 3 ;   K O L A T A   G ,   1 9 8 4 ,   S C I E N C E ,   V 2 2 5 ,   P 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 2 5 . 4 6 5 8 . 1 5 6 ;   K u r t o v a   A V ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 7 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 0 3 4 ;   L i   F ,   2 0 1 0 ,   S C I   S I G N A L ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i s i g n a l . 2 0 0 0 6 3 4 ;   L i n   F ,   2 0 1 5 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 4 ,   P 2 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d v 0 5 2 ;   L o c h h e a d   P ,   2 0 1 3 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 5 ,   P 1 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j t 1 7 3 ;   L o n g l e y   D B ,   2 0 0 5 ,   J   P A T H O L ,   V 2 0 5 ,   P 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 1 7 0 6 ;   L o n g l e y   D B ,   2 0 0 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 3 ,   P 3 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c . 1 0 7 4 ;   L u   M ,   2 0 0 7 ,   M O L   C E L L ,   V 2 6 ,   P 6 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 0 6 ;   M a r i s a   L ,   2 0 1 3 ,   P L O S   M E D ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p m e d . 1 0 0 1 4 5 3 ;   M c C a r t h y   N ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 8 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 3 0 0 ;   M u r p h y   A C ,   2 0 1 3 ,   C E L L   D E A T H   D I S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d i s . 2 0 1 3 . 1 5 7 ;   M u r r a y   T V A ,   2 0 0 8 ,   J   C E L L   S C I ,   V 1 2 1 ,   P 3 7 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / j c s . 0 2 4 5 4 7 ;   P R E H N   J H M ,   1 9 9 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 1 ,   P 1 2 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 1 . 2 6 . 1 2 5 9 9 ;   Q u a i l   D F ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E D ,   V 1 9 ,   P 1 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 3 9 4 ;   R e h m   M ,   2 0 0 2 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 7 ,   P 2 4 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 1 0 7 8 9 2 0 0 ;   R e h m   M ,   2 0 0 6 ,   E M B O   J ,   V 2 5 ,   P 4 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . e m b o j . 7 6 0 1 2 9 5 ;   R o e p m a n   P ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 4 ,   P 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 3 8 7 ;   S a d a n a n d a m   A ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E D ,   V 1 9 ,   P 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 1 7 5 ;   S c h e l l   M J ,   2 0 1 6 ,   N A T   C O M M U N ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 1 7 4 3 ;   S c h l i c k e r   A ,   2 0 1 2 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 5 - 8 7 9 4 - 5 - 6 6 ;   S c h m i d   J ,   2 0 1 2 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 7 ,   P 4 1 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 1 2 . 4 1 1 8 2 7 ;   S e p p a l a   T T ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 2 ,   P 1 9 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 5 . 1 6 0 ;   S h a l i n i   S ,   2 0 1 5 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 2 2 ,   P 5 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 1 4 . 2 1 6 ;   S i g a l   A ,   2 0 0 6 ,   N A T U R E ,   V 4 4 4 ,   P 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 3 1 6 ;   S p e n c e r   S L ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 9 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 2 ;   T a y l o r   R C ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 9 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 2 3 1 2 ;   T o o n   C W ,   2 0 1 4 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 2 7 ,   P 6 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 2 0 1 3 . 2 0 0 ;   W u r s t l e   M L ,   2 0 1 4 ,   C E L L   D E A T H   D I S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d i s . 2 0 1 4 . 3 6 	 5 0 	 1 	 1 	 1 	 1 	 A M E R   A S S O C   C A N C E R   R E S E A R C H 	 P H I L A D E L P H I A 	 6 1 5   C H E S T N U T   S T ,   1 7 T H   F L O O R ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 6 - 4 4 0 4   U S A 	 1 0 7 8 - 0 4 3 2 	 1 5 5 7 - 3 2 6 5 	 	 C L I N   C A N C E R   R E S 	 C l i n .   C a n c e r   R e s . 	 M A R   1 	 2 0 1 7 	 2 3 	 5 	 	 	 	 	 1 2 0 0 	 1 2 1 2 	 	 1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 6 - 1 0 8 4 	 	 1 3 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E N 4 Z O 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 0 1 5 6 0 0 0 1 1 	 2 7 6 4 9 5 5 2 	 
 
 J 	 H u ,   L F ;   L i n ,   F Y ;   L i ,   H Z ;   T o n g ,   C F ;   P a n ,   Z F ;   L i ,   J ;   C h e n ,   H L 	 	 	 	 H u ,   L u f e n g ;   L i n ,   F e i y a n ;   L i ,   H u a i z h o n g ;   T o n g ,   C h a n g f e i ;   P a n ,   Z h i f a n g ;   L i ,   J u n ;   C h e n ,   H u i l i n g 	 	 	 A n   i n t e l l i g e n t   p r o g n o s t i c   s y s t e m   f o r   a n a l y z i n g   p a t i e n t s   w i t h   p a r a q u a t   p o i s o n i n g   u s i n g   a r t e r i a l   b l o o d   g a s   i n d e x e s 	 J O U R N A L   O F   P H A R M A C O L O G I C A L   A N D   T O X I C O L O G I C A L   M E T H O D S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ;   P a r t i c l e   s w a r m   o p t i m i z a t i o n ;   A r t e r i a l   b l o o d   g a s ;   P a r a q u a t ;   P r o g n o s t i c   s y s t e m ;   O u t c o m e   p r e d i c t i o n 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   B R E A S T - C A N C E R   D I A G N O S I S ;   C L A S S I F I E R S 	 T h e   a r t e r i a l   b l o o d   g a s   ( A B G )   t e s t   i s   u s e d   t o   a s s e s s   g a s   e x c h a n g e   i n   t h e   l u n g ,   a n d   t h e   a c i d - b a s e   l e v e l   i n   t h e   b l o o d .   H o w e v e r ,   i t   i s   s t i l l   u n c l e a r   w h e t h e r   o r   n o t   A B G   t e s t   i n d e x e s   c o r r e l a t e   w i t h   p a r a q u a t   ( P Q )   p o i s o n i n g .   T h i s   s t u d y   i n v e s t i g a t e s   t h e   p r e d i c t i v e   v a l u e   o f   A B G   t e s t s   i n   p r o g n o s i n g   p a t i e n t s   w i t h   P Q   p o i s o n i n g ;   i t   a l s o   i d e n t i f i e s   t h e   m o s t   s i g n i f i c a n t   i n d e x e s   o f   t h e   A B G   t e s t .   A n   i n t e l l i g e n t   m a c h i n e   l e a r n i n g - b a s e d   s y s t e m   w a s   e s t a b l i s h e d   t o   e f f e c t i v e l y   g i v e   p r o g n o s t i c   a n a l y s i s   o f   p a t i e n t s   w i t h   P Q   p o i s o n i n g   b a s e d   o n   A B C   i n d e x e s .   I n   t h e   p r o p o s e d   s y s t e m ,   a n   e n h a n c e d   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   c o m b i n e d   w i t h   a   f e a t u r e   s e l e c t i o n   s t r a t e g y   w a s   d e v e l o p e d   t o   p r e d i c t   t h e   r i s k   s t a t u s   f r o m   a   p o o l   o f   1 0 3   p a t i e n t s   ( 5 6   m a l e s   a n d   4 7   f e m a l e s ) ;   o f   t h e s e ,   5 2   s u b j e c t s   w e r e   d e c e a s e d   a n d   5 1   p a t i e n t s   w e r e   a l i v e . T h e   p r o p o s e d   m e t h o d   w a s   r i g o r o u s l y   e v a l u a t e d   a g a i n s t   t h e   r e a l - l i f e   d a t a s e t   i n   t e r m s   o f   a c c u r a c y ,   s e n s i t i v i t y ,   a n d   s p e c i f i c i t y .   A d d i t i o n a l l y ,   t h e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   w a s   i n v e s t i g a t e d   t o   i d e n t i f y   c o r r e l a t i n g   f a c t o r s   f o r   t h e   r i s k   s t a t u s .   T h e   r e s u l t s   d e m o n s t r a t e d   t h a t   t h e r e   w e r e   s i g n i f i c a n t   d i f f e r e n c e s   i n   A B C   i n d e x e s   b e t w e e n   d e c e a s e d   a n d   a l i v e   s u b j e c t s   ( p - v a l u e   < 0 . 0 1 ) .   A c c o r d i n g   t o   t h e   f e a t u r e   s e l e c t i o n ,   w e   f o u n d   t h a t   t h e   m o s t   i m p o r t a n t   c o r r e l a t e d   i n d e x e s   w e r e   a s s o c i a t e d   w i t h   p a r t i a l   p r e s s u r e   o f   c a r b o n   d i o x i d e   ( P C O 2 ) .   T h i s   s t u d y   d i s c o v e r e d   t h e   r e l a t i o n s h i p   b e t w e e n   A B C   t e s t   a n d   p o i s o n i n g   d e g r e e   t o   p r o v i d e   a   n e w   a v e n u e   f o r   p r o g n o s i n g   P Q   p o i s o n i n g .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   I n c .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ H u ,   L u f e n g ]   W e n z h o u   M e d   U n i v ,   D e p t   P h a r m ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   W e n z h o u   3 2 5 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i n ,   F e i y a n ]   W e n z h o u   M e d   U n i v ,   C t r   L a b ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   W e n z h o u   3 2 5 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   H u a i z h o n g ]   L i s h u i   U n i v ,   D e p t   C o m p ,   L i s h u i   3 2 3 0 0 0 ,   Z h e j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ T o n g ,   C h a n g f e i ;   L i ,   J u n ;   C h e n ,   H u i l i n g ]   W e n z h o u   U n i v ,   C o l l   P h y s   &   E l e c t   I n f o r m a t   E n g n ,   W e n z h o u   3 2 5 0 3 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ P a n ,   Z h i f a n g ]   W e n z h o u   M e d   U n i v ,   C t r   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   W e n z h o u   3 2 5 0 3 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 C h e n ,   H L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   W e n z h o u   U n i v ,   C o l l   P h y s   &   E l e c t   I n f o r m a t   E n g n ,   W e n z h o u   3 2 5 0 3 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 c h e n h u i l i n g . j l u @ g m a i l . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   [ 6 1 3 0 3 1 1 3 ,   6 1 3 7 3 1 6 6 ,   6 1 4 0 2 3 3 7 ] ;   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P l a n   P r o j e c t   o f   W e n z h o u ,   C h i n a   [ G 2 0 1 4 0 0 4 8 ] ;   M e d i c a l   T e c h n o l o g y   P r o j e c t   o f   H e a l t h   D e p a r t m e n t   o f   Z h e j i a n g   P r o v i n c e   [ 2 0 1 5 K Y A 1 5 4 ] ;   Y o u n g   T a l e n t s   P r o j e c t   o f   t h e   F i r s t   A f f i l i a t e d   H o s p i t a l   o f   W e n z h o u   M e d i c a l   U n i v e r s i t y   [ q n y c   0 4 3 ] ;   Z h e j i a n g   P r o v i n c i a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ L Y 1 7 F 0 2 0 0 1 2 ,   L Q 1 3 G 0 1 0 0 0 7 ,   L Q 1 3 F 0 2 0 0 1 1 ,   L Y 1 6 F 0 3 0 0 1 0 ,   L Y 1 4 F 0 2 0 0 3 5 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   ( 6 1 3 0 3 1 1 3 ,   6 1 3 7 3 1 6 6 ,   a n d   6 1 4 0 2 3 3 7 ) .   T h i s   r e s e a r c h   i s   a l s o   f u n d e d   b y   t h e   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P l a n   P r o j e c t   o f   W e n z h o u ,   C h i n a   ( G 2 0 1 4 0 0 4 8 ) ,   M e d i c a l   T e c h n o l o g y   P r o j e c t   o f   H e a l t h   D e p a r t m e n t   o f   Z h e j i a n g   P r o v i n c e   ( 2 0 1 5 K Y A 1 5 4 ) ,   a n d   T h e   Y o u n g   T a l e n t s   P r o j e c t   o f   t h e   F i r s t   A f f i l i a t e d   H o s p i t a l   o f   W e n z h o u   M e d i c a l   U n i v e r s i t y   ( q n y c   0 4 3 ) ,   Z h e j i a n g   P r o v i n c i a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( L Y 1 7 F 0 2 0 0 1 2 ,   L Q 1 3 G 0 1 0 0 0 7 ,   L Q 1 3 F 0 2 0 0 1 1 ,   L Y 1 6 F 0 3 0 0 1 0   a n d   L Y 1 4 F 0 2 0 0 3 5 ) . 	 A k a y   M F ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 9 ;   B o s e r   B .   E . ,   1 9 9 2 ,   T R A I N I N G   A L G O R I T H M   O ;   B Y S T R I T S K Y   A ,   1 9 9 5 ,   B I O L   P S Y C H I A T ,   V 3 8 ,   P 6 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 6 - 3 2 2 3 ( 9 5 ) 0 0 0 4 8 - 8 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 4 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 2 3 9 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 3 9 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 2 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 7 2 3 - 0 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 1 1 7 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 6 6 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 1 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 6 5 5 - 8 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 0 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 1 2 0 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C r i s t i a n i n i   N . ,   2 0 0 0 ,   I N T R O   S U P P O R T   V E C T O R ;   D u d a   R O ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   H u   L .   F . ,   2 0 1 5 ,   C L E A R A N C E   R A T E   B P   A N ;   H u a n g   C B ,   2 0 1 1 ,   C L I N   T O X I C O L ,   V 4 9 ,   P 7 3 4 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 5 5 6 3 6 5 0 . 2 0 1 1 . 6 0 7 4 5 9 ;   K e e r t h i   S S ,   2 0 0 3 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 5 ,   P 1 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 0 3 3 2 1 8 9 1 8 5 5 ;   K e n n e d y   J ,   1 9 9 5 ,   1 9 9 5   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   P R O C E E D I N G S ,   V O L S   1 - 6 ,   P 1 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C N N . 1 9 9 5 . 4 8 8 9 6 8 ;   M a g l o g i a n n i s   I ,   2 0 0 9 ,   A P P L   I N T E L L ,   V 3 0 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 8 9 - 0 0 7 - 0 0 7 3 - z ;   P a r k   J J ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   H E A R T   F A I L ,   V 1 7 ,   P 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e j h f . 2 7 6 ;   P i s h b i n   E l h a m ,   2 0 1 5 ,   E l e c t r o n   P h y s i c i a n ,   V 7 ,   P 1 0 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 4 6 6 1 / 2 0 1 5 . 1 0 9 5 - 1 1 0 1 ;   R a h i m i   S ,   2 0 1 4 ,   A C T A   N E U R O C H I R ,   V 1 5 6 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 0 1 - 0 1 3 - 1 9 2 9 - 0 ;   S a l z b e r g   S L ,   1 9 9 7 ,   D A T A   M I N   K N O W L   D I S C ,   V 1 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 9 7 5 2 4 0 3 2 6 0 ;   S h i n   K S ,   2 0 0 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 2 8 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 0 9 ;   S o l o u k i d e s   A ,   2 0 0 7 ,   R E N A L   F A I L U R E ,   V 2 9 ,   P 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 8 8 6 0 2 2 0 6 0 1 1 8 4 1 3 4 ;   U b e y l i   E D ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   S Y S T ,   V 2 4 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 8 - 0 3 9 4 . 2 0 0 7 . 0 0 4 1 8 . x ;   V a p n i k   V . ,   1 9 9 5 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   X u   S Y ,   2 0 1 5 ,   P E D I A T R   E M E R G   C A R E ,   V 3 1 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P E C . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 5 1 ;   Y O O N   S C ,   2 0 0 9 ,   T H E   K O R E A N   J O U R N A L   O ,   V 2 4 ,   P 9 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 3 9 0 4 / K J I M . 2 0 0 9 . 2 4 . 2 . 9 3 	 2 7 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 1 0 5 6 - 8 7 1 9 	 1 8 7 3 - 4 8 8 X 	 	 J   P H A R M A C O L   T O X   M E T 	 J .   P h a r m a c o l .   T o x i c o l .   M e t h o d s 	 M A R - A P R 	 2 0 1 7 	 8 4 	 	 	 	 	 	 7 8 	 8 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . v a s c n . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 4 	 	 8 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y ;   T o x i c o l o g y 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y ;   T o x i c o l o g y 	 E O 1 D Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 4 3 9 6 0 0 0 1 0 	 2 7 8 8 4 7 7 3 	 
 
 J 	 S a e e d ,   K ;   R a h k a m a ,   V ;   E l d f o r s ,   S ;   B y c h k o v ,   D ;   M p i n d i ,   J P ;   Y a d a v ,   B ;   P a a v o l a i n e n ,   L ;   A i t t o k a l l i o ,   T ;   H e c k m a n ,   C ;   W e n n e r b e r g ,   K ;   P e e h l ,   D M ;   H o r v a t h ,   P ;   M i r t t i ,   T ;   R a n n i k k o ,   A ;   K a l l i o n i e m i ,   O ;   O s t l i n g ,   P ;   a f   H a l l s t r o m ,   T M 	 	 	 	 S a e e d ,   K h a l i d ;   R a h k a m a ,   V e s a ;   E l d f o r s ,   S a m u l i ;   B y c h k o v ,   D m i t r y ;   M p i n d i ,   J o h n   P a t r i c k ;   Y a d a v ,   B h a g w a n ;   P a a v o l a i n e n ,   L a s s i ;   A i t t o k a l l i o ,   T e r o ;   H e c k m a n ,   C a r o l i n e ;   W e n n e r b e r g ,   K r i s t e r ;   P e e h l ,   D o n n a   M . ;   H o r v a t h ,   P e t e r ;   M i r t t i ,   T u o m a s ;   R a n n i k k o ,   A n t t i ;   K a l l i o n i e m i ,   O l l i ;   O s t l i n g ,   P a i v i ;   a f   H a l l s t r o m ,   T a i j a   M . 	 	 	 C o m p r e h e n s i v e   D r u g   T e s t i n g   o f   P a t i e n t - d e r i v e d   C o n d i t i o n a l l y   R e p r o g r a m m e d   C e l l s   f r o m   C a s t r a t i o n - r e s i s t a n t   P r o s t a t e   C a n c e r 	 E U R O P E A N   U R O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C a s t r a t i o n - r e s i s t a n t   p r o s t a t e   c a n c e r ;   D r u g   s e n s i t i v i t y   t e s t i n g ;   N a v i t o c l a x ;   P a t i e n t - d e r i v e d   c u l t u r e s ;   R e p r o g r a m m e d   c e l l s 	 E P I T H E L I A L - C E L L S ;   I N C R E A S E D   S U R V I V A L ;   P L U S   P R E D N I S O N E ;   E A U   G U I D E L I N E S ;   D O C E T A X E L ;   D I F F E R E N T I A T I O N ;   E N Z A L U T A M I D E ;   C H E M O T H E R A P Y ;   M I T O X A N T R O N E ;   C A B A Z I T A X E L 	 B a c k g r o u n d :   T e c h n o l o g y   d e v e l o p m e n t   t o   e n a b l e   t h e   c u l t u r e   o f   h u m a n   p r o s t a t e   c a n c e r   ( P C a )   p r o g e n i t o r   c e l l s   i s   r e q u i r e d   f o r   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   n e w ,   p o t e n t i a l l y   c u r a t i v e   t h e r a p i e s   f o r   P C a .   O b j e c t i v e :   W e   e s t a b l i s h e d   a n d   c h a r a c t e r i z e d   p a t i e n t - d e r i v e d   c o n d i t i o n a l l y   r e p r o g r a m m e d   c e l l s   ( C R C s )   t o   a s s e s s   t h e i r   b i o l o g i c a l   p r o p e r t i e s   a n d   t o   a p p l y   t h e s e   t o   t e s t   t h e   e f f i c a c i e s   o f   d r u g s .   D e s i g n ,   s e t t i n g ,   a n d   p a r t i c i p a n t s :   C R C s   w e r e   e s t a b l i s h e d   f r o m   s e v e n   p a t i e n t   s a m p l e s   w i t h   d i s e a s e   r a n g i n g   f r o m p r i m a r y   P C a   t o   a d v a n c e d  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 W e n n e r b e r g ,   K r i s t e r ;   H o r v a t h ,   P e t e r ;   M i r t t i ,   T u o m a s ;   K a l l i o n i e m i ,   O l l i ;   O s t l i n g ,   P a i v i ;   a f   H a l l s t r o m ,   T a i j a   M . ]   U n i v   H e l s i n k i ,   I n s t   M o l   M e d   F i n l a n d ,   H a a r t m a n i n k a t u   8 ,   F I - 0 0 1 4 0   H e l s i n k i ,   F i n l a n d ;   [ P e e h l ,   D o n n a   M . ]   S t a n f o r d   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   U r o l ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A ;   [ H o r v a t h ,   P e t e r ]   B i o l   R e s   C t r ,   S y n t h e t   &   S y s t   B i o l   U n i t ,   S z e g e d ,   H u n g a r y ;   [ M i r t t i ,   T u o m a s ]   H e l s i n k i   U n i v   H o s p ,   D e p t   P a t h o l ,   H U S L A B ,   H e l s i n k i ,   F i n l a n d ;   [ R a n n i k k o ,   A n t t i ]   H e l s i n k i   U n i v   H o s p ,   D e p t   U r o l ,   H e l s i n k i ,   F i n l a n d 	 a f   H a l l s t r o m ,   T M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   H e l s i n k i ,   I n s t   M o l   M e d   F i n l a n d ,   H a a r t m a n i n k a t u   8 ,   F I - 0 0 1 4 0   H e l s i n k i ,   F i n l a n d . 	 t a i j a . a f h a l l s t r o m @ h e l s i n k i . f i 	 A i t t o k a l l i o ,   T e r o / B - 6 5 8 3 - 2 0 0 9 	 A i t t o k a l l i o ,   T e r o / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 0 8 8 6 - 9 7 6 9 ;   R a n n i k k o ,   A n t t i / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 4 2 6 1 - 3 4 8 4 ;   O s t l i n g ,   P a i v i / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 5 5 0 1 - 4 6 6 X ;   W e n n e r b e r g ,   K r i s t e r / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 1 3 5 2 - 4 2 2 0 ;   K a l l i o n i e m i ,   O l l i / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 3 2 3 1 - 0 3 3 2 	 E u r o p e a n   U n i o n   [ 2 5 8 0 6 8 ] ;   E U - F P 7 - S y s t e m s   M i c r o s c o p y   N o E ;   S i g r i d   J u s e l i u s   F o u n d a t i o n ;   C a n c e r   S o c i e t y   o f   F i n l a n d ;   A c a d e m y   o f   F i n l a n d ;   M a g n u s   E h r n r o o t h   f o u n d a t i o n ;   T E K E S   F i D i P r o   F e l l o w   G r a n t   [ 4 0 2 9 4 / 1 3 ] ;   T E K E S   n e w   g e n e r a t i o n   b i o b a n k i n g   g r a n t   [ 4 0 2 9 4 / 1 1 ] 	 T h e   r e s e a r c h   l e a d i n g   t o   t h e s e   r e s u l t s   h a s   r e c e i v e d   f u n d i n g   f r o m   t h e   E u r o p e a n   U n i o n ' s   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   ( F P 7 / 2 0 0 7 - 2 0 1 3 )   u n d e r   g r a n t   a g r e e m e n t   n u m b e r   2 5 8 0 6 8 ;   E U - F P 7 - S y s t e m s   M i c r o s c o p y   N o E ,   S i g r i d   J u s e l i u s   F o u n d a t i o n ,   C a n c e r   S o c i e t y   o f   F i n l a n d ,   A c a d e m y   o f   F i n l a n d ,   t h e   M a g n u s   E h r n r o o t h   f o u n d a t i o n   a n d   T E K E S   F i D i P r o   F e l l o w   G r a n t   4 0 2 9 4 / 1 3 ,   a n d   T E K E S   n e w   g e n e r a t i o n   b i o b a n k i n g   g r a n t   4 0 2 9 4 / 1 1 . 	 B o n k h o f f   H ,   1 9 9 6 ,   P R O S T A T E ,   V 2 8 ,   P 9 8 ;   C h u a   C W ,   2 0 1 4 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 6 ,   P 9 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 3 0 4 7 ;   D e   B o n o   J S ,   2 0 1 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 4 ,   P 1 9 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 0 1 4 6 1 8 ;   d e   B o n o   J S ,   2 0 1 0 ,   L A N C E T ,   V 3 7 6 ,   P 1 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 0 ) 6 1 3 8 9 - X ;   G a o   D ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 9 ,   P 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 1 6 ;   H e i d e n r e i c h   A ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 5 ,   P 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 2 ;   H e i d e n r e i c h   A ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 5 ,   P 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 4 6 ;   H e i d e n r e i c h   A ,   2 0 1 3 ,   E U R   U R O L ,   V 6 3 ,   P 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 5 8 ;   K r a j e w s k a   M ,   1 9 9 6 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 4 8 ,   P 1 5 6 7 ;   L e b e d e v a   I ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 0 ,   P 6 0 5 2 ;   L e e   J L ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 0 ,   P 2 4 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 4 . 2 0 4 ;   L i u   X F ,   2 0 1 2 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 8 0 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j p a t h . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 3 6 ;   M o n t g o m e r y   R B ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 4 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 8 - 0 2 4 9 ;   P a g l i a r u l o   V ,   2 0 1 2 ,   E U R   U R O L ,   V 6 1 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 2 6 ;   P a r k e r   C ,   2 0 1 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 9 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 1 3 7 5 5 ;   P e m o v s k a   T ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 3 ,   P 1 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 3 - 0 3 5 0 ;   Q i n   J C ,   2 0 1 2 ,   C E L L   S T E M   C E L L ,   V 1 0 ,   P 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e m . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 9 ;   S c h e r   H I ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 7 ,   P 1 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 0 7 5 0 6 ;   S c h r a d e r   A J ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 5 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 4 2 ;   S t a c k h o u s e   G B ,   1 9 9 9 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 6 2 ,   P 2 0 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 5 3 4 7 ( 0 5 ) 6 8 0 9 5 - 0 ;   S u p r y n o w i c z   F A ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 2 0 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 1 3 2 4 1 1 0 9 ;   T a n n o c k   I F ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 1 ,   P 1 5 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 0 7 2 0 ;   U z g a r e   A R ,   2 0 0 4 ,   J   C E L L   B I O C H E M ,   V 9 1 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c b . 1 0 7 6 4 ;   v a n   L e e n d e r s   G J L H ,   2 0 0 3 ,   C R I T   R E V   O N C O L   H E M A T ,   V 4 6 ,   p S 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 4 0 - 8 4 2 8 ( 0 3 ) 0 0 0 5 9 - 3 ;   Y a d a v   B ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 5 1 9 3 	 2 5 	 1 	 1 	 2 	 2 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 3 0 2 - 2 8 3 8 	 1 8 7 3 - 7 5 6 0 	 	 E U R   U R O L 	 E u r .   U r o l . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 7 1 	 3 	 	 	 	 	 3 1 9 	 3 2 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 1 9 	 	 9 	 U r o l o g y   &   N e p h r o l o g y 	 U r o l o g y   &   N e p h r o l o g y 	 E N 9 Q C 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 3 3 3 7 0 0 0 0 8 	 2 7 1 6 0 9 4 6 	 
 
 J 	 L e d o ,   L ;   D e l g a d o ,   M R ;   d e   O l i v e i r a ,   J V 	 	 	 	 L e d o ,   L . ;   D e l g a d o ,   M .   R . ;   d e   O l i v e i r a ,   J .   V . 	 	 	 S y n t h e s i s   o f   P r o b a b i l i s t i c   F u z z y   C l a s s i f i e r s   U s i n g   G K   C l u s t e r i n g   a n d   B a y e s i a n   E s t i m a t i o n 	 I E E E   L A T I N   A M E R I C A   T R A N S A C T I O N S 	 	 	 P o r t u g u e s e 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 f u z z y   c l a s s i f i e r s ;   p r o b a b i l i s t i c   f u z z y   s y s t e m s ;   a u t o m a t i c   d e s i g n ;   c l u s t e r i n g 	 R A N D O M - V A R I A B L E S ;   A L G O R I T H M S ;   S Y S T E M S ;   S E T S 	 T h e   p a p e r   p r e s e n t s   a n   a u t o m a t i c   r u l e - b a s e   d e s i g n   o f   p r o b a b i l i s t i c   f u z z y   s y s t e m s   d e v e l o p e d   f o r   c l a s s i f i c a t i o n   t a s k s .   T h e   o b j e c t i v e   h e r e   i s   t o   p r e s e n t   a   m e t h o d o l o g y   t h a t   a l l o w s   t h e   u s e r   t o   o b t a i n   a   f u z z y   c l a s s i f i e r   d i r e c t l y   f r o m   t r a i n i n g   d a t a ,   i n   w h i c h   r u l e s '   a n t e c e d e n t s   a r e   d e f i n e d   o n   t h e   b a s i s   o f   c l u s t e r i n g   t e c h n i q u e s   a n d   p r o b a b i l i s t i c   c o n s e q u e n t s   a l l o w   t h e   p r e s e n c e   o f   a l l   c l a s s e s   i n   t h e   s a m e   i n d i v i d u a l   r u l e ,   e a c h   c l a s s   a s s o c i a t e d   w i t h   a   m e a s u r e   o f   p r o b a b i l i t y .   T h e   p r o b a b i l i t y   m e a s u r e   i s   c a l c u l a t e d   b a s e d   o n   B a y e s '   t h e o r e m   u s i n g   a n   i d e a l   r e g i o n   o f   t h e   r u l e   t o   u p d a t e   a   p r i o r i   i n f o r m a t i o n .   T h e   c l u s t e r i n g   p r o c e s s   w h i c h   s u p p o r t s   t h e   a u t o m a t i c   p a r t i t i o n   o f   t h e   i n p u t   u n i v e r s e   i s   b a s e d   o n   t h e   G u s t a f s o n - K e s s e l   a l g o r i t h m   a n d   i s   a s s o c i a t e d   w i t h   a   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   t o   r e d u c e   t h e   d i m e n s i o n a l i t y   o f   t h e   i n p u t   d a t a ,   i m p r o v i n g   t h i s   w a y   t h e   i n t e r p r e t a b i l i t y   o f   t h e   r e s u l t i n g   c l a s s i f i e r .   T h e   p r o p o s e d   a p p r o a c h   i s   a p p l i e d   t o   W i n e ,   W i s c o n s i n   b r e a s t   c a n c e r ,   S o n a r   e   I o n o s p h e r e   d a t a   s e t s .   R e s u l t s   a r e   c o m p a r e d   w i t h   t h o s e   o f   t w o   o t h e r   c l a s s i f i e r s   a n d   s h o w   t h a t   t h e   p r o p o s e d   a p p r o a c h   c a n   b e   a n   a l t e r n a t i v e   t o   a u t o m a t i c a l l y   s e t   a n t e c e d e n t s   a n d   c o n s e q u e n t s   o f   p r o b a b i l i s t i c   f u z z y   c l a s s i f i e r s . 	 [ L e d o ,   L . ;   D e l g a d o ,   M .   R . ]   U n i v   T e c n o l   F e d   P a r a n a ,   C u r i t i b a ,   P a r a n a ,   B r a z i l ;   [ d e   O l i v e i r a ,   J .   V . ]   U n i v   A l g a r v e ,   F a r o ,   P o r t u g a l 	 D e l g a d o ,   M R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T e c n o l   F e d   P a r a n a ,   C u r i t i b a ,   P a r a n a ,   B r a z i l . 	 l u i z l e d o @ u t f p r . e d u . b r ;   m y r i a m d e l g @ u t f p r . e d u . b r ;   j v o @ u a l g . p t 	 	 	 	 	 A b o n y i   J ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 4 ,   P 2 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 0 3 ) 0 0 0 4 7 - 3 ;   A l c a l a - F d e z   J ,   2 0 1 1 ,   J   M U L T - V A L U E D   L O G   S ,   V 1 7 ,   P 2 5 5 ;   B e r g   J .   V . ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   A P P R O X   R E A S O N ,   V 3 5 ,   P 2 9 1 ;   B e r g   J .   V . ,   2 0 0 2 ,   P   2 0 0 2   I E E E   I N T   C   F U ,   P 9 9 1 ;   C i o s   K .   J . ,   1 9 9 8 ,   D A T A   M I N I N G   M E T H O D S ;   C o l e t t i   G ,   2 0 0 6 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 5 1 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 6 . 0 4 . 0 2 8 ;   C o r d o n   O ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   A P P R O X   R E A S O N ,   V 5 2 ,   P 8 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j a r . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 4 ;   F e r n a n d e z   A ,   2 0 1 5 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 8 0 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 1 3 ;   F i a l h o   A S ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 4 2 ,   P 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 0 5 ;   G r i n s t e a d   C .   M . ,   1 9 9 7 ,   I N T R O   P R O B A B I L I T Y ;   G u s t a f s o n   D .   E . ,   1 9 7 9 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   1 9 7 8   I E E E   C o n f e r e n c e   o n   D e c i s i o n   a n d   C o n t r o l   I n c l u d i n g   t h e   1 7 t h   S y m p o s i u m   o n   A d a p t i v e   P r o c e s s e s ,   P 7 6 1 ;   H I R O T A   K ,   1 9 8 1 ,   F U Z Z Y   S E T   S Y S T ,   V 5 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 5 - 0 1 1 4 ( 8 1 ) 9 0 0 3 2 - 4 ;   J o h n s o n   R .   A . ,   1 9 8 8 ,   A P P L   M U L T I V A R I A T E   S T ;   K a u f m a n   L . ,   1 9 9 0 ,   F I N D I N G   G R O U P S   D A T A ;   K W A K E R N A A K   H ,   1 9 7 9 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 0 - 0 2 5 5 ( 7 9 ) 9 0 0 2 0 - 3 ;   K W A K E R N A A K   H ,   1 9 7 8 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 0 - 0 2 5 5 ( 7 8 ) 9 0 0 1 9 - 1 ;   L A V I O L E T T E   M ,   1 9 9 4 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 2 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 9 1 . 2 7 3 1 1 6 ;   L e d o   L . ,   2 0 1 4 ,   P   3   B R A Z   C   F U Z Z   S Y S T ,   P 6 9 ;   L i c h m a n   M ,   U C I   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   L i u   Z ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 1 3 ,   P 8 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T F U Z Z . 2 0 0 5 . 8 5 9 3 2 6 ;   M e g h d a d i   A . ,   2 0 0 1 ,   P   1 0   I E E E   I N T   C   F U Z Z ,   P 1 1 2 7 ;   M e l o   L . ,   2 0 1 2 ,   P   I N T   C   I N F   P R O C   M A N ,   P 6 5 5 ;   M i t t a l   A . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   A D V   R E S   C O M P U T ,   V 5 ;   P e d r y c s   W ,   1 9 9 8 ,   I N T R O   F U Z Z Y   S E T S   A N A ;   T a n g   M ,   2 0 1 2 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 1 7 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 2 1 ;   T a y l o r   M . ,   1 9 8 7 ,   F U Z Z Y   S E T   S Y S T ,   V 2 4 ,   P 3 3 1 ;   V a g u e n e s s   W .   N . ,   1 9 9 4 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 2 ,   P 3 4 ;   W e i   Y ,   2 0 1 2 ,   J   C O M P U T ,   V 7 ,   P 1 3 8 5 ;   Z A D E H   L A ,   1 9 6 5 ,   I N F O R M   C O N T R O L ,   V 8 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 9 - 9 9 5 8 ( 6 5 ) 9 0 2 4 1 - X 	 2 9 	 0 	 0 	 3 	 3 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 1 5 4 8 - 0 9 9 2 	 	 	 I E E E   L A T   A M   T 	 I E E E   L a t i n   A m .   T r a n s . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 5 	 3 	 	 	 	 	 5 5 0 	 5 5 6 	 	 	 	 7 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E N 6 Y L 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 1 4 9 2 0 0 0 2 4 	 	 
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 3 3 4 3 1   U S A 	 W u ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T e c h n o l   S y d n e y ,   F a c   E n g n   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   C t r   Q u a n t u m   C o m p u t a t   &   I n t e l l i g e n t   S y s t ,   S y d n e y ,   N S W   2 0 0 7 ,   A u s t r a l i a . 	 s h i r u i . p a n @ u t s . e d u . a u ;   j i a . w u @ u t s . e d u . a u ;   x z h u 3 @ f a u . e d u ;   g u o d o n g . l o n g @ u t s . e d u . a u ;   c h e n g q i . z h a n g @ u t s . e d u . a u 	 	 P a n ,   S h i r u i / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 0 7 9 4 - 5 2 7 X 	 C e n t r e   o f   E x c e l l e n c e   f o r   E n v i r o n m e n t a l   D e c i s i o n s ;   A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   [ D P 1 4 0 1 0 0 5 4 5 ,   D P 1 4 0 1 0 2 2 0 6 ,   L P 1 2 0 1 0 0 5 6 6 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   C e n t r e   o f   E x c e l l e n c e   f o r   E n v i r o n m e n t a l   D e c i s i o n s ,   A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   D i s c o v e r y   P r o j e c t s   u n d e r   G r a n t   D P 1 4 0 1 0 0 5 4 5 ,   G r a n t   D P 1 4 0 1 0 2 2 0 6 ,   a n d   G r a n t   L P 1 2 0 1 0 0 5 6 6 .   T h i s   p a p e r   w a s   r e c o m m e n d e d   b y   A s s o c i a t e   E d i t o r   J .   B a s a k .   ( C o r r e s p o n d i n g   a u t h o r :   J i a   W u . ) 	 A n c h u r i   P . ,   2 0 1 3 ,   P   1 9   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 5 1 8 ;   B a k k e r   B ,   2 0 0 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 4 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 4 3 2 2 7 6 5 6 5 8 ;   B l e i k   S ,   2 0 1 3 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 0 ,   P 1 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 3 . 1 6 ;   C r a d d o c k   R C ,   2 0 1 2 ,   H U M   B R A I N   M A P P ,   V 3 3 ,   P 1 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h b m . 2 1 3 3 3 ;   D e s h p a n d e   M ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 7 ,   P 1 0 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 5 . 1 2 7 ;   E v g e n i o u   T . ,   2 0 0 4 ,   P   1 0   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 1 0 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 1 4 0 5 2 . 1 0 1 4 0 6 7 ;   E v g e n i o u   T . ,   2 0 0 7 ,   P   N I P S ,   V 1 9 ,   P 4 1 ;   F a n   R E ,   2 0 0 8 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 9 ,   P 1 8 7 1 ;   F e i   H . ,   2 0 1 0 ,   P   1 6   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 8 3 5 8 0 4 . 1 8 3 5 8 8 6 ;   F e i   H L ,   2 0 1 3 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 3 5 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 1 2 - 0 5 4 3 - 4 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G o n g   P . ,   2 0 1 2 ,   P   1 8   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 8 9 5 ;   G o n g   P . ,   2 0 1 4 ,   P   2 0   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 7 6 1 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H A N L E Y   J A ,   1 9 8 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 4 3 ,   P 2 9 ;   H o n g   Z V ,   2 0 1 3 ,   I E E E   I   C O N F   C O M P   V I S ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C V . 2 0 1 3 . 8 6 ;   I v a n c i u c   O ,   2 0 1 3 ,   C U R R   C O M P U T - A I D   D R U G ,   V 9 ,   P 1 5 3 ;   J a l a l i   A . ,   2 0 1 0 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 9 6 4 ;   J i n   N . ,   2 0 0 9 ,   P   1 8   A C M   C   I N F   K N O W L ,   P 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 4 5 9 5 3 . 1 6 4 6 0 2 7 ;   J i n   N . ,   2 0 1 0 ,   P   A C M   S I G M O D   I N T   C   M ,   P 8 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 8 0 7 1 6 7 . 1 8 0 7 2 6 2 ;   K a s h i m a   H . ,   2 0 0 4 ,   K E R N E L   M E T H O D S   C O M P U ;   K E L L E Y   J E ,   1 9 6 0 ,   J   S O C   I N D   A P P L   M A T H ,   V 8 ,   P 7 0 3 ;   K i m   S J ,   2 0 0 8 ,   S I A M   J   O P T I M I Z ,   V 1 9 ,   P 1 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 0 6 0 6 7 7 5 8 6 ;   K o n g   X . ,   2 0 1 0 ,   P   1 6   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 8 3 5 8 0 4 . 1 8 3 5 9 0 5 ;   K o n g   X . ,   2 0 1 0 ,   P   1 0   I N T   C   D A T   M I N   I ,   P 2 7 4 ;   K o n g   X . ,   2 0 1 1 ,   P   1 7   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 6 5 4 ;   K o n g   X . ,   2 0 1 3 ,   K D D   E X P L O R ,   V 1 5 ,   P 3 0 ;   K u d o   T . ,   2 0 0 4 ,   P   N I P S ,   P 7 2 9 ;   K u m a r   A . ,   2 0 1 2 ,   P   2 9   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 1 3 8 3 ;   L i u   J ,   2 0 0 9 ,   S I M U L :   2 0 0 9   F I R S T   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   A D V A N C E S   I N   S Y S T E M   S I M U L A T I O N ,   P 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / C L E O E - E Q E C . 2 0 0 9 . 5 1 9 6 4 5 3 ,   1 0 . 1 1 0 9 / S I M U L . 2 0 0 9 . 2 4 ] ;   L i u   P . ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T E R   V I S I O N   E C C V ,   P 1 5 1 ;   P a n   S . ,   2 0 1 3 ,   P   I N T   J O I N T   C   A R T   I N ,   P 1 5 8 6 ;   P a n   S R ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 7 ,   P 2 9 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 5 . 2 3 9 1 1 1 5 ;   P a n   S R ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 8 ,   P 3 7 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 9 ;   P a n   S R ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   C Y B E R N E T I C S ,   V 4 5 ,   P 9 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C Y B . 2 0 1 4 . 2 3 4 1 0 3 1 ;   P a n   S R ,   2 0 1 3 ,   P R O C   I N T   C O N F   D A T A ,   P 3 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D E . 2 0 1 3 . 6 5 4 4 8 4 2 ;   P a n   S J ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 2 ,   P 1 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 9 . 1 9 1 ;   P a r k   Y ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   S E C U R ,   V 3 9 ,   P 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o s e . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 0 6 ;   R a k o t o m a m o n j y   A ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 2 ,   P 1 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 1 . 2 1 5 7 5 2 1 ;   R a k o t o m a m o n j y   A ,   2 0 0 8 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 9 ,   P 2 4 9 1 ;   R a n u   S ,   2 0 0 9 ,   P R O C   I N T   C O N F   D A T A ,   P 8 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D E . 2 0 0 9 . 1 3 3 ;   R i c h i a r d i   J ,   2 0 1 3 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 3 0 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M S P . 2 0 1 2 . 2 2 3 3 8 6 5 ;   R o m e r a - P a r e d e s   B . ,   2 0 1 2 ,   P   1 5   I N T   C   A R T   I N T   S ,   P 9 5 1 ;   S a i g o   H ,   2 0 0 9 ,   M A C H   L E A R N ,   V 7 5 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 8 - 5 0 8 9 - z ;   S h e r v a s h i d z e   N ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 5 3 9 ;   S h i   X . ,   2 0 1 2 ,   P   S I A M   I N T   C   D A T   M I N ,   P 5 5 2 ;   T a n   M K ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 3 7 1 ;   T e n e v   A ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   P S Y C H O P H Y S I O L ,   V 9 3 ,   P 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j p s y c h o . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 8 ;   T h o m a   M . ,   2 0 0 9 ,   P   S I A M   I N T   C   D A T   M I N ,   P 1 0 7 5 ;   V i s h w a n a t h a n   S V N ,   2 0 1 0 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 1 ,   P 1 2 0 1 ;   V o g e l s t e i n   J T ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 1 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 2 . 2 3 5 ;   W a n g   H . ,   2 0 1 5 ,   P   2 4   A C M   I N T   C   I N F   K ,   P 1 6 8 7 ;   W o l s e y   L A ,   1 9 9 8 ,   I N T E G E R   P R O G R A M M I N G ,   V 4 2 ;   W u   J . ,   2 0 1 4 ,   P   S I A M   D A T   M I N ,   P 1 5 8 6 ;   W u   J . ,   2 0 1 5 ,   P   I N T   J O I N T   C   A R T   I N ,   P 3 9 5 3 ;   W u   J ,   2 0 1 4 ,   I E E E   D A T A   M I N I N G ,   P 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 1 4 . 9 7 ;   W u   J ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   C Y B E R N E T I C S ,   V 4 5 ,   P 4 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C Y B . 2 0 1 4 . 2 3 2 7 1 1 1 ;   W u   J ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 6 ,   P 2 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 3 . 2 2 9 7 9 2 3 ;   Y a n   X i f e n g ,   2 0 0 8 ,   P   A C M   S I G M O D   I N T   C   M ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 7 6 6 1 6 . 1 3 7 6 6 6 2 ;   Y a n   X F ,   2 0 0 2 ,   2 0 0 2   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   D A T A   M I N I N G ,   P R O C E E D I N G S ,   P 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 0 2 . 1 1 8 4 0 3 8 ;   Z h a n g   Y . ,   2 0 1 2 ,   P   E U R   C   M A C H   L E A R N   1 ,   P 6 9 7 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 0 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   A S M E   2 9 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   O C E A N ,   O F F S H O R E   A N D   A R C T I C   E N G I N E E R I N G ,   2 0 1 0 ,   V O L   6 ,   P 7 3 3 ;   Z h a o   Y . ,   2 0 1 1 ,   P   I E E E   1 1   I N T   C   D A T ,   P 9 6 2 ;   Z h o n g   W .   L . ,   2 0 1 2 ,   P   2 9   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 4 9 ;   Z h o u   J . ,   2 0 1 1 ,   M A L S A R   M U L T I T A S K   L E A 	 6 5 	 0 	 0 	 7 	 7 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 2 1 6 8 - 2 2 6 7 	 2 1 6 8 - 2 2 7 5 	 	 I E E E   T   C Y B E R N E T I C S 	 I E E E   T .   C y b e r n . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 4 7 	 3 	 	 	 	 	 7 4 4 	 7 5 8 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / T C Y B . 2 0 1 6 . 2 5 2 6 0 5 8 	 	 1 5 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   C y b e r n e t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E O 0 N S 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 3 9 5 4 0 0 0 1 7 	 	 
 
 J 	 Q i u ,   J L ;   P e n g ,   B G ;   T a n g ,   Y Q ;   Q i a n ,   Y B ;   G u o ,   P ;   L i ,   M F ;   L u o ,   J H ;   C h e n ,   B ;   T a n g ,   H ;   L u ,   C L ;   C a i ,   M Y ;   K e ,   Z F ;   H e ,   W ;   Z h e n g ,   Y ;   X i e ,   D ;   L i ,   B K ;   Y u a n ,   Y F 	 	 	 	 Q i u ,   J i l i a n g ;   P e n g ,   B a o g a n g ;   T a n g ,   Y u n q i a n g ;   Q i a n ,   Y e b e n ;   G u o ,   P i ;   L i ,   M e n g f e n g ;   L u o ,   J u n h a n g ;   C h e n ,   B i n ;   T a n g ,   H u i ;   L u ,   C a n l i a n g ;   C a i ,   M u y a n ;   K e ,   Z u n f u ;   H e ,   W e i ;   Z h e n g ,   Y u n ;   X i e ,   D a n ;   L i ,   B i n k u i ;   Y u a n ,   Y u n f e i 	 	 	 C p G   M e t h y l a t i o n   S i g n a t u r e   P r e d i c t s   R e c u r r e n c e   i n   E a r l y - S t a g e   H e p a t o c e l l u l a r   C a r c i n o m a :   R e s u l t s   F r o m   a   M u l t i c e n t e r   S t u d y 	 J O U R N A L   O F   C L I N I C A L   O N C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 R A D I O F R E Q U E N C Y   A B L A T I O N ;   S U R G I C A L   R E S E C T I O N ;   T U M O R - S U P P R E S S O R ;   M I C R O A R R A Y   D A T A ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   C A N C E R ;   L I V E R ;   E X P R E S S I O N ;   P R O G N O S I S ;   H E P A T I T I S 	 P u r p o s e   E a r l y - s t a g e   h e p a t o c e l l u l a r   c a r c i n o m a   ( E - H C C )   i s   b e i n g   d i a g n o s e d   i n c r e a s i n g l y ,   a n d   i n   o n e   h a l f   o f   d i a g n o s e d   p a t i e n t s ,   r e c u r r e n c e   w i l l   d e v e l o p .   T h u s ,   i t   i s   u r g e n t   t o   i d e n t i f y   r e c u r r e n c e - r e l a t e d   m a r k e r s .   W e   i n v e s t i g a t e d   t h e   e f f e c t i v e n e s s   o f   C p G   m e t h y l a t i o n   i n   p r e d i c t i n g   r e c u r r e n c e   f o r   p a t i e n t s   w i t h   E - H C C s .   P a t i e n t s   a n d   M e t h o d s   I n   t o t a l ,   5 7 6   p a t i e n t s   w i t h   E - H C C   f r o m   f o u r   i n d e p e n d e n t   c e n t e r s   w e r e   s o r t e d   b y   t h r e e   p h a s e s .   I n   t h e   d i s c o v e r y   p h a s e ,   6 6   t u m o r   s a m p l e s   w e r e   a n a l y z e d   u s i n g   t h e   I l l u m i n a   M e t h y l a t i o n   4 5 0 k   B e a d c h i p .   T w o   a l g o r i t h m s ,   L e a s t   A b s o l u t e   S h r i n k a g e   a n d   S e l e c t o r   O p e r a t i o n   a n d   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e - R e c u r s i v e   F e a t u r e   E l i m i n a t i o n ,   w e r e   u s e d   t o   s e l e c t   s i g n i f i c a n t   C p G s .   I n   t h e   t r a i n i n g   p h a s e ,   p e n a l i z e d   C o x   r e g r e s s i o n   w a s   u s e d   t o   f u r t h e r   n a r r o w   C p G s   i n t o   1 4 0   s a m p l e s .   I n   t h e   v a l i d a t i o n   p h a s e ,   c a n d i d a t e   C p G s   w e r e   v a l i d a t e d   u s i n g   a n   i n t e r n a l   c o h o r t   ( n   =   1 4 1 )   a n d   t w o   e x t e r n a l   c o h o r t s   ( n   =   1 9 1   a n d   n   =   1 0 4 ) .   R e s u l t s   A f t e r   c o m b i n i n g   t h e   4 6   C p G s   s e l e c t e d   b y   t h e   L e a s t   A b s o l u t e   S h r i n k a g e   a n d   S e l e c t o r   O p e r a t i o n   a n d   t h e   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e - R e c u r s i v e   F e a t u r e   E l i m i n a t i o n   a l g o r i t h m s ,   t h r e e   C p G s   c o r r e s p o n d i n g   t o   S C A N   d o m a i n   c o n t a i n i n g   3 ,   S r c   h o m o l o g y   3 - d o m a i n   g r o w t h   f a c t o r   r e c e p t o r - b o u n d   2 - l i k e   i n t e r a c t i n g   p r o t e i n   1 ,   a n d   p e p t i d a s e   i n h i b i t o r   3   w e r e   h i g h l i g h t e d   a s   c a n d i d a t e   p r e d i c t o r s   i n   t h e   t r a i n i n g   p h a s e .   O n   t h e   b a s i s   o f   t h e   t h r e e   C p G s ,   a   m e t h y l a t i o n   s i g n a t u r e   f o r   E - H C C   ( M S E H )   w a s   d e v e l o p e d   t o   c l a s s i f y   p a t i e n t s   i n t o   h i g h - a n d   l o w - r i s k   r e c u r r e n c e   g r o u p s   i n   t h e   t r a i n i n g   c o h o r t   ( P   <   . 0 0 1 ) .   T h e   p e r f o r m a n c e   o f   M S E H   w a s   v a l i d a t e d   i n   t h e   i n t e r n a l   c o h o r t   ( P   <   . 0 0 1 )   a n d   i n   t h e   t w o   e x t e r n a l   c o h o r t s   ( P   <   . 0 0 1 ;   P   =   . 0 0 2 ) .   F u r t h e r m o r e ,   a   n o m o g r a m   c o m p r i s i n g   M S E H ,   t u m o r   d i f f e r e n t i a t i o n ,   c i r r h o s i s ,   h e p a t i t i s   B   v i r u s   s u r f a c e   a n t i g e n ,   a n d   a n t i v i r u s   t h e r a p y   w a s   g e n e r a t e d   t o   p r e d i c t   t h e   5 - y e a r   r e c u r r e n c e - f r e e   s u r v i v a l   i n   t h e   t r a i n i n g   c o h o r t ,   a n d   i t   p e r f o r m e d   w e l l   i n   t h e   t h r e e   v a l i d a t i o n   c o h o r t s   ( c o n c o r d a n c e   i n d e x :   0 . 7 2 5 ,   0 . 6 9 7 ,   a n d   0 . 6 9 3 ,   r e s p e c t i v e l y ) .   C o n c l u s i o n   M S E H ,   a   t h r e e - C p G - b a s e d   s i g n a t u r e ,   i s   u s e f u l   i n   p r e d i c t i n g   r e c u r r e n c e   f o r   p a t i e n t s   w i t h   E - H C C .   ( C )   2 0 1 7   b y   A m e r i c a n   S o c i e t y   o f   C l i n i c a l   O n c o l o g y 	 [ Q i u ,   J i l i a n g ;   C a i ,   M u y a n ;   H e ,   W e i ;   Z h e n g ,   Y u n ;   X i e ,   D a n ;   L i ,   B i n k u i ;   Y u a n ,   Y u n f e i ]   S u n   Y a t   S e n   U n i v ,   C t r   C a n c ,   G u a n g z h o u ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ P e n g ,   B a o g a n g ;   L u o ,   J u n h a n g ;   C h e n ,   B i n ;   K e ,   Z u n f u ]   S u n   Y a t   S e n   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   G u a n g z h o u ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ G u o ,   P i ;   L i ,   M e n g f e n g ]   S u n   Y a t   S e n   U n i v ,   G u a n g z h o u ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Q i u ,   J i l i a n g ;   C a i ,   M u y a n ;   H e ,   W e i ;   Z h e n g ,   Y u n ;   X i e ,   D a n ;   L i ,   B i n k u i ;   Y u a n ,   Y u n f e i ]   G u a n g z h o u   M e d   U n i v ,   C t r   C a n c ,   S t a t e   K e y   L a b   O n c o l   S o u t h   C h i n a ,   G u a n g z h o u ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Q i u ,   J i l i a n g ;   C a i ,   M u y a n ;   H e ,   W e i ;   Z h e n g ,   Y u n ;   X i e ,   D a n ;   L i ,   B i n k u i ;   Y u a n ,   Y u n f e i ]   G u a n g z h o u   M e d   U n i v ,   C t r   C a n c ,   C o l l a b o r a t   I n n o v a t   C t r   C a n c   M e d ,   G u a n g z h o u ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Q i u ,   J i l i a n g ;   T a n g ,   Y u n q i a n g ;   T a n g ,   H u i ]   G u a n g z h o u   M e d   U n i v ,   C t r   C a n c ,   G u a n g z h o u ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Q i a n ,   Y e b e n ;   L u ,   C a n l i a n g ]   A n h u i   M e d   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   H e f e i ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Y u a n ,   Y F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S u n   Y a t   S e n   U n i v ,   D e p t   H e p a t o b i l i a r y   O n c o l ,   C t r   C a n c ,   6 5 1   D o n g f e n g   R d   E a s t ,   G u a n g z h o u   5 1 0 0 6 0 ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 y u a n y f @ m a i l . s y s u . e d u . c n 	 	 	 N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 3 7 2 5 7 1 ,   8 1 1 0 1 8 6 3 ] ;   G u a n g d o n g   D e p a r t m e n t   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   T r a n s l a t i o n a l   M e d i c i n e   C e n t e r   [ 2 0 1 1 A 0 8 0 3 0 0 0 0 2 ] ;   S u n   Y a t - s e n   U n i v e r s i t y   T r a n s l a t i o n a l   M e d i c i n e   9 8 5   P r o j e c t   [ 9 0 0 0 3 - 3 2 8 3 4 0 4 ] 	 S u p p o r t e d   b y   t h e   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   8 1 3 7 2 5 7 1   a n d   N o .   8 1 1 0 1 8 6 3 ) ,   t h e   G u a n g d o n g   D e p a r t m e n t   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   T r a n s l a t i o n a l   M e d i c i n e   C e n t e r   ( G r a n t   N o .   2 0 1 1 A 0 8 0 3 0 0 0 0 2 ) ,   a n d   t h e   S u n   Y a t - s e n   U n i v e r s i t y   T r a n s l a t i o n a l   M e d i c i n e   9 8 5   P r o j e c t   ( G r a n t   N o .   9 0 0 0 3 - 3 2 8 3 4 0 4 ) . 	 B r u i x   J ,   2 0 1 5 ,   J   H E P A T O L ,   V 6 2 ,   p S 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h e p . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 7 ;   B u t t o n   K S ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   N E U R O S C I ,   V 1 4 ,   P 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r n 3 4 7 5 ;   C h u r c h   T R ,   2 0 1 4 ,   G U T ,   V 6 3 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t j n l - 2 0 1 2 - 3 0 4 1 4 9 ;   D o b b i n   K K ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 0 4 4 3 ;   G a o   W ,   2 0 1 4 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 6 0 ,   P 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 6 9 9 6 ;   G a r c i a - M a n e r o   G ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 1 ,   P 2 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 2 . 4 4 . 6 8 2 3 ;   G u o   P ,   2 0 1 4 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 3 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 1 ;   H u a n g   M L ,   2 0 1 4 ,   S C I   W O R L D   J ,   V 2 0 1 4 ;   H u a n g   X H ,   2 0 1 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 2 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 6 9 5 ;   I b r a h i m   A E K ,   2 0 1 1 ,   G U T ,   V 6 0 ,   P 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 0 1 0 . 2 2 3 6 0 2 ;   L a b i d i - G a l y   S I ,   2 0 1 5 ,   O N C O G E N E ,   V 3 4 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 3 . 5 6 2 ;   L e e   S M ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 9 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 0 0 6 0 4 1 1 1 ;   M a t s u m u r a   S ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   P 3 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 1 - 1 0 0 7 ;   N e u m a n n   O ,   2 0 1 2 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 5 6 ,   P 1 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 5 8 7 0 ;   N i   J Y ,   2 0 1 3 ,   J   C A N C E R   R E S   C L I N ,   V 1 3 9 ,   P 2 0 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 3 2 - 0 1 3 - 1 5 3 0 - 1 ;   N i s h i d a   N ,   2 0 0 8 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 4 7 ,   P 9 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h i p . 2 2 1 1 0 ;   N i s h i d a   N ,   2 0 1 2 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 5 6 ,   P 9 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 5 7 0 6 ;   Q i u   J L ,   2 0 1 5 ,   S U R G E R Y ,   V 1 5 8 ,   P 1 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s u r g . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 2 ;   R e v i l l   K ,   2 0 1 3 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 5 ,   P 1 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 5 5 ;   R o y o   J L ,   2 0 0 7 ,   N A T   P R O T O C ,   V 2 ,   P 1 7 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 7 . 2 4 4 ;   S h e n   J ,   2 0 1 2 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 5 5 ,   P 1 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 5 5 6 9 ;   S h e n   Q J ,   2 0 1 2 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 3 ,   P 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 2 ) 7 0 2 3 3 - 4 ;   S i m o n   R ,   2 0 0 3 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 5 ,   P 1 4 ;   T a b r i z i a n   P ,   2 0 1 5 ,   A N N   S U R G ,   V 2 6 1 ,   P 9 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / S L A . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 1 0 ;   T e s c h e n d o r f f   A E ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 6 8 0 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 7 ,   S T A T   M E D ,   V 1 6 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 7 0 2 2 8 ) 1 6 : 4 < 3 8 5 : : A I D - S I M 3 8 0 > 3 . 0 . C O ; 2 - 3 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   U e n o   M ,   2 0 1 5 ,   J   H E P A T O L ,   V 6 3 ,   P 1 3 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h e p . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 3 ;   U l a h a n n a n   S V ,   2 0 1 4 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 6 0 ,   P 1 6 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 7 2 8 8 ;   V e r s l y p e   C ,   2 0 1 2 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d s 2 2 5 ;   V i d y a s a g a r   M ,   2 0 1 5 ,   A N N U   R E V   P H A R M A C O L ,   V 5 5 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - p h a r m t o x - 0 1 0 8 1 4 - 1 2 4 5 0 2 ;   V i l l a n u e v a   A ,   2 0 1 5 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 6 1 ,   P 1 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 7 7 3 2 ;   W a n g   J H ,   2 0 1 2 ,   J   H E P A T O L ,   V 5 6 ,   P 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h e p . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 2 0 ;   W e l l e r   M ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 2 0 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 2 7 3 7 ;   Y a n g   P H ,   2 0 1 6 ,   A N N   S U R G ,   V 2 6 3 ,   P 7 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / S L A . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 3 9 ;   Y o s h i z a w a   A ,   2 0 1 1 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 2 4 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 2 0 1 0 . 2 3 2 	 3 6 	 0 	 0 	 2 	 2 	 A M E R   S O C   C L I N I C A L   O N C O L O G Y 	 A L E X A N D R I A 	 2 3 1 8   M I L L   R O A D ,   S T E   8 0 0 ,   A L E X A N D R I A ,   V A   2 2 3 1 4   U S A 	 0 7 3 2 - 1 8 3 X 	 1 5 2 7 - 7 7 5 5 	 	 J   C L I N   O N C O L 	 J .   C l i n .   O n c o l . 	 M A R   1 	 2 0 1 7 	 3 5 	 7 	 	 	 	 	 7 3 4 	 + 	 	 1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 6 . 6 8 . 2 1 5 3 	 	 1 0 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E O 0 C O 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 3 6 6 1 0 0 0 0 7 	 2 8 0 6 8 1 7 5 	 
 
 J 	 M i s h r a ,   S ;   M a j h i ,   B ;   S a ,   P K ;   S h a r m a ,   L 	 	 	 	 M i s h r a ,   S o n a l i ;   M a j h i ,   B a n s h i d h a r ;   S a ,   P a n k a j   K u m a r ;   S h a r m a ,   L o k e s h 	 	 	 G r a y   l e v e l   c o - o c c u r r e n c e   m a t r i x   a n d   r a n d o m   f o r e s t   b a s e d   a c u t e   l y m p h o b l a s t i c   l e u k e m i a   d e t e c t i o n 	 B I O M E D I C A L   S I G N A L   P R O C E S S I N G   A N D   C O N T R O L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L e u k e m i a ;   A c u t e   l y m p h o b l a s t i c   l e u k e m i a ;   G r a y   l e v e l   c o - o c c u r e n c e   m a t r i x ;   W a t e r s h e d   s e g m e n t a t i o n 	 P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   I M A G E S ;   B L O O D ;   S E G M E N T A T I O N ;   C A N C E R ;   I N D I A 	 I n   t h i s   p a p e r ,   w e   h a v e   p r o p o s e d   a n   a c u t e   l y m p h o b l a s t i c   l e u k e m i a   d e t e c t i o n   s t r a t e g y   f r o m   t h e   m i c r o s c o p i c   i m a g e s .   T h e   s c h e m e   u t i l i z e s   a l l   t h e   s t e p s   a s s o c i a t e d   w i t h   a n y   o t h e r   c l a s s i f i c a t i o n   s c h e m e ,   b u t   o u r   c o n t r i b u t i o n   l i e s   o n   a   m a r k e r - b a s e d   s e g m e n t a t i o n ( M B S ) ,   g r a y   l e v e l   c o - o c c u r r e n c e   m a t r i x   ( G L C M )   b a s e d   f e a t u r e   e x t r a c t i o n ,   a n d   p r o b a b i l i s t i c   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ( P P C A )   b a s e d   f e a t u r e   r e d u c t i o n .   T h e   r e l e v a n t   f e a t u r e s   a r e   u s e d   i n   a   r a n d o m   f o r e s t   ( R F )   b a s e d   c l a s s i f i e r .   E x t e n s i v e   e x p e r i m e n t s   a r e   c a r r i e d   o u t   o n   t h e   A L L - I D B 1   d a t a s e t ,   a n d   c o m p a r a t i v e   a n a l y s i s   h a s   b e e n   m a d e   w i t h   o t h e r   e x i s t i n g   s c h e m e s   w i t h   r e s p e c t   t o   s e n s i t i v i t y ,   s p e c i f i c i t y ,   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y .   T h e   p r o p o s e d   s c h e m e   ( M B S + G L C M + P P C A + R F )   a c h i e v e s   9 6 . 2 9 %   s e g m e n t a t i o n   a c c u r a c y   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   o f   9 9 . 0 0 4 %   a n d   9 6 %   f o r   n u c l e u s   a n d   c y t o p l a s m   r e s p e c t i v e l y .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ M i s h r a ,   S o n a l i ;   M a j h i ,   B a n s h i d h a r ;   S a ,   P a n k a j   K u m a r ;   S h a r m a ,   L o k e s h ]   N a t l   I n s t   T e c h n o l ,   P a t t e r n   R e c o g n i t   L a b ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   R o u r k e l a   7 6 9 0 0 8 ,   I n d i a 	 M i s h r a ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   I n s t   T e c h n o l ,   P a t t e r n   R e c o g n i t   L a b ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   R o u r k e l a   7 6 9 0 0 8 ,   I n d i a . 	 s m i s h r a . n i t r k 1 @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 A n g u l o   J . ,   2 0 0 3 ,   S C I   T E C H N O L   E D   M I C R O ,   V 1 ,   P 3 0 4 ;   A r o r a   R .   S . ,   2 0 0 9 ,   I n d i a n   J o u r n a l   o f   C a n c e r ,   V 4 6 ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 0 1 9 - 5 0 9 X . 5 5 5 4 6 ;   A r s l a n   S ,   2 0 1 4 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 8 5 A ,   P 4 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 2 4 5 7 ;   B E N N E T T   J M ,   1 9 7 6 ,   B R I T   J   H A E M A T O L ,   V 3 3 ,   P 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 1 4 1 . 1 9 7 6 . t b 0 3 5 6 3 . x ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   F a i v d u l l a h   L ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   B I O E N G ,   V 4 ;   G u p t a   L . ,   2 0 0 8 ,   C   P   A N N   I N T   C   I E E E   E ,   V 2 0 0 9 ,   P 6 6 7 5 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   E s c a l a n t e   H J ,   2 0 1 2 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 5 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 5 ;   K o   B C ,   2 0 1 1 ,   M I C R O N ,   V 4 2 ,   P 6 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m i c r o n . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 9 ;   K u l k a r n i   K P ,   2 0 1 1 ,   J   P E D I A T   H E M A T O L   O N C ,   V 3 3 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M P H . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 0 e 7 3 6 1 ;   L a b a t i   R .   D . ,   2 0 1 1 ,   2 0 1 1   1 8 t h   I E E E   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   I m a g e   P r o c e s s i n g   ( I C I P   2 0 1 1 ) ,   P 2 0 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 1 . 6 1 1 5 8 8 1 ;   L i u   Z ,   2 0 1 5 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 5 ,   P 2 2 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 5 0 9 2 2 5 6 1 ;   M a d h l o o m   H T ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 2 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 6 7 9 - 0 ;   M o h a p a t r a   S u b r a j e e t ,   2 0 1 2 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   C o m p u t e r   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s   a n d   I n d u s t r i a l   M a n a g e m e n t   A p p l i c a t i o n s ,   V 4 ,   P 4 7 7 ;   M o h a p a t r a   S ,   2 0 1 4 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 4 ,   P 1 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 3 - 1 4 3 8 - 3 ;   M o h a p a t r a   S u b r a j e e t ,   2 0 1 2 ,   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g   L e t t e r s   ( B M E L ) ,   V 2 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 5 3 4 - 0 1 2 - 0 0 5 6 - 9 ;   P e l e n g a r i s   S . ,   2 0 1 3 ,   M O L   B I O L   C A N C   B R I D G E ;   P u t z u   L ,   2 0 1 4 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 2 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 2 ;   S c o t t i   F . ,   2 0 0 5 ,   I E E E   I N T   C   C O M P   I N T ,   P 9 6 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 3 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 3 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 6 6 ;   T i p p i n g   M E ,   1 9 9 9 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 1 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 0 0 1 9 6 ;   W r i g h t   J .   H . ,   1 9 1 0 ,   H I S T O G E N E S I S   B L O O D   P ,   V 3 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 2 ,   P R O G   E L E C T R O M A G N   R E S ,   V 1 3 0 ,   P 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 2 5 2 8 / P I E R 1 2 0 6 1 4 1 0 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 2 1 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 4 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 1 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 3 ,   P 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 3 0 4 0 8 4 1 	 2 6 	 0 	 0 	 3 	 3 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 7 4 6 - 8 0 9 4 	 1 7 4 6 - 8 1 0 8 	 	 B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S 	 B i o m e d .   S i g n a l   P r o c e s s .   C o n t r o l 	 M A R 	 2 0 1 7 	 3 3 	 	 	 	 	 	 2 7 2 	 2 8 0 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 2 1 	 	 9 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 E n g i n e e r i n g ;   M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 E K 1 Z J 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 7 2 6 5 0 0 0 2 7 	 	 
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 R o c h e s t e r ,   M N   U S A ;   [ R i s k a ,   S h a u n   M . ;   M a h o n e y ,   D o u g l a s   W . ;   C e r h a n ,   J a m e s   R . ]   M a y o   C l i n ,   D e p t   H l t h   S c i   R e s ,   R o c h e s t e r ,   M N   U S A ;   [ K o h l i ,   R h e a ]   M a y o   H i g h   S c h ,   R o c h e s t e r ,   M N   U S A 	 K o h l i ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a y o   C l i n ,   2 0 0   F i r s t   S t   S W ,   R o c h e s t e r ,   M N   5 5 9 0 5   U S A . 	 K o h l i . m a n i s h @ m a y o . e d u 	 	 	 	 	 A n a n t h a r a m a n   A ,   2 0 1 5 ,   E U R   U R O L ,   V 6 8 ,   P 9 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 5 3 ;   A u d e t - W a l s h   E ,   2 0 1 2 ,   E U R   U R O L ,   V 6 2 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 2 1 ;   B e e r   T M ,   2 0 1 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 1 ,   P 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 4 0 5 0 9 5 ;   B e e r   T M ,   2 0 1 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 1 ,   P 1 7 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M c 1 4 1 0 2 3 9 ;   B e g g   C B ,   2 0 0 0 ,   S T A T   M E D ,   V 1 9 ,   P 1 9 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 2 0 0 0 0 8 1 5 ) 1 9 : 1 5 < 1 9 9 7 : : A I D - S I M 5 1 1 > 3 . 0 . C O ; 2 - C ;   B E N J A M I N I   Y ,   1 9 9 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 7 ,   P 2 8 9 ;   d e   B o n o   J S ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 6 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 0 8 7 2 ;   D e   B o n o   J S ,   2 0 1 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 4 ,   P 1 9 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 0 1 4 6 1 8 ;   d e   B o n o   J S ,   2 0 1 0 ,   L A N C E T ,   V 3 7 6 ,   P 1 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 0 ) 6 1 3 8 9 - X ;   E t h e r i d g e   S L ,   2 0 1 4 ,   B L O O D ,   V 1 2 3 ,   P 1 0 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 2 - 1 2 - 4 7 3 7 7 7 ;   H a l a b i   S ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 1 2 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 3 . 0 6 . 1 0 0 ;   H u a n g   X Y ,   2 0 1 5 ,   E U R   U R O L ,   V 6 7 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 3 5 ;   K a n d a   S ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 9 5 2 ;   K h e m l i n a   G ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   T R E A T   R E V ,   V 4 1 ,   P 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c t r v . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 0 1 ;   K o h l i   M ,   2 0 1 2 ,   M A Y O   C L I N   P R O C ,   V 8 7 ,   P 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a y o c p . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 0 9 ;   K o h l i   M ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   B I O M A R K ,   V 7 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / C B M - 2 0 1 0 - 0 1 5 2 ;   K w o n   E M ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   E P I D E M I O L ,   V 3 6 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n e p . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 2 ;   L e v e s q u e   E ,   2 0 1 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 0 ,   P 2 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 3 - 2 5 6 7 ;   L i a n i d o u   E S ,   2 0 1 5 ,   A D V   E X P   M E D   B I O L ,   V 8 6 7 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 9 4 - 0 1 7 - 7 2 1 5 - 0 _ 2 1 ;   M a   Z Y ,   2 0 1 0 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 8 4 ,   P 1 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 6 3 ;   M e a d   A J ,   2 0 1 3 ,   B L O O D ,   V 1 2 1 ,   P 4 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 2 - 0 5 - 4 3 0 9 2 6 ;   N g u y e n   P L ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 3 9 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 7 . 0 7 9 3 ;   P a r k e r   C ,   2 0 1 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 9 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 1 3 7 5 5 ;   P e t r y l a k   D P ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 1 ,   P 1 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 1 3 1 8 ;   R a t h k o p f   D E ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 6 ,   P 8 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 5 6 ;   R o s s   R W ,   2 0 1 2 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 3 ,   P 1 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 2 ) 7 0 2 6 3 - 2 ;   S c h e r   H I ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 1 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 7 . 1 2 . 4 4 8 7 ;   S c h e r   H I ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 7 ,   P 1 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 0 7 5 0 6 ;   S h a r i f i   N ,   2 0 0 8 ,   B J U   I N T ,   V 1 0 2 ,   P 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 4 - 4 1 0 X . 2 0 0 8 . 0 7 6 2 9 . x ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 5 4 ;   S m a l e t z   O ,   2 0 0 2 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 0 ,   P 3 9 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 2 . 1 1 . 0 2 1 ;   S w e e n e y   C J ,   2 0 1 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 3 ,   P 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 5 0 3 7 4 7 ;   T a n   M H E ,   2 0 1 5 ,   A C T A   P H A R M A C O L   S I N ,   V 3 6 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a p s . 2 0 1 4 . 1 8 ;   T a n n o c k   I F ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 1 ,   P 1 5 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 0 7 2 0 ;   W r i g h t   J L ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 0 ,   P 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 0 - 1 0 2 3 ;   X i a o   L ,   2 0 1 3 ,   M O L   B I O L   R E P ,   V 4 0 ,   P 1 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 3 3 - 0 1 2 - 2 2 3 8 - z ;   Y a m o a h   K ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 2 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 9 . 8 9 1 2 ;   Y a n g   M ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 9 ,   P 2 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 0 . 3 1 . 2 4 0 5 ;   Y u   J D ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 7 ,   P 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 1 8 ;   Z h e n g   S L ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 5 - 1 5 5 0 	 4 0 	 0 	 0 	 1 	 1 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 1 4 6 4 - 4 0 9 6 	 1 4 6 4 - 4 1 0 X 	 	 B J U   I N T 	 B J U   I n t . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 1 9 	 3 	 	 	 	 	 4 8 9 	 4 9 5 	 	 1 0 . 1 1 1 1 / b j u . 1 3 5 8 4 	 	 7 	 U r o l o g y   &   N e p h r o l o g y 	 U r o l o g y   &   N e p h r o l o g y 	 E L 0 V E 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 3 3 9 1 0 0 0 2 4 	 2 7 4 1 0 6 8 6 	 
 
 J 	 J a l a l i m a n e s h ,   A ;   H a g h i g h i ,   H S ;   A h m a d i ,   A ;   S o l t a n i ,   M 	 	 	 	 J a l a l i m a n e s h ,   A m m a r ;   H a g h i g h i ,   H a m i d r e z a   S h a h a b i ;   A h m a d i ,   A b b a s ;   S o l t a n i ,   M a d j i d 	 	 	 S i m u l a t i o n - b a s e d   o p t i m i z a t i o n   o f   r a d i o t h e r a p y :   A g e n t - b a s e d   m o d e l i n g   a n d   r e i n f o r c e m e n t   l e a r n i n g 	 M A T H E M A T I C S   A N D   C O M P U T E R S   I N   S I M U L A T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A g e n t - b a s e d   m o d e l i n g ;   R e i n f o r c e m e n t   l e a r n i n g ;   R a d i o t h e r a p y ;   Q - l e a r n i n g ;   C a n c e r   t r e a t m e n t 	 C O M P U T E R - S I M U L A T I O N ;   R A D I A T I O N   O N C O L O G Y ;   T U M O R   R E S P O N S E ;   I N - V I V O ;   I R R A D I A T I O N ;   A L G O R I T H M S ;   T H E R A P Y ;   G R O W T H 	 A l o n g   w i t h   s u r g e r y   a n d   c h e m o t h e r a p y ,   r a d i o t h e r a p y   i s   a n   e f f e c t i v e   w a y   t o   t r e a t   c a n c e r .   M a n y   c a n c e r   p a t i e n t s   t a k e   d e l i v e r y   o f   r a d i a t i o n .   T h e   g o a l   o f   r a d i o t h e r a p y   i s   t o   d e s t r o y   t h e   t u m o r   w i t h o u t   d a m a g i n g   h e a l t h y   t i s s u e .   D u e   t o   t h e   c o m p l e x i t y   o f   t h e   p r o c e d u r e ,   m o d e l i n g   a n d   s i m u l a t i o n   c a n   b e   u s e f u l   f o r   r a d i o t h e r a p y .   I n   t h i s   r e s e a r c h   w e   p r o p o s e   a   n e w   a p p r o a c h   t o   o p t i m i z e   d o s e   c a l c u l a t i o n   i n   r a d i o t h e r a p y .   W e   c o n s i d e r   f i x   s c h e d u l e   o f   i r r a d i a t i o n   a n d   v a r y i n g   t h e   f r a c t i o n   s i z e   d u r i n g   t h e  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 ( I M A C S ) .   P u b l i s h e d   b y   E l s e v i e r   B . V .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ J a l a l i m a n e s h ,   A m m a r ;   H a g h i g h i ,   H a m i d r e z a   S h a h a b i ;   A h m a d i ,   A b b a s ]   A m i r k a b i r   U n i v   T e c h n o l ,   T e h r a n   P o l y t e c h ,   D e p t   I n d   E n g n   &   M a n a g e m e n t   S y s t ,   T e h r a n ,   I r a n ;   [ S o l t a n i ,   M a d j i d ]   K N T   U n i v   T e c h n o l ,   D e p t   M e c h   E n g n ,   T e h r a n ,   I r a n ;   [ S o l t a n i ,   M a d j i d ]   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   R a d i o l   &   R a d i o l   S c i ,   B a l t i m o r e ,   M D   U S A 	 H a g h i g h i ,   H S ;   A h m a d i ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A m i r k a b i r   U n i v   T e c h n o l ,   T e h r a n   P o l y t e c h ,   D e p t   I n d   E n g n   &   M a n a g e m e n t   S y s t ,   T e h r a n ,   I r a n . 	 A b b a s . a h m a d i @ a u t . a c . i r 	 	 J a l a l i m a n e s h ,   A m m a r / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 2 4 1 6 - 8 1 7 7 	 	 	 A n t i p a s   V P ,   2 0 0 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 9 ,   P 1 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 9 / 8 / 0 0 8 ;   B a s u   K . ,   2 0 0 5 ,   M R I   I M A G E   B A S E D   R A D I ;   B o n a b e a u   E ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 7 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 2 0 8 0 8 9 9 ;   B o r k e n s t e i n   K ,   2 0 0 4 ,   R A D I A T   R E S ,   V 1 6 2 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 6 6 7 / R R 3 1 9 3 ;   C h a n   T . C . - Y . ,   2 0 0 7 ,   O P T I M I Z A T I O N   U N C E R T A ;   C h e n   J ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 7 9 3 3 ;   C h i a c c h i o   F . ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 4 ;   D e n g   G ,   2 0 0 8 ,   S P R I N G E R   S E R   O P T I M   A ,   V 1 2 ,   P 4 7 ;   D i o n y s i o u   D D ,   2 0 0 6 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 6 ,   P 4 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 0 3 ;   E n d e r l i n g   H ,   2 0 0 9 ,   M A T H   M O D E L   N A T   P H E N O ,   V 4 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 1 / m m n p / 2 0 0 9 4 3 0 5 ;   E n d e r l i n g   H . ,   2 0 0 7 ,   P   A P P L   M A T H   M E C H ,   V 7 ;   E n d e r l i n g   H ,   2 0 1 0 ,   A C T A   B I O T H E O R ,   V 5 8 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 4 1 - 0 1 0 - 9 1 1 1 - z ;   G a o   X F ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 1 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 3 4 2 9 ;   G h a t e   A . ,   2 0 1 1 ,   T U T O R   O P E R   R E S ,   P 1 ;   H a r a d a   H ,   2 0 1 1 ,   J   R A D I A T   R E S ,   V 5 2 ,   P 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 6 9 / j r r . 1 1 0 5 6 ;   H a r t i n g   C ,   2 0 0 7 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 2 ,   P 4 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 2 / 1 6 / 0 0 5 ;   H u m p h r e y   T . C . ,   2 0 0 5 ,   C E L L   C Y C L E   C O N T R O L   M ;   J i m e n e z   R P ,   2 0 1 1 ,   C H A O S   S O L I T O N   F R A C T ,   V 4 4 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h a o s . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 1 ;   K e m p f   H ,   2 0 1 3 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 3 2 9 5 ;   K i m   M ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 4 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 1 4 / 0 0 7 ;   K i r k b y   N F ,   2 0 0 2 ,   N U C L   I N S T R U M   M E T H   B ,   V 1 8 8 ,   P 2 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 8 - 5 8 3 X ( 0 1 ) 0 1 0 9 6 - 5 ;   K u f e   D W ,   2 0 0 3 ,   H O L L A N D   F R E I   C A N C   M E ;   L e d e r   K ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 6 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 2 9 ;   L i m   J . ,   2 0 0 2 ,   O P T I M I Z A T I O N   R A D   T R E ;   A l f o n s o   J C L ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 9 3 8 0 ;   M o o d i e   E E M ,   2 0 1 2 ,   C A N   J   S T A T ,   V 4 0 ,   P 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c j s . 1 1 1 6 2 ;   M o t t a   S . ,   2 0 1 2 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ;   M u r p h y   S A ,   2 0 0 3 ,   J   R   S T A T   S O C   B ,   V 6 5 ,   P 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 0 0 3 8 9 ;   O ' N e i l   N . ,   2 0 1 2 ,   A G E N T   B A S E D   M O D E L   T U ;   O r t h   M ,   2 0 1 4 ,   R A D I A T   E N V I R O N   B I O P H ,   V 5 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 1 1 - 0 1 3 - 0 4 9 7 - 2 ;   P a p p a l a r d o   F . ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 3 ;   P o w a t h i l   G G ,   2 0 1 3 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 3 1 2 0 ;   P o w a t h i l   G G ,   2 0 1 2 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 0 8 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 1 5 ;   R a m a k r i s h n a n   J . ,   2 0 1 3 ,   D Y N A M I C   O P T I M I Z A T I O N ;   S o n g   R . ,   2 0 1 1 ,   A R X I V 1 1 0 8 5 3 3 8 S T A T M E ;   S t a m a t a k o s   G S ,   2 0 0 2 ,   P   I E E E ,   V 9 0 ,   P 1 7 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J P R O C . 2 0 0 2 . 8 0 4 6 8 5 ;   S u t t o n   R i c h a r d   S ,   1 9 9 8 ,   R E I N F O R C E M E N T   L E A R N I ;   T h a m e s   H D ,   1 9 8 7 ,   F R A C T I O N A T I O N   R A D I O T ;   T h i e l e   J C ,   2 0 1 4 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 5 8 ,   P 1 ;   T i s u e   S e t h ,   2 0 0 4 ,   I N T   C   C O M P L   S Y S T ,   P 1 6 ;   V a n   d e r   K o g e l   A . ,   2 0 0 9 ,   B A S I C   C L I N   R A D I O B I O L ;   V a u p e l   P . ,   1 9 9 0 ,   O X Y G E N   T R A N S P O R T   T I S ,   V X I I ,   P 8 9 5 ;   W e i n   L M ,   2 0 0 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 4 7 ,   P 1 0 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 0 0 ) 0 0 5 3 4 - 4 ;   Z h a o   Y F ,   2 0 0 9 ,   S T A T   M E D ,   V 2 8 ,   P 3 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 3 7 2 0 	 4 4 	 0 	 0 	 3 0 	 3 0 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 3 7 8 - 4 7 5 4 	 1 8 7 2 - 7 1 6 6 	 	 M A T H   C O M P U T   S I M U L A T 	 M a t h .   C o m p u t .   S i m u l . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 1 3 3 	 	 	 	 S I 	 	 2 3 5 	 2 4 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t c o m . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 0 8 	 	 1 4 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   S o f t w a r e   E n g i n e e r i n g ;   M a t h e m a t i c s ,   A p p l i e d 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c s 	 E F 7 K J 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 5 0 8 2 0 0 0 1 6 	 	 
 
 J 	 X u a n ,   Z ;   G a o ,   X ;   W a n g ,   J J ;   Y u ,   H ;   W a n g ,   Z Y ;   C h i ,   Z R 	 	 	 	 Z h o u ,   X u a n ;   G a o ,   X i n ;   W a n g ,   J i a j u n ;   Y u ,   H u i ;   W a n g ,   Z h i y o n g ;   C h i ,   Z h e r u 	 	 	 E y e   t r a c k i n g   d a t a   g u i d e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   f o r   i m a g e   c l a s s i f i c a t i o n 	 P A T T E R N   R E C O G N I T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 E y e   t r a c k i n g ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   Q u a n t u m   g e n e t i c   a l g o r i t h m   ( Q G A ) ;   m R M R ;   S V M - R F E 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   G E N E   S E L E C T I O N ;   C A N C E R   C L A S S I F I C A T I O N ;   M I C R O A R R A Y   D A T A ;   E V O L U T I O N A R Y   A L G O R I T H M S ;   E X P R E S S I O N   D A T A ;   S V M - R F E ;   R E T R I E V A L ;   C O L O R ;   P E R F O R M A N C E 	 F e a t u r e   s e l e c t i o n   h a s   p l a y e d   a   c r i t i c a l   r o l e   i n   i m a g e   c l a s s i f i c a t i o n ,   s i n c e   i t   i s   a b l e   t o   r e m o v e   i r r e l e v a n t   a n d   r e d u n d a n t   f e a t u r e s   a n d   t o   e v e n t u a l l y   r e d u c e   t h e   d i m e n s i o n a l i t y   o f   f e a t u r e   s p a c e .   A l t h o u g h   e x i s t i n g   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s   h a v e   a c h i e v e d   p r o m i s i n g   p r o g r e s s ,   h u m a n   f a c t o r s   h a v e   s e l d o m   b e e n   t a k e n   i n t o   a c c o u n t .   T o   t a c k l e   s u c h   a   p r o b l e m ,   a   n o v e l   t w o - s t a g e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d   i s   p r o p o s e d   f o r   i m a g e   c l a s s i f i c a t i o n   b y   t a k i n g   h u m a n   f a c t o r s   i n t o   a c c o u n t   a n d   l e v e r a g i n g   t h e   v a l u e   o f   e y e   t r a c k i n g  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 r e s e r v e d . 	 [ Z h o u ,   X u a n ;   W a n g ,   J i a j u n ;   Y u ,   H u i ]   S o o c h o w   U n i v ,   S c h   E l e c t   &   I n f o r m a t   E n g n ,   S u z h o u   2 1 5 0 0 6 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ G a o ,   X i n ]   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   S u z h o u   I n s t   B i o m e d   E n g n   &   T e c h n o l ,   S u z h o u   2 1 5 1 6 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   Z h i y o n g ]   U n i v   S y d n e y ,   S c h   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   S y d n e y ,   N S W   2 0 0 6 ,   A u s t r a l i a ;   [ C h i ,   Z h e r u ]   H o n g   K o n g   P o l y t e c h   U n i v ,   D e p t   E l e c t   &   I n f o r m a t   E n g n ,   K o w l o o n ,   H o n g   K o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h i ,   Z h e r u ]   P o l y U   S h e n z h e n   R e s   I n s t ,   S h e n z h e n ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 W a n g ,   J J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S o o c h o w   U n i v ,   S c h   E l e c t   &   I n f o r m a t   E n g n ,   S u z h o u   2 1 5 0 0 6 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 j j w a n g @ s u d a . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 0 8 7 1 0 8 6 ,   6 1 4 7 3 2 4 3 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   C h i n a   [ B K 2 0 0 8 1 5 9 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   S u z h o u   [ S Y G 2 0 1 1 1 3 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a ,   N o .   6 0 8 7 1 0 8 6   a n d   N o .   6 1 4 7 3 2 4 3 ,   t h e   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   C h i n a ,   N o .   B K 2 0 0 8 1 5 9   a n d   t h e   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   S u z h o u   N o .   S Y G 2 0 1 1 1 3 .   T h e   a u t h o r s   t h a n k   t h e   a n o n y m o u s   r e v i e w e r s   f o r   t h e i r   c o n s t r u c t i v e   c o m m e n t s   a n d   v a l u a b l e   s u g g e s t i o n s . 	 B a t t i t i   R . ,   1 9 9 4 ,   N E U R A L   N E T W   I E E E   T ,   V 5 ,   P 5 3 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 2 9 8 2 2 4 ;   C a r l i n   M ,   2 0 0 1 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 8 4 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / c v i u . 2 0 0 1 . 0 9 3 5 ;   C a r u a n a   R . ,   P   1 1   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 2 8 ;   C h a n g   C Y ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 3 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 2 3 ;   C h o n g   C W ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 1 7 ,   P 1 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 8 0 0 1 4 0 3 0 0 2 7 6 9 ;   C h u n   Y D ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   M U L T I M E D I A ,   V 1 0 ,   P 1 0 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M M . 2 0 0 8 . 2 0 0 1 3 5 7 ;   C i e p l i n s k i   L . ,   P   9   I N T   C   C O M P   A N   I M ,   P 1 1 ;   D a s h   M . ,   P   2   I N T   C   D A T   M I N ,   P 1 1 5 ;   D i n g   C . ,   P   2   I E E E   C O M P   S Y S T   B ,   P 5 2 3 ;   D r a a   A ,   2 0 1 0 ,   I N T   A R A B   J   I N F   T E C H N ,   V 7 ,   P 2 1 ;   D u a n   K B ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 4 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 0 5 . 8 5 3 6 5 7 ;   G o n z a l e z   R a f a e l   C . ,   2 0 0 2 ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ;   G r i f f i n   G . ,   2 0 0 7 ,   U C B C S D 0 4 1 3 6 6   C A L T E C H ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   H A F N E R   J ,   1 9 9 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 7 ,   P 7 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 3 9 1 4 1 7 ;   H a n   J ,   2 0 0 7 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   V 2 5 ,   P 1 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a v i s . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 1 5 ;   H a n   K H ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   E V O L U T   C O M P U T ,   V 8 ,   P 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T E V C . 2 0 0 4 . 8 2 3 4 6 7 ;   H a n   K H ,   2 0 0 0 ,   I E E E   C   E V O L   C O M P U T A T ,   P 1 3 5 4 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 8 0 ,   C O M P U T   V I S I O N   G R A P H ,   V 1 2 ,   P 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 4 6 - 6 6 4 X ( 8 0 ) 9 0 0 0 4 - 0 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 0 1 ,   N 4 0 6 2   I S O I E C J T C 1 S C 2 9 ;   J a i n   A ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 9 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 5 7 4 7 9 7 ;   J e o n g   Y W ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   P O W E R   S Y S T ,   V 2 5 ,   P 1 4 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P W R S . 2 0 1 0 . 2 0 4 2 4 7 2 ;   K a c h o u r i   R . ,   C   I M   P R O C   T H E O R   T O O L ,   P 2 6 ;   K r e u t z   M ,   1 9 9 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 2 9 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 5 ) 0 0 0 7 8 - X ;   L e u n g   Y ,   2 0 1 0 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 7 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 8 . 4 6 ;   L i a n g   Z . ,   I E E E   7   I N T   C   I N F   C O M ,   P 1 ;   L i a n g   Z . ,   P   E T R A   1 0   P   2 0 1 0   S   E ,   P 4 1 ;   L i u   X X ,   2 0 0 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 6 - 7 6 ;   L u   T . C . ,   2 0 1 3 ,   I N F   S C I ,   P 3 9 ;   L u o   M . ,   C O N T R   D E C   C   C C D C ,   P 1 6 4 8 ;   M a n j u n a t h   B S ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   C I R C   S Y S T   V I D ,   V 1 1 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 6 . 9 2 7 4 2 4 ;   M U K U N D A N   R ,   1 9 9 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 2 8 ,   P 1 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 5 ) 0 0 0 1 1 - N ;   M u n d r a   P A ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 9 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 0 9 . 2 0 3 5 2 8 4 ;   N a n n i   L ,   2 0 1 0 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 6 4 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 2 0 ;   O y e k o y a   O . ,   1 7   I N T   C   I C P R   0 4 ,   V 4 ,   P 9 4 5 ;   O y e k o y a   O ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 1 5 3 ,   P 2 8 1 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   S h a n g   C J ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 1 1 7 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c v i u . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 2 ;   S m i t h   J . ,   I E E E   I N T   C   I M   P R O C ,   V 3 ,   P 5 2 8 ;   S t r i c k e r   M . ,   P   S P I E   S T O R A G E   R E T R I ,   P 3 8 1 ;   S W A I N   M J ,   1 9 9 1 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 7 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 1 3 0 4 8 7 ;   T A M U R A   H ,   1 9 7 8 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 8 ,   P 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 8 . 4 3 0 9 9 9 9 ;   v a n   d e   S a n d e   K E A ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 2 ,   P 1 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 9 . 1 5 4 ;   V a v i l i n   A ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 1 6 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 3 5 ;   W a h d e   M ,   2 0 0 6 ,   E X P E R T   R E V   M O L   D I A G N ,   V 6 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 6 / 1 4 7 3 7 1 5 9 . 6 . 1 . 1 0 1 ;   W a n g   L ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 0 ,   P 1 5 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 7 0 7 9 9 ;   W e s t o n   J . ,   P   N I P S   2 0 0 0 ,   P 6 6 8 ;   W o n   C S ,   1 9 9 7 ,   O P T   E N G ,   V 3 6 ,   P 2 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 6 0 1 4 4 1 ;   X u   Z L ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 1 ,   P 1 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 0 . 2 0 4 7 1 1 4 ;   Y o u s e f   M ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 1 4 4 ;   Z h a n g   J G ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 3 7 0 ;   Z h o n g   S . ,   I E E E   1 7   I N T   C   I M   P R O ,   P 1 5 5 3 	 5 3 	 0 	 0 	 4 0 	 4 0 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 3 2 0 3 	 1 8 7 3 - 5 1 4 2 	 	 P A T T E R N   R E C O G N 	 P a t t e r n   R e c o g n i t . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 6 3 	 	 	 	 	 	 5 6 	 7 0 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 7 	 	 1 5 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E E 7 H G 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 7 8 5 9 0 0 0 0 5 	 	 
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 M o r t e z a ]   W o l l o n g o n g   H o s p ,   I l l a w a r r a   C a n c   C a r e   C t r ,   W o l l o n g o n g ,   N S W ,   A u s t r a l i a 	 A m e l i ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   W o l l o n g o n g ,   S c h   E l e c t   C o m p   &   T e l e c o m m u n   S E C T E ,   W o l l o n g o n g ,   N S W   2 5 2 2 ,   A u s t r a l i a . 	 s a m e l i @ u o w . e d u . a u ;   f a z e l @ u o w . e d u . a u ;   s t i r l i n g @ u o w . e d u . a u ;   g o l s h a h @ u o w . e d u . a u ;   m o r t e z a . a g h m e s h e h @ s e s i a h s . h e a l t h . n s w . g o v . a u 	 	 	 	 	 A d a m s e n   L . ,   2 0 0 9 ,   B M J - B R I T   M E D   J ,   P 3 3 9 ;   A l t u n   K ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 3 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 1 9 ;   A m e l i   S . ,   2 0 1 2 ,   P R O C E D I A   E N G ,   V 4 1 ,   P 4 4 3 ;   A r a n d j e l o v i c   O ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T E R   A N D   I N F O R M A T I O N   S C I E N C E S   I I ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 4 7 1 - 2 1 5 5 - 8 _ 5 1 ;   A T S ,   2 0 0 3 ,   A M   J   R E S P   C R I T   C A R E ,   V 1 6 7 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 4 / r c c m . 1 6 7 . 2 . 2 1 1 ;   B a m b e r g   S J M ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 2 ,   P 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 7 . 8 9 9 4 9 3 ;   B e l d a - L o i s   J M ,   2 0 1 1 ,   J   N E U R O E N G   R E H A B I L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 3 - 0 0 0 3 - 8 - 6 6 ;   B e u s t e r i e n   K ,   2 0 1 4 ,   O N C O L O G I S T ,   V 1 9 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 2 0 1 3 - 0 3 5 9 ;   B o r g e s   P V K ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   C I R C   S Y S T   V I D ,   V 2 3 ,   P 1 9 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C S V T . 2 0 1 3 . 2 2 7 0 4 0 2 ;   B r o c k i   B C ,   2 0 1 4 ,   L U N G   C A N C E R ,   V 8 3 ,   P 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 1 5 ;   C a r m o   A A ,   2 0 1 2 ,   B R A Z   J   M E D   B I O L   R E S ,   V 4 5 ,   P 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 0 1 0 0 - 8 7 9 X 2 0 1 2 0 0 7 5 0 0 0 5 1 ;   C h e n   C H ,   2 0 1 1 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 4 ,   P 9 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 2 1 ;   C h e n   L L ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 4 ,   P 1 9 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 0 6 ;   C h e n   T ,   2 0 1 2 ,   A R T I F   I N T E L L ,   V 1 7 6 ,   P 2 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t i n t . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 0 3 ;   C h u n g   P C ,   2 0 0 8 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 1 ,   P 1 5 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 2 2 ;   C o u r n e y a   K S ,   2 0 1 1 ,   R E C E N T   R E S U L T S   C A N C ,   V 1 8 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 0 4 2 3 1 - 7 _ 1 ;   D e C a n n   B . ,   2 0 1 4 ,   P   2 2   I N T   C   P A T T   R E C ;   F e r r i o l l i   E ,   2 0 1 2 ,   J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G ,   V 4 3 ,   P 1 0 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n s y m m a n . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 1 3 ;   F i e l d   M . ,   2 0 0 8 ,   P   A U S T R   C   R O B   A U T   A U ;   F o n g   D T P ,   2 0 1 0 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 0 ,   P 1 1 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 0 1 2 1 1 5 5 6 ;   G r a y   R ,   2 0 0 7 ,   L A N C E T ,   V 3 7 0 ,   P 2 0 2 0 ;   J i   X F ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   C ,   V 4 0 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C C . 2 0 0 9 . 2 0 2 7 6 0 8 ;   K e r s t e n   J ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 2 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 1 5 ;   L a i   D T H ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 9 . 2 0 2 2 9 1 3 ;   L i n d e m a n n   U ,   2 0 0 8 ,   G A I T   P O S T U R E ,   V 2 7 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g a i t p o s t . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 5 ;   L o   P r e s t i   L ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 0 0 5 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 6 8 1 1 - 1 _ 3 5 ;   M a r i a n i   B ,   2 0 1 0 ,   J   B I O M E C H ,   V 4 3 ,   P 2 9 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i o m e c h . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 0 3 ;   M a r t i n   R . ,   2 0 1 0 ,   P   6   I N T   S   A D V   V I S   3 ,   P 8 9 ;   M c G i n l e y   J L ,   2 0 0 9 ,   G A I T   P O S T U R E ,   V 2 9 ,   P 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g a i t p o s t . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 3 ;   M e s a   R A ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 7 ;   N a r a y a n a n   V i j a y a k u m a r ,   2 0 0 9 ,   I n d i a n   J   P a l l i a t   C a r e ,   V 1 5 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 9 7 3 - 1 0 7 5 . 5 3 5 0 7 ;   N g   H . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   A D V   S C I   E N G   I N ,   V 1 ,   P 2 4 2 ;   O K E N   M M ,   1 9 8 2 ,   A M   J   C L I N   O N C O L - C A N C ,   V 5 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 0 4 2 1 - 1 9 8 2 1 2 0 0 0 - 0 0 0 1 4 ;   O l d e r v o l l   L M ,   2 0 1 1 ,   O N C O L O G I S T ,   V 1 6 ,   P 1 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 2 0 1 1 - 0 1 3 3 ;   O l s o n   M W ,   2 0 1 0 ,   J   E L E C T R O M Y O G R   K I N E S ,   V 2 0 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e l e k i n . 2 0 0 9 . 0 4 . 0 0 6 ;   O r n e t t i   P ,   2 0 1 0 ,   J O I N T   B O N E   S P I N E ,   V 7 7 ,   P 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b s p i n . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 9 ;   P a r r a t t e   S ,   2 0 1 0 ,   J   B O N E   J O I N T   S U R G   A M ,   V 9 2 A ,   P 2 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 0 6 / J B J S . I . 0 1 3 9 8 ;   P i e r r e - M a r c   J . ,   2 0 1 4 ,   B A C K G R O U N D   M O D E L I N G ;   P o p p e   R ,   2 0 1 0 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   V 2 8 ,   P 9 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a v i s . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 1 4 ;   R a m a n a n   D ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 9 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 2 5 0 6 0 0 ;   R o e t e n b e r g   D ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 4 ,   P 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 6 . 8 8 9 1 8 4 ;   S a b e r - S h e i k h   K ,   2 0 1 0 ,   M A N U A L   T H E R ,   V 1 5 ,   P 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t h . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 9 ;   S c h m i d t   K ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   S P O R T S   M E D ,   V 3 4 ,   P 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 2 - 1 3 2 3 7 4 6 ;   S h i b u y a   N . ,   2 0 1 5 ,   P   2 0 1 5   8   I N T   C   M O B   C ;   S h o t t o n   J . ,   2 0 1 3 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   C O M ,   P 1 1 9 ;   S h o t t o n   J ,   2 0 1 3 ,   C O M M U N   A C M ,   V 5 6 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 3 9 8 3 5 6 . 2 3 9 8 3 8 1 ;   S p e c k   R M ,   2 0 1 0 ,   J   C A N C E R   S U R V I V ,   V 4 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 6 4 - 0 0 9 - 0 1 1 0 - 5 ;   S t i r l i n g   D . ,   2 0 1 1 ,   P   1   I E E E   I N T   C   H E A L T ;   S u r e r   E ,   2 0 1 1 ,   G A I T   P O S T U R E ,   V 3 3 ,   P 5 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g a i t p o s t . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 0 3 ;   T a o   W J ,   2 0 1 2 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 2 ,   P 2 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 2 0 2 0 2 2 5 5 ;   T i e n   I ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 4 ,   P 9 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 9 . 2 0 2 1 6 5 0 ;   T r i v i n o   G ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 2 5 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 1 7 ;   v a n   W a a r t   H ,   2 0 1 0 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 0 - 6 7 3 ;   V i s h n o i   N . ,   2 0 1 4 ,   P   3 6   A N N   I N T   C   I E E E ;   V r b i k   I ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 7 1 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 0 8 ;   W a n g   J M ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 0 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 1 1 6 7 ;   W e i   X . ,   2 0 1 2 ,   A C M   T   G R A P H I C ,   V 3 1 ,   P 1 ;   W r e n   T A L ,   2 0 1 1 ,   G A I T   P O S T U R E ,   V 3 4 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g a i t p o s t . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 2 7 ;   Y a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 1 ,   P 7 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 1 0 8 0 7 3 1 4 ;   Y a n g   H X ,   2 0 1 1 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 4 ,   P 3 8 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 2 4 ;   Z e n g   W ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 3 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 1 4 	 6 1 	 0 	 0 	 3 3 	 3 3 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 3 2 0 3 	 1 8 7 3 - 5 1 4 2 	 	 P A T T E R N   R E C O G N 	 P a t t e r n   R e c o g n i t . 	 M A R 	 2 0 1 7 	 6 3 	 	 	 	 	 	 2 4 6 	 2 5 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 0 2 	 	 1 2 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E E 7 H G 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 7 8 5 9 0 0 0 2 0 	 	 
 
 J 	 F r o z ,   B R ;   d e   C a r v a l h o ,   A O ;   S i l v a ,   A C ;   d e   P a i v a ,   A C ;   N u n e s ,   R A ;   G a t t a s s ,   M 	 	 	 	 F r o z ,   B r u n o   R o d r i g u e s ;   d e   C a r v a l h o   F i l h o ,   A n t o n i o   O s e a s ;   S i l v a ,   A r i s t o f a n e s   C o r r e a ;   d e   P a i v a ,   A n s e l m o   C a r d o s o ;   N u n e s ,   R o d o l f o   A c a t a u a s s u ;   G a t t a s s ,   M a r c e l o 	 	 	 L u n g   n o d u l e   c l a s s i f i c a t i o n   u s i n g   a r t i f i c i a l   c r a w l e r s ,   d i r e c t i o n a l   t e x t u r e   a n d   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e 	 E X P E R T   S Y S T E M S   W I T H   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A r t i f i c i a l   l i f e ;   A r t i f i c i a l   c r a w l e r s ;   R o s e   d i a g r a m ;   L u n g   n o d u l e   c l a s s i f i c a t i o n 	 C T   I M A G E S ;   D I S T A N C E ;   S E G M E N T A T I O N ;   D E S C R I P T O R ;   A R E A 	 L u n g   c a n c e r   i s   t h e   m a j o r   c a u s e   o f   d e a t h   a m o n g   p a t i e n t s   w i t h   c a n c e r   t h r o u g h o u t   t h e   w o r l d .   T h e   m a i n   s y m p t o m   t h a t   i n d i c a t e   t h e   l u n g   c a n c e r   i s   t h e   p r e s e n c e   o f   l u n g   n o d u l e s .   T h i s   w o r k   p r o p o s e s   a   m e t h o d o l o g y   t o   c l a s s i f y   l u n g   n o d u l e   a n d   n o n - n o d u l e   u s i n g   t e x t u r e   f e a t u r e s .   T h e   s t a t e - o f - a r t   o f   t h e   p r e s e n t e d   w o r k   a r e   t h e   a d a p t i o n   o f   t h e   A r t i f i c i a l   C r a w l e r s   a n d   R o s e   D i a g r a m   t e c h n i q u e s   f o r   r e p r e s e n t i n g   p a t t e r n s   o v e r   3 D   i m a g e s .   S e v e r a l   i n f o r m a t i o n   a r e   e x t r a c t e d   b a s e d   o n   t h e  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 a c k n o w l e d g e   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   a n d   t h e   F o u n d a t i o n   f o r   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   f o r   t h e i r   c r i t i c a l   r o l e   i n   t h e   c r e a t i o n   o f   t h e   f r e e ,   p u b l i c l y   a v a i l a b l e   L I D C - I D R I   d a t a b a s e   u s e d   i n   t h i s   s t u d y . 	 A r m a t o   S G ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 2 8 2 0 4 ;   B e r g s t r a   J ,   2 0 1 2 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 8 1 ;   B r a d l e y   A P ,   1 9 9 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 0 ,   P 1 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 6 ) 0 0 1 4 2 - 2 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h a n g   D J ,   2 0 0 9 ,   S N P D   2 0 0 9 :   1 0 T H   A C I S   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   S O F T W A R E   E N G I N E E R I N G ,   A R T I F I C I A L   I N T E L L I G E N C E S ,   N E T W O R K I N G   A N D   P A R A L L E L   D I S T R I B U T E D   C O M P U T I N G ,   P R O C E E D I N G S ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S N P D . 2 0 0 9 . 3 4 ;   C h o i   W J ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 3 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 5 ;   D A N I E L S S O N   P E ,   1 9 8 0 ,   C O M P U T   V I S I O N   G R A P H ,   V 1 4 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 4 6 - 6 6 4 X ( 8 0 ) 9 0 0 5 4 - 4 ;   d e   C a r v a l h o   A O ,   2 0 1 4 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 0 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 2 ;   F i e l d i n g   A H ,   1 9 9 7 ,   E N V I R O N   C O N S E R V ,   V 2 4 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 3 7 6 8 9 2 9 9 7 0 0 0 0 8 8 ;   J i n g   Z . ,   2 0 1 0 ,   B I O I N S P   C O M P   T H E O R   A ,   P 1 0 3 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / B I C T A . 2 0 1 0 . 5 6 4 5 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B I C T A . 2 0 1 0 . 5 6 4 5 1 1 4 ] ;   J o a c h i m s   T h o r s t e n ,   1 9 9 8 ,   L N C S ,   V 1 3 9 8 ,   P 1 3 7 ;   K l o v e   T ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 5 6 ,   P 2 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 2 0 1 0 . 2 0 4 6 2 1 2 ;   L a n g t o n   C .   G . ,   1 9 8 9 ,   A R T   L I F   P   I N T   W O R K S H ;   L e e   H . ,   2 0 1 0 ,   P   8   I N T   S   N O N P H   A N   R ,   P 4 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 8 0 9 9 3 9 . 1 8 0 9 9 4 5 ;   L e e   S L A ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 4 ,   P 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 0 6 ;   M a r d i a   K .   V . ,   2 0 0 9 ,   D I R E C T I O N A L   S T A T ,   V 4 9 4 ;   M a r d i a   K .   V . ,   1 9 7 2 ,   S T A T I S T I C S   D I R E C T I O N ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / B 9 7 8 - 0 - 1 2 - 4 7 1 1 5 0 - 1 . 5 0 0 0 8 - X ;   M o u s a   W   A   H ,   2 0 0 2 ,   I M   P R O C   2 0 0 2   P   2 0 0 2 ,   V 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 0 2 . 1 0 3 8 9 2 7 ;   N a m i n   S T ,   2 0 1 0 ,   I E E E   S Y S   M A N   C Y B E R N ,   P 3 7 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C S M C . 2 0 1 0 . 5 6 4 1 8 2 0 ;   P a r a g i o s   N ,   2 0 0 2 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 2 3 5 1 ,   P 7 7 5 ;   P o l a k o w s k i   W E ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 6 ,   P 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 6 5 0 8 7 7 ;   P u   J T ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 3 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 9 4 8 3 4 9 ;   P u   J ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 2 ,   P 4 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 5 ;   R i v e r a   A R ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 5 1 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 1 2 ;   S h a m e e m   M . - U . - S . ,   2 0 0 9 ,   I E E E   R E G   1 0   C   T E N C O N ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / A H I C I . 2 0 0 9 . 5 3 4 0 3 3 5 ;   S h e n   S W ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 5 7 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 8 ;   S o l i m a n   A A ,   2 0 1 1 ,   I N D I A N   J   P U R E   A P   M A T ,   V 4 2 ,   P 3 3 5 ;   T a n   M ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 5 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 6 3 3 9 4 1 ;   T a r t a r   A ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M A T H   M E T H O D   M ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 1 4 8 3 6 3 ;   W o o d   D E ,   2 0 1 2 ,   J   N A T L   C O M P R   C A N C   N E ,   V 1 0 ,   P 2 4 0 ;   Z h a n g   D ,   2 0 0 4 ,   I E E E / W I C / A C M   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   I N T E L L I G E N T   A G E N T   T E C H N O L O G Y ,   P R O C E E D I N G S ,   P 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I A T . 2 0 0 4 . 1 3 4 2 9 9 2 ;   Z h a n g   F . ,   2 0 1 3 ,   D S N ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / D I C T A . 2 0 1 3 . 6 6 9 1 4 9 4 	 3 2 	 1 	 1 	 1 0 1 	 1 0 1 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 M A R   1 	 2 0 1 7 	 6 9 	 	 	 	 	 	 1 7 6 	 1 8 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 3 9 	 	 1 3 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 E D 8 G W 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 1 1 1 0 0 0 0 1 6 	 	 
 
 J 	 H u g h e y ,   J J 	 	 	 	 H u g h e y ,   J a c o b   J . 	 	 	 M a c h i n e   l e a r n i n g   i d e n t i f i e s   a   c o m p a c t   g e n e   s e t   f o r   m o n i t o r i n g   t h e   c i r c a d i a n   c l o c k   i n   h u m a n   b l o o d 	 G E N O M E   M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C i r c a d i a n ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   P r e c i s i o n   m e d i c i n e ;   M e t a - a n a l y s i s ;   T r a n s c r i p t o m e 	 R E V - E R B - A L P H A ;   P E R I P H E R A L - T I S S U E S ;   B R E A S T - C A N C E R ;   S L E E P ;   L I G H T ;   E X P R E S S I O N ;   P H A S E ;   T I M E ;   T R A N S C R I P T O M E ;   M E L A T O N I N 	 B a c k g r o u n d :   T h e   c i r c a d i a n   c l o c k   a n d   t h e   d a i l y   r h y t h m s   i t   p r o d u c e s   a r e   c r u c i a l   f o r   h u m a n   h e a l t h ,   b u t   a r e   o f t e n   d i s r u p t e d   b y   t h e   m o d e r n  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 P 1 0 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 3 / j c b . 2 0 1 0 0 2 1 1 1 ;   B u g g e   A ,   2 0 1 2 ,   G E N E   D E V ,   V 2 6 ,   P 6 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 1 8 6 8 5 8 . 1 1 2 ;   B u r g e s s   H J ,   2 0 0 6 ,   S L E E P ,   V 2 9 ,   P 2 5 ;   B u r g e s s   H J ,   2 0 1 5 ,   S L E E P ,   V 3 8 ,   P 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 5 6 6 5 / s l e e p . 4 7 3 4 ;   D a a n   S ,   2 0 0 2 ,   J   B I O L   R H Y T H M ,   V 1 7 ,   P 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 7 4 8 7 3 0 0 2 1 2 9 0 0 2 3 7 5 ;   D a m i o l a   F ,   2 0 0 0 ,   G E N E   D E V ,   V 1 4 ,   P 2 9 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 1 8 3 5 0 0 ;   D I J K   D J ,   1 9 9 5 ,   J   N E U R O S C I ,   V 1 5 ,   P 3 5 2 6 ;   F e r r a n t e   A n d r e w ,   2 0 1 5 ,   J o u r n a l   o f   C i r c a d i a n   R h y t h m s ,   V 1 3 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 5 3 3 4 / j c r . a e ;   F i s c h e r   D ,   2 0 1 6 ,   C H R O N O B I O L   I N T ,   V 3 3 ,   P 9 8 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 7 4 2 0 5 2 8 . 2 0 1 5 . 1 1 1 3 9 8 6 ;   G i a c c h e t t i   S ,   2 0 1 2 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 3 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d s 1 4 8 ;   G i b b s   J E ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 1 0 6 7 5 0 1 0 9 ;   G o l o m b e k   D A ,   2 0 1 0 ,   P H Y S I O L   R E V ,   V 9 0 ,   P 1 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / p h y s r e v . 0 0 0 0 9 . 2 0 0 9 ;   H e l w i g   N E ,   2 0 1 5 ,   J   C O M P U T   G R A P H   S T A T ,   V 2 4 ,   P 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 6 1 8 6 0 0 . 2 0 1 4 . 9 2 6 8 1 9 ;   H e r m i d a   R C ,   2 0 1 6 ,   H Y P E R T E N S   R E S ,   V 3 9 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / h r . 2 0 1 5 . 1 4 2 ;   H u g h e y   J J ,   2 0 1 6 ,   J   B I O L   R H Y T H M ,   V 3 1 ,   P 5 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 7 4 8 7 3 0 4 1 6 6 6 8 0 4 9 ;   H u g h e y   J J ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k w 0 3 0 ;   H u g h e y   J J ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 2 2 9 ;   J o h n s o n   W E ,   2 0 0 7 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 8 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x j 0 3 7 ;   J u d a   M ,   2 0 1 3 ,   J   B I O L   R H Y T H M ,   V 2 8 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 7 4 8 7 3 0 4 1 2 4 7 5 0 4 1 ;   K a s u k a w a   T ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 1 5 0 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 0 7 7 6 8 1 0 9 ;   K h a l s a   S B S ,   2 0 0 3 ,   J   P H Y S I O L - L O N D O N ,   V 5 4 9 ,   P 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 3 / j p h y s i o l . 2 0 0 3 . 0 4 0 4 7 7 ;   K h a t r i   P ,   2 0 1 3 ,   J   E X P   M E D ,   V 2 1 0 ,   P 2 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 4 / j e m . 2 0 1 2 2 7 0 9 ;   L e v i   F ,   2 0 0 1 ,   L a n c e t   O n c o l ,   V 2 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 0 ) 0 0 3 2 6 - 0 ;   L i   J Z ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 9 9 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 0 5 8 1 4 1 1 0 ;   L o h   D H ,   2 0 1 5 ,   E L I F E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 7 5 5 4 / e L i f e . 0 9 4 6 0 ;   L o n g   J E ,   2 0 1 6 ,   V A C C I N E ,   V 3 4 ,   P 2 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v a c c i n e . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 3 2 ;   M c C a r t h y   J J ,   2 0 0 7 ,   P H Y S I O L   G E N O M I C S ,   V 3 1 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / p h y s i o l g e n o m i c s . 0 0 0 6 6 . 2 0 0 7 ;   M c H i l l   A W ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 1 7 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 1 2 0 2 1 1 1 1 ;   M o l l e r - L e v e t   C S ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   p E 1 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 1 7 1 5 4 1 1 0 ;   M o r r i s   C J ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S ;   M u l l i n g t o n   J M ,   2 0 1 6 ,   S L E E P ,   V 3 9 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 5 6 6 5 / s l e e p . 5 6 1 6 ;   P a n d i - P e r u m a l   S R ,   2 0 0 7 ,   P R O G   N E U R O - P S Y C H O P H ,   V 3 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p n p b p . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 2 0 ;   P o w e r s   S ,   2 0 1 6 ,   C U S T O M I Z E D   T R A I N I N G ;   R o e n n e b e r g   T ,   2 0 0 3 ,   J   B I O L   R H Y T H M ,   V 1 8 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 7 4 8 7 3 0 4 0 2 2 3 9 6 7 9 ;   R o e n n e b e r g   T ,   2 0 1 5 ,   M E T H O D   E N Z Y M O L ,   P 2 5 7 ;   R o e n n e b e r g   T ,   2 0 1 6 ,   C U R R   B I O L ,   V 2 6 ,   p R 4 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 1 1 ;   R o e n n e b e r g   T ,   2 0 1 2 ,   C U R R   B I O L ,   V 2 2 ,   P 9 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 3 8 ;   S c h e e r   F A J L ,   2 0 0 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 6 ,   P 4 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 8 1 8 0 1 0 6 ;   S c h e r n h a m m e r   E S ,   2 0 0 1 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 3 ,   P 1 5 6 3 ;   S o f e r   A ,   2 0 0 5 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 5 ,   P 5 8 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 2 5 . 1 4 . 5 8 3 4 - 5 8 4 5 . 2 0 0 5 ;   S w e e n e y   T E ,   2 0 1 6 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . a a f 7 1 6 5 ;   V a n   D y c k e   K C G ,   2 0 1 5 ,   C U R R   B I O L ,   V 2 5 ,   P 1 9 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 1 2 ;   V e t t e r   C ,   2 0 1 5 ,   C U R R   B I O L ,   V 2 5 ,   P 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 6 4 ;   V o u l t s i o s   A ,   1 9 9 7 ,   J   B I O L   R H Y T H M ,   V 1 2 ,   P 4 5 7 ;   W a l m s l e y   L ,   2 0 1 5 ,   P L O S   B I O L ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 1 0 0 2 1 2 7 ;   W i t t e n   D M ,   2 0 0 9 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 0 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x p 0 0 8 ;   W r i g h t   K P ,   2 0 1 3 ,   C U R R   B I O L ,   V 2 3 ,   P 1 5 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 3 9 ;   Y o o   S H ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 5 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 3 0 8 7 0 9 1 0 1 ;   Z h a n g   R ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 1 6 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 0 8 8 8 6 1 1 1 	 5 5 	 0 	 0 	 0 	 0 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 5 6 - 9 9 4 X 	 	 	 G E N O M E   M E D 	 G e n o m e   M e d . 	 F E B   2 8 	 2 0 1 7 	 9 	 	 	 	 	 	 	 	 1 9 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 7 3 - 0 1 7 - 0 4 0 6 - 4 	 	 1 1 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E O 6 E D 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 7 8 3 8 0 0 0 0 1 	 2 8 2 4 1 8 5 8 	 
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 D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c b . 2 5 2 0 7 ;   A n d e r s e n   C L ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 4 ,   P 5 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 0 4 9 6 ;   B a l h a r a   A K ,   2 0 1 3 ,   S C I   W O R L D   J ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 9 5 8 5 4 0 ;   B a r t e l   D P ,   2 0 0 9 ,   C E L L ,   V 1 3 6 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 9 . 0 1 . 0 0 2 ;   B i d a r i m a t h   M ,   2 0 1 4 ,   C E L L   M O L   I M M U N O L ,   V 1 1 ,   P 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c m i . 2 0 1 4 . 4 5 ;   B o u t i n a u d   M ,   2 0 0 2 ,   R E P R O D   N U T R   D E V ,   V 4 2 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 1 / r n d : 2 0 0 2 0 1 3 ;   B u r n s   G ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 0 9 1 3 ;   B u s c h m a n n   D ,   2 0 1 6 ,   N U C L   A C I D S   R E S ;   B u s t i n   S A ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 5 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 0 8 . 1 1 2 7 9 7 ;   C h e g i n i   N a s s e r ,   2 0 1 0 ,   A n i m a l   R e p r o d u c t i o n ,   V 7 ,   P 1 1 7 ;   C h e n   T ,   2 0 1 4 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 5 - 1 0 0 ;   C h e n   X ,   2 0 1 0 ,   C E L L   R E S ,   V 2 0 ,   P 1 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c r . 2 0 1 0 . 8 0 ;   C h e n g   L ,   2 0 1 4 ,   K I D N E Y   I N T ,   V 8 6 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / k i . 2 0 1 3 . 5 0 2 ;   C o c h r a n e   D R ,   2 0 1 2 ,   M O L   C E L L   E N D O C R I N O L ,   V 3 5 7 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m c e . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 2 2 ;   D o e b e l e   C ,   2 0 1 0 ,   B L O O D ,   V 1 1 5 ,   P 4 9 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 0 - 0 1 - 2 6 4 8 1 2 ;   F a r u q   O m a r ,   2 0 1 5 ,   F r o n t   M e d   ( L a u s a n n e ) ,   V 2 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f m e d . 2 0 1 5 . 0 0 0 5 1 ;   G a l l o   A ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 0 6 7 9 ;   G u   Y ,   2 0 1 3 ,   A M   J   P H Y S I O L - E N D O C   M ,   V 3 0 4 ,   p E 8 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / a j p e n d o . 0 0 6 6 0 . 2 0 1 2 ;   G u o   L ,   2 0 1 3 ,   M O L   B I O L   R E P ,   V 4 0 ,   P 3 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 3 3 - 0 1 2 - 2 3 8 8 - z ;   G u o   L ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 1 0 7 2 ;   H a l e   B J ,   2 0 1 4 ,   M O L   R E P R O D   D E V ,   V 8 1 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r d . 2 2 2 7 2 ;   H a t a   T ,   2 0 1 0 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 3 9 6 ,   P 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 0 . 0 4 . 1 3 5 ;   H e   L ,   2 0 0 5 ,   N A T U R E ,   V 4 3 5 ,   P 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 3 5 5 2 ;   H u l s e n   T ,   2 0 0 8 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 9 - 4 8 8 ;   I o a n n i d i s   J ,   2 0 1 6 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 6 - 2 5 2 9 - 1 ;   K i m   Y o u n g - K o o k ,   2 0 1 5 ,   C h o n n a m   M e d   J ,   V 5 1 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 4 0 6 8 / c m j . 2 0 1 5 . 5 1 . 2 . 5 1 ;   K o n g   Y ,   2 0 1 1 ,   G E N O M I C S ,   V 9 8 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 0 9 ;   K o z o m a r a   A ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 1 8 1 ;   K r a w c z y n s k i   K ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 5 - 2 1 7 2 - 2 ;   K r o p p   J ,   2 0 1 4 ,   F R O N T   G E N E T ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 4 . 0 0 0 9 1 ;   K u m a r   P ,   2 0 1 3 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 3 3 ,   P 1 7 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 0 1 2 2 8 - 1 2 ;   L a n g m e a d   B ,   2 0 0 9 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 9 - 1 0 - 1 1 - r 1 3 4 ,   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 9 - 1 0 - 3 - r 2 5 ] ;   L e   G u i l l o u   S ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 1 9 3 8 ;   L e s s e y   B A ,   2 0 1 0 ,   B I O L   R E P R O D ,   V 8 2 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 5 / b i o l r e p r o d . 1 1 0 . 0 8 3 6 6 7 ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 0 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 5 2 ;   L i   P F ,   2 0 1 3 ,   C L I N   S C I ,   V 1 2 4 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / C S 2 0 1 2 0 1 2 1 ;   L i   T T ,   2 0 1 1 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 2 - 1 8 6 ;   L i   Z ,   2 0 1 2 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 3 - 7 3 1 ;   L o n e r g a n   P ,   2 0 1 4 ,   A N I M A L ,   V 8 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 7 5 1 7 3 1 1 1 4 0 0 0 4 7 0 ;   L o v e   M .   I . ,   2 0 1 4 ,   B I O R X I V ,   V 1 5 ,   P 5 5 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 1 / 0 0 2 8 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / S 1 3 0 5 9 - 0 1 4 - 0 5 5 0 - 8 ] ;   L u o   S S ,   2 0 0 9 ,   B I O L   R E P R O D ,   V 8 1 ,   P 7 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 5 / b i o l r e p r o d . 1 0 8 . 0 7 5 4 8 1 ;   M a a l o u f   S W ,   2 0 1 4 ,   M O L   C E L L   E N D O C R I N O L ,   V 3 9 8 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m c e . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 5 ;   M a n a s t e r   I ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 3 3 9 5 ;   M e n d e l l   J T ,   2 0 0 8 ,   C E L L ,   V 1 3 3 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 1 ;   M o u i l l e t   J F ,   2 0 1 0 ,   F A S E B   J ,   V 2 4 ,   P 2 0 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 6 / f j . 0 9 - 1 4 9 7 2 4 ;   N a k a m u r a   K ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 5 8 2 7 8 ;   P a a p e   M J ,   1 9 9 7 ,   J   A N I M   S C I ,   V 7 5 ,   P 5 5 6 ;   P A A P E   M J ,   1 9 7 5 ,   A M   J   V E T   R E S ,   V 3 6 ,   P 1 7 3 7 ;   P e t r o v   A I ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 9 9 1 ;   P f a f f l   M W ,   2 0 0 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 9 . 9 . e 4 5 ;   P o n s u k s i l i   S ,   2 0 1 4 ,   D I F F E R E N T I A L   E X P R E S S ;   P R A K A S H   B S ,   1 9 8 7 ,   J   S T E R O I D   B I O C H E M ,   V 2 8 ,   P 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 2 - 4 7 3 1 ( 8 7 ) 9 0 3 8 9 - X ;   Q i a n   K ,   2 0 0 9 ,   E N D O C R I N O L O G Y ,   V 1 5 0 ,   P 4 7 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / e n . 2 0 0 8 - 1 6 2 9 ;   S a l i l e w - W o n d i m   D ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 6 7 9 5 ;   S a n t o s   J E P ,   2 0 0 4 ,   A N I M   R E P R O D   S C I ,   V 8 2 - 3 ,   P 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a n i r e p r o s c i . 2 0 0 4 . 0 4 . 0 1 5 ;   S h a   A G ,   2 0 1 1 ,   F E R T I L   S T E R I L ,   V 9 6 ,   P 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e r t n s t e r t . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 7 2 ;   S i m o n s   M ,   2 0 0 9 ,   C U R R   O P I N   C E L L   B I O L ,   V 2 1 ,   P 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e b . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 7 ;   S o h e l   M M H ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 8 5 0 5 ;   S o n k o l y   E ,   2 0 0 8 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 8 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 5 ;   S p e n c e r   T h o m a s   E ,   2 0 0 4 ,   R e p r o d   B i o l   E n d o c r i n o l ,   V 2 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 7 8 2 7 - 2 - 4 9 ;   S p o r n r a f t   M ,   2 0 1 5 ,   B I O T E C H N O L   L E T T ,   V 3 7 ,   P 1 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 2 9 - 0 1 5 - 1 7 8 8 - 2 ;   S p o r n r a f t   M ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 7 2 5 9 ;   S u   L J ,   2 0 1 0 ,   R E P R O D   F E R T   D E V E L O P ,   V 2 2 ,   P 1 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 1 / R D 1 0 0 4 6 ;   T e s f a y e   D ,   2 0 0 9 ,   M O L   R E P R O D   D E V ,   V 7 6 ,   P 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r d . 2 1 0 0 5 ;   T r e g u e r   K ,   2 0 1 2 ,   J   V A S C   R E S ,   V 4 9 ,   P 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 3 9 4 2 9 ;   T u r c h i n o v i c h   A . ,   2 0 1 3 ,   F r o n t i e r s   i n   G e n e t i c s ,   V 4 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 3 . 0 0 1 1 9 ;   U n d i   R B ,   2 0 1 3 ,   A D V   H E M A T O L ,   V 2 0 1 3 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 6 9 5 7 5 4 ,   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 6 9 5 7 5 4 ] ;   W e s s e l s   J M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 2 2 6 4 ;   Z h a n g   J i a n ,   2 0 1 5 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 1 3 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g p b . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 1 	 7 2 	 0 	 0 	 4 	 4 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 F E B   2 4 	 2 0 1 7 	 1 2 	 2 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 7 2 2 2 0 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 7 2 2 2 0 	 	 2 0 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E L 5 V B 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 6 8 8 2 0 0 0 5 4 	 	 
 
 J 	 M y t e ,   R ;   G y l l i n g ,   B ;   H a g g s t r o m ,   J ;   S c h n e e d e ,   J ;   U e l a n d ,   P M ;   H a l l m a n s ,   G ;   J o h a n s s o n ,   I ;   P a l m q v i s t ,   R ;   V a n   G u e l p e n ,   B 	 	 	 	 M y t e ,   R o b i n ;   G y l l i n g ,   B j o r n ;   H a g g s t r o m ,   J e n n y ;   S c h n e e d e ,   J o r n ;   U e l a n d ,   P e r   M a g n e ;   H a l l m a n s ,   G o r a n ;   J o h a n s s o n ,   I n g e g e r d ;   P a l m q v i s t ,   R i c h a r d ;   V a n   G u e l p e n ,   B e t h a n y 	 	 	 U n t a n g l i n g   t h e   r o l e   o f   o n e - c a r b o n   m e t a b o l i s m   i n   c o l o r e c t a l   c a n c e r   r i s k :   a   c o m p r e h e n s i v e   B a y e s i a n   n e t w o r k   a n a l y s i s 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 F O L I C - A C I D   F O R T I F I C A T I O N ;   N E S T E D   C A S E - R E F E R E N T ;   L O W   F O L A T E   L E V E L S ;   B - V I T A M I N   S T A T U S ;   M I C R O B I O L O G I C A L   A S S A Y ;   T O T A L   H O M O C Y S T E I N E ;   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   P L A S M A   F O L A T E ;   B I O M A R K E R S ;   H E A L T H 	 T h e   r o l e   o f   o n e - c a r b o n   m e t a b o l i s m   ( 1 C M ) ,   p a r t i c u l a r l y   f o l a t e ,   i n   c o l o r e c t a l   c a n c e r   ( C R C )   d e v e l o p m e n t   h a s   b e e n   e x t e n s i v e l y   s t u d i e d ,   b u t   w i t h   i n c o n c l u s i v e   r e s u l t s .   G i v e n   t h e   c o m p l e x i t y   o f   1 C M ,   t h e   c o n v e n t i o n a l   a p p r o a c h ,   i n v e s t i g a t i n g   c o m p o n e n t s   i n d i v i d u a l l y ,   m a y   b e   i n s u f f i c i e n t .   W e   u s e d   a   m a c h i n e   l e a r n i n g - b a s e d   B a y e s i a n   n e t w o r k   a p p r o a c h   t o   s t u d y ,   s i m u l t a n e o u s l y ,   1 4   c i r c u l a t i n g   o n e - c a r b o n   m e t a b o l i t e s ,   1 7   r e l a t e d   s i n g l e   n u c l e o t i d e   p o l y m o r p h i s m s   ( S N P s ) ,   a n d   s e v e r a l   e n v i r o n m e n t a l   f a c t o r s   i n   r e l a t i o n   t o   C R C   r i s k   i n   6 1 3   c a s e s   a n d   1 1 9 0   c o n t r o l s   f r o m   t h e   p r o s p e c t i v e   N o r t h e r n   S w e d e n   H e a l t h   a n d   D i s e a s e   S t u d y .   T h e   e s t i m a t e d   n e t w o r k s   c o r r e s p o n d e d   l a r g e l y   t o   k n o w n   b i o c h e m i c a l   r e l a t i o n s h i p s .   P l a s m a   c o n c e n t r a t i o n s   o f   f o l a t e   ( d i r e c t ) ,   v i t a m i n   B 6   ( p y r i d o x a l   5 - p h o s p h a t e )   ( i n v e r s e ) ,   a n d   v i t a m i n   B 2   ( r i b o f l a v i n )   ( i n v e r s e )   h a d   t h e   s t r o n g e s t   i n d e p e n d e n t   a s s o c i a t i o n s   w i t h   C R C   r i s k .   O u r   s t u d y   d e m o n s t r a t e s   t h e   i m p o r t a n c e   o f   i n c o r p o r a t i n g   B - v i t a m i n s   i n   f u t u r e   s t u d i e s   o f   1 C M   a n d   C R C   d e v e l o p m e n t ,   a n d   t h e   u s e f u l n e s s   o f   B a y e s i a n   n e t w o r k   l e a r n i n g   f o r   i n v e s t i g a t i n g   c o m p l e x   b i o l o g i c a l   s y s t e m s   i n   r e l a t i o n   t o   d i s e a s e . 	 [ M y t e ,   R o b i n ;   V a n   G u e l p e n ,   B e t h a n y ]   U m e a   U n i v ,   D e p t   R a d i a t   S c i ,   O n c o l ,   U m e a ,   S w e d e n ;   [ G y l l i n g ,   B j o r n ;   P a l m q v i s t ,   R i c h a r d ]   U m e a   U n i v ,   D e p t   M e d   B i o s c i ,   P a t h o l ,   U m e a ,   S w e d e n ;   [ H a g g s t r o m ,   J e n n y ]   U m e a   U n i v ,   U m e a   S c h   B u s i n e s s   &   E c o n ,   D e p t   S t a t ,   U m e a ,   S w e d e n ;   [ S c h n e e d e ,   J o r n ]   U m e a   U n i v ,   D e p t   C l i n   P h a r m a c o l   P h a r m a c o l   &   C l i n   N e u r o s c i ,   U m e a ,   S w e d e n ;   [ U e l a n d ,   P e r   M a g n e ]   U n i v   B e r g e n ,   D e p t   C l i n   S c i ,   B e r g e n ,   N o r w a y ;   [ U e l a n d ,   P e r   M a g n e ]   H a u k e l a n d   H o s p ,   L a b   C l i n   B i o c h e m ,   B e r g e n ,   N o r w a y ;   [ H a l l m a n s ,   G o r a n ]   U m e a   U n i v ,   D e p t   B i o b a n k   R e s   P u b l   H l t h   &   C l i n   M e d ,   U m e a ,   S w e d e n ;   [ J o h a n s s o n ,   I n g e g e r d ]   U m e a   U n i v ,   D e p t   O d o n t o l ,   C a r i o l ,   U m e a ,   S w e d e n 	 M y t e ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U m e a   U n i v ,   D e p t   R a d i a t   S c i ,   O n c o l ,   U m e a ,   S w e d e n . 	 r o b i n . m y t e @ u m u . s e 	 V a n   G u e l p e n ,   B e t h a n y / J - 8 1 5 9 - 2 0 1 5 	 V a n   G u e l p e n ,   B e t h a n y / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 9 6 9 2 - 1 0 1 X 	 S w e d i s h   C o u n c i l   f o r   W o r k i n g   L i f e   a n d   S o c i a l   R e s e a r c h   [ 2 0 0 7 - 0 9 2 5 ] ;   S w e d i s h   C a n c e r   S o c i e t y   [ 1 2   0 5 0 1 ,   2 0 1 4 / 7 8 0 ] ;   S w e d i s h   R e s e a r c h   C o u n c i l   [ K 2 0 1 2 - 5 5 X - 2 1 1 0 0 - 0 4 - 3 ] ;   C o u n t y   C o u n c i l   o f   V a s t e r b o t t e n ,   S w e d e n   [ V L L   7 2 5 - 2 0 1 0 ] ;   F a c u l t y   o f   M e d i c i n e   a t   U m e a   U n i v e r s i t y ;   C a n c e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   i n   N o r t h e r n   S w e d e n   [ A M P   1 5 - 7 6 8 ,   1 5 - 7 6 1 ] ;   U m e a   U n i v e r s i t y   [ V L L - 4 9 3 5 3 1 ,   V L L - 4 0 0 9 3 1 ] ;   V a s t e r b o t t e n   C o u n t y   C o u n c i l   [ V L L - 4 9 3 5 3 1 ,   V L L - 4 0 0 9 3 1 ] 	 W e   t h a n k   a l l   t h e   p a r t i c i p a n t s   i n   t h e   V I P   a n d   M S P   c o h o r t s   o f   t h e   N S H D S .   W e   a l s o   t h a n k   t h e   s t a f f   a t   t h e   D e p a r t m e n t   o f   B i o b a n k   R e s e a r c h   a n d   D e p a r t m e n t   o f   P u b l i c   H e a l t h   a n d   C l i n i c a l   M e d i c i n e ,   N u t r i t i o n a l   R e s e a r c h ,   U m e a   U n i v e r s i t y   f o r   e x c e l l e n t   a s s i s t a n c e .   T h i s   s t u d y   w a s   f i n a n c i a l l y   s u p p o r t e d   b y   S w e d i s h   C o u n c i l   f o r   W o r k i n g   L i f e   a n d   S o c i a l   R e s e a r c h   ( 2 0 0 7 - 0 9 2 5 ) ,   S w e d i s h   C a n c e r   S o c i e t y   ( 1 2   0 5 0 1 ,   2 0 1 4 / 7 8 0 ) ,   t h e   S w e d i s h   R e s e a r c h   C o u n c i l   ( K 2 0 1 2 - 5 5 X - 2 1 1 0 0 - 0 4 - 3 ) ,   C u t t i n g - E d g e   R e s e a r c h   G r a n t s   f r o m   t h e   C o u n t y   C o u n c i l   o f   V a s t e r b o t t e n ,   S w e d e n   ( V L L   7 2 5 - 2 0 1 0 ) ,   t h e   F a c u l t y   o f   M e d i c i n e   a t   U m e a   U n i v e r s i t y ,   t h e   C a n c e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   i n   N o r t h e r n   S w e d e n   ( A M P   1 5 - 7 6 8 ,   1 5 - 7 6 1 ) ,   a n d   t h r o u g h   t h e   r e g i o n a l   a g r e e m e n t   b e t w e e n   U m e a   U n i v e r s i t y   a n d   V a s t e r b o t t e n   C o u n t y   C o u n c i l   o n   c o o p e r a t i o n   i n   t h e   f i e l d   o f   M e d i c i n e ,   O d o n t o l o g y   a n d   H e a l t h   ( V L L - 4 9 3 5 3 1 ,   V L L - 4 0 0 9 3 1 ) . 	 A b b e n h a r d t   C ,   2 0 1 4 ,   J   N U T R ,   V 1 4 4 ,   P 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 1 3 . 1 8 3 9 7 0 ;   B a e   S ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 7 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 1 8 3 5 ;   C h e n   Y G ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C O M P U T   I N T   S Y S ,   V 2 ,   P 1 ;   C o l e   B F ,   2 0 0 7 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 9 7 ,   P 2 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 9 7 . 2 1 . 2 3 5 1 ;   D a h l i n   A M ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 2 ,   P 2 0 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 3 2 9 9 ;   D a l y   R ,   2 0 1 1 ,   K N O W L   E N G   R E V ,   V 2 6 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 2 6 9 8 8 8 9 1 0 0 0 0 2 5 1 ;   d e   V o g e l   S ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 0 ,   P 1 7 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 1 - 0 3 5 9 ;   E b b i n g   M ,   2 0 0 9 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 0 2 ,   P 2 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 0 9 . 1 6 2 2 ;   E k l o f   V ,   2 0 0 8 ,   S C A N D   J   C L I N   L A B   I N V ,   V 6 8 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 3 6 5 5 1 0 7 0 1 8 0 5 4 3 1 ;   E u s s e n   S J P M ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 1 0 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 1 2 0 0 4 9 9 0 ;   E u s s e n   S J P M ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 9 ,   P 1 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 9 - 0 8 4 1 ;   F i g u e i r e d o   J C ,   2 0 1 3 ,   M O L   N U T R   F O O D   R E S ,   V 5 7 ,   P 6 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m n f r . 2 0 1 2 0 0 2 7 8 ;   G r i v e n n i k o v   S I ,   2 0 1 0 ,   C E L L ,   V 1 4 0 ,   P 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 2 5 ;   G y l l i n g   B ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 3 ,   P 2 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 3 - 1 3 5 2 ;   H u s t a d   S ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 8 ,   P 4 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 1 1 . 1 7 4 4 9 0 ;   J o h a n s s o n   I ,   2 0 1 0 ,   E U R   J   C L I N   N U T R ,   V 6 4 ,   P 9 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j c n . 2 0 1 0 . 8 0 ;   K a l m b a c h   R D ,   2 0 0 8 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 8 ,   P 7 6 3 ;   K E L L E H E R   B P ,   1 9 9 1 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 4 4 ,   P 5 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c p . 4 4 . 7 . 5 9 2 ;   K e n n e d y   D .   A . ,   2 0 1 2 ,   J   C A N C   E P I D E M I O L ,   V 2 0 1 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 9 5 2 5 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 9 5 2 5 0 8 ] ;   K i m   Y I ,   2 0 0 7 ,   M O L   N U T R   F O O D   R E S ,   V 5 1 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m n f r . 2 0 0 6 0 0 1 9 1 ;   L a b u s c h a g n e   C F ,   2 0 1 4 ,   C E L L   R E P ,   V 7 ,   P 1 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 4 5 ;   L e   M a r c h a n d   L ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 8 ,   P 2 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 9 - 0 1 4 1 ;   L e e   J E ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 8 ,   P 1 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 8 - 1 0 0 1 ;   L o c a s a l e   J W ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 5 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 5 5 7 ;   M a s o n   J B ,   2 0 1 1 ,   B I O F A C T O R S ,   V 3 7 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i o f . 1 7 4 ;   M a t s u b a r a   K ,   2 0 0 3 ,   J   N U T R   B I O C H E M ,   V 1 4 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 5 - 2 8 6 3 ( 0 3 ) 0 0 0 0 9 - 3 ;   M e y e r   K ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 5 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 0 8 . 1 1 5 3 7 8 ;   M i d t t u n   O ,   2 0 1 4 ,   J   N U T R ,   V 1 4 4 ,   P 7 8 4 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 1 3 . 1 8 9 7 3 8 ;   M i d t t u n   O ,   2 0 0 9 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 2 3 ,   P 1 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 4 0 1 3 ;   M i l l e r   J W ,   2 0 1 3 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 7 ,   P 8 2 7 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 2 . 0 4 9 9 3 2 ;   M o l l o y   A M ,   1 9 9 7 ,   M E T H O D   E N Z Y M O L ,   V 2 8 1 ,   P 4 3 ;   M y t e   R ,   2 0 1 6 ,   E P I D E M I O L O G Y ,   V 2 7 ,   P 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / E D E . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 2 9 ;   N i t t e r   M ,   2 0 1 4 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 1 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d u 1 8 5 ;   P a r k   J Y ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 0 8 ,   P 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 1 1 0 0 5 7 3 3 ;   P u k k a l a   E ,   2 0 0 7 ,   A C T A   O N C O L ,   V 4 6 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 8 4 1 8 6 0 7 0 1 2 0 3 5 4 5 ;   R   D e v e l o p m e n t   C o r e   T e a m ,   2 0 1 2 ,   R   L A N G   E N V   S T A T   C O M P ;   R o d i n   A ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 8 1 3 ;   S c u t a r i   M ,   2 0 1 3 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 7 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 6 ;   S h a n n o n   P ,   2 0 0 3 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 4 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 2 3 9 3 0 3 ;   S h r u b s o l e   M J ,   2 0 1 5 ,   A M   J   C A N C E R   R E S ,   V 5 ,   P 4 5 8 ;   S o n g   M Y ,   2 0 1 5 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 8 ,   P 1 2 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 3 5 ;   S u   C W ,   2 0 1 3 ,   B I O D A T A   M I N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 6 - 0 3 8 1 - 6 - 6 ;   S u c h e r   R ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 2 8 7 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 8 ;   T h e o f y l a k t o p o u l o u   D ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 1 2 ,   P 1 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 1 4 0 0 1 8 5 8 ;   T h o m a s   D u n c a n   C . ,   2 0 0 9 ,   H u m a n   G e n o m i c s ,   V 4 ,   P 2 1 ;   U e l a n d   P M ,   2 0 1 1 ,   J   I N H E R I T   M E T A B   D I S ,   V 3 4 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 5 - 0 1 0 - 9 0 8 8 - 4 ;   U l r i c h   C M ,   2 0 0 7 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 9 7 ,   P 2 4 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 9 7 . 2 1 . 2 4 0 8 ;   U l v i k   A ,   2 0 1 4 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 1 0 0 ,   P 2 5 0 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 4 . 0 8 3 1 9 6 ;   V a n   G u e l p e n   B ,   2 0 0 6 ,   G U T ,   V 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 0 0 5 . 0 8 5 4 8 0 ;   V a n   G u e l p e n   B ,   2 0 0 9 ,   J   I N T E R N   M E D ,   V 2 6 6 ,   P 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 7 9 6 . 2 0 0 9 . 0 2 0 7 7 . x ;   V o l l s e t   S E ,   2 0 1 3 ,   L A N C E T ,   V 3 8 1 ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 2 ) 6 2 0 0 1 - 7 ;   W a n g   M L ,   2 0 1 6 ,   S T A T   M E D ,   V 3 5 ,   P 7 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 6 7 9 3 ;   W e i n e h a l l   L ,   1 9 9 8 ,   S C A N D   J   P R I M   H E A L T H ,   V 1 6 ,   P 1 7 1 ;   W e i n s t e i n   S J ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 7 ,   P 3 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 8 - 0 4 5 9 ;   W i n d e l b e r g   A ,   2 0 0 5 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 1 ,   P 2 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 0 5 . 0 5 3 8 3 5 ;   Z h a n g   X H ,   2 0 1 3 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 1 9 ,   P 1 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 3 7 4 8 / w j g . v 1 9 . i 7 . 1 0 0 5 	 5 6 	 0 	 0 	 1 	 1 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 F E B   2 4 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 3 4 3 4 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 3 4 3 4 	 	 1 2 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E M 3 U M 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 2 4 0 1 0 0 0 0 1 	 2 8 2 3 3 8 3 4 	 
 
 J 	 O h ,   J H ;   K e r n s ,   S ;   O s t r e r ,   H ;   P o w e l l ,   S N ;   R o s e n s t e i n ,   B ;   D e a s y ,   J O 	 	 	 	 O h ,   J u n g   H u n ;   K e r n s ,   S a r a h ;   O s t r e r ,   H a r r y ;   P o w e l l ,   S i m o n   N . ;   R o s e n s t e i n ,   B a r r y ;   D e a s y ,   J o s e p h   O . 	 	 	 C o m p u t a t i o n a l   m e t h o d s   u s i n g   g e n o m e - w i d e   a s s o c i a t i o n   s t u d i e s   t o   p r e d i c t   r a d i o t h e r a p y   c o m p l i c a t i o n s   a n d   t o   i d e n t i f y   c o r r e l a t i v e   m o l e c u l a r   p r o c e s s e s 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 V I T A M I N - D - R E C E P T O R ;   E R E C T I L E   D Y S F U N C T I O N ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   R A D I A T I O N - T H E R A P Y ;   D I S E A S E ;   M O D E L S ;   T O X I C I T Y ;   R A D I O G E N O M I C S ;   T E C H N O L O G Y ;   S E L E C T I O N 	 T h e   b i o l o g i c a l   c a u s e   o f   c l i n i c a l l y   o b s e r v e d   v a r i a b i l i t y   o f   n o r m a l   t i s s u e   d a m a g e   f o l l o w i n g   r a d i o t h e r a p y   i s   p o o r l y   u n d e r s t o o d .   W e   h y p o t h e s i z e d   t h a t   m a c h i n e / s t a t i s t i c a l   l e a r n i n g   m e t h o d s   u s i n g   s i n g l e   n u c l e o t i d e   p o l y m o r p h i s m   ( S N P ) - b a s e d   g e n o m e - w i d e   a s s o c i a t i o n   s t u d i e s   ( G W A S )   w o u l d   i d e n t i f y   g r o u p s   o f   p a t i e n t s   o f   d i f f e r i n g   c o m p l i c a t i o n   r i s k ,   a n d   f u r t h e r m o r e   c o u l d   b e   u s e d   t o   i d e n t i f y   k e y   b i o l o g i c a l   s o u r c e s   o f   v a r i a b i l i t y .   W e   d e v e l o p e d   a   n o v e l   l e a r n i n g   a l g o r i t h m ,   c a l l e d   p r e - c o n d i t i o n e d   r a n d o m   f o r e s t   r e g r e s s i o n   ( P R F R ) ,   t o   c o n s t r u c t   p o l y g e n i c   r i s k   m o d e l s   u s i n g   h u n d r e d s   o f   S N P s ,   t h e r e b y   c a p t u r i n g   g e n o m i c   f e a t u r e s   t h a t   c o n f e r   s m a l l   d i f f e r e n t i a l   r i s k .   P r e d i c t i v e   m o d e l s   w e r e   t r a i n e d   a n d   v a l i d a t e d   o n   a   c o h o r t   o f   3 6 8   p r o s t a t e   c a n c e r   p a t i e n t s   f o r   t w o   p o s t - r a d i o t h e r a p y   c l i n i c a l   e n d p o i n t s :   l a t e   r e c t a l   b l e e d i n g   a n d   e r e c t i l e   d y s f u n c t i o n .   T h e   p r o p o s e d   m e t h o d   r e s u l t s   i n   b e t t e r   p r e d i c t i v e   p e r f o r m a n c e   c o m p a r e d   w i t h   e x i s t i n g   c o m p u t a t i o n a l   m e t h o d s .   G e n e   o n t o l o g y   e n r i c h m e n t   a n a l y s i s   a n d   p r o t e i n - p r o t e i n   i n t e r a c t i o n   n e t w o r k   a n a l y s i s   a r e   u s e d   t o   i d e n t i f y   k e y   b i o l o g i c a l   p r o c e s s e s   a n d   p r o t e i n s   t h a t   w e r e   p l a u s i b l e   b a s e d   o n   o t h e r   p u b l i s h e d   s t u d i e s .   I n   c o n c l u s i o n ,   w e   c o n f i r m   t h a t   n o v e l   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d s   c a n   p r o d u c e   l a r g e   p r e d i c t i v e   m o d e l s   ( h u n d r e d s   o f   S N P s ) ,   y i e l d i n g   c l i n i c a l l y   u s e f u l   r i s k   s t r a t i f i c a t i o n   m o d e l s ,   a s   w e l l   a s   i d e n t i f y i n g   i m p o r t a n t   u n d e r l y i n g   b i o l o g i c a l   p r o c e s s e s   i n   t h e   r a d i a t i o n   d a m a g e   a n d   t i s s u e   r e p a i r   p r o c e s s .   T h e   m e t h o d s   a r e   g e n e r a l l y   a p p l i c a b l e   t o   G W A S   d a t a   a n d   a r e   n o t   s p e c i f i c   t o   r a d i o t h e r a p y   e n d p o i n t s . 	 [ O h ,   J u n g   H u n ;   D e a s y ,   J o s e p h   O . ]   D e p t   M e d   P h y s ,   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 6 5   U S A ;   [ K e r n s ,   S a r a h ]   U n i v   R o c h e s t e r ,   M e d   C t r ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   R o c h e s t e r ,   N Y   1 4 6 2 0   U S A ;   [ O s t r e r ,   H a r r y ]   A l b e r t   E i n s t e i n   C o l l   M e d ,   D e p t   P a t h o l ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 4 6 1   U S A ;   [ P o w e l l ,   S i m o n   N . ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 6 5   U S A ;   [ R o s e n s t e i n ,   B a r r y ]   M t   S i n a i   S c h   M e d ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 9   U S A 	 O h ,   J H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D e p t   M e d   P h y s ,   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 6 5   U S A . 	 o h j @ m s k c c . o r g 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h / N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   G r a n t   [ P 3 0   C A 0 0 8 7 4 8 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h / N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   G r a n t   ( G r a n t   n u m b e r   P 3 0   C A 0 0 8 7 4 8 ) . 	 A b r a h a m   G ,   2 0 1 4 ,   P L O S   G E N E T ,   V 1 0 ;   A n d e r s s o n   K E ,   2 0 0 1 ,   P H A R M A C O L   R E V ,   V 5 3 ,   P 4 1 7 ;   A n d r e a s s e n   C .   N . ,   2 0 1 6 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ;   B a n k s   E ,   2 0 1 3 ,   P L O S   M E D ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p m e d . 1 0 0 1 3 7 2 ;   B a r n e t t   G C ,   2 0 1 5 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 7 ,   P 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 1 3 ;   B a r n e t t   G C ,   2 0 1 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 1 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 1 2 ;   B a r r e t t   K E ,   2 0 0 8 ,   A D V   P H Y S I O L   E D U C ,   V 3 2 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / a d v a n . 0 0 0 9 2 . 2 0 0 7 ;   B o t t a   V ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 3 3 7 9 ;   B u s a r i   O l u s e g u n   A d e s o l a ,   2 0 1 3 ,   N   A m   J   M e d   S c i ,   V 5 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 1 9 4 7 - 2 7 1 4 . 1 0 6 1 9 1 ;   C a p p e l l e r i   J C ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   I M P O T   R E S ,   V 1 7 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . i j i r . 3 9 0 1 3 2 7 ;   D o z i o   E ,   2 0 1 3 ,   J   B I O L   R E G   H O M E O S   A G ,   V 2 7 ,   P 7 4 9 ;   F r o i c u   M ,   2 0 0 3 ,   M O L   E N D O C R I N O L ,   V 1 7 ,   P 2 3 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / m e . 2 0 0 3 - 0 2 8 1 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 9 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   J a c k s o n   A ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 7 4 ;   J i n   L M ,   2 0 0 8 ,   E U R   J   P H A R M A C O L ,   V 5 9 0 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j p h a r . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 0 1 ;   K e r n s   S L ,   2 0 1 5 ,   S E M I N   R A D I A T   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m r a d o n c . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 0 6 ;   K e r n s   S L ,   2 0 1 4 ,   F U T U R E   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 2 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / f o n . 1 4 . 1 7 3 ;   K e r n s   S L ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 7 ,   P 3 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 1 ;   K e r n s   S L ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 5 ,   p E 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 3 ;   K o n g   F M ,   2 0 0 7 ,   S E M I N   R A D I A T   O N C O L ,   V 1 7 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m r a d o n c . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 0 7 ;   K o n g   J ,   2 0 0 8 ,   A M   J   P H Y S I O L - G A S T R   L ,   V 2 9 4 ,   p G 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / a j p g i . 0 0 3 9 8 . 2 0 0 7 ;   L i   J ,   2 0 1 0 ,   N A T   C O M M U N ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 0 3 3 ;   M a c e d o   C L ,   2 0 1 4 ,   M O L E C U L E S ,   V 1 9 ,   P 1 9 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 1 9 1 2 1 9 6 7 8 ;   M a e n n e r   M a t t h e w   J ,   2 0 0 9 ,   B M C   P r o c ,   V 3   S u p p l   7 ,   p S 8 8 ;   M a n o r   O ,   2 0 1 3 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 3 2 0 0 ;   M c C o l e   D F ,   2 0 0 5 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 2 9 ,   P 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 5 . 0 6 . 0 0 4 ;   M e l m a n   A ,   1 9 9 9 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 6 1 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 5 3 4 7 ( 0 1 ) 6 2 0 4 5 - 7 ;   N a k a n o   M ,   2 0 0 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 6 ,   P 1 2 8 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 0 6 3 9 7 1 0 6 ;   N e h r a   A ,   2 0 0 9 ,   M A Y O   C L I N   P R O C ,   V 8 4 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 5 - 6 1 9 6 ( 1 1 ) 6 0 8 2 2 - 7 ;   O h   J H ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 5 ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 2 1 ;   O h   J H ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 8 8 7 0 ;   O h   J H ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 4 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 1 2 2 6 q ;   P a u l   D ,   2 0 0 8 ,   A N N   S T A T ,   V 3 6 ,   P 1 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 0 9 0 5 3 6 0 7 0 0 0 0 0 0 5 7 8 ;   R a t t a y   T ,   2 0 1 4 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 6 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 1 ;   R i n g b o r g   U ,   2 0 0 3 ,   A C T A   O N C O L ,   V 4 2 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 8 4 1 8 6 0 3 1 0 0 1 0 8 2 6 ;   R o s e n s t e i n   B S ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 9 ,   P 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 9 ;   S a f a r i n e j a d   M o h a m m a d   R e z a ,   2 0 0 4 ,   U r o l   J ,   V 1 ,   P 1 3 3 ;   S h i n   S W ,   2 0 1 2 ,   D N A   C E L L   B I O L ,   V 3 1 ,   P 1 6 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / d n a . 2 0 1 2 . 1 6 8 8 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 6 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 3 3 2 ;   T a n g   X W ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 3 3 9 ;   N g u y e n   T T ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 6 - S 2 - S 5 ;   T r a v i s   L B ,   2 0 1 2 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 4 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j r 5 3 3 ;   V i s w a n a t h a n   A N ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 9 0 ;   W a n g   X ,   2 0 1 5 ,   M O L   M E D   R E P ,   V 1 2 ,   P 3 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / m m r . 2 0 1 5 . 3 7 9 0 ;   W e i   Z ,   2 0 1 3 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 2 ,   P 1 0 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 2 ;   W e n g   L J ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 9 9 ;   W h i t e   I D ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C L I N   P R A C T ,   V 6 9 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / i j c p . 1 2 5 1 2 ;   W i n g a r d   C ,   2 0 0 7 ,   J   S E X   M E D ,   V 4 ,   P 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 3 - 6 1 0 9 . 2 0 0 7 . 0 0 4 3 9 . x ;   Z h a n g   L W ,   2 0 0 8 ,   J   S E X   M E D ,   V 5 ,   P 2 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 3 - 6 1 0 9 . 2 0 0 8 . 0 0 9 7 7 . x ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 2 ,   G E N E T   E P I D E M I O L ,   V 3 6 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 2 0 6 6 1 	 5 0 	 0 	 0 	 3 	 3 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 F E B   2 4 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 3 3 8 1 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 3 3 8 1 	 	 1 0 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E M 3 S W 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 2 3 5 9 0 0 0 0 1 	 2 8 2 3 3 8 7 3 	 
 
 J 	 B a o ,   Y R ;   W a n g ,   S ;   Y a n g ,   X X ;   L i ,   T J ;   X i a ,   Y M ;   M e n g ,   X S 	 	 	 	 B a o ,   Y o n g r u i ;   W a n g ,   S h u a i ;   Y a n g ,   X i n x i n ;   L i ,   T i a n j i a o ;   X i a ,   Y u e m i n g ;   M e n g ,   X i a n s h e n g 	 	 	 M e t a b o l o m i c   s t u d y   o f   t h e   i n t e r v e n t i o n   e f f e c t s   o f   S h u i h o n g h u a z i   F o r m u l a ,   a   T r a d i t i o n a l   C h i n e s e   M e d i c i n a l   f o r m u l a e ,   o n   h e p a t o c e l l u l a r   c a r c i n o m a   ( H C C )   r a t s   u s i n g   p e r f o r m a n c e   H P L C / E S I - T O F - M S 	 J O U R N A L   O F   E T H N O P H A R M A C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S h u i h o n g h u a z i   F o r m u l a ;   H e p a t o c e l l u l a r   c a r c i n o m a ;   M e t a b o l o m i c s ;   H P L C - E S I - T O F - M S 	 D I E T A R Y - F O L A T E ;   C A N C E R ;   R I S K ;  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 1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 1 . 3 7 5 ;   C h e n   L . ,   2 0 0 0 ,   J   N A N J I N G   N O R M   U   N A T ,   V 2 3 ,   P 6 2 ;   D u t t a   T ,   2 0 1 2 ,   D I A B E T E S ,   V 6 1 ,   P 1 0 0 4 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d b 1 1 - 0 8 7 4 ;   F a l l b r o o k   A ,   1 9 9 9 ,   B R A I N   R E S ,   V 8 3 4 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 6 - 8 9 9 3 ( 9 9 ) 0 1 5 7 0 - X ;   F a r a z i   P A ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 9 3 4 ;   G o o d m a n   M T ,   2 0 0 1 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 0 ,   P 1 2 7 5 ;   H o l m e s   E ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 3 ,   P 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 6 8 8 2 ;   H o u   Y ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 4 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 2 0 2 6 2 3 g ;   H u n t   A N ,   2 0 0 4 ,   B I O C H E M   S O C   T ,   V 3 2 ,   P 1 0 6 0 ;   J e m a l   A ,   2 0 1 1 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 1 ,   P 2 0 1 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / C A A C . 2 0 1 0 7 ;   K i n r o s s   J M ,   2 0 1 1 ,   L A N C E T ,   V 3 7 7 ,   P 1 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 1 ) 6 0 1 7 1 - 2 ;   L a i r d   P W ,   1 9 9 6 ,   A N N U   R E V   G E N E T ,   V 3 0 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . g e n e t . 3 0 . 1 . 4 4 1 ;   L e e   M Y ,   2 0 0 8 ,   F O O D   C H E M   T O X I C O L ,   V 4 6 ,   P 1 9 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c t . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 3 3 ;   L i u   Y ,   2 0 1 0 ,   N U T R   M E T A B ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 3 - 7 0 7 5 - 7 - 8 4 ;   L u   J . W . ,   2 0 1 3 ,   A C T A   H I S T O C H E M ;   M a y n e   S T ,   2 0 0 1 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 0 ,   P 1 0 5 5 ;   M e n g   F . ,   2 0 1 0 ,   M O L   C A N C E R ,   V 9 ,   P 2 1 5 ;   M i c h a l   C . ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ;   N a t a l i e   J . S . ,   2 0 1 1 ,   A M   J   R E S P   C R I T   C A R E ,   V 1 8 4 ,   P 6 4 7 ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 0 3 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 2 ,   P 6 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 1 1 5 7 ;   S h r u b s o l e   M J ,   2 0 0 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 1 ,   P 7 1 3 6 ;   S u n   H . ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   B I O T E C H N O L ,   V 2 0 1 2 ;   T a n   G G ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 4 1 5 7 ;   T a n   Y X ,   2 0 1 2 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 1 . 0 1 0 6 9 4 ;   T e s s i t o r e   L ,   2 0 0 3 ,   O N C O L O G Y - B A S E L ,   V 6 5 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 0 7 2 3 4 1 ;   W a n g   J S ,   2 0 0 9 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 5 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 0 9 - 0 1 6 5 - 3 ;   W a n g   X J ,   2 0 1 1 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 5 5 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 4 2 ;   W u   T . ,   2 0 1 2 ,   E V I D - B A S E D   C O M P L   A L T ,   V 2 0 1 2 ;   Z e i s e l   S H ,   2 0 0 5 ,   J   N U T R ,   V 1 3 5 ,   P 1 6 1 3 ;   Z h a o   Z W ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 2 6 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 6 . 0 8 . 5 5 7 1 ;   Z h o u   X i a o - Y u ,   2 0 1 2 ,   Z h o n g   Y a o   C a i ,   V 3 5 ,   P 5 4 0 	 3 4 	 0 	 0 	 1 3 	 1 3 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 0 3 7 8 - 8 7 4 1 	 	 	 J   E T H N O P H A R M A C O L 	 J .   E t h n o p h a r m a c o l . 	 F E B   2 3 	 2 0 1 7 	 1 9 8 	 	 	 	 	 	 4 6 8 	 4 7 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 2 9 	 	 1 1 	 P l a n t   S c i e n c e s ;   C h e m i s t r y ,   M e d i c i n a l ;   I n t e g r a t i v e   &   C o m p l e m e n t a r y   M e d i c i n e ;   P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 P l a n t   S c i e n c e s ;   P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y ;   I n t e g r a t i v e   &   C o m p l e m e n t a r y   M e d i c i n e 	 E P 4 P T 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 3 6 3 1 0 0 0 5 0 	 2 8 1 0 8 3 8 1 	 
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 J 	 L e e ,   S ;   L i a n g ,   F M ;   C a i ,   L ;   X i a o ,   G H 	 	 	 	 L e e ,   S a n g i n ;   L i a n g ,   F a m i n g ;   C a i ,   L i n g ;   X i a o ,   G u a n g h u a 	 	 	 I n t e g r a t i v e   A n a l y s i s   o f   G e n e   N e t w o r k s   a n d   T h e i r   A p p l i c a t i o n   t o   L u n g   A d e n o c a r c i n o m a   S t u d i e s 	 C A N C E R   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 G a u s s i a n   g r a p h i c a l   m o d e l ;   g e n e   r e g u l a t o r y   n e t w o r k ;   i n t e g r a t i v e   a n a l y s i s ;   m u l t i p l e   h y p o t h e s i s   t e s t ;   p a r t i a l   c o r r e l a t i o n   c o e f f i c i e n t 	 I N V E R S E   C O V A R I A N C E   E S T I M A T I O N ;   G A U S S I A N   G R A P H I C A L   M O D E L ;   F A L S E   D I S C O V E R Y   R A T E S ;   C O N D I T I O N A L - I N D E P E N D E N C E ;   A D J U V A N T   C H E M O T H E R A P Y ;   V A R I A B L E  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 a u t h o r s h i p ,   a n d / o r   p u b l i c a t i o n   o f   t h i s   a r t i c l e :   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   g r a n t s   1 R 0 1 C A 1 7 2 2 1   a n d   1 R 0 1 G M 1 1 7 5 9 7 . 	 A l l e n   J D ,   2 0 1 2 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 3 ,   P 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b r 0 7 6 ;   A l l e n   J D ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 9 3 4 8 ;   B e n j a m i n i   Y ,   2 0 0 6 ,   B I O M E T R I K A ,   V 9 3 ,   P 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 9 3 . 3 . 4 9 1 ;   B h a t t a c h a r j e e   A ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 1 3 7 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 9 1 5 0 2 9 9 8 ;   B i l d   A H ,   2 0 0 6 ,   N A T U R E ,   V 4 3 9 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 4 2 9 6 ;   C a s t e l o   R ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 2 6 2 1 ;   D a n a h e r   P ,   2 0 1 4 ,   J   R   S T A T   S O C   B ,   V 7 6 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / r s s b . 1 2 0 3 3 ;   E f r o n   B ,   2 0 0 4 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 9 ,   P 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 4 0 0 0 0 0 0 0 8 9 ;   F a n   J Q ,   2 0 1 2 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 7 ,   P 1 0 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 2 . 7 2 0 4 7 8 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 0 8 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 9 ,   P 4 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x m 0 4 5 ;   G u o   J A ,   2 0 1 1 ,   B I O M E T R I K A ,   V 9 8 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / a s q 0 6 0 ;   H o e f l i n g   H ,   2 0 1 0 ,   J   C O M P U T   G R A P H   S T A T ,   V 1 9 ,   P 9 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / j c g s . 2 0 1 0 . 0 9 2 0 8 ;   H o u   J ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 0 3 1 2 ;   J e m a l   A ,   2 0 0 8 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 8 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / C A . 2 0 0 7 . 0 0 1 0 ;   K u n e r   R ,   2 0 0 9 ,   L U N G   C A N C E R ,   V 6 3 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 3 3 ;   L a r s e n   J E ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 9 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 6 - 2 5 2 5 ;   L e e   E S ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 7 3 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 4 9 3 7 ;   L i a n g   F M ,   2 0 1 5 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 1 0 ,   P 1 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 2 1 4 5 9 . 2 0 1 5 . 1 0 1 2 3 9 1 ;   L i a n g   F M ,   2 0 0 8 ,   B I O M E T R I K A ,   V 9 5 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / a s n 0 3 6 ;   M a g w e n e   P M ,   2 0 0 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 4 - 5 - 1 2 - r 1 0 0 ;   M a s s a g u e   J ,   2 0 0 8 ,   C E L L ,   V 1 3 4 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 0 1 ;   M a t s u y a m a   Y ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A R C I N O G E N ,   V 5 0 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m c . 2 0 6 3 2 ;   M e i n s h a u s e n   N ,   2 0 0 6 ,   A N N   S T A T ,   V 3 4 ,   P 1 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 0 9 0 5 3 6 0 6 0 0 0 0 0 0 2 8 1 ;   O w e n   A B ,   2 0 0 9 ,   A N N   S T A T ,   V 3 7 ,   P 3 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 9 - A O S 6 9 7 ;   P e n g   J ,   2 0 0 9 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 4 ,   P 7 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / j a s a . 2 0 0 9 . 0 1 2 6 ;   P r a s a d   T S K ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p D 7 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 8 9 2 ;   S h e d d e n   K ,   2 0 0 8 ,   N A T   M E D ,   V 1 4 ,   P 8 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 1 7 9 0 ;   S i m o n   N ,   2 0 1 3 ,   J   C O M P U T   G R A P H   S T A T ,   V 2 2 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 6 1 8 6 0 0 . 2 0 1 2 . 6 8 1 2 5 0 ;   S t o r e y   J D ,   2 0 0 4 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 6 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 4 . 0 0 4 3 9 . x ;   S t o r e y   J D ,   2 0 0 2 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 4 ,   P 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 0 0 3 4 6 ;   S t o u f f e r   S a m u e l   A . ,   1 9 4 9 ,   A M   S O L D I E R   A D J U S T M E N ,   V 1 ;   T a n g   H ,   2 0 1 3 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 9 ,   P 1 5 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 2 - 2 3 2 1 ;   T e t s u   O ,   2 0 1 5 ,   P H A R M A C O L   R E S ,   V 1 0 2 ,   P 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h r s . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 2 2 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   T o m i d a   S ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 2 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 8 . 1 9 . 7 0 5 3 ;   v a n   R o y   F ,   2 0 0 8 ,   C E L L   M O L   L I F E   S C I ,   V 6 5 ,   P 3 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 1 8 - 0 0 8 - 8 2 8 1 - 1 ;   W i l l e   A ,   2 0 0 6 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O L ,   V 5 ;   W r i g h t   C M ,   2 0 1 0 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 4 9 ,   P 6 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 0 7 7 9 ;   Y a o   H P ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 5 4 5 ;   Y u a n   M ,   2 0 0 7 ,   B I O M E T R I K A ,   V 9 4 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / a s m 0 1 8 ;   Z h o u   N F ,   2 0 1 0 ,   S T A T   I N T E R F A C E ,   V 3 ,   P 5 5 7 ;   Z h u   C Q ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 4 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 6 . 4 3 2 5 	 4 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S A G E   P U B L I C A T I O N S   L T D 	 L O N D O N 	 1   O L I V E R S   Y A R D ,   5 5   C I T Y   R O A D ,   L O N D O N   E C 1 Y   1 S P ,   E N G L A N D 	 1 1 7 6 - 9 3 5 1 	 	 	 C A N C E R   I N F O R M 	 C a n c e r   I n f o r m . 	 F E B   2 3 	 2 0 1 7 	 1 6 	 	 	 	 	 	 1 	 1 1 	 	 1 0 . 1 1 7 7 / 1 1 7 6 9 3 5 1 1 7 6 9 0 7 7 8 	 	 1 1 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E P 8 T C 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 6 4 6 7 0 0 0 0 1 	 	 
 
 J 	 P o n t e s ,   J G M ;   B r a s i l ,   A J M ;   C r u z ,   G C F ;   d e   S o u z a ,   R N ;   T a s i c ,   L 	 	 	 	 P o n t e s ,   J o a o   G u i l h e r m e   M . ;   B r a s i l ,   A n t o n i o   J a d s o n   M . ;   C r u z ,   G u i l h e r m e   C .   F . ;   d e   S o u z a ,   R a f a e l   N . ;   T a s i c ,   L j u b i c a 	 	 	 N M R - b a s e d   m e t a b o l o m i c s   s t r a t e g i e s :   p l a n t s ,   a n i m a l s   a n d   h u m a n s 	 A N A L Y T I C A L   M E T H O D S 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 	 M A G N E T I C - R E S O N A N C E - S P E C T R O S C O P Y ;   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   G L O B A L   B I O C H E M I C A L   A P P R O A C H ;   H U M A N   B L O O D - S E R U M ;   P U R E   S H I F T   N M R ;   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   B I P O L A R   D I S O R D E R ;   E N V I R O N M E N T A L   M E T A B O L O M I C S ;   S E C O N D A R Y   M E T A B O L I T E S ;   C O L O R E C T A L - C A N C E R 	 N u c l e a r   M a g n e t i c   R e s o n a n c e   ( N M R )   s p e c t r o s c o p y   i s   a   p o w e r f u l   a n a l y t i c a l   p l a t f o r m   e m p l o y e d   t o   a d d r e s s   a   d i v e r s i t y   o f   i s s u e s   o f   r e s e a r c h   s u c h   a s   i n   u n d e r s t a n d i n g   c h e m i c a l   r e a c t i o n   m e c h a n i s m s   a n d   c h e m i c a l   k i n e t i c s ,   a n d   c h a r a c t e r i z a t i o n   a n d   e l u c i d a t i o n   o f   s m a l l   a n d   m a c r o m o l e c u l e s ,   a m o n g   m a n y   o t h e r s .   I n   t h e   l a s t   f e w   d e c a d e s   a n d   w i t h   t h e   a d v a n c e m e n t   o f   b i o t e c h n o l o g y ,   N M R   h a s   b e e n   w i d e l y   e m p l o y e d   i n   m e t a b o l o m i c s   w h e r e   i t   h a s   g r e a t l y   c o n t r i b u t e d   t o   t h e   a g r i c u l t u r a l ,   v e t e r i n a r y ,   m e d i c i n a l   a n d   p h a r m a c o l o g i c a l   f i e l d s   i n   t h e   s e a r c h   f o r   b i o m a r k e r s   o f   d i s e a s e s .   T h i s   T u t o r i a l   R e v i e w   a d d r e s s e s   t h e   p r i n c i p a l   s t e p s   ( s a m p l e   p r e p a r a t i o n ,   a c q u i s i t i o n   a n d   p r o c e s s i n g   o f   s p e c t r a ,   d a t a   a n a l y s i s   a n d   b i o m a r k e r   d i s c o v e r y )   a n d   m e t h o d o l o g i e s   u s e d   i n   N M R - b a s e d   m e t a b o l o m i c s   a p p l i e d   f o r   p o i n t i n g   t o   k e y   m e t a b o l i t e s   o f   d i s e a s e s . 	 [ P o n t e s ,   J o a o   G u i l h e r m e   M . ;   B r a s i l ,   A n t o n i o   J a d s o n   M . ;   C r u z ,   G u i l h e r m e   C .   F . ;   d e   S o u z a ,   R a f a e l   N . ;   T a s i c ,   L j u b i c a ]   U n i v   E s t a d u a l   C a m p i n a s ,   I n s t   C h e m ,   D e p t   O r g a n   C h e m ,   B i o l   C h e m   L a b ,   P O B   6 1 5 4 ,   B R - 1 3 0 8 3 9 7 0   S a o   P a u l o ,   B r a z i l 	 T a s i c ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   E s t a d u a l   C a m p i n a s ,   I n s t   C h e m ,   D e p t   O r g a n   C h e m ,   B i o l   C h e m   L a b ,   P O B   6 1 5 4 ,   B R - 1 3 0 8 3 9 7 0   S a o   P a u l o ,   B r a z i l . 	 l j u b i c a @ i q m . u n i c a m p . b r 	 	 	 F u n d a c a o   d e   A m p a r o   a   P e s q u i s a   d o   E s t a d o   d e   S a o   P a u l o   ( F A P E S P ,   S a o   P a u l o ,   B r a z i l ) ;   C o n s e l h o   N a c i o n a l   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   C i e n t i f i c o   e   T e c n o l o g i c o   ( C N P q ,   B r a s i l i a ,   B r a z i l ) 	 W e   t h a n k   t h e   F u n d a c a o   d e   A m p a r o   a   P e s q u i s a   d o   E s t a d o   d e   S a o   P a u l o   ( F A P E S P ,   S a o   P a u l o ,   B r a z i l )   a n d   C o n s e l h o   N a c i o n a l   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   C i e n t i f i c o   e   T e c n o l o g i c o   ( C N P q ,   B r a s i l i a ,   B r a z i l )   f o r   f i n a n c i a l   s u p p o r t   a n d   f e l l o w s h i p s . 	 A c h a k z a i   A K K ,   2 0 0 9 ,   P A K   J   B O T ,   V 4 1 ,   P 2 1 2 9 ;   A d a m s   R W ,   2 0 1 4 ,   C H E M   C O M M U N ,   V 5 0 ,   P 2 5 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 c c 4 9 6 5 9 g ;   A d a m s   R W ,   2 0 1 3 ,   C H E M   C O M M U N ,   V 4 9 ,   P 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 c c 3 7 5 7 9 f ;   A i c h   P ,   2 0 0 9 ,   O M I C S ,   V 1 3 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / o m i . 2 0 0 9 . 0 0 1 2 ;   A k i y a m a   K e n j i ,   2 0 0 8 ,   I n   S i l i c o   B i o l o g y ,   V 8 ,   P 3 3 9 ;   A k s e n o v   A A ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 2 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 4 0 3 4 6 9 y ;   A l i   K ,   2 0 0 9 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 5 7 ,   P 9 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 9 0 2 0 6 9 f ;   A l l e n   P J ,   2 0 1 5 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 1 ,   P 1 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 4 - 0 7 6 7 - 2 ;   A l u m   M F ,   2 0 0 8 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 4 ,   P 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 0 8 - 0 1 0 3 - 9 ;   A r m i t a g e   E G ,   2 0 1 4 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 8 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 4 1 ;   A r m o u r   C ,   2 0 1 6 ,   C L I N   P S Y C H O L   R E V ,   V 4 4 ,   P 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c p r . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 3 ;   B a r b a   I ,   2 0 0 8 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 0 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 1 6 3 2 ;   B a r t   J ,   2 0 0 9 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 1 3 1 ,   P 5 0 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 9 0 0 3 8 9 x ;   B e c k o n e r t   O ,   2 0 0 7 ,   N A T   P R O T O C ,   V 2 ,   P 2 6 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 7 . 3 7 6 ;   B e r n i n i   P ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M O L   N M R ,   V 4 9 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 5 8 - 0 1 1 - 9 4 8 9 - 1 ;   B e r t i n i   I ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 1 5 4 3 ;   B h a r t i   S .   K . ,   2 0 1 4 ,   C U R R   M E T A B O L O M I C S ,   V 4 ,   P 1 6 3 ;   B i n g o l   K ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 4 0 3 5 2 0 j ;   B o u r g a u d   F ,   2 0 0 1 ,   P L A N T   S C I ,   V 1 6 1 ,   P 8 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 8 - 9 4 5 2 ( 0 1 ) 0 0 4 9 0 - 3 ;   B r e r e t o n   R G ,   2 0 1 4 ,   J   C H E M O M E T R ,   V 2 8 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c e m . 2 6 0 9 ;   C a i   H L ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 4 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 3 0 0 4 5 9 d ;   C a s t a n a r   L ,   2 0 1 5 ,   M A G N   R E S O N   C H E M ,   V 5 3 ,   P 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r c . 4 2 3 8 ;   C h a g a s - P a u l a   D A ,   2 0 1 5 ,   P L A N T A   M E D ,   V 8 1 ,   P 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 4 - 1 3 9 6 2 0 6 ;   C h a n   A .   W . ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 4 ,   P 5 9 ;   C h e n   J J ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 5 2 2 1 ;   C h e n   J J ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 5 8 5 5 ;   C h i u   C Y ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 4 9 3 0 ;   C h o i   Y H ,   2 0 0 6 ,   J   N A T   P R O D ,   V 6 9 ,   P 7 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n p 0 5 0 5 3 5 b ;   C l e n d i n e n   C S ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 9 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 2 3 4 6 h ;   C o m b s   G F ,   2 0 1 3 ,   A N N   N Y   A C A D   S C I ,   V 1 2 7 8 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / n y a s . 1 2 0 6 9 ;   C o n s o n n i   R ,   2 0 1 6 ,   M O L E C U L E S ,   V 2 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 2 1 0 3 0 2 8 6 ;   C O V E R   T M ,   1 9 6 7 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 1 3 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 1 9 6 7 . 1 0 5 3 9 6 4 ;   C r a i g   A ,   2 0 0 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 8 ,   P 2 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 5 1 9 3 1 2 ;   C u i   Q ,   2 0 0 8 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 6 ,   P 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 0 2 0 8 - 1 6 2 ;   C u p e r l o v i c - C u l f   M ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 5 3 6 4 2 ;   D a b o s   K o n s t a n t i n o s   J o h n ,   2 0 1 5 ,   W o r l d   J   H e p a t o l ,   V 7 ,   P 1 7 0 1 ,   D O I   1 0 . 4 2 5 4 / w j h . v 7 . i 1 2 . 1 7 0 1 ;   D A V I S   D G ,   1 9 8 5 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 1 0 7 ,   P 2 8 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 0 0 2 9 5 a 0 5 2 ;   D e   B u c k   J ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 1 8 7 2 ;   D e t t m e r   K ,   2 0 0 7 ,   M A S S   S P E C T R O M   R E V ,   V 2 6 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m a s . 2 0 1 0 8 ;   D o n a   A C ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 4 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 5 ;   D o n a   A C ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 9 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 2 5 0 3 9 ;   D r a i s m a   H H M ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   H U M   G E N E T ,   V 2 1 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j h g . 2 0 1 2 . 1 1 0 ;   D u a r t e   I F ,   2 0 1 4 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 9 3 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 2 5 ;   D u a r t e   N C ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 1 7 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 1 0 7 7 2 1 0 4 ;   D u n n   W B ,   2 0 1 1 ,   N A T   P R O T O C ,   V 6 ,   P 1 0 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 1 . 3 3 5 ;   D u n n   W B ,   2 0 0 5 ,   T R A C - T R E N D   A N A L   C H E M ,   V 2 4 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a c . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 2 1 ;   E d m a n d s   W M B ,   2 0 1 5 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 1 0 2 ,   P 9 0 5 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 4 . 1 0 1 8 8 1 ;   E m w a s   A H ,   2 0 1 5 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 1 ,   P 8 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 4 - 0 7 4 6 - 7 ;   E m w a s   A H M ,   2 0 1 3 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 9 ,   P 1 0 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 3 - 0 5 2 4 - y ;   E u c e d a   L R ,   2 0 1 5 ,   S C A N D   J   C L I N   L A B   I N V ,   V 7 5 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 0 3 6 5 5 1 3 . 2 0 1 4 . 1 0 0 3 5 9 3 ;   E v e r e t t   J R ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 2 ;   F a r s h i d f a r   F ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   M E D ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g m 3 4 1 ;   F a t h i   F a r i b a ,   2 0 1 3 ,   G a s t r o e n t e r o l   H e p a t o l   B e d   B e n c h ,   V 6 ,   p S 1 9 ;   F e r a u d   B ,   2 0 1 5 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 1 ,   P 1 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 5 - 0 8 3 0 - 7 ;   F e r r e r   I ,   2 0 0 8 ,   C E L L   T I S S U E   B A N K ,   V 9 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 6 1 - 0 0 8 - 9 0 7 7 - 0 ;   F i e h n   O ,   2 0 0 2 ,   P L A N T   M O L   B I O L ,   V 4 8 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 3 7 1 3 9 0 5 8 3 3 ;   F i s c h e r   K ,   2 0 1 4 ,   P L O S   M E D ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p m e d . 1 0 0 1 6 0 6 ;   F o r o o z a n d e h   M ,   2 0 1 4 ,   A N G E W   C H E M   I N T   E D I T ,   V 5 3 ,   P 6 9 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a n i e . 2 0 1 4 0 4 1 1 1 ;   F r e i t a s   D D ,   2 0 1 5 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 6 3 ,   P 7 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j a f c . 5 b 0 3 5 9 8 ;   F u k u h a r a   K ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   B I O C H E M   N U T R ,   V 5 2 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 3 1 6 4 / j c b n . 1 2 - 1 1 8 ;   F u k u s a k i   E ,   2 0 0 5 ,   J   B I O S C I   B I O E N G ,   V 1 0 0 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 6 3 / j b b . 1 0 0 . 3 4 7 ;   G A R B O W   J R ,   1 9 8 2 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 9 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 9 - 2 6 1 4 ( 8 2 ) 8 3 2 2 9 - 6 ;   G e a m a n u   A ,   2 0 1 6 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 5 - 0 9 3 2 - 2 ;   G e b r e g i w o r g i s   T ,   2 0 1 2 ,   C O M B   C H E M   H I G H   T   S C R ,   V 1 5 ,   P 5 9 5 ;   G e l a d i   P ,   2 0 0 3 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   B ,   V 5 8 ,   P 7 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 5 8 4 - 8 5 4 7 ( 0 3 ) 0 0 0 3 7 - 5 ;   G e o r g i e v   M I ,   2 0 1 5 ,   P L A N T   C E L L   T I S S   O R G ,   V 1 2 3 ,   P 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 4 0 - 0 1 5 - 0 8 4 0 - 1 ;   G i k a   H G ,   2 0 1 4 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 8 7 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 3 2 ;   G i l   R .   B . ,   2 0 1 6 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ;   G i s k e o d e g a r d   G F ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 3 ,   P 1 7 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 5 . 4 1 1 ;   G o w d a   G A N ,   2 0 1 5 ,   J   M A G N   R E S O N ,   V 2 6 0 ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m r . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 4 ;   G r i f f i n   J L ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A R D I O L ,   V 8 ,   P 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c a r d i o . 2 0 1 1 . 1 3 8 ;   G r o m s k i   P S ,   2 0 1 5 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 1 ,   P 6 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 4 - 0 7 3 8 - 7 ;   G r o m s k i   P S ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 8 7 9 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 1 2 ;   G u l e r i a   A ,   2 0 1 5 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 4 ,   P 3 3 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . 5 b 0 0 4 2 2 ;   H a l l   R D ,   2 0 0 8 ,   P H Y S I O L   P L A N T A R U M ,   V 1 3 2 ,   P 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 9 9 - 3 0 5 4 . 2 0 0 7 . 0 0 9 8 9 . x ;   H a l o u s k a   S ,   2 0 0 6 ,   J   M A G N   R E S O N ,   V 1 7 8 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m r . 2 0 0 5 . 0 8 . 0 1 6 ;   H o n g   Y S ,   2 0 1 2 ,   J   E X P   B O T ,   V 6 3 ,   P 5 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j x b / e r s 2 2 8 ;   H o u   L J ,   2 0 1 5 ,   I R A N   R E D   C R E S C E N T   M E ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 5 8 1 2 / i r c m j . 1 7 ( 4 ) 2 0 1 5 . 2 7 3 5 9 ;   H u a n g   X H ,   2 0 0 8 ,   D R U G   M E T A B O L I S M   I N   D R U G   D E S I G N   A N D   D E V E L O P M E N T :   B A S I C   C O N C E P T S   A N D   P R A C T I C E ,   P 3 6 9 ;   I d e l a n d   M ,   2 0 0 9 ,   J   M E D   E T H I C S ,   V 3 5 ,   P 2 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j m e . 2 0 0 8 . 0 2 6 9 8 9 ;   I z q u i e r d o - G a r c i a   J L ,   2 0 1 1 ,   P R O G   N U C L   M A G   R E S   S P ,   V 5 9 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p n m r s . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 1 ;   J o b a r d   E ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 4 3 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 1 1 ;   J o r g e   T F ,   2 0 1 6 ,   M A S S   S P E C T R O M   R E V ,   V 3 5 ,   P 6 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m a s . 2 1 4 4 9 ;   J U E   T ,   1 9 8 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 8 2 ,   P 5 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 8 2 . 1 6 . 5 2 4 6 ;   J u n g   J ,   2 0 1 3 ,   C L I N   E X P   A L L E R G Y ,   V 4 3 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c e a . 1 2 0 8 9 ;   K a d d u r a h - D a o u k   R ,   2 0 0 8 ,   A N N U   R E V   P H A R M A C O L ,   V 4 8 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . p h a r m t o x . 4 8 . 1 1 3 0 0 6 . 0 9 4 7 1 5 ;   K a d d u r a h - D a o u k   R ,   2 0 0 9 ,   N E U R O P S Y C H O P H A R M A C O L ,   V 3 4 ,   P 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p p . 2 0 0 8 . 1 7 4 ;   K a g e y a m a   G ,   2 0 1 5 ,   C L I N   E X P   I M M U N O L ,   V 1 8 2 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c e i . 1 2 6 8 3 ;   K a i l a v a s a n   M ,   2 0 1 4 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 7 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 3 1 0 1 ;   K i m   H K ,   2 0 1 0 ,   P H Y T O C H E M I S T R Y ,   V 7 1 ,   P 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y t o c h e m . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 1 ;   K i m   H K ,   2 0 1 0 ,   N A T   P R O T O C ,   V 5 ,   P 5 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 9 . 2 3 7 ;   K i m   W Y ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 0 1 9 2 ;   K i n d   T ,   2 0 0 9 ,   P L O S   O N E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 5 4 4 0 ;   K o h l   S M ,   2 0 1 2 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 8 ,   p S 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 1 - 0 3 5 0 - z ;   K o v a c s   H ,   2 0 0 5 ,   P R O G   N U C L   M A G   R E S   S P ,   V 4 6 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p n m r s . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 0 1 ;   K r o m k e   M ,   2 0 1 6 ,   T R A N S L   R E S ,   V 1 7 1 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r s l . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 3 ;   K r u g e r   N J ,   2 0 0 8 ,   N A T   P R O T O C ,   V 3 ,   P 1 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 8 . 6 4 ;   L a m i c h h a n e   S ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 5 9 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 5 b 0 0 9 7 7 ;   L a n k a d u r a i   B P ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   R E V ,   V 2 1 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 9 / e r - 2 0 1 3 - 0 0 1 1 ;   L a u r i   I ,   2 0 1 6 ,   M E T A B O L I T E S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m e t a b o 6 0 1 0 0 0 4 ;   L e e   S H ,   2 0 1 6 ,   N A N O T O X I C O L O G Y ,   V 1 0 ,   P 9 2 4 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 7 4 3 5 3 9 0 . 2 0 1 6 . 1 1 4 4 8 2 5 ;   L i   J ,   2 0 1 5 ,   P A N C R E A T O L O G Y ,   V 1 5 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a n . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 1 1 ;   L i   P ,   2 0 1 6 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 1 1 7 ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 2 9 ;   L i n   C Y ,   2 0 0 7 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 3 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 0 6 - 0 0 4 3 - 1 ;   L i u   H Y ,   2 0 1 5 ,   J   F U N C T   F O O D S ,   V 1 4 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f f . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 1 8 ;   L i u   X F ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 0 7 8 5 ;   L o p e s   T I B ,   2 0 1 5 ,   O M I C S ,   V 1 9 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / o m i . 2 0 1 5 . 0 0 0 9 ;   M a d r i d - G a m b i n   F ,   2 0 1 6 ,   F O O D   R E S   I N T ,   V 8 9 ,   P 1 0 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d r e s . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 3 8 ;   M a h m u d   I ,   2 0 1 5 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 6 3 ,   P 8 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j a f c . 5 b 0 2 1 0 8 ;   M a l h e i r o   R ,   2 0 1 3 ,   F O O D   R E S   I N T ,   V 5 4 ,   P 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d r e s . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 0 ;   E g e a   F C M ,   2 0 1 5 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 6 3 ,   P 1 0 7 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j a f c . 5 b 0 4 7 6 5 ;   M a u v e   C ,   2 0 1 6 ,   C H E M   C O M M U N ,   V 5 2 ,   P 6 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 6 c c 0 1 7 8 3 e ;   M a v e l   S ,   2 0 1 3 ,   T A L A N T A ,   V 1 1 4 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 6 4 ;   M c K n i g h t   T R ,   2 0 1 4 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 0 ,   P 2 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 m b 0 0 3 4 7 k ;   M E I B O O M   S ,   1 9 5 8 ,   R E V   S C I   I N S T R U M ,   V 2 9 ,   P 6 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 7 1 6 2 9 6 ;   M i s r a   D ,   2 0 0 9 ,   B   C H E M   S O C   E T H I O P I A ,   V 2 3 ,   P 2 1 1 ;   M o a z z a m i   A A ,   2 0 1 5 ,   F O O D   F U N C T ,   V 6 ,   P 1 0 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 f o 0 0 9 4 7 a ;   M o n l e o n   D ,   2 0 0 9 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 2 ,   P 3 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 1 3 4 5 ;   M u s t a f a   M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 1 8 5 9 ;   N a g a t o   E G ,   2 0 1 5 ,   M A G N   R E S O N   C H E M ,   V 5 3 ,   P 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r c . 4 2 3 6 ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 7 2 8 ;   N i s h i y a m a   Y ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 8 0 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 a n 0 1 8 1 0 b ;   O h m a n   A ,   2 0 1 5 ,   N E U R O S C I   L E T T ,   V 5 9 4 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u l e t . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 5 1 ;   O r c z y k - P a w i l o w i c z   M ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 5 2 7 4 0 ;   P a r s o n s   H M ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 2 3 4 ;   P a t e l   S ,   2 0 1 5 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 1 0 7 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 2 0 ;   P e a r s   M R ,   2 0 0 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 0 ,   P 4 2 5 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 5 0 7 3 8 0 2 0 0 ;   P e l a n t o v a   H ,   2 0 1 5 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 1 1 5 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 3 6 ;   P i c h e r s k y   E ,   2 0 0 0 ,   T R E N D S   P L A N T   S C I ,   V 5 ,   P 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 6 0 - 1 3 8 5 ( 0 0 ) 0 1 7 4 1 - 6 ;   L o p e z - G r e s a   M P ,   2 0 1 2 ,   J   P L A N T   P H Y S I O L ,   V 1 6 9 ,   P 1 5 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p l p h . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 2 1 ;   P i n t o   J ,   2 0 1 5 ,   A M   J   O B S T E T   G Y N E C O L ,   V 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j o g . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 3 2 ;   P i n t o   J ,   2 0 1 5 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 4 ,   P 2 6 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . 5 b 0 0 2 6 0 ;   P i n t o   J ,   2 0 1 5 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 4 ,   P 1 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 5 0 1 1 9 8 2 ;   P I O T T O   M ,   1 9 9 2 ,   J   B I O M O L   N M R ,   V 2 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 1 9 2 8 5 5 ;   P O H L   L ,   1 9 6 9 ,   A N G E W   C H E M   I N T   E D I T ,   V 8 ,   P 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a n i e . 1 9 6 9 0 3 8 1 1 ;   P o n t e s   J G M ,   2 0 1 6 ,   C H E M I S T R Y S E L E C T ,   V 1 ,   P 1 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s l c t . 2 0 1 6 0 0 0 6 4 ;   Q u a l l e y   A V ,   2 0 0 9 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 5 5 3 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 0 3 2 7 - 5 6 3 - 7 _ 1 7 ;   R o c h a   C M ,   2 0 1 5 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 6 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g u 2 2 6 ;   R o u s s e e u w   P J ,   2 0 0 6 ,   C R I T   R E V   A N A L   C H E M ,   V 3 6 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 4 0 8 3 4 0 6 0 0 9 6 9 4 0 3 ;   S a c c e n t i   E ,   2 0 1 4 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 0 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 3 - 0 5 9 8 - 6 ;   P i m e n t a   L P S ,   2 0 1 3 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 0 5 5 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 2 7 0 3 - 5 7 7 - 4 _ 9 ;   S a s   K M ,   2 0 1 5 ,   D I A B E T E S ,   V 6 4 ,   P 7 1 8 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d b 1 4 - 0 5 0 9 ;   S a u d e   E J ,   2 0 1 1 ,   J   A L L E R G Y   C L I N   I M M U N ,   V 1 2 7 ,   P 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a c i . 2 0 1 0 . 1 2 . 1 0 7 7 ;   S c a l b e r t   A ,   2 0 0 9 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 5 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 0 9 - 0 1 6 8 - 0 ;   S c h r i p s e m a   J ,   2 0 1 0 ,   P H Y T O C H E M   A N A L Y S I S ,   V 2 1 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p c a . 1 1 8 5 ;   S l i s z   A M ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 4 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 3 0 0 3 5 0 x ;   S l u p s k y   C M ,   2 0 0 9 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 8 ,   P 5 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 9 0 0 6 4 2 7 ;   S m o l i n s k a   A . ,   2 0 1 2 ,   C H E M O M E T R I C S   N M R   S P E ;   S m o l i n s k a   A ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 7 5 0 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 4 9 ;   S o b o l e v   A P ,   2 0 1 5 ,   M O L E C U L E S ,   V 2 0 ,   P 4 0 8 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 2 0 0 3 4 0 8 8 ;   S o i n i n e n   P ,   2 0 1 5 ,   C I R C - C A R D I O V A S C   G E N E ,   V 8 ,   P 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C G E N E T I C S . 1 1 4 . 0 0 0 2 1 6 ;   S o m a s h e k a r   B S ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 4 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 3 0 0 3 4 5 x ;   S o u l e   M C K ,   2 0 1 5 ,   M A R   C H E M ,   V 1 7 7 ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a r c h e m . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 2 9 ;   S t r i m b u   K ,   2 0 1 0 ,   C U R R   O P I N   H I V   A I D S ,   V 5 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / C O H . 0 b 0 1 3 e 3 2 8 3 3 e d 1 7 7 ;   S u m n e r   L W ,   2 0 1 5 ,   N A T   P R O D   R E P ,   V 3 2 ,   P 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 n p 0 0 0 7 2 b ;   S u n   H Z ,   2 0 1 5 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 4 ,   P 1 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 5 0 1 3 0 5 g ;   S u s s u l i n i   A ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 9 7 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 0 1 5 0 2 j ;   T a n g   H . ,   2 0 0 8 ,   H I G H   R E S O L U T I O N   N M R ,   P 1 6 2 3 ;   T e a h a n   O ,   2 0 0 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 8 ,   P 4 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 5 1 9 7 2 y ;   U l l a h   E . ,   2 0 1 5 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 5 ;   U l r i c h   E L ,   2 0 0 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   p D 4 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 9 5 7 ;   V e r g o u w   C G ,   2 0 0 8 ,   H U M   R E P R O D ,   V 2 3 ,   P 1 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h u m r e p / d e n 1 1 1 ;   V i a n t   M R ,   2 0 0 6 ,   A Q U A T   T O X I C O L ,   V 7 6 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a q u a t o x . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 0 7 ;   V i n t h e r   J .   M . ,   2 0 1 5 ,   N M R   B A S E D   M E T A B O L O M I ,   P 4 6 2 ;   W a n g   H P ,   2 0 1 3 ,   C H E M - B I O L   I N T E R A C T ,   V 2 0 3 ,   P 5 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b i . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 1 7 ;   W a n g   J B ,   2 0 1 4 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 3 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 5 0 0 4 6 2 f ;   W a n g   L ,   2 0 1 3 ,   M O L   C A N C E R ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 1 2 - 2 5 ;   W a n g   Y N ,   2 0 1 6 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 8 5 ,   P 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 4 3 ;   W A R D   J H ,   1 9 6 3 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 5 8 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 2 9 6 7 ;   W a t a n a b e   M ,   2 0 1 5 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 6 9 ,   P 3 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 4 . 0 7 . 1 5 5 ;   W a t a n a b e   M ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 5 6 3 1 8 ;   W e b b - R o b e r t s o n   B J M ,   2 0 0 5 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 3 9 ,   P 8 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 0 5 . 0 5 . 0 1 2 ;   W e s t   P R ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 2 4 4 5 ;   W i s h a r t   D S ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p D 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k l 9 2 3 ;   W O L D   S ,   1 9 8 7 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 2 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 9 - 7 4 3 9 ( 8 7 ) 8 0 0 8 4 - 9 ;   W o l d   S . ,   1 9 7 7 ,   S I M C A   M E T H O D   A N A L   C H ,   P 2 8 8 ;   W o l f e n d e r   J L ,   2 0 1 3 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 2 0 ,   P 1 0 5 6 ;   W O L L E N B E R G E R   A ,   1 9 6 0 ,   P F L U G   A R C H   G E S   P H Y S ,   V 2 7 0 ,   P 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 3 6 2 9 9 5 ;   W o n   E Y ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 5 9 9 8 ;   W o r l e y   B r a d l e y ,   2 0 1 3 ,   C u r r   M e t a b o l o m i c s ,   V 1 ,   P 9 2 ;   W u   J F ,   2 0 1 6 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 6 - 1 0 4 1 - 6 ;   W u   X Y ,   2 0 1 4 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 9 ,   P 1 7 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 0 2 1 0 0 a ;   X i   Y X ,   2 0 0 8 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 1 4 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 2 4 ;   X i a   J G ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 5 0 7 ;   X u   C . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / J 0 U R N A L . P G E N . 1 0 0 4 9 5 6 ;   Y a n g   J ,   2 0 1 3 ,   M O L   P S Y C H I A T R ,   V 1 8 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m p . 2 0 1 1 . 1 3 1 ;   Y a p   K . ,   2 0 1 0 ,   J   P R O   R E S ,   V 9 ,   P 2 9 9 6 ;   Y i n   P Y ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 4 8 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 5 - 8 5 6 5 - x ;   Y o s h i m i   N ,   2 0 1 6 ,   M O L   P S Y C H I A T R ,   V 2 1 ,   P 1 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m p . 2 0 1 5 . 2 1 7 ;   Y o s h i m i   N ,   2 0 1 6 ,   B B A   C L I N ,   V 5 ,   P 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a c l i . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 0 8 ;   Y u e   D ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 4 4 3 0 ;   Z a n g g e r   K ,   1 9 9 7 ,   J   M A G N   R E S O N ,   V 1 2 4 ,   P 4 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m r e . 1 9 9 6 . 1 0 6 3 ;   Z a n g g e r   K ,   2 0 1 5 ,   P R O G   N U C L   M A G   R E S   S P ,   V 8 6 - 8 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p n m r s . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 2 ;   Z a r a g o z a   P ,   2 0 1 4 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 9 ,   P 3 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 0 6 9 0 a ;   Z h a n g   J ,   2 0 1 2 ,   B B A - M O L   B A S I S   D I S ,   V 1 8 2 2 ,   P 1 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a d i s . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 1 ;   Z h a n g   S C ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 6 0 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 0 0 4 2 4 c ;   Z h a n g   X L ,   2 0 1 3 ,   B B A - M O L   B A S I S   D I S ,   V 1 8 3 2 ,   P 1 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a d i s . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 0 9 ;   Z h e n g   P ,   2 0 1 3 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 9 ,   P 8 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 3 - 0 5 0 8 - y ;   Z h e n g   P ,   2 0 1 3 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 2 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 2 . 0 2 1 8 1 6 	 1 9 9 	 1 	 1 	 1 6 	 1 6 	 R O Y A L   S O C   C H E M I S T R Y 	 C A M B R I D G E 	 T H O M A S   G R A H A M   H O U S E ,   S C I E N C E   P A R K ,   M I L T O N   R D ,   C A M B R I D G E   C B 4   0 W F ,   C A M B S ,   E N G L A N D 	 1 7 5 9 - 9 6 6 0 	 1 7 5 9 - 9 6 7 9 	 	 A N A L   M E T H O D S - U K 	 A n a l .   M e t h o d s 	 F E B   2 1 	 2 0 1 7 	 9 	 7 	 	 	 	 	 1 0 7 8 	 1 0 9 6 	 	 1 0 . 1 0 3 9 / c 6 a y 0 3 1 0 2 a 	 	 1 9 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y ;   S p e c t r o s c o p y 	 C h e m i s t r y ;   F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y ;   S p e c t r o s c o p y 	 E N 0 F D 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 6 8 4 8 0 0 0 0 2 	 	 
 
 J 	 Y a n g ,   L L ;   L i u ,   G R ;   Z h e n g ,   M H ;   J i n ,   R ;   Z h u ,   Q Q ;   Z h a o ,   Y Y ;   Z h a n g ,   X ;   X u ,   Y 	 	 	 	 Y a n g ,   L i l i ;   L i u ,   G u o r u i ;   Z h e n g ,   M i n g h u i ;   J i n ,   R o n g ;   Z h u ,   Q i n g q i n g ;   Z h a o ,   Y u y a n g ;   Z h a n g ,   X i a n ;   X u ,   Y a n g 	 	 	 A t m o s p h e r i c   o c c u r r e n c e   a n d   h e a l t h   r i s k s   o f   P C D D / F s ,   p o l y c h l o r i n a t e d   b i p h e n y l s ,   a n d   p o l y c h l o r i n a t e d   n a p h t h a l e n e s   b y   a i r   i n h a l a t i o n   i n   m e t a l l u r g i c a l   p l a n t s 	 S C I E N C E   O F   T H E   T O T A L   E N V I R O N M E N T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P e r s i s t e n t   o r g a n i c   p o l l u t a n t s ;   P o l y c h l o r i n a t e d   d i b e n z o - p - d i o x i n s   a n d   d i b e n z o f u r a n s   ( P C D D / F s ) ;   P o l y c h l o r i n a t e d   b i p h e n y l s   ( P C B s ) ;   P o l y c h l o r i n a t e d   n a p h t h a l e n e s   ( P C N s ) ;   M e t a l l u r g i c a l   s o u r c e s ;   I n h a l a t i o n   r i s k 	 D I B E N Z O - P - D I O X I N S ;   W A S T E   D I S M A N T L I N G   A R E A ;   R E L A T I V E   P O T E N C I E S ;   A M B I E N T   P C D D / F S ;   C H I N A ;   E M I S S I O N ;   E X P O S U R E ;   P C B S ;   M O R T A L I T Y ;   P R O F I L E S 	 M e t a l l u r g i c a l   p l a n t s   a r e   i m p o r t a n t   s o u r c e s   o f   p o l y c h l o r i n a t e d   d i b e n z o - p - d i o x i n s   a n d   d i b e n z o f u r a n s   ( P C D D / F s ) ,   p o l y c h l o r i n a t e d   b i p h e n y l s   ( P C B s )   a n d   p o l y c h l o r i n a t e d   n a p h t h a l e n e s   ( P C N s ) .   I t   i s   s i g n i f i c a n t   t o   e v a l u a t e   t h e   a i r   l e v e l s   a n d   h u m a n   r i s k s   o f   P C D D / F s ,   P C B s   a n d   P C N s   i n   m e t a l l u r g i c a l   p l a n t s   c o n s i d e r i n g   t h e i r   a d v e r s e   e f f e c t s   o n   h u m a n   h e a l t h   a n d   t h o u s a n d s   o f   m e t a l l u r g i c a l   p l a n t s   b e i n g   i n   o p e r a t i o n   i n   C h i n a .   T h e   e s t i m a t e d   i n h a l a t i o n   i n t a k e s   o f   P C D D / F s ,   P C B s ,   a n d   P C N s   t o g e t h e r   i n   e i g h t   i r o n   o r e   s i n t e r i n g   p l a n t s ,   t h r e e   s e c o n d a r y   c o p p e r   p l a n t s ,   f o u r   s e c o n d a r y   a l u m i n u m   p l a n t s ,   a n d   o n e   s e c o n d a r y   l e a d   p l a n t   w e r e   4 . 9 - 2 1 3 . 4 ,   2 1 . 4 - 4 0 2 6 . 4 ,   2 8 . 7 - 6 3 0 ,   a n d   1 1 . 7   f g   T E Q   k g ( - 1 )   d a y ( - 1 ) ,   r e s p e c t i v e l y ,   a n d   t h e   c o r r e s p o n d i n g   c a n c e r   r i s k s   w e r e   e s t i m a t e d   t o   b e   8 . 7   x   1 0 ( - 7 )   t o   3 . 8   x   1 0 ( - 5 ) ,   5 . 1   x   1 0 ( - 6 )   t o   1 . 1   x   1 0 ( - 4 ) ,   3 . 8   x   1 0 ( - 6 )   t o   7 . 1   x   1 0 ( - 4 ) ,   a n d   2 . 1   x   1 0 ( - 6 ) ,   r e s p e c t i v e l y .   T h e   e s t i m a t e d   c a n c e r   r i s k   w e r e   h i g h e r   t h a n   1 0 0   p e r   m i l l i o n   p e o p l e   f o r   t h r e e   s e c o n d a r y   a l u m i n u m   a n d   c o p p e r   s m e l t e r s   a m o n g   t h e   s i x t e e n   m e t a l l u r g i c a l   p l a n t s ,   i n d i c a t i n g   h i g h   c a n c e r   r i s k s .   S t a c k   g a s   s a m p l e s   f r o m   m e t a l l u r g i c a l   p l a n t s   w e r e   a l s o   c o l l e c t e d   a n d   a n a l y z e d   f o r   c o m p a r i n g   t h e i r   e m i s s i o n   p r o f i l e s   w i t h   t h a t   o f   a i r   s a m p l e s .   T h e   c o m p a r i s o n   o f   P C D D / F ,   P C B   a n d   P C N   p r o f i l e s   b e t w e e n  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 C h i n a ;   U n i v   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   B e i j i n g   1 0 0 0 4 9 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i u ,   G R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   R e s   C t r   E c o e n v i r o n m   S c i ,   S h u a n g q i n g   R d   1 8 ,   B e i j i n g   1 0 0 0 8 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 g r l i u @ r c e e s . a c . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 9 1 5 4 3 1 0 8 ] ;   C h i n e s e   N a t i o n a l   9 7 3   P r o g r a m   [ 2 0 1 5 C B 4 5 3 1 0 0 ] ;   S t r a t e g i c   P r i o r i t y   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   t h e   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   [ X D B 1 4 0 2 0 1 0 2 ] ;   Y o u t h   I n n o v a t i o n   P r o m o t i o n   A s s o c i a t i o n   o f   t h e   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   [ 2 0 1 6 0 3 8 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d  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 A L ,   2 0 0 0 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 4 ,   P 3 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 9 9 1 4 3 3 9 ;   B r e i v i k   K ,   2 0 0 7 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 3 7 7 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 2 6 ;   D a v i e s   H ,   2 0 1 6 ,   E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R ,   V 2 3 ,   P 2 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 6 - 0 1 5 - 4 8 2 8 - 5 ;   D o m i n g o   J L ,   2 0 0 2 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 2 8 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 0 - 4 1 2 0 ( 0 1 ) 0 0 1 2 9 - 5 ;   F e r n a n d e s   A ,   2 0 1 0 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 4 ,   P 3 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 9 0 3 5 0 2 g ;   F i e d l e r   H ,   1 9 9 6 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 3 2 ,   P 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 4 5 - 6 5 3 5 ( 9 6 ) 0 0 0 0 1 - X ;   G a u s   C ,   2 0 0 2 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 6 ,   P 3 5 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 2 5 6 7 4 j ;   G i o i a   R ,   2 0 1 1 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 5 ,   P 1 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 1 0 2 5 2 3 9 ;   H o   C C ,   2 0 1 6 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 3 1 7 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 5 9 ;   H u   J C ,   2 0 1 4 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 9 3 ,   P 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v p o l . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 7 ;   H u   J C ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 7 ,   P 7 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 4 0 1 6 4 7 5 ;   H u m b l e t   O ,   2 0 0 8 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 1 6 ,   P 1 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 9 / e h p . 1 1 5 7 9 ;   K a n n a n   K ,   2 0 0 1 ,   E N V I R O N   T O X I C O L   C H E M ,   V 2 0 ,   P 1 8 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 8 9 7 / 1 5 5 1 - 5 0 2 8 ( 2 0 0 1 ) 0 2 0 < 1 8 7 8 : P N B D P D > 2 . 0 . C O ; 2 ;   K a r a d e m i r   A ,   2 0 0 4 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 3 0 ,   P 1 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v i n t . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 0 8 ;   L e e   S J ,   2 0 0 7 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 6 8 ,   P 8 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 3 6 ;   L i   H R ,   2 0 0 8 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 7 0 ,   P 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 0 1 ;   L i   H R ,   2 0 0 7 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 1 ,   P 5 6 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 7 0 2 9 2 5 ;   L i   H R ,   2 0 1 1 ,   B   E N V I R O N   C O N T A M   T O X ,   V 8 7 ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 2 8 - 0 1 1 - 0 3 1 9 - 7 ;   L i   S M ,   2 0 1 5 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 1 2 6 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 1 4 ;   L i   S M ,   2 0 1 4 ,   E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R ,   V 2 1 ,   P 7 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 6 - 0 1 4 - 2 6 5 2 - y ;   L i   Y M ,   2 0 0 8 ,   C H I N E S E   S C I   B U L L ,   V 5 3 ,   P 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 3 4 - 0 0 8 - 0 1 2 5 - 8 ;   L i u   G R ,   2 0 1 5 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 1 3 3 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 7 3 ;   L i u   G R ,   2 0 1 5 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 1 1 8 ,   P 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 4 1 ;   [ RV^t  L i u   G u o r u i ] ,   2 0 1 3 ,   [ yf[b,   C h i n e s e   S c i e n c e   B u l l e t i n ] ,   V 5 8 ,   P 2 6 5 7 ;   L i u   G R ,   2 0 1 4 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 9 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 2 1 ;   L i u   G R ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 7 ,   P 8 0 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 4 0 2 6 0 2 k ;   L i u   G R ,   2 0 1 3 ,   T R A C - T R E N D   A N A L   C H E M ,   V 4 6 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a c . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 1 2 ;   L i u   G R ,   2 0 1 3 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 9 0 ,   P 2 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 8 ;   L i u   G R ,   2 0 1 2 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 8 9 ,   P 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 1 2 . 0 5 . 1 0 1 ;   L i u   G R ,   2 0 1 0 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 4 ,   P 8 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 1 0 2 4 7 4 w ;   L i u   G R ,   2 0 0 9 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 3 ,   P 9 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 9 0 2 4 2 9 m ;   M a r i   M ,   2 0 0 9 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 3 5 ,   P 1 0 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v i n t . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 4 ;   N o m a   Y ,   2 0 0 4 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 8 ,   P 1 6 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 3 5 1 0 1 m ;   N o u w e n   J ,   2 0 0 1 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 4 3 ,   P 9 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 5 - 6 5 3 5 ( 0 0 ) 0 0 5 0 4 - X ;   P a n d e l o v a   M ,   2 0 0 6 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 6 2 ,   P 1 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 6 8 ;   P a r k   H ,   2 0 1 0 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 5 8 ,   P 1 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v p o l . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 3 9 ;   R o c h a   D A M ,   2 0 1 6 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 5 7 2 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 6 . 0 7 . 1 7 9 ;   S a r a v i a   J ,   2 0 1 3 ,   J   B I O C H E M   M O L   T O X I C ,   V 2 7 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b t . 2 1 4 6 5 ;   S c h i f a n o   P ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 6 1 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v i n t . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 0 5 ;   S h i h   T S ,   2 0 0 8 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 3 4 ,   P 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v i n t . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 1 0 ;   S u n   J . ,   2 0 1 6 ,   A T M O S   P O L L U T   R E S ;   T i a n   Y J ,   2 0 1 5 ,   E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R ,   V 2 2 ,   P 1 3 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 6 - 0 1 5 - 4 5 5 2 - 1 ;   T r n o v e c   T ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 2 1 ,   P 8 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 9 / e h p . 1 2 0 5 7 3 9 ;   U S E P A ,   2 0 1 6 ,   R E G   S C R E E N   L E V   R S L S ;   V a n   d e n   B e r g   M ,   2 0 0 6 ,   T O X I C O L   S C I ,   V 9 3 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / t o x s c i / k f l 0 5 5 ;   V i l l e n e u v e   D L ,   2 0 0 0 ,   A R C H   E N V I R O N   C O N   T O X ,   V 3 9 ,   P 2 7 3 ;   W a n g   L H ,   2 0 1 3 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 4 3 ,   P 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 7 3 ;   W a r n e r   M ,   2 0 1 1 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 1 9 ,   P 1 7 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 9 / e h p . 1 1 0 3 7 2 0 ;   W a r n e r   M ,   2 0 1 1 ,   E P I D E M I O L O G Y ,   V 2 2 ,   p S 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . e d e . 0 0 0 0 3 9 1 9 8 0 . 9 5 3 1 6 . 9 4 ;   W e b e r   R ,   2 0 0 1 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 4 4 ,   P 1 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 5 - 6 5 3 5 ( 0 0 ) 0 0 5 0 8 - 7 ;   W H O   ( W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n ) ,   1 9 9 8 ,   A S S   H L T H   R I S K   D I O X   R ;   Y u   L P ,   2 0 0 6 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 0 ,   P 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 5 . 0 9 . 0 3 8 ;   Z h a o   G F ,   2 0 0 9 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 0 7 ,   P 4 8 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 3 1 	 5 6 	 0 	 0 	 9 	 9 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 0 4 8 - 9 6 9 7 	 1 8 7 9 - 1 0 2 6 	 	 S C I   T O T A L   E N V I R O N 	 S c i .   T o t a l   E n v i r o n . 	 F E B   1 5 	 2 0 1 7 	 5 8 0 	 	 	 	 	 	 1 1 4 6 	 1 1 5 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 6 . 1 2 . 0 7 1 	 	 9 	 E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s 	 E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   &   E c o l o g y 	 E M 5 L S 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 3 5 3 6 0 0 1 1 2 	 2 7 9 8 9 4 8 0 	 
 
 J 	 C i f k o v a ,   E ;   L i s a ,   M ;   H r s t k a ,   R ;   V r a n a ,   D ;   G a t e k ,   J ;   M e l i c h a r ,   B ;   H o l c a p e k ,   M 	 	 	 	 C i f k o v a ,   E v a ;   L i s a ,   M i r o s l a v ;   H r s t k a ,   R o m a n ;   V r a n a ,   D a v i d ;   G a t e k ,   J i r i ;   M e l i c h a r ,   B o h u s l a v ;   H o l c a p e k ,   M i c h a l 	 	 	 C o r r e l a t i o n   o f   l i p i d o m i c   c o m p o s i t i o n   o f   c e l l   l i n e s   a n d   t i s s u e s   o f   b r e a s t   c a n c e r   p a t i e n t s   u s i n g   h y d r o p h i l i c   i n t e r a c t i o n   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y / e l e c t r o s p r a y   i o n i z a t i o n   m a s s   s p e c t r o m e t r y   a n d   m u l t i v a r i a t e   d a t a   a n a l y s i s 	 R A P I D   C O M M U N I C A T I O N S   I N   M A S S   S P E C T R O M E T R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 T U M O R ;   C A R C I N O G E N E S I S ;  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 B o h u s l a v ]   P a l a c k y   U n i v ,   T e a c h i n g   H o s p ,   D e p t   O n c o l ,   I P   P a v l o v a   6 ,   O l o m o u c   7 7 5 2 0 ,   C z e c h   R e p u b l i c ;   [ G a t e k ,   J i r i ]   T o m a s   B a t a   U n i v   Z l i n ,   A t l a s   H o s p ,   D e p t   S u r g ,   N a m   T G   M a s a r y k a   5 5 5 5 ,   Z l i n   7 6 0 0 1 ,   C z e c h   R e p u b l i c 	 H o l c a p e k ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   P a r d u b i c e ,   F a c   C h e m   T e c h n o l ,   D e p t   A n a l y t   C h e m ,   S t u d e n t s k a   5 7 3 ,   P a r d u b i c e   5 3 2 1 0 ,   C z e c h   R e p u b l i c . 	 m i c h a l . h o l c a p e k @ u p c e . c z 	 	 	 E R C   C Z   g r a n t   -   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   Y o u t h   a n d   S p o r t s   o f   t h e   C z e c h   R e p u b l i c   [ L L 1 3 0 2 ] ;   M H   C Z   -   D R O   ( M M C I )   [ 0 0 2 0 9 8 0 5 ] ;     [ M E Y S   -   N P S   I   -   L O 1 4 1 3 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   E R C   C Z   g r a n t   p r o j e c t   L L 1 3 0 2   s p o n s o r e d   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   Y o u t h   a n d   S p o r t s   o f   t h e   C z e c h   R e p u b l i c .   R . H .   a c k n o w l e d g e s   t h e   s u p p o r t   o f   M E Y S   -   N P S   I   -   L O 1 4 1 3   a n d   M H   C Z   -   D R O   ( M M C I ,   0 0 2 0 9 8 0 5 )   p r o j e c t s .   T h e   h e l p   o f   B l a n k a   C e r v e n a   a n d   M a g d a l e n a   O v c a c i k o v a   ( U n i v e r s i t y   o f   P a r d u b i c e )   w i t h   t h e   s a m p l e   e x t r a c t i o n   i s   a c k n o w l e d g e d . 	 A z o r d e g a n   N ,   2 0 1 3 ,   M O L   C E L L   B I O C H E M ,   V 3 7 4 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 1 0 - 0 1 2 - 1 5 2 3 - 4 ;   B a r h   D ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   B I O M A R K E R S :   M I N I M A L   A N D   N O N I N V A S I V E   E A R L Y   D I A G N O S I S   A N D   P R O G N O S I S ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 1 / b 1 6 3 8 9 ;   B a u m a n n   J ,   2 0 1 3 ,   B B A - M O L   C E L L   B I O L   L ,   V 1 8 3 1 ,   P 1 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a l i p . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 1 1 ;   B e r g a n   J ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 5 9 0 4 ;   C i f k o v a   E ,   2 0 1 7 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 3 1 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 7 7 9 1 ;   C i f k o v a   E ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 9 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 4 - 8 2 7 2 - z ;   C i f k o v a   E ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 1 0 0 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 2 4 4 7 6 ;   C o r s e t t o   P A ,   2 0 1 1 ,   L I P I D S   H E A L T H   D I S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 5 1 1 X - 1 0 - 7 3 ;   E r i k s s o n   L . ,   2 0 1 3 ,   M U L T I   M E G A V A R I A T E   D A ;   F O L C H   J ,   1 9 5 7 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 2 6 ,   P 4 9 7 ;   H a m i l t o n   S . ,   1 9 9 2 ,   L I P I D   A N A L   P R A C T I C A L ;   H i l v o   M ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 1 ,   P 3 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 0 - 3 8 9 4 ;   K a n g   J X ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   M E T A S T   R E V ,   V 3 2 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 5 - 0 1 2 - 9 4 0 1 - 9 ;   K i m   H ,   2 0 0 9 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 9 3 ,   P 1 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 9 - 2 6 2 1 - 3 ;   L i e b i s c h   G ,   2 0 1 3 ,   J   L I P I D   R E S ,   V 5 4 ,   P 1 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 4 / j l r . M 0 3 3 5 0 6 ;   L i s a   M ,   2 0 1 1 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 2 1 8 ,   P 5 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 8 1 ;   L o u i e   S M ,   2 0 1 3 ,   B B A - M O L   C E L L   B I O L   L ,   V 1 8 3 1 ,   P 1 5 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a l i p . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 0 8 ;   D o r i a   M L ,   2 0 1 3 ,   J   C E L L   P H Y S I O L ,   V 2 2 8 ,   P 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c p . 2 4 1 5 2 ;   D o r i a   M L ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 3 3 ,   P 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 1 - 1 8 2 3 - 5 ;   L v   W W ,   2 0 1 2 ,   C L I N   B I O C H E M ,   V 4 5 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n b i o c h e m . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 1 ;   M e l i c h a r   B ,   2 0 1 4 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 3 4 ,   P 1 1 1 5 ;   M e l i c h a r   B ,   2 0 1 3 ,   C L I N   C H E M   L A B   M E D ,   V 5 1 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / c c l m - 2 0 1 2 - 0 4 9 6 ;   N a b a v i   S F ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   M E T A S T   R E V ,   V 3 4 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 5 - 0 1 5 - 9 5 7 2 - 2 ;   P e l e n g a r i s   S . ,   2 0 1 3 ,   M O L   B I O L   C A N C ;   P e n d e r - C u d l i p   M C ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 4 ,   P 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c a s . 1 2 1 2 9 ;   R y s m a n   E ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 0 ,   P 8 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 9 - 3 8 7 1 ;   S a n t o s   C R ,   2 0 1 2 ,   F E B S   J ,   V 2 7 9 ,   P 2 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 2 - 4 6 5 8 . 2 0 1 2 . 0 8 6 4 4 . x ;   S k i b i n s k i   C G ,   2 0 1 6 ,   C H E M - B I O L   I N T E R A C T ,   V 2 5 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b i . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 3 5 ;   W i t t e   T R ,   2 0 1 5 ,   L I P I D S ,   V 5 0 ,   P 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 4 5 - 0 1 5 - 4 0 1 1 - 2 ;   W y m a n n   M P ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 9 ,   P 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 2 3 3 5 ;   Y a n g   L ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 5 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 5 - 8 4 8 4 - x 	 3 1 	 1 	 1 	 5 	 5 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 9 5 1 - 4 1 9 8 	 1 0 9 7 - 0 2 3 1 	 	 R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P 	 R a p i d   C o m m u n .   M a s s   S p e c t r o m . 	 F E B   1 5 	 2 0 1 7 	 3 1 	 3 	 	 	 	 	 2 5 3 	 2 6 3 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 7 7 9 1 	 	 1 1 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   S p e c t r o s c o p y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ;   S p e c t r o s c o p y 	 E L 3 H U 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 5 1 1 0 0 0 0 0 3 	 2 7 8 6 2 4 8 1 	 
 
 J 	 M u s t o ,   P ;   C a l a r c o ,   A ;   P a n n i c o ,   M ;   L a   M a n n a ,   P ;   M a r g a r u c c i ,   S ;   T a f u r i ,   A ;   P e l u s o ,   G 	 	 	 	 M u s t o ,   P . ;   C a l a r c o ,   A . ;   P a n n i c o ,   M . ;   L a   M a n n a ,   P . ;   M a r g a r u c c i ,   S . ;   T a f u r i ,   A . ;   P e l u s o ,   G . 	 	 	 H y p e r s p e c t r a l   R a m a n   i m a g i n g   o f   h u m a n   p r o s t a t i c   c e l l s :   A n   a t t e m p t   t o   d i f f e r e n t i a t e   n o r m a l   a n d   m a l i g n a n t   c e l l   l i n e s   b y   u n i v a r i a t e   a n d   m u l t i v a r i a t e   d a t a   a n a l y s i s 	 S P E C T R O C H I M I C A   A C T A   P A R T   A - M O L E C U L A R   A N D   B I O M O L E C U L A R   S P E C T R O S C O P Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P r o s t a t e   c a n c e r ;   S i n g l e   c e l l   s p e c t r o s c o p y ;   R a m a n   s p e c t r o s c o p y ;   R a m a n  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 C o m p o s i t e s   &   B i o m a t ,   V i a   C a m p i   F l e g r e i   3 4 , O l i v e t t i   B l d g ,   I - 8 0 0 7 8   P o z z u o l i ,   N A ,   I t a l y . 	 p e l l e g r i n o . m u s t o @ i p c b . c n r . i t 	 	 	 P r o g e t t o   P O N   -   " R i c e r c a   e   C o m p e t i t i v i t a "   [ P O N 0 1 _ 0 1 8 0 2 ,   P O N 0 1 _ 0 2 5 1 2 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   P r o g e t t o   P O N   -   " R i c e r c a   e   C o m p e t i t i v i t a   2 0 0 7 - 2 0 1 3 "   -   P O N 0 1 _ 0 1 8 0 2 :   " S v i l u p p o   d i   m o l e c o l e   c a p a c i   d i   m o d u l a r e   v i e   m e t a b o l i c h e   i n t r a c e l l u l a r i   r e d o x s e n s i b i l i   p e r   l a   p r e v e n z i o n e   e   l a   c u r a   d i   p a t o l o g i e   i n f e t t i v e ,   t u m o r a l i ,   n e u r o d e g e n e r a t i v e   e   l o r o   d e l i v e r y   m e d i a n t e   p i a t t a f o r m e   n a n o   t e c n o l o g i c h e " ,   a n d   P O N 0 1 _ 0 2 5 1 2 :   " R i c e r c a   e   s v i l u p p o   d i   b i o r e g o l a t o r i   a t t i v i   s u i   m e c c a n i s m i   e p i g e n e t i c i   d e i   p r o c e s s i   i n f i a m m a t o r i   n e l l e   m a l a t t i e   c r o n i c h e   e   d e g e n e r a t i v e " . 	 A b r a m c z y k   H ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 2 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 1 8 7 5 c ;   A b r a m c z y k   H ,   2 0 1 3 ,   C H E M   R E V ,   V 1 1 3 ,   P 5 7 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c r 3 0 0 1 4 7 r ;   A b r a m c z y k   H ,   2 0 1 2 ,   P R O G   B I O P H Y S   M O L   B I O ,   V 1 0 8 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p b i o m o l b i o . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 4 ;   A l e s s i o   N ,   2 0 1 3 ,   C E L L   M O L   L I F E   S C I ,   V 7 0 ,   P 1 6 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 1 8 - 0 1 2 - 1 2 2 4 - x ;   A l l s b r o o k   W C ,   2 0 0 1 ,   H U M   P A T H O L ,   V 3 2 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / h u p a . 2 0 0 1 . 2 1 1 3 5 ;   B a k e r   M J ,   2 0 1 6 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 4 5 ,   P 1 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 6 c s 9 0 0 2 8 c ;   B o r c h m a n   D ,   1 9 9 9 ,   B I O S P E C T R O S C O P Y ,   V 5 ,   P 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 5 2 0 - 6 3 4 3 ( 1 9 9 9 ) 5 : 3 < 1 5 1 : : A I D - B S P Y 5 > 3 . 0 . C O ; 2 - D ;   C a i r n s   R A ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 9 8 1 ;   C h a n   J W ,   2 0 0 8 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 0 ,   P 2 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 7 0 2 2 3 4 8 ;   C h a n   J W ,   2 0 0 6 ,   B I O P H Y S   J ,   V 9 0 ,   P 6 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 5 . 0 6 6 7 6 1 ;   C o l l i n s   A T ,   2 0 0 6 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 2 ,   P 1 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 3 7 ;   C r o w   P ,   2 0 0 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 2 ,   P 2 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 2 6 3 8 ;   C r o w   P ,   2 0 0 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 9 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 1 0 5 9 ;   C u r r i e   E ,   2 0 1 3 ,   C E L L   M E T A B ,   V 1 8 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 1 7 ;   D e   G e l d e r   J ,   2 0 0 7 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 8 ,   P 1 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 1 7 3 4 ;   D u k o r   R .   K . ,   2 0 0 1 ,   H D B   V I B R A T I O N A L   S P E C ;   F o x   C B ,   2 0 0 7 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 1 1 ,   P 1 1 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 0 7 3 5 8 8 6 ;   G R I F F I T H S   P R ,   1 9 8 6 ,   T R A C - T R E N D   A N A L   C H E M ,   V 5 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 5 - 9 9 3 6 ( 8 6 ) 8 0 0 1 5 - 2 ;   H a r r i s   A T ,   2 0 0 9 ,   H E A D   N E C K   O N C O L ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 8 - 3 2 8 4 - 1 - 3 8 ;   H a r r i s   A T ,   2 0 0 9 ,   H E A D   N E C K   O N C O L ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 8 - 3 2 8 4 - 1 - 3 4 ;   H a r v e y   T J ,   2 0 0 9 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 4 ,   P 1 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 9 0 3 2 4 9 e ;   J e s s   P R T ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 1 ,   P 2 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 3 0 4 6 ;   K e n d a l l   C ,   2 0 0 9 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 4 ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 8 2 2 1 3 0 h ;   K r a f f t   C ,   2 0 0 5 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 6 1 ,   P 1 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 1 7 ;   K r a f f t   C ,   2 0 0 3 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 3 2 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 4 - 2 0 3 1 ( 0 3 ) 0 0 0 4 9 - 3 ;   K r a f f t   C ,   2 0 0 9 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 4 ,   P 1 0 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 8 2 2 3 5 4 h ;   K r i s h n a   C M ,   2 0 0 6 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 8 2 ,   P 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i p . 2 0 4 8 5 ;   L e   T T ,   2 0 0 9 ,   B M C   C A N C E R ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 9 - 4 2 ;   L i   H ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 1 8 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 5 8 7 8 ;   L i u   Y ,   2 0 0 6 ,   P R O S T A T E   C A N C E R   P   D ,   V 9 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . p c a n . 4 5 0 0 8 7 9 ;   M a   S ,   2 0 0 7 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 2 ,   P 2 5 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 2 5 ;   M c I n t o s h   L M . ,   2 0 0 1 ,   H D B   V I B R A T I O N A L   S P E C ;   M i d d l e t o n   D . ,   1 9 6 0 ,   I N T R O   S T A T   C O M M U N I C A ;   M i t r a   R ,   2 0 1 2 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 2 - 5 4 0 ;   M o v a s a g h i   Z ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 2 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 0 7 0 1 5 5 1 5 3 0 ;   N o l f e   G ,   1 9 9 0 ,   A c t a   N e u r o l   ( N a p o l i ) ,   V 1 2 ,   P 3 7 2 ;   O   F a o l a i n   E ,   2 0 0 5 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 3 8 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i b s p e c . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 1 3 ;   O r e n d o r f f   C J ,   2 0 0 2 ,   J   P H Y S   C H E M   A ,   V 1 0 6 ,   P 6 9 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 0 1 4 3 1 1 n ;   P f e i f f e r   M J ,   2 0 1 0 ,   E U R   U R O L ,   V 5 7 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 0 9 . 0 1 . 0 1 5 ;   P i l l i n g   M ,   2 0 1 6 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 4 5 ,   P 1 9 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 c s 0 0 8 4 6 h ;   R e y a   T ,   2 0 0 1 ,   N A T U R E ,   V 4 1 4 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 1 0 2 1 6 7 ;   R o s s i   S ,   2 0 0 3 ,   M O L   C A N C E R   R E S ,   V 1 ,   P 7 0 7 ;   S a g a r   J ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   C E L L   I N T ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 2 8 6 7 - 7 - 9 ;   S a n t o s   C R ,   2 0 1 2 ,   F E B S   J ,   V 2 7 9 ,   P 2 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 2 - 4 6 5 8 . 2 0 1 2 . 0 8 6 4 4 . x ;   S P I K E R   R C ,   1 9 7 5 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 3 8 8 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 5 - 2 7 6 0 ( 7 5 ) 9 0 0 9 5 - 8 ;   S u r m a c k i   J ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 2 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 1 8 7 6 a ;   T a l e b   A ,   2 0 0 6 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 1 0 ,   P 1 9 6 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 0 6 1 9 8 1 q ;   U c h i d a   N ,   2 0 0 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 7 ,   P 1 4 7 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 7 . 2 6 . 1 4 7 2 0 ;   Z h e n g   F ,   2 0 0 7 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 7 4 8 0 6 0 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   1 9 8 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S ,   V 8 4 ,   P 2 3 0 2 	 5 0 	 0 	 0 	 1 7 	 1 7 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 1 3 8 6 - 1 4 2 5 	 	 	 S P E C T R O C H I M   A C T A   A 	 S p e c t r o c .   A c t a   P t .   A - M o l e c .   B i o m o l e c .   S p e c t r . 	 F E B   1 5 	 2 0 1 7 	 1 7 3 	 	 	 	 	 	 4 7 6 	 4 8 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 3 4 	 	 1 3 	 S p e c t r o s c o p y 	 S p e c t r o s c o p y 	 E F 7 I I 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 5 0 2 9 0 0 0 6 6 	 2 7 7 1 8 4 5 1 	 
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 r e s e r v e d . 	 [ S a r k a r ,   A t a s i ;   C h a t t e r j e e ,   J y o t i r m o y ]   I n d i a n   I n s t   T e c h n o l ,   S c h   M e d   S c i   &   T e c h n o l ,   K h a r a g p u r   7 2 1 3 0 2 ,   W   B e n g a l ,   I n d i a ;   [ S e n g u p t a ,   S a n g h a m i t r a ]   U n i v   C a l c u t t a ,   D e p t   B i o c h e m ,   K o l k a t a   7 0 0 0 1 9 ,   W   B e n g a l ,   I n d i a ;   [ M u k h e r j e e ,   A n i r b a n ]   I n d i a n   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   E l e c t   E n g n ,   K h a r a g p u r   7 2 1 3 0 2 ,   W   B e n g a l ,   I n d i a 	 S a r k a r ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n d i a n   I n s t   T e c h n o l ,   S c h   M e d   S c i   &   T e c h n o l ,   K h a r a g p u r   7 2 1 3 0 2 ,   W   B e n g a l ,   I n d i a . 	 a t a s i 1 8 1 @ g m a i l . c o m 	 	 	 M H R D ,   G o v e r n m e n t   o f   I n d i a ,   N e w   D e l h i 	 T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   f i n a n c i a l   f u n d i n g   f r o m   M H R D ,   G o v e r n m e n t   o f   I n d i a ,   N e w   D e l h i .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   a l s o   l i k e   t o   t h a n k   C e n t r a l   F a c i l i t y   U n i t   o f   I I T   K h a r a g p u r   f o r   p r o v i d i n g   F T I R   s e t u p . 	 B a k e r   M J ,   2 0 1 4 ,   N A T   P R O T O C ,   V 9 ,   P 1 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 4 . 1 1 0 ;   B a n e r j e e   S ,   2 0 1 6 ,   R S C   A D V ,   V 6 ,   P 7 5 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 r a 2 4 1 1 7 k ;   B a n e r j e e   S ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 7 9 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 5 - 8 9 6 0 - 3 ;   B a r r o s o   E M ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 2 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 4 3 6 2 y ;   B a r t i s   D ,   2 0 1 4 ,   T H O R A X ,   V 6 9 ,   P 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / t h o r a x j n l - 2 0 1 3 - 2 0 4 6 0 8 ;   C o l a g a r   A H ,   2 0 1 1 ,   J   B I O S C I E N C E S ,   V 3 6 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 3 8 - 0 1 1 - 9 0 9 0 - 5 ;   D o n g   L ,   2 0 1 4 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 2 2 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 3 1 ;   D u k o r   R . K . ,   2 0 0 2 ,   B I O M E D I C A L   A P P L ,   V 5 ,   P 3 3 3 5 ;   F a b i a n   H ,   2 0 0 6 ,   B B A - B I O M E M B R A N E S ,   V 1 7 5 8 ,   P 8 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m e m . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 1 5 ;   F u j i o k a   N ,   2 0 0 4 ,   S P E C T R O S C - I N T   J ,   V 1 8 ,   P 5 9 ;   G h o r a i   S ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 1 ,   P 1 0 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 0 . 2 0 4 6 6 4 6 ;   H a y n e s   J ,   2 0 1 1 ,   M O L   B I O L   C E L L ,   V 2 2 ,   P 4 7 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 1 / m b c . E 1 1 - 0 2 - 0 1 1 9 ;   J i a n g   L ,   2 0 1 5 ,   O N C O G E N E ,   V 3 4 ,   P 3 9 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 4 . 3 2 1 ;   K a l l u r i   R ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 1 9 ,   P 1 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 3 9 1 0 4 ;   K e n i g   S ,   2 0 1 5 ,   B I O P H Y S   C H E M ,   V 2 0 7 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p c . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 5 ;   K l y m k o w s k y   M W ,   2 0 0 9 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 7 4 ,   P 1 5 8 8 ,   D O I   1 0 . 2 3 5 3 / a j p a t h . 2 0 0 9 . 0 8 0 5 4 5 ;   L a m o u i l l e   S ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 5 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 3 7 5 8 ;   L e e   S Y ,   2 0 0 9 ,   J   V E T   S C I ,   V 1 0 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 4 1 4 2 / j v s . 2 0 0 9 . 1 0 . 4 . 2 9 9 ;   M a r r o   M ,   2 0 1 4 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 8 4 3 ,   P 1 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 1 2 ;   M i l l e r   L M ,   2 0 1 0 ,   C U R R   O P I N   S T R U C   B I O L ,   V 2 0 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s b i . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 0 7 ;   M o f r a d   M . R . K . ,   2 0 0 6 ,   C Y T O S K E L E T A L   M E C H   M O ;   O l i v e r   K .   V . ,   2 0 1 5 ,   S P I E   B I O S ,   V 9 3 3 2 ;   P a n c o s k a   P ,   1 9 9 9 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 5 3 ,   P 6 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 9 9 1 9 4 7 3 0 6 ;   P a n n g o m   K ,   2 0 1 3 ,   C E L L   D E A T H   D I S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d i s . 2 0 1 3 . 1 6 8 ;   S a h u   R . ,   2 0 0 5 ,   F O U R I E R   T R A N S F O R M   I N ;   S a r k a r   A ,   2 0 1 6 ,   R S C   A D V ,   V 6 ,   P 7 7 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 6 r a 1 6 8 6 6 c ;   S h e n g   D P ,   2 0 1 5 ,   J   M O L   S T R U C T ,   V 1 0 9 9 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l s t r u c . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 5 4 ;   S h e n g   D P ,   2 0 1 3 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 1 6 ,   P 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 5 5 ;   S h e n g   D P ,   2 0 1 3 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 0 1 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 7 2 ;   T r e v i s a n   J . ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ;   T r e v i s a n   J ,   2 0 1 4 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 7 ,   P 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 3 0 0 1 9 0 ;   T r e v i s a n   J ,   2 0 1 2 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 7 ,   P 3 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 a n 1 6 3 0 0 d ;   W a n g   X ,   2 0 1 4 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 2 2 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 4 9 ;   X u   J ,   2 0 0 9 ,   C E L L   R E S ,   V 1 9 ,   P 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c r . 2 0 0 9 . 5 ;   Y a n g   K ,   2 0 1 4 ,   B M C   P U L M   M E D ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 6 6 - 1 4 - 5 3 ;   Z h a n g   L ,   2 0 0 3 ,   C H E M   J   C H I N E S E   U ,   V 2 4 ,   P 2 1 7 3 	 3 6 	 0 	 0 	 5 	 5 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 1 3 8 6 - 1 4 2 5 	 	 	 S P E C T R O C H I M   A C T A   A 	 S p e c t r o c .   A c t a   P t .   A - M o l e c .   B i o m o l e c .   S p e c t r . 	 F E B   1 5 	 2 0 1 7 	 1 7 3 	 	 	 	 	 	 8 0 9 	 8 1 6 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 1 9 	 	 8 	 S p e c t r o s c o p y 	 S p e c t r o s c o p y 	 E F 7 I I 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 5 0 2 9 0 0 1 0 6 	 2 7 8 1 0 7 7 2 	 
 
 J 	 L i u ,   X Z ;   L i ,   C J ;   Z h a n g ,   L ;   S h i ,   X ;   W u ,   S J 	 	 	 	 L i u ,   X i a o z h o u ;   L i ,   C h e n g j u n ;   Z h a n g ,   L e i ;   S h i ,   X i n ;   W u ,   S u j i a 	 	 	 P e r s o n a l i z e d   I d e n t i f i c a t i o n   o f   D i f f e r e n t i a l l y   E x p r e s s e d   M o d u l e s   i n   O s t e o s a r c o m a 	 M E D I C A L   S C I E N C E   M O N I T O R 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 G e n e   R e g u l a t o r y   N e t w o r k s ;   O s t e o s a r c o m a ;   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e s 	 G E N E   O N T O L O G Y ;   P R O B E   L E V E L ;   N E T W O R K S ;   C A N C E R ;   P R E D I C T I O N ;   P A T H W A Y S ;   B I O L O G Y 	 B a c k g r o u n d :   O s t e o s a r c o m a   ( O S ) ,   a n   a g g r e s s i v e   m a l i g n a n t   n e o p l a s m ,   i s   t h e   m o s t   c o m m o n   p r i m a r y   b o n e   c a n c e r   m a i n l y   i n  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 i n d i v i d u a l i z e d   m o d u l e   a b e r r a n c e   s c o r e   ( i M A S )   w a s   p e r f o r m e d   t o   d i s t i n g u i s h   d i f f e r e n c e s ,   m a k i n g   s p e c i a l   u s e   o f   a c c u m u l a t e d   n o r m a l   s a m p l e s   ( A N S ) .   W e   p e r f o r m e d   b i o l o g i c a l   p r o c e s s   o n t o l o g y   t o   c l a s s i f y   f u n c t i o n a l l y   m o d u l e s .   T h e n   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e   ( S V M )   w a s   u s e d   t o   t e s t   d i s t r i b u t i o n   r e s u l t s   o f   n o r m a l   a n d   O S   g r o u p   w i t h   s c r e e n e d   m o d u l e s .   R e s u l t s :   W e   i d e n t i f i e d   8 3   m o d u l e s   c o n t a i n i n g   2 0 8 4   g e n e s   f r o m   P P I   n e t w o r k   i n   w h i c h   6 1   m o d u l e s   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   d i f f e r e n t .   C l u s t e r   a n a l y s i s   o f   O S   u s i n g   t h e   i M A S  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 Z h a n g ,   L e i ;   S h i ,   X i n ;   W u ,   S u j i a ]   N a n j i n g   U n i v ,   D e p t   O r t h o p e d ,   J i n l i n g   H o s p ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 S h i ,   X ;   W u ,   S J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a n j i n g   U n i v ,   D e p t   O r t h o p e d ,   J i n l i n g   H o s p ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 s h i x i n m e d @ y e a h . n e t ;   w u s u j i a m e d @ y e a h . n e t 	 	 	 G e n e r a l   H o s p i t a l   o f   N a n j i n g   m i l i t a r y   r e g i o n   [ 2 0 1 5 0 0 3 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   f u n d e d   b y   G e n e r a l   H o s p i t a l   o f   N a n j i n g   m i l i t a r y   r e g i o n ,   p r o j e c t   n u m b e r   2 0 1 5 0 0 3 	 A h n   T ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   p I 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 4 4 9 ;   A s h b u r n e r   M ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 5 ,   P 2 5 ;   B a c c i   G ,   1 9 9 7 ,   C A N C E R ,   V 7 9 ,   P 2 4 5 ;   B a r r e t t   T ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p D 1 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 1 1 8 4 ;   B e n - H u r   A ,   2 0 0 8 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 1 7 3 ;   B i e l a c k   S ,   2 0 0 9 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 0 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d p 1 5 4 ;   B o t h   J ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 0 9 0 7 ;   C i s m o n d i   F ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   M E D   I N F O R M ,   V 8 2 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m e d i n f . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 1 7 ;   D i b o u n   I ,   2 0 0 6 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 7 - 2 5 2 ;   F r a n c e s c h i n i   A ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 8 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 0 9 4 ;   G a u t i e r   L ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t g 4 0 5 ;   H u a n g   D W ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 9 2 3 ;   I r i z a r r y   R A ,   2 0 0 3 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 4 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / 4 . 2 . 2 4 9 ;   K L I P P E R A U R B A C H   Y ,   1 9 9 5 ,   M E D   H Y P O T H E S E S ,   V 4 5 ,   P 4 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 6 - 9 8 7 7 ( 9 5 ) 9 0 2 2 8 - 7 ;   K r e s s e   S H ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 8 2 6 2 ;   K u i j j e r   M L ,   2 0 1 2 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 5 1 ,   P 6 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 1 9 5 6 ;   L i u   G M ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 1 8 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 1 1 ;   M a e r e   S ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 3 4 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 5 5 1 ;   M a r i n a   N ,   2 0 0 4 ,   O N C O L O G I S T ,   V 9 ,   P 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 9 - 4 - 4 2 2 ;   O t t a v i a n i   G ,   2 0 0 9 ,   C A N C   T R E A T ,   V 1 5 2 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 4 1 9 - 0 2 8 4 - 9 _ 1 ;   P a p a i o a n n o u   V E ,   2 0 1 3 ,   P H Y S I O L   M E A S ,   V 3 4 ,   P 1 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 9 6 7 - 3 3 3 4 / 3 4 / 1 1 / 1 4 4 9 ;   P a r k i n s o n   H ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p D 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k l 9 9 5 ;   R o s n e r   B ,   2 0 0 3 ,   B I O M E T R I C S ,   V 5 9 ,   P 1 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 0 0 0 6 - 3 4 1 X . 2 0 0 3 . 0 0 1 2 5 . x ;   S a s i k   R ,   2 0 0 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 8 ,   P 1 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 8 . 1 2 . 1 6 3 3 ;   S l a t t e r y   M L ,   2 0 1 5 ,   B M C   M E D ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 1 6 - 0 1 5 - 0 2 9 2 - 9 ;   S r i h a r i   S ,   2 0 1 3 ,   J   B I O I N F   C O M P U T   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 7 2 0 0 1 2 3 0 0 0 2 X ;   S r i h a r i   S ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 1 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 1 9 1 ;   V a p n i k   V N ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 0 ,   P 9 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 7 8 8 6 4 0 ;   Y i n g   M ,   2 0 1 3 ,   O N C O G E N E ,   V 3 2 ,   P 4 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 2 . 4 3 8 	 2 9 	 0 	 0 	 1 	 1 	 I N T   S C I E N T I F I C   L I T E R A T U R E ,   I N C 	 S M I T H T O W N 	 3 6 1   F O R E S T   L A N E ,   S M I T H T O W N ,   N Y   1 1 7 8 7   U S A 	 1 6 4 3 - 3 7 5 0 	 	 	 M E D   S C I   M O N I T O R 	 M e d .   S c i .   M o n i t o r 	 F E B   1 2 	 2 0 1 7 	 2 3 	 	 	 	 	 	 7 7 4 	 7 7 9 	 	 1 0 . 1 2 6 5 9 / M S M . 8 9 9 6 3 8 	 	 6 	 M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E K 4 G Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 8 8 6 4 0 0 0 0 1 	 2 8 1 9 0 0 2 1 	 
 
 J 	 Z u o ,   Y M ;   C u i ,   Y ;   Y u ,   G Q ;   L i ,   R J ;   R e s s o m ,   H W 	 	 	 	 Z u o ,   Y i m i n g ;   C u i ,   Y i ;   Y u ,   G u o q i a n g ;   L i ,   R u i j i a n g ;   R e s s o m ,   H a b t o m   W . 	 	 	 I n c o r p o r a t i n g   p r i o r   b i o l o g i c a l   k n o w l e d g e   f o r   n e t w o r k - b a s e d   d i f f e r e n t i a l   g e n e   e x p r e s s i o n   a n a l y s i s   u s i n g   d i f f e r e n t i a l l y   w e i g h t e d   g r a p h i c a l   L A S S O 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P r i o r   b i o l o g i c a l   k n o w l e d g e ;   G a u s s i a n   g r a p h i c a l   m o d e l ;   W e i g h t e d   g r a p h i c a l   L A S S O ;   N e t w o r k - b a s e d   d i f f e r e n t i a l   g e n e   e x p r e s s i o n   a n a l y s i s 	 B R E A S T - C A N C E R ;   G E N O M I C   D A T A ;   I N F E R E N C E ;   C E L L S ;   M O D E L ;   P A T H W A Y 	 B a c k g r o u n d :   C o n v e n t i o n a l   d i f f e r e n t i a l   g e n e   e x p r e s s i o n   a n a l y s i s   b y   m e t h o d s   s u c h   a s   s t u d e n t ' s   t - t e s t ,   S A M ,   a n d   E m p i r i c a l   B a y e s   o f t e n   s e a r c h e s   f o r   s t a t i s t i c a l l y   s i g n i f i c a n t   g e n e s   w i t h o u t   c o n s i d e r i n g   t h e   i n t e r a c t i o n s   a m o n g   t h e m .   N e t w o r k - b a s e d   a p p r o a c h e s   p r o v i d e   a   n a t u r a l   w a y   t o   s t u d y   t h e s e   i n t e r a c t i o n s   a n d   t o   i n v e s t i g a t e   t h e   r e w i r i n g   i n t e r a c t i o n s   i n   d i s e a s e   v e r s u s   c o n t r o l   g r o u p s .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   a p p l y   w e i g h t e d   g r a p h i c a l   L A S S O   ( w g L A S S O )   a l g o r i t h m   t o   i n t e g r a t e   a   d a t a - d r i v e n   n e t w o r k   m o d e l  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 D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 0 - 1 8 ;   B u t t e   A J ,   1 9 9 9 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   P 7 1 1 ;   B u t t e   A J ,   2 0 0 0 ,   P A C I F I C   S   B I O C O M P U T I ,   V 5 ,   P 4 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / 9 7 8 9 8 1 4 4 4 7 3 3 1 _ ;   C h e n   X ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 0 8 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 1 1 9 ;   C h o u v a r d a s   P ,   2 0 1 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 6 - 1 0 4 0 - 7 ;   C h u a n g   H Y ,   2 0 0 7 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b 4 1 0 0 1 8 0 ;   D E M P S T E R   A P ,   1 9 7 2 ,   B I O M E T R I C S ,   V 2 8 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 5 2 8 9 6 6 ;   D o b r a   A ,   2 0 0 4 ,   J   M U L T I V A R I A T E   A N A L ,   V 9 0 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m v a . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 0 9 ;   E d w a r d s   D ,   2 0 1 2 ,   I N T R O   G R A P H I C A L   M O D E ;   E f r o n   B ,   2 0 0 1 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 6 ,   P 1 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 1 7 5 3 3 8 2 1 2 9 ;   E i n - D o r   L ,   2 0 0 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 3 ,   P 5 9 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 0 1 2 3 1 1 0 3 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 0 8 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 9 ,   P 4 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x m 0 4 5 ;   F r i e d m a n   N ,   2 0 0 0 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 7 ,   P 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / 1 0 6 6 5 2 7 0 0 7 5 0 0 5 0 9 6 1 ;   G e n t l e s   A J ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E D ,   V 2 1 ,   P 9 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 9 0 9 ;   H a   M J ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 3 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 4 0 6 ;   H u a n g   E ,   2 0 0 3 ,   L A N C E T ,   V 3 6 1 ,   P 1 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 3 ) 1 3 3 0 8 - 9 ;   I b n - S a l e m   J ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 4 - 0 4 2 3 - 1 ;   K a m b u r o v   A ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p D 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 6 9 8 ;   K a n e h i s a   M ,   2 0 0 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 8 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 8 . 1 . 2 7 ;   K i s h i n o   H ,   2 0 0 0 ,   G e n o m e   I n f o r m   S e r   W o r k s h o p   G e n o m e   I n f o r m ,   V 1 1 ,   P 8 3 ;   L i   Y P ,   2 0 1 5 ,   G 3 - G E N E S   G E N O M   G E N E T ,   V 5 ,   P 1 0 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 4 / g 3 . 1 1 5 . 0 1 8 1 2 7 ;   L i u   H ,   2 0 0 7 ,   P L O S   G E N E T ,   V 3 ,   P 9 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 0 0 3 0 0 9 1 ;   M a h a r z i   N ,   2 0 1 3 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 9 0 ,   P 6 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 9 / j i m m u n o l . 1 3 0 0 4 0 0 ;   M a r c h i o n n i   L ,   2 0 1 3 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 4 - 3 3 6 ;   M a z u m d e r   R ,   2 0 1 2 ,   E L E C T R O N   J   S T A T ,   V 6 ,   P 2 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 2 - E J S 7 4 0 ;   M e i n s h a u s e n   N ,   2 0 0 6 ,   A N N   S T A T ,   V 3 4 ,   P 1 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 0 9 0 5 3 6 0 6 0 0 0 0 0 0 2 8 1 ;   M e i n s h a u s e n   N ,   2 0 1 0 ,   J   R   S T A T   S O C   B ,   V 7 2 ,   P 4 1 7 ;   N e w t o n   M A ,   2 0 0 1 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 8 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / 1 0 6 6 5 2 7 0 1 3 0 0 0 9 9 0 7 4 ;   P e n c i n a   M J ,   2 0 0 4 ,   S T A T   M E D ,   V 2 3 ,   P 2 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 1 8 0 2 ;   S c h a f e r   J ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 0 6 2 ;   S n e l   B ,   2 0 0 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 8 ,   P 3 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 8 . 1 8 . 3 4 4 2 ;   S t a r k   C ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   p D 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k j 1 0 9 ;   T i a n   Y ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 6 3 2 ;   T i a n   Y ,   2 0 1 4 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 1 8 - 0 1 4 - 0 0 8 7 - 1 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   T o h   H ,   2 0 0 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 8 ,   P 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 8 . 2 . 2 8 7 ;   T u s h e r   V G ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 5 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 0 6 2 4 9 8 ;   v a n   d e   V i j v e r   M J ,   2 0 0 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 7 ,   P 1 9 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 2 1 9 6 7 ;   W a n g   Z X ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 4 4 3 ;   W e i   P ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 4 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 6 1 2 ;   W e i   Z ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 1 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 1 2 9 ;   Z h a n g   B ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 5 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 6 6 0 ;   Z h a o   T ,   2 0 1 2 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 3 ,   P 1 0 5 9 ;   Z h u   J C ,   2 0 0 9 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 6 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h 0 4 0 9 - 2 3 9 ;   Z u o   Y ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F   B I O M   B I B M   2 0 0 ,   P 2 1 4 ;   Z u o   Y M ,   2 0 1 5 ,   I E E E   I N T   C   B I O I N F O R M ,   P 1 5 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B I B M . 2 0 1 5 . 7 3 5 9 9 0 5 ;   Z u o   Y M ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D S ,   V 6 9 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 0 	 5 0 	 0 	 0 	 4 	 4 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 0 5 	 	 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 B M C   B i o i n f o r m a t i c s 	 F E B   1 0 	 2 0 1 7 	 1 8 	 	 	 	 	 	 	 	 9 9 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 7 - 1 5 1 5 - 1 	 	 1 4 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E P 6 K Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 4 8 9 7 0 0 0 0 5 	 2 8 1 8 7 7 0 8 	 
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 S o u r a s k i   M e d   C t r ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   T e l   A v i v ,   I s r a e l ;   [ K a r i v ,   R e v i t a l ]   T e l   A v i v   U n i v ,   F a c   M e d ,   T e l   A v i v ,   I s r a e l ;   [ S h a l e v ,   V a r d a ]   M a c c a b i   H e a l t h c a r e   S e r v ,   I n s t   H l t h   R e s   &   I n n o v a t ,   T e l   A v i v ,   I s r a e l ;   [ N a r o d ,   S t e v e n   A . ]   U n i v   T o r o n t o ,   D a l l a   L a n a   S c h   P u b l   H l t h ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a ;   [ N a r o d ,   S t e v e n   A . ]   W o m e n s   C o l l ,   R e s   I n s t ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a 	 G o s h e n ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M e d i a l   E a r l y S i g n ,   K f a r   M a l a l ,   I s r a e l . 	 r a n @ e a r l y s i g n . c o m 	 	 	 M e d i a l   R e s e a r c h 	 T h e   s t u d y   w a s   f u n d e d   b y   M e d i a l   R e s e a r c h .   T h e f u n d e r   ( M e d i a l )   p r o v i d e d   s u p p o r t   i n   t h e   f o r m   o f   s a l a r i e s   f o r   a u t h o r s   R G ,   Y K ,   B L ,   P A   a n d   E C ,   b u t   d i d   n o t   h a v e   a n y   a d d i t i o n a l   r o l e   i n   t h e   s t u d y   d e s i g n ,   d a t a   c o l l e c t i o n   a n d   a n a l y s i s ,   d e c i s i o n   t o   p u b l i s h ,   o r   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p . 	 B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   E d w a r d s   B K ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R ,   V 1 1 6 ,   P 5 4 4 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 4 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / C N C R . 2 4 7 6 0 ] ;   F r i e d m a n   J H ,   2 0 0 1 ,   A N N   S T A T ,   V 2 9 ,   P 1 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o s / 1 0 1 3 2 0 3 4 5 1 ;   G u i l l e m - L l o b a t   P ,   2 0 1 4 ,   S E M I N   O N C O L ,   V 4 1 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . s e m i n o n c o l . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 0 8 ;   K e r s h e n b a u m   A ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 9 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 2 0 ;   K i n a r   Y ,   2 0 1 6 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 3 ,   P 8 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j a m i a / o c v 1 9 5 ;   R O C K E Y   D C ,   1 9 9 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 2 9 ,   P 1 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M 1 9 9 3 1 2 0 2 3 2 9 2 3 0 3 ;   R o s s i   P G ,   2 0 1 5 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 1 1 0 ,   P 1 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a j g . 2 0 1 5 . 2 4 0 ;   S e r e t i s   C ,   2 0 1 5 ,   P L A T E L E T S ,   V 2 6 ,   P 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 9 5 3 7 1 0 4 . 2 0 1 4 . 8 9 4 9 6 9 	 9 	 0 	 0 	 4 	 4 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N  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 C h i n a   [ 8 1 5 7 2 3 2 6 ,   8 1 3 2 2 0 3 6 ,   3 0 9 7 1 3 3 0 ,   3 1 3 7 1 4 2 0 ,   8 1 3 2 0 1 0 8 0 2 4 ,   8 1 0 0 0 8 6 1 ,   8 1 4 2 1 0 0 1 ,   8 1 2 7 2 3 8 3 ] ;   T o p - N o t c h   Y o u n g   T a l e n t s   P r o g r a m   o f   C h i n a   [ Z T Z 2 0 1 5 - 4 8 ] ;   S h a n g h a i   " O r i e n t a l   S c h o l a r s "   p r o j e c t   [ 2 0 1 3 X J ] ;   S h a n g h a i   M u n i c i p a l   E d u c a t i o n   C o m m i s s i o n - G a o   f e n g   C l i n i c a l   M e d i c i n e   [ 2 0 1 5 2 5 1 4 ] ;   N a t i o n a l   K e y   T e c h n o l o g y   S u p p o r t   P r o g r a m   [ 2 0 1 5 B A I 1 3 B 0 7 ] 	 T h i s   p r o j e c t   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   f r o m   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 8 1 5 7 2 3 2 6 ,   8 1 3 2 2 0 3 6 ,   3 0 9 7 1 3 3 0 ,   3 1 3 7 1 4 2 0 ,   8 1 3 2 0 1 0 8 0 2 4 ,   8 1 0 0 0 8 6 1 ,   8 1 4 2 1 0 0 1   a n d   8 1 2 7 2 3 8 3 ) ;   T o p - N o t c h   Y o u n g   T a l e n t s   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( Z T Z 2 0 1 5 - 4 8 ) ,   S h a n g h a i   " O r i e n t a l   S c h o l a r s "   p r o j e c t   ( 2 0 1 3 X J ) ,   S h a n g h a i   M u n i c i p a l   E d u c a t i o n   C o m m i s s i o n - G a o   f e n g   C l i n i c a l   M e d i c i n e   G r a n t   S u p p o r t   ( 2 0 1 5 2 5 1 4 ) ,   a n d   N a t i o n a l   K e y   T e c h n o l o g y   S u p p o r t   P r o g r a m   ( 2 0 1 5 B A I 1 3 B 0 7 ) . 	 A h n   J ,   2 0 1 3 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 5 ,   P 1 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j t 3 0 0 ;   A r t h u r   J C ,   2 0 1 2 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 8 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 2 4 8 2 0 ;   A z e   J ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 0 9 1 2 ;   B r e n n e r   H ,   2 0 1 4 ,   L A N C E T ,   V 3 8 3 ,   P 1 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 3 ) 6 1 6 4 9 - 9 ;   C e n t e r   M M ,   2 0 0 9 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 9 ,   P 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 0 3 8 ;   C h e n   H M ,   2 0 1 3 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 7 ,   P 1 0 4 4 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 2 . 0 4 6 6 0 7 ;   D i   P i e r r o   F r a n c e s c o ,   2 0 1 5 ,   C l i n   C o s m e t   I n v e s t i g   D e n t ,   V 7 ,   P 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / C C I D E . S 9 3 0 6 6 ;   D i   P i e r r o   F r a n c e s c o ,   2 0 1 5 ,   I n t   J   G e n   M e d ,   V 8 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / I J G M . S 9 2 4 8 8 ;   D i   P i e r r o   F r a n c e s c o ,   2 0 1 4 ,   D r u g   H e a l t h c   P a t i e n t   S a f ,   V 6 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / D H P S . S 5 9 6 6 5 ;   D i   P i e r r o   F ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   O P I N   B I O L   T H ,   V 1 3 ,   P 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 4 7 1 2 5 9 8 . 2 0 1 3 . 7 5 8 7 1 1 ;   D i c k i n s o n   B T ,   2 0 1 5 ,   G U T ,   V 6 4 ,   P 1 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t j n l - 2 0 1 4 - 3 0 8 0 7 5 ;   F a i v r e   J ,   2 0 0 4 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 2 6 ,   P 1 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 1 8 ;   F e n g   Q ,   2 0 1 5 ,   N A T   C O M M U N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 7 5 2 8 ;   G e v a e r t   O ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   p E 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 2 3 0 ;   G h o r b a n i   M ,   2 0 1 3 ,   J   N U C L   A C I D S ,   V 2 0 1 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 6 8 9 7 9 8 ;   G o o d w i n   A C ,   2 0 1 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 8 ,   P 1 5 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 1 0 2 0 3 1 0 8 ;   H a b i b i   S h a f i ,   2 0 1 5 ,   G l o b   J   H e a l t h   S c i ,   V 7 ,   P 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 5 5 3 9 / g j h s . v 7 n 5 p 3 0 4 ;   H a r d c a s t l e   J D ,   1 9 9 6 ,   L A N C E T ,   V 3 4 8 ,   P 1 4 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 9 6 ) 0 3 3 8 6 - 7 ;   H a u g   U ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   P 2 8 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 3 4 3 ;   J e m a l   A ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 9 ,   P 1 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 0 - 0 4 3 7 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   L e b e d e v   A V ,   2 0 1 4 ,   N E U R O I M A G E - C L I N ,   V 6 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n i c l . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 2 3 ;   L e v i n   B ,   2 0 0 8 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 4 ,   P 1 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 0 2 ;   L i   J Z ,   2 0 1 0 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 0 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 1 0 0 0 7 8 u ;   L i b b r e c h t   M W ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 9 2 0 ;   M A N D E L   J S ,   1 9 9 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 2 8 ,   P 1 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M 1 9 9 3 0 5 1 3 3 2 8 1 9 0 1 ;   M e y e r   M ,   2 0 0 8 ,   N A T   P R O T O C ,   V 3 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 7 . 5 2 0 ;   M i m a   K . ,   2 0 1 5 ,   G U T ;   N a s s i f   H o u s s a m ,   2 0 1 2 ,   A M I A   A n n u   S y m p   P r o c ,   V 2 0 1 2 ,   P 1 3 3 0 ;   P a r e n t e   F ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   G A S T R O E N   H E P A T ,   V 2 4 ,   P 1 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M E G . 0 b 0 1 3 e 3 2 8 3 5 5 c c 7 9 ;   P e r i w a l   V i n i t a ,   2 0 1 2 ,   B M C   P h a r m a c o l o g y ,   V 1 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 2 1 0 - 1 2 - 1 ;   R a n s o h o f f   D F ,   2 0 0 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 4 ,   P 1 0 2 2 ;   S c h o l e f i e l d   J H ,   2 0 0 2 ,   G U T ,   V 5 0 ,   P 8 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 5 0 . 6 . 8 4 0 ;   S h a b b e e r   A ,   2 0 1 2 ,   I N F E C T   G E N E T   E V O L ,   V 1 2 ,   P 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e e g i d . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 1 0 ;   S o u v e r i j n   J H M ,   2 0 1 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 1 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M c 1 4 0 5 2 1 5 # S A 4 ;   T a k a h a s h i   N ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 9 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 0 7 . 9 1 5 1 1 6 ;   W a n g   T T ,   2 0 1 2 ,   I S M E   J ,   V 6 ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / i s m e j . 2 0 1 1 . 1 0 9 ;   W o n g   S H ,   2 0 1 6 ,   G U T ;   W u n d e r s i t z   D W T ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E C H ,   V 4 8 ,   P 3 9 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i o m e c h . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 1 5 ;   X u e   X M ,   2 0 1 5 ,   L A B   I N V E S T ,   V 9 5 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / l a b i n v e s t . 2 0 1 4 . 1 3 6 ;   Y u   Y N ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 3 2 0 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 5 1 6 6 ;   Z a c k u l a r   J P ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   P R E V   R E S ,   V 7 ,   P 1 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 9 4 0 - 6 2 0 7 . C A P R - 1 4 - 0 1 2 9 ;   Z e l l e r   G ,   2 0 1 4 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 5 2 / m s b . 2 0 1 4 5 6 4 5 ;   Z o u   H Z ,   2 0 0 9 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 6 ,   P 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 2 3 	 4 4 	 0 	 0 	 4 	 4 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 O R C H A R D   P A R K 	 6 6 6 6   E   Q U A K E R   S T ,   S T E   1 ,   O R C H A R D   P A R K ,   N Y   1 4 1 2 7   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 F E B   7 	 2 0 1 7 	 8 	 6 	 	 	 	 	 9 5 4 6 	 9 5 5 6 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 4 4 8 8 	 	 1 1 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E K 8 N X 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 1 8 1 8 0 0 0 5 4 	 2 8 0 6 1 4 3 4 	 
 
 J 	 K i m ,   D H ;   K i m ,   S T ;   C h a n g ,   J M ;   R o ,   Y M 	 	 	 	 K i m ,   D a e   H o e ;   K i m ,   S e o n g   T a e ;   C h a n g ,   J u n g   M i n ;   R o ,   Y o n g   M a n 	 	 	 L a t e n t   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n   w i t h   d e p t h   d i r e c t i o n a l   l o n g - t e r m   r e c u r r e n t   l e a r n i n g   f o r   b r e a s t   m a s s e s   i n   d i g i t a l   b r e a s t   t o m o s y n t h e s i s 	 P H Y S I C S   I N   M E D I C I N E   A N D   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 b r e a s t   c a n c e r ;   l a t e n t   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n ;   d e e p   l e a r n i n g ;   r e c u r r e n t   n e u r a l   n e t w o r k ;   d i g i t a l   b r e a s t   t o m o s y n t h e s i s ;   f a l s e   p o s i t i v e   r e d u c t i o n 	 C O M P U T E R - A I D E D   D E T E C T I O N ;   C O N V O L U T I O N A L   N E U R A L - N E T W O R K S ;   I M A G E - A N A L Y S I S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   M A M M O G R A P H Y ;   V O L U M E S ;   S Y S T E M 	 C h a r a c t e r i z a t i o n   o f   m a s s e s   i n   c o m p u t e r - a i d e d   d e t e c t i o n   s y s t e m s   f o r   d i g i t a l   b r e a s t   t o m o s y n t h e s i s   ( D B T )   i s   a n   i m p o r t a n t   s t e p   t o   r e d u c e   f a l s e   p o s i t i v e   ( F P )   r a t e s .   T o   e f f e c t i v e l y   d i f f e r e n t i a t e   m a s s e s   f r o m   F P s   i n   D B T ,   d i s c r i m i n a t i v e   m a s s   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n   i s   r e q u i r e d .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   p r o p o s e   a   n e w   l a t e n t   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n   b o o s t e d   b y   d e p t h   d i r e c t i o n a l   l o n g - t e r m   r e c u r r e n t   l e a r n i n g   f o r   c h a r a c t e r i z i n g   m a l i g n a n t   m a s s e s .   T h e   p r o p o s e d  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 f u n c t i o n s   a i m i n g   t o   ( a )   m i n i m i z e   c l a s s i f i c a t i o n   e r r o r ,   ( b )   m i n i m i z e   i n t r a - c l a s s   v a r i a t i o n   w i t h i n   t h e   s a m e   c l a s s ,   a n d   ( c )   p r e s e r v e   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n   c o n s i s t e n c y   i n   a   c e n t r a l   s l i c e .   E x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   h a v e   d e m o n s t r a t e d   t h a t   t h e   p r o p o s e d   l a t e n t   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n   a c h i e v e s   a   h i g h e r   l e v e l   o f   c l a s s i f i c a t i o n   p e r f o r m a n c e   i n   t e r m s   o f   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   ( R O C )   c u r v e s   a n d   t h e   a r e a   u n d e r   t h e   R O C   c u r v e   v a l u e s   c o m p a r e d   t o   p e r f o r m a n c e   w i t h   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n   l e a r n e d   b y   c o n v e n t i o n a l   C N N   a n d   h a n d - c r a f t e d   f e a t u r e s . 	 [ K i m ,   D a e   H o e ;   K i m ,   S e o n g   T a e ;   R o ,   Y o n g   M a n ]   K o r e a   A d v   I n s t   S c i   &   T e c h n o l ,   S c h   E l e c t   E n g n ,   D a e j e o n   3 4 1 4 1 ,   S o u t h   K o r e a ;   [ C h a n g ,   J u n g   M i n ]   S e o u l   N a t l   U n i v   H o s p ,   D e p t   R a d i o l ,   S e o u l   0 3 0 8 0 ,   S o u t h   K o r e a 	 R o ,   Y M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K o r e a   A d v   I n s t   S c i   &   T e c h n o l ,   S c h   E l e c t   E n g n ,   D a e j e o n   3 4 1 4 1 ,   S o u t h   K o r e a . 	 y m r o @ k a i s t . a c . k r 	 	 	 N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   o f   K o r e a   ( N R F )   g r a n t   -   K o r e a   g o v e r n m e n t   ( M S I P )   [ 2 0 1 5 R 1 A 2 A 2 A 0 1 0 0 5 7 2 4 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   o f   K o r e a   ( N R F )   g r a n t   f u n d e d   b y   t h e   K o r e a   g o v e r n m e n t   ( M S I P )   ( N o .   2 0 1 5 R 1 A 2 A 2 A 0 1 0 0 5 7 2 4 ) . 	 A l - R f o u   R . ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 5 0 2 6 8 8 ;   B a k e r   J A ,   2 0 1 1 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 8 ,   P 1 2 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 1 1 ;   B a r t l e t t   M S ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 3 ,   P 1 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 0 2 . 8 0 4 2 8 7 ;   B i s h o p   C .   M . ,   1 9 9 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   P A T T ;   B o u v r i e   J . ,   2 0 0 6 ,   N O T E S   C O N V O L U T I O N A L ;   C h a n   H P ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 4 0 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 9 6 8 0 9 8 ;   C h a n   H P ,   2 0 0 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 7 ,   P 1 0 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 7 3 0 4 1 6 5 7 ;   C h e n g   H D ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 9 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 0 6 ;   C h h e r a w a l a   Y ,   2 0 1 3 ,   P R O C   I N T   C O N F   D O C ,   P 2 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D A R . 2 0 1 3 . 6 5 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h o i   J Y ,   2 0 1 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 9 ,   P 3 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 9 / 1 4 / 3 6 9 7 ;   C h o i   J Y ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 7 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 2 1 / 7 0 2 9 ;   D E L O N G   E R ,   1 9 8 8 ,   B I O M E T R I C S ,   V 4 4 ,   P 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 5 3 1 5 9 5 ;   F r e e r   T W ,   2 0 0 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 0 ,   P 7 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 0 3 0 0 1 2 8 2 ;   G a l l o w a y   M M ,   1 9 7 5 ,   C O M P U T E R   G R A P H I C S   I M ,   V 4 ,   P 1 7 2 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 6 - 6 6 4 X ( 7 5 ) 8 0 0 0 8 - 6 ,   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 7 4 - 0 0 4 - 0 5 3 6 - 9 ] ;   G l o r o t   X . ,   2 0 1 0 ,   I N T   C   A R T   I N T   S T A T ,   P 2 4 9 ;   G o l i k   P ,   2 0 1 3 ,   1 4   A N N   C   I N T   S P E E C H ,   P 1 7 5 6 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H o c h r e i t e r   S ,   1 9 9 7 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 9 ,   P 1 7 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 1 9 9 7 . 9 . 8 . 1 7 3 5 ;   H u   Y H ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 5 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 9 9 6 1 1 0 ;   H w a n g   S ,   2 0 1 6 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ;   K I L D A Y   J ,   1 9 9 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 2 ,   P 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 2 5 1 1 1 6 ;   K i m   D H ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 8 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 2 2 / 8 8 0 9 ;   K i m   S T ,   2 0 1 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 9 ,   P 5 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 9 / 1 7 / 5 0 0 3 ;   L e s n i a k   J M ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 6 / 5 2 9 5 ;   M a n g a i   U G ,   2 0 1 0 ,   I E T E   T E C H   R E V ,   V 2 7 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 2 5 6 - 4 6 0 2 . 6 4 6 0 4 ;   M e t z   C h a r l e s   E ,   2 0 0 6 ,   J   A m   C o l l   R a d i o l ,   V 3 ,   P 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a c r . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 2 1 ;   M i c h e l l   M J ,   2 0 1 2 ,   C L I N   R A D I O L ,   V 6 7 ,   P 9 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c r a d . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 9 ;   M i g n o n   A ,   2 0 1 2 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 2 6 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 2 . 6 2 4 7 9 8 7 ;   O j a l a   T ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 1 7 6 2 3 ;   P a l m a   G ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 2 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 0 9 ;   P a r k i n   D M ,   1 9 9 9 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 4 9 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a n j c l i n . 4 9 . 1 . 3 3 ;   R e i s e r   I ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 1 6 3 3 9 0 ;   S a m u l s k i   M ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 1 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 1 . 2 1 0 5 8 8 6 ;   S h i n   H C ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 1 6 2 ;   S i m o n y a n   K . ,   2 0 1 4 ,   1 4 0 9 1 5 5 6   A R X I V ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 0 . 2 0 6 6 2 8 6 ;   S i n g h   S ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 3 6 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 9 5 3 5 6 2 ;   S r i v a s t a v a   N ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 9 2 9 ;   S u r i   J . S . ,   2 0 0 6 ,   R E C E N T   A D V   B R E A S T   I M ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 5 3 0 2 ;   T a n   P . - N . ,   2 0 0 6 ,   I N T R O   D A T A   M I N I N G ,   V 1 ;   T i e l e m a n   T . ,   2 0 1 2 ,   C O U R S E R A   N E U R A L   N E T W ,   V 4 ,   P 2 ;   v a n   S c h i e   G ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 2 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 8 1 7 3 8 ;   v a n   S c h i e   G ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 9 1 6 4 3 ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   W u   T . ,   2 0 0 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 3 1 ,   P 2 6 3 6 ;   Y o s i n s k i   J . ,   2 0 1 4 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 2 7 ,   P 3 3 2 0 ;   Z h a n g   Y . ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 3 3 ,   P 3 7 8 1 	 4 8 	 0 	 0 	 6 	 6 	 I O P   P U B L I S H I N G   L T D 	 B R I S T O L 	 T E M P L E   C I R C U S ,   T E M P L E   W A Y ,   B R I S T O L   B S 1   6 B E ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 9 1 5 5 	 1 3 6 1 - 6 5 6 0 	 	 P H Y S   M E D   B I O L 	 P h y s .   M e d .   B i o l . 	 F E B   7 	 2 0 1 7 	 6 2 	 3 	 	 	 	 	 1 0 0 9 	 1 0 3 1 	 	 1 0 . 1 0 8 8 / 1 3 6 1 - 6 5 6 0 / a a 5 0 4 e 	 	 2 3 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E K 4 L S 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 8 9 8 8 0 0 0 0 3 	 	 
 
 J 	 Z h a n g ,   P P ;   R i m n e r ,   A ;   Y o r k e ,   E ;   H u ,   Y C ;   K u o ,   L C ;   A p t e ,   A ;   L o c k n e y ,   N ;   J a c k s o n ,   A ;   M a g e r a s ,   G ;   D e a s y ,   J O 	 	 	 	 Z h a n g ,   P e n g p e n g ;   R i m n e r ,   A n d r e a s ;   Y o r k e ,   E l l e n ;   H u ,   Y u - C h i ;   K u o ,   L i c h e n g ;   A p t e ,   A d i t y a ;   L o c k n e y ,   N a t a l i e ;   J a c k s o n ,   A n d r e w ;   M a g e r a s ,   G i g ;   D e a s y ,   J o s e p h   O . 	 	 	 A   g e o m e t r i c   a t l a s   t o   p r e d i c t   l u n g   t u m o r   s h r i n k a g e   f o r   r a d i o t h e r a p y   t r e a t m e n t   p l a n n i n g 	 P H Y S I C S   I N   M E D I C I N E   A N D   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 p r e d i c t i v e   m o d e l ;   r a d i a t i o n   r e s p o n s e ;   l u n g 	 P O S I T R O N - E M I S S I O N - T O M O G R A P H Y ;   D O S E - E S C A L A T I O N ;   C H E M O R A D I A T I O N   T H E R A P Y ;   C O N F O R M A L   R A D I O T H E R A P Y ;   A D A P T I V E   R A D I O T H E R A P Y ;   P A T H O L O G I C A L   R E S P O N S E ;   C L I N I C A L - P A R A M E T E R S ;   E S O P H A G E A L   C A N C E R ;   C A R C I N O M A ;   F E A T U R E S 	 T o   d e v e l o p   a   g e o m e t r i c   a t l a s   t h a t   c a n   p r e d i c t   t u m o r   s h r i n k a g e   a n d   g u i d e   t r e a t m e n t   p l a n n i n g   f o r   n o n - s m a l l - c e l l   l u n g   c a n c e r .   T o   e v a l u a t e   t h e   i m p a c t   o f   t h e   s h r i n k a g e   a t l a s   o n   t h e   a b i l i t y   o f   t u m o r   d o s e   e s c a l a t i o n .   T h e   c r e a t i o n   o f   a   g e o m e t r i c   a t l a s   i n c l u d e d   t w e l v e   p a t i e n t s   w i t h   l u n g   c a n c e r   w h o   u n d e r w e n t   b o t h   p l a n n i n g   C T   a n d   w e e k l y   C B C T   f o r   r a d i o t h e r a p y   p l a n n i n g   a n d   d e l i v e r y .   T h e   s h r i n k a g e   p a t t e r n   f r o m   t h e   o r i g i n a l   p r e t r e a t m e n t   t o   t h e   r e s i d u a l   p o s t t r e a t m e n t   t u m o r   w a s   m o d e l e d   u s i n g   a   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ,   a n d   u s e d   f o r   p r e d i c t i n g   t h e   s p a t i a l   d i s t r i b u t i o n   o f   t h e   r e s i d u a l   t u m o r .   A   p r e d i c t i v e   m a p   w a s   g e n e r a t e d   b y   u n i f y i n g   p r e d i c t i o n s   f r o m   e a c h   i n d i v i d u a l   p a t i e n t   i n   t h e   a t l a s ,   f o l l o w e d   b y   c o r r e c t i o n   f o r   t h e   t u m o r ' s   s u r r o u n d i n g   t i s s u e   d i s t r i b u t i o n .   S e n s i t i v i t y ,   s p e c i f i c i t y ,   a n d   a c c u r a c y   o f   t h e   p r e d i c t i v e   m o d e l   f o r   c l a s s i f y i n g   v o x e l s   i n s i d e   t h e   o r i g i n a l   g r o s s   t u m o r   v o l u m e   w e r e   e v a l u a t e d .   I n   a d d i t i o n ,   a   r e t r o s p e c t i v e   s t u d y   o f   p r e d i c t i v e   t r e a t m e n t   p l a n n i n g   ( P T P )   e s c a l a t e d   d o s e   t o   t h e   p r e d i c t e d   r e s i d u a l   t u m o r   w h i l e   m a i n t a i n i n g   t h e   s a m e   l e v e l   o f   p r e d i c t e d   c o m p l i c a t i o n   r a t e s   f o r   a   c l i n i c a l   p l a n   d e l i v e r i n g   u n i f o r m   d o s e   t o   t h e   e n t i r e   t u m o r .   T h e   e f f e c t   o f   u n c e r t a i n t y   o n   t h e   p r e d i c t i v e   m o d e l ' s   a b i l i t y   t o   e s c a l a t e   d o s e   w a s   a l s o   e v a l u a t e d .   T h e   s e n s i t i v i t y ,   s p e c i f i c i t y   a n d   a c c u r a c y   o f   t h e   p r e d i c t i v e   m o d e l   w e r e   0 . 7 3 ,   0 . 7 6 ,   a n d   0 . 7 4 ,   r e s p e c t i v e l y .   T h e   a r e a   u n d e r   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   c u r v e   f o r   v o x e l   c l a s s i f i c a t i o n   w a s   0 . 8 7 .   T h e   D i c e   c o e f f i c i e n t   a n d   m e a n   s u r f a c e   d i s t a n c e   b e t w e e n   t h e   p r e d i c t e d   a n d   a c t u a l   r e s i d u a l   t u m o r   a v e r a g e d   0 . 7 5 ,   a n d   1 . 6   m m ,   r e s p e c t i v e l y .   T h e   P T P   a p p r o a c h   a l l o w e d   e l e v a t i o n   o f   P T V   D 9 5   a n d   m e a n   d o s e   t o   t h e   a c t u a l   r e s i d u a l   t u m o r   b y   6 . 5   G y   a n d   1 0 . 4   G y ,   r e s p e c t i v e l y ,   r e l a t i v e   t o   t h e   c l i n i c a l   u n i f o r m   d o s e   a p p r o a c h .   A   g e o m e t r i c   a t l a s   c a n   p r o v i d e   u s e f u l   i n f o r m a t i o n   o n   t h e   d i s t r i b u t i o n   o f   r e s i s t a n t   t u m o r s   a n d   e f f e c t i v e l y   g u i d e   d o s e   e s c a l a t i o n   t o   t h e   t u m o r   w i t h o u t   c o m p r o m i s i n g   t h e   o r g a n s   a t   r i s k   c o m p l i c a t i o n s .   T h e   a t l a s   c a n   b e   f u r t h e r   r e f i n e d   b y   u s i n g   m o r e   p a t i e n t   d a t a   s e t s . 	 [ Z h a n g ,   P e n g p e n g ;   Y o r k e ,   E l l e n ;   H u ,   Y u - C h i ;   K u o ,   L i c h e n g ;   A p t e ,   A d i t y a ;   J a c k s o n ,   A n d r e w ;   M a g e r a s ,   G i g ;   D e a s y ,   J o s e p h   O . ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   D e p t   M e d   P h y s ,   1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 6 5   U S A ;   [ R i m n e r ,   A n d r e a s ;   L o c k n e y ,   N a t a l i e ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 6 5   U S A 	 Z h a n g ,   P P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   D e p t   M e d   P h y s ,   1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 6 5   U S A . 	 z h a n g p @ m s k c c . o r g 	 	 	 N I H / N C I   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   G r a n t   [ P 3 0   C A 0 0 8 7 4 8 ] 	 M e m o r i a l   S l o a n - K e t t e r i n g   C a n c e r   C e n t e r   h a s   a   r e s e a r c h   a g r e e m e n t   w i t h   V a r i a n   M e d i c a l   S y s t e m s .   T h i s   r e s e a r c h   w a s   f u n d e d   i n   p a r t   t h r o u g h   t h e   N I H / N C I   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   G r a n t   P 3 0   C A 0 0 8 7 4 8 . 	 B r a d l e y   J D ,   2 0 1 5 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 6 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 4 ) 7 1 2 0 7 - 0 ;   D e a s y   J O ,   2 0 0 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 0 ,   P 9 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 5 6 8 9 7 8 ;   F e n g   M ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 3 ,   P 1 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 5 4 ;   F o x   J ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 4 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 6 3 ;   G a r d n e r   S J ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 6 5 7 8 8 ;   G i l l h a m   C ,   2 0 0 8 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 8 8 ,   P 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 0 4 ;   K o h u t e k   Z A ,   2 0 1 5 ,   L U N G   C A N C E R ,   V 8 9 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 9 ;   K u p e l i a n   P A ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 3 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 4 6 ;   M a c h t a y   M ,   2 0 1 2 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 7 ,   P 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 4 2 9 6 8 2 ;   R o s e n z w e i g   K E ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 2 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 1 0 0 7 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 6 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 3 3 2 ;   S o n k e   J J ,   2 0 1 0 ,   S E M I N   R A D I A T   O N C O L ,   V 2 0 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m r a d o n c . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 0 3 ;   T a n   S ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 5 ,   P 1 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 1 7 ;   T o m a - D a s u   I ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 1 ,   P 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 1 2 ;   W o o d f o r d   C ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 9 ,   P 1 3 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 7 . 2 3 6 9 ;   Z h a n g   H ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 8 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 3 7 ;   Z h a n g   P P ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 8 ,   P 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 3 8 ;   Z h o u   Z G ,   2 0 1 6 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 9 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 2 9 	 1 8 	 0 	 0 	 2 	 2 	 I O P   P U B L I S H I N G   L T D 	 B R I S T O L 	 T E M P L E   C I R C U S ,   T E M P L E   W A Y ,   B R I S T O L   B S 1   6 B E ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 9 1 5 5 	 1 3 6 1 - 6 5 6 0 	 	 P H Y S   M E D   B I O L 	 P h y s .   M e d .   B i o l . 	 F E B   7 	 2 0 1 7 	 6 2 	 3 	 	 	 	 	 7 0 2 	 7 1 4 	 	 1 0 . 1 0 8 8 / 1 3 6 1 - 6 5 6 0 / a a 5 4 f 9 	 	 1 3 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E K 2 N H 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 7 6 3 5 0 0 0 0 1 	 	 
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 i n c r e a s e d   a n d   s u s t a i n e d   p r o l i f e r a t i v e   a n d   i n v a s i v e   t r a n s c r i p t o m i c   p r o f i l e .   F u r t h e r m o r e ,   a   W a r b u r g - l i k e   e f f e c t   w i t h   i n c r e a s e d   g l y c o l y s i s   w a s   o b s e r v e d   i n   t u m o r s   o f   t h e   X 1 0 / I G F 1   g r o u p s   a n d ,   t o   a   l e s s e r   e x t e n t ,   a l s o   i n   g l a r g i n e - i n d u c e d   t u m o r s .   A   m e t a b o l i c   f l u x   a n a l y s i s   r e v e a l e d   t h a t   t h i s   e n h a n c e d   g l y c o l y s i s   p r o g r a m m i n g   i n   X 1 0 / I G F 1   t u m o r s   w a s   a s s o c i a t e d   w i t h   i n c r e a s e d   b i o m a s s   p r o d u c t i o n   p r o g r a m s .   A l t h o u g h   n o n e   o f   t h e   t r e a t m e n t s   i n d u c e d   g e n e t i c   i n s t a b i l i t y   o r   e n h a n c e d   m u t a g e n e s i s ,   m u t a t i o n s   i n   E z h 2   a n d   H r a s   w e r e   e n r i c h e d   i n   X 1 0 / I G F 1   t r e a t m e n t   t u m o r s .   C o n c l u s i o n s :   O v e r a l l ,   t h e s e   d a t a   s u g g e s t   t h a t   t h e   d e c r e a s e d   m a m m a r y   g l a n d   t u m o r   l a t e n c y   t i m e   c a u s e d   b y   c h r o n i c   I G F 1 R   a c t i v a t i o n   i s   r e l a t e d   t o   m o d u l a t i o n   o f   t u m o r   p r o g r e s s i o n   r a t h e r   t h a n   i n c r e a s e d   t u m o r   i n i t i a t i o n . 	 [ t e r   B r a a k ,   B a s ;   V o o r h o e v e ,   C h a r l o t t e ;   v a n   d e r   L a a n ,   J a n   W i l l e m ;   v a n   d e   W a t e r ,   B o b ]   L e i d e n   U n i v ,   D i v   T o x i c o l ,   L e i d e n   A c a d   C t r   D r u g   R e s ,   E i n s t e i n w e g   5 5 ,   N L - 2 3 3 3   C C   L e i d e n ,   N e t h e r l a n d s ;   [ S i e z e n ,   C h r i s t i n e   L . ;   v a n   d e r   L a a n ,   J a n   W i l l e m ]   M E B ,   G r a a d t   v a n   R o g g e n w e g   5 0 0 ,   N L - 3 5 3 1   A H   U t r e c h t ,   N e t h e r l a n d s ;   [ L e e ,   J o o   S . ;   R u p p i n ,   E y t a n ]   T e l   A v i v   U n i v ,   B l a v a t n i k   S c h   C o m p   S c i ,   I L - 6 9 9 7 8   T e l   A v i v ,   I s r a e l ;   [ R a o ,   P o o j a ]   S e r v i c e X S ,   P l e s m a n l a a n   1 - D ,   N L - 2 3 3 3   B Z   L e i d e n ,   N e t h e r l a n d s ;   [ v a n   d e r   L a a n ,   J a n   W i l l e m ]   N a t l   I n s t   P u b l   H l t h   &   E n v i r o n m   R I V M ,   C t r   H l t h   P r o t e c t ,   A n t o n i e   v a n   L e e u w e n h o e k l a a n   9 ,   N L - 3 7 2 1   M A   B i l t h o v e n ,   N e t h e r l a n d s 	 v a n   d e r   L a a n ,   J W ;   v a n   d e   W a t e r ,   B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   L e i d e n   U n i v ,   D i v   T o x i c o l ,   L e i d e n   A c a d   C t r   D r u g   R e s ,   E i n s t e i n w e g   5 5 ,   N L - 2 3 3 3   C C   L e i d e n ,   N e t h e r l a n d s . 	 j w . v d . l a a n @ c b g - m e b . n l ;   b . w a t e r @ l a c d r . l e i d e n u n i v . n l 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   P u b l i c   H e a l t h   a n d   t h e   E n v i r o n m e n t   ( R I V M ) ,   B i l t h o v e n ,   T h e   N e t h e r l a n d s ,   i n   t h e   S t r a t e g i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   S O R   [ S / 3 6 0 0 0 3 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   f u n d e d   b y   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   P u b l i c   H e a l t h   a n d   t h e   E n v i r o n m e n t   ( R I V M ) ,   B i l t h o v e n ,   T h e   N e t h e r l a n d s ,   i n   t h e   S t r a t e g i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   S O R   2 0 1 0   ( S / 3 6 0 0 0 3 ) . 	 A g i n   A ,   2 0 0 7 ,   D I A B E T E S   M E T A B ,   V 3 3 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d i a b e t . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 0 2 ;   B a e   W K ,   2 0 1 4 ,   M O L   C E L L   E N D O C R I N O L ,   V 3 8 2 ,   P 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m c e . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 2 ;   B e l f i o r e   A ,   2 0 1 1 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 1 8 ,   p R 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E R C - 1 1 - 0 0 7 4 ;   B o l l i   G B ,   2 0 1 2 ,   D I A B E T E S   C A R E ,   V 3 5 ,   P 2 6 2 6 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d c 1 2 - 0 2 7 0 ;   B r o n s v e l d   H K ,   2 0 1 5 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 8 - 0 1 5 - 0 6 1 1 - 2 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C r e a   F ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 1 0 - 4 0 ;   D u a r t e   N C ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 1 7 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 1 0 7 7 2 1 0 4 ;   F a r a b a u g h   S M ,   2 0 1 5 ,   F R O N T   E N D O C R I N O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f e n d o . 2 0 1 5 . 0 0 0 5 9 ;   F e i s t   A M ,   2 0 1 0 ,   C U R R   O P I N   M I C R O B I O L ,   V 1 3 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m i b . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 0 3 ;   F r a s c a   F ,   1 9 9 9 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 1 9 ,   P 3 2 7 8 ;   G a l l a g h e r   E J ,   2 0 1 3 ,   D I A B E T E S ,   V 6 2 ,   P 3 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d b 1 3 - 0 2 4 9 ;   G o l p o u r   M o n i r e h ,   2 0 1 4 ,   I n t   J   M o l   C e l l   M e d ,   V 3 ,   P 7 4 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   K a i   K ,   2 0 1 4 ,   O N C O G E N E ,   V 3 3 ,   P 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 2 . 6 0 9 ;   O l i v e   K P ,   2 0 0 4 ,   C E L L ,   V 1 1 9 ,   P 8 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 0 4 ;   S t a m m b e r g e r   I ,   2 0 0 2 ,   I N T   J   T O X I C O L ,   V 2 1 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 1 5 8 1 0 2 9 0 0 9 6 3 0 6 ;   S t a m m b e r g e r   I ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   T O X I C O L ,   V 3 1 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 9 1 5 8 1 8 1 1 4 3 1 1 1 1 ;   t e r   B r a a k   B ,   2 0 1 4 ,   A R C H   T O X I C O L ,   V 8 8 ,   P 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 0 4 - 0 1 4 - 1 2 0 1 - 2 ;   t e r   B r a a k   B ,   2 0 1 5 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 8 - 0 1 5 - 0 5 1 8 - y ;   V a r e w i j c k   A J ,   2 0 1 2 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 1 9 ,   p F 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E R C - 1 2 - 0 0 2 6 ;   V o g e l s t e i n   B ,   2 0 1 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 9 ,   P 1 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 5 1 2 2 ;   W a n g   F ,   2 0 1 6 ,   D I A B E T E S   M E T A B   S Y N D R ,   V 9 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / D M S O . S 8 7 8 7 3 ;   W e r n e r   H ,   2 0 1 4 ,   G R O W T H   H O R M   I G F   R E S ,   V 2 4 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g h i r . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 6 ;   Z u r   H ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 3 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 6 0 2 	 2 5 	 0 	 0 	 4 	 4 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 6 5 - 5 4 2 X 	 1 4 6 5 - 5 4 1 1 	 	 B R E A S T   C A N C E R   R E S 	 B r e a s t   C a n c e r   R e s . 	 F E B   7 	 2 0 1 7 	 1 9 	 	 	 	 	 	 	 	 1 4 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 8 - 0 1 7 - 0 8 0 2 - 0 	 	 1 5 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E K 0 N N 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 6 2 3 5 0 0 0 0 2 	 2 8 1 7 3 8 3 7 	 
 
 J 	 W a y ,   G P ;   A l l a w a y ,   R J ;   B o u l e y ,   S J ;   F a d u l ,   C E ;   S a n c h e z ,   Y ;   G r e e n e ,   C S 	 	 	 	 W a y ,   G r e g o r y   P . ;   A l l a w a y ,   R o b e r t   J . ;   B o u l e y ,   S t e p h a n i e   J . ;   F a d u l ,   C a m i l o   E . ;   S a n c h e z ,   Y o l a n d a ;   G r e e n e ,   C a s e y   S . 	 	 	 A   m a c h i n e   l e a r n i n g   c l a s s i f i e r   t r a i n e d   o n   c a n c e r   t r a n s c r i p t o m e s   d e t e c t s   N F 1   i n a c t i v a t i o n   s i g n a l   i n   g l i o b l a s t o m a 	 B M C   G E N O M I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 N e u r o f i b r o m a t o s i s   T y p e   I ;   G l i o b l a s t o m a ;   M a c h i n e   L e a r n i n g ;   C a n c e r ;   N F 1   I n a c t i v a t i o n ;   C l a s s i f i e r 	 G E N E - E X P R E S S I O N   D A T A ;   R N A - S E Q   D A T A ;   N E U R O F I B R O M A T O S I S   T Y P E - 1 ;   T U M O R - S U P P R E S S O R ;   C E L L S ;   M I C R O A R R A Y ;   P E G 1 0 ;   R A S ;   G A P ;   P R O L I F E R A T I O N 	 B a c k g r o u n d :   W e   h a v e   i d e n t i f i e d   m o l e c u l e s   t h a t   e x h i b i t   s y n t h e t i c   l e t h a l i t y   i n   c e l l s   w i t h   l o s s   o f   t h e   n e u r o f i b r o m i n   1   ( N F 1 )   t u m o r   s u p p r e s s o r   g e n e .   H o w e v e r ,   r e c o g n i z i n g   t u m o r s   t h a t   h a v e   i n a c t i v a t i o n   o f   t h e   N F 1   t u m o r   s u p p r e s s o r   f u n c t i o n   i s   c h a l l e n g i n g   b e c a u s e   t h e   l o s s   m a y   o c c u r   v i a   m e c h a n i s m s   t h a t   d o   n o t   i n v o l v e   m u t a t i o n   o f   t h e   g e n o m i c   l o c u s .   D e g r a d a t i o n   o f   t h e   N F 1   p r o t e i n ,   i n d e p e n d e n t   o f   N F 1   m u t a t i o n   s t a t u s ,   p h e n o c o p i e s  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 S t e p h a n i e   J . ;   S a n c h e z ,   Y o l a n d a ]   D a r t m o u t h   C o l l ,   G e i s e l   S c h   M e d   D a r t m o u t h ,   D e p t   M o l   &   S y s t   B i o l ,   H B   7 6 5 0 ,   H a n o v e r ,   N H   0 3 7 5 5   U S A ;   [ F a d u l ,   C a m i l o   E . ]   U n i v   V i r g i n i a ,   D e p t   N e u r o l ,   C h a r l o t t e s v i l l e ,   V A   U S A ;   [ S a n c h e z ,   Y o l a n d a ]   D a r t m o u t h   H i t c h c o c k   M e d   C t r ,   N o r r i s   C o t t o n   C a n c   C t r ,   L e b a n o n ,   N H   0 3 7 6 6   U S A 	 G r e e n e ,   C S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   P e n n ,   D e p t   S y s t   P h a r m a c o l   &   T r a n s l a t   T h e r a p e u t ,   1 0 - 1 3 1   S C T R   3 4 t h   &   C i v   C t r   B l v d ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A . ;   S a n c h e z ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D a r t m o u t h   C o l l ,   G e i s e l   S c h   M e d   D a r t m o u t h ,   D e p t   M o l   &   S y s t   B i o l ,   H B   7 6 5 0 ,   H a n o v e r ,   N H   0 3 7 5 5   U S A . ;   S a n c h e z ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D a r t m o u t h   H i t c h c o c k   M e d   C t r ,   N o r r i s   C o t t o n   C a n c   C t r ,   L e b a n o n ,   N H   0 3 7 6 6   U S A . 	 Y o l a n d a . S a n c h e z @ d a r t m o u t h . e d u ;   c s g r e e n e @ m a i l . m e d . u p e n n . e d u 	 	 W a y ,   G r e g o r y / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 0 5 0 3 - 9 3 4 8 	 G e n o m i c s   a n d   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y   P h D   P r o g r a m   a t   T h e   U n i v e r s i t y   o f   P e n n s y l v a n i a ;   G o r d o n   a n d   B e t t y   M o o r e   F o u n d a t i o n   [ G B M F 4 5 5 2 ] ;   N I N D S   [ R 0 1   N S 0 9 5 4 1 1 ] ;   C h i l d r e n ' s   T u m o r   F o u n d a t i o n   Y o u n g   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   [ 2 0 1 4 - 0 1 - 1 2 ] ;   N a n c y   P .   S h e a   T r u s t   g r a n t ;   P r o u t y   P i l o t   G r a n t   f r o m   t h e   F r i e n d s   o f   t h e   N o r r i s   C o t t o n   C a n c e r   C e n t e r ;   S y n e r g y   g r a n t ;   N I H   N C A T S   [ U L 1   T R 0 0 1 0 8 6 ] ;   N C I   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   G r a n t   [ P 3 0   C A 0 2 3 1 0 8 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   f u n d e d   b y   t h e   G e n o m i c s   a n d   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y   P h D   P r o g r a m   a t   T h e   U n i v e r s i t y   o f   P e n n s y l v a n i a   t o   G P W ,   T h e   G o r d o n   a n d   B e t t y   M o o r e   F o u n d a t i o n   G B M F 4 5 5 2   t o   C S G ,   N I N D S   R 0 1   N S 0 9 5 4 1 1   t o   Y S   a n d   C S G ,   C h i l d r e n ' s   T u m o r   F o u n d a t i o n   Y o u n g   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   2 0 1 4 - 0 1 - 1 2   t o   R J A ,   a   N a n c y   P .   S h e a   T r u s t   g r a n t   t o   Y S ,   a   P r o u t y   P i l o t   G r a n t   f r o m   t h e   F r i e n d s   o f   t h e   N o r r i s   C o t t o n   C a n c e r   C e n t e r   t o   Y S ,   a   S y n e r g y   g r a n t   t o   Y S ,   C S G   a n d   C F   f u n d e d   b y   N I H   N C A T S   U L 1   T R 0 0 1 0 8 6   t o   T h e   D a r t m o u t h   C e n t e r   f o r   C l i n i c a l   a n d   T r a n s l a t i o n a l   S c i e n c e ,   N C I   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   G r a n t   P 3 0   C A 0 2 3 1 0 8   t o   t h e   D a r t m o u t h - H i t c h c o c k   N o r r i s   C o t t o n   C a n c e r   C e n t e r .   R J A   i s   a n   A l b e r t   J .   R y a n   F e l l o w .   T h e   f u n d e r s   h a d   n o   r o l e   i n   t h e   d e s i g n   o f   t h e   s t u d y   a n d   c o l l e c t i o n ,   a n a l y s i s ,   a n d   i n t e r p r e t a t i o n   o f   d a t a   a n d   i n   w r i t i n g   t h e   m a n u s c r i p t . 	 A k a m a t s u   S ,   2 0 1 5 ,   C E L L   R E P ,   V 1 2 ,   P 9 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 2 ;   A l l a w a y   R J ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 1 7 0 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 7 7 1 8 ;   A l l e n   M ,   2 0 1 6 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . a a f 6 8 5 3 ;   A l m o g   N ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 9 ,   P 8 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 8 - 2 5 9 0 ;   A s h b u r n e r   M ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 5 ,   P 2 5 ;   B a g e r i t z   J ,   2 0 1 4 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 2 1 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 1 4 . 1 2 ;   B a s t a n i   M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 2 1 4 4 ;   B l a k e   J A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 1 0 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 1 7 9 ;   B o e t t i g e r   C a r l ,   2 0 1 5 ,   A C M   S I G O P S   O p e r a t i n g   S y s t e m s   R e v i e w ,   V 4 9 ,   P 7 1 ;   B o y d   K P ,   2 0 0 9 ,   J   A M   A C A D   D E R M A T O L ,   V 6 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a a d . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 5 1 ;   B r e n n a n   C W ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 5 ,   P 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 3 4 ;   C a r v a l h o   B S ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 2 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 4 3 1 ;   C h e n   J L Y ,   2 0 1 0 ,   P L O S   G E N E T ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 1 0 9 3 ;   C h e n g   Q ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 4 7 3 3 ;   C h o u   W C ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 7 7 ;   C i c h o w s k i   K ,   2 0 0 1 ,   C E L L ,   V 1 0 4 ,   P 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 0 1 ) 0 0 2 4 5 - 8 ;   C o h e n   J . ,   1 9 6 9 ,   S T A T   P O W E R   A N A L   B E H A ;   D a g i n a k a t t e   G C ,   2 0 0 7 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 1 0 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d m 0 5 9 ;   d e   B o e c k   M ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 4 9 6 8 ;   D e n g   X Z ,   2 0 1 4 ,   O N C O L   R E P ,   V 3 2 ,   P 2 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 4 . 3 4 6 9 ;   D o g r a   B h a r a t   B ,   2 0 1 3 ,   I n d i a n   D e r m a t o l   O n l i n e   J ,   V 4 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 2 2 9 - 5 1 7 8 . 1 1 5 5 1 5 ;   E v a n s   D G R ,   2 0 0 2 ,   J   M E D   G E N E T ,   V 3 9 ,   P 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j m g . 3 9 . 5 . 3 1 1 ;   G r e e n e   L A ,   2 0 0 9 ,   J   N E U R O C H E M ,   V 1 0 8 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 1 - 4 1 5 9 . 2 0 0 8 . 0 5 7 4 9 . x ;   G u i n n e y   J ,   2 0 1 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 0 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 3 - 1 9 4 3 ;   H o l l s t e i n   P E ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 3 ,   P 8 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 3 - 0 1 4 6 ;   I r i z a r r y   R A ,   2 0 0 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g n g 0 1 5 ;   J o s e p h   N M ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 3 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 3 ;   K a m b u r o v   A ,   N U C L   A C I D S   R E S ;   K a m b u r o v   A ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p D 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 6 9 8 ;   L i   C M ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 5 - 1 5 5 3 ;   L i a n g   Y ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 1 9 8 ;   M A R T I N   G A ,   1 9 9 0 ,   C E L L ,   V 6 3 ,   P 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 9 0 ) 9 0 1 5 0 - D ;   M c G i l l i c u d d y   L T ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 6 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 9 ;   M i l l e r   J A ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 3 2 2 ;   M o l l a   M ,   2 0 0 4 ,   A I   M A G ,   V 2 5 ,   P 2 3 ;   M o r i s h i t a   A ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 4 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 3 8 4 8 ;   N o r e n   D P ,   2 0 1 6 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 4 8 9 0 ;   P e d r e g o s a   F ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 8 2 5 ;   P i r o o z n i a   M ,   2 0 0 8 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 9 - S 1 - S 1 3 ;   R a d   E ,   2 0 1 6 ,   S E M I N   C E L L   D E V   B I O L ,   V 5 2 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c d b . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 7 ;   R a t n e r   N ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 2 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 9 1 1 ;   R e e s e   S E ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 8 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 4 8 0 ;   S a c c o   F ,   2 0 1 4 ,   F R O N T   G E N E T ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 4 . 0 0 1 1 5 ;   S a l o m o n i s   N ,   M E S O D E R M A L   C O M M I T M E N ;   S h e n g   Z ,   2 0 1 0 ,   N A T   M E D ,   V 1 6 ,   P 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 2 1 5 8 ;   S k u s e   G R ,   1 9 9 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 4 ,   P 4 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 4 . 3 . 4 7 8 ;   S o k o l o v   A ,   2 0 1 6 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 4 7 9 0 ;   S u b r a m a n i a n   S ,   2 0 1 0 ,   J   P A T H O L ,   V 2 2 0 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 2 6 3 3 ;   T a n   J . ,   2 0 1 6 ,   M S Y S T E M S ,   V 1 ;   T a n   X C ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 9 5 7 0 ;   T h i e r r y - M i e g   D ,   2 0 0 6 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 6 - 7 - s 1 - s 1 2 ;   T h o m p s o n   J A ,   2 0 1 6 ,   P E E R J ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 7 7 1 7 / p e e r j . 1 6 2 1 ;   T h o u e n n o n   E ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 2 ,   P 4 8 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 0 7 - 1 2 5 3 ;   V e r h a a k   R G W ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 7 ,   P 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 2 0 ;   W A L L A C E   M R ,   1 9 9 1 ,   N A T U R E ,   V 3 5 3 ,   P 8 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 3 8 6 4 a 0 ;   W i l l e r   T ,   2 0 1 2 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 4 ,   P 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 2 5 2 ;   W o o d   M ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A N C E R   T H E R ,   V 1 0 ,   P 1 7 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 5 - 7 1 6 3 . M C T - 1 1 - 0 3 0 9 ;   X U   G F ,   1 9 9 0 ,   C E L L ,   V 6 2 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 9 0 ) 9 0 0 2 4 - 9 ;   X u   Y ,   J   N E U R O S C I   O F F   J   S O C ;   Y u   B ,   2 0 1 3 ,   B E R N O U L L I ,   V 1 9 ,   P 1 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 3 1 5 0 / 1 3 - B E J S P 1 4 ;   Z h u   Y ,   2 0 0 1 ,   G E N E   D E V ,   V 1 5 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 8 6 2 1 0 1 	 6 1 	 0 	 0 	 3 	 3 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 6 4 	 	 	 B M C   G E N O M I C S 	 B M C   G e n o m i c s 	 F E B   6 	 2 0 1 7 	 1 8 	 	 	 	 	 	 	 	 1 2 7 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 7 - 3 5 1 9 - 7 	 	 1 1 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E L 1 L Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 3 8 3 1 0 0 0 0 1 	 2 8 1 6 6 7 3 3 	 
 
 J 	 M u j t a b a ,   G ;   S h u i b ,   L ;   R a j ,   R G ;   R a j a n d r a m ,   R ;   S h a i k h ,   K ;   A l - G a r a d i ,   M A 	 	 	 	 M u j t a b a ,   G h u l a m ;   S h u i b ,   L i y a n a ;   R a j ,   R a m   G o p a l ;   R a j a n d r a m ,   R e t n a g o w r i ;   S h a i k h ,   K h a i r u n i s a ;   A l - G a r a d i ,   M o h a m m e d   A l i 	 	 	 A u t o m a t i c   I C D - 1 0   m u l t i - c l a s s   c l a s s i f i c a t i o n   o f   c a u s e   o f   d e a t h   f r o m   p l a i n t e x t   a u t o p s y   r e p o r t s   t h r o u g h   e x p e r t - d r i v e n   f e a t u r e   s e l e c t i o n 	 P L O S   O N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   T E X T   C L A S S I F I C A T I O N ;   C A N C E R ;   R E C O G N I T I O N ;   E X T R A C T I O N ;   R E C O R D S 	 O b j e c t i v e s   W i d e s p r e a d   i m p l e m e n t a t i o n   o f   e l e c t r o n i c   d a t a b a s e s   h a s   i m p r o v e d   t h e   a c c e s s i b i l i t y   o f   p l a i n   t e x t   c l i n i c a l   i n f o r m a t i o n   f o r   s u p p l e m e n t a r y   u s e .   N u m e r o u s   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e s ,   s u c h   a s   s u p e r v i s e d   m a c h i n e   l e a r n i n g   a p p r o a c h e s   o r   o n t o l o g y - b a s e d   a p p r o a c h e s ,   h a v e   b e e n   e m p l o y e d   t o   o b t a i n   u s e f u l   i n f o r m a t i o n   f r o m   p l a i n t e x t   c l i n i c a l   d a t a .   T h i s   s t u d y   p r o p o s e s   a n   a u t o m a t i c   m u l t i - c l a s s   c l a s s i f i c a t i o n   s y s t e m   t o   p r e d i c t   a c c i d e n t - r e l a t e d   c a u s e s   o f   d e a t h   f r o m   p l a i n t e x t   a u t o p s y   r e p o r t s   t h r o u g h   e x p e r t - d r i v e n   f e a t u r e   s e l e c t i o n   w i t h   s u p e r v i s e d   a u t o m a t i c   t e x t   c l a s s i f i c a t i o n   d e c i s i o n   m o d e l s .   M e t h o d s   A c c i d e n t - r e l a t e d   a u t o p s y   r e p o r t s   w e r e   o b t a i n e d   f r o m   o n e   o f   t h e   l a r g e s t   h o s p i t a l   i n   K u a l a   L u m p u r .   T h e s e   r e p o r t s   b e l o n g   t o   n i n e   d i f f e r e n t   a c c i d e n t - r e l a t e d   c a u s e s   o f   d e a t h .   M a s t e r   f e a t u r e   v e c t o r   w a s   p r e p a r e d   b y   e x t r a c t i n g   f e a t u r e s   f r o m   t h e   c o l l e c t e d   a u t o p s y   r e p o r t s   b y   u s i n g   u n i g r a m   w i t h   l e x i c a l   c a t e g o r i z a t i o n .   T h i s   m a s t e r   f e a t u r e   v e c t o r   w a s   u s e d   t o   d e t e c t   c a u s e   o f   d e a t h   [ a c c o r d i n g   t o   i n t e r n a l   c l a s s i f i c a t i o n   o f   d i s e a s e   v e r s i o n   1 0   ( I C D - 1 0 )   c l a s s i f i c a t i o n   s y s t e m ]   t h r o u g h   f i v e   a u t o m a t e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   s c h e m e s ,   p r o p o s e d   e x p e r t - d r i v e n   a p p r o a c h ,   f i v e   s u b s e t   s i z e s   o f   f e a t u r e s ,   a n d   f i v e   m a c h i n e   l e a r n i n g   c l a s s i f i e r s .   M o d e l   p e r f o r m a n c e   w a s   e v a l u a t e d   u s i n g   p r e c i s i o n ( M ) ,   r e c a l l ( M ) ,   F - m e a s u r e ( M ) ,   a c c u r a c y ,   a n d   a r e a   u n d e r   R O C   c u r v e .   F o u r   b a s e l i n e s   w e r e   u s e d   t o   c o m p a r e   t h e   r e s u l t s   w i t h   t h e   p r o p o s e d   s y s t e m .   R e s u l t s   R a n d o m   f o r e s t   a n d   J 4 8   d e c i s i o n   m o d e l s   p a r a m e t e r i z e d   u s i n g   e x p e r t - d r i v e n   f e a t u r e   s e l e c t i o n   y i e l d e d   t h e   h i g h e s t   e v a l u a t i o n   m e a s u r e   a p p r o a c h i n g   ( 8 5 %   t o   9 0 % )   f o r   m o s t   m e t r i c s   b y   u s i n g   a   f e a t u r e   s u b s e t   s i z e   o f   3 0 .   T h e   p r o p o s e d   s y s t e m   a l s o   s h o w e d   a p p r o x i m a t e l y   1 4 %   t o   1 6 %   i m p r o v e m e n t   i n   t h e   o v e r a l l   a c c u r a c y   c o m p a r e d   w i t h   t h e   e x i s t i n g   t e c h n i q u e s   a n d   f o u r   b a s e l i n e s .   C o n c l u s i o n   T h e   p r o p o s e d   s y s t e m   i s   f e a s i b l e   a n d   p r a c t i c a l   t o   u s e   f o r   a u t o m a t i c   c l a s s i f i c a t i o n   o f   I C D - 1 0 - r e l a t e d   c a u s e   o f   d e a t h   f r o m   a u t o p s y   r e p o r t s .   T h e   p r o p o s e d   s y s t e m   a s s i s t s   p a t h o l o g i s t s   t o   a c c u r a t e l y   a n d   r a p i d l y   d e t e r m i n e   u n d e r l y i n g   c a u s e   o f   d e a t h   b a s e d   o n   a u t o p s y   f i n d i n g s .   F u r t h e r m o r e ,   t h e   p r o p o s e d   e x p e r t - d r i v e n   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a p p r o a c h   a n d   t h e   f i n d i n g s   a r e   g e n e r a l l y   a p p l i c a b l e   t o   o t h e r   k i n d s   o f   p l a i n t e x t   c l i n i c a l   r e p o r t s . 	 [ M u j t a b a ,   G h u l a m ;   S h u i b ,   L i y a n a ;   A l - G a r a d i ,   M o h a m m e d   A l i ]   U n i v   M a l a y a ,   F a c   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   D e p t   I n f o r m a t   S y s t ,   K u a l a   L u m p u r ,   M a l a y s i a ;   [ M u j t a b a ,   G h u l a m ]   S u k k u r   I n s t   B u s i n e s s   A d m ,   D e p t   C o m p   S c i ,   S u k k u r ,   P a k i s t a n ;   [ R a j ,   R a m   G o p a l ]   U n i v   M a l a y a ,   D e p t   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ,   F a c   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   K u a l a   L u m p u r ,   M a l a y s i a ;   [ R a j a n d r a m ,   R e t n a g o w r i ]   U n i v   M a l a y a ,   D e p t   S u r g ,   F a c   M e d ,   K u a l a   L u m p u r ,   M a l a y s i a ;   [ S h a i k h ,   K h a i r u n i s a ]   S h a h e e d   M o h t a r m a   B e n a z i r   B h u t t o   M e d   U n i v ,   D e p t   C o m m u n i t y   M e d ,   L a r k a n a ,   P a k i s t a n 	 M u j t a b a ,   G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M a l a y a ,   F a c   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   D e p t   I n f o r m a t   S y s t ,   K u a l a   L u m p u r ,   M a l a y s i a . ;   M u j t a b a ,   G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S u k k u r   I n s t   B u s i n e s s   A d m ,   D e p t   C o m p   S c i ,   S u k k u r ,   P a k i s t a n . ;   R a j ,   R G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M a l a y a ,   D e p t   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ,   F a c   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   K u a l a   L u m p u r ,   M a l a y s i a . 	 m u j t a b a @ s i s w a . u m . e d u . m y ;   r a m d r @ u m . e d u . m y 	 R a j ,   R a m   G o p a l / B - 3 3 9 9 - 2 0 1 0 ;   R a j a n d r a m ,   R e t n a g o w r i / E - 4 7 0 9 - 2 0 1 0 ;   R a j a n d r a m ,   R e t n a g o w r i / E - 1 2 4 5 - 2 0 1 2 ;   M o h d   S h u i b ,   N o r   L i y a n a / M - 8 6 9 8 - 2 0 1 3 	 R a j ,   R a m   G o p a l / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 8 6 2 7 - 1 1 1 3 ;   R a j a n d r a m ,   R e t n a g o w r i / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 5 2 4 7 - 2 8 1 7 ;   R a j a n d r a m ,   R e t n a g o w r i / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 5 2 4 7 - 2 8 1 7 ;   M o h d   S h u i b ,   N o r   L i y a n a / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 7 9 0 7 - 0 6 7 1 	 U n i v e r s i t y   M a l a y a   R e s e a r c h   G r a n t   [ R P 0 2 6 - 1 4 A E T ] 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   f u l l y   f u n d e d   b y   t h e   U n i v e r s i t y   M a l a y a   R e s e a r c h   G r a n t   ( G r a n t   N o :   R P 0 2 6 - 1 4 A E T ) ,   G r a n t   N u m b e r :   R P 0 2 6 - 1 4 A E T   [ h t t p s : / / u m r e s e a r c h . u m . e d u . m y / ] .   T h e   f u n d e r   h a d   n o   r o l e   i n   s t u d y   d e s i g n ,   d a t a   c o l l e c t i o n   a n d   a n a l y s i s ,   d e c i s i o n   t o   p u b l i s h ,   o r   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p t . 	 A g g a r w a l   C C ,   2 0 1 2 ,   M I N I N G   T E X T   D A T A   S P R ;   A l - G a r a d i   M A ,   2 0 1 6 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 6 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 0 5 ;   A l - g a r a d r   M A ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   H U M   B E H A V ,   V 6 3 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h b . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 5 1 ;   B a o   Y G ,   2 0 0 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 1 7 7 ,   P 6 3 4 ;   B e n   A b a c h a   A ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 5 8 ,   P 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 1 5 ;   B i r d   S ,   2 0 0 6 ,   N L T K   N A T U R A L   L A N G U A G ,   P 6 9 ;   B i r d   S . ,   2 0 0 9 ,   N A T U R A L   L A N G U A G E   P R O ;   B u r g e s   C J C ,   1 9 9 8 ,   D A T A   M I N   K N O W L   D I S C ,   V 2 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 9 7 1 5 9 2 3 5 5 5 ;   C h e n g   Q A ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 3 ,   P 1 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 0 . 1 9 5 ;   C h o m u t a r e   T ,   2 0 1 4 ,   L   N   I N S T   C O M P   S C I   S O ,   V 1 0 0 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 1 5 6 4 - 1 _ 1 3 ;   C o s t a c h e   M a r i a n a ,   2 0 1 4 ,   M a e d i c a   ( B u c h a r ) ,   V 9 ,   P 2 6 1 ;   C r i s t i a n i n i   N . ,   2 0 0 0 ,   I N T R O   S U P P O R T   V E C T O R ;   D a h i y a   S h a s h i ,   2 0 1 6 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   A d v a n c e d   R e s e a r c h   i n   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ,   V 5 ,   P 1 ;   D a n s o   S . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 2 4 3 8 0 ;   D a n s o   S ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 8 1 0 5 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 7 2 2 - 2 _ 5 ;   d e   l a   I g l e s i a   D ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 0 3 3 1 ;   D o m i n g o s   P ,   2 0 1 2 ,   C O M M U N   A C M ,   V 5 5 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 3 4 7 7 3 6 . 2 3 4 7 7 5 5 ;   F a w c e t t   T ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 7 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 1 0 ;   F e r n a n d e z - D e l g a d o   M ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 3 1 3 3 ;   F u k u n a g a   K .   F . ,   2 0 1 3 ,   I N T R O   S T A T   P A T T E R N   R ;   G e r b i s   N ,   2 0 1 0 ,   L I V E   S C I ;   G u r m   H S ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   P 9 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a l l   M .   A . ,   1 9 9 8 ,   P R A C T I C A L   F E A T U R E   S U ;   H a n d   D J ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 2 0 8 1 9 8 3 1 ;   H o e l z   B W ,   2 0 0 9 ,   A R T I F   I N T E L L ,   P 8 8 3 ;   I q b a l   E ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 4 2 0 8 ;   J o u h e t   V ,   2 0 1 2 ,   M E T H O D   I N F O R M   M E D ,   V 5 1 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 3 4 1 4 / M E 1 1 - 0 1 - 0 0 0 5 ;   K a n g   N ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 5 ,   P 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 9 ;   K a s t h u r i r a t h n e   S N ,   2 0 1 6 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 6 0 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 0 8 ;   K h a l i l i a   M ,   2 0 1 1 ,   B M C   M E D   I N F O R M   D E C I S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 2 - 6 9 4 7 - 1 1 - 5 1 ;   K o h a v i   R . ,   1 9 9 5 ,   S T U D Y   C R O S S   V A L I D A T I ,   P 1 1 3 7 ;   K o o p m a n   B ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M E D   I N F O R M ,   V 8 4 ,   P 9 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m e d i n f . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 4 ;   K o o p m a n   B ,   2 0 1 5 ,   B M C   M E D   I N F O R M   D E C I S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 1 1 - 0 1 5 - 0 1 7 4 - 2 ;   K r a u t h a m m e r   M ,   2 0 0 4 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 3 7 ,   P 5 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 0 4 ;   L e w i s   D .   D . ,   1 9 9 8 ,   M A C H   L E A R N ,   P 4 ;   L i a w   A . ,   2 0 0 2 ,   R   N E W S ,   V 2 ,   P 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 5 4 4 0 5 9 1 0 4 0 8 3 0 0 5 1 6 ;   L i n   C L ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 8 7 7 6 ,   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 4 4 3 0 ] ;   M a h m o o d   T ,   2 0 1 4 ,   I N F   S Y S T   E - B U S   M A N A G ,   V 1 2 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 5 7 - 0 1 3 - 0 2 2 2 - 3 ;   M a h m o o d   T ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 1 1 5 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 2 2 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a 2 0 1 2 . 0 8 . 0 2 2 ] ;   M a n a v a l a n   B ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 6 5 4 2 ;   M a n n i n g   C D . ,   2 0 0 8 ,   I N T R O   I N F O R M   R E T R I E V ;   M a r a f i n o   B ,   2 0 1 4 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 1 ,   P 8 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 4 - 0 0 2 6 9 4 ;   M i a s n i k o f   P ,   2 0 1 5 ,   B M C   M E D ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 1 6 - 0 1 5 - 0 5 2 1 - 2 ;   M u j t a b a   G ,   2 0 1 1 ,   A D A P T I V E   A U T O M A T E D   1 ,   P 1 ;   O n g   M S ,   2 0 1 0 ,   Q U A L   S A F   H E A L T H   C A R E ,   V 1 9 ,   P 7 ;   O r g a n i z a t i o n   W H ,   1 9 7 9 ,   M E D   C E R T I F I C A T I O N   C A ;   O s a n a i y e   O ,   2 0 1 6 ,   E U R A S I P   J   W I R E L   C O M M ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 6 3 8 - 0 1 6 - 0 6 2 3 - 3 ;   P r a t i   R C ,   2 0 1 2 ,   C O M B I N I N G   F E A T U R E   R A ,   P 1 ;   P r o v o s t   F . ,   1 9 9 8 ,   P   1 5   I N T   C   M A C H   L E A R ,   V 4 4 5 ,   P 4 4 5 ;   P r o v o s t   F J ,   1 9 9 7 ,   A N A L   V I S U A L I Z A T I O N   C ,   P 4 3 ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   1 9 8 6 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 1 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 3 2 0 4 8 7 7 ;   R e f a e i l z a d e h   P . ,   2 0 0 9 ,   E N C Y   D A T A B A S E   S Y S T E M ,   V 2 0 0 9 ,   P 5 3 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 0 - 3 8 7 - 3 9 9 4 0 - 9 ;   R o m e r o   R ,   2 0 1 4 ,   B I O C L A S S   T O O L   B I O M E D ,   P 2 4 3 ;   T h e   R o y a l   C o l l e g e   o f   P a t h o l o g i s t s   o f   A u s t r a l a s i a   A u t o p s y   W o r k i n g   P a r t y ,   2 0 0 4 ,   M J A ,   V 1 8 0 ,   P 2 8 1 ;   S a r k e r   A ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 5 3 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 2 ;   S c h u e m i e   M J ,   2 0 1 2 ,   P H A R M A C O E P I D E M   D R   S ,   V 2 1 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p d s . 3 2 0 5 ;   S e b a s t i a n i   F ,   2 0 0 2 ,   A C M   C O M P U T   S U R V ,   V 3 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 5 0 5 2 8 2 . 5 0 5 2 8 3 ;   S i d d i q u i   M F ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 5 8 7 5 ;   S o k o l o v a   M ,   2 0 0 9 ,   I N F O R M   P R O C E S S   M A N A G ,   V 4 5 ,   P 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i p m . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 2 ;   S p a s i c   I ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   M E D   I N F O R M ,   V 8 3 ,   P 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m e d i n f . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 9 ;   U y s a l   A K ,   2 0 1 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 3 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 5 0 ;   v a n   d e n   T w e e l   J G ,   2 0 1 6 ,   V I R C H O W S   A R C H ,   V 4 6 8 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 2 8 - 0 1 5 - 1 8 3 3 - 5 ;   W i t t e n   I .   H . ,   2 0 0 5 ,   D A T A   M I N I N G   P R A C T I C A ;   W o l p e r t   D H ,   1 9 9 5 ,   S F I T R 9 5 0 2 0 1 0 ;   Y e o w   W L ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 3 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 5 4 ;   Y o u   Z H ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 5 8 1 1 ;   Z h a n g   H . ,   2 0 0 4 ,   P   F L A I R S   C ,   V 1 ,   P 3 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 1 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 5 4 2 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 4 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 6 4 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 5 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 2 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 2 ,   P 1 2 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 2 0 9 1 2 4 8 9 ;   Z h a o   Y H ,   2 0 0 8 ,   A D V   S P A C E   R E S ,   V 4 1 ,   P 1 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s r . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 2 0 	 7 3 	 1 	 1 	 2 	 2 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 F E B   6 	 2 0 1 7 	 1 2 	 2 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 7 0 2 4 2 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 7 0 2 4 2 	 	 2 7 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E K 1 Q H 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 7 0 0 1 0 0 0 0 6 	 2 8 1 6 6 2 6 3 	 
 
 J 	 K a z n o w s k a ,   E ;   D e p c i u c h ,   J ;   S z m u c ,   K ;   C e b u l s k i ,   J 	 	 	 	 K a z n o w s k a ,   E . ;   D e p c i u c h ,   J . ;   S z m u c ,   K . ;   C e b u l s k i ,   J . 	 	 	 U s e   o f   F T I R   s p e c t r o s c o p y   a n d   P C A - L D C   a n a l y s i s   t o   i d e n t i f y   c a n c e r o u s   l e s i o n s   w i t h i n   t h e   h u m a n   c o l o n 	 J O U R N A L   O F   P H A R M A C E U T I C A L   A N D   B I O M E D I C A L   A N A L Y S I S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 F T I R ;   C o l o r e c t a l   c a n c e r ;   C h e m o t h e r a p y ;   P C A - L D C 	 T R A N S F O R M   I N F R A R E D - S P E C T R O S C O P Y ;   R A M A N - S P E C T R O S C O P Y ;   C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   B R E A S T - C A N C E R ;   H U M A N - C E L L S ;   M I C R O S P E C T R O S C O P Y ;   T I S S U E S ;   D I A G N O S I S ;   I N S I G H T ;   L I G H T 	 C o l o r e c t a l   c a n c e r  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 R z e s z o w ,   P o l a n d ;   [ D e p c i u c h ,   J . ]   P o l i s h   A c a d   S c i ,   I n s t   N u c l   P h y s ,   P L - 3 1 3 4 2   K r a k o w ,   P o l a n d ;   [ S z m u c ,   K . ;   C e b u l s k i ,   J . ]   U n i v   R z e s z o w ,   C t r   I n n o v a t   &   T r a n s f e r   N a t   S c i   &   E n g n   K n o w l e d g e ,   P i g o n i a   1 ,   P L - 3 5 9 5 9   R z e s z o w ,   P o l a n d 	 D e p c i u c h ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   P o l i s h   A c a d   S c i ,   I n s t   N u c l   P h y s ,   P L - 3 1 3 4 2   K r a k o w ,   P o l a n d . 	 j o a n n a d e p c i u c h @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 3 ,   S U R V   E P   E N D   R E S   S E E R ;   B e h b o d   F ,   2 0 0 5 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 6 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g h 2 9 3 ;   B u n a c i u   A A ,   2 0 1 5 ,   R E V   R O U M   C H I M ,   V 6 0 ,   P 4 1 5 ;   C a k m a k   G ,   2 0 0 6 ,   A Q U A T   T O X I C O L ,   V 7 7 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a q u a t o x . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 1 5 ;   C o h e n f o r d   M A ,   2 0 1 2 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 8 1 ,   P 1 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j p a t h . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 3 9 ;   C o n t i   C ,   2 0 0 8 ,   J   M O L   S T R U C T ,   V 8 8 1 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l s t r u c . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 4 0 ;   D e n k   W . ,   1 9 9 0 ,   N A T U R E ,   V 2 4 8 ,   P 7 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I E N C E . 2 3 2 1 0 2 7 ;   D e p c i u c h   J ,   2 0 1 6 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 7 6 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 6 ;   D e p c i u c h   J ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 7 0 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 0 3 7 0 2 8 1 5 6 2 0 1 2 7 ;   D o n g   L ,   2 0 1 4 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 2 2 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 3 1 ;   G a r i d e l   P ,   2 0 0 2 ,   P H Y S   C H E M   C H E M   P H Y S ,   V 4 ,   P 5 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 2 0 7 4 7 8 h ;   H e n d l e r   R W ,   2 0 0 3 ,   E U R   J   B I O C H E M ,   V 2 7 0 ,   P 1 9 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 4 3 2 - 1 0 3 3 . 2 0 0 3 . 0 3 5 4 7 . x ;   H o w l a d e r   N . ,   2 0 1 3 ,   S E E R   C A N C   S T A T   R E V   1 ;   I r o n s i d e   J . W . ,   2 0 0 2 ,   D I A G N O S T I C   P A T H O L O G Y ,   P 1 7 ;   J o h n s o n   C D ,   2 0 0 8 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 9 ,   P 1 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 8 0 0 9 9 6 ;   J u n g   C ,   2 0 0 0 ,   J   M O L   R E C O G N I T ,   V 1 3 ,   P 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 9 - 1 3 5 2 ( 2 0 0 0 1 1 / 1 2 ) 1 3 : 6 < 3 2 5 : : A I D - J M R 5 0 7 > 3 . 0 . C O ; 2 - C ;   J u s m a n   Y ,   2 0 1 2 ,   A I N   S H A M S   E N G   J ,   V 3 ,   P 6 1 ;   K e c k i   Z . ,   1 9 9 2 ,   P O D S T A W Y   S P E K T R O S K O P ;   K h a n m o h a m m a d i   M ,   2 0 1 1 ,   P A T H O L   O N C O L   R E S ,   V 1 7 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 5 3 - 0 1 0 - 9 3 2 6 - y ;   L e v i n   B ,   2 0 0 8 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 8 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / C A . 2 0 0 7 . 0 0 1 8 ;   L i   Q B ,   2 0 0 5 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 1 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 0 4 . 0 3 7 9 8 6 ;   L i   X ,   2 0 1 2 ,   S C I   W O R L D   J ,   D O I   1 0 . 1 1 0 0 / 2 0 1 2 / 9 3 6 1 4 9 ;   M a c G r e g o r   T P ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 6 5 ,   P 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c l i n p a t h - 2 0 1 2 - 2 0 0 9 5 8 ;   M a c h e d a   M L ,   2 0 0 5 ,   J   C E L L   P H Y S I O L ,   V 2 0 2 ,   P 6 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c p . 2 0 1 6 6 ;   M a n t s c h   H . ,   1 9 9 6 ,   I N F R A R E D   S P E C T R O S C O P ;   M a r t i n   F L ,   2 0 0 7 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 1 4 ,   P 1 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / c m b . 2 0 0 7 . 0 0 5 7 ;   M a s s o u d   T F ,   2 0 0 3 ,   G E N E   D E V ,   V 1 7 ,   P 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 1 0 4 7 4 0 3 ;   M i g n o l e t   A . ,   2 0 1 6 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 1 ,   P 5 ;   M i l l e r   L M ,   2 0 0 6 ,   B B A - B I O M E M B R A N E S ,   V 1 7 5 8 ,   P 8 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m e m . 2 0 0 6 . 0 4 . 0 1 0 ;   M i s r a   N N ,   2 0 1 5 ,   F O O D   H Y D R O C O L L O I D ,   V 4 4 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d h y d . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 1 9 ;   M o h l e n h o f f   B ,   2 0 0 5 ,   B I O P H Y S   J ,   V 8 8 ,   P 3 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 4 . 0 5 7 9 5 0 ;   M o r r i s o n   C D ,   2 0 0 0 ,   S E M I N   D I A G N   P A T H O L ,   V 1 7 ,   P 2 0 4 ;   N a s s e   M J ,   2 0 1 1 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 8 ,   P 4 1 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 5 8 5 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 5 8 5 ] ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 3 ,   S U R V   E P   E N G   R E S   S E E R ;   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   H e a l t h   S t a t i s t i c s   D i v i s i o n   o f   H e a l t h   I n t e r v i e w   S t a t i s t i c s ,   2 0 1 1 ,   N A T   H L T H   I N T   S U R V   P U ;   N a u m a n n   D . ,   2 0 0 1 ,   I N F R A R E D   R A M A N   S P E C T ;   N a u m a n n   D . ,   2 0 0 1 ,   F T   I N F R A R E D   F T   R A M A N ;   P a t e l   I I ,   2 0 1 0 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 5 ,   P 3 0 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 0 a n 0 0 5 1 8 e ;   P f i r s c h k e   C ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c e l l . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 8 ;   P i c k h a r d t   P J ,   2 0 0 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 9 ,   P 2 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 3 1 6 1 8 ;   R a m a z   F ,   2 0 0 4 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 2 ,   P 5 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O P E X . 1 2 . 0 0 5 4 6 9 ;   R a m e s h   J . ,   2 0 0 1 ,   S U B S U R F   S E N S   T E C H N O L ,   V 2 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 1 5 7 0 7 1 9 1 7 0 ;   R o m e o   M ,   2 0 0 6 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 4 2 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i b s p e c . 2 0 0 6 . 0 4 . 0 0 9 ;   T h i e s   S . ,   2 0 1 3 ,   F R O N T   O N C O L ,   V 3 ,   P 1 ;   v a n ' t   W e s t e i n d e   S C ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   J ,   V 1 7 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P P O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 0 9 9 3 1 9 ;   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n ,   2 0 1 0 ,   W H O   C L A S S I F I C A T I O N   T ;   Y a o   H W ,   2 0 1 4 ,   J   S P E C T R O S C ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 2 1 3 8 9 0 ;   Z h a n g   L . ,   2 0 0 4 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 1 ,   P 3 8 4 2 ;   Z h a o   D . - W . ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 1 0 ;   Z w i e l l y   A ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 2 9 8 0 1 3 	 5 0 	 0 	 0 	 1 3 	 1 3 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 7 3 1 - 7 0 8 5 	 1 8 7 3 - 2 6 4 X 	 	 J   P H A R M A C E U T   B I O M E D 	 J .   P h a r m .   B i o m e d .   A n a l . 	 F E B   5 	 2 0 1 7 	 1 3 4 	 	 	 	 	 	 2 5 9 	 2 6 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 4 7 	 	 1 0 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 C h e m i s t r y ;   P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E J 0 O T 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 9 0 9 9 0 0 0 3 3 	 2 7 9 3 0 9 9 3 	 
 
 J 	 D u ,   W ;   C a o ,   Z B ;   S o n g ,   T C ;   L i ,   Y ;   L i a n g ,   Y C 	 	 	 	 D u ,   W e i ;   C a o ,   Z h o n g b o ;   S o n g ,   T i a n c i ;   L i ,   Y i n g ;   L i a n g ,   Y a n c h u n 	 	 	 A   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d   b a s e d   o n   m u l t i p l e   k e r n e l   l e a r n i n g   w i t h   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s   o f   d i f f e r e n t   t y p e s 	 B I O D A T A   M I N I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 G E N E   S E L E C T I O N ;   C A N C E R   C L A S S I F I C A T I O N ;   M I C R O A R R A Y   D A T A ;   N O R M A L I Z A T I O N ;   D A T A B A S E ;   U P D A T E ;   S I N G L E ;   F I L T E R ;   S V M 	 B a c k g r o u n d :   W i t h   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   h i g h - t h r o u g h p u t   t e c h n o l o g y ,   t h e   r e s e a r c h e r s   c a n   a c q u i r e   l a r g e   n u m b e r   o f   e x p r e s s i o n   d a t a   w i t h  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 I n f o r m a t   E n g n ,   C h a n g c h u n   1 3 0 0 1 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i ,   Y ;   L i a n g ,   Y C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J i l i n   U n i v ,   M i n i s t   E d u c ,   K e y   L a b   S y m b o l   C o m p u t a t   &   K n o w l e d g e   E n g n ,   C o l l   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   C h a n g c h u n   1 3 0 0 1 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 l i y i n g @ j l u . e d u . c n ;   y c l i a n g @ j l u . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 4 0 2 1 9 4 ,   6 1 4 7 2 1 5 8 ,   6 1 5 7 2 2 2 7 ] ;   C h i n a   P o s t d o c t o r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ 2 0 1 4   T 7 0 2 9 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   g r a n t s   f r o m   T h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   6 1 4 0 2 1 9 4 ,   6 1 4 7 2 1 5 8   a n d   6 1 5 7 2 2 2 7   a n d   C h i n a   P o s t d o c t o r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   2 0 1 4   T 7 0 2 9 1 . 	 A u t i o   R ,   2 0 0 9 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 0 - S 1 - S 2 4 ;   B a r r e t t   T ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 9 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 1 9 3 ;   C a i   H M ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 5 - 7 0 ;   W e i n s t e i n   J . N . ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N G . 2 7 6 4 ;   C a o   Z B ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   D A T A   M I N   B I O I N ,   V 1 2 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J D M B . 2 0 1 5 . 0 7 0 0 7 1 ;   C h e n   Z Y ,   2 0 0 7 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 4 1 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 0 8 ;   C h u a n g   L Y ,   2 0 0 9 ,   O M I C S ,   V 1 3 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / o m i . 2 0 0 8 . 0 0 8 3 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D i n g   C h r i s ,   2 0 0 5 ,   J o u r n a l   o f   B i o i n f o r m a t i c s   a n d   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ,   V 3 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 7 2 0 0 0 5 0 0 1 0 0 4 ;   D u   W ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   D A T A   M I N   B I O I N ,   V 7 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J D M B . 2 0 1 3 . 0 5 0 9 7 7 ;   G l a a b   E ,   2 0 0 9 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 0 - 3 5 8 ;   G o n e n   M ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 2 1 1 ;   G u t k i n   M ,   2 0 0 9 ,   P L O S   O N E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 6 4 1 6 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H a u r y   A C ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 8 2 1 0 ;   H u b b l e   J ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p D 8 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 7 8 6 ;   K i m   Y ,   2 0 0 3 ,   D A T A   M I N I N G :   O P P O R T U N I T I E S   A N D   C H A L L E N G E S ,   P 8 0 ;   K u r s a   M B ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 5 - 8 ;   L i   Y ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 6 ,   P 1 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 4 . 2 3 4 1 6 2 7 ;   M a o   Q ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 2 0 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 2 . 2 6 6 ;   M a u l i k   U ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 1 3 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 1 4 . 2 3 1 2 1 3 2 ;   M u k h o p a d h y a y   A . ,   2 0 1 3 ,   N A N O B I O S C I E N C E   I E E E ,   V 1 2 ,   P 2 7 5 ;   M u n d r a   P A ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 9 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 0 9 . 2 0 3 5 2 8 4 ;   N i i j i m a   S ,   2 0 0 9 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 6 ,   P 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 7 . 7 0 2 5 7 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   R a k o t o m a m o n j y   A ,   2 0 0 8 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 9 ,   P 2 4 9 1 ;   R u s t i c i   G ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 9 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 1 7 4 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S e o a n e   J A ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 8 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 6 1 0 ;   T a n   M K ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 3 7 1 ;   T a n g   Y u c h u n ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T A T I O N A L   B I O L   B ,   V 4 ,   P 3 6 5 ;   T i r o s h   I ,   2 0 1 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 5 2 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . a a d 0 5 0 1 ;   W u   X D ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 1 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 2 . 1 9 7 ;   X u   Y ,   2 0 1 4 ,   C A N C   B I O I N F O R M A T I C S ,   P 4 3 ;   Y a n g   Y H ,   2 0 0 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 3 0 . 4 . e 1 5 ;   Y o o n   D ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - S 2 - S 6 ;   Y o u s e f   M ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 1 4 4 	 3 7 	 0 	 0 	 1 8 	 1 8 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 5 6 - 0 3 8 1 	 	 	 B I O D A T A   M I N 	 B i o D a t a   M i n . 	 F E B   2 	 2 0 1 7 	 1 0 	 	 	 	 	 	 	 	 4 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 0 - 0 1 7 - 0 1 2 4 - x 	 	 1 6 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E K 8 Q P 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 1 8 8 8 0 0 0 0 1 	 	 
 
 J 	 D u o d u ,   G O ;   O g o g o ,   K N ;   M u m m u l l a g e ,   S ;   H a r d e n ,   F ;   G o o n e t i l l e k e ,   A ;   A y o k o ,   G A 	 	 	 	 D u o d u ,   G o d f r e d   O d a m e ;   O g o g o ,   K e n n e t h   N d u k a ;   M u m m u l l a g e ,   S a n d y a ;   H a r d e n ,   F i o n a ;   G o o n e t i l l e k e ,   A s h a n t h a ;   A y o k o ,   G o d w i n   A . 	 	 	 S o u r c e   a p p o r t i o n m e n t   a n d   r i s k   a s s e s s m e n t   o f   P A H s   i n   B r i s b a n e   R i v e r   s e d i m e n t ,   A u s t r a l i a 	 E C O L O G I C A L   I N D I C A T O R S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P A H s ;   S u r f a c e   s e d i m e n t s ;   S o u r c e   a p p o r t i o n m e n t ;   D i a g n o s t i c   r a t i o s ;   M C D M   a n d   r i s k   a s s e s s m e n t 	 P O L Y C Y C L I C   A R O M A T I C - H Y D R O C A R B O N S ;   S U R F A C E   S E D I M E N T S ;   O R G A N O C H L O R I N E   P E S T I C I D E S ;   D I A G N O S T I C   R A T I O S ;   M A R I N E - S E D I M E N T S ;   W A T E R ;   E S T U A R Y ;   C H I N A ;   Q U E E N S L A N D ;   T O X I C I T Y 	 S e d i m e n t   s a m p l e s   c o l l e c t e d   o v e r   a   3 - y e a r   p e r i o d   f r o m   B r i s b a n e   R i v e r ,   A u s t r a l i a ,   w e r e   a n a l y s e d   f o r   f i f t e e n   ( 1 5 )   p o l y c y c l i c   a r o m a t i c   h y d r o c a r b o n s   ( P A H s ) .   T h e   t o t a l   P A H   c o n c e n t r a t i o n s   v a r i e d   f r o m   1 4 8   t o   3 0 7 9   n g / g   w i t h   a   m e a n   c o n c e n t r a t i o n   o f   8 4 9   + / -   6 4 6   n g / g .   T h e   s t u d y   r e v e a l e d   t h a t   P A H   i n p u t   i n t o   t h e   r i v e r   w a s   p r i m a r i l y   d o m i n a t e d   b y   p y r o g e n i c   s o u r c e s   a s   e v i d e n c e d   b y   t h e   p r e d o m i n a n c e   o f   t h e   h i g h   m o l e c u l a r  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 M e c h   E n g n ,   2   G e o r g e   S t ,   B r i s b a n e ,   Q l d   4 0 0 1 ,   A u s t r a l i a ;   [ M u m m u l l a g e ,   S a n d y a ;   G o o n e t i l l e k e ,   A s h a n t h a ]   Q u e e n s l a n d   U n i v   T e c h n o l ,   F a c   S c i   &   E n g n ,   S c h   C i v i l   E n g n   &   B u i l t   E n v i r o n m ,   2   G e o r g e   S t ,   B r i s b a n e ,   Q l d   4 0 0 1 ,   A u s t r a l i a ;   [ H a r d e n ,   F i o n a ]   Q u e e n s l a n d   U n i v   T e c h n o l ,   H l t h   F a c ,   S c h   C l i n   S c i ,   2   G e o r g e   S t ,   B r i s b a n e ,   Q l d   4 0 0 1 ,   A u s t r a l i a 	 A y o k o ,   G A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Q u e e n s l a n d   U n i v   T e c h n o l ,   F a c   S c i   &   E n g n ,   S c h   C h e m   P h y s   &   M e c h   E n g n ,   2   G e o r g e   S t ,   B r i s b a n e ,   Q l d   4 0 0 1 ,   A u s t r a l i a . 	 g . a y o k o @ q u t . e d u . a u 	 	 	 Q u e e n s l a n d   U n i v e r s i t y   o f   T e c h n o l o g y   ( Q U T ) ;   G h a n a   A t o m i c   E n e r g y   C o m m i s s i o n ;   S c i e n c e   a n d   E n g i n e e r i n g   F a c u l t y   ( Q U T ) 	 W e   t h a n k   Q u e e n s l a n d   U n i v e r s i t y   o f   T e c h n o l o g y   ( Q U T )   a n d   G h a n a   A t o m i c   E n e r g y   C o m m i s s i o n   f o r   p r o v i d i n g   t h e   s c h o l a r s h i p   a n d   s t u d y   l e a v e ,   r e s p e c t i v e l y ,   f o r   G o d f r e d   O d a m e   D u o d u   t o   u n d e r t a k e   t h i s   s t u d y .   W e   a l s o   e x p r e s s   o u r   g r a t i t u d e   t o   t h e   I n s t i t u t e   f o r   F u t u r e   E n v i r o n m e n t s   ( Q U T ) ,   w h i c h   o p e r a t e s   t h e   C e n t r a l   A n a l y t i c a l   R e s e a r c h   F a c i l i t y   w h e r e   t h e   d a t a   r e p o r t e d   i n   t h i s   p a p e r   w a s   o b t a i n e d .   A c c e s s   t o   C A R F   i s   s u p p o r t e d   b y   g e n e r o u s   f u n d i n g   f r o m   t h e   S c i e n c e   a n d   E n g i n e e r i n g   F a c u l t y   ( Q U T ) .   W e   a l s o   t h a n k   D r .   R o s s   M a r k w e l l   o f   S c i e n t i f i c   A n a l y t i c a l   S e r v i c e ,   D r   C h r i s   C a l v a l h o   a n d   M r   S h a n e   R u s s e l l   o f   Q U T   f o r   t h e i r   s u p p o r t   o n   s a m p l e   p r e p a r a t i o n   a s   w e l l   a s   t r a i n i n g   o n   G C - M S   a n d   A S E .   L a s t l y ,   w e   a c k n o w l e d g e   t h e   a s s i s t a n c e   o f   C l a y t o n   R o s s   f r o m   S h i m a d z u   i n   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   t h e   m a s s   s p e c t r o m e t r i c   a s s a y s   f o r   t h e   c o m p o u n d s . 	 A b r a j a n o   J r   T . A . ,   2 0 0 3 ,   T R E A T I S E   G E O C H E M ,   V 9 ,   P 4 7 5 ;   A B S   ( A u s t r a l i a n   B u r e a u   o f   S t a t i s t i c s ) ,   2 0 1 5 ,   M O T   V E H   C E N S   A U S T R   9 ;   A N / N Z S ,   1 9 9 8 ,   5 6 6 7 1 1 9 9 8   A N N Z S ;   A Y O K O   G A ,   2 0 0 4 ,   S C I   T E C H N O L ,   V 3 8 ,   P 2 6 0 9 ;   A y o k o   G A ,   2 0 0 7 ,   J   H Y D R O L ,   V 3 3 6 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h y d r o l . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 1 3 ;   B o u r o t t e   C ,   2 0 0 5 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 9 ,   P 3 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 5 4 ;   B r a d y   J P ,   2 0 1 4 ,   M A R   P O L L U T   B U L L ,   V 8 1 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a r p o l b u l . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 3 1 ;   C h e n   H Y ,   2 0 1 2 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 1 4 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 5 7 ;   C h o i   M ,   2 0 1 4 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 3 4 0 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 5 ;   C o m e r o   S . ,   2 0 0 9 ,   J R C   S C I   T E C H N I C A L   R E ,   P 1 ;   C o n g e s t i o n R e d u c t i o n U n i t ,   2 0 1 5 ,   K E Y   C O R R   P E R F   R E P   J A ;   D e n g   W ,   2 0 1 3 ,   M A R   P O L L U T   B U L L ,   V 7 0 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a r p o l b u l . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 3 2 ;   D S I T I A ,   2 0 1 4 ,   L A N D   U S   S U M M   1 9 9 9   2 0 ;   D u o d u   G O ,   2 0 1 6 ,   T A L A N T A ,   V 1 5 0 ,   P 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 4 9 ;   E y r e   B ,   1 9 9 8 ,   E S T U A R   C O A S T   S H E L F   S ,   V 4 7 ,   P 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / e c s s . 1 9 9 8 . 0 3 7 1 ;   F e n g   J . ,   2 0 1 5 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 8 8 ,   P 1 ;   F R E E M A N   D J ,   1 9 9 0 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 2 4 ,   P 1 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 0 0 8 0 a 0 1 9 ;   F r i e n d   A J ,   2 0 1 1 ,   E N V I R O N   C H E M ,   V 8 ,   P 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 1 / E N 1 1 0 5 6 ;   G a l a r n e a u   E ,   2 0 0 8 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 2 ,   P 8 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 2 5 ;   H e r n g r e n   L ,   2 0 1 0 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 5 8 ,   P 2 8 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v p o l . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 1 5 ;   H o s s a i n   S ,   2 0 0 4 ,   E S T U A R   C O A S T   S H E L F   S ,   V 6 1 ,   P 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e c s s . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 1 7 ;   I n a m   E . ,   2 0 1 5 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 8 8 ,   P 1 ;   J i a   C R ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   E N V   R E S   P U B   H E ,   V 7 ,   P 2 9 0 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j e r p h 7 0 7 2 9 0 3 ;   J o h n s t o n   J . ,   2 0 1 5 ,   U S I T C   P U B L ,   V 1 5 - 0 9 - 0 4 9 ;   K a n n a n   K ,   2 0 0 5 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 9 ,   P 4 7 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 5 0 0 6 4 f ;   K a v o u r a s   I G ,   2 0 0 1 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 5 ,   P 2 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 0 1 5 4 0 z ;   K A Y A L   S I ,   1 9 9 0 ,   A U S T   J   M A R   F R E S H   R E S ,   V 4 1 ,   P 4 4 3 ;   K A Y A L   S I ,   1 9 8 9 ,   E S T U A R   C O A S T   S H E L F   S ,   V 2 9 ,   P 4 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 2 7 2 - 7 7 1 4 ( 8 9 ) 9 0 0 8 1 - 4 ;   K e s h a v a r z i f a r d   M ,   2 0 1 4 ,   M A R   P O L L U T   B U L L ,   V 8 8 ,   P 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a r p o l b u l . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 1 4 ;   K u l k a r n i   P ,   2 0 0 0 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 4 ,   P 2 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 9 9 ) 0 0 3 1 2 - X ;   L a k h a n i   A . ,   2 0 1 2 ,   S C I   W O R L D   J ,   V 2 0 1 2 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 1 0 0 / 2 0 1 2 / 7 8 1 2 9 1 ,   1 0 . 1 1 0 0 / 2 0 1 2 / 7 8 1 2 9 1 ] ;   L a n g   W . ,   2 0 1 4 ,   B   E N V   C O N T A I N   T O X I C O ,   V 9 2 ,   P 3 0 ;   L a r s e n   R K ,   2 0 0 3 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 7 ,   P 1 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 2 0 6 1 8 4 ;   L i   B H ,   2 0 1 2 ,   M A R   P O L L U T   B U L L ,   V 6 4 ,   P 6 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a r p o l b u l . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 5 ;   L i a n g   Y ,   2 0 0 7 ,   W A T E R   R E S ,   V 4 1 ,   P 1 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . w a t r e s . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 4 8 ;   L i n   T ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 8 5 ,   P 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 6 1 - 0 1 2 - 2 6 0 5 - 1 ;   L o n g   E R ,   2 0 0 0 ,   E N V I R O N   T O X I C O L   C H E M ,   V 1 9 ,   P 2 5 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 8 9 7 / 1 5 5 1 - 5 0 2 8 ( 2 0 0 0 ) 0 1 9 < 2 5 9 8 : C P O A T I > 2 . 3 . C O ; 2 ;   M a l i k   A ,   2 0 1 1 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 7 2 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 6 1 - 0 1 0 - 1 3 5 2 - 4 ;   M c A l i s t e r   B . ,   2 0 0 6 ,   1   6   B U S H F   C   2 0 0 6   B R I ,   P 1 ;   M u l l e r   J .   F . ,   1 9 9 9 ,   S 2 R 2 ;   N e f f   J M ,   2 0 0 5 ,   I N T E G R   E N V I R O N   A S S E S ,   V 1 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 8 9 7 / I E A M _ 2 0 0 4 a - 0 1 6 . 1 ;   O e t k e n   M ,   2 0 0 5 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 3 4 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v p o d . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 0 1 ;   O g o g o   N .   K . ,   2 0 1 3 ,   T H E S I S ;   P e n g   C ,   2 0 1 1 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 5 9 ,   P 8 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v p o l . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 0 3 ;   R a v i n d r a   K ,   2 0 0 8 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 2 ,   P 2 8 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 1 0 ;   R h e a   D .   T . ,   2 0 0 5 ,   U S G S C E R C 9 1 3 4 4 ;   R o j o - N i e t o   E ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   S C I - P R O C   I M P ,   V 1 5 ,   P 9 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 e m 0 0 0 5 0 h ;   S a a d a t i   N ,   2 0 1 3 ,   C H E M   C E N T   J ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 1 5 3 X - 7 - 6 3 ;   S a l a z a r - C o r i a   L ,   2 0 1 0 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 6 2 ,   P 3 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 6 1 - 0 0 9 - 0 8 0 4 - 1 ;   S c h u m a c h e r   B .   A . ,   2 0 0 2 ,   M E T H O D S   D E T E R M I N A T I O ;   S h a w   M ,   2 0 0 4 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 5 6 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 0 3 ;   S h i   Y . ,   2 0 0 6 ,   T H E S I S ;   S o f o w o t e   U M ,   2 0 0 8 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 2 ,   P 6 0 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 8 0 0 2 1 9 z ;   S t a n i m i r o v a   I ,   2 0 1 1 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 5 ,   P 1 0 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 2 0 1 0 2 4 m ;   S u n   J L ,   2 0 1 2 ,   E N V I R O N   T O X I C O L   C H E M ,   V 3 1 ,   P 1 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e t c . 1 8 9 0 ;   N g u y e n   T C ,   2 0 1 4 ,   E C O T O X   E N V I R O N   S A F E ,   V 1 0 4 ,   P 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e c o e n v . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 0 ;   T o b i s z e w s k i   M . ,   2 0 1 2 ,   B I O M A S S   B I O E N E R G ,   V 1 6 2 ,   P 1 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . E N V P 0 L . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 2 5 ;   T o b i s z e w s k i   M . ,   2 0 1 4 ,   5   I N T   C   E N V   S C I   T E C H ,   V 6 9 ,   D O I   1 0 . 7 7 6 3 / I P C B E E . 2 0 1 4 . V 6 9 . 9 ;   U S E P A ,   1 9 8 9 ,   E P A 5 4 0 1 8 9 0 0 ,   V 1 ;   W o l s k a   L ,   2 0 1 2 ,   C R I T   R E V   E N V   S C I   T E C ,   V 4 2 ,   P 1 1 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 6 4 3 3 8 9 . 2 0 1 1 . 5 5 6 5 4 6 ;   Y u   G . ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 8 6 ,   P 2 7 7 3 ;   Y u n k e r   M B ,   2 0 0 2 ,   O R G   G E O C H E M ,   V 3 3 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 6 - 6 3 8 0 ( 0 2 ) 0 0 0 0 2 - 5 	 6 2 	 0 	 0 	 3 	 3 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 4 7 0 - 1 6 0 X 	 1 8 7 2 - 7 0 3 4 	 	 E C O L   I N D I C 	 E c o l .   I n d i c . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 7 3 	 	 	 	 	 	 7 8 4 	 7 9 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e c o l i n c i . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 3 8 	 	 1 6 	 B i o d i v e r s i t y   C o n s e r v a t i o n ;   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s 	 B i o d i v e r s i t y   &   C o n s e r v a t i o n ;   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   &   E c o l o g y 	 E Q 8 K N 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 3 3 4 4 0 0 0 7 8 	 	 
 
 J 	 R a m a r a j a n ,   N ;   G u p t a ,   S ;   P e r r y ,   P ;   S r i v a s t a v a ,   G ;   K u m b l a ,   A ;   M i l l e r ,   J ;   F e l d m a n ,   N ;   N a i r ,   N ;   B a d w e ,   R A 	 	 	 	 R a m a r a j a n ,   N . ;   G u p t a ,   S . ;   P e r r y ,   P . ;   S r i v a s t a v a ,   G . ;   K u m b l a ,   A . ;   M i l l e r ,   J . ;   F e l d m a n ,   N . ;   N a i r ,   N . ;   B a d w e ,   R .   A . 	 	 	 B u i l d i n g   a n   e x p e r i e n c e   e n g i n e   t o   m a k e   c a n c e r   t r e a t m e n t   d e c i s i o n s   u s i n g   m a c h i n e   l e a r n i n g 	 C A N C E R   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 M e e t i n g   A b s t r a c t 	 S a n   A n t o n i o   B r e a s t   C a n c e r   S y m p o s i u m 	 D E C   0 6 - 1 0 ,   2 0 1 6 	 S a n   A n t o n i o ,   T X 	 	 	 	 	 	 N a v y a   N e t w o r k ,   C a m b r i d g e ,   M A   U S A ;   T a t a   M e m   H o s p ,   B o m b a y ,   M a h a r a s h t r a ,   I n d i a ;   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   O l i v e   V i e w ,   M e d   C t r ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   U S A 	 	 	 	 	 	 	 	 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 A M E R   A S S O C   C A N C E R   R E S E A R C H 	 P H I L A D E L P H I A 	 6 1 5   C H E S T N U T   S T ,   1 7 T H   F L O O R ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 6 - 4 4 0 4   U S A 	 0 0 0 8 - 5 4 7 2 	 1 5 3 8 - 7 4 4 5 	 	 C A N C E R   R E S 	 C a n c e r   R e s . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 7 7 	 	 	 4 	 	 P 1 - 1 4 - 0 1 	 	 	 	 1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 8 - 7 4 4 5 . S A B C S 1 6 - P 1 - 1 4 - 0 1 	 	 2 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E Q 3 U P 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 9 9 9 0 0 0 2 9 2 	 	 
 
 J 	 S a r a n y a ,   P K ;   S a m u n d e e s w a r i ,   E S ;   M a n a v a l a n ,   R 	 	 	 	 S a r a n y a ,   P .   K . ;   S a m u n d e e s w a r i ,   E .   S . ;   M a n a v a l a n ,   R . 	 	 	 B r e a s t   U l t r a s o u n d   ( B U S )   I m a g e   S e g m e n t a t i o n   U s i n g   R e g u l a r i z e d   R o u g h   K   - M e a n s   ( R R K M )   C l u s t e r i n g :   A   N o v e l   A p p r o a c h 	 J O U R N A L   O F   M E D I C A L   I M A G I N G   A N D   H E A L T H   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   C a n c e r ;   I m a g e   S e g m e n t a t i o n ;   C l u s t e r i n g ;   K - M e a n s ;   A C O ;   R e g u l a r i z a t i o n ;   R o u g h   S e t ;   C l u s t e r   V a l i d a t i o n   M e a s u r e s ;   S e g m e n t a t i o n   V a l i d a t i o n   M e a s u r e s 	 A L G O R I T H M 	 B r e a s t   c a n c e r   i s   a   h i g h l y   h e t e r o g e n e o u s   d i s e a s e  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 c l u s t e r i n g   i s   i d e n t i f i e d   a s   a   d i s t i n g u i s h e d   s e g m e n t a t i o n   m e t h o d   i n   p a s t   d e c a d e ,   b u t   i t   i s   s e n s i t i v e   t o   o u t l i e r s   a n d   h i g h   d i m e n s i o n a l   i m a g e s .   T h i s   r e s e a r c h   w o r k   h a s   c o m e   u p   w i t h   t h e   t h r e e   v a r i a n t s   o f   c o n v e n t i o n a l   K - M e a n s   a s   R e g u l a r i z e d   K - M e a n s ,   R o u g h   K - M e a n s   a n d   R e g u l a r i z e d   R o u g h   K - M e a n s   t o   a n a l y z e   a n d   o v e r c o m e   t h e s e   i s s u e s ,   R e g u l a r i z e d   K - M e a n s   a l g o r i t h m   a d a p t s   r e g u l a r i z e d   p a r a m e t e r   ( l a s s o   A )   a s   a n   a d d i t i v e   c o m p o n e n t   t o   E u c l i d e a n   d i s t a n c e   m e a s u r e   f o r   p r e v e n t i n g   o v e r   f i t t i n g   o f   d a t a   i t e m s   a n d  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 o t h e r   m o d i f i e d   m e t h o d s   b y   6 %   h i g h   P R I   w i t h   1 . 5 %   l e s s   B D E   a n d   y i e l d s   9 8 %   a c c u r a c y   i n   F - m e a s u r e . 	 [ S a r a n y a ,   P .   K . ;   S a m u n d e e s w a r i ,   E .   S . ]   V e l l a l a r   C o l l   W o m e n ,   C o m p   S c i ,   E r o d e   6 3 8 0 1 2 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a ;   [ M a n a v a l a n ,   R . ]   A r i g n a r   A n n a   G o v t   A r t s   C o l l ,   V i l l u p u r a m   6 0 5 6 0 2 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a 	 S a r a n y a ,   P K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   V e l l a l a r   C o l l   W o m e n ,   C o m p   S c i ,   E r o d e   6 3 8 0 1 2 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a . 	 	 	 	 	 	 A s l a m   H .   A . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   A D V   R E S   C O M P U T ,   V 2 ;   C h a n g   R F ,   2 0 0 5 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 8 9 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 4 - 2 0 4 3 - z ;   C h e n   G X ,   2 0 0 2 ,   S T A T   S I N I C A ,   V 1 2 ,   P 2 4 1 ;   D o r i g o   M . ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   S Y S T E M S   M A N   B ;   D r u k k e r   K ,   2 0 0 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 9 ,   P 1 4 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 4 8 5 9 9 5 ;   G h a n b a r i a n   A v a z e h   T a s h a k k o r i ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ,   V 2 8 ;   K a n u g o   T . ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ;   K h a n   S .   S . ,   2 0 0 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ,   V 2 5 ;   K u r t e k   S ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 1 1 7 ,   P 1 0 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c v i u . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 1 4 ;   L i u   H . B . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 7 ,   P 1 5 5 ;   M i r b o l o u k i   M . ,   2 0 1 2 ,   A U S T R   J   B A S I C   A P P L   S ,   V 6 ,   P 1 5 8 ;   M o o n   W K ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 1 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 2 3 0 4 0 3 ;   N o b l e   J A ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 9 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 6 . 8 7 7 0 9 2 ;   P a w l a k   Z ,   2 0 0 7 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 7 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 0 3 ;   P e t e r s   G . ,   2 0 1 2 ,   A D V   I N F O R M   K N O W L E D G E ;   R e n d o n   E . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T E R S   C O M M ,   V 5 ;   R i s s i n o   S . ,   2 0 0 9 ,   D A T A   M I N I N G   K N O W L E D G ,   V 4 3 8 ;   S a m u n d e e s w a r i   E .   S . ,   2 0 1 6 ,   2 0 1 6   I N T   C   I N   P R E S S ;   S a r a n y a   P .   K . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   I N F O R M   F U T U R I S ,   V 3 ;   S a x e n a   A . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R E C E N T   T E C H N O L ,   V 3 ;   S h a n   J ,   2 0 1 2 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 8 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 2 2 ;   S u   M S ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 3 ,   P 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 9 2 7 4 6 6 ;   S u n   W ,   2 0 1 2 ,   E L E C T R O N   J   S T A T ,   V 6 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 2 - E J S 6 6 8 ;   T a v a k o l   M ,   2 0 1 0 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 4 ,   P 3 5 ;   W a n g   H S ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 5 2 ,   P 5 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 0 6 	 2 5 	 0 	 0 	 4 	 4 	 A M E R   S C I E N T I F I C   P U B L I S H E R S 	 V A L E N C I A 	 2 6 6 5 0   T H E   O L D   R D ,   S T E   2 0 8 ,   V A L E N C I A ,   C A   9 1 3 8 1 - 0 7 5 1   U S A 	 2 1 5 6 - 7 0 1 8 	 2 1 5 6 - 7 0 2 6 	 	 J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N 	 J .   M e d .   I m a g i n g   H e a l t h  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 p s y c h o l o g i c a l ,   a n d   p h y s i c a l   d i s t r e s s ,   a s   c o r e   d i m e n s i o n s   o f   d i g n i t y ,   t o   b e   m o n i t o r e d   a n d   t r e a t e d   i n   c l i n i c a l   s e t t i n g s .   ( C )   2 0 1 6   P u b l i s h e d   b y   E l s e v i e r   I n c .   o n   b e h a l f   o f   A m e r i c a n   A c a d e m y   o f   H o s p i c e   a n d   P a l l i a t i v e   M e d i c i n e . 	 [ G r a s s i ,   L u i g i ;   C a r u s o ,   R o s a n g e l a ;   B r u n e t t i ,   S e r e n a ;   N a n n i ,   M a r i a   G i u l i a ]   U n i v   F e r r a r a ,   I n s t   P s y c h i a t ,   D e p t   B i o m e d   &   S p e c i a l t y   S u r g   S c i ,   F e r r a r a ,   I t a l y ;   [ G r a s s i ,   L u i g i ;   C a r u s o ,   R o s a n g e l a ;   N a n n i ,   M a r i a   G i u l i a ]   H l t h   A u t h o r ,   U n i v   H o s p   P s y c h i a t   U n i t ,   P r o g r a m   P s y c h o o n c o l   &   P s y c h i a t   P a l l i a t   C a r e ,   I n t e g r a t e d   D e p t   M e n t a l   H l t h   &   A d d i c t   D i s o r d e r s ,   F e r r a r a ,   I t a l y ;   [ G r a s s i ,   L u i g i ;   C a r u s o ,   R o s a n g e l a ;   N a n n i ,   M a r i a   G i u l i a ]   U n i v   S   A n n a   H o s p ,   F e r r a r a ,   I t a l y ;   [ C o s t a n t i n i ,   A n n a ;   B r u n e t t i ,   S e r e n a ]   U n i v   R o m e ,   S t   A n d r e a   H o s p   L a   S a p i e n z a ,   P s y c h o n c o l   U n i t ,   R o m e ,   I t a l y ;   [ M a r c h e t t i ,   P a o l o ]   S a p i e n z a   U n i v   R o m e ,   M e d   O n c o l ,   R o m e ,   I t a l y ;   I R C C S ,   I D I ,   R o m e ,   I t a l y 	 G r a s s i ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   F e r r a r a ,   C l i n   P s i c h i a t r ,   C o r s o   G i o v e c c a   2 0 3 ,   I - 4 4 1 2 1   F e r r a r a ,   I t a l y . 	 l u i g i . g r a s s i @ u n i f e . i t 	 	 	 U n i t a l s i   T r i v e n e t a ;   I t a l i a n   M e d i c a l   B o a r d / A s s o c i a t i o n   S e c t i o n   o f   F e r r a r a ;   A s s o c i a z i o n e   p e r   S u p p o r t o   P s i c o - O n c o l o g i c o 	 T h e   a u t h o r s   t h a n k   P r o f .   H a r v e y   M a x   C h o c h i n o v   f o r   h i s   t h o u g h t f u l   c o m m e n t s   a n d   s u p p o r t   i n   l a u n c h i n g   d i g n i t y   a p p r o a c h   i n   I t a l y .   A l l   t h e   p a t i e n t s   p a r t i c i p a t i n g   i n   t h e   s t u d y   a r e   a l s o   t h a n k e d .   T h e   r e s e a r c h   g r o u p   i n   F e r r a r a   ( L .   G . ,   R .   C . ,   a n d   M .   G .   N . )   w o u l d   l i k e   t o   e x p r e s s   t h e i r   g r a t i t u d e   t o   U n i t a l s i   T r i v e n e t a   a n d   t h e   I t a l i a n   M e d i c a l   B o a r d / A s s o c i a t i o n   S e c t i o n   o f   F e r r a r a   f o r   t h e i r   u n r e s t r i c t e d   r e s e a r c h   g r a n t   a n d   s u p p o r t   i n   t h e   m e m o r y   o f   F r a n c e s c o   T o m a s i ,   M D ,   a n d   t h e   A s s o c i a z i o n e   p e r   S u p p o r t o   P s i c o - O n c o l o g i c o   f o r   t h e i r   u n r e s t r i c t e d   c l i n i c a l   r e s e a r c h   g r a n t   f o r   t h e   i m p r o v e m e n t   o f   p s y c h o s o c i a l   c a r e   i n   o n c o l o g y . 	 A l b e r s   G ,   2 0 1 3 ,   J   P A L L I A T   M E D ,   V 1 6 ,   P 1 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / j p m . 2 0 1 2 . 0 3 0 7 ;   A l b e r s   G ,   2 0 1 1 ,   H E A L T H   Q U A L   L I F E   O U T ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 7 5 2 5 - 9 - 4 5 ;   C h o c h i n o v   H ,   2 0 0 7 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 3 5 ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . 3 9 2 4 4 . 6 5 0 9 2 6 . 4 7 ;   C h o c h i n o v   H M ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 7 6 0 7 ;   C h o c h i n o v   H M ,   2 0 1 2 ,   J   P A L L I A T   M E D ,   V 1 5 ,   P 9 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / j p m . 2 0 1 2 . 0 0 6 6 ;   C h o c h i n o v   H M ,   2 0 0 8 ,   J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G ,   V 3 6 ,   P 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n s y m m a n . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 1 8 ;   C h o c h i n o v   H M ,   2 0 0 2 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 7 ,   P 2 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 7 . 1 7 . 2 2 5 3 ;   C h o c h i n o v   H M ,   2 0 0 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 6 ,   P 8 4 ;   C h o c h i n o v   H M ,   2 0 0 2 ,   S O C   S C I   M E D ,   V 5 4 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 2 7 7 - 9 5 3 6 ( 0 1 ) 0 0 0 8 4 - 3 ;   G r a s s i   L . ,   F A C T O R   S T R U C T U   U N P U B ;   H a l l   S ,   2 0 1 4 ,   P A L L I A T I V E   M E D ,   V 2 8 ,   P 1 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 2 6 9 2 1 6 3 1 4 5 3 3 7 4 0 ;   K i s s a n e   D W ,   2 0 0 4 ,   J   P A L L I A T I V E   C A R E ,   V 2 0 ,   P 2 6 9 ;   K r o e n k e   K ,   2 0 0 1 ,   J   G E N   I N T E R N   M E D ,   V 1 6 ,   P 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 5 2 5 - 1 4 9 7 . 2 0 0 1 . 0 1 6 0 0 9 6 0 6 . x ;   M e h n e r t   A ,   2 0 1 1 ,   J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G ,   V 4 2 ,   P 7 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n s y m m a n . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   M u l l a n e   M a r y ,   2 0 0 9 ,   P a l l i a t   S u p p o r t   C a r e ,   V 7 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 4 7 8 9 5 1 5 0 9 9 9 0 2 5 3 ;   O e c h s l e   K ,   2 0 1 4 ,   J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G ,   V 4 8 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n s y m m a n . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 2 2 ;   R i p a m o n t i   C I ,   2 0 1 2 ,   T U M O R I ,   V 9 8 ,   P 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 7 0 0 / 1 1 4 6 . 1 2 6 4 5 ;   R u l l a n   M ,   2 0 1 5 ,   J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G ,   V 5 0 ,   P 8 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n s y m m a n . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 6 ;   S a u t i e r   L P ,   2 0 1 4 ,   J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G ,   V 4 7 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n s y m m a n . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 2 3 ;   S p i t z e r   R L ,   1 9 9 9 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 2 ,   P 1 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 2 . 1 8 . 1 7 3 7 ;   V e h l i n g   S ,   2 0 1 4 ,   P S Y C H O - O N C O L O G Y ,   V 2 3 ,   P 2 8 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 3 4 1 7 ,   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 3 4 1 5 ] 	 2 1 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 0 8 8 5 - 3 9 2 4 	 1 8 7 3 - 6 5 1 3 	 	 J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G 	 J .   P a i n   S y m p t o m   M a n a g e . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 5 3 	 2 	 	 	 	 	 2 7 9 	 2 8 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n s y m m a n . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 9 	 	 9 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c i n e ,   G e n e r a l   &   I n t e r n a l ;   C l i n i c a l   N e u r o l o g y 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   G e n e r a l   &   I n t e r n a l   M e d i c i n e ;   N e u r o s c i e n c e s   &   N e u r o l o g y 	 E P 1 A R 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 1 1 8 3 0 0 0 1 9 	 2 7 8 1 0 5 6 9 	 
 
 J 	 S a k u m u r a ,   Y ;   K o y a m a ,   Y ;   T o k u t a k e ,   H ;   H i d a ,   T ;   S a t o ,   K ;   I t o h ,   T ;   A k a m a t s u ,   T ;   S h i n ,   W 	 	 	 	 S a k u m u r a ,   Y u i c h i ;   K o y a m a ,   Y u t a r o ;   T o k u t a k e ,   H i r o a k i ;   H i d a ,   T o y o a k i ;   S a t o ,   K a z u o ;   I t o h ,   T o s h i o ;   A k a m a t s u ,   T a k a f u m i ;   S h i n ,   W o o s u c k 	 	 	 D i a g n o s i s   b y   V o l a t i l e   O r g a n i c   C o m p o u n d s   i n   E x h a l e d   B r e a t h   f r o m   L u n g   C a n c e r   P a t i e n t s   U s i n g   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e   A l g o r i t h m 	 S E N S O R S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 l u n g   c a n c e r ;   v o l a t i l e   o r g a n i c   c o m p o u n d s   ( V O C s ) ;   e x h a l e d   a i r ;   s c r e e n i n g ;   g a s   c h r o m a t o g r a p h y - m a s s   s p e c t r o m e t r y   a n a l y s i s ;   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M ) 	 C O L O R I M E T R I C   S E N S O R   A R R A Y ;   G E N E - E X P R E S S I O N   D A T A ;   A L Z H E I M E R S - D I S E A S E ;   G A S   S E N S O R S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   B I O M A R K E R S ;   M R I ;   M A R K E R S ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   D E P R E S S I O N 	 M o n i t o r i n g   e x h a l e d   b r e a t h   i s   a   v e r y   a t t r a c t i v e ,   n o n i n v a s i v e   s c r e e n i n g   t e c h n i q u e   f o r   e a r l y   d i a g n o s i s   o f   d i s e a s e s ,   e s p e c i a l l y   l u n g   c a n c e r .   H o w e v e r ,   t h e   t e c h n i q u e   p r o v i d e s   i n s u f f i c i e n t   a c c u r a c y   b e c a u s e   t h e   e x h a l e d   a i r   h a s   m a n y   c r u c i a l   v o l a t i l e   o r g a n i c   c o m p o u n d s   ( V O C s )   a t   v e r y   l o w   c o n c e n t r a t i o n s   ( p p b   l e v e l ) .   W e   a n a l y z e d   t h e   b r e a t h   e x h a l e d   b y   l u n g   c a n c e r   p a t i e n t s   a n d   h e a l t h y   s u b j e c t s   ( c o n t r o l s )   u s i n g   g a s   c h r o m a t o g r a p h y / m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( G C / M S ) ,   a n d   p e r f o r m e d   a   s u b s e q u e n t   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s   t o   d i a g n o s e   l u n g   c a n c e r   b a s e d   o n   t h e   c o m b i n a t i o n   o f   m u l t i p l e   l u n g   c a n c e r - r e l a t e d   V O C s .   W e   d e t e c t e d   6 8   V O C s   a s   m a r k e r   s p e c i e s   u s i n g   G C / M S   a n a l y s i s .   W e   r e d u c e d   t h e   n u m b e r   o f   V O C s   a n d   u s e d   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   a l g o r i t h m   t o   c l a s s i f y   t h e   s a m p l e s .   W e   o b s e r v e d   t h a t   a   c o m b i n a t i o n   o f   f i v e   V O C s   ( C H N ,   m e t h a n o l ,   C H 3 C N ,   i s o p r e n e ,   1 - p r o p a n o l )   i s   s u f f i c i e n t   f o r   8 9 . 0 %   s c r e e n i n g   a c c u r a c y ,   a n d   h e n c e ,   i t   c a n   b e   u s e d   f o r   t h e   d e s i g n   a n d   d e v e l o p m e n t   o f   a   d e s k t o p   G C - s e n s o r   a n a l y s i s   s y s t e m   f o r   l u n g   c a n c e r . 	 [ S a k u m u r a ,   Y u i c h i ;   K o y a m a ,   Y u t a r o ;   T o k u t a k e ,   H i r o a k i ]   A i c h i   P r e f e c t u r a l   U n i v ,   D e p t   I n f o r m a t   S c i   &   T e c h n o l ,   N a g a k u t e ,   A i c h i   4 8 0 1 1 9 8 ,   J a p a n ;   [ H i d a ,   T o y o a k i ]   A i c h i   C a n c   C t r ,   D e p t   T h o r a c   O n c o l ,   C h i k u s a   K u ,   1 - 1   K a n o k o d e n ,   N a g o y a ,   A i c h i   4 6 4 8 6 8 1 ,   J a p a n ;   [ S a t o ,   K a z u o ]   A i c h i   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   M e c h   E n g n ,   T o y o t a   4 7 0 0 3 9 2 ,   J a p a n ;   [ I t o h ,   T o s h i o ;   A k a m a t s u ,   T a k a f u m i ;   S h i n ,   W o o s u c k ]   N a t l   I n s t   A d v   I n d   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   M a t   &   C h e m ,   M o r i y a m a   K u ,   N a g o y a ,   A i c h i   4 6 3 8 5 6 0 ,   J a p a n 	 S a k u m u r a ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A i c h i   P r e f e c t u r a l   U n i v ,   D e p t   I n f o r m a t   S c i   &   T e c h n o l ,   N a g a k u t e ,   A i c h i   4 8 0 1 1 9 8 ,   J a p a n . ;   S h i n ,   W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   I n s t   A d v   I n d   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   M a t   &   C h e m ,   M o r i y a m a   K u ,   N a g o y a ,   A i c h i   4 6 3 8 5 6 0 ,   J a p a n . 	 s a k u m u r a @ i s t . a i c h i - p u . a c . j p ;   s o n i c . h . 0 7 1 5 @ g m a i l . c o m ;   t o k u s a n p c @ g m a i l . c o m ;   1 0 7 9 7 4 @ a i c h i - c c . j p ;   s a t o @ a i t e c h . a c . j p ;   i t o h - t o s h i o @ a i s t . g o . j p ;   t - a k a m a t s u @ a i s t . g o . j p ;   w . s h i n @ a i s t . g o . j p 	 	 	 K n o w l e d g e   H u b   A i c h i   ( t h e   p r i o r i t y   r e s e a r c h   p r o j e c t )   o f   A i c h i   P r e f e c t u r e   a n d   S p e c i a l   R e s e a r c h   A i d   o f   t h e   P r e s i d e n t   o f   A i c h i   P r e f e c t u r a l   U n i v e r s i t y ,   J a p a n   [ P 3 - G 3 - S 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   K n o w l e d g e   H u b   A i c h i   ( t h e   p r i o r i t y   r e s e a r c h   p r o j e c t :   P 3 - G 3 - S 1 )   o f   A i c h i   P r e f e c t u r e   a n d   S p e c i a l   R e s e a r c h   A i d   o f   t h e   P r e s i d e n t   o f   A i c h i   P r e f e c t u r a l   U n i v e r s i t y ,   J a p a n .   T h e   a u t h o r s   a l s o   t h a n k   P r o f s .   T a k a h a r u   K o n d o   ( C h u b u   U n i v e r s i t y ,   J a p a n ) ,   K a z u s h i   I k e d a   ( N a r a   I n s t i t u t e   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   J a p a n ) ,   J u n i c h i r o   Y o s h i m o t o   ( N a r a   I n s t i t u t e   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   J a p a n ) ,   a n d   T h o m a s   N .   S a t o   ( E R A T O   S a t o   L i v e   B i o - F o r e c a s t i n g   P r o j e c t ,   J a p a n )   f o r   t h e i r   c o m m e n t s   r e g a r d i n g   t h e   b r e a t h   a n a l y s i s . 	 A k b a n i   R . ,   2 0 0 4 ,   M A C H   L E A R N   E C M L ,   V 2 0 0 4 ,   P 3 9 ;   A m a n n   A ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   M A S S   S P E C T R O M ,   V 2 3 9 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m s . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 1 0 ;   A m a n n   A . ,   2 0 0 5 ,   B R E A T H   A N A L   C L I N   D I A ;   A m b r o i s e   C ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 6 5 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 2 1 0 2 6 9 9 ;   B a c h   P B ,   2 0 0 3 ,   C H E S T ,   V 1 2 3 ,   p 7 2 S ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 1 2 3 . 1 _ s u p p l . 7 2 S ;   B a r a s h   O ,   2 0 1 2 ,   N A N O M E D - N A N O T E C H N O L ,   V 8 ,   P 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n a n o . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 1 ;   B e r n h a r d   E .   B . ,   1 9 9 2 ,   P   5   A N N   W O R K S H   C O M P ,   P 1 4 4 ;   B r o w n   M P S ,   2 0 0 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 7 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 7 . 1 . 2 6 2 ;   C h a i   H ,   2 0 0 4 ,   P   2   E U R   W O R K S H   D A T   M ,   P 3 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 5 ,   D A T A   M I N I N G   A N D   K N O W L E D G E   D I S C O V E R Y   H A N D B O O K ,   P 8 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 0 - 3 8 7 - 2 5 4 6 5 - X _ 4 0 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   C O R A Z Z A   G R ,   1 9 9 0 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 9 8 ,   P 3 0 2 ;   D i   N a t a l e   C ,   2 0 0 3 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 1 8 ,   P 1 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 6 - 5 6 6 3 ( 0 3 ) 0 0 0 8 6 - 1 ;   D r a g o n i e r i   S ,   2 0 0 9 ,   L U N G   C A N C E R ,   V 6 4 ,   P 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 8 ;   F e n s   N ,   2 0 0 9 ,   A M   J   R E S P   C R I T   C A R E ,   V 1 8 0 ,   P 1 0 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 4 / r c c m . 2 0 0 9 0 6 - 0 9 3 9 O C ;   F u c h s   P ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 6 ,   P 2 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 9 7 0 ;   F u r e y   T S ,   2 0 0 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   P 9 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 6 . 1 0 . 9 0 6 ;   G i l a d - B a c h r a c h   R . ,   2 0 0 4 ,   P   2 1   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 1 4 4 ;   G O R D O N   S M ,   1 9 8 5 ,   C L I N   C H E M ,   V 3 1 ,   P 1 2 7 8 ;   H a k i m   M ,   2 0 1 1 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 4 ,   P 1 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 1 . 1 2 8 ;   I t o h   T ,   2 0 1 6 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 6 1 1 1 8 9 1 ;   K h a r i t o n o v   S A ,   2 0 0 2 ,   B I O M A R K E R S ,   V 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 3 5 4 7 5 0 0 1 1 0 1 0 4 2 3 3 ;   K l o p p e l   S ,   2 0 0 8 ,   B R A I N ,   V 1 3 1 ,   P 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b r a i n / a w m 3 1 9 ;   K l o p p e l   S ,   2 0 1 2 ,   N E U R O I M A G E ,   V 6 1 ,   P 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 2 ;   L o u r e n c o   C e l i a ,   2 0 1 4 ,   M e t a b o l i t e s ,   V 4 ,   P 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m e t a b o 4 0 2 0 4 6 5 ;   M a c h a d o   R F ,   2 0 0 5 ,   A M   J   R E S P   C R I T   C A R E ,   V 1 7 1 ,   P 1 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 4 / r c c m . 2 0 0 4 0 9 - 1 1 8 4 O C ;   M a r q u a n d   A F ,   2 0 0 8 ,   N E U R O R E P O R T ,   V 1 9 ,   P 1 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / W N R . 0 b 0 1 3 e 3 2 8 3 1 0 4 2 5 e ;   M a z z o n e   P J ,   2 0 0 8 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 3 ,   P 7 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 7 c 7 4 3 9 ;   M a z z o n e   P J ,   2 0 0 7 ,   T H O R A X ,   V 6 2 ,   P 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / t h x . 2 0 0 6 . 0 7 2 8 9 2 ;   M a z z o n e   P J ,   2 0 1 2 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 7 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 3 3 d 8 0 f ;   M c H a r d y   A C ,   2 0 0 7 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 4 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H 9 7 6 ;   N a v o t   A ,   2 0 0 6 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 9 9 5 ;   N o u r e t d i n o v   I ,   2 0 1 1 ,   N E U R O I M A G E ,   V 5 6 ,   P 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 2 3 ;   O r t i z   A ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 4 ,   P 1 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 1 4 ;   P e n g   G ,   2 0 0 9 ,   N A T   N A N O T E C H N O L ,   V 4 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n n a n o . 2 0 0 9 . 2 3 5 ;   P e n n a z z a   G ,   2 0 1 0 ,   E U R   R E S P I R   M O N O G R ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 3 / 1 0 2 5 4 4 8 x . 0 0 0 1 8 6 0 9 ;   P h i l l i p s   M ,   1 9 9 9 ,   L A N C E T ,   V 3 5 3 ,   P 1 9 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 9 8 ) 0 7 5 5 2 - 7 ;   P h i l l i p s   M ,   2 0 0 3 ,   C H E S T ,   V 1 2 3 ,   P 2 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 1 2 3 . 6 . 2 1 1 5 ;   P h i l l i p s   M ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 3 9 3 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 2 1 ;   P h i l l i p s   M i c h a e l ,   2 0 0 7 ,   C a n c e r   B i o m a r k e r s ,   V 3 ,   P 9 5 ;   P h i l l i p s   M ,   2 0 0 7 ,   T U B E R C U L O S I S ,   V 8 7 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t u b e . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 0 4 ;   R u a n   S ,   2 0 0 7 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 7 . 3 5 7 0 8 2 ;   V a n   B e r k e l   J J B N ,   2 0 0 8 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 8 6 1 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 0 8 ;   V a n   B e r k e l   J J B N ,   2 0 1 0 ,   R E S P   M E D ,   V 1 0 4 ,   P 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r m e d . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 8 ;   v a n ' t   V e e r   L J ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 5 3 0 a ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 6 3 ,   A v t o m a t i k a   i   T e l e m e k h a n i k a ,   V 2 4 ,   P 7 7 4 ;   W e h i n g e r   A ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   M A S S   S P E C T R O M ,   V 2 6 5 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m s . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 1 2 ;   Y i n   Z ,   2 0 1 3 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 5 ,   P 8 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 2 7 6 4 ;   Z a c h a r a k i   E I ,   2 0 0 9 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 2 ,   P 1 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 2 1 4 7 	 4 9 	 0 	 0 	 3 	 3 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 1 4 2 4 - 8 2 2 0 	 	 	 S E N S O R S - B A S E L 	 S e n s o r s 	 F E B 	 2 0 1 7 	 1 7 	 2 	 	 	 	 	 	 	 2 8 7 	 1 0 . 3 3 9 0 / s 1 7 0 2 0 2 8 7 	 	 1 2 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   E l e c t r o c h e m i s t r y ;   I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n 	 C h e m i s t r y ;   E l e c t r o c h e m i s t r y ;   I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n 	 E M 7 H S 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 4 8 2 7 0 0 0 7 1 	 	 
 
 J 	 H a n ,   B ;   D u ,   Y ;   F u ,   T ;   F a n ,   Z M ;   X u ,   S P ;   H u ,   C X ;   B i ,   L R ;   G a o ,   T ;   Z h a n g ,   H P ;   X u ,   W Q 	 	 	 	 H a n ,   B i n g ;   D u ,   Y e ;   F u ,   T o n ;   F a n ,   Z h i m i n ;   X u ,   S h u p i n g ;   H u ,   C h e n g x u ;   B i ,   L i r o n g ;   G a o ,   T i n g ;   Z h a n g ,   H a i p e n g ;   X u ,   W e i q i n g 	 	 	 D i f f e r e n c e s   a n d   R e l a t i o n s h i p s   B e t w e e n   N o r m a l   a n d   A t y p i c a l   D u c t a l   H y p e r p l a s i a ,   D u c t a l   C a r c i n o m a   I n   S i t u ,   a n d   I n v a s i v e   D u c t a l   C a r c i n o m a   T i s s u e s   i n   t h e   B r e a s t   B a s e d   o n   R a m a n   S p e c t r o s c o p y 	 A P P L I E D   S P E C T R O S C O P Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r ;   a t y p i c a l   d u c t a l   h y p e r p l a s i a ;   R a m a n   s p e c t r o s c o p y 	 D I A G N O S I S ;   C A N C E R ;   D I S E A S E ;   V I V O ;   M A N A G E M E N T ;   B I O P S Y ;   C E L L S ;   L I G H T ;   T O O L 	 T h e   a i m   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t o   f i n d   t h e   d i f f e r e n c e s   a n d   r e l a t i o n s h i p s   b e t w e e n   n o r m a l ,   a t y p i c a l   d u c t a l   h y p e r p l a s i a   ( A D H ) ,   d u c t a l   c a r c i n o m a   i n   s i t u   ( D C I S ) ,   a n d   i n v a s i v e   d u c t a l   c a r c i n o m a   ( I D C )   l e s i o n s   o f   t h e   b r e a s t   b a s e d   o n   b i o c h e m i c a l   c h a r a c t e r i s t i c s   d e t e r m i n e d   b y   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   ( R S ) .   A f t e r   c o l l e c t i n g   3 9   f r o z e n   s e c t i o n s   f r o m   p a t i e n t s   w h o   u n d e r w e n t   s u r g i c a l   r e s e c t i o n   o r   m a m m o t o m e   b i o p s y ,   n i n e   n o r m a l   t i s s u e s ,  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 D C I S   a n d   t o   I D C . 	 [ H a n ,   B i n g ;   D u ,   Y e ;   F u ,   T o n ;   F a n ,   Z h i m i n ]   J i l i n   U n i v ,   H o s p   1 ,   D e p t   B r e a s t   S u r g ,   C h a n g c h u n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ X u ,   S h u p i n g ;   H u ,   C h e n g x u ;   X u ,   W e i q i n g ]   J i l i n   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   S u p r a m o l   S t r u c t   &   M a t ,   C h a n g c h u n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ B i ,   L i r o n g ]   J i l i n   U n i v ,   D e p t   P a t h o l ,   H o s p   1 ,   C h a n g c h u n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ G a o ,   T i n g ]   N o r t h e a s t   N o r m a l   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   C h a n g c h u n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h a n g ,   H a i p e n g ]   J i l i n   U n i v ,   D e p t   O b s t e t ,   H o s p   1 ,   C h a n g c h u n ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   H P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   X i n m i n   S t ,   C h a n g c h u n   1 3 0 0 2 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z h a n g h a i p e n g 8 0 6 3 @ 1 2 6 . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   N S F C   [ 8 1 2 0 2 0 7 8 ,   2 1 0 7 3 0 7 3 ,   9 1 0 2 7 0 1 0 ] ;   N a t i o n a l   I n s t r u m e n t a t i o n   P r o g r a m   ( N I P )   o f   t h e   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   C h i n a   [ 2 0 1 1 Y Q 0 3 0 1 2 4 0 8 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   N S F C   ( G r a n t   n o s .   8 1 2 0 2 0 7 8 ,   2 1 0 7 3 0 7 3 ,   a n d   9 1 0 2 7 0 1 0 )   a n d   t h e   N a t i o n a l   I n s t r u m e n t a t i o n   P r o g r a m   ( N I P )   o f   t h e   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   C h i n a   ( n o .   2 0 1 1 Y Q 0 3 0 1 2 4 0 8 ) . 	 B o m b o n a t i   A ,   2 0 1 1 ,   J   P A T H O L ,   V 2 2 3 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 2 8 0 8 ;   B r o z e k - P l u s k a   B ,   2 0 1 2 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 7 ,   P 3 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 a n 1 6 1 7 9 f ;   C h e n   H M ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 3 ,   P 1 3 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 4 0 0 1 3 7 6 ;   C h e n   W Q ,   2 0 1 3 ,   C H I N E S E   J   C A N C E R   R E S ,   V 2 5 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 1 0 0 0 - 9 6 0 4 . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 4 ;   C h o w d a r y   M V P ,   2 0 0 6 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 8 3 ,   P 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i p . 2 0 5 8 6 ;   E r c k e n s   R J ,   1 9 9 7 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 2 8 ,   P 2 9 3 ;   F e n d e l   S ,   1 9 9 8 ,   F R E S E N   J   A N A L   C H E M ,   V 3 6 0 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 0 0 5 0 7 6 7 ;   F R A N K   C J ,   1 9 9 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 6 6 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 0 0 7 5 a 0 0 2 ;   G a l v a o   R K H ,   2 0 0 5 ,   T A L A N T A ,   V 6 7 ,   P 7 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 2 5 ;   H a k a   A S ,   2 0 0 9 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 2 4 7 1 5 4 ;   H a k a   A S ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 3 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A n - 0 5 - 2 8 1 5 ;   H a k a   A S ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 2 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 1 3 9 0 1 0 2 ;   H a n l o n   E B ,   2 0 0 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 5 ,   p R 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 5 / 2 / 2 0 1 ;   H o n g   Z J ,   2 0 1 1 ,   E J S O - E U R   J   S U R G   O N C ,   V 3 7 ,   P 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j s o . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 1 4 ;   H o r s n e l l   J D ,   2 0 1 2 ,   S U R G - J   R   C O L L   S U R G   E ,   V 1 0 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s u r g e . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 4 ;   H u   C X ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 0 4 0 5 4 ;   J a l k a n e n   K J ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   Q U A N T U M   C H E M ,   V 1 0 6 ,   P 1 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / q u a . 2 0 8 6 3 ;   K a s t   R E ,   2 0 0 8 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 8 9 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i p . 2 0 8 9 9 ;   K e l l e r   M D ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 6 0 0 7 0 8 ;   K o h a v i   R . ,   P   1 4   I N T   J O I N T   C   A R T ,   V 2 ,   P 1 1 3 7 ;   K o l b   T M ,   2 0 0 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 5 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 5 1 0 1 1 6 6 7 ;   K r i s h n a   C M ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   R E V   M O L   D I A G N ,   V 8 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 6 / 1 4 7 3 7 1 5 9 . 8 . 2 . 1 4 9 ;   L e e   K W ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 9 9 3 5 ;   L i e b e r   C A ,   2 0 0 0 ,   P R O C   S P I E ,   V 3 9 1 8 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 3 8 4 9 3 4 ;   L I U   C H ,   1 9 9 2 ,   J   P H O T O C H   P H O T O B I O   B ,   V 1 6 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 1 0 1 1 - 1 3 4 4 ( 9 2 ) 8 0 0 0 8 - J ;   M a h a d e v a n - J a n s e n   A ,   1 9 9 6 ,   J   B i o m e d   O p t ,   V 1 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 2 7 8 1 5 ;   M a r c e l o   M . ,   2 0 1 0 ,   T H E O R   C H E M   A C C ,   V 1 2 5 ,   P 3 2 9 ;   M a t t h e w s   Q ,   2 0 1 1 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 6 ,   P 6 8 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 6 / 2 1 / 0 0 6 ;   M i u r a   T ,   1 9 9 5 ,   S u b c e l l   B i o c h e m ,   V 2 4 ,   P 5 5 ;   M o h s   A M ,   2 0 1 0 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 2 ,   P 9 0 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 1 0 2 0 5 8 k ;   P A G E   D L ,   1 9 9 2 ,   H U M   P A T H O L ,   V 2 3 ,   P 1 0 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 4 6 - 8 1 7 7 ( 9 2 ) 9 0 0 2 6 - Y ;   P i n d e r   S E ,   2 0 0 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 5 ,   P 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 6 2 3 ;   P U P P E L S   G J ,   1 9 9 1 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 1 9 5 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 1 4 - 4 8 2 7 ( 9 1 ) 9 0 3 8 5 - 8 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 2 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 2 ,   P 1 0 ,   D O I   [ 1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 4 9 ,   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 3 8 ,   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 5 3 ] ;   S t o n e   N ,   2 0 0 4 ,   F A R A D A Y   D I S C U S S ,   V 1 2 6 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 3 0 4 9 9 2 b ;   S t o n e   N ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 4 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 6 5 5 7 ;   V a n   d e   V i j v e r   M J ,   2 0 0 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 5 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 6 2 9 ;   Y a o   X J ,   2 0 0 4 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 4 ,   P 1 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 4 9 9 6 5 i 	 3 8 	 0 	 0 	 2 	 2 	 S A G E   P U B L I C A T I O N S   I N C 	 T H O U S A N D   O A K S 	 2 4 5 5   T E L L E R   R D ,   T H O U S A N D   O A K S ,   C A   9 1 3 2 0   U S A 	 0 0 0 3 - 7 0 2 8 	 1 9 4 3 - 3 5 3 0 	 	 A P P L   S P E C T R O S C 	 A p p l .   S p e c t r o s c . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 7 1 	 2 	 	 	 	 	 3 0 0 	 3 0 7 	 	 1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 0 3 7 0 2 8 1 6 6 8 1 0 0 9 	 	 8 	 I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   S p e c t r o s c o p y 	 I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   S p e c t r o s c o p y 	 E L 5 O B 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 6 6 9 3 0 0 0 1 3 	 2 8 1 8 1 4 6 9 	 
 
 J 	 C h e n ,   H ;   Z h a n g ,   Y ;   Z h a n g ,   W H ;   L i a o ,   P X ;   L i ,   K ;   Z h o u ,   J L ;   W a n g ,   G 	 	 	 	 C h e n ,   H u ;   Z h a n g ,   Y i ;   Z h a n g ,   W e i h u a ;   L i a o ,   P e i x i ;   L i ,   K e ;   Z h o u ,   J i l i u ;   W a n g ,   G e 	 	 	 y   L o w - d o s e   C T   v i a   c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k 	 B I O M E D I C A L   O P T I C S   E X P R E S S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 V I E W   I M A G E - R E C O N S T R U C T I O N ;   W E I G H T E D   L E A S T - S Q U A R E S ;   X - R A Y   C T ;   C O M P U T E D - T O M O G R A P H Y ;   R E S T O R A T I O N ;   A L G O R I T H M ;   S P A R S E ;   C A N C E R ;   D I C T I O N A R I E S ;   S E G M E N T A T I O N 	 I n   o r d e r   t o   r e d u c e   t h e   p o t e n t i a l   r a d i a t i o n   r i s k ,   l o w - d o s e   C T   h a s   a t t r a c t e d   a n   i n c r e a s i n g   a t t e n t i o n .   H o w e v e r ,   s i m p l y   l o w e r i n g   t h e   r a d i a t i o n   d o s e   w i l l   s i g n i f i c a n t l y   d e g r a d e   t h e   i m a g e   q u a l i t y .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   p r o p o s e   a   n e w   n o i s e   r e d u c t i o n   m e t h o d   f o r   l o w - d o s e   C T   v i a   d e e p   l e a r n i n g   w i t h o u t   a c c e s s i n g   o r i g i n a l   p r o j e c t i o n   d a t a .   A   d e e p   c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k   i s   h e r e   u s e d   t o   m a p   l o w - d o s e   C T   i m a g e s   t o w a r d s   i t s   c o r r e s p o n d i n g   n o r m a l - d o s e   c o u n t e r p a r t s   i n   a   p a t c h - b y - p a t c h   f a s h i o n .   Q u a l i t a t i v e   r e s u l t s   d e m o n s t r a t e   a   g r e a t   p o t e n t i a l   o f   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   o n   a r t i f a c t   r e d u c t i o n   a n d   s t r u c t u r e   p r e s e r v a t i o n .   I n   t e r m s   o f   t h e   q u a n t i t a t i v e   m e t r i c s ,   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   h a s   s h o w e d   a   s u b s t a n t i a l   i m p r o v e m e n t   o n   P S N R ,   R M S E   a n d   S S I M   t h a n   t h e   c o m p e t i n g   s t a t e - o f - a r t   m e t h o d s .   F u r t h e r m o r e ,   t h e   s p e e d   o f   o u r   m e t h o d   i s   o n e   o r d e r   o f   m a g n i t u d e   f a s t e r   t h a n   t h e   i t e r a t i v e   r e c o n s t r u c t i o n   a n d   p a t c h - b a s e d   i m a g e   d e n o i s i n g   m e t h o d s .   ( C )   2 0 1 7   O p t i c a l   S o c i e t y   o f   A m e r i c a 	 [ C h e n ,   H u ;   Z h a n g ,   Y i ;   Z h a n g ,   W e i h u a ;   L i ,   K e ;   Z h o u ,   J i l i u ]   S i c h u a n   U n i v ,   C o l l   C o m p   S c i ,   C h e n g d u   6 1 0 0 6 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h e n ,   H u ;   L i ,   K e ]   S i c h u a n   U n i v ,   N a t l   K e y   L a b   F u n d a m e n t a l   S c i   S y n t h e t   V i s ,   C h e n g d u   6 1 0 0 6 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i a o ,   P e i x i ]   S i x t h   P e o p l e s   H o s p   C h e n g d u ,   D e p t   S c i   R e s   &   E d u c ,   C h e n g d u   6 1 0 0 6 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   G e ]   R e n s s e l a e r   P o l y t e c h   I n s t ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   T r o y ,   N Y   1 2 1 8 0   U S A 	 Z h a n g ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S i c h u a n   U n i v ,   C o l l   C o m p   S c i ,   C h e n g d u   6 1 0 0 6 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 y z h a n g @ s c u . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   [ 6 1 2 0 2 1 6 0 ,   6 1 3 0 2 0 2 8 ,   6 1 6 7 1 3 1 2 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   B i o m e d i c a l   I m a g i n g   a n d   B i o e n g i n e e r i n g   ( N I B I B ) / N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H )   [ R 0 1   E B 0 1 6 9 7 7 ,   U 0 1   E B 0 1 7 1 4 0 ] 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   ( 6 1 2 0 2 1 6 0 ,   6 1 3 0 2 0 2 8 ,   6 1 6 7 1 3 1 2 ) ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   B i o m e d i c a l   I m a g i n g   a n d   B i o e n g i n e e r i n g   ( N I B I B ) / N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H )   ( R 0 1   E B 0 1 6 9 7 7 ,   U 0 1   E B 0 1 7 1 4 0 ) . 	 A g o s t i n e l l i   F . ,   2 0 1 3 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 1 4 9 3 ;   A h a r o n   M ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 5 4 ,   P 4 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S P . 2 0 0 6 . 8 8 1 1 9 9 ;   B a l d a   M . ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 1 1 1 6 ;   B e r r i n g t o n   d e   G o n z a l e z   A ,   2 0 0 4 ,   L A N C E T ,   V 3 6 3 ,   P 3 4 5 ;   B r e n n e r   D J ,   2 0 0 7 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 7 ,   P 2 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M r a 0 7 2 1 4 9 ;   B u r g e r   H C ,   2 0 1 2 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 2 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 2 . 6 2 4 7 9 5 2 ;   C a i   J F ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 3 ,   P 1 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 1 9 0 5 5 ;   C a n d e s   E J ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 5 2 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 2 0 0 5 . 8 6 2 0 8 3 ;   C h a   K H ,   2 0 1 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 3 ,   P 1 8 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 4 4 4 9 8 ;   C h e n   Y ,   2 0 1 3 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 8 ,   P 5 8 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 8 / 1 6 / 5 8 0 3 ;   C h e n   Y ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 9 / 2 6 6 7 ;   C h e n   Y ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 3 ,   P 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 0 7 ;   D o n g   C ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 8 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 5 . 2 4 3 9 2 8 1 ;   E l a d   M ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 5 ,   P 3 7 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 6 . 8 8 1 9 6 9 ;   F e r u g l i o   P F ,   2 0 1 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 5 ,   P 5 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 5 / 1 8 / 0 0 9 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 7 6 4 7 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 2 0 0 6 . 1 8 . 7 . 1 5 2 7 ;   J a i n   V . ,   2 0 0 8 ,   P   N I P S ,   P 7 6 9 ;   J a i t l y   N ,   2 0 1 1 ,   I N T   C O N F   A C O U S T   S P E E ,   P 5 8 8 4 ;   K a l l e n b e r g   M ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 2 1 2 2 ;   K a n g   D ,   2 0 1 3 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 0 6 9 0 7 ;   K a n g   E . ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 1 0 0 9 7 3 6 ;   L e c u n   Y ,   1 9 9 8 ,   P   I E E E ,   V 8 6 ,   P 2 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 7 2 6 7 9 1 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L i   T F ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   N U C L   S C I ,   V 5 1 ,   P 2 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N S . 2 0 0 4 . 8 3 4 8 2 4 ;   L i   W ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 6 ,   P 1 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 3 . 1 6 7 ;   L i   Z B ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 5 1 6 3 5 ;   L i a o   S h u ,   2 0 1 3 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 6 ,   P 2 5 4 ;   M a   J H ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 7 5 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 2 2 / 7 5 1 9 ;   M a   J H ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 5 7 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 6 3 8 1 2 5 ;   M a n d u c a   A ,   2 0 0 9 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 6 ,   P 4 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 2 3 2 0 0 4 ;   N a i r   V . ,   2 0 1 0 ,   P   2 7   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 8 0 7 ;   S h e n g   K ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 9 4 7 1 4 ;   S h i n   H C ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 1 9 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 2 . 2 7 7 ;   S I D D O N   R L ,   1 9 8 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 1 2 ,   P 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 5 7 1 5 ;   S i d k y   E Y ,   2 0 0 8 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 3 ,   P 4 7 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 3 / 1 7 / 0 2 1 ;   S i r i n u k u n w a t t a n a   K ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 5 8 0 3 ;   T a n g   S J ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 5 4 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 4 5 5 6 4 ;   W a n g   G . ,   I E E E   A C C E S S   I N   P R E S S ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / A C C E S S . 2 0 1 6 . 2 6 2 4 9 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / A C C E S S . 2 0 1 6 . 2 6 2 4 9 3 8 ] ;   W a n g   J ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 5 ,   P 1 0 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 7 . 9 0 9 5 3 1 ;   W a n g   R X ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 5 ,   P 2 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 6 . 2 5 4 1 3 1 8 ;   W a n g   S S ,   2 0 1 6 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 5 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 6 . 7 4 9 3 3 2 0 ;   W a n g   Z ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 3 ,   P 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 3 . 8 1 9 8 6 1 ;   X i e   J . ,   2 0 1 2 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 3 5 0 ;   X u   J ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 5 8 7 0 2 ;   X u   L . ,   2 0 1 4 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 1 7 9 0 ;   X u   Q ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 1 6 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 1 9 5 6 6 9 ;   Z h a n g   H . ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 7 0 8 7 0 7 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T R A N S   C O M P U T   I M ,   V 2 ,   P 5 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C I . 2 0 1 6 . 2 6 0 9 4 1 4 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 7 ,   P 1 0 1 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 7 . 0 0 1 0 1 5 ,   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 7 . 0 0 0 1 0 1 5 ] ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 4 ,   J   O P T   S O C   A M   A ,   V 3 1 ,   P 9 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 3 1 . 0 0 0 9 8 1 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   I M A G   S Y S T   T E C H ,   V 2 3 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i m a . 2 2 0 5 8 ;   Z h u   J ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 0 7 3 	 5 3 	 0 	 0 	 1 	 1 	 O P T I C A L   S O C   A M E R 	 W A S H I N G T O N 	 2 0 1 0   M A S S A C H U S E T T S   A V E   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 0 3 6   U S A 	 2 1 5 6 - 7 0 8 5 	 	 	 B I O M E D   O P T   E X P R E S S 	 B i o m e d .   O p t .   E x p r e s s 	 F E B   1 	 2 0 1 7 	 8 	 2 	 	 	 	 	 6 7 9 	 6 9 4 	 	 1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 8 . 0 0 0 6 7 9 	 	 1 6 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E K 8 O A 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 1 8 2 1 0 0 0 1 6 	 2 8 2 7 0 9 7 6 	 
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 J 	 M u n g l e ,   T ;   T e w a r y ,   S ;   A r u n ,   I ;   B a s a k ,   B ;   A g a r w a l ,   S ;   A h m e d ,   R ;   C h a t t e r j e e ,   S ;   M a i t y ,   A K ;   C h a k r a b o r t y ,   C 	 	 	 	 M u n g l e ,   T u s h a r ;   T e w a r y ,   S u m a n ;   A r u n ,   I n d u ;   B a s a k ,   B i j a n ;   A g a r w a l ,   S a n j i t ;   A h m e d ,   R o s i n a ;   C h a t t e r j e e ,   S a n j o y ;   M a i t y ,   A s o k   K u m a r ;   C h a k r a b o r t y ,   C h a n d a n 	 	 	 A u t o m a t e d   c h a r a c t e r i z a t i o n   a n d   c o u n t i n g   o f   K i - 6 7   p r o t e i n   f o r   b r e a s t   c a n c e r   p r o g n o s i s :   A   q u a n t i t a t i v e   i m m u n o h i s t o c h e m i s t r y   a p p r o a c h 	 C O M P U T E R   M E T H O D S   A N D   P R O G R A M S   I N   B I O M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r ;   I m m u n o h i s t o c h e m i s t r y ;  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 A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ M u n g l e ,   T u s h a r ;   T e w a r y ,   S u m a n ;   C h a k r a b o r t y ,   C h a n d a n ]   I I T   K h a r a g p u r ,   S c h   M e d   S c i   &   T e c h n o l ,   K h a r a g p u r   7 2 1 3 0 2 ,   W   B e n g a l ,   I n d i a ;   [ A r u n ,   I n d u ;   B a s a k ,   B i j a n ;   A g a r w a l ,   S a n j i t ;   A h m e d ,   R o s i n a ;   C h a t t e r j e e ,   S a n j o y ]   T a t a   M e d   C t r ,   K o l k a t a ,   W   B e n g a l ,   I n d i a ;   [ M a i t y ,   A s o k   K u m a r ]   M i d n a p u r   M e d   C o l l   &   H o s p ,   M i d n a p o r e ,   W   B e n g a l ,   I n d i a 	 C h a k r a b o r t y ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I I T   K h a r a g p u r ,   S c h   M e d   S c i   &   T e c h n o l ,   K h a r a g p u r   7 2 1 3 0 2 ,   W   B e n g a l ,   I n d i a . 	 c h a n d a n c @ s m s t . i i t k g p . e r n e t . i n 	 	 	 M i n i s t r y   o f   H u m a n   R e s o u r c e   D e v e l o p m e n t ,   G o v e r n m e n t   o f   I n d i a   u n d e r   S S L S - r e s e a r c h   g r a n t ,   A n   I I T   K h a r a g p u r   I n i t i a t i v e   [ 4 - 2 3 / 2 0 1 4 ] 	 W e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   t h e   M i n i s t r y   o f   H u m a n   R e s o u r c e   D e v e l o p m e n t ,   G o v e r n m e n t   o f   I n d i a   f o r   s u p p o r t i n g   a n d   f i n a n c i a l l y   a i d i n g   t h e   s t u d y   u n d e r   t h e   S S L S - r e s e a r c h   g r a n t ,   4 - 2 3 / 2 0 1 4   - T . S . I .   d a t e d :   1 4 - 0 2 - 2 0 1 4 ,   A n   I I T   K h a r a g p u r   I n i t i a t i v e . 	 A l - L a h h a m   H .   Z . ,   2 0 1 2 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 8 3 1 5 ,   P 7 ;   A l l i s o n   K H ,   2 0 1 2 ,   A M   J   C L I N   P A T H O L ,   V 1 3 8 ,   P 7 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 0 9 / A J C P I V 9 I Q 1 M R Q M O O ;   A n a r i   V . ,   2 0 1 1 ,   E N H A N C E M E N T   S E G M E N T A ;   A n a r i   V . ,   2 0 1 0 ,   2 0 1 0   6   I R   C   M A C H   V I S ;   B E Z D E K   J C ,   1 9 8 4 ,   C O M P U T   G E O S C I ,   V 1 0 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 8 - 3 0 0 4 ( 8 4 ) 9 0 0 2 0 - 7 ;   B u s i n   L . ,   2 0 0 9 ,   S I G N   I M   P R O C   A P P L   I C ,   P 2 6 2 ;   B u s i n   L ,   2 0 0 8 ,   A D V   I M A G   E L E C T   P H Y S ,   V 1 5 1 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 7 6 - 5 6 7 0 ( 0 7 ) 0 0 4 0 2 - 8 ;   C h a v e s - G o n z a l e z   J M ,   2 0 1 0 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 0 ,   P 8 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 0 8 ;   C h u a n g   K S ,   2 0 0 6 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 0 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 0 1 ;   C o a t e s   A S ,   2 0 1 5 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 1 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d v 2 2 1 ;   D o w s e t t   M ,   2 0 1 1 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 3 ,   P 1 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j r 3 9 3 ;   D u   C J ,   2 0 0 5 ,   J   F O O D   E N G ,   V 6 8 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f o o d e n g . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 4 4 ;   F a s a n e l l a   S ,   2 0 1 1 ,   D I A G N   P A T H O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 6 - 1 5 9 6 - 6 - S 1 - S 7 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 3 ,   G L O B O C A N   2 0 1 2   V 1   0   C ;   F i l i p c z u k   P ,   2 0 1 1 ,   A D V   I N T E L   S O F T   C O M P U ,   V 1 0 2 ,   P 2 9 5 ;   G a u t a m   A ,   2 0 1 4 ,   2 0 1 4   5 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   C O N F L U E N C E   T H E   N E X T   G E N E R A T I O N   I N F O R M A T I O N   T E C H N O L O G Y   S U M M I T   ( C O N F L U E N C E ) ,   P 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C O N F L U E N C E . 2 0 1 4 . 6 9 4 9 2 2 0 ;   G o n z a l e z   R .   C . ,   2 0 0 7 ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ;   H a r a l o c k   R M ,   1 9 9 1 ,   C O M P U T E R   R O B O T   V I S I O ;   J u n g   C ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 2 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 0 . 2 0 6 0 3 3 6 ;   J u r i o   A . ,   2 0 1 0 ,   C O M P   S T U D Y   D I F F E R E N T ,   P 5 3 2 ;   K h a t t a b   D . ,   2 0 1 4 ,   C O L O R   I M A G E   S E G M E N T A ;   K o   C . ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T E R   A I D E D   D I A G N ,   P 2 1 2 ;   M a c Q u e e n   J . B ,   1 9 6 7 ,   P   5   B E R K   S   M A T H   S T A T ,   P 2 8 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 2 3 4 / 1 2 3 4 5 6 7 8 ;   M a n u c h a   V ,   2 0 1 4 ,   C L I N   C A N C   I N V E S T I G   J ,   V 3 ,   P 3 1 0 ;   M o h a m m e d   Z M A ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 6 ,   P 3 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 1 . 5 6 9 ;   M u n o z   R . ,   2 0 1 2 ,   E A S I N G   S C O R I N G   E R   K I ;   N a d e r n e j a d   E ,   2 0 1 3 ,   S I G N A L   I M A G E   V I D E O   P ,   V 7 ,   P 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 6 0 - 0 1 1 - 0 2 7 4 - 0 ;   N i a z i   M K K ,   2 0 1 3 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 0 7 9 0 9 ;   N i l s s o n   S ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 6 0 5 1 ;   R u i z - R u i z   G ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   E L E C T R O N   A G R ,   V 6 8 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p a g . 2 0 0 9 . 0 4 . 0 0 9 ;   S h a r m a   H . ,   2 0 1 5 ,   P   1 0   I N T   C   C O M P   V I S ,   P 3 7 ;   S h u i   R H ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 5 1 3 1 ;   S i r i n u k u n w a t t a n a   K . ,   2 0 1 5 ,   N O V E L   T E X T U R E   D E S C R I ,   V 9 4 2 0 ;   S o k o l o v a   M ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 3 0 4 ,   P 1 0 1 5 ;   T e w a r y   S ,   2 0 1 4 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 6 7 ,   P 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 2 2 ;   T u o m i n e n   V J ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 2 6 1 5 ;   X i n g   F Y ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 3 . 2 2 9 1 7 0 3 ;   Y a n   W e n z h o n g ,   2 0 1 0 ,   I N T   W O R K S H   E D   T E C H N ,   V 1 ,   P 5 7 1 	 3 8 	 0 	 0 	 3 	 3 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 0 1 6 9 - 2 6 0 7 	 1 8 7 2 - 7 5 6 5 	 	 C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O 	 C o m p u t .   M e t h .   P r o g r a m s   B i o m e d . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 1 3 9 	 	 	 	 	 	 1 4 9 	 1 6 1 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 2 	 	 1 3 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E M 3 N Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 2 2 3 2 0 0 0 1 3 	 2 8 1 8 7 8 8 5 	 
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 J 	 V a n h a e l e n ,   Q ;   M a m o s h i n a ,   P ;   A l i p e r ,   A M ;   A r t e m o v ,   A ;   L e z h n i n a ,   K ;   O z e r o v ,   I ;   L a b a t ,   I ;   Z h a v o r o n k o v ,   A 	 	 	 	 V a n h a e l e n ,   Q u e n t i n ;   M a m o s h i n a ,   P o l i n a ;   A l i p e r ,   A l e x a n d e r   M . ;   A r t e m o v ,   A r t e m ;   L e z h n i n a ,   K s e n i a ;   O z e r o v ,   I v a n ;   L a b a t ,   I v a n ;   Z h a v o r o n k o v ,   A l e x 	 	 	 D e s i g n   o f   e f f i c i e n t   c o m p u t a t i o n a l   w o r k f l o w s   f o r   i n   s i l i c o   d r u g   r e p u r p o s i n g 	 D R U G   D I S C O V E R Y   T O D A Y 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 	 T A R G E T   I N T E R A C T I O N   P R E D I C T I O N ;   D I S E A S E   R E L A T I O N S H I P S ;   E X P R E S S I O N   P R O F I L E S ;   R A T I O N A L   D R U G ;   N E T W O R K ;   D I S C O V E R Y ;   P R O T E I N ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   O P P O R T U N I T I E S ;   C A N C E R 	 H e r e ,   w e   p r o v i d e   a   c o m p r e h e n s i v e   o v e r v i e w   o f   t h e   c u r r e n t   s t a t u s   o f   i n   s i l i c o   r e p u r p o s i n g   m e t h o d s   b y   e s t a b l i s h i n g   l i n k s   b e t w e e n   c u r r e n t   t e c h n o l o g i c a l   t r e n d s ,   d a t a   a v a i l a b i l i t y   a n d   c h a r a c t e r i s t i c s   o f   t h e   a l g o r i t h m s   u s e d   i n   t h e s e   m e t h o d s .   U s i n g   t h e   c a s e   o f   t h e   c o m p u t a t i o n a l   r e p u r p o s i n g   o f   f a s u d i l   a s   a n   a l t e r n a t i v e   a u t o p h a g y   e n h a n c e r ,   w e   s u g g e s t   a   g e n e r i c   m o d u l a r   o r g a n i z a t i o n   o f   a   r e p u r p o s i n g   w o r k f l o w .   W e   a l s o   r e v i e w   3 D   s t r u c t u r e   b a s e d ,   s i m i l a r i t y - b a s e d ,   i n f e r e n c e - b a s e d   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   ( M L ) - b a s e d   m e t h o d s .   W e   s u m m a r i z e   t h e   a d v a n t a g e s   a n d   d i s a d v a n t a g e s   o f   t h e s e   m e t h o d s   t o   e m p h a s i z e   t h r e e   c u r r e n t   t e c h n i c a l   c h a l l e n g e s .   W e   f i n i s h   b y   d i s c u s s i n g   c u r r e n t   d i r e c t i o n s   o f   r e s e a r c h ,   i n c l u d i n g   p o s s i b i l i t i e s   o f f e r e d   b y   n e w   m e t h o d s ,   s u c h   a s   d e e p   l e a r n i n g . 	 [ V a n h a e l e n ,   Q u e n t i n ;   M a m o s h i n a ,   P o l i n a ;   A l i p e r ,   A l e x a n d e r   M . ;   A r t e m o v ,   A r t e m ;   L e z h n i n a ,   K s e n i a ;   O z e r o v ,   I v a n ;   Z h a v o r o n k o v ,   A l e x ]   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   I n s i l i c o   M e d   I n c ,   E T C ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 1 8   U S A ;   [ L a b a t ,   I v a n ]   B i o T i m e   I n c ,   1 0 1 0   A t l a n t i c   A v e   1 0 2 ,   A l a m e d a ,   C A   9 4 5 0 1   U S A 	 V a n h a e l e n ,   Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   I n s i l i c o   M e d   I n c ,   E T C ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 1 8   U S A . 	 v a n h a e l e n @ i n s i l i c o m e d i c i n e . c o m 	 	 	 	 	 A l a i m o   S ,   2 0 1 6 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 4 1 5 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 3 5 7 2 - 7 _ 2 3 ;   A l a i m o   S ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 0 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 3 0 7 ;   A l i p e r   A ,   2 0 1 6 ,   M O L   P H A R M A C E U T ,   V 1 3 ,   P 2 5 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . m o l p h a r m a c e u t . 6 b 0 0 2 4 8 ;   A s h b u r n   T T ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 3 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 1 4 6 8 ;   B l e a k l e y   K ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 3 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 4 3 3 ;   C a m p i l l o s   M ,   2 0 0 8 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 1 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 5 8 1 4 0 ;   C h e n   B ,   2 0 1 6 ,   C L I N   P H A R M A C O L   T H E R ,   V 9 9 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c p t . 3 1 8 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M A T H   M E T H O D   M ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 1 3 0 6 2 0 ;   C h e n   T Q ,   2 0 1 2 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 3 ,   P 3 6 1 9 ;   C h e n g   F . ,   2 0 1 1 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 8 ;   C h e u n g   W A ,   2 0 1 3 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 5 - 8 7 9 4 - 6 - S 2 - S 3 ;   C i c h o n s k a   A ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   O P I N   D R U G   D I S ,   V 1 0 ,   P 1 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 7 4 6 0 4 4 1 . 2 0 1 5 . 1 0 9 6 9 2 6 ;   D a h l   G .   E . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 6 1 2 3 1 ;   D a i   W . ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M A T H   M E T H O D   M ,   V 2 0 1 5 ,   D O I   2 7 5 0 4 5 ;   D a m i n e l l i   S ,   2 0 1 2 ,   I N T E G R   B I O L - U K ,   V 4 ,   P 7 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 i b 0 0 1 5 4 c ;   d e   M e d i n a   P ,   2 0 0 9 ,   A U T O P H A G Y ,   V 5 ,   P 1 0 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 0 9 . 6 2 ;   D I A C O N I S   P ,   1 9 7 7 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 3 9 ,   P 2 6 2 ;   D o r e l   M ,   2 0 1 5 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 6 4 ,   P 3 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 9 4 ;   D u d l e y   J T ,   2 0 1 1 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 2 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b r 0 1 3 ;   D u d l e y   J T ,   2 0 1 1 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 3 ,   P 9 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I T R A N S L M E D . 3 0 0 2 6 4 8 ;   F e r n a l d   G H ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 3 ,   P 2 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 3 0 0 5 8 6 8 ;   F r e y   B J ,   2 0 0 7 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 5 ,   P 9 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 3 6 8 0 0 ;   G i l b e r t   D C ,   2 0 1 6 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 8 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 4 ;   G o n z a l e z - D i a z   H ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 1 0 0 9 e ;   G o t t l i e b   A ,   2 0 1 1 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 1 1 . 2 6 ;   G r i b s k o v   M ,   1 9 9 6 ,   C O M P U T   C H E M ,   V 2 0 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 7 - 8 4 8 5 ( 9 6 ) 8 0 0 0 4 - 0 ;   G u n e y   E ,   2 0 1 6 ,   N A T   C O M M U N ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 0 3 3 1 ;   H a n   S ,   2 0 0 8 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 1 6 2 ;   H a n s e n   N T ,   2 0 0 9 ,   C L I N   P H A R M A C O L   T H E R ,   V 8 6 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c l p t . 2 0 0 9 . 4 2 ;   H e c k m a n - S t o d d a r d   B M ,   2 0 1 6 ,   S E M I N   O N C O L ,   V 4 3 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . s e m i n o n c o l . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 9 ;   H e r t   J ,   2 0 0 8 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 8 ,   P 7 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 8 0 0 0 2 5 9 ;   H o d o s   R A ,   2 0 1 6 ,   W I R E S   S Y S T   B I O L   M E D ,   V 8 ,   P 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / w s b m . 1 3 3 7 ;   H u   G H ,   2 0 0 9 ,   P L O S   O N E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 6 5 3 6 ;   H u a n g   C H ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 1 9 3 8 1 7 ;   H u g h e s   T B ,   2 0 1 5 ,   A C S   C E N T R A L   S C I ,   V 1 ,   P 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s c e n t s c i . 5 b 0 0 1 3 1 ;   I o r i o   F ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 1 4 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 0 0 1 3 8 1 0 7 ;   I o r i o   F ,   2 0 0 9 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 1 6 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / c m b . 2 0 0 8 . 1 0 T T ;   J a h c h a n   N S ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 3 ,   P 1 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 3 - 0 1 8 3 ;   J i n   L ,   2 0 1 4 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 7 6 - 1 2 - 1 5 3 ;   K a p l a n   W . ,   2 0 1 3 ,   P R I O R I T Y   M E D   E U R O P E ;   K a r i m   A . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 8 0 7 5 5 1 ;   K e i s e r   M J ,   2 0 0 7 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 5 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 2 8 4 ;   K e i s e r   M J ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 6 2 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 5 0 6 ;   K u h n   M ,   2 0 1 3 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 1 3 . 1 0 ;   L a m b   J ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 1 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 3 2 9 3 9 ;   L a v e c c h i a   A ,   2 0 1 6 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 2 1 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 7 ;   L e e   H S ,   2 0 1 2 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 6 - 8 0 ;   L i   J ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - S 1 6 - S 3 ;   L i n   S L ,   2 0 1 0 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O L ,   V 9 ;   L i u   H ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 2 5 6 ;   L u o   H ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p W 4 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 2 9 9 ;   M a   J S ,   2 0 1 5 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 5 ,   P 2 6 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 2 1 / c i 5 0 0 7 4 7 n ,   1 0 . 1 0 2 1 / c i 5 0 0 0 7 4 7 n ] ;   M a m o s h i n a   P ,   2 0 1 6 ,   M O L   P H A R M A C E U T ,   V 1 3 ,   P 1 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . m o l p h a r m a c e u t . 5 b 0 0 9 8 2 ;   M a y r   A ,   2 0 1 6 ,   F R O N T   E N V   S C I ;   M e i   J P ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 6 7 0 ;   M e n c h e   J ,   2 0 1 5 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 5 7 6 0 1 ;   M i g n a n i   S ,   2 0 1 6 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 2 1 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 7 ;   M u c k e   H . A . M . ,   2 0 1 5 ,   D R U G   R E P U R P O S   R E S C U E ,   V 1 ,   P 2 2 ;   M u c k e   H A M ,   2 0 1 6 ,   F U T U R   N E U R O L ,   V 1 1 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / f n l - 2 0 1 6 - 0 0 0 1 ;   M u c k e   H A M ,   2 0 1 6 ,   A S S A Y   D R U G   D E V   T E C H N ,   V 1 4 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / a d t . 2 0 1 6 . 2 9 0 4 1 . p q 4 ;   M u l l e n   J ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 5 5 8 1 1 ;   M u n o s   B .   H . ,   2 0 1 1 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 3 ,   P 8 9 ;   N a y l o r   S . ,   2 0 1 5 ,   D R U G   D I S C O V   W O R L D ;   N e w m a n   M E J ,   2 0 0 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 3 ,   P 8 5 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 0 1 6 0 2 1 0 3 ;   N i d h i ,   2 0 0 6 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 6 ,   P 1 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 6 0 0 0 3 g ;   N o v a c   N ,   2 0 1 3 ,   T R E N D S   P H A R M A C O L   S C I ,   V 3 4 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i p s . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 0 4 ;   O q u a b   M ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 7 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 2 2 2 ;   P a c i n i   C ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 6 5 6 ;   P a n   Y M ,   2 0 1 4 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 4 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 4 0 0 5 3 5 4 ;   P r a t h i p a t i   P ,   2 0 1 6 ,   C U R R   T O P   M E D   C H E M ,   V 1 6 ,   P 1 0 0 9 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 6 8 0 2 6 6 1 5 6 6 6 1 5 0 8 2 6 1 1 4 5 2 4 ;   P u t i n   E ,   2 0 1 6 ,   A G I N G - U S ,   V 8 ,   P 1 0 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / a g i n g . 1 0 0 9 6 8 ;   R A G H A V A N   V V ,   1 9 8 9 ,   A C M   T   I N F O R M   S Y S T ,   V 7 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 6 5 9 4 3 . 6 5 9 4 5 ;   R a m s u n d a r   B . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 2 0 2 0 7 2 ;   R a v i k u m a r   B ,   2 0 0 3 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 1 2 ,   P 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d g 1 0 9 ;   R e n d l e   S ,   2 0 1 2 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 1 6 8 7 5 2 . 2 1 6 8 7 7 1 ;   R u t i k a   R . ,   2 0 1 6 ,   P H A R M   R E S ,   V 1 1 1 ,   P 8 1 5 ;   S a n s e a u   P ,   2 0 1 2 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 0 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 1 5 1 ;   S c a n n e l l   J W ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 1 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 3 6 8 1 ;   S c h l k o p f   B ,   2 0 0 4 ,   K E R N E L   M E T H O D S   C O M P U ;   S h i m   J S ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   B I O L   S C I ,   V 1 0 ,   P 6 5 4 ,   D O I   1 0 . 7 1 5 0 / i j b s . 9 2 2 4 ;   S h u m e i   K . ,   2 0 1 5 ,   O N C O S C I E N C E ,   V 2 ,   P 5 7 6 ;   S i r a g u s a   L ,   2 0 1 6 ,   C H E M M E D C H E M ,   V 1 1 ,   P 1 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c m d c . 2 0 1 6 0 0 1 2 1 ;   S i r o t a   M ,   2 0 1 1 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 3 ,   P 7 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I T R A N S L M E D . 3 0 0 1 3 1 8 ;   S m i t h   S B ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 3 1 7 4 ;   S n e l l   W . T . ,   2 0 1 6 ,   B I O G E R O N T O L O G Y ;   S u b r a m a n i a n   A ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 5 8 0 1 0 2 ;   T o l l m a n   P ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 0 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 3 5 5 5 ;   v a n   L a a r h o v e n   T ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 3 0 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 5 0 0 ;   W a n g   C N ,   2 0 1 4 ,   I N T   S Y M   C O M P U T   I N T E L ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S C I D . 2 0 1 4 . 2 8 4 ;   W a n g   K J ,   2 0 1 6 ,   J   M E D   I N T E R N E T   R E S ,   V 1 8 ,   D O I   1 0 . 2 1 9 6 / j m i r . 4 5 4 1 ;   W u   Z K ,   2 0 1 3 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 9 ,   P 1 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 m b 2 5 3 8 2 a ;   X i e   L ,   2 0 1 1 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 2 0 3 7 ;   X u   Y J ,   2 0 1 5 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 5 ,   P 2 0 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j c i m . 5 b 0 0 2 3 8 ;   Y a m a n i s h i   Y ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   p I 2 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 1 6 2 ;   Y a n g   L ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 8 0 2 5 ;   Y a r c h o a n   M ,   2 0 1 4 ,   D I A B E T E S ,   V 6 3 ,   P 2 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d b 1 4 - 0 2 8 7 ;   Y i l d i r i m   M A ,   2 0 0 7 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 5 ,   P 1 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t l 3 3 8 ;   Z e n g   H ,   2 0 1 5 ,   D A T A B A S E - O X F O R D ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / d a t a b a s e / b a v 0 6 1 ;   Z h a o   S W ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 0 5 7 ;   Z h o u   T ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 4 5 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 0 0 4 8 8 1 0 7 ;   Z o u   J . ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 3 	 1 0 1 	 2 	 2 	 9 	 9 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 3 5 9 - 6 4 4 6 	 1 8 7 8 - 5 8 3 2 	 	 D R U G   D I S C O V   T O D A Y 	 D r u g   D i s c o v .   T o d a y 	 F E B 	 2 0 1 7 	 2 2 	 2 	 	 	 	 	 2 1 0 	 2 2 2 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 1 9 	 	 1 3 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E M 3 O F 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 2 2 3 8 0 0 0 0 4 	 2 7 6 9 3 7 1 2 	 
 
 J 	 R a b i d a s ,   R ;   C h a k r a b o r t y ,   J ;   M i d y a ,   A 	 	 	 	 R a b i d a s ,   R i n k u ;   C h a k r a b o r t y ,   J a y a s r e e ;   M i d y a ,   A b h i s h e k 	 	 	 A n a l y s i s   o f   2 D   s i n g u l a r i t i e s   f o r   m a m m o g r a p h i c   m a s s   c l a s s i f i c a t i o n 	 I E T   C O M P U T E R   V I S I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 I M A G E   R E P R E S E N T A T I O N ;   M A C H I N E ;   F E A T U R E S ;   M I C R O C A L C I F I C A T I O N S ;   T R A N S F O R M ;   P A T T E R N S 	 M a s s e s   a r e   o n e   o f   t h e   p r e v a l e n t   e a r l y   s i g n s   o f   b r e a s t   c a n c e r ,   v i s i b l e   i n   m a m m o g r a m .   H o w e v e r ,   i t s   v a r i a t i o n   i n   s h a p e ,   s i z e ,   a n d   a p p e a r a n c e   o f t e n   c r e a t e s   h a z a r d s   i n   p r o p e r   d i a g n o s i s   o f   m a m m o g r a p h i c   m a s s e s .   T h i s   s t u d y   a n a l y s e s   t h e   2 D   s i n g u l a r i t i e s   o f   m a s s e s   a n d   t h e i r   s u r r o u n d i n g   r e g i o n s   w i t h   R i p p l e t - I I   t r a n s f o r m   t o   c l a s s i f y   t h e m   a s   b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t .   S i n c e   b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t   m a s s e s   m a y   c h a n g e   t h e   o r i e n t a t i o n   p a t t e r n s   o f   n o r m a l   b r e a s t   t i s s u e s   d i f f e r e n t l y ,   s e v e r a l   t e x t u r a l   f e a t u r e s   i n c l u d i n g   R i p p l e t - I I   c o e f f i c i e n t s   a n d   s t a t i s t i c a l   c o - v a r i a t e s ,   d e r i v e d   f r o m   t h e   R i p p l e t - I I   t r a n s f o r m e d   i m a g e s ,   a r e   e x t r a c t e d   t o   q u a n t i f y   t h e   t e x t u r e   i n f o r m a t i o n   o f   m a m m o g r a p h i c   r e g i o n s .   T h e   i m p o r t a n t   f e a t u r e s   a r e   t h e n   s e l e c t e d   u s i n g   s t e p w i s e   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   t e c h n i q u e   a n d   e v a l u a t e d   u s i n g   l i n e a r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   a n d   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   w i t h   a   t e n - f o l d   c r o s s v a l i d a t i o n .   T h e   b e s t   p e r f o r m a n c e   i n   t e r m s   o f   t h e   a r e a   u n d e r   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   c u r v e   o f   0 . 9 1   + / -   0 . 0 1   a n d   0 . 8 3   + / -   0 . 0 1   a n d   a c c u r a c y   o f   8 7 . 2 8   + / -   0 . 0 2   a n d   7 5 . 6 0   + / -   0 . 0 1   a r e   o b t a i n e d   w i t h   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   w h i l e   e x p e r i m e n t i n g   w i t h   5 8   i m a g e s   f r o m   t h e   m i n i - M I A S   a n d   2 0 0   i m a g e s   f r o m   t h e   D i g i t a l   D a t a b a s e   f o r   S c r e e n i n g   M a m m o g r a p h y   d a t a b a s e ,   r e s p e c t i v e l y . 	 [ R a b i d a s ,   R i n k u ]   N a t l   I n s t   T e c h n o l   S i l c h a r ,   D e p t   E l e c t   &   C o m m u n   E n g n ,   S i l c h a r ,   A s s a m ,   I n d i a ;   [ C h a k r a b o r t y ,   J a y a s r e e ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   D e p t   S u r g ,   H P B   S e r v ,   1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 1   U S A ;   [ M i d y a ,   A b h i s h e k ]   N a t l   I n s t   T e c h n o l   S i l c h a r ,   D e p t   E l e c t   &   I n s t r u m e n t a t   E n g n ,   S i l c h a r ,   A s s a m ,   I n d i a 	 R a b i d a s ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   I n s t   T e c h n o l   S i l c h a r ,   D e p t   E l e c t   &   C o m m u n   E n g n ,   S i l c h a r ,   A s s a m ,   I n d i a . 	 r a b i d a s . r i n k u @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 A z i z i   N ,   2 0 1 3 ,   2 0 1 3   8 T H   I N T E R N A T I O N A L   W O R K S H O P   O N   S Y S T E M S ,   S I G N A L   P R O C E S S I N G   A N D   T H E I R   A P P L I C A T I O N S   ( W O S S P A ) ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / W o S S P A . 2 0 1 3 . 6 6 0 2 3 4 7 ;   B a z z a n i   A ,   2 0 0 1 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 6 ,   P 1 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 6 / 6 / 3 0 5 ;   B o j a r   K ,   2 0 0 8 ,   5 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   V i s u a l   I n f o r m a t i o n   E n g i n e e r i n g ,   V I E   2 0 0 8 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / c p : 2 0 0 8 0 2 9 3 ;   B u c i u   I ,   2 0 1 1 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 6 ,   P 3 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 3 ;   C a n d e s   E J ,   1 9 9 9 ,   P H I L O S   T   R   S O C   A ,   V 3 5 7 ,   P 2 4 9 5 ;   C a n d e s   E . J . ,   1 9 9 9 ,   C U R V E S   S U R F A C E S ,   P 1 ;   C h a k r a b o r t y   J ,   2 0 1 3 ,   I N T   C O N F   B I O M E D ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B M E I . 2 0 1 3 . 6 7 4 6 9 1 7 ;   D o   M N ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 4 ,   P 2 0 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 5 . 8 5 9 3 7 6 ;   D o   M N ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 2 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 2 . 8 0 6 2 5 2 ;   D u d a   R .   O . ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 2 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 6 ;   G o r g e l   P ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 3 ,   P 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 0 8 ;   H e a l t h   M . ,   2 0 0 1 ,   P   5   I N T   W O R K S H   D I G   M ,   P 2 1 2 ;   H o m e r   M . J . ,   1 9 9 7 ,   M A M M O G R A P H I C   I N T E R P R ;   J a f f a r   M . A . ,   2 0 0 9 ,   4   I N T   C   I N N   C O M P   I N F ,   P 1 3 0 1 ;   K i m   S . ,   2 0 0 7 ,   6   I N T   S P E C   T O P   C   I T A ,   P 9 9 ;   L a r o u s s i   M . ,   2 0 1 3 ,   W O R L D   C   C O M P   I N F   T E C ,   P 1 ;   L e   P e n n e c   E ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 4 ,   P 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 5 . 8 4 3 7 5 3 ;   L e s n i a k   J . ,   2 0 1 1 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 7 9 6 3 ;   L e s n i a k   J M ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 6 / 5 2 9 5 ;   L i   X Z ,   2 0 1 2 ,   I   C   C O N T   A U T O M A T   R O B ,   P 1 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C A R C V . 2 0 1 2 . 6 4 8 5 3 9 9 ;   L i u   X H ,   2 0 1 1 ,   J   S T A T   C O M P U T   S I M ,   V 8 1 ,   P 1 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 9 4 9 6 5 1 0 0 3 7 2 4 7 9 0 ;   M i d y a   A ,   2 0 1 5 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 5 . 7 1 6 3 8 9 9 ;   M o h a n t y   A K ,   2 0 1 3 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 3 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 2 - 0 8 5 7 - x ;   M u r a m a t s u   C ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 7 2 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 0 7 ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   ( N C I ) ,   C A N C   S T A T   F A C T   S H E E T ;   P a r a m k u s h a n   S . ,   2 0 1 3 ,   1 5   I N T   C   A D V   C O M P   T E ,   P 1 ;   R a b i d a s   R . ,   2 0 1 6 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 9 7 8 5 ;   R a m s e y   F . L . ,   1 9 9 7 ,   S T A T   S L E U T H   C O U R S E   M ;   R a n g a y y a n   R M ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 8 ,   P 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 2 - 0 7 9 3 - 3 ;   S a h i n e r   B ,   2 0 0 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 8 ,   P 1 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 3 8 1 5 4 8 ;   S e r i f o v i c - T r b a l i c   A ,   2 0 1 4 ,   I N F O   C O M M U N   T E C H N O L ,   V 2 0 1 4 ,   P 2 2 8 ;   S u c k l i n g   J ,   1 9 9 4 ,   P   I N T   W O R K S H O P   D I G   M ,   V 1 0 6 9 ,   P 3 7 5 ;   S u g a n t h i   M . ,   2 0 0 9 ,   I N T   C   C O N T R   A U T   C O M M ,   P 1 ;   S u n   L . ,   2 0 1 0 ,   4   I N T   C   B I O I N F   B I O M ,   P 1 ;   T a i   S C ,   2 0 1 4 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 8 ,   P 6 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 3 . 2 2 7 9 0 9 7 ;   T a n   M X ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 9 ,   P 1 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 4 - 0 9 9 2 - 1 ;   T a n g   J S ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 8 . 2 0 0 9 4 4 1 ;   V a d i v e l   A ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 3 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 4 ;   V a n i   G ,   2 0 1 0 ,   I   C   C O N T   A U T O M A T   R O B ,   P 2 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C A R C V . 2 0 1 0 . 5 7 0 7 7 9 4 ;   V a p n i k   V l a d i m i r   N . ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   W e i   C H ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 6 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 2 ;   W e i   L Y ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 4 . 8 4 2 4 5 7 ;   X u   J . ,   2 0 1 0 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 7 7 4 4 ;   X u   J . ,   2 0 0 8 ,   P   S P I E   D E F E N S E   S E C U R ,   V 6 9 7 0 	 4 5 	 0 	 0 	 0 	 0 	 I N S T   E N G I N E E R I N G   T E C H N O L O G Y - I E T 	 H E R T F O R D 	 M I C H A E L   F A R A D A Y   H O U S E   S I X   H I L L S   W A Y   S T E V E N A G E ,   H E R T F O R D   S G 1   2 A Y ,   E N G L A N D 	 1 7 5 1 - 9 6 3 2 	 1 7 5 1 - 9 6 4 0 	 	 I E T   C O M P U T   V I S 	 I E T   C o m p u t .   V i s . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 1 1 	 1 	 	 	 	 	 2 2 	 3 2 	 	 1 0 . 1 0 4 9 / i e t - c v i . 2 0 1 6 . 0 1 6 3 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E N 6 F F 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 0 9 9 2 0 0 0 0 3 	 	 
 
 J 	 P i a n ,   C ;   C h e n ,   Y Y ;   Z h a n g ,   J ;   C h e n ,   Z ;   Z h a n g ,   G L ;   L i ,   Q ;   Y a n g ,   T ;   Z h a n g ,   L Y 	 	 	 	 P i a n ,   C o n g ;   C h e n ,   Y u a n - Y u a n ;   Z h a n g ,   J i n ;   C h e n ,   Z h i ;   Z h a n g ,   G u a n g - L e ;   L i ,   Q i a n g ;   Y a n g ,   T a o ;   Z h a n g ,   L i a n g - Y u n 	 	 	 V -   E L M p i R N A P r e d :   I d e n t i f i c a t i o n   o f   h u m a n   p i R N A s   b y   t h e   v o t i n g -   b a s e d   e x t r e m e   l e a r n i n g   m a c h i n e   (   V -   E L M )   w i t h   a   n e w   h y b r i d   f e a t u r e 	 J O U R N A L   O F   B I O I N F O R M A T I C S   A N D   C O M P U T A T I O N A L   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 p i R N A ;   V - E L M ;   s h o r t   s e q u e n c e   m o t i f s ;   a l g o r i t h m 	 A M I N O - A C I D - C O M P O S I T I O N ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   P R O T E I N - S T R U C T U R E   C L A S S E S ;   S M A L L   R N A S ;   P R E D I C T I O N ;   M I C R O R N A ;   S E Q U E N C E ;   T E S T E S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   D I S C O V E R Y 	 P i w i - i n t e r a c t i n g   R N A s   ( p i R N A s )   w e r e   r e c e n t l y   d i s c o v e r e d   a s   e n d o g e n o u s   s m a l l   n o n c o d i n g   R N A s .   S o m e   r e c e n t   r e s e a r c h   s u g g e s t s   t h a t   p i R N A s   m a y   p l a y   a n   i m p o r t a n t   r o l e   i n   c a n c e r .   S o   t h e   p r e c i s e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   h u m a n   p i R N A s   i s   a   s i g n i f i c a n t   w o r k .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   i n t r o d u c e   a   s e r i e s   o f   n e w   f e a t u r e s   w i t h   8 0   d i m e n s i o n   c a l l e d   s h o r t   s e q u e n c e   m o t i f s   ( S S M ) .   A   h y b r i d   f e a t u r e   v e c t o r   w i t h   1 4 4 4   d i m e n s i o n   c a n   b e   f o r m e d   b y   c o m b i n i n g   1 3 6 4   f e a t u r e s   o f   k - m e r   s t r i n g s   a n d   8 0   f e a t u r e s   o f   S S M   f e a t u r e s .   W e   o p t i m i z e   t h e   1 4 4 4   d i m e n s i o n   f e a t u r e s   u s i n g   t h e   f e a t u r e   s c o r e   c r i t e r i o n   ( F S C )   a n d   l i s t   t h e m   i n   d e s c e n d i n g   o r d e r   a c c o r d i n g   t o   t h e   s c o r e s .   T h e   f i r s t   4 6 2   a r e   s e l e c t e d   a s   t h e   i n p u t   f e a t u r e   v e c t o r   i n   t h e   c l a s s i f i e r .   M o r e o v e r ,   e i g h t   o f   8 0   S S M   f e a t u r e s   a p p e a r   i n   t h e   t o p   2 0 .   T h i s   i n d i c a t e s   t h a t   t h e s e   e i g h t   S S M   f e a t u r e s   p l a y   a n   i m p o r t a n t   p a r t   i n   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   p i R N A s .   S i n c e   f i v e   o f   t h e   a b o v e   e i g h t   S S M   f e a t u r e s   a r e   a s s o c i a t e d   w i t h   n u c l e o t i d e   A   a n d   G   ( ' A *   G ' ,   ' A * *   G ' ,   ' A * * *   G ' ,   ' A * * * *   G ' ,   ' A * * * * *   G ' ) .   S o ,   w e   g u e s s   t h e r e   m a y   e x i s t   s o m e   b i o l o g i c a l   s i g n i f i c a n c e .   W e   a l s o   u s e   a   n e u r a l   n e t w o r k   a l g o r i t h m   c a l l e d   v o t i n g - b a s e d   e x t r e m e   l e a r n i n g   m a c h i n e   ( V - E L M )   t o   i d e n t i f y   r e a l   p i R N A s .   T h e   S p e c i f i c i t y   ( S p )   a n d   S e n s i t i v i t y   ( S n )   o f   o u r   m e t h o d   a r e   9 5 . 4 8 %   a n d   9 4 . 6 1 % ,   r e s p e c t i v e l y   i n   h u m a n   s p e c i e s .   T h i s   r e s u l t   s h o w s   t h a t   o u r   m e t h o d   i s   m o r e   e f f e c t i v e   c o m p a r e d   w i t h   t h o s e   o f   t h e   p i R P r e d ,   p i R N A p r e d i c t o r ,   A s y m - P i b o m d ,   P i a n o   a n d   M c R U M s . 	 [ P i a n ,   C o n g ;   C h e n ,   Y u a n - Y u a n ;   Z h a n g ,   J i n ;   C h e n ,   Z h i ;   Z h a n g ,   G u a n g - L e ;   L i ,   Q i a n g ;   Y a n g ,   T a o ;   Z h a n g ,   L i a n g - Y u n ]   N a n j i n g   A g r   U n i v ,   C o l l   S c i ,   N a n j i n g   2 1 0 0 9 5 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   L Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a n j i n g   A g r   U n i v ,   C o l l   S c i ,   N a n j i n g   2 1 0 0 9 5 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z l y u n @ n j a u . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 1 1 5 7 1 1 7 3 ,   1 1 4 0 1 3 1 1 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   [ B K 2 0 1 4 1 3 5 8 ,   B K 2 0 1 4 0 6 7 6 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 1 1 5 7 1 1 7 3 ,   1 1 4 0 1 3 1 1 )   a n d   t h e   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   ( B K 2 0 1 4 1 3 5 8 ,   B K 2 0 1 4 0 6 7 6 ) . 	 A r a v i n   A ,   2 0 0 6 ,   N A T U R E ,   V 4 4 2 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 4 9 1 6 ;   B r a y e t   J ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   p I 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 4 4 1 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B u   D ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   p D 2 1 0 ;   C a o   J W ,   2 0 1 2 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 8 5 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 1 5 ;   C h e n   W ,   2 0 1 4 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 4 6 2 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 2 2 ;   C h o u   K C ,   2 0 1 1 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 7 3 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 2 4 ;   F a s o l d   M ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p W 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 3 5 7 ;   F r i e d l a n d e r   M R ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 6 8 8 ;   G i r a r d   A ,   2 0 0 6 ,   N A T U R E ,   V 4 4 2 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 4 9 1 7 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G r i v n a   S T ,   2 0 0 6 ,   G E N E   D E V ,   V 2 0 ,   P 1 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 1 4 3 4 4 0 6 ;   G u p t a   M K ,   2 0 1 3 ,   S A R   Q S A R   E N V I R O N   R E S ,   V 2 4 ,   P 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 6 2 9 3 6 X . 2 0 1 3 . 7 7 3 3 7 8 ;   H a j i s h a r i f i   Z ,   2 0 1 4 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 4 1 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 3 7 ;   H a s s a n   M ,   2 0 1 3 ,   M E D   C H E M ,   V 9 ,   P 1 3 3 ;   H a y a t   M ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 6 ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 7 ;   H e   S M ,   2 0 0 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   p D 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 1 0 1 1 ;   H u a n g   G B ,   2 0 0 4 ,   I E E E   I J C N N ,   P 9 8 5 ;   H u a n g   G B ,   2 0 0 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 0 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 5 . 1 2 . 1 2 6 ;   I a n   H W ,   2 0 1 1 ,   D A T A   M I N I N G   P R A C T I C A ;   J i a n g   P ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p W 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 3 6 8 ;   L a u   N C ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 3 0 1 6 4 ;   L i u   B ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 4 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 7 0 9 ;   L i u   C N ,   2 0 0 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 3 ,   p D 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k i 0 4 1 ;   L i u   X Q ,   2 0 1 4 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 0 ,   P 3 0 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 m b 0 0 4 4 7 g ;   L u   Y L ,   2 0 1 0 ,   B M B   R E P ,   V 4 3 ,   P 6 3 5 ,   D O I   [ 1 0 . 5 4 8 3 / B M B R e p . 2 0 1 0 . 4 3 . 9 . 6 3 5 ,   1 0 . 3 8 5 8 / B M B R e p . 2 0 1 0 . 4 3 . 9 . 6 3 5 ] ;   M A T T H E W S   B W ,   1 9 7 5 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 4 0 5 ,   P 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 5 - 2 7 9 5 ( 7 5 ) 9 0 1 0 9 - 9 ;   M e e n a k s h i s u n d a r a m   K ,   2 0 0 9 ,   J O U R N A L   O F   B I O I N F O R M ,   V 1 ,   P 3 1 ;   M e i   Y P ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 3 6 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 0 8 ;   M e n o r   M S ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 6 ,   P 1 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 6 0 1 1 4 6 6 ;   M o n d a l   S ,   2 0 1 4 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 5 6 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 0 6 ;   N a m   J W ,   2 0 0 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 3 ,   P 3 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k i 6 6 8 ;   N a n n i   L ,   2 0 1 4 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 6 0 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 3 ;   R a g a n   C ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   P 7 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 5 0 5 ;   S i o m i   M C ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 2 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 3 0 8 9 ;   T h o m a s   A L ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 5 ,   P 2 0 4 ;   T r a n   V D T ,   2 0 1 5 ,   R N A ,   V 2 1 ,   P 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 6 1 / r n a . 0 4 3 6 1 2 . 1 1 3 ;   W a n g   K ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 4 - 0 4 1 9 - 6 ;   W a t a n a b e   T ,   2 0 0 6 ,   G E N E   D E V ,   V 2 0 ,   P 1 7 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 1 4 2 5 7 0 6 ;   X u   Y ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 5 0 1 8 ;   Y o u s e f   M ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 1 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t / 0 9 4 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 0 1 6 	 4 2 	 0 	 0 	 0 	 0 	 I M P E R I A L   C O L L E G E   P R E S S 	 L O N D O N 	 5 7   S H E L T O N   S T ,   C O V E N T   G A R D E N ,   L O N D O N   W C 2 H   9 H E ,   E N G L A N D 	 0 2 1 9 - 7 2 0 0 	 1 7 5 7 - 6 3 3 4 	 	 J   B I O I N F   C O M P U T   B I O L 	 J .   B i o i n f o r m .   C o m p u t .   B i o l . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 1 5 	 1 	 	 	 	 	 	 	 1 6 5 0 0 4 6 	 1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 7 2 0 0 1 6 5 0 0 4 6 3 	 	 1 6 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E P 0 V I 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 1 0 4 4 0 0 0 0 6 	 	 
 
 J 	 S o n g ,   T C ;   W a n g ,   Y ;   D u ,   W ;   C a o ,   S ;   T i a n ,   Y ;   L i a n g ,   Y C 	 	 	 	 S o n g ,   T i a n c i ;   W a n g ,   Y a n ;   D u ,   W e i ;   C a o ,   S h a ;   T i a n ,   Y u a n ;   L i a n g ,   Y a n c h u n 	 	 	 T h e   m e t h o d   f o r   b r e a s t   c a n c e r   g r a d e   p r e d i c t i o n   a n d   p a t h w a y   a n a l y s i s   b a s e d   o n   i m p r o v e d   m u l t i p l e   k e r n e l   l e a r n i n g 	 J O U R N A L   O F   B I O I N F O R M A T I C S   A N D   C O M P U T A T I O N A L   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M u l t i p l e   k e r n e l   l e a r n i n g   ( M K L ) ;   f e a t u r e   s e l e c t i o n ;   o m i c s   d a t a   i n t e g r a t i o n ;   b r e a s t   c a n c e r   g r a d e ;   b i o l o g i c a l   i n t e r p r e t a t i o n 	 H E D G E H O G   S I G N A L I N G   P A T H W A Y ;   H I S T O L O G I C A L   G R A D E ;   C A L C I U M ;   C E L L S ;   G R O W T H ;   S P H I N G O S I N E - 1 - P H O S P H A T E ;   S P H I N G O L I P I D S ;   P R O G R E S S I O N ;   I N I T I A T I O N ;   P A T T E R N S 	 B r e a s t   c a n c e r   h i s t o l o g i c   g r a d e   r e p r e s e n t s   t h e   m o r p h o l o g i c a l   a s s e s s m e n t   o f   t h e   t u m o r ' s   m a l i g n a n c y   a n d   a g g r e s s i v e n e s s ,   w h i c h   i s   v i t a l   i n   c l i n i c a l l y   p l a n n i n g   t r e a t m e n t   a n d   e s t i m a t i n g   p r o g n o s i s   f o r   p a t i e n t s .   T h e r e f o r e ,   t h e   p r e d i c t i o n   o f   b r e a s t   c a n c e r   g r a d e   c a n   m a r k e d l y   e l e v a t e   t h e   d e t e c t i o n   o f   e a r l y   b r e a s t   c a n c e r   a n d   e f f   c i e n t l y   g u i d e   i t s   t r e a t m e n t .   W i t h   t h e   a d v e n t   o f   h i g h t h r o u g h p u t   p r o f i l i n g   t e c h n o l o g y ,   a   l a r g e   n u m b e r   o f   d a t a   o f   d i   r   e r e n t   t y p e s   a r e   r a p i d l y   g e n e r a t e d ,   a n d   e a c h   d a t a   p r o v i d e s   i t s   u n i q u e   b i o l o g i c a l   i n s i g h t .   A l t h o u g h   m a n y   r e s e a r c h e s   f o c u s e d   o n   c a n c e r   g r a d e   p r e d i c t i o n ,   h a r d l y   m o s t   o f   t h e m   a t t e m p t e d   t o   i n t e g r a t e   m u l t i p l e   d a t a   t y p e s ,   b y   w h i c h   w e   c a n n o t   o n l y   i m p r o v e   a n d   b o o s t   r e s u l t s   o b t a i n e d   f r o m   l e a r n i n g   m e t h o d ,   b u t   a l s o   h a v e   a   g o o d   u n d e r s t a n d i n g   o r   e x p l a n a t i o n   o f   b i o l o g i c a l   i s s u e s .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   t a k e   a d v a n t a g e   o f   a   s o p h i s t i c a t e d   s u p e r v i s e d   l e a r n i n g   m e t h o d   c a l l e d   m u l t i p l e   k e r n e l  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 Y a n c h u n ]   J i l i n   U n i v ,   Z h u h a i   C o l l ,   M i n i s t   E d u c ,   Z h u h a i   L a b   K e y   L a b   S y m b o l   C o m p u t a t   &   K n o w l e d g e   E n ,   Z h u h a i   5 1 9 0 4 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 D u ,   W ;   L i a n g ,   Y C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J i l i n   U n i v ,   M i n i s t   E d u c ,   K e y   L a b   S y m b o l   C o m p u t a t   &   K n o w l e d g e   E n g n ,   C o l l   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   C h a n g c h u n   1 3 0 0 1 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   D u ,   W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   G e o r g i a ,   D e p t   B i o c h e m   &   M o l   B i o l ,   C o m p u t a t   S y s t   B i o l   L a b ,   A t h e n s ,   G A   3 0 6 0 2   U S A . ;   D u ,   W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   G e o r g i a ,   I n s t   B i o i n f o r m a t ,   A t h e n s ,   G A   3 0 6 0 2   U S A . ;   L i a n g ,   Y C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J i l i n   U n i v ,   Z h u h a i   C o l l ,   M i n i s t   E d u c ,   Z h u h a i   L a b   K e y   L a b   S y m b o l   C o m p u t a t   &   K n o w l e d g e   E n ,   Z h u h a i   5 1 9 0 4 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 s o n g t c 1 4 @ m a i l s . j l u . e d u . c n ;   w y 6 8 6 8 @ j l u . e d u . c n ;   w e i d u @ j l u . e d u . c n ;   r o b i n c a o s h a @ g m a i l . c o m ;   y u a n t 2 0 1 2 @ 1 6 3 . c o m ;   y c l i a n g @ j l u . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 4 7 2 1 5 8 ,   6 1 4 0 2 1 9 4 ,   6 1 5 7 2 2 2 7 ,   6 1 5 7 2 2 2 8 ] ;   C h i n a   P o s t d o c t o r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ 2 0 1 4 T 7 0 2 9 1 ] ;   D e v e l o p m e n t   P r o j e c t   o f   J i l i n   P r o v i n c e   o f   C h i n a   [ 2 0 1 4 0 1 0 1 1 8 0 J C ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 6 1 4 7 2 1 5 8 ,   6 1 4 0 2 1 9 4 ,   6 1 5 7 2 2 2 7 ,   6 1 5 7 2 2 2 8 ) ,   C h i n a   P o s t d o c t o r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   ( 2 0 1 4 T 7 0 2 9 1 )   a n d   D e v e l o p m e n t   P r o j e c t   o f   J i l i n   P r o v i n c e   o f   C h i n a   ( 2 0 1 4 0 1 0 1 1 8 0 J C ) . 	 A f r a t i s   N ,   2 0 1 2 ,   F E B S   J ,   V 2 7 9 ,   P 1 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 2 - 4 6 5 8 . 2 0 1 2 . 0 8 5 2 9 . x ;   A o y a g i   T ,   2 0 1 2 ,   L Y M P H A T   R E S   B I O L ,   V 1 0 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / l r b . 2 0 1 2 . 0 0 1 0 ;   B a r a k a t   M T ,   2 0 1 0 ,   T R E N D S   M O L   M E D ,   V 1 6 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l m e d . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 3 ;   B h o w m i c k   N A ,   2 0 0 4 ,   N A T U R E ,   V 4 3 2 ,   P 3 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 3 0 9 6 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C a r u a n a   R ,   2 0 0 4 ,   P   2 1   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 1 8 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C o r t e s   C ,   2 0 1 0 ,   P   2 7   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 2 4 7 ;   C o r t e s   C ,   2 0 0 9 ,   P   2 5   C   U N C   A R T   I N T ,   P 1 0 9 ;   C o r t e s   C ,   2 0 0 9 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 3 9 6 ;   C u i   J ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ;   D a v i s   F M ,   2 0 1 4 ,   O N C O G E N E ,   V 3 3 ,   P 2 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 3 . 1 8 7 ;   D i n a r e l l o   C A ,   2 0 0 7 ,   E U R   J   I M M U N O L ,   V 3 7 ,   p S 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e j i . 2 0 0 7 3 7 7 7 2 ;   E d g e   S B ,   2 0 1 0 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 7 ,   P 1 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 0 - 0 9 8 5 - 4 ;   E L S T O N   C W ,   1 9 9 1 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 1 9 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 1 9 9 1 . t b 0 0 2 2 9 . x ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   p E 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 2 1 0 ;   F o n g   M Y ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 9 9 6 3 ;   G e h l e r   P ,   2 0 0 9 ,   I E E E   I   C O N F   C O M P   V I S ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C V . 2 0 0 9 . 5 4 5 9 1 6 9 ;   G o n e n   M ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 2 1 1 ;   H o o p e r   J E ,   2 0 0 5 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 6 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 1 6 2 2 ;   H u i   M ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 3 4 0 1 ;   I i d a   J ,   2 0 1 5 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 3 3 0 ,   P 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x c r . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 2 ;   I m a j o   M ,   2 0 0 6 ,   I U B M B   L I F E ,   V 5 8 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 2 1 6 5 4 0 6 0 0 7 4 6 3 9 3 ;   J a i n   A . ,   2 0 1 2 ,   P   1 8   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 7 5 0 ;   K a n e h i s a   M ,   2 0 0 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 8 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 8 . 1 . 2 7 ;   K l o f t   M a r i u s ,   2 0 0 9 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   P 9 9 7 ;   K l o f t   M ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 9 5 3 ;   L e b m a n   D A ,   2 0 0 8 ,   J   L I P I D   R E S ,   V 4 9 ,   P 1 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 4 / j l r . R 8 0 0 0 0 8 - J L R 2 0 0 ;   L e y g u e   E ,   2 0 0 0 ,   J   P A T H O L ,   V 1 9 2 ,   P 3 1 3 ;   L i p p i t z   B E ,   2 0 1 3 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 4 ,   p E 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 2 ) 7 0 5 8 2 - X ;   L i u   X ,   2 0 1 4 ,   2 8   A A A I   C   A R T   I N T ;   L u   P F ,   2 0 1 2 ,   J   C E L L   B I O L ,   V 1 9 6 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 3 / j c b . 2 0 1 1 0 2 1 4 7 ;   M o n t e i t h   G R ,   2 0 1 2 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 7 ,   P 3 1 6 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . R 1 1 2 . 3 4 3 0 6 1 ;   N a i k   S ,   2 0 0 8 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 8 . 4 5 4 0 9 8 8 ;   O l s s o n   N ,   2 0 1 3 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 2 ,   P 3 6 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 3 . 0 3 0 3 7 9 ;   O n i s h i   H ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 2 ,   P 1 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 1 1 . 0 2 0 1 0 . x ;   O r i m o   A ,   2 0 0 5 ,   C E L L ,   V 1 2 1 ,   P 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 3 4 ;   P a l a c i o s - A r r e o l a   M I ,   2 0 1 4 ,   J   I M M U N O L   R E S ,   V 2 0 1 4 ;   P r e v a r s k a y a   N ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 1 0 5 ;   Q u a n t e   M ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 9 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 2 0 ;   R a k h a   E A ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 2 6 0 7 ;   R a k o t o m a m o n j y   A ,   2 0 0 8 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 9 ,   P 2 4 9 1 ;   R i d n o u r   L A ,   2 0 1 3 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 9 ,   P 1 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 2 - 0 4 0 8 ;   R i t c h i e   M D ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 8 6 8 ;   R o d e r i c k   H L ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 8 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 3 7 4 ;   S u k o c h e v a   O ,   2 0 1 4 ,   J   E N D O C R I N O L ,   V 2 2 0 ,   p R 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / J O E - 1 3 - 0 3 8 8 ;   S u n   Z ,   2 0 1 0 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 2 3 6 1 ;   T a c h i b a n a   K ,   2 0 0 8 ,   P P A R   R E S ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 0 8 / 1 0 2 7 3 7 ;   T a n g   J ,   2 0 1 4 ,   D A T A   C L A S S I F   A L G O R I T ,   V 2 0 1 4 ,   P 3 7 ;   T o n e l l i   F M P ,   2 0 1 2 ,   A D V   E X P   M E D   B I O L ,   V 7 4 0 ,   P 8 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 9 4 - 0 0 7 - 2 8 8 8 - 2 _ 4 0 ;   T r a v e r s o   N ,   2 0 1 3 ,   O X I D A T   M E D   C E L L U L A R ;   T r o u p   S ,   2 0 0 3 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 9 ,   P 2 0 7 ;   V a m e c q   J ,   2 0 1 2 ,   P P A R   R E S ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 3 0 4 7 6 0 ;   V a r m a   M a n i k ,   2 0 0 9 ,   P   2 6   A N N   I N T   C   M A C H ,   P 1 0 6 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 5 5 3 3 7 4 . 1 5 5 3 5 1 0 ;   W o n g   K K ,   2 0 0 9 ,   R E C E N T   P A T   A N T I - C A N C ,   V 4 ,   P 2 8 ;   Y a o   F ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 8 2 1 3 ;   Z h a n g   C ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   P 2 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 9 7 5 ;   Z h a n g   X L ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M O L   M E D ,   V 3 5 ,   P 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j m m . 2 0 1 4 . 2 0 0 2 	 5 8 	 0 	 0 	 0 	 0 	 I M P E R I A L   C O L L E G E   P R E S S 	 L O N D O N 	 5 7   S H E L T O N   S T ,   C O V E N T   G A R D E N ,   L O N D O N   W C 2 H   9 H E ,   E N G L A N D 	 0 2 1 9 - 7 2 0 0 	 1 7 5 7 - 6 3 3 4 	 	 J   B I O I N F   C O M P U T   B I O L 	 J .   B i o i n f o r m .  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 s e r v i c e s   s u b s c a l e   w a s   a s s o c i a t e d   w i t h   h i g h e r   l e v e l s   o f   p e r s o n a l   a c c o m p l i s h m e n t .   C o n c l u s i o n s T h e r e   i s   a   s i g n i f i c a n t   l e v e l   o f   b u r n o u t   a m o n g   r a d i a t i o n   o n c o l o g y   t r a i n e e s   i n   A u s t r a l i a   a n d   N e w   Z e a l a n d .   F u r t h e r   w o r k   a d d r e s s i n g   i n t e r v e n t i o n   w o u l d   b e   a p p r o p r i a t e   t o   r e d u c e   l e v e l s   o f   b u r n o u t . 	 [ L e u n g ,   J o h n ]   A d e l a i d e   R a d i o t h e r a p y   C t r ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   G e n e s i s   C a n c   C a r e ,   A d e l a i d e ,   S A ,   A u s t r a l i a ;   [ R i o s e c o ,   P i l a r ]   A u s t r a l i a n   N a t l   U n i v ,   S c h   D e m o g ,   C a n b e r r a ,   A C T ,   A u s t r a l i a 	 L e u n g ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A d e l a i d e   R a d i o t h e r a p y   C t r ,   G e n e s i s   C a n c   C a r e ,   3 5 2   S   T e r r a c e ,   A d e l a i d e ,   S A   5 0 0 0 ,   A u s t r a l i a . 	 j o h n . l e u n g @ a d r a d c e n t r e . c o m . a u 	 	 	 	 	 A g g a r w a l   S ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 3 ,   P 7 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 1 9 ;   A n d r e a s s e n   C N ,   2 0 1 3 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 2 ,   P 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 2 . 7 0 2 9 2 6 ;   B l a n c h a r d   P ,   2 0 1 0 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 6 ,   P 2 7 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 1 4 ;   B r a g a r d   I ,   2 0 0 6 ,   S U P P O R T   C A R E   C A N C E R ,   V 1 4 ,   P 4 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 0 - 0 0 5 - 0 0 0 8 - 3 ;   B r a g a r d   I ,   2 0 1 2 ,   O C C U P   M E D - O X F O R D ,   V 6 2 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / o c c m e d / k q r 1 4 9 ;   C i a m m e l l a   P ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   I N V E S T ,   V 3 1 ,   P 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 7 3 5 7 9 0 7 . 2 0 1 3 . 8 3 0 7 3 5 ;   D h a m i   G ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 4 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 2 1 ;   D u n n   P M ,   2 0 0 7 ,   J   G E N   I N T E R N   M E D ,   V 2 2 ,   P 1 5 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 6 0 6 - 0 0 7 - 0 3 6 3 - 5 ;   D y r b y e   L N ,   2 0 0 8 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 4 9 ,   P 3 3 4 ;   D y r b y e   L N ,   2 0 1 4 ,   A C A D   M E D ,   V 8 9 ,   P 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / A C M . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 4 ;   E p s t e i n   R M ,   1 9 9 9 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 2 ,   P 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 2 . 9 . 8 3 3 ;   F a h r e n k o p f   A M ,   2 0 0 8 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 3 6 ,   P 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . 3 9 4 6 9 . 7 6 3 2 1 8 . B E ;   G a b b e   S t e v e n   G ,   2 0 0 8 ,   A m   J   O b s t e t   G y n e c o l ,   V 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j o g . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 0 4 ;   G i r g i s   A ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   R A D I A T   O N ,   V 5 9 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 7 5 4 - 9 4 8 5 . 1 2 3 4 0 ;   G r u n f e l d   E ,   2 0 0 0 ,   C A N   M E D   A S S O C   J ,   V 1 6 3 ,   P 1 6 6 ;   I t a l i a   S ,   2 0 0 8 ,   P S Y C H O - O N C O L ,   V 1 7 ,   P 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 1 2 9 3 ;   J a s p e r s e   M ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   C A N C E R   C A R E ,   V 2 3 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / e c c . 1 2 0 9 8 ;   K o v a c s   M ,   2 0 1 0 ,   P S Y C H O - O N C O L O G Y ,   V 1 9 ,   P 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 1 6 3 1 ;   K u s a n o   A S ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 8 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 2 7 ;   L e u n g   J ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   R A D I A T   O N ,   V 5 9 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 7 5 4 - 9 4 8 5 . 1 2 2 1 7 ;   M a s l a c h   C ,   2 0 0 1 ,   A N N U   R E V   P S Y C H O L ,   V 5 2 ,   P 3 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . p s y c h . 5 2 . 1 . 3 9 7 ;   M a s l a c h   C ,   1 9 9 6 ,   M A S L A C H   B U R N O U T   I N V E ,   P 1 ;   P o u l s e n   A A ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   R A D I A T   O N ,   V 5 9 ,   P 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 7 5 4 - 9 4 8 5 . 1 2 3 2 2 ;   P r i n s   J T ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   B E H A V   M E D ,   V 1 4 ,   P 1 1 9 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 2 ,   F A C   R A D   O N C   T R A I N   D I ;   S h a n a f e l t   T ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 4 0 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 6 . 0 5 . 8 2 4 8 ;   S h a n a f e l t   T D ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 3 . 5 1 . 8 4 8 0 ;   S h a n a f e l t   T D ,   2 0 0 2 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 3 6 ,   P 3 5 8 ;   S p i c k a r d   A ,   2 0 0 2 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 8 ,   P 1 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 8 . 1 2 . 1 4 4 7 ;   T r u f e l l i   D C ,   2 0 0 8 ,   E U R   J   C A N C E R   C A R E ,   V 1 7 ,   P 5 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 3 5 4 . 2 0 0 8 . 0 0 9 2 7 . x ;   W e s t   C P ,   2 0 0 9 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 0 2 ,   P 1 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 0 9 . 1 3 8 9 ;   Y o o n   J D ,   2 0 1 0 ,   J   M E D   E T H I C S ,   V 3 6 ,   P 7 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j m e . 2 0 1 0 . 0 3 7 7 6 2 	 3 2 	 0 	 0 	 4 	 4 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 1 7 5 4 - 9 4 7 7 	 1 7 5 4 - 9 4 8 5 	 	 J   M E D   I M A G   R A D I A T   O N 	 J .   M e d .   I m a g .   R a d i a t .   O n c o l . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 6 1 	 1 	 	 	 	 	 1 4 6 	 1 5 5 	 	 1 0 . 1 1 1 1 / 1 7 5 4 - 9 4 8 5 . 1 2 5 4 1 	 	 1 0 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E L 9 S L 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 9 6 0 3 0 0 0 1 8 	 2 7 7 9 7 1 6 3 	 
 
 J 	 D a l m i s ,   M U ;   L i t j e n s ,   G ;   H o l l a n d ,   K ;   S e t i o ,   A ;   M a n n ,   R ;   K a r s s e m e i j e r ,   N ;   G u b e r n - M e r i d a ,   A 	 	 	 	 D a l m i s ,   M e h m e t   U f u k ;   L i t j e n s ,   G e e r t ;   H o l l a n d ,   K a t h a r i n a ;   S e t i o ,   A r n a u d ;   M a n n ,   R i t s e ;   K a r s s e m e i j e r ,   N i c o ;   G u b e r n - M e r i d a ,   A l b e r t 	 	 	 U s i n g   d e e p   l e a r n i n g   t o   s e g m e n t   b r e a s t   a n d   f i b r o g l a n d u l a r   t i s s u e   i n   M R I   v o l u m e s 	 M E D I C A L   P H Y S I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 b r e a s t   s e g m e n t a t i o n ;   d e e p   l e a r n i n g ;   M R I 	 D E N S I T Y ;   C A N C E R ;   I M A G E S ;   A T L A S ;   R I S K 	 P u r p o s e :   A u t o m a t e d   s e g m e n t a t i o n   o f   b r e a s t   a n d   f i b r o g l a n d u l a r   t i s s u e   ( F G T )   i s   r e q u i r e d   f o r   v a r i o u s   c o m p u t e r - a i d e d   a p p l i c a t i o n s   o f   b r e a s t   M R I .   T r a d i t i o n a l   i m a g e   a n a l y s i s   a n d   c o m p u t e r   v i s i o n   t e c h n i q u e s ,   s u c h   a t l a s ,   t e m p l a t e   m a t c h i n g ,   o r ,   e d g e   a n d   s u r f a c e   d e t e c t i o n ,   h a v e   b e e n   a p p l i e d   t o   s o l v e   t h i s   t a s k .   H o w e v e r ,   a p p l i c a b i l i t y   o f   t h e s e   m e t h o d s   i s   u s u a l l y   l i m i t e d   b y   t h e   c h a r a c t e r i s t i c s   o f   t h e   i m a g e s   u s e d   i n   t h e   s t u d y   d a t a s e t s ,   w h i l e   b r e a s t   M R I   v a r i e s   w i t h   r e s p e c t   t o   t h e   d i f f e r e n t   M R I   p r o t o c o l s   u s e d ,   i n   a d d i t i o n   t o   t h e   v a r i a b i l i t y   i n   b r e a s t   s h a p e s .   A l l   t h i s   v a r i a b i l i t y ,   i n   a d d i t i o n   t o   v a r i o u s   M R I   a r t i f a c t s ,   m a k e s   i t   a   c h a l l e n g i n g   t a s k   t o   d e v e l o p   a   r o b u s t   b r e a s t   a n d   F G T   s e g m e n t a t i o n   m e t h o d   u s i n g   t r a d i t i o n a l   a p p r o a c h e s .   T h e r e f o r e ,   i n   t h i s   s t u d y ,   w e   i n v e s t i g a t e d   t h e   u s e   o f   a   d e e p - l e a r n i n g   a p p r o a c h   k n o w n   a s   " U - n e t . "   M a t e r i a l s   a n d   m e t h o d s :   W e   u s e d   a   d a t a s e t   o f   6 6   b r e a s t   M R I ' s   r a n d o m l y   s e l e c t e d   f r o m   o u r   s c i e n t i f i c   a r c h i v e ,   w h i c h   i n c l u d e s   f i v e   d i f f e r e n t   M R I   a c q u i s i t i o n   p r o t o c o l s   a n d   b r e a s t s   f r o m   f o u r   b r e a s t   d e n s i t y   c a t e g o r i e s   i n   a   b a l a n c e d   d i s t r i b u t i o n .   T o   p r e p a r e  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 3 - c l a s s   ( 3 C )   U - n e t ,   w h i c h   p e r f o r m s   b o t h   t a s k s   s i m u l t a n e o u s l y   b y   s e g m e n t i n g   t h e   v o l u m e   i n t o   t h r e e   r e g i o n s :   n o n b r e a s t ,   f a t   i n s i d e   t h e   b r e a s t ,   a n d   F G T   i n s i d e   t h e   b r e a s t .   F o r   c o m p a r i s o n ,   w e   a p p l i e d   t w o   e x i s t i n g   a n d   p u b l i s h e d   m e t h o d s   t o   o u r   d a t a s e t :   a n   a t l a s - b a s e d   m e t h o d   a n d   a   s h e e t n e s s - b a s e d   m e t h o d .   W e   u s e d   D i c e   S i m i l a r i t y   C o e f f i c i e n t   ( D S C )   t o   m e a s u r e   t h e   p e r f o r m a n c e s   o f   t h e   a u t o m a t e d   m e t h o d s ,   w i t h   r e s p e c t   t o   t h e   m a n u a l   s e g m e n t a t i o n s .   A d d i t i o n a l l y ,   w e   c o m p u t e d   P e a r s o n ' s   c o r r e l a t i o n   b e t w e e n   t h e   b r e a s t   d e n s i t y   v a l u e s   c o m p u t e d   b a s e d   o n   m a n u a l   a n d   a u t o m a t e d   s e g m e n t a t i o n s .   R e s u l t s :   T h e   a v e r a g e   D S C   v a l u e s   f o r   b r e a s t   s e g m e n t a t i o n   w e r e   0 . 9 3 3 ,   0 . 9 4 4 ,   0 . 8 6 3 ,   a n d   0 . 8 4 8   o b t a i n e d   f r o m   3 C   U - n e t ,   2 C   U - n e t s ,   a t l a s - b a s e d   m e t h o d ,   a n d   s h e e t n e s s - b a s e d   m e t h o d ,   r e s p e c t i v e l y .   T h e   a v e r a g e   D S C   v a l u e s   f o r   F G T   s e g m e n t a t i o n   o b t a i n e d   f r o m   3 C   U - n e t ,   2 C   U - n e t s ,   a n d   a t l a s - b a s e d   m e t h o d s   w e r e   0 . 8 5 0 ,   0 . 8 1 1 ,   a n d   0 . 6 7 1 ,   r e s p e c t i v e l y .   T h e   c o r r e l a t i o n   b e t w e e n   b r e a s t   d e n s i t y   v a l u e s   b a s e d   o n   3 C   U - n e t   a n d   m a n u a l   s e g m e n t a t i o n s   w a s   0 . 9 7 4 .   T h i s   v a l u e   w a s   s i g n i f i c a n t l y   h i g h e r   t h a n   0 . 9 5 7   a s   o b t a i n e d   f r o m   2 C   U - n e t s   ( P   <   0 . 0 0 0 1 ,   S t e i g e r ' s   Z - t e s t   w i t h   B o n f e r o n i   c o r r e c t i o n )   a n d   0 . 9 3 8   a s   o b t a i n e d   f r o m   a t l a s - b a s e d   m e t h o d   ( P   =   0 . 0 0 1 6 ) .   C o n c l u s i o n s :   I n   c o n c l u s i o n ,   w e   a p p l i e d   a   d e e p - l e a r n i n g   m e t h o d ,   U - n e t ,   f o r   s e g m e n t i n g   b r e a s t   a n d   F G T   i n   M R I   i n   a   d a t a s e t   t h a t   i n c l u d e s   a   v a r i e t y   o f   M R I   p r o t o c o l s   a n d   b r e a s t   d e n s i t i e s .   O u r   r e s u l t s   s h o w e d   t h a t   U - n e t - b a s e d   m e t h o d s   s i g n i f i c a n t l y   o u t p e r f o r m e d   t h e   e x i s t i n g   a l g o r i t h m s   a n d   r e s u l t e d   i n   s i g n i f i c a n t l y   m o r e   a c c u r a t e   b r e a s t   d e n s i t y   c o m p u t a t i o n .   ( C )   2 0 1 6   A m e r i c a n   A s s o c i a t i o n   o f   P h y s i c i s t s   i n   M e d i c i n e 	 [ D a l m i s ,   M e h m e t   U f u k ;   L i t j e n s ,   G e e r t ;   H o l l a n d ,   K a t h a r i n a ;   S e t i o ,   A r n a u d ;   M a n n ,   R i t s e ;   K a r s s e m e i j e r ,   N i c o ;   G u b e r n - M e r i d a ,   A l b e r t ]   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   M e d   C t r ,   G e e r t   G r o o t e p l   1 0 ,   N L - 6 5 2 5   G A   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s 	 D a l m i s ,   M U   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   M e d   C t r ,   G e e r t   G r o o t e p l   1 0 ,   N L - 6 5 2 5   G A   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s . 	 m e h m e t . d a l m i s @ r a d b o u d u m c . n l 	 	 	 E u r o p e a n   7 t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m   g r a n t   V P H - P R I S M   [ 6 0 1 0 4 0 ,   F P 7 - I C T - 2 0 1 1 - 9 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   f u n d e d   b y   t h e   E u r o p e a n   7 t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m   g r a n t   V P H - P R I S M   ( F P 7 - I C T - 2 0 1 1 - 9 ,   6 0 1 0 4 0 ) . 	 A n d r y c h o w i c z   M ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 6 0 4 4 7 4 ;   B a l t z e r   H L ,   2 0 1 4 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 1 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 4 - 3 5 3 2 - x ;   B e h r e n s   S ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 7 ;   B e r g s t r a   J ,   2 0 1 2 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 8 1 ;   B o y d   N .   F . ,   2 0 1 1 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / B C R 2 9 4 2 ;   D a l m i s   M U ,   2 0 1 6 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ;   D U B U I S S O N   M P ,   1 9 9 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 1 ,   P 5 6 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 1 9 9 4 . 5 7 6 3 6 1 ;   G i a n n i n i   V ,   2 0 1 0 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 3 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 1 0 . 5 6 2 7 1 9 1 ;   G l o r o t   X . ,   2 0 1 0 ,   J L M R   P   T R A C K ,   V 9 ,   P 2 4 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 . 1 / 2 0 7 . 2 0 5 9 ;   G u b e r n - M e r i d a   A ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 0 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 1 ;   G u b e r n - M e r i d a   A ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 9 ,   P 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 4 . 2 3 1 1 1 6 3 ;   G u b e r n - M e r i d a   A ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 5 9 5 2 ;   K a l l e n b e r g   M ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 3 7 1 ;   H a r v e y   J A ,   2 0 0 7 ,   R A D I O G R A P H I C S ,   V 2 7 ,   p S 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r g . 2 7 s i 0 7 5 5 1 4 ;   I v a n o v s k a   T ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 2 7 0 9 ;   K h a l v a t i   F ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 4 7 7 0 3 ;   K l e i n   A ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 5 0 7 0 7 9 ;   K o e n i g   M ,   2 0 0 7 ,   P R O C   S P I E ,   V 6 5 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 7 0 8 5 5 8 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L e e   I .   A . ,   2 0 1 3 ,   C A L C U L A T I O N   T E S T   D I F ;   L i n   M Q ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 2 8 8 3 7 ;   M a r t e l   A L ,   2 0 1 6 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ;   M c C o r m a c k   V A ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 5 ,   P 1 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 - E P I - 0 6 - 0 0 3 4 ;   M i l e n k o v i c   J ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 2 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 1 ;   N i e   K ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 5 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 0 0 2 3 0 6 ;   O r t i z   C G ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 5 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 4 8 5 0 4 ;   R a z a v i   M ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 2 7 9 ,   P 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 3 2 3 1 - 7 _ 4 7 ;   R o n n e b e r g e r   O . ,   2 0 1 5 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 2 3 4 ;   S T E I G E R   J H ,   1 9 8 0 ,   P S Y C H O L   B U L L ,   V 8 7 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / / 0 0 3 3 - 2 9 0 9 . 8 7 . 2 . 2 4 5 ;   T i e l e m a n   T ,   R M S P R O P   G R A D I E N T   O P T ;   T u s t i s o n   N J ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 9 ,   P 1 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 0 . 2 0 4 6 9 0 8 ;   V a c h o n   C M ,   2 0 0 7 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 1 8 2 9 ;   W a n g   L ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   9 T H   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   B I O M E D I C A L   I M A G I N G   ( I S B I ) ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 2 . 6 2 3 5 7 3 2 ;   W u   S D ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 2 9 4 9 6 ;   Y a o   J H ,   2 0 0 9 ,   I E E E   J - S T S P ,   V 3 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S T S P . 2 0 0 8 . 2 0 1 1 1 1 0 ;   Z o u   K H ,   2 0 0 4 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 1 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 7 6 - 6 3 3 2 ( 0 3 ) 0 0 6 7 1 - 8 	 3 6 	 0 	 0 	 6 	 6 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 0 9 4 - 2 4 0 5 	 2 4 7 3 - 4 2 0 9 	 	 M E D   P H Y S 	 M e d .   P h y s . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 4 4 	 2 	 	 	 	 	 5 3 3 	 5 4 6 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / m p . 1 2 0 7 9 	 	 1 4 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E P 5 E M 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 4 0 1 8 0 0 0 2 0 	 2 8 0 3 5 6 6 3 	 
 
 J 	 I b r a g i m o v ,   B ;   X i n g ,   L 	 	 	 	 I b r a g i m o v ,   B u l a t ;   X i n g ,   L e i 	 	 	 S e g m e n t a t i o n   o f   o r g a n s - a t - r i s k s   i n   h e a d   a n d   n e c k   C T   i m a g e s   u s i n g   c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k s 	 M E D I C A L   P H Y S I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k s ;   d e e p   l e a r n i n g ;   h e a d   a n d   n e c k ;   r a d i o t h e r a p y ;   s e g m e n t a t i o n 	 C O M P U T E D - T O M O G R A P H Y   I M A G E S ;   A T L A S - B A S E D   S E G M E N T A T I O N ;   M O D E L - B A S E D   S E G M E N T A T I O N ;   A U T O M A T I C   S E G M E N T A T I O N ;   R A D I A T I O N - T H E R A P Y ;   I N T E R O B S E R V E R   V A R I A T I O N ;   T I S S U E - S E G M E N T A T I O N ;   A U T O - S E G M E N T A T I O N ;   M R - I M A G E S ;   D E L I N E A T I O N 	 P u r p o s e :  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 f r o m   G o o g l e   I n c .   a n d   r e s e a r c h   g r a n t s   f r o m   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( 1 R 0 1 C A 1 7 6 5 5 3   a n d   R 0 1 E 0 1 1 6 7 7 7 ) .   T h e   a u t h o r s   h a v e   n o   r e l e v a n t   c o n f l i c t s   o f   i n t e r e s t   t o   d i s c l o s e . 	 A g a r w a l   A ,   2 0 1 4 ,   2 0 1 4 1 1 2   M S R T R ;   B e k e s   G ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 7 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 8 2 6 5 5 7 ;   B o n d i a u   P Y ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 1 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 5 5 ;   B r o u w e r   C L ,   2 0 1 2 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 8 - 7 1 7 X - 7 - 3 2 ;   C h a o   M ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 2 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 3 9 9 8 7 2 ;   C h e n   A ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 / 9 3 ;   C h e n   A ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 6 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 1 5 4 5 9 ;   C o m m o w i c k   O ,   2 0 0 8 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 2 ,   P 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 2 ;   C o m m o w i c k   O ,   2 0 0 8 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 8 7 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 1 8 ;   D a i s n e   J F ,   2 0 1 3 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 8 - 7 1 7 X - 8 - 1 5 4 ;   D e e l e y   M A ,   2 0 1 1 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 6 ,   P 4 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 6 / 1 4 / 0 2 1 ;   D i r i x   P ,   2 0 1 0 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 9 ) 7 0 2 3 1 - 1 ;   D o r n h e i m   J ,   2 0 0 7 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 4 ,   P 1 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 0 1 ;   D u c   A K H ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 5 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 7 5 6 7 ;   F a g g i a n o   E ,   2 0 1 1 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 6 ,   P 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 6 / 3 / 0 1 5 ;   F o r t u n a t i   V ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 6 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 1 6 / 6 5 4 7 ;   F o r t u n a t i   V ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 1 0 9 7 1 ;   F r i t s c h e r   K D ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 7 1 6 2 3 ;   G e e t s   X ,   2 0 0 5 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 7 7 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 1 0 ;   G o o d f e l l o w   I . ,   2 0 1 6 ,   D E E P   L E A R N I N G ;   G o r t h i   S ,   2 0 0 9 ,   I E E E   J - S T S P ,   V 3 ,   P 1 ;   H a n   X i a o ,   2 0 0 8 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 1 ,   P 4 3 4 ;   H a r a r i   P M ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 7 ,   P 9 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 6 2 ;   I b r a g i m o v   B ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 0 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 6 ;   I b r a g i m o v   B ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 3 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 9 6 9 7 6 ;   I b r a g i m o v   B ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 1 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 2 0 2 9 1 5 ;   I b r a g i m o v   B ,   2 0 1 2 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 9 1 0 8 7 3 ;   I o f f e   S ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 2 0 3 1 6 7 C S ;   I s a m b e r t   A ,   2 0 0 8 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 8 7 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 3 0 ;   K o m o d a k i s   N ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 9 ,   P 1 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 1 0 6 1 ;   K o r e z   R ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 1 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 3 8 9 3 3 4 ;   L a   M a c c h i a   M ,   2 0 1 2 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 8 - 7 1 7 X - 7 - 1 6 0 ;   L a i   M . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 5 0 2 0 0 0 C S ;   L e a v e n s   C ,   2 0 0 8 ,   P R O C   S P I E ,   V 6 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 7 6 9 7 1 0 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   M a t t i u c c i   G C ,   2 0 1 3 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 2 ,   P 1 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 3 . 8 1 3 0 6 9 ;   M a y o   C ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 7 . 1 7 5 3 ;   M u k e s h   M ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   V 8 5 ,   p E 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 6 6 6 9 3 5 4 7 ;   N e l m s   B E ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 2 ,   P 3 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 1 9 ;   P e k a r   V ,   2 0 0 9 ,   M I D A S   J ;   P e r o n i   M ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 4 ,   p E 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 3 ;   Q a z i   A A ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 6 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 6 5 4 1 6 0 ;   S c h r e i b m a n n   E ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 1 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 1 8 4 4 4 0 ;   S h a r p   G ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 7 1 6 2 0 ;   S i m s   R ,   2 0 0 9 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 3 ,   P 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 1 3 ;   S r i v a s t a v a   N ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 9 2 9 ;   S t a p l e f o r d   L J ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 7 ,   P 9 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 2 3 ;   T a o   C J ,   2 0 1 5 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 5 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 2 ;   T e g u h   D N ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 1 ,   P 9 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 0 9 ;   T e n g   C C ,   2 0 1 0 ,   B I O M E D   E N G   O N L I N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 9 2 5 X - 9 - 3 0 ;   T h a r i a t   J ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 2 ,   P 1 8 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 3 5 ;   T h o m s o n   D ,   2 0 1 4 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 8 - 7 1 7 X - 9 - 1 7 3 ;   T o r r e   L A ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 6 2 ;   T s u j i   S Y ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 7 ,   P 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 1 2 ;   V e r h a a r t   R F ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 0 1 2 7 0 ;   V e r h a a r t   R F ,   2 0 1 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 1 ,   P 1 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 2 7 ;   V o e t   P W J ,   2 0 1 1 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 8 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 1 7 ;   W a c h i n g e r   C ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 2 4 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 4 2 7 5 3 ;   W a n g   C W ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 3 1 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 4 ;   W a n g   C W ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 1 8 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 1 2 9 5 1 ;   Y a n   J Y ,   2 0 0 4 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 2 8 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 3 . 0 9 . 0 0 3 ;   Y a n g   X F ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 0 ,   P 1 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 4 . 0 8 . 3 5 0 ;   Y a o   J H ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 4 9 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 6 ;   Z h a n g   T Z ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 8 ,   P 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 3 8 	 6 4 	 0 	 0 	 6 	 6 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 0 9 4 - 2 4 0 5 	 2 4 7 3 - 4 2 0 9 	 	 M E D   P H Y S 	 M e d .   P h y s . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 4 4 	 2 	 	 	 	 	 5 4 7 	 5 5 7 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / m p . 1 2 0 4 5 	 	 1 1 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E P 5 E M 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 4 0 1 8 0 0 0 2 1 	 2 8 2 0 5 3 0 7 	 
 
 J 	 J a n a k i ,   N ;   W h i t n e y ,   J ;   J a n o w c z y k ,   A ;   M a d a b h u s h i ,   A ;   A v r i l ,   S 	 	 	 	 J a n a k i ,   N a f i s e h ;   W h i t n e y ,   J o n ;   J a n o w c z y k ,   A n d r e w ;   M a d a b h u s h i ,   A n a n t ;   A v r i l ,   S t e f a n i e 	 	 	 D e e p   L e a r n i n g   A u t o m a t e d   S e g m e n t a t i o n   o f   T u m o r   I n f i l t r a t i n g   L y m p h o c y t e s   i n   B r e a s t   C a n c e r   S p e c i m e n s 	 M O D E R N   P A T H O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 M e e t i n g   A b s t r a c t 	 1 0 6 t h   A n n u a l   M e e t i n g   o f   t h e   U n i t e d - S t a t e s - a n d - C a n a d i a n - A c a d e m y - o f - P a t h o l o g y   ( U S C A P ) 	 M A R   0 4 - 1 0 ,   2 0 1 7 	 S a n   A n t o n i o ,   T X 	 U S   &   C a n a d i a n   A c a d   P a t h o l 	 	 	 	 	 U n i v   H o s p   C l e v e l a n d   M e d   C t r ,   C l e v e l a n d ,   O H   U S A ;   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 0 6   U S A 	 	 	 	 	 	 	 	 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 N E W   Y O R K 	 7 5   V A R I C K   S T ,   9 T H   F L R ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3 - 1 9 1 7   U S A 	 0 8 9 3 - 3 9 5 2 	 1 5 3 0 - 0 2 8 5 	 	 M O D E R N   P A T H O L 	 M o d .   P a t h o l . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 3 0 	 	 	 2 	 	 1 8 7 	 4 9 A 	 4 9 A 	 	 	 	 1 	 P a t h o l o g y 	 P a t h o l o g y 	 E L 2 R O 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 4 6 7 3 0 0 1 8 7 	 	 
 
 J 	 Z h a n g ,   M D ;   X i a ,   Z H ;   Y a n ,   A X 	 	 	 	 Z h a n g ,   M e n g d i ;   X i a ,   Z h o n g h u a ;   Y a n ,   A i x i a 	 	 	 C o m p u t e r   m o d e l i n g   i n   p r e d i c t i n g   t h e   b i o a c t i v i t y   o f   h u m a n   5 - l i p o x y g e n a s e   i n h i b i t o r s 	 M O L E C U L A R   D I V E R S I T Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H u m a n   5 - l i p o x y g e n a s e   ( 5 - L O X )   i n h i b i t o r s ;   S t r u c t u r e - a c t i v i t y   r e l a t i o n s h i p   ( S A R ) ;   S e l f - o r g a n i z i n g   m a p   ( S O M ) ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M ) ;   M u l t i l a y e r   p e r c e p t r o n   n e t w o r k   ( M L P ) 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   A R T I F I C I A L   N E U R A L - N E T W O R K S ;   S E L F - O R G A N I Z I N G   M A P S ;   D R U G   D I S C O V E R Y ;   B I O L O G I C A L   E V A L U A T I O N ;   5 - L O X   I N H I B I T O R S ;   H I G H L Y   P O T E N T ;   L I P O X Y G E N A S E ;   D E R I V A T I V E S ;   I N D O L E S 	 5 - L i p o x y g e n a s e   ( 5 - L O X )   i s   a   k e y   e n z y m e   i n   t h e   i n f l a m m a t o r y   p a t h .   I n h i b i t o r s   o f   5 - L O X   a r e   u s e f u l   f o r   t h e   t r e a t m e n t   o f   d i s e a s e s   l i k e   a r t h r i t i s ,   c a n c e r ,   a n d   a s t h m a .   W e   h a v e   c o l l e c t e d   a   d a t a s e t   i n c l u d i n g   2 2 0   h u m a n   5 - L O X   i n h i b i t o r s   f o r   c l a s s i f i c a t i o n .   A   s e l f - o r g a n i z i n g   m a p   ( S O M ) ,   a   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M ) ,   a n d   a   m u l t i l a y e r   p e r c e p t r o n   ( M L P )   a l g o r i t h m   w e r e   u s e d   t o   b u i l d   m o d e l s   w i t h   s e l e c t e d   d e s c r i p t o r s   f o r   c l a s s i f y i n g   5 - L O X   i n h i b i t o r s  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 [ Y a n ,   A i x i a ]   P e k i n g   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   N a t   &   B i o m i m e t   D r u g s ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Y a n ,   A X   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B e i j i n g   U n i v   C h e m   T e c h n o l ,   D e p t   P h a r m a c e u t   E n g n ,   S t a t e   K e y   L a b   C h e m   R e s o u r c e   E n g n ,   P O B   5 3 , 1 5   B e i S a n H u a n   E a s t   R d ,   B e i j i n g   1 0 0 0 2 9 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Y a n ,   A X   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   P e k i n g   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   N a t   &   B i o m i m e t   D r u g s ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 y a n a x @ m a i l . b u c t . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 2 1 3 7 5 0 0 7 ,   2 1 6 7 5 0 1 0 ] ;   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   [ Y S 1 4 0 7 ,   J C 1 5 0 2 ] ;   S t a t e   K e y   L a b o r a t o r y   o f   N a t u r a l   a n d   B i o m i m e t i c   D r u g s   [ K 2 0 1 5 0 2 0 9 ] ;   " C h e m i c a l   G r i d   P r o j e c t "   o f   B e i j i n g   U n i v e r s i t y   o f   C h e m i c a l   T e c h n o l o g y 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 2 1 3 7 5 0 0 7   a n d   2 1 6 7 5 0 1 0 ) ,   t h e   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   ( Y S 1 4 0 7   a n d   J C 1 5 0 2 ) ,   t h e   S t a t e   K e y   L a b o r a t o r y   o f   N a t u r a l   a n d   B i o m i m e t i c   D r u g s   ( K 2 0 1 5 0 2 0 9 ) ,   a n d   " C h e m i c a l   G r i d   P r o j e c t "   o f   B e i j i n g   U n i v e r s i t y   o f   C h e m i c a l   T e c h n o l o g y .   T h e   a u t h o r s   t h a n k   t h e   M o l e c u l a r   N e t w o r k s   G m b H ,   E r l a n g e n ,   G e r m a n y   f o r   p r o v i d i n g   t h e   p r o g r a m s   A D R I A N A .   C o d e ,   C o r i n a ,   S O N N I A ,   a n d   C O R I N A   S y m p h o n y   f o r   o u r   s c i e n t i f i c   w o r k . 	 A b e   M ,   2 0 0 6 ,   B I O S C I   B I O T E C H   B I O C H ,   V 7 0 ,   P 2 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 7 1 / b b b . 6 0 2 2 6 ;   B a r a k a t   N ,   2 0 1 0 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 4 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 1 6 ;   B a r z e n   S ,   2 0 1 2 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 2 0 ,   P 3 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 3 ;   B u c c e l l a t i   C ,   2 0 0 2 ,   F A R M A C O ,   V 5 7 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 4 - 8 2 7 X ( 0 2 ) 0 1 2 0 9 - 0 ;   C A R T E R   G W ,   1 9 9 1 ,   J   P H A R M A C O L   E X P   T H E R ,   V 2 5 6 ,   P 9 2 9 ;   C h a n   K Y ,   2 0 1 2 ,   F I T O T E R A P I A ,   V 8 3 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f i t o t e . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 1 8 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h a r l i e r   C ,   2 0 0 6 ,   J   M E D   C H E M ,   V 4 9 ,   P 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 5 0 8 7 0 x ;   D e k a   P . C . ,   2 0 1 4 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 9 ,   P 3 7 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . A S O C . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 2 ;   D u c h a r m e   Y ,   2 0 1 0 ,   A C S   M E D   C H E M   L E T T ,   V 1 ,   P 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / m l 1 0 0 0 2 9 k ;   F u n k   C D ,   2 0 0 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 4 ,   P 1 8 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 9 4 . 5 5 4 8 . 1 8 7 1 ;   G h a t a k   S ,   2 0 1 4 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 2 4 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 1 5 ;   G i l b e r t   N C ,   2 0 1 1 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 1 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 9 7 2 0 3 ;   G i v e h c h i   A ,   2 0 0 4 ,   J   M O L   M O D E L ,   V 1 0 ,   P 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 8 9 4 - 0 0 4 - 0 1 8 6 - 9 ;   H a n   Y L ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 4 8 7 2 ;   H A T Z E L M A N N   A ,   1 9 9 4 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 4 7 ,   P 2 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 6 - 2 9 5 2 ( 9 4 ) 9 0 2 6 4 - X ;   H o f m a n n   B ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   P H A R M A C O L ,   V 1 6 5 ,   P 2 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 6 - 5 3 8 1 . 2 0 1 1 . 0 1 7 0 7 . x ;   H o f m a n n   B ,   2 0 1 1 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 4 ,   P 1 9 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 1 0 1 1 6 5 z ;   H o n g   J I ,   2 0 0 4 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 5 ,   P 1 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g h 1 6 5 ;   H o o b l e r   E K ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 5 9 2 8 ;   H U T C H I N S O N   J H ,   1 9 9 5 ,   J   M E D   C H E M ,   V 3 8 ,   P 4 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 0 0 2 2 a 0 2 0 ;   K a r g   E M ,   2 0 0 9 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 2 ,   P 3 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 9 0 0 2 1 2 y ;   L e h m a n n   B ,   1 9 9 5 ,   S K I N   P H A R M A C O L ,   V 8 ,   P 3 2 6 ;   L i   R W ,   2 0 0 4 ,   P L A N T A   M E D ,   V 7 0 ,   P 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 2 0 0 4 - 8 1 8 9 6 9 ;   M a h o b i a   N . K . ,   2 0 1 0 ,   P H A R M   C H E M ,   V 2 ,   P 2 6 0 ;   M a n o   T ,   2 0 0 5 ,   C H E M   P H A R M   B U L L ,   V 5 3 ,   P 9 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 8 / c p b . 5 3 . 9 6 5 ;   M a s f e r r e r   J L ,   2 0 1 0 ,   J   P H A R M A C O L   E X P   T H E R ,   V 3 3 4 ,   P 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / j p e t . 1 1 0 . 1 6 6 9 6 7 ;   M E T Z   C E ,   1 9 7 8 ,   S E M I N   N U C L   M E D ,   V 8 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 1 - 2 9 9 8 ( 7 8 ) 8 0 0 1 4 - 2 ;   M o h a m e d   R ,   2 0 1 4 ,   J   P H A R M   P H A R M A C O L ,   V 6 6 ,   P 7 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j p h p . 1 2 2 0 0 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 5 ,   C O R I N A   S Y M P H   V E R S   1 ;   N i c u l e s c u   S P ,   2 0 0 3 ,   J   M O L   S T R U C - T H E O C H E M ,   V 6 2 2 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 6 - 1 2 8 0 ( 0 2 ) 0 0 6 1 9 - X ;   P r a s h e r   P ,   2 0 1 4 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 2 2 ,   P 1 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 2 7 ;   P u f a h l   R A ,   2 0 0 7 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 3 6 4 ,   P 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 9 ;   R e d d y   N P ,   2 0 1 0 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 1 8 ,   P 5 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 1 0 . 0 6 . 1 0 7 ;   R o g e r s   D ,   2 0 1 0 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 0 ,   P 7 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 1 0 0 0 5 0 t ;   S a m p s o n   A P ,   2 0 0 9 ,   C U R R   O P I N   I N V E S T   D R ,   V 1 0 ,   P 1 1 6 3 ;   S e t h i y a   N .   K . ,   2 0 1 4 ,   J   B I O L   A C T I V E   P R O D U C ,   V 4 ,   P 1 1 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 2 2 3 1 1 8 6 6 . 2 0 1 4 . 9 2 1 1 2 1 ;   S h a n g   E C ,   2 0 1 4 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 2 4 ,   P 2 7 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 0 6 ;   S h a n g   E C ,   2 0 1 4 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 2 2 ,   P 2 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 8 ;   S h i b a t a   T ,   2 0 0 3 ,   J   A P P L   P H Y C O L ,   V 1 5 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 9 7 2 2 2 1 0 0 2 ;   S i l v e r m a n   E S ,   1 9 9 9 ,   P   A S S O C   A M   P H Y S I C I A N ,   V 1 1 1 ,   P 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 5 2 5 - 1 3 8 1 . 1 9 9 9 . t 0 1 - 1 - 9 9 2 3 1 . x ;   S i n g h   P ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 8 ,   P 5 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j m e d c h e m . 5 b 0 0 9 5 2 ;   S i n g h   P ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 9 7 ,   P 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m e c h . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 4 4 ;   S i n g h   P ,   2 0 1 3 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 2 3 ,   P 1 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 6 8 ;   T a k e d a   S ,   2 0 0 9 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 3 7 ,   P 1 7 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 0 9 . 0 2 6 9 3 0 ;   V a p n i k   V ,   2 0 0 0 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 2 ,   P 2 0 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 0 0 3 0 0 0 1 5 0 4 2 ;   W a n g   F ,   2 0 1 0 ,   J   C H I N   P H A R M   S C I ,   V 1 9 ,   P 2 5 1 ,   D O I   [ 1 0 . 5 2 4 6 / j c p s . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 5 2 4 6 / J C P S . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 3 5 ] ;   W a r m u t h   M K ,   2 0 0 3 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 3 ,   P 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 2 5 6 2 0 t ;   W h i t m a n   S ,   2 0 0 2 ,   J   M E D   C H E M ,   V 4 5 ,   P 2 6 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 2 0 1 2 6 2 ;   W u   Y R ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 5 ,   P 2 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 2 0 1 4 9 7 k ;   W u b e   A A ,   2 0 0 6 ,   P L A N T A   M E D ,   V 7 2 ,   P 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 2 0 0 6 - 9 3 1 5 9 6 ;   X i a o   Y D ,   2 0 0 6 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 6 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 5 0 0 8 4 1 ;   X i a o   Y D ,   2 0 0 5 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 5 ,   P 1 7 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 5 0 0 8 3 9 ;   Y u   S C ,   2 0 1 0 ,   O R G   B I O M O L   C H E M ,   V 8 ,   P 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 9 1 8 7 7 8 b ;   Z e r n o v   V V ,   2 0 0 3 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 3 ,   P 2 0 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 3 4 0 9 1 6 ;   Z o n g o   F ,   2 0 1 4 ,   F U N D   C L I N   P H A R M A C O L ,   V 2 8 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / f c p . 1 2 0 3 7 	 5 6 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P R I N G E R 	 D O R D R E C H T 	 V A N   G O D E W I J C K S T R A A T   3 0 ,   3 3 1 1   G Z   D O R D R E C H T ,   N E T H E R L A N D S 	 1 3 8 1 - 1 9 9 1 	 1 5 7 3 - 5 0 1 X 	 	 M O L   D I V E R S 	 M o l .   D i v e r s . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 2 1 	 1 	 	 	 	 	 2 3 5 	 2 4 6 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 3 0 - 0 1 6 - 9 7 0 9 - 4 	 	 1 2 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ,   A p p l i e d ;   C h e m i s t r y ,   M e d i c i n a l ;   C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ;   P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E L 2 H O 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 4 4 0 9 0 0 0 2 2 	 2 7 9 0 4 9 9 0 	 
 
 J 	 W i l s o n ,   R H ;   C h a n d r a ,   M ;   S c h e i m a n ,   J M ;   L e e ,   S Y ;   L e e ,   O E ;   M c K e n n a ,   B J ;   S i m e o n e ,   D M ;   T a y l o r ,   J M G ;   M y c e k ,   M A 	 	 	 	 W i l s o n ,   R o b e r t   H . ;   C h a n d r a ,   M a l a v i k a ;   S c h e i m a n ,   J a m e s   M . ;   L e e ,   S e u n g   Y u p ;   L e e ,   O l i v e r   E . ;   M c K e n n a ,   B a r b a r a   J . ;   S i m e o n e ,   D i a n e   M . ;   T a y l o r ,   J e r e m y   M .   G . ;   M y c e k ,   M a r y - A n n 	 	 	 T i s s u e   C l a s s i f i c a t i o n   U s i n g   O p t i c a l   S p e c t r o s c o p y   A c c u r a t e l y   D i f f e r e n t i a t e s   C a n c e r   a n d   C h r o n i c   P a n c r e a t i t i s 	 P A N C R E A S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 p a n c r e a t i c   c a n c e r   d e t e c t i o n ;   c h r o n i c   p a n c r e a t i t i s   d e t e c t i o n ;   r e f l e c t a n c e   s p e c t r o s c o p y ;   f l u o r e s c e n c e   s p e c t r o s c o p y 	 G E N E R A L I Z E D   E S T I M A T I N G   E Q U A T I O N S ;   F I N E - N E E D L E - A S P I R A T I O N ;   C O R R E L A T E D   R E S P O N S E S ;   D I A G N O S I S ;   M O D E L ;   L E S I O N S 	 O b j e c t i v e s :   C u r r e n t   p a n c r e a t i c   c a n c e r   d i a g n o s t i c s   c a n n o t   r e l i a b l y   d e t e c t   e a r l y   d i s e a s e   o r   d i s t i n g u i s h   i t   f r o m   c h r o n i c   p a n c r e a t i t i s .   W e   t e s t   t h e   h y p o t h e s i s   t h a t   o p t i c a l   s p e c t r o s c o p y   c a n   a c c u r a t e l y   d i f f e r e n t i a t e   c a n c e r   f r o m   c h r o n i c   p a n c r e a t i t i s   a n d   n o r m a l   p a n c r e a s .   W e   d e v e l o p e d   a n d   t e s t e d   c l i n i c a l l y   c o m p a t i b l e   m u l t i m o d a l   o p t i c a l   s p e c t r o s c o p y   t e c h n o l o g y   t o   m e a s u r e   r e f l e c t a n c e   a n d   e n d o g e n o u s   f l u o r e s c e n c e   f r o m   h u m a n   p a n c r e a t i c   t i s s u e s .   M e t h o d s :   F r e s h l y   e x c i s e d   p a n c r e a t i c   t i s s u e   s p e c i m e n s   ( 3 9   n o r m a l ,   3 4   c h r o n i c   p a n c r e a t i t i s ,   3 2   a d e n o c a r c i n o m a )   f r o m   1 8   p a t i e n t s   w e r e   o p t i c a l l y   i n t e r r o g a t e d ,   w i t h   s i t e - s p e c i f i c   h i s t o p a t h o l o g y   r e p r e s e n t i n g   t h e   c r i t e r i o n   s t a n d a r d .   A   m u l t i n o m i a l   l o g i s t i c   m o d e l   u s i n g   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   a n d   g e n e r a l i z e d   e s t i m a t i n g   e q u a t i o n s   p r o v i d e d   s t a t i s t i c a l l y   r i g o r o u s   t i s s u e   c l a s s i f i c a t i o n .   R e s u l t s :   O p t i c a l   s p e c t r o s c o p y   d i s t i n g u i s h e d   p a n c r e a t i c   c a n c e r   f r o m   n o r m a l   p a n c r e a s   a n d   c h r o n i c   p a n c r e a t i t i s   ( s e n s i t i v i t y ,   9 1 % ;   s p e c i f i c i t y ,   8 2 % ;   p o s i t i v e   p r e d i c t i v e   v a l u e ,   6 9 % ;   n e g a t i v e   p r e d i c t i v e   v a l u e ,   9 5 % ;   a r e a   u n d e r   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   c u r v e ,   0 . 8 9 ) .   R e f l e c t a n c e   a l o n e   p r o v i d e d   e s s e n t i a l l y   t h e   s a m e   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   a s   r e f l e c t a n c e   a n d   f l u o r e s c e n c e   c o m b i n e d ,   s u g g e s t i n g   t h a t   a   r a p i d ,   l o w - c o s t ,   r e d u c e d - f o o t p r i n t ,   r e f l e c t a n c e b a s e d   d e v i c e   c o u l d   b e   d e p l o y e d   w i t h o u t   n o t a b l e   l o s s   o f   d i a g n o s t i c   p o w e r .   C o n c l u s i o n s :   O u r   n o v e l ,   c l i n i c a l l y   c o m p a t i b l e ,   l a b e l - f r e e   o p t i c a l   d i a g n o s t i c   t e c h n o l o g y   a c c u r a t e l y   c h a r a c t e r i z e s   p a n c r e a t i c   t i s s u e s .   T h e s e   d a t a   p r o v i d e   t h e   s c i e n t i f i c   f o u n d a t i o n   d e m o n s t r a t i n g   t h a t   o p t i c a l   s p e c t r o s c o p y   c a n   p o t e n t i a l l y   i m p r o v e   d i a g n o s i s   o f   p a n c r e a t i c   c a n c e r   a n d   c h r o n i c   p a n c r e a t i t i s . 	 [ W i l s o n ,   R o b e r t   H . ;   C h a n d r a ,   M a l a v i k a ;   L e e ,   S e u n g   Y u p ;   M y c e k ,   M a r y - A n n ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A ;   [ S c h e i m a n ,   J a m e s   M . ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A ;   [ S c h e i m a n ,   J a m e s   M . ;   M y c e k ,   M a r y - A n n ]   U n i v   M i c h i g a n ,   C t r   C o m p r e h e n s   C a n c ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A ;   [ L e e ,   O l i v e r   E . ;   T a y l o r ,   J e r e m y   M .   G . ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   B i o s t a t ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A ;   [ M c K e n n a ,   B a r b a r a   J . ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   P a t h o l ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A ;   [ S i m e o n e ,   D i a n e   M . ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   S u r g ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A 	 M y c e k ,   M A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M i c h i g a n ,   C o l l   E n g n ,   1 1 0 1   B e a l   A v e ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A . ;   M y c e k ,   M A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M i c h i g a n ,   S c h   M e d ,   1 1 0 1   B e a l   A v e ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A . 	 m y c e k @ u m i c h . e d u 	 	 	 W a l l a c e   H .   C o u l t e r   F o u n d a t i o n ;   N a t i o n a l   P a n c r e a s   F o u n d a t i o n ;   U n i v e r s i t y   o f   M i c h i g a n   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r ;   U n i v e r s i t y   o f   M i c h i g a n   M e d i c a l   S c h o o l   T r a n s l a t i o n a l   R e s e a r c h   P r o g r a m ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ N I H - C A - 1 1 4 5 4 2 ,   N I H   T 3 2   C A 0 8 3 6 5 4 ] ;   A S G E   S e n i o r   M e n t o r i n g   C a r e e r   D e v e l o p m e n t   A w a r d 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   W a l l a c e   H .   C o u l t e r   F o u n d a t i o n ,   t h e   N a t i o n a l   P a n c r e a s   F o u n d a t i o n ,   t h e   U n i v e r s i t y   o f   M i c h i g a n   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r ,   a   g r a n t   f r o m   t h e   U n i v e r s i t y   o f   M i c h i g a n   M e d i c a l   S c h o o l   T r a n s l a t i o n a l   R e s e a r c h   P r o g r a m ,   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H - C A - 1 1 4 5 4 2 ,   N I H   T 3 2   C A 0 8 3 6 5 4 ) ,   a n d   a n   A S G E   S e n i o r   M e n t o r i n g   C a r e e r   D e v e l o p m e n t   A w a r d   ( J .   M .   S . ) . 	 A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 5 ,   C A N C   F A C T S   F I G   2 0 1 5 ;   B r e m   R F ,   2 0 0 8 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 7 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 7 3 0 6 1 6 7 8 ;   B r o w n   J Q ,   2 0 0 9 ,   C U R R   O P I N   B I O T E C H ,   V 2 0 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o p b i o . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 0 4 ;   B u r t o n   P ,   1 9 9 8 ,   S T A T   M E D ,   V 1 7 ,   P 1 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 8 0 6 1 5 ) 1 7 : 1 1 < 1 2 6 1 : : A I D - S I M 8 4 6 > 3 . 0 . C O ; 2 - Z ;   C h a n d r a   M ,   2 0 0 6 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 4 ,   P 6 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 4 . 0 0 6 1 5 7 ;   C h a n d r a   M ,   2 0 1 0 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 3 1 4 9 0 0 ;   C h a n d r a   M ,   2 0 0 7 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 8 1 8 0 2 9 ;   E l o u b e i d i   M A ,   2 0 0 7 ,   J   G A S T R O I N T E S T   S U R G ,   V 1 1 ,   P 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 6 0 5 - 0 0 7 - 0 1 5 1 - x ;   F o r t e s   D L ,   2 0 0 8 ,   E U R   J   C A R D I O - T H O R A C ,   V 3 4 ,   P 1 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c t s . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 7 ;   F r i t s c h e r - R a v e n s   A ,   2 0 0 2 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 9 7 ,   P 2 7 6 8 ;   H a n l e y   J A ,   2 0 0 3 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 5 7 ,   P 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a j e / k w f 2 1 5 ;   H a r r e l l   F .   E .   J . ,   2 0 0 1 ,   R E G R E S S I O N   M O D E L I N G ;   H a r t w i g   W ,   2 0 0 9 ,   B R I T   J   S U R G ,   V 9 6 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b j s . 6 4 0 7 ;   H e w i t t   M J ,   2 0 1 2 ,   G A S T R O I N T E S T   E N D O S C ,   V 7 5 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g i e . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 4 9 ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   K a n i c k   S C ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 6 9 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 2 2 / 0 1 6 ;   K a n i c k   S C ,   2 0 1 0 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 5 ,   P 9 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 d d b c 0 e ;   K o n d e p a t i   V R ,   2 0 0 5 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 0 6 0 5 6 8 ;   K u s s   O ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 8 7 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 0 2 ;   L e e   S Y ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 4 ,   P 2 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 4 . 0 0 2 8 2 8 ;   L l o y d   W R ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 5 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 5 . 5 . 0 0 0 0 0 9 ;   L l o y d   W R ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D I C A L   T E C H N O L O G ,   P 3 3 5 ;   M o n t g o m e r y   D .   C . ,   2 0 1 2 ,   I N T R O   L I N E A R   R E G R E S S ;   T o i   A ,   2 0 0 7 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 7 ,   P 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 6 1 ;   V i z z e r i   G ,   2 0 0 9 ,   B R I T   J   O P H T H A L M O L ,   V 9 3 ,   P 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b j o . 2 0 0 8 . 1 5 0 6 9 8 ;   V o l y n s k a y a   Z ,   2 0 0 8 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 9 0 9 6 7 2 ;   W i l s o n   R H ,   2 0 1 0 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 8 ,   P 2 1 6 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 8 . 0 2 1 6 1 2 ;   W i l s o n   R H ,   2 0 0 9 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 7 ,   P 1 7 5 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 7 . 0 1 7 5 0 2 ;   Z h u   C F ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 6 ,   P 2 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 1 5 9 3 6 	 2 9 	 0 	 0 	 5 	 5 	 L I P P I N C O T T   W I L L I A M S   &   W I L K I N S 	 P H I L A D E L P H I A 	 T W O   C O M M E R C E   S Q ,   2 0 0 1   M A R K E T   S T ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 3   U S A 	 0 8 8 5 - 3 1 7 7 	 1 5 3 6 - 4 8 2 8 	 	 P A N C R E A S 	 P a n c r e a s 	 F E B 	 2 0 1 7 	 4 6 	 2 	 	 	 	 	 2 4 4 	 2 5 1 	 	 1 0 . 1 0 9 7 / M P A . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 3 2 	 	 8 	 G a s t r o e n t e r o l o g y   &   H e p a t o l o g y 	 G a s t r o e n t e r o l o g y   &   H e p a t o l o g y 	 E L 2 J S 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 4 4 6 5 0 0 0 1 6 	 2 7 8 6 1 2 0 1 	 
 
 J 	 T a i w o ,   A M ;   A w o m e s o ,   J A ;   T a i w o ,   O T ;   O r e m o d u ,   B D ;   A k i n t u n d e ,   O O ;   O j o ,   N O ;   E l e g b e d e ,   O O ;   O l a n r e w a j u ,   H H ;   A r o w o l o ,   T A 	 	 	 	 T a i w o ,   A .   M . ;   A w o m e s o ,   J .   A . ;   T a i w o ,   O .   T . ;   O r e m o d u ,   B .   D . ;   A k i n t u n d e ,   O .   O . ;   O j o ,   N .   O . ;   E l e g b e d e ,   O .   O . ;   O l a n r e w a j u ,   H .   H . ;   A r o w o l o ,   T .   A . 	 	 	 A s s e s s m e n t   o f   h e a l t h   r i s k s   a s s o c i a t e d   w i t h   r o a d   d u s t s   i n   m a j o r   t r a f f i c   h o t s p o t s   i n   A b e o k u t a   m e t r o p o l i s ,   O g u n   s t a t e ,   s o u t h w e s t e r n   N i g e r i a 	 S T O C H A S T I C   E N V I R O N M E N T A L   R E S E A R C H   A N D   R I S K   A S S E S S M E N T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R o a d   d u s t ;   M e t a l s ;   E n v i r o n m e n t a l   p o l l u t i o n ;   C a n c e r   r i s k s ;   N o n - c a n c e r   e f f e c t s 	 H E A V Y - M E T A L   C O N T A M I N A T I O N ;   A T M O S P H E R I C   F I N E   P A R T I C L E S ;   P A R T I C U L A T E   M A T T E R ;   S T R E E T   D U S T S ;   S O U R C E   A P P O R T I O N M E N T ;   D E P O S I T E D   S E D I M E N T ;   B U S   S T A T I O N S ;   U R B A N   S O I L S ;   C H I N A ;   P O L L U T I O N 	 T h e   p r e s e n t   s t u d y   a s s e s s e d   t h e   h e a l t h   r i s k s   a s s o c i a t e d   w i t h   r o a d   d u s t s   i n   m a j o r   t r a f f i c   h o t s p o t s   a n d   u n p a v e d   r o a d   s i t e s   i n   A b e o k u t a   m e t r o p o l i s ,   O g u n   S t a t e ,   s o u t h w e s t e r n   N i g e r i a .   D u s t   s a m p l e s   w e r e   c o l l e c t e d   f r o m   f o r t y - s e v e n   s i t e s   ( u n p a v e d   a n d   p a v e d   r o a d s )   b e t w e e n   F e b r u a r y   a n d   M a r c h   2 0 1 5 .   T h r e e   s o i l   s a m p l e s   w e r e   a l s o   c o l l e c t e d   f r o m   t h e   f a r m l a n d   o f   t h e   F e d e r a l   U n i v e r s i t y   o f   A g r i c u l t u r e ,   A b e o k u t a ,   a s   c o n t r o l .   A   t o t a l   o f   5 0   r o a d   d u s t   a n d   c o n t r o l   s o i l   s a m p l e s   w e r e   c o l l e c t e d   a n d   s u b j e c t e d   t o   l a b o r a t o r y   a s s a y s   u s i n g   s t a n d a r d   p r o c e d u r e s .   T h e   p h y s i c a l   a n d   c h e m i c a l   p a r a m e t e r s   a n a l y z e d   w e r e   p H ,   e l e c t r i c a l   c o n d u c t i v i t y   a n d   m e t a l   c o n t e n t   ( C u ,   Z n ,   F e ,   M n ,   P b ,   N i ,   C d ,   C r ,   V ,   B a ,   N a   a n d   K ) .   T h e   h e a l t h   r i s k   i n d i c e s   o f   n o n - c a r c i n o g e n i c   e f f e c t s   [ h a z a r d   q u o t i e n t   a n d   h a z a r d   i n d e x   ( H I ) ]   a n d   c a n c e r   r i s k   o f   t o x i c   m e t a l s   i n   s o i l / d u s t   s a m p l e s   w e r e   a s s e s s e d .   D a t a   w e r e   e v a l u a t e d   f o r   d e s c r i p t i v e   a n d   i n f e r e n t i a l   s t a t i s t i c s   u s i n g   t h e   S t a t i s t i c a l   P a c k a g e   f o r   S o c i a l   S c i e n c e s   ( S P S S )   f o r   W i n d o w s   p a c k a g e .   R e s u l t s   i n d i c a t e d   h i g h e r   s i g n i f i c a n t   ( p   <   0 . 0 5 )   v a l u e s   o f   Z n   a t   t h e   r o a d s i d e s   ( p a v e d   =   9 4 . 1   + / -   5 2 . 1   m g   k g ( - 1 ) ,   u n p a v e d   =   1 0 1 . 5   + / -   6 9   m g   k g ( - 1 ) )   t h a n   c o n t r o l   ( 2 7 . 6   + / -   1 6 . 5   m g   k g ( - 1 ) ) .   P b   c o n c e n t r a t i o n s   o f   r o a d   d u s t s   ( p a v e d   =   3 1 . 8   + / -   3 3 . 6   m g   k g ( - 1 ) ,   u n p a v e d   =   5 0 . 8   + / -   4 8 . 9   m g   k g ( - 1 ) )   w e r e   a l s o   s t a t i s t i c a l l y   h i g h e r   ( p   <   0 . 0 5 )   t h a n   t h o s e   o f   c o n t r o l   s a m p l e s   ( 6 . 3 3   + / -   3 . 3 6   m g   k g ( - 1 ) ) .   H o w e v e r ,   M n   w a s   m e a s u r e d   a t   s i g n i f i c a n t l y   ( p   <   0 . 0 5 )   h i g h e r   c o n c e n t r a t i o n   i n   c o n t r o l   s o i l   t h a n   r o a d   d u s t   s a m p l e s .   T h e   v a r i m a x   r o t a t e d   P r i n c i p a l   C o m p o n e n t   A n a l y s i s   r e v e a l e d   f o u r   m a j o r   e m i s s i o n   s o u r c e s   o f   m e t a l s   i n   b o t h   p a v e d   a n d   u n p a v e d   d u s t   s a m p l e s .   T h e   h e a l t h   r i s k   a s s e s s m e n t   o f   m e t a l s   s h o w e d   H I   v a l u e s   l e s s   t h a n   1 . 0   i n   a d u l t s   a n d   g r e a t e r   t h a n   1 . 0   i n   c h i l d r e n .   T h e   h e a l t h   a s s e s s m e n t   r e s u l t s   s h o w e d   c h i l d r e n   t o   b e   a t   h i g h e r   r i s k   o f   m e t a l   e x p o s u r e   i n   r o a d   d u s t   t h a n   t h e   a d u l t s .   T h e   o r d e r   o f   C R   v a l u e s   f o r   m e t a l s   i n   r o a d   d u s t s   a n d   c o n t r o l   s o i l   f o l l o w s   C r   >   C d   >   N i   >   P b   f o r   a d u l t s   a n d   c h i l d r e n .   T h e   C R   v a l u e s   o f   C r ,   C d   a n d   N i   i n   r o a d   d u s t s   w e r e   h i g h e r   t h a n   t h e   a c c e p t a b l e   s a f e   l i m i t   o f   1 . 0   x   1 0 ( - 4 )   i n d i c a t i n g   p r o b a b l e   c a r c i n o g e n i c   a d v e r s e   e f f e c t s . 	 [ T a i w o ,   A .   M . ;   O r e m o d u ,   B .   D . ;   A k i n t u n d e ,   O .   O . ;   O j o ,   N .   O . ;   E l e g b e d e ,   O .   O . ;   O l a n r e w a j u ,   H .   H . ;   A r o w o l o ,   T .   A . ]   F e d   U n i v   A g r ,   D e p t   E n v i r o n m   M a n a g e m e n t   &   T o x i c o l ,   P M B   2 2 4 0 ,   A b e o k u t a ,   N i g e r i a ;   [ A w o m e s o ,   J .   A . ]   F e d   U n i v   A g r ,   D e p t   W a t e r   R e s o u r c e s   M a n a g e m e n t   &   A g r   M e t e o r o l ,   P M B   2 2 4 0 ,   A b e o k u t a ,   N i g e r i a ;   [ T a i w o ,   O .   T . ]   F e d   U n i v   A g r ,   D e p t   A p p l   &   P u r e   Z o o l ,   P M B   2 2 4 0 ,   A b e o k u t a ,   N i g e r i a 	 T a i w o ,   A M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F e d   U n i v   A g r ,   D e p t   E n v i r o n m   M a n a g e m e n t   &   T o x i c o l ,   P M B   2 2 4 0 ,   A b e o k u t a ,   N i g e r i a . 	 t a i w o a d e m a t @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 A c h a d u   O .   J . ,   2 0 1 5 ,   J o u r n a l   o f   B i o d i v e r s i t y   a n d   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   ( J B E S ) ,   V 6 ,   P 1 ;   A d a c h i   K ,   2 0 0 4 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 3 0 ,   P 1 0 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v i n t . 2 0 0 4 . 0 4 . 0 0 4 ;   A d a c h i   K ,   2 0 0 5 ,   T H E S I S ,   P 1 0 5 ;   A d e f e m i   O .   S . ,   2 0 0 7 ,   P a k i s t a n   J o u r n a l   o f   N u t r i t i o n ,   V 6 ,   P 7 0 5 ;   A d e k u n l e   I M ,   2 0 0 4 ,   F O O D   C H E M   T O X I C O L ,   V 4 2 ,   P 1 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c t . 2 0 0 4 . 0 4 . 0 0 7 ;   A k i n d e   O R ,   2 0 1 5 ,   J   C A N C   E P I D E M I O L ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 8 4 2 0 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 8 4 2 0 3 2 ] ;   A m a t o   F ,   2 0 0 9 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 3 ,   P 2 7 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 3 9 ;   A m a t o   F ,   2 0 1 3 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 7 4 ,   P 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 3 7 ;   A p e a g y e i   E ,   2 0 1 1 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 5 ,   P 2 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 1 5 ;   A S T D R ,   2 0 1 2 ,   T O X   P R O F   M A N ;   A t i e m o   M . S . ,   2 0 1 1 ,   R E S   J   E N V   E A R T H   S C I ,   V 3 ,   P 4 7 3 ;   A z e e z   J O ,   2 0 1 4 ,   A R C H   A G R O N   S O I L   S C I ,   V 6 0 ,   P 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 3 6 5 0 3 4 0 . 2 0 1 3 . 7 9 2 4 0 6 ;   B a b a   A A ,   2 0 0 9 ,   C E N T R E P O I N T   S C I   E D I T ,   V 1 6 ,   P 5 7 ;   B a d a   B . S . ,   2 0 1 2 ,   J   E N V   E A R T H   S C I ,   V 2 ,   P 5 4 ;   B a i   J H ,   2 0 0 9 ,   S T O C H   E N V   R E S   R I S K   A ,   V 2 3 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 7 7 - 0 0 8 - 0 2 1 9 - 5 ;   B a n e r j e e   A D K ,   2 0 0 3 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 2 3 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 2 6 9 - 7 4 9 1 ( 0 2 ) 0 0 3 3 7 - 8 ;   B e l l o   O B ,   2 0 1 2 ,   W O R L D ,   V 1 ;   B e w i c k   V ,   2 0 0 4 ,   C R I T   C A R E ,   V 8 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / c c 2 8 3 6 ;   C h a n g   S H ,   2 0 0 9 ,   S O I L   S E D I M E N T   C O N T A M ,   V 1 8 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 3 2 0 3 8 0 9 0 3 0 8 5 6 9 1 ;   C h a r l e s w o r t h   S ,   2 0 0 3 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 2 9 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 0 - 4 1 2 0 ( 0 3 ) 0 0 0 1 5 - 1 ;   C h e n   H ,   2 0 1 4 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 8 8 ,   P 1 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 5 4 ;   C h r i s t o f o r i d i s   A ,   2 0 0 9 ,   G E O D E R M A ,   V 1 5 1 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e o d e r m a . 2 0 0 9 . 0 4 . 0 1 6 ;   C O L L I P P   P J ,   1 9 8 3 ,   A N N   N U T R   M E T A B ,   V 2 7 ,   P 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 1 7 6 7 2 4 ;   C r i l l e y   L R ,   2 0 1 4 ,   A E R O S O L   A I R   Q U A L   R E S ,   V 1 4 ,   P 1 9 0 6 ,   D O I   1 0 . 4 2 0 9 / a a q r . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 0 7 7 ;   D u   Y R ,   2 0 1 3 ,   P R O C E D I A   E N V I R O N   S C I ,   V 1 8 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o e n v . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 3 9 ;   E l - S e r g a n y   M M ,   2 0 1 1 ,   E N V   A R I D   L A N D   A G R   S C ,   V 2 2 ,   P 1 3 5 ;   e n H e a l t h ,   2 0 1 2 ,   E N V   H L T H   R I S K   A S S   G U ;   F i g u e r o a   D A ,   2 0 0 6 ,   T O X I C O L   I N D   H E A L T H ,   V 2 2 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 1 / 0 7 4 8 2 3 3 7 0 6 t h 2 4 7 o a ;   G i e t l   J K ,   2 0 1 0 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 4 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 6 ;   G r e e n i n g   T ,   2 0 1 1 ,   Q U A N T I F Y I N G   I M P A C T S ;   H a n   Y M ,   2 0 0 6 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 3 5 5 ,   P 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 2 6 ;   H a r r i s o n   R M ,   2 0 1 2 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 6 ,   P 6 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 3 0 0 8 9 4 r ;   H a r r o p   J D ,   2 0 0 2 ,   P H Y S   R E V   E ,   V 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v E . 6 6 . 0 2 6 7 0 3 ;   I A R C   ( I n t e r n a t i o n a l   A g e n c y   f o r   R e s e a r c h   o n   C a n c e r ) ,   2 0 1 2 ,   I A R C   M O N O G R A P H S ;   I A R C ,   2 0 1 3 ,   I A R C   M O N   E V   C A R C   R I S ,   V 1 0 3 ,   P 9 ;   J a r u p   L ,   2 0 0 3 ,   B R I T   M E D   B U L L ,   V 6 8 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b m b / l d g 0 3 2 ;   J e d y - A g b a   E ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   E P I D E M I O L ,   V 3 6 ,   p E 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n e p . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 7 ;   K A N U   M O ,   2 0 1 5 ,   J O R D   J   E A R T H   E N V I R O N ,   V 7 ,   P 6 5 ;   L a w r e n c e   S ,   2 0 1 3 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 7 7 ,   P 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 4 0 ;   L i   S ,   2 0 0 9 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 0 7 ,   P 2 0 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 2 0 ;   L i m   J M ,   2 0 1 0 ,   A T M O S   R E S ,   V 9 5 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 9 ;   L o g a n a t h a n   P ,   2 0 1 3 ,   C R I T   R E V   E N V   S C I   T E C ,   V 4 3 ,   P 1 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 6 4 3 3 8 9 . 2 0 1 1 . 6 4 4 2 2 2 ;   L u   L T ,   2 0 0 7 ,   E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R ,   V 1 4 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 5 / e s p r 2 0 0 5 . 0 8 . 2 7 8 ;   L u o   X S ,   2 0 1 2 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 2 4 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 5 3 ;   M a   J H ,   2 0 1 2 ,   P R O C D   S O C   B E H V ,   V 5 0 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s b s p r o . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 3 4 ;   M a n t a   D S ,   2 0 0 2 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 3 0 0 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 8 - 9 6 9 7 ( 0 2 ) 0 0 2 7 3 - 5 ;   M a r t i n   S . ,   2 0 0 9 ,   E N V   S C I   T E C H N O L   B R   C ,   V 1 5 ,   P 1 ;   M o h a m m e d   F S ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   E N G   T E C H N O L ,   V 5 ,   P 1 0 4 ;   N d o k e   P .   N . ,   2 0 0 5 ,   A S S U M P T   U   J   T E C H N O L ,   V 4 ,   P 2 2 2 ;   N E E D L E M A N   H L ,   1 9 9 0 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 2 2 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M 1 9 9 0 0 1 1 1 3 2 2 0 2 0 3 ;   N R I A G U   J O ,   1 9 9 2 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 1 2 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 4 8 - 9 6 9 7 ( 9 2 ) 9 0 3 0 4 - B ;   O l a w o y i n   R ,   2 0 1 2 ,   E C O T O X   E N V I R O N   S A F E ,   V 8 5 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e c o e n v . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 4 ;   O l u j i m i   O ,   2 0 1 5 ,   J   A F R   E A R T H   S C I ,   V 1 0 1 ,   P 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a f r e a r s c i . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 7 ;   O l u j i m i   O . O . ,   2 0 1 5 ,   J   H L T H   P O L L U T ,   V 5 ,   P 1 9 ;   O n o   K ,   2 0 0 2 ,   B I O L   P S Y C H I A T ,   V 5 2 ,   P 8 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 6 - 3 2 2 3 ( 0 2 ) 0 1 4 1 7 - 8 ;   O o k i   A ,   2 0 0 2 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 6 ,   P 4 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 0 2 ) 0 0 3 4 1 - 2 ;   Q i a o   X ,   2 0 1 4 ,   S T O C H   E N V   R E S   R I S K   A ,   V 2 8 ,   P 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 7 7 - 0 1 3 - 0 7 9 0 - 2 ;   R a s m u s s e n   P E ,   2 0 0 1 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 2 6 7 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 8 - 9 6 9 7 ( 0 0 ) 0 0 7 7 5 - 0 ;   R a z o s   P ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   E N V I R O N   R E S ,   V 4 ,   P 7 8 5 ;   R e i m a n n   C ,   2 0 0 5 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 3 3 7 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 1 1 ;   R o b e r t s   T L ,   2 0 1 4 ,   P R O C E D I A   E N G I N E E R ,   V 8 3 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o e n g . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 1 2 ;   S h i   G T ,   2 0 0 8 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 5 6 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v p o l . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 2 7 ;   S h i n o n d o   C J ,   2 0 0 8 ,   M E D   J   Z A M B I A ,   V 3 5 ,   P 4 8 ;   S u t h e r l a n d   R A ,   2 0 0 0 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 1 0 ,   P 4 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 2 6 9 - 7 4 9 1 ( 9 9 ) 0 0 3 1 1 - 5 ;   T a i w o   A M ,   2 0 1 6 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 3 0 4 ,   P 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 6 1 ;   T a i w o   A M ,   2 0 1 4 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 9 0 ,   P 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 4 . 0 4 . 1 1 8 ;   T a i w o   A .   M . ,   2 0 1 0 ,   G l o b a l   V e t e r i n a r i a ,   V 5 ,   P 2 8 2 ;   T a i w o   A M ,   2 0 1 4 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 9 7 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 5 1 ;   T a i w o   A M ,   2 0 1 4 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 7 5 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 7 6 ;   T a i w o   A M ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   B I O L   C H E M   S C I ,   V 4 ,   P 8 0 8 ;   T A I W O   A . M . ,   2 0 1 1 ,   P A C I F I C   J   S C I   T E C H ,   V 1 2 ,   P 5 2 7 ;   T a i w o   A M ,   2 0 1 3 ,   T H E S I S ;   T c h o u n w o u   P B ,   2 0 1 2 ,   M O L   C L I N   E N V   T O X I C O L ,   V 1 0 1 ,   P 1 3 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 7 6 4 3 - 8 3 4 0 - 4 _ ;   T h o r p e   A ,   2 0 0 8 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 0 0 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 0 7 ;   U S E P A ,   1 9 8 9 ,   E P A 5 4 0 1 8 9 0 0 2 ,   V I ;   U S E P A ,   2 0 0 1 ,   5 4 0 R 0 2 0 0 2   U S E P A ;   V a r r i c a   D ,   2 0 0 3 ,   E N V I R O N   G E O L ,   V 4 4 ,   P 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 4 - 0 0 2 - 0 7 4 8 - z ;   V i c t o r i a   A ,   2 0 1 4 ,   J   E N V   P O L L U T   H U M   H L T ,   V 2 ,   P 7 4 ;   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n ,   1 9 9 9 ,   W H O S D E O E H 9 9 1 4 ;   X u   X ,   2 0 1 5 ,   C U R R   S C I   I N D I A ,   V 1 0 8 ,   P 7 2 ;   Y e t i m o g l u   E K ,   2 0 0 7 ,   A N N   C H I M - R O M E ,   V 9 7 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a d i c . 2 0 0 7 9 0 0 0 7 ;   Y e u n g   Z L L ,   2 0 0 3 ,   A P P L   R A D I A T   I S O T O P E S ,   V 5 8 ,   P 3 3 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 9 - 8 0 4 3 ( 0 2 ) 0 0 3 5 1 - 2 ,   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 9 - 8 0 4 3 9 0 2 ) 0 0 3 5 1 - 2 ] ;   Z h a n g   F ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   E N V   R E S   P U B   H E ,   V 9 ,   P 1 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j e r p h 9 0 5 1 7 1 5 ;   Z h a n g   M K ,   2 0 0 9 ,   J   E N V I R O N   S C I - C H I N A ,   V 2 1 ,   P 6 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 0 1 - 0 7 4 2 ( 0 8 ) 6 2 3 1 7 - 7 ;   Z h e n g   X X ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   E N V   R E S   P U B   H E ,   V 1 2 ,   P 9 6 5 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j e r p h 1 2 0 8 0 9 6 5 8 	 8 5 	 0 	 0 	 8 	 8 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 1 4 3 6 - 3 2 4 0 	 1 4 3 6 - 3 2 5 9 	 	 S T O C H   E N V   R E S   R I S K   A 	 S t o c h .   E n v i r o n .   R e s .   R i s k   A s s e s s . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 3 1 	 2 	 	 	 	 	 4 3 1 	 4 4 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 7 7 - 0 1 6 - 1 3 0 2 - y 	 	 1 7 	 E n g i n e e r i n g ,   E n v i r o n m e n t a l ;   E n g i n e e r i n g ,   C i v i l ;   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s ;   S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y ;   W a t e r   R e s o u r c e s 	 E n g i n e e r i n g ;   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   &   E c o l o g y ;   M a t h e m a t i c s ;   W a t e r   R e s o u r c e s 	 E M 3 E R 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 1 9 7 8 0 0 0 1 2 	 	 
 
 J 	 B r a t c h e n k o ,   I A ;   A r t e m y e v ,   D N ;   M y a k i n i n ,   O O ;   K h r i s t o f o r o v a ,   Y A ;   M o r y a t o v ,   A A ;   K o z l o v ,   S V ;   Z a k h a r o v ,   V P 	 	 	 	 B r a t c h e n k o ,   I v a n   A . ;   A r t e m y e v ,   D m i t r y   N . ;   M y a k i n i n ,   O l e g   O . ;   K h r i s t o f o r o v a ,   Y u l i a   A . ;   M o r y a t o v ,   A l e x a n d e r   A . ;   K o z l o v ,   S e r g e y   V . ;   Z a k h a r o v ,   V a l e r y   P . 	 	 	 C o m b i n e d   R a m a n   a n d   a u t o f l u o r e s c e n c e   e x   v i v o   d i a g n o s t i c s   o f   s k i n   c a n c e r   i n   n e a r -   i n f r a r e d   a n d   v i s i b l e   r e g i o n s 	 J O U R N A L   O F   B I O M E D I C A L   O P T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R a m a n   s p e c t r o s c o p y ;   a u t o f l u o r e s c e n c e ;   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s - d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s ;   o p t i c a l   d i a g n o s t i c s ;   o n c o l o g y ;   m e l a n o m a ;   b a s a l   c e l l   c a r c i n o m a 	 I N - V I V O ;   S P E C T R O S C O P Y ;   F L U O R E S C E N C E ;   S Y S T E M ;   T I S S U E 	 T h e   d i f f e r e n t i a t i o n   o f   s k i n   m e l a n o m a s   a n d   b a s a l   c e l l   c a r c i n o m a s   ( B C C s )   w a s   d e m o n s t r a t e d   b a s e d   o n   c o m b i n e d   a n a l y s i s   o f   R a m a n   a n d   a u t o f l u o r e s c e n c e   s p e c t r a   s t i m u l a t e d   b y   v i s i b l e   a n d   N I R   l a s e r s .   I t   w a s   e x   v i v o   t e s t e d   o n   3 9   m e l a n o m a s   a n d   4 0   B C C s .   S i x   s p e c t r o s c o p i c   c r i t e r i a   u t i l i z i n g   i n f o r m a t i o n   a b o u t   a l t e r a t i o n   o f   m e l a n i n ,   p o r p h y r i n s ,   f l a v i n s ,   l i p i d s ,   a n d   c o l l a g e n   c o n t e n t   i n   t u m o r   w i t h   a   c o m p a r i s o n   t o   h e a l t h y   s k i n   w e r e   p r o p o s e d .   T h e   m e a s u r e d   c o r r e l a t i o n   b e t w e e n   t h e   p r o p o s e d   c r i t e r i a   m a k e s   i t   p o s s i b l e   t o   d e f i n e   w e a k l y   c o r r e l a t e d   c r i t e r i a   g r o u p s   f o r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   a n d   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t s   a n a l y s i s   a p p l i c a t i o n .   I t   w a s   s h o w n   t h a t   t h e   a c c u r a c y   o f   c a n c e r o u s   t i s s u e s   c l a s s i f i c a t i o n   r e a c h e s   9 7 . 3 %   f o r   a   c o m b i n e d   6 - c r i t e r i a   m u l t i m o d a l   a l g o r i t h m ,   w h i l e   t h e   a c c u r a c y   d e t e r m i n e d   s e p a r a t e l y   f o r   e a c h   m o d a l i t y   d o e s   n o t   e x c e e d   7 9 % .   T h e   c o m b i n e d   6 - D   m e t h o d   i s   a   r a p i d   a n d   r e l i a b l e   t o o l   f o r   m a l i g n a n t   s k i n   d e t e c t i o n   a n d   c l a s s i f i c a t i o n .   ( C )   2 0 1 7   S o c i e t y   o f   P h o t o - O p t i c a l   I n s t r u m e n t a t i o n   E n g i n e e r s   ( S P I E ) 	 [ B r a t c h e n k o ,   I v a n   A . ;   A r t e m y e v ,   D m i t r y   N . ;   M y a k i n i n ,   O l e g   O . ;   K h r i s t o f o r o v a ,   Y u l i a   A . ;   Z a k h a r o v ,   V a l e r y   P . ]   S a m a r a   N a t l   R e s   U n i v ,   D e p t   L a s e r   &   B i o t e c h   S y s t ,   S a m a r a ,   R u s s i a ;   [ M o r y a t o v ,   A l e x a n d e r   A . ;   K o z l o v ,   S e r g e y   V . ]   S a m a r a   S t a t e   M e d   U n i v ,   D e p t   O n c o l ,   S a m a r a ,   R u s s i a 	 B r a t c h e n k o ,   I A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S a m a r a   N a t l   R e s   U n i v ,   D e p t   L a s e r   &   B i o t e c h   S y s t ,   S a m a r a ,   R u s s i a . 	 i a b r a t c h e n k o @ g m a i l . c o m 	 	 	 M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   a n d   S c i e n c e   o f   t h e   R u s s i a n   F e d e r a t i o n 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   a n d   S c i e n c e   o f   t h e   R u s s i a n   F e d e r a t i o n . 	 A l t o s e   M D ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 3 0 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 1 0 2 9 5 9 8 ;   B a r t o n   B . ,   2 0 1 4 ,   M E D   S T A T   G U I D E   S P S S ;   B e r g h o l t   M S ,   2 0 1 1 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 6 ,   P 4 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 0 5 ;   B e r g h o l t   M .   S . ,   2 0 1 3 ,   J   G A S T R O I N T   D I G   S Y   S ,   V S 1 ,   P 0 0 8 ,   D O I   1 0 . 4 1 7 2 / 2 1 6 1 - 0 6 9 X ;   B o r i s o v a   E ,   2 0 0 8 ,   Q U A N T U M   E L E C T R O N + ,   V 3 8 ,   P 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 0 / Q E 2 0 0 8 v 0 3 8 n 0 6 A B E H 0 1 3 8 9 1 ;   B o r i s o v a   E ,   2 0 1 4 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 5 1 4 0 6 ;   B o r i s o v a   E G ,   2 0 1 4 ,   I E E E   J   S E L   T O P   Q U A N T ,   V 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S T Q E . 2 0 1 3 . 2 2 8 0 5 0 3 ;   B r a t c h e n k o   I .   A . ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D   P H O T O N I C S   E ,   V 1 ,   P 1 8 0 ;   C u r r i e   E ,   2 0 1 3 ,   C E L L   M E T A B ,   V 1 8 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 1 7 ;   C z a m a r a   K ,   2 0 1 5 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 6 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 4 6 0 7 ;   D a r v i n   M E ,   2 0 1 0 ,   O P T   S P E C T R O S C + ,   V 1 0 9 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 4 / S 0 0 3 0 4 0 0 X 1 0 0 8 0 0 9 6 ;   D a v y d o v   M .   I . ,   2 0 1 4 ,   S T A T   M A L I G N A N C I E S   R U ;   D u d a   R .   O . ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   F e l l e r   L ,   2 0 1 6 ,   H E A D   F A C E   M E D ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 0 5 - 0 1 6 - 0 1 0 6 - 0 ;   F o r s e a   A n a - M a r i a ,   2 0 1 0 ,   J   M e d   L i f e ,   V 3 ,   P 3 8 1 ;   F o x   D L ,   1 9 7 9 ,   B I O C H R O M Y   N A T U R A L   C O ;   G a o   W ,   2 0 1 6 ,   J   I N N O V   O P T   H E A L   S C I ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 1 7 9 3 5 4 5 8 1 6 5 0 0 0 3 6 ;   G o s s   P E ,   2 0 1 4 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 5 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 4 ) 7 0 0 2 9 - 4 ;   H a n l o n   E B ,   2 0 0 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 5 ,   p R 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 5 / 2 / 2 0 1 ;   H u a n g   Z W ,   2 0 0 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 9 ,   P 1 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 8 0 5 5 5 3 ;   J e o n g   S ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 9 4 5 5 ;   K h r i s t o f o r o v a   Y .   A . ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D   P H O T O N I C S   E ,   V 1 ,   P 1 8 6 ;   K o e n i g   K . ,   2 0 1 4 ,   I N T R A V I T A L ,   V 1 ,   P 1 1 ;   L i   X Z ,   2 0 0 5 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 5 4 5 3 ;   L i   X Z ,   2 0 0 6 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 6 0 8 8 ,   P 8 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 6 4 9 2 4 3 ;   L i u   W ,   2 0 1 3 ,   C H I N E S E   S C I   B U L L ,   V 5 8 ,   P 2 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 3 4 - 0 1 3 - 5 8 2 6 - y ;   L u a   G . ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 9 ;   L u i   H ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 2 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 4 0 6 1 ;   M a r c u   L ,   2 0 1 2 ,   A N N   B I O M E D   E N G ,   V 4 0 ,   P 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 3 9 - 0 1 1 - 0 4 9 5 - y ;   M o g e n s e n   M ,   2 0 0 9 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 2 ,   P 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 0 9 1 0 0 2 0 ;   N E L D E R   J A ,   1 9 6 5 ,   C O M P U T   J ,   V 7 ,   P 3 0 8 ;   P a p p a s   A . ,   2 0 1 4 ,   D E R M A T O   E N D O C R I N O L ,   V 1 ,   P 7 2 ;   P e n c e   I ,   2 0 1 6 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 4 5 ,   P 1 9 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 c s 0 0 5 8 1 g ;   P u   Y ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 8 . 1 . 0 1 7 0 0 5 ;   R a u p o v   D S ,   2 0 1 6 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 2 2 7 8 9 6 ;   R i n g n e r   M ,   2 0 0 8 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 6 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 0 3 0 8 - 3 0 3 ;   S e i d e n a r i   S ,   2 0 1 2 ,   D E R M A T O L   R E S   P R A C T ,   V 2 0 1 2 ;   S e i d e n a r i   S ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 0 6 8 2 ;   S e o   I ,   2 0 0 9 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 7 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 8 1 1 9 1 3 ;   S h a f e r - P e l t i e r   K E ,   2 0 0 2 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 3 ,   P 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 8 7 7 ;   S h o r t   M A ,   2 0 1 1 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 6 ,   P 1 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 1 7 8 e f 7 ;   S h u   M ,   2 0 1 3 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 2 0 ,   P 5 6 2 ;   S u s l i c k   K S ,   2 0 0 0 ,   J   P O R P H Y R   P H T H A L O C Y A ,   V 4 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 9 - 1 4 0 9 ( 2 0 0 0 0 6 / 0 7 ) 4 : 4 < 4 0 7 : : A I D - J P P 2 5 6 > 3 . 0 . C O ; 2 - 5 ;   U l r i c h   M ,   2 0 1 2 ,   A c t a s   D e r m o s i f i l i o g r ,   V 1 0 3 ,   P 7 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 7 ;   U p i l e   T ,   2 0 1 2 ,   H E A D   N E C K   O N C O L ,   V 4 ,   P 7 4 ;   W a c h s m a n n - H o g i u   S ,   2 0 0 9 ,   C U R R   O P I N   B I O T E C H ,   V 2 0 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o p b i o . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 0 6 ;   W a n g   H Q ,   2 0 1 2 ,   P H O T O D I A G N   P H O T O D Y N ,   V 9 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p d p d t . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 1 ;   W a n g   J F ,   2 0 1 6 ,   O P T   L E T T ,   V 4 1 ,   P 3 0 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 4 1 . 0 0 3 0 4 5 ;   W a n g   S ,   2 0 1 3 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 9 ,   P 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 1 2 . 0 0 6 3 2 . x ;   W e s s e l s   R ,   2 0 1 4 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 2 9 ,   P 1 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 3 - 0 1 3 - 1 2 9 1 - 8 ;   Z a k h a r o v   V P ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 2 0 . 2 . 0 2 5 0 0 3 ;   Z h a o   J ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 1 ,   P 1 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 7 7 8 2 5 9 7 0 0 3 ;   Z h a o   J H ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 8 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 5 - 8 9 1 4 - 9 	 5 3 	 0 	 0 	 5 	 5 	 S P I E - S O C   P H O T O - O P T I C A L   I N S T R U M E N T A T I O N   E N G I N E E R S 	 B E L L I N G H A M 	 1 0 0 0   2 0 T H   S T ,   P O   B O X   1 0 ,   B E L L I N G H A M ,   W A   9 8 2 2 5   U S A 	 1 0 8 3 - 3 6 6 8 	 1 5 6 0 - 2 2 8 1 	 	 J   B I O M E D   O P T 	 J .   B i o m e d .   O p t . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 2 2 	 2 	 	 	 	 	 	 	 0 2 7 0 0 5 	 1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 2 2 . 2 . 0 2 7 0 0 5 	 	 1 0 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E P 3 F J 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 2 6 7 9 0 0 0 2 2 	 2 8 2 0 5 6 7 9 	 
 
 J 	 H a z a r i k a ,   N ;   S r i v a s t a v a ,   A ;   D a s ,   A 	 	 	 	 H a z a r i k a ,   N a b a ;   S r i v a s t a v a ,   A r u n ;   D a s ,   A r u n a n g s h u 	 	 	 Q u a n t i f i c a t i o n   o f   p a r t i c l e   b o u n d   m e t a l l i c   l o a d   a n d   P A H s   i n   u r b a n   e n v i r o n m e n t   o f   D e l h i ,   I n d i a :   S o u r c e   a n d   t o x i c i t y   a s s e s s m e n t 	 S U S T A I N A B L E   C I T I E S   A N D   S O C I E T Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P a r t i c u l a t e   m a t t e r s ;   M e t a l s / m e t a l l o i d s ;   P A H s ;   S o u r c e   i d e n t i f i c a t i o n   ( P C A ) ;   E x c e s s   c a n c e r   r i s k 	 P O L Y C Y C L I C   A R O M A T I C - H Y D R O C A R B O N S ;   S U S P E N D E D   P A R T I C U L A T E   M A T T E R ;   S O U R C E   A P P O R T I O N M E N T ;   S I Z E   D I S T R I B U T I O N ;   U L T R A F I N E   P A R T I C L E S ;   H E A V Y - M E T A L S ;   A I R - Q U A L I T Y ;   S E A S O N A L - V A R I A T I O N S ;   R E S I D E N T I A L   A R E A ;   F I N E 	 T h e   p r e s e n t   i n v e s t i g a t i o n   w a s   c a r r i e d   o u t   t o   o b s e r v e   t h e   c o n c e n t r a t i o n   v a r i a t i o n   o f   m e t a l s / m e t a l l o i d s   a n d   P o l y c y c l i c   A r o m a t i c   H y d r o c a r b o n s   ( P A H s )   a s s o c i a t e d   w i t h   s i z e - s e g r e g a t e d   p a r t i c l e s   a n d   i t s   p r o b a b l e   e m i s s i o n   s o u r c e s   a l o n g   w i t h   t h e   t o x i c i t y   l e v e l   i n   u r b a n   e n v i r o n m e n t   f r o m   t h e   c a p i t a l   o f   I n d i a .   E n e r g y   D i s p e r s i v e   X - r a y   F l u o r e s c e n c e   ( E D X R F )   a n d   G a s   C h r o m a t o g r a p h y - M a s s   S p e c t r o m e t r y   ( G C - M S )   t e c h n i q u e s   w e r e   a p p l i e d   f o r   t h e  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 P 1 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 5 8 ;   A l e b i c - J u r e t i c   A ,   2 0 1 5 ,   P O L Y C Y C L   A R O M A T   C O M P ,   V 3 5 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 4 0 6 6 3 8 . 2 0 1 4 . 9 2 2 1 0 6 ;   A T S D R ,   2 0 1 1 ,   C A S   S T U D   E N V   M E D ;   B i r g u l   A ,   2 0 1 5 ,   A R C H   E N V I R O N   C O N   T O X ,   V 6 8 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 4 4 - 0 1 4 - 0 1 0 5 - 8 ;   B u d z i n s k i   H ,   1 9 9 7 ,   M A R   C H E M ,   V 5 8 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 4 - 4 2 0 3 ( 9 7 ) 0 0 0 2 8 - 5 ;   C a l v o   A I ,   2 0 1 3 ,   A T M O S   R E S ,   V 1 2 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 2 1 ;   D a l l a r o s a   J ,   2 0 0 8 ,   A T M O S   R E S ,   V 8 9 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 0 4 ;   D i c k h u t   R M ,   2 0 0 0 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 4 ,   P 4 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 0 0 9 7 1 e ;   E r c a n   O ,   2 0 1 6 ,   A I R   Q U A L   A T M O S   H L T H ,   V 9 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 8 6 9 - 0 1 5 - 0 3 1 4 - y ;   G a g a   E O ,   2 0 1 2 ,   E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R ,   V 1 9 ,   P 3 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 6 - 0 1 2 - 0 9 2 4 - y ;   G a l a r n e a u   E ,   2 0 0 8 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 2 ,   P 8 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 2 5 ;   G e h i n   E ,   2 0 0 8 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 2 ,   P 8 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 2 1 ;   G u p t a   S ,   2 0 1 1 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 0 9 ,   P 4 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 8 ;   H A L L   M ,   1 9 8 9 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 1 0 ,   P 1 8 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / 1 0 . 1 0 . 1 8 1 5 ;   H a z a r i k a   N . ,   2 0 1 5 ,   E N V   M O N I T O R I N G   A S S E S ,   V 1 8 7 ;   S r i v a s t a v a   A . ,   2 0 1 6 ,   A I R   Q U A L I T Y   A T M O S P H E ;   H i e u   N T ,   2 0 1 0 ,   A T M O S   R E S ,   V 9 8 ,   P 5 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 1 9 ;   H u s s a i n   K ,   2 0 1 5 ,   S U S T A I N   C I T I E S   S O C ,   V 1 9 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c s . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 0 ;   I A R C ,   2 0 1 3 ,   O U T D   A I R   P O L L   L E A D   E ;   J e n g   H A ,   2 0 1 0 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 6 9 ,   P 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 6 1 - 0 0 9 - 1 1 9 9 - 8 ;   J y e t h i   D S ,   2 0 1 4 ,   E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R ,   V 2 1 ,   P 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 6 - 0 1 3 - 1 9 1 2 - 6 ;   K a v o u r a s   I G ,   1 9 9 9 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 3 ,   P 4 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 9 9 ) 0 0 2 8 1 - 2 ;   K a v o u r a s   I G ,   2 0 0 1 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 5 ,   P 2 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 0 1 5 4 0 z ;   K u m a r   P ,   2 0 1 4 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 6 6 ,   P 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v i n t . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 3 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v i n t 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 3 ] ;   L e v y   J I ,   2 0 0 2 ,   J   E X P O   A N A L   E N V   E P I D ,   V 1 2 ,   P 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j / j e a / 7 5 0 0 2 0 3 ;   L u c h   A ,   2 0 0 5 ,   C A R C I N O G E N I C   E F F E C T S   O F   P O L Y C Y C L I C   A R O M A T I C   H Y D R O C A R B O N S ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / 9 7 8 1 8 6 0 9 4 9 3 3 3 ;   M a   W L ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R ,   V 2 0 ,   P 5 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 6 - 0 1 3 - 1 5 7 7 - 1 ;   M a r t i n e l l o   K ,   2 0 1 4 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 7 0 ,   P 4 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 7 ;   M a s i h   J ,   2 0 1 2 ,   S U S T A I N   C I T I E S   S O C ,   V 3 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c s . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 0 1 ;   M a s s e y   D D ,   2 0 1 3 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 6 7 ,   P 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 2 ;   M i n g u i l l o n   M C ,   2 0 1 2 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 5 9 ,   P 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 5 2 ;   P a n t   P ,   2 0 1 2 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 9 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 6 0 ;   P a r k   E J ,   2 0 0 8 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 3 7 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 6 1 - 0 0 7 - 9 7 7 9 - y ;   P e r r i n o   C ,   2 0 1 1 ,   A T M O S   P O L L U T   R E S ,   V 2 ,   P 4 1 8 ,   D O I   1 0 . 5 0 9 4 / A P R . 2 0 1 1 . 0 4 8 ;   R a v i n d r a   K ,   2 0 0 6 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 0 ,   P 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 1 1 ;   S a i t o   E ,   2 0 1 4 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 5 3 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 5 5 ;   S a r k a r   S ,   2 0 1 1 ,   J   A T M O S   C H E M ,   V 6 8 ,   P 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 7 4 - 0 1 2 - 9 2 1 2 - y ;   S a r k a r   S ,   2 0 1 0 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 8 4 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 3 9 ;   S e e   S W ,   2 0 0 6 ,   A E R O S O L   A I R   Q U A L   R E S ,   V 6 ,   P 8 2 ;   S h a r m a   S K ,   2 0 1 4 ,   U R B A N   C L I M A T E ,   V 1 0 ,   P 6 5 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . U C L I M . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 2 ;   S i m c i k   M F ,   1 9 9 9 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 3 ,   P 5 0 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 9 9 ) 0 0 2 3 3 - 2 ;   S i n g h   D P ,   2 0 1 1 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 5 ,   P 7 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 5 8 ;   S r i v a s t a v a   A ,   2 0 0 8 ,   A E R O S O L   A I R   Q U A L   R E S ,   V 8 ,   P 1 8 8 ;   S r i v a s t a v a   A ,   2 0 0 8 ,   T R A N S P O R T   R E S   D - T R   E ,   V 1 3 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r d . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 0 1 ;   S r i v a s t a v a   A ,   2 0 0 7 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 4 4 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 3 0 ;   S r i v a s t a v a   A ,   2 0 0 7 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 6 8 ,   P 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 4 6 ;   S r i v a s t a v a   A ,   2 0 0 9 ,   A T M O S   R E S ,   V 9 2 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 5 ;   S z a b o   J ,   2 0 1 5 ,   A I R   Q U A L   A T M O S   H L T H ,   V 8 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 8 6 9 - 0 1 5 - 0 3 1 8 - 7 ;   T o b i s z e w s k i   M ,   2 0 1 2 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 6 2 ,   P 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v p o l . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 2 5 ;   T o l i s   E I ,   2 0 1 5 ,   E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R ,   V 2 2 ,   P 6 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 6 - 0 1 4 - 3 8 8 3 - 7 ;   V i l l a r - V i d a l   M ,   2 0 1 4 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 9 9 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 6 ;   V u k o v i c   G ,   2 0 1 4 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 8 5 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 5 3 ;   W a l l a c e   L A ,   2 0 0 4 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 8 ,   P 2 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 3 0 6 2 6 0 ;   W a n   M P ,   2 0 1 1 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 5 ,   P 6 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 3 6 ;   W a n g   Z ,   2 0 0 7 ,   J   E N V I R O N   M O N I T O R ,   V 9 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 6 1 7 3 3 8 c ;   W H O ,   2 0 0 0 ,   A I R   Q U A L   G U I D ;   Y a d a v   S ,   2 0 0 6 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 0 ,   P 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 0 5 ;   Y a d a v   S ,   2 0 1 3 ,   A E R O S O L   A I R   Q U A L   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 4 2 0 9 / a a q r . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 0 0 4 ;   Y a d a v   S ,   2 0 1 3 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 2 5 2 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 2 4 ;   Y i n   H L ,   2 0 1 5 ,   E N V I R O N   G E O C H E M   H L T H ,   V 3 7 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 5 3 - 0 1 4 - 9 6 3 6 - 1 ;   Y u n k e r   M B ,   2 0 0 2 ,   O R G   G E O C H E M ,   V 3 3 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 6 - 6 3 8 0 ( 0 2 ) 0 0 0 0 2 - 5 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 3 ,   D E L H I   S T A T   H D B 	 6 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 2 2 1 0 - 6 7 0 7 	 2 2 1 0 - 6 7 1 5 	 	 S U S T A I N   C I T I E S   S O C 	 S u s t .   C i t i e s   S o c . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 2 9 	 	 	 	 	 	 5 8 	 6 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . s c s . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 1 0 	 	 1 0 	 C o n s t r u c t i o n   &   B u i l d i n g   T e c h n o l o g y ;   G R E E N   &   S U S T A I N A B L E   S C I E N C E   &   T E C H N O L O G Y ;   E n e r g y   &   F u e l s 	 C o n s t r u c t i o n   &   B u i l d i n g   T e c h n o l o g y ;   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s ;   E n e r g y   &   F u e l s 	 E O 9 L N 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 0 1 0 3 0 0 0 0 5 	 	 
 
 J 	 J a n a k i ,   N ;   W h i t n e y ,   J ;   J a n o w c z y k ,   A ;   M a d a b h u s h i ,   A ;   A v r i l ,   S 	 	 	 	 J a n a k i ,   N a f i s e h ;   W h i t n e y ,   J o n ;   J a n o w c z y k ,   A n d r e w ;   M a d a b h u s h i ,   A n a n t ;   A v r i l ,   S t e f a n i e 	 	 	 D e e p   L e a r n i n g   A u t o m a t e d   S e g m e n t a t i o n   o f   T u m o r   I n f i l t r a t i n g   L y m p h o c y t e s   i n   B r e a s t   C a n c e r   S p e c i m e n s 	 L A B O R A T O R Y   I N V E S T I G A T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 M e e t i n g   A b s t r a c t 	 1 0 6 t h   A n n u a l   M e e t i n g   o f   t h e   U n i t e d - S t a t e s - a n d - C a n a d i a n - A c a d e m y - o f - P a t h o l o g y   ( U S C A P ) 	 M A R   0 4 - 1 0 ,   2 0 1 7 	 S a n   A n t o n i o ,   T X 	 U S   &   C a n a d i a n   A c a d   P a t h o l 	 	 	 	 	 U n i v   H o s p   C l e v e l a n d   M e d   C t r ,   C l e v e l a n d ,   O H   U S A ;   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 0 6   U S A 	 	 	 	 	 	 	 	 0 	 0 	 0 	 1 	 1 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 N E W   Y O R K 	 7 5   V A R I C K   S T ,   9 T H   F L R ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3 - 1 9 1 7   U S A 	 0 0 2 3 - 6 8 3 7 	 1 5 3 0 - 0 3 0 7 	 	 L A B   I N V E S T 	 L a b .   I n v e s t . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 9 7 	 	 	 1 	 	 1 8 7 	 4 9 A 	 4 9 A 	 	 	 	 1 	 M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l ;   P a t h o l o g y 	 R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e ;   P a t h o l o g y 	 E K 1 Y T 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 7 2 4 4 0 0 1 8 7 	 	 
 
 J 	 F e r r o n i ,   P ;   Z a n z o t t o ,   F M ;   S c a r p a t o ,   N ;   R i o n d i n o ,   S ;   N a n n i ,   U ;   R o s e l l i ,   M ;   G u a d a g n i ,   F 	 	 	 	 F e r r o n i ,   P a t r i z i a ;   Z a n z o t t o ,   F a b i o   M a s s i m o ;   S c a r p a t o ,   N o e m i ;   R i o n d i n o ,   S i l v i a ;   N a n n i ,   U m b e r t o ;   R o s e l l i ,   M a r i o ;   G u a d a g n i ,   F i o r e l l a 	 	 	 R i s k   A s s e s s m e n t   f o r   V e n o u s   T h r o m b o e m b o l i s m   i n   C h e m o t h e r a p y - T r e a t e d   A m b u l a t o r y   C a n c e r   P a t i e n t s :   A   M a c h i n e   L e a r n i n g   A p p r o a c h 	 M E D I C A L   D E C I S I O N   M A K I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 < b o l d > c < / b o l d > l i n i c a l   d e c i s i o n   s u p p o r t   s y s t e m s ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   r a n d o m   o p t i m i z a t i o n ;   v e n o u s  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 B 8 8 F 1 2 0 0 0 7 3 0 0 0 5 ] 	 F i n a n c i a l   s u p p o r t   f o r   t h i s   s t u d y   w a s   p r o v i d e d   i n   p a r t   b y   r e s e a r c h   f u n d i n g   f r o m   t h e   E u r o p e a n   S o c i a l   F u n d   u n d e r   t h e   I t a l i a n   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   U n i v e r s i t y   a n d   R e s e a r c h   P O N 0 3 P E _ 0 0 1 4 6 _ 1 / 1 0   B I B I O F A R   ( C U P   B 8 8 F 1 2 0 0 0 7 3 0 0 0 5 ) .   T h e   f u n d i n g   a g r e e m e n t   e n s u r e d   t h e   a u t h o r s '   i n d e p e n d e n c e   i n   d e s i g n i n g   t h e   s t u d y ,   i n t e r p r e t i n g   t h e   d a t a ,   w r i t i n g ,   a n d   p u b l i s h i n g   t h e   r e p o r t .   R e v i s i o n   a c c e p t e d   f o r   p u b l i c a t i o n   1 2   J u l y   2 0 1 6 . 	 A y   C ,   2 0 1 0 ,   B L O O D ,   V 1 1 6 ,   P 5 3 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 0 - 0 2 - 2 7 0 1 1 6 ;   B e n   L u s t i g   D ,   2 0 1 5 ,   T H R O M B   R E S ,   V 1 3 6 ,   P 1 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t h r o m r e s . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 2 ;   B e n n e t t   K P ,   2 0 0 2 ,   P   8   A C M   S I G K D D   I N T   C ,   P 2 4 ;   B o s s o n   J L ,   2 0 0 6 ,   M E D   D E C I S   M A K I N G ,   V 2 6 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 2 7 2 9 8 9 X 0 5 2 8 4 1 0 5 ;   C a r r i e r   M ,   2 0 0 8 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 4 9 ,   P 3 2 3 ;   C h e n   J H ,   2 0 1 5 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S ;   C r i s t i a n i n i   N . ,   2 0 0 0 ,   I N T R O   S U P P O R T   V E C T O R ;   C r o w l e y   M P ,   2 0 1 4 ,   C L I N   A P P L   T H R O M B - H E M ,   V 2 0 ,   P 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 7 6 0 2 9 6 1 4 5 2 1 2 8 0 ;   D e o   R C ,   2 0 1 5 ,   C I R C U L A T I O N ,   V 1 3 2 ,   P 1 9 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C U L A T I O N A H A . 1 1 5 . 0 0 1 5 9 3 ;   D i   N i s i o   M ,   2 0 1 0 ,   T H R O M B   H A E M O S T A S I S ,   V 1 0 4 ,   P 1 0 4 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 6 0 / T H 1 0 - 0 5 - 0 2 7 7 ,   1 0 . 1 1 6 0 / T H 1 0 . 0 5 . 0 2 7 7 ] ;   D i c k m a n n   B ,   2 0 1 3 ,   H A E M A T O L O G I C A ,   V 9 8 ,   P 1 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 4 / h a e m a t o l . 2 0 1 2 . 0 7 3 3 3 8 ;   F e r r o n i   P ,   2 0 1 4 ,   J   T H R O M B   H A E M O S T ,   V 1 2 ,   P 2 0 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j t h . 1 2 7 3 7 ;   F e r r o n i   P ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   P 1 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 0 7 6 ;   F e r r o n i   P ,   2 0 1 4 ,   H A E M A T O L O G I C A ,   V 9 9 ,   P 1 6 3 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 4 / h a e m a t o l . 2 0 1 4 . 1 0 9 4 7 0 ;   F e r r o n i   P ,   2 0 1 3 ,   H A E M A T O L O G I C A ,   V 9 8 ,   p E 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 4 / h a e m a t o l . 2 0 1 3 . 0 9 2 5 2 8 ;   F i l i c e   S ,   2 0 1 5 ,   P   5 3   A N N   M   A S S   C O M P ,   P 1 9 ;   G o n e n   M ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 2 1 1 ;   J e n s e n   L J ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 3 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 5 8 5 ;   K a w a l e r   E m i l y ,   2 0 1 2 ,   A M I A   A n n u   S y m p   P r o c ,   V 2 0 1 2 ,   P 4 3 6 ;   K h a l i l i a   M ,   2 0 1 1 ,   B M C   M E D   I N F O R M   D E C I S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 2 - 6 9 4 7 - 1 1 - 5 1 ;   K h o r a n a   A A ,   2 0 1 4 ,   J   T H R O M B   H A E M O S T ,   V 1 2 ,   P 1 9 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j t h . 1 2 7 2 5 ;   K h o r a n a   A A ,   2 0 0 8 ,   B L O O D ,   V 1 1 1 ,   P 4 9 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 7 - 1 0 - 1 1 6 3 2 7 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 2 . 1 9 6 ;   L a r r a n a g a   P ,   2 0 0 6 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 7 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b k 0 0 7 ;   L i e b m a n   H o w a r d ,   2 0 1 1 ,   C l i n   A d v   H e m a t o l   O n c o l ,   V 9 ,   P 1 ;   L i m   S H ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   R E S   T R E A T ,   V 4 8 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 4 3 / c r t . 2 0 1 4 . 2 6 6 ;   L y m a n   G H ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 6 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 9 . 7 3 5 1 ;   M a n d a l a   M ,   2 0 1 2 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 1 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d r 5 2 4 ;   M a n d a l a   M ,   2 0 1 0 ,   A N N   O N C O L ,   V 1 ,   p v 2 7 4 ;   M a n i   S ,   2 0 1 3 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 0 ,   P 6 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 2 - 0 0 1 3 3 2 ;   M A T Y A S   J ,   1 9 6 5 ,   A U T O M A T   R E M   C O N T R + ,   V 2 6 ,   P 2 4 4 ;   R o s e l l i   M ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 3 ,   P 1 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 1 0 4 ;   S a a r - T s e c h a n s k y   M ,   2 0 0 7 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 8 ,   P 1 6 2 5 ;   S o u s o u   T ,   2 0 0 9 ,   A R T E R I O S C L   T H R O M   V A S ,   V 2 9 ,   P 3 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / A T V B A H A . 1 0 8 . 1 8 2 1 9 6 ;   S r i k a n t h a n   A ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 8 . 6 5 3 7 ;   V e r g a t i   M ,   2 0 1 3 ,   R E J U V   R E S ,   V 1 6 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / r e j . 2 0 1 3 . 1 4 0 9 ;   V e r s o   M ,   2 0 1 2 ,   I N T E R N   E M E R G   M E D ,   V 7 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 3 9 - 0 1 2 - 0 7 8 4 - y 	 3 7 	 0 	 0 	 6 	 6 	 S A G E   P U B L I C A T I O N S   I N C 	 T H O U S A N D   O A K S 	 2 4 5 5   T E L L E R   R D ,   T H O U S A N D   O A K S ,   C A   9 1 3 2 0   U S A 	 0 2 7 2 - 9 8 9 X 	 1 5 5 2 - 6 8 1 X 	 	 M E D   D E C I S   M A K I N G 	 M e d .   D e c i s .   M a k . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 3 7 	 2 	 	 	 	 	 2 3 4 	 2 4 2 	 	 1 0 . 1 1 7 7 / 0 2 7 2 9 8 9 X 1 6 6 6 2 6 5 4 	 	 9 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E L 1 D P 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 3 6 1 0 0 0 0 0 9 	 2 7 4 9 1 5 5 8 	 
 
 J 	 A s a d i ,   R ;   K a r e e m ,   S A ;   A s a d i ,   S ;   A s a d i ,   M 	 	 	 	 A s a d i ,   R o y a ;   K a r e e m ,   S a m e e m   A b d u l ;   A s a d i ,   S h o k o o f e h ;   A s a d i ,   M i t r a 	 	 	 A   d y n a m i c   s e m i s u p e r v i s e d   f e e d f o r w a r d   n e u r a l   n e t w o r k   c l u s t e r i n g 	 A I   E D A M - A R T I F I C I A L   I N T E L L I G E N C E   F O R   E N G I N E E R I N G   D E S I G N   A N A L Y S I S   A N D   M A N U F A C T U R I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A r t i f i c i a l   N e u r a l   N e t w o r k ;   F e e d f o r w a r d   N e u r a l   N e t w o r k ;   N o n r a n d o m   W e i g h t ;   O n l i n e   D y n a m i c   L e a r n i n g ;   S e m i s u p e r v i s e d   C l u s t e r i n g ;   S u p e r v i s e d   a n d   U n s u p e r v i s e d   L e a r n i n g 	 H Y D R A T E   F O R M A T I O N ;   S Y S T E M S 	 A n   e f f i c i e n t   s i n g l e - l a y e r  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 6 0 5 0 3 ,   S e l a n g o r ,   M a l a y s i a . 	 r o y a a s a d i @ s i s w a . u m . e d u . m y 	 	 	 	 	 A b e   S . ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   A h i r w a r   G . ,   2 0 1 4 ,   P J   B H I S I K A R   I J C S I T   I ,   V 5 ,   P 3 0 1 ;   A L I P P I   C ,   1 9 9 5 ,   I E E E   T   C I R C U I T S - I ,   V 4 2 ,   P 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 8 1 . 3 9 0 2 6 9 ;   K o v a l e r c h u k   B . ,   2 0 0 7 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   D A T A ;   A s a d i   R . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   A R T I F I C I A L   I N T ,   V 4 ,   P 1 2 ;   A s a d i   R . ,   2 0 1 4 ,   P   C O M P   S C I   E L   E N G   C S ;   A s a d i   R ,   2 0 1 6 ,   A I   E D A M ,   V 3 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 8 9 0 0 6 0 4 1 4 0 0 0 6 7 5 ;   A s a d i   R ,   2 0 1 4 ,   A I P   C O N F   P R O C ,   V 1 6 0 2 ,   P 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 8 8 2 5 4 1 ;   A s u n c i o n   A . ,   2 0 0 7 ,   U C I   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   B e n g i o   Y ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 1 ,   P 5 4 5 ;   B o s e   N .   K . ,   1 9 9 6 ,   N E U R A L   N E T W O R K   F U N D A ;   B o u c h a c h i a   A .   B . ,   2 0 0 7 ,   P   F U Z Z   S Y S T   C   F U Z Z ;   C r a v e n   M W ,   1 9 9 7 ,   F U T U R E   G E N E R   C O M P   S Y ,   V 1 3 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 7 3 9 X ( 9 7 ) 0 0 0 2 2 - 8 ;   D a s a r t h y   B .   V . ,   1 9 9 0 ,   N E A R E S T   N E I G H B O R   P A T ;   D a v y   H . ,   1 8 1 1 ,   P H I L   T ,   V 1 0 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s t l . 1 8 1 1 . 0 0 0 1 ;   C o t t r e l l   G . ,   1 9 9 3 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 3 6 ,   P 5 8 0 ;   D e m u t h   H . ,   2 0 0 8 ,   N E U R A L   N E T W O R K   T O O L B ;   D e n g   D ,   2 0 0 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 5 1 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 5 - 2 3 1 2 ( 0 2 ) 0 0 5 9 9 - 4 ;   D u   K L ,   2 0 1 0 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 2 3 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 7 ;   E s l a m i m a n e s h   A ,   2 0 1 2 ,   C H E M   E N G   S C I ,   V 8 1 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e s . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 6 ;   F i s h e r   R . ,   1 9 5 0 ,   U S E   M U L T I P L E   M E A S U R E ,   V 2 ;   F r i t z k e   B . ,   1 9 9 5 ,   A d v a n c e s   i n   N e u r a l   I n f o r m a t i o n   P r o c e s s i n g   S y s t e m s   7 ,   P 6 2 5 ;   F r i t z k e   B . ,   1 9 9 7 ,   S O M E   C O M P E T I T I V E   L E A ;   F u r a o   S ,   2 0 0 7 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 2 0 ,   P 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 0 8 ;   G e r m a n o   T . ,   1 9 9 9 ,   S E L F   O R G A N I Z I N G   M A P S ;   G h a v i p o u r   M ,   2 0 1 3 ,   C H E M   E N G   R E S   D E S ,   V 9 1 ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e r d . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 1 0 ;   G o e b e l   M . ,   1 9 9 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 ,   P 2 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 8 4 6 1 7 0 . 8 4 6 1 7 2 ;   G u i   V . ,   2 0 0 1 ,   F A C T A   U   S E R I E S   E L E C T ,   V 1 4 ,   P 1 0 9 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   P   N I P S   2 0 0 3   W O R K S H   F ;   H a m k e r   F H ,   2 0 0 1 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 1 4 ,   P 5 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 0 1 ) 0 0 0 1 8 - 1 ;   H a n   J . ,   2 0 0 6 ,   D A T A   M I N I N G   S E   A S I A ;   H a y k i n   S ,   2 0 0 4 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 2 0 0 4 ,   P 2 ;   H a z l i n a   H . ,   2 0 0 4 ,   P   2   I N T   C   A R T   I N T   E N ,   P 4 4 5 ;   H e b b   D .   O . ,   1 9 4 9 ,   O R G   B E H A V   N E U R O P S Y C H ,   V 1 ,   P 1 4 3 ;   H e b b o u l   A . ,   2 0 1 1 ,   P   7   I N T   W O R K S H   S Y S T ;   H e g l a n d   M . ,   2 0 0 3 ,   D A T A   M I N I N G   C H A L L E N G ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 7 6 4 7 ;   H o n k e l a   T . ,   1 9 9 8 ,   D E S C R I P T I O N   K O H O N E N S ;   J a c q u i e r   E ,   2 0 0 3 ,   F I N A N C   A N A L   J ,   V 5 9 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 2 4 6 9 / f a j . v 5 9 . n 6 . 2 5 7 4 ;   J a i n   A K ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 1 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 1 1 ;   J E A N   J S N ,   1 9 9 4 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 5 ,   P 7 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 3 1 7 7 2 7 ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   1 9 8 6 ,   S P R I N G E R   S E R I E S   S T A T ,   P 1 ;   K a m i y a   Y . ,   2 0 0 7 ,   P   I N T   J O I N T   C   N E U R A L ;   K a n t a r d z i c   M . ,   2 0 1 1 ,   D A T A   M I N I N G   C O N C E P T S ;   K a s a b o v   N .   K . ,   1 9 9 8 ,   P   5   I N T   C   N E U R   I N F   P ;   K e m p   R A ,   1 9 9 7 ,   A N A L   C E L L   P A T H O L ,   V 1 4 ,   P 3 1 ;   K o b a y a s h i   R . ,   1 9 8 7 ,   P E T R O L E U M   E N G   H D B ;   K o h o n e n   T . ,   2 0 0 0 ,   S E L F   O R G   M A P S ;   K o h o n e n   T . ,   1 9 9 7 ,   S P R I N G E R   S E R I E S   I N F O ,   V 3 0 ,   P 2 2 ;   L a r o c h e l l e   H ,   2 0 0 9 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 ;   L a s k o w s k i   K . ,   2 0 0 6 ,   A R T I F I C I A L   N E U R A L   N E ;   L I N D E   Y ,   1 9 8 0 ,   I E E E   T   C O M M U N ,   V 2 8 ,   P 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C O M . 1 9 8 0 . 1 0 9 4 5 7 7 ;   L o n g a d g e   M . R . ,   2 0 1 3 ,   J   C O M P U T E R   E N G   I O S R ,   V 1 2 ,   P 6 6 ;   M a n g a t   V ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 8 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 4 6 ;   M a r t i n e t z   T .   M . ,   1 9 9 3 ,   P   I N T   C   A R T   N E U R   N E T ,   P 4 2 7 ;   M a t h w o r k s ,   2 0 0 8 ,   M A T L   N E U R   N E T W   T O O L B ;   M c C l o s k e y   S . ,   2 0 0 0 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   M A C H ;   M e l e k   W W ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T ,   V 2 6 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 8 - 0 3 9 4 . 2 0 0 8 . 0 0 4 8 1 . x ;   M o r a d i   M R ,   2 0 1 3 ,   E N E R G Y   T E C H N O L - G E R ,   V 1 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e n t e . 2 0 1 2 0 0 0 5 6 ;   P a r k   H .   M . ,   2 0 1 1 ,   P   N E U R   I N F   P R O C   C   G R ;   P a v e l   B . ,   2 0 0 2 ,   S U R V E Y   C L U S T E R I N G   D A ;   P e n g   J M ,   1 9 9 9 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 8 6 ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 7 0 0 5 0 1 0 4 ;   P r u d e n t   Y . ,   2 0 0 5 ,   P   I E E E   I N T   C   N E U R   N E ;   R o u g i e r   N ,   2 0 1 1 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 4 ,   P 1 8 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 3 4 ;   S c h a a l   S ,   1 9 9 8 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 2 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 9 8 3 0 0 0 1 6 9 6 3 ;   S h a h n a z a r   S ,   2 0 1 4 ,   F L U I D   P H A S E   E Q U I L I B R ,   V 3 7 9 ,   P 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f l u i d . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 1 2 ;   S h e n   F R ,   2 0 1 1 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 0 ,   P 1 0 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 0 - 0 4 2 8 - y ;   T o n g   X J ,   2 0 1 0 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 2 1 6 ,   P 1 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 3 1 ;   U l t s c h   A . ,   1 9 9 0 ,   P   I N T   N E U R   N E T W   C   I N ,   P 3 0 5 ;   v a n   d e r   M a a t e n   L J P ,   2 0 0 9 ,   2 0 0 9 0 0 5   T I C C T R   T I L B ,   V 1 0 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 3 5 0 6 2 8 0 4 4 4 0 0 0 1 0 2 ;   V a n d e s o m p e l e   J ,   2 0 0 2 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 2 - 3 - 7 - r e s e a r c h 0 0 3 4 ;   W e r b o s   P .   J . ,   1 9 7 4 ,   T H E S I S ;   Z a h e d i   G ,   2 0 0 9 ,   E N E R G   C O N V E R S   M A N A G E ,   V 5 0 ,   P 2 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n c o n m a n . 2 0 0 9 . 0 4 . 0 0 5 ;   Z i e g e l   E .   R . ,   2 0 0 2 ,   T E C H N O M E T R I C S ,   V 4 4 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / t e c h . 2 0 0 2 . s 9 3 	 7 5 	 0 	 0 	 2 	 2 	 C A M B R I D G E   U N I V   P R E S S 	 N E W   Y O R K 	 3 2   A V E N U E   O F   T H E   A M E R I C A S ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3 - 2 4 7 3   U S A 	 0 8 9 0 - 0 6 0 4 	 1 4 6 9 - 1 7 6 0 	 	 A I   E D A M 	 A I   E D A M - A r t i f .   I n t e l l .   E n g .   D e s .   A n a l .   M a n u f . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 3 1 	 1 	 	 	 	 	 3 0 	 5 4 	 	 1 0 . 1 0 1 7 / S 0 8 9 0 0 6 0 4 1 6 0 0 0 1 6 0 	 	 2 5 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y ;   E n g i n e e r i n g ,   M a n u f a c t u r i n g 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E K 4 P G 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 9 0 8 5 0 0 0 0 3 	 	 
 
 J 	 V a r g a ,   M ;   P r o k o p ,   A ;   C s u k a s ,   B 	 	 	 	 V a r g a ,   M . ;   P r o k o p ,   A . ;   C s u k a s ,   B . 	 	 	 B i o s y s t e m   m o d e l s ,   g e n e r a t e d   f r o m   a   c o m p l e x   r u l e / r e a c t i o n / i n f l u e n c e   n e t w o r k   a n d   f r o m   t w o   f u n c t i o n a l i t y   p r o t o t y p e s 	 B I O S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R e a c t i o n   n e t w o r k ;   I n f l u e n c e   n e t w o r k ;   R u l e   n e t w o r k ;   S t a t e   p r o t o t y p e ;   T r a n s i t i o n   p r o t o t y p e ;   M o d e l   g e n e r a t i o n ;   E d i t a b l e   g r a p h i c a l   m o d e l ;   Q u a n t i t a t i v e   m o d e l ;   Q u a l i t a t i v e   m o d e l ;   M u l t i s c a l e   m o d e l ;   p 5 3   s i g n a l l i n g   a t   c a n c e r 	 F E E D B A C K   L O O P ;   P 5 3 ;   D Y N A M I C S ;   S Y S T E M S ;   B I O L O G Y ;   T R E N D S ;   S I R T 1 	 I n   t h i s   w o r k   w e   h a v e   f u r t h e r   d e v e l o p e d   t h e   D i r e c t   C o m p u t e r   M a p p i n g   ( D C M )   b a s e d   m o d e l l i n g   a n d   s i m u l a t i o n   m e t h o d o l o g y .   A   u n i f i e d ,   t r a n s i t i o n - b a s e d   r e p r e s e n t a t i o n   o f   c o m p l e x   r u l e ,   r e a c t i o n   a n d   i n f l u e n c e   n e t w o r k s   h a s   b e e n   i n t r o d u c e d   a n d   t w o   p r o t o t y p e s   ( o n e   g e n e r a l   s t a t e -   a n d   a n o t h e r   g e n e r a l   t r a n s i t i o n   p r o t o t y p e )   h a v e   b e e n   d e v e l o p e d   f o r   t h e   u n i f i e d   f u n c t i o n a l   m o d e l l i n g   o f   t h e   s t a t e   a n d   t r a n s i t i o n   n o d e s .   S t a r t i n g   f r o m   t h e   n e t w o r k   a n d   f r o m   t h e   f u n c t i o n a l   p r o t o t y p e s ,   a n   a u t o m a t i c   g e n e r a t i o n   m e t h o d   o f   t h e  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 o f   t h e   f o r m e r l y   s t u d i e d   a n d   u p g r a d e d   e x a m p l e   b i o s y s t e m   m o d e l   f o r   c o m b i n i n g   t h e   d e t a i l e d ,   q u a n t i t a t i v e   p 5 3 / m i R 3 4 a   s i g n a l l i n g   s y s t e m   w i t h   t h e   p a t h o l o g i c a l   m o d e l   t h r o u g h   a n   e x t e n d e d   r u l e - b a s e d   c o u p l i n g   m o d e l .   ( C )   2 0 1 7   E l s e v i e r   I r e l a n d   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ V a r g a ,   M . ;   C s u k a s ,   B . ]   K a p o s v a r   U n i v ,   R e s   G r p   P r o c   N e t w o r k   E n g n ,   4 0   G u b a   S ,   H - 7 4 0 0   K a p o s v a r ,   H u n g a r y ;   [ P r o k o p ,   A . ]   V a n d e r b i l t   U n i v ,   D e p t   C h e m   &   B i o m o l   E n g n ,   N a s h v i l l e ,   T N   3 7 2 3 5   U S A 	 V a r g a ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a p o s v a r   U n i v ,   R e s   G r p   P r o c   N e t w o r k   E n g n ,   4 0   G u b a   S ,   H - 7 4 0 0   K a p o s v a r ,   H u n g a r y . 	 v a r g a . m o n i k a @ k e . h u 	 	 V a r g a ,   M o n i k a / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 6 8 8 6 - 5 7 5 1 	 H u n g a r i a n   G o v e r n m e n t   [ T A M O P - 4 . 2 . 2 . D - 1 5 / 1 / K O N V - 2 0 1 5 - 0 0 2 8 ] ;   E u r o p e a n   S o c i a l   F u n d 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   T A M O P - 4 . 2 . 2 . D - 1 5 / 1 / K O N V - 2 0 1 5 - 0 0 2 8   p r o g r a m   o f   H u n g a r i a n   G o v e r n m e n t ,   c o - f i n a n c e d   b y   E u r o p e a n   S o c i a l   F u n d . 	 A l a m   M J ,   2 0 1 2 ,   B I O S Y S T E M S ,   V 1 1 0 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s y s t e m s . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 0 5 ;   A l b e r g h i n a   L ,   2 0 0 5 ,   S Y S T E M S   B I O L   D E F I N I T ;   A n   G ,   2 0 0 9 ,   W I R E S   S Y S T   B I O L   M E D ,   V 1 ,   P 1 5 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 2 / w s b m . 4 5 ,   1 0 . 1 0 0 2 / w s b m . 0 4 5 ] ;   B a r a b a s i   A L ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 5 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 1 2 7 2 ;   B e r n a r d   S ,   2 0 1 3 ,   A C T A   B I O T H E O R ,   V 6 1 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 4 1 - 0 1 3 - 9 1 9 9 - z ;   B l i n o v   M L ,   2 0 1 2 ,   A D V   E X P   M E D   B I O L ,   V 7 3 6 ,   P 5 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 4 1 9 - 7 2 1 0 - 1 _ 3 0 ;   B o d e   C ,   2 0 0 7 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 1 ,   P 2 7 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 2 1 ;   B r i a t   C ,   2 0 1 3 ,   I E E E   D E C I S   C O N T R   P ,   P 3 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C D C . 2 0 1 3 . 6 7 6 0 3 9 8 ;   C a l d a r e l l i   G . ,   2 0 0 7 ,   S C A L E   F R E E   N E T W O R K S ;   C a r d e l l i   L ,   2 0 1 4 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 8 - 8 4 ;   C h e n   M i n g ,   2 0 0 3 ,   I n   S i l i c o   B i o l o g y ,   V 3 ,   P 3 4 7 ;   C h y l e k   L A ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 4 7 8 - 3 9 7 5 / 1 2 / 4 / 0 4 5 0 0 7 ;   C s e r m e l y   P ,   2 0 1 3 ,   P H A R M A C O L   T H E R A P E U T ,   V 1 3 8 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h a r m t h e r a . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 6 ;   C s u k a s   B ,   2 0 1 3 ,   F U E L   P R O C E S S   T E C H N O L ,   V 1 0 6 ,   P 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f u p r o c . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 2 4 ;   C s u k a s   B . ,   1 9 9 8 ,   A L C H E   A N N   M   M I A M ;   C s u k a s   B . ,   2 0 1 1 ,   P   S U M M   S I M   M U L T   2 0 1 1 ,   P 8 7 ;   C s u k a s   B . ,   2 0 1 3 ,   S Y S T E M S   B I O L   I N T E G R A ,   P 4 9 7 ;   D a l l o n   J C ,   2 0 1 0 ,   C U R R   O P I N   C O L L O I D   I N ,   V 1 5 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o c i s . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 7 ;   F e n g   Z H ,   2 0 1 1 ,   J   M O L   C E L L   B I O L ,   V 3 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j m c b / m j q 0 4 0 ;   G o u t s i a s   J ,   2 0 0 7 ,   B I O P H Y S   J ,   V 9 2 ,   P 2 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 6 . 0 9 3 7 8 1 ;   H e r e d i a   D ,   2 0 1 5 ,   B I O S Y S T E M S ,   V 1 3 4 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s y s t e m s . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 2 ;   K A L M A N   R . ,   1 9 6 9 ,   T O P I C S   M A T H   S Y S T E M   T ;   K i m   D H ,   2 0 0 9 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 8 ,   P 3 7 0 7 ;   K i m   S ,   2 0 1 0 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 6 6 5 ;   K u m a r   B ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 7 6 0 1 ;   L a i   X . ,   2 0 1 0 ,   N A T   P ;   L a i   X i n ,   2 0 1 2 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 8 8 0 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 1 7 7 9 - 8 3 3 - 7 _ 6 ;   L i u   Y Y ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 3 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 0 1 1 ;   M a r q u a r d t   W ,   1 9 9 6 ,   C O M P U T   C H E M   E N G ,   V 2 0 ,   P 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 8 - 1 3 5 4 ( 9 5 ) 0 0 1 9 5 - 6 ;   M e i e r - S c h e l l e r s h e i m   M ,   2 0 0 9 ,   W I R E S   S Y S T   B I O L   M E D ,   V 1 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / w s b m . 3 3 ;   M o l   M ,   2 0 1 4 ,   B B A - G E N   S U B J E C T S ,   V 1 8 4 0 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a g e n . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 8 ;   N e w m a n   M E J ,   2 0 0 3 ,   S I A M   R E V ,   V 4 5 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / S 0 0 3 6 1 4 4 5 0 3 4 2 4 8 0 ;   N e w m a n   M .   E .   J . ,   2 0 0 6 ,   S T R U C T U R E   D Y N A M I C S   N ;   O a t e s   C J ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   p I 4 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 4 5 2 ;   P e l e g   M ,   2 0 0 5 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 2 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 7 / j a m i a . M 1 6 3 7 ;   R y l l   A ,   2 0 1 4 ,   B I O S Y S T E M S ,   V 1 2 4 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s y s t e m s . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 2 ;   S l a b y   O ,   2 0 0 9 ,   M O L   C A N C E R ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 8 - 1 0 2 ;   S t r o g a t z   S H ,   2 0 0 1 ,   N A T U R E ,   V 4 1 0 ,   P 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 6 5 7 2 5 ;   S u z u k i   H I ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 6 0 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 1 9 9 ;   V a r g a   M ,   2 0 1 6 ,   E N V I R O N   M O D E L L   S O F T W ,   V 7 5 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v s o f t . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 2 2 ;   V a r g a   M . ,   2 0 1 2 ,   I C T   A G R   R U R A L   D E V   E N ,   P 1 5 5 ;   V a r g a   M . ,   2 0 0 9 ,   T H E S I S ;   W o n g   M Y W ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 3 8 ,   P 1 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j o . 2 0 1 1 . 9 7 0 ;   Y a m a k u c h i   M ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 1 3 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 1 6 1 3 1 0 5 ;   Y a m a k u c h i   M ,   2 0 0 9 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 8 ,   P 7 1 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 8 . 5 . 7 7 5 3 ;   Y a n g   X S ,   2 0 1 3 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 1 8 ,   P 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 3 . 0 5 . 2 5 0 	 4 6 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 0 3 0 3 - 2 6 4 7 	 1 8 7 2 - 8 3 2 4 	 	 B I O S Y S T E M S 	 B i o s y s t e m s 	 F E B 	 2 0 1 7 	 1 5 2 	 	 	 	 	 	 2 4 	 4 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s y s t e m s . 2 0 1 6 . 1 2 . 0 0 5 	 	 2 0 	 B i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E K 8 R X 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 1 9 2 9 0 0 0 0 3 	 2 8 0 6 2 3 2 3 	 
 
 J 	 H u g h e s ,   T B ;   S w a m i d a s s ,   S J 	 	 	 	 H u g h e s ,   T y l e r   B . ;   S w a m i d a s s ,   S .   J o s h u a 	 	 	 D e e p   L e a r n i n g   t o   P r e d i c t   t h e   F o r m a t i o n   o f   Q u i n o n e   S p e c i e s   i n   D r u g   M e t a b o l i s m 	 C H E M I C A L   R E S E A R C H   I N   T O X I C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 H U M A N   L I V E R - M I C R O S O M E S ;   C Y P - M E D I A T E D   S I T E S ;   I N - V I T R O ;   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   I N D U C E D   H E P A T O T O X I C I T Y ;   A N T I M A L A R I A L   A C T I V I T Y ;   B E N Z O Q U I N O N E   I M I N E ;   S T R U C T U R A L   A L E R T S ;   C Y T O C H R O M E S   P 4 5 0 ;   R S - P R E D I C T O R 	 M a n y   a d v e r s e   d r u g   r e a c t i o n s   a r e   t h o u g h t   t o   b e   c a u s e d   b y   e l e c t r o p h i l i c a l l y   r e a c t i v e   d r u g   m e t a b o l i t e s   t h a t  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 S J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   W a s h i n g t o n   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   P a t h o l   &   I m m u n o l ,   C a m p u s   B o x   8 1 1 8 , 6 6 0   S   E u c l i d   A v e ,   S t   L o u i s ,   M O   6 3 1 1 0   U S A . 	 s w a m i d a s s @ w u s t l . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   L i b r a r y   O f   M e d i c i n e   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ R 0 1 L M 0 1 2 2 2 2 ,   R 0 1 L M 0 1 2 4 8 2 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ 1 S 1 0 R R 0 2 2 9 8 4 - 0 1 A 1 ,   1 S 1 0 O D 0 1 8 0 9 1 - 0 1 ] ;   D e p a r t m e n t   o f   I m m u n o l o g y   a n d   P a t h o l o g y   a t   t h e   W a s h i n g t o n   U n i v e r s i t y   S c h o o l   o f   M e d i c i n e ;   W a s h i n g t o n   U n i v e r s i t y   C e n t e r   f o r   B i o l o g i c a l   S y s t e m s   E n g i n e e r i n g 	 R e s e a r c h   r e p o r t e d   i n   t h i s   p u b l i c a t i o n   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   L i b r a r y   O f   M e d i c i n e   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   u n d e r   a w a r d   n u m b e r s   R 0 1 L M 0 1 2 2 2 2   a n d   R 0 1 L M 0 1 2 4 8 2 .   C o m p u t a t i o n s   w e r e   p e r f o r m e d   u s i n g   t h e   f a c i l i t i e s   o f   t h e   W a s h i n g t o n   U n i v e r s i t y   C e n t e r   f o r   H i g h   P e r f o r m a n c e   C o m p u t i n g ,   w h i c h   w e r e   p a r t i a l l y   f u n d e d   b y   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   g r a n t s   n u m b e r s   1 S 1 0 R R 0 2 2 9 8 4 - 0 1 A 1   a n d   1 S 1 0 O D 0 1 8 0 9 1 - 0 1 .   W e   a l s o   t h a n k   b o t h   t h e   D e p a r t m e n t   o f   I m m u n o l o g y   a n d   P a t h o l o g y   a t   t h e   W a s h i n g t o n   U n i v e r s i t y   S c h o o l   o f   M e d i c i n e   a n d   t h e   W a s h i n g t o n   U n i v e r s i t y   C e n t e r   f o r   B i o l o g i c a l   S y s t e m s   E n g i n e e r i n g   f o r   t h e i r   g e n e r o u s   s u p p o r t   o f   t h i s   w o r k . 	 A D A M S   D A ,   1 9 5 8 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 1 6 7 ,   P 1 2 0 7 ;   A d a m s   D H ,   2 0 1 0 ,   T O X I C O L   S C I ,   V 1 1 5 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / t o x s c i / k f q 0 0 9 ;   A L B A N O   E ,   1 9 8 5 ,   M O L   P H A R M A C O L ,   V 2 8 ,   P 3 0 6 ;   A n d r e s   E ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   O P I N   D R U G   S A F ,   V 7 ,   P 4 8 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 5 1 7 / 1 4 7 4 0 3 3 8 . 7 . 4 . 4 8 1   ,   1 0 . 1 5 1 7 / 1 4 7 4 0 3 3 0 8 0 2 2 0 8 6 2 7 ] ;   A n z e n b a c h e r   P ,   2 0 0 1 ,   C E L L   M O L   L I F E   S C I ,   V 5 8 ,   P 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / P L 0 0 0 0 0 8 9 7 ;   A R N E B O R N   P ,   1 9 8 2 ,   A C T A   M E D   S C A N D ,   V 2 1 2 ,   P 2 8 9 ;   A w a d   H M ,   2 0 0 0 ,   A R C H   B I O C H E M   B I O P H Y S ,   V 3 7 8 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / a b b i . 2 0 0 0 . 1 8 3 2 ;   B A S K E T T E R   D ,   1 9 9 5 ,   C O N T A C T   D E R M A T I T I S ,   V 3 2 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 5 3 6 . 1 9 9 5 . t b 0 0 7 4 8 . x ;   B a u m a n   J N ,   2 0 0 8 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 3 6 ,   P 1 0 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 0 8 . 0 2 0 5 4 5 ;   B y l u n d   J ,   2 0 1 2 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 4 0 ,   P 2 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 1 2 . 0 4 7 4 3 1 ;   C a m p a g n a - S l a t e r   V ,   2 0 1 2 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 2 ,   P 2 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 3 0 0 3 0 7 3 ;   C h a n   K ,   2 0 0 8 ,   J   A P P L   T O X I C O L ,   V 2 8 ,   P 6 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j a t . 1 3 1 2 ;   C H A R B A   J P ,   1 9 8 0 ,   B   A M   M E T E O R O L   S O C ,   V 6 1 ,   P 1 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 5 / 1 5 2 0 - 0 4 7 7 ( 1 9 8 0 ) 0 6 1 < 1 5 4 6 : S I P F I T > 2 . 0 . C O ; 2 ;   C H R I S T I E   G ,   1 9 8 9 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 3 8 ,   P 1 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 6 - 2 9 5 2 ( 8 9 ) 9 0 1 8 4 - 6 ;   C H U R C H I L L   F C ,   1 9 8 5 ,   L I F E   S C I ,   V 3 6 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 4 - 3 2 0 5 ( 8 5 ) 9 0 2 8 5 - 1 ;   C o r t e s   C . ,   2 0 0 4 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 3 0 5 ;   C o u r t s   F L ,   2 0 0 9 ,   M O L   N U T R   F O O D   R E S ,   V 5 3 ,   P 1 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m n f r . 2 0 0 8 0 0 5 6 9 ;   C r u c i a n i   G a b r i e l e ,   2 0 1 3 ,   D r u g   D i s c o v   T o d a y   T e c h n o l ,   V 1 0 ,   p e 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d d t e c . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 1 ;   D A H L I N   D C ,   1 9 8 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I - B I O L ,   V 8 1 ,   P 1 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 8 1 . 5 . 1 3 2 7 ;   D a n g   N L ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 2 ,   P 3 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t w 3 5 0 ;   D i x i t   V A ,   2 0 1 6 ,   C H E M I S T R Y S E L E C T ,   V 1 ,   P 6 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s l c t . 2 0 1 6 0 1 0 5 1 ;   E D W A R D S   I R ,   1 9 9 0 ,   L A N C E T ,   V 3 3 6 ,   P 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 9 0 ) 9 1 6 6 9 - 2 ;   E r v e   J C L ,   2 0 0 4 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 1 7 ,   P 5 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 0 3 4 2 3 8 n ;   F a n g   Z . - Z . ,   2 0 1 0 ,   D R U G   M E T A B   R E V ,   P 7 9 ;   F a v e t t a   P ,   2 0 0 0 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 7 4 2 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 7 8 - 4 3 4 7 ( 0 0 ) 0 0 0 9 7 - 9 ;   F i t c h   W i l l i a m   L ,   2 0 1 0 ,   D r u g   M e t a b   L e t t ,   V 4 ,   P 7 7 ;   G E L B O I N   H V ,   1 9 8 0 ,   P H Y S I O L   R E V ,   V 6 0 ,   P 1 1 0 7 ;   G r a m e c   D ,   2 0 1 4 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 7 ,   P 1 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 5 0 0 1 3 4 g ;   G u e n g e r i c h   F P ,   2 0 1 1 ,   D R U G   M E T A B   P H A R M A C O K ,   V 2 6 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 3 3 / d m p k . D M P K - 1 0 - R V - 0 6 2 ;   G u e n g e r i c h   F P ,   2 0 0 1 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 1 4 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 0 0 0 2 5 8 3 ;   H O P M A N N   G ,   1 9 8 4 ,   D E U T   M E D   W O C H E N S C H R ,   V 1 0 9 ,   P 1 8 6 3 ;   H o s t a s   J ,   2 0 1 3 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 5 6 8 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c p l e t t . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 6 9 ;   H u g h e s   T B ,   2 0 1 6 ,   A C S   C E N T R A L   S C I ,   V 2 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s c e n t s c i . 6 b 0 0 1 6 2 ;   H u g h e s   T B ,   2 0 1 5 ,   A C S   C E N T R A L   S C I ,   V 1 ,   P 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s c e n t s c i . 5 b 0 0 1 3 1 ;   H u g h e s   T B ,   2 0 1 5 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 8 ,   P 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . c h e m r e s t o x . 5 b 0 0 0 1 7 ;   J o n e s   J P ,   2 0 0 2 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 3 0 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 3 0 . 1 . 7 ;   K a l g u t k a r   A S ,   2 0 1 5 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 2 2 ,   P 4 3 8 ;   K a l g u t k a r   A S ,   2 0 1 5 ,   A N N U   R E V   P H A R M A C O L ,   V 5 5 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - p h a r m t o x - 0 1 0 8 1 4 - 1 2 4 7 2 0 ;   K a l g u t k a r   A S ,   2 0 0 5 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 3 3 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 0 4 . 0 0 1 7 3 5 ;   K a n g   P ,   2 0 0 9 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 2 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 8 0 0 2 3 5 6 ;   K i m   D N ,   2 0 0 9 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 9 ,   P 1 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 9 0 0 0 1 1 g ;   K n o w l e s   S R ,   2 0 0 0 ,   L A N C E T ,   V 3 5 6 ,   P 1 5 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 0 ) 0 3 1 3 7 - 8 ;   K o l a   I ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 3 ,   P 7 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 1 4 7 0 ;   L a m b   D C ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   O P I N   D R U G   M E T ,   V 9 ,   P 1 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 7 4 2 5 2 5 5 . 2 0 1 3 . 8 0 6 4 8 5 ;   L e e   J ,   2 0 0 4 ,   J   M A S S   S P E C T R O M ,   V 3 9 ,   P 1 0 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m s . 6 6 3 ;   L e e   W M ,   2 0 0 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 9 ,   P 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M r a 0 2 1 8 4 4 ;   L i   F P ,   2 0 0 9 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 2 ,   P 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 8 0 0 1 5 2 r ;   L i   X H ,   2 0 0 9 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 3 7 ,   P 1 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 0 8 . 0 2 5 9 3 2 ;   L i   Y ,   2 0 0 8 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 3 6 ,   P 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 0 7 . 0 1 9 0 1 8 ;   L I N   G ,   1 9 9 3 ,   X E N O B I O T I C A ,   V 2 3 ,   P 1 0 5 9 ;   L U T Z   W K ,   1 9 7 9 ,   M U T A T   R E S ,   V 6 5 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 5 - 1 1 1 0 ( 7 9 ) 9 0 0 0 6 - X ;   M A G G S   J L ,   1 9 8 8 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 3 7 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 6 - 2 9 5 2 ( 8 8 ) 9 0 7 3 3 - 2 ;   M a h a j a n   M K ,   2 0 1 1 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 3 9 ,   P 6 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 1 0 . 0 3 6 0 0 4 ;   M a t l o c k   M K ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 1 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 7 6 1 ;   M c K i m   J M ,   2 0 1 0 ,   C O M B   C H E M   H I G H   T   S C R ,   V 1 3 ,   P 1 8 8 ;   M C Q U I N N   R L ,   1 9 8 4 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 1 2 ,   P 4 1 4 ;   M E U N I E R   G ,   1 9 8 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 6 0 ,   P 5 7 6 ;   M e y e r   M R ,   2 0 1 0 ,   J   M A S S   S P E C T R O M ,   V 4 5 ,   P 1 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m s . 1 8 5 9 ;   M o n k s   T e r r e n c e   J ,   2 0 0 2 ,   C u r r   D r u g   M e t a b ,   V 3 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 9 2 0 0 0 2 3 3 3 7 3 8 8 ;   M O N K S   T J ,   1 9 9 2 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 1 1 2 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 4 1 - 0 0 8 X ( 9 2 ) 9 0 2 7 3 - U ;   N e i l s   H . ,   1 9 8 1 ,   J   P H A R M   S C I ,   V 7 0 ,   P 2 2 6 ;   N i   J ,   2 0 0 7 ,   X E N O B I O T I C A ,   V 3 7 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 4 9 8 2 5 0 6 0 1 0 4 7 8 9 7 ;   N i n a n   B . ,   2 0 1 2 ,   I N N O V A T I O N S   P H A R M ,   V 3 ,   P 6 ;   N u m a t a   K ,   2 0 0 7 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 7 8 ,   P 3 7 7 7 ;   N u m a z a w a   M ,   1 9 9 9 ,   J   S T E R O I D   B I O C H E M ,   V 7 0 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 0 - 0 7 6 0 ( 9 9 ) 0 0 1 0 5 - 3 ;   N u m a z a w a   M ,   2 0 0 5 ,   J   S T E R O I D   B I O C H E M ,   V 9 7 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s b m b . 2 0 0 5 . 0 6 . 0 2 9 ;   O ' B o y l e   N M ,   2 0 0 8 ,   C H E M   C E N T   J ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 1 5 3 X - 2 - 5 ;   O ' N e i l l   P M ,   2 0 0 9 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 2 ,   P 1 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 8 0 1 2 7 5 7 ;   O B R I E N   P J ,   1 9 9 1 ,   C H E M - B I O L   I N T E R A C T ,   V 8 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 9 - 2 7 9 7 ( 9 1 ) 9 0 0 2 9 - 7 ;   O N E I L L   P M ,   1 9 9 4 ,   J   M E D   C H E M ,   V 3 7 ,   P 1 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 0 0 3 5 a 0 1 7 ;   O r h a n   H ,   2 0 1 5 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 2 2 ,   P 4 0 8 ;   O s t a p o w i c z   G ,   2 0 0 2 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 3 7 ,   P 9 4 7 ;   P i c h l e r   W J ,   2 0 1 1 ,   J   A L L E R G Y   C L I N   I M M U N ,   V 1 2 7 ,   p S 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a c i . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 4 8 ;   R a l a i v o l a   L ,   2 0 0 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 1 8 ,   P 1 0 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 0 9 ;   R O S S   D ,   1 9 8 5 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 6 4 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 3 4 3 0 0 1 4 ;   R u d i k   A ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 2 0 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 0 8 7 ;   R y d b e r g   P ,   2 0 1 2 ,   C H E M M E D C H E M ,   V 7 ,   P 1 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c m d c . 2 0 1 2 0 0 1 6 0 ;   R y d b e r g   P ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 2 9 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 5 8 4 ;   R y d b e r g   P ,   2 0 1 0 ,   A C S   M E D   C H E M   L E T T ,   V 1 ,   P 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / m l 1 0 0 0 1 6 x ;   S a l v a t o r e l l i   E ,   2 0 1 3 ,   J   P H A R M A C O L   E X P   T H E R ,   V 3 4 4 ,   P 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / j p e t . 1 1 2 . 2 0 0 5 6 8 ;   S C H R E I N E R   G E ,   1 9 6 6 ,   J   A M E R   M E D   A S S O C ,   V 1 9 6 ,   P 4 1 3 ;   S c h u l t z   T W ,   2 0 0 7 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 0 ,   P 1 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 7 0 0 2 1 2 u ;   S c h w o b e l   J A H ,   2 0 1 0 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 3 ,   P 1 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 1 0 0 1 7 2 x ;   S h a r m a   A M ,   2 0 1 2 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 5 ,   P 1 7 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 3 0 0 1 7 2 s ;   S h e n t o n   J M ,   2 0 0 4 ,   C H E M - B I O L   I N T E R A C T ,   V 1 5 0 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b i . 2 0 0 4 . 0 9 . 0 0 1 ;   S r i v a s t a v a   A ,   2 0 1 0 ,   A D V E R S E   D R U G   R E A C T ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 0 0 6 6 3 - 0 _ 7 ;   S r i v a s t a v a   A ,   2 0 1 4 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 7 ,   P 1 5 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 5 0 0 2 1 2 c ;   S t a c h u l s k i   A V ,   2 0 1 3 ,   M E D   R E S   R E V ,   V 3 3 ,   P 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m e d . 2 1 2 7 3 ;   S t e p a n   A F ,   2 0 1 1 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 4 ,   P 1 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 2 0 0 1 6 8 d ;   S t e p h e n s   M .   D . ,   2 0 1 0 ,   D A W N   D R U G   S A F E T Y ;   S T E V E N S O N   J ,   1 9 6 1 ,   S c o t t   M e d   J ,   V 6 ,   P 5 2 2 ;   S T E W A R T   J J P ,   1 9 9 0 ,   J   C O M P U T   A I D   M O L   D E S ,   V 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 1 2 8 3 3 6 ;   S w a m i d a s s   S J ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 1 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 1 4 0 ;   T e s t a   B ,   2 0 1 2 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 1 7 ,   P 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 7 ;   W e n   B ,   2 0 0 9 ,   C H E M - B I O L   I N T E R A C T ,   V 1 8 1 ,   P 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b i . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 1 4 ;   W e n   B ,   2 0 0 9 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 3 7 ,   P 1 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 0 8 . 0 2 4 8 5 1 ;   W i s h a r t   D S ,   2 0 0 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   p D 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 9 5 8 ;   Y u   L N ,   2 0 0 4 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 1 7 ,   P 8 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 0 3 4 2 7 2 2 ;   Y u e   W ,   2 0 0 3 ,   J   S T E R O I D   B I O C H E M ,   V 8 6 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 0 - 0 7 6 0 ( 0 3 ) 0 0 3 7 7 - 7 ;   Z a m o r a   I ,   2 0 0 3 ,   J   M E D   C H E M ,   V 4 6 ,   P 2 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 2 1 1 0 4 i ;   Z a r e t z k i   J ,   2 0 1 5 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 5 ,   P 9 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 5 0 0 5 6 5 2 ;   Z a r e t z k i   J ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 3 ,   P 3 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 4 0 0 5 1 8 g ;   Z a r e t z k i   J ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 7 0 5 ;   Z a r e t z k i   J ,   2 0 1 2 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 2 ,   P 1 6 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 3 0 0 0 0 9 z ;   Z a r e t z k i   J ,   2 0 1 1 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 1 ,   P 1 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 2 0 0 0 4 8 8 ;   Z a r e t z k i   J M ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 1 9 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 1 0 0 ;   Z h e n g   J ,   2 0 0 7 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 0 ,   P 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 6 0 0 2 7 7 y ;   Z h u   M S ,   2 0 0 7 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 9 ,   P 8 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 7 1 1 1 9 u ;   Z O L O V   B ,   1 9 5 8 ,   J   M a i n e   M e d   A s s o c ,   V 4 9 ,   P 3 3 5 	 1 0 9 	 1 	 1 	 5 	 5 	 A M E R   C H E M I C A L   S O C 	 W A S H I N G T O N 	 1 1 5 5   1 6 T H   S T ,   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 0 3 6   U S A 	 0 8 9 3 - 2 2 8 X 	 1 5 2 0 - 5 0 1 0 	 	 C H E M   R E S   T O X I C O L 	 C h e m .   R e s .   T o x i c o l . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 3 0 	 2 	 	 	 	 	 6 4 2 	 6 5 6 	 	 1 0 . 1 0 2 1 / a c s . c h e m r e s t o x . 6 b 0 0 3 8 5 	 	 1 5 	 C h e m i s t r y ,   M e d i c i n a l ;   C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y ;   T o x i c o l o g y 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y ;   C h e m i s t r y ;   T o x i c o l o g y 	 E L 6 M K 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 7 3 6 5 0 0 0 1 7 	 2 8 0 9 9 8 0 3 	 
 
 J 	 S e n g u p t a ,   D ;   B a n d y o p a d h y a y ,   S ;   S i n h a ,   D 	 	 	 	 S e n g u p t a ,   D e b a r k a ;   B a n d y o p a d h y a y ,   S a n g h a m i t r a ;   S i n h a ,   D e b a j y o t i 	 	 	 A   S c o r i n g   S c h e m e   f o r   O n l i n e   F e a t u r e   S e l e c t i o n :   S i m u l a t i n g   M o d e l   P e r f o r m a n c e   W i t h o u t   R e t r a i n i n g 	 I E E E   T R A N S A C T I O N S   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   A N D   L E A R N I N G   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 E n t r o p y ;   f e a t u r e   s e l e c t i o n ;   m o d e l ;   o n l i n e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   ( O F S ) ;   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) ;   t r a i n i n g 	 R E G R E S S I O N ;   C A N C E R 	 I n c r e a s i n g   t h e   n u m b e r   o f   f e a t u r e s   i n c r e a s e s   t h e   c o m p l e x i t y   o f   a   m o d e l   e v e n   i f   t h e   a d d i t i o n a l   f e a t u r e   d o e s   n o t   i m p r o v e   i t s   d e c i s i o n - m a k i n g   c a p a c i t y .   I r r e l e v a n t   f e a t u r e s   m a y   a l s o   c a u s e   o v e r f i t t i n g   a n d   r e d u c e   i n t e r p r e t a b i l i t y   o f   t h e   c o n c e r n e d   m o d e l .   I t   i s ,   t h e r e f o r e ,   i m p o r t a n t   t h a t   t h e   f e a t u r e s   a r e   o p t i m a l l y   s e l e c t e d   b e f o r e   a   m o d e l   i s   b u i l t .   I n   t h e   c a s e   o f   o n l i n e   l e a r n i n g ,   n e w   i n s t a n c e s   a r e   p e r i o d i c a l l y   d i s c o v e r e d ,   a n d   t h e   r e s p e c t i v e   m o d e l   i s   t a c t i c a l l y   r e t r a i n e d   a s   r e q u i r e d .   S i m i l a r l y ,   t h e r e   a r e   m a n y   r e a l - l i f e   s i t u a t i o n s   w h e r e   h u n d r e d s   o f   n e w   f e a t u r e s   a r e   d i s c o v e r e d   p e r i o d i c a l l y ,   a n d   t h e   e x i s t i n g   m o d e l   n e e d s   t o   b e   r e t r a i n e d   o r   t e s t e d   f o r   i t s   p e r f o r m a n c e   i m p r o v e m e n t .   S u p e r v i s e d   s e l e c t i o n   o f   f e a t u r e   s u b s e t   u s u a l l y   r e q u i r e s   c r e a t i o n   o f   m u l t i p l e   s u b o p t i m a l   m o d e l s ,   t h u s   i n c u r r i n g   t i m e - i n t e n s i v e   c o m p u t a t i o n s .   U n s u p e r v i s e d   s e l e c t i o n s ,   a l t h o u g h   f a s t e r ,   l a r g e l y   r e l y   o n   s o m e   s u b j e c t i v e   d e f i n i t i o n   o f   f e a t u r e   r e l e v a n c e .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   i n t r o d u c e   a   s c o r e   t h a t   a c c u r a t e l y   d e t e r m i n e s   t h e   i m p o r t a n c e   o f   t h e   f e a t u r e s .   T h e   p r o p o s e d   s c o r e   i s   a p p r o p r i a t e   f o r   o n l i n e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   s c e n a r i o s   f o r   i t s   l o w   t i m e   c o m p l e x i t y   a n d   a b i l i t y   t o   i n t e r p r e t   p e r f o r m a n c e   i m p r o v e m e n t   o f   t h e   c u r r e n t   m o d e l   a f t e r   t h e   a d d i t i o n   o f   a   n e w   f e a t u r e ,   w i t h o u t   i n v o k i n g   a   r e t r a i n i n g . 	 [ S e n g u p t a ,   D e b a r k a ;   S i n h a ,   D e b a j y o t i ]   I n d i a n   S t a t   I n s t ,   M a c h i n e   I n t e l l i g e n c e   U n i t ,   K o l k a t a   7 0 0 1 0 8 ,   I n d i a ;   [ S e n g u p t a ,   D e b a r k a ]   G e n o m e   I n s t   S i n g a p o r e ,   C o m p u t a t   &   S y s t   B i o l   G r p ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 7 2 ,   S i n g a p o r e ;   [ B a n d y o p a d h y a y ,   S a n g h a m i t r a ]   I n d i a n   S t a t   I n s t ,   K o l k a t a   7 0 0 1 0 8 ,   I n d i a 	 S e n g u p t a ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n d i a n   S t a t   I n s t ,   M a c h i n e   I n t e l l i g e n c e   U n i t ,   K o l k a t a   7 0 0 1 0 8 ,   I n d i a . ;   S e n g u p t a ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G e n o m e   I n s t   S i n g a p o r e ,   C o m p u t a t   &   S y s t   B i o l   G r p ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 7 2 ,   S i n g a p o r e . 	 s e n g u p t a d @ g i s . a s t a r . e d u . s g ;   s a n g h a m i @ i s i c a l . a c . i n ;   d e b . s i n h a @ h o t m a i l . c o m 	 	 	 	 	 B a n d y o p a d h y a y   S ,   2 0 1 5 ,   J   M U L T - V A L U E D   L O G   S ,   V 2 5 ,   P 1 8 9 ;   B h a t t a c h a r j e e   A ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 1 3 7 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 9 1 5 0 2 9 9 8 ;   F a y y a d   U M ,   1 9 9 3 ,   I N T   J O I N T   C   A R T I F   I N ,   V 1 3 ,   P 1 0 2 2 ;   G O R M A N   R P ,   1 9 8 8 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 1 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 8 8 ) 9 0 0 2 3 - 8 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 5 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 1 7 ,   P 5 4 5 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 9 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   H o p k i n s   M . ,   1 9 9 9 ,   T E C H   R E P ;   J o l l i f f e   I . ,   2 0 0 5 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   K o h a v i   R ,   1 9 9 7 ,   A R T I F   I N T E L L ,   V 9 7 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 4 - 3 7 0 2 ( 9 7 ) 0 0 0 4 3 - X ;   K o h a v i   R . ,   1 9 9 5 ,   T H E S I S ;   M a   S ,   2 0 0 8 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 9 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b n 0 2 7 ;   N e a p o l i t a n   R . ,   2 0 0 3 ,   L E A R N I N G   B A Y E S I A N   N E ;   P a r t r i d g e   M . ,   1 9 9 8 ,   I N T E L L   D A T A   A N A L ,   V 2 ,   P 2 0 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 8 8 - 4 6 7 X ( 9 8 ) 0 0 0 2 4 - 9 ;   P e r k i n s   S ,   2 0 0 3 ,   P   I M L S   I N T   C   M A C H   L E ,   V 2 0 ,   P 5 9 2 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S h e n   K Q ,   2 0 0 8 ,   M A C H   L E A R N ,   V 7 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 7 - 5 0 2 5 - 7 ;   T a n g   J . ,   2 0 1 4 ,   D A T A   C L A S S I F I C A T I O N ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   v a n   B r e u k e l e n   M ,   1 9 9 8 ,   K Y B E R N E T I K A ,   V 3 4 ,   P 3 8 1 ;   W a n g   J . ,   2 0 1 4 ,   T K D E ,   V 2 6 ,   P 6 9 8 ;   W O L B E R G   W H ,   1 9 9 4 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 7 7 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 4 - 3 8 3 5 ( 9 4 ) 9 0 0 9 9 - X ;   W u   X . ,   2 0 1 0 ,   P   2 7   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 1 1 5 9 ;   W u   X D ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 1 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 2 . 1 9 7 ;   Y a n g   J B ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 2 ,   P 9 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 1 . 2 1 2 8 3 4 2 ;   Y a n g   J B ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 0 ,   P 1 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 0 9 . 2 0 3 2 5 4 3 ;   Y u a n   Y ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 6 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 9 4 0 ;   Z h a o   Z . ,   2 0 1 3 ,   K N O W L E D G E   D A T A   E N G   I ,   V 2 5 ,   P 6 1 9 ;   Z h o u   J ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 1 8 6 1 	 2 9 	 0 	 0 	 3 	 3 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 2 1 6 2 - 2 3 7 X 	 2 1 6 2 - 2 3 8 8 	 	 I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R 	 I E E E   T r a n s .   N e u r a l   N e t w .   L e a r n .   S y s t . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 2 8 	 2 	 	 	 	 	 4 0 5 	 4 1 4 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 6 . 2 5 1 4 2 7 0 	 	 1 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   H a r d w a r e   &   A r c h i t e c t u r e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E L 3 M J 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 5 2 2 9 0 0 0 1 4 	 2 6 8 1 2 7 3 8 	 
 
 J 	 G r a h a m ,   N A ;   M i n a s y a n ,   A ;   L o m o v a ,   A ;   C a s s ,   A ;   B a l a n i s ,   N G ;   F r i e d m a n ,   M ;   C h a n ,   S N ;   Z h a o ,   S ;   D e l g a d o ,   A ;   G o ,   J ;   B e c k ,   L ;   H u r t z ,   C ;   N g ,   C ;   Q i a o ,   R ;   t e n   H o e v e ,   J ;   P a l a s k a s ,   N ;   W u ,   H ;   M u s c h e n ,   M ;   M u l t a n i ,   A S ;   P o r t ,   E ;   L a r s o n ,   S M ;   S c h u l t z ,   N ;   B r a a s ,   D ;   C h r i s t o f k ,   H R ;   M e l l i n g h o f f ,   I K ;   G r a e b e r ,   T G 	 	 	 	 G r a h a m ,   N i c h o l a s   A . ;   M i n a s y a n ,   A s p r a m ;   L o m o v a ,   A n a s t a s i a ;   C a s s ,   A s h l e y ;   B a l a n i s ,   N i k o l a s   G . ;   F r i e d m a n ,   M i c h a e l ;   C h a n ,   S h a w n a ;   Z h a o ,   S o p h i e ;   D e l g a d o ,   A d r i a n ;   G o ,   J a m e s ;   B e c k ,   L i l l i e ;   H u r t z ,   C h r i s t i a n ;   N g ,   C a r i n a ;   Q i a o ,   R o n g ;   t e n   H o e v e ,   J o h a n n a ;   P a l a s k a s ,   N i c o l a o s ;   W u ,   H o n g ;   M u s c h e n ,   M a r k u s ;   M u l t a n i ,   A s h a   S . ;   P o r t ,   E l i s a ;   L a r s o n ,   S t e v e n   M . ;   S c h u l t z ,   N i k o l a u s ;   B r a a s ,   D a n i e l ;   C h r i s t o f k ,   H e a t h e r   R . ;   M e l l i n g h o f f ,   I n g o   K . ;   G r a e b e r ,   T h o m a s   G . 	 	 	 R e c u r r e n t   p a t t e r n s   o f   D N A   c o p y   n u m b e r   a l t e r a t i o n s   i n   t u m o r s   r e f l e c t   m e t a b o l i c   s e l e c t i o n   p r e s s u r e s 	 M O L E C U L A R   S Y S T E M S   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 a n e u p l o i d y ;   D N A   c o p y   n u m b e r   a l t e r a t i o n s ;   g e n o m i c   i n s t a b i l i t y ;   g l y c o l y s i s ;   m e t a b o l i s m 	 C A N C E R   C E L L - L I N E S ;   B R E A S T - C A N C E R ;   G L U C O S E - M E T A B O L I S M ;   I N I T I A T I N G   C E L L S ;   M O U S E   M O D E L S ;   M O L E C U L A R   C L A S S I F I C A T I O N ;   P Y R U V A T E - D E H Y D R O G E N A S E ;   L U N G - C A N C E R ;   L I F E - S P A N ;   K E Y   R O L E 	 C o p y   n u m b e r   a l t e r a t i o n   ( C N A )   p r o f i l i n g   o f   h u m a n   t u m o r s   h a s   r e v e a l e d   r e c u r r e n t   p a t t e r n s   o f   D N A   a m p l i f i c a t i o n s   a n d   d e l e t i o n s   a c r o s s   d i v e r s e   c a n c e r   t y p e s .   T h e s e   p a t t e r n s   a r e   s u g g e s t i v e   o f   c o n s e r v e d   s e l e c t i o n   p r e s s u r e s   d u r i n g   t u m o r   e v o l u t i o n   b u t   c a n n o t   b e   f u l l y   e x p l a i n e d   b y   k n o w n   o n c o g e n e s   a n d   t u m o r   s u p p r e s s o r   g e n e s .   U s i n g   a   p a n - c a n c e r   a n a l y s i s   o f   C N A  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 h i g h l i g h t e d   2 6   c o n s i s t e n t l y   a l t e r e d   D N A   r e g i o n s ,   c o n t a i n i n g   1 1   e n z y m e s   i n   t h e   g l y c o l y s i s   p a t h w a y   i n   a d d i t i o n   t o   k n o w n   c a n c e r - d r i v i n g   g e n e s .   F u r t h e r m o r e ,   e x o g e n o u s   e x p r e s s i o n   o f   h e x o k i n a s e   a n d   e n o l a s e   e n z y m e s   i n   a n   e x p e r i m e n t a l   i m m o r t a l i z a t i o n   s y s t e m   a l t e r e d   t h e   s u b s e q u e n t   c o p y   n u m b e r   s t a t u s   o f   t h e   c o r r e s p o n d i n g   e n d o g e n o u s   l o c i ,   s u p p o r t i n g   t h e   h y p o t h e s i s   t h a t   t h e s e   m e t a b o l i c   g e n e s   a c t   a s   d r i v e r s   w i t h i n   t h e   c o n s e r v e d   C N A   a m p l i f i c a t i o n   r e g i o n s .   T a k e n   t o g e t h e r ,   t h e s e   r e s u l t s   d e m o n s t r a t e   t h a t   m e t a b o l i c   s t r e s s   a c t s   a s   a   s e l e c t i v e   p r e s s u r e   u n d e r l y i n g   t h e   r e c u r r e n t   C N A s   o b s e r v e d   i n   h u m a n   t u m o r s ,   a n d   f u r t h e r   c a s t   g e n o m i c   i n s t a b i l i t y   a s   a n   e n a b l i n g   e v e n t   i n   t u m o r i g e n e s i s   a n d   m e t a b o l i c   e v o l u t i o n . 	 [ G r a h a m ,   N i c h o l a s   A . ;   M i n a s y a n ,   A s p r a m ;   L o m o v a ,   A n a s t a s i a ;   C a s s ,   A s h l e y ;   B a l a n i s ,   N i k o l a s   G . ;   F r i e d m a n ,   M i c h a e l ;   C h a n ,   S h a w n a ;   Z h a o ,   S o p h i e ;   D e l g a d o ,   A d r i a n ;   G o ,   J a m e s ;   B e c k ,   L i l l i e ;   t e n   H o e v e ,   J o h a n n a ;   P a l a s k a s ,   N i c o l a o s ;   B r a a s ,   D a n i e l ;   G r a e b e r ,   T h o m a s   G . ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   C r u m p   I n s t   M o l   I m a g i n g ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A ;   [ G r a h a m ,   N i c h o l a s   A . ;   M i n a s y a n ,   A s p r a m ;   L o m o v a ,   A n a s t a s i a ;   C a s s ,   A s h l e y ;   B a l a n i s ,   N i k o l a s   G . ;   F r i e d m a n ,   M i c h a e l ;   C h a n ,   S h a w n a ;   Z h a o ,   S o p h i e ;   D e l g a d o ,   A d r i a n ;   G o ,   J a m e s ;   B e c k ,   L i l l i e ;   Q i a o ,   R o n g ;   t e n   H o e v e ,   J o h a n n a ;   P a l a s k a s ,   N i c o l a o s ;   W u ,   H o n g ;   B r a a s ,   D a n i e l ;   C h r i s t o f k ,   H e a t h e r   R . ;   G r a e b e r ,   T h o m a s   G . ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   D e p t   M o l   &   M e d   P h a r m a c o l ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A ;   [ G r a h a m ,   N i c h o l a s   A . ]   U n i v   S o u t h e r n   C a l i f ,   M o r k   F a m i l y   D e p t   C h e m   E n g n   &   M a t   S c i ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   U S A ;   [ H u r t z ,   C h r i s t i a n ;   N g ,   C a r i n a ;   M u s c h e n ,   M a r k u s ]   U n i v   C a l i f   S a n   F r a n c i s c o ,   D e p t   L a b   M e d ,   S a n   F r a n c i s c o ,   C A   9 4 1 4 3   U S A ;   [ W u ,   H o n g ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   J o n s s o n   C o m p r e h e n s   C a n c   C t r ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A ;   [ W u ,   H o n g ]   P e k i n g   U n i v ,   S c h   L i f e   S c i ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W u ,   H o n g ]   P e k i n g   U n i v ,   P e k i n g   T s i n g h u a   C t r   L i f e   S c i ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ M u s c h e n ,   M a r k u s ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   D e p t   H a e m a t o l ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d ;   [ M u l t a n i ,   A s h a   S . ]   U n i v   T e x a s   H o u s t o n ,   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   D e p t   G e n e t ,   1 5 1 5   H o l c o m b e   B l v d ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A ;   [ P o r t ,   E l i s a ]   I c a h n   S c h   M e d   M t   S i n a i ,   D e p t   S u r g ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 9   U S A ;   [ L a r s o n ,   S t e v e n   M . ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   D e p t   R a d i o l ,   1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 1   U S A ;   [ S c h u l t z ,   N i k o l a u s ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   M a r i e   J o s e e   &   H e n r y   R   K r a v i s   C t r   M o l   O n c o l ,   1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 1   U S A ;   [ B r a a s ,   D a n i e l ;   M e l l i n g h o f f ,   I n g o   K . ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   H u m a n   O n c o l   &   P a t h o g e n e s i s   P r o g r a m ,   1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 1   U S A ;   [ B r a a s ,   D a n i e l ;   C h r i s t o f k ,   H e a t h e r   R . ;   G r a e b e r ,   T h o m a s   G . ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   M e t a b o l   C t r ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A ;   [ M e l l i n g h o f f ,   I n g o   K . ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   D e p t   N e u r o l ,   1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 1   U S A ;   [ M e l l i n g h o f f ,   I n g o   K . ]   W e i l l   C o r n e l l   M e d   C o l l ,   D e p t   P h a r m a c o l ,   N e w   Y o r k ,   N Y   U S A ;   [ M e l l i n g h o f f ,   I n g o   K . ]   W e i l l   C o r n e l l   M e d   C o l l ,   D e p t   N e u r o l ,   N e w   Y o r k ,   N Y   U S A ;   [ G r a e b e r ,   T h o m a s   G . ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   C a l i f   N a n o S y s t   I n s t ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A ;   [ H u r t z ,   C h r i s t i a n ]   U n i v   P e n n ,   D e p t   M e d ,   D i v   H e m a t o l   &   O n c o l ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A 	 G r a e b e r ,   T G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   C r u m p   I n s t   M o l   I m a g i n g ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A . ;   G r a e b e r ,   T G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   D e p t   M o l   &   M e d   P h a r m a c o l ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A . 	 t g r a e b e r @ m e d n e t . u c l a . e d u 	 	 G r a h a m ,   N i c h o l a s / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 6 8 1 1 - 1 9 4 1 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ P 3 0   C A 0 1 6 0 4 2 ,   5 P 3 0   A I 0 2 8 6 9 7 ] ;   J C C C ;   U C L A   A I D S   I n s t i t u t e ;   D a v i d   G e f f e n   S c h o o l   o f   M e d i c i n e   a t   U C L A ;   U C L A   C h a n c e l l o r ' s   O f f i c e ;   U C L A   V i c e   C h a n c e l l o r ' s   O f f i c e   o f   R e s e a r c h ;   U C L A   S c h o l a r s   i n   O n c o l o g i c   M o l e c u l a r   I m a g i n i n g   P r o g r a m   ( N C I / N I H   g r a n t )   [ R 2 5 T   C A 0 9 8 0 1 0 ] ;   U C L A   E u g e n e   V .   C o t a - R o b l e s   F e l l o w s h i p ;   U C L A   D i s s e r t a t i o n   Y e a r   F e l l o w s h i p ;   N C I / N I H   [ P 5 0   C A 0 8 6 4 3 8 ,   P 0 1   C A 1 6 8 5 8 5 ,   P 5 0   C A 0 8 6 3 0 6 ,   U 1 9   A I 0 6 7 7 6 ] ;   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y   R e s e a r c h   S c h o l a r   A w a r d   [ R S G - 1 2 - 2 5 7 - 0 1 - T B E ] ;   M e l a n o m a   R e s e a r c h   A l l i a n c e   E s t a b l i s h e d   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   [ 2 0 1 2 0 2 7 9 ] ;   N o r t o n   S i m o n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n ;   U C L A   J o n s s o n   C a n c e r   C e n t e r   F o u n d a t i o n ;   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   A d v a n c i n g   T r a n s l a t i o n a l   S c i e n c e s   U C L A   C T S I   G r a n t   [ U L 1 T R 0 0 0 1 2 4 ] ;   U C   C a n c e r   R e s e a r c h   C o o r d i n a t i n g   C o m m i t t e e ;   C o n c e r n   F o u n d a t i o n   C O N q u e r   C a n C E R   N o w   A w a r d ;   U C L A   S t e i n / O p p e n h e i m e r   E n d o w m e n t 	 W e   t h a n k   H a r v e y   H e r s c h m a n ,   J u d i t h   C a m p i s i ,   E d w a r d   D r i g g e r s ,   M i c h a e l   P h e l p s ,   a n d   S t e v e n   B e n s i n g e r   f o r   c r i t i c a l   d i s c u s s i o n   o f   t h e   p r o j e c t   a n d   e x p e r i m e n t a l   a p p r o a c h e s .   W e   t h a n k   J o h a n n e s   C z e r n i n   f o r   p r o v i d i n g   t h e   F D G - P E T   i m a g e   u s e d   i n   t h e   g r a p h i c a l   a b s t r a c t .   F l o w   c y t o m e t r y   w a s   p e r f o r m e d   i n   t h e   U C L A   J o n s s o n   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r   ( J C C C )   a n d   C e n t e r   f o r   A I D S   R e s e a r c h   F l o w   C y t o m e t r y   C o r e   F a c i l i t y   t h a t   i s   s u p p o r t e d   b y   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   a w a r d s   P 3 0   C A 0 1 6 0 4 2   a n d   5 P 3 0   A I 0 2 8 6 9 7 ,   a n d   b y   t h e   J C C C ,   t h e   U C L A   A I D S   I n s t i t u t e ,   t h e   D a v i d   G e f f e n   S c h o o l   o f   M e d i c i n e   a t   U C L A ,   t h e   U C L A   C h a n c e l l o r ' s   O f f i c e ,   a n d   t h e   U C L A   V i c e   C h a n c e l l o r ' s   O f f i c e   o f   R e s e a r c h .   W e   a c k n o w l e d g e   t h e   M o l e c u l a r   C y t o g e n e t i c s   F a c i l i t y ,   C e n t e r   f o r   G e n e t i c s   a n d   G e n o m i c s ,   U n i v e r s i t y   o f   T e x a s ,   M . D .   A n d e r s o n   C a n c e r   C e n t e r ,   H o u s t o n ,   T e x a s .   N . A . G .   i s   a   p o s t d o c t o r a l   t r a i n e e   s u p p o r t e d   b y   t h e   U C L A   S c h o l a r s   i n   O n c o l o g i c   M o l e c u l a r   I m a g i n i n g   P r o g r a m   ( N C I / N I H   g r a n t   R 2 5 T   C A 0 9 8 0 1 0 ) .   A . M .   i s   s u p p o r t e d   b y   a   U C L A   E u g e n e   V .   C o t a - R o b l e s   F e l l o w s h i p   a n d   a   U C L A   D i s s e r t a t i o n   Y e a r   F e l l o w s h i p .   S . M . L .   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N C I / N I H   ( P 5 0   C A 0 8 6 4 3 8 ) .   T . G . G .   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N C I / N I H   ( P 0 1   C A 1 6 8 5 8 5 ,   P 5 0   C A 0 8 6 3 0 6 ,   U 1 9   A I 0 6 7 7 6 9 ) ,   a n   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y   R e s e a r c h   S c h o l a r   A w a r d   ( R S G - 1 2 - 2 5 7 - 0 1 - T B E ) ,   a   M e l a n o m a   R e s e a r c h   A l l i a n c e   E s t a b l i s h e d   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   ( 2 0 1 2 0 2 7 9 ) ,   t h e   N o r t o n   S i m o n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n ,   t h e   U C L A   J o n s s o n   C a n c e r   C e n t e r   F o u n d a t i o n ,   t h e   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   A d v a n c i n g   T r a n s l a t i o n a l   S c i e n c e s   U C L A   C T S I   G r a n t   U L 1 T R 0 0 0 1 2 4 ,   t h e   U C   C a n c e r   R e s e a r c h   C o o r d i n a t i n g   C o m m i t t e e ,   a   C o n c e r n   F o u n d a t i o n   C O N q u e r   C a n C E R   N o w   A w a r d ,   a n d   t h e   U C L A   S t e i n / O p p e n h e i m e r   E n d o w m e n t . 	 A n a s t a s i o u   D ,   2 0 1 1 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 4 ,   P 1 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 1 1 4 8 5 ;   A v r i l   N ,   2 0 0 1 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 2 ,   P 9 ;   B e l l   D ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 4 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 1 6 6 ;   B e r g a m a s c h i   A ,   2 0 0 6 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 4 5 ,   P 1 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 0 3 6 6 ;   B e r o u k h i m   R ,   2 0 1 0 ,   N A T U R E ,   V 4 6 3 ,   P 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 8 2 2 ;   B o r o s   L G ,   1 9 9 8 ,   M E D   H Y P O T H E S E S ,   V 5 0 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 6 - 9 8 7 7 ( 9 8 ) 9 0 1 7 8 - 5 ;   C a h i l l   D P ,   1 9 9 9 ,   T R E N D S   C E L L   B I O L ,   V 9 ,   p M 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 2 - 8 9 2 4 ( 9 9 ) 0 1 6 6 1 - X ;   C a i   Y Y ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 9 ,   P 7 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c e l l . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 0 3 ;   C a i r n s   R A ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 9 8 1 ;   C h o w   L M L ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 9 ,   P 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 3 9 ;   C i r i e l l o   G ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 1 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 7 6 2 ;   C o l l i s s o n   E A ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 1 1 ,   P 5 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 3 8 5 ;   D a n g   C V ,   2 0 1 3 ,   C S H   P E R S P E C T   M E D ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / c s h p e r s p e c t . a 0 1 4 2 1 7 ;   D a n g   L ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 6 2 ,   P 7 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 6 1 7 ;   D a v o l i   T ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 5 ,   P 9 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 1 1 ;   D e B e r a r d i n i s   R J ,   2 0 0 8 ,   C E L L   M E T A B ,   V 7 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 0 2 ;   D i n g   Z H ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 8 ,   P 8 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 3 9 ;   D r o s t   R ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 0 ,   P 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 1 4 ;   F o r b e s   S A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 8 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 7 5 ;   G a o   J J ,   2 0 1 3 ,   S C I   S I G N A L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i s i g n a l . 2 0 0 4 0 8 8 ;   G a t z a   M L ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 1 0 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 0 7 3 ;   G e t z   G ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 7 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 1 1 3 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G r a h a m   N A ,   2 0 1 2 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 1 2 . 2 0 ;   G u p t a   S ,   2 0 0 7 ,   C E L L ,   V 1 2 9 ,   P 9 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 7 . 0 3 . 0 5 1 ;   H a l l i w e l l   B ,   2 0 0 3 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 4 0 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 4 - 5 7 9 3 ( 0 3 ) 0 0 2 3 5 - 7 ;   H a m m e r m a n   P S ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 9 ,   P 5 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 4 0 4 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   H a o   L Y ,   2 0 0 4 ,   C H R O M O S O M A ,   V 1 1 3 ,   P 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 1 2 - 0 0 4 - 0 2 9 1 - 7 ;   H e   L ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 4 7 ,   P 1 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 9 3 9 ;   H e r s c h k o w i t z   J I ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 2 7 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 1 8 8 6 2 1 0 8 ;   H i e r o n y m u s   H ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 1 1 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 1 1 4 4 6 1 1 1 ;   H o a d l e y   K A ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 8 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 4 9 ;   H o l l a n d   A J ,   2 0 1 2 ,   E M B O   R E P ,   V 1 3 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o r . 2 0 1 2 . 5 5 ;   H o n g   C S ,   2 0 1 6 ,   C E L L   R E P ,   V 1 4 ,   P 1 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 5 7 ;   J a i n   M ,   2 0 1 2 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 6 ,   P 1 0 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 1 8 5 9 5 ;   K a n e h i s a   M ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 0 7 6 ;   K a p l o n   J ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 8 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 1 5 4 ;   K i m   J W ,   2 0 0 7 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 7 ,   P 7 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 0 0 4 4 0 - 0 7 ;   K o b o l d t   D C ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 0 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 4 1 2 ;   K o l d e   R ,   2 0 1 5 ,   P H E A T M A P   P R E T T Y   H E A T ;   K o n d o h   H ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 5 ,   P 1 7 7 ;   K o n d o h   H i r o s h i ,   2 0 0 9 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 5 9 7 4 5 - 4 3 5 - 3 _ 7 ;   K y t o l a   S ,   2 0 0 0 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 2 8 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 8 - 2 2 6 4 ( 2 0 0 0 0 7 ) 2 8 : 3 < 3 0 8 : : A I D - G C C 9 > 3 . 0 . C O ; 2 - B ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 9 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 2 1 3 ;   L e e   A C ,   1 9 9 9 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 4 ,   P 7 9 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . 2 7 4 . 1 2 . 7 9 3 6 ;   L i   B ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 1 3 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 5 5 7 ;   L o c a s a l e   J W ,   2 0 1 1 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 3 ,   P 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 8 9 0 ;   L O W E   S W ,   1 9 9 3 ,   C E L L ,   V 7 4 ,   P 9 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 9 3 ) 9 0 7 1 9 - 7 ;   M a d d o c k s   O D K ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 3 ,   P 5 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 7 4 3 ;   M a s e r   R S ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 4 7 ,   P 9 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 8 8 6 ;   M c C o y   M K ,   2 0 1 4 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 3 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d t 4 0 7 ;   M c G r a n a h a n   N ,   2 0 1 2 ,   E M B O   R E P ,   V 1 3 ,   P 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o r . 2 0 1 2 . 6 1 ;   M e r m e l   C H ,   2 0 1 1 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 1 - 1 2 - 4 - r 4 1 ;   M e t a l l o   C M ,   2 0 0 9 ,   J   B I O T E C H N O L ,   V 1 4 4 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i o t e c . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 1 0 ;   M o o t h a   V K ,   2 0 0 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 4 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 1 8 0 ;   M u l l e r   F L ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 8 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 3 3 1 ;   N a k a m u r a   K ,   2 0 1 1 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 1 2 3 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 2 6 ;   N e v e   R M ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 0 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 0 8 ;   N i c h o l s o n   J M ,   2 0 1 5 ,   E L I F E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 7 5 5 4 / e L i f e . 0 5 0 6 8 ;   O l i v e   K P ,   2 0 0 4 ,   C E L L ,   V 1 1 9 ,   P 8 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 0 4 ;   P a d i l l a - N a s h   H M ,   2 0 1 3 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 4 ,   P 1 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g t 1 3 8 ;   P a l a s k a s   N ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 1 ,   P 5 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 0 - 4 6 3 3 ;   P a r r i n e l l o   S ,   2 0 0 3 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 5 ,   P 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 1 0 2 4 ;   P a t r a   K C ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 4 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 4 ;   P o s s e m a t o   R ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 6 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 3 5 0 ;   R o s e n b l o o m   K R ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 1 7 7 ;   S a n c h e z - G a r c i a   F ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 9 ,   P 1 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 4 8 ;   S a n k a r a n a r a y a n a n   P ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 1 3 9 6 ;   S c h a f e r   Z T ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 6 1 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 2 6 8 ;   S e b a s t i a n   C ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 5 1 ,   P 1 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 4 7 ;   S e s h a n   V . ,   2 0 1 6 ,   D N A C O P Y   D N A   C O P Y   N U M ;   S h e l t z e r   J M ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 6 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 3 - 0 7 4 9 ;   S h e r r   C J ,   2 0 0 0 ,   C E L L ,   V 1 0 2 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 0 0 ) 0 0 0 4 6 - 5 ;   S h e r r   C J ,   2 0 0 0 ,   C U R R   O P I N   G E N E T   D E V ,   V 1 0 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 9 - 4 3 7 X ( 9 9 ) 0 0 0 3 8 - 6 ;   S h i   H B ,   2 0 1 2 ,   N A T   C O M M U N ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 7 2 7 ;   S m i t h   M L ,   2 0 0 9 ,   S N A P C G H   S E G M E N T A T I O N ;   S m o o t   M E ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 6 7 5 ;   S o l i m i n i   N L ,   2 0 1 2 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 7 ,   P 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 1 9 5 8 0 ;   S o t i l l o   R ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 1 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 1 9 ;   S t u a r t   D ,   2 0 0 9 ,   C U R R   O P I N   C E L L   B I O L ,   V 2 1 ,   P 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e b . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 0 1 ;   S u b r a m a n i a n   A ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 5 8 0 1 0 2 ;   S u n   H ,   2 0 0 7 ,   C A N C   G E N O M I C S   P R O T E O ,   P 3 0 3 ;   S u n   H o n g ,   2 0 0 7 ,   V 3 8 3 ,   P 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 5 9 7 4 5 - 3 3 5 - 6 _ 2 0 ;   T a k a h a s h i   A ,   2 0 0 6 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 8 ,   P 1 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 1 4 9 1 ;   T a n g   J ,   2 0 1 4 ,   O N C O G E N E ,   V 3 3 ,   P 8 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 3 . 1 7 ;   T h o r v a l d s d o t t i r   H ,   2 0 1 3 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 4 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b s 0 1 7 ;   T i m m e r m a n   L A ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 4 ,   P 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 2 0 ;   T O D A R O   G J ,   1 9 6 3 ,   J   C E L L   B I O L ,   V 1 7 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 3 / j c b . 1 7 . 2 . 2 9 9 ;   V i r o s   A ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 1 1 ,   P 4 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 2 9 8 ;   W a d e   M ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 4 3 0 ;   W a n g   L ,   2 0 1 4 ,   C E L L   R E P ,   V 8 ,   P 1 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 5 3 ;   W a n j a l a   J ,   2 0 1 5 ,   M O L   C A N C E R   T H E R ,   V 1 4 ,   P 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 5 - 7 1 6 3 . M C T - 1 4 - 0 5 4 2 - T ;   W a r b u r g   O ,   1 9 5 6 ,   N A T U R E ,   V 1 2 3 ,   P 3 0 9 ;   W e a v e r   B A A ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 1 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 0 3 ;   W e i n b e r g   F ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 8 7 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 0 3 4 2 8 1 0 7 ;   W i l l i a m s   B R ,   2 0 0 8 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 2 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 6 0 0 5 8 ;   X i e   H ,   2 0 1 4 ,   C E L L   M E T A B ,   V 1 9 ,   P 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 3 ;   Y i n g   H Q ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 9 ,   P 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 5 8 ;   Y u a n   J ,   2 0 0 8 ,   N A T   P R O T O C ,   V 3 ,   P 1 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 8 . 1 3 1 ;   Y u n   J Y ,   2 0 0 9 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 5 ,   P 1 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 7 4 2 2 9 ;   Z h a n g   G J ,   2 0 1 3 ,   P L O S   G E N E T ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 3 7 3 4 ;   Z h a n g   J ,   2 0 1 6 ,   C N T O O L S   C O N V E R T   S E G M ;   Z h a n g   W C ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 8 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 5 0 	 1 0 4 	 0 	 0 	 4 	 4 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 1 7 4 4 - 4 2 9 2 	 	 	 M O L   S Y S T   B I O L 	 M o l .   S y s t .   B i o l . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 1 3 	 2 	 	 	 	 	 	 	 9 1 4 	 1 0 . 1 5 2 5 2 / m s b . 2 0 1 6 7 1 5 9 	 	 2 5 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 E K 5 Q Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 9 8 1 3 0 0 0 0 5 	 2 8 2 0 2 5 0 6 	 
 
 J 	 G a o ,   F ;   X i o n g ,   Y ;   Z h a n g ,   M ;   Z h u ,   S L 	 	 	 	 G a o   F e i ;   X i o n g   Y a n g ;   Z h a n g   M i n g ;   Z h u   S h a o - l i n g 	 	 	 I n v e s t i g a t i o n s   o n   N I R - S E R S   S p e c t r a   o f   O x y h e m o g l o b i n   f o r   L u n g   C a n c e r   B a s e d   o n   N I R - S E R S   S u b s t r a t e 	 S P E C T R O S C O P Y   A N D   S P E C T R A L   A N A L Y S I S 	 	 	 C h i n e s e 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L u n g   c a n c e r ;   O x y h e m o g l o b i n ;   N I R - S E R S 	 R A M A N - S P E C T R O S C O P Y 	 B a s e d   o n   n e w   t y p e ,   e f f i c i e n t   a n d   b i o l o g i c a l   c o m p a t i b l e   n e a r   i n f r a r e d   s u r f a c e   e n h a n c e d   R a m a n   s c a t t e r i n g   ( N I R   u s e d - S E R S ) ,   t h e   o x y h e m o g l o b i n   o f   h e a l t h y   p e o p l e   a n d   p a t i e n t s   w i t h   l u n g   c a n c e r   w e r e   s t u d i e d   w i t h   N I R - S E R S   s p e c t r a .   T h e   s t u d y   f o u n d   t h a t   t h e   N I R - S E R S   s p e c t r a   h a v e   e v i d e n t   d i f f e r e n c e s   i n   c e r t a i n   a r e a s ,   u s i n g   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   a n d   i n d e p e n d e n t   v a r i a b l e   T   t e s t   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s   m e t h o d ,   N I R - S E R S   s p e c t r a   i n   t h e   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   s c o r e s   P C 3 ,   P C 4   a n d   P C 9   h a s   s i g n i f i c a n t   d i f f e r e n c e s ,   a n d   t h r o u g h   t h e   P C A   s c o r e   2 d   a n d   3 d   s c a t t e r p l o t   c a n   d i f f e r e n t i a t e   h e a l t h y   p e o p l e   a n d   p a t i e n t s   w i t h   l u n g   c a n c e r .   T h e   d i a g n o s t i c   s p e c i f i c i t y   w a s   8 8 %   w h i l e   t h e   r e s u l t   o f   s e n s i t i v i t y   w a s   8 0 % ,   w i t h  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 C h u x i o n g   N o r m a l   U n i v ,   A p p l i c a t   I n s t   S p e c t r o s c o p   T e c h n o l ,   C h u x i o n g   6 7 5 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h u   S h a o - l i n g ]   Z u n y i   M e d   C o l l ,   A f f i l i a t e d   H o s p ,   C l i n   L a b ,   Z u n y i   5 6 3 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 G a o ,   F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Z u n y i   M e d   C o l l ,   P h y s   T e a c h i n g   &   R e s   S e c t ,   Z u n y i   5 6 3 0 0 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 g a o f e i a i q i a o @ 1 6 3 . c o m 	 	 	 	 	 A B E   M ,   1 9 7 8 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 6 9 ,   P 4 5 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 3 6 4 5 0 ;   C e r f o l i o   R J ,   2 0 0 6 ,   J   T H O R A C   C A R D I O V   S U R ,   V 1 3 1 ,   P 1 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t c v s . 2 0 0 5 . 0 8 . 0 7 0 ;   C h e n   S A ,   2 0 1 0 ,   A C T A   C H I M   S I N I C A ,   V 6 8 ,   P 2 1 5 1 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 1 ,   S C I   C H I N A   L I F E   S C I ,   V 5 4 ,   P 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 2 7 - 0 1 1 - 4 2 1 2 - 8 ;   G e   M ,   2 0 0 9 ,   A C T A   C H I M   S I N I C A ,   V 6 7 ,   P 2 2 8 5 ;   G e p n e r   R ,   2 0 0 4 ,   C H E M P H Y S C H E M ,   V 5 ,   P 1 1 5 9 ;   H u   S Z ,   1 9 9 6 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 1 1 8 ,   P 1 2 6 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 9 6 2 2 3 9 e ;   J A I N   R K ,   1 9 8 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 4 8 ,   P 2 6 4 1 ;   J i a   S J ,   2 0 0 6 ,   C H E M   J   C H I N E S E   U ,   V 2 7 ,   P 5 2 3 ;   L e e   S M ,   2 0 1 2 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 2 ,   P 1 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 2 - 2 3 9 5 - 4 ;   L i u   R M ,   2 0 1 3 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 4 ,   P 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 4 2 1 6 ;   L i u   Y . ,   2 0 1 1 ,   J   L U N G   C A N C ,   V 1 4 ,   P 4 2 9 ;   L I U   Z h e n - h u a ,   2 0 0 2 ,   P E O P L E S   M I L I T A R Y   S U R ,   V 4 5 ,   P 2 6 9 ;   Y A M A M O T O   T ,   1 9 7 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 4 8 ,   P 5 2 1 1 	 1 4 	 0 	 0 	 3 	 3 	 O F F I C E   S P E C T R O S C O P Y   &   S P E C T R A L   A N A L Y S I S 	 B E I J I N G 	 N O   7 6   C O L L A G E   S O U T H   R D   B E I J I N G ,   B E I J I N G   1 0 0 0 8 1 ,   P E O P L E S   R   C H I N A 	 1 0 0 0 - 0 5 9 3 	 	 	 S P E C T R O S C   S P E C T   A N A L 	 S p e c t r o s c .   S p e c t r .   A n a l . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 3 7 	 2 	 	 	 	 	 4 4 1 	 4 4 5 	 	 1 0 . 3 9 6 4 / j . i s s n . 1 0 0 0 - 0 5 9 3 ( 2 0 1 7 ) 0 2 - 0 4 4 1 - 0 5 	 	 5 	 S p e c t r o s c o p y 	 S p e c t r o s c o p y 	 E K 3 S H 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 8 4 7 2 0 0 0 2 0 	 	 
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 r e a l - w o r l d   d a t a s e t s   s h o w   t h e   e f f i c i e n c y   a n d   t h e   s u p e r i o r i t y   o f   o u r   m e t h o d s   v e r s u s   o n e   o f   t h e   b e s t   s t a n d a r d   a l g o r i t h m s   o n   b o t h   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a n d   c l a s s i f i c a t i o n . 	 [ H o a i   A n   L e   T h i ]   T o n   D u c   T h a n g   U n i v ,   D e p t   M a n a g e m e n t   S c i   &   T e c h n o l   D e v ,   H o   C h i   M i n h   C i t y ,   V i e t n a m ;   [ H o a i   A n   L e   T h i ]   T o n   D u c   T h a n g   U n i v ,   F a c   M a t h   &   S t a t ,   H o   C h i   M i n h   C i t y ,   V i e t n a m ;   [ H o a i   A n   L e   T h i ;   M a n h   C u o n g   N g u y e n ]   U n i v   L o r r a i n e ,   L a b   T h e o r e t   &   A p p l   C o m p   S c i   L I T A   E A   3 0 9 7 ,   F - 5 7 0 4 5   M e t z ,   F r a n c e 	 T h i ,   H A L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T o n   D u c   T h a n g   U n i v ,   D e p t   M a n a g e m e n t   S c i   &   T e c h n o l   D e v ,   H o   C h i   M i n h   C i t y ,   V i e t n a m . ;   T h i ,   H A L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T o n   D u c   T h a n g   U n i v ,   F a c   M a t h   &   S t a t ,   H o   C h i   M i n h   C i t y ,   V i e t n a m . ;   T h i ,   H A L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   L o r r a i n e ,   L a b   T h e o r e t   &   A p p l   C o m p   S c i   L I T A   E A   3 0 9 7 ,   F - 5 7 0 4 5   M e t z ,   F r a n c e . 	 l e t h i h o a i a n @ t d t . e d u . v n ;   m a n h - c u o n g . n g u y e n @ u n i v - l o r r a i n e . f r 	 	 	 F o u n d a t i o n   f o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   D e v e l o p m e n t   o f   T o n   D u c   T h a n g   U n i v e r s i t y   ( F O S T E C T )   [ F O S T E C T . 2 0 1 5 . B R . 1 5 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   i s   f u n d e d   b y   F o u n d a t i o n   f o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   D e v e l o p m e n t   o f   T o n   D u c   T h a n g   U n i v e r s i t y   ( F O S T E C T ) ,   w e b s i t e :   h t t p : / / f o s t e c t . t d t . e d u . v n ,   u n d e r   G r a n t   F O S T E C T . 2 0 1 5 . B R . 1 5 .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   t h e   r e f e r e e s   a n d   t h e   g u e s t   e d i t o r   f o r   t h e i r   v a l u a b l e   c o m m e n t s   w h i c h   h e l p e d   t o   i m p r o v e   t h e   m a n u s c r i p t . 	 A n   L T H ,   2 0 0 5 ,   A N N   O P E R   R E S ,   V 1 3 3 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 7 9 - 0 0 4 - 5 0 2 2 - 1 ;   B r a d l e y   P .   S . ,   1 9 9 8 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g .   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   F i f t e e n t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   ( I C M L ' 9 8 ) ,   P 8 2 ;   C a i   X . ,   2 0 1 1 ,   D A T   M I N   I C D M   2 0 1 1   I E ,   P 9 1 ;   C a n d e s   E J ,   2 0 0 8 ,   J   F O U R I E R   A N A L   A P P L ,   V 1 4 ,   P 8 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 4 1 - 0 0 8 - 9 0 4 5 - x ;   C h a p e l l e   O . ,   2 0 0 8 ,   Y R 2 0 0 8 0 0 2 ;   C h e n   X W ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 7 ,   P 1 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 1 3 ;   C h e n   Y ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 3 1 8 ,   P 1 5 3 ;   C h e n   Y . - W . ,   2 0 0 6 ,   F E A T U R E   E X T R A C T I O N ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 3 5 4 8 8 - 8 _ 1 3 ;   C o l l o b e r t   R ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 1 6 8 7 ;   D e n g   S G ,   2 0 1 3 ,   J   F O O D   E N G ,   V 1 1 9 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f o o d e n g . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 2 4 ;   P h a m   D i n h   T . ,   1 9 9 8 ,   S I A M   J   O P T I M I Z ,   V 2 ,   P 4 7 6 ;   P h a m   D i n h   T . ,   1 9 9 7 ,   A C T A   M A T H   V I E T N A M I C A ,   V 2 2 ,   P 2 8 9 ;   D u a n   K B ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 4 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 0 5 . 8 5 3 6 5 7 ;   F a n   J Q ,   2 0 0 1 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 6 ,   P 1 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 1 7 5 3 3 8 2 2 7 3 ;   G r i b o n v a l   R ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 4 9 ,   P 3 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 2 0 0 3 . 8 2 0 0 3 1 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 6 ,   F E A T U R E   E X T R A C T I O N   F ;   B u h m a n n   J .   M . ,   2 0 0 0 ,   P   1 5   I N T   C   P A T T   R E C ,   V 2 ,   P 7 1 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 2 0 0 0 . 9 0 6 1 7 4 ;   H s u   C W ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 3 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 9 9 1 4 2 7 ;   H u a n g   J ,   2 0 0 8 ,   S T A T   S I N I C A ,   V 1 8 ,   P 1 6 0 3 ;   H u a n g   L i n g k a n g ,   2 0 1 3 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 1 2 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 3 7 / C I N . S 1 0 2 1 2 ;   H u i   Z . ,   2 0 0 6 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 1 ,   P 1 4 1 8 ;   S i n g e r   Y . ,   2 0 0 4 ,   P   2 1   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 6 3 ;   L e   T h i   H A ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 2 4 4 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j o r . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 3 1 ;   L e   T h i   H A ,   2 0 0 8 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 5 1 3 9 ,   P 6 2 ;   L e e   Y K ,   2 0 0 4 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 9 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 4 0 0 0 0 0 0 0 9 8 ;   L e e   Y ,   2 0 0 6 ,   B I O M E T R I K A ,   V 9 3 ,   P 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 9 3 . 3 . 5 5 5 ;   L e   T h i   H .   A . ,   2 0 1 2 ,   J   G L O B A L   O P T I M ,   V 5 2 ,   P 5 0 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 0 8 9 8 - 0 1 1 - 9 7 6 5 - 3 ;   L e   T h i   H .   A . ,   2 0 0 7 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 1 8 3 ,   P 1 0 6 7 ;   P h a n   D .   N . ,   2 0 1 6 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 6 - 2 2 1 6 - 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 0 0 5 2 1 - 0 1 6 - 2 2 1 6 - 9 ] ;   L e   T h i   H .   A . ,   2 0 0 5 ,   D C   P R O G R A M M I N G   D C A ;   L e   T h i   H .   A . ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 8 6 ,   P 1 7 0 ;   L e   T h i   H .   A . ,   2 0 0 8 ,   J   A D V   D A T A   A N A L   C L A S ,   V 2 ,   P 2 5 9 ;   L e   T h i   H .   A . ,   2 0 1 2 ,   3 0 9 7   L I T A   E A   U   L O R R ;   L e   T h i   H .   A . ,   2 0 0 6 ,   J   G L O B A L   O P T I M ,   V 3 7 ,   P 5 9 3 ;   L e   T h i   H . A . ,   2 0 1 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 1 0 1 ,   P 1 6 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 0 9 9 4 - 0 1 4 - 5 4 5 5 - Y ;   L i   G Z ,   2 0 0 4 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 3 1 5 7 ,   P 2 9 2 ;   L i u   D H ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 6 ,   P 2 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 0 7 ;   L i u   Y F ,   2 0 0 6 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 1 ,   P 5 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 5 0 0 0 0 0 0 7 8 1 ;   L i u   Y F ,   2 0 0 5 ,   J   C O M P U T   G R A P H   S T A T ,   V 1 4 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 1 0 6 1 8 6 0 0 5 X 3 7 2 3 8 ;   L i u   Y F ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 5 1 ,   P 6 3 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 6 ;   M a l d o n a d o   S ,   2 0 1 1 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 8 1 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 4 7 ;   N e u m a n n   J ,   2 0 0 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 6 1 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 5 - 1 5 0 5 - 9 ;   O n g   C .   S . ,   2 0 1 3 ,   O P T I M   M E T H O D   S O F T W ,   V 2 8 ,   P 4 ;   P e l e g   D ,   2 0 0 8 ,   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 8 8 ,   P 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s i g p r o . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 1 5 ;   R a k o t o m a m o n j y   A . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 7 0 6 ;   R a m o n a   M ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 3 ,   P 1 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 2 . 2 2 0 1 7 4 8 ;   R o n a n   C . ,   2 0 0 6 ,   P   2 3   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 2 0 1 ;   D i n h   T P ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 3 4 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 5 4 4 5 5 - 2 _ 1 ;   T i b s h i r a n i   R . ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C ,   V 4 6 ,   P 4 3 1 ;   W a n g   H S ,   2 0 0 7 ,   J   B U S   E C O N   S T A T ,   V 2 5 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 7 3 5 0 0 1 0 6 0 0 0 0 0 0 2 5 1 ;   W a n g   L . ,   2 0 0 3 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 2 ,   P 5 8 3 ;   W e s t o n   J . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 7 5 1 ;   W e s t o n   J . ,   1 9 9 9 ,   P   7   E U R   S   A R T   N E U R   N ,   P 2 1 9 ;   W u   K ,   2 0 0 7 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 4 9 1 ,   P 1 3 1 0 ;   Y e h   Y R ,   2 0 1 1 ,   2 0 1 1   I N T E R N A T I O N A L   J O I N T   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   ( I J C N N ) ,   P 2 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I J C N N . 2 0 1 1 . 6 0 3 3 5 5 4 ;   Z h a n g   H .   H . ,   2 0 0 8 ,   J   S T A T ,   V 2 ,   P 1 4 9 ;   Z h o u   X ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 0 3 6 ;   H o i   S .   C . ,   2 0 1 0 ,   A I S T A T S ,   V 9 ;   Z o u   H ,   2 0 0 6 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 1 ,   P 1 4 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 6 0 0 0 0 0 0 7 3 5 	 6 0 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P R I N G E R 	 D O R D R E C H T 	 V A N   G O D E W I J C K S T R A A T   3 0 ,   3 3 1 1   G Z   D O R D R E C H T ,   N E T H E R L A N D S 	 0 2 5 4 - 5 3 3 0 	 1 5 7 2 - 9 3 3 8 	 	 A N N   O P E R   R E S 	 A n n .   O p e r .   R e s . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 2 4 9 	 1 - 2 	 	 	 	 	 2 7 3 	 3 0 0 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 7 9 - 0 1 6 - 2 3 3 3 - y 	 	 2 8 	 O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 E K 8 C L 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 1 5 1 4 0 0 0 1 5 	 	 
 
 J 	 R e d a ,   I ;   S h a l a b y ,   A ;   E l m o g y ,   M ;   A b o u   E l f o t o u h ,   A ;   K h a l i f a ,   F ;   A b o u   E l - G h a r ,   M ;   H o s s e i n i - A s l ,   E ;   G i m e l ' f a r b ,   G ;   W e r g h i ,   N ;   E l - B a z ,   A 	 	 	 	 R e d a ,   I s l a m ;   S h a l a b y ,   A h m e d ;   E l m o g y ,   M o h a m m e d ;   A b o u   E l f o t o u h ,   A h m e d ;   K h a l i f a ,   F a h m i ;   A b o u   E l - G h a r ,   M o h a m e d ;   H o s s e i n i - A s l ,   E h s a n ;   G i m e l ' f a r b ,   G e o r g y ;   W e r g h i ,   N a o u f e l ;   E l - B a z ,   A y m a n 	 	 	 A   c o m p r e h e n s i v e   n o n - i n v a s i v e   f r a m e w o r k   f o r   d i a g n o s i n g   p r o s t a t e   c a n c e r 	 C O M P U T E R S   I N   B I O L O G Y   A N D   M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P r o s t a t e   c a n c e r ;   D W - M R I ;   N M F ;   M G R F ;   C A D 	 A P P A R E N T   D I F F U S I O N - C O E F F I C I E N T ;   C O M P U T E R - A I D E D   D I A G N O S I S ;   M A G N E T I C - R E S O N A N C E ;   L E V E L   S E T ;   S E G M E N T A T I O N ;   I M A G E S ;   M R I ;   A L G O R I T H M S ;   T I S S U E ;   M O D E L 	 E a r l y   d e t e c t i o n   o f   p r o s t a t e   c a n c e r   i n c r e a s e s   c h a n c e s   o f   p a t i e n t s '   s u r v i v a l .   O u r   a u t o m a t e d   n o n - i n v a s i v e   s y s t e m   f o r   c o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s   ( C A D )   o f   p r o s t a t e   c a n c e r   s e g m e n t s   t h e   p r o s t a t e   o n   d i f f u s i o n - w e i g h t e d   m a g n e t i c   r e s o n a n c e   i m a g e s   ( D W - M R I )   a c q u i r e d   a t   d i f f e r e n t   b - v a l u e s ,   e s t i m a t e s   i t s   a p p a r e n t   d i f f u s i o n   c o e f f i c i e n t s   ( A D C ) ,   a n d   c l a s s i f i e s   t h e i r   d e s c r i p t o r s   e m p i r i c a l   c u m u l a t i v e   d i s t r i b u t i o n   f u n c t i o n s   ( C D F )   w i t h   a   t r a i n e d   d e e p   l e a r n i n g   n e t w o r k .   T o   s e g m e n t   t h e   p r o s t a t e ,   a n   e v o l v i n g   g e o m e t r i c   ( l e v e l - s e t - b a s e d )   d e f o r m a b l e   m o d e l   i s   g u i d e d   b y   a   s p e e d   f u n c t i o n   d e p e n d i n g   o n   i n t e n s i t y   a t t r i b u t e s   e x t r a c t e d   f r o m   t h e   D W - M R I   w i t h   n o n n e g a t i v e   m a t r i x   f a c t o r i z a t i o n   ( N M F ) .   F o r   a   m o r e   r o b u s t   e v o l u t i o n ,   t h e   a t t r i b u t e s   a r e   f u s e d   w i t h   a   p r o b a b i l i s t i c   s h a p e   p r i o r   a n d   e s t i m a t e d   s p a t i a l   d e p e n d e n c i e s   b e t w e e n   p r o s t a t e   v o x e l s .   T o   p r e s e r v e   c o n t i n u i t y ,   t h e   A D C s   o f   t h e   s e g m e n t e d   p r o s t a t e   v o l u m e   a t   d i f f e r e n t   b - v a l u e s   a r e   n o r m a l i z e d   a n d   r e f i n e d   u s i n g   a   g e n e r a l i z e d   G a u s s - M a r k o v   r a n d o m   f i e l d   i m a g e   m o d e l .   T h e   C D F s   o f   t h e   r e f i n e d   A D C s   a t   d i f f e r e n t   b - v a l u e s   a r e   c o n s i d e r e d   g l o b a l   w a t e r   d i f f u s i o n   f e a t u r e s   a n d   u s e d   t o   d i s t i n g u i s h   b e t w e e n   b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t   p r o s t a t e s .   A   d e e p   l e a r n i n g   n e t w o r k   o f   s t a c k e d   n o n - n e g a t i v i t y - c o n s t r a i n e d   a u t o - e n c o d e r s   ( S N C A E )   i s   t r a i n e d   t o   c l a s s i f y   t h e   b e n i g n   o r   m a l i g n a n t   p r o s t a t e s   o n   t h e   b a s i s   o f   t h e   c o n s t r u c t e d   C D F s .   O u r   e x p e r i m e n t s   o n   5 3   c l i n i c a l   D W - M R I   d a t a   s e t s   r e s u l t e d   i n   9 2 . 3 %   a c c u r a c y ,   8 3 . 3 %   s e n s i t i v i t y ,   a n d   1 0 0 %   s p e c i f i c i t y ,   i n d i c a t i n g   t h a t   t h e   p r o p o s e d   C A D   s y s t e m   c o u l d   b e   u s e d   a s   a   r e l i a b l e   n o n - i n v a s i v e   d i a g n o s t i c   t o o l . 	 [ R e d a ,   I s l a m ;   E l m o g y ,   M o h a m m e d ;   A b o u   E l f o t o u h ,   A h m e d ]   M a n s o u r a   U n i v ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t ,   M a n s o u r a   3 5 5 1 6 ,   E g y p t ;   [ R e d a ,   I s l a m ;   S h a l a b y ,   A h m e d ;   E l m o g y ,   M o h a m m e d ;   K h a l i f a ,   F a h m i ;   E l - B a z ,   A y m a n ]   U n i v   L o u i s v i l l e ,   D e p t   B i o e n g n ,   L o u i s v i l l e ,   K Y   4 0 2 9 2   U S A ;   [ K h a l i f a ,   F a h m i ]   M a n s o u r a   U n i v ,   E l e c t   &   C o m m u n   E n g n   D e p t ,   M a n s o u r a ,   E g y p t ;   [ A b o u   E l - G h a r ,   M o h a m e d ]   U n i v   M a n s o u r a ,   U r o l   &   N e p h r o l   C t r ,   D e p t   R a d i o l ,   M a n s o u r a ,   E g y p t ;   [ H o s s e i n i - A s l ,   E h s a n ]   U n i v   L o u i s v i l l e ,   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   L o u i s v i l l e ,   K Y   4 0 2 9 2   U S A ;   [ G i m e l ' f a r b ,   G e o r g y ]   U n i v   A u c k l a n d ,   D e p t   C o m p   S c i ,   A u c k l a n d ,   N e w   Z e a l a n d ;   [ W e r g h i ,   N a o u f e l ]   K h a l i f a   U n i v   S c i   T e c h n o l   &   R e s ,   A b u   D h a b i ,   U   A r a b   E m i r a t e s 	 E l - B a z ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   L o u i s v i l l e ,   D e p t   B i o e n g n ,   L o u i s v i l l e ,   K Y   4 0 2 9 2   U S A . 	 a s e l b a 0 1 @ l o u i s v i l l e . e d u 	 	 E l m o g y ,   M o h a m m e d / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 2 5 0 4 - 6 0 5 1 	 	 	 B a r t h   T J ,   1 9 9 8 ,   J   C O M P U T   P H Y S ,   V 1 4 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j c p h . 1 9 9 8 . 6 0 0 7 ;   B e n g i o   Y . ,   2 0 0 7 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   V 1 9 ,   P 1 5 3 ;   B e r r y   M W ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 5 2 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 0 6 ;   C h a n   I ,   2 0 0 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 0 ,   P 2 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 5 9 3 6 3 3 ;   C o l l i n s   D J ,   2 0 0 4 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O L ,   V 2 3 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M E M B . 2 0 0 4 . 1 3 6 0 4 1 0 ;   D I C E   L R ,   1 9 4 5 ,   E C O L O G Y ,   V 2 6 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 9 3 2 4 0 9 ;   F a r a g   A A ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 5 ,   P 9 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 5 . 8 6 3 9 4 9 ;   F i r j a n i   A . ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   S C I   E N G ,   V 6 ,   P 3 4 6 ;   G h o s e   S ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 8 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 6 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a m b r o c k   T ,   2 0 1 0 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 8 3 ,   P 5 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 2 2 ;   H e i m a n n   T ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 1 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 9 . 2 0 1 3 8 5 1 ;   H o s s e i n i - A s l   E . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 9 9 ,   P 1 ;   K h a l i f a   F a h m i ,   2 0 1 0 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   2 0 1 0   2 0 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   P a t t e r n   R e c o g n i t i o n   ( I C P R   2 0 1 0 ) ,   P 4 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 2 0 1 0 . 1 1 3 0 ;   L a w r e n t s c h u k   N ,   2 0 0 9 ,   B J U   I N T ,   V 1 0 3 ,   P 7 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 4 - 4 1 0 X . 2 0 0 8 . 0 8 2 0 5 . x ;   L a z a r   C o s m i n ,   2 0 1 0 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   B u s i n e s s   I n t e l l i g e n c e   a n d   D a t a   M i n i n g ,   V 5 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J B I D M . 2 0 1 0 . 0 3 3 3 6 3 ;   L e   B i h a n   D ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 8 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 3 0 4 2 0 ;   L e m a i t r e   G ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 0 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 9 ;   L i t j e n s   G . ,   2 0 1 1 ,   P   S P I E   M E D   I M A G I N G   2 ,   V 7 9 6 3 ;   L i t j e n s   G ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 3 ,   P 1 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 0 3 8 2 1 ;   L i t j e n s   G ,   2 0 1 4 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 8 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 0 2 ;   L i u   L Z ,   2 0 1 6 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 3 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 1 0 ;   L i u   X . ,   2 0 1 1 ,   J   E L E C   C O M P U T   E N G ,   P 1 1 ;   L i u   X ,   2 0 0 9 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 3 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 9 . 5 3 3 3 5 1 9 ;   M a r t i n   S ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 3 1 5 3 6 7 ;   M c C l u r e   P . ,   2 0 1 4 ,   J   C O M P U T E R   S C I   S Y S T E ,   V 7 ,   P 2 0 9 ;   M o r g a n   V A ,   2 0 0 7 ,   A C T A   R A D I O L ,   V 4 8 ,   P 6 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 8 4 1 8 5 0 7 0 1 3 4 9 2 5 7 ;   N i a f   E ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 3 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 2 / 3 8 3 3 ;   O s h e r   S . ,   2 0 0 3 ,   L E V E L   S E T   M E T H O D S   D Y ;   P e n g   Y H ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 7 ,   P 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 1 4 5 4 ;   R o c k a f e l l a r   R . T . ,   2 0 0 9 ,   V A R I A T I O N A L   A N A L ;   S c h a e f e r   P W ,   2 0 0 0 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 1 7 ,   P 3 3 1 ;   S h a h   V ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 4 0 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 2 2 7 5 3 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 5 4 ;   S U S S M A N   M ,   1 9 9 4 ,   J   C O M P U T   P H Y S ,   V 1 1 4 ,   P 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j c p h . 1 9 9 4 . 1 1 5 5 ;   T a m a d a   T ,   2 0 0 8 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 7 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 1 5 0 3 ;   T a m a d a   T ,   2 0 1 4 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 7 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 2 9 5 6 ;   T a n   C H ,   2 0 1 1 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 1 ,   P 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 0 - 1 9 6 0 - y ;   T o t h   R . ,   2 0 0 8 ,   P   S P I E   M E D   I M A G I N G   2 ,   V 6 9 1 4 ;   V i o l a   P ,   1 9 9 7 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 2 4 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 7 9 5 8 9 0 4 9 1 8 ;   V o s   P C ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 6 / 1 5 2 7 ;   W U   F Y ,   1 9 8 2 ,   R E V   M O D   P H Y S ,   V 5 4 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / R e v M o d P h y s . 5 4 . 2 3 5 ;   Z h a n g   S J ,   2 0 1 3 ,   A S I A N   J   A N D R O L ,   V 1 5 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a j a . 2 0 1 2 . 1 2 7 ;   Z h u   Y N ,   2 0 0 6 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 0 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 5 . 0 6 . 0 0 3 	 4 4 	 0 	 0 	 1 	 1 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 0 1 0 - 4 8 2 5 	 1 8 7 9 - 0 5 3 4 	 	 C O M P U T   B I O L   M E D 	 C o m p u t .   B i o l .   M e d . 	 F E B   1 	 2 0 1 7 	 8 1 	 	 	 	 	 	 1 4 8 	 1 5 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 6 . 1 2 . 0 1 0 	 	 1 1 	 B i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E K 0 P O 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 6 2 9 2 0 0 0 1 5 	 2 8 0 6 3 3 7 6 	 
 
 J 	 M e n g ,   Q ;   K i t a s a k a ,   T ;   N i m u r a ,   Y ;   O d a ,   M ;   U e n o ,   J ;   M o r i ,   K 	 	 	 	 M e n g ,   Q i e r ;   K i t a s a k a ,   T a k a y u k i ;   N i m u r a ,   Y u k i t a k a ;   O d a ,   M a s a h i r o ;   U e n o ,   J u n j i ;   M o r i ,   K e n s a k u 	 	 	 A u t o m a t i c   s e g m e n t a t i o n   o f   a i r w a y   t r e e   b a s e d   o n   l o c a l   i n t e n s i t y   f i l t e r   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e   i n   3 D   c h e s t   C T   v o l u m e 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   C O M P U T E R   A S S I S T E D   R A D I O L O G Y   A N D   S U R G E R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H e s s i a n   m a t r i x   a n a l y s i s ;   A d a p t i v e   m u l t i s c a l e   c a v i t y   e n h a n c e m e n t   f i l t e r ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ;   G r a p h - c u t 	 E N E R G Y   M I N I M I Z A T I O N ;   I M A G E S ;   N O D U L E S 	 A i r w a y   s e g m e n t a t i o n   p l a y s   a n   i m p o r t a n t   r o l e   i n   a n a l y z i n g   c h e s t   c o m p u t e d   t o m o g r a p h y   ( C T )   v o l u m e s   f o r   c o m p u t e r i z e d   l u n g   c a n c e r   d e t e c t i o n ,   e m p h y s e m a   d i a g n o s i s   a n d   p r e -   a n d   i n t r a - o p e r a t i v e   b r o n c h o s c o p e   n a v i g a t i o n .   H o w e v e r ,   o b t a i n i n g   a   c o m p l e t e   3 D   a i r w a y   t r e e   s t r u c t u r e   f r o m   a   C T   v o l u m e   i s   q u i t e   a   c h a l l e n g i n g   t a s k .   S e v e r a l   r e s e a r c h e r s   h a v e   p r o p o s e d   a u t o m a t e d   a i r w a y   s e g m e n t a t i o n   a l g o r i t h m s   b a s i c a l l y   b a s e d   o n   r e g i o n   g r o w i n g   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e s .   H o w e v e r ,   t h e s e   m e t h o d s   f a i l   t o  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 C o m m u n ,   C h i k u s a   K u ,   F u r o   C h o ,   N a g o y a ,   A i c h i ,   J a p a n ;   [ U e n o ,   J u n j i ]   U n i v   T o k u s h i m a ,   G r a d   S c h   H l t h   S c i ,   D e p t   D i a g n o s t   R a d i o l ,   3 - 1 8 - 5   K u r a m o t o   C h o ,   T o k u s h i m a   7 7 0 8 5 0 9 ,   J a p a n 	 M e n g ,   Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a g o y a   U n i v ,   G r a d   S c h   I n f o r m a t   S c i ,   C h i k u s a   K u ,   F u r o   C h o ,   N a g o y a ,   A i c h i ,   J a p a n . 	 q m e n g @ m o r i . m . i s . n a g o y a - u . a c . j p 	 	 	 M E X T ;   J S P S   K A K E N H I   G r a n t   [ 2 5 2 4 2 0 4 7 ,   2 6 1 0 8 0 0 6 ,   2 6 5 6 0 2 5 5 ] ;   K a y a m o r i   F o u n d a t i o n   o f   I n f o r m a t i o n a l   S c i e n c e   A d v a n c e m e n t 	 T h e   a u t h o r s   t h a n k   o u r   c o l l e a g u e s   f o r   s u g g e s t i o n s   a n d   a d v i c e .   P a r t s   o f   t h i s   r e s e a r c h   w e r e   s u p p o r t e d   b y   t h e   M E X T ,   t h e   J S P S   K A K E N H I   G r a n t   N u m b e r s   2 5 2 4 2 0 4 7 ,   2 6 1 0 8 0 0 6 ,   2 6 5 6 0 2 5 5 ,   a n d   t h e   K a y a m o r i   F o u n d a t i o n   o f   I n f o r m a t i o n a l   S c i e n c e   A d v a n c e m e n t . 	 A l i   A M ,   2 0 0 7 ,   4   I E E E   I N T   S   B I O M   I M ,   P 9 0 8 ;   A y k a c   D ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 2 ,   P 9 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 3 . 8 1 5 9 0 5 ;   B o y k o v   Y ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 3 ,   P 1 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 9 6 9 1 1 4 ;   B o y k o v   Y ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 6 ,   P 1 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 4 . 6 0 ;   C h e n   B ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 7 ,   P 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 1 - 0 6 3 8 - 5 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   F e u e r s t e i n   M ,   2 0 0 9 ,   P   2   I N T   W O R K S H   P U L M ,   P 2 7 3 ;   F r a n g i   A .   F . ,   1 9 9 8 ,   M E D   I M A G E   C O M P U T I N G ,   V 1 4 9 6 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F b 0 0 5 6 1 9 5 ;   H i r a n o   Y ,   2 0 1 1 ,   4   I N T   W O R K S H   P U L M   I M ,   P 9 1 ;   H u   S Y ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 9 2 9 6 1 5 ;   K i r a l y   A P ,   2 0 0 2 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 9 ,   P 1 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 7 6 - 6 3 3 2 ( 0 3 ) 8 0 5 1 7 - 2 ;   K i t a s a k a   T . ,   2 0 0 2 ,   F O R M A ,   V 1 7 ,   P 3 2 1 ;   K r i s s i a n   K ,   2 0 0 0 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 8 0 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / c v i u . 2 0 0 0 . 0 8 6 6 ;   K u h n i g k   J M ,   2 0 0 3 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 5 0 3 2 ,   P 1 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 4 8 0 3 2 1 ;   L e e   Y ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 9 3 2 7 4 4 ;   L e s a g e   D ,   2 0 0 9 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 3 ,   P 8 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 1 1 ;   L i   B J ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 5 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 0 0 5 6 3 3 ;   L i   Q ,   2 0 0 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 0 ,   P 2 0 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 5 8 1 4 1 1 ;   L o   P ,   2 0 0 8 ,   P R O C   S P I E ,   V 6 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 7 7 2 7 7 7 ;   L o   P ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 2 0 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 2 0 9 6 7 4 ;   L o   P ,   2 0 1 0 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 4 ,   P 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 0 4 ;   M e n g   Q ,   2 0 1 6 ,   P   S P I E ,   V 9 7 8 4 ;   M e n g   Q ,   2 0 1 5 ,   3   I A P R   A S   C   P A T T   R E C ,   P 2 2 5 ;   M o r i   K ,   2 0 0 8 ,   P   S P I E   M E D   I M A G I N G ,   V 6 9 1 4 ;   M o r i   K ,   1 9 9 5 ,   P   C V R M I E D ,   V 9 5 ,   P 5 4 2 ;   P r a t t   W .   K . ,   1 9 9 1 ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ;   S a t o   Y ,   1 9 9 8 ,   M e d   I m a g e   A n a l ,   V 2 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 6 1 - 8 4 1 5 ( 9 8 ) 8 0 0 0 9 - 1 ;   S a t o   Y ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   V I S   C O M P U T   G R ,   V 6 ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 9 4 5 . 8 5 6 9 9 7 ;   S c h l a t h o e l t e r   T . ,   2 0 0 2 ,   M E D   I M A G I N G   I N T   S O C ,   V 4 6 8 4 ,   P 1 0 3 ;   S i n g h   H ,   2 0 0 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   P 9 7 5 ;   S o n k a   M ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   P 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 0 0 1 4 0 ;   T s c h i r r e n   J ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 1 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 5 . 8 5 7 6 5 4 ;   Y a n o   H ,   2 0 0 9 ,   M I 2 0 0 9 1 3   I   E L   I N F   C O ,   P 6 9 	 3 3 	 0 	 0 	 1 2 	 1 2 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 1 8 6 1 - 6 4 1 0 	 1 8 6 1 - 6 4 2 9 	 	 I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D 	 I n t .   J .   C o m p u t .   A s s i s t .   R a d i o l .   S u r g . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 1 2 	 2 	 	 	 	 	 2 4 5 	 2 6 1 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 6 - 1 4 9 2 - 2 	 	 1 7 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   S u r g e r y 	 E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   S u r g e r y 	 E K 6 E R 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 0 1 8 3 0 0 0 0 6 	 2 7 7 9 6 7 9 1 	 
 
 J 	 D h a r a ,   A K ;   M u k h o p a d h y a y ,   S ;   D u t t a ,   A ;   G a r g ,   M ;   K h a n d e l w a l ,   N 	 	 	 	 D h a r a ,   A s h i s   K u m a r ;   M u k h o p a d h y a y ,   S u d i p t a ;   D u t t a ,   A n i r v a n ;   G a r g ,   M a n d e e p ;   K h a n d e l w a l ,   N i r a n j a n 	 	 	 C o n t e n t - B a s e d   I m a g e   R e t r i e v a l   S y s t e m   f o r   P u l m o n a r y   N o d u l e s :   A s s i s t i n g   R a d i o l o g i s t s   i n   S e l f - L e a r n i n g   a n d   D i a g n o s i s   o f   L u n g   C a n c e r 	 J O U R N A L   O F   D I G I T A L   I M A G I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C T   i m a g e s ;   C o n t e n t - b a s e d   i m a g e   r e t r i e v a l ;   D i a g n o s i s   o f   l u n g   c a n c e r ;   L u n g   c a n c e r ;   P u l m o n a r y   n o d u l e s ;   S e l f - l e a r n i n g   t o o l   o f   r a d i o l o g y ;   C B I R   b a s e d   C A D  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 1 0 . 1 0 4 9 / i e t - i p r . 2 0 1 5 . 0 7 8 4 ;   D h a r a   A K ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 1 1 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 5 - 1 2 8 4 - 0 ;   D h a r a   A K ,   2 0 1 6 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 9 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 5 - 9 8 1 2 - 6 ;   D i e d e r i c h   S ,   2 0 0 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 2 ,   P 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 2 3 0 1 0 4 9 0 ;   F l o r e a   F ,   2 0 0 6 ,   M E D   I N F O R M   E U R O P E   M I ,   P 3 ;   H a n   F F ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 4 - 9 7 1 8 - 8 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   J i a n g   M L ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 2 ,   P 7 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 4 . 2 3 6 5 4 9 4 ;   J i n   R ,   2 0 0 7 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 0 7 ;   K e l l y   P M ,   1 9 9 5 ,   I S   T   S P I E S   S   E L   I M   S ,   P 2 3 8 ;   K l i g e r m a n   S ,   2 0 1 1 ,   S E M I N   R O E N T G E N O L ,   V 4 6 ,   P 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . r o . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 5 ;   K o   J P ,   2 0 0 4 ,   J   T H O R A C   I M A G ,   V 1 9 ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . r t i . 0 0 0 0 1 3 5 9 7 3 . 6 5 1 6 3 . 6 9 ;   K u b o t a   T ,   2 0 1 1 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 5 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 0 5 ;   K u h n i g k   J M ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 6 . 8 7 1 5 4 7 ;   L a m   M O ,   2 0 0 7 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 7 - 9 0 5 9 - y ;   L e h m a n n   T M ,   2 0 0 3 ,   P   S P I E   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 0 3 ,   P 4 4 0 ;   L o r e n s e n   W .   E . ,   1 9 8 7 ,   S I G G R A P H   C O M P U T   G R A P ,   V 2 1 ,   P 1 6 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 3 7 4 0 2 . 3 7 4 2 2 ;   M o l t z   J H ,   2 0 0 8 ,   P   1   I N T   W O R K S H   P U L M ,   P 2 5 ;   M u l l e r   H ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   M E D   I N F O R M ,   V 7 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m e d i n f . 2 0 0 3 . 1 1 . 0 2 4 ;   M u l l e r   H ,   2 0 0 5 ,   M E D   I M A G I N G   T E L E M E D I ,   V 2 ;   N o e s s n e r   J ,   2 0 1 3 ,   A R X I V 1 3 0 4 4 3 7 9 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   R a n g a y y a n   R M ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 6 ,   P 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 6 5 0 8 7 6 ;   S e i t z   J r   K A ,   2 0 1 2 ,   P   S P I E   M E D   I M   2 0 1 2   S ;   S h y u   C R ,   1 9 9 9 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 7 5 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / c v i u . 1 9 9 9 . 0 7 6 8 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 3 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 3 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 6 6 ;   S i l v a   J S ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 6 ,   P 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 2 . 2 2 0 1 9 4 9 ;   S l a d o j e   N ,   2 0 0 5 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   V 2 3 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a v i s . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 1 1 ;   T o u r a s s i   G D ,   2 0 0 3 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 0 3 ,   P 5 9 0 ;   T r i p a t h i   A K ,   2 0 1 1 ,   P   I E E E   I N T   C   S I G N   P R ,   P 1 	 3 3 	 0 	 0 	 8 	 8 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 8 9 7 - 1 8 8 9 	 1 6 1 8 - 7 2 7 X 	 	 J   D I G I T   I M A G I N G 	 J .   D i g i t .   I m a g i n g 	 F E B 	 2 0 1 7 	 3 0 	 1 	 	 	 	 	 6 3 	 7 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 6 - 9 9 0 4 - y 	 	 1 5 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E K 1 M M 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 6 8 9 7 0 0 0 0 9 	 2 7 6 7 8 2 5 5 	 
 
 J 	 L i a o ,   H W ;   C h e n ,   G Y ;   W u ,   M S ;   L i a o ,   W C ;   L i n ,   C H ;   K u o ,   C H 	 	 	 	 L i a o ,   H s i a o - W e i ;   C h e n ,   G u a n - Y u a n ;   W u ,   M i n g - S h i a n g ;   L i a o ,   W e i - C h i h ;   L i n ,   C h i n g - H u n g ;   K u o ,   C h i n g - H u a 	 	 	 D e v e l o p m e n t   o f   a   P o s t c o l u m n   I n f u s e d - I n t e r n a l   S t a n d a r d   L i q u i d   C h r o m a t o g r a p h y   M a s s   S p e c t r o m e t r y   M e t h o d   f o r   Q u a n t i t a t i v e   M e t a b o l o m i c s   S t u d i e s 	 J O U R N A L   O F   P R O T E O M E   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 p o s t c o l u m n   i n f u s e d - i n t e r n a l   s t a n d a r d   ( P C I - I S ) ;   m a t r i x   n o r m a l i z a t i o n   f a c t o r   ( M N F ) ;   a m i n o   a c i d s ;   b r e a s t   c a n c e r ;   m e t a b o l o m i c s ;  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 1 0 0 5 1 ,   T a i w a n ;   [ L i a o ,   H s i a o - W e i ;   C h e n ,   G u a n - Y u a n ;   K u o ,   C h i n g - H u a ]   N a t l   T a i w a n   U n i v ,   C t r   G e n o m   M e d ,   M e t a b o l   C o r e   L a b ,   T a i p e i   1 0 0 5 5 ,   T a i w a n ;   [ W u ,   M i n g - S h i a n g ;   L i a o ,   W e i - C h i h ;   L i n ,   C h i n g - H u n g ]   N a t l   T a i w a n   U n i v   H o s p ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   T a i p e i   1 0 0 5 1 ,   T a i w a n ;   [ L i n ,   C h i n g - H u n g ]   N a t l   T a i w a n   U n i v   H o s p ,   D e p t   O n c o l ,   T a i p e i   1 0 0 5 1 ,   T a i w a n ;   [ L i n ,   C h i n g - H u n g ]   N a t l   T a i w a n   U n i v   H o s p ,   H s i n   C h u   B r a n c h ,   C t r   O n c o l ,   H s i n c h u   3 0 0 ,   T a i w a n ;   [ K u o ,   C h i n g - H u a ]   N a t l   T a i w a n   U n i v   H o s p ,   D e p t   P h a r m ,   T a i p e i   1 0 0 5 1 ,   T a i w a n 	 K u o ,   C H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   T a i w a n   U n i v ,   C o l l   M e d ,   S c h   P h a r m ,   T a i p e i   1 0 0 5 1 ,   T a i w a n . ;   K u o ,   C H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   T a i w a n   U n i v ,   C t r   G e n o m   M e d ,   M e t a b o l   C o r e   L a b ,   T a i p e i   1 0 0 5 5 ,   T a i w a n . ;   L i n ,   C H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   T a i w a n   U n i v   H o s p ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   T a i p e i   1 0 0 5 1 ,   T a i w a n . ;   L i n ,   C H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   T a i w a n   U n i v   H o s p ,   D e p t   O n c o l ,   T a i p e i   1 0 0 5 1 ,   T a i w a n . ;   L i n ,   C H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   T a i w a n   U n i v   H o s p ,   H s i n   C h u   B r a n c h ,   C t r   O n c o l ,   H s i n c h u   3 0 0 ,   T a i w a n . ;   K u o ,   C H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   T a i w a n   U n i v   H o s p ,   D e p t   P h a r m ,   T a i p e i   1 0 0 5 1 ,   T a i w a n . 	 c h i n g h l i n @ n t u . e d u . t w ;   k u o c h @ n t u . e d u . t w 	 	 	 M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   T a i w a n   ( M O S T )   [ 1 0 4 - 2 1 1 3 - M - 0 0 2 - 0 0 9 ,   1 0 5 - 2 1 1 3 - M - 0 0 2 - 0 1 3 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   T a i w a n   ( M O S T   1 0 4 - 2 1 1 3 - M - 0 0 2 - 0 0 9 ;   1 0 5 - 2 1 1 3 - M - 0 0 2 - 0 1 3 ) .   W e   t h a n k   t h e   N T U   I n t e g r a t e d   C o r e   F a c i l i t y   f o r   F u n c t i o n a l   G e n o m i c s   o f   t h e   N a t i o n a l   R e s e a r c h   P r o g r a m   f o r   G e n o m i c   M e d i c i n e   o f   T a i w a n   f o r   t h e   t e c h n i c a l   a s s i s t a n c e . 	 A r m s t r o n g   M ,   2 0 0 7 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 2 1 ,   P 2 7 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 3 1 2 4 ;   C A S C I N O   A ,   1 9 9 1 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 1 1 ,   P 1 3 1 3 ;   C A S C I N O   A ,   1 9 9 5 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 5 0 7 ;   C h e n   C ,   2 0 0 7 ,   D R U G   M E T A B   R E V ,   V 3 9 ,   P 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 3 6 0 2 5 3 0 7 0 1 4 9 7 8 0 4 ;   C h o i   B K ,   1 9 9 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 1 ,   P 4 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 9 0 3 1 2 o ;   D i e t z e n   D J ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 3 ,   p A 2 1 1 ;   E s s e g h i r   S ,   2 0 0 6 ,   J   P A T H O L ,   V 2 1 0 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 2 0 7 1 ;   F A H L   W E ,   1 9 7 4 ,   C A N C E R ,   V 3 4 ,   P 1 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 7 4 1 1 ) 3 4 : 5 < 1 6 9 1 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 3 4 0 5 1 7 > 3 . 0 . C O ; 2 - Y ;   G r a h a m   K S ,   2 0 0 9 ,   M O L   G E N E T   M E T A B ,   V 9 8 ,   P 1 1 0 ;   J o h n s o n   D W ,   2 0 1 1 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 8 7 9 ,   P 1 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 0 ;   J u h a s z   C ,   2 0 1 2 ,   N U C L   M E D   B I O L ,   V 3 9 ,   P 9 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n u c m e d b i o . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 0 ;   K l a v i n s   K ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 4 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 0 3 4 5 4 ;   L a v i a n o   A ,   2 0 0 3 ,   A D V   E X P   M E D   B I O L ,   V 5 2 7 ,   P 3 6 3 ;   L i   Q ,   2 0 1 6 ,   N U T R I E N T S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / n u 8 0 6 0 3 7 9 ;   L i a o   H W ,   2 0 1 5 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 3 7 5 ,   P 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 7 3 ;   L i a o   H W ,   2 0 1 4 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 3 5 8 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 6 9 ;   L i a o   H W ,   2 0 1 4 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 3 2 7 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 6 6 ;   L u   W ,   2 0 0 8 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 8 7 1 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 3 1 ;   M a t u s z e w s k i   B K ,   1 9 9 8 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 0 ,   P 8 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 7 1 0 7 8 + ;   M i h a l i k   S J ,   2 0 1 2 ,   D I A B E T E S   C A R E ,   V 3 5 ,   P 6 0 5 ,   D O I   [ 1 0 . 2 3 3 7 / D C 1 1 - 1 5 7 7 ,   1 0 . 2 3 3 7 / d c 1 1 - 1 5 7 7 ] ;   M i y a g i   Y ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 4 1 4 3 ;   M u n n   D H ,   2 0 0 4 ,   T R E N D S   M O L   M E D ,   V 1 0 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l m e d . 2 0 0 3 . 1 1 . 0 0 3 ;   N a r a y a n   S B ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 5 ,   p A 2 4 1 ;   N i m b a l k a r   M S ,   2 0 1 2 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 3 4 ,   P 2 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 5 7 ;   O r e s i c   M ,   2 0 0 8 ,   J   E X P   M E D ,   V 2 0 5 ,   P 2 9 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 4 / j e m . 2 0 0 8 1 8 0 0 ;   P e t r i t i s   K N ,   1 9 9 9 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 8 3 3 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 1 - 9 6 7 3 ( 9 8 ) 0 1 0 6 0 - 7 ;   P i r a u d   M ,   2 0 0 5 ,   J   I N H E R I T   M E T A B   D I S ,   V 2 8 ,   P 7 1 ;   R e b a n e   R ,   2 0 1 2 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 9 0 4 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 2 9 ;   R e d e s t i g   H ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 3 ,   P 5 6 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 2 0 0 7 8 6 y ;   R i n g   B Z ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 3 0 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 6 . 0 5 . 6 5 6 4 ;   S t a h n k e   H ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 2 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 8 0 2 3 6 2 s ;   T o f f a l i   K ,   2 0 1 1 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 7 ,   P 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 0 - 0 2 5 9 - y ;   U y t t e n h o v e   C ,   2 0 0 3 ,   N A T   M E D ,   V 9 ,   P 1 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 9 3 4 ;   V e r h o e v e n - D u i f   N M ,   2 0 0 8 ,   J   I N H E R I T   M E T A B   D I S ,   V 3 1 ,   P 1 ;   W a n g   Q J ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T S   T H E R ,   V 9 ,   P 1 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / O T T . S 9 5 8 6 2 ;   W a n g   S Y ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 5 ,   P 1 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 2 8 7 7 x ;   W e i   R ,   2 0 1 0 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 2 ,   P 5 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 1 0 0 3 3 1 b ;   X i a   J G ,   2 0 1 3 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 9 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 2 - 0 4 8 2 - 9 	 3 8 	 0 	 0 	 3 	 3 	 A M E R   C H E M I C A L   S O C 	 W A S H I N G T O N 	 1 1 5 5   1 6 T H   S T ,   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 0 3 6   U S A 	 1 5 3 5 - 3 8 9 3 	 1 5 3 5 - 3 9 0 7 	 	 J   P R O T E O M E   R E S 	 J .   P r o t e o m e   R e s . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 1 6 	 2 	 	 	 	 	 1 0 9 7 	 1 1 0 4 	 	 1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . 6 b 0 1 0 1 1 	 	 8 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 E J 9 I K 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 5 3 9 6 0 0 0 6 8 	 2 8 0 6 7 5 2 2 	 
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 U n i v   H o n g   K o n g ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   H o n g   K o n g ,   H o n g   K o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Q i n ,   J i n g ]   H o n g   K o n g   P o l y t e c h   U n i v ,   S c h   N u r s i n g ,   H o n g   K o n g ,   H o n g   K o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 C h e n ,   H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n e s e   U n i v   H o n g   K o n g ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   H o n g   K o n g ,   H o n g   K o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 h c h e n @ c s e . c u h k . e d u . h k 	 	 C h e n ,   H a o / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 8 4 0 0 - 3 7 8 0 	 H o n g   K o n g   R e s e a r c h   G r a n t s   C o u n c i l   G e n e r a l   R e s e a r c h   F u n d   [ G R F   1 4 2 0 3 1 1 5 ,   C U H K   1 4 2 0 2 5 1 4 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 2 3 3 0 1 2 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   H o n g   K o n g   R e s e a r c h   G r a n t s   C o u n c i l   G e n e r a l   R e s e a r c h   F u n d   ( P r o j e c t   n o .   G R F   1 4 2 0 3 1 1 5   a n d   P r o j e c t   n o .   C U H K   1 4 2 0 2 5 1 4 )   a n d   a   g r a n t   f r o m   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( P r o j e c t   n o .   6 1 2 3 3 0 1 2 ) .   T h e   a u t h o r s   a l s o   g r a t e f u l l y   t h a n k   t h e   c h a l l e n g e   o r g a n i z e r s   f o r   h e l p i n g   t h e   e v a l u a t i o n . 	 A l - K o f a h i   Y ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 5 1 0 2 ;   A l t u n b a y   D ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 3 8 0 4 ;   B A R T E L S   P H ,   1 9 9 2 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 1 4 ,   P 4 5 9 ;   B e r t a s i u s   G . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 1 1 0 2 6 7 4 ;   B E R T A S I U S   G ,   2 0 1 5 ,   P   I E E E   I N T   C   C O M P   V I ,   P 5 0 4 ;   C h e n   H . ,   2 0 1 6 ,   P   1 3   A A A I   C   A R T   I N T ;   C h e n   H . ,   2 0 1 6 ,   P   I N T   C   M E D   I M   C O M P ,   P 4 8 7 ;   C h e n   H . ,   2 0 1 6 ,   P   C O M P   V I S   P A T T   R E C ;   C h e n   H ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 4 9 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 5 3 - 9 _ 6 3 ;   C h e n   H ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 4 9 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 5 3 - 9 _ 6 2 ;   C h e n   L . - C . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 1 1 0 3 3 2 8 ;   C h e n   L ,   2 0 1 5 ,   B R I L L   S E R   M O D   E   A S I A ,   V 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 3 / 9 7 8 9 0 0 4 2 8 8 4 9 2 _ 0 0 2 ;   C h e n g   J R ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 6 ,   P 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 8 . 2 0 0 8 6 3 5 ;   C i r e s a n   D . ,   2 0 1 2 ,   P   N I P S ,   P 2 8 4 3 ;   C i r e s a n   D .   C . ,   2 0 1 3 ,   P   M E D   I M   C O M P   C O M P   A ,   P 4 1 1 ;   C r u z - R o a   A .   A . ,   2 0 1 3 ,   P   I N T   C   M E D   I M   C O M P ,   P 4 0 3 ;   D h u n g e l   N ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 4 9 ,   P 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 5 3 - 9 _ 7 4 ;   D i a m o n d   J ,   2 0 0 4 ,   H U M   P A T H O L ,   V 3 5 ,   P 1 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h u m p a t h . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 1 0 ;   D o u   Q . ,   2 0 1 6 ,   P   I N T   C   M E D   I M   C O M P ,   P 1 4 9 ;   D o u   Q ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 1 2 9 ;   D o y l e   S ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 1 9 1 ,   P 5 0 4 ;   D u n n e   B ,   2 0 0 1 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 3 9 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 2 0 0 1 . 0 1 2 2 0 . x ;   E L S T O N   C W ,   1 9 9 1 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 1 9 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 1 9 9 1 . t b 0 0 2 2 9 . x ;   E v e r i n g h a m   M ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 8 8 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 0 9 - 0 2 7 5 - 4 ;   F a k h r z a d e h   A . ,   2 0 1 2 ,   P   I E E E   I N T   C   D I G   I M ,   P 1 ;   F a r j a m   R ,   2 0 0 7 ,   C Y T O M   P A R T   B - C L I N   C Y ,   V 7 2 B ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . b . 2 0 1 6 2 ;   F l e m i n g   M a t t h e w ,   2 0 1 2 ,   J   G a s t r o i n t e s t   O n c o l ,   V 3 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 0 7 8 - 6 8 9 1 . 2 0 1 2 . 0 3 0 ;   F u   H ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 3 ,   P 7 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 9 6 5 7 2 ;   G L E A S O N   D F ,   1 9 9 2 ,   H U M   P A T H O L ,   V 2 3 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 4 6 - 8 1 7 7 ( 9 2 ) 9 0 1 0 8 - F ;   G r e e n s p a n   H ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 5 3 4 0 1 ;   G u n d u z - D e m i r   C ,   2 0 1 0 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 0 1 ;   G u r c a n   M e t i n   N ,   2 0 0 9 ,   I E E E   R e v   B i o m e d   E n g ,   V 2 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 4 8 6 5 ;   H A M I L T O N   P W ,   1 9 9 4 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 4 7 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c p . 4 7 . 4 . 3 2 9 ;   H a r i h a r a n   B . ,   2 0 1 4 ,   P   1 3   E U R   C   C O M P   V I S ,   P 2 9 7 ;   H i n t o n   G .   E . ,   2 0 1 2 ,   A R X I V 1 2 0 7 0 5 8 0 ;   I r s h a d   H u m a y u n ,   2 0 1 4 ,   I E E E   R e v   B i o m e d   E n g ,   V 7 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 1 3 . 2 2 9 5 8 0 4 ;   I r s h a d   H u m a y u n ,   2 0 1 3 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 4 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 1 1 2 6 9 5 ;   I s a b e l l a   N ,   2 0 1 6 ,   P   M E D   I M   C O M P   C O M P   A ;   J a c o b s   J G ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 6 7 9 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 0 5 8 1 - 9 _ 1 1 ;   J i a   Y . ,   2 0 1 4 ,   P   A C M   I N T   C   M U L T ,   P 6 7 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 6 4 7 8 6 8 . 2 6 5 4 8 8 9 ;   J u n g   C ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 2 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 0 . 2 0 6 0 3 3 6 ;   U r s c h l e r   M . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 1 1 0 6 9 1 9 ;   K h a n   A M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 1 7 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 4 . 2 3 0 3 2 9 4 ;   K r i z h e v s k y   A l e x ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   P 1 0 9 7 ;   L e c u n   Y ,   1 9 9 8 ,   P   I E E E ,   V 8 6 ,   P 2 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 7 2 6 7 9 1 ;   L e e   C . ,   2 0 1 5 ,   P   I N T   C   A R T   I N T   S T A T ;   L o n g   J ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 9 6 5 ;   M e i j e r i n g   E ,   2 0 1 2 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 2 9 ,   P 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M S P . 2 0 1 2 . 2 2 0 4 1 9 0 ;   N a i k   S ,   2 0 0 8 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 8 . 4 5 4 0 9 8 8 ;   N g u y e n   K . ,   2 0 1 1 ,   J   P A T H O L O G Y   I N F O R M ,   V 2 ,   P 2 ;   N g u y e n   K ,   2 0 1 2 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 7 5 1 0 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 3 4 1 5 - 3 _ 1 5 ;   P l i s s i t i   M E ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 1 ,   P 4 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 2 . 2 2 0 6 0 4 1 ;   R o n n e b e r g e r   O . ,   2 0 1 5 ,   P   M E D   I M   C O M P   C O M P   A ,   P 2 3 4 ;   R o t h   H R ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 9 3 4 9 ,   P 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 4 5 5 3 - 9 _ 6 8 ;   R o t h   H .   R . ,   2 0 1 6 ,   P   M E D   I M   C O M P   C O M P   A ;   L o m e n i e   N . ,   2 0 1 3 ,   J   P A T H O L   I N F O R M ,   V 4 ,   P 1 ;   R U M E L H A R T   D E ,   1 9 8 6 ,   N A T U R E ,   V 3 2 3 ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 2 3 5 3 3 a 0 ;   S a b a t a   B ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 3 6 7 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 1 5 9 8 9 - 3 _ 1 1 ;   S h i n   H C ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 1 6 2 ;   S i r i n u k u n w a t t a n a   K . ,   2 0 1 5 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ;   S i r i n u k u n w a t t a n a   K . ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 3 0 0 2 7 5 ;   S i r i n u k u n w a t t a n a   K ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 5 8 0 3 ;   S i r i n u k u n w a t t a n a   K ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 2 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 3 3 9 0 0 ;   S T I E R E R   M ,   1 9 9 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 2 0 ,   P 1 0 9 ;   T a b e s h   A ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 1 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 7 . 8 9 8 5 3 6 ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 5 3 0 2 ;   V e t a   M ,   2 0 1 1 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 6 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 1 . 5 8 7 2 4 8 3 ;   V e t a   M ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 0 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 1 0 ;   W e i n d   K L ,   1 9 9 8 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 0 8 ,   P 4 7 7 ;   W i e n e r t   S ,   2 0 1 2 ,   S C I   R E P - U K ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 0 5 0 3 ;   W u   H S ,   2 0 0 5 ,   J   M I C R O S C - O X F O R D ,   V 2 2 0 ,   P 1 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 8 1 8 . 2 0 0 5 . 0 1 5 3 1 . x ;   X i e   S N ,   2 0 1 5 ,   I E E E   I   C O N F   C O M P   V I S ,   P 1 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C V . 2 0 1 5 . 1 6 4 ;   X u   J ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 5 8 7 0 2 ;   X u   Y . ,   2 0 1 6 ,   P   M E D   I M   C O M P   C O M P   A ;   Y o s i n s k i   J . ,   2 0 1 4 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 3 3 2 0 ;   Z h a n g   Z G ,   2 0 1 4 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   2 N D   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   T E A C H I N G   A N D   C O M P U T A T I O N A L   S C I E N C E ,   P 9 4 ;   Z h e n g   Y . ,   2 0 1 5 ,   P   M I C C A I ,   P 5 6 5 	 7 7 	 1 	 1 	 7 	 7 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 3 6 1 - 8 4 1 5 	 1 3 6 1 - 8 4 2 3 	 	 M E D   I M A G E   A N A L 	 M e d .   I m a g e   A n a l . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 3 6 	 	 	 	 	 	 1 3 5 	 1 4 6 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 4 	 	 1 2 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E J 5 H H 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 2 4 7 9 0 0 0 1 2 	 2 7 8 9 8 3 0 6 	 
 
 J 	 A n b a r a s u ,   K ;   J a y a n t h i ,   S 	 	 	 	 A n b a r a s u ,   K . ;   J a y a n t h i ,   S . 	 	 	 D e s i g n i n g   a n d   o p t i m i z a t i o n   o f   n o v e l   h u m a n   L M T K 3   i n h i b i t o r s   a g a i n s t   b r e a s t   c a n c e r   -   a   c o m p u t a t i o n a l   a p p r o a c h 	 J O U R N A L   O F   R E C E P T O R S   A N D   S I G N A L   T R A N S D U C T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L M T K 3 ;   b r e a s t   c a n c e r ;   v i r t u a l   s c r e e n i n g ;   m o l e c u l a r   d y n a m i c s   s i m u l a t i o n ;   f r e e   e n e r g y   c a l c u l a t i o n 	 M O L E C U L A R - D Y N A M I C S ;   P R O T E I N ;   A L G O R I T H M ;   D O C K I N G ;   G R O M A C S ;   B I N D I N G ;   K I N O M E ;   T O O L 	 E s t r o g e n   r e c e p t o r -   ( E R )   i s   e x p r e s s e d   m o r e   i n   p a t i e n t s   w i t h   b r e a s t   c a n c e r   a n d   i t s   l e v e l  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 A n b a r a s u   K ,   2 0 1 4 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 0 ,   P 1 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 m b 0 0 0 6 3 c ;   B a k e r   N A ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 1 0 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 8 1 3 4 2 3 9 8 ;   B E R E N D S E N   H J C ,   1 9 9 5 ,   C O M P U T   P H Y S   C O M M U N ,   V 9 1 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 1 0 - 4 6 5 5 ( 9 5 ) 0 0 0 4 2 - E ;   C a s t r i g n a n o   T ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   p D 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k j 1 0 5 ;   G i a m a s   G ,   2 0 0 7 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S ,   V 8 ,   P 1 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / 1 4 6 - 2 2 4 1 6 . 8 . 8 . 1 0 0 5 ;   G i a m a s   G ,   2 0 1 1 ,   N A T   M E D ,   V 1 7 ,   P 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 2 3 5 1 ;   G i a m a s   G ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   P 3 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 1 3 6 ;   H A R R I S   J R ,   1 9 9 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 2 7 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M 1 9 9 2 0 7 3 0 3 2 7 0 5 0 5 ;   H e s s   B ,   1 9 9 7 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 1 8 ,   P 1 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 6 - 9 8 7 X ( 1 9 9 7 0 9 ) 1 8 : 1 2 < 1 4 6 3 : : A I D - J C C 4 > 3 . 0 . C O ; 2 - H ;   I r w i n   J J ,   2 0 0 9 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 2 ,   P 5 7 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 9 0 0 6 9 6 6 ;   J i a n g   J ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 5 7 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 0 8 2 2 ;   J o h n s o n   A B ,   2 0 1 1 ,   N A T   M E D ,   V 1 7 ,   P 6 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 0 6 1 1 - 6 6 0 ;   K u m a r i   R ,   2 0 1 4 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 4 ,   P 1 9 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 5 0 0 0 2 0 m ;   L a b r i e   F ,   1 9 9 9 ,   J   S T E R O I D   B I O C H E M ,   V 6 9 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 0 - 0 7 6 0 ( 9 9 ) 0 0 0 6 5 - 5 ;   L a s k o w s k i   R A ,   2 0 1 1 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 1 ,   P 2 7 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 2 0 0 2 2 7 u ;   L i n   A B ,   2 0 1 5 ,   J   R E C E P T   S I G   T R A N S D ,   V 3 5 ,   P 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 0 7 9 9 8 9 3 . 2 0 1 5 . 1 0 2 4 8 5 2 ;   L i n d a h l   E . ,   2 0 0 1 ,   M O L   M O D E L   A N N ,   V 7 ,   P 3 0 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 0 0 8 9 4 0 1 0 0 0 4 5 ; ;   M I Y A M O T O   S ,   1 9 9 2 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 1 3 ,   P 9 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 5 4 0 1 3 0 8 0 5 ;   M o r r i s   G M ,   1 9 9 8 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 1 9 ,   P 1 6 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 6 - 9 8 7 X ( 1 9 9 8 1 1 1 5 ) 1 9 : 1 4 < 1 6 3 9 : : A I D - J C C 1 0 > 3 . 0 . C O ; 2 - B ;   R o b i n s o n   D R ,   2 0 0 0 ,   O N C O G E N E ,   V 1 9 ,   P 5 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 3 9 5 7 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   S M A L L   M O L   D R U G   D I S C ;   S c h u t t e l k o p f   A W ,   2 0 0 4 ,   A C T A   C R Y S T A L L O G R   D ,   V 6 0 ,   P 1 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 7 / S 0 9 0 7 4 4 4 9 0 4 0 1 1 6 7 9 ;   S e e l i g e r   D ,   2 0 1 0 ,   J   C O M P U T   A I D   M O L   D E S ,   V 2 4 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 2 2 - 0 1 0 - 9 3 5 2 - 6 ;   S m i t h   H O ,   1 9 9 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 4 6 ,   P 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a n j c l i n . 4 6 . 6 . 3 4 3 ;   S t e b b i n g   J . ,   2 0 0 6 ,   C L I N   E V I D ,   V 1 5 ,   P 2 3 3 1 ;   S t e b b i n g   J ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 3 2 ,   P 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 1 - 1 6 2 2 - z ;   S t e b b i n g   J ,   2 0 1 1 ,   O N C O T A R G E T ,   V 2 ,   P 4 2 8 ;   T r o t t   O ,   2 0 1 0 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 3 1 ,   P 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 1 3 3 4 ;   T u r n e r   P J ,   X M G R A C E   V E R S I O N   5   1 ;   W u   R C ,   2 0 0 4 ,   M O L   C E L L ,   V 1 5 ,   P 9 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 1 9 ;   X u   Y C ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 5 1 9 2 	 3 2 	 1 	 1 	 1 0 	 1 0 	 T A Y L O R   &   F R A N C I S   L T D 	 A B I N G D O N 	 2 - 4   P A R K   S Q U A R E ,   M I L T O N   P A R K ,   A B I N G D O N   O R 1 4   4 R N ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 0 7 9 - 9 8 9 3 	 1 5 3 2 - 4 2 8 1 	 	 J   R E C E P T   S I G   T R A N S D 	 J .   R e c e p t .   S i g n a l   T r a n s d u c t . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 3 7 	 1 	 	 	 	 	 5 1 	 5 9 	 	 1 0 . 3 1 0 9 / 1 0 7 9 9 8 9 3 . 2 0 1 6 . 1 1 5 5 0 6 9 	 	 9 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E I 9 Q A 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 8 4 2 4 0 0 0 0 6 	 2 7 0 5 6 5 6 2 	 
 
 J 	 F a b r i s ,   A ;   B r u s c h i ,   M ;   S a n t u c c i ,   L ;   C a n d i a n o ,   G ;   G r a n a t a ,   S ;   D a l l a   G a s s a ,   A ;   A n t o n u c c i ,   N ;   P e t r e t t o ,   A ;   G h i g g e r i ,   G M ;   G a m b a r o ,   G ;   L u p o ,   A ;   Z a z a ,   G 	 	 	 	 F a b r i s ,   A n t o n i a ;   B r u s c h i ,   M a u r i z i o ;   S a n t u c c i ,   L a u r a ;   C a n d i a n o ,   G i o v a n n i ;   G r a n a t a ,   S i m o n a ;   D a l l a   G a s s a ,   A l e s s a n d r a ;   A n t o n u c c i ,   N a d i a ;   P e t r e t t o ,   A n d r e a ;   G h i g g e r i ,   G i a n   M a r c o ;   G a m b a r o ,   G i o v a n n i ;   L u p o ,   A n t o n i o ;   Z a z a ,   G i a n l u i g i 	 	 	 P r o t e o m i c - b a s e d   r e s e a r c h   s t r a t e g y   i d e n t i f i e d   l a m i n i n   s u b u n i t   a l p h a   2   a s   a   p o t e n t i a l   u r i n a r y - s p e c i f i c   b i o m a r k e r   f o r   t h e   m e d u l l a r y   s p o n g e   k i d n e y   d i s e a s e 	 K I D N E Y   I N T E R N A T I O N A L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 b i o m a r k e r ;   l a m i n i n   s u b u n i t   a l p h a   2 ;   M S K ;   p r o t e o m i c 	 C E L L - P R O L I F E R A T I O N ;   G R O W T H - F A C T O R S ;   P R O T E O G L Y C A N ;   A S S O C I A T I O N ;   G L Y P I C A N - 1 ;   E X P R E S S I O N ;   M U T A T I O N ;   C A N C E R 	 M e d u l l a r y   s p o n g e   k i d n e y   ( M S K )   d i s e a s e ,   a   r a r e   k i d n e y   m a l f o r m a t i o n   f e a t u r i n g   r e c u r r e n t   r e n a l   s t o n e s   a n d   n e p h r o c a l c i n o s i s ,   c o n t i n u e s   t o   b e   d i a g n o s e d   u s i n g   e x p e n s i v e   a n d   t i m e - c o n s u m i n g   c l i n i c a l / i n s t r u m e n t a l   t e s t s   ( m a i n l y   u r o g r a p h y ) .   C u r r e n t l y ,   n o   m o l e c u l a r   d i a g n o s t i c   b i o m a r k e r s   a r e   a v a i l a b l e .   T o   i d e n t i f y   s u c h   w e   e m p l o y e d   a   p r o t e o m i c - b a s e d   r e s e a r c h   s t r a t e g y   u t i l i z i n g   u r i n e   f r o m   2 2   p a t i e n t s   w i t h   M S K   a n d   2 2   p a t i e n t s   a f f e c t e d   b y   i d i o p a t h i c   c a l c i u m   n e p h r o l i t h i a s i s   ( I C N )   a s   c o n t r o l s .   N o t a b l y ,   t w o   p a t i e n t s   w i t h   I C N   p r e s e n t e d   c y s t s .   I n   t h e   d i s c o v e r y   p h a s e ,   t h e   u r i n e   o f   1 1   M S K   a n d   1 0   c o n t r o l s ,   w e r e   r a n d o m l y   s e l e c t e d ,   p r o c e s s e d ,   a n d   a n a l y z e d   b y   m a s s   s p e c t r o m e t r y .   S u b s e q u e n t l y ,   s e v e r a l   s t a t i s t i c a l   a l g o r i t h m s   w e r e   u n d e r t a k e n   t o   s e l e c t   t h e   m o s t   d i s c r i m i n a t i v e   p r o t e i n s   b e t w e e n   t h e   t w o   s t u d y   g r o u p s .   E L I S A ,   p e r f o r m e d   o n   t h e   e n t i r e   p a t i e n t s '   c o h o r t ,   w a s   u s e d   t o   v a l i d a t e   t h e   p r o t e o m i c   r e s u l t s .   A f t e r   a n   i n i t i a l   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s ,   2 4 9   a n d   3 9 6   p r o t e i n s   w e r e   i d e n t i f i e d   e x c l u s i v e   f o r   I C N   a n d   M S K ,   r e s p e c t i v e l y .   A   V o l c a n o   p l o t   a n d   R O C   a n a l y s i s ,   p e r f o r m e d   t o   r e s t r i c t   t h e   n u m b e r   o f   M S K - a s s o c i a t e d   p r o t e i n s ,   i n d i c a t e d   t h a t   3 2 8   a n d   4 4   p r o t e i n s ,   r e s p e c t i v e l y ,   w e r e   s p e c i f i c   f o r   M S K .   I n t e r e s t i n g l y ,   1 1 9   p r o t e i n s   w e r e   f o u n d   t o   d i f f e r e n t i a t e   p a t i e n t s   w i t h   c y s t s   ( a l l   p a t i e n t s   w i t h   M S K   a n d   t h e   t w o   I C N   w i t h   r e n a l   c y s t s )   f r o m   I C N   w i t h o u t   c y s t s .   E v e n t u a l l y ,   1 6   p r o t e i n s   w e r e   f o u n d   t o   b e   c o m m o n   t o   t h r e e   s t a t i s t i c a l   m e t h o d s   w i t h   l a m i n i n   s u b u n i t   a l p h a   2   ( L A M A - 2 )   r e a c h i n g   t h e   h i g h e r   r a n k   b y   a   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e ,   a   b i n a r y   c l a s s i f i c a t i o n / p r e d i c t i o n   s c h e m e .   E L I S A   f o r   L A M A - 2   v a l i d a t e d   p r o t e o m i c   r e s u l t s .   T h u s ,   u s i n g   h i g h - t h r o u g h p u t   t e c h n o l o g y ,   o u r   s t u d y   i d e n t i f i e d   a   c a n d i d a t e   M S K   b i o m a r k e r   p o s s i b l y   e m p l o y a b l e   i n   f u t u r e   f o r   t h e   e a r l y   d i a g n o s i s   o f   t h i s   d i s e a s e . 	 [ F a b r i s ,   A n t o n i a ;   G r a n a t a ,   S i m o n a ;   D a l l a   G a s s a ,   A l e s s a n d r a ;   A n t o n u c c i ,   N a d i a ;   L u p o ,   A n t o n i o ;   Z a z a ,   G i a n l u i g i ]   U n i v   H o s p   V e r o n a ,   D e p t   M e d ,   R e n a l   U n i t ,   P i a z z a l e   A   S t e f a n i   1 ,   I - 3 7 1 2 6   V e r o n a ,   V R ,   I t a l y ;   [ B r u s c h i ,   M a u r i z i o ;   S a n t u c c i ,   L a u r a ;   C a n d i a n o ,   G i o v a n n i ]   I s t   G i a n n i n a   G a s l i n i ,   L a b   P h y s i o p a t h o l   U r e m i a ,   G e n o a ,   I t a l y ;   [ P e t r e t t o ,   A n d r e a ]   I s t   G i a n n i n a   G a s l i n i ,   L a b   M a s s   S p e c t r o m e t r y ,   C o r e   F a c i l ,   G e n o a ,   I t a l y ;   [ G h i g g e r i ,   G i a n   M a r c o ]   I s t   G i a n n i n a   G a s l i n i ,   D i v   N e p h r o l   D i a l y s i s   &   T r a n s p l a n t a t ,   G e n o a ,   I t a l y ;   [ G a m b a r o ,   G i o v a n n i ]   C o l u m b u s   G e m e l l i   U n i v   H o s p   C a t h o l i c   U n i v ,   D i v   N e p h r o l   &   D i a l y s i s ,   S c h   M e d ,   R o m e ,   I t a l y 	 	 g i a n l u i g i . z a z a @ u n i v r . i t 	 	 Z a z a ,   G i a n l u i g i / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 6 0 0 4 - 6 1 9 6 	 	 	 B o n n e h B a r k a y   D ,   1 9 9 7 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 2 ,   P 1 2 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . 2 7 2 . 1 9 . 1 2 4 1 5 ;   C a m e r o n   S ,   2 0 0 4 ,   O X F O R D   T X B   C L I N   N E P H ,   P 2 4 9 5 ;   C o l o g n a t o   H ,   2 0 0 0 ,   D E V   D Y N A M ,   V 2 1 8 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 1 7 7 ( 2 0 0 0 0 6 ) 2 1 8 : 2 < 2 1 3 : : A I D - D V D Y 1 > 3 . 0 . C O ; 2 - R ;   D A V I D   G ,   1 9 9 3 ,   F A S E B   J ,   V 7 ,   P 1 0 2 3 ;   D i o u f   B ,   2 0 0 0 ,   N E P H R O L   D I A L   T R A N S P L ,   V 1 5 ,   P 2 0 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n d t / 1 5 . 1 2 . 2 0 6 2 ;   F a b r i s   A ,   2 0 1 5 ,   J   N E P H R O L ,   V 2 8 ,   P 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 4 0 6 2 0 - 0 1 4 - 0 1 4 6 - 0 ;   F a b r i s   A ,   2 0 1 3 ,   N E P H R O L   D I A L   T R A N S P L ,   V 2 8 ,   P 1 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n d t / g f s 5 0 5 ;   F a b r i s   A ,   2 0 1 3 ,   K I D N E Y   I N T ,   V 8 3 ,   P 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / k i . 2 0 1 2 . 3 7 8 ;   F a b r i s   A ,   2 0 1 0 ,   C L I N   J   A M   S O C   N E P H R O ,   V 5 ,   P 1 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 5 / C J N . 0 0 2 2 0 1 1 0 ;   F a b r i s   A ,   2 0 0 9 ,   C L I N   J   A M   S O C   N E P H R O ,   V 4 ,   P 1 9 7 4 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 5 / C J N . 0 2 3 6 0 4 0 9 ;   F o r s t e r   J A ,   2 0 0 7 ,   U R O L   I N T ,   V 7 8 ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 0 9 9 3 5 0 ;   G a m b a r o   G ,   2 0 0 6 ,   K I D N E Y   I N T ,   V 6 9 ,   P 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . k i . 5 0 0 0 0 3 5 ;   G a m b a r o   G ,   2 0 0 5 ,   N E P H R O L   D I A L   T R A N S P L ,   V 2 0 ,   P 1 0 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n d t / g f h 7 9 8 ;   G a m b a r o   G ,   2 0 1 3 ,   C U R R   O P I N   N E P H R O L   H Y ,   V 2 2 ,   P 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M N H . 0 b 0 1 3 e 3 2 8 3 6 2 2 b 8 6 ;   G e n g r i n o v i t c h   S ,   1 9 9 9 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 4 ,   P 1 0 8 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . 2 7 4 . 1 6 . 1 0 8 1 6 ;   H a l e   J E ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   P R O T E O M I C S ,   V 2 0 1 3 ;   H a m i l l   K J ,   2 0 0 9 ,   J   C E L L   S C I ,   V 1 2 2 ,   P 4 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / j c s . 0 4 1 0 9 5 ;   I n d r i d a s o n   O S ,   1 9 9 6 ,   J   A M   S O C   N E P H R O L ,   V 7 ,   P 1 1 2 3 ;   J o l y   D ,   2 0 0 3 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 6 3 ,   P 1 7 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 2 - 9 4 4 0 ( 1 0 ) 6 3 5 3 9 - 0 ;   J o l y   D ,   2 0 0 6 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 1 ,   P 2 9 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 6 0 6 1 5 1 2 0 0 ;   K e i l h a u e r   E C ,   2 0 1 5 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 4 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 4 . 0 4 1 0 1 2 ;   K l e e f f   J ,   1 9 9 8 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 0 2 ,   P 1 6 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 4 1 0 5 ;   L A M B R I A N I D E S   A L ,   1 9 8 7 ,   U R O L O G Y ,   V 2 9 ,   P 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 0 - 4 2 9 5 ( 8 7 ) 9 0 5 1 6 - 4 ;   M i z u s h i m a   H ,   1 9 9 6 ,   J   B I O C H E M - T O K Y O ,   V 1 2 0 ,   P 1 1 9 6 ;   O ' B r i e n   L E ,   2 0 0 1 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 3 ,   P 8 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 0 9 0 1 - 8 3 1 ;   R o m m e l   D ,   2 0 0 1 ,   N E P H R O L   D I A L   T R A N S P L ,   V 1 6 ,   P 6 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n d t / 1 6 . 3 . 6 3 4 ;   S h a n n o n   M B ,   2 0 0 6 ,   J   A M   S O C   N E P H R O L ,   V 1 7 ,   P 1 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 6 8 1 / A S N . 2 0 0 5 1 2 1 2 9 8 ;   S t e i n f e l d   R ,   1 9 9 6 ,   J   C E L L   B I O L ,   V 1 3 3 ,   P 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 3 / j c b . 1 3 3 . 2 . 4 0 5 ;   T e i c h m a n   J M H ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 0 ,   P 6 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M c p 0 3 0 8 1 3 ;   T o r r e g r o s s a   R ,   2 0 1 0 ,   C L I N   J   A M   S O C   N E P H R O ,   V 5 ,   P 1 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 5 / C J N . 0 7 5 5 1 0 0 9 ;   V a p n i k   V N ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 0 ,   P 9 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 7 8 8 6 4 0 ;   V i j a y a k u m a r   S ,   2 0 1 4 ,   A M   J   P H Y S I O L - R E N A L ,   V 3 0 6 ,   p F 6 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / a j p r e n a l . 0 0 1 0 4 . 2 0 1 3 ;   W e k s b e r g   R ,   1 9 9 6 ,   N A T   G E N E T ,   V 1 2 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 0 3 9 6 - 2 2 5 ;   W i l s o n   P D ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 0 ,   P 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M r a 0 2 2 1 6 1 	 3 4 	 1 	 1 	 6 	 6 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 0 0 8 5 - 2 5 3 8 	 1 5 2 3 - 1 7 5 5 	 	 K I D N E Y   I N T 	 K i d n e y   I n t . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 9 1 	 2 	 	 	 	 	 4 5 9 	 4 6 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . k i n t . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 3 5 	 	 1 0 	 U r o l o g y   &   N e p h r o l o g y 	 U r o l o g y   &   N e p h r o l o g y 	 E I 6 C G 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 5 8 2 0 0 0 0 2 6 	 2 7 9 1 4 7 1 1 	 
 
 J 	 Z h o u ,   W ;   Z h a n g ,   Y ;   L i ,   Y H ;   W a n g ,   S ;   Z h a n g ,   J J ;   Z h a n g ,   C X ;   Z h a n g ,   Z S 	 	 	 	 Z h o u ,   W e i ;   Z h a n g ,   Y a n ;   L i ,   Y u e - H u a ;   W a n g ,   S h u a n g ;   Z h a n g ,   J i n g - J i n g ;   Z h a n g ,   C u i - X i a ;   Z h a n g ,   Z h i - S h e n g 	 	 	 I n v e s t i g a t i n g   d y s r e g u l a t e d   p a t h w a y s   i n   S t a p h y l o c o c c u s   a u r e u s   ( S A )   e x p o s e d   m a c r o p h a g e s   b a s e d   o n   p a t h w a y   i n t e r a c t i o n   n e t w o r k 	 C O M P U T A T I O N A L   B I O L O G Y   A N D   C H E M I S T R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S t a p h y l o c o c c u s   a u r e u s ;   M a c r o p h a g e s ;   D a t a   d y s r e g u l a t e d   p a t h w a y ;   A c t i v i t y ;   P a t h w a y   i n t e r a c t i o n   n e t w o r k 	 A T P   S Y N T H E S I S ;   G E N E ;   P R O G R A M S ;   E L E C T R O N ;   C A N C E R 	 O b j e c t i v e :   T h i s   w o r k   a i m e d   t o   i d e n t i f y   d y s r e g u l a t e d   p a t h w a y s   f o r   S t a p h y l o c o c c u s   a u r e u s   ( S A )   e x p o s e d   m a c r o p h a g e s   b a s e d   o n   p a t h w a y   i n t e r a c t i o n   n e t w o r k   ( P I N ) .   M e t h o d s :   T h e   i n f e r e n c e   o f   d y s r e g u l a t e d   p a t h w a y s   w a s   c o m p r i s e d   o f   f o u r   s t e p s :   p r e p a r i n g   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a ,   p r o t e i n - p r o t e i n   i n t e r a c t i o n   ( P P I )   d a t a   a n d   p a t h w a y   d a t a ;   c o n s t r u c t i n g   a   P I N   d e p e n d e n t   o n   t h e   d a t a   a n d   P e a r s o n   c o r r e l a t i o n   c o e f f i c i e n t   ( P C C ) ;   s e l e c t i n g   s e e d   p a t h w a y   f r o m   P I N   b y   c o m p u t i n g   a c t i v i t y   s c o r e   f o r   e a c h   p a t h w a y   a c c o r d i n g  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 R e s p i r a t o r y   e l e c t r o n   t r a n s p o r t ,   A T P   s y n t h e s i s   b y   c h e m i o s m o t i c   c o u p l i n g ,   a n d   h e a t   p r o d u c t i o n   b y   u n c o u p l i n g   p r o t e i n s   w a s   i d e n t i f i e d   a s   t h e   s e e d   p a t h w a y .   F i n a l l y ,   1 5   d y s r e g u l a t e d   p a t h w a y s   i n   M S P   ( A U C   =   0 . 9 9 9 )   W e r e   o b t a i n e d   f o r   S A   i n f e c t e d   s a m p l e s ,   s u c h   a s   R e s p i r a t o r y   e l e c t r o n   t r a n s p o r t   a n d   D N A   R e p l i c a t i o n .   C o n c l u s i o n s :   W e   h a v e   i d e n t i f i e d   1 5   d y s r e g u l a t e d   p a t h w a y s   f o r   S A   i n f e c t e d   m a c r o p h a g e s   b a s e d   o n   P I N .   T h e   f i n d i n g s   m i g h t   p r o v i d e   p o t e n t i a l   b i o m a r k e r s   f o r   e a r l y   d e t e c t i o n   a n d   t h e r a p y   o f   S A   i n f e c t i o n ,   a n d   g i v e   i n s i g h t s   t o   r e v e a l   t h e   m o l e c u l a r   m e c h a n i s m   u n d e r l y i n g   S A   i n f e c t i o n s .   H o w e v e r ,   h o w   t h e s e   d y s r e g u l a t e d   p a t h w a y s   w o r k e d   t o g e t h e r   s t i l l   n e e d s   t o   b e   s t u d i e d .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ Z h o u ,   W e i ;   Z h a n g ,   Z h i - S h e n g ]   A g r   U n i v   H e b e i ,   C o l l   F o o d   S c i   &   T e c h n o l ,   2 5 9 5   L e k a i   S o u t h   S t ,   B a o d i n g   0 7 1 0 0 0 ,   H e b e i   P r o v i n c e ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h o u ,   W e i ;   Z h a n g ,   Y a n ;   L i ,   Y u e - H u a ;   W a n g ,   S h u a n g ;   Z h a n g ,   J i n g - J i n g ;   Z h a n g ,   C u i - X i a ]   H e b e i   F o o d   I n s p e c t   &   R e s   I n s t ,   D e p t   B i o l   S a f e t y   I n s p e c t ,   S h i j i a z h u a n g   0 5 0 0 9 1 ,   H e b e i   P r o v i n c e ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   Z S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A g r   U n i v   H e b e i ,   C o l l   F o o d   S c i   &   T e c h n o l ,   2 5 9 5   L e k a i   S o u t h   S t ,   B a o d i n g   0 7 1 0 0 0 ,   H e b e i   P r o v i n c e ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z h i s h e n g z h a n g 2 0 1 6 @ y e a h . n e t 	 	 	 	 	 A h n   T ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   p I 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 4 4 9 ;   A l l e n   J .   D . ,   2 0 1 1 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ;   B i   D B ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   C H E M ,   V 5 6 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 1 ;   B o l d r i c k   J C ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 9 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 3 1 6 2 5 3 9 8 ;   B o l s t a d   B M ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 9 . 2 . 1 8 5 ;   B r a d l e y   E W ,   2 0 0 8 ,   J   C E L L   B I O C H E M ,   V 1 0 4 ,   P 1 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c b . 2 1 7 1 9 ;   B r o   R ,   2 0 1 4 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 6 ,   P 2 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a y 4 1 9 0 7 j ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C r o f t   D ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 4 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 1 0 2 ;   D a w s o n   J A ,   2 0 1 2 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 8 ,   P 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 1 1 . 0 1 6 8 8 . x ;   D o n i g e r   S W ,   2 0 0 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 3 - 4 - 1 - r 7 ;   D u   T .   A . ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 6 ;   F o s t e r   T J ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   M I C R O B I O L ,   V 1 2 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m i c r o 3 1 6 1 ;   G i e l i s c h   I . ,   2 0 1 6 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 1 2 ,   P 1 9 2 ;   G l a z k o   G V ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 4 0 6 ;   G o t t s c h a l k   S ,   2 0 1 3 ,   B M C   M I C R O B I O L ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 8 0 - 1 3 - 1 9 2 ;   H a y n e s   W ,   2 0 1 3 ,   E N C Y   S Y S T E M B I O L ,   P 2 0 2 3 ;   H i r a m a t s u   K ,   2 0 0 1 ,   L a n c e t   I n f e c t   D i s ,   V 1 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 3 - 3 0 9 9 ( 0 1 ) 0 0 0 9 1 - 3 ;   H u a n g   J ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 7 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 5 . 5 0 ;   I r i z a r r y   R A ,   2 0 0 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g n g 0 1 5 ;   I t a h a n a   Y ,   2 0 1 5 ,   O N C O G E N E ,   V 3 4 ,   P 1 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 4 . 1 1 9 ;   K a s u m o v   E A ,   2 0 1 5 ,   P H O T O S Y N T H   R E S ,   V 1 2 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 2 0 - 0 1 4 - 0 0 4 3 - 3 ;   K u b i c a   K . ,   2 0 0 8 ,   P L O S   O N E ,   V 3 ,   p e 1 4 0 9 ;   L i n a r e s   J ,   2 0 0 1 ,   C L I N   M I C R O B I O L   I N F E C ,   V 7 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 4 6 9 - 0 6 9 1 . 2 0 0 1 . 0 0 0 5 4 . x ;   L i u   K Q ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - 1 2 6 ;   L i u   Z P ,   2 0 1 2 ,   I E T   S Y S T   B I O L ,   V 6 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / i e t - s y b . 2 0 1 0 . 0 0 5 2 ;   M a c i a g - G u d o w s k a   T . ,   2 0 0 9 ,   P L O S   O N E ,   V 4 ,   p e 5 2 1 0 ;   N a h l e r   G . ,   2 0 0 9 ,   D I C T   P H A R M   M E D ,   P 1 3 2 ;   N a u   G J ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 1 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 2 2 6 4 9 7 9 9 ;   R o y   S ,   2 0 1 3 ,   M O L E C U L E S ,   V 1 8 ,   P 1 4 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 1 8 1 1 1 4 2 6 8 ;   S t e i n i g   E J ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 5 - 1 5 9 9 - 9 ;   S Z K L A R C Z Y K   D . ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ;   T i k h o n o v   A N ,   2 0 1 3 ,   P H O T O S Y N T H   R E S ,   V 1 1 6 ,   P 5 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 2 0 - 0 1 3 - 9 8 4 5 - y ;   T o n g   S Y C ,   2 0 1 5 ,   C L I N   M I C R O B I O L   R E V ,   V 2 8 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / C M R . 0 0 1 3 4 - 1 4 ;   W a n g   H C ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   P 1 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 9 6 4 ;   Z e t o l a   N ,   2 0 0 5 ,   L A N C E T   I N F E C T   D I S ,   V 5 ,   P 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 3 - 3 0 9 9 ( 0 5 ) 7 0 1 1 2 - 2 	 3 6 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 4 7 6 - 9 2 7 1 	 1 4 7 6 - 9 2 8 X 	 	 C O M P U T   B I O L   C H E M 	 C o m p u t .   B i o l .   C h e m . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 6 6 	 	 	 	 	 	 2 1 	 2 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 2 	 	 5 	 B i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E I 2 X O 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 3 5 3 2 0 0 0 0 3 	 2 7 8 6 6 0 5 2 	 
 
 J 	 L i u ,   J K ;   J i a n g ,   H Y ;   G a o ,   M D ;   H e ,   C G ;   W a n g ,   Y ;   W a n g ,   P ;   M a ,   H ;   L i ,   Y 	 	 	 	 L i u ,   J i - k u i ;   J i a n g ,   H o n g - y a n g ;   G a o ,   M e n g - d i ;   H e ,   C h e n - g u a n g ;   W a n g ,   Y u ;   W a n g ,   P u ;   M a ,   H e ;   L i ,   Y e 	 	 	 A n   A s s i s t e d   D i a g n o s i s   S y s t e m   f o r   D e t e c t i o n   o f   E a r l y   P u l m o n a r y   N o d u l e   i n   C o m p u t e d   T o m o g r a p h y   I m a g e s 	 J O U R N A L   O F   M E D I C A L   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C o m p u t e r   a i d e d   d i a g n o s i s   ( C A D ) ;   P u l m o n a r y   n o d u l e   d e t e c t i o n ;   E n s e m b l e   c l a s s i f i e r ;   L I D C 	 L U N G   N O D U L E S ;   C T   I M A G E S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   E N H A N C E M E N T ;   E X T R A C T I O N ;   R I S K 	 L u n g   c a n c e r   i s   s t i l l   t h e   m o s t   c o n c e r n e d   d i s e a s e   a r o u n d   t h e   w o r l d .   L u n g   n o d u l e   g e n e r a t e s   i n   t h e   p u l m o n a r y   p a r e n c h y m a   w h i c h   i n d i c a t e s   t h e   l a t e n t   r i s k   o f   l u n g   c a n c e r .   C o m p u t e r - a i d e d   p u l m o n a r y   n o d u l e s   d e t e c t i o n   s y s t e m   i s   n e c e s s a r y ,   w h i c h   c a n   r e d u c e   d i a g n o s i s   t i m e   a n d   d e c r e a s e   m o r t a l i t y   o f   p a t i e n t s .   I n   t h i s   s t u d y ,   w e   h a v e   p r o p o s e d   a   n e w   c o m p u t e r   a i d e d   d i a g n o s i s   ( C A D )   s y s t e m   f o r   d e t e c t i o n   o f   e a r l y   p u l m o n a r y   n o d u l e ,   w h i c h   c a n   h e l p   r a d i o l o g i s t s   q u i c k l y   l o c a t e   s u s p e c t e d   n o d u l e s   a n d   m a k e   j u d g m e n t s .   T h i s   s y s t e m   c o n s i s t s   o f   f o u r   m a i n   s e c t i o n s :   p u l m o n a r y   p a r e n c h y m a   s e g m e n t a t i o n ,   n o d u l e   c a n d i d a t e   d e t e c t i o n ,   f e a t u r e s   e x t r a c t i o n   ( t o t a l   2 2   f e a t u r e s )   a n d   n o d u l e   c l a s s i f i c a t i o n .   T h e   p u b l i c l y   a v a i l a b l e   d a t a   s e t   c r e a t e d   b y   t h e   L u n g   I m a g e   D a t a b a s e   C o n s o r t i u m   ( L I D C )   i s   u s e d   f o r   t r a i n i n g   a n d   t e s t i n g .   T h i s   s t u d y   s e l e c t s   6 4 0 0   s l i c e s   f r o m   8 0   C T   s c a n s   c o n t a i n i n g   t o t a l l y   9 7 8   n o d u l e s ,   w h i c h   i s   l a b e l e d   b y   f o u r   r a d i o l o g i s t s .   T h r o u g h   a   f a s t   s e g m e n t a t i o n   m e t h o d   p r o p o s e d   i n   t h i s   p a p e r ,   p u l m o n a r y   n o d u l e s   i n c l u d i n g   8 8 8   t r u e   n o d u l e s   a n d   1 1 , 3 7 9   f a l s e   p o s i t i v e   n o d u l e s   a r e   s e g m e n t e d .   B y   m e a n s   o f   a n   e n s e m b l e   c l a s s i f i e r ,   R a n d o m   F o r e s t   ( R F ) ,   t h i s   s t u d y   a c q u i r e s   9 3 . 2 ,   9 2 . 4 ,   9 4 . 8 ,   9 7 . 6 %   o f   a c c u r a c y ,   s e n s i t i v i t y ,   s p e c i f i c i t y ,   a r e a   u n d e r   t h e   c u r v e   ( A U C ) ,   r e s p e c t i v e l y .   C o m p a r e d   w i t h   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   c l a s s i f i e r ,   R F   c a n   r e d u c e   m o r e   f a l s e   p o s i t i v e   n o d u l e s   a n d   a c q u i r e   l a r g e r   A U C .   W i t h   t h e   h e l p   o f   t h i s   C A D   s y s t e m ,   r a d i o l o g i s t   c a n   b e   p r o v i d e d   w i t h   a   g r e a t   r e f e r e n c e   f o r   p u l m o n a r y   n o d u l e   d i a g n o s i s   t i m e l y . 	 [ L i u ,   J i - k u i ;   W a n g ,   P u ;   L i ,   Y e ]   C h i n e s e   A c a d   S c i   H I C A S ,   S h e n z h e n   I n s t   A d v   T e c h n o l ,   K e y   L a b   H l t h   I n f o r m a t ,   S h e n z h e n   5 1 8 0 5 5 ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ J i a n g ,   H o n g - y a n g ;   G a o ,   M e n g - d i ;   W a n g ,   Y u ;   M a ,   H e ]   N o r t h e a s t e r n   U n i v ,   S i n o   D u t c h   B i o m e d   &   I n f o r m a t   E n g n   S c h ,   H u n n a n   C a m p u s ,   S h e n y a n g   1 1 0 1 6 9 ,   L i a o n i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H e ,   C h e n - g u a n g ]   N o r t h   C h i n a   U n i v   W a t e r   R e s o u r c e s   &   E l e c t   P o w e r ,   S o f t w a r e   S c h ,   Z h e n g z h o u   4 5 0 0 4 5 ,   H e n a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n e s e   A c a d   S c i   H I C A S ,   S h e n z h e n   I n s t   A d v   T e c h n o l ,   K e y   L a b   H l t h   I n f o r m a t ,   S h e n z h e n   5 1 8 0 5 5 ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   M a ,   H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N o r t h e a s t e r n   U n i v ,   S i n o   D u t c h   B i o m e d   &   I n f o r m a t   E n g n   S c h ,   H u n n a n   C a m p u s ,   S h e n y a n g   1 1 0 1 6 9 ,   L i a o n i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 m a h e @ b m i e . n e u . e d u . c n ;   y e . l i @ s i a t . a c . c n 	 	 	 N a t i o n a l   8 6 3   p r o j e c t   o f   C h i n a   [ S S 2 0 1 5 A A 0 2 0 1 0 9 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 5 0 2 4 7 2 ,   3 1 3 0 0 8 1 6 ] ;   S T S   f r o m   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   [ J C Y J 2 0 1 4 0 4 1 7 1 1 3 4 3 0 6 5 5 ,   J C Y J 2 0 1 4 0 4 1 7 1 1 3 4 3 0 6 1 9 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   N a t i o n a l   8 6 3   p r o j e c t   o f   C h i n a   ( S S 2 0 1 5 A A 0 2 0 1 0 9 ) ,   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o .   6 1 5 0 2 4 7 2   a n d   N o .   3 1 3 0 0 8 1 6 )   a n d   S T S   f u n d i n g   f r o m   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   ( J C Y J 2 0 1 4 0 4 1 7 1 1 3 4 3 0 6 5 5   a n d   J C Y J 2 0 1 4 0 4 1 7 1 1 3 4 3 0 6 1 9 ) . 	 A k r a m   S ,   2 0 1 6 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 6 ,   P 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 6 . 1 6 0 0 ;   N e t t o   S M B ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 2 ,   P 1 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 0 3 ;   C h e n   X Y ,   2 0 1 7 ,   J   C L E A N   P R O D ,   V 1 4 2 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c l e p r o . 2 0 1 6 . 0 2 . 1 1 9 ;   C h o i   W J ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 3 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 5 ;   C h o i   W J ,   2 0 1 3 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 5 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 5 0 2 0 5 0 7 ;   C h u n y i n g   P . ,   2 0 1 3 ,   J   I M A G   G R A P H ,   V 1 8 ,   P 5 4 5 ;   D e l l a   P .   C . ,   2 0 1 5 ,   A R C H   M E D   V E T ,   V 1 ,   P 5 ;   D i e d e r i c h   S ,   2 0 0 1 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 1 ,   P 1 3 4 5 ;   F e n g   Z . ,   2 0 1 2 ,   A P P L   R E S   C O M P U T ,   V 5 ,   P 1 0 4 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   p E 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 2 1 0 ;   F i r m i n o   M ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   E N G   O N L I N E ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 9 2 5 X - 1 3 - 4 1 ;   G o n c a l v e s   L ,   2 0 1 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 6 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 2 4 ;   G o n z a l e s   R .   C . ,   2 0 0 4 ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ;   G u o   W ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 5 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 3 7 1 0 9 ;   H e   C . ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D I C A L   E N G   I E E E ,   V 6 0 ,   P 2 3 0 ;   H e   C .   G . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   S M A R T   S E N S   I N T ,   V 6 ,   P 9 1 0 ;   H e   C .   G . ,   2 0 1 1 ,   I N T   C   C O M P   I N T ,   P 1 0 0 1 ;   J i a n g   H Y ,   2 0 1 6 ,   J   C O M P U T   A S S I S T   T O M O ,   V 4 0 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R C T . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 8 4 ;   L e e   S L A ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 4 ,   P 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 0 6 ;   L i   Q ,   2 0 0 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 0 ,   P 2 0 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 5 8 1 4 1 1 ;   L u   L ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 5 0 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 7 5 7 3 ;   M a   Q J ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 8 ,   P 2 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 1 - 1 9 0 1 - 2 ;   M e s s a y   T ,   2 0 1 0 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 4 ,   P 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 4 ;   N o o r   N M ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 5 - 0 2 1 4 - 6 ;   O z e k e s   S ,   2 0 1 0 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 4 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 0 8 - 9 2 3 0 - 0 ;   P e n a   D M ,   2 0 1 6 ,   D I A G N O S T I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / d i a g n o s t i c s 6 0 1 0 0 1 3 ;   P e n e d o   M G ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 7 ,   P 8 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 7 4 6 6 2 0 ;   P e s c h   B ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 1 ,   P 1 2 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 7 3 3 9 ;   S a i e n   S ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 5 4 ,   P 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 1 0 ;   S a n t o s   A M ,   2 0 1 4 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 3 6 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 7 ;   S w e n s e n   S J ,   2 0 0 0 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 1 4 ,   P 7 3 ;   T a s c i   E ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 5 - 0 2 3 1 - 5 ;   T e r a m o t o   A ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 8 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 2 - 0 7 6 7 - 5 ;   V a l e n t e   I R S ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 2 4 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 6 ;   W a n g   D ,   2 0 1 5 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 3 2 1 ,   P 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 7 0 ;   W a n g   D ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   D E P E N D   S E C U R E ,   V 1 2 ,   P 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T D S C . 2 0 1 4 . 2 3 5 5 8 5 0 ;   W a n g   H ,   2 0 1 0 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 7 4 ,   P 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 0 9 . 0 1 . 0 2 4 ;   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n   I n t e r n a t i o n a l ,   2 0 0 2 ,   T O B   S M O K   I N V   S M O K ;   X u   D M ,   2 0 0 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 0 ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 9 3 0 7 0 8 4 7 ;   Y e   X J ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 6 ,   P 1 8 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 1 7 0 2 7 ;   Z h a n g   F ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 1 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 3 . 2 2 9 5 5 9 3 	 4 1 	 0 	 0 	 5 	 5 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 1 4 8 - 5 5 9 8 	 1 5 7 3 - 6 8 9 X 	 	 J   M E D   S Y S T 	 J .   M e d .   S y s t . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 4 1 	 2 	 	 	 	 	 	 	 3 0 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 6 - 0 6 6 9 - 0 	 	 9 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E I 2 P M 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 3 2 9 9 0 0 0 1 3 	 2 8 0 3 2 3 0 5 	 
 
 J 	 N a r v a e z ,   F ;   A l v a r e z ,   J ;   G a r c i a - A r t e a g a ,   J D ;   T a r q u i n o ,   J ;   R o m e r o ,   E 	 	 	 	 N a r v a e z ,   F a b i a n ;   A l v a r e z ,   J o r g e ;   G a r c i a - A r t e a g a ,   J u a n   D . ;   T a r q u i n o ,   J o n a t h a n ;   R o m e r o ,   E d u a r d o 	 	 	 C h a r a c t e r i z i n g   A r c h i t e c t u r a l   D i s t o r t i o n   i n   M a m m o g r a m s   b y   L i n e a r   S a l i e n c y 	 J O U R N A L   O F   M E D I C A L   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   s p i c u l a t e d   l e s i o n s ;   A r c h i t e c t u r a l   d i s t o r t i o n ;   M a m m o g r a p h y ;   L i n e a r   s a l i e n c y 	 C O M P U T E R - A I D E D   D E T E C T I O N ;   S C R E E N I N G   M A M M O G R A M S ;   C A N C E R ;   D I A G N O S I S ;   N E T W O R K S ;   I M A G E S 	 A r c h i t e c t u r a l   d i s t o r t i o n   ( A D )   i s   a   c o m m o n   c a u s e   o f   f a l s e - n e g a t i v e s   i n   m a m m o g r a m s .   T h i s   l e s i o n   u s u a l l y   c o n s i s t s   o f   a   c e n t r a l   r e t r a c t i o n   o f   t h e   c o n n e c t i v e   t i s s u e   a n d   a   s p i c u l a t e d   p a t t e r n   r a d i a t i n g   f r o m   i t .   T h i s   p a t t e r n   i s   d i f f i c u l t   t o   d e t e c t   d u e   t h e   c o m p l e x   s u p e r p o s i t i o n   o f   b r e a s t   t i s s u e .   T h i s   p a p e r   p r e s e n t s   a   n o v e l   A D   c h a r a c t e r i z a t i o n   b y   r e p r e s e n t i n g   t h e   l i n e a r   s a l i e n c y   i n   m a m m o g r a p h y   R e g i o n s   o f   I n t e r e s t   ( R O I )   a s   a   g r a p h   c o m p o s e d   o f   n o d e s   c o r r e s p o n d i n g   t o   l o c a t i o n s   a l o n g   t h e   R O I   b o u n d a r y   a n d   e d g e s   w i t h   a   w e i g h t   p r o p o r t i o n a l   t o   t h e   l i n e  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 %   a n d   9 5   % ,   a n d   a   s p e c i f i c i t y   r a t e   o f   9 3   %   a n d   8 4   % .   L i k e w i s e ,   t h e   a r e a   u n d e r   c u r v e   ( A ( z ) )   o f   t h e   R e c e i v e r   O p e r a t i n g   C h a r a c t e r i s t i c   ( R O C )   c u r v e   w a s   0 . 9 3   f o r   b o t h   d a t a b a s e s . 	 [ N a r v a e z ,   F a b i a n ;   A l v a r e z ,   J o r g e ;   G a r c i a - A r t e a g a ,   J u a n   D . ;   T a r q u i n o ,   J o n a t h a n ;   R o m e r o ,   E d u a r d o ]   U n i v   N a c l   C o l o m b i a ,   F a c   M e d ,   C i m   L a b ,   C o m p   I m a g i n g   &   M e d   A p p l i c a t   L a b ,   C a r r e r a   3 0   4 5 - 0 3 ,   B o g o t a ,   D C ,   C o l o m b i a 	 R o m e r o ,   E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   N a c l   C o l o m b i a ,   F a c   M e d ,   C i m   L a b ,   C o m p   I m a g i n g   &   M e d   A p p l i c a t   L a b ,   C a r r e r a   3 0   4 5 - 0 3 ,   B o g o t a ,   D C ,   C o l o m b i a . 	 e d r o m e r o @ u n a l . e d u . c o 	 	 	 E c u a d o r i a n   g o v e r n m e n t   t h r o u g h   " L a   S e c r e t a r i a   d e   E d u c a c i o n   S u p e r i o r ,   C i e n c i a ,   T e c n o l o g i a   e   I n n o v a c i o n   ( S E N E S C Y T ) "   [ 2 0 1 1 0 9 5 8 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   E c u a d o r i a n   g o v e r n m e n t   t h r o u g h   " L a   S e c r e t a r i a   d e   E d u c a c i o n   S u p e r i o r ,   C i e n c i a ,   T e c n o l o g i a   e   I n n o v a c i o n   ( S E N E S C Y T ) " ,   [ G r a n t   n u m b e r :   2 0 1 1 0 9 5 8 ,   2 0 1 1 ] . 	 A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 5 ,   T E C H   R E P ;   A y r e s   F J ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 1 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 0 7 - 0 0 7 2 - x ;   A y r e s   F J ,   2 0 0 5 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O L ,   V 2 4 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M E M B . 2 0 0 5 . 1 3 8 4 1 0 2 ;   B a k e r   J A ,   2 0 0 3 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 8 1 ,   P 1 0 8 3 ;   B a n i k   S ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 0 . 2 0 7 6 8 2 8 ;   B i r d   R . ,   1 9 9 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 7 8 ,   P 2 3 4 ;   B i s w a s   S K ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 8 ,   P 2 0 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 1 . 2 1 2 8 8 7 0 ;   B O V I K   A C ,   1 9 8 3 ,   I E E E   T   A C O U S T   S P E E C H ,   V 3 1 ,   P 1 3 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T A S S P . 1 9 8 3 . 1 1 6 4 2 4 7 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h i a r e l l i   A M ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 8 ,   P 6 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 2 5 6 7 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   F R E E M A N   L C ,   1 9 7 9 ,   S O C   N E T W O R K S ,   V 1 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 7 8 - 8 7 3 3 ( 7 8 ) 9 0 0 2 1 - 7 ;   G o p a l a k r i s h n a n   V . ,   2 0 1 0 ,   T   I P ,   V 1 9 ,   P 3 2 3 2 ;   G u o   Q ,   2 0 0 5 ,   J   P H Y S   C O N F   S E R ,   V 1 5 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 7 4 2 - 6 5 9 6 / 1 5 / 1 / 0 1 5 ;   H e a t h   M . ,   2 0 0 1 ,   P   5   I N T   W O R K S H   D I G   M ,   P 2 1 2 ;   H o r s c h   A ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 6 ,   P 7 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 1 - 0 5 5 3 - 9 ;   I c h i k a w a   T . ,   2 0 0 4 ,   M E D   I M A G I N G ,   V 5 3 7 0 ;   K a m r a   A ,   2 0 1 6 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 9 ,   P 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 5 - 9 8 0 7 - 3 ;   N i c o   K a r s s e m e i j e r   a n d   G u i d o   M   t e   B r a k e ,   1 9 9 6 ,   M E D   I M A G I N G   I E E E   T ,   V 1 5 ,   P 6 1 1 ;   L e i   T . ,   1 9 9 2 ,   M E D   I M A G I N G   I E E E   T ,   V 1 1 ,   P 6 2 ;   M a t s u b a r a   T ,   2 0 1 5 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 2 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 5 . 7 3 1 8 9 3 9 ;   M o r t o n   M J ,   2 0 0 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 9 ,   P 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 9 2 0 4 2 1 2 1 ;   M o u r a   D C ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 8 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 3 - 0 8 3 8 - 2 ;   N a r v a e z   F a b i a n ,   2 0 1 2 ,   B r e a s t   I m a g i n g .   P r o c e e d i n g s   1 1 t h   I n t e r n a t i o n a l   W o r k s h o p ,   I W D M   2 0 1 2 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 1 2 7 1 - 7 _ 9 ;   N a r v a e z   F . ,   2 0 1 2 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 8 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 9 1 1 6 8 0 ;   N e m o t o   M ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 4 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 0 8 - 0 2 6 7 - 9 ;   N i t h y a   R ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 4 4 1 ;   P a r r   T C ,   1 9 9 7 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 3 0 3 4 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 7 4 1 5 9 ;   P i s a n o   E D ,   1 9 9 8 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 1 1 ,   P 1 9 3 ;   R a n g a y y a n   R M ,   2 0 1 0 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 9 - 9 2 5 7 - x ;   R a n g a y y a n   R .   M . ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   C B M S ,   V 2 ,   P 1 ;   R A O   A R ,   1 9 9 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 4 ,   P 6 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 1 4 2 9 0 8 ;   R e d o n d o   A ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   V 8 5 ,   P 1 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 2 1 2 5 6 3 7 9 ;   S a m p a t   M .   P . ,   2 0 0 5 ,   I N T   S O C   O P T I C S   P H O T O ,   P 2 6 ;   S a m p a t   M .   P . ,   2 0 0 6 ,   I E E E   S W   S   I M   A N   I N T ,   P 1 0 5 ;   S i c k l e s   E A ,   2 0 1 3 ,   A C R   B I   R A D S   M A M M O G R A ;   S u c k l i n g   J ,   1 9 9 4 ,   P   I N T   W O R K S H O P   D I G   M ,   V 1 0 6 9 ,   P 3 7 5 ;   T a b a r   L ,   2 0 0 3 ,   L A N C E T ,   V 3 6 1 ,   P 1 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 3 ) 1 3 1 4 3 - 1 ;   T o u r a s s i   G D ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 1 ,   P 1 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 1 / 5 / 0 1 8 ;   Z h a n g   X . ,   2 0 0 9 ,   J   S O F T W A R E ,   V 4 ,   P 1 0 1 4 ;   Z w i g g e l a a r   R ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 1 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 4 . 8 2 8 6 7 5 ;   Z w i g g e l a a r   R ,   1 9 9 9 ,   M e d   I m a g e   A n a l ,   V 3 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 6 1 - 8 4 1 5 ( 9 9 ) 8 0 0 1 6 - 4 	 4 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 1 4 8 - 5 5 9 8 	 1 5 7 3 - 6 8 9 X 	 	 J   M E D   S Y S T 	 J .   M e d .   S y s t . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 4 1 	 2 	 	 	 	 	 	 	 2 6 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 6 - 0 6 7 2 - 5 	 	 1 2 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E I 2 P M 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 3 2 9 9 0 0 0 0 9 	 2 8 0 0 5 2 4 8 	 
 
 J 	 S h i ,   K Y ;   B a y e r ,   C ;   A s t n e r ,   S T ;   G a e r t n e r ,   F C ;   V a u p e l ,   P ;   S c h w a i g e r ,   M ;   H u a n g ,   S C ;   Z i e g l e r ,   S I 	 	 	 	 S h i ,   K u a n g y u ;   B a y e r ,   C h r i s t i n e ;   A s t n e r ,   S a b r i n a   T . ;   G a e r t n e r ,   F l o r i a n   C . ;   V a u p e l ,   P e t e r ;   S c h w a i g e r ,   M a r k u s ;   H u a n g ,   S u n g - C h e n g ;   Z i e g l e r ,   S i b y l l e   I . 	 	 	 Q u a n t i t a t i v e   A n a l y s i s   o f   [ F - 1 8 ] F M I S O   P E T   f o r   T u m o r   H y p o x i a :   C o r r e l a t i o n   o f   M o d e l i n g   R e s u l t s   w i t h   I m m u n o h i s t o c h e m i s t r y 	 M O L E C U L A R   I M A G I N G   A N D   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P h a r m a c o k i n e t i c   m o d e l i n g ;   D y n a m i c   P E T ;   F m i s o ;   T u m o r   h y p o x i a 	 P O S I T R O N - E M I S S I O N - T O M O G R A P H Y ;   S Q U A M O U S - C E L L   C A R C I N O M A ;   N E C K - C A N C E R ;   F - 1 8   F L U O R O M I S O N I D A Z O L E ;   F - 1 8 - F L U O R O M I S O N I D A Z O L E   P E T ;   F R A C T I O N A T E D - I R R A D I A T I O N ;   B L O O D - F L O W ;   H E A D ;   R A D I O T H E R A P Y ;   M I C R O E N V I R O N M E N T 	 Q u a n t i t a t i v e   e v a l u a t i o n   o f   t u m o r   h y p o x i a   b a s e d   o n   H - 1 - ( 3 - [ F - 1 8 ] f l u o r o - 2 - h y d r o x y p r o p y l ) - 2 - n i t r o i m i d a z o l e   ( [ F - 1 8 ] F M I S O )   p o s i t r o n   e m i s s i o n   t o m o g r a p h y   ( P E T )   c a n   d e l i v e r   i m p o r t a n t   i n f o r m a t i o n   f o r   t r e a t m e n t   p l a n n i n g   i n   r a d i o t h e r a p y .   H o w e v e r ,   t h e   m e r i t s   a n d   l i m i t a t i o n s   o f   d i f f e r e n t   a n a l y s i s   m e t h o d s   i n   r e v e a l i n g   t h e   u n d e r l y i n g   p h y s i o l o g i c a l   f e a t u r e   a r e   n o t   c l e a r .   T h i s   s t u d y   a i m e d   t o   a s s e s s   t h e s e   q u a n t i t a t i v e   a n a l y s i s   m e t h o d s   w i t h   t h e   s u p p o r t   o f   i m m u n o h i s t o l o g i c a l   d a t a .   S i x t e e n   n u d e   m i c e   b e a r i n g   x e n o g r a f t e d   h u m a n   s q u a m o u s   c e l l   c a r c i n o m a s   ( F a D u   o r   C A L - 3 3 )   w e r e   s c a n n e d   u s i n g   2 - h   d y n a m i c   [ F - 1 8 ] F M I S O   P E T .   T u m o r s   w e r e   r e s e c t e d   a n d   s l i c e d ,   a n d   t h e   h y p o x i a   m a r k e r   p i m o n i d a z o l e   w a s   i m m u n o s t a i n e d   f o l l o w e d   b y   H & E   s t a i n i n g .   T h e   p i m o n i d a z o l e   s i g n a l   w a s   s e g m e n t e d   u s i n g   a   k - m e a n s   c l u s t e r i n g   a l g o r i t h m ,   a n d   t h e   h y p o x i c   f r a c t i o n   ( H F )   w a s   c a l c u l a t e d   a s   t h e   h y p o x i c   a r e a / v i a b l e   t u m o r - t i s s u e - a r e a   r a t i o   p o o l e d   o v e r   t h r e e   t i s s u e   s l i c e s   f r o m   t h e   a p i c a l ,   c e n t e r ,   a n d   b a s a l   l a y e r s .   P E T   i m a g e s   w e r e   a n a l y z e d   u s i n g   v a r i o u s   m e t h o d s   i n c l u d i n g   s t a t i c   a n a l y s i s   [ s t a n d a r d   u p t a k e   v a l u e   ( S U V ) ,   t u m o r - t o - b l o o d   r a t i o   ( T / B ) ,   t u m o r - t o - m u s c l e   r a t i o   ( T / M ) ]   a n d   k i n e t i c   m o d e l i n g   ( C a s c i a r i   a l p h a   k   ( A )   ,   i r r e v e r s i b l e   a n d   r e v e r s i b l e   t w o - t i s s u e   c o m p a r t m e n t   k   ( 3 ) ,   T h o r w a r t h   w   ( A )   k   ( 3 ) ,   P a t l a k   K   ( i )   ,   L o g a n   V   ( d )   ,   C h o   K ) ,   a n d   c o r r e l a t e d   w i t h   H F .   N o   s i g n i f i c a n t   c o r r e l a t i o n   w a s   f o u n d   f o r   s t a t i c   a n a l y s i s .   A   s i g n i f i c a n t   c o r r e l a t i o n   b e t w e e n   k   ( 3 )   o f   t h e   i r r e v e r s i b l e   t w o - t i s s u e   c o m p a r t m e n t   m o d e l   a n d   H F   w a s   o b s e r v e d   ( r   =   0 . 6 1 ,   p   =   0 . 0 1 ) .   T h e   c o r r e l a t i o n   b e t w e e n   H F   a n d   a l p h a   k   ( A )   o f   t h e   C a s c i a r i   m o d e l   c o u l d   b e   i m p r o v e d   t h r o u g h   r e d u c i n g   l o c a l   m i n i m a   b y   t e s t i n g   m o r e   s e t s   o f   i n i t i a l   v a l u e s   ( r   =   0 . 5 9 ,   p   =   0 . 0 2 )   o r   b y   r e d u c i n g   t h e   m o d e l   c o m p l e x i t y   b y   f i x i n g   t h r e e   p a r a m e t e r s   ( r   =   0 . 6 3 ,   p   =   0 . 0 0 0 8 ) .   W i t h   s u p p o r t   o f   i m m u n o h i s t o c h e m i s t r y   d a t a ,   t h i s   s t u d y   s h o w s   t h a t   v a r i o u s   a n a l y s i s   m e t h o d s   f o r   [ F - 1 8 ] F M I S O   P E T   p e r f o r m   d i f f e r e n t l y   f o r   a s s e s s m e n t   o f   t u m o r   h y p o x i a .   A   b e t t e r   f i t t i n g   q u a l i t y   d o e s   n o t   n e c e s s a r i l y   m e a n   a   h i g h e r   p h y s i o l o g i c a l   c o r r e l a t i o n .   H y p o x i a   P E T   a n a l y s i s   n e e d s   t o   c o n s i d e r   b o t h   t h e   m a t h e m a t i c a l   s t a b i l i t y   a n d   p h y s i o l o g i c a l   f i d e l i t y .   B a s e d   o n   t h e   r e s u l t s   o f   t h i s   s t u d y ,   p r e f e r e n c e   s h o u l d   b e   g i v e n   t o   t h e   i r r e v e r s i b l e   t w o - t i s s u e   c o m p a r t m e n t   m o d e l   a s   w e l l   a s   t h e   C a s c i a r i   m o d e l   w i t h   r e d u c e d   p a r a m e t e r s . 	 [ S h i ,   K u a n g y u ;   G a e r t n e r ,   F l o r i a n   C . ;   S c h w a i g e r ,   M a r k u s ;   Z i e g l e r ,   S i b y l l e   I . ]   T e c h   U n i v   M u n i c h ,   D e p t   N u c l   M e d ,   K l i n i k u m   R e c h t s   I s a r ,   I s m a n i n g e r s t r   2 2 ,   D - 8 1 6 7 5   M u n i c h ,   G e r m a n y ;   [ B a y e r ,   C h r i s t i n e ;   A s t n e r ,   S a b r i n a   T . ;   V a u p e l ,   P e t e r ]   T e c h   U n i v   M u n i c h ,   D e p t   R a d i o o n c o l   &   R a d i o t h e r a p y ,   K l i n i k u m   R e c h t s   I s a r ,   M u n i c h ,   G e r m a n y ;   [ H u a n g ,   S u n g - C h e n g ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   D e p t   M o l   &   M e d   P h a r m a c o l ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A 	 S h i ,   K Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T e c h   U n i v   M u n i c h ,   D e p t   N u c l   M e d ,   K l i n i k u m   R e c h t s   I s a r ,   I s m a n i n g e r s t r   2 2 ,   D - 8 1 6 7 5   M u n i c h ,   G e r m a n y . 	 k . s h i @ t u m . d e 	 	 	 	 	 B a r t l e t t   R M ,   2 0 1 2 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 3 ,   P 1 6 0 8 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 2 . 1 0 3 5 2 3 ;   B A U M A N N   M ,   1 9 9 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 9 4 ) 9 0 1 0 0 - 7 ;   B e n t z e n   L ,   2 0 0 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 6 7 ,   P 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 0 3 ) 0 0 0 8 1 - 1 ;   B e n t z e n   L ,   2 0 0 2 ,   A C T A   O N C O L ,   V 4 1 ,   P 3 0 4 ;   B r u e h l m e i e r   M ,   2 0 0 4 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 5 ,   P 1 8 5 1 ;   C A S C I A R I   J J ,   1 9 9 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 2 ,   P 1 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 7 5 0 6 ;   C h o   H J ,   2 0 0 9 ,   N E O P L A S I A ,   V 1 1 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / n e o . 8 1 3 6 0 ;   C h o i   Y ,   1 9 9 9 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 0 ,   P 1 0 4 5 ;   D i m a   A A ,   2 0 1 1 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 7 9 A ,   P 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 1 0 7 9 ;   D i r i x   P ,   2 0 0 9 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 0 ,   P 1 0 2 0 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 0 9 . 0 6 2 6 3 8 ;   D u b o i s   L J ,   2 0 1 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 8 ,   P 1 4 6 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 1 0 2 5 2 6 1 0 8 ;   E s c h m a n n   S M ,   2 0 0 5 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 6 ,   P 2 5 3 ;   E s c h m a n n   S M ,   2 0 0 7 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 8 3 ,   P 4 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 1 4 ;   G a g e l   B ,   2 0 0 4 ,   S T R A H L E N T H E R   O N K O L ,   V 1 8 0 ,   P 6 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 6 6 - 0 0 4 - 1 2 2 9 - y ;   G u n n   R N ,   2 0 0 1 ,   J   C E R E B R   B L O O D   F   M E T ,   V 2 1 ,   P 6 3 5 ;   H i r a t a   K ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 9 ,   P 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 1 - 2 0 3 7 - 0 ;   H o n g   Y T ,   2 0 1 1 ,   J   C E R E B R   B L O O D   F   M E T ,   V 3 1 ,   P 6 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / j c b f m . 2 0 1 0 . 1 4 1 ;   H u a n g   S u n g - C h e n g ,   2 0 0 8 ,   J   M e d   S c i ,   V 2 8 ,   P 5 7 ;   K O H   W J ,   1 9 9 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 2 2 ,   P 1 9 9 ;   L e e   N Y ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 0 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 3 9 ;   M a f t e i   C A ,   2 0 1 2 ,   S T R A H L E N T H E R   O N K O L ,   V 1 8 8 ,   P 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 6 6 - 0 1 2 - 0 1 0 5 - 4 ;   M a f t e i   C A ,   2 0 1 1 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 9 ,   P 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 7 9 ;   N e h m e h   S A ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 0 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 3 6 ;   N o r d s m a r k   M ,   2 0 0 7 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 8 3 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 2 1 ;   O e h l e r   C ,   2 0 1 1 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 2 ,   P 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 0 . 0 8 1 3 7 2 ;   P o g u e   B W ,   2 0 0 1 ,   R A D I A T   R E S ,   V 1 5 5 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 6 6 7 / 0 0 3 3 - 7 5 8 7 ( 2 0 0 1 ) 1 5 5 [ 0 0 1 5 : E O O D I R ] 2 . 0 . C O ; 2 ;   R a j e n d r a n   J G ,   2 0 0 6 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   P 5 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 5 - 1 7 7 3 ;   R a l e i g h   J A ,   1 9 9 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 8 ,   P 3 7 6 5 ;   R a s e y   J S ,   1 9 9 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 6 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 6 ) 0 0 3 2 5 - 2 ;   S h i   K Y ,   2 0 1 0 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 1 ,   P 1 3 8 6 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 0 9 . 0 7 4 3 3 6 ;   S p a l l   J C ,   2 0 0 3 ,   I N T R O   S T O C H A S T I C   S E A ;   S w a n s o n   K R ,   2 0 0 9 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 0 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 0 8 . 0 5 5 4 6 7 ;   T h o r w a r t h   D ,   2 0 0 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 0 ,   P 2 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 0 / 1 0 / 0 0 2 ;   T h o r w a r t h   D ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 8 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 6 1 ;   T r o o s t   E G C ,   2 0 0 8 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 5 ,   P 1 8 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 0 8 - 0 7 7 2 - 7 ;   V A U P E L   P ,   1 9 8 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 4 9 ,   P 6 4 4 9 ;   W a n g   W L ,   2 0 1 0 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 1 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 0 9 . 0 6 7 0 0 9 ;   W a n g   W L ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 3 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 1 0 / 0 0 8 ;   W o n g   K P ,   2 0 1 1 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 2 ,   P 8 0 0 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 0 . 0 8 5 0 9 2 ;   Y a r o m i n a   A ,   2 0 1 0 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 6 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 2 0 ;   Z i m n y   M ,   2 0 0 6 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 3 ,   P 1 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 0 6 - 0 1 7 5 - 6 	 4 1 	 1 	 1 	 8 	 8 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 1 5 3 6 - 1 6 3 2 	 1 8 6 0 - 2 0 0 2 	 	 M O L   I M A G I N G   B I O L 	 M o l .   I m a g i n g .   B i o l . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 1 9 	 1 	 	 	 	 	 1 2 0 	 1 2 9 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 7 - 0 1 6 - 0 9 7 5 - 4 	 	 1 0 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E I 0 Z R 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 2 0 5 0 0 0 0 1 4 	 2 7 3 7 9 9 8 6 	 
 
 J 	 A g a s i - I d e n b u r g ,   S C ;   T h o n g ,   M S Y ;   P u n t ,   C J A ;   S t u i v e r ,   M M ;   A a r o n s o n ,   N K 	 	 	 	 A g a s i - I d e n b u r g ,   S .   C . ;   T h o n g ,   M .   S .   Y . ;   P u n t ,   C .   J .   A . ;   S t u i v e r ,   M .   M . ;   A a r o n s o n ,   N .   K . 	 	 	 C o m p a r i s o n   o f   s y m p t o m   c l u s t e r s   a s s o c i a t e d   w i t h   f a t i g u e   i n   o l d e r   a n d   y o u n g e r   s u r v i v o r s   o f   c o l o r e c t a l   c a n c e r 	 S U P P O R T I V E   C A R E   I N   C A N C E R 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C a n c e r   r e l a t e d   f a t i g u e ;   S y m p t o m   c l u s t e r ;   A g e ;   C o l o r e c t a l   c a n c e r 	 Q U A L I T Y - O F - L I F E ;   O N C O L O G Y   O U T P A T I E N T S ;   D E P R E S S I V E   S Y M P T O M S ;   P R O F I L E S   R E G I S T R Y ;   H O S P I T A L   A N X I E T Y ;   A S S E S S M E N T   S C A L E ;   A G E ;   Q U E S T I O N N A I R E ;   M E C H A N I S M S ;   E X P E R I E N C E 	 C a n c e r - r e l a t e d   f a t i g u e   ( C R F )   i s   o n e   o f   t h e   m o s t   f r e q u e n t l y   r e p o r t e d   s y m p t o m s   i n   c a n c e r   s u r v i v o r s .   T o   b e   a b l e   t o   o p t i m a l l y   t r e a t   C R F ,   k n o w l e d g e   o f   s y m p t o m s   t h a t   i n t e r a c t   w i t h   C R F   i s   h e l p f u l .   D u r i n g   a g i n g ,   c h a n g e s   o c c u r   i n   b o d y   c o m p o s i t i o n   w i t h   p r o g r e s s i v e   d e t e r i o r a t i o n   i n   p h y s i o l o g i c a l   f u n c t i o n s   a n d   m e t a b o l i c   p r o c e s s e s   c a u s i n g   a   d e c l i n e   o f   a d a p t i v e   c a p a c i t y .   T h e r e f o r e ,   s y m p t o m s   c a u s e d   b y   c a n c e r   a n d   i t s   t r e a t m e n t   m i g h t   c o e x i s t   i n   d i f f e r e n t   s y m p t o m  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 A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s ;   [ A a r o n s o n ,   N .   K . ]   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   D i v   P s y c h o s o c i a l   R e s   &   E p i d e m i o l ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s 	 A g a s i - I d e n b u r g ,   S C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A n t o n i   v a n   L e e u w e n h o e k   H o s p ,   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   D e p t   P h y s   T h e r a p y ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s . 	 c . i d e n b u r g @ n k i . n l 	 	 	 N e t h e r l a n d s   O r g a n i z a t i o n   f o r   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   ( N W O )   [ 0 2 3 . 0 0 6 . 0 1 2 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   g r a n t   f r o m   t h e   N e t h e r l a n d s   O r g a n i z a t i o n   f o r   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   ( N W O   g r a n t   n u m b e r   0 2 3 . 0 0 6 . 0 1 2 ) . 	 A A R O N S O N   N K ,   1 9 9 3 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 8 5 ,   P 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 8 5 . 5 . 3 6 5 ;   B e r g e r   A M ,   2 0 1 5 ,   J   N A T L   C O M P R   C A N C   N E ,   V 1 3 ,   P 1 0 1 2 ;   B e r g e r   A M ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 1 9 0 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 6 8 ;   B j e l l a n d   I ,   2 0 0 2 ,   J   P S Y C H O S O M   R E S ,   V 5 2 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 3 9 9 9 ( 0 1 ) 0 0 2 9 6 - 3 ;   B o w e r   J E ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 4 . 1 2 7 ;   C a s t e l l i   L ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   C A N C E R   C A R E ,   V 2 0 ,   P 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 3 5 4 . 2 0 1 0 . 0 1 2 1 7 . x ;   C a t a l d o   J K ,   2 0 1 3 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 3 - 6 ;   C h e u n g   W Y ,   2 0 1 1 ,   S U P P O R T   C A R E   C A N C E R ,   V 1 9 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 0 - 0 1 0 - 0 8 6 5 - 2 ;   C L I F F   N ,   1 9 8 3 ,   M U L T I V A R   B E H A V   R E S ,   V 1 8 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 7 / s 1 5 3 2 7 9 0 6 m b r 1 8 0 1 _ 7 ;   C o h e n   J . ,   1 9 7 7 ,   S T A T   P O W E R   A N A L   B E H A ;   C o p a y   A G ,   2 0 0 7 ,   S P I N E   J ,   V 7 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s p i n e e . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 0 8 ;   D e   V r i e s   J ,   2 0 0 4 ,   B R I T   J   H E A L T H   P S Y C H ,   V 9 ,   P 2 7 9 ;   F e r g u s o n   E ,   1 9 9 3 ,   I N T   J   S E L E C T   A S S E S S ,   V 1 ,   P 8 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / J . 1 4 6 8 - 2 3 8 9 . 1 9 9 3 . T B 0 0 0 9 2 . X ;   G r o e n v o l d   M ,   1 9 9 7 ,   J   C L I N   E P I D E M I O L ,   V 5 0 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 5 - 4 3 5 6 ( 9 6 ) 0 0 4 2 8 - 3 ;   H u s s o n   O ,   2 0 1 5 ,   S U P P O R T   C A R E   C A N C E R ,   V 2 3 ,   P 3 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 0 - 0 1 5 - 2 8 0 2 - x ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   K i n n i e r   C V ,   2 0 1 4 ,   J   S U R G   O N C O L ,   V 1 1 0 ,   P 5 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s o . 2 3 7 1 4 ;   K O E N I G   H G ,   1 9 9 2 ,   I N T   J   P S Y C H I A T   M E D ,   V 2 2 ,   P 1 1 ;   L i n t i n g   M ,   2 0 0 7 ,   P S Y C H O L   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 3 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 1 0 8 2 - 9 8 9 X . 1 2 . 3 . 3 3 6 ;   L u c t k a r - F l u d e   M ,   2 0 0 9 ,   O N C O L   N U R S   F O R U M ,   V 3 6 ,   P 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 8 / 0 9 . O N F . 1 9 4 - 2 0 2 ;   L Y N E S S   J M ,   1 9 9 5 ,   J   A M   G E R I A T R   S O C ,   V 4 3 ,   P 2 1 6 ;   M i a s k o w s k i   C h r i s t i n e ,   2 0 0 7 ,   S e m i n   O n c o l   N u r s ,   V 2 3 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s o n c n . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 0 8 ;   M i c h i e l s e n   H J ,   2 0 0 7 ,   S U P P O R T   C A R E   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 1 0 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 0 - 0 0 7 - 0 2 2 2 - 2 ;   M i c h i e l s e n   H J ,   2 0 0 3 ,   J   P S Y C H O S O M   R E S ,   V 5 4 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 3 9 9 9 ( 0 2 ) 0 0 3 9 2 - 6 ;   M o l s   F ,   2 0 1 4 ,   P S Y C H O - O N C O L O G Y ,   V 2 3 ,   P 9 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 3 5 1 7 ;   N o r m a n   G R ,   2 0 0 3 ,   M E D   C A R E ,   V 4 1 ,   P 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 5 6 5 0 - 2 0 0 3 0 5 0 0 0 - 0 0 0 0 4 ;   O l s s o n   I ,   2 0 0 5 ,   B M C   P S Y C H I A T R Y ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 4 X - 5 - 4 6 ;   P a t i l   V H ,   2 0 0 8 ,   J   B U S   R E S ,   V 6 1 ,   P 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b u s r e s . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 0 8 ;   R i t c h i e   C ,   2 0 1 4 ,   J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G ,   V 4 7 ,   P 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n s y m m a n . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 1 7 ;   S a n g h a   O ,   2 0 0 3 ,   A R T H R I T   R H E U M - A R T H R ,   V 4 9 ,   P 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a r t . 1 0 9 9 3 ;   S e r r a - R e x a c h   J A ,   2 0 1 2 ,   O N C O L O G I S T ,   V 1 7 ,   P 1 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 2 0 1 2 - 0 0 6 0 ;   S t e v e n s   J .   P . ,   2 0 0 2 ,   A P P L   M U L T I V A R I A T E   S T ;   S t o n e   P ,   2 0 0 0 ,   A N N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 8 3 3 1 2 3 0 6 0 8 ;   T r a v e r s   J ,   2 0 0 8 ,   J   A P P L   P H Y S I O L ,   V 1 0 4 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / j a p p l p h y s i o l . 0 0 6 5 3 . 2 0 0 7 ;   U I C C ,   2 0 0 2 ,   T N M   C L A S S I F I C A T I O N   M ;   v a n   d e   P o l l - F r a n s e   L V ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 7 ,   P 2 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 3 4 ;   V a n   D u i n   C ,   2 0 0 2 ,   M A A N D S T A T I S T I E K   B E V O ,   V 5 0 ,   P 3 2 ;   W i n t h e r   S B ,   2 0 1 6 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 5 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 5 . 1 1 1 4 6 7 4 ;   X i a o   C H ,   2 0 1 0 ,   E U R   J   O N C O L   N U R S ,   V 1 4 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j o n . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 1 1 ;   Y a t e s   P ,   2 0 1 5 ,   J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G ,   V 4 9 ,   P 1 0 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n s y m m a n . 2 0 1 4 . 1 1 . 2 9 6 ;   Z I G M O N D   A S ,   1 9 8 3 ,   A C T A   P S Y C H I A T   S C A N D ,   V 6 7 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 4 4 7 . 1 9 8 3 . t b 0 9 7 1 6 . x ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 5 ,   H L T H   S T A T   I N F O R M   S Y S 	 4 2 	 0 	 0 	 6 	 6 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 9 4 1 - 4 3 5 5 	 1 4 3 3 - 7 3 3 9 	 	 S U P P O R T   C A R E   C A N C E R 	 S u p p o r t .   C a r e   C a n c e r 	 F E B 	 2 0 1 7 	 2 5 	 2 	 	 	 	 	 6 2 5 	 6 3 2 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 0 - 0 1 6 - 3 4 5 1 - 4 	 	 8 	 O n c o l o g y ;   H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   R e h a b i l i t a t i o n 	 O n c o l o g y ;   H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   R e h a b i l i t a t i o n 	 E H 2 R N 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 6 1 5 5 0 0 0 3 6 	 2 7 7 7 0 2 0 5 	 
 
 J 	 B a r t m a n n ,   C ;   D i e s s n e r ,   J ;   B l e t t n e r ,   M ;   H a u s l e r ,   S ;   J a n n i ,   W ;   K r e i e n b e r g ,   R ;   K r o c k e n b e r g e r ,   M ;   S c h w e n t n e r ,   L ;   S t e i n ,   R ;   S t u b e r ,   T ;   W o c k e l ,   A ;   W i s c h n e w s k y ,   M 	 	 	 	 B a r t m a n n ,   C a t h a r i n a ;   D i e s s n e r ,   J o a c h i m ;   B l e t t n e r ,   M a r i a ;   H a e u s l e r ,   S e b a s t i a n ;   J a n n i ,   W o l f g a n g ;   K r e i e n b e r g ,   R o l f ;   K r o c k e n b e r g e r ,   M a t h i a s ;   S c h w e n t n e r ,   L u k a s ;   S t e i n ,   R o l a n d ;   S t u e b e r ,   T a n j a ;   W o e c k e l ,   A c h i m ;   W i s c h n e w s k y ,   M a n f r e d 	 	 	 F a c t o r s   i n f l u e n c i n g   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   v i s c e r a l   m e t a s t a s i s   o f   b r e a s t   c a n c e r :   A   r e t r o s p e c t i v e   m u l t i - c e n t e r  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 [ W i s c h n e w s k y ,   M a n f r e d ]   U n i v   B r e m e n ,   F a c   M a t h   &   C o m p   S c i ,   U n i v   A l l e e , G W 1 ,   D - 2 8 3 5 9   B r e m e n ,   G e r m a n y ;   [ B l e t t n e r ,   M a r i a ]   J o h a n n e s   G u t e n b e r g   U n i v   M a i n z ,   I M B E I ,   O b e r e   Z a h l b a c h e r   S t r   6 9 ,   D - 5 5 1 3 1   M a i n z ,   G e r m a n y 	 B a r t m a n n ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   H o s p   W u r z b u r g ,   D e p t   O b s t e t   &   G y n e c o l ,   J o s e f   S c h n e i d e r   S t r   4 ,   D - 9 7 0 8 0   W u r z b u r g ,   G e r m a n y . 	 B a r t m a n n _ c @ u k w . d e 	 	 	 G e r m a n   F e d e r a l   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   a n d   R e s e a r c h   ( B M B F )   [ 0 1 Z P 0 5 0 5 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   G e r m a n   F e d e r a l   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   a n d   R e s e a r c h   ( B M B F - G r a n t - 0 1 Z P 0 5 0 5 ) . 	 A n v a r i   K a z e m ,   2 0 1 3 ,   I r a n   J   C a n c e r   P r e v ,   V 6 ,   P 1 7 ;   B e r g e n f e l z   C ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 3 ,   P 1 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 5 . 3 4 6 ;   B e r g e n f e l z   C ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 7 0 2 8 ;   B e r m a n   A T ,   2 0 1 3 ,   C L I N   B R E A S T   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l b c . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 1 ;   B L A N C O   G ,   1 9 9 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 6 2 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 1 9 9 0 . 2 4 7 ;   B l e c k m a n n   A ,   2 0 1 6 ,   C L I N   E X P   M E T A S T A S ,   V 3 3 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 8 5 - 0 1 6 - 9 7 8 0 - 3 ;   B u l f o n i   M ,   2 0 1 6 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 8 - 0 1 6 - 0 6 8 7 - 3 ;   D a f n i   U ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 1 9 ,   P 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 9 - 0 6 3 0 - 8 ;   D e n t   R ,   2 0 0 9 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 1 5 ,   P 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 8 - 0 0 8 6 - 2 ;   D i e s s n e r   J ,   2 0 1 6 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 5 - 0 1 6 - 2 3 4 5 - 7 ;   D i r i x   L Y ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   O P I N   B I O L   T H ,   V 1 3 ,   P 6 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 4 7 1 2 5 9 8 . 2 0 1 3 . 7 7 8 2 3 8 ;   D u a n   X F ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 8 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 4 7 - 0 1 1 - 0 3 3 6 - x ;   E i c h b a u m   M H R ,   2 0 0 6 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 9 6 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 5 - 9 0 3 9 - 1 ;   F i l i p p o   A . ,   2 0 1 3 ,   J   A P P L   B I O M E D ,   V 1 1 ,   P 4 7 ;   F o g e l   D B ,   2 0 1 6 ,   R A D I A L   B A S I S   F U N C T I O ;   G a n e s a n   N ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C O M P U T   A P P L ,   V 1 ,   P 7 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 5 1 2 0 / 4 7 6 - 7 8 3 ;   G e n n a r i   A ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R ,   V 1 0 4 ,   P 1 7 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 1 3 5 9 ;   G e r r a t a n a   L ,   2 0 1 5 ,   C L I N   E X P   M E T A S T A S ,   V 3 2 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 8 5 - 0 1 5 - 9 6 9 7 - 2 ;   G o l d h i r s c h   A ,   2 0 1 3 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 2 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d t 3 0 3 ;   G o l d h i r s c h   A ,   2 0 1 1 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 2 ,   P 1 7 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d r 3 0 4 ;   G u t h   U ,   2 0 0 9 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 1 6 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 8 - 0 1 1 5 - 1 ;   K a s t   K ,   2 0 1 5 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 5 0 ,   P 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 5 - 3 3 4 1 - 3 ;   K e n n e c k e   H ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 3 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 5 . 9 8 2 0 ;   K e n n e k e   J F ,   2 0 1 0 ,   C H I R A L I T Y ,   V 2 2 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c h i r . 2 0 7 2 5 ;   K o b a y a s h i   T ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T   C A N C E R - T O K Y O ,   V 1 9 ,   P 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 8 2 - 0 1 2 - 0 3 4 7 - 0 ;   K o r h o n e n   T ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T ,   V 2 2 ,   P 1 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r e a s t . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 1 ;   M a r k o w i t z   J ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 4 0 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 3 - 2 6 1 8 - 7 ;   M a t e s   M ,   2 0 1 5 ,   C U R R   O N C O L ,   V 2 2 ,   p S 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 3 7 4 7 / c o . 2 2 . 2 3 2 2 ;   P a r i s e   C .   A . ,   2 0 1 4 ,   J   C A N C   E P I D E M I O L ,   V 2 0 1 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 4 6 9 2 5 1 ;   P e r o u   C M ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 9 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 1 6 . 9 2 1 2 ;   P e r o u   C M ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 6 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 2 1 0 9 3 ;   P i c c a r t - G e b h a r t   M J ,   2 0 0 6 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 2 ,   P 1 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 6 . 0 4 . 0 0 8 ;   P i c c a r t - G e b h a r t   M J ,   2 0 0 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 3 ,   P 1 6 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 5 2 3 0 6 ;   P u r u s h o t h a m   A ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 5 0 ,   P 1 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 0 2 ;   S C H L A P P A C K   O K ,   1 9 8 8 ,   K L I N   W O C H E N S C H R ,   V 6 6 ,   P 7 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 7 2 6 5 8 1 ;   S c h w e n t n e r   L ,   2 0 1 3 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 3 - 4 8 7 ;   S o n i   A ,   2 0 1 5 ,   A M   J   C L I N   P A T H O L ,   V 1 4 3 ,   P 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 0 9 / A J C P Y O 5 F S V 3 U P E X S ;   S o y s a l   S D ,   2 0 1 5 ,   P A T H O B I O L O G Y ,   V 8 2 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 4 3 0 4 9 9 ;   U n t c h   M ,   2 0 0 2 ,   O N K O L O G I E ,   V 2 5 ,   P 1 9 ;   U n t c h   M ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A R E ,   V 5 ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 1 5 0 4 7 ;   V i a n i   G A ,   2 0 0 7 ,   B M C   C A N C E R ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 7 - 1 5 3 ;   v o n   M i n c k w i t z   G ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 0 ,   P 1 7 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 1 . 3 8 . 8 5 9 5 ;   W y l d   L ,   2 0 0 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 9 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 1 0 3 8 ;   W y l d   L ,   2 0 0 3 ,   B R I T   J   S U R G ,   V 9 0 ,   P 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b j s . 4 1 2 4 ;   Y h i m   H Y ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 6 ,   P 2 8 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 5 0 5 4 	 4 5 	 0 	 0 	 1 7 	 1 7 	 C H U R C H I L L   L I V I N G S T O N E 	 E D I N B U R G H 	 J O U R N A L   P R O D U C T I O N   D E P T ,   R O B E R T   S T E V E N S O N   H O U S E ,   1 - 3   B A X T E R S   P L A C E ,   L E I T H   W A L K ,   E D I N B U R G H   E H 1   3 A F ,   M I D L O T H I A N ,   S C O T L A N D 	 0 9 6 0 - 9 7 7 6 	 1 5 3 2 - 3 0 8 0 	 	 B R E A S T 	 B r e a s t 	 F E B 	 2 0 1 7 	 3 1 	 	 	 	 S I 	 	 6 6 	 7 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . b r e a s t . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 1 6 	 	 1 0 	 O n c o l o g y ;   O b s t e t r i c s   &   G y n e c o l o g y 	 O n c o l o g y ;   O b s t e t r i c s   &   G y n e c o l o g y 	 E F 8 N U 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 5 8 6 6 0 0 0 1 2 	 2 7 8 1 6 8 3 4 	 
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 T u n x i   R d ,   H e f e i   2 3 0 0 0 9 ,   A n h u i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i a n g ,   C h a n g y o n g ]   N a t l   J o i n t   E n g n   R e s   C t r   I n t e l l i g e n t   D e c i s   &   I n f o r ,   1 9 3   T u n x i   R d ,   H e f e i   2 3 0 0 0 9 ,   A n h u i ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i ,   X G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H e f e i   U n i v   T e c h n o l ,   S c h   M a n a g e m e n t ,   1 9 3   T u n x i   R d ,   H e f e i   2 3 0 0 0 9 ,   A n h u i ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 g u d o n g x i a o @ h f u t . e d u . c n ;   8 4 7 8 4 0 2 7 4 @ q q . c o m ;   m i k e h f u t 0 5 5 1 @ 1 6 3 . c o m ;   c y l i a n g @ h f u t . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   [ 7 1 3 3 1 0 0 2 ,   7 1 2 7 3 1 2 5 ,   7 1 3 0 1 0 4 0 ,   7 1 2 7 1 0 7 2 ,   7 1 5 7 3 0 7 1 ] ;   C h i n a   S o c i a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ 1 2 Z D 2 2 1 ] 	 T h e   d a t a   c o l l e c t i o n ,   a n a l y s i s ,   a n d   i n t e r p r e t a t i o n   o f   t h i s   r e s e a r c h   w e r e   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   u n d e r   g r a n t   N o s .   7 1 3 3 1 0 0 2 ,   7 1 2 7 3 1 2 5 ,   7 1 3 0 1 0 4 0 ,   7 1 2 7 1 0 7 2   a n d   7 1 5 7 3 0 7 1 ,   a n d   b y   t h e   C h i n a   S o c i a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   ( m a j o r   p r o j e c t   p r o g r a m )   u n d e r   g r a n t   N o .   1 2 & Z D 2 2 1 . 	 A f e n d i   F . M . ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T A T I O N A L   S T R U C T ,   V 4 ,   P 1 ;   B a c k h a u s   K ,   2 0 1 1 ,   I N D   M A R K E T   M A N A G ,   V 4 0 ,   P 9 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n d m a r m a n . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 2 4 ;   B a l a i d   A ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   I N F O R M   M A N A G E ,   V 3 6 ,   P 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j i n f o m g t . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 5 ;   B a r o   E ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 6 3 9 0 2 1 ;   B a t e s   D W ,   2 0 1 4 ,   H E A L T H   A F F A I R ,   V 3 3 ,   P 1 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 7 / h l t h a f f . 2 0 1 4 . 0 0 4 1 ;   B o r n m a n n   L ,   2 0 1 2 ,   J   I N F O R M E T R ,   V 6 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j o i . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 1 ;   C A L L O N   M ,   1 9 8 3 ,   S O C   S C I   I N F O R M ,   V 2 2 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 5 3 9 0 1 8 8 3 0 2 2 0 0 2 0 0 3 ;   C h a n g   R M ,   2 0 1 4 ,   D E C I S   S U P P O R T   S Y S T ,   V 6 3 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s s . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 8 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 1 3 ,   J   G E N   I N T E R N   M E D ,   V 2 8 ,   p S 6 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 6 0 6 - 0 1 3 - 2 4 5 5 - 8 ;   C h e n   C M ,   2 0 0 6 ,   J   A M   S O C   I N F   S C I   T E C ,   V 5 7 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a s i . 2 0 3 1 7 ;   C h i a r i n i   G ,   2 0 1 3 ,   I E E E   J   S E L   A R E A   C O M M ,   V 3 1 ,   P 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S A C . 2 0 1 3 . S U P . 0 5 1 3 0 0 1 ;   C h o e   H ,   2 0 1 6 ,   R E N E W   S U S T   E N E R G   R E V ,   V 5 5 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r s e r . 2 0 1 5 . 1 0 . 1 5 0 ;   C o n d i c   K S ,   2 0 1 5 ,   J   A C A D   L I B R ,   V 4 1 ,   P 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a l i b . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 0 7 ;   C r a v e n   M ,   2 0 1 5 ,   B I G   D A T A ,   V 3 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / b i g . 2 0 1 5 . 2 9 0 0 1 . m c r ;   D a v e n p o r t   T . H . ,   2 0 1 4 ,   U N C O V E R I N G   O P P O R T U N I ,   P 4 9 ;   D u   F e i y a n ,   2 0 1 5 ,   A c t a   E c o l o g i c a   S i n i c a ,   V 3 5 ,   P 1 0 1 4 ;   E b a d i   A ,   2 0 1 5 ,   J   I N F O R M E T R ,   V 9 ,   P 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j o i . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 2 ;   E b r a h i m i   M ,   2 0 1 5 ,   2 0 1 5   I E E E   F I R S T   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   B I G   D A T A   C O M P U T I N G   S E R V I C E   A N D   A P P L I C A T I O N S   ( B I G D A T A S E R V I C E   2 0 1 5 ) ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B i g D a t a S e r v i c e . 2 0 1 5 . 7 0 ;   F e l i z a r d o   K a t i a   R . ,   2 0 1 2 ,   J o u r n a l   o f   S o f t w a r e ,   V 7 ,   P 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 4 3 0 4 / j s w . 7 . 2 . 4 5 0 - 4 6 1 ;   G a g n o n   M P ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 0 - 9 4 7 3 - 4 ;   G o o d   D J ,   2 0 1 5 ,   J   N U T R   E D U C   B E H A V ,   V 4 7 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j n e b . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 0 3 ;   H s i a o   C H ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   I N F O R M   M A N A G E ,   V 3 1 ,   P 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j i n f o m g t . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 0 3 ;   H u e n t e l e r   J . ,   2 0 1 4 ,   S O C   S C I   E L E C T   P U B L ,   V 4 5 ,   P 1 1 9 5 ;   K a t i e   L . S . ,   2 0 1 6 ,   I N F E C T   G E N E T   E V O L ,   V 4 0 ,   P 1 3 6 ;   K h o u r y   M . J . ,   2 0 1 4 ,   N Z   M E D   J ,   V 9 3 ,   P 1 0 5 4 ;   K h o u r y   M J ,   2 0 1 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 6 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . a a a 2 7 0 9 ;   K i m   G H ,   2 0 1 4 ,   C O M M U N   A C M ,   V 5 7 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 5 0 0 8 7 3 ;   K r a t k e   S ,   2 0 1 0 ,   E U R   U R B A N   R E G   S T U D ,   V 1 7 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 9 7 7 6 4 0 9 3 5 0 7 9 4 ;   K u m   H C ,   2 0 1 1 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 2 ,   P 1 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 3 3 2 . 6 0 3 5 . 1 2 6 3 - a ;   K u o   M . H . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   B I G   D A T A   I N T E L ,   V 2 ,   P 1 1 4 ;   L a r s o n   D ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   I N F O R M   M A N A G E ,   V 3 6 ,   P 7 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j i n f o m g t . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 1 3 ;   L i   G . ,   2 0 1 2 ,   B   C H I N E S E   A C A D   S C I ,   V 6 ,   P 6 4 7 ;   L i   H J ,   2 0 1 6 ,   P H Y S I C A   A ,   V 4 5 0 ,   P 6 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y s a . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 1 7 ;   L i u   Q .   Y . ,   2 0 1 2 ,   J   I N F O R M   R E S O U R C E S ,   V 1 ,   P 5 0 ;   L u o   J ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D   I N F O R M   I N S I G H ,   V 8 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 3 7 / B I I . S 3 1 5 5 9 ;   L y n c h   C ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 5 ,   P 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 5 5 0 2 8 a ;   L y n c h   J ,   2 0 0 5 ,   A N N U   R E V   P U B L   H E A L T H ,   V 2 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . p u b l h e a l t h . 2 6 . 0 2 1 3 0 4 . 1 4 4 5 0 5 ;   M a n y i k a   J ,   2 0 1 1 ,   B I G   D A T A   N E X T   F R O N T I ;   M a s h e y   J . R . ,   1 9 9 7 ,   C O M P   S C I   D I V   S E M ;   M a u r o   A D ,   2 0 1 5 ,   A I P   C   P ,   V 1 6 4 4 ,   P 9 7 ;   M e d e i r o s   B C ,   2 0 1 5 ,   A N N   H E M A T O L ,   V 9 4 ,   P 1 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 7 7 - 0 1 5 - 2 3 5 1 - x ;   N a v o n i l   M . ,   2 0 1 3 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 1 9 ,   P 5 8 6 ;   N o   H J ,   2 0 1 5 ,   T E C H N O L   F O R E C A S T   S O C ,   V 9 7 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t e c h f o r e . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 0 7 ;   O ' D r i s c o l l   A ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 6 ,   P 7 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 0 1 ;   O z c i n a r   H ,   2 0 1 5 ,   T E A C H   T E A C H   E D U C ,   V 4 7 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a t e . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 6 ;   P a n   L . ,   2 0 1 1 ,   E D   R E S   E X P ,   V 6 ,   P 2 0 ;   R a g h u p a t h i   W . ,   2 0 1 4 ,   H L T H   I N F   S C I   S Y S T E M S ,   V 2 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 2 0 4 7 - 2 5 0 1 - 2 - 3 ;   R o s k i   J ,   2 0 1 4 ,   H E A L T H   A F F A I R ,   V 3 3 ,   P 1 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 7 / h l t h a f f . 2 0 1 4 . 0 1 4 7 ;   S a h o o   S S ,   2 0 1 4 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 1 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 3 - 0 0 2 1 5 6 ;   S a n d o u k   U ,   2 0 1 6 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 7 6 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 0 4 ;   S a n k e y   H ,   2 0 0 9 ,   S T U D   H I S T   P H I L O S   S C I ,   V 4 0 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s h p s a . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 7 ;   S c h a d t   E E ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 8 5 7 - c 2 ;   S M A L L   H ,   1 9 7 3 ,   J   A M   S O C   I N F O R M   S C I ,   V 2 4 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a s i . 4 6 3 0 2 4 0 4 0 6 ;   T h a k u r   S . ,   2 0 1 6 ,   I N T   C   C L O U D   S Y S T   B I G ;   W a m b a   S F ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   P R O D   E C O N ,   V 1 6 5 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j p e . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 3 1 ;   W h i t e   S . E . ,   2 0 1 4 ,   O P E N   A C C E S S   B I O I N F O R ,   P 1 3 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 2 1 4 7 / O A B . S 5 0 5 1 9 ,   1 0 . 2 1 4 7 / O A B . S 5 0 5 1 9 ] ;   W u   C C ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   H Y D R O G E N   E N E R G ,   V 3 9 ,   P 1 9 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j h y d e n e . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 0 6 ;   X i e   Z ,   2 0 1 6 ,   P H Y S I C A   A ,   V 4 5 6 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y s a . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 1 8 ;   X u   Q ,   2 0 1 2 ,   A A S R I   P R O C ,   V 1 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a a s r i . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 5 5 ;   Z h a n g   X ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   H U M   B E H A V ,   V 5 1 ,   P 8 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h b . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 8 4 ;   Z h a n g   Y . ,   2 0 1 5 ,   C H I N   M E D   J ,   V 1 2 9 ,   P 7 3 1 	 6 1 	 0 	 0 	 1 3 5 	 1 3 5 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 1 3 8 6 - 5 0 5 6 	 1 8 7 2 - 8 2 4 3 	 	 I N T   J   M E D   I N F O R M 	 I n t .   J .   M e d .   I n f o r m . 	 F E B 	 2 0 1 7 	 9 8 	 	 	 	 	 	 2 2 	 3 2 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m e d i n f . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 6 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E F 7 C E 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 4 8 6 9 0 0 0 0 3 	 2 8 0 3 4 4 0 9 	 
 
 J 	 A l s h a w a q f e h ,   M ;   B a s h a i r e h ,   A ;   S e r p e d i n ,   E ;   S u c h o d o l s k i ,   J 	 	 	 	 A l s h a w a q f e h ,   M u s t a f a ;   B a s h a i r e h ,   A h m a d ;   S e r p e d i n ,   E r c h i n ;   S u c h o d o l s k i ,   J a n 	 	 	 C o n s i s t e n t   m e t a g e n o m i c   b i o m a r k e r   d e t e c t i o n   v i a   r o b u s t   P C A 	 B I O L O G Y   D I R E C T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B i o m a r k e r   d e t e c t i o n ;   M e t a g e n o m i c s ;   R o b u s t   P C A 	 I N F L A M M A T O R Y - B O W E L - D I S E A S E ;   G U T   M I C R O B I O M E ;   M I C R O A R R A Y   C L A S S I F I C A T I O N ;   C R O H N S - D I S E A S E ;   B R E A S T - C A N C E R ;   M E T A S T A S I S ;   D I S C O V E R Y ;   D I F F E R S ;   C O L O N ;   F L O R A 	 B a c k g r o u n d :   R e c e n t   d e v e l o p m e n t s   o f   h i g h   t h r o u g h p u t   s e q u e n c i n g  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 C o n c l u s i o n s :   T h e   R P C A - b a s e d   b i o m a r k e r   d e t e c t i o n   a l g o r i t h m   p r o v i d e s   a   h i g h   r e p r o d u c i b i l i t y   p e r f o r m a n c e   i r r e s p e c t i v e   o f   t h e   c o m p l e x i t y   o f   t h e   d a t a s e t   o r   t h e   n u m b e r   o f   s e l e c t e d   b i o m a r k e r s .   A l s o ,   R P C A   s e l e c t s   b i o m a r k e r s   w i t h   q u i t e   h i g h   d i s c r i m i n a t i v e   a c c u r a c y .   T h u s ,   R P C A   i s   a   c o n s i s t e n t   a n d   a c c u r a t e   t o o l   f o r   s e l e c t i n g   t a x a n o m i c a l   b i o m a r k e r s   f o r   d i f f e r e n t   m i c r o b i a l   p o p u l a t i o n s . 	 [ A l s h a w a q f e h ,   M u s t a f a ;   B a s h a i r e h ,   A h m a d ;   S e r p e d i n ,   E r c h i n ]   T e x a s   A & M   U n i v ,   E C E N   D e p t ,   B i o i n f o r m a t   &   G e n o m   S i g n a l   P r o c   L a b ,   C o l l e g e   S t n ,   T X   7 7 8 4 3   U S A ;   [ S u c h o d o l s k i ,   J a n ]   T e x a s   A & M   U n i v ,   C o l l   V e t   M e d   &   B i o m e d   S c i ,   G a s t r o i n t e s t i n a l   L a b ,   C o l l e g e   S t n ,   T X   7 7 8 4 3   U S A 	 S e r p e d i n ,   E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T e x a s   A & M   U n i v ,   E C E N   D e p t ,   B i o i n f o r m a t   &   G e n o m   S i g n a l   P r o c   L a b ,   C o l l e g e   S t n ,   T X   7 7 8 4 3   U S A . 	 e s e r p e d i n @ t a m u . e d u 	 	 	 	 	 A b b o t t   A . ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E   N E W S ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e . 2 0 1 6 . 1 9 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N A T U R E . 2 0 1 6 . 1 9 1 3 6 . ] ;   A h n   J ,   2 0 1 3 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ;   A l s h a w a q f e h   M ,   2 0 1 6 ,   J   V E T   I N T E R N   M E D ,   V 3 0 ,   P 1 5 3 6 ;   B a u m g a r t   M ,   2 0 0 7 ,   I S M E   J ,   V 1 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / i s m e j . 2 0 0 7 . 5 2 ;   B r a g a - N e t o   U M ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t g 4 1 9 ;   B u c c i   V ,   2 0 1 1 ,   A M   N A T ,   V 1 7 8 ,   p E 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 6 6 2 6 6 8 ;   C a n d e s   E J ,   2 0 1 1 ,   J   A C M ,   V 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 7 0 3 9 2 . 1 9 7 0 3 9 5 ;   C h u a n g   H Y ,   2 0 0 7 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b 4 1 0 0 1 8 0 ;   D a v i s   C A ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 2 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 4 0 0 ;   d e   G r o o t   E F ,   2 0 1 5 ,   J   C R O H N S   C O L I T I S ,   V 9 ,   p S 4 4 2 ;   D i n s d a l e   E A ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 2 ,   P 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 6 8 1 0 ;   F a u s t   K ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   M I C R O B I O L ,   V 1 0 ,   P 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m i c r o 2 8 3 2 ;   F l i n t   H J ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   G A S T R O E N T E R O L ,   V 4 5 ,   p S 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M C G . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 1 f 4 4 c 4 ;   G e v e r s   D ,   2 0 1 4 ,   C E L L   H O S T   M I C R O B E ,   V 1 5 ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h o m . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 5 ;   G i l l   S R ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 2 ,   P 1 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 4 2 3 4 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   J i n   X ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   M E D   S C I ,   V 1 0 ,   P 1 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 7 1 5 0 / i j m s . 6 9 3 4 ;   J u r k o w s k i   A n n e ,   2 0 0 7 ,   C B E   L i f e   S c i   E d u c ,   V 6 ,   P 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 7 / c b e . 0 7 - 0 9 - 0 0 7 5 ;   K h o s r a v i   A ,   2 0 1 3 ,   C U R R   O P I N   M I C R O B I O L ,   V 1 6 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m i b . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 0 9 ;   K l i t g o r d   N ,   2 0 1 0 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 1 0 0 2 ;   K u n c h e v a   L I .   A ,   2 0 0 7 ,   A R T I F   I N T E L L ,   P 4 2 1 ;   L a r s e n   N ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 9 0 8 5 ;   L i n   Z ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T A T I O N A L   A D V   M U ,   V 6 1 ;   L i n   Z . ,   2 0 1 0 ,   A R X I V 1 0 0 9 5 0 5 5 ;   L i u   J X ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - S 8 - S 3 ;   M O O R E   W E C ,   1 9 9 5 ,   A P P L   E N V I R O N   M I C R O B ,   V 6 1 ,   P 3 2 0 2 ;   M o r g a n   X C ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 2 - 1 3 - 9 - r 7 9 ;   P o x t o n   I R ,   1 9 9 7 ,   J   M E D   M I C R O B I O L ,   V 4 6 ,   P 8 5 ;   Q i n   J J ,   2 0 1 0 ,   N A T U R E ,   V 4 6 4 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 8 2 1 ;   R e h m a n   A ,   2 0 1 0 ,   J   M E D   M I C R O B I O L ,   V 5 9 ,   P 1 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 9 / j m m . 0 . 0 2 1 1 7 0 - 0 ;   R e l m a n   D A ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 6 ,   P 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 8 6 1 9 4 a ;   R e s s o m   H ,   2 0 0 5 ,   P   2 0 0 5   C   G E N   E V   C O M P ,   P 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 6 8 0 0 9 . 1 0 6 8 0 7 8 ;   R i d a u r a   V K ,   2 0 1 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 1 ,   P 1 0 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 4 1 2 1 4 ;   R o s s i   G ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 4 6 9 9 ;   R u s e l e r - V a n   E m b d e n   J .   G .   H . ,   1 9 9 4 ,   G u t ,   V 3 5 ,   P 6 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 3 5 . 5 . 6 5 8 ;   S a s a k i   M ,   2 0 1 2 ,   J   S I G N A L   T R A N S D U C T ,   V 2 0 1 2 ;   S c h l o s s   P D ,   2 0 0 5 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 5 - 6 - 8 - 2 2 9 ;   S e g a t a   N ,   2 0 1 1 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 1 - 1 2 - 6 - r 6 0 ;   S i m o n   R . ,   2 0 0 3 ,   A C M   S I G K D D   E X P L   N E W S ,   V 5 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 9 8 0 9 7 2 . 9 8 0 9 7 8 ;   S o m o r j a i   R L ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 1 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t g 1 8 2 ;   S t r a u s s   J ,   2 0 1 1 ,   I N F L A M M   B O W E L   D I S ,   V 1 7 ,   P 1 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i b d . 2 1 6 0 6 ;   S t r o b l   C ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 2 5 ;   S w a n   K A ,   2 0 0 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 1 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 2 0 8 9 0 2 ;   S w i d s i n s k i   A ,   2 0 0 2 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 2 2 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / g a s t . 2 0 0 2 . 3 0 2 9 4 ;   T u r n b a u g h   P J ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 7 ,   P 4 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 5 4 0 ;   v a n ' t   V e e r   L J ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 5 3 0 a ;   W a n g   Q ,   2 0 0 7 ,   A P P L   E N V I R O N   M I C R O B ,   V 7 3 ,   P 5 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / A E M . 0 0 0 6 2 - 0 7 ;   W a n g   Y X ,   2 0 0 5 ,   L A N C E T ,   V 3 6 5 ,   P 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 5 ) 1 7 9 4 7 - 1 ;   W h i t e   J R ,   2 0 0 9 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 3 5 2 ;   W o o l e y   J C ,   2 0 1 0 ,   J   C O M P U T   S C I   T E C H - C H ,   V 2 5 ,   P 7 1 ;   W r i g h t   J . ,   2 0 0 9 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 2 0 8 0 	 5 1 	 0 	 0 	 3 	 3 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 4 5 - 6 1 5 0 	 	 	 B I O L   D I R E C T 	 B i o l .   D i r e c t 	 J A N   3 1 	 2 0 1 7 	 1 2 	 	 	 	 	 	 	 	 4 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 6 2 - 0 1 7 - 0 1 7 5 - 4 	 	 1 6 	 B i o l o g y 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s 	 E M 8 Y A 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 5 9 5 8 0 0 0 0 1 	 2 8 1 4 3 4 8 6 	 
 
 J 	 T a n g ,   Z J ;   S t e r a n k a ,   J P ;   M a ,   S S ;   G r i v a i n i s ,   M ;   R o d i c ,   N ;   H u a n g ,   C R L ;   S h i h ,   I M ;   W a n g ,   T L ;   B o e k e ,   J D ;   F e n y o ,   D ;   B u r n s ,   K H 	 	 	 	 T a n g ,   Z u o j i a n ;   S t e r a n k a ,   J a r e d   P . ;   M a ,   S i s i ;   G r i v a i n i s ,   M a r k ;   R o d i c ,   N e m a n j a ;   H u a n g ,   C h e n g   R a n   L i s a ;   S h i h ,   I e - M i n g ;   W a n g ,   T i a n - L i ;   B o e k e ,   J e f   D . ;   F e n y o ,   D a v i d ;   B u r n s ,   K a t h l e e n   H . 	 	 	 H u m a n   t r a n s p o s o n   i n s e r t i o n   p r o f i l i n g :   A n a l y s i s ,   v i s u a l i z a t i o n   a n d   i d e n t i f i c a t i o n   o f   s o m a t i c   L I N E - 1   i n s e r t i o n s   i n   o v a r i a n   c a n c e r 	 P R O C E E D I N G S   O F   T H E   N A T I O N A L   A C A D E M Y   O F   S C I E N C E S   O F   T H E   U N I T E D   S T A T E S   O F   A M E R I C A 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 r e t r o t r a n s p o s o n ;   T I P s e q ;   h u m a n ;   L I N E - 1 ;   o v a r i a n   c a n c e r 	 S C A N N I N G   M E - S C A N ;   L 1   R E T R O T R A N S P O S I T I O N ;   R E V E R S E   T R A N S C R I P T I O N ;   H U M A N   G E N O M E S ;   H U M A N   B R A I N ;   E V O L U T I O N ;   E L E M E N T S ;   C E L L S ;   T R A N S D U C T I O N ;   E X P R E S S I O N 	 M a m m a l i a n   g e n o m e s   a r e   r e p l e t e   w i t h   i n t e r s p e r s e d   r e p e a t s   r e f l e c t i n g   t h e   a c t i v i t y   o f   t r a n s p o s a b l e   e l e m e n t s .   T h e s e   m o b i l e   D N A s   a r e   s e l f - p r o p a g a t i n g ,   a n d   t h e i r   c o n t i n u e d   t r a n s p o s i t i o n   i s   a   s o u r c e   o f   b o t h   h e r i t a b l e   s t r u c t u r a l   v a r i a t i o n   a s   w e l l   a s   s o m a t i c   m u t a t i o n   i n   h u m a n   g e n o m e s .   T a i l o r e d   a p p r o a c h e s   t o   m a p   t h e s e   s e q u e n c e s   a r e   u s e f u l   t o   i d e n t i f y   i n s e r t i o n   a l l e l e s .   H e r e ,   w e   d e s c r i b e   i n   d e t a i l   a   s t r a t e g y   t o   a m p l i f y   a n d   s e q u e n c e   l o n g   i n t e r s p e r s e d   e l e m e n t - 1   ( L I N E - 1 ,   L 1 )   r e t r o t r a n s p o s o n   i n s e r t i o n s   s e l e c t i v e l y   i n   t h e   h u m a n   g e n o m e ,   t r a n s p o s o n   i n s e r t i o n   p r o f i l i n g   b y   n e x t - g e n e r a t i o n   s e q u e n c i n g   ( T I P s e q ) .   W e   a l s o   r e p o r t   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   a   m a c h i n e - l e a r n i n g - b a s e d   c o m p u t a t i o n a l   p i p e l i n e ,   T I P s e q H u n t e r ,   t o   i d e n t i f y   i n s e r t i o n   s i t e s   w i t h   h i g h   p r e c i s i o n   a n d   r e l i a b i l i t y .   W e   d e m o n s t r a t e   t h e   u t i l i t y   o f   t h i s   a p p r o a c h   t o   d e t e c t   s o m a t i c   r e t r o t r a n s p o s i t i o n   e v e n t s   i n   h i g h - g r a d e   o v a r i a n   s e r o u s   c a r c i n o m a . 	 [ T a n g ,   Z u o j i a n ;   M a ,   S i s i ;   G r i v a i n i s ,   M a r k ;   F e n y o ,   D a v i d ]   N Y U ,   L a n g o n e   M e d   C t r ,   C t r   H l t h   I n f o r m a t   &   B i o i n f o r m a t ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 1 6   U S A ;   [ T a n g ,   Z u o j i a n ;   G r i v a i n i s ,   M a r k ;   B o e k e ,   J e f   D . ;   F e n y o ,   D a v i d ]   N Y U ,   L a n g o n e   M e d   C t r ,   I n s t   S y s t   G e n e t ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 1 6   U S A ;   [ S t e r a n k a ,   J a r e d   P . ;   R o d i c ,   N e m a n j a ;   S h i h ,   I e - M i n g ;   W a n g ,   T i a n - L i ;   B u r n s ,   K a t h l e e n   H . ]   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   D e p t   P a t h o l ,   S c h   M e d ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 0 5   U S A ;   [ S t e r a n k a ,   J a r e d   P . ;   H u a n g ,   C h e n g   R a n   L i s a ;   B u r n s ,   K a t h l e e n   H . ]   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   M c K u s i c k   N a t h a n s   I n s t   G e n e t   M e d ,   S c h   M e d ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 0 5   U S A ;   [ S h i h ,   I e - M i n g ]   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   D e p t   G y n e c o l   &   O b s t e t ,   S c h   M e d ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 0 5   U S A ;   [ M a ,   S i s i ]   U n i v   M i n n e s o t a ,   I n s t   H l t h   I n f o r m a t ,   M i n n e a p o l i s ,   M N   5 5 4 5 5   U S A ;   [ R o d i c ,   N e m a n j a ]   Y a l e   U n i v ,   D e p t   P a t h o l ,   S c h   M e d ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 2 0   U S A ;   [ H u a n g ,   C h e n g   R a n   L i s a ]   A t l a s   V e n t u r e ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A 	 F e n y o ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N Y U ,   L a n g o n e   M e d   C t r ,   C t r   H l t h   I n f o r m a t   &   B i o i n f o r m a t ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 1 6   U S A . ;   B o e k e ,   J D ;   F e n y o ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N Y U ,   L a n g o n e   M e d   C t r ,   I n s t   S y s t   G e n e t ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 1 6   U S A . ;   B u r n s ,   K H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   D e p t   P a t h o l ,   S c h   M e d ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 0 5   U S A . ;   B u r n s ,   K H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   M c K u s i c k   N a t h a n s   I n s t   G e n e t   M e d ,   S c h   M e d ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 0 5   U S A . 	 j e f . b o e k e @ n y u m c . o r g ;   d a v i d @ f e n y o l a b . o r g ;   k b u r n s @ j h m i . e d u 	 	 F e n y o ,   D a v i d / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 5 0 4 9 - 3 8 2 5 ;   B o e k e ,   J e f / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 5 3 2 2 - 4 9 4 6 	 S o l   G o l d m a n   P a n c r e a t i c   C a n c e r   R e s e a r c h   C e n t e r ;   H e a l t h ,   E m p o w e r m e n t ,   R e s e a r c h ,   a n d   A w a r e n e s s   W o m e n ' s   C a n c e r   F o u n d a t i o n ;   B u r r o u g h s   W e l l c o m e   F u n d   C a r e e r   A w a r d   f o r   B i o m e d i c a l   S c i e n t i s t s   P r o g r a m ;   U S   N I H   A w a r d s   [ R 0 1 C A 1 6 1 2 1 0 ,   R 0 1 C A 1 6 3 7 0 5 ,   R 0 1 G M 1 0 3 9 9 9 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   G e n e r a l   M e d i c a l   S c i e n c e s   C e n t e r   f o r   S y s t e m s   B i o l o g y   o f   R e t r o t r a n s p o s i t i o n   G r a n t   [ P 5 0 G M 1 0 7 6 3 2 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   S o l   G o l d m a n   P a n c r e a t i c   C a n c e r   R e s e a r c h   C e n t e r   a n d   t h e   H e a l t h ,   E m p o w e r m e n t ,   R e s e a r c h ,   a n d   A w a r e n e s s   W o m e n ' s   C a n c e r   F o u n d a t i o n   ( N . R . ) ;   a   B u r r o u g h s   W e l l c o m e   F u n d   C a r e e r   A w a r d   f o r   B i o m e d i c a l   S c i e n t i s t s   P r o g r a m   ( K . H . B . ) ;   U S   N I H   A w a r d s   R 0 1 C A 1 6 1 2 1 0   ( t o   J . D . B . ) ,   R 0 1 C A 1 6 3 7 0 5   ( t o   K . H . B . ) ,   a n d   R 0 1 G M 1 0 3 9 9 9   ( t o   K . H . B . ) ;   a s   w e l l   a s   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   G e n e r a l   M e d i c a l   S c i e n c e s   C e n t e r   f o r   S y s t e m s   B i o l o g y   o f   R e t r o t r a n s p o s i t i o n   G r a n t   P 5 0 G M 1 0 7 6 3 2   ( t o   K . H . B .   a n d   J . D . B . ) . 	 A r n o l d   C ,   1 9 9 1 ,   P C R   M e t h o d s   A p p l ,   V 1 ,   P 3 9 ;   B o i s s i n o t   S ,   2 0 0 0 ,   M O L   B I O L   E V O L ,   V 1 7 ,   P 9 1 5 ;   B o l g e r   A M ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 2 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 1 7 0 ;   B u r n s   K H ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 9 ,   P 7 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 1 9 ;   C o s t   G J ,   2 0 0 2 ,   E M B O   J ,   V 2 1 ,   P 5 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / e m b o j / c d f 5 9 2 ;   D e w a n n i e u x   M ,   2 0 0 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 5 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 2 2 3 ;   D o u c e t   T a r a   T ,   2 0 1 6 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 1 4 0 0 ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 3 3 7 2 - 3 _ 5 ;   D o u c e t - O ' H a r e   T T ,   2 0 1 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 2 ,   p E 4 8 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 0 2 4 7 4 1 1 2 ;   E g g e r t   H ,   1 9 9 8 ,   G E N E T I C S ,   V 1 4 9 ,   P 1 4 2 7 ;   E r w i n   J A ,   2 0 1 6 ,   N A T   N E U R O S C I ,   V 1 9 ,   P 1 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n n . 4 3 8 8 ;   E s n a u l t   C ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 4 ,   P 3 6 3 ;   E v r o n y   G D ,   2 0 1 6 ,   E L I F E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 7 5 5 4 / e L i f e . 1 2 9 6 6 ;   E v r o n y   G D ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 5 1 ,   P 4 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 3 5 ;   E w i n g   A D ,   2 0 1 5 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 5 ,   P 1 5 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 9 6 2 3 8 . 1 1 5 ;   E w i n g   A D ,   2 0 1 1 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 1 ,   P 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 1 4 7 7 7 . 1 1 0 ;   E w i n g   A D ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 0 ,   P 1 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 0 6 4 1 9 . 1 1 0 ;   G o o d i e r   J L ,   2 0 0 0 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 9 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / 9 . 4 . 6 5 3 ;   H a n c k s   D C ,   2 0 1 1 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 0 ,   P 3 3 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d r 2 4 5 ;   H e l m a n   E ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 4 ,   P 1 0 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 6 3 6 5 9 . 1 1 3 ;   H u a n g   C R L ,   2 0 1 0 ,   C E L L ,   V 1 4 1 ,   P 1 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 2 6 ;   I s k o w   R C ,   2 0 1 0 ,   C E L L ,   V 1 4 1 ,   P 1 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 2 0 ;   J u r k a   J ,   2 0 0 0 ,   T R E N D S   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 4 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 8 - 9 5 2 5 ( 0 0 ) 0 2 0 9 3 - X ;   L a n d e r   E S ,   2 0 0 1 ,   N A T U R E ,   V 4 0 9 ,   P 8 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 5 7 0 6 2 ;   L a n g m e a d   B ,   2 0 0 9 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 9 - 1 0 - 1 1 - r 1 3 4 ,   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 9 - 1 0 - 3 - r 2 5 ] ;   L e e   E ,   2 0 1 2 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 7 ,   P 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 2 2 0 7 7 ;   L U A N   D D ,   1 9 9 3 ,   C E L L ,   V 7 2 ,   P 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 9 3 ) 9 0 0 7 8 - 5 ;   M i r   A A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 4 3 ;   O s t e r t a g   E M ,   2 0 0 1 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 2 0 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 2 0 5 7 0 1 ;   P i c k e r a l   O K ,   2 0 0 0 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 0 . 4 . 4 1 1 ;   Q u i n l a n   A R ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 0 3 3 ;   R a h b a r i   R a h e l e h ,   2 0 1 6 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 1 4 0 0 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 3 3 7 2 - 3 _ 6 ;   R o d i c   N ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E D ,   V 2 1 ,   P 1 0 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 9 1 9 ;   R o d i c   N ,   2 0 1 4 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 8 4 ,   P 1 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j p a t h . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 0 7 ;   S a n c h e z - L u q u e   F r a n c i s c o   J ,   2 0 1 6 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 1 4 0 0 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 3 3 7 2 - 3 _ 4 ;   S c h w e i k e r t   C ,   2 0 1 2 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 3 - S 8 - S 1 2 ;   S h e e n   F M ,   2 0 0 0 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 4 9 4 0 0 ;   S h u k l a   R ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 3 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 3 2 ;   S K O W R O N S K I   J ,   1 9 8 8 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 8 ,   P 1 3 8 5 ;   S m i t   A F A ,   1 9 9 6 ,   R E P E A T M A S K E R   O P E N   3 ;   S o l y o m   S ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 2 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 4 5 2 3 5 . 1 1 2 ;   S t e w a r t   C ,   2 0 1 1 ,   P L O S   G E N E T ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 2 2 3 6 ;   S t r e v a   V A ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 5 - 1 3 7 4 - y ;   S u d m a n t   P H ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 6 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 5 3 9 4 ;   S y m e r   D E ,   2 0 0 2 ,   C E L L ,   V 1 1 0 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 0 2 ) 0 0 8 3 9 - 5 ;   T u b i o   J M C ,   2 0 1 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 5 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 5 1 3 4 3 ;   U p t o n   K R ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 1 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 2 6 ;   W h e e l a n   S J ,   2 0 0 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 3 ,   P 1 7 6 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 0 5 4 5 0 1 0 3 ;   W i t h e r s p o o n   D J ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 3 ,   P 1 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 4 8 9 7 3 . 1 1 2 ;   W i t h e r s p o o n   D J ,   2 0 1 0 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 1 - 4 1 0 	 4 9 	 0 	 0 	 1 1 	 1 1 	 N A T L   A C A D   S C I E N C E S 	 W A S H I N G T O N 	 2 1 0 1   C O N S T I T U T I O N   A V E   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 4 1 8   U S A 	 0 0 2 7 - 8 4 2 4 	 	 	 P   N A T L   A C A D   S C I   U S A 	 P r o c .   N a t l .   A c a d .   S c i .   U .   S .   A . 	 J A N   3 1 	 2 0 1 7 	 1 1 4 	 5 	 	 	 	 	 E 7 3 3 	 E 7 4 0 	 	 1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 6 1 9 7 9 7 1 1 4 	 	 8 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E J 4 O I 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 1 9 6 3 0 0 0 1 1 	 2 8 0 9 6 3 4 7 	 
 
 J 	 W a n g ,   H K ;   Z h o u ,   Z W ;   L i ,   Y C ;   C h e n ,   Z H ;   L u ,   P O ;   W a n g ,   W Z ;   L i u ,   W Y ;   Y u ,   L J 	 	 	 	 W a n g ,   H o n g k a i ;   Z h o u ,   Z o n g w e i ;   L i ,   Y i n g c i ;   C h e n ,   Z h o n g h u a ;   L u ,   P e i o u ;   W a n g ,   W e n z h i ;   L i u ,   W a n y u ;   Y u ,   L i j u a n 	 	 	 C o m p a r i s o n   o f   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d s   f o r   c l a s s i f y i n g   m e d i a s t i n a l   l y m p h   n o d e   m e t a s t a s i s   o f   n o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r   f r o m   F - 1 8 - F D G   P E T / C T   i m a g e s 	 E J N M M I   R e s e a r c h 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s ;   N o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r ;   P o s i t r o n - e m i s s i o n   t o m o g r a p h y ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   D e e p   l e a r n i n g 	 F D G   P E T / C T ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   M E T A A N A L Y S I S ;   C L A S S I F I E R S ;   A C C U R A C Y ;   F E A T U R E S ;   S C A N 	 B a c k g r o u n d :   T h i s   s t u d y   a i m e d   t o   c o m p a r e   o n e   s t a t e - o f - t h e - a r t   d e e p   l e a r n i n g   m e t h o d   a n d   f o u r   c l a s s i c a l   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d s   f o r   c l a s s i f y i n g   m e d i a s t i n a l   l y m p h   n o d e   m e t a s t a s i s   o f   n o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r   ( N S C L C )   f r o m   1 8 F - F D G   P E T / C T   i m a g e s .   A n o t h e r   o b j e c t i v e   w a s   t o   c o m p a r e   t h e   d i s c r i m i n a t i v e   p o w e r   o f   t h e   r e c e n t l y   p o p u l a r   P E T / C T   t e x t u r e   f e a t u r e s   w i t h   t h e   w i d e l y   u s e d   d i a g n o s t i c   f e a t u r e s   s u c h   a s   t u m o r   s i z e ,   C T   v a l u e ,   S U V ,   i m a g e  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 d i f f e r e n t   f r o m   t h e   b e s t   c l a s s i c a l   m e t h o d s   a n d   h u m a n   d o c t o r s   f o r   c l a s s i f y i n g   m e d i a s t i n a l   l y m p h   n o d e   m e t a s t a s i s   o f   N S C L C   f r o m   P E T / C T   i m a g e s .   B e c a u s e   C N N   d o e s   n o t   n e e d   t u m o r   s e g m e n t a t i o n   o r   f e a t u r e   c a l c u l a t i o n ,   i t   i s   m o r e   c o n v e n i e n t   a n d   m o r e   o b j e c t i v e   t h a n   t h e   c l a s s i c a l   m e t h o d s .   H o w e v e r ,   C N N   d o e s   n o t   m a k e   u s e   o f   t h e   i m p o r t   d i a g n o s t i c   f e a t u r e s ,   w h i c h   h a v e   b e e n   p r o v e d   m o r e   d i s c r i m i n a t i v e   t h a n   t h e   t e x t u r e   f e a t u r e s   f o r   c l a s s i f y i n g   s m a l l - s i z e d   l y m p h   n o d e s .   T h e r e f o r e ,   i n c o r p o r a t i n g   t h e   d i a g n o s t i c   f e a t u r e s   i n t o   C N N   i s   a   p r o m i s i n g   d i r e c t i o n   f o r   f u t u r e   r e s e a r c h . 	 [ W a n g ,   H o n g k a i ;   C h e n ,   Z h o n g h u a ]   D a l i a n   U n i v   T e c h n o l ,   F a c   E l e c t   I n f o r m a t   &   E l e c t   E n g n ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   2   L i n g g o n g   S t ,   D a l i a n   1 1 6 0 2 4 ,   L i a o n i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h o u ,   Z o n g w e i ]   A r i z o n a   S t a t e   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   I n f o r m a t ,   1 3 2 1 2   E a s t   S h e a   B l v d ,   S c o t t s d a l e ,   A Z   8 5 2 5 9   U S A ;   [ Z h o u ,   Z o n g w e i ]   A r i z o n a   S t a t e   U n i v ,   C o l l   H l t h   S o l u t ,   1 3 2 1 2   E a s t   S h e a   B l v d ,   S c o t t s d a l e ,   A Z   8 5 2 5 9   U S A ;   [ L i ,   Y i n g c i ;   L u ,   P e i o u ;   W a n g ,   W e n z h i ;   Y u ,   L i j u a n ]   H a r b i n   M e d   U n i v ,   A f f i l i a t e d   T u m o r   H o s p ,   C t r   P E T   C T ,   1 5 0   H a p i n g   R d ,   H a r b i n   1 5 0 0 8 1 ,   H e i l o n g j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   W a n y u ]   H a r b i n   I n s t   T e c h n o l ,   H I T   I N S A   S i n o   F r e n c h   R e s   C t r   B i o m e d   I m a g i n g ,   H a r b i n   1 5 0 0 0 1 ,   H e i l o n g j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Y u ,   L J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H a r b i n   M e d   U n i v ,   A f f i l i a t e d   T u m o r   H o s p ,   C t r   P E T   C T ,   1 5 0   H a p i n g   R d ,   H a r b i n   1 5 0 0 8 1 ,   H e i l o n g j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 y u l i j u a n 2 0 0 3 @ 1 2 6 . c o m 	 	 	 g e n e r a l   p r o g r a m   o f   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   [ 6 1 5 7 1 0 7 6 ,   8 1 1 7 1 4 0 5 ,   8 1 6 7 1 7 7 1 ] ;   y o u t h   p r o g r a m   o f   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   [ 8 1 4 0 1 4 7 5 ] ;   g e n e r a l   p r o g r a m   o f   L i a o n i n g   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   P r o j e c t   [ 2 0 1 5 0 2 0 0 4 0 ] ;   c u l t i v a t i n g   p r o g r a m   o f   M a j o r   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   [ 9 1 5 4 6 1 2 3 ] ;   B a s i c   R e s e a r c h   F u n d i n g   o f   D a l i a n   U n i v e r s i t y   o f   T e c h n o l o g y   [ D U T 1 4 R C ( 3 ) 0 6 6 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   g e n e r a l   p r o g r a m   o f   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   6 1 5 7 1 0 7 6 ) ,   t h e   y o u t h   p r o g r a m   o f   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   8 1 4 0 1 4 7 5 ) ,   t h e   g e n e r a l   p r o g r a m   o f   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   8 1 1 7 1 4 0 5 ) ,   t h e   g e n e r a l   p r o g r a m   o f   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   8 1 6 7 1 7 7 1 ) ,   t h e   g e n e r a l   p r o g r a m   o f   L i a o n i n g   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   P r o j e c t   ( G r a n t   N o .   2 0 1 5 0 2 0 0 4 0 ) ,   t h e   c u l t i v a t i n g   p r o g r a m   o f   M a j o r   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   9 1 5 4 6 1 2 3 ) ,   a n d   t h e   B a s i c   R e s e a r c h   F u n d i n g   o f   D a l i a n   U n i v e r s i t y   o f   T e c h n o l o g y   ( G r a n t   N o .   D U T 1 4 R C ( 3 ) 0 6 6 ) .   T h e   a u t h o r s   t h a n k   D r .   L a r r y   P i e r c e   f o r   s h a r i n g   t h e   p u b l i c l y   a v a i l a b l e   c o d e s   f o r   c o m p u t i n g   P E T / C T   t e x t u r e   f e a t u r e s . 	 A m b r o s i n i   V ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 3 ,   P 1 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 3 5 ;   B r o d e r i c k   S R ,   2 0 1 2 ,   T H O R A C   S U R G   C L I N ,   V 2 2 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t h o r s u r g . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 4 ;   B r o o k s   F J ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 6 5 7 4 ;   C h i c k l o r e   S ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 0 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 2 - 2 2 4 7 - 0 ;   D e   L e y n   P ,   1 9 9 7 ,   E U R   J   C A R D I O - T H O R A C ,   V 1 2 ,   P 7 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 1 0 - 7 9 4 0 ( 9 7 ) 0 0 2 5 3 - 4 ;   E d e t - S a n s o n   A ,   2 0 1 2 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 2 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 2 3 ;   F e r n a n d e z - D e l g a d o   M ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 3 1 3 3 ;   F r a n c i s   T ,   2 0 1 4 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   A L G ,   P 3 9 ;   G a o   X ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 4 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 6 ;   G o n  a l v e s   V a g n e r   M e n d o n  a ,   2 0 1 4 ,   R e v .   B r a s .   E n g .   B i o m  d . ,   V 3 0 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / 1 5 1 7 - 3 1 5 1 . 0 5 1 7 ;   H a t t   M ,   2 0 1 6 ,   E U R O P E A N   J   N U C L   M E D ,   V 4 4 ,   P 1 ;   H e   K . ,   2 0 1 6 ,   P   I E E E   C   C O M P   V I S   P A ,   P 7 7 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 6 . 9 0 ;   K i m   S K ,   2 0 0 7 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 8 ,   P 2 1 4 ;   K r i z h e v s k y   A . ,   2 0 1 2 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   V 2 5 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L i   X L ,   2 0 1 2 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 2 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 6 ;   L i a n   C F ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 3 2 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 0 7 ;   L i a o   C Y ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 1 ,   P 3 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 7 ;   M c F i e l d   D ,   2 0 1 1 ,   S U R G   O N C O L   C L I N   N   A M ,   V 2 0 ,   P 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s o c . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 0 2 ;   P a r m a r   C ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 3 0 8 7 ;   Q i a n   N ,   1 9 9 9 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 1 2 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 9 8 ) 0 0 1 1 6 - 6 ;   R o t h   H R ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 8 2 9 2 0 ;   R o t h   H R ,   2 0 1 4 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 5 2 0 ;   R u i   X ,   2 0 1 4 ,   J P N   C I R C   J ,   V 5 8 ,   P 9 5 ;   S c h m i d t - H a n s e n   M ,   2 0 1 4 ,   C O C H R A N E   D B   S Y S T   R E V ,   V 1 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 4 6 5 1 8 5 8 . C D 0 0 9 5 1 9 . P U B 2 ;   S h e n   D ,   2 0 1 7 ,   A N N U   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 1 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - b i o e n g - 0 7 1 5 1 6 - 0 4 4 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / A N N U R E V - B I O E N G - 0 7 1 5 1 6 - 0 4 4 4 4 2 ] ;   S i l v e s t r i   G A ,   2 0 0 7 ,   C H E S T ,   V 1 3 2 ,   p 1 7 8 S ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 0 7 - 1 3 6 0 ;   S i l v e s t r i   G A ,   2 0 1 3 ,   C H E S T ,   V 1 4 3 ,   p E 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 1 2 - 2 3 5 5 ;   S i m o n y a n   K ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 4 0 9 1 5 5 6 V 6 ;   S z e g e d y   C ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 5 9 4 ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 5 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 5 3 0 2 ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 8 7 9 9 7 ;   V a i d y a   M ,   2 0 1 2 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 2 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 4 ;   V a l l i e r e s   E ,   2 0 0 9 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 4 ,   P 1 0 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 b 2 7 7 9 9 ;   W a n g   J B ,   2 0 1 2 ,   C L I N   L U N G   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l l c . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 2 ;   X u   J ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 5 8 7 0 2 ;   X u   Y ,   2 0 1 4 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 8 ,   P 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 0 ;   Y u   H ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 8 . 2 0 0 4 4 2 5 ;   Z h e n g   Y D ,   2 0 1 4 ,   O N C O L   L E T T ,   V 7 ,   P 1 0 1 5 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o l . 2 0 1 4 . 1 8 7 4 	 4 0 	 0 	 0 	 1 6 	 1 6 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 2 1 9 1 - 2 1 9 X 	 	 	 E J N M M I   R E S 	 E J N M M I   R e s . 	 J A N   2 8 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 1 1 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 5 5 0 - 0 1 7 - 0 2 6 0 - 9 	 	 1 1 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E I 7 R V 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 7 0 1 9 0 0 0 0 1 	 2 8 1 3 0 6 8 9 	 
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 D i s c o v e r y   C t r ,   2 0 0   B o s t o n   A v e , S u i t e   4 6 0 0 ,   M e d f o r d ,   M A   0 2 1 5 5   U S A ;   [ L o b i k i n ,   M a r i a ;   L e v i n ,   M i c h a e l ]   T u f t s   U n i v ,   D e p t   B i o l ,   2 0 0   B o s t o n   A v e , S u i t e   4 6 0 0 ,   M e d f o r d ,   M A   0 2 1 5 5   U S A 	 L e v i n ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T u f t s   U n i v ,   A l l e n   D i s c o v e r y   C t r ,   2 0 0   B o s t o n   A v e , S u i t e   4 6 0 0 ,   M e d f o r d ,   M A   0 2 1 5 5   U S A . ;   L e v i n ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T u f t s   U n i v ,   D e p t   B i o l ,   2 0 0   B o s t o n   A v e , S u i t e   4 6 0 0 ,   M e d f o r d ,   M A   0 2 1 5 5   U S A . 	 m i c h a e l . l e v i n @ t u f t s . e d u 	 	 	 A l l e n   D i s c o v e r y   C e n t e r   a w a r d   f r o m   t h e   P a u l   G .   A l l e n   F r o n t i e r s   G r o u p   [ 1 2 1 7 1 ] ;   N S F   g r a n t   [ E F - 1 1 2 4 6 5 1 ,   A C I - 1 0 5 3 5 7 5 ] ;   G .   H a r o l d   a n d   L e i l a   Y .   M a t h e r s   C h a r i t a b l e   F o u n d a t i o n   [ T F U 1 4 1 ] ;   S i l i c o n   M e c h a n i c s 	 T h i s   w o r k   h a s   b e e n   s u p p o r t e d   b y   a n   A l l e n   D i s c o v e r y   C e n t e r   a w a r d   f r o m   t h e   P a u l   G .   A l l e n   F r o n t i e r s   G r o u p   ( 1 2 1 7 1 ) ,   N S F   g r a n t   E F - 1 1 2 4 6 5 1 ,   a n d   T h e   G .   H a r o l d   a n d   L e i l a   Y .   M a t h e r s   C h a r i t a b l e   F o u n d a t i o n   ( T F U 1 4 1 ) .   C o m p u t a t i o n   u s e d   t h e   E x t r e m e   S c i e n c e   a n d   E n g i n e e r i n g   D i s c o v e r y   E n v i r o n m e n t   ( X S E D E ) ,   w h i c h   i s   s u p p o r t e d   b y   N S F   g r a n t   A C I - 1 0 5 3 5 7 5 ,   a n d   a   c l u s t e r   c o m p u t e r   a w a r d e d   b y   S i l i c o n   M e c h a n i c s . 	 A r c a n g e l i   A ,   2 0 0 9 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 1 6 ,   P 6 6 ;   B a r c o   A ,   2 0 0 2 ,   C E L L ,   V 1 0 8 ,   P 6 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 0 2 ) 0 0 6 5 7 - 8 ;   B a t e s   E ,   2 0 1 5 ,   A N N U   R E V   C E L L   D E V   B I ,   V 3 1 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - c e l l b i o - 1 0 0 8 1 4 - 1 2 5 3 3 8 ;   B e c k e r   K ,   2 0 1 3 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 3 2 8 1 ;   B l a c k i s t o n   D ,   2 0 1 1 ,   D I S   M O D E L   M E C H ,   V 4 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / d m m . 0 0 5 5 6 1 ;   B l a c k i s t o n   D J ,   2 0 1 5 ,   N E U R O T H E R A P E U T I C S ,   V 1 2 ,   P 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 3 1 1 - 0 1 4 - 0 3 1 7 - 7 ;   C h e r n e t   B ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   E X P   O N C O L   S ,   V S 1 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 4 1 7 2 / 2 3 2 4 - 9 1 1 0 . S 1 - 0 0 2 ;   C h e r n e t   B .   T . ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 8 0 3 6 ;   C r o m b a c h   A ,   2 0 1 2 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 2 5 8 9 ;   D A N I O L O S   A ,   1 9 9 0 ,   P I G M   C E L L   R E S ,   V 3 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 7 4 9 . 1 9 9 0 . t b 0 0 2 6 0 . x ;   D u l c i s   D ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 6 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 5 6 9 ;   H e n d r i x   M J C ,   2 0 0 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 3 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 0 9 2 ;   J a e g e r   J ,   2 0 0 4 ,   N A T U R E ,   V 4 3 0 ,   P 3 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 2 6 7 8 ;   K i n g   R D ,   2 0 0 9 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 4 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 6 5 6 2 0 ;   L a n g   F ,   2 0 1 4 ,   P H I L O S   T   R   S O C   B ,   V 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s t b . 2 0 1 3 . 0 1 0 8 ;   L e v i n   M ,   2 0 1 4 ,   M O L   B I O L   C E L L ,   V 2 5 ,   P 3 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 1 / m b c . E 1 3 - 1 2 - 0 7 0 8 ;   L e v i n   M ,   2 0 1 4 ,   J   P H Y S I O L - L O N D O N ,   V 5 9 2 ,   P 2 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 3 / j p h y s i o l . 2 0 1 4 . 2 7 1 9 4 0 ;   L e v i n   M ,   2 0 1 3 ,   W I R E S   S Y S T   B I O L   M E D ,   V 5 ,   P 6 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / w s b m . 1 2 3 6 ;   L e v i n   M ,   2 0 1 2 ,   B I O E S S A Y S ,   V 3 4 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i e s . 2 0 1 1 0 0 1 3 6 ;   L i u   Z P ,   2 0 1 5 ,   C U R R   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 9 2 0 2 9 1 5 6 6 6 1 4 1 1 1 0 2 1 0 6 3 4 ;   L o b i k i n   M ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   D E V   B I O L ,   V 5 9 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 8 7 / i j d b . 1 5 0 1 9 8 m l ;   L o b i k i n   M ,   2 0 1 5 ,   S C I   S I G N A L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i s i g n a l . a a c 6 6 0 9 ;   L o b i k i n   M ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 4 7 8 - 3 9 7 5 / 9 / 6 / 0 6 5 0 0 2 ;   L o b o   D . ,   2 0 1 6 ,   A D V   U N C O N V E N T I O N A L   C ,   V 2 ,   P 6 3 7 ;   L o b o   D ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 2 ,   P 2 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t w 2 9 9 ;   L o b o   D ,   2 0 1 5 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 4 2 9 5 ;   M a n u ,   2 0 0 9 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 3 0 3 ;   M a r g u e t   S L ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E D ,   V 2 1 ,   P 1 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 9 8 7 ;   M o r o k u m a   J ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 1 6 6 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 8 3 2 8 1 0 5 ;   N i e u w k o o p   P .   D . ,   1 9 6 7 ,   N O R M A L   T A B L E   X E N O P U S ;   P e r k i n s   T J ,   2 0 0 6 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 2 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 0 0 2 0 0 5 1 ;   R e i n i t z   J ,   1 9 9 8 ,   D E V   G E N E T ,   V 2 3 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 5 2 0 - 6 4 0 8 ( 1 9 9 8 ) 2 3 : 1 < 1 1 : : A I D - D V G 2 > 3 . 0 . C O ; 2 - 9 ;   R E I N I T Z   J ,   1 9 9 5 ,   J   E X P   Z O O L ,   V 2 7 1 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j e z . 1 4 0 2 7 1 0 1 0 6 ;   R o u b o s   E W ,   1 9 9 7 ,   C O M P   B I O C H E M   P H Y S   A ,   V 1 1 8 ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 0 - 9 6 2 9 ( 9 7 ) 0 0 0 3 5 - 2 ;   S i v e   H ,   2 0 0 0 ,   E A R L Y   D E V   X E N O P U S   L A ;   S m o l e n   P ,   2 0 1 4 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 6 0 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 6 ;   S o l d a t o v a   L N ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   p E 4 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 2 0 7 ;   U z k u d u n   M ,   2 0 1 5 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 5 2 / m s b . 2 0 1 4 5 8 8 2 ;   V i l l a v e r d e   A F ,   2 0 1 4 ,   J   R   S O C   I N T E R F A C E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s i f . 2 0 1 3 . 0 5 0 5 ;   Y a n g   M ,   2 0 1 3 ,   F R O N T   P H Y S I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f p h y s . 2 0 1 3 . 0 0 1 8 5 	 4 0 	 0 	 0 	 7 	 7 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 J A N   2 7 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 1 3 3 9 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 1 3 3 9 	 	 1 1 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E J 4 A L 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 1 5 8 2 0 0 0 0 1 	 2 8 1 2 8 3 0 1 	 
 
 J 	 A l t m a e ,   S ;   S e g u r a ,   M T ;   E s t e b a n ,   F J ;   B a r t e l ,   S ;   B r a n d i ,   P ;   I r m l e r ,   M ;   B e c k e r s ,   J ;   D e m m e l m a i r ,   H ;   L o p e z - S a b a t e r ,   C ;   K o l e t z k o ,   B ;   K r a u s s - E t s c h m a n n ,   S ;   C a m p o y ,   C 	 	 	 	 A l t m a e ,   S i g n e ;   S e g u r a ,   M a r i a   T e r e s a ;   E s t e b a n ,   F r a n c i s c o   J . ;   B a r t e l ,   S a b i n e ;   B r a n d i ,   P i l a r ;   I r m l e r ,   M a r t i n ;   B e c k e r s ,   J o h a n n e s ;   D e m m e l m a i r ,   H a n s ;   L o p e z - S a b a t e r ,   C a r m e n ;   K o l e t z k o ,   B e r t h o l d ;   K r a u s s - E t s c h m a n n ,   S u s a n n e ;   C a m p o y ,   C r i s t i n a 	 	 	 M a t e r n a l   P r e - P r e g n a n c y   O b e s i t y   I s   A s s o c i a t e d   w i t h   A l t e r e d   P l a c e n t a l   T r a n s c r i p t o m e 	 P L O S   O N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 G E N E - E X P R E S S I O N ;   T R O P H O B L A S T   M I G R A T I O N ;   T R I M E S T E R   P L A C E N T A S ;   M U L T I C E N T E R   T R I A L ;   P R E G N A N C Y ;   P R E E C L A M P S I A ;   S Y S T E M ;   L I P O T O X I C I T Y ;   I N F L A M M A T I O N ;   G E S T A T I O N 	 M a t e r n a l   o b e s i t y   h a s   a   m a j o r   i m p a c t   o n   p r e g n a n c y   o u t c o m e s .   T h e r e   i s   g r o w i n g   e v i d e n c e   t h a t   m a t e r n a l   o b e s i t y   h a s   a   n e g a t i v e   i n f l u e n c e   o n   p l a c e n t a l   d e v e l o p m e n t   a n d   f u n c t i o n ,   t h e r e b y   a d v e r s e l y   i n f l u e n c i n g   o f f s p r i n g   p r o g r a m m i n g   a n d   h e a l t h   o u t c o m e s .   H o w e v e r ,   t h e   m o l e c u l a r   m e c h a n i s m s   u n d e r l y i n g   t h e s e   p r o c e s s e s   a r e   p o o r l y   u n d e r s t o o d .   W e   a n a l y s e d   t e n   t e r m   p l a c e n t a ' s   w h o l e   t r a n s c r i p t o m e s   i n   o b e s e   ( n   =   5 )   a n d   n o r m a l   w e i g h t   w o m e n   ( n   =   5 ) ,   u s i n g   t h e   A f f y m e t r i x   m i c r o a r r a y   p l a t f o r m .   A n a l y s e s   o f   e x p r e s s i o n   d a t a   w e r e   c a r r i e d   o u t   u s i n g   n o n - p a r a m e t r i c   m e t h o d s .   H i e r a r c h i c a l   c l u s t e r i n g   a n d   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   s h o w e d   a   c l e a r   d i s t i n c t i o n   i n   p l a c e n t a l   t r a n s c r i p t o m e   b e t w e e n   o b e s e   a n d   n o r m a l   w e i g h t   w o m e n .   W e   i d e n t i f i e d   7 2   d i f f e r e n t i a l l y   r e g u l a t e d   g e n e s ,   w i t h   m o s t   b e i n g   d o w n - r e g u l a t e d   i n   o b e s i t y   ( n   =   6 1 ) .   F u n c t i o n a l   a n a l y s e s   o f   t h e   t a r g e t s   u s i n g   D A V I D   a n d   I P A   c o n f i r m   t h e   d y s r e g u l a t i o n   o f   p r e v i o u s l y   i d e n t i f i e d   p r o c e s s e s   a n d   p a t h w a y s   i n   t h e   p l a c e n t a   f r o m   o b e s e   w o m e n ,   i n c l u d i n g   i n f l a m m a t i o n   a n d   i m m u n e   r e s p o n s e s ,   l i p i d   m e t a b o l i s m ,   c a n c e r   p a t h w a y s ,   a n d   a n g i o g e n e s i s .   I n   a d d i t i o n ,   w e   d e t e c t e d   n e w   m o l e c u l a r   a s p e c t s   o f   o b e s i t y - d e r i v e d   e f f e c t s   o n   t h e   p l a c e n t a ,   i n v o l v i n g   t h e   g l u c o c o r t i c o i d   r e c e p t o r   s i g n a l l i n g   p a t h w a y   a n d   d y s r e g u l a t i o n   o f   s e v e r a l   g e n e s   i n c l u d i n g   C C L 2 ,   F S T L 3 ,   I G F B P 1 ,   M M P 1 2 ,   P R G 2 ,   P R L ,   Q S O X 1 ,   S E R P I N E 2   a n d   T A C 3 .   O u r   g l o b a l   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l i n g   a p p r o a c h   d e m o n s t r a t e s   t h a t   m a t e r n a l   o b e s i t y   c r e a t e s   a   u n i q u e   i n   u t e r o   e n v i r o n m e n t   t h a t   i m p a i r s   t h e   p l a c e n t a l   t r a n s c r i p t o m e . 	 [ A l t m a e ,   S i g n e ]   K a r o l i n s k a   I n s t ,   D i v   O b s t e t   &   G y n e c o l ,   D e p t   W o m e n s   &   C h i l d r e n s   H l t h ,   S t o c k h o l m ,   S w e d e n ;   [ A l t m a e ,   S i g n e ;   S e g u r a ,   M a r i a   T e r e s a ;   B r a n d i ,   P i l a r ;   C a m p o y ,   C r i s t i n a ]   U n i v   G r a n a d a ,   S c h   M e d ,   C t r   E x c e l l e n c e   P a e d i a t   R e s   E U R I S T I K O S ,   G r a n a d a ,   S p a i n ;   [ A l t m a e ,   S i g n e ;   S e g u r a ,   M a r i a   T e r e s a ;   B r a n d i ,   P i l a r ;   C a m p o y ,   C r i s t i n a ]   U n i v   G r a n a d a ,   S c h   M e d ,   D e p t   P a e d i a t ,   G r a n a d a ,   S p a i n ;   [ E s t e b a n ,   F r a n c i s c o   J . ]   U n i v   J a e n ,   D e p t   E x p t   B i o l ,   J a e n ,   S p a i n ;   [ B a r t e l ,   S a b i n e ]   L e i b n i z   C t r   M e d   &   B i o s c i ,   R e s   C t r   B o r s t e l ,   D i v   E x p t   A s t h m a   R e s ,   B o r s t e l ,   G e r m a n y ;   [ B a r t e l ,   S a b i n e ;   K r a u s s - E t s c h m a n n ,   S u s a n n e ]   G e r m a n   C t r   L u n g   R e s   D Z L ,   B o r s t e l ,   G e r m a n y ;   [ I r m l e r ,   M a r t i n ;   B e c k e r s ,   J o h a n n e s ]   H e l m h o l t z   Z e n t r u m   M u e n c h e n ,   I n s t   E x p t   G e n e t ,   N e u h e r b e r g ,   G e r m a n y ;   [ B e c k e r s ,   J o h a n n e s ]   T e c h   U n i v   M u n i c h ,   C h a i r   E x p t   G e n e t ,   F r e i s i n g   W e i h e n s t e p h a n ,   G e r m a n y ;   [ B e c k e r s ,   J o h a n n e s ]   G e r m a n   C t r   D i a b e t   R e s   D Z D ,   N e u h e r b e r g ,   G e r m a n y ;   [ D e m m e l m a i r ,   H a n s ;   K o l e t z k o ,   B e r t h o l d ]   U n i v   M u n i c h ,   L u d w i g   M a x i m i l i a n s   U n i v   M u n i c h ,   M e d   C t r ,   D r   H a u n e r   C h i l d r e n s   H o s p ,   M u n i c h ,   G e r m a n y ;   [ L o p e z - S a b a t e r ,   C a r m e n ]   U n i v   B a r c e l o n a ,   S c h   P h a r m ,   D e p t   N u t r   &   B r o m a t o l ,   B a r c e l o n a ,   S p a i n ;   [ K r a u s s - E t s c h m a n n ,   S u s a n n e ]   C h r i s t i a n   A l b r e c h t s   U n i v   K i e l ,   I n s t   E x p t   M e d ,   K i e l ,   G e r m a n y ;   [ K r a u s s - E t s c h m a n n ,   S u s a n n e ]   L u d w i g   M a x i m i l i a n s   U n i v   H o s p ,   C o m p r e h e n s   P n e u m o l   C t r ,   G r o s s h a d e r n ,   G e r m a n y ;   [ K r a u s s - E t s c h m a n n ,   S u s a n n e ]   H e l m h o l t z   Z e n t r u m   M u n c h e n ,   G r o s s h a d e r n ,   G e r m a n y ;   [ C a m p o y ,   C r i s t i n a ]   B i o h l t h   I n s t   G r a n a d a ,   G r a n a d a ,   S p a i n 	 C a m p o y ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a r o l i n s k a   I n s t ,   D i v   O b s t e t   &   G y n e c o l ,   D e p t   W o m e n s   &   C h i l d r e n s   H l t h ,   S t o c k h o l m ,   S w e d e n . 	 s i g n e a l t m a e @ u g r . e s ;   c c a m p o y @ u g r . e s 	 B e c k e r s ,   J o h a n n e s / K - 7 2 3 7 - 2 0 1 2 	 B e c k e r s ,   J o h a n n e s / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 7 8 7 4 - 3 8 2 2 ;   A l t m a e ,   S i g n e / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 0 7 0 8 - 1 8 6 5 	 C o m m i s s i o n   o f   t h e   E u r o p e a n   C o m m u n i t i e s ;   7 t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   [ F P 7 - 2 8 9 3 4 6 - E A R L Y   N U T R I T I O N ] ;   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   A d v a n c e d   G r a n t   E R C - A d G   [ 3 2 2 6 0 5   M E T A - G R O W T H ] ;   T a l e n t i a   F e l l o w s h i p ;   M a r i e   C u r i e   p o s t - d o c t o r a l   f e l l o w s h i p   ( F P 7 )   [ 3 2 9 8 1 2 ] ;   E n t e r p r i s e   E s t o n i a   [ E U 3 0 0 2 0 ,   E U 4 8 6 9 5 ] ;   E s t o n i a n   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   a n d   R e s e a r c h   [ I U T 3 4 - 1 6 ] ;   E x c e l l e n c e   P r o j e c t   -   A n d a l u s i a n   R e g i o n a l   M i n i s t r y   o f   I n n o v a t i o n ,   S c i e n c e   a n d   E n t e r p r i s e   [ P 0 6 - C T S - 0 2 3 4 1 ] ;   S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E c o n o m y   a n d   C o m p e t i t i v e n e s s   [ B F U 2 0 1 2 - 4 0 2 5 4 - C 0 3 - 0 1 ] ;   H e l m h o l t z   P o r t f o l i o   T h e m e   ' M e t a b o l i c   D y s f u n c t i o n   a n d   C o m m o n   D i s e a s e ' ;   H e l m h o l t z   A l l i a n c e   ' I m a g i n g   a n d   C u r i n g   E n v i r o n m e n t a l   M e t a b o l i c   D i s e a s e s ,   I C E M E D ' 	 W o r k   r e p o r t e d   h e r e i n   i s   c a r r i e d   o u t   w i t h   p a r t i a l   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   t h e   C o m m i s s i o n   o f   t h e   E u r o p e a n   C o m m u n i t i e s ,   t h e   7 t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e ,   c o n t r a c t   F P 7 - 2 8 9 3 4 6 - E A R L Y   N U T R I T I O N ,   t h e   E u r o p e a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   A d v a n c e d   G r a n t   E R C - 2 0 1 2 - A d G   n o .   3 2 2 6 0 5   M E T A - G R O W T H ,   T a l e n t i a   F e l l o w s h i p ,   M a r i e   C u r i e   p o s t - d o c t o r a l   f e l l o w s h i p   ( F P 7 ,   n o .   3 2 9 8 1 2 ,   N u t r i O m i c s ) ,   E n t e r p r i s e   E s t o n i a   ( g r a n t s   E U 3 0 0 2 0   a n d   E U 4 8 6 9 5 ) ,   t h e   E s t o n i a n   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   a n d   R e s e a r c h   ( g r a n t   I U T 3 4 - 1 6 ) ,   E x c e l l e n c e   P r o j e c t   -   G r a n t e d   b y   t h e   A n d a l u s i a n   R e g i o n a l   M i n i s t r y   o f   I n n o v a t i o n ,   S c i e n c e   a n d   E n t e r p r i s e   ( P 0 6 - C T S - 0 2 3 4 1 ) ,   t h e   S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E c o n o m y   a n d   C o m p e t i t i v e n e s s ,   R e f .   B F U 2 0 1 2 - 4 0 2 5 4 - C 0 3 - 0 1   a n d   g r a n t s   f r o m   t h e   H e l m h o l t z   P o r t f o l i o   T h e m e   ' M e t a b o l i c   D y s f u n c t i o n   a n d   C o m m o n   D i s e a s e ' ,   a n d   t h e   H e l m h o l t z   A l l i a n c e   ' I m a g i n g   a n d   C u r i n g   E n v i r o n m e n t a l   M e t a b o l i c   D i s e a s e s ,   I C E M E D ' .   T h i s   m a n u s c r i p t   d o e s   n o t   n e c e s s a r i l y   r e f l e c t   t h e   v i e w s   o f   t h e   C o m m i s s i o n   a n d   i n   n o   w a y   a n t i c i p a t e s   t h e   f u t u r e   p o l i c y   i n   t h i s   a r e a .   T h e   r e s u l t s   o f   t h i s   a r t i c l e   a r e   l i k e l y   t o   b e   i n c l u d e d   i n   t h e   D o c t o r a l   T h e s i s   o f   M . T . S .   i n   t h e   c o n t e x t   o f   t h e   B i o m e d i c i n e   D o c t o r a l   P r o g r a m   a t   t h e   U n i v e r s i t y   o f   G r a n a d a . 	 A c h a r y a   G ,   2 0 0 8 ,   M O L   H U M   R E P R O D ,   V 1 4 ,   P 6 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 9 3 / m o l e h r / g a m 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / M O L E H R / G A M 0 8 3 ] ;   A h l s s o n   F ,   2 0 1 5 ,   R E P R O D   S C I ;   A l f a i d y   N ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 4 ;   A m s a l e m   H ,   2 0 1 4 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 9 3 ,   P 3 0 7 0 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 9 / j i m m u n o l . 1 3 0 3 1 1 7 ;   A u n e   D ,   2 0 1 4 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 1 1 ,   P 1 5 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 1 4 . 2 2 6 9 ;   B a s e l g a   J ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 9 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 6 5 6 ;   B e r g l u n d   S K ,   2 0 1 6 ,   B M C   P U B L I C   I N   P R E S S ,   P 2 0 7 ;   C h e r n   S R ,   2 0 1 1 ,   R E P R O D   B I O L   E N D O C R I N ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 7 8 2 7 - 9 - 1 0 6 ;   C o r r e i a - B r a n c o   A ,   2 0 1 5 ,   R E P R O D   S C I ,   V 2 2 ,   P 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 9 3 3 7 1 9 1 1 4 5 4 2 0 1 2 ;   D i x i t   A ,   2 0 0 8 ,   J   O B S T E T   G Y N A E C O L ,   V 2 8 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 4 4 3 6 1 0 7 0 1 8 1 4 2 0 3 ;   F a h l b u s c h   F B ,   2 0 1 3 ,   P L A C E N T A ,   V 3 4 ,   P 1 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 5 ;   F e r n a n d o   R L ,   2 0 0 4 ,   G E N E T I C S ,   V 1 6 6 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 4 / g e n e t i c s . 1 6 6 . 1 . 6 1 1 ;   F e r r e t t i   C ,   2 0 0 7 ,   H U M   R E P R O D   U P D A T E ,   V 1 3 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h u m u p d / d m l 0 4 8 ;   F o u n d s   S A ,   2 0 0 9 ,   P L A C E N T A ,   V 3 0 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 1 5 ;   H i g g i n s   L ,   2 0 1 1 ,   P L A C E N T A ,   V 3 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 1 9 ;   H u a n g   D W ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 9 2 3 ;   H u n g   T H ,   2 0 0 8 ,   R E P R O D   S C I ,   V 1 5 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 9 3 3 7 1 9 1 0 7 3 1 0 7 0 9 ;   I n a g a k i   A ,   2 0 1 2 ,   P L A C E N T A ,   V 3 3 ,   P 9 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 3 ;   J a r v i e   E ,   2 0 1 0 ,   C L I N   S C I ,   V 1 1 9 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / C S 2 0 0 9 0 6 4 0 ;   K a n e k o   Y ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 9 5 9 4 ;   K i m   D W ,   2 0 1 4 ,   B I O L   R E P R O D ,   V 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 5 / b i o l r e p r o d . 1 1 3 . 1 1 7 2 5 9 ;   K l a f f e n b a c h   D ,   2 0 1 1 ,   P L A C E N T A ,   V 3 2 ,   P 8 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 4 ;   K r a l   J G ,   2 0 0 6 ,   P E D I A T R I C S ,   V 1 1 8 ,   p E 1 6 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 5 4 2 / p e d s . 2 0 0 6 - 1 3 7 9 ;   K r a u s s - E t s c h m a n n   S ,   2 0 0 7 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 5 ,   P 1 3 9 2 ;   L a s s a n c e   L ,   2 0 1 5 ,   A M   J   O B S T E T   G Y N E C O L ;   M a d e l e n e a u   D ,   2 0 1 5 ,   P E D I A T R   R E S ,   P 1 ;   M a l t i   N ,   2 0 1 4 ,   P L A C E N T A ,   V 3 5 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 0 ;   M e l l e r   M ,   2 0 0 5 ,   P L A C E N T A ,   V 2 6 ,   P 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 0 4 . 0 9 . 0 0 9 ;   M i k h e e v   A M ,   2 0 0 8 ,   R E P R O D   S C I ,   V 1 5 ,   P 8 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 9 3 3 7 1 9 1 0 8 3 2 2 4 2 5 ;   d e   M e l l o   J C M ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 0 9 4 7 ;   O k a m o t o   A ,   2 0 0 6 ,   P L A C E N T A ,   V 2 7 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 0 7 ;   R e i m a n d   J ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p W 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 3 7 8 ;   R e n a u d   S J ,   2 0 1 4 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 9 ,   P 5 0 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 1 3 . 5 2 3 7 4 6 ;   R o n o   K ,   2 0 1 4 ,   B M C   P R E G N A N C Y   C H I L D B ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 3 9 3 - 1 4 - 7 0 ;   R u l l   K ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 3 ,   P 4 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 0 8 - 1 1 0 1 ;   S a b e n   J ,   2 0 1 4 ,   P L A C E N T A ,   V 3 5 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 0 3 ;   S a b e n   J ,   2 0 1 4 ,   P L A C E N T A ,   V 3 5 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l a c e n t a . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 7 ;   S a b e n   J ,   2 0 1 3 ,   A M   J   P H Y S I O L - E N D O C   M ,   V 3 0 5 ,   p E 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / a j p e n d o . 0 0 0 7 6 . 2 0 1 3 ;   S a e e d   A I ,   2 0 0 3 ,   B I O T E C H N I Q U E S ,   V 3 4 ,   P 3 7 4 ;   S i t r a s   V ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 3 2 9 4 ;   S o b e r   S ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 3 3 3 6 ;   S o o d   R ,   2 0 0 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 3 ,   P 5 4 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 8 0 3 5 1 0 3 ;   W a n g   L ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 1 3 8 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 7 2 5 1 0 8 9 9 ;   W h i t e h e a d   C L ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 8 ,   p E 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 1 2 - 2 4 6 8 ;   W i n n   V D ,   2 0 0 7 ,   E N D O C R I N O L O G Y ,   V 1 4 8 ,   P 1 0 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / e n . 2 0 0 6 - 0 6 8 3 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 0 ,   A G R I C   A G R I C   S C I   P R O C ,   V 1 ,   P 4 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a a s p r o . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 6 1 ;   Z h a n g   Z ,   2 0 1 3 ,   R E P R O D   B I O L   E N D O C R I N ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 7 8 2 7 - 1 1 - 1 7 	 4 7 	 0 	 0 	 6 	 6 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 J A N   2 6 	 2 0 1 7 	 1 2 	 1 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 6 9 2 2 3 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 6 9 2 2 3 	 	 1 7 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E N 7 I T 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 1 7 6 1 0 0 1 4 2 	 2 8 1 2 5 5 9 1 	 
 
 J 	 K i m ,   S ;   J h o n g ,   J H ;   L e e ,   J ;   K o o ,   J Y 	 	 	 	 K i m ,   S u n g H w a n ;   J h o n g ,   J a e - H w a n ;   L e e ,   J u n g J u n ;   K o o ,   J a - Y o n g 	 	 	 M e t a - a n a l y t i c   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   f o r   i n t e g r a t i n g   m u l t i p l e   o m i c s   d a t a 	 B i o D a t a   M i n i n g 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ;   M e t a - a n a l y s i s ;   D a t a   i n t e g r a t i o n ;   T C G A 	 I D I O P A T H I C   P U L M O N A R Y - F I B R O S I S ;   G E N E - E X P R E S S I O N   P R O F I L E S ;   B R E A S T - C A N C E R   P A T I E N T S ;   G E N O M I C   M E T A A N A L Y S I S ;   P A N C R E A T I C - C A N C E R ;   A B C   T R A N S P O R T E R S ;   S E L E C T I O N ;   V A L I D A T I O N ;   R E C U R R E N C E ;   B C R P / A B C G 2 	 B a c k g r o u n d :   O f   l a t e ,   h i g h - t h r o u g h p u t  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 J u n g J u n ;   K o o ,   J a - Y o n g ]   K o r e a   U n i v ,   D e p t   S t a t ,   S e o u l   1 3 6 7 0 1 ,   S o u t h   K o r e a ;   [ K i m ,   S u n g H w a n ]   K e i m y u n g   U n i v ,   D e p t   S t a t ,   D a l s e o k u   4 2 6 0 1 ,   D a e g u ,   S o u t h   K o r e a 	 K o o ,   J Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K o r e a   U n i v ,   D e p t   S t a t ,   S e o u l   1 3 6 7 0 1 ,   S o u t h   K o r e a . 	 j y k o o @ k o r e a . a c . k r 	 	 	 B a s i c   S c i e n c e   R e s e a r c h   P r o g r a m   t h r o u g h   t h e   N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   o f   K o r e a   ( N R F )   -   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   [ N R F - 2 0 1 5 R 1 D 1 A 1 A 0 1 0 5 7 7 4 7 ,   2 0 1 6 R 1 A 6 A 3 A 0 1 0 0 9 1 4 2 ] 	 T h e   a u t h o r s   a r e   s u p p o r t e d   b y   t h e   B a s i c   S c i e n c e   R e s e a r c h   P r o g r a m   t h r o u g h  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 P L O S   O N E ,   V 1 2 ,   p e 8 9 1 8 ;   E l H e f n a w i   M a h m o u d ,   2 0 1 3 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 1 1 ,   P 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g p b . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 7 ;   F l e t c h e r   J I ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 0 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 7 8 9 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H l a v a c   V ,   2 0 1 3 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S ,   V 1 4 ,   P 5 1 5 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / p g s . 1 3 . 2 6 ,   1 0 . 2 2 1 7 / P G S . 1 3 . 2 6 ] ;   J o s h i - T o p e   G ,   2 0 0 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 3 ,   p D 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k i 0 7 2 ;   K a n e h i s a   M ,   2 0 0 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 8 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 8 . 1 . 2 7 ;   K e s h a v a   T . S . ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   P 7 6 7 ;   K i m   S ,   2 0 1 7 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 8 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x w 0 3 9 ;   K i m   S ,   2 0 1 6 ,   S P R I N G E R P L U S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 0 6 4 - 0 1 6 - 2 6 7 7 - 4 ;   K i m   S ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 2 ,   P 1 9 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t w 1 1 5 ;   K o n i s h i   K ,   2 0 0 9 ,   A M   J   R E S P   C R I T   C A R E ,   V 1 8 0 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 4 / r c c m . 2 0 0 8 1 0 - 1 5 9 6 O C ;   K w o n   M S ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 6 - S 9 - S 4 ;   L e o n a r d   G D ,   2 0 0 3 ,   O N C O L O G I S T ,   V 8 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 8 - 5 - 4 1 1 ;   L e p p a r a n t a   O ,   2 0 1 2 ,   C E L L   T I S S U E   R E S ,   V 3 4 8 ,   P 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 4 1 - 0 1 2 - 1 3 8 5 - 9 ;   L i   J ,   2 0 1 1 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 5 ,   P 9 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 0 - A O A S 3 9 3 ;   L i   Q F ,   2 0 1 4 ,   B I O M E T R I C S ,   V 7 0 ,   P 8 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b i o m . 1 2 2 1 3 ;   M a   S ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ;   M a   X J ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 5 ,   P 6 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 1 5 ;   M a d h a v a n   S u b h a ,   2 0 1 3 ,   F r o n t i e r s   i n   G e n e t i c s ,   V 4 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 3 . 0 0 2 3 6 ;   M a r c h i o n n i   L ,   2 0 1 3 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 4 - 3 3 6 ;   N a k a n i s h i   T ,   2 0 1 2 ,   C H I N   J   C A N C E R ,   V 3 1 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 5 7 3 2 / c j c . 0 1 1 . 1 0 3 2 0 ;   N o b l e   W S ,   2 0 0 4 ,   K E R N E L   M E T H O D S   C O M P U ,   P 7 1 ;   P a i k   S ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 1 ,   P 2 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 1 5 8 8 ;   P a r d o   A ,   2 0 0 1 ,   J   L E U K O C Y T E   B I O L ,   V 7 0 ,   P 6 1 0 ;   P a r d o   A n n i e ,   2 0 1 2 ,   F i b r o g e n e s i s   T i s s u e   R e p a i r ,   V 5 ,   p S 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 5 - 1 5 3 6 - 5 - S 1 - S 9 ;   P r a s s e   A ,   2 0 0 6 ,   A M   J   R E S P   C R I T   C A R E ,   V 1 7 3 ,   P 7 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 4 / r c c m . 2 0 0 5 0 9 - 1 5 1 8 O C ;   P r a s s e   A ,   2 0 0 7 ,   A R T H R I T I S   R H E U M ,   V 5 6 ,   P 1 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a r t . 2 2 5 5 9 ;   R a j a m a n i   D ,   2 0 1 6 ,   G E N O M E   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 7 3 - 0 1 6 - 0 2 8 2 - 3 ;   R a m a s w a m y   S ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 1 5 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 1 1 5 6 6 3 9 8 ;   R h o d e s   D R ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 2 ,   P 4 4 2 7 ;   R i c h a r d s o n   S ,   2 0 1 6 ,   A N N U   R E V   S T A T   A P P L ,   V 3 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - s t a t i s t i c s - 0 4 1 7 1 5 - 0 3 3 5 0 6 ;   S a n d e r s   Y Y ,   2 0 1 2 ,   A M   J   R E S P   C R I T   C A R E ,   V 1 8 6 ,   P 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 4 / r c c m . 2 0 1 2 0 1 - 0 0 7 7 O C ;   S c h a e f e r   C F ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p D 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 6 5 3 ;   S h i   L M ,   2 0 0 6 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 4 ,   P 1 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 2 3 9 ;   S o n g   C ,   2 0 1 4 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 8 ,   P 7 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 3 - A O A S 6 8 3 ;   S t r i e t e r   R M ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 1 7 ,   P 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 3 0 5 6 2 ;   V e e r   L J   V   t ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 5 3 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 5 3 0 A ;   V i j   R ,   2 0 1 2 ,   T R A N S L   R E S ,   V 1 5 9 ,   P 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r s l . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 2 ;   d e v a n   V i j v e r   M J ,   2 0 0 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 7 ,   P 1 9 9 9 ;   W a n g   H G ,   2 0 0 6 ,   A M   J   P H Y S I O L - E N D O C   M ,   V 2 9 0 ,   p E 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / a j p e n d o . 0 0 3 9 7 . 2 0 0 5 ;   W a n g   X B ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - 5 2 ;   Z h a n g   H H ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 7 3 6 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 3 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 9 ,   P 4 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 3 - 0 8 0 4 ;   Z u o   F R ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 6 2 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 2 1 3 4 0 9 9 	 5 0 	 1 	 1 	 1 	 1 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 5 6 - 0 3 8 1 	 	 	 B I O D A T A   M I N 	 B i o D a t a   M i n . 	 J A N   2 6 	 2 0 1 7 	 1 0 	 	 	 	 	 	 	 	 2 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 0 - 0 1 7 - 0 1 2 6 - 8 	 	 1 4 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E I 8 N F 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 7 6 2 4 0 0 0 0 1 	 2 8 1 4 9 3 2 5 	 
 
 J 	 S a l i m ,   A ;   A m j e s h ,   R ;   C h a n d r a ,   S S V 	 	 	 	 S a l i m ,   A . ;   A m j e s h ,   R . ;   C h a n d r a ,   S .   S .   V i n o d 	 	 	 A n   a p p r o a c h   t o   f o r e c a s t   h u m a n   c a n c e r   b y   p r o f i l i n g   m i c r o R N A   e x p r e s s i o n s   f r o m   N G S   d a t a 	 B M C   C A N C E R 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M i c r o R N A ;   E x p r e s s i o n   p r o f i l i n g ;   S e q u e n c e   m a p p i n g ;   S V M   c l a s s i f i e r s 	 G E N E R A T I O N   S E Q U E N C I N G   T E C H N O L O G I E S ;   S H O R T   R E A D   A L I G N M E N T ;   L U N G - C A N C E R ;   C E L L - P R O L I F E R A T I O N ;   P R O G N O S I S ;   C A R C I N O M A ;   D I A G N O S I S ;   S U R V I V A L ;   I N V A S I O N ;   P R O G R A M 	 B a c k g r o u n d :   m i c r o R N A s   a r e   s i n g l e - s t r a n d e d   n o n - c o d i n g   R N A   s e q u e n c e s   o f   1 8   -   2 4  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 I n d i a 	 S a l i m ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C o l l   E n g n   T r i v a n d r u m ,   D e p t   C o m p   S c i ,   T h i r u v a n a n t h a p u r a m ,   K e r a l a ,   I n d i a . 	 s a l i m . m a n g a d @ g m a i l . c o m 	 	 a b d u l   a z e e z ,   s a l i m / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 2 9 5 3 - 0 9 7 2 	 	 	 A m b r o s   V ,   2 0 0 3 ,   C U R R   B I O L ,   V 1 3 ,   P 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 0 - 9 8 2 2 ( 0 3 ) 0 0 2 8 7 - 2 ;   A m b r o s   V ,   2 0 0 4 ,   N A T U R E ,   V 4 3 1 ,   P 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 2 8 7 1 ;   A r i e l   I ,   2 0 0 9 ,   P L O S   O N E ,   V 4 ,   P 1 ;   A v g e r i s   M ,   2 0 1 5 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 6 ,   P 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g v 0 2 4 ;   A y a t   H ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   P 1 ;   B a r t e l   D P ,   2 0 0 9 ,   C E L L ,   V 1 3 6 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 9 . 0 1 . 0 0 2 ;   B e d i a g a   N G ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 9 ,   P 2 4 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 3 . 6 2 3 ;   B e n   L ,   2 0 0 9 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 0 ,   p r 2 5 ;   B o l g e r   A M ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 2 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 1 7 0 ;   C a l i n   G A ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 9 9 ,   P 1 5 5 2 4 ;   C a l i n   G A ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 8 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 9 9 7 ;   C h a n d r a   V ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - S 1 - S 2 ;   C h a n g   H T ,   2 0 1 2 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 3 ,   P 1 ;   C h o   H M ,   2 0 1 1 ,   E X P   T H E R   M E D ,   V 2 ,   P 9 6 3 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / e t m . 2 0 1 1 . 2 8 4 ;   F a l g u e r a s   J ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 3 8 ;   G r i f f i t h s - J o n e s   S ,   2 0 0 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 2 ,   p D 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k h 0 2 3 ;   G u a n g x i a n   X ,   2 0 1 3 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 1 ;   H a c h   F ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p W 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 3 7 0 ;   J a s o n   R M ,   2 0 1 0 ,   G E N O M I C S ,   V 9 5 ,   P 3 1 5 ;   J i a n g   H J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   S T R U C T   S T A B   D Y ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 4 5 5 4 1 4 5 0 0 5 6 4 ;   J o h a n n e s   H .   S . ,   2 0 1 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 8 ,   P 5 9 1 9 ;   K o n g   Y ,   2 0 1 1 ,   G E N O M I C S ,   V 9 8 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 0 9 ;   K o u s s o u n a d i s   A ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 0 7 7 5 ;   K o z o m a r a   A ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 1 8 1 ;   L a n d i   M T ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 4 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 9 - 1 7 3 6 ;   L a u r a   G ,   2 0 0 8 ,   J   C E L L   M O L   M E D ,   V 1 2 ,   P 2 1 8 9 ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 0 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 5 2 ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 1 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 2 4 ;   L i   R Q ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 7 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 0 2 5 ;   L i   R Q ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 1 9 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 3 6 ;   L i n d g r e e n   S t i n u s ,   2 0 1 2 ,   B M C   R e s   N o t e s ,   V 5 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 6 - 0 5 0 0 - 5 - 3 3 7 ;   M a r t i n   M . ,   2 0 1 1 ,   E M B N E T   J ,   V 1 7 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 4 8 0 6 / E J . 1 7 . 1 . 2 0 0 ;   M i s h r a   P J ,   2 0 1 4 ,   B I O M A R K   R E S ,   V 2 ,   P 1 ;   P a o l o   N ,   2 0 1 5 ,   F R O N T   M E D ,   V 2 ,   P 1 ;   P e t r a   L ,   2 0 1 2 ,   F R O N T   G E N E T ,   V 2 ,   P 1 ;   P r i t c h a r d   C C ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 3 ,   P 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 1 9 8 ;   R e s h m i   G ,   2 0 1 1 ,   G E N O M I C S ,   V 9 7 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 0 ;   R u e p p   A ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 0 - 1 1 - 1 - r 6 ;   S a l i m   A . ,   2 0 1 4 ,   J   P R O T E O M   B I O I N F O R M ,   V 7 ,   P 1 9 3 ;   S c h e e   K ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 6 1 6 5 ;   S c h m i e d e r   R ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 3 4 1 ;   T a m   S ,   2 0 1 4 ,   L A B   I N V E S T ,   V 9 4 ,   P 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / l a b i n v e s t . 2 0 1 3 . 1 5 7 ;   V i n o d   C S S ,   2 0 0 9 ,   W O R   C O N G   N A T   B I O L ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / N A B I C . 2 0 0 9 . 5 3 9 3 6 0 4 ;   W e n g   C W ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   C H E M ,   V 4 4 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 0 1 ;   X i e   B ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ;   X u   J ,   2 0 1 2 ,   L I V E R   I N T ,   V 3 2 ,   P 7 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 8 - 3 2 3 1 . 2 0 1 1 . 0 2 7 5 0 . x ;   Y a n a i h a r a   N ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 9 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 2 5 ;   Z h a n g   P J ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 4 ,   P 2 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 5 8 4 ;   Z h o n g   K ,   2 0 1 4 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 4 - 7 0 3 ;   Z h u   C L ,   2 0 1 5 ,   M O L   M E D   R E P ,   V 1 1 ,   P 3 6 4 7 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / m m r . 2 0 1 4 . 3 1 3 4 ;   Z o u   M ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 3 3 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 3 7 4 ;   Z o u   M ,   2 0 1 5 ,   M E T H O D S ,   V 8 3 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 1 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 3 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 2 ,   P 5 0 0 	 5 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 4 0 7 	 	 	 B M C   C A N C E R 	 B M C   C a n c e r 	 J A N   2 5 	 2 0 1 7 	 1 7 	 	 	 	 	 	 	 	 7 7 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 5 - 0 1 6 - 3 0 4 2 - 2 	 	 9 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E K 3 Q F 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 8 4 0 2 0 0 0 0 5 	 2 8 1 2 2 5 2 5 	 
 
 J 	 O r z e c h o w s k a ,   M ;   J e d r o s z k a ,   D ;   B e d n a r e k ,   A K 	 	 	 	 O r z e c h o w s k a ,   M a g d a l e n a ;   J e d r o s z k a ,   D o r o t a ;   B e d n a r e k ,   A n d r z e j   K . 	 	 	 C o m m o n   p r o f i l e s   o f   N o t c h   s i g n a l i n g   d i f f e r e n t i a t e   d i s e a s e - f r e e   s u r v i v a l   i n   l u m i n a l   t y p e   A   a n d   t r i p l e   n e g a t i v e   b r e a s t   c a n c e r 	 O N C O T A R G E T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 N o t c h ;   b r e a s t   n e o p l a s m s ;   e p i t h e l i a l - t o - m e s e n c h y m a l   t r a n s i t i o n ;   d i s e a s e - f r e e   s u r v i v a l 	 E P I T H E L I A L - M E S E N C H Y M A L   T R A N S I T I O N ;   E P I D E R M A L - G R O W T H - F A C T O R ;   C E L L - C E L L   A D H E S I O N ;   M O L E C U L A R   P O R T R A I T S ;   E S T R O G E N - R E C E P T O R ;   M A M M A R Y - G L A N D ;   E X P R E S S I O N ;   A D A M 1 0 ;   M E T A S T A S I S ;   P A T H W A Y 	 B r e a s t   c a n c e r   ( B C )   i s   c h a r a c t e r i z e d   b y   h i g h   h e t e r o g e n e i t y   r e g a r d i n g   i t s   b i o l o g y   a n d   c l i n i c a l   c h a r a c t e r i s t i c s .   T h e   N o t c h   p a t h w a y   r e g u l a t e s   s u c h   p r o c e s s e s   a s   o r g a n   m o d e l i n g   a n d   e p i t h e l i a l - t o - m e s e n c h y m a l   t r a n s i t i o n   ( E M T ) .   T h e   a i m   o f   t h e   s t u d y   w a s   t o   d e t e r m i n e   t h e   e f f e c t   o f   d i f f e r e n t i a l   e x p r e s s i o n   o f   N o t c h   m e m b e r s   o n   d i s e a s e - f r e e   s u r v i v a l   ( D F S )   i n   l u m i n a l   t y p e   A   ( l u m A )   a n d   t r i p l e   n e g a t i v e   ( T N )   B C .   T h e   d i f f e r e n t i a l   e x p r e s s i o n   o f   1 9   N o t c h   m e m b e r s   w a s   e x a m i n e d   i n   a   T C G A   B C   c o h o r t .   D F S   a n a l y s i s   w a s   p e r f o r m e d   u s i n g   t h e   l o g - r a n k   t e s t   ( p < 0 . 0 5 ) .   B i o l o g i c a l   d i f f e r e n c e s   b e t w e e n   D F S   g r o u p s   w e r e   d e t e r m i n e d   w i t h   G e n e   S e t   E n r i c h m e n t   A n a l y s i s   ( G S E A )   ( t T e s t ,   F D R < 0 . 2 5 ) .   C o m m o n   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s   a c c o r d i n g   t o   N o t c h   s i g n a l i n g   w e r e   e x a m i n e d   u s i n g   E x p r e s s C l u s t e r   ( K - m e a n s ,   m e a n   c e n t e r e d ,   E u c l i d e a n   d i s t a n c e   m e t r i c ) .   T h e   o v e r e x p r e s s i o n   o f   H E S 1 ,   L F N G   a n d   P S E N 1   w a s   f o u n d   t o   b e   f a v o r a b l e   f o r   D F S   i n   l u m A ,   a n d   l o w e r e d   e x p r e s s i o n   f a v o r a b l e   f o r   D F S   i n   T N .   G S E A   a n a l y s i s   s h o w e d  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 d i s e a s e   r e c u r r e n c e   m a y   s e r v e   a s   a   s o u r c e   o f   p o t e n t i a l   t a r g e t s   f o r   a   n e w   a n t i c a n c e r   t h e r a p y . 	 [ O r z e c h o w s k a ,   M a g d a l e n a ;   J e d r o s z k a ,   D o r o t a ;   B e d n a r e k ,   A n d r z e j   K . ]   M e d   U n i v   L o d z ,   D e p t   M o l   C a r c i n o g e n e s i s ,   P L - 9 0 7 5 2   L o d z ,   P o l a n d 	 B e d n a r e k ,   A K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M e d   U n i v   L o d z ,   D e p t   M o l   C a r c i n o g e n e s i s ,   P L - 9 0 7 5 2   L o d z ,   P o l a n d . 	 a n d r z e j . b e d n a r e k @ u m e d . l o d z . p l 	 B e d n a r e k ,   A n d r z e j / S - 9 6 6 4 - 2 0 1 6 	 	 M e d i c a l   U n i v e r s i t y   o f   L o d z   [ 5 0 3 / 0 - 0 7 8 - 0 2 / 5 0 3 - 0 1 - 0 0 3 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   f u n d e d   b y   t h e   M e d i c a l   U n i v e r s i t y   o f   L o d z   ( g r a n t   n o .   5 0 3 / 0 - 0 7 8 - 0 2 / 5 0 3 - 0 1 - 0 0 3 ) . 	 A n d e r s s o n   E R ,   2 0 1 1 ,   D E V E L O P M E N T ,   V 1 3 8 ,   P 3 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / d e v . 0 6 3 6 1 0 ;   A r t a v a n i s - T s a k o n a s   S ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 4 ,   P 7 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 4 . 5 4 1 5 . 7 7 0 ;   A s c h - K e n d r i c k   R ,   2 0 1 6 ,   H U M   P A T H O L ,   V 4 8 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h u m p a t h . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 3 5 ;   A t t w o o l l   C ,   2 0 0 4 ,   E M B O   J ,   V 2 3 ,   P 4 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . e m b o j . 7 6 0 0 4 8 1 ;   B a d v e   S ,   2 0 1 1 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 2 4 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 2 0 1 0 . 2 0 0 ;   B a i   S M ,   2 0 0 9 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 4 ,   P 3 2 0 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 0 9 . 0 1 6 7 7 4 ;   B u d c z i e s   J ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 1 8 6 2 ;   C i r i e l l o   G ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 3 ,   P 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 3 3 ;   C o h e n   B ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 3 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 9 - 0 6 2 1 - 9 ;   D a i   X F ,   2 0 1 5 ,   A M   J   C A N C E R   R E S ,   V 5 ,   P 2 9 2 9 ;   D o n g   Y Y ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 0 ,   P 5 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 0 - 0 1 7 3 ;   D u f f   K ,   1 9 9 6 ,   N A T U R E ,   V 3 8 3 ,   P 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 8 3 7 1 0 a 0 ;   F e l d i n g e r   K ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 6 6 3 3 ;   G i r a r d   L ,   1 9 9 6 ,   G E N E   D E V ,   V 1 0 ,   P 1 9 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 1 0 . 1 5 . 1 9 3 0 ;   G o p a l a k r i s h n a n   N ,   2 0 1 4 ,   B I O C H I M I E ,   V 1 0 7 ,   P 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o c h i . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 2 0 ;   G u r u h a r s h a   K G ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 3 ,   P 6 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 2 7 2 ;   H a i n e s   N ,   2 0 0 3 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 4 ,   P 7 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 1 2 2 8 ;   H a l l s t r o m   T C ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 3 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 3 1 ;   H o l l e r n   D P ,   2 0 1 4 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 3 4 ,   P 3 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 0 0 7 3 7 - 1 4 ;   H u   C Y ,   2 0 0 6 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 6 8 ,   P 9 7 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 5 3 / a j p a t h . 2 0 0 6 . 0 5 0 4 1 6 ;   H u   Z Y ,   2 0 0 6 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 7 - 9 6 ;   K a l l u r i   R ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 1 2 ,   P 1 7 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 2 0 0 3 2 0 5 3 0 ;   K o b a y a s h i   T ,   2 0 1 0 ,   G E N E S   C E L L S ,   V 1 5 ,   P 6 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 4 4 3 . 2 0 1 0 . 0 1 4 1 3 . x ;   K o u r o s - M e h r   H ,   2 0 0 6 ,   C E L L ,   V 1 2 7 ,   P 1 0 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 4 8 ;   L o u i e   M C ,   2 0 1 0 ,   M O L   C A N C E R   R E S ,   V 8 ,   P 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 4 1 - 7 7 8 6 . M C R - 0 9 - 0 3 9 5 ;   M a r e t z k y   T ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 9 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 0 9 1 8 1 0 2 ;   M c C u l l o c h   D R ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 ,   P 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 4 6 - 3 ;   M o n t e n e g r o   M F ,   2 0 1 4 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 4 - 5 3 9 ;   M o s s   M L ,   2 0 0 8 ,   C U R R   P H A R M   B I O T E C H N O ,   V 9 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 9 2 0 1 0 8 7 8 3 4 9 7 6 1 3 ;   N i e l s e n   T O ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 ,   P 5 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 4 - 0 2 2 0 ;   N i s t i c o   P ,   2 0 1 2 ,   C S H   P E R S P E C T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / c s h p e r s p e c t . a 0 1 1 9 0 8 ;   O ' N e i l l   C F ,   2 0 0 7 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 7 1 ,   P 1 0 2 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 5 3 / a j p a t h . 2 0 0 7 . 0 6 1 0 2 9 ;   P a r r   C ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   M O L   M E D ,   V 1 4 ,   P 7 7 9 ;   P e c e   S ,   2 0 0 4 ,   J   C E L L   B I O L ,   V 1 6 7 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 3 / j c b . 2 0 0 4 0 6 1 4 0 ;   P e i n a d o   H C ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   D E V   B I O L ,   V 4 8 ,   P 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 8 7 / i j d b . 0 4 1 7 9 4 h p ;   P e r o u   C M ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 6 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 2 1 0 9 3 ;   P r e v i s   R A ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 0 8 0 9 ;   R a o u f   A ,   2 0 0 8 ,   C E L L   S T E M   C E L L ,   V 3 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e m . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 1 8 ;   R e e d i j k   M ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 5 ,   P 8 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 5 - 1 0 6 9 ;   R e i s s   K ,   2 0 0 5 ,   E M B O   J ,   V 2 4 ,   P 7 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . e m b o j . 7 6 0 0 5 4 8 ;   R i z z o   P ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 5 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 5 7 4 4 ;   S a h i n   U ,   2 0 0 4 ,   J   C E L L   B I O L ,   V 1 6 4 ,   P 7 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 3 / j c b . 2 0 0 3 0 7 1 3 7 ;   S h i m o j o   H ,   2 0 0 8 ,   N E U R O N ,   V 5 8 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o n . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 1 4 ;   S i   W Z ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 7 ,   P 8 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c e l l . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 1 1 ;   S o   J Y ,   2 0 1 5 ,   J   S T E R O I D   B I O C H E M ,   V 1 4 8 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s b m b . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 1 3 ;   S o r l i e   T ,   2 0 0 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 0 ,   P 8 4 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 3 2 6 9 2 1 0 0 ;   S o r l i e   T ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 1 0 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 9 1 3 6 7 0 9 8 ;   S t r o m   A ,   2 0 0 0 ,   O N C O G E N E ,   V 1 9 ,   P 5 9 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 3 9 9 0 ;   S t y l i a n o u   S ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 1 5 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 5 - 3 0 5 4 ;   S u b r a m a n i a n   A ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 5 8 0 1 0 2 ;   T h i e r y   J P ,   2 0 0 9 ,   C E L L ,   V 1 3 9 ,   P 8 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 0 7 ;   T o u p l i k i o t i   P ,   2 0 1 2 ,   C L I N   E X P T   P H A R M ,   V 2 0 1 2 ;   W a n g   T ,   2 0 1 4 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 3 - 1 1 5 9 - 3 ;   W a n g   Y Y ,   2 0 1 1 ,   J   S U R G   O N C O L ,   V 1 0 3 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s o . 2 1 7 8 1 ;   W e i j z e n   S ,   2 0 0 2 ,   N A T   M E D ,   V 8 ,   P 9 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 7 5 4 ;   X u   J M ,   2 0 1 6 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 7 ,   P 1 8 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 5 - 3 9 6 1 - 6 ;   Y a m a g u c h i   N ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 1 8 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 1 5 9 7 ;   Z h a n g   Z Y ,   2 0 1 0 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 7 7 ,   P 1 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 5 3 / a j p a t h . 2 0 1 0 . 0 9 0 4 7 6 ;   Z h o u   J S ,   2 0 1 6 ,   C E L L   S I G N A L ,   V 2 8 ,   P 8 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l s i g . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 1 6 	 5 9 	 0 	 0 	 1 	 1 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 O R C H A R D   P A R K 	 6 6 6 6   E   Q U A K E R   S T ,   S T E   1 ,   O R C H A R D   P A R K ,   N Y   1 4 1 2 7   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 J A N   2 4 	 2 0 1 7 	 8 	 4 	 	 	 	 	 6 0 1 3 	 6 0 3 2 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 3 4 5 1 	 	 2 0 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E J 5 W G 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 2 8 9 0 0 0 0 5 2 	 2 7 8 8 8 8 0 1 	 
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 J 	 R y c h t a r c i k o v a ,   Z ;   L e t t l o v a ,   S ;   T o m k o v a ,   V ;   K o r e n k o v a ,   V ;   L a n g e r o v a ,   L ;   S i m o n o v a ,   E ;   Z j a b l o v s k a j a ,   P ;   A l b e r i c h - J o r d a ,   M ;   N e u z i l ,   J ;   T r u k s a ,   J 	 	 	 	 R y c h t a r c i k o v a ,   Z u z a n a ;   L e t t l o v a ,   S a n d r a ;   T o m k o v a ,   V e r o n i k a ;   K o r e n k o v a ,   V l a s t a ;   L a n g e r o v a ,   L u c i e ;   S i m o n o v a ,   E k a t e r i n a ;   Z j a b l o v s k a j a ,   P o l i n a ;   A l b e r i c h - J o r d a ,   M e r i t x e l l ;   N e u z i l ,   J i r i ;   T r u k s a ,   J a r o s l a v 	 	 	 T u m o r - i n i t i a t i n g   c e l l s   o f   b r e a s t   a n d   p r o s t a t e   o r i g i n   s h o w   a l t e r a t i o n s   i n   t h e   e x p r e s s i o n   o f   g e n e s   r e l a t e d   t o   i r o n   m e t a b o l i s m 	 O N C O T A R G E T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 t u m o r - i n i t i a t i n g   c e l l s ;   b r e a s t   c a n c e r ;   i r o n   m e t a b o l i s m ;   F e S   c l u s t e r ;   s t e m   c e l l s 	 C A N C E R   S T E M - C E L L S ;   Q U I E S C I N - S U L F H Y D R Y L   O X I D A S E ;   H U M A N   H E P A T O C E L L U L A R - C A R C I N O M A ;   S U L F U R   P R O T E I N   B I O G E N E S I S ;   H Y P O X I A - I N D U C I B L E   F A C T O R S ;   R E G U L A T O R Y   P R O T E I N S ;   I N - V I V O ;   T A M O X I F E N   R E S I S T A N C E ;   T R A N S F E R R I N   R E C E P T O R ;   H E M E - B I O S Y N T H E S I S 	 T h e   i m p o r t a n c e   o f   i r o n   i n   t h e   g r o w t h   a n d   p r o g r e s s i o n   o f   t u m o r s   h a s   b e e n   w i d e l y   d o c u m e n t e d .   I n   t h i s   r e p o r t ,   w e   s h o w   t h a t   t u m o r - i n i t i a t i n g   c e l l s  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 c e l l s   ( L I C s )   f r o m   n o n - L I C s   i n   t h e   m o u s e   m o d e l   o f   a c u t e   p r o m y e l o c y t i c   l e u k e m i a   ( A P L ) .   M a j o r i t y   o f   t h e   d e s c r i b e d   c h a n g e s   w e r e   a l s o   r e c a p i t u l a t e d   i n   a n   a l t e r n a t i v e   m o d e l   r e p r e s e n t e d   b y   M C F 7   c e l l s   r e s i s t a n t   t o   t a m o x i f e n   ( T A M R )   t h a t   e x h i b i t   f e a t u r e s   o f   T I C s .   O u r   f i n d i n g s   p o i n t   t o   t h e   c r i t i c a l   i m p o r t a n c e   o f   r e d o x   b a l a n c e   a n d   i r o n   m e t a b o l i s m - r e l a t e d   g e n e s   a n d   p r o t e i n s   i n   t h e   c o n t e x t   o f   c a n c e r   a n d   T I C s   t h a t   c o u l d   b e   p o t e n t i a l l y   u s e d   f o r   c a n c e r   d i a g n o s t i c s   o r   t h e r a p y . 	 [ R y c h t a r c i k o v a ,   Z u z a n a ;   L e t t l o v a ,   S a n d r a ;   T o m k o v a ,   V e r o n i k a ;   K o r e n k o v a ,   V l a s t a ;   L a n g e r o v a ,   L u c i e ;   S i m o n o v a ,   E k a t e r i n a ;   N e u z i l ,   J i r i ;   T r u k s a ,   J a r o s l a v ]   A c a d   S c i   C z e c h   R e p u b l i c ,   I n s t   B i o t e c h n o l ,   P r a g u e ,   C z e c h   R e p u b l i c ;   [ R y c h t a r c i k o v a ,   Z u z a n a ]   C h a r l e s   U n i v   P r a g u e ,   F a c   P h a r m   H r a d e c   K r a l o v e ,   H r a d e c   K r a l o v e ,   C z e c h   R e p u b l i c ;   [ L e t t l o v a ,   S a n d r a ;   T o m k o v a ,   V e r o n i k a ]   C h a r l e s   U n i v   P r a g u e ,   F a c   S c i ,   P r a g u e ,   C z e c h   R e p u b l i c ;   [ Z j a b l o v s k a j a ,   P o l i n a ;   A l b e r i c h - J o r d a ,   M e r i t x e l l ]   A c a d   S c i   C z e c h   R e p u b l i c ,   I n s t   M o l   G e n e t ,   P r a g u e ,   C z e c h   R e p u b l i c ;   [ N e u z i l ,   J i r i ]   M e n z i e s   H l t h   I n s t   Q u e e n s l a n d ,   S c h   M e d   S c i ,   S o u t h p o r t ,   Q l d ,   A u s t r a l i a 	 T r u k s a ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A c a d   S c i   C z e c h   R e p u b l i c ,   I n s t   B i o t e c h n o l ,   P r a g u e ,   C z e c h   R e p u b l i c . 	 j a r o s l a v . t r u k s a @ i b t . c a s . c z 	 A l b e r i c h   J o r d a ,   M e r i t x e l l / G - 3 1 3 7 - 2 0 1 4 ;   N e u z i l ,   J i r i / H - 7 2 0 4 - 2 0 1 4 	 N e u z i l ,   J i r i / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 2 4 7 8 - 2 4 6 0 	 G A C R   [ 1 3 - 2 8 8 3 0 S ,   1 5 - 0 3 7 9 6 S ] ;   K e l l n e r   F a m i l y   F o u n d a t i o n ;   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   Y o u t h   a n d   S p o r t s   o f   C R   [ L Q 1 6 0 4 ] ;   p r o j e c t   B I O C E V   [ C Z . 1 . 0 5 / 1 . 1 . 0 0 / 0 2 . 0 1 0 9 ] 	 T h i s   w o r k   h a s   b e e n   s u p p o r t e d   b y   t h e   G A C R   g r a n t   n o .   1 3 - 2 8 8 3 0 S   a n d   t h e   K e l l n e r   F a m i l y   F o u n d a t i o n   t o   J . T . ,   a n d   G A C R   g r a n t   n o .   1 5 - 0 3 7 9 6 S   t o   M . A - J ,   a s   w e l l   a s   b y   t h e   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   Y o u t h   a n d   S p o r t s   o f   C R   w i t h i n   t h e   L Q 1 6 0 4   N a t i o n a l   S u s t a i n a b i l i t y   P r o g r a m   I I   ( P r o j e c t   B I O C E V - F A R )   a n d   b y   t h e   p r o j e c t   B I O C E V   ( C Z . 1 . 0 5 / 1 . 1 . 0 0 / 0 2 . 0 1 0 9 ) . 	 A b b o u d   S ,   2 0 0 0 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 5 ,   P 1 9 9 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 0 0 0 7 1 3 2 0 0 ;   A g u d o   A ,   2 0 1 3 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 4 ,   P 1 2 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g t 0 4 5 ;   A n d e r s o n   G J ,   2 0 0 2 ,   B L O O D   C E L L   M O L   D I S ,   V 2 9 ,   P 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / b c m d . 2 0 0 2 . 0 5 7 6 ;   A p s e l o f f   G ,   1 9 9 9 ,   A m   J   T h e r ,   V 6 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 4 5 3 9 1 - 1 9 9 9 1 1 0 0 0 - 0 0 0 0 8 ;   A r a u j o   D G B ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   H I S T O C H E M ,   V 5 8 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 4 0 8 1 / e j h . 2 0 1 4 . 2 2 2 8 ;   B a n c i   L ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 6 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 0 0 1 0 2 1 1 1 ;   B a n g o u r a   G ,   2 0 0 7 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 1 3 ,   P 3 1 7 6 ;   B e c k m a n   L E ,   1 9 9 9 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 0 ,   P 1 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / 2 0 . 7 . 1 2 3 1 ;   B e u t l e r   E . ,   1 9 9 6 ,   B l o o d ,   V 8 8 ,   p 6 4 7 A ;   B o u l t   J ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 1 0 5 4 ;   B r o o k e s   M J ,   2 0 0 6 ,   G U T ,   V 5 5 ,   P 1 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 0 0 6 . 0 9 4 0 6 0 ;   C a i r o   G ,   2 0 0 0 ,   B I O C H E M   J ,   V 3 5 2 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / 0 2 6 4 - 6 0 2 1 : 3 5 2 0 2 4 1 ;   C a m a s c h e l l a   C ,   2 0 0 9 ,   S E M I N   H E M A T O L ,   V 4 6 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . s e m i n h e m a t o l . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 1 ;   C h e n   G H ,   2 0 0 7 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 8 ,   P 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g l 2 1 0 ;   C h e n   S W ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 0 8 5 0 ,   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 9 2 7 5 ,   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 1 8 6 4 ] ;   C h e n   W ,   2 0 1 0 ,   B L O O D ,   V 1 1 6 ,   P 6 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 9 - 1 2 - 2 5 9 6 1 4 ;   C h e n   W ,   2 0 0 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 6 ,   P 1 6 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 0 4 5 1 9 1 0 6 ;   C h e r u k u r i   S ,   2 0 0 5 ,   C E L L   M E T A B ,   V 2 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 0 3 ;   C h i t a m b a r   C R ,   2 0 1 3 ,   A N T I O X I D   R E D O X   S I G N ,   V 1 8 ,   P 9 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / a r s . 2 0 1 2 . 4 8 8 0 ;   C h r i s t o v a   T ,   2 0 0 7 ,   M O L   C E L L   B I O C H E M ,   V 3 0 1 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 1 0 - 0 0 6 - 9 3 9 3 - 2 ;   C o m i n o - M e n d e z   I ,   2 0 1 3 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 2 ,   P 2 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d t 0 6 9 ;   C o p p o c k   D L ,   1 9 9 8 ,   G E N O M I C S ,   V 5 4 ,   P 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / g e n o . 1 9 9 8 . 5 6 0 5 ;   C o p p o c k   D L ,   2 0 0 6 ,   A N T I O X I D   R E D O X   S I G N ,   V 8 ,   P 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / a r s . 2 0 0 6 . 8 . 3 0 0 ;   D a s   B ,   2 0 0 8 ,   S T E M   C E L L S ,   V 2 6 ,   P 1 8 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / s t e m c e l l s . 2 0 0 7 - 0 7 2 4 ;   D a s   P ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 3 4 1 7 ;   D e l a b y   C ,   2 0 0 5 ,   B L O O D ,   V 1 0 6 ,   P 3 9 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 5 - 0 6 - 2 3 9 8 ;   D e u g n i e r   Y ,   2 0 0 1 ,   J   G A S T R O E N   H E P A T O L ,   V 1 6 ,   P 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 4 4 0 - 1 7 4 6 . 2 0 0 1 . 0 2 4 3 0 . x ;   D u b r o v s k a   A ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 2 . 1 0 5 ;   E i n h o r n   L ,   2 0 0 3 ,   S E M I N   O N C O L ,   V 3 0 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 3 - 7 7 5 4 ( 0 3 ) 0 0 1 7 4 - X ;   E p s z t e j n   S ,   1 9 9 7 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 2 4 8 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / a b i o . 1 9 9 7 . 2 1 2 6 ;   F a v i e r   J ,   2 0 0 7 ,   B M C   C A N C E R ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 7 - 1 3 9 ;   F e h r i n g e r   G ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 1 ,   P 1 0 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 1 - 1 1 2 3 - T ;   F i l l m o r e   C M ,   2 0 0 8 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 1 9 8 2 ;   F r a n k l i n   R e n t y   B ,   2 0 1 2 ,   J   G a s t r o i n t e s t   C a n c e r ,   V 4 3 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 2 9 - 0 1 1 - 9 2 6 9 - x ;   G o t t s c h l i n g   S ,   2 0 1 3 ,   L U N G   C A N C E R ,   V 8 0 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 1 5 ;   G u i b a l   F C ,   2 0 0 9 ,   B L O O D ,   V 1 1 4 ,   P 5 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 8 - 1 0 - 1 8 2 0 7 1 ;   G u n s h i n   H ,   1 9 9 7 ,   N A T U R E ,   V 3 8 8 ,   P 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 3 4 3 ;   G U O   B ,   1 9 9 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 0 ,   P 1 6 5 2 9 ;   G U O   B ,   1 9 9 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 0 ,   P 2 1 6 4 5 ;   H a b a s h y   H O ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 1 9 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 9 - 0 3 4 5 - x ;   H a h n   P ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 1 3 8 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 5 1 4 6 1 0 1 ;   H a m a r a   K ,   2 0 1 3 ,   M O L   B I O L   R E P ,   V 4 0 ,   P 5 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 3 3 - 0 1 3 - 2 6 5 9 - 3 ;   H a r o   K J ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 8 8 4 1 ;   H a u s m a n n   A ,   2 0 1 1 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 5 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 3 6 ;   H e c k l e r   E J ,   2 0 0 8 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 7 8 3 ,   P 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 0 2 ;   H e c k l e r   E J ,   2 0 0 8 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 4 7 ,   P 4 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 7 0 2 5 2 2 q ;   H e d d l e s t o n   J M ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 2 ,   P 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 5 5 1 ;   H e n d e r s o n   B R ,   1 9 9 6 ,   B I O E S S A Y S ,   V 1 8 ,   P 7 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i e s . 9 5 0 1 8 0 9 0 9 ;   H e n t z e   M W ,   2 0 0 4 ,   C E L L ,   V 1 1 7 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 0 4 ) 0 0 3 4 3 - 5 ;   H e n t z e   M W ,   1 9 9 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 3 ,   P 8 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 3 . 1 6 . 8 1 7 5 ;   H e r v o u e t   E ,   2 0 0 8 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 9 ,   P 1 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g n 1 2 5 ;   I l a n i   T ,   2 0 1 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 1 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 8 2 7 9 ;   J e n k i t k a s e m w o n g   S ,   2 0 1 5 ,   C E L L   M E T A B ,   V 2 2 ,   P 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 0 2 ;   J e o n g   S M ,   2 0 1 5 ,   O N C O G E N E ,   V 3 4 ,   P 2 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 4 . 1 2 4 ;   J o h a n s s o n   C ,   2 0 1 1 ,   B I O C H E M   J ,   V 4 3 3 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / B J 2 0 1 0 1 2 8 6 ;   K a l l i a n p u r   A R ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 3 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 3 - 0 1 8 8 ;   K a t c h m a n   B A ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 3 4 0 7 ;   K a t c h m a n   B A ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A N C E R   R E S ,   V 9 ,   P 1 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 4 1 - 7 7 8 6 . M C R - 1 1 - 0 0 1 8 ;   K a t s   L M ,   2 0 1 4 ,   C E L L   S T E M   C E L L ,   V 1 4 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e m . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 1 6 ;   K i d a   A i k o ,   2 0 1 3 ,   C u r r   M o l   P h a r m a c o l ,   V 6 ,   P 2 0 4 ;   K l o n i s c h   T ,   2 0 0 8 ,   T R E N D S   M O L   M E D ,   V 1 4 ,   P 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l m e d . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 3 ;   K o h   M Y ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 1 ,   P 4 0 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 0 - 4 1 4 2 ;   K o v a r   J ,   2 0 0 6 ,   B L O O D   C E L L   M O L   D I S ,   V 3 7 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b c m d . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 0 4 ;   K u h n   L C ,   2 0 1 5 ,   M E T A L L O M I C S ,   V 7 ,   P 2 3 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 9 / c 4 m t 0 0 1 6 4 h ,   1 0 . 1 0 3 9 / C 4 M T 0 0 1 6 4 H ] ;   K u o   Y M ,   2 0 0 4 ,   G U T ,   V 5 3 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 0 0 3 . 0 1 9 0 2 6 ;   L a k e   D F ,   2 0 1 4 ,   A N T I O X I D   R E D O X   S I G N ,   V 2 1 ,   P 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / a r s . 2 0 1 3 . 5 5 7 2 ;   L a m - Y u k - T s e u n g   S ,   2 0 0 3 ,   B L O O D ,   V 1 0 1 ,   P 3 6 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 2 - 0 7 - 2 1 0 8 ;   L a m y   P J ,   2 0 1 4 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 4 3 4 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 1 1 ;   L a n g e   H ,   2 0 0 1 ,   E M B O   R E P ,   V 2 ,   P 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / e m b o - r e p o r t s / k v e 1 6 1 ;   L i l l   R ,   2 0 1 4 ,   C U R R   O P I N   M I C R O B I O L ,   V 2 2 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m i b . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 1 5 ;   L i u   G ,   2 0 1 6 ,   J   C E L L   B I O C H E M ,   V 1 1 7 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c b . 2 5 2 6 7 ;   L i u z z i   J P ,   2 0 0 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 3 ,   P 1 3 6 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 0 6 4 2 4 1 0 3 ;   L l o y d   S J ,   1 9 9 9 ,   P R O T E I N   S C I ,   V 8 ,   P 2 6 5 5 ;   L o b e l l o   N ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 6 2 0 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 1 4 9 5 ;   L u i   G Y L ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 1 8 7 4 8 ;   L u o   X M ,   2 0 1 4 ,   B B A - G E N   S U B J E C T S ,   V 1 8 4 0 ,   P 1 0 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a g e n . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 2 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a g e n 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 2 ] ;   M a f f e t t o n e   C ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 0 1 6 3 ;   M a r h o l d   M ,   2 0 1 5 ,   M O L   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 4 1 - 7 7 8 6 . M C R - 1 4 - 0 1 5 3 - T ;   M a r i e - E g y p t i e n n e   D T ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 4 1 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 1 9 ;   M a s t r o g i a n n a k i   M ,   2 0 1 3 ,   B L O O D ,   V 1 2 2 ,   P 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 2 - 1 1 - 4 2 7 7 6 5 ;   M c K i e   A T ,   2 0 0 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 1 ,   P 1 7 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 5 7 2 0 6 ;   M e a c h a m   C E ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 1 ,   P 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 6 2 4 ;   M e r l o t   A M ,   2 0 1 3 ,   A N T I O X I D   R E D O X   S I G N ,   V 1 8 ,   P 9 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / a r s . 2 0 1 2 . 4 5 4 0 ;   M i l l e r   L D ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 1 ,   P 6 7 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 1 8 7 0 ;   M i m s   M P ,   2 0 0 5 ,   H E M A T O L O G Y ,   V 1 0 ,   P 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 2 4 5 3 3 0 5 0 0 0 9 3 4 1 9 ;   M o l l b r i n k   A ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   I M M U N O P A T H   P H ,   V 2 7 ,   P 1 6 9 ;   M y l o n a s   E ,   2 0 1 4 ,   L E U K E M I A ,   V 2 8 ,   P 1 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / l e u . 2 0 1 4 . 1 8 ;   N a m   H ,   2 0 1 3 ,   H A E M A T O L O G I C A ,   V 9 8 ,   P 1 0 4 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 4 / h a e m a t o l . 2 0 1 2 . 0 7 2 3 1 4 ;   O g a w a r a   Y ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 2 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 2 2 0 0 ;   O j o   D ,   2 0 1 5 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 2 2 ,   P 2 3 6 0 ;   O l i v e i r a   L ,   2 0 0 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 7 ,   P 6 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 0 5 7 1 7 9 7 ;   O r i n o   K ,   2 0 0 1 ,   B I O C H E M   J ,   V 3 5 7 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / 0 2 6 4 - 6 0 2 1 : 3 5 7 0 2 4 1 ;   P a u l   V D ,   2 0 1 5 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 8 5 3 ,   P 1 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 1 8 ;   P e i t z s c h   C ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   B I O L ,   V 9 0 ,   P 6 3 6 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 9 5 5 3 0 0 2 . 2 0 1 4 . 9 1 6 8 4 1 ;   P e n g   G ,   2 0 1 5 ,   T R E N D S   P H A R M A C O L   S C I ,   V 3 6 ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i p s . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 3 ;   P e t r a k   J ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   B I O C H E M   C E L L   B ,   V 3 7 ,   P 1 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o c e l . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 0 7 ;   P e y s s o n n a u x   C ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 1 7 ,   P 1 9 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 3 1 3 7 0 ;   P i v a   M ,   2 0 1 4 ,   E M B O   M O L   M E D ,   V 6 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e m m m . 2 0 1 3 0 3 4 1 1 ;   P o i l l e t   L ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 6 6 4 1 ;   P r i g i o n e   A ,   2 0 1 4 ,   S T E M   C E L L S ,   V 3 2 ,   P 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s t e m . 1 5 5 2 ;   R a s p a g l i o   G ,   2 0 1 4 ,   G E N E ,   V 5 4 2 ,   P 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 3 7 ;   R i c h a r d s o n   D R ,   2 0 0 9 ,   B B A - G E N   S U B J E C T S ,   V 1 7 9 0 ,   P 7 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a g e n . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 3 ;   R i c h a r d s o n   D R ,   2 0 0 4 ,   J   L A B   C L I N   M E D ,   V 1 4 4 ,   P 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l a b . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 1 6 ;   R O U A U L T   T A ,   1 9 9 1 ,   C E L L ,   V 6 4 ,   P 8 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 9 1 ) 9 0 3 1 2 - M ;   R o u a u l t   T A ,   2 0 0 8 ,   T R E N D S   G E N E T ,   V 2 4 ,   P 3 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i g . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 0 8 ;   R o u a u l t - P i e r r e   K ,   2 0 1 3 ,   C E L L   S T E M   C E L L ,   V 1 3 ,   P 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e m . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 1 ;   R o y   C N ,   2 0 0 0 ,   B L O O D ,   V 9 6 ,   P 4 0 2 0 ;   S a s a k i   M ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 8 ,   P 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 3 2 3 ;   S c h m i t t   S ,   2 0 1 3 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 4 4 3 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 7 ;   S E L I G M A N   P A ,   1 9 9 2 ,   A M   J   H E M A T O L ,   V 4 1 ,   P 2 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a j h . 2 8 3 0 4 1 0 4 0 3 ;   S e m e n z a   G L ,   2 0 1 6 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 8 6 3 ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 3 6 ;   S e m p o s   C T ,   2 0 0 1 ,   N U T R   R E V ,   V 5 9 ,   P 3 4 4 ;   S h a h   Y M ,   2 0 0 9 ,   C E L L   M E T A B ,   V 9 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 1 2 ;   S h a h e e n   N J ,   2 0 0 3 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 5 ,   P 1 5 4 ;   S h e f t e l   A D ,   2 0 1 2 ,   B B A - G E N   S U B J E C T S ,   V 1 8 2 0 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a g e n . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 2 ;   S h e n t o n   D ,   2 0 0 2 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 7 ,   P 1 6 8 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 2 0 0 5 5 9 2 0 0 ;   S h i   C Y ,   2 0 1 3 ,   C E L L   P H Y S I O L   B I O C H E M ,   V 3 2 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 5 4 4 6 0 ;   S h i r i h a i   O S ,   2 0 0 0 ,   E M B O   J ,   V 1 9 ,   P 2 4 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / e m b o j / 1 9 . 1 1 . 2 4 9 2 ;   S i l v a n   U ,   2 0 0 9 ,   D I F F E R E N T I A T I O N ,   V 7 8 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d i f f . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 0 2 ;   S o l o v i e v   M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 7 3 2 7 ;   S o n g   S ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 1 ,   P 7 6 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 2 7 4 5 ;   T a n   M G K ,   2 0 0 9 ,   E X P   B I O L   M E D ,   V 2 3 4 ,   P 6 9 3 ,   D O I   1 0 . 3 1 8 1 / 0 8 0 7 - R M - 2 2 7 ;   T h o m a s   C ,   2 0 0 4 ,   G U T ,   V 5 3 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 5 3 . 1 . 4 4 ;   T o l e d o   R A ,   2 0 1 3 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 2 0 ,   P 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E R C - 1 3 - 0 1 0 1 ;   T o r t i   F M ,   2 0 0 2 ,   B L O O D ,   V 9 9 ,   P 3 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d . V 9 9 . 1 0 . 3 5 0 5 ;   T o r t i   S u z y   V . ,   2 0 1 3 ,   C r i t i c a l   R e v i e w s   i n   O n c o g e n e s i s ,   V 1 8 ,   P 4 3 5 ;   T o r t i   S V ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 3 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 4 9 5 ;   V u l p e   C D ,   1 9 9 9 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 1 ,   P 1 9 5 ;   W a n g   J ,   2 0 0 4 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 4 ,   P 9 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 2 4 . 3 . 9 5 4 - 9 6 5 . 2 0 0 4 ;   W a n g   W ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 3 - 1 2 2 4 ;   X i a   G B ,   2 0 0 2 ,   U R O L O G Y ,   V 5 9 ,   P 7 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 0 - 4 2 9 5 ( 0 1 ) 0 1 6 0 7 - 7 ;   X u e   X ,   2 0 1 6 ,   C E L L   M E T A B   S ,   V S 1 5 5 0 - 4 1 3 1 ,   P 3 0 3 6 1 ;   Y a m a m o t o   M ,   2 0 1 4 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 3 4 ,   P 1 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 0 0 8 6 5 - 1 3 ;   Y a n   B ,   2 0 1 5 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 5 - 0 1 5 - 1 3 9 4 - 7 ;   Y a n   L J ,   1 9 9 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 4 ,   P 1 1 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 4 . 2 1 . 1 1 1 6 8 ;   Y e   H ,   2 0 1 0 ,   A D V   H E M A T O L ,   V 2 0 1 0 ;   Y e   H ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 0 ,   P 1 7 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 4 0 3 7 2 ;   Z h a o   Z M ,   2 0 1 4 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 5 ,   P 7 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 4 - 1 9 7 8 - x ;   Z h e n   Q ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 1 6 ,   P 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 3 8 4 0 4 7 . 2 0 1 5 . 1 0 1 6 6 8 9 ;   Z u t z   A ,   2 0 0 9 ,   B B A - B I O E N E R G E T I C S ,   V 1 7 8 7 ,   P 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a b i o . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 0 9 	 1 4 0 	 0 	 0 	 7 	 7 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 O R C H A R D   P A R K 	 6 6 6 6   E   Q U A K E R   S T ,   S T E   1 ,   O R C H A R D   P A R K ,   N Y   1 4 1 2 7   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 J A N   2 4 	 2 0 1 7 	 8 	 4 	 	 	 	 	 6 3 7 6 	 6 3 9 8 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 4 0 9 3 	 	 2 3 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E J 5 W G 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 2 8 9 0 0 0 0 8 2 	 2 8 0 3 1 5 2 7 	 
 
 J 	 H u a n g ,   S H ;   T u n g ,   C W 	 	 	 	 H u a n g ,   S h a n - H a n ;   T u n g ,   C h u n - W e i 	 	 	 I d e n t i f i c a t i o n   o f   c o n s e n s u s   b i o m a r k e r s   f o r   p r e d i c t i n g   n o n - g e n o t o x i c   h e p a t o c a r c i n o g e n s 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 C A R B O N I C - A N H Y D R A S E - I I I ;   G E N E - E X P R E S S I O N ;   M E C H A N I S T I C   A S S E S S M E N T ;   C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   R A N D O M   F O R E S T S ;   L I V E R - I N J U R Y ;   R A T S ;   T O X I C O G E N O M I C S ;   C H E M I C A L S ;   C A R C I N O M A 	 T h e   a s s e s s m e n t   o f   n o n - g e n o t o x i c   h e p a t o c a r c i n o g e n s   ( N G H C s )   i s   c u r r e n t l y   r e l y i n g   o n   t w o - y e a r   r o d e n t   b i o a s s a y s .   T o x i c o g e n o m i c s   b i o m a r k e r s   p r o v i d e   a   p o t e n t i a l   a l t e r n a t i v e   m e t h o d   f o r   t h e   p r i o r i t i z a t i o n   o f   N G H C s   t h a t   c o u l d   b e   u s e f u l   f o r   r i s k   a s s e s s m e n t .   H o w e v e r ,   p r e v i o u s   s t u d i e s   u s i n g   i n c o n s i s t e n t l y   c l a s s i f i e d   c h e m i c a l s   a s   t h e   t r a i n i n g   s e t   a n d   a   s i n g l e   m i c r o a r r a y   d a t a s e t   c o n c l u d e d   n o   c o n s e n s u s   b i o m a r k e r s .   I n   t h i s   s t u d y ,   4   c o n s e n s u s   b i o m a r k e r s   o f   A 2 m ,   C a 3 ,   C x c l 1 ,   a n d   C y p 8 b 1   w e r e   i d e n t i f i e d   f r o m   f o u r   l a r g e - s c a l e   m i c r o a r r a y   d a t a s e t s   o f   t h e   o n e - d a y   s i n g l e   m a x i m u m   t o l e r a t e d   d o s e   a n d   a   l a r g e   s e t   o f   c h e m i c a l s   w i t h o u t   i n c o n s i s t e n t   c l a s s i f i c a t i o n s .   M a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e s   w e r e   s u b s e q u e n t l y   a p p l i e d   t o   d e v e l o p   p r e d i c t i o n   m o d e l s   f o r   N G H C s .   T h e   f i n a l   b a g g i n g   d e c i s i o n   t r e e   m o d e l s   w e r e   c o n s t r u c t e d   w i t h   a n   a v e r a g e   A U C   p e r f o r m a n c e   o f   0 . 8 0 3   f o r   a n   i n d e p e n d e n t   t e s t .   A   s e t   o f   1 6   c h e m i c a l s   w i t h   c o n t r o v e r s i a l   c l a s s i f i c a t i o n s   w e r e   r e c l a s s i f i e d   a c c o r d i n g   t o   t h e   c o n s e n s u s   b i o m a r k e r s .   T h e   d e v e l o p e d   p r e d i c t i o n   m o d e l s   a n d   i d e n t i f i e d   c o n s e n s u s   b i o m a r k e r s   a r e   e x p e c t e d   t o   b e   p o t e n t i a l   a l t e r n a t i v e   m e t h o d s   f o r   p r i o r i t i z a t i o n   o f   N G H C s   f o r   f u r t h e r   e x p e r i m e n t a l   v a l i d a t i o n . 	 [ H u a n g ,   S h a n - H a n ;   T u n g ,   C h u n - W e i ]   K a o h s i u n g   M e d   U n i v ,   P h D   P r o g r a m   T o x i c o l ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n ;   [ T u n g ,   C h u n - W e i ]   K a o h s i u n g   M e d   U n i v ,   S c h   P h a r m ,   C o l l   P h a r m ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n ;   [ T u n g ,   C h u n - W e i ]   K a o h s i u n g   M e d   U n i v ,   R e s   C t r   E n v i r o n m   M e d ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n ;   [ T u n g ,   C h u n - W e i ]   N a t l   H l t h   R e s   I n s t ,   N a t l   I n s t   E n v i r o n m   H l t h   S c i ,   Z h u n a n   T o w n s h i p ,   M i a o l i   C o u n t y ,   T a i w a n 	 T u n g ,   C W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a o h s i u n g   M e d   U n i v ,   P h D   P r o g r a m   T o x i c o l ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n . ;   T u n g ,   C W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a o h s i u n g   M e d   U n i v ,   S c h   P h a r m ,   C o l l   P h a r m ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n . ;   T u n g ,   C W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a o h s i u n g   M e d   U n i v ,   R e s   C t r   E n v i r o n m   M e d ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n . ;   T u n g ,   C W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   H l t h   R e s   I n s t ,   N a t l   I n s t   E n v i r o n m   H l t h   S c i ,   Z h u n a n   T o w n s h i p ,   M i a o l i   C o u n t y ,   T a i w a n . 	 c w t u n g @ k m u . e d u . t w 	 T u n g ,   C h u n - W e i / B - 3 7 4 9 - 2 0 0 8 	 T u n g ,   C h u n - W e i / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 3 0 1 1 - 8 4 4 0 	 N a t i o n a l   H e a l t h   R e s e a r c h   I n s t i t u t e s   o f   T a i w a n   [ N H R I - 1 0 5 A 1 - P D C O - 0 3 1 6 1 6 4 ] ;   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   T a i w a n   [ M O S T 1 0 4 - 2 2 2 1 - E - 0 3 7 - 0 0 1 - M Y 3 ] ;   N S Y S U - K M U   J o i n t   R e s e a r c h   P r o j e c t   [ N S Y S U K M U 1 0 5 - I 0 0 7 ] ;   R e s e a r c h   C e n t e r   f o r   E n v i r o n m e n t a l   M e d i c i n e   [ K M U - T P 1 0 4 A 2 5 ] 	 T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   t h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   N a t i o n a l   H e a l t h   R e s e a r c h   I n s t i t u t e s   o f   T a i w a n   ( N H R I - 1 0 5 A 1 - P D C O - 0 3 1 6 1 6 4 ) ,   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   T a i w a n   ( M O S T 1 0 4 - 2 2 2 1 - E - 0 3 7 - 0 0 1 - M Y 3 ) ,   N S Y S U - K M U   J o i n t   R e s e a r c h   P r o j e c t   ( N S Y S U K M U 1 0 5 - I 0 0 7 )   a n d   R e s e a r c h   C e n t e r   f o r   E n v i r o n m e n t a l   M e d i c i n e   ( K M U - T P 1 0 4 A 2 5 ) . 	 A m a r a t u n g a   D ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 2 0 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 3 5 6 ;   A m i r k h a h   R ,   2 0 1 5 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 1 ,   P 2 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 m b 0 0 2 4 5 a ;   A n d e r s o n   S P ,   2 0 0 4 ,   M O L   P H A R M A C O L ,   V 6 6 ,   P 1 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / m o l . 1 0 4 . 0 0 5 4 9 6 ;   A u e r b a c h   S S ,   2 0 1 0 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 4 3 ,   P 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 2 1 ;   B a r d o u   P ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 5 - 2 9 3 ;   B e l t r a n - R a m i r e z   O ,   2 0 1 0 ,   T R A N S L   O N C O L ,   V 3 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / t l o . 0 9 2 9 8 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   C a r t e r   W G ,   2 0 1 5 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 5 8 ,   P 6 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 5 . 0 1 . 1 5 8 ;   C h e n   M J ,   2 0 1 2 ,   T O X I C O L   S C I ,   V 1 3 0 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / t o x s c i / k f s 2 2 3 ;   C h e n   Y K ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 0 0 5 7 ;   D i a z - U r i a r t e   R ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 3 ;   D i e t t e r i c h   T G ,   2 0 0 0 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 0 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 7 6 0 7 5 1 3 9 4 1 ;   E i c h n e r   J ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 7 6 7 8 ;   E l l i n g e r - Z i e g e l b a u e r   H ,   2 0 0 8 ,   M U T A T   R E S - F U N D   M O L   M ,   V 6 3 7 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r f m m m . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 1 0 ;   F i e l d e n   M R ,   2 0 0 7 ,   T O X I C O L   S C I ,   V 9 9 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / t o x s c i / k f m 1 5 6 ;   F i e l d e n   M R ,   2 0 1 1 ,   T O X I C O L   S C I ,   V 1 2 4 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / t o x s c i / k f r 2 0 2 ;   G a n d h i   D ,   2 0 1 5 ,   P E S T I C   B I O C H E M   P H Y S ,   V 1 2 5 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p e s t b p . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 8 ;   G a o   S W ,   2 0 1 6 ,   J A M A   O N C O L ,   V 2 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a o n c o l . 2 0 1 5 . 3 4 1 3 ;   G E H R I N G   M R ,   1 9 8 7 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 6 2 ,   P 4 4 6 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a n a f u s a   H ,   2 0 1 4 ,   T O X I C O L O G Y ,   V 3 2 4 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t o x . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 5 ;   H e n e w e e r   M ,   2 0 0 7 ,   T O X I C O L   S C I ,   V 9 9 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / t o x s c i / k f m 1 5 1 ;   H u a n g   S H ,   2 0 1 5 ,   F O O D   C H E M   T O X I C O L ,   V 7 8 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c t . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 2 0 ;   K a n k i   M ,   2 0 1 6 ,   J   T O X I C O L   S C I ,   V 4 1 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 3 1 / j t s . 4 1 . 2 8 1 ;   K h a r b a n d a   K K ,   2 0 0 9 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 3 8 1 ,   P 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 8 2 ;   K u h a r a   M ,   2 0 1 1 ,   B I O M E D   R E S - T O K Y O ,   V 3 2 ,   P 1 1 1 ;   L i   J ,   2 0 1 0 ,   N A T   C O M M U N ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 0 3 3 ;   L i a w   C ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 3 2 3 5 ;   L i n   N ,   2 0 0 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 5 - 1 5 4 ;   L i u   Z C ,   2 0 1 1 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 4 ,   P 1 0 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 2 0 0 0 6 3 7 ;   M a r s h a l l   E ,   2 0 0 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 6 ,   P 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 3 0 6 . 5 6 9 6 . 6 3 0 ;   M a r u y a m a   O ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 3 4 7 ;   N i e   A Y ,   2 0 0 6 ,   M O L   C A R C I N O G E N ,   V 4 5 ,   P 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m c . 2 0 2 0 5 ;   N i o i   P ,   2 0 0 8 ,   C H E M - B I O L   I N T E R A C T ,   V 1 7 2 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b i . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 9 ;   O s i m i t z   T G ,   2 0 1 3 ,   F O O D   C H E M   T O X I C O L ,   V 6 0 ,   P 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c t . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 2 0 ;   P l a n t   N ,   2 0 0 8 ,   T O X I C O L O G Y ,   V 2 5 4 ,   P 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t o x . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 0 1 ;   Q u i n l a n   J . R . ,   1 9 9 3 ,   C 4   5   P R O G R A M S   M A C H I N ;   R o m e r   M ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 7 6 4 0 ;   R o g e r s   A B ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 7 ,   P 1 1 5 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 1 4 7 9 ;   R u s s e l l   S J ,   2 0 0 3 ,   A R T I F I C I A L   I N T E L L I G E ,   V 2 ;   S c h a p i r e   R .   E . ,   2 0 1 2 ,   B O O S T I N G   F D N   A L G O R I T ;   S h i   L M ,   2 0 0 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 6 - S 2 - S 1 2 ;   S t e f a n o v i c   L ,   2 0 0 5 ,   E X P   B I O L   M E D ,   V 2 3 0 ,   P 5 7 3 ;   T a n   A . C . ,   2 0 0 3 ,   A P P L   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 ,   P 7 5 ;   T u n g   C W ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 4 5 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 7 3 ;   T u n g   C W ,   2 0 1 3 ,   S C I   W O R L D   J ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 7 8 2 0 3 1 ;   T u n g   C . - W . ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   P 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 0 9 1 9 2 - 1 _ 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 0 9 1 9 2 - 1 _ 1 ] ;   T u n g   C . - W . ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   P 2 3 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 9 1 5 9 - 0 _ 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 9 1 5 9 - 0 _ 2 1 ] ;   T u n g   C . - W . ,   P   W O R L D   A C A D   S C I   E N G ,   P 2 6 ;   U e h a r a   T ,   2 0 0 8 ,   T O X I C O L O G Y ,   V 2 5 0 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t o x . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 1 3 ;   U e h a r a   T ,   2 0 1 1 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 5 5 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 0 1 ;   W e r l e - S c h n e i d e r   G ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   T O X I C O L ,   V 2 5 ,   P 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 1 5 8 1 0 6 0 0 8 4 6 9 6 3 ;   W o n g   L L Y ,   2 0 1 1 ,   H U M   E X P   T O X I C O L ,   V 3 0 ,   P 1 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 0 3 2 7 1 1 0 3 9 1 3 8 8 ;   Y a m a d a   F ,   2 0 1 6 ,   J   A P P L   T O X I C O L ,   V 3 6 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j a t . 3 1 8 4 ;   Y a m a d a   F ,   2 0 1 3 ,   J   A P P L   T O X I C O L ,   V 3 3 ,   P 1 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j a t . 2 7 9 0 ;   Y a n g   P Y ,   2 0 1 0 ,   C U R R   B I O I N F O R M ,   V 5 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 7 4 8 9 3 1 0 7 9 4 0 7 2 5 0 8 ;   Z B O R O W S K A S L U I S   D T ,   1 9 7 4 ,   R E S P   P H Y S I O L ,   V 2 1 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 4 - 5 6 8 7 ( 7 4 ) 9 0 0 6 4 - 4 ;   Z h a n g   H ,   2 0 1 6 ,   F O O D   C H E M   T O X I C O L ,   V 9 7 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c t . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 5 ;   Z h u   X ,   2 0 1 1 ,   T O X I C O L   S C I ,   V 1 2 0 ,   P 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / t o x s c i / k f q 3 9 2 	 6 0 	 0 	 0 	 9 	 9 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 J A N   2 4 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 1 1 7 6 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 1 1 7 6 	 	 9 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E I 4 Q S 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 4 7 9 0 0 0 0 0 1 	 2 8 1 1 7 3 5 4 	 
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 L i n g ;   L i u ,   X i a b i ]   B e i j i n g   I n s t   T e c h n o l ,   S c h   C o m p   S c i ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ F e i ,   B a o w e i ]   E m o r y   U n i v ,   C o u l t e r   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   A t l a n t a ,   G A   3 0 3 2 2   U S A ;   [ F e i ,   B a o w e i ]   G e o r g i a   I n s t   T e c h n o l ,   A t l a n t a ,   G A   3 0 3 3 2   U S A 	 L i u ,   X B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B e i j i n g   I n s t   T e c h n o l ,   S c h   C o m p   S c i ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 l i u x i a b i @ b i t . e d u . c n ;   b a o w e i . f e i @ e m o r y . e d u 	 F e i ,   B a o w e i / A - 6 5 0 4 - 2 0 1 1 	 F e i ,   B a o w e i / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 9 1 2 3 - 9 4 8 4 	 U S   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H )   [ C A 1 7 6 6 8 4 ,   C A 1 5 6 7 7 5 ,   C A 2 0 4 2 5 4 ] ;   I n t e r n a t i o n a l   G r a d u a t e   E x c h a n g e   P r o g r a m   o f   B e i j i n g   I n s t i t u t e   o f   T e c h n o l o g y ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 0 9 7 3 0 5 9 ,   8 1 1 7 1 4 0 7 ] ;   P r o g r a m   f o r   N e w   C e n t u r y   E x c e l l e n t   T a l e n t s   i n   U n i v e r s i t i e s   o f   C h i n a   [ N C E T - 1 0 - 0 0 4 4 ] ;   G e o r g i a   R e s e a r c h   A l l i a n c e   ( G R A )   D i s t i n g u i s h e d   C a n c e r   S c i e n t i s t   A w a r d 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   U S   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H )   g r a n t s   ( C A 1 7 6 6 8 4 ,   C A 1 5 6 7 7 5 ,   a n d   C A 2 0 4 2 5 4 ) .   L M   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   I n t e r n a t i o n a l   G r a d u a t e   E x c h a n g e   P r o g r a m   o f   B e i j i n g   I n s t i t u t e   o f   T e c h n o l o g y .   X L   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( G r a n t   n o .   6 0 9 7 3 0 5 9 ,   8 1 1 7 1 4 0 7 )   a n d   t h e   P r o g r a m   f o r   N e w   C e n t u r y   E x c e l l e n t   T a l e n t s   i n   U n i v e r s i t i e s   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   N C E T - 1 0 - 0 0 4 4 ) .   T h e   w o r k   w a s   a l s o   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   G e o r g i a   R e s e a r c h   A l l i a n c e   ( G R A )   D i s t i n g u i s h e d   C a n c e r   S c i e n t i s t   A w a r d   t o   B F . 	 A r m a t o   S G ,   2 0 0 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 0 ,   P 1 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 5 7 3 2 1 0 ;   A r m a t o   S G ,   2 0 0 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 5 ,   P 6 8 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 5 3 0 1 1 3 7 6 ,   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 5 5 3 0 1 1 3 7 6 ] ;   B o e r o e z k y   L ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 0 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 6 . 8 7 2 0 6 3 ;   C h a b a t   F ,   2 0 0 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 8 ,   P 8 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 2 8 3 0 2 0 5 0 5 ;   D e p e u r s i n g e   A ,   2 0 1 1 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 2 3 1 ;   F a r a g   A ,   2 0 1 0 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 6 2 6 ;   F a r a g   A   A ,   2 0 0 4 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 8 5 6 ;   F r e u n d   Y . ,   1 9 9 6 ,   I C M L ,   V 9 6 ,   P 1 4 8 ;   F u k u s h i m a   A ,   2 0 0 4 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 8 3 ,   P 2 9 7 ;   G a n g e h   M   J ,   2 0 1 0 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 5 9 5 ;   G e   Z Y ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 2 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 9 4 4 6 6 7 ;   G R A H A M   R L ,   1 9 8 5 ,   A N N   H I S T   C O M P U T ,   V 7 ,   P 4 3 ;   I w a n o   S ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 2 ,   P 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 1 ;   K i m   K G ,   2 0 0 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 7 ,   P 6 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 7 2 0 4 1 4 6 1 ;   K o h o n e n   T ,   1 9 9 8 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 2 1 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 5 - 2 3 1 2 ( 9 8 ) 0 0 0 3 1 - 9 ;   L e e   M C ,   2 0 1 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 0 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 1 1 ;   L i u   Q ,   2 0 1 4 ,   P R O C   I N T   C   T O O L S   A R T ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C T A I . 2 0 1 4 . 4 7 ;   L i u   X B ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 9 ,   P 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 4 . 2 3 2 7 8 1 1 ;   M a   L ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 4 0 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 1 ;   M u r p h y   K ,   2 0 0 9 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 3 ,   P 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 1 ;   N i k i   N ,   2 0 0 1 ,   I N T   C   S E R ,   V 1 2 3 0 ,   P 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 5 3 1 - 5 1 3 1 ( 0 1 ) 0 0 1 1 8 - 2 ;   O c h s   R A ,   2 0 0 7 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 1 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 7 . 0 3 . 0 0 4 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P r a s a d   M ,   2 0 0 8 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 5 9 ;   P R I M   R C ,   1 9 5 7 ,   A T & T   T E C H   J ,   V 3 6 ,   P 1 3 8 9 ;   S A F A V I A N   S R ,   1 9 9 1 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 2 1 ,   P 6 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 1 . 9 7 4 5 8 ;   S h a h   S K ,   2 0 0 5 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 2 ,   P 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 1 8 ;   S h a h   S K ,   2 0 0 5 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 2 ,   P 1 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 5 . 0 6 . 0 0 5 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 5 4 ;   S l u i m e r   I C ,   2 0 0 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 0 ,   P 3 0 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 6 2 4 7 7 1 ;   S l u i m e r   I C ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 2 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 2 0 7 1 3 1 ;   S o n g   Q B ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 1 . 1 8 1 ;   S o n g   Y ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 4 1 4 4 8 ;   S o r e n s e n   L ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 9 ,   P 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 9 . 2 0 3 8 5 7 5 ;   T h o n n e s   E ,   2 0 1 0 ,   P   M E D   I M   U N D   A N   M I U A ,   P 2 5 ;   T o r r e   L A ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 6 2 ;   U c h i y a m a   Y ,   2 0 0 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 0 ,   P 2 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 5 9 7 4 3 1 ;   U p p a l u r i   R ,   1 9 9 9 ,   A M   J   R E S P   C R I T   C A R E ,   V 1 5 9 ,   P 5 1 9 ;   W a n g   H S ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 6 6 5 7 0 4 ;   W a y   T W ,   2 0 0 9 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 6 ,   P 3 0 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 1 4 0 5 8 9 ;   W i s n i e w s k i   M ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   I N T   C   S I G N   E L   S ,   P 1 ;   X u   R ,   2 0 1 1 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 1 8 3 9 0 ;   X u   Y ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 4 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 6 . 8 7 0 8 8 9 ;   Y a n g   X F ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 6 3 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 5 4 6 5 4 ;   Y a o   J H ,   2 0 1 1 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 8 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 1 3 ;   Z h e n g   B ,   2 0 0 4 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 5 3 7 0 ,   P 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 5 3 3 7 7 4 	 4 6 	 0 	 0 	 5 	 5 	 I O P   P U B L I S H I N G   L T D 	 B R I S T O L 	 T E M P L E   C I R C U S ,   T E M P L E   W A Y ,   B R I S T O L   B S 1   6 B E ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 9 1 5 5 	 1 3 6 1 - 6 5 6 0 	 	 P H Y S   M E D   B I O L 	 P h y s .   M e d .   B i o l . 	 J A N   2 1 	 2 0 1 7 	 6 2 	 2 	 	 	 	 	 6 1 2 	 6 3 2 	 	 1 0 . 1 0 8 8 / 1 3 6 1 - 6 5 6 0 / 6 2 / 2 / 6 1 2 	 	 2 1 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E H 4 N V 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 7 4 8 8 0 0 0 0 5 	 2 8 0 3 3 1 1 6 	 
 
 J 	 K a r s a k o v ,   A ;   B a r t l e t t ,   T ;   R y b l o v ,   A ;   M e y e r o v ,   I ;   I v a n c h e n k o ,   M ;   Z a i k i n ,   A 	 	 	 	 K a r s a k o v ,   A l e x a n d e r ;   B a r t l e t t ,   T h o m a s ;   R y b l o v ,   A r t e m ;   M e y e r o v ,   I o s i f ;   I v a n c h e n k o ,   M i k h a i l ;   Z a i k i n ,   A l e x e y 	 	 	 P a r e n c l i t i c   N e t w o r k   A n a l y s i s   o f   M e t h y l a t i o n   D a t a   f o r   C a n c e r   I d e n t i f i c a t i o n 	 P L O S   O N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 C O M P L E X   N E T W O R K S ;   V A R I A B I L I T Y ;   R I S K 	 W e   m a k e   u s e   o f   i d e a s   f r o m   t h e   t h e o r y   o f   c o m p l e x   n e t w o r k s   t o   i m p l e m e n t   a   m a c h i n e   l e a r n i n g   c l a s s i f i c a t i o n   o f   h u m a n   D N A   m e t h y l a t i o n   d a t a ,   t h a t   c a r r y   s i g n a t u r e s   o f   c a n c e r   d e v e l o p m e n t .   T h e   d a t a   w e r e   o b t a i n e d   f r o m   p a t i e n t s   w i t h   v a r i o u s   k i n d s   o f   c a n c e r s   a n d   r e p r e s e n t e d   a s   p a r e n c l i c t i c   n e t w o r k s ,   w h e r e i n   n o d e s   c o r r e s p o n d   t o   g e n e s ,   a n d   e d g e s   a r e   w e i g h t e d   a c c o r d i n g   t o   p a i r w i s e   v a r i a t i o n   f r o m   c o n t r o l   g r o u p   s u b j e c t s .   W e   d e m o n s t r a t e   t h a t   f o r   t h e   1 0   t y p e s   o f   c a n c e r   u n d e r   s t u d y ,   i t   i s   p o s s i b l e   t o   o b t a i n   a   h i g h   p e r f o r m a n c e   o f   b i n a r y   c l a s s i f i c a t i o n   b e t w e e n   c a n c e r - p o s i t i v e   a n d   n e g a t i v e   s a m p l e s   b a s e d   o n   n e t w o r k   m e a s u r e s .   R e m a r k a b l y ,   a n   a c c u r a c y   a s   h i g h   a s   9 3 - 9 9 %   i s   a c h i e v e d   w i t h   o n l y   1 2   n e t w o r k   t o p o l o g y   i n d i c e s ,   i n   a   d r a m a t i c   r e d u c t i o n   o f   c o m p l e x i t y   f r o m   t h e   o r i g i n a l   1 5 2 9 5   g e n e   m e t h y l a t i o n   l e v e l s .   M o r e o v e r ,   i t   w a s   f o u n d   t h a t   t h e   p a r e n c l i c t i c   n e t w o r k s   a r e   s c a l e - f r e e   i n   c a n c e r - n e g a t i v e   s u b j e c t s ,   a n d   d e v i a t e   f r o m   t h e   p o w e r - l a w   n o d e   d e g r e e   d i s t r i b u t i o n   i n   c a n c e r .   T h e   n o d e   c e n t r a l i t y   r a n k i n g   a n d   a r i s i n g   m o d u l a r   s t r u c t u r e   c o u l d   p r o v i d e   i n s i g h t s   i n t o   t h e   s y s t e m s   b i o l o g y   o f   c a n c e r . 	 [ K a r s a k o v ,   A l e x a n d e r ;   R y b l o v ,   A r t e m ;   I v a n c h e n k o ,   M i k h a i l ;   Z a i k i n ,   A l e x e y ]   L o b a c h e v s k y   S t a t e   U n i v   N i z h n y   N o v g o r o d ,   D e p t   A p p l   M a t h ,   N i z h n i i   N o v g o r o d ,   R u s s i a ;   [ K a r s a k o v ,   A l e x a n d e r ;   R y b l o v ,   A r t e m ;   I v a n c h e n k o ,   M i k h a i l ;   Z a i k i n ,   A l e x e y ]   L o b a c h e v s k y   S t a t e   U n i v   N i z h n y   N o v g o r o d ,   C t r   B i o i n f o r m a t ,   N i z h n i i   N o v g o r o d ,   R u s s i a ;   [ B a r t l e t t ,   T h o m a s ;   Z a i k i n ,   A l e x e y ]   U C L ,   I n s t   W o m e n s   H l t h ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ B a r t l e t t ,   T h o m a s ;   Z a i k i n ,   A l e x e y ]   U C L ,   D e p t   M a t h ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ M e y e r o v ,   I o s i f ]   L o b a c h e v s k y   S t a t e   U n i v   N i z h n y   N o v g o r o d ,   D e p t   M a t h   S o f t w a r e   &   H i g h   P e r f o r m a n c e   C o m p ,   N i z h n i i   N o v g o r o d ,   R u s s i a 	 Z a i k i n ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   L o b a c h e v s k y   S t a t e   U n i v   N i z h n y   N o v g o r o d ,   D e p t   A p p l   M a t h ,   N i z h n i i   N o v g o r o d ,   R u s s i a . ;   Z a i k i n ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   L o b a c h e v s k y   S t a t e   U n i v   N i z h n y   N o v g o r o d ,   C t r   B i o i n f o r m a t ,   N i z h n i i   N o v g o r o d ,   R u s s i a . ;   Z a i k i n ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U C L ,   I n s t   W o m e n s   H l t h ,   L o n d o n ,   E n g l a n d . ;   Z a i k i n ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U C L ,   D e p t   M a t h ,   L o n d o n ,   E n g l a n d . 	 a l e x e y . z a i k i n @ u c l . a c . u k 	 I v a n c h e n k o ,   M i k h a i l / J - 7 0 4 5 - 2 0 1 3 	 	 R u s s i a n   F o u n d a t i o n   f o r   B a s i c   R e s e a r c h   [ 1 4 - 0 4 - 0 1 2 0 2 ] ;   R u s s i a n   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   a n d   S c i e n c e   [ 2 1 8 ] ;   R u s s i a n   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ 1 4 - 1 2 - 0 0 8 1 1 ] 	 T h e   a u t h o r s   a c k n o w l e d g e   R u s s i a n   F o u n d a t i o n   f o r   B a s i c   R e s e a r c h ,   g r a n t   N o .   1 4 - 0 4 - 0 1 2 0 2   a n d   R u s s i a n   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   a n d   S c i e n c e ,   a g r e e m e n t   f r o m   2 0 . 0 7 . 2 0 1 5   a c c o r d i n g   t o   R u s s i a n   G o v e r n m e n t   S t a t e m e n t   N o .   2 1 8   ( A . R . ,   I . M . ,   A . Z . ) .   M . I .   a c k n o w l e d g e s   s u p p o r t   o f   R u s s i a n   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   g r a n t   N o .   1 4 - 1 2 - 0 0 8 1 1   ( n e t w o r k   s t a t i s t i c s   a n a l y s i s ) .   C o m p u t a t i o n s   w e r e   c a r r i e d   o u t   o n   t h e   L o b a c h e v s k y   U n i v e r s i t y   s u p e r c o m p u t e r .   T h e   f u n d e r s   h a d   n o   r o l e   i n   s t u d y   d e s i g n ,   d a t a   c o l l e c t i o n   a n d   a n a l y s i s ,   d e c i s i o n   t o   p u b l i s h ,   o r   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p t . 	 A l b e r t   R ,   2 0 0 2 ,   R E V   M O D   P H Y S ,   V 7 4 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / R e v M o d P h y s . 7 4 . 4 7 ;   B a r t l e t t   T E ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 4 5 7 3 ;   B a r t l e t t   T E ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 8 2 8 5 ;   B o c c a l e t t i   S ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   R E P ,   V 4 2 4 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y s r e p . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 0 9 ;   B r e i m a n   L . ,   2 0 0 1 ,   R A N D O M   F O R E S T S   M A C H I ,   P 3 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C h r i s t e n s e n   B C ,   2 0 0 9 ,   P L O S   G E N E T ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 0 6 0 2 ;   C o l l i n s   F S ,   2 0 0 7 ,   S C I   A M ,   V 2 9 6 ,   P 5 0 ;   C o o n e y   C A ,   2 0 0 7 ,   D I S   M A R K E R S ,   V 2 3 ,   P 1 2 1 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   F e i n b e r g   A P ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 7 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 1 7 4 8 ;   F R E E M A N   L C ,   1 9 7 9 ,   S O C   N E T W O R K S ,   V 1 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 7 8 - 8 7 3 3 ( 7 8 ) 9 0 0 2 1 - 7 ;   H a n s e n   K D ,   2 0 1 1 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 3 ,   P 7 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 8 6 5 ;   H u b e r t y   C ,   2 0 0 5 ,   M A H A L A N O B I S   D I S T A N C E ;   J a f f e   A E ,   2 0 1 2 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 3 ,   P 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x r 0 1 3 ;   L a t o r a   V ,   2 0 0 1 ,   P H Y S   R E V   L E T T ,   V 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v L e t t . 8 7 . 1 9 8 7 0 1 ;   T e s c h e n d o r f f   A E ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   M E D ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g m 3 2 3 ;   T e s c h e n d o r f f   A E ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 1 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 1 7 0 ;   Z a n i n   M ,   2 0 1 1 ,   C H A O S ,   V 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 3 6 0 8 1 2 6 ;   Z a n i n   M ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 5 1 1 2 	 1 9 	 0 	 0 	 6 	 6 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 J A N   2 0 	 2 0 1 7 	 1 2 	 1 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 6 9 6 6 1 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 6 9 6 6 1 	 	 1 1 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E I 3 Q C 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 4 0 5 3 0 0 0 3 5 	 2 8 1 0 7 3 6 5 	 
 
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 N a n o t e c n o l ,   P i a z z a   L e o n a r d o   d a   V i n c i   3 2 ,   I - 2 0 1 3 3   M i l a n ,   I t a l y ;   [ P a g a n o n i ,   A n n a   M a r i a ]   P o l i t e c n   M i l a n ,   D i p a r t i m e n t o   M a t e m a t ,   P i a z z a   L e o n a r d o   d a   V i n c i   3 2 ,   I - 2 0 1 3 3   M i l a n ,   I t a l y ;   [ I e v a ,   F r a n c e s c a ]   U n i v   M i l a n ,   D i p a r t i m e n t o   M a t e m a t ,   V i a   S a l d i n i   5 0 ,   I - 2 0 1 3 3   M i l a n ,   I t a l y ;   [ A b b a t e ,   F r a n c e s c a ;   C a s s a n o ,   E n r i c o ]   E u r o p e a n   I n s t   O n c o l ,   B r e a s t   I m a g i n g   U n i t ,   V i a   G   R i p a m o n t i   4 3 5 ,   I - 2 0 1 4 1   M i l a n ,   I t a l y ;   [ Q u a r t o ,   G i o v a n n a ]   D a t a m e d   S r l ,   V i a   A c h i l l e   G r a n d i   4 - 6 ,   I - 2 0 0 6 8   P e s c h i e r a   G a r d a ,   I t a l y 	 T a r o n i ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   P o l i t e c n   M i l a n ,   D i p a r t i m e n t o   F i s ,   P i a z z a   L e o n a r d o   d a   V i n c i   3 2 ,   I - 2 0 1 3 3   M i l a n ,   I t a l y . ;   T a r o n i ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C N R ,   I s t   F o t o n   &   N a n o t e c n o l ,   P i a z z a   L e o n a r d o   d a   V i n c i   3 2 ,   I - 2 0 1 3 3   M i l a n ,   I t a l y . 	 p a o l a . t a r o n i @ p o l i m i . i t 	 	 I e v a ,   F r a n c e s c a / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 0 1 6 5 - 1 9 8 3 ;   T a r o n i ,   P a o l a / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 7 4 8 6 - 0 0 0 1 	 E u r o p e a n   U n i o n   [ 7 3 1 8 7 7 ] 	 W e   a c k n o w l e d g e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   t h e   E u r o p e a n   U n i o n ' s   H o r i z o n   2 0 2 0   r e s e a r c h   a n d   i n n o v a t i o n   p r o g r a m   u n d e r   G r a n t   A g r e e m e n t   N o .   7 3 1 8 7 7   S O L U S :   S m a r t   O p t i c a L   a n d   U l t r a S o u n d   d i a g n o s t i c s   o f   b r e a s t   c a n c e r . 	 A n d e r s o n   P G ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 7 3 2 2 ;   B a s s i   A ,   2 0 0 7 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 5 ,   P 1 4 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 5 . 0 1 4 4 8 2 ;   C a l o n g e   N ,   2 0 0 9 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 5 1 ,   P 7 1 6 ;   C h o e   R ,   2 0 0 9 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 1 0 3 3 2 5 ;   C h r i s t i a n s e n   C L ,   2 0 0 0 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 2 ,   P 1 6 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 9 2 . 2 0 . 1 6 5 7 ;   C U B E D D U   R ,   1 9 9 4 ,   I E E E   J   Q U A N T U M   E L E C T ,   V 3 0 ,   P 2 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 . 3 2 8 6 1 6 ;   C u l p   M . ,   2 0 1 2 ,   A D A   R   P A C K A G E   S T O C H A ;   C u l p   M ,   2 0 0 6 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 1 7 ,   P 1 ;   D e l   B i a n c o   S ,   2 0 0 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 7 ,   P 4 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 7 / 2 3 / 3 0 1 ;   D u r d u r a n   T ,   2 0 1 0 ,   R E P   P R O G   P H Y S ,   V 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 4 - 4 8 8 5 / 7 3 / 7 / 0 7 6 7 0 1 ;   F a n g   Q Q ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 8 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 0 0 8 2 1 7 6 ;   F a n t i n i   S ,   2 0 1 2 ,   A N N   B I O M E D   E N G ,   V 4 0 ,   P 3 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 3 9 - 0 1 1 - 0 4 0 4 - 4 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 0 0 ,   A N N   S T A T ,   V 2 8 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o s / 1 0 1 6 2 1 8 2 2 3 ;   G i b s o n   A ,   2 0 0 9 ,   P H I L O S   T   R   S O C   A ,   V 3 6 7 ,   P 3 0 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s t a . 2 0 0 9 . 0 0 8 0 ;   G r o s e n i c k   D ,   1 9 9 9 ,   A P P L   O P T I C S ,   V 3 8 ,   P 2 9 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / A O . 3 8 . 0 0 2 9 2 7 ;   G r o s e n i c k   D ,   2 0 1 6 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 2 1 . 9 . 0 9 1 3 1 1 ;   H A S K E L L   R C ,   1 9 9 4 ,   J   O P T   S O C   A M   A ,   V 1 1 ,   P 2 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 1 1 . 0 0 2 7 2 7 ;   H u b b a r d   R A ,   2 0 1 1 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 5 5 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / 0 0 0 3 - 4 8 1 9 - 1 5 5 - 8 - 2 0 1 1 1 0 1 8 0 - 0 0 0 0 4 ;   I n g m a n   W V ,   2 0 0 6 ,   D E V   D Y N A M ,   V 2 3 5 ,   P 3 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / d v d y . 2 0 9 7 2 ;   K e e l y   P J ,   2 0 1 1 ,   J   M A M M A R Y   G L A N D   B I O L ,   V 1 6 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 1 - 0 1 1 - 9 2 2 6 - 0 ;   K e r l i k o w s k e   K ,   2 0 1 3 ,   J A M A   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 3 ,   P 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a i n t e r n m e d . 2 0 1 3 . 3 0 7 ;   K u k r e t i   S ,   2 0 1 0 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 4 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 0 9 0 8 2 1 3 4 ;   L a u b y - S e c r e t a n   B ,   2 0 1 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 2 ,   P 2 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M s r 1 5 0 4 3 6 3 ;   L e f f   D R ,   2 0 0 8 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 0 8 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 7 - 9 5 8 2 - z ;   L e p r o u x   A ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 3 4 8 5 ;   L U P A R E L L O   C ,   1 9 8 7 ,   B   M O L   B I O L   M E D ,   V 1 2 ,   P 4 9 ;   L U P A R E L L O   C ,   1 9 8 8 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 1 6 9 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 3 - 2 6 9 7 ( 8 8 ) 9 0 2 5 2 - 7 ;   L u p a r e l l o   C . ,   2 0 1 3 ,   J   C A R C I N O G   M U T A G E N   S ,   V S 1 3 ;   M a n l y   B .   F .   J . ,   1 9 8 6 ,   M U L T I V A R I A T E   S T A T   M E ,   V 6 ;   M a n t o n   D J ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 4 ,   P 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 2 9 4 8 ;   P A T T E R S O N   M S ,   1 9 8 9 ,   A P P L   O P T I C S ,   V 2 8 ,   P 2 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / A O . 2 8 . 0 0 2 3 3 1 ;   P e s a r i n   F . ,   2 0 1 0 ,   P E R M U T A T I O N   T E S T S   C O ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 0 4 7 0 6 8 9 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 0 4 7 0 6 8 9 5 1 6 ] ;   P i f f e r i   A ,   2 0 0 7 ,   R E V   S C I   I N S T R U M ,   V 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 2 7 3 5 5 6 7 ;   P o g u e   B W ,   2 0 0 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 9 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 6 9 1 0 2 8 ;   P r o v e n z a n o   P P ,   2 0 0 6 ,   B M C   M E D ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 1 - 7 0 1 5 - 4 - 3 8 ;   P U C C I M I N A F R A   I ,   1 9 9 1 ,   J   S U B M I C R   C Y T O L   P A T H ,   V 2 3 ,   P 6 7 ;   Q u a r t o   G ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 5 ,   P 3 6 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 5 . 0 0 3 6 8 4 ;   S a l z   T ,   2 0 1 0 ,   P S Y C H O - O N C O L O G Y ,   V 1 9 ,   P 1 0 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 1 6 7 6 ;   S a s s a r o l i   A ,   2 0 0 6 ,   J   O P T   S O C   A M   A ,   V 2 3 ,   P 2 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 2 3 . 0 0 2 1 0 5 ;   S h a h   N ,   2 0 0 3 ,   D I S   M A R K E R S ,   V 1 9 ,   P 9 5 ;   S h a h   N ,   2 0 0 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 9 ,   P 5 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 6 9 5 5 6 0 ;   T a r o n i   P ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 8 9 4 1 ;   T a r o n i   P ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 8 . 6 . 0 6 0 5 0 7 ;   T a r o n i   P ,   2 0 0 9 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 2 5 1 0 5 1 ;   T a r o n i   P ,   2 0 0 9 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 7 ,   P 1 5 9 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 7 . 0 1 5 9 3 2 ;   T h a k u r   S B ,   2 0 1 1 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 3 ,   P 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 2 4 9 3 ;   T o s t e s o n   A N A ,   2 0 1 4 ,   J A M A   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 4 ,   P 9 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a i n t e r n m e d . 2 0 1 4 . 9 8 1 ;   I n t e s   X a v i e r ,   2 0 1 4 ,   C U R R   M E D   I M A G I N G   R E V ,   V 8 ;   W a l k e r   R A ,   2 0 0 1 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 3 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 2 8 7 ;   W a n g   J Z ,   2 0 0 8 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 9 5 6 6 6 2 ;   W a n g   X ,   2 0 0 5 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 0 9 8 6 0 7 ;   Z h a n g   K ,   2 0 1 3 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 5 ,   P 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 2 7 4 3 ;   Z h a o   Y ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 2 0 . 5 . 0 5 6 0 0 9 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 2 ,   L A N C E T ,   V 3 8 0 ,   P 1 6 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 2 ) 6 1 6 1 1 - 0 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 5 ,   I A R C   H D B   C A N C   P R E V E N ,   V 1 5 	 5 5 	 0 	 0 	 7 	 7 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 J A N   1 6 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 0 6 8 3 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 0 6 8 3 	 	 1 1 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E H 9 P N 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 1 0 3 4 0 0 0 0 1 	 2 8 0 9 1 5 9 6 	 
 
 J 	 W a l i ,   V B ;   L a n g d o n ,   C G ;   H e l d ,   M A ;   P l a t t ,   J T ;   P a t w a r d h a n ,   G A ;   S a f o n o v ,   A ;   A k t a s ,   B ;   P u s z t a i ,   L ;   S t e r n ,   D F ;   H a t z i s ,   C 	 	 	 	 W a l i ,   V i k r a m   B . ;   L a n g d o n ,   C a s e y   G . ;   H e l d ,   M a t t h e w   A . ;   P l a t t ,   J a m e s   T . ;   P a t w a r d h a n ,   G a u r i   A . ;   S a f o n o v ,   A n t o n ;   A k t a s ,   B i l g e ;   P u s z t a i ,   L a j o s ;   S t e r n ,   D a v i d   F . ;   H a t z i s ,   C h r i s t o s 	 	 	 S y s t e m a t i c   D r u g   S c r e e n i n g   I d e n t i f i e s   T r a c t a b l e   T a r g e t e d   C o m b i n a t i o n   T h e r a p i e s   i n   T r i p l e - N e g a t i v e   B r e a s t   C a n c e r 	 C A N C E R   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 P H A S E - I ;   S O L I D   T U M O R S ;   C E L L S ;   I N H I B I T I O N ;   C A R B O P L A T I N ;   S E N S I T I V I T Y ;   P A C L I T A X E L ;   R E S I S T A N C E ;   S U R V I V I N ;   M E L A N O M A 	 T r i p l e - n e g a t i v e   b r e a s t   c a n c e r   ( T N B C )   r e m a i n s   a n   a g g r e s s i v e   d i s e a s e   w i t h o u t   e f f e c t i v e   t a r g e t e d   t h e r a p i e s .   I n   t h i s   s t u d y ,   w e   a d d r e s s e d   t h i s   c h a l l e n g e   b y   t e s t i n g   1 2 8   F D A - a p p r o v e d   o r   i n v e s t i g a t i o n a l   d r u g s   a s   e i t h e r   s i n g l e   a g e n t s   o r   i n   7 6 8   p a i r w i s e   d r u g   c o m b i n a t i o n s   i n   T N B C   c e l l   l i n e s   t o   i d e n t i f y   s y n e r g i s t i c   c o m b i n a t i o n s   t r a c t a b l e   t o   c l i n i c a l   t r a n s l a t i o n .   M e d i u m - t h r o u g h p u t   r e s u l t s   w e r e   s c r u t i n i z e d   a n d   e x t e n s i v e l y   a n a l y z e d   f o r   s e n s i t i v i t y   p a t t e r n s ,   s y n e r g y ,   a n t i c a n c e r   a c t i v i t y ,   a n d   w e r e   v a l i d a t e d   i n   l o w - t h r o u g h p u t   e x p e r i m e n t s .   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   r e v e a l e d   t h a t   a   f r a c t i o n   o f   a l l   u p r e g u l a t e d   o r   d o w n r e g u l a t e d   g e n e s   o f   a   p a r t i c u l a r   t a r g e t e d   p a t h w a y   c o u l d   p a r t l y   e x p l a i n   c e l l   s e n s i t i v i t y   t o w a r d   a g e n t s   t a r g e t i n g   t h a t   p a t h - w a y .   C o m b i n a t i o n   t h e r a p i e s   d e e m e d   i m m e d i a t e l y   t r a c t a b l e   t o   t r a n s l a t i o n   i n c l u d e d   A B T - 2 6 3 / c r i z o t i n i b ,   A B T - 2 6 3 / p a c l i t a x e l ,   p a c l i t a x e l / J Q 1 ,   A B T - 2 6 3 / X L - 1 8 4 ,   a n d   p a c l i t a x e l / n u t l i n - 3 ,   a l l   o f   w h i c h   e x h i b i t e d   s y n e r g i s t i c   a n t i p r o l i f e r a t i v e   a n d   a p o p t o t i c   a c t i v i t y   i n   m u l t i p l e   T N B C   b a c k g r o u n d s .   M e c h a n i s t i c   i n v e s t i g a t i o n s   o f   t h e   A B T - 2 6 3 / c r i z o t i n i b   c o m b i n a t i o n   o f f e r i n g   a   p o t e n t i a l l y   r a p i d   p a t h   t o   c l i n i c   d e m o n s t r a t e d   R T K   b l o c k a d e ,   i n h i b i t i o n   o f   m i t o g e n i c   s i g n a l i n g ,   a n d   p r o a p o p t o t i c   s i g n a l   i n d u c t i o n   i n   b a s a l   a n d   m e s e n c h y m a l   s t e m - l i k e   T N B C .   O u r   f i n d i n g s   p r o v i d e   p r e c l i n i c a l   p r o o f   o f   c o n c e p t   f o r   s e v e r a l   c o m b i n a t i o n   t r e a t m e n t s   o f   T N B C ,   w h i c h   o f f e r   n e a r - t e r m   p r o s p e c t s   f o r   c l i n i c a l   t r a n s l a t i o n .   ( C )   2 0 1 6   A A C R . 	 [ W a l i ,   V i k r a m   B . ;   P l a t t ,   J a m e s   T . ;   P a t w a r d h a n ,   G a u r i   A . ;   S a f o n o v ,   A n t o n ;   A k t a s ,   B i l g e ;   P u s z t a i ,   L a j o s ;   H a t z i s ,   C h r i s t o s ]   Y a l e   U n i v ,   Y a l e   S c h   M e d ,   S e c t   M e d   O n c o l ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 2 0   U S A ;   [ W a l i ,   V i k r a m   B . ;   P u s z t a i ,   L a j o s ;   S t e r n ,   D a v i d   F . ;   H a t z i s ,   C h r i s t o s ]   Y a l e   C a n c   C t r ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 1 0   U S A ;   [ L a n g d o n ,   C a s e y   G . ;   H e l d ,   M a t t h e w   A . ;   S t e r n ,   D a v i d   F . ]   Y a l e   U n i v ,   Y a l e   S c h   M e d ,   D e p t   P a t h o l ,   N e w   H a v e n ,   C T   U S A 	 H a t z i s ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y a l e   U n i v ,   Y a l e   S c h   M e d ,   S e c t   M e d   O n c o l ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 2 0   U S A . ;   H a t z i s ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y a l e   C a n c   C t r ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 1 0   U S A . ;   W a l i ,   V B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y a l e   U n i v ,   S c h   M e d ,   Y a l e   C a n c   C t r ,   3 3 3   C e d a r   S t ,   N e w   H a v e n ,   C T   0 6 5 1 0   U S A . 	 v i k r a m . w a l i @ y a l e . e d u ;   c h r i s t o s . h a t z i s @ y a l e . e d u 	 	 	 B r e a s t   C a n c e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   a n   a w a r d   f r o m   t h e   B r e a s t   C a n c e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   t o   L .   P u s z t a i . 	 A n d e r s   C K ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 4 7 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 0 - 0 9 3 9 ;   B a r r e t i n a   J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 3 ;   C a r e y   L A ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 0 ,   P 2 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 0 . 3 4 . 5 5 7 9 ;   C h e n g   S M ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   P H A R M A C O L ,   V 1 7 2 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b p h . 1 2 9 3 5 ;   C h o u   T C ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 0 ,   P 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 9 - 1 9 4 7 ;   C l e m e n s   M R ,   2 0 1 5 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 4 9 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 4 - 3 2 3 8 - 6 ;   C o l a v i t o   S A ,   2 0 1 4 ,   B R E A S T   C A N C   R E S ,   V 1 6 ;   D e b e n   C ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 2 2 6 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 4 4 3 3 ;   D i e t r i c h   M F ,   2 0 1 5 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 1 0 ,   p E 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 8 ;   E r r i c o   A l e s s i a ,   2 0 1 4 ,   N a t   R e v   C l i n   O n c o l ,   V 1 1 ,   P 1 2 4 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 4 . 2 1 ,   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 4 . 2 7 ] ;   F a l c h o o k   G S ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 1 0 2 8 0 ;   F i t z g e r a l d   J B ,   2 0 0 6 ,   N A T   C H E M   B I O L ,   V 2 ,   P 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c h e m b i o 8 1 7 ;   F u   L L ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 5 5 0 1 ;   G a n d h i   L ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 9 ,   P 9 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 0 . 3 1 . 6 2 0 8 ;   G a r n e t t   M J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 5 ;   G a u l e   P B ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   O P I N   T H E R   T A R ,   V 1 8 ,   P 9 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 4 7 2 8 2 2 2 . 2 0 1 4 . 9 3 8 0 5 0 ;   G o o d w i n   C M ,   2 0 1 5 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 2 2 ,   P 2 0 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 1 5 . 7 3 ;   G R E C O   W R ,   1 9 9 5 ,   P H A R M A C O L   R E V ,   V 4 7 ,   P 3 3 1 ;   H a t a   A N ,   2 0 1 6 ,   N A T   M E D ,   V 2 2 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 4 0 4 0 ;   H a t z i s   C ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 4 0 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 0 7 2 5 ;   H e d l e y   D ,   2 0 1 6 ,   L E U K E M I A   L Y M P H O M A ,   V 5 7 ,   P 2 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 0 4 2 8 1 9 4 . 2 0 1 6 . 1 1 3 8 2 9 3 ;   H e l d   M A ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 3 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 2 - 0 4 0 8 ;   H u a n g   R L ,   2 0 1 1 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 1 8 6 2 ;   K h o o   K H ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n r d 4 2 3 6 ,   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 4 2 8 8 ] ;   K i m   Y J ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 4 ,   P 2 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 5 6 6 ;   K o b o l d t   D C ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 0 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 4 1 2 ;   L a n g d o n   C G ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 3 7 4 1 9 ;   L a n g d o n   C a s e y   G ,   2 0 1 5 ,   P i g m e n t   C e l l   M e l a n o m a   R e s ,   V 2 8 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / p c m r . 1 2 3 7 6 ;   L e h m a n n   B D ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 1 ,   P 2 7 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 4 5 0 1 4 ;   L i e d t k e   C ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 1 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 7 . 1 4 . 4 1 4 7 ;   M a r c o t t e   R ,   2 0 1 6 ,   C E L L ,   V 1 6 4 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 6 2 ;   M a t h e w s   G r i n e r   L A ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 2 3 4 9 ;   M e y e r   A S ,   2 0 1 3 ,   S C I   S I G N A L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i s i g n a l . 2 0 0 4 1 5 5 ;   O ' D a y   S J ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 1 ,   P 1 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 2 . 4 4 . 5 5 8 5 ;   O ' T o o l e   S A ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 6 6 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c l i n p a t h - 2 0 1 2 - 2 0 1 3 6 1 ;   P a p a d o p o u l o s   K P ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   C H E M O T H   P H A R M ,   V 7 2 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 8 0 - 0 1 3 - 2 2 6 7 - x ;   R u d i n   C M ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   P 3 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 1 - 3 0 9 0 ;   S a r t i   M ,   2 0 1 3 ,   O N C O L   R E P ,   V 3 0 ,   P 8 2 4 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 3 . 2 5 0 2 ;   S c a n n e l l   J W ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 1 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 3 6 8 1 ;   S h i   J ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 5 ,   P 2 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 2 8 ;   S h u   S K ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E ,   V 5 2 9 ,   P 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 6 5 0 8 ;   S t a m e l o s   V A ,   2 0 1 3 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 1 2 8 ,   P 3 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 1 9 ;   T a n   N ,   2 0 1 1 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 7 ,   P 1 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 0 - 2 3 5 3 ;   T a n   X ,   2 0 1 2 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 0 ,   P 1 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 3 9 1 ;   V l a h o v i c   G ,   2 0 1 4 ,   I N V E S T   N E W   D R U G ,   V 3 2 ,   P 9 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 3 7 - 0 1 4 - 0 1 1 6 - 3 ;   W a l i   V B ,   2 0 0 7 ,   L I P I D S ,   V 4 2 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 4 5 - 0 0 7 - 3 1 0 2 - 0 ;   W a n g   C H ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 0 9 1 3 ;   W e i r   S J ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 1 0 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 3 4 3 9 	 4 8 	 0 	 0 	 4 	 4 	 A M E R   A S S O C   C A N C E R   R E S E A R C H 	 P H I L A D E L P H I A 	 6 1 5   C H E S T N U T   S T ,   1 7 T H   F L O O R ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 6 - 4 4 0 4   U S A 	 0 0 0 8 - 5 4 7 2 	 1 5 3 8 - 7 4 4 5 	 	 C A N C E R   R E S 	 C a n c e r   R e s . 	 J A N   1 5 	 2 0 1 7 	 7 7 	 2 	 	 	 	 	 5 6 6 	 5 7 8 	 	 1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 6 - 1 9 0 1 	 	 1 3 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E J 4 M F 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 1 9 0 6 0 0 0 3 3 	 2 7 8 7 2 0 9 8 	 
 
 J 	 B r i n d h a ,   E ;   R a j a s e k a r a n ,   R ;   A r u n a ,   P ;   K o t e e s w a r a n ,   D ;   G a n e s a n ,   S 	 	 	 	 B r i n d h a ,   E l u m a l a i ;   R a j a s e k a r a n ,   R a m u ;   A r u n a ,   P r a k a s a r a o ;   K o t e e s w a r a n ,   D o r n a d u l a ;   G a n e s a n ,   S i n g a r a v e l u 	 	 	 H i g h   w a v e n u m b e r   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   i n   t h e   c h a r a c t e r i z a t i o n   o f   u r i n a r y   m e t a b o l i t e s   o f   n o r m a l   s u b j e c t s ,   o r a l   p r e m a l i g n a n t   a n d   m a l i g n a n t   p a t i e n t s 	 S P E C T R O C H I M I C A   A C T A   P A R T   A - M O L E C U L A R   A N D   B I O M O L E C U L A R   S P E C T R O S C O P Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H i g h   w a v e n u m b e r   R a m a n   s p e c t r o s c o p y ;   U r i n e ;   O r a l   p r e m a l i g n a n t ;   F l a v i n s ;   T r y p t o p h a n ;   P h e n y l a l a n i n e ;   P C - L D A 	 I N - V I V O ;   A U T O F L U O R E S C E N C E   S P E C T R O S C O P Y ;   O P T I C A L   D I A G N O S I S ;   C A N C E R ;   T I S S U E ;   T R Y P T O P H A N ;   C A R C I N O M A ;   M I C R O S P E C T R O S C O P Y ;   D I S C R I M I N A T I O N ;   I D E N T I F I C A T I O N 	 U r i n e   h a s   e m e r g e d   a s   o n e   o f   t h e   d i a g n o s t i c a l l y   p o t e n t i a l   b i o   f l u i d s ,   a s   i t   h a s   m a n y   m e t a b o l i t e s .   A s   t h e   c o n c e n t r a t i o n   a n d   t h e   p h y s i o c h e m i c a l   p r o p e r t i e s   o f   t h e   u r i n a r y   m e t a b o l i t e s   m a y   v a r y   u n d e r   p a t h o l o g i c a l   t r a n s f o r m a t i o n ,   R a m a n   s p e c t r o s c o p i c   c h a r a c t e r i z a t i o n   o f   u r i n e   h a s   b e e n   e x p l o i t e d   a s   a   s i g n i f i c a n t   t o o l   i n   i d e n t i f y i n g   s e v e r a l   d i s e a s e d   c o n d i t i o n s ,   i n c l u d i n g   c a n c e r s .   I n   t h e   p r e s e n t   s t u d y ,   a n   a t t e m p t   w a s   m a d e   t o   s t u d y   t h e   h i g h   w a v e n u m b e r   ( H W V N )   R a m a n   s p e c t r o s c o p i c   c h a r a c t e r i z a t i o n   o f   u r i n e   s a m p l e s   o f   n o r m a l   s u b j e c t s ,   o r a l   p r e m a l i g n a n t   a n d   m a l i g n a n t   p a t i e n t s .   I t   i s   c o n c l u d e d   t h a t   t h e   u r i n a r y   m e t a b o l i t e s   f l a v o p r o t e i n s ,   t r y p t o p h a n   a n d   p h e n y l a l a n i n e   a r e   r e s p o n s i b l e   f o r   t h e   o b s e r v e d   s p e c t r a l   v a r i a t i o n s   b e t w e e n   t h e   n o r m a l   a n d   a b n o r m a l   g r o u p s .   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s - b a s e d   l i n e a r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   w a s   c a r r i e d   o u t   t o   v e r i f y   t h e   d i a g n o s t i c   p o t e n t i a l i t y   o f   t h e   p r e s e n t   t e c h n i q u e .   T h e   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   p e r f o r m e d   a c r o s s   n o r m a l   a n d   o r a l   p r e m a l i g n a n t   s u b j e c t s   c l a s s i f i e s   9 5 . 6 %   o f   t h e   o r i g i n a l   a n d   9 4 . 9 %   o f   t h e   c r o s s - v a l i d a t e d ,   g r o u p e d   c a s e s   c o r r e c t l y .   I n   t h e   s e c o n d   a n a l y s i s   p e r f o r m e d   a c r o s s   n o r m a l   a n d   o r a l   m a l i g n a n t   g r o u p s ,   t h e   a c c u r a c y   o f   t h e   o r i g i n a l   a n d   c r o s s - v a l i d a t e d   g r o u p e d   c a s e s   w a s   9 6 . 4 %   a n d   9 2 . 1 %   r e s p e c t i v e l y .   S i m i l a r l y ,   t h e   t h i r d   a n a l y s i s   p e r f o r m e d   a c r o s s   t h r e e   g r o u p s ,   n o r m a l ,   o r a l   p r e m a l i g n a n t   a n d   m a l i g n a n t   g r o u p s ,   c l a s s i f i e s   9 3 . 3 %   a n d   9 1 . 2 %   o f   t h e   o r i g i n a l   a n d   c r o s s - v a l i d a t e d   g r o u p e d   c a s e s   c o r r e c t l y .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   B . V .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ B r i n d h a ,   E l u m a l a i ;   R a j a s e k a r a n ,   R a m u ;   A r u n a ,   P r a k a s a r a o ;   G a n e s a n ,   S i n g a r a v e l u ]   A n n a   U n i v ,   D e p t   M e d   P h y s ,   M a d r a s   6 0 0 0 2 5 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a ;   [ K o t e e s w a r a n ,   D o r n a d u l a ]   M e e n a k s h i   U n i v ,   D e p t   O r a l   M e d   &   R a d i o l ,   C h e n n a i ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a 	 A r u n a ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A n n a   U n i v ,   D e p t   M e d   P h y s ,   M a d r a s   6 0 0 0 2 5 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a . 	 a r u n a @ a n n a u n i v . e d u 	 	 	 B o a r d   o f   R e s e a r c h   i n   N u c l e a r   S c i e n c e s ,   D e p a r t m e n t   o f   A t o m i c   E n e r g y ,   G o v e r n m e n t   o f   I n d i a   [ 2 0 0 9 / 3 4 / 3 8 / B R N S / 3 2 0 6 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   B o a r d   o f   R e s e a r c h   i n   N u c l e a r   S c i e n c e s ,   D e p a r t m e n t   o f   A t o m i c   E n e r g y ,   G o v e r n m e n t   o f   I n d i a ,   P r o j e c t   N o .   2 0 0 9 / 3 4 / 3 8 / B R N S / 3 2 0 6 .   W e   t h a n k   M r s .   S .   A r i v a z h a g i ,   O r a l   H y g i e n i s t ,   A r i g n a r   A n n a   M e m o r i a l   C a n c e r   H o s p i t a l ,   K a n c h e e p u r a m   f o r   h e r   s u p p o r t   d u r i n g   t h e   s a m p l e   c o l l e c t i o n . 	 A l f a n o   R .   R . ,   1 9 9 1 ,   L A S E R S   L I F E   S C I ,   V 4 ,   P 2 3 ;   B e r g h o l t   M S ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 8 . 3 . 0 3 0 5 0 2 ;   B e r g h o l t   M S ,   2 0 1 2 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 3 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 3 0 2 6 ;   B h a t t a c h a r j e e   T ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 4 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 1 7 0 3 j ;   B i g l e r   L R ,   2 0 0 9 ,   C L I N   L A B   M E D ,   V 2 9 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l l . 2 0 0 9 . 0 1 . 0 0 4 ;   B O W M A N   W D ,   1 9 8 1 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 2 0 ,   P 3 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 0 0 5 1 4 a 0 5 1 ;   B r a a k h u i s   B J M ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 3 ,   P 1 7 2 7 ;   B r i n d h a   E . ,   2 0 1 5 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 6 ,   P 8 4 ;   C a n e t t a   E ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 5 5 6 7 2 2 ;   C a o   G Y ,   2 0 1 4 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 9 ,   P 5 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 1 3 0 9 c ;   C a r v a l h o   C S ,   2 0 1 1 ,   T H E O R   C H E M   A C C ,   V 1 3 0 ,   P 1 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 4 - 0 1 1 - 0 9 0 5 - 0 ;   C h u a n g   C H ,   2 0 0 9 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 0 ,   P 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 2 0 9 7 ;   C h u n g   K T ,   2 0 1 1 ,   E N V I R O N   M O L   M U T A G E N ,   V 5 2 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e m . 2 0 5 8 8 ;   d e   J o n g   B W D ,   2 0 0 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 8 ,   P 7 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 6 1 4 1 7 b ;   D e   V e l d   D C G ,   2 0 0 5 ,   O R A L   O N C O L ,   V 4 1 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o r a l o n c o l o g y . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 0 7 ;   D e v p u r a   S ,   2 0 1 2 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 3 ,   P 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 3 0 7 0 ;   D I E Z R U I Z   A ,   1 9 9 5 ,   E U R   J   H A E M A T O L ,   V 5 4 ,   P 1 ;   D u r a i p a n d i a n   S ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 5 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 0 3 9 4 f ;   G a r c i a - F l o r e s   A F ,   2 0 1 1 ,   T H E O R   C H E M   A C C ,   V 1 3 0 ,   P 1 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 4 - 0 1 1 - 0 9 2 5 - 9 ;   G a z i   E ,   2 0 0 3 ,   J   P A T H O L ,   V 2 0 1 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 1 4 2 1 ;   G r o p p e r   S Q ,   2 0 0 9 ,   A D V   N U T R   H U M A N   M E T A B ;   G u z e   K ,   2 0 1 1 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 2 ,   P 1 2 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 2 8 3 8 ;   H a k a   A S ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 2 ,   P 5 3 7 5 ;   H a n l o n   E B ,   2 0 0 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 5 ,   p R 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 5 / 2 / 2 0 1 ;   H a r v e y   T J ,   2 0 0 9 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 4 ,   P 1 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 9 0 3 2 4 9 e ;   H o l m s t r u p   P ,   2 0 0 7 ,   J   O R A L   P A T H O L   M E D ,   V 3 6 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 7 1 4 . 2 0 0 7 . 0 0 5 1 3 . x ;   H u a n g   Z W ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 1 5 0 0 ;   J a n s e n   A . M . ,   1 9 9 8 ,   P H O T O C H E M   P H O T O B I O L ,   V 6 8 ,   P 1 2 3 ;   K a m e m o t o   L E ,   2 0 1 0 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 4 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 1 0 7 9 0 9 1 8 3 6 4 ;   K a n t e r   E M ,   2 0 0 9 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 2 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 0 9 1 0 0 0 1 ;   K e n d a l l   C ,   2 0 0 3 ,   J   P A T H O L ,   V 2 0 0 ,   P 6 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 1 3 7 6 ;   K e n d a l l   C ,   2 0 0 9 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 4 ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 8 2 2 1 3 0 h ;   K h a n   Z .   U . ,   2 0 1 2 ,   W E B M E D   C E N T R A L   C A N C ,   V 3 ,   P 1 ;   K o l j e n o v i c   S ,   2 0 0 5 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 9 2 2 3 0 7 ;   K r i s h n a   C M ,   2 0 0 4 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 5 8 ,   P 1 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 4 1 9 5 9 4 6 0 ;   K r i s h n a   H ,   2 0 1 4 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 7 ,   P 6 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 3 0 0 0 3 0 ;   L a u   D P ,   2 0 0 3 ,   L A S E R   S U R G   M E D ,   V 3 2 ,   P 2 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / l s m . 1 0 0 8 4 ;   L i   X ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 7 . 1 0 . 1 0 6 0 0 5 ;   L i e b e r   C A ,   2 0 0 8 ,   L A S E R   S U R G   M E D ,   V 4 0 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / l s m . 2 0 6 5 3 ;   L i u   Q u a n ,   2 0 1 1 ,   W o r l d   J   C l i n   O n c o l ,   V 2 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 5 3 0 6 / w j c o . v 2 . i 1 . 5 0 ;   G o n z a l e z - S o l i s   J L ,   2 0 1 4 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 2 9 ,   P 9 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 3 - 0 1 3 - 1 4 4 7 - 6 ;   M a l i n i   R ,   2 0 0 6 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 8 1 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i p . 2 0 3 9 8 ;   M i k i r o v a   N ,   2 0 0 3 ,   J   O R T H O M O L   M E D ,   V 1 8 ,   P 9 ;   M i s t r o   D . G . ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 3 2 7 1 ;   M o   J H ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 8 9 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 0 1 5 1 5 9 ;   M o h a m e d   M . E . ,   2 0 1 3 ,   I N T   L E T T   C H E M   P H Y S   A ,   V 1 0 ,   P 1 ;   M o l i n a   P .   J .   L . ,   2 0 0 7 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 2 2 ,   P 2 2 9 ;   M o r e   Y ,   2 0 1 3 ,   N A T L   M E D   J   I N D I A ,   V 2 6 ,   P 1 5 2 ;   M u l l e r   M . G . ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R ,   V 9 7 ,   P 6 8 1 ;   N A I R   M K ,   1 9 9 1 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 2 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 0 5 2 1 4 3 ;   N a t i o n a l   C a n c e r   R e g i s t r y   P r o g r a m m e ,   1 9 9 6 ,   B U R D   C A R   C A N C   P A T   C O ;   N e u r a u t e r   G ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 2 7 2 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 0 2 ;   N i j s s e n   A ,   2 0 0 7 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 7 5 0 2 8 7 ;   N y l a n d e r   K ,   2 0 0 0 ,   J   O R A L   P A T H O L   M E D ,   V 2 9 ,   P 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 4 / j . 1 6 0 0 - 0 7 1 4 . 2 0 0 0 . 2 9 0 9 0 1 . x ;   O l i v e i r a   A P ,   2 0 0 6 ,   P H O T O M E D   L A S E R   S U R G ,   V 2 4 ,   P 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / p h o . 2 0 0 6 . 2 4 . 3 4 8 ;   O l i v o   M a l i n i ,   2 0 1 1 ,   P h a r m a c e u t i c s ,   V 3 ,   P 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / p h a r m a c e u t i c s 3 0 3 0 3 5 4 ;   O L L E N S C H L A G E R   G ,   1 9 8 8 ,   C L I N   C H E M ,   V 3 4 ,   P 1 7 8 7 ;   P e r i n c h e r y   S M ,   2 0 1 0 ,   T A L A N T A ,   V 8 2 ,   P 9 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 4 9 ;   P l a t t e n   M ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 5 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 0 5 6 9 ;   P r e n d e r g a s t   G C ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 8 ,   P 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 7 8 1 9 2 a ;   R a j a s e k a r a n   R ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 9 . 3 . 0 3 7 0 0 3 ;   R a j a s e k a r a n   R ,   2 0 1 4 ,   J   F L U O R E S C ,   V 2 4 ,   P 1 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 9 5 - 0 1 4 - 1 4 0 1 - 4 ;   R a j a s e k a r a n   R ,   2 0 1 3 ,   P H O T O C H E M   P H O T O B I O L ,   V 8 9 ,   P 4 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 5 1 - 1 0 9 7 . 2 0 1 2 . 0 1 2 3 9 . x ;   R a j e n d r a n   R . ,   2 0 0 6 ,   S H A F E R S   T X B   O R A L   P A T ,   P 1 1 3 ;   R a v i k u m a r   B ,   2 0 0 6 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 7 ,   P 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 1 4 8 5 ;   R e i b e l   J . ,   2 0 0 3 ,   J   M E D   P R I N C   P R A C T ,   V 2 ,   P 2 2 ;   S a h u   A ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 4 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 0 0 3 0 8 f ;   S a h u   A ,   2 0 1 2 ,   T E C H N O L   C A N C E R   R E S   T ,   V 1 1 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 7 7 8 5 / t c r t . 2 0 1 2 . 5 0 0 3 0 4 ;   S a n t o s   L F ,   2 0 0 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 7 ,   P 6 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 5 0 5 7 3 0 ;   S a u d e   E J ,   2 0 0 7 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 3 ,   P 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 0 7 - 0 0 9 1 - 1 ;   S h e t t y   G ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 4 ,   P 1 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 3 1 0 2 ;   S i n g h   S P ,   2 0 1 4 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 6 ,   P 8 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a y 0 1 6 1 5 g ;   S i n g h   S P ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 7 . 1 0 . 1 0 5 0 0 2 ;   S k a l a   M C ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 1 9 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 7 0 8 4 2 5 1 0 4 ;   S t o n e   N ,   2 0 0 4 ,   F A R A D A Y   D I S C U S S ,   V 1 2 6 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 3 0 4 9 9 2 b ;   S t o n e   N ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 4 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 6 5 5 7 ;   T a n k i e w i c z   A ,   2 0 0 6 ,   A d v   M e d   S c i ,   V 5 1   S u p p l   1 ,   P 2 2 1 ;   T h e   S .   K . ,   2 0 0 8 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 8 ,   P 4 5 7 ;   U r s   U . ,   2 0 0 1 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 5 5 ,   P 9 5 5 ;   W o l t h u i s   R ,   2 0 0 1 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 3 ,   P 3 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 1 0 1 3 0 6 ;   A l f a n o   R . R . ,   1 9 9 2 ,   P a t e n t ,   P a t e n t   N o .   [ U S   5 1 3 1 3 9 8   A ,   5 1 3 1 3 9 8 ] 	 8 1 	 0 	 0 	 1 5 	 3 3 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 1 3 8 6 - 1 4 2 5 	 	 	 S P E C T R O C H I M   A C T A   A 	 S p e c t r o c .   A c t a   P t .   A - M o l e c .   B i o m o l e c .   S p e c t r . 	 J A N   1 5 	 2 0 1 7 	 1 7 1 	 	 	 	 	 	 5 2 	 5 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 4 8 	 	 8 	 S p e c t r o s c o p y 	 S p e c t r o s c o p y 	 D Z 1 M A 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 6 0 1 3 0 0 0 0 7 	 2 7 4 7 5 9 9 7 	 
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 C u p e r t i n o ,   C A   9 5 0 1 4   U S A ;   [ G e v a e r t ,   O l i v i e r ]   S t a n f o r d   U n i v ,   D e p t   M e d ,   S t a n f o r d   C t r   B i o m e d   I n f o r m a t   R e s   B M I R ,   1 2 6 5   W e l c h   R d ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A ;   [ G e v a e r t ,   O l i v i e r ]   S t a n f o r d   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   D a t a   S c i ,   1 2 6 5   W e l c h   R d ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A 	 C h e e r l a ,   N   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M o n t a   V i s t a   H i g h   S c h ,   C u p e r t i n o ,   C A   9 5 0 1 4   U S A . 	 n i k c h e e r l a @ g m a i l . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   B i o m e d i c a l   I m a g i n g   a n d   B i o e n g i n e e r i n g   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ R 0 1 E B 0 2 0 5 2 7 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   O f   D e n t a l   &   C r a n i o f a c i a l  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 I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h . 	 A k a o   Y ,   2 0 0 6 ,   B I O L   P H A R M   B U L L ,   V 2 9 ,   P 9 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 8 / b p b . 2 9 . 9 0 3 ;   B o y e r i n a s   B ,   2 0 1 0 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 1 7 ,   p F 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 6 7 7 / E R C - 0 9 - 0 1 8 4 ;   C a l i n   G A ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 8 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 9 9 7 ;   C h a n g   W ,   2 0 1 5 ,   S H I N Y   W E B   A P P L   F R A M E ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   C r o c e   C M ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 0 ,   P 7 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 6 3 4 ;   E d g a r   R ,   2 0 0 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 0 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 3 0 . 1 . 2 0 7 ;   E d g a r   R ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 6 6 2 9 ;   E s q u e l a - K e r s c h e r   A ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 8 4 0 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a l l   M .   A . ,   1 9 9 9 ,   T H E S I S ;   H a y e s   J ,   2 0 1 4 ,   T R E N D S   M O L   M E D ,   V 2 0 ,   P 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l m e d . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 5 ;   H u   C ,   2 0 1 5 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 2 1 ,   P 5 8 8 4 ,   D O I   1 0 . 3 7 4 8 / w j g . v 2 1 . i 1 9 . 5 8 8 4 ;   J i   J F ,   2 0 0 9 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 1 ,   P 1 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 9 0 1 2 8 2 ;   L E E   R C ,   1 9 9 3 ,   C E L L ,   V 7 5 ,   P 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 9 3 ) 9 0 5 2 9 - Y ;   L e w i s   H ,   2 0 1 5 ,   N A T   E D ,   V 8 ,   P 4 ;   L i a n g   Y ,   2 0 0 7 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 8 - 1 6 6 ;   L u   J ,   2 0 0 5 ,   N A T U R E ,   V 4 3 5 ,   P 8 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 3 7 0 2 ;   L u n d   A H ,   2 0 1 0 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 1 7 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 0 9 . 5 8 ;   M a l u m b r e s   R ,   2 0 0 9 ,   B L O O D ,   V 1 1 3 ,   P 3 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 8 - 1 0 - 1 8 4 0 7 7 ;   M e i r i   E ,   2 0 1 2 ,   O N C O L O G I S T ,   V 1 7 ,   P 8 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 2 0 1 1 - 0 4 6 6 ;   M i t c h e l l   P S ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 1 0 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 4 5 4 9 1 0 5 ;   M o n t e s - M o r e n o   S ,   2 0 1 1 ,   B L O O D ,   V 1 1 8 ,   P 1 0 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 0 - 1 1 - 3 2 1 5 5 4 ;   S h e i n e r m a n   K S ,   2 0 1 3 ,   F R O N T   C E L L   N E U R O S C I ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f n c e l . 2 0 1 3 . 0 0 1 5 0 ;   R   C o r e   T e a m ,   2 0 0 0 ,   R   L A N G   D E F ;   R o s e n f e l d   N ,   2 0 0 8 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 6 ,   P 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 3 9 2 ;   T r o y a n s k a y a   O ,   2 0 0 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   P 5 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 7 . 6 . 5 2 0 ;   V e r g a n i   E ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 4 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 6 5 9 9 ;   V i l l a r u z   L C ,   2 0 1 5 ,   T H E R A P Y ,   V 1 3 ,   P 1 4 ;   W e i n s t e i n   J N ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 7 6 4 ;   Y o a v   B ,   1 9 9 5 ,   J   R O Y A L   S T A T   S O C   B ,   V 1 9 9 5 ,   P 2 8 9 ;   Y u   F ,   2 0 0 7 ,   C E L L ,   V 1 3 1 ,   P 1 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 5 4 	 3 2 	 0 	 0 	 6 	 6 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 0 5 	 	 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 B M C   B i o i n f o r m a t i c s 	 J A N   1 3 	 2 0 1 7 	 1 8 	 	 	 	 	 	 	 	 3 2 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 6 - 1 4 2 1 - y 	 	 1 1 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E I 0 N K 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 1 7 1 0 0 0 0 0 2 	 2 8 0 8 6 7 4 7 	 
 
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 H a n s   E r i k 	 	 	 M o l e c u l a r   c l a s s i f i c a t i o n   o f   t i s s u e   f r o m   a   t r a n s f o r m e d   n o n - H o g k i n ' s   l y m p h o m a   c a s e   w i t h   u n e x p e c t e d   l o n g - t i m e   r e m i s s i o n 	 E X P E R I M E N T A L   H E M A T O L G Y   &   O N C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 T r a n s f o r m e d   l y m p h o m a ;   L o n g - t i m e   r e m i s s i o n ;   M o l e c u l a r   c l a s s i f i c a t i o n ;   R i t u x i m a b   p a l l i a t i o n ;   D r u g   r e s i s t a n c e   p r e d i c t i o n 	 B - C E L L   L Y M P H O M A ;   N O N - H O D G K I N S - L Y M P H O M A ;   D N A - S E Q U E N C I N G   D A T A ;   F O L L I C U L A R   L Y M P H O M A ;   C A N C E R   M E D I C I N E ;   S O M A T I C   M U T A T I O N S ;   C O P Y - N U M B E R ;   E V O L U T I O N ;   S A M P L E S ;   C H L O R A M B U C I L 	 B a c k g r o u n d :   T h e   c o n c e p t   o f  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 S e v e r i n s e n ,   M a r i a n n e   T a n g ;   E l - G a l a l y ,   T a r e c   C h r i s t o f f e r ;   B r o n d u m ,   R a s m u s   F r o b e r g ;   L a u r s e n ,   M a r i a   B a c h ;   F a l g r e e n ,   S t e f f e n ;   N y e g a a r d ,   M e t t e ;   S c h m i t z ,   A l e x a n d e r ;   J a k o b s e n ,   L a s s e   H j o r t ;   S c h o n h e r z ,   A n n a   A m a n d a ;   D u e ,   H a n n e ;   R e i n h o l d t ,   L i n n ;   B o g s t e d ,   M a r t i n ;   D y b k a e r ,   K a r e n ;   J o h n s e n ,   H a n s   E r i k ]   A a l b o r g   U n i v   H o s p ,   D e p t   H e m a t o l ,   A a l b o r g ,   D e n m a r k ;   [ B o d k e r ,   J u l i e   S t o v e ;   E l - G a l a l y ,   T a r e c   C h r i s t o f f e r ;   B r o n d u m ,   R a s m u s   F r o b e r g ;   S c h m i t z ,   A l e x a n d e r ;   J a k o b s e n ,   L a s s e   H j o r t ;   S c h o n h e r z ,   A n n a   A m a n d a ;   D u e ,   H a n n e ;   B o g s t e d ,   M a r t i n ;   D y b k a e r ,   K a r e n ;   J o h n s e n ,   H a n s   E r i k ]   A a l b o r g   U n i v   H o s p ,   C l i n   C a n c   R e s   C t r ,   A a l b o r g ,   D e n m a r k ;   [ S e v e r i n s e n ,   M a r i a n n e   T a n g ;   E l - G a l a l y ,   T a r e c   C h r i s t o f f e r ;   S c h o n h e r z ,   A n n a   A m a n d a ;   B o g s t e d ,   M a r t i n ;   D y b k a e r ,   K a r e n ;   J o h n s e n ,   H a n s   E r i k ]   A a l b o r g   U n i v ,   D e p t   C l i n   M e d ,   S d r   S k o v v e j   1 5 ,   D K - 9 0 0 0   A a l b o r g ,   D e n m a r k 	 J o h n s e n ,   H E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A a l b o r g   U n i v   H o s p ,   D e p t   H e m a t o l ,   A a l b o r g ,   D e n m a r k . ;   J o h n s e n ,   H E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A a l b o r g   U n i v   H o s p ,   C l i n   C a n c   R e s   C t r ,   A a l b o r g ,   D e n m a r k . ;   J o h n s e n ,   H E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A a l b o r g   U n i v ,   D e p t   C l i n   M e d ,   S d r   S k o v v e j   1 5 ,   D K - 9 0 0 0   A a l b o r g ,   D e n m a r k . 	 h a e j @ d c m . a a u . d k 	 	 B o g s t e d ,   M a r t i n / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 9 1 9 2 - 1 8 1 4 	 	 	 A l - T o u r a h   A J ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 5 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 8 . 1 6 . 0 2 8 3 ;   A p a r i c i o   S ,   2 0 1 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 8 ,   P 8 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M r a 1 2 0 4 8 9 2 ;   A u w e r a   G A ,   2 0 1 4 ,   F A S T Q   D A T A   H I G H   C O N F ;   B a s t i o n   Y ,   1 9 9 7 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 5 ,   P 1 5 8 7 ;   B o d k e r   J S ,   2 0 1 3 ,   C Y T O G E N E T   G E N O M E   R E S ,   V 1 3 9 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 4 5 1 2 5 ;   B o d o r   C ,   2 0 1 3 ,   B L O O D ,   V 1 2 2 ,   P 3 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 3 - 0 4 - 4 9 6 8 9 3 ;   B o e g s t e d   M ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 9 3 2 2 ;   B o g s t e d   M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 3 2 5 2 ;   B o u s k a   A ,   2 0 1 4 ,   B L O O D ,   V 1 2 3 ,   P 1 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 3 - 0 5 - 5 0 0 5 9 5 ;   B r a n n o n   A R ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 3 ,   P 4 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 7 0 9 3 5 ;   C a r l o t t i   E ,   2 0 0 9 ,   B L O O D ,   V 1 1 3 ,   P 3 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 8 - 0 8 - 1 7 4 8 3 9 ;   C i b u l s k i s   K ,   2 0 1 3 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 1 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 5 1 4 ;   C o l l i n s   F S ,   2 0 1 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 2 ,   P 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M p 1 5 0 0 5 2 3 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 0 1 ,   P R E C   M E D   B U I L D   K N O W L ;   D e P r i s t o   M A ,   2 0 1 1 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 3 ,   P 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 8 0 6 ;   D y b k a e r   K ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 1 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 7 . 7 0 8 0 ;   F a l g r e e n   S ,   2 0 1 5 ,   B M C   C A N C E R ,   V 8 ,   P 2 3 5 ;   F a l g r e e n   S ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 6 3 7 1 1 ;   F a l g r e e n   S ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 5 - 1 6 8 ;   F r i d l y a n d   J ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 2 ,   P 7 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 4 1 0 1 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 1 0 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 3 3 ,   P 1 ;   F u t r e a l   P A ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 2 9 9 ;   G a n a p a t h i   K A ,   2 0 1 4 ,   H A E M A T O L O G I C A ,   V 9 9 ,   P 1 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 4 / h a e m a t o l . 2 0 1 4 . 1 0 7 9 3 8 ;   G r e a v e s   M ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 5 ,   P 8 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 5 - 0 4 3 9 ;   G r e a v e s   M ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 1 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 7 6 2 ;   G r e e n   M R ,   2 0 1 3 ,   B L O O D ,   V 1 2 1 ,   P 1 6 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 2 - 0 9 - 4 5 7 2 8 3 ;   G u t m a n   S ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 9 1 1 ;   I r i s h   J M ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 1 2 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 0 2 0 5 7 1 0 7 ;   I r i z a r r y   R A ,   2 0 0 3 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 4 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / 4 . 2 . 2 4 9 ;   J o h n s e n   H E ,   2 0 1 6 ,   H A E M A T O L O G I C A ,   V 1 0 1 ,   P 1 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 4 / h a e m a t o l . 2 0 1 5 . 1 3 8 8 2 6 ;   K l u i n   P M ,   2 0 1 3 ,   H A E M A T O L O G I C A ,   V 9 8 ,   P 1 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 4 / h a e m a t o l . 2 0 1 3 . 0 9 1 5 4 6 ;   K o z a r e w a   I ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 2 6 1 7 ;   K r i d e l   R ,   2 0 1 2 ,   C L I N   I N V E S T I G A T O R ,   V 1 2 2 ,   P 3 4 2 4 ;   L a n d e r   E S ,   2 0 1 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 2 ,   P 1 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M p 1 5 0 1 9 6 4 ;   L a u r s e n   M B ,   2 0 1 4 ,   E X P   H E M A T O L ,   V 4 2 ,   P 9 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e x p h e m . 2 0 1 4 . 0 7 . 2 6 3 ;   L e i c h   E ,   2 0 1 1 ,   B L O O D ,   V 1 1 8 ,   P 5 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 1 - 0 6 - 3 6 1 9 7 2 ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 1 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 2 4 ;   L o s s o s   I S ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 8 8 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 2 2 5 3 5 9 9 ;   M a m e s s i e r   E ,   2 0 1 3 ,   H A E M A T O L O G I C A ;   M a r t i n e l l i   G ,   2 0 1 5 ,   H E M A T O L   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h o n . 2 1 5 4 ;   M a r t i n e z - C l i m e n t   J A ,   2 0 0 3 ,   B L O O D ,   V 1 0 1 ,   P 3 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 2 - 0 7 - 2 1 1 9 ;   M c K e n n a   A ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 0 ,   P 1 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 0 7 5 2 4 . 1 1 0 ;   M o n t o t o   S ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 2 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 6 . 0 9 . 3 2 6 0 ;   M o r i n   R D ,   2 0 1 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 2 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 5 1 8 ;   M o r i t a   K ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 6 8 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c l i n p a t h - 2 0 1 5 - 2 0 2 9 3 3 ;   P a s q u a l u c c i   L ,   2 0 1 4 ,   C E L L   R E P ,   V 6 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 2 7 ;   R   D e v e l o p m e n t   C o r e   T e a m ,   2 0 1 0 ,   R   L A N G   E N V   S T A T   C O M P ;   R a m o s   A H ,   2 0 1 5 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 6 ,   p E 2 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 2 7 7 1 ;   R e i n h o l d t   L ,   2 0 1 6 ,   B I O M A R K   R E S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 3 6 4 - 0 1 6 - 0 0 6 7 - 2 ;   R i g a c c i   L ,   2 0 0 7 ,   A N N   H E M A T O L ,   V 8 6 ,   P 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 7 7 - 0 0 7 - 0 3 0 1 - y ;   R o s s i n i   A J ,   2 0 1 2 ,   E D G E   S T A T   C O M P U T I N G ;   S h e r r y   S T ,   2 0 0 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 9 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 9 . 1 . 3 0 8 ;   S w e r d l o w   S .   H . ,   2 0 0 8 ,   W H O   C L A S S I F I C A T I O N   T ;   T a n n o c k   I F ,   2 0 1 6 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 5 ,   P 1 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M s b 1 6 0 7 7 0 5 ;   V a n   A l l e n   E M ,   2 0 1 4 ,   N A T   M E D ,   V 2 0 ,   P 6 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 5 5 9 ;   W a l k e r   B A ,   2 0 1 5 ,   N A T   C O M M U N ,   V 2 3 ,   P 6 9 9 7 	 5 6 	 0 	 0 	 1 	 1 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 2 1 6 2 - 3 6 1 9 	 	 	 E X P   H E M A T O L   O N C O L 	 E x p .   H e m a t o l .   O n c o l . 	 J A N   1 1 	 2 0 1 7 	 5 	 	 	 	 	 	 	 	 3 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 1 6 4 - 0 1 6 - 0 0 6 3 - 0 	 	 1 0 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E M 4 U U 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 3 0 9 2 0 0 0 0 1 	 2 8 0 9 7 0 4 6 	 
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 S h a n g h a i   I n s t   M a t   M e d ,   S h a n g h a i   2 0 1 2 0 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   X u e ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S h a n g h a i   J i a o   T o n g   U n i v ,   S c h   M e d ,   R e n j i   H o s p ,   D e p t   C a r d i o v a s c   S u r g ,   S h a n g h a i   2 0 0 1 2 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 x u e s o n g 6 4 @ 1 6 3 . c o m ;   j i a n g b h @ s i m m . a c . c n 	 	 	 S h a n g h a i   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   D e v e l o p m e n t   F o u n d a t i o n   [ 1 4 4 0 1 9 0 0 9 0 0 ] ;   I n t e r n a t i o n a l   C o o p e r a t i o n   B u r e a u   o f   t h e   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   f o r   K e y   P r o j e c t s   o f   F o r e i g n   C o o p e r a t i o n   [ G J H Z 1 6 1 6 ] ;   C r o u c h e r   F o u n d a t i o n   [ C A S 1 4 2 0 1 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 5 7 3 6 4 6 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   S h a n g h a i   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   D e v e l o p m e n t   F o u n d a t i o n   ( 1 4 4 0 1 9 0 0 9 0 0 ) ,   I n t e r n a t i o n a l   C o o p e r a t i o n   B u r e a u   o f   t h e   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   f o r   K e y   P r o j e c t s   o f   F o r e i g n   C o o p e r a t i o n   ( G J H Z 1 6 1 6 ) ,   C r o u c h e r   F o u n d a t i o n   ( C A S 1 4 2 0 1 )   a n d   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   G r a n t s   ( 8 1 5 7 3 6 4 6 ) . 	 A l h a s a w i   A ,   2 0 1 5 ,   M I C R O B I O L   R E S ,   V 1 7 1 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m i c r e s . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 1 ;   B a r n e s   T ,   2 0 1 4 ,   A P P L   P H Y S I O L   N U T R   M E ,   V 3 9 ,   P 7 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 9 / a p n m - 2 0 1 3 - 0 5 2 6 ;   B r o s n a n   J T ,   2 0 0 3 ,   J   N U T R ,   V 1 3 3 ,   p 2 0 6 8 S ;   C A S C I N O   A ,   1 9 9 5 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 5 0 7 ;   C h a i k r i a n g k r a i   K o n g k i a t ,   2 0 1 4 ,   M e t h o d i s t   D e b a k e y   C a r d i o v a s c   J ,   V 1 0 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 4 7 9 7 / m d c j - 1 0 - 4 - 2 5 7 ;   C h e n   Q M ,   2 0 1 5 ,   I N S E C T   B I O C H E M   M O L E C ,   V 5 7 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i b m b . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 7 ;   C o n g   W J ,   2 0 1 2 ,   T A L A N T A ,   V 8 9 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 7 1 ;   C r e e l a n   B ,   2 0 1 3 ,   O N C O I M M U N O L O G Y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / o n c i . 2 3 4 2 8 ;   E g g e b r e c h t   H ,   2 0 0 9 ,   C I R C U L A T I O N ,   V 1 2 0 ,   p S 2 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C U L A T I O N A H A . 1 0 8 . 8 3 5 9 2 6 ;   G i u s t i   B ,   2 0 0 3 ,   E U R   H E A R T   J ,   V 2 4 ,   P 2 0 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e h j . 2 0 0 3 . 0 8 . 0 2 0 ;   G o m e z - Z a m u d i o   J H ,   2 0 1 5 ,   C A N   J   P H Y S I O L   P H A R M ,   V 9 3 ,   P 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 9 / c j p p - 2 0 1 4 - 0 3 9 3 ;   G o n z a l e z   E ,   2 0 1 2 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 8 ,   P 9 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 1 - 0 3 2 9 - 9 ;   H e i l   S G ,   2 0 0 7 ,   J   I N H E R I T   M E T A B   D I S ,   V 3 0 ,   P 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 5 - 0 0 7 - 0 5 4 6 - 6 ;   H o w a r d   A ,   2 0 1 1 ,   B I O L   P H A R M   B U L L ,   V 3 4 ,   P 7 8 4 ;   H u a n g   C ,   2 0 1 4 ,   J   E N D O V A S C   T H E R ,   V 2 1 ,   P 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 3 / 1 4 - 4 7 3 3 M R . 1 ;   I g n e s t i   G ,   1 9 9 6 ,   I N F L A M M   R E S ,   V 4 5 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 2 8 5 1 5 7 ;   K O P P L E   J D ,   1 9 8 1 ,   J   N U T R ,   V 1 1 1 ,   P 9 3 1 ;   L i u   X Y ,   2 0 1 2 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 3 9 ,   P 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 1 7 ;   M a   H ,   2 0 1 4 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 2 0 ,   P 8 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 3 7 4 8 / w j g . v 2 0 . i 2 6 . 8 6 5 3 ;   N e l s o n   D L ,   2 0 0 5 ,   L E H N I N G E R S   P R I N C I P L E ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 5 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 5 5 1 0 5 4 a ;   P a s t o r e   A ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 5 ,   P 2 1 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 5 1 1 2 1 2 0 2 ;   R a c h a k o n d a   V ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 3 8 6 0 ;   R a m z i s h a m   A R M ,   2 0 1 1 ,   C L I N   T E R ,   V 1 6 2 ,   P 5 5 3 ;   S a t t e r f i e l d   M C ,   2 0 1 3 ,   A M I N O   A C I D S ,   V 4 5 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 2 6 - 0 1 1 - 1 1 6 8 - 8 ;   S a t t e r f i e l d   M C ,   2 0 1 2 ,   A M I N O   A C I D S ,   V 4 3 ,   P 1 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 2 6 - 0 1 2 - 1 2 3 5 - 9 ;   S r e e k u m a r   A ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 7 ,   P 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 7 6 2 ;   T a k a g i   H ,   2 0 0 5 ,   M E D   H Y P O T H E S E S ,   V 6 4 ,   P 1 0 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e h y . 2 0 0 4 . 1 0 . 0 1 7 ;   T s i o u f i s   C P ,   2 0 0 2 ,   C L I N   C A R D I O L ,   V 2 5 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c l c . 4 9 6 0 2 5 0 4 0 6 ;   V u r a l   U ,   2 0 1 5 ,   C A R D I O V A S C   J   A F R ,   V 2 6 ,   p E 1 5 ,   D O I   1 0 . 5 8 3 0 / C V J A - 2 0 1 5 - 0 2 9 ;   W a n g   J H ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 5 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 0 9 5 1 v ;   W a n g   L Z ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 4 5 2 2 ;   W a t e r s   N J ,   2 0 0 5 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 1 8 ,   P 6 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 0 4 9 8 6 9 b ;   W o o d   Z A ,   2 0 0 3 ,   T R E N D S   B I O C H E M   S C I ,   V 2 8 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 8 - 0 0 0 4 ( 0 2 ) 0 0 0 0 3 - 8 ;   W u e r f e l   E ,   2 0 1 4 ,   J   N E U R O L   S C I ,   V 3 4 3 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j n s . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 1 4 ;   Z h a n g   C ,   2 0 0 8 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 7 8 3 ,   P 1 5 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 1 1 	 3 6 	 0 	 0 	 1 7 	 1 7 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 J A N   1 0 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 0 1 4 6 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 0 1 4 6 	 	 9 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E I 1 I Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 2 3 1 6 0 0 0 0 1 	 2 8 0 7 1 7 2 7 	 
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 J 	 S i n g h ,   A ;   S h a r m a ,   R K ;   C h a g t o o ,   M ;   A g a r w a l ,   G ;   G e o r g e ,   N ;   S i n h a ,   N ;   G o d b o l e ,   M M 	 	 	 	 S i n g h ,   A r u ;   S h a r m a ,   R a j   K u m a r ;   C h a g t o o ,   M e g h a ;   A g a r w a l ,   G a u r a v ;   G e o r g e ,   N e l s o n ;   S i n h a ,   N e e r a j ;   G o d b o l e ,   M a d a n   M . 	 	 	 H - 1   N M R   M e t a b o l o m i c s   R e v e a l s   A s s o c i a t i o n   o f   H i g h   E x p r e s s i o n   o f   I n o s i t o l   1 ,   4 ,   5   T r i s p h o s p h a t e   R e c e p t o r   a n d   M e t a b o l i t e s   i n   B r e a s t   C a n c e r   P a t i e n t s 	 P L O S   O N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 N U C L E A R - M A G N E T I C - R E S O N A N C E ;   S Q U A M O U S - C E L L   C A R C I N O M A ;   P A N C R E A T I C - C A N C E R ;   B L O O D - S E R U M ;   S P E C T R O S C O P Y ;   B I O M A R K E R S ;   C H A N N E L ;  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 D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 1 - 0 3 3 9 - 7 ;   B o g r e n   L K ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 7 4 9 3 ;   B o n n e t   S ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 1 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 2 0 ;   B u c h t h a l   S D ,   2 0 0 0 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 2 ,   P 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M 2 0 0 0 0 3 2 3 3 4 2 1 2 0 1 ;   B u d c z i e s   J ,   2 0 1 2 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 3 - 3 3 4 ;   B u r y   M ,   2 0 1 3 ,   C E L L   D E A T H   D I S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d i s . 2 0 1 3 . 8 5 ;   C a r d e n a s   C ,   2 0 1 0 ,   C E L L ,   V 1 4 2 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 7 ;   C a r r o l a   J ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 0 8 9 9 x ;   C h o i   D L ,   2 0 1 4 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 2 4 ,   P 1 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 7 1 ;   C h u n g   L ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 8 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 2 . 5 5 2 ;   D a i   W ,   2 0 1 4 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 2 1 ,   P 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 1 3 . 1 7 7 ;   D e j a   S ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 4 6 3 7 ;   F r e d e   J ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 2 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 1 6 ;   G o w d a   G A N ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   R E V   M O L   D I A G N ,   V 8 ,   P 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 6 / 1 4 7 3 7 1 5 9 . 8 . 5 . 6 1 7 ;   G u   H W ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 8 6 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 4 0 ;   G u n t h e r   U L ,   2 0 1 5 ,   P A T H O B I O L O G Y ,   V 8 2 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 4 3 0 8 4 4 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   H a r r i s   T ,   2 0 1 3 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 6 ,   P 1 8 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 3 0 2 4 ;   I v a n o v a   H . ,   2 0 1 4 ,   P H Y S I O L   R E V ,   V 1 8 4 3 ,   P 2 1 6 4 ;   J o b a r d   E ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 4 3 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 1 1 ;   K o b a y a s h i   T ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 2 ,   P 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 2 - 1 0 3 3 ;   K u m a r   D ,   2 0 1 5 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 4 ,   P 1 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 5 0 1 1 1 0 8 ;   L o u i s   E ,   2 0 1 6 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d v 4 9 9 ;   M a c I n t y r e   D A ,   2 0 1 0 ,   L E U K E M I A ,   V 2 4 ,   P 7 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / l e u . 2 0 0 9 . 2 9 5 ;   O ' R e i l l y   K E ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 1 5 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 5 - 2 9 2 5 ;   P a r y s   J B ,   2 0 1 2 ,   C E L L   C O M M U N   S I G N A L ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 8 - 8 1 1 X - 1 0 - 1 7 ;   P e r e z - P l a s e n c i a   C a r l o s ,   2 0 0 7 ,   I n f e c t   A g e n t   C a n c e r ,   V 2 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 0 - 9 3 7 8 - 2 - 1 6 ;   P o o l a   I ,   2 0 0 5 ,   N A T   M E D ,   V 1 1 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 1 2 4 3 ;   R a i   R K ,   2 0 1 3 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 9 ,   P 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 2 - 0 4 7 2 - y ;   R o c h a   C M ,   2 0 1 5 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 6 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g u 2 2 6 ;   S a k a k u r a   C ,   2 0 0 3 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 2 3 ,   P 3 6 9 1 ;   S a n d e r s   M E ,   2 0 0 8 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 7 ,   P 1 5 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 7 0 0 8 1 0 9 ;   S h i b a o   K ,   2 0 1 0 ,   C E L L   C A L C I U M ,   V 4 8 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e c a . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 5 ;   S i n g h   C ,   2 0 1 5 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 1 ,   P 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 4 - 0 6 8 8 - 0 ;   S i t t e r   B ,   2 0 0 6 ,   N M R   B I O M E D ,   V 1 9 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 9 9 2 ;   S o m a s h e k a r   B S ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 5 2 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 2 0 0 8 0 0 w ;   S o n k a r   K ,   2 0 1 3 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 9 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 2 - 0 4 6 8 - 7 ;   T e s s e m   M B ,   2 0 0 8 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 0 ,   P 5 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 1 6 9 4 ;   T r i p a t h i   P ,   2 0 0 9 ,   J   G A S T R O I N T E S T   L I V E R ,   V 1 8 ,   P 3 2 9 ;   T s u n o d a   T ,   2 0 0 5 ,   O N C O G E N E ,   V 2 4 ,   P 1 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 8 3 1 3 ;   v a n   W i n d e n   A W J ,   2 0 0 9 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 5 - 8 7 9 4 - 2 - 4 ;   V a n d e r   H e i d e n   M G ,   2 0 0 9 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 4 ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I E N C E . 1 1 6 0 8 0 9 ;   W a r d   P S ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 1 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 1 4 ;   Y a n   S K ,   2 0 0 8 ,   O R A L   O N C O L ,   V 4 4 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o r a l o n c o l o g y . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 0 7 ;   Y a n g   C ,   2 0 0 7 ,   P A C I F I C   S   B I O C O M P U T I ,   V 2 0 0 7 ,   P 1 8 1 ;   Z h o n g   F ,   2 0 1 1 ,   B L O O D ,   V 1 1 7 ,   P 2 9 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 0 - 0 9 - 3 0 7 4 0 5 	 5 1 	 0 	 0 	 9 	 9 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 J A N   1 0 	 2 0 1 7 	 1 2 	 1 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 6 9 3 3 0 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 6 9 3 3 0 	 	 2 0 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E H 5 W R 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 8 4 4 2 0 0 0 1 3 	 2 8 0 7 2 8 6 4 	 
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 Z a c h a r y / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 7 5 7 9 - 7 8 7 3 	 N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ C C F - 0 9 5 3 1 9 5 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ R 0 1 - L M 0 1 1 2 4 7 ,   U 0 1 - C A 1 9 8 9 4 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   g r a n t s   f r o m   t h e   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   ( C C F - 0 9 5 3 1 9 5 )   a n d   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( R 0 1 - L M 0 1 1 2 4 7   a n d   U 0 1 - C A 1 9 8 9 4 1 ) . 	 B a r r e t i n a   J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 3 ;   B o z i c   I ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 1 8 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 1 0 9 7 8 1 0 7 ;   B u e r m a n s   H P J ,   2 0 1 4 ,   B B A - M O L   B A S I S   D I S ,   V 1 8 4 2 ,   P 1 9 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a d i s . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 5 ;   C h e n   J Y ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 2 ,   P 1 7 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t w 0 5 9 ;   C h e n   R ,   2 0 1 3 ,   W I R E S   S Y S T   B I O L   M E D ,   V 5 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / w s b m . 1 1 9 8 ;   C h e n   X . ,   2 0 1 6 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 8 ,   P 1 9 7 0 ;   C i r i e l l o   G ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 3 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 2 5 5 6 7 . 1 1 1 ;   C o s k u n   M . ,   2 0 1 6 ,   P   2 2   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 1 5 1 5 ;   C o s t e l l o   J C ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 1 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 8 7 7 ;   D e n n i s   J r   G . ,   2 0 0 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 4 ;   F o r b e s   S .   A . ,   2 0 0 9 ,   C U R R   P R O T O C   H U M   G E N E ;   G o n e n   M ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   p I 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 4 6 4 ;   G r e e n e   C S ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 2 5 9 ;   H o f r e e   M ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 0 ,   P 1 1 0 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 6 5 1 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 6 5 1 ] ;   I z u d h e e n   S . ,   2 0 1 3 ,   I N D I A N   J   A P P L   R E S ,   V 3 ,   P 1 2 5 ;   J a n g   I n   S o c k ,   2 0 1 4 ,   P a c   S y m p   B i o c o m p u t ,   P 6 3 ;   M a g g e r   O ,   2 0 1 2 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 2 6 9 0 ;   M e y e r s o n   M ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 1 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 8 4 1 ;   M o h a m m a d i   S . ,   2 0 1 6 ,   B I O R X I V ;   P a r k   S ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 2 ,   P 1 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 6 9 2 ;   R u f f a l o   M ,   2 0 1 5 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 4 5 9 5 ;   S h i h a b   H A ,   2 0 1 3 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 4 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 2 2 2 5 ;   S i n g h - B l o m   U M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 8 9 7 7 ;   T y e r s   M . ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   p D 5 3 5 ;   V a n d i n   F ,   2 0 1 1 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 1 8 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / c m b . 2 0 1 0 . 0 2 6 5 ;   V a r g h e s e   A M ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 4 - 0 4 2 7 - x ;   Y a n g   W J ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 1 1 1 ;   Z h a n g   N . ,   2 0 1 5 ,   P L O S   C O M P U T A T I O N A L   B ,   V 1 1 ,   P 1 	 2 8 	 0 	 0 	 6 	 6 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 J A N   9 	 2 0 1 7 	 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 0 3 2 1 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 0 3 2 1 	 	 1 2 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E G 9 H X 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 3 7 0 7 0 0 0 0 1 	 2 8 0 6 7 2 9 3 	 
 
 J 	 H u a n g ,   M W ;   C h e n ,   C W ;   L i n ,   W C ;   K e ,   S W ;   T s a i ,   C F 	 	 	 	 H u a n g ,   M i n - W e i ;   C h e n ,   C h i h - W e n ;   L i n ,   W e i - C h a o ;   K e ,   S h i h - W e n ;   T s a i ,   C h i h - F o n g 	 	 	 S V M   a n d   S V M   E n s e m b l e s   i n   B r e a s t   C a n c e r   P r e d i c t i o n 	 P L O S   O N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   C L A S S I F I E R S 	 B r e a s t   c a n c e r   i s   a n   a l l   t o o   c o m m o n   d i s e a s e   i n   w o m e n ,   m a k i n g   h o w   t o   e f f e c t i v e l y   p r e d i c t   i t   a n   a c t i v e   r e s e a r c h   p r o b l e m .   A   n u m b e r   o f   s t a t i s t i c a l   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e s   h a v e   b e e n   e m p l o y e d   t o   d e v e l o p   v a r i o u s   b r e a s t   c a n c e r   p r e d i c t i o n   m o d e l s .   A m o n g   t h e m ,   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e s   ( S V M )   h a v e   b e e n   s h o w n   t o   o u t p e r f o r m   m a n y   r e l a t e d   t e c h n i q u e s .   T o   c o n s t r u c t   t h e   S V M   c l a s s i f i e r ,   i t   i s   f i r s t   n e c e s s a r y   t o   d e c i d e   t h e   k e r n e l   f u n c t i o n ,   a n d   d i f f e r e n t   k e r n e l   f u n c t i o n s   c a n   r e s u l t   i n   d i f f e r e n t   p r e d i c t i o n   p e r f o r m a n c e .   H o w e v e r ,   t h e r e   h a v e   b e e n   v e r y   f e w   s t u d i e s   f o c u s e d   o n   e x a m i n i n g   t h e   p r e d i c t i o n   p e r f o r m a n c e s   o f   S V M   b a s e d   o n   d i f f e r e n t   k e r n e l   f u n c t i o n s .   M o r e o v e r ,   i t   i s   u n k n o w n   w h e t h e r   S V M   c l a s s i f i e r   e n s e m b l e s   w h i c h   h a v e   b e e n   p r o p o s e d   t o   i m p r o v e   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   s i n g l e   c l a s s i f i e r s   c a n   o u t p e r f o r m   s i n g l e   S V M   c l a s s i f i e r s   i n   t e r m s   o f   b r e a s t   c a n c e r   p r e d i c t i o n .   T h e r e f o r e ,   t h e   a i m   o f   t h i s   p a p e r   i s   t o   f u l l y   a s s e s s   t h e   p r e d i c t i o n   p e r f o r m a n c e   o f   S V M   a n d   S V M   e n s e m b l e s   o v e r   s m a l l   a n d   l a r g e   s c a l e   b r e a s t   c a n c e r   d a t a s e t s .   T h e   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y ,   R O C ,   F - m e a s u r e ,   a n d   c o m p u t a t i o n a l   t i m e s   o f   t r a i n i n g   S V M   a n d   S V M   e n s e m b l e s   a r e   c o m p a r e d .   T h e   e x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   s h o w   t h a t   l i n e a r   k e r n e l   b a s e d   S V M   e n s e m b l e s   b a s e d   o n   t h e   b a g g i n g   m e t h o d   a n d   R B F   k e r n e l   b a s e d   S V M   e n s e m b l e s   w i t h   t h e   b o o s t i n g   m e t h o d   c a n   b e   t h e   b e t t e r   c h o i c e s   f o r   a   s m a l l   s c a l e   d a t a s e t ,   w h e r e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   s h o u l d   b e   p e r f o r m e d   i n   t h e   d a t a   p r e - p r o c e s s i n g   s t a g e .   F o r   a   l a r g e   s c a l e   d a t a s e t ,   R B F   k e r n e l   b a s e d   S V M   e n s e m b l e s   b a s e d   o n   b o o s t i n g   p e r f o r m   b e t t e r   t h a n   t h e   o t h e r   c l a s s i f i e r s . 	 [ H u a n g ,   M i n - W e i ]   T a i c h u n g   V e t   G e n   H o s p ,   C h i a y i   B r a n c h ,   D e p t   P s y c h i a t ,   C h i a y i ,   T a i w a n ;   [ C h e n ,   C h i h - W e n ]   K a o h s i u n g   M u n i c i p a l   C h i n e s e   M e d   H o s p ,   D e p t   P h a r m ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n ;   [ C h e n ,   C h i h - W e n ]   K a o h s i u n g   M e d   U n i v ,   G r a d   I n s t   N a t   P r o d ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n ;   [ L i n ,   W e i - C h a o ]   A s i a   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   E n g n ,   T a i c h u n g ,   T a i w a n ;   [ K e ,   S h i h - W e n ]   C h u n g   Y u a n   C h r i s t i a n   U n i v ,   D e p t   I n f o r m a t   &   C o m p   E n g n ,   T a o y u a n ,   T a i w a n ;   [ T s a i ,   C h i h - F o n g ]   N a t l   C e n t   U n i v ,   D e p t   I n f o r m a t   M a n a g e m e n t ,   T a o y u a n ,   T a i w a n 	 C h e n ,   C W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a o h s i u n g   M u n i c i p a l   C h i n e s e   M e d   H o s p ,   D e p t   P h a r m ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n . ;   C h e n ,   C W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a o h s i u n g   M e d   U n i v ,   G r a d   I n s t   N a t   P r o d ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n . 	 c h e n c h i h w e n @ y a h o o . c o m . t w 	 	 	 	 	 A b d e l a a l   M .   M .   A . ,   2 0 1 0 ,   I N T   M U L T   C O M P   S C I   I N ,   P 1 1 ;   A h m a d   L G ,   2 0 1 3 ,   J   H L T H   M E D   I N F O R M ,   V 4 ,   P 1 2 4 ;   A l i   A . ,   2 0 0 9 ,   I N T   C   I N T   S C I   I N F   T E ,   P 1 2 5 9 ;   A r u n a   S . ,   2 0 1 1 ,   I N T   C   C O M P   S C I   E N G   A ,   P 3 7 ;   B a t e n   A ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M   S 5 ,   V 7 ,   P 1 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   B u c k   T .   A .   E . ,   2 0 0 6 ,   S V M   K E R N E L S   O P T I M I Z A ;   B y u n   H ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 1 7 ,   P 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 8 0 0 1 4 0 3 0 0 2 4 6 0 ;   C r u z   J o s e p h   A ,   2 0 0 7 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 2 ,   P 5 9 ;   D a s   S R ,   2 0 1 2 ,   P R O C E D I A   E N G I N E E R ,   V 3 8 ,   P 1 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o e n g . 2 0 1 2 . 0 6 . 1 6 5 ;   F a w c e t t   T ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 7 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 1 0 ;   F r e u n d   Y . ,   1 9 9 6 ,   I N T   C   M A C H   L E A R N ,   P 1 4 8 ;   F r o s y n i o t i s   D ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   A N A L   A P P L ,   V 6 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 0 4 4 - 0 0 2 - 0 1 7 4 - 6 ;   G a y a t h r i   B . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   D I S T R I B U T E D   P A ,   V 4 ,   P 1 0 5 ;   H A P P E L   B L M ,   1 9 9 4 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 7 ,   P 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 0 5 ) 8 0 1 5 5 - 8 ;   H e   H B ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 1 ,   P 1 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 8 . 2 3 9 ;   H u a n g   C L ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 4 ,   P 5 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 4 1 ;   J o s h i   J . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   E N G   R E S   G E N   S C ,   V 2 ,   P 3 1 5 ;   K h a r y a   S . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C O M P U T E R   S C I   I ,   V 2 ,   P 5 5 ;   K i m   H C ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 6 ,   P 2 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 0 3 ) 0 0 1 7 5 - 4 ;   K i t t l e r   J ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 0 ,   P 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 6 6 7 8 8 1 ;   K o h a v i   R ,   1 9 9 5 ,   I N T   J O I N T   C   A R T   I N T ,   P 1 1 3 7 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   L a v a n y a   D . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   I N F O R M   T E C H N O L ,   V 2 ,   P 1 7 ;   M e z g h a n i   D ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   H Y B R I D   I N F O R M ,   V 3 ,   P 2 3 ;   O h   I S ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 6 ,   P 1 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 4 . 1 0 5 ;   P o w e r s   D .   M .   W . ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   T E C H N O L ,   V 2 ,   P 3 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 9 7 3 5 / 2 2 2 9 - 3 9 8 1 ;   R o k a c h   L ,   2 0 1 0 ,   A R T I F   I N T E L L   R E V ,   V 3 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 6 2 - 0 0 9 - 9 1 2 4 - 7 ;   R o n g   L . ,   2 0 1 0 ,   W R I   G L O B   C   I N T   S Y S T ,   P 9 5 ;   S a l a m a   G I ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   S E V E N T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   C O M P U T E R   E N G I N E E R I N G   &   S Y S T E M S   ( I C C E S ' 2 0 1 2 ) ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C E S . 2 0 1 2 . 6 4 0 8 5 0 8 ;   S a u n d e r s   C . ,   2 0 0 9 ,   B R E A S T   C A N C ;   S C H A P I R E   R E ,   1 9 9 0 ,   M A C H   L E A R N ,   V 5 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 8 8 0 0 7 6 0 ;   S e n t u r k   Z K ,   2 0 1 4 ,   B R E A S T   C A N C   D I A G N O S I ,   V 4 ,   P 3 5 ;   S h a j a h a a n   S .   S . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   E M E R G I N G   T E C H N ,   V 3 ,   P 3 6 2 ;   S h r i v a s t a v a   S .   S . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   A D V   C O M P U T E R   R ,   V 3 ,   P 2 5 6 ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   W o z n i a k   M ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   F U S I O N ,   V 1 6 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f f u s . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 0 6 ;   Y e k k e h k h a n y   B . ,   2 0 1 4 ,   I N T   C   G E O S P   I N F   R E S ,   P 2 8 1 ;   Y o u   H . ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   A R T I F I C I A L   I N T ,   V 1 ,   P 6 	 3 9 	 0 	 0 	 2 9 	 2 9 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 J A N   6 	 2 0 1 7 	 1 2 	 1 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 6 1 5 0 1 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 6 1 5 0 1 	 	 1 4 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E H 3 A X 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 6 4 1 5 0 0 0 0 1 	 2 8 0 6 0 8 0 7 	 
 
 J 	 C h a r o e n t o n g ,   P ;   F i n o t e l l o ,   F ;   A n g e l o v a ,   M ;   M a y e r ,   C ;   E f r e m o v a ,   M ;   R i e d e r ,   D ;   H a c k l ,   H ;   T r a j a n o s k i ,   Z 	 	 	 	 C h a r o e n t o n g ,   P o r n p i m o l ;   F i n o t e l l o ,   F r a n c e s c a ;   A n g e l o v a ,   M i h a e l a ;   M a y e r ,   C l e m e n s ;   E f r e m o v a ,   M i r j a n a ;   R i e d e r ,   D i e t m a r ;   H a c k l ,   H u b e r t ;   T r a j a n o s k i ,   Z l a t k o 	 	 	 P a n - c a n c e r   I m m u n o g e n o m i c   A n a l y s e s   R e v e a l   G e n o t y p e - I m m u n o p h e n o t y p e   R e l a t i o n s h i p s   a n d   P r e d i c t o r s   o f   R e s p o n s e   t o   C h e c k p o i n t   B l o c k a d e 	 C E L L   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 M E T A S T A T I C   M E L A N O M A ;   E X P R E S S I O N   P R O F I L E S ;   I M M U N E   C E L L S ;   T U M O R ;   I M M U N O T H E R A P Y ;   G E N O M E ;   H E T E R O G E N E I T Y ;   N E O A N T I G E N S ;   S E N S I T I V I T Y ;   M E C H A N I S M S 	 T h e   C a n c e r   G e n o m e   A t l a s   r e v e a l e d   t h e   g e n o m i c   l a n d s c a p e s   o f   h u m a n   c a n c e r s .   I n   p a r a l l e l ,   i m m u n o t h e r a p y   i s   t r a n s f o r m i n g   t h e   t r e a t m e n t   o f   a d v a n c e d   c a n c e r s .   U n f o r t u n a t e l y ,   t h e   m a j o r i t y   o f   p a t i e n t s   d o   n o t   r e s p o n d   t o   i m m u n o t h e r a p y ,   m a k i n g   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   p r e d i c t i v e   m a r k e r s   a n d   t h e   m e c h a n i s m s   o f   r e s i s t a n c e   a n   a r e a   o f   i n t e n s e   r e s e a r c h .   T o   i n c r e a s e   o u r   u n d e r s t a n d i n g   o f   t u m o r - i m m u n e   c e l l   i n t e r a c t i o n s ,   w e   c h a r a c t e r i z e d   t h e   i n t r a t u m o r a l   i m m u n e   l a n d s c a p e s   a n d   t h e   c a n c e r   a n t i g e n o m e s   f r o m   2 0   s o l i d   c a n c e r s   a n d   c r e a t e d   T h e   C a n c e r   I m m u n o m e   A t l a s   ( h t t p s : / / t c i a . a t / ) .   C e l l u l a r   c h a r a c t e r i z a t i o n   o f   t h e   i m m u n e   i n f i l t r a t e s   s h o w e d   t h a t   t u m o r   g e n o t y p e s   d e t e r m i n e   i m m u n o p h e n o t y p e s   a n d   t u m o r   e s c a p e   m e c h a n i s m s .   U s i n g   m a c h i n e   l e a r n i n g ,   w e   i d e n t i f i e d   d e t e r m i n a n t s   o f   t u m o r   i m m u n o g e n i c i t y   a n d   d e v e l o p e d   a   s c o r i n g   s c h e m e   f o r   t h e   q u a n t i f i c a t i o n   t e r m e d   i m m u n o p h e n o s c o r e .   T h e   i m m u n o p h e n o s c o r e   w a s   a   s u p e r i o r   p r e d i c t o r   o f   r e s p o n s e   t o   a n t i - c y t o t o x i c   T   l y m p h o c y t e   a n t i g e n - 4   ( C T L A - 4 )   a n d   a n t i - p r o g r a m m e d   c e l l   d e a t h   p r o t e i n   1   ( a n t i - P D - 1 )   a n t i b o d i e s   i n   t w o   i n d e p e n d e n t   v a l i d a t i o n   c o h o r t s .   O u r   f i n d i n g s   a n d   t h i s   r e s o u r c e   m a y   h e l p   i n f o r m   c a n c e r   i m m u n o t h e r a p y   a n d   f a c i l i t a t e   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   p r e c i s i o n   i m m u n o - o n c o l o g y . 	 [ C h a r o e n t o n g ,   P o r n p i m o l ;   F i n o t e l l o ,   F r a n c e s c a ;   A n g e l o v a ,   M i h a e l a ;   M a y e r ,   C l e m e n s ;   E f r e m o v a ,   M i r j a n a ;   R i e d e r ,   D i e t m a r ;   H a c k l ,   H u b e r t ;   T r a j a n o s k i ,   Z l a t k o ]   M e d   U n i v   I n n s b r u c k ,   D i v   B i o i n f o r m a t ,   B i o c t r ,   A - 6 0 2 0   I n n s b r u c k ,   A u s t r i a 	 T r a j a n o s k i ,   Z   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M e d   U n i v   I n n s b r u c k ,   D i v   B i o i n f o r m a t ,   B i o c t r ,   A - 6 0 2 0   I n n s b r u c k ,   A u s t r i a . 	 z l a t k o . t r a j a n o s k i @ i - m e d . a c . a t 	 	 H a c k l ,   H u b e r t / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 4 0 5 5 - 3 8 4 1 	 A u s t r i a n   S c i e n c e   F u n d   ( F W F )   [ W 1 1 0 1 - B 1 8 ] ;   T i r o l e r   S t a n d o r t a g e n t u r   ( B i o i n f o r m a t i c s   T y r o l ) ;   E u r o p e a n   U n i o n   [ 6 3 3 5 9 2 ] ;   A u s t r i a n   N a t i o n a l   B a n k   [ 1 6 5 3 4 ] 	 T h e   r e s u l t s   s h o w n   h e r e   a r e   i n   p a r t   b a s e d   u p o n   d a t a   g e n e r a t e d   b y   T C G A   R e s e a r c h   N e t w o r k   ( h t t p s : / / c a n c e r g e n o m e . n i h . g o v ) .   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   A u s t r i a n   S c i e n c e   F u n d   ( F W F ) :   W 1 1 0 1 - B 1 8   ( D K   M o l e c u l a r   C e l l   B i o l o g y   a n d   O n c o l o g y ) ,   t h e   T i r o l e r   S t a n d o r t a g e n t u r   ( B i o i n f o r m a t i c s   T y r o l ) ,   t h e   E u r o p e a n   U n i o n ' s   H o r i z o n   2 0 2 0   r e s e a r c h   a n d   i n n o v a t i o n   p r o g r a m   u n d e r   g r a n t   a g r e e m e n t   N o .   6 3 3 5 9 2   ( p r o j e c t   A P E R I M :   A d v a n c e d   B i o i n f o r m a t i c s   T o o l s   f o r   P e r s o n a l i s e d   C a n c e r   I m m u n o t h e r a p y ) ,   a n d   t h e   A u s t r i a n   N a t i o n a l   B a n k   ( J u b i l a u m s f o n d s p r o j e k t   N o .   1 6 5 3 4 ) . 	 A g r a w a l   N ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 9 ,   P 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 5 0 ;   A k b a n i   R ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 1 ,   P 1 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 4 4 ;   A n g e l o v a   M ,   2 0 1 5 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 5 - 0 6 2 0 - 6 ;   B a r b i e   D A ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 6 2 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 4 6 0 ;   B i n d e a   G ,   2 0 1 3 ,   I M M U N I T Y ,   V 3 9 ,   P 7 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m m u n i . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 3 ;   B i n d e a   G ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 1 0 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 1 0 1 ;   B l a n k   C U ,   2 0 1 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 5 2 ,   P 6 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . a a f 2 8 3 4 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r o w n   S D ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 4 ,   P 7 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 6 5 9 8 5 . 1 1 3 ;   C o v r e   A ,   2 0 1 5 ,   O N C O I M M U N O L O G Y ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 2 1 6 2 4 0 2 X . 2 0 1 5 . 1 0 1 9 9 7 8 ;   G a j e w s k i   T F ,   2 0 0 6 ,   I M M U N O L   R E V ,   V 2 1 3 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 6 5 X . 2 0 0 6 . 0 0 4 4 2 . x ;   G a l o n   J ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 1 9 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 9 1 3 9 ;   G a r r a w a y   L A ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 3 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 0 2 ;   G e r l i n g e r   M ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 6 ,   P 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 1 1 3 2 0 5 ;   H a c k l   H ,   2 0 1 6 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 7 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g . 2 0 1 6 . 6 7 ;   H a k i m i   A A ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 9 ,   P 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c e l l . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 4 ;   H u g o   W ,   2 0 1 6 ,   C E L L ,   V 1 6 5 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 6 5 ;   I g l e s i a   M D ,   2 0 1 6 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j w 1 4 4 ;   L a n d a u   D A ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 2 ,   P 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 9 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 9 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 2 1 3 ;   L i   B ,   2 0 1 6 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 6 - 1 0 2 8 - 7 ;   M c G r a n a h a n   N ,   2 0 1 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 5 1 ,   P 1 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . a a f 1 4 9 0 ;   M l e c n i k   B ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 9 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 0 . 3 0 . 5 4 2 5 ;   N e w m a n   A M ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 4 5 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 3 3 7 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 3 3 7 ] ;   N i e l s e n   M ,   2 0 0 7 ,   P L O S   O N E ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 0 7 9 6 ;   O i k o n o m o u   E ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 1 1 7 5 2 ;   P i t t   J M ,   2 0 1 6 ,   I M M U N I T Y ,   V 4 4 ,   P 1 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m m u n i . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 0 1 ;   R i z v i   N A ,   2 0 1 5 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 8 ,   P 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . a a a 1 3 4 8 ;   R o b b i n s   P F ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E D ,   V 1 9 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 1 6 1 ;   R o o n e y   M S ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 0 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 3 3 ;   R u b i o - P e r e z   C ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 7 ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c e l l . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 7 ;   S c h a d e n d o r f   D ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 1 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 6 . 2 7 3 6 ;   S c h u m a c h e r   T N ,   2 0 1 5 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 8 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . a a a 4 9 7 1 ;   S p e n c e r   K r i s t e n   R ,   2 0 1 6 ,   A m   S o c   C l i n   O n c o l   E d u c   B o o k ,   V 3 5 ,   p e 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 4 6 9 4 / E D B K _ 1 6 0 7 6 6 ;   S u b r a m a n i a n   A ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 5 8 0 1 0 2 ;   V a n   A l l e n   E M ,   2 0 1 5 ,   S C I E N C E ,   V 3 5 0 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . a a d 0 0 9 5 ;   v a n   R o o i j   N ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 1 ,   p E 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 2 . 4 7 . 7 5 2 1 ;   W i t k i e w i c z   A K ,   2 0 1 5 ,   N A T   C O M M U N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 7 7 4 4 ;   W o l c h o k   J D ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 2 ,   P 9 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 4 5 	 3 9 	 2 	 2 	 5 	 5 	 C E L L   P R E S S 	 C A M B R I D G E 	 6 0 0   T E C H N O L O G Y   S Q U A R E ,   5 T H   F L O O R ,   C A M B R I D G E ,   M A   0 2 1 3 9   U S A 	 2 2 1 1 - 1 2 4 7 	 	 	 C E L L   R E P 	 C e l l   R e p o r t s 	 J A N   3 	 2 0 1 7 	 1 8 	 1 	 	 	 	 	 2 4 8 	 2 6 2 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 6 . 1 2 . 0 1 9 	 	 1 5 	 C e l l   B i o l o g y 	 C e l l   B i o l o g y 	 E O 1 N N 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 4 6 5 3 0 0 0 2 1 	 2 8 0 5 2 2 5 4 	 
 
 J 	 M u g h a l ,   B ;   S h a r i f ,   M 	 	 	 	 M u g h a l ,   B u s h r a ;   S h a r i f ,   M u h a m m a d 	 	 	 A u t o m a t e d   D e t e c t i o n   o f   B r e a s t   T u m o r   i n   D i f f e r e n t   I m a g i n g   M o d a l i t i e s :   A   R e v i e w 	 C U R R E N T   M E D I C A L   I M A G I N G   R E V I E W S 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 B e n i g n ;   C A D ;   i m a g i n g   m o d a l i t i e s   m a m m o g r a m s ;   M R   i m a g e s ;   m a l i g n a n t ;   U S   i m a g e s 	 C O M P U T E R - A I D E D   D I A G N O S I S ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   D Y N A M I C   H I S T O G R A M   E Q U A L I Z A T I O N ;   M A G N E T I C - R E S O N A N C E   I M A G E S ;   E X T R E M E   L E A R N I N G - M A C H I N E ;   G R A P H - B A S E D   S E G M E N T A T I O N ;   C A N C E R   D I A G N O S I S ;   C O N T R A S T   E N H A N C E M E N T ;   U L T R A S O U N D   I M A G E S ;   D I G I T A L   M A M M O G R A M S 	 B r e a s t   c a n c e r   i s   a   f a m i l i a r   d i s e a s e   i n   t h e   f e m a l e ;   i t s   e f f e c t s   a r e ,   h o w e v e r ,   n o t   s o   m u c h   d i v e r s e   i n   m a l e s .   I n   f e m a l e s ,   t h e   d e a t h   r a t e   i s   g r a d u a l l y   i n c r e a s i n g   d u e   t o   t h i s   d i s e a s e   b e c a u s e   r a r e l y   i t s   s i g n   a n d   s y m p t o m s   a p p e a r   a t   a n   i n i t i a l   p h a s e   t h a t   m a k e s   i t   h a r d   t o   d e t e c t   a t   a n   e a r l y   s t a g e .   A s   b r e a s t   c a n c e r   h a s   d e v e l o p e d   i n t o   t h e   r a p i d l y   g r o w i n g   d i s e a s e   a m o n g   w o m e n ,   n u m e r o u s   d e t e c t i o n   m e t h o d s ,   a l g o r i t h m s   a n d   n e w   t e c h n o l o g i e s   a n d   m a c h i n e r y   a r e   i n t r o d u c e d   i n   t h e   m a r k e t   f o r   i t s   e a r l y   d e t e c t i o n .   C o m p u t e r   a i d e d   d i a g n o s i s   a n d   d e t e c t i o n   s y s t e m   p r o v e d   t o   b e   a n   e f f i c i e n t   t o o l   f o r   e a r l y   d e t e c t i o n   o f   b r e a s t   t u m o r .   V a r i o u s   t e c h n i q u e s   h a v e   b e e n   p r e s e n t e d   b y   r e s e a r c h e r s   f o r   t h e   i m p r o v e d   p e r f o r m a n c e   o f   C A D   s y s t e m s   f o r   d i a g n o s i s / d e t e c t i o n   o f   b r e a s t   m a s s e s .   T h e   a i m   o f   t h i s   r e s e a r c h   w o r k   i s   t o   p r e s e n t   a   c o n c i s e   r e v i e w   o f   d i f f e r e n t   i m a g i n g   m o d a l i t i e s   a n d   t e c h n i q u e s   w i t h   t h e i r   p e r f o r m a n c e   a s s e s s m e n t   i n   d i f f e r e n t   s t a g e s   o f   a n   a u t o m a t e d   o r   c o m p u t e r   a i d e d   d e t e c t i o n   s y s t e m   ( C A D )   f o r   b r e a s t   t u m o r   d e t e c t i o n .   T h e   m o s t   c o m m o n l y   u s e d   i m a g i n g   m o d a l i t i e s   a r e   d i s c u s s e d   l i k e   m a m m o g r a p h y ,   M R I ,   a n d   u l t r a s o u n d   f o r   b r e a s t   c a n c e r   d e t e c t i o n   a n d   d i a g n o s t i c   p u r p o s e s .   A   d e t a i l e d   d i s c u s s i o n   o f   d i f f e r e n t   i m a g i n g   m o d a l i t i e s ,   d a t a s e t s ,   p e r f o r m a n c e   m e a s u r e s   a n d   v a r i o u s   t e c h n i q u e s   u s e d   f o r   t h e   a u t o m a t e d   d e t e c t i o n   o f   a   b r e a s t   t u m o r   w i t h   r e c e n t   a d v a n c e s   a n d   e v a l u a t i o n   o f   t h e i r   p e r f o r m a n c e   i n   d i f f e r e n t   s t e p s   o f   c o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s   a n d   d e t e c t i o n   s y s t e m s   i s   p r e s e n t e d   h e r e . 	 [ M u g h a l ,   B u s h r a ;   S h a r i f ,   M u h a m m a d ]   C O M S A T S   I n s t   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   D e p t   C o m p   S c i ,   W a h ,   P a k i s t a n 	 M u g h a l ,   B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C O M S A T S   I n s t   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   D e p t   C o m p   S c i ,   W a h ,   P a k i s t a n . 	 b u s h r a a . z a r a @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 A b d u l l a h - A l - W a d u d   M ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   C O N S U M   E L E C T R ,   V 5 3 ,   P 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C E . 2 0 0 7 . 3 8 1 7 3 4 ;   A d e y a n j u   I ,   2 0 1 6 ,   B R I T   J   M A T H   C O M P U T   S ,   V 1 4 ,   P 1 ;   A k a y   M F ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 9 ;   A k i l a   K ,   2 0 1 5 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 4 7 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 5 . 0 3 . 2 0 5 ;   A l - A n e z i   M M ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   W D B C ,   V 3 2 ,   P 3 5 7 ;   A l - F a r i s   A .   Q . ,   2 0 1 4 ,   A D V   I N T E L L I G E N T   S Y S T ,   V 2 2 3 ,   P 4 9 ;   A r i c i   T ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 8 ,   P 1 9 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 9 . 2 0 2 1 5 4 8 ;   B a h a r u d d i n   W N A ,   2 0 1 3 ,   S O F T   C O M P U T I N G   A P P L ,   P 9 9 ;   B e g   M M ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R E S   C O M P   S C I ,   V 2 ;   B e l c i u g   S ,   2 0 1 0 ,   I N T   S Y S T   D E S   A P P L   I S ;   B e r g   W A ,   2 0 1 2 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 0 7 ,   P 1 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 1 2 . 3 8 8 ;   B h a r d w a j   A ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 4 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 6 5 ;   B h a t e j a   V ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 2 9 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 0 7 ;   B o s s   R ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   S C I   E N G   R E S ,   V 4 ;   B r e k e l m a n s   C T M ,   1 9 9 6 ,   J   E P I D E M I O L   C O M M U N   H ,   V 5 0 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j e c h . 5 0 . 1 . 6 8 ;   B r y l l   R ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 6 ,   P 1 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 0 2 ) 0 0 1 2 1 - 8 ;   B u c i u   I ,   2 0 1 1 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 6 ,   P 3 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 3 ;   C h a n g   R F ,   2 0 0 3 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 2 9 ,   P 1 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 0 3 ) 0 0 9 9 2 - X ;   C h a n g   Y C ,   2 0 1 2 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 2 ;   C h a u d h u r y   B ,   S P I E   M E D   I M A G I N G   2 0 1 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 2 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 7 2 3 - 0 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 0 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 1 2 0 ;   C h e n g   H D ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 1 2 ;   C h e n g   H D ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 9 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 0 6 ;   C h o u   Y H ,   2 0 0 1 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 2 7 ,   P 1 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 0 1 ) 0 0 4 6 6 - 5 ;   C h u n e k a r   V N ,   2 0 0 9 ,   A D V   R E C   T E C H N   C O M M   C ;   D o m i n g u e s   I ,   E N G E N H A R I A   B I O M E D I C A ;   D o m i n g u e z   A R ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 6 ;   D u r i c   N ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 4 3 2 1 6 1 ;   E l a n g e e r a n   M ,   2 0 1 4 ,   I N T   S E N S   S E N S   N E T W   I ;   E l e y a n   A . ,   2 0 1 2 ,   S I G N   P R O C   C O M M   A P P L ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 4 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 0 2 ;   E l t o u k h y   M M M ,   2 0 0 9 ,   C S P A :   2 0 0 9   5 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O L L O Q U I U M   O N   S I G N A L   P R O C E S S I N G   A N D   I T S   A P P L I C A T I O N S ,   P R O C E E D I N G S ,   P 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C S P A . 2 0 0 9 . 5 0 6 9 2 4 7 ;   F a n   J i u - l u n ,   2 0 0 7 ,   A c t a   E l e c t r o n i c a   S i n i c a ,   V 3 5 ,   P 7 5 1 ;   F r e d i e u   J .   R . ,   2 0 1 5 ,   M E D   S C I   E D ,   V 2 5 ,   P 1 8 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / s 4 0 6 7 0 - 0 1 5 - 0 1 1 5 - 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 4 0 6 7 0 - 0 1 5 - 0 1 1 5 - 9 ] ;   G a l l e g o - O r t i z   C ,   S P I E   M E D   I M A G I N G   2 0 1 ;   G a m d o n k a r   Z ,   S P I E   M E D   I M A G I N G   2 0 1 ;   G w o   C Y ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 2 ,   p E 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 2 5 ;   H a n m a n d l u   M ,   2 0 1 2 ,   C O M P   I N T   C O M P   R E S   I C ;   H a o   Z ,   2 0 1 2 ,   I M   P R O C   I C I P   2 0 1 2   1 9 ;   H a s h e m i   S ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 1 ,   P 1 8 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 6 ;   H a s s a n i e n   A b o u l E l l a ,   2 0 0 7 ,   J   I M A G E   V I S I O N   C O M P U ,   V 2 5 ,   P 1 7 2 ;   H a s s a n i e n   A E ,   2 0 1 4 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 4 ,   P 6 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 1 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o r . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 1 ] ;   H u a n g   Q H ,   2 0 1 2 ,   U L T R A S O N I C S ,   V 5 2 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 1 1 ;   H u a n g   Q H ,   2 0 1 5 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 3 1 4 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 2 1 ;   H u a n g   Q H ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 2 9 ,   P 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 3 8 ;   I b r a h i m   H ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   C O N S U M   E L E C T R ,   V 5 3 ,   P 1 7 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C E . 2 0 0 7 . 4 4 2 9 2 8 0 ;   J a f a r i   M ,   2 0 1 1 ,   J   A P P L   S C I   R E S ,   V 7 ;   J a i n   A k s h a t ,   2 0 1 3 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   C o n v e r g e n c e   C o m p u t i n g ,   V 1 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J C O N V C . 2 0 1 3 . 0 5 4 6 5 9 ;   J a l a l i a n   A ,   2 0 1 3 ,   C L I N   I M A G ,   V 3 7 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n i m a g . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 2 4 ;   J a n s e n   S A ,   2 0 0 7 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 5 ,   P 6 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 5 3 0 6 2 0 6 1 ;   K a m r a   A ,   P O I N T   O F   C A R E   H E A L T H ;   K a r a h a l i o u   A ,   2 0 1 4 ,   A S S E S S I N G   H E T E R O G E N E ;   K a r i m i   B . ,   2 0 1 3 ,   J   A R T I F I C I A L   I N T E L L I ,   V 3 ,   P 2 6 5 ;   K e i v a n f a r d   F ,   2 0 1 1 ,   1 7   I R   C   B I O M   E N G   I C B ;   K e i v a n f a r d   F ,   2 0 1 0 ,   1 7   I R   C   B I O M   E N G   I C B ;   K e l l y   K M ,   2 0 1 0 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 0 ,   P 7 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 9 - 1 5 8 8 - y ;   K i m   D H ,   2 0 1 2 ,   I M   P R O C   I C I P   2 0 1 2   1 9 ;   K r i e g e   M ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 1 ,   P 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 3 1 7 5 9 ;   K u l k a r n i   D ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C O M P U T   A P P L ,   V 5 ,   P 1 2 ;   K u s   P ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 2 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 1 ;   K w o k   S z e   M a n ,   2 0 0 4 ,   M E D   I M A G I N G   I E E E   T ,   V 2 3 ,   P 1 1 2 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 4 . 8 3 0 5 2 9 ;   L a m a r d   M ,   2 0 0 7 ,   E N G   M E D   B I O L   S O C   2 0 0 ;   L e a c h   M O ,   2 0 0 5 ,   L A N C E T ,   V 3 6 5 ,   P 1 7 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 5 ) 6 6 4 8 1 - 1 ;   L e h m a n   C D ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 1 8 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 0 9 7 1 ;   L e h m a n   C D ,   2 0 0 7 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 4 ,   P 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 4 2 0 6 0 4 6 1 ;   L i u   C C ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M A T H   A P P L ,   V 6 4 ,   P 1 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a m w a . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 2 8 ;   L i u   C C ,   2 0 1 2 ,   A P P L   M E C H   M A T E R ,   V 1 2 1 - 1 2 6 ,   P 4 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 4 0 2 8 / w w w . s c i e n t i f i c . n e t / A M M . 1 2 1 - 1 2 6 . 4 5 3 7 ;   L i u   H ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   I M A G I N G ,   V 1 ;   L i u   J ,   2 0 1 1 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 5 - S 3 - S 6 ;   L i u   X M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   S Y S T   J ,   V 8 ,   P 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S Y S T . 2 0 1 3 . 2 2 8 6 5 3 9 ;   M a i t r a   I K ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 7 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 0 7 ;   M a l d o n a d o   S ,   2 0 1 1 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 8 1 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 4 7 ;   M a l e k   J ,   2 0 0 9 ,   J   S I G N A L   P R O C E S S   S Y S ,   V 5 5 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 5 - 0 0 8 - 0 1 9 8 - 2 ;   M a r c a n o - C e d e n o   A ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 1 6 7 ;   M a s o t t i   M ,   2 0 0 6 ,   M A C H   L E A R N   S I G N   P R O C ;   M c L e o d   P ,   2 0 1 2 ,   N E U R   N E T W   I J C N N   2 0 1 2 ;   M e l o u a h   A ,   2 0 1 5 ,   R E C   A D V   B I O L   B I O M E D ;   M e n c a t t i n i   A ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   I N S T R U M   M E A S ,   V 5 7 ,   P 1 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I M . 2 0 0 7 . 9 1 5 4 7 0 ;   M e n o t t i   D ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   C O N S U M   E L E C T R ,   V 5 3 ,   P 1 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C E . 2 0 0 7 . 4 3 4 1 6 0 3 ;   M o f t a h   H M ,   2 0 1 4 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 4 ,   P 1 9 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 3 - 1 4 3 7 - 4 ;   M u   T T ,   2 0 0 8 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 1 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 7 - 9 1 0 2 - z ;   M u s t r a   M ,   2 0 1 3 ,   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 9 3 ,   P 2 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s i g p r o . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 2 6 ;   N a g a r a j a s r i   B ,   N O V E L   D I A G N O S T I C   C O M ;   N g u y e n   C u o n g ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D I C A L   S C I   E N G ,   V 6 ,   P 5 5 1 ;   N i t h y a   R ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   S I G N A L   I M A G I N G ,   V 8 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J S I S E . 2 0 1 5 . 0 6 7 0 6 8 ;   N i w a s   S I ,   2 0 1 3 ,   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 9 3 ,   P 2 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s i g p r o . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 2 9 ;   O l i v e r   A ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 2 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 7 . 9 0 3 5 1 4 ;   O m i d i o r a   E ,   2 0 1 6 ,   B R I T   J   A P P L   S C I   T E C H ,   V 1 5 ,   P 1 ;   P a d m a v a t i   J . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   S C I   E N G   R E S ,   V 2 ,   P 1 ;   P A L   N R ,   1 9 9 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 2 6 ,   P 1 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 3 ) 9 0 1 3 5 - J ;   P a n c h a l   R ,   2 0 0 6 ,   I N T   C   N E U R   I N F   P R O C ;   P e r e z   N ,   S P I E   M E D   I M A G I N G   2 0 1 ;   P r a t h i b h a   B   N ,   2 0 1 0 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   I n f o r m a t i o n   A c q u i s i t i o n ,   V 7 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 8 7 8 9 1 0 0 0 2 1 0 5 ;   R a j e s h w a r i   S ,   2 0 1 3 ,   I N F   C O M M   T E C H N   I C T   2 ;   R a m o s - P o l l a n   R ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 2 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 6 9 3 - 2 ;   R a n g a y y a n   R M ,   2 0 0 7 ,   J   F R A N K L I N   I ,   V 3 4 4 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f r a n k l i n . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 0 3 ;   R a n g a y y a n   R a n g a r a j   M ,   1 9 9 7 ,   M E D   I M A G I N G   I E E E   T ,   V 1 6 ,   P 7 9 9 ;   R o m u a l d o   L C S ,   2 0 1 3 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 2 - 9 5 0 7 - 1 ;   R o u h i   R ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 9 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 2 0 ;   S a k i   F ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 3 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 0 6 ;   S a k i m   H A M ,   2 0 0 9 ,   S T U D   C O M P U T   I N T E L L ,   V 1 6 6 ,   P 1 ;   S a r a s w a t h i   D . ,   2 0 1 4 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 1 5 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J B E T . 2 0 1 4 . 0 6 4 6 5 1 ;   S a s l o w   D ,   2 0 0 7 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 7 ,   P 7 5 ;   S a v i t h a   R ,   2 0 1 2 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 8 7 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 3 ;   S a x e n a   S ,   I N T   J   E N G   A D V   T E C H N O ;   S e z g i n   M ,   2 0 0 4 ,   J   E L E C T R O N   I M A G I N G ,   V 1 3 ,   P 1 4 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 6 3 1 3 1 5 ,   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 6 3 1 3 1 6 1 ] ;   S h i   X J ,   2 0 1 0 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 0 ,   P 8 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 0 ;   S i n g h   N ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T   A P P L ,   V 2 2 ;   S i n g h   S ,   2 0 1 6 ,   E N G   M E D   B I O L   S O C   2 0 0 ;   S o l i m a n   O S ,   2 0 1 2 ,   R O U G H   S E T S   C U R R E N T   T ;   S r i v a s t a v a   S u b o d h ,   2 0 1 3 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 1 3 ,   P 2 7 0 ;   S u b r a m a n i a m   E ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   C O M P U T E R   I N T E R ,   V 1 4 ,   P 2 4 ;   S u n d a r a m   M . ,   2 0 1 2 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 9 ,   P 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J B E T . 2 0 1 2 . 0 4 7 3 7 1 ;   S u n d a r a m   M ,   2 0 1 1 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 1 ,   P 5 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 0 3 ;   T a b a l v a n d a n i   N S ,   2 0 1 4 ,   E L   E N G   I C E E   2 0 1 4   2 2 ;   T a h m a s b i   A ,   2 0 1 0 ,   B I O M   E N G   I C B M E   2 0 1 0 ;   T a h m a s b i   A ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 1 ,   P 7 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 9 ;   T a i   S C ,   2 0 1 4 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 8 ,   P 6 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 3 . 2 2 7 9 0 9 7 ;   T a n g   J S ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 8 . 2 0 0 9 4 4 1 ;   T e j   G A ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   A D V   R E S   C O M P   C ,   V 4 ;   T e r u e l   J R ,   2 0 1 4 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 7 ,   P 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 3 1 3 2 ;   T h a k u r   D ,   2 0 1 0 ,   C O M P   C O M M   T E C H N   I C C C ;   T i e d e u   A ,   2 0 1 2 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 2 ,   P 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 0 4 ;   T o u r a s s i   G D ,   2 0 0 5 ,   I N T E L L I G E N T   P A R A D I G M ,   P 1 7 3 ;   T z i k o p o u l o s   S D ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 2 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 1 6 ;   U b a i d i l l a h   S . H . S . A . ,   2 0 1 3 ,   J U R N A L   T E K N O L O G I   S C I ,   V 6 5 ,   P 1 ;   V a i d e h i   K ,   2 0 1 5 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 4 6 ,   P 1 7 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 5 . 0 2 . 1 2 8 ;   V a l l e z   N ,   2 0 1 0 ,   D I G I T A L   M A M M O G R A P H Y ,   P 2 5 9 ;   V a r e l a   C ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 7 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 5 . 1 2 . 0 0 6 ;   V e r m a   B ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 5 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 3 3 . 9 0 8 3 8 9 ;   V e r m a   B ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 7 ,   P 3 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 6 ;   V e r m a   B ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 8 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 0 9 ;   W a n g   T C ,   2 0 1 4 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 0 2 ;   W a n g   T ,   2 0 1 4 ,   C U R R   M E D   I M A G I N G   R E V ,   V 1 0 ,   P 2 3 7 ;   W a n g   Y ,   2 0 1 3 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 0 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 1 6 ;   W a n g   Z Q ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 2 8 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 5 3 ;   W a r n e r   E ,   2 0 1 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 5 ,   P 1 0 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M c p 1 1 0 1 5 4 0 ;   W e i   C H ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 1 ,   p E 6 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 2 9 ;   W i d o d o   S ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   A D V   C O M P   S C I   A ,   V 5 ;   W u   S D ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 2 9 4 9 6 ;   W u   W J ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 6 ,   P 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 4 ;   X i a n   M ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 8 ,   P 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 2 6 ;   Z e n g   F ,   2 0 1 3 ,   A D V   I M A G E   G R A P H I C S   T ,   P 3 0 0 ;   Z h a n g   H Y ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - 2 9 8 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 7 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 1 - 0 6 2 8 - 7 ;   Z h e n g   B C ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 1 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 4 4 	 1 4 7 	 0 	 0 	 0 	 0 	 B E N T H A M   S C I E N C E   P U B L   L T D 	 S H A R J A H 	 E X E C U T I V E   S T E   Y - 2 ,   P O   B O X   7 9 1 7 ,   S A I F   Z O N E ,   1 2 0 0   B R   S H A R J A H ,   U   A R A B   E M I R A T E S 	 1 5 7 3 - 4 0 5 6 	 1 8 7 5 - 6 6 0 3 	 	 C U R R   M E D   I M A G I N G   R E V 	 C u r r .   M e d .   I m a g i n g   R e v . 	 	 2 0 1 7 	 1 3 	 2 	 	 	 	 	 1 2 1 	 1 3 9 	 	 1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 7 3 4 0 5 6 1 2 6 6 6 1 6 0 9 0 1 1 2 1 8 0 2 	 	 1 9 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E T 7 S X 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 4 9 9 7 0 0 0 0 3 	 	 
 
 J 	 L u o ,   S ;   D e n g ,   Z Y ;   B i ,   W Z ;   W a n g ,   Y ;   X u ,   M ;   W a n g ,   Y 	 	 	 	 L u o ,   S o n g ;   D e n g ,   Z h a o y a n g ;   B i ,   W e n z h i ;   W a n g ,   Y u n ;   X u ,   M e n g ;   W a n g ,   Y a n 	 	 	 I d e n t i f i c a t i o n   o f   p o t e n t i a l   g e n e s   a n d   m i c r o R N A s   r e l a t e d   t o   r e c u r r e n c e   r i s k   o f   o s t e o s a r c o m a   b y   m i R N A   a n d   m R N A   i n t e g r a t e d   a n a l y s i s 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   C L I N I C A L   A N D   E X P E R I M E N T A L   M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 O s t e o s a r c o m a ;   g e n e ;   m i c r o R N A ;   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ;   n e t w o r k 	 D O W N - R E G U L A T I O N ;   C E L L S ;   N U C L E O S T E M I N ;   C A N C E R ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   P R O L I F E R A T I O N ;   M E T A S T A S I S ;   E X P R E S S I O N ;   P R O T E I N S ;   F A M I L Y 	 O b j e c t i v e :   T h i s   s t u d y   a i m e d   t o   i d e n t i f y   p o t e n t i a l   r i s k   g e n e s   a n d   m i c r o R N A s   ( m i R N A s )   r e l a t e d   t o   t h e   r e c u r r e n c e   r i s k   o f   o s t e o s a r c o m a   ( O S )   u s i n g   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   a l g o r i t h m .   M e t h o d s :   B a s e d   o n   t h e   m R N A   e x p r e s s i o n   p r o f i l i n g   d a t a s e t   G S E 3 9 0 5 5   a n d   t h e   m i R N A   e x p r e s s i o n   p r o f i l i n g   d a t a s e t   G S E 3 9 0 4 0 ,   d i f f e r e n t i a l l y   e x p r e s s e d   g e n e s   ( D E G s )   a n d   d i f f e r e n t i a l l y   e x p r e s s e d   m i R N A s   ( D E - m i R N A s )   i n d i a g n o s t i c   b i o p s y   s p e c i m e n s   b e t w e e n   O S   p a t i e n t s   w i t h   a n d   w i t h o u t   r e c u r r e n c e   w e r e  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 8 1 4 0 2 2 1 6 ) . 	 A j i r o   M ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   P 1 8 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 5 0 0 ;   B a c c i   G ,   2 0 0 7 ,   J   S U R G   O N C O L ,   V 9 6 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s o . 2 0 6 2 8 ;   B a d e r   G D ,   2 0 0 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 4 - 2 ;   B e e k m a n   C ,   2 0 0 6 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 6 ,   P 9 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 0 1 1 8 3 - 0 6 ;   H a l l e r   O ,   2 0 0 7 ,   B I O C H I M I E ,   V 8 9 ,   P 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o c h i . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 1 5 ;   K e l l y   A D ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   M E D ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g m 4 0 6 ;   K e n m o c h i   N ,   1 9 9 8 ,   G E N O M E   R E S ,   V 8 ,   P 5 0 9 ;   K h a n n a   C ,   2 0 0 4 ,   N A T   M E D ,   V 1 0 ,   P 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 9 8 2 ;   K u b o   T ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   P 6 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k l 7 9 4 ;   L e e   H S ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 4 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 0 1 7 3 ;   L i n d s t r o m   M S ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   p A 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 9 5 7 8 ;   L v   H L ,   2 0 1 5 ,   M O L   M E D   R E P ,   V 1 2 ,   P 6 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / m m r . 2 0 1 5 . 4 3 0 4 ;   M a   H H ,   2 0 0 8 ,   M O L   B I O L   C E L L ,   V 1 9 ,   P 2 8 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 1 / m b c . E 0 8 - 0 2 - 0 1 2 8 ;   M a r i n a   N ,   2 0 0 4 ,   O N C O L O G I S T ,   V 9 ,   P 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 9 - 4 - 4 2 2 ;   M C C R I G H T   B ,   1 9 9 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 0 ,   P 2 6 1 2 3 ;   M e d i n g   S ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 1 9 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 2 0 0 7 8 4 p ;   M e i   Q ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 5 ,   P 7 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c a s . 1 2 4 3 6 ;   M u   Y ,   2 0 1 4 ,   M E D   O N C O L ,   V 3 1 ;   R i t t e r   J ,   2 0 1 0 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d q 2 7 6 ;   R o s a r i o   C O ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 6 8 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 0 9 4 1 1 0 7 ;   S a r t a k h t i   J S ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 8 ,   P 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 3 ;   S m y t h   G K ,   2 0 0 7 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O L ,   V 3 ,   P 1 ;   S o b i n   L H ,   2 0 1 1 ,   T N M   C L A S S I F I C A T I O N   M ;   S o n g   Q C ,   2 0 1 4 ,   O N C O L   R E P ,   V 3 1 ,   P 1 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 4 . 2 9 8 9 ;   S t i l l e r   C A ,   2 0 0 6 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 2 ,   P 2 0 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 0 2 ;   S t o e a n   R ,   2 0 1 1 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 1 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 2 ;   Y a m a g u c h i   U ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 0 ,   P 2 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 0 9 . 0 1 3 1 0 . x ;   Y a n g   H X ,   2 0 0 5 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 1 1 ,   P 4 8 1 2 ;   Y a n g   J L ,   2 0 1 0 ,   T E C H N O L   C A N C E R   R E S   T ,   V 9 ,   P 1 6 1 ;   Z h a n g   H S Q ,   2 0 1 4 ,   H U M   P A T H O L ,   V 4 5 ,   P 1 4 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h u m p a t h . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 1 8 ;   Z h u   J F ,   2 0 1 2 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 8 0 ,   P 2 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j p a t h . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 2 3 	 3 1 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E - C E N T U R Y   P U B L I S H I N G   C O R P 	 M A D I S O N 	 4 0   W H I T E   O A K S   L N ,   M A D I S O N ,   W I   5 3 7 1 1   U S A 	 1 9 4 0 - 5 9 0 1 	 	 	 I N T   J   C L I N   E X P   M E D 	 I n t .   J .   C l i n .   E x p .   M e d . 	 	 2 0 1 7 	 1 0 	 3 	 	 	 	 	 5 6 1 0 	 + 	 	 	 	 1 4 	 M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E T 8 M G 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 5 5 2 9 0 0 1 6 6 	 	 
 
 J 	 D e n g ,   C ;   P e r k o w s k i ,   M 	 	 	 	 D e n g ,   C l e m e n ;   P e r k o w s k i ,   M a r e k 	 	 	 A   G e n e r a l   D a t a   M i n i n g   M e t h o d o l o g y   B a s e d   o n   a   W e i g h t e d   H i e r a r c h i c a l   A d a p t i v e   V o t i n g   E n s e m b l e   ( W H A V E )   M a c h i n e   L e a r n i n g   M e t h o d 	 J O U R N A L   O F   M U L T I P L E - V A L U E D   L O G I C   A N D   S O F T   C O M P U T I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 D a t a   m i n i n g ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   e n s e m b l e ;   m a j o r i t y   v o t i n g   s y s t e m ;   m u l t i - v a l u e d   l o g i c ;   i n f o r m a t i o n   g a i n 	 B R E A S T - C A N C E R   D I A G N O S I S ;   C L A S S I F I C A T I O N   R U L E S 	 T h i s   p a p e r   p r e s e n t s   a   g e n e r a l   d a t a   m i n i n g   m e t h o d o l o g y   b a s e d   o n   a   n o v e l   W e i g h t e d   H i e r a r c h i c a l   A d a p t i v e   V o t i n g   E n s e m b l e   ( W H A V E )   m a c h i n e   l e a r n i n g   ( M L )   m e t h o d .   I t   w a s   c o n s t r u c t e d   u s i n g   t h r e e   i n d i v i d u a l   M L   m e t h o d s   b a s e d   o n   M u l t i p l e - V a l u e d   L o g i c :   D i s j u n c t i v e   N o r m a l   F o r m   ( D N F )   r u l e   b a s e d   m e t h o d ,   D e c i s i o n   T r e e s ,   N a v e   B a y e s ,   a n d   o n e   m e t h o d   b a s e d   o n   c o n t i n u o u s   r e p r e s e n t a t i o n :   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e s   ( S V M ) .   T h e   W H A V E   m e t h o d   w a s   d e m o n s t r a t e d   i n   a p p l i c a t i o n s   f o r   b r e a s t   c a n c e r ,   h e a r t   d i s e a s e   d e t e c t i o n   a n d   s t o c k   m a r k e t   p r e d i c t i o n   w i t h   a c c u r a c i e s   o f   9 9 . 8 % ,   9 6 . 7 %   a n d   9 5 . 2 %   r e s p e c t i v e l y .   R e s u l t s   w e r e   c o m p a r e d   w i t h   o t h e r   m e t h o d s   a n d   s h o w   t h a t   t h e   W H A V E   m e t h o d   a c c u r a c y   i s   n o t i c e a b l y   h i g h e r   t h a n   t h o s e   o f   t h e   i n d i v i d u a l   M L   m e t h o d s   t e s t e d .   T h i s   p a p e r   d e m o n s t r a t e s   t h e   a d v a n t a g e   o f   t h i s   n e w   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d o l o g y   b a s e d   o n   a   h i e r a r c h i c a l   e n s e m b l e . 	 [ D e n g ,   C l e m e n ;   P e r k o w s k i ,   M a r e k ]   P o r t l a n d   S t a t e   U n i v ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   P o r t l a n d ,   O R   9 7 2 0 7   U S A 	 D e n g ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   P o r t l a n d   S t a t e   U n i v ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   P o r t l a n d ,   O R   9 7 2 0 7   U S A . 	 c l e m e n . d e n g @ g m a i l . c o m ;   m p e r k o w s @ e e . p d x . e d u 	 	 	 	 	 A b o n y i   J ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 4 ,   P 2 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 0 3 ) 0 0 0 4 7 - 3 ;   A h a   D . ,   I N S T A N C E   B A S E D   P R E D I ;   A k a y   M F ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 9 ;   A l b r e c h t   A .   A . ,   2 0 0 2 ,   P   9   I N T   C   N E U R   I N F   P ,   P 1 8 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C O N I P . 2 0 0 2 . 1 2 0 2 1 5 6 ;   A l p a y d i n   E . ,   2 0 1 0 ,   I N T R O   M A C H I N E   L E A R N I ;   B a r b e r   D a v i d ,   2 0 1 5 ,   B A Y E S I A N   R E A S O N I N G   M ,   P 2 0 3 ;   B e l l a a c h i a   A . ,   2 0 0 6 ,   P R E D I C T I N G   B R E A S T   C A ;   C h o u d h r y   R ,   2 0 0 8 ,   W O R L D   A C A D   S C I   E N G   T ,   V 3 9 ,   P 3 1 5 ;   C l a r k   E E ,   1 9 8 9 ,   M A C H   L E A R N ,   V 3 ,   P 2 6 1 ;   D a u m e   H . ,   C O U R S E   M A C H I N E   L E A R N ,   P 1 4 9 ;   G u i j a r r o - B e r d i a s   B . ,   2 0 0 7 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   P 3 6 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 7 7 2 2 6 - 2 ;   H a m i t o n   H .   J . ,   1 9 9 6 ,   I N T   C   E N G   A P P L   N E U R ,   P 1 7 ;   H a r r i n g t o n   P . ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   A C T ,   p [ 9 ,   1 1 ,   3 7 ,   1 0 1 ] ;   H s i e h   S L ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 2 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 7 6 2 - 6 ;   H u a n g   K . ,   2 0 0 3 ,   8   I N T   S   A R T   I N T   M A T H ;   K a r a b a t a k   M ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 6 4 ;   K o h a v i   R . ,   1 9 9 5 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g .   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   T w e l f t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   P 3 0 4 ;   M a n g a s a r i a n   O L ,   1 9 9 0 ,   S I A M   N E W S ,   V 2 3 ,   P 1 ;   M a r c a n o - C e d e n o   A ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 1 6 7 ;   M a r t i n e z - M u n o z   G ,   2 0 0 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 8 ,   P 1 4 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 2 0 ;   M i c h a l s k i   R .   S . ,   1 9 8 6 ,   P r o c e e d i n g s   A A A I - 8 6 :   F i f t h   N a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ,   P 1 0 4 1 ;   N a u c k   D ,   1 9 9 9 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 6 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 8 ) 0 0 0 7 0 - 0 ;   P a g e   D . ,   2 0 0 3 ,   P   1 8   I N T   J O I N T   C   A R T ,   P 6 0 1 ;   P e n a - R e y e s   C A ,   1 9 9 9 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 7 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 9 ) 0 0 0 1 9 - 6 ;   P e n g   L . ,   2 0 0 9 ,   J   B I O M E D I C A L   I N F O R M ,   V 1 7 9 ,   P 8 0 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . I N S . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 0 7 ;   P l a n e y   K . ,   2 0 1 1 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   A P P ;   P o l a t   K ,   2 0 0 7 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 1 7 ,   P 6 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 0 8 ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   1 9 9 6 ,   J   A R T I F I C I A L   I N T E L L I ,   V 4 ,   P 7 7 9 0 9 ;   S a b a n   S . ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 7 ,   P 4 1 5 ;   S e t i o n o   R ,   2 0 0 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 8 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 9 ) 0 0 0 4 1 - X ;   S h a r k e y   A . ,   1 9 9 8 ,   C O N N E C T   S C I ,   V 8 ,   P 2 9 9 ;   S t e r   B . ,   1 9 9 6 ,   P   I N T   C   E N G   A P P L   N E U ,   P 4 2 7 ;   U b e y l i   E .   D . ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   S Y S T E M S   A P P L ,   V 3 3 ,   P 2 8 4 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . E S W A . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 6 4 ;   W O L B E R G   W H ,   1 9 9 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 8 7 ,   P 9 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 8 7 . 2 3 . 9 1 9 3 	 3 4 	 0 	 0 	 0 	 0 	 O L D   C I T Y   P U B L I S H I N G   I N C 	 P H I L A D E L P H I A 	 6 2 8   N O R T H   2 N D   S T ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 2 3   U S A 	 1 5 4 2 - 3 9 8 0 	 1 5 4 2 - 3 9 9 9 	 	 J   M U L T - V A L U E D   L O G   S 	 J .   M u l t . - V a l u e d   L o g .   S o f t   C o m p u t . 	 	 2 0 1 7 	 2 8 	 4 - 5 	 	 	 	 	 4 0 9 	 4 2 7 	 	 	 	 1 9 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s ;   L o g i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E T 6 Q C 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 4 1 5 5 0 0 0 0 4 	 	 
 
 J 	 F e n g ,   C M ;   G a o ,   Y L ;   L i u ,   J X ;   W a n g ,   J ;   W a n g ,   D Q ;   W e n ,   C G 	 	 	 	 F e n g ,   C h u n - M e i ;   G a o ,   Y i n g - L i a n ;   L i u ,   J i n - X i n g ;   W a n g ,   J u a n ;   W a n g ,   D o n g - Q i n ;   W e n ,   C h a n g - G a n g 	 	 	 J o i n t   L - 1 / 2 - N o r m   C o n s t r a i n t   a n d   G r a p h - L a p l a c i a n   P C A   M e t h o d   f o r   F e a t u r e   E x t r a c t i o n 	 B I O M E D   R E S E A R C H   I N T E R N A T I O N A L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   A C U T E   M Y E L O I D - L E U K E M I A ;   P A N C R E A T I C - C A N C E R ;   G E N E - E X P R E S S I O N ;   I M M U N E - R E S P O N S E ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   C E L L ;   R E P R E S E N T A T I O N ;   A L G O R I T H M ;   D I S C O V E R Y 	 P r i n c i p a l   C o m p o n e n t   A n a l y s i s   ( P C A )   a s   a   t o o l   f o r   d i m e n s i o n a l i t y   r e d u c t i o n   i s   w i d e l y   u s e d   i n   m a n y   a r e a s .   I n   t h e   a r e a   o f   b i o i n f o r m a t i c s ,   e a c h   i n v o l v e d   v a r i a b l e   c o r r e s p o n d s   t o   a   s p e c i f i c   g e n e .   I n   o r d e r   t o   i m p r o v e   t h e   r o b u s t n e s s   o f   P C A - b a s e d   m e t h o d ,   t h i s   p a p e r   p r o p o s e s   a   n o v e l   g r a p h - L a p l a c i a n   P C A   a l g o r i t h m   b y   a d o p t i n g   L - 1 / 2   c o n s t r a i n t   ( L - 1 / 2   g L P C A )   o n   e r r o r   f u n c t i o n   f o r   f e a t u r e   ( g e n e )   e x t r a c t i o n .   T h e   e r r o r   f u n c t i o n   b a s e d   o n   L - 1 / 2 - n o r m   h e l p s   t o   r e d u c e   t h e   i n f l u e n c e   o f   o u t l i e r s   a n d   n o i s e .   A u g m e n t e d   L a g r a n g e   M u l t i p l i e r s   ( A L M )   m e t h o d   i s   a p p l i e d   t o   s o l v e   t h e   s u b p r o b l e m .   T h i s   m e t h o d   g e t s   b e t t e r   r e s u l t s   i n   f e a t u r e   e x t r a c t i o n   t h a n   o t h e r   s t a t e - o f - t h e - a r t   P C A - b a s e d   m e t h o d s .   E x t e n s i v e   e x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   o n   s i m u l a t i o n   d a t a   a n d   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a   s e t s   d e m o n s t r a t e   t h a t   o u r   m e t h o d   c a n   g e t   h i g h e r   i d e n t i f i c a t i o n   a c c u r a c i e s   t h a n   o t h e r s . 	 [ F e n g ,   C h u n - M e i ;   L i u ,   J i n - X i n g ;   W a n g ,   J u a n ;   W a n g ,   D o n g - Q i n ;   W e n ,   C h a n g - G a n g ]   Q u f u   N o r m a l   U n i v ,   S c h   I n f o r m a t   S c i   &   E n g n ,   R i z h a o   2 7 6 8 2 6 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ G a o ,   Y i n g - L i a n ]   Q u f u   N o r m a l   U n i v ,   L i b r a r y   Q u f u   N o r m a l   U n i v ,   R i z h a o   2 7 6 8 2 6 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 G a o ,   Y L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Q u f u   N o r m a l   U n i v ,   L i b r a r y   Q u f u   N o r m a l   U n i v ,   R i z h a o   2 7 6 8 2 6 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 y i n l i a n g a o @ 1 2 6 . c o m 	 	 	 N S F C   [ 6 1 5 7 2 2 8 4 ,   6 1 5 0 2 2 7 2 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   N S F C   u n d e r   G r a n t s   n o s .   6 1 5 7 2 2 8 4   a n d   6 1 5 0 2 2 7 2 . 	 B e l k i n   M . ,   2 0 0 1 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 1 5 ,   P 5 8 5 ;   B l u m e n s a t h   T ,   2 0 0 8 ,   J   F O U R I E R   A N A L   A P P L ,   V 1 4 ,   P 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 4 1 - 0 0 8 - 9 0 3 5 - z ;   B o n n e t   D ,   1 9 9 7 ,   N A T   M E D ,   V 3 ,   P 7 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 0 7 9 7 - 7 3 0 ;   B r u n e t   J P ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 4 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 3 0 8 5 3 1 1 0 1 ;   C h e n   J ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p W 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 4 2 7 ;   C h u n g   F .   R . ,   1 9 9 7 ,   S P E C T R A L   G R A P H   T H E O R ,   V 9 2 ;   C i c e r i   F ,   2 0 0 8 ,   B L O O D ,   V 1 1 2 ,   P 3 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 8 - 0 2 - 1 4 0 0 9 5 ;   H e   X . ,   2 0 0 4 ,   P   I N T   C   M A C H   L E A R N ,   V 2 1 ,   P 2 9 ;   D O N O H O   D L ,   1 9 9 5 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 4 1 ,   P 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 1 8 . 3 8 2 0 0 9 ;   E S S E X   M ,   1 9 7 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 3 6 ,   P 6 4 0 ;   F e n g   C M ,   2 0 1 6 ,   I E E E   I N T   C   B I O I N F O R M ,   P 1 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B I B M . 2 0 1 6 . 7 8 2 2 7 9 1 ;   G i l l e t   N .   A . ,   2 0 1 5 ,   R E T R O V I R O L O G Y   S 1 ,   V 1 2 ,   P 1 1 9 0 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H e l l e r   M J ,   2 0 0 2 ,   A N N U   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 4 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . b i o e n g . 4 . 0 2 0 7 0 2 . 1 5 3 4 3 8 ;   H u x l e y   R ,   2 0 0 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 2 ,   P 2 0 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 2 6 1 9 ;   J i a   S ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J - S T A R S ,   V 8 ,   P 2 4 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S T A R S . 2 0 1 5 . 2 4 2 3 2 7 8 ;   J i a n g   B ,   2 0 1 3 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 4 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 3 . 4 4 8 ;   J o l l i   B .   E . ,   2 0 1 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   J o u r n e e   M ,   2 0 1 0 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 1 ,   P 5 1 7 ;   K i m   K J ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   A N A L   A P P L ,   V 1 8 ,   P 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 0 4 4 - 0 1 4 - 0 3 6 9 - 7 ;   L e v i n e   E ,   2 0 0 7 ,   P L O S   B I O L ,   V 5 ,   P 1 9 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 0 0 5 0 2 2 9 ;   L i u   J X ,   2 0 1 7 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 2 2 8 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 8 3 ;   L i u   J X ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 1 5 ,   P 5 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 1 6 . 2 5 7 4 9 2 3 ;   L i u   J X ,   2 0 1 6 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 3 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 5 . 2 4 4 0 2 6 5 ;   M e n g   D Y ,   2 0 1 3 ,   D A T A   K N O W L   E N G ,   V 8 8 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d a t a k . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 7 ;   M e n g   D Y ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 5 ,   P 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 0 9 ;   M e t c a l f   D ,   2 0 0 7 ,   I M M U N I T Y ,   V 2 6 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m m u n i . 2 0 0 7 . 0 5 0 1 2 ;   M u r a m a t s u   Y . ,   2 0 1 6 ,   O p e n   J o u r n a l   o f   A n i m a l   S c i e n c e s ,   V 6 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 4 2 3 6 / o j a s . 2 0 1 6 . 6 2 0 1 7 ;   N i e   F . ,   2 0 1 2 ,   P   A A A I   C   A R T   I N T ;   R i c h m o n d   T .   K . ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 5 3 4 ;   S a r m a h   C K ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 1 ,   P 9 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 7 ;   S a w a i   H ,   2 0 0 5 ,   M O L   C A N C E R ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 4 - 3 7 ;   W h i t c o m b   D C ,   2 0 1 2 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 4 ,   P 1 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 4 6 6 ;   W u   M Y ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 6 2 5 6 ;   X i n   X ,   2 0 1 3 ,   S I G N A L   P R O C E S S - I M A G E ,   V 2 8 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a g e . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 3 ;   X u   Z o n g b e n ,   2 0 1 2 ,   [ ꁨRSf[b,   A c t a   A u t o m a t i c a   S i n i c a ] ,   V 3 8 ,   P 1 2 2 5 ;   X u   Z B ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 3 ,   P 1 0 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 2 . 2 1 9 7 4 1 2 ;   Y a n g   S Z ,   2 0 1 2 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 1 ,   P 1 7 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 2 - 0 8 2 7 - 3 ;   Z h a n g   X Y ,   2 0 1 4 ,   L E U K E M I A   R E S ,   V 3 8 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l e u k r e s . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 1 ;   Z h e n g   Y H ,   2 0 1 5 ,   J   I N T E L L   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 2 8 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / I F S - 1 4 1 3 7 8 	 4 1 	 0 	 0 	 0 	 0 	 H I N D A W I   L T D 	 L O N D O N 	 A D A M   H O U S E ,   3 R D   F L R ,   1   F I T Z R O Y   S Q ,   L O N D O N ,   W 1 T   5 H F ,   E N G L A N D 	 2 3 1 4 - 6 1 3 3 	 2 3 1 4 - 6 1 4 1 	 	 B I O M E D   R E S   I N T 	 B i o m e d   R e s .   I n t . 	 	 2 0 1 7 	 	 	 	 	 	 	 	 	 5 0 7 3 4 2 7 	 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 7 / 5 0 7 3 4 2 7 	 	 1 4 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E S 7 D E 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 7 0 9 0 0 0 0 0 1 	 	 
 
 J 	 Z h u ,   X L ;   W a n g ,   K ;   L i u ,   G S ;   W a n g ,   Y Q ;   X u ,   J ;   L i u ,   L S ;   L i ,   M J ;   S h i ,   J ;   A a ,   J Y ;   Y u ,   L Z 	 	 	 	 Z h u ,   X i a n l a n ;   W a n g ,   K u n ;   L i u ,   G a o s h u a n g ;   W a n g ,   Y u q i n g ;   X u ,   J i n ;   L i u ,   L i n s h e n g ;   L i ,   M e n g j i e ;   S h i ,   J i a n ;   A a ,   J i y e ;   Y u ,   L i a n z h e n 	 	 	 M e t a b o l i c   P e r t u r b a t i o n   a n d   P o t e n t i a l   M a r k e r s   i n   P a t i e n t s   w i t h   E s o p h a g e a l   C a n c e r 	 G A S T R O E N T E R O L O G Y   R E S E A R C H   A N D   P R A C T I C E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 F L I G H T   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   B L A D D E R - C A N C E R ;   G A S T R I C - C A N C E R ;   T C A   C Y C L E ;   C A R C I N O M A ;   C E L L S ;   S P E C T R O S C O P Y ;   M E T A B O N O M I C S ;   D E F I C I E N C Y ;   S I G N A T U R E S 	 C l i n i c a l   d i a g n o s i s   o f   e s o p h a g e a l   c a n c e r   ( E C )   a t   e a r l y   s t a g e   i s   r a t h e r   d i f f i c u l t .   T h i s   s t u d y   a i m e d   t o   p r o f i l e   t h e   m o l e c u l e s   i n   s e r u m   a n d   t i s s u e   a n d   i d e n t i f y   p o t e n t i a l   b i o m a r k e r s   i n   p a t i e n t s   w i t h   E C .   A   t o t a l   o f   6 4   v o l u n t e e r s   w e r e   r e c r u i t e d ,   a n d   8 3   s a m p l e s   ( 2 4   E C   s e r u m   s a m p l e s ,   2 1   s e r u m   c o n t r o l s ,   1 9   p a i r e d   E C   t i s s u e s ,   a n d   c o r r e s p o n d i n g   t u m o r - a d j a c e n t   t i s s u e s )   w e r e   a n a l y z e d .   T h e   g a s   c h r o m a t o g r a p h y   t i m e - o f - f l i g h t   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( G C / T O F - M S )   w a s   e m p l o y e d ,   a n d   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   w a s   u s e d   t o   r e v e a l   t h e   d i s c r i m i n a t o r y   m e t a b o l i t e s   a n d   i d e n t i f y   t h e   c a n d i d a t e   m a r k e r s   o f   E C .   A   t o t a l   o f   4 1   i n   s e r u m   a n d   3 6   i d e n t i f i e d   c o m p o u n d s   i n   t i s s u e s   w e r e   r e l e v a n t   t o   t h e   m a l i g n a n t   p r o g n o s i s .   A   m a r k e d   m e t a b o l i c   r e p r o g r a m m i n g   o f   E C   w a s   o b s e r v e d ,   i n c l u d i n g   e n h a n c e d   a n a e r o b i c   g l y c o l y s i s   a n d   g l u t a m i n o l y s i s ,   i n h i b i t e d   t r i c a r b o x y l i c   a c i d   ( T C A )   c y c l e ,   a n d   a l t e r e d   l i p i d   m e t a b o l i s m   a n d   a m i n o   a c i d   t u r n o v e r .   B a s e d   o n   t h e   p o t e n t i a l   m a r k e r s   o f   g l u c o s e ,   g l u t a m i c   a c i d ,   l a c t i c   a c i d ,   a n d   c h o l e s t e r o l ,   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   ( R O C )   c u r v e s   i n d i c a t e d   g o o d   d i a g n o s i s   a n d   p r o g n o s i s   o f   E C .   E C   p a t i e n t s   s h o w e d   d i s t i n c t   r e p r o g r a m m e d   m e t a b o l i s m   i n v o l v e d   i n   g l y c o l y s i s ,   T C A   c y c l e ,   g l u t a m i n o l y s i s ,   a n d   f a t t y   a c i d   m e t a b o l i s m .   T h e   p i v o t a l   m o l e c u l e s   i n   t h e   m e t a b o l i c   p a t h w a y s   w e r e   s u g g e s t e d   a s   t h e   p o t e n t i a l   m a r k e r s   t o   f a c i l i t a t e   t h e   e a r l y   d i a g n o s i s   o f   h u m a n   E C . 	 [ Z h u ,   X i a n l a n ;   L i u ,   G a o s h u a n g ;   W a n g ,   Y u q i n g ;   X u ,   J i n ;   Y u ,   L i a n z h e n ]   N a n j i n g   M e d   U n i v ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   3 0 0   G u a n g z h o u   R d ,   N a n j i n g   2 1 0 0 2 9 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h u ,   X i a n l a n ]   N a n j i n g   M e d   U n i v ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   W u x i   P e o p l e s   H o s p ,   2 9 9   Q i n g y a n g   R d ,   W u x i   2 1 4 0 2 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   K u n ]   F i r s t   P e o p l e s   H o s p   L i a n y u n g a n g ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   1 8 2   N o r t h   T o n g g u a n   R d ,   L i a n y u n g a n g   2 2 2 0 0 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   L i n s h e n g ;   L i ,   M e n g j i e ;   S h i ,   J i a n ;   A a ,   J i y e ]   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   N a t   M e d ,   L a b   M e t a b ,   K e y   L a b   D r u g   M e t a b   &   P h a r m a c o k i n e t ,   2 4   T o n g j i a   A v e ,   N a n j i n g   2 1 0 0 0 9 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Y u ,   L Z   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a n j i n g   M e d   U n i v ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   3 0 0   G u a n g z h o u   R d ,   N a n j i n g   2 1 0 0 2 9 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   A a ,   J Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n a   P h a r m a c e u t   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   N a t   M e d ,   L a b   M e t a b ,   K e y   L a b   D r u g   M e t a b   &   P h a r m a c o k i n e t ,   2 4   T o n g j i a   A v e ,   N a n j i n g   2 1 0 0 0 9 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 j i y e a @ c p u . e d u . c n ;   y l i a n z h e n @ 1 2 6 . c o m 	 	 	 S i x   T a l e n t   P e a k s   P r o j e c t   i n   J i a n g s u   P r o v i n c e ;   N a t i o n a l   K e y   S p e c i a l   P r o j e c t   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   f o r   I n n o v a t i o n   D r u g s   o f   C h i n a   [ 2 0 1 3 Z X 0 9 4 0 2 2 0 2 ] ;   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   [ Y D 2 0 1 4 S K 0 0 0 2 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   f r o m   t h e   S i x   T a l e n t   P e a k s   P r o j e c t   i n   J i a n g s u   P r o v i n c e   ( 2 0 1 2 ) ,   t h e   N a t i o n a l   K e y   S p e c i a l   P r o j e c t   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   f o r   I n n o v a t i o n   D r u g s   o f   C h i n a   ( 2 0 1 3 Z X 0 9 4 0 2 2 0 2 ) ,   a n d   t h e   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   ( Y D 2 0 1 4 S K 0 0 0 2 ) . 	 A a   J Y ,   2 0 1 2 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 8 ,   P 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 1 - 0 2 9 7 - 0 ;   B r o   R ,   2 0 1 5 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 1 1 ,   P 1 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 5 - 0 7 9 3 - 8 ;   B u r c h   T C ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 4 2 0 6 ;   C h e n   W a n q i n g ,   2 0 1 4 ,   A n n   T r a n s l   M e d ,   V 2 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 3 0 5 - 5 8 3 9 . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 5 ;   C h e n   Y R ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 1 8 3 6 2 4 ;   C l a u d i n o   W M ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 2 8 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 6 . 0 9 . 7 5 5 0 ;   D a v i s   V W ,   2 0 1 2 ,   W O R L D   J   S U R G   O N C O L ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 7 8 1 9 - 1 0 - 2 7 1 ;   D e B e r a r d i n i s   R J ,   2 0 0 8 ,   C E L L   M E T A B ,   V 7 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 0 2 ;   D e n k e r t   C ,   2 0 0 8 ,   M O L   C A N C E R ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 7 - 7 2 ;   G o w d a   G A N ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   R E V   M O L   D I A G N ,   V 8 ,   P 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 6 / 1 4 7 3 7 1 5 9 . 8 . 5 . 6 1 7 ;   H a l a m a   A ,   2 0 1 5 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 6 7 - 0 1 5 - 0 5 7 6 - z ;   J i n   H ,   2 0 1 4 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 4 0 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 5 0 0 4 8 3 z ;   J i n   X ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 1 6 3 5 ;   K i m   E ,   2 0 1 5 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 1 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 4 9 ;   L i   S F ,   2 0 1 1 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 8 7 9 ,   P 2 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 1 8 ;   M a r i a   R M ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 4 8 8 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 5 ;   M e t a l l o   C M ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 1 ,   P 3 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 6 0 2 ;   M o n d a l   S ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 3 3 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 5 6 0 5 ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 5 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 5 5 1 0 5 4 a ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 7 2 8 ;   O p i t z   C A ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 9 8 2 3 ;   P a n   Z Z ,   2 0 0 7 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 8 7 ,   P 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 6 - 0 6 8 7 - 8 ;   P a s i k a n t i   K K ,   2 0 1 3 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 3 8 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 4 0 0 0 4 4 8 ;   W a n g   L ,   2 0 1 3 ,   M O L   C A N C E R ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 1 2 - 2 5 ;   W A R B U R G   O ,   1 9 5 6 ,   S C I E N C E ,   V 1 2 3 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 . 3 1 9 1 . 3 0 9 ;   W e n   D G ,   2 0 1 5 ,   J   G A S T R O E N   H E P A T O L ,   V 3 0 ,   P 1 7 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j g h . 1 3 0 4 0 ;   W o n g   V W S ,   2 0 1 2 ,   J   H E P A T O L ,   V 5 6 ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h e p . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 1 3 ;   Y u   L Z ,   2 0 1 1 ,   J   G A S T R O E N   H E P A T O L ,   V 2 6 ,   P 1 2 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 0 - 1 7 4 6 . 2 0 1 1 . 0 6 7 2 4 . x ;   Y u n e v a   M ,   2 0 0 7 ,   J   C E L L   B I O L ,   V 1 7 8 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 3 / j c b . 2 0 0 7 0 3 0 9 9 ;   Z h a n g   A ,   2 0 1 3 ,   O B E S   R E V ,   V 1 4 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / o b r . 1 2 0 1 1 ;   Z h a n g   J A ,   2 0 1 1 ,   J   T H O R A C   C A R D I O V   S U R ,   V 1 4 1 ,   P 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t c v s . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 2 5 	 3 1 	 0 	 0 	 1 	 1 	 H I N D A W I   L T D 	 L O N D O N 	 A D A M   H O U S E ,   3 R D   F L R ,   1   F I T Z R O Y   S Q ,   L O N D O N ,   W 1 T   5 H F ,   E N G L A N D 	 1 6 8 7 - 6 1 2 1 	 1 6 8 7 - 6 3 0 X 	 	 G A S T R O E N T   R E S   P R A C T 	 G a s t r o e n t e r o l .   R e s .   P r a c t . 	 	 2 0 1 7 	 	 	 	 	 	 	 	 	 5 4 6 9 5 9 7 	 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 7 / 5 4 6 9 5 9 7 	 	 9 	 G a s t r o e n t e r o l o g y   &   H e p a t o l o g y 	 G a s t r o e n t e r o l o g y   &   H e p a t o l o g y 	 E S 9 U N 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 9 0 7 1 0 0 0 0 1 	 	 
 
 J 	 D a s h ,   R ;   M i s r a ,   B 	 	 	 	 D a s h ,   R a s m i t a ;   M i s r a ,   B i j a n 	 	 	 G e n e   s e l e c t i o n   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   o f   m i c r o a r r a y   d a t a :   A   P a r e t o   D E   a p p r o a c h 	 I N T E L L I G E N T   D E C I S I O N   T E C H N O L O G I E S - N E T H E R L A N D S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   m i c r o a r r a y   d a t a ;   f i l t e r   m e t h o d ;   w r a p p e r   m e t h o d ;   d i f f e r e n t i a l   e v o l u t i o n ;   p a r e t o   o p t i m a l   s o l u t i o n 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   F E A T U R E   S U B S E T - S E L E C T I O N ;   E X P R E S S I O N   D A T A ;   C A N C E R ;   N E T W O R K S ;   B I O I N F O R M A T I C S ;   O P T I M I Z A T I O N ;   A L G O R I T H M ;   S U R V I V A L ;   T U M O R 	 S a m p l e   c l a s s i f i c a t i o n   i s   a   m o s t   c r i t i c a l   t a s k   i n   m i c r o a r r a y   d a t a   a n a l y s i s .   B u t   r e p r e s e n t a t i o n   o f   m i c r o a r r a y   d a t a   w i t h   t h e   h u g e   s e a r c h   s p a c e   o f   t h o u s a n d s   o f   g e n e   m a k e s   t h i s   w o r k   m o r e   c o m p l e x   a n d   d i f f i c u l t .   T o   h a n d l e   t h i s   p r o b l e m   b o t h   a n   e f f i c i e n t   g e n e   s e l e c t i o n   t e c h n i q u e   a n d   e f f i c i e n t   c l a s s i f i e r   i s   r e q u i r e d .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   p r o p o s e   a   m u l t i - c r i t e r i o n   P a r e t o   d i f f e r e n t i a l   e v o l u t i o n   t e c h n i q u e   f o r   f e a t u r e   s e l e c t i o n .   T h i s   t e c h n i q u e   f i r s t   u s e s   a   w r a p p e r   t e c h n i q u e   i . e .   a   p o p u l a t i o n   b a s e d   d i f f e r e n t i a l   e v o l u t i o n   g e n e   s e l e c t i o n   ( D E G S )   a l g o r i t h m   f o r   f e a t u r e   s e l e c t i o n .   T h e   m o t i v a t i o n   o f   c h o o s i n g   d i f f e r e n t i a l   e v o l u t i o n   a s   c o m p a r e d   t o   o t h e r   l e a r n i n g   t e c h n i q u e   i s   i t   t r i e s   t o   a s s i g n   o p t i m a l   r a n k s   t o   e a c h   g e n e   u s i n g   p r o b a b i l i t y   d i s t r i b u t i o n   f a c t o r   p r e s e n t   i n   t h e   m i c r o a r r a y   d a t a s e t   u s i n g   c l a s s i f i c a t i o n   e r r o r   a s   t h e   f i t n e s s   f u n c t i o n .   I t   i s   o b s e r v e d   t h a t   t h e s e   s e l e c t i o n s   c o n t a i n   r e l e v a n t   g e n e s   a s   w e l l   a s   s o m e   i r r e l e v a n t   g e n e s .   S o   i n   t h e   s e c o n d   p h a s e   b i - o b j e c t i v e   f i l t e r   t e c h n i q u e ,   c a l l e d   a s   P a r e t o   b a s e d   o p t i m i z a t i o n   i s   u s e d   t o   s e l e c t   m i n i m u m   n u m b e r  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 p r o p o s e d   m e t h o d   i s   b e t t e r   t h a n   t h e   e x i s t i n g   s e a r c h i n g   m e t h o d   i n   t e r m s   o f   b o t h   c l a s s i f i c a t i o n   e r r o r   a n d   p r e d i c t e d   f e a t u r e   s e t s .   T h e   c l a s s i f i c a t i o n   r e s u l t   s h o w s   t h a t   p e r f o r m a n c e   o f   S V M   c l a s s i f i e r   i s   b e t t e r   t h a n   t h e   r e s u l t   o b t a i n e d   u s i n g   K N N ,   N B   a n d   A N N .   F i n a l l y   t h i s   m e t h o d   h i g h l i g h t s   i t s   p e r f o r m a n c e   i n   t e r m s   o f   b o t h   r e l e v a n c e   o f   g e n e s   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   o u t p u t . 	 [ D a s h ,   R a s m i t a ]   S i k s h a   O   A n u s a n d h a n   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   B h u b a n e s w a r   7 5 1 0 3 0 ,   O d i s h a ,   I n d i a ;   [ M i s r a ,   B i j a n ]   S i l i c o n   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   B h u b a n e s w a r   7 5 1 0 2 4 ,   O d i s h a ,   I n d i a 	 D a s h ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S i k s h a   O   A n u s a n d h a n   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   B h u b a n e s w a r   7 5 1 0 3 0 ,   O d i s h a ,   I n d i a . 	 r a s m i t a d a s h @ s o a u n i v e r s i t y . a c . i n 	 	 	 	 	 A l i z a d e h   A A ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 3 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 0 0 5 0 1 ;   A l o n   U ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 6 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 1 2 . 6 7 4 5 ;   A p o l l o n i   J ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 8 ,   P 9 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 3 7 ;   B e e r   D G ,   2 0 0 2 ,   N A T   M E D ,   V 8 ,   P 8 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 7 3 3 ;   B o l o n - C a n e d o   V ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 0 ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 3 5 ;   B o u l e s t e i x   A - L ,   2 0 0 8 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 6 ,   P 7 7 ;   C a m p b e l l   C . ,   1 9 9 8 ,   S I M P L E   L E A R N I N G   A L G O ;   C h a k i   S . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   A U T O M O T I V E   M E C ,   V 1 1 ;   C h a k i   S . ,   2 0 1 5 ,   J   I N T E L L   M A N U F ,   P 1 ;   C h a k i   S ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 0 ,   P 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 4 5 ;   C h a n d r a s h e k a r   G ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   E L E C T R   E N G ,   V 4 0 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p e l e c e n g . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 2 4 ;   C O O P E R   G F ,   1 9 9 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 9 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 9 9 4 1 1 0 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D a s h   R a s m i t a ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T A T I O N A L   I N T E L L ,   V 2 ,   P 6 9 5 ;   D a s h   R . ,   2 0 1 5 ,   I N T E L L I G E N T   C O M P U T I N ,   P 8 0 5 ;   D i a z - U r i a r t e   R ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 3 ;   D o r i g o   M ,   2 0 1 0 ,   I N T   S E R   O P E R   R E S   M A N ,   V 1 4 6 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 4 1 9 - 1 6 6 5 - 5 _ 8 ;   D u p u y   A ,   2 0 0 7 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 9 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d i k 0 1 8 ;   E l y a s i g o m a r i   V ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 5 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 1 5 ;   F r i e d m a n   N ,   2 0 0 0 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 7 ,   P 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / 1 0 6 6 5 2 7 0 0 7 5 0 0 5 0 9 6 1 ;   G a r r o   B .   A . ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T I N G ;   G l o v e r   F ,   1 9 9 7 ,   O P E R A T   R E S   C O M P   S C I ,   P 1 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H a n   J . ,   2 0 0 6 ,   M O R G A N   K A U F M A N N   S E R I ;   H a u p t   R . L . ,   2 0 0 4 ,   P R A C T I C A L   G E N E T I C   A L ;   K a s h e f   S ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 4 7 ,   P 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 6 7 ;   K e n n e d y   J .   F . ,   2 0 0 1 ,   S W A R M   I N T E L L I G E N C E ;   K h u s h a b a   R N ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 1 1 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 2 8 ;   K u m a r   M ,   2 0 1 5 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 8 9 ,   P 5 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 5 ;   L a a r h o v e n   P .   J .   M . ,   1 9 8 8 ,   S I M U L A T E D   A N N E A L I N G ;   L a r r a n a g a   P ,   2 0 0 6 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 7 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b k 0 0 7 ;   L a z a r   C ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 3 3 ;   L e e   C P ,   2 0 1 1 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 1 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 1 0 ;   L e e   K E ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 9 . 1 . 9 0 ;   L e u n g   Y ,   2 0 1 0 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 7 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 8 . 4 6 ;   L i   J T ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 7 3 ,   P 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 2 ;   M a l d o n a d o   S ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 8 6 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 1 5 ;   N a m   D ,   2 0 0 8 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 9 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b n 0 0 1 ;   N o b l e   W S ,   2 0 0 6 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 4 ,   P 1 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 2 0 6 - 1 5 6 5 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S i n g h   D ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 2 ) 0 0 0 3 0 - 2 ;   T a b a k h i   S . ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ;   V a n i t h a   C D A ,   2 0 1 5 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 4 7 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 5 . 0 3 . 1 7 8 ;   W a n g   G T ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 6 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 2 8 ;   W i g l e   D A ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 2 ,   P 3 0 0 5 ;   X i a n g   J ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 1 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 4 3 ;   Y a s s i   M ,   2 0 1 4 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 4 6 ,   P 8 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 4 . 0 2 . 1 4 6 ;   Z a r   J .   H . ,   1 9 9 9 ,   B I O S T A T   A N A L ,   P 5 1 6 ;   Z h a o   W . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   A D V   C O M P U T   T E C ,   V 3 ,   P 1 8 4 ;   Z i b a k h s h   A ,   2 0 1 3 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 2 6 ,   P 1 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 9 	 5 1 	 0 	 0 	 0 	 0 	 I O S   P R E S S 	 A M S T E R D A M 	 N I E U W E   H E M W E G   6 B ,   1 0 1 3   B G   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 8 7 2 - 4 9 8 1 	 1 8 7 5 - 8 8 4 3 	 	 I N T E L L   D E C I S   T E C H N O L 	 I n t e l l .   D e c i s .   T e c h n o l . - N e t h . 	 	 2 0 1 7 	 1 1 	 1 	 	 	 	 	 9 3 	 1 0 7 	 	 1 0 . 3 2 3 3 / I D T - 1 6 0 2 8 0 	 	 1 5 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E T 1 I Z 	 W O S : 0 0 0 4 0 0 0 2 2 5 0 0 0 0 9 	 	 
 
 J 	 D e e p t h i ,   P S ;   T h a m p i ,   S M 	 	 	 	 D e e p t h i ,   P .   S . ;   T h a m p i ,   S a b u   M . 	 	 	 P r e d i c t i n g   c a n c e r   s u b t y p e s   f r o m   m i c r o a r r a y   d a t a   u s i n g   s e m i - s u p e r v i s e d   f u z z y   C - m e a n s   a l g o r i t h m 	 J O U R N A L   O F   I N T E L L I G E N T   &   F U Z Z Y   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e ;   P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 2 n d   I n t e r n a t i o n a l   S y m p o s i u m   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   T e c h n o l o g i e s   a n d   A p p l i c a t i o n s   ( I S T A ) 	 S E P   2 1 - 2 4 ,   2 0 1 6 	 J a i p u r ,   I N D I A 	 	 	 G e n e   e x p r e s s i o n ;   c l u s t e r i n g ;   s e m i - s u p e r v i s e d   f u z z y   c - m e a n s 	 	 M i c r o a r r a y   t e c h n o l o g i e s   h e l p   t o   o b s e r v e   t h e   e x p r e s s i o n   l e v e l s   o f   t h o u s a n d s   o f   g e n e s .   A n a l y s i s   o f   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a   a r i s i n g   f r o m   t h e s e   e x p e r i m e n t s   p r o v i d e s   i n s i g h t   i n t o   d i f f e r e n t   s u b t y p e s   o f   d i s e a s e s   a n d   f u n c t i o n s   o f   g e n e s .   G e n e   e x p r e s s i o n   d a t a   a r e   c h a r a c t e r i z e d   b y   a   l a r g e   n u m b e r   o f   g e n e s   a n d   a   f e w   s a m p l e s .   E m p l o y i n g   t r a d i t i o n a l   s u p e r v i s e d   c l a s s i f i e r s   f o r   p r e d i c t i o n   r e q u i r e s   a d e q u a t e   l a b e l e d   d a t a .   H o w e v e r ,   t h e   l i m i t e d   n u m b e r   o f   s a m p l e s   m a k e   t h e   p r e d i c t i o n   o f   d i s e a s e   s u b t y p e s   a   d i f f i c u l t   t a s k .   H e n c e ,   w e   i n v e s t i g a t e   t h e   p o t e n t i a l   o f   s e m i - s u p e r v i s e d   l e a r n i n g   t o   d e l i n e a t e   t h e   t i s s u e   s a m p l e s   f r o m   a   f e w   l a b e l e d   d a t a .   T h e   a v a i l a b l e   l a b e l e d   s a m p l e s   w e r e   e x p l o i t e d   t o   g u i d e   t h e   c l u s t e r i n g   o f   u n l a b e l e d   s a m p l e s .   A   c l a s s i f i c a t i o n   s y s t e m   b y   i n t e g r a t i n g   f e a t u r e   s e l e c t i o n   t e c h n i q u e s   w i t h   s e m i - s u p e r v i s e d   f u z z y   c - m e a n s   a l g o r i t h m   w a s   b u i l t .   T h e   s y s t e m   w a s   e v a l u a t e d   u s i n g   p u b l i c l y   a v a i l a b l e   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a s e t s   a n d   r e s u l t s   s h o w e d   t h a t   a   f e w   l a b e l e d   t i s s u e   s a m p l e s   c a n   a s s i s t   i n   t h e   a c c u r a t e   p r e d i c t i o n   o f   d i s e a s e   s u b t y p e s . 	 [ D e e p t h i ,   P .   S . ]   L B S   C t r   S c i   &   T e c h n o l ,   T r i v a n d r u m ,   K e r a l a ,   I n d i a ;   [ D e e p t h i ,   P .   S . ;   T h a m p i ,   S a b u   M . ]   I n d i a n   I n s t   I n f o r m a t   T e c h n o l   &   M a n a g e m e n t   K e r a l a ,   S c h   C S   &   I T ,   T r i v a n d r u m ,   K e r a l a ,   I n d i a 	 D e e p t h i ,   P S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   L B S   C t r   S c i   &   T e c h n o l ,   T r i v a n d r u m ,   K e r a l a ,   I n d i a . ;   D e e p t h i ,   P S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n d i a n   I n s t   I n f o r m a t   T e c h n o l   &   M a n a g e m e n t   K e r a l a ,   S c h   C S   &   I T ,   T r i v a n d r u m ,   K e r a l a ,   I n d i a . 	 d e e p t h i s a t h @ g m a i l . c o m 	 	 	 D e p a r t m e n t   o f   I n f o r m a t i o n   T e c h n o l o g y ,   G o v e r n m e n t   o f   K e r a l a 	 T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   D e p a r t m e n t   o f   I n f o r m a t i o n   T e c h n o l o g y ,   G o v e r n m e n t   o f   K e r a l a   f o r   g r a n t i n g   S P E E D - I T   r e s e a r c h   f e l l o w s h i p   a n d   I n d i a n   I n s t i t u t e   o f   I n f o r m a t i o n   T e c h n o l o g y   a n d   M a n a g e m e n t - K e r a l a   f o r   p r o v i d i n g   f a c i l i t i e s   t o   c a r r y   o u t   t h e   r e s e a r c h   w o r k . 	 B a i r   E ,   2 0 0 4 ,   P L O S   B I O L ,   V 2 ,   P 5 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 0 0 2 0 0 1 0 8 ;   B a i r   E r i c ,   2 0 1 3 ,   W i l e y   I n t e r d i s c i p   R e v   C o m p u t   S t a t ,   V 5 ,   P 3 4 9 ;   B e a n e   J ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   P R E V   R E S ,   V 1 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 9 4 0 - 6 2 0 7 . C A P R - 0 8 - 0 0 1 1 ;   C h a p e l l e   O . ,   2 0 0 6 ,   S E M I S U P E R V I S E D   L E A R N ;   E i n - D o r   L ,   2 0 0 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 3 ,   P 5 9 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 0 1 2 3 1 1 0 3 ;   E i s e n   M B ,   1 9 9 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 5 ,   P 1 4 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 5 . 2 5 . 1 4 8 6 3 ;   E r n s t   J ,   2 0 0 8 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 0 4 4 ;   H a f e r l a c h   T ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 2 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 3 . 4 7 3 2 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a n   J ,   2 0 1 2 ,   M O R   K A U F   D ,   P 1 ;   I b r a h i m   R . ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F   B I O M   B I B M   2 0 1 ,   P 4 9 5 ;   J i a n g   D . ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   P 1 3 7 0 ;   K a l o u s i s   A ,   2 0 0 7 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 1 2 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 0 6 - 0 0 4 0 - 8 ;   K o n o n e n k o   I ,   1 9 9 7 ,   A P P L   I N T E L L ,   V 7 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 8 2 8 0 6 2 0 6 2 1 ;   L i s t   M a r k u s ,   2 0 1 4 ,   J   I n t e g r   B i o i n f o r m ,   V 1 1 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 2 3 9 0 / b i e c o l l - j i b - 2 0 1 4 - 2 3 6 ;   P e d r y c z   W ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 2 7 ,   P 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 7 7 . 6 2 3 2 3 2 ;   S a l a z a r   R . ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L O G Y ;   S h e r l o c k   G ,   2 0 0 0 ,   C U R R   O P I N   I M M U N O L ,   V 1 2 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 2 - 7 9 1 5 ( 9 9 ) 0 0 0 7 4 - 6 ;   S h i   M ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 3 0 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 5 0 2 ;   W e s t o n   J ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 3 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 4 9 7 ;   X u   P P ,   2 0 1 5 ,   J   C O M P U T   T H E O R   N A N O S ,   V 1 2 ,   P 2 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j c t n . 2 0 1 5 . 4 0 6 0 	 2 1 	 1 	 1 	 0 	 0 	 I O S   P R E S S 	 A M S T E R D A M 	 N I E U W E   H E M W E G   6 B ,   1 0 1 3   B G   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 0 6 4 - 1 2 4 6 	 1 8 7 5 - 8 9 6 7 	 	 J   I N T E L L   F U Z Z Y   S Y S T 	 J .   I n t e l l .   F u z z y   S y s t . 	 	 2 0 1 7 	 3 2 	 4 	 	 	 	 	 2 7 9 7 	 2 8 0 5 	 	 1 0 . 3 2 3 3 / J I F S - 1 6 9 2 2 2 	 	 9 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E S 8 Q X 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 8 2 3 0 0 0 0 0 2 	 	 
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 J 	 I t o ,   N ;   T a k e d a ,   A ;   T o h ,   K C 	 	 	 	 I t o ,   N a o k i ;   T a k e d a ,   A k i k o ;   T o h ,   K i m - C h u a n 	 	 	 A   U n i f i e d   F o r m u l a t i o n   a n d   F a s t   A c c e l e r a t e d   P r o x i m a l   G r a d i e n t   M e t h o d   f o r   C l a s s i f i c a t i o n 	 J O U R N A L   O F   M A C H I N E   L E A R N I N G   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 r e s t a r t e d   a c c e l e r a t e d   p r o x i m a l   g r a d i e n t   m e t h o d ;   b i n a r y   c l a s s i f i c a t i o n ;   m i n i m u m   n o r m   p r o b l e m ;   v e c t o r   p r o j e c t i o n   c o m p u t a t i o n ;   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e 	 C O N V E X - O P T I M I Z A T I O N ;   A L G O R I T H M S ;   C A N C E R 	 B i n a r y   c l a s s i f i c a t i o n   i s   t h e   p r o b l e m   o f   p r e d i c t i n g   t h e   c l a s s   a   g i v e n   s a m p l e   b e l o n g s   t o .   T o   a c h i e v e   a   g o o d   p r e d i c t i o n   p e r f o r m a n c e ,   i t   i s   i m p o r t a n t   t o   f i n d   a   s u i t a b l e   m o d e l   f o r   a   g i v e n   d a t a s e t .   H o w e v e r ,   i t   i s   o f t e n   t i m e   c o n s u m i n g   a n d   i m p r a c t i c a l   f o r   p r a c t i t i o n e r s   t o   t r y   v a r i o u s   c l a s s i f i c a t i o n   m o d e l s   b e c a u s e   e a c h   m o d e l   e m p l o y s   a   d i f f e r e n t   f o r m u l a t i o n   a n d   a l g o r i t h m .   T h e   d i f f i c u l t y   c a n   b e   m i t i g a t e d   i f   w e   h a v e   a   u n i f i e d   f o r m u l a t i o n   a n d   a n   e f f i c i e n t   u n i v e r s a l   a l g o r i t h m i c   f r a m e w o r k   f o r   v a r i o u s   c l a s s i f i c a t i o n   m o d e l s   t o   e x p e d i t e   t h e   c o m p a r i s o n   o f   p e r f o r m a n c e   o f   d i f f e r e n t   m o d e l s   f o r   a   g i v e n  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 S i n g a p o r e ,   D e p t   M a t h ,   B l k   S 1 7 , 1 0   L o w e r   K e n t   R i d g e   R d ,   S i n g a p o r e   1 1 9 0 7 6 ,   S i n g a p o r e 	 I t o ,   N   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T o k y o ,   D e p t   M a t h   I n f o r m a t ,   B u n k y o   K u ,   7 - 3 - 1   H o n g o ,   T o k y o   1 1 3 8 6 5 6 ,   J a p a n . 	 N A O K I _ I T O @ M I S T . I . U - T O K Y O . A C . J P ;   A T A K E D A @ I S M . A C . J P ;   M A T T O H K C @ N U S . E D U . S G 	 	 	 	 	 A l o n   U ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 6 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 1 2 . 6 7 4 5 ;   B a c h e   K . ,   2 0 1 3 ,   U C I   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   B e c k   A ,   2 0 0 9 ,   S I A M   J   I M A G I N G   S C I ,   V 2 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 0 8 0 7 1 6 5 4 2 ;   B h a t t a c h a r y y a   C ,   2 0 0 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 5 ,   P 1 4 1 7 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C o r l e s s   R M ,   1 9 9 6 ,   A D V   C O M P U T   M A T H ,   V 5 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 1 2 4 7 5 0 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   C O X   D R ,   1 9 5 8 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 2 0 ,   P 2 1 5 ;   D e f a z i o   A . ,   2 0 1 4 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   V 2 7 ,   P 1 6 4 6 ;   D u c h i   J . ,   2 0 0 8 ,   P   2 5   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 2 7 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 9 0 1 5 6 . 1 3 9 0 1 9 1 ;   F a n   R E ,   2 0 0 8 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 9 ,   P 1 8 7 1 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G O T O H   J ,   2 0 0 5 ,   P A C I F I C   J   O P T I M I Z A T I ,   V 1 ,   P 2 7 7 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 5 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 1 7 ,   P 5 4 5 ;   H E L G A S O N   R ,   1 9 8 0 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 1 8 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 5 8 8 3 2 8 ;   H O   T K ,   1 9 9 6 ,   P   1 3   I N T   C   P A T T   R E C ,   V 2 ,   P 8 8 0 ;   H s i e h   C . - J . ,   2 0 0 8 ,   P   2 5   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 4 0 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 9 0 1 5 6 . 1 3 9 0 2 0 8 ;   H s u   C h i h - W e i ,   2 0 0 3 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   J i a n g   K F ,   2 0 1 2 ,   S I A M   J   O P T I M I Z ,   V 2 2 ,   P 1 0 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 1 1 0 8 4 7 0 8 1 ;   K e e r t h i   S S ,   2 0 0 5 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 6 ,   P 3 4 1 ;   K i t a m u r a   M . ,   2 0 1 4 ,   2 0 1 4   I E E E   I N T   W O R K S H ,   P 1 ;   K i w i e l   K C ,   2 0 0 8 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 1 1 2 ,   P 4 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 7 - 0 0 6 - 0 0 5 0 - z ;   L e w i s   D D ,   2 0 0 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 5 ,   P 3 6 1 ;   L i n   Q H ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   O P T I M   A P P L ,   V 6 0 ,   P 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 8 9 - 0 1 4 - 9 6 9 4 - 4 ;   M a   J . ,   2 0 0 9 ,   P   2 6   A N N   I N T   C   M A C H ,   P 6 8 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 5 5 3 3 7 4 . 1 5 5 3 4 6 2 ;   M a r r o n   J S ,   2 0 0 7 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 2 ,   P 1 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 7 0 0 0 0 0 1 1 2 0 ;   M c C a l l u m   A . ,   S R A A   S I M U L A T E D   R A L   A ;   M o n t e i r o   R D C ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   O P T I M   A P P L ,   V 6 4 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 8 9 - 0 1 5 - 9 8 0 2 - 0 ;   N a t h   J S ,   2 0 0 7 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   S E V E N T H   S I A M   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   D A T A   M I N I N G ,   P 3 5 ;   N e s t e r o v   Y ,   2 0 0 5 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 1 0 3 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 7 - 0 0 4 - 0 5 5 2 - 5 ;   N e s t e r o v   Y ,   2 0 1 3 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 1 4 0 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 7 - 0 1 2 - 0 6 2 9 - 5 ;   N i t a n d a   A . ,   2 0 1 4 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 2 7 ,   P 1 5 7 4 ;   O ' D o n o g h u e   B ,   2 0 1 5 ,   F O U N D   C O M P U T   M A T H ,   V 1 5 ,   P 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 0 8 - 0 1 3 - 9 1 5 0 - 3 ;   P a r i k h   N e a l ,   2 0 1 4 ,   F o u n d a t i o n s   a n d   T r e n d s   i n   O p t i m i z a t i o n ,   V 1 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 6 1 / 2 4 0 0 0 0 0 0 0 3 ;   P l a t t   J . ,   1 9 9 8 ,   A D V   K E R N E L   M E T H O D S   S ;   P r o k h o r o v   D . ,   2 0 0 1 ,   I J C N N   0 1 ;   R o c k a f e l l a r   R ,   2 0 0 0 ,   J   R I S K ,   V 2 ,   P 2 1 ;   S c h e i n b e r g   K ,   2 0 1 4 ,   F O U N D   C O M P U T   M A T H ,   V 1 4 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 0 8 - 0 1 4 - 9 1 8 9 - 9 ;   S c h o l k o p f   B . ,   2 0 0 2 ,   L E A R N I N G   K E R N E L S ;   S c h o l k o p f   B ,   2 0 0 0 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 2 ,   P 1 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 0 0 3 0 0 0 1 5 5 6 5 ;   S h a l e v - S h w a r t z   S ,   2 0 1 6 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 1 5 5 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 7 - 0 1 4 - 0 8 3 9 - 0 ;   S h a l e v - S h w a r t z   S ,   2 0 1 3 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 4 ,   P 5 6 7 ;   S o n n e n b u r g   S . ,   2 0 0 8 ,   P A S C A L   L A R G E   S C A L E   L ;   S t u r m   J F ,   1 9 9 9 ,   O P T I M   M E T H O D   S O F T W ,   V 1 1 - 2 ,   P 6 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 5 5 6 7 8 9 9 0 8 8 0 5 7 6 6 ;   S u   W . ,   2 0 1 4 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 2 5 1 0 ;   T a k e d a   A ,   2 0 1 3 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 2 5 ,   P 7 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / N E C O _ a _ 0 0 4 1 2 ;   U z i l o v   A V ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 1 7 3 ;   W e s t   M ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 1 1 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 0 1 1 6 2 9 9 8 ;   Y u   H F ,   2 0 1 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 8 5 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 1 0 - 5 2 2 1 - 8 ;   Z h o u   T . ,   2 0 1 0 ,   2 0 1 0   I E E E   1 0   I N T   C   D ,   P 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 1 0 . 1 3 5 	 5 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 M I C R O T O M E   P U B L 	 B R O O K L I N E 	 3 1   G I B B S   S T ,   B R O O K L I N E ,   M A   0 2 4 4 6   U S A 	 1 5 3 2 - 4 4 3 5 	 	 	 J   M A C H   L E A R N   R E S 	 J .   M a c h .   L e a r n .   R e s . 	 	 2 0 1 7 	 1 8 	 	 	 	 	 	 	 	 	 	 	 4 9 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E S 8 W V 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 8 3 8 5 0 0 0 0 1 	 	 
 
 S 	 R i o s ,   R ;   C o m m a n d e u r ,   F ;   A c o s t a ,   O ;   L a f o n d ,   C ;   E s p i n o s a ,   J ;   D e   C r e v o i s i e r ,   R 	 	 R o m e r o ,   E ;   L e p o r e ,   N ;   B r i e v a ,   J ;   L a r r a b i d e ,   I 	 	 R i o s ,   R i c h a r d ;   C o m m a n d e u r ,   F r e d e r i c ;   A c o s t a ,   O s c a r ;   L a f o n d ,   C a r o l i n e ;   E s p i n o s a ,   J a i r o ;   D e   C r e v o i s i e r ,   R e n a u d 	 	 	 H i e r a r c h i c a l   e i g e n m o d e s   t o   c h a r a c t e r i z e   b l a d d e r   m o t i o n   a n d   d e f o r m a t i o n   i n   p r o s t a t e   c a n c e r   r a d i o t h e r a p y 	 1 2 T H   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   M E D I C A L   I N F O R M A T I O N   P R O C E S S I N G   A N D   A N A L Y S I S 	 P r o c e e d i n g s   o f   S P I E 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 1 2 t h   I n t e r n a t i o n a l   S y m p o s i u m   o n   M e d i c a l   I n f o r m a t i o n   P r o c e s s i n g   a n d   A n a l y s i s   ( S I P A I M ) 	 D E C   0 5 - 0 7 ,   2 0 1 6 	 T a n d i l ,   A R G E N T I N A 	 S I P A I M   F d n ,   U n i v   N a c l   C e n t r o   P r o v   B u e n o s   A i r e s ,   U n i v   N a c l   C o l o m b i a ,   U n i v   P a n a m e r i c a n a ,   M i n i s t e r i o   C i e n c i a ,   T e c n o l o g i a   &   I n n o v a c   P r o d u c t i v a ,   C o m i s   I n v e s t i g a c i o n e s   C i e n t i f i c a s ,   C o n s e j o   N a c l   I n v e s t i g a c i o n e s   C i e n t i f i c a s   &   T e c n i c a s   A r g e n t i n a 	 	 P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) ;   s t a t i s t i c a l   s h a p e   m o d e l i n g ;   s p h e r i c a l   h a r m o n i c s ;   d i m e n s i o n a l i t y   r e d u c t i o n ;   m e d i c a l   i m a g e   a n a l y s i s ;   h i e r a r c h i c a l   m o d e l ;   p o p u l a t i o n - b a s e d  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 1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 6 6 7 8 8 5 ;   B o n d a r   L ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 0 ,   P 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 4 0 ;   B R E C H B U H L E R   C ,   1 9 9 5 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 6 1 ,   P 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / c v i u . 1 9 9 5 . 1 0 1 3 ;   B u d i a r t o   E ,   2 0 1 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 9 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 9 / 2 / 2 8 9 ;   B u d i a r t o   E ,   2 0 1 1 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 6 ,   P 1 0 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 6 / 4 / 0 1 1 ;   C O O T E S   T F ,   1 9 9 5 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 6 1 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / c v i u . 1 9 9 5 . 1 0 0 4 ;   C R O O K   J M ,   1 9 9 5 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 3 7 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 9 5 ) 0 1 6 1 3 - L ;   D i l l e n s e g e r   J L ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 3 ,   P 2 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 6 . 8 8 3 6 5 3 ;   D u r r l e m a n   S ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 0 3 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 1 2 - 0 5 9 2 - x ;   F i o r i n o   C ,   2 0 0 9 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 3 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 4 ;   F o r u z a n   A H ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 9 ,   P 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 4 - 1 0 0 0 - 5 ;   H e i m a n n   T ,   2 0 0 9 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 3 ,   P 5 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 4 ;   H o o g e m a n   M S ,   2 0 0 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 4 ,   P 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 0 2 ) 0 2 9 4 6 - 2 ;   J e o n g   Y ,   2 0 1 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 5 ,   P 3 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 5 / 1 3 / 0 1 0 ;   K e l e m e n   A ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 8 ,   P 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 8 1 1 2 6 0 ;   M a g e r a s   G S ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 4 3 ,   P 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 8 ) 0 0 3 8 6 - 1 ;   P i n h e i r o   J .   C . ,   2 0 0 0 ,   M I X E D   E F F E C T S   M O D E L S ;   R i o s   R . ,   2 0 1 6 ,   M E D I A   J   U N P U B         M A R ;   R i o s   R . ,   2 0 1 6 ,   I R B M   J ;   R o e s k e   J C ,   1 9 9 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 1 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 5 ) 0 0 2 2 5 - 1 ;   R o s e w a l l   T ,   2 0 1 0 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 7 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 0 2 ;   S h e n   L ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   G R A P H - U K ,   V 3 3 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a g . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 2 ;   S h e n   L ,   2 0 0 9 ,   E V O L U T I O N ,   V 6 3 ,   P 1 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 5 8 - 5 6 4 6 . 2 0 0 8 . 0 0 5 5 7 . x ;   S o h n   M ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 3 6 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 2 / 3 6 9 3 ;   S o h n   M ,   2 0 0 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 0 ,   P 5 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 0 / 2 4 / 0 0 9 ;   S t y n e r   M ,   2 0 0 4 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 8 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 0 4 ;   S z e k e l y   G ,   1 9 9 6 ,   M e d   I m a g e   A n a l ,   V 1 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 6 1 - 8 4 1 5 ( 9 6 ) 8 0 0 0 3 - X ;   T h o r   M ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 7 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 2 9 ;   T h o r   M ,   2 0 1 3 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 2 ,   P 6 6 6 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 2 . 7 2 0 3 8 2 ;   T h o r n q v i s t   S ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 9 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 1 2 ;   T u r n e r   S L ,   1 9 9 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 9 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 7 ) 0 0 0 7 0 - 9 ;   V i s w a n a t h a n   A N ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 9 0 ;   Y a n   D ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 4 4 ,   P 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 9 ) 0 0 0 0 7 - 3 ;   Z h a n g   Q H ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 4 7 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 8 0 4 5 7 6 	 3 5 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P I E - I N T   S O C   O P T I C A L   E N G I N E E R I N G 	 B E L L I N G H A M 	 1 0 0 0   2 0 T H   S T ,   P O   B O X   1 0 ,   B E L L I N G H A M ,   W A   9 8 2 2 7 - 0 0 1 0   U S A 	 0 2 7 7 - 7 8 6 X 	 	 9 7 8 - 1 - 5 1 0 6 - 0 7 7 9 - 8 	 P R O C   S P I E 	 	 	 2 0 1 7 	 1 0 1 6 0 	 	 	 	 	 	 	 	 U N S P   1 0 1 6 0 1 E 	 1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 2 5 6 9 1 6 	 	 1 3 	 O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 B H 2 T P 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 3 3 2 7 0 0 0 5 0 	 	 
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 S 	 R o m o - B u c h e l i ,   D ;   C o r r e d o r ,   G ;   G a r c i a - A r t e a g a ,   J D ;   A r i a s ,   V ;   R o m e r o ,   E 	 	 R o m e r o ,   E ;   L e p o r e ,   N ;   B r i e v a ,   J ;   L a r r a b i d e ,   I 	 	 R o m o - B u c h e l i ,   D a v i d ;   C o r r e d o r ,   G e r m a n ;   G a r c i a - A r t e a g a ,   J u a n   D . ;   A r i a s ,   V i v i a n a ;   R o m e r o ,   E d u a r d o 	 	 	 N u c l e i   G r a p h   L o c a l   F e a t u r e s   f o r   B a s a l   C e l l   C a r c i n o m a   C l a s s i f i c a t i o n   i n   W h o l e   S l i d e   I m a g e s 	 1 2 T H   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   M E D I C A L   I N F O R M A T I O N   P R O C E S S I N G   A N D   A N A L Y S I S 	 P r o c e e d i n g s   o f   S P I E 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 1 2 t h   I n t e r n a t i o n a l   S y m p o s i u m   o n   M e d i c a l   I n f o r m a t i o n   P r o c e s s i n g   a n d   A n a l y s i s   ( S I P A I M ) 	 D E C   0 5 - 0 7 ,   2 0 1 6 	 T a n d i l ,   A R G E N T I N A 	 S I P A I M   F d n ,   U n i v   N a c l   C e n t r o   P r o v   B u e n o s   A i r e s ,   U n i v   N a c l   C o l o m b i a ,   U n i v   P a n a m e r i c a n a ,   M i n i s t e r i o   C i e n c i a ,   T e c n o l o g i a   &   I n n o v a c   P r o d u c t i v a ,   C o m i s   I n v e s t i g a c i o n e s   C i e n t i f i c a s ,   C o n s e j o   N a c l   I n v e s t i g a c i o n e s   C i e n t i f i c a s   &   T e c n i c a s   A r g e n t i n a 	 	 d i g i t a l   h i s t o p a t h o l o g y ;   g r a p h   t h e o r y ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   i m a g e   a n a l y s i s 	 C A N C E R 	 E v i d e n c e   b a s e d   m e d i c i n e   a i m s   t o   p r o v i d e   a   q u a n t i f i a b l e   f r a m e w o r k   t o   s u p p o r t   c a n c e r   o p t i m a l   t r e a t m e n t   s e l e c t i o n .   P a t h o l o g i c a l   e x a m i n a t i o n   i s   t h e   m a i n   e v i d e n c e   u s e d   i n   m e d i c a l   m a n a g e m e n t ,   y e t   t h e   l e v e l   o f   q u a n t i f i c a t i o n   i s   l o w   a n d   h i g h l y   d e p e n d e n t   o n   t h e   e x a m i n e r ' s   e x p e r t i s e .   T h i s   p a p e r   p r e s e n t s   a n d   e v a l u a t e s   a   m e t h o d   t o   e x t r a c t   g r a p h   b a s e d   t o p o l o g i c a l   f e a t u r e s   f r o m   s k i n   t i s s u e   i m a g e s   t o   i d e n t i f y   c a n c e r o u s   r e g i o n s   a s s o c i a t e d   t o   b a s a l   c e l l   c a r c i n o m a .   T h e s e   g r a p h   f e a t u r e s   c o n s t i t u t e   a   q u a n t i t a t i v e   m e a s u r e   o f   t h e   a r c h i t e c t u r a l   t i s s u e   o r g a n i z a t i o n .   R e s u l t s   s h o w   t h a t   g r a p h   t o p o l o g i c a l   f e a t u r e s   e x t r a c t e d   f r o m   a   n u c l e i   b a s e d   d i s t a n c e   g r a p h ,   p a r t i c u l a r l y   t h o s e   r e l a t e d   t o   l o c a l   d e n s i t y ,   h a v e   a   h i g h   p r e d i c t i v e   v a l u e   i n   t h e   a u t o m a t e d   d e t e c t i o n   o f   b a s a l   c e l l   c a r c i n o m a .   T h e   m e t h o d   w a s   e v a l u a t e d   u s i n g   a   l e a v e - o n e - o u t   v a l i d a t i o n   s c h e m e   i n   a   s e t   o f   9   s k i n   W h o l e   S l i d e   I m a g e s   o b t a i n i n g   a n   a v e r a g e   F - s c o r e   o f   0 . 7 2   i n   d i s t i n g u i s h i n g   b a s a l   c e l l   c a r c i n o m a   r e g i o n s   i n   s k i n   t i s s u e   w h o l e   s l i d e   i m a g e s . 	 [ R o m o - B u c h e l i ,   D a v i d ;   C o r r e d o r ,   G e r m a n ;   G a r c i a - A r t e a g a ,   J u a n   D . ;   A r i a s ,   V i v i a n a ;   R o m e r o ,   E d u a r d o ]   U n i v   N a c l   C o l o m b i a ,   F a c   M e d ,   B o g o t a ,   C o l o m b i a 	 R o m o - B u c h e l i ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   N a c l   C o l o m b i a ,   F a c   M e d ,   B o g o t a ,   C o l o m b i a . 	 	 	 	 	 	 A l v a r e z   P . ,   2 0 1 5 ,   1 1   I N T   S   M E D   I N F   P R O ;   B u r t   P .   J . ,   1 9 8 3 ,   S I G N A L   I M A G E   P R O C E S S ,   V 3 1 ,   P 5 3 2 ;   C r u z - R o a   A . ,   2 0 1 3 ,   M E D   I M   C O M P   C O M P   A S S ;   D o y l e   S ,   2 0 0 7 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 7 . 3 5 7 0 9 4 ;   F r a g a   G . R . ,   2 0 1 3 ,   C A N C   G R A D I N G   M A N U A L ,   P 1 7 1 ;   F r e u n d   Y ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 3 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 8 5 2 2 2 9 9 0 4 ;   G u n d u z   C ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 9 3 3 ;   G u r c a n   M e t i n   N ,   2 0 0 9 ,   I E E E   R e v   B i o m e d   E n g ,   V 2 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 4 8 6 5 ;   H e   L ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 7 ,   P 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 7 ;   V i n a y   K u m a r   A . K . A . ,   2 0 1 3 ,   R O B B I N S   B A S I C   P A T H O L ,   P 1 ;   L e e   G ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 7 9 5 4 ;   L i   G . ,   2 0 1 2 ,   S T A T   A N A L   D A T A   M I N ,   V 5 ,   P 2 6 5 ;   M a d a b h u s h i   A . ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G E   A N A L ;   P o w e r s   D .   M .   W . ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   T E C H N O L ,   V 2 ,   P 3 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 9 7 3 5 / 2 2 2 9 - 3 9 8 1 ;   R o m o - B u c h e l i   D ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 2 7 0 6 ;   S h a r m a   H . ,   2 0 1 5 ,   D I A G N O S T I C   P A T H O L O G Y ,   V 1 ;   W i e n e r t   S . ,   2 0 1 2 ,   S C I   R E P ,   V 2 	 1 7 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P I E - I N T   S O C   O P T I C A L   E N G I N E E R I N G 	 B E L L I N G H A M 	 1 0 0 0   2 0 T H   S T ,   P O   B O X   1 0 ,   B E L L I N G H A M ,   W A   9 8 2 2 7 - 0 0 1 0   U S A 	 0 2 7 7 - 7 8 6 X 	 	 9 7 8 - 1 - 5 1 0 6 - 0 7 7 9 - 8 	 P R O C   S P I E 	 	 	 2 0 1 7 	 1 0 1 6 0 	 	 	 	 	 	 	 	 U N S P   1 0 1 6 0 0 Q 	 1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 2 5 7 3 8 6 	 	 9 	 O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 B H 2 T P 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 3 3 2 7 0 0 0 2 6 	 	 
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 [ 2 0 1 5 / 1 7 / B / S T 7 / 0 3 7 0 4 ] 	 T h e   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   N a t i o n a l   S c i e n c e   C e n t r e ,   P o l a n d   ( 2 0 1 5 / 1 7 / B / S T 7 / 0 3 7 0 4 ) . 	 B u y s s e n s   P i e r r e ,   2 0 1 3 ,   C o m p u t e r   V i s i o n   -   A C C V   2 0 1 2 .   1 1 t h   A s i a n   C o n f e r e n c e   o n   C o m p u t e r   V i s i o n .   R e v i s e d   S e l e c t e d   P a p e r s ,   P 3 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 7 4 4 4 - 9 _ 2 7 ;   C r u z - R o a   A ,   2 0 1 4 ,   P   S P I E   M E D   I M A G I N G ,   V 9 0 3 4 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 3 ,   G L O B O C A N   2 0 1 2   V 1   0 ;   F i l i p c z u k   P ,   2 0 1 3 ,   P   3 5   I N T   C   I E E E   E N G ;   G e o r g e   Y ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C O M P U T E R   S C I   I ,   V 9 ,   P 2 4 7 ;   H a t i p o g l u   N ,   2 0 1 4 ,   P   4   I N T   C   I M   P R O C   T H ,   P 1 ;   J i a   Y ,   2 0 1 4 ,   P   2 2   A C M   I N T   C   M U L T ,   P 6 7 5 ;   J a r r e t t   K ,   2 0 0 9 ,   P   I E E E   I N T   C   C O M P   V I ,   P 2 1 4 6 ;   J e l e n   L . ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   A P P L   M A T H   C O M P ,   V 1 8 ,   P 7 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 4 7 8 / V 1 0 0 0 6 - 0 0 8 - 0 0 0 7 - X ;   K o w a l   M ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   A P   M A T   C O M - P O L ,   V 2 4 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 2 4 7 8 / a m c s - 2 0 1 4 - 0 0 0 2 ;   K o w a l   M ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 3 ,   P 1 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 3 ;   K r i z h e v s k y   A ,   2 0 1 0 ,   C O N V O L U T I O N A L   D E E P   B ;   K r i z h e v s k y   A l e x ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   P 1 0 9 7 ;   L e c u n   Y ,   1 9 9 8 ,   P   I E E E ,   V 8 6 ,   P 2 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 7 2 6 7 9 1 ;   L e C u n   Y ,   2 0 0 4 ,   P   I E E E   C   C O M P   V I S   P A ,   V 2 ,   p I I ;   L e C u n   Y ,   1 9 9 0 ,   H A N D W R I T T E N   D I G I T   R E ,   P 3 9 6 ;   L e e   H . ,   2 0 0 9 ,   P   2 6   A N N   I N T   C   M A C H ,   P 6 0 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 5 5 3 3 7 4 . 1 5 5 3 4 5 3 ;   M a l e k   J ,   2 0 0 9 ,   J   S I G N A L   P R O C E S S   S Y S ,   V 5 5 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 5 - 0 0 8 - 0 1 9 8 - 2 ;   M a z u r e k   P ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   A P   M A T   C O M - P O L ,   V 2 4 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 2 4 7 8 / a m c s - 2 0 1 4 - 0 0 0 4 ;   M u   T T ,   2 0 0 7 ,   J   F R A N K L I N   I ,   V 3 4 4 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f r a n k l i n . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 0 5 ;   N i w a s   I ,   2 0 1 0 ,   P   2 0 1 0   I E E E   S   I N D   E L ,   P 6 8 6 ;   P i n t o   N ,   2 0 0 9 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 5 7 9 ;   P l i s s i t i   M E ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 1 ,   P 4 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 2 . 2 2 0 6 0 4 1 ;   S o l i m a n   O ,   2 0 1 2 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   V 7 4 1 3 ,   P 1 0 6 ;   S p a n h o l   F   A ,   2 0 1 6 ,   P   I N T   J O I N T   C   N E U R   N ,   P 1 2 3 ;   S r i v a s t a v a   N ,   2 0 1 5 ,   J   M A C H I N E   L E A R N I N G   R ,   V 1 5 ,   P 1 9 2 9 ;   S z e g e d y   C ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 5 9 4 ;   T u r a g a   S C ,   2 0 1 0 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 2 2 ,   P 5 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 2 0 0 9 . 1 0 - 0 8 - 8 8 1 ;   U n d e r w o o d   J ,   1 9 8 7 ,   I N T   J   A P P L   M A T H   C O M P ;   W a n g   D ,   2 0 1 6 ,   A B S 1 6 0 6 0 5 7 1 8   C O R R 	 3 0 	 0 	 0 	 5 	 5 	 I O P   P U B L I S H I N G   L T D 	 B R I S T O L 	 D I R A C   H O U S E ,   T E M P L E   B A C K ,   B R I S T O L   B S 1   6 B E ,   E N G L A N D 	 1 7 4 2 - 6 5 8 8 	 	 	 J   P H Y S   C O N F   S E R 	 	 	 2 0 1 7 	 7 8 3 	 	 	 	 	 	 	 	 U N S P   0 1 2 0 6 0 	 1 0 . 1 0 8 8 / 1 7 4 2 - 6 5 9 6 / 7 8 3 / 1 / 0 1 2 0 6 0 	 	 1 1 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s ;   P h y s i c s ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s ;   P h y s i c s 	 B H 2 W C 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 4 0 0 8 0 0 0 6 0 	 	 
 
 J 	 P a l a n i s a m y ,   S K ;   T r i s c i u o g l i o ,   D ;   Z w e r g e l ,   C ;   D e l   B u f a l o ,   D ;   M a i ,   A 	 	 	 	 P a l a n i s a m y ,   S a t h e e s h   K u m a r ;   T r i s c i u o g l i o ,   D a n i e l a ;   Z w e r g e l ,   C l e m e n s ;   D e l   B u f a l o ,   D o n a t e l l a ;   M a i ,   A n t o n e l l o 	 	 	 M e t a b o l i t e   p r o f i l i n g   o f   a s c i d i a n   S t y e l a   p l i c a t a   u s i n g   L C - M S   w i t h   m u l t i v a r i a t e   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s   a n d   t h e i r   a n t i t u m o r   a c t i v i t y 	 J O U R N A L   O F   E N Z Y M E   I N H I B I T I O N   A N D   M E D I C I N A L   C H E M I S T R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A s c i d i a n ;   a p o p t o s i s ;   b i o m o l e c u l e s ;   c a n c e r ;   m e t a b o l o m i c s 	 M E T A B O L O M I C S   A P P R O A C H ;   T U N I C A T A   A S C I D I A C E A ;   C H E M I C A L   D E F E N S E ;   N M R   M E T A B O L O M I C S ;   C A N C E R   C E L L S ;   M A R I N E ;   P R O D U C E R S ;   D I S C O V E R Y ;   A P O P T O S I S ;   E X T R A C T S 	 T o   i d e n t i f y   t h e   m e t a b o l i t e   d i s t r i b u t i o n   i n   a s c i d i a n ,   w e   h a v e   a p p l i e d   a n   i n t e g r a t e d   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y t a n d e m   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( L C - M S )   m e t a b o l o m i c s   a p p r o a c h   t o   e x p l o r e   a n d   i d e n t i f y   p a t t e r n s   i n   c h e m i c a l   d i v e r s i t y   o f   i n v a s i v e   a s c i d i a n   S t y e l a   p l i c a t a .   A   t o t a l   o f   7 1   m e t a b o l i t e s   w e r e   r e p o r t e d   a m o n g   t h e s e   a l k a l o i d s ,   f a t t y   a c i d s   a n d   l i p i d s   a r e   t h e   m o s t   d o m i n a n t   c h e m i c a l   g r o u p .   M u l t i v a r i a t e   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s ,   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   s h o w e d   a   c l e a r   s e p a r a t i o n   a c c o r d i n g   t o   c h e m i c a l   d i v e r s i t y   a n d   t a x o n o m i c   g r o u p s .   P C A   a n d   p a r t i a l   l e a s t   s q u a r e   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   w e r e   a p p l i e d   t o   d i s c r i m i n a t e   t h e   c h e m i c a l   g r o u p   o f   S .   p l i c a t a   c r u d e   c o m p o u n d s   a n d   c l a s s i f y   t h e   c o m p o u n d s   w i t h   u n k n o w n   b i o l o g i c a l   a c t i v i t i e s .   I n   t h i s   s t u d y ,   w e   r e p o r t e d   f o r   t h e   f i r s t   t i m e   t h a t   a   p a r t i a l l y   p u r i f i e d   m e t h a n o l   e x t r a c t   p r e p a r e d   f r o m   t h e   a s c i d i a n   S .   p l i c a t a   a n d   A s c i d i a   m e n t u l a   p o s s e s s   a n t i t u m o r   a c t i v i t y   a g a i n s t   f o u r   t u m o r   c e l l   l i n e s   w i t h   d i f f e r e n t   t u m o r   h i s t o t y p e ,   s u c h   a s   H e L a   ( c e r v i c a l   c a r c i n o m a ) ,   H T 2 9   ( c o l o n   c a r c i n o m a ) ,   M C F - 7   ( b r e a s t   c a r c i n o m a )   a n d   M 1 4   ( m e l a n o m a ) .   S .   p l i c a t a   f r a c t i o n   S P - 5 0   s h o w e d   s t r o n g   i n h i b i t i o n   o f   c e l l   p r o l i f e r a t i o n   a n d   i n d u c e d   a p o p t o s i s   i n   H e L a   a n d   H T 2 9   c e l l s ,   t h u s   i n d i c a t i n g   S .   p l i c a t a   f r a c t i o n   S P - 5 0   a   p o t e n t i a l   l e a d   c o m p o u n d   f o r   a n t i c a n c e r   t h e r a p y .   T h e   m o l e c u l a r   m e c h a n i s m   o f   a c t i o n   a n d   c h e m o t h e r a p e u t i c   p o t e n t i a l   o f   t h e s e   a s c i d i a n   u n k n o w n   b i o m o l e c u l e s   n e e d   f u r t h e r   r e s e a r c h . 	 [ P a l a n i s a m y ,   S a t h e e s h   K u m a r ]   U n i v   M e s s i n a ,   D e p t   C h e m   B i o l   P h a r m a c e u t   &   E n v i r o n m   S c i ,   M e s s i n a ,   I t a l y ;   [ T r i s c i u o g l i o ,   D a n i e l a ;   D e l   B u f a l o ,   D o n a t e l l a ]   R e g i n a   E l e n a   I n s t   C a n c   R e s ,   D e p t   R e s   A d v   D i a g n o s t   &   T e c h n o l   I n n o v a t ,   R o m e ,   I t a l y ;   [ Z w e r g e l ,   C l e m e n s ;   M a i ,   A n t o n e l l o ]   S a p i e n z a   U n i v ,   D e p t   D r u g   C h e m   &   T e c h n o l ,   R o m e ,   I t a l y ;   [ M a i ,   A n t o n e l l o ]   S a p i e n z a   U n i v ,   P a s t e u r   I n s t ,   C e n c i   B o l o g n e t t i   F d n ,   R o m e ,   I t a l y 	 P a l a n i s a m y ,   S K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M e s s i n a ,   D e p t   C h e m   B i o l   P h a r m a c e u t   &   E n v i r o n m   S c i ,   M e s s i n a ,   I t a l y . 	 s p a l a n i s a m y @ u n i m e . i t 	 	 	 U n i v e r s i t y   o f   M e s s i n a   ( U N I M E ) ,   N o n - E U   D o c t o r a l   f e l l o w s h i p   p r o g r a m ;   V i s i t i n g   F e l l o w s h i p   p r o g r a m   -   2 0 1 4   U N I M E   a n d   E s k i t i s   I n s t i t u t e   f o r   D r u g   D i s c o v e r y ,   G r i f f i t h   U n i v e r s i t y ,   B r i s b a n e ,   A u s t r a l i a ;   c e l l   c u l t u r e   a n d   f l o w   c y t o m e t r y   e x p e r i m e n t s   w e r e   p e r f o r m e d   a t   t h e   R e g i n a   E l e n a   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   o f   R o m e ;   I t a l i a n   A s s o c i a t i o n   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h 	 T h i s   r e s e a r c h   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   U n i v e r s i t y   o f   M e s s i n a   ( U N I M E ) ,   N o n - E U   D o c t o r a l   f e l l o w s h i p   p r o g r a m   - 2 0 1 3 - 2 0 1 5 ;   V i s i t i n g   F e l l o w s h i p   p r o g r a m   -   2 0 1 4   U N I M E   a n d   E s k i t i s   I n s t i t u t e   f o r   D r u g   D i s c o v e r y ,   G r i f f i t h   U n i v e r s i t y ,   B r i s b a n e ,   A u s t r a l i a ;   t h e   c e l l   c u l t u r e   a n d   f l o w   c y t o m e t r y   e x p e r i m e n t s   w e r e   p e r f o r m e d   a t   t h e   R e g i n a   E l e n a   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   o f   R o m e   a n d   f i n a n c i a l l y   s u p p o r t e d   b y   I t a l i a n   A s s o c i a t i o n   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h .   D T   i s   a   f e l l o w   o f   t h e   U m b e r t o   V e r o n e s i   F o u n d a t i o n . 	 A i e l l o   A ,   1 9 9 7 ,   T E T R A H E D R O N ,   V 5 3 ,   P 5 8 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 0 - 4 0 2 0 ( 9 7 ) 0 0 2 4 7 - 0 ;   A n z e n b a c h e r   P ,   2 0 1 2 ,   M E T A B O L I S M   D R U G S   O T H ;   B e l m i r o   C L R ,   2 0 0 9 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 4 ,   P 1 1 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 8 0 7 2 1 1 2 0 0 ;   C r u n k h o r n   S ,   2 0 1 6 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 5 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d . 2 0 1 5 . 3 2 ;   D A V I D S O N   B S ,   1 9 9 3 ,   C H E M   R E V ,   V 9 3 ,   P 1 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c r 0 0 0 2 1 a 0 0 6 ;   D i   M a r t i l e   M ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 1 1 3 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 7 2 3 8 ;   E r b a   E ,   2 0 0 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 9 ,   P 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 1 1 3 0 ;   F a i v r e   S ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 7 8 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 9 . 3 5 7 ;   F a r a g   M A ,   2 0 1 6 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . 6 b 0 0 0 0 2 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 1 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 2 7 ;   G o m p e l   M ,   2 0 0 4 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 1 4 ,   P 1 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b c m l . 2 0 0 4 . 0 1 . 0 5 0 ;   G o u l i t q u e r   S ,   2 0 1 2 ,   M A R   D R U G S ,   V 1 0 ,   P 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m d 1 0 0 4 0 8 4 9 ;   G r i f f i t h s   P R ,   2 0 0 7 ,   F O U R I E R   T R A N S F O R M   I N ;   H a l o u s k a   S ,   2 0 1 2 ,   A C S   C H E M   B I O L ,   V 7 ,   P 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c b 2 0 0 3 4 8 m ;   H a r d y   S ,   2 0 0 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 8 ,   P 3 1 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 3 0 0 1 9 0 2 0 0 ;   J i m e n e z   P C ,   2 0 0 8 ,   C O M P   B I O C H E M   P H Y S   A ,   V 1 5 1 ,   P 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b p a . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 1 8 ;   J i m e n e z   P C ,   2 0 0 3 ,   J   E X P   M A R   B I O L   E C O L ,   V 2 8 7 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 0 9 8 1 ( 0 2 ) 0 0 4 9 9 - 9 ;   K o - H s i u   L ,   2 0 0 5 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 3 5 7 ,   P 6 5 ;   K o t t   P . ,   1 9 9 8 ,   Z o o l o g i c a l   C a t a l o g u e   o f   A u s t r a l i a ,   V 3 4 ,   P 5 1 ;   K u h l i s c h   C ,   2 0 1 5 ,   N A T   P R O D   R E P ,   V 3 2 ,   P 9 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 n p 0 0 0 0 3 c ;   S a t h e e s h   K u m a r   P ,   2 0 1 6 ,   J   B I O L   R E S ,   V 8 9 ,   P 5 8 1 2 ;   L a c e y   C S ,   2 0 0 4 ,   A N N   P H A R M A C O T H E R ,   V 3 8 ,   P 8 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 4 5 / a p h . 1 D 4 8 4 ;   L a n g   G ,   2 0 0 8 ,   J   N A T   P R O D ,   V 7 1 ,   P 1 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n p 8 0 0 2 2 2 2 ;   M a h i e u   N G ,   2 0 1 6 ,   C U R R   O P I N   C H E M   B I O L ,   V 3 0 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b p a . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 0 9 ;   M a r s h a l l   J A ,   2 0 0 2 ,   J   A P P L   P H Y C O L ,   V 1 4 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 1 1 0 1 2 0 3 5 4 3 ;   M o l i n s k i   T F ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 8 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 2 4 8 7 ;   M u l l e r - N a v a r r a   D C ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 3 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 7 4 6 9 ;   N e u m a n n   S ,   2 0 1 0 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 9 8 ,   P 2 7 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 0 - 4 1 4 2 - 5 ;   N u r h a y a t i   A P D ,   2 0 1 4 ,   J   A D V   B O T   Z O O L ,   V 2 ,   P 1 ;   O h   K - S ,   1 9 9 7 ,   K O R E A N   J   F O O D   S C I   T E ,   V 2 9 ,   P 9 5 5 ;   P i n g   S U ,   2 0 1 4 ,   C H I N   J   M A R   D R U G ,   V 3 3 ,   P 1 ;   P o h n e r t   G ,   2 0 0 5 ,   C H E M B I O C H E M ,   V 6 ,   P 9 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c b i c . 2 0 0 4 0 0 3 4 8 ;   P o w e r s   R ,   2 0 0 9 ,   M A G N   R E S O N   C H E M ,   V 4 7 ,   p S 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r c . 2 4 6 1 ;   R a j e s h   R P ,   2 0 1 0 ,   M E D   C H E M ,   V 6 ,   P 3 9 6 ;   R i c h a r d s o n   A D ,   2 0 0 4 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 1 9 5 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 0 3 . 1 0 . 0 0 4 ;   R o j e - B u s a t t o   R ,   2 0 1 4 ,   T O X I C O N ,   V 7 9 ,   P 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t o x i c o n . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 1 4 ;   R u s s o   G L ,   2 0 0 8 ,   M E D   C H E M ,   V 4 ,   P 1 0 6 ;   S a k a i   R ,   1 9 9 6 ,   J   M E D   C H E M ,   V 3 9 ,   P 2 8 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 9 6 0 0 4 8 g ;   S i d e b o t t o m   A M ,   2 0 1 3 ,   A C S   C H E M   B I O L ,   V 8 ,   P 2 0 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c b 4 0 0 2 7 9 8 ;   S i r i r a k   T ,   2 0 1 1 ,   J   N A T   P R O D ,   V 7 4 ,   P 1 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n p 1 0 0 8 8 6 y ;   S m i t h   C A ,   2 0 0 5 ,   T H E R   D R U G   M O N I T ,   V 2 7 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . f t d . 0 0 0 0 1 7 9 8 4 5 . 5 3 2 1 3 . 3 9 ;   S T O E C K E R   D ,   1 9 8 0 ,   M A R   E C O L   P R O G   S E R ,   V 3 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 5 4 / m e p s 0 0 3 2 5 7 ;   T a k e a r a   R ,   2 0 0 8 ,   C O M P   B I O C H E M   P H Y S   A ,   V 1 5 1 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b p a . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 1 1 ;   T a k e b a y a s h i   Y ,   2 0 0 1 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 7 ,   P 1 8 5 ;   T i n c u   J A ,   2 0 0 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 8 ,   P 1 3 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 2 1 1 3 3 2 2 0 0 ;   T r a n   T D ,   2 0 1 5 ,   M A R   D R U G S ,   V 1 3 ,   P 4 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m d 1 3 0 7 4 5 5 6 ;   W A S Y L Y K   J M ,   1 9 8 9 ,   J   N A T   P R O D ,   V 5 2 ,   P 1 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n p 5 0 0 6 6 a 0 3 4 ;   Y a m a g u c h i   K ,   1 9 9 1 ,   N I P P O N   S U I S A N   G A K K ,   V 5 7 ,   P 1 6 9 	 4 8 	 1 	 1 	 4 7 	 4 7 	 T A Y L O R   &   F R A N C I S   L T D 	 A B I N G D O N 	 2 - 4   P A R K   S Q U A R E ,   M I L T O N   P A R K ,   A B I N G D O N   O R 1 4   4 R N ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 4 7 5 - 6 3 6 6 	 1 4 7 5 - 6 3 7 4 	 	 J   E N Z Y M   I N H I B   M E D   C H 	 J .   E n z y m .   I n h i b .   M e d .   C h e m . 	 	 2 0 1 7 	 3 2 	 1 	 	 	 	 	 6 1 4 	 6 2 3 	 	 1 0 . 1 0 8 0 / 1 4 7 5 6 3 6 6 . 2 0 1 6 . 1 2 6 6 3 4 4 	 	 1 0 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ,   M e d i c i n a l 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E S 5 L A 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 5 7 9 3 0 0 0 0 1 	 2 8 2 3 4 5 4 8 	 
 
 J 	 Z h a n g ,   H ;   X i e ,   Z Y ;   Y a n g ,   Y W ;   Z h a o ,   Y Z ;   Z h a n g ,   B ;   F a n g ,   J 	 	 	 	 Z h a n g ,   H a n g ;   X i e ,   Z i y a n g ;   Y a n g ,   Y u w e n ;   Z h a o ,   Y i z h e n ;   Z h a n g ,   B a o ;   F a n g ,   J i n g 	 	 	 T h e   C o r r e l a t i o n - B a s e - S e l e c t i o n   A l g o r i t h m   f o r   D i a g n o s t i c   S c h i z o p h r e n i a   B a s e d   o n   B l o o d - B a s e d   G e n e   E x p r e s s i o n   S i g n a t u r e s 	 B I O M E D   R E S E A R C H   I N T E R N A T I O N A L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 G E N O M E - W I D E   A S S O C I A T I O N ;   S P E C T R U M   D I S O R D E R S ;   N E T W O R K   A N A L Y S I S ;   R I S K ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   D I S E A S E ;   C A N C E R ;   A U T S 2 ;   L O C I 	 M i c r o a r r a y   a n a l y s i s   o f   g e n e   e x p r e s s i o n   i s   o f t e n   u s e d   t o   d i a g n o s e  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 1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 6 5 5 9 2 1 2 0 1 4 ;   B a d o w s k a   D .   M . ,   2 0 1 5 ,   T H E S I S ;   B a k k a l o g l u   B ,   2 0 0 8 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 2 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 1 7 ;   B o u s m a n   C .   A . ,   2 0 1 3 ,   P S Y C H I A T   J ,   V 2 0 1 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 8 5 2 9 3 0 ;   C h o j n i c k a   I ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 7 1 9 9 ;   C h u a n g   L Y ,   2 0 1 0 ,   M E T H O D   I N F O R M   M E D ,   V 4 9 ,   P 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 3 4 1 4 / M E 0 9 - 0 1 - 0 0 1 0 ;   C h u a n g   L Y ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 1 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 4 ;   C h u a n g   L .   Y . ,   2 0 1 0 ,   C O R R E L A T I O N   B A S E D   F E ;   d e   J o n g   S ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 9 4 9 8 ;   E l i a   J ,   2 0 1 0 ,   M O L   P S Y C H I A T R ,   V 1 5 ,   P 6 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m p . 2 0 0 9 . 5 7 ;   G i r i r a j a n   S ,   2 0 1 1 ,   P L O S   G E N E T ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 2 3 3 4 ;   H o r e s h   Y ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   N E U R O L ,   V 1 8 ,   P 4 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 8 - 1 3 3 1 . 2 0 1 0 . 0 3 1 6 6 . x ;   L a n g f e l d e r   P ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 5 5 9 ;   L e n n e r t z   L ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   N E U R O P S Y C H O P H ,   V 1 5 ,   P 1 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 4 6 1 1 4 5 7 1 1 0 0 1 6 2 3 ;   L i n   C H ,   2 0 1 6 ,   J   P S Y C H I A T R   R E S ,   V 7 2 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p s y c h i r e s . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 7 ;   M e f f o r d   H C ,   2 0 1 0 ,   P L O S   G E N E T ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 0 9 6 2 ;   N a g a m a n i   S C S ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   H U M   G E N E T ,   V 2 1 ,   P 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j h g . 2 0 1 2 . 1 5 7 ;   N a l l s   M A ,   2 0 1 4 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 3 ,   P 8 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d t 4 6 5 ;   N e e d   A C ,   2 0 0 9 ,   P L O S   G E N E T ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 0 3 7 3 ;   O ' D o n o v a n   M C ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 1 0 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 0 1 ;   P r a s a d   N B ,   2 0 1 2 ,   T H Y R O I D ,   V 2 2 ,   P 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 2 0 1 1 . 0 1 6 9 ;   R u n d   B R ,   2 0 0 9 ,   N O R D   J   P S Y C H I A T ,   V 6 3 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 8 0 3 9 4 8 0 9 0 2 7 6 7 2 8 6 ;   S a e n g s i r i   P . ,   2 0 1 2 ,   A P P L   M E C H   M A T ,   V 1 0 ,   P 1 9 4 8 ;   S e l v a r a j   S ,   2 0 1 5 ,   N E U R O P S Y C H O P H A R M A C O L ,   V 4 0 ,   p S 5 5 9 ;   S u n   L ,   2 0 1 5 ,   G E N O M   D A T A ,   V 5 ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g d a t a . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 2 2 ;   S u n g   J .   K . ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 3 ,   P 1 0 3 8 ;   T a k a h a s h i   M ,   2 0 1 0 ,   S C H I Z O P H R   R E S ,   V 1 1 9 ,   P 2 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c h r e s . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 2 4 ;   T a l k o w s k i   M E ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 2 8 ;   T i b s h i r a n i   R ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 6 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 2 0 9 9 2 9 9 ;   U m e d a - Y a n o   S ,   2 0 1 3 ,   S C H I Z O P H R   R E S ,   V 1 4 6 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c h r e s . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 2 6 ;   W e n g   L J ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 9 9 	 3 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 H I N D A W I   L T D 	 L O N D O N 	 A D A M   H O U S E ,   3 R D   F L R ,   1   F I T Z R O Y   S Q ,   L O N D O N ,   W 1 T   5 H F ,   E N G L A N D 	 2 3 1 4 - 6 1 3 3 	 2 3 1 4 - 6 1 4 1 	 	 B I O M E D   R E S   I N T 	 B i o m e d   R e s .   I n t . 	 	 2 0 1 7 	 	 	 	 	 	 	 	 	 7 8 6 0 5 0 6 	 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 7 / 7 8 6 0 5 0 6 	 	 7 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E S 0 C B 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 1 9 2 5 0 0 0 0 1 	 	 
 
 S 	 F a t i c h a h ,   C ;   N a v a s t a r a ,   D A ;   S u c i a t i ,   N ;   N u r a i n i ,   L 	 	 P h a m ,   T D ;   V o z e n i l e k ,   V ;   Z e n g ,   Z 	 	 F a t i c h a h ,   C h a s t i n e ;   N a v a s t a r a ,   D i n i   A d n i ;   S u c i a t i ,   N a n i k ;   N u r a i n i ,   L u b n a 	 	 	 D e t e r m i n i n g   t h e   N u m b e r   o f   C l u s t e r s   f o r   N u c l e i   S e g m e n t a t i o n   i n   B r e a s t   C a n c e r   I m a g e 	 E I G H T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   G R A P H I C   A N D   I M A G E   P R O C E S S I N G   ( I C G I P   2 0 1 6 ) 	 P r o c e e d i n g s   o f   S P I E 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 8 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   G r a p h i c   a n d   I m a g e   P r o c e s s i n g   ( I C G I P ) 	 O C T   2 9 - 3 1 ,   2 0 1 6 	 T o k y o ,   J A P A N 	 I n t   A s s o c   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   U n i v   A i z u ,   W u h a n   U n i v ,   L i n k o p i n g   U n i v ,   P a l a c k y   U n i v 	 	 C l u s t e r i n g ;   s p a t i a l   k - M e a n s ;   w a t e r s h e d ;   G r a m - S c h m i d t ;   n u c l e i   s e g m e n t a t i o n ;   b r e a s t   c a n c e r   i m a g e 	 	 C l u s t e r i n g   i s   c o m m o n l y   t e c h n i q u e   f o r   i m a g e   s e g m e n t a t i o n ,   h o w e v e r   d e t e r m i n i n g   a n   a p p r o p r i a t e   n u m b e r   o f   c l u s t e r s   i s   s t i l l   c h a l l e n g i n g .   D u e   t o   n u c l e i   v a r i a t i o n   o f   s i z e   a n d   s h a p e   i n   b r e a s t   c a n c e r   i m a g e ,   a n   a u t o m a t i c   d e t e r m i n i n g   n u m b e r   o f   c l u s t e r s   f o r   s e g m e n t i n g   t h e   n u c l e i   b r e a s t   c a n c e r   i s   p r o p o s e d .   T h e   p h a s e   o f   n u c l e i   s e g m e n t a t i o n   i n   b r e a s t   c a n c e r   i m a g e   a r e   n u c l e i   d e t e c t i o n ,   t o u c h e d   n u c l e i   d e t e c t i o n ,   a n d   t o u c h e d   n u c l e i   s e p a r a t i o n .   W e   u s e   t h e   G r a m - S c h m i d t   f o r   n u c l e i   c e l l   d e t e c t i o n ,   t h e   g e o m e t r y   f e a t u r e   f o r   t o u c h e d   n u c l e i   d e t e c t i o n ,   a n d   c o m b i n i n g   o f   w a t e r s h e d   a n d   s p a t i a l   k - M e a n s   c l u s t e r i n g   f o r   s e p a r a t i n g   t h e   t o u c h e d   n u c l e i   i n   b r e a s t   c a n c e r   i m a g e .   T h e   s p a t i a l   k - M e a n s   c l u s t e r i n g   i s   e m p l o y e d   f o r   s e p a r a t i n g   t h e   t o u c h e d   n u c l e i ,   h o w e v e r   a u t o m a t i c a l l y   d e t e r m i n e   t h e   n u m b e r   o f   c l u s t e r s   i s   d i f f i c u l t   d u e   t o   t h e   v a r i a t i o n   o f   s i z e   a n d   s h a p e   o f   s i n g l e   c e l l   b r e a s t   c a n c e r .   T o   o v e r c o m e   t h i s   p r o b l e m ,   f i r s t   w e   a p p l y   w a t e r s h e d   a l g o r i t h m   t o   s e p a r a t e   t h e   t o u c h e d   n u c l e i   a n d   t h e n   w e   c a l c u l a t e   t h e   d i s t a n c e   a m o n g   c e n t r o i d s   i n   o r d e r   t o   s o l v e   t h e   o v e r - s e g m e n t a t i o n .   W e   m e r g e   t w o   c e n t r o i d s   t h a t   h a v e   t h e   d i s t a n c e   b e l o w   t h r e s h o l d .   A n d   t h e   n e w   o f   n u m b e r   c e n t r o i d   a s   i n p u t   t o   s e g m e n t   t h e   n u c l e i   c e l l   u s i n g   s p a t i a l   k - M e a n s   a l g o r i t h m .   E x p e r i m e n t   s h o w   t h a t ,   t h e   p r o p o s e d   s c h e m e   c a n   i m p r o v e   t h e   a c c u r a c y   o f   n u c l e i   c e l l   c o u n t i n g . 	 [ F a t i c h a h ,   C h a s t i n e ;   N a v a s t a r a ,   D i n i   A d n i ;   S u c i a t i ,   N a n i k ;   N u r a i n i ,   L u b n a ]   I n s t   T e k n o l   S e p u l u h   N o p e m b e r ,   D e p t   I n f o r m a t ,   S u r a b a y a ,   I n d o n e s i a 	 F a t i c h a h ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n s t   T e k n o l   S e p u l u h   N o p e m b e r ,   D e p t   I n f o r m a t ,   S u r a b a y a ,   I n d o n e s i a . 	 	 	 	 	 	 A b u h a s e l   K .   A . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   9   I N T   S   I N T   S I G ,   P 1 ;   F a t i c h a h   C . ,   2 0 1 6 ,   S A I   C O M P   C   L O N D   U K   1 ;   F a t i c h a h   C . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   I N T   C   C O N T R   S Y S ,   P 2 3 6 ;   G e l a s c a   E D ,   2 0 0 8 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 1 8 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 0 8 . 4 7 1 2 1 3 0 ;   J e m a l   A ,   2 0 0 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 5 ,   P 1 0 ;   J e m a l   A ,   2 0 1 1 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 1 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 0 7 ;   K o w a l   M ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 3 ,   P 1 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 3 ;   M E Y E R   F ,   1 9 9 4 ,   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 3 8 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 5 - 1 6 8 4 ( 9 4 ) 9 0 0 6 0 - 4 ;   M o u e l h i   A ,   2 0 1 3 ,   2 0 1 3   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   C O N T R O L ,   D E C I S I O N   A N D   I N F O R M A T I O N   T E C H N O L O G I E S   ( C O D I T ) ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C o D I T . 2 0 1 3 . 6 6 8 9 5 7 5 ;   P h u k p a t t a r a n o t   P . ,   2 0 0 7 ,   E C T I   T   E L E C T   E N G   E L E ,   V 5 ,   P 1 5 8 ;   R e z a t o f i g h i   S .   H . ,   2 0 0 9 ,   P   I E E E   I N T   C   D I G   I M ;   R o e r d i n k   J .   B .   T .   M . ,   2 0 0 0 ,   F u n d a m e n t a   I n f o r m a t i c a e ,   V 4 1 ,   P 1 8 7 ;   S h e t e   P .   G . ,   2 0 1 2 ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ,   V 4 ,   P 8 8 4 	 1 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P I E - I N T   S O C   O P T I C A L   E N G I N E E R I N G 	 B E L L I N G H A M 	 1 0 0 0   2 0 T H   S T ,   P O   B O X   1 0 ,   B E L L I N G H A M ,   W A   9 8 2 2 7 - 0 0 1 0   U S A 	 0 2 7 7 - 7 8 6 X 	 	 9 7 8 - 1 - 5 1 0 6 - 0 9 5 1 - 8 ;   9 7 8 - 1 - 5 1 0 6 - 0 9 5 2 - 5 	 P R O C   S P I E 	 	 	 2 0 1 7 	 1 0 2 2 5 	 	 	 	 	 	 	 	 U N S P   1 0 2 2 5 2 E 	 1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 2 6 6 9 8 0 	 	 7 	 O p t i c s ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y 	 O p t i c s ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y 	 B H 2 T Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 3 3 4 2 0 0 0 8 4 	 	 
 
 S 	 S w i d e r s k i ,   B ;   K u r e k ,   J ;   O s o w s k i ,   S ;   K r u k ,   M ;   B a r h o u m i ,   W 	 	 P h a m ,   T D ;   V o z e n i l e k ,   V ;   Z e n g ,   Z 	 	 S w i d e r s k i ,   B a r t o s z ;   K u r e k ,   J a r o s l a w ;   O s o w s k i ,   S t a n i s l a w ;   K r u k ,   M i c h a l ;   B a r h o u m i ,   W a l i d 	 	 	 D e e p   L e a r n i n g   a n d   N o n - N e g a t i v e   M a t r i x   F a c t o r i z a t i o n   i n   R e c o g n i t i o n   o f   M a m m o g r a m s 	 E I G H T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   G R A P H I C   A N D   I M A G E   P R O C E S S I N G   ( I C G I P   2 0 1 6 ) 	 P r o c e e d i n g s   o f   S P I E 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 8 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   G r a p h i c   a n d   I m a g e   P r o c e s s i n g   ( I C G I P ) 	 O C T   2 9 - 3 1 ,   2 0 1 6 	 T o k y o ,   J A P A N 	 I n t   A s s o c   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   U n i v   A i z u ,   W u h a n   U n i v ,   L i n k o p i n g   U n i v ,   P a l a c k y   U n i v 	 	 M a m m o g r a m s ;   n o n - n e g a t i v e   m a t r i x   f a c t o r i z a t i o n ;   d e e p   l e a r n i n g ;   c l a s s i f i c a t i o n 	 B R E A S T - C A N C E R 	 T h i s   p a p e r   p r e s e n t s   n o v e l   a p p r o a c h   t o   t h e   r e c o g n i t i o n   o f   m a m m o g r a m s .   T h e   a n a l y z e d   m a m m o g r a m s   r e p r e s e n t   t h e   n o r m a l   a n d   b r e a s t   c a n c e r   ( b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t )   c a s e s .   T h e   s o l u t i o n   a p p l i e s   t h e   d e e p   l e a r n i n g   t e c h n i q u e   i n   i m a g e   r e c o g n i t i o n .   T o   o b t a i n   i n c r e a s e d   a c c u r a c y   o f   c l a s s i f i c a t i o n   t h e   n o n n e g a t i v e   m a t r i x   f a c t o r i z a t i o n   a n d   s t a t i s t i c a l   s e l f - s i m i l a r i t y   o f   i m a g e s   a r e   a p p l i e d .   T h e   i m a g e s   r e c o n s t r u c t e d   b y   u s i n g   t h e s e   t w o   a p p r o a c h e s   e n r i c h   t h e   d a t a   b a s e   a n d   t h a n k s   t o   t h i s   i m p r o v e   o f   q u a l i t y   m e a s u r e s   o f   m a m m o g r a m   r e c o g n i t i o n   ( i n c r e a s e   o f   a c c u r a c y ,   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y ) .   T h e   r e s u l t s   o f   n u m e r i c a l   e x p e r i m e n t s   p e r f o r m e d   o n   l a r g e   D D S M   d a t a   b a s e   c o n t a i n i n g   m o r e   t h a n   1 0 0 0 0   m a m m o g r a m s   h a v e   c o n f i r m e d   g o o d   a c c u r a c y   o f   c l a s s   r e c o g n i t i o n ,   e x c e e d i n g   t h e   b e s t   r e s u l t s   r e p o r t e d   i n   t h e   a c t u a l   p u b l i c a t i o n s   f o r   t h i s   d a t a   b a s e . 	 [ S w i d e r s k i ,   B a r t o s z ;   K u r e k ,   J a r o s l a w ;   K r u k ,   M i c h a l ]   W a r s a w   U n i v   L i f e   S c i ,   F a c   A p p l   I n f o r m a t   &   M a t h ,   W a r s a w ,   P o l a n d ;   [ O s o w s k i ,   S t a n i s l a w ]   W a r s a w   U n i v   T e c h n o l ,   I n s t   T h e o r y   E l e c t   E n g n   M e a s u r e m e n t   &   I n f o r m a t   S y s ,   W a r s a w ,   P o l a n d ;   [ O s o w s k i ,   S t a n i s l a w ]   M i l   U n i v   T e c h n o l ,   W a r s a w ,   P o l a n d ;   [ B a r h o u m i ,   W a l i d ]   I S I ,   R e s   T e a m   I n t e l l i g e n t   S y s t   I m a g i n g   &   A r t i f i c i a l   V i ,   A r i a n a ,   T u n i s i a 	 S w i d e r s k i ,   B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   W a r s a w   U n i v   L i f e   S c i ,   F a c   A p p l   I n f o r m a t   &   M a t h ,   W a r s a w ,   P o l a n d . 	 	 	 	 	 	 C i c h o c k i   A ,   2 0 0 9 ,   N O N N E G A T I V E   M A T R I X   T ;   D h a h b i   S ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 4 ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 1 2 ;   E l f a r r a   B K ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 5 ,   P 1 ;   H e a t h   M ,   1 9 9 8 ,   C O M P   I M A G   V I S ,   V 1 3 ,   P 4 5 7 ;   J a l a l i a n   A ,   2 0 1 3 ,   C L I N   I M A G ,   V 3 7 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n i m a g . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 2 4 ;   K r i z h e v s k y   A . ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 2 5 ,   P 1 ;   L e e   D D ,   1 9 9 9 ,   N A T U R E ,   V 4 0 1 ,   P 7 8 8 ;   L o b b e s   M ,   2 0 1 3 ,   C L I N   I M A G ,   V 3 7 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n i m a g . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 1 7 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 5 ,   M A T L   U S   M A N   I M   P R O C ;   T a n   P N ,   2 0 0 6 ,   I N T R O   D A T A   M I N I N G 	 1 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P I E - I N T   S O C   O P T I C A L   E N G I N E E R I N G 	 B E L L I N G H A M 	 1 0 0 0   2 0 T H   S T ,   P O   B O X   1 0 ,   B E L L I N G H A M ,   W A   9 8 2 2 7 - 0 0 1 0   U S A 	 0 2 7 7 - 7 8 6 X 	 	 9 7 8 - 1 - 5 1 0 6 - 0 9 5 1 - 8 ;   9 7 8 - 1 - 5 1 0 6 - 0 9 5 2 - 5 	 P R O C   S P I E 	 	 	 2 0 1 7 	 1 0 2 2 5 	 	 	 	 	 	 	 	 U N S P   1 0 2 2 5 0 B 	 1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 2 6 6 3 3 5 	 	 7 	 O p t i c s ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y 	 O p t i c s ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y 	 B H 2 T Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 3 3 4 2 0 0 0 1 0 	 	 
 
 J 	 C h a i ,   L ;   C h e n ,   D ;   T a n g ,   X B ;   G e ,   Y ;   C h e n ,   Y ;   L i ,   J 	 	 	 	 C h a i ,   L e i ;   C h e n ,   D a ;   T a n g ,   X i a o - B i n g ;   G e ,   Y u n ;   C h e n ,   Y i n g ;   L i ,   J u n 	 	 	 R e a l - t i m e   m o n i t o r i n g   s y s t e m   w i t h   a c c e l e r a t o r   c o n t r o l l i n g :   A n   i m p r o v e m e n t   o f   r a d i o t h e r a p y   m o n i t o r i n g   b a s e d   o n   b i n o c u l a r   l o c a t i o n   a n d   c l a s s i f i c a t i o n 	 J O U R N A L   O F   X - R A Y   S C I E N C E   A N D   T E C H N O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R e a l - t i m e   m o n i t o r i n g ;   b i n o c u l a r   s y s t e m ;   m a g i c   f i n g e r ;   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e 	 C A M E R A   C A L I B R A T I O N ;   F I D U C I A L   M A R K E R S ;   C A N C E R ;   A C C U R A C Y ;   T O M O G R A P H Y ;   G E O M E T R Y ;   V I S I O N ;   C B C T 	 R e a l - t i m e   m o n i t o r i n g   a n d   a m e n d m e n t   o f   p a t i e n t   p o s i t i o n   i s   i m p o r t a n t   f o r   t h e   r a d i o t h e r a p y .   H o w e v e r ,   u s i n g   e l e c t r o n i c   p o r t a l   i m a g i n g   d e v i c e   ( E P I D )   a n d   c o n e   b e a m   c o m p u t e r   t o m o g r a p h y   ( C B C T )   i n   t h e   c l i n i c a l   p r a c t i c e   g e n e r a t e   d i f f e r e n t   d e g r e e s   o f   d e l a y ,   s o   t h a t   t h e y   c a n n o t   a c h i e v e   t h e   p u r p o s e   o f   r e a l - t i m e   a p p l i c a t i o n .   M e a n w h i l e ,   a   f e w   p r o d u c t s   c o m e   w i t h   t h e   f u n c t i o n   o f   t h e   r e a l - t i m e   m o n i t o r i n g   a n d   a m e n d m e n t ,   s u c h   a s   C y b e r K n i f e ,   w h i c h   i s   t o o   e x p e n s i v e   f o r   t h e   c o m m o n   p e o p l e .   T h e   o b j e c t i v e   o f   t h i s  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 N a n j i n g   U n i v ,   S c h   E l e c t   S c i   &   E n g n ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 T a n g ,   X B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a n j i n g   U n i v   A e r o n a u t   &   A s t r o n a u t ,   D e p t   N u c l   S c i   &   E n g n ,   N a n j i n g   2 1 0 0 1 6 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 t a n g x i a o b i n @ n u a a . e d u . c n 	 T a n g ,   X i a o b i n / I - 7 6 0 1 - 2 0 1 4 	 T a n g ,   X i a o b i n / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 3 3 0 8 - 0 4 6 8 	 	 	 A d l e r   J R ,   1 9 9 7 ,   S T E R E O T   F U N C T   N E U R O S ,   V 6 9 ,   P 1 2 4 ;   B a r n e y   B M ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 0 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 7 ;   B h o w m i k   U K ,   2 0 1 2 ,   J   X - R A Y   S C I   T E C H N O L ,   V 2 0 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / X S T - 2 0 1 2 - 0 3 2 5 ;   B j o r k m a n   M . ,   2 0 0 0 ,   C O M P   V I S   P A T T   R E C   2 0 ;   C h a n g   S D ,   2 0 0 3 ,   N E U R O S U R G E R Y ,   V 5 2 ,   P 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 2 7 / 0 1 . N E U . 0 0 0 0 0 3 9 1 6 2 . 7 2 1 4 1 . 1 8 ;   C u i   Y ,   2 0 0 8 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 3 ,   p N 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 3 / 1 6 / N 0 1 ;   G u a n   H Q ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 6 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 2 0 / 0 1 3 ;   G u a n g j u n   Z . ,   2 0 0 5 ,   M A C H I N E   V I S I O N ;   H a n s a r d   M ,   2 0 0 8 ,   J   O P T   S O C   A M   A ,   V 2 5 ,   P 2 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 2 5 . 0 0 2 3 5 7 ;   H E I J M E N   B J M ,   1 9 9 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 0 ,   P 1 9 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 0 / 1 1 / 0 1 2 ;   H u s s a i n   M . ,   2 0 1 1 ,   C O M P   G R A P H   I M   V I S   C G ;   L i n   T ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 1 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 6 / 0 1 0 ;   L i u   L . B . ,   2 0 1 2 ,   C H I N E S E   J   M E D   P H Y S ,   V 6 ,   P 0 0 5 ;   N e g a h d a r i p o u r   S ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 9 ,   P 1 7 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 1 0 9 2 . ;   P e l l a   A ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 2 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 8 2 9 4 7 ;   T o p o l n j a k   R ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 8 ,   P 1 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 2 1 ;   T S A I   R Y ,   1 9 8 7 ,   I E E E   T   R O B O T I C   A U T O M ,   V 3 ,   P 3 2 3 ;   Z h a n g   Z Y ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 2 ,   P 1 3 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 8 8 8 7 1 8 ;   Z h a o   X ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 2 5 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 7 0 0 7 3 6 ;   Z h a o   X A ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 5 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 4 8 3 2 6 4 ;   Z h o u   H ,   2 0 1 6 ,   J   X - R A Y   S C I   T E C H N O L ,   V 2 4 ,   P 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / X S T - 1 6 0 5 6 2 	 2 1 	 0 	 0 	 2 	 2 	 I O S   P R E S S 	 A M S T E R D A M 	 N I E U W E   H E M W E G   6 B ,   1 0 1 3   B G   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 8 9 5 - 3 9 9 6 	 1 0 9 5 - 9 1 1 4 	 	 J   X - R A Y   S C I   T E C H N O L 	 J .   X - R a y   S c i .   T e c h n o l . 	 	 2 0 1 7 	 2 5 	 2 	 	 	 	 	 1 9 3 	 2 0 4 	 	 1 0 . 3 2 3 3 / X S T - 1 7 2 5 3 	 	 1 2 	 I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   O p t i c s ;   P h y s i c s ,   A p p l i e d 	 I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   O p t i c s ;   P h y s i c s 	 E R 3 T Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 2 3 2 0 0 0 0 2 	 	 
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 E X P L O R E ;   H i n t o n ,   1 9 8 3 ,   C O G N I T I V E   S C I ,   V 9 ;   K u b o t a   R i e ,   2 0 0 7 ,   P   2 4   I N T   C   M A C H   L E A R ;   N i g a m   K ,   2 0 0 0 ,   M A C H   L E A R N ,   V 3 9 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 7 6 9 2 7 1 3 0 8 5 ;   P a u l   R a z a n ,   2 0 1 0 ,   D I G I T A L   I N F O R M   M A N A G ;   P i s e   N i t i n   N . ,   2 0 0 8 ,   I N T   C   C O M P   I N T   S E C ;   R a b i n e r   L . R . ,   1 9 9 6 ,   I E E E   E X P L O R E ;   S h a n g   C h a n g j i n g   B a r n e s ,   2 0 1 2 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   I J C N ;   T s a n g   S m i t h ,   2 0 0 9 ,   1 0 8 4 4 6 2 7 0 9   I E E E ;   W a n g   B a o y i ,   2 0 0 5 ,   P A R A L L E L   D I S T R I B U T E D ;   W o n g   E r i c ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   S O F T W A R E   E N G   K ;   X i n d o n g   W u ,   2 0 0 7 ,   K N O W L E D G E   I N F O R M   S Y S 	 1 4 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P R I N G E R - V E R L A G  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 J 	 C a r l e s i ,   K C ;   P a d i l h a ,   K G ;   T o f f o l e t t o ,   M C ;   H e n r i q u e z - R o l d a n ,   C ;   J u a n ,   M A C 	 	 	 	 C u a d r o s   C a r l e s i ,   K a t y a ;   P a d i l h a ,   K a t i a   G r i l l o ;   C e c i l i a   T o f f o l e t t o ,   M a r i a ;   H e n r i q u e z - R o l d a n ,   C a r l o s ;   C a n a l e s   J u a n ,   M o n i c a   A n d r e a 	 	 	 P a t i e n t   S a f e t y   I n c i d e n t s   a n d   N u r s i n g   W o r k l o a d 	 R E V I S T A   L A T I N O - A M E R I C A N A   D E   E N F E R M A G E M 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P a t i e n t   S a f e t y ;   N u r s i n g ;   N u r s i n g   T e a m ;   W o r k l o a d ;   P a t i e n t   H a r m 	 C A R E ;   F A L L S ;   A S S O C I A T I O N ;   E N V I R O N M E N T ;   H O S P I T A L S ;   O U T C O M E S ;   Q U A L I T Y ;   B U R N O U T ;   C A N C E R ;   E R R O R S 	 O b j e c t i v e :   t o   i d e n t i f y   t h e   r e l a t i o n s h i p   b e t w e e n   t h e   w o r k l o a d   o f   t h e   n u r s i n g   t e a m   a n d   t h e   o c c u r r e n c e   o f   p a t i e n t   s a f e t y   i n c i d e n t s   l i n k e d   t o   n u r s i n g   c a r e   i n   a   p u b l i c   h o s p i t a l   i n   C h i l e .   M e t h o d :   q u a n t i t a t i v e ,   a n a l y t i c a l ,   c r o s s - s e c t i o n a l   r e s e a r c h   t h r o u g h   r e v i e w   o f   m e d i c a l   r e c o r d s .   T h e   e s t i m a t i o n   o f   w o r k l o a d   i n   I n t e n s i v e   C a r e   U n i t s   ( I C U s )   w a s   p e r f o r m e d   u s i n g   t h e   T h e r a p e u t i c   I n t e r v e n t i o n s   S c o r i n g   S y s t e m   ( T I S S - 2 8 )   a n d   f o r   t h e   o t h e r   s e r v i c e s ,   w e   u s e d   t h e   n u r s e / p a t i e n t   a n d   n u r s i n g   a s s i s t a n t / p a t i e n t   r a t i o s .   D e s c r i p t i v e   u n i v a r i a t e   a n d   m u l t i v a r i a t e   a n a l y s i s   w e r e   p e r f o r m e d .   F o r   t h e   m u l t i v a r i a t e   a n a l y s i s   w e   u s e d   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   a n d   P e a r s o n   c o r r e l a t i o n .   R e s u l t s :   8 7 9   p o s t - d i s c h a r g e   c l i n i c a l   r e c o r d s   a n d   t h e   w o r k l o a d   o f   8 5   n u r s e s   a n d   1 5 7   n u r s i n g   a s s i s t a n t s   w e r e   a n a l y z e d .   T h e   o v e r a l l   i n c i d e n t   r a t e   w a s   7 1 . 1 % .   I t   w a s   f o u n d   a   h i g h   p o s i t i v e   c o r r e l a t i o n   b e t w e e n   v a r i a b l e s   w o r k l o a d   ( r   =   0 . 9 6 1 1   t o   r   =   0 . 9 9 1 9 )   a n d   r a t e   o f   f a l l s   ( r   =   0 . 8 7 7 0 ) .   T h e   m e d i c a t i o n   e r r o r   r a t e s ,   m e c h a n i c a l   c o n t a i n m e n t   i n c i d e n t s   a n d   s e l f - r e m o v a l   o f   i n v a s i v e   d e v i c e s   w e r e   n o t   c o r r e l a t e d   w i t h   t h e   w o r k l o a d .   C o n c l u s i o n s :   t h e   w o r k l o a d   w a s   h i g h   i n   a l l   u n i t s   e x c e p t   t h e   i n t e r m e d i a t e   c a r e   u n i t .   O n l y   t h e   r a t e   o f   f a l l s   w a s   a s s o c i a t e d   w i t h   t h e   w o r k l o a d . 	 [ C u a d r o s   C a r l e s i ,   K a t y a ;   C e c i l i a   T o f f o l e t t o ,   M a r i a ;   C a n a l e s   J u a n ,   M o n i c a   A n d r e a ]   U n i v   A n d r e s   B e l l o ,   F a c   E n f e r m e r i a ,   C a l l e   S a s i e   2 2 1 2 ,   S a n t i a g o ,   C h i l e ;   [ P a d i l h a ,   K a t i a   G r i l l o ]   U n i v   S a o   P a u l o ,   E s c o l a   E n f e r m a g e m ,   S a o   P a u l o ,   S P ,   B r a z i l ;   [ H e n r i q u e z - R o l d a n ,   C a r l o s ]   U n i v   V a l p a r a i s o ,   F a c   C i e n c i a s ,   I n s t   E s t a d i s t ,   V a l p a r a i s o ,   C h i l e 	 T o f f o l e t t o ,   M C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A n d r e s   B e l l o ,   F a c   E n f e r m e r i a ,   C a l l e   S a s i e   2 2 1 2 ,   S a n t i a g o ,   C h i l e . 	 m t o f f o l e t t o @ u n a b . c l 	 	 	 	 	 A i k e n   L H ,   2 0 0 2 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 8 ,   P 1 9 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 8 . 1 6 . 1 9 8 7 ;   A i k e n   L H ,   2 0 1 2 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . e 1 7 1 7 ;   A l l a n - G i b b s   R ,   2 0 1 0 ,   C L I N   J   O N C O L   N U R S ,   V 1 4 ,   P 7 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 8 / 1 0 . C J O N . 7 8 4 - 7 9 2 ;   A r a n a z   J ,   2 0 1 0 ,   E S T U D I O   I B E A S   P R E V A L ;   B e r z l a n o v i c h   A M ,   2 0 1 2 ,   D T S C H   A R Z T E B L   I N T ,   V 1 0 9 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 8 / a r z t e b l . 2 0 1 2 . 0 0 2 7 ;   B r e n n a n   C W ,   2 0 1 3 ,   W E S T E R N   J   N U R S   R E S ,   V 3 5 ,   P 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 1 9 3 9 4 5 9 1 3 4 7 6 5 7 7 ;   D h a m i j a   M ,   2 0 1 4 ,   J   P E D I A T   H E M A T O L   O N C ,   V 3 6 ,   p E 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M P H . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 ;   D u f f i e l d   C ,   2 0 1 1 ,   A P P L   N U R S   R E S ,   V 2 4 ,   P 2 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a p n r . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 4 ;   G o n c a l v e s   L e i l a n e   A n d r a d e ,   2 0 0 6 ,   R e v   B r a s   E n f e r m ,   V 5 9 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 0 0 3 4 - 7 1 6 7 2 0 0 6 0 0 0 1 0 0 0 1 1 ;   H a y e s   B ,   2 0 1 0 ,   J   N U R S   M A N A G E ,   V 1 8 ,   P 8 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 8 3 4 . 2 0 1 0 . 0 1 1 3 1 . x ;   K a l i s c h   B J ,   2 0 1 2 ,   J   N U R S   C A R E   Q U A L ,   V 2 7 ,   P 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / N C Q . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 2 5 a a 2 3 ;   L a n c i s - S e p u l v e d a   M   L ,   2 0 1 4 ,   R e v   C a l i d   A s i s t ,   V 2 9 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a l i . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 3 ;   L i u   L F ,   2 0 1 2 ,   J   N U R S   R E S ,   V 2 0 ,   P 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / j n r . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 7 3 6 3 6 3 ;   M i n i s t e r i o   d e   S a l u d   C h i l e ,   2 0 1 3 ,   1 5 4   M I N   S A L   C H I L ;   M i r a n d a   D R ,   1 9 9 6 ,   C R I T   C A R E   M E D ,   V 2 4 ,   P 6 4 ;   O r g a n i z a c i o n   M u n d i a l   d e   l a   S a l u d ,   2 0 0 9 ,   M A R C   C O N C   C L A S   I N T   S ;   P a t r i c i a n   P A ,   2 0 1 1 ,   J   N U R S   A D M I N ,   V 4 1 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / N N A . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 0 5 9 4 b f ;   S c a n l a n   J ,   2 0 1 2 ,   A U S T R A L A S   P S Y C H I A T R Y ,   V 2 0 ,   P 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 3 9 8 5 6 2 1 2 4 5 5 2 5 0 ;   S c h m o e l l e r   R o s e l i ,   2 0 1 1 ,   R e v   G a u c h a   E n f e r m ,   V 3 2 ,   P 3 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 1 9 8 3 - 1 4 4 7 2 0 1 1 0 0 0 2 0 0 0 2 2 ;   S e a r s   K ,   2 0 1 3 ,   J   P E D I A T R   N U R S ,   V 2 8 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p e d n . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 3 ;   U n r u h   L Y ,   2 0 1 2 ,   N U R S   R E S ,   V 6 1 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / N N R . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 3 5 8 9 6 8 ;   V a n   B o g a e r t   P ,   2 0 1 3 ,   J   A D V   N U R S ,   V 6 9 ,   P 1 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j a n . 1 2 0 1 0 	 2 2 	 0 	 0 	 6 	 6 	 U N I V   S A O   P A U L O ,   E S C O L A   D E   E N F E R M A G E M   D E   R I B E I R A O   P R E T O 	 R I B E I R A O   P R E T O 	 A V   B A N D E I R A N T E S ,   3 9 0 0 ,   R I B E I R A O   P R E T O ,   S P   1 4 0 4 0 - 9 0 2     A ,   B R A Z I L 	 1 5 1 8 - 8 3 4 5 	 	 	 R E V   L A T - A M   E N F E R M 	 R e v .   L a t i n o - A m .   E n f e r m a g e m 	 	 2 0 1 7 	 2 5 	 	 	 	 	 	 	 	 e 2 8 4 1 	 1 0 . 1 5 9 0 / 1 5 1 8 - 8 3 4 5 . 1 2 8 0 . 2 8 4 1 	 	 8 	 N u r s i n g 	 N u r s i n g 	 E R 9 A G 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 1 1 4 3 0 0 0 0 2 	 2 8 4 0 3 3 3 4 	 
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 1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . g c o . 0 0 0 0 1 9 2 9 6 5 . 2 9 4 4 9 . d a ;   J a c c a r d   N ,   2 0 1 4 ,   B I O T E C H N O L   B I O E N G ,   V 1 1 1 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i t . 2 5 1 1 5 ;   L e e   H ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 5 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 5 ;   R a i c h - R e g u e   D ,   2 0 1 4 ,   I M M U N O L   L E T T ,   V 1 6 1 ,   P 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m l e t . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 1 6 ;   S a s a d a   A . ,   2 0 1 5 ,   P E R S O N A L I Z E D   M E D   U N I ,   V 4 ,   P 7 0 ;   S h a h   S . ,   2 0 1 4 ,   H U M   T E C H N   C   R 1 0   H T C ,   P 6 4 ;   S u b e r i   A . A . M . ,   2 0 1 6   I E E E   E M B S   U N P U B ;   S u b e r i   A A M ,   2 0 1 6 ,   P R O C   S P I E ,   V 0 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 2 4 2 8 1 4 ;   T a n   Y u e n - F e n ,   2 0 1 0 ,   M a l a y s   J   P a t h o l ,   V 3 2 ,   P 9 7 ;   T o m a r i   R ,   2 0 1 4 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 4 2 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 5 3 	 1 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 S A R A   B U R G E R H A R T S T R A A T   2 5 ,   P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 8 7 7 - 0 5 0 9 	 	 	 P R O C E D I A   C O M P U T   S C I 	 	 	 2 0 1 7 	 1 0 5 	 	 	 	 	 	 1 7 7 	 1 8 2 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 7 . 0 1 . 2 0 1 	 	 6 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   R o b o t i c s ;   R e m o t e   S e n s i n g 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   R o b o t i c s ;   R e m o t e   S e n s i n g 	 B H 2 D H 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 8 3 0 9 0 0 0 2 9 	 	 
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 C h i n a . 	 l v s h i i n @ y e a h . n e t 	 	 	 	 	 B a r a b a s i   A L ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 5 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 1 2 7 2 ;   B e r n s t e i n   K A ,   2 0 0 7 ,   M O L   B I O L   C E L L ,   V 1 8 ,   P 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 1 / m b c . E 0 6 - 0 6 - 0 5 1 2 ;   B e s t e r   A C ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 5 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 4 4 ;   B l o w   J J ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 8 ,   P 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 5 0 0 ;   B o l a n d   C R ,   2 0 1 0 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 8 ,   P 2 0 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 6 4 ;   C r o f t   D ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p D 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 1 0 1 8 ;   D a w s o n   J A ,   2 0 1 2 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 8 ,   P 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 1 1 . 0 1 6 8 8 . x ;   D o n a t i   G ,   2 0 1 1 ,   J   C E L L   S C I ,   V 1 2 4 ,   P 3 0 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / j c s . 0 8 6 0 7 4 ;   D o n i g e r   S W ,   2 0 0 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 3 - 4 - 1 - r 7 ;   G a l a m b   O ,   2 0 0 8 ,   D I S   M A R K E R S ,   V 2 5 ,   P 1 ;   G i o v a n n u c c i   E ,   2 0 0 3 ,   J   W O M E N   H E A L T H   G E N - B ,   V 1 2 ,   P 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / 1 5 4 0 9 9 9 0 3 3 2 1 5 7 6 5 7 4 ;   G l a z k o   G V ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 4 0 6 ;   H o t e l l i n g   H . ,   2 0 1 0 ,   J   E D U C   P S Y C H O L ,   V 2 4 ,   P 4 1 7 ;   J e m a l   A ,   2 0 1 1 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 1 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 0 7 ;   K h a t r i   P ,   2 0 1 2 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 2 3 7 5 ;   L i   Y ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 1 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 2 0 0 ;   L i   Y ,   2 0 0 9 ,   P L O S   O N E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 4 3 4 6 ;   L i u   K Q ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - 1 2 6 ;   M i g l i o r e   L ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   B I O T E C H N O L ,   V 2 0 1 1 ,   p E 1 1 7 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 9 . 1 0 . 1 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / J A M A . 2 8 9 . 1 0 . 1 2 8 8 ] ;   N a m   S ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 1 6 8 5 ;   N e g r i n i   S ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 1 ,   P 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 2 8 5 8 ;   N i b b e   R K ,   2 0 1 1 ,   W I R E S   S Y S T   B I O L   M E D ,   V 3 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / w s b m . 1 2 1 ;   P a n   Q ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 1 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 5 9 ;   P i l l a i r e   M J ,   2 0 1 0 ,   O N C O G E N E ,   V 2 9 ,   P 8 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 0 9 . 3 7 8 ;   P i n o   M S ,   2 0 1 0 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 8 ,   P 2 0 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 6 5 ;   S a v a g e   K I ,   2 0 1 4 ,   M O L   C E L L ,   V 5 4 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 2 1 ;   S h u k l a   S ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 9 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 4 4 2 ;   S i n i c r o p e   F A ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   P 1 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 1 - 1 4 6 9 ;   S z k l a r c z y k   D ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p D 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 9 7 3 ;   T a r v e r   T ,   2 0 1 2 ,   J   C O N S U M   H L T H   2 0 1 2   I ,   V 1 6 ,   P 3 6 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 3 9 8 2 8 5 . 2 0 1 2 . 7 0 1 1 7 7 ;   T a z i   J ,   2 0 0 9 ,   B B A - M O L   B A S I S   D I S ,   V 1 7 9 2 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a d i s . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 1 7 ;   U r r e g o   D ,   2 0 1 4 ,   P H I L O S   T   R   S O C   B ,   V 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s t b . 2 0 1 3 . 0 0 9 4 ;   V o g e l s t e i n   B ,   2 0 0 4 ,   N A T   M E D ,   V 1 0 ,   P 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 1 0 8 7 ;   W a l s h   J M E ,   2 0 0 3 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 9 ,   P 1 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 9 . 1 0 . 1 2 8 8 ;   W a n g   E T ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 6 ,   P 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 5 0 9 ;   W i l l i a m s o n   D ,   2 0 0 6 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 4 5 ,   P 8 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 0 3 4 7 ;   X i a   Y ,   2 0 0 4 ,   A N N U   R E V   B I O C H E M ,   V 7 3 ,   P 1 0 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . b i o c h e m . 7 3 . 0 1 1 3 0 3 . 0 7 3 9 5 0 	 3 7 	 0 	 0 	 0 	 0 	 A S S O C   B R A S   D I V U L G   C I E N T I F I C A 	 S A O   P A U L O 	 F A C U L D A D E   M E D I C I N A ,   S A L A   2 1 ,   1 4 0 4 9   R I B E I R A O   P R E T O ,   S A O   P A U L O ,   0 0 ,   B R A Z I L 	 0 1 0 0 - 8 7 9 X 	 1 6 7 8 - 4 5 1 0 	 	 B R A Z   J   M E D   B I O L   R E S 	 B r a z i l i a n   J .   M e d .   B i o l .   R e s . 	 	 2 0 1 7 	 5 0 	 5 	 	 	 	 	 	 	 e 5 9 8 1 	 1 0 . 1 5 9 0 / 1 4 1 4 - 4 3 1 X 2 0 1 7 5 9 8 1 	 	 8 	 B i o l o g y ;   M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s ;   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E R 1 W J 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 5 8 5 4 0 0 0 0 4 	 	 
 
 J 	 W a n g ,   S H ;   R a o ,   R V ;   C h e n ,   P ;   Z h a n g ,   Y D ;   L i u ,   A J ;   W e i ,   L 	 	 	 	 W a n g ,   S h u i h u a ;   R a o ,   R a v i p u d i   V e n k a t a ;   C h e n ,   P e n g ;   Z h a n g ,   Y u d o n g ;   L i u ,   A i j u n ;   W e i ,   L i n g 	 	 	 A b n o r m a l   B r e a s t   D e t e c t i o n   i n   M a m m o g r a m   I m a g e s   b y   F e e d - f o r w a r d   N e u r a l   N e t w o r k   T r a i n e d   b y   J a y a   A l g o r i t h m 	 F U N D A M E N T A   I N F O R M A T I C A E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 f r a c t i o n a l   F o u r i e r   t r a n s f o r m ;   a b n o r m a l   b r e a s t   d e t e c t i o n ;   c o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s ;   m a m m o g r a m ;   f e e d f o r w a r d   n e u r a l   n e t w o r k ;   J a y a   a l g o r i t h m 	 F R A C T I O N A L   F O U R I E R - T R A N S F O R M ;   L E A R N I N G - B A S E D   O P T I M I Z A T I O N ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   S C R E E N I N G   M A M M O G R A P H Y ;   W A V E L E T   T R A N S F O R M ;   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   C A N C E R ;   S E G M E N T A T I O N ;   R E C O G N I T I O N 	 ( A i m )   A b n o r m a l   b r e a s t   c a n   b e   d i a g n o s e d   u s i n g   t h e   d i g i t a l   m a m m o g r a p h y .   T r a d i t i o n a l   m a n u a l   i n t e r p r e t a t i o n   m e t h o d   c a n n o t   y i e l d   h i g h   a c c u r a c y .   ( M e t h o d )   I n   t h i s   s t u d y ,   w e   p r o p o s e d   a   n o v e l   c o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s   s y s t e m   f o r   d e t e c t i n g   a b n o r m a l   b r e a s t s   i n   m a m m o g r a m   i m a g e s .   F i r s t ,   w e   s e g m e n t e d   t h e   r e g i o n - o f - i n t e r e s t .   N e x t ,   t h e   w e i g h t e d - t y p e   f r a c t i o n a l   F o u r i e r   t r a n s f o r m  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 E n g n ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 7   U S A ;   [ Z h a n g ,   Y u d o n g ]   J i a n g s u   K e y   L a b   3 D   P r i n t i n g   E q u i p m e n t   &   M f g ,   N a n j i n g   2 1 0 0 4 2 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   A i j u n ]   A r i z o n a   S t a t e   U n i v ,   W P   C a r e y   S c h   B u s i n e s s ,   T e m p e ,   A Z   8 5 2 8 7   U S A ;   [ W e i ,   L i n g ]   S h a n g h a i   J i a o   T o n g   U n i v ,   S c h   E l e c t   I n f o r m a t   &   E l e c t   E n g n ,   S h a n g h a i   2 0 0 0 3 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   Y D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J i a n g s u   K e y   L a b   3 D   P r i n t i n g   E q u i p m e n t   &   M f g ,   N a n j i n g   2 1 0 0 4 2 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 w a n g s h u i h u a @ n j n u . e d u . c n ;   z h a n g y u d o n g @ n j n u . e d u . c n 	 Z h a n g ,   Y u d o n g / I - 7 6 3 3 - 2 0 1 3 ;   W a n g ,   s h u i h u a / G - 7 3 2 6 - 2 0 1 6 	 Z h a n g ,   Y u d o n g / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 4 8 7 0 - 1 4 9 3 ;   	 N S F C   [ 6 1 2 7 3 2 4 3 ,   5 1 4 0 7 0 9 5 ,   6 1 5 0 3 1 8 8 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   [ B K 2 0 1 5 0 9 8 2 ,   B K 2 0 1 5 0 9 8 3 ] ;   P r i o r i t y   A c a d e m i c   P r o g r a m   D e v e l o p m e n t   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s   ( P A P D ) ;   J i a n g s u   K e y   L a b o r a t o r y   o f   3 D   P r i n t i n g   E q u i p m e n t   a n d   M a n u f a c t u r i n g   [ B M 2 0 1 3 0 0 6 ] ;   K e y   S u p p o r t i n g   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o g r a m   ( I n d u s t r y )   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   [ B E 2 0 1 2 2 0 1 ,   B E 2 0 1 3 0 1 2 - 2 ,   B E 2 0 1 4 0 0 9 - 3 ] ;   P r o g r a m   o f   N a t u r a l   S c i e n c e   R e s e a r c h   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s   [ 1 3 K J B 4 6 0 0 1 1 ,   1 4 K J B 5 2 0 0 2 1 ] ;   S p e c i a l   F u n d s   f o r   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   A c h i e v e m e n t   T r a n s f o r m a t i o n   P r o j e c t   i n   J i a n g s u   P r o v i n c e   [ B A 2 0 1 3 0 5 8 ] ;   N a n j i n g   N o r m a l   U n i v e r s i t y   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   f o r   T a l e n t e d   S c h o l a r s   [ 2 0 1 3 1 1 9 X G Q 0 0 6 1 ,   2 0 1 4 1 1 9 X G Q 0 0 8 0 ] ;   E d u c a t i o n   R e f o r m   P r o j e c t   i n   N J N U   [ 1 8 1 2 2 0 0 0 0 9 0 6 1 5 ] 	 T h i s   p a p e r   w a s   s u p p o r t e d   b y   N S F C   ( 6 1 2 7 3 2 4 3 ,   5 1 4 0 7 0 9 5 ,   6 1 5 0 3 1 8 8 ) ,   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   ( B K 2 0 1 5 0 9 8 2 ,   B K 2 0 1 5 0 9 8 3 ) ,   P r i o r i t y   A c a d e m i c   P r o g r a m   D e v e l o p m e n t   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s   ( P A P D ) ,   J i a n g s u   K e y   L a b o r a t o r y   o f   3 D   P r i n t i n g   E q u i p m e n t   a n d   M a n u f a c t u r i n g   ( B M 2 0 1 3 0 0 6 ) ,   K e y   S u p p o r t i n g   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o g r a m   ( I n d u s t r y )   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   ( B E 2 0 1 2 2 0 1 ,   B E 2 0 1 3 0 1 2 - 2 ,   B E 2 0 1 4 0 0 9 - 3 ) ,   P r o g r a m   o f   N a t u r a l   S c i e n c e   R e s e a r c h   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s   ( 1 3 K J B 4 6 0 0 1 1 ,   1 4 K J B 5 2 0 0 2 1 ) ,   S p e c i a l   F u n d s   f o r   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   A c h i e v e m e n t   T r a n s f o r m a t i o n   P r o j e c t   i n   J i a n g s u   P r o v i n c e   ( B A 2 0 1 3 0 5 8 ) ,   N a n j i n g   N o r m a l   U n i v e r s i t y   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   f o r   T a l e n t e d   S c h o l a r s   ( 2 0 1 3 1 1 9 X G Q 0 0 6 1 ,   2 0 1 4 1 1 9 X G Q 0 0 8 0 ) ,   E d u c a t i o n   R e f o r m   P r o j e c t   i n   N J N U   ( 1 8 1 2 2 0 0 0 0 9 0 6 1 5 ) 	 A j m e r a   P K ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   E L E C T R   E N G ,   V 3 9 ,   P 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p e l e c e n g . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 1 1 ;   A l m u n t a s h r i   A ,   2 0 1 0 ,   M O B I L E   M U L T I M E D I A   I M ,   V 7 7 0 8 ,   P 1 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 8 4 9 6 0 9 ;   V o   A V ,   2 0 1 5 ,   I S P R S   J   P H O T O G R A M M ,   V 1 0 4 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i s p r s j p r s . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 1 1 ;   A n i t h a   J ,   2 0 1 5 ,   M E D   B I O L   E N G   C O M P U T ,   V 5 3 ,   P 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 1 7 - 0 1 5 - 1 2 8 0 - 0 ;   A w a n   S M ,   2 0 1 4 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 5 ,   P 1 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 4 - 1 6 8 5 - y ;   A z a r   A T ,   2 0 1 4 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 4 ,   P 1 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 2 - 1 3 2 4 - 4 ;   B h a d u r i   B ,   2 0 1 0 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 8 ,   P 1 1 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 8 . 0 1 1 3 9 6 ;   C a d e n a s   J O ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   C I R C U I T S - I I ,   V 6 2 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C S I I . 2 0 1 5 . 2 4 1 5 6 5 5 ;   C a g a t a y   N D ,   2 0 1 5 ,   I E E E   G E O S C I   R E M O T E   S ,   V 1 2 ,   P 1 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / L G R S . 2 0 1 4 . 2 3 8 5 7 7 1 ;   C h a n d w a n i   V ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 4 8 ;   C h e n   Y ,   2 0 1 4 ,   A U S T R A L A S   P H Y S   E N G   S ,   V 3 7 ,   P 4 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 4 6 - 0 1 4 - 0 2 7 6 - 7 ;   C h e n   Y ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 3 ,   P 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 0 7 ;   D e d e   T ,   2 0 1 5 ,   S T R U C T   E N G   M E C H ,   V 5 3 ,   P 8 3 3 ;   D o k e r o g l u   T . ,   2 0 1 5 ,   J   C O M P U T   I N D   E N G ,   V 8 5 ,   P 8 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . C I E . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 1 ;   F u a n g k h o n   P ,   2 0 1 4 ,   A R T I F   I N T E L L   R E V ,   V 4 1 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 6 2 - 0 1 1 - 9 3 0 4 - 0 ;   G o n z a l e z - A l v a r e z   D L ,   2 0 1 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 2 ,   P 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 6 9 0 4 3 ;   G o r g e l   P ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T ,   V 3 2 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / e x s y . 1 2 0 7 3 ;   G u o   D L ,   2 0 1 4 ,   M A T H   P R O B L   E N G ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 4 2 0 4 8 2 ;   H a n   Z Z ,   2 0 1 4 ,   A C T A   P H Y S   S I N I C A ,   V 6 3 ,   P 1 1 ;   H a r t m a n   M ,   2 0 1 5 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 2 0 4 ,   P 1 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 4 . 1 3 3 9 4 ;   H e n d e r s o n   L M ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 1 ,   P 1 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 9 2 1 4 ;   I s e r i   I ,   2 0 1 4 ,   O P T O E L E C T R O N   A D V   M A T ,   V 8 ,   P 6 8 9 ;   K a r m a k a r   S ,   2 0 1 4 ,   K U W A I T   J   S C I ,   V 4 1 ,   P 1 5 1 ;   K u r o d a   M ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 5 5 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 1 ;   L l a v e   Y A ,   2 0 1 2 ,   J   F O O D   E N G ,   V 1 0 9 ,   P 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f o o d e n g . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 2 4 ;   M a l l i k a r j u n a s w a m y   M S ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 4 3 5 ;   M a n o o c h e h r i   M ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   A D V   M A N U F   T E C H ,   V 7 3 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 7 0 - 0 1 4 - 5 7 8 8 - 5 ;   M i l o s e v i c   M ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   E N G - B I O M E D   T E ,   V 6 0 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / b m t - 2 0 1 4 - 0 0 4 7 ;   M o l l o i   S ,   2 0 1 5 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 2 ,   P 1 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 1 7 ;   M o m e n i   E ,   2 0 1 5 ,   M E A S U R E M E N T ,   V 6 0 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e a s u r e m e n t . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 7 5 ;   N i t h y a   R ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 4 4 1 ;   P a j a r e s   G ,   2 0 1 4 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 4 ,   P 1 5 2 8 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 4 0 8 1 5 2 8 2 ;   P e n g   N J ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   R A D I A T   O N ,   V 5 9 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 7 5 4 - 9 4 8 5 . 1 2 3 0 9 ;   P e r e z   N P ,   2 0 1 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 3 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 4 ;   R a o   R V ,   2 0 1 2 ,   E N G   O P T I M I Z ,   V 4 4 ,   P 1 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 3 0 5 2 1 5 X . 2 0 1 1 . 6 5 2 1 0 3 ;   R a o   R V ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   A I D E D   D E S I G N ,   V 4 3 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a d . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 5 ;   R a o   R V ,   2 0 1 3 ,   S C I   I R A N ,   V 2 0 ,   P 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i e n t . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 5 ;   R a o   R .   V . ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   I N D   E N G   C O M P U T ,   V 7 ,   P 1 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 5 2 6 7 / J . I J I E C . 2 0 1 5 . 8 . 0 0 4 ;   S e o k   J ,   2 0 1 4 ,   I E I C E   T   I N F   S Y S T ,   V E 9 7 D ,   P 2 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 7 / t r a n s i n f . 2 0 1 4 E D L 8 0 0 3 ;   S h a h a m a t   H ,   2 0 1 4 ,   J   V I S   C O M M U N   I M A G E   R ,   V 2 5 ,   P 9 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j v c i r . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 7 ;   S h a r m a   H ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 5 9 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 2 4 ;   S h o j a e e   S A ,   2 0 1 4 ,   C H E M   I N D   C H E M   E N G   Q ,   V 2 0 ,   P 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 2 2 9 8 / C I C E Q 1 2 1 1 2 8 0 1 4 S ;   S i n g h   B ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 4 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 4 . 1 3 1 2 ;   S N   S Y ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   P 1 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 8 4 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / J O U R N A L . P O N E . 0 1 2 8 4 0 4 . ] ;   W a n g   S H ,   2 0 1 5 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 7 ,   P 6 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 7 1 0 6 6 6 3 ;   W a n g   S H ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   I M A G   S Y S T   T E C H ,   V 2 5 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i m a . 2 2 1 3 2 ;   W a n g   S H ,   2 0 1 4 ,   J   V I S   C O M M U N   I M A G E   R ,   V 2 5 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j v c i r . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 5 ;   Y a k o u m a k i s   E ,   2 0 1 5 ,   R A D I A T   P R O T   D O S I M ,   V 1 6 5 ,   P 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / r p d / n c v 0 9 8 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 0 ,   P R O G   E L E C T R O M A G N   R E S ,   V 1 0 9 ,   P 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 2 5 2 8 / P I E R 1 0 0 9 0 1 0 5 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 1 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 5 4 2 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   P E E R J ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 7 7 1 7 / p e e r j . 1 2 5 1 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 4 ,   J   F O O D   E N G ,   V 1 4 3 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f o o d e n g . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 1 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 4 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 6 4 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 5 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 2 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 2 ,   P 1 2 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 2 0 9 1 2 4 8 9 ;   Z o l b a n i n   H M ,   2 0 1 5 ,   D E C I S   S U P P O R T   S Y S T ,   V 7 4 ,   P 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s s . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 3 ;   Z o l f a g h a r i   Z ,   2 0 1 5 ,   S O I L   U S E   M A N A G E ,   V 3 1 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / s u m . 1 2 1 6 7 ;   Z o z u l y a   O ,   2 0 1 5 ,   C O L L O I D   S U R F A C E   A ,   V 4 8 3 ,   P 2 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o l s u r f a . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 3 9 	 5 7 	 1 	 1 	 1 	 1 	 I O S   P R E S S 	 A M S T E R D A M 	 N I E U W E   H E M W E G   6 B ,   1 0 1 3   B G   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 1 6 9 - 2 9 6 8 	 1 8 7 5 - 8 6 8 1 	 	 F U N D   I N F O R M 	 F u n d a m .   I n f o r m . 	 	 2 0 1 7 	 1 5 1 	 1 - 4 	 	 	 	 	 1 9 1 	 2 1 1 	 	 1 0 . 3 2 3 3 / F I - 2 0 1 7 - 1 4 8 7 	 	 2 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   S o f t w a r e   E n g i n e e r i n g ;   M a t h e m a t i c s ,   A p p l i e d 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c s 	 E R 1 V Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 5 8 3 5 0 0 0 1 2 	 	 
 
 J 	 W a n g ,   S H ;   L i ,   P ;   C h e n ,   P ;   P h i l l i p s ,   P ;   L i u ,   G ;   D u ,   S D ;   Z h a n g ,   Y D 	 	 	 	 W a n g ,   S h u i h u a ;   L i ,   P e n g ;   C h e n ,   P e n g ;   P h i l l i p s ,   P r e e t h a ;   L i u ,   G e ;   D u ,   S i d a n ;   Z h a n g ,   Y u d o n g 	 	 	 P a t h o l o g i c a l   B r a i n   D e t e c t i o n   v i a   W a v e l e t   P a c k e t   T s a l l i s   E n t r o p y   a n d   R e a l - C o d e d   B i o g e o g r a p h y - b a s e d   O p t i m i z a t i o n 	 F U N D A M E N T A   I N F O R M A T I C A E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 p a t h o l o g i c a l   b r a i n   d e t e c t i o n ;   f e e d - f o r w a r d   n e u r a l   n e t w o r k ;   w a v e l e t   p a c k e t   T s a l l i s   e n t r o p y ;   r e a l - c o d e d   b i o g e o g r a p h y - b a s e d   o p t i m i z a t i o n 	 A R T I F I C I A L   N E U R A L - N E T W O R K S ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   O P T I M A L   P O W E R - F L O W ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   M R I ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   I M A G E S ;   S E G M E N T A T I O N ;   S Y S T E M ;   A L G O R I T H M S 	 ( A i m )   I n   o r d e r   t o   d e t e c t   p a t h o l o g i c a l   b r a i n s   i n   a   m o r e   e f f i c i e n t   w a y ,   ( M e t h o d )   w e   p r o p o s e d   a   n o v e l   s y s t e m   o f   p a t h o l o g i c a l   b r a i n   d e t e c t i o n   ( P B D )   t h a t   c o m b i n e d   w a v e l e t   p a c k e t   T s a l l i s   e n t r o p y   ( W P T E ) ,   f e e d f o r w a r d   n e u r a l   n e t w o r k   ( F N N ) ,   a n d   r e a l - c o d e d   b i o g e o g r a p h y - b a s e d   o p t i m i z a t i o n   ( R C B B O ) .   ( R e s u l t s )   T h e   e x p e r i m e n t s   s h o w e d   t h e   p r o p o s e d   W P T E   +   F N N   +   R C B B O   a p p r o a c h   y i e l d e d   a n   a v e r a g e   a c c u r a c y   o f  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 U n i v ,   C o l l   P h y s   &   S u r g ,   D e p t   P s y c h i a t ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 3 2   U S A ;   [ W a n g ,   S h u i h u a ]   N a n j i n g   N o r m a l   U n i v ,   S c h   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   N a n j i n g   2 1 0 0 2 3 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   Y D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a n j i n g   U n i v ,   S c h   E l e c t   S c i   &   E n g n ,   N a n j i n g   2 1 0 0 4 6 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 c o f f 1 2 8 @ n j u . e d u . c n ;   z h a n g y u d o n g @ n j n u . e d u . c n 	 Z h a n g ,   Y u d o n g / I - 7 6 3 3 - 2 0 1 3 ;   W a n g ,   s h u i h u a / G - 7 3 2 6 - 2 0 1 6 	 Z h a n g ,   Y u d o n g / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 4 8 7 0 - 1 4 9 3 ;   	 N S F C   [ 6 1 2 7 1 2 3 1 ,   5 1 4 0 7 0 9 5 ,   6 1 5 0 3 1 8 8 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   [ B K 2 0 1 5 0 9 8 2 ,   B K 2 0 1 5 0 9 8 3 ] ;   P r i o r i t y   A c a d e m i c   P r o g r a m   D e v e l o p m e n t   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s   ( P A P D ) ;   J i a n g s u   K e y   L a b o r a t o r y   o f   3 D   P r i n t i n g   E q u i p m e n t   a n d   M a n u f a c t u r i n g   [ B M 2 0 1 3 0 0 6 ] ;   K e y   S u p p o r t i n g   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o g r a m   ( I n d u s t r y )   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   [ B E 2 0 1 2 2 0 1 ,   B E 2 0 1 3 0 1 2 - 2 ,   B E 2 0 1 4 0 0 9 - 3 ] ;   P r o g r a m   o f   N a t u r a l   S c i e n c e   R e s e a r c h   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s   [ 1 3 K J B 4 6 0 0 1 1 ,   1 4 K J B 4 8 0 0 0 4 ,   1 4 K J B 5 2 0 0 2 1 ,   1 5 K J B 4 7 0 0 1 0 ] ;   S p e c i a l   F u n d s   f o r   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   A c h i e v e m e n t   T r a n s f o r m a t i o n   P r o j e c t   i n   J i a n g s u   P r o v i n c e   [ B A 2 0 1 3 0 5 8 ] ;   N a n j i n g   N o r m a l   U n i v e r s i t y   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   f o r   T a l e n t e d   S c h o l a r s   [ 2 0 1 3 1 1 9 X G Q 0 0 6 1 ,   2 0 1 4 1 1 9 X G Q 0 0 8 0 ] ;   O p e n   F u n d   o f   G u a n g x i   K e y   L a b o r a t o r y   o f   M a n u f a c t u r i n g   S y s t e m   A M P ;   A d v a n c e d   M a n u f a c t u r i n g   T e c h n o l o g y   [ 1 5 - 1 4 0 - 3 0 - 0 0 8 K ] 	 T h i s   p a p e r   w a s   s u p p o r t e d   b y   N S F C   ( 6 1 2 7 1 2 3 1 ,   5 1 4 0 7 0 9 5 ,   6 1 5 0 3 1 8 8 ) ,   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   ( B K 2 0 1 5 0 9 8 2 ,   B K 2 0 1 5 0 9 8 3 ) ,   P r i o r i t y   A c a d e m i c   P r o g r a m   D e v e l o p m e n t   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s   ( P A P D ) ,   J i a n g s u   K e y   L a b o r a t o r y   o f   3 D   P r i n t i n g   E q u i p m e n t   a n d   M a n u f a c t u r i n g   ( B M 2 0 1 3 0 0 6 ) ,   K e y   S u p p o r t i n g   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o g r a m   ( I n d u s t r y )   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   ( B E 2 0 1 2 2 0 1 ,   B E 2 0 1 3 0 1 2 - 2 ,   B E 2 0 1 4 0 0 9 - 3 ) ,   P r o g r a m   o f   N a t u r a l   S c i e n c e   R e s e a r c h   o f   J i a n g s u   H i g h e r   E d u c a t i o n   I n s t i t u t i o n s   ( 1 3 K J B 4 6 0 0 1 1 ,   1 4 K J B 4 8 0 0 0 4 ,   1 4 K J B 5 2 0 0 2 1 ,   1 5 K J B 4 7 0 0 1 0 ) ,   S p e c i a l   F u n d s   f o r   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   A c h i e v e m e n t   T r a n s f o r m a t i o n   P r o j e c t   i n   J i a n g s u   P r o v i n c e   ( B A 2 0 1 3 0 5 8 ) ,   N a n j i n g   N o r m a l   U n i v e r s i t y   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   f o r   T a l e n t e d   S c h o l a r s   ( 2 0 1 3 1 1 9 X G Q 0 0 6 1 ,   2 0 1 4 1 1 9 X G Q 0 0 8 0 ) ,   O p e n   F u n d   o f   G u a n g x i   K e y   L a b o r a t o r y   o f   M a n u f a c t u r i n g   S y s t e m   &   A d v a n c e d   M a n u f a c t u r i n g   T e c h n o l o g y   ( 1 5 - 1 4 0 - 3 0 - 0 0 8 K ) . 	 A m a r a l - S i l v a   H ,   2 0 1 4 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 6 ,   P 1 6 3 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 6 0 3 1 6 3 2 ;   B e l h u m e u r   P N ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 9 ,   P 7 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 5 9 8 2 2 8 ;   B h a n d a r i   A K ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 8 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 2 5 ;   C a b e l l a   B C T ,   2 0 0 9 ,   P H Y S I C A   A ,   V 3 8 8 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y s a . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 2 9 ;   C h a n d w a n i   V ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 4 8 ;   C h a t t e r j e e   A ,   2 0 1 2 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 2 5 ,   P 1 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 7 ;   C h e n   Y ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 5 ,   P 9 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 5 . 2 4 9 6 2 7 9 ;   D a s   S ,   2 0 1 3 ,   P R O G   E L E C T R O M A G N   R E S ,   V 1 3 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 2 5 2 8 / P I E R 1 3 0 1 0 1 0 5 ;   d e   O l i v e i r a   E M ,   2 0 1 6 ,   J   F O O D   E N G ,   V 1 7 1 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f o o d e n g . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 9 ;   D e C o s t   B L ,   2 0 1 5 ,   C O M P   M A T E R   S C I ,   V 1 1 0 ,   P 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m m a t s c i . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 1 1 ;   E l - D a h s h a n   E S A ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 5 5 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 2 1 ;   E l - D a h s h a n   E S A ,   2 0 1 0 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 0 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 2 ;   G a r g   H ,   2 0 1 5 ,   S W A R M   E V O L   C O M P U T ,   V 2 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s w e v o . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 0 1 ;   G o k m e n   G ,   2 0 1 4 ,   J   V I B R O E N G ,   V 1 6 ,   P 1 4 3 4 ;   G o n g   W Y ,   2 0 1 0 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 2 1 6 ,   P 2 7 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 1 0 . 0 3 . 1 2 3 ;   G o u d o s   S K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   N E T W ,   V 9 1 ,   P 5 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m n e t . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 3 7 ;   K a r i m   S A A ,   2 0 1 5 ,   A I P   C O N F   P R O C ,   V 1 6 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 9 1 5 7 3 7 ;   K h a d e r   M ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 5 ,   P 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 1 . 2 1 5 9 8 0 6 ;   K i m   S S ,   2 0 1 5 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 6 ,   P 2 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 5 - 1 8 5 6 - 5 ;   K u m a r   A R ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   E L E C   P O W E R ,   V 7 3 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j e p e s . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 1 ;   K u m a r   A R ,   2 0 1 5 ,   J   E L E C T R   E N G   T E C H N O L ,   V 1 0 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 5 3 7 0 / J E E T . 2 0 1 5 . 1 0 . 1 . 0 5 6 ;   L i u   S L ,   2 0 1 5 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 1 1 6 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 3 6 ;   M a r t i n s   E B L ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 0 0 0 9 ;   M a   H P ,   2 0 1 5 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 4 4 ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 0 9 ;   M a   J . ,   2 0 1 6 ,   F O O D   S C I   N U T R ,   V 5 6 ,   P 1 1 3 ;   M a n o o c h e h r i   M ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   A D V   M A N U F   T E C H ,   V 7 3 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 7 0 - 0 1 4 - 5 7 8 8 - 5 ;   M i n a m i m o t o   R ,   2 0 1 5 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 6 ,   P 1 8 6 2 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 5 . 1 6 2 6 1 0 ;   M o m e n i   E ,   2 0 1 5 ,   M E A S U R E M E N T ,   V 6 0 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e a s u r e m e n t . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 7 5 ;   N a y a k   A S ,   2 0 1 6 ,   P H Y S I C A   A ,   V 4 4 3 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y s a . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 8 6 ;   P u r u s h o t h a m   S ,   2 0 1 2 ,   C O M M   C O M   I N F   S C ,   V 2 7 0 ,   P 6 8 0 ;   S a r i t h a   M ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 4 ,   P 2 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 7 ;   S i m o n   D ,   2 0 1 1 ,   E V O L   C O M P U T ,   V 1 9 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / E V C O _ a _ 0 0 0 1 8 ;   S i n g h   V P ,   2 0 1 5 ,   P H Y S I C A   A ,   V 4 2 1 ,   P 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y s a . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 4 4 ;   S t u r z b e c h e r   M J ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 1 / 0 1 1 ;   S u m a   M N ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   W A V E L E T S   M U L T I ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 6 9 1 3 1 4 5 0 0 3 4 9 ;   T s a l l i s   C ,   2 0 0 9 ,   E U R   P H Y S   J   A ,   V 4 0 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 0 / e p j a / i 2 0 0 9 - 1 0 7 9 9 - 0 ;   V e n k a t e s a n   A S ,   2 0 1 4 ,   N E U R O Q U A N T O L O G Y ,   V 1 2 ,   P 2 2 1 ;   W a n g   S H ,   2 0 1 5 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 7 ,   P 6 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 7 1 0 6 6 6 3 ;   W a n g   S H ,   2 0 1 5 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 7 ,   P 5 7 1 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 7 0 8 5 7 1 1 ;   W a n g   S H ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   I M A G   S Y S T   T E C H ,   V 2 5 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i m a . 2 2 1 3 2 ;   W i b m e r   A ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 2 8 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 3 7 0 1 - 8 ;   Y o s e f   M ,   2 0 1 5 ,   E L E C T R   P O W   S Y S T   R E S ,   V 1 2 8 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e p s r . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 2 2 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 2 ,   P R O G   E L E C T R O M A G N   R E S ,   V 1 3 0 ,   P 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 2 5 2 8 / P I E R 1 2 0 6 1 4 1 0 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 1 ,   P R O G   E L E C T R O M A G N   R E S ,   V 1 1 6 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 2 5 2 8 / P I E R 1 1 0 3 1 7 0 9 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 1 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 5 4 2 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   B I O - M E D   M A T E R   E N G ,   V 2 6 ,   p S 1 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / B M E - 1 5 1 4 2 6 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 3 2 2 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 1 7 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 7 ,   P 1 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 7 0 4 1 7 9 5 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   I E E J   T   E L E C T R   E L E C T R ,   V 1 0 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / t e e . 2 2 0 5 9 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 4 ,   P R O G   E L E C T R O M A G N   R E S ,   V 1 4 4 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 2 5 2 8 / P I E R 1 3 1 2 1 3 1 0 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 1 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 3 ,   P 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 3 0 4 0 8 4 1 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 1 0 0 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 2 	 5 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 I O S   P R E S S 	 A M S T E R D A M 	 N I E U W E   H E M W E G   6 B ,   1 0 1 3   B G   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 1 6 9 - 2 9 6 8 	 1 8 7 5 - 8 6 8 1 	 	 F U N D   I N F O R M 	 F u n d a m .   I n f o r m . 	 	 2 0 1 7 	 1 5 1 	 1 - 4 	 	 	 	 	 2 7 5 	 2 9 1 	 	 1 0 . 3 2 3 3 / F I - 2 0 1 7 - 1 4 9 2 	 	 1 7 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   S o f t w a r e   E n g i n e e r i n g ;   M a t h e m a t i c s ,   A p p l i e d 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c s 	 E R 1 V Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 5 8 3 5 0 0 0 1 7 	 	 
 
 J 	 D e   C e c c o ,   L ;   G i a n n o c c a r o ,   M ;   M a r c h e s i ,   E ;   B o s s i ,   P ;   F a v a l e s ,   F ;   L o c a t i ,   L D ;   L i c i t r a ,   L ;   P i l o t t i ,   S ;   C a n e v a r i ,   S 	 	 	 	 D e   C e c c o ,   L o r i s ;   G i a n n o c c a r o ,   M a r c o ;   M a r c h e s i ,   E d o a r d o ;   B o s s i ,   P a o l o ;   F a v a l e s ,   F e d e r i c a ;   L o c a t i ,   L a u r a   D . ;   L i c i t r a ,   L i s a ;   P i l o t t i ,   S i l v a n a ;   C a n e v a r i ,   S i l v a n a 	 	 	 I n t e g r a t i v e   m i R N A - G e n e   E x p r e s s i o n   A n a l y s i s   E n a b l e s   R e f i n e m e n t   o f   A s s o c i a t e d   B i o l o g y   a n d   P r e d i c t i o n   o f   R e s p o n s e   t o   C e t u x i m a b   i n   H e a d   a n d   N e c k   S q u a m o u s   C e l l   C a n c e r 	 G E N E S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 m i R N A ;   m i c r o a r r a y ;   h e a d   a n d   n e c k   s q u a m o u s   c e l l   c a r c i n o m a s   ( H N S C C ) ;   c e t u x i m a b ;   d r u g   s e n s i t i v i t y 	 R - P A C K A G E ;   C A R C I N O M A ;   M E T A A N A L Y S I S ;   D I S C O V E R Y ;   R E C U R R E N T ;   S U B T Y P E S ;   U N C O V E R 	 T h i s   p a p e r   d o c u m e n t s   t h e   p r o c e s s   b y   w h i c h   w e ,   t h r o u g h   g e n e   a n d   m i R N A   e x p r e s s i o n   p r o f i l i n g   o f   t h e   s a m e   s a m p l e s   o f   h e a d   a n d   n e c k   s q u a m o u s   c e l l   c a r c i n o m a s   ( H N S C C )   a n d   a n   i n t e g r a t i v e   m i R N A - m R N A   e x p r e s s i o n   a n a l y s i s ,   w e r e   a b l e   t o   i d e n t i f y   c a n d i d a t e   b i o m a r k e r s   o f   p r o g r e s s i o n - f r e e   s u r v i v a l   ( P F S )   i n   p a t i e n t s   t r e a t e d   w i t h   c e t u x i m a b - b a s e d   a p p r o a c h e s .   T h r o u g h   s p a r s e  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 H e a d   &   N e c k   M e d   O n c o l   U n i t ,   I - 2 0 1 3 3   M i l a n ,   I t a l y ;   [ P i l o t t i ,   S i l v a n a ]   F d n   I R C C S   I s t   N a z l   T u m o r i ,   L a b   E x p t   M o l   P a t h o l ,   D e p t   D i a g n o s t   P a t h o l   &   L a b ,   I - 2 0 1 3 3   M i l a n ,   I t a l y 	 D e   C e c c o ,   L ;   C a n e v a r i ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F d n   I R C C S   I s t   N a z l   T u m o r i ,   F u n c t   G e n o m   &   B i o i n f o r m a t ,   D e p t   E x p t   O n c o l   &   M o l   M e d ,   I - 2 0 1 3 3   M i l a n ,   I t a l y . 	 l o r i s . d e c e c c o @ i s t i t u t o t u m o r i . m i . i t ;   m a r c o . g i a n n o c c a r o @ i s t i t u t o t u m o r i . m i . i t ;   e d o a r d o . m a r c h e s i @ i s t i t u t o t u m o r i . m i . i t ;   p a o l o . b o s s i @ i s t i t u t o t u m o r i . m i . i t ;   f e d e r i c a . f a v a l e s @ i s t i t u t o t u m o r i . m i . i t ;   l a u r a . l o c a t i @ i s t i t u t o t u m o r i . m i . i t ;   l i s a . l i c i t r a @ i s t i t u t o t u m o r i . m i . i t ;   s i l v a n a . p i l o t t i @ i s t i t u t o t u m o r i . m i . i t ;   s i l v a n a . c a n e v a r i @ i s t i t u t o t u m o r i . m i . i t 	 	 	 A s s o c i a z i o n e   I t a l i a n a   R i c e r c a   C a n c r o   ( A I R C )   [ I G   1 4 7 5 0 ,   I G   1 8 5 1 9 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   A s s o c i a z i o n e   I t a l i a n a   R i c e r c a   C a n c r o   ( A I R C   I G   1 4 7 5 0   t o   S C   a n d   I G   1 8 5 1 9   t o   L D C ) .   T h e   a u t h o r s   t h a n k   M a r c o   S i a n o   ( C a n t o n a l   H o s p i t a l   S t   G a l l e n ,   D e p a r t m e n t   o f   I n t e r n a l   M e d i c i n e ,   C l i n i c   f o r   M e d i c a l   O n c o l o g y ,   S t   G a l l e n ,   S w i t z e r l a n d ) ,   W o l f r a m   J o c h u m   ( I n s t i t u t e   o f   P a t h o l o g y ,   K a n t o n s s p i t a l   S t   G a l l e n ,   S t   G a l l e n ,   S w i t z e r l a n d ) ,   M a r i a   C o s s u   R o c c a   ( D i v i s i o n   o f   M e d i c a l   O n c o l o g y ,   E u r o p e a n   I n s t i t u t e   o f   O n c o l o g y ,   M i l a n ,   I t a l y ) ,   A n d r e a   P .   S p o n g h i n i   ( S C   o f   O n c o l o g y ,   A O U   M a g g i o r e   d e l l a   C a r i t a ,   N o v a r a ,   I t a l y ) ,   a n d   F e d e r i c a   P e r r o n e   ( D e p a r t m e n t   o f   D i a g n o s t i c   P a t h o l o g y   a n d   L a b o r a t o r y ,   F o n d a z i o n e   I R C C S   I s t i t u t o   N a z i o n a l e   d e i   T u m o r i ,   M i l a n ,   I t a l y )   f o r   h e l p   i n   c a s e   m a t e r i a l   c o l l e c t i o n   a n d   p a t h o l o g i c a l   r e v i e w . 	 A r g i r i s   A ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R ,   V 1 0 1 ,   P 2 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 0 6 4 0 ;   B a g n o l i   M ,   2 0 1 6 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 7 ,   P 1 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 6 ) 3 0 1 0 8 - 5 ;   B E N J A M I N I   Y ,   1 9 9 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 7 ,   P 2 8 9 ;   B e r s a n e l l i   M . ,   2 0 1 6 ,   B M C   B I O I N F O R M ,   V 1 7 ;   B e t e l   D ,   2 0 0 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   p D 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 9 9 5 ;   B i s o g n i n   A . ,   2 0 1 2 ,   N U C L   A C I D S   R E S ;   B o s s i   P ,   2 0 1 6 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 2 ,   P 3 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 5 - 2 5 4 7 ;   B r o o k s   D .   L . ,   2 0 1 6 ,   M O L   C A N C ;   B r o w n   D ,   2 0 0 0 ,   O T O L A R Y N G   H E A D   N E C K ,   V 1 2 2 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 9 4 - 5 9 9 8 ( 0 0 ) 7 0 1 4 8 - 3 ;   C a n c e r   G e n o m e   A t l a s   N e t w o r k ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 7 ,   P 5 7 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N A T U R E 1 4 1 2 9 ;   C h o u   C H ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   p D 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 2 5 8 ;   C u n   Y . ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ;   C u n   Y P ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 1 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 0 2 5 ;   D e   C e c c o   L ,   2 0 1 4 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 1 6 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d u 1 7 3 ;   D e   C e c c o   L ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 4 7 0 6 ;   D e   C e c c o   L ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 9 6 2 7 ;   D e n g   W . ,   2 0 1 6 ,   J   T R A N S L   M E D ;   F e r r i s   R L ,   2 0 1 6 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 5 ,   P 1 8 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 6 0 2 2 5 2 ;   F u n g   C ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   O P I N   E M E R G   D R ,   V 1 5 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 4 7 2 8 2 1 4 . 2 0 1 0 . 4 9 7 7 5 4 ;   G o m e z - C a b r e r o   D . ,   2 0 1 4 ,   B M C   S Y S T   B I O L ;   G o n z a l e z   I . ,   2 0 0 8 ,   J   S T A T   S O F T W A R E ;   G o n z a l e z   I . ,   2 0 1 2 ,   B I O D A T A   M I N ;   G r i m s o n   A ,   2 0 0 7 ,   M O L   C E L L ,   V 2 7 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 1 7 ;   H o t e l l i n g   H ,   1 9 3 6 ,   B I O M E T R I K A ,   V 2 8 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 2 8 . 3 - 4 . 3 2 1 ;   K e c k   M K ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 8 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 2 4 8 1 ;   L e   C a o   K A ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 5 1 5 ;   L e   C a o   K .   A . ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M ;   L e   C a o   K A ,   2 0 1 1 ,   J   S O C   F R A N C A I S E   S T A T ,   V 1 5 2 ,   P 7 7 ;   L o p e z - R o m e r o   P . ,   2 0 1 1 ,   B M C   G E N O M I C S ;   M a r a g k a k i s   M . ,   2 0 0 9 ,   B M C   B I O I N F O R M ;   E s t a l   R M ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 4 2 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 3 - 2 7 2 3 - 7 ;   N a n d a   R ,   2 0 1 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 4 ,   P 2 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 5 . 6 4 . 8 9 3 1 ;   P a r k h o m e n k o   E . ,   2 0 0 9 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O L ,   V 8 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 2 0 2 / 1 5 4 4 - 6 1 1 5 . 1 4 0 6 ;   P i g n o n   J P ,   2 0 0 9 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 2 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 9 . 0 4 . 0 1 4 ;   R i t c h i e   M D ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 8 6 8 ;   S h a n n o n   P ,   2 0 0 3 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 4 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 2 3 9 3 0 3 ;   S u b r a m a n i a n   A ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 5 8 0 1 0 2 ;   W e n c k e   W ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 2 9 1 2 ;   Y o o n   H ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 1 6 ,   P 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 2 4 	 3 9 	 0 	 0 	 1 	 1 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 0 7 3 - 4 4 2 5 	 	 	 G E N E S - B A S E L 	 G e n e s 	 J A N 	 2 0 1 7 	 8 	 1 	 	 	 	 	 	 	 3 5 	 1 0 . 3 3 9 0 / g e n e s 8 0 1 0 0 3 5 	 	 1 5 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E R 8 G Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 0 5 7 1 0 0 0 3 3 	 	 
 
 S 	 G a f a r ,   M G 	 	 H a s s a n i e n ,   A E ;   S h a a l a n ,   K ;   G a b e r ,   T ;   A z a r ,   A T ;   T o l b a ,   M F 	 	 G a f a r ,   M o n a   G a m a l 	 	 	 M e d i c a l   D i a g n o s t i c   S y s t e m   B a s i n g   F u z z y   R o u g h   N e u r a l - C o m p u t i n g   f o r   B r e a s t   C a n c e r 	 P R O C E E D I N G S   O F   T H E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   A D V A N C E D   I N T E L L I G E N T   S Y S T E M S   A N D   I N F O R M A T I C S   2 0 1 6 	 A d v a n c e s   i n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   C o m p u t i n g 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 2 n d   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   A d v a n c e d   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   I n f o r m a t i c s   ( A I S I ) 	 O C T   2 4 - 2 6 ,   2 0 1 6 	 C a i r o ,   E G Y P T 	 S c i   R e s   G r p   E g y p t ,   I E E E   C o m p u t a t   I n t e l l i g e n c e   S o c ,   E g y p t   C h a p t e r ,   I E E E   R o b o t   &   A u t o m a t   S o c ,   E g y p t   C h a p t e r 	 	 D a t a   m i n i n g ;   U n c e r t a i n   k n o w l e d g e ;   B i o i n f o r m a t i c s ;   R N N ;   F R F S 	 N E T W O R K ;   S E T S 	 M e d i c a l   d i a g n o s t i c   s y s t e m   i s   a   b r a n c h   i n   b i o i n f o r m a t i c s   t h a t   i s   c o n c e r n e d   w i t h   c l a s s i f y i n g   m e d i c a l   r e c o r d s .   B r e a s t   c a n c e r   i s   t h e   m o s t   c o m m o n   d e p l o y e d   c a n c e r   i n   f e m a l e s   w o r l d w i d e .   T h e   m a i n   o b s t a c l e   i s   t h e   v a g u e n e s s   a n d   a m b i g u i t y   i n v o l v i n g   t h e   b r e a s t   c a n c e r   d a t a .   H u m a n   n a t u r e   h a n d l e s   t h e   v a g u e n e s s   a n d   a m b i g u i t y   e a s i l y .   T h e r e f o r e ,   d o c t o r s   d i a g n o s e   t h e   p a t i e n t   c o n d i t i o n   u s i n g   t h e i r   e x p e r t i s e .   F u z z i n e s s   a n d   r o u g h   b o u n d a r y   t h e o r i e s   s i m u l a t e   t h e   h u m a n   t h i n k i n g .   T h e   f u z z y   r o u g h   h y b r i d s   a d d r e s s   t h e   u n c e r t a i n t y   i n   t e r m s   o f   m e m b e r s h i p   d e g r e e   o f   t r u t h   a n d   l o w e r   a n d   u p p e r   b o u n d a r i e s   o f   f u z z y   r o u g h   s e t   t h e o r y .   T h i s   r e s e a r c h   s o l v e s   t h e   d i a g n o s t i c   b r e a s t   c a n c e r   p r o b l e m s   v i a   a   p r o p o s e d   h y b r i d   m o d e l   o f   f u z z y   r o u g h   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a n d   r o u g h   n e u r a l   n e t w o r k s .   T h e   m e d i c a l   d a t a   i s   p r e p r o c e s s e d   b y   t h e   f u z z y   r o u g h   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a l g o r i t h m   t o   r e m o v e   u n n e c e s s a r y  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 r e s u l t s   p r o v e d   t h e   f u z z y   r o u g h   m o d e l   a b i l i t y   t o   c l a s s i f y   n e w   i n s t a n c e s   c o m p a r e d   w i t h   t h e   c o n v e n t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k . 	 [ G a f a r ,   M o n a   G a m a l ]   K F S   U n i v ,   D e p t   I n f o r m a t   S y s t ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t ,   K a f r   A l   S h e i k h ,   E g y p t 	 G a f a r ,   M G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K F S   U n i v ,   D e p t   I n f o r m a t   S y s t ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t ,   K a f r   A l   S h e i k h ,   E g y p t . 	 M o n a _ g a f a r @ f c i . k f s . e d u . e g 	 	 	 	 	 A z a r   A T ,   2 0 1 3 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 3 ,   P 1 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 2 - 1 1 3 4 - 8 ;   B a l a n i c a   V ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   C O M M U N ,   V 8 ,   P 3 5 4 ;   B a u m   E .   B . ,   1 9 8 9 ,   N e u r a l   C o m p u t a t i o n ,   V 1 ,   P 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 1 9 8 9 . 1 . 1 . 1 5 1 ;   D E C H T E R   R ,   1 9 8 5 ,   J   A C M ,   V 3 2 ,   P 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 3 8 2 8 . 3 8 3 0 ;   D e v l i n   G . ,   2 0 1 0 ,   D E C I S I O N   S U P P O R T   S Y S ;   D h e e b a   J ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 9 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 0 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a s s a n i e n   A .   E . ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   H Y B R I D   I N T E L L I ,   V 3 ,   P 2 0 5 ;   J a c k s o n   P .   C . ,   1 9 8 5 ,   I N T R O   A R T I F I C I A L   I N T ;   J a n g h e l   R .   R . ,   2 0 1 0 ,   3   I N T   C   I N F   S C I   I N T ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I C I S . 2 0 1 0 . 5 5 3 4 7 1 6 ;   J e n s e n   R ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 1 7 ,   P 8 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T F U Z Z . 2 0 0 8 . 9 2 4 2 0 9 ;   K a r a b a t a k   M ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 6 4 ;   L i n g r a s   P .   J . ,   1 9 9 6 ,   P   6   I N T   C   I N F   P R O C   M ,   P 1 4 4 5 ;   P a l   S .   K . ,   2 0 0 2 ,   R O U G H   N E U R O C O M P U T I N G ;   P A W L A K   Z ,   1 9 9 5 ,   C O M M U N   A C M ,   V 3 8 ,   P 8 9 ;   P A W L A K   Z ,   1 9 8 2 ,   I N T   J   C O M P U T   I N F   S C I ,   V 1 1 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 0 0 1 9 5 6 ;   P a w l a k   Z . ,   1 9 9 1 ,   R O U G H   S E T S   T H E O R E T I C ;   P e t e r s   J F ,   2 0 0 1 ,   C O M P U T   I N T E L L - U S ,   V 1 7 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 0 8 2 4 - 7 9 3 5 . 0 0 1 6 0 ;   P e t e r s   J .   F . ,   2 0 0 0 ,   R O U G H   S E T S   C U R R E N T   T ,   P 6 1 1 ;   R u s s e l l   S .   J . ,   2 0 0 3 ,   A R T I F   I N T E L L ,   P 1 1 1 ;   S a l e h   A .   A . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   A P P L ,   V 6 4 ,   P 4 3 ;   S m o l i n s k i   G . ,   2 0 1 1 ,   S T U D I E S   C O M P U T A T I O N A ;   S u z u k i   K ,   2 0 1 1 ,   A R T I F I C I A L   N E U R A L   N E T W O R K S   -   M E T H O D O L O G I C A L   A D V A N C E S   A N D   B I O M E D I C A L   A P P L I C A T I O N S ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 5 7 7 2 / 6 4 4 	 2 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P R I N G E R   I N T   P U B L I S H I N G   A G 	 C H A M 	 G E W E R B E S T R A S S E   1 1 ,   C H A M ,   C H - 6 3 3 0 ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 1 9 4 - 5 3 5 7 	 	 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 8 3 0 8 - 5 ;   9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 8 3 0 7 - 8 	 A D V   I N T E L L   S Y S T 	 	 	 2 0 1 7 	 5 3 3 	 	 	 	 	 	 4 6 7 	 4 7 9 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 8 3 0 8 - 5 _ 4 5 	 	 1 3 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 B H 2 A T 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 2 4 0 0 0 0 4 5 	 	 
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 T e c h n o l ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t ,   M a n s o u r a ,   E g y p t ;   [ E l - A w a d y ,   R a s h e e d   M . ]   M a n s o u r a   U n i v ,   F a c   E n g n   E l e c t   &   C o m m u n ,   M a n s o u r a ,   E g y p t 	 H e l a l ,   M E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a n s o u r a   U n i v ,   D e p t   I n f o r m a t   S y s t ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t ,   M a n s o u r a ,   E g y p t . ;   E l m o g y ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a n s o u r a   U n i v ,   D e p t   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t ,   M a n s o u r a ,   E g y p t . 	 m e h e l a l 8 4 @ g m a i l . c o m ;   m e l m o g y @ m a n s . e d u . e g ;   a c t t _ e g y p t @ y a h o o . c o m 	 	 E l m o g y ,   M o h a m m e d / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 2 5 0 4 - 6 0 5 1 	 	 	 B a d r i a   F .   A . ,   2 0 1 3 ,   2 3   I N T   C   C O M P   T H E O R ;   B a d r i a   F .   A . ,   2 0 1 4 ,   2   I N T   C   E N G   T E C H N   I C ;   B a d r i a   F A ,   2 0 1 4 ,   C O M M   C O M   I N F   S C ,   V 4 8 8 ,   P 3 8 9 ;   D e h z a n g i   A . ,   2 0 1 0 ,   A U S T   J   I N T E L L   I N F   P R ,   V 2 6 ,   P 3 2 ;   D u r a i r a j   M . ,   2 0 1 3 ,   I S R O S E T   I N T   J   S C I   R E ,   V 1 ,   P 1 ;   E l s a y a d   A M ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   B I O I N F O R M   M E D ,   V 1 0 ,   P 1 3 ;   H e l m y   T . ,   2 0 1 2 ,   A D A P T I V E   E N S E M B L E   H Y ,   V 3 ;   H o t a   H .   S . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   I N N O V   T E C H   E X P ,   V 3 ,   P 9 9 ;   H o t a   H S ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   E M E R G   S C I   E N G ,   V 1 ,   P 4 5 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   L a v a n y a   D . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C O M P U T   A P P ,   V 5 1 ,   P 1 9 ;   P u j a r i   P . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   S O F T   C O M P U T I N G ,   V 2 ,   P 3 8 0 ;   R o y   S . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   S O F T W   W E B   S C I ,   V 4 ,   P 2 0 ;   S r i m a n i   P K ,   2 0 1 3 ,   J   A D V   C O M P U T ,   V 1 ,   P 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 7 7 2 6 / J A C . 2 0 1 3 . 1 0 0 2 ;   S u h a n a   S .   N . ,   2 0 1 1 ,   C S A E   2 0 1 1   I E E E   I N T   C ,   P 3 4 6 ;   U b e y l i   E D ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 5 ,   P 1 7 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 6 7 ;   V e s t e r l u n d   J . ,   2 0 0 8 ,   T H E S I S 	 1 7 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P R I N G E R   I N T   P U B L I S H I N G   A G 	 C H A M 	 G E W E R B E S T R A S S E   1 1 ,   C H A M ,   C H - 6 3 3 0 ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 1 9 4 - 5 3 5 7 	 	 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 8 3 0 8 - 5 ;   9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 8 3 0 7 - 8 	 A D V   I N T E L L  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 F a o u z i ;   K a m e l ,   N i d a l ]   U n i v   T e k n o l   P E T R O N A S ,   C t r   I n t e l l i g e n t   S i g n a l s   &   I m a g i n g   R e s ,   T r o n o h ,   M a l a y s i a ;   [ G a r d e z i ,   S y e d   J a m a l   S a f d a r ;   F a y e ,   I b r a h i m a ;   A d j e d ,   F a o u z i ]   U n i v   T e k n o l   P E T R O N A S ,   D e p t   F u n d a m e n t a l   &   A p p l   S c i ,   T r o n o h ,   M a l a y s i a ;   [ K a m e l ,   N i d a l ]   U n i v   T e k n o l   P E T R O N A S ,   D e p t   E l e c t   &   E l e c t   E n g n ,   T r o n o h ,   M a l a y s i a ;   [ A d j e d ,   F a o u z i ]   U n i v   E v r y   V a l   d E s s o n n e ,   L a b   I B I S C   E A   4 5 2 6 ,   F - 9 1 0 2 0   E v r y ,   F r a n c e ;   [ E l t o u k h y ,   M o h a m e d   M e s e l h y ]   S u e z   C a n a l   U n i v ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t ,   D e p t   C o m p   S c i ,   I s m a i l i a   4 1 5 2 2 ,   E g y p t 	 F a y e ,   I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T e k n o l   P E T R O N A S ,   C t r   I n t e l l i g e n t   S i g n a l s   &   I m a g i n g   R e s ,   T r o n o h ,   M a l a y s i a . ;   F a y e ,   I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T e k n o l   P E T R O N A S ,   D e p t   F u n d a m e n t a l   &   A p p l   S c i ,   T r o n o h ,   M a l a y s i a . 	 j a m a l g a r d e z i @ g m a i l . c o m ;   i b r a h i m a _ f a y e @ p e t r o n a s . c o m . m y 	 	 	 i n t e r n a t i o n a l   g r a n t   [ 0 1 5 3 A B - E 1 3 ] 	 T h e   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   i n t e r n a t i o n a l   g r a n t   0 1 5 3 A B - E 1 3 . 	 A g r a w a l   P ,   2 0 1 4 ,   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 9 9 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s i g p r o . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 1 0 ;   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 5 ,   G L O B   C A N C   F A C T S   F I G ;   C a n d e s   E .   J . ,   2 0 0 0 ,   J   A C M ,   V 1 ,   P 1 ;   C a n d e s   E ,   2 0 0 6 ,   M U L T I S C A L E   M O D E L   S I M ,   V 5 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 0 5 0 6 4 1 8 2 X ;   C H A N   H P ,   1 9 9 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 0 ,   P 8 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 0 / 5 / 0 1 0 ;   C h r i s t o y i a n n i   I ,   2 0 0 0 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 1 7 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 9 . 8 1 4 6 4 6 ;   D e   O l i v e i r a   J .   E . ,   2 0 0 8 ,   2   I N T   C   E   M E D   S Y S T ,   P 2 9 ;   D e s e r n o   T .   M . ,   2 0 1 1 ,   2 5   S I B G R A P I ,   P 2 1 1 ;   E l t o n s y   N . ,   2 0 0 7 ,   M E D   I M A G I N G   I E E E   T ,   V 2 6 ,   P 8 8 0 ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 0 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 2 ;   E s e n e r   I I ,   2 0 1 5 ,   2 0 1 5   8 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N V E N T I O N   O N   I N F O R M A T I O N   A N D   C O M M U N I C A T I O N   T E C H N O L O G Y ,   E L E C T R O N I C S   A N D   M I C R O E L E C T R O N I C S   ( M I P R O ) ,   P 1 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M I P R O . 2 0 1 5 . 7 1 6 0 4 5 2 ;   G a r d e z i   S .   J .   S . ,   2 0 1 4 ,   5   I N T   C   G R A P H   I M   P R O ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 9 ,   P   I E E E ,   V 6 7 ,   P 7 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / P R O C . 1 9 7 9 . 1 1 3 2 8 ;   L e h m a n n   T M ,   2 0 0 4 ,   M E T H O D   I N F O R M   M E D ,   V 4 3 ,   P 3 5 4 ;   O l i v a   A ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 4 2 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 1 1 3 9 6 3 1 7 2 4 ;   O l i v e r   A . ,   2 0 0 7 ,   M E D   I M A G E   U N D E R S T A N D ,   P 2 2 3 ;   P e n h o e t   E .   E . ,   2 0 0 5 ,   S A V I N G   W O M E N S   L I V E S ;   R a n g a y y a n   R M ,   2 0 0 0 ,   M E D   B I O L   E N G   C O M P U T ,   V 3 8 ,   P 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 3 4 5 7 4 2 ;   S a m p a t   M P ,   2 0 0 5 ,   H A N D B O O K   O F   I M A G E   A N D   V I D E O   P R O C E S S I N G ,   2 N D   E D I T I O N ,   P 1 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / B 9 7 8 - 0 1 2 1 1 9 7 9 2 - 6 / 5 0 1 3 0 - 3 ;   S u c k l i n g   J ,   1 9 9 4 ,   P   I N T   W O R K S H O P   D I G   M ,   V 1 0 6 9 ,   P 3 7 5 ;   V a i d e h i   K ,   2 0 1 5 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 4 6 ,   P 1 7 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 5 . 0 2 . 1 2 8 ;   L a t e s t   w o r l d   c a n c e r   s t a t i s t i c s   G l o b a l   c a n c e r   b u r d e n   r i s e s   t o   1 4 .   1   m i l l i o n   n e w   c a s e s   i n   2 0 1 2 :   M a r k e d   i n c r e a s e   i n   b r e a s t   c a n c e r s   m u s t   b e   a d d r e s s e d ,   2 0 1 3 ,   L A T   W O R L D   C A N C   S T A T 	 2 2 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P R I N G E R   I N T   P U B L I S H I N G   A G 	 C H A M 	 G E W E R B E S T R A S S E   1 1 ,   C H A M ,   C H - 6 3 3 0 ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 1 9 4 - 5 3 5 7 	 	 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 8 3 0 8 - 5 ;   9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 8 3 0 7 - 8 	 A D V   I N T E L L   S Y S T 	 	 	 2 0 1 7 	 5 3 3 	 	 	 	 	 	 7 0 5 	 7 1 3 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 8 3 0 8 - 5 _ 6 7 	 	 9 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 B H 2 A T 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 2 4 0 0 0 0 6 7 	 	 
 
 S 	 A l k u h l a n i ,   A ;   N a s s e f ,   M ;   F a r a g ,   I 	 	 H a s s a n i e n ,   A E ;   S h a a l a n ,   K ;   G a b e r ,   T ;   A z a r ,   A T ;   T o l b a ,   M F 	 	 A l k u h l a n i ,   A l h a s a n ;   N a s s e f ,   M o h a m m a d ;   F a r a g ,   I b r a h i m 	 	 	 C o m p a r a t i v e   S t u d y   o f   F e a t u r e   S e l e c t i o n   a n d   C l a s s i f i c a t i o n   T e c h n i q u e s   f o r   H i g h - T h r o u g h p u t   D N A   M e t h y l a t i o n   D a t a 	 P R O C E E D I N G S   O F   T H E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   A D V A N C E D   I N T E L L I G E N T   S Y S T E M S   A N D   I N F O R M A T I C S   2 0 1 6 	 A d v a n c e s   i n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   C o m p u t i n g 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 2 n d   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   A d v a n c e d   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   I n f o r m a t i c s   ( A I S I ) 	 O C T   2 4 - 2 6 ,   2 0 1 6 	 C a i r o ,   E G Y P T 	 S c i   R e s   G r p   E g y p t ,   I E E E   C o m p u t a t   I n t e l l i g e n c e   S o c ,   E g y p t   C h a p t e r ,   I E E E   R o b o t   &   A u t o m a t   S o c ,   E g y p t   C h a p t e r 	 	 M i c r o a r r a y ;   D N A   M e t h y l a t i o n ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   C l a s s i f i c a t i o n ;   C r o s s - a l i d a t i o n 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   G E N E   S E L E C T I O N ;   C A N C E R   C L A S S I F I C A T I O N ;   M I C R O A R R A Y   D A T A 	 T h e   h i g h   d i m e n s i o n a l i t y   o f   d a t a   i s   a   c o m m o n   p r o b l e m   i n   c l a s s i f i c a t i o n .   I n   t h i s   w o r k ,   a   s m a l l   n u m b e r   o f   s i g n i f i c a n t   f e a t u r e s   i s   i n v e s t i g a t e d   t o   c l a s s i f y   d a t a   o f   t w o   s a m p l e   g r o u p s .   V a r i o u s   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   t e c h n i q u e s   a r e   a p p l i e d   i n   a   c o l l e c t i o n   o f   f o u r   h i g h - t h r o u g h p u t   D N A   m e t h y l a t i o n   m i c r o a r r a y   d a t a   s e t s .   U s i n g   a c c u r a c y   a s   a   p e r f o r m a n c e   m e t r i c ,   t h e   r e p e a t e d   1 0 - f o l d   c r o s s - v a l i d a t i o n   s t r a t e g y   i s   i m p l e m e n t e d   t o   e v a l u a t e   t h e   d i f f e r e n t   p r o p o s e d   t e c h n i q u e s .   C o m b i n i n g   t h e   S i g n a l   t o   N o i s e   R a t i o   ( S N R )   a n d   W i l c o x o n   r a n k - s u m   t e s t   f i l t e r   m e t h o d s   w i t h   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e - R e c u r s i v e   F e a t u r e   E l i m i n a t i o n   ( S V M - R F E )   a s   a n   e m b e d d e d   m e t h o d   h a s   r e s u l t e d   i n   a   p e r f e c t   p e r f o r m a n c e .   I n   a d d i t i o n ,   t h e   l i n e a r   c l a s s i f i e r s   s h o w e d   e x c e l l e n t   r e s u l t s   c o m p a r e d   t o   o t h e r s   c l a s s i f i e r s   w h e n   a p p l i e d   t o   s u c h   d a t a   s e t s . 	 [ A l k u h l a n i ,   A l h a s a n ;   N a s s e f ,   M o h a m m a d ;   F a r a g ,   I b r a h i m ]   C a i r o   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t ,   G i z a ,   E g y p t 	 A l k u h l a n i ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C a i r o   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t ,   G i z a ,   E g y p t . 	 a l h a s a n . a l k u h l a n i @ g m a i l . c o m ;   m . n a s s e f @ f c i - c u . e d u . e g ;   i . f a r a g @ f c i - c u . e d u . e g 	 	 	 	 	 A m i n   I I ,   2 0 1 5 ,   S T U D   B I G   D A T A ,   V 9 ,   P 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 1 0 5 6 - 1 _ 1 3 ;   B i b i k o v a   M ,   2 0 1 1 ,   G E N O M I C S ,   V 9 8 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 0 7 ;   B i b i k o v a   M ,   2 0 0 9 ,   E P I G E N O M I C S - U K ,   V 1 ,   P 1 7 7 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / e p i . 0 9 . 1 4 ,   1 0 . 2 2 1 7 / E P I . 0 9 . 1 4 ] ;   H u e r t a   E B ,   2 0 1 0 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 3 ,   P 2 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 2 4 ;   B o s e r   B .   E . ,   1 9 9 2 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   F i f t h   A n n u a l   A C M   W o r k s h o p   o n   C o m p u t a t i o n a l   L e a r n i n g   T h e o r y ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 0 3 8 5 . 1 3 0 4 0 1 ;   C a i   Z H ,   2 0 1 5 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 1 ,   P 7 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 m b 0 0 6 5 9 c ;   C h e n   Y A ,   2 0 1 3 ,   E P I G E N E T I C S - U S ,   V 8 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / e p i . 2 3 4 7 0 ;   C O V E R   T M ,   1 9 6 7 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 1 3 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 1 9 6 7 . 1 0 5 3 9 6 4 ;   D a s   P M ,   2 0 0 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 2 ,   P 4 6 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 4 . 0 7 . 1 5 1 ;   D e d e u r w a e r d e r   S ,   2 0 1 4 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 5 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b t 0 5 4 ;   G u n a v a t h i   C ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   D A T A   M I N   B I O I N ,   V 1 3 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J D M B . 2 0 1 5 . 0 7 2 0 9 2 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   K e l l e r   A .   D . ,   2 0 0 0 ,   U W C S E 2 0 0 0 0 8 0 1 ;   K u n c h e v a   L .   I . ,   2 0 0 7 ,   A R T I F   I N T E L L ,   P 4 2 1 ;   L e e   C P ,   2 0 1 1 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 1 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 1 0 ;   L i   D M ,   2 0 1 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 5 - 0 6 4 1 - x ;   L i a n g   J D ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 7 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 1 ;   L i p w o r t h   L ,   2 0 1 6 ,   B J U   I N T ,   V 1 1 7 ,   P 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b j u . 1 2 9 5 0 ;   L i u   Y ,   2 0 1 3 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 1 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 4 8 7 ;   M a   Z Y ,   2 0 1 3 ,   J   B I O I N F   C O M P U T   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 7 2 0 0 1 3 5 0 0 0 5 4 ;   M e n g   H L ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 4 5 7 ;   R o m a n s k i   P . ,   2 0 1 3 ,   F S E L E C T O R   S E L E C T I N G ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S t r o b l   C ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 2 5 ;   T e s c h e n d o r f f   A E ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 0 ,   P 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 0 3 6 0 6 . 1 0 9 ;   V a l a v a n i s   I o a n n i s ,   2 0 1 5 ,   M i c r o a r r a y s   ( B a s e l ) ,   V 4 ,   P 6 4 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m i c r o a r r a y s 4 0 4 0 6 4 7 ;   Z h a n g   Q . ,   2 0 1 5 ,   J   P R O T E O M I C S   B I O I N F O ,   V 2 0 1 5 ;   Z h o u   X ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 0 3 6 ;   Z h u a n g   J ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - 5 9 	 2 9 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P R I N G E R   I N T   P U B L I S H I N G   A G 	 C H A M 	 G E W E R B E S T R A S S E   1 1 ,   C H A M ,   C H - 6 3 3 0 ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 1 9 4 - 5 3 5 7 	 	 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 8 3 0 8 - 5 ;   9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 4 8 3 0 7 - 8 	 A D V   I N T E L L   S Y S T 	 	 	 2 0 1 7 	 5 3 3 	 	 	 	 	 	 7 9 3 	 8 0 3 	 	 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 B H 2 A T 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 7 2 4 0 0 0 0 7 6 	 	 
 
 J 	 P h a m - T h e ,   H ;   C a s a n o l a - M a r t i n ,   G ;   D i e g u e z - S a n t a n a ,   K ;   N g u y e n - H a i ,   N ;   N g o c ,   N T ;   V u - D u c ,   L ;   L e - T h i - T h u ,   H 	 	 	 	 P h a m - T h e ,   H . ;   C a s a n o l a - M a r t i n ,   G . ;   D i e g u e z - S a n t a n a ,   K . ;   N g u y e n - H a i ,   N . ;   N g o c ,   N .   T . ;   V u - D u c ,   L . ;   L e - T h i - T h u ,   H . 	 	 	 Q u a n t i t a t i v e   s t r u c t u r e - a c t i v i t y   r e l a t i o n s h i p   a n a l y s i s   a n d   v i r t u a l   s c r e e n i n g   s t u d i e s   f o r   i d e n t i f y i n g   H D A C 2   i n h i b i t o r s   f r o m   k n o w n   H D A C   b i o a c t i v e   c h e m i c a l   l i b r a r i e s 	 S A R   A N D   Q S A R   I N   E N V I R O N M E N T A L   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H i s t o n e   d e a c e t y l a s e   i n h i b i t o r ;   c h e m o i n f o r m a t i c s ;   q u a n t i t a t i v e   s t r u c t u r e - a c t i v i t y   r e l a t i o n s h i p ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   v i r t u a l   s c r e e n i n g 	 H I S T O N E   D E A C E T Y L A S E   I N H I B I T O R S ;   H Y D R O X A M I C   A C I D S ;   A N T I T U M O R   A G E N T S ;   A N T I C A N C E R   A G E N T S ;   3 - D   Q S A R ;   3 D - Q S A R ;   C A N C E R ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   D O C K I N G ;   P H A R M A C O P H O R E 	 H i s t o n e   d e a c e t y l a s e s   ( H D A C )   a r e   e m e r g i n g   a s   p r o m i s i n g   t a r g e t s   i n   c a n c e r ,   n e u r o n a l   d i s e a s e s   a n d   i m m u n e   d i s o r d e r s .   C o m p u t a t i o n a l   m o d e l l i n g   a p p r o a c h e s   h a v e   b e e n   w i d e l y   a p p l i e d   f o r   t h e   v i r t u a l   s c r e e n i n g   a n d   r a t i o n a l   d e s i g n   o f   n o v e l   H D A C   i n h i b i t o r s .   I n   t h i s   s t u d y ,   d i f f e r e n t   m a c h i n e   l e a r n i n g   ( M L )   t e c h n i q u e s   w e r e   a p p l i e d   f o r   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   m o d e l s   t h a t   a c c u r a t e l y   d i s c r i m i n a t e   H D A C 2   i n h i b i t o r s   f o r m   n o n - i n h i b i t o r s .   T h e   o b t a i n e d   m o d e l s   s h o w e d   e n c o u r a g i n g   r e s u l t s ,   w i t h   t h e   g l o b a l   a c c u r a c y   i n   t h e   e x t e r n a l   s e t   r a n g i n g   f r o m   0 . 8 3   t o   0 . 9 0 .   V a r i o u s   a s p e c t s   r e l a t e d   t o   t h e   c o m p a r i s o n   o f   m o d e l l i n g   t e c h n i q u e s ,   a p p l i c a b i l i t y   d o m a i n   a n d   d e s c r i p t o r   i n t e r p r e t a t i o n s   w e r e   d i s c u s s e d .   F i n a l l y ,   c o n s e n s u s   p r e d i c t i o n s   o f   t h e s e   m o d e l s   w e r e   u s e d   f o r   s c r e e n i n g   H D A C 2   i n h i b i t o r s   f r o m   f o u r   c h e m i c a l   l i b r a r i e s   w h o s e   b i o a c t i v i t i e s   a g a i n s t   H D A C 1 ,   H D A C 3 ,   H D A C 6   a n d   H D A C 8   h a v e   b e e n   k n o w n .   A c c o r d i n g   t o   t h e   r e s u l t s   o f   v i r t u a l   s c r e e n i n g   a s s a y s ,   s t r u c t u r e s   o f   s o m e   h i t s   w i t h   p a i r - i s o f o r m - s e l e c t i v e   a c t i v i t y   ( b e t w e e n   H D A C 2   a n d   o t h e r   H D A C s )   w e r e   r e v e a l e d .   T h i s   s t u d y   i l l u s t r a t e s   t h e   p o w e r   o f   M L - b a s e d   Q S A R   a p p r o a c h e s   f o r   t h e   s c r e e n i n g   a n d   d i s c o v e r y   o f   p o t e n t ,   i s o f o r m - s e l e c t i v e   H D A C I s . 	 [ P h a m - T h e ,   H . ;   N g u y e n - H a i ,   N . ;   N g o c ,   N .   T . ]   H a n o i   U n i v   P h a r m ,   H a n o i ,   V i e t n a m ;   [ C a s a n o l a - M a r t i n ,   G . ]   C a r l e t o n   U n i v ,   D e p t   S y s t   &   C o m p   E n g n ,   O t t a w a ,   O N ,   C a n a d a ;   [ D i e g u e z - S a n t a n a ,   K . ]   A m a z o n i a n   S t a t e   U n i v ,   F a c   L i f e   S c i ,   P u y o ,   P a s t a z a ,   E c u a d o r ;   [ V u - D u c ,   L . ;   L e - T h i - T h u ,   H . ]   V i e t n a m   N a t l   U n i v ,   S c h   M e d   &   P h a r m ,   H a n o i ,   V i e t n a m 	 L e - T h i - T h u ,   H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   V i e t n a m   N a t l   U n i v ,   S c h   M e d   &   P h a r m ,   H a n o i ,   V i e t n a m . 	 l t t h u o n g 1 0 1 7 @ g m a i l . c o m 	 	 	 V i e t n a m   N a t i o n a l   U n i v e r s i t y ,   H a n o i   -   V N U   [ Q G . 1 6 . 2 4 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   V i e t n a m   N a t i o n a l   U n i v e r s i t y ,   H a n o i   -   V N U   [ g r a n t   n o   Q G . 1 6 . 2 4 ] . 	 A i h u a   X . ,   2 0 0 4 ,   C U R R   M E D   C H E M   A N T I C A ,   V 4 ,   P 2 7 3 ;   A l a n   P . K . ,   2 0 0 8 ,   C U R R   P H A R M   D E S I G N ,   V 1 4 ,   P 5 0 5 ;   A l e x a n d e r   T . ,   2 0 1 0 ,   P R E D I C T I V E   Q U A N T I T A T ,   P 1 7 3 ;   B e h e s h t i   A . ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M   L E T T ,   V 2 ,   P 3 3 ;   B i   Y ,   2 0 1 6 ,   L E T T   D R U G   D E S   D I S C O V ,   V 1 3 ,   P 5 7 7 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 7 0 1 8 0 8 1 2 6 6 6 1 5 0 9 2 4 0 0 0 5 0 0 ;   B i e l i a u s k a s   A V ,   2 0 0 8 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 3 7 ,   P 1 4 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 7 0 3 8 3 0 p ;   B r e s s i   J C ,   2 0 1 0 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 2 0 ,   P 3 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 9 1 ;   C a o   G P ,   2 0 1 5 ,   S A R   Q S A R   E N V I R O N   R E S ,   V 2 6 ,   P 3 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 6 2 9 3 6 X . 2 0 1 5 . 1 0 4 0 4 5 3 ;   C e r   R Z ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p W 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 2 5 3 ;   C h e n   Y D ,   2 0 0 8 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 2 6 ,   P 1 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m g m . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 0 7 ;   C h e n   Y D ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 4 4 ,   P 2 8 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m e c h . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 0 8 ;   C h e r k a s o v   A ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 7 ,   P 4 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 4 0 0 4 2 8 5 ;   C h o h a n   K K ,   2 0 0 5 ,   J   M E D   C H E M ,   V 4 8 ,   P 5 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 4 8 9 5 9 a ;   C h o u d h a r y   C ,   2 0 0 9 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 5 ,   P 8 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 7 5 3 7 1 ;   D E R R I N G E R   G ,   1 9 8 0 ,   J   Q U A L   T E C H N O L ,   V 1 2 ,   P 2 1 4 ;   D e s s a l e w   N ,   2 0 0 7 ,   M E D   C H E M   R E S ,   V 1 6 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 4 4 - 0 0 7 - 9 0 8 5 - 9 ;   D u n g   D T M ,   2 0 1 5 ,   M E D   C H E M ,   V 1 1 ,   P 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 7 3 4 0 6 4 1 1 6 6 6 1 5 0 7 0 2 1 3 0 6 3 3 ;   F a l k e n b e r g   K J ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 3 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 4 3 6 0 ;   F r a g a   M F ,   2 0 0 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 7 ,   P 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 5 3 1 ;   F r e y   R R ,   2 0 0 2 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 1 2 ,   P 3 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 0 - 8 9 4 X ( 0 2 ) 0 0 7 5 4 - 0 ;   G u o   Y S ,   2 0 0 5 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 1 3 ,   P 5 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 0 5 . 0 5 . 0 1 6 ;   H a d j i p a v l o u - L i t i n a   D . ,   2 0 1 3 ,   H Y R O X A M I C   A C I D S   U N I Q ,   P 2 0 5 ;   H A N L E Y   J A ,   1 9 8 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 4 3 ,   P 2 9 ;   H u m a   L . ,   2 0 1 1 ,   C H E M O I N F O R M A T I C S   A D V ;   L e - T h i - T h u   H ,   2 0 1 4 ,   C U R R   T O P   M E D   C H E M ,   V 1 4 ,   P 1 4 7 3 ;   J u v a l e   D C ,   2 0 0 6 ,   O R G   B I O M O L   C H E M ,   V 4 ,   P 2 8 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 6 0 6 3 6 5 a ;   K a t r i t z k y   A R ,   2 0 0 7 ,   Q S A R   C O M B   S C I ,   V 2 6 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / q s a r . 2 0 0 6 3 0 0 2 1 ;   K e s e r u   G M ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 8 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 2 7 9 6 ;   K o z i k o w s k i   A R ,   2 0 0 8 ,   C H E M M E D C H E M ,   V 3 ,   P 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c m d c . 2 0 0 7 0 0 3 1 4 ;   L a n   H . T . T . ,   2 0 1 5 ,   T E T R A H E D R O N   L E T T ,   V 5 6 ,   P 6 4 2 5 ;   L a v e c c h i a   A ,   2 0 1 5 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 2 0 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 1 2 ;   L i u   X H ,   2 0 1 0 ,   M O L   I N F O R M ,   V 2 9 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m i n f . 2 0 0 9 0 0 0 1 4 ;   M a   P P ,   2 0 1 3 ,   P L O S   G E N E T ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 3 3 7 7 ;   M e l a g r a k i   G ,   2 0 0 9 ,   M O L   D I V E R S ,   V 1 3 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 3 0 - 0 0 9 - 9 1 1 5 - 2 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 1 ,   D R A G O N   W I N D   S O F T   M O L ;   M i l l e r   K M ,   2 0 1 0 ,   N A T   S T R U C T   M O L   B I O L ,   V 1 7 ,   P 1 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n s m b . 1 8 9 9 ;   M i l l s   N ,   2 0 0 6 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 1 2 8 ,   P 1 3 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 0 6 9 7 8 7 5 ;   M o t t a m a l   M ,   2 0 1 5 ,   M O L E C U L E S ,   V 2 0 ,   P 3 8 9 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 2 0 0 3 3 8 9 8 ;   M u r u g a n   K ,   2 0 1 5 ,   D R U G   D E S   D E V   T H E R ,   V 9 ,   P 2 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / D D D T . S 7 8 2 7 6 ;   N a i r   S B ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 2 ,   P 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 1 ;   N a m   N H ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 7 0 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m e c h . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 4 5 ;   N g u y e n - H a i   N . ,   2 0 1 4 ,   J   E N Z Y M   I N H I B   M E D   C H ,   V 2 9 ,   P 6 1 1 ;   N o o r   Z ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 9 5 8 8 ;   O ' B r i e n   R M ,   2 0 0 7 ,   Q U A L   Q U A N T ,   V 4 1 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 3 5 - 0 0 6 - 9 0 1 8 - 6 ;   O a n h   D a o   T h i   K i m ,   2 0 1 1 ,   B i o o r g   M e d   C h e m   L e t t ,   V 2 1 ,   P 7 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 1 1 . 0 7 . 1 2 4 ;   O E C D ,   2 0 0 7 ,   G U I D   D O C   V A L   Q U A N T   S ,   V 2 ,   P 1 5 4 ;   P e t e r a n g e l o   S C ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   Q U A N T U M   C H E M ,   V 9 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / q u a . 1 0 5 9 1 ;   P h a m   T h e   H a i ,   2 0 1 1 ,   M o l   I n f o r m ,   V 3 0 ,   P 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m i n f . 2 0 1 0 0 0 1 1 8 ;   P o n t i k i   E ,   2 0 1 2 ,   M E D   R E S   R E V ,   V 3 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m e d . 2 0 2 0 0 ;   P R O V O S T   F J ,   1 9 9 7 ,   P   3   I N T   C   K N O W L   D I S C ,   V 9 7 ,   P 4 3 ;   R a g n o   R ,   2 0 0 6 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 6 ,   P 1 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 5 0 5 5 6 b ;   R a g n o   R ,   2 0 0 8 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 4 3 ,   P 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m e c h . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 0 4 ;   R e n n i e   J . ,   2 0 0 3 ,   P   2 0   I N T   C   M A C H   L E A R ,   V 2 0 ,   P 6 1 6 ;   S a l m i - S m a i l   C ,   2 0 1 0 ,   J   M E D   C H E M ,   V 5 3 ,   P 3 0 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 9 0 1 3 5 8 y ;   S i n h a   S ,   2 0 1 7 ,   F R O N T   N E U R O S C I - S W I T Z ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f n i n s . 2 0 1 6 . 0 0 6 0 6 ;   S T A T I S T I C A   ( d a t a   a n a l y s i s   s o f t w a r e   s y s t e m ) ,   2 0 1 2 ,   S T A T I S T I C A ;   T a n g   H ,   2 0 0 9 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 9 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 8 0 0 3 6 6 f ;   T h a l e r   F ,   2 0 1 4 ,   C H E M M E D C H E M ,   V 9 ,   P 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c m d c . 2 0 1 3 0 0 4 1 3 ;   T o d e s c h i n i   R . ,   2 0 1 0 ,   M O L   D E S C R I P T O R S   C H E M ,   V 4 1 ;   T u n g   T T ,   2 0 1 3 ,   M E D   C H E M ,   V 9 ,   P 1 0 5 1 ;   W a g h   N K ,   2 0 0 6 ,   I N D I A N   J   B I O C H E M   B I O ,   V 4 3 ,   P 3 6 0 ;   W a n g   C ,   2 0 1 1 ,   J   N A T   P R O D ,   V 7 4 ,   P 2 0 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n p 2 0 0 3 2 4 x ;   W a n g   D F ,   2 0 0 4 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 1 4 ,   P 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 0 3 . 1 1 . 0 6 2 ;   W i t t e n   H . I . ,   2 0 0 5 ,   D A T A   M I N I N G   P R A C T I C A ;   X i a n g   Y H ,   2 0 1 2 ,   C H E M   B I O L   D R U G   D E S ,   V 7 9 ,   P 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 7 - 0 2 8 5 . 2 0 1 2 . 0 1 3 4 1 . x ;   Y a n g   J S ,   2 0 1 2 ,   B   K O R E A N   C H E M   S O C ,   V 3 3 ,   P 2 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 5 0 1 2 / b k c s . 2 0 1 2 . 3 3 . 6 . 2 0 6 3 ;   Y a n g   X J ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 9 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 2 3 4 6 ;   Z h a n g   L ,   2 0 1 5 ,   M E D   R E S   R E V ,   V 3 5 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m e d . 2 1 3 2 0 ;   Z h a o   L L ,   2 0 1 3 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 2 3 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 6 7 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 0 8 ,   H Y P E R C H E M   T M   P R O F   V E 	 7 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 T A Y L O R   &   F R A N C I S   L T D 	 A B I N G D O N 	 2 - 4   P A R K   S Q U A R E ,   M I L T O N   P A R K ,   A B I N G D O N   O R 1 4   4 R N ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 0 6 2 - 9 3 6 X 	 1 0 2 9 - 0 4 6 X 	 	 S A R   Q S A R   E N V I R O N   R E S 	 S A R   Q S A R   E n v i r o n .   R e s . 	 	 2 0 1 7 	 2 8 	 3 	 	 	 	 	 1 9 9 	 2 2 0 	 	 1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 6 2 9 3 6 X . 2 0 1 7 . 1 2 9 4 1 9 8 	 	 2 2 	 C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   T o x i c o l o g y 	 C h e m i s t r y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   &   E c o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   T o x i c o l o g y 	 E Q 4 T Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 8 0 7 2 9 0 0 0 0 2 	 2 8 3 3 2 4 3 8 	 
 
 J 	 L a t c h a n a ,   N ;   A b r a m s ,   Z B ;   H o w a r d ,   J H ;   R e g a n ,   K ;   J a c o b ,   N ;   F a d d a ,   P ;   T e r a n d o ,   A ;   M a r k o w i t z ,   J ;   A g n e s e ,   D ;   P a y n e ,   P ;   C a r s o n ,   W E 	 	 	 	 L a t c h a n a ,   N i c h o l a s ;   A b r a m s ,   Z a c h a r y   B . ;   H o w a r d ,   J .   H a r r i s o n ;   R e g a n ,   K e l l y ;   J a c o b ,   N a d u p a r a m b i l ;   F a d d a ,   P a o l o ;   T e r a n d o ,   A l i c i a ;   M a r k o w i t z ,   J o s e p h ;   A g n e s e ,   D o r e e n ;   P a y n e ,   P h i l i p ;   C a r s o n ,   W i l l i a m   E . ,   I I I 	 	 	 P l a s m a   M i c r o R N A   L e v e l s   F o l l o w i n g   R e s e c t i o n   o f   M e t a s t a t i c   M e l a n o m a 	 B I O I N F O R M A T I C S   A N D   B I O L O G Y   I N S I G H T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M e l a n o m a ;   m i c r o R N A ;   s u r g i c a l   r e s e c t i o n ;   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s 	 M A L I G N A N T - M E L A N O M A ;   C A N C E R ;   E X P R E S S I O N ;   M I R - 1 5 5 ;   M I R - 2 1 ;   D Y S R E G U L A T I O N ;   R E C U R R E N C E ;   H Y P O X I A ;   M I R N A 	 M e l a n o m a   r e m a i n s   t h e   l e a d i n g   c a u s e   o f   s k i n   c a n c e r - r e l a t e d   d e a t h s .   S u r g i c a l   r e s e c t i o n   a n d   a d j u v a n t   t h e r a p i e s   c a n   r e s u l t   i n   d i s e a s e - f r e e   i n t e r v a l s   f o r   s t a g e   I I I   a n d   s t a g e   I V   d i s e a s e ;   h o w e v e r ,   r e c u r r e n c e   i s   c o m m o n .   U n d e r s t a n d i n g   m i c r o R N A   ( m i R )   d y n a m i c s   f o l l o w i n g   s u r g i c a l   r e s e c t i o n   o f   m e l a n o m a s   i s   c r i t i c a l   t o   a c c u r a t e l y   i n t e r p r e t   m i R   c h a n g e s   s u g g e s t i v e   o f   m e l a n o m a   r e c u r r e n c e .   P l a s m a   o f   6   p a t i e n t s   w i t h   s t a g e   I I I   ( n   =   2 )   a n d   s t a g e   I V   ( n   =   4 )   m e l a n o m a   w a s   e v a l u a t e d   u s i n g   t h e   N a n o S t r i n g   p l a t f o r m   t o   d e t e r m i n e   p r e - a n d   p o s t s u r g i c a l   m i R   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s ,   e n a b l i n g   a n a l y s i s   o f   m o r e   t h a n   8 0 0   m i R s   s i m u l t a n e o u s l y   i n   1 2   s a m p l e s .   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   d e t e c t e d   u n d e r l y i n g   p a t t e r n s   o f   m i R   e x p r e s s i o n   b e t w e e n   p r e - v s   p o s t s u r g i c a l   p a t i e n t s .   G r o u p   A   c o n t a i n e d   3   o f   4   p a t i e n t s   w i t h   s t a g e   I V   d i s e a s e   ( p r e - a n d   p o s t s u r g i c a l   s a m p l e s )   a n d   2   p a t i e n t s   w i t h   s t a g e   I I I   d i s e a s e   ( p o s t s u r g i c a l   s a m p l e s   o n l y ) .   T h e   c o r r e s p o n d i n g   p r e o p e r a t i v e   s a m p l e s   t o   b o t h   i n d i v i d u a l s   w i t h   s t a g e   I I I   d i s e a s e   w e r e   c o n t a i n e d   i n   g r o u p   B   a l o n g   w i t h   1   i n d i v i d u a l   w i t h   s t a g e   I V   d i s e a s e   ( p r e -   a n d   p o s t s u r g i c a l   s a m p l e s ) .   G r o u p   A   w a s   d i s t i n g u i s h e d   f r o m   g r o u p   B   b y   s t a t i s t i c a l l y   s i g n i f i c a n t   a n a l y s i s   o f   v a r i a n c e   c h a n g e s   i n   m i R   e x p r e s s i o n   ( P   <   . 0 0 0 1 ) .   T h i s   a n a l y s i s   r e v e a l e d   t h a t   g r o u p   A   v s   g r o u p   B   h a d   d o w n r e g u l a t i o n   o f   l e t - 7 b - 5 p ,   m i R - 5 2 0 f ,   m i R - 7 2 0 ,   m i R - 4 4 5 4 ,   m i R - 2 1 - 5 p ,   m i R - 2 2 - 3 p ,   m i R - 1 5 1 a - 3 p ,   m i R - 3 7 8 e ,   a n d   m i R - 1 2 8 3   a n d   u p r e g u l a t i o n   o f   m i R - 1 2 6 - 3 p ,   m i R - 2 2 3 - 3 p ,   m i R - 4 5 1 a ,   l e t - 7 a - 5 p ,   l e t - 7 g - 5 p ,   m i R - 1 5 b - 5 p ,   m i R - 1 6 - 5 p ,   m i R - 2 0 a - 5 p ,   m i R - 2 0 b - 5 p ,   m i R - 2 3 a - 3 p ,   m i R - 2 6 a - 5 p ,   m i R - 1 0 6 a - 5 p ,   m i R - 1 7 - 5 p ,   m i R - 1 3 0 a - 3 p ,   m i R - 1 4 2 - 3 p ,   m i R - 1 5 0 - 5 p ,   m i R - 1 9 1 - 5 p ,   m i R - 1 9 9 a - 3 p ,   m i R - 1 9 9 b - 3 p ,   a n d   m i R - 1 9 7 6 .   C h a n g e s   i n   m i R   e x p r e s s i o n   w e r e   n o t   r e a d i l y   e v i d e n t   i n   i n d i v i d u a l s   w i t h   d i s t a n t   m e t a s t a t i c   d i s e a s e   ( s t a g e   I V )   a s   t h e s e   i n d i v i d u a l s   m a y   h a v e   p r o l o n g e d   i n f l a m m a t o r y   r e s p o n s e s .   T h u s ,   i n f l a m m a t o r y - d r i v e n   m i R s   c o i n c i d i n g   w i t h   t u m o r - d e r i v e d   m i R s   c a n   b l u n t   a n t i c i p a t e d   c h a n g e s   i n   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s   f o l l o w i n g   s u r g i c a l   r e s e c t i o n . 	 [ L a t c h a n a ,   N i c h o l a s ;   H o w a r d ,   J .   H a r r i s o n ;   T e r a n d o ,   A l i c i a ;   A g n e s e ,   D o r e e n ;   C a r s o n ,   W i l l i a m   E . ,   I I I ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   D e p t   S u r g ,   N 9 2 4   D o a n   H a l l   4 1 0   W , 1 0 t h   A v e ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 2 8   U S A ;   [ A b r a m s ,   Z a c h a r y   B . ;   R e g a n ,   K e l l y ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   I n f o r m a t ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A ;   [ J a c o b ,   N a d u p a r a m b i l ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   D e p t   R a d i o l ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A ;   [ F a d d a ,   P a o l o ;   C a r s o n ,   W i l l i a m   E . ,   I I I ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   A r t h u r   G   J a m e s   C o m p r e h e n s   C a n c   C t r ,   D e p t   M o l   V i r o l   I m m u n o l   &   M e d   G e n e t ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A ;   [ F a d d a ,   P a o l o ;   C a r s o n ,   W i l l i a m   E . ,   I I I ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   R i c h a r d   J   S o l o v e   R e s   I n s t ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A ;   [ M a r k o w i t z ,   J o s e p h ]   O h i o   S t a t e   U n i v ,   D e p t   M e d ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 1 0   U S A ;   [ P a y n e ,   P h i l i p ]   W a s h i n g t o n   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   M e d ,   S t   L o u i s ,   M O   6 3 1 1 0   U S A 	 C a r s o n ,   W E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   O h i o   S t a t e   U n i v ,   D e p t   S u r g ,   N 9 2 4   D o a n   H a l l   4 1 0   W , 1 0 t h   A v e ,   C o l u m b u s ,   O H   4 3 2 2 8   U S A . 	 W i l l i a m . C a r s o n @ o s u m c . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H )   [ T 3 2   C A 0 9 0 2 2 3 ,   K 2 4   C A 0 9 3 6 7 0 ] ;   N L M   g r a n t   [ T 1 5 L M 0 1 1 2 7 0 ] 	 T h e   a u t h o r ( s )   d i s c l o s e d   r e c e i p t   o f   t h e   f o l l o w i n g   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f o r   t h e   r e s e a r c h ,   a u t h o r s h i p ,   a n d / o r   p u b l i c a t i o n   o f   t h i s   a r t i c l e :   T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H )   T 3 2   C A 0 9 0 2 2 3   ( t o   W . E . C . ) ,   a n d   K 2 4   C A 0 9 3 6 7 0   ( t o   W . E . C . ) ,   a n d   N L M   g r a n t   T 1 5 L M 0 1 1 2 7 0   ( t o   Z . B . A ) . 	 A l d e r   H ,   2 0 1 2 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 3 ,   P 1 7 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g s 2 0 4 ;   B a l c h   C M ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 6 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 3 . 4 7 9 9 ;   B a n e r j e e   J a i d e e p ,   2 0 1 3 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 9 3 6 ,   P 3 4 3 ;   B e n n e t t   P E ,   2 0 1 3 ,   P H Y S I O L   G E N O M I C S ,   V 4 5 ,   P 1 0 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / p h y s i o l g e n o m i c s . 0 0 1 1 6 . 2 0 1 3 ;   B e r n a r d e s   S S ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 6 1 ,   P 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 7 ;   C h a t t e r j e e   A ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 0 4 3 8 ;   d e l   C a m p o   S E M ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 5 9 1 9 ;   E g g e r m o n t   A M M ,   2 0 1 5 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 6 ,   P 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 5 ) 7 0 1 2 2 - 1 ;   F e l l i   N ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 6 8 2 4 ;   F e r r a c i n   M ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 1 4 5 4 5 ;   F i s h   J E ,   2 0 0 8 ,   D E V   C E L L ,   V 1 5 ,   P 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d e v c e l . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 0 8 ;   F r i e d m a n   E B ,   2 0 1 2 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 7 6 - 1 0 - 1 5 5 ;   G r i g n o l   V ,   2 0 1 1 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 5 ,   P 1 0 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 1 . 2 8 8 ;   H u a   Z ,   2 0 0 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 0 1 1 6 ;   I g g l e z o u   M ,   2 0 1 4 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 3 4 ,   P 7 4 4 3 ;   I S H I K A W A   O ,   1 9 9 0 ,   J   C E L L   P H Y S I O L ,   V 1 4 5 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c p . 1 0 4 1 4 5 0 1 2 4 ;   K o z u b e k   J ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 2 6 9 9 ;   L a t c h a n a   N ,   2 0 1 6 ,   S U R G   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s u r o n c . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 1 7 ;   L i n   Z Q ,   2 0 0 3 ,   J   L E U K O C Y T E   B I O L ,   V 7 3 ,   P 7 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 9 / j l b . 0 8 0 2 3 9 7 ;   M i l l e r   K D ,   2 0 1 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 6 ,   P 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 3 4 9 ;   M u l l e r   D W ,   2 0 0 8 ,   O N C O G E N E ,   V 2 7 ,   P 6 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 0 8 . 2 8 2 ;   O n o   S ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 7 0 5 3 ;   P i n t o   R ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   O P I N   T H E R   T A R ,   V 1 9 ,   P 1 0 2 7 ;   S a n d   M ,   2 0 1 3 ,   C E L L   T I S S U E   R E S ,   V 3 5 1 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 4 1 - 0 1 2 - 1 5 1 4 - 5 ;   S u l l i v a n   R ,   2 0 1 5 ,   A M   S O C   C L I N   O N C O L   E D ,   V 3 5 ,   P 1 7 7 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 4 6 9 4 / E D B 0 0 K _ ,   1 0 . 1 4 6 9 4 / E d B o o k _ A M . 2 0 1 5 . 3 5 . 1 7 7 ] ;   T h a l a n a y a r   P r a s h a n t h   M ,   2 0 1 4 ,   C h i n   C l i n   O n c o l ,   V 3 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 3 0 4 - 3 8 6 5 . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 2 ;   T i l i   E ,   2 0 0 9 ,   I N T   R E V   I M M U N O L ,   V 2 8 ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 8 8 3 0 1 8 0 9 0 3 0 9 3 7 9 6 	 2 7 	 0 	 0 	 2 	 2 	 S A G E   P U B L I C A T I O N S   L T D 	 L O N D O N 	 1   O L I V E R S   Y A R D ,   5 5   C I T Y   R O A D ,   L O N D O N   E C 1 Y   1 S P ,   E N G L A N D 	 1 1 7 7 - 9 3 2 2 	 	 	 B I O I N F O R M   B I O L   I N S I G 	 B i o i n f o r m .   B i o l .   I n s i g h t s 	 	 2 0 1 7 	 1 1 	 	 	 	 	 	 1 	 7 	 	 1 0 . 1 1 7 7 / 1 1 7 7 9 3 2 2 1 7 6 9 4 8 3 7 	 	 7 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 E P 6 T S 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 5 1 2 4 0 0 0 0 1 	 	 
 
 J 	 T o s o l i n i ,   M ;   P o n t ,   F ;   P o u p o t ,   M ;   V e r g e z ,   F ;   N i c o l a u - T r a v e r s ,   M L ;   V e r m i j l e n ,   D ;   S a r r y ,   J E ;   D i e l i ,   F ;   F o u r n i e ,   J J 	 	 	 	 T o s o l i n i ,   M a r i e ;   P o n t ,   F r e d e r i c ;   P o u p o t ,   M a r y ;   V e r g e z ,   F r a n c o i s ;   N i c o l a u - T r a v e r s ,   M a r i e - L a u r e ;   V e r m i j l e n ,   D a v i d ;   S a r r y ,   J e a n - E m m a n u e l ;   D i e l i ,   F r a n c e s c o ;   F o u r n i e ,   J e a n - J a c q u e s 	 	 	 A s s e s s m e n t   o f   t u m o r - i n f i l t r a t i n g   T C R V   g a m m a   9 V   d e l t a   2   g a m m a   d e l t a   l y m p h o c y t e   a b u n d a n c e   b y   d e c o n v o l u t i o n   o f   h u m a n   c a n c e r s   m i c r o a r r a y s 	 O N C O I M M U N O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A r t i f i c i a l   i n t e l l i g e n c e ;   c a n c e r ;   d a t a   m i n i n g ;   d e c o n v o l u t i o n ;   g a m m a   d e l t a   l y m p h o c y t e ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   m i c r o a r r a y ;   t r a n s c r i p t o m e 	 A C U T E   M Y E L O I D - L E U K E M I A ;   T - C E L L - R E C E P T O R ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   E X P R E S S I O N   P R O F I L E S ;   C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   I M M U N E   C E L L S ;   L U N G - C A N C E R ;   I M M U N O T H E R A P Y ;   G E N E S ;   A C T I V A T I O N 	 M o s t   h u m a n   b l o o d   g a m m a   d e l t a   c e l l s   a r e   c y t o l y t i c   T C R V   g a m m a   9 V   d e l t a   2 ( + )   l y m p h o c y t e s   w i t h   a n t i t u m o r   a c t i v i t y .   T h e y   a r e   c u r r e n t l y   i n v e s t i g a t e d   i n   s e v e r a l   c l i n i c a l   t r i a l s   o f   c a n c e r   i m m u n o t h e r a p y   b u t   s o   f a r ,   t h e i r   t u m o r   i n f i l t r a t i o n   h a s   n o t   b e e n  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 o u t c o m e .   I n   c o n t r a s t ,   t h e   a b u n d a n c e   o f   T C R V   g a m m a   9 V   d e l t a   2 ( + )   g d   T I L s   d i d   n o t   c o r r e l a t e   w i t h   t h e s e   h a l l m a r k s   a n d   w a s   v a r i a b l y   a s s o c i a t e d   w i t h   o u t c o m e ,   s u g g e s t i n g   t h a t   d i s t i n c t   c o n t e x t s   u n d e r l i e   T C R V   g a m m a   9 V   d e l t a   2 ( + )   g d   T I L   a n d   a b   T I L   m o b i l i z a t i o n s   i n   c a n c e r . 	 [ T o s o l i n i ,   M a r i e ;   P o n t ,   F r e d e r i c ;   P o u p o t ,   M a r y ;   V e r g e z ,   F r a n c o i s ;   S a r r y ,   J e a n - E m m a n u e l ;   F o u r n i e ,   J e a n - J a c q u e s ]   C R C T ,   2   A v e   H u b e r t   C u r i e n , C S 5 3 7 1 7 ,   F - 3 1 0 3 7   T o u l o u s e ,   F r a n c e ;   [ T o s o l i n i ,   M a r i e ;   P o n t ,   F r e d e r i c ;   P o u p o t ,   M a r y ;   V e r g e z ,   F r a n c o i s ;   S a r r y ,   J e a n - E m m a n u e l ;   F o u r n i e ,   J e a n - J a c q u e s ]   U n i v   T o u l o u s e ,   I N S E R M ,   U n i v   P a u l   S a b a t i e r , U 1 0 3 7 ,   C N R S , E R L 5 2 9 4 ,   T o u l o u s e ,   F r a n c e ;   [ T o s o l i n i ,   M a r i e ;   P o u p o t ,   M a r y ;   F o u r n i e ,   J e a n - J a c q u e s ]   L a b   E x c e l l e n c e   T O U C A N ,   T o u l o u s e ,   F r a n c e ;   [ T o s o l i n i ,   M a r i e ;   P o u p o t ,   M a r y ;   S a r r y ,   J e a n - E m m a n u e l ;   F o u r n i e ,   J e a n - J a c q u e s ]   U n i v   C a n c e r o l ,   C A P T O R ,   P r o g r a m m e   H o s p ,   T o u l o u s e ,   F r a n c e ;   [ T o s o l i n i ,   M a r i e ;   P o n t ,   F r e d e r i c ]   P o l e   T e c h n o l   C t r   R e c h   C a n c e r o l   T o u l o u s e   C R C T ,   T o u l o u s e ,   F r a n c e ;   [ T o s o l i n i ,   M a r i e ;   V e r g e z ,   F r a n c o i s ;   N i c o l a u - T r a v e r s ,   M a r i e - L a u r e ]   I U C T ,   T o u l o u s e ,   F r a n c e ;   [ V e r m i j l e n ,   D a v i d ]   U n i v   P a l e r m o ,   C e n t   L a b   A d v   D i a g n o s t   &   B i o m e d   R e s   C L A D I B I O R ,   P a l e r m o ,   I t a l y ;   [ D i e l i ,   F r a n c e s c o ]   U n i v   L i b r e   B r u x e l l e s ,   I M I ,   D e p t   B i o p h a r m ,   B r u s s e l s ,   B e l g i u m 	 F o u r n i e ,   J J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C R C T ,   2   A v e   H u b e r t   C u r i e n , C S 5 3 7 1 7 ,   F - 3 1 0 3 7   T o u l o u s e ,   F r a n c e . 	 j e a n - j a c q u e s . f o u r n i e @ i n s e r m . f r 	 P O N T ,   F r e d e r i c / G - 6 2 8 9 - 2 0 1 1 ;   P o u p o t ,   M a r y / F - 8 5 7 0 - 2 0 1 3 ;   T o s o l i n i ,   M a r i e / A - 6 6 5 3 - 2 0 0 9 	 P O N T ,   F r e d e r i c / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 5 4 9 3 - 5 2 7 X ;   T o s o l i n i ,   M a r i e / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 5 2 7 8 - 5 9 5 2 	 I n s t i t u t   N a t i o n a l   d e   l a   S a n t e   e t   d e   l a   R e c h e r c h e   M e d i c a l e   ( I N S E R M ) ;   U n i v e r s i t e   T o u l o u s e   I I I :   P a   S a b a t i e r ;   C e n t e r   N a t i o n a l   d e   l a   R e c h e r c h e   S c i e n t i f i q u e   ( C N R S ) ;   L a b o r a t o i r e   d ' E x c e l l e n c e   T o u l o u s e   C a n c e r   (   T O U C A N )   [ A N R 1 1 - L A B X ] ;   P r o g r a m   H o s p i t a l o - U n i v e r s i t a i r e   e n   C a n c e r o l o g i e   C A P T O R   [ A N R 1 1 - P H U C 0 0 0 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   f u n d e d   b y   t h e   I n s t i t u t   N a t i o n a l   d e   l a   S a n t e   e t   d e   l a   R e c h e r c h e   M e d i c a l e   ( I N S E R M ) ,   t h e   U n i v e r s i t e   T o u l o u s e   I I I :   P a   S a b a t i e r ,   t h e   C e n t e r   N a t i o n a l   d e   l a   R e c h e r c h e   S c i e n t i f i q u e   ( C N R S ) ,   t h e   L a b o r a t o i r e   d ' E x c e l l e n c e   T o u l o u s e   C a n c e r   (   T O U C A N )   (   c o n t r a c t   A N R 1 1 - L A B X )   a n d   t h e   P r o g r a m   H o s p i t a l o - U n i v e r s i t a i r e   e n   C a n c e r o l o g i e   C A P T O R   (   c o n t r a c t   A N R 1 1 - P H U C 0 0 0 1 ) . 	 A b b a s   A R ,   2 0 0 9 ,   P L O S   O N E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 6 0 9 8 ;   A l e x a n d r o v   L B ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 0 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 4 7 7 ;   A r a u j o   J M ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 2 0 2 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 7 9 4 3 ;   A s w a l d   J M ,   2 0 0 6 ,   C Y T O M   P A R T   B - C L I N   C Y ,   V 7 0 B ,   P 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . b . 2 0 1 1 5 ;   B a c h i r e d d y   P ,   2 0 1 4 ,   O N C O I M M U N O L O G Y ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / o n c i . 2 8 1 8 7 ;   B a s   M ,   2 0 0 6 ,   O R A L   O N C O L ,   V 4 2 ,   P 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o r a l o n c o l o g y . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 0 8 ;   B e z a n s o n   J . ,   2 0 1 2 ,   A R X I V 1 2 0 9 5 1 4 5 ;   B r a z a   M S ,   2 0 1 0 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 8 4 ,   P 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 9 / j i m m u n o l . 0 9 0 1 9 8 0 ;   B U C C H E R I   V ,   1 9 9 3 ,   L E U K E M I A ,   V 7 ,   P 9 1 9 ;   C h t a n o v a   T ,   2 0 0 5 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 7 5 ,   P 7 8 3 7 ;   D a l e y   D ,   2 0 1 6 ,   C E L L ,   V 1 6 6 ,   P 1 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 4 6 ;   D e a n   J ,   2 0 0 5 ,   I M M U N O L   L E T T ,   V 9 9 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m l e t . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 0 8 ;   D i e l i   F ,   2 0 0 8 ,   C U R R   O P I N   I N V E S T   D R ,   V 9 ,   P 1 0 8 9 ;   D i e l i   F ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 7 ,   P 7 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 0 1 9 9 ;   D i m o v a   T ,   2 0 1 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 2 ,   p E 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 1 2 0 5 8 1 1 2 ;   E s s a n d   M ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 9 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 1 6 . 9 2 8 7 ;   F I S C H   P ,   1 9 9 0 ,   J   E X P   M E D ,   V 1 7 1 ,   P 1 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 4 / j e m . 1 7 1 . 5 . 1 5 6 7 ;   F o u r n i e   J J ,   2 0 1 3 ,   C E L L   M O L   I M M U N O L ,   V 1 0 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c m i . 2 0 1 2 . 3 9 ;   F o u r n i e   J J ,   1 9 9 6 ,   R E S   I M M U N O L ,   V 1 4 7 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 9 2 3 - 2 4 9 4 ( 9 6 ) 8 9 6 4 8 - 9 ;   G a l o n   J ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 1 9 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 9 1 3 9 ;   G a u l a r d   P ,   2 0 1 4 ,   S E M I N   H E M A T O L ,   V 5 1 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . s e m i n h e m a t o l . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 3 ;   G e n t l e s   A J ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E D ,   V 2 1 ,   P 9 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 9 0 9 ;   G e r t n e r - D a r d e n n e   J ,   2 0 1 2 ,   O N C O I M M U N O L O G Y ,   V 1 ,   P 1 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / o n c i . 2 1 5 1 2 ;   G e r t n e r - D a r d e n n e   J ,   2 0 1 2 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 8 8 ,   P 4 7 0 1 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 9 / j i m m u n o l . 1 1 0 3 7 1 0 ;   G O O R H A   R ,   1 9 8 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 8 4 ,   P 4 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 8 4 . 1 3 . 4 5 4 7 ;   H O C H B E R G   Y ,   1 9 9 0 ,   S T A T   M E D ,   V 9 ,   P 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 4 7 8 0 0 9 0 7 1 0 ;   J a c k   A S ,   2 0 1 5 ,   A U S T I N   N E U R O S U R G E R Y ,   V 2 ,   P 3 0 ;   J i n   Z Y ,   2 0 1 6 ,   J   H E M A T O L   O N C O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 5 - 0 1 6 - 0 3 5 3 - 3 ;   K a r p i n s k i   P ,   2 0 1 6 ,   B R A I N   B E H A V   I M M U N ,   V 5 4 ,   P 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b i . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 5 ;   K o b a y a s h i   H i r o h i t o ,   2 0 1 5 ,   P h a r m a c e u t i c a l s   ( B a s e l ) ,   V 8 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / p h 8 0 1 0 0 4 0 ;   K o w a l c z y k   D ,   1 9 9 7 ,   B R I T   J   U R O L ,   V 8 0 ,   P 5 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 4 6 4 - 4 1 0 X . 1 9 9 7 . 0 0 4 0 8 . x ;   L a n g   J M ,   2 0 1 3 ,   C L I N   G E N I T O U R I N   C A N C ,   V 1 1 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l g c . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 2 9 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 9 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 2 1 3 ;   L i   B ,   2 0 1 6 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 8 ,   P 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 5 8 1 ;   M a   C L ,   2 0 1 2 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 8 9 ,   P 5 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 9 / j i m m u n o l . 1 2 0 1 8 9 2 ;   M c N e e l   D G ,   2 0 0 5 ,   I M M U N O L   L E T T ,   V 9 6 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m l e t . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 0 9 ;   M e r a v i g l i a   S ,   2 0 1 5 ,   I M M U N O T H E R A P Y - U K ,   V 7 ,   P 9 4 9 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / i m t . 1 5 . 6 8 ;   M l e c n i k   B ,   2 0 1 6 ,   I M M U N I T Y ,   V 4 4 ,   P 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m m u n i . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 2 5 ;   N e w m a n   A M ,   2 0 1 6 ,   C U R R   O P I N   I M M U N O L ,   V 4 1 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o i . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 0 6 ;   N e w m a n   A M ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 4 5 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 3 3 7 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 3 3 7 ] ;   P o c c i a   F ,   1 9 9 7 ,   J   L E U K O C Y T E   B I O L ,   V 6 2 ,   P 2 8 7 ;   P o n t   F ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   I M M U N O L ,   V 4 2 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e j i . 2 0 1 1 4 1 8 7 0 ;   P r z y b y l s k i   G K ,   2 0 0 0 ,   J   M O L   D I A G N ,   V 2 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 2 5 - 1 5 7 8 ( 1 0 ) 6 0 6 1 0 - 1 ;   R e i   M ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 3 2 2 8 ;   R o o n e y   M S ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 0 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 3 3 ;   S h e n - O r r   S S ,   2 0 1 3 ,   C U R R   O P I N   I M M U N O L ,   V 2 5 ,   P 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o i . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 1 5 ;   S i l v a - S a n t o s   B ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   I M M U N O L ,   V 1 5 ,   P 6 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r i 3 9 0 4 ;   S u b r a m a n i a n   A ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 5 8 0 1 0 2 ;   T h e r n e a u   T M ,   2 0 0 0 ,   M O D E L I N G   S U R V I V A L   D A ;   T o s o l i n i   M ,   2 0 1 6 ,   O N C O I M M U N O L O G Y ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 2 1 6 2 4 0 2 X . 2 0 1 6 . 1 1 8 8 2 4 6 ;   V e r m i j l e n   D ,   2 0 1 0 ,   J   E X P   M E D ,   V 2 0 7 ,   P 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 4 / j e m . 2 0 0 9 0 3 4 8 ;   V i n a y a k   S ,   2 0 1 4 ,   A S C O   M   A B S T ,   V 3 2 ,   P 1 0 0 0 ;   W a n g   Q H ,   2 0 1 6 ,   B I O R X I V ;   W u   P ,   2 0 1 4 ,   I M M U N I T Y ,   V 4 0 ,   P 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m m u n i . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 3 ;   Z i t v o g e l   L ,   2 0 1 6 ,   C E L L ,   V 1 6 5 ,   P 2 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 0 1 ;   Z i t v o g e l   L ,   2 0 1 5 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 1 0 4 7 3 ;   Z O C C H I   M R ,   1 9 9 4 ,   I M M U N O L O G Y ,   V 8 1 ,   P 2 3 4 	 5 7 	 0 	 0 	 2 	 2 	 T A Y L O R   &   F R A N C I S   I N C 	 P H I L A D E L P H I A 	 5 3 0   W A L N U T   S T R E E T ,   S T E   8 5 0 ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 6   U S A 	 2 1 6 2 - 4 0 2 X 	 	 	 O N C O I M M U N O L O G Y 	 O n c o I m m u n o l o g y 	 	 2 0 1 7 	 6 	 3 	 	 	 	 	 	 	 e 1 2 8 4 7 2 3 	 1 0 . 1 0 8 0 / 2 1 6 2 4 0 2 X . 2 0 1 7 . 1 2 8 4 7 2 3 	 	 1 0 	 O n c o l o g y ;   I m m u n o l o g y 	 O n c o l o g y ;   I m m u n o l o g y 	 E Q 3 Q V 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 9 8 8 5 0 0 0 2 3 	 2 8 4 0 5 5 1 6 	 
 
 J 	 S a l a z a r ,   B M ;   B a l c z e w s k i ,   E A ;   U n g ,   C Y ;   Z h u ,   S Z 	 	 	 	 S a l a z a r ,   B r i t t a n y   M . ;   B a l c z e w s k i ,   E m i l y   A . ;   U n g ,   C h o o n g   Y o n g ;   Z h u ,   S h i z h e n 	 	 	 N e u r o b l a s t o m a ,   a   P a r a d i g m   f o r   B i g   D a t a   S c i e n c e   i n   P e d i a t r i c   O n c o l o g y 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   M O L E C U L A R   S C I E N C E S 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 n e u r o b l a s t o m a ;   b i g   d a t a ;   c o m p u t a t i o n a l   m o d e l i n g ;   d r u g   r e p o s i t i o n i n g ;   n e t w o r k s ;   s p o n t a n e o u s   r e g r e s s i o n ;   m e t a s t a s i s 	 H I G H - R I S K   N E U R O B L A S T O M A ;   N E T W O R K - B A S E D   A P P R O A C H ;   G E N E - E X P R E S S I O N ;   D R U G   D I S C O V E R Y ;   I N T E R N A T I O N A L   C R I T E R I A ;   T R A N S C R I P T O M E   A N A L Y S I S ;   D E V E L O P M E N T A L   B I O L O G Y ;   C E L L   T R A N S P L A N T A T I O N ;   D I S E A S E   A S S O C I A T I O N S ;   M U L T I P L E   M E C H A N I S M S 	 P e d i a t r i c   c a n c e r s   r a r e l y   e x h i b i t   r e c u r r e n t   m u t a t i o n a l   e v e n t s   w h e n   c o m p a r e d   t o   m o s t   a d u l t   c a n c e r s .   T h i s   p o s e s   a   c h a l l e n g e   i n   u n d e r s t a n d i n g   h o w   c a n c e r s   i n i t i a t e ,   p r o g r e s s ,   a n d   m e t a s t a s i z e   i n   e a r l y   c h i l d h o o d .   A l s o ,   d u e   t o   l i m i t e d   d e t e c t e d   d r i v e r   m u t a t i o n s ,   i t   i s   d i f f i c u l t   t o   b e n c h m a r k   k e y   g e n e s   f o r   d r u g   d e v e l o p m e n t .   I n   t h i s   r e v i e w ,   w e   u s e   n e u r o b l a s t o m a ,   a   p e d i a t r i c   s o l i d   t u m o r   o f   n e u r a l   c r e s t   o r i g i n ,   a s   a   p a r a d i g m   f o r   e x p l o r i n g   " b i g   d a t a "   a p p l i c a t i o n s   i n   p e d i a t r i c   o n c o l o g y .   C o m p u t a t i o n a l   s t r a t e g i e s   d e r i v e d   f r o m   b i g   d a t a   s c i e n c e - n e t w o r k -   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g - b a s e d   m o d e l i n g   a n d   d r u g   r e p o s i t i o n i n g - h o l d   t h e   p r o m i s e   o f   s h e d d i n g   n e w   l i g h t   o n   t h e   m o l e c u l a r   m e c h a n i s m s   d r i v i n g   n e u r o b l a s t o m a   p a t h o g e n e s i s   a n d   i d e n t i f y i n g   p o t e n t i a l   t h e r a p e u t i c s   t o   c o m b a t   t h i s   d e v a s t a t i n g   d i s e a s e .   T h e s e   s t r a t e g i e s   i n t e g r a t e   r o b u s t   d a t a   i n p u t ,   f r o m   g e n o m i c   a n d   t r a n s c r i p t o m i c   s t u d i e s ,   c l i n i c a l   d a t a ,   a n d   i n   v i v o   a n d   i n  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 B i o c h e m   &   M o l   B i o l ,   R o c h e s t e r ,   M N   5 5 9 0 2   U S A ;   [ B a l c z e w s k i ,   E m i l y   A . ;   U n g ,   C h o o n g   Y o n g ;   Z h u ,   S h i z h e n ]   M a y o   C l i n ,   C o l l   M e d ,   D e p t   M o l   P h a r m a c o l   &   E x p t   T h e r a p e u t ,   R o c h e s t e r ,   M N   5 5 9 0 2   U S A 	 Z h u ,   S Z   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a y o   C l i n ,   C o l l   M e d ,   D e p t   B i o c h e m   &   M o l   B i o l ,   R o c h e s t e r ,   M N   5 5 9 0 2   U S A . ;   Z h u ,   S Z   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a y o   C l i n ,   C o l l   M e d ,   D e p t   M o l   P h a r m a c o l   &   E x p t   T h e r a p e u t ,   R o c h e s t e r ,   M N   5 5 9 0 2   U S A . 	 S a l a z a r . B r i t t a n y @ m a y o . e d u ;   B a l c z e w s k i . E m i l y @ m a y o . e d u ;   U n g . C h o o n g Y o n g @ m a y o . e d u ;   Z h u . S h i z h e n @ m a y o . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ K 9 9 / R 0 0 C A 1 7 8 1 8 9 ] ;   A l e x ' s   L e m o n a d e   S t a n d   F o u n d a t i o n ;   C u r e S e a r c h   f o r   C h i l d r e n ' s   C a n c e r   F o u n d a t i o n ;   V   F o u n d a t i o n   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h ;   F r a t e r n a l   O r d e r   o f   E a g l e s ;   M a y o   C e n t e r   f o r   B i o m e d i c a l   D i s c o v e r y ;   M a y o   C l i n i c   C a n c e r   C e n t e r a n d   C e n t e r   f o r   I n d i v i d u a l i z e d   M e d i c i n e 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   K 9 9 / R 0 0 C A 1 7 8 1 8 9   ( S h i z h e n   Z h u )   f r o m   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e ;   y o u n g   i n v e s t i g a t o r   a w a r d s   f r o m   A l e x ' s   L e m o n a d e   S t a n d   F o u n d a t i o n   ( S h i z h e n   Z h u )   a n d   t h e   C u r e S e a r c h   f o r   C h i l d r e n ' s   C a n c e r   F o u n d a t i o n   ( S h i z h e n   Z h u ) ;   a   V   S c h o l a r   a w a r d   f r o m   t h e   V   F o u n d a t i o n   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h   ( S h i z h e n   Z h u )   a n d   p i l o t   p r o j e c t   a w a r d s   f r o m   t h e   F r a t e r n a l   O r d e r   o f   E a g l e s   ( S h i z h e n   Z h u )   a n d   t h e   M a y o   C e n t e r   f o r   B i o m e d i c a l   D i s c o v e r y   ( S h i z h e n   Z h u ) ;   s u p p o r t   f r o m   t h e   M a y o   C l i n i c   C a n c e r   C e n t e r a n d   C e n t e r   f o r   I n d i v i d u a l i z e d   M e d i c i n e   ( S h i z h e n   Z h u ) . 	 A d a m s o n   P C ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 7 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 4 . 1 4 9 ;   A i e l l o   N M ,   2 0 1 6 ,   D I S   M O D E L   M E C H ,   V 9 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / d m m . 0 2 3 1 8 4 ;   A l a b r a n   J L ,   2 0 1 3 ,   P E D I A T R   B L O O D   C A N C E R ,   V 6 0 ,   P 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p b c . 2 4 3 2 0 ;   A l a m i n o s   M ,   2 0 0 4 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 6 ,   P 1 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j h 2 2 4 ;   A l i p a n a h i   B ,   2 0 1 5 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 3 ,   P 8 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 3 3 0 0 ;   A l t r o c k   P M ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 7 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 4 0 2 9 ;   A m a r a l   P P ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p D 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 1 1 3 8 ;   A m a t r u d a   J F ,   2 0 0 8 ,   I N T   R E V   C E L   M O L   B I O ,   V 2 7 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 9 3 7 - 6 4 4 8 ( 0 8 ) 0 1 2 0 1 - X ;   A t t i y e h   E F ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 1 7 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 2 3 1 4 ;   A t t i y e h   E F ,   2 0 0 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 3 ,   P 2 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 5 2 3 9 9 ;   B a i r o c h   A . ,   2 0 1 6 ,   C E L L O S A U R U S   K N O W L E D G ;   B a r a b a s i   A L ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 2 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 9 1 8 ;   B a r o n e   G ,   2 0 1 3 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 9 ,   P 5 8 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 3 - 0 6 8 0 ;   B a r r e t i n a   J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 3 ;   B e l l i n i   A ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 4 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 5 - 0 4 2 3 ;   B e l t r a n   H ,   2 0 1 4 ,   M O L   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   P 8 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 4 1 - 7 7 8 6 . M C R - 1 3 - 0 5 3 6 ;   B e r r y   T ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 2 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 0 1 ;   B l a c k b u r n   J S ,   2 0 1 4 ,   D I S   M O D E L   M E C H ,   V 7 ,   P 7 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / d m m . 0 1 5 8 4 2 ;   B l a t t   J ,   2 0 1 3 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 1 8 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 9 ;   B L E S S I N G   K ,   1 9 9 2 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 2 0 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 1 9 9 2 . t b 0 0 9 8 8 . x ;   B l u m r i c h   A ,   2 0 1 1 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 0 ,   P 1 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d r 0 2 7 ;   B o a r d   P .   P .   T .   E . ,   2 0 1 6 ,   P D Q   U N   C A N C   C H I L D H   T ;   B o l o i x   A . ,   2 0 1 6 ,   A N N   P E D I A T ,   V 8 5 ,   p e 1 ;   B o r g a t t i   S P ,   2 0 0 9 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 3 ,   P 8 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 6 5 8 2 1 ;   B o s s e   K R ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 2 ,   P 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 9 7 0 6 ;   B r a c k e n   C P ,   2 0 1 6 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 7 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g . 2 0 1 6 . 1 3 4 ;   B r o c k   A ,   2 0 1 4 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 7 0 4 8 ;   B r o d e u r   G M ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 7 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 4 . 1 6 8 ;   B R O D E U R   G M ,   1 9 9 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 1 4 6 6 ;   B R O D E U R   G M ,   1 9 8 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 6 ,   P 1 8 7 4 ;   B r o h e e   S ,   2 0 0 8 ,   N A T   P R O T O C ,   V 3 ,   P 1 6 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 8 . 1 0 0 ;   B r o o k e s   A J ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 7 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 9 3 2 ;   C a h a n   P ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 8 ,   P 9 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 2 0 ;   C a i r n s   J ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 7 0 0 3 ;   C a j a i b a   M M ,   2 0 1 6 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 5 5 ,   P 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 2 3 4 6 ;   C a n t o n e   I ,   2 0 0 9 ,   C E L L ,   V 1 3 7 ,   P 1 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 9 . 0 1 . 0 5 5 ;   C a p a s s o   M ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 6 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 0 4 3 1 ;   C a p a s s o   M ,   2 0 0 9 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 1 ,   P 7 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 7 4 ;   C a r t e r   H ,   2 0 1 3 ,   C U R R   O P I N   G E N E T   D E V ,   V 2 3 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g d e . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 3 ;   C a s t r o - G i n e r   F ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 6 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 9 9 9 ;   C A T T A N E O   R ,   1 9 8 8 ,   C E L L ,   V 5 5 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 8 8 ) 9 0 0 4 8 - 7 ;   C a u s s i n u s   E ,   2 0 0 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 7 ,   P 1 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 6 3 2 ;   C a z e s   A ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 2 6 8 8 ;   C e k a n o v a   M ,   2 0 1 4 ,   D R U G   D E S   D E V   T H E R ,   V 8 ,   P 1 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / D D D T . S 4 9 5 8 4 ;   C h a n t h e r y   Y . H . ,   2 0 1 2 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 4 ,   p r a 3 ;   C h a t r - a r y a m o n t r i   A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 2 0 4 ;   C h e n   G ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 9 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 0 9 9 ;   C h e n   H R ,   2 0 1 6 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 2 0 - 0 1 6 - 0 2 1 2 - 7 ;   C h e n g   L ,   2 0 1 4 ,   O N C O L   L E T T ,   V 7 ,   P 8 3 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o l . 2 0 1 4 . 1 7 9 4 ;   C h e u n g   N K V ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 3 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 5 2 6 ;   C h e u n g   N K V ,   2 0 1 2 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 0 7 ,   P 1 0 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 1 2 . 2 2 8 ;   C h o i   H ,   2 0 1 5 ,   C E L L   R E P ,   V 1 0 ,   P 1 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 4 0 ;   C o h n   S L ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 8 . 1 6 . 6 7 8 5 ;   C o l l i n s   C L ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 1 ,   P 4 3 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 9 6 6 9 ;   C o n s o r t i u m   E P ,   2 0 0 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 6 ,   P 6 3 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I E N C E . 1 1 0 5 1 3 6 ;   C r e i x e l l   P ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 4 4 0 ;   d a   R o c h a   E L ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k w 1 6 6 ;   D a s   S ,   2 0 1 3 ,   O N C O G E N E ,   V 3 2 ,   P 2 9 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 2 . 3 1 1 ;   D e   P r e t e r   K ,   2 0 0 6 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 6 - 7 - 9 - r 8 4 ;   D e   P r e t e r   K ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 3 6 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 2 6 9 9 ;   D e c o c k   A ,   2 0 1 6 ,   S C I   D A T A ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s d a t a . 2 0 1 6 . 4 ;   D e c o c k   A ,   2 0 1 6 ,   E P I G E N E T I C S - U S ,   V 1 1 ,   P 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 5 9 2 2 9 4 . 2 0 1 6 . 1 2 2 6 7 3 9 ;   D e c o c k   A ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 1 9 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 6 4 7 7 ;   D e c o c k   A ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 2 - 1 3 - 1 0 - r 9 5 ,   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 2 - 1 3 - 1 0 - R 9 5 ] ;   D e c o c k   A ,   2 0 1 1 ,   E P I G E N E T I C S - U S ,   V 6 ,   P 9 6 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / e p i . 6 . 8 . 1 6 5 1 6 ;   D e s a i   A V ,   2 0 1 4 ,   P E D I A T R   B L O O D   C A N C E R ,   V 6 1 ,   P 1 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p b c . 2 4 9 3 0 ;   D i n g e r   M E ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p D 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 6 1 7 ;   D i r k s   W G ,   2 0 0 2 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 0 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 0 4 3 5 ;   D i s k i n   S J ,   2 0 1 4 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j u 0 4 7 ;   D i s k i n   S J ,   2 0 1 2 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 4 ,   P 1 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 3 8 7 ;   D i s k i n   S J ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 9 ,   P 9 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 0 3 5 ;   D u B o i s   S G ,   1 9 9 9 ,   J   P E D I A T   H E M A T O L   O N C ,   V 2 1 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 4 3 4 2 6 - 1 9 9 9 0 5 0 0 0 - 0 0 0 0 5 ;   D u f f y   D J ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 4 3 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 6 5 6 8 ;   D u i j k e r s   F A M ,   2 0 1 1 ,   C E L L   O N C O L ,   V 3 4 ,   P 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 4 0 2 - 0 1 1 - 0 0 4 8 - 2 ;   E d g a r   R ,   2 0 0 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 0 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 3 0 . 1 . 2 0 7 ;   E i d e   H .   A . ,   2 0 1 5 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 6 ,   P 7 1 ;   E l e v e l d   T F ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 8 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 3 3 3 ;   F a i t h   J J ,   2 0 0 7 ,   P L O S   B I O L ,   V 5 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 0 0 5 0 0 0 8 ;   F a t i c a   A ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 5 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 6 0 6 ;   F a t i m a   R o s h a n ,   2 0 1 5 ,   M o l   C e l l   T h e r ,   V 3 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 5 9 1 - 0 1 5 - 0 0 4 2 - 6 ;   F e i n b e r g   A P ,   2 0 1 6 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 7 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g . 2 0 1 6 . 1 3 ;   F r e y h u l t   E ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 5 0 3 ;   F r i d l e y   B L ,   2 0 1 2 ,   G E N E T   E P I D E M I O L ,   V 3 6 ,   P 3 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 2 1 6 2 8 ;   G a r c i a - A l c a l d e   F ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 5 9 4 ;   G a t e n b y   R A ,   2 0 1 4 ,   N A T   C O M M U N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 6 4 9 9 ;   G i l b e r t   S .   F . ,   2 0 1 3 ,   D E V   B I O L ;   G o m e z   S ,   2 0 1 5 ,   G E N O M   D A T A ,   V 5 ,   P 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g d a t a . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 6 ;   G r o u p   U .   S .   C .   S .   W ,   2 0 1 6 ,   S T A T   C A N C   S T A T   1 9 9 9 ;   G u i l h a m o n   P ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   M E D ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 7 3 - 0 1 4 - 0 1 1 6 - 0 ;   G u s t a f s o n   S ,   2 0 0 9 ,   A N N   D I A G N   P A T H O L ,   V 1 3 ,   P 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a n n d i a g p a t h . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 0 2 ;   H A L L   J M ,   1 9 9 2 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 5 0 ,   P 1 2 3 5 ;   H a n s f o r d   L M ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 1 2 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 1 6 3 1 0 1 ;   H a u g   B H ,   2 0 1 1 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 2 ,   P 1 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g r 0 7 3 ;   H e   S N ,   2 0 1 6 ,   E L I F E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 7 5 5 4 / e L i f e . 1 4 7 1 3 ;   H o l z i n g e r   E R ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 5 7 2 ;   H o m e m   C C F ,   2 0 1 2 ,   D E V E L O P M E N T ,   V 1 3 9 ,   P 4 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / d e v . 0 8 0 5 1 5 ;   H o n g   W S ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 4 0 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 5 - 1 8 8 9 ;   H o p k i n s   A L ,   2 0 0 8 ,   N A T   C H E M   B I O L ,   V 4 ,   P 6 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c h e m b i o . 1 1 8 ;   H o u g h t o n   P J ,   2 0 0 7 ,   P E D I A T R   B L O O D   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 9 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p b c . 2 1 0 7 8 ;   H s u   C L ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 3 6 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 9 2 0 2 ;   H u r l i n   P e t e r   J . ,   2 0 0 5 ,   B i r t h   D e f e c t s   R e s e a r c h ,   V 7 5 ,   P 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b d r c . 2 0 0 5 9 ;   J a n o u e i x - L e r o s e y   I ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 5 ,   P 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 3 9 8 ;   J e s s y   T h o m a s ,   2 0 1 1 ,   J   N a t   S c i   B i o l   M e d ,   V 2 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 9 7 6 - 9 6 6 8 . 8 2 3 1 8 ;   J i a n g   M R ,   2 0 1 1 ,   C U R R   T O P   D E V   B I O L ,   V 9 4 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / B 9 7 8 - 0 - 1 2 - 3 8 0 9 1 6 - 2 . 0 0 0 0 4 - 8 ;   K a h l   L . ,   H A R R I E T   L A N E   H D B   M O B ;   K a n e h i s a   M ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   p D 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 0 7 0 ;   K a t t   M o r i a h   E . ,   2 0 1 6 ,   F r o n t i e r s   i n   B i o e n g i n e e r i n g   a n d   B i o t e c h n o l o g y ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f b i o e . 2 0 1 6 . 0 0 0 1 2 ;   K h u r a n a   E ,   2 0 1 6 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 7 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g . 2 0 1 5 . 1 7 ;   K i m   D ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 5 ,   P 1 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 8 ;   K o l c h   W ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 9 8 3 ;   K r a m e r   A ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 7 0 3 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 9 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 2 1 3 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L e h a r   J o s e p h ,   2 0 0 9 ,   D i s c o v   M e d ,   V 8 ,   P 1 8 5 ;   L e h a r   J ,   2 0 0 9 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 7 ,   P 6 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 1 5 4 9 ;   N g u y e n   l e   B . ,   2 0 1 1 ,   P L O S   G E N E T ,   V 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / J O U R N A L . P G E N . 1 0 0 2 0 2 6 ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R ,   V 1 1 5 ,   P 4 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 4 4 8 5 ;   L i   J ,   2 0 1 6 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 7 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b v 0 2 0 ;   L i   Y ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 1 0 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 0 2 3 ;   L i   Y I ,   2 0 1 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 5 2 ,   P 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . a a d 9 4 1 7 ;   L i   Y i x u e ,   2 0 1 4 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 1 2 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g p b . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 1 ;   L i b b r e c h t   M W ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 9 2 0 ;   L i u   G T ,   2 0 1 3 ,   J A M A   O P H T H A L M O L ,   V 1 3 1 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a o p h t h a l m o l . 2 0 1 3 . 1 6 5 2 ;   L i u   K ,   2 0 1 6 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 7 ,   P 1 2 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 6 - 5 2 3 6 - 2 ;   L o u i s   C U ,   2 0 1 5 ,   A N N U   R E V   M E D ,   V 6 6 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - m e d - 0 1 1 5 1 4 - 0 2 3 1 2 1 ;   L u   M ,   2 0 0 8 ,   P L O S   O N E ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 3 4 2 0 ;   M a   J S ,   2 0 1 5 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 5 ,   P 2 6 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 2 1 / c i 5 0 0 7 4 7 n ,   1 0 . 1 0 2 1 / c i 5 0 0 0 7 4 7 n ] ;   M a r b a c h   D ,   2 0 1 2 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 9 ,   P 7 9 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 0 1 6 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 0 1 6 ] ;   M a r g o l i n   A A ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - S 1 - S 7 ;   M a r i s   J .   M . ,   2 0 0 8 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 2 4 ,   P 2 5 8 5 ;   M a r i s   J M ,   2 0 0 8 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 8 ,   P 2 5 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 7 0 8 6 9 8 ;   M a r i s   J M ,   2 0 0 7 ,   L A N C E T ,   V 3 6 9 ,   P 2 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 7 ) 6 0 9 8 3 - 0 ;   M a r r a n o   P ,   2 0 1 7 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 5 6 ,   P 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 2 3 9 8 ;   M a r s h a l l   G M ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 4 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 6 7 9 ;   M c K i n n e y - F r e e m a n   S ,   2 0 1 2 ,   C E L L   S T E M   C E L L ,   V 1 1 ,   P 7 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e m . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 1 8 ;   M e h l e n   P ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 8 8 6 ;   M e i   H ,   2 0 1 4 ,   W O R L D   J   P E D I A T R ,   V 1 0 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 1 9 - 0 1 4 - 0 4 4 8 - 2 ;   M i c h e l s   E ,   2 0 0 7 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 4 6 ,   P 1 0 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 0 4 9 6 ;   M n i h   V ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 8 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 2 3 6 ;   M o l e n a a r   J J ,   2 0 1 2 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 4 ,   P 1 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 4 3 6 ;   M o l e n a a r   J J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 5 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 9 1 0 ;   M o r r i s   S A ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 8 ,   P 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 2 1 ;   M O R R I S   S W ,   1 9 9 4 ,   S C I E N C E ,   V 2 6 3 ,   P 1 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 8 1 2 2 1 1 2 ;   M o s s e   Y P ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 5 ,   P 9 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 2 6 1 ;   M o s s e   Y P ,   2 0 0 7 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 4 6 ,   P 9 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 0 4 7 7 ;   M o s s e   Y P ,   2 0 0 4 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 7 5 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 4 2 4 5 3 0 ;   M u r p h y   D M ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A R C I N O G E N ,   V 5 0 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m c . 2 0 7 2 2 ;   N a j a f i   A ,   2 0 1 4 ,   C U R R   G E N O M I C S ,   V 1 5 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 9 2 0 2 9 1 5 6 6 6 1 4 0 3 1 9 0 0 2 2 2 1 ;   O h t a k i   M ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 1 8 3 ;   O l d r i d g e   D A ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 8 ,   P 4 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 5 5 4 0 ;   O l s s o n   M ,   2 0 1 6 ,   E P I G E N E T I C S - U S ,   V 1 1 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 5 9 2 2 9 4 . 2 0 1 6 . 1 1 3 8 1 9 5 ;   O w e n s   C ,   2 0 1 2 ,   C R I T   R E V   C L   L A B   S C I ,   V 4 9 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 0 4 0 8 3 6 3 . 2 0 1 2 . 6 8 3 4 8 3 ;   P a n d e y   G K ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 6 ,   P 7 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c e l l . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 1 4 ;   P a r k   J R ,   2 0 1 3 ,   P E D I A T R   B L O O D   C A N C E R ,   V 6 0 ,   P 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p b c . 2 4 4 3 3 ;   P e n c e   H E ,   2 0 1 0 ,   J   C H E M   E D U C ,   V 8 7 ,   P 1 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e d 1 0 0 6 9 7 w ;   P e s s i o n   A ,   2 0 0 5 ,   C U R R   C A N C E R   D R U G   T A R ,   V 5 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 6 8 0 0 9 0 5 4 0 6 4 6 0 6 ;   P i n t o   N R ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 3 0 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 9 . 4 6 4 8 ;   P o w e r s   J T ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E ,   V 5 3 5 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 8 6 3 2 ;   P u g h   T J ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 5 2 9 ;   Q i n   Y F ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 7 3 8 0 ;   Q u e k   X C ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 9 8 8 ;   R a y   S .   K . ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   E X P   P H A R M ,   V 3 ;   R e i n a r t z   S ,   2 0 1 6 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 6 - 0 9 5 6 - 6 ;   R i t c h i e   M D ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 8 6 8 ;   R o l l a n d   T ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 9 ,   P 1 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 5 0 ;   R o s k o s k i   R ,   2 0 1 3 ,   P H A R M A C O L   R E S ,   V 6 8 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h r s . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 7 ;   R u s h l o w   D E ,   2 0 1 3 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 4 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 3 ) 7 0 0 4 5 - 7 ;   R u s s e l l   M R ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 3 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 3 6 1 3 ;   R y a l l   K A ,   2 0 1 5 ,   J   C H E M I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 3 2 1 - 0 1 5 - 0 0 5 5 - 9 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S a m a r a w e e r a   L ,   2 0 1 4 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 4 - 3 0 9 ;   S a u s e n   M ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 4 9 3 ;   S a y e d   D ,   2 0 1 1 ,   P H Y S I O L   R E V ,   V 9 1 ,   P 8 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / p h y s r e v . 0 0 0 0 6 . 2 0 1 0 ;   S c h a f f   J ,   1 9 9 7 ,   B I O P H Y S   J ,   V 7 3 ,   P 1 1 3 5 ;   S c h a f f   J C ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 2 ,   P 2 8 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t w 3 5 3 ;   S c h l e i e r m a c h e r   G ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 2 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 3 . 5 4 . 0 6 7 4 ;   S c h r a m m   A ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 8 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 3 4 9 ;   S c h u l t e   J H ,   2 0 1 3 ,   K L I N   P A D I A T R ,   V 2 2 5 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 3 - 1 3 5 7 1 3 2 ;   S c h u l t e   J H ,   2 0 1 3 ,   O N C O G E N E ,   V 3 2 ,   P 1 0 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 2 . 1 0 6 ;   S c o t t i   M M ,   2 0 1 6 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 7 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g . 2 0 1 5 . 3 ;   S m i t h   Z D ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 4 ,   P 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 3 5 4 ;   S o c i e t y   A C ,   2 0 1 4 ,   A M   C A N C   S O C ,   V 2 0 1 4 ,   P 1 ;   S p e l e m a n   F r a n k ,   2 0 1 6 ,   A m   S o c   C l i n   O n c o l   E d u c   B o o k ,   V 3 5 ,   p e 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 4 6 9 4 / E D B K _ 1 5 9 1 6 9 ;   S p e l e m a n   F ,   2 0 1 1 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 2 1 ,   P 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 0 3 ;   S p u n t   S L ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 8 ,   P 3 0 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 6 6 2 0 ;   S T R U M   D P ,   1 9 9 1 ,   A N E S T H   A N A L G ,   V 7 3 ,   P 3 1 0 ;   S u n   W ,   2 0 1 6 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 2 1 ,   P 1 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 1 5 ;   S z k l a r c z y k   D ,   2 0 1 5 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 2 7 8 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 2 4 2 5 - 7 _ 3 ;   S z k l a r c z y k   D ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 0 3 ;   T a n g   Q ,   2 0 1 6 ,   N A T   C O M M U N ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 0 3 5 8 ;   T a n g   Q ,   2 0 1 4 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 1 ,   P 8 2 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 0 3 1 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 0 3 1 ] ;   T a r c a   A L ,   2 0 0 7 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 3 ,   P 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 0 0 3 0 1 1 6 ;   T e i t z   T ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 4 0 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 2 6 8 1 ;   T h i e l e   C . J . ,   1 9 9 8 ,   J   H U M   C E L L   C U L T U R E ,   V 1 ,   P 2 1 ;   V a l e n t i j n   L J ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 1 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 4 3 8 ;   V a n d i n   F ,   2 0 1 1 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 1 8 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / c m b . 2 0 1 0 . 0 2 6 5 ;   V i s s c h e r   P M ,   2 0 1 2 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 0 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 2 9 ;   W a n g   C ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 9 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 3 0 0 1 ;   W a n g   K ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 6 9 ,   P 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 9 6 0 9 ;   W a n g   L L Y ,   2 0 1 1 ,   E P I G E N E T I C S - U S ,   V 6 ,   P 1 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / e p i . 6 . 1 2 . 1 8 1 7 6 ;   W a n g   Q ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 6 0 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 5 - 4 6 1 8 ;   W a r d   E ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 1 9 ;   W a r t i o v a a r a   K ,   2 0 0 2 ,   J   N E U R O S C I ,   V 2 2 ,   P 8 1 5 ;   W e i s s   W A ,   1 9 9 7 ,   E M B O   J ,   V 1 6 ,   P 2 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / e m b o j / 1 6 . 1 1 . 2 9 8 5 ;   W e l t e r   D ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 1 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 2 2 9 ;   W e s t e r m a r k   U K ,   2 0 1 1 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 2 1 ,   P 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 1 ;   W h i t e   R ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 6 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 5 8 9 ;   W h i t e   R M ,   2 0 0 8 ,   C E L L   S T E M   C E L L ,   V 2 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e m . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 0 2 ;   W i e s n e r   T ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 6 ,   P 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 5 2 5 8 ;   W i l l i a m s   R D ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 7 2 3 2 ;   W i s h a r t   D S ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   p D 6 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k j 0 6 7 ;   W u   P Y ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 8 7 9 5 ;   X i o n g   H Y ,   2 0 1 5 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 5 4 8 0 6 ;   [ |Sf3t  X u   X i a o l i n ] ,   2 0 1 4 ,   [ -NNS<wyBg_,   C h i n e s e   J o u r n a l   o f   O p h t h a l m o l o g y ] ,   V 5 0 ,   P 7 2 9 ;   Z h a n g   S L ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 7 1 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 4 5 ;   Z h o u   J ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 9 3 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 5 4 7 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 5 4 7 ] ;   Z h u   S Z ,   2 0 1 6 ,   A D V   E X P   M E D   B I O L ,   V 9 1 6 ,   P 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 3 0 6 5 4 - 4 _ 2 0 ;   Z h u   S Z ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 1 ,   P 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 1 0 	 2 1 8 	 0 	 0 	 2 	 2 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 1 4 2 2 - 0 0 6 7 	 	 	 I N T   J   M O L   S C I 	 I n t .   J .   M o l .   S c i . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 1 8 	 1 	 	 	 	 	 	 	 3 7 	 1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 8 0 1 0 0 3 7 	 	 2 7 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y 	 E J 2 H L 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 0 3 0 6 0 0 0 3 7 	 	 
 
 J 	 Z h a n g ,   P ;   Z h u ,   W T ;   W a n g ,   D Z ;   Y a n ,   J ;   W a n g ,   Y ;   H e ,   L 	 	 	 	 Z h a n g ,   P i n g ;   Z h u ,   W e n t a o ;   W a n g ,   D e z h e n ;   Y a n ,   J i n ;   W a n g ,   Y a o ;   H e ,   L i n 	 	 	 E n a n t i o s e l e c t i v e   E f f e c t s   o f   M e t a l a x y l   E n a n t i o m e r s   o n   B r e a s t   C a n c e r   C e l l s   M e t a b o l i c   P r o f i l i n g   U s i n g   H P L C - Q T O F - B a s e d   M e t a b o l o m i c s 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   M O L E C U L A R   S C I E N C E S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 m e t a l a x y l ;   m e t a b o l o m i c s ;   e n a n t i o m e r s ;   H P L C - Q T O F ;   m e t a b o l i c   p e r t u r b a t i o n s 	 A R Y L - H Y D R O C A R B O N   R E C E P T O R ;   I N - V I T R O ;   C Y T O K I N E   P R O D U C T I O N ;   P E S T I C I D E S ;   E X P O S U R E ;   P A T H W A Y ;   C H O L I N E ;   S Y S T E M S ;   H U M A N S ;   M E T A B O N O M I C S 	 I n   t h i s   s t u d y ,   a n   i n t e g r a t i v e   h i g h - p e r f o r m a n c e   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y   c o u p l e d   w i t h   q u a d r u p o l e   t i m e - o f - f l i g h t   t a n d e m   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( H P L C - Q T O F )   b a s e d   m e t a b o l o m i c s   a p p r o a c h   w a s   p e r f o r m e d   t o   e v a l u a t e   t h e   e n a n t i o s e l e c t i v e   m e t a b o l i c   p e r t u r b a t i o n s   i n   M C F - 7   c e l l s   a f t e r   t r e a t m e n t   w i t h   R - m e t a l a x y l   a n d   S - m e t a l a x y l ,   r e s p e c t i v e l y .   U n t a r g e t e d   m e t a b o l o m i c s   p r o f i l e ,   m u l t i v a r i a t e   p a t t e r n   r e c o g n i t i o n ,   m e t a b o l i t e s   i d e n t i f i c a t i o n ,   a n d   p a t h w a y   a n a l y s i s   w e r e   d e t e r m i n e d   a f t e r   m e t a l a x y l   e n a n t i o m e r   e x p o s u r e .   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   a n d   p a r t i t i a l   l e a s t - s q u a r e s   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   ( P L S - D A )   d i r e c t l y   r e f l e c t e d   t h e   e n a n t i o s e l e c t i v e   m e t a b o l i c   p e r t u r b a t i o n s   i n d u c e d   b y   m e t a l a x y l   e n a n t i o m e r s .   O n   t h e   b a s i s   o f   m u l t i v a r i a t e   s t a t i s t i c a l   r e s u l t s ,   a   t o t a l   o f   4 9   m e t a b o l i t e s   i n c l u d i n g   c a r b o h y d r a t e s ,   a m i n o   a c i d s ,   n u c l e o t i d e s ,   f a t t y   a c i d s ,   o r g a n i c   a c i d s ,   p h o s p h o l i p i d s ,   i n d o l e s ,   d e r i v a t i v e s ,   e t c .   w e r e   f o u n d   t o   b e   t h e   m o s t   s i g n i f i c a n t l y   c h a n g e d   m e t a b o l i t e s   a n d   m e t a b o l i c  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 A p p l   C h e m ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 H e ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S o u t h w e s t   U n i v ,   C o l l   P l a n t   P r o t e c t ,   C h o n g q i n g   4 0 0 7 1 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 p i n g z @ s w u . e d u . c n ;   w e n t a o z h u @ c a u . e d u . c n ;   w a n g d e z h e n @ c a u . e d u . c n ;   p i n g 1 7 0 2 8 @ g m a i l . c o m ;   y a o w @ c a u . e d u . c n ;   h e l i n o k @ v i p . t o m . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 2 1 2 0 7 1 5 8 ,   2 1 3 3 7 0 0 5 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   f i n a n c i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 2 1 2 0 7 1 5 8 ,   2 1 3 3 7 0 0 5 ) . 	 A l   R a j a b i   A ,   2 0 1 4 ,   J   N U T R ,   V 1 4 4 ,   P 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 1 3 . 1 8 5 3 8 9 ;   A l a v a n j a   M C R ,   2 0 0 4 ,   A N N U   R E V   P U B L   H E A L T H ,   V 2 5 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . p u b l h e a l t h . 2 5 . 1 0 1 8 0 2 . 1 2 3 0 2 0 ;   A m i n   K A ,   2 0 1 2 ,   J   B R E A S T   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 8 / j b c . 2 0 1 2 . 1 5 . 3 . 3 0 6 ;   B l a i r   A ,   2 0 0 9 ,   J   A G R O M E D I C I N E ,   V 1 4 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 5 9 9 2 4 0 9 0 2 7 7 9 4 3 6 ;   B o l l a r d   M E ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 9 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 9 0 0 2 0 0 v ;   B u e r g e   I J ,   2 0 0 3 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 7 ,   P 2 6 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 2 0 2 4 1 2 ;   B u s e r   H R ,   2 0 0 2 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 6 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 1 0 1 3 4 s ;   C a i r n s   R A ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 9 8 1 ;   C a l l e   E E ,   2 0 0 2 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 2 ,   P 3 0 1 ;   C h e n   Y K ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 8 ,   P 1 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c b t . 8 . 1 3 . 8 6 9 6 ;   C o r s i n i   E ,   2 0 0 7 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 2 2 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 1 7 ;   D e S a n t i s   C ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 3 ;   E w e n c e   A ,   2 0 1 5 ,   F O O D   C H E M   T O X I C O L ,   V 7 8 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c t . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 1 1 ;   F r y z e k   J P ,   1 9 9 7 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 7 2 ,   P 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 1 5 ( 1 9 9 7 0 7 0 3 ) 7 2 : 1 < 6 2 : : A I D - I J C 9 > 3 . 0 . C O ; 2 - 2 ;   G a t e n b y   R A ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 8 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 4 7 8 ;   H o o g h e   R J ,   2 0 0 0 ,   L I F E   S C I ,   V 6 6 ,   P 2 5 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 4 - 3 2 0 5 ( 0 0 ) 0 0 5 8 6 - 5 ;   H r e l i a   P ,   1 9 9 6 ,   M U T A T   R E S - G E N E T   T O X ,   V 3 6 9 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 5 - 1 2 1 8 ( 9 6 ) 9 0 0 5 1 - 8 ;   I n f a n t e - R i v a r d   C ,   1 9 9 9 ,   E P I D E M I O L O G Y ,   V 1 0 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 1 6 4 8 - 1 9 9 9 0 9 0 0 0 - 0 0 0 0 4 ;   J a i n   M ,   2 0 1 2 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 6 ,   P 1 0 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 1 8 5 9 5 ;   J o b g e n   W S ,   2 0 0 6 ,   J   N U T R   B I O C H E M ,   V 1 7 ,   P 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j n u t b i o . 2 0 0 5 . 1 2 . 0 0 1 ;   K o h l m e i e r   M ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 6 0 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 4 2 8 5 1 0 2 ;   K o j i m a   H ,   2 0 1 0 ,   J   H E A L T H   S C I ,   V 5 6 ,   P 3 7 4 ;   L e e t   T ,   1 9 9 6 ,   A M   J   I N D   M E D ,   V 3 0 ,   P 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 7 4 ( 1 9 9 6 0 9 ) 3 0 : 3 < 3 0 0 : : A I D - A J I M 8 > 3 . 0 . C O ; 2 - 1 ;   L e f o r t   N ,   2 0 1 4 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 9 3 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 7 ;   L i   Z Y ,   2 0 0 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 0 ,   P 3 7 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 5 0 8 5 7 5 2 0 0 ;   L u   H ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   O P I N   D R U G   M E T ,   V 3 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 7 4 2 5 2 5 5 . 3 . 2 . 1 4 9 ;   M a n n i c k   J B ,   2 0 0 7 ,   A M I N O   A C I D S ,   V 3 2 ,   P 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 2 6 - 0 0 6 - 0 4 2 7 - 6 ;   M A R C   R J ,   2 0 0 9 ,   A M I N O   A C I D S ,   V 3 7 ,   P 1 1 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 0 0 7 2 6 - 0 0 8 - 0 2 2 5 - 4 ;   M a r x - S t o e l t i n g   P ,   2 0 1 4 ,   R E G U L   T O X I C O L   P H A R M ,   V 7 0 ,   P 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y r t p h . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 1 ;   M c C o m b i e   G ,   2 0 0 9 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 5 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 0 9 - 0 1 6 1 - 7 ;   M e i j e r   A J ,   2 0 0 3 ,   J   N U T R ,   V 1 3 3 ,   p 2 0 5 7 S ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 5 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 5 5 1 0 5 4 a ;   N i c h o l s o n   J K ,   1 9 9 9 ,   X E N O B I O T I C A ,   V 2 9 ,   P 1 1 8 1 ;   O a k m a n   C ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   B I O C H E M   C E L L   B ,   V 4 3 ,   P 1 0 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o c e l . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 1 ;   P a o l i n i   M ,   1 9 9 6 ,   M U T A T   R E S - E N V I R   M U T A ,   V 3 6 1 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 5 - 1 1 6 1 ( 9 6 ) 9 0 2 5 0 - 2 ;   P E R O C C O   P ,   1 9 9 5 ,   T E R A T O G E N   C A R C I N   M U T ,   V 1 5 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / t c m . 1 7 7 0 1 5 0 2 0 4 ;   S a k r   S .   A . ,   2 0 1 1 ,   J o u r n a l   o f   A p p l i e d   P h a r m a c e u t i c a l   S c i e n c e ,   V 1 ,   P 1 3 1 ;   S h a n w a r e   N P ,   2 0 1 1 ,   J   M O L   M E D - J M M ,   V 8 9 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 0 9 - 0 1 1 - 0 7 3 1 - 9 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 6 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 3 3 2 ;   S t i l l e r - W i n k l e r   R ,   1 9 9 9 ,   T O X I C O L   L E T T ,   V 1 0 7 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 7 8 - 4 2 7 4 ( 9 9 ) 0 0 0 5 0 - 8 ;   T r o u s i l   S ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 6 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 3 - 2 4 0 9 ;   U n d e g e r   U ,   2 0 0 5 ,   A R C H   T O X I C O L ,   V 7 9 ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 0 4 - 0 0 4 - 0 6 1 6 - 6 ;   E P A   ( U . S .   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n   A g e n c y ) ,   2 0 1 5 ,   C H E M   E V   C A R C   P O T   O F F ;   X u   J J ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 9 6 5 4 ;   Z e i s e l   S H ,   2 0 1 1 ,   J   N U T R ,   V 1 4 1 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 1 0 . 1 3 0 3 6 9 ;   Z h a n g   L M ,   2 0 1 5 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 9 ,   P 8 0 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . e s t . 5 b 0 1 3 8 9 ;   Z h a n g   L M ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 3 6 4 1 ;   Z h a n g   L M ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 0 7 9 2 q ;   Z h a o   X J ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 4 7 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 3 0 0 5 3 3 a ;   Z h u   J ,   2 0 1 4 ,   N U T R I E N T S ,   V 6 ,   P 2 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / n u 6 0 7 2 5 5 2 	 5 0 	 0 	 0 	 5 	 5 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 1 4 2 2 - 0 0 6 7 	 	 	 I N T   J   M O L   S C I 	 I n t .   J .   M o l .   S c i . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 1 8 	 1 	 	 	 	 	 	 	 1 4 2 	 1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 8 0 1 0 1 4 2 	 	 1 6 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y 	 E J 2 H L 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 0 3 0 6 0 0 1 4 0 	 	 
 
 J 	 P i a o ,   Y ;   P i a o ,   M ;   R y u ,   K H 	 	 	 	 P i a o ,   Y o n g j u n ;   P i a o ,   M i n g h a o ;   R y u ,   K e u n   H o 	 	 	 M u l t i c l a s s   c a n c e r   c l a s s i f i c a t i o n   u s i n g   a   f e a t u r e   s u b s e t - b a s e d   e n s e m b l e   f r o m   m i c r o R N A   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s 	 C O M P U T E R S   I N   B I O L O G Y   A N D   M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C a n c e r   c l a s s i f i c a t i o n ;   D a t a   m i n i n g ;   E n s e m b l e   l e a r n i n g ;   m i R N A   e x p r e s s i o n 	 F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   G E N E   S E L E C T I O N ;   A L G O R I T H M ;   B I O M A R K E R ;   S I G N A T U R E S 	 C a n c e r   c l a s s i f i c a t i o n   h a s   b e e n   a   c r u c i a l   t o p i c   o f   r e s e a r c h   i n   c a n c e r   t r e a t m e n t .   I n   t h e   l a s t   d e c a d e ,   m e s s e n g e r   R N A   ( m R N A )  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 1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 6 3 0 ;   B a s h i r   M E A ,   2 0 1 2 ,   I E I C E   T   I N F   S Y S T ,   V E 9 5 D ,   P 2 9 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 7 / t r a n s i n f . E 9 5 . D . 2 9 8 2 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   C a l i n   G A ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 8 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 9 9 7 ;   C l a r k   P . ,   1 9 9 1 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g   -   E W S L - 9 1 .   E u r o p e a n   W o r k i n g   S e s s i o n   o n   L e a r n i n g   P r o c e e d i n g s ,   P 1 5 1 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   F r e u n d   Y . ,   1 9 9 6 ,   I N T   C   M A C H   L E A R N ,   P 1 4 8 ;   F r i d m a n   E ,   2 0 1 0 ,   J   M O L   D I A G N ,   V 1 2 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 5 3 / j m o l d x . 2 0 1 0 . 0 9 0 1 8 7 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ;   H i l a r i o   M ,   2 0 0 8 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 9 ,   P 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b n 0 0 5 ;   K a n n a n   S S ,   2 0 1 0 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 2 3 ,   P 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 1 6 ;   K a r   S ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 6 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 1 4 ;   K i m   Y J ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 3 ,   P 1 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 1 2 1 ;   K u n c h e v a   L I ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 9 8 2 9 0 6 ;   L a t k o w s k i   T ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 8 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 4 3 ;   L i   P ,   2 0 1 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 5 - 0 7 7 8 - 7 ;   L i u   H W ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 2 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 8 ;   L u   J . ,   2 0 0 5 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 8 5 7 ;   M a   S G ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 4 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 7 2 4 ;   M e n g   Y A ,   2 0 0 9 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 0 - 7 8 ;   M i   S L ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 1 9 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 7 0 9 3 1 3 1 0 4 ;   N a m   E J ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 2 6 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 1 7 3 1 ;   P i a o   Y ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 3 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 6 0 2 ;   Q u i n l a n   J . R . ,   1 9 9 3 ,   C 4   5   P R O G R A M S   F O R M A C ;   R a h m a n   A ,   2 0 1 3 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 4 3 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 2 ;   R o k a c h   L ,   2 0 1 0 ,   A R T I F   I N T E L L   R E V ,   V 3 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 6 2 - 0 0 9 - 9 1 2 4 - 7 ;   S a s s e n   S ,   2 0 0 8 ,   V I R C H O W S   A R C H ,   V 4 5 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 2 8 - 0 0 7 - 0 5 3 2 - 2 ;   W a n g   X S ,   2 0 1 2 ,   G E N O M I C S ,   V 9 9 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 3 ;   X u   R ,   2 0 0 9 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 2 2 ,   P 7 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 1 8 ;   Y a n g   P . ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   P 2 5 4 ;   Y u   L . ,   2 0 0 3 ,   P   2 0   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 8 5 6 ;   Z e n g   Z L ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 8 ,   P 2 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 2 5 ;   Z e n o b i   G . ,   2 0 0 1 ,   E C M L   L E C T   N O T E S   C O M P ,   V 2 1 6 7 ,   P 5 7 6 	 3 4 	 0 	 0 	 0 	 0 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 0 1 0 - 4 8 2 5 	 1 8 7 9 - 0 5 3 4 	 	 C O M P U T   B I O L   M E D 	 C o m p u t .   B i o l .   M e d . 	 J A N   1 	 2 0 1 7 	 8 0 	 	 	 	 	 	 3 9 	 4 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 8 	 	 6 	 B i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E L 3 Y Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 5 5 7 8 0 0 0 0 5 	 	 
 
 J 	 G u o ,   C ;   Y u ,   Z H ;   W a n g ,   M H ;   L i ,   A 	 	 	 	 G u o ,   C h e n g ;   Y u ,   Z h e n h u a ;   W a n g ,   M i n g h u i ;   L i ,   A o 	 	 	 E x o m e H M M :   A   H i d d e n   M a r k o v   M o d e l   f o r   D e t e c t i n g   C o p y   N u m b e r   V a r i a t i o n   U s i n g   W h o l e - E x o m e   S e q u e n c i n g   D a t a 	 C U R R E N T   B I O I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C o p y   n u m b e r   v a r i a t i o n ;   e x p e c t a t i o n - m a x i m i z a t i o n   a l g o r i t h m ;   h i d d e n   M a r k o v   m o d e l ;   n e x t   g e n e r a t i o n   s e q u e n c i n g ;   v i t e r b i   a l g o r i t h m ;   w h o l e - e x o m e   s e q u e n c i n g 	 S N P   G E N O T Y P I N G   D A T A ;   A R R A Y   C G H   D A T A ;   B R E A S T - C A N C E R ;   A C C U R A T E   D E T E C T I O N ;   A N A L Y S I S   T O O L K I T ;   C A N D I D A T E   G E N E S ;   H E T E R O Z Y G O S I T Y ;   V A R I A N T S ;   D I S E A S E ;   I D E N T I F I C A T I O N 	 B a c k g r o u n d :   C o p y   n u m b e r   v a r i a t i o n s   ( C N V s ) ,   i n c l u d i n g   a m p l i f i c a t i o n   a n d   d e l e t i o n ,   a r e   a l t e r a t i o n s   o f   D N A   c o p y   n u m b e r   c o m p a r e d   t o   a   r e f e r e n c e   g e n o m e .   C N V s   p l a y   a   c r u c i a l   r o l e   i n   t u m o u r i g e n e s i s   a n d   p r o g r e s s i o n ,   i n c l u d i n g   a m p l i f i c a t i o n   o f   o n c o g e n e s   a n d   d e l e t i o n   o f   t u m o r   s u p p r e s s o r   g e n e s   t h a t   m a y   s i g n i f i c a n t l y   i n c r e a s e   t h e   r i s k   o f   c a n c e r .   C N V s   a r e   a l s o   r e p o r t e d   t o   b e   c l o s e l y   r e l a t e d   w i t h   n o n - c a n c e r   d i s e a s e s ,   s u c h   a s   D o w n   s y n d r o m e ,   P a r k i n s o n   d i s e a s e ,  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 a c h i e v e s   t h e   h i g h e s t   F - s c o r e   a m o n g   t h e   f o u r   m e t h o d s   c o m p a r e d   i n   t h i s   s t u d y .   W h e n   a p p l i e d   t o   t r i p l e - n e g a t i v e   b r e a s t   c a n c e r   d a t a ,   E x o m e H M M   i s   c a p a b l e   t o   f i n d   a b n o r m a l   g e n e s   t h a t   a r e   s i g n i f i c a n t l y   a s s o c i a t e d   w i t h   b r e a s t   c a n c e r .   C o n c l u s i o n :   I n   c o n c l u s i o n ,   E x o m e H M M   i s   a   s u i t a b l e   t o o l   f o r   C N V   d e t e c t i o n s   i n   b o t h   h e a l t h y   s a m p l e s   a s   w e l l   a s   c l i n i c   t u m o r   s a m p l e s   o n   w h o l e - e x o m e   s e q u e n c i n g   d a t a . 	 [ G u o ,   C h e n g ;   Y u ,   Z h e n h u a ;   W a n g ,   M i n g h u i ;   L i ,   A o ]   U n i v   S c i   &   T e c h n o l   C h i n a ,   S c h   I n f o r m a t   S c i   &   T e c h n o l ,   H e f e i   2 3 0 0 2 7 ,   A n h u i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   M i n g h u i ;   L i ,   A o ]   U n i v   S c i   &   T e c h n o l   C h i n a ,   R e s   C t r   B i o m e d   E n g n ,   H e f e i ,   A n h u i ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S c i   &   T e c h n o l   C h i n a ,   S c h   I n f o r m a t   S c i   &   T e c h n o l ,   H e f e i   2 3 0 0 2 7 ,   A n h u i ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 a o l i @ u s t c . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 5 7 1 4 1 4 ,   6 1 4 7 1 3 3 1 ,   3 1 1 0 0 9 5 5 ] 	 T h i s   m a n u s c r i p t   w a s   p r e p a r e d   u s i n g   a   l i m i t e d   a c c e s s   d a t a s e t   o b t a i n e d   f r o m   B r i t i s h   C o l u m b i a   C a n c e r   A g e n c y   B r a n c h   ( B C C A )   a n d   d o e s   n o t   n e c e s s a r i l y   r e f l e c t   t h e   o p t i o n s   o r   v i e w s   B C C A .   T h e   a u t h o r s   t h a n k   t h e   e d i t o r   a n d   r e v i e w e r s   f o r   t h e i r   h e l p f u l   c o m m e n t s   a n d   s u g g e s t i o n s   t o   i m p r o v e   t h i s   m a n u s c r i p t .   T h e   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o .   6 1 5 7 1 4 1 4 ,   N o .   6 1 4 7 1 3 3 1   a n d   N o .   3 1 1 0 0 9 5 5 ) . 	 A d v a n c e d   d a t a   m i n i n g   t e c h n i q u e s ,   2 0 0 8 ,   C H O I C E   C U R R E N T   R E V   A ,   V 4 5 ,   P 2 1 9 3 ;   A l t s h u l e r   D M ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 1 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 6 3 2 ;   A n d e r s   S ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 2 0 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 3 7 4 4 . 1 1 1 ;   B A K E R   S J ,   1 9 9 0 ,   S C I E N C E ,   V 2 4 9 ,   P 9 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 1 4 4 0 5 7 ;   B a o   L ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 1 0 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 7 5 9 ;   C a m p b e l l   C D ,   2 0 1 1 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 8 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 4 ;   C h e n   P A ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 2 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 5 1 7 ;   C h i a n g   D Y ,   2 0 0 9 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 6 ,   P 9 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 2 7 6 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 2 7 6 ] ;   C h o i   M ,   2 0 0 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 6 ,   P 1 9 0 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 0 6 7 2 1 0 6 ;   C o l e l l a   S ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   P 2 0 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 0 7 6 ;   F e l s h e r   D W ,   1 9 9 9 ,   M O L   C E L L ,   V 4 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 7 - 2 7 6 5 ( 0 0 ) 8 0 3 6 7 - 6 ;   F r o m e r   M ,   2 0 1 2 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 1 ,   P 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 5 ;   F u t r e a l   P A ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 2 9 9 ;   H a   G ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 9 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 7 5 7 0 . 1 1 2 ;   H u p e   P ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 3 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 4 1 8 ;   K a t z   Y ,   2 0 1 0 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 7 ,   P 1 0 0 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 5 2 8 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 5 2 8 ] ;   K r u m m   N ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 8 1 1 5 . 1 1 2 ;   K y t o l a   S ,   2 0 0 0 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 2 8 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 8 - 2 2 6 4 ( 2 0 0 0 0 7 ) 2 8 : 3 < 3 0 8 : : A I D - G C C 9 > 3 . 0 . C O ; 2 - B ;   L e e   E Y H P ,   2 0 1 0 ,   C S H   P E R S P E C T   B I O L ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / c s h p e r s p e c t . a 0 0 3 2 3 6 ;   L i   A ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   P 4 9 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 0 1 4 ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 0 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 5 2 ;   L i   J R ,   2 0 1 2 ,   M O L   E C O L ,   V 2 1 ,   P 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 9 4 X . 2 0 1 1 . 0 5 3 0 8 . x ;   L o v e   M I ,   2 0 1 1 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O L ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 2 2 0 2 / 1 5 4 4 - 6 1 1 5 . 1 7 3 2 ;   M a g i   A ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 3 - 1 4 - 1 0 - r 1 2 0 ;   M a g i   A ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 7 0 7 ;   M c C a r r o l l   S A ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 1 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 3 8 ;   M c K e n n a   A ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 0 ,   P 1 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 0 7 5 2 4 . 1 1 0 ;   N e p h   S ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 1 9 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 2 7 7 ;   N g   S B ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 6 1 ,   P 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 2 5 0 ;   O r s e t t i   B ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 5 ,   P 1 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 3 4 3 3 ;   O r s e t t i   B ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 4 ,   P 6 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 0 7 5 6 ;   P o p e   B D ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 0 8 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 5 0 8 3 2 3 a ;   P o w e r s   D .   M .   W . ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   T E C H N O L ,   V 2 ,   P 3 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 9 7 3 5 / 2 2 2 9 - 3 9 8 1 ;   R a b b a n i   B ,   2 0 1 4 ,   J   H U M   G E N E T ,   V 5 9 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / j h g . 2 0 1 3 . 1 1 4 ;   R o v e l e t - L e c r u x   A ,   2 0 0 6 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 8 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 7 1 8 ;   S a t h i r a p o n g s a s u t i   J F ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 2 6 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 4 6 2 ;   S i n g l e t o n   A B ,   2 0 0 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 2 ,   P 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 9 0 2 7 8 ;   T u r n b u l l   C ,   2 0 1 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 2 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 5 8 6 ;   U l a h a n n a n   D ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 9 ,   P 8 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 3 . 4 1 6 ;   W a n g   J ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p W 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 4 3 9 ;   W a n g   K ,   2 0 0 7 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 7 ,   P 1 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 6 8 6 1 9 0 7 ;   Y o o n   S T ,   2 0 0 9 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 9 ,   P 1 5 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 0 9 2 9 8 1 . 1 0 9 ;   Y u   Z H ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 2 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 3 4 6 ;   Z h a n g   F ,   2 0 0 9 ,   A N N U   R E V   G E N O M   H U M   G ,   V 1 0 ,   P 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . g e n o m . 9 . 0 8 1 3 0 7 . 1 6 4 2 1 7 ;   Z h a o   M ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 9 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 9 3 7 	 4 5 	 0 	 0 	 1 	 1 	 B E N T H A M   S C I E N C E   P U B L   L T D 	 S H A R J A H 	 E X E C U T I V E   S T E   Y - 2 ,   P O   B O X   7 9 1 7 ,   S A I F   Z O N E ,   1 2 0 0   B R   S H A R J A H ,   U   A R A B   E M I R A T E S 	 1 5 7 4 - 8 9 3 6 	 2 2 1 2 - 3 9 2 X 	 	 C U R R   B I O I N F O R M 	 C u r r .   B i o i n f o r m . 	 	 2 0 1 7 	 1 2 	 2 	 	 	 	 	 1 4 7 	 1 5 5 	 	 1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 7 4 8 9 3 6 1 1 6 6 6 1 6 0 7 2 7 1 6 0 7 5 7 	 	 9 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E N 4 Y G 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 0 1 2 2 0 0 0 0 6 	 	 
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 a u t h o r ) ,   U n i v   T e h r a n   M e d   S c i ,   S c h   A l l i e d   M e d   S c i ,   D e p t   H l t h   I n f o r m a t   M a n a g e m e n t ,   T e h r a n ,   I r a n . 	 a - b a s h i r i @ r a z i . t u m s . a c . i r 	 	 	 	 	 A g u i r r e - G a m b o a   R ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 4 2 5 0 ;   A h m a d   F K ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   B I O M E T R I C S   B I O ,   V 3 ,   P 3 1 ;   A n d o   T ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   S C I ,   V 9 4 ,   P 9 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 0 3 . t b 0 1 3 7 4 . x ;   A n d o   T ,   2 0 0 2 ,   J P N   J   C A N C E R   R E S ,   V 9 3 ,   P 1 2 0 7 ;   B a i r   E ,   2 0 0 4 ,   P L O S   B I O L ,   V 2 ,   P 5 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 0 0 2 0 0 1 0 8 ;   B a l   M a n j i t   S i n g h ,   2 0 1 5 ,   A s i a n   P a c   J   C a n c e r   P r e v ,   V 1 6 ,   P 5 1 0 7 ;   B e e r   D G ,   2 0 0 2 ,   N A T   M E D ,   V 8 ,   P 8 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 7 3 3 ;   C h a n g   H Y ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 3 7 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 9 4 6 2 1 0 2 ;   C h e n   Y - C ,   2 0 0 9 ,   3   I N T   C   B I O I N F   B I O M ;   C r u z   J o s e p h   A ,   2 0 0 7 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 2 ,   P 5 9 ;   E y r e   H ,   2 0 0 4 ,   D I A B E T E S   C A R E ,   V 2 7 ,   P 1 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d i a c a r e . 2 7 . 7 . 1 8 1 2 ;   F a k o o r   R ,   2 0 1 3 ,   P   3 0   I N T   C   M A C H   L E A R ,   V 2 8 ;   F i e l d   R W ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C H E S T   M E D ,   V 3 3 ,   P 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c m . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 1 ;   G h a d e r z a d e h   M ,   2 0 1 2 ,   H L T H   I N F   M A N A G E ,   V 9 ,   P 4 5 7 ;   G r e e n a w a l t   D M ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 0 ,   P 1 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 2 5 0 1 ;   G u o   L ,   2 0 0 6 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   P 3 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 5 - 2 3 3 6 ;   G u o   W ,   2 0 0 9 ,   C U R R   G E N O M I C S ,   V 1 0 ,   P 5 3 4 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 9 2 0 2 0 9 7 8 9 5 0 3 8 8 8 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H o u   J ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 0 3 1 2 ;   I s h i b a s h i   Y ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 3 ,   P 5 1 5 9 ;   K o l a s a   M ,   2 0 0 9 ,   A P P L   A R T I F I C I A L   N E U R ,   P 1 1 3 ;   K r i s h n a n   M o n i c a ,   2 0 1 3 ,   J   S u p p o r t   O n c o l ,   V 1 1 ,   P 6 8 ;   L a n c a s h i r e   L J ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 0 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 9 - 0 3 7 8 - 1 ;   L e e   J S ,   2 0 0 4 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 4 0 ,   P 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 0 3 7 5 ;   L o z a n o   R ,   2 0 1 2 ,   L A N C E T ,   V 3 8 0 ,   P 2 0 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 2 ) 6 1 7 2 8 - 0 ;   M e h r a b a n i   D ,   2 0 0 8 ,   I R A N   R E D   C R E S C E N T   M E ,   V 1 0 ,   P 3 1 4 ;   M o g h t a d a e i   M ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 5 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 1 1 ;   M o h r i   M ,   2 0 1 3 ,   F D N   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   M o s l e m i   A z a m ,   2 0 1 6 ,   A s i a n   P a c   J   C a n c e r   P r e v ,   V 1 7 ,   P 9 5 ;   N e u m a n n   J ,   2 0 1 0 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 0 - 7 7 ;   N g   T ,   2 0 1 2 ,   J   P A L L I A T   M E D ,   V 1 5 ,   P 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / j p m . 2 0 1 1 . 0 4 1 7 ;   O ' N e i l l   M C ,   2 0 0 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 4 - 1 3 ;   P a s s   H I ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 ,   P 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 6 0 7 - 3 ;   P e n n a t h u r   A ,   2 0 1 3 ,   J   T H O R A C   C A R D I O V   S U R ,   V 1 4 5 ,   P 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t c v s . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 3 1 ;   P e t a l i d i s   L P ,   2 0 0 8 ,   M O L   C A N C E R   T H E R ,   V 7 ,   P 1 0 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 5 - 7 1 6 3 . M C T - 0 7 - 0 1 7 7 ;   R i n g n e r   M ,   2 0 0 3 ,   B I O T E C H N I Q U E S ,   P 3 0 ;   S a r w a t   M ,   2 0 1 3 ,   S T R E S S   S I G N A L I N G   P L A ,   V 1 ;   S a t o   F ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 0 3 ,   P 1 5 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 0 9 3 8 ;   S h i m a d a   Y u t a k a ,   2 0 0 9 ,   G e n   T h o r a c   C a r d i o v a s c   S u r g ,   V 5 7 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 4 8 - 0 0 8 - 0 4 0 6 - 9 ;   S o m i   M .   H . ,   2 0 1 2 ,   G o v a r e s h ,   V 1 7 ,   P 3 3 ;   S p e c h l e r   S J ,   2 0 1 3 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 1 0 ,   P 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 1 3 . 2 2 6 4 5 0 ;   S t o j a d i n o v i c   A ,   2 0 1 3 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 2 0 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 2 - 2 5 5 5 - 4 ;   T a r c a   A L ,   2 0 0 7 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 3 ,   P 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 0 0 3 0 1 1 6 ;   T w o m b l y   R ,   2 0 0 5 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 7 ,   P 3 3 0 ;   v a n   V l i e t   M H ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 0 3 5 8 ;   W a n g   C Y ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 6 ,   P 1 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 2 . 2 2 1 1 3 7 4 ;   W e i   J S ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 4 ,   P 6 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 0 6 9 5 ;   W o n g   R ,   2 0 0 0 ,   C U R R   P R O B   C A N C E R ,   V 2 4 ,   P 2 9 8 ;   X u   X i a o - c h u n ,   2 0 0 9 ,   V 4 7 1 ,   P 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 5 9 7 4 5 - 4 1 6 - 2 _ 1 7 	 4 9 	 0 	 0 	 3 	 3 	 I R A N I A N   S C I E N T I F I C   S O C I E T Y   M E D I C A L   E N T O M O L O G Y 	 T E H R A N 	 S C H O O L   P U B L I C   H E A L T H   &   I N S T   H E A L T H   R E S E A R C H ,   T E H R A N   U N I V   M E D I C A L   S C I E N C E S ,   P   O   B O X     6 4 4 6 - 1 4 1 5 5 ,   T E H R A N ,   0 0 0 0 0 ,   I R A N 	 2 2 5 1 - 6 0 8 5 	 2 2 5 1 - 6 0 9 3 	 	 I R A N   J   P U B L I C   H E A L T H 	 I r a n   J .   P u b l i c   H e a l t h 	 	 2 0 1 7 	 4 6 	 2 	 	 	 	 	 1 6 5 	 1 7 2 	 	 	 	 8 	 P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h 	 P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h 	 E M 8 M E 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 5 6 4 6 0 0 0 0 2 	 2 8 4 5 1 5 5 0 	 
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 S h a n d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 b i w e i m i n t a c h @ 1 2 6 . c o m 	 	 	 	 	 B a r t h e l e m y   M ,   2 0 0 4 ,   E U R   P H Y S   J   B ,   V 3 8 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 0 / e p j b / e 2 0 0 4 - 0 0 1 1 1 - 4 ;   B a s t o s   J ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 7 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 5 0 1 3 ;   B E N J A M I N I   Y ,   1 9 9 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 7 ,   P 2 8 9 ;   B o n n e   N J ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   M E D ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g m 3 8 3 ;   B r z o z o w a   M ,   2 0 1 3 ,   W S P O L C Z E S N A   O N K O L ,   V 1 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 5 1 1 4 / w o . 2 0 1 3 . 3 3 7 6 5 ;   C E L E N Z A   J L ,   1 9 8 6 ,   S C I E N C E ,   V 2 3 3 ,   P 1 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 3 5 2 6 5 5 4 ;   C h e n   C ,   2 0 0 8 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 5 3 ,   P 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 0 9 ;   C h o u   K C ,   2 0 0 5 ,   C U R R   P R O T E I N   P E P T   S C ,   V 6 ,   P 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 9 2 0 3 0 5 7 7 4 3 2 9 3 6 8 ;   C h r i s t o f o r i   G ,   2 0 0 6 ,   N A T U R E ,   V 4 4 1 ,   P 4 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 4 8 7 2 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   C o x   D G ,   2 0 0 4 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 1 ,   P 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 1 9 0 6 ;   D i n g   Y X ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 3 8 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 5 6 4 4 ;   D u   X ,   2 0 1 4 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 2 0 ,   P 9 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 3 7 4 8 / w j g . v 2 0 . i 2 7 . 9 1 9 1 ;   E i b l   G ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 5 ,   P 9 8 2 ;   F a i t h   J J ,   2 0 0 7 ,   P L O S   B I O L ,   V 5 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 0 0 5 0 0 0 8 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   p E 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 2 1 0 ;   G o n z a l e z   C A ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 9 6 ,   p S 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 9 / B J N 2 0 0 6 1 6 9 9 ;   H a y t h o r n t h w a i t e   C . ,   1 9 9 6 ,   L I B   I N F O R M   S C I   R E S ,   V 1 8 ,   P 3 2 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 7 4 0 - 8 1 8 8 ( 9 6 ) 9 0 0 0 3 - 1 ;   H u s s a i n   M ,   2 0 1 6 ,   P H A R M A C O L   R E S ,   V 1 1 1 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h r s . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 2 7 ;   J O N E S   T A ,   1 9 9 3 ,   C Y T O G E N E T   C E L L   G E N E T ,   V 6 3 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 1 3 3 4 9 7 ;   K e l l e y   J R ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   E P I D E M I O L ,   V 5 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 5 - 4 3 5 6 ( 0 2 ) 0 0 5 3 4 - 6 ;   K i m   K J ,   2 0 1 5 ,   J   G A S T R I C   C A N C E R - J G C ,   V 1 5 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 5 2 3 0 / j g c . 2 0 1 5 . 1 5 . 3 . 2 0 1 ;   K u n i i   K ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 2 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 5 2 2 9 ;   L a n g s e n l e h n e r   U ,   2 0 0 6 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   P 1 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 5 - 2 0 5 5 ;   L i   Y ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 ,   P 8 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 4 - 1 1 6 7 ;   L i n   M T ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 0 ,   P 2 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 2 5 9 9 ;   M a   L ,   2 0 0 6 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 1 ,   P 2 8 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 6 0 1 5 7 6 2 0 0 ;   M a r   J C ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 5 4 4 5 ;   M e l l o   A A ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 0 4 9 2 ;   M e y e r   P E ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 4 6 1 ;   M o m e n - H e r a v i   F ,   2 0 1 4 ,   J   D E N T   R E S ,   V 9 3 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 2 2 0 3 4 5 1 4 5 3 1 0 1 8 ;   P a r k   J i n   Y o u n g ,   2 0 1 4 ,   C l i n   E n d o s c ,   V 4 7 ,   P 4 7 8 ,   D O I   1 0 . 5 9 4 6 / c e . 2 0 1 4 . 4 7 . 6 . 4 7 8 ;   P e p p e r   S D ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 2 7 3 ;   R a t h   N ,   2 0 1 2 ,   E M B O   R E P ,   V 1 3 ,   P 9 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o r . 2 0 1 2 . 1 2 7 ;   R i f a i   N ,   2 0 0 1 ,   C L I N   C H E M ,   V 4 7 ,   P 2 8 ;   S c h a n k   T ,   2 0 0 4 ,   A P P R O X I M A T I N G   C L U S T E ;   S h i n   J A ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   E N D O C R I N O L ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 1 0 4 3 1 8 ;   T i b s h i r a n i   R ,   2 0 1 1 ,   S A M R   S A M   S I G N I F I C A N C ;   T u s h e r   V G ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 5 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 0 6 2 4 9 8 ;   W a n g   S ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 3 8 9 1 ;   W a n g   X F ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 3 2 1 3 ;   W a n g   Z ,   2 0 1 4 ,   G A S T R O E N T   R E S   P R A C T ,   V 2 0 1 4 ;   W a s s e r m a n   S . ,   1 9 9 4 ,   S O C I A L   N E T W O R K   A N A L ;   Y o s h i z a w a   J M ,   2 0 1 3 ,   C L I N   M I C R O B I O L   R E V ,   V 2 6 ,   P 7 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / C M R . 0 0 0 2 1 - 1 3 ;   Y o s h i z a w a   J a n i c e   M ,   2 0 1 3 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 9 3 6 ,   P 3 1 3 ;   Z h e n g   B Q ,   2 0 1 1 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 7 ,   P 7 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 1 - 1 7 1 4 	 4 6 	 0 	 0 	 0 	 0 	 Z E R B I N I S   M E D I C A L   P U B L 	 A T H E N S 	 4 2   A N T I F I L O U   S T R ,   A T H E N S ,   1 5 7   7 1 ,   G R E E C E 	 1 1 0 7 - 0 6 2 5 	 	 	 J   B U O N 	 J .   B U O N 	 J A N - F E B 	 2 0 1 7 	 2 2 	 1 	 	 	 	 	 1 1 9 	 1 2 5 	 	 	 	 7 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E P 1 W P 	 W O S : 0 0 0 3 9 7 1 7 5 3 0 0 0 1 5 	 2 8 3 6 5 9 4 4 	 
 
 J 	 I k u s h i m a ,   K ;   A r i m u r a ,   H ;   J i n ,   Z ;   Y a b u - u c h i ,   H ;   K u w a z u r u ,   J ;   S h i o y a m a ,   Y ;   S a s a k i ,   T ;   H o n d a ,   H ;   S a s a k i ,   M 	 	 	 	 I k u s h i m a ,   K o u j i r o ;   A r i m u r a ,   H i d e t a k a ;   J i n ,   Z e ;   Y a b u - u c h i ,   H i d e t a k e ;   K u w a z u r u ,   J u m p e i ;   S h i o y a m a ,   Y o s h i y u k i ;   S a s a k i ,   T o m o n a r i ;   H o n d a ,   H i r o s h i ;   S a s a k i ,   M a s a y u k i 	 	 	 C o m p u t e r - a s s i s t e d   f r a m e w o r k   f o r   m a c h i n e - l e a r n i n g - b a s e d   d e l i n e a t i o n   o f   G T V   r e g i o n s   o n   d a t a s e t s   o f   p l a n n i n g   C T   a n d   P E T / C T   i m a g e s 	 J O U R N A L   O F   R A D I A T I O N   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 g r o s s   t u m o r   v o l u m e   ( G T V ) ;   p l a n n i n g   c o m p u t e d   t o m o g r a p h y ;   F - 1 8 - f l u o r o d e o x y g l u c o s e   ( F D G ) - p o s i t r o n   e m i s s i o n   t o m o g r a p h y   ( P E T ) ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   i m a g e   s e g m e n t a t i o n 	 T A R G E T   V O L U M E   D E L I N E A T I O N ;   P O S I T R O N - E M I S S I O N - T O M O G R A P H Y ;   L U N G - T U M O R ;   S E G M E N T A T I O N ;   R A D I O T H E R A P Y ;   D E F I N I T I O N ;   C A N C E R ;   M E T H O D O L O G Y ;   V A L I D A T I O N ;   P R O S T A T E 	 W e   h a v e   p r o p o s e d   a   c o m p u t e r - a s s i s t e d   f r a m e w o r k   f o r   m a c h i n e - l e a r n i n g - b a s e d   d e l i n e a t i o n   o f   g r o s s   t u m o r   v o l u m e s   ( G T V s )   f o l l o w i n g   a n   o p t i m u m   c o n t o u r   s e l e c t i o n   ( O C S )   m e t h o d .   T h e   k e y   i d e a   o f   t h e   p r o p o s e d   f r a m e w o r k   w a s   t o   f e e d   i m a g e   f e a t u r e s   a r o u n d   G T V   c o n t o u r s   ( d e t e r m i n e d   b a s e d   o n   t h e   k n o w l e d g e   o f   r a d i a t i o n   o n c o l o g i s t s )   i n t o   a   m a c h i n e - l e a r n i n g   c l a s s i f i e r   d u r i n g   t h e   t r a i n i n g   s t e p ,   a f t e r   w h i c h   t h e   c l a s s i f i e r   p r o d u c e s   t h e   ' d e g r e e   o f   G T V '   f o r   e a c h   v o x e l   i n   t h e   t e s t i n g   s t e p .   I n i t i a l   G T V   r e g i o n s   w e r e   e x t r a c t e d   u s i n g   a   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   t h a t   l e a r n e d   t h e   i m a g e   f e a t u r e s   i n s i d e   a n d   o u t s i d e   e a c h   t u m o r   r e g i o n   ( d e t e r m i n e d   b y   r a d i a t i o n   o n c o l o g i s t s ) .   T h e   l e a v e - o n e - o u t - b y - p a t i e n t   t e s t   w a s   e m p l o y e d   f o r   t r a i n i n g   a n d   t e s t i n g   t h e   s t e p s   o f   t h e   p r o p o s e d   f r a m e w o r k .   T h e   f i n a l   G T V   r e g i o n s   w e r e   d e t e r m i n e d   u s i n g   t h e   O C S   m e t h o d   t h a t   c a n   b e   u s e d   t o   s e l e c t   a   g l o b a l   o p t i m u m   o b j e c t   c o n t o u r   b a s e d   o n   m u l t i p l e   a c t i v e   d e l i n e a t i o n s   w i t h   a   L S M   a r o u n d   t h e   G T V .   T h e   e f f i c a c y   o f   t h e   p r o p o s e d   f r a m e w o r k   w a s   e v a l u a t e d   i n   1 4   l u n g   c a n c e r   c a s e s   [ s o l i d :   6 ,   g r o u n d - g l a s s   o p a c i t y   ( G G O ) :   4 ,   m i x e d   G G O :   4 ]   u s i n g   t h e   3 D   D i c e   s i m i l a r i t y   c o e f f i c i e n t   ( D S C ) ,   w h i c h   d e n o t e s   t h e   d e g r e e   o f   r e g i o n   s i m i l a r i t y   b e t w e e n   t h e   G T V s   c o n t o u r e d   b y   r a d i a t i o n   o n c o l o g i s t s   a n d   t h o s e   d e t e r m i n e d   u s i n g   t h e   p r o p o s e d   f r a m e w o r k .   T h e   p r o p o s e d   f r a m e w o r k   a c h i e v e d   a n   a v e r a g e   D S C   o f   0 . 7 7 7   f o r   1 4   c a s e s ,   w h e r e a s   t h e   O C S - b a s e d   f r a m e w o r k   p r o d u c e d   a n   a v e r a g e   D S C   o f   0 . 5 0 7 .   T h e   a v e r a g e   D S C s   f o r   G G O   a n d   m i x e d   G G O   w e r e   0 . 7 6 3   a n d   0 . 7 0 1 ,   r e s p e c t i v e l y ,   o b t a i n e d   b y   t h e   p r o p o s e d   f r a m e w o r k .   T h e   p r o p o s e d   f r a m e w o r k   c a n   b e   e m p l o y e d   a s   a   t o o l   t o   a s s i s t   r a d i a t i o n   o n c o l o g i s t s   i n   d e l i n e a t i n g   v a r i o u s   G T V   r e g i o n s . 	 [ I k u s h i m a ,   K o u j i r o ;   J i n ,   Z e ]   K y u s h u   U n i v ,   G r a d   S c h   M e d   S c i ,   H i g a s h i   K u ,   3 - 1 - 1   M a i d a s h i ,   F u k u o k a   8 1 2 8 5 8 2 ,   J a p a n ;   [ A r i m u r a ,   H i d e t a k a ;   Y a b u - u c h i ,   H i d e t a k e ;   S a s a k i ,   T o m o n a r i ;   H o n d a ,   H i r o s h i ;   S a s a k i ,   M a s a y u k i ]   K y u s h u   U n i v ,   F a c   M e d   S c i ,   H i g a s h i   K u ,   3 - 1 - 1   M a i d a s h i ,   F u k u o k a   8 1 2 8 5 8 2 ,   J a p a n ;   [ J i n ,   Z e ]   J a p a n   S o c   P r o m o t   S c i ,   T o k y o ,   J a p a n ;   [ K u w a z u r u ,   J u m p e i ]   S a i s e i k a i   F u k u o k a   G e n   H o s p ,   C h u o   K u ,   1 - 3 - 4 6   T e n j i n ,   F u k u o k a   8 1 0 0 0 0 1 ,   J a p a n ;   [ S h i o y a m a ,   Y o s h i y u k i ]   S a g a   H e a v y   I o n   M e d   A c c e l e r a t o r   T o s u ,   4 1 5   H a r a k o g a   C h o ,   T o s u ,   S a g a   8 4 1 0 0 7 1 ,   J a p a n 	 A r i m u r a ,   H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K y u s h u   U n i v ,   F a c   M e d   S c i ,   D e p t   H l t h   S c i ,   D i v   Q u a n t u m   R a d i a t   S c i , H i g a s h i   K u ,   3 - 1 - 1   M a i d a s h i ,   F u k u o k a   8 1 2 8 5 8 2 ,   J a p a n . 	 a r i m u r a h @ m e d . k y u s h u - u . a c . j p 	 	 	 J S P S   K A K E N H I   [ 2 6 6 7 0 3 0 1 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   J S P S   K A K E N H I   G r a n t   n o .   2 6 6 7 0 3 0 1   ( G r a n t - i n - A i d   f o r   C h a l l e n g i n g   E x p l o r a t o r y   R e s e a r c h ) . 	 A r i m u r a   H ,   2 0 0 9 ,   A L G O R I T H M S ,   V 2 ,   P 9 2 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / A 2 0 3 0 9 2 5 ;   A r i m u r a   H ,   2 0 1 2 ,   J   R A D I A T   R E S ,   V 5 3 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j r r / r r s 0 4 3 ;   A r i s t o p h a n o u s   M ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 4 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 7 9 1 0 3 5 ;   B e l h a s s e n   S ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 3 0 1 6 1 0 ;   C h a o   K S C ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 8 ,   P 1 5 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 3 7 ;   C r u m   W R ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 1 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 6 . 8 8 0 5 8 7 ;   C u i   H ,   2 0 1 2 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 5 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 2 . 6 3 4 7 2 1 1 ;   D a y   E ,   2 0 0 9 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 6 ,   P 4 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 2 1 3 0 9 9 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 4 7 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 7 9 9 8 8 6 ;   G e e t s   X ,   2 0 0 7 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 4 ,   P 1 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 0 6 - 0 3 6 3 - 4 ;   H a t t   M ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 8 ,   P 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 0 - 1 6 8 8 - 6 ;   H E R M A N   G T ,   1 9 9 2 ,   I E E E   C O M P U T   G R A P H ,   V 1 2 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 8 . 1 3 5 9 1 5 ;   I n t e r n a t i o n a l   C o m m i s s i o n   o n   R a d i a t i o n   U n i t s   &   M e a s u r e m e n t s   ( I C R U ) ,   1 9 9 9 ,   5 0   I C R U   S ,   P 8 3 3 ;   J i n   Z ,   2 0 1 4 ,   J   R A D I A T   R E S ,   V 5 5 ,   P 1 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j r r / r r u 0 5 6 ;   J o a c h i m s   T ,   2 0 0 8 ,   S V M L I G H T   V E R S I O N   6   0 ;   K e r h e t   A ,   2 0 1 0 ,   C U R R   O N C O L ,   V 1 7 ,   P 4 1 ;   N a k a y a m a   H ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 6 ,   P 3 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 5 2 4 4 ;   N i y a z i   M ,   2 0 1 3 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 8 - 7 1 7 X - 8 - 1 8 0 ;   R o u s s o n   M ,   2 0 0 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 7 6 5 ,   P 2 5 1 ;   S e t h i a n   J . ,   1 9 9 9 ,   L E V E L   S E T   M E T H O D S   F A ;   T o k u n a g a   C ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   S C I ,   V 6 ,   P 3 2 7 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 9 9 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   W a n e t   M ,   2 0 1 1 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 8 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 6 ;   W e i s s   E ,   2 0 0 3 ,   S T R A H L E N T H E R   O N K O L ,   V 1 7 9 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 6 6 - 0 0 3 - 0 9 7 6 - 5 ;   Z h a n g   T i e j i a o ,   2 0 1 0 ,   F u k u o k a   A c t a   M e d i c a ,   V 1 0 1 ,   P 2 3 8 	 2 5 	 0 	 0 	 4 	 4 	 O X F O R D   U N I V   P R E S S 	 O X F O R D 	 G R E A T   C L A R E N D O N   S T ,   O X F O R D   O X 2   6 D P ,   E N G L A N D 	 0 4 4 9 - 3 0 6 0 	 1 3 4 9 - 9 1 5 7 	 	 J   R A D I A T   R E S 	 J .   R a d i a t .   R e s . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 5 8 	 1 	 	 	 	 	 1 2 3 	 1 3 4 	 	 1 0 . 1 0 9 3 / j r r / r r w 0 8 2 	 	 1 2 	 B i o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E O 1 M S 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 4 6 3 2 0 0 0 1 5 	 2 7 6 0 9 1 9 3 	 
 
 J 	 W a n g ,   Y Z ;   A g h a e i ,   F ;   Z a r a f s h a n i ,   A ;   Q i u ,   Y C ;   Q i a n ,   W ;   Z h e n g ,   B 	 	 	 	 W a n g ,   Y u n z h i ;   A g h a e i ,   F a r a n a k ;   Z a r a f s h a n i ,   A l i ;   Q i u ,   Y u c h e n ;   Q i a n ,   W e i ;   Z h e n g ,   B i n 	 	 	 C o m p u t e r - a i d e d   c l a s s i f i c a t i o n   o f   m a m m o g r a p h i c   m a s s e s   u s i n g   v i s u a l l y   s e n s i t i v e   i m a g e   f e a t u r e s 	 J O U R N A L   O F   X - R A Y   S C I E N C E   A N D   T E C H N O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C o m p u t e r   a i d e d   d i a g n o s i s   ( C A D ) ;   c l a s s i f i c a t i o n   o f   m a m m o g r a p h i c   m a s s e s ;   q u a n t i f i c a t i o n   o f   v i s u a l l y   s e n s i t i v e   i m a g e   f e a t u r e s ;   q u a n t i t a t i v e   i m a g e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   i n   C A D 	 B R E A S T - C A N C E R ;   S C R E E N I N G   M A M M O G R A P H Y ;   D I G I T A L   M A M M O G R A M S ;   Q U A N T I T A T I V E   I M A G E ;   M A L I G N A N T   M A S S E S ;   N E U R A L - N E T W O R K S ;   D I A G N O S I S ;   T O M O S Y N T H E S I S ;   P E R F O R M A N C E ;   S Y S T E M 	 P U R P O S E :   T o   d e v e l o p   a   n e w   c o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s   ( C A D )   s c h e m e   t h a t   c o m p u t e s   v i s u a l l y   s e n s i t i v e   i m a g e   f e a t u r e s   r o u t i n e l y   u s e d   b y   r a d i o l o g i s t s   t o   d e v e l o p   a   m a c h i n e   l e a r n i n g   c l a s s i f i e r   a n d   d i s t i n g u i s h   b e t w e e n   t h e   m a l i g n a n t   a n d   b e n i g n   b r e a s t   m a s s e s   d e t e c t e d   f r o m   d i g i t a l   m a m m o g r a m s .   M E T H O D S :   A n   i m a g e   d a t a s e t   i n c l u d i n g   3 0 1   b r e a s t   m a s s e s   w a s   r e t r o s p e c t i v e l y   s e l e c t e d .   F r o m   e a c h   s e g m e n t e d   m a s s   r e g i o n ,   w e   c o m p u t e d   i m a g e   f e a t u r e s   t h a t   m i m i c   f i v e   c a t e g o r i e s   o f   v i s u a l l y   s e n s i t i v e   f e a t u r e s   r o u t i n e l y   u s e d   b y   r a d i o l o g i s t s   i n   r e a d i n g   m a m m o g r a m s .   W e   t h e n   s e l e c t e d   f i v e   o p t i m a l   f e a t u r e s   i n   t h e   f i v e   f e a t u r e   c a t e g o r i e s   a n d   a p p l i e d   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   m o d e l s   f o r   c l a s s i f i c a t i o n .   A   n e w   C A D   i n t e r f a c e   w a s   a l s o   d e s i g n e d   t o   s h o w   l e s i o n   s e g m e n t a t i o n ,   c o m p u t e d   f e a t u r e   v a l u e s   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   s c o r e .   R E S U L T S :   A r e a s   u n d e r   R O C   c u r v e s   ( A U C )   w e r e   0 . 7 8 6   + / -   0 . 0 2 6   a n d   0 . 7 5 8  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 c o n v e n t i o n a l   C A D   a p p r o a c h e s ,   w h i c h   i n v o l v e   m a n y   c o m p l i c a t e d   a n d   v i s u a l l y   i n s e n s i t i v e   t e x t u r e   f e a t u r e s . 	 [ W a n g ,   Y u n z h i ;   A g h a e i ,   F a r a n a k ;   Z a r a f s h a n i ,   A l i ;   Q i u ,   Y u c h e n ;   Z h e n g ,   B i n ]   U n i v   O k l a h o m a ,   S c h   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   N o r m a n ,   O K   7 3 0 1 9   U S A ;   [ Q i a n ,   W e i ]   U n i v   T e x a s   E l   P a s o ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   E l   P a s o ,   T X   7 9 9 6 8   U S A ;   [ Q i a n ,   W e i ]   N o r t h e a s t e r n   U n i v ,   S i n o   D u t c h   B i o m e d   &   I n f o r m a t   E n g n ,   S h e n y a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 W a n g ,   Y Z   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S t e p h e n s o n   R e s   T e c h n o l   C t r ,   S c h   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   1 0 1   D a v i d   L   B o r e n   B l v d , S u i t e   1 0 0 1 ,   N o r m a n ,   O K   7 3 0 1 9   U S A . 	 Y u n z h i . W a n g - 1 @ o u . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ R 0 1 C A 1 6 0 2 0 5 ,   R 0 1 C A 1 9 7 1 5 0 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   G r a n t s   o f   R 0 1 C A 1 6 0 2 0 5   a n d   R 0 1 C A 1 9 7 1 5 0   f r o m   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e ,   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   a l s o   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   t h e   s u p p o r t   f r o m   t h e   P e g g y   a n d   C h a r l e s   S t e p h e n s o n   C a n c e r   C e n t e r ,   U n i v e r s i t y   o f   O k l a h o m a   a s   w e l l . 	 A g h a e i   F a r a n a k ,   2 0 1 6 ,   J   M a g n   R e s o n   I m a g i n g ,   V 4 4 ,   P 1 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 5 2 7 6 ;   A y e r   T u r g a y ,   2 0 1 0 ,   I m a g i n g   M e d ,   V 2 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / i i m . 1 0 . 2 4 ;   B r o d e r s e n   J ,   2 0 1 3 ,   A N N   F A M   M E D ,   V 1 1 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 0 / a f m . 1 4 6 6 ;   C h e n   M Y ,   2 0 1 6 ,   J   X - R A Y   S C I   T E C H N O L ,   V 2 4 ,   P 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / X S T - 1 6 0 5 7 8 ;   E i s e n h a u e r   E A ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 5 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 2 6 ;   E m a m i n e j a d   N ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 3 ,   P 1 0 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 5 . 2 4 7 7 6 8 8 ;   G u n d r e d d y   R R ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 4 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 2 6 8 1 ;   G u r   D ,   2 0 0 9 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 9 3 ,   P 5 8 6 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 0 8 . 2 0 3 1 ;   H a d j i i s k i   L ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 8 ,   P 1 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 8 1 9 3 2 7 ;   H u o   Z M ,   2 0 0 0 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 7 ,   P 1 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 7 6 - 6 3 3 2 ( 0 0 ) 8 0 0 6 0 - 4 ;   I s h i b u c h i   H ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   A P P R O X   R E A S O N ,   V 4 4 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j a r . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 0 4 ;   K u l k a r n i   M ,   2 0 1 6 ,   J   X - R A Y   S C I   T E C H N O L ,   V 2 4 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / X S T - 1 6 0 5 4 3 ;   K u p i n s k i   M A ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 7 ,   P 5 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 7 3 0 3 9 6 ;   L i m   W K ,   2 0 0 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 1 ,   P 1 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 7 0 8 6 4 3 ;   L i u   X . ,   2 0 1 0 ,   4   I N T   C   B I O I N F   B I O M ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / I C B B E . 2 0 1 0 . 5 5 1 8 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C B B E . 2 0 1 0 . 5 5 1 8 2 8 4 ] ;   M a l l i o r i   A ,   2 0 1 6 ,   J   X - R A Y   S C I   T E C H N O L ,   V 2 4 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / X S T - 1 6 0 5 3 8 ;   M i d y a   A . ,   2 0 1 4 ,   1 2   I N T   S   B I O M   I M   I S B ,   P 4 1 1 ;   M u d i g o n d a   N R ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 9 ,   P 1 0 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 8 8 7 6 1 8 ;   N i s h i k a w a   R M ,   2 0 1 4 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 1 ,   P 1 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 1 8 ;   O l i v e r   A ,   2 0 1 0 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 4 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 5 ;   S c h e l l   M J ,   2 0 0 7 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 3 ,   P 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 3 3 0 6 0 3 7 2 ;   T a n   M ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 7 6 1 9 ;   T a n   M X ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 9 ,   P 1 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 4 - 0 9 9 2 - 1 ;   T a n   M ,   2 0 1 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 9 ,   P 4 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 9 / 1 5 / 4 3 5 7 ;   t e   B r a k e   G M ,   2 0 0 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 5 ,   P 2 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 5 / 1 0 / 3 0 8 ;   V a r e l a   C ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 1 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 1 / 2 / 0 1 6 ;   V a r m a   S ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 9 1 ;   W a n g   X H ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   M E D   I N F O R M ,   V 5 4 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 8 6 - 5 0 5 6 ( 9 8 ) 0 0 1 7 4 - 9 ;   W a n g   X W ,   2 0 1 2 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 2 - 9 4 5 1 - 0 ;   W a n g   X W ,   2 0 1 1 ,   M E D   E N G   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 9 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d e n g p h y . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 1 ;   W a n g   Y . ,   2 0 1 6 ,   B M C   M E D   I M A G I N G ,   P 5 2 ;   Y a n g   Q ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 0 3 2 8 0 ;   Z h e n g   B ,   2 0 0 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 8 ,   P 2 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 4 1 2 2 4 0 ;   Z h e n g   B ,   1 9 9 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 3 ,   P 2 0 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 7 7 7 5 ;   Z h e n g   B ,   2 0 0 7 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 6 5 1 5 ,   p M 5 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 7 0 5 7 5 6 	 3 5 	 0 	 0 	 6 	 6 	 I O S   P R E S S 	 A M S T E R D A M 	 N I E U W E   H E M W E G   6 B ,   1 0 1 3   B G   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 8 9 5 - 3 9 9 6 	 1 0 9 5 - 9 1 1 4 	 	 J   X - R A Y   S C I   T E C H N O L 	 J .   X - R a y   S c i .   T e c h n o l . 	 	 2 0 1 7 	 2 5 	 1 	 	 	 	 	 1 7 1 	 1 8 6 	 	 1 0 . 3 2 3 3 / X S T - 1 6 2 1 2 	 	 1 6 	 I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   O p t i c s ;   P h y s i c s ,   A p p l i e d 	 I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   O p t i c s ;   P h y s i c s 	 E M 5 A J 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 3 2 4 0 0 0 0 1 2 	 	 
 
 J 	 S a l e m ,   H ;   A t t i y a ,   G ;   E l - F i s h a w y ,   N 	 	 	 	 S a l e m ,   H a n a a ;   A t t i y a ,   G a m a l ;   E l - F i s h a w y ,   N a w a l 	 	 	 C l a s s i f i c a t i o n   o f   h u m a n   c a n c e r   d i s e a s e s   b y   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s 	 A P P L I E D   S O F T   C O M P U T I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C a n c e r   d i a g n o s i s / c l a s s i f i c a t i o n ;   D N A   m i c r o a r r a y ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   G e n e   e x p r e s s i o n ;   G e n e t i c   a l g o r i t h m ;   I n f o r m a t i o n   g a i n ;   M a c h i n e   l e a r n i n g 	 M I C R O A R R A Y   D A T A ;   S E L E C T I O N ;   P R E D I C T I O N ;   A L G O R I T H M ;   M A C H I N E ;   S U R V I V A L ;   T U M O R 	 A   c a n c e r s   d i s e a s e   i n   v i r t u a l l y   a n y   o f   i t s   t y p e s   p r e s e n t s   a   s i g n i f i c a n t   r e a s o n   b e h i n d   d e a t h   s u r r o u n d i n g   t h e   w o r l d .   I n   c a n c e r   a n a l y s i s ,   c l a s s i f i c a t i o n   o f   v a r i e d   t u m o r   t y p e s   i s   o f   t h e   g r e a t e s t   i m p o r t a n c e .   M i c r o a r r a y   g e n e   e x p r e s s i o n s   d a t a s e t s   i n v e s t i g a t i o n   h a s   b e e n   s e e m e d   t o   p r o v i d e   a   s u c c e s s f u l   f r a m e w o r k   f o r   r e v i s i n g   t u m o r   a n d   g e n e t i c   d i s e a s e s .   D e s p i t e   t h e   f a c t   t h a t   s t a n d a r d   m a c h i n e   l e a r n i n g   M L   s t r a t e g i e s   h a v e   e f f e c t i v e l y   b e e n   v a l u a b l e   t o   r e a l i z e   s i g n i f i c a n t   g e n e s   a n d   c l a s s i f y   c a t e g o r y   t y p e   f o r   n e w   c a s e s ,   r e g u l a r   l i m i t a t i o n s   o f   D N A   m i c r o a r r a y   d a t a   a n a l y s i s ,   f o r   e x a m p l e ,   t h e   s m a l l   s i z e   o f   a n   i n s t a n c e ,   a n   i n c r e d i b l e   f e a t u r e   n u m b e r ,   y e t   r e a s o n   f o r   l i m i t a t i o n   i t s   i n v e s t i g a t i v e ,   m e d i c a l   a n d   l o g i c a l   u s e s .   E x t e n d i n g   t h e   i n t e r p r e t a b i l i t y   o f   e x p e c t a t i o n   a n d   f o r e c a s t   a p p r o a c h e s   w h i l e   h o l d i n g   a   g r e a t   p r e c i s i o n   w o u l d   h e l p   t o   a n a l y s i s   g e n e s   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s   i n f o r m a t i o n   i n   D N A   m i c r o a r r a y   d a t a s e t   a l l   t h e   m o s t   r e a s o n a b l e   a n d   p r o f i c i e n t l y .   T h i s   p a p e r   p r e s e n t s   a   n e w   m e t h o d o l o g y   b a s e d   o n   t h e   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s   t o   c l a s s i f y   h u m a n   c a n c e r   d i s e a s e s .   T h e   p r o p o s e d   m e t h o d o l o g y  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 m e t h o d o l o g i e s   s h o w s   t h a t   n o   c l a s s i f i c a t i o n   t e c h n i q u e   c o m m o n l y   o u t p e r f o r m s   a l l   t h e   o t h e r s ,   h o w e v e r ,   G e n e t i c   A l g o r i t h m   i m p r o v e   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   p e r f o r m a n c e   o f   o t h e r   c l a s s i f i e r s   g e n e r a l l y .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   B . V .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ S a l e m ,   H a n a a ]   D e l t a   U n i v ,   C o m m u n   &   C o m p   D e p t ,   F a c   E n g n ,   B e l k a s ,   D a k a h l i a   G o v e r n ,   E g y p t ;   [ A t t i y a ,   G a m a l ;   E l - F i s h a w y ,   N a w a l ]   M e n o u f i a   U n i v ,   F a c   E l e c t   E n g n ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   S h i b i n   A l   K a w m ,   M e n o f i a   G o v e r n o ,   E g y p t 	 S a l e m ,   H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D e l t a   U n i v ,   C o m m u n   &   C o m p   D e p t ,   F a c   E n g n ,   B e l k a s ,   D a k a h l i a   G o v e r n ,   E g y p t . 	 h a n a _ f u t u r e @ h o t m a i l . c o m ;   g a m a l . a t t i y a @ y a h o o . c o m ;   n e l f i s h a w y @ h o t m a i l . c o m 	 	 	 	 	 G i l b e r t   D . ,   2 0 0 3 ,   A P P L   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 ,   P 7 5 ;   A h m a d   F K ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   B I O M E T R I C S   B I O ,   V 3 ,   P 3 1 ;   A l o n   U ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 6 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 1 2 . 6 7 4 5 ;   A l s h a m l a n   H M ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   C H E M ,   V 5 6 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 1 ;   A l s h a m l a n   H .   M . ,   2 0 1 3 ,   P   W O R L D   C   E N G ,   V 2 ,   P 1 ;   A m m u   P .   K ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T E R   A P P L ,   V 6 1 ,   P 3 9 ;   A r l o t   S . ,   2 0 1 0 ,   S T A T   S U R V ,   V 4 ,   P 4 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 9 - S S 0 5 4 ;   B a r d   E . ,   2 0 1 1 ,   J   C A N C   T H E R A P Y ,   V 2 ,   P 1 4 8 ;   B e e r   D G ,   2 0 0 2 ,   N A T   M E D ,   V 8 ,   P 8 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 7 3 3 ;   C h a k r a b o r t y   G ,   2 0 1 3 ,   I E E E   S Y S   M A N   C Y B E R N ,   P 2 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S M C . 2 0 1 3 . 4 4 9 ;   C r u z   J o s e p h   A ,   2 0 0 7 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 2 ,   P 5 9 ;   D a n j u m a   K . J . ,   2 0 1 5 ,   I J C S I   I N T   J   C O M P U T   S ,   V 1 2 ;   E l s h o r b a g y   A ,   2 0 0 9 ,   J   H Y D R O I N F O R M ,   V 1 1 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 1 6 6 / h y d r o . 2 0 0 9 . 0 3 2 ;   E L Y A S I G O M A R I   V ,   2 0 1 5 ,   C A N C   C L A S S I F I C A T I O N ,   V 3 5 ,   P 4 3 ;   G h a h e r i   A l i ,   2 0 1 5 ,   O m a n   M e d   J ,   V 3 0 ,   P 4 0 6 ,   D O I   1 0 . 5 0 0 1 / o m j . 2 0 1 5 . 8 2 ;   G i u s t o l i s i   O ,   2 0 0 6 ,   J   H Y D R O I N F O R M ,   V 8 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 2 1 6 6 / h y d r o . 2 0 0 6 . 0 2 0 ;   G l a a b   E ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 9 9 3 2 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G u n a v a t h i   C . ,   2 0 1 4 ,   W O R L D   A C A D   S C I   E N G   T ,   V 8 ,   P 1 3 9 0 ;   H e n g p r a p r o h m   S . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 1 ,   P 2 9 ;   H e n g p r a p r o h m   S . ,   2 0 1 3 ,   J   S I G N A L   P R O C E S S   S Y S ,   V 1 ,   P 2 9 ;   H e r n a n d e z   J C H ,   2 0 0 7 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 4 4 7 ,   P 9 0 ;   H o l l a n d   J   H ,   1 9 9 2 ,   A D A P T A T I O N   N A T U R E   A R ;   H U E R T A   E B ,   2 0 1 0 ,   E L   S E V I E R   P A T T E R N   R E ,   V 7 3 ,   P 2 3 7 5 ;   J e y a c h i d r a   J . ,   2 0 1 3 ,   J o u r n a l   o f   T h e o r e t i c a l   a n d   A p p l i e d   I n f o r m a t i o n   T e c h n o l o g y ,   V 5 3 ,   P 1 0 7 ;   J e y a c h i d r a   J . ,   2 0 1 3 ,   I E E E   I N T   C   I N F   C O M M ,   P 1 0 8 8 ;   K a r z y n s k i   M ,   2 0 0 3 ,   A R T I F   I N T E L L   R E V ,   V 2 0 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 6 0 3 2 5 3 0 1 6 6 ;   K h a n   M . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   I N F O R M   T E C H N   B ,   V 5 ,   P 5 9 7 ;   K h a s h e i   M ,   2 0 1 2 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 2 7 ,   P 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 2 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   L u q u e - B a e n a   R .   M . ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C A N C   M I C R O A R R A Y ,   P 5 5 ;   M a o   Z Y ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 6 ,   P 5 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 0 9 ;   L u q u e - B a e n a   R M ,   2 0 1 4 ,   T H E O R   B I O L   M E D   M O D E L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 2 - 4 6 8 2 - 1 1 - S 1 - S 7 ;   M i t c h e l l   T .   M . ,   1 9 9 7 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   N G U Y E N   T ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E   I N S P I R E D   A L G O ,   V 3 1 6 ,   P 2 9 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . I N S . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 1 2 ;   O m a r   S a l i m a ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T E R   A P P L ,   V 7 9 ,   P 3 3 ;   P a t i l   S . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   E M E R G I N G   T E C H N ,   V 4 ,   P 1 1 0 ;   P i a o   Y ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 3 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 6 0 2 ;   P o m e r o y   S L ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 4 3 6 a ;   R e f a e i l z a d e h   L . T . H . L .   P a y a m ,   2 0 0 9 ,   E N C Y   D A T A B A S E   S Y S T E M ;   S a l e m   H . ,   2 0 1 5 ,   W U L F E N I A ,   V 2 2 ;   S a t h y a   S .   S . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   S O F T   C O M P U T   E N ,   V 2 ,   P 1 3 7 ;   S h i p p   M A ,   2 0 0 2 ,   N A T   M E D ,   V 8 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 0 1 0 2 - 6 8 ;   S i n g h   D ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 2 ) 0 0 0 3 0 - 2 ;   T o n g   D L ,   2 0 1 1 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 3 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 8 ;   V a n i t h a   C D A ,   2 0 1 5 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 4 7 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 5 . 0 3 . 1 7 8 ;   V i d h u   R . ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   A D V   R E S   C O M P U T ,   V 5 ,   P 3 5 ;   W a n g   H . ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F ;   W i g l e   D A ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 2 ,   P 3 0 0 5 ;   Y a n g   C H ,   2 0 1 3 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 0 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 3 . 2 7 ;   Y a n g   C H ,   2 0 1 0 ,   J   M E D   B I O L   E N G ,   V 3 0 ,   P 2 3 ;   Y i p   D K S ,   2 0 1 4 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 5 - 1 1 7 8 ;   Y u   H . ,   2 0 1 2 ,   T S I N G H U A   S C I   T E C H N O L ,   V 1 7 ,   P 6 6 	 5 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 5 6 8 - 4 9 4 6 	 1 8 7 2 - 9 6 8 1 	 	 A P P L   S O F T   C O M P U T 	 A p p l .   S o f t .   C o m p u t . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 5 0 	 	 	 	 	 	 1 2 4 	 1 3 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 2 6 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E N 2 I V 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 8 3 4 1 0 0 0 1 0 	 	 
 
 J 	 O s a w a ,   Y ;   A r a i ,   Y ;   T a k a y a m a ,   M ;   H i r a t a ,   T ;   K a w a s a k i ,   M ;   A b e ,   Y ;   I i n u m a ,   T ;   S a s a k i ,   S ;   H i r o s e ,   N 	 	 	 	 O s a w a ,   Y u s u k e ;   A r a i ,   Y a s u m i c h i ;   T a k a y a m a ,   M i c h i y o ;   H i r a t a ,   T a k u m i ;   K a w a s a k i ,   M i d o r i ;   A b e ,   Y u k i k o ;   I i n u m a ,   T o s h i m i t s u ;   S a s a k i ,   S a t o s h i ;   H i r o s e ,   N o b u y o s h i 	 	 	 I d e n t i f i c a t i o n   o f   d i e t a r y   p a t t e r n s   a n d   t h e i r   r e l a t i o n s h i p s   w i t h   g e n e r a l   a n d   o r a l   h e a l t h   i n   t h e   v e r y   o l d 	 A S I A   P A C I F I C   J O U R N A L   O F   C L I N I C A L   N U T R I T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 f o o d   c h o i c e ;   J a p a n ;   o r a l   f u n c t i o n ;   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ;   v e r y   o l d 	 E L D E R L Y   J A P A N E S E ;   O H S A K I   C O H O R T ;   F O O D - I N T A K E ;   A D U L T S ;   R I S K ;   L I F E ;   A S S O C I A T I O N ;   D I S E A S E ;   F R A I L T Y ;   C A N C E R 	 L i t t l e   i s   k n o w n   a b o u t   t h e   d i e t a r y   p a t t e r n s   o f   A s i a n   p o p u l a t i o n s   a g e d   > =   8 5   y e a r s   a n d   t h e i r   a s s o c i a t e d   f a c t o r s .   T h u s ,   w e   a i m e d   t o   ( 1 )   i d e n t i f y   t h e s e   d i e t a r y   p a t t e r n s   a n d   ( 2 )   c l a r i f y   t h e   r e l a t i o n s h i p s   b e t w e e n   t h e   d i e t a r y   p a t t e r n   a n d   h e a l t h   o u t c o m e s   i n   a   c o m m u n i t y - d w e l l i n g   v e r y   o l d   p o p u l a t i o n .   T h e   T o k y o   O l d e s t   O l d   S u r v e y   o n   T o t a l   H e a l t h   s t u d y   i s   a n   o b s e r v a t i o n a l   c o h o r t   s t u d y   c o m p r i s i n g   5 1 2  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 C t r   S u p e r c e n t e n a r i a n   M e d   R e s ,   S c h   M e d ,   T o k y o ,   J a p a n ;   [ O s a w a ,   Y u s u k e ]   K e i o   U n i v ,   S p o r t s   M e d   R e s   C t r ,   Y o k o h a m a ,   K a n a g a w a ,   J a p a n ;   [ T a k a y a m a ,   M i c h i y o ]   K e i o   U n i v ,   C t r   P r e v e n t   M e d ,   S c h   M e d ,   T o k y o ,   J a p a n ;   [ I i n u m a ,   T o s h i m i t s u ]   N i h o n   U n i v ,   D e p t   C o m p l e t e   D e n t u r e   P r o s t h o d o n t ,   S c h   D e n t ,   T o k y o ,   J a p a n ;   [ S a s a k i ,   S a t o s h i ]   U n i v   T o k y o ,   S c h   P u b l   H l t h ,   D e p t   S o c i a l   &   P r e v e n t   E p i d e m i o l ,   T o k y o ,   J a p a n 	 O s a w a ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K e i o   U n i v ,   S c h   M e d ,   C t r   S u p e r c e n t e n a r i a n   M e d   R e s ,   S h i n j u k u   K u ,   3 5   S h i n a n o m a c h i ,   T o k y o   1 6 0 8 5 8 2 ,   J a p a n . 	 y o s a w a 1 0 2 8 @ g m a i l . c o m 	 	 	 J a p a n   S o c i e t y   f o r   t h e   P r o m o t i o n   o f   S c i e n c e   [ 2 1 3 9 0 2 4 5 ,   2 0 5 9 0 7 0 6 ,   2 1 5 9 0 7 7 5 ] ;   J a p a n   M i n i s t r y   o f   A g r i c u l t u r e ,   F o r e s t r y ,   a n d   F i s h e r i e s ;   F o u n d a t i o n   f o r   T o t a l   H e a l t h   P r o m o t i o n ;   C h i y o d a   M u t u a l   L i f e   F o u n d a t i o n ;   N a k a t o m i   F o u n d a t i o n ;   D a i i c h i   S a n k y o   C o m p a n y   L i m i t e d ;   T a k e d a   P h a r m a c e u t i c a l   C o m p a n y   L i m i t e d ;   M S D   K . K . 	 W e   t h a n k   t h e   p a r t i c i p a n t s   a n d   t h e i r   f a m i l i e s   f o r   t h e i r   t i m e   a n d   p e r s o n a l   i n f o r m a t i o n   a s   w e l l   a s   M s .   M i h o   S h i m u r a   f o r   h e r   k i n d   a s s i s t a n c e .   T h i s   s t u d y   w a s   f u n d e d   b y   t h e   G r a n t s - i n - A i d   f o r   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   [ ( B )   ( N o .   2 1 3 9 0 2 4 5 )   a n d   ( C )   ( N o   2 0 5 9 0 7 0 6 ,   2 1 5 9 0 7 7 5 ) ]   f r o m   t h e   J a p a n   S o c i e t y   f o r   t h e   P r o m o t i o n   o f   S c i e n c e   a s   w e l l   a s   t h e   m e d i c a l - w e l f a r e - f o o d - a g r i c u l t u r e   c o l l a b o r a t i n g   c o n s o r t i u m   p r o j e c t   f r o m   J a p a n   M i n i s t r y   o f   A g r i c u l t u r e ,   F o r e s t r y ,   a n d   F i s h e r i e s ,   t h e   F o u n d a t i o n   f o r   T o t a l   H e a l t h   P r o m o t i o n ,   t h e   C h i y o d a   M u t u a l   L i f e   F o u n d a t i o n ,   a n d   t h e   N a k a t o m i   F o u n d a t i o n .   D r   A r a i   r e c e i v e d   a   r e s e a r c h   g r a n t   f r o m   D a i i c h i   S a n k y o   C o m p a n y   L i m i t e d   a n d   T a k e d a   P h a r m a c e u t i c a l   C o m p a n y   L i m i t e d .   D r   H i r o s e   r e c e i v e d   a r e   s e a r c h   g r a n t   f r o m   M S D   K . K . 	 A d a m s o n   A J ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   C L I N   N U T R ,   V 6 3 ,   p S 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j c n . 2 0 0 8 . 6 0 ;   A l l e n   F ,   2 0 0 2 ,   C L I N   O R A L   I M P L A N   R E S ,   V 1 3 ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 4 / j . 1 6 0 0 - 0 5 0 1 . 2 0 0 2 . 1 3 0 3 1 3 . x ;   A r a i   Y ,   2 0 1 5 ,   E B I O M E D I C I N E ,   V 2 ,   P 1 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e b i o m . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 2 9 ;   A r a i   Y ,   2 0 1 0 ,   B M C   G E R I A T R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 3 1 8 - 1 0 - 3 5 ;   A w a t a   S ,   2 0 0 7 ,   P S Y C H I A T   C L I N   N E U R O S ,   V 6 1 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 0 - 1 8 1 9 . 2 0 0 7 . 0 1 6 1 9 . x ;   C A S P E R S E N   C J ,   1 9 9 1 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 3 3 ,   P 1 0 7 8 ;   D e n i s o n   H J ,   2 0 1 5 ,   C L I N   I N T E R V   A G I N G ,   V 1 0 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / C I A . S 5 5 8 4 2 ;   E V E R I T T   B S ,   1 9 7 5 ,   B R I T   J   P S Y C H I A T ,   V 1 2 6 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 2 / b j p . 1 2 6 . 3 . 2 3 7 ;   F O L S T E I N   M F ,   1 9 7 5 ,   J   P S Y C H I A T   R E S ,   V 1 2 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 2 - 3 9 5 6 ( 7 5 ) 9 0 0 2 6 - 6 ;   G o n d o   Y ,   2 0 0 6 ,   J   G E R O N T O L   A - B I O L ,   V 6 1 ,   P 3 0 5 ;   G u o   H ,   2 0 1 2 ,   N U T R   M E T A B   C A R D I O V A S ,   V 2 2 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n u m e c d . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 6 ;   H u   F B ,   2 0 0 2 ,   C U R R   O P I N   L I P I D O L ,   V 1 3 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 4 1 4 3 3 - 2 0 0 2 0 2 0 0 0 - 0 0 0 0 2 ;   I i d a   Y ,   2 0 1 1 ,   D Y S P H A G I A ,   V 2 6 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 5 5 - 0 1 0 - 9 2 9 5 - z ;   I i n u m a   T ,   2 0 1 2 ,   J   A M   G E R I A T R   S O C ,   V 6 0 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 3 2 - 5 4 1 5 . 2 0 1 1 . 0 3 7 8 0 . x ;   I w a s a k i   M ,   2 0 1 4 ,   C O M M U N I T Y   D E N T   O R A L ,   V 4 2 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c d o e . 1 2 1 0 0 ;   K a m p h u i s   C B M ,   2 0 1 5 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 1 0 1 ,   P 7 6 8 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 4 . 0 9 6 7 7 6 ;   K i m   M K ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 1 0 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 0 1 3 2 ;   K o b a y a s h i   S ,   2 0 1 1 ,   P U B L I C   H E A L T H   N U T R ,   V 1 4 ,   P 1 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 3 6 8 9 8 0 0 1 1 0 0 0 5 0 4 ;   K u c z m a r s k i   M a r i e   F a n e l l i ,   2 0 1 4 ,   J o u r n a l   o f   N u t r i t i o n   i n   G e r o n t o l o g y   a n d   G e r i a t r i c s ,   V 3 3 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 2 1 5 5 1 1 9 7 . 2 0 1 4 . 9 0 7 1 0 1 ;   K u m a g a i   Y ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 2 5 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 2 - 0 1 4 - 0 3 7 5 - 5 ;   K u n n a n   A .   J . ,   1 9 9 8 ,   L A N G   T E S T ,   V 1 5 ,   P 2 9 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 2 6 5 5 3 2 2 9 8 0 1 5 0 0 3 0 2 ;   L e e   M S ,   2 0 1 0 ,   J   A M   G E R I A T R   S O C ,   V 5 8 ,   P 1 0 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 3 2 - 5 4 1 5 . 2 0 1 0 . 0 2 8 7 0 . x ;   M A H O N E Y   F   I ,   1 9 6 5 ,   M d   S t a t e   M e d   J ,   V 1 4 ,   P 6 1 ;   M a s a k i   M o t o f u m i ,   2 0 0 3 ,   A s i a n   P a c   J   C a n c e r   P r e v ,   V 4 ,   P 6 1 ;   M i l a n e s c h i   Y ,   2 0 1 1 ,   E X P   G E R O N T O L ,   V 4 6 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e x g e r . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 3 0 ;   M i l t e   R ,   2 0 1 4 ,   B E S T   P R A C T   R E S   C L   R H ,   V 2 8 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b e r h . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 5 ;   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   W e l f a r e   a n d   L a b o u r ,   2 0 1 5 ,   S U R V   D E N T   D I S ;   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   W e l f a r e   a n d   L a b o u r ,   2 0 1 4 ,   N A T   H L T H   N U T R   S U R V ;   M i z o u e   T ,   2 0 0 5 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 6 1 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a j e / k w i 0 4 9 ;   M o n m a   Y ,   2 0 1 0 ,   B M C   G E R I A T R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 3 1 8 - 1 0 - 3 1 ;   M o r i n a k a   T ,   2 0 1 3 ,   A N N   A G R   E N V   M E D ,   V 2 0 ,   P 1 2 2 ;   N a n r i   A ,   2 0 0 8 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 7 ,   P 1 4 8 8 ;   N i s h i   N ,   2 0 1 3 ,   J   E P I D E M I O L ,   V 2 3 ,   P 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 2 1 8 8 / j e a . J E 2 0 1 3 0 0 2 5 ;   O k u b o   H ,   2 0 1 1 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 0 5 ,   P 1 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 1 0 0 0 4 7 8 2 ;   R i z z o l i   R ,   2 0 1 3 ,   C A L C I F I E D   T I S S U E   I N T ,   V 9 3 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 2 3 - 0 1 3 - 9 7 5 8 - y ;   S a l o m o n   J A ,   2 0 1 2 ,   L A N C E T ,   V 3 8 0 ,   P 2 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 2 ) 6 1 6 9 0 - 0 ;   S a s a k i   S ,   1 9 9 8 ,   J   E p i d e m i o l ,   V 8 ,   P 2 0 3 ;   S h i m a z u   T ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   E P I D E M I O L ,   V 3 6 ,   P 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / i j e / d y m 0 0 5 ;   S l a t t e r y   M L ,   1 9 9 8 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 4 8 ,   P 4 ;   S t a r r   K N P ,   2 0 1 4 ,   J   A M   M E D   D I R   A S S O C ,   V 1 5 ,   P 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a m d a . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 8 ;   S u g a w a r a   N ,   2 0 1 3 ,   A S I A - P A C   J   P U B L I C   H E ,   V 2 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 1 0 5 3 9 5 1 3 4 9 0 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 1 0 5 3 9 5 1 3 4 9 0 1 9 4 ] ;   S u g a w a r a   N ,   2 0 1 2 ,   A N N   G E N   P S Y C H I A T R ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 4 - 8 5 9 X - 1 1 - 2 4 ;   T a k a y a m a   M ,   2 0 1 3 ,   J   N U T R   H E A L T H   A G I N G ,   V 1 7 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 6 0 3 - 0 1 2 - 0 3 8 9 - 1 ;   T o m a t a   Y ,   2 0 1 4 ,   J   G E R O N T O L   A - B I O L ,   V 6 9 ,   P 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / g e r o n a / g l t 1 8 2 ;   T s e n g   M ,   2 0 0 0 ,   A N N   E P I D E M I O L ,   V 1 0 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 4 7 - 2 7 9 7 ( 0 0 ) 0 0 0 8 8 - 0 ;   W a k a i   K ,   2 0 1 0 ,   C O M M U N I T Y   D E N T   O R A L ,   V 3 8 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 5 2 8 . 2 0 0 9 . 0 0 5 1 2 . x ;   X u   B B ,   2 0 1 2 ,   A G E   A G E I N G ,   V 4 1 ,   P 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a g e i n g / a f r 1 5 8 ;   Y a m a m u r a   K ,   1 9 9 9 ,   R E S   P O P U L   E C O L ,   V 4 1 ,   P 2 2 9 ;   Y o s h i d a   M ,   2 0 1 4 ,   J P N   D E N T   S C I   R E V ,   V 5 0 ,   P 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . J D S R . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 0 1 ;   Y o s h i n a k a   M ,   2 0 1 6 ,   G E R I A T R   G E R O N T O L   I N T ,   V 1 6 ,   P 1 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / g g i . 1 2 6 3 8 ;   Z a z p e   I ,   2 0 1 4 ,   J   A C A D   N U T R   D I E T ,   V 1 1 4 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a n d . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 2 4 	 5 1 	 0 	 0 	 1 	 1 	 H   E   C   P R E S S ,   H E A L T H Y   E A T I N G   C L U B   P T Y   L T D 	 M C K I N N O N 	 P O   B O X   4 1 2 1 ,   M C K I N N O N ,   V I C   3 2 0 4 ,   A U S T R A L I A 	 0 9 6 4 - 7 0 5 8 	 1 4 4 0 - 6 0 4 7 	 	 A S I A   P A C   J   C L I N   N U T R 	 A s i a   P a c .   J .   C l i n .   N u t r . 	 	 2 0 1 7 	 2 6 	 2 	 	 	 	 	 2 6 2 	 2 7 0 	 	 1 0 . 6 1 3 3 / a p j c n . 0 2 2 0 1 6 . 0 2 	 	 9 	 N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 E N 4 F X 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 9 6 4 5 0 0 0 1 0 	 2 8 2 4 4 7 0 4 	 
 
 J 	 K a r a b u l u t ,   E M ;   I b r i k c i ,   T 	 	 	 	 K a r a b u l u t ,   E s r a   M a h s e r e c i ;   I b r i k c i ,   T u r g a y 	 	 	 D i s c r i m i n a t i v e   d e e p   b e l i e f   n e t w o r k s   f o r   m i c r o a r r a y   b a s e d   c a n c e r   c l a s s i f i c a t i o n . 	 B I O M E D I C A L   R E S E A R C H - I N D I A 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C a n c e r   c l a s s i f i c a t i o n ;   G e n e   e x p r e s s i o n   d a t a ;   D i s c r i m i n a t i v e   d e e p   b e l i e f   n e t w o r k s ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e s ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n 	 G E N E - E X P R E S S I O N   D A T A ;   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   N E U R A L - N E T W O R K S ;   I M B A L A N C E D   D A T A ;   D N A   M I C R O A R R A Y ;   P R E D I C T I O N ;   C L A S S I F I E R S ;   D I A G N O S I S 	 A c c u r a t e   d i a g n o s i s   o f   c a n c e r   i s   o f   g r e a t   i m p o r t a n c e   d u e   t o   t h e   g l o b a l   i n c r e a s e   i n   n e w   c a n c e r   c a s e s .   C a n c e r   r e s e a r c h e s   s h o w   t h a t   d i a g n o s i s   b y   u s i n g   m i c r o a r r a y   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a   i s   m o r e   e f f e c t i v e   c o m p a r e d   t o   t h e   t r a d i t i o n a l   m e t h o d s .   T h i s   s t u d y   p r e s e n t s   a n   e x t e n s i v e   e v a l u a t i o n   o f   a   v a r i a n t   o f   D e e p   B e l i e f   N e t w o r k s   -   D i s c r i m i n a t i v e   D e e p   B e l i e f   N e t w o r k s   ( D D B N )   -   i n   c a n c e r   d a t a   a n a l y s i s .   T h i s   n e w   n e u r a l   n e t w o r k   a r c h i t e c t u r e   c o n s i s t s   R e s t r i c t e d   B o l t z m a n   M a c h i n e s   i n   e a c h   l a y e r .   T h e   n e t w o r k   i s   t r a i n e d   i n   t w o   p h a s e s ;   i n   t h e   f i r s t   p h a s e   t h e   n e t w o r k   w e i g h t s   t a k e   t h e i r   i n i t i a l   v a l u e s   b y   u n s u p e r v i s e d   g r e e d y   l a y e r - w i s e   t e c h n i q u e ,   a n d   i n   t h e   s e c o n d   p h a s e   t h e   v a l u e s   o f   t h e   n e t w o r k   w e i g h t s   a r e   f i n e - t u n e d   b y   b a c k   p r o p a g a t i o n   a l g o r i t h m .   W e   i n c l u d e d   t h e   t e s t   r e s u l t s   o f   t h e   m o d e l   t h a t   i s   c o n d u c t e d   o v e r   m i c r o a r r a y   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a   o f   l a r y n g e a l ,   b l a d d e r   a n d   c o l o r e c t a l   c a n c e r .   H i g h   d i m e n s i o n a l i t y   a n d   i m b a l a n c e d   c l a s s   d i s t r i b u t i o n   a r e   t w o   m a i n   p r o b l e m s   i n h e r e n t   i n   t h e   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a .   T o   d e a l   w i t h   t h e m ,   t w o   p r e p r o c e s s i n g   s t e p s   a r e   a p p l i e d ;   I n f o r m a t i o n   G a i n   f o r   s e l e c t i o n   o f   p r e d i c t i v e   g e n e s ,   a n d   S y n t h e t i c   M i n o r i t y   O v e r - S a m p l i n g   T e c h n i q u e   f o r   o v e r s a m p l i n g   t h e   m i n o r i t y   c l a s s   s a m p l e s .   A l l   t h e   r e s u l t s   a r e   c o m p a r e d   w i t h   t h e   c o r r e s p o n d i n g   r e s u l t s   o f   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e s   w h i c h   h a s   p r e v i o u s l y   b e e n   p r o v e d   t o   b e   r o b u s t   b y   m a c h i n e   l e a r n i n g   s t u d i e s .   I n   t e r m s   o f   a v e r a g e   v a l u e s   D D B N   h a s   o u t p e r f o r m e d   S V M   i n   a l l   m e t r i c s   w i t h   a c c u r a c y ,   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y   v a l u e s   o f   0 . 9 3 3 ,   0 . 9 5 0   a n d   0 . 9 0 5 ,   r e s p e c t i v e l y . 	 [ K a r a b u l u t ,   E s r a   M a h s e r e c i ]   G a z i a n t e p   U n i v ,   T e c h   S c i   V o c a t   S c h ,   T R - 2 7 3 1 0   G a z i a n t e p ,   T u r k e y ;   [ I b r i k c i ,   T u r g a y ]   C u k u r o v a   U n i v ,   D e p t   E l e c t   E l e c t   E n g n ,   T R - 0 1 3 3 0   A d a n a ,   T u r k e y 	 I b r i k c i ,   T   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C u k u r o v a   U n i v ,   D e p t   E l e c t   E l e c t   E n g n ,   T R - 0 1 3 3 0   A d a n a ,   T u r k e y . 	 	 	 	 C u k u r o v a   U n i v e r s i t y   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   [ F D K - 2 0 1 5 - 4 3 9 5 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   f i n a n c i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   C u k u r o v a   U n i v e r s i t y   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   ( P r o j e c t   N o :   F D K - 2 0 1 5 - 4 3 9 5 ) . 	 A l i z a d e h   A A ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 3 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 0 0 5 0 1 ;   B e n g i o   Y . ,   2 0 0 7 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   V 1 9 ,   P 1 5 3 ;   B l a g u s   R ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 1 0 6 ;   B o l o n - C a n e d o   V ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 0 ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 3 5 ;   B r o w n   M P S ,   2 0 0 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 7 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 7 . 1 . 2 6 2 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   C h a w l a   N V . ,   2 0 0 3 ,   P   I C M L ;   C h e n   Y H ,   2 0 0 8 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 8 ,   P 1 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 6 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D e n a s   O . ,   2 0 1 4 ,   D E E P   M O D E L S   G E N E   R E G ;   D u d o i t   S ,   2 0 0 2 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 7 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 2 7 5 3 4 7 9 2 4 8 ;   E s t a b r o o k s   A ,   2 0 0 4 ,   C O M P U T   I N T E L L ,   V 2 0 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 0 8 2 4 - 7 9 3 5 . 2 0 0 4 . t 0 1 - 1 - 0 0 2 2 8 . x ;   F a k o o r   R ,   P   I C M L   W O R K S H   R O L   M A ;   F e r n a n d e z - N a v a r r o   F ,   2 0 1 2 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 2 ,   P 1 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 0 8 ;   F o u n t z i l a s   E ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 0 4 2 9 ;   F u r e y   T S ,   2 0 0 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   P 9 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 6 . 1 0 . 9 0 6 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G u p t a   A ,   2 0 1 5 ,   I E E E   I N T   C   B I O I N F O R M ,   P 1 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B I B M . 2 0 1 5 . 7 3 5 9 8 7 1 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 2 0 0 6 . 1 8 . 7 . 1 5 2 7 ;   H u a n g   G B ,   2 0 1 2 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 2 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 2 . 6 2 4 7 9 6 8 ;   I b r a h i m   R ,   2 0 1 4 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 3 9 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 4 . 6 9 4 4 4 9 0 ;   K a m a l   A H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S   C O M P U ,   P 2 5 9 ;   K h a n   J ,   2 0 0 1 ,   N A T   M E D ,   V 7 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 8 9 0 4 4 ;   K u m a r   A m m u   P r a s a n n a ,   2 0 1 3 ,   B i o i n f o r m a t i o n ,   V 9 ,   P 8 2 4 ,   D O I   1 0 . 6 0 2 6 / 9 7 3 2 0 6 3 0 0 0 9 8 2 4 ;   L e e   J W ,   2 0 0 5 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 4 8 ,   P 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 1 7 ;   L u   Y ,   2 0 0 3 ,   I N F O R M   S Y S T ,   V 2 8 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 6 - 4 3 7 9 ( 0 2 ) 0 0 0 7 2 - 8 ;   M o h a m e d   A R ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   A U D I O   S P E E C H ,   V 2 0 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T A S L . 2 0 1 1 . 2 1 0 9 3 8 2 ;   M u k h e r j e e   S ,   2 0 0 3 ,   P R A C T I C A L   A P P R O A C H   M ,   V 1 ,   P 1 6 6 ;   P i r o o z n i a   M . ,   2 0 0 8 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 9 ,   P 1 ;   R a m a s w a m y   S ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 1 5 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 1 1 5 6 6 3 9 8 ;   S a i n a t h   T N ,   A U T   S P E E C H   R E C   U N D   2 ,   P 3 0 ;   S a m a r a s i n g h e   S ,   2 0 1 5 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 2 6 0 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 2 2 3 9 - 0 _ 1 8 ;   S a r i k a y a   R ,   A C   S P E E C H   S I G N   P R O C ;   S e n t h i l k u m a r   B ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   R E S - I N D I A ,   V 2 4 ,   P 2 5 2 ;   S t a t n i k o v   A ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 0 3 3 ;   S u   Z Q ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   B I O L   C H E M ,   V 3 1 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 0 1 ;   T a n g   Y C ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 3 9 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C B . 2 0 0 8 . 2 0 0 2 9 0 9 ;   T a r c a   A L ,   2 0 0 6 ,   A M   J   O B S T E T   G Y N E C O L ,   V 1 9 5 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j o g . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 0 1 ;   U r q u i d i   V ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 1 ,   P 2 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 2 - 0 4 2 8 ;   U . S .   C a n c e r   S t a t i s t i c s   W o r k i n g   G r o u p ,   2 0 1 3 ,   U S   C A N C   S T A T   1 9 9 9   2 0 ;   V i n y a l s   O ,   2 0 1 1 ,   I N T   C O N F   A C O U S T   S P E E ,   P 4 5 9 6 ;   V u r a l   H ,   2 0 1 5 ,   M O D E L   A R T I F I C I A L   I N T ,   V 6 ;   W a t a n a b e   T ,   2 0 0 9 ,   D I S   C O L O N   R E C T U M ,   V 5 2 ,   P 1 9 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / D C R . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 b 5 3 6 8 4 ;   W u   C ,   2 0 0 9 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 9 - 1 0 - 1 1 - r 1 3 0 ;   Y a n g   S T ,   2 0 1 4 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O L ,   V 1 3 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / s a g m b - 2 0 1 3 - 0 0 5 3 ;   Y u   H L ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 0 1 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 1 8 	 4 6 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S C I E N T I F I C   P U B L I S H E R S   I N D I A 	 A L I G A R H 	 8 7 - G R E A T E R   A Z A D   E N C L A V E ,   P   O   Q U A R S I ,   A L I G A R H ,   0 0 0 0 0 ,   I N D I A 	 0 9 7 0 - 9 3 8 X 	 0 9 7 6 - 1 6 8 3 	 	 B I O M E D   R E S - I N D I A 	 B i o m e d .   R e s . - I n d i a 	 	 2 0 1 7 	 2 8 	 3 	 	 	 	 	 1 0 1 6 	 1 0 2 4 	 	 	 	 9 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 E n g i n e e r i n g ;   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E O 6 S N 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 8 2 2 9 0 0 0 0 5 	 	 
 
 J 	 K u m a r ,   T K S ;   G a n e s h ,   E N ;   U m a m a h e s w a r i ,   R 	 	 	 	 K u m a r ,   S e n t h i l   T .   K . ;   G a n e s h ,   E .   N . ;   U m a m a h e s w a r i ,   R . 	 	 	 L u n g   n o d u l e   v o l u m e   g r o w t h   a n a l y s i s   a n d   v i s u a l i z a t i o n   t h r o u g h   a u t o - c l u s t e r   k - m e a n s   s e g m e n t a t i o n   a n d   c e n t r o i d / s h a p e   v a r i a n c e   b a s e d   f a l s e   n o d u l e   e l i m i n a t i o n 	 B I O M E D I C A L   R E S E A R C H - I N D I A 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L u n g   n o d u l e   g r o w t h ;   K - m e a n s   s e g m e n t a t i o n ;   L u n g   c a n c e r   d i a g n o s i s ;   3 D   i m a g e   v i s u a l i z a t i o n 	 P U L M O N A R Y ;   S C A N S 	 T h e   o b j e c t i v e   o f   t h i s   w o r k   w a s   t o   d e v e l o p   a n   a u t o m a t e d   c o m p u t e r i z e d   a l g o r i t h m   t o   d e t e c t   t h e   c a n c e r o u s   n a t u r e   o f   l u n g .   A n   A u t o   C l u s t e r   K - m e a n s   s e g m e n t a t i o n   ( A C K M S )   w a s   u s e d   t o   s e g m e n t   t h e   l u n g   n o d u l e s   f r o m   C T   s c a n s .   A C K M S   a l g o r i t h m   w a s   d e v e l o p e d   s u c h   t h a t   i t   s e l e c t s   i n i t i a l   c l u s t e r s   a u t o m a t i c a l l y   b y   a v e r a g e   m i n i m u m - m a x i m u m   p i x e l   c o m p u t a t i o n   o n   e a c h   r o w   a n d   c o l u m n   o f   C T   i m a g e .   A l l   t h e   c a n d i d a t e   n o d u l e s   s e g m e n t e d   f r o m   t h e   c o n s e c u t i v e   s l i c e s   o f   C T   s c a n   w e r e   r e c o n s t r u c t e d   t o   d e v e l o p   a   3 D - i m a g e .   T h e   v e s s e l s   a n d   c a l c i f i c a t i o n s   w e r e   e l i m i n a t e d   b y   c e n t r o i d   a n d   s h a p e / e d g e   v a r i a t i o n   a n a l y s i s .   N o d u l e   g r o w t h   a n a l y s i s   w a s   c a r r i e d   o u t   o n   r e a l   n o d u l e s   r e m a i n e d   a f t e r   e l i m i n a t i n g   v e s s e l s   a n d   c a l c i f i c a t i o n s .   T h e   r a t e   o f   n o d u l e   g r o w t h   ( R N G )   w a s   c o m p u t e d   i n   t e r m s   o f   3 D - v o l u m e   c h a n g e .   T h e   C T   s c a n s   o f   3 4   p a t i e n t s   t a k e n   a t   d i f f e r e n t   t i m e   i n t e r v a l s   w e r e   a n a l y z e d .   I n   t o t a l ,   4 0 0   t o   6 0 0   c a n d i d a t e   n o d u l e s   o f   s i z e > 3   m m   w e r e   s e g m e n t e d   f r o m   e v e r y   s c a n   s e r i e s .   O u t   o f   t h e   3 4   s h o r t l i s t e d   r e a l   n o d u l e s ,   3   n o d u l e s   h a d   R N G   v a l u e > 1 ,   c o n f i r m i n g   t h e i r   m a l i g n a n t   n a t u r e .   F o r   a n o t h e r   1 4   n o d u l e s ,   t h e   R G N   v a l u e   w a s   r a n g e d   i n   b e t w e e n   0 . 2   a n d   0 . 8 ,   s u g g e s t i n g   a   n e e d   f o r   a n o t h e r   f o l l o w - u p   s c a n   t o   c o n f i r m   m a l i g n a n c y .   T h e   r e m a i n i n g   1 7   n o d u l e s   s h o w e d   R G N < 0 . 2 ;   s e v e n   n o d u l e s   s h o w e d   a l m o s t   z e r o   a n d   i n   t h e   r e m a i n i n g   1 0   c a s e s   f o l l o w - u p   s c a n   w a s   a d v i s e d   b a s e d   o n   p a t i e n t s   l i v i n g   h a b i t s   a n d   e n v i r o n m e n t a l   c o n d i t i o n s . 	 [ K u m a r ,   S e n t h i l   T .   K . ]   A n n a   U n i v ,   D e p t   I C E ,   C h e n n a i ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a ;   [ G a n e s h ,   E .   N . ]   S a v e e t h a   E n g n   C o l l ,   D e p t   E C E ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a ;   [ U m a m a h e s w a r i ,   R . ]   V e l a m m a l   E n g n   C o l l ,   D e p t   E E E ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a 	 K u m a r ,   T K S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A n n a   U n i v ,   D e p t   I C E ,   C h e n n a i ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a . 	 	 	 	 	 	 A r i s t i d i s   L . ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 6 ,   P 4 5 1 ;   C h h e a n g   S ,   2 0 1 3 ,   S E M I N   I N T E R V E N T   R A D ,   V 3 0 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 3 - 1 3 4 2 9 5 0 ;   E l i s a b e t h   W ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 7 ,   P 2 9 6 ;   E r i c   L . ,   2 0 0 1 ,   S L I C E O M A T I C   M A T L A B   C ;   J a n e   P K ,   2 0 1 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 2 ,   P 6 6 2 ;   J o   H H ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 5 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 2 8 ;   K e n n e t h   H D ,   1 9 9 6 ,   J   C O M P U T   T O M O G R A P H Y ,   V 2 0 ,   P 9 3 0 ;   K o b a y a s h i   Y ,   2 0 1 5 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d u 5 0 5 ;   S e n t h i l   K u m a r   T K ,   2 0 1 5 ,   E U R O M E D I T E R R   B I O M E D ,   V 1 0 ,   P 9 9 ;   L a s s e n   B C ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 1 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 3 / 1 3 0 7 ;   L u   L ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 5 0 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 7 5 7 3 ;   M e h d i   A . ,   2 0 1 4 ,   I M A G E   A N A L   S T E R E O L ,   V 3 3 ,   P 1 3 ;   M i c h a e l   K G ,   2 0 1 3 ,   C H E S T ,   V 1 4 3 ;   O c t a v i o   G ,   2 0 0 7 ,   P R O G R   P A T T E R N   R E C O G N ,   P 1 9 2 ;   O n d e r   D ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   M A T   E N G ,   V 2 6 ,   P 1 2 1 3 ;   R e e v e s   A P ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 6 . 8 7 1 5 4 8 ;   R y o i c h i   N ,   2 0 1 2 ,   B I O M E D   E N G   I N F O R M   B M ;   R y u t a r o   K ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ;   S e n t h i l   K T H ,   2 0 1 4 ,   I N T   R E V   C O M P U T   S O F T W ,   V 9 ,   P 4 1 5 ;   S h i r e e n   E Y ,   2 0 0 7 ,   S I G N   P R O C   I N F   T E C H N ,   P 1 0 2 9 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 8 ;   S m i t h   G T ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 8 1 4 4 ;   Y u a n j i e   Z ,   2 0 0 9 ,   I E E E   C O M P   S O C   C ,   P 1 0 1 	 2 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S C I E N T I F I C   P U B L I S H E R S   I N D I A 	 A L I G A R H 	 8 7 - G R E A T E R   A Z A D   E N C L A V E ,   P   O   Q U A R S I ,   A L I G A R H ,   0 0 0 0 0 ,   I N D I A 	 0 9 7 0 - 9 3 8 X 	 0 9 7 6 - 1 6 8 3 	 	 B I O M E D   R E S - I N D I A 	 B i o m e d .   R e s . - I n d i a 	 	 2 0 1 7 	 2 8 	 5 	 	 	 	 	 1 9 2 7 	 1 9 3 4 	 	 	 	 8 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 E n g i n e e r i n g ;   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E O 6 Y K 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 8 3 8 2 0 0 0 0 1 	 	 
 
 J 	 A z e v e d o ,   L ;   M o r t ,   M ;   C o s t a ,   A C ;   S i l v a ,   R M ;   Q u e l h a s ,   D ;   A m o r i m ,   A ;   C o o p e r ,   D N 	 	 	 	 A z e v e d o ,   L u i s a ;   M o r t ,   M a t t h e w ;   C o s t a ,   A n t o n i o   C . ;   S i l v a ,   R a q u e l   M . ;   Q u e l h a s ,   D u l c e ;   A m o r i m ,   A n t o n i o ;   C o o p e r ,   D a v i d   N . 	 	 	 I m p r o v i n g   t h e   i n   s i l i c o   a s s e s s m e n t   o f   p a t h o g e n i c i t y   f o r   c o m p e n s a t e d   v a r i a n t s 	 E U R O P E A N   J O U R N A L   O F   H U M A N   G E N E T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 E d i t o r i a l   M a t e r i a l 	 	 	 	 	 	 	 E P I S T A T I C   I N T E R A C T I O N S ;   M I S S E N S E   M U T A T I O N S ;   P R O T E I N   F U N C T I O N ;   D I S E A S E ;   G E N E ;   E V O L U T I O N ;   G E N O M I C S ;   I M P A C T ;   C A N C E R ;   S E R V E R 	 U n d e r s t a n d i n g   t h e   f u n c t i o n a l   s e q u e l a e   o f   a m i n o - a c i d   r e p l a c e m e n t s   i s   o f   f u n d a m e n t a l   i m p o r t a n c e   i n   m e d i c a l   g e n e t i c s .   P e r h a p s ,   t h e   m o s t   i n t u i t i v e   w a y   t o   a s s e s s   t h e   p o t e n t i a l   p a t h o g e n i c i t y   o f   a   g i v e n   h u m a n   m i s s e n s e   v a r i a n t   i s   b y   m e a s u r i n g   t h e   d e g r e e   o f   e v o l u t i o n a r y   c o n s e r v a t i o n   o f   t h e   s u b s t i t u t e d   a m i n o - a c i d   r e s i d u e ,   a   f e a t u r e   t h a t   g e n e r a l l y   s e r v e s   a s   a   g o o d   p r o x y   m e t r i c   f o r   t h e   f u n c t i o n a l / s t r u c t u r a l   i m p o r t a n c e   o f   t h a t   r e s i d u e .   H o w e v e r ,   t h e   p r e s e n c e   o f   p u t a t i v e l y   c o m p e n s a t e d   v a r i a n t s   a s   t h e   w i l d - t y p e   a l l e l e s   i n   o r t h o l o g o u s  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 W a l e s ;   [ C o s t a ,   A n t o n i o   C . ]   I n s t   S u p e r   E n g n   P o r t o ,   G E C A D   I S E P   R e s   G r p ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ S i l v a ,   R a q u e l   M . ]   U n i v   A v e i r o ,   i B i M E D ,   D e p t   M e d   S c i ,   C a m p u s   U n i v   S a n t i a g o ,   A v e i r o ,   P o r t u g a l ;   [ S i l v a ,   R a q u e l   M . ]   U n i v   A v e i r o ,   I E E T A ,   C a m p u s   U n i v   S a n t i a g o ,   A v e i r o ,   P o r t u g a l ;   [ Q u e l h a s ,   D u l c e ]   C t r   H o s p   P o r t o ,   C t r   G e n e t   M e d   J a c i n t o   M a g a l h a e s ,   B i o c h e m   G e n e t   U n i t ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ Q u e l h a s ,   D u l c e ]   U n i v   P o r t o ,   I n s t   C i e n c i a s   B i o m e d   A b e l   S a l a z a r ,   U n i t   M u l t i d i s c i p l i n a r y   R e s   B i o m e d ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l 	 A z e v e d o ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   P o r t o ,   P o p u l a t   G e n e t   &   E v o l u t   G r p ,   I n s t   I n v e s t   &   I n o v a c a o   S a u d e ,   R u a   A l f r e d o   A l l e n   2 0 8 ,   P - 4 2 0 0 1 3 5   O p o r t o ,   P o r t u g a l . 	 l a z e v e d o @ i p a t i m u p . p t 	 A m o r i m ,   A n t o n i o / A - 7 9 3 8 - 2 0 0 8 ;   S i l v a ,   R a q u e l / B - 8 3 3 7 - 2 0 0 8 	 A m o r i m ,   A n t o n i o / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 7 5 1 8 - 6 2 4 7 ;   S i l v a ,   R a q u e l / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 5 9 2 6 - 8 0 4 2 ;   A z e v e d o ,   L u i s a / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 3 1 5 7 - 7 3 4 2 ;   C o s t a ,   A n t o n i o / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 6 1 0 6 - 1 2 5 9 	 F C T ;   P o r t u g u e s e   F o u n d a t i o n   f o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ;   F E D E R   f u n d s   t h r o u g h   t h e   O p e r a t i o n a l   P r o g r a m m e   f o r   C o m p e t i t i v e n e s s   F a c t o r s - C O M P E T E ;   N a t i o n a l   F u n d s   t h r o u g h   t h e   F C T -   F o u n d a t i o n   f o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   [ P E s t - C / S A U / L A 0 0 0 3 / 2 0 1 3 ] ;   Q i a g e n   I n c . ;   C a r d i f f   U n i v e r s i t y 	 I P A T I M U P   i n t e g r a t e s   t h e   i 3 S   R e s e a r c h   U n i t ,   w h i c h   i s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   F C T ,   t h e   P o r t u g u e s e   F o u n d a t i o n   f o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y .   T h i s   w o r k   i s   f u n d e d   b y   F E D E R   f u n d s   t h r o u g h   t h e   O p e r a t i o n a l   P r o g r a m m e   f o r   C o m p e t i t i v e n e s s   F a c t o r s - C O M P E T E   a n d   N a t i o n a l   F u n d s   t h r o u g h   t h e   F C T -   F o u n d a t i o n   f o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   u n d e r   t h e   p r o j e c t s   ' P E s t - C / S A U / L A 0 0 0 3 / 2 0 1 3 ' .   D N C   a n d   M M   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   Q i a g e n   I n c .   t h r o u g h   a   L i c e n s e   A g r e e m e n t   w i t h   C a r d i f f   U n i v e r s i t y . 	 A d z h u b e i   I A ,   2 0 1 0 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 7 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h 0 4 1 0 - 2 4 8 ;   A z e v e d o   L ,   2 0 0 6 ,   T R E N D S   G E N E T ,   V 2 2 ,   P 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i g . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 0 1 ;   A z e v e d o   L ,   2 0 0 9 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 0 - 2 6 6 ;   B E N I T   P ,   1 9 9 4 ,   H U M   M U T A T ,   V 4 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 1 3 8 0 0 4 0 3 1 1 ;   B I E N V E N U   T ,   1 9 9 4 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 1 3 8 0 0 3 0 4 1 2 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C h o i   Y ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 2 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 1 9 5 ;   D v o r a k o v a   L ,   2 0 0 6 ,   J   I N H E R I T   M E T A B   D I S ,   V 2 9 ,   P 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 5 - 0 0 6 - 0 3 3 0 - z ;   F l i c e k   P ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 4 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / N A R / G K S 1 2 3 6 ] ;   G a o   L Z ,   2 0 0 3 ,   T R E N D S   G E N E T ,   V 1 9 ,   P 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i g . 2 0 0 3 . 1 0 . 0 0 2 ;   G a s c o n - B a y a r r i   J ,   2 0 0 9 ,   J   N E U R O L   N E U R O S U R   P S ,   V 8 0 ,   P 8 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j n n p . 2 0 0 8 . 1 5 6 0 9 1 ;   G i b b s   R A ,   2 0 0 7 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 6 ,   P 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 3 9 2 4 7 ;   G i l b e r t D u s s a r d i e r   B ,   1 9 9 6 ,   H U M   M U T A T ,   V 8 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 8 - 1 0 0 4 ( 1 9 9 6 ) 8 : 1 < 7 4 : : A I D - H U M U 1 1 > 3 . 0 . C O ; 2 - O ;   H u a n g   H ,   2 0 0 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 4 - 5 - 7 - r 4 7 ;   J o r d a n   D M ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 4 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 4 9 7 ;   K o n d r a s h o v   A S ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 1 4 8 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 3 2 5 6 5 4 9 9 ;   L i u   X M ,   2 0 1 6 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 7 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 2 9 3 2 ;   M A T T H E W S   B W ,   1 9 7 5 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 4 0 5 ,   P 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 5 - 2 7 9 5 ( 7 5 ) 9 0 1 0 9 - 9 ;   M a v i n a k e r e   M ,   2 0 0 1 ,   J   I N H E R I T   M E T A B   D I S ,   V 2 4 ,   P 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 7 2 6 2 0 7 8 7 0 ;   M i k k e l s e n   T S ,   2 0 0 5 ,   N A T U R E ,   V 4 3 7 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 4 0 7 2 ;   N g   P C ,   2 0 0 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 1 ,   P 3 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k g 5 0 9 ;   P o l y m e r o p o u l o s   M H ,   1 9 9 7 ,   S C I E N C E ,   V 2 7 6 ,   P 2 0 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 7 6 . 5 3 2 1 . 2 0 4 5 ;   R e v a   B ,   2 0 0 7 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 7 - 8 - 1 1 - r 2 3 2 ;   R e v a   B ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p E 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 4 0 7 ;   S A N T I S T E B A N   I ,   1 9 9 5 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 4 ,   P 2 0 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / 4 . 1 1 . 2 0 8 1 ;   S i e v e r s   F ,   2 0 1 1 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 1 1 . 7 5 ;   S t e n s o n   P D ,   2 0 1 4 ,   H U M   G E N E T ,   V 1 3 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 3 9 - 0 1 3 - 1 3 5 8 - 4 ;   V a p n i k   V .   N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ,   V 1 ;   W o n g   W C ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 2 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 3 5 7 ;   X u e   Y L ,   2 0 1 5 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 8 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . a a a 3 9 5 2 	 3 0 	 1 	 1 	 0 	 0 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 1 0 1 8 - 4 8 1 3 	 1 4 7 6 - 5 4 3 8 	 	 E U R   J   H U M   G E N E T 	 E u r .   J .   H u m .  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 I n d i a n   S c h   M i n e s ,   D e p t   E n v i r o n m   S c i   &   E n g n ,   D h a n b a d   8 2 6 0 0 4 ,   B i h a r ,   I n d i a 	 C h o w d h u r y ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n d i a n   S c h   M i n e s ,   D e p t   E n v i r o n m   S c i   &   E n g n ,   D h a n b a d   8 2 6 0 0 4 ,   B i h a r ,   I n d i a . 	 a b h i r o o p . c h o w d h u r y @ g m a i l . c o m 	 	 C h o w d h u r y ,   A b h i r o o p / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 6 9 8 5 - 0 7 2 2 	 M i n i s t r y   o f   H u m a n   R e s o u r c e   a n d   D e v e l o p m e n t ,   G o v e r n m e n t   o f   I n d i a ;   I n d i a n   S c h o o l   o f   M i n e s ,   D h a n b a d 	 T h e   f i r s t   a u t h o r   i s   g r a t e f u l   t o   t h e   M i n i s t r y   o f   H u m a n   R e s o u r c e   a n d   D e v e l o p m e n t ,   G o v e r n m e n t   o f   I n d i a   a n d   I n d i a n   S c h o o l   o f   M i n e s ,   D h a n b a d   f o r   p r o v i d i n g   f e l l o w s h i p   t o   c o n d u c t   t h i s   s t u d y . 	 A h a m e d   F ,   2 0 1 2 ,   O C E A N   C O A S T   M A N A G E ,   V 6 6 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o c e c o a m a n . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 2 5 ;   A h m e d   N ,   2 0 1 3 ,   O C E A N   C O A S T   M A N A G E ,   V 7 5 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o c e c o a m a n . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 2 ;   A k h a n d   A ,   2 0 1 6 ,   C U R R   S C I   I N D I A ,   V 1 1 0 ,   P 3 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 8 5 2 0 / c s / v 1 1 0 / i 3 / 3 8 6 - 3 9 1 ;   A n t i z a r - L a d i s l a o   B ,   2 0 1 5 ,   M A R   P O L L U T   B U L L ,   V 1 0 1 ,   P 8 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a r p o l b u l . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 1 4 ;   A P H A ,   1 9 9 2 ,   S T A N D A R D   M E T H O D S   E X A ;   A y e b - K a r l s s o n   S ,   2 0 1 6 ,   S U S T A I N   S C I ,   V 1 1 ,   P 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 6 2 5 - 0 1 6 - 0 3 7 9 - z ;   B a n e r j e e   S ,   2 0 1 6 ,   E N V I R O N   E A R T H   S C I ,   V 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 6 6 5 - 0 1 5 - 4 9 9 0 - 6 ;   B a r - O n   A A ,   1 9 9 9 ,   I N T   S O C   W O R K ,   V 4 2 ,   P 2 7 7 ;   C h a k r a b o r t y   R ,   2 0 0 9 ,   I N D I A N   J   M A R   S C I ,   V 3 8 ,   P 1 0 4 ;   C H A M B E R S   R ,   1 9 9 4 ,   W O R L D   D E V ,   V 2 2 ,   P 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 5 - 7 5 0 X ( 9 4 ) 9 0 1 4 1 - 4 ;   C h o t p a n t a r a t   S ,   2 0 1 4 ,   H U M   E C O L   R I S K   A S S E S S ,   V 2 0 ,   P 6 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 8 0 7 0 3 9 . 2 0 1 3 . 8 3 2 9 9 8 ;   C h o w d h u r y   A ,   2 0 1 6 ,   H U M   E C O L   R I S K   A S S E S S ,   V 2 2 ,   P 1 5 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 8 0 7 0 3 9 . 2 0 1 6 . 1 1 9 0 6 3 6 ;   C h o w d h u r y   A ,   2 0 1 6 ,   S P R I N G E R P L U S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 0 6 4 - 0 1 6 - 2 8 1 6 - y ;   C h o w d h u r y   A ,   2 0 1 6 ,   J   C O A S T   C O N S E R V ,   V 2 0 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 8 5 2 - 0 1 6 - 0 4 3 6 - x ;   C h o w d h u r y   A ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   G L O B A L   W A R M ,   V 9 ,   P 4 8 6 ;   C h o w d h u r y   A ,   2 0 1 6 ,   E N V I R O N   E A R T H   S C I ,   V 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 6 6 5 - 0 1 6 - 5 3 9 1 - 1 ;   D a s   M ,   2 0 0 7 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 2 7 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 6 1 - 0 0 6 - 9 2 6 5 - y ;   D a s   P ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   A G R   F O O D   R E S ,   V 5 ,   P 2 8 ;   G r o s v e n o r - A l s o p   R . ,   1 9 8 9 ,   R R A   N O T S ,   V 9 ,   P 5 ;   G u h a t h a k u r t a   H ,   2 0 0 0 ,   M A R   P O L L U T   B U L L ,   V 4 0 ,   P 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 5 - 3 2 6 X ( 0 0 ) 0 0 0 2 8 - X ;   H e i n   L . ,   2 0 0 0 ,   U N A S Y L V A F A O 4 8 5 5 ;   I C M R   I . C . o . M . R ,   2 0 0 9 ,   N U T R   R E Q   R E C   D I E T   A L ;   I R I S ,   2 0 0 9 ,   I N T   R I S K   I N F   S Y S T ;   K e l e p e r t z i s   E ,   2 0 1 4 ,   E C O T O X   E N V I R O N   S A F E ,   V 1 0 0 ,   P 2 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e c o e n v . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 3 0 ;   K u m a r   A ,   2 0 1 5 ,   E N V I R O N   E A R T H   S C I ,   V 7 4 ,   P 1 ;   K u m a r   A ,   2 0 1 4 ,   B   E N V I R O N   C O N T A M   T O X ,   V 9 3 ,   P 4 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 2 8 - 0 1 4 - 1 3 3 9 - x ;   L i n d s a y   W .   L . ,   1 9 7 9 ,   C H E M   E Q U I L I B R I A   S O I L ;   M a i t i   S .   K . ,   2 0 1 3 ,   J o u r n a l   o f   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n ,   V 4 ,   P 1 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 4 2 3 6 / j e p . 2 0 1 3 . 4 1 2 1 6 3 ;   M i s h r a   B K ,   2 0 1 4 ,   J   E N V I R O N   H E A L T H   S C I ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 2 0 5 2 - 3 3 6 X - 1 2 - 7 3 ;   M u k h e r j e e   S ,   2 0 1 3 ,   E S T U A R   C O A S T ,   V 3 6 ,   P 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 3 7 - 0 1 2 - 9 5 5 8 - z ;   N a z   A ,   2 0 1 6 ,   H U M   E C O L   R I S K   A S S E S S ,   V 2 2 ,   P 1 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 8 0 7 0 3 9 . 2 0 1 6 . 1 1 8 5 3 5 5 ;   N a z   A ,   2 0 1 6 ,   E X P O S   H E A L T H ,   V 8 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 4 0 3 - 0 1 6 - 0 1 9 9 - 5 ;   N g o l e - J e m e   V M ,   2 0 1 6 ,   A M B I O ,   V 4 5 ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 8 0 - 0 1 5 - 0 7 2 6 - 9 ;   O g w u e l e k a   T C ,   2 0 1 4 ,   W A T E R   E N V I R O N   J ,   V 2 8 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / w e j . 1 2 0 0 4 ;   O h a n i a n   E .   V . ,   1 9 9 5 ,   H u m a n   a n d   E c o l o g i c a l   R i s k   A s s e s s m e n t ,   V 1 ,   P 6 2 5 ;   O j o   O .   D ,   2 0 0 5 ,   J   S O C I A L   S C I ,   V 1 0 ,   P 1 1 1 ;   O y e - A d e n i r a n   B A ,   2 0 0 5 ,   A F R   J   R E P R O D   H E A L T H ,   P 1 3 3 ;   P A U S T E N B A C H   D J ,   1 9 9 1 ,   T O X I C O L   I N D   H E A L T H ,   V 7 ,   P 1 5 9 ;   R a b i e e   F ,   2 0 0 4 ,   P   N U T R   S O C ,   V 6 3 ,   P 6 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 9 / P N S 2 0 0 4 3 9 9 ;   R a n i   P ,   2 0 1 6 ,   S O I L   S E D I M E N T S ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 6 8 - 0 1 6 - 1 4 6 6 - 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 1 3 6 8 - 0 1 6 - 1 4 6 6 - 6 ] ;   S a r k a r   S K ,   2 0 0 3 ,   M A R   P O L L U T   B U L L ,   V 4 7 ,   P 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 5 - 3 2 6 X ( 0 2 ) 0 0 4 7 5 - 7 ;   S C O O N E S   I ,   1 9 9 5 ,   D E V   C H A N G E ,   V 2 6 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 7 6 6 0 . 1 9 9 5 . t b 0 0 5 4 3 . x ;   T h o m a s   L . ,   1 9 9 5 ,   S O C I A L   S C I   H L T H ,   V 1 ,   P 2 0 6 ;   [ U S E P A ]   U n i t e d   S t a t e s   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n   A g e n c y ,   2 0 0 5 ,   E P A 6 3 0 P 0 3 0 0 1 F ;   U S E P A ,   1 9 9 8 ,   S U P P   S U M M   I N F   I N T   R I ;   U S E P A ,   2 0 1 5 ,   R I S K   B A S   S C R E E N   T A B L ;   W o n g   L P ,   2 0 0 8 ,   S I N G A P   M E D   J ,   V 4 9 ,   P 2 5 6 	 4 7 	 0 	 0 	 8 	 8 	 T A Y L O R   &   F R A N C I S   I N C 	 P H I L A D E L P H I A 	 5 3 0   W A L N U T   S T R E E T ,   S T E   8 5 0 ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 6   U S A 	 1 0 8 0 - 7 0 3 9 	 1 5 4 9 - 7 8 6 0 	 	 H U M   E C O L   R I S K   A S S E S S 	 H u m .   E c o l .   R i s k   A s s e s s . 	 	 2 0 1 7 	 2 3 	 2 	 	 	 	 	 2 0 3 	 2 2 4 	 	 1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 8 0 7 0 3 9 . 2 0 1 6 . 1 2 3 8 3 0 0 	 	 2 2 	 B i o d i v e r s i t y   C o n s e r v a t i o n ;   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s 	 B i o d i v e r s i t y   &   C o n s e r v a t i o n ;   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   &   E c o l o g y 	 E O 7 J L 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 8 6 6 9 0 0 0 0 2 	 	 
 
 J 	 Z h a n g ,   R K ;   Z h e n g ,   Y L ;   M a k ,   T W C ;   Y u ,   R X ;   W o n g ,   S H ;   L a u ,   J Y W ;   P o o n ,   C C Y 	 	 	 	 Z h a n g ,   R u i k a i ;   Z h e n g ,   Y a l i ;   M a k ,   T o n y   W i n g   C h u n g ;   Y u ,   R u o x i ;   W o n g ,   S u n n y   H . ;   L a u ,   J a m e s   Y .   W . ;   P o o n ,   C a r m e n   C .   Y . 	 	 	 A u t o m a t i c   D e t e c t i o n   a n d   C l a s s i f i c a t i o n   o f   C o l o r e c t a l   P o l y p s   b y   T r a n s f e r r i n g   L o w - L e v e l   C N N   F e a t u r e s   F r o m   N o n m e d i c a l   D o m a i n 	 I E E E   J O U R N A L   O F   B I O M E D I C A L   A N D   H E A L T H   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C o l o r e c t a l   c a n c e r ;   d e e p   l e a r n i n g ;   h e a l t h   i n f o r m a t i c s ;   p o l y p   d i a g n o s i s 	 C O N V O L U T I O N A L   N E U R A L - N E T W O R K S ;  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 y l z h e n g @ s u r g e r y . c u h k . e d u . h k ;   t o n y m a k @ s u r g e r y . c u h k . e d u . h k ;   y u r u o x i @ s u r g e r y . c u h k . e d u . h k ;   w o n g h e i @ c u h k . e d u . h k ;   l a u j y w @ s u r g e r y . c u h k . e d u . h k ;   c p o o n @ s u r g e r y . c u h k . e d u . h k 	 P o o n ,   C a r m e n / B - 4 6 1 6 - 2 0 1 1 ;   W o n g ,   S u n n y / N - 3 7 5 4 - 2 0 1 5 	 P o o n ,   C a r m e n / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 7 7 1 7 - 4 7 5 2 ;   W o n g ,   S u n n y / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 3 3 5 4 - 9 3 1 0 	 H o n g   K o n g   I n n o v a t i o n   a n d   T e c h n o l o g y   F u n d ;   S h a w   E n d o s c o p y   C e n t e r ;   C h o w   Y u k   H o   T e c h n o l o g y   C e n t r e   f o r   I n n o v a t i v e   M e d i c i n e 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   H o n g   K o n g   I n n o v a t i o n   a n d   T e c h n o l o g y   F u n d ,   S h a w   E n d o s c o p y   C e n t e r   a n d   t h e   C h o w   Y u k   H o   T e c h n o l o g y   C e n t r e   f o r   I n n o v a t i v e   M e d i c i n e . 	 B a e   S H ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 2 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 3 4 3 9 8 ;   B a r   Y . ,   2 0 1 5 ,   P   S P I E   M E D   I M   2 0 1 5   C ,   V 9 4 1 4 ;   C h e n   H ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 9 ,   P 1 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 5 . 2 4 2 5 0 4 1 ;   H e w e t t   D G ,   2 0 1 2 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 3 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 0 6 ;   I g n j a t o v i c   A ,   2 0 0 9 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 1 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 9 ) 7 0 3 2 9 - 8 ;   J i a   Y . ,   2 0 1 4 ,   P   A C M   I N T   C   M U L T ,   P 6 7 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 6 4 7 8 6 8 . 2 6 5 4 8 8 9 ;   K r i z h e v s k y   A l e x ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   P 1 0 9 7 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   M a c h i d a   H ,   2 0 0 4 ,   E N D O S C O P Y ,   V 3 6 ,   P 1 0 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 2 0 0 4 - 8 2 6 0 4 0 ;   M e s e j o   P ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 2 0 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 4 7 9 4 7 ;   O b a   S ,   2 0 1 0 ,   S C A N D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 4 5 ,   P 1 0 8 4 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 0 3 6 5 5 2 1 0 0 3 7 3 4 1 6 6 ;   P a n   S J ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 2 ,   P 1 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 9 . 1 9 1 ;   R a s t o g i   A ,   2 0 0 9 ,   G A S T R O I N T E S T   E N D O S C ,   V 6 9 ,   P 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g i e . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 5 8 ;   R e x   D K ,   2 0 0 9 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 1 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 9 ) 7 0 3 4 2 - 0 ;   R o t h   H R ,   2 0 1 5 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 5 . 7 1 6 3 8 2 6 ;   R u s s a k o v s k y   O ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 1 5 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 1 5 - 0 8 1 6 - y ;   S a n o   Y ,   2 0 0 9 ,   G A S T R O I N T E S T   E N D O S C ,   V 6 9 ,   P 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g i e . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 6 6 ;   S h i e   C . - K . ,   2 0 1 5 ,   P   3 7   A N N   I N T   C   I E E E ;   S h i n   H C ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 1 6 2 ;   S t e h l e   T . ,   2 0 0 9 ,   P   S P I E   M E D   I M A G   2 0 0 9 ,   V 7 2 6 0 ;   S u   M Y ,   2 0 0 6 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 1 0 1 ,   P 2 7 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 7 2 - 0 2 4 1 . 2 0 0 6 . 0 0 9 3 2 . x ;   S z e g e d y   C ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 5 9 4 ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 5 3 0 2 ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 8 7 9 9 7 ;   T a m a k i   T ,   2 0 1 3 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 7 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 3 ;   T a n a k a   S ,   2 0 1 1 ,   D I G E S T   E N D O S C ,   V 2 3 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 3 - 1 6 6 1 . 2 0 1 1 . 0 1 1 0 6 . x ;   T o r r e   L A ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 6 2 ;   v a n   G i n n e k e n   B ,   2 0 1 5 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 5 . 7 1 6 3 8 6 9 ;   Y o s i n s k i   J . ,   2 0 1 4 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 3 3 2 0 ;   Z a u b e r   A G ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 6 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 1 0 0 3 7 0 ;   Z h o u   B . ,   2 0 1 4 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 4 8 7 	 3 1 	 0 	 0 	 4 	 4 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 2 1 6 8 - 2 1 9 4 	 	 	 I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H 	 I E E E   J .   B i o m e d .   H e a l t h   I n f o r m . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 2 1 	 1 	 	 	 	 	 4 1 	 4 7 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 6 . 2 6 3 5 6 6 2 	 	 7 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E M 8 C J 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 5 3 8 5 0 0 0 0 5 	 	 
 
 J 	 Y u ,   L Q ;   C h e n ,   H ;   D o u ,   Q ;   Q i n ,   J ;   H e n g ,   P A 	 	 	 	 Y u ,   L e q u a n ;   C h e n ,   H a o ;   D o u ,   Q i ;   Q i n ,   J i n g ;   H e n g ,   P h e n g   A n n 	 	 	 I n t e g r a t i n g   O n l i n e   a n d   O f f l i n e   T h r e e - D i m e n s i o n a l   D e e p   L e a r n i n g   f o r   A u t o m a t e d   P o l y p   D e t e c t i o n   i n   C o l o n o s c o p y   V i d e o s 	 I E E E   J O U R N A L   O F   B I O M E D I C A L   A N D   H E A L T H   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A u t o m a t e d   p o l y p   d e t e c t i o n ;   c o l o n o s c o p y   v i d e o ;   c o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s ;   c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k s   ( C N N s ) ;   d e e p   l e a r n i n g 	 C O N V O L U T I O N A L   N E U R A L - N E T W O R K S ;   C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   E N D O S C O P I C   V I D E O ;  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 &   E n g n ,   H o n g   K o n g ,   H o n g   K o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 l q y u @ c s e . c u h k . e d u . h k ;   h c h e n @ c s e . c u h k . e d u . h k ;   q d o u @ c s e . c u h k . e d u . h k ;   h a r r y . q i n @ p o l y u . e d u . h k ;   p h e n g @ c s e . c u h k . e d u . h k 	 	 	 R e s e a r c h   G r a n t s   C o u n c i l   o f   t h e   H o n g   K o n g   S p e c i a l   A d m i n i s t r a t i v e   R e g i o n   [ C U H K   1 4 2 0 2 5 1 4 ,   C U H K   1 4 2 0 3 1 1 5 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 2 3 3 0 1 2 ] ;   S h e n z h e n   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o g r a m   [ J C Y J 2 0 1 6 0 4 2 9 1 9 0 3 0 0 8 5 7 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   g r a n t s   f r o m   t h e   R e s e a r c h   G r a n t s   C o u n c i l   o f   t h e   H o n g   K o n g   S p e c i a l   A d m i n i s t r a t i v e   R e g i o n   u n d e r   P r o j e c t   C U H K   1 4 2 0 2 5 1 4   a n d   P r o j e c t   C U H K   1 4 2 0 3 1 1 5 ,   i n   p a r t   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   u n d e r   P r o j e c t   6 1 2 3 3 0 1 2 ,   a n d   i n   p a r t   b y   t h e   S h e n z h e n   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o g r a m   ( J C Y J 2 0 1 6 0 4 2 9 1 9 0 3 0 0 8 5 7 ) .   ( L e q u a n   Y u   a n d   H a o   C h e n   c o n t r i b u t e d   e q u a l l y   t o   t h i s   w o r k . ) 	 A l e x a n d r e   L .   A . ,   2 0 0 8 ,   P   I N T   C   B I O M E D I C A L   E ,   V 2 ,   P 3 8 ;   A m e l i n g   S . ,   2 0 0 9 ,   B I L D V E R A R B E I T U N G   M E D ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 9 3 8 6 0 - 6 _ 7 0 ;   A n t h i m o p o u l o s   M ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 5 8 6 5 ;   B e r n a l   J ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 5 ,   P 3 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 2 ;   B e r n a l   J ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 4 3 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 7 ;   B r o s c h   T ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 8 2 1 ;   C h e n   H . ,   2 0 1 6 ,   P   1 3   A A A I   C   A R T   I N T ,   P 1 1 6 7 ;   C h e n   H . ,   2 0 1 6 ,   P   I E E E   C   C O M P   V I S   P A ,   P 2 4 8 7 ;   C h e n   H . ,   2 0 1 5 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 5 0 7 ;   C h e n   H . ,   2 0 1 6 ,   P   3 0   A A A I   C   A R T   I N T ,   P 1 1 6 0 ;   D o u   Q ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 1 2 9 ;   G a n z   M ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 9 ,   P 2 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 2 . 2 1 9 5 3 1 4 ;   H e   K . ,   2 0 1 6 ,   P   I E E E   C   C O M P   V I S   P A ,   P 7 7 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 6 . 9 0 ;   H w a n g   S . ,   2 0 0 7 ,   P   I E E E   I N T   C   I M   P R O C ,   V 2 ,   P 4 6 5 ;   I a k o v i d i s   D K ,   2 0 0 5 ,   C O M P   M E D   S Y ,   P 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C B M S . 2 0 0 5 . 6 ;   J i   S W ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 2 . 5 9 ;   J i a   Y . ,   2 0 1 4 ,   P   A C M   I N T   C   M U L T ,   P 6 7 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 6 4 7 8 6 8 . 2 6 5 4 8 8 9 ;   K a m n i t s a s   K . ,   2 0 1 6 ,   A R X I V 1 6 0 3 0 5 9 5 9 ;   K a r k a n i s   S A ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 7 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 3 . 8 1 3 7 9 4 ;   K a r p a t h y   A ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 2 2 3 ;   K r i z h e v s k y   A l e x ,   2 0 1 2 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 1 0 9 7 ;   L e c u n   Y ,   1 9 9 8 ,   P   I E E E ,   V 8 6 ,   P 2 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 7 2 6 7 9 1 ;   L e u f k e n s   A M ,   2 0 1 2 ,   E N D O S C O P Y ,   V 4 4 ,   P 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 1 - 1 2 9 1 6 6 6 ;   L i   R . ,   2 0 1 4 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 3 0 5 ;   L o n g   J ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 9 6 5 ;   M o e s k o p s   P ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 4 8 5 0 1 ;   N i e   D ,   2 0 1 6 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 3 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 6 . 7 4 9 3 5 1 5 ;   P a r k   S Y ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 9 ,   P 1 4 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 2 . 2 1 8 8 3 9 7 ;   R a b e n e c k   L ,   2 0 0 3 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 9 8 ,   P 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 2 - 9 2 7 0 ( 0 2 ) 0 5 9 2 8 - 2 ;   R a s t e g a r i   M . ,   2 0 1 6 ,   P   1 4   E U R   C   C O M P   V I S ,   P 5 2 5 ;   R o m e r o   A . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 1 2 6 5 5 0 ;   R o n n e b e r g e r   O . ,   2 0 1 5 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 2 3 4 ;   R o t h   H . ,   2 0 1 4 ,   P   M I C C A I ,   P 5 2 0 ;   R o t h   H .   R . ,   2 0 1 5 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ,   P 5 5 6 ;   S e t i o   A A A ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 6 8 0 9 ;   S h i n   H C ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 1 6 2 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 6 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 3 3 2 ;   S i l v a   J ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 9 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 3 - 0 9 2 6 - 3 ;   S i m o n y a n   K . ,   2 0 1 4 ,   C O R R ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 5 3 0 2 ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 8 7 9 9 7 ;   T a j b a k h s h   N ,   2 0 1 5 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 5 . 7 1 6 3 8 2 1 ;   T h o m e e   B ,   2 0 1 6 ,   C O M M U N   A C M ,   V 5 9 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 8 1 2 8 0 2 ;   T R A N   D ,   2 0 1 5 ,   I E E E   I   C O N F   C O M P   V I S ,   P 4 4 8 9 ;   W a n g   Y ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 2 0 ,   P 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 2 ;   W a n g   Y ,   2 0 1 4 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 8 ,   P 1 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 3 . 2 2 8 5 2 3 0 	 4 6 	 0 	 0 	 4 	 4 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 2 1 6 8 - 2 1 9 4 	 	 	 I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H 	 I E E E   J .   B i o m e d .   H e a l t h   I n f o r m . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 2 1 	 1 	 	 	 	 	 6 5 	 7 5 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 6 . 2 6 3 7 0 0 4 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E M 8 C J 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 5 3 8 5 0 0 0 0 8 	 	 
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 T e c h n o l ,   C o l l   E l e c t   &   M e c h   E n g n ,   D e p t   C o m p   E n g n ,   R a w a l p i n d i   4 6 0 0 0 ,   P a k i s t a n . 	 f a r h a n . r i a z @ c e m e . n u s t . e d u . p k ;   a l i h a s s a n @ c e m e . n u s t . e d u . p k ;   r i d a @ c e m e . n u s t . e d u . p k ;   m a r i o @ m e d . u p . p t ;   m c o i m b r a @ d c c . f c . u p . p t 	 	 	 N a t i o n a l   U n i v e r s i t y   o f   S c i e n c e s   a n d   T e c h n o l o g y ,   I s l a m a b a d ,   P a k i s t a n ;   B R I D G E   [ C M U P E P B / T I C / 0 0 6 9 / 2 0 1 3 ] ;   Q R E N   [ 3 8 5 0 5 ] ;   G E M I N I   [ P E s t - O E / E E I / L A 0 0 0 8 / 2 0 1 3 ,   U I D / E E A / 5 0 0 0 8 / 2 0 1 3 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   U n i v e r s i t y   o f   S c i e n c e s   a n d   T e c h n o l o g y ,   I s l a m a b a d ,   P a k i s t a n   a n d   P o r t u g u e s e   g r a n t s   f r o m   " P r o j e c t   B R I D G E ,   R e f   C M U P E P B / T I C / 0 0 6 9 / 2 0 1 3 " ,   " P r o j e c t   R h e u m u s   ( P r o j e t o   Q R E N   n o :   3 8 5 0 5 ) "   a n d   " P r o j e c t   G E M I N I ,   i n   t h e   s c o p e   o f   P E s t - O E / E E I / L A 0 0 0 8 / 2 0 1 3   a n d   R & D   U n i t   5 0 0 0 8   ( U I D / E E A / 5 0 0 0 8 / 2 0 1 3 ) " . 	 A i   D . ,   2 0 1 0 ,   P   I N T   C   P A T T   R E C ,   P 2 4 3 6 ;   A t a s o y   S ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 6 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 1 . 2 1 7 4 2 5 2 ;   B a n s a l   R ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 6 . 8 8 4 1 8 7 ;   B a o   G . ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   M O D   S I M   V I S   M E ;   B a r a t a   C ,   2 0 1 4 ,   I E E E   S Y S T   J ,   V 8 ,   P 9 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S Y S T . 2 0 1 3 . 2 2 7 1 5 4 0 ;   B a r a t a   C ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 9 ,   P 2 7 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 2 . 2 2 0 9 4 2 3 ;   C a i c e d o   J C ,   2 0 0 9 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 5 6 5 1 ,   P 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 0 2 9 7 6 - 9 _ 1 7 ;   C h o i   J Y ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 1 ,   P 1 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 1 . 2 1 6 8 4 1 3 ;   C i m p o i   M ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 4 6 1 ;   D a l a i   N . ,   2 0 0 5 ,   C V P R ,   V 1 ,   P 8 8 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 5 . 1 7 7 ;   D A U G M A N   J G ,   1 9 9 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 5 ,   P 1 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 2 4 4 6 7 6 ;   D u a   S ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 6 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 1 . 2 1 7 6 5 4 0 ;   F e r m a n   A M ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 1 ,   P 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 2 . 1 0 0 6 3 9 7 ;   F i e l d   D .   J . ,   1 9 8 7 ,   I E E   J   R A D I O   C O M M U N   E ,   V 4 ;   H a l e y   G M ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 8 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 8 3 . 7 4 3 8 5 9 ;   J a y a r a m   S . ,   2 0 0 4 ,   P   I E E E   C O M P   S O C   C   C O ,   V 2 ,   P 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 4 . 1 3 1 5 2 4 8 ;   K m r i n e n   J .   K . ,   2 0 0 3 ,   T H E S I S ;   K o n g   H ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 1 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 1 . 2 1 4 1 6 7 4 ;   K o p p e l   D ,   2 0 0 4 ,   2 0 0 4   2 N D   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   B I O M E D I C A L   I M A G I N G :   M A C R O   T O   N A N O ,   V O L S   1   A N D   2 ,   P 2 6 9 ;   L i a o   W . ,   2 0 1 0 ,   P   2 0   I N T   C   P A T T   R E C ,   P 1 0 0 3 ;   L u   W J ,   2 0 1 0 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 0 . 5 6 5 0 6 1 3 ;   M a g l o g i a n n i s   I ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 9 . 2 0 1 7 5 2 9 ;   M a n j u n a t h   B S ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 8 ,   P 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 5 3 1 8 0 3 ;   M a n j u n a t h   B S ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   C I R C   S Y S T   V I D ,   V 1 1 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 6 . 9 2 7 4 2 4 ;   N a n n i   L ,   2 0 1 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 4 9 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 6 ;   O j a l a   T ,   1 9 9 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 2 9 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 5 ) 0 0 0 6 7 - 4 ;   O j a l a   T ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 1 7 6 2 3 ;   O p p e n h e i m   A V ,   1 9 9 9 ,   D I S C R E T E   T I M E   S I G N A L ;   P a r k   S ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 8 ,   P 2 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 1 . 2 1 6 2 3 3 0 ;   P e r u c h   F ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 3 . 2 2 8 3 8 0 3 ;   P o r t e r   R ,   1 9 9 7 ,   I E E   P - V I S   I M A G E   S I G N ,   V 1 4 4 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / i p - v i s : 1 9 9 7 1 1 8 2 ;   Q i n g   Z .   H o n g ,   2 0 0 4 ,   P   I E E E   I N T   C   A C   S P E E ,   V 3 ,   P 5 0 9 ;   R a z a   S H ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 8 9 3 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 3 6 2 6 - 6 _ 9 ;   R i a z   F . ,   2 0 1 2 ,   T H E S I S ;   R i a z   F ,   2 0 1 3 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 1 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 3 . 6 7 3 8 2 9 6 ;   R i a z   F ,   2 0 1 3 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 3 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 3 . 6 6 1 0 3 5 0 ;   R i a z   F ,   2 0 1 3 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   L E T ,   V 2 0 ,   P 6 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / L S P . 2 0 1 3 . 2 2 5 9 6 2 2 ;   R i a z   F ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 9 ,   P 2 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 2 . 2 2 1 2 4 4 0 ;   R i b e i r o   M .   D . ,   2 0 0 5 ,   T H E S I S ;   S a d e g h i   M ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 3 9 3 0 7 ;   S c h u c h e r t   T ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 2 ,   P 1 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 9 . 1 6 2 ;   S h e n   Y ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 6 ,   P 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 1 . 2 1 7 1 9 7 7 ;   S o u s a   A ,   2 0 0 9 ,   2 0 0 9   1 6 T H   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   I M A G E   P R O C E S S I N G ,   V O L S   1 - 6 ,   P 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 0 9 . 5 4 1 4 0 8 2 ;   S O U S A   A .   I .   P . ,   2 0 0 8 ,   T H E S I S ;   T a k a h a s h i   T ,   2 0 1 0 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 1 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 0 . 5 6 5 1 8 3 9 ;   v a n   d e r   L i j n   F ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 2 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 1 . 2 1 6 8 4 2 0 ;   V e c s e i   A ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 1 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 9 ;   W a n g   W C ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 2 ,   P 4 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 3 . 2 2 7 1 4 2 6 ;   W u   P ,   2 0 0 0 ,   S I G N A L   P R O C E S S - I M A G E ,   V 1 6 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 3 - 5 9 6 5 ( 0 0 ) 0 0 0 1 6 - 3 ;   Y a n g   M C ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 2 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 7 9 9 3 8 ;   Y a o   C H ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 6 ,   P 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 0 2 ) 0 0 1 2 4 - 3 ;   Z h a n g   B ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 3 . 2 2 8 2 6 2 5 ;   Z h o u   H ,   2 0 0 9 ,   2 0 0 9   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   B I O M E D I C A L   I M A G I N G :   F R O M   N A N O   T O   M A C R O ,   V O L S   1   A N D   2 ,   P 1 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 9 . 5 1 9 3 3 0 7 	 5 3 	 0 	 0 	 1 	 1 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 2 1 6 8 - 2 1 9 4 	 	 	 I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H 	 I E E E   J .   B i o m e d .   H e a l t h   I n f o r m . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 2 1 	 1 	 	 	 	 	 1 6 2 	 1 7 1 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 5 . 2 4 9 2 4 6 4 	 	 1 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E M 8 C J 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 5 3 8 5 0 0 0 1 8 	 2 6 5 1 3 8 1 1 	 
 
 J 	 K a d d i ,   C D ;   W a n g ,   M D 	 	 	 	 K a d d i ,   C h a n c h a l a   D . ;   W a n g ,   M a y   D . 	 	 	 M o d e l s   f o r   P r e d i c t i n g   S t a g e   i n   H e a d   a n d   N e c k   S q u a m o u s   C e l l   C a r c i n o m a   U s i n g   P r o t e o m i c   a n d   T r a n s c r i p t o m i c   D a t a 	 I E E E   J O U R N A L   O F   B I O M E D I C A L   A N D   H E A L T H   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B i o i n f o r m a t i c s ;   c o m p u t a t i o n a l   b i o l o g y ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   p r o t e i n s ;   R N A 	 F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   C A N C E R ;   E X P R E S S I O N ;   G E N E S ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   P A T H W A Y ;   D I F F E R E N T I A T I O N ;   O V E R E X P R E S S I O N ;   I N F O R M A T I O N ;   R E C U R R E N T 	 L a t e   d i a g n o s i s   i s   o n e   o f   t h e   r e a s o n s   t h a t   h e a d   a n d   n e c k   s q u a m o u s   c e l l   c a r c i n o m a   ( H N S C C )   p a t i e n t s   e x p e r i e n c e   r e l a t i v e   f i v e - y e a r   s u r v i v a l   r a t e s   r a n g i n g   f r o m   4 0 % - 6 6 % .   T h e   m o l e c u l a r - l e v e l   d i f f e r e n c e s   b e t w e e n   e a r l y   a n d   a d v a n c e d   s t a g e   H N S C C   m a y   p r o v i d e   i n s i g h t   i n t o   t h e r a p e u t i c   t a r g e t s   a n d   s t r a t e g i e s .   P r e v i o u s   b i o i n f o r m a t i c s   s t u d i e s   h a v e   s h o w n   m i x e d   o r   l i m i t e d   r e s u l t s   i n   i d e n t i f y i n g   g e n e   a n d   p r o t e i n   m a r k e r s   a n d   i n   d e v e l o p i n g   m o d e l s   f o r   d i s c r i m i n a t i n g   b e t w e e n   e a r l y   a n d   a d v a n c e d   s t a g e   H N S C C .   T h u s ,   w e   h a v e   i n v e s t i g a t e d   m o d e l s   f o r   H N S C C   s t a g e   p r e d i c t i o n   u s i n g   R N A s e q   a n d   r e v e r s e   p h a s e   p r o t e i n   a r r a y   d a t a   f r o m   T h e   C a n c e r   G e n o m e   A t l a s   a n d   T h e   C a n c e r   P r o t e o m e   A t l a s .   W e   s y s t e m a t i c a l l y   a s s e s s e d   i n d i v i d u a l   a n d   e n s e m b l e   b i n a r y   c l a s s i f i e r s ,   u s i n g   f i l t e r   a n d   w r a p p e r   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s ,   t o   d e v e l o p   s e v e r a l   w e l l - p e r f o r m i n g   m o d e l s .   I n   p a r t i c u l a r ,   i n t e g r a t e d   m o d e l s   h a r n e s s i n g   b o t h   d a t a   t y p e s   c o n s i s t e n t l y   r e s u l t e d   i n   b e t t e r   p e r f o r m a n c e .   T h i s   s t u d y   i d e n t i f i e s   i n f o r m a t i v e   p r o t e i n   a n d   g e n e   f e a t u r e   s e t s   w h i c h   m a y   i n c r e a s e   u n d e r s t a n d i n g   o f   H N S C C   p r o g r e s s i o n . 	 [ K a d d i ,   C h a n c h a l a   D . ;   W a n g ,   M a y   D . ]   G e o r g i a   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   A t l a n t a ,   G A   3 0 3 3 2   U S A ;   [ W a n g ,   M a y   D . ]   E m o r y   U n i v ,   A t l a n t a ,   G A   3 0 3 3 2   U S A 	 K a d d i ,   C D ;   W a n g ,   M D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G e o r g i a   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   A t l a n t a ,   G A   3 0 3 3 2   U S A . ;   W a n g ,   M D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   E m o r y   U n i v ,   A t l a n t a ,   G A   3 0 3 3 2   U S A . 	 g t g 5 3 8 v @ m a i l . g a t e c h . e d u ;   m a y w a n g @ b m e . g a t e c h . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ U 0 1   C A 1 5 1 8 0 2 ,   R 0 1   C A 1 6 3 2 5 6 ,   U 5 4 C A 1 1 9 3 3 8 ] ;   G e o r g i a   C a n c e r   C o a l i t i o n   ( D i s t i n g u i s h e d   C a n c e r   S c h o l a r   A w a r d ) ;   M i c r o s o f t   R e s e a r c h ;   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   ( G R F P ) ;   P . E . O .   I n t e r n a t i o n a l   ( S c h o l a r   A w a r d ) 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   f r o m   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( U 0 1   C A 1 5 1 8 0 2 ,   R 0 1   C A 1 6 3 2 5 6 ,   U 5 4 C A 1 1 9 3 3 8 ) ,   G e o r g i a   C a n c e r   C o a l i t i o n   ( D i s t i n g u i s h e d   C a n c e r   S c h o l a r   A w a r d   t o   M D W ) ,   M i c r o s o f t   R e s e a r c h ,   t h e   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   ( G R F P   t o   C D K ) ,   a n d   P . E . O .   I n t e r n a t i o n a l   ( S c h o l a r   A w a r d   t o   C D K ) . 	 A m o r n p h i m o l t h a m   P ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 ,   P 4 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 3 - 0 2 4 9 ;   B o l l e g a l a   D . ,   2 0 1 4 ,   D Y N A M I C   F E A T U R E   S C A L ;   B r o w n   G ,   2 0 1 2 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 7 ;   C a r e y   M S ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 2 8 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 9 - 2 5 0 2 ;   C h a n g   J T ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 1 4 ,   P 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 0 6 6 3 ;   C h e n   K M ,   2 0 0 7 ,   A R C H   O T O L A R Y N G O L ,   V 1 3 3 ,   P 1 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h o t o l . 1 3 3 . 1 1 . 1 1 3 1 ;   C h i n   L ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 5 ,   P 1 0 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 3 8 5 ;   C r o f t   D ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 4 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 1 0 2 ;   D a e m e n   A ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 3 - 1 4 - 1 0 - r 1 1 0 ;   S h e r m a n   B T ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / N A R / G K N 9 2 3 ;   D e   C o r s o   E ,   2 0 0 7 ,   A N N   S U R G ,   V 2 4 5 ,   P 8 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . s l a . 0 0 0 0 2 5 5 5 7 4 . 2 2 8 2 1 . a 1 ;   D i n g   C h r i s ,   2 0 0 5 ,   J o u r n a l   o f   B i o i n f o r m a t i c s   a n d   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ,   V 3 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 7 2 0 0 0 5 0 0 1 0 0 4 ;   E l s e r   C ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 3 7 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 6 . 1 0 . 2 8 7 1 ;   F r e d e r i c k   M J ,   2 0 1 1 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 7 8 ,   P 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j p a t h . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 4 4 ;   F r e u d l s p e r g e r   C ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   O P I N   T H E R   T A R ,   V 1 5 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 4 7 2 8 2 2 2 . 2 0 1 1 . 5 4 1 4 4 0 ;   G a s c o i g n e   D K ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 3 0 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 5 8 2 ;   G a t t a   G ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 5 1 ,   P 2 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 4 3 ;   G i n o s   M A ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 4 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 3 - 2 1 4 4 ;   G o l d   K A ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 5 ,   P 9 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 4 1 2 3 ;   G o n z a l e z - A n g u l o   A n a   M ,   2 0 1 1 ,   C l i n   P r o t e o m i c s ,   V 8 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 5 5 9 - 0 2 7 5 - 8 - 1 1 ;   G o u l i o u m i s   A .   K . ,   2 0 1 1 ,   I S R N   O N C O L ,   V 2 0 1 1 ,   P 5 ;   H a i d e r   S ,   2 0 1 3 ,   C U R R   G E N O M I C S ,   V 1 4 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 9 2 0 2 9 1 1 3 1 4 0 2 0 0 0 3 ;   H o a d l e y   K A ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 8 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 4 9 ;   H o n g   B ,   2 0 1 0 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 7 9 ,   P 8 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b c p . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 2 1 ;   H u a n g   D W ,   2 0 0 9 ,   N A T   P R O T O C ,   V 4 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 8 . 2 1 1 ;   J u n t t i l a   M R ,   2 0 0 7 ,   O N C O G E N E ,   V 2 6 ,   P 5 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 1 0 3 3 2 ;   K a d d i   C D ,   2 0 1 4 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 5 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 4 . 6 9 4 4 8 0 1 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 7 ,   P 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 1 2 9 ;   L e e m a n s   C R ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 9 8 2 ;   L e n g   N ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 1 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 0 8 7 ;   L i   B ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 6 9 2 ;   L i   J ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 0 ,   P 1 0 4 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 6 5 0 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 6 5 0 ] ;   L o t h a i r e   P ,   2 0 0 6 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 2 8 ,   P 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 0 3 2 6 ;   M e n d e z   E ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R ,   V 9 5 ,   P 1 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 1 0 8 7 5 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P i e t r o w s k a   M ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 4 0 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j o . 2 0 1 1 . 1 1 8 6 ;   P u l t e   D ,   2 0 1 0 ,   O N C O L O G I S T ,   V 1 5 ,   P 9 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 2 0 0 9 - 0 2 8 9 ;   P y o   S W ,   2 0 0 7 ,   J   C R A N I O   M A X I L L   S U R G ,   V 3 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c m s . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 0 4 ;   R o b i n s o n   M D ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 6 1 6 ;   R u s s o   L .   L . ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   I N F L A M M ,   V 1 0 ,   P 6 1 ;   S a g l a m   O ,   2 0 0 7 ,   D I A G N   M O L   P A T H O L ,   V 1 6 ,   P 2 1 8 ;   S c h m a l b a c h   C E ,   2 0 0 4 ,   A R C H   O T O L A R Y N G O L ,   V 1 3 0 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h o t o l . 1 3 0 . 3 . 2 9 5 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 5 4 ;   S o n g   Y M ,   2 0 0 8 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 9 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g m 2 6 9 ;   S o n n t a g   J . ,   2 0 1 4 ,   T R A N S L   P R O T E O M I C S ,   V 2 ,   P 5 2 ;   S T E I G E R   J H ,   1 9 8 0 ,   P S Y C H O L   B U L L ,   V 8 7 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / / 0 0 3 3 - 2 9 0 9 . 8 7 . 2 . 2 4 5 ;   S u n g   M W ,   2 0 0 3 ,   L A R Y N G O S C O P E ,   V 1 1 3 ,   P 1 0 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 5 5 3 7 - 2 0 0 3 0 6 0 0 0 - 0 0 0 2 7 ;   T a n g   X H ,   2 0 1 1 ,   A N N U   R E V   P A T H O L - M E C H ,   V 6 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - p a t h o l - 0 1 1 1 1 0 - 1 3 0 3 0 3 ;   T i z i a n i   S ,   2 0 0 9 ,   N E O P L A S I A ,   V 1 1 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / n e o . 8 1 3 9 6 ;   U m m a n n i   R . ,   2 0 1 3 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 1 8 4 4 ,   P 9 5 0 ;   W a n g   K ,   2 0 1 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 6 2 2 ;   W e b e r   A ,   2 0 0 7 ,   H U M   P A T H O L ,   V 3 8 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h u m p a t h . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 1 2 ;   W o r s h a m   M J ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   R E V   A N T I C A N C ,   V 1 1 ,   P 1 3 2 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 5 8 6 / e r a . 1 1 . 1 3 5 ,   1 0 . 1 5 8 6 / E R A . 1 1 . 1 3 5 ] ;   Z h o u   Z . - H . ,   2 0 1 2 ,   E N S E M B L E   M E T H O D S   F D N 	 5 4 	 0 	 0 	 0 	 0 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 2 1 6 8 - 2 1 9 4 	 	 	 I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H 	 I E E E   J .   B i o m e d .   H e a l t h   I n f o r m . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 2 1 	 1 	 	 	 	 	 2 4 6 	 2 5 3 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 5 . 2 4 8 9 1 5 8 	 	 8 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E M 8 C J 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 5 3 8 5 0 0 0 2 7 	 2 6 4 6 2 2 4 8 	 
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 C o n c l u s i o n :   A   n o v e l   a p p r o a c h   t o   d i f f e r e n t i a t e   m e t a s t a t i c   a n d   n o n - m e t a s t a t i c   l y m p h   n o d e s   i n   c h o l a n g i o c a r c i n o m a   b y   e m p l o y i n g   t h e   F T I R   s p e c t r o s c o p y   c o m b i n e d   w i t h   S V M   m o d e l ,   i s   e s t a b l i s h e d   a n d   d e m o n s t r a t e d ,   a n d   c o u l d   b e   a p p l i e d   i n   c h o l a n g i o c a r c i n o m a   c l i n i c a l   s t a g e   v a l u e   i n   f u t u r e   c l i n i c a l   p r a c t i c e . 	 [ W u ,   M i n ;   C u i ,   L o n g ;   X u ,   Z h i ]   P e k i n g   U n i v ,   H o s p   3 ,   D e p t   G e n   S u r g ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H u ,   H u a n - R o n g ]   N a t l   C t r   C l i n   L a b s ,   D e p t   H e m a t o l ,   B e i j i n g   1 0 0 7 3 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H u ,   H u a n - R o n g ]   B e i j i n g   H o s p ,   B e i j i n g   1 0 0 7 3 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 X u ,   Z   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   P e k i n g   U n i v ,   H o s p   3 ,   D e p t   G e n   S u r g ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 x u z h i 1 2 3 4 5 6 @ s o h u . c o m 	 	 	 M a j o r   R e s e a r c h   P r o j e c t   o f   P e k i n g   U n i v e r s i t y   T h i r d   H o s p i t a l   [ B Y S Y 2 0 1 2 0 7 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   f r o m   M a j o r   R e s e a r c h   P r o j e c t   o f   P e k i n g   U n i v e r s i t y   T h i r d   H o s p i t a l   ( B Y S Y 2 0 1 2 0 7 ) . 	 B a i   Y K ,   2 0 1 5 ,   S P E C T R O S C   S P E C T   A N A L ,   V 3 5 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 3 9 6 4 / j . i s s n . 1 0 0 0 - 0 5 9 3 ( 2 0 1 5 ) 0 3 - 0 5 9 9 - 0 4 ;   B A R N E S   R J ,   1 9 8 9 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 4 3 ,   P 7 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 8 9 4 2 0 2 2 0 1 ;   E d g e   S B ,   2 0 1 0 ,   A J C C   C A N C   S T A G I N G   M A ;   K e e r t h i   S S ,   2 0 0 3 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 5 ,   P 1 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 0 3 3 2 1 8 9 1 8 5 5 ;   K o n g   Y ,   2 0 1 6 ,   C O M B   C H E M   H I G H   T   S C R ,   V 1 9 ,   P 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 6 2 0 7 3 1 9 6 6 6 1 6 0 4 1 4 1 0 5 0 4 4 ;   L i   Q B ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 3 ,   P 6 0 9 ;   L i u   Y ,   2 0 1 1 ,   B R I T   J   S U R G ,   V 9 8 ,   P 3 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b j s . 7 3 3 0 ;   L u v i r a   V o r ,   2 0 1 6 ,   A s i a n   P a c   J   C a n c e r   P r e v ,   V 1 7 ,   P 4 0 1 ;   M a n t s c h   H e n r y   H ,   1 9 9 6 ,   I N F R A R E D   S P E C T R O S C O P ,   V 2 4 ,   P 1 8 7 ;   S e y e d d o k h t   A t e f e h ,   2 0 1 6 ,   A v i c e n n a   J o u r n a l   o f   M e d i c a l   B i o t e c h n o l o g y ,   V 8 ,   P 3 6 ;   S h e n g   D P ,   2 0 1 3 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 0 1 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 7 2 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 8 ;   S u n   X L ,   2 0 1 3 ,   J   S U R G   R E S ,   V 1 7 9 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s s . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 5 7 ;   T a n   M X ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 9 ,   P 1 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 4 - 0 9 9 2 - 1 ;   T i a n   P ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   S U R G ,   V 1 0 2 ,   P 1 3 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b j s . 9 8 8 2 ;   T i a n   P R ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C L I N   E X P   M E D ,   V 8 ,   P 9 7 2 ;   W a n g   M L ,   2 0 1 5 ,   C O M B   C H E M   H I G H   T   S C R ,   V 1 8 ,   P 2 4 ;   W e i s e r   M R ,   2 0 0 0 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 7 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 3 4 - 0 0 0 - 0 6 5 1 - 3 ;   Z h a n g   W T ,   2 0 1 5 ,   C H E M   R E S   C H I N E S E   U ,   V 3 1 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 4 0 2 4 2 - 0 1 5 - 4 3 5 4 - 5 ;   Z h a n g   X Q ,   2 0 1 1 ,   J   S U R G   R E S ,   V 1 7 1 ,   P 6 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s s . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 3 1 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   I N T E L   N E U R O S C ,   V 2 0 1 5 ,   P 4 2 3 	 2 1 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E - C E N T U R Y   P U B L I S H I N G   C O R P 	 M A D I S O N 	 4 0   W H I T E   O A K S   L N ,   M A D I S O N ,   W I   5 3 7 1 1   U S A 	 1 9 4 0 - 5 9 0 1 	 	 	 I N T   J   C L I N   E X P   M E D 	 I n t .   J .   C l i n .   E x p .   M e d . 	 	 2 0 1 7 	 1 0 	 2 	 	 	 	 	 2 9 2 5 	 2 9 3 1 	 	 	 	 7 	 M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E O 2 H Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 5 1 8 5 0 0 1 2 7 	 	 
 
 J 	 B e r g l u n d ,   A E ;   W e l s h ,   E A ;   E s c h r i c h ,   S A 	 	 	 	 B e r g l u n d ,   A n d e r s   E . ;   W e l s h ,   E r i c   A . ;   E s c h r i c h ,   S t e v e n   A . 	 	 	 C h a r a c t e r i s t i c s   a n d   V a l i d a t i o n   T e c h n i q u e s   f o r   P C A - B a s e d   G e n e - E x p r e s s i o n   S i g n a t u r e s 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   G E N O M I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 H I G H - D I M E N S I O N A L   D A T A ;   M I C R O A R R A Y   D A T A ;   P R I N C I P A L - C O M P O N E N T S ;   S T O P P I N G   R U L E S ;   C A N C E R ;   C L A S S I F I E R S ;   P R E D I C T I O N ;   B I O M A R K E R 	 B a c k g r o u n d .   M a n y   g e n e - e x p r e s s i o n   s i g n a t u r e s   e x i s t   f o r   d e s c r i b i n g   t h e   b i o l o g i c a l   s t a t e   o f   p r o f i l e d   t u m o r s .   P r i n c i p a l   C o m p o n e n t   A n a l y s i s   ( P C A )   c a n   b e   u s e d   t o   s u m m a r i z e   a   g e n e   s i g n a t u r e   i n t o   a   s i n g l e   s c o r e .   O u r   h y p o t h e s i s   i s   t h a t   g e n e   s i g n a t u r e s   c a n   b e   v a l i d a t e d   w h e n   a p p l i e d   t o   n e w   d a t a s e t s ,   u s i n g   i n h e r e n t   p r o p e r t i e s   o f   P C A .   R e s u l t s .   T h i s   v a l i d a t i o n   i s   b a s e d   o n   f o u r   k e y   c o n c e p t s .   C o h e r e n c e :   e l e m e n t s   o f   a   g e n e   s i g n a t u r e   s h o u l d   b e   c o r r e l a t e d   b e y o n d   c h a n c e .   U n i q u e n e s s :   t h e   g e n e r a l   d i r e c t i o n   o f   t h e   d a t a   b e i n g   e x a m i n e d   c a n   d r i v e   m o s t   o f   t h e   o b s e r v e d   s i g n a l .   R o b u s t n e s s :   i f   a   g e n e   s i g n a t u r e   i s   d e s i g n e d   t o   m e a s u r e   a   s i n g l e   b i o l o g i c a l   e f f e c t ,   t h e n   t h i s   s i g n a l   s h o u l d   b e   s u f f i c i e n t l y   s t r o n g   a n d   d i s t i n c t   c o m p a r e d   t o   o t h e r   s i g n a l s   w i t h i n   t h e   s i g n a t u r e .   T r a n s f e r a b i l i t y :   t h e   d e r i v e d   P C A   g e n e   s i g n a t u r e   s c o r e   s h o u l d   d e s c r i b e   t h e   s a m e   b i o l o g y   i n   t h e   t a r g e t   d a t a s e t   a s   i t   d o e s   i n   t h e   t r a i n i n g   d a t a s e t .   C o n c l u s i o n s .   T h e   p r o p o s e d   v a l i d a t i o n   p r o c e d u r e   e n s u r e s   t h a t   P C A - b a s e d   g e n e   s i g n a t u r e s   p e r f o r m   a s   e x p e c t e d   w h e n   a p p l i e d   t o   d a t a s e t s   o t h e r   t h a n   t h o s e   t h a t   t h e   s i g n a t u r e s   w e r e   t r a i n e d   u p o n .   C o m p l e x   s i g n a t u r e s ,   d e s c r i b i n g   m u l t i p l e   i n d e p e n d e n t   b i o l o g i c a l   c o m p o n e n t s ,   a r e   a l s o   e a s i l y   i d e n t i f i e d . 	 [ B e r g l u n d ,   A n d e r s   E . ;   W e l s h ,   E r i c   A . ;   E s c h r i c h ,   S t e v e n   A . ]   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   D i v   P o p u l a t   S c i ,   D e p t   B i o s t a t   &   B i o i n f o r m a t ,   T a m p a ,   F L   3 3 6 1 2   U S A 	 B e r g l u n d ,   A E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   D i v   P o p u l a t   S c i ,   D e p t   B i o s t a t   &   B i o i n f o r m a t ,   T a m p a ,   F L   3 3 6 1 2   U S A . 	 a n d e r s . b e r g l u n d @ m o f f i t t . o r g 	 	 	 N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ 5 P 3 0 - C A 0 7 6 2 9 2 - 1 2 ,   P 5 0 - C A 1 1 9 9 9 7 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ 5 P 3 0 - C A 0 7 6 2 9 2 - 1 2   t o   A n d e r s   E .   B e r g l u n d ,   E r i c   A .   W e l s h ,   a n d   S t e v e n   A .   E s c h r i c h ]   a n d   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ P 5 0 - C A 1 1 9 9 9 7   t o   E r i c   A .   W e l s h   a n d   S t e v e n   A .   E s c h r i c h ] . 	 A l t m a n   D G ,   2 0 0 0 ,   S T A T   M E D ,   V 1 9 ,   P 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 2 0 0 0 0 2 2 9 ) 1 9 : 4 < 4 5 3 : : A I D - S I M 3 5 0 > 3 . 3 . C O ; 2 - X ;   B a e k   S ,   2 0 0 9 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 0 ,   P 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b p 0 1 6 ;   B r o   R ,   2 0 1 4 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 6 ,   P 2 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a y 4 1 9 0 7 j ;   B r u l a r d   C ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 2 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 3 3 ;   C a s t a l d i   P J ,   2 0 1 1 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 2 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b q 0 7 3 ;   C h i b o n   F ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 2 0 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 2 1 ;   D u p u y   A ,   2 0 0 7 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 9 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d i k 0 1 8 ;   H a i b e - K a i n s   B ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 2 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 3 7 4 ;   J A C K S O N   D A ,   1 9 9 3 ,   E C O L O G Y ,   V 7 4 ,   P 2 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 9 3 9 5 7 4 ;   J o h n s o n   W E ,   2 0 0 7 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 8 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x j 0 3 7 ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   K e r n   S E ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 6 0 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 3 2 3 2 ;   K o s c i e l n y   S ,   2 0 1 0 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 0 3 1 3 ;   M a l l e t t   S ,   2 0 1 0 ,   B M C   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 1 - 7 0 1 5 - 8 - 2 1 ;   M a l l e t t   S ,   2 0 1 0 ,   B M C   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 1 - 7 0 1 5 - 8 - 2 0 ;   M i c h e e l   C M ,   2 0 1 2 ,   E V O L U T I O N   T R A N S L A T I O ;   M i c h i e l s   S ,   2 0 0 7 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 6 ,   P 1 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 3 6 7 3 ;   M i c h i e l s   S ,   2 0 0 5 ,   L A N C E T ,   V 3 6 5 ,   P 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 5 ) 1 7 8 6 6 - 0 ;   M o s l e y   J D ,   2 0 0 8 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 5 - 8 7 9 4 - 1 - 1 1 ;   P e r e s - N e t o   P R ,   2 0 0 5 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 4 9 ,   P 9 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 1 5 ;   R a n s o h o f f   D F ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 3 2 2 ;   R o y s t o n   P ,   2 0 1 3 ,   B M C   M E D   R E S   M E T H O D O L ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 2 8 8 - 1 3 - 3 3 ;   S h e d d e n   K ,   2 0 0 8 ,   N A T   M E D ,   V 1 4 ,   P 8 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 1 7 9 0 ;   S i m o n   R ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 7 3 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 2 . 8 7 1 2 ;   S i m o n   R ,   2 0 0 3 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 5 ,   P 1 4 ;   S t a r m a n s   M H W ,   2 0 0 8 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 9 ,   P 1 8 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 4 7 4 6 ;   V e n e t   D ,   2 0 1 1 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 2 2 4 0 ;   W a n g   Y ,   2 0 0 8 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 8 ,   P 1 0 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 4 2 0 7 ;   W e i g e l t   B ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 9 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 1 . 1 2 5 ;   W e l s h   E A ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 1 5 3 	 3 0 	 0 	 0 	 2 	 2 	 H I N D A W I   L T D 	 L O N D O N 	 A D A M   H O U S E ,   3 R D   F L R ,   1   F I T Z R O Y   S Q ,   L O N D O N ,   W I T   5 H E ,   E N G L A N D 	 2 3 1 4 - 4 3 6 X 	 2 3 1 4 - 4 3 7 8 	 	 I N T   J   G E N O M I C S 	 I n t .   J .   G e n o m i c s 	 	 2 0 1 7 	 	 	 	 	 	 	 	 	 2 3 5 4 5 6 4 	 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 7 / 2 3 5 4 5 6 4 	 	 1 3 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E L 9 O E 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 9 4 8 9 0 0 0 0 1 	 	 
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 J 	 L i u ,   Y H ;   W u ,   Y Q ;   X i a ,   Y Q ;   L e i ,   T Z ;   T i a n ,   C T ;   H o u ,   X H 	 	 	 	 L i u ,   Y a n h o n g ;   W u ,   Y i n g q i n ;   X i a ,   Y a n q i n g ;   L e i ,   T i a n z h u ;   T i a n ,   C h u n t a o ;   H o u ,   X i a o h u a n 	 	 	 A l i p h a t i c   a n d   p o l y c y c l i c   a r o m a t i c   h y d r o c a r b o n s   ( P A H s )   i n   s o i l s   o f   t h e   n o r t h w e s t   Q i n l i n g   M o u n t a i n s :   P a t t e r n s ,   p o t e n t i a l   r i s k   a n d   a n   a p p r a i s a l   o f   t h e   P A H   r a t i o s   t o   i n f e r   t h e i r   s o u r c e 	 J O U R N A L   O F   E N V I R O N M E N T A L   S C I E N C E   A N D   H E A L T H   P A R T   A - T O X I C / H A Z A R D O U S   S U B S T A N C E S   &   E N V I R O N M E N T A L   E N G I N E E R I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P o l l u t i o n   m o n i t o r i n g ;   r i s k   a s s e s s m e n t ;   s o i l  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 Y i n g q i n ;   X i a ,   Y a n q i n g ;   L e i ,   T i a n z h u ;   T i a n ,   C h u n t a o ;   H o u ,   X i a o h u a n ]   G a n s u   P r o v   K e y   L a b   P e t r   R e s o u r c e s ,   L a n z h o u   7 3 0 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   Y a n h o n g ;   W u ,   Y i n g q i n ;   X i a ,   Y a n q i n g ;   L e i ,   T i a n z h u ;   T i a n ,   C h u n t a o ;   H o u ,   X i a o h u a n ]   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   I n s t   G e o l   &   G e o p h y s ,   K e y   L a b   P e t r   R e s o u r c e s   R e s ,   L a n z h o u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   Y a n h o n g ;   H o u ,   X i a o h u a n ]   U n i v   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 W u ,   Y Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G a n s u   P r o v   K e y   L a b   P e t r   R e s o u r c e s ,   L a n z h o u   7 3 0 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   W u ,   Y Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   I n s t   G e o l   &   G e o p h y s ,   K e y   L a b   P e t r   R e s o u r c e s   R e s ,   L a n z h o u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 w u y i n g q i n 0 0 1 @ 1 6 3 . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 4 1 2 7 2 1 4 7 ,   4 1 1 7 2 1 6 9 ,   4 1 2 0 2 0 9 3 ] ;   K e y   L a b o r a t o r y   f o r   O i l   a n d   G a s   R e s o u r c e s   o f   G a n s u   P r o v i n c e   O p e n - e n d   F o u n d a t i o n   [ Y 6 2 1 J J 1 W Y Q ,   Y 5 3 0 J J 1 W Z D ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   f i n a n c i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 4 1 2 7 2 1 4 7 ,   4 1 1 7 2 1 6 9   a n d   4 1 2 0 2 0 9 3 )   a n d   t h e   K e y   L a b o r a t o r y   f o r   O i l   a n d   G a s   R e s o u r c e s   o f   G a n s u  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 S T R E E T ,   S T E   8 5 0 ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 6   U S A 	 1 0 9 3 - 4 5 2 9 	 1 5 3 2 - 4 1 1 7 	 	 J   E N V I R O N   S C I   H E A L   A 	 J .   E n v i r o n .   S c i .   H e a l t h   P a r t   A - T o x i c / H a z a r d .   S u b s t .   E n v i r o n .   E n g . 	 	 2 0 1 7 	 5 2 	 4 	 	 	 	 	 3 2 0 	 3 3 2 	 	 1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 3 4 5 2 9 . 2 0 1 6 . 1 2 5 8 8 6 5 	 	 1 3 	 E n g i n e e r i n g ,   E n v i r o n m e n t a l ;   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s 	 E n g i n e e r i n g ;   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   &   E c o l o g y 	 E M 3 V Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 2 4 4 0 0 0 0 0 3 	 2 7 9 2 5 5 0 6 	 
 
 J 	 X u ,   Z H ;   G e ,   X S ;   H u a n g ,   W ;   L i n ,   D ;   W u ,   S S ;   L i n ,   X L ;   W u ,   Q ;   S u n ,   L Q 	 	 	 	 X u ,   Z h i h o n g ;   G e ,   X i a o s o n g ;   H u a n g ,   W e i ;   L i n ,   D u o ;   W u ,   S h a n s h a n ;   L i n ,   X u e l i a n g ;   W u ,   Q i o n g ;   S u n ,   L i q i n g 	 	 	 N a s o p h a r y n g e a l   c a r c i n o m a   d e t e c t i o n   b y   t i s s u e   s m e a r s   u s i n g   s u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s p e c t r o s c o p y 	 S P E C T R O S C O P Y   L E T T E R S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 D i f f e r e n t i a t i o n ;   n a s o p h a r y n g e a l   c a r c i n o m a ;   s u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s p e c t r o s c o p y ;   t i s s u e   s m e a r s 	 C A N C E R - D E T E C T I O N ;   S C A T T E R I N G ;   S E R S ;   F I N G E R P R I N T ;   D I A G N O S I S 	 N a s o p h a r y n g e a l   c a r c i n o m a   i s   o n e   o f  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 s m e a r s .   T h i s   w o r k   p r o v i d e s   a   g o o d   b a s i s   f o r   t h e   m e t h o d o l o g y   o f   n a s o p h a r y n g e a l   t i s s u e   s m e a r   b a s e d   o n   s u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   t e c h n i q u e   a n d   i s   w o r t h   f u r t h e r   s t u d y i n g . 	 [ X u ,   Z h i h o n g ;   G e ,   X i a o s o n g ;   L i n ,   D u o ;   W u ,   S h a n s h a n ;   L i n ,   X u e l i a n g ;   W u ,   Q i o n g ]   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   K e y   L a b   O p t o E l e c t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   M i n i s t   E d u c ,   F u z h o u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H u a n g ,   W e i ]   F u j i a n   M e t r o l   I n s t ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i n ,   D u o ]   F u j i a n   U n i v   T r a d i t   C h i n e s e   M e d ,   C o l l   I n t e g r a t e d   T r a d i t   C h i n e s e   &   W e s t e r n   M e d ,   F u z h o u ,   F u j i a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ S u n ,   L i q i n g ]   F u j i a n   M e d   U n i v ,   A f f i l i a t e d   F u z h o u   H o s p   1 ,   F u z h o u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 H u a n g ,   W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u j i a n   M e t r o l   I n s t ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 h u a n g 8 4 w e i @ 1 6 3 . c o m 	 	 	 P r o g r a m   f o r   C h a n g j i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   [ I R T 1 5 R 1 0 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 2 1 0 0 1 6 ,   6 1 1 7 8 0 9 0 ,   6 1 4 0 5 0 3 6 ,   8 1 3 0 1 2 5 3 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   [ 2 0 1 4 J 0 1 2 2 7 ,   2 0 1 5 J 0 1 4 9 9 ] ;   S p e c i a l   P r o j e c t   o f   P u b l i c   W e l f a r e   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   I n s t i t u t e s   b y   F u j i a n   P r o v i n c i a l   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   D e p a r t m e n t   o f   C h i n a   [ 2 0 1 4 R 1 0 3 3 - 5 ] ;   P r o j e c t   o f   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   M i n i s t r y   o f   H e a l t h ;   U n i t e d   F u j i a n   P r o v i n c i a l   H e a l t h   a n d   E d u c a t i o n   P r o j e c t   f o r   T a c k l i n g   t h e   K e y   R e s e a r c h   [ W K J - F J - 0 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   P r o g r a m   f o r   C h a n g j i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   ( I R T 1 5 R 1 0 ) ,   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o s .   6 1 2 1 0 0 1 6 ,   6 1 1 7 8 0 9 0 ,   6 1 4 0 5 0 3 6 ,   8 1 3 0 1 2 5 3 ) ,   a n d   t h e   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   ( 2 0 1 4 J 0 1 2 2 7 ,   2 0 1 5 J 0 1 4 9 9 ) ,   S p e c i a l   P r o j e c t   o f   P u b l i c   W e l f a r e   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   I n s t i t u t e s   b y   F u j i a n   P r o v i n c i a l   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   D e p a r t m e n t   o f   C h i n a   ( N o .   2 0 1 4 R 1 0 3 3 - 5 ) ,   t h e   P r o j e c t   o f   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   a n d   U n i t e d   F u j i a n   P r o v i n c i a l   H e a l t h   a n d   E d u c a t i o n   P r o j e c t   f o r   T a c k l i n g   t h e   K e y   R e s e a r c h   ( N o .   W K J - F J - 0 1 ) . 	 A u s t i n   L A ,   2 0 1 6 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 1 ,   P 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 a n 0 1 7 8 6 f ;   B u t l e r   H J ,   2 0 1 6 ,   N A T   P R O T O C ,   V 1 1 ,   P 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 6 . 0 3 6 ;   C a o   G ,   2 0 1 5 ,   L A S E R   P H Y S   L E T T ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 6 1 2 - 2 0 1 1 / 1 2 / 1 2 / 1 2 5 7 0 2 ;   C h e n   Y P ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   N A N O M E D ,   V 7 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / I J N . S 2 6 8 5 4 ;   C h u a   D T T ,   1 9 9 6 ,   C A N C E R ,   V 7 8 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 6 0 7 1 5 ) 7 8 : 2 < 2 0 2 : : A I D - C N C R 3 > 3 . 0 . C O ; 2 - N ;   D u r a i p a n d i a n   S ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 5 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 0 3 9 4 f ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 5 ,   N A N O T E C H N O L O G Y ,   V 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 9 5 7 - 4 4 8 4 / 2 6 / 6 / 0 6 5 1 0 1 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   N A N O M E D ,   V 1 0 ,   P 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / I J N . S 7 1 8 1 1 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 4 ,   A P P L   P H Y S   L E T T ,   V 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 8 6 6 0 2 7 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 3 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 3 6 8 9 0 d ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 1 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 6 ,   P 3 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 2 0 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 0 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 5 ,   P 2 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 3 3 ;   F e n g   S Y ,   2 0 0 9 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 3 ,   P 1 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 9 7 8 9 5 5 3 2 9 1 ;   H u a n g   W ,   2 0 1 5 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 6 ,   P 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 4 6 8 4 ;   H u a n g   Z F ,   2 0 1 3 ,   L A S E R   P H Y S   L E T T ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 6 1 2 - 2 0 1 1 / 1 0 / 3 / 0 3 5 6 0 1 ;   H u a n g   Z W ,   2 0 1 0 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 4 2 0 1 1 5 ;   H u a n g   Z W ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 1 5 0 0 ;   J e m a l   A ,   2 0 1 1 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 1 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 0 7 ;   L e e   A W M ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 1 ,   P 1 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 4 . 0 7 . 7 0 2 ;   L e o n g   J L ,   1 9 9 9 ,   J   L A R Y N G O L   O T O L ,   V 1 1 3 ,   P 6 3 3 ;   L e o p o l d   N ,   2 0 0 3 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 0 7 ,   P 5 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 0 2 7 4 6 0 u ;   L i n   D . ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P O R T S ,   V 4 ;   L i n   D ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   N A N O T E C H N O L ,   V 1 0 ,   P 4 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j b n . 2 0 1 4 . 1 7 5 0 ;   L i n   D ,   2 0 1 1 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 9 ,   P 1 3 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 9 . 0 1 3 5 6 5 ;   L i n   J Q ,   2 0 1 2 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 3 ,   P 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 3 0 7 2 ;   L o   K W ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 5 ,   P 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 4 ) 0 0 1 1 9 - 9 ;   M a r t i n   F L ,   2 0 0 7 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 1 4 ,   P 1 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / c m b . 2 0 0 7 . 0 0 5 7 ;   M i m i   C Y ,   2 0 0 2 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 2 ,   P 4 2 1 ;   M o   J H ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 8 9 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 0 1 5 1 5 9 ;   M o v a s a g h i   Z ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 2 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 0 7 0 1 5 5 1 5 3 0 ;   O u   L ,   2 0 1 3 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 4 ,   P 6 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 4 2 6 9 ;   Q i a n   X M ,   2 0 0 8 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 3 7 ,   P 9 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 7 0 8 8 3 9 f ;   R a m a n   C V ,   1 9 2 8 ,   N A T U R E ,   V 1 2 1 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 1 2 1 5 0 1 c 0 ;   S h a i k h   R ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 9 . 8 . 0 8 7 0 0 1 ;   S h e t t y   G ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 4 ,   P 1 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 3 1 0 2 ;   V e n d r e l l   M ,   2 0 1 3 ,   T R E N D S   B I O T E C H N O L ,   V 3 1 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i b t e c h . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 3 ;   W a n g   J . ,   2 0 1 3 ,   A P P L   P H Y S   L E T T ,   V 1 0 3 ;   X u   Z H ,   2 0 1 6 ,   J   S P E C T R O S C ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 6 / 1 5 9 6 8 4 5 ;   Z h o u   Q ,   2 0 1 1 ,   A P P L   P H Y S   L E T T ,   V 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 3 5 9 0 7 1 2 	 3 9 	 0 	 0 	 2 	 2 	 T A Y L O R   &   F R A N C I S   I N C 	 P H I L A D E L P H I A 	 5 3 0   W A L N U T   S T R E E T ,   S T E   8 5 0 ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 6   U S A 	 0 0 3 8 - 7 0 1 0 	 1 5 3 2 - 2 2 8 9 	 	 S P E C T R O S C   L E T T 	 S p e c t r .   L e t t . 	 	 2 0 1 7 	 5 0 	 1 	 	 	 	 	 1 7 	 2 2 	 	 1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 3 8 7 0 1 0 . 2 0 1 6 . 1 2 6 8 1 6 4 	 	 6 	 S p e c t r o s c o p y 	 S p e c t r o s c o p y 	 E N 5 A K 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 0 1 7 8 0 0 0 0 4 	 	 
 
 J 	 C a l l a n d e r ,   E ;   T o p p ,   S M ;   L a r k i n s ,   S ;   S a b e s a n ,   S ;   B a t e s ,   N 	 	 	 	 C a l l a n d e r ,   E m i l y ;   T o p p ,   S t e p h a n i e   M . ;   L a r k i n s ,   S a r a h ;   S a b e s a n ,   S a b e ;   B a t e s ,   N i c o l e 	 	 	 Q u a n t i f y i n g   Q u e e n s l a n d   p a t i e n t s   w i t h   c a n c e r   h e a l t h   s e r v i c e   u s a g e   a n d   c o s t s :   s t u d y   p r o t o c o l 	 B M J   O P E N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H e a l t h   s e r v i c e   u s e ;   I n e q u i t i e s ;   P a t i e n t   c o s t s ;   C a n c e r 	 C A R E ;   I M P A C T ;   M O D E L 	 I n t r o d u c t i o n   T h e   o v e r a l l   m o r t a l i t y   r a t e   f o r   c a n c e r   h a s   d e c l i n e d   i n   A u s t r a l i a .   H o w e v e r ,   s o c i o e c o n o m i c   i n e q u a l i t i e s   e x i s t   a n d   t h e   o u t - o f - p o c k e t   c o s t s   i n c u r r e d   b y   p a t i e n t s   i n   A u s t r a l i a   a r e   h i g h   c o m p a r e d   w i t h   s o m e   E u r o p e a n   c o u n t r i e s .   T h e r e   i s   c u r r e n t l y   n o   r e a d i l y   a v a i l a b l e   d a t a   s e t   t o   p r o v i d e   a   s y s t e m a t i c   m e a n s   o f   m e a s u r i n g   t h e   o u t - o f - p o c k e t   c o s t s   i n c u r r e d   b y   p a t i e n t s   w i t h   c a n c e r   w i t h i n   A u s t r a l i a .   T h e   p r i m a r y   a i m   o f   t h e   p r o j e c t   i s   t o   q u a n t i f y   t h e   d i r e c t   o u t - o f - p o c k e t   h e a l t h c a r e   e x p e n d i t u r e   o f   i n d i v i d u a l s   i n   t h e   s t a t e   o f   Q u e e n s l a n d ,   w h o   a r e   d i a g n o s e d   w i t h   c a n c e r .   M e t h o d s   a n d   a n a l y s i s   T h i s   p r o j e c t   w i l l   b u i l d   A u s t r a l i a ' s   f i r s t   m o d e l   ( c a l l e d   C a n c e r C o s t M o d )   o f   o u t - o f - p o c k e t   h e a l t h c a r e   e x p e n d i t u r e   o f   p a t i e n t s   w i t h   c a n c e r   u s i n g   a d m i n i s t r a t i v e   d a t a   f r o m   Q u e e n s l a n d   C a n c e r   R e g i s t r y ,   f o r   a l l   i n d i v i d u a l s   d i a g n o s e d   w i t h   a n y   c a n c e r   i n   Q u e e n s l a n d   b e t w e e n   1   J u l y   2 0 1 1   a n d   3 0   J u n e   2 0 1 2 ,   l i n k e d   t o   t h e i r   A d m i t t e d   P a t i e n t   D a t a   C o l l e c t i o n ,   E m e r g e n c y   D e p a r t m e n t   I n f o r m a t i o n   S y s t e m ,   M e d i c a r e   B e n e f i t s   S c h e d u l e   a n d   P h a r m a c e u t i c a l   B e n e f i t s   S c h e m e   r e c o r d s   f r o m   1   J u l y   2 0 1 1   t o   3 0   J u n e   2 0 1 5 .   N o   i d e n t i f i a b l e   i n f o r m a t i o n   w i l l   b e   p r o v i d e d   t o   t h e   a u t h o r s .   T h e   p r o j e c t   w i l l   u s e   a   c o m b i n a t i o n   o f   l i n e a r   a n d   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   m o d e l l i n g ,   C o x   p r o p o r t i o n a l   h a z a r d s   m o d e l l i n g   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   t o   i d e n t i f y   d i f f e r e n c e s   i n   s u r v i v a l ,   t o t a l   h e a l t h   s y s t e m   e x p e n d i t u r e ,   t o t a l   o u t - o f - p o c k e t   e x p e n d i t u r e   a n d   h i g h   o u t - o f - p o c k e t   c o s t   p a t i e n t s ,   a d j u s t i n g   f o r   d e m o g r a p h i c   a n d   c l i n i c a l   c o n f o u n d e r s ,   a n d   i n c o m e   g r o u p ,   I n d i g e n o u s   s t a t u s   a n d   g e o g r a p h i c   l o c a t i o n .   R e s u l t s   w i l l   b e   a n a l y s e d   s e p a r a t e l y   f o r   d i f f e r e n t   t y p e s   o f   c a n c e r .   E t h i c s   a n d   d i s s e m i n a t i o n   H u m a n   R e s e a r c h   E t h i c s   a p p r o v a l   h a s   b e e n   o b t a i n e d   f r o m   t h e   T o w n s v i l l e   H o s p i t a l   a n d   H e a l t h   S e r v i c e   H u m a n   R e s e a r c h   E t h i c s   C o m m i t t e e   ( H R E C / 1 6 / Q T H S / 1 1 0 )   a n d   J a m e s   C o o k   U n i v e r s i t y   H u m a n   R e s e a r c h   E t h i c s   C o m m i t t e e   ( H 6 6 7 8 ) .   P e r m i s s i o n   t o   w a i v e   c o n s e n t   h a s   b e e n   s o u g h t   f r o m   Q u e e n s l a n d   H e a l t h   u n d e r   t h e   P u b l i c   H e a l t h   A c t   2 0 0 5 . 	 [ C a l l a n d e r ,   E m i l y ;   T o p p ,   S t e p h a n i e   M . ;   L a r k i n s ,   S a r a h ]   J a m e s   C o o k   U n i v ,   A u s t r a l i a n   I n s t   T r o p   H l t h   &   M e d   A I T H M ,   T o w n s v i l l e ,   Q l d ,   A u s t r a l i a ;   [ T o p p ,   S t e p h a n i e   M . ;   B a t e s ,   N i c o l e ]   J a m e s   C o o k   U n i v ,   C o l l   P u b l   H l t h ,   M e d   &   V e t   S c i ,   T o w n s v i l l e ,   Q l d ,   A u s t r a l i a ;   [ L a r k i n s ,   S a r a h ;   S a b e s a n ,   S a b e ]   J a m e s   C o o k   U n i v ,   C o l l   M e d   &   D e n t ,   T o w n s v i l l e ,   Q l d ,   A u s t r a l i a ;   [ S a b e s a n ,   S a b e ]   T o w n s v i l l e   C a n c   C t r ,   D e p t   M e d   O n c o l ,   T o w n s v i l l e ,   Q l d ,   A u s t r a l i a 	 C a l l a n d e r ,   E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J a m e s   C o o k   U n i v ,   A u s t r a l i a n   I n s t   T r o p   H l t h   &   M e d   A I T H M ,   T o w n s v i l l e ,   Q l d ,   A u s t r a l i a . 	 e m i l y . c a l l a n d e r @ j c u . e d u . a u 	 	 	 	 	 A u s t r a l i a n   B u r e a u   o f   S t a t i s t i c s   ( A B S ) ,   2 0 1 2 ,   A U S T R   H L T H   S U R V   U S   G ;   A u s t r a l i a n   B u r e a u   o f   S t a t i s t i c s   ( A B S ) ,   2 0 0 8 ,   P O P   D I S T R ;   A u s t r a l i a n   B u r e a u   o f   S t a t i s t i c s   ( A B S ) ,   2 0 1 4 ,   A U S T R   S O C   T R E N D S   2 0 1 ;   A u s t r a l i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   a n d   W e l f a r e   ( A I H W ,   2 0 1 6 ,   A U S T R   H L T H   S E R ;   A u s t r a l i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   a n d   W e l f a r e   ( A I H W ) ,   2 0 1 4 ,   A U S T R   H L T H   S E R ,   V 1 4 ;   A I H W ,   2 0 1 4 ,   C A N C   A U S T R   O V   2 0 1 4 ;   A u s t r a l i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   a n d   W e l f a r e   ( A I H W )   A u s t r a l a s i a n   A s s o c i a t i o n   o f   C a n c e r   R e g i s t r i e s   ( A A C R ) ,   2 0 1 4 ,   C A N C   S E R ,   V 9 0 ;   A u s t r a l i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   a n d   W e l f a r e   ( A I H W ) ,   2 0 1 6 ,   A U S T R   B U R D   D I S   S T U D ;   A u s t r a l i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   a n d   W e l f a r e   ( A I H W ) ,   2 0 0 8 ,   R U R   H L T H   S E R ,   V 9 ;   B a a d e   P ,   2 0 0 5 ,   G E O G R A P H I C A L   D I F F E R E ;   B o i s   J P ,   2 0 0 7 ,   C A N C   M A P S   N E W   S   W A L E ;   C a l l a n d e r   E J ,   2 0 1 7 ,   A U S T   J   P R I M   H E A L T H ,   V 2 3 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 1 / P Y 1 6 0 0 5 ;   A c c e s s   E c o n o m i c s ,   2 0 0 7 ,   C O S T   C A N C   N S W ;   C o n d o n   J R ,   2 0 1 4 ,   P O P U L   H E A L T H   M E T R ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 8 - 7 9 5 4 - 1 2 - 1 ;   C r a m b   S ,   2 0 1 1 ,   A T L A S   C A N C   Q U E E N S L A N ;   C r o n i n   P ,   2 0 1 3 ,   V A L U E   H E A L T H ,   V 1 6 ,   p A 1 4 1 ;   d e   V i l l e   B ,   2 0 1 3 ,   D E C I S I O N   T R E E S   A N A L ;   G o r d o n   L G ,   2 0 1 7 ,   E U R   J   C A N C E R   C A R E ,   V 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / e c c . 1 2 3 9 2 ;   G o r d o n   L G ,   2 0 0 9 ,   F U E L   B E D S   M E A L S   M E D S ;   H e a t h   J A ,   2 0 0 6 ,   P E D I A T R   H E M A T   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 8 8 8 0 0 1 0 6 0 0 6 9 2 5 2 6 ;   J o h a r   M ,   2 0 1 7 ,   H E A L T H   E C O N ,   V 2 6 ,   P 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e c . 3 3 1 7 ;   J o h n s t o n   K ,   1 9 9 9 ,   H L T H   T E C H N O L   A S S E S S ,   V 3 ;   L o r g e l l y   P K ,   2 0 1 6 ,   P H A R M A C O E C O N O M I C S ,   V 3 4 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 4 0 2 7 3 - 0 1 5 - 0 3 4 3 - 2 ;   O u a k r i m   D A ,   2 0 1 4 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 4 - 2 6 1 ;   P u b l i c   H e a l t h   I n f o r m a t i o n   D e v e l o p m e n t   U n i t   ( P H I D U ) ,   2 0 1 2 ,   A T L   C A N C   S   A U S T R   R E V ;   S a b e s a n   S ,   2 0 1 4 ,   J   T E L E M E D   T E L E C A R E ,   V 2 0 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 3 5 7 6 3 3 X 1 4 5 2 9 2 3 7 ;   S c h u l m a n   K A ,   1 9 9 6 ,   C O N T R O L   C L I N   T R I A L S ,   V 1 7 ,   P 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 9 7 - 2 4 5 6 ( 9 5 ) 0 0 1 6 6 - 2 ;   S c h u l z   T R ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 8 6 1 0 ;   S e n a t e   C o m m u n i t y   A f f a i r s   C o m m i t t e e   S e c r e t a r i a t ,   2 0 1 4 ,   P O C K   C O S T S   A U S T R   H E A ;   S t a n b u r y   J F ,   2 0 1 6 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 5 - 0 1 6 - 2 0 6 5 - z ;   T h a k e r   D A ,   2 0 1 3 ,   M E D   J   A U S T R A L I A ,   V 1 9 9 ,   P 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 5 6 9 4 / m j a 1 2 . 1 1 7 8 1 ;   V a l e r y   P C ,   2 0 0 6 ,   L A N C E T ,   V 3 6 7 ,   P 1 8 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 6 ) 6 8 8 0 6 - 5 ;   W e b e r   D C ,   2 0 1 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 1 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 1 5 	 3 3 	 0 	 0 	 2 	 2 	 B M J   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 B R I T I S H   M E D   A S S O C   H O U S E ,   T A V I S T O C K   S Q U A R E ,   L O N D O N   W C 1 H   9 J R ,   E N G L A N D 	 2 0 4 4 - 6 0 5 5 	 	 	 B M J   O P E N 	 B M J   O p e n 	 J A N 	 2 0 1 7 	 7 	 1 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 4 0 3 0 	 1 0 . 1 1 3 6 / b m j o p e n - 2 0 1 6 - 0 1 4 0 3 0 	 	 6 	 M e d i c i n e ,   G e n e r a l   &   I n t e r n a l 	 G e n e r a l   &   I n t e r n a l   M e d i c i n e 	 E M 8 V X 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 5 9 0 3 0 0 1 5 1 	 2 8 1 1 9 3 9 1 	 
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 I r a n . 	 h . g h a y o u m i z a d e h @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 B o q u e t e   L ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 0 - 9 4 5 0 - y ;   B o r c h a r t t   T B ,   2 0 1 3 ,   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 9 3 ,   P 2 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s i g p r o . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 1 2 ;   C a r e y   K ,   2 0 0 9 ,   S E M I N   O N C O L ,   V 3 6 ,   P 2 3 7 ;   D e l e n   D ,   2 0 0 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 3 4 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 0 2 ;   D o n g   C H ,   2 0 0 1 ,   I N F R A R E D   L A S E R   E N G ,   V 6 ,   P 1 5 7 ;   E t e h a d T a v a k o l   M ,   2 0 1 0 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 4 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 0 8 - 9 2 1 3 - 1 ;   E t e h a d T a v a k o l   M ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   T H E R M   S C I ,   V 6 9 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j t h e r m a l s c i . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 0 1 ;   H a i r o n g   Q ,   2 0 0 2 ,   E N G   M E D   B I O L ,   V 2 ,   P 1 1 5 5 ;   K e l l e r   F ,   2 0 0 6 ,   C L U S T E R I N G   C O N N E C T I O ;   K e y s e r l i n g k   J   R ,   1 9 9 8 ,   B r e a s t   J ,   V 4 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 5 2 4 - 4 7 4 1 . 1 9 9 8 . 4 4 0 2 4 5 . x ;   K o a y   J ,   2 0 0 4 ,   C o n f   P r o c   I E E E   E n g   M e d   B i o l   S o c ,   V 2 ,   P 1 1 5 9 ;   L a h i r i   B B ,   2 0 1 2 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 5 5 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 7 ;   L o u k a s   C ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M E T H O D   B I O M E C ,   V 1 ,   P 1 1 1 ;   M a r k e y   M K ,   2 0 0 3 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 7 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 3 ) 0 0 0 0 3 - 4 ;   M o o k i a h   M R K ,   2 0 1 2 ,   Q U A N T   I N F R   T H E R M   J ,   V 9 ,   P 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 7 6 8 6 7 3 3 . 2 0 1 2 . 7 3 8 7 8 8 ;   N g   E Y K ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   T H E R M   S C I ,   V 4 8 ,   P 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j t h e r m a l s c i . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 1 5 ;   N g   E Y K ,   2 0 0 9 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O L ,   V 2 8 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M E M B . 2 0 0 8 . 9 3 1 0 1 8 ;   N g   E Y K ,   2 0 0 1 ,   J   M E D   E N G   T E C H N O L ,   V 2 5 ,   P 5 3 ;   O p r e a   A E ,   2 0 0 8 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 3 0 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 8 . 4 6 4 9 8 4 2 ;   R a j e n d r a   U A ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 1 5 0 3 ;   R i b e r   S ,   2 0 0 6 ,   F M E   T ,   V 3 4 ,   P 8 7 ;   S c h a e f e r   G ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 7 ;   S c h e i d t   S ,   2 0 0 8 ,   R E M O T E   S E N S   E N V I R O N ,   V 1 1 2 ,   P 9 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r s e . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 2 0 ;   W e i b o   W ,   2 0 0 7 ,   F I R E   C O N T R O L   C O M M   C O ,   V 1 1 ,   P 1 1 4 ;   Y a n g   L ,   2 0 1 2 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 9 ,   P 1 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 2 . 0 4 . 1 5 1 ;   Y e o   N C ,   2 0 0 5 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   V 2 3 ,   P 1 0 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a v i s . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 0 8 ;   G h a y o u m i   Z a d e h   H . ,   2 0 1 1 ,   M I D D L E   E   J   C A N C ,   V 3 ,   P 1 1 9 ;   Z a d e h   H .   G . ,   2 0 1 2 ,   I R A N   J   M E D   P H Y S ,   V 9 ,   P 2 6 5 ;   Z a d e h   H . G . ,   2 0 1 1 ,   J   A M   S C I ,   V 7 ,   P 2 8 1 ;   Z a d e h   H . G . ,   2 0 1 1 ,   C A N   J   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 ,   P 5 4 ;   Z h u   S Y ,   2 0 0 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 3 3 7 ,   P 1 8 2 	 3 1 	 0 	 0 	 1 	 1 	 T A Y L O R   &   F R A N C I S   L T D 	 A B I N G D O N 	 2 - 4   P A R K   S Q U A R E ,   M I L T O N   P A R K ,   A B I N G D O N   O R 1 4   4 R N ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 2 1 6 8 - 1 1 6 3 	 2 1 6 8 - 1 1 7 1 	 	 C O M P   M   B I O   B I O   E - I V 	 C o m p .   M e t h .   B i o m e c h .   B i o m e d .   E n g . 	 	 2 0 1 7 	 5 	 1 	 	 	 	 	 6 8 	 7 6 	 	 1 0 . 1 0 8 0 / 2 1 6 8 1 1 6 3 . 2 0 1 4 . 9 7 8 8 9 6 	 	 9 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l 	 E n g i n e e r i n g 	 E O 4 U C 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 6 8 8 8 0 0 0 0 8 	 	 
 
 J 	 Y a n g ,   W Y ;   S h i ,   G ;   W u ,   L P ;   W e i ,   S T ;   H u a n g ,   Y N ;   T a n ,   L X ;   Y a n g ,   R Z ;   Y a n ,   C X ;   G u o ,   E T ;   W a n g ,   H Y ;   T o n g ,   J Z ;   D o n g ,   Y ;   H a n ,   D Z 	 	 	 	 Y a n g ,   W .   Y . ;   S h i ,   G . ;   W u ,   L .   P . ;   W e i ,   S .   T . ;   H u a n g ,   Y .   N . ;   T a n ,   L .   X . ;   Y a n g ,   R .   Z . ;   Y a n ,   C .   X . ;   G u o ,   E .   T . ;   W a n g ,   H .   Y . ;   T o n g ,   J .   Z . ;   D o n g ,   Y . ;   H a n ,   D .   Z . 	 	 	 A n a l y s i s   o f   s p e c i f i c   s e r u m   m a r k e r s   o f   c o l o n   c a r c i n o m a   u s i n g   a   B h a t t a c h a r y y a - b a s e d   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e 	 G E N E T I C S   A N D   M O L E C U L A R   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C o l o n   c a r c i n o m a ;   T u m o r   m a r k e r ;   S p e c i f i c i t y ;   B h a t t a c h a r y y a   d i s t a n c e ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e 	 C O L O R E C T A L - C A N C E R 	 W e   a i m e d   t o   e v a l u a t e   t h e   s p e c i f i c i t y   o f   1 2   t u m o r   m a r k e r s   r e l a t e d   t o   c o l o n   c a r c i n o m a   a n d   i d e n t i f y   t h e   m o s t   s e n s i t i v e   i n d e x .   B h a t t a c h a r y y a   d i s t a n c e   w a s   u s e d   t o   e v a l u a t e   t h e   i n d e x .   T h e n ,   d i f f e r e n t   i n d e x   c o m b i n a t i o n s   w e r e   u s e d   t o   e s t a b l i s h   a   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   d i a g n o s i s   m o d e l   o f   m a l i g n a n t   c o l o n   c a r c i n o m a .   T h e   a c c u r a c y   o f   t h e   m o d e l   w a s   c h e c k e d .   H i g h   a c c u r a c y   w a s   a s s u m e d   t o   i n d i c a t e   t h e   h i g h   s p e c i f i c i t y   o f   t h e   i n d e x .   T h e   B h a t t a c h a r y y a   d i s t a n c e s   o f   c a r c i n o e m b r y o n i c   a n t i g e n ,   n e u r o n - s p e c i f i c   e n o l a s e ,   a l p h a - f e t o   p r o t e i n ,   a n d   C A 7 2 4   w e r e   t h e   l a r g e s t ,   a n d   t h o s e   o f   C Y F R A 2 1 - . ,   C A 1 2 5 ,   a n d   U G T 1 A 8 3   w e r e   t h e   s e c o n d   l a r g e s t .   T h e   s p e c i f i c i t y   o f   t h e   c o m b i n a t i o n   o f   t h e   a b o v e   s e v e n   i n d e x e s   w a s   h i g h e r   t h a n   t h a t   o f   o t h e r   c o m b i n a t i o n s ,   a n d   t h e   a c c u r a c y   o f   t h e   e s t a b l i s h e d   S V M   i d e n t i f i c a t i o n   m o d e l   w a s   h i g h .   U s i n g   B h a t t a c h a r y y a   d i s t a n c e   d e t e c t i o n   a n d   e s t a b l i s h i n g   a n   S V M   m o d e l   b a s e d   o n   d i f f e r e n t   s e r u m   m a r k e r   c o m b i n a t i o n s   c a n   i n c r e a s e   d i a g n o s t i c   a c c u r a c y ,   p r o v i d i n g   a   t h e o r e t i c a l   b a s i s   f o r   a p p l i c a t i o n   o f   m a t h e m a t i c a l   m o d e l s   i n   c a n c e r   d i a g n o s i s . 	 [ Y a n g ,   W .   Y . ;   S h i ,   G . ;   W u ,   L .   P . ;   W e i ,   S .   T . ;   H u a n g ,   Y .   N . ;   T a n ,   L .   X . ;   Y a n g ,   R .   Z . ;   Y a n ,   C .   X . ;   G u o ,   E .   T . ;   W a n g ,   H .   Y . ;   T o n g ,   J .   Z . ;   D o n g ,   Y . ;   H a n ,   D .   Z . ]   H e n a n   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   K a i f e n g ,   H e n a n   P r o v i n c e ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 H a n ,   D Z   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H e n a n   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   K a i f e n g ,   H e n a n   P r o v i n c e ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 l i j i a n s h e n g 0 2 5 6 @ 1 6 3 . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 3 0 1 9 6 3 ] 	 T h e   a u t h o r s   t h a n k   a l l   i n d i v i d u a l s   w h o   c o n t r i b u t e d   t o   t h i s   s t u d y   b y   p r o v i d i n g   a d v i c e   a n d   c o m m e n t s .   R e s e a r c h   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( g r a n t   # 8 1 3 0 1 9 6 3 ) . 	 C h e n   T ,   2 0 0 8 ,   7   N A T   C   L A B   M E D   C H I N ,   P 3 3 3 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   D a i   P ,   2 0 0 8 ,   S I G N I F I C A N C E   S E R U M   T ;   F u   H ,   2 0 1 2 ,   C H I N   J   C L I N I C I A N S ,   V 6 ,   P 5 0 8 7 ;   G e b a u e r   G ,   1 9 9 7 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 1 7 ,   P 2 9 3 9 ;   H a u g u e l   T ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 2 ,   P 6 7 9 ;   J i a   B C ,   2 0 1 2 ,   C H I N A   J   C A N C   P R E V   T R ,   V 1 9 ,   P 8 3 2 ;   K a w a m u r a   T ,   1 9 9 6 ,   N i h o n   R i n s h o ,   V 5 4 ,   P 1 6 4 2 ;   K i m   S B ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   B I O L   M A R K E R ,   V 1 8 ,   P 1 8 2 ;   L e v i n   B ,   2 0 0 8 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 4 ,   P 1 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 0 2 ;   O c h i   Y ,   1 9 9 7 ,   R i n s h o   B y o r i ,   V 4 5 ,   P 8 7 5 ;   O n o u c h i   S ,   2 0 0 8 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 2 8 ,   P 1 4 5 ;   O v i n g   I M ,   2 0 0 2 ,   E U R   J   C L I N   I N V E S T ,   V 3 2 ,   P 4 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 3 6 2 . 2 0 0 2 . 0 1 0 0 4 . x ;   W o n g   Z Y ,   2 0 0 6 ,   T H E S I S ;   X u a n   G R ,   2 0 0 6 ,   1 8   I N T   C   P A T T   R E C ,   V 4 ,   P 9 5 7 ;   Y a m a m o t o   H ,   2 0 0 1 ,   G a n   T o   K a g a k u   R y o h o ,   V 2 8 ,   P 1 2 9 9 ;   Y o u n g   G P ,   2 0 0 7 ,   D I G E S T I O N ,   V 7 6 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 1 0 8 3 9 1 	 1 7 	 0 	 0 	 0 	 0 	 F U N P E C - E D I T O R A 	 R I B E I R A O   P R E T O 	 R U A   F L O R I A N O   P E I X O T O   2 4 4 4 ,   A L T O   D A   B O A   V I S T A ,   R I B E I R A O   P R E T O ,   S P   0 0 0 0 0 ,   B R A Z I L 	 1 6 7 6 - 5 6 8 0 	 	 	 G E N E T   M O L   R E S 	 G e n e t .   M o l .   R e s . 	 	 2 0 1 7 	 1 6 	 1 	 	 	 	 	 	 	 1 6 0 1 9 5 2 1 	 1 0 . 4 2 3 8 / g m r 1 6 0 1 9 5 2 1 	 	 8 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E O 1 K A 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 4 5 6 1 0 0 0 2 9 	 	 
 
 J 	 W a n g ,   W ;   F e n g ,   X L ;   D u a n ,   X R ;   T a n ,   S J ;   W a n g ,   S H ;   W a n g ,   T W ;   F e n g ,   F F ;   W u ,   Y M ;   W u ,   Y J 	 	 	 	 W a n g ,   W e i ;   F e n g ,   X i a o l e i ;   D u a n ,   X i a o r a n ;   T a n ,   S h a n j u a n ;   W a n g ,   S i h u a ;   W a n g ,   T u a n w e i ;   F e n g ,   F e i f e i ;   W u ,   Y i m i n g ;   W u ,   Y o n g j u n 	 	 	 E s t a b l i s h m e n t   o f   t w o   d a t a   m i n i n g   m o d e l s   o f   l u n g   c a n c e r   s c r e e n i n g   b a s e d   o n   t h r e e   g e n e   p r o m o t e r   m e t h y l a t i o n s   c o m b i n e d   w i t h   t e l o m e r e   d a m a g e 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   B I O L O G I C A L   M A R K E R S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 D N A   m e t h y l a t i o n ;   D e c i s i o n   t r e e ;   L u n g   c a n c e r ;   T e l o m e r e ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e s 	 P E R I P H E R A L - B L O O D ;   P R O G R E S S I O N ;   E X P R E S S I O N ;   P R E D I C T I O N ;   P R O G N O S I S ;   D I A G N O S I S ;   R A S S F 1 A ;   P R O T E I N ;   R I S K 	 O b j e c t i v e :   T o   i d e n t i f y   t h e   s i g n i f i c a n c e   o f   a   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   m o d e l   a n d   a   d e c i s i o n   t r e e   ( D T )   m o d e l   f o r   t h e   d i a g n o s i s   o f   l u n g   c a n c e r   c o m b i n e d   w i t h   t h e   d e t e c t i o n   o f   f r a g i l e   h i s t i d i n e   t r i a d   ( F H I T ) ,   R A S   a s s o c i a t i o n   d o m a i n   f a m i l y   1   ( R A S S F 1 A )   a n d   c y c l i n - d e p e n d e n t   k i n a s e   i n h i b i t o r   2 A   ( p 1 6 )   p r o m o t e r   m e t h y l a t i o n   l e v e l s   a n d   r e l a t i v e   t e l o m e r e   l e n g t h   ( R T L )   o f   w h i t e   b l o o d   c e l l s   f r o m   p e r i p h e r a l   b l o o d   D N A .   M e t h o d s :   T h e   l e v e l s   o f   p 1 6 ,   R A S S F 1 A   a n d   F H I T   p r o m o t e r   m e t h y l a t i o n   a n d   t h e   R T L   o f   w h i t e   b l o o d   c e l l s   i n   p e r i p h e r a l   b l o o d   D N A   o f   2 0 0   h e a l t h y   i n d i v i d u a l s   a n d   2 0 0   l u n g   c a n c e r   p a t i e n t s   w e r e   a n a l y z e d   b y   S Y B R   G r e e n - b a s e d   q u a n t i t a t i v e   m e t h y l a t i o n - s p e c i f i c   P C R   a n d   q u a n t i t a t i v e   P C R .   B a s e d   o n   t h e   4   b i o m a r k e r s ,   S V M   a n d   D T   m o d e l s   w e r e   d e v e l o p e d .   R e s u l t s :   T h e   l e v e l s   o f   F H I T ,   R A S S F 1 A   a n d   p 1 6   p r o m o t e r   m e t h y l a t i o n   w e r e   3 . 3 3   ( 1 . 8 6 - 6 . 4 0 )   a n d   2 . 8 5   ( 1 . 3 9 - 5 . 4 4 )   ( p   =   0 . 0 0 2 ) ;   2 7 . 6 2   ( 9 . 0 9 - 5 2 . 8 6 )   a n d   1 7 . 1 7   ( 3 . 8 6 - 5 0 . 8 7 )   ( p   =   0 . 0 3 8 ) ;   a n d   0 . 5 9   ( 0 . 1 6 - 4 . 5 0 )   a n d   0 . 3 6   ( 0 . 0 6 - 4 . 0 0 )   ( p   =   0 . 0 0 8 )   i n   c a s e s   a n d   c o n t r o l s ,   r e s p e c t i v e l y .   R T L   w a s   0 . 9 3   + / -   0 . 3 2   a n d   1 . 1 6   + / -   0 . 5 7   ( p <   0 . 0 0 1 ) .   T h e   a r e a s   u n d e r   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   ( R O C )   c u r v e s   o f   t h e   F i s h e r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s ,   S V M   a n d   D T   m o d e l s   w e r e   0 . 6 7 0   ( 0 . 5 6 9 - 0 . 7 6 1 ) ,   0 . 8 1 0   ( 0 . 7 1 9 - 0 . 8 8 2 )   a n d   0 . 8 1 0   ( 0 . 7 1 9 - 0 . 8 8 2 ) ,   r e s p e c t i v e l y .   C o n c l u s i o n s :   T h e   S V M   a n d   D T   m o d e l s   f o r   d i a g n o s i n g   l u n g   c a n c e r   w e r e   s u c c e s s f u l l y   d e v e l o p e d   t h r o u g h   t h e   c o m b i n e d   d e t e c t i o n   o f   p 1 6 ,   R A S S F 1 A   a n d   F H I T   p r o m o t e r   m e t h y l a t i o n   a n d   R T L ,   w h i c h   p r o v i d e d   u s e f u l   t o o l s   f o r   s c r e e n i n g   l u n g   c a n c e r . 	 [ W a n g ,   W e i ;   F e n g ,   X i a o l e i ;   W a n g ,   S i h u a ;   W a n g ,   T u a n w e i ;   W u ,   Y i m i n g ]   Z h e n g z h o u   U n i v ,   C o l l   P u b l   H l t h ,   D e p t   O c c u p a t   H l t h   &   O c c u p a t   D i s ,   Z h e n g z h o u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ D u a n ,   X i a o r a n ]   Z h e n g z h o u   U n i v ,   C o l l   P u b l   H l t h ,   D e p t   E n v i r o n m   H l t h ,   Z h e n g z h o u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ T a n ,   S h a n j u a n ;   F e n g ,   F e i f e i ;   W u ,   Y o n g j u n ]   Z h e n g z h o u   U n i v ,   C o l l   P u b l   H l t h ,   D e p t   T o x i c o l ,   Z h e n g z h o u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 W u ,   Y J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Z h e n g z h o u   U n i v ,   C o l l   P u b l   H l t h ,   D e p t   H l t h   T o x i c o l ,   1 0 0   K e x u e   R d ,   Z h e n g z h o u   4 5 0 0 0 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 w u y o n g j u n @ z z u . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   [ 8 1 5 7 3 2 0 3 ,   3 0 9 7 2 4 5 7 ,   8 1 0 0 1 2 3 9 ] ;   O u t s t a n d i n g   Y o u t h   G r a n t   o f   Z h e n g z h o u   U n i v e r s i t y   [ 1 4 2 1 3 2 9 0 8 2 ] 	 T h e   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C   8 1 5 7 3 2 0 3 ,   3 0 9 7 2 4 5 7 ,   8 1 0 0 1 2 3 9 )   a n d   t h e   O u t s t a n d i n g   Y o u t h   G r a n t   o f   Z h e n g z h o u   U n i v e r s i t y   ( N o .   1 4 2 1 3 2 9 0 8 2 ) . 	 B a n n o   K ,   2 0 1 2 ,   E P I G E N O M I C S - U K ,   V 4 ,   P 1 4 7 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / e p i . 1 2 . 1 3 ,   1 0 . 2 2 1 7 / E P I . 1 2 . 1 3 ] ;   C h e n   W Q ,   2 0 1 4 ,   C H I N E S E   J   C A N C E R   R E S ,   V 2 6 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 1 0 0 0 - 9 6 0 4 . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 8 ;   D a m m a n n   R ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 5 ,   P 3 1 5 ;   D e n g   D J ,   2 0 1 0 ,   A D V   G E N E T ,   V 7 1 ,   P 1 2 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / B 9 7 8 - 0 - 1 2 - 3 8 0 8 6 4 - 6 . 0 0 0 0 5 - 5 ,   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 6 5 - 2 6 6 0 ( 1 0 ) 7 1 0 0 5 - 1 ] ;   F e n g   F F ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 2 9 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 7 7 5 - 1 ;   H a r o u n   R A H ,   2 0 1 4 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 5 ,   P 4 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 7 3 1 4 / A P J C P . 2 0 1 4 . 1 5 . 1 0 . 4 2 8 1 ;   H e a p h y   C M ,   2 0 1 1 ,   J   C E L L   M O L   M E D ,   V 1 5 ,   P 1 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 8 2 - 4 9 3 4 . 2 0 1 1 . 0 1 2 8 4 . x ;   H e a r t y   A P ,   2 0 0 8 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 8 ,   P 1 6 3 2 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 2 0 0 8 . 2 6 6 1 9 ;   H s u   H S ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R ,   V 1 1 0 ,   P 2 0 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 3 0 0 1 ;   H u a n g   T M ,   2 0 0 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 3 5 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 0 6 ;   K e r r   K M ,   2 0 0 7 ,   D I S   M A R K E R S ,   V 2 3 ,   P 5 ;   K i m   J ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 9 ,   P 1 2 6 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 2 1 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   L i   W ,   2 0 1 2 ,   E X P   T H E R   M E D ,   V 3 ,   P 1 0 6 7 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / e t m . 2 0 1 2 . 5 1 7 ;   L i u   Z Y ,   2 0 1 0 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 5 ,   P 7 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 d 8 6 2 f 5 ;   L u   L ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 7 ,   P 1 0 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 2 5 4 4 ;   P a r k   B ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 7 ,   P 1 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 9 ;   S a n c h e z - E s p i r i d i o n   B ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 2 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 3 - 2 9 6 8 ;   S o n g   S J ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 9 ,   P 2 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 8 - 3 9 8 4 ;   T a n   S J ,   2 0 1 3 ,   E X P   L U N G   R E S ,   V 3 9 ,   P 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 1 9 0 2 1 4 8 . 2 0 1 3 . 7 9 0 0 9 6 ;   W a n g   R u i ,   2 0 1 0 ,   L u n g   C a n c e r ,   V 6 9 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 0 9 ;   W u   Y J ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 1 1 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 2 . 1 8 3 ;   Z h a n g   Y W ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 0 3 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 1 	 2 3 	 0 	 0 	 3 	 3 	 W I C H T I G   P U B L I S H I N G 	 M I L A N 	 7 2 / 7 4   V I A   F R I U L I ,   2 0 1 3 5   M I L A N ,   I T A L Y 	 0 3 9 3 - 6 1 5 5 	 1 7 2 4 - 6 0 0 8 	 	 I N T   J   B I O L   M A R K E R 	 I n t .   J .   B i o l .   M a r k e r s 	 J A N - M A R 	 2 0 1 7 	 3 2 	 1 	 	 	 	 	 E 1 4 1 	 E 1 4 6 	 	 1 0 . 5 3 0 1 / j b m . 5 0 0 0 2 3 2 	 	 6 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   O n c o l o g y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   O n c o l o g y 	 E N 3 W F 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 9 3 7 9 0 0 0 1 5 	 2 7 7 1 6 8 8 9 	 
 
 J 	 K i s t e n e v ,   Y V ;   B o r i s o v ,   A V ;   K u z m i n ,   D A ;   P e n k o v a ,   O V ;   K o s t y u k o v a ,   N Y ;   K a r a p u z i k o v ,   A A 	 	 	 	 K i s t e n e v ,   Y u r y   V . ;   B o r i s o v ,   A l e x e y   V . ;   K u z m i n ,   D m i t r y   A . ;   P e n k o v a ,   O l g a   V . ;   K o s t y u k o v a ,   N a d e z h d a   Y . ;   K a r a p u z i k o v ,   A l e x e y   A . 	 	 	 E x h a l e d   a i r   a n a l y s i s   u s i n g   w i d e b a n d   w a v e   n u m b e r   t u n i n g   r a n g e   i n f r a r e d   l a s e r   p h o t o a c o u s t i c   s p e c t r o s c o p y 	 J O U R N A L   O F   B I O M E D I C A L   O P T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 e x h a l e d   a i r ;   l u n g   c a n c e r ;   c h r o n i c   o b s t r u c t i v e   p u l m o n a r y   d i s e a s e ;   n o n i n v a s i v e   e x p r e s s   d i a g n o s t i c s ;   v o l a t i l e   o r g a n i c   c o m p o u n d s ;   l a s e r   p h o t o a c o u s t i c   s p e c t r o s c o p y . 	 V O L A T I L E   O R G A N I C - C O M P O U N D S ;   D I S E A S E ;   D I A G N O S I S 	 T h e   i n f r a r e d   l a s e r   p h o t o a c o u s t i c   s p e c t r o s c o p y   ( L P A S )   a n d   t h e   p a t t e r n - r e c o g n i t i o n - b a s e d   a p p r o a c h   f o r   n o n i n v a s i v e   e x p r e s s   d i a g n o s t i c s   o f   p u l m o n a r y   d i s e a s e s   o n   t h e   b a s i s   o f   a b s o r p t i o n   s p e c t r a   a n a l y s i s   o f   t h e   p a t i e n t ' s   e x h a l e d   a i r   a r e   p r e s e n t e d .   T h e   s t u d y   i n v o l v e d   l u n g   c a n c e r   p a t i e n t s   ( N   =   9 ) ,   p a t i e n t s   w i t h   c h r o n i c   o b s t r u c t i v e   p u l m o n a r y   d i s e a s e   ( N   =   1 2 ) ,   a n d   a   c o n t r o l   g r o u p   o f   h e a l t h y ,   n o n s m o k i n g   v o l u n t e e r s   ( N   =   1 1 ) .   T h e   a n a l y s i s   o f   t h e   m e a s u r e d   a b s o r p t i o n   s p e c t r a   w a s   b a s e d   a t   f i r s t   o n   r e d u c t i o n   o f   t h e   d i m e n s i o n   o f   t h e   f e a t u r e   s p a c e   u s i n g   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ;   t h e r e a f t e r ,   t h e   d i c h o t o m o u s   c l a s s i f i c a t i o n   w a s   c a r r i e d   o u t   u s i n g   t h e   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e .   T h e   g a s   c h r o m a t o g r a p h y - m a s s   s p e c t r o m e t r y   m e t h o d   ( G C - M S )   w a s   u s e d   a s   t h e   r e f e r e n c e .   T h e   e s t i m a t e d   m e a n   v a l u e   o f   t h e   s e n s i t i v i t y   o f   e x h a l e d   a i r   s a m p l e   a n a l y s i s   b y   t h e   L P A S   i n   d i c h o t o m o u s   c l a s s i f i c a t i o n   w a s   n o t   l e s s   t h a n   9 0 %   a n d   s p e c i f i c i t y   w a s   n o t   l e s s   t h a n   6 9 % ;   t h e   a n a l o g o u s   r e s u l t s   o f   a n a l y s i s   b y   G C - M S   w e r e   6 8 %   a n d   6 0 % ,   r e s p e c t i v e l y .   A l s o ,   t h e   a p p r o a c h   t o   d i f f e r e n t i a l   d i a g n o s t i c s   b a s e d   o n   t h e   s e t   o f   S V M   c l a s s i f i e r s   u s a g e   i s   p r e s e n t e d .   ( C )   2 0 1 7   S o c i e t y   o f   P h o t o - O p t i c a l   I n s t r u m e n t a t i o n   E n g i n e e r s   ( S P I E ) 	 [ K i s t e n e v ,   Y u r y   V . ;   B o r i s o v ,   A l e x e y   V . ;   K u z m i n ,   D m i t r y   A . ;   P e n k o v a ,   O l g a   V . ]   N a t l   R e s   T o m s k   S t a t e   U n i v ,   3 6   L e n i n   A v e ,   T o m s k   6 3 4 0 5 0 ,   R u s s i a ;   [ K i s t e n e v ,   Y u r y   V . ;   B o r i s o v ,   A l e x e y   V . ;   K u z m i n ,   D m i t r y   A . ]   S i b e r i a n   S t a t e   M e d   U n i v ,   2   M o s c o v s k y   T r a k t ,   T o m s k   6 3 4 0 5 0 ,   R u s s i a ;   [ K o s t y u k o v a ,   N a d e z h d a   Y . ;   K a r a p u z i k o v ,   A l e x e y   A . ]   S p e c i a l   T e c h n o l   L t d ,   1 - 3   Z e l e n a y a   G o r k a ,   N o v o s i b i r s k   6 3 0 0 6 0 ,   R u s s i a 	 K i s t e n e v ,   Y V   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   R e s   T o m s k   S t a t e   U n i v ,   3 6   L e n i n   A v e ,   T o m s k   6 3 4 0 5 0 ,   R u s s i a . ;   K i s t e n e v ,   Y V   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S i b e r i a n   S t a t e   M e d   U n i v ,   2   M o s c o v s k y   T r a k t ,   T o m s k   6 3 4 0 5 0 ,   R u s s i a . 	 y u k @ i a o . r u 	 K o s t y u k o v a ,   N a d e z h d a / M - 5 1 3 9 - 2 0 1 4 	 K o s t y u k o v a ,   N a d e z h d a / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 4 9 9 0 - 3 7 5 9 	 F C P I R   [ 1 4 . 5 7 8 . 2 1 . 0 0 8 2 ,   R F M E F I 5 7 8 1 4 X 0 0 8 2 ] 	 T h e   w o r k   w a s   c a r r i e d   o u t   w i t h   t h e   p a r t i a l   f i n a n c i a l   s u p p o r t   o f   t h e   F C P I R   c o n t r a c t   N o .   1 4 . 5 7 8 . 2 1 . 0 0 8 2   ( I D   R F M E F I 5 7 8 1 4 X 0 0 8 2 ) .   T h e   a u t h o r s   t h a n k   J e a n   K o l l a n t a i ,   T o m s k   S t a t e   U n i v e r s i t y ,   f o r   s t y l e   r e v i e w . 	 A l y   M . ,   2 0 0 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K ,   V 1 ,   P 1 ;   A m a n n   A ,   2 0 1 3 ,   V O L A T I L E   B I O M A R K E R S :   N O N - I N V A S I V E   D I A G N O S I S   I N   P H Y S I O L O G Y   A N D   M E D I C I N E ,   P 1 ;   A m a n n   A ,   2 0 1 0 ,   M E A S   S C I   R E V ,   V 1 0 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 2 4 7 8 / v 1 0 0 4 8 - 0 1 0 - 0 0 3 1 - 5 ;   B i j n e n   F G C ,   1 9 9 6 ,   R E V   S C I   I N S T R U M ,   V 6 7 ,   P 2 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 1 4 7 0 7 2 ;   B i o m a r k e r s   D e f i n i t i o n s   W o r k i n g   G r o u p ,   2 0 0 1 ,   C L I N   P H A R M A C O L   T H E R ,   V 6 9 ,   P 8 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 6 7 / M C P . 2 0 0 1 . 1 1 3 9 8 9 ;   B o o t s   A W ,   2 0 1 5 ,   T R E N D S   M O L   M E D ,   V 2 1 ,   P 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l m e d . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 1 ;   B o z o k i   Z . ,   2 0 1 1 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 6 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 8 . 2 0 1 0 . 5 2 0 1 7 8 ;   D e   G o u w   J A ,   2 0 0 9 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 3 ,   P 2 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 8 0 2 7 0 1 a ;   E r e m e n k o   L N ,   2 0 0 8 ,   R U S S   P H Y S   J ,   V 5 1 ,   P 9 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 8 2 - 0 0 9 - 9 1 3 5 - 5 ;   F e r n a n d e s   M   P ,   2 0 1 5 ,   O p e n   B i o m e d   E n g   J ,   V 9 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 8 7 4 1 2 0 7 0 1 5 0 9 0 1 0 2 2 8 ;   K a r a p u z i k o v   A A ,   2 0 1 4 ,   P H Y S   W A V E   P H E N O M ,   V 2 2 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 3 / S 1 5 4 1 3 0 8 X 1 4 0 3 0 0 5 4 ;   K o t l o w s k a   A ,   2 0 1 4 ,   D R U G   D E V E L O P   R E S ,   V 7 5 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / d d r . 2 1 2 1 3 ;   K r i l a v i c i u t e   A ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 3 8 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 5 9 3 8 ;   K u s k e   M ,   2 0 0 5 ,   B U I L D   E N V I R O N ,   V 4 0 ,   P 8 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b u i l d e n v . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 1 2 ;   K w i a t k o w s k a   S ,   2 0 0 7 ,   R E S P   M E D ,   V 1 0 1 ,   P 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r m e d . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 1 5 ;   L a n c k r i e t   G R G ,   2 0 0 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 5 ,   P 2 7 ;   L e e   C M ,   2 0 0 7 ,   O P T   E N G ,   V 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 7 4 8 0 4 2 ;   L i   J S ,   2 0 1 1 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 6 ,   P 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 8 . 2 0 1 1 . 5 7 0 8 3 5 ;   L i n d i n g e r   W ,   1 9 9 8 ,   I N T   J   M A S S   S P E C T R O M ,   V 1 7 3 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 8 - 1 1 7 6 ( 9 7 ) 0 0 2 8 1 - 4 ;   L o u r e n c o   C e l i a ,   2 0 1 4 ,   M e t a b o l i t e s ,   V 4 ,   P 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m e t a b o 4 0 2 0 4 6 5 ;   M i k l o s   A ,   2 0 0 1 ,   R E V   S C I   I N S T R U M ,   V 7 2 ,   P 1 9 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 3 5 3 1 9 8 ;   M i l g r a m   J . ,   2 0 0 6 ,   1 0   I N T   W O R K S H   F R O N T ;   O b e r s t e i n e r   F ,   2 0 1 6 ,   A T M O S   M E A S   T E C H ,   V 9 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 5 1 9 4 / a m t - 9 - 1 7 9 - 2 0 1 6 ;   P e r e i r a   J ,   2 0 1 5 ,   M E T A B O L I T E S ,   V 5 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m e t a b o 5 0 1 0 0 0 3 ;   P I C A R D   R R ,   1 9 8 4 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 7 9 ,   P 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 8 4 0 3 ;   P i n g   X . ,   2 0 1 2 ,   T H E S I S ;   P o m e r a n t s e v   A L ,   2 0 1 4 ,   J   C H E M O M E T R ,   V 2 8 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c e m . 2 5 0 6 ;   S h a p i r o   M .   B . ,   1 9 7 9 ,   I M A   J   A P P L   M A T H ,   V 2 4 ,   P 5 9 ;   S m i t h   D . ,   2 0 0 5 ,   B R E A T H   A N A L   C L I N   D I A ;   v a n   d e r   S c h e e   M P ,   2 0 1 5 ,   C H E S T ,   V 1 4 7 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 1 4 - 0 7 8 1 ;   X i a   J G ,   2 0 1 3 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 9 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 2 - 0 4 8 2 - 9 ;   Z e n i n a r i   V . ,   1 9 9 9 ,   A T M O S   O C E A N I C   O P T ,   V 1 2 ,   P 9 2 8 ;   Z e n i n a r i   V ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   T H E R M O P H Y S ,   V 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 7 6 5 - 0 1 5 - 2 0 1 8 - 9 ;   Z h a o   X . ,   2 0 1 6 ,   A D V   M U L T I M E D I A   U B I Q U ,   V 3 9 3 ,   P 3 8 9 	 3 4 	 0 	 0 	 6 	 6 	 S P I E - S O C   P H O T O - O P T I C A L   I N S T R U M E N T A T I O N   E N G I N E E R S 	 B E L L I N G H A M 	 1 0 0 0   2 0 T H   S T ,   P O   B O X   1 0 ,   B E L L I N G H A M ,   W A   9 8 2 2 5   U S A 	 1 0 8 3 - 3 6 6 8 	 1 5 6 0 - 2 2 8 1 	 	 J   B I O M E D   O P T 	 J .   B i o m e d .   O p t . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 2 2 	 1 	 	 	 	 	 	 	 0 1 7 0 0 2 	 1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 2 2 . 1 . 0 1 7 0 0 2 	 	 8 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E O 0 E H 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 3 7 0 6 0 0 0 2 6 	 2 8 1 2 2 0 8 1 	 
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 J 	 K u o ,   R J ;   L i n ,   L ;   Z u l v i a ,   F E ;   L i n ,   C C 	 	 	 	 K u o ,   R .   J . ;   L i n ,   L . ;   Z u l v i a ,   F .   E . ;   L i n ,   C .   C . 	 	 	 I n t e g r a t i o n   o f   c l u s t e r   a n a l y s i s   a n d   g r a n u l a r   c o m p u t i n g   f o r   i m b a l a n c e d   d a t a   c l a s s i f i c a t i o n :   A   c a s e   s t u d y   o n   p r o s t a t e   c a n c e r   p r o g n o s i s   i n   T a i w a n 	 J O U R N A L   O F   I N T E L L I G E N T   &   F U Z Z Y   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P r o s t a t e   c a n c e r ;   g r a n u l a r   c o m p u t i n g ;   p a r t i c l e   s w a r m   K - m e a n s   o p t i m i z a t i o n ;   c l a s s   i m b a l a n c e ;   c l a s s i f i c a t i o n 	 I N F O R M A T I O N   G R A N U L A T I O N ;   D I A G N O S I S ;   S Y S T E M ;   P S O 	 T h i s   p a p e r   p r o p o s e s   a   p a r t i c l e   s w a r m   K - m e a n s  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 r a t e   e s t i m a t i o n . 	 [ K u o ,   R .   J . ;   Z u l v i a ,   F .   E . ]   N a t l   T a i w a n   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   I n d   M a n a g e m e n t ,   4 3   S e c t   4 , K e e   L u n g   R d ,   T a i p e i   1 0 6 ,   T a i w a n ;   [ L i n ,   L . ]   G e m t e k   T e c h n o l   C o   L t d ,   N e w   T a i p e i ,   T a i w a n ;   [ L i n ,   C .   C . ]   N a t l   Y a n g   M i n g   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   S u r g ,   T a i p e i ,   T a i w a n ;   [ L i n ,   C .   C . ]   N a t l   Y a n g   M i n g   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   U r o l ,   T a i p e i ,   T a i w a n 	 K u o ,   R J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   T a i w a n   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   I n d   M a n a g e m e n t ,   4 3   S e c t   4 , K e e   L u n g   R d ,   T a i p e i   1 0 6 ,   T a i w a n . 	 r j k u o @ m a i l . n t u s t . e d u . t w 	 	 	 M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   T a i w a n   [ N S C 1 0 2 - 2 4 1 0 - H - 0 1 1 - 0 1 7 - M Y 3 ] 	 T h i s   p a p e r   i s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   T a i w a n   u n d e r   c o n t r a c t   n u m b e r   N S C 1 0 2 - 2 4 1 0 - H - 0 1 1 - 0 1 7 - M Y 3 .   T h i s   s u p p o r t   i s   m u c h   a p p r e c i a t e d . 	 S a n z   J A ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 2 3 ,   P 9 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T F U Z Z . 2 0 1 4 . 2 3 3 6 2 6 3 ;   B a r g i e l a   A ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 3 3 ,   P 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C B . 2 0 0 3 . 8 0 8 1 9 0 ;   B a t i s t a   G . E . A . P . A . ,   2 0 0 4 ,   A C M   S I G K D D   E X P L   N E W S ,   V 6 ,   P 2 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 0 7 7 3 0 . 1 0 0 7 7 3 5 ;   B e l a c e l   N ,   2 0 0 0 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 1 2 5 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 7 7 - 2 2 1 7 ( 9 9 ) 0 0 1 9 2 - 7 ;   C a s t e l l a n o   G . ,   2 0 0 1 ,   I F S A   W O R L D   C   2 0   N A F I ,   V 3 0 5 5 ,   P 3 0 5 9 ;   C h a r t e   F ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 6 3 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 9 1 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   C h e n   A H ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 3 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 9 ;   C h e n   M C ,   2 0 0 8 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 8 ,   P 3 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 1 8 ;   C i n a r   M ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 6 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 1 0 ;   E b e r h a r t   R . C . ,   1 9 9 5 ,   P   6   I N T   S   M I C R   H U M   S ,   P 3 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M H S . 1 9 9 5 . 4 9 4 2 1 5 ;   F l i n k m a n   M ,   2 0 0 0 ,   I N F O R ,   V 3 8 ,   P 1 4 5 ;   F u   W H ,   2 0 1 2 ,   B B A - R E V   C A N C E R ,   V 1 8 2 5 ,   P 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b c a n . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 3 ;   K e l e s   A ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 7 ,   P 1 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 7 . 0 3 . 0 0 6 ;   K r a w c z y k   B ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 8 ,   P 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 6 0 ;   K u o   R . J . ,   2 0 0 9 ,   S O F T   C O M P U T ,   V 1 5 ,   P 5 3 3 ;   M i c h a l o w s k i   W ,   2 0 0 1 ,   P a e d i a t r   C h i l d   H e a l t h ,   V 6 ,   P 2 3 ;   M i l l e r   D C ,   2 0 0 6 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 8 ,   P 1 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j j 3 0 8 ;   N i e d d u   L ,   2 0 0 0 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 1 2 0 ,   P 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 7 7 - 2 2 1 7 ( 9 8 ) 0 0 3 6 8 - 3 ;   N i k n a m   T ,   2 0 1 0 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 1 ;   N i k n a m   T ,   2 0 0 9 ,   J   Z H E J I A N G   U N I V - S C   A ,   V 1 0 ,   P 5 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 1 / j z u s . A 0 8 2 0 1 9 6 ;   R a m e n t o l   E ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 2 3 ,   P 1 6 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T F U Z Z . 2 0 1 4 . 2 3 7 1 4 7 2 ;   R i p l e y   B D ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   R u l o n   P . J . ,   1 9 6 7 ,   M U L T I V A R I A T E   S T A T   P E ;   S a e z   J A ,   2 0 1 5 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 9 1 ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 5 1 ;   S a k r   W ,   1 9 9 3 ,   V I V O   A T H E N S   G R E E C E ,   V 8 ,   P 4 3 9 ;   S a r i t a s   I ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 7 ,   P 6 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 5 6 ;   S h e n   L X ,   2 0 0 0 ,   C O M P U T   I N D ,   V 4 3 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 6 - 3 6 1 5 ( 0 0 ) 0 0 0 5 0 - 6 ;   S i s k o s   Y ,   1 9 9 8 ,   J   G L O B A L   O P T I M ,   V 1 2 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 8 2 6 2 4 1 1 5 8 7 ;   S t e f a n o w s k i   J . ,   1 9 9 8 ,   R O U G H   S E T S   K N O W L E D G E ,   P 5 0 0 ;   S u   C T ,   2 0 0 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 1 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 5 . 0 9 . 0 8 2 ;   T a n   M . S . P . N . ,   2 0 0 6 ,   I N T R O   D A T A   M I N I N G ;   T s u m o t o   S ,   1 9 9 8 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 1 2 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 0 - 0 2 5 5 ( 9 8 ) 1 0 0 2 1 - X ;   Y a o   Y Y ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   I N T E L L   S Y S T ,   V 1 6 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 8 - 1 1 1 X ( 2 0 0 1 0 1 ) 1 6 : 1 < 8 7 : : A I D - I N T 7 > 3 . 0 . C O ; 2 - S ;   Y u s u p   N ,   2 0 1 2 ,   P R O C E D I A   E N G I N E E R ,   V 2 9 ,   P 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o e n g . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 6 4 ;   Z a d e h   L A ,   1 9 9 7 ,   F U Z Z Y   S E T   S Y S T ,   V 9 0 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 5 - 0 1 1 4 ( 9 7 ) 0 0 0 7 7 - 8 ;   Z a d e h   L . A . ,   1 9 7 9 ,   A D V   F U Z Z Y   S E T   T H E O R Y ,   V 1 1 ,   P 3 ;   Z a d r o z n y   B . ,   2 0 0 1 ,   P   7   I N T   C   K N O W L   D I S C ,   P 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 5 0 2 5 1 2 . 5 0 2 5 4 0 ;   Z h a o   W B ,   2 0 1 5 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 9 4 3 7 ,   P 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 2 5 7 8 3 - 9 _ 3 1 ;   Z o p o u n i d i s   C ,   2 0 0 2 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 1 3 8 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 7 7 - 2 2 1 7 ( 0 1 ) 0 0 2 4 3 - 0 	 4 0 	 0 	 0 	 1 	 1 	 I O S   P R E S S 	 A M S T E R D A M 	 N I E U W E   H E M W E G   6 B ,   1 0 1 3   B G   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 0 6 4 - 1 2 4 6 	 1 8 7 5 - 8 9 6 7 	 	 J   I N T E L L   F U Z Z Y   S Y S T 	 J .   I n t e l l .   F u z z y   S y s t . 	 	 2 0 1 7 	 3 2 	 3 	 	 	 	 	 2 2 5 1 	 2 2 6 7 	 	 1 0 . 3 2 3 3 / J I F S - 1 6 2 3 6 	 	 1 7 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E N 3 J I 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 9 0 4 4 0 0 0 4 9 	 	 
 
 J 	 H a n ,   F ;   Y a n g ,   C ;   W u ,   Y Q ;   Z h u ,   J S ;   L i n g ,   Q H ;   S o n g ,   Y Q ;   H u a n g ,   D S 	 	 	 	 H a n ,   F e i ;   Y a n g ,   C h u n ;   W u ,   Y a - Q i ;   Z h u ,   J i a n - S h e n g ;   L i n g ,   Q i n g - H u a ;   S o n g ,   Y u - Q i n g ;   H u a n g ,   D e - S h u a n g 	 	 	 A   G e n e   S e l e c t i o n   M e t h o d   f o r   M i c r o a r r a y   D a t a   B a s e d   o n   B i n a r y   P S O   E n c o d i n g   G e n e - t o - C l a s s   S e n s i t i v i t y   I n f o r m a t i o n 	 I E E E - A C M   T R A N S A C T I O N S   O N   C O M P U T A T I O N A L   B I O L O G Y   A N D   B I O I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B i n a r y   p a r t i c l e   s w a r m   o p t i m i z a t i o n ;   g e n e   s e l e c t i o n ;   g e n e - t o - c l a s s   s e n s i t i v i t y   i n f o r m a t i o n ;   m i c r o a r r a y   d a t a 	 P A R T I C L E   S W A R M   O P T I M I Z A T I O N ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   A - P R I O R I   I N F O R M A T I O N ;   F U N C T I O N   A P P R O X I M A T I O N ;   C A N C E R   C L A S S I F I C A T I O N ;   T U M O R   C L A S S I F I C A T I O N ;   N E U R A L - N E T W O R K S 	 T r a d i t i o n a l   g e n e   s e l e c t i o n   m e t h o d s   f o r   m i c r o a r r a y   d a t a   m a i n l y   c o n s i d e r e d   t h e   f e a t u r e s '   r e l e v a n c e   b y   e v a l u a t i n g   t h e i r   u t i l i t y   f o r   a c h i e v i n g   a c c u r a t e   p r e d i c a t i o n   o r   e x p l o i t i n g   d a t a   v a r i a n c e   a n d   d i s t r i b u t i o n ,   a n d   t h e   s e l e c t e d   g e n e s   w e r e   u s u a l l y   p o o r l y   e x p l i c a b l e .   T o   i m p r o v e   t h e   i n t e r p r e t a b i l i t y   o f   t h e   s e l e c t e d   g e n e s   a s   w e l l   a s   p r e d i c t i o n   a c c u r a c y ,   a n  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 F e i ;   Y a n g ,   C h u n ;   W u ,   Y a - Q i ;   Z h u ,   J i a n - S h e n g ;   S o n g ,   Y u - Q i n g ]   J i a n g s u   U n i v ,   S c h   C o m p   S c i   &   C o m m u n   E n g n ,   Z h e n j i a n g   2 1 2 0 1 3 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i n g ,   Q i n g - H u a ]   J i a n g s u   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   S c h   C o m p   S c i   &   E n g n ,   Z h e n j i a n g   2 1 2 0 1 3 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H u a n g ,   D e - S h u a n g ]   T o n g j i   U n i v ,   I n s t   M a c h i n e   L e a r n i n g   &   S y s t   B i o l ,   S c h   E l e c t   &   I n f o r m a t   E n g n ,   S h a n g h a i   2 0 0 0 9 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 H a n ,   F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J i a n g s u   U n i v ,   S c h   C o m p   S c i   &   C o m m u n   E n g n ,   Z h e n j i a n g   2 1 2 0 1 3 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 h a n f e i @ m a i l . u j s . e d u . c n ;   m a i l . y a n g c h u n @ 1 6 3 . c o m ;   r g . j s . w y q @ 1 6 3 . c o m ;   z h u j s 8 6 @ g m a i l . c o m ;   l i n g e e _ 2 0 0 0 @ 1 6 3 . c o m ;   y q s o n g @ m a i l . u j s . e d u . c n ;   d s h u a n g @ t o n g j i . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 2 7 1 3 8 5 ,   6 1 5 7 2 2 4 1 ,   6 1 1 3 3 0 1 0 ,   6 1 5 2 0 1 0 6 0 0 6 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o s .   6 1 2 7 1 3 8 5 ,   6 1 5 7 2 2 4 1 ,   6 1 1 3 3 0 1 0 ,   a n d   6 1 5 2 0 1 0 6 0 0 6 ) . 	 A l o n   U ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 6 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 1 2 . 6 7 4 5 ;   B a n s a l   J C ,   2 0 1 2 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 2 1 8 ,   P 1 1 0 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 0 1 ;   B e r m e j o   P ,   2 0 1 1 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 2 ,   P 7 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 6 ;   B h a t t a c h a r j e e   A ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 1 3 7 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 9 1 5 0 2 9 9 8 ;   C h u   F ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   N E U R A L   S Y S T ,   V 1 5 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 1 2 9 0 6 5 7 0 5 0 0 0 3 9 6 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   G o l d b e r g   D .   E . ,   1 9 8 9 ,   G E N E T I C   A L G O R I T H M S   S ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   H a n   F ,   2 0 0 8 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 2 0 5 ,   P 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 2 5 ;   H a n   F ,   2 0 0 8 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 8 ,   P 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 0 8 ;   H a n   F ,   2 0 0 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 6 9 ,   P 2 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 1 3 ;   H a n   F ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 7 5 3 0 ;   H u a n g   G B ,   2 0 0 4 ,   P   I N T   J O I N T   C   N E U R   N ,   V 2 ,   P 9 8 5 ;   H u a n g   T M ,   2 0 0 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 3 5 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 0 6 ;   K a r   S ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 6 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 1 4 ;   K e n n e d y   J ,   1 9 9 5 ,   1 9 9 5   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   P R O C E E D I N G S ,   V O L S   1 - 6 ,   P 1 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C N N . 1 9 9 5 . 4 8 8 9 6 8 ;   K e n n e d y   J ,   1 9 9 7 ,   I E E E   S Y S   M A N   C Y B E R N ,   P 4 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C S M C . 1 9 9 7 . 6 3 7 3 3 9 ;   K h a n   J ,   2 0 0 1 ,   N A T   M E D ,   V 7 ,   P 6 3 7 ;   L e e   C M ,   2 0 0 9 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 3 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 5 ;   L e e   K E ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 9 . 1 . 9 0 ;   [ Nge  L i   Y i n g x i n ] ,   2 0 0 5 ,   [ {:gxvzNSU\,   J o u r n a l   o f   C o m p u t e r   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t ] ,   V 4 2 ,   P 1 7 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 0 / c r a d 2 0 0 5 1 0 2 4 ;   M a l d o n a d o   S ,   2 0 0 9 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 9 ,   P 2 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 1 4 ;   M a u l i k   U ,   2 0 1 1 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 1 ,   P 4 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 4 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S a r a s w a t h i   S ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 4 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 0 . 1 3 ;   S h e n   Q ,   2 0 0 7 ,   T A L A N T A ,   V 7 1 ,   P 1 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 4 7 ;   S h i   Y ,   1 9 9 8 ,   P   I E E E   C   E V   C O M P ,   V 1 9 9 8 ,   P 6 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C E C . 1 9 9 8 . 6 9 9 1 4 6 ;   S o r i a - O l i v a s   E ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 2 ,   P 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 0 . 2 1 0 3 9 5 6 ;   T o n g   D .   L . ,   2 0 0 9 ,   P R O C   T H E   E I G H T H   I N T E ,   P 1 2 ;   W e r b o s   P .   J . ,   1 9 7 4 ,   T H E S I S ;   Y a n g   C . - S . ,   2 0 0 8 ,   I A E N G   I N T   J   C O M P U T E R ,   V 3 5 ,   P 2 8 5 ;   Y a n g   K ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 2 2 8 ;   Y a n g   S X ,   2 0 1 3 ,   C O M M U N I C A T I O N S   I N   C O ,   V 3 7 5 ,   P 8 8 ;   Y u   J B ,   2 0 0 8 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 1 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 1 3 ;   Z h e n g   C H ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 1 5 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 1 . 7 9 ;   Z h e n g   C H ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 1 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 1 . 2 0 	 3 6 	 0 	 0 	 3 	 3 	 I E E E   C O M P U T E R   S O C 	 L O S   A L A M I T O S 	 1 0 6 6 2   L O S   V A Q U E R O S   C I R C L E ,   P O   B O X   3 0 1 4 ,   L O S   A L A M I T O S ,   C A   9 0 7 2 0 - 1 3 1 4   U S A 	 1 5 4 5 - 5 9 6 3 	 1 5 5 7 - 9 9 6 4 	 	 I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I 	 I E E E - A C M   T r a n s .   C o m p u t .   B i o l .   B i o i n f o r m . 	 J A N - F E B 	 2 0 1 7 	 1 4 	 1 	 	 	 	 	 8 5 	 9 6 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 5 . 2 4 6 5 9 0 6 	 	 1 2 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   M a t h e m a t i c s ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c s 	 E N 0 C C 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 6 7 6 9 0 0 0 0 9 	 	 
 
 J 	 B a o ,   F ;   D e n g ,   Y ;   Z h a o ,   Y Y ;   S u o ,   J L ;   D a i ,   Q H 	 	 	 	 B a o ,   F e n g ;   D e n g ,   Y u e ;   Z h a o ,   Y a n y u ;   S u o ,   J i n l i ;   D a i ,   Q i o n g h a i 	 	 	 B o s c o :   B o o s t i n g   C o r r e c t i o n s   f o r   G e n o m e - W i d e   A s s o c i a t i o n   S t u d i e s   W i t h   I m b a l a n c e d   S a m p l e s 	 I E E E   T R A N S A C T I O N S   O N   N A N O B I O S C I E N C E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 G e n o m e - w i d e   a s s o c i a t i o n   s t u d y ;   b o o s t i n g   l e a r n i n g ;   L A S S O ;   i m b a l a n c e   l e a r n i n g 	 M I S S I N G   H E R I T A B I L I T Y ;   P O P U L A T I O N ;   V A R I A N T S ;   D I S E A S E ;   S U S C E P T I B I L I T Y ;   T R A I T S ;   C O M M O N ;   1 0 Q 2 3 	 I n   g e n o m e - w i d e   a s s o c i a t i o n   s t u d i e s   ( G W A S ) ,   t h e   a c q u i r e d   s e q u e n t i a l   d a t a   m a y   e x h i b i t   i m b a l a n c e   s t r u c t u r e :   a b u n d a n t   c o n t r o l   v s .   l i m i t e d   c a s e   s a m p l e s .   S u c h   s a m p l e   i m b a l a n c e   i s s u e   i s   p a r t i c u l a r l y   s e r i o u s   w h e n   i n v e s t i g a t i n g   r a r e   d i s e a s e s   o r   c o m m o n   d i s e a s e s   o n   r a r e   p o p u l a t i o n s .   C o n v e n t i o n a l   G W A S   m e t h o d s   m a y   s u f f e r   f r o m   s e v e r e   s t a t i s t i c   b i a s e s   t o   t h e   m a j o r   g r o u p ,   l e a d i n g   t o   p o w e r   l o s s e s   i n   u n c o v e r i n g   t r u e   s u s p i c i o u s   l o c i .   W e   i n t r o d u c e   a   b o o s t i n g   c o r r e c t i o n   m e t h o d   t e r m e d   a s   B o s c o   t o   d e a l   w i t h   s u c h   i m b a l a n c e d   p r o b l e m .   B o s c o   i s   m o t i v a t e d   b y   t h e   b o o s t   l e a r n i n g   t h e o r y   i n  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 B i o m e d   E n g n ,   B o s t o n ,   M A   0 2 2 1 5   U S A 	 D e n g ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T s i n g h u a   U n i v ,   T s i n g h u a   N a t l   L a b   I n f o r m a t   S c i   &   T e c h n o l ,   B e i j i n g   K e y   L a b   M u l t i d i m e n s   &   M u l t i s c a l e   C o m p u t a t ,   B e i j i n g   1 0 0 0 8 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   D e n g ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a l i f   S a n   F r a n c i s c o ,   S c h   P h a r m ,   S a n   F r a n c i s c o ,   C A   9 4 1 2 1   U S A . 	 b f 1 4 @ m a i l s . t s i n g h u a . e d u . c n ;   y u e d e n g . t h u @ g m a i l . c o m ;   y a n y u z @ b u . e d u ;   j l s u o @ t s i n g h u a . e d u . c n ;   q h d a i @ t s i n g h u a . e d u . c n 	 	 D e n g ,   Y u e / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 2 8 7 1 - 8 9 2 2 	 P r o j e c t   o f   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 3 2 7 9 0 2 ] ;   P r o j e c t   o f   8 6 3   P r o g r a m   [ 2 0 1 5 A A 0 1 5 9 0 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   P r o j e c t   o f   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   u n d e r   G r a n t   6 1 3 2 7 9 0 2   a n d   i n   p a r t   b y   t h e   P r o j e c t   o f   8 6 3   P r o g r a m   u n d e r   G r a n t   2 0 1 5 A A 0 1 5 9 0 1 . 	 A b n e t   C C ,   2 0 1 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 2 ,   P 7 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 6 4 9 ;   A k b a n i   R ,   2 0 0 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 2 0 1 ,   P 3 9 ;   B a i   Y F ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 4 ,   P 8 8 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 3 1 4 3 ;   B a o   F . ,   I E E E   A C M   T   I N   P R E S S ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 6 . 2 6 0 8 8 1 9 . ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 6 . 2 6 0 8 8 1 9 ] ;   B e z z i n a   C R ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 1 0 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 7 1 2 ;   B u n n e y   T .   D . ,   2 0 0 9 ,   A D V   E N Z Y M E   R E G U L ,   V 4 9 ,   P 8 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 3 ,   P   7   E U R   C   P R I N C   P R A C ,   P 1 0 7 ;   D i n g   X J ,   2 0 1 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 2 ,   P 6 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 6 3 4 5 9 ;   E i c h l e r   E E ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 1 ,   P 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 8 0 9 ;   G a m a z o n   E R ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 1 0 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 3 6 7 ;   G o u d e y   B ,   2 0 1 3 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 4 - S 3 - S 1 0 ;   G u o   H . ,   2 0 0 4 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 6 ,   P 3 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 0 7 7 3 0 . 1 0 0 7 7 3 6 ;   G u o   X ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 5 - 1 0 2 ;   H a n   H ,   2 0 0 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 6 4 4 ,   P 8 7 8 ;   H e   H B ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 1 ,   P 1 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 8 . 2 3 9 ;   H u   S . ,   2 0 0 9 ,   P   2   I N T   W O R K S H   C O M P ,   V 2 ,   P 1 3 ;   K i n g   G a r y ,   2 0 0 1 ,   P O L I T   A N A L ,   V 9 ,   P 1 3 7 ;   K o r t e   A ,   2 0 1 3 ,   P L A N T   M E T H O D S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 6 - 4 8 1 1 - 9 - 2 9 ;   L e e   W .   S . ,   2 0 0 3 ,   I C M L ,   V 3 ,   P 4 4 8 ;   L i p p e r t   C ,   2 0 1 1 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 8 ,   P 8 3 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 6 8 1 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 6 8 1 ] ;   L u o   D W ,   2 0 1 1 ,   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 4 6 ,   P 1 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 3 5 - 0 1 1 - 0 4 4 5 - 3 ;   M a i l m a n   M D ,   2 0 0 7 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 9 ,   P 1 1 8 1 ;   M a n o l i o   T A ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 6 1 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 4 9 4 ;   M c C a r t h y   M I ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 9 ,   P 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 3 4 4 ;   P a n   W ,   2 0 1 5 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 7 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 8 ;   P e a r s o n   R . ,   2 0 0 3 ,   P   W O R K S H   L E A R N   I M B   D ,   V 3 ;   P r i c e   A L ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 1 ,   P 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 8 1 3 ;   P u r c e l l   S ,   2 0 0 7 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 1 ,   P 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 5 1 9 7 9 5 ;   R a s k u t t i   B . ,   2 0 0 4 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 6 ,   P 6 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 0 7 7 3 0 . 1 0 0 7 7 3 9 ;   S i v a   N a y a n a h ,   2 0 0 8 ,   N a t   B i o t e c h n o l ,   V 2 6 ,   P 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 0 3 0 8 - 2 5 6 b ;   S u   Z ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 2 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 3 4 1 ;   S u n   Y M ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 0 ,   P 3 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 0 9 ;   S u n   Y M ,   2 0 0 6 ,   I E E E   D A T A   M I N I N G ,   P 5 9 2 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   W a n g   W Y S ,   2 0 0 5 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 6 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 1 5 2 2 ;   W u   M C ,   2 0 1 0 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 6 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 2 ;   Z h a n g   H Z ,   2 0 1 1 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 2 ,   P 8 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g r 0 5 1 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 2 ,   G E N E T   E P I D E M I O L ,   V 3 6 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 2 0 6 6 1 ;   Z h o u   X ,   2 0 1 2 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 4 ,   P 8 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 3 1 0 ;   Z u k   O ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   p E 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 2 2 5 6 3 1 1 1 	 4 1 	 0 	 0 	 0 	 0 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 1 5 3 6 - 1 2 4 1 	 1 5 5 8 - 2 6 3 9 	 	 I E E E   T   N A N O B I O S C I 	 I E E E   T r a n s .   N a n o b i o s c i . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 1 6 	 1 	 	 	 	 	 6 9 	 7 7 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 1 7 . 2 6 6 0 4 9 8 	 	 9 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   N a n o s c i e n c e   &   N a n o t e c h n o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E O 0 G Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 3 7 6 7 0 0 0 0 9 	 2 8 1 4 1 5 2 7 	 
 
 J 	 M a r t i n e z ,   O ;   D a b a r e r a ,   R ;   P r e m a r a t n e ,   K ;   K u b a t ,   M ;   E n g l e h a r d t ,   J 	 	 	 	 M a r t i n e z ,   O s c a r ;   D a b a r e r a ,   R a n g a ;   P r e m a r a t n e ,   K a m a l ;   K u b a t ,   M i r o s l a v ;   E n g l e h a r d t ,   J a m e s 	 	 	 L F D A   m o d e l   f o r   t h e   a s s e s s m e n t   o f   w a t e r   q u a l i t y   t h r o u g h   M i c r o t o x   ( R )   u s i n g   e x c i t a t i o n - e m i s s i o n   m a t r i c e s 	 I N T E L L I G E N T   D A T A   A N A L Y S I S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L a t e n t   D i r i c h l e t   a l l o c a t i o n ;   n o n p a r a m e t r i c   e s t i m a t i o n ;   f l u o r e s c e n c e   s p e c t r o s c o p y 	 D I S S O L V E D   O R G A N I C - M A T T E R ;   F L U O R E S C E N C E   S P E C T R O S C O P Y ;   B L O O D - P L A S M A ;   C A N C E R ;   C O M P O N E N T S ;   W A S T E 	 F l u o r e s c e n c e   s p e c t r o s c o p i c   e x c i t a t i o n - e m i s s i o n   m a t r i c e s   ( E E M s )   c a n   b e   u s e d   t o   c h a r a c t e r i z e   d i s s o l v e d   o r g a n i c   m a t t e r   i n   w a t e r   w i t h   h i g h   s e n s i t i v i t y .   O u r   g o a l   i s   t o   p r e d i c t   t h e   s t a n d a r d   b i o s e n s o r - b a s e d   m e a s u r e m e n t   M i c r o t o x   ( R )   u t i l i z i n g   E E M s ,   p H ,   t u r b i d i t y   a n d   c o n d u c t i v i t y ,   a m o n g   o t h e r   v a r i a b l e s .   E E M s   h a v e   b e e n   m o d e l e d   u s i n g   n o v e l   l a t e n t   f l u o r e s c e n t   D i r i c h l e t   a l l o c a t i o n   ( L F D A )   b a s e d   p r o b a b i l i s t i c   g r a p h i c a l   m o d e l .   W e   f o u n d   t h a t   n o n p a r a m e t r i c   t e c h n i q u e s   o f f e r   a   b e t t e r   m a p p i n g   f r o m ,   L F D A   b a s e d   E E M s   s c o r e s   a n d  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 1 0 . 1 1 6 2 / j m l r . 2 0 0 3 . 3 . 4 - 5 . 9 9 3 ;   B r o   R ,   2 0 0 3 ,   J   C H E M O M E T R ,   V 1 7 ,   P 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c e m . 8 0 1 ;   B r o   R ,   1 9 9 7 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 3 8 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 9 - 7 4 3 9 ( 9 7 ) 0 0 0 3 2 - 4 ;   C a t t e l l   R B ,   1 9 4 4 ,   P S Y C H O M E T R I K A ,   V 9 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 2 8 8 7 3 9 ;   D e m s a r   J ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 1 ;   F a r r e   M ,   2 0 0 3 ,   T R A C - T R E N D   A N A L   C H E M ,   V 2 2 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 5 - 9 9 3 6 ( 0 3 ) 0 0 5 0 4 - 1 ;   G a s s i e   L W ,   2 0 1 6 ,   W A T E R   R E S ,   V 1 0 5 ,   P 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . w a t r e s . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 5 ;   H a l l   G J ,   2 0 0 5 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 9 ,   P 7 5 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 5 0 3 0 7 4 ;   H a l l   G J ,   2 0 0 7 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 5 8 1 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 3 4 ;   H a n d e r s o n   D J ,   2 0 1 5 ,   A P P L I E D   N O N P A R A M E T R I C   E C O N O M E T R I C S ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / C B O 9 7 8 0 5 1 1 8 4 5 7 6 5 ;   H A R S H M A N   R . A ,   1 9 7 0 ,   U C L A   W O R K I N G   P A P E R S ,   V 1 6 ;   H u a   B ,   2 0 0 7 ,   E N V I R O N   C H E M   L E T T ,   V 5 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 3 1 1 - 0 0 6 - 0 0 8 5 - 7 ;   H u d s o n   N ,   2 0 0 7 ,   R I V E R   R E S   A P P L ,   V 2 3 ,   P 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r r a . 1 0 0 5 ;   K a i s e r   K L E ,   1 9 9 8 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 0 6 ,   P 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 3 4 3 3 8 0 9 ;   L a k o w i c z   J R ,   2 0 0 9 ,   P R I N C I P L E S   F L U O R E S C E ;   L a w a e t z   A J ,   2 0 1 2 ,   M E T A B O L O M I C S ,   V 8 ,   p S 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 1 - 0 3 1 0 - 7 ;   L E I N E R   M J P ,   1 9 8 6 ,   C L I N   C H E M ,   V 3 2 ,   P 1 9 7 4 ;   L i   Q ,   2 0 0 4 ,   S T A T   S I N I C A ,   V 1 4 ,   P 4 8 5 ;   M a d h u r i   S ,   1 9 9 7 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 2 9 8 2 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 7 3 6 4 9 ;   M a d h u r i   S ,   2 0 0 3 ,   P H O T O C H E M   P H O T O B I O L ,   V 7 8 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 6 2 / 0 0 3 1 - 8 6 5 5 ( 2 0 0 3 ) 0 7 8 < 0 1 9 7 : N F S O B P > 2 . 0 . C O ; 2 ;   M a d h u r i   S ,   1 9 9 9 ,   M E D   S C I   R E S ,   V 2 7 ,   P 6 3 5 ;   M a r t i n e z   O . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   I N T E L L I G E N T   D A ,   V 1 9 ;   M a s i l a m a n i   V ,   2 0 0 4 ,   J   L U M I N ,   V 1 0 9 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j l u m i n . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 0 1 ;   N A D A R A Y A   E A ,   1 9 6 5 ,   T H E O R   P R O B A B   A P P L + ,   V 1 0 ,   P 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 1 1 1 0 0 2 4 ;   O h n o   T ,   2 0 0 6 ,   S O I L   S C I   S O C   A M   J ,   V 7 0 ,   P 2 0 2 8 ,   D O I   1 0 . 2 1 3 6 / s s s a j 2 0 0 6 . 0 0 0 5 ;   R a c i n e   J ,   2 0 0 4 ,   J   E C O N O M E T R I C S ,   V 1 1 9 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 4 - 4 0 7 6 ( 0 3 ) 0 0 1 5 7 - X ;   S h a f e r   G . ,   1 9 7 6 ,   M A T H   T H E O R Y   E V I D E N C E ;   S m e t s   P ,   1 9 9 9 ,   U N C E R T A I N T Y   I N   A R T I F I C I A L   I N T E L L I G E N C E ,   P R O C E E D I N G S ,   P 6 1 2 ;   S m i l d e   A . ,   2 0 0 4 ,   M U L T I W A Y   A N A L   A P P L   C ;   S t e d m o n   C A ,   2 0 0 3 ,   M A R   C H E M ,   V 8 2 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 4 - 4 2 0 3 ( 0 3 ) 0 0 0 7 2 - 0 ;   T u c k e r   L .   R . ,   1 9 6 4 ,   C O N T R I B U T I O N S   M A T H   P ,   P 1 1 0 ;   U p p a l   A ,   2 0 0 5 ,   B I O T E C H N O L   A P P L   B I O C ,   V 4 1 ,   P 4 3 ;   W a t s o n   G .   S . ,   1 9 6 4 ,   S A N K H Y A   A ,   V 2 6 ,   P 3 5 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 5 0 4 9 3 4 0 ;   W i c k r a m a r a t h n e   T L ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 3 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 0 . 8 8 ;   W u   T T ,   2 0 1 6 ,   W A T E R   R E S ,   V 1 0 6 ,   P 3 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . w a t r e s . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 1 5 	 3 7 	 0 	 0 	 1 	 1 	 I O S   P R E S S 	 A M S T E R D A M 	 N I E U W E   H E M W E G   6 B ,   1 0 1 3   B G   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 0 8 8 - 4 6 7 X 	 1 5 7 1 - 4 1 2 8 	 	 I N T E L L   D A T A   A N A L 	 I n t e l l .   D a t a   A n a l . 	 	 2 0 1 7 	 2 1 	 1 	 	 	 	 	 1 8 1 	 2 0 3 	 	 1 0 . 3 2 3 3 / I D A - 1 5 0 2 9 1 	 	 2 3 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r  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 c o l o r   v i s i o n   a b n o r m a l i t i e s   w e r e   r e l a t e d   t o   n o n - s m o k i n g .   T h i s   m a t h e m a t i c a l   a p p r o a c h   c o n f i r m e d   t h e   c l u s t e r i n g   o f   p r e m o t o r   m a r k e r s   i n   p r e c l i n i c a l   s t a g e   o f   P a r k i n s o n ' s   d i s e a s e .   T h i s   i s   t h e   f i r s t   r e p o r t   s h o w i n g   t h a t   a l p h a - s y n u c l e i n   i n   t h e   c o l o n   a n d   o t h e r   p r e m o t o r   m a r k e r s   a r e   r e l a t e d   t o   e a c h   o t h e r   i n   n e u r o l o g i c a l l y   n o r m a l   s u b j e c t s . 	 [ K i m ,   J o o n g - S e o k ;   P a r k ,   I n - S e o k ;   P a r k ,   H y u n g - E u n ]   C a t h o l i c   U n i v   K o r e a ,   S e o u l   S t   M a r y s   H o s p ,   D e p t   N e u r o l ,   C o l l   M e d ,   2 2 2   B a n p o   D a e r o ,   S e o u l   0 6 5 9 1 ,   S o u t h   K o r e a ;   [ K i m ,   S u - Y o u n g ;   Y u n ,   J u n g   A . ]   C a t h o l i c   U n i v   K o r e a ,   D e p t   P a t h o l ,   C o l l   M e d ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a ;   [ J u n g ,   C h a n   K w o n ]   C a t h o l i c   U n i v   K o r e a ,   D e p t   H o s p   P a t h o l ,   C o l l   M e d ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a ;   [ S u n g ,   H y e - Y o u n g ]   Y o n s e i   T r e e   L i f e   I n t e r n a l   M e d   C l i n ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   S e o n g n a m ,   G y e o n g g i ,   S o u t h   K o r e a ;   [ L e e ,   J i n - K w o n ;   K a n g ,   W o n - K y u n g ]   C a t h o l i c   U n i v   K o r e a ,   D e p t   G e n   S u r g ,   C o l l   M e d ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a 	 K i m ,   J S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C a t h o l i c   U n i v   K o r e a ,   S e o u l   S t   M a r y s   H o s p ,   D e p t   N e u r o l ,   C o l l   M e d ,   2 2 2   B a n p o   D a e r o ,   S e o u l   0 6 5 9 1 ,   S o u t h   K o r e a . 	 n e u r o n e t @ c a t h o l i c . a c . k r 	 	 K i m ,   J o o n g - S e o k / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 8 0 8 7 - 7 9 7 7 	 C a t h o l i c   M e d i c a l   C e n t e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n 	 T h e   a u t h o r s   w i s h   t o   a c k n o w l e d g e   t h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   o f   t h e   C a t h o l i c   M e d i c a l   C e n t e r   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   i n   t h e   p r o g r a m   y e a r   o f   2 0 1 3 . 	 A m e r i c a n   P s y c h i a t r i c   A s s o c i a t i o n ,   1 9 9 4 ,   D I A G N   S T A T   M A N   M E N T ;   A n t u n e s   L ,   2 0 1 6 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 3 1 ,   P 1 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 6 7 0 2 ;   B e r g   D ,   2 0 0 1 ,   J   N E U R O L ,   V 2 4 8 ,   P 6 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 1 5 0 1 7 0 1 1 4 ;   B o t t n e r   M ,   2 0 1 2 ,   N E U R O B I O L   D I S ,   V 4 8 ,   P 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n b d . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 1 8 ;   B o e v e   B F ,   2 0 1 1 ,   S L E E P   M E D ,   V 1 2 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s l e e p . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 0 9 ;   B r a a k   H ,   2 0 0 6 ,   N E U R O S C I   L E T T ,   V 3 9 6 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u l e t . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 1 2 ;   C h a h i n e   L M ,   2 0 1 3 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 2 8 ,   P 1 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 5 4 3 8 ;   C h u n g   S J ,   2 0 1 6 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 3 1 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 6 4 7 3 ;   D e r k i n d e r e n   P ,   2 0 1 1 ,   N E U R O L O G Y ,   V 7 7 ,   P 1 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 2 / W N L . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 3 6 e f 6 0 ;   E r r o   R ,   2 0 1 6 ,   P A R K I N S O N I S M   R E L A T   D ,   V 2 8 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a r k r e l d i s . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 2 6 ;   E r r o   R ,   2 0 1 5 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 3 0 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 6 0 7 6 ;   F e r e s h t e h n e j a d   S M ,   2 0 1 5 ,   J A M A   N E U R O L ,   V 7 2 ,   P 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a n e u r o l . 2 0 1 5 . 0 7 0 3 ;   G o l d   A ,   2 0 1 3 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 2 8 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 5 2 9 8 ;   G o l d m a n   J G ,   2 0 1 4 ,   C U R R   O P I N   N E U R O L ,   V 2 7 ,   P 4 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / W C O . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 2 ;   G r a y   M T ,   2 0 1 4 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 2 9 ,   P 9 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 5 7 7 9 ;   K i m   J o o n g - S e o k ,   2 0 1 5 ,   J   M o v   D i s o r d ,   V 8 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 4 8 0 2 / j m d . 1 5 0 0 8 ;   K o h   S B ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   N E U R O L ,   V 8 ,   P 2 7 6 ,   D O I   1 0 . 3 9 8 8 / j c n . 2 0 1 2 . 8 . 4 . 2 7 6 ;   L e b o u v i e r   T ,   2 0 0 8 ,   G U T ,   V 5 7 ,   P 1 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 0 0 8 . 1 6 2 5 0 3 ;   L e b o u v i e r   T ,   2 0 1 0 ,   N E U R O G A S T R O E N T   M O T I L ,   V 2 2 ,   p E 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 9 8 2 . 2 0 0 9 . 0 1 3 6 8 . x ;   L e b o u v i e r   T ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 2 7 2 8 ;   L e e   H y e   M i ,   2 0 1 5 ,   J   M o v   D i s o r d ,   V 8 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 4 8 0 2 / j m d . 1 5 0 0 3 ;   L e w i s   S J G ,   2 0 0 5 ,   J   N E U R O L   N E U R O S U R   P S ,   V 7 6 ,   P 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j n n p . 2 0 0 3 . 0 3 3 5 3 0 ;   L i e p e l t - S c a r f o n e   I ,   2 0 1 1 ,   J   N E U R A L   T R A N S M ,   V 1 1 8 ,   P 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 0 2 - 0 1 0 - 0 5 5 3 - x ;   O h   Y S ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   N E U R O L ,   V 1 8 ,   P 5 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 8 - 1 3 3 1 . 2 0 1 0 . 0 3 2 0 6 . x ;   P o u c l e t   H ,   2 0 1 2 ,   N E U R O B I O L   D I S ,   V 4 5 ,   P 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n b d . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 1 4 ;   S h a n n o n   K M ,   2 0 1 2 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 2 7 ,   P 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 5 0 2 0 ;   S h a n n o n   K M ,   2 0 1 2 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 2 7 ,   P 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 3 8 3 8 ;   S t i a s n y - K o l s t e r   K ,   2 0 0 7 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 2 2 ,   P 2 3 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 1 7 4 0 ;   S u n g   H y e - Y o u n g ,   2 0 1 4 ,   J   M o v   D i s o r d ,   V 7 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 4 8 0 2 / j m d . 1 4 0 0 2 ;   v a n   R o o d e n   S M ,   2 0 1 0 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 2 5 ,   P 9 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 3 1 1 6 ;   V i s a n j i   N P ,   2 0 1 5 ,   N E U R O L O G Y ,   V 8 4 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 2 / W N L . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 4 0 ;   V i s a n j i   N P ,   2 0 1 4 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 2 9 ,   P 4 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 5 7 8 9 ;   V i s a n j i   N a o m i   P ,   2 0 1 3 ,   A c t a   N e u r o p a t h o l   C o m m u n ,   V 1 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 2 0 5 1 - 5 9 6 0 - 1 - 2 ;   V i s s e r   M ,   2 0 0 4 ,   M O V E M E N T   D I S O R D ,   V 1 9 ,   P 1 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m d s . 2 0 1 5 3 ;   W A K A B A Y A S H I   K ,   1 9 8 8 ,   A C T A   N E U R O P A T H O L ,   V 7 6 ,   P 2 1 7 ;   W i n k l e r   J u r g e n ,   2 0 1 1 ,   J   N e u r o l ,   V 2 5 8 ,   p S 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 1 5 - 0 1 1 - 5 9 5 2 - x ;   Y e   Q ,   2 0 1 0 ,   O N C O L   R E P ,   V 2 3 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r _ 0 0 0 0 0 6 5 2 	 3 7 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P R I N G E R - V E R L A G   I T A L I A   S R L 	 M I L A N 	 V I A   D E C E M B R I O ,   2 8 ,   M I L A N ,   2 0 1 3 7 ,   I T A L Y 	 1 5 9 0 - 1 8 7 4 	 1 5 9 0 - 3 4 7 8 	 	 N E U R O L   S C I 	 N e u r o l .   S c i . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 3 8 	 1 	 	 	 	 	 1 7 1 	 1 7 9 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 0 7 2 - 0 1 6 - 2 7 4 5 - 0 	 	 9 	 C l i n i c a l   N e u r o l o g y ;   N e u r o s c i e n c e s 	 N e u r o s c i e n c e s   &   N e u r o l o g y 	 E K 9 A Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 2 1 7 5 0 0 0 2 3 	 2 7 8 0 3 9 8 4 	 
 
 J 	 F e n g ,   L Z ;   W a n g ,   Y W ;   Z u o ,   W L 	 	 	 	 F e n g ,   L i z h o u ;   W a n g ,   Y o u w e i ;   Z u o ,   W a n l i 	 	 	 N o v e l   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d   b a s e d   o n   r a n d o m   w a l k   a n d   a r t i f i c i a l   b e e   c o l o n y 	 J O U R N A L   O F   I N T E L L I G E N T   &   F U Z Z Y   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   r a n d o m   w a l k ;   a r t i f i c i a l   b e e   c o l o n y ;   p a r a m e t e r   o p t i m i z a t i o n ;   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ;   k - N e a r e s t   N e i g h b o r 	 P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   T E X T   C A T E G O R I Z A T I O N ;   C A N C E R   C L A S S I F I C A T I O N ;   D O C U M E N T   F R E Q U E N C Y ;   G E N E T I C   A L G O R I T H M ;   T E R M   F R E Q U E N C Y ;   A B C   A L G O R I T H M ;   I N F O R M A T I O N ;   O P T I M I Z A T I O N ;   M A C H I N E 	 F e a t u r e   s e l e c t i o n ,   w h i c h   c a n   r e d u c e   t h e   d i m e n s i o n   o f   f e a t u r e   s p a c e   w i t h o u t   s a c r i f i c i n g   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e   c l a s s i f i e r ,   i s   a n   e f f e c t i v e   t e c h n i q u e   i n   t e x t   c a t e g o r i z a t i o n .   A s   m a n y   c l a s s i f i e r s   c a n n o t   d e a l   w i t h   t h e   f e a t u r e s   w i t h   l a r g e   d i m e n s i o n s ,   t h e   n o i s y ,   i r r e l e v a n t   a n d   r e d u n d a n t   i n f o r m a t i o n   m u s t   b e   f i l t e r e d   f r o m   t h e   o r i g i n a l   f e a t u r e   s p a c e .   O n   t h i s   b a s i s ,   a   r a n d o m   w a l k   a l g o r i t h m   b a s e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d   ( c a l l e d   R W F S )   i s   p r o p o s e d   i n   t h i s   p a p e r .   F i r s t l y ,   a n   o p t i m a l   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d   ( c a l l e d   O P F S )   i s   u s e d   t o   s e l e c t   s o m e   f e a t u r e s   f r o m   t h e   t r a i n i n g   s e t .   S e c o n d l y ,   t h e   r e d u n d a n t   f e a t u r e s   a r e   f i l t e r e d   b y   c o m b i n i n g   t h e   r a n d o m   w a l k   a l g o r i t h m   a n d   a   p r e - d e t e r m i n e d   t h r e s h o l d .   M o r e o v e r ,   i n   o r d e r   t o   s e a r c h   t h e   o p t i m a l   t h r e s h o l d ,   a n   i m p r o v e d   a r t i f i c i a l   b e e   c o l o n y   m e t h o d   ( c a l l e d   I M A B C )   i s   p r o p o s e d   f o r   p a r a m e t e r   o p t i m i z a t i o n .   I n   t h e   e x p e r i m e n t s ,   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   a n d   k - N e a r e s t   N e i g h b o r   ( K N N )   c l a s s i f i e r s   a r e   u s e d   o n   f o u r   c o r p u s e s .   T h e   e x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   s h o w   t h a t ,   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   i s   s i g n i f i c a n t l y   s u p e r i o r   t o   s i x   t y p i c a l   f e a t u r e   s e l e c t i o n s ,   a n d   c a n   g r e a t l y   r e d u c e   t h e   d i m e n s i o n   o f   v e c t o r   s p a c e   w h i l e   g u a r a n t e e i n g   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   a s   m e a s u r e d   b y   F 1   m e a s u r e m e n t . 	 [ F e n g ,   L i z h o u ]   T i a n j i n   U n i v   F i n a n c e   &   E c o n ,   S c h   P o l y t e c h ,   T i a n j i n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   Y o u w e i ]   C e n t   U n i v   F i n a n c e   &   E c o n ,   S c h   I n f o r m a t ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z u o ,   W a n l i ]   J i l i n   U n i v ,   C o l l   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   C h a n g c h u n ,   J i l i n ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z u o ,   W L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J i l i n   U n i v ,   C o l l   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   C h a n g c h u n ,   J i l i n ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 3 3 1 9 0 2 7 9 4 @ q q . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r e   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 0 9 7 3 0 4 0 ] ;   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   P r o j e c t   o f   J i l i n   P r o v i n c e ,   C h i n a   [ 2 0 1 3 0 2 0 6 0 5 1 G X ] 	 T h i s   r e s e a r c h   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r e   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   N o .   6 0 9 7 3 0 4 0 ,   t h e   S c i e n t i f i c   a n d   T e c h n o l o g i c a l   P r o j e c t   o f   J i l i n   P r o v i n c e ,   C h i n a   N o .   2 0 1 3 0 2 0 6 0 5 1 G X . 	 A z a m   N ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 9 ,   P 4 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 9 . 1 6 0 ;   C a r u a n a   G ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 0 8 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 1 ;   C h a n g   A . ,   2 0 1 2 ,   G E N E   S E L E C T I O N   M I C R O ;   C h a p m a n   J . ,   2 0 1 3 ,   F A S T   C L U S T E R I N G   M E T H ,   P 7 ;   C h e n   Z P ,   2 0 0 6 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 1 9 ,   P 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 0 5 ;   C r a s w e l l   N i c k ,   2 0 0 7 ,   P   3 0   A N N   I N T   A C M   S I G ,   P 2 3 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 2 7 7 7 4 1 . 1 2 7 7 7 8 4 ;   D a l l a c h i e s a   M ,   2 0 1 4 ,   P   V L D B   E N D O W M E N T ,   V 8 ,   P 1 3 ;   D e m s a r   J ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 1 ;   D o r i g o   M . ,   2 0 0 6 ,   C O M P U T A T I O N A L   I N T E L L ,   V 1 ,   P 2 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M C I . 2 0 0 6 . 3 2 9 6 9 1 ;   D u   P . ,   2 0 1 1 ,   D A T   M I N   I C D M   2 0 1 1   I E ,   P 1 0 2 6 ;   F r a g o u d i s   D ,   2 0 0 5 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 8 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 0 4 - 0 1 7 7 - 2 ;   G h e y a s   I A ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 0 9 ;   H o f f m a n   M . ,   2 0 1 0 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 8 5 6 ;   H o f m a n n   T ,   1 9 9 9 ,   U N C E R T A I N T Y   I N   A R T I F I C I A L   I N T E L L I G E N C E ,   P R O C E E D I N G S ,   P 2 8 9 ;   H u   J . ,   2 0 0 9 ,   P   1 8   I N T   C   W O R L D   W I D ,   P 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 5 2 6 7 0 9 . 1 5 2 6 7 7 3 ;   J i n   X ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 9 1 6 ,   P 1 0 6 ;   J i n g   L P ,   2 0 1 0 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 2 5 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 0 9 - 0 2 5 6 - 5 ;   K a r a b o g a   D ,   2 0 0 8 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 8 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 0 7 ;   K a r a b o g a   D ,   2 0 0 7 ,   J   G L O B A L   O P T I M ,   V 3 9 ,   P 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 9 8 - 0 0 7 - 9 1 4 9 - x ;   K a r a b o g a   D ,   2 0 0 9 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 2 1 4 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 9 0 ;   K e n n e d y   J . ,   2 0 1 0 ,   E N C Y   M A C H I N E   L E A R N I N ,   P 7 6 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 0 - 3 8 7 - 3 0 1 6 4 - 8 _ 6 3 0 ;   L e w i s   D .   D . ,   R E U T E R S   2 1 5 7 8   T E X T   C ;   L i a o   C ,   2 0 0 7 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 4 4 5 6 ,   P 5 7 ;   L i u   Y . ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   A N A L   A P P L ,   P 1 ;   P a g e   L . ,   1 9 9 9 ,   P A G E R A N K   C I T A T I O N   R A ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P O R T E R   M F ,   1 9 8 0 ,   P R O G R A M - A U T O M   L I B R ,   V 1 4 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 8 / e b 0 4 6 8 1 4 ;   R o c c h i   L ,   2 0 0 4 ,   M E D   B I O L   E N G   C O M P U T ,   V 4 2 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 3 5 1 0 1 3 ;   S h a n g   W Q ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 4 . 0 0 1 ;   S h i m a   K ,   2 0 0 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 5 ,   P 1 0 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 0 2 ;   T h a n h   N .   C . ,   2 0 1 1 ,   J A C I I I ,   V 1 5 ,   P 1 2 5 ;   U g u z   H ,   2 0 1 1 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 2 4 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 1 4 ;   W a n g   D . ,   2 0 1 2 ,   A C M   I N T   C   P   S E R I E S ,   P 1 4 8 2 ;   W e i l e   D S ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   A N T E N N   P R O P A G ,   V 4 5 ,   P 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 8 . 5 5 8 6 5 0 ;   W e l l i n g   M . ,   2 0 0 4 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 4 8 1 ;   X u   Y P ,   2 0 0 6 ,   S I A M   P R O C   S ,   P 3 4 0 ;   Y a m a m o t o   M ,   2 0 0 1 ,   C O M P U T   L I N G U I S T ,   V 2 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 1 2 0 1 0 1 3 0 0 3 4 6 7 8 7 ;   Y a n g   J M ,   2 0 1 2 ,   I N F O R M   P R O C E S S   M A N A G ,   V 4 8 ,   P 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i p m . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 5 ;   Y a n g   Y . ,   1 9 9 7 ,   P   1 4   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 4 1 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . E S W A . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 2 6 ;   Z h a n g   W ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 2 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 6 6 ;   Z h e n g   W e i ,   2 0 1 0 ,   C h i n e s e   J o u r n a l   o f   C o m p u t e r s ,   V 3 3 ,   P 1 4 1 8 ,   D O I   1 0 . 3 7 2 4 / S P . J . 1 0 1 6 . 2 0 1 0 . 0 1 4 1 8 ;   Z h u   X . ,   2 0 0 7 ,   H L T   N A A C L ,   P 9 7 	 4 2 	 0 	 0 	 2 	 2 	 I O S   P R E S S 	 A M S T E R D A M 	 N I E U W E   H E M W E G   6 B ,   1 0 1 3   B G   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 0 6 4 - 1 2 4 6 	 1 8 7 5 - 8 9 6 7 	 	 J   I N T E L L   F U Z Z Y   S Y S T 	 J .   I n t e l l .   F u z z y   S y s t . 	 	 2 0 1 7 	 3 2 	 1 	 	 	 	 	 1 1 5 	 1 2 6 	 	 1 0 . 3 2 3 3 / J I F S - 1 5 1 1 9 1 	 	 1 2 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E J 9 H K 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 5 3 7 0 0 0 0 1 1 	 	 
 
 J 	 V o r o n t s o v ,   E ;   T a n g ,   A ;   R o y ,   D ;   P a l ,   C J ;   K a d o u r y ,   S 	 	 	 	 V o r o n t s o v ,   E u g e n e ;   T a n g ,   A n ;   R o y ,   D a v i d ;   P a l ,   C h r i s t o p h e r   J . ;   K a d o u r y ,   S a m u e l 	 	 	 M e t a s t a t i c   l i v e r   t u m o u r   s e g m e n t a t i o n   w i t h   a   n e u r a l   n e t w o r k - g u i d e d   3 D   d e f o r m a b l e   m o d e l 	 M E D I C A L   &   B I O L O G I C A L   E N G I N E E R I N G   &   C O M P U T I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L i v e r   c a n c e r ;   T u m o u r   s e g m e n t a t i o n ;   C T   i m a g i n g ;   M u l t i l a y e r   p e r c e p t r o n ;   D e f o r m a b l e   s u r f a c e   m o d e l 	 	 T h e   s e g m e n t a t i o n   o f   l i v e r   t u m o u r s   i n   C T   i m a g e s   i s   u s e f u l   f o r   t h e   d i a g n o s i s   a n d   t r e a t m e n t   o f   l i v e r   c a n c e r .   F u r t h e r m o r e ,   a n   a c c u r a t e   a s s e s s m e n t   o f   t u m o u r   v o l u m e   a i d s   i n   t h e   d i a g n o s i s   a n d   e v a l u a t i o n   o f   t r e a t m e n t   r e s p o n s e .   C u r r e n t l y ,   s e g m e n t a t i o n   i s   p e r f o r m e d   m a n u a l l y   b y   a n   e x p e r t ,   a n d   b e c a u s e   o f   t h e   t i m e   r e q u i r e d ,   a   r o u g h   e s t i m a t e   o f   t u m o u r   v o l u m e   i s   o f t e n   d o n e   i n s t e a d .   W e   p r o p o s e   a   s e m i - a u t o m a t i c   s e g m e n t a t i o n   m e t h o d   t h a t   m a k e s   u s e   o f   m a c h i n e   l e a r n i n g   w i t h i n   a   d e f o r m a b l e   s u r f a c e   m o d e l .   S p e c i f i c a l l y ,   w e   p r o p o s e   a   d e f o r m a b l e   m o d e l   t h a t   u s e s   a   v o x e l   c l a s s i f i e r   b a s e d   o n   a   m u l t i l a y e r   p e r c e p t r o n   ( M L P )   t o   i n t e r p r e t   t h e   C T   i m a g e .   T h e   n e w   d e f o r m a b l e   m o d e l   c o n s i d e r s   v e r t e x   d i s p l a c e m e n t   t o w a r d s   a p p a r e n t   t u m o u r   b o u n d a r i e s   a n d   r e g u l a r i z a t i o n   t h a t   p r o m o t e s   s u r f a c e   s m o o t h n e s s .   D u r i n g   o p e r a t i o n ,   a   u s e r   i d e n t i f i e s   t h e   t a r g e t   t u m o u r   a n d   t h e   m e s h   t h e n   a u t o m a t i c a l l y   d e l i n e a t e s   t h e   t u m o u r   f r o m   t h e   M L P   p r o c e s s e d   i m a g e .   T h e   m e t h o d   w a s   t e s t e d   o n   a   d a t a s e t   o f   4 0   a b d o m i n a l   C T   s c a n s   w i t h   a   t o t a l   o f   9 5   c o l o r e c t a l   m e t a s t a s e s   c o l l e c t e d   f r o m   a   v a r i e t y   o f   s c a n n e r s   w i t h   v a r i a b l e   s p a t i a l   r e s o l u t i o n .   T h e   s e g m e n t a t i o n   r e s u l t s   a r e   e n c o u r a g i n g   w i t h   a   D i c e   s i m i l a r i t y   m e t r i c   o f   a n d   d e m o n s t r a t e s   t h a t   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   c a n   d e a l   w i t h   h i g h l y   v a r i a b l e   d a t a .   T h i s   w o r k   m o t i v a t e s   f u r t h e r   r e s e a r c h   i n t o   t u m o u r   s e g m e n t a t i o n   u s i n g   m a c h i n e   l e a r n i n g   w i t h   m o r e   d a t a   a n d   d e e p e r   n e u r a l   n e t w o r k s . 	 [ V o r o n t s o v ,   E u g e n e ;   R o y ,   D a v i d ;   P a l ,   C h r i s t o p h e r   J . ;   K a d o u r y ,   S a m u e l ]   E c o l e   P o l y t e c h ,   M o n t r e a l ,   P Q ,   C a n a d a ;   [ T a n g ,   A n ]   C H U M ,   C R ,   M o n t r e a l ,   P Q ,   C a n a d a ;   [ T a n g ,   A n ]   C H U M ,   D e p t   R a d i o l   R a d i o o n c o l   &   N u c l   M e d ,   M o n t r e a l ,   P Q ,   C a n a d a ;   [ K a d o u r y ,   S a m u e l ]   C H U   S t   J u s t i n e   R e s   C t r ,   M o n t r e a l ,   P Q ,   C a n a d a 	 K a d o u r y ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   E c o l e   P o l y t e c h ,   M o n t r e a l ,   P Q ,   C a n a d a . 	 s a m u e l . k a d o u r y @ p o l y m t l . c a 	 	 	 C a n a d a   R e s e a r c h   C h a i r s ;   N S E R C ;   F o n d s   d e   r e c h e r c h e   d u   Q u e b e c   -   S a n t e   ( F R Q S - A R Q )   [ 2 6 9 9 3 ] 	 R e s e a r c h   f u n d i n g   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   C a n a d a   R e s e a r c h   C h a i r s   a n d   t h e   N S E R C   D i s c o v e r y   g r a n t   p r o g r a m m e   a n d   t h e   F o n d s   d e   r e c h e r c h e   d u   Q u e b e c   -   S a n t e   ( F R Q S - A R Q   # 2 6 9 9 3 ) . 	 A c h a n t a   R . ,   2 0 1 0 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   B a l a d h a n d a p a n i   A ,   2 0 1 5 ,   S O F T   C O M P U T ,   V 1 9 ,   P 1 8 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 0 0 - 0 1 4 - 1 3 6 4 - z ;   C h a p i r o   J ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 5 ,   P 4 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 4 1 1 8 0 ;   C o h e n   A B ,   2 0 1 4 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ;   C y b e n k o   G . ,   1 9 8 9 ,   M a t h e m a t i c s   o f   C o n t r o l ,   S i g n a l s ,   a n d   S y s t e m s ,   V 2 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 5 5 1 2 7 4 ;   D a h l   G E ,   2 0 1 3 ,   I N T   C O N F   A C O U S T   S P E E ,   P 8 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C A S S P . 2 0 1 3 . 6 6 3 9 3 4 6 ;   D u r s t   C ,   2 0 1 3 ,   P   B R A T S   C H A L L   M I C C A I ;   E i s e n h a u e r   E A ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 5 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 2 6 ;   H a m e   Y ,   2 0 0 8 ,   M I D A S   J ;   H a v a e i   M ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 5 0 3 5 4 0 ;   H e i m a n n   T ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 1 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 9 . 2 0 1 3 8 5 1 ;   H o c h r e i t e r   S ,   1 9 9 8 ,   I N T   J   U N C E R T A I N   F U Z Z ,   V 6 ,   P 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 8 4 8 8 5 9 8 0 0 0 0 9 4 ;   H u a n g   M Y ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 2 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 4 . 2 3 2 5 4 1 0 ;   K a d o u r y   S ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 6 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 1 6 / 6 4 5 9 ;   K a i n m u e l l e r   D ,   2 0 1 3 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 7 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 6 ;   K h o t a n l o u   H ,   2 0 0 9 ,   F U Z Z Y   S E T   S Y S T ,   V 1 6 0 ,   P 1 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f s s . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 1 6 ;   K r i z h e v s k y   A . ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R   I N F   P R O C   S Y ,   V 2 5 ,   P 1 0 9 7 ;   N a i r   V ,   2 0 1 0 ,   I C M L ,   V 2 7 ,   P 8 0 7 ;   P l a u t   D .   C . ,   1 9 8 7 ,   C o m p u t e r   S p e e c h   a n d   L a n g u a g e ,   V 2 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 8 5 - 2 3 0 8 ( 8 7 ) 9 0 0 2 6 - X ;   Q i   Y . ,   2 0 0 8 ,   M I C C A I   W O R K S H ,   V 4 1 ,   P 2 0 1 ;   R a j e n d r a n   A ,   2 0 1 2 ,   P R O C E D I A   E N G I N E E R ,   V 3 0 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o e n g . 2 0 1 2 . 0 1 . 8 6 8 ;   S t a w i a s k i   J . ,   2 0 0 8 ,   W O R K S H   3 D   S E G M   C L I N ;   V o r o n t s o v   E ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 6 7 6 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 3 6 9 2 - 9 _ 7 	 2 3 	 0 	 0 	 3 	 3 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 0 1 4 0 - 0 1 1 8 	 1 7 4 1 - 0 4 4 4 	 	 M E D   B I O L   E N G   C O M P U T 	 M e d .   B i o l .   E n g .   C o m p u t . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 5 5 	 1 	 	 	 	 	 1 2 7 	 1 3 9 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 1 7 - 0 1 6 - 1 4 9 5 - 8 	 	 1 3 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E K 0 C H 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 5 9 3 6 0 0 0 1 1 	 2 7 1 0 6 7 5 6 	 
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 J 	 C h a d d a d ,   A ;   T a n o u g a s t ,   C 	 	 	 	 C h a d d a d ,   A h m a d ;   T a n o u g a s t ,   C a m e l 	 	 	 T e x t u r e   A n a l y s i s   o f   A b n o r m a l   C e l l   I m a g e s   f o r   P r e d i c t i n g   t h e   C o n t i n u u m   o f   C o l o r e c t a l   C a n c e r 	 A N A L Y T I C A L   C E L L U L A R   P A T H O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 I N D I V I D U A L   P A T I E N T   D A T A ;   1 8   R A N D O M I Z E D - T R I A L S ;   C O L O N - C A N C E R ;   B I O P S Y   I M A G E S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   F E A T U R E S ;   S E G M E N T A T I O N ;   R E C O G N I T I O N ;   D I A G N O S I S ;   S U R V I V A L 	 A b n o r m a l   c e l l   ( A B C )   i s   a   m a r k e d l y   h e t e r o g e n e o u s   t i s s u e   a r e a   a n d   c a n   b e   c a t e g o r i z e d   i n t o   t h r e e   m a i n   t y p e s :   b e n i g n   h y p e r p l a s i a   ( B H ) ,   c a r c i n o m a  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 C A N C E R ,   V 8 0 ,   P 1 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 9 0 4 8 1 ;   C a s t a n o n   C A B ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 0 ,   P 1 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 0 6 ;   C h a d d a d   A h m a d ,   2 0 1 1 ,   W S E A S   T r a n s a c t i o n s   o n   B i o l o g y   a n d   B i o m e d i c i n e ,   V 8 ,   P 3 9 ;   C u e v a s   A ,   2 0 0 4 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 4 7 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 3 . 1 0 . 0 2 1 ;   C u i   C Y ,   2 0 1 1 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 1 ,   P 2 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 1 - 2 1 8 2 - 7 ;   D e   S o u s a   E   M e l o   F ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E D ,   V 1 9 ,   P 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 1 7 4 ;   G a n e s h a n   B ,   2 0 1 1 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 4 6 ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L I . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 f 8 e 8 a 2 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H I R A O K A   Y ,   1 9 8 7 ,   S C I E N C E ,   V 2 3 8 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 3 1 1 6 6 6 7 ;   H i s t a c e   A ,   2 0 1 3 ,   A N N   B R I T   M A C H I N E   V I S ,   V 2 0 1 3 ,   P 1 ;   L e d f o r d   H . ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ;   M a t u s z e w s k i   B .   J . ,   2 0 1 1 ,   P   I E E E   I N T   C   I M   P R O C ,   P 3 0 8 1 ;   M i l e s   K A ,   2 0 0 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 0 ,   P 4 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 5 0 2 0 7 1 8 7 9 ;   M I L L E R   P J ,   1 9 9 5 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 2 3 4 5 ,   P 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 1 9 8 8 8 9 ;   P a w l e y   J . ,   2 0 1 0 ,   H D B   B I O L   C O N F O C A L   M I ;   R a h i m   M u h a m m a d   K a s h i f ,   2 0 1 4 ,   N u c l   M e d   M o l   I m a g i n g ,   V 4 8 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 1 3 9 - 0 1 3 - 0 2 6 0 - 2 ;   R a n k a   S . ,   1 9 9 8 ,   P   4   K N O W L   D I S C   D A T   M ,   P 2 ;   R a t h o r e   S ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 7 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 1 0 ;   R a t h o r e   S ,   2 0 1 3 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 0 ,   P 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 3 . 8 4 ;   R o u l a   M . ,   2 0 0 2 ,   P   I E E E   I N T   S   B I O M   I M ,   P 1 9 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 2 . 1 0 2 9 2 2 6 ;   S a b i n o   D M U ,   2 0 0 4 ,   R E A L - T I M E   I M A G I N G ,   V 1 0 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r t i . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 0 7 ;   S A F A V I A N   S R ,   1 9 9 1 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 2 1 ,   P 6 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 1 . 9 7 4 5 8 ;   S a r g e n t   D ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 7 ,   P 9 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 5 ;   S a r g e n t   D J ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 4 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 6 . 1 0 . 4 3 2 3 ;   S a r g e n t   D J ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 8 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 1 . 6 0 7 1 ;   S e m e n z a   G L ,   2 0 0 2 ,   T R E N D S   M O L   M E D ,   V 8 ,   p S 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 1 - 4 9 1 4 ( 0 2 ) 0 2 3 1 7 - 1 ;   S o n g   B W ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 9 ,   P 1 0 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 4 - 0 9 9 1 - 2 ;   S T O N E   M ,   1 9 7 4 ,   J   R   S T A T   S O C   B ,   V 3 6 ,   P 1 1 1 ;   T o s u n   A B ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 0 7 ;   W a n g   X W ,   2 0 0 8 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 1 ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 0 8 ;   W i t t e n   I .   H . ,   2 0 0 5 ,   D A T A   M I N I N G   P R A C T I C A ;   X u   Y ,   2 0 1 3 ,   M I C R O S C   R E S   T E C H N I Q ,   V 7 6 ,   P 1 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j e m t . 2 2 2 9 4 	 3 6 	 0 	 0 	 1 	 1 	 H I N D A W I   L T D 	 L O N D O N 	 A D A M   H O U S E ,   3 R D   F L R ,   1   F I T Z R O Y   S Q ,   L O N D O N ,   W I T   5 H E ,   E N G L A N D 	 2 2 1 0 - 7 1 7 7 	 2 2 1 0 - 7 1 8 5 	 	 A N A L   C E L L   P A T H O L 	 A n a l .   C e l l .   P a t h o l . 	 	 2 0 1 7 	 	 	 	 	 	 	 1 	 1 3 	 8 4 2 8 1 0 2 	 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 7 / 8 4 2 8 1 0 2 	 	 1 3 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y ;   P a t h o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y ;   P a t h o l o g y 	 E K 6 K I 	 W O S : 0 0 0 3 9 4 0 3 3 1 0 0 0 0 1 	 	 
 
 J 	 J a d o o n ,   M M ;   Z h a n g ,   Q N ;   U l   H a q ,   I ;   B u t t ,   S ;   J a d o o n ,   A 	 	 	 	 J a d o o n ,   M .   M o h s i n ;   Z h a n g ,   Q i a n n i ;   U l   H a q ,   I h s a n ;   B u t t ,   S h a r j e e l ;   J a d o o n ,   A d e e l 	 	 	 T h r e e - C l a s s   M a m m o g r a m   C l a s s i f i c a t i o n   B a s e d   o n   D e s c r i p t i v e   C N N   F e a t u r e s 	 B I O M E D   R E S E A R C H   I N T E R N A T I O N A L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 C O M P U T E R - A I D E D   D E T E C T I O N ;   B R E A S T - C A N C E R   D I A G N O S I S ;   D I G I T A L   M A M M O G R A M ;   C U R V E L E T ;   S E G M E N T A T I O N ;   W A V E L E T 	 I n   t h i s   p a p e r ,   a   n o v e l   c l a s s i f i c a t i o n   t e c h n i q u e   f o r   l a r g e   d a t a   s e t   o f   m a m m o g r a m s   u s i n g   a   d e e p   l e a r n i n g   m e t h o d   i s   p r o p o s e d .   T h e   p r o p o s e d   m o d e l   t a r g e t s   a   t h r e e - c l a s s   c l a s s i f i c a t i o n   s t u d y   ( n o r m a l ,   m a l i g n a n t ,   a n d   b e n i g n   c a s e s ) .   I n   o u r   m o d e l   w e   h a v e   p r e s e n t e d   t w o   m e t h o d s ,   n a m e l y ,   c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k - d i s c r e t e   w a v e l e t   ( C N N - D W )   a n d   c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k - c u r v e l e t   t r a n s f o r m ( C N N - C T ) .   A n   a u g m e n t e d   d a t a   s e t   i s   g e n e r a t e d   b y   u s i n g   m a m m o g r a m p a t c h e s .   T o   e n h a n c e   t h e   c o n t r a s t   o f   m a m m o g r a m   i m a g e s ,   t h e   d a t a   s e t   i s   f i l t e r e d   b y   c o n t r a s t   l i m i t e d   a d a p t i v e   h i s t o g r a m   e q u a l i z a t i o n   ( C L A H E ) .   I n   t h e   C N N - D W   m e t h o d ,   e n h a n c e d   m a m m o g r a m   i m a g e s   a r e   d e c o m p o s e d   a s   i t s   f o u r   s u b b a n d s   b y   m e a n s   o f   t w o - d i m e n s i o n a l   d i s c r e t e   w a v e l e t   t r a n s f o r m   ( 2 D - D W T ) ,   w h i l e   i n   t h e   s e c o n d   m e t h o d   d i s c r e t e   c u r v e l e t   t r a n s f o r m   ( D C T )   i s   u s e d .   I n   b o t h   m e t h o d s ,   d e n s e   s c a l e   i n v a r i a n t   f e a t u r e   ( D S I F T )   f o r   a l l   s u b b a n d s   i s   e x t r a c t e d .   I n p u t   d a t a   m a t r i x   c o n t a i n i n g   t h e s e   s u b b a n d   f e a t u r e s   o f   a l l   t h e   m a m m o g r a m   p a t c h e s   i s   c r e a t e d   t h a t   i s   p r o c e s s e d   a s   i n p u t   t o   c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k   ( C N N ) .   S o f t m a x   l a y e r   a n d   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   l a y e r   a r e   u s e d   t o   t r a i n   C N N   f o r   c l a s s i f i c a t i o n .   P r o p o s e d   m e t h o d s   h a v e   b e e n   c o m p a r e d   w i t h   e x i s t i n g   m e t h o d s   i n   t e r m s   o f   a c c u r a c y   r a t e ,   e r r o r   r a t e ,   a n d   v a r i o u s   v a l i d a t i o n   a s s e s s m e n t   m e a s u r e s .   C N N - D W   a n d   C N N - C T   h a v e   a c h i e v e d   a c c u r a c y   r a t e   o f   8 1 . 8 3 %   a n d   8 3 . 7 4 % ,   r e s p e c t i v e l y .   S i m u l a t i o n   r e s u l t s   c l e a r l y   v a l i d a t e   t h e   s i g n i f i c a n c e   a n d   i m p a c t   o f   o u r   p r o p o s e d   m o d e l   a s   c o m p a r e d   t o   o t h e r   w e l l - k n o w n   e x i s t i n g   t e c h n i q u e s . 	 [ J a d o o n ,   M .   M o h s i n ;   Z h a n g ,   Q i a n n i ]   Q u e e n   M a r y   U n i v   L o n d o n ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ J a d o o n ,   M .   M o h s i n ;   U l   H a q ,   I h s a n ;   B u t t ,   S h a r j e e l ;   J a d o o n ,   A d e e l ]   I n t   I s l a m i c   U n i v   I s l a m a b a d ,   F a c   E n g n   &   T e c h n o l ,   I s l a m a b a d ,   P a k i s t a n 	 J a d o o n ,   M M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Q u e e n   M a r y   U n i v   L o n d o n ,   L o n d o n ,   E n g l a n d . ;   J a d o o n ,   M M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n t   I s l a m i c   U n i v   I s l a m a b a d ,   F a c   E n g n   &   T e c h n o l ,   I s l a m a b a d ,   P a k i s t a n . 	 m o h s i n . k h a n @ i i u . e d u . p k 	 	 B u t t ,   S h a r j e e l   A b i d / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 3 3 9 6 - 8 2 2 4 	 	 	 A b d e l - Z a h e r   A M ,   2 0 1 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 6 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 1 5 ;   A b i r a m i   C ,   2 0 1 6 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   2 0 1 6   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   W I R E L E S S   C O M M U N I C A T I O N S ,   S I G N A L   P R O C E S S I N G   A N D   N E T W O R K I N G   ( W I S P N E T ) ,   P 2 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / W i S P N E T . 2 0 1 6 . 7 5 6 6 5 5 8 ;   A r e v a l o   J . ,   2 0 1 3 ,   H Y B R I D   I M A G E   R E P R E S E ;   A r e v a l o   J ,   2 0 1 5 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 5 . 7 3 1 8 4 8 2 ;   B a l l   J E ,   2 0 0 7 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 4 9 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 7 . 4 3 5 3 4 5 8 ;   B e n g i o   Y ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 1 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 3 . 5 0 ;   B u r g e s   C J C ,   1 9 9 8 ,   D A T A   M I N   K N O W L   D I S C ,   V 2 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 9 7 1 5 9 2 3 5 5 5 ;   C a n d e s   E .   J . ,   2 0 0 0 ,   P   S P I E ,   V 4 1 1 9 ;   C a n d e s   E ,   2 0 0 6 ,   M U L T I S C A L E   M O D E L   S I M ,   V 5 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 7 / 0 5 0 6 4 1 8 2 X ;   C i r e s a n   D ,   2 0 1 2 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 2 . 6 2 4 8 1 1 0 ;   C i r e s a n   D .   C . ,   H I G H   P E R F O R M A N C E   N E U ;   D e s e r n o   T .   M . ,   2 0 1 1 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   2 0 1 1   2 4 t h   S I B G R A P I   C o n f e r e n c e   o n   G r a p h i c s ,   P a t t e r n s   a n d   I m a g e s   ( S I B G R A P I   2 0 1 1 ) ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S I B G R A P I . 2 0 1 1 . 4 0 ;   D h e e b a   J ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 9 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 0 ;   E l t e r   M . ,   2 0 0 8 ,   P   S P I E ,   V 6 9 1 5 ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 4 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 0 2 ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 0 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 2 ;   G e   J ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 2 9 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 2 1 1 7 1 0 ;   J a l a l i a n   A ,   2 0 1 3 ,   C L I N   I M A G ,   V 3 7 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n i m a g . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 2 4 ;   J a m i e s o n   A .   R . ,   2 0 1 2 ,   P   S P I E ;   J a s m i n e   J .   A . ,   2 0 0 9 ,   P   I N T   C   C O N T R   A U T   C O ,   P 1 ;   K a l l e n b e r g   M ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 3 2 1 2 2 ;   K h a n   M .   M o h s i n ,   2 0 1 6 ,   P   4   I N T   C   A D V   C O M P   C ;   K r i z h e v s k y   A l e x ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   P 1 0 9 7 ;   L e s n i a k   J . ,   2 0 1 1 ,   P   M E D   I M   2 0 1 1   C O M P   A ;   L o w e   D G ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 6 0 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : V I S I . 0 0 0 0 0 2 9 6 6 4 . 9 9 6 1 5 . 9 4 ;   M a i t r a   I K ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 7 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 0 7 ;   M a l l a t   S . ,   1 9 9 9 ,   W A V E L E T   T O U R   S I G N A L ;   M a z u r o w s k i   M A ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 4 ,   P 8 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 0 8 ;   M e r t   A . ,   2 0 1 5 ,   C O M P   M A T H   M A T H   P H Y S ,   V 2 0 1 5 ;   O l i v e i r a   J .   E .   E . ,   2 0 0 8 ,   P   S P I E ;   P e t e r s e n   K . ,   2 0 1 2 ,   P   S T M I   W O R K S H   1 5   I N T ;   P e t e r s e n   K . ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   V 8 5 3 9 ,   P 8 8 ;   P i s a n o   E D ,   1 9 9 8 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 1 1 ,   P 1 9 3 ;   P i z e r   S .   M . ,   1 9 8 5 ,   P I C T O R I A L   I N F O R M A T I O ,   P 2 1 1 ;   S o m a n   K .   P . ,   2 0 0 6 ,   I N S I G H T   W A V E L E T S   F R O ;   S u b a s h i n i   T S ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 1 1 4 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c v i u . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 0 9 ;   S U C K L I N G   J ,   1 9 9 4 ,   I N T   C O N G R   S E R ,   V 1 0 6 9 ,   P 3 7 5 ;   T a g l i a f i c o   A ,   2 0 0 9 ,   B R E A S T ,   V 1 8 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r e a s t . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 5 ;   T a n g   Y . ,   D E E P   L E A R N I N G   U S I N G ;   T a o   Y . ,   2 0 1 1 ,   P   S P I E ;   U p p a l ,   B I O M E D I C A L   I N   P R E S S ;   V a n i   G ,   2 0 1 0 ,   I   C   C O N T   A U T O M A T   R O B ,   P 2 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C A R C V . 2 0 1 0 . 5 7 0 7 7 9 4 ;   V a p n i k   V .   N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   W a n g   A ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   M A T H   A P P L ,   V 5 7 ,   P 1 9 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a m w a . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 5 2 ;   W a n g   X ,   2 0 0 4 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   2 6 t h   I n t e r n a t i o n a l   P o w e r   M o d u l a t o r   S y m p o s i u m   a n d   2 0 0 4   H i g h   V o l t a g e   W o r k s h o p ,   C o n f e r e n c e   R e c o r d ,   P 4 6 2 ;   W e i   C H ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 4 ,   P 6 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 1 2 ;   X u   W . ,   2 0 0 8 ,   P   2   I N T   C   B I O I N F   B I O ,   P 2 2 9 9 	 4 7 	 0 	 0 	 1 	 1 	 H I N D A W I   L T D 	 L O N D O N 	 A D A M   H O U S E ,   3 R D   F L R ,   1   F I T Z R O Y   S Q ,   L O N D O N ,   W I T   5 H E ,   E N G L A N D 	 2 3 1 4 - 6 1 3 3 	 2 3 1 4 - 6 1 4 1 	 	 B I O M E D   R E S   I N T 	 B i o m e d   R e s .   I n t . 	 	 2 0 1 7 	 	 	 	 	 	 	 	 	 3 6 4 0 9 0 1 	 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 7 / 3 6 4 0 9 0 1 	 	 1 1 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E K 5 W D 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 9 9 5 9 0 0 0 0 1 	 	 
 
 J 	 O s m a n ,   A H ;   A l j a h d a l i ,   H M 	 	 	 	 O s m a n ,   A h m e d   H a m z a ;   A l j a h d a l i ,   H a n i   M o e t q u e 	 	 	 D i a b e t e s   D i s e a s e   D i a g n o s i s   M e t h o d   b a s e d   o n   F e a t u r e   E x t r a c t i o n   u s i n g   K - S V M 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   A D V A N C E D   C O M P U T E R   S C I E N C E   A N D   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 K - m e a n s   C l u s t e r i n g ;   D i a b e t e s   P a t i e n t s ;   S V M ;   D i a g n o s i s ;   A c c u r a c y 	 B R E A S T - C A N C E R   D I A G N O S I S ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   M E L L I T U S ;   T R E E 	 N o w - a - d a y s ,   d i a b e t e s   d i s e a s e   i s   c o n s i d e r e d   o n e   o f   t h e   k e y   r e a s o n s   o f   d e a t h   a m o n g   t h e   p e o p l e   i n   t h e   w o r l d .   T h e   a v a i l a b i l i t y   o f   e x t e n s i v e   m e d i c a l   i n f o r m a t i o n   l e a d s   t o   t h e   s e a r c h   f o r   p r o p e r   t o o l s   t o   s u p p o r t   p h y s i c i a n s   t o   d i a g n o s e   d i a b e t e s   d i s e a s e   a c c u r a t e l y .   T h i s   r e s e a r c h   a i m e d   a t   i m p r o v i n g   t h e   d i a g n o s t i c   a c c u r a c y   a n d   r e d u c i n g   d i a g n o s t i c   m i s s - c l a s s i f i c a t i o n   b a s e d   o n   t h e   e x t r a c t e d   s i g n i f i c a n t   d i a b e t e s   f e a t u r e s .   F e a t u r e   s e l e c t i o n   i s   c r i t i c a l   t o   t h e   s u p e r i o r i t y   o f   c l a s s i f i e r s   f o u n d e d   t h r o u g h   k n o w l e d g e   d i s c o v e r y   a p p r o a c h e s ,   t h e r e b y   s o l v i n g   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   p r o b l e m s   r e l a t i n g   t o   d i a b e t e s   p a t i e n t s .   T h i s   s t u d y   p r o p o s e d   a n   i n t e g r a t i o n   a p p r o a c h   b e t w e e n   t h e   S V M   t e c h n i q u e   a n d   K - m e a n s   c l u s t e r i n g   a l g o r i t h m s   t o   d i a g n o s e   d i a b e t e s   d i s e a s e .   E x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   a c h i e v e d   h i g h   a c c u r a c y   f o r   d i f f e r e n t i a t i n g   t h e   h i d d e n   p a t t e r n s   o f   t h e   D i a b e t i c   a n d   N o n d i a b e t i c   p a t i e n t s   c o m p a r e d   w i t h   t h e   m o d e r n   d i a g n o s i s   m e t h o d s   i n   t e r m   o f   t h e   p e r f o r m a n c e   m e a s u r e .   T h e   T - t e s t   s t a t i s t i c a l   m e t h o d   o b t a i n e d   s i g n i f i c a n t   i m p r o v e m e n t   r e s u l t s   b a s e d   o n   K - S V M   t e c h n i q u e   w h e n   t e s t e d   o n   t h e   U C I   P i m a   I n d i a n   s t a n d a r d   d a t a s e t . 	 [ O s m a n ,   A h m e d   H a m z a ;   A l j a h d a l i ,   H a n i   M o e t q u e ]   K i n g   A b d u l a z i z   U n i v ,   D e p t   I n f o r m a t   S y s t ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   J e d d a h ,   S a u d i   A r a b i a 	 O s m a n ,   A H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K i n g   A b d u l a z i z   U n i v ,   D e p t   I n f o r m a t   S y s t ,   F a c   C o m p   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   J e d d a h ,   S a u d i   A r a b i a . 	 	 	 	 D e a n s h i p   o f   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   ( D S R )   a t   K i n g   A b d u l a z i z   U n i v e r s i t y ,   J e d d a h ,   S a u d i   A r a b i a   [ 8 3 0 / 1 2 5 / D 1 4 3 7 ] ;   D S R 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   D e a n s h i p   o f   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   ( D S R )   a t   K i n g   A b d u l a z i z   U n i v e r s i t y ,   J e d d a h ,   S a u d i   A r a b i a ,   u n d e r   G r a n t   N o .   ( 8 3 0 / 1 2 5 / D 1 4 3 7 ) .   T h e   a u t h o r ,   t h e r e f o r e ,   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g e   t h e   t e c h n i c a l   a n d   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   t h e   D S R . 	 A b e g u n d e   D O ,   2 0 0 7 ,   L A N C E T ,   V 3 7 0 ,   P 1 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 7 ) 6 1 6 9 6 - 1 ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 6 ,   J   M E C H   M E D   B I O L ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 5 1 9 4 1 6 4 0 0 0 8 X ;   A k a y   M F ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 9 ;   A l - H a r b i   S H ,   2 0 0 6 ,   A P P L   I N T E L L ,   V 2 4 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 8 9 - 0 0 6 - 8 5 1 3 - 8 ;   A l j u m a h   A ,   2 0 1 3 ,   J   K I N G   S A N D   U   C O M P U T ,   V 2 5 ,   P 1 2 7 ;   A l s s e m a   M ,   2 0 1 1 ,   D I A B E T O L O G I A ,   V 5 4 ,   P 1 0 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 2 5 - 0 1 0 - 1 9 9 0 - 7 ;   B a r a k a t   N H ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 4 ,   P 1 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 9 . 2 0 3 9 4 8 5 ;   B e n n e t t s   C J ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E C H ,   V 4 6 ,   P 1 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i o m e c h . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 0 7 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b l o m e c h . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 0 7 ] ;   B r e a u l t   J L ,   2 0 0 2 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 6 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 2 ) 0 0 0 5 1 - 9 ;   C e l e b i   M E ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 2 1 ;   C h e n   L F ,   2 0 1 2 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 1 ,   P 2 0 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 1 - 0 6 3 2 - 4 ;   C h i e n   B C ,   2 0 0 6 ,   J   I N F   S C I   E N G ,   V 2 2 ,   P 5 7 3 ;   D a l a k l e i d i   K .   V . ,   2 0 1 3 ,   I E E E   1 3   I N T   C   B I O I N F ,   P 1 ;   D a n e s e   D ,   1 9 9 8 ,   T H Y R O I D ,   V 8 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 1 9 9 8 . 8 . 1 5 ;   D u m a i s   S . ,   1 9 9 8 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   1 9 9 8   A C M   C I K M   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   I n f o r m a t i o n   a n d   K n o w l e d g e   M a n a g e m e n t ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 8 8 6 2 7 . 2 8 8 6 5 1 ;   F a g a r d   R H ,   2 0 0 1 ,   M E D   S C I   S P O R T   E X E R ,   V 3 3 ,   p S 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 5 7 6 8 - 2 0 0 1 0 6 0 0 1 - 0 0 0 1 8 ;   G i v e k i   D a v a r ,   2 0 1 2 ,   A R X I V 1 2 0 1 2 1 7 3 ;   J a i n   A K ,   1 9 9 9 ,   A C M   C O M P U T   S U R V ,   V 3 1 ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 3 3 1 4 9 9 . 3 3 1 5 0 4 ;   J a i n   A K ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 1 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 1 1 ;   J a m e s   J T ,   2 0 1 3 ,   J   P A T I E N T   S A F ,   V 9 ,   P 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P T S . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 9 4 8 a 6 9 ;   J i n   J i a n - M i n g ,   2 0 1 1 ,   T H E O R Y   C O M P U T A T I O N   E ;   K a l a i s e l v i   C ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C O M P U T I N G   A L G O ,   V 4 ,   P 1 4 0 3 ;   K a r e g o w d a   A s h a   G o w d a ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   E N G   A D V   T E C H N O ,   V 1 ,   P 1 4 7 ;   K a u r   G . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T E R   A P P L ,   V 9 8 ;   K u m a r i   M . ,   2 0 1 4 ,   P R E D I C T I O N   D I A B E T E S ;   L e e   T S ,   2 0 0 6 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 5 0 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 0 6 ;   L i n   D ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 2 1 6 ,   P 7 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 3 9 ;   N a n d a   S ,   2 0 1 1 ,   P R E N A T A L   D I A G ,   V 3 1 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p d . 2 6 3 6 ;   O r d o n e z   C a r l o s ,   2 0 0 3 ,   P   8   A C M   S I G M O D   W O R K S ,   P 1 2 ;   O s m a n   A H ,   2 0 1 2 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 2 ,   P 1 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 2 1 ;   P o l a t   K ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 4 ,   P 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 1 2 ;   S a u d e k   C D ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 3 ,   P 2 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 0 7 - 2 1 7 4 ;   T o m a r   D . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   B I O S C I   B I O T E C H ,   V 5 ,   P 2 4 1 ;   X i n g   E r i c   P . ,   2 0 0 2 ,   N I P S ,   V 1 5 ,   P 1 2 ;   Y u w o n o   M ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 4 ,   P 4 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 3 0 ;   Z h e n g   B C ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 1 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 4 4 ;   Z h e n g   T ,   2 0 1 7 ,   I N T   J   M E D   I N F O R M ,   V 9 7 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m e d i n f . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 1 4 	 3 7 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S C I E N C E   &   I N F O R M A T I O N   S A I   O R G A N I Z A T I O N   L T D 	 W E S T   Y O R K S H I R E 	 1 9   B O L L I N G   R D ,   B R A D F O R D ,   W E S T   Y O R K S H I R E ,   0 0 0 0 0 ,   E N G L A N D 	 2 1 5 8 - 1 0 7 X 	 2 1 5 6 - 5 5 7 0 	 	 I N T   J   A D V   C O M P U T   S C 	 I n t .   J .   A d v .   C o m p u t .   S c i .   A p p l . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 8 	 1 	 	 	 	 	 2 3 6 	 2 4 4 	 	 	 	 9 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E K 3 U Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 8 5 5 1 0 0 0 3 0 	 	 
 
 J 	 N o o t h a l a p a t i ,   H ;   I w a s a k i ,   K ;   Y a m a m o t o ,   T 	 	 	 	 N o o t h a l a p a t i ,   H e m a n t h ;   I w a s a k i ,   K e i t a ;   Y a m a m o t o ,   T a t s u y u k i 	 	 	 B i o l o g i c a l   a n d   M e d i c a l   A p p l i c a t i o n s   o f   M u l t i v a r i a t e   C u r v e   R e s o l u t i o n   A s s i s t e d   R a m a n   S p e c t r o s c o p y 	 A N A L Y T I C A L   S C I E N C E S 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 M C R ;   M C R - A L S ;   R a m a n   s p e c t r o s c o p y ;   d i s e a s e   d i a g n o s i s ;   s i n g l e   c e l l   b i o l o g y ;   p o l y s a c c h a r i d e   i m a g i n g 	 P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   A L T E R N A T I N G   L E A S T - S Q U A R E S ;   F I S S I O N   Y E A S T - C E L L S ;   I N - V I V O ;   B R E A S T - C A N C E R ;   M C R - A L S ;   S T R U C T U R A L - C H A N G E S ;   S T A N D A R D   A D D I T I O N ;   P O T E N T I A L   T O O L ;   L E N S   P R O T E I N S 	 B i o l o g i c a l   s p e c i m e n s   s u c h   a s   c e l l s ,   t i s s u e s   a n d   b i o f l u i d s   ( u r i n e ,   b l o o d )   c o n t a i n   m i x t u r e s   o f   m a n y   d i f f e r e n t   b i o m o l e c u l e s ,   a l l   o f   w h i c h   c o n t r i b u t e   t o   a   R a m a n   s p e c t r u m   a t   a n y   g i v e n   p o i n t .   T h e   s e p a r a t i o n   a n d   i d e n t i f i c a t i o n   o f   p u r e   b i o c h e m i c a l   c o m p o n e n t s   r e m a i n s   o n e   o f   t h e   b i g g e s t   c h a l l e n g e s   i n   R a m a n   s p e c t r o s c o p y .   M u l t i v a r i a t e   c u r v e   r e s o l u t i o n ,   a   m a t r i x   f a c t o r i z a t i o n   m e t h o d ,   i s   a   p o w e r f u l ,   y e t   f l e x i b l e ,   m e t h o d   t h a t   c a n   b e   u s e d   w i t h   c o n s t r a i n t s ,   s u c h   a s   n o n - n e g a t i v i t y ,   t o   d e c o m p o s e   a   c o m p l e x   s p e c t r o s c o p i c   d a t a   m a t r i x   i n t o   a   s m a l l   n u m b e r   o f   p h y s i c a l l y   m e a n i n g f u l   p u r e   s p e c t r a l   c o m p o n e n t s   a l o n g   w i t h   t h e i r   r e l a t i v e   a b u n d a n c e s .   T h i s   p a p e r   r e v i e w s   r e c e n t   a p p l i c a t i o n s   o f   m u l t i v a r i a t e   c u r v e   r e s o l u t i o n   b y   a l t e r n a t i n g   l e a s t   s q u a r e s   a n a l y s i s   t o   R a m a n   s p e c t r o s c o p i c   a n d   i m a g i n g   d a t a   o b t a i n e d   e i t h e r   i n   v i v o   o r   i n   v i t r o   f r o m   b i o l o g i c a l   a n d   m e d i c a l   s a m p l e s . 	 [ N o o t h a l a p a t i ,   H e m a n t h ;   Y a m a m o t o ,   T a t s u y u k i ]   S h i m a n e   U n i v ,   R a m a n   C t r   M e d   &   B i o l   A p p l i c a t ,   M a t s u e ,   S h i m a n e   6 9 0 8 5 0 4 ,   J a p a n ;   [ I w a s a k i ,   K e i t a ;   Y a m a m o t o ,   T a t s u y u k i ]   S h i m a n e   U n i v ,   F a c   L i f e   &   E n v i r o n m   S c i ,   M a t s u e ,   S h i m a n e   6 9 0 8 5 0 4 ,   J a p a n 	 N o o t h a l a p a t i ,   H ;   Y a m a m o t o ,   T   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S h i m a n e   U n i v ,   R a m a n   C t r   M e d   &   B i o l   A p p l i c a t ,   M a t s u e ,   S h i m a n e   6 9 0 8 5 0 4 ,   J a p a n . ;   Y a m a m o t o ,   T   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S h i m a n e   U n i v ,   F a c   L i f e   &   E n v i r o n m   S c i ,   M a t s u e ,   S h i m a n e   6 9 0 8 5 0 4 ,   J a p a n . 	 n v h n a g @ l i f e . s h i m a n e - u . a c . j p ;   t y a m a m o t @ l i f e . s h i m a n e - u . a c . j p 	 	 	 J S P S   [ 2 4 3 1 0 0 2 ,   2 6 6 5 0 1 3 3 ,   1 5 H 0 4 7 6 3 ] 	 A   p a r t   o f   t h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   G r a n t s - i n - A i d   f o r   s c i e n t i f i c   r e s e a r c h   b y   J S P S   t o   T .   Y .   ( 2 4 3 1 0 0 2 ,   2 6 6 5 0 1 3 3   a n d   1 5 H 0 4 7 6 3 ) .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   P r o f .   K a w a m u k a i   o f   S h i m a n e   U n i v e r s i t y   f o r   s u p p l y i n g   r e q u i r e d   f i s s i o n   y e a s t   s a m p l e s   a n d   f o r   h i s   g u i d a n c e   i n   s t u d y i n g   t h e m . 	 A b b a s   O ,   2 0 0 8 ,   T A L A N T A ,   V 7 7 ,   P 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 0 8 ;   A l b u q u e r q u e   C D L ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 8 7 9 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 1 9 ;   A n d o   M ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 9 . 1 . 0 1 1 0 1 6 ;   A T A L L A   R H ,   1 9 8 5 ,   S C I E N C E ,   V 2 2 7 ,   P 6 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 2 7 . 4 6 8 7 . 6 3 6 ;   B e l j e b b a r   A ,   2 0 0 9 ,   C R I T   R E V   O N C O L   H E M A T ,   V 7 2 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c r i t r e v o n c . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 0 4 ;   B e r g n e r   N ,   2 0 1 3 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 5 ,   P 8 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 3 - 7 2 5 7 - 7 ;   B h a t t a c h a r j e e   T ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 4 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 1 7 0 3 j ;   B l a n c h e t   L ,   2 0 0 7 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 8 7 ,   P 1 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 6 - 0 9 8 1 - 5 ;   B o d a n e s e   B ,   2 0 1 2 ,   P H O T O M E D   L A S E R   S U R G ,   V 3 0 ,   P 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / p h o . 2 0 1 1 . 3 1 9 1 ;   B u i j t e l s   P C A M ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   M I C R O B I O L ,   V 4 6 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / J C M . 0 1 7 6 3 - 0 7 ;   C a n e t t a   E ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 5 5 6 7 2 2 ;   C h e n   K R ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 0 1 7 7 ;   C h e n   P H ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 0 0 9 7 ;   C h o w d a r y   M V P ,   2 0 0 6 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 8 3 ,   P 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i p . 2 0 5 8 6 ;   C h y l i n s k a   M ,   2 0 1 4 ,   P L A N T   M E T H O D S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 6 - 4 8 1 1 - 1 0 - 1 4 ;   C r o w   P ,   2 0 0 5 ,   U R O L O G Y ,   V 6 5 ,   P 1 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 5 8 ;   d a   S i l v a   J C G E ,   2 0 0 6 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 0 ,   P 1 3 1 5 ;   D a s   K ,   2 0 0 6 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 2 1 ,   P 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 3 - 0 0 6 - 0 3 9 7 - 7 ;   d e l   R i o   V ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 4 2 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 7 1 ;   D R U M M   C A ,   1 9 9 5 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 4 9 ,   P 1 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 9 5 3 9 6 5 3 2 6 ;   L l a m a s   N E ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 5 5 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 0 1 ;   E n e j d e r   A M K ,   2 0 0 5 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 9 2 0 2 1 2 ;   F e l i c e   P A ,   2 0 1 5 ,   J   B O N E   M I N E R   M E T A B ,   V 3 3 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 7 4 - 0 1 4 - 0 5 9 9 - 1 ;   F r a n z e n   L ,   2 0 1 5 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 8 9 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d r . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 2 ;   G i e r l i n g e r   N ,   2 0 0 6 ,   P L A N T   P H Y S I O L ,   V 1 4 0 ,   P 1 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 4 / p p . 1 0 5 . 0 6 6 9 9 3 ;   G i e r l i n g e r   N ,   2 0 1 2 ,   N A T   P R O T O C ,   V 7 ,   P 1 6 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 2 . 0 9 2 ;   H a k a   A S ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 3 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A n - 0 5 - 2 8 1 5 ;   H a k a   A S ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 2 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 1 3 9 0 1 0 2 ;   H a n c h a n a l e   V i s h w a n a t h   S ,   2 0 0 8 ,   I n d i a n   J   U r o l ,   V 2 4 ,   P 4 4 4 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 9 7 0 - 1 5 9 1 . 3 9 5 5 0 ;   H a n n i n e n   T ,   2 0 1 1 ,   P H Y T O C H E M I S T R Y ,   V 7 2 ,   P 1 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y t o c h e m . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 0 5 ;   H A R T M A N   K A ,   1 9 7 3 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 5 0 ,   P 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 6 - 2 9 1 X ( 7 3 ) 9 1 3 3 6 - 3 ;   H s u   J F ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 7 5 4 1 ;   H u a n g   C K ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 5 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 0 8 3 4 f ;   H u a n g   Y S ,   2 0 0 5 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 4 4 ,   P 1 0 0 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 0 5 0 1 7 9 w ;   H u a n g   Y S ,   2 0 0 4 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 5 ,   P 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 1 2 1 9 ;   H u a n g   Z W ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 1 5 0 0 ;   I R I Y A M A   K ,   1 9 8 2 ,   C U R R   E Y E   R E S ,   V 2 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 7 1 3 6 8 8 2 0 8 9 9 6 3 5 3 ;   I T O H   K ,   1 9 8 3 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 2 2 ,   P 1 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 0 0 2 7 7 a 0 0 5 ;   J a l a l i - H e r a v i   M ,   2 0 1 1 ,   T A L A N T A ,   V 8 5 ,   P 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 4 5 ;   J e r m y n   M ,   2 0 1 5 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . a a a 2 3 8 4 ;   J o n s s o n   P ,   2 0 0 6 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 5 ,   P 1 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 0 6 0 0 0 7 1 ;   K a k i t a   M ,   2 0 1 3 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 6 ,   P 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 2 0 0 0 4 2 ;   K a k i t a   M ,   2 0 1 2 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 5 ,   P 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 1 0 0 0 8 7 ;   K a n d e l b a u e r   A ,   2 0 0 8 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 9 0 ,   P 1 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 7 - 1 7 9 1 - 0 ;   K e n d a l l   C ,   2 0 0 3 ,   J   P A T H O L ,   V 2 0 0 ,   P 6 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 1 3 7 6 ;   K i r s c h   M ,   2 0 1 0 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 9 8 ,   P 1 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 0 - 4 1 1 6 - 7 ;   K n a u e r   M ,   2 0 1 0 ,   A N A L   S C I ,   V 2 6 ,   P 7 6 1 ;   K o   A C T ,   2 0 0 6 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 4 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O P E X . 1 4 . 0 0 0 2 0 3 ;   K r i s h n a   C M ,   2 0 0 4 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 5 8 ,   P 1 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 4 1 9 5 9 4 6 0 ;   K u m a r   P ,   2 0 0 5 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 4 4 ,   P 1 6 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 0 5 1 4 5 2 x ;   K u m a r   B N V ,   2 0 1 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 8 ,   P 7 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 6 b 0 1 0 4 6 ;   L a m b e r t   P J ,   2 0 0 6 ,   V I R O L   J ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 3 - 4 2 2 X - 3 - 5 1 ;   L A R S S O N   K ,   1 9 7 4 ,   E X P E R I E N T I A ,   V 3 0 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 9 2 6 3 0 5 ;   L i   M Q ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 5 ,   P 1 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 2 9 1 0 x ;   L i u   B ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 9 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 5 b 0 2 4 3 4 ;   L u i   H ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 2 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 4 0 6 1 ;   G o n z a l e z - S o l i s   J L ,   2 0 1 5 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 3 0 ,   P 1 6 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 3 - 0 1 4 - 1 6 3 8 - 9 ;   L y a n d r e s   O ,   2 0 0 8 ,   D I A B E T E S   T E C H N O L   T H E ,   V 1 0 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / d i a . 2 0 0 7 . 0 2 8 8 ;   M a m i a n - L o p e z   M B ,   2 0 1 3 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 5 ,   P 7 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 3 - 7 2 0 0 - y ;   M a m i a n - L o p e z   M B ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 7 6 0 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 2 3 ;   d e   L l a n o s   A M ,   2 0 1 1 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 9 9 ,   P 2 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 0 - 4 0 7 1 - 3 ;   M a q u e l i n   K ,   2 0 0 2 ,   J   M I C R O B I O L   M E T H ,   V 5 1 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 7 0 1 2 ( 0 2 ) 0 0 1 2 7 - 6 ;   M a r r o   M ,   2 0 1 4 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 8 4 3 ,   P 1 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 1 2 ;   M a r r o   M ,   2 0 1 4 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 7 ,   P 7 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 3 0 0 1 0 1 ;   M a t o u s e k   P ,   2 0 1 6 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 4 5 ,   P 1 7 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 c s 0 0 4 6 6 g ;   M a t o u s e k   P ,   2 0 0 6 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 0 ,   P 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 6 7 7 7 8 8 6 9 5 5 ;   M I Z U N O   A ,   1 9 8 4 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 1 1 9 ,   P 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 6 - 2 9 1 X ( 8 4 ) 9 0 8 7 1 - 4 ;   M I Z U N O   A ,   1 9 8 2 ,   C U R R   E Y E   R E S ,   V 1 ,   P 6 0 9 ;   N a v e a   S ,   2 0 0 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 4 ,   P 6 0 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 2 5 9 1 4 d ;   N e u g e b a u e r   U ,   2 0 1 0 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 3 ,   P 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 0 0 0 0 2 0 ;   N i j s s e n   A ,   2 0 0 7 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 7 5 0 2 8 7 ;   N o o t h a l a p a t i   H ,   2 0 1 6 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 8 5 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i b s p e c . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 1 6 ;   N o o t h a l a p a t i   H ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 7 7 8 9 ;   N o o t h a l a p a t i   H ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 7 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 1 7 3 5 c ;   N o o t h a l a p a t i   V e n k a t a   H e m a n t h   N a g ,   2 0 1 2 ,   C h e m   B i o l ,   V 1 9 ,   P 1 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m b i o l . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 2 0 ;   O k a g b a r e   P I ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 7 . 9 . 0 9 0 5 0 2 ;   O s h i m a   Y ,   2 0 1 0 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 3 1 6 2 9 6 ;   O s t e r b e r g   E   C h a r l e s ,   2 0 1 4 ,   T r a n s l   A n d r o l   U r o l ,   V 3 ,   P 8 4 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 2 2 3 - 4 6 8 3 . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 2 ;   O Z A K I   Y ,   1 9 8 3 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 2 2 ,   P 6 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 0 0 2 9 5 a 0 3 3 ;   O Z A K I   Y ,   1 9 8 7 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 6 2 ,   P 1 5 4 4 5 ;   P a t e l   I I ,   2 0 1 1 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 6 ,   P 4 9 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 1 a n 1 5 7 1 7 e ;   P i c h a r d o - M o l i n a   J L ,   2 0 0 7 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 2 2 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 3 - 0 0 6 - 0 4 3 2 - 8 ;   P r i e t o   M C H ,   2 0 0 5 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 9 9 1 8 4 8 ;   S a h u   A ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 8 9 2 1 ;   S a u r i n a   J ,   1 9 9 7 ,   A N A L   C H E M ,   V 6 9 ,   P 2 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 6 0 8 9 8 4 ;   S e g a w a   H ,   2 0 1 5 ,   A N A L   S C I ,   V 3 1 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 2 1 1 6 / a n a l s c i . 3 1 . 2 9 9 ;   S h e t t y   G ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 4 ,   P 1 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 3 1 0 2 ;   T a k e u c h i   H ,   2 0 1 1 ,   A N A L   S C I ,   V 2 7 ,   P 1 0 7 7 ;   T s u d a   H ,   1 9 9 7 ,   A d v   D e n t   R e s ,   V 1 1 ,   P 5 3 9 ;   V e n k a t a   H N N ,   2 0 1 2 ,   C H E M   B I O L ,   V 1 9 ,   P 1 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m b i o l . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 2 0 ;   V i l l a   J E L ,   2 0 1 6 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 1 ,   P 1 9 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 a n 0 2 3 9 8 j ;   V o s o u g h   M ,   2 0 0 7 ,   T A L A N T A ,   V 7 3 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 2 5 ;   V o s o u g h   M ,   2 0 1 3 ,   T A L A N T A ,   V 1 1 3 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 4 9 ;   V o s o u g h   M ,   2 0 1 1 ,   T A L A N T A ,   V 8 5 ,   P 2 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 6 8 ;   W o o d   B R ,   2 0 0 6 ,   E X P E R T   R E V   P R O T E O M I C ,   V 3 ,   P 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 6 / 1 4 7 8 9 4 5 0 . 3 . 5 . 5 2 5 ;   Y U   N T ,   1 9 7 4 ,   A R C H   B I O C H E M   B I O P H Y S ,   V 1 6 0 ,   P 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 3 - 9 8 6 1 ( 7 4 ) 9 0 4 3 8 - X ;   Z h a o   J i a n h u a ,   2 0 0 8 ,   C o n f   P r o c   I E E E   E n g   M e d   B i o l   S o c ,   V 2 0 0 8 ,   P 3 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 8 . 4 6 4 9 8 6 1 	 9 7 	 0 	 0 	 1 2 	 1 2 	 J A P A N   S O C   A N A L Y T I C A L   C H E M I S T R Y 	 T O K Y O 	 2 6 - 2   N I S H I G O T A N D A   1   C H O M E   S H I N A G A W A - K U ,   T O K Y O ,   1 4 1 ,   J A P A N 	 0 9 1 0 - 6 3 4 0 	 1 3 4 8 - 2 2 4 6 	 	 A N A L   S C I 	 A n a l .   S c i . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 3 3 	 1 	 	 	 S I 	 	 1 5 	 2 2 	 	 	 	 8 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l 	 C h e m i s t r y 	 E J 0 O W 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 9 1 0 2 0 0 0 0 5 	 2 8 0 7 0 0 6 9 	 
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 E n g n ,   C s o   D u c a   d e l g i   A b r u z z i   2 4 ,   I - 1 0 1 2 9   T u r i n ,   I t a l y 	 	 s a n t a . d i c a t a l d o @ p o l i t o . i t ;   e l i s a . f i c a r r a @ p o l i t o . i t 	 	 	 	 	 A l - K a d i   O S ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   P 4 1 6 7 ;   A m i n   A ,   2 0 1 1 ,   A C T A   B I O C H   B I O P H   S I N ,   V 4 3 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a b b s / g m q 1 2 9 ;   A r a n d j e l o v i c   R ,   2 0 1 3 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 5 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 3 . 2 0 7 ;   A t u p e l a g e   C ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C E L L   P A T H O L ,   V 3 5 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / A C P - 2 0 1 1 - 0 0 4 5 ;   A v i l a   S ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 1 1 7 ,   P 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c v i u . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 0 7 ;   B a y   H ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 1 1 0 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c v i u . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 1 4 ;   B e i l   M ,   1 9 9 5 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 4 8 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 9 - 2 6 0 7 ( 9 6 ) 8 1 8 6 6 - 9 ;   C a i c e d o   J C ,   2 0 0 9 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 5 6 5 1 ,   P 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 0 2 9 7 6 - 9 _ 1 7 ;   C a s t e l l a n o   G ,   2 0 0 4 ,   C L I N   R A D I O L ,   V 5 9 ,   P 1 0 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c r a d . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 0 8 ;   C h e n   C L P ,   2 0 1 5 ,   2 0 1 5   I E E E   1 0 T H   J U B I L E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   A P P L I E D   C O M P U T A T I O N A L   I N T E L L I G E N C E   A N D   I N F O R M A T I C S   ( S A C I ) ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S A C I . 2 0 1 5 . 7 2 0 8 2 0 0 ;   C h e n   H ,   2 0 1 6 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 6 . 7 4 9 3 4 8 2 ;   C h u n   Y D ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   M U L T I M E D I A ,   V 1 0 ,   P 1 0 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M M . 2 0 0 8 . 2 0 0 1 3 5 7 ;   C i m p o i   M ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 1 8 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 1 5 - 0 8 7 2 - 3 ;   C i r e s a n   D C ,   2 0 1 3 ,   M I T O S I S   D E T E C T I O N   B R ;   C o d r e s c u   C . ,   2 0 1 4 ,   P   2 0 1 4   1   W O R K S H   P A T T ,   P 4 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 1 3 A . 2 0 1 4 . 1 4 ;   C o e l h o   L P ,   2 0 0 9 ,   L I N K   L I T   I N F   K N O W L   B ,   P 8 ;   C o m a n i c i u   D ,   1 9 9 9 ,   M A C H   V I S I O N   A P P L ,   V 1 1 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 3 8 0 0 5 0 1 0 4 ;   C r u z - R o a   A A ,   2 0 1 3 ,   D E E P   L E A R N I N G   A R C H I T ,   P 4 0 3 ;   D o n a t o   C ,   2 0 1 4 ,   P A T T   R E C   T E C H N   I N D   I ,   P 1 0 ;   D o y l e   S ,   2 0 0 7 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 7 . 3 5 7 0 9 4 ;   D o y l e   S ,   2 0 0 8 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 8 . 4 5 4 1 0 4 1 ;   E i s e r t   P ,   2 0 0 0 ,   C I R C U I T S   S Y S T E M S   V I D ,   V 1 0 ,   P 2 6 1 ;   E n s a f i   S ,   2 0 1 4 ,   P   2 0 1 4   1   W O R K S H   P A T T ,   P 2 9 ;   F i s c h e r   A H ,   2 0 0 8 ,   C S H   P R O T O C ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 1 / p d b . p r o t 4 9 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / P D B . P R 0 T 4 9 8 6 ] ;   F l o r i n d o   J B ,   2 0 1 2 ,   T E X T U R E   C L A S S I F I C A T I ;   F o g g i a   P ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 2 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 0 ;   G a e t a n o   R ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   G E O S C I   R E M O T E ,   V 4 7 ,   P 2 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T G R S . 2 0 0 8 . 2 0 1 0 7 0 8 ;   G a o   Z . ,   2 0 1 4 ,   P   1   W O R K S H   P A T T   R E C ,   P 2 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I 3 A . 2 0 1 4 . 1 5 ;   G r a g n a n i e l l o   D ,   2 0 1 4 ,   P   1   W O R K S H   P A T T   R E C ,   P 1 ;   G u o   Y M ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 5 ,   P 3 8 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 3 ;   G u o   Z ,   I M A G E   P R O C E S S I N G   I E E ,   V 1 9 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H e   L ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 7 ,   P 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 7 ;   H u   Y H ,   2 0 0 4 ,   J   I M M U N O L   M E T H O D S ,   V 2 9 0 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j i m . 2 0 0 4 . 0 4 . 0 1 1 ;   H u h   S ,   2 0 1 2 ,   P   M I C C A I ,   P 3 3 1 ;   I a n n e l l o   G ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 4 5 ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 1 ;   J i t a r e e   S ,   2 0 1 3 ,   B I O M   E N G   I N T   C   B M E I C ,   P 1 ;   J U L E S Z   B ,   1 9 7 3 ,   P E R C E P T I O N ,   V 2 ,   P 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 8 / p 0 2 0 3 9 1 ;   J u l e s z   B . ,   1 9 7 5 ,   S C I   A M ,   P 2 3 2 3 4 ;   K a e w k h a o   J ,   2 0 1 2 ,   P R O C E D I A   E N G ,   P 3 2 2 3 2 ;   K a s h i f   M N ,   2 0 1 6 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 6 . 7 4 9 3 4 4 1 ;   K a s s n e r   A ,   2 0 1 0 ,   A M   J   N E U R O R A D I O L ,   V 3 1 ,   P 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 3 1 7 4 / a j n r . A 2 0 6 1 ;   K e s k i n   F ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 2 8 0 7 ;   K i l i c   K I ,   2 0 1 1 ,   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 9 1 ,   P 2 3 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s i g p r o . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 1 8 ;   K i m   K   I ,   2 0 0 2 ,   P A T T E R N   A N A L   M A C H I N E ,   V 2 4 ,   P 1 5 4 2 ;   K o n g   H ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 1 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 1 . 2 1 4 1 6 7 4 ;   K o n g   J ,   2 0 1 0 ,   I N T   C O N F   A C O U S T   S P E E ,   P 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C A S S P . 2 0 1 0 . 5 4 9 5 7 2 4 ;   L a i   Y ,   2 0 1 1 ,   2 0 1 1   I E E E   3 7   A N N   N E ,   P 1 ;   L a k s h m a n a n   V ,   2 0 0 0 ,   I C I P ,   V 2 ,   P 7 3 2 ;   L a n d s e t   S . ,   2 0 1 5 ,   J   B I G   D A T A ,   V 2 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / S 4 0 5 3 7 . 0 1 5 . 0 0 3 2 . 1 ;   L a z e b n i k   S . ,   2 0 0 6 ,   P   I E E E   I N T   C   C O M P   V I ,   P 2 1 6 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 6 . 6 8 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L i   K ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   P A T T   R E C O G ,   P 1 7 0 ;   L i u   J . ,   2 0 1 5 ,   E U R A S I P   J   W I R E L   C O M M ,   V 2 0 1 5 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / J 0 U R N A L . P P A T . 1 0 0 4 6 2 9 ;   L i u   L ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   C I R C   S Y S T   V I D ,   V 2 5 ,   P 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C S V T . 2 0 1 4 . 2 3 5 9 0 9 8 ;   L i u   X ,   2 0 1 4 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 4 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 4 . 6 9 4 4 6 6 8 ;   L o v e l l   B ,   2 0 1 4 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   L o w e   D G ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 6 0 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : V I S I . 0 0 0 0 0 2 9 6 6 4 . 9 9 6 1 5 . 9 4 ;   L u c k   B L ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 4 ,   P 1 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 5 . 8 5 2 4 6 0 ;   M a l o n   C h r i s t o p h e r   D ,   2 0 1 3 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 1 1 2 6 9 4 ;   M a n i v a n n a n   S . ,   2 0 1 4 ,   P   1   W O R K S H   P A T T   R E C ,   P 3 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I 3 A . 2 0 1 4 . 1 8 ;   M a n i v a n n a n   S ,   2 0 1 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   P 5 1 1 2 ;   M i s h r a   M ,   2 0 1 6 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 6 . 7 4 9 3 3 2 7 ;   N a n n i   L . ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / J 0 U R N A L . P 0 N E . 0 0 8 3 5 5 4 ;   N a n n i   L ,   2 0 1 4 ,   P   1   W O R K S H   P A T T   R E C ,   P 4 5 ;   N o s a k a   R ,   2 0 1 1 ,   F E A T U R E   E X T R A C T I O N   B ,   P 8 2 ;   N o s a k a   R ,   2 0 1 2 ,   P   A C C V 2 0 1 2   W O R K S H   L B ,   P 1 ;   N o s a k a   R ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 2 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 1 8 ;   O j a l a   T ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 1 7 6 2 3 ;   O j a l a   T . ,   1 9 9 4 ,   P   1 2   I A P R   I N T   C   P A T T ,   V 1 ,   P 5 8 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 1 9 9 4 . 5 7 6 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 1 9 9 4 . 5 7 6 3 6 6 ] ;   O j a l a   T . ,   1 9 9 6 ,   J   P R ,   V 2 9 ,   P 5 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 5 ) 0 0 0 6 7 - 4 ;   P a s t e r n a c k   R M ,   2 0 0 8 ,   O P T   L E T T ,   V 3 3 ,   P 2 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 3 3 . 0 0 2 2 0 9 ;   P a t i l   N K ,   2 0 1 3 ,   2 0 1 3   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   S M A R T   S T R U C T U R E S   A N D   S Y S T E M S   ( I C S S S ) ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C S S S . 2 0 1 3 . 6 6 2 3 0 0 6 ;   P a y e t   N ,   2 0 1 1 ,   C O M P   V I S   P A T T   R E C   C V ,   P 2 0 1 7 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P e r c a n n e l l a   G ,   2 0 1 2 ,   C O M P   B A S   M E D   S Y S T   C B ,   P 1 ;   P o n o m a r e v   G V ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 2 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 2 7 ;   Q i   X ,   2 0 1 5 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   P 4 3 1 6 ;   Q u a n   Y H ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 2 8 ;   R e t a   C ,   2 0 1 1 ,   A D V   E X P   M E D   B I O L ,   V 6 9 6 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 4 1 9 - 7 0 4 6 - 6 _ 3 5 ;   R i z z a r d i   A E ,   2 0 1 2 ,   D I A G N   P A T H O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 6 - 1 5 9 6 - 7 - 4 2 ;   R u c k s t i e s s   T ,   2 0 1 1 ,   S E Q U E N T I A L   F E A T U R E   S ,   P 1 3 2 ;   S a c i l e   R ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 2 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 0 3 . 8 1 3 9 3 9 ;   S a r a f   S S ,   2 0 0 9 ,   J   M E C H   M E D   B I O L ,   V 9 ,   P 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 5 1 9 4 0 9 0 0 3 0 9 7 ;   S i d h u   A S ,   2 0 0 9 ,   S T U D   C O M P U T   I N T E L L ,   V 2 2 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 0 2 1 9 3 - 0 ;   S i n g h a l   V ,   2 0 1 4 ,   C O M M   N C C   2 0 1 4   2 0   N A T ,   P 1 ;   S i r i n u k u n w a t t a n a   K ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 5 8 0 3 ;   S i t u   N ,   2 0 0 8 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 3 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 8 . 4 6 4 9 8 6 2 ;   S i v i c   J ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 1 ,   P 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 8 . 1 1 1 ;   S r i v a s t a v a   S ,   2 0 0 5 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 5 7 0 1 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 5 9 0 5 9 2 ;   S t a n c i u   S G ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 4 6 3 6 ;   T h e o d o r a k o p o u l o s   I . ,   2 0 1 4 ,   P   1   W O R K S H   P A T T   R E C ,   P 3 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I 3 A . 2 0 1 4 . 1 6 ;   T o m i t a   F ,   1 9 9 0 ,   A N A L   S T R U C T U R A L   T E X T ,   P 7 1 ;   T o n t i   S ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   P 4 0 6 2 ;   T o n t i   S ,   2 0 1 5 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 8 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 5 . 7 3 2 0 2 8 2 ;   T u c e r y a n   M . ,   1 9 9 3 ,   H D B   P A T T E R N   R E C O G N I T ,   P 2 3 5 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 8 2 ,   S P R I N G E R   S E R I E S   S T A T ;   W a n g   H a i b o ,   2 0 1 4 ,   J   M e d   I m a g i n g   ( B e l l i n g h a m ) ,   V 1 ,   P 0 3 4 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J M I . 1 . 3 . 0 3 4 0 0 3 ;   W A N G   X X ,   2 0 0 7 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 0 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 7 . 3 5 6 7 9 8 ;   W e b s t e r   J D ,   2 0 1 4 ,   V E T   P A T H   O N L I N E ,   V 1 5 1 ;   W i l i e m   A ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 2 3 1 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 3 . 1 0 . 1 4 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 1 4 ] ;   X i e   Y ,   2 0 1 5 ,   C L A S S I F I C A T I O N   S T R U C ,   P 3 5 8 ;   X u   J . ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G E I N G   I E E E   T ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 ;   Y i m o   G Z ,   2 0 1 1 ,   P   B R I T   M A C H   V I S   C ;   Z h a n g   W . ,   2 0 1 5 ,   P   2 1   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 1 4 7 5 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 2 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 9 ,   P 6 2 7 	 1 0 6 	 0 	 0 	 5 	 5 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 2 0 0 1 - 0 3 7 0 	 	 	 C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C 	 C o m p .   S t r u c t .   B i o t e c h n o l .   J . . 	 	 2 0 1 7 	 1 5 	 	 	 	 	 	 5 6 	 6 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 2 	 	 1 2 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y 	 E I 6 T Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 6 3 1 2 0 0 0 0 7 	 2 7 9 9 4 7 9 8 	 
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 F a r i b o r z ]   I s f a h a n   U n i v   M e d   S c i ,   C a n c   P r e v e n t   R e s   C t r ,   E s f a h a n ,   I r a n ;   [ M o k a r i a n ,   F a r i b o r z ]   I s f a h a n   U n i v   M e d   S c i ,   S c h   M e d ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   E s f a h a n ,   I r a n 	 	 v a n _ m o h e b i a n @ y a h o o . c o m ;   h . m a r a t e b @ e n g . u i . a c . i r ;   j _ m a n s o u r i a n @ h l t h . m u i . a c . i r ;   m i g u e l . a n g e l . m a n a n a s @ u p c . e d u ;   m o k a r i a n @ m e d . m u i . a c . i r 	 	 	 E u r o p e a n   U n i o n   [ 6 0 0 3 8 8 ] ;   A g e n c y   f o r   B u s i n e s s   C o m p e t i t i v e n e s s   o f   t h e   G o v e r n m e n t   o f   C a t a l o n i a ;   A C C I O ;   S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E c o n o m y   a n d   C o m p e t i t i v e n e s s -   S p a i n   [ D P I 2 0 1 4 - 5 9 0 4 9 - R ] ;   U n i v e r s i t y   o f   I s f a h a n ;   I s f a h a n   U n i v e r s i t y   o f   M e d i c a l   S c i e n c e s 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   P e o p l e   P r o g r a m m e   ( M a r i e   C u r i e   A c t i o n s )   o f   t h e   E u r o p e a n   U n i o n   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   ( F P 7 / 2 0 0 7 - 2 0 1 3 )   u n d e r   R E A   g r a n t   a g r e e m e n t   n o .   6 0 0 3 8 8   ( T E C N I O s p r i n g   P r o g r a m m e ) ,   f r o m   t h e   A g e n c y   f o r   B u s i n e s s   C o m p e t i t i v e n e s s   o f   t h e   G o v e r n m e n t   o f   C a t a l o n i a ,   A C C I O   a n d   f r o m   S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E c o n o m y   a n d   C o m p e t i t i v e n e s s -   S p a i n   ( p r o j e c t   D P I 2 0 1 4 - 5 9 0 4 9 - R ) .   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   U n i v e r s i t y   o f   I s f a h a n   a n d   I s f a h a n   U n i v e r s i t y   o f   M e d i c a l   S c i e n c e s . 	 A b e   O ,   2 0 0 5 ,   L A N C E T ,   V 3 6 5 ,   P 1 6 8 7 ;   A h m a d   L G ,   2 0 1 3 ,   J   H L T H   M E D   I N F O R M ,   V 4 ,   P 1 2 4 ;   A k a y   M F ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 9 ;   A n a n d   P ,   2 0 0 8 ,   P H A R M   R E S - D O R D ,   V 2 5 ,   P 2 0 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 9 5 - 0 0 8 - 9 6 6 1 - 9 ;   A n d e r s   C K ,   2 0 0 9 ,   S E M I N   O N C O L ,   V 3 6 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . s e m i n o n c o l . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 1 ;   A r r i a g a d a   R ,   2 0 0 8 ,   A C T A   O N C O L ,   V 4 7 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 8 4 1 8 6 0 7 0 1 8 2 9 6 6 1 ;   A s s i   H A ,   2 0 1 3 ,   J   T H O R A C   D I S ,   V 5 ,   p S 2 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 0 7 2 - 1 4 3 9 . 2 0 1 3 . 0 5 . 2 4 ;   B a e   J - M ,   2 0 1 4 ,   E P I D E M I O L   H L T H ,   V 3 6 ;   B a n e r j e e   A m i t a v ,   2 0 0 9 ,   I n d   P s y c h i a t r y   J ,   V 1 8 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 9 7 2 - 6 7 4 8 . 6 2 2 7 4 ;   B a r n a r d   J ,   1 9 9 9 ,   S T A T   M E T H O D S   M E D   R E S ,   V 8 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 1 / 0 9 6 2 2 8 0 9 9 6 6 6 2 3 0 7 0 5 ;   B h a r a t   A ,   2 0 0 9 ,   J   S U R G   O N C O L ,   V 1 0 0 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s o . 2 1 2 6 8 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   C a o   J Q ,   2 0 1 3 ,   C U R R   O N C O L ,   V 2 0 ,   p E 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 3 7 4 7 / c o . 2 0 . 1 5 4 3 ;   C A R T E R   C L ,   1 9 8 9 ,   C A N C E R ,   V 6 3 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 8 9 0 1 0 1 ) 6 3 : 1 < 1 8 1 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 6 3 0 1 2 9 > 3 . 0 . C O ; 2 - H ;   C a r u a n a   R . ,   2 0 0 6 ,   I C M L   2 0 0 6   P   2 3   I N T   C ,   V 2 0 0 6 ,   P 1 6 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 1 4 3 8 4 4 . 1 1 4 3 8 6 5 ;   C a s t e l l i n o   R o n a l d   A ,   2 0 0 5 ,   C a n c e r   I m a g i n g ,   V 5 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 2 / 1 4 7 0 - 7 3 3 0 . 2 0 0 5 . 0 0 1 8 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 5 ,   D A T A   M I N I N G   A N D   K N O W L E D G E   D I S C O V E R Y   H A N D B O O K ,   P 8 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 0 - 3 8 7 - 2 5 4 6 5 - X _ 4 0 ;   C i a n f r o c c a   M ,   2 0 0 4 ,   O N C O L O G I S T ,   V 9 ,   P 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 9 - 6 - 6 0 6 ;   C o l e y   D A ,   2 0 1 0 ,   I N T R O   G E N E T I C   A L G O R I ;   C o l q u h o u n   D ,   2 0 1 4 ,   O P E N   S C I ,   V 1 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   d e   B o c k   G H ,   2 0 0 6 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 2 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 0 6 ;   d e   M a r t e l   C ,   2 0 1 2 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 2 ) 7 0 1 3 7 - 7 ;   D e m s a r   J ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 1 ;   D e s t e r c k e   S ,   2 0 1 4 ,   K O L M O G O R O V   S M I R N O V   T ,   P 4 1 6 ;   D i e t t e r i c h   T G ,   1 9 9 8 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 1 8 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 9 8 3 0 0 0 1 7 1 9 7 ;   D o i   K ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 2 ;   D u n n w a l d   L K ,   2 0 0 7 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 1 6 3 9 ;   D u r a n   O ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 9 ,   P 3 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 4 1 ;   E b e r h a r t   R .   C . ,   1 9 9 8 ,   E v o l u t i o n a r y   P r o g r a m m i n g   V I I .   7 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e ,   E P 9 8 .   P r o c e e d i n g s ,   P 6 1 1 ;   E b e r h a r t   R . C . ,   1 9 9 5 ,   P   6   I N T   S   M I C R   H U M   S ,   P 3 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M H S . 1 9 9 5 . 4 9 4 2 1 5 ;   E L I A S Z I W   M ,   1 9 9 1 ,   S T A T   M E D ,   V 1 0 ,   P 1 9 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 4 7 8 0 1 0 1 2 1 1 ;   E l k h o d a r y   T a w f i k   R ,   2 0 1 4 ,   J   E g y p t   N a t l   C a n c   I n s t ,   V 2 6 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j n c i . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 1 ;   E l l i s   P D ,   2 0 1 0 ,   E S S E N T I A L   G U I D E   T O   E F F E C T   S I Z E S :   S T A T I S T I C A L   P O W E R ,   M E T A - A N A L Y S I S   A N D   T H E   I N T E R P R E T A T I O N   O F   R E S E A R C H   R E S U L T S ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / C B O 9 7 8 0 5 1 1 7 6 1 6 7 6 ;   F E R N O   M ,   1 9 9 5 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 3 6 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 6 9 0 1 8 1 ;   F I S H E R   B ,   1 9 6 9 ,   C A N C E R ,   V 2 4 ,   P 1 0 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 6 9 1 1 ) 2 4 : 5 < 1 0 7 1 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 2 4 0 5 3 3 > 3 . 0 . C O ; 2 - H ;   F l e i s s   J L ,   2 0 1 3 ,   S T A T   M E T H O D S   R A T E S   P ;   F u q u a   S A ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L   O F F   J   A ,   V 2 3 ,   P 2 ;   F u q u a   S A W ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 9 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 5 . 1 5 2 ;   G A L E A   M H ,   1 9 9 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 2 2 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 8 4 0 8 3 4 ;   G e o r g e   G . ,   2 0 1 1 ,   A R X I V 1 1 0 9 1 0 6 2 ;   G l a s   A S ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   E P I D E M I O L ,   V 5 6 ,   P 1 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 5 - 4 3 5 6 ( 0 3 ) 0 0 1 7 7 - X ;   G o n z a l e z - A n g u l o   A M L J ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   O N C O L ;   G o p a l a k r i s h n a n   K ,   2 0 0 9 ,   S T U D   C O M P U T   I N T E L L ,   V 2 5 9 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 0 4 5 8 6 - 8 ;   G o p a l a k r i s h n a n   K ,   2 0 1 3 ,   E L S E V   I N S I G H T ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / B 9 7 8 - 0 - 1 2 - 3 9 8 3 6 4 - 0 . 0 0 0 0 3 - 6 ;   G u i l h e r m e   H M O ,   2 0 0 7 ,   M A Y O   C L I N   M E D   M A N U A L ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   H a d j i i s k i   L ,   2 0 0 6 ,   C U R R   O P I N   O B S T E T   G Y N ,   V 1 8 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . g c o . 0 0 0 0 1 9 2 9 6 5 . 2 9 4 4 9 . d a ;   H i l t o n   J F ,   1 9 9 6 ,   S T A T   M E D ,   V 1 5 ,   P 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 6 0 3 3 0 ) 1 5 : 6 < 6 3 1 : : A I D - S I M 2 0 6 > 3 . 0 . C O ; 2 - 6 ;   H u a n   L . ,   1 9 9 7 ,   K N O W L E D G E   D A T A   E N G   I ,   V 9 ,   P 6 4 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 6 9 . 6 1 7 0 5 6 ;   H u a n g   J ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 7 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 5 . 5 0 ;   I s a   I ,   2 0 1 0 ,   S U I T A B L E   M L P   N E T W O R K ,   P 3 9 ;   J a f a r i - K o s h k i   T ,   2 0 1 4 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 5 ,   P 9 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 7 3 1 4 / A P J C P . 2 0 1 4 . 1 5 . 2 2 . 9 6 7 3 ;   J a z a y e r i   S B ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   E P I D E M I O L ,   V 3 9 ,   P 5 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n e p . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 1 6 ;   J e m a l   A ,   2 0 1 1 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 1 ,   P 2 0 1 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / C A A C . 2 0 1 0 7 ;   J e r e z - A r a g o n e s   J M ,   2 0 0 3 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 7 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 2 ) 0 0 0 8 6 - 6 ;   K a t s u m a t a   A ,   2 0 1 4 ,   J A P A N E S E   D E N T   S C I   R E ,   V 5 0 ,   P 6 3 ;   K e a m   B ,   2 0 0 9 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 1 6 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 8 - 0 1 6 0 - 9 ;   K i m   J H ,   2 0 0 4 ,   J   L U N G   C A N C ,   V 3 ,   P 6 7 ;   K i m   W ,   2 0 1 2 ,   J   B R E A S T   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 8 / j b c . 2 0 1 2 . 1 5 . 2 . 2 3 0 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   K u p e r   H ,   2 0 0 2 ,   J   I N T E R N   M E D ,   V 2 5 2 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 7 9 6 . 2 0 0 2 . 0 1 0 2 2 . x ;   L a l k h e n   A .   G . ,   2 0 0 8 ,   C O N T I N U I N G   E D   A N A E S T ,   V 8 ,   P 2 2 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 9 3 / b j a c e a c c p / m k n 0 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / B J A C E A C C P / M K N 0 4 1 ] ;   L a v a n y a   D . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   I N F O R M   T E C H N O L ,   V 2 ,   P 1 7 ;   L i n   R a y ,   2 0 1 1 ,   I n d i a n   J   S u r g   O n c o l ,   V 2 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 1 9 3 - 0 1 1 - 0 0 4 8 - 8 ;   L i n   Y C ,   2 0 0 5 ,   J P N   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 5 ,   P 5 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j j c o / h y i 1 4 3 ;   M a c h o v a   K . ,   2 0 0 6 ,   A C T A   P O L Y T E C H   H U N G ,   V 3 ,   P 1 2 1 ;   M a r a c y   M o h a m m a d   R e z a ,   2 0 1 2 ,   I n t   J   P r e v   M e d ,   V 3 ,   P 8 6 7 ;   M a r a t e b   H R ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 5 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 6 ;   M a r a t e b   H R ,   2 0 1 4 ,   J   R E S   M E D   S C I ,   V 1 9 ,   P 4 7 ;   M a r a t e b   H R ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 6 ,   P 9 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 8 . 2 0 0 5 9 5 3 ;   M a r a t e b   H .   R . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   R E S   M E D   S C I ,   V 2 0 ,   P 2 1 4 ;   M a r k e y   M K ,   2 0 0 3 ,   P R O T E O M I C S ,   V 3 ,   P 1 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 0 3 0 0 5 2 1 ;   M a r t i n   C ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R ,   V 9 4 ,   P 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 1 0 2 2 9 ;   M e r t   A ,   2 0 1 5 ,   C O M P   M A T H   M A T H   P H Y S ,   V 2 0 1 5 ;   M e t z   C E ,   1 9 7 8 ,   B A S I C   P R I N C I P L E S   R O C ,   P 2 8 3 ;   M o d i r i   A ,   2 0 1 1 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 1 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 1 1 . 6 0 9 0 3 2 0 ;   M o k a r i a n   F ,   2 0 1 1 ,   J   R E S   M E D   S C I ,   V 1 6 ,   P 1 2 2 8 ;   M O S T E L L E R   F ,   1 9 4 8 ,   A N N   M A T H   S T A T ,   V 1 9 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o m s / 1 1 7 7 7 3 0 2 9 0 ;   M o u s a v i   S M ,   2 0 0 9 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 0 ,   P 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d n 6 4 2 ;   N a r o d   S A ,   2 0 1 2 ,   C U R R   O N C O L ,   V 1 9 ,   P 5 ;   N i l s s o n   R . ,   2 0 0 7 ,   S T A T   F E A T U R E   S E L E C T I ,   P 1 9 1 ;   O R E I L L Y   S M ,   1 9 9 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 8 ,   P 2 0 4 0 ;   O w e i s   R ,   2 0 0 6 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 8 1 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 0 3 ;   P o d g o r e l e c   V i l i ,   2 0 0 2 ,   J   M e d   S y s t ,   V 2 6 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 6 4 0 9 3 1 7 6 4 0 ;   P u r d i e   C A ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 0 ,   P 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 3 . 7 5 6 ;   Q u   Y S ,   2 0 0 2 ,   C L I N   C H E M ,   V 4 8 ,   P 1 8 3 5 ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   1 9 8 6 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 1 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 3 2 0 4 8 7 7 ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   2 0 1 4 ,   C 4   5   P R O G R A M S   M A C H I N ;   R a n g a y y a n   R M ,   2 0 0 7 ,   J   F R A N K L I N   I ,   V 3 4 4 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f r a n k l i n . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 0 3 ;   R O S E N   P P ,   1 9 9 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 2 0 9 0 ;   R u b i n   A . ,   2 0 1 3 ,   S T A T   E V I D E N C E   B A S E D ;   S a a d a t m a n d   S ,   2 0 1 5 ,   B M J   B R   M E D   J ,   V 3 5 1 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S a l z b e r g   S . ,   1 9 9 3 ,   M A C H   L E A R N ,   V 1 6 ,   P 2 3 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 9 9 3 3 0 9 ;   S a m m u t   C . ,   2 0 1 1 ,   E N C Y   M A C H I N E   L E A R N I N ;   S a p h n e r   T ,   1 9 9 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 4 ,   P 2 7 3 8 ;   S h a   D Y ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 7 ,   P 1 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 4 1 ;   S h i m   H J ,   2 0 1 4 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 5 ,   P 5 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 7 3 1 4 / A P J C P . 2 0 1 4 . 1 5 . 1 4 . 5 5 3 9 ;   S h o k o u h   T Z ,   2 0 1 5 ,   M E D I C I N E ,   V 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M D . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 5 9 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 8 ;   S I L V E S T R I N I   R ,   1 9 8 6 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 7 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 8 0 6 2 4 6 ;   S i m u n d i c   A ,   2 0 0 8 ,   E J I F C C ,   V 1 9 ;   S m e e t o n   N C ,   1 9 8 5 ,   J S T O R ;   S o k o l o v a   M ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 3 0 4 ,   P 1 0 1 5 ;   S t e r n e   J A C ,   2 0 0 9 ,   B M J ,   P 3 3 8 ;   T a n   A C ,   2 0 0 3 ,   E N S E M B L E   M A C H I N E   L E A ;   T a z h i b i   M ,   2 0 1 3 ,   J   R E S   M E D   S C I ,   V 1 8 ,   P 2 8 3 ;   T h o m s e n   A K J ,   2 0 0 8 ,   A M   J   H L T H   S Y S T   P H A R M ;   T o r r e   L A ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 6 2 ;   T r u o n g   P T ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 2 0 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 0 9 6 9 ;   V a l e n t i n i   G ,   2 0 0 3 ,   I E E E   I J C N N ,   P 1 8 4 4 ;   V o o g d   A C ,   2 0 0 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 9 ,   P 1 6 8 8 ;   V o o r d e c k e r s   M ,   2 0 0 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 7 0 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 3 . 1 0 . 0 1 5 ;   W A S S E R M A N   P D ,   1 9 8 8 ,   I E E E   E X P E R T ,   V 3 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 6 4 . 2 0 9 1 ;   W e b b   A . R ,   2 0 1 1 ,   S T A T   P A T T E R N   R E C O G N I ;   W e e k s   J C ,   1 9 9 8 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 7 9 ,   P 1 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 7 9 . 2 1 . 1 7 0 9 ;   W e i r   L ,   2 0 0 2 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 0 ,   P 1 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 2 . 0 7 . 1 1 2 ;   W i d o d o   A ,   2 0 0 7 ,   M E C H   S Y S T   S I G N A L   P R ,   V 2 1 ,   P 2 5 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m s s p . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 0 7 ;   W i l d   B W S a C P ,   2 0 1 4 ,   W O R L D   C A N C   R E P O R T   2 0 ;   W i s h a r t   G C ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 8 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 2 . 3 3 8 ;   W u   K P ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 3 0 ;   W u   Q ,   2 0 1 6 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 6 - 3 2 2 6 - 9 ;   Y a n g   X Q ,   2 0 1 1 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 2 ,   P 3 1 0 1 ;   Z a d r o z n y   B ,   2 0 0 1 ,   O B T A I N I N G   C A L I B R A T E D ,   P 6 0 9 ;   Z e n g   T ,   2 0 1 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 4 8 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 8 	 1 2 6 	 1 	 1 	 1 1 	 1 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 2 0 0 1 - 0 3 7 0 	 	 	 C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C 	 C o m p .   S t r u c t .   B i o t e c h n o l .   J . . 	 	 2 0 1 7 	 1 5 	 	 	 	 	 	 7 5 	 8 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 4 	 	 1 1 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y 	 E I 6 T Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 6 3 1 2 0 0 0 0 9 	 2 8 0 1 8 5 5 7 	 
 
 J 	 L i n ,   J Q ;   W a n g ,   J ;   X u ,   C X ;   Z e n g ,   Y Y ;   C h e n ,   Y P ;   L i ,   L ;   H u a n g ,   Z F ;   L i ,   B H ;   C h e n ,   R 	 	 	 	 L i n ,   J u q i a n g ;   W a n g ,   J i n g ;   X u ,   C h a o x i a n ;   Z e n g ,   Y o n g y i ;   C h e n ,   Y a n p i n g ;   L i ,   L i n g ;   H u a n g ,   Z u f a n g ;   L i ,   B u h o n g ;   C h e n ,   R o n g 	 	 	 D i f f e r e n t i a t i o n   o f   d i g e s t i v e   s y s t e m   c a n c e r s   b y   u s i n g   s e r u m   p r o t e i n - b a s e d   s u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s p e c t r o s c o p y 	 J O U R N A L   O F   R A M A N   S P E C T R O S C O P Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c a n c e r ;   s e r u m   p r o t e i n ;   s i l v e r   n a n o p a r t i c l e s ;   s u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s c a t t e r i n g ;   m u l t i v a r i a t e   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s 	 S C A T T E R I N G   S E R S ;   G A S T R I C - C A N C E R ;   B L O O D ;   T E M P E R A T U R E ;   D I A G N O S I S 	 T h e   a i m   o f   t h i s   s t u d y   i s   t o   d e v e l o p   a   m o r e   r o b u s t   s u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   m e t h o d   f o r   t h e   s i m u l t a n e o u s   d i f f e r e n t i a t i o n   o f   t w o   o r   m o r e   d i f f e r e n t   t y p e s   o f   c a n c e r .   F o r   t h i s ,   t h e   p e r i o d i c a l   r e v e r s a l   o f   c u r r e n t   d i r e c t i o n s   i s   i m p o s e d   o n   e l e c t r o p h o r e s i s   f o r   t h e   f a s t   p u r i f i c a t i o n   o f   s e r u m   p r o t e i n s ,   a n d   t h e   s e r u m   p r o t e i n s   w e r e   t h e n   m i x e d   w i t h   s i l v e r   n a n o p a r t i c l e s   f o r   s u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   s p e c t r a l   m e a s u r e m e n t .   T h e   R a m a n   s p e c t r a   o f   s e r u m   p r o t e i n s   f r o m   h e a l t h y   s u b j e c t s   ( n = 8 5 )   a n d   t h r e e   t y p e s   o f   d i g e s t i v e   s y s t e m   c a n c e r   -   c o l o r e c t a l   c a n c e r   ( n = 1 0 9 ) ,   g a s t r i c   c a n c e r   ( n = 1 3 3 ) ,   a n d   l i v e r   c a n c e r   ( n = 3 8 )   -   w e r e   m e a s u r e d   f o r   a n a l y s e s .   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   a n d   l i n e a r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   y i e l d   d i a g n o s t i c   s e n s i t i v i t i e s   o f   9 4 . 5 ,   9 7 . 0 ,   a n d   8 9 . 1 %   a n d   s p e c i f i c i t i e s   o f   9 8 . 1 ,   9 2 . 7 ,   a n d   9 9 . 2 %   i n   t h e   d i f f e r e n t i a t i o n   o f   c o l o r e c t a l ,   g a s t r i c ,   a n d   l i v e r   c a n c e r s ,   r e s p e c t i v e l y .   T h i s   w o r k   m a r k s   a   p r o m i s i n g   s t e p   t o w a r d   t h e   p o t e n t i a l   a p p l i c a t i o n s   o f   R a m a n   s p e c t r o s c o p i c   b l o o d   a n a l y s i s   i n   m u l t i - t y p e   c a n c e r   s c r e e n i n g .   C o p y r i g h t   ( c )   2 0 1 6   J o h n   W i l e y   &   S o n s ,   L t d . 	 [ L i n ,   J u q i a n g ;   W a n g ,   J i n g ;   X u ,   C h a o x i a n ;   H u a n g ,   Z u f a n g ;   L i ,   B u h o n g ;   C h e n ,   R o n g ]   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   M O E   K e y   L a b   O p t o e l e c t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i n ,   J u q i a n g ;   W a n g ,   J i n g ;   X u ,   C h a o x i a n ;   H u a n g ,   Z u f a n g ;   L i ,   B u h o n g ;   C h e n ,   R o n g ]   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   F u j i a n   P r o v   K e y   L a b   P h o t o n   T e c h n o l ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z e n g ,   Y o n g y i ;   L i ,   L i n g ]   F u j i a n   M e d   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   L i v e r   D i s   C t r ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h e n ,   Y a n p i n g ]   F u j i a n   P r o v   C a n c   H o s p ,   F u z h o u   3 5 0 0 1 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 	 j q l i n @ f j n u . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   K e y   B a s i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C h i n a   [ 2 0 1 5 C B 3 5 2 0 0 6 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 1 1 2 7 4 0 6 5 ,   6 1 2 1 0 0 1 6 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   [ 2 0 1 5 J 0 1 2 4 2 ] ;   P r o g r a m   f o r   C h a n g j i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   [ I R T _ 1 5 R 1 0 ] ;   P r o g r a m   f o r   N e w   C e n t u r y   E x c e l l e n t   T a l e n t s   i n   U n i v e r s i t y   o f   E d u c a t i o n   B u r e a u   o f   F u j i a n   P r o v i n c e ,   C h i n a 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   K e y   B a s i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( n o .   2 0 1 5 C B 3 5 2 0 0 6 ) ,   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( n o s .   1 1 2 7 4 0 6 5   a n d   6 1 2 1 0 0 1 6 ) ,   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   ( n o s .   2 0 1 5 J 0 1 2 4 2 ) ,   P r o g r a m   f o r   C h a n g j i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   ( n o .   I R T _ 1 5 R 1 0 ) ,   a n d   P r o g r a m   f o r   N e w   C e n t u r y   E x c e l l e n t   T a l e n t s   i n   U n i v e r s i t y   o f   E d u c a t i o n   B u r e a u   o f   F u j i a n   P r o v i n c e ,   C h i n a . 	 B a r m a n   I ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 3 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 2 3 1 3 ;   B a r m a n   I ,   2 0 1 2 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 4 ,   P 3 0 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 2 - 6 4 2 4 - 6 ;   B e r g h o l t   M S ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 8 ,   P 2 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 5 6 1 8 ;   C a o   Y W C ,   2 0 0 2 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 7 ,   P 1 5 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 9 7 . 5 5 8 6 . 1 5 3 6 ;   D a s   G ,   2 0 0 9 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 4 ,   P 1 6 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 5 0 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 3 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 3 6 8 9 0 d ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 1 ,   S C I   C H I N A   L I F E   S C I ,   V 5 4 ,   P 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 2 7 - 0 1 1 - 4 2 1 2 - 8 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 1 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 6 ,   P 3 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 2 0 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 0 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 5 ,   P 2 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 3 3 ;   G u p t a   D ,   2 0 1 0 ,   N U T R   J ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 2 8 9 1 - 9 - 6 9 ;   H a n   X X ,   2 0 0 8 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 0 ,   P 2 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 7 0 2 3 9 0 u ;   H a z e l t o n   W D ,   2 0 1 1 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 3 2 7 2 ;   I t o   H ,   2 0 1 4 ,   N A N O M E D - N A N O T E C H N O L ,   V 1 0 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n a n o . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 0 6 ;   K n e i p p   J ,   2 0 1 0 ,   T H E O R   C H E M   A C C ,   V 1 2 5 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 4 - 0 0 9 - 0 6 6 5 - 2 ;   K n e i p p   K ,   1 9 9 7 ,   P H Y S   R E V   L E T T ,   V 7 8 ,   P 1 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v L e t t . 7 8 . 1 6 6 7 ;   K u m a r   G V P ,   2 0 0 6 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 1 0 ,   P 1 6 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 0 6 3 0 7 1 e ;   L e o p o l d   N ,   2 0 0 3 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 0 7 ,   P 5 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 0 2 7 4 6 0 u ;   L i   S .   - X . ,   2 0 1 3 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 8 ;   L i n   D ,   2 0 1 1 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 9 ,   P 1 3 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 9 . 0 1 3 5 6 5 ;   L i n   J Q ,   2 0 1 7 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 8 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 4 9 8 2 ;   L i n   J Q ,   2 0 1 1 ,   N A N O M E D - N A N O T E C H N O L ,   V 7 ,   P 6 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n a n o . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 1 2 ;   G o n z a l e z - S o l i s   J L ,   2 0 1 4 ,   L A S E R   M E D   S C I ,   V 2 9 ,   P 1 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 3 - 0 1 3 - 1 5 1 5 - y ;   P L E B A N I   M ,   1 9 9 5 ,   C A N C E R ,   V 7 6 ,   P 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 5 0 8 0 1 ) 7 6 : 3 < 3 6 7 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 7 6 0 3 0 4 > 3 . 0 . C O ; 2 - B ;   R a m o j i   A ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 5 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 0 7 3 6 3 ;   S t e w a r t   S ,   1 9 9 9 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 5 5 ,   P 1 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 8 6 - 1 4 2 5 ( 9 8 ) 0 0 2 9 3 - 5 ;   T a n   H L ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 7 . 1 . 0 1 7 0 0 1 ;   T e h   S K ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   S U R G ,   V 9 7 ,   P 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b j s . 6 9 1 3 ;   W a n g   G F ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 3 ,   P 2 5 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 1 0 2 8 2 9 b ;   W a n g   J ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 9 . 8 . 0 8 7 0 0 3 ;   W a n g   J ,   2 0 1 3 ,   A P P L   P H Y S   L E T T ,   V 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 8 3 0 0 4 7 ;   W a n g   M ,   2 0 0 9 ,   M I C R O F L U I D   N A N O F L U I D ,   V 6 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 0 4 - 0 0 8 - 0 3 9 7 - y ;   Z h a o   J ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 1 ,   P 1 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 7 7 8 2 5 9 7 0 0 3 ;   Z W E I G   M H ,   1 9 9 3 ,   C L I N   C H E M ,   V 3 9 ,   P 5 6 1 	 3 3 	 3 	 3 	 1 3 	 1 3 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 3 7 7 - 0 4 8 6 	 1 0 9 7 - 4 5 5 5 	 	 J   R A M A N   S P E C T R O S C 	 J .   R a m a n   S p e c t r o s c . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 4 8 	 1 	 	 	 	 	 1 6 	 2 1 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 4 9 8 2 	 	 6 	 S p e c t r o s c o p y 	 S p e c t r o s c o p y 	 E I 3 X U 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 4 2 7 0 0 0 0 0 2 	 	 
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 M O D E L ;   S C A L E 	 T h e   p r e s e n t   s t u d y   w a s   r e a l i s e d   t o   v a l i d a t e   t h e   P o r t u g u e s e   v e r s i o n   o f   t h e   P S Q I .   T h e   i n s t r u m e n t   P S Q I - P T   w a s   a p p l i e d   t o   3 4 7   P o r t u g u e s e   c o m m u n i t y   - d w e l l i n g   a d u l t s   a g e d   1 8 - 6 9   y e a r s   o l d .   T h e   r e s u l t i n g   d a t a   w a s   u s e d   t o   p e r f o r m   t h e   p s y c h o m e t r i c   a n a l y s i s   t o   v a l i d a t e   t h e   i n s t r u m e n t .   N o   s t r u c t u r a l   m o d i f i c a t i o n s   t o   t h e   q u e s t i o n n a i r e   w e r e   n e c e s s a r y   d u r i n g   t h e   a d a p t a t i o n   p r o c e s s .   T h e   s c o r e s   f o r   t h e   P S Q I - P T   s h o w e d   a n   a d e q u a t e   i n t e r n a l   c o n s i s t e n c y .   T h e   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   p r o d u c e d  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 A l g a r v e ,   F a r o ,   P o r t u g a l ;   [ B e c k e r ,   N a t h a l i a   B r a n d o l i m ;   J e s u s ,   S a u l   d e   N e v e s ]   U n i v   A l g a r v e ,   R e s   C t r   S p a t i a l   &   O r g   D y n a m ,   F a r o ,   P o r t u g a l ;   [ S a n t o s   M a r t i n s ,   R u t e   I s a b e l ]   U n i v   A l g a r v e ,   C l i n   &   H l t h   P s y c h o l ,   F a r o ,   P o r t u g a l 	 J o a o ,   K A D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A l g a r v e ,   F a r o ,   P o r t u g a l . ;   J e s u s ,   S D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A l g a r v e ,   R e s   C t r   S p a t i a l   &   O r g   D y n a m ,   F a r o ,   P o r t u g a l . 	 d e l r i o k a r i n a @ g m a i l . c o m ;   s n j e s u s @ u a l g . p t 	 	 B r a n d o l i m   B e c k e r ,   N a t h a l i a / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 9 7 5 5 - 2 8 7 7 	 F o u n d a t i o n   f o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   -   P o r t u g a l   ( C I E O   -   R e s e a r c h   C e n t r e   f o r   S p a t i a l   a n d   O r g a n i z a t i o n a l   D y n a m i c s ,   U n i v e r s i t y   o f   A l g a r v e ,   P o r t u g a l ) ;   C o o r d e n a c a o   d e   A p e r f e i c o a m e n t o   d e   P e s s o a l   d e   N i v e l   S u p e r i o r   ( C A P E S )   [ B E X   1 9 9 0 / 1 5 - 2 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   F o u n d a t i o n   f o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   -   P o r t u g a l   ( C I E O   -   R e s e a r c h   C e n t r e   f o r   S p a t i a l   a n d   O r g a n i z a t i o n a l   D y n a m i c s ,   U n i v e r s i t y   o f   A l g a r v e ,   P o r t u g a l ) .   N . B .   B e c k e r   r e c e i v e d   a   d o c t o r a l   f e l l o w s h i p   f r o m   t h e   C o o r d e n a c a o   d e   A p e r f e i c o a m e n t o   d e   P e s s o a l   d e   N i v e l   S u p e r i o r   ( C A P E S ) .   P r o c e s s   B E X   1 9 9 0 / 1 5 - 2 . 	 A d i b - H a j b a g h e r y   M . ,   2 0 1 2 ,   I R A N   J   N U R S   M I D W I F E R ,   V 1 7 ,   P 6 ;   A k e r s t e d t   T ,   2 0 0 3 ,   J   I N T E R N   M E D ,   V 2 5 4 ,   P 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 7 9 6 . 2 0 0 3 . 0 1 1 9 5 . x ;   B a b s o n   K A ,   2 0 1 2 ,   J   T R A U M A   S T R E S S ,   V 2 5 ,   P 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j t s . 2 1 7 5 7 ;   B a g l i o n i   C ,   2 0 1 4 ,   J   S L E E P   R E S ,   V 2 3 ,   P 8 0 ;   B a g l i o n i   C ,   2 0 1 4 ,   S L E E P ,   V 3 7 ,   P 1 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 5 6 6 5 / s l e e p . 4 2 4 0 ;   B e a t o n   D E ,   2 0 0 0 ,   S P I N E ,   V 2 5 ,   P 3 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 7 6 3 2 - 2 0 0 0 1 2 1 5 0 - 0 0 0 1 4 ;   B e a u d r e a u   S A ,   2 0 1 2 ,   S L E E P   M E D ,   V 1 3 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s l e e p . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 0 5 ;   B e r t o l a z i   A N ,   2 0 1 1 ,   S L E E P   M E D ,   V 1 2 ,   P 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s l e e p . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 2 0 ;   B u x t o n   O M ,   2 0 1 2 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i t r a n s l m e d . 3 0 0 3 2 0 0 ;   B u y s s e   D J ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   S L E E P   M E D ,   V 4 ,   P 5 6 3 ;   B U Y S S E   D J ,   1 9 8 9 ,   P S Y C H I A T   R E S ,   V 2 8 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 5 - 1 7 8 1 ( 8 9 ) 9 0 0 4 7 - 4 ;   B u y s s e   D .   J . ,   2 0 0 5 ,   S L E E P   D I S O R D E R S   P S Y C ,   P 2 9 ;   B u y s s e   D .   J . ,   2 0 1 4 ,   S L E E P ,   V 3 7 ;   C h i l c o t t   L A ,   1 9 9 6 ,   P H A R M A C O E C O N O M I C S ,   V 1 0 ,   P 1 ;   C o l a g i u r i   B ,   2 0 1 1 ,   J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G ,   V 4 2 ,   P 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n s y m m a n . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 2 ;   C o l e   J C ,   2 0 0 6 ,   S L E E P ,   V 2 9 ,   P 1 1 2 ;   F e i n s t e e i n   A .   R . ,   1 9 8 7 ,   C L I N I M E T R I C S ;   F o l e y   D ,   2 0 0 4 ,   J   P S Y C H O S O M   R E S ,   V 5 6 ,   P 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p s y c h o r e s . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 1 0 ;   F O R D   D E ,   1 9 8 9 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 6 2 ,   P 1 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 6 2 . 1 1 . 1 4 7 9 ;   F o r t n e r   B V ,   2 0 0 2 ,   J   P A I N   S Y M P T O M   M A N A G ,   V 2 4 ,   P 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 8 5 - 3 9 2 4 ( 0 2 ) 0 0 5 0 0 - 6 ;   G r a n d n e r   M i c h a e l   A ,   2 0 0 6 ,   S l e e p   B i o l   R h y t h m s ,   V 4 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 9 - 8 4 2 5 . 2 0 0 6 . 0 0 2 0 7 . x ;   H a m b l e t o n   R K ,   2 0 0 5 ,   A D A P T I N G   E D U C A T I O N A L   A N D   P S Y C H O L O G I C A L   T E S T S   F O R   C R O S S -   C U L T U R A L   A S S E S S M E N T ,   P 3 ;   H a p o n i k   E F ,   1 9 9 6 ,   J   G E N   I N T E R N   M E D ,   V 1 1 ,   P 7 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 5 9 8 9 9 4 ;   H i t a - C o n t r e r a s   F ,   2 0 1 4 ,   R H E U M A T O L   I N T ,   V 3 4 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 9 6 - 0 1 4 - 2 9 6 0 - z ;   L e g e r   D ,   2 0 0 2 ,   S L E E P ,   V 2 5 ,   P 6 2 5 ;   M a g e e   C A ,   2 0 0 8 ,   S L E E P   B I O L   R H Y T H M S ,   V 6 ,   P 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 9 - 8 4 2 5 . 2 0 0 8 . 0 0 3 7 1 . x ;   M a r i m a n   A ,   2 0 1 2 ,   J   P S Y C H O S O M   R E S ,   V 7 2 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p s y c h o r e s . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 4 ;   M E L L I N G E R   G D ,   1 9 8 5 ,   A R C H   G E N   P S Y C H I A T ,   V 4 2 ,   P 2 2 5 ;   M i r o   E ,   2 0 1 1 ,   B R I T   J   H E A L T H   P S Y C H ,   V 1 6 ,   P 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 2 0 4 4 - 8 2 8 7 . 2 0 1 1 . 0 2 0 1 6 . x ;   M o l d o f s k y   H ,   2 0 0 2 ,   R H E U M   D I S   C L I N   N   A M ,   V 2 8 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 8 9 - 8 5 7 X ( 0 1 ) 0 0 0 1 2 - 6 ;   M o l l a y e v a   T ,   2 0 1 6 ,   S L E E P   M E D   R E V ,   V 2 5 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s m r v . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 9 ;   N i c a s s i o   P M ,   2 0 1 4 ,   B E H A V   S L E E P   M E D ,   V 1 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 4 0 2 0 0 2 . 2 0 1 2 . 7 2 0 3 1 5 ;   O h a y o n   M M ,   2 0 0 2 ,   S L E E P   M E D ,   V 3 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 8 9 - 9 4 5 7 ( 0 1 ) 0 0 1 5 8 - 7 ;   O h a y o n   M M ,   2 0 0 5 ,   S L E E P   M E D ,   V 6 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s l e e p . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 0 6 ;   O h a y o n   M M ,   1 9 9 7 ,   B R I T   J   P S Y C H I A T ,   V 1 7 1 ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 2 / b j p . 1 7 1 . 4 . 3 8 2 ;   P a n   A ,   2 0 1 1 ,   P L O S   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p m e d . 1 0 0 1 1 4 1 ;   P a p p   K l a r a   K ,   2 0 0 2 ,   S l e e p   B r e a t h ,   V 6 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 2 0 0 2 - 3 4 3 1 7 ;   R e i s   C ,   2 0 1 4 ,   L A B   P S I C O L O G I A ,   V 1 2 ,   P 8 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 4 4 1 7 / 1 P . 8 9 4 ;   R e n e r - S i t a r   K ,   2 0 1 4 ,   H E A L T H   Q U A L   L I F E   O U T ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 7 5 2 5 - 1 2 - 1 0 ;   R e u t r a k u l   S ,   2 0 1 3 ,   D I A B E T E S   C A R E ,   V 3 6 ,   P 2 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d c 1 2 - 2 6 9 7 ;   S a v a r d   J ,   2 0 0 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 9 ,   P 8 9 5 ;   S c h a f e r   J L ,   2 0 0 2 ,   P S Y C H O L   M E T H O D S ,   V 7 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / / 1 0 8 2 - 9 8 9 X . 7 . 2 . 1 4 7 ;   S i r e c i   S G ,   2 0 0 6 ,   J   C R O S S   C U L T   P S Y C H O L ,   V 3 7 ,   P 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 2 2 0 2 2 1 0 6 2 9 0 4 7 8 ;   S k o u t e r i s   H ,   2 0 0 9 ,   W O M E N   H E A L T H   I S S ,   V 1 9 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . w h i . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 0 4 ;   S p i r a   A P ,   2 0 1 2 ,   J   G E R O N T O L   A - B I O L ,   V 6 7 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / g e r o n a / g l r 1 7 2 ;   T o m f o h r   L M ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   S L E E P   M E D ,   V 9 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 5 6 6 4 / j c s m . 2 3 4 2 	 4 6 	 1 	 1 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 0 1 6 5 - 1 7 8 1 	 	 	 P S Y C H I A T   R E S 	 P s y c h i a t r y   R e s . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 2 4 7 	 	 	 	 	 	 2 2 5 	 2 2 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . p s y c h r e s . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 4 2 	 	 5 	 P s y c h i a t r y 	 P s y c h i a t r y 	 E I 8 Q K 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 7 7 2 4 0 0 0 3 6 	 	 
 
 J 	 C e r o n - B r e t o n ,   J G ;   C e r o n - B r e t o n ,   R M ;   K a h l ,   J D W ;   R a m i r e z - L a r a ,   E ;   A g u i l a r - U c a n ,   C A ;   M o n t a l v o - R o m e r o ,   C ;   M e n d o z a - D o m i n g u e z ,   A ;   M u r i e l - G a r c i a ,   M ;   O r t i n e z - A l v a r e z ,   J A 	 	 	 	 C e r o n - B r e t o n ,   J .   G . ;   C e r o n - B r e t o n ,   R .   M . ;   K a h l ,   J .   D .   W . ;   R a m i r e z - L a r a ,   E . ;   A g u i l a r - U c a n ,   C .   A . ;   M o n t a l v o - R o m e r o ,   C . ;   M e n d o z a - D o m i n g u e z ,   A . ;   M u r i e l - G a r c i a ,   M . ;   O r t i n e z - A l v a r e z ,   J .   A . 	 	 	 C a r b o n y l s   i n   t h e   u r b a n   a t m o s p h e r e   o f   M o n t e r r e y ,   M e x i c o :   s o u r c e s ,   e x p o s u r e ,   a n d   h e a l t h   r i s k 	 A I R   Q U A L I T Y   A T M O S P H E R E   A N D   H E A L T H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 V O C s ;   C a r b o n y l s ;   O z o n e ;   A t m o s p h e r i c   p o l l u t i o n ;   M o n t e r r e y ;   M e x i c o 	 A M B I E N T   A I R ;   S O U R C E   A P P O R T I O N M E N T ;   H O N G - K O N G ;   O Z O N E ;   C I T Y ;   H Y D R O C A R B O N S ;   A C E T A L D E H Y D E ;   F O R M A L D E H Y D E ;   C H E M I S T R Y ;   E M I S S I O N S 	 C h a r a c t e r i s t i c s   a n d   s o u r c e s   o f   c a r b o n y l s   i n   t h e   a m b i e n t   u r b a n   a t m o s p h e r e   o f   M o n t e r r e y ,   M e x i c o ,   w e r e   s t u d i e d   f r o m   A p r i l   1 0 ,   2 0 1 2   t o   M a r c h   1 2 ,   2 0 1 3 .   A   t o t a l   o f   1 8 4   s a m p l e s   w e r e   c o l l e c t e d   u s i n g   s i l i c a - g e l   c a r t r i d g e s   i m p r e g n a t e d   w i t h   D N P H   d u r i n g   m o r n i n g   ( 0 8 : 0 0 - 1 2 : 0 0   h )   a n d   a f t e r n o o n   ( 1 5 : 0 0 - 1 9 : 0 0   h )   s a m p l i n g   p e r i o d s .   S a m p l e s   w e r e   a n a l y z e d   u s i n g   h i g h - p e r f o r m a n c e   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y   w i t h   a n   U V   d e t e c t o r .   A c e t a l d e h y d e   w a s   t h e   m o s t   a b u n d a n t   c a r b o n y l   w i t h   m e a n   c o n c e n t r a t i o n s   o f   1 3 . 0 8 ,   2 1 . 2 6 ,   1 2 . 1 9 ,   a n d   1 1 . 7 8   m u   g   m ( - 3 )   f o r   s p r i n g ,   s u m m e r ,   a u t u m n ,   a n d   w i n t e r ,   r e s p e c t i v e l y .   C o r r e s p o n d i n g   s e a s o n a l   c o n c e n t r a t i o n s   o f   f o r m a l d e h y d e   w e r e   7 . 1 1 ,   1 0 . 4 2 ,   5 . 9 3 ,   a n d   8 . 4 8   m u   g   m ( - 3 ) .   B o t h   c a r b o n y l s   s h o w e d   a   c l e a r   s e a s o n a l   p a t t e r n   a n d   e x h i b i t e d   s i g n i f i c a n t l y   h i g h e r   l e v e l s   i n   s u m m e r .   F o r m a l d e h y d e   s h o w e d   h i g h e r   c o n c e n t r a t i o n s   d u r i n g   t h e   m o r n i n g   s a m p l i n g   p e r i o d   f o r   a l l   s e a s o n s   e x c e p t   a u t u m n ,   w h e r e a s   a c e t a l d e h y d e   s h o w e d   h i g h e r   l e v e l s   d u r i n g   t h e   m o r n i n g   s a m p l i n g   p e r i o d   i n   s u m m e r   a n d   w i n t e r   b u t   h i g h e r   c o n c e n t r a t i o n s   d u r i n g   t h e   a f t e r n o o n   s a m p l i n g   p e r i o d   i n   s p r i n g   a n d   a u t u m n .   M e t e o r o l o g i c a l   p a r a m e t e r s   a n d   c r i t e r i a   a i r   p o l l u t a n t s   w e r e   m e a s u r e d   a n d   c o r r e l a t e d   w i t h   m e a s u r e d   c a r b o n y l s   u s i n g   a   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s .   P r e v a i l i n g   w i n d s   s h o w e d   t h a t   c a r b o n y l   l e v e l s   w e r e   i n f l u e n c e d   b y   s o u r c e s   l o c a t e d   t o   t h e   S S E   ( d u r i n g   s p r i n g   a n d   s u m m e r ) ,   w h i c h   i n c l u d e   i n d u s t r i a l ,   v e h i c u l a r ,   a n d   a r e a   s o u r c e s .   D u r i n g   a u t u m n   a n d   w i n t e r ,   p r e v a i l i n g   w i n d s   w e r e   f r o m   t h e   N N E .   H e a l t h   r i s k   a s s e s s m e n t   r e s u l t s   s h o w   t h a t   v a l u e s   f o r   t h e   i n t e g r a t e d   l i f e t i m e   c a n c e r   r i s k   a n d   n o n - c a n c e r   r i s k   e x c e e d   a c c e p t a b l e   r i s k   l e v e l s   a n d   t h a t   l o n g - t e r m   e x p o s u r e   t o   b o t h   c a r b o n y l s   m a y   r e s u l t   i n   a   s i g n i f i c a n t   r i s k   o f   c a n c e r   a n d   a d v e r s e   h e a l t h   e f f e c t s . 	 [ C e r o n - B r e t o n ,   J .   G . ;   C e r o n - B r e t o n ,   R .   M . ;   A g u i l a r - U c a n ,   C .   A . ;   M o n t a l v o - R o m e r o ,   C . ]   U n i v   A u t o n o m a   C a r m e n ,   U N A C A R ,   F a c   Q u i m ,   C a l l e   5 6   4   E s q   A v e   C o n c o r d i a ,   C i u d a d   D e l   C a r m e n   2 4 1 8 0 ,   C a m p e c h e ,   M e x i c o ;   [ K a h l ,   J .   D .   W . ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   A t m o s p h e r   S c i   G r p ,   D e p t   M a t h   S c i ,   2 2 0 0   E   K e n w o o d   B l v d ,   M i l w a u k e e ,   W I   5 3 2 1 1   U S A ;   [ R a m i r e z - L a r a ,   E . ]   U n i v   A u t o n o m a   N u e v o   L e o n ,   F a c   C i e n c i a s   Q u i m ,   A v   U n i v   S - N   C i u d a d   U n i v ,   S a n   N i c o l a s   D e   L o s   G a r z a   6 6 4 5 1 ,   N u e v o   L e o n ,   M e x i c o ;   [ M e n d o z a - D o m i n g u e z ,   A . ]   I n s t   T e c n o l   M o n t e r r e y ,   C a m p u s   M o n t e r r e y , A v e   E u g e n i o   G a r z a   S a d a   2 5 0 1   S u r ,   M o n t e r r e y   6 4 8 4 9 ,   N u e v o   L e o n ,   M e x i c o ;   [ M u r i e l - G a r c i a ,   M . ]   I n s t   M e x i c a n o   P e t r ,   A v   P e r i f e r i c a   N o r t e   7 5 , E s q   C a l l e   3 5   B ,   C d   D e l   C a r m e n   2 4 1 1 8 ,   C a m p e c h e ,   M e x i c o ;   [ O r t i n e z - A l v a r e z ,   J .   A . ]   N a t l   I n s t   E c o l   &   C l i m a t   C h a n g e ,   P e r i f e r i c o   S u r   5 0 0 0 ,   M e x i c o   C i t y   0 4 5 3 0 ,   D F ,   M e x i c o 	 C e r o n - B r e t o n ,   J G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A u t o n o m a   C a r m e n ,   U N A C A R ,   F a c   Q u i m ,   C a l l e   5 6   4   E s q   A v e   C o n c o r d i a ,   C i u d a d   D e l   C a r m e n   2 4 1 8 0 ,   C a m p e c h e ,   M e x i c o . 	 j c e r o n @ p a m p a n o . u n a c a r . m x 	 	 	 	 	 A l v e s   C A ,   2 0 1 5 ,   A I R   Q U A L   A T M O S   H L T H ,   V 8 ,   P 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 8 6 9 - 0 1 4 - 0 3 1 0 - 7 ;   A i r   R e s o u r c e s   L a b o r a t o r y   ( A R L ) ,   2 0 1 5 ,   H Y S P L I T   H Y B R   S I N G L   P ;   A r r i a g a - C o l i n a   J L ,   2 0 0 4 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 8 ,   P 2 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 4 . 0 1 . 0 3 3 ;   A t k i n s o n   R ,   2 0 0 0 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 4 ,   P 2 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 9 9 ) 0 0 4 6 0 - 4 ;   A T K I N S O N   R ,   1 9 8 4 ,   J   P H Y S   C H E M   R E F   D A T A ,   V 1 3 ,   P 3 1 5 ;   B a e z   A P ,   2 0 0 2 ,   E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R ,   V 9 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 5 / e s p r 2 0 0 1 . 1 0 . 0 9 4 ;   B a e z   A P ,   2 0 0 1 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 5 ,   P 1 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 0 0 ) 0 0 4 7 5 - 1 ;   B a l d a u f   R ,   2 0 0 9 ,   A I R   Q U A L   A T M O S   H L T H ,   V 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 8 6 9 - 0 0 9 - 0 0 2 8 - 0 ;   P a d i l l a   H ,   2 0 0 5 ,   A T M O S F E R A ,   V 1 8 ,   P 1 0 3 ;   C e r o n   R M ,   2 0 0 7 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 1 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 0 8 ;   C H A M E I D E S   W L ,   1 9 9 2 ,   J   G E O P H Y S   R E S - A T M O S ,   V 9 7 ,   P 6 0 3 7 ;   F e l i p e - S o t e l o   M ,   2 0 0 6 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 0 ,   P 7 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 1 3 ;   G e n g   F H ,   2 0 0 9 ,   J   A T M O S   C H E M ,   V 6 2 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 7 4 - 0 1 0 - 9 1 5 0 - 5 ;   G R A E D E L   T E ,   1 9 8 1 ,   R E V   G E O P H Y S ,   V 1 9 ,   P 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 9 / R G 0 1 9 i 0 0 4 p 0 0 5 0 5 ;   G r a e d e l   T E ,   1 9 7 8 ,   C H E M   C O M P O U N D S   A T M O S ,   P 1 5 8 ;   G R O S J E A N   E ,   1 9 9 3 ,   J   A I R   W A S T E   M A N A G E ,   V 4 3 ,   P 4 6 9 ;   G u o   H ,   2 0 0 4 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 5 7 ,   P 1 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 5 5 ;   G u o   S J ,   2 0 1 6 ,   A T M O S   R E S ,   V 1 6 9 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 2 8 ;   H A A G E N S M I T   A J ,   1 9 5 6 ,   I N D   E N G   C H E M ,   V 4 8 ,   P 1 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / i e 5 1 4 0 0 a 0 3 3 ;   H e l l e n   H ,   2 0 0 6 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 0 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 5 1 6 5 9 d ;   H o   K F ,   2 0 0 2 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 6 ,   P 1 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 0 1 ) 0 0 5 7 0 - 2 ;   I A R C   ( I n t e r n a t i o n a l   A g e n c y   f o r   R e s e a r c h   o n   C a n c e r ) ,   1 9 8 5 ,   I A R C   M O N   E V   C A R C   R I S ,   V 3 6 ,   P 1 0 1 ;   I A R C   ( I n t e r n a t i o n a l   A g e n c y   f o r   R e s e a r c h   o n   C a n c e r ) ,   1 9 9 5 ,   E V   C A R C   R I S K   C H E M   H U ,   V 6 2 ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   S t a t i s t i c s   G e o g r a p h y   a n d   I n f o r m a t i c s   ( I N E G I ) ,   2 0 1 1 ,   E N V   S T A T   M E T R   A R   M O N ;   J A C O B   D J ,   1 9 8 8 ,   J   G E O P H Y S   R E S - A T M O S ,   V 9 3 ,   P 1 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 9 / J D 0 9 3 i D 0 2 p 0 1 4 7 7 ;   M e n c h a c a - T o r r e   H L ,   2 0 1 5 ,   J   A I R   W A S T E   M A N A G E ,   V 6 5 ,   P 5 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 6 2 2 4 7 . 2 0 1 5 . 1 0 0 5 8 4 9 ;   L L O Y D   A C ,   1 9 8 3 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 1 7 ,   P 1 9 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 4 - 6 9 8 1 ( 8 3 ) 9 0 3 5 1 - 7 ;   M O O R T G A T   G K ,   1 9 8 3 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 7 8 ,   P 1 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 4 4 9 1 1 ;   N e r i   F ,   2 0 1 2 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 7 1 0 3 ,   P 8 6 ;   N a t i o n a l   O c e a n i c   a n d   A t m o s p h e r i c   A d m i n i s t r a t i o n   U S A ( N O A A ) ,   2 0 1 5 ,   W I N D   R O S ;   P a n g   X B ,   2 0 0 6 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 0 ,   P 6 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 4 4 ;   S A L A S   L J ,   1 9 8 6 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 2 0 ,   P 1 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 4 - 6 9 8 1 ( 8 6 ) 9 0 1 6 5 - 4 ;   S E M A R N A T   ( S e c r e t a r i a   d e   M e d i o   A m b i e n t e   y   R e c u r s o s   N a t u r a l e s ) ,   2 0 0 8 ,   P R O G R   G E S T   M E J   C A L   A ;   S H E P S O N   P B ,   1 9 9 1 ,   A T M O S   E N V I R O N   A - G E N ,   V 2 5 ,   P 2 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 9 6 0 - 1 6 8 6 ( 9 1 ) 9 0 2 8 0 - K ;   U S   D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h   a n d   H u m a n   S e r v i c e s   ( D H H S ) ,   1 9 9 9 ,   P U B L   H L T H   S E R V   A G   T O ;   U S   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n   A g e n c y   ( E P A ) ,   2 0 0 9 ,   E P A 5 4 0 R 0 7 0 0 0 2 ,   V I ;   U S   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n   A g e n c y   ( E P A ) ,   1 9 8 7 ,   Q U A N T   E S T   C A R C   R I S K ,   P 1 2 ;   U S - E P A ,   1 9 9 8 ,   I N T   R I S K   I N F   S Y S T   I R ;   U S   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n   A g e n c y   ( E P A ) ,   1 9 9 7 ,   A I R   R I S K   A S S   W O R K P L ;   U S   E P A ,   1 9 9 9 ,   T O 1 1 A   U S   E P A ;   U S   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n   A g e n c y   ( E P A ) ,   1 9 8 2 ,   P B 8 3 1 4 6 3 4 0 E P A 6 0 0 3 8 2 0 ;   U S   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n   A g e n c y   ( E P A ) .   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   E n v i r o n m e n t a l   A s s e s s m e n t ,   1 9 9 0 ,   Q U A N T   E S T   C A R C   R I S K ,   P 1 0 ;   V e n k a n n a   R ,   2 0 1 5 ,   S I G N I F I C A N C E   V O L A T I L ,   P 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 8 6 9 - 0 1 5 - 0 3 4 7 - 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 1 8 6 9 - 0 1 5 - 0 3 4 7 - 2 ] ;   V i s k a r i   E L ,   2 0 0 0 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 4 ,   P 9 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 9 9 ) 0 0 3 0 7 - 6 ;   W a n g   Z H ,   2 0 0 3 ,   C H I N E S E   S E E D S   I N D ,   V 2 ,   P 7 ;   W e n g   M L ,   2 0 0 9 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 6 4 ,   P 7 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 9 4 ;   Z h a n g   Y J ,   2 0 1 2 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 5 9 ,   P 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 3 0 ;   Z h a n g   Z ,   2 0 1 5 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 5 1 1 ,   P 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 3 	 4 8 	 0 	 0 	 4 	 4 	 S P R I N G E R   I N T E R N A T I O N A L   P U B L I S H I N G   A G 	 C H A M 	 G E W E R B E S T R A S S E   1 1 ,   C H A M ,   C H - 6 3 3 0 ,   S W I T Z E R L A N D 	 1 8 7 3 - 9 3 1 8 	 1 8 7 3 - 9 3 2 6 	 	 A I R   Q U A L   A T M O S   H L T H 	 A i r   Q u a l .   A t m o s .   H e a l t h 	 J A N 	 2 0 1 7 	 1 0 	 1 	 	 	 	 	 5 3 	 6 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 8 6 9 - 0 1 6 - 0 4 0 8 - 1 	 	 1 5 	 E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s 	 E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   &   E c o l o g y 	 E I 0 C W 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 1 4 0 7 0 0 0 0 7 	 	 
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 G u i d i ,   A n t h o n y   J . ;   T a g h i a n ,   A l p h o n s e ;   H u g h e s ,   K e v i n   S . 	 	 	 U s i n g   m a c h i n e   l e a r n i n g   t o   p a r s e   b r e a s t   p a t h o l o g y   r e p o r t s 	 B R E A S T   C A N C E R   R E S E A R C H   A N D   T R E A T M E N T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M a c h i n e   l e a r n i n g ;   P a t h o l o g y   r e p o r t s ;   N a t u r a l   l a n g u a g e   p r o c e s s i n g ;   B r e a s t   p a t h o l o g y ;   A t y p i a ;   H y p e r p l a s i a ;   C a r c i n o m a   i n   s i t u 	 C A N C E R   S T A G E S ;   C L A S S I F I C A T I O N 	 E x t r a c t i n g   i n f o r m a t i o n   f r o m   e l e c t r o n i c   m e d i c a l   r e c o r d   i s   a   t i m e - c o n s u m i n g   a n d   e x p e n s i v e   p r o c e s s   w h e n   d o n e   m a n u a l l y .   R u l e - b a s e d   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e s   a r e   t w o  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 N e w t o n - W e l l e s l e y   H o s p i t a l ,   c o v e r i n g   t h e   p e r i o d   f r o m   1 9 7 8   t o   2 0 1 6 .   W e   t r a i n e d   o u r   s y s t e m   w i t h   a n n o t a t i o n s   f r o m   t w o   d a t a s e t s ,   c o n s i s t i n g   o f   6 2 9 5   a n d   1 0 , 8 4 1   m a n u a l l y   a n n o t a t e d   r e p o r t s .   T h e   s y s t e m   e x t r a c t s   2 0   s e p a r a t e   c a t e g o r i e s   o f   i n f o r m a t i o n ,   i n c l u d i n g   a t y p i a   t y p e s   a n d   v a r i o u s   t u m o r   c h a r a c t e r i s t i c s   s u c h   a s   r e c e p t o r s .   W e   a l s o   r e p o r t   a   l e a r n i n g   c u r v e   a n a l y s i s   t o   s h o w   h o w   m u c h   a n n o t a t i o n   o u r   m o d e l   n e e d s   t o   p e r f o r m   r e a s o n a b l y .   T h e   m o d e l   a c c u r a c y   w a s   t e s t e d   o n   5 0 0   r e p o r t s   t h a t   d i d   n o t   o v e r l a p   w i t h   t h e  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 t a r g e t   c h a r a c t e r i s t i c s   a n d   e x p o r t   t h e   m a t c h i n g   c o h o r t .   T h i s   m o d e l   h a s   t h e   p o t e n t i a l   t o   r e d u c e   t h e   e f f o r t   r e q u i r e d   f o r   a n a l y z i n g   l a r g e   a m o u n t s   o f   d a t a   f r o m   m e d i c a l   r e c o r d s ,   a n d   t o   m i n i m i z e   t h e   c o s t   a n d   t i m e   r e q u i r e d   t o   g l e a n   s c i e n t i f i c   i n s i g h t   f r o m   t h e s e   d a t a . 	 [ Y a l a ,   A d a m ;   B a r z i l a y ,   R e g i n a ]   M I T ,   C S A I L ,   D e p t   E l e c t   E n g n   &   C o m p   S c i ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A ;   [ G r i f f i n ,   M o l l y ;   B u c k l e y ,   J u l l i e t t e   M . ;   C o o p e y ,   S u z a n n e   B . ;   S m i t h ,   B a r b a r a   L . ;   G a d d ,   M i c h e l e   A . ;   S p e c h t ,   M i c h e l l e   C . ;   H u g h e s ,   K e v i n   S . ]   M G H ,   D i v   S u r g   O n c o l ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 4   U S A ;   [ S a l a m a ,   L a u r a ;   T a g h i a n ,   A l p h o n s e ]   M G H ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ G u d e w i c z ,   T h o m a s   M . ]   M G H ,   D e p t   P a t h o l ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ L e h m a n ,   C o n s t a n c e ]   M G H ,   D e p t   R a d i o l ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ G a r b e r ,   J u d y   E . ]   D F C I ,   D e p t   M e d   O n c o l ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ G u i d i ,   A n t h o n y   J . ]   N W H ,   D e p t   P a t h o l ,   N e w t o n ,   M A   U S A ;   [ S o l l e n d e r ,   G r a c e ]   G e i s e l   S c h   M e d   D a r t m o u t h ,   H a n o v e r ,   N H   U S A ;   [ P o l u b r i a g i n o f ,   F e r n a n d a ]   C o l u m b i a   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   I n f o r m a t ,   N e w   Y o r k ,   N Y   U S A ;   [ B a r d i a ,   A d i t y a ]   M G H ,   D e p t   M e d   O n c o l ,   B o s t o n ,   M A   U S A 	 G r i f f i n ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M G H ,   D i v   S u r g   O n c o l ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 4   U S A . 	 m e g r i f f @ p o s t . h a r v a r d . e d u 	 	 G r i f f i n ,   M o l l y / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 1 6 1 5 - 2 6 4 5 	 	 	 B u c k l e y   J u l l i e t t e   M ,   2 0 1 2 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 3 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 9 7 7 8 8 ;   E d w a r d s   G l e n n   A ,   2 0 0 8 ,   C l i n   B i o c h e m   R e v ,   V 2 9   S u p p l   1 ,   p S 1 0 5 ;   L i   Y ,   2 0 1 0 ,   A U S T R A L A S I A N   L A N G U A G ,   P 4 1 ;   M a r t i n e z   D ,   2 0 1 1 ,   P   2 0   A C M   I N T   C   I N F   K ,   P 1 8 7 7 ;   N a p o l i t a n o   G ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 2 1 ,   P 1 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 2 - 0 1 0 - 9 6 1 6 - 4 ;   N g u y e n   A ,   2 0 1 1 ,   E L E C T   J   H L T H   I N F O R M ,   V 7 ,   P 8 ;   N g u y e n   A ,   2 0 0 7 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 5 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 7 . 4 3 5 3 4 9 7 ;   N g u y e n   A N ,   2 0 1 0 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 7 ,   P 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j a m i a . 2 0 1 0 . 0 0 3 7 0 7 ;   O u   Y ,   2 0 1 4 ,   P   7   A U S T R   W O R K S H   H L T ,   V 1 5 3 ,   P 4 1 ;   S c h a p i r e   R E ,   2 0 0 0 ,   M A C H   L E A R N ,   V 3 9 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 7 6 4 9 0 2 9 9 2 3 ;   W e e g a r   R ,   2 0 1 5 ,   6   I N T   W O R K S H   H L T H   T E ,   P 7 3 ;   W i e n e k e   A r i k a   E ,   2 0 1 5 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 6 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 1 5 9 2 1 5 	 1 2 	 0 	 0 	 1 6 	 1 6 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 1 6 7 - 6 8 0 6 	 1 5 7 3 - 7 2 1 7 	 	 B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R 	 B r e a s t   C a n c e r   R e s .   T r e a t . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 1 6 1 	 2 	 	 	 	 	 2 0 3 	 2 1 1 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 6 - 4 0 3 5 - 1 	 	 9 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E I 3 I Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 3 8 5 1 0 0 0 0 3 	 2 7 8 2 6 7 5 5 	 
 
 J 	 C h e n g ,   X ;   H u a n g ,   Y ;   L o n g ,   Z J ;   N i ,   S J ;   S h i ,   Z M ;   Z h a n g ,   C J 	 	 	 	 C h e n g ,   X i n ;   H u a n g ,   Y i ;   L o n g ,   Z h i j i e ;   N i ,   S h i j u n ;   S h i ,   Z e m i n g ;   Z h a n g ,   C h e n g j i a n g 	 	 	 C h a r a c t e r i s t i c s ,   S o u r c e s   a n d   H e a l t h   R i s k   A s s e s s m e n t   o f   T r a c e   M e t a l s   i n   P M 1 0   i n   P a n z h i h u a ,   C h i n a 	 B U L L E T I N   O F   E N V I R O N M E N T A L   C O N T A M I N A T I O N   A N D   T O X I C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M i n i n g   C i t y ;   P M 1 0 ;   T r a c e   m e t a l s ;   S E M - E D X ;   H e a l t h   r i s k   a s s e s s m e n t 	 H E A V Y - M E T A L S ;   P A R T I C L E S ;   A E R O S O L ;   E X P O S U R E ;   N I C K E L ;   G R E E C E ;   P M 2 . 5 ;   D U S T ;   F I N E 	 A m b i e n t   P M 1 0   a i r   s a m p l e s   w e r e   c o l l e c t e d   a t   t w o   i n d u s t r i a l   s i t e s   a n d   o n e   u r b a n   r e s i d e n t i a l   s i t e   i n   t h e   m i n i n g   c i t y   o f   P a n z h i h u a ,   C h i n a ,   f r o m   A p r i l ,   2 0 1 4 ,   t o   J a n u a r y ,   2 0 1 5 .   M a s s   c o n c e n t r a t i o n s   o f   t e n   t r a c e   m e t a l s   ( A s ,   C d ,   C r ,   N i ,   C o ,   V ,   M n ,   C u ,   P b ,   a n d   Z n )   i n   P M 1 0   w e r e   d e t e r m i n e d   b y   i n d u c t i v e l y   c o u p l e d   p l a s m a - m a s s   s p e c t r o m e t r y .   T h e   r e s u l t s   s h o w e d   Z n ,   P b ,   C u ,   M n   a n d   V   w e r e   t h e   m o s t   a b u n d a n t   e l e m e n t s   f r o m   t h e   i n d u s t r i a l   s i t e s .   C o n c e n t r a t i o n s   f o r   C d ,   C r ,   C o ,   N i ,   M n   a n d   C u   a t   i n d u s t r i a l   s i t e s   g r e a t l y   e x c e e d e d   t h e   a i r   q u a l i t y   s t a n d a r d s   o f   t h e   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n   a n d   t h e   C h i n e s e   M i n i s t r y   o f   E n v i r o n m e n t a l   P r o t e c t i o n .   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   i n d i c a t e d   t h a t   t h e   m a i n   s o u r c e s   o f   t h e   t r a c e   m e t a l s   w e r e   s t e e l   s m e l t i n g ,   f u e l   c o m b u s t i o n ,   g e o l o g i c a l   a n d   m i n e r a l   d u s t .   F o u r   d i f f e r e n t   c l u s t e r s   o f   p a r t i c l e s   ( i . e . ,   m i n e r a l ,   c a l c i u m - c o n t a i n i n g ,   s o o t   a n d   a l u m i n o s i l i c a t e )   w e r e   i d e n t i f i e d   b y   s c a n n i n g   e l e c t r o n   m i c r o s c o p y   c o u p l e d   w i t h   e n e r g y   d i s p e r s i v e   X - r a y   s p e c t r o m e t r y .   C h r o m i u m   ( C r )   w a s   f o u n d   t o   p r e s e n t   t h e   h i g h e s t   e x c e s s   c a n c e r   r i s k ,   i m p l y i n g   t h e   p o t e n t i a l   f o r   c a r c i n o g e n i c   h e a l t h   e f f e c t s   i n   l o c a l   i n h a b i t a n t s .   M a n g a n e s e   ( M n )   p r e s e n t e d   a   n o n - c a r c i n o g e n i c   h e a l t h   r i s k   t o   c h i l d r e n   a n d   a d u l t s ,   w h i l e   t h e   o t h e r   m e t a l s   w e r e   w i t h i n   a c c e p t a b l e   l i m i t s . 	 [ C h e n g ,   X i n ;   H u a n g ,   Y i ;   L o n g ,   Z h i j i e ;   N i ,   S h i j u n ;   S h i ,   Z e m i n g ;   Z h a n g ,   C h e n g j i a n g ]   C h e n g d u   U n i v   T e c h n o l ,   A p p l   N u c l   T e c h n o l   G e o s c i e n c e s   K e y   L a b   S i c h u a n   P r o ,   C h e n g d u   6 1 0 0 5 9 ,   S i c h u a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h e n g ,   X i n ;   H u a n g ,   Y i ;   N i ,   S h i j u n ;   S h i ,   Z e m i n g ;   Z h a n g ,   C h e n g j i a n g ]   C h e n g d u   U n i v   T e c h n o l ,   C o l l   E a r t h   S c i ,   C h e n g d u   6 1 0 0 5 9 ,   S i c h u a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 H u a n g ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h e n g d u   U n i v   T e c h n o l ,   A p p l   N u c l   T e c h n o l   G e o s c i e n c e s   K e y   L a b   S i c h u a n   P r o ,   C h e n g d u   6 1 0 0 5 9 ,   S i c h u a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   H u a n g ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h e n g d u   U n i v   T e c h n o l ,   C o l l   E a r t h   S c i ,   C h e n g d u   6 1 0 0 5 9 ,   S i c h u a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 h u a n g y i @ c d u t . c n 	 	 	 s p e c i a l   S t a t e   I n t e r n a t i o n a l   C o o p e r a t i o n   P l a n   [ 2 0 1 3 D F A 2 1 6 9 0 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n t i f i c   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 4 1 2 7 3 1 2 4 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   s p e c i a l   S t a t e   I n t e r n a t i o n a l   C o o p e r a t i o n   P l a n   ( 2 0 1 3 D F A 2 1 6 9 0 )   a n d   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n t i f i c   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 4 1 2 7 3 1 2 4 ) . 	 A l l e n   A G ,   2 0 0 1 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 5 ,   P 4 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 0 1 ) 0 0 1 9 0 - X ;   C a n e p a r i   S ,   2 0 0 8 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 2 ,   P 8 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 5 2 ;   C s a v i n a   J ,   2 0 1 2 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 3 3 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 1 3 ;   D u a n   J C ,   2 0 1 3 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 7 4 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 3 1 ;   D u b e y   B ,   2 0 1 2 ,   A T M O S   P O L L U T   R E S ,   V 3 ,   P 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 5 0 9 4 / A P R . 2 0 1 2 . 0 2 6 ;   E P A ,   1 9 8 9 ,   E P A 5 4 0 1 8 9 0 0 2 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 2 ,   G B 3 0 9 5 2 0 1 2   M I N   E N V   P ;   H E I D A M   N Z ,   1 9 8 2 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 1 6 ,   P 1 9 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 4 - 6 9 8 1 ( 8 2 ) 9 0 4 6 3 - 2 ;   H u a n g   Y Q ,   2 0 0 9 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 1 3 0 ;   K h o d e i r   M ,   2 0 1 2 ,   A T M O S   P O L L U T   R E S ,   V 3 ,   P 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 5 0 9 4 / A P R . 2 0 1 2 . 0 3 7 ;   K i t a n i   S ,   1 9 9 8 ,   E N V I R O N   T O X I C O L   P H A R ,   V 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 8 2 - 6 6 8 9 ( 9 8 ) 0 0 0 1 2 - X ;   K o n g   S F ,   2 0 1 1 ,   M I C R O C H E M   J ,   V 9 8 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m i c r o c . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 2 ;   L i m   J M ,   2 0 1 0 ,   A T M O S   R E S ,   V 9 6 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 1 3 ;   L v   W W ,   2 0 0 6 ,   E N V I R O N   G E O L ,   V 5 1 ,   P 2 1 1 ;   M a n o l i   E ,   2 0 0 2 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 6 ,   P 9 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 0 1 ) 0 0 4 8 6 - 1 ;   M a n s h a   M ,   2 0 1 2 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 2 5 ,   P 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 5 6 ;   M o r e n o   T ,   2 0 0 6 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 0 ,   P 6 7 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 7 4 ;   S a m a r a   C ,   2 0 1 6 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 5 5 3 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 8 0 ;   S l e z a k o v a   K ,   2 0 0 8 ,   J   A T M O S   C H E M ,   V 6 0 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 7 4 - 0 0 8 - 9 1 1 7 - y ;   S o n i a   C ,   2 0 1 3 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 4 9 ,   P 3 6 3 ;   S u n   Y L ,   2 0 0 4 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 8 ,   P 5 9 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 0 9 ;   T a n   D B ,   2 0 0 5 ,   J   P A N Z H I H U A   U ,   V 4 ,   P 1 1 0 ;   T a n   J H ,   2 0 1 3 ,   J G S C A S ,   V 3 0 ,   P 1 4 6 ;   T a u s   N ,   2 0 0 8 ,   J   E N V I R O N   P R O T   E C O L ,   V 9 ,   P 1 5 ;   T h o m a i d i s   N S ,   2 0 0 3 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 5 2 ,   P 9 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 5 - 6 5 3 5 ( 0 3 ) 0 0 2 9 5 - 9 ;   T i a n   H Z ,   2 0 1 2 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 1 7 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 6 9 ;   U S   E P A ,   2 0 1 1 ,   E X P   F A C T   H D B ;   W a n g   J Q ,   1 9 8 5 ,   S I C H U A N   E N V ,   V 4 ,   P 1 2 ;   W H O ,   2 0 0 2 ,   W O R L D   H L T H   R E P   R E D   H ;   W H O ,   2 0 0 0 ,   G U I D   A I R   Q U A L ;   W u   T ,   2 0 0 4 ,   S C I E N C E ,   V 1 1 ,   P 1 1 ;   X u   O Y ,   1 9 8 4 ,   E N V I R O N   C H E M ,   V 3 ,   P 3 5 ;   X u e   Y H ,   2 0 1 0 ,   A E R O S O L   A I R   Q U A L   R E S ,   V 1 0 ,   P 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 4 2 0 9 / a a q r . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 0 0 2 ;   Z h e n g   N ,   2 0 1 0 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 4 ,   P 3 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 2 ;   Z h o u   S Z ,   2 0 1 4 ,   J   E N V I R O N   S C I - C H I N A ,   V 2 6 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 0 1 - 0 7 4 2 ( 1 3 ) 6 0 3 9 9 - X ;   Z o u   B F ,   1 9 9 3 ,   E N V   P O L L U T   C T R L ,   V 1 5 ,   P 2 6 	 3 6 	 0 	 0 	 2 5 	 2 5 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 0 0 7 - 4 8 6 1 	 1 4 3 2 - 0 8 0 0 	 	 B   E N V I R O N   C O N T A M   T O X 	 B u l l .   E n v i r o n .   C o n t a m .   T o x i c o l . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 9 8 	 1 	 	 	 	 	 7 6 	 8 3 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 2 8 - 0 1 6 - 1 9 7 9 - 0 	 	 8 	 E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s ;   T o x i c o l o g y 	 E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s   &   E c o l o g y ;   T o x i c o l o g y 	 E I 2 M K 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 3 2 1 3 0 0 0 1 4 	 2 7 8 7 2 9 7 2 	 
 
 J 	 L i u ,   X ;   W a n g ,   X L ;   S u ,   Q ;   Z h a n g ,   M ;   Z h u ,   Y H ;   W a n g ,   Q G ;   W a n g ,   Q 	 	 	 	 L i u ,   X i a o ;   W a n g ,   X i a o l i ;   S u ,   Q i a n g ;   Z h a n g ,   M o ;   Z h u ,   Y a n h o n g ;   W a n g ,   Q i u g e n ;   W a n g ,   Q i a n 	 	 	 A   H y b r i d   C l a s s i f i c a t i o n   S y s t e m   f o r   H e a r t   D i s e a s e   D i a g n o s i s   B a s e d   o n   t h e   R F R S   M e t h o d 	 C O M P U T A T I O N A L   A N D   M A T H E M A T I C A L   M E T H O D S   I N   M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 A R T I F I C I A L   I M M U N E - S Y S T E M ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   R O U G H   S E T   A P P R O A C H ;   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   L E A R N I N G   A L G O R I T H M S ;   C A R D I O V A S C U L A R - D I S E A S E ;   D E C I S I O N - S U P P O R T ;   N E U R A L - N E T W O R K S ;   B R E A S T - C A N C E R ;   P R E D I C T I O N 	 H e a r t   d i s e a s e   i s   o n e   o f   t h e   m o s t   c o m m o n   d i s e a s e s   i n   t h e   w o r l d .   T h e   o b j e c t i v e   o f   t h i s   s t u d y   i s   t o   a i d   t h e   d i a g n o s i s   o f   h e a r t   d i s e a s e   u s i n g   a   h y b r i d   c l a s s i f i c a t i o n   s y s t e m   b a s e d   o n   t h e   R e l i e f F   a n d   R o u g h   S e t   ( R F R S )   m e t h o d .   T h e   p r o p o s e d   s y s t e m   c o n t a i n s   t w o   s u b s y s t e m s :   t h e   R F R S   f e a t u r e   s e l e c t i o n   s y s t e m   a n d   a   c l a s s i f i c a t i o n   s y s t e m   w i t h   a n   e n s e m b l e   c l a s s i f i e r .   T h e   f i r s t   s y s t e m   i n c l u d e s   t h r e e   s t a g e s :   ( i )   d a t a   d i s c r e t i z a t i o n ,   ( i i )   f e a t u r e   e x t r a c t i o n   u s i n g   t h e   R e l i e f F   a l g o r i t h m ,   a n d   ( i i i )   f e a t u r e   r e d u c t i o n   u s i n g   t h e   h e u r i s t i c   R o u g h   S e t   r e d u c t i o n   a l g o r i t h m   t h a t   w e   d e v e l o p e d .   I n   t h e   s e c o n d   s y s t e m ,   a n   e n s e m b l e   c l a s s i f i e r   i s   p r o p o s e d   b a s e d   o n   t h e   C 4 . 5   c l a s s i f i e r .   T h e   S t a t l o g   ( H e a r t )   d a t a s e t ,   o b t a i n e d   f r o m   t h e   U C I   d a t a b a s e ,   w a s   u s e d   f o r   e x p e r i m e n t s .   A   m a x i m u m   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   o f   9 2 . 5 9 %   w a s   a c h i e v e d   a c c o r d i n g   t o   a   j a c k k n i f e   c r o s s - v a l i d a t i o n   s c h e m e .   T h e   r e s u l t s   d e m o n s t r a t e   t h a t   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e   p r o p o s e d   s y s t e m   i s   s u p e r i o r   t o   t h e   p e r f o r m a n c e s   o f   p r e v i o u s l y   r e p o r t e d   c l a s s i f i c a t i o n   t e c h n i q u e s . 	 [ L i u ,   X i a o ;   W a n g ,   X i a o l i ;   S u ,   Q i a n g ]   T o n g j i   U n i v ,   S c h   E c o n   &   M a n a g e m e n t ,   S h a n g h a i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h a n g ,   M o ]   S h a n g h a i   M a r i t i m e   U n i v ,   S c h   E c o n   &   M a n a g e m e n t ,   S h a n g h a i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h u ,   Y a n h o n g ]   S h a n g h a i   J i a o   T o n g   U n i v ,   D e p t   S c i   R e s ,   S h a n g h a i   G e n   H o s p ,   S c h   M e d ,   S h a n g h a i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   Q i u g e n ;   W a n g ,   Q i a n ]   S h a n g h a i   J i a o   T o n g   U n i v ,   C t r   T r a u m a ,   S h a n g h a i   G e n   H o s p ,   S c h   M e d ,   S h a n g h a i ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 W a n g ,   X L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T o n g j i   U n i v ,   S c h   E c o n   &   M a n a g e m e n t ,   S h a n g h a i ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 x i a o l i - w a n g @ t o n g j i . e d u . c n 	 	 S u ,   Q i a n g / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 0 0 3 2 - 9 8 8 8 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 7 1 4 3 2 0 0 7 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( G r a n t   n o .   7 1 4 3 2 0 0 7 ) . 	 B e l l m a n   R . ,   1 9 6 1 ,   A D A P T I V E   C O N T R O L   P R O ;   B u s c e m a   M . ,   2 0 1 3 ,   J   I N T E L L   L E A R N   S Y S T ,   V 5 ,   P 2 9 ;   C h e n   W ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 2 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 0 3 ;   C h e n   W ,   2 0 1 0 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 0 1 ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 6 1 ;   C h o u   K C ,   2 0 0 5 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 5 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 4 9 6 8 6 v ;   C h o u   K .   - C . ,   1 9 9 5 ,   B I O C H   M O L   B I O L ,   V 3 0 ,   P 2 7 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 0 4 0 9 2 ;   C h o u   K C ,   2 0 0 8 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 3 7 6 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 0 8 . 0 8 . 1 2 5 ;   C h o u   K C ,   2 0 0 7 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 3 7 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 0 6 ;   D u c h   W ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 2 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 9 1 4 5 2 4 ;   E l - B a z   A H ,   2 0 1 5 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 6 ,   P 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 4 - 1 7 3 1 - 9 ;   E o m   J H ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 4 ,   P 2 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 1 5 ;   E t e m a d   S A ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 2 9 ,   P 5 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 0 1 ;   F e n g   P M ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 9 3 5 7 1 9 ;   F o r e s e e   F D ,   1 9 9 7 ,   1 9 9 7   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V O L S   1 - 4 ,   P 1 9 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C N N . 1 9 9 7 . 6 1 4 1 9 4 ;   H a s s a n i e n   A E ,   2 0 0 4 ,   J   A M   S O C   I N F   S C I   T E C ,   V 5 5 ,   P 9 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a s i . 2 0 0 4 2 ;   H e l m y   T ,   2 0 0 9 ,   I E E E   C   E V O L   C O M P U T A T ,   P 3 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C E C . 2 0 0 9 . 4 9 8 3 3 5 4 ;   H u a n g   J ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 7 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 5 . 5 0 ;   H u a n g   Y ,   2 0 0 9 ,   D A T A   K N O W L   E N G ,   V 6 8 ,   P 1 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d a t a k . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 1 1 ;   J i a n g   S Y ,   2 0 1 6 ,   I N F O R M   P R O C E S S   L E T T ,   V 1 1 6 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i p l . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 0 5 ;   J o v a n o s k i   V . ,   1 9 9 9 ,   P   A N   W A R   M I N   D A T ,   P 7 4 ;   K a h r a m a n l i   H ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 5 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 0 4 ;   K a r e g o w d a   A . G . ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C O M P U T   A P P ,   V 1 ,   P 1 3 ;   K E A R N S   M . J . ,   1 9 9 4 ,   I N T R O   C O M P U T A T I O N A L ;   K i r a   K . ,   1 9 9 2 ,   P   9   I N T   W O R K S H   M A C H ,   P 2 4 9 ;   K o c h a n e k   K e n n e t h   D ,   2 0 1 1 ,   N a t l   V i t a l   S t a t   R e p ,   V 6 0 ,   P 1 ;   K o h a v i   R . ,   1 9 9 8 ,   M A C H   L E A R N ,   V 3 0 ,   P 2 7 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 7 1 8 1 8 2 6 8 9 9 ;   K o n o n e n k o   I ,   1 9 9 7 ,   A P P L   I N T E L L ,   V 7 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 8 2 8 0 6 2 0 6 2 1 ;   K o n o n e n k o   I . ,   1 9 9 4 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g :   E C M L - 9 4 .   E u r o p e a n   C o n f e r e n c e   o n   M a c h i n e   L e a r n i n g .   P r o c e e d i n g s ,   P 1 7 1 ;   L e e   S H ,   2 0 1 5 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 4 5 ,   P 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 3 ;   L i u   J J ,   2 0 0 0 ,   I E E E   C   E V O L   C O M P U T A T ,   P 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C E C . 2 0 0 0 . 8 7 0 3 3 2 ;   M a   C . ,   2 0 1 4 ,   C O M P   M A T H   M A T H   P H Y S ,   V 2 0 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 9 8 5 7 8 9 ;   M a   Y ,   2 0 1 2 ,   E N S E M B L E   M A C H I N E   L E A R N I N G :   M E T H O D S   A N D   A P P L I C A T I O N S ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 4 1 9 - 9 3 2 6 - 7 ;   M c R a e   M P ,   2 0 1 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 5 4 ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 2 9 ;   N i e   F . ,   2 0 1 0 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 8 1 3 ;   O z s e n   S ,   2 0 0 8 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 1 8 ,   P 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 0 4 ;   O z s e n   S ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 6 3 ;   P A W L A K   Z ,   1 9 8 2 ,   I N T   J   C O M P U T   I N F   S C I ,   V 1 1 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 0 0 1 9 5 6 ;   P a w l a k   Z ,   1 9 9 8 ,   C Y B E R N E T   S Y S T ,   V 2 9 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 9 6 9 7 2 9 8 1 2 5 4 7 0 ;   P a w l a k   Z ,   1 9 9 7 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 9 9 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 7 7 - 2 2 1 7 ( 9 6 ) 0 0 3 8 2 - 7 ;   P a w l a k   Z ,   2 0 0 2 ,   I N F O R M A T I O N S C I E N C E ,   V 4 ,   P 1 ;   P o l a t   K ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 1 0 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 9 . 0 1 . 0 4 1 ;   R o b n i k - S i k o n j a   M ,   2 0 0 3 ,   M A C H   L E A R N ,   V 5 3 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 5 6 6 7 3 0 9 7 1 4 ;   R u i z   R ,   2 0 0 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 5 1 2 ,   P 7 4 2 ;   R u i z   R . ,   2 0 0 3 ,   P   K N O W L   B A S   I N T   I N F ,   P 3 2 5 ;   S a h a n   S . ,   2 0 0 5 ,   A R T I F I C I A L   I M M U N E   S Y ,   V 3 6 2 7 ,   P 4 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 1 1 5 3 6 4 4 4 _ 3 5 ;   S k o w r o n   A ,   1 9 9 2 ,   I N T E L L I G E N T   D E C I S I O N ,   V 1 1 ,   P 3 3 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 9 4 - 0 1 5 - 7 9 7 5 - 9 - 2 1 ;   S p o l a o r   N . ,   2 0 1 2 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 7 5 8 9 ,   P 7 2 ;   S r i n i v a s   K ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C O M P U T E R   S C I   E ,   V 2 ,   P 2 5 0 ;   S u b b u l a k s h m i   C V ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   A D V A N C E D   C O M M U N I C A T I O N   C O N T R O L   A N D   C O M P U T I N G   T E C H N O L O G I E S   ( I C A C C C T ) ,   P 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C A C C C T . 2 0 1 2 . 6 3 2 0 8 2 2 ;   S u n   J ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 4 2 ;   T e m u r t a s   H ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 8 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 3 2 ;   T o m   F ,   2 0 0 4 ,   M A C H   L E A R N ,   V 3 1 ,   P 1 ;   T o m a r   D . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   B I O S C I E N C E   B I O ,   V 6 ,   P 6 9 ;   W a n g   S J ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 6 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 4 1 ;   W a n g   X Y ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 8 ,   P 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 0 3 ;   W e t t s c h e r e c k   D ,   1 9 9 7 ,   A R T I F   I N T E L L   R E V ,   V 1 1 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 6 5 9 3 6 1 4 2 5 6 ;   Y a n   G T ,   2 0 0 6 ,   I S S C A A   2 0 0 6 :   1 S T   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   S Y S T E M S   A N D   C O N T R O L   I N   A E R O S P A C E   A N D   A S T R O N A U T I C S ,   V O L S   1 A N D   2 ,   P 4 9 3 ;   Z h a n g   L . - X . ,   2 0 0 3 ,   I N T   C   M A C H   L E A R N   C Y B ,   V 1 ,   P 3 8 0 ;   Z h a o   Z . ,   2 0 1 0 ,   P   2 4   A A A I   C   A R T   I N T 	 5 9 	 0 	 0 	 1 2 	 1 2 	 H I N D A W I   P U B L I S H I N G   C O R P 	 N E W   Y O R K 	 3 1 5   M A D I S O N   A V E   3 R D   F L R ,   S T E   3 0 7 0 ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 7   U S A 	 1 7 4 8 - 6 7 0 X 	 1 7 4 8 - 6 7 1 8 	 	 C O M P U T   M A T H   M E T H O D   M 	 C o m p u t .   M a t h .   M e t h o d   M e d . 	 	 2 0 1 7 	 	 	 	 	 	 	 	 	 8 2 7 2 0 9 1 	 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 7 / 8 2 7 2 0 9 1 	 	 1 1 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E I 5 K U 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 5 3 3 9 0 0 0 0 1 	 	 
 
 J 	 P a r d o ,   A ;   R e a l ,   E ;   K r i s h n a s w a m y ,   V ;   L o p e z - H i g u e r a ,   J M ;   P o g u e ,   B W ;   C o n d e ,   O M 	 	 	 	 P a r d o ,   A r t u r o ;   R e a l ,   E u s e b i o ;   K r i s h n a s w a m y ,   V e n k a t ;   M i g u e l   L o p e z - H i g u e r a ,   J o s e ;   P o g u e ,   B r i a n   W . ;   C o n d e ,   O l g a   M . 	 	 	 D i r e c t i o n a l   K e r n e l   D e n s i t y   E s t i m a t i o n   f o r   C l a s s i f i c a t i o n   o f   B r e a s t   T i s s u e   S p e c t r a 	 I E E E   T R A N S A C T I O N S   O N   M E D I C A L   I M A G I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S u r g i c a l   g u i d a n c e / n a v i g a t i o n ;   b r e a s t ;   d i m e n s i o n a l i t y   r e d u c t i o n ;   I m a g e   r e c o n s t r u c t i o n ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   p a t t e r n   r e c o g n i t i o n   a n d   c l a s s i f i c a t i o n ;   p r o b a b i l i s t i c   a n d  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 U S A 	 P a r d o ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a n t a b r i a ,   P h o t o n   E n g n   G r p ,   S a n t a n d e r   3 9 0 0 6 ,   S p a i n . 	 p a r d o f r a n c o a @ u n i c a n . e s ;   e u s e b i o . r e a l @ u n i c a n . e s ;   v e n k a t a r a m a n a n . k r i s h n a s w a m y @ d a r t m o u t h . e d u ;   l o p e z h j m @ u n i c a n . e s ;   B r i a n . W . P o g u e @ d a r t m o u t h . e d u ;   o l g a . c o n d e @ u n i c a n . e s 	 	 	 p r o j e c t   D A 2 T O I   [ F I S   2 0 1 0 - 1 9 8 6 0 ] ;   p r o j e c t   F O S 4   [ T E C   2 0 1 3 - 4 7 2 6 4 - C 2 - 1 - R ] ;   S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   C u l t u r e   a n d   S p o r t s 	 R e s e a r c h   r e p o r t e d   i n   t h i s   p a p e r   w a s   f u n d e d   b y   p r o j e c t s   D A 2 T O I   ( c o d e n a m e   F I S   2 0 1 0 - 1 9 8 6 0 ) ,   F O S 4   ( c o d e n a m e   T E C   2 0 1 3 - 4 7 2 6 4 - C 2 - 1 - R )  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 P 1 0 9 ;   D h i l l o n   I .   S . ,   2 0 0 3 ,   T R 0 3 0 6   U   T E X   A U S T   D E ;   E g u i z a b a l   A ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 4 ,   P 1 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 4 . 0 0 1 1 0 4 ;   G a r c i a - A l l e n d e   P B ,   2 0 0 8 ,   I E E E   S E N S   J ,   V 8 ,   P 1 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S E N . 2 0 0 8 . 9 2 6 9 2 3 ;   G a r c i a - P o r t u g u e s   E ,   2 0 1 3 ,   J   M U L T I V A R I A T E   A N A L ,   V 1 2 1 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m v a . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 9 ;   G a r c i a - P o r t u g u e s   E ,   2 0 1 3 ,   E L E C T R O N   J   S T A T ,   V 7 ,   P 1 6 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 3 - E J S 8 2 1 ;   I Z E N M A N   A J ,   1 9 9 1 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 8 6 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 9 7 3 2 ;   K r i s h n a s w a m y   V ,   2 0 0 9 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 0 6 5 5 4 0 ;   L a u g h n e y   A M ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   P 6 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 2 - 0 1 3 6 ;   L a u g h n e y   A M ,   2 0 1 0 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 5 1 6 5 9 4 ;   M c C l a t c h y   D M ,   2 0 1 6 ,   O P T I C A ,   V 3 ,   P 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O P T I C A . 3 . 0 0 0 6 1 3 ;   M i l l e r   E .   C . ,   2 0 1 0 ,   P R O C E S S   A N A L   T E C H N O L ,   P 3 7 2 ;   O ' S u l l i v a n   T D ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 7 . 7 . 0 7 1 3 1 1 ;   S c h a n d a   J ,   2 0 0 7 ,   C O L O R I M E T R Y :   U N D E R S T A N D I N G   T H E   C I E   S Y S T E M ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 0 4 7 0 1 7 5 6 3 7 . c h 3 ;   v o n   S m i t t e n   K ,   2 0 0 8 ,   J   S U R G   O N C O L ,   V 9 8 ,   P 5 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s o . 2 1 0 3 8 	 1 7 	 0 	 0 	 8 	 8 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 0 2 7 8 - 0 0 6 2 	 1 5 5 8 - 2 5 4 X 	 	 I E E E   T   M E D   I M A G I N G 	 I E E E   T r a n s .   M e d .   I m a g i n g 	 J A N 	 2 0 1 7 	 3 6 	 1 	 	 	 	 	 6 4 	 7 3 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 9 3 9 4 8 	 	 1 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E I 3 U R 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 4 1 8 0 0 0 0 0 6 	 2 7 4 7 9 9 5 6 	 
 
 S 	 Z h e n g ,   L F ;   C a i ,   S S ;   Z e n g ,   B X ;   X u ,   M 	 	 L i ,   X ;   L u o ,   Q 	 	 Z h e n g ,   L o n g f e i ;   C a i ,   S h u a n g s h u a n g ;   Z e n g ,   B i x i n ;   X u ,   M i n 	 	 	 L u n g   C a n c e r   D i a g n o s i s   w i t h   Q u a n t i t a t i v e   D I C   M i c r o s c o p y   a n d   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e 	 I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   I N N O V A T I V E   O P T I C A L   H E A L T H   S C I E N C E 	 P r o c e e d i n g s   o f   S P I E 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   I n n o v a t i v e   O p t i c a l   H e a l t h   S c i e n c e 	 O C T   1 0 - 1 2 ,   2 0 1 6 	 S h a n g h a i ,   P E O P L E S   R   C H I N A 	 C h i n e s e   S o c   O p t   E n g n ,   S u z h o u   I n s t   B i o m e d   E n g n   &   T e c h n o l ,   C h i n e s e   A c a d   E n g n ,   N a t l   N a t   S c i   F d n   C h i n a 	 	 T I - D I C ;   S c a t t e r i n g - P h a s e   t h e o r e m ;   S c a t t e r i n g   C o e f f i c i e n t ;   R e d u c e d   S c a t t e r i n g   C o e f f i c i e n t ;   A n i s o t r o p y   F a c t o r ;   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e ;   S q u a m o u s   C e l l   L u n g   C a n c e r 	 	 W e   r e p o r t   t h e   s t u d y   o f   l u n g   s q u a m o u s   c e l l   c a r c i n o m a   d i a g n o s i s   u s i n g   t h e   T I - D I C   m i c r o s c o p y   a n d   t h e   s c a t t e r i n g - p h a s e   t h e o r e m .   T h e   s p a t i a l l y   r e s o l v e d   o p t i c a l   p r o p e r t i e s   o f   t i s s u e   a r e   c o m p u t e d   f r o m   t h e   2 D   p h a s e   m a p   v i a   t h e   s c a t t e r i n g - p h a s e   t h e o r e m .   T h e   s c a t t e r i n g   c o e f f i c i e n t ,   t h e   r e d u c e d   s c a t t e r i n g   c o e f f i c i e n t ,   a n d   t h e   a n i s o t r o p y   f a c t o r   a r e   a l l   f o u n d   t o   i n c r e a s e   w i t h   t h e   g r a d e   o f   l u n g   c a n c e r .   T h e   r e t r i e v e d   o p t i c a l   p a r a m e t e r s   a r e   s h o w n   t o   d i s t i n g u i s h   c a n c e r   c a s e s   f r o m   t h e   n o r m a l   c a s e s   w i t h   h i g h   a c c u r a c y .   T h i s   l a b e l - f r e e   m i c r o s c o p i c   a p p r o a c h   a p p l i c a b l e   t o   f r e s h   t i s s u e s   m a y   b e   p r o m i s i n g   f o r   i n   s i t u   r a p i d   c a n c e r   d i a g n o s i s . 	 [ Z h e n g ,   L o n g f e i ;   C a i ,   S h u a n g s h u a n g ;   Z e n g ,   B i x i n ]   W e n z h o u   M e d   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   W e n z h o u   3 2 5 0 3 5 ,   Z h e j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h e n g ,   L o n g f e i ;   C a i ,   S h u a n g s h u a n g ;   Z e n g ,   B i x i n ]   W e n z h o u   M e d   U n i v ,   I n s t   L a s e r s   &   B i o m e d   P h o t o n ,   W e n z h o u   3 2 5 0 3 5 ,   Z h e j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ X u ,   M i n ]   F a i r f i e l d   U n i v ,   D e p t   P h y s ,   1 0 7 3   N o r t h   B e n s o n   R d ,   F a i r f i e l d ,   C T   0 6 8 2 4   U S A 	 X u ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F a i r f i e l d   U n i v ,   D e p t   P h y s ,   1 0 7 3   N o r t h   B e n s o n   R d ,   F a i r f i e l d ,   C T   0 6 8 2 4   U S A . 	 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 4 7 0 0 8 1 ] ;   K e y   P r o j e c t   o f   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   Z h e j i a n g   P r o v i n c e s   [ L Z 1 6 H 1 8 0 0 0 2 ] ;   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   o f   W e n z h o u   M e d i c a l   U n i v e r s i t y   [ 8 9 2 1 3 0 1 8 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   N a t i o n a l   N a t u r a l  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 H a t i m ]   K i n g   S a u d   U n i v ,   C o l l   C o m p   &   I n f o r m a t   S c i ,   D e p t   C o m p   S c i ,   R i y a d h   1 1 5 4 3 ,   S a u d i   A r a b i a ;   [ B e b i s ,   G e o r g e ]   U n i v   N e v a d a ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   R e n o ,   N V   8 9 5 5 7   U S A 	 K h a n ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C o m s a t s   I n s t   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   D e p t   C o m p   S c i ,   A t t o c k ,   P a k i s t a n . 	 s a l a b a t . k h a n @ n u . e d u . p k 	 	 	 N S T I P   s t r a t e g i c   t e c h n o l o g i e s   p r o g r a m s   i n   t h e   K i n g d o m   o f   S a u d i   A r a b i a   [ 0 8 - I N F 3 2 5 - 0 2 ] 	 T h i s   p r o j e c t   w a s   s u p p o r t e d   b y   N S T I P   s t r a t e g i c   t e c h n o l o g i e s   p r o g r a m s ,   g r a n t   n u m b e r   0 8 - I N F 3 2 5 - 0 2   i n   t h e   K i n g d o m   o f   S a u d i   A r a b i a . 	 A l a m   R N ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   B I O L   B I O M E D   E N ,   V 3 ,   P 5 1 ;   A l t e k r u s e   S F ,   2 0 1 0 ,   S E E R   C A N C   S T A T   R E V   1 ;   B h a n g a l e   T ,   2 0 0 0 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 0 0 . 9 0 0 9 2 5 ;   B o s e r   B .   E . ,   1 9 9 2 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   F i f t h   A n n u a l   A C M   W o r k s h o p   o n   C o m p u t a t i o n a l   L e a r n i n g   T h e o r y ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 0 3 8 5 . 1 3 0 4 0 1 ;   B r a z   G ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 9 ,   P 1 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 9 ;   B u r g e s   C J C ,   1 9 9 8 ,   D A T A   M I N   K N O W L   D I S C ,   V 2 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 9 7 1 5 9 2 3 5 5 5 ;   C o s t a   D D ,   2 0 1 1 ,   B I O M E D   E N G   O N L I N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 9 2 5 X - 1 0 - 5 5 ;   D A U G M A N   J G ,   1 9 8 0 ,   V I S I O N   R E S ,   V 2 0 ,   P 8 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 4 2 - 6 9 8 9 ( 8 0 ) 9 0 0 6 5 - 6 ;   D E M S A R   J ,   2 0 0 6 ,   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 1 ;   D o m i n g u e z   A R ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 6 ;   D u d a   R .   O . ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   E l - N a q a   I ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 1 ,   P 1 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 2 . 8 0 6 5 6 9 ;   E l t e r   M ,   2 0 0 9 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 6 ,   P 2 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 1 2 1 5 1 1 ;   E s t e v e   J ,   1 9 9 3 ,   T E C H   R E P ;   F i s h e r   R A ,   1 9 3 6 ,   A N N   E U G E N I C ,   V 7 ,   P 1 7 9 ;   G a r c i a   S ,   2 0 0 8 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 9 ,   P 2 6 7 7 ;   G r i g o r e s c u   S E ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 1 ,   P 1 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 2 . 8 0 4 2 6 2 ;   H s u   C . - W . ,   2 0 1 0 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   H u s s a i n   M ,   2 0 1 2 ,   I E T   C   I M   P R O C   L O N D   2 ,   P 1 ;   H u s s a i n   M ,   2 0 1 4 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 5 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 3 - 1 4 5 0 - 7 ;   I o a n   B . ,   2 0 1 1 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 6 ,   P 3 7 0 ;   L a h m i r i   S ,   2 0 1 1 ,   P   N E W   C I R C   S Y S T   C   N E ,   P 5 3 ;   L l a d o   X ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 3 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 7 ;   M a n j u n a t h   B S ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 8 ,   P 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 5 3 1 8 0 3 ;   M o a y e d i   F ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 0 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 6 ;   M o h a m e d   M . E . ,   2 0 1 0 ,   C O M P   M E D   I M A G   G R A P H ,   V 3 4 ,   P 2 6 9 ;   N u n e s   A n d r e   P e r e i r a ,   2 0 1 0 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   S i g n a l   a n d   I m a g i n g   S y s t e m s   E n g i n e e r i n g ,   V 3 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J S I S E . 2 0 1 0 . 0 3 4 6 3 1 ;   O l i v e r   A ,   2 0 1 0 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 4 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 5 ;   P e t e r   K . ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   I   P ,   V 8 ,   P 1 3 9 5 ;   R a n g a y y a n   R .   M . ,   2 0 0 0 ,   P r o c e e d i n g s   1 3 t h   B r a z i l i a n   S y m p o s i u m   o n   C o m p u t e r   G r a p h i c s   a n d   I m a g e   P r o c e s s i n g   ( C a t .   N o . P R 0 0 8 7 8 ) ,   P 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S I B G R A . 2 0 0 0 . 8 8 3 9 1 0 ;   R e y a d   Y A ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 4 - 0 1 0 0 - 7 ;   R o g o v a   G L ,   1 9 9 9 ,   P R O C   S P I E ,   V 3 6 6 1 ,   P 1 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 3 4 8 5 4 2 ;   S a m p a i o   W B ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 1 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 1 7 ;   d e   O l i v e i r a   F S S ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 5 7 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 1 6 ;   S u   Y ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 8 ,   P 1 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 9 . 2 0 2 1 7 3 7 ;   S u n   Z H ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 5 ,   P 2 0 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 6 . 8 7 7 0 6 2 ;   S z e k e l y   N ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   I N S T R U M   M E A S ,   V 5 5 ,   P 9 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I M . 2 0 0 6 . 8 7 0 1 0 4 ;   T a n g   J S ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 8 . 2 0 0 9 4 4 1 ;   T U R K   M ,   1 9 9 1 ,   J   C O G N I T I V E   N E U R O S C I ,   V 3 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / j o c n . 1 9 9 1 . 3 . 1 . 7 1 ;   T U R N E R   M R ,   1 9 8 6 ,   B I O L   C Y B E R N ,   V 5 5 ,   P 7 1 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 9 5 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   W a n g   Y ,   2 0 0 7 ,   I E E E   S E N S   J ,   V 7 ,   P 1 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S E N . 2 0 0 7 . 9 0 5 0 4 5 ;   W E I   D T ,   1 9 9 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 2 ,   P 1 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 7 4 1 8 ;   Y u f e n g   Z . ,   2 0 1 0 ,   A L G O R I T H M S ,   V 3 ,   P 4 4 	 4 4 	 0 	 0 	 1 1 	 1 1 	 S P R I N G E R 	 D O R D R E C H T 	 V A N   G O D E W I J C K S T R A A T   3 0 ,   3 3 1 1   G Z   D O R D R E C H T ,   N E T H E R L A N D S 	 1 3 8 0 - 7 5 0 1 	 1 5 7 3 - 7 7 2 1 	 	 M U L T I M E D   T O O L S   A P P L 	 M u l t i m e d .   T o o l s   A p p l . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 7 6 	 1 	 	 	 	 	 3 3 	 5 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 4 2 - 0 1 5 - 3 0 1 7 - 3 	 	 2 5 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   S o f t w a r e   E n g i n e e r i n g ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 E I 2 B T 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 2 9 2 0 0 0 0 0 3 	 	 
 
 S 	 L i ,   J ;   L i ,   R ;   Z h e n ,   L Q ;   W a n g ,   Y H ;   X i e ,   S S ;   L i n ,   J Q 	 	 L u o ,   Q ;   L i ,   X ;   G u ,   Y ;   T a n g ,   Y ;   Z h u ,   D 	 	 L i ,   J u a n ;   L i ,   R e n ;   Z h e n ,   L i q i n ;   W a n g ,   Y u h u a ;   X i e ,   S h u s e n ;   L i n ,   J u q i a n g 	 	 	 D e t e c t i o n   o f   m a s t   c e l l   s e c r e t i o n   b y   u s i n g   s u r f a c e   e n h a n c e d   R a m a n   s c a t t e r i n g 	 O P T I C S   I N   H E A L T H   C A R E   A N D   B I O M E D I C A L   O P T I C S   V I I 	 P r o c e e d i n g s   o f   S P I E 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 C o n f e r e n c e   o n   O p t i c s   i n   H e a l t h   C a r e   a n d   B i o m e d i c a l   O p t i c s   V I I 	 O C T   1 2 - 1 4 ,   2 0 1 6 	 B e i j i n g ,   P E O P L E S   R   C H I N A 	 S P I E ,   C h i n e s e   O p t   S o c 	 	 m a s t   c e l l s ;   d e g r a n u l a t i o n ;   S u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s c a t t e r i n g ( S E R S ) ;   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) 	 S P E C T R O S C O P Y ;   D I A G N O S I S ;   C A N C E R S 	 A c u p u n c t u r e   c a n   c a u s e   a   r e m a r k a b l e   i n c r e a s e   i n   d e g r a n u l a t i o n   o f   t h e   m a s t   c e l l s ,   w h i c h   h a s   a t t r a c t e d   t h e   i n t e r e s t   o f   r e s e a r c h e r s   s i n c e   t h e   1 9 8 0 s .   S u r f a c e - e n h a n c e d   R a m a n   s c a t t e r i n g   ( S E R S )   c o u l d   o b t a i n   b i o c h e m i c a l   i n f o r m a t i o n   w i t h   h i g h   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y .   I n   t h i s   s t u d y ,   S E R S   w a s   u s e d   t o   d e t e c t   t h e   d e g r e e   o f   d e g r a n u l a t i o n   o f   m a s t   c e l l s   a c c o r d i n g   t o   d i f f e r e n t   i n c u b a t e   t i m e .   M a s t   c e l l s   w a s   i n c u b a t e d   w i t h   c u l t u r e   m e d i u m   f o r   0   h ,   1 2   h   a n d   2 4   h ,   t h e n   c e n t r i f u g e   t h e   c u l t u r e   m e d i u m ,   d e c a n t   t h e   s u p e r n a t a n t ,   a n d   d i s c a r d   t h e   m a s t   c e l l .   S E R S   w a s   p e r f o r m e d   t o   o b t a i n   t h e   b i o c h e m i c a l   f i n g e r p r i n t i n g   s i g n a t u r e s   o f   t h e   c e n t r i f u g e d   m e d i u m .   T h e   s p e c t r a   d a t a   a r e   t h e n   a n a l y z e d   b y   s p e c t r a l   p e a k s   a t t r i b u t i o n   a n d   t h e   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) .   T h e   m e a s u r e d   R a m a n   s p e c t r a   o f   t h e   t w o   g r o u p s   w e r e   s e p a r a t e d   w e l l   b y   P C A .   I t   i n d i c a t e d   t h a t   m a s t   c e l l s   h a d   s e c r e t e d   s o m e   s u b s t a n c e s   i n t o   c u l t u r e d   m e d i u m   t h o u g h   d e g r a n u l a t i o n   d i d   n o t   h a p p e n . 	 [ L i ,   J u a n ;   L i ,   R e n ;   Z h e n ,   L i q i n ;   W a n g ,   Y u h u a ;   X i e ,   S h u s e n ;   L i n ,   J u q i a n g ]   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   M i n i s t   E d u c ,   K e y   L a b   O p t o e l e c t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   J u a n ;   L i ,   R e n ;   Z h e n ,   L i q i n ;   W a n g ,   Y u h u a ;   X i e ,   S h u s e n ;   L i n ,   J u q i a n g ]   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   F u j i a n   P r o v   K e y   L a b   P h o t o n   T e c h n o l ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i n ,   J Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   M i n i s t   E d u c ,   K e y   L a b   O p t o e l e c t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   L i n ,   J Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   F u j i a n   P r o v   K e y   L a b   P h o t o n   T e c h n o l ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 	 	 	 N a t i o n a l   K e y   B a s i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C h i n a   [ 2 0 1 5 C B 3 5 2 0 0 6 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 3 3 5 0 1 1 ,   1 1 2 7 4 0 6 5 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   [ 2 0 1 5 J 0 1 2 4 2 ] ;   P r o g r a m   f o r   C h a n g j i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   [ I R T _ 1 5 R 1 0 ] ;   P r o g r a m   f o r   N e w   C e n t u r y   E x c e l l e n t   T a l e n t s   i n   U n i v e r s i t y   o f   E d u c a t i o n   B u r e a u   o f   F u j i a n   P r o v i n c e ,   C h i n a 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   K e y   B a s i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( N o .   2 0 1 5 C B 3 5 2 0 0 6 ) ,   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o s .   6 1 3 3 5 0 1 1   a n d   1 1 2 7 4 0 6 5 ) ,   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   ( N o s .   2 0 1 5 J 0 1 2 4 2 ) ,   P r o g r a m   f o r   C h a n g j i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   ( N o .   I R T _ 1 5 R 1 0 ) ,   P r o g r a m   f o r   N e w   C e n t u r y   E x c e l l e n t   T a l e n t s   i n   U n i v e r s i t y   o f   E d u c a t i o n   B u r e a u   o f   F u j i a n   P r o v i n c e ,   C h i n a . 	 A l m o n d   L M ,   2 0 1 4 ,   G A S T R O I N T E S T   E N D O S C ,   V 7 9 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g i e . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 2 8 ;   C h a o   J ,   2 0 1 6 ,   J   M A T E R   C H E M   B ,   V 4 ,   P 1 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 t b 0 2 1 3 5 a ;   C h e n g   W .   T . ,   2 0 0 5 ,   R E S   T E C H ,   V 6 8 ,   P 7 5 ;   D u k o r   R . K . ,   2 0 0 2 ,   B I O M E D I C A L   A P P L ,   V 5 ,   P 3 3 3 5 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 1 ,   S C I   C H I N A   L I F E   S C I ,   V 5 4 ,   P 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 2 7 - 0 1 1 - 4 2 1 2 - 8 ;   H u a n g   Z W ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 1 5 0 0 ;   K r a f f t   C ,   2 0 0 5 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 6 1 ,   P 1 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 1 7 ;   R u i z - C h i c a   A J ,   2 0 0 4 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 5 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 1 1 0 7 ;   S t o n e   N ,   2 0 0 4 ,   F A R A D A Y   D I S C U S S ,   V 1 2 6 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 3 0 4 9 9 2 b ;   S t o n e   N ,   2 0 0 2 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 3 ,   P 5 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 8 8 2 	 1 0 	 0 	 0 	 4 	 4 	 S P I E - I N T   S O C   O P T I C A L   E N G I N E E R I N G 	 B E L L I N G H A M 	 1 0 0 0   2 0 T H   S T ,   P O   B O X   1 0 ,   B E L L I N G H A M ,   W A   9 8 2 2 7 - 0 0 1 0   U S A 	 0 2 7 7 - 7 8 6 X 	 	 9 7 8 - 1 - 5 1 0 6 - 0 4 6 7 - 4 ;   9 7 8 - 1 - 5 1 0 6 - 0 4 6 8 - 1 	 P R O C   S P I E 	 	 	 2 0 1 7 	 0 0 2 4 	 	 	 	 	 	 	 	 U N S P   1 0 0 2 4 2 9 	 1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 2 4 5 5 8 0 	 	 4 	 O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 B G 8 G P 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 2 6 9 6 0 0 0 3 7 	 	 
 
 S 	 Y a n g ,   J ;   W a n g ,   C ;   C a i ,   G ;   D o n g ,   X N 	 	 L u o ,   Q ;   L i ,   X ;   G u ,   Y ;   T a n g ,   Y ;   Z h u ,   D 	 	 Y a n g   J i n g ;   W a n g   C h e n g ;   C a i   G a n ;   D o n g   X i a o n a 	 	 	 D i s c r i m i n a t i o n   o f   L i v e r   C a n c e r   i n   C e l l u l a r   L e v e l   B a s e d   o n   B a c k s c a t t e r   M i c r o - s p e c t r u m   w i t h   P C A   A l g o r i t h m   a n d   B P   N e u r a l   N e t w o r k 	 O P T I C S   I N   H E A L T H   C A R E   A N D   B I O M E D I C A L   O P T I C S   V I I 	 P r o c e e d i n g s   o f   S P I E 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 C o n f e r e n c e   o n   O p t i c s   i n   H e a l t h   C a r e   a n d   B i o m e d i c a l   O p t i c s   V I I 	 O C T   1 2 - 1 4 ,   2 0 1 6 	 B e i j i n g ,   P E O P L E S   R   C H I N A 	 S P I E ,   C h i n e s e   O p t   S o c 	 	 m i c r o s p e c t r o s c o p y ;   h e p a t o m a  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 R   H ,   2 0 1 0 ,   P R A C T I C A L   M E D   J ,   P 1 6 3 ;   L i   Y ,   2 0 1 1 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 7 9 A ,   P 8 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 1 1 3 4 ;   N e d o s e k i n   D A ,   2 0 1 4 ,   C H E M   B I O L ,   V 2 1 ,   P 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m b i o l . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 2 ;   N e d o s e k i n   D A ,   2 0 1 1 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 7 9 A ,   P 8 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 1 1 0 2 ;   S e l v a k u m a r   N ,   2 0 0 4 ,   M O D E L   S I M U L   M A T E R   S C ,   V 1 2 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 9 6 5 - 0 3 9 3 / 1 2 / 4 / 0 0 4 ;   S h e n g   W   B ,   C H I N E S E   J   M E D ,   V 0 1 5 ;   S u n   W ,   T   I N D I A N   I   M E T A L S ,   P 1 ;   T u c h i n   V V ,   2 0 1 1 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 7 9 A ,   P 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 1 1 4 3 ;   V e t t i v e l   S C ,   2 0 1 3 ,   M A T E R   D E S I G N ,   V 4 5 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t d e s . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 5 6 ;   W a n g   C ,   2 0 1 6 ,   O P T I K   I N T   J   L I G H T   E L ,   V 1 2 7 ,   P 1 0 0 7 ;   W a n g   C ,   2 0 0 9 ,   L A S E R   C H I N A ,   P 2 6 3 6 ;   W a n g   X   C ,   2 0 1 3 ,   M A T L A B   N E U R A L   N E T W O R ;   X i a o s o n g   L ,   2 0 1 5 ,   I N T E R N E T   W O R L D ,   V 1 2 ,   P 3 3 ;   X i a o s o n g   L ,   2 0 1 5 ,   I N T E R N E T   W O R L D ,   V 1 2 ,   P 2 8 	 1 9 	 0 	 0 	 3 	 3 	 S P I E - I N T   S O C   O P T I C A L   E N G I N E E R I N G 	 B E L L I N G H A M 	 1 0 0 0   2 0 T H   S T ,   P O   B O X   1 0 ,   B E L L I N G H A M ,   W A   9 8 2 2 7 - 0 0 1 0   U S A 	 0 2 7 7 - 7 8 6 X 	 	 9 7 8 - 1 - 5 1 0 6 - 0 4 6 7 - 4 ;   9 7 8 - 1 - 5 1 0 6 - 0 4 6 8 - 1 	 P R O C   S P I E 	 	 	 2 0 1 7 	 0 0 2 4 	 	 	 	 	 	 	 	 U N S P   1 0 0 2 4 3 9 	 1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 2 4 6 0 7 0 	 	 9 	 O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 B G 8 G P 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 2 6 9 6 0 0 0 6 7 	 	 
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 N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 2 2 ,   P 1 0 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 3 ;   A L T M A N   D G ,   1 9 9 4 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 0 8 ,   P 1 5 5 2 ;   A z a r   A T ,   2 0 1 3 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 3 ,   P 1 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 2 - 1 1 3 4 - 8 ;   B a c h e   K ,   2 0 1 3 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   B e r t h o l d   M R ,   1 9 9 8 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 9 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 5 - 2 3 1 2 ( 9 7 ) 0 0 0 6 3 - 5 ;   B U R R A S C A N O   P ,   1 9 9 1 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 ,   P 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 8 8 1 6 5 ;   C h a n d r a   B ,   2 0 1 1 ,   2 0 1 1   I N T E R N A T I O N A L   J O I N T   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   ( I J C N N ) ,   P 9 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I J C N N . 2 0 1 1 . 6 0 3 3 3 2 0 ;   C h a n g   R .   K .   Y . ,   2 0 0 8 ,   I N F O R M A T I C A ,   V 3 2 ,   P 2 1 9 ;   C h a p e l l e   O ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 5 0 3 2 7 3 8 7 ;   C h t i o u i   Y ,   1 9 9 8 ,   O P T   E N G ,   V 3 7 ,   P 3 0 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 6 0 1 9 7 2 ;   C h t i o u i   Y ,   1 9 9 6 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 3 5 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 9 - 7 4 3 9 ( 9 6 ) 0 0 0 6 5 - 2 ;   C h u   F ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   N E U R A L   S Y S T ,   V 1 5 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 1 2 9 0 6 5 7 0 5 0 0 0 3 9 6 ;   F o l l a n d   R ,   2 0 0 4 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 3 1 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 4 . 0 1 . 0 0 4 ;   F u   X J ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 3 3 ,   P 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C B . 2 0 0 3 . 8 1 0 9 1 1 ;   G e o r g i o u   V L ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   A R T I F   I N T E L L   T ,   V 1 5 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 8 2 1 3 0 0 6 0 0 2 7 2 2 ;   G e o r g i o u   V L ,   2 0 0 8 ,   N E U R A L   P R O C E S S   L E T T ,   V 2 7 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 1 0 6 3 - 0 0 7 - 9 0 6 6 - 5 ;   G o r u n e s c u   F ,   2 0 0 5 ,   C O M P   M E D   S Y ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C B M S . 2 0 0 5 . 2 4 ;   H a r t i g a n   J .   A . ,   1 9 7 9 ,   A p p l i e d   S t a t i s t i c s ,   V 2 8 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 3 4 6 8 3 0 ;   H s u   C W ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 3 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 9 9 1 4 2 7 ;   H u a n g   C J ,   2 0 0 4 ,   N E U R A L   P R O C E S S   L E T T ,   V 1 9 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : N E P L . 0 0 0 0 0 3 5 6 1 3 . 5 1 7 3 4 . 4 8 ;   K e c m a n   V o j i s l a v ,   2 0 0 1 ,   L E A R N I N G   S O F T   C O M P U T ;   K h a n d o k e r   A H ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 8 . 2 0 0 4 4 9 5 ;   K l u s k a   J . ,   2 0 0 9 ,   A N A L   M E T H O D S   F U Z Z Y   M ;   K o w a l s k i   P A ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 8 7 2 2 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 0 5 5 4 - 3 _ 2 0 ;   K u s y   M ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T S   A R T I F I C I   1 ,   P 1 1 8 ;   K u s y   M ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 6 ,   P 2 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 4 . 2 3 7 6 7 0 3 ;   L e e   J ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 4 7 ;   L e e   J ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 8 ,   P 1 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 6 . 2 2 5 ;   L i u   B ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 5 ,   P 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 0 6 . 8 7 5 0 4 0 ;   L L O Y D   S P ,   1 9 8 2 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 2 8 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 1 9 8 2 . 1 0 5 6 4 8 9 ;   M a n t z a r i s   D ,   2 0 1 1 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 2 4 ,   P 8 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 3 ;   M a o   K Z ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 1 ,   P 1 0 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 8 5 7 7 8 1 ;   M a s t e r s   T . ,   1 9 9 5 ,   A D V   A L G O R I T H M S   N E U R A ;   M a s t e r s   T . ,   1 9 9 3 ,   P R A C T I C A L   N E U R A L   N E T ;   P A R Z E N   E ,   1 9 6 2 ,   A N N   M A T H   S T A T ,   V 3 3 ,   P 1 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o m s / 1 1 7 7 7 0 4 4 7 2 ;   R a m a k r i s h n a n   S ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   I M A G   S Y S T   T E C H ,   V 1 7 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i m a . 2 0 1 2 2 ;   R i o r d a n   J . ,   1 9 5 8 ,   I N T R O   C O M B I N A T O R I A L ;   S a i t i   F ,   2 0 0 9 ,   P   3   I N T   C   B I O I N F   B I O ,   P 1 ;   S c h o l k o p f   B ,   2 0 0 0 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 2 ,   P 1 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 0 0 3 0 0 0 1 5 5 6 5 ;   S c h o l k o p f   B . ,   2 0 0 2 ,   L E A R N I N G   K E R N E L S   S U P ;   S h a n   Y C ,   2 0 0 2 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 4 7 1 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 3 - 2 6 7 0 ( 0 2 ) 0 0 9 2 4 - 8 ;   S h e r r o d   P H ,   2 0 1 5 ,   D T R E G   P R E D I C T I V E   M O D ;   S k r e t   A ,   2 0 0 1 ,   C   E U R   S O C   G Y N   O B S T   I ,   P 1 8 9 ;   S p e c h t   D   F ,   1 9 9 0 ,   I E E E   T r a n s   N e u r a l   N e t w ,   V 1 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 8 0 2 1 0 ;   S p e c h t   D .   F . ,   1 9 9 2 ,   P   I N T   J O I N T   C   N E U R   N ,   V 1 ,   P 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I J C N N . 1 9 9 2 . 2 8 7 0 9 5 ;   S p e c h t   D .   F . ,   1 9 9 4 ,   N E U R   N E T W   1 9 9 4   I E E E ,   V 2 ,   P 1 2 0 3 ;   S T R E I T   R L ,   1 9 9 4 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 5 ,   P 7 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 3 1 7 7 2 8 ;   T e m u r t a s   H ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 8 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 3 2 ;   T R A V E N   H G C ,   1 9 9 1 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 ,   P 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 9 7 9 1 3 ;   T s a n g   I W ,   2 0 0 5 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 6 ,   P 3 6 3 ;   T s e n g   V S ,   2 0 0 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 2 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 5 . 5 6 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 9 5 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   V e n k a t e s h   S ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 8 9 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 1 1 5 ;   W a n g   L .   P . ,   2 0 0 5 ,   D A T A   M I N I N G   C O M P U T A T ;   W e n   X B ,   2 0 0 9 ,   S O F T   C O M P U T ,   V 1 3 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 0 0 - 0 0 8 - 0 3 3 1 - y ;   W u   X D ,   2 0 0 8 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 1 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 0 7 - 0 1 1 4 - 2 ;   X U   L ,   1 9 9 4 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 7 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 9 4 ) 9 0 0 4 0 - X ;   Y e h   I C ,   2 0 1 1 ,   N E U R A L   P R O C E S S   L E T T ,   V 3 4 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 6 3 - 0 1 1 - 9 1 9 1 - z ;   Z A K N I C H   A ,   1 9 9 7 ,   P   I E E E   I N T   C   N E U R   N E ,   P 1 1 1 7 ;   Z h a n g   L N ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   C I R C   S Y S T   V I D ,   V 2 4 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C S V T . 2 0 1 3 . 2 2 7 6 1 7 2 ;   Z h o n g   M ,   2 0 0 7 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 9 ,   P 2 8 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 2 0 0 7 . 1 9 . 1 0 . 2 8 4 0 	 6 1 	 0 	 0 	 4 	 4 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 1 4 3 2 - 7 6 4 3 	 1 4 3 3 - 7 4 7 9 	 	 S O F T   C O M P U T 	 S o f t   C o m p u t . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 2 1 	 1 	 	 	 S I 	 	 1 9 9 	 2 1 2 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 0 0 - 0 1 6 - 2 3 8 2 - 9 	 	 1 4 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E H 9 B B 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 0 6 5 6 0 0 0 1 8 	 	 
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 V 1 1 2 ,   p E 4 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 0 6 2 6 4 1 1 2 ;   B i a s u t t i   M ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 5 5 5 9 ;   B l o k h   D . ,   2 0 1 6 ,   P R O G   N E U R O B I O L ;   B o o i j   B B ,   2 0 1 1 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 2 3 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 2 0 1 0 - 1 0 1 5 1 8 ;   B u r k l e   A ,   2 0 1 5 ,   M E C H   A G E I N G   D E V ,   V 1 5 1 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a d . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 6 ;   B u r n h a m   S C ,   2 0 1 4 ,   M O L   P S Y C H I A T R ,   V 1 9 ,   P 5 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m p . 2 0 1 3 . 4 0 ;   B y n u m   J P W ,   2 0 1 4 ,   H E A L T H   A F F A I R ,   V 3 3 ,   P 5 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 7 / h l t h a f f . 2 0 1 3 . 1 2 4 7 ;   C a s t a l d i   P J ,   2 0 1 1 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 2 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b q 0 7 3 ;   C h a n g   L . ,   2 0 1 4 ,   M O L   P S Y C H I A T R ,   V 2 0 ,   P 1 1 8 8 ;   C h o w d a r y   D ,   2 0 0 6 ,   J   M O L   D I A G N ,   V 8 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 2 3 5 3 / j m o l d x . 2 0 0 6 . 0 5 0 0 5 6 ;   C o l q u h o u n   D ,   2 0 1 4 ,   R O Y   S O C   O P E N   S C I ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s o s . 1 4 0 2 1 6 ;   C r o s s l a n d   H . ,   2 0 1 6 ,   F A S E B   J ;   D e w e y   F E ,   2 0 1 4 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 1 1 ,   P 1 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 1 4 . 1 7 1 7 ;   D o e c k e   J D ,   2 0 1 2 ,   A R C H   N E U R O L - C H I C A G O ,   V 6 9 ,   P 1 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h n e u r o l . 2 0 1 2 . 1 2 8 2 ;   D o w s e t t   M ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 1 ,   P 2 7 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 2 . 4 6 . 1 5 5 8 ;   D u b o i s   B ,   2 0 1 4 ,   L A N C E T   N E U R O L ,   V 1 3 ,   P 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 4 - 4 4 2 2 ( 1 4 ) 7 0 0 9 0 - 0 ;   D u d l e y   J T ,   2 0 0 9 ,   P A C I F I C   S Y M P O S I U M   O N   B I O C O M P U T I N G   2 0 0 9 ,   P 2 7 ;   F e h l b a u m - B e u r d e l e y   P ,   2 0 1 2 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 3 2 ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 2 0 1 2 - 1 2 0 6 3 7 ;   F u r i a k   N M ,   2 0 1 0 ,   B M C   M E D   I N F O R M   D E C I S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 2 - 6 9 4 7 - 1 0 - 2 4 ;   G l a s s   D ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 3 - 1 4 - 7 - r 7 5 ;   H a r p e r   S ,   2 0 1 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 6 ,   P 5 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 5 4 4 0 5 ;   H e m p e l   H . ,   2 0 1 4 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 8 8 ,   P 4 2 6 ;   H e n r i k s e n   K ,   2 0 1 4 ,   A L Z H E I M E R S   D E M E N T ,   V 1 0 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a l z . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 3 ;   H o p k i n s   A L ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 8 9 2 ;   H o p k i n s   A L ,   2 0 0 8 ,   N A T   C H E M   B I O L ,   V 4 ,   P 6 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c h e m b i o . 1 1 8 ;   H o r v a t h   S ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 3 - 1 4 - 1 0 - r 1 1 5 ;   H u   W T ,   2 0 1 2 ,   N E U R O L O G Y ,   V 7 9 ,   P 8 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 2 / W N L . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 6 6 f a 7 0 ;   H y e   A ,   2 0 1 4 ,   A L Z H E I M E R S   D E M E N T ,   V 4 4 ,   P 1 ;   J a c k   C R ,   2 0 1 6 ,   L A N C E T   N E U R O L ,   V 1 5 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 4 - 4 4 2 2 ( 1 5 ) 0 0 3 2 3 - 3 ;   K a n a n e n   L ,   2 0 1 6 ,   A G E ,   V 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 7 - 0 1 6 - 9 9 2 7 - 9 ;   K i d d l e   S J ,   2 0 1 4 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 3 8 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 1 3 0 3 8 0 ;   K o n t o s   C D ,   1 9 9 8 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 1 8 ,   P 4 1 3 1 ;   K u m a r   P ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 9 8 0 7 ;   L a m b   J ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 1 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 3 2 9 3 9 ;   L a s k e   C ,   2 0 1 5 ,   A L Z H E I M E R S   D E M E N T ,   V 1 1 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a l z . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 4 ;   L e i d i n g e r   P ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 3 - 1 4 - 7 - r 7 8 ;   L e v i n e   M E ,   2 0 1 6 ,   J   G E R O N T O L   A - B I O L ,   V 7 1 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / g e r o n a / g l v 1 4 1 ;   L o t z   M ,   2 0 1 3 ,   A N N   R H E U M   D I S ,   V 7 2 ,   P 1 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a n n r h e u m d i s - 2 0 1 3 - 2 0 3 7 2 6 ;   L u n n o n   K ,   2 0 1 3 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 3 3 ,   P 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 2 0 1 2 - 1 2 1 3 6 3 ;   M a p s t o n e   M ,   2 0 1 4 ,   N A T   M E D ,   V 2 0 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 4 6 6 ;   M a r i o n i   R E ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   E P I D E M I O L ,   V 4 4 ,   P 1 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / i j e / d y u 2 7 7 ;   M a r i o n i   R E ,   2 0 1 5 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 5 - 0 5 8 4 - 6 ;   M e n d e n   M P ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 1 3 1 8 ;   M o b a s h e r i   A ,   2 0 1 5 ,   B I O M A R K E R S ,   V 2 0 ,   P 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 3 5 4 7 5 0 X . 2 0 1 6 . 1 1 4 0 9 3 0 ;   O ' B r y a n t   S i d   E ,   2 0 1 6 ,   A l z h e i m e r s   D e m e n t   ( A m s t ) ,   V 3 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d a d m . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 3 ;   O ' B r y a n t   S E ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 8 0 9 2 ;   P e t e r s   M J ,   2 0 1 5 ,   N A T   C O M M U N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 9 5 7 0 ;   P e t e r s e n   R C ,   2 0 1 4 ,   J   I N T E R N   M E D ,   V 2 7 5 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j o i m . 1 2 1 9 0 ;   P e t e r s e n   R .   C . ,   2 0 1 5 ,   J A M A   N E U R O L ,   V 5 5 9 0 5 ,   P 1 ;   P h i l l i p s   B E ,   2 0 1 3 ,   P L O S   G E N E T ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 3 3 8 9 ;   R a y   S ,   2 0 0 7 ,   N A T   M E D ,   V 1 3 ,   P 1 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 1 6 5 3 ;   R o e d   L ,   2 0 1 3 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 3 5 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 1 2 2 4 0 4 ;   R y e   P D ,   2 0 1 1 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 2 3 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 2 0 1 0 - 1 0 1 5 2 1 ;   S a l l o w a y   S ,   2 0 1 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 0 ,   P 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 3 0 4 8 3 9 ;   S a n d e r s o n   W C ,   2 0 1 3 ,   P O P U L   D E V   R E V ,   V 3 9 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 2 8 - 4 4 5 7 . 2 0 1 3 . 0 0 6 3 3 . x ;   S a t t l e c k e r   M ,   2 0 1 4 ,   A L Z H E I M E R S   D E M E N T ,   V 1 0 ,   P 7 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a l z . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 1 6 ;   S c h r o d e r   J ,   2 0 1 6 ,   P S Y C H I A T   R E S - N E U R O I M ,   V 2 4 7 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p s c y c h r e s n s . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 1 4 ;   S e o k   J ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 3 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 2 2 8 7 8 1 1 0 ;   S h e i n e r m a n   K S ,   2 0 1 3 ,   A G I N G - U S ,   V 5 ,   P 9 2 5 ;   S i n g   T ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 3 9 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 6 2 3 ;   S n y d e r   H M ,   2 0 1 4 ,   A L Z H E I M E R S   D E M E N T ,   V 1 0 ,   P 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a l z . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 4 ;   S o o d   S ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k w 2 6 3 ;   S o o d   S ,   2 0 1 5 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 5 - 0 7 5 0 - x ;   S t e e n l a n d   K ,   2 0 1 4 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 4 0 ,   P 5 8 7 ,   D O I   [ 1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 2 0 1 4 - 1 3 1 3 4 3 ,   1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 1 3 1 3 4 3 ] ;   T i m m o n s   J .   A . ,   2 0 1 6 ,   F 1 0 0 0 R E S E A R C H ,   V 5 ,   P 1 0 8 7 ;   T r a m u t o l a   A ,   2 0 1 5 ,   J   N E U R O C H E M ,   V 1 3 3 ,   P 7 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j n c . 1 3 0 3 7 ;   v a n   d e n   A k k e r   E B ,   2 0 1 4 ,   A G I N G   C E L L ,   V 1 3 ,   P 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / a c e l . 1 2 1 6 0 ;   V a r g a s   J ,   2 0 1 3 ,   P L O S   C U R R ,   V 5 ,   P 5 ;   W e b s t e r   J A ,   2 0 0 9 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 4 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 1 1 ;   Z h a n g   W B ,   2 0 1 6 ,   A G I N G   C E L L ,   V 1 5 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / a c e l . 1 2 4 0 8 	 7 0 	 0 	 0 	 1 2 	 1 2 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   L O N D O N 	 L O N D O N 	 8 4   T H E O B A L D S   R D ,   L O N D O N   W C 1 X   8 R R ,   E N G L A N D 	 0 1 6 5 - 6 1 4 7 	 	 	 T R E N D S   P H A R M A C O L   S C I 	 T r e n d s   P h a r m a c o l .   S c i . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 3 8 	 1 	 	 	 	 	 6 7 	 8 0 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . t i p s . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 5 	 	 1 4 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E I 2 X H 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 3 5 2 4 0 0 0 0 9 	 2 7 9 7 9 3 1 8 	 
 
 J 	 R i c e ,   T W ;   I s h w a r a n ,   H ;   H o f s t e t t e r ,   W L ;   S c h i p p e r ,   P H ;   K e s l e r ,   K A ;   L a w ,   S ;   L e r u t ,   T ;   D e n l i n g e r ,   C E ;   S a l o ,   J A ;   S c o t t ,   W J ;   W a t s o n ,   T J ;   A l l e n ,   M S ;   C h e n ,   L Q ;   R u s c h ,   V W ;   C e r f o l i o ,   R J ;   L u k e t i c h ,   J D ;   D u r a n c e a u ,   A ;   D a r l i n g ,   G E ;   P e r a ,   M ;   A p p e r s o n - H a n s e n ,   C ;   B l a c k s t o n e ,   E H 	 	 	 	 R i c e ,   T h o m a s   W . ;   I s h w a r a n ,   H e m a n t ;   H o f s t e t t e r ,   W a y n e   L . ;   S c h i p p e r ,   P a u l   H . ;   K e s l e r ,   K e n n e t h   A . ;   L a w ,   S i m o n ;   L e r u t ,   T o n i ;   D e n l i n g e r ,   C h a d r i c k   E . ;   S a l o ,   J a r m o   A . ;   S c o t t ,   W a l t e r   J . ;   W a t s o n ,   T h o m a s   J . ;   A l l e n ,   M a r k   S . ;   C h e n ,   L o n g - Q i ;   R u s c h ,   V a l e r i e   W . ;   C e r f o l i o ,   R o b e r t   J . ;   L u k e t i c h ,   J a m e s   D . ;   D u r a n c e a u ,   A n d r e ;   D a r l i n g ,   G a i l   E . ;   P e r a ,   M a n u e l ;   A p p e r s o n - H a n s e n ,   C a r o l y n ;   B l a c k s t o n e ,   E u g e n e   H . 	 	 	 E s o p h a g e a l   C a n c e r :   A s s o c i a t i o n s   W i t h   ( p N   p l u s   )   L y m p h   N o d e   M e t a s t a s e s 	 A N N A L S   O F   S U R G E R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 e s o p h a g e a l   c a n c e r ;   p N ;   W o r l d w i d e   E s o p h a g e a l   C a n c e r   C o l l a b o r a t i o n   ( W E C C ) 	 C A R C I N O M A ;   T U M O R ;   F O R E S T S ;   N U M B E R 	 O b j e c t i v e s :   T o   i d e n t i f y   t h e   a s s o c i a t i o n s   o f   l y m p h   n o d e   m e t a s t a s e s   ( p N + ) ,   n u m b e r   o f   p o s i t i v e   n o d e s ,   a n d   p N   s u b c l a s s i f i c a t i o n   w i t h   c a n c e r ,   t r e a t m e n t ,   p a t i e n t ,   g e o g r a p h i c ,   a n d   i n s t i t u t i o n a l   v a r i a b l e s ,   a n d   t o   r e c o m m e n d   e x t e n t   o f   l y m p h a d e n e c t o m y   n e e d e d   t o   a c c u r a t e l y   d e t e c t   p N +   f o r   e s o p h a g e a l   c a n c e r .   S u m m a r y   B a c k g r o u n d   D a t a :   L i m i t e d   d a t a   a n d   t r a d i t i o n a l   a n a l y t i c   t e c h n i q u e s   h a v e   p r e c l u d e d   i d e n t i f y i n g   i n t r i c a t e   a s s o c i a t i o n s   o f   p N +   w i t h   o t h e r   c a n c e r ,   t r e a t m e n t ,   a n d   p a t i e n t   c h a r a c t e r i s t i c s .   M e t h o d s :   D a t a   o n   5 8 0 6   e s o p h a g e c t o m y   p a t i e n t s   f r o m   t h e   W o r l d w i d e   E s o p h a g e a l   C a n c e r   C o l l a b o r a t i o n   w e r e   a n a l y z e d   b y   R a n d o m   F o r e s t   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e s .   R e s u l t s :   p N + ,   n u m b e r   o f   p o s i t i v e   n o d e s ,   a n d   p N   s u b c l a s s i f i c a t i o n   w e r e   a s s o c i a t e d   w i t h   i n c r e a s i n g   d e p t h   o f   c a n c e r   i n v a s i o n   ( p T ) ,   i n c r e a s i n g   c a n c e r   l e n g t h ,   d e c r e a s i n g   c a n c e r   d i f f e r e n t i a t i o n   ( G ) ,   a n d   m o r e   r e g i o n a l   l y m p h   n o d e s   r e s e c t e d .   L y m p h a d e n e c t o m y   n e c e s s a r y   t o   a c c u r a t e l y   d e t e c t   p N +   i s   6 0   f o r   s h o r t e r ,   w e l l - d i f f e r e n t i a t e d   c a n c e r s   ( < 2 . 5   c m )   a n d   2 0   f o r   l o n g e r ,   p o o r l y   d i f f e r e n t i a t e d   o n e s .   C o n c l u s i o n s :   I n   e s o p h a g e a l   c a n c e r ,   p N + ,   i n c r e a s i n g   n u m b e r   o f   p o s i t i v e   n o d e s ,   a n d   i n c r e a s i n g   p N   c l a s s i f i c a t i o n   a r e   a s s o c i a t e d   w i t h   d e e p e r   i n v a d i n g ,   l o n g e r ,   a n d   p o o r l y   d i f f e r e n t i a t e d   c a n c e r s .   C o n s e q u e n t l y ,   i f   t h e   g o a l   o f   l y m p h a d e n e c t o m y   i s   t o   a c c u r a t e l y   d e f i n e   p N +   s t a t u s   o f   s u c h   c a n c e r s ,   f e w   n o d e s   n e e d   t o   b e   r e m o v e d .   C o n v e r s e l y ,   s u p e r f i c i a l ,   s h o r t e r ,   a n d   w e l l - d i f f e r e n t i a t e d   c a n c e r s   r e q u i r e   a   m o r e   e x t e n s i v e   l y m p h a d e n e c t o m y   t o   a c c u r a t e l y   d e f i n e   p N +   s t a t u s . 	 [ R i c e ,   T h o m a s   W . ;   A p p e r s o n - H a n s e n ,   C a r o l y n ;   B l a c k s t o n e ,   E u g e n e   H . ]   C l e v e l a n d   C l i n ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 0 6   U S A ;   [ I s h w a r a n ,   H e m a n t ]   U n i v   M i a m i ,   M i a m i ,   F L   U S A ;   [ H o f s t e t t e r ,   W a y n e   L . ]   U n i v   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A ;   [ S c h i p p e r ,   P a u l   H . ]   O r e g o n   H l t h   &   S c i   C t r ,   P o r t l a n d ,   O R   U S A ;   [ K e s l e r ,   K e n n e t h   A . ]   I n d i a n a   U n i v ,   I n d i a n a p o l i s ,   I N   4 6 2 0 4   U S A ;   [ L a w ,   S i m o n ]   U n i v   H o n g   K o n g ,   Q u e e n   M a r y   H o s p ,   H o n g   K o n g ,   H o n g   K o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L e r u t ,   T o n i ]   U n i v   H o s p   L e u v e n ,   L e u v e n ,   B e l g i u m ;   [ D e n l i n g e r ,   C h a d r i c k   E . ]   M e d   U n i v   S o u t h   C a r o l i n a ,   C h a r l e s t o n ,   S C   U S A ;   [ S a l o ,   J a r m o   A . ]   H e l s i n k i   U n i v   H o s p ,   H e l s i n k i ,   F i n l a n d ;   [ S c o t t ,   W a l t e r   J . ]   F o x   C h a s e   C a n c   C t r ,   7 7 0 1   B u r h o l m e   A v e ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 1 1   U S A ;   [ W a t s o n ,   T h o m a s   J . ]   U n i v   R o c h e s t e r ,   N e w   Y o r k ,   N Y   U S A ;   [ A l l e n ,   M a r k   S . ]   M a y o   C l i n ,   R o c h e s t e r ,   M N   U S A ;   [ C h e n ,   L o n g - Q i ]   S i c h u a n   U n i v ,   W e s t   C h i n a   H o s p ,   C h e n g d u ,   S i c h u a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ R u s c h ,   V a l e r i e   W . ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   1 2 7 5   Y o r k   A v e ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 1   U S A ;   [ C e r f o l i o ,   R o b e r t   J . ]   U n i v   A l a b a m a   B i r m i n g h a m ,   B i r m i n g h a m ,   A L   U S A ;   [ L u k e t i c h ,   J a m e s   D . ]   U n i v   P i t t s b u r g h ,   S c h   M e d ,   P i t t s b u r g h ,   P A   U S A ;   [ D u r a n c e a u ,   A n d r e ]   U n i v   M o n t r e a l ,   M o n t r e a l ,   P Q ,   C a n a d a ;   [ D a r l i n g ,   G a i l   E . ]   T o r o n t o   G e n   H o s p ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a ;   [ P e r a ,   M a n u e l ]   U n i v   A u t o n o m a   B a r c e l o n a ,   H o s p   U n i v   M a r ,   I n s t   H o s p   M a r   I n v e s t   M e d ,   B a r c e l o n a ,   S p a i n 	 R i c e ,   T W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C l e v e l a n d   C l i n ,   D e p t   T h o r a c   &   C a r d i o v a s c   S u r g ,   9 5 0 0   E u c l i d   A v e , D e s k   J J - 4 ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 9 5   U S A . 	 r i c e t @ c c f . o r g 	 	 	 G u s   P .   K a r o s   R e g i s t r y   F u n d ;   D a n i e l   a n d   K a r e n   L e e   E n d o w e d   C h a i r   i n   T h o r a c i c   S u r g e r y 	 T h i s   p u b l i c a t i o n   w a s   m a d e   p o s s i b l e   i n   p a r t   b y   t h e   C l i n i c a l   a n d   T r a n s l a t i o n a l   S c i e n c e   C o l l a b o r a t i v e   o f   C l e v e l a n d ,   U L 1 T R 0 0 0 4 3 9   f r o m   t h e   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   A d v a n c i n g   T r a n s l a t i o n a l   S c i e n c e s   ( N C A T S )   c o m p o n e n t   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   a n d   N I H   R o a d m a p   f o r   M e d i c a l   R e s e a r c h .   I t s   c o n t e n t s   a r e   s o l e l y   t h e   r e s p o n s i b i l i t y   o f   t h e   a u t h o r s   a n d   d o   n o t   n e c e s s a r i l y   r e p r e s e n t   t h e   o f f i c i a l   v i e w s   o f   t h e   N I H .   O t h e r   s o u r c e s   o f   f u n d i n g   i n c l u d e d   t h e   G u s   P .   K a r o s   R e g i s t r y   F u n d ,   t h e   D a n i e l   a n d   K a r e n   L e e   E n d o w e d   C h a i r   i n   T h o r a c i c   S u r g e r y ,   h e l d   b y   R i c e ,   a n d   t h e   K e n n e t h   G e e   a n d   P a u l a   S h a w ,   P h D ,   C h a i r   i n   H e a r t   R e s e a r c h ,   h e l d   b y   B l a c k s t o n e .   T h e   a u t h o r s   d e c l a r e   n o   c o n f l i c t s   o f   i n t e r e s t . 	 B o l l s c h w e i l e r   E ,   2 0 0 6 ,   J   S U R G   O N C O L ,   V 9 4 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s o . 2 0 5 6 9 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   D u t k o w s k i   P ,   2 0 0 2 ,   H E P A T O - G A S T R O E N T E R O L ,   V 4 9 ,   P 1 7 6 ;   E d g e   S B ,   2 0 1 0 ,   A M   J O I N T   C O M M I T T E E   C ;   I s h w a r a n   H ,   2 0 0 8 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 2 ,   P 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 8 - A O A S 1 6 9 ;   I s h w a r a n   H ,   2 0 1 0 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 5 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / j a s a . 2 0 0 9 . t m 0 8 6 2 2 ;   I s h w a r a n   H ,   2 0 0 9 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 0 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x p 0 1 6 ;   I s h w a r a n   H K ,   2 0 1 5 ,   R A N D O M   F O R E S T S   S U R V I ;   P e y r e   C G ,   2 0 0 8 ,   A N N   S U R G ,   V 2 4 8 ,   P 9 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / S L A . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 9 0 4 f 3 c ;   R i c e   T W ,   2 0 0 9 ,   D I S   E S O P H A G U S ,   V 2 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 2 - 2 0 5 0 . 2 0 0 8 . 0 0 9 0 1 . x ;   R i c e   T W ,   2 0 1 3 ,   A N N   T H O R A C   S U R G ,   V 9 6 ,   P 7 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t h o r a c s u r . 2 0 1 3 . 0 3 . 1 0 2 ;   R i c e   T W ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 6 ,   P 3 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 5 1 4 6 ;   R i c e   T W ,   1 9 9 8 ,   A N N   T H O R A C   S U R G ,   V 6 5 ,   P 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 3 - 4 9 7 5 ( 9 7 ) 0 1 3 8 7 - 8 ;   R i z k   N P ,   2 0 1 0 ,   A N N   S U R G ,   V 2 5 1 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / S L A . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 b 2 f 6 e e ;   S i e w e r t   J R ,   2 0 0 1 ,   A N N   S U R G ,   V 2 3 4 ,   P 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 0 6 5 8 - 2 0 0 1 0 9 0 0 0 - 0 0 0 1 0 ;   T a j i m a   Y ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R ,   V 8 8 ,   P 1 2 8 5 	 1 7 	 1 	 1 	 6 	 6 	 L I P P I N C O T T   W I L L I A M S   &   W I L K I N S 	 P H I L A D E L P H I A 	 T W O   C O M M E R C E   S Q ,   2 0 0 1   M A R K E T   S T ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 3   U S A 	 0 0 0 3 - 4 9 3 2 	 1 5 2 8 - 1 1 4 0 	 	 A N N   S U R G 	 A n n .   S u r g . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 2 6 5 	 1 	 	 	 	 	 1 2 2 	 1 2 9 	 	 1 0 . 1 0 9 7 / S L A . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 5 9 4 	 	 8 	 S u r g e r y 	 S u r g e r y 	 E H 9 Q S 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 1 0 6 5 0 0 0 2 6 	 2 8 0 0 9 7 3 6 	 
 
 J 	 Z h a n g ,   X L ;   C h a ,   I H ;   K i m ,   K Y 	 	 	 	 Z h a n g ,   X i a n g l a n ;   C h a ,   I n - H o ;   K i m ,   K i - Y e o l 	 	 	 U s e   o f   a   C o m b i n e d   G e n e   E x p r e s s i o n   P r o f i l e   i n   I m p l e m e n t i n g   a   D r u g   S e n s i t i v i t y   P r e d i c t i v e   M o d e l   f o r   B r e a s t   C a n c e r 	 C A N C E R   R E S E A R C H   A N D   T R E A T M E N T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 G e n e   e x p r e s s i o n ;   D r u g   s e n s i t i v i t y ;   C o m b i n e d   p r e d i c t o r 	 C E L L - L I N E S ;   S T A T I S T I C S ;   C H E M O S E N S I T I V I T Y ;   D I S C O V E R Y 	 P u r p o s e   C h e m o t h e r a p y   t a r g e t s   a l l   r a p i d l y   g r o w i n g   c e l l s ,   n o t   o n l y   c a n c e r   c e l l s ,   a n d   t h u s   i s   o f t e n   a s s o c i a t e d   w i t h   u n p l e a s a n t   s i d e   e f f e c t s .   T h e r e f o r e ,   e x a m i n a t i o n   o f   t h e   c h e m o s e n s i t i v i t y   b a s e d   o n   g e n o t y p e s   i s   n e e d e d   i n   o r d e r   t o   r e d u c e   t h e   s i d e   e f f e c t s .   M a t e r i a l s   a n d   M e t h o d s   V a r i o u s   c o m p u t a t i o n a l   a p p r o a c h e s   h a v e   b e e n   p r o p o s e d   f o r   p r e d i c t i n g   c h e m o s e n s i t i v i t y   b a s e d   o n   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s .   A   l i n e a r   r e g r e s s i o n   m o d e l   c a n   b e   u s e d   t o   p r e d i c t   t h e   r e s p o n s e   o f   c a n c e r   c e l l s   t o   c h e m o t h e r a p e u t i c   d r u g s ,   b a s e d   o n   g e n o m i c   f e a t u r e s   o f   t h e   c e l l s ,   a n d   a p p r o p r i a t e   s a m p l e   s i z e   f o r   t h i s   m e t h o d   d e p e n d s   o n   t h e   n u m b e r   o f   p r e d i c t o r s .   W e   u s e d   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t  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 p r e d i c t i o n   m o d e l   c a n   b e   u s e d   e v e n   w i t h   s m a l l   s a m p l e s   b e c a u s e   o f   t h e   r e d u c e d   n u m b e r   o f   p r e d i c t o r s .   C o n c l u s i o n   C o m b i n e d   g e n e   e x p r e s s i o n   a n a l y s i s   i s   e x p e c t e d   t o   c o n t r i b u t e   t o   m o r e   p e r s o n a l i z e d   m a n a g e m e n t   o f   b r e a s t   c a n c e r   c a s e s   b y   e n a b l i n g   m o r e   e f f e c t i v e   t a r g e t i n g   o f   e x i s t i n g   t h e r a p i e s .   T h i s   p r o c e d u r e   f o r   i d e n t i f y i n g   a   c e l l - t y p e - s p e c i f i c   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l e   c a n   b e   e x t e n d e d   t o   o t h e r   c h e m o t h e r a p e u t i c   t r e a t m e n t s   a n d   m a n y   o t h e r   h e t e r o g e n e o u s   c a n c e r   t y p e s . 	 [ Z h a n g ,   X i a n g l a n ]   Y a n b i a n   U n i v ,   C o l l   M e d ,   D e p t   P a t h o l ,   Y a n j i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h a ,   I n - H o ]   Y o n s e i   U n i v ,   C o l l   D e n t ,   D e p t   O r a l   &   M a x i l l o f a c i a l   S u r g ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a ;   [ K i m ,   K i - Y e o l ]   Y o n s e i   U n i v ,   C o l l   D e n t ,   P L U S   P r o j e c t   B K 2 1 ,   5 0   Y o n s e i   R o ,   S e o u l   0 3 7 2 2 ,   S o u t h   K o r e a 	 K i m ,   K Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y o n s e i   U n i v ,   C o l l   D e n t ,   P L U S   P r o j e c t   B K 2 1 ,   5 0   Y o n s e i   R o ,   S e o u l   0 3 7 2 2 ,   S o u t h   K o r e a . 	 k k y 1 0 0 4 @ y u h s . a c 	 	 	 Y o n s e i   U n i v e r s i t y   C o l l e g e   o f   D e n t i s t r y   [ 6 - 2 0 1 5 - 0 0 0 3 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   f a c u l t y   r e s e a r c h   g r a n t   o f   Y o n s e i   U n i v e r s i t y   C o l l e g e   o f   D e n t i s t r y   f o r   2 0 1 5   ( 6 - 2 0 1 5 - 0 0 0 3 ) . 	 C o h e n   J . ,   1 9 8 8 ,   S T A T   P O W E R   A N A L   B E H A ;   D e   A b r e u   F B ,   2 0 1 4 ,   C L I N   G E N E T ,   V 8 6 ,   P 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c g e . 1 2 3 8 1 ;   D e S a n t i s   C ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 3 ;   F e l d i n g - H a b e r m a n n   B ,   2 0 1 1 ,   3 4   A N N   C T R C   A A C R   S A N ;   F e r r i s s   J S ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 0 5 5 0 ;   F u k u n a g a   K . ,   1 9 9 0 ,   I N T R O   S T A T   P A T T E R N   R ;   G a r n e t t   M J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 5 ;   H e i s e r   L M ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 2 7 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 1 8 8 5 4 1 0 8 ;   J e m a l   A ,   2 0 1 1 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 1 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 0 7 ;   J u n g   K W ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   R E S   T R E A T ,   V 4 8 ,   P 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 4 3 / c r t . 2 0 1 6 . 0 9 2 ;   K a o   J ,   2 0 0 9 ,   P L O S   O N E ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 6 1 4 6 ;   K n o f c z y n s k i   G T ,   2 0 0 8 ,   E D U C   P S Y C H O L   M E A S ,   V 6 8 ,   P 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 1 3 1 6 4 4 0 7 3 1 0 1 3 1 ;   K u   J M ,   2 0 1 5 ,   M O L   C E L L   B I O C H E M ,   V 4 0 9 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 1 0 - 0 1 5 - 2 5 0 9 - 9 ;   L e e   J K ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 1 3 0 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 1 0 2 9 2 1 0 4 ;   M e n d e n   M P ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 1 3 1 8 ;   O h   H S ,   2 0 1 2 ,   H A N Y A N G   M E D   R E V ,   V 3 2 ,   P 1 1 2 ;   T h e   R   F o u n d a t i o n ,   2 0 1 6 ,   R   P R O J E C T   S T A T   C O M P U ;   R i n g   B Z ,   2 0 0 8 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 9 - 7 4 ;   S c h e r f   U ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 4 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 7 3 4 3 9 ;   T o r r e   L A ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 6 2 ;   W u   D ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 9 ,   P 1 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 3 . 4 5 2 	 2 1 	 0 	 0 	 1 	 1 	 K O R E A N   C A N C E R   A S S O C I A T I O N 	 S E O U L 	 R M   1 8 2 4 ,   G W A N G H W A M U N   O F F I C I A ,   9 2   S A E M U N A N - R O ,   J O N G N O - G U ,   S E O U L ,   1 1 0 - 9 9 9 ,   S O U T H   K O R E A 	 1 5 9 8 - 2 9 9 8 	 2 0 0 5 - 9 2 5 6 	 	 C A N C E R   R E S   T R E A T 	 C a n c e r   R e s .   T r e a t . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 4 9 	 1 	 	 	 	 	 1 1 6 	 1 2 8 	 	 1 0 . 4 1 4 3 / c r t . 2 0 1 6 . 0 8 5 	 	 1 3 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E H 6 Q U 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 8 9 9 8 0 0 0 1 3 	 2 7 1 8 8 2 0 2 	 
 
 J 	 S h a r m a ,   A ;   B o r o e v i c h ,   K A ;   S h i g e m i z u ,   D ;   K a m a t a n i ,   Y ;   K u b o ,   M ;   T s u n o d a ,   T 	 	 	 	 S h a r m a ,   A l o k ;   B o r o e v i c h ,   K e i t h   A . ;   S h i g e m i z u ,   D a i c h i ;   K a m a t a n i ,   Y o i c h i r o ;   K u b o ,   M i c h i a k i ;   T s u n o d a ,   T a t s u h i k o 	 	 	 H i e r a r c h i c a l   M a x i m u m   L i k e l i h o o d   C l u s t e r i n g   A p p r o a c h 	 I E E E   T R A N S A C T I O N S   O N   B I O M E D I C A L   E N G I N E E R I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B i o l o g i c a l   d a t a ;   h i e r a r c h i c a l   c l u s t e r i n g ;   m a x i m u m   l i k e l i h o o d 	 L I N E A R   D I S C R I M I N A N T - A N A L Y S I S ;   V A R I A N C E - C O M P O N E N T   E S T I M A T I O N ;   G E N E - E X P R E S S I O N   D A T A ;   P O P U L A T I O N - S T R U C T U R E ;   E F F I C I E N T   A L G O R I T H M ;   C L A S S   D I S C O V E R Y ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   C A N C E R ;   P E R F O R M A N C E ;   R E D U C T I O N 	 O b j e c t i v e :   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   f o c u s e d   o n   d e v e l o p i n g   a   c l u s t e r i n g   a p p r o a c h   f o r   b i o l o g i c a l   d a t a .   I n   m a n y   b i o l o g i c a l   a n a l y s e s ,   s u c h   a s   m u l t i o m i c s   d a t a   a n a l y s i s   a n d   g e n o m e - w i d e   a s s o c i a t i o n   s t u d i e s   a n a l y s i s ,   i t   i s   c r u c i a l   t o   f i n d   g r o u p s   o f   d a t a   b e l o n g i n g   t o   s u b t y p e s   o f   d i s e a s e s   o r   t u m o r s .   M e t h o d s :   C o n v e n t i o n a l l y ,   t h e   k - m e a n s   c l u s t e r i n g   a l g o r i t h m   i s   o v e r w h e l m i n g l y   a p p l i e d   i n   m a n y   a r e a s   i n c l u d i n g   b i o l o g i c a l   s c i e n c e s .   T h e r e   a r e ,   h o w e v e r ,   s e v e r a l   a l t e r n a t i v e   c l u s t e r i n g   a l g o r i t h m s   t h a t   c a n   b e   a p p l i e d ,   i n c l u d i n g   s u p p o r t   v e c t o r   c l u s t e r i n g .   I n   t h i s   p a p e r ,   t a k i n g   i n t o   c o n s i d e r a t i o n   t h e   n a t u r e   o f   b i o l o g i c a l   d a t a ,   w e   p r o p o s e   a   m a x i m u m   l i k e l i h o o d   c l u s t e r i n g   s c h e m e   b a s e d   o n   a   h i e r a r c h i c a l   f r a m e w o r k .   R e s u l t s :   T h i s   m e t h o d   c a n   p e r f o r m   c l u s t e r i n g   e v e n   w h e n   t h e   d a t a   b e l o n g i n g   t o   d i f f e r e n t   g r o u p s   o v e r l a p .   I t   c a n   a l s o   p e r f o r m   c l u s t e r i n g   w h e n   t h e   n u m b e r   o f   s a m p l e s   i s   l o w e r   t h a n   t h e   d a t a   d i m e n s i o n a l i t y .   C o n c l u s i o n :   T h e   p r o p o s e d   s c h e m e   i s   f r e e  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 h t t p : / / w w w . r i k e n . j p / e n / r e s e a r c h / l a b s / i m s / m e d _ s c i _ m a t h / . 	 [ S h a r m a ,   A l o k ;   B o r o e v i c h ,   K e i t h   A . ;   S h i g e m i z u ,   D a i c h i ;   K a m a t a n i ,   Y o i c h i r o ;   K u b o ,   M i c h i a k i ;   T s u n o d a ,   T a t s u h i k o ]   R I K E N ,   C t r   I n t e g r a t   M e d   S c i ,   Y o k o h a m a ,   K a n a g a w a   2 3 0 0 0 4 5 ,   J a p a n ;   [ S h a r m a ,   A l o k ;   S h i g e m i z u ,   D a i c h i ;   T s u n o d a ,   T a t s u h i k o ]   J S T ,   C R E S T ,   Y o k o h a m a ,   K a n a g a w a   2 3 0 0 0 4 5 ,   J a p a n ;   [ S h a r m a ,   A l o k ]   G r i f f i t h   U n i v ,   I n s t   I n t e g r a t e d   &   I n t e l l i g e n t   S y s t ,   N a t h a n ,   Q l d ,   A u s t r a l i a ;   [ T s u n o d a ,   T a t s u h i k o ]   T o k y o   M e d   &   D e n t   U n i v ,   M e d   R e s   I n s t ,   T o k y o   1 1 3 8 5 1 0 ,   J a p a n 	 S h a r m a ,   A ;   T s u n o d a ,   T   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R I K E N ,   C t r   I n t e g r a t   M e d   S c i ,   Y o k o h a m a ,   K a n a g a w a   2 3 0 0 0 4 5 ,   J a p a n . 	 a l o k . f j @ g m a i l . c o m ;   t a t s u h i k o . t s u n o d a @ r i k e n . j p 	 	 S h a r m a ,   A l o k / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 7 6 6 8 - 3 5 0 1 ;   B o r o e v i c h ,   K e i t h / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 7 0 9 5 - 7 3 3 2 	 C R E S T ,   J S T   G r a n t 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   C R E S T ,   J S T   G r a n t .   A s t e r i s k   i n d i c a t e s   c o r r e s p o n d i n g   a u t h o r . 	 A d a c h i   J . ,   1 9 9 6 ,   M O L P H Y   V E R S I O N   2   3   P ;   B e n - H u r   A ,   2 0 0 2 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 2 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 2 6 0 1 8 5 5 6 5 ;   B E R N D T   E K ,   1 9 7 4 ,   A N N   E C O N   S O C   M E A S ,   V 3 ,   P 6 5 3 ;   C a s t r o   R M ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 5 2 ,   P 2 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S P . 2 0 0 4 . 8 3 1 1 2 4 ;   C h e n   C ,   2 0 0 7 ,   M O L   E C O L   N O T E S ,   V 7 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 1 - 8 2 8 6 . 2 0 0 7 . 0 1 7 6 9 . x ;   C h i a n g   J H ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 1 1 ,   P 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T F U Z Z . 2 0 0 3 . 8 1 4 8 3 9 ;   D a v i d o n   W .   C . ,   1 9 5 9 ,   A N L 5 9 9 0   P A C   N W   L A B   R ;   D E F A Y S   D ,   1 9 7 7 ,   C O M P U T   J ,   V 2 0 ,   P 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c o m j n l / 2 0 . 4 . 3 6 4 ;   D E M P S T E R   A P ,   1 9 7 7 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 3 9 ,   P 1 ;   D e n o e u x   T ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 5 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 1 . 2 0 1 ;   D h i l l o n   I S ,   2 0 0 2 ,   2 0 0 2   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   D A T A   M I N I N G ,   P R O C E E D I N G S ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 0 2 . 1 1 8 3 8 9 5 ;   D u d a   R . O . ,   2 0 0 0 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   E l h a m i f a r   E ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 2 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 3 . 5 7 ;   E V E R I T T   B . ,   2 0 1 1 ,   C L U S T E R   A N A L ;   F a r r e l l   S ,   2 0 0 8 ,   P S Y C H O N   B   R E V ,   V 1 5 ,   P 1 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 3 7 5 8 / P B R . 1 5 . 6 . 1 2 0 9 ;   F a y y a d   U . ,   1 9 9 8 ,   P r o c e e d i n g s   F o u r t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   K n o w l e d g e   D i s c o v e r y   a n d   D a t a   M i n i n g ,   P 1 9 4 ;   F e l s e n s t e i n   J ,   1 9 9 6 ,   M O L   B I O L   E V O L ,   V 1 3 ,   P 9 3 ;   F i s h e r   D ,   1 9 9 6 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 4 ,   P 1 4 7 ;   F l e t c h e r   F . ,   1 9 6 3 ,   C O M P U T   J ,   V 6 ,   P 3 1 7 ;   G o l d b e r g e r   J . ,   2 0 0 5 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   P 5 0 5 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 9 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   H e l l e r   K .   A ,   2 0 0 5 ,   P   2 2   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 1 0 2 3 5 1 . 1 1 0 2 3 8 9 ;   H o r n g   S J ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 6 6 ;   J a i n   A K ,   1 9 9 9 ,   A C M   C O M P U T   S U R V ,   V 3 1 ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 3 3 1 4 9 9 . 3 3 1 5 0 4 ;   J a i n   A K ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 1 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 1 1 ;   J E N N R I C H   R I ,   1 9 7 6 ,   T E C H N O M E T R I C S ,   V 1 8 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 2 6 7 9 1 1 ;   J u n   S ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 3 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 1 8 ;   K a u f m a n   L . ,   2 0 0 5 ,   F I N D I N G   G R O U P S   D A T A ;   K r i e g e l   H P ,   2 0 0 9 ,   A C M   T   K N O W L   D I S C O V   D ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 4 9 7 5 7 7 . 1 4 9 7 5 7 8 ;   L a t c h   E K ,   2 0 0 6 ,   C O N S E R V   G E N E T ,   V 7 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 9 2 - 0 0 5 - 9 0 9 8 - 1 ;   L e e   J ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 4 7 ;   L e e   J ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 8 ,   P 1 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 6 . 2 2 5 ;   L E G E N D R E   P ,   1 9 9 8 ,   N U M E R I C A L   E C O L O G Y   D E ,   V 2 0 ;   L i u   J .   S . ,   2 0 0 3 ,   B A Y E S I A N   S T A T ,   V 7 ,   P 2 4 9 ;   L o c k   E F ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 4 2 5 ;   L o n g   S c o t t   J . ,   1 9 9 7 ,   R E G R E S S I O N   M O D E L S   C A ;   M c L a c h l a n   G .   J . ,   2 0 0 0 ,   F I N I T E   M I X T U R E   M O D E L ;   M C Q U I T T Y   L L ,   1 9 6 6 ,   E D U C   P S Y C H O L   M E A S ,   V 2 6 ,   P 8 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 1 3 1 6 4 4 6 6 0 2 6 0 0 4 0 2 ;   M i r k i n   B . ,   2 0 0 5 ,   C L U S T E R I N G   D A T A   M I N I ;   M I S Z T A L   I ,   1 9 9 4 ,   J   A N I M   B R E E D   G E N E T ,   V 1 1 1 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 3 9 - 0 3 8 8 . 1 9 9 4 . t b 0 0 4 7 3 . x ;   M o   S . ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 4 2 4 5 ;   M o n t i   S ,   2 0 0 3 ,   M A C H   L E A R N ,   V 5 2 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 3 9 4 9 5 0 9 4 8 7 ;   N o v e m b r e   J ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 6 ,   P 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 3 3 1 ;   P i n h e i r o   J .   C . ,   2 0 0 0 ,   M I X E D   E F F E C T S   M O D E L S ;   P o d a n i   J . ,   1 9 9 4 ,   E C O L O G I C A L   C O M P U T A T I ,   V 6 ;   R a h m a n   M .   M . ,   2 0 1 2 ,   P   W O R L D   C   E N G ,   V 1 ,   P 3 9 1 ;   R a m o n i   M ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 7 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 3 6 3 5 8 2 9 2 5 0 ;   R a u d e n b u s h   S . W . ,   2 0 0 2 ,   H I E R A R C H I C A L   L I N E A R ;   S h a r m a   A ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 0 ,   P 1 3 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 8 . 1 0 1 ;   S h a r m a   A ,   2 0 0 8 ,   D A T A   K N O W L   E N G ,   V 6 6 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d a t a k . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 4 ;   S h a r m a   A ,   2 0 0 8 ,   N E U R A L   P R O C E S S   L E T T ,   V 2 7 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 6 3 - 0 0 7 - 9 0 5 6 - 7 ;   S h a r m a   A ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 8 ,   P 1 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 1 2 ;   S h a r m a   A ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 9 ,   P 1 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 0 1 ;   S h a r m a   A ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 5 ,   P 2 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 1 8 ;   S h a r m a   A ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 1 . 1 5 1 ;   S I B S O N   R ,   1 9 7 3 ,   C O M P U T   J ,   V 1 6 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c o m j n l / 1 6 . 1 . 3 0 ;   S i n g h   D ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 2 ) 0 0 0 3 0 - 2 ;   S O K A L   R O B E R T   R . ,   1 9 5 8 ,   U N I V   K A N S A S   S C I   B U L L ,   V 3 8 ,   P 1 4 0 9 ;   V a i t h y a n a t h a n   S . ,   2 0 0 0 ,   U N C E R T A I N T Y   A R T I F I C I ,   V 1 6 ,   P 5 9 9 ;   W a n g   K ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 4 - 0 4 1 9 - 6 ;   W i l k e r s o n   M D ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 1 5 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 1 7 0 ;   Y a m a g u c h i - K a b a t a   Y ,   2 0 0 8 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 3 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 1 9 ;   Z h e n g   X W ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 3 3 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 6 0 6 	 6 4 	 0 	 0 	 1 	 1 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 0 0 1 8 - 9 2 9 4 	 1 5 5 8 - 2 5 3 1 	 	 I E E E   T   B I O - M E D   E N G 	 I E E E   T r a n s .   B i o m e d .   E n g . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 6 4 	 1 	 	 	 	 	 1 1 2 	 1 2 2 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 6 . 2 5 4 2 2 1 2 	 	 1 1 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l 	 E n g i n e e r i n g 	 E H 4 I Z 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 7 3 6 2 0 0 0 1 2 	 2 7 0 4 6 8 6 7 	 
 
 J 	 W u ,   Z ;   Z h a n g ,   J ;   X u ,   F R ;   W a n g ,   Y Z ;   Z h a n g ,   J Y 	 	 	 	 W u ,   Z h e ;   Z h a n g ,   J i ;   X u ,   F u r o n g ;   W a n g ,   Y u a n z h o n g ;   Z h a n g ,   J i n y u 	 	 	 R a p i d   a n d   s i m p l e   d e t e r m i n a t i o n   o f   p o l y p h y l l i n   I ,   I I ,   V I ,   a n d   V I I   i n   d i f f e r e n t   h a r v e s t   t i m e s   o f   c u l t i v a t e d   P a r i s   p o l y p h y l l a   S m i t h   v a r .   y u n n a n e n s i s   ( F r a n c h . )   H a n d . - M a z z   b y   U P L C - M S / M S   a n d   F T - I R 	 J O U R N A L   O F   N A T U R A L   M E D I C I N E S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P a r i s   p o l y p h y l l a   S m i t h   v a r .   y u n n a n e n s i s   ( F r a n c h . )   H a n d . - M a z z ;   F o u r i e r   t r a n s f o r m   i n f r a r e d   ( F T - I R )   s p e c t r o s c o p y ;   H a r v e s t   t i m e s ;   D i s c r i m i n a t i o n ;   D e t e r m i n a t i o n 	 I N F R A R E D - S P E C T R O S C O P Y ;   S T E R O I D A L   S A P O N I N S ;   C E L L S ;   A P O P T O S I S ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   F L U O R E S C E N C E ;   P A T H W A Y ;   N I R 	 P a r i s   P o l y p h y l l a   S m i t h   v a r .   y u n n a n e n s i s   ( F r a n c h . )   H a n d . - M a z z   ( " D i a n   C h o n g l o u "   i n   C h i n e s e )   i s   a   f a m o u s   h e r b a l   m e d i c i n e   i n   C h i n a ,   w h i c h   i s   u s u a l l y   w e l l   k n o w n   f o r   a c t i v i t i e s   o f   a n t i - c a n c e r ,   h e m o l y s i s ,   a n d   c y t o t o x i c i t y .   I n   t h i s   s t u d y ,   F o u r i e r   t r a n s f o r m   i n f r a r e d   ( F T - I R )   s p e c t r o s c o p y   c o u p l e d   w i t h   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   a n d   p a r t i a l   l e a s t - s q u a r e s   r e g r e s s i o n   ( P L S R )   w a s   a p p l i e d   t o   d i s c r i m i n a t e   s a m p l e s   o f   P .   p o l y p h y l l a   v a r .   y u n n a n e n s i s   h a r v e s t e d   i n   d i f f e r e n t   y e a r s   a n d   d e t e r m i n e   t h e   c o n t e n t   o f   p o l y p h y l l i n   I ,   I I ,   V I ,   a n d   V I I   i n   P .   p o l y p h y l l a   v a r .   y u n n a n e n s i s .   M e a n w h i l e ,   u l t r a   p e r f o r m a n c e   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y - t a n d e m   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( U P L C - M S / M S )   w a s   u s e d   t o   s t u d y   t h e   d y n a m i c   c h a n g e s   o f   P .   p o l y p h y l l a   v a r .   y u n n a n e n s i s   h a r v e s t e d   i n   d i f f e r e n t   y e a r s   ( 4 ,   5 ,   7 ,   8 ,   9 ,   1 2 ,   a n d   1 3   y e a r s   o l d ) .   A c c o r d i n g   t o   t h e   U P L C - M S / M S   r e s u l t ,   t h e   o p t i m u m   h a r v e s t   t i m e   o f   P .   p o l y p h y l l a   v a r .   y u n n a n e n s i s   i s   8   y e a r s ,   d u e   t o   t h e   h i g h e s t   y i e l d   o f   f o u r   a c t i v e   c o m p o n e n t s .   B y   t h e   P C A   m o d e l ,   P .   p o l y p h y l l a   v a r .   y u n n a n e n s i s   c o u l d   b e   e x a c t l y   d i s c r i m i n a t e d ,   e x c e p t   t h a t   t w o   8 - y e a r - o l d   s a m p l e s   w e r e   m i s c l a s s i f i e d   a s   9 - y e a r - o l d   s a m p l e s .   F o r   t h e   p r e d i c t i o n   o f   p o l y p h y l l i n   I ,   I I ,   V I ,   a n d   V I I ,   t h e   q u a n t i t a t i v e   r e s u l t s   a r e   s a t i s f a c t o r y ,   w i t h   a   h i g h   v a l u e   f o r   t h e   d e t e r m i n a t i o n   c o e f f i c i e n t   ( R   ( 2 ) )   a n d   l o w   v a l u e s   f o r   t h e   r o o t - m e a n - s q u a r e   e r r o r   o f   e s t i m a t i o n   ( R M S E E ) ,   r o o t - m e a n - s q u a r e   e r r o r   o f   c r o s s - v a l i d a t i o n   ( R M S E C V ) ,   a n d   r o o t - m e a n - s q u a r e   e r r o r   o f   p r e d i c t i o n   ( R M S E P ) .   I n   c o n c l u s i o n ,   F T - I R   c o m b i n e d   w i t h   c h e m o m e t r i c s   i s   a   p r o m i s i n g   m e t h o d   t o   a c c u r a t e l y   d i s c r i m i n a t e   s a m p l e s   o f   P .   p o l y p h y l l a   v a r .   y u n n a n e n s i s   h a r v e s t e d   i n   d i f f e r e n t   y e a r s   a n d   d e t e r m i n e   t h e   c o n t e n t   o f   p o l y p h y l l i n   I ,   I I ,   V I ,   a n d   V I I   i n   P .   p o l y p h y l l a   v a r .   y u n n a n e n s i s . 	 [ W u ,   Z h e ;   Z h a n g ,   J i ;   W a n g ,   Y u a n z h o n g ;   Z h a n g ,   J i n y u ]   Y u n n a n   A c a d   A g r   S c i ,   I n s t   M e d   P l a n t s ,   K u n m i n g   6 5 0 2 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W u ,   Z h e ;   Z h a n g ,   J i ;   W a n g ,   Y u a n z h o n g ;   Z h a n g ,   J i n y u ]   Y u n n a n   T e c h   C t r   Q u a l   C h i n e s e   M a t   M e d ,   K u n m i n g   6 5 0 2 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W u ,   Z h e ;   X u ,   F u r o n g ;   Z h a n g ,   J i n y u ]   Y u n n a n   U n i v   T r a d i t   C h i n e s e   M e d ,   C o l l   T r a d i t   C h i n e s e   M e d ,   K u n m i n g   6 5 0 5 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 W a n g ,   Y Z ;   Z h a n g ,   J Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y u n n a n   A c a d   A g r   S c i ,   I n s t   M e d   P l a n t s ,   K u n m i n g   6 5 0 2 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   W a n g ,   Y Z ;   Z h a n g ,   J Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y u n n a n   T e c h   C t r   Q u a l   C h i n e s e   M a t   M e d ,   K u n m i n g   6 5 0 2 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Z h a n g ,   J Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y u n n a n   U n i v   T r a d i t   C h i n e s e   M e d ,   C o l l   T r a d i t   C h i n e s e   M e d ,   K u n m i n g   6 5 0 5 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 b o l e t u s @ 1 2 6 . c o m ;   j y z h a n g 2 0 0 8 @ 1 2 6 . c o m 	 	 	 N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   t h e   P e o p l e ' s   R e p u b l i c   o f   C h i n a   [ 8 1 4 6 0 5 8 4 ] ;   S p e c i a l   F u n d   f o r   A g r o - s c i e n t i f i c   R e s e a r c h   i n   t h e   P u b l i c   I n t e r e s t   [ 2 0 1 3 0 3 1 1 7 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s p o n s o r e d   b y   t h e   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   t h e   P e o p l e ' s   R e p u b l i c   o f   C h i n a   ( 8 1 4 6 0 5 8 4 )   a n d   t h e   S p e c i a l   F u n d   f o r   A g r o - s c i e n t i f i c   R e s e a r c h   i n   t h e   P u b l i c   I n t e r e s t   ( 2 0 1 3 0 3 1 1 7 ) . 	 C h e n   J B ,   2 0 1 4 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 2 8 ,   P 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 0 ;   [ HXg  C h e n   S h i l i n ] ,   2 0 1 2 ,   [ -NV-NoBg_,   C h i n a   J o u r n a l   o f   C h i n e s e   M a t e r i a   M e d i c a ] ,   V 3 7 ,   P 1 0 4 3 ;   C h e n g   C G ,   2 0 1 0 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 5 4 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i b s p e c . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 4 ;   F e n g   L L ,   2 0 1 5 ,   J   C H I N   P H A R M   S C I ,   V 5 0 ,   P 6 6 4 ;   G a d   H A ,   2 0 1 3 ,   P H Y T O C H E M   A N A L Y S I S ,   V 2 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p c a . 2 3 7 8 ;   G o d i n h o   M S ,   2 0 1 4 ,   T A L A N T A ,   V 1 2 9 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 2 1 ;   J i a n g   H ,   2 0 1 4 ,   O N C O L   L E T T ,   V 7 ,   P 2 0 5 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o l . 2 0 1 4 . 2 0 2 0 ;   J o l l i f f e   I T ,   2 0 1 6 ,   P H I L O S   T   R   S O C   A ,   V 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s t a . 2 0 1 5 . 0 2 0 2 ;   K a n i u   M I ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 7 2 9 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 7 ;   K E N N A R D   R W ,   1 9 6 9 ,   T E C H N O M E T R I C S ,   V 1 1 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 2 6 6 7 7 0 ;   L i   H ,   1 9 9 8 ,   T H E   G E N U S   P A R I S ,   P 2 3 ;   L i   Y . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   A N T E N N   P R O P A G ,   V 2 0 1 4 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 5 7 8 7 9 2 ;   L i   Y Y ,   2 0 1 4 ,   C H E M - B I O L   I N T E R A C T ,   V 2 2 0 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b i . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 2 3 ;   L i u   D G ,   2 0 1 5 ,   J   C H R O M A T O G R   S C I ,   V 5 3 ,   P 1 6 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c h r o m s c i / b m v 0 7 1 ;   L i u   Z ,   2 0 1 3 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 4 9 ,   P 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 3 3 ;   M a n   S L ,   2 0 1 4 ,   S T E R O I D S ,   V 8 4 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e r o i d s . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 5 ;   M a n   S L ,   2 0 1 4 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 5 1 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 5 1 ;   M c G o v e r i n   C M ,   2 0 1 2 ,   J   N E A R   I N F R A R E D   S P E C ,   V 2 0 ,   P 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 5 / j n i r s . 1 0 0 8 ;   M u s i n g a r a b w i   D M ,   2 0 1 6 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 9 0 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 8 0 ;   [ [)RNS  N i n g   L i h u a ] ,   2 0 1 5 ,   [ -NV-NoBg_,   C h i n a   J o u r n a l   o f   C h i n e s e   M a t e r i a   M e d i c a ] ,   V 4 0 ,   P 3 6 2 3 ;   O n g   R C Y ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 2 6 1 ,   P 1 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 0 5 ;   P a n d e   R ,   2 0 1 5 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 7 2 ,   P 8 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 4 9 ;   S h i   Y M ,   2 0 1 5 ,   P H Y T O M E D I C I N E ,   V 2 2 ,   P 1 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y m e d . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 1 4 ;   T h e   S t a t e   P h a r m a c o p o e i a   C o m m i s s i o n ,   2 0 1 5 ,   S T A T   P H A R M   C O M M ,   P 2 6 0 ;   S u n   S Q ,   2 0 1 0 ,   A N A L   T R A D I T I O N A L   C H I ,   P 7 2 ;   T e n g   W J ,   2 0 1 5 ,   G E N E T   M O L   R E S ,   V 1 4 ,   P 5 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 4 2 3 8 / 2 0 1 5 . M a y . 2 9 . 1 1 ;   W a n g   G X ,   2 0 1 0 ,   P H Y T O M E D I C I N E ,   V 1 7 ,   P 1 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y m e d . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 1 2 ;   W a n g   P ,   2 0 1 5 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 3 7 ,   P 1 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 2 ;   W e n   Y S ,   2 0 1 5 ,   P H Y T O C H E M   L E T T ,   V 1 2 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y t o l . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 1 1 ;   [ fkss  W u   S h a n s h a n ] ,   2 0 0 4 ,   [ -NIo,   C h i n e s e   T r a d i t i o n a l   a n d   H e r b a l   D r u g s ] ,   V 3 5 ,   P 3 4 4 ;   Y a n   Q ,   2 0 1 3 ,   J   L I G H T   S C A T T ,   V 2 5 ,   P 8 5 ;   Y a n g   M ,   2 0 1 5 ,   O N C O L   R E P ,   V 3 3 ,   P 2 1 9 0 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 5 . 3 8 3 6 ;   Y u e   G F ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 5 1 6 4 ;   Z h a n g   J Y ,   2 0 1 1 ,   J   A S I A N   N A T   P R O D   R E S ,   V 1 3 ,   P 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 2 8 6 0 2 0 . 2 0 1 1 . 5 7 8 2 4 7 ;   Z h a n g   S J ,   2 0 1 3 ,   M A T H   C O M P U T   M O D E L ,   V 5 8 ,   P 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m c m . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 6 7 ;   Z h a n g   W J ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   M E D   R E S ,   V 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 2 0 4 7 - 7 8 3 X - 1 9 - 4 1 ;   Z h a o   J L ,   2 0 1 0 ,   M O L E C U L E S ,   V 1 5 ,   P 7 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 1 5 1 1 7 9 6 1 ;   Z h a o   T Z ,   2 0 1 4 ,   C H I N   W I L D   P L A N T   R E S O ,   V 3 3 ,   P 6 1 ,   D O I   [ 1 0 . 3 9 6 9 / j . i s s n . 1 0 0 6 - 9 6 9 0 . 0 5 . 0 1 7 ,   D O I   1 0 . 3 9 6 9 / J . I S S N . 1 0 0 6 - 9 6 9 0 . 0 5 . 0 1 7 ] ;   Z h u   Y ,   2 0 1 4 ,   J   M O L   S T R U C T ,   V 1 0 6 9 ,   P 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l s t r u c . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 6 9 	 3 9 	 0 	 0 	 4 	 4 	 S P R I N G E R   J A P A N   K K 	 T O K Y O 	 C H I Y O D A   F I R S T   B L D G   E A S T ,   3 - 8 - 1   N I S H I - K A N D A ,   C H I Y O D A - K U ,   T O K Y O ,   1 0 1 - 0 0 6 5 ,   J A P A N 	 1 3 4 0 - 3 4 4 3 	 1 8 6 1 - 0 2 9 3 	 	 J   N A T   M E D - T O K Y O 	 J .   N a t .   M e d . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 7 1 	 1 	 	 	 	 	 1 3 9 	 1 4 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 1 8 - 0 1 6 - 1 0 4 3 - 8 	 	 9 	 C h e m i s t r y ,   M e d i c i n a l ;   P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E H 7 F D 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 9 3 7 4 0 0 0 1 6 	 2 7 6 6 5 6 0 8 	 
 
 J 	 W o o l m a n ,   M ;   T a t a ,   A ;   B l u e m k e ,   E ;   D a r a ,   D ;   G i n s b e r g ,   H J ;   Z a r r i n e - A f s a r ,   A 	 	 	 	 W o o l m a n ,   M i c h a e l ;   T a t a ,   A l e s s a n d r a ;   B l u e m k e ,   E m m a ;   D a r a ,   D e l a r a m ;   G i n s b e r g ,   H o w a r d   J . ;   Z a r r i n e - A f s a r ,   A r a s h 	 	 	 A n   A s s e s s m e n t   o f   t h e   U t i l i t y   o f   T i s s u e   S m e a r s   i n   R a p i d   C a n c e r   P r o f i l i n g   w i t h   D e s o r p t i o n   E l e c t r o s p r a y   I o n i z a t i o n   M a s s   S p e c t r o m e t r y   ( D E S I - M S ) 	 J O U R N A L   O F   T H E   A M E R I C A N   S O C I E T Y   F O R   M A S S   S P E C T R O M E T R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 D E S I - M S ;   T u m o r   s m e a r ;   M S   p r o f i l i n g ;   D E S I - M S   i m a g i n g ;   B r e a s t   c a n c e r 	 M E T A B O L O M I C   D A T A - A N A L Y S I S ;   H U M A N   B R A I N - T U M O R S ;   S M A L L   M O L E C U L E S ;   P O R O U S   S I L I C O N ;   B R E A S T - C A N C E R ;   M E T A B O A N A L Y S T ;   D I A G N O S I S ;   S U R F A C E S ;   S E R V E R 	 M a s s   s p e c t r o m e t r y   i m a g i n g   w i t h   d e s o r p t i o n   e l e c t r o s p r a y   i o n i z a t i o n   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( D E S I - M S )   i s   u s e d   t o   c h a r a c t e r i z e   c a n c e r   f r o m   e x   v i v o   s l i c e s   o f   t i s s u e s .   T h e   p r o c e s s   i s   t i m e - c o n s u m i n g .   T h e   u s e   o f   t i s s u e   s m e a r s   f o r   D E S I - M S   a n a l y s i s   h a s   b e e n   p r o p o s e d   a s   i t   e l i m i n a t e s   t h e   t i m e   r e q u i r e d   t o   s n a p - f r e e z e   a n d   s e c t i o n   t h e   t i s s u e .   T o   a s s e s s   t h e   u t i l i t y   o f   t i s s u e   s m e a r s   f o r   r a p i d   c a n c e r   c h a r a c t e r i z a t i o n ,   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   w a s   p e r f o r m e d   t o   e v a l u a t e   t h e   c o n c o r d a n c e   b e t w e e n   D E S I - M S   p r o f i l e s   o f   b r e a s t   c a n c e r   f r o m   t i s s u e   s l i c e s   a n d   s m e a r s   p r e p a r e d   o n   v a r i o u s   s u r f a c e s .   P C A   s u g g e s t e d   n o   s t a t i s t i c a l   d i s c r i m i n a t i o n   b e t w e e n   D E S I - M S   p r o f i l e s   o f   t i s s u e   s e c t i o n s   a n d   t i s s u e   s m e a r s   p r e p a r e d   o n   g l a s s ,   p o l y t e t r a f l u o r o e t h y l e n e   ( P T F E ) ,   a n d   p o r o u s   P T F E .   H o w e v e r ,   t h e   a b u n d a n c e s   o f   c a n c e r   b i o m a r k e r   i o n s   v a r i e d   b e t w e e n   s e c t i o n s   a n d   s m e a r s ,   w i t h   D E S I - M S   a n a l y s i s   o f   t i s s u e   s e c t i o n s   y i e l d i n g   h i g h e r   i o n   a b u n d a n c e s   o f   c a n c e r   b i o m a r k e r s   c o m p a r e d   w i t h   s m e a r s .   C o e f f i c i e n t   o f   v a r i a n c e   ( C V )   a n a l y s i s   s u g g e s t s   D E S I - M S   p r o f i l e s   f r o m   t i s s u e   s m e a r s   a r e   a s   r e p r o d u c i b l e   a s   t h e   o n e s   f r o m   t i s s u e   s e c t i o n s .   T h e   l i m i t   o f   d e t e c t i o n   w i t h   s m e a r   s a m p l e s   f r o m   s i n g l e   p i x e l   a n a l y s i s   i s   c o m p a r a b l e   t o   t i s s u e   s e c t i o n s   t h a t   a v e r a g e   t h e   s i g n a l   f r o m   a   t i s s u e   a r e a   o f   0 . 0 1   m m ( 2 ) .   T h e   s m e a r s   p r e p a r e d   o n   t h e   P T F E   s u r f a c e   p o s s e s s e d   a   h i g h e r   d e g r e e   o f   h o m o g e n e i t y   c o m p a r e d   w i t h   t h e   s m e a r s   p r e p a r e d   o n   t h e   g l a s s   s u r f a c e .   T h i s   a l l o w e d   s i n g l e   M S   s c a n s   ( s i m i l a r   t o   1   s )   f r o m   r a n d o m   p o s i t i o n s   a c r o s s   t h e   s u r f a c e   o f   t h e   s m e a r   t o   b e   u s e d   i n   r a p i d   c a n c e r   t y p i n g   w i t h   g o o d   r e p r o d u c i b i l i t y ,   p r o v i d i n g   p a t h o l o g i c   i n f o r m a t i o n   f o r   c a n c e r   t y p i n g   a t   s p e e d s   s u i t a b l e   f o r   c l i n i c a l   u t i l i t y . 	 [ W o o l m a n ,   M i c h a e l ;   T a t a ,   A l e s s a n d r a ;   B l u e m k e ,   E m m a ;   D a r a ,   D e l a r a m ;   G i n s b e r g ,   H o w a r d   J . ;   Z a r r i n e - A f s a r ,   A r a s h ]   U n i v   H l t h   N e t w o r k ,   T e c h n a   I n s t   A d v   T e c h n o l   H l t h ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 G   1 P 5 ,   C a n a d a ;   [ G i n s b e r g ,   H o w a r d   J . ]   U n i v   T o r o n t o ,   I n s t   B i o m a t   &   B i o m e d   E n g n ,   1 6 4   C o l l   S t ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 S   3 G 9 ,   C a n a d a ;   [ G i n s b e r g ,   H o w a r d   J . ;   Z a r r i n e - A f s a r ,   A r a s h ]   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   S u r g ,   1 4 9   C o l l   S t ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 T   1 P 5 ,   C a n a d a ;   [ G i n s b e r g ,   H o w a r d   J . ;   Z a r r i n e - A f s a r ,   A r a s h ]   S t   M i c h a e l s   H o s p ,   L i   K a   S h i n g   K n o w l e d g e   I n s t ,   K e e n a n   R e s   C t r   B i o m e d   S c i ,   3 0   B o n d   S t ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 B   1 W 8 ,   C a n a d a ;   [ Z a r r i n e - A f s a r ,   A r a s h ]   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   M e d   B i o p h y s ,   1 0 1   C o l l   S t   S u i t e   1 5 - 7 0 1 ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 G   1 L 7 ,   C a n a d a 	 Z a r r i n e - A f s a r ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   H l t h   N e t w o r k ,   T e c h n a   I n s t   A d v   T e c h n o l   H l t h ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 G   1 P 5 ,   C a n a d a . ;   Z a r r i n e - A f s a r ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   S u r g ,   1 4 9   C o l l   S t ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 T   1 P 5 ,   C a n a d a . ;   Z a r r i n e - A f s a r ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S t   M i c h a e l s   H o s p ,   L i   K a   S h i n g   K n o w l e d g e   I n s t ,   K e e n a n   R e s   C t r   B i o m e d   S c i ,   3 0   B o n d   S t ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 B   1 W 8 ,   C a n a d a . ;   Z a r r i n e - A f s a r ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   M e d   B i o p h y s ,   1 0 1   C o l l   S t   S u i t e   1 5 - 7 0 1 ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 G   1 L 7 ,   C a n a d a . 	 a r a s h . z a r r i n e . a f s a r @ u t o r o n t o . c a 	 	 	 	 	 A b b a s s i - G h a d i   N ,   2 0 1 5 ,   A N A L   M E T H O D S - U K ,   V 7 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a y 0 1 7 7 0 f ;   C a l l i g a r i s   D ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 1 5 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 0 8 1 2 9 1 1 1 ;   C o s t a   A B ,   2 0 0 7 ,   C H E M   C O M M U N ,   P 3 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 7 1 0 5 1 1 h ;   D i l l   A L ,   2 0 1 1 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 1 ,   P 1 9 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 1 - 5 2 4 9 - z ;   D i l l   A L ,   2 0 0 9 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 8 7 7 ,   P 2 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 5 8 ;   D o e s w i j k   T G ,   2 0 1 1 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 1 0 7 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 1 0 ;   E b e r l i n   L S ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 2 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 0 0 2 7 4 1 1 1 ;   E b e r l i n   L S ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 1 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 1 5 6 8 7 1 1 0 ;   G u e n t h e r   S ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 1 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 2 2 5 8 ;   I f a   D R ,   2 0 0 8 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 2 2 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 3 3 7 7 ;   I f a   D R ,   2 0 1 6 ,   C L I N   C H E M ,   V 6 2 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 1 4 . 2 3 7 1 7 2 ;   J a r m u s c h   A K ,   2 0 1 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 3 ,   P 1 4 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 2 3 3 0 6 1 1 3 ;   J a r m u s c h   A K ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 6 3 2 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 9 / c 5 a n 0 0 8 2 5 e ,   1 0 . 1 0 3 9 / C 5 A N 0 0 8 2 5 E ] ;   L o w   S P ,   2 0 0 6 ,   B I O M A T E R I A L S ,   V 2 7 ,   P 4 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o m a t e r i a l s . 2 0 0 6 . 0 4 . 0 1 5 ;   S a n t a g a t a   S ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 1 1 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 0 4 7 2 4 1 1 1 ;   S c h w a b   N V ,   2 0 1 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 6 ,   P 1 1 7 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 3 2 5 2 g ;   T a k a t s   Z . ,   2 0 0 8 ,   C S H   P R O T O C ,   V 2 0 0 8 ;   T a t a   A . ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P O R T S   I N   P R E S S ;   T a t a   A ,   2 0 1 6 ,   C H E M   S C I ,   V 7 ,   P 2 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 s c 0 3 7 8 2 d ;   T a t a   A ,   2 0 1 5 ,   R S C   A D V ,   V 5 ,   P 7 5 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 r a 1 2 8 0 5 f ;   V e s e l k o v   K A ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 1 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 1 0 5 2 4 1 1 1 ;   W i s e m a n   J M ,   2 0 0 6 ,   A N G E W   C H E M   I N T   E D I T ,   V 4 5 ,   P 7 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a n i e . 2 0 0 6 0 2 4 4 9 ;   W u   C P ,   2 0 1 3 ,   M A S S   S P E C T R O M   R E V ,   V 3 2 ,   P 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m a s . 2 1 3 6 0 ;   X i a   J . ,   2 0 1 1 ,   C U R R   P R O T O C   B I O I N F O R ;   X i a   J G ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p W 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 3 8 0 ;   X i a   J G ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p W 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 3 7 4 ;   X i a   J G ,   2 0 1 1 ,   N A T   P R O T O C ,   V 6 ,   P 7 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 1 . 3 1 9 ;   X i a   J G ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p W 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 3 5 6 	 2 8 	 1 	 1 	 1 2 	 1 2 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 1 0 4 4 - 0 3 0 5 	 1 8 7 9 - 1 1 2 3 	 	 J   A M   S O C   M A S S   S P E C T R 	 J .   A m .   S o c .   M a s s   S p e c t r o m . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 2 8 	 1 	 	 	 	 	 1 4 5 	 1 5 3 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 3 6 1 - 0 1 6 - 1 5 0 6 - x 	 	 9 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   C h e m i s t r y ,   P h y s i c a l ;   S p e c t r o s c o p y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ;   S p e c t r o s c o p y 	 E H 0 D P 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 4 3 3 1 0 0 0 1 7 	 2 7 7 3 0 5 2 3 	 
 
 J 	 G o p a k u m a r ,   G ;   B a b u ,   K H ;   M i s h r a ,   D ;   G o r t h i ,   S S ;   S u b r a h m a n y a m ,   G R K S 	 	 	 	 G o p a k u m a r ,   G . ;   B a b u ,   K .   H a r i ;   M i s h r a ,   D e e p a k ;   G o r t h i ,   S a i   S i v a ;   S u b r a h m a n y a m ,   G o r t h i .   R .   K .   S a i 	 	 	 C y t o p a t h o l o g i c a l   i m a g e   a n a l y s i s   u s i n g   d e e p - l e a r n i n g   n e t w o r k s   i n   m i c r o f l u i d i c   m i c r o s c o p y 	 J O U R N A L   O F   T H E   O P T I C A L   S O C I E T Y   O F   A M E R I C A   A - O P T I C S   I M A G E   S C I E N C E   A N D   V I S I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 C O N V O L U T I O N   N E U R A L - N E T W O R K ;   F L O W - C Y T O M E T R Y ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   F U T U R E 	 C y t o p a t h o l o g i c   t e s t i n g   i s   o n e   o f   t h e   m o s t   c r i t i c a l   s t e p s   i n   t h e   d i a g n o s i s   o f   d i s e a s e s ,   i n c l u d i n g   c a n c e r .   H o w e v e r ,   t h e   t a s k   i s   l a b o r i o u s   a n d   d e m a n d s   s k i l l .   A s s o c i a t e d   h i g h   c o s t   a n d   l o w   t h r o u g h p u t   d r e w   c o n s i d e r a b l e   i n t e r e s t   i n   a u t o m a t i n g   t h e   t e s t i n g   p r o c e s s .   S e v e r a l   n e u r a l   n e t w o r k   a r c h i t e c t u r e s   w e r e   d e s i g n e d   t o   p r o v i d e   h u m a n   e x p e r t i s e   t o   m a c h i n e s .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   e x p l o r e   a n d   p r o p o s e   t h e   f e a s i b i l i t y   o f   u s i n g   d e e p - l e a r n i n g   n e t w o r k s   f o r   c y t o p a t h o l o g i c   a n a l y s i s   b y   p e r f o r m i n g   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   t h r e e   i m p o r t a n t   u n l a b e l e d ,   u n s t a i n e d   l e u k e m i a   c e l l   l i n e s   ( K 5 6 2 ,   M O L T ,   a n d   H L 6 0 ) .   T h e   c e l l   i m a g e s   u s e d   i n   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   a r e   c a p t u r e d   u s i n g   a   l o w - c o s t ,   h i g h - t h r o u g h p u t   c e l l   i m a g i n g   t e c h n i q u e :   m i c r o f l u i d i c s - b a s e d   i m a g i n g   f l o w   c y t o m e t r y .   W e   d e m o n s t r a t e   t h a t   w i t h o u t   a n y   c o n v e n t i o n a l   f i n e   s e g m e n t a t i o n   f o l l o w e d   b y   e x p l i c i t   f e a t u r e   e x t r a c t i o n ,   t h e   p r o p o s e d   d e e p - l e a r n i n g   a l g o r i t h m s   e f f e c t i v e l y   c l a s s i f y   t h e   c o a r s e l y   l o c a l i z e d   c e l l   l i n e s .   W e   s h o w   t h a t   t h e   d e s i g n e d   d e e p   b e l i e f   n e t w o r k   a s   w e l l   a s   t h e   d e e p l y   p r e t r a i n e d   c o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k   o u t p e r f o r m   t h e   c o n v e n t i o n a l l y   u s e d   d e c i s i o n   s y s t e m s   a n d   a r e   i m p o r t a n t   i n   t h e   m e d i c a l   d o m a i n ,   w h e r e   t h e   a v a i l a b i l i t y   o f   l a b e l e d   d a t a   i s   l i m i t e d   f o r   t r a i n i n g .   W e   h o p e   t h a t   o u r   w o r k   e n a b l e s   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   a   c l i n i c a l l y   s i g n i f i c a n t   h i g h - t h r o u g h p u t   m i c r o f l u i d i c   m i c r o s c o p y - b a s e d   t o o l   f o r   d i s e a s e   s c r e e n i n g / t r i a g i n g ,   e s p e c i a l l y   i n   r e s o u r c e - l i m i t e d   s e t t i n g s .   ( C )   2 0 1 6   O p t i c a l   S o c i e t y   o f   A m e r i c a . 	 [ G o p a k u m a r ,   G . ;   S u b r a h m a n y a m ,   G o r t h i .   R .   K .   S a i ]   I n d i a n   I n s t   S p a c e   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   E a r t h   &   S p a c e   S c i ,   T h i r u v a n a n t h a p u r a m   6 9 5 5 4 7 ,   K e r a l a ,   I n d i a ;   [ B a b u ,   K .   H a r i ;   M i s h r a ,   D e e p a k ]   I n d i a n   I n s t   S p a c e   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   A v i o n ,   T h i r u v a n a n t h a p u r a m   6 9 5 5 4 7 ,   K e r a l a ,   I n d i a ;   [ G o r t h i ,   S a i   S i v a ]   I n d i a n   I n s t   S c i ,   D e p t   I n s t r u m e n t a t   &   A p p l   P h y s ,   B a n g a l o r e   5 6 0 0 1 2 ,   K a r n a t a k a ,   I n d i a 	 S u b r a h m a n y a m ,   G R K S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n d i a n   I n s t   S p a c e   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   E a r t h   &   S p a c e   S c i ,   T h i r u v a n a n t h a p u r a m   6 9 5 5 4 7 ,   K e r a l a ,   I n d i a . 	 g o r t h i s u b r a h m a n y a m @ i i s t . a c . i n 	 	 	 	 	 A a l t o   M . ,   2 0 1 4 ,   T H E S I S ;   A m n i s ,   I M A G E S T R E A M X   M A R K   2 ;   B a r   L .   W .   Y a n i v ,   2 0 1 5 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 9 4 1 4 ;   B a r t e n e v a   N S ,   2 0 1 2 ,   J   H I S T O C H E M   C Y T O C H E M ,   V 6 0 ,   P 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 9 / 0 0 2 2 1 5 5 4 1 2 4 5 3 0 5 2 ;   B a s i j i   D A ,   2 0 0 7 ,   C L I N   L A B   M E D ,   V 2 7 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l l . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 0 8 ;   B e e r s   E .   J . ,   2 0 1 4 ,   A M   J   H E M A T O L ,   V 8 9 ,   P 5 9 8 ;   B e n g i o   Y o s h u a ,   2 0 0 9 ,   F o u n d a t i o n s   a n d   T r e n d s   i n   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 6 1 / 2 2 0 0 0 0 0 0 0 6 ;   B r o s c h   T ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 1 5 0 ,   P 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 7 6 3 - 5 _ 7 8 ;   B u y s s e n s   P . ,   2 0 1 3 ,   M U L T I S C A L E   C O N V O L U T I ,   P 3 4 2 ;   C h a t f i e l d   K . ,   2 0 1 4 ,   B R I T   M A C H   V I S   C ;   C i r e s a n   D C ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 1 5 0 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 7 6 3 - 5 _ 5 1 ;   D e c o   G ,   2 0 0 8 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 0 9 2 ;   D e n g   J ,   2 0 0 9 ,   I E E E   C   C O M P   V I S   P A T T ;   D i   C a t a l d o   S . ,   2 0 0 8 ,   8   I E E E   I N T   C   B I O I N F ,   P 1 ;   G E M A N   S ,   1 9 8 4 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 6 ,   P 7 2 1 ;   G o p a k u m a r   G ,   2 0 1 6 ,   J   M I C R O S C - O X F O R D ,   V 2 6 1 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j m i . 1 2 3 3 5 ;   G r e e n s p a n   H ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 5 3 4 0 1 ;   H e   K . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 2 0 1 8 5 2 C S C V ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 7 6 4 7 ;   H i n t o n   G e o f f r e y   E . ,   2 0 1 2 ,   N e u r a l   N e t w o r k s :   T r i c k s   o f   t h e   T r a d e .   S e c o n d   E d i t i o n :   L N C S   7 7 0 0 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 5 2 8 9 - 8 _ 3 2 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 2 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 4 ,   P 1 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 0 2 7 6 0 1 2 8 0 1 8 ;   I r s h a d   H u m a y u n ,   2 0 1 4 ,   I E E E   R e v   B i o m e d   E n g ,   V 7 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 1 3 . 2 2 9 5 8 0 4 ;   J a g a n n a d h   V K ,   2 0 1 6 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 9 ,   P 5 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 5 0 0 1 0 8 ;   J a g a n n a d h   V K ,   2 0 1 6 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 8 ,   P 1 9 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 5 - 9 3 0 1 - 2 ;   J a g a n n a d h   V .   K . ,   2 0 1 6 ,   M E D   B I O L   E N G   C O M P U T ,   P 1 ;   J o l l i f f e   I T ,   2 0 0 2 ,   S P R I N G E R   S E R I E S   S T A T ;   K i m   E ,   2 0 1 6 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 2 1 6 4 6 8 ;   L a r o c h e l l e   H ,   2 0 1 2 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 3 ,   P 6 4 3 ;   L e C u n   Y . ,   1 9 9 8 ,   H D B   B R A I N   T H E O R Y   N E U ,   P 2 5 5 ;   L i   Q . ,   2 0 1 4 ,   P   1 3   I N T   C   C O N T R   A U T ,   V 2 0 1 4 ,   P 8 4 4 ;   L o   S C B ,   1 9 9 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 8 ,   P 1 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 9 5 ) 0 0 0 6 1 - 5 ;   N a y a k   N ,   2 0 1 3 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 1 3 4 8 ;   N a y a r   R ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   T R E A T   R E S ,   V 1 6 0 ,   p V I I ;   N i s w a n d e r   L M ,   2 0 1 4 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 8 5 ,   P 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 2 4 3 8 ;   O r m e r o d   M . ,   2 0 0 8 ,   F L O W   C Y T O M E T R Y   B A S I C ;   P o u l i a k i s   A ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D   E N G   C O M P U T   B I ,   V 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 3 7 / B E C B . S 3 1 6 0 1 ;   S a h i n e r   B ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   P 5 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 3 8 9 3 7 ;   S c h m a h   T . ,   2 0 0 9 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 2 1 ,   P 1 4 0 9 ;   S c h o n b r u n   E ,   2 0 1 2 ,   L A B   C H I P ,   V 1 2 ,   P 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 1 l c 2 0 8 4 3 h ;   S h i   Z ,   2 0 1 1 ,   J   M U L T I M E D ,   V 6 ,   P 2 4 4 ;   T h i r a n   J P ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 4 3 ,   P 1 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 1 0 . 5 3 6 9 0 2 ;   V e d a l d i   A . ,   2 0 1 4 ,   A B S 1 4 1 2 4 5 6 4   C O R R ;   X u   Y ,   2 0 1 4 ,   I E E E   I N T   C   A C   S P E E C H ,   P 1 6 2 6 ;   Z e n g   T ,   2 0 1 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 5 - 0 5 5 3 - 9 ;   Z h a n g   W . ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   B I G   D A T A ,   P 1 	 4 5 	 0 	 0 	 9 	 9 	 O P T I C A L   S O C   A M E R 	 W A S H I N G T O N 	 2 0 1 0   M A S S A C H U S E T T S   A V E   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 0 3 6   U S A 	 1 0 8 4 - 7 5 2 9 	 1 5 2 0 - 8 5 3 2 	 	 J   O P T   S O C   A M   A 	 J .   O p t .   S o c .   A m .   A - O p t .   I m a g e   S c i .   V i s . 	 J A N   1 	 2 0 1 7 	 3 4 	 1 	 	 	 	 	 1 1 1 	 1 2 1 	 	 1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 3 4 . 0 0 0 1 1 1 	 	 1 1 	 O p t i c s 	 O p t i c s 	 E H 7 K L 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 9 5 1 6 0 0 0 1 4 	 2 8 0 5 9 2 3 3 	 
 
 S 	 A r u n a c h a l a m ,   H B ;   M i s h r a ,   R ;   A r m a s e l u ,   B ;   D a e s c u ,   O ;   M a r t i n e z ,   M ;   L e a v e y ,   P ;   R a k h e j a ,   D ;   C c d e r b e r g ,   K ;   S e n g u p t a ,   A ;   N i ' s u i l l e a b h a i n ,   M 	 	 A l t m a n ,   R B ;   D u n k e r ,   A K ;   H u n t e r ,   L ;   R i t c h i e ,   M D ;   M u r r a y ,   T ;   K l e i n ,   T E 	 	 A r u n a c h a l a m ,   H a r i s h   B a b u ;   M i s h r a ,   R a s h i k a ;   A r m a s e l u ,   B o g d a n ;   D a e s c u ,   O v i d i u ;   M a r t i n e z ,   M a r i a ;   L e a v e y ,   P a t r i c k ;   R a k h e j a ,   D i n e s h ;   C c d e r b e r g ,   K e v i n ;   S e n g u p t a ,   A n i t a ;   N i ' s u i l l e a b h a i n ,   M o l l y 	 	 	 C O M P U T E R   A I D E D   I M A G E   S E G M E N T A T I O N   A N D   C L A S S I F I C A T I O N   F O R   V I A B L E   A N D   N O N - V I A B L E   T U M O R   I D E N T I F I C A T I O N   I N   O S T E O S A R C O M A 	 P A C I F I C   S Y M P O S I U M   O N   B I O C O M P U T I N G   2 0 1 7 	 B i o c o m p u t i n g   S e r i e s 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 2 2 n d   P a c i f i c   S y m p o s i u m   o n   B i o c o m p u t i n g   ( P S B ) 	 J A N   0 4 - 0 8 ,   2 0 1 7 	 H I 	 	 	 I m a g e   s e g m e n t a t i o n ;   O t s u   t h r e s h o l d i n g ;   O s t e o s a r c o m a ;   S V S   i m a g e   a n a l y s i s 	 	 O s t e o s a r c o m a   i s   o n e   o f   t h e   m o s t   c o m m o n   t y p e s   o f   b o n e   c a n c e r   i n   c h i l d r e n .   T o   g a u g e   t h e   e x t e n t   o f   c a n c e r   t r e a t m e n t   r e s p o n s e   i n   t h e   p a t i e n t   a f t e r   s u r g i c a l   r e s e c t i o n ,   t h e   H & E   s t a i n e d   i m a g e   s l i d e s   a r e   m a n u a l l y   e v a l u a t e d   b y   p a t h o l o g i s t s   t o   e s t i m a t e   t h e   p e r c e n t a g e   o f  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 w h i l e   i t   i s   a r o u n d   9 0 %   f o r   f i b r o s i s   a n d   a c e l l u l a r / h y p o c e l l u l a r   t u m o r   o s t e o i d ,   f o r   a l l   t h e   s a m p l e d   d a t a s e t s   u s e d .   W e   e x p e c t   t h e   d e v e l o p e d   s o f t w a r e   t o   l e a d   t o   a   s i g n i f i c a n t   i n c r e a s e   i n   a c c u r a c y   a n d   d e c r e a s e   i n   i n t e r o b s e r v e r   v a r i a b i l i t y   i n   a s s e s s m e n t   o f   n e c r o s i s   b y   t h e   p a t h o l o g i s t s   a n d   a   r e d u c t i o n   i n   t h e   t i m e   s p e n t   b y   t h e   p a t h o l o g i s t s   i n   s u c h   a s s e s s m e n t s . 	 [ A r u n a c h a l a m ,   H a r i s h   B a b u ;   M i s h r a ,   R a s h i k a ;   A r m a s e l u ,   B o g d a n ;   D a e s c u ,   O v i d i u ]   U n i v   T e x a s   D a l l a s ,   D e p t   C o m p   S c i ,   R i c h a r d s o n ,   T X   7 5 0 8 3   U S A ;   [ M a r t i n e z ,   M a r i a ]   U n i v   T e x a s   D a l l a s ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   R i c h a r d s o n ,   T X   7 5 0 8 3   U S A ;   [ L e a v e y ,   P a t r i c k ;   R a k h e j a ,   D i n e s h ;   C c d e r b e r g ,   K e v i n ;   S e n g u p t a ,   A n i t a ;   N i ' s u i l l e a b h a i n ,   M o l l y ]   U n i v   T e x a s   S o u t h w e s t e r n   M e d   C t r   D a l l a s ,   D a l l a s ,   T X   U S A 	 A r u n a c h a l a m ,   H B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T e x a s   D a l l a s ,   D e p t   C o m p   S c i ,   R i c h a r d s o n ,   T X   7 5 0 8 3   U S A . 	 h a r i s h b @ u t d a l l a s . e d u 	 	 	 	 	 A b r a m o f f   M D ,   2 0 0 4 ,   B I O P H O T O N I C S   I N T ,   V 1 1 ,   P 3 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 5 8 9 1 0 0 ;   B a s a v a n h a l l y   A N ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 5 3 0 5 ;   B l a s c h k e   T ,   2 0 1 4 ,   I S P R S   J   P H O T O G R A M M ,   V 8 7 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i s p r s j p r s . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 1 4 ;   B r u m b y   S .   P . ,   A E R O S E N S E   2 0 0 0 ;   F i s c h e r   A .   H . ,   2 0 0 8 ,   C O L D   S P R I N G   H A R B O R   P ,   V 2 0 0 8 ;   F u c h s   T J ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 5 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 6 ;   G o o d e   A . ,   2 0 1 3 ,   J   P A T H O L O G Y   I N F O R N ,   V 4 ;   G u r c a n   M .   N . ,   2 0 0 9 ,   B I O M E D I C A L   E N G   I E E E ,   V 2 ,   P 1 4 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 4 8 6 5 ;   H a r r a b i   R ,   2 0 1 2 ,   E U R A S I P   J   I M A G E   V I D E ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 6 8 7 - 5 2 8 1 - 2 0 1 2 - 1 1 ;   J o n e s   T R ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 4 8 2 ;   K o t h a r i   S ,   2 0 1 3 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 0 ,   P 1 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 2 - 0 0 1 5 4 0 ;   M a r t i n e z   K . ,   2 0 0 5 ,   I E E E   I N T   C   I M   P R O C   2 ;   O t t a v i a n i   G ,   2 0 1 0 ,   P E D I A T   A D O L E S C E N T   O S ,   P 3 ;   W a n g   F . ,   2 0 1 2 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ;   W a n g   J .   I .   Z h o n g w u ,   2 0 1 0 ,   E N V I R O N   M O D E L L   S O F T W ,   V 2 5 ,   P 1 1 4 9 ;   W e b s t e r   J o s h u a   D ,   2 0 1 2 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 3 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 9 5 1 3 0 ;   W e i n d   K L ,   1 9 9 8 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 0 8 ,   P 4 7 7 ;   Y u   K . - H . ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E   C O M M U N I C A T I O N ,   V 7 	 1 8 	 0 	 0 	 1 	 1 	 W O R L D   S C I E N T I F I C   P U B L   C O   P T E   L T D 	 S I N G A P O R E 	 P O   B O X   1 2 8   F A R R E R   R D ,   S I N G A P O R E   9 1 2 8 ,   S I N G A P O R E 	 2 3 3 5 - 6 9 3 6 	 	 9 7 8 - 9 8 1 - 3 2 0 7 - 8 1 - 3 ;   9 7 8 - 9 8 1 - 3 2 0 7 - 8 0 - 6 	 B I O C O M P U T I N G 	 	 	 2 0 1 7 	 	 	 	 	 	 	 1 9 5 	 2 0 6 	 	 	 	 1 2 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B G 7 F Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 2 5 4 2 0 0 0 2 0 	 	 
 
 S 	 D a n a e e ,   P ;   G h a e i n i ,   R ;   H e n d r i x ,   D A 	 	 A l t m a n ,   R B ;   D u n k e r ,   A K ;   H u n t e r ,   L ;   R i t c h i e ,   M D ;   M u r r a y ,   T ;   K l e i n ,   T E 	 	 D a n a e e ,   P a d i d e h ;   G h a e i n i ,   R e z a ;   H e n d r i x ,   D a v i d   A . 	 	 	 A   D E E P   L E A R N I N G   A P P R O A C H   F O R   C A N C E R   D E T E C T I O N   A N D   R E L E V A N T   G E N E   I D E N T I F I C A T I O N 	 P A C I F I C   S Y M P O S I U M   O N   B I O C O M P U T I N G   2 0 1 7 	 B i o c o m p u t i n g   S e r i e s 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 2 2 n d   P a c i f i c   S y m p o s i u m   o n   B i o c o m p u t i n g   ( P S B ) 	 J A N   0 4 - 0 8 ,   2 0 1 7 	 H I 	 	 	 C a n c e r   D e t e c t i o n ;   R N A - s e q   E x p r e s s i o n ;   D e e p   L e a r n i n g ;   D i m e n s i o n a l i t y   R e d u c t i o n ;   S t a c k e d   D e n o i s i n g   A u t o e n c o d e r ;   C l a s s i f i c a t i o n 	 D I F F E R E N T I A L L Y   E X P R E S S E D   G E N E S ;   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   N E U R A L - N E T W O R K S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   P R E D I C T I O N ;   M I C R O A R R A Y ;   P 5 3 	 C a n c e r   d e t e c t i o n   f r o m   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a   c o n t i n u e s   t o   p o s e   a   c h a l l e n g e   d u e   t o   t h e   h i g h   d i m e n s i o n a l i t y   a n d   c o m p l e x i t y   o f   t h e s e   d a t a .   A f t e r   d e c a d e s   o f   r e s e a r c h   t h e r e   i s   s t i l l   u n c e r t a i n t y   i n   t h e   c l i n i c a l   d i a g n o s i s   o f   c a n c e r   a n d   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   t u m o r - s p e c i f i c   m a r k e r s .   H e r e   w e   p r e s e n t   a   d e e p   l e a r n i n g   a p p r o a c h   t o   c a n c e r   d e t e c t i o n ,   a n d   t o   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   g e n e s   c r i t i c a l   f o r   t h e   d i a g n o s i s   o f   b r e a s t   c a n c e r .   F i r s t ,   w e   u s e d   S t a c k e d   D e n o i s i n g   A u t o e n c o d e r   ( S D A E )   t o   d e e p l y   e x t r a c t   f u n c t i o n a l   f e a t u r e s   f r o m   h i g h   d i m e n s i o n a l   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s .   N e x t ,   w e   e v a l u a t e d   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e   e x t r a c t e d   r e p r e s e n t a t i o n   t h r o u g h   s u p e r v i s e d   c l a s s i f i c a t i o n   m o d e l s   t o   v e r i f y   t h e   u s e f u l n e s s   o f   t h e   n e w   f e a t u r e s   i n   c a n c e r   d e t e c t i o n .   L a s t l y ,   w e   i d e n t i f i e d   a   s e t   o f   h i g h l y   i n t e r a c t i v e   g e n e s   b y   a n a l y z i n g   t h e   S D A E   c o n n e c t i v i t y   m a t r i c e s .   O u r   r e s u l t s   a n d   a n a l y s i s   i l l u s t r a t e   t h a t   t h e s e   h i g h l y   i n t e r a c t i v e   g e n e s   c o u l d   b e   u s e f u l   c a n c e r   b i o m a r k e r s   f o r   t h e   d e t e c t i o n   o f   b r e a s t   c a n c e r   t h a t   d e s e r v e   f u r t h e r   s t u d i e s . 	 [ D a n a e e ,   P a d i d e h ;   G h a e i n i ,   R e z a ]   O r e g o n   S t a t e   U n i v ,   S c h   E l e c t   E n g n   &   C o m p   S c i ,   C o r v a l l i s ,   O R   9 7 3 3 0   U S A ;   [ H e n d r i x ,   D a v i d   A . ]   O r e g o n   S t a t e   U n i v ,   S c h   E l e c t   E n g n   &   C o m p   S c i ,   D e p t   B i o c h e m   &   B i o p h y s ,   C o r v a l l i s ,   O R   9 7 3 3 0   U S A 	 D a n a e e ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   O r e g o n   S t a t e   U n i v ,   S c h   E l e c t   E n g n   &   C o m p   S c i ,   C o r v a l l i s ,   O R   9 7 3 3 0   U S A . 	 d a n a e e p @ o r e g o n s t a t e . e d u ;   g h a e i n i m @ o r e g o n s t a t e . e d u ;   d a v i d . h e n d r i x @ o r e g o n s t a t e . e d u 	 	 	 	 	 A l o n   U ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 6 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 1 2 . 6 7 4 5 ;   B e n g i o   Y . ,   2 0 0 7 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   V 1 9 ,   P 1 5 3 ;   B E N J A M I N I   Y ,   1 9 9 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 7 ,   P 2 8 9 ;   B o u s q u e t   O . ,   2 0 0 8 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   C r u z   J .   A . ,   2 0 0 6 ,   C A N C   I N F O R M ,   V 2 ;   F a k o o r   R . ,   2 0 1 3 ,   P   I C M L   W O R K S H   R O L   M A ;   F u r e y   T S ,   2 0 0 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   P 9 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 6 . 1 0 . 9 0 6 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G u p t a   A . ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F   B I O M   B I B M   2 0 1 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 7 6 4 7 ;   K E R N   S E ,   1 9 9 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 5 2 ,   P 1 7 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 0 4 7 8 7 9 ;   K e t t u n e n   E ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   G E N E T   C Y T O G E N ,   V 1 4 9 ,   P 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / s 0 1 6 5 - 4 6 0 8 ( 0 3 ) 0 0 3 0 0 - 5 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   L e e   H o n g l a k ,   2 0 0 9 ,   P   2 6   A N N   I N T   C   M A C H ;   L e m a i t r e   G . ,   2 0 1 6 ,   A B S 1 6 0 9 0 6 5 7 0   C O R R ;   L i   H ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 5 0 1 3 ;   L i   J Y ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   p I I 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t g 1 0 6 6 ;   M a i e n s c h e i n - C l i n e   M ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 6 2 8 ;   M A T L A S H E W S K I   G ,   1 9 8 4 ,   E M B O   J ,   V 3 ,   P 3 2 5 7 ;   M e d j a h e d   S .   A . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T E R   A P P L ,   V 6 2 ;   M y e r s   J S ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 5 3 2 2 ;   N e t w o r k   C G A R ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 9 ,   P 4 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N A T U R E 1 2 2 2 2 ;   P e d r e g o s a   F ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 8 2 5 ;   R e d d y   S . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T E R   S C I   I ,   V 5 ,   P 5 9 0 1 ;   S a a d   D . ,   O N L I N E   L E A R N I N G ;   S c h a d t   E E ,   2 0 0 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 7 ,   P 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 5 8 9 ;   S c h o l k o p f   B . ,   1 9 9 7 ,   I N T   C   A R T   N E U R   N E T W ;   S h a b a n a   K M ,   2 0 1 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 6 - S 1 7 - S 5 ;   S r i v a s t a v a   N ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 9 2 9 ;   T a n   J   C .   C .   e .   a . ,   2 0 1 5 ,   U N S U P E R V I S E D   F E A T U R E ;   V i n c e n t   P ,   2 0 1 0 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 1 ,   P 3 3 7 1 ;   W a n g   S C ,   2 0 0 3 ,   I N T E R D I S C I P L I N A R Y   C O ,   P 8 1 ;   W e i n s t e i n   J N ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 7 6 4 ;   W O L D   S ,   1 9 8 7 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 2 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 9 - 7 4 3 9 ( 8 7 ) 8 0 0 8 4 - 9 ;   X u   J C ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 0 ,   P 1 6 7 7 ;   Y e u n g   K Y ,   2 0 0 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   P 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 7 . 9 . 7 6 3 ;   Z h o u   T e n g ,   2 0 1 5 ,   [ B i o p h y s i c s   R e p o r t s ,   uirirtf[b] ,   V 1 ,   P 1 0 6 	 3 9 	 0 	 0 	 2 	 2 	 W O R L D   S C I E N T I F I C   P U B L   C O   P T E   L T D 	 S I N G A P O R E 	 P O   B O X   1 2 8   F A R R E R   R D ,   S I N G A P O R E   9 1 2 8 ,   S I N G A P O R E 	 2 3 3 5 - 6 9 3 6 	 	 9 7 8 - 9 8 1 - 3 2 0 7 - 8 1 - 3 ;   9 7 8 - 9 8 1 - 3 2 0 7 - 8 0 - 6 	 B I O C O M P U T I N G 	 	 	 2 0 1 7 	 	 	 	 	 	 	 2 1 9 	 2 2 9 	 	 	 	 1 1 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B G 7 F Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 2 5 4 2 0 0 0 2 2 	 	 
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 J 	 P a r r a ,   N A ;   O r m a n ,   A ;   P a d g e t t ,   K ;   C a s i l l a s ,   V ;   P u n n e n ,   S ;   A b r a m o w i t z ,   M ;   P o l l a c k ,   A ;   S t o y a n o v a ,   R 	 	 	 	 P a r r a ,   N .   A n d r e s ;   O r m a n ,   A m b e r ;   P a d g e t t ,   K y l e ;   C a s i l l a s ,   V i c t o r ;   P u n n e n ,   S a n o j ;   A b r a m o w i t z ,   M a t t h e w ;   P o l l a c k ,   A l a n ;   S t o y a n o v a ,   R a d k a 	 	 	 D y n a m i c   c o n t r a s t - e n h a n c e d   M R I   f o r   a u t o m a t i c   d e t e c t i o n   o f   f o c i   o f   r e s i d u a l   o r   r e c u r r e n t   d i s e a s e   a f t e r   p r o s t a t e c t o m y 	 S T R A H L E N T H E R A P I E   U N D   O N K O L O G I E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P r o s t a t e   c a n c e r ;   S a l v a g e   r a d i o t h e r a p y ;   P r o s t a t e   b e d ;   P a t t e r n   r e c o g n i t i o n ;   a u t o m a t e d ;   D y n a m i c  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 a n   i d e n t i f i e d   g r o s s   t u m o r   v o l u m e   ( G T V )   i n   t h e   p r o s t a t e   b e d   w e r e   a n a l y z e d   r e t r o s p e c t i v e l y .   A n   u n s u p e r v i s e d   p a t t e r n   r e c o g n i t i o n   m e t h o d   w a s   u s e d   t o   a n a l y z e   D C E - M R I   c u r v e s   f r o m   t h e   p r o s t a t e   b e d .   D a t a   w e r e   r e p r e s e n t e d   a s   a   p r o d u c t   o f   a   n u m b e r   o f   s i g n a l - v s . - t i m e   p a t t e r n s   a n d   t h e i r   w e i g h t s .   T h e   t e m p o r a l   p a t t e r n ,   c h a r a c t e r i z e d   b y   f a s t   w a s h - i n   a n d   g r a d u a l   w a s h - o u t ,   w a s   c o n s i d e r e d   t h e   " t u m o r "   p a t t e r n .   T h e   c o r r e s p o n d i n g   w e i g h t s   w e r e   t h r e s h o l d e d   b a s e d   o n   t h e   n u m b e r   ( 1 ,   1 . 5 ,   2 ,   2 . 5 )   o f   s t a n d a r d   d e v i a t i o n s   a w a y   f r o m   t h e   m e a n ,   d e n o t e d   a s   D C E 1 . 0 ,   . . . ,   D C E 2 . 5 ,   a n d   d i s p l a y e d   o n   t h e   T 2 - w e i g h t e d   M R I .   T h e   r e s u l t a n t   f o u r   v o l u m e s   w e r e   c o m p a r e d   w i t h   t h e   G T V   a n d   m a x i m u m   p r e - R T   p r o s t a t e - s p e c i f i c   a n t i g e n   ( P S A )   l e v e l .   P h a r m a c o k i n e t i c   m o d e l i n g   w a s   a l s o   c a r r i e d   o u t .   R e s u l t s   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   d e t e r m i n e d   2 - 4   s i g n i f i c a n t   p a t t e r n s   i n   p a t i e n t s '   D C E - M R I .   A n a l y s i s   a n d   d i s p l a y   o f   t h e   i d e n t i f i e d   s u s p i c i o u s   f o c i   w a s   p e r f o r m e d   i n   c o m m e r c i a l   s o f t w a r e   ( M I M   C o r p o r a t i o n ,   C l e v e l a n d ,   O H ,   U S A ) .   I n   g e n e r a l ,   D C E 1 . 0 / D C E 1 . 5   h i g h l i g h t e d   l a r g e r   a r e a s   t h a n   G T V .   D C E 2 . 0   a n d   G T V   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   c o r r e l a t e d   ( r   =   0 . 6 0 ,   p   <   0 . 0 5 ) .   D C E 2 . 0 / D C A 2 . 5   w e r e   a l s o   s i g n i f i c a n t l y   c o r r e l a t e d   w i t h   P S A   ( r   =   0 . 5 2 ,   0 . 6 7 ,   p   <   0 . 0 5 ) .   K - t r a n s   f o r   D C E 2 . 5   w a s   s t a t i s t i c a l l y   h i g h e r   t h a n   t h e   G T V ' s   K - t r a n s   ( p   <   0 . 0 5 ) ,   i n d i c a t i n g   t h a t   t h e   a u t o m a t i c   v o l u m e   b e t t e r   c a p t u r e s   a r e a s   o f   m a l i g n a n c y .   C o n c l u s i o n   A   s o f t w a r e   t o o l   w a s   d e v e l o p e d   f o r   i d e n t i f i c a t i o n   a n d   v i s u a l i z a t i o n   o f   t h e   s u s p i c i o u s   f o c i   i n   D C E - M R I   f r o m   p o s t - p r o s t a t e c t o m y   p a t i e n t s   a n d   w a s   i n t e g r a t e d   i n t o   t h e   t r e a t m e n t   p l a n n i n g   s y s t e m . 	 [ P a r r a ,   N .   A n d r e s ;   O r m a n ,   A m b e r ;   P a d g e t t ,   K y l e ;   A b r a m o w i t z ,   M a t t h e w ;   P o l l a c k ,   A l a n ;   S t o y a n o v a ,   R a d k a ]   U n i v   M i a m i ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   M i l l e r   S c h   M e d ,   1 1 2 1   N W   1 4 t h   S t ,   M i a m i ,   F L   3 3 1 3 6   U S A ;   [ P a d g e t t ,   K y l e ;   C a s i l l a s ,   V i c t o r ]   U n i v   M i a m i ,   M i l l e r   S c h   M e d ,   D e p t   R a d i o l ,   M i a m i ,   F L   3 3 1 3 6   U S A ;   [ P u n n e n ,   S a n o j ]   U n i v   M i a m i ,   M i l l e r   S c h   M e d ,   D e p t   U r o l ,   M i a m i ,   F L   3 3 1 3 6   U S A 	 S t o y a n o v a ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M i a m i ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   M i l l e r   S c h   M e d ,   1 1 2 1   N W   1 4 t h   S t ,   M i a m i ,   F L   3 3 1 3 6   U S A . 	 R S t o y a n o v a @ m e d . m i a m i . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ R 0 1 C A 1 8 9 2 9 5 ,   R 0 1 C A 1 9 0 1 0 5 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   G r a n t s   f r o m   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h ,   R 0 1 C A 1 8 9 2 9 5   a n d   R 0 1 C A 1 9 0 1 0 5 . 	 A m l i n g   C L ,   2 0 0 1 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 6 5 ,   P 1 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 5 3 4 7 ( 0 5 ) 6 6 4 5 2 - X ;   B e r e s f o r d   M J ,   2 0 1 0 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 2 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 5 ;   B o o n s i r i k a m c h a i   P ,   2 0 1 2 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 9 8 ,   p W 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 0 . 6 3 8 7 ;   B o o r j i a n   S A ,   2 0 0 9 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 8 2 ,   P 2 7 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 2 7 ;   C a s c i a n i   E ,   2 0 0 8 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 9 0 ,   P 1 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 0 7 . 3 0 3 2 ;   C i r i l l o   S ,   2 0 0 9 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 9 ,   P 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 8 - 1 1 7 4 - 8 ;   E v a n g e l i s t a   L ,   2 0 1 3 ,   C L I N   N U C L   M E D ,   V 3 8 ,   P 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L U . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 8 6 7 f 3 c ;   F r e e d l a n d   S J ,   2 0 0 5 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 9 4 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 9 4 . 4 . 4 3 3 ;   H e i d e n r e i c h   A ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 5 ,   P 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 2 ;   H e i d e n r e i c h   A ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 5 ,   P 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 4 6 ;   K h o o   V S ,   1 9 9 9 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   V 7 2 ,   P 5 9 0 ;   K i t a j i m a   K ,   2 0 1 5 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 2 0 5 ,   P 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 4 . 1 4 2 7 5 ;   K i t a j i m a   K ,   2 0 1 4 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 5 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 3 . 1 2 3 0 1 8 ;   P a r k e r   G J M ,   2 0 0 6 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 5 6 ,   P 9 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 1 0 6 6 ;   P o u n d   C R ,   1 9 9 9 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 1 ,   P 1 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 1 . 1 7 . 1 5 9 1 ;   S a j d a   P ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 1 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 4 . 8 3 4 6 2 6 ;   S c h u s t e r   D M ,   2 0 1 4 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 9 1 ,   P 1 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 6 5 ;   S e f r o v a   J ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 2 ,   P 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 0 4 ;   S e l l a   T ,   2 0 0 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 1 ,   P 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 1 2 0 3 0 0 1 1 ;   S i l v e r m a n   J M ,   1 9 9 7 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 6 8 ,   P 3 7 9 ;   S t e p h e n s o n   A J ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 3 9 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 7 5 6 ;   S t o y a n o v a   R ,   2 0 1 2 ,   T R A N S L   O N C O L ,   V 5 ,   P 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / t l o . 1 2 3 1 9 ;   T o f t s   P S ,   1 9 9 9 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 1 0 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 5 2 2 - 2 5 8 6 ( 1 9 9 9 0 9 ) 1 0 : 3 < 2 2 3 : : A I D - J M R I 2 > 3 . 0 . C O ; 2 - S ;   T o f t s   P S ,   1 9 9 7 ,   J M R I - J   M A G N   R E S O N   I M ,   V 7 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 1 8 8 0 0 7 0 1 1 3 ;   T o f t s   P S ,   2 0 1 1 ,   E U R   S O C   M A G N   R E S   M E D ;   T r o c k   B J ,   2 0 0 8 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 9 9 ,   P 2 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 9 9 . 2 3 . 2 7 6 0 ;   U m b e h r   M H ,   2 0 1 3 ,   E U R   U R O L ,   V 6 4 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 1 9 	 2 7 	 0 	 0 	 0 	 0 	 U R B A N   &   V O G E L 	 M U N I C H 	 N E U M A R K T E R   S T R A S S E   4 3 ,   D - 8 1 6 7 3   M U N I C H ,   G E R M A N Y 	 0 1 7 9 - 7 1 5 8 	 1 4 3 9 - 0 9 9 X 	 	 S T R A H L E N T H E R   O N K O L 	 S t r a h l e n t h e r .   O n k o l . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 1 9 3 	 1 	 	 	 	 	 1 3 	 2 1 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 6 6 - 0 1 6 - 1 0 5 5 - z 	 	 9 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E G 9 F F 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 3 6 3 3 0 0 0 0 2 	 2 7 7 6 1 6 1 2 	 
 
 J 	 K r u s e ,   J A ;   W i l l i a m s ,   R A ;   M o o d ,   D 	 	 	 	 K r u s e ,   J u l i e   A . ;   W i l l i a m s ,   R e g   A . ;   M o o d ,   D a r l e n e 	 	 	 E x p l o r a t o r y   F a c t o r   A n a l y s i s   o f   t h e   S t r e n g t h   o f   t h e   C u l t u r a l   A f f i l i a t i o n   S c a l e 	 C A N C E R   N U R S I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A s s e s s m e n t   t o o l ;   C a n c e r   p a t i e n t s ;   C l i n i c a l   u t i l i t y ;   C u l t u r e ;   C u l t u r a l   a f f i l i a t i o n ;   C u l t u r a l l y   s e n s i t i v e   c a r e ;   F a c t o r   a n a l y s i s ;   R e l i a b i l i t y ;   S t r e n g t h   o f   C u l t u r a l   A f f i l i a t i o n   S c a l e ;   V a l i d i t y 	 U N I T E D - S T A T E S ;   M E N T A L - H E A L T H ;   A C C U L T U R A T I O N ;   I M M I G R A N T S 	 B a c k g r o u n d :   W i t h i n   t h e   U n i t e d   S t a t e s ,   t h e r e   a r e   i n d i v i d u a l s   w h o   r e t a i n   t h e   t r a d i t i o n s   a n d   b e l i e f s   o f   c u l t u r a l   g r o u p s   t h a t   v a r y   f r o m   t h e   g e n e r a l   m a j o r i t y   p o p u l a t i o n .   B o t h   h e a l t h c a r e   p r o v i d e r s   a n d   r e s e a r c h e r s   h a v e   r e p o r t e d   t h a t   m a n y   i n d i v i d u a l s   w h o   l i v e   i n   b u t   a r e   l e s s   a f f i l i a t e d   w i t h   t h e   d o m i n a n t   c u l t u r e   t e n d   t o   h a v e   l e s s   p o s i t i v e   h e a l t h   o u t c o m e s .   O b j e c t i v e :   T h e   p u r p o s e   o f   t h i s   s t u d y   i s   t o   u s e   f a c t o r   a n a l y s i s   t o   a s s e s s   t h e   p s y c h o m e t r i c   p r o p e r t i e s   o f   M o o d ' s   1 8 - i t e m   S t r e n g t h   o f   C u l t u r a l   A f f i l i a t i o n   S c a l e   ( S C A S ) .   M e t h o d s :   T h e   S C A S   w a s   a d m i n i s t e r e d   t o   6 0 4   p a r t i c i p a n t s   f r o m   a   r a n d o m i z e d   c l i n i c a l   t r i a l   o f   c a n c e r   p a t i e n t s   w h o   w e r e   t r e a t e d   w i t h   r a d i o t h e r a p y   a t   a   l a r g e   c e n t r a l   c i t y   h o s p i t a l   l o c a t e d   i n   t h e   M i d w e s t .   R e s u l t s :   C o n f i r m a t o r y   F a c t o r   A n a l y s e s   u s i n g   P r i n c i p a l   C o m p o n e n t   A n a l y s i s   w i t h   O b l i m i n   R o t a t i o n   i n d i c a t e d   a   1 6 - i t e m ,   4 - f a c t o r   f i n a l   s o l u t i o n   w i t h   t h e   f o l l o w i n g   s u b s c a l e s :   f a c t o r   1 ,   l i f e s t y l e   ( 7   i t e m s ) ;   f a c t o r   2 ,   l a n g u a g e   a n d   c u l t u r a l - s p e c i f i c   h o l i d a y s   ( 3   i t e m s ) ;   f a c t o r   3 ,   r e l a t i o n s h i p s   ( 4   i t e m s ) ;   a n d   f a c t o r   4 ,   c u l t u r a l   h e a l t h   p r a c t i c e s   ( 2   i t e m s ) .   C o n c l u s i o n :   T h e   S C A S   d e m o n s t r a t e d   h i g h   r e l i a b i l i t y   a n d   c o n t e n t ,   c o n s t r u c t ,   d i s c r i m i n a n t ,   c o n v e r g e n t ,   d i v e r g e n t ,   a n d   p r e d i c t i v e   v a l i d i t y .   I m p l i c a t i o n s   f o r   P r a c t i c e :   T h e   S C A S   s e e m s   t o   b e   a   r e l i a b l e   a n d   v a l i d   t o o l   f o r   p r a c t i t i o n e r s   t o   u s e   t o   a s s e s s   a   p a t i e n t ' s   s t r e n g t h   o f   c u l t u r a l   a f f i l i a t i o n   t o   p r o v i d e   t h e   b e s t   c u l t u r a l l y   s e n s i t i v e   c a r e   p o s s i b l e   f o r   t h e   p a t i e n t . 	 [ K r u s e ,   J u l i e   A . ]   L o u r d e s   U n i v ,   C o l l   N u r s i n g ,   6 8 3 2   C o n v e n t   B l v d ,   S y l v a n i a ,   O H   4 3 5 6 0   U S A ;   [ W i l l i a m s ,   R e g   A . ]   U n i v   M i c h i g a n ,   S c h   M e d ,   S c h   N u r s i n g   &   P s y c h i a t ,   A n n   A r b o r ,   M I   U S A ;   [ M o o d ,   D a r l e n e ]   W a y n e   S t a t e   U n i v ,   C o l l   N u r s i n g   &   M e d ,   D e t r o i t ,   M I   U S A 	 K r u s e ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   L o u r d e s   U n i v ,   C o l l   N u r s i n g ,   6 8 3 2   C o n v e n t   B l v d ,   S y l v a n i a ,   O H   4 3 5 6 0   U S A . 	 j k r u s e @ l o u r d e s . e d u 	 	 	 N I N R   N I H   H H S   [ R 2 1   N R 0 1 0 8 9 6 ] 	 	 B e r r y   J W ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   I N T E R C U L T   R E L ,   V 2 9 ,   P 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j i n t r e l . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 1 3 ;   B e r r y   J W ,   2 0 1 1 ,   P A P E R S   S O C I A L   R E P R E S ,   V 2 0 ;   C E L L A   D F ,   1 9 9 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 5 7 0 ;   C o f f m a n   M .   J . ,   2 0 1 0 ,   H O M E   H L T H   C A R E   M A N A G ,   V 2 2 ,   P 1 1 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 8 4 8 2 2 3 0 9 3 4 7 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 8 4 8 2 2 3 0 9 3 4 7 3 4 3 ] ;   C o h e n   J . ,   1 9 8 8 ,   S T A T   P O W E R   A N A L   B E H A ;   C o m r e y   A .   L . ,   1 9 9 2 ,   1   C O U R S E   F A C T O R   A N A L ;   C r i s t   J ,   2 0 0 8 ,   1 R 1 5 R 3 4 1 8 5 0 0 1   N I H   N A ;   D i n g   D ,   2 0 1 1 ,   E T H N I C   H E A L T H ,   V 1 6 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 3 5 5 7 8 5 8 . 2 0 1 0 . 5 2 3 1 0 7 ;   E n g u i d a n o s   S M ,   2 0 1 4 ,   A G E I N G   S O C ,   V 3 4 ,   P 8 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 1 4 4 6 8 6 X 1 2 0 0 1 3 8 9 ;   G o r m a n   B K ,   2 0 1 1 ,   L A N G   S P E E C H   H E A R   S E R ,   V 4 2 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 4 / 0 1 6 1 - 1 4 6 1 ( 2 0 1 0 / 1 0 - 0 0 5 2 ) ;   J a f a r i   S ,   2 0 1 0 ,   J   I M M I G R   M I N O R   H E A L T ,   V 1 2 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 0 3 - 0 0 8 - 9 1 3 0 - x ;   K a n d e l   W A ,   2 0 1 4 ,   C R S   R E P   C ;   K a y s e r   K ,   2 0 1 2 ,   J   P S Y C H O S O C   O N C O L ,   V 3 0 ,   P 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 7 3 4 7 3 3 2 . 2 0 1 2 . 7 2 1 4 8 9 ;   K e s s l e r   T ,   2 0 1 0 ,   E U R   J   S O C   P S Y C H O L ,   V 4 0 ,   P 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e j s p . 6 7 3 ;   K i n s l e r   J J ,   2 0 0 9 ,   J   H E A L T H   C A R E   P O O R   U ,   V 2 0 ,   P 9 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 5 3 / h p u . 0 . 0 2 0 4 ;   K n i p s c h e e r   J W ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   S O C   P S Y C H I A T R ,   V 5 3 ,   P 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 2 0 7 6 4 0 0 7 0 7 8 3 4 4 ;   L a r a   M ,   2 0 0 5 ,   A N N U   R E V   P U B L   H E A L T H ,   V 2 6 ,   P 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . p u b l h e a l t h . 2 6 . 0 2 1 3 0 4 . 1 4 4 6 1 5 ;   L e v e n s o n   R W ,   1 9 9 4 ,   G E N   E T H N I C I T Y   Q U E S T I ;   M i l l e r   A M ,   2 0 1 3 ,   R E S   N U R S   H E A L T H ,   V 3 6 ,   P 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n u r . 2 1 5 3 5 ;   M o o d   D W ,   2 0 0 3 ,   7   C   C A N C   N U R S   R E S   F E ;   M o o d   D W ,   1 9 9 6 ,   S T R E N G T H   C U L T U R A L   A F ;   N u n n a l l y   J . C . ,   1 9 7 8 ,   P S Y C H O M E T R I C   T H E O R Y ;   O ' M a h o n y   J M ,   2 0 1 3 ,   J   P S Y C H I A T R   M E N T   H L T ,   V 2 0 ,   P 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j p m . 1 2 0 0 5 ;   P a l l a n t   J ,   2 0 0 7 ,   S P S S   S U R V I V A L   M A N U A L ;   S t e e l   Z ,   2 0 1 1 ,   S O C   S C I   M E D ,   V 7 2 ,   P 1 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s o c s c i m e d . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 7 ;   T r o c h i m   W .   M .   K . ,   2 0 0 6 ,   R E S   M E T H O D S   K N O W L E D G ;   v a n   H o u t   M C ,   2 0 1 1 ,   C R I T   P U B L I C   H E A L T H ,   V 2 1 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 9 5 8 1 5 9 1 0 0 3 7 7 7 3 8 6 ;   W a t k i n s   M .   W . ,   2 0 0 0 ,   M O N T E   C A R L O   P C A   P A R A ;   Y u   M Y ,   2 0 0 5 ,   J   T R A N S C U L T   N U R S ,   V 1 6 ,   P 1 0 7 ;   Z a n e   N ,   2 0 0 3 ,   A C C U L T U R A T I O N   A D V   T H ,   P 3 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 1 0 4 7 2 - 0 0 5 	 3 0 	 0 	 0 	 7 	 7 	 L I P P I N C O T T   W I L L I A M S   &   W I L K I N S 	 P H I L A D E L P H I A 	 T W O   C O M M E R C E   S Q ,   2 0 0 1   M A R K E T   S T ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 3   U S A 	 0 1 6 2 - 2 2 0 X 	 1 5 3 8 - 9 8 0 4 	 	 C A N C E R   N U R S 	 C a n c e r   N u r s . 	 J A N - F E B 	 2 0 1 7 	 4 0 	 1 	 	 	 	 	 E 2 8 	 E 3 5 	 	 1 0 . 1 0 9 7 / N C C . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 4 6 	 	 8 	 O n c o l o g y ;   N u r s i n g 	 O n c o l o g y ;   N u r s i n g 	 E G 0 A H 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 6 9 2 3 0 0 0 0 3 	 2 6 8 9 5 4 1 6 	 
 
 J 	 K a t e ,   R J ;   N a d i g ,   R 	 	 	 	 K a t e ,   R o h i t   J . ;   N a d i g ,   R a m y a 	 	 	 S t a g e - s p e c i f i c   p r e d i c t i v e   m o d e l s   f o r   b r e a s t   c a n c e r   s u r v i v a b i l i t y 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   M E D I C A L   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r ;   S u r v i v a b i l i t y   p r e d i c t i o n ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   S E E R   d a t a s e t 	 A R T I F I C I A L   N E U R A L - N E T W O R K S ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   L O G I S T I C - R E G R E S S I O N ;   R I S K - E S T I M A T I O N ;   D I A G N O S I S ;   P R O G N O S I S ;   R E L A P S E ;   T O O L S 	 B a c k g r o u n d :   S u r v i v a b i l i t y   r a t e s   v a r y   w i d e l y   a m o n g   v a r i o u s   s t a g e s   o f   b r e a s t   c a n c e r .   A l t h o u g h   m a c h i n e   l e a r n i n g   m o d e l s   b u i l t   i n   p a s t   t o   p r e d i c t   b r e a s t   c a n c e r   s u r v i v a b i l i t y   w e r e   g i v e n   s t a g e   a s   o n e   o f   t h e   f e a t u r e s ,   t h e y   w e r e   n o t   t r a i n e d   o r   e v a l u a t e d   s e p a r a t e l y   f o r   e a c h   s t a g e .   O b j e c t i v e :   T o   i n v e s t i g a t e   w h e t h e r   t h e r e   a r e   d i f f e r e n c e s   i n   p e r f o r m a n c e   o f   m a c h i n e   l e a r n i n g   m o d e l s   t r a i n e d   a n d   e v a l u a t e d   a c r o s s   d i f f e r e n t   s t a g e s   f o r   p r e d i c t i n g   b r e a s t   c a n c e r   s u r v i v a b i l i t y .   M e t h o d s :   U s i n g   t h r e e   d i f f e r e n t   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d s   w e   b u i l t   m o d e l s   t o   p r e d i c t   b r e a s t   c a n c e r   s u r v i v a b i l i t y   s e p a r a t e l y   f o r   e a c h   s t a g e   a n d   c o m p a r e d   t h e m   w i t h   t h e   t r a d i t i o n a l   j o i n t   m o d e l s   b u i l t   f o r   a l l   t h e   s t a g e s .   W e   a l s o   e v a l u a t e d   t h e   m o d e l s   s e p a r a t e l y   f o r   e a c h   s t a g e   a n d   t o g e t h e r   f o r   a l l   t h e   s t a g e s .   R e s u l t s   a n d   c o n c l u s i o n s :   O u r   r e s u l t s   s h o w   t h a t   t h e   m o s t   s u i t a b l e   m o d e l   t o   p r e d i c t   s u r v i v a b i l i t y   f o r   a   s p e c i f i c   s t a g e   i s   t h e   m o d e l   t r a i n e d   f o r   t h a t   p a r t i c u l a r   s t a g e .   I n   o u r   e x p e r i m e n t s ,   u s i n g   a d d i t i o n a l   e x a m p l e s   o f   o t h e r   s t a g e s   d u r i n g   t r a i n i n g   d i d   n o t   h e l p ,   i n   f a c t ,   i t   m a d e   i t   w o r s e   i n   s o m e   c a s e s .   T h e   m o s t   i m p o r t a n t   f e a t u r e s   f o r   p r e d i c t i n g   s u r v i v a b i l i t y   w e r e   a l s o   f o u n d   t o   b e   d i f f e r e n t   f o r   d i f f e r e n t   s t a g e s .   B y   e v a l u a t i n g   t h e   m o d e l s   s e p a r a t e l y   o n   d i f f e r e n t   s t a g e s   w e   f o u n d   t h a t   t h e   p e r f o r m a n c e   w i d e l y   v a r i e d   a c r o s s   t h e m .   W e   a l s o   d e m o n s t r a t e   t h a t   e v a l u a t i n g   p r e d i c t i v e   m o d e l s   f o r   s u r v i v a b i l i t y   o n   a l l   t h e   s t a g e s   t o g e t h e r ,   a s   w a s   d o n e   i n   t h e   p a s t ,   i s   m i s l e a d i n g   b e c a u s e   i t   o v e r e s t i m a t e s   p e r f o r m a n c e .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   I r e l a n d   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ K a t e ,   R o h i t   J . ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   D e p t   H l t h   I n f o r m a t   &   A d m ,   M i l w a u k e e ,   W I   5 3 2 0 1   U S A ;   [ N a d i g ,   R a m y a ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   D e p t   C o m p   S c i ,   M i l w a u k e e ,   W I   5 3 2 0 1   U S A 	 K a t e ,   R J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D e p t   H l t h   I n f o r m a t   &   A d m ,   2 0 2 5   E a s t   N e w p o r t   A v e ,   M i l w a u k e e ,   W I   5 3 2 1 1   U S A . 	 k a t e r j @ u w m . e d u 	 	 	 	 	 A b b a s s   H A ,   2 0 0 2 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 5 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 2 ) 0 0 0 2 8 - 3 ;   A k a y   M F ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 3 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 9 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 6 ,   C A N C   F A C T S   F I G   2 0 1 6 ;   A y e r   T ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 6 ,   P 3 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 5 0 8 1 ;   A y e r   T ,   2 0 1 0 ,   R A D I O G R A P H I C S ,   V 3 0 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r g . 3 0 1 0 9 5 0 5 7 ;   B e l l a a c h i a   A . ,   2 0 0 6 ,   P   S C I   D A T   M I N   W O R K S H ;   B i l a l   E ,   2 0 1 3 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 3 0 4 7 ;   B y r d   D .   R . ,   2 0 1 0 ,   A J C C   C A N C   S T A G I N G   M A ,   V 6 4 9 ;   C h e n   H L ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 9 0 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 1 . 1 2 0 ;   C r i s t i a n i n i   N . ,   2 0 0 0 ,   I N T R O   S U P P O R T   V E C T O R ;   C r u z   J o s e p h   A ,   2 0 0 7 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 2 ,   P 5 9 ;   D a i   H Y ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 5 ,   P 4 0 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 3 9 5 3 ;   D e   L a u r e n t i i s   M ,   1 9 9 9 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 5 ,   P 4 1 3 3 ;   D e l e n   D ,   2 0 0 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 3 4 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 0 2 ;   F r e u n d   Y . ,   1 9 9 5 ,   E U R   C   C O M P   L E A R N   T H E ,   P 2 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / 3 - 5 4 0 - 5 9 1 1 9 - 2 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 3 - 5 4 0 - 5 9 1 1 9 - 2 _ 1 6 6 ] ;   F R E U N D   Y . ,   1 9 9 9 ,   P   1 6   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 1 2 4 ;   G e v a e r t   O ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   p E 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 2 3 0 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a y k i n   S . ,   1 9 9 8 ,   N E U R A L   N E T W O R K   C O M P R ;   H o s m e r   J r   D W ,   2 0 0 4 ,   A P P L   L O G I S T I C   R E G R E S ;   J a p k o w i c z   N . ,   2 0 1 1 ,   E V A L U A T I N G   L E A R N I N G ;   J e r e z - A r a g o n e s   J M ,   2 0 0 3 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 7 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 2 ) 0 0 0 8 6 - 6 ;   J o n s d o t t i r   T ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 4 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 2 9 ;   K E N T   J T ,   1 9 8 3 ,   B I O M E T R I K A ,   V 7 0 ,   P 1 6 3 ;   K i m   J ,   2 0 1 3 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 0 ,   P 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 2 - 0 0 1 5 7 0 ;   K i m   W ,   2 0 1 2 ,   J   B R E A S T   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 8 / j b c . 2 0 1 2 . 1 5 . 2 . 2 3 0 ;   K i y a n   T . ,   2 0 0 4 ,   J   E L E C T   E L E C T   E N G ,   V 4 ,   P 1 1 4 9 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   L e w i s   D .   D . ,   1 9 9 8 ,   P   1 0   E U R   C   M A C H   L E A R ,   P 4 ;   L i s t g a r t e n   J ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 ,   P 2 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 1 1 5 - 0 3 ;   L i u   H X ,   2 0 0 3 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 3 ,   P 9 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 2 5 6 4 3 8 ;   M a r c h e v s k y   A M ,   1 9 9 9 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 1 2 ,   P 5 0 5 ;   M a r i a n i   L ,   1 9 9 7 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 4 4 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 5 7 6 5 4 0 3 0 9 3 ;   N a g u i b   R N G ,   1 9 9 7 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 1 7 ,   P 2 7 3 5 ;   P a r k   K ,   2 0 1 3 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 2 6 ,   P 2 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 3 ;   P o l a t   K ,   2 0 0 7 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 1 7 ,   P 6 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 0 6 . 1 0 . 0 0 8 ;   P r o v o s t   F . ,   2 0 1 3 ,   D A T A   S C I   B U S I N E S S   W H ;   P r o v o s t   F . ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 2 ,   P 3 ;   Q u i n l a n   R . ,   1 9 9 3 ,   C 4   5   P R O G R A M S   M A C H I N ;   X u   G . ,   2 0 0 8 ,   P   2   A U S T R   W O R K S H   H L T ,   V 8 0 ,   P 5 5 ;   W a n g   X H ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   M E D   I N F O R M ,   V 5 4 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 8 6 - 5 0 5 6 ( 9 8 ) 0 0 1 7 4 - 9 ;   X u   X . ,   2 0 1 2 ,   P   5   I N T   C   B I O M   E N G   I ,   P 9 2 8 	 4 2 	 0 	 0 	 7 	 7 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 1 3 8 6 - 5 0 5 6 	 1 8 7 2 - 8 2 4 3 	 	 I N T   J   M E D   I N F O R M 	 I n t .   J .   M e d .   I n f o r m . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 9 7 	 	 	 	 	 	 3 0 4 	 3 1 1 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m e d i n f . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 0 1 	 	 8 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E F 7 B Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 4 8 5 5 0 0 0 2 9 	 2 7 9 1 9 3 8 8 	 
 
 J 	 S a n   B i a s ,   O G ;   S a n z ,   F M ;   E s p i l e z ,   P H ;   M e n e n d e z ,   R M S ;   B a r a l l o ,   J C M ;   M a r c h a n t e - G a y o n ,   J M ;   A l o n s o ,   J I G 	 	 	 	 G a l i l e a   S a n   B i a s ,   O s c a r ;   M o r e n o   S a n z ,   F e r n a n d o ;   H e r r e r o   E s p i l e z ,   P i l a r ;   S a i n z   M e n e n d e z ,   R o s a   M a r i a ;   M a y o   B a r a l l o ,   J u a n   C a r l o s ;   M a n u e l   M a r c h a n t e - G a y o n ,   J u a n ;   G a r c i a   A l o n s o ,   J o s e   I g n a c i o 	 	 	 E v a l u a t i o n   o f   s u l f u r   i s o t o p i c   e n r i c h m e n t   o f   u r i n e   m e t a b o l i t e s   f o r   t h e   d i f f e r e n t i a t i o n   o f   h e a l t h y   a n d   p r o s t a t e   c a n c e r   m i c e   a f t e r   t h e   a d m i n i s t r a t i o n   o f   S - 3 4   l a b e l l e d   y e a s t 	 J O U R N A L   O F   T R A C E   E L E M E N T S   I N   M E D I C I N E   A N D   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S - 3 4   e n r i c h e d   y e a s t ;   P r o s t a t e   c a n c e r ;   U r i n e   m e t a b o l i t e s ;   M i c e ;   H P L C - m u l t i c o l l e c t o r - I C P - M S 	 S - 3 4 - L A B E L E D   Y E A S T ;   I C P - M S ;   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   B I O M A R K E R S ;   M A R K E R ;   V A L I D A T I O N ;   D I S C O V E R Y ;   A N T I G E N 	 S u l f u r   i s o t o p i c   e n r i c h m e n t   o f   u r i n e   m e t a b o l i t e s   i n   h e a l t h y   a n d   p r o s t a t e   c a n c e r   m i c e   u s i n g   S - 3 4   e n r i c h e d   y e a s t   a n d   H i g h   P e r f o r m a n c e   L i q u i d   C h r o m a t o g r a p h y   c o u p l e d   t o   M u l t i c o l l e c t o r   I n d u c t i v e l y   C o u p l e d   P l a s m a   M a s s   S p e c t r o m e t r y   ( H P L C - M C - I C P - M S )   h a s   b e e n   e v a l u a t e d .   A   3 0   w e e k s   e x p e r i m e n t   ( s i n c e   t h e   e l e v e n t h   t o   t h e   f o r t i e t h   w e e k   o f   l i f e )   w a s   c a r r i e d   o u t   c o l l e c t i n g   t h e   u r i n e   o f   t h r e e   h e a l t h y   m i c e   a n d   t h r e e   t r a n s g e n i c   m i c e   w i t h   p r o s t a t e   c a n c e r   d u r i n g   2 4 h   a f t e r   a   s i n g l e   o r a l   a d m i n i s t r a t i o n   o f   a   S - 3 4   e n r i c h e d   y e a s t   s l u r r y .   T h e   i s o t o p i c   e n r i c h m e n t   o f   d i f f e r e n t   s u l p h u r   m e t a b o l i t e s   w a s   m o n i t o r e d   b y   c o u p l i n g   a   C 1 8   r e v e r s e   p h a s e   H P L C   c o l u m n   w i t h   a   m u l t i c o l l e c t o r   I C P - M S   u s i n g   a   m e m b r a n e   d e s o l v a t i n g   s y s t e m .   Q u a n t i f i c a t i o n   o f   s u l f u r   i n   t h e   c h r o m a t o g r a p h i c   p e a k s   w a s   c a r r i e d   o u t   b y   p o s t - c o l u m n   i s o t o p e   d i l u t i o n   u s i n g   a   S - 3 3   e n r i c h e d   s p i k e .   D i f f e r e n c e s   b e t w e e n   t h e   S - 3 4   e n r i c h m e n t   i n   t h e   u r i n e   m e t a b o l i t e s   o f   h e a l t h y   a n d   p r o s t a t e   c a n c e r   m i c e   w e r e   f o u n d   f r o m   t h e   b e g i n n i n g   o f   t h e   d i s e a s e .   B o t h   p o p u l a t i o n s   c o u l d   b e   d i f f e r e n t i a t e d   u s i n g   a   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) .   F i n a l l y ,   7   u n k n o w n   m i c e   w e r e   c o r r e c t l y   c l a s s i f i e d   i n   e a c h   p o p u l a t i o n   u s i n g   a   l i n e a r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   G m b H .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ G a l i l e a   S a n   B i a s ,   O s c a r ;   M a n u e l   M a r c h a n t e - G a y o n ,   J u a n ;   G a r c i a   A l o n s o ,   J o s e   I g n a c i o ]   U n i v   O v i e d o ,   D e p t   P h y s   &   A n a l y t   C h e m ,   J u l i a n   C l a v e r i a   8 ,   E - 3 3 0 0 6   O v i e d o ,   S p a i n ;   [ M o r e n o   S a n z ,   F e r n a n d o ;   H e r r e r o   E s p i l e z ,   P i l a r ]   U n i v   O v i e d o ,   D e p t   B i o c h e m   &   M o l   B i o l ,   O v i e d o ,   S p a i n ;   [ S a i n z   M e n e n d e z ,   R o s a   M a r i a ;   M a y o   B a r a l l o ,   J u a n   C a r l o s ]   U n i v   O v i e d o ,   D e p t   M o r p h o l   &   C e l l u l a r   B i o l ,   O v i e d o ,   S p a i n 	 A l o n s o ,   J I G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   O v i e d o ,   D e p t   P h y s   &   A n a l y t   C h e m ,   J u l i a n   C l a v e r i a   8 ,   E - 3 3 0 0 6   O v i e d o ,   S p a i n . 	 j i g a @ u n i o v i . e s 	 S a i n z ,   R o s a   M a r i a / N - 5 8 8 5 - 2 0 1 4 	 S a i n z ,   R o s a   M a r i a / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 3 0 4 8 - 5 5 8 2 ;   M a y o ,   J u a n   C a r l o s / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 0 8 8 2 - 2 0 4 7 	 S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E c o n o m y   a n d   C o m p e t i t i v e n e s s   [ C T Q 2 0 1 2 - 3 6 7 1 1 ] ;   F E D E R ;   U n i v e r s i t y   o f   O v i e d o ,   S p a i n 	 T h e   a u t h o r s   a r e   g r a t e f u l   f o r   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   S p a n i s h   M i n i s t r y   o f   E c o n o m y   a n d   C o m p e t i t i v e n e s s   t h r o u g h   P r o j e c t   R e f .   C T Q 2 0 1 2 - 3 6 7 1 1   ( c o - f u n d e d   b y   F E D E R ) .   T h e   U E   i s   a c k n o w l e d g e d   f o r   t h e   p r o v i s i o n   o f   F E D E R   f u n d s   f o r   t h e   p u r c h a s e   o f   t h e   M C - I C P - M S   i n s t r u m e n t .   O s c a r   G a l i l e a   S a n   B l a s   a c k n o w l e d g e s   h i s   d o c t o r a l   g r a n t   t o   t h e   U n i v e r s i t y   o f   O v i e d o ,   S p a i n .   T e r e s a   F e r n a n d e z   a n d   A g u s t i n   B r e a   f r o m   t h e   A n i m a l   C a r e   U n i t   o f   t h e   U n i v e r s i t y   o f   O v i e d o   a r e   a l s o   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g e d . 	 B o l d u c   S ,   2 0 0 7 ,   C U A J - C A N   U R O L   A S S O C ,   V 1 ,   P 3 7 7 ;   D e V e r e   W h i t e   R   W ,   1 9 9 2 ,   J   U r o l ,   V 1 4 7 ,   P 9 4 7 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 0 ,   E u r   J   C a n c e r ,   V 4 6 ,   P 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 1 4 ;   S a n   B l a s   O G ,   2 0 1 5 ,   J   A N A L   A T O M   S P E C T R O M ,   V 3 0 ,   P 1 7 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 j a 0 0 3 8 3 g ;   G a m a g e d a r a   S ,   2 0 1 2 ,   B I O A N A L Y S I S ,   V 4 ,   P 1 1 7 5 ,   D O I   [ 1 0 . 4 1 5 5 / b i o . 1 2 . 9 2 ,   1 0 . 4 1 5 5 / B I O . 1 2 . 9 2 ] ;   M a r t i n e z - S i e r r a   J G ,   2 0 1 3 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 5 ,   P 2 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 2 - 6 4 2 0 - x ;   M a r t i n e z - S i e r r a   J G ,   2 0 1 0 ,   J   A N A L   A T O M   S P E C T R O M ,   V 2 5 ,   P 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 9 2 5 3 6 6 a ;   G i n g r i c h   J R ,   1 9 9 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 6 ,   P 4 0 9 6 ;   H u r w i t z   A A ,   2 0 0 1 ,   C U R R   P R O T O C   I M M U N O L ;   J e n t z m i k   F ,   2 0 1 0 ,   E U R   U R O L ,   V 5 8 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 3 5 ;   M ' K o m a   A E ,   2 0 0 7 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 3 5 3 ,   P 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 0 6 . 1 2 . 1 1 1 ;   M a k r i d a k i s   M ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M I C S ,   V 7 3 ,   P 2 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o t . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 0 1 ;   M a r t i n e z - S i e r r a   J G ,   2 0 0 7 ,   J   A N A L   A T O M   S P E C T R O M ,   V 2 2 ,   P 1 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 7 0 6 2 1 7 f ;   P a n n e k   J ,   1 9 9 7 ,   U R O L O G Y ,   V 5 0 ,   P 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 0 - 4 2 9 5 ( 9 7 ) 0 0 3 2 4 - 5 ;   P a v l o u   M P ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M I C S ,   V 7 3 ,   P 1 8 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o t . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 0 3 ;   R e h m a n   I ,   2 0 0 4 ,   U R O L O G Y ,   V 6 4 ,   P 1 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 6 3 ;   S c h o s t a k   M ,   2 0 0 9 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 8 1 ,   P 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 8 . 0 8 . 1 1 9 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 3 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 3 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 6 6 ;   T A K A Y A M A   T K ,   1 9 9 4 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 5 1 ,   P 8 2 ;   T h e o d o r e s c u   D ,   2 0 0 5 ,   E L E C T R O P H O R E S I S ,   V 2 6 ,   P 2 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e l p s . 2 0 4 0 0 2 0 8 ;   T h e o d o r e s c u   D ,   2 0 0 8 ,   P R O T E O M   C L I N   A P P L ,   V 2 ,   P 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r c a . 2 0 0 7 8 0 0 8 2 	 2 1 	 0 	 0 	 6 	 6 	 E L S E V I E R   G M B H ,   U R B A N   &   F I S C H E R   V E R L A G 	 J E N A 	 O F F I C E   J E N A ,   P   O   B O X   1 0 0 5 3 7 ,   0 7 7 0 5   J E N A ,   G E R M A N Y 	 0 9 4 6 - 6 7 2 X 	 	 	 J   T R A C E   E L E M   M E D   B I O 	 J .   T r a c e   E l e m .   M e d .   B i o l . 	 	 2 0 1 7 	 3 9 	 	 	 	 	 	 1 5 5 	 1 6 1 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j t e m b . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 6 	 	 7 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   E n d o c r i n o l o g y   &   M e t a b o l i s m 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   E n d o c r i n o l o g y   &   M e t a b o l i s m 	 E F 7 J M 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 5 0 5 9 0 0 0 2 3 	 	 
 
 J 	 P a n d e r i ,   I ;   Y a k i r e v i c h ,   E ;   P a p a g e r a k i s ,   S ;   N o b l e ,   L ;   L o m b a r d o ,   K ;   P a n t a z a t o s ,   D 	 	 	 	 P a n d e r i ,   I r e n e ;   Y a k i r e v i c h ,   E v g e n y ;   P a p a g e r a k i s ,   S i l v a n a ;   N o b l e ,   L e l i a ;   L o m b a r d o ,   K a r a ;   P a n t a z a t o s ,   D i o n y s i o s 	 	 	 D i f f e r e n t i a t i n g   t u m o r   h e t e r o g e n e i t y   i n   f o r m a l i n - f i x e d   p a r a f f i n - e m b e d d e d   ( F F P E )   p r o s t a t e   a d e n o c a r c i n o m a   t i s s u e s   u s i n g   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   o f   m a t r i x - a s s i s t e d   l a s e r   d e s o r p t i o n / i o n i z a t i o n   i m a g i n g   m a s s   s p e c t r a l   d a t a 	 R A P I D   C O M M U N I C A T I O N S   I N   M A S S   S P E C T R O M E T R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 P R O T E O M I C   A N A L Y S I S ;   C A N C E R   B I O M A R K E R S ;   S P E C T R O M E T R Y ;   P R O T E I N ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   C A R C I N O M A ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   Q U A N T I T A T I O N ;   M I C R O A R R A Y S ;   P R O G R E S S I O N 	 R a t i o n a l e M a n y   p a t i e n t s   w i t h   a d e n o c a r c i n o m a   o f   t h e   p r o s t a t e   p r e s e n t   w i t h   a d v a n c e d   a n d   m e t a s t a t i c   c a n c e r   a t   t h e   t i m e   o f   d i a g n o s i s .   T h e r e   i s   a n   u r g e n t   n e e d   t o   d e t e c t   b i o m a r k e r s   t h a t   w i l l   i m p r o v e   t h e   d i a g n o s i s   a n d   p r o g n o s i s   o f   t h i s   d i s e a s e .   M a t r i x - a s s i s t e d   l a s e r   d e s o r p t i o n / i o n i z a t i o n   i m a g i n g   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( M A L D I - I M S )   i s   p l a y i n g   a   k e y   r o l e   i n   c a n c e r   r e s e a r c h   a n d   i t   c a n   b e   u s e f u l   t o   u n r a v e l   t h e   m o l e c u l a r   p r o f i l e   o f   p r o s t a t e   c a n c e r   b i o p s i e s .   M e t h o d s M A L D I   i m a g i n g   d a t a   s e t s   a r e   h i g h l y   c o m p l e x   a n d   t h e i r   i n t e r p r e t a t i o n   r e q u i r e s   t h e   u s e   o f   m u l t i v a r i a t e   s t a t i s t i c a l   m e t h o d s .   I n   t h i s   s t u d y ,   M A L D I - I M S   t e c h n o l o g y ,   s e q u e n t i a l   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   a n d   t w o - d i m e n s i o n a l   ( 2 - D )   p e a k   d i s t r i b u t i o n   t e s t s   w e r e   e m p l o y e d   t o   i n v e s t i g a t e   t u m o r   h e t e r o g e n e i t y   i n   f o r m a l i n - f i x e d   p a r a f f i n - e m b e d d e d   ( F F P E )   p r o s t a t e   c a n c e r   b i o p s i e s .   R e s u l t s M u l t i v a r i a t e   s t a t i s t i c s   r e v e a l e d   a   n u m b e r   o f   m a s s   i o n   p e a k s   o b t a i n e d   f r o m   d i f f e r e n t   t u m o r   r e g i o n s   t h a t   w e r e   d i s t i n g u i s h a b l e   f r o m   t h e   a d j a c e n t   n o r m a l   r e g i o n s   w i t h i n   a   g i v e n   s p e c i m e n .   T h e s e   i o n   p e a k s   h a v e   b e e n   u s e d   t o   g e n e r a t e   i o n   i m a g e s   a n d   v i s u a l i z e   t h e   d i f f e r e n c e   b e t w e e n   t u m o r   a n d   n o r m a l   r e g i o n s .   M a s s   p e a k s   a t   m / z   3 3 7 0 ,   3 4 4 1 ,   3 4 4 7   a n d   3 7 0 7   e x h i b i t e d   s t r o n g e r   i o n   s i g n a l s   i n   t h e   t u m o r   r e g i o n s .   C o n c l u s i o n s T h i s   s t u d y   r e p o r t s   s t a t i s t i c a l l y   s i g n i f i c a n t   m a s s   i o n   p e a k s   u n i q u e   t o   t u m o r   r e g i o n s   i n   a d e n o c a r c i n o m a   o f   t h e   p r o s t a t e   a n d   a d d s   t o   t h e   c l i n i c a l   u t i l i t y   o f   M A L D I - I M S   f o r   a n a l y s i s   o f   F F P E   t i s s u e   a t   a   m o l e c u l a r   l e v e l   t h a t   s u p e r s e d e s   a l l   o t h e r   s t a n d a r d   h i s t o p a t h o l o g i c   t e c h n i q u e s   f o r   d i a g n o s t i c   p u r p o s e s   u s e d   i n   t h e   c u r r e n t   c l i n i c a l   p r a c t i c e .   C o p y r i g h t   ( c )   2 0 1 6   J o h n   W i l e y   &   S o n s ,   L t d . 	 [ P a n d e r i ,   I r e n e ;   N o b l e ,   L e l i a ;   P a n t a z a t o s ,   D i o n y s i o s ]   B r o w n   U n i v ,   R h o d e   I s l   H o s p ,   W a r r e n   A l p e r t   M e d   S c h ,   C O B R E   C t r   C a n c   R e s ,   P r o v i d e n c e ,   R I   0 2 9 0 3   U S A ;   [ P a n d e r i ,   I r e n e ]   U n i v   A t h e n s ,   D e p t   P h a r m ,   D i v   P h a r m a c e u t   C h e m ,   L a b   P h a r m a c e u t   A n a l ,   A t h e n s   1 5 7 7 1 ,   G r e e c e ;   [ Y a k i r e v i c h ,   E v g e n y ;   L o m b a r d o ,   K a r a ]   B r o w n   U n i v ,   R h o d e   I s l   H o s p ,   D e p t   P a t h o l ,   W a r r e n   A l p e r t   M e d   S c h ,   P r o v i d e n c e ,   R I   0 2 9 0 3   U S A ;   [ P a p a g e r a k i s ,   S i l v a n a ]   U n i v   M i c h i g a n ,   S c h   M e d ,   C t r   C o m p r e h e n s   C a n c ,   D e p t   P e r i o d o n t   &   O r a l   M e d , D i v   O r a l   P a t h o l   M e d   R a d ,   A n n   A r b o r ,   M I   U S A ;   [ P a n t a z a t o s ,   D i o n y s i o s ]   W e i l l   C o r n e l l   M e d   C o l l ,   D i v   I n f e c t   D i s ,   T r a n s p l a n t a t   O n c o l   I n f e c t   D i s   P r o g r a m ,   N e w   Y o r k ,   N Y   U S A 	 P a n d e r i ,   I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A t h e n s ,   D e p t   P h a r m ,   D i v   P h a r m a c e u t   C h e m ,   L a b   P h a r m a c e u t   A n a l ,   A t h e n s   1 5 7 7 1 ,   G r e e c e . 	 i r e n e p a n d e r i @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 A e r n i   H R ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 7 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 9 0 0 9 7 4 j ;   A l - R u w a i l i   J a m a l   A . ,   2 0 1 0 ,   C a n c e r   G e n o m i c s   &   P r o t e o m i c s ,   V 7 ,   P 9 3 ;   A n g e l   P M ,   2 0 1 3 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 5 2 ,   P 3 8 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 3 0 1 5 1 9 p ;   A n g e l e t t i   S ,   2 0 1 5 ,   N E W   M I C R O B I O L ,   V 3 8 ,   P 5 4 1 ;   B o d z o n - K u l a k o w s k a   A ,   2 0 1 6 ,   M A S S   S P E C T R O M   R E V ,   V 3 5 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m a s . 2 1 4 6 8 ;   B o n n e l   D ,   2 0 1 1 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 1 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 1 - 5 0 2 0 - 5 ;   B r o e r s e n   A ,   2 0 0 8 ,   J   A M   S O C   M A S S   S P E C T R ,   V 1 9 ,   P 8 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a s m s . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 1 5 ;   B y r n e   J C ,   2 0 0 9 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 8 ,   P 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 8 0 0 5 7 0 s ;   C a l l i g a r i s   D ,   2 0 1 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 2 ,   P 9 9 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 2 3 1 0 1 1 1 2 ;   C a l l i g a r i s   D ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 5 ,   P 2 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 2 7 4 6 t ;   C a l v a n o   C D ,   2 0 1 0 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 5 1 ,   P 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 4 ;   C a s s e s e   A ,   2 0 1 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 8 ,   P 5 8 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 6 b 0 0 6 7 2 ;   C a z a r e s   L H ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 5 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 2 8 9 2 ;   D e k k e r   L J M ,   2 0 1 0 ,   P R O T E O M I C S ,   V 1 0 ,   P 2 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 0 9 0 0 6 8 2 ;   D i e h l   H C ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 2 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 4 - 8 3 4 5 - z ;   E v a n s   C A ,   2 0 0 9 ,   P R O T E O M   C L I N   A P P L ,   V 3 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r c a . 2 0 0 8 0 0 1 5 4 ;   F a g e r e r   S R ,   2 0 1 5 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 2 9 ,   P 1 0 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 7 1 9 1 ;   F a n i a   C ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 4 3 9 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 3 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 1 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 2 7 ;   F l a t l e y   B ,   2 0 1 4 ,   B B A - P R O T E I N S   P R O T E O M ,   V 1 8 4 4 ,   P 9 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a p a p . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 5 ;   F o n v i l l e   J M ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 1 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 2 0 1 7 6 7 g ;   F o w l e r   C B ,   2 0 1 1 ,   J   H I S T O C H E M   C Y T O C H E M ,   V 5 9 ,   P 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 9 / 0 0 2 2 1 5 5 4 1 1 4 0 0 8 6 6 ;   G a t l i n   C L ,   2 0 1 1 ,   J   M A S S   S P E C T R O M ,   V 4 6 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m s . 1 8 6 4 ;   G o o d w i n   R J A ,   2 0 0 8 ,   P R O T E O M I C S ,   V 8 ,   P 3 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 0 8 0 0 3 2 0 ;   G o t o   T ,   2 0 1 5 ,   P R O S T A T E ,   V 7 5 ,   P 1 8 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o s . 2 3 0 8 8 ;   G r o s e c l o s e   M R ,   2 0 0 8 ,   P R O T E O M I C S ,   V 8 ,   P 3 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 0 8 0 0 4 9 5 ;   G u o   L R ,   2 0 1 3 ,   A C S   N A N O ,   V 7 ,   P 8 7 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n n 4 0 3 2 0 2 w ;   G u s t a f s s o n   J O R ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 2 ,   P 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 2 0 1 0 7 7 3 ;   K h a m i s   Z I ,   2 0 1 0 ,   J   C A N C E R ,   V 1 ,   P 7 0 ;   K h a t i b - S h a h i d i   S ,   2 0 0 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 8 ,   P 6 4 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 6 0 7 8 8 p ;   L i u   A Y ,   2 0 0 5 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 3 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . j u . 0 0 0 0 1 4 6 5 4 3 . 3 3 5 4 3 . a 3 ;   M a g d e l d i n   S ,   2 0 1 2 ,   P R O T E O M I C S ,   V 1 2 ,   P 1 0 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p m i c . 2 0 1 1 0 0 5 5 0 ;   M a r q u a r d t   C ,   2 0 1 5 ,   Z   G A S T R O E N T E R O L ,   V 5 3 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 4 - 1 3 8 5 3 9 8 ;   M c D o n n e l l   L A ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M I C S ,   V 7 3 ,   P 1 9 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o t . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 7 ;   M e n g e r   R F ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 1 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 2 0 2 7 7 9 h ;   O ' B r i e n   L ,   2 0 1 5 ,   T R E N D S   E N D O C R I N   M E T ,   V 2 6 ,   P 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t e m . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 1 ;   O p p e n h e i m e r   S R ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 9 ,   P 2 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 9 0 0 9 3 6 z ;   P a l l u a   J D ,   2 0 1 3 ,   J   P R O T E O M I C S ,   V 9 1 ,   P 5 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o t . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 3 ;   P a n d e r i   I ,   2 0 1 7 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 3 1 ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 7 7 7 6 ;   R i n g n e r   M ,   2 0 0 8 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 6 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 0 3 0 8 - 3 0 3 ;   R o d r i g o   M A M ,   2 0 1 4 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 9 5 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 7 ;   S c h w a m b o r n   K ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   M O L   M E D ,   V 2 0 ,   P 1 5 5 ;   S e e l e y   E H ,   2 0 1 1 ,   T R E N D S   B I O T E C H N O L ,   V 2 9 ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i b t e c h . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 0 2 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 6 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 3 3 2 ;   S t e u r e r   S ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 3 ,   P 9 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 0 8 0 ;   W a n g   H ,   2 0 1 5 ,   J   M A S S   S P E C T R O M ,   V 5 0 ,   P 1 0 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m s . 3 6 2 3 ;   W a n g   X D ,   2 0 1 6 ,   J   M A S S   S P E C T R O M ,   V 5 1 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m s . 3 7 2 8 ;   W a t r o u s   J D ,   2 0 1 1 ,   J   M A S S   S P E C T R O M ,   V 4 6 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m s . 1 8 7 6 ;   X i a o   Z ,   2 0 0 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 1 ,   P 6 0 2 9 ;   Z h e n g   Y a x i n ,   2 0 0 3 ,   C a n c e r ,   V 9 8 ,   P 2 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 1 1 8 4 9 	 5 0 	 1 	 1 	 1 1 	 1 1 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 9 5 1 - 4 1 9 8 	 1 0 9 7 - 0 2 3 1 	 	 R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P 	 R a p i d   C o m m u n .   M a s s   S p e c t r o m . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 3 1 	 2 	 	 	 	 	 1 6 0 	 1 7 0 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 7 7 7 6 	 	 1 1 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   S p e c t r o s c o p y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ;   S p e c t r o s c o p y 	 E G 1 H F 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 7 8 2 4 0 0 0 0 2 	 2 7 7 9 1 2 8 2 	 
 
 J 	 K i m ,   K Y ;   Z h a n g ,   X ;   K i m ,   S M ;   L e e ,   B D ;   C h a ,   I H 	 	 	 	 K i m ,   K - Y ;   Z h a n g ,   X . ;   K i m ,   S - M ;   L e e ,   B - D ;   C h a ,   I - H 	 	 	 A   c o m b i n e d   p r o g n o s t i c   f a c t o r   f o r   i m p r o v e d   r i s k   s t r a t i f i c a t i o n   o f   p a t i e n t s   w i t h   o r a l   c a n c e r 	 O R A L   D I S E A S E S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c o m b i n e d   p r o g n o s t i c   f a c t o r ;   r i s k   s t r a t i f i c a t i o n ;   o r a l   c a n c e r ;   l y m p h   n o d e   r a t i o ;   c l i n i c a l   d i a g n o s i s 	 S Q U A M O U S - C E L L   C A R C I N O M A ;   L Y M P H - N O D E   D E N S I T Y ;   L O C A L L Y   A D V A N C E D   H E A D ;   B L A D D E R - C A N C E R ;   R A D I C A L   C Y S T E C T O M Y ;   P O S T O P E R A T I V E   R A D I O T H E R A P Y ;   P E L V I C   L Y M P H A D E N E C T O M Y ;   R E S E C T I O N   M A R G I N ;   S U R G I C A L   M A R G I N ;   N E C K 	 P u r p o s e W e   a i m e d   t o   i d e n t i f y   a   c o m b i n e d   p r o g n o s t i c   f a c t o r   f o r   p r e d i c t i n g   b e t t e r   p e r f o r m a n c e   i n   r i s k   s t r a t i f i c a t i o n .   M a t e r i a l s   a n d   M e t h o d s W e   r e v i e w e d   t h e   c l i n i c a l   a n d   p a t h o l o g i c a l   v a r i a b l e s   o f   3 1 6   p a t i e n t s   w i t h   o r a l   s q u a m o u s   c e l l   c a r c i n o m a   ( O S C C )   w h o   u n d e r w e n t   s u r g e r y .   T o   i d e n t i f y   a   c o m b i n e d   p r e d i c t o r ,   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   w a s   p e r f o r m e d .   R e s u l t s U n i v a r i a t e   a n a l y s i s   s h o w e d   t h a t   t h e   i n d e p e n d e n t   p r o g n o s t i c   v a r i a b l e s   f o r   o v e r a l l   s u r v i v a l   ( O S )   w e r e   p a t h o l o g i c   T   s t a g e   ( T 1   v s   T 4 ,   H R = 1 . 9 9 ,   9 5 %   C I : = 1 . 0 8 3 - 3 . 6 7 5 ,   P = 0 . 0 2 6 )   a n d   p a t h o l o g i c   N   s t a g e   ( N 0   v s   N 2 ,   H R = 1 . 9 0 ,   9 5 %   C I : = 1 . 1 7 - 3 . 0 8 ,   P = 0 . 0 0 8 ) .   I n   t h e   m u l t i v a r i a t e   a n a l y s i s ,   o n l y   p a t h o l o g i c   T   s t a g e   w a s   s i g n i f i c a n t   ( P = 0 . 0 0 6   a n d   P = 0 . 0 0 7 ) ;   h o w e v e r ,   t h e   m u l t i v a r i a t e   m o d e l   w a s   n o t   s i g n i f i c a n t   ( P = 0 . 1 9 1 ) .   T h e   m u l t i v a r i a t e   m o d e l   b e c a m e   s i g n i f i c a n t   b y   i n c l u d i n g   l y m p h   n o d e   r a t i o   ( L N R )   i n s t e a d   o f   p a t h o l o g i c   N   s t a g e   ( P = 0 . 0 0 2 5   i n   n u m e r i c   L N R ,   P = 0 . 0 0 0 7   i n   c a t e g o r i z e d   L N R ) .   A l s o ,   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   p r e d i c t i o n   m o d e l   w a s   i m p r o v e d   b y   a   c o m b i n e d   p r o g n o s t i c   f a c t o r   ( P = 0 . 0 0 0 2 ) .   C o n c l u s i o n s T h e   n e w l y   i d e n t i f i e d   c o m b i n e d   p r o g n o s t i c   f a c t o r   i n c l u d e d   r e s e c t i o n   m a r g i n ,   d i f f e r e n t i a t i o n ,   a n d   L N R ,   a n d   t h e y   w e r e   i n s i g n i f i c a n t   f a c t o r s   i n d e p e n d e n t l y   e x c e p t   f o r   L N R .   T h i s   c o m b i n e d   p r o g n o s t i c   f a c t o r   s h o w e d   a   g o o d   p e r f o r m a n c e   a l t h o u g h   i t   d i d   n o t   i n c l u d e   m o l e c u l a r   m a r k e r s ;   t h e r e f o r e ,   i t   m a y   b e   u s e d   c o n v e n i e n t l y   f o r   r i s k   s t r a t i f i c a t i o n   o f   p a t i e n t s   w i t h   O S C C   b y   c o m b i n i n g   o n l y   c l i n i c a l   i n f o r m a t i o n . 	 [ K i m ,   K - Y ]   Y o n s e i   U n i v ,   P L U S   P r o j e c t   B K 2 1 ,   C o l l   D e n t ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a ;   [ Z h a n g ,   X . ]   Y a n b i a n   U n i v ,   D e p t   P a t h o l ,   C o l l   M e d ,   Y a n j i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ K i m ,   S - M ;   L e e ,   B - D ;   C h a ,   I - H ]   Y o n s e i   U n i v ,   D e p t   O r a l   &   M a x i l l o f a c i a l   S u r g ,   C o l l   D e n t ,   2 5 0   S e o n g s a n n o ,   S e o u l   1 2 0 7 5 2 ,   S o u t h   K o r e a 	 C h a ,   I H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y o n s e i   U n i v ,   D e p t   O r a l   &   M a x i l l o f a c i a l   S u r g ,   C o l l   D e n t ,   2 5 0   S e o n g s a n n o ,   S e o u l   1 2 0 7 5 2 ,   S o u t h   K o r e a . ;   C h a ,   I H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y o n s e i   U n i v ,   O r a l   C a n c   R e s   I n s t ,   C o l l   D e n t ,   2 5 0   S e o n g s a n n o ,   S e o u l   1 2 0 7 5 2 ,   S o u t h   K o r e a . 	 c h a 8 7 6 4 @ y u h s . a c 	 	 	 Y o n s e i   U n i v e r s i t y   C o l l e g e   o f   D e n t i s t r y   [ 6 - 2 0 1 6 - 0 0 4 5 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   f a c u l t y   r e s e a r c h   g r a n t   o f   Y o n s e i   U n i v e r s i t y   C o l l e g e   o f   D e n t i s t r y   f o r   2 0 1 6   ( 6 - 2 0 1 6 - 0 0 4 5 ) . 	 A P R I L L   C ,   1 9 9 0 ,   S P I N E ,   V 1 5 ,   P 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 7 6 3 2 - 1 9 9 0 0 6 0 0 0 - 0 0 0 0 5 ;   B a i k   S H ,   2 0 0 7 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 4 ,   P 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 0 6 - 9 1 7 1 - 0 ;   B e r g e r   A C ,   2 0 1 2 ,   J   S U R G   O N C O L ,   V 1 0 5 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s o . 2 2 0 5 1 ;   B e r n i e r   J ,   2 0 0 5 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 2 7 ,   P 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 0 2 7 9 ;   B e r n i e r   J ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 0 ,   P 1 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 3 2 6 4 1 ;   C h a o   K S C ,   1 9 9 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 6 ,   P 1 0 3 9 ;   C h e n   C ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 7 ,   P 2 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 7 - 2 8 9 3 ;   C o o p e r   J S ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 0 ,   P 1 9 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 3 2 6 4 6 ;   E b r a h i m i   A ,   2 0 1 1 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 3 3 ,   P 1 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 1 6 0 0 ;   F u k u n a g a   K . ,   1 9 9 0 ,   I N T R O   S T A T   P A T T E R N   R ;   G a v i l a n   J ,   2 0 0 0 ,   A N N   O T O   R H I N O L   L A R Y N ,   V 1 0 9 ,   P 8 4 4 ;   G e e l e n   C .   P .   L . ,   1 9 9 5 ,   A c t a   O t o - R h i n o - L a r y n g o l o g i c a   B e l g i c a ,   V 4 9 ,   P 1 ;   G i l   Z ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R ,   V 1 1 5 ,   P 5 7 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 4 6 3 1 ;   H e r r   H W ,   2 0 0 7 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 7 ,   P 1 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 9 4 ;   H e r r   H W ,   2 0 0 3 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 6 9 ,   P 9 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . j u . 0 0 0 0 0 3 2 4 7 4 . 2 2 0 9 3 . 0 6 ;   J a n o t   F ,   1 9 9 6 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 7 3 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 1 9 9 6 . 9 2 ;   K a s s o u f   W ,   2 0 0 6 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 6 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 5 3 4 7 ( 0 6 ) 0 0 5 1 0 - 6 ;   K a s s o u f   W ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 7 . 1 2 . 9 2 4 7 ;   K i m   K Y ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S   T R E A T ,   V 4 7 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 4 3 / c r t . 2 0 1 4 . 0 6 6 ;   K i m   K Y ,   2 0 1 4 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 3 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 7 ;   K i m   K Y ,   2 0 1 2 ,   J   C A N C E R   R E S   C L I N ,   V 1 3 8 ,   P 4 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 3 2 - 0 1 1 - 1 1 2 9 - 3 ;   K i m   S Y ,   2 0 1 1 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 8 ,   P 2 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 1 - 1 6 1 4 - 6 ;   K o n e t y   B R ,   2 0 0 3 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 6 9 ,   P 9 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . 0 0 0 0 0 5 2 7 2 1 . 6 1 6 4 5 . a 3 ;   K R A U S   D H ,   1 9 9 4 ,   C A N C E R ,   V 7 4 ,   P 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 4 0 7 1 5 ) 7 4 : 2 < 6 9 7 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 7 4 0 2 2 4 > 3 . 0 . C O ; 2 - A ;   M a r g e l   D ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R ,   V 1 1 5 ,   P 1 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 4 1 3 8 ;   M A S U T A N I   S ,   1 9 9 4 ,   A R C H   S U R G - C H I C A G O ,   V 1 2 9 ,   P 1 0 2 5 ;   N e o p t o l e m o s   J P ,   2 0 0 1 ,   A N N   S U R G ,   V 2 3 4 ,   P 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 0 6 5 8 - 2 0 0 1 1 2 0 0 0 - 0 0 0 0 7 ;   N o r d l i n g e r   B ,   1 9 9 6 ,   C A N C E R ,   V 7 7 ,   P 1 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 6 0 4 0 1 ) 7 7 : 7 < 1 2 5 4 : : A I D - C N C R 5 > 3 . 3 . C O ; 2 - R ;   O o k i   A ,   2 0 0 7 ,   W O R L D   J   S U R G ,   V 3 1 ,   P 2 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 6 8 - 0 0 7 - 9 1 9 8 - 9 ;   P a r s o n s   J T ,   1 9 9 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 9 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 7 ) 0 0 1 5 2 - 1 ;   R A V A S Z   L A ,   1 9 9 1 ,   J   C R A N I O   M A X I L L   S U R G ,   V 1 9 ,   P 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 1 0 - 5 1 8 2 ( 0 5 ) 8 0 3 3 9 - 7 ;   R U D O L T Z   M S ,   1 9 9 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 1 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 4 ) 0 0 3 9 4 - Z ;   S a n d e r s o n   R J ,   2 0 0 2 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 2 5 ,   P 8 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . 3 2 5 . 7 3 6 8 . 8 2 2 ;   S H A H   J P ,   1 9 9 0 ,   A M   J   S U R G ,   V 1 6 0 ,   P 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 2 - 9 6 1 0 ( 0 5 ) 8 0 5 5 4 - 9 ;   S h i n g a k i   S ,   2 0 0 3 ,   A M   J   S U R G ,   V 1 8 5 ,   P 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 2 - 9 6 1 0 ( 0 2 ) 0 1 3 7 8 - 8 ;   S h r i m e   M G ,   2 0 0 9 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 3 1 ,   P 1 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 1 1 1 4 ;   S h r i m e   M G ,   2 0 0 9 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 3 1 ,   P 1 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 1 0 7 3 ;   S I N G E R   S ,   1 9 9 5 ,   A N N   S U R G ,   V 2 2 1 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 0 6 5 8 - 1 9 9 5 0 2 0 0 0 - 0 0 0 0 9 ;   S t e i n   J P ,   2 0 0 3 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 0 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . j u . 0 0 0 0 0 7 2 4 2 2 . 6 9 2 8 6 . 0 e 	 3 9 	 0 	 0 	 1 	 1 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 1 3 5 4 - 5 2 3 X 	 1 6 0 1 - 0 8 2 5 	 	 O R A L   D I S 	 O r a l   D i s . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 2 3 	 1 	 	 	 	 	 9 1 	 9 6 	 	 1 0 . 1 1 1 1 / o d i . 1 2 5 7 9 	 	 6 	 D e n t i s t r y ,   O r a l   S u r g e r y   &   M e d i c i n e 	 D e n t i s t r y ,   O r a l   S u r g e r y   &   M e d i c i n e 	 E F 4 B B 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 2 6 8 2 0 0 0 1 6 	 2 7 5 8 8 3 6 7 	 
 
 J 	 S a k ,   M ;   D u r i c ,   N ;   L i t t r u p ,   P ;   B e y - K n i g h t ,   L ;   A l i ,   H ;   V a l l i e r e s ,   P ;   S h e r m a n ,   M E ;   G i e r a c h ,   G L 	 	 	 	 S a k ,   M a r k ;   D u r i c ,   N e b ;   L i t t r u p ,   P e t e r ;   B e y - K n i g h t ,   L i s a ;   A l i ,   H a y t h e m ;   V a l l i e r e s ,   P a t r i c i a ;   S h e r m a n ,   M a r k   E . ;   G i e r a c h ,   G r e t c h e n   L . 	 	 	 U S I N G   S P E E D   O F   S O U N D   I M A G I N G   T O   C H A R A C T E R I Z E   B R E A S T   D E N S I T Y 	 U L T R A S O U N D   I N   M E D I C I N E   A N D   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   d e n s i t y ;   U l t r a s o u n d   t o m o g r a p h y ;   M a m m o g r a p h y ;   B r e a s t   C a n c e r ;   S o u n d   s p e e d ;   D e n s e   a n d   n o n - d e n s e   b r e a s t   v o l u m e s ;   R i s k   a s s e s s m e n t 	 N O N D E N S E   M A M M O G R A P H I C   A R E A ;   B O D Y - M A S S   I N D E X ;   C A N C E R   R I S K ;   U L T R A S O U N D   T O M O G R A P H Y ;   V I S U A L   C L A S S I F I C A T I O N ;   T I S S U E   D E N S I T Y ;   S O F T W A R E ;   A G E 	 A   p o p u l a t i o n   o f   1 6 5   w o m e n   w i t h   n e g a t i v e   m a m m o g r a p h i c   s c r e e n s   a l s o   r e c e i v e d   a n   u l t r a s o u n d   t o m o g r a p h y   ( U S T )   e x a m i n a t i o n   a t   t h e   K a r m a n o s   C a n c e r   I n s t i t u t e   i n   D e t r o i t ,   M L   S t a n d a r d   s t a t i s t i c a l   t e c h n i q u e s   w e r e   e m p l o y e d   t o   m e a s u r e   t h e   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   t h e   v a r i o u s   m a m m o g r a p h i c -   a n d   U S T - r e l a t e d   d e n s i t y   m e a s u r e s   a n d   v a r i o u s   p a r t i c i p a n t   c h a r a c t e r i s t i c s   s u c h   a s   a g e ,   w e i g h t   a n d   h e i g h t .   T h e   m a m m o g r a p h i c   p e r c e n t   d e n s i t y   ( M P D )   w a s   f o u n d   t o   h a v e   s i m i l a r   s t r e n g t h   a s s o c i a t i o n s   w i t h   U S T   m e a n   s o u n d   s p e e d   ( S p e a r m a n   c o e f f i c i e n t ,   r ( s )   =   0 . 7 2 2 ,   p   <   0 . 0 0 1 )   a n d   U S T   m e d i a n   s o u n d   s p e e d   ( r ( s )   =   0 . 7 3 7 ,   p   <   0 . 0 0 1 ) .   B o t h   w e r e   s t r o n g e r   t h a n   t h e   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   M P D   w i t h   t w o   s e p a r a t e   m e a s u r e s   o f   U S T   p e r c e n t   d e n s i t y ,   a   k - m e a n s   ( r ( s )   =   0 . 5 6 8 ,   p   <   0 . 0 0 1 )   o r   a   t h r e s h o l d   ( r ( s )   =   0 . 7 1 5 ,   p   <   0 . 0 0 1 )   m e a s u r e .   S e g m e n t a t i o n   o f   t h e   U S T   s o u n d   s p e e d   i m a g e s   i n t o   d e n s e   a n d   n o n - d e n s e   v o l u m e s   s h o w e d  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 P e t e r ]   D e l p h i n u s   M e d   T e c h n o l ,   P l y m o u t h ,   M I   U S A ;   [ L i t t r u p ,   P e t e r ]   B r o w n   U n i v ,   R h o d e   I s l   H o s p ,   P r o v i d e n c e ,   R I   0 2 9 0 3   U S A ;   [ B e y - K n i g h t ,   L i s a ]   W a y n e   S t a t e   U n i v ,   K a r m a n o s   C a n c   I n s t ,   D e t r o i t ,   M I   U S A ;   [ A l i ,   H a y t h e m ;   V a l l i e r e s ,   P a t r i c i a ]   H e n r y   F o r d   H l t h   S y s t ,   D e t r o i t ,   M I   U S A ;   [ S h e r m a n ,   M a r k   E . ]   N C I ,   C a n c   P r e v e n t   D i v ,   U S   D e p t   H H S ,   B e t h e s d a ,   M D   2 0 8 9 2   U S A ;   [ G i e r a c h ,   G r e t c h e n   L . ]   N C I ,   M e t a b   E p i d e m i o l   B r a n c h ,   D i v   C a n c   E p i d e m i o l   &   G e n e t ,   B e t h e s d a ,   M D   2 0 8 9 2   U S A 	 S a k ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D e l p h i n u s   M e d   T e c h n o l ,   4 5 5 2 5   G r a n d   R i v e r   A v e ,   N o v i ,   M I   4 8 3 7 4   U S A . 	 m s a k @ d e l p h i n u s m t . c o m 	 G i e r a c h ,   G r e t c h e n / E - 1 8 1 7 - 2 0 1 6 	 G i e r a c h ,   G r e t c h e n / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 0 1 6 5 - 5 5 2 2 	 I n t r a m u r a l   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h ,   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ H H S N 2 6 1 2 0 1 4 0 0 0 3 8 P ] ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ R 4 4   C A 1 6 5 3 2 0 ] 	 T h e   a u t h o r s   w i s h   t o   t h a n k   D r .   N o r m a n   B o y d   f o r   h i s   w o r k   a n a l y z i n g   a l l   m a m m o g r a m s   a n d   M s .   V i v i a n   L i n k e   f o r   r e s e a r c h   a s s i s t a n c e .   T h e   a u t h o r s   a r e   i n d e b t e d   t o   t h e   p a r t i c i p a n t s   i n   t h e   U l t r a s o u n d   S t u d y   o f   T a m o x i f e n   f o r   t h e i r   o u t s t a n d i n g   c o o p e r a t i o n   a n d   t o   t h e   p h y s i c i a n s ,   p a t h o l o g i s t s ,   n u r s e s   a n d   t e c h n o l o g i s t s   f o r   t h e i r   e f f o r t s   i n   t h e   f i e l d .   T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   I n t r a m u r a l   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h ,   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e .   T h e   a u t h o r s   a c k n o w l e d g e   t h e   s u p p o r t   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   t h r o u g h   c o n t r a c t   N o   H H S N 2 6 1 2 0 1 4 0 0 0 3 8 P   a n d   g r a n t   N o   R 4 4   C A 1 6 5 3 2 0   f r o m   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e . 	 B e r t r a n d   K A ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 4 ,   P 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 4 - 1 1 3 6 ;   B O Y D   N F ,   1 9 9 5 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 8 7 ,   P 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 8 7 . 9 . 6 7 0 ;   B Y N G   J W ,   1 9 9 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 3 9 ,   P 1 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 3 9 / 1 0 / 0 0 8 ;   B Y R N E   C ,   1 9 9 5 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 8 7 ,   P 1 6 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 8 7 . 2 1 . 1 6 2 2 ;   C i a t t o   S ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T ,   V 2 1 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r e a s t . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 0 5 ;   D u r i c   N ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 1 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 8 9 7 4 6 3 ;   D u r i c   N ,   2 0 0 9 ,   P   S P I E ,   V 7 2 6 5 ;   D u r i c   N ,   2 0 1 3 ,   P   S P I E ,   V 8 6 7 5 ;   D u r i c   N ,   2 0 1 0 ,   P   S P I E ,   V 7 6 2 9 ;   D u r i c   N ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 7 2 0 5 7 ;   D u r i c   N ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 4 3 2 1 6 1 ;   E n g   A ,   2 0 1 4 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 8 - 0 1 4 - 0 4 3 9 - 1 ;   F l e g a l   K M ,   2 0 1 2 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 0 7 ,   P 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 1 2 . 3 9 ;   H u o   C W ,   2 0 1 4 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 4 4 ,   P 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 4 - 2 9 0 1 - 2 ;   J a i n   A .   K . ,   1 9 8 8 ,   A L G O R I T H M S   C L U S T E R I N ;   J e f f r e y s   M ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 1 3 6 ,   P 4 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 1 3 6 6 6 - 5 _ 5 5 ;   K h a z e n   M ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 7 ,   P 2 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 7 - 2 5 4 7 ;   K h o d r   Z G ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 5 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 9 9 8 5 ;   K o p a n s   D B ,   2 0 0 8 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 6 ,   P 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 6 1 0 7 0 3 0 9 ;   L i   C ,   2 0 0 8 ,   P   S P I E ,   V 6 9 2 0 ;   M a s t   T .   D . ,   2 0 0 0 ,   A c o u s t i c s   R e s e a r c h   L e t t e r s   O n l i n e ,   V 1 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 1 3 3 6 8 9 6 ;   M a s u g a t a   H ,   1 9 9 9 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 2 5 ,   P 1 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 9 9 ) 0 0 0 9 1 - 5 ;   M c C o r m a c k   V A ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 5 ,   P 1 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 - E P I - 0 6 - 0 0 3 4 ;   P e t t e r s s o n   A ,   2 0 1 4 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j u 0 7 8 ;   P e t t e r s s o n   A ,   2 0 1 1 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 3 0 4 1 ;   R a s b a n d   W S . ,   1 9 9 7 ,   I M A G E J ;   R e g i n i   E ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L   M E D ,   V 1 1 9 ,   P 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 7 - 0 1 4 - 0 3 9 0 - 3 ;   S A F T L A S   A F ,   1 9 9 1 ,   C A N C E R ,   V 6 7 ,   P 2 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 1 0 6 0 1 ) 6 7 : 1 1 < 2 8 3 3 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 6 7 1 1 2 1 > 3 . 0 . C O ; 2 - U ;   S a k   M ,   2 0 1 4 ,   P   S P I E ,   V 9 0 4 0 ;   S a k   M . ,   2 0 1 1 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 7 9 6 8 ,   P 7 9 6 8 ;   S a k   M ,   2 0 1 2 ,   P   S P I E ,   V 8 3 2 0 ;   S a k   M A ,   2 0 1 3 ,   R O L E   T I S S U E   S O U N D   S P ;   S a k   M ,   2 0 1 3 ,   P R O C   S P I E ,   V 8 6 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 0 7 1 4 6 ;   S a k   M A ,   2 0 1 5 ,   B R E A S T   C A N C E R   M A N A G ,   V 4 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / B M T . 1 5 . 1 3 ;   S c h e t t e r   S E ,   2 0 1 4 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 4 6 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 4 - 3 0 3 1 - 6 ;   S i c k l e s   E A ,   2 0 1 3 ,   A C R   B I   R A D S   M A M M O G R A ;   S l a n e t z   P J ,   2 0 1 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 2 ,   P 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M p 1 4 1 3 7 2 8 ;   S p r a g u e   B L ,   2 0 1 4 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j u 2 5 5 ;   T h o m p s o n   D J ,   2 0 0 9 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 2 4 4 7 ;   W e i w a d   W ,   2 0 0 0 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 3 5 ,   P 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 4 4 2 4 - 2 0 0 0 1 2 0 0 0 - 0 0 0 0 5 ;   Y a f f e   M J ,   2 0 0 8 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 	 4 1 	 1 	 1 	 4 	 4 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 0 3 0 1 - 5 6 2 9 	 1 8 7 9 - 2 9 1 X 	 	 U L T R A S O U N D   M E D   B I O L 	 U l t r a s o u n d   M e d .   B i o l . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 4 3 	 1 	 	 	 	 	 9 1 	 1 0 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 2 1 	 	 1 3 	 A c o u s t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 A c o u s t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E E 4 C M 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 5 4 9 6 0 0 0 0 8 	 2 7 6 9 2 8 7 2 	 
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 J 	 H a t t ,   M ;   T i x i e r ,   F ;   P i e r c e ,   L ;   K i n a h a n ,   P E ;   L e   R e s t ,   C C ;   V i s v i k i s ,   D 	 	 	 	 H a t t ,   M a t h i e u ;   T i x i e r ,   F l o r e n t ;   P i e r c e ,   L a r r y ;   K i n a h a n ,   P a u l   E . ;   L e   R e s t ,   C a t h e r i n e   C h e z e ;   V i s v i k i s ,   D i m i t r i s 	 	 	 C h a r a c t e r i z a t i o n   o f   P E T / C T   i m a g e s   u s i n g   t e x t u r e   a n a l y s i s :   t h e   p a s t ,   t h e   p r e s e n t a . . .   a n y   f u t u r e ? 	 E U R O P E A N   J O U R N A L   O F   N U C L E A R   M E D I C I N E   A N D   M O L E C U L A R   I M A G I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 P E T / C T ;   I m a g e   t e x t u r e ;   H e t e r o g e n e i t y ;   C r i t i c a l   r e v i e w ;   R e c o m m e n d a t i o n s 	 C E L L   L U N G - C A N C E R ;   I N T R A T U M O R A L   M E T A B O L I C   H E T E R O G E N E I T Y ;  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 N u c l   M e d ,   P o i t i e r s ,   F r a n c e ;   [ T i x i e r ,   F l o r e n t ;   L e   R e s t ,   C a t h e r i n e   C h e z e ]   U n i v   P o i t i e r s ,   E E   D A C T I M ,   S c h   M e d ,   P o i t i e r s ,   F r a n c e ;   [ P i e r c e ,   L a r r y ;   K i n a h a n ,   P a u l   E . ]   U n i v   W a s h i n g t o n ,   I m a g i n g   R e s   L a b ,   S e a t t l e ,   W A   9 8 1 9 5   U S A 	 H a t t ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   B r e s t   I B S A M ,   I N S E R M ,   L a T I M ,   U M R   1 1 0 1 ,   B r e s t ,   F r a n c e . 	 h a t t @ u n i v - b r e s t . f r 	 	 	 N I H   [ U 0 1 - C A 1 4 8 1 3 1 ] ;   F r e n c h   g o v e r n m e n t   [ A N R - 1 0 - L A B X - 0 7 - 0 1 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   C a n c e r   ( I N C a   p r o j e c t )   [ C 1 4 0 2 0 N S ] 	 S u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   N I H   g r a n t   U 0 1 - C A 1 4 8 1 3 1 . ;   T h i s   w o r k   h a s   r e c e i v e d   a   F r e n c h   g o v e r n m e n t   s u p p o r t   g r a n t e d   t o   t h e   C o m i n L a b s   e x c e l l e n c e   l a b o r a t o r y   a n d   m a n a g e d   b y   t h e   N a t i o n a l   R e s e a r c h   A g e n c y   i n   t h e   " I n v e s t i n g   f o r   t h e   F u t u r e "   p r o g r a m   u n d e r   r e f e r e n c e   A N R - 1 0 - L A B X - 0 7 - 0 1 .   W i t h   t h e   s u p p o r t   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   C a n c e r   ( I N C a   p r o j e c t   # C 1 4 0 2 0 N S ) . 	 A e r t s   H J W L ,   2 0 1 4 ,   N A T   C O M M U N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 5 0 0 6 ;   A n t u n e s   J ,   2 0 1 6 ,   T R A N S L   O N C O L ,   V 9 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a n o n . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 0 8 ;   A s s e l i n   M C ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 8 ,   P 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 2 5 ;   B a n g   J I ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 3 ,   P 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 5 - 3 1 8 0 - 9 ;   B a s u   S ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 8 ,   P 9 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 1 - 1 7 8 7 - z ;   B r o o k s   F J ,   2 0 1 3 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 8 - 7 1 7 X - 8 - 2 9 4 ;   B r o o k s   F J ,   2 0 1 4 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 5 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 2 . 1 1 6 7 1 5 ;   B r o o k s   F J ,   2 0 1 1 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 8 - 7 1 7 X - 6 - 6 9 ;   B u n d s c h u h   R A ,   2 0 1 4 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 5 ,   P 8 9 1 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 3 . 1 2 7 3 4 0 ;   C a m e r o n   A ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 3 ,   P 1 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 5 . 2 4 8 5 7 7 9 ;   C a r l i e r   T h o m a s ,   2 0 1 5 ,   F r o n t   M e d   ( L a u s a n n e ) ,   V 2 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f m e d . 2 0 1 5 . 0 0 0 1 8 ;   C h a l k i d o u   A ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 4 1 6 5 ;   C h e n g   N M ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 5 0 5 0 9 ;   C h e n g   N M ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 2 ,   P 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 4 - 2 9 3 3 - 1 ;   C h e n g   N M ,   2 0 1 3 ,   A N N   N U C L   M E D ,   V 2 7 ,   P 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 1 4 9 - 0 1 3 - 0 7 5 9 - 8 ;   C h e n g   N M ,   2 0 1 3 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 4 ,   P 1 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 2 . 1 1 9 2 8 9 ;   C h i c k l o r e   S ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 0 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 2 - 2 2 4 7 - 0 ;   C o o k   G J R ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 6 ,   P 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 5 1 4 1 3 0 9 ;   D a v n a l l   F e r g u s ,   2 0 1 2 ,   I n s i g h t s   I m a g i n g ,   V 3 ,   P 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 4 4 - 0 1 2 - 0 1 9 6 - 6 ;   D e s s e r o i t   M C ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 3 ,   P 1 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 6 - 3 3 2 5 - 5 ;   D o n g   X Z ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   R A D I A T   O N ,   V 5 9 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 7 5 4 - 9 4 8 5 . 1 2 2 8 9 ;   D o u m o u   G ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 2 8 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 3 6 8 1 - 8 ;   D w a n   K ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 6 8 4 4 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 1 1 ;   F a n g   Y H ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 4 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 2 4 8 5 0 5 ,   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 2 4 8 5 0 5 ] ;   F r i e d   D V ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 8 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 5 1 4 2 9 2 0 ;   G a l a v i s   P E ,   2 0 1 0 ,   A C T A   O N C O L ,   V 4 9 ,   P 1 0 1 2 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 0 . 4 9 8 4 3 7 ;   G a n e s h a n   B ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   I M A G I N G ,   V 1 3 ,   P 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 2 / 1 4 7 0 - 7 3 3 0 . 2 0 1 3 . 0 0 1 5 ;   G a o   X ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 4 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 6 ;   G e e t s   X ,   2 0 0 7 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 4 ,   P 1 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 0 6 - 0 3 6 3 - 4 ;   G e r l i n g e r   M ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 6 ,   P 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 1 1 3 2 0 5 ;   G e v a e r t   O ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 3 ,   P 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 3 1 7 3 1 ;   G i l l i e s   R J ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 8 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 5 1 5 1 1 6 9 ;   G o n z a l e z   M E ,   2 0 1 3 ,   N E U R O I M A G E ,   V 6 8 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 5 5 ;   G r o h e u x   D ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 2 ,   P 1 6 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 5 - 3 1 1 0 - x ;   H a t t   M ,   2 0 1 5 ,   M E D   N U C L ,   V 3 9 ,   P 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d n u c . 2 0 1 5 . 0 3 . 1 8 7 ;   H a t t   M ,   2 0 1 5 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 6 ,   P 1 8 2 8 ;   H a t t   M ,   2 0 1 5 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 6 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 4 . 1 4 4 0 5 5 ;   H a t t   M ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 0 ,   P 1 6 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 3 - 2 4 8 6 - 8 ;   H a t t   M ,   2 0 1 1 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 2 ,   P 1 6 9 0 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 1 . 0 9 2 7 6 7 ;   H a t t   M ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 7 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 1 8 ;   H o f h e i n z   F ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 1 2 8 9 2 ;   H o u s h m a n d   S i n a ,   2 0 1 5 ,   P E T   C l i n ,   V 1 0 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c p e t . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 4 ;   H y u n   S H ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 3 ,   P 1 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 6 - 3 3 1 6 - 6 ;   I o a n n i d i s   J P A ,   2 0 1 4 ,   P L O S   M E D ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p m e d . 1 0 0 1 7 4 7 ;   V a q u e r o   J J ,   2 0 1 5 ,   A N N U   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 1 7 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - b i o e n g - 0 7 1 1 1 4 - 0 4 0 7 2 3 ;   K h a l v a t i   F ,   2 0 1 5 ,   B M C   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 0 - 0 1 5 - 0 0 6 9 - 9 ;   K i d d   E A ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 5 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 5 2 5 2 ;   K i m   D H ,   2 0 1 6 ,   C L I N   N U C L   M E D ,   V 4 1 ,   p E 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L U . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 3 0 ;   K l y u z h i n   I S ,   2 0 1 5 ,   J   C E R E B   B L O O D   F L O W   M ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 7 7 / 0 2 7 1 6 7 8 X 1 5 6 0 6 7 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 2 7 1 6 7 8 X 1 5 6 0 6 7 1 8 ] ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 8 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 3 6 ;   L a r s o n   S M ,   1 9 9 9 ,   C L I N   P O S I T R O N   I M A G I N ,   V 2 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 5 - 0 3 9 7 ( 9 9 ) 0 0 0 1 6 - 3 ;   L a r t i z i e n   C ,   2 0 1 4 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 8 ,   P 9 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 3 . 2 2 8 3 6 5 8 ;   L e i j e n a a r   R T H ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 1 0 7 5 ;   L e i j e n a a r   R T H ,   2 0 1 3 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 2 ,   P 1 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 3 . 8 1 2 7 9 8 ;   L i u   B ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 3 4 5 8 ;   L o v i n f o s s e   P ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 3 ,   P 1 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 6 - 3 3 1 4 - 8 ;   M a j d o u b   M ,   2 0 1 3 ,   S O C   N U C L   M E D   M O L   I M ;   M i   H M ,   2 0 1 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 4 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 0 2 ;   M i c h a l l e k   F ,   2 0 1 4 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 4 ,   P 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 3 - 2 9 7 7 - 9 ;   M i c h e e l   C M ,   2 0 1 2 ,   E V O L U T I O N   T R A N S L A T I O ;   M i r   A   H ,   1 9 9 5 ,   B i o m e d   S c i   I n s t r u m ,   V 3 1 ,   P 2 1 3 ;   M u   W ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 5 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 1 3 / 5 1 2 3 ;   N e l s o n   A ,   2 0 0 9 ,   J   N U C L   M E D   S 2 ,   V 5 0 ,   P 1 6 5 9 ;   N i c o l a s j i l w a n   M ,   2 0 1 5 ,   J   N E U R O R A D I O L O G Y ,   V 4 2 ,   P 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r a d . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 6 ;   N y f l o t   M J ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G I N G ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J M I . 2 . 4 . 0 4 1 0 0 2 ;   O ' C o n n o r   J P B ,   2 0 1 1 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 5 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 1 . 1 9 1 ;   O ' C o n n o r   J P B ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 0 9 9 0 ;   O ' S u l l i v a n   F ,   2 0 0 3 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 4 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / 4 . 3 . 4 3 3 ;   O h   J S ,   2 0 1 5 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 2 2 ,   P 2 7 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 4 - 4 2 8 4 - 3 ;   O h r i   N ,   2 0 1 6 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 7 ,   P 8 4 2 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 5 . 1 6 6 9 3 4 ;   O l i v e r   J A ,   2 0 1 5 ,   T R A N S L   O N C O L ,   V 8 ,   P 5 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a n o n . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 1 3 ;   O r l h a c   F ,   2 0 1 4 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 5 ,   P 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 3 . 1 2 9 8 5 8 ;   P a n d i s   N i k o l a o s ,   2 0 1 1 ,   J .   A p p l .   O r a l   S c i . ,   V 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 1 6 7 8 - 7 7 5 7 2 0 1 1 0 0 0 5 0 0 0 0 1 ;   P a r m a r   C ,   2 0 1 5 ,   F R O N T   O N C O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f o n c . 2 0 1 5 . 0 0 2 7 2 ;   P a r m a r   C ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 3 0 8 7 ;   P y k a   T ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 3 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 5 - 3 1 4 0 - 4 ;   P y k a   T ,   2 0 1 5 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 1 4 - 0 1 5 - 0 4 0 7 - 7 ;   Q u a n t i t a t i v e   I m a g i n g   B i o m a r k e r s   A l l i a n c e   F D G - P E T /   C T   T e c h n i c a l   C o m m i t t e e ,   2 0 1 3 ,   F D G   P E T   C T   I M   B I O M   M ;   R a h i m   M u h a m m a d   K a s h i f ,   2 0 1 4 ,   N u c l   M e d   M o l   I m a g i n g ,   V 4 8 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 1 3 9 - 0 1 3 - 0 2 6 0 - 2 ;   R a h m i m   A ,   2 0 1 6 ,   N E U R O I M A G E - C L I N ,   V 1 2 ,   p E 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n i c l . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 1 2 ;   S C H A D   L R ,   1 9 9 3 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 1 1 ,   P 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 7 3 0 - 7 2 5 X ( 9 3 ) 9 0 2 0 6 - S ;   S e g a l   E ,   2 0 0 7 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 5 ,   P 6 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 3 0 6 ;   S h a r m a   R R ,   2 0 1 5 ,   T H E S C I E N T I F I C W O R L D J O ,   V 2 0 1 5 ;   S o u s s a n   M ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 4 0 1 7 ;   S u l l i v a n   D C ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 7 ,   P 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 5 1 4 2 2 0 2 ;   T i x i e r   F ,   2 0 1 6 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 7 ,   P 1 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 5 . 1 6 6 9 1 8 ;   T i x i e r   F ,   2 0 1 5 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 6 ;   T i x i e r   F ,   2 0 1 4 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 5 ,   P 1 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 3 . 1 3 3 3 8 9 ;   T i x i e r   F ,   2 0 1 2 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 3 ,   P 6 9 3 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 1 . 0 9 9 1 2 7 ;   T i x i e r   F ,   2 0 1 1 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 2 ,   P 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 0 . 0 8 2 4 0 4 ;   T i x i e r   F ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ;   U p a d h a y a   T ,   2 0 1 5 ,   I R B M ,   V 3 6 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i r b m . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 1 ;   V a i d y a   M ,   2 0 1 2 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 2 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 4 ;   V a l l i e r e s   M ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 5 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 1 4 / 5 4 7 1 ;   v a n   R o s s u m   P S N ,   2 0 1 6 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 7 ,   P 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 5 . 1 6 3 7 6 6 ;   v a n   V e l d e n   F H P ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 8 ,   P 1 6 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 1 - 1 8 4 5 - 6 ;   v a n   V e l d e n   F H P ,   2 0 1 6 ,   M O L   I M A G I N G   B I O L ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 7 - 0 1 6 - 0 9 4 0 - 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 1 3 0 7 - 0 1 6 - 0 9 4 0 - 2 ] ;   V i s v i k i s   D ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 9 ,   P 1 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 2 - 2 2 3 9 - 0 ;   W a n   T ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 1 3 9 4 ;   W a n g   H M ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 8 ,   P 7 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 8 1 1 ;   W a n g   J ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 3 3 0 8 ;   W a t a b e   T ,   2 0 1 2 ,   A N N   N U C L   M E D ,   V 2 6 ,   P 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 1 4 9 - 0 1 1 - 0 5 6 2 - 3 ;   W e b e r   W A ,   2 0 0 0 ,   N U C L   M E D   B I O L ,   V 2 7 ,   P 6 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 9 - 8 0 5 1 ( 0 0 ) 0 0 1 4 1 - 4 ;   W i l l a i m e   J M Y ,   2 0 1 3 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 8 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 8 / 2 / 1 8 7 ;   W i n   T ,   2 0 1 3 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 9 ,   P 3 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 2 - 1 3 0 7 ;   W u   J ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 8 1 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 6 1 5 1 8 2 9 ;   X u   R ,   2 0 1 4 ,   A N N   N U C L   M E D ,   V 2 8 ,   P 9 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 1 4 9 - 0 1 4 - 0 8 9 5 - 9 ;   Y a n   J H ,   2 0 1 5 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 6 ,   P 1 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 5 . 1 5 6 9 2 7 ;   Y a n g   F ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 0 ,   P 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 2 - 2 3 3 2 - 4 ;   Y i p   S ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 5 5 1 0 ;   Y i p   S S F ,   2 0 1 6 ,   F R O N T   O N C O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f o n c . 2 0 1 6 . 0 0 0 7 2 ;   Y o o n   H J ,   2 0 1 5 ,   M E D I C I N E ,   V 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M D . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 7 5 3 ;   Y o o n   S H ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 8 0 ,   P 9 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 6 1 5 1 3 6 7 ;   Y p s i l a n t i s   P P ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 7 0 3 6 	 1 1 5 	 4 	 4 	 2 3 	 2 3 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 1 6 1 9 - 7 0 7 0 	 1 6 1 9 - 7 0 8 9 	 	 E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I 	 E u r .   J .   N u c l .   M e d .   M o l .   I m a g i n g 	 J A N 	 2 0 1 7 	 4 4 	 1 	 	 	 	 	 1 5 1 	 1 6 5 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 6 - 3 4 2 7 - 0 	 	 1 5 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E E 0 C X 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 2 4 2 2 0 0 0 1 9 	 2 7 2 7 1 0 5 1 	 
 
 J 	 K o o i ,   T ;   L i t j e n s ,   G ;   v a n   G i n n e k e n ,   B ;   G u b e r n - M e r i d a ,   A ;   S a n c h e z a ,   C I ;   M a n n ,   R ;   d e n   H e e t e n ,   A ;   K a r s s e m e i j e r ,   N 	 	 	 	 K o o i ,   T h i j s ;   L i t j e n s ,   G e e r t ;   v a n   G i n n e k e n ,   B r a m ;   G u b e r n - M e r i d a ,   A l b e r t ;   S a n c h e z a ,   C l a r a   I . ;   M a n n ,   R i t s e ;   d e n   H e e t e n ,   A r d ;   K a r s s e m e i j e r ,   N i c o 	 	 	 L a r g e   s c a l e   d e e p   l e a r n i n g   f o r   c o m p u t e r   a i d e d   d e t e c t i o n   o f   m a m m o g r a p h i c   l e s i o n s 	 M E D I C A L   I M A G E   A N A L Y S I S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C o m p u t e r   a i d e d   d e t e c t i o n ;   M a m m o g r a p h y ;   D e e p   l e a r n i n g ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   B r e a s t   c a n c e r ;   C o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k s 	 D I G I T A L   M A M M O G R A M S ;   N E U R A L - N E T W O R K S ;   D I A G N O S I S ;   M A S S E S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   S E G M E N T A T I O N ;   I M A G E S ;   R E C O G N I T I O N ;   G R A D I E N T ;   T I S S U E 	 R e c e n t   a d v a n c e s   i n   m a c h i n e   l e a r n i n g   y i e l d e d   n e w   t e c h n i q u e s   t o   t r a i n   d e e p   n e u r a l   n e t w o r k s ,   w h i c h   r e s u l t e d   i n   h i g h l y   s u c c e s s f u l   a p p l i c a t i o n s   i n   m a n y   p a t t e r n   r e c o g n i t i o n   t a s k s   s u c h   a s   o b j e c t   d e t e c t i o n   a n d   s p e e c h   r e c o g n i t i o n .   I n   t h i s   p a p e r   w e   p r o v i d e   a   h e a d - t o - h e a d   c o m p a r i s o n   b e t w e e n   a   s t a t e - o f - t h e   a r t   i n   m a m m o g r a p h y   C A D   s y s t e m ,   r e l y i n g   o n   a   m a n u a l l y   d e s i g n e d   f e a t u r e  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 N i c o ]   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   M e d   C t r ,   D e p t   R a d i o l ,   D i a g n o s t   I m a g e   A n a l   G r p ,   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s ;   [ d e n   H e e t e n ,   A r d ]   U n i v   M e d   C t r   A m s t e r d a m ,   D e p t   R a d i o l ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s 	 K o o i ,   T   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R a d b o u d   U n i v   N i j m e g e n ,   M e d   C t r ,   D e p t   R a d i o l ,   D i a g n o s t   I m a g e   A n a l   G r p ,   N i j m e g e n ,   N e t h e r l a n d s . 	 t h i j s . k o o i @ r a d b o u d u m c . n l 	 M a n n ,   R . M . / L - 4 5 0 2 - 2 0 1 5 	 M a n n ,   R i t s e / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 8 1 1 1 - 1 9 3 0 	 D u t c h   C a n c e r   S o c i e t y   [ K U N   2 0 1 2 - 5 5 7 ] ;   F o u n d a t i o n   o f   P o p u l a t i o n   S c r e e n i n g   M i d   W e s t 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   f u n d e d   b y   g r a n t   K U N   2 0 1 2 - 5 5 7   o f   t h e   D u t c h   C a n c e r   S o c i e t y   a n d   s u p p o r t e d   b y   t h e   F o u n d a t i o n   o f   P o p u l a t i o n   S c r e e n i n g   M i d   W e s t . 	 A s t l e y   S M ,   2 0 0 4 ,   C L I N   R A D I O L ,   V 5 9 ,   P 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c r a d . 2 0 0 3 . 1 1 . 0 1 7 ;   B e n g i o   Y o s h u a ,   2 0 1 2 ,   N e u r a l   N e t w o r k s :   T r i c k s   o f   t h e   T r a d e .   S e c o n d   E d i t i o n :   L N C S   7 7 0 0 ,   P 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 5 2 8 9 - 8 _ 2 6 ;   B e n g i o   Y o s h u a ,   2 0 0 9 ,   F o u n d a t i o n s   a n d   T r e n d s   i n   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 6 1 / 2 2 0 0 0 0 0 0 0 6 ;   B e n g i o   Y . ,   2 0 0 7 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 1 9 ,   P 1 5 3 ;   B e n g i o   Y ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 1 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 3 . 5 0 ;   B e r g s t r a   J . ,   2 0 1 0 ,   P   P Y T H   S C I   C O M P   C   S C ,   p 3   ;   B o r n e f a l k   H ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 4 1 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 8 4 4 4 3 3 ,   1 0 . 1 1 1 1 / 1 . 1 8 4 4 4 3 3 ] ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r o e d e r s   M ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S C R E E N ,   V 1 9 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 8 / j m s . 2 0 1 2 . 0 1 2 0 7 8 ;   C h e n g   S C ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 7 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 3 . 8 1 3 7 9 2 ;   C i r e s a n   D ,   2 0 1 2 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 3 2 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 2 3 ;   C i r e s a n   D C ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 1 5 0 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 7 6 3 - 5 _ 5 1 ;   C i r e s a n   D   C ,   2 0 1 1 ,   I N T   J O I N T   C   A R T   I N T ,   P 1 2 3 7 ;   D a u p h i n   Y .   N . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 2 0 4 3 9 0 ;   D o i   K ,   2 0 0 5 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   V 7 8 ,   p S 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 8 2 9 3 3 4 3 ;   D o i   K ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 2 ;   E F R O N   B ,   1 9 7 9 ,   A N N   S T A T ,   V 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o s / 1 1 7 6 3 4 4 5 5 2 ;   E l t e r   M ,   2 0 0 9 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 6 ,   P 2 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 1 2 1 5 1 1 ;   F e n t o n   J J ,   2 0 1 1 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 3 ,   P 1 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j r 2 0 6 ;   F U K U S H I M A   K ,   1 9 8 0 ,   B I O L   C Y B E R N ,   V 3 6 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 3 4 4 2 5 1 ;   G e n s   R . ,   2 0 1 4 ,   D E E P   S Y M M E T R Y   N E T W O R ,   P 2 5 3 7 ;   G i g e r   M L ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 1 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 1 . 9 7 4 9 1 5 ;   G i r s h i c k   R ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 8 1 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H e   K M ,   2 0 1 5 ,   I E E E   I   C O N F   C O M P   V I S ,   P 1 0 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C V . 2 0 1 5 . 1 2 3 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 2 0 0 6 . 1 8 . 7 . 1 5 2 7 ;   H o s a n g   J . ,   2 0 1 5 ,   W H A T   M A K E S   E F F E C T I V E ;   H u p s e   R ,   2 0 1 3 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 3 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 2 - 2 5 6 2 - 7 ;   H u p s e   R ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 2 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 9 . 2 0 2 8 6 1 1 ;   I o f f e   S . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 2 0 3 1 6 7 ;   J a d e r b e r g   M . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 0 6 0 2 0 2 5 ;   K a r s s e m e i j e r   N ,   2 0 0 4 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 5 3 7 2 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 5 3 5 2 2 5 ;   K a r s s e m e i j e r   N ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 3 8 9 3 8 ;   K o o i   T h i j s ,   2 0 1 4 ,   B r e a s t   I m a g i n g .   1 2 t h   I n t e r n a t i o n a l   W o r k s h o p ,   I W D M   2 0 1 4 .   P r o c e e d i n g s :   L N C S   8 5 3 9 ,   P 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 0 7 8 8 7 - 8 _ 8 0 ;   K r i z h e v s k y   A . ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R   I N F   P R O C   S Y ,   V 2 5 ,   P 1 0 9 7 ;   K u p i n s k i   M A ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 7 ,   P 5 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 7 3 0 3 9 6 ;   L e c u n   Y ,   1 9 9 8 ,   P   I E E E ,   V 8 6 ,   P 2 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 7 2 6 7 9 1 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L e h m a n   C D ,   2 0 1 5 ,   J A M A   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 5 ,   P 1 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a i n t e r n m e d . 2 0 1 5 . 5 2 3 1 ;   M a d d i s o n   C .   J . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 1 2 6 5 6 4 ;   M a l i c h   A ,   2 0 0 6 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 6 ,   P 1 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 5 - 0 0 8 9 - x ;   M n i h   V ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 8 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 2 3 6 ;   M u d i g o n d a   N R ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 9 ,   P 1 0 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 8 8 7 6 1 8 ;   N a i r   V . ,   2 0 1 0 ,   I C M L ,   P 8 0 7 ;   N i s h i k a w a   R A ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 9 ;   P e u r a   M . ,   1 9 9 7 ,   P   3   I N T   W O R K S H   V I S   F ,   P 4 5 1 ;   R a n g a y y a n   R M ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 6 ,   P 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 6 5 0 8 7 6 ;   R a o   V M ,   2 0 1 0 ,   J   A M   C O L L   R A D I O L ,   V 7 ,   P 8 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a c r . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 1 9 ;   R u s s a k o v s k y   O ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 1 5 ,   P 1 ;   S a h i n e r   B ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   P 5 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 3 8 9 3 7 ;   S c h m i d h u b e r   J ,   2 0 1 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 6 1 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 3 ;   S i m a r d   P .   Y . ,   2 0 0 3 ,   D O C   A N   R E C   2 0 0 3   P   7 ,   P 9 5 8 ;   S i m o n y a n   K . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 9 1 5 5 6 ;   S r i v a s t a v a   N ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 9 2 9 ;   S u t s k e v e r   I l y a ,   2 0 1 3 ,   I C M L ,   P 1 1 3 9 ;   S z e g e d y   C . ,   2 0 1 4 ,   1 4 0 9 4 8 4 2   A R X I V ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 5 9 4 ;   T a b a r   L ,   2 0 0 3 ,   L A N C E T ,   V 3 6 1 ,   P 1 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 3 ) 1 3 1 4 3 - 1 ;   T a y l o r   P ,   2 0 0 5 ,   H E A L T H   T E C H N O L   A S S E S ,   V 9 ,   P 1 ;   t e   B r a k e   G M ,   2 0 0 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 8 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 3 3 9 8 8 4 ;   t e   B r a k e   G M ,   2 0 0 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 5 ,   P 2 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 5 / 1 0 / 3 0 8 ;   T i m p   S ,   2 0 0 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 1 ,   P 9 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 6 8 8 0 3 9 ;   U i j l i n g s   J R R ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 0 4 ,   P 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 1 3 - 0 6 2 0 - 5 ;   v a n   G i n n e k e n   B ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 1 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 1 0 9 1 7 1 0 ;   Z e i l e r   M D ,   2 0 1 4 ,   E U R   C   C O M P   V I S   P ,   V 2 0 1 4 ,   P 8 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 0 5 9 0 - 1 ;   Z h e n g   B ,   2 0 1 0 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 7 ,   P 1 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 9 	 6 5 	 2 	 2 	 3 8 9 	 3 8 9 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 3 6 1 - 8 4 1 5 	 1 3 6 1 - 8 4 2 3 	 	 M E D   I M A G E   A N A L 	 M e d .   I m a g e   A n a l . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 3 5 	 	 	 	 	 	 3 0 3 	 3 1 2 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 0 7 	 	 1 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E C 6 L T 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 2 4 8 3 0 0 0 2 2 	 2 7 4 9 7 0 7 2 	 
 
 J 	 T r i g u i ,   R ;   M i t e r a n ,   J ;   W a l k e r ,   P M ;   S e l l a m i ,   L ;   B e n   H a m i d a ,   A 	 	 	 	 T r i g u i ,   R . ;   M i t e r a n ,   J . ;   W a l k e r ,   P .   M . ;   S e l l a m i ,   L . ;   B e n   H a m i d a ,   A . 	 	 	 A u t o m a t i c   c l a s s i f i c a t i o n   a n d   l o c a l i z a t i o n   o f   p r o s t a t e   c a n c e r   u s i n g   m u l t i - p a r a m e t r i c   M R I / M R S 	 B I O M E D I C A L   S I G N A L   P R O C E S S I N G   A N D   C O N T R O L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P r o s t a t e   c a n c e r   l o c a l i z a t i o n ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M ) ;   R a n d o m   F o r e s t ;   S u p e r v i s e d   l e a r n i n g ;   M a g n e t i c   R e s o n a n c e   S p e c t r o s c o p y   I m a g i n g   ( M R S I ) ;   M a g n e t i c   R e s o n a n c e   I m a g i n g   ( M R I ) ;   M u l t i m o d a l i t y   a n a l y s i s 	 M R ;   D I A G N O S I S ;   S P E C T R A 	 P r o s t a t e   c a n c e r   i s   c o n s i d e r e d   t o   b e   t h e   t h i r d   a n d   s i x t h   l e a d i n g   c a u s e   o f   d e a t h   f r o m   c a n c e r   i n   m e n   i n   d e v e l o p e d   a n d   d e v e l o p i n g   c o u n t r i e s ,   r e s p e c t i v e l y .   A s   M u l t i p a r a m e t r i c   M a g n e t i c   R e s o n a n c e   I m a g i n g   ( m p - M R I )   a n d   M a g n e t i c   R e s o n a n c e   S p e c t r o s c o p i c   I m a g i n g   ( M R S I )   p l a y   a n   i m p o r t a n t   r o l e   i n   t h e   d e t e c t i o n   a n d   t h e   l o c a l i z a t i o n   o f   c a n c e r o u s   t i s s u e s ,   i n   t h i s   p a p e r ,   w e   p r o p o s e   a   S V M   a n d   R a n d o m   F o r e s t   b a s e d   s u p e r v i s e d   c l a s s i f i c a t i o n   s c h e m a ,   b a s e d   o n   t h r e e   c l a s s e s   ( H e a l t h y ,   B e n i g n ,   M a l i g n a n t )   a n d   o n   a n   M R I / M R S I   d a t a   b a s e   o f   3 4   p a t i e n t s .   A   t o t a l   o f   7 7 1 1   s p e c t r o s c o p y   v o x e l s   w e r e   e x p l o i t e d .   T h e   f i r s t   c o n t r i b u t i o n   o f   t h i s   p a p e r   i s   t o   p r e s e n t   i m p r o v e m e n t s   o f   t h e   a u t o m a t i c   c l a s s i f i c a t i o n   r e s u l t s   c o m p a r e d   w i t h   t h o s e   o f   P a r f a i t ,   t h a n k s   t o   a n   i m p r o v e m e n t   i n   t h e   q u a l i t y   o f   s p e c t r a .   W e   a l s o   i m p r o v e d   t h e   g l o b a l   d e t e c t i o n   b y   i n t r o d u c i n g   m p - M R I   b a s e d   f e a t u r e s   i n   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   p r o c e s s .   W e   s e l e c t e d   t h e   m o s t   d i s c r i m i n a t i v e   f e a t u r e s   b y   e v a l u a t i n g   s e v e r a l   c o m b i n a t i o n s   o f   M R I   m o d a l i t i e s .   M o r e o v e r ,   w e   h a v e   e x t e n d e d   t h e   a n a l y s i s   t o   t h e   e n t i r e   p r o s t a t e   g l a n d   ( p e r i p h e r a l   z o n e   ( P Z )   a n d   c e n t r a l   g l a n d   ( C G ) ) .   W e   e v a l u a t e d   t h e   S V M   c l a s s i f i e r ' s   a b i l i t y   t o   d i s c r i m i n a t e   h e a l t h y   a n d   m a l i g n a n t   v o x e l s   a n d   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   p r o d u c e s   a   g l o b a l   e r r o r   r a t e   o f   1 % ,   s e n s i t i v i t y   o f   9 9 . 1 %   a n d   s p e c i f i c i t y   o f   9 8 . 4 % .   T h e   t h r e e   c l a s s e s ,   i n c l u d i n g   b e n i g n   v o x e l s   d a t a   w e r e   t h e n   e v a l u a t e d .   A n   e r r o r   r a t e   o f   1 8 . 2 % ,   a   s e n s i t i v i t y   o f   7 2 %   a n d   a   s p e c i f i c i t y   o f   8 8 %   w e r e   o b t a i n e d   w h e n   a s s o c i a t i n g   R a n d o m   F o r e s t   c l a s s i f i e r ,   M R S I ,   D y n a m i c   C o n t r a s t - E n h a n c e d   M R I   a n d   D i f f u s i o n - W e i g h t e d   M R I .   W e   f i n a l l y   p r e s e n t   c l a s s i f i c a t i o n   r e s u l t s   i n   t h e   f o r m   o f   c o l o r - c o d e d   m a p s ,   w h i c h   a r e   a   c o m p u t e r   a i d e d   d i a g n o s i s   t o o l   w h i c h   c o u l d   h e l p   i n   t h e   e v a l u a t i o n   o f   t h e   r e s u l t s   a n d   c o u l d   a l s o   p r o v i d e   a n   e s t i m a t i o n   o f   t u m o r   s h a p e   a n d   v o l u m e .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ T r i g u i ,   R . ;   M i t e r a n ,   J . ;   W a l k e r ,   P .   M . ]   U n i v   B o u r g o g n e   F r a n c h e   C o m t e ,   F a c   M i r a n d e ,   U M R   C N R S   6 3 0 9 ,   L a b   E l e c t   I n f o r m a t   &   I m a g e   L E 2 I ,   F - 2 1 0 0 0   D i j o n ,   F r a n c e ;   [ T r i g u i ,   R . ;   S e l l a m i ,   L . ;   B e n   H a m i d a ,   A . ]   U n i v   S f a x ,   E N I S ,   A T M S ,   S f a x ,   T u n i s i a ;   [ W a l k e r ,   P .   M . ]   C t r   H o s p   U n i v   D i j o n ,   F - 2 1 0 3 3   D i j o n ,   F r a n c e 	 T r i g u i ,   R ;   M i t e r a n ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   B o u r g o g n e   F r a n c h e   C o m t e ,   U M R   C N R S   6 3 0 9 ,   L a b   E l e c t   I n f o r m a t   &   I m a g e   L E 2 I ,   F - 2 1 0 0 0   D i j o n ,   F r a n c e . 	 R a n i a . T r i g u i @ u - b o u r g o g n e . f r ;   j o h e l . m i t e r a n @ u - b o u r g o g n e . f r 	 	 	 	 	 A w w a d   H M ,   2 0 1 2 ,   C L I N   B I O C H E M ,   V 4 5 ,   P 1 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n b i o c h e m . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 1 2 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C h e n   L ,   2 0 0 2 ,   J   M A G N   R E S O N ,   V 1 5 8 ,   P 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 0 - 7 8 0 7 ( 0 2 ) 0 0 0 6 9 - 1 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h o i   Y J ,   2 0 0 7 ,   R A D I O G R A P H I C S ,   V 2 7 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r g . 2 7 1 0 6 5 0 7 8 ;   C o a k l e y   F .   V . ,   2 0 0 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 2 3 ;   F e l l e r   J . ,   2 0 1 4 ,   O A S I S   1   2 T   M U L T I P A R A ;   G i s k e o d e g a r d   G F ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 2 3 7 5 ;   H o   T . K . ,   1 9 9 5 ,   P   3   I N T   C   I E E E ,   V 1 ,   P 2 7 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D A R . 1 9 9 5 . 5 9 8 9 9 4 ;   J e m a l   A ,   2 0 1 1 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 1 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 0 7 ;   L e h a i r e   J ,   2 0 1 4 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 2 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 4 . 7 0 2 5 4 5 6 ;   L e m a i t r e   G . ,   2 0 1 5 ,   I N T   C   Q U A L   C O N T R   A R T ;   L e m a i t r e   G ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 0 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 9 ;   L i e b e r   C A ,   2 0 0 3 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 5 7 ,   P 1 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 3 3 2 2 5 5 4 5 1 8 ;   L u c z y n s k a   E l z b i e t a ,   2 0 1 4 ,   P o l   J   R a d i o l ,   V 7 9 ,   P 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 6 5 9 / P J R . 8 9 0 8 0 5 ;   M a t u l e w i c z   L ,   2 0 1 4 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 0 ,   P 1 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 4 8 7 ;   N i a f   E . ,   2 0 1 2 ,   T H E S I S ,   V 1 ;   N i a f   E ,   2 0 1 4 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 2 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 4 . 7 0 2 5 4 5 5 ;   P a r f a i t   S ,   2 0 1 2 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 7 ,   P 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 0 3 ;   P a r f a i t   S . ,   2 0 1 0 ,   T H E S I S ;   P e n g   Y H ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 7 ,   P 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 1 4 5 4 ;   S c h e e n e n   T W J ,   2 0 0 7 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 4 5 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 4 5 1 0 6 1 4 4 4 ;   S c h e i d l e r   J ,   1 9 9 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 1 3 ,   P 4 7 3 ;   T i w a r i   P ,   2 0 1 3 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 7 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 0 4 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 9 5 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   V e r m a   S ,   2 0 1 2 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 9 8 ,   P 1 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 2 . 8 5 1 0 ;   W a l k e r   P . ,   2 0 0 8 ,   E S M R M B   A N N   C ,   V 2 1 ,   P 5 3 ;   Z o n g k e r   D . ,   1 9 9 6 ,   P   1 3   I N T   C   P A T T   R E C ,   V 2 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 1 9 9 6 . 5 4 6 7 1 6 	 2 8 	 0 	 0 	 3 0 	 3 0 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 7 4 6 - 8 0 9 4 	 1 7 4 6 - 8 1 0 8 	 	 B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S 	 B i o m e d .   S i g n a l   P r o c e s s .   C o n t r o l 	 J A N 	 2 0 1 7 	 3 1 	 	 	 	 	 	 1 8 9 	 1 9 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 1 5 	 	 1 0 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 E n g i n e e r i n g ;   M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 E A 9 S F 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 9 8 4 3 0 0 0 2 1 	 	 
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 J 	 L i ,   Y P ;   P o r t e r ,   E ;   S a n t o r e l l i ,   A ;   P o p o v i c ,   M ;   C o a t e s ,   M 	 	 	 	 L i ,   Y u n p e n g ;   P o r t e r ,   E m i l y ;   S a n t o r e l l i ,   A d a m ;   P o p o v i c ,   M i l i c a ;   C o a t e s ,   M a r k 	 	 	 M i c r o w a v e   b r e a s t   c a n c e r   d e t e c t i o n   v i a   c o s t - s e n s i t i v e   e n s e m b l e   c l a s s i f i e r s :   P h a n t o m   a n d   p a t i e n t   i n v e s t i g a t i o n 	 B I O M E D I C A L   S I G N A L   P R O C E S S I N G   A N D   C O N T R O L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M i c r o w a v e   b r e a s t   c a n c e r   d e t e c t i o n ;   S e n s o r   f u s i o n ;   B i o m e d i c a l   m o n i t o r i n g ;   C l i n i c a l   t r i a l ;   E n s e m b l e   s e l e c t i o n 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   P R I M A R Y   T U M O R   L O C A T I O N ;   D I E L E C T R I C - P R O P E R T I E S ;   R A D A R ;  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 2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ L i ,   Y u n p e n g ;   P o r t e r ,   E m i l y ;   S a n t o r e l l i ,   A d a m ;   P o p o v i c ,   M i l i c a ;   C o a t e s ,   M a r k ]   M c G i l l   U n i v ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   M o n t r e a l ,   P Q ,   C a n a d a 	 L i ,   Y P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R o o m   6 3 3 , M c C o n n e l l   E n g n   B l d g , 3 4 8 0   U n i v   S t ,   M o n t r e a l ,   P Q   H 3 A   0 E 9 ,   C a n a d a . 	 y u n p e n g . l i @ m a i l . m c g i l l . c a ;   e m i l y . p o r t e r @ m a i l . m c g i l l . c a ;   a d a m . s a n t o r e l l i @ m a i l . m c g i l l . c a ;   m i l i c a . p o p o v i c h @ m c g i l l . c a ;   m a r k . c o a t e s @ m c g i l l . c a 	 	 	 N a t u r a l   S c i e n c e s   a n d   E n g i n e e r i n g   R e s e a r c h   C o u n c i l   o f   C a n a d a   ( N S E R C ) ;   F o n d s   d e  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 B i o m e d i c a l   I m a g i n g ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 5 6 2 5 6 3 ;   B r a c e w e l l   R .   B . ,   1 9 6 5 ,   F O U R I E R   T R A N S F O R M   I T ;   B y r n e   D ,   2 0 1 1 ,   J   E L E C T R O M A G N E T   W A V E ,   V 2 5 ,   P 1 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 3 / 1 5 6 9 3 9 3 1 1 7 9 7 4 5 4 0 1 5 ;   B y r n e   D ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   A N T E N N   P R O P A G ,   V 6 3 ,   P 1 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T A P . 2 0 1 5 . 2 3 9 8 1 2 5 ;   C a r u a n a   R ,   2 0 0 6 ,   I E E E   D A T A   M I N I N G ,   P 8 2 8 ;   C H E W   H G ,   2 0 0 1 ,   A C O U S T   S P E E C H   S I G   P R ,   P 1 2 6 9 ;   C o n c e i c a o   R .   C . ,   2 0 1 4 ,   P   U R S I   G E N   A S S   S C I   S ,   P 1 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D a v e n p o r t   M . ,   2 0 0 5 ,   T E C H   R E P   T R E E   0 5 0 4 ;   D a v i s   S K ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 5 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 7 . 9 0 0 5 6 4 ;   D a v i s   S K ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 2 ,   P 1 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 5 . 8 4 7 5 2 8 ;   D e b y e   P ,   1 9 2 9 ,   P O L A R   M O L ;   E p s t e i n   N R ,   2 0 1 4 ,   R E V   S C I   I N S T R U M ,   V 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 9 0 1 9 3 6 ;   E s s e r m a n   L J ,   2 0 1 4 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 5 ,   p E 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 3 ) 7 0 5 9 8 - 9 ;   G a r r e t t   J ,   2 0 1 4 ,   I E E E   A N T E N N   W I R E L   P R ,   V 1 3 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / L A W P . 2 0 1 4 . 2 3 1 2 9 2 5 ;   G r z e g o r c z y k   T M ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 1 5 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 1 9 7 2 1 8 ;   J i a n g   H B ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 2 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 9 8 4 3 4 9 ;   K a n j   H ,   2 0 0 8 ,   P R O G   E L E C T R O M A G N   R E S ,   V 8 6 ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 2 5 2 8 / P I E R 0 8 0 9 0 7 0 1 ;   K l e m m   M ,   2 0 0 9 ,   I E E E   A N T E N N   W I R E L   P R ,   V 8 ,   P 1 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / L A W P . 2 0 0 9 . 2 0 3 6 7 4 8 ;   K l e m m   M . ,   2 0 1 0 ,   P   E U R   C   A N T   P R O P   E U C ,   P 1 ;   L a z e b n i k   M ,   2 0 0 7 ,   I E E E   M I C R O W   W I R E L   C O ,   V 1 7 ,   P 8 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / L M W C . 2 0 0 7 . 9 1 0 4 6 5 ;   L a z e b n i k   M ,   2 0 0 7 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 2 ,   P 6 0 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 2 / 2 0 / 0 0 2 ;   L i   Y . ,   2 0 1 5 ,   P   E U R   C   A N T   P R O P   E U C ;   L i   Y . ,   2 0 1 5 ,   P   I N T   C   A C   S P E E C H   S I ;   L i m   H B ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 5 ,   P 1 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 8 . 9 1 9 7 1 6 ;   O ' H a l l o r a n   M ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 8 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 1 6 3 9 2 ;   P e r s s o n   M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 2 8 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 4 . 2 3 3 0 5 5 4 ;   P o r t e r   E m i l y ,   2 0 1 3 ,   P r o g r e s s   I n   E l e c t r o m a g n e t i c s   R e s e a r c h   B ,   V 5 5 ,   P 1 1 5 ;   P o r t e r   E ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 3 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 5 . 2 4 6 5 8 6 7 ;   P o r t e r   E ,   2 0 1 3 ,   I E E E   A N T E N N   W I R E L   P R ,   V 1 2 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / L A W P . 2 0 1 3 . 2 2 4 7 3 7 4 ;   R a n g a y y a n   R M ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 6 ,   P 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 6 5 0 8 7 6 ;   R u m m e l   S ,   2 0 1 5 ,   E C A N C E R M E D I C A L S C I E N C ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 3 2 / e c a n c e r . 2 0 1 5 . 5 5 2 ;   S a n t o r e l l i   A ,   2 0 1 2 ,   P R O G   E L E C T R O M A G N   R E S ,   V 1 3 3 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 2 5 2 8 / P I E R 1 2 0 9 1 0 0 8 ;   S a n t o r e l l i   A . ,   2 0 1 5 ,   E U R   C   A N T   P R O P   E U C A P ;   S a n t o r e l l i   A ,   2 0 1 4 ,   P R O C   E U R   C O N F   A N T E N N ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E u C A P . 2 0 1 4 . 6 9 0 1 7 5 7 ;   S c o t t   C ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 5 3 ,   P 2 8 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 2 0 0 7 . 9 0 1 1 5 2 ;   S o h n   V Y ,   2 0 0 8 ,   A M   J   S U R G ,   V 1 9 5 ,   P 6 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m j s u r g . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 3 9 ;   S u g i t a n i   T ,   2 0 1 4 ,   A P P L   P H Y S   L E T T ,   V 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 8 8 5 0 8 7 ;   Z e n g   X Z Z ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   I N S T R U M   M E A S ,   V 6 0 ,   P 3 9 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I M . 2 0 1 1 . 2 1 4 1 2 5 0 	 4 1 	 0 	 0 	 2 0 	 2 0 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 7 4 6 - 8 0 9 4 	 1 7 4 6 - 8 1 0 8 	 	 B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S 	 B i o m e d .   S i g n a l   P r o c e s s .   C o n t r o l 	 J A N 	 2 0 1 7 	 3 1 	 	 	 	 	 	 3 6 6 	 3 7 6 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 3 	 	 1 1 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 E n g i n e e r i n g ;   M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 E A 9 S F 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 9 8 4 3 0 0 0 4 0 	 	 
 
 J 	 W a n g ,   H ;   F e n g ,   Y M ;   S a ,   Y ;   L u ,   J Q ;   D i n g ,   J H ;   Z h a n g ,   J ;   H u ,   X H 	 	 	 	 W a n g ,   H e ;   F e n g ,   Y u a n m i n g ;   S a ,   Y u ;   L u ,   J u n   Q . ;   D i n g ,   J u n h u a ;   Z h a n g ,   J u n ;   H u ,   X i n - H u a 	 	 	 P a t t e r n   r e c o g n i t i o n   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   o f   t w o   c a n c e r   c e l l   l i n e s   b y   d i f f r a c t i o n   i m a g i n g   a t   m u l t i p l e   p i x e l   d i s t a n c e s 	 P A T T E R N   R E C O G N I T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S i n g l e - c e l l   a s s a y ;   I m a g e   p a t t e r n   a n a l y s i s ;   D i f f r a c t i o n   i m a g i n g ;   C e l l   c l a s s i f i c a t i o n ;   L i g h t   s c a t t e r i n g ;   F l o w   c y t o m e t r y ;   C a n c e r   c e l l s 	 L I G H T - S C A T T E R I N G ;   F L O W   C Y T O M E T E R ;   I M A G E S ;   C O O C C U R R E N C E ;   T E X T U R E 	 R a p i d   a n d   l a b e l - f r e e   i m a g i n g   m e t h o d s   f o r   a c c u r a t e   c e l l   c l a s s i f i c a t i o n   a r e   h i g h l y   d e s i r e d   f o r   b i o l o g y   a n d   c l i n i c a l   r e s e a r c h .   T o   i m p r o v e   c o n s i s t e n c y   o f   c l a s s i f i c a t i o n   p e r f o r m a n c e ,   w e   h a v e   d e v e l o p e d   a n   a p p r o a c h   o f   p a t t e r n   a n a l y s i s   b y   g r a y   l e v e l   c o - o c c u r r e n c e   m a t r i x   ( G L C M )   a l g o r i t h m   t o   e x t r a c t   t e x t u r a l   f e a t u r e s   a t   m u l t i p l e   p i x e l   d i s t a n c e s   f r o m   c r o s s - p o l a r i z e d   d i f f r a c t i o n   i m a g e   ( p - D I )   p a i r s ,   w h i c h   w e r e   a c q u i r e d   w i t h   a   m e t h o d   o f   p o l a r i z a t i o n   d i f f r a c t i o n   i m a g i n g   f l o w   c y t o m e t r y   u s i n g   o n e   t i m e - d e l a y - i n t e g r a t i o n   c a m e r a   f o r   s i g n i f i c a n t l y   r e d u c e d   b l u r r i n g .   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   b a s e d   c l a s s i f i c a t i o n   w a s   p e r f o r m e d   t o   d i s c r i m i n a t e   H L - 6 0   f r o m   M C F - 7   c e l l s   u s i n g   t h e   G L C M   f e a t u r e s   a n d   c o n s i s t e n c y   o f   o p t i m i z e d   S V M   c l a s s i f i e r s   w a s   e v a l u a t e d   o n   t h r e e   t e s t   d a t a   s e t s .   I t   h a s   b e e n   s h o w n   t h a t   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   o f   t h e   b e s t   p e r f o r m i n g   S V M   c l a s s i f i e r s   a t   o r   a b o v e   9 8 . 0 %   c a n   b e   a c h i e v e d   a m o n g   a l l   f o u r   d a t a   s e t s   f o r   e a c h   o f   t h e   t h r e e   i n c i d e n t   b e a m   p o l a r i z a t i o n s .   T h e s e   r e s u l t s   s u g g e s t   t h a t   t h e   p - D I   p a i r   d a t a   p r o v i d e   a   n e w   p l a t f o r m   f o r   r a p i d   a n d   l a b e l - f r e e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   s i n g l e   c e l l s   w i t h   h i g h   a n d   c o n s i s t e n t   a c c u r a c y .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ W a n g ,   H e ;   F e n g ,   Y u a n m i n g ;   S a ,   Y u ;   Z h a n g ,   J u n ]   T i a n j i n   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   T i a n j i n   3 0 0 0 7 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L u ,   J u n   Q . ;   H u ,   X i n - H u a ]   E a s t   C a r o l i n a   U n i v ,   D e p t   P h y s ,   G r e e n v i l l e ,   N C   2 7 8 5 8   U S A ;   [ D i n g ,   J u n h u a ]   E a s t   C a r o l i n a   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i ,   G r e e n v i l l e ,   N C   2 7 8 5 8   U S A 	 H u ,   X H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   E a s t   C a r o l i n a   U n i v ,   D e p t   P h y s ,   G r e e n v i l l e ,   N C   2 7 8 5 8   U S A . 	 h u x @ e c u . e d u 	 	 	 T i a n j i n   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   C o m m i s s i o n ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 0 4 1 1 0 7 ,   8 1 1 7 1 3 4 2 ] 	 W e   w i s h   t o   t h a n k   D r .   F u   Z h e n g   o f   T i a n j i n   M e d i c a l   U n i v e r s i t y   f o r   p r e p a r i n g   t h e   H L - 6 0   a n d   M C F - 7   c e l l   s a m p l e s   a n d   D r .   W e n h u a n   J i a n g   f o r   h e l p s   o n   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   c l a s s i f i c a t i o n   s o f t w a r e .   X . H .   H u   a c k n o w l e d g e s   g r a n t   s u p p o r t   b y   t h e   T i a n j i n   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   C o m m i s s i o n   a n d   Y .   F e n g   a c k n o w l e d g e s   g r a n t   s u p p o r t s   f r o m   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( # 8 1 0 4 1 1 0 7   a n d   # 8 1 1 7 1 3 4 2 ) . 	 A l t u n b a y   D ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 3 8 0 4 ;   B r o c k   R S ,   2 0 0 6 ,   J   Q U A N T   S P E C T R O S C   R A ,   V 1 0 2 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j q s r t . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 7 5 ;   B u r g e s   C J C ,   1 9 9 8 ,   D A T A   M I N   K N O W L   D I S C ,   V 2 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 9 7 1 5 9 2 3 5 5 5 ;   C a s t a n o n   C A B ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 0 ,   P 1 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 0 6 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   D i n g   H ,   2 0 0 7 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 2 7 4 9 7 3 0 ;   D o n g   K ,   2 0 1 1 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 2 ,   P 1 7 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 2 . 0 0 1 7 1 7 ;   F e n g   Y M ,   2 0 1 4 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 8 5 A ,   P 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 2 5 0 4 ;   F o g g i a   P ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 1 8 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 6 8 1 6 3 ;   G e o r g e   T . C . ,   2 0 0 9 ,   M E A S U R E M E N T   C Y T O P L A S ,   P 9 2 8 ;   G h o s h   S . ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   P A T T   R E C   I C P R ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 9 ,   P   I E E E ,   V 6 7 ,   P 7 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / P R O C . 1 9 7 9 . 1 1 3 2 8 ;   H o l l e r   S ,   1 9 9 8 ,   O P T   L E T T ,   V 2 3 ,   P 1 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 2 3 . 0 0 1 4 8 9 ;   H u   X . H . ,   2 0 1 5 ,   3 D   M O R P H O L O G Y   G L C M   P ;   J a c o b s   K M ,   2 0 0 9 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 2 ,   P 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 0 9 1 0 0 4 4 ;   J a c o b s   K M ,   2 0 0 9 ,   O P T   L E T T ,   V 3 4 ,   P 2 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 3 4 . 0 0 2 9 8 5 ;   J i a n g   W H ,   2 0 1 6 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 2 1 . 7 . 0 7 1 1 0 2 ;   J o b a n p u t r a   R ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 9 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 1 0 ;   L o s a   G A ,   2 0 0 5 ,   C E L L   T I S S U E   R E S ,   V 3 2 2 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 4 1 - 0 0 5 - 0 0 3 0 - 2 ;   L o v e l l   B . C . ,   2 0 1 4 ,   I N T   C   P A T T   R E C   I C P R ;   L u   J Q ,   2 0 0 5 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 1 / 1 . 1 8 9 7 3 9 7 ;   M a n i v a n n a n   S ,   2 0 1 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 5 1 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 1 5 ;   N e u k a m m e r   J ,   2 0 0 3 ,   A P P L   O P T I C S ,   V 4 2 ,   P 6 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / A O . 4 2 . 0 0 6 3 8 8 ;   N o s a k a   R ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 7 0 8 8 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 5 3 4 6 - 1 _ 8 ;   P a n   R ,   2 0 1 4 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 2 2 ,   P 3 1 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 2 2 . 0 3 1 5 6 8 ;   S a   Y ,   2 0 1 3 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 8 3 ,   P 1 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 2 3 3 2 ;   S i n g h   K ,   2 0 0 6 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 6 9 A ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 0 1 9 9 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 9 5 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   W a n g   H ,   2 0 1 6 ,   O P T   E N G ,   V 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . O E . 5 5 . 2 . 0 2 3 1 0 3 ;   W a n g   H ,   2 0 1 5 ,   A P P L   O P T I C S ,   V 5 4 ,   P 5 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / A O . 5 4 . 0 0 5 2 2 3 ;   Z h a n g   J ,   2 0 1 3 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 2 1 ,   P 2 4 8 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 2 1 . 0 2 4 8 1 9 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 6 ,   2 1   I N T   C   P A T T   R E C   C O 	 3 2 	 0 	 0 	 2 7 	 2 8 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 3 2 0 3 	 1 8 7 3 - 5 1 4 2 	 	 P A T T E R N   R E C O G N 	 P a t t e r n   R e c o g n i t . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 6 1 	 	 	 	 S I 	 	 2 3 4 	 2 4 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 3 5 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 D Z 5 J W 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 8 9 9 4 0 0 0 1 8 	 	 
 
 J 	 S h e n ,   W ;   Z h o u ,   M ;   Y a n g ,   F ;   Y u ,   D D ;   D o n g ,   D ;   Y a n g ,   C Y ;   Z a n g ,   Y L ;   T i a n ,   J 	 	 	 	 S h e n ,   W e i ;   Z h o u ,   M u ;   Y a n g ,   F e n g ;   Y u ,   D o n g d o n g ;   D o n g ,   D i ;   Y a n g ,   C a i y u n ;   Z a n g ,   Y a l i ;   T i a n ,   J i e 	 	 	 M u l t i - c r o p   C o n v o l u t i o n a l   N e u r a l   N e t w o r k s   f o r   l u n g   n o d u l e   m a l i g n a n c y   s u s p i c i o u s n e s s   c l a s s i f i c a t i o n 	 P A T T E R N   R E C O G N I T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L u n g   n o d u l e ;   M a l i g n a n c y   s u s p i c i o u s n e s s ;   C o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k ;   M u l t i - c r o p   p o o l i n g 	 I M A G E   D A T A B A S E   C O N S O R T I U M ;   C O M P U T E R - A I D E D   D I A G N O S I S ;   P U L M O N A R Y   N O D U L E S ;   C T   I M A G E S ;   S E G M E N T A T I O N ;   C A N C E R ;   R E P R E S E N T A T I O N ;   I N F O R M A T I O N ;   E N S E M B L E ;   S C A N S 	 W e   i n v e s t i g a t e   t h e   p r o b l e m   o f   l u n g   n o d u l e   m a l i g n a n c y   s u s p i c i o u s n e s s   ( t h e   l i k e l i h o o d   o f   n o d u l e   m a l i g n a n c y )   c l a s s i f i c a t i o n   u s i n g   t h o r a c i c   C o m p u t e d   T o m o g r a p h y   ( C T )   i m a g e s .   U n l i k e   t r a d i t i o n a l   s t u d i e s   p r i m a r i l y   r e l y i n g   o n   c a u t i o u s   n o d u l e   s e g m e n t a t i o n   a n d   t i m e - c o n s u m i n g   f e a t u r e   e x t r a c t i o n ,   w e   t a c k l e   a   m o r e   c h a l l e n g i n g   t a s k   o n   d i r e c t l y   m o d e l i n g   r a w   n o d u l e   p a t c h e s   a n d   b u i l d i n g   a n   e n d - t o - e n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   a r c h i t e c t u r e   f o r   c l a s s i f y i n g   l u n g   n o d u l e   m a l i g n a n c y   s u s p i c i o u s n e s s .   W e   p r e s e n t   a   M u l t i - c r o p   C o n v o l u t i o n a l   N e u r a l   N e t w o r k   ( M C - C N N )   t o   a u t o m a t i c a l l y   e x t r a c t   n o d u l e   s a l i e n t   i n f o r m a t i o n   b y   e m p l o y i n g   a   n o v e l   m u l t i - c r o p   p o o l i n g   s t r a t e g y   w h i c h   c r o p s   d i f f e r e n t   r e g i o n s   f r o m   c o n v o l u t i o n a l   f e a t u r e   m a p s   a n d   t h e n   a p p l i e s   m a x - p o o l i n g   d i f f e r e n t   t i m e s .   E x t e n s i v e   e x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   s h o w   t h a t   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   n o t   o n l y   a c h i e v e s   s t a t e - o f - t h e - a r t   n o d u l e   s u s p i c i o u s n e s s   c l a s s i f i c a t i o n   p e r f o r m a n c e ,   b u t   a l s o   e f f e c t i v e l y   c h a r a c t e r i z e s   n o d u l e   s e m a n t i c   a t t r i b u t e s   ( s u b t l e t y   a n d   m a r g i n )   a n d   n o d u l e   d i a m e t e r   w h i c h   a r e   p o t e n t i a l l y   h e l p f u l   i n   m o d e l i n g   n o d u l e   m a l i g n a n c y .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ S h e n ,   W e i ;   Y u ,   D o n g d o n g ;   D o n g ,   D i ;   Y a n g ,   C a i y u n ;   Z a n g ,   Y a l i ;   T i a n ,   J i e ]   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   I n s t   A u t o m a t ,   K e y   L a b   M o l   I m a g i n g ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ S h e n ,   W e i ;   Y u ,   D o n g d o n g ;   D o n g ,   D i ;   Y a n g ,   C a i y u n ;   Z a n g ,   Y a l i ;   T i a n ,   J i e ]   B e i j i n g   K e y   L a b   M o l   I m a g i n g ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h o u ,   M u ]   S t a n f o r d   U n i v ,   S t a n f o r d   C t r   B i o m e d   I n f o r m a t   R e s ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A ;   [ Y a n g ,   F e n g ]   B e i j i n g   J i a o t o n g   U n i v ,   S c h   C o m p   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   B e i j i n g   1 0 0 0 4 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 T i a n ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   I n s t   A u t o m a t ,   K e y   L a b   M o l   I m a g i n g ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Y a n g ,   F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B e i j i n g   J i a o t o n g   U n i v ,   S c h   C o m p   &   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   B e i j i n g   1 0 0 0 4 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 w e i . s h e n @ i a . a c . c n ;   f e n g y a n g @ b j t u . e d u . c n ;   t i a n @ i e e e . o r g 	 D o n g ,   D i / F - 6 6 0 0 - 2 0 1 7 ;   T i a n ,   J i e / H - 1 1 9 0 - 2 0 1 1 	 T i a n ,   J i e / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 0 4 9 8 - 0 4 3 2 	 C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   K e y   D e p l o y m e n t   P r o g r a m   [ K G Z D - E W - T 0 3 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 2 2 7 9 0 1 ,   8 1 5 2 7 8 0 5 ,   6 1 2 3 1 0 0 4 ,   8 1 3 7 0 0 3 5 ,   8 1 2 3 0 0 3 0 ,   6 1 3 0 1 0 0 2 ,   6 1 3 0 2 0 2 5 ,   8 1 3 0 1 3 4 6 ,   8 1 5 0 1 6 1 6 ] ;   B e i j i n g   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ 4 1 3 2 0 8 0 ] ;   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   [ 2 0 1 3 J B Z 0 1 4 ,   2 0 1 6 J B M 0 1 8 ] ;   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   a n d   E q u i p m e n t   D e v e l o p m e n t   P r o j e c t   o f   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   [ Y Z 2 0 1 4 5 7 ] ;   N V I D I A   C o r p o r a t i o n 	 T h i s   p a p e r   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s  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 a u t h o r s   a l s o   a c k n o w l e d g e   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   a n d   t h e   F o u n d a t i o n   f o r   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h ,   a n d   t h e i r   c r i t i c a l   r o l e   i n   t h e   c r e a t i o n   o f   t h e   f r e e   p u b l i c l y   a v a i l a b l e   L I D C - I D R I   D a t a b a s e   u s e d   i n   t h i s   s t u d y .   W e   a l s o   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g e   t h e   s u p p o r t   o f   N V I D I A   C o r p o r a t i o n   w i t h   t h e   d o n a t i o n   o f   t h e   T e s l a   K 4 0   G P U   u s e d   f o r   t h i s   r e s e a r c h . 	 A .   C .   S o c i e t y ,   2 0 1 5 ,   C A N C   F A C T S   F I G   2 0 1 5 ;   A e r t s   H . J . ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E   C O M M U N ,   V 5 ;   A r m a t o   S G ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 2 8 2 0 4 ;   B a l a g u r u n a t h a n   Y ,   2 0 1 4 ,   T R A N S L   O N C O L ,   V 7 ,   P 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / t l o . 1 3 8 4 4 ;   C h e n   H ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 6 7 7 ,   P 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 1 1 1 1 - 9 _ 5 2 ;   C i o m p i   F ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 6 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 1 ;   D a l a i   N . ,   2 0 0 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   V 1 ,   P 8 8 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 5 . 1 7 7 ;   D o n g   C L ,   2 0 1 0 ,   S C I   C H I N A   I N F O R M   S C I ,   V 5 3 ,   P 1 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 3 2 - 0 1 0 - 3 1 0 7 - 9 ;   G i r s h i c k   R ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 8 1 ;   G o u l d   M K ,   2 0 0 7 ,   C H E S T ,   V 1 3 1 ,   P 3 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 0 6 - 1 2 6 1 ;   G o u l d   M K ,   2 0 1 3 ,   C H E S T ,   V 1 4 3 ,   p E 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 1 2 - 2 3 5 1 ;   G u   Y H ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 6 ,   P 6 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 0 5 ;   G u r c a n   M N ,   2 0 0 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 9 ,   P 2 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 5 1 5 7 6 2 ;   H a d s e l l   R ,   2 0 0 6 ,   I E E E   C   C O M P   V I S   P A T T ,   V 2 ,   P 1 7 3 5 ;   H a n   F F ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 4 - 9 7 1 8 - 8 ;   H a n   F F ,   2 0 1 3 ,   P R O C E E D I N G S   O F   2 0 1 3   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   M E D I C A L   I M A G I N G   P H Y S I C S   A N D   E N G I N E E R I N G   ( I C M I P E ) ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C M I P E . 2 0 1 3 . 6 8 6 4 4 9 4 ;   H e   K . ,   A R X I V 1 4 0 6 4 7 2 9 ;   J i a   Y . ,   2 0 1 4 ,   P   A C M   I N T   C   M U L T ,   P 6 7 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 6 4 7 8 6 8 . 2 6 5 4 8 8 9 ;   J o l l i f f e   I . ,   2 0 0 5 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   K r i z h e v s k y   A l e x ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   P 1 0 9 7 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 8 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 3 6 ;   L e C u n   Y . ,   1 9 8 9 ,   N e u r a l   C o m p u t a t i o n ,   V 1 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 1 9 8 9 . 1 . 4 . 5 4 1 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   M a a s   A n d r e w   L ,   2 0 1 3 ,   P   I C M L ,   V 3 0 ;   M c N i t t - G r a y   M F ,   2 0 0 7 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 4 ,   P 1 4 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 7 . 0 7 . 0 2 1 ;   M e s s a y   T ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 2 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 2 ;   O j a l a   T ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 1 7 6 2 3 ;   P e d r e g o s a   F ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 8 2 5 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   Q u   A . ,   2 0 1 5 ,   S C I   C H I N A   I N F O R M   S C I ,   P 1 ;   R e e v e s   A . P . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S I S T ,   P 1 ;   R o t h   H R ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 6 7 3 ,   P 5 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 0 4 0 4 - 1 _ 6 5 ;   R o t h   H .   R . ,   2 0 1 5 ,   R E C E N T   A D V   C O M P U T A T I ,   P 3 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 5 4 ;   S i m o n y a n   K . ,   A R X I V 1 4 0 9 1 5 5 6 ;   S o n g   J . ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 9 9 ,   P 1 ;   S o n g   Y ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 4 1 4 4 8 ;   S r i v a s t a v a   N ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 9 2 9 ;   S u n   Y ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 8 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 2 4 4 ;   V a l e n t e   I R S ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 2 4 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 6 ;   v a n   d e r   W a l t   S . ,   2 0 1 4 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   W a h i d i   M M ,   2 0 0 7 ,   C H E S T ,   V 1 3 2 ,   p 9 4 S ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 0 7 - 1 3 5 2 ;   W a y   T W ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 2 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 2 0 7 1 2 9 ;   W i l l i a m s   D .   R .   G .   H .   R . ,   1 9 8 6 ,   N A T U R E ,   P 3 2 3 ;   W i n e r - M u r a m   H T ,   2 0 0 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 9 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 9 1 0 5 0 3 4 3 ;   X u   B . ,   A R X I V 1 5 0 5 0 0 8 5 3 ;   Z h a n g   F ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 1 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 3 . 2 2 9 5 5 9 3 ;   Z i n o v e v   D ,   2 0 1 1 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 4 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 1 1 . 6 0 9 1 1 1 4 	 4 8 	 2 	 2 	 4 2 	 6 4 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 0 0 3 1 - 3 2 0 3 	 1 8 7 3 - 5 1 4 2 	 	 P A T T E R N   R E C O G N 	 P a t t e r n   R e c o g n i t . 	 J A N 	 2 0 1 7 	 6 1 	 	 	 	 S I 	 	 6 6 3 	 6 7 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 2 9 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g 	 D Z 5 J W 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 8 9 9 4 0 0 0 5 1 	 	 
 
 J 	 d a   R o c h a a ,   S V ;   B r a z ,   G ;   S i l v a ,   A C ;   d e   P a i v a ,   A C ;   G a t t a s s ,   M 	 	 	 	 d a   R o c h a a ,   S i m a r a   V i e i r a ;   B r a z   J u n i o r ,   G e r a l d o ;   S i l v a ,   A r i s t o f a n e s   C o r r e a ;   d e   P a i v a ,   A n s e l m o   C a r d o s o ;   G a t t a s s ,   M a r c e l o 	 	 	 T e x t u r e   a n a l y s i s   o f   m a s s e s   m a l i g n a n t   i n   m a m m o g r a m s   i m a g e s   u s i n g   a   c o m b i n e d   a p p r o a c h   o f   d i v e r s i t y   i n d e x   a n d   l o c a l   b i n a r y   p a t t e r n s   d i s t r i b u t i o n 	 E X P E R T   S Y S T E M S   W I T H   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r ;   M a m m o g r a p h y ;   P a t t e r n   r e c o g n i t i o n ;   L o c a l   b i n a r y   p a t t e r n ;   D i v e r s i t y   i n d e x 	 B R E A S T   M A S S E S ;  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 P o n t i f i c a l   C a t o l i c   U n i v   R i o   d e   J a n e i r o ,   T e c g r a f   I n s t   T E C G R A F ,   R u a   M a r q u e s   d e   S a o   V i c e n t e   2 2 5 ,   B R - 2 2 4 5 3 9 0 0   G a v e a   R i o   D e   J a n e r i o ,   B r a z i l 	 d a   R o c h a a ,   S V   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   F e d   M a r a n h a o ,   A p p l   C o m p   G r p   N C A ,   A v   P o r t u g u e s e s , 1 9 9 6   C a m p u s   B a c a n g a ,   B R - 6 5 0 8 0 8 0 5   S a o   L u i s ,   M a r a n h a o ,   B r a z i l . 	 s i m a r a @ d e i n f . u f m a . b r ;   g e r a l d o @ d e i n f . u f m a . b r ;   a r i @ d e e . u f m a . b r ;   p a i v a @ d e i n f . u f m a . b r ;   m g a t t a s s @ t e c g r a f . p u c - r i o . b r 	 	 	 C A P E S ;   C N P q ;   F A P E M A 	 T h e   a u t h o r s   a c k n o w l e d g e   C A P E S ,   C N P q   a n d   F A P E M A   f o r   t h e i r   f i n a n c i a l   s u p p o r t . 	 A b d a h e e r   M . ,   2 0 1 1 ,   I M   I N F   P R O C   I C I I P   2 0 ,   P 1 ;   A C S   A .   C .   S . ,   2 0 1 1 ,   L E A R N   B R E A S T   C A N C ;   B a s h e e r   M .   N . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   A D V   R E S   C O M P U T ,   V 3 ,   P 5 7 ;   B e a u l a   N . ,   2 0 1 5 ,   I J A R T E T   I N T   J   A D V   R E ,   V I I ,   P 1 0 0 ;   B l a n d   M ,   2 0 0 0 ,   I N T R O   M E D   S T A T ;   B r a z   G ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 9 ,   P 1 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 9 ;   B r o w e r   J .   E . ,   1 9 9 7 ,   F I E L D   L A B   M E T H O D S   G E ;   C a i   H ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 3 0 0 0 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   F r a s c h i n i   M ,   2 0 1 1 ,   E L E C T R O N   L E T T ,   V 4 7 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / e l . 2 0 1 0 . 2 7 1 2 ;   G a l l o w a y   M M ,   1 9 7 5 ,   C O M P U T E R   G R A P H I C S   I M ,   V 4 ,   P 1 7 2 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 6 - 6 6 4 X ( 7 5 ) 8 0 0 0 8 - 6 ,   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 7 4 - 0 0 4 - 0 5 3 6 - 9 ] ;   G o n z a l e z   R . C . ,   1 9 9 2 ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H E   D C ,   1 9 9 0 ,   I E E E   T   G E O S C I   R E M O T E ,   V 2 8 ,   P 5 0 9 ;   H e a t h   M . ,   2 0 0 1 ,   P   5   I N T   W O R K S H   D I G   M ,   P 2 1 2 ;   I s l a m   M .   J   A h m e d i   M . ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   A R T I F I C I A L   I N T ,   V 1 ,   P 1 ;   K i n o s h i t a   S . ,   2 0 0 4 ,   C   L A T   A M   E N G   B I O M   C L ,   P 1 3 0 3 ;   K i t a n o v s k i   I . ,   2 0 1 1 ,   I M   S I G N   P R O C   C I S P   2 0 ,   P 8 8 8 ;   K o p a n s   D .   B . ,   2 0 0 6 ,   B R E A S T   I M A G I N G ;   L i m   W K ,   2 0 0 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 1 ,   P 1 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 7 0 8 6 4 3 ;   L i u   X . ,   2 0 1 1 ,   S Y S T   M A N   C Y B   S M C   2 0 1 ,   P 2 6 9 2 ;   L i u   X ,   2 0 1 1 ,   B O U N D   V A L U E   P R O B L ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 6 8 7 - 2 7 7 0 - 2 0 1 1 - 3 0 ;   L i u   X H ,   2 0 1 1 ,   J   S T A T   C O M P U T   S I M ,   V 8 1 ,   P 1 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 9 4 9 6 5 1 0 0 3 7 2 4 7 9 0 ;   M a g u r r a n   A E ,   2 0 0 4 ,   M E A S U R I N G   B I O L   D I V E R ;   M a v r o f o r a k i s   M E ,   2 0 0 6 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 3 7 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 0 2 ;   M a v r o f o r a k i s   M .   E . ,   2 0 0 2 ,   D I G   S I G N   P R O C   2 0 0 2   D ,   V 1 ,   P 4 6 1 ;   M a z u r o w s k i   M A ,   2 0 0 8 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 2 1 ,   P 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 3 1 ;   M C I N T O S H   R P ,   1 9 6 7 ,   E C O L O G Y ,   V 4 8 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 9 3 2 6 7 4 ;   M E N H I N I C K   E F ,   1 9 6 4 ,   E C O L O G Y ,   V 4 5 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 9 3 4 9 3 3 ;   M o h a n t y   A .   K . ,   2 0 1 3 ,   E N G   R E S   A P P L ,   V 1 ,   P 6 8 7 ;   M u   T T ,   2 0 0 8 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 1 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 7 - 9 1 0 2 - z ;   M u r a m a t s u   C ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 7 2 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 0 7 ;   N a n n i   L ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 9 ,   P 1 9 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 5 0 ;   N a v e e d   N ,   2 0 1 1 ,   M I C R O S C   R E S   T E C H N I Q ,   V 7 4 ,   P 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j e m t . 2 1 0 7 0 ;   O j a l a   T ,   1 9 9 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 2 9 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 5 ) 0 0 0 6 7 - 4 ;   P a n d a   R .   N . ,   2 0 1 5 ,   I J C S I T   I N T   J   C O M P U T E ,   V 6 ,   P 3 3 2 3 ;   P e r e i r a   R R ,   2 0 0 7 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 6 - 9 9 4 5 - 8 ;   R a b i d a s a   R . ,   2 0 1 6 ,   M E D   I M A G I N G ,   V 9 7 8 5 ;   R a n g a y y a n   R M ,   2 0 1 0 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 0 9 - 9 2 3 8 - 0 ;   R e t i c o   A . ,   2 0 0 7 ,   P H Y S   M E D I C A ,   V 1 ,   P 1 ;   R o u h i   R ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 9 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 2 0 ;   S a h i n e r   B ,   2 0 0 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 8 ,   P 1 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 3 8 1 5 4 8 ;   S h a n n o n   C . E . ,   1 9 4 9 ,   M A T H   T H E O R Y   C O M M U N I C ;   S h i   J Z ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 8 2 0 6 3 0 ;   S i l v a   L   A . ,   2 0 0 8 ,   J   E L E C T R O N   I M A G I N G ,   V 1 7 ;   S I M P S O N   E H ,   1 9 4 9 ,   N A T U R E ,   V 1 6 3 ,   P 6 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 1 6 3 6 8 8 a 0 ;   B r u n o   D O T ,   2 0 1 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 5 5 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 1 9 ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   V a r e l a   C ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 1 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 1 / 2 / 0 1 6 ;   V a s a n t h a   M . ,   2 0 1 0 ,   J   E N G   S C I   T E C H N O L O G Y ,   V 2 ,   P 2 0 7 1 ;   W a j i d   S K ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 6 9 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 5 7 ;   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n ,   2 0 1 3 ,   P R O J   M O R T   C A U S   D E A T H ;   X i n l i   W . ,   1 9 9 4 ,   P   I A P R   W O R K S H   M A C H   V ,   P 3 7 5 	 5 3 	 0 	 0 	 4 8 	 4 8 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 D E C   3 0 	 2 0 1 6 	 6 6 	 	 	 	 	 	 7 	 1 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 7 0 	 	 1 3 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 E A 1 A X 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 3 2 1 8 0 0 0 0 2 	 	 
 
 J 	 S i n g h ,   B K ;   V e r m a ,   K ;   T h o k e ,   A S 	 	 	 	 S i n g h ,   B i k e s h   K u m a r ;   V e r m a ,   K e s a r i ;   T h o k e ,   A .   S . 	 	 	 F u z z y   c l u s t e r   b a s e d   n e u r a l   n e t w o r k   c l a s s i f i e r   f o r   c l a s s i f y i n g   b r e a s t   t u m o r s   i n   u l t r a s o u n d   i m a g e s 	 E X P E R T   S Y S T E M S   W I T H   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r ;   A m b i g u o u s   t r a i n i n g   e x a m p l e s ;   B r e a s t   t u m o r   c l a s s i f i c a t i o n ;   U l t r a s o u n d   i m a g e ;   C l u s t e r   b a s e d   c l a s s i f i c a t i o n 	 T E X T U R E   A N A L Y S I S ;   F E A T U R E S ;   D I A G N O S I S ;   A L G O R I T H M ;   M A C H I N E 	 T h e   p e r f o r m a n c e   o f   s u p e r v i s e d   c l a s s i f i c a t i o n   a l g o r i t h m s   i s   h i g h l y   d e p e n d e n t   o n  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 l e a r n i n g   t e c h n i q u e   ( i . e .   b a c k - p r o p a g a t i o n   a r t i f i c i a l   n e u r a l   n e t w o r k   ( B P A N N ) )   t o   c a t e g o r i z e   b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t   t u m o r s   i n   b r e a s t   u l t r a s o u n d   i m a g e s .   U n s u p e r v i s e d   l e a r n i n g   i s   e m p l o y e d   t o   i d e n t i f y   a m b i g u o u s   e x a m p l e s   i n   t h e   t r a i n i n g   d a t a .   E x p e r i m e n t s   w e r e   c o n d u c t e d   o n   1 7 8   B - m o d e   b r e a s t   u l t r a s o u n d   i m a g e s   c o n t a i n i n g   8 8   b e n i g n   a n d   9 0   m a l i g n a n t   c a s e s   o n   M A T L A B   s o f t w a r e   p l a t f o r m .   A   t o t a l   o f   4 5 7   f e a t u r e s   w e r e   e x t r a c t e d   f r o m   u l t r a s o u n d   i m a g e s   f o l l o w e d   b y   f e a t u r e   s e l e c t i o n   t o   d e t e r m i n e   t h e   m o s t   s i g n i f i c a n t   f e a t u r e s .   A c c u r a c y ,   s e n s i t i v i t y ,   s p e c i f i c i t y ,   a r e a   u n d e r   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   c u r v e   ( A U C )   a n d   M a t h e w ' s   c o r r e l a t i o n   c o e f f i c i e n t   ( M C C )   w e r e   u s e d   t o   a c c e s s   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   d i f f e r e n t   c l a s s i f i e r s .   T h e   r e s u l t   s h o w s   t h a t   t h e   p r o p o s e d   a p p r o a c h   a c h i e v e s   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   o f   9 5 . 8 6 2 %   w h e n   a l l   t h e   4 5 7   f e a t u r e s   w e r e   u s e d   f o r   c l a s s i f i c a t i o n .   H o w e v e r ,   t h e   a c c u r a c y   i s   r e d u c e d   t o   9 4 . 1 3 8 %   w h e n   o n l y   1 9   m o s t   r e l e v a n t   f e a t u r e s   s e l e c t e d   b y   m u l t i - c r i t e r i o n   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a p p r o a c h   w e r e   u s e d   f o r   c l a s s i f i c a t i o n .   T h e   r e s u l t s   w e r e   d i s c u s s e d   i n   l i g h t   o f   s o m e   r e c e n t l y   r e p o r t e d   s t u d i e s .   T h e   e m p i r i c a l   r e s u l t s   s u g g e s t   t h a t   e l i m i n a t i n g   d o u b t f u l   t r a i n i n g   e x a m p l e s   c a n   i m p r o v e   t h e   d e c i s i o n   m a k i n g   p e r f o r m a n c e   o f   e x p e r t   s y s t e m s .   T h e   p r o p o s e d   a p p r o a c h   s h o w   p r o m i s i n g   r e s u l t s   a n d   n e e d   f u r t h e r   e v a l u a t i o n   i n   o t h e r   a p p l i c a t i o n s   o f   e x p e r t   a n d   i n t e l l i g e n t   s y s t e m s .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ S i n g h ,   B i k e s h   K u m a r ]   N a t l   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   C g   R a i p u r ,   I n d i a ;   [ V e r m a ,   K e s a r i ]   N a t l   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   C o m p   A p p l i c a t ,   C g   R a i p u r ,   I n d i a ;   [ T h o k e ,   A .   S . ]   N a t l   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   E l e c t   E n g n ,   C g   R a i p u r ,   I n d i a 	 S i n g h ,   B K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   C g   R a i p u r ,   I n d i a . 	 b s i n g h . b m e @ n i t r r . a c . i n ;   k v e r m a . m c a @ n i t r r . a c . i n ;   a s t h o k e . e l e @ n i t r r . a c . i n 	 	 	 	 	 A M A D A S U N   M ,   1 9 8 9 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 1 9 ,   P 1 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 1 . 4 4 0 4 6 ;   B E Z D E K   J C ,   1 9 8 4 ,   C O M P U T   G E O S C I ,   V 1 0 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 8 - 3 0 0 4 ( 8 4 ) 9 0 0 2 0 - 7 ;   C h a n d r a s h e k a r   G ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   E L E C T R   E N G ,   V 4 0 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p e l e c e n g . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 2 4 ;   C h e n   D R ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 5 ,   P 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 0 3 ;   C H U   A ,   1 9 9 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 1 1 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 9 0 ) 9 0 1 1 2 - F ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D A S A R A T H Y   B V ,   1 9 9 1 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 1 2 ,   P 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 9 1 ) 8 0 0 1 4 - 2 ;   D Y E R   C R ,   1 9 7 6 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 6 ,   P 7 0 3 ;   G a l l o w a y   M M ,   1 9 7 5 ,   C O M P U T E R   G R A P H I C S   I M ,   V 4 ,   P 1 7 2 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 6 - 6 6 4 X ( 7 5 ) 8 0 0 0 8 - 6 ,   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 7 4 - 0 0 4 - 0 5 3 6 - 9 ] ;   G o m e z   W ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 1 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 2 0 6 3 9 8 ;   G o n z a l e z   R .   C . ,   2 0 1 0 ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ;   H a g a n   M .   T . ,   1 9 9 6 ,   C E N G A G E   L E A R N I N G ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H U   M ,   1 9 6 2 ,   I R E   T   I N F O R M   T H E O R ,   V 8 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 1 9 6 2 . 1 0 5 7 6 9 2 ;   H u a n g   Y L ,   2 0 0 8 ,   U L T R A S O U N D   O B S T   G Y N ,   V 3 2 ,   P 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / u o g . 5 2 0 5 ;   K i m   J e o u n g   H y u n ,   2 0 1 4 ,   U l t r a s o n o g r a p h y ,   V 3 3 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 4 3 6 6 / u s g . 1 3 0 2 3 ;   K i m   Y .   S . ,   2 0 1 6 ,   F E A T U R E   S E L E C T I O N   D A ;   K o h a v i   R ,   1 9 9 5 ,   P   1 4   I N T   J O I N T   C   A R T ,   P 1 1 3 7 ;   L a w s   K .   I . ,   1 9 8 0 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   S o c i e t y   o f   P h o t o - O p t i c a l   I n s t r u m e n t a t i o n   E n g i n e e r s ,   V 2 3 8 ,   P 3 7 6 ;   L i u   B ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 0 2 ;   M u n t e a n u   C R ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 6 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 1 1 ;   N a y e e m   M .   A .   R . ,   2 0 1 4 ,   P   3   I N T   C   I N F   E L   V I S ;   P e r e i r a   W C A ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 0 ,   P 9 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 3 ;   S h i   X J ,   2 0 1 0 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 0 ,   P 8 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 0 ;   S i n g h   B K ,   2 0 1 5 ,   I E T E   T E C H   R E V ,   V 3 2 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 5 6 4 6 0 2 . 2 0 1 5 . 1 0 1 9 9 4 3 ;   S i n g h   B .   K . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C O M P U T E R   A P P L ,   V 1 1 6 ,   P 1 1 ;   S r i n i v a s a n   G .   N ,   2 0 0 8 ,   P   W O R L D   A C A D   S C I   E N G ,   P 1 2 6 4 ;   S t o i t s i s   J ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   I N S T R U M   M E A S ,   V 5 5 ,   P 1 9 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I M . 2 0 0 6 . 8 8 4 3 4 8 ;   S u   Y a n n i ,   2 0 1 1 ,   O p e n   M e d   I n f o r m   J ,   V 5 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 8 7 4 4 3 1 1 0 1 1 0 5 0 1 0 0 2 6 ;   T a n   T ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 1 0 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 1 8 4 5 4 9 ;   T a n g   J . ,   2 0 1 4 ,   D A T A   C L A S S I F I C A T I O N ;   T a n g   J S ,   2 0 1 4 ,   I E E E   S Y S T   J ,   V 8 ,   P 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S Y S T . 2 0 1 4 . 2 3 1 7 3 7 8 ;   T a t a   M e m o r i a l   C e n t r e ,   2 0 1 5 ,   B R E A S T   C A N C   I N F ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   W a n d a n   P . ,   2 0 1 4 ,   P   I N T   C   B I O M   E N G   S Y S ,   P 1 ;   W E S Z K A   J S ,   1 9 7 6 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 6 ,   P 2 6 9 ;   W U   C M ,   1 9 9 2 ,   C V G I P - G R A P H   M O D E L   I M ,   V 5 4 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 1 0 4 9 - 9 6 5 2 ( 9 2 ) 9 0 0 2 5 - S ;   W U   C M ,   1 9 9 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 1 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 1 4 1 6 3 6 ;   W u   W J ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 6 ,   P 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 4 ;   Y a p   M .   H . ,   2 0 0 9 ,   P   O F   S P I E ;   Z h a n g   Q ,   2 0 1 4 ,   J   D I A B E T E S   R E S ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 8 6 2 4 7 3 ;   Z h o u   S C ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 8 ,   P 6 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 1 1 	 4 2 	 2 	 2 	 1 0 0 	 1 1 0 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 D E C   3 0 	 2 0 1 6 	 6 6 	 	 	 	 	 	 1 1 4 	 1 2 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 6 	 	 1 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 E A 1 A X 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 3 2 1 8 0 0 0 1 0 	 	 
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 J 	 M a h a t o ,   D R ;   F i s c h e r ,   W B 	 	 	 	 M a h a t o ,   D h a n i   R a m ;   F i s c h e r ,   W o l f g a n g   B . 	 	 	 W e a k   S e l e c t i v i t y   P r e d i c t e d   f o r   M o d e l e d   B u n d l e s   o f   V i r a l   C h a n n e l - F o r m i n g   P r o t e i n   E 5   o f   H u m a n   P a p i l l o m a v i r u s - 1 6 	 J O U R N A L   O F   P H Y S I C A L   C H E M I S T R Y   B 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 T R A N S - M E M B R A N E   D O M A I N ;   H I D D E N   M A R K O V   M O D E L ;   I O N - C H A N N E L S ;   T O P O L O G Y   P R E D I C T I O N ;   T R A N S M E M B R A N E   T O P O L O G Y ;   M O L E C U L A R - D Y N A M I C S ;   C O M P L E T E   G E N O M E S ;   T Y P E - 1 6 ;   O N C O P R O T E I N ;   S I M U L A T I O N 	 P r o t e i n   E 5   i s   a   p o l y t o p i c   8 3   a m i n o   a c i d   m e m b r a n e   p r o t e i n   w i t h   t h r e e   t r a n s m e m b r a n e   d o m a i n s   ( T M D s ) ,   e n c o d e d   b y   h i g h - r i s k   h u m a n   p a p i l l o m a v i r u s - 1 6   ( H P V - 1 6 ) .   H P V - 1 6   i s   f o u n d   t o   b e   t h e   c a u s a t i v e   a g e n t   f o r   c e r v i c a l   c a n c e r .   P r o t e i n   E S ,   a m o n g   o t h e r   p r o t e i n s   ( e . g . ,   E 6 ,   E 7 ) ,   i s   e x p r e s s e d   a t   a n   " e a r l y "   ( E )   s t a g e   w h e n   t h e   c e l l   t u r n s   m a l i g n a n t .   I t   h a s   b e e n   e x p e r i m e n t a l l y   f o u n d   t h a t   E 5   f o r m s   h e x a m e r i c   a s s e m b l i e s ,   w h i c h   s h o w   t h e   c h a r a c t e r i s t i c s   o f   t h e   c l a s s   o f   s o - c a l l e d   c h a n n e l - f o r m i n g   p r o t e i n s   b y   r e n d e r i n g   l i p i d   m e m b r a n e s   p e r m e a b l e   t o   i o n s   a n d   s m a l l   m o l e c u l e s .   P r o t e i n   E S   i s   u s e d   t o   a c h i e v e  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 p r o p o s e   l o w   s e l e c t i v i t y . 	 [ F i s c h e r ,   W o l f g a n g   B . ]   N a t l   Y a n g   M i n g   U n i v ,   I n s t   B i o p h o t o n ,   T a i p e i   1 1 2 ,   T a i w a n ;   N a t l   Y a n g   M i n g   U n i v ,   B M I R C ,   S c h   B i o m e d   S c i   &   E n g n ,   T a i p e i   1 1 2 ,   T a i w a n 	 F i s c h e r ,   W B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   Y a n g   M i n g   U n i v ,   I n s t   B i o p h o t o n ,   T a i p e i   1 1 2 ,   T a i w a n . 	 w f i s c h e r @ y m . e d u . t w 	 	 	 M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   T a i w a n   [ N S C - 1 0 1 - 2 1 1 2 - M - 0 1 0 - 0 0 2 - M Y 3 ] ;   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   o f   T a i w a n 	 W . B . F .   t h a n k s   t h e   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   T a i w a n   ( N S C - 1 0 1 - 2 1 1 2 - M - 0 1 0 - 0 0 2 - M Y 3 )   f o r   f i n a n c i a l   s u p p o r t .   D . R . M .   a c k n o w l e d g e s   a   T a i w a n   s c h o l a r s h i p   f r o m   t h e   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   o f   T a i w a n .   W e   a r e   g r a t e f u l   t o   t h e   N C H C   f o r   c o m p u t e r   t i m e   a n d   f a c i l i t i e s . 	 A l d r i c h   R W ,   2 0 1 5 ,   J   G E N   P H Y S I O L ,   V 1 4 6 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 5 / j g p . 2 0 1 5 1 1 4 6 1 ;   A l l e n   T W ,   2 0 0 6 ,   B I O P H Y S   C H E M ,   V 1 2 4 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p c . 2 0 0 6 . 0 4 . 0 1 5 ;   A l o n s o   A ,   2 0 0 2 ,   B B A - P R O T E I N S   P R O T E O M ,   V 1 6 0 1 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 7 0 - 9 6 3 9 ( 0 2 ) 0 0 4 0 8 - 9 ;   B a u e r H o f m a n n   R ,   1 9 9 6 ,   V I R O L O G Y ,   V 2 1 7 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / v i r o . 1 9 9 6 . 0 0 9 0 ;   B e r t i   C ,   2 0 1 4 ,   J   C H E M   T H E O R Y   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 2 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c t 4 0 1 1 0 0 8 ;   B r a v o   I G ,   2 0 0 4 ,   J   V I R O L ,   V 7 8 ,   P 1 3 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / J V I . 7 8 . 2 4 . 1 3 6 1 3 - 1 3 6 2 6 . 2 0 0 4 ;   B U B B   V ,   1 9 8 8 ,   V I R O L O G Y ,   V 1 6 3 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 4 2 - 6 8 2 2 ( 8 8 ) 9 0 2 5 9 - 0 ;   C a o   B Q ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 7 8 4 ;   C h a n d r a s e k h a r   I ,   2 0 0 3 ,   E U R   B I O P H Y S   J   B I O P H Y ,   V 3 2 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 4 9 - 0 0 2 - 0 2 6 9 - 4 ;   C h e n g   J L ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   p I 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 1 0 0 4 ;   C O N R A D   M ,   1 9 9 3 ,   J   V I R O L ,   V 6 7 ,   P 6 1 7 0 ;   C s e r z o   M ,   1 9 9 7 ,   P R O T E I N   E N G ,   V 1 0 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / p r o t e i n / 1 0 . 6 . 6 7 3 ;   d e   V i l l i e r s   E M ,   2 0 0 4 ,   V I R O L O G Y ,   V 3 2 4 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i r o l . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 3 3 ;   D i M a i o   D ,   2 0 1 3 ,   V I R O L O G Y ,   V 4 4 5 ,   P 9 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . v i r o l . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 6 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i r o 1 . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 6 ] ;   F i s c h e r   W B ,   2 0 1 6 ,   B B A - B I O M E M B R A N E S ,   V 1 8 5 8 ,   P 1 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m e m . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 1 8 ;   F i s c h e r   W B ,   2 0 1 4 ,   B B A - B I O M E M B R A N E S ,   V 1 8 3 8 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m e m . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 7 ;   G i e s w e i n   C E ,   2 0 0 3 ,   V I R O L O G Y ,   V 3 1 3 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 2 - 6 8 2 2 ( 0 3 ) 0 0 2 9 6 - 4 ;   H i l f   R J C ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 7 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 4 6 1 ;   H s u   H J ,   2 0 1 5 ,   P R O T E I N S ,   V 8 3 ,   P 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 4 7 2 1 ;   H s u   H J ,   2 0 1 2 ,   J   M O L   M O D E L ,   V 1 8 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 8 9 4 - 0 1 1 - 1 0 9 2 - 6 ;   H u   J ,   2 0 0 7 ,   B I O P H Y S   J ,   V 9 2 ,   P 4 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 6 . 0 9 0 1 8 3 ;   H W A N G   E S ,   1 9 9 5 ,   V I R O L O G Y ,   V 2 1 1 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / v i r o . 1 9 9 5 . 1 3 9 5 ;   J e n s e n   M O ,   2 0 1 3 ,   J   G E N   P H Y S I O L ,   V 1 4 1 ,   P 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 5 / j g p . 2 0 1 2 1 0 8 2 0 ;   J o n e s   D T ,   1 9 9 9 ,   J   M O L   B I O L ,   V 2 9 2 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 1 9 9 9 . 3 0 9 1 ;   K a h s a y   R Y ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 1 8 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 3 0 3 ;   K a l i t a   M M ,   2 0 1 6 ,   B B A - B I O M E M B R A N E S ,   V 1 8 5 8 ,   P 1 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m e m . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 0 4 ;   K a l l   L ,   2 0 0 4 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 3 8 ,   P 1 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 1 6 ;   K E L L   B ,   1 9 9 4 ,   J   G E N   V I R O L ,   V 7 5 ,   P 2 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 9 / 0 0 2 2 - 1 3 1 7 - 7 5 - 9 - 2 4 5 1 ;   K r a w c z y k   E ,   2 0 1 0 ,   J   V I R O L ,   V 8 4 ,   P 1 6 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / J V I . 0 1 9 6 8 - 0 9 ;   K r o g h   A ,   2 0 0 1 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 0 5 ,   P 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 2 0 0 0 . 4 3 1 5 ;   K r u g e r   J ,   2 0 0 9 ,   J   C H E M   T H E O R Y   C O M P U T ,   V 5 ,   P 2 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c t 9 0 0 1 8 5 n ;   K r u g e r   J ,   2 0 0 8 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 2 9 ,   P 2 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 0 9 8 6 ;   L a n g e   O F ,   2 0 0 8 ,   P R O T E I N S ,   V 7 0 ,   P 1 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 1 6 1 8 ;   L i   L H ,   2 0 1 3 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 4 2 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 1 7 ;   N i e v a   J L ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   M I C R O B I O L ,   V 1 0 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m i c r o 2 8 2 0 ;   M a f f e o   C ,   2 0 1 2 ,   C H E M   R E V ,   V 1 1 2 ,   P 6 2 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c r 3 0 0 2 6 0 9 ;   N a t h   R ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   C E L L   I N T ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 2 8 6 7 - 6 - 1 9 ;   N i s h i m u r a   K ,   2 0 0 2 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 4 1 ,   P 1 3 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 0 2 6 2 7 9 9 ;   P a r k   S H ,   2 0 0 3 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 3 3 ,   P 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 0 3 . 0 8 . 0 4 8 ;   R o u x   B ,   2 0 0 4 ,   Q   R E V   B I O P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 3 3 5 8 3 5 0 4 0 0 3 9 6 8 ;   S m a r t   O S ,   1 9 9 6 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 1 4 ,   P 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 2 6 3 - 7 8 5 5 ( 9 7 ) 0 0 0 0 9 - X ;   S o t o   C S ,   2 0 0 8 ,   P R O T E I N S ,   V 7 0 ,   P 8 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 1 6 1 2 ;   S T O L E R   M H ,   1 9 9 2 ,   H U M   P A T H O L ,   V 2 3 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 4 6 - 8 1 7 7 ( 9 2 ) 9 0 2 3 2 - R ;   T r i c k   J L ,   2 0 1 5 ,   B I O C H E M   S O C   T ,   V 4 3 ,   P 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / B S T 2 0 1 4 0 2 5 6 ;   T u s n a d y   G E ,   2 0 0 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   P 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 7 . 9 . 8 4 9 ;   U L L M A N   C G ,   1 9 9 4 ,   B I O C H E M   S O C   T ,   V 2 2 ,   p S 4 3 9 ;   V e n u t i   A ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 1 0 - 1 4 0 ;   V i k l u n d   H ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 1 6 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 2 2 1 ;   W a n g   Y T ,   2 0 1 4 ,   B I O P H Y S   C H E M ,   V 1 9 2 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p c . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 1 ;   W e t h e r i l l   L F ,   2 0 1 2 ,   J   V I R O L ,   V 8 6 ,   P 5 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / J V I . 0 6 2 4 3 - 1 1 ;   Y A M A D A   T ,   1 9 9 5 ,   J   V I R O L ,   V 6 9 ,   P 7 7 4 3 ;   Y a n g   D H ,   2 0 0 3 ,   P R O T E I N   E X P R E S   P U R I F ,   V 3 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 4 6 - 5 9 2 8 ( 0 3 ) 0 0 0 4 9 - 4 ;   z u r   H a u s e n   H ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 2 ,   P 3 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 7 9 8 ;   z u r   H a u s e n   H ,   1 9 8 9 ,   C a n c e r   R e s ,   V 4 9 ,   P 4 6 7 7 	 5 4 	 0 	 0 	 2 	 2 	 A M E R   C H E M I C A L   S O C 	 W A S H I N G T O N 	 1 1 5 5   1 6 T H   S T ,   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 0 3 6   U S A 	 1 5 2 0 - 6 1 0 6 	 	 	 J   P H Y S   C H E M   B 	 J .   P h y s .   C h e m .   B 	 D E C   2 9 	 2 0 1 6 	 1 2 0 	 5 1 	 	 	 	 	 1 3 0 7 6 	 1 3 0 8 5 	 	 1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p c b . 6 b 1 0 0 5 0 	 	 1 0 	 C h e m i s t r y ,   P h y s i c a l 	 C h e m i s t r y 	 E G 6 M J 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 1 6 0 3 0 0 0 0 8 	 2 7 9 7 6 9 0 8 	 
 
 J 	 H a n a n i a ,   A N ;   B a n t i s ,   L E ;   F e n g ,   Z D ;   W a n g ,   H M ;   T a m m ,   E P ;   K a t z ,   M H ;   M a i t r a ,   A ;   K o a y ,   E J 	 	 	 	 H a n a n i a ,   A l e x a n d e r   N . ;   B a n t i s ,   L e o n i d a s   E . ;   F e n g ,   Z i d i n g ;   W a n g ,   H u a m i n ;   T a m m ,   E r i c   P . ;   K a t z ,   M a t t h e w   H . ;   M a i t r a ,   A n i r b a n ;   K o a y ,   E u g e n e   J . 	 	 	 Q u a n t i t a t i v e   i m a g i n g   t o   e v a l u a t e   m a l i g n a n t   p o t e n t i a l   o f   I P M N s 	 O N C O T A R G E T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 I P M N ;   q u a n t i t a t i v e   i m a g i n g ;   r a d i o m i c s ;   f u k u o k a ;   p a n c r e a t i c   c y s t 	 P A P I L L A R Y   M U C I N O U S   N E O P L A S M S ;   P A N C R E A T I C   C Y S T S ;   M A N A G E M E N T ;   G U I D E L I N E S ;   E X P E R I E N C E ;   C A N C E R 	 O b j e c t i v e :   T o   i n v e s t i g a t e   u s i n g   q u a n t i t a t i v e   i m a g i n g   t o   a s s e s s   t h e   m a l i g n a n t   p o t e n t i a l   o f   i n t r a d u c t a l   p a p i l l a r y   m u c i n o u s   n e o p l a s m s   ( I P M N s )   i n   t h e   p a n c r e a s .   B a c k g r o u n d :   P a n c r e a t i c   c y s t s   a r e   i d e n t i f i e d   i n   o v e r   2 %   o f   t h e   p o p u l a t i o n   a n d   a   s u b s e t   o f   t h e s e ,   i n c l u d i n g   i n t r a d u c t a l   p a p i l l a r y   m u c i n o u s   n e o p l a s m s   ( I P M N s ) ,   r e p r e s e n t   p r e - m a l i g n a n t   l e s i o n s .   U n f o r t u n a t e l y ,   c l i n i c i a n s   c a n n o t   a c c u r a t e l y   p r e d i c t   w h i c h   o f   t h e s e   l e s i o n s   a r e   l i k e l y   t o   p r o g r e s s   t o   p a n c r e a t i c   d u c t a l   a d e n o c a r c i n o m a   ( P D A C ) .   M e t h o d s :   W e   i n v e s t i g a t e d   3 6 0   i m a g i n g   f e a t u r e s   w i t h i n   t h e   d o m a i n s   o f   i n t e n s i t y ,   t e x t u r e   a n d   s h a p e   u s i n g   p a n c r e a t i c   p r o t o c o l   C T   i m a g e s   i n   5 3   p a t i e n t s   d i a g n o s e d   w i t h   I P M N   ( 3 4   " h i g h - g r a d e "   [ H G ]   a n d   1 9   " l o w - g r a d e "   [ L G ] )   w h o   s u b s e q u e n t l y   u n d e r w e n t   s u r g i c a l   r e s e c t i o n .   W e   e v a l u a t e d   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e s e   f e a t u r e s   a s   w e l l   a s   t h e   F u k u o k a   c r i t e r i a   f o r   p a n c r e a t i c   c y s t   r e s e c t i o n .   R e s u l t s :   I n   o u r   c o h o r t ,   t h e   F u k u o k a   c r i t e r i a   h a d   a   f a l s e   p o s i t i v e   r a t e   o f   3 6 % .   W e   i d e n t i f i e d   1 4   i m a g i n g   b i o m a r k e r s   w i t h i n   G r a y - L e v e l   C o - O c c u r r e n c e   M a t r i x   ( G L C M )   t h a t   p r e d i c t e d   h i s t o p a t h o l o g i c a l   g r a d e   w i t h i n   c y s t   c o n t o u r s .   T h e   m o s t   p r e d i c t i v e   m a r k e r   d i f f e r e n t i a t e d   L G   a n d   H G   l e s i o n s   w i t h   a n   a r e a   u n d e r   t h e   c u r v e   ( A U C )   o f . 8 2   a t   a   s e n s i t i v i t y   o f   8 5 %   a n d   s p e c i f i c i t y   o f   6 8 % .   U s i n g   a   c r o s s - v a l i d a t e d   d e s i g n ,   t h e   b e s t   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   y i e l d e d   a n   A U C   o f   0 . 9 6   ( s i g m a   =   . 0 5 )   a t   a   s e n s i t i v i t y   o f   9 7 %   a n d   s p e c i f i c i t y   o f   8 8 % .   B a s e d   o n   t h e   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ,   H G   I P M N s   d e m o n s t r a t e d   a   p a t t e r n   o f   s e p a r a t i o n   f r o m   L G   I P M N s .   C o n c l u s i o n s :   H G   I P M N s   a p p e a r   t o   h a v e   d i s t i n c t   i m a g i n g   p r o p e r t i e s .   F u r t h e r   v a l i d a t i o n   o f   t h e s e   f i n d i n g s   m a y   a d d r e s s   a   m a j o r   c l i n i c a l   n e e d   i n   t h i s   p o p u l a t i o n   b y   i d e n t i f y i n g   t h o s e   m o s t   l i k e l y   t o   b e n e f i t   f r o m   s u r g i c a l   r e s e c t i o n . 	 [ H a n a n i a ,   A l e x a n d e r   N . ]   U n i v   T e x a s   H o u s t o n ,   S c h   M e d ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 2 0 4   U S A ;   [ H a n a n i a ,   A l e x a n d e r   N . ;   K o a y ,   E u g e n e   J . ]   U n i v   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A ;   [ B a n t i s ,   L e o n i d a s   E . ;   F e n g ,   Z i d i n g ]   U n i v   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   D e p t   B i o s t a t ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A ;   [ W a n g ,   H u a m i n ;   M a i t r a ,   A n i r b a n ]   U n i v   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   D e p t   P a t h o l ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A ;   [ T a m m ,   E r i c   P . ]   U n i v   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   D e p t   D i a g n o s t   R a d i o l ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A ;   [ K a t z ,   M a t t h e w   H . ]   U n i v   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   D e p t   S u r g   O n c o l ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A 	 K o a y ,   E J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A . 	 e k o a y @ m d a n d e r s o n . o r g 	 	 	 C e n t e r   f o r   R a d i a t i o n   O n c o l o g y   R e s e a r c h ;   S h e i k h   A h m e d   C e n t e r   f o r   P a n c r e a t i c   C a n c e r   R e s e a r c h ;   U n i v e r s i t y   o f   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c e r   C e n t e r   i n c l u d i n g   t h e   M o o n s h o t s   p r o g r a m ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ C A 0 1 6 6 7 2 ] ;   N I H   [ 1 U 0 1 C A 1 9 6 4 0 3 ] ;   P a n c r e a t i c   C a n c e r   A c t i o n   N e t w o r k   [ 1 4 - 2 0 - 2 5 -   K O A Y ,   1 6 - 6 5 - S I N G ] ;   P r o j e c t   P u r p l e   F o u n d a t i o n ;   R a d i o l o g i c a l   S o c i e t y   o f   N o r t h   A m e r i c a   [ R S D 1 4 2 9 ] 	 W e   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g e   s u p p o r t   f r o m   t h e   C e n t e r   f o r   R a d i a t i o n   O n c o l o g y   R e s e a r c h ,   t h e   S h e i k h   A h m e d   C e n t e r   f o r   P a n c r e a t i c   C a n c e r   R e s e a r c h ,   i n s t i t u t i o n a l   f u n d s   f r o m   T h e   U n i v e r s i t y   o f   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c e r   C e n t e r   i n c l u d i n g   t h e   M o o n s h o t s   p r o g r a m ,   a n d   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   ( C o r e )   G r a n t   C A 0 1 6 6 7 2   f r o m   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   t o   M D   A n d e r s o n .   D r .   E u g e n e   K o a y   w a s   a l s o   s u p p o r t e d   b y   N I H   ( 1 U 0 1 C A 1 9 6 4 0 3 ) ,   t h e   P a n c r e a t i c   C a n c e r   A c t i o n   N e t w o r k   ( 1 4 - 2 0 - 2 5 -   K O A Y ,   1 6 - 6 5 - S I N G ) ,   P r o j e c t   P u r p l e   F o u n d a t i o n ,   a n d   t h e   R a d i o l o g i c a l   S o c i e t y   o f   N o r t h   A m e r i c a   ( R S D 1 4 2 9 ) . 	 A e r t s   H J W L ,   2 0 1 4 ,   N A T   C O M M U N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 5 0 0 6 ;   B e n j a m i n i   Y ,   2 0 0 1 ,   B E H A V   B R A I N   R E S ,   V 1 2 5 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 6 - 4 3 2 8 ( 0 1 ) 0 0 2 9 7 - 2 ;   C o r r e a - G a l l e g o   C ,   2 0 1 0 ,   P A N C R E A T O L O G Y ,   V 1 0 ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 2 4 3 7 3 3 ;   C r i p p a   S ,   2 0 1 0 ,   C L I N   G A S T R O E N T E R O L   H ,   V 8 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c g h . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 0 1 ;   G a l a n i s   C ,   2 0 0 7 ,   J   G A S T R O I N T E S T   S U R G ,   V 1 1 ,   P 8 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 6 0 5 - 0 0 7 - 0 1 5 7 - 4 ;   K o a y   E J ,   2 0 1 4 ,   P H Y S   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 4 7 8 - 3 9 7 5 / 1 1 / 6 / 0 6 5 0 0 2 ;   K o a y   E J ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 4 ,   P 1 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 7 3 4 5 5 ;   L a f f a n   T A ,   2 0 0 8 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 9 1 ,   P 8 0 2 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 0 7 . 3 3 4 0 ;   L a w   J K ,   2 0 1 3 ,   C U R R   O P I N   G A S T R O E N ,   V 2 9 ,   P 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M O G . 0 b 0 1 3 e 3 2 8 3 6 3 e 3 b 3 ;   L i u   B ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 3 4 5 8 ;   M a t t h a e i   H ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   G A S T R O   H E P A T ,   V 8 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g a s t r o . 2 0 1 1 . 2 ;   P e r m u t h   J B ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 1 7 6 8 ;   S a l v i a   R ,   2 0 0 4 ,   A N N   S U R G ,   V 2 3 9 ,   P 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . s l a . 0 0 0 0 1 2 4 3 8 6 . 5 4 4 9 6 . 1 5 ;   S o h n   T A ,   2 0 0 4 ,   A N N   S U R G ,   V 2 3 9 ,   P 7 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . s l a . 0 0 0 0 1 2 8 3 0 6 . 9 0 6 5 0 . a a ;   S p i n e l l i   K S ,   2 0 0 4 ,   A N N   S U R G ,   V 2 3 9 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . s l a . 0 0 0 0 1 2 4 2 9 9 . 5 7 4 3 0 . c e ;   S p r i n g e r   S ,   2 0 1 5 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 9 ,   P 1 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 4 1 ;   T a n a k a   M ,   2 0 1 2 ,   P A N C R E A T O L O G Y ,   V 1 2 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a n . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 4 ;   T a n g   R S ,   2 0 0 8 ,   C L I N   G A S T R O E N T E R O L   H ,   V 6 ,   P 8 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c g h . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 5 ;   V a l s a n g k a r   N P ,   2 0 1 2 ,   S U R G E R Y ,   V 1 5 2 ,   p S 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s u r g . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 3 3 ;   W i l e n t z   R E ,   1 9 9 9 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 2 3 ,   P 1 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 0 4 7 8 - 1 9 9 9 1 1 0 0 0 - 0 0 0 0 2 ;   Y O U D E N   W J ,   1 9 5 0 ,   C A N C E R ,   V 3 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 5 0 ) 3 : 1 < 3 2 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 0 3 0 1 0 6 > 3 . 0 . C O ; 2 - 3 ;   Z i n n   P O ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 5 4 5 1 	 2 2 	 0 	 0 	 3 	 3 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 O R C H A R D   P A R K 	 6 6 6 6   E   Q U A K E R   S T ,   S T E   1 ,   O R C H A R D   P A R K ,   N Y   1 4 1 2 7   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 D E C   2 7 	 2 0 1 6 	 7 	 5 2 	 	 	 	 	 8 5 7 7 6 	 8 5 7 8 4 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 1 7 6 9 	 	 9 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E G 9 Z T 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 4 2 2 5 0 0 0 1 0 	 2 7 5 8 8 4 1 0 	 
 
 J 	 B a l a s u s ,   D ;   W a y ,   M ;   F u s i l l i ,   C ;   M a z z a ,   T ;   M o r g a n ,   M Y ;   C e r v e l l o ,   M ;   G i a n n i t r a p a n i ,   L ;   S o r e s i ,   M ;   A g l i a s t r o ,   R ;   V i n c i g u e r r a ,   M ;   M o n t a l t o ,   G 	 	 	 	 B a l a s u s ,   D a n i e l e ;   W a y ,   M i c h a e l ;   F u s i l l i ,   C a t e r i n a ;   M a z z a ,   T o m m a s o ;   M o r g a n ,   M a r s h a   Y . ;   C e r v e l l o ,   M e l c h i o r r e ;   G i a n n i t r a p a n i ,   L y d i a ;   S o r e s i ,   M a u r i z i o ;   A g l i a s t r o ,   R o s a l i a ;   V i n c i g u e r r a ,   M a n l i o ;   M o n t a l t o ,   G i u s e p p e 	 	 	 T h e   a s s o c i a t i o n   o f   v a r i a n t s   i n   P N P L A 3   a n d   G R P 7 8   a n d   t h e   r i s k   o f   d e v e l o p i n g   h e p a t o c e l l u l a r   c a r c i n o m a   i n   a n   I t a l i a n   p o p u l a t i o n 	 O N C O T A R G E T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 h e p a t o c e l l u l a r   c a r c i n o m a ;   h e p a t i t i s   C   v i r u s ;   s i n g l e   n u c l e o t i d e   p o l y m o r p h i s m s ;   r i s k   f a c t o r s ;   g e n e t i c   v a r i a n t s 	 G E N O M E - W I D E   A S S O C I A T I O N ;   C H R O N I C   H E P A T I T I S - C ;   F A T T Y   L I V E R ;   E P I D E M I O L O G Y ;   C A N C E R ;   P O L Y M O R P H I S M ;   R S 7 3 8 4 0 9 ;   V I R U S ;   C A R C I N O G E N E S I S ;   P R E D I C T I O N 	 H e p a t o c e l l u l a r   c a r c i n o m a   ( H C C )   h a s   o n e   o f   t h e   w o r s t   p r o g n o s e s   a m o n g s t   a l l   m a l i g n a n c i e s .   I t   c o m m o n l y   a r i s e s   i n   p a t i e n t s   w i t h   e s t a b l i s h e d   l i v e r   d i s e a s e   a n d   t h e   d i a g n o s i s   o f t e n   o c c u r s   a t   a n   a d v a n c e d   s t a g e .   G e n e t i c   v a r i a t i o n s ,   s u c h   a s   s i n g l e   n u c l e o t i d e   p o l y m o r p h i s m s   ( S N P s ) ,   m a y   a l t e r   d i s e a s e   r i s k   a n d   t h u s   m a y   h a v e   u s e   a s   p r e d i c t i v e   m a r k e r s   o f   d i s e a s e   o u t c o m e .   T h e   a i m s   o f   t h i s   s t u d y   w e r e   ( i )   t o   a s s e s s   t h e   a s s o c i a t i o n   o f   t w o   S N P s ,   r s 4 3 0 3 9 7   i n   G R P 7 8   a n d   r s 7 3 8 4 0 9   i n   P N P L A 3   w i t h   t h e   r i s k   o f   d e v e l o p i n g   H C C   i n   a   S i c i l i a n   a s s o c i a t i o n   c o h o r t   a n d ,   ( i i )   t o   u s e   a   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e   t o   e s t a b l i s h   a   p r e d i c t i v e   c o m b i n a t o r i a l   p h e n o t y p i c   m o d e l   f o r   H C C   i n c l u d i n g   r s 4 3 0 3 9 7   a n d   r s 7 3 8 4 0 9   g e n o t y p e s   a n d   c l i n i c a l   a n d   l a b o r a t o r y   a t t r i b u t e s .   T h e   c o n t r o l s   c o m p r i s e d   o f   3 0 4   h e a l t h y   s u b j e c t s   w h i l e   t h e   c a s e s   c o m p r i s e d   o f   1 7 0   H C C   p a t i e n t s   t h e   m a j o r i t y   o f   w h o m   h a d   h e p a t i t i s   C   ( H C V ) - r e l a t e d   c i r r h o s i s .   S i g n i f i c a n t   a s s o c i a t i o n s   w e r e   i d e n t i f i e d   b e t w e e n   t h e   r i s k   o f   d e v e l o p i n g   H C C   a n d   b o t h   r s 4 3 0 3 9 7   ( p = 0 . 0 0 9 5 )   a n d   r s 7 3 8 4 0 9   ( p = 0 . 0 0 6 3 ) .   T h e   a s s o c i a t i o n   b e t w e e n   r s 7 3 8 4 0 9   a n d   H C C   w a s   s i g n i f i c a n t l y   s t r o n g e r   i n   t h e   H C V   p o s i t i v e   c a s e s .   I n   t h e   b e s t   p r e d i c t i o n   m o d e l ,   r e p r e s e n t e d   g r a p h i c a l l y   b y   a   d e c i s i o n   t r e e   w i t h   a n   a c c e p t a b l e   m i s c l a s s i f i c a t i o n   r a t e   o f   1 7 . 0 % ,   t h e   A / A   a n d   G / A   g e n o t y p e s   o f   t h e   r s 4 3 0 3 9 7   v a r i a n t   w e r e   f i x e d   a n d   c o m b i n e d   w i t h   t h e   t h r e e   r s 7 3 8 4 0 9   g e n o t y p e s ;   t h e   a t t r i b u t e s   w e r e   a g e ,   s e x   a n d   a l c o h o l .   T h e s e   r e s u l t s   d e m o n s t r a t e   s i g n i f i c a n t   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   b o t h   r s 4 3 0 3 9 7   a n d   r s 7 3 8 4 0 9   a n d   H C C   d e v e l o p m e n t   i n   a   S i c i l i a n   c o h o r t .   T h e   c o m b i n a t o r i a l   p r e d i c t i v e   m o d e l   d e v e l o p e d   t o   i n c l u d e   t h e s e   g e n e t i c   v a r i a n t s   m a y ,   i f   v a l i d a t e d   i n   i n d e p e n d e n t   c o h o r t s ,   a l l o w   f o r   e a r l i e r   d i a g n o s i s   o f   H C C . 	 [ B a l a s u s ,   D a n i e l e ;   G i a n n i t r a p a n i ,   L y d i a ;   S o r e s i ,   M a u r i z i o ;   M o n t a l t o ,   G i u s e p p e ]   U n i v   P a l e r m o ,   B i o m e d   D e p t   I n t e r n a l   M e d   &   M e d   S p e c i a l t i e s ,   P a l e r m o ,   I t a l y ;   [ W a y ,   M i c h a e l ;   M o r g a n ,   M a r s h a   Y . ;   V i n c i g u e r r a ,   M a n l i o ]   U C L ,   D i v   M e d ,   I n s t   L i v e r   &   D i g e s t   H l t h ,   R o y a l   F r e e   C a m p u s ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ F u s i l l i ,   C a t e r i n a ;   M a z z a ,   T o m m a s o ]   I R C C S   C a s a   S o l l i e v o   S o f f e r e n z a ,   B i o i n f o r m a t   U n i t ,   S a n   G i o v a n n i   R o t o n d o ,   F G ,   I t a l y ;   [ C e r v e l l o ,   M e l c h i o r r e ;   M o n t a l t o ,   G i u s e p p e ]   C N R ,   I n s t   B i o m e d   &   M o l   I m m u n o l ,   P a l e r m o ,   I t a l y ;   [ A g l i a s t r o ,   R o s a l i a ]   C i v   R e f e r e n c e   R e g   H o s p ,   I m m u n o h e m a t o l   &   T r a n s f u s   M e d   U n i t ,   P a l e r m o ,   I t a l y ;   [ V i n c i g u e r r a ,   M a n l i o ]   S t   A n n e s   U n i v   H o s p ,   I n t   C l i n   R e s   C t r ,   C t r   T r a n s l a t   M e d ,   B r n o ,   C z e c h   R e p u b l i c 	 B a l a s u s ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   P a l e r m o ,   B i o m e d   D e p t   I n t e r n a l   M e d   &   M e d   S p e c i a l t i e s ,   P a l e r m o ,   I t a l y . ;   V i n c i g u e r r a ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U C L ,   D i v   M e d ,   I n s t   L i v e r   &   D i g e s t   H l t h ,   R o y a l   F r e e   C a m p u s ,   L o n d o n ,   E n g l a n d . ;   V i n c i g u e r r a ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S t   A n n e s   U n i v   H o s p ,   I n t   C l i n   R e s   C t r ,   C t r   T r a n s l a t   M e d ,   B r n o ,   C z e c h   R e p u b l i c . 	 d 7 7 b a l a s u s @ g m a i l . c o m ;   m . v i n c i g u e r r a @ u c l . a c . u k 	 	 F u s i l l i ,   C a t e r i n a / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 7 4 9 7 - 0 6 5 7 	 M y   F i r s t   A s s o c i a z i o n e   I t a l i a n a   R i c e r c a   s u l   C a n c r o   ( A I R C )   G r a n t - A I R C   [ 1 3 4 1 9 ] ;   U C L ;   M E Y S   C R   [ L Q 1 6 0 5 ] ;   F N U S A - I C R C   [ C Z . 1 . 0 5 / 1 . 1 . 0 0 / 0 2 . 0 1 2 3 ] 	 M V   i s   s u p p o r t e d   b y   a   M y   F i r s t   A s s o c i a z i o n e   I t a l i a n a   R i c e r c a   s u l   C a n c r o   ( A I R C )   G r a n t - A I R C   G r a n t   N o .   1 3 4 1 9 ,   b y   U C L   a n d   b y   g r a n t s   N o .   L Q 1 6 0 5   ( M E Y S   C R )   a n d   F N U S A - I C R C   N o .   C Z . 1 . 0 5 / 1 . 1 . 0 0 / 0 2 . 0 1 2 3   ( O P   V a V p I ) . 	 A l t s h u l e r   D M ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 1 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 6 3 2 ;   B o s e t t i   C ,   2 0 1 4 ,   B E S T   P R A C T   R E S   C L   G A ,   V 2 8 ,   P 7 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p g . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 0 7 ;   B o y l e   A P ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 7 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 7 3 2 3 . 1 1 2 ;   B r u i x   J ,   2 0 0 1 ,   J   H E P A T O L ,   V 3 5 ,   P 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 8 - 8 2 7 8 ( 0 1 ) 0 0 1 3 0 - 1 ;   B u c h   S ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 1 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 4 1 7 ;   B u r t o n   P R ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 4 7 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 9 1 1 ;   B u r z a   M A ,   2 0 1 2 ,   D I G E S T   L I V E R   D I S ,   V 4 4 ,   P 1 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d l d . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 0 6 ;   C a i   T ,   2 0 1 1 ,   J   H E P A T O L ,   V 5 5 ,   P 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h e p . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 2 0 ;   C h a n g   Y J ,   2 0 1 5 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 6 ,   P 1 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 4 - 2 7 8 8 - x ;   D o n a t o   F ,   2 0 0 6 ,   O N C O G E N E ,   V 2 5 ,   P 3 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 9 5 5 7 ;   D o n g   D Z ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 4 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 2 9 5 0 ;   E l - S e r a g   H B ,   2 0 0 7 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 2 ,   P 2 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 6 1 ;   E l - S e r a g   H B ,   2 0 1 2 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 2 ,   P 1 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 6 1 ;   G u y o t   E ,   2 0 1 3 ,   J   H E P A T O L ,   V 5 8 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h e p . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 3 6 ;   H a m m a d i   M ,   2 0 1 3 ,   F A S E B   J ,   V 2 7 ,   P 1 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 6 / f j . 1 2 - 2 1 8 8 7 5 ;   H u a n g   X ,   2 0 1 4 ,   J   V I R A L   H E P A T I T I S ,   V 2 1 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j v h . 1 2 2 2 2 ;   L a f a r o   K J ,   2 0 1 5 ,   S U R G   O N C O L   C L I N   N   A M ,   V 2 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s o c . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 1 ;   L e e   A S ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 4 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 7 0 1 ;   L i   Z W ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 5 3 6 9 ;   L i b b r e c h t   M W ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 9 2 0 ;   L i u   Y ,   2 0 1 0 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 1 8 ,   P 8 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 9 / e h p . 0 9 0 1 3 8 8 ;   M a r r a   F ,   2 0 0 9 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 5 0 ,   P 9 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 3 0 4 6 ;   M i t t a l   S ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   G A S T R O E N T E R O L ,   V 4 7 ,   p S 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M C G . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 8 7 2 f 2 9 ;   M o r i t o u   Y ,   2 0 1 3 ,   S P R I N G E R P L U S ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 2 1 9 3 - 1 8 0 1 - 2 - 2 5 1 ;   N a k a o k a   K ,   2 0 1 5 ,   S P R I N G E R P L U S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 0 6 4 - 0 1 5 - 0 8 7 0 - 5 ;   P a r e   G ,   2 0 1 1 ,   P L O S   G E N E T ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 1 0 0 1 3 7 4 ;   P i r a z z i   C ,   2 0 1 4 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 3 ,   P 4 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d u 1 2 1 ;   P i r a z z i   C ,   2 0 1 2 ,   J   H E P A T O L ,   V 5 7 ,   P 1 2 7 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . j h e p . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 3 0 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j j h e p . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 3 0 ] ;   P u r c e l l   S ,   2 0 0 7 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 1 ,   P 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 5 1 9 7 9 5 ;   R   C o r e   T e a m ,   2 0 1 4 ,   R   L A N G   E N V   S T A T   C O M P ;   R o m e o   S ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 1 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 5 7 ;   S a r n o   S ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 6 0 7 4 ;   S i n g a l   A G ,   2 0 1 5 ,   C L I N   G A S T R O E N T E R O L   H ,   V 1 3 ,   P 2 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c g h . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 1 4 ;   S o r e s i   M ,   2 0 1 0 ,   E U R   J   I N T E R N   M E D ,   V 2 1 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j i m . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 1 1 ;   T o m o d a   T ,   2 0 1 2 ,   J   G A S T R O E N   H E P A T O L ,   V 2 7 ,   P 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 0 - 1 7 4 6 . 2 0 1 1 . 0 6 9 4 8 . x ;   T r e p o   E ,   2 0 1 4 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 5 9 ,   P 2 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 6 7 6 7 ;   V a l e n t i   L ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 5 9 8 2 ;   V a l e n t i   L ,   2 0 1 2 ,   B M C   G A S T R O E N T E R O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 3 0 X - 1 2 - 1 1 1 ;   V e n o o k   A P ,   2 0 1 0 ,   O N C O L O G I S T ,   V 1 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 2 0 1 0 - S 4 - 0 5 ;   W a n g   M ,   2 0 0 9 ,   A N T I O X I D   R E D O X   S I G N ,   V 1 1 ,   P 2 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / A R S . 2 0 0 9 . 2 4 8 5 ;   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n ,   2 0 1 2 ,   B L O O D   D O N   S E L   G U I D   A ;   Y a n g   H I ,   2 0 1 1 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 2 ,   P 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 1 ) 7 0 0 7 7 - 8 ;   Y i n g   L ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 9 5 9 3 ;   Z h a n g   D ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 6 7 9 1 ;   Z h a n g   L H ,   2 0 1 0 ,   J   C E L L   B I O C H E M ,   V 1 1 0 ,   P 1 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c b . 2 2 6 7 9 ;   Z h a n g   X X ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 9 1 7 2 9 6 ;   Z h a o   G H ,   2 0 1 5 ,   D I G E S T   D I S   S C I ,   V 6 0 ,   P 2 6 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 2 0 - 0 1 5 - 3 6 8 9 - 6 ;   Z h u   X ,   2 0 1 2 ,   C H E S T ,   V 1 4 1 ,   P 1 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 1 1 - 0 4 6 9 ;   Z h u   X ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 1 9 9 7 ;   Z h u   X ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 5 ,   P 1 3 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 4 8 7 	 5 0 	 0 	 0 	 1 3 	 1 3 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 O R C H A R D   P A R K 	 6 6 6 6   E   Q U A K E R   S T ,   S T E   1 ,   O R C H A R D   P A R K ,   N Y   1 4 1 2 7   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 D E C   2 7 	 2 0 1 6 	 7 	 5 2 	 	 	 	 	 8 6 7 9 1 	 8 6 8 0 2 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 3 5 5 8 	 	 1 2 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E G 9 Z T 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 4 2 2 5 0 0 0 9 2 	 2 7 8 8 8 6 3 0 	 
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 2 0 0 2 4 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 y i s h i @ s j t u . e d u . c n 	 	 	 U n i v e r s i t y   o f   S y d n e y   &   S h a n g h a i   J i a o t o n g   U n i v e r s i t y   J o i n t   R e s e a r c h   A l l i a n c e   ( S J T U - U S Y D   T r a n s l a t e   M e d i c i n e   F u n d   -   S y s t e m s   B i o m e d i c i n e )   [ A F 6 2 6 0 0 0 3 / 0 4 ] ;   A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   ( A R C ) ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   [ N S F C   8 1 5 0 2 4 2 3 ,   N S F C   8 1 2 7 2 2 7 1 ] ;   C h i n a   N a t i o n a l   K e y   P r o j e c t s   f o r   I n f e c t i o u s   D i s e a s e   [ 2 0 1 2 Z X 1 0 0 0 2 0 1 2 - 0 0 8 ,   2 0 1 3 Z X 1 0 0 0 2 0 1 0 - 0 0 6 ] ;   S h a n g h a i   P u j i a n g   T a l e n t s   F u n d   [ 1 5 P J 1 4 0 4 1 0 0 ] ;   R e t u r n e d   O v e r s e a   T a l e n t   I n i t i a t i v e   F u n d   [ 1 5 0 0 1 6 4 3 ] ;   S h a n g h a i   B o a r d   o f   E d u c a t i o n - S c i e n c e   I n n o v a t i o n   [ 1 5 Z Z 0 1 4 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   U n i v e r s i t y   o f   S y d n e y   &   S h a n g h a i   J i a o t o n g   U n i v e r s i t y   J o i n t   R e s e a r c h   A l l i a n c e   ( S J T U - U S Y D   T r a n s l a t e   M e d i c i n e   F u n d   -   S y s t e m s   B i o m e d i c i n e   A F 6 2 6 0 0 0 3 / 0 4 ) ,   a n d   A u s t r a l i a n   R e s e a r c h   C o u n c i l   ( A R C )   f u n d i n g .   T h i s   w o r k   i s   a l s o   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   ( N S F C   8 1 5 0 2 4 2 3   a n d   N S F C   8 1 2 7 2 2 7 1 ) ,   t h e   C h i n a   N a t i o n a l   K e y   P r o j e c t s   f o r   I n f e c t i o u s   D i s e a s e   ( 2 0 1 2 Z X 1 0 0 0 2 0 1 2 - 0 0 8   a n d   2 0 1 3 Z X 1 0 0 0 2 0 1 0 - 0 0 6 ) ,   t h e   S h a n g h a i   P u j i a n g   T a l e n t s   F u n d   ( 1 5 P J 1 4 0 4 1 0 0 ) ,   t h e   C h i n e s e   E d u c a t i o n   M i n i s t e r - R e t u r n e d   O v e r s e a   T a l e n t   I n i t i a t i v e   F u n d   ( 1 5 0 0 1 6 4 3 ) ,   a n d   t h e   S h a n g h a i   B o a r d   o f   E d u c a t i o n - S c i e n c e   I n n o v a t i o n   ( 1 5 Z Z 0 1 4 ) .   P u b l i c a t i o n   c o s t s   w e r e   f u n d e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   o f   C h i n a   ( N S F C   8 1 5 0 2 4 2 3 ) . 	 A a r o e   J ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 2 4 7 2 ;   A L T M A N   N S ,   1 9 9 2 ,   A M   S T A T ,   V 4 6 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 6 8 5 2 0 9 ;   B a l s s   J ,   2 0 0 8 ,   A C T A   N E U R O P A T H O L ,   V 1 1 6 ,   P 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 0 1 - 0 0 8 - 0 4 5 5 - 2 ;   B i s h o p   C .   M . ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ,   V 4 ;   B r o w n e   R P ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 4 ,   P 8 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 1 . 1 9 9 ;   C a i   Z P ,   2 0 0 6 ,   B I B E   2 0 0 6 :   S I X T H   I E E E   S Y M P O S I U M   O N   B I O I N F O R M A T I C S   A N D   B I O E N G I N E E R I N G ,   P R O C E E D I N G S ,   P 2 3 5 ;   C h i c c o   D . ,   2 0 1 4 ,   P   5   A C M   C   B I O I N F   C O M ,   P 5 3 3 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h o   J H ,   2 0 0 3 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 5 1 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 4 - 5 7 9 3 ( 0 3 ) 0 0 8 1 9 - 6 ;   C h o w   C K ,   2 0 0 9 ,   I E E E   I N T   C   B I O I N F   B I ,   P 1 9 7 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   D e F r a n c e s c o   L ,   2 0 1 2 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 0 ,   P 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 0 2 1 2 - 1 2 6 a ;   D e n g   L ,   2 0 1 4 ,   F D N   T R E N D S   S I G N A L   P R ,   V 7 ,   P 1 9 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 5 6 1 / 2 0 0 0 0 0 0 0 3 9 ;   D u d o i t   S ,   2 0 0 2 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 7 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 2 7 5 3 4 7 9 2 4 8 ;   F e u e r s t e i n   M i c h a e l ,   2 0 0 7 ,   J   C a n c e r   S u r v i v ,   V 1 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 6 4 - 0 0 6 - 0 0 0 2 - x ;   F o r b e s   S A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 8 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 7 5 ;   F r a n k e n   B ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 3 3 3 3 ;   G i r s h i c k   R ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 8 1 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G r e e n m a n   C ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 4 6 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 6 1 0 ;   G u d e m a n   J e n n i f e r ,   2 0 1 3 ,   D r u g s   R   D ,   V 1 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 4 0 2 6 8 - 0 1 3 - 0 0 0 5 - 9 ;   H a r r o w   J ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 5 3 5 0 . 1 1 1 ;   H a y e s   D F ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 3 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 4 4 8 1 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 7 6 4 7 ;   H u a n g   Z H ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 7 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 5 0 0 7 ;   K o b o l d t   D C ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 2 9 6 8 4 . 1 1 1 ;   K r i z h e v s k y   A ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R   I N F O R M   P R O C ,   V 2 0 1 2 ,   P 1 0 9 7 ;   K u r m a n   R J ,   2 0 0 8 ,   A M   J   O B S T E T   G Y N E C O L ,   V 1 9 8 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j o g . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 5 ;   L e C u n   Y . ,   1 9 8 9 ,   N e u r a l   C o m p u t a t i o n ,   V 1 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 1 9 8 9 . 1 . 4 . 5 4 1 ;   L o n g   J . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 1 1 4 0 3 8 ;   L o n g o   D L ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 6 ,   P 9 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M e 1 2 0 0 6 5 6 ;   M o s t a j a b i   M . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 1 2 0 7 7 4 ;   N a i r   V . ,   2 0 1 0 ,   P   2 7   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 8 0 7 ;   R e n n i e   J D ,   2 0 0 3 ,   T A C K L I N G   P O O R   A S S U M P ,   P 6 1 6 ;   S l e d g e   G W ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 1 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 1 . 0 1 6 ;   S l e i j f e r   S ,   2 0 0 7 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 3 ,   P 2 6 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 1 6 ;   S t e w a r t   B . ,   2 0 1 5 ,   W O R L D   C A N C   R E P O R T   2 0 ;   S u n   Y ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 8 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 2 4 4 ;   S u n   Y ,   2 0 1 3 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 3 . 4 4 6 ;   S z e g e d y   C ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 9 4 8 4 2 ;   T a o   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   p I 5 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 1 9 5 ;   T o m c z a k   K a t a r z y n a ,   2 0 1 5 ,   C o n t e m p   O n c o l   ( P o z n ) ,   V 1 9 ,   p A 6 8 ,   D O I   1 0 . 5 1 1 4 / w o . 2 0 1 4 . 4 7 1 3 6 ;   V e d a l d i   A . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 1 2 4 5 6 4 ;   W a n g   Q G ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   M E D ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g m 4 9 5 ;   W a t s o n   I R ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 4 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 5 3 9 ;   W i n n e p e n n i n c k x   V R ,   2 0 0 6 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 8 ,   P 4 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j j 1 0 3 ;   Y a n g   K ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 2 2 8 	 4 7 	 0 	 0 	 3 	 3 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 0 5 	 	 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 B M C   B i o i n f o r m a t i c s 	 D E C   2 3 	 2 0 1 6 	 1 7 	 	 	 1 7 	 	 	 	 	 4 7 6 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 6 - 1 3 3 4 - 9 	 	 1 4 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E J 5 R T 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 2 7 6 5 0 0 0 0 6 	 	 
 
 J 	 D u t t a ,   S ;   M a d a n ,   S ;   P a r i k h ,   H ;   S u n d a r ,   D 	 	 	 	 D u t t a ,   S h a y o n i ;   M a d a n ,   S p a n d a n ;   P a r i k h ,   H a r s h ;   S u n d a r ,   D u r a i 	 	 	 A n   e n s e m b l e   m i c r o   n e u r a l   n e t w o r k   a p p r o a c h   f o r   e l u c i d a t i n g   i n t e r a c t i o n s   b e t w e e n   z i n c   f i n g e r   p r o t e i n s   a n d   t h e i r   t a r g e t   D N A 	 B M C   G E N O M I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e ;   P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 1 5 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   O n   B i o i n f o r m a t i c s   ( I n C o B )   -   G e n o m i c s 	 S E P   2 1 - 2 3 ,   2 0 1 6 	 Q u e e n s t o w n ,   S I N G A P O R E 	 	 	 Z i n c   f i n g e r   p r o t e i n s ;   N e u r a l   n e t w o r k ;   S t a t i s t i c a l   s a m p l i n g ;   T a r g e t e d   g e n o m e   e d i t i n g ;   D o m a i n  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 a u t h o r ) ,   I n d i a n   I n s t   T e c h n o l   D e l h i ,   D e p t   B i o c h e m   E n g n   &   B i o t e c h n o l ,   D B T   A I S T   I n t   L a b   A d v   B i o m e d   D A I L A B ,   N e w   D e l h i   1 1 0 0 1 6 ,   I n d i a . 	 s u n d a r @ d b e b . i i t d . a c . i n 	 	 	 	 	 A h m a d   S ,   2 0 0 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 6 - 3 3 ;   A L T S C H U L   S F ,   1 9 9 0 ,   J   M O L   B I O L ,   V 2 1 5 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 1 9 9 0 . 9 9 9 9 ;   B a e   K H ,   2 0 0 3 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 1 ,   P 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 7 9 6 ;   B A K E R   J A ,   1 9 9 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 9 6 ,   P 8 1 7 ;   B h a r d w a j   N ,   2 0 0 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 3 ,   P 6 4 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k i 9 4 9 ;   B i s h o p   C .   M . ,   1 9 9 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   P A T T ;   B O O B B Y E R   D N A ,   1 9 8 9 ,   J   M E D   C H E M ,   V 3 2 ,   P 1 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 0 1 2 5 a 0 2 5 ;   B r a i n   D . ,   2 0 0 3 ,   L E A R N I N G   L A R G E   D A T A ;   C a r s o n   M B ,   2 0 1 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 8 ,   p W 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 3 6 1 ;   D u t t a   S ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 6 - S 1 2 - S 5 ;   E s w a r   N . ,   2 0 0 6 ,   C U R R   P R O T O C   B I O I N F O R ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 2 5 0 9 5 3 . B I 0 5 0 6 S 1 5 ;   F e r r a r i   S ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 6 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 0 4 . 8 3 6 2 3 3 ;   F i s e r   A ,   2 0 0 3 ,   M E T H O D   E N Z Y M O L ,   V 3 7 4 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 7 6 - 6 8 7 9 ( 0 3 ) 7 4 0 2 0 - 8 ;   F L O Y D   C E ,   1 9 9 4 ,   C A N C E R ,   V 7 4 ,   P 2 9 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 4 1 2 0 1 ) 7 4 : 1 1 < 2 9 4 4 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 7 4 1 1 0 9 > 3 . 0 . C O ; 2 - F ;   F r e e d m a n   D . ,   2 0 0 7 ,   S T A T I S T I C S ;   H A M M I N G   R W ,   1 9 5 0 ,   B E L L   S Y S T   T E C H   J ,   V 2 9 ,   P 1 4 7 ;   H o l m e s - D a v i s   R ,   2 0 0 5 ,   P L A N T   M O L   B I O L ,   V 5 7 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 0 3 - 0 0 4 - 7 8 2 0 - x ;   H w a n g   S ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 6 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 6 7 2 ;   I n g r a s s i a   S ,   2 0 0 5 ,   T E C H N O M E T R I C S ,   V 4 7 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 0 4 0 1 7 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 5 8 ;   I N T R A T O R   N ,   1 9 9 2 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 4 ,   P 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 1 9 9 2 . 4 . 1 . 9 8 ;   I s a l a n   M ,   2 0 0 1 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 1 9 ,   P 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 9 0 2 6 4 ;   J a m i e s o n   A C ,   1 9 9 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 3 ,   P 1 2 8 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 3 . 2 3 . 1 2 8 3 4 ;   J a y a k a n t h a n   M ,   2 0 0 9 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 0 - 4 2 1 ;   K i m   M S ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 1 2 1 4 ;   K l u g   A ,   2 0 1 0 ,   A N N U   R E V   B I O C H E M ,   V 7 9 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - b i o c h e m - 0 1 0 9 0 9 - 0 9 5 0 5 6 ;   K R E J C I E   R V ,   1 9 7 0 ,   E D U C   P S Y C H O L   M E A S ,   V 3 0 ,   P 6 0 7 ;   L a r k i n   M A ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 9 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 4 0 4 ;   L e r n e r   B ,   1 9 9 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 0 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 9 8 ) 0 0 1 2 0 - 2 ;   L o r d   P W ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 1 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t g 1 5 3 ;   M a e d e r   M L ,   2 0 0 9 ,   N A T   P R O T O C ,   V 4 ,   P 1 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 9 . 9 8 ;   M a n d   N P ,   2 0 1 2 ,   N O R C H I P   2 0 1 2 ,   V 2 0 1 2 ,   P 1 ;   M a n d e l l   J G ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   p W 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k l 2 0 9 ;   M A O   J C ,   1 9 9 5 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 6 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 3 6 3 4 6 7 ;   M c D o n a l d   I ,   1 9 9 3 ,   H B P L U S   C O M P U T E R   P R O G ;   M i t c h e l l   T .   M . ,   1 9 9 7 ,   M A C H   L E A R N ,   P 4 5 ;   M o l p a r i a   B h u v a n ,   2 0 1 0 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 8 ,   P 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 6 7 2 - 0 2 2 9 ( 1 0 ) 6 0 0 1 3 - 7 ;   N i m r o d   G ,   2 0 0 9 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 8 7 ,   P 1 0 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 2 3 ;   O f r a n   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   p I 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 1 7 4 ;   P a c e   C N ,   1 9 9 6 ,   F A S E B   J ,   V 1 0 ,   P 7 5 ;   P A V L E T I C H   N P ,   1 9 9 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 5 2 ,   P 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 0 2 8 2 5 6 ;   P e t t e r s e n   E F ,   2 0 0 4 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 2 5 ,   P 1 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 0 0 8 4 ;   P o l i k a r   R . ,   2 0 0 6 ,   I E E E   C i r c u i t s   a n d   S y s t e m s   M a g a z i n e ,   V 6 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M C A S . 2 0 0 6 . 1 6 8 8 1 9 9 ;   P O L L A R D   D ,   1 9 8 2 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 2 8 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 1 9 8 2 . 1 0 5 6 4 8 1 ;   P r o v o s t   F ,   1 9 9 9 ,   P   5   A C M   S I G K D D   I N T   C ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 3 1 2 1 2 9 . 3 1 2 1 8 8 ;   R e b a r   E J ,   2 0 0 2 ,   N A T   M E D ,   V 8 ,   P 1 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 7 9 5 ;   R O S E N B L A T T   F ,   1 9 5 8 ,   P S Y C H O L   R E V ,   V 6 5 ,   P 3 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / h 0 0 4 2 5 1 9 ;   R o y   S ,   2 0 1 0 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 0 ,   P 1 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 9 8 3 7 4 ;   S a n d e r   J D ,   2 0 0 8 ,   C H A R A C T E R I Z A T I O N   D E S ;   S a n d e r   J D ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p e 2 9 ;   S a n d e r   J D ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p W 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 3 4 9 ;   S c h a a l   T D ,   2 0 0 2 ,   G E N E T   E N G   P ,   V 2 4 ,   P 1 3 7 ;   S e g a l   D J ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 2 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 6 . 2 7 5 8 ;   S e t i o n o   R ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 8 ,   P 6 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 5 7 2 1 0 4 ;   S h a   F ,   2 0 1 2 ,   T U T O R I A L   I N T E R S P E E C H ,   V 1 2 ,   P 1 ;   S m i t h   J ,   1 9 9 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 7 ,   P 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 7 . 2 . 6 7 4 ;   S t a w i s k i   E W ,   2 0 0 3 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 2 6 ,   P 1 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 2 8 3 6 ( 0 3 ) 0 0 0 3 1 - 7 ;   T a r c a   A L ,   2 0 0 7 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 3 ,   P 9 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 0 0 3 0 1 1 6 ;   T i a n   W D ,   2 0 0 3 ,   J   M O L   B I O L ,   V 3 3 3 ,   P 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 0 3 . 0 8 . 0 5 7 ;   T j o n g   H ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   P 1 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 0 0 8 ;   V a n   E e n e n n a a m   A L ,   2 0 0 4 ,   M E T A B   E N G ,   V 6 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m b e n . 2 0 0 3 . 1 1 . 0 0 1 ;   W a t a n a b e   O ,   2 0 0 0 ,   I E I C E   T   I N F   S Y S T ,   V E 8 3 D ,   P 1 9 ;   W o l f e   S A ,   2 0 0 0 ,   A N N U   R E V   B I O P H   B I O M ,   V 2 9 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . b i o p h y s . 2 9 . 1 . 1 8 3 ;   W u   J S ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 5 8 3 ;   Y a n   C H ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 2 6 2 ;   Y u a n   J L ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 9 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 6 6 1 1 2 2 ;   Z a i n u d d i n   Z ,   2 0 0 8 ,   W S E A S   T   M A T H ,   V 6 ,   P 3 3 3 ;   Z h a n g   D . ,   2 0 1 3 ,   O N   S I T E   D E T E C T I O N   N U 	 6 7 	 1 	 1 	 3 	 3 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 6 4 	 	 	 B M C   G E N O M I C S 	 B M C   G e n o m i c s 	 D E C   2 2 	 2 0 1 6 	 1 7 	 	 	 1 3 	 	 	 	 	 1 0 3 3 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 6 - 3 3 2 3 - 9 	 	 1 1 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E J 5 S I 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 2 7 8 0 0 0 0 1 1 	 2 8 1 5 5 6 6 2 	 
 
 J 	 H u ,   Y L ;   H a s e ,   T ;   L i ,   H P ;   P r a b h a k a r ,   S ;   K i t a n o ,   H ;   N g ,   S K ;   G h o s h ,   S ;   W e e ,   L J K 	 	 	 	 H u ,   Y o n g l i ;   H a s e ,   T a k e s h i ;   L i ,   H u i   P e n g ;   P r a b h a k a r ,   S h y a m ;   K i t a n o ,   H i r o a k i ;   N g ,   S e e   K i o n g ;   G h o s h ,   S a m i k ;   W e e ,   L a w r e n c e   J i n   K i a t 	 	 	 A   m a c h i n e   l e a r n i n g   a p p r o a c h   f o r   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   k e y   m a r k e r s   i n v o l v e d   i n   b r a i n   d e v e l o p m e n t   f r o m   s i n g l e - c e l l   t r a n s c r i p t o m i c   d a t a 	 B M C   G E N O M I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e ;   P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 1 5 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   O n   B i o i n f o r m a t i c s   ( I n C o B )   -   G e n o m i c s 	 S E P   2 1 - 2 3 ,   2 0 1 6 	 Q u e e n s t o w n ,   S I N G A P O R E 	 	 	 S i n g l e - c e l l   R N A - s e q ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   N e t w o r k   r e c o n s t r u c t i o n ;   S y s t e m s   b i o l o g y 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   G E N E   R E G U L A T O R Y   N E T W O R K S ;   R N A - S E Q ;   E X P R E S S I O N   P R O F I L E S ;   R - P A C K A G E ;   I N F E R E N C E ;   M I C R O A R R A Y ;   H E T E R O G E N E I T Y ;   A L G O R I T H M ;   D I S C O V E R Y 	 B a c k g r o u n d :   T h e   a b i l i t y   t o   s e q u e n c e   t h e   t r a n s c r i p t o m e s   o f   s i n g l e   c e l l s   u s i n g   s i n g l e -   c e l l   R N A - s e q   s e q u e n c i n g   t e c h n o l o g i e s   p r e s e n t s   a   s h i f t   i n   t h e   s c i e n t i f i c   p a r a d i g m   w h e r e   s c i e n t i s t s ,   n o w ,   a r e   a b l e   t o   c o n c u r r e n t l y   i n v e s t i g a t e   t h e   c o m p l e x   b i o l o g y   o f   a  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 S h y a m ]   A S T A R ,   G e n o m e   I n s t   S i n g a p o r e ,   C o m p u t a t   &   S y s t   B i o l ,   6 0   B i o p o l i s   S t , G e n o m e , 0 2 - 0 1 ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 7 2 ,   S i n g a p o r e ;   [ H u ,   Y o n g l i ;   W e e ,   L a w r e n c e   J i n   K i a t ]   A S T A R ,   S y s t   B i o l   I n s t ,   S i n g a p o r e   N o d e   H o s t e d   I n s t   I n f o c o m m   R e s ,   S i n g a p o r e ,   S i n g a p o r e 	 H u ,   Y L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A S T A R ,   I n s t   I n f o c o m m   R e s ,   1   F u s i o n o p o l i s   W a y , 2 1 - 0 1   C o n n e x i s , S o u t h   T o w e r ,   S i n g a p o r e ,   S i n g a p o r e . ;   H u ,   Y L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A S T A R ,   S y s t   B i o l   I n s t ,   S i n g a p o r e   N o d e   H o s t e d   I n s t   I n f o c o m m   R e s ,   S i n g a p o r e ,   S i n g a p o r e . 	 h u y @ i 2 r . a - s t a r . e d u . s g 	 	 	 	 	 A h m a d   F K ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 5 ,   P 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 1 5 ;   A l t a y   G ,   2 0 1 0 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 4 - 1 3 2 ;   A l t a y   G ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 1 7 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 2 5 9 ;   B l e c h m a n   J ,   2 0 0 7 ,   D E V E L O P M E N T ,   V 1 3 4 ,   P 4 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / d e v . 0 1 1 2 6 2 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   B u r g e s   C J C ,   1 9 9 8 ,   D A T A   M I N   K N O W L   D I S C ,   V 2 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 9 7 1 5 9 2 3 5 5 5 ;   B u t t e   A J ,   2 0 0 0 ,   P A C   S   B I O C O M P U T ,   V 2 0 0 0 ,   P 4 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / 9 7 8 9 8 1 4 4 4 7 3 3 1 _ ;   C e s t a r e l l i   V ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 2 ,   P 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 6 3 5 ;   C h e n   L ,   2 0 1 1 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 5 - 1 6 1 ;   C h e n   Y C ,   2 0 0 7 ,   J   C E L L   B I O C H E M ,   V 1 0 0 ,   P 9 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c b . 2 1 0 7 9 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C l o o n a n   N ,   2 0 0 8 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 5 ,   P 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 2 2 3 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   d e   M a t o s   S R ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 3 6 2 4 ;   D u r i n c k   S ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 3 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 5 2 5 ;   F a i t h   J J ,   2 0 0 7 ,   P L O S   B I O L ,   V 5 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 0 0 5 0 0 0 8 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H a n z e l m a n n   S ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 7 ;   H a s e   T ,   2 0 1 3 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 3 3 6 1 ;   H a u r y   A C ,   2 0 1 2 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 6 - 1 4 5 ;   H o u   Y ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 5 ,   P 1 4 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 4 0 ;   H u y n h - T h u   V A ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 2 7 7 6 ;   J o h a n n e s   M ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 1 5 7 ;   K a j i   T ,   2 0 1 3 ,   F R O N T   B I O S C I - L A N D M R K ,   V 1 8 ,   P 7 4 0 ,   D O I   1 0 . 2 7 4 1 / 4 1 3 6 ;   K i m   D ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 3 - 1 4 - 4 - r 3 6 ;   K i m   K T ,   2 0 1 5 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 5 - 0 6 9 2 - 3 ;   K o d a m a   Y ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p D 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 8 5 4 ;   M a r b a c h   D ,   2 0 1 2 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 9 ,   P 7 9 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 0 1 6 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 0 1 6 ] ;   M a r g o l i n   A A ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - S 1 - S 7 ;   M A T T H E W S   B W ,   1 9 7 5 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 4 0 5 ,   P 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 5 - 2 7 9 5 ( 7 5 ) 9 0 1 0 9 - 9 ;   M e y e r   P E ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 4 6 1 ;   M e y e r   P E ,   2 0 0 7 ,   E U R A S I P   J   B I O I N F O R M A ,   V 2 0 0 7 ,   P 7 9 8 7 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 0 7 / 7 9 8 7 9 ;   M o r t a z a v i   A ,   2 0 0 8 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 5 ,   P 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 2 2 6 ;   N a g a l a k s h m i   U ,   2 0 1 0 ,   C U R R   P R O T O C   M O L   B I O L ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 1 4 2 7 2 7 . m b 0 4 1 1 s 8 9 ;   N a g a l a k s h m i   U ,   2 0 0 8 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 0 ,   P 1 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 5 8 4 4 1 ;   P o l l e n   A A ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 1 0 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 9 6 7 ;   R   C o r e   T e a m ,   2 0 1 5 ,   L A N G   E N V   S T A T   C O M P   V ;   R i t c h i e   M E ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 0 0 7 ;   S u b r a m a n i a n   A ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 5 8 0 1 0 2 ;   S u n d a r a m u r t h y   G ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 7 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 2 9 ;   S u z u k i   A ,   2 0 1 5 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 5 - 0 6 3 6 - y ;   S u z u k i   R ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 1 5 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 1 1 7 ;   T a m a d a   Y o s h i n o r i ,   2 0 1 1 ,   G e n o m e   I n f o r m ,   V 2 5 ,   P 4 0 ;   T r a p n e l l   C ,   2 0 1 0 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 8 ,   P 5 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 1 6 2 1 ;   T r e e r a t p i t u k   P ,   2 0 0 9 ,   J C D L   0 9 :   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   2 0 0 9   A C M / I E E E   J O I N T   C O N F E R E N C E   O N   D I G I T A L   L I B R A R I E S ,   P 3 9 ;   V i d a l   M ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 9 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 6 ;   W a r d e n   C D ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T A T I O N A L ,   V 2 ,   P 2 8 5 ;   W a r d e n   C D ,   2 0 1 3 ,   P E E R J ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 7 7 1 7 / p e e r j . 1 5 9 ;   W e e   L J K ,   2 0 1 0 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 1 - S 4 - S 2 1 ;   Y a o   F ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 8 2 1 3 ;   Z h a n g   X J ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 6 1 9 	 5 2 	 1 	 1 	 8 	 8 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 6 4 	 	 	 B M C   G E N O M I C S 	 B M C   G e n o m i c s 	 D E C   2 2 	 2 0 1 6 	 1 7 	 	 	 1 3 	 	 	 	 	 1 0 2 5 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 6 - 3 3 1 7 - 7 	 	 1 1 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E J 5 S I 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 2 7 8 0 0 0 0 0 4 	 2 8 1 5 5 6 5 7 	 
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 J 	 D o n g ,   C L ;   G u o ,   Y F ;   Y a n g ,   H ;   H e ,   Z Y ;   L i u ,   X M ;   W a n g ,   K 	 	 	 	 D o n g ,   C h e n g l i a n g ;   G u o ,   Y u n f e i ;   Y a n g ,   H u i ;   H e ,   Z e y u ;   L i u ,   X i a o m i n g ;   W a n g ,   K a i 	 	 	 i C A G E S :   i n t e g r a t e d   C A n c e r   G E n o m e   S c o r e   f o r   c o m p r e h e n s i v e l y   p r i o r i t i z i n g   d r i v e r   g e n e s   i n   p e r s o n a l   c a n c e r   g e n o m e s 	 G E N O M E   M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C a n c e r   g e n o m i c s ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   P r e c i s i o n   m e d i c i n e ;   P r e c i s i o n   o n c o l o g y ;   T C G A 	 H I G H - T H R O U G H P U T   A N N O T A T I O N ;   A M I N O - A C I D   S U B S T I T U T I O N S ;   L U N G   A D E N O C A R C I N O M A ;   M I S S E N S E   M U T A T I O N S ;   S O M A T I C   M U T A T I O N S ;   T U M O R   T Y P E S ;   F U N C T I O N A L   P R E D I C T I O N S ;   K R A S   M U T A T I O N S ;   D A T A   S E T S ;   V A R I A N T S 	 C a n c e r   r e s u l t s   f r o m   t h e   a c q u i s i t i o n   o f   s o m a t i c   d r i v e r   m u t a t i o n s .   S e v e r a l   c o m p u t a t i o n a l   t o o l s   c a n   p r e d i c t   d r i v e r   g e n e s   f r o m   p o p u l a t i o n - s c a l e   g e n o m i c   d a t a ,   b u t   t o o l s   f o r   a n a l y z i n g   p e r s o n a l   c a n c e r   g e n o m e s   a r e   u n d e r d e v e l o p e d .   H e r e   w e   d e v e l o p e d   i C A G E S ,   a   n o v e l   s t a t i s t i c a l   f r a m e w o r k   t h a t   i n f e r s   d r i v e r   v a r i a n t s   b y   i n t e g r a t i n g   c o n t r i b u t i o n s   f r o m   c o d i n g ,   n o n - c o d i n g ,   a n d   s t r u c t u r a l   v a r i a n t s ,   i d e n t i f i e s   d r i v e r   g e n e s   b y   c o m b i n i n g   g e n o m i c   i n f o r m a t i o n   a n d   p r i o r   b i o l o g i c a l   k n o w l e d g e ,   t h e n   g e n e r a t e s   p r i o r i t i z e d   d r u g   t r e a t m e n t .   A n a l y s i s   o n   T h e   C a n c e r   G e n o m e   A t l a s   ( T C G A )   d a t a   s h o w e d   t h a t   i C A G E S   p r e d i c t s   w h e t h e r   p a t i e n t s   r e s p o n d   t o   d r u g   t r e a t m e n t   ( P   =   0 . 0 0 6   b y   F i s h e r ' s   e x a c t   t e s t )   a n d   l o n g - t e r m   s u r v i v a l   ( P   =   0 . 0 0 3   f r o m   C o x   r e g r e s s i o n ) . 	 [ D o n g ,   C h e n g l i a n g ;   G u o ,   Y u n f e i ;   Y a n g ,   H u i ;   W a n g ,   K a i ]   U n i v   S o u t h e r n   C a l i f ,   Z i l k h a   N e u r o g e n e t   I n s t ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 8 9   U S A ;   [ D o n g ,   C h e n g l i a n g ;   G u o ,   Y u n f e i ]   U n i v   S o u t h e r n   C a l i f ,   D e p t   P r e v e n t   M e d ,   B i o s t a t   G r a d   P r o g r a m ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 8 9   U S A ;   [ Y a n g ,   H u i ]   U n i v   S o u t h e r n   C a l i f ,   N e u r o s c i   G r a d   P r o g r a m ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 8 9   U S A ;   [ H e ,   Z e y u ]   N Y U ,   D e p t   C o m p   S c i ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 1 2   U S A ;   [ L i u ,   X i a o m i n g ]   U n i v   T e x a s   H l t h   S c i   C t r   H o u s t o n ,   H u m a n   G e n e t   C t r ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A ;   [ L i u ,   X i a o m i n g ]   U n i v   T e x a s   H l t h   S c i   C t r   H o u s t o n ,   D i v   E p i d e m i o l   H u m a n   G e n e t   &   E n v i r o n m   S c i ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A ;   [ W a n g ,   K a i ]   C o l u m b i a   U n i v ,   I n s t   G e n o m   M e d ,   6 3 0   W   1 6 8 t h   S t , R o o m   1 1 - 4 5 1 ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 3 2   U S A 	 W a n g ,   K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S o u t h e r n   C a l i f ,   Z i l k h a   N e u r o g e n e t   I n s t ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 8 9   U S A . ;   W a n g ,   K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C o l u m b i a   U n i v ,   I n s t   G e n o m   M e d ,   6 3 0   W   1 6 8 t h   S t , R o o m   1 1 - 4 5 1 ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 3 2   U S A . 	 k w 2 7 0 1 @ c u m c . c o l u m b i a . e d u 	 	 	 N I H   [ H G 0 0 6 4 6 5 ,   M H 1 0 8 7 2 8 ] 	 T h i s   p r o j e c t   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   N I H   g r a n t s   H G 0 0 6 4 6 5   a n d   M H 1 0 8 7 2 8 . 	 A d z h u b e i   I ,   2 0 1 3 ,   C U R R   P R O T O C   H U M   G E N E ,   V 7 ,   P 2 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 1 4 2 9 0 5 . H G 0 7 2 0 S 7 6 ;   A d z h u b e i   I A ,   2 0 1 0 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 7 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h 0 4 1 0 - 2 4 8 ;   A l e x a n d r o v   L B ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 0 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 4 7 7 ;   A l t s h u l e r   D M ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 1 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 6 3 2 ;   A u e r   P L ,   2 0 1 2 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 1 ,   P 7 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 3 1 ;   B e r t r a n d   D ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 3 9 3 ;   C a r t e r   H ,   2 0 1 3 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 4 - S 3 - S 3 ;   C a r t e r   H ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 1 0 ,   P 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c b t . 1 0 . 6 . 1 2 5 3 7 ;   C a r t e r   H ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 9 ,   P 6 6 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 9 - 1 1 3 3 ;   C h a n g   X ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   G E N E T ,   V 4 9 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j m e d g e n e t - 2 0 1 2 - 1 0 0 9 1 8 ;   C h u n   S ,   2 0 0 9 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 9 ,   P 1 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 0 9 2 6 1 9 . 1 0 9 ;   C o n s o r t i u m   E P ,   2 0 0 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 6 ,   P 6 3 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I E N C E . 1 1 0 5 1 3 6 ;   C o o p e r   G M ,   2 0 0 5 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 3 5 7 7 4 0 5 ;   D a v y d o v   E V ,   2 0 1 0 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 1 0 2 5 ;   D e e s   N D ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 5 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 4 6 3 5 . 1 1 1 ;   D i n g   L ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 5 ,   P 1 0 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 4 2 3 ;   D o n g   C L ,   2 0 1 5 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 4 ,   P 2 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d u 7 3 3 ;   D u n h a m   I ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 9 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 2 4 7 ;   E l l i s   L M ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 8 ,   P 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 4 0 3 ;   F o r b e s   S A ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 8 0 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / N A R / G K U 1 0 7 5 ;   F o r b e s   S A ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p D 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 9 2 9 ;   F u   Y ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 4 - 0 4 8 0 - 5 ;   F u t r e a l   P A ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 2 9 9 ;   G a r b e r   M ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   p I 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 1 9 0 ;   G e e r   L Y ,   2 0 1 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 8 ,   p D 4 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 8 5 8 ;   G n a d   F ,   2 0 1 3 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 4 - S 3 - S 7 ;   G o n z a l e z - P e r e z   A ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 0 ,   P 1 0 8 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 6 4 2 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 6 4 2 ] ;   G r e e n m a n   C ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 4 6 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 6 1 0 ;   G r i f f i t h   M ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 0 ,   P 1 2 0 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 6 8 9 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 6 8 9 ] ;   H o u   J P ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   M E D ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 7 3 - 0 1 4 - 0 0 5 6 - 8 ;   I m i e l i n s k i   M ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 4 ,   P 1 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 7 2 7 6 3 ;   J a v e d   A ,   2 0 1 4 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 1 ,   P 9 3 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 0 4 6 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 0 4 6 ] ;   K a m i n k e r   J S ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p W 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 4 0 5 ;   K a n d o t h   C ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 2 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 6 3 4 ;   K a n e h i s a   M ,   2 0 0 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   p D 4 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 8 8 2 ;   K a n e h i s a   M ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p D 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 9 8 8 ;   K i m   T M ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 3 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 4 0 3 0 1 . 1 1 2 ;   K i r c h e r   M ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 8 9 2 ;   K u m a r   P ,   2 0 0 9 ,   N A T   P R O T O C ,   V 4 ,   P 1 0 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 9 . 8 6 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 9 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 2 1 3 ;   L i   H ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C H E M   E N G ,   V 2 0 1 4 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / V L S I C . 2 0 1 4 . 6 8 5 8 3 9 9 ;   L i   H ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 7 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 6 7 1 ;   L i u   X M ,   2 0 1 3 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 4 ,   p E 2 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 2 3 7 6 ;   L i u   X M ,   2 0 1 1 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 2 ,   P 8 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 1 5 1 7 ;   L o v l y   C h r i s t i n e   M ,   2 0 1 4 ,   N a t   M e d ,   V 2 0 ,   P 1 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 3 6 6 7 ;   M a r k s   J L ,   2 0 0 8 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 3 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 6 0 c 6 0 7 ;   M a r t e l o t t o   L G ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 4 - 0 4 8 4 - 1 ;   M e r l o   L M F ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 9 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 0 1 3 ;   D a v i d   M e y e r   E D ,   2 0 1 4 ,   P A C K A G E   E 1 0 7 1 ;   M e y e r s o n   M ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 1 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 8 4 1 ;   N g   S ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   p I 6 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 4 0 2 ;   R e i m a n d   J ,   2 0 1 3 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 1 2 . 6 8 ;   R e v a   B ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p E 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 4 0 7 ;   R i e l y   G J ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 5 7 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 0 6 4 6 ;   X a v i e r   R o b i n   N T ,   2 0 1 4 ,   P A C K A G E   P R O C ;   R u b i o - P e r e z   C ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 7 ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c e l l . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 7 ;   S a n t a r i u s   T ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 0 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 7 7 1 ;   S c h w a r z   J M ,   2 0 1 0 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 7 ,   P 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h 0 8 1 0 - 5 7 5 ;   S h i h a b   H A ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 1 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 1 8 2 ;   S h i h a b   H A ,   2 0 1 3 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 4 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 2 2 2 5 ;   T o b i a s   S i n g   O S ,   2 0 1 3 ,   P A C K A G E   R O C R ;   S t e p h e n s   P J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 6 ,   P 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 1 7 ;   S t r a t t o n   M R ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 8 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 9 4 3 ;   U n i P r o t   C o n s o r t i u m ,   2 0 1 4 ,   N u c l e i c   A c i d s   R e s ,   V 4 2 ,   p D 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 1 4 0 ;   V o g e l s t e i n   B ,   2 0 1 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 9 ,   P 1 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 5 1 2 2 ;   W a g l e   N ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 4 ,   P 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 3 - 0 3 5 3 ;   W a n g   K ,   2 0 1 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 6 0 3 ;   W a n g   Y L ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p D 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 1 1 3 2 ;   W a n g   Y L ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   p W 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 4 5 6 ;   W e i r   B A ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 5 0 ,   P 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 6 3 5 8 ;   W u   C H ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   p D 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k j 1 6 1 ;   Y a n g   H ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 8 4 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 4 8 4 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 3 4 8 4 ] ;   Y o u n   A ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 6 3 0 ;   Y u a n   Y ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 6 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 9 4 0 ;   Z e n d e r   L ,   2 0 0 6 ,   C E L L ,   V 1 2 5 ,   P 1 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 3 0 ;   Z h a n g   X ,   2 0 1 4 ,   D I S C O V   M E D ,   V 1 8 ,   P 3 0 1 ;   Z h a o   M ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 9 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 9 3 7 ;   Z h u   Y T ,   2 0 1 4 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 1 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 9 5 6 ;   Z o o k   J M ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 8 3 5 	 7 9 	 1 	 1 	 9 	 9 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 5 6 - 9 9 4 X 	 	 	 G E N O M E   M E D 	 G e n o m e   M e d . 	 D E C   2 2 	 2 0 1 6 	 8 	 	 	 	 	 	 	 	 1 3 5 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 7 3 - 0 1 6 - 0 3 9 0 - 0 	 	 2 2 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E F 4 G Y 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 2 8 4 4 0 0 0 0 1 	 2 8 0 0 7 0 2 4 	 
 
 J 	 C h o ,   H ;   B e r g e r ,   B ;   P e n g ,   J 	 	 	 	 C h o ,   H y u n g h o o n ;   B e r g e r ,   B o n n i e ;   P e n g ,   J i a n 	 	 	 C o m p a c t   I n t e g r a t i o n   o f   M u l t i - N e t w o r k   T o p o l o g y   f o r   F u n c t i o n a l   A n a l y s i s   o f   G e n e s 	 C E L L   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 P R O T E I N - I N T E R A C T I O N   N E T W O R K S ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   P R E D I C T I O N ;   C E N T R A L I T Y ;   A S S O C I A T I O N ;   A N N O T A T I O N ;   A L G O R I T H M ;   D I S C O V E R Y ;   O N T O L O G Y ;   C A N C E R 	 T h e   t o p o l o g i c a l   l a n d s c a p e   o f   m o l e c u l a r   o r   f u n c t i o n a l   i n t e r a c t i o n   n e t w o r k s   p r o v i d e s   a   r i c h   s o u r c e   o f   i n f o r m a t i o n   f o r   i n f e r r i n g   f u n c t i o n a l   p a t t e r n s   o f   g e n e s   o r   p r o t e i n s .   H o w e v e r ,   a   p r e s s i n g   y e t - u n s o l v e d   c h a l l e n g e   i s   h o w   t o   c o m b i n e   m u l t i p l e   h e t e r o g e n e o u s   n e t w o r k s ,   e a c h   h a v i n g   d i f f e r e n t   c o n n e c t i v i t y   p a t t e r n s ,   t o   a c h i e v e   m o r e   a c c u r a t e   i n f e r e n c e .   H e r e ,   w e   d e s c r i b e   t h e   M a s h u p   f r a m e w o r k   f o r   s c a l a b l e   a n d   r o b u s t   n e t w o r k   i n t e g r a t i o n .   I n   M a s h u p ,   t h e   d i f f u s i o n   i n   e a c h   n e t w o r k   i s   f i r s t   a n a l y z e d   t o   c h a r a c t e r i z e   t h e   t o p o l o g i c a l   c o n t e x t   o f   e a c h   n o d e .   N e x t ,   t h e   h i g h - d i m e n s i o n a l   t o p o l o g i c a l   p a t t e r n s   i n   i n d i v i d u a l   n e t w o r k s   a r e   c a n o n i c a l l y   r e p r e s e n t e d   u s i n g   l o w d i m e n s i o n a l   v e c t o r s ,   o n e   p e r   g e n e   o r   p r o t e i n .   T h e s e   v e c t o r s   c a n   t h e n   b e   p l u g g e d   i n t o   o f f - t h e - s h e l f   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d s   t o   d e r i v e   f u n c t i o n a l   i n s i g h t s   a b o u t   g e n e s   o r   p r o t e i n s .   W e   p r e s e n t   t o o l s   b a s e d   o n   M a s h u p   t h a t   a c h i e v e   s t a t e - o f - t h e - a r t   p e r f o r m a n c e   i n   t h r e e   d i v e r s e   f u n c t i o n a l   i n f e r e n c e   t a s k s :   p r o t e i n   f u n c t i o n   p r e d i c t i o n ,   g e n e   o n t o l o g y   r e c o n s t r u c t i o n ,   a n d   g e n e t i c   i n t e r a c t i o n   p r e d i c t i o n .   M a s h u p   e n a b l e s   d e e p e r   i n s i g h t s   i n t o   t h e   s t r u c t u r e   o f   r a p i d l y   a c c u m u l a t i n g   a n d   d i v e r s e   b i o l o g i c a l   n e t w o r k   d a t a   a n d   c a n   b e   b r o a d l y   a p p l i e d   t o   o t h e r   n e t w o r k   s c i e n c e   d o m a i n s . 	 [ C h o ,   H y u n g h o o n ;   B e r g e r ,   B o n n i e ;   P e n g ,   J i a n ]   M I T ,   C o m p   S c i   &   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e   L a b ,   7 7   M a s s a c h u s e t t s   A v e ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A ;   [ B e r g e r ,   B o n n i e ]   M I T ,   D e p t   M a t h ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A ;   [ P e n g ,   J i a n ]   U n i v   I l l i n o i s ,   D e p t   C o m p   S c i ,   C h a m p a i g n ,   I L   6 1 8 0 1   U S A 	 B e r g e r ,   B ;   P e n g ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M I T ,   C o m p   S c i   &   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e   L a b ,   7 7   M a s s a c h u s e t t s   A v e ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A . ;   B e r g e r ,   B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M I T ,   D e p t   M a t h ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A . ;   P e n g ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   I l l i n o i s ,   D e p t   C o m p   S c i ,   C h a m p a i g n ,   I L   6 1 8 0 1   U S A . 	 b a b @ m i t . e d u ;   j i a n p e n g @ i l l i n o i s . e d u 	 	 	 N I H   [ R 0 1 G M 0 8 1 8 7 1 ] 	 A   t w o - p a g e   a b s t r a c t   o f   a n   e a r l i e r   v e r s i o n   o f   t h i s   w o r k   a p p e a r e d   i n   R E C O M B   2 0 1 5 .   T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   N I H   g r a n t   R 0 1 G M 0 8 1 8 7 1 . 	 A s h b u r n e r   M ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 5 ,   P 2 5 ;   B E A U C H A M P   M A ,   1 9 6 5 ,   B E H A V   S C I ,   V 1 0 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b s . 3 8 3 0 1 0 0 2 0 5 ;   B E N J A M I N I   Y ,   1 9 9 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 7 ,   P 2 8 9 ;   B e r g e r   B ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 4 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 4 3 3 ;   B O N A C I C H   P ,   1 9 7 2 ,   J   M A T H   S O C I O L ,   V 2 ,   P 1 1 3 ;   B r a n d e s   U ,   2 0 0 1 ,   J   M A T H   S O C I O L ,   V 2 5 ,   P 1 6 3 ;   B r a n d e s   U . ,   2 0 0 5 ,   P   2 2   S   T H E O R   A S P   C O M ,   P 5 3 3 ;   C a o   M F ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 2 6 3 ;   C h a n   D A ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 0 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 3 3 7 4 ;   C h e n g   F X ,   2 0 1 2 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 2 5 0 3 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C l a r k   W T ,   2 0 1 1 ,   P R O T E I N S ,   V 7 9 ,   P 2 0 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 3 0 2 9 ;   C o s t a n z o   M ,   2 0 1 0 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 7 ,   P 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 8 0 8 2 3 ;   D a v i s   J ,   2 0 0 6 ,   P   2 3   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 2 3 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 1 4 3 8 4 4 . 1 1 4 3 8 7 4 ;   D u t k o w s k i   J ,   2 0 1 3 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 1 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 4 6 3 ;   E n a u l t   F ,   2 0 0 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 6 - 2 4 7 ;   F r a n c e s c h i n i   A ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 8 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 0 9 4 ;   F R E E M A N   L C ,   1 9 7 7 ,   S O C I O M E T R Y ,   V 4 0 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 3 0 3 3 5 4 3 ;   G a r n e t t   M J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 5 ;   G a u d e t   P ,   2 0 1 1 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 2 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b r 0 4 2 ;   H u t t e n h o w e r   C ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 2 8 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / i n f o r m a t i c s / b t l 4 9 2 ;   J e r b y - A r n o n   L ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 8 ,   P 1 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 2 7 ;   K i m   H . ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 7 3 1 ;   K r a m e r   M ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 2 8 2 ;   L e e   I ,   2 0 1 1 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 1 ,   P 1 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 1 8 9 9 2 . 1 1 0 ;   L i a o   C S ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   p I 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 2 0 3 ;   L i n   H T ,   2 0 0 7 ,   M A C H   L E A R N ,   V 6 8 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 7 - 5 0 1 8 - 6 ;   M a c r o p o l   K ,   2 0 0 9 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 0 - 2 8 3 ;   M i k o l o v   T ,   2 0 1 3 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 3 1 1 1 ;   M i l e n k o v i c   T i j a n a ,   2 0 0 8 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 6 ,   P 2 5 7 ;   M i l e n k o v i c   T i j a n a ,   2 0 1 0 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 9 ,   P 1 2 1 ;   M o s t a f a v i   S ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 1 9 4 7 ;   M o s t a f a v i   S ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 1 7 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 2 6 2 ;   M o s t a f a v i   S ,   2 0 0 8 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 8 - 9 - s 1 - s 4 ;   N e p u s z   T ,   2 0 1 2 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 9 ,   P 4 7 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 9 3 8 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 9 3 8 ] ;   P a g e   L ,   1 9 9 9 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ,   D O I   1 0 . 1 . 1 . 3 1 . 1 7 6 8 ;   P a l   D ,   2 0 0 5 ,   S T R U C T U R E ,   V 1 3 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t r . 2 0 0 4 . 1 0 . 0 1 5 ;   P a l a d u g u   S R ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 4 2 6 ;   P a n d e y   G ,   2 0 1 0 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 9 2 8 ;   P a r k   Y ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - S 1 - S 4 4 ;   P e d r e g o s a   F ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 8 2 5 ;   P l a t t   J ,   1 9 9 9 ,   A D V   L A R G E   M A R G I N   C L A ,   V 1 0 ,   P 6 1 ;   P l o   I ,   2 0 0 3 ,   D N A   R E P A I R ,   V 2 ,   P 1 0 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 6 8 - 7 8 6 4 ( 0 3 ) 0 0 1 1 6 - 2 ;   R a d i v o j a c   P ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 0 ,   P 2 2 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 3 4 0 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 3 4 0 ] ;   R u e p p   A ,   2 0 0 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 2 ,   P 5 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k h 8 9 4 ;   S c h w i k o w s k i   B ,   2 0 0 0 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 1 8 ,   P 1 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 8 2 3 6 0 ;   S i n g h   R ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 1 2 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 6 6 2 7 1 0 5 ;   S n e a t h   P H A ,   1 9 7 3 ,   N U M E R I C A L   T A X O N O M Y ;   S T E P H E N S O N   K ,   1 9 8 9 ,   S O C   N E T W O R K S ,   V 1 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 7 8 - 8 7 3 3 ( 8 9 ) 9 0 0 1 6 - 6 ;   T o n g   H H ,   2 0 0 6 ,   I E E E   D A T A   M I N I N G ,   P 6 1 3 ;   W a n g   P I ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 2 - 1 3 - 1 2 - r 1 2 5 ;   W a n g   S ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 2 6 0 ;   W a t t s   D J ,   1 9 9 8 ,   N A T U R E ,   V 3 9 3 ,   P 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 0 9 1 8 ;   W o n g   A K ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p W 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 4 8 6 ;   W o n g   S L ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 1 5 6 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 6 6 1 4 1 0 1 ;   X u   W ,   2 0 1 4 ,   C E L L   D E A T H   D I S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d i s . 2 0 1 4 . 2 7 ;   Y u   D o n g h y e o n ,   2 0 1 3 ,   G e n o m i c s   &   I n f o r m a t i c s ,   V 1 1 ,   P 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 5 8 0 8 / G I . 2 0 1 3 . 1 1 . 4 . 2 0 0 ;   Y u   M K ,   2 0 1 6 ,   C E L L   S Y S T ,   V 2 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l s . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 3 ;   Z h u   C Y ,   1 9 9 7 ,   A C M   T   M A T H   S O F T W A R E ,   V 2 3 ,   P 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 7 9 2 3 2 . 2 7 9 2 3 6 ;   Z i t n i k   M ,   2 0 1 5 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 4 5 5 2 ;   Z i t n i k   M ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 7 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 4 . 2 3 4 3 9 7 3 ;   Z h a n g   A . ,   2 0 1 0 ,   U . S .   p a t e n t ,   P a t e n t   N o .   [ 7 , 8 0 8 , 9 2 1 ,   7 8 0 8 9 2 1 ] 	 6 2 	 0 	 0 	 1 	 1 	 C E L L   P R E S S 	 C A M B R I D G E 	 6 0 0   T E C H N O L O G Y   S Q U A R E ,   5 T H   F L O O R ,   C A M B R I D G E ,   M A   0 2 1 3 9   U S A 	 2 4 0 5 - 4 7 1 2 	 2 4 0 5 - 4 7 2 0 	 	 C E L L   S Y S T 	 C e l l   S y s t . 	 D E C   2 1 	 2 0 1 6 	 3 	 6 	 	 	 	 	 5 4 0 	 + 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l s . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 1 7 	 	 1 4 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E N 1 P R 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 7 8 2 8 0 0 0 0 9 	 2 7 8 8 9 5 3 6 	 
 
 J 	 L i a o ,   Z J ;   W a n g ,   X R ;   Z e n g ,   Y T ;   Z o u ,   Q 	 	 	 	 L i a o ,   Z h i j u n ;   W a n g ,   X i n r u i ;   Z e n g ,   Y e t i n g ;   Z o u ,   Q u a n 	 	 	 I d e n t i f i c a t i o n   o f   D E P   d o m a i n - c o n t a i n i n g   p r o t e i n s   b y   a   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d   a n d   e x p e r i m e n t a l   a n a l y s i s   o f   t h e i r   e x p r e s s i o n   i n   h u m a n   H C C   t i s s u e s 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 P S E U D O   N U C L E O T I D E   C O M P O S I T I O N ;   F A M I L I A L   F O C A L   E P I L E P S Y ;   I N - S I L I C O   A N A L Y S I S ;   H E P A T O C E L L U L A R - C A R C I N O M A ;   C A N C E R   C E L L S ;   W E B   S E R V E R ;   G E N E - E X P R E S S I O N ;   B L A D D E R - C A N C E R ;   N E R V O U S - S Y S T E M ;   U P - R E G U L A T I O N 	 T h e  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 U n i v ,   S c h   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   T i a n j i n   3 0 0 3 5 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   X i n r u i ]   S h a n g h a i   J i a o   T o n g   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   M e d   G e n o m ,   S h a n g h a i   I n s t   H e m a t o l ,   R u i   J i n   H o s p , S c h   M e d ,   S h a n g h a i   2 0 0 0 2 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z e n g ,   Y e t i n g ]   D o n g f a n g   H o s p ,   D e p t   P a t h o l ,   F u z h o u   3 5 0 0 2 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z o u ,   Q u a n ]   N a n k a i   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   M e d   C h e m   B i o l ,   T i a n j i n   3 0 0 0 7 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i a o ,   Z J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u j i a n   M e d   U n i v ,   S c h   B a s i c   M e d   S c i ,   D e p t   B i o c h e m   &   M o l   B i o l ,   F u z h o u   3 5 0 1 2 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   L i a o ,   Z J ;   Z o u ,   Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T i a n j i n   U n i v ,   S c h   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   T i a n j i n   3 0 0 3 5 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 l i a o z j 1 0 0 @ 1 6 3 . c o m ;   z o u q u a n @ n c l a b . n e t 	 	 	 N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   o f   C h i n a   [ 2 0 1 6 J 0 1 1 5 2 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 3 7 0 0 1 0 ,   6 1 5 7 3 2 3 5 ,   6 1 2 7 2 3 1 5 ,   6 1 3 0 2 1 3 9 ] 	 T h e   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   o f   C h i n a   ( N o .   2 0 1 6 J 0 1 1 5 2 ) ,   a n d   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o .   6 1 3 7 0 0 1 0 ,   N o .   6 1 5 7 3 2 3 5 ,   N o .   6 1 2 7 2 3 1 5 ,   N o .   6 1 3 0 2 1 3 9 ) . 	 A h l e r s   K E ,   2 0 1 6 ,   A A P S   J ,   V 1 8 ,   P 5 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 8 / s 1 2 2 4 8 - 0 1 6 - 9 8 9 9 - 9 ;   B a i l e y   T L ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p W 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 4 1 6 ;   B a n d e r a s   A ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 4 ,   P 1 6 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 4 0 8 1 6 9 0 1 ;   B a u l a c   S ,   2 0 1 5 ,   A N N   N E U R O L ,   V 7 7 ,   P 6 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a n a . 2 4 3 6 8 ;   B a u l a c   S ,   2 0 1 4 ,   P R O G   B R A I N   R E S ,   V 2 1 3 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / B 9 7 8 - 0 - 4 4 4 - 6 3 3 2 6 - 2 . 0 0 0 0 7 - 7 ;   C   e l e g a n s   S e q u e n c i n g   C o n s o r t i u m ,   1 9 9 8 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 2 ,   P 2 0 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 2 . 5 3 9 6 . 2 0 1 2 ;   C a l l o n i   R ,   2 0 1 3 ,   S T E M   C E L L S   D E V ,   V 2 2 ,   P 1 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / s c d . 2 0 1 2 . 0 6 3 7 ;   C a r o - G o m e z   M A ,   2 0 1 3 ,   E P I L E P T I C   D I S O R D ,   V 1 5 ,   P 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 6 8 4 / e p d . 2 0 1 3 . 0 5 7 0 ;   C a r v i l l   G e m m a   L ,   2 0 1 5 ,   N e u r o l   G e n e t ,   V 1 ,   p e 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 2 / N X G . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 ;   C h e n   K H ,   2 0 1 6 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 5 - 0 3 6 7 - 3 ;   C h e n   W ,   2 0 1 6 ,   M O L   T H E R - N U C L   A C I D S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m t n a . 2 0 1 6 . 3 7 ;   C h e n   W ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 1 0 8 0 ;   C h e n   W ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 1 6 8 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 7 8 1 5 ;   C h e n   W ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 4 9 0 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 2 1 ;   C o l a k   D ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 3 2 0 4 ;   C o r d o v a - P a l o m e r a   A ,   2 0 1 5 ,   E U R   P S Y C H I A T ,   V 3 0 ,   P 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r p s y . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 1 ;   C o r o m i n a s - F a j a   B ,   2 0 1 3 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 1 2 ,   P 3 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 2 6 1 7 3 ;   D '   A n d r e a   E L ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 6 0 6 2 ;   D a m e r i l l   I ,   2 0 1 6 ,   M O L   E N D O C R I N O L ,   V 3 0 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / m e . 2 0 1 5 - 1 1 9 4 ;   D e n n i n g   D P ,   2 0 1 4 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 6 ,   P 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 3 0 1 2 ;   D e r i b e   Y L ,   2 0 1 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 3 ,   p E 1 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 1 3 8 0 1 1 1 3 ;   D i b b e n s   L M ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 5 9 9 ;   D i b b l e   C C ,   2 0 1 5 ,   T R E N D S   C E L L   B I O L ,   V 2 5 ,   P 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t c b . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 2 ;   F r a n k   E ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 2 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 2 6 1 ;   G h o s h   A P ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   V 6 ,   P 1 7 8 9 5 ;   G i r i r a j a n   S ,   2 0 0 9 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 9 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 0 8 6 0 4 1 . 1 0 8 ;   H a r a d a   Y ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 0 ,   P 5 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 0 - 0 2 5 5 ;   H a w t h o r n e   F ,   2 0 1 3 ,   I N V E S T   O P H T H   V I S   S C I ,   V 5 4 ,   P 2 0 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 7 / i o v s . 1 2 - 1 1 1 0 2 ;   H e   S J ,   2 0 1 6 ,   O N C O L   L E T T ,   V 1 1 ,   P 2 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o l . 2 0 1 6 . 4 1 6 4 ;   H u a n g   Y ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 6 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 0 0 3 ;   J i a n g   X M ,   2 0 1 5 ,   M O L   C E L L ,   V 5 8 ,   P 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 1 5 ;   K a n e h i r a   M ,   2 0 0 7 ,   O N C O G E N E ,   V 2 6 ,   P 6 4 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 1 0 4 6 6 ;   K a t o h   K ,   2 0 1 3 ,   M O L   B I O L   E V O L ,   V 3 0 ,   P 7 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / m o l b e v / m s t 0 1 0 ;   K h a r r a t   A ,   1 9 9 8 ,   B B A - P R O T E I N   S T R U C T   M ,   V 1 3 8 5 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 4 8 3 8 ( 9 8 ) 0 0 0 4 1 - 7 ;   K i r c h b e r g e r   P C ,   2 0 1 4 ,   M O L   P H Y L O G E N E T   E V O L ,   V 7 0 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m p e v . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 0 5 ;   K i r s c h b a u m   A . ,   2 0 1 6 ,   T H O R A C I C   C A R D I O V A S C U ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 6 - 1 5 8 4 9 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / S - 0 0 3 6 - 1 5 8 4 9 5 1 ] ;   K o b a y a s h i   M ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 6 2 7 1 ;   K u m a r   S ,   2 0 1 5 ,   I N T E R D I S C I P   S C I ,   V 7 ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 3 9 - 0 1 5 - 0 2 7 1 - z ;   K u m a r i   P ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 5 6 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 8 ;   L a r k i n   M A ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 9 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 4 0 4 ;   L i   J ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 8 5 6 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 8 5 6 3 2 5 ] ;   L i   W Z ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p W 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 2 7 9 ;   L i a o   Z . ,   2 0 1 6 ,   I N T E R D I S C I P L I N A R Y   S C ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 5 3 9 - 0 1 6 - 0 1 6 2 - y ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 2 5 3 9 - 0 1 6 - 0 1 6 2 - Y ] ;   L i a o   Z J ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 6 / 2 3 7 5 2 6 8 ;   L i a o   Z J ,   2 0 1 6 ,   S C I E N T I F I C A ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 6 / 8 3 0 9 2 5 3 ;   L i n   C L ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 8 7 7 6 ,   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 4 4 3 0 ] ;   L i n   H ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   P 1 2 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 1 9 ;   L i u   B . ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t w 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / B I O I N F O R M A T I C S / B T W 5 3 9 ] ;   L i u   B ,   2 0 1 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 2 ,   P 2 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t w 1 8 6 ;   L i u   B ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p W 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 4 5 8 ;   L i u   B ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 1 5 0 1 ;   L i u   B ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 6 6 9 1 ;   L i u   B ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 4 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 7 0 9 ;   L i u   N B ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T S   T H E R ,   V 8 ,   P 3 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / O T T . S 9 2 8 6 2 ;   L y o n s   P J ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 2 9 6 7 ;   M a   N ,   2 0 1 4 ,   J   V I R A L   H E P A T I T I S ,   V 2 1 ,   p E 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j v h . 1 2 2 3 5 ;   M a r c h e s i   S ,   2 0 1 4 ,   D E V   C E L L ,   V 3 1 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d e v c e l . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 9 ;   H e r r e r a - I b a t a   D M ,   2 0 1 5 ,   B I O S Y S T E M S ,   V 1 3 2 ,   P 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s y s t e m s . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 7 ;   M e n s e   S M ,   2 0 1 5 ,   S C I   S I G N A L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i s i g n a l . 2 0 0 5 8 4 0 ;   M i   Y ,   2 0 1 5 ,   B M B   R E P ,   V 4 8 ,   P 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 5 4 8 3 / B M B R e p . 2 0 1 5 . 4 8 . 7 . 0 3 6 ;   M i k i   D ,   2 0 1 1 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 3 ,   P 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 8 7 6 ;   M i y a t a   Y ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   B I O M A R K ,   V 1 5 ,   P 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / C B M - 1 5 0 5 2 1 ;   M o t o m u r a   T ,   2 0 1 2 ,   H P B   S U R G ,   V 2 0 1 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 1 8 5 4 9 6 ;   N a g a h a t a   T ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   S C I ,   V 9 4 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 0 3 . t b 0 1 4 7 5 . x ;   N a s c i m e n t o   F a b i o   A ,   2 0 1 5 ,   N e u r o l   G e n e t ,   V 1 ,   p e 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 2 / N X G . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 8 ;   O b a r a   W ,   2 0 1 2 ,   J P N   J   C L I N   O N C O L ,   V 4 2 ,   P 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j j c o / h y s 0 6 9 ;   O k a y a m a   H ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 1 4 0 3 ;   P a n d e y   R ,   2 0 1 4 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 5 - 1 0 2 4 ;   P a r v a n i   J G ,   2 0 1 5 ,   N E O P L A S I A ,   V 1 7 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e o . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 3 ;   P i p p u c c i   T o m m a s o ,   2 0 1 5 ,   N e u r o l   G e n e t ,   V 1 ,   p e 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 2 / N X G . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 ;   R a v a c c i   G R ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 8 3 8 6 5 2 ;   S c h u l t e n   H J ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 6 - S 1 - S 7 ;   S e a b r a   C M ,   2 0 1 4 ,   R E P R O D   B I O M E D   O N L I N E ,   V 2 9 ,   P 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r b m o . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 1 7 ;   S e n d o e l   A ,   2 0 1 4 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 6 ,   P 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 3 0 1 0 ;   S u   Y F ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   S C I ,   V 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 2 9 - 0 1 4 - 0 0 6 7 - 1 ;   T a m u r a   K ,   2 0 1 3 ,   M O L   B I O L   E V O L ,   V 3 0 ,   P 2 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / m o l b e v / m s t 1 9 7 ;   T a n g   H ,   2 0 1 6 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 7 7 ,   P 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 3 5 ;   T A Y O U   J ,   2 0 1 6 ,   T H E   J O U R N A L   O F   B I O L O ,   V 2 9 1 ,   P 9 1 3 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / J B C . M 1 1 5 . 6 9 4 0 7 5 ;   T i a n   Y ,   2 0 1 6 ,   N U T R I E N T S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / n u 8 0 5 0 2 6 1 ;   T r i f o n o v   S ,   2 0 1 0 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 3 9 8 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 0 . 0 5 . 1 6 2 ;   U n i P r o t   C o n s o r t i u m ,   2 0 1 5 ,   N u c l e i c   A c i d s   R e s ,   V 4 3 ,   p D 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 9 8 9 ;   W a n g   Z W ,   2 0 1 2 ,   N E O P L A S I A ,   V 1 4 ,   P 3 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / n e o . 1 2 5 4 2 ;   W e i   L Y ,   2 0 1 6 ,   C O M B   C H E M   H I G H   T   S C R ,   V 1 9 ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 6 2 0 7 3 1 9 6 6 6 1 5 1 1 1 0 1 2 2 6 2 1 ;   W i h a r t o   W ,   2 0 1 6 ,   H E A L T H C   I N F O R M   R E S ,   V 2 2 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 4 2 5 8 / h i r . 2 0 1 6 . 2 2 . 1 . 3 0 ;   W o n g   H C ,   2 0 0 0 ,   N A T   S T R U C T   B I O L ,   V 7 ,   P 1 1 7 8 ;   W u   D ,   2 0 1 5 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 3 3 3 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x c r . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 8 ;   Y a o   F ,   2 0 1 6 ,   A C T A   P H A R M A C O L   S I N   B ,   V 6 ,   P 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a p s b . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 0 9 ;   Y e n   C H ,   2 0 1 2 ,   M O L   M E D ,   V 1 8 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 2 1 1 9 / m o l m e d . 2 0 1 1 . 0 0 3 3 1 ;   Y u a n   S G ,   2 0 1 4 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 5 ,   P 1 0 9 1 7 ,   D O I   1 0 . 7 3 1 4 / A P J C P . 2 0 1 4 . 1 5 . 2 4 . 1 0 9 1 7 ;   Y u a n y u a n   S h a n ,   2 0 1 5 ,   J   A s s i s t   R e p r o d   G e n e t ,   V 3 2 ,   P 1 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 1 5 - 0 1 5 - 0 5 0 3 - 5 ;   Z a m o c k y   M ,   2 0 1 4 ,   C E L L   M O L   L I F E   S C I ,   V 7 1 ,   P 4 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 1 8 - 0 1 4 - 1 6 4 3 - y ;   Z h a n g   C . ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ;   Z h a o   Y W ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 4 8 1 7 ;   Z o u   Q ,   2 0 1 3 ,   C U R R   P R O T E O M I C S ,   V 1 0 ,   P 2 	 9 4 	 0 	 0 	 1 2 	 1 2 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 D E C   2 1 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 9 6 5 5 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 9 6 5 5 	 	 1 1 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E F 6 Z S 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 4 8 0 5 0 0 0 0 1 	 2 8 0 0 0 7 9 6 	 
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 S h i - H a o ;   H u a n g ,   C h i e n - Y i u ;   H s u ,   S h a n - L i n g ]   K a o h s i u n g   C h a n g   G u n g   M e m   H o s p ,   C t r   S h o c k w a v e   M e d   &   T i s s u e   E n g n ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n ;   [ C h e n g ,   J a i - H o n g ;   W a n g ,   C h i n g - J e n ;   S u ,   S h i - H a o ;   H u a n g ,   C h i e n - Y i u ;   H s u ,   S h a n - L i n g ]   C h a n g   G u n g   U n i v ,   C o l l   M e d ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n ;   [ W a n g ,   C h i n g - J e n ;   S u ,   S h i - H a o ;   H u a n g ,   C h i e n - Y i u ;   H s u ,   S h a n - L i n g ]   K a o h s i u n g   C h a n g   G u n g   M e m   H o s p ,   D e p t   O r t h o p e d   S u r g ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n ;   [ C h e n g ,   J a i - H o n g ]   K a o h s i u n g   C h a n g   G u n g   M e m   H o s p ,   M e d   R e s ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n 	 W a n g ,   C J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a o h s i u n g   C h a n g   G u n g   M e m   H o s p ,   C t r   S h o c k w a v e   M e d   &   T i s s u e   E n g n ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n . ;   W a n g ,   C J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h a n g   G u n g   U n i v ,   C o l l   M e d ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n . ;   W a n g ,   C J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K a o h s i u n g   C h a n g   G u n g   M e m   H o s p ,   D e p t   O r t h o p e d   S u r g ,   K a o h s i u n g ,   T a i w a n . 	 w 2 8 1 2 1 1 @ a d m . c g m h . o r g . t w 	 	 	 	 	 A k h t a r   N ,   2 0 1 0 ,   A R T H R I T I S   R H E U M - U S ,   V 6 2 ,   P 1 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a r t . 2 7 3 2 9 ;   A m b r o s   V ,   2 0 0 4 ,   N A T U R E ,   V 4 3 1 ,   P 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 2 8 7 1 ;   B h a t t a c h a r y a   S D ,   2 0 1 0 ,   S U R G E R Y ,   V 1 4 8 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s u r g . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 7 ;   C a l l i s   T E ,   2 0 0 7 ,   D N A   C E L L   B I O L ,   V 2 6 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / d n a . 2 0 0 6 . 0 5 5 6 ;   C h e n   C Z ,   2 0 0 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 3 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 9 1 9 0 3 ;   D a h l b e r g   J ,   2 0 0 5 ,   V E T   C O M P   O R T H O P A E D ,   V 1 8 ,   P 1 4 7 ;   D e s j a r d i n   C ,   2 0 1 4 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 5 - 7 9 8 ;   D i a z - P r a d o   S ,   2 0 1 2 ,   B M C   M U S C U L O S K E L   D I S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 7 4 - 1 3 - 1 4 4 ;   F a b b r i   M ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   O P I N   B I O L   T H ,   V 7 ,   P 1 0 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 4 7 1 2 5 9 8 . 7 . 7 . 1 0 0 9 ;   F r i s b i e   D D ,   2 0 0 9 ,   A M   J   V E T   R E S ,   V 7 0 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 2 4 6 0 / a j v r . 7 0 . 4 . 4 4 9 ;   G i b s o n   G ,   2 0 1 3 ,   J   O R T H O P   R E S ,   V 3 1 ,   P 1 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j o r . 2 2 3 9 7 ;   G r i m s o n   A ,   2 0 0 7 ,   M O L   C E L L ,   V 2 7 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 1 7 ;   H a n   S H ,   2 0 0 9 ,   F O O T   A N K L E   I N T ,   V 3 0 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 3 1 1 3 / F A I . 2 0 0 9 . 0 0 9 3 ;   H a y a m i   T ,   2 0 0 6 ,   B O N E ,   V 3 8 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b o n e . 2 0 0 5 . 0 8 . 0 0 7 ;   J a n s s o n   M D ,   2 0 1 2 ,   M O L   O N C O L ,   V 6 ,   P 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l o n c . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 0 6 ;   A l c a r a z   M J ,   2 0 1 0 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 8 0 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b c p . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 1 7 ;   K a m e l g e r   F ,   2 0 1 0 ,   J   R E C O N S T R   M I C R O S U R G ,   V 2 6 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 2 9 - 1 2 4 3 2 9 6 ;   L e   L T T ,   2 0 1 3 ,   A R T H R I T I S   R H E U M - U S ,   V 6 5 ,   P 1 9 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a r t . 3 7 9 9 0 ;   L e w i s   B P ,   2 0 0 5 ,   C E L L ,   V 1 2 0 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 3 5 ;   L i   W ,   2 0 0 9 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 9 4 ,   P 1 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 8 - 2 5 7 0 - 2 ;   L i a o   J M ,   2 0 1 2 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 1 1 ,   P 2 6 2 4 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 2 0 8 0 9 ;   M a r t i n i   L ,   2 0 0 3 ,   A R T I F   C E L L   B L O O D   S U B ,   V 3 1 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 1 / B I O - 1 2 0 0 2 5 4 1 5 ;   M i h a l y   Z s u z s a n n a ,   2 0 1 1 ,   O r v o s i   H e t i l a p ,   V 1 5 2 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 5 6 / O H . 2 0 1 1 . 2 9 0 0 7 ;   M i y a k i   S ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   R H E U M A T O L ,   V 8 ,   P 5 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r r h e u m . 2 0 1 2 . 1 2 8 ;   M u e l l e r   M ,   2 0 0 7 ,   V E T   R E C ,   V 1 6 0 ,   P 7 6 2 ;   O c h i a i   N ,   2 0 0 7 ,   O S T E O A R T H R   C A R T I L A G E ,   V 1 5 ,   P 1 0 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j o c a . 2 0 0 7 . 0 3 . 0 1 ;   P a n   C T ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 4 6 2 1 3 5 ;   P o y   M N ,   2 0 0 7 ,   D I A B E T E S   O B E S   M E T A B ,   V 9 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 3 - 1 3 2 6 . 2 0 0 7 . 0 0 7 7 5 . x ;   R e v e n a u g h   M S ,   2 0 0 5 ,   V E T   C L I N   N   A M - E Q U I N E ,   V 2 1 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c v e q . 2 0 0 5 . 0 9 . 0 0 1 ;   R o m p e   J D ,   1 9 9 8 ,   J   B O N E   J O I N T   S U R G   B R ,   V 8 0 B ,   P 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 0 2 / 0 3 0 1 - 6 2 0 X . 8 0 B 3 . 8 4 3 4 ;   S c h n e k e n b e r g   R P ,   2 0 1 4 ,   A R C H   D I S   C H I L D ,   V 9 9 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a r c h d i s c h i l d - 2 0 1 2 - 3 0 2 8 8 1 ;   S h a o   B Y ,   2 0 1 5 ,   F A S E B   J ,   V 2 9 ,   P 3 9 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 6 / f j . 1 5 - 2 7 2 8 2 3 ;   S u n   J ,   2 0 1 1 ,   O S T E O A R T H R   C A R T I L A G E ,   V 1 9 ,   P 1 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j o c a . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 0 2 ;   T u d d e n h a m   L ,   2 0 0 6 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 0 ,   P 4 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 8 0 ;   W a n g   C h i n g - J e n ,   2 0 0 3 ,   C h a n g   G u n g   M e d   J ,   V 2 6 ,   P 2 2 0 ;   W a n g   C J ,   2 0 1 3 ,   B M C   M U S C U L O S K E L   D I S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 7 4 - 1 4 - 4 4 ;   W a n g   C J ,   2 0 1 2 ,   J   S U R G   R E S ,   V 1 7 8 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s s . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 0 ;   W a n g   C J ,   2 0 1 2 ,   J   O R T H O P   S U R G   R E S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 9 - 7 9 9 X - 7 - 1 1 ;   W a n g   C J ,   2 0 1 1 ,   J   S U R G   R E S ,   V 1 7 1 ,   P 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s s . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 4 2 ;   W a n g   C J ,   2 0 1 1 ,   A R C H   O R T H O P   T R A U M   S U ,   V 1 3 1 ,   P 1 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 0 2 - 0 1 1 - 1 2 8 9 - 2 ;   W a n g   C J ,   2 0 0 4 ,   B O N E ,   V 3 4 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b o n e . 2 0 0 3 . 0 8 . 0 0 5 ;   W a n g   Z u o h e n g ,   2 0 1 3 ,   F r o n t i e r s   i n   G e n e t i c s ,   V 4 ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 3 . 0 0 1 6 0 ;   W i l l i a m s   A E ,   2 0 0 7 ,   D E V   D Y N A M ,   V 2 3 6 ,   P 5 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / d v d y . 2 1 0 4 7 ;   Y i n   R T ,   2 0 1 5 ,   J   C E L L   B I O C H E M ,   V 1 1 6 ,   P 1 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c b . 2 4 6 7 9 ;   Y u   C ,   2 0 1 1 ,   J   I N T   M E D   R E S ,   V 3 9 ,   P 1 ;   Z h a n g   R C ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 0 8 2 2 	 4 6 	 0 	 0 	 4 	 4 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 O R C H A R D   P A R K 	 6 6 6 6   E   Q U A K E R   S T ,   S T E   1 ,   O R C H A R D   P A R K ,   N Y   1 4 1 2 7   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 D E C   2 0 	 2 0 1 6 	 7 	 5 1 	 	 	 	 	 8 4 3 9 8 	 8 4 4 0 7 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 1 3 3 1 	 	 1 0 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E G 9 B T 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 3 5 3 2 0 0 0 4 8 	 2 7 5 4 2 2 8 2 	 
 
 J 	 U e h i r o ,   N ;   S a t o ,   F ;   P u ,   F ;   T a n a k a ,   S ;   K a w a s h i m a ,   M ;   K a w a g u c h i ,   K ;   S u g i m o t o ,   M ;   S a j i ,   S ;   T o i ,   M 	 	 	 	 U e h i r o ,   N a t s u e ;   S a t o ,   F u m i a k i ;   P u ,   F e n g l i n g ;   T a n a k a ,   S u n a o ;   K a w a s h i m a ,   M a s a h i r o ;   K a w a g u c h i ,   K o s u k e ;   S u g i m o t o ,   M a s a h i r o ;   S a j i ,   S h i g e h i r a ;   T o i ,   M a s a k a z u 	 	 	 C i r c u l a t i n g   c e l l - f r e e   D N A - b a s e d   e p i g e n e t i c   a s s a y   c a n   d e t e c t   e a r l y   b r e a s t   c a n c e r 	 B R E A S T   C A N C E R   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C i r c u l a t i n g   D N A ;   B r e a s t   c a n c e r ;   E p i g e n e t i c s ;   D N A   m e t h y l a t i o n ;   E a r l y   d e t e c t i o n 	 F A T E   D E T E R M I N A T I O N   F A C T O R ;   T U M O R   D N A ;  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 s y s t e m   w o u l d   b e   b e n e f i c i a l   a s   a n   o p t i o n a l   m e t h o d   o f   s c r e e n i n g   f o r   B C . 	 [ U e h i r o ,   N a t s u e ;   S a t o ,   F u m i a k i ;   T a n a k a ,   S u n a o ;   K a w a s h i m a ,   M a s a h i r o ;   K a w a g u c h i ,   K o s u k e ;   T o i ,   M a s a k a z u ]   K y o t o   U n i v ,   G r a d   S c h   M e d ,   D e p t   B r e a s t   S u r g ,   K y o t o ,   J a p a n ;   [ P u ,   F e n g l i n g ;   S a j i ,   S h i g e h i r a ]   K y o t o   U n i v ,   G r a d   S c h   M e d ,   D e p t   T a r g e t   T h e r a p y   O n c o l ,   K y o t o ,   J a p a n ;   [ S u g i m o t o ,   M a s a h i r o ]   K e i o   U n i v ,   I n s t   A d v   B i o s c i ,   T s u r u o k a ,   Y a m a g a t a ,   J a p a n ;   [ S a j i ,   S h i g e h i r a ]   F u k u s h i m a   M e d   U n i v ,   D e p t   M e d   O n c o l ,   F u k u s h i m a ,   J a p a n 	 S a t o ,   F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K y o t o   U n i v ,   G r a d   S c h   M e d ,   D e p t   B r e a s t   S u r g ,   K y o t o ,   J a p a n . 	 f s a t o h @ k u h p . k y o t o - u . a c . j p 	 	 	 P r o j e c t   f o r   D e v e l o p m e n t   o f   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   o n   C a n c e r   T h e r a p e u t i c s   ( P - D I R E C T ) / M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   C u l t u r e ,   S p o r t s ,   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   J a p a n ;   P r i n c e s s   T a k a m a t s u   C a n c e r   R e s e a r c h   F u n d 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   f u n d e d   b y   t h e   P r o j e c t   f o r   D e v e l o p m e n t   o f   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   o n   C a n c e r   T h e r a p e u t i c s   ( P - D I R E C T ) / M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   C u l t u r e ,   S p o r t s ,   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   o f   J a p a n   a n d   w a s   p a r t l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   P r i n c e s s   T a k a m a t s u   C a n c e r   R e s e a r c h   F u n d . 	 B i d a r d   F C ,   2 0 1 4 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 5 ,   P 4 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 4 ) 7 0 0 6 9 - 5 ;   B l o u s h t a i n - Q i m r o n   N ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 1 4 0 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 5 2 0 6 1 0 5 ;   B r o o k s   J D ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   E P I D E M I O L ,   V 3 4 ,   P 7 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n e p . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 6 ;   C a l v o   F ,   2 0 1 1 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 3 ,   P 8 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 2 2 7 1 ;   C e r a m i   E ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 2 ,   P 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 2 - 0 0 9 5 ;   C h a n g   E J ,   2 0 0 4 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 6 4 ,   P 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 4 - 5 7 9 3 ( 0 4 ) 0 0 3 3 8 - 2 ;   C h e n   K ,   2 0 1 3 ,   O N C O T A R G E T ,   V 4 ,   P 9 2 3 ;   C h i m o n i d o u   M ,   2 0 1 3 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 9 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 1 2 . 1 9 1 5 5 1 ;   C o n w a y   K ,   2 0 1 4 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 8 - 0 1 4 - 0 4 5 0 - 6 ;   D a w s o n   S J ,   2 0 1 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 8 ,   P 1 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 1 3 2 6 1 ;   d e l   C a r m e n   M G ,   2 0 0 7 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 8 8 ,   P 1 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 0 6 . 0 6 1 9 ;   D u f f y   M J ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 4 1 1 ,   P 1 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 3 9 ;   E a d s   C A ,   2 0 0 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 8 . 8 . e 3 2 ;   E d g a r   R ,   2 0 0 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 0 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 3 0 . 1 . 2 0 7 ;   F a c k l e r   M J ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 2 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 3 - 3 3 9 2 ;   F u   Y J ,   2 0 1 6 ,   M E D   S C I   M O N I T O R ,   V 2 2 ,   P 3 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 6 5 9 / M S M . 8 9 6 5 6 3 ;   G a o   J ,   2 0 1 3 ,   S C I   S I G N A L ,   V 6 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I S I G N A L . 2 0 0 4 0 8 8 ;   G o l d h i r s c h   A ,   2 0 1 3 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 2 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d t 3 0 3 ;   G r a h a m   L J ,   2 0 1 4 ,   J   C A N C E R ,   V 5 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 7 1 5 0 / j c a . 7 0 4 7 ;   H o f v i n d   S ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   V 8 5 ,   p E 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 1 5 1 6 8 1 7 8 ;   H o q u e   M O ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 4 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 1 . 3 5 1 6 ;   J a c o b s e n   K K ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 7 ,   P 2 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 5 9 3 ;   J a h r   S ,   2 0 0 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 1 ,   P 1 6 5 9 ;   K e r l i k o w s k e   K ,   2 0 1 3 ,   J A M A   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 3 ,   P 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a i n t e r n m e d . 2 0 1 3 . 3 0 7 ;   K l o t e n   V ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 3 3 7 5 ;   K o b o l d t   D C ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 0 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 4 1 2 ;   L e e   K ,   2 0 1 6 ,   B M C   W O M E N S   H E A L T H ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 0 5 - 0 1 6 - 0 3 5 1 - 1 ;   M a r t i n e z - G a l a n   J ,   2 0 1 4 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 4 - 5 9 ;   M a r t t i l a   S ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 5 - 1 3 8 1 - z ;   M i r z a   S ,   2 0 0 7 ,   L I F E   S C I ,   V 8 1 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l f s . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 1 2 ;   O h u c h i   N ,   2 0 1 6 ,   L A N C E T ,   V 3 8 7 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 5 ) 0 0 7 7 4 - 6 ;   P a i k   S ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 1 ,   P 2 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 1 5 8 8 ;   P a r k   S Y ,   2 0 1 1 ,   V I R C H O W S   A R C H ,   V 4 5 8 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 2 8 - 0 1 0 - 1 0 1 3 - 6 ;   P e p e   M S ,   2 0 0 1 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 3 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 9 3 . 1 4 . 1 0 5 4 ;   P e r k i n s   G ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 7 0 2 0 ;   P o p o v   V M ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 9 ,   P 5 7 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 8 - 3 9 9 2 ;   R a d p o u r   R ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 6 0 8 0 ;   S h a r m a   G ,   2 0 1 2 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 3 ,   P 1 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 2 - 0 4 4 3 - y ;   S i l v a   J M ,   1 9 9 9 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 0 ,   P 1 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 9 0 4 9 5 ;   S i l v a   J M ,   2 0 0 2 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 8 ,   P 3 7 6 1 ;   S u z u k i   A ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   S C I ,   V 9 9 ,   P 2 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 0 8 . 0 0 9 2 6 . x ;   T a k a m a r u   H ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   P R E V   R E S ,   V 5 ,   P 1 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 9 4 0 - 6 2 0 7 . C A P R - 1 2 - 0 0 5 6 ;   T o r r e   L A ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 6 2 ;   W e s s e l y   F r a n k ,   2 0 1 2 ,   F r o n t i e r s   i n   G e n e t i c s ,   V 3 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 2 . 0 0 1 6 1 ;   W u   K M ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 6 9 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 2 0 8 5 1 0 5 ;   W u   K M ,   2 0 0 6 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 6 ,   P 7 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 0 0 2 6 8 - 0 6 ;   W u   K M ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 3 - 2 4 6 6 ;   W u   K M ,   2 0 1 1 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 6 ,   P 2 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 1 0 . 1 4 8 3 9 5 ;   Y a n   W J ,   2 0 1 3 ,   E P I G E N E T I C S - U S ,   V 8 ,   P 1 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / e p i . 2 6 7 8 1 ;   Z h a o   F ,   2 0 1 5 ,   O N C O G E N E S I S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c s i s . 2 0 1 5 . 3 ;   Z h o n g   X i a o   Y a n ,   2 0 0 7 ,   A r c h i v e s   o f   G y n e c o l o g y   a n d   O b s t e t r i c s ,   V 2 7 6 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 0 4 - 0 0 7 - 0 3 4 5 - 1 ;   Z h u   H B ,   2 0 1 3 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 5 8 ,   P 2 0 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 6 5 8 7 	 5 2 	 0 	 0 	 7 	 7 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 6 5 - 5 4 2 X 	 1 4 6 5 - 5 4 1 1 	 	 B R E A S T   C A N C E R   R E S 	 B r e a s t   C a n c e r   R e s . 	 D E C   1 9 	 2 0 1 6 	 1 8 	 	 	 	 	 	 	 	 1 2 9 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 8 - 0 1 6 - 0 7 8 8 - z 	 	 1 4 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E H 1 D N 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 5 0 3 9 0 0 0 0 1 	 2 7 9 9 3 1 6 1 	 
 
 J 	 L a i ,   C M ;   Y e h ,   W C ;   C h a n g ,   C Y 	 	 	 	 L a i ,   C h y h - M i n g ;   Y e h ,   W e i - C h a n g ;   C h a n g ,   C h u n g - Y i 	 	 	 G e n e   s e l e c t i o n   u s i n g   i n f o r m a t i o n   g a i n   a n d   i m p r o v e d   s i m p l i f i e d   s w a r m   o p t i m i z a t i o n 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 G e n e   s e l e c t i o n ;   F e a t u r e   s e l e c t i o n ;   S i m p l i f i e d   s w a r m   o p t i m i z a t i o n ;   I n f o r m a t i o n   g a i n 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   F E A T U R E   S U B S E T - S E L E C T I O N ;   E X P R E S S I O N   D A T A ;   T U M O R   C L A S S I F I C A T I O N ;   M U T U A L   I N F O R M A T I O N ;   N E U R A L - N E T W O R K ;   A L G O R I T H M ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   D I A G N O S I S ;   D E S I G N 	 R e c e n t l y ,   g e n e   s e l e c t i o n   ( a l s o   c a l l e d   f e a t u r e   s e l e c t i o n   i n   d a t a   m i n i n g )   h a s   p l a y e d   a n   i m p o r t a n t   r o l e   i n   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   e f f i c i e n t   c a n c e r   d i a g n o s e s   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   b e c a u s e   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a   a r e   c o d e d   b y   h u g e   m e a s u r e d   v a r i a b l e s   ( g e n e s ) ,   a n d   o n l y   a   s m a l l   n u m b e r   o f   t h e m   p r e s e n t   d i s t i n c t   p r o f i l e s   f o r   d i f f e r e n t   c l a s s e s   o f   s a m p l e s .   G e n e   s e l e c t i o n   p r o b l e m   i n v o l v e s   r e d u c i n g   i r r e l e v a n t ,   r e d u n d a n t   a n d   n o i s y   g e n e s   a n d   i d e n t i f y i n g   t h e   m o s t   d i s t i n g u i s h e d   g e n e s   t o   i m p r o v e   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y .   I n   t h i s   p a p e r ,   a   h y b r i d   f i l t e r / w r a p p e r   m e t h o d ,   k n o w n   a s   I G - I S S O   i s   p r o p o s e d   f o r   g e n e   s e l e c t i o n   p r o b l e m .   I n   t h i s   m e t h o d ,   i n f o r m a t i o n   g a i n   ( I G )   a s   a   f i l t e r   i s   a p p l i e d   t o   s e l e c t   t h e   m o s t   i n f o r m a t i v e   g e n e s   a n d   a n   i m p r o v e d   s i m p l i f i e d   s w a r m   o p t i m i z a t i o n   ( I S S O )   i s   p r o p o s e d   a s   a   g e n e   s e a r c h   e n g i n e   t o   g u i d e   t h e   s e a r c h   f o r   a n   o p t i m a l   g e n e   s u b s e t .   T h e   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   w i t h   a   l i n e a r   k e r n e l   s e r v e s   a s   a   c l a s s i f i e r   o f   t h e   I G - I S S O .   T o   e v a l u a t e   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   e m p i r i c a l l y ,   e x p e r i m e n t s   a r e   e x a m i n e d   u s i n g   t e n   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a s e t s ,   a n d   t h e   c o r r e s p o n d i n g   r e s u l t s   a r e   c o m p a r e d   w i t h   u p - t o - d a t e   w o r k s .   T h e   r e s u l t s   o f   t h e   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s   i n d i c a t e   t h a t   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d   i s   b e t t e r   t h a n   i t s   c o m p e t i t o r s .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   B . V .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ L a i ,   C h y h - M i n g ]   N a t l   D e f   U n i v ,   C o l l   M a n a g e m e n t ,   I n s t   R e s o u r c e s   M a n a g e m e n t   &   D e c i s   S c i ,   T a i p e i   1 1 2 ,   T a i w a n ;   [ Y e h ,   W e i - C h a n g ;   C h a n g ,   C h u n g - Y i ]   N a t l   T s i n g   H u a   U n i v ,   D e p t   I n d   E n g n   &   E n g n   M a n a g e m e n t ,   H s i n c h u   3 0 0 ,   T a i w a n 	 L a i ,   C M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   D e f   U n i v ,   C o l l   M a n a g e m e n t ,   I n s t   R e s o u r c e s   M a n a g e m e n t   &   D e c i s   S c i ,   T a i p e i   1 1 2 ,   T a i w a n . 	 c h y h . m i n g . l a i @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 A l - A n i   A ,   2 0 1 3 ,   S W A R M   E V O L   C O M P U T ,   V 9 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s w e v o . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 0 3 ;   A w a d a   W ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   I E E E   1 3 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   I N F O R M A T I O N   R E U S E   A N D   I N T E G R A T I O N   ( I R I ) ,   P 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I R I . 2 0 1 2 . 6 3 0 3 0 3 1 ;   A z i z i p a n a h - A b a r g h o o e e   R ,   2 0 1 3 ,   I E T   G E N E R   T R A N S M   D I S ,   V 7 ,   P 6 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / i e t - g t d . 2 0 1 2 . 0 6 1 6 ;   A z i z i p a n a h - A b a r g h o o e e   R ,   2 0 1 3 ,   E L E C T   P O W E R   E N E R G Y   S ,   V 4 9 ,   P 4 1 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . I J E P E S . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 3 ;   B o s e r   B .   E . ,   1 9 9 2 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   F i f t h   A n n u a l   A C M   W o r k s h o p   o n   C o m p u t a t i o n a l   L e a r n i n g   T h e o r y ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 0 3 8 5 . 1 3 0 4 0 1 ;   B r o w n   M P S ,   2 0 0 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 7 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 7 . 1 . 2 6 2 ;   C h a n g   P C ,   2 0 1 4 ,   2 0 1 4   I E E E   C O N G R E S S   O N   E V O L U T I O N A R Y   C O M P U T A T I O N   ( C E C ) ,   P 1 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C E C . 2 0 1 4 . 6 9 0 0 2 8 1 ;   C h e n   D C ,   2 0 0 5 ,   J   B I O M E D   B I O T E C H N O L ,   P 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / J B B . 2 0 0 5 . 1 3 2 ;   C h e n   K H ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 5 - 4 9 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h u a n g   L Y ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   B I O L   C H E M ,   V 3 2 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 0 5 ;   C r a m m e r   K ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 7 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 3 6 3 7 7 2 0 2 8 1 ;   D a i   J H ,   2 0 1 3 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 3 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 2 9 ;   D a s h   M ,   1 9 9 7 ,   I N T E L L   D A T A   A N A L ,   V 1 ,   P 1 3 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 8 8 - 4 6 7 X ( 9 7 ) 0 0 0 0 8 - 5 ;   D e b   K ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   E V O L U T   C O M P U T ,   V 6 ,   P 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 3 5 . 9 9 6 0 1 7 ;   D e r r a c   J ,   2 0 1 1 ,   S W A R M   E V O L   C O M P U T ,   V 1 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s w e v o . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 0 2 ;   D e v i j v e r   P .   A . ,   1 9 8 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   F e i l o t t e r   H . ,   2 0 0 2 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 7 1 ,   P 1 4 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 3 4 4 4 5 8 ;   F r e n a y   B ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 1 2 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 5 1 ;   F u r e y   T S ,   2 0 0 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   P 9 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 6 . 1 0 . 9 0 6 ;   G u o   X C ,   2 0 0 8 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 1 ,   P 3 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 2 7 ;   H a l l   M A ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 5 ,   P 1 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 3 . 1 2 4 5 2 8 3 ;   H s u   C - W ,   2 0 0 3 ,   P R A C T I C A L   G U I D E   S U P P ;   H u a n g   D ,   2 0 0 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 6 3 ,   P 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 4 . 0 1 . 1 9 4 ;   J a a k k o l a   T . ,   1 9 9 9 ,   U S I N G   F I S H E R   K E R N E L ,   P 1 4 9 ;   K a b i r   M M ,   2 0 1 0 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 3 ,   P 3 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 0 3 ;   K a n n a n   S S ,   2 0 1 0 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 2 3 ,   P 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 1 6 ;   K a s h e f   S ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 4 7 ,   P 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 6 7 ;   K n e e l   U .   H .   G . ,   1 9 9 9 ,   A D V   K E R N E L   M E T H O D S ,   P 2 5 5 ;   K o n o n e n k o   I . ,   1 9 9 4 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g :   E C M L - 9 4 .   E u r o p e a n   C o n f e r e n c e   o n   M a c h i n e   L e a r n i n g .   P r o c e e d i n g s ,   P 1 7 1 ;   L i   S T ,   2 0 0 8 ,   S O F T   C O M P U T ,   V 1 2 ,   P 1 0 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 0 0 - 0 0 7 - 0 2 7 2 - x ;   L i   X T ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 1 2 ,   P 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 1 3 . 2 2 9 4 7 1 6 ;   L i n   S W ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 5 ,   P 1 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 8 8 ;   M a r t i n - V a l d i v i a   M T ,   2 0 0 8 ,   I N F O R M   P R O C E S S   M A N A G ,   V 4 4 ,   P 1 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i p m . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 1 4 ;   M o h a m a d   M o h d ,   2 0 0 9 ,   A r t i f i c i a l   L i f e   a n d   R o b o t i c s ,   V 1 3 ,   P 4 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 0 1 5 - 0 0 8 - 0 5 3 3 - 5 ;   M o h a m a d   M S ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 5 ,   P 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 1 . 2 1 6 7 7 5 6 ;   O z c i f t   A ,   2 0 1 3 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 3 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 8 ;   P l a t t   J .   C . ,   1 9 9 9 ,   N I P S ,   P 5 4 7 ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   1 9 8 6 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 1 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 3 2 0 4 8 7 7 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S a m a n t a   B ,   2 0 0 3 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 1 6 ,   P 6 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 0 3 . 0 9 . 0 0 6 ;   S h a n n o n   C . E . ,   2 0 0 1 ,   A C M   S I G M O B I L E   M O B I L E ,   V 5 ,   P 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 5 8 4 0 9 1 . 5 8 4 0 9 3 ;   S t a t n i k o v   A ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 0 3 3 ;   T a h i r   M A ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 8 ,   P 4 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 1 6 ;   U g u z   H ,   2 0 1 1 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 2 4 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 1 4 ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   W e s t o n   J . ,   1 9 9 9 ,   E S A N N ,   P 2 1 9 ;   X i o n g   M M ,   2 0 0 1 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 1 8 7 8 ;   X i o n g   M M ,   2 0 0 1 ,   M O L   G E N E T   M E T A B ,   V 7 3 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / m g m e . 2 0 0 1 . 3 1 9 3 ;   Y a n g   C H ,   2 0 1 0 ,   J   M E D   B I O L   E N G ,   V 3 0 ,   P 2 3 ;   Y e h   W C ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 7 3 ,   P 1 7 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 4 5 ;   Y e h   W C ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 7 2 4 6 ;   Y e h   W C ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 4 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 2 . 2 2 3 2 6 7 8 ;   Y e h   W C ,   2 0 1 2 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 9 7 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 9 ;   Y e h   W C ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   O P E R   R E S ,   V 3 9 ,   P 2 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o r . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 2 7 ;   Y e h   W C ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 9 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 2 4 ;   Z h u   Z X ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 0 ,   P 3 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 7 ;   Z i e n   A ,   2 0 0 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   P 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 6 . 9 . 7 9 9 	 5 8 	 0 	 0 	 1 1 	 1 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 9 2 5 - 2 3 1 2 	 1 8 7 2 - 8 2 8 6 	 	 N E U R O C O M P U T I N G 	 N e u r o c o m p u t i n g 	 D E C   1 9 	 2 0 1 6 	 2 1 8 	 	 	 	 	 	 3 3 1 	 3 3 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 8 9 	 	 8 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E C 3 V A 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 0 5 3 7 0 0 0 3 6 	 	 
 
 J 	 Q a y y u m ,   M A ;   S h a h ,   M H 	 	 	 	 Q a y y u m ,   M u h a m m a d   A b d u l ;   S h a h ,   M u n i r   H . 	 	 	 E v a l u a t i o n   o f   e s s e n t i a l   a n d   t o x i c   m e t a l   i m b a l a n c e s   i n   t h e   b l o o d   o f   v a r i o u s   t y p e s   o f   l u n g   c a n c e r   p a t i e n t s 	 B I O I N T E R F A C E   R E S E A R C H   I N   A P P L I E D   C H E M I S T R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 L u n g   c a n c e r ;   e s s e n t i a l / t o x i c   m e t a l ;   b l o o d ;   m u l t i v a r i a t e   a n a l y s i s ;   A A S ;   P a k i s t a n 	 O X I D A T I V E   S T R E S S ;   S C A L P   H A I R ;   C L I N I C A L - C H E M I S T R Y ;   T R A C E - E L E M E N T S ;   T O B A C C O - S M O K E ;   C A D M I U M ;   L E A D ;   Z I N C ;   E X P O S U R E ;   C E L L S 	 L u n g   c a n c e r   i s   a   m a j o r   c a u s e   o f   t h e   c a n c e r - r e l a t e d   d e a t h s   w o r l d w i d e   a n d   e x p o s u r e   t o   t r a c e   m e t a l s   i s   a   w e l l - d o c u m e n t e d   r i s k   f a c t o r   f o r   i t .   P r e s e n t   s t u d y   i s   c a r r i e d   o u t   t o   e v a l u a t e   t h e   c o m p a r a t i v e   d i s t r i b u t i o n ,   c o r r e l a t i o n   a n d   m u l t i v a r i a t e   a p p o r t i o n m e n t   o f   s e l e c t e d   e s s e n t i a l   a n d   t o x i c   m e t a l s   ( F e ,   Z n ,   C u ,   S r ,   L i ,   C o ,   M n ,   N i ,   C r ,   C d   a n d   P b )   i n   t h e   b l o o d   o f   l u n g   c a n c e r   p a t i e n t s   a n d   h e a l t h y   d o n o r s / c o n t r o l s .   T h e   b l o o d   m e t a l   l e v e l s   w e r e   m e a s u r e d   u s i n g   f l a m e   a t o m i c   a b s o r p t i o n   s p e c t r o p h o t o m e t r y   e m p l o y i n g   m i n e r a l   a c i d   d i g e s t i o n   m e t h o d .   T h e   a v e r a g e   c o n c e n t r a t i o n s  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 H Y G   E N V I R   H E A L ,   V 2 1 0 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j h e h . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 2 4 ;   A r m e n d a r i z   A .   D . ,   2 0 0 3 ,   J   N U T R ,   V 1 3 3 ,   p 2 0 3 E ;   A y o d e l e   J T ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   E N V I R O N   R E S ,   V 4 ,   P 3 3 3 ;   B i n k o w s k i   L J ,   2 0 1 5 ,   J   E N V I R O N   S C I   H E A L   A ,   V 5 0 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 3 4 5 2 9 . 2 0 1 5 . 9 6 4 5 9 7 ;   B o e y n a e m s   J M ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C H E M   L A B   M E D ,   V 4 2 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / C C L M . 2 0 0 4 . 0 1 3 ;   B r e n n a n   P ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 1 1 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 8 9 0 9 5 1 9 4 3 5 ;   C a d e t   J ,   2 0 1 0 ,   F R E E   R A D I C A L   B I O   M E D ,   V 4 9 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f r e e r a d b i o m e d . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 2 5 ;   C e l i k   H A ,   2 0 0 2 ,   C L I N   B I O C H E M ,   V 3 5 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 9 - 9 1 2 0 ( 0 2 ) 0 0 3 3 4 - X ;   C o b a n o g l u   U ,   2 0 1 0 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 1 ,   P 1 3 8 3 ;   C o o k e   M S ,   2 0 0 3 ,   F A S E B   J ,   V 1 7 ,   P 1 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 6 / f j . 0 2 - 0 7 5 2 r e v ;   D e   B o e c k   M ,   2 0 0 3 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 4 ,   P 1 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g g 1 4 6 ;   D u r h a m   T .   R . ,   2 0 0 6 ,   C A N C   C E L L   S T R U C T U R E S ,   P 9 7 ;   E n g l y s t   V ,   2 0 0 1 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 2 7 3 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 8 - 9 6 9 7 ( 0 0 ) 0 0 8 4 3 - 3 ;   F e d e r i c o   A ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 1 ,   P 2 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 3 1 9 2 ;   F i e l d   R W ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C H E S T   M E D ,   V 3 3 ,   P 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c m . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 1 ;   F r e i t a s   M ,   2 0 1 3 ,   B I O M E T A L S ,   V 2 6 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 3 4 - 0 1 2 - 9 5 9 0 - 2 ;   F r i s k   P ,   2 0 0 7 ,   B I O L   T R A C E   E L E M   R E S ,   V 1 2 0 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 1 - 0 0 7 - 8 0 2 6 - 2 ;   G e r b e r   G B ,   2 0 0 2 ,   C R I T   R E V   O N C O L   H E M A T ,   V 4 2 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 4 0 - 8 4 2 8 ( 0 1 ) 0 0 1 7 8 - 0 ;   G o l d s t r a w   P ,   2 0 0 7 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 2 ,   P 7 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 2 f 3 c 1 a ;   G u p t e   A ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   T R E A T   R E V ,   V 3 5 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c t r v . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 0 4 ;   H a y e s   R B ,   1 9 9 7 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 8 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 4 5 7 3 0 5 2 1 2 ;   H e n k l e r   F r a n k ,   2 0 1 0 ,   C a n c e r s   ( B a s e l ) ,   V 2 ,   P 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / c a n c e r s 2 0 2 0 3 7 6 ;   H u f f   J ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   O C C U P   E N V   H E A L ,   V 1 3 ,   P 2 0 2 ;   I l i n   A ,   2 0 1 0 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 1 ,   P 1 9 5 7 ;   I l y a s   A ,   2 0 1 5 ,   A C T A   C A R D I O L   S I N ,   V 3 1 ,   P 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 6 5 1 5 / A C S 2 0 1 5 0 3 0 2 A ;   I l y a s   A ,   2 0 1 5 ,   B I O L   T R A C E   E L E M   R E S ,   V 1 6 8 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 1 - 0 1 5 - 0 3 5 0 - 3 ;   I l y a s   A ,   2 0 1 5 ,   B I O L   T R A C E   E L E M   R E S ,   V 1 6 6 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 1 - 0 1 5 - 0 2 5 9 - x ;   K a z i   T G ,   2 0 0 8 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 3 8 9 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 5 5 ;   K e   Q D ,   2 0 0 6 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 2 7 ,   P 1 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g l 0 0 4 ;   K h o s h d e l   Z ,   2 0 1 6 ,   B I O L   T R A C E   E L E M   R E S ,   V 1 7 0 ,   P 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 1 - 0 1 5 - 0 4 8 3 - 4 ;   K i n n u l a   V L ,   2 0 0 4 ,   F R E E   R A D I C A L   B I O   M E D ,   V 3 6 ,   P 7 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f r e e r a d b i o m e d . 2 0 0 3 . 1 2 . 0 1 0 ;   K i r s c h v i n k   N ,   2 0 0 6 ,   F R E E   R A D I C A L   R E S ,   V 4 0 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 7 1 5 7 6 0 5 0 0 4 9 4 6 5 7 ;   K u o   C Y ,   2 0 0 6 ,   J   T O X I C O L   E N V   H E A L   A ,   V 6 9 ,   P 1 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 2 8 7 3 9 0 5 0 0 3 6 0 3 9 8 ;   L e e   D H ,   2 0 0 5 ,   N U T R   C A N C E R ,   V 5 2 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 7 / s 1 5 3 2 7 9 1 4 n c 5 2 0 2 _ 3 ;   L i e u   P a u l i n e   T . ,   2 0 0 1 ,   M o l e c u l a r   A s p e c t s   o f   M e d i c i n e ,   V 2 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 8 - 2 9 9 7 ( 0 0 ) 0 0 0 0 6 - 6 ;   L i n   Y S ,   2 0 1 3 ,   J   T O X I C O L   E N V   H E A L   A ,   V 7 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 5 2 8 7 3 9 4 . 2 0 1 2 . 7 2 2 1 8 5 ;   M a n t o v a n i   A ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 4 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 2 0 5 ;   M o u l i n   J J ,   1 9 9 8 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 4 8 ,   P 2 4 1 ;   N e u b e r g e r   J S ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   D E T E C T   P R E V ,   V 3 0 ,   P 1 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c d p . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 0 1 ;   P a s h a   Q ,   2 0 0 8 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 4 7 ,   P 3 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 6 1 - 0 0 7 - 0 1 2 7 - z ;   P a s h a   Q ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 4 1 1 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 1 0 ;   P a t e l   E ,   2 0 1 2 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 5 8 ,   P 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 1 9 ;   P r a s a d   A S ,   1 9 9 8 ,   J   T R A C E   E L E M   E X P   M E D ,   V 1 1 ,   P 6 3 ;   Q a y y u m   M A ,   2 0 1 5 ,   T R A C E   E L E M   E L E C T R O L Y ,   V 3 2 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 5 4 1 4 / T E X 0 1 3 6 6 ;   R a n a   S V S ,   2 0 0 8 ,   J   T R A C E   E L E M   M E D   B I O ,   V 2 2 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t e m b . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 2 ;   R a n i   A ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   E N V I R O N   H E A L   R ,   V 2 4 ,   P 3 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 9 6 0 3 1 2 3 . 2 0 1 3 . 8 3 5 0 3 2 ;   R e d d y   S B ,   2 0 0 4 ,   B I O L   T R A C E   E L E M   R E S ,   V 1 0 2 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 8 5 / B T E R : 1 0 2 : 1 - 3 : 2 6 5 ;   R e n   Y L ,   1 9 9 7 ,   T A L A N T A ,   V 4 4 ,   P 1 8 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 9 - 9 1 4 0 ( 9 7 ) 0 0 0 6 2 - 3 ;   R e s z k a   E ,   2 0 0 5 ,   T R A C E   E L E M   E L E C T R O L Y ,   V 2 2 ,   P 2 3 ;   R o d r i g u e s   J L ,   2 0 0 8 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 0 5 ,   P 3 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 0 2 ;   R o w b o t h a m   A L ,   2 0 0 0 ,   J   T O X I C O L   E N V   H E A L   B ,   V 3 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 3 7 4 0 0 0 5 0 0 4 5 2 5 5 ;   S a g h i r   M ,   2 0 1 1 ,   B I O L   T R A C E   E L E M   R E S ,   V 1 4 3 ,   P 7 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 1 - 0 1 0 - 8 9 3 0 - 8 ;   S a n s o n i   B . ,   1 9 9 4 ,   T R A C E   E L E M E N T   A N A L   B ,   P 2 1 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 2 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 2 ,   P 1 0 ,   D O I   [ 1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 4 9 ,   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 3 8 ,   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 5 3 ] ;   S i l b e r g e l d   E K ,   2 0 0 0 ,   A M   J   I N D   M E D ,   V 3 8 ,   P 3 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 2 7 4 ( 2 0 0 0 0 9 ) 3 8 : 3 < 3 1 6 : : A I D - A J I M 1 1 > 3 . 0 . C O ; 2 - P ;   S O R A H A N   T ,   1 9 9 5 ,   O C C U P   E N V I R O N   M E D ,   V 5 2 ,   P 8 0 4 ;   S o r a h a n   T ,   1 9 9 8 ,   O C C U P   E N V I R O N   M E D ,   V 5 5 ,   P 2 3 6 ;   S t a t S o f t   I n c ,   1 9 9 9 ,   S T A T I S T I C A   W I N D   C O M P ;   S t a v r i d e s   J C ,   2 0 0 6 ,   F R E E   R A D I C A L   B I O   M E D ,   V 4 1 ,   P 1 0 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f r e e a d b i o m e d . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 2 4 ;   S t a y n e r   L ,   1 9 9 2 ,   A n n   E p i d e m i o l ,   V 2 ,   P 1 7 7 ;   S t e e n l a n d   K ,   2 0 0 0 ,   A M   J   I N D   M E D ,   V 3 8 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 2 7 4 ( 2 0 0 0 0 9 ) 3 8 : 3 < 2 9 5 : : A I D - A J I M 8 > 3 . 0 . C O ; 2 - L ;   S t e f a n i d o u   M ,   2 0 0 6 ,   A R C H   T O X I C O L ,   V 8 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 0 4 - 0 0 5 - 0 0 0 9 - 5 ;   T e l l e z - P l a z a   M ,   2 0 1 2 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 2 0 ,   P 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 9 / e h p . 1 1 0 4 0 2 0 ;   T o f f e r y   S . ,   2 0 1 1 ,   D A T A   M I N I N G   S T A T   D E C ,   P 7 1 6 ;   T r a n   J .   Q . ,   2 0 1 4 ,   L U N G   C A N C   I N T ,   V 2 0 1 4 ;   V a g l e n o v   A ,   2 0 0 1 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 0 9 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 3 4 3 4 6 9 9 ;   V a i n i o   H ,   1 9 9 7 ,   S C A N D   J   W O R K   E N V   H E A ,   V 2 3 ,   P 1 ;   V a l k o   M ,   2 0 1 6 ,   A R C H   T O X I C O L ,   V 9 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 0 4 - 0 1 5 - 1 5 7 9 - 5 ;   W i l l e r s   S ,   2 0 0 5 ,   R E S P   M E D ,   V 9 9 ,   P 1 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r m e d . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 1 7 ;   W i n d e r   C . ,   1 9 9 3 ,   G E N O T O X I C I T Y   L E A D   M U ,   V 2 8 5 ,   P 1 1 7 ;   W o n g   O ,   2 0 0 0 ,   A M   J   I N D   M E D ,   V 3 8 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 2 7 4 ( 2 0 0 0 0 9 ) 3 8 : 3 < 2 5 5 : : A I D - A J I M 4 > 3 . 0 . C O ; 2 - 8 	 7 3 	 0 	 0 	 3 	 3 	 B I O I N T E R F A C E   R E S E A R C H   A P P L I E D   C H E M I S T R Y 	 B U C U R E S T I 	 B I O I N T E R F A C E   R E S E A R C H   A P P L I E D   C H E M I S T R Y ,   B U C U R E S T I ,   0 0 0 0 0 ,   R O M A N I A 	 2 0 6 9 - 5 8 3 7 	 	 	 B I O I N T E R F A C E   R E S   A P P 	 B i o i n t e r f a c e   R e s .   A p p l .   C h e m . 	 D E C   1 5 	 2 0 1 6 	 6 	 6 	 	 	 	 	 1 7 5 9 	 1 7 6 9 	 	 	 	 1 1 	 C h e m i s t r y ,   A p p l i e d 	 C h e m i s t r y 	 E G 2 P B 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 8 8 4 7 0 0 0 2 9 	 	 
 
 J 	 Q a y y u m ,   M A ;   S h a h ,   M H 	 	 	 	 Q a y y u m ,   M u h a m m a d   A b d u l ;   S h a h ,   M u n i r   H . 	 	 	 C o m p a r a t i v e   a s s e s s m e n t   o f   e s s e n t i a l / t o x i c   e l e m e n t a l   l e v e l s   i n   t h e   s c a l p   h a i r   a n d   n a i l s   o f   o v a r i a n   c a n c e r   p a t i e n t s   a n d   c o n t r o l s   a m o n g   P a k i s t a n i   w o m e n 	 B I O I N T E R F A C E   R E S E A R C H   I N   A P P L I E D   C H E M I S T R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c o r r e l a t i o n ;   e l e m e n t ;   h a i r ;   m u l t i v a r i a t e   a n a l y s i s ;   n a i l s ;   o v a r i a n   c a n c e r ;   P a k i s t a n 	 O X I D A T I V E   S T R E S S ;   T R A C E - E L E M E N T S ;   M E T A L   C A R C I N O G E N E S I S ;   E N D O M E T R I A L   C A N C E R ;   P R O S P E C T I V E   C O H O R T ;   C A D M I U M   E X P O S U R E ;   H E A L T H Y   T I S S U E S ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   I R O N   O V E R L O A D ;   H U M A N - D I S E A S E 	 O v a r i a n   c a n c e r   i s   o n e   o f   t h e   s e v e r e   g y n a e c o l o g i c a l   m a l i g n a n c i e s   i n   w o m e n   a n d   e x p o s u r e   t o   t h e   t r a c e   e l e m e n t s   m a y   b e   c o n s i d e r e d   a s   a   r i s k   f a c t o r   f o r   i t s   d e v e l o p m e n t .   S e l e c t e d   e s s e n t i a l   a n d   t o x i c   e l e m e n t s   ( C a ,   M g ,   N a ,   K ,   F e ,   Z n ,   C u ,   S r ,   L i ,   C o ,   M n ,   N i ,   C r ,   C d   a n d   P b )   w e r e   a n a l y s e d   i n   t h e   s c a l p   h a i r   a n d   n a i l s   o f   o v a r i a n   c a n c e r   p a t i e n t s   a n d   m a t c h i n g   c o n t r o l s   b y   a t o m i c   a b s o r p t i o n   s p e c t r o m e t r y .   A v e r a g e   c o n c e n t r a t i o n s   o f   C r ,   L i ,   M n ,   N i   a n d   P b   w e r e   f o u n d   t o  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 4 5 3 2 0 ,   P a k i s t a n 	 S h a h ,   M H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Q u a i d   I   A z a m   U n i v ,   D e p t   C h e m ,   I s l a m a b a d   4 5 3 2 0 ,   P a k i s t a n . 	 m h s h a h g @ q a u . e d u . p k ;   m u n i r _ q a u @ y a h o o . c o m 	 	 	 H i g h e r   E d u c a t i o n   C o m m i s s i o n   ( H E C ) ,   G o v e r n m e n t   o f   P a k i s t a n ;   Q u a i d - i - A z a m   U n i v e r s i t y ,   I s l a m a b a d ,   P a k i s t a n 	 T h e   f u n d i n g   b y   H i g h e r   E d u c a t i o n   C o m m i s s i o n   ( H E C ) ,   G o v e r n m e n t   o f   P a k i s t a n ,   t o   c a r r y   o u t   t h i s   p r o j e c t   i s   t h a n k f u l l y   a c k n o w l e d g e d .   W e   a r e   a l s o   g r a t e f u l   t o   t h e   a d m i n i s t r a t i o n   o f   N u c l e a r   O n c o l o g y   &   R a d i o t h e r a p y   I n s t i t u t e   ( N O R I ) ,   I s l a m a b a d ,   P a k i s t a n   f o r   t h e i r   i n v a l u a b l e   h e l p   d u r i n g   s a m p l e   c o l l e c t i o n .   T e c h n i c a l   a n d   f i n a n c i a l   h e l p   b y   Q u a i d - i - A z a m   U n i v e r s i t y ,   I s l a m a b a d ,   P a k i s t a n   t o   e x e c u t e   t h i s   p r o j e c t   i s   a l s o   a c k n o w l e d g e d . 	 A b b a s p o u r   N ,   2 0 1 4 ,   J   R E S   M E D   S C I ,   V 1 9 ,   P 1 6 4 ;   A d a m s   S V ,   2 0 1 2 ,   O C C U P   E N V I R O N   M E D ,   V 6 9 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / o e m e d - 2 0 1 1 - 1 0 0 1 1 1 ;   A k e s s o n   A ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 6 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 8 - 0 3 2 9 ;   B O F F E T T A   P ,   1 9 9 3 ,   S C A N D   J   W O R K   E N V   H E A ,   V 1 9 ,   P 6 7 ;   B u n t z e l   J ,   2 0 0 7 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 2 7 ,   P 1 9 4 1 ;   C a n n i s t r a   S .   A . ,   2 0 1 1 ,   D E V I T A   H E L L M A N   R O S E N ,   P 1 3 6 8 ;   C a r v a l h o   M L ,   2 0 0 7 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   B ,   V 6 2 ,   P 1 0 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a b . 2 0 0 7 . 0 3 . 0 3 0 ;   C h i a n g   C T ,   2 0 1 1 ,   E N V I R O N   G E O C H E M   H L T H ,   V 3 3 ,   P 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 5 3 - 0 1 0 - 9 3 4 6 - 2 ;   D e   B o e c k   M ,   2 0 0 3 ,   M U T A T   R E S - F U N D   M O L   M ,   V 5 3 3 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r f m m m . 2 0 0 3 . 0 7 . 0 1 2 ;   D i z d a r o g l u   M ,   2 0 0 2 ,   F R E E   R A D I C A L   B I O   M E D ,   V 3 2 ,   P 1 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 1 - 5 8 4 9 ( 0 2 ) 0 0 8 2 6 - 2 ;   E r i k s e n   K T ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 0 8 1 5 ;   E s t e b a n   M ,   2 0 0 9 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 3 5 ,   P 4 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v i n t . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 3 ;   E v e r i t t   B .   S . ,   2 0 1 1 ,   I N D E X   C L U S T E R   A N A L ;   G a l   J ,   2 0 0 8 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 3 4 ,   P 8 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v i n t . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 0 6 ;   G a r c i a - P e r e z   J ,   2 0 1 5 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 2 0 5 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v p o l . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 2 4 ;   G a u l t   N ,   2 0 1 0 ,   T O X I C O L   I N   V I T R O ,   V 2 4 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i v . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 2 7 ;   G e o r g e   E M ,   2 0 1 3 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 1 3 1 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 3 4 ;   G o l a s i k   M ,   2 0 1 5 ,   J   T R A C E   E L E M   M E D   B I O ,   V 3 1 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t e m b . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 1 ;   G u p t e   A ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   T R E A T   R E V ,   V 3 5 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c t r v . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 0 4 ;   H a y e s   R B ,   1 9 9 7 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 8 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 4 5 7 3 0 5 2 1 2 ;   H u a n g   X ,   2 0 0 3 ,   M U T A T   R E S - F U N D   M O L   M ,   V 5 3 3 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r f m m m . 2 0 0 3 . 0 8 . 0 2 3 ;   I l y a s   A . ,   2 0 1 6 ,   H E L I Y O N ;   J i   J ,   2 0 1 4 ,   B I O L   T R A C E   E L E M   R E S ,   V 1 5 9 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 1 - 0 1 4 - 9 9 8 1 - z ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   J o m o v a   K ,   2 0 1 1 ,   T O X I C O L O G Y ,   V 2 8 3 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t o x . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 1 ;   J u l i n   B ,   2 0 1 1 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 5 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 1 . 2 3 8 ;   K a r i h t a l a   P ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   G Y N E C O L   C A N C E R ,   V 1 9 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / I G C . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 a d 0 f 0 d ;   K e m p s o n   I M ,   2 0 1 1 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 4 0 ,   P 3 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 1 c s 1 5 0 2 1 a ;   K h a l i q u e   A ,   2 0 0 5 ,   E N V I R O N   M O N I T   A S S E S S ,   V 1 0 4 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 6 1 - 0 0 5 - 8 8 1 3 - 1 ;   K h a n   F H ,   2 0 1 2 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 3 0 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 6 3 ;   K r y s t o n   T B ,   2 0 1 1 ,   M U T A T   R E S - F U N D   M O L   M ,   V 7 1 1 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r f m m m . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 6 ;   L a n g   I .   A . ,   1 9 9 9 ,   J   T O X I C O L   E N V   H E A L   A ,   V 7 2 ,   P 4 0 2 ;   L e e   J D ,   2 0 0 9 ,   J   F O R M O S   M E D   A S S O C ,   V 1 0 8 ,   P 5 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 9 - 6 6 4 6 ( 0 9 ) 6 0 3 7 3 - 9 ;   L e e   J C ,   2 0 1 2 ,   F R E E   R A D I C A L   B I O   M E D ,   V 5 3 ,   P 7 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f r e e r a d b i o m e d . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 0 2 ;   L u   H T ,   2 0 0 5 ,   M O L   C E L L   B I O C H E M ,   V 2 7 9 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 1 0 - 0 0 5 - 8 2 1 5 - 2 ;   M a g a l h a e s   T ,   2 0 0 6 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   B ,   V 6 1 ,   P 1 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a b . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 0 2 ;   M a r i e   K .   N . ,   2 0 1 3 ,   T H E S I S ,   P 7 7 6 ;   M a t e s   J M ,   2 0 0 0 ,   I N T   J   B I O C H E M   C E L L   B ,   V 3 2 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 7 - 2 7 2 5 ( 9 9 ) 0 0 0 8 8 - 6 ;   M e m o n   A U R ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 3 7 9 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 0 9 ;   M i l n e   F H ,   2 0 1 1 ,   M E D   H Y P O T H E S E S ,   V 7 7 ,   P 6 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e h y . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 0 1 ;   M o s e s   M .   F r e d i ,   2 0 1 1 ,   R e s e a r c h   J o u r n a l   o f   E n v i r o n m e n t a l   T o x i c o l o g y ,   V 5 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 3 9 2 3 / r j e t . 2 0 1 1 . 6 5 . 7 0 ;   M u l w a r e   S J ,   2 0 1 3 ,   B I O - T E C H N O L ,   V 3 ,   P 8 5 ;   N a s u l e w i e z   A ,   2 0 0 4 ,   J   T R A C E   E L E M   M E D   B I O ,   V 1 8 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t e m b . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 0 4 ;   N o w a k   B ,   2 0 0 0 ,   E C O T O X   E N V I R O N   S A F E ,   V 4 6 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / e e s a . 2 0 0 0 . 1 9 2 1 ;   O ' B r i e n   T J ,   2 0 0 3 ,   M U T A T   R E S - F U N D   M O L   M ,   V 5 3 3 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r f m m m . 2 0 0 3 . 0 9 . 0 0 6 ;   P a s h a   Q ,   2 0 0 8 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 1 5 3 ,   P 1 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 0 7 . 0 9 . 1 1 5 ;   P o w e l l   S R ,   2 0 0 0 ,   J   N U T R ,   V 1 3 0 ,   p 1 4 4 7 S ;   P r a s a d   A S ,   2 0 0 9 ,   C U R R   O P I N   C L I N   N U T R ,   V 1 2 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M C O . 0 b 0 1 3 e 3 2 8 3 3 1 2 9 5 6 ;   P r a t   J ,   2 0 0 5 ,   H U M   P A T H O L ,   V 3 6 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h u m p a t h . 2 0 0 5 . 0 6 . 0 0 6 ;   P r a t   J ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   G Y N E C O L   O B S T E T ,   V 1 2 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j g o . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 1 ;   P r z y b y l o w i c z   A ,   2 0 1 2 ,   C E N T   E U R   J   C H E M ,   V 1 0 ,   P 1 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 2 4 7 8 / s 1 1 5 3 2 - 0 1 2 - 0 0 8 9 - z ;   P u n t a r u l o   S u s a n a ,   2 0 0 5 ,   M o l e c u l a r   A s p e c t s   o f   M e d i c i n e ,   V 2 6 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a m . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 0 1 ;   Q a y y u m   M A ,   2 0 1 5 ,   T R A C E   E L E M   E L E C T R O L Y ,   V 3 2 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 5 4 1 4 / T E X 0 1 3 6 6 ;   Q a y y u m   M A ,   2 0 1 4 ,   B I O L   T R A C E   E L E M   R E S ,   V 1 5 8 ,   P 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 1 - 0 1 4 - 9 9 4 2 - 6 ;   R A H M A N   K ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   I N T E R V E N T I O N S ,   V 2 ,   P 2 1 9 ;   R a n a   S V S ,   2 0 0 8 ,   J   T R A C E   E L E M   M E D   B I O ,   V 2 2 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t e m b . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 2 ;   S a l n i k o w   K ,   2 0 0 8 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 2 1 ,   P 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 7 0 0 1 9 8 a ;   S a s a r o l i   D ,   2 0 0 9 ,   B I O M A R K   M E D ,   V 3 ,   P 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / B M M . 0 9 . 2 1 ;   S c h r a u z e r   G N ,   2 0 0 6 ,   B I O L   T R A C E   E L E M   R E S ,   V 1 0 9 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 8 5 / B T E R : 1 0 9 : 3 : 2 8 1 ;   S E L E V A N   S G ,   1 9 8 5 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 2 2 ,   P 6 7 3 ;   S e n t h i l   K ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 3 3 9 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c c n . 2 0 0 3 . 0 8 . 0 1 7 ;   S h a n d e r   A ,   2 0 0 9 ,   V O X   S A N G ,   V 9 7 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 2 3 - 0 4 1 0 . 2 0 0 9 . 0 1 2 0 7 . x ;   S h i   X L ,   1 9 9 9 ,   J   T O X I C O L   E N V   H E A L   B ,   V 2 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 3 7 4 0 9 9 2 8 1 2 4 1 ;   S h o a i l   I . ,   2 0 0 2 ,   J   P O S T G R A D U A T E   M E D   I ,   V 2 6 ,   P 1 9 6 ;   S t a t S o f t ,   1 9 9 9 ,   S T A T   W I N D   C O M P   P R O G R ;   S u k i e n n i c k i   G . ,   2 0 1 5 ,   H E R E D I T A R Y   C A N C   C   S 2 ,   V 1 3 ,   p A 5 ;   S u k u m a r   A ,   2 0 0 5 ,   R E V   E N V I R O N   C O N T A M   T ,   V 1 8 5 ,   P 1 4 1 ;   T e w   W P ,   2 0 1 6 ,   J   G E R I A T R   O N C O L ,   V 7 ,   P 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j g o . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 0 8 ;   T h o m p s o n   J ,   2 0 0 8 ,   R E P R O D   T O X I C O L ,   V 2 5 ,   P 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r e p r o t o x . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 0 1 ;   T i s a t o   F ,   2 0 1 0 ,   M E D   R E S   R E V ,   V 3 0 ,   P 7 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m e d . 2 0 1 7 4 ;   V a l k o   M ,   2 0 1 6 ,   A R C H   T O X I C O L ,   V 9 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 0 4 - 0 1 5 - 1 5 7 9 - 5 ;   V e r o u g s t r a e t e   V ,   2 0 0 3 ,   J   T O X I C O L   E N V   H E A L   B ,   V 6 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 3 7 4 0 0 3 9 0 1 5 5 5 8 0 ;   W a d h w a   S K ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 4 3 9 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 7 ;   W a n g   Y D ,   2 0 0 4 ,   F R E E   R A D I C A L   B I O   M E D ,   V 3 6 ,   P 1 4 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f r e e r a d b i o m e d . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 1 0 ;   W e i   B . ,   2 0 1 4 ,   H A I R   T H E R A P Y   T R A N S P L ,   V 4 ,   P 1 2 5 ;   W h i t t a k e r   M H ,   2 0 1 1 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 5 4 ,   P 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 2 5 ;   Y a m a n   M ,   2 0 0 7 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 1 3 ,   P 6 1 2 ;   Z a m b e t t i   G .   P . ,   2 0 0 5 ,   P R O T E I N   R E V ,   V 2 ,   P 5 3 	 7 8 	 0 	 0 	 2 	 2 	 B I O I N T E R F A C E   R E S E A R C H   A P P L I E D   C H E M I S T R Y 	 B U C U R E S T I 	 B I O I N T E R F A C E   R E S E A R C H   A P P L I E D   C H E M I S T R Y ,   B U C U R E S T I ,   0 0 0 0 0 ,   R O M A N I A 	 2 0 6 9 - 5 8 3 7 	 	 	 B I O I N T E R F A C E   R E S   A P P 	 B i o i n t e r f a c e   R e s .   A p p l .   C h e m . 	 D E C   1 5 	 2 0 1 6 	 6 	 6 	 	 	 	 	 1 8 4 7 	 1 8 5 9 	 	 	 	 1 3 	 C h e m i s t r y ,   A p p l i e d 	 C h e m i s t r y 	 E G 2 P B 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 8 8 4 7 0 0 0 4 3 	 	 
 
 J 	 C o r d e i r o ,   F R ;   S a n t o s ,   W P ;   S i l v a ,   A G 	 	 	 	 C o r d e i r o ,   F i l i p e   R . ;   S a n t o s ,   W e l l i n g t o n   P . ;   S i l v a - F i l h o ,   A b e l   G . 	 	 	 A   s e m i - s u p e r v i s e d   f u z z y   G r o w C u t   a l g o r i t h m   t o   s e g m e n t   a n d   c l a s s i f y   r e g i o n s   o f   i n t e r e s t   o f   m a m m o g r a p h i c   i m a g e s 	 E X P E R T   S Y S T E M S   W I T H   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r ;   M a m m o g r a p h i c   i m a g e   a n a l y s i s ;   S e m i - s u p e r v i s e d   i m a g e   s e g m e n t a t i o n ;   G r o w C u t   a l g o r i t h m ;   F u z z y   s e g m e n t a t i o n ;   S i m u l a t e d   a n n e a l i n g 	 M A S S   S E G M E N T A T I O N ;   B R E A S T - C A N C E R ;   Z E R N I K E   M O M E N T S ;   R A N D O M - W A L K S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   E N H A N C E M E N T ;   C O N T O U R 	 A c c o r d i n g   t o   t h e   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n ,   b r e a s t   c a n c e r   i s   t h e   m o s t   c o m m o n   f o r m   o f   c a n c e r   i n   w o m e n .   I t   i s   t h e   s e c o n d   l e a d i n g   c a u s e   o f   d e a t h   a m o n g   w o m e n   r o u n d   t h e   w o r l d ,   b e c o m i n g   t h e   m o s t   f a t a l   f o r m   o f   c a n c e r .   D e s p i t e   t h e   e x i s t e n c e   o f   s e v e r a l   i m a g i n g   t e c h n i q u e s   u s e f u l   t o   a i d   a t   t h e   d i a g n o s i s   o f   b r e a s t   c a n c e r ,   x - r a y   m a m m o g r a p h y   i s   s t i l l   t h e   m o s t   u s e d   a n d   e f f e c t i v e   i m a g i n g   t e c h n o l o g y .   C o n s e q u e n t l y ,   m a m m o g r a p h i c   i m a g e   s e g m e n t a t i o n   i s   a   f u n d a m e n t a l   t a s k   t o   s u p p o r t   i m a g e  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 E n g n ,   R e c i f e ,   P E ,   B r a z i l . 	 f r c @ c i n . u f p e . b r ;   w e l l i n g t o n . s a n t o s @ u f p e . b r ;   a g s f @ c i n . u f p e . b r 	 S a n t o s ,   W e l l i n g t o n / D - 9 0 7 7 - 2 0 1 4 	 S a n t o s ,   W e l l i n g t o n / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 2 5 5 8 - 6 6 0 2 	 	 	 A l - N a j d a w i   N ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 5 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 2 9 ;   A l l r e d   D C ,   1 9 9 8 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 1 1 ,   P 1 5 5 ;   B e r b e r   T ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 0 ,   P 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 3 ;   C h a k r a b o r t y   J . ,   2 0 1 2 ,   C O M P   B A S   M E D   S Y S T   C B ,   P 1 ;   C o l e m a n   M P ,   2 0 0 8 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 9 ,   P 7 3 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 8 ) 7 0 1 7 9 - 7 ,   1 0 . 1 0 1 6 / S 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 8 ) 7 0 1 7 9 - 7 ] ;   C o r d e i r o   F .   R . ,   2 0 1 2 ,   S T U D I E S   H L T H   T E C H N O L ,   V 1 9 2 ,   P 8 7 ;   C o s t a   C .   R .   A . ,   2 0 0 4 ,   C O N T R O L E   C A N C   M A M A   D ;   D a i   G Y ,   2 0 1 3 ,   I E E E   I M A G E   P R O C ,   P 1 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 1 3 . 6 7 3 8 2 3 6 ;   D a - x i   W . ,   2 0 1 0 ,   2 0 1 0   I N T   C   C O M P   A P P L ,   V 1 5 ,   P 5 4 7 ;   d e   O l i v e i r a   J E E ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 9 9 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 0 5 ;   D e s e r n o   T .   M . ,   2 0 1 1 ,   G R A P H   P A T T   I M   S I B G R ,   P 2 1 1 ;   D e s e r n o   T .   M . ,   2 0 1 2 ,   I N T   S O C   O P T I C S   P H O T O ;   D o n g   M ,   2 0 1 5 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 5 - 9 7 7 8 - 4 ;   D ' O r s i   C .   J . ,   1 9 9 8 ,   B R E A S T   I M   R E P   D A T   S Y ;   D o w s l a n d   K   A ,   2 0 1 2 ,   H D B   N A T U R A L   C O M P U T I N ,   P 1 6 2 3 ;   E g g e r   J . ,   2 0 1 3 ,   J A H R   S E K T   W I R B   D T S C H ,   P 2 4 ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 3 ,   2 0 1 3   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   S I G N A L   A N D   I M A G E   P R O C E S S I N G   A P P L I C A T I O N S   ( I E E E   I C S I P A   2 0 1 3 ) ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C S I P A . 2 0 1 3 . 6 7 0 8 0 3 6 ;   G h o s h   P ,   2 0 1 1 ,   H E A L T H C   I N F   I M   S Y S T ,   P 4 0 ;   G r a d y   L ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 8 ,   P 1 7 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 6 . 2 3 3 ;   H a o   X ,   2 0 1 2 ,   J   Z H E J I A N G   U - S C I   C ,   V 1 3 ,   P 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 1 / j z u s . C 1 2 0 0 0 5 2 ;   H e a t h   M ,   2 0 0 0 ,   P   5   I N T   W O R K S H   D I G   M ,   P 2 1 2 ;   H e r n a n d e z   G ,   1 9 9 6 ,   G R A P H   M O D E L   I M   P R O C ,   V 5 8 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / g m i p . 1 9 9 6 . 0 0 0 6 ;   H o n g   B W ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 4 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 9 . 2 0 3 3 2 6 9 ;   H w a n g   S K ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 9 ,   P 2 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 0 4 ;   J a i - A n d a l o u s s i   S ,   2 0 1 3 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 5 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / E M B C . 2 0 1 3 . 6 6 1 0 7 8 0 ;   J a i n   A K ,   1 9 9 6 ,   C O M P U T E R ,   V 2 9 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 . 4 8 5 8 9 1 ;   J u h l   J .   H . ,   2 0 0 0 ,   I N T E R P R E T A C A O   R A D I O L ;   L e w i s   S .   H . ,   2 0 1 2 ,   I N V E N T O R Y   P L A N N I N G   O ,   P 1 ;   L i t i e r e   S ,   2 0 1 2 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 3 ,   P 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 2 ) 7 0 0 4 2 - 6 ;   L i u   X ,   2 0 1 1 ,   B I O M   E N G   I N F   B M E I   2 0 ,   V 1 ,   P 3 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B M E I . 2 0 1 1 . 6 0 9 8 3 2 8 ;   M a i t r a   I .   K ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T E R   G R A P H ,   V 2 ,   P 1 7 ;   M a t h e r s   C ,   2 0 0 8 ,   G L O B A L   B U R D E N   O F   D I S E A S E :   2 0 0 4   U P D A T E ,   P 1 ;   M o h a m e d   S S ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T I C - S T H   0 9 :   2 0 0 9   I E E E   T O R O N T O   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E :   S C I E N C E   A N D   T E C H N O L O G Y   F O R   H U M A N I T Y ,   P 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I C - S T H . 2 0 0 9 . 5 4 4 4 4 3 8 ;   N a y a k   D .   R . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 7 7 6 2 6 ;   O l i v e r   A ,   2 0 1 0 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 4 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 5 ;   P e r e i r a   D C ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 4 ;   R a h m a t i   P ,   2 0 1 2 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 6 ,   P 1 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 0 5 ;   R a m a n   V . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T   E L E C T   E ,   V 3 ,   P 8 7 3 ;   S a m u e l s   M L ,   2 0 1 2 ,   S T A T   L I F E   S C I ;   S h a r m a   S ,   2 0 1 3 ,   2 0 1 3   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   C O N T R O L   S Y S T E M ,   C O M P U T I N G   A N D   E N G I N E E R I N G   ( I C C S C E   2 0 1 3 ) ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C S C E . 2 0 1 3 . 6 7 1 9 9 4 7 ;   S U C K L I N G   J ,   1 9 9 4 ,   I N T   C O N G R   S E R ,   V 1 0 6 9 ,   P 3 7 5 ;   T a h m a s b i   A ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 1 ,   P 7 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 9 ;   V e z h n e v e t s   V . ,   2 0 0 5 ,   P   G R A P H I C O N ,   V 2 0 0 5 ,   P 1 5 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . A J 0 D 0 . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 3 6 ;   V i c e n t e   S ,   2 0 0 8 ,   C O M P   V I S   P A T T   R E C   2 0 ,   V 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 8 . 4 5 8 7 4 4 0 ;   W a n g   W Z ,   2 0 0 9 ,   M E C H   S Y S T   S I G N A L   P R ,   V 2 3 ,   P 2 0 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m s s p . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 1 5 ;   X i e   W Y ,   2 0 1 6 ,   O P T I K ,   V 1 2 7 ,   P 1 6 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j l e o . 2 0 1 5 . 0 9 . 2 5 0 ;   Y a m a s a k i   T . ,   2 0 1 2 ,   S I G N   I N F   P R O C   A S S   A N ,   P 1 ;   Y e   S . ,   2 0 1 0 ,   C O M P   A P P L   S Y S T   M O D   I ,   V 3 ,   p V 3 ;   Z h e n g   S W ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   C O N S U M ,   V 2 ,   P 6 6 	 4 9 	 0 	 0 	 3 4 	 4 5 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 D E C   1 5 	 2 0 1 6 	 6 5 	 	 	 	 	 	 1 1 6 	 1 2 6 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 1 6 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 D Z 1 N X 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 6 0 6 2 0 0 0 0 9 	 	 
 
 J 	 F e n g ,   J L ;   Y u ,   H ;   S u ,   X F ;   L i u ,   S H ;   L i ,   Y ;   P a n ,   Y P ;   S u n ,   J H 	 	 	 	 F e n g ,   J i n g l a n ;   Y u ,   H a o ;   S u ,   X i a n f a ;   L i u ,   S h u h u i ;   L i ,   Y i ;   P a n ,   Y u e p e n g ;   S u n ,   J i a n - H u i 	 	 	 C h e m i c a l   c o m p o s i t i o n   a n d   s o u r c e   a p p o r t i o n m e n t   o f   P M 2 . 5   d u r i n g   C h i n e s e   S p r i n g   F e s t i v a l   a t   X i n x i a n g ,   a   h e a v i l y   p o l l u t e d   c i t y   i n   N o r t h   C h i n a :   F i r e w o r k s   a n d   h e a l t h   r i s k s 	 A T M O S P H E R I C   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P M 2 . 5 ;   H a z e ;   F i r e w o r k   b u r n i n g ;   S o u r c e   i d e n t i f i c a t i o n ;   H e a l t h   r i s k 	 Y A N G T Z E - R I V E R   D E L T A ;   H A Z E - F O G   E P I S O D E S ;   P A R T I C U L A T E   M A T T E R ;   A I R - Q U A L I T Y ;  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 4 5 3 0 0 7 ,   H e n a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   Y i ]   A r i z o n a   D e p t   E n v i r o n m   Q u a l ,   1 1 1 0   W   W a s h i n g t o n   S t ,   P h o e n i x ,   A Z   8 5 0 0 7   U S A ;   [ P a n ,   Y u e p e n g ]   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   S t a t e   K e y   L a b   A t m o s p h e r   B o u n d a r y   L a y e r   P h y s   &   A t m ,   I n s t   A t m o s p h e r   P h y s ,   B e i j i n g   1 0 0 0 2 9 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 S u ,   X F ;   S u n ,   J H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H e n a n   N o r m a l   U n i v ,   K e y   L a b   Y e l l o w   R i v e r   &   H u a i   R i v e r   W a t e r   E n v i r o n m ,   H e n a n   K e y   L a b   E n v i r o n m   P o l l u t   C o n t r o l ,   S c h   E n v i r o n m , M i n i s t   E d u c ,   X i n x i a n g   4 5 3 0 0 7 ,   H e n a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 f e n g j i n g l a n @ 1 6 3 . c o m ;   p e t e r y u 9 0 @ 1 6 3 . c o m ;   x f s u 8 0 0 8 @ 1 2 6 . c o m ;   s o h o h u i h u i @ 1 2 6 . c o m ;   l y g g d 0 9 1 0 @ g m a i l . c o m ;   p a n y u e p e n g @ m a i l . i a p . a c . c n ;   s u n j h h j @ 1 6 3 . c o m 	 L i ,   Y i / N - 4 0 0 0 - 2 0 1 5 	 L i ,   Y i / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 6 0 2 2 - 9 1 3 6 	 N a t i o n a l   S c i e n t i f i c   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 4 1 1 0 3 0 7 1 ] ;   P r o g r a m   f o r   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   I n n o v a t i o n   t a l e n t s   i n   u n i v e r s i t i e s   o f   H e n a n   P r o v i n c e   [ 1 4 H A S T I T 0 4 9 ] ;   F o u n d a t i o n   f o r   U n i v e r s i t y   K e y   T e a c h e r   b y   H e n a n   P r o v i n c e   [ 2 0 1 3 G G J S - 0 5 9 ] ;   K e y   P r o j e c t   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   i n   H e n a n   P r o v i n c e   [ 1 5 2 1 0 2 3 1 0 3 1 6 ] ;   P r o g r a m   f o r   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   D e v e l o p m e n t   i n   X i n x i a n g   [ 1 5 S F 0 2 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   S c i e n t i f i c   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( G r a n t   n o .   4 1 1 0 3 0 7 1 ) ,   P r o g r a m   f o r   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   I n n o v a t i o n   t a l e n t s   i n   u n i v e r s i t i e s   o f   H e n a n   P r o v i n c e   ( 1 4 H A S T I T 0 4 9 ) ,   F o u n d a t i o n   f o r   U n i v e r s i t y   K e y   T e a c h e r   b y   H e n a n   P r o v i n c e   ( 2 0 1 3 G G J S - 0 5 9 ) ,   K e y   P r o j e c t   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   i n   H e n a n   P r o v i n c e   ( 1 5 2 1 0 2 3 1 0 3 1 6 )   a n d   P r o g r a m   f o r   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   D e v e l o p m e n t   i n   X i n x i a n g   ( 1 5 S F 0 2 ) . 	 C h e n g   Z ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 8 2 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v p o l . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 4 3 ;   D u t c h e r   D D ,   1 9 9 9 ,   J   A I R   W A S T E   M A N A G E ,   V 4 9 ,   P 1 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 4 7 3 2 8 9 . 1 9 9 9 . 1 0 4 6 3 7 9 0 ;   D y k e   P ,   1 9 9 7 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 3 4 ,   P 1 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 5 - 6 5 3 5 ( 9 7 ) 0 0 4 1 8 - 9 ;   F e n g   J L ,   2 0 1 2 ,   A T M O S   R E S ,   V 1 1 8 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 1 2 ;   F l e i s c h e r   O ,   1 9 9 9 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 3 9 ,   P 9 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 5 - 6 5 3 5 ( 9 9 ) 0 0 0 1 9 - 3 ;   G r a n e r o   S . ,   2 0 1 2 ,   E N V I R O N   I N T ,   V 2 8 ,   P 1 5 9 ;   H u a n g   K ,   2 0 1 2 ,   A T M O S   C H E M   P H Y S ,   V 1 2 ,   P 1 1 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 5 1 9 4 / a c p - 1 2 - 1 1 6 3 1 - 2 0 1 2 ;   J i a n g   Q . ,   2 0 1 4 ,   A T M O S   C H E M   P H Y S   D I S C ,   V 1 4 ,   P 2 0 6 1 7 ,   D O I   [ 1 0 . 5 1 9 4 / a c p d - 1 4 - 2 0 6 1 7 - 2 0 1 4 ,   D O I   1 0 . 5 1 9 4 / A C P D - 1 4 - 2 0 6 1 7 - 2 0 1 4 ] ;   J i n g   H ,   2 0 1 4 ,   E N V I R O N   P O L L U T ,   V 1 9 2 ,   P 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n v p o l . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 3 ;   K i m   B M ,   2 0 0 0 ,   J   A I R   W A S T E   M A N A G E ,   V 5 0 ,   P 2 0 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 4 7 3 2 8 9 . 2 0 0 0 . 1 0 4 6 4 2 4 2 ;   K i m   K W ,   2 0 0 1 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 5 ,   P 5 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 0 1 ) 0 0 3 3 0 - 2 ;   K o n g   S F ,   2 0 1 5 ,   A T M O S   C H E M   P H Y S ,   V 1 5 ,   P 2 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 5 1 9 4 / a c p - 1 5 - 2 1 6 7 - 2 0 1 5 ;   K o n g   S F ,   2 0 1 2 ,   J   E N V I R O N   M O N I T O R ,   V 1 4 ,   P 7 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 1 e m 1 0 5 5 5 h ;   K o n g   S F ,   2 0 1 0 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 0 8 ,   P 4 6 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 5 ;   L e e   K Y ,   2 0 1 4 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 2 7 4 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 2 9 ;   L i   W J ,   2 0 1 3 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 4 3 ,   P 4 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 2 . 1 0 . 1 0 9 ;   L i   Y ,   2 0 1 4 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 8 3 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 7 ;   L i u   J ,   2 0 1 4 ,   N A T   H A Z A R D S ,   V 7 3 ,   P 2 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 6 9 - 0 1 4 - 1 1 5 7 - 9 ;   M a t t e l   E . F . ,   2 0 1 0 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 4 3 ,   P 3 8 1 ;   O k a d a   K ,   2 0 0 1 ,   J   A E R O S O L   S C I ,   V 3 2 ,   P 1 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 1 - 8 5 0 2 ( 0 1 ) 0 0 0 6 2 - 3 ;   P a n   Y P ,   2 0 1 5 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 5 3 7 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 6 0 ;   R a g o s t a   M ,   2 0 0 8 ,   A T M O S   R E S ,   V 8 9 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 9 ;   R a m a n a t h a n   V ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E O S C I ,   V 1 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g e o 1 5 6 ;   S h e n   G F ,   2 0 1 4 ,   J   E N V I R O N   S C I   H E A L   A ,   V 4 9 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 9 3 4 5 2 9 . 2 0 1 3 . 8 3 8 8 5 1 ;   S h e n   Z X ,   2 0 0 9 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 3 ,   P 2 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 5 ;   S t o e g e r   T ,   2 0 0 6 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 1 4 ,   P 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 9 / e h p . 8 2 6 6 ;   S u n   Y L ,   2 0 1 3 ,   A T M O S   C H E M   P H Y S ,   V 1 3 ,   P 4 5 7 7 ,   D O I   1 0 . 5 1 9 4 / a c p - 1 3 - 4 5 7 7 - 2 0 1 3 ;   S u n   Y L ,   2 0 0 6 ,   E N V I R O N   S C I   T E C H N O L ,   V 4 0 ,   P 3 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / e s 0 5 1 5 3 3 g ;   T a n   J H ,   2 0 1 6 ,   A T M O S   R E S ,   V 1 6 7 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 1 5 ;   T a o   J ,   2 0 1 4 ,   A T M O S   R E S ,   V 1 3 5 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 1 5 ;   T a o   J ,   2 0 1 3 ,   A T M O S   R E S ,   V 1 2 2 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 4 ;   T a o   J ,   2 0 0 9 ,   P A R T I C U O L O G Y ,   V 7 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a r t i c . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 0 2 ;   T e r z i   E ,   2 0 1 0 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 4 ,   P 2 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 1 9 ;   T i a n   S L ,   2 0 1 4 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 2 7 9 ,   P 4 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 2 3 ;   T i a n   Y Z ,   2 0 1 4 ,   A T M O S   C H E M   P H Y S ,   V 1 4 ,   P 9 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 5 1 9 4 / a c p - 1 4 - 9 4 6 9 - 2 0 1 4 ;   T s y r o   S G ,   2 0 0 5 ,   A T M O S   C H E M   P H Y S ,   V 5 ,   P 5 1 5 ;   V e c c h i   R ,   2 0 0 8 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 2 ,   P 1 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 4 7 ;   W a n g   H L ,   2 0 1 6 ,   C H E M O S P H E R E ,   V 1 4 8 ,   P 5 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o s p h e r e . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 6 6 ;   W a n g   Y ,   2 0 0 6 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 0 ,   P 2 9 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 5 . 1 2 . 0 5 1 ;   W a n g   Y ,   2 0 0 7 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 1 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 4 3 ;   W u   D ,   2 0 1 4 ,   A T M O S   R E S ,   V 1 4 9 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 2 ;   W u   Y ,   2 0 1 4 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 7 0 ,   P 7 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 6 6 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v 2 0 1 3 . 0 9 . 0 6 6 ] ;   X i a o   S ,   2 0 1 4 ,   A T M O S   R E S ,   V 1 4 9 ,   P 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 6 ;   Y a n g   L X ,   2 0 0 7 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 3 8 3 ,   P 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 4 2 ;   Y a n g   L X ,   2 0 1 4 ,   S C I   T O T A L   E N V I R O N ,   V 4 7 6 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s c i t o t e n v . 2 0 1 3 . 1 2 . 1 1 0 ;   Y e   C ,   2 0 1 4 ,   L A N C E T ,   V 3 8 3 ,   P 2 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 4 ) 6 1 0 2 9 - 1 ;   Y u a n   Q ,   2 0 1 5 ,   A T M O S   R E S ,   V 1 5 6 ,   P 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 2 ;   Z h a n g   M ,   2 0 1 0 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 4 4 ,   P 5 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s e n v . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 4 8 	 4 8 	 2 	 2 	 1 5 3 	 2 1 2 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 0 1 6 9 - 8 0 9 5 	 1 8 7 3 - 2 8 9 5 	 	 A T M O S   R E S 	 A t m o s .   R e s . 	 D E C   1 5 	 2 0 1 6 	 1 8 2 	 	 	 	 	 	 1 7 6 	 1 8 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . a t m o s r e s . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 2 8 	 	 1 3 	 M e t e o r o l o g y   &   A t m o s p h e r i c   S c i e n c e s 	 M e t e o r o l o g y   &   A t m o s p h e r i c   S c i e n c e s 	 D Y 1 Q G 	 W O S : 0 0 0 3 8 4 8 6 8 9 0 0 0 1 6 	 	 
 
 J 	 A n ,   J Y ;   Y o u ,   Z H ;   C h e n ,   X ;   H u a n g ,   D S ;   L i ,   Z W ;   L i u ,   G ;   W a n g ,   Y 	 	 	 	 A n ,   J i - Y o n g ;   Y o u ,   Z h u - H o n g ;   C h e n ,   X i n g ;   H u a n g ,   D e - S h u a n g ;   L i ,   Z h e n g - W e i ;   L i u ,   G a n g ;   W a n g ,   Y i n 	 	 	 I d e n t i f i c a t i o n   o f   s e l f - i n t e r a c t i n g   p r o t e i n s   b y   e x p l o r i n g   e v o l u t i o n a r y   i n f o r m a t i o n   e m b e d d e d   i n   P S I - B L A S T - c o n s t r u c t e d   p o s i t i o n   s p e c i f i c   s c o r i n g   m a t r i x 	 O N C O T A R G E T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 d i s e a s e ;   p o s i t i o n - s p e c i f i c   s c o r i n g   m a t r i x ;   p r o t e i n   s e l f - i n t e r a c t i o n ;   c a n c e r 	 I N T E R A C T I O N   P R E D I C T I O N 	 S e l f - i n t e r a c t i n g   P r o t e i n s   ( S I P s )   p l a y   a n   e s s e n t i a l   r o l e   i n   a   w i d e   r a n g e   o f   b i o l o g i c a l   p r o c e s s e s ,   s u c h   a s   g e n e   e x p r e s s i o n   r e g u l a t i o n ,   s i g n a l   t r a n s d u c t i o n ,   e n z y m e   a c t i v a t i o n   a n d   i m m u n e   r e s p o n s e .   B e c a u s e   o f   t h e   l i m i t a t i o n s   f o r   e x p e r i m e n t a l   s e l f - i n t e r a c t i o n   p r o t e i n s   i d e n t i f i c a t i o n ,   d e v e l o p i n g   a n   e f f e c t i v e   c o m p u t a t i o n a l   m e t h o d   b a s e d   o n   p r o t e i n   s e q u e n c e   t o   d e t e c t   S I P s   i s   m u c h   i m p o r t a n t .   I n   t h e   s t u d y ,   w e   p r o p o s e d   a   n o v e l   c o m p u t a t i o n a l   a p p r o a c h   c a l l e d   R V M B I G P   t h a t   c o m b i n e s   t h e   R e l e v a n c e   V e c t o r   M a c h i n e   ( R V M )   m o d e l   a n d   B i - g r a m   p r o b a b i l i t y   ( B I G P )   t o   p r e d i c t  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 t h e   p r o p o s e d   R V M B I G P   m o d e l   c a n   a c h i e v e   v e r y   h i g h   a c c u r a c i e s   o f   9 5 . 4 8 %   a n d   9 8 . 8 0 % ,   r e s p e c t i v e l y .   T h e   e x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   s h o w   t h a t   o u r   p r o p o s e d   m e t h o d   i s   v e r y   p r o m i s i n g   a n d   m a y   p r o v i d e   a   c o s t - e f f e c t i v e   a l t e r n a t i v e   f o r   S I P s   i d e n t i f i c a t i o n .   I n   a d d i t i o n ,   t o   f a c i l i t a t e   e x t e n s i v e   s t u d i e s   f o r   f u t u r e   p r o t e o m i c s   r e s e a r c h ,   t h e   R V M B I G P   s e r v e r   i s   f r e e l y   a v a i l a b l e   f o r   a c a d e m i c   u s e   a t   h t t p : / / 2 1 9 . 2 1 9 . 6 2 . 1 2 3 : 8 8 8 8 / R V M B I G P . 	 [ A n ,   J i - Y o n g ;   L i ,   Z h e n g - W e i ;   W a n g ,   Y i n ]   C h i n a   U n i v   M i n   &   T e c h n o l ,   S c h   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   X u z h o u   2 1 1 1 6 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Y o u ,   Z h u - H o n g ]   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   X i n j i a n g   T e c h   I n s t   P h y s   &   C h e m ,   U r u m q i   8 3 0 0 1 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h e n ,   X i n g ]   C h i n a   U n i v   M i n   &   T e c h n o l ,   S c h   I n f o r m a t   &   E l e c t   E n g n ,   X u z h o u   2 2 1 1 1 6 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H u a n g ,   D e - S h u a n g ]   T o n g j i   U n i v ,   S c h   E l e c t   &   I n f o r m a t   E n g n ,   S h a n g h a i   2 0 1 8 0 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   G a n g ]   S h e n z h e n   U n i v ,   C o l l   C o m p   S c i   &   S o f t w a r e   E n g n ,   S h e n z h e n   5 1 8 0 6 0 ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Y o u ,   Z H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   X i n j i a n g   T e c h   I n s t   P h y s   &   C h e m ,   U r u m q i   8 3 0 0 1 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   C h e n ,   X   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n a   U n i v   M i n   &   T e c h n o l ,   S c h   I n f o r m a t   &   E l e c t   E n g n ,   X u z h o u   2 2 1 1 1 6 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   H u a n g ,   D S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T o n g j i   U n i v ,   S c h   E l e c t   &   I n f o r m a t   E n g n ,   S h a n g h a i   2 0 1 8 0 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z h u h o n g y o u @ g m a i l . c o m ;   x i n g c h e n @ a m s s . a c . c n ;   d s h u a n g @ t o n g j i . e d u . c n 	 C h e n ,   X i n g / G - 6 8 4 4 - 2 0 1 6 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   o f   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 3 7 3 0 8 6 ,   6 1 5 7 2 5 0 6 ,   1 1 3 0 1 5 1 7 ] ;   P i o n e e r   H u n d r e d   T a l e n t s   P r o g r a m   o f   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s ;   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   M a t h e m a t i c s   a n d   I n t e r d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s ,   C A S 	 Z H Y   a n d   J Y A   a r e   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   o f   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   u n d e r   G r a n t   6 1 3 7 3 0 8 6 ,   6 1 5 7 2 5 0 6 ,   i n   p a r t   b y   t h e   P i o n e e r   H u n d r e d   T a l e n t s   P r o g r a m   o f   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s .   X C   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   o f   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   u n d e r   G r a n t   1 1 3 0 1 5 1 7   a n d   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   M a t h e m a t i c s   a n d   I n t e r d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s ,   C A S . 	 A l t s c h u l   S F ,   1 9 9 8 ,   T R E N D S   B I O C H E M   S C I ,   V 2 3 ,   P 4 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 6 8 - 0 0 0 4 ( 9 8 ) 0 1 2 9 8 - 5 ;   A n   J Y ,   2 0 1 6 ,   I M P R O V I N G   P R O T E I N   P R ;   B e n - H u r   A ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   p I 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 1 0 1 6 ;   B r e u e r   K ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 1 2 2 8 ;   C h a t r - a r y a m o n t r i   A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 2 0 4 ;   C h e n   X ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 4 5 9 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 0 0 0 8 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   U n i P r o t   C o n s o r t i u m ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 2 0 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / N A R / G K U 9 8 9 ;   D u   X Q ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 5 ,   P 1 2 7 3 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 5 0 7 1 2 7 3 1 ;   G h a n t y   P ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 8 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 0 9 . 2 0 1 6 4 8 8 ;   G R I B S K O V   M ,   1 9 8 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 8 4 ,   P 4 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 8 4 . 1 3 . 4 3 5 5 ;   J a n s e n   R ,   2 0 0 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 2 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 8 7 3 6 1 ;   L a u n a y   G ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 9 1 ;   L i   S ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   C Y B E R N E T I C S ,   V 4 6 ,   P 1 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C Y B . 2 0 1 5 . 2 4 3 4 8 4 1 ;   L i   Z W ,   2 0 1 6 ,   H I G H L Y   A C C U R A T E   P R E D ,   P 1 7 ;   L i u   X . - C . ,   2 0 1 6 ,   A M I N O   A C I D S ,   P 1 ;   L i u   Z Y ,   2 0 1 3 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 2 ,   P 1 6 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 2 . 0 2 1 7 9 0 ;   O r c h a r d   S ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 1 1 5 ;   S a l w i n s k i   L ,   2 0 0 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 2 ,   p D 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k h 0 8 6 ;   S h a r m a   A ,   2 0 1 2 ,   N A N O B I O S C I E N C E   I E E E ,   V 3 2 0 ,   P 4 1 ;   S h a r m a   A ,   2 0 1 3 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 2 0 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 8 ;   S h e n   J W ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 4 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 6 0 7 8 7 9 1 0 4 ;   T i p p i n g   M E ,   2 0 0 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 1 5 2 7 4 8 2 3 6 ;   Y o u   Z H ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   C Y B E R N E T I C S ,   P 1 ;   Y o u   Z H ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 4 5 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 7 2 ;   Y o u   Z H ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 2 7 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 5 1 0 ;   Z a h i r i   J ,   2 0 1 4 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 4 ,   P 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 6 ;   Z a h i r i   J ,   2 0 1 3 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 2 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 6 ;   Z a k i   N ,   2 0 0 9 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 0 - 1 5 0 	 2 9 	 0 	 0 	 3 	 3 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 O R C H A R D   P A R K 	 6 6 6 6   E   Q U A K E R   S T ,   S T E   1 ,   O R C H A R D   P A R K ,   N Y   1 4 1 2 7   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 D E C   1 3 	 2 0 1 6 	 7 	 5 0 	 	 	 	 	 8 2 4 4 0 	 8 2 4 4 9 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 2 5 1 7 	 	 1 0 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E G 9 B Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 3 5 2 8 0 0 0 4 0 	 2 7 7 3 2 9 5 7 	 
 
 J 	 T o k h e i m ,   C J ;   P a p a d o p o u l o s ,   N ;   K i n z l e r ,   K W ;   V o g e l s t e i n ,   B ;   K a r c h i n ,   R 	 	 	 	 T o k h e i m ,   C o l l i n   J . ;   P a p a d o p o u l o s ,   N i c k o l a s ;   K i n z l e r ,   K e n n e t h   W . ;   V o g e l s t e i n ,   B e r t ;   K a r c h i n ,   R a c h e l 	 	 	 E v a l u a t i n g   t h e   e v a l u a t i o n   o f   c a n c e r   d r i v e r   g e n e s 	 P R O C E E D I N G S   O F   T H E   N A T I O N A L   A C A D E M Y   O F   S C I E N C E S   O F   T H E   U N I T E D   S T A T E S   O F   A M E R I C A 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c a n c e r   g e n o m i c s ;   D N A   s e q u e n c i n g ;   d r i v e r   g e n e s ;   c a n c e r   m u t a t i o n s ;   c o m p u t a t i o n a l   m e t h o d   e v a l u a t i o n 	 S O M A T I C   M U T A T I O N S ;   S E Q U E N C I N G   D A T A ;   T U M O R   T Y P E S ;   G E N O M E ;   P A T T E R N S ;   T O O L K I T ;   S H A P E 	 S e q u e n c i n g   h a s   i d e n t i f i e d   m i l l i o n s   o f   s o m a t i c   m u t a t i o n s   i n   h u m a n   c a n c e r s ,   b u t   d i s t i n g u i s h i n g   c a n c e r   d r i v e r   g e n e s   r e m a i n s   a   m a j o r   c h a l l e n g e .   N u m e r o u s   m e t h o d s   h a v e   b e e n   d e v e l o p e d   t o   i d e n t i f y   d r i v e r   g e n e s ,   b u t   e v a l u a t i o n   o f   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e s e   m e t h o d s   i s   h i n d e r e d   b y   t h e   l a c k   o f   a   g o l d   s t a n d a r d ,   t h a t   i s ,   b o n a   f i d e   d r i v e r   g e n e   m u t a t i o n s .   H e r e ,   w e   e s t a b l i s h   a n   e v a l u a t i o n   f r a m e w o r k   t h a t   c a n   b e   a p p l i e d   t o   d r i v e r   g e n e   p r e d i c t i o n   m e t h o d s .   W e   u s e d   t h i s   f r a m e w o r k   t o   c o m p a r e   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   e i g h t   s u c h   m e t h o d s .   O n e   o f   t h e s e   m e t h o d s ,   d e s c r i b e d   h e r e ,   i n c o r p o r a t e d   a   m a c h i n e - l e a r n i n g - b a s e d   r a t i o m e t r i c   a p p r o a c h .   W e   s h o w   t h a t   t h e   d r i v e r   g e n e s   p r e d i c t e d   b y   e a c h   o f   t h e   e i g h t   m e t h o d s   v a r y   w i d e l y .   M o r e o v e r ,   t h e   P   v a l u e s   r e p o r t e d   b y   s e v e r a l   o f   t h e   m e t h o d s   w e r e   i n c o n s i s t e n t   w i t h   t h e   u n i f o r m   v a l u e s   e x p e c t e d ,   t h u s   c a l l i n g   i n t o   q u e s t i o n   t h e   a s s u m p t i o n s   t h a t   w e r e   u s e d   t o   g e n e r a t e   t h e m .   F i n a l l y ,   w e   e v a l u a t e d   t h e   p o t e n t i a l   e f f e c t s   o f   u n e x p l a i n e d   v a r i a b i l i t y   i n   m u t a t i o n   r a t e s   o n   f a l s e - p o s i t i v e   d r i v e r   g e n e   p r e d i c t i o n s .   O u r   a n a l y s i s   p o i n t s   t o   t h e   s t r e n g t h s   a n d   w e a k n e s s e s   o f   e a c h   o f   t h e   c u r r e n t l y   a v a i l a b l e   m e t h o d s   a n d   o f f e r s   g u i d a n c e   f o r   i m p r o v i n g   t h e m   i n   t h e   f u t u r e . 	 [ T o k h e i m ,   C o l l i n   J . ;   K a r c h i n ,   R a c h e l ]   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 1 8   U S A ;   [ T o k h e i m ,   C o l l i n   J . ;   K a r c h i n ,   R a c h e l ]   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   I n s t   C o m p u t a t   M e d ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 1 8   U S A ;   [ P a p a d o p o u l o s ,   N i c k o l a s ;   K i n z l e r ,   K e n n e t h   W . ;   V o g e l s t e i n ,   B e r t ]   J o h n s   H o p k i n s   M e d   I n s t ,   L u d w i g   C t r ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 3 1   U S A ;   [ P a p a d o p o u l o s ,   N i c k o l a s ;   K i n z l e r ,   K e n n e t h   W . ;   V o g e l s t e i n ,   B e r t ]   J o h n s   H o p k i n s   M e d   I n s t ,   H o w a r d   H u g h e s   M e d   I n s t ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 3 1   U S A ;   [ K a r c h i n ,   R a c h e l ]   J o h n s   H o p k i n s   M e d   I n s t ,   D e p t   O n c o l ,   C a n c   B i o l   P r o g r a m ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 3 1   U S A 	 K a r c h i n ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 1 8   U S A . ;   K a r c h i n ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   I n s t   C o m p u t a t   M e d ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 1 8   U S A . ;   V o g e l s t e i n ,   B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J o h n s   H o p k i n s   M e d   I n s t ,   L u d w i g   C t r ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 3 1   U S A . ;   V o g e l s t e i n ,   B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J o h n s   H o p k i n s   M e d   I n s t ,   H o w a r d   H u g h e s   M e d   I n s t ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 3 1   U S A . ;   K a r c h i n ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J o h n s   H o p k i n s   M e d   I n s t ,   D e p t   O n c o l ,   C a n c   B i o l   P r o g r a m ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 3 1   U S A . 	 b e r t v o g @ g m a i l . c o m ;   k a r c h i n @ j h u . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   ( N C I )   G r a n t   [ F 3 1 C A 2 0 0 2 6 6 ,   5 U 0 1 C A 1 8 0 9 5 6 - 0 3 ,   1 U 2 4 C A 2 0 4 8 1 7 - 0 1 ,   P 5 0 - C A 6 2 9 2 4 ] ;   V i r g i n i a   a n d   D .   K .   L u d w i g   F u n d   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h ;   L u s t g a r t e n   F o u n d a t i o n   f o r   P a n c r e a t i c   C a n c e r   R e s e a r c h ;   S o l   G o l d m a n   C e n t e r   f o r   P a n c r e a t i c   C a n c e r   R e s e a r c h 	 T h a n k s   t o   D r .   D a n i e l   N a i m a n   f o r   r e v i e w   o f   t h e   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s .   T h i s   r e s e a r c h   w a s   f u n d e d   b y   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   ( N C I )   G r a n t   F 3 1 C A 2 0 0 2 6 6   ( t o   C . J . T . ) ;   N C I   G r a n t s   5 U 0 1 C A 1 8 0 9 5 6 - 0 3   a n d   1 U 2 4 C A 2 0 4 8 1 7 - 0 1   ( t o   R . K . ) ;   a n d   T h e   V i r g i n i a   a n d   D .   K .   L u d w i g   F u n d   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h ,   L u s t g a r t e n   F o u n d a t i o n   f o r   P a n c r e a t i c   C a n c e r   R e s e a r c h ,   T h e   S o l   G o l d m a n   C e n t e r   f o r   P a n c r e a t i c   C a n c e r   R e s e a r c h ,   a n d   N C I   G r a n t   P 5 0 - C A 6 2 9 2 4   ( t o   B . V . ) . 	 A g a r w a l a   R ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   p D 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 2 9 0 ;   A m i t   Y ,   1 9 9 7 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 9 ,   P 1 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 1 9 9 7 . 9 . 7 . 1 5 4 5 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C h e n g   F X ,   2 0 1 6 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 7 ,   P 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b v 0 6 8 ;   C h e r n i c k   M R ,   2 0 0 2 ,   A M   S T A T ,   V 5 6 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 0 0 3 1 3 0 0 2 3 1 7 5 7 2 8 3 5 ;   D a v o l i   T ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 5 ,   P 9 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 1 1 ;   D e e s   N D ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 5 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 4 6 3 5 . 1 1 1 ;   D o u v i l l e   C ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 6 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 0 1 7 ;   F o r b e s   S A ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p D 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 9 2 9 ;   F u t r e a l   P A ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 2 9 9 ;   G o n z a l e z - P e r e z   A ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 7 4 3 ;   H o f r e e   M ,   2 0 1 6 ,   N A T   C O M M U N ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 2 0 9 6 ;   K u m a r   R D ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 3 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t v 4 3 0 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 0 5 ,   P 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 9 1 2 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 9 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 2 1 3 ;   L i   Q H ,   2 0 1 1 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 5 ,   P 1 7 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 1 - A O A S 4 6 6 ;   M u l a r o n i   L ,   2 0 1 6 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 6 - 0 9 9 4 - 0 ;   P a r m i g i a n i   G ,   2 0 0 9 ,   G E N O M I C S ,   V 9 3 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 0 5 ;   R e i m a n d   J ,   2 0 1 3 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 1 2 . 6 8 ;   R o s e n b l o o m   K R ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 1 7 7 ;   S c h u s t e r - B o c k l e r   B ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 8 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 2 7 3 ;   S j o b l o m   T ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 4 ,   P 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 3 3 4 2 7 ;   S t o r e y   J D ,   2 0 0 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 0 ,   P 9 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 3 0 5 0 9 1 0 0 ;   S u p e k   F ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 1 7 3 ;   T a m b o r e r o   D ,   2 0 1 3 ,   S C I   R E P - U K ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 2 6 5 0 ;   T a m b o r e r o   D ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 3 9 5 ;   T o m a s e t t i   C ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 1 9 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 2 1 0 6 8 1 1 0 ;   V o g e l s t e i n   B ,   2 0 1 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 9 ,   P 1 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 5 1 2 2 ;   W a t s o n   I R ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 4 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 5 3 9 ;   W o n g   W C ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 2 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 3 5 7 	 3 0 	 1 	 1 	 1 2 	 1 2 	 N A T L   A C A D   S C I E N C E S 	 W A S H I N G T O N 	 2 1 0 1   C O N S T I T U T I O N   A V E   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 4 1 8   U S A 	 0 0 2 7 - 8 4 2 4 	 	 	 P   N A T L   A C A D   S C I   U S A 	 P r o c .   N a t l .   A c a d .   S c i .   U .   S .   A . 	 D E C   1 3 	 2 0 1 6 	 1 1 3 	 5 0 	 	 	 	 	 1 4 3 3 0 	 1 4 3 3 5 	 	 1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 6 1 6 4 4 0 1 1 3 	 	 6 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E E 6 C Q 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 6 9 6 7 0 0 0 5 7 	 2 7 9 1 1 8 2 8 	 
 
 J 	 C h e n g ,   S ;   A n d r e w ,   A S ;   A n d r e w s ,   P C ;   M o o r e ,   J H 	 	 	 	 C h e n g ,   S a m a n t h a ;   A n d r e w ,   A n g e l i n e   S . ;   A n d r e w s ,   P e t e r   C . ;   M o o r e ,   J a s o n   H . 	 	 	 C o m p l e x   s y s t e m s   a n a l y s i s   o f   b l a d d e r   c a n c e r   s u s c e p t i b i l i t y   r e v e a l s   a   r o l e   f o r   d e c a r b o x y l a s e   a c t i v i t y   i n   t w o   g e n o m e - w i d e   a s s o c i a t i o n   s t u d i e s 	 B I O D A T A   M I N I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 E P I S T A S I S ;   D I S E A S E ;   C H E M O T H E R A P Y ;   G E N E T I C S ;   R I S K 	 B a c k g r o u n d :   B l a d d e r   c a n c e r   i s   c o m m o n   d i s e a s e   w i t h   a   c o m p l e x   e t i o l o g y   t h a t   i s   l i k e l y   d u e   t o   m a n y   d i f f e r e n t   g e n e t i c   a n d   e n v i r o n m e n t a l   f a c t o r s .   T h e   g o a l   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t o   e m b r a c e   t h i s   c o m p l e x i t y   u s i n g   a   b i o i n f o r m a t i c s   a n a l y s i s   p i p e l i n e   d e s i g n e d   t o   u s e   m a c h i n e   l e a r n i n g   t o   m e a s u r e   s y n e r g i s t i c   i n t e r a c t i o n s   b e t w e e n   s i n g l e   n u c l e o t i d e   p o l y m o r p h i s m s   ( S N P s )   i n   t w o   g e n o m e - w i d e   a s s o c i a t i o n   s t u d i e s   ( G W A S )   a n d   t h e n   t o   a s s e s s   t h e i r   e n r i c h m e n t   w i t h i n   f u n c t i o n a l   g r o u p s   d e f i n e d   b y   G e n e   O n t o l o g y .   T h e   s i g n i f i c a n c e   o f   t h e   r e s u l t s   w a s   e v a l u a t e d   u s i n g   p e r m u t a t i o n   t e s t i n g   a n d   t h o s e   r e s u l t s   t h a t   r e p l i c a t e d   b e t w e e n   t h e   t w o   G W A S   d a t a   s e t s   w e r e   r e p o r t e d .  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 L M 0 1 0 0 9 8 ,   a n d   E S 0 1 3 5 0 8 . 	 B l a k e   J A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 1 0 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 1 7 9 ;   G i b s o n   G ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 0 ,   P 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 5 0 2 ;   H o f f m a n n   T J ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 5 ,   P 8 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 5 - 0 3 1 5 ;   K i m   N C ,   2 0 1 2 ,   B I O D A T A   M I N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 6 - 0 3 8 1 - 5 - 9 ;   K i m   S ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   p D 1 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 9 5 1 ;   K o t e - J a r a i   Z ,   2 0 1 1 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 3 ,   P 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 8 8 2 ;   L i b e r z o n   A ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 7 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 2 6 0 ;   M o o r e   J H ,   2 0 0 6 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 4 1 ,   P 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 3 6 ;   M o o r e   J H ,   2 0 1 5 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 2 5 3 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 2 1 5 5 - 3 _ 1 6 ;   M o o r e   J H ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 7 1 3 ;   M o o r e   J H ,   2 0 0 9 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 5 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 6 ;   M o o r e   J H ,   2 0 0 5 ,   B I O E S S A Y S ,   V 2 7 ,   P 6 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i a s . 2 0 2 3 6 ;   N o w o t a r s k i   S L ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   R E V   M O L   M E D ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / e r m . 2 0 1 3 . 3 ;   O l a m a   A A A ,   2 0 1 3 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 2 ,   P 4 0 8 ;   R e i f   D a v i d   M ,   2 0 0 7 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 5 ,   P 1 9 ;   R e i f   D M ,   2 0 0 5 ,   P A C I F I C   S Y M P O S I U M   O N   B I O C O M P U T I N G   2 0 0 5 ,   P 2 9 6 ;   R i t c h i e   M D ,   2 0 0 1 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 6 9 ,   P 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 3 2 1 2 7 6 ;   W a g n e r   A l e x   H ,   2 0 1 6 ,   N u c l e i c   A c i d s   R e s ,   V 4 4 ,   p D 1 0 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 1 6 5 ;   W a n g   J ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T S   T H E R ,   V 9 ,   P 4 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / O T T . S 1 0 3 1 8 4 ;   W e l t e r   D ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 1 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 2 2 9 ;   Z h a n g   B ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 9 8 5 ;   Z i e s e l m a n   A L ,   2 0 1 4 ,   B I O D A T A   M I N ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 6 - 0 3 8 1 - 7 - 1 7 	 2 2 	 1 	 1 	 1 0 	 1 0 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 5 6 - 0 3 8 1 	 	 	 B I O D A T A   M I N 	 B i o D a t a   M i n . 	 D E C   1 2 	 2 0 1 6 	 9 	 	 	 	 	 	 	 	 4 0 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 0 - 0 1 6 - 0 1 1 9 - z 	 	 6 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E G 1 S X 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 8 1 3 7 0 0 0 0 1 	 2 7 9 9 9 6 1 8 	 
 
 J 	 S o n g ,   J D ;   L i u ,   Z Y ;   Z h o n g ,   W Z ;   H u a n g ,   Y Q ;   M a ,   Z L ;   D o n g ,   D ;   L i a n g ,   C H ;   T i a n ,   J 	 	 	 	 S o n g ,   J i a n g d i a n ;   L i u ,   Z a i y i ;   Z h o n g ,   W e n z h a o ;   H u a n g ,   Y a n q i ;   M a ,   Z e l a n ;   D o n g ,   D i ;   L i a n g ,   C h a n g h o n g ;   T i a n ,   J i e 	 	 	 N o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r :   q u a n t i t a t i v e   p h e n o t y p i c   a n a l y s i s   o f   C T   i m a g e s   a s   a   p o t e n t i a l   m a r k e r   o f   p r o g n o s i s 	 S c i e n t i f i c   R e p o r t s 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 T E X T U R E   A N A L Y S I S ;   T U M O R   H E T E R O G E N E I T Y ;   S U R V I V A L ;   C H E M O T H E R A P Y ;   F E A T U R E S ;   P R E D I C T I O N ;   P A R A M E T E R S ;   C A R C I N O M A ;   B I O M A R K E R ;   N O D U L E S 	 T h i s   w a s   a   r e t r o s p e c t i v e   s t u d y   t o   i n v e s t i g a t e   t h e   p r e d i c t i v e   a n d   p r o g n o s t i c   a b i l i t y   o f   q u a n t i t a t i v e   c o m p u t e d   t o m o g r a p h y   p h e n o t y p i c   f e a t u r e s   i n   p a t i e n t s   w i t h   n o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r   ( N S C L C ) .   6 6 1   p a t i e n t s   w i t h   p a t h o l o g i c a l   c o n f i r m e d   a s   N S C L C   w e r e   e n r o l l e d   b e t w e e n   2 0 0 7   a n d   2 0 1 4 .   5 9 2   p h e n o t y p i c   d e s c r i p t o r s   w a s   a u t o m a t i c a l l y   e x t r a c t e d   o n   t h e   p r e - t h e r a p y   C T   i m a g e s .   F i r s t l y ,   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   w a s   u s e d   t o   e v a l u a t e   t h e   p r e d i c t i v e   v a l u e   o f   e a c h   f e a t u r e   f o r   p a t h o l o g y   a n d   T N M   c l i n i c a l   s t a g e .   S e c o n d l y ,   C o x   p r o p o r t i o n a l   h a z a r d s   m o d e l   w a s   u s e d   t o   e v a l u a t e   t h e   p r o g n o s t i c   v a l u e   o f   t h e s e   i m a g i n g   s i g n a t u r e s   s e l e c t e d   b y   S V M   w h i c h   s u b j e c t e d   t o   a   p r i m a r y   c o h o r t   o f   1 3 8   p a t i e n t s ,   a n d   a n   e x t e r n a l   i n d e p e n d e n t   v a l i d a t i o n   o f   6 1   p a t i e n t s .   T h e   r e s u l t s   i n d i c a t e d   t h a t   p r e d i c t i v e   a c c u r a c y   f o r   h i s t o p a t h o l o g y ,   N   s t a g i n g ,   a n d   o v e r a l l   c l i n i c a l   s t a g e   w a s   7 5 . 1 6 % ,   7 9 . 4 0 %   a n d   8 0 . 3 3 % ,   r e s p e c t i v e l y .   B e s i d e s ,   C o x   m o d e l s   i n d i c a t e d   t h e   s i g n a t u r e s   s e l e c t e d   b y   S V M :   " c o r r e l a t i o n   o f   c o - o c c u r r e n c e   a f t e r   w a v e l e t   t r a n s f o r m "   w a s   s i g n i f i c a n t l y   a s s o c i a t e d   w i t h   o v e r a l l   s u r v i v a l   i n   t h e   t w o   d a t a s e t s   ( h a z a r d   r a t i o   [ H R ] :   1 . 6 5 ,   9 5 %   c o n f i d e n c e   i n t e r v a l   [ C I ] :   1 . 4 1 - 2 . 7 5 ,   p   =   0 . 0 1 0 ;   a n d   H R :   2 . 7 4 ,   9 5 %   C I :   1 . 1 0 - 6 . 8 5 ,   p   =   0 . 0 2 7 ,   r e s p e c t i v e l y ) .   O u r   s t u d y   i n d i c a t e s   t h a t   t h e   p h e n o t y p i c   f e a t u r e s   m i g h t   p r o v i d e   s o m e   i n s i g h t   i n   m e t a s t a t i c   p o t e n t i a l   o r   a g g r e s s i v e n e s s   f o r   N S C L C ,   w h i c h   p o t e n t i a l l y   o f f e r   c l i n i c a l   v a l u e   i n   d i r e c t i n g   p e r s o n a l i z e d   t h e r a p e u t i c   r e g i m e n   s e l e c t i o n   f o r   N S C L C . 	 [ S o n g ,   J i a n g d i a n ]   N o r t h e a s t e r n   U n i v ,   S i n o d u t c h   B i o m e d   &   I n f o r m a t   E n g n   S c h ,   S h e n y a n g ,   L i a o n i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ S o n g ,   J i a n g d i a n ;   D o n g ,   D i ;   T i a n ,   J i e ]   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   I n s t   A u t o m a t ,   K e y   L a b   M o l   I m a g i n g ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   Z a i y i ;   H u a n g ,   Y a n q i ;   M a ,   Z e l a n ;   L i a n g ,   C h a n g h o n g ]   G u a n g d o n g   G e n   H o s p ,   G u a n g d o n g   A c a d   M e d   S c i ,   D e p t   R a d i o l ,   1 0 6   Z h o n g s h a n   E r   R d ,   G u a n g z h o u   5 1 0 0 8 0 ,   G u a n g d o n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h o n g ,   W e n z h a o ]   G u a n g d o n g   A c a d   M e d   S c i ,   G u a n g d o n g   L u n g   C a n c   I n s t ,   G u a n g d o n g   G e n   H o s p ,   1 0 6   Z h o n g s h a n   E r   L u ,   G u a n g z h o u   5 1 0 0 8 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ D o n g ,   D i ;   T i a n ,   J i e ]   B e i j i n g   K e y   L a b   M o l   I m a g i n g ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 D o n g ,   D ;   T i a n ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   I n s t   A u t o m a t ,   K e y   L a b   M o l   I m a g i n g ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   D o n g ,   D ;   T i a n ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B e i j i n g   K e y   L a b   M o l   I m a g i n g ,   B e i j i n g   1 0 0 1 9 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 d i . d o n g @ i a . a c . c n ;   j i e . t i a n @ i a . a c . c n 	 D o n g ,   D i / F - 6 6 0 0 - 2 0 1 7 ;   T i a n ,   J i e / H - 1 1 9 0 - 2 0 1 1 	 T i a n ,   J i e / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 0 4 9 8 - 0 4 3 2 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 2 2 7 9 0 1 ,   8 1 5 0 1 5 4 9 ,   6 1 2 3 1 0 0 4 ,   8 1 5 0 1 6 1 6 ,   8 1 3 0 1 3 4 6 ] ;   G u a n g d o n g   P r o v i n c e - C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e   [ 2 0 1 2 B 0 9 0 4 0 0 0 3 9 ] ;   N a t i o n a l   B a s i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C h i n a   [ 6 1 3 0 2 0 2 5 ,   6 1 3 0 1 0 0 2 ] ;   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   K e y   d e p l o y m e n t   p r o g r a m   [ K G Z D - E W - T 0 3 ] ;   I n s t r u m e n t   D e v e l o p i n g   P r o j e c t   o f   t h e   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   [ Y Z 2 0 1 5 0 2 ] 	 T h i s   s t u d y   h a s   r e c e i v e d   f u n d i n g   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   u n d e r   G r a n t   N o .   8 1 2 2 7 9 0 1   a n d   8 1 5 0 1 5 4 9 ,   6 1 2 3 1 0 0 4 ,   8 1 5 0 1 6 1 6 ,   8 1 3 0 1 3 4 6 ,   t h e   G u a n g d o n g   P r o v i n c e - C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e   c o m p r e h e n s i v e   s t r a t e g i c   c o o p e r a t i o n   p r o g r a m   u n d e r   2 0 1 2 B 0 9 0 4 0 0 0 3 9 ,   t h e   N a t i o n a l   B a s i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C h i n a   u n d e r   G r a n t   N o .   6 1 3 0 1 0 0 2   a n d   N o .   6 1 3 0 2 0 2 5 ,   t h e   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   K e y   d e p l o y m e n t   p r o g r a m   u n d e r   G r a n t   N o .   K G Z D - E W - T 0 3 ,   t h e   I n s t r u m e n t   D e v e l o p i n g   P r o j e c t   o f   t h e   C h i n e s e   A c a d e m y   o f   S c i e n c e s   u n d e r   G r a n t   N o .   Y Z 2 0 1 5 0 2 . 	 A e r t s   H J W L ,   2 0 1 4 ,   N A T   C O M M U N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 5 0 0 6 ;   A h n   S Y ,   2 0 1 5 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 5 0 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 7 4 ;   A r m a t o   S G ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 2 8 2 0 4 ;   B a l a g u r u n a t h a n   Y ,   2 0 1 4 ,   T R A N S L   O N C O L ,   V 7 ,   P 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / t l o . 1 3 8 4 4 ;   B u y s k e   S ,   2 0 0 0 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 5 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 6 6 9 5 4 2 ;   C a m p a d e l l i   P ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 1 5 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 6 . 8 8 4 1 9 8 ;   C a u l o   A ,   2 0 1 2 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 2 ,   P 5 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 1 - 2 2 9 9 - 8 ;   C h a n g   C Y ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 3 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 2 3 ;   C h i c k l o r e   S ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 0 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 2 - 2 2 4 7 - 0 ;   C o r o l l e r   T P ,   2 0 1 5 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 4 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 1 5 ;   D o m a c h e v s k y   L ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 3 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 3 7 5 4 - 8 ;   D o w n e y   R J ,   2 0 0 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 2 ,   P 3 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 4 . 1 1 . 1 0 9 ;   E g n e r   J . R . ,   2 0 1 0 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 0 4 ,   P 1 7 2 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / J A M A . 2 0 1 0 . 1 5 2 5 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 1 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 2 7 ;   G a n e s h a n   B ,   2 0 1 2 ,   C L I N   R A D I O L ,   V 6 7 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c r a d . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 1 2 ;   G a n e s h a n   B ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 6 ,   P 3 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 1 2 4 2 8 ;   G a n e s h a n   B ,   2 0 1 2 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 2 ,   P 7 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 1 - 2 3 1 9 - 8 ;   G e r l i n g e r   M ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 6 ,   P 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 1 1 3 2 0 5 ;   G o h   V ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 1 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 1 1 1 0 2 6 4 ;   G r o v e   O ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 8 2 6 1 ;   J o a c h i m s   T . ,   2 0 1 2 ,   L E A R N I N G   C L A S S I F Y   T E ;   L i a n g   W H ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 6 . 6 6 6 1 ;   M a c k i n   D ,   2 0 1 5 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 5 0 ,   P 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 8 0 ;   M a n d e v i l l e   H C ,   2 0 1 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 4 ,   P 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 1 1 5 0 5 ;   N a i r   V S ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 3 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 3 9 4 3 ;   N g   F ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 6 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 2 0 2 5 4 ;   Q u   A . ,   2 0 1 4 ,   P   2 0 1 4   I E E E   I N T   C   B I ,   P 2 1 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / B I B M . 2 0 1 4 . 6 9 9 9 1 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B I B M . 2 0 1 4 . 6 9 9 9 1 5 8 ] ;   R a v a n e l l i   M ,   2 0 1 3 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 3 ,   P 3 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 3 - 2 9 6 5 - 0 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 3 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 3 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 6 6 ;   S o n g   J D ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 7 4 1 1 9 ;   N g u y e n - K i m   T D L ,   2 0 1 5 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 5 0 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 4 ;   W u   J . ,   2 0 1 6 ,   E A R L Y   S T A G E   N O N   S M A L ,   V 2 8 1 ;   W u   J . ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   R A D   O N C O L O G Y   B ;   Y i p   C ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 0 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 2 8 6 9 ;   Z h a n g   H W ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 9 ,   P 8 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 3 0 1 1 0 	 3 5 	 0 	 0 	 4 	 4 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 D E C   6 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 8 2 8 2 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 8 2 8 2 	 	 9 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E E 2 N H 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 4 2 0 8 0 0 0 0 1 	 2 7 9 2 2 1 1 3 	 
 
 J 	 Y a n g ,   W ;   B a n g ,   H ;   J a n g ,   K ;   K y u n g ,   M ;   C h o i ,   J K 	 	 	 	 Y a n g ,   W o o j i n ;   B a n g ,   H y o e u n ;   J a n g ,   K i w o n ;   S u n g ,   M i n   K y u n g ;   C h o i ,   J u n g   K y o o n 	 	 	 P r e d i c t i n g   t h e   r e c u r r e n c e   o f   n o n c o d i n g   r e g u l a t o r y   m u t a t i o n s   i n   c a n c e r 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 C H R O M A T I N   O R G A N I Z A T I O N ;   G E N E S ;   D N A ;   I N T E R A C T O M E ;   N E T W O R K ;   D I S E A S E ;   G E N O M E S ;   L A N D S C A P E S ;   E L E M E N T S ;   C E L L S 	 B a c k g r o u n d :   O n e   o f   t h e   g r e a t e s t   c h a l l e n g e s   i n   c a n c e r   g e n o m i c s   i s   t o   d i s t i n g u i s h   d r i v e r   m u t a t i o n s   f r o m   p a s s e n g e r   m u t a t i o n s .   W h e r e a s   r e c u r r e n c e   i s   a  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 M i n i s t r y   o f   S c i e n c e ,   I C T   a n d   F u t u r e   P l a n n i n g   [ 2 0 1 6 M 3 C 9 A 4 9 2 1 7 1 2 ] .   R e s e a r c h   f a c i l i t i e s   w e r e   s u p p o r t e d   b y   t h e   C H U N G   M o o n   S o u l   C e n t r e   o f   K A I S T   a n d   t h e   K A I S T   I n s t i t u t e   f o r   t h e   B i o C e n t u r y . 	 A l e x a n d r o v   L B ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 0 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 4 7 7 ;   D a s   J ,   2 0 1 2 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 6 - 9 2 ;   d e   L a a t   W ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 2 ,   P 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 7 5 3 ;   D u n h a m   I ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 9 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 2 4 7 ;   F u t r e a l   P A ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 2 9 9 ;   G r a n t   C E ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 0 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 0 6 4 ;   H a n s e n   R S ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 2 4 0 2 1 0 7 ;   H e   B ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   p E 2 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 2 0 3 0 8 1 1 1 ;   I h a k a   R . ,   1 9 9 6 ,   J   C O M P U T A T I O N A L   G R A P ,   V 5 ,   P 2 9 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 3 9 0 8 0 7 ;   K i m   K ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   P 5 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 5 3 2 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 0 5 ,   P 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 9 1 2 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 9 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 2 1 3 ;   L e e   I ,   2 0 1 1 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 1 ,   P 1 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 1 8 9 9 2 . 1 1 0 ;   L i a w   A . ,   2 0 0 2 ,   R   N E W S ,   V 2 ,   P 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 5 4 4 0 5 9 1 0 4 0 8 3 0 0 5 1 6 ;   M a t y s   V ,   2 0 0 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 1 ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k g 1 0 8 ;   M a u r a n o   M T ,   2 0 1 2 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 7 ,   P 1 1 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 2 2 7 9 4 ;   M e l t o n   C ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 3 3 2 ;   P o l a k   P ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 8 ,   P 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 2 2 1 ;   R o l l a n d   T ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 9 ,   P 1 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 5 0 ;   S c h u s t e r - B o c k l e r   B ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 8 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 2 7 3 ;   S i e p e l   A ,   2 0 0 5 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 0 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 3 7 1 5 0 0 5 ;   S v e t l i c h n y y   D ,   2 0 1 5 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 4 5 9 0 ;   V o g e l s t e i n   B ,   2 0 1 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 9 ,   P 1 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 5 1 2 2 ;   W e l t e r   D ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 1 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 2 2 9 ;   W o o   Y H ,   2 0 1 2 ,   N A T   C O M M U N ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 9 8 2 ;   Y u   H Y ,   2 0 1 1 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 8 ,   P 4 7 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 5 9 7 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 5 9 7 ] ;   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 1 ,   P 5 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N A T U R E 1 1 6 3 2 	 2 7 	 0 	 0 	 9 	 9 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 0 5 	 	 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 B M C   B i o i n f o r m a t i c s 	 D E C   3 	 2 0 1 6 	 1 7 	 	 	 	 	 	 	 	 4 9 2 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 6 - 1 3 8 5 - y 	 	 1 1 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E E 1 Y S 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 3 8 0 8 0 0 0 0 1 	 2 7 9 1 2 7 3 1 	 
 
 J 	 M a s a e l i ,   M ;   G u p t a ,   D ;   O ' B y r n e ,   S ;   T s e ,   H T K ;   G o s s e t t ,   D R ;   T s e n g ,   P ;   U t a d a ,   A S ;   J u n g ,   H J ;   Y o u n g ,   S ;   C l a r k ,   A T ;   D i   C a r l o ,   D 	 	 	 	 M a s a e l i ,   M a h d o k h t ;   G u p t a ,   D e w a l ;   O ' B y r n e ,   S e a n ;   T s e ,   H e n r y   T .   K . ;   G o s s e t t ,   D a n i e l   R . ;   T s e n g ,   P e t e r ;   U t a d a ,   A n d r e w   S . ;   J u n g ,   H e a - J i n ;   Y o u n g ,   S t e p h e n ;   C l a r k ,   A m a n d e r   T . ;   D i   C a r l o ,   D i n o 	 	 	 M u l t i p a r a m e t e r   m e c h a n i c a l   a n d   m o r p h o m e t r i c   s c r e e n i n g   o f   c e l l s 	 S c i e n t i f i c   R e p o r t s 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 E M B R Y O N I C   S T E M - C E L L S ;   C A N C E R - C E L L S ;   S I N G L E   C E L L S ;   D I F F E R E N T I A T I O N ;   D E F O R M A B I L I T Y ;   A P O P T O S I S ;   L I N E S ;   F I B R O B L A S T S ;   P L A S T I C I T Y ;   M O R P H O L O G Y 	 W e   i n t r o d u c e   a   l a b e l - f r e e   m e t h o d   t o   r a p i d l y   p h e n o t y p e   a n d   c l a s s i f y   c e l l s   p u r e l y   b a s e d   o n   p h y s i c a l   p r o p e r t i e s .   W e   e x t r a c t   1 5   b i o p h y s i c a l   p a r a m e t e r s   f r o m   c e l l s   a s   t h e y   d e f o r m   i n   a   m i c r o f l u i d i c   s t r e t c h i n g   f l o w   f i e l d   v i a   h i g h - s p e e d   m i c r o s c o p y   a n d   a p p l y   m a c h i n e - l e a r n i n g   a p p r o a c h e s   t o   d i s c r i m i n a t e   d i f f e r e n t   c e l l   t y p e s   a n d   s t a t e s .   W h e n   e m p l o y i n g   t h e   f u l l   1 5   d i m e n s i o n a l   d a t a s e t ,   t h e   t e c h n i q u e   r o b u s t l y   c l a s s i f i e s   i n d i v i d u a l   c e l l s   b a s e d   o n   t h e i r   p l u r i p o t e n c y ,   w i t h   a c c u r a c y   a b o v e   9 5 % .   R h e o l o g i c a l   a n d   m o r p h o l o g i c a l   p r o p e r t i e s   o f   c e l l s   w h i l e   d e f o r m i n g   w e r e   c r i t i c a l   f o r   t h i s   c l a s s i f i c a t i o n .   W e   a l s o   s h o w   t h e   a p p l i c a t i o n   o f   t h i s   m e t h o d   i n   a c c u r a t e   c l a s s i f y i n g   c e l l s   b a s e d   o n   t h e i r   v i a b i l i t y ,   d r u g   s c r e e n i n g   a n d   d e t e c t i n g   p o p u l a t i o n s   o f   m a l i g n a n t   c e l l s   i n   m i x e d   s a m p l e s .   W e   s h o w   t h a t   s o m e   o f   t h e   e x t r a c t e d   p a r a m e t e r s   a r e   n o t   l i n e a r l y   i n d e p e n d e n t ,   a n d   i n   f a c t   w e   r e a c h   m a x i m u m   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   b y   u s i n g   o n l y   a   s u b s e t   o f   p a r a m e t e r s .   H o w e v e r ,   t h e   i n f o r m a t i v e   s u b s e t s   c o u l d   v a r y   d e p e n d i n g   o n   c e l l   t y p e s   i n   t h e   s a m p l e .   T h i s   w o r k   s h o w s   t h e   u t i l i t y   o f   a n   a s s a y   p u r e l y   b a s e d   o n   i n t r i n s i c   b i o p h y s i c a l   p r o p e r t i e s   o f   c e l l s   t o   i d e n t i f y   c h a n g e s   i n   c e l l   s t a t e .   I n   a d d i t i o n   t o   a   l a b e l - f r e e   a l t e r n a t i v e   t o   f l o w   c y t o m e t r y   i n   c e r t a i n   a p p l i c a t i o n s ,   t h i s   w o r k ,   a l s o   c a n   p r o v i d e   n o v e l   i n t r a c e l l u l a r   m e t r i c s   t h a t   w o u l d   n o t   b e   f e a s i b l e   w i t h   l a b e l e d   a p p r o a c h e s   ( i . e .   f l o w   c y t o m e t r y ) . 	 [ M a s a e l i ,   M a h d o k h t ;   G u p t a ,   D e w a l ;   O ' B y r n e ,   S e a n ;   T s e ,   H e n r y   T .   K . ;   G o s s e t t ,   D a n i e l   R . ;   T s e n g ,   P e t e r ;   U t a d a ,   A n d r e w   S . ;   D i   C a r l o ,   D i n o ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D e p t   B i o e n g n ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A ;   [ M a s a e l i ,   M a h d o k h t ;   O ' B y r n e ,   S e a n ;   T s e ,   H e n r y   T .   K . ;   G o s s e t t ,   D a n i e l   R . ;   T s e n g ,   P e t e r ;   U t a d a ,   A n d r e w   S . ;   D i   C a r l o ,   D i n o ]   C a l i f   N a n o S y s t   I n s t ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A ;   [ M a s a e l i ,   M a h d o k h t ]   S t a n f o r d   U n i v ,   S c h   M e d ,   D i v   C a r d i o v a s c   M e d ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A ;   [ T s e ,   H e n r y   T .   K . ;   G o s s e t t ,   D a n i e l   R . ]   C y t o V a l e   I n c ,   S a n   F r a n c i s c o ,   C A   U S A ;   [ J u n g ,   H e a - J i n ;   Y o u n g ,   S t e p h e n ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   I n s t   M o l   B i o l ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 2 4   U S A ;   [ Y o u n g ,   S t e p h e n ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D e p t   M e d ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 2 4   U S A ;   [ Y o u n g ,   S t e p h e n ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D e p t   H u m a n   G e n e t ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   U S A ;   [ C l a r k ,   A m a n d e r   T . ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D e p t   M o l   C e l l   &   D e v   B i o l ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   U S A ;   [ C l a r k ,   A m a n d e r   T . ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   E l i   &   E d y t h e   B r o a d ,   C t r   R e g e n e r a t   M e d   &   S t e m   C e l l   R e s ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   U S A 	 M a s a e l i ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D e p t   B i o e n g n ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A . ;   M a s a e l i ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C a l i f   N a n o S y s t   I n s t ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A . ;   M a s a e l i ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S t a n f o r d   U n i v ,   S c h   M e d ,   D i v   C a r d i o v a s c   M e d ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A . 	 	 	 	 D a v i d   a n d   L u c i l e   P a c k a r d   F o u n d a t i o n   F e l l o w s h i p   i n   S c i e n c e   a n d   E n g i n e e r i n g ;   N S F   F a c u l t y   E a r l y   C a r e e r   D e v e l o p m e n t   A w a r d ;   D e f e n s e   A d v a n c e d   R e s e a r c h   P r o j e c t s   A g e n c y   Y o u n g   F a c u l t y   A w a r d ;   N I H   [ 1 R 0 1 H D 0 5 8 0 4 7 ] 	 W e   t h a n k   S e v g i   O n a l   f o r   h e r   h e l p   w i t h   f a b r i c a t i n g   a g a r o s e   b e a d s .   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   D a v i d   a n d   L u c i l e   P a c k a r d   F o u n d a t i o n   F e l l o w s h i p   i n   S c i e n c e   a n d   E n g i n e e r i n g   ( D . D . C ) ,   a n   N S F   F a c u l t y   E a r l y   C a r e e r   D e v e l o p m e n t   A w a r d   ( D . D . C ) ,   a   D e f e n s e   A d v a n c e d   R e s e a r c h   P r o j e c t s   A g e n c y   Y o u n g   F a c u l t y   A w a r d   ( D . D . C ) ,   a n d   N I H   1 R 0 1 H D 0 5 8 0 4 7   ( A . T . C ) .   W e   a r e   g r a t e f u l   t o   t h e   F u n c t i o n a l   G e n o m i c s   U n i t   a t   t h e   R I K E N   C e n t e r   f o r   D e v e l o p m e n t a l   B i o l o g y   f o r   o b t a i n i n g   t h e   D N M T   T K O   a n d   c o n t r o l   m o u s e   E S   c e l l s . 	 A m i t   M ,   2 0 0 0 ,   D E V   B I O L ,   V 2 2 7 ,   P 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / d b i o . 2 0 0 0 . 9 9 1 2 ;   A n d e r s s o n   H ,   2 0 0 4 ,   C U R R   O P I N   B I O T E C H ,   V 1 5 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o p b i o . 2 0 0 4 . 0 1 . 0 0 4 ;   B a l l a s   N ,   2 0 0 5 ,   C E L L ,   V 1 2 1 ,   P 6 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 1 3 ;   B y u n   S ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 7 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 1 8 8 0 6 1 1 0 ;   C h o w d h u r y   F ,   2 0 1 0 ,   N A T   M A T E R ,   V 9 ,   P 8 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m a t 2 5 6 3 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M A T 2 5 6 3 ] ;   C l a r k   A T ,   2 0 0 4 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 1 3 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d h 0 8 8 ;   C r o s s   S E ,   2 0 0 7 ,   N A T   N A N O T E C H N O L ,   V 2 ,   P 7 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n n a n o . 2 0 0 7 . 3 8 8 ;   D i   C a r l o   D ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 1 8 8 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 7 0 4 9 5 8 1 0 4 ;   D i   C a r l o   D ,   2 0 1 2 ,   J A L A - J   L A B   A U T O M ,   V 1 7 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 2 2 1 1 0 6 8 2 1 1 4 3 1 6 3 0 ;   E l   K a f f a s   A ,   2 0 1 3 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 8 ,   P 9 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 8 / 4 / 9 2 3 ;   F u t a m u r a   Y ,   2 0 1 2 ,   C H E M   B I O L ,   V 1 9 ,   P 1 6 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m b i o l . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 1 4 ;   G o r a n o v   A I ,   2 0 1 3 ,   C U R R   B I O L ,   V 2 3 ,   P 1 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 3 5 ;   G o s s e t t   D R ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 7 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 0 0 1 0 7 1 0 9 ;   G u c k   J ,   2 0 0 5 ,   B I O P H Y S   J ,   V 8 8 ,   P 3 6 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 4 . 0 4 5 4 7 6 ;   H a a s t e r s   F ,   2 0 0 9 ,   J   A N A T ,   V 2 1 4 ,   P 7 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 9 - 7 5 8 0 . 2 0 0 9 . 0 1 0 6 5 . x ;   H e n r y   T . ,   2 0 1 3 ,   S C I   T R A N S L   M E D ,   V 5 ;   J a h n   D ,   2 0 1 2 ,   N U C L E U S - A U S T I N ,   V 3 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / n u c l . 2 1 6 7 6 ;   L a m   W A ,   2 0 0 7 ,   B L O O D ,   V 1 0 9 ,   P 3 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 6 - 0 8 - 0 4 3 5 7 0 ;   L e e   D . ,   2 0 1 3 ,   H A R D W A R E   A C C E L E R A T E D ,   P 1 ;   L e e   W C ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   p E 4 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 0 2 3 0 6 1 1 1 ;   M a m m o t o   A ,   2 0 0 9 ,   C U R R   O P I N   C E L L   B I O L ,   V 2 1 ,   P 8 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e b . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 1 ;   M a s a e l i   M ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   R E V   X ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v X . 2 . 0 3 1 0 1 7 ;   M e s h o r e r   E ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 7 ,   P 5 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 1 9 3 8 ;   N d o z a n g u e - T o u r i g u i n e   O ,   2 0 0 8 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 7 6 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b c p . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 1 6 ;   O t t o   O ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 2 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 3 2 8 1 ;   O z o l e k   J A ,   2 0 0 7 ,   S T E M   C E L L S   D E V ,   V 1 6 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / s c d . 2 0 0 6 . 0 1 0 9 ;   P a j e r o w s k i   J D ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 1 5 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 7 0 2 5 7 6 1 0 4 ;   P e l l i n g   A E ,   2 0 0 9 ,   C E L L   M O T I L   C Y T O S K E L ,   V 6 6 ,   P 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c m . 2 0 3 9 1 ;   R o w a t   A . C . ,   2 0 0 8 ,   C E L L U L A R   D E V   B I O L ,   V 3 0 ,   P 2 2 6 ;   S a u n d e r s   D E ,   1 9 9 7 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 7 0 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 1 5 ( 1 9 9 7 0 1 1 7 ) 7 0 : 2 < 2 1 4 : : A I D - I J C 1 3 > 3 . 0 . C O ; 2 - I ;   S e t t l e m a n   J ,   2 0 0 4 ,   M O L   C E L L ,   V 1 4 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 7 - 2 7 6 5 ( 0 4 ) 0 0 2 0 7 - 2 ;   S r a j   I ,   2 0 1 0 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 4 7 0 1 2 4 ;   S t r i c k e r   J ,   2 0 1 0 ,   J   B I O M E C H ,   V 4 3 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i o m e c h . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 0 3 ;   S u l l i v a n   T ,   1 9 9 9 ,   J   C E L L   B I O L ,   V 1 4 7 ,   P 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 3 / j c b . 1 4 7 . 5 . 9 1 3 ;   S u r e s h   S ,   2 0 0 5 ,   A C T A   B I O M A T E R ,   V 1 ,   P 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c t b i o . 2 0 0 4 . 0 9 . 0 0 1 ;   S w a m i n a t h a n   V ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 1 ,   P 5 0 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 0 2 4 7 ;   T a k a h a s h i   K ,   2 0 0 7 ,   C E L L ,   V 1 3 1 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 1 9 ;   T h o m s o n   J A ,   1 9 9 8 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 2 ,   P 1 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 2 . 5 3 9 1 . 1 1 4 5 ;   T s e n g   P e t e r ,   2 0 1 4 ,   L a b   C h i p ,   V 1 4 ,   P 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 l c 9 0 0 0 1 d ;   W u   H ,   2 0 0 6 ,   P E D I A T R   R E S ,   V 5 9 ,   p 2 1 R ,   D O I   1 0 . 1 2 0 3 / 0 1 . p d r . 0 0 0 0 2 0 3 5 6 5 . 7 6 0 2 8 . 2 a ;   X u   W W ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 6 6 0 9 ;   Y i n   Z ,   2 0 1 3 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 5 ,   P 8 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 2 7 6 4 ;   Z i n k   D ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 4 3 0 ;   Z w e r g e r   M ,   2 0 1 1 ,   A N N U   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 1 3 ,   P 3 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - b i o e n g - 0 7 1 9 1 0 - 1 2 4 7 3 6 	 4 4 	 0 	 0 	 1 0 	 1 0 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 D E C   2 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 7 8 6 3 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 7 8 6 3 	 	 1 1 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E D 9 K H 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 1 8 8 1 0 0 0 0 1 	 2 7 9 1 0 8 6 9 	 
 
 J 	 A n t o n i o t t i ,   M ;   C a r a v a g n a ,   G ;   D e   S a n o ,   L ;   G r a u d e n z i ,   A ;   M a u r i ,   G ;   M i s h r a ,   B ;   R a m a z z o t t i ,   D 	 	 	 	 A n t o n i o t t i ,   M a r c o ;   C a r a v a g n a ,   G i u l i o ;   D e   S a n o ,   L u c a ;   G r a u d e n z i ,   A l e x ;   M a u r i ,   G i a n c a r l o ;   M i s h r a ,   B u d ;   R a m a z z o t t i ,   D a n i e l e 	 	 	 D e s i g n   o f   t h e   T R O N C O   B i o C o n d u c t o r   P a c k a g e   f o r   T R a n s l a t i o n a l   O N C O l o g y 	 R   J O U R N A L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 	 M o d e l s   o f   c a n c e r   p r o g r e s s i o n   p r o v i d e   i n s i g h t s   o n   t h e   o r d e r   o f   a c c u m u l a t i o n   o f   g e n e t i c   a l t e r a t i o n s   d u r i n g   c a n c e r   d e v e l o p m e n t .   A l g o r i t h m s   t o   i n f e r   s u c h   m o d e l s   f r o m   t h e   c u r r e n t l y   a v a i l a b l e   m u t a t i o n a l   p r o f i l e s   c o l l e c t e d   f r o m   d i f f e r e n t   c a n c e r   p a t i e n t s   ( c r o s s - s e c t i o n a l   d a t a )   h a v e   b e e n   d e f i n e d   i n   t h e   l i t e r a t u r e   s i n c e   l a t e   t h e   9 0 s .   T h e s e   a l g o r i t h m s   d i f f e r   i n   t h e   w a y   t h e y   e x t r a c t   a   g r a p h i c a l   m o d e l   o f   t h e   e v e n t s   m o d e l l i n g   t h e   p r o g r e s s i o n ,   e . g . ,   s o m a t i c   m u t a t i o n s   o r   c o p y - n u m b e r   a l t e r a t i o n s .   T R O N C O   i s   a n   R   p a c k a g e   f o r   T R a n s l a t i o n a l   O N c o l o g y   w h i c h   p r o v i d e s   a   s e r i e s   o f   f u n c t i o n s   t o   a s s i s t   t h e   u s e r   i n   t h e   a n a l y s i s   o f   c r o s s - s e c t i o n a l   g e n o m i c   d a t a   a n d ,   i n   p a r t i c u l a r ,   i t   i m p l e m e n t s   a l g o r i t h m s   t h a t   a i m   t o   m o d e l   c a n c e r   p r o g r e s s i o n   b y   m e a n s   o f   t h e   n o t i o n   o f   s e l e c t i v e   a d v a n t a g e .   T h e s e   a l g o r i t h m s   a r e   p r o v e d   t o   o u t p e r f o r m   t h e   c u r r e n t   s t a t e - o f - t h e - a r t   i n   t h e   i n f e r e n c e   o f   c a n c e r   p r o g r e s s i o n   m o d e l s .   T R O N C O   a l s o   p r o v i d e s   f u n c t i o n a l i t i e s   t o   l o a d   i n p u t   c r o s s - s e c t i o n a l   d a t a ,   s e t   u p   t h e   e x e c u t i o n   o f   t h e   a l g o r i t h m s ,   a s s e s s   t h e   s t a t i s t i c a l   c o n f i d e n c e   i n   t h e   r e s u l t s ,   a n d   v i s u a l i z e   t h e   m o d e l s . 	 [ A n t o n i o t t i ,   M a r c o ;   C a r a v a g n a ,   G i u l i o ;   D e   S a n o ,   L u c a ;   G r a u d e n z i ,   A l e x ;   M a u r i ,   G i a n c a r l o ;   R a m a z z o t t i ,   D a n i e l e ]   U n i v   M i l a n o   B i c o c c a ,   D i p a r t i m e n t o   I n f o r m a t   S i s t e m i s t   &   C o m u n i c a z ,   M i l a n ,   I t a l y ;   [ A n t o n i o t t i ,   M a r c o ]   U n i v   M i l a n o   B i c o c c a ,   M i l a n   C t r   N e u r o s c i ,   M i l a n ,   I t a l y ;   [ G r a u d e n z i ,   A l e x ]   C N R ,   I B F M ,   I t a l i a n   N a t l   R e s   C o u n c i l ,   I n s t   M o l   B i o i m a g i n g   &   P h y s i o l ,   M i l a n ,   I t a l y ;   [ M i s h r a ,   B u d ]   N Y U ,   C o u r a n t   I n s t   M a t h   S c i ,   N e w   Y o r k ,   N Y   U S A 	 A n t o n i o t t i ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M i l a n o   B i c o c c a ,   D i p a r t i m e n t o   I n f o r m a t   S i s t e m i s t   &   C o m u n i c a z ,   M i l a n ,   I t a l y . ;   A n t o n i o t t i ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M i l a n o   B i c o c c a ,   M i l a n   C t r   N e u r o s c i ,   M i l a n ,   I t a l y . 	 m a r c o . a n t o n i o t t i @ u n i m i b . i t ;   g i u l i o . c a r a v a g n a @ u n i m i b . i t ;   l u c a . d e s a n o @ g m a i l . c o m ;   a l e x . g r a u d e n z i @ u n i m i b . i t ;   m a u r i @ d i s c o . u n i m i b . i t ;   m i s h r a @ n y u . e d u ;   d a n i e l e . r a m a z z o t t i @ d i s c o . u n i m i b . i t 	 	 	 A S T I L   P r o g r a m   [ 1 2 - 4 - 5 1 4 8 0 0 0 - 4 0 ] ;   N e t w o r k   E n a b l e d   D r u g   D e s i g n   p r o j e c t   ,   F o n d o   A c c o r d i   I s t i t u z i o n a l i   [ 1 4 5 4 6 A   R i f   S A L - 7 ] ;   N S F   [ C C F - 0 8 3 6 6 4 9 ,   C C F - 0 9 2 6 1 6 6 ] ;   N C I - P S O C   g r a n t 	 M A ,   G M ,   G C ,   A G ,   D R   a c k n o w l e d g e   R e g i o n e   L o m b a r d i a   ( I t a l y )   f o r   t h e   r e s e a r c h   p r o j e c t s   R e t r o N e t   t h r o u g h   t h e   A S T I L   P r o g r a m   [ 1 2 - 4 - 5 1 4 8 0 0 0 - 4 0 ] ;   U . A   0 5 3   a n d   N e t w o r k   E n a b l e d   D r u g   D e s i g n   p r o j e c t   [ I D 1 4 5 4 6 A   R i f   S A L - 7 ] ,   F o n d o   A c c o r d i   I s t i t u z i o n a l i   2 0 0 9 .   B M   a c k n o w l e d g e s   f o u n d i n g   b y   t h e   N S F   g r a n t s   C C F - 0 8 3 6 6 4 9 ,   C C F - 0 9 2 6 1 6 6   a n d   a   N C I - P S O C   g r a n t . 	 B a b u r   O . ,   2 0 1 4 ,   B I O R X I V ;   B e r o u k h i m   R ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 2 0 0 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 7 1 0 0 5 2 1 0 4 ;   C a r a v a g n a   G . ,   2 0 1 5 ,   A L G O R I T H M I C   M E   U N P U B ;   C e r a m i   E ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 2 ,   P 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 2 - 0 0 9 5 ;   E D M O N D S   J ,   1 9 6 7 ,   J   R E S   N B S   B   M A T H   S C I ,   V B   7 1 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 6 0 2 8 / j r e s . 0 7 1 B . 0 3 2 ;   H o f r e e   M ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 0 ,   P 1 1 0 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 6 5 1 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 6 5 1 ] ;   J a c o b s e n   A . ,   2 0 1 1 ,   R   B A S E D   A P I   A C C E S S I N ;   K o l l e r   D . ,   2 0 0 9 ,   P R O B A B I L I S T I C   G R A P H I ;   O l d e   L o o h u i s   L . ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ;   N C I   a n d   t h e   N H G R I ,   2 0 0 5 ,   C A N C   G E N   A T L ;   P i a z z a   R ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 4 9 5 ;   R a m a z z o t t i   D . ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ;   W U   C F J ,   1 9 8 6 ,   A N N   S T A T ,   V 1 4 ,   P 1 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o s / 1 1 7 6 3 5 0 1 4 2 	 1 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 R   F O U N D A T I O N   S T A T I S T I C A L   C O M P U T I N G 	 W I E N 	 W I R T S C H A F T S U N I V E R S I T A T ,   I N S T   S T A T I S T I C S   &   M A T H E M A T I C S ,   A U G A S S E   2 - 6 ,   W I E N ,   1 0 9 0 ,   A U S T R I A 	 2 0 7 3 - 4 8 5 9 	 	 	 R   J 	 R   J o u r n a l 	 D E C 	 2 0 1 6 	 8 	 2 	 	 	 	 	 3 9 	 5 9 	 	 	 	 2 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c s 	 E M 9 Z J 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 6 6 9 8 0 0 0 0 4 	 	 
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 B I O L ,   V 5 9 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 9 / 2 / 2 8 9 ;   B u d i a r t o   E ,   2 0 1 1 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 6 ,   P 1 0 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 6 / 4 / 0 1 1 ;   B u e t t n e r   F ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 6 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 2 1 / 0 0 6 ;   C R O O K   J M ,   1 9 9 5 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 3 7 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 9 5 ) 0 1 6 1 3 - L ;   D a w s o n   L A ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 2 ,   P 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r p b p . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 1 3 ;   F i o r i n o   C ,   2 0 0 9 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 3 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 4 ;   H o o g e m a n   M S ,   2 0 0 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 4 ,   P 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 0 2 ) 0 2 9 4 6 - 2 ;   K A L L M A N   P ,   1 9 9 2 ,   I N T   J   R A D I A T   B I O L ,   V 6 2 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 9 5 5 3 0 0 9 2 1 4 5 5 2 0 7 1 ;   K U T C H E R   G J ,   1 9 9 1 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 1 3 7 ;   M a g e r a s   G S ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 4 3 ,   P 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 8 ) 0 0 3 8 6 - 1 ;   M u r e n   L P ,   2 0 0 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 6 9 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 0 3 ) 0 0 2 4 6 - 9 ;   O s p i n a   J D ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 9 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 2 7 ;   R o e s k e   J C ,   1 9 9 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 1 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 5 ) 0 0 2 2 5 - 1 ;   R o s e w a l l   T ,   2 0 1 0 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 7 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 0 2 ;   S C H U L T H E I S S   T E ,   1 9 8 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 1 0 ,   P 4 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 5 3 1 2 ;   S o h n   M ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 3 6 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 2 / 3 6 9 3 ;   S o h n   M ,   2 0 0 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 0 ,   P 5 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 0 / 2 4 / 0 0 9 ;   T h o r   M ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 7 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 2 9 ;   T h o r   M ,   2 0 1 3 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 2 ,   P 6 6 6 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 2 . 7 2 0 3 8 2 ;   T h o r n q v i s t   S ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 9 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 1 2 ;   V i s w a n a t h a n   A N ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 9 0 ;   Y a n   D ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 4 4 ,   P 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 9 ) 0 0 0 0 7 - 3 ;   Z h a n g   Q H ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 4 7 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 8 0 4 5 7 6 	 2 6 	 0 	 0 	 1 	 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 1 9 5 9 - 0 3 1 8 	 1 8 7 6 - 0 9 8 8 	 	 I R B M 	 I R B M 	 D E C 	 2 0 1 6 	 3 7 	 5 - 6 	 	 	 	 	 2 7 6 	 2 8 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . i r b m . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 1 	 	 8 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l 	 E n g i n e e r i n g 	 E J 8 A G 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 4 4 4 0 0 0 0 0 6 	 	 
 
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 U n i v   M i a m i ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   M i a m i ,   F L   U S A ;   [ C a o ,   Y u e ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l   R a d i o l   &   B i o m e d   E n g n ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A 	 Y o u ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A . 	 y o u d a e @ m e d . u m i c h . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H )   [ U 0 1   C A 1 8 3 8 4 8 ,   R 0 1   C A 1 8 4 1 5 3 ] ;   S i e m e n s 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d ,   i n   p a r t ,   b y   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H )   G r a n t   N o s .   U 0 1   C A 1 8 3 8 4 8   a n d   R 0 1   C A 1 8 4 1 5 3 .   S i e m e n s   a l s o   s u p p o r t s   r e s e a r c h   o f   Y . C .   T h e   o t h e r   a u t h o r s   r e p o r t  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 I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 1 9 5 0 ;   F a r j a m   R ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 4 2 5 5 6 ;   G i l l i e s   R J ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 8 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 5 1 5 1 1 6 9 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   J i l i a n g   T ,   2 0 1 4 ,   D A T A   C L A S S I F I C A T I O N ,   P 3 7 ;   K h a l i f a   F ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ;   L i   S ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 6 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 5 ;   L i u   Y ,   2 0 1 6 ,   C L I N   L U N G   C A N C E R ,   V 1 7 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l l c . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 1 ;   P a r m a r   C ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P ,   V 5 ;   T o f t s   P S ,   1 9 9 9 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 1 0 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 5 2 2 - 2 5 8 6 ( 1 9 9 9 0 9 ) 1 0 : 3 < 2 2 3 : : A I D - J M R I 2 > 3 . 0 . C O ; 2 - S ;   W a l k e r   J .   S . ,   2 0 0 8 ,   P R I M E R   W A V E L E T S   T H E I ;   W a n g   P ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 5 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 3 7 0 2 2 ;   W h i t c h e r   B ,   2 0 0 5 ,   N E U R O I M A G E ,   V 2 4 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 2 2 ;   Y a n k e e l o v   T E ,   2 0 0 7 ,   C U R R   M E D   I M A G I N G   R E V ,   V 3 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 7 3 4 0 5 0 7 7 8 0 6 1 9 1 7 9 ;   Z o u   K H ,   2 0 0 4 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 1 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 7 6 - 6 3 3 2 ( 0 3 ) 0 0 6 7 1 - 8 	 2 1 	 0 	 0 	 0 	 0 	 G R A P H O   P U B L I C A T I O N S 	 A N N   A R B O R 	 P O   B O X   1 3 1 2 8 1 ,   A N N   A R B O R ,   M I   4 8 1 1 2 - 1 2 8 1   U S A 	 2 3 7 9 - 1 3 8 1 	 	 	 T O M O G R A P H Y 	 T o m o g r a p h y 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 	 4 	 	 	 	 	 3 4 1 	 3 5 2 	 	 1 0 . 1 8 3 8 3 / j . t o m . 2 0 1 6 . 0 0 1 9 9 	 	 1 2 	 M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 E K 4 B G 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 8 7 1 5 0 0 0 1 3 	 2 8 1 1 1 6 3 4 	 
 
 J 	 C h a ,   K H ;   H a d j i i s k i ,   L M ;   S a m a l a ,   R K ;   C h a n ,   H P ;   C o h a n ,   R H ;   C a o i l i ,   E M ;   P a r a m a g u l ,   C ;   A l v a ,   A ;   W e i z e r ,   A Z 	 	 	 	 C h a ,   K e n n y   H . ;   H a d j i i s k i ,   L u b o m i r   M . ;   S a m a l a ,   R a v i   K . ;   C h a n ,   H e a n g - P i n g ;   C o h a n ,   R i c h a r d   H . ;   C a o i l i ,   E l a i n e   M . ;   P a r a m a g u l ,   C h i n t a n a ;   A l v a ,   A j j a i ;   W e i z e r ,   A l o n   Z . 	 	 	 B l a d d e r   C a n c e r   S e g m e n t a t i o n   i n   C T   f o r   T r e a t m e n t   R e s p o n s e   A s s e s s m e n t :   A p p l i c a t i o n   o f   D e e p - L e a r n i n g   C o n v o l u t i o n   N e u r a l   N e t w o r k - A   P i l o t   S t u d y 	 T O M O G R A P H Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s ;   d e e p - l e a r n i n g ;   C T ;   b l a d d e r  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 o b t a i n e d   f r o m   o n e   r a d i o l o g i s t .   T h e   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n   ( W H O )   c r i t e r i a   a n d   t h e   R e s p o n s e   E v a l u a t i o n   C r i t e r i a   I n   S o l i d   T u m o r s   ( R E C I S T )   w e r e   c a l c u l a t e d ,   a n d   t h e   p r e d i c t i o n   a c c u r a c y   o f   c o m p l e t e   r e s p o n s e   t o   c h e m o t h e r a p y   w a s   e s t i m a t e d   b y   t h e   a r e a   u n d e r   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   c u r v e   ( A U C ) .   T h e   A U C s   w e r e   0 . 7 3   + / -   0 . 0 6 ,   0 . 7 0   + / -   0 . 0 7 ,   a n d   0 . 7 0   + / -   0 . 0 6 ,   r e s p e c t i v e l y ,   f o r   t h e   v o l u m e   c h a n g e   c a l c u l a t e d   u s i n g   D L - C N N   s e g m e n t a t i o n ,   t h e   A I - C A L S   a n d   t h e   m a n u a l   c o n t o u r s .   T h e   d i f f e r e n c e s   d i d   n o t   a c h i e v e   s t a t i s t i c a l   s i g n i f i c a n c e .   T h e   A U C s   u s i n g   t h e   W H O   c r i t e r i a   w e r e   0 . 6 3   + / -   0 . 0 7   a n d   0 . 6 1   + / -   0 . 0 6 ,   w h i l e   t h e   A U C s   u s i n g   R E C I S T   w e r e   0 . 6 5   + / -   0 0 7   a n d   0 . 6 3   + / -   0 . 0 6   f o r   t h e   t w o   r a d i o l o g i s t s ,   r e s p e c t i v e l y .   O u r   r e s u l t s   i n d i c a t e   t h a t   D L - C N N   c a n   p r o d u c e   a c c u r a t e   b l a d d e r   c a n c e r   s e g m e n t a t i o n   f o r   c a l c u l a t i o n   o f   t u m o r   s i z e   c h a n g e   i n   r e s p o n s e   t o   t r e a t m e n t .   T h e   v o l u m e   c h a n g e   p e r f o r m e d   b e t t e r   t h a n   t h e   e s t i m a t i o n s   f r o m   t h e   W H O   c r i t e r i a   a n d   R E C I S T   f o r   t h e   p r e d i c t i o n   o f   c o m p l e t e   r e s p o n s e . 	 [ C h a ,   K e n n y   H . ;   H a d j i i s k i ,   L u b o m i r   M . ;   S a m a l a ,   R a v i   K . ;   C h a n ,   H e a n g - P i n g ;   C o h a n ,   R i c h a r d   H . ;   C a o i l i ,   E l a i n e   M . ;   P a r a m a g u l ,   C h i n t a n a ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   R a d i o l ,   C t r   C o m p r e h e n s   C a n c ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A ;   [ A l v a ,   A j j a i ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   C t r   C o m p r e h e n s   C a n c ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A ;   [ W e i z e r ,   A l o n   Z . ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   U r o l ,   C t r   C o m p r e h e n s   C a n c ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A 	 C h a ,   K H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   R a d i o l ,   1 5 0 0   E   M e d , C t r   D r , M I B   C 4 7 4 ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A . 	 h e e k o n @ m e d . u m i c h . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ U 0 1 C A 1 7 9 1 0 6 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   g r a n t   n u m b e r   U 0 1 C A 1 7 9 1 0 6 . 	 A d v a n c e d   B l a d d e r   C a n c e r   M e t a - a n a l y s i s   C o l l a b o r a t i o n ,   2 0 0 3 ,   L A N C E T ,   V 3 6 1 ,   P 1 9 2 7 ;   B E S S E L L   E M ,   1 9 9 0 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 9 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 9 0 ) 9 0 1 2 8 - J ;   C h a   K H ,   2 0 1 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 3 ,   P 1 8 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 4 4 4 9 8 ;   C H A N   H P ,   1 9 9 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 2 ,   P 1 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 7 4 2 8 ;   E i s e n h a u e r   E A ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 5 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 2 6 ;   F A G G   S L ,   1 9 8 4 ,   B R I T   J   U R O L ,   V 5 6 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 4 - 4 1 0 X . 1 9 8 4 . t b 0 5 3 9 0 . x ;   F i l e v   P ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 5 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 0 0 2 3 1 1 ;   G e   J ,   2 0 0 7 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 2 ,   P 9 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 2 / 4 / 0 0 8 ;   G e   J ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 2 9 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 2 1 1 7 1 0 ;   G r o s s m a n   H B ,   2 0 0 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 9 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 2 2 1 4 8 ;   G u r c a n   M N ,   2 0 0 2 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 9 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 7 6 - 6 3 3 2 ( 0 3 ) 8 0 1 8 7 - 3 ;   G u r c a n   M N ,   2 0 0 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 8 ,   P 1 9 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 3 9 5 0 3 6 ;   H a d j i i s k i   L ,   2 0 1 5 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 2 0 5 ,   P 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 4 . 1 3 7 3 2 ;   H a d j i i s k i   L ,   2 0 1 3 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 0 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 1 2 ;   H u s b a n d   J E ,   2 0 0 4 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 0 ,   P 2 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 1 8 4 3 ;   J a c c a r d   P . ,   1 9 1 2 ,   N E W   P H Y T O L ,   V 1 1 ,   P 3 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / J . 1 4 6 9 - 8 1 3 7 . 1 9 1 2 . T B 0 5 6 1 1 . X ;   K r i z h e v s k y   A . ,   2 0 1 2 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ,   V 2 5 ;   K r i z h e v s k y   A . ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 2 ,   P 1 0 9 7 ;   K r i z h e v s k y   A . ,   2 0 0 9 ,   T H E S I S ;   M e e k s   J J ,   2 0 1 2 ,   E U R   U R O L ,   V 6 2 ,   P 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 4 8 ;   R A G H A V A N   D ,   1 9 8 4 ,   M E D   J   A U S T R A L I A ,   V 1 4 0 ,   P 2 7 6 ;   R u s s a k o v s k y   O ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 1 5 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 1 5 - 0 8 1 6 - y ;   S a h i n e r   B ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   P 5 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 3 8 9 3 7 ;   S a m a l a   R K ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 8 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 2 1 / 8 4 5 7 ;   S a m a l a   R K ,   2 0 1 4 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 9 ,   P 7 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 9 / 2 3 / 7 4 5 7 ;   S h i n   H C ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 1 6 2 ;   S T E R N B E R G   C N ,   1 9 9 5 ,   A N N   O N C O L ,   V 6 ,   P 1 1 3 ;   S t r e e t   E ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 4 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 7 9 4 1 7 4 ;   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n ,   W H O   H D B   R E P   R E S   C A N C ;   W i t j e s   J A ,   1 9 9 7 ,   E U R   U R O L ,   V 3 1 ,   P 4 1 4 	 3 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 G R A P H O   P U B L I C A T I O N S 	 A N N   A R B O R 	 P O   B O X   1 3 1 2 8 1 ,   A N N   A R B O R ,   M I   4 8 1 1 2 - 1 2 8 1   U S A 	 2 3 7 9 - 1 3 8 1 	 	 	 T O M O G R A P H Y 	 T o m o g r a p h y 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 	 4 	 	 	 	 	 4 2 1 	 4 2 9 	 	 1 0 . 1 8 3 8 3 / j . t o m . 2 0 1 6 . 0 0 1 8 4 	 	 9 	 M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 E K 4 B G 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 8 7 1 5 0 0 0 2 3 	 2 8 1 0 5 4 7 0 	 
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 r e s p e c t i v e l y ,   p r o v i d i n g   a   m e a s u r e   f o r   t h e   f e a t u r e s '   r e d u n d a n c y . 	 [ K a l p a t h y - C r a m e r ,   J a y a s h r e e ;   M a m o m o v ,   A r t e m ]   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 4   U S A ;   [ Z h a o ,   B i n s h e n g ;   L u ,   L i n ]   C o l u m b i a   U n i v ,   M e d   C t r ,   N e w   Y o r k ,   N Y   U S A ;   [ C h e r e z o v ,   D m i t r y ;   G o l d g o f ,   D m i t r y ]   U n i v   S   F l o r i d a ,   T a m p a ,   F L   U S A ;   [ N a p e l ,   S a n d y ;   E c h e g a r a y ,   S e b a s t i a n ;   R u b i n ,   D a n i e l ]   S t a n f o r d   U n i v ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A ;   [ M c N i t t - G r a y ,   M i c h a e l ;   L o ,   P e c h i n ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   U S A ;   [ S i e r e n ,   J e s s i c a   C . ;   U t h o f f ,   J o h a n n a ;   D i l g e r ,   S a m a n t h a   K .   N . ]   U n i v   I o w a ,   I o w a   C i t y ,   I A   U S A ;   [ D r i s c o l l ,   B r a n d a n ;   Y e u n g ,   I v a n ]   P r i n c e s s   M a r g a r e t   C a n c   C t r ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a ;   [ H a d j i i s k i ,   L u b o m i r ;   C h a ,   K e n n y ]   U n i v   M i c h i g a n ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A ;   [ B a l a g u r u n a t h a n ,   Y o g a n a n d ;   G i l l i e s ,   R o b e r t ]   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   T a m p a ,   F L   U S A 	 K a l p a t h y - C r a m e r ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   1 4 9   1 3 t h   S t ,   C h a r l e s t o w n ,   M A   0 2 1 2 9   U S A . 	 k a l p a t h y @ n m r . m g h . h a r v a r d . e d u 	 	 	 N I H / N C I   [ U 2 4 C A 1 8 0 9 2 7 ,   U 2 4 C A 1 8 0 9 1 8 ,   U 0 1 C A 1 5 4 6 0 1 ,   R 0 1   C A 1 4 9 4 9 0 ,   U 0 1   C A 1 4 0 2 0 7 ,   U 0 1   C A 1 8 1 1 5 6 ,   R 0 1   C A 1 6 0 2 5 1 ,   U 0 1   C A 1 8 7 9 4 7 ,   U 0 1 C A 1 7 9 1 0 6 ,   1 U 0 1   C A   1 4 3 0 6 2 - 0 1 ,   U 2 4 1 8 0 9 2 7 ] ;   N I H / N H L B I   [ R 0 1 H L 1 1 2 9 8 6 ] ;   N I H   [ R 0 1   C A 9 3 5 1 7 ] ;   C a n a d i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   R e s e a r c h ;   S t a t e   o f   F l o r i d a   J a m e s   &   E s t h e r   K i n g   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   P r o g r a m   [ 2 K T 0 1 ] 	 J . K . C .   a n d   A . M .   w e r e   s u p p o r t e d ,   i n   p a r t ,   t h r o u g h   f u n d i n g   f r o m   N I H / N C I   ( U 2 4 C A 1 8 0 9 2 7 ,   U 2 4 C A 1 8 0 9 1 8 ,   a n d   U 0 1 C A 1 5 4 6 0 1 ) ;   B . Z .   a n d   L . L .   w e r e   s u p p o r t e d ,   i n   p a r t ,   t h r o u g h   f u n d i n g   f r o m   N I H / N C I   ( U 2 4 C A 1 8 0 9 2 7 ,   R 0 1   C A 1 4 9 4 9 0 ,   a n d   U 0 1   C A 1 4 0 2 0 7 ) ;   M . M . G   a n d   P . L .   w e r e   s u p p o r t e d ,   i n   p a r t ,   t h r o u g h   f u n d i n g   f r o m   N I H / N C I   ( U 0 1   C A 1 8 1 1 5 6 ) ;   S . N .   a n d   S . E .   w e r e   s u p p o r t e d ,   i n   p a r t ,   t h r o u g h   f u n d i n g   f r o m   N I H / N C I   ( R 0 1   C A 1 6 0 2 5 1   a n d   U 0 1   C A 1 8 7 9 4 7 ) ;   J . C . S .   a n d   S . K . N . D .   w e r e   s u p p o r t e d ,   i n   p a r t ,   t h r o u g h   f u n d i n g   f r o m   N I H / N H L B I   ( R 0 1 H L 1 1 2 9 8 6 ) ;   L . H .   a n d   K . C .   w e r e   s u p p o r t e d ,   i n   p a r t ,   b y   N I H / N C I   ( U 0 1 C A 1 7 9 1 0 6 ) .   A   l a r g e   p a r t   o f   t h e   g e n e r a l   M i c h i g a n   f e a t u r e   e x t r a c t i o n   p i p e l i n e   w a s   d e v e l o p e d   u n d e r   t h e   s u p p o r t   o f   N I H   a w a r d   n u m b e r   R 0 1   C A 9 3 5 1 7   ( P I :   H e a n g - P i n g   C h a n ) .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   a l s o   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   D r .   H e a n g - P i n g   C h a n   f o r   h e r   s u b s t a n t i a l   c o n t r i b u t i o n   t o   t h e   M i c h i g a n   t e a m   i n   t h e   Q I N   F e a t u r e   c h a l l e n g e .   T h e   w o r k   o f   P M C C   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   C a n a d i a n   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   R e s e a r c h .   D . C . ,   D . G . ,   Y . B . ,   a n d   R G   w e r e   s u p p o r t e d ,   i n   p a r t ,   t h r o u g h   f u n d i n g   f r o m   N I H / N C I   ( 1 U 0 1   C A   1 4 3 0 6 2 - 0 1   a n d   U 2 4 1 8 0 9 2 7 )   a n d   S t a t e   o f   F l o r i d a   J a m e s   &   E s t h e r   K i n g   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   P r o g r a m   ( 2 K T 0 1 ) . 	 A r m a t o   S G ,   2 0 0 8 ,   C L I N   P H A R M A C O L   T H E R ,   V 8 4 ,   P 4 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c l p t . 2 0 0 8 . 1 6 1 ;   A r m a t o   S G ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 2 8 2 0 4 ;   B a l a g u r u n a t h a n   Y ,   2 0 1 4 ,   T R A N S L   O N C O L ,   V 7 ,   P 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / t l o . 1 3 8 4 4 ;   B e s t   D J ,   1 9 7 5 ,   J   R   S T A T   S O C   C ,   V 2 4 ,   P 3 7 7 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 3 4 7 1 1 1 ,   1 0 . 2 3 0 7 / 2 3 4 7 1 1 1 ] ;   D i l g e r   S K N ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G I N G ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J M I . 2 . 4 . 0 4 1 0 0 4 ;   E c h e g a r y   S ,   2 0 1 6 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   F i s h e r   R .   A . ,   1 9 5 8 ,   S T A T   M E T H O D S   R E S   W O R ;   G e   Z Y ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 2 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 9 4 4 6 6 7 ;   G r o v e   O ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 8 2 6 1 ;   H a w k i n s   S ,   2 0 1 6 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 2 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t h o . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 0 2 ;   K a l p a t h y - C r a m e r   J ,   2 0 1 6 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 9 ,   P 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 6 - 9 8 5 9 - z ;   K a l p a t h y - C r a m e r   J ,   Q I N   M U L T I S I T E   C O L L E C ;   K i n g   T S ,   2 0 0 7 ,   S T A T   M E D ,   V 2 6 ,   P 3 0 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 2 7 7 8 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 8 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 3 6 ;   L a w s   K I ,   1 9 8 0 ,   I M A G E   P R O C E S S I N G   M I S ,   P 3 7 6 ;   L i u   Y ,   2 0 1 6 ,   C L I N   L U N G   C A N C E R ,   V 1 7 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l l c . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 1 ;   N a p e l   S ,   2 0 1 6 ,   R A D   S O C   N   A M   A N N   M   2 ;   S a h i n e r   B ,   1 9 9 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 2 5 ,   P 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 5 9 8 2 2 8 ;   W a y   T W ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 2 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 2 0 7 1 2 9 ;   W a y   T W ,   2 0 0 9 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 6 ,   P 3 0 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 1 4 0 5 8 9 ;   Z h a o   B S ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 3 4 2 8 	 2 1 	 0 	 0 	 3 	 3 	 G R A P H O   P U B L I C A T I O N S 	 A N N   A R B O R 	 P O   B O X   1 3 1 2 8 1 ,   A N N   A R B O R ,   M I   4 8 1 1 2 - 1 2 8 1   U S A 	 2 3 7 9 - 1 3 8 1 	 	 	 T O M O G R A P H Y 	 T o m o g r a p h y 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 	 4 	 	 	 	 	 4 3 0 	 4 3 7 	 	 1 0 . 1 8 3 8 3 / j . t o m . 2 0 1 6 . 0 0 2 3 5 	 	 8 	 M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 E K 4 B G 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 8 7 1 5 0 0 0 2 4 	 2 8 1 4 9 9 5 8 	 
 
 J 	 A l - D a g h r i ,   N M ;   A l o k a i l ,   M S ;   M a n o u s o p o u l o u ,   A ;   H e i n s o n ,   A ;   A l - A t t a s ,   O ;   A l - S a l e h ,   Y ;   S a b i c o ,   S ;   Y a k o u t ,   S ;   W o e l k ,   C H ;   C h r o u s o s ,   G P ;   G a r b i s ,   S D 	 	 	 	 A l - D a g h r i ,   N a s s e r   M . ;   A l o k a i l ,   M a j e d   S . ;   M a n o u s o p o u l o u ,   A n t i g o n i ;   H e i n s o n ,   A s h l e y ;   A l - A t t a s ,   O m a r ;   A l - S a l e h ,   Y o u s e f ;   S a b i c o ,   S h a u n ;   Y a k o u t ,   S o b h y ;   W o e l k ,   C h r i s t o p h e r   H . ;   C h r o u s o s ,   G e o r g e   P . ;   G a r b i s ,   S p i r o s   D . 	 	 	 S e x - s p e c i f i c   v i t a m i n   D   e f f e c t s   o n   b l o o d   c o a g u l a t i o n   a m o n g   o v e r w e i g h t   a d u l t s 	 E U R O P E A N   J O U R N A L   O F   C L I N I C A L   I N V E S T I G A T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B l o o d   c o a g u l a t i o n ;   s e r u m   p r o t e o m i c s ;   s e x u a l   d i m o r p h i s m ;   v i t a m i n   D 	 S E R U M   2 5 - H Y D R O X Y V I T A M I N   D ;   C A R D I O V A S C U L A R - D I S E A S E ;   T H R O M B O T I C   R I S K ;   P L A S M A   P R O T E O M E ;   O B E S I T Y ;   M E T A A N A L Y S I S ;   G E N D E R ;   C A N C E R ;   H E A L T H ;   M O U S E 	 B a c k g r o u n d   O v e r w e i g h t   a d u l t s   a r e   a t   i n c r e a s e d   r i s k   f o r   c a r d i o v a s c u l a r   d i s e a s e   a n d   v i t a m i n   D   d e f i c i e n c y ,   w h e r e a s   a n   i m p o r t a n t   f e a t u r e   t o   v i t a m i n   D   p h y s i o l o g y   i s   i t s   s e x   d e p e n d e n c e .   T h e   a i m   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t o   e x a m i n e   w h e t h e r   v i t a m i n   D   s t a t u s   i m p r o v e m e n t  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 s h o w e d   v i t a m i n   K - d e p e n d e n t   p r o t e i n   C ,   v o n   W i l l e b r a n d   f a c t o r ,   f i b r i n o g e n   g a m m a   c h a i n   a n d   m u l t i m e r i n - 1   p r o t e i n s ,   o f   r e l e v a n c e   t o   b l o o d   c o a g u l a t i o n ,   t o   b e   d i f f e r e n t i a l l y   a f f e c t e d   ( P - v a l u e   < =   0 . 0 5 )   b e t w e e n   s e x e s   a f t e r   v i t a m i n   D   s t a t u s   c o r r e c t i o n .   C o n c l u s i o n s   T h i s   s t u d y   i d e n t i f i e d   n o v e l   p r o t e i n - l e v e l   m o l e c u l a r   i n d i c a t o r s   o n   t h e   s e x u a l l y   d i m o r p h i c   e f f e c t   o f   v i t a m i n   D   s t a t u s   c o r r e c t i o n   a s s o c i a t e d   w i t h   b l o o d   c o a g u l a t i o n   a m o n g   o v e r w e i g h t   a d u l t s .   T h e s e   s e x - m e d i a t e d   v i t a m i n   D   e f f e c t s   s h o u l d   b e   f a c t o r e d   i n   t h e   d e s i g n   a n d   i n t e r p r e t a t i o n   o f   v i t a m i n   D   o b s e r v a t i o n a l   a n d   i n t e r v e n t i o n a l   s t u d i e s   t e s t i n g   c a r d i o m e t a b o l i c   o u t c o m e s . 	 [ A l - D a g h r i ,   N a s s e r   M . ;   A l o k a i l ,   M a j e d   S . ;   S a b i c o ,   S h a u n ;   Y a k o u t ,   S o b h y ]   K i n g   S a u d   U n i v ,   C o l l   S c i ,   D e p t   B i o c h e m ,   B i o m a r k e r s   R e s   P r o g r a m ,   R i y a d h   1 1 4 5 1 ,   S a u d i   A r a b i a ;   [ A l - D a g h r i ,   N a s s e r   M . ;   A l o k a i l ,   M a j e d   S . ;   A l - A t t a s ,   O m a r ;   A l - S a l e h ,   Y o u s e f ;   S a b i c o ,   S h a u n ;   Y a k o u t ,   S o b h y ]   K i n g   S a u d   U n i v ,   D e p t   B i o c h e m ,   P r i n c e   M u t a i b   C h a i r   B i o m a r k e r s   O s t e o p o r o s i s ,   R i y a d h   1 1 4 5 1 ,   S a u d i   A r a b i a ;   [ M a n o u s o p o u l o u ,   A n t i g o n i ;   H e i n s o n ,   A s h l e y ;   W o e l k ,   C h r i s t o p h e r   H . ;   G a r b i s ,   S p i r o s   D . ]   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   S o u t h a m p t o n   G e n   H o s p ,   F a c   M e d ,   C l i n   &   E x p t   S c i ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 7   1 B J ,   H a n t s ,   E n g l a n d ;   [ M a n o u s o p o u l o u ,   A n t i g o n i ;   G a r b i s ,   S p i r o s   D . ]   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   I n s t   L i f e   S c i ,   C t r   P r o t e   R e s ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 7   1 B J ,   H a n t s ,   E n g l a n d ;   [ C h r o u s o s ,   G e o r g e   P . ]   U n i v   A t h e n s ,   D e p t   P e d i a t   1 ,   A t h e n s ,   G r e e c e ;   [ G a r b i s ,   S p i r o s   D . ]   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   S o u t h a m p t o n   G e n   H o s p ,   F a c   M e d ,   C a n c   S c i ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 7   1 B J ,   H a n t s ,   E n g l a n d ;   [ C h r o u s o s ,   G e o r g e   P . ]   U n i v   A t h e n s ,   A g i a   S o p h i a   G e n   C h i l d r e n s   H o s p ,   S c h   M e d ,   D e p t   P e d i a t   1 ,   T h i v o n   &   7 8   M i k r a s   A s i a s   S t ,   A t h e n s   1 1 5 2 7 ,   G r e e c e 	 A l - D a g h r i ,   N M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K i n g   S a u d   U n i v ,   C o l l   S c i ,   D e p t   B i o c h e m ,   B i o m a r k e r s   R e s   P r o g r a m ,   R i y a d h   1 1 4 5 1 ,   S a u d i   A r a b i a . ;   A l - D a g h r i ,   N M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K i n g   S a u d   U n i v ,   D e p t   B i o c h e m ,   P r i n c e   M u t a i b   C h a i r   B i o m a r k e r s   O s t e o p o r o s i s ,   R i y a d h   1 1 4 5 1 ,   S a u d i   A r a b i a . ;   G a r b i s ,   S D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   S o u t h a m p t o n   G e n   H o s p ,   F a c   M e d ,   C l i n   &   E x p t   S c i ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 7   1 B J ,   H a n t s ,   E n g l a n d . ;   G a r b i s ,   S D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   I n s t   L i f e   S c i ,   C t r   P r o t e   R e s ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 7   1 B J ,   H a n t s ,   E n g l a n d . ;   G a r b i s ,   S D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   S o u t h a m p t o n   G e n   H o s p ,   F a c   M e d ,   C a n c   S c i ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 7   1 B J ,   H a n t s ,   E n g l a n d . ;   G a r b i s ,   S D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   F a c   M e d ,   I n s t   L i f e   S c i ,   C t r   P r o t e   R e s ,   S o u t h a m p t o n   S O 1 7   1 B J ,   H a n t s ,   E n g l a n d . ;   A l - D a g h r i ,   N M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K i n g   S a u d   U n i v ,   D e p t   B i o c h e m ,   C o l l   S c i ,   R i y a d h   1 1 4 5 1 ,   S a u d i   A r a b i a . 	 n d a g h r i @ k s u . e d u . s a ;   s . d . g a r b i s @ s o t o n . a c . u k 	 G a r b i s ,   S p i r o s / L - 3 0 9 9 - 2 0 1 3 	 G a r b i s ,   S p i r o s / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 1 0 5 0 - 0 8 0 5 	 I n t e r n a t i o n a l   H i g h l y   C i t e d   R e s e a r c h   G r o u p   o f   D e a n s h i p   o f   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h ;   V i s i t i n g   P r o f e s s o r   P r o g r a m   o f   K i n g   S a u d   U n i v e r s i t y ,   R i y a d h ,   S a u d i   A r a b i a ;   W e s s e x   C a n c e r   T r u s t ;   M e d i c a l   R e s e a r c h ,   U . K 	 T h e   I n t e r n a t i o n a l   H i g h l y   C i t e d   R e s e a r c h   G r o u p   ( I H C R G   1 4 - 2 0 3 )   o f   t h e   D e a n s h i p   o f   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h ,   t h e   V i c e - D e a n   o f   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   C h a i r s   a n d   t h e   V i s i t i n g   P r o f e s s o r   P r o g r a m   o f   K i n g   S a u d   U n i v e r s i t y ,   R i y a d h ,   S a u d i   A r a b i a ,   W e s s e x   C a n c e r   T r u s t   a n d   M e d i c a l   R e s e a r c h ,   U . K . 	 A l - D a g h r i   N M ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   V I T A M   N U T R   R E S ,   V 8 4 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 4 / 0 3 0 0 - 9 8 3 1 / a 0 0 0 1 9 0 ;   A l - D a g h r i   N M ,   2 0 1 4 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 5 0 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 5 0 0 3 4 0 6 ;   A l - D a g h r i   N M ,   2 0 1 4 ,   B I O A N A L Y S I S ,   V 6 ,   P 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 5 5 / b i o . 1 4 . 5 ;   A l - D a g h r i   N M ,   2 0 1 2 ,   M E T A B O L I S M ,   V 6 1 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e t a b o l . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 1 7 ;   B e r t o n e - J o h n s o n   E R ,   2 0 1 0 ,   J   S T E R O I D   B I O C H E M ,   V 1 2 1 ,   P 4 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s b m b . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 7 6 ;   C a n o   A ,   2 0 0 1 ,   M A T U R I T A S ,   V 4 0 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 7 8 - 5 1 2 2 ( 0 1 ) 0 0 2 7 0 - 5 ;   C l a y t o n   J A ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 0 9 ,   P 2 8 2 ;   C l e l a n d   C L ,   2 0 1 4 ,   B M C   P U B L I C   H E A L T H ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 5 8 - 1 4 - 1 2 5 5 ;   D e P e r g o l a   G ,   1 9 9 7 ,   M E T A B O L I S M ,   V 4 6 ,   P 1 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 6 - 0 4 9 5 ( 9 7 ) 9 0 2 3 2 - 8 ;   F a n   J Y ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C A R D I O L ,   V 1 6 8 ,   P 4 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j c a r d . 2 0 1 3 . 0 7 . 2 3 0 ;   G a r b i s   S D ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 3 ,   P 7 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 1 0 2 0 7 5 d ;   G a r c i a - B a i l o   B ,   2 0 1 3 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 1 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 4 0 0 1 0 4 2 ;   G i a n n o g o n a s   P ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 3 3 4 2 ;   G i n d e   A A ,   2 0 0 9 ,   J   A M   G E R I A T R   S O C ,   V 5 7 ,   P 1 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 3 2 - 5 4 1 5 . 2 0 0 9 . 0 2 3 5 9 . x ;   H a n a s h   S M ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 2 ,   P 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 6 9 1 6 ;   H a n l e y   C J ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 6 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 6 7 4 0 ;   H e a n e y   R P ,   2 0 1 1 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 4 ,   P 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 1 . 0 1 9 5 3 9 ;   H o l i c k   M F ,   2 0 0 8 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 7 ,   p 1 0 8 0 S ;   K u s s m a n n   M ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 9 ,   P 4 8 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 0 4 3 3 9 ;   L a r k i n   S E ,   2 0 1 6 ,   B R   J   C A N C ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 6 . 2 9 1 ;   L e e   D M ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   E N D O C R I N O L ,   V 1 6 6 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E J E - 1 1 - 0 7 4 3 ;   L e r c h b a u m   E ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   E N D O C R I N O L ,   V 1 6 6 ,   P 7 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E J E - 1 1 - 0 9 8 4 ;   M a n o u s o p o u l o u   A ,   2 0 1 6 ,   N U T R   D I A B E T E S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n u t d . 2 0 1 6 . 1 0 ;   M a n o u s o p o u l o u   A ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   O B E S I T Y ,   V 3 9 ,   P 1 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / i j o . 2 0 1 5 . 3 5 ;   M a n o u s o p o u l o u   A ,   2 0 1 6 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 5 1 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / J A D - 1 5 1 0 7 8 ;   M a n o u s o p o u l o u   A ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   C L I N   I N V E S T ,   V 4 5 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / e c i . 1 2 5 1 0 ;   M i l l e r   V M ,   2 0 0 7 ,   C L I N   E X P   P H A R M A C O L   P ,   V 3 4 ,   P 8 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 0 - 1 6 8 1 . 2 0 0 7 . 0 4 6 8 5 . x ;   M o r e s c o   J J ,   2 0 0 8 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 8 ,   P 5 9 7 ;   O m e n n   G S ,   2 0 1 5 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 4 ,   P 3 4 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . 5 b 0 0 4 9 9 ;   P e r n a   L ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 8 ,   P 4 9 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 1 3 - 2 4 2 4 ;   P l u d o w s k i   P ,   2 0 1 3 ,   A U T O I M M U N   R E V ,   V 1 2 ,   P 9 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a u t r e v . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 0 4 ;   R o s s   A C ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 6 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 1 0 - 2 7 0 4 ;   S a n e e i   P ,   2 0 1 3 ,   O B E S   R E V ,   V 1 4 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / o b r . 1 2 0 1 6 ;   S i m e r a   I ,   2 0 1 0 ,   E U R   J   C L I N   I N V E S T ,   V 4 0 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 3 6 2 . 2 0 0 9 . 0 2 2 3 4 . x ;   S t a d l m a y r   A ,   2 0 1 5 ,   A C T A   D I A B E T O L ,   V 5 2 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 9 2 - 0 1 4 - 0 5 9 6 - 9 ;   T h e o d o r a t o u   E ,   2 0 1 4 ,   B M J - B R I T   M E D   J ,   V 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . g 2 0 3 5 ;   T u c k   M K ,   2 0 0 9 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 8 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 8 0 0 5 4 5 q ;   V e r d o i a   M ,   2 0 1 5 ,   N U T R   M E T A B   C A R D I O V A S ,   V 2 5 ,   P 4 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n u m e c d . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 9 ;   V i z c a i n o   J A ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 8 3 9 ;   W e h r   E ,   2 0 1 0 ,   C L I N   E N D O C R I N O L ,   V 7 3 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 2 6 5 . 2 0 0 9 . 0 3 7 7 7 . x 	 4 0 	 0 	 0 	 1 	 1 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 0 1 4 - 2 9 7 2 	 1 3 6 5 - 2 3 6 2 	 	 E U R   J   C L I N   I N V E S T 	 E u r .   J .   C l i n .   I n v e s t . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 4 6 	 1 2 	 	 	 	 	 1 0 3 1 	 1 0 4 0 	 	 1 0 . 1 1 1 1 / e c i . 1 2 6 8 8 	 	 1 0 	 M e d i c i n e ,   G e n e r a l   &   I n t e r n a l ;   M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 G e n e r a l   &   I n t e r n a l   M e d i c i n e ;   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E J 2 Y Q 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 0 7 7 9 0 0 0 0 9 	 2 7 7 2 7 4 5 9 	 
 
 J 	 A l o n e z i ,   S ;   T u s i i m i r e ,   J ;   W a l l a c e ,   J ;   D u f t o n ,   M J ;   P a r k i n s o n ,   J A ;   Y o u n g ,   L C ;   C l e m e n t s ,   C J ;   P a r k ,   J K ;   J e o n ,   J W ;   F e r r o ,   V A ;   W a t s o n ,   D G 	 	 	 	 A l o n e z i ,   S a n a d ;   T u s i i m i r e ,   J o n a n s ;   W a l l a c e ,   J e n n i f e r ;   D u f t o n ,   M a r k   J . ;   P a r k i n s o n ,   J o h n   A . ;   Y o u n g ,   L o u i s e   C . ;   C l e m e n t s ,   C a r o l   J . ;   P a r k ,   J i n   K y u ;   J e o n ,   J o n g   W o o n ;   F e r r o ,   V a l e r i e   A . ;   W a t s o n ,   D a v i d   G . 	 	 	 M e t a b o l o m i c   P r o f i l i n g   o f   t h e   E f f e c t s   o f   M e l i t t i n   o n   C i s p l a t i n   R e s i s t a n t   a n d   C i s p l a t i n   S e n s i t i v e   O v a r i a n   C a n c e r   C e l l s   U s i n g   M a s s   S p e c t r o m e t r y   a n d   B i o l o g   M i c r o a r r a y   T e c h n o l o g y 	 M E T A B O L I T E S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 m e t a b o l o m i c s ;   M e l i t t i n ;   L C - M S ;   o v a r i a n   c a n c e r ;   A 2 7 8 0   c e l l s ;   c i s p l a t i n   r e s i s t a n c e 	 B E E   V E N O M ;   H E P A T O C E L L U L A R - C A R C I N O M A ;   O X I D A T I V E   S T R E S S ;   C H R O M A T O G R A P H Y ;   P O L Y A M I N E S ;   A P O P T O S I S ;   I N A C T I V A T I O N ;   T O X I C I T Y ;   R E C E P T O R ;   P A T H W A Y 	 I n   t h e   p r e s e n t   s t u d y ,   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y - m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( L C - M S )   w a s   e m p l o y e d   t o   c h a r a c t e r i s e   t h e   m e t a b o l i c   p r o f i l e s   o f   t w o   h u m a n   o v a r i a n   c a n c e r   c e l l   l i n e s   A 2 7 8 0   ( c i s p l a t i n - s e n s i t i v e )   a n d   A 2 7 8 0 C R   ( c i s p l a t i n - r e s i s t a n t )   i n   r e s p o n s e  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 J . ;   F e r r o ,   V a l e r i e   A . ;   W a t s o n ,   D a v i d   G . ]   U n i v   S t r a t h c l y d e ,   S t r a t h c l y d e   I n s t   P h a r m   &   B i o m e d   S c i ,   G l a s g o w   G 4   0 R E ,   L a n a r k ,   S c o t l a n d ;   [ W a l l a c e ,   J e n n i f e r ;   D u f t o n ,   M a r k   J . ;   P a r k i n s o n ,   J o h n   A . ]   U n i v   S t r a t h c l y d e ,   D e p t   P u r e   &   A p p l   C h e m ,   W e s t C H E M ,   2 9 5   C a t h e d r a l   S t ,   G l a s g o w   G 1   1 X L ,   L a n a r k ,   S c o t l a n d ;   [ P a r k ,   J i n   K y u ;   J e o n ,   J o n g   W o o n ]   B e e s e n   C o   L t d ,   Y u s e o n g   D a e r o   1 6 6 2 ,   D a e   J e o n   3 4 0 5 4 ,   S o u t h   K o r e a 	 W a t s o n ,   D G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S t r a t h c l y d e ,   S t r a t h c l y d e   I n s t   P h a r m   &   B i o m e d   S c i ,   G l a s g o w   G 4   0 R E ,   L a n a r k ,   S c o t l a n d . 	 a l o n e z i - s a n a d - m o h a m m e d - z @ s t r a t h . a c . u k ;   j o n a n s . t u s i i m i r e @ s t r a t h . a c . u k ;   j e n n i f e r . w a l l a c e . 1 0 1 @ s t r a t h . a c . u k ;   m a r k . d u f t o n @ s t r a t h . a c . u k ;   j o h n . p a r k i n s o n @ s t r a t h . a c . u k ;   l o u i s e . c . y o u n g @ s t r a t h . a c . u k ;   c . j . c l e m e n t s @ s t r a t h . a c . u k ;   j k y p a r k @ l i v e . c o . k r ;   c o n f e s s o r @ h a n m a i l . n e t ;   v . a . f e r r o @ s t r a t h . a c . u k ;   d . g . w a t s o n @ s t r a t h . a c . u k 	 	 	 g o v e r n m e n t   o f   S a u d i   A r a b i a   ( A r m e d   F o r c e s   M e d i c a l   S e r v i c e s   M i n i s t r y   o f   D e f e n c e ) ;   B e e s e n   C o .   L t d .   ( D a e   J e o n ,   K o r e a ) ;   S t r a t h c l y d e   U n i v e r s i t y ;   K o r e a   I n s t i t u t e   f o r   A d v a n c e m e n t   o f   T e c h n o l o g y   ( K I A T ) 	 S a n a d   A l o n e z i   i s   f u n d e d   b y   t h e   g o v e r n m e n t   o f   S a u d i   A r a b i a   ( A r m e d   F o r c e s   M e d i c a l   S e r v i c e s   M i n i s t r y   o f   D e f e n c e ) .   J o n a n s   T u s i i m i r e   a n d   J e n n i f e r   W a l l a c e   a r e   b o t h   f u n d e d   b y   B e e s e n   C o .   L t d .   ( D a e   J e o n ,   K o r e a )   t h r o u g h   a   p a r t n e r s h i p   b e t w e e n   S t r a t h c l y d e   U n i v e r s i t y   a n d   K o r e a   I n s t i t u t e   f o r   A d v a n c e m e n t   o f   T e c h n o l o g y   ( K I A T ) . 	 B e g e r   R i c h a r d   D ,   2 0 1 3 ,   M e t a b o l i t e s ,   V 3 ,   P 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m e t a b o 3 0 3 0 5 5 2 ;   B e n   D .   S e l l e m ,   2 0 1 1 ,   J   O N C O L ,   V 2 0 1 1 ,   P 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 1 / 1 7 4 0 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 1 / 1 7 4 0 1 9 ] ;   B o c h n e r   B R ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 8 1 4 7 ;   B y u n   S S ,   2 0 0 5 ,   B J U   I N T ,   V 9 5 ,   P 1 0 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 4 - 4 1 0 X . 2 0 0 5 . 0 5 4 7 2 . x ;   C a r r a s c o   R A ,   2 0 0 3 ,   B I O T E C H N I Q U E S ,   V 3 4 ,   P 1 0 6 4 ;   C u p e r l o v i c - C u l f   M ,   2 0 1 0 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 1 5 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 1 2 ;   D e n k e r t   C ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 1 0 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 6 - 0 7 5 5 ;   F r e z z a   C ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 4 4 1 1 ;   G a j s k i   G ,   2 0 1 3 ,   E N V I R O N   T O X I C O L   P H A R ,   V 3 6 ,   P 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e t a p . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 9 ;   G a l l u z z i   L ,   2 0 1 2 ,   O N C O G E N E ,   V 3 1 ,   P 1 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 1 . 3 8 4 ;   G r i f f i n   J L ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 5 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 3 9 0 ;   H a l a m a   A ,   2 0 1 5 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 6 7 - 0 1 5 - 0 5 7 6 - z ;   J e o n g   Y J ,   2 0 1 4 ,   F O O D   C H E M   T O X I C O L ,   V 6 8 ,   P 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c t . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 2 2 ;   J o   M ,   2 0 1 2 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 5 8 ,   P 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 9 ;   K a t a j a m a a   M ,   2 0 0 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 6 - 1 7 9 ;   K o h n o   M ,   2 0 1 4 ,   C H E M   B I O L ,   V 2 1 ,   P 1 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m b i o l . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 8 ;   K o m a t s u   N ,   2 0 0 0 ,   J   B I O C H E M - T O K Y O ,   V 1 2 8 ,   P 4 6 3 ;   L a v i e   Y ,   1 9 9 6 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 1 ,   P 1 9 5 3 0 ;   L i u   M J ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   I M M U N O L   I M M U N ,   V 6 2 ,   P 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 6 2 - 0 1 3 - 1 4 0 1 - 2 ;   M a h m o o d z a d e h   A . ,   2 0 1 3 ,   T e h r a n   U n i v e r s i t y   M e d i c a l   J o u r n a l ,   V 7 0 ,   P 7 6 0 ;   M a h m o o d z a d e h   A ,   2 0 1 5 ,   J   C H I N   M E D   A S S O C ,   V 7 8 ,   P 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c m a . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 8 ;   M a n d i c   A ,   2 0 0 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 8 ,   P 9 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 2 1 0 2 8 4 2 0 0 ;   M a t s u o   K ,   2 0 1 0 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 1 1 6 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 1 8 ;   M A Y   G L ,   1 9 8 8 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 4 2 ,   P 7 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 1 0 4 2 0 5 1 7 ;   M o i n a r d   C ,   2 0 0 5 ,   C L I N   N U T R ,   V 2 4 ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l n u . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 0 1 ;   M o o r e   Z . ,   2 0 1 4 ,   C A N C   R E S   S S 1 9 ,   V 7 4 ;   M O R R E   D J ,   1 9 7 9 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 5 5 9 ,   P 7 1 ;   O h   S B ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 5 3 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 7 ;   P l u s k a l   T ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 3 9 5 ;   P o i s s o n   L M ,   2 0 1 5 ,   J   O V A R I A N   R E S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 8 - 0 1 5 - 0 1 4 0 - 8 ;   Q i a n   C Y ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C L I N   E X P   P A T H O ,   V 8 ,   P 1 0 4 0 3 ;   R a b i k   C A ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   T R E A T   R E V ,   V 3 3 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c t r v . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 0 6 ;   S a s a d a   S ,   2 0 1 3 ,   O N C O L   R E P ,   V 2 9 ,   P 9 2 5 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 2 . 2 1 8 2 ;   S C H U B E R   F ,   1 9 8 9 ,   B I O C H E M   J ,   V 2 6 0 ,   P 1 ;   S e i l e r   N ,   2 0 0 5 ,   J   C E L L   M O L   M E D ,   V 9 ,   P 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 8 2 - 4 9 3 4 . 2 0 0 5 . t b 0 0 4 9 3 . x ;   S h i n   J ,   2 0 1 3 ,   C A N C   L E T T ,   V 1 ,   P 1 ;   S i d d i k   Z H ,   2 0 0 3 ,   O N C O G E N E ,   V 2 2 ,   P 7 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 6 9 3 3 ;   T o l s t i k o v   V ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 4 0 1 9 ;   T u s i i m i r e   J ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 3 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 5 - 8 5 7 8 - 5 ;   U e t a k i   M ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 3 8 9 6 ;   V a n d e r   H e i d e n   M G ,   2 0 0 9 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 4 ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I E N C E . 1 1 6 0 8 0 9 ;   V e l d m a n   R J ,   2 0 0 2 ,   F A S E B   J ,   V 1 6 ,   P 1 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 6 / f j . 0 1 - 0 8 6 3 f j e ;   V e r m e e r s c h   K A ,   2 0 1 4 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 1 8 - 0 1 4 - 0 1 3 4 - y ;   V e r m e e r s c h   K a t h l e e n   A ,   2 0 1 3 ,   J   C a r c i n o g ,   V 1 2 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 1 4 7 7 - 3 1 6 3 . 1 1 3 6 2 2 ;   W a n g   D ,   2 0 0 5 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 4 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 1 6 9 1 ;   W a n g   J ,   2 0 1 3 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 9 ,   P 1 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 m b 2 5 4 6 1 e ;   W u   X Q ,   2 0 1 5 ,   T O X I C O L   A P P L   P H A R M ,   V 2 8 8 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a a p . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 0 ;   Y o n e z a w a   A ,   2 0 1 1 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 8 1 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b c p . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 1 6 ;   Z a m m i t   V A ,   2 0 0 9 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 6 1 ,   P 1 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d r . 2 0 0 9 . 0 4 . 0 2 4 ;   Z h a n g   R ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 4 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 3 ;   Z h a n g   R ,   2 0 1 4 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 3 6 2 ,   P 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 3 9 ;   Z h a n g   T ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 2 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 a n 0 2 2 9 4 g ;   Z h a n g   T ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 5 8 8 0 ;   Z h e n g   L A ,   2 0 1 0 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 2 4 ,   P 2 0 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 4 6 1 8 ;   Z W E L L I N G   L A ,   1 9 7 9 ,   C A N C E R   T R E A T   R E P ,   V 6 3 ,   P 1 4 3 9 	 5 5 	 0 	 0 	 7 	 7 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 2 1 8 - 1 9 8 9 	 	 	 M E T A B O L I T E S 	 M e t a b o l i t e s 	 D E C 	 2 0 1 6 	 6 	 4 	 	 	 	 	 	 	 3 5 	 1 0 . 3 3 9 0 / m e t a b o 6 0 4 0 0 3 5 	 	 1 8 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 E J 2 I T 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 0 3 4 2 0 0 0 0 4 	 	 
 
 J 	 S h e n ,   C Y ;   K u o ,   C H ;   W a n g ,   S Y ;   Y a n g ,   W Q ;   K u o ,   C T ;   T s e n g ,   Y F J ;   T s a i ,   M H 	 	 	 	 S h e n ,   C h e n g - Y i n g ;   K u o ,   C h i n g - H u a ;   W a n g ,   S a n - Y u a n ;   Y a n g ,   W e i - Q i n g ;   K u o ,   C h u n - T i n g ;   T s e n g ,   Y u f e n g   J . ;   T s a i ,   M o n g - H s u n 	 	 	 D i s t i n c t   m e t a b o l i c   c h a n g e s   i n   h u m a n   l u n g   c a n c e r   c e l l s   w i t h   d i f f e r e n t i a l   r a d i a t i o n   s e n s i t i v i t i e s 	 T R A N S L A T I O N A L   C A N C E R   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C L 1 - 0 ;   C L 1 - 5 ;   l u n g   c a n c e r ;   m e t a b o l i t e s ;   r a d i a t i o n 	 T R I M E T H Y L A M I N E - N - O X I D E ;   G L U T A T H I O N E ;   T H E R A P Y ;   R E S P O N S E S ;   D E T O X I F I C A T I O N ;   R E S I S T A N C E ;   E N Z Y M E S ;   O R I G I N ;   R E P A I R ;   L I N E S 	 B a c k g r o u n d :   R a d i o t h e r a p y   i s   o n e   o f   t h e   m o s t   i m p o r t a n t   m o d a l i t i e s   f o r   c a n c e r   t r e a t m e n t .   H o w e v e r ,   t h e   r a d i o - r e s i s t a n c e   o f   m a l i g n a n t   t u m o r   c e l l s   i s   t h e   m a j o r   c a u s e   o f   r a d i a t i o n   t r e a t m e n t   f a i l u r e .   A l t h o u g h   s e v e r a l   b i o c h e m i c a l   p a t h w a y s   a r e   d i s t u r b e d   i n   r e s p o n s e   t o   r a d i a t i o n ,   t h e   m e t a b o l i t e   p r o f i l e s   r e l a t e d   t o   r a d i o - r e s i s t a n c e   h a v e   n o t   b e e n   w e l l   i n v e s t i g a t e d   i n   m a l i g n a n t   n o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a r c i n o m a s   ( N S C L C s ) .   M a l i g n a n t   l u n g   c a n c e r   c e l l s ,   C L 1 - 5 ,   w e r e   m o r e   r e s i s t a n t   t o   r a d i a t i o n   t h a n   w e r e   t h e   p a r e n t a l   C L 1 - 0   c e l l s .   T h e r e f o r e ,   t h e   t w o   c e l l   l i n e s   p r o v i d e   a   s u i t a b l e   c e l l   m o d e l   t o   i n v e s t i g a t e   c h a n g e s   i n   m e t a b o l i t e   p r o f i l e s   r e l a t e d   t o   r a d i a t i o n   e x p o s u r e .   M e t h o d s :   T w o   h u m a n   l u n g   c a n c e r   c e l l   l i n e s ,   C L 1 - 5   a n d   C L 1 - 0 ,   w i t h   d i f f e r e n t i a l   r a d i a t i o n   s e n s i t i v i t i e s ,   w e r e   i r r a d i a t e d   a t   a   d o s a g e   o f   1 0   G y   a n d   h a r v e s t e d   a t   1 ,   4 ,   a n d   2 4   h r   a f t e r   r a d i a t i o n   t r e a t m e n t .   P r o t o n   n u c l e a r   m a g n e t i c   r e s o n a n c e   ( H - 1 - N M R )   w a s   u s e d   t o   a n a l y z e   t h e   m e t a b o l i c   p r o f i l e s   o f   t h e   C L 1 - 0   a n d   C L 1 - 5   c e l l   l i n e s .   T h e   m e t a b o l i t e   p r o f i l e s   o f   t h e   c e l l   e x t r a c t s   w e r e   s u b j e c t e d   t o   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A ) .   B o t h   P C A   a n d   s p e c i f i c   m e t a b o l i t e   d a t a   w e r e   u s e d   t o   e x a m i n e   m e t a b o l i c   d i f f e r e n c e s   b e t w e e n   t h e   t w o   c e l l   l i n e s .   R e s u l t s :   T h e   c o l o n y   f o r m a t i o n   a s s a y   r e s u l t s   d e m o n s t r a t e   t h a t   C L 1 - 5   c e l l s   a r e   m o r e   s e n s i t i v e   t h a n   C L 1 - 0   c e l l s   t o   i r r a d i a t i o n .   T h e   P C A   s c o r e   p l o t s   f o r   N M R   s p e c t r a   o f   C L 1 - 0   a n d   C L 1 - 5   c e l l s   i d e n t i f i e d   m e t a b o l i t e s   s u c h   a s   g l u t a t h i o n e ,   c r e a t i n e   p h o s p h a t e ,   g l u t a m a t e ,   o - p h o s p h o c h o l i n e ,   p y r o g l u t a m a t e ,   t a u r i n e ,   a n d   t r i m e t h y l a m i n e   n - o x i d e   ( T M A O )   a s   k e y   m o l e c u l e s   w i t h   h i g h   c o r r e l a t i o n   i n   r e s p o n s e   t o   d i f f e r e n t   i r r a d i a t i o n   t o l e r a n c e .   T h e   m e t a b o l i t e   p r o f i l e s   o f   t h e   c e l l   l i n e s   w e r e   i n h e r e n t   d i f f e r e n t ,   b u t   f o l l o w i n g   2 4 - h r   i r r a d i a t i o n ,   c o m m o n   m e t a b o l i t e   a l t e r a t i o n s   w e r e   i n d u c e d   i n   b o t h   c e l l   l i n e s .   M o r e o v e r ,   C L 1 - 0   c e l l s   s h o w e d   a   l a r g e r   d i f f e r e n c e   i n   t h e   e l e v a t i o n   o f   g l u t a t h i o n e   l e v e l s   t h a n   C L 1 - 5   c e l l s .   C o n c l u s i o n s :   O u r   s t u d y   d e m o n s t r a t e s   a   c l e a r   d i f f e r e n c e   i n   m e t a b o l i t e   p r o f i l e s   b e t w e e n   i r r a d i a t i o n - r e s i s t a n t   a n d   i r r a d i a t i o n - s e n s i t i v e   c e l l s .   T h e s e   m e t a b o l i t e   p r o f i l e   c h a n g e s   c o u l d   b e   u s e d   t o   e l u c i d a t e   t h e   p o s s i b l e   m e c h a n i s m   o f   r a d i o - r e s i s t a n c e . 	 [ S h e n ,   C h e n g - Y i n g ;   T s a i ,   M o n g - H s u n ]   N a t l   T a i w a n   U n i v ,   I n s t   B i o t e c h n o l ,   1 , S e c t   4 , R o o s e v e l t   R d ,   T a i p e i   1 0 6 1 7 ,   T a i w a n ;   [ K u o ,   C h i n g - H u a ;   W a n g ,   S a n - Y u a n ;   Y a n g ,   W e i - Q i n g ;   K u o ,   C h u n - T i n g ;   T s e n g ,   Y u f e n g   J . ]   N a t l   T a i w a n   U n i v ,   M e t a b o l   G r p ,   C t r   G e n o m   M e d ,   T a i p e i ,   T a i w a n ;   [ K u o ,   C h i n g - H u a ;   Y a n g ,   W e i - Q i n g ;   T s e n g ,   Y u f e n g   J . ]   N a t l   T a i w a n   U n i v ,   C o l l   M e d ,   S c h   P h a r m ,   T a i p e i ,   T a i w a n ;   [ W a n g ,   S a n - Y u a n ;   K u o ,   C h u n - T i n g ;   T s e n g ,   Y u f e n g   J . ]   N a t l   T a i w a n   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   E n g n ,   1 , S e c   4 , R o o s e v e l t   R d ,   T a i p e i   1 0 6 1 7 ,   T a i w a n ;   [ W a n g ,   S a n - Y u a n ;   K u o ,   C h u n - T i n g ;   T s e n g ,   Y u f e n g   J . ]   N a t l   T a i w a n   U n i v ,   G r a d   I n s t   B i o m e d   E l e c t   &   B i o i n f o r m a t ,   T a i p e i ,   T a i w a n ;   [ T s a i ,   M o n g - H s u n ]   A c a d   S i n i c a ,   A g r   B i o t e c h   R e s   C t r ,   T a i p e i ,   T a i w a n 	 T s a i ,   M H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   T a i w a n   U n i v ,   I n s t   B i o t e c h n o l ,   1 , S e c t   4 , R o o s e v e l t   R d ,   T a i p e i   1 0 6 1 7 ,   T a i w a n . ;   T s e n g ,   Y F J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   T a i w a n   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i   &   I n f o r m a t   E n g n ,   1 , S e c   4 , R o o s e v e l t   R d ,   T a i p e i   1 0 6 1 7 ,   T a i w a n . 	 y j t s e n g @ c s i e . n t u . e d u . t w ;   m o t i o n t @ n t u . e d u . t w 	 	 	 C o l l e g e   o f   M e d i c i n e   ( A i m   f o r   T o p   U n i v e r s i t y   P r o g r a m ) ,   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   T a i w a n   [ 1 0 3 - 2 3 1 4 - B - 0 0 2 - 0 3 4 - M Y 3 ] ;   E l e c t r o n i c s   E n g i n e e r i n g   a n d   C o m p u t e r   S c i e n c e   (   E x c e l l e n t   R e s e a r c h   P r o j e c t ) ,   N a t i o n a l   T a i w a n   U n i v e r s i t y 	 T h i s   s t u d y   w a s   s p o n s o r e d   b y   t h e   C o l l e g e   o f   M e d i c i n e   ( A i m   f o r   T o p   U n i v e r s i t y   P r o g r a m ) ,   M i n i s t r y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   T a i w a n   ( 1 0 3 - 2 3 1 4 - B - 0 0 2 - 0 3 4 - M Y 3 ) ,   a n d   E l e c t r o n i c s   E n g i n e e r i n g   a n d   C o m p u t e r   S c i e n c e   (   E x c e l l e n t   R e s e a r c h   P r o j e c t ) ,   N a t i o n a l   T a i w a n   U n i v e r s i t y . 	 A n d e r s o n   M E ,   1 9 9 8 ,   S E M I N   L I V E R   D I S ,   V 1 8 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 2 0 0 7 - 1 0 0 7 1 7 4 ;   A t h a w a l e   M V ,   2 0 0 5 ,   B I O P H Y S   J ,   V 8 9 ,   P 8 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 4 . 0 5 6 6 7 1 ;   B a y m a n   N ,   2 0 1 0 ,   L U N G   C A N C E R ,   V 6 8 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 4 ;   B e r a   S ,   2 0 0 8 ,   F E B S   J ,   V 2 7 5 ,   P 5 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 2 - 4 6 5 8 . 2 0 0 8 . 0 6 7 1 8 . x ;   B e r n a r d   M E ,   2 0 1 5 ,   T R A N S L   C A N C E R   R E S ,   V 4 ,   P 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 2 1 8 - 6 7 6 X . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 3 ;   B U M P   E A ,   1 9 9 0 ,   P H A R M A C O L   T H E R A P E U T ,   V 4 7 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 3 - 7 2 5 8 ( 9 0 ) 9 0 0 4 8 - 7 ;   C h a t t e r j e e   A ,   2 0 1 3 ,   N U T R I E N T S ,   V 5 ,   P 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / n u 5 0 2 0 5 2 5 ;   C h e n   J J W ,   2 0 0 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 1 ,   P 5 2 2 3 ;   C h i a n g   Y T ,   2 0 1 5 ,   B I O M A T E R I A L S ,   V 6 1 ,   P 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o m a t e r i a l s . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 0 7 ;   C h r i s t o p h e r s e n   O A ,   2 0 1 2 ,   M I C R O B   E C O L   H L T H   D I S ,   V 2 3 ;   C h u   Y W ,   1 9 9 7 ,   A M   J   R E S P   C E L L   M O L ,   V 1 7 ,   P 3 5 3 ;   D o s   S a n t o s   J P ,   1 9 9 8 ,   J   M O L   B I O L ,   V 2 8 4 ,   P 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m b i . 1 9 9 8 . 2 1 5 5 ;   E D L U N D   U ,   1 9 9 1 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 9 ,   P 6 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 7 3 1 - 7 0 8 5 ( 9 1 ) 8 0 1 9 1 - B ;   E o   M i   Y o u n g ,   2 0 1 6 ,   B i o m a t e r   R e s ,   V 2 0 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 8 2 4 - 0 1 6 - 0 0 6 5 - 3 ;   F e r o n   O ,   2 0 0 9 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 2 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 2 5 ;   G r i f f i n   J L ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 5 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 3 9 0 ;   J e m a l   A ,   2 0 0 9 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 9 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 0 0 6 ;   K a n g   Y ,   2 0 1 5 ,   T R A N S L   C A N C E R   R E S ,   V 4 ,   P 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 2 1 8 - 6 7 6 X . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 9 ;   K o j i m a   S ,   1 9 9 9 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 1 9 ,   P 5 2 7 1 ;   L i n d e n   J ,   2 0 1 6 ,   T R A N S L   C A N C E R   R E S ,   V 5 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 0 3 7 / t c r . 2 0 1 6 . 0 1 . 1 0 ;   L i n d o n   J C ,   2 0 0 1 ,   P R O G   N U C L   M A G   R E S   S P ,   V 3 9 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 7 9 - 6 5 6 5 ( 0 0 ) 0 0 0 3 6 - 4 ;   L i u   Y J ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 2 3 8 3 ;   L u   T P ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   P 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 1 5 ;   M a d s e n   R ,   2 0 1 0 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 5 9 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 4 2 ;   M a t s c h k e   J ,   2 0 1 6 ,   A N T I O X I D   R E D O X   S I G N ,   V 2 5 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / a r s . 2 0 1 5 . 6 5 8 9 ;   M e n a   S ,   2 0 1 2 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 7 6 - 1 0 - 8 ;   N a k a j i m a   T ,   2 0 1 5 ,   M E D   S C I   M O N I T O R ,   V 2 1 ,   P 1 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 6 5 9 / M S M . 8 9 3 2 3 4 ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 7 2 8 ;   O i e n   D B ,   2 0 1 6 ,   T R A N S L   C A N C E R   R E S ,   V 5 ,   p S 5 1 4 ,   D O I   1 0 . 2 1 0 3 7 / t c r . 2 0 1 6 . 0 9 . 3 2 ;   P r o v e n c i o   M ,   2 0 1 0 ,   C L I N   L U N G   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 3 8 1 6 / C L C . 2 0 1 0 . n . 0 1 2 ;   P u j a r i   G ,   2 0 0 9 ,   M U T A T   R E S - G E N   T O X   E N ,   V 6 7 5 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r g e n t o x . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 0 1 ;   R a i n a l d i   G ,   2 0 0 8 ,   R A D I A T   R E S ,   V 1 6 9 ,   P 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 6 6 7 / R R 0 9 5 8 . 1 ;   R e p e t t o   L ,   2 0 0 2 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 3 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 2 ) 0 0 7 3 0 - 1 ;   R o c k e l   N ,   2 0 0 7 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 7 9 ,   P 3 6 0 4 ;   R o s s i   C J ,   2 0 1 2 ,   T R A N S L   C A N C E R   R E S ,   V 1 ,   P 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 2 1 8 - 6 7 6 X . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 6 ;   S O U Z A   J N ,   1 9 9 2 ,   B R A Z   J   M E D   B I O L   R E S ,   V 2 5 ,   P 1 0 3 ;   T e w   K D ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 6 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 5 - 3 1 4 3 ;   T o s c h i   L ,   2 0 1 0 ,   T A R G E T   O N C O L ,   V 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 2 3 - 0 1 0 - 0 1 3 2 - y ;   T r a v e r s o   N . ,   2 0 1 3 ,   O X I D   M E D   C E L L   L O N G E V ,   V 2 0 1 3 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 9 7 2 9 1 3 ,   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 9 7 2 9 1 3 ] ;   W A R B U R G   O ,   1 9 5 6 ,   S C I E N C E ,   V 1 2 4 ,   P 2 6 9 ;   W A R B U R G   O ,   1 9 5 6 ,   S C I E N C E ,   V 1 2 3 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 . 3 1 9 1 . 3 0 9 ;   W O L D   S ,   1 9 8 7 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 2 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 9 - 7 4 3 9 ( 8 7 ) 8 0 0 8 4 - 9 ;   Y a n g   P ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 1 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 2 . 7 1 1 0 ;   Y i n   C Q ,   2 0 1 2 ,   C R I T   R E V   E U K A R   G E N E ,   V 2 2 ,   P 1 7 ;   Y o k o t a   H ,   2 0 0 7 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 9 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 0 9 0 2 ;   Z h i r n o v   V V ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   R A D I A T   B I O L ,   V 9 1 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 9 5 5 3 0 0 2 . 2 0 1 4 . 9 5 0 7 1 6 	 4 6 	 0 	 0 	 2 	 2 	 A M E   P U B L   C O 	 S H E U N G   W A N 	 R O O M   6 0 4   6 - F   H O L L Y W O O D   C E N T E R ,   7 7 - 9 1 ,   Q U E E N S   R O A D ,   S H E U N G   W A N ,   H O N G   K O N G   0 0 0 0 0 ,   P E O P L E S   R   C H I N A 	 2 2 1 8 - 6 7 6 X 	 2 2 1 9 - 6 8 0 3 	 	 T R A N S L   C A N C E R   R E S 	 T r a n s l .   C a n c e r   R e s . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 5 	 6 	 	 	 	 	 7 3 8 	 + 	 	 1 0 . 2 1 0 3 7 / t c r . 2 0 1 6 . 1 1 . 7 1 	 	 1 1 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E J 5 Y E 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 2 9 4 3 0 0 0 1 4 	 	 
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 1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   B R I L   G ,   1 9 8 4 ,   J   R   S T A T   S O C   C - A P P L ,   V 3 3 ,   P 3 5 2 ;   C h e u n g   Y K ,   2 0 1 1 ,   C H   C R C   B I O S T A T   S E R ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 1 / b 1 0 7 8 3 ;   C L Y D E   M .   A . ,   2 0 0 1 ,   A R T I F   I N T E L L ,   P 1 6 9 ;   C o n a w a y   M R ,   2 0 0 4 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 0 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 0 0 0 6 - 3 4 1 X . 2 0 0 4 . 0 0 2 1 5 . x ;   F a n   S K ,   2 0 0 9 ,   J   B I O P H A R M   S T A T ,   V 1 9 ,   P 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 5 4 3 4 0 0 9 0 2 8 0 2 4 3 3 ;   F r e u n d   Y ,   1 9 9 7 ,   J   C O M P U T   S Y S T   S C I ,   V 5 5 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j c s s . 1 9 9 7 . 1 5 0 4 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 0 0 ,   A N N   S T A T ,   V 2 8 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o s / 1 0 1 6 2 1 8 2 2 3 ;   G a n d h i   L ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 2 . 4 7 . 2 7 8 7 ;   H a r r i n g t o n   J A ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 3 . 3 5 ;   H A S T I E   T . ,   2 0 0 9 ,   S P R I N G E R   S E R I E S   S T A T ;   H e y d   J M ,   1 9 9 9 ,   S T A T   M E D ,   V 1 8 ,   P 1 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 9 0 6 1 5 ) 1 8 : 1 1 < 1 3 0 7 : : A I D - S I M 1 2 8 > 3 . 0 . C O ; 2 - X ;   H i r a k a w a   A ,   2 0 1 5 ,   S T A T   M E D ,   V 3 4 ,   P 3 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 6 5 3 3 ;   H i r a k a w a   A ,   2 0 1 3 ,   S T A T   M E D ,   V 3 2 ,   P 4 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 5 8 4 3 ;   H o e t i n g   J A ,   1 9 9 9 ,   S T A T   S C I ,   V 1 4 ,   P 3 8 2 ;   H o u e d e   N ,   2 0 1 0 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 6 ,   P 5 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 0 9 . 0 1 3 0 2 . x ;   H u a n g   X L ,   2 0 0 7 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 3 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 0 6 . 0 0 6 8 5 . x ;   I a s o n o s   A ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 2 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 3 . 5 4 . 6 0 5 1 ;   I s a k o f f   S J ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 1 ,   P 2 0 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 4 . 5 0 8 ;   I v a n o v a   A ,   2 0 0 4 ,   S T A T   M E D ,   V 2 3 ,   P 1 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 1 7 9 6 ;   K O R N   E L ,   1 9 9 4 ,   S T A T   M E D ,   V 1 3 ,   P 1 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 4 7 8 0 1 3 1 8 0 2 ;   K O R N   E L ,   1 9 9 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 7 9 4 ;   K O R N   E L ,   1 9 9 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 2 0 ,   P 1 5 5 ;   K r a m a r   A ,   1 9 9 9 ,   S T A T   M E D ,   V 1 8 ,   P 1 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 9 0 7 3 0 ) 1 8 : 1 4 < 1 8 4 9 : : A I D - S I M 2 2 2 > 3 . 0 . C O ; 2 - I ;   L I N   R . ,   2 0 1 6 ,   S T A T   M E T H O D S   M E D   R E S ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 2 2 8 0 2 1 5 5 9 4 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 2 2 8 0 2 1 5 5 9 4 4 9 4 ] ;   M a n d e r   A P ,   2 0 1 5 ,   S T A T   M E D ,   V 3 4 ,   P 1 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 6 4 3 4 ;   M a n d r e k a r   S J ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 3 . 5 2 . 9 1 9 8 ;   O ' Q u i g l e y   J ,   2 0 1 0 ,   S T A T   S C I ,   V 2 5 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 0 - S T S 3 3 2 ;   O Q U I G L E Y   J ,   1 9 9 0 ,   B I O M E T R I C S ,   V 4 6 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 5 3 1 6 2 8 ;   O r o n   A P ,   2 0 1 3 ,   C L I N   T R I A L S ,   V 1 0 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 7 4 0 7 7 4 5 1 2 4 6 9 3 1 1 ;   P a p a d a t o s - P a s t o s   D ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 4 . 5 5 8 ;   R a f t e r y   A E ,   1 9 9 7 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 2 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 9 1 4 6 2 ;   R i v i e r e   M K ,   2 0 1 5 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d u 5 1 6 ;   R i v i e r e   M K ,   2 0 1 5 ,   S T A T   M E D ,   V 3 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 6 0 9 4 ;   R i v i e r e   M K ,   2 0 1 4 ,   P H A R M   S T A T ,   V 1 3 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p s t . 1 6 2 1 ;   R U B I N   D B ,   1 9 8 1 ,   A N N   S T A T ,   V 9 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o s / 1 1 7 6 3 4 5 3 3 8 ;   S a u r a   C ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 3 6 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 6 . 3 8 0 9 ;   S h e n   L Z ,   1 9 9 6 ,   B I O M E T R I K A ,   V 8 3 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 8 3 . 2 . 3 9 5 ;   S i e g e l   D S ,   2 0 1 4 ,   B L O O D   C A N C E R   J ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b c j . 2 0 1 4 . 1 ;   T h a l l   P F ,   2 0 1 0 ,   S T A T   S C I ,   V 2 5 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 9 - S T S 3 1 5 ;   T h a l l   P F ,   2 0 0 3 ,   B I O M E T R I C S ,   V 5 9 ,   P 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 0 0 0 5 8 ;   T i g h i o u a r t   M ,   2 0 1 4 ,   S T A T   M E D ,   V 3 3 ,   P 3 8 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 6 2 0 1 ;   U l l e n h a g   G J ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 1 1 9 7 ;   W a g e s   N A ,   2 0 1 1 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 7 ,   P 1 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 1 1 . 0 1 5 6 0 . x ;   W a n g   K ,   2 0 0 5 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 1 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 0 0 0 6 - 3 4 1 X . 2 0 0 5 . 0 3 0 5 4 0 . x ;   W i l k y   B A ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 2 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 4 . 5 1 5 ;   Y i n   G ,   2 0 1 2 ,   C L I N   T R I A L   D E S I G N   B A ;   Y i n   G S ,   2 0 1 5 ,   S T A T   M E D ,   V 3 4 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 6 3 3 8 ;   Y i n   G S ,   2 0 0 9 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 4 ,   P 9 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / j a s a . 2 0 0 9 . a p 0 8 4 2 5 ;   Y i n   G S ,   2 0 0 9 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   C - A P P ,   V 5 8 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 7 6 . 2 0 0 9 . 0 0 6 4 9 . x ;   Y u a n   Y ,   2 0 0 8 ,   S T A T   M E D ,   V 2 7 ,   P 5 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 3 3 7 2 ;   Y u a n   Z h i l o n g ,   2 0 0 4 ,   C l i n   T r i a l s ,   V 1 ,   P 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 1 / 1 7 4 0 7 7 4 5 0 4 c n 0 5 8 o a 	 5 4 	 0 	 0 	 5 	 5 	 I N S T   M A T H E M A T I C A L   S T A T I S T I C S 	 C L E V E L A N D 	 3 1 6 3   S O M E R S E T   D R ,   C L E V E L A N D ,   O H   4 4 1 2 2   U S A 	 1 9 3 2 - 6 1 5 7 	 	 	 A N N   A P P L   S T A T 	 A n n .   A p p l .   S t a t . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 0 	 4 	 	 	 	 	 2 3 4 9 	 2 3 7 6 	 	 1 0 . 1 2 1 4 / 1 6 - A O A S 9 8 2 	 	 2 8 	 S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 M a t h e m a t i c s 	 E I 9 H R 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 8 1 9 1 0 0 0 2 9 	 	 
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 C h a n g y a n ;   C h e n ,   C h a o ]   F u j i a n   M e d   U n i v ,   C a n c   H o s p ,   D e p t   R a d i a t   B i o l   L a b ,   F u j i a n   P r o v   C a n c   H o s p ,   F u z h o u   3 5 0 0 1 4 ,   F u j i a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ X i a o ,   N a n y a n g ]   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   K e y   L a b s   I n n a t e   I m m u n e   B i o l   F u j i a n   P r o v ,   S o u t h e r n   B i o m e d   R e s   C t r ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i n ,   D u o ;   C h e n ,   R o n g ;   F e n g ,   S h a n g y u a n ]   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   F u j i a n   P r o v   K e y   L a b   P h o t o n   T e c h n o l ,   K e y   L a b   O p t o e l e c t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   M i n i s t   E d u c ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i n ,   D u o ]   F u j i a n   U n i v   T r a d i t   C h i n e s e   M e d ,   C o l l   I n t e g r a t e d   T r a d i t   C h i n e s e   &   W e s t e r n   M e d ,   F u z h o u   3 5 0 1 0 8 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 P a n ,   J J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u j i a n   M e d   U n i v ,   C a n c   H o s p ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   F u j i a n   C a n c   H o s p ,   4 2 0   F u m a   R d ,   F u z h o u   3 5 0 0 1 4 ,   F u j i a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   P a n ,   J J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u j i a n   P r o v   K e y   L a b   T r a n s l a t   C a n c   M e d ,   F u z h o u   3 5 0 1 2 2 ,   F u j i a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   F e n g ,   S Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   F u j i a n   P r o v   K e y   L a b   P h o t o n   T e c h n o l ,   K e y   L a b   O p t o e l e c t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   M i n i s t   E d u c ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 p a n j i a n j i @ a l i y u n . c o m ;   s y f e n g @ f j n u . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   C l i n i c a l   K e y   S p e c i a l t y   C o n s t r u c t i o n   P r o g r a m   [ 6 1 2 1 0 0 1 6 ] ;   K e y   C l i n i c a l   S p e c i a l t y   D i s c i p l i n e   C o n s t r u c t i o n   P r o g r a m   o f   F u j i a n   [ 6 1 1 7 8 0 9 0 ] ;   F u j i a n   P r o v i n c i a l   K e y   L a b o r a t o r y   o f   T r a n s l a t i o n a l   C a n c e r   M e d i c i n e   [ 6 1 1 7 8 0 8 3 ] ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 2 1 0 0 1 6 ,   6 1 1 7 8 0 9 0 ,   6 1 5 7 5 0 4 3 ,   6 1 4 0 5 0 3 6 ] ;   P r o v i n c i a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ 2 0 1 5 J 0 1 4 3 6 ,   2 0 1 6 J 0 1 2 9 2 ] ;   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o j e c t   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   [ W K J - F J - 0 1 ] ;   F u j i a n   P r o v i n c e   H e a l t h   C o m m i s s i o n   Y o u n g   a n d   M i d d l e - A g e d   T a l e n t   T r a i n i n g   P r o j e c t   [ 2 0 1 4 - Z Q N - J C - 6 ] ;   P r o g r a m   f o r   C h a n g   J i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   [ I R T 1 1 1 5 ] ;   P e o p l e ' s   R e p u b l i c   o f   C h i n a 	 T h e   p r e s e n t   s t u d y   w a s   f u n d e d   b y   t h e   N a t i o n a l   C l i n i c a l   K e y   S p e c i a l t y   C o n s t r u c t i o n   P r o g r a m   ( G r a n t   N o .   6 1 2 1 0 0 1 6 ) ,   K e y   C l i n i c a l   S p e c i a l t y   D i s c i p l i n e   C o n s t r u c t i o n   P r o g r a m   o f   F u j i a n   ( G r a n t   N o .   6 1 1 7 8 0 9 0 ) ,   P e o p l e ' s   R e p u b l i c   o f   C h i n a   a n d   F u j i a n   P r o v i n c i a l   K e y   L a b o r a t o r y   o f   T r a n s l a t i o n a l   C a n c e r   M e d i c i n e   ( G r a n t   N o .   6 1 1 7 8 0 8 3 ) ,   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o s .   6 1 2 1 0 0 1 6 ,   6 1 1 7 8 0 9 0 ,   6 1 5 7 5 0 4 3 ,   a n d   6 1 4 0 5 0 3 6 ) ,   t h e   P r o v i n c i a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   ( G r a n t   N o s .   2 0 1 5 J 0 1 4 3 6   a n d   2 0 1 6 J 0 1 2 9 2 ) ,   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o j e c t   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   ( G r a n t   N o .   W K J - F J - 0 1 ) ,   F u j i a n   P r o v i n c e   H e a l t h   C o m m i s s i o n   Y o u n g   a n d   M i d d l e - A g e d   T a l e n t   T r a i n i n g   P r o j e c t   ( G r a n t   N o .   2 0 1 4 - Z Q N - J C - 6 ) ,   a n d   P r o g r a m   f o r   C h a n g   J i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   ( G r a n t   N o .   I R T 1 1 1 5 ) . 	 A d h a m   M ,   2 0 1 2 ,   C H I N   J   C A N C E R ,   V 3 1 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 5 7 3 2 / c j c . 0 1 1 . 1 0 3 2 8 ;   C a o   S u - M e i ,   2 0 1 1 ,   C h i n   J   C a n c e r ,   V 3 0 ,   P 1 1 4 ;   C h a n   A S C ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 0 ,   P 5 3 6 5 ;   D e   G e l d e r   J ,   2 0 0 7 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 8 ,   P 1 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 1 7 3 4 ;   D I C K E R S O N   R E ,   1 9 8 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I - B I O L ,   V 7 8 ,   P 7 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 7 8 . 1 2 . 7 3 1 8 ;   D u l k e i t h   E . ,   2 0 0 2 ,   P H Y S   R E V   L E T T ,   V 8 9 ,   P 1 1 1 ;   E d g e   S B ,   2 0 1 0 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 7 ,   P 1 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 0 - 0 9 8 5 - 4 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 4 ,   A P P L   P H Y S   L E T T ,   V 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 8 6 6 0 2 7 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 0 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 5 ,   P 2 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 3 3 ;   F e n g   S Y ,   2 0 0 9 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 3 ,   P 1 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 9 7 8 9 5 5 3 2 9 1 ;   F L E I S C H M A N N   M ,   1 9 7 4 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 2 6 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 9 - 2 6 1 4 ( 7 4 ) 8 5 3 8 8 - 1 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   H u a n g   Z W ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 1 5 0 0 ;   K n e i p p   J ,   2 0 0 8 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 3 7 ,   P 1 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 7 0 8 4 5 9 p ;   K o u r k o u m e l i s   N ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 6 ,   P 1 4 5 5 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 6 0 7 1 4 5 5 4 ;   L e e   A .   W .   M . ,   1 9 9 7 ,   H o n g   K o n g   M e d i c a l   J o u r n a l ,   V 3 ,   P 3 5 5 ;   L e e   A W M ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 1 ,   P 1 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 4 . 0 7 . 7 0 2 ;   L e o p o l d   N ,   2 0 0 3 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 0 7 ,   P 5 7 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 0 2 7 4 6 0 u ;   L i n   D C ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 8 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 0 0 6 ;   L i n   D ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 4 7 5 1 ;   L i n   J C ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 0 ,   P 2 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 3 2 2 6 0 ;   L o   K W ,   2 0 0 2 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 2 ,   P 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 4 4 - 5 7 9 X ( 0 2 ) 0 0 0 8 8 - 3 ;   M a l i n s   D C ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 9 0 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 9 6 3 0 1 0 2 ;   M a o   Y P ,   2 0 0 9 ,   C H I N   J   C A N C E R ,   V 2 8 ,   P 1 0 2 2 ;   M o v a s a g h i   Z ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 2 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 0 7 0 1 5 5 1 5 3 0 ;   N e g r i n i   S ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 1 ,   P 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 2 8 5 8 ;   P a n   J J ,   2 0 1 5 ,   A M   J   C L I N   O N C O L - C A N C ,   V 3 8 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / C O C . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 8 f 5 c 9 6 ;   P a t e r s o n   P .   J . ,   2 0 0 3 ,   M o l e c u l a r   P a t h o l o g y ,   V 5 6 ,   P 3 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / m p . 5 6 . 6 . 3 6 8 ;   Q i u   S F ,   2 0 1 6 ,   O N C O L   L E T T ,   V 1 1 ,   P 8 8 4 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o l . 2 0 1 5 . 3 9 6 9 ;   T s a o   S W ,   2 0 1 5 ,   J   P A T H O L ,   V 2 3 5 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 4 4 4 8 ;   V A N D E R R I E T   P ,   1 9 9 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 4 ,   P 1 1 5 6 ;   W a c h s m a n n - H o g i u   S ,   2 0 0 9 ,   C U R R   O P I N   B I O T E C H ,   V 2 0 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o p b i o . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 0 6 ;   W E I   W I ,   1 9 9 1 ,   C A N C E R ,   V 6 7 ,   P 3 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 1 0 6 1 5 ) 6 7 : 1 2 < 3 1 2 7 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 6 7 1 2 3 1 > 3 . 0 . C O ; 2 - R ;   Z h a o   J ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 1 ,   P 1 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 7 7 8 2 5 9 7 0 0 3 	 3 4 	 0 	 0 	 8 	 8 	 S P I E - S O C   P H O T O - O P T I C A L   I N S T R U M E N T A T I O N   E N G I N E E R S 	 B E L L I N G H A M 	 1 0 0 0   2 0 T H   S T ,   P O   B O X   1 0 ,   B E L L I N G H A M ,   W A   9 8 2 2 5   U S A 	 1 0 8 3 - 3 6 6 8 	 1 5 6 0 - 2 2 8 1 	 	 J   B I O M E D   O P T 	 J .   B i o m e d .   O p t . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 1 	 1 2 	 	 	 	 	 	 	 1 2 5 0 0 3 	 1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 2 1 . 1 2 . 1 2 5 0 0 3 	 	 6 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   O p t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E J 0 Q G 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 9 1 4 6 0 0 0 1 9 	 	 
 
 J 	 S h a n g ,   Q S ;   L i ,   Q Y ;   Z h a n g ,   M F ;   S o n g ,   G R ;   S h i ,   J J ;   J i a n g ,   H ;   C a i ,   C ;   H a o ,   J J ;   L i ,   G Y ;   Y u ,   G L 	 	 	 	 S h a n g ,   Q i n g s e n ;   L i ,   Q i n y i n g ;   Z h a n g ,   M e i f a n g ;   S o n g ,   G u a n r u i ;   S h i ,   J i n g j i n g ;   J i a n g ,   H a o ;   C a i ,   C h a o ;   H a o ,   J i e j i e ;   L i ,   G u o y u n ;   Y u ,   G u a n g l i 	 	 	 D i e t a r y   K e r a t a n   S u l f a t e   f r o m   S h a r k   C a r t i l a g e   M o d u l a t e s   G u t   M i c r o b i o t a   a n d   I n c r e a s e s   t h e   A b u n d a n c e   o f   L a c t o b a c i l l u s   s p p . 	 M A R I N E   D R U G S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 k e r a t a n   s u l f a t e ;   g u t   m i c r o b i o t a ;   m o d u l a t i o n ;   L a c t o b a c i l l u s   s p p ;   s h a r k   c a r t i l a g e 	 H I G H - F A T   D I E T ;   C H O N D R O I T I N   S U L F A T E ;   I M M U N E - R E S P O N S E S ;   I N D U C E D   O B E S I T Y ;   C O L O N - C A N C E R ;   B O D Y - W E I G H T ;   D I S E A S E ;   P R O B I O T I C S ;   H E A L T H ;   M I C E 	 K e r a t a n   s u l f a t e   ( K S )   r e p r e s e n t s   a n   i m p o r t a n t   f a m i l y   o f   g l y c o s a m i n o g l y c a n s   t h a t   a r e   c r i t i c a l   i n   d i v e r s e   p h y s i o l o g i c a l   p r o c e s s e s .   R e c e n t l y ,   a c c u m u l a t i n g   e v i d e n c e   h a s   p r o v i d e d   a   w e a l t h   o f   i n f o r m a t i o n   o n   t h e   b i o a c t i v i t y   o f   K S ,   w h i c h   e s t a b l i s h e d   i t   a s   a n   a t t r a c t i v e   c a n d i d a t e   f o r   d r u g   d e v e l o p m e n t .   H o w e v e r ,   a l t h o u g h   K S   h a s   b e e n   w i d e l y   e x p l o r e d ,   l e s s   a t t e n t i o n   h a s   b e e n   g i v e n   t o   i t s   e f f e c t   o n   g u t   m i c r o b i o t a .   T h e r e f o r e ,   g i v e n   t h a t   g u t   m i c r o b i o t a   p l a y s   a   p i v o t a l   r o l e   i n   h e a l t h   h o m e o s t a s i s   a n d   d i s e a s e   p a t h o g e n e s i s ,   w e   i n v e s t i g a t e d   h e r e   i n   d e t a i l   t h e   e f f e c t   o f   K S   o n   g u t   m i c r o b i o t a   b y   h i g h - t h r o u g h p u t   s e q u e n c i n g .   A s   r e v e a l e d   b y   h e a t m a p   a n d   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ,   t h e   m i c e   g u t   m i c r o b i o t a   w a s   r e a d i l y   a l t e r e d   a t   d i f f e r e n t   t a x o n o m i c   l e v e l s   b y   i n t a k e   o f   l o w   ( 8   m g / k g )   a n d   h i g h   d o s a g e   ( 4 0   m g / k g )   o f   K S .   I n t e r e s t i n g l y ,   K S   e x e r t e d   a   d i f f e r i n g   e f f e c t   o n   m a l e   a n d   f e m a l e   m i c r o b i o t a .   S p e c i f i c a l l y ,   K S   i n d u c e d   a   m u c h   m o r e   d r a s t i c   i n c r e a s e   i n   t h e   a b u n d a n c e   o f   L a c t o b a c i l l u s   s p p .   i n   f e m a l e   ( s i x t e e n - f o l d )   v e r s u s   m a l e   m i c e   ( t w o - f o l d ) .   I n   a d d i t i o n ,   c o m b i n e d   w i t h   a l t e r a t i o n s   i n   g u t   m i c r o b i o t a ,   K S   a l s o   s i g n i f i c a n t l y   r e d u c e d   b o d y   w e i g h t   w h i l e   m a i n t a i n i n g   n o r m a l   g u t   h o m e o s t a s i s .   A l t o g e t h e r ,   w e   f i r s t   d e m o n s t r a t e d   a   s e x - d e p e n d e n t   e f f e c t   o f   K S   o n   g u t   m i c r o b i o t a   a n d   h i g h l i g h t e d   t h a t   i t   m a y   b e   u s e d   a s   a   n o v e l   p r e b i o t i c   f o r   d i s e a s e   m a n a g e m e n t . 	 [ S h a n g ,   Q i n g s e n ;   L i ,   Q i n y i n g ;   Z h a n g ,   M e i f a n g ;   S o n g ,   G u a n r u i ;   S h i ,   J i n g j i n g ;   J i a n g ,   H a o ;   C a i ,   C h a o ;   H a o ,   J i e j i e ;   L i ,   G u o y u n ;   Y u ,   G u a n g l i ]   O c e a n   U n i v   C h i n a ,   S c h   M e d   &   P h a r m ,   K e y   L a b   M a r i n e   D r u g s ,   M i n i s t   E d u c ,   Q i n g d a o   2 6 6 0 0 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ S h a n g ,   Q i n g s e n ;   L i ,   Q i n y i n g ;   Z h a n g ,   M e i f a n g ;   S o n g ,   G u a n r u i ;   S h i ,   J i n g j i n g ;   J i a n g ,   H a o ;   C a i ,   C h a o ;   H a o ,   J i e j i e ;   L i ,   G u o y u n ;   Y u ,   G u a n g l i ]   O c e a n   U n i v   C h i n a ,   S c h   M e d   &   P h a r m ,   S h a n d o n g   P r o v   K e y   L a b   G l y c o s c i   &   G l y c o t e c h n o l ,   Q i n g d a o   2 6 6 0 0 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Y u ,   G u a n g l i ]   Q i n g d a o   N a t l   L a b   M a r i n e   S c i   &   T e c h n o l ,   L a b   M a r i n e   D r u g s   &   B i o p r o d ,   Q i n g d a o   2 6 6 0 0 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 	 s h a n g q i n g s e n @ 1 6 3 . c o m ;   l i q i n y i n g 2 0 1 0 @ 1 6 3 . c o m ;   z h a n g m e i f a n g 9 6 @ 1 6 3 . c o m ;   s o n g g u a n r u i 1 2 2 @ 1 6 3 . c o m ;   j i n g j s h i @ 1 2 6 . c o m ;   h a o j i a n g 8 3 3 @ 1 6 3 . c o m ;   c a i c @ o u c . e d u . c n ;   2 0 0 9 h a o j i e @ o u c . e d u . c n ;   l i g u o y u n @ o u c . e d u . c n ;   g l y u @ o u c . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 3 1 6 7 0 8 1 1 ] ;   N S F C - S h a n d o n g   J o i n t   F u n d   f o r   M a r i n e   S c i e n c e   R e s e a r c h   C e n t e r s   [ U 1 4 0 6 4 0 2 ] ;   N a t i o n a l   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   S u p p o r t   P r o g r a m   o f   C h i n a   [ 2 0 1 3 B A B 0 1 B 0 2 ] ;   Q i n g d a o   N a t i o n a l   L a b o r a t o r y   f o r   M a r i n e   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   [ 2 0 1 5 A S K J 0 2 ] ;   T a i s h a n   s c h o l a r   p r o j e c t   s p e c i a l   f u n d s ;   M a j o r   s c i e n c e   a n d   t e c h n o l o g y   p r o j e c t s   i n   S h a n d o n g   P r o v i n c e   [ 2 0 1 5 Z D J S 0 4 0 0 2 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 3 1 6 7 0 8 1 1 ) ,   N S F C - S h a n d o n g   J o i n t   F u n d   f o r   M a r i n e   S c i e n c e   R e s e a r c h   C e n t e r s   ( U 1 4 0 6 4 0 2 ) ,   N a t i o n a l   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   S u p p o r t   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( 2 0 1 3 B A B 0 1 B 0 2 ) ,   Q i n g d a o   N a t i o n a l   L a b o r a t o r y   f o r   M a r i n e   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   ( 2 0 1 5 A S K J 0 2 ) ,   T a i s h a n   s c h o l a r   p r o j e c t   s p e c i a l   f u n d s ,   a n d   M a j o r   s c i e n c e   a n d   t e c h n o l o g y   p r o j e c t s   i n   S h a n d o n g   P r o v i n c e   ( 2 0 1 5 Z D J S 0 4 0 0 2 ) . 	 A k i r a   S ,   2 0 0 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 8 ,   P 3 8 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . R 3 0 0 0 2 8 2 0 0 ;   A k i r a   S ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   I M M U N O L ,   V 4 ,   P 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r i 1 3 9 1 ;   B e j a r   W ,   2 0 1 3 ,   A N A E R O B E ,   V 2 4 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a n a e r o b e . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 6 ;   B i n d e l s   L B ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   G A S T R O   H E P A T ,   V 1 2 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g a s t r o . 2 0 1 5 . 4 7 ;   B o l n i c k   D I ,   2 0 1 4 ,   N A T   C O M M U N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 5 5 0 0 ;   B u r c e l i n   R ,   2 0 1 1 ,   A C T A   D I A B E T O L ,   V 4 8 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 9 2 - 0 1 1 - 0 3 3 3 - 6 ;   C a n f o r a   E E ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   E N D O C R I N O L ,   V 1 1 ,   P 5 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r e n d o . 2 0 1 5 . 1 2 8 ;   C a n i   P D ,   2 0 0 8 ,   D I A B E T E S ,   V 5 7 ,   P 1 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d b 0 7 - 1 4 0 3 ;   C a n i   P D ,   2 0 1 1 ,   P H A R M A C O L   T H E R A P E U T ,   V 1 3 0 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h a r m t h e r a . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 1 2 ;   C h e n   L i j u a n ,   2 0 1 2 ,   P h a r m a c e u t i c a l s   ( B a s e l ) ,   V 5 ,   P 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / p h 5 0 4 0 3 3 9 ;   C o l l i n s   K H ,   2 0 1 5 ,   O S T E O A R T H R   C A R T I L A G E ,   V 2 3 ,   P 1 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j o c a . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 1 4 ;   C u i   H ,   2 0 1 3 ,   I U B M B   L I F E ,   V 6 5 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i u b . 1 1 1 8 ;   D u a n   R S ,   2 0 1 3 ,   C A R B O H Y D   P O L Y M ,   V 9 4 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a r b p o l . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 7 5 ;   F o n t   B ,   1 9 9 8 ,   E U R   J   B I O C H E M ,   V 2 5 4 ,   P 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 4 3 2 - 1 3 2 7 . 1 9 9 8 . 2 5 4 0 5 8 0 . x ;   F o n t e n e l e   J B ,   1 9 9 7 ,   B I O L   P H A R M   B U L L ,   V 2 0 ,   P 1 1 5 1 ;   F u n d e r b u r g h   J L ,   2 0 0 0 ,   G L Y C O B I O L O G Y ,   V 1 0 ,   P 9 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / g l y c o b / 1 0 . 1 0 . 9 5 1 ;   G a l e o t t i   F ,   2 0 1 4 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 4 4 8 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 2 8 ;   G a l l e g o   C G ,   2 0 1 6 ,   A P P L   F O O D   B I O T E C H N O L ,   V 3 ,   P 7 2 ;   G a r b e r   J . ,   2 0 1 1 ,   G U I D E   C A R E   U S E   L A B   A ;   R o b e r f r o i d   M .   B . ,   1 9 9 5 ,   J   N U T R ,   V 1 2 5 ,   P 1 4 0 1 ;   G u t i e r r e z - C a s t r e l l o n   P ,   2 0 1 4 ,   P E D I A T R I C S ,   V 1 3 3 ,   p E 9 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 5 4 2 / p e d s . 2 0 1 3 - 0 6 5 2 ;   H a y a s h i   M ,   2 0 1 0 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 0 1 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 8 2 ;   H i l t o n   B J ,   2 0 1 2 ,   J   N E U R O S C I ,   V 3 2 ,   P 4 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 3 / J N E U R O S C I . 0 3 3 3 - 1 2 . 2 0 1 2 ;   I S O L A U R I   E ,   1 9 9 1 ,   P E D I A T R I C S ,   V 8 8 ,   P 9 0 ;   J i a   W ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 7 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 2 5 0 5 ;   K a c z m a r c z y k   M M ,   2 0 1 2 ,   M E T A B O L I S M ,   V 6 1 ,   P 1 0 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e t a b o l . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 7 ;   K a m a d a   N ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   I M M U N O L ,   V 1 3 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r i 3 4 3 0 ;   K a n g   J H ,   2 0 1 0 ,   J   M I C R O B I O L ,   V 4 8 ,   P 7 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 7 5 - 0 1 0 - 0 3 6 3 - 8 ;   K a u r   I P ,   2 0 0 2 ,   E U R   J   P H A R M   S C I ,   V 1 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 8 - 0 9 8 7 ( 0 1 ) 0 0 2 0 9 - 3 ;   K u m a r   H ,   2 0 1 5 ,   C U R R   O P I N   B I O T E C H ,   V 3 2 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o p b i o . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 2 1 ;   K u s c h e - G u l l b e r g   M ,   2 0 0 3 ,   C U R R   O P I N   S T R U C   B I O L ,   V 1 3 ,   P 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s b i . 2 0 0 3 . 0 8 . 0 0 2 ;   L e e   B H ,   2 0 1 3 ,   J   F U N C T   F O O D S ,   V 5 ,   P 9 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f f . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 4 0 ;   L i n g   Z X ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 7 4 8 5 ;   L o u i s   P ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   M I C R O B I O L ,   V 1 2 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m i c r o 3 3 4 4 ;   M a n i c h a n h   C ,   2 0 0 6 ,   G U T ,   V 5 5 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 0 0 5 . 0 7 3 8 1 7 ;   M a n i c h a n h   C ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   G A S T R O   H E P A T ,   V 9 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g a s t r o . 2 0 1 2 . 1 5 2 ;   M a r k l e   J G M ,   2 0 1 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 9 ,   P 1 0 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 3 5 2 1 ;   M a s l o w s k i   K M ,   2 0 1 1 ,   N A T   I M M U N O L ,   V 1 2 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n i 0 1 1 1 - 5 ;   M a t s u i   H ,   2 0 1 3 ,   C E L L   D E A T H   D I S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d i s . 2 0 1 3 . 4 7 9 ;   M u s s o   G ,   2 0 1 1 ,   A N N U   R E V   M E D ,   V 6 2 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - m e d - 0 1 2 5 1 0 - 1 7 5 5 0 5 ;   M u s s o   G ,   2 0 1 0 ,   D I A B E T E S   C A R E ,   V 3 3 ,   P 2 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d c 1 0 - 0 5 5 6 ;   N i c h o l s o n   J K ,   2 0 1 2 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 6 ,   P 1 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 2 3 8 1 3 ;   N o o r   S O ,   2 0 1 0 ,   B M C   G A S T R O E N T E R O L ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 3 0 X - 1 0 - 1 3 4 ;   P a r v e z   S ,   2 0 0 6 ,   J   A P P L   M I C R O B I O L ,   V 1 0 0 ,   P 1 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 6 7 2 . 2 0 0 6 . 0 2 9 6 3 . x ;   P o m i n   V H ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   B I O L   M A C R O M O L ,   V 7 2 ,   P 2 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j b i o m a c . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 2 9 ;   Q u a n t o c k   A J ,   2 0 1 0 ,   C E L L   M O L   L I F E   S C I ,   V 6 7 ,   P 8 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 1 8 - 0 0 9 - 0 2 2 8 - 7 ;   R o s e   D J ,   2 0 0 7 ,   N U T R   R E V ,   V 6 5 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 0 1 / n r . 2 0 0 7 . f e b . 5 1 - 6 2 ;   R o u n d   J L ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   I M M U N O L ,   V 9 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r i 2 5 1 5 ;   S a s i s e k h a r a n   R ,   2 0 0 6 ,   A N N U   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 8 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . b i o e n g . 8 . 0 6 1 5 0 5 . 0 9 5 7 4 5 ;   S c h u l t z   M ,   2 0 0 0 ,   A M   J   G A S T R O E N T E R O L ,   V 9 5 ,   p S 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 2 - 9 2 7 0 ( 9 9 ) 0 0 8 1 2 - 6 ;   S e k i r o v   I ,   2 0 1 0 ,   P H Y S I O L   R E V ,   V 9 0 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / p h y s r e v . 0 0 0 4 5 . 2 0 0 9 ;   S h a n g   Q S ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   B I O L   M A C R O M O L ,   V 8 9 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j b i o m a c . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 9 1 ;   S h a n g   Q S ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   B I O L   M A C R O M O L ,   V 8 6 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j b i o m a c . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 5 5 ;   S h i   L L ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   B I O L   M A C R O M O L ,   V 8 1 ,   P 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j b i o m a c . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 5 7 ;   S h i r a t o   K ,   2 0 1 3 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 3 5 ,   P 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 9 ;   S L O V E R   C M ,   2 0 0 8 ,   C L I N   M I C R O B I O L   N E W S L ,   V 3 0 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n m i c n e w s . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 6 ;   S o m m e r   F ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   M I C R O B I O L ,   V 1 1 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m i c r o 2 9 7 4 ;   S o n g   H Z ,   2 0 1 6 ,   J   F U N C T   F O O D S ,   V 2 0 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f f . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 2 2 ;   T a k e m u r a   N ,   2 0 1 0 ,   E X P   B I O L   M E D ,   V 2 3 5 ,   P 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 8 / e b m . 2 0 1 0 . 0 0 9 3 7 7 ;   T e r m e e r   C ,   2 0 0 2 ,   J   E X P   M E D ,   V 1 9 5 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 4 / j e m . 2 0 0 0 1 8 5 8 ;   T u r r o n i   F ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 1 9 5 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 0 1 1 1 0 0 1 0 7 ;   V a n   N i e l   C W ,   2 0 0 2 ,   P E D I A T R I C S ,   V 1 0 9 ,   P 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 4 2 / p e d s . 1 0 9 . 4 . 6 7 8 ;   V i t e t t a   L ,   2 0 1 4 ,   I N F L A M M O P H A R M A C O L O G Y ,   V 2 2 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 7 8 7 - 0 1 4 - 0 2 0 1 - 4 ;   W a n g   J J ,   2 0 1 5 ,   I S M E   J ,   V 9 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / i s m e j . 2 0 1 4 . 9 9 ;   W e i c k e r t   M O ,   2 0 0 8 ,   J   N U T R ,   V 1 3 8 ,   P 4 3 9 ;   Y a m a m o t o   M . ,   2 0 1 6 ,   G E N E   E N V ,   P 3 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 8 6 / s 4 1 0 2 1 - 0 1 6 - 0 0 3 8 - 8 2 7 3 5 0 8 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / S 4 1 0 2 1 - 0 1 6 - 0 0 3 8 - 8 2 7 3 5 0 8 3 0 ] ;   Y a n g   C Y ,   2 0 1 2 ,   P H A R M   B I O L ,   V 5 0 ,   P 1 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 3 8 8 0 2 0 9 . 2 0 1 2 . 6 8 4 6 9 2 ;   Z h a n g   C H ,   2 0 1 3 ,   N A T   C O M M U N ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 3 1 6 3 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 5 6 5 4 ;   Z h u   Q C ,   2 0 1 3 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 4 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 3 - 0 6 8 4 - 4 ;   Z h u   Y Y ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 5 2 2 0 	 7 1 	 0 	 0 	 3 	 3 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 1 6 6 0 - 3 3 9 7 	 	 	 M A R   D R U G S 	 M a r .   D r u g s 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 4 	 1 2 	 	 	 	 	 	 	 2 2 4 	 1 0 . 3 3 9 0 / m d 1 4 1 2 0 2 2 4 	 	 1 3 	 C h e m i s t r y ,   M e d i c i n a l 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E I 4 T L 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 4 8 6 1 0 0 0 0 8 	 	 
 
 J 	 X u e ,   D X ;   Z h a n g ,   R ;   F e n g ,   H ;   W a n g ,   Y L 	 	 	 	 X u e ,   D i - X i u ;   Z h a n g ,   R o n g ;   F e n g ,   H u i ;   W a n g ,   Y a - L e i 	 	 	 C N N - S V M   f o r   M i c r o v a s c u l a r   M o r p h o l o g i c a l   T y p e   R e c o g n i t i o n   w i t h   D a t a   A u g m e n t a t i o n 	 J O U R N A L   O F   M E D I C A L   A N D   B I O L O G I C A L   E N G I N E E R I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M i c r o v a s c u l a r   t y p e   c l a s s i f i c a t i o n ;   F e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n ;   C o n v o l u t i o n a l   n e u r a l   n e t w o r k ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M ) ;   D a t a   a u g m e n t a t i o n 	 S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   C A N C E R ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   F E A T U R E S 	 T h i s   p a p e r   f o c u s e s   o n   t h e   p r o b l e m   o f   f e a t u r e   e x t r a c t i o n   a n d   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   m i c r o v a s c u l a r   m o r p h o l o g i c a l   t y p e s   t o   a i d   e s o p h a g e a l   c a n c e r   d e t e c t i o n .   W e   p r e s e n t   a   p a t c h - b a s e d   s y s t e m   w i t h   a   h y b r i d   S V M   m o d e l   w i t h   d a t a   a u g m e n t a t i o n   f o r   i n t r a e p i t h e l i a l   p a p i l l a r y   c a p i l l a r y   l o o p   r e c o g n i t i o n .   A   g r e e d y   p a t c h - g e n e r a t i n g   a l g o r i t h m   a n d   a   s p e c i a l i z e d   C N N   n a m e d   N B I - N e t   a r e   d e s i g n e d   t o   e x t r a c t   h i e r a r c h i c a l   f e a t u r e s   f r o m   p a t c h e s .   W e   i n v e s t i g a t e   a   s e r i e s   o f   d a t a   a u g m e n t a t i o n   t e c h n i q u e s   t o   p r o g r e s s i v e l y   i m p r o v e   t h e   p r e d i c t i o n   i n v a r i a n c e   o f   i m a g e   s c a l i n g   a n d   r o t a t i o n .   F o r   c l a s s i f i e r   b o o s t i n g ,   S V M   i s   u s e d   a s   a n   a l t e r n a t i v e   t o   s o f t m a x   t o   e n h a n c e   g e n e r a l i z a t i o n   a b i l i t y .   T h e   e f f e c t i v e n e s s   o f   C N N   f e a t u r e   r e p r e s e n t a t i o n   a b i l i t y   i s   d i s c u s s e d   f o r   a   s e t   o f   w i d e l y   u s e d   C N N   m o d e l s ,   i n c l u d i n g   A l e x N e t ,   V G G - 1 6 ,   a n d   G o o g L e N e t .   E x p e r i m e n t s   a r e   c o n d u c t e d   o n   t h e   N B I - M E   d a t a s e t .   T h e   r e c o g n i t i o n   r a t e   i s   u p   t o   9 2 . 7 4 %   o n   t h e   p a t c h   l e v e l   w i t h   d a t a   a u g m e n t a t i o n   a n d   c l a s s i f i e r   b o o s t i n g .   T h e   r e s u l t s   s h o w   t h a t   t h e   c o m b i n e d   C N N - S V M   m o d e l   b e a t s   m o d e l s   o f   t r a d i t i o n a l   f e a t u r e s   w i t h   S V M   a s   w e l l   a s   t h e   o r i g i n a l   C N N   w i t h   s o f t m a x .   T h e   s y n t h e s i s   r e s u l t s   i n d i c a t e   t h a t   o u r   s y s t e m   i s   a b l e   t o   a s s i s t   c l i n i c a l   d i a g n o s i s   t o   a   c e r t a i n   e x t e n t . 	 [ X u e ,   D i - X i u ;   Z h a n g ,   R o n g ]   U n i v   S c i   &   T e c h n o l   C h i n a ,   D e p t   E l e c t   E n g n   &   I n f o r m a t   S c i ,   H e f e i   2 3 0 0 2 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ X u e ,   D i - X i u ;   Z h a n g ,   R o n g ]   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   K e y   L a b   E l e c t r o m a g n e t   S p a c e   I n f o r m a t ,   H e f e i   2 3 0 0 2 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ F e n g ,   H u i ;   W a n g ,   Y a - L e i ]   A n h u i   M e d   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   D e p t   G a s t r o e n t e r o l ,   H e f e i   2 3 0 0 2 2 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S c i   &   T e c h n o l   C h i n a ,   D e p t   E l e c t   E n g n   &   I n f o r m a t   S c i ,   H e f e i   2 3 0 0 2 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Z h a n g ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C h i n e s e   A c a d   S c i ,   K e y   L a b   E l e c t r o m a g n e t   S p a c e   I n f o r m a t ,   H e f e i   2 3 0 0 2 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z r o n g @ u s t c . e d u . c n 	 	 	 	 	 A t h a n a s o p o u l o s   A . ,   2 0 1 1 ,   W I A M I S   2 0 1 1 ;   B a y   H ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   V I S   I M A G E   U N D ,   V 1 1 0 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c v i u . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 1 4 ;   B o s c h   A . ,   2 0 0 7 ,   I C C V ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C V . 2 0 0 7 . 4 4 0 9 0 6 6 ;   C h a t f i e l d   K . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 5 3 5 3 1 ;   C h e t l u r   S . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 1 0 0 7 5 9 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h u   F ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   N E U R A L   S Y S T ,   V 1 5 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 1 2 9 0 6 5 7 0 5 0 0 0 3 9 6 ;   D a l a i   N . ,   2 0 0 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   V 1 ,   P 8 8 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 5 . 1 7 7 ;   G i r s h i c k   R ,   2 0 1 4 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 4 . 8 1 ;   N g   H W ,   2 0 1 5 ,   I C M I ' 1 5 :   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   2 0 1 5   A C M   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   M U L T I M O D A L   I N T E R A C T I O N ,   P 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 8 1 8 3 4 6 . 2 8 3 0 5 9 3 ;   I n o u e   H ,   2 0 1 5 ,   A N N   G A S T R O E N T E R O L ,   V 2 8 ,   P 4 1 ;   J i a   Y . ,   2 0 1 4 ,   P   A C M   I N T   C   M U L T ,   P 6 7 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 6 4 7 8 6 8 . 2 6 5 4 8 8 9 ;   K e c m a n   V o j i s l a v ,   2 0 0 1 ,   L E A R N I N G   S O F T   C O M P U T ;   K h a n d o k e r   A H ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 8 . 2 0 0 4 4 9 5 ;   K i k u c h i   D ,   2 0 1 5 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 3 7 ,   P 8 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 3 6 8 3 ;   K r i z h e v s k y   A ,   2 0 1 2 ,   A D V   N E U R   I N F O R M   P R O C ,   V 2 0 1 2 ,   P 1 0 9 7 ;   L e c u n   Y ,   1 9 9 8 ,   P   I E E E ,   V 8 6 ,   P 2 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 7 2 6 7 9 1 ;   L o w e   D G ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 6 0 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : V I S I . 0 0 0 0 0 2 9 6 6 4 . 9 9 6 1 5 . 9 4 ;   M o r i s h i m a   K ,   2 0 0 5 ,   R O Y   S O C   C H ,   P 4 1 0 ;   N a i r   V . ,   2 0 1 0 ,   P   2 7   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 8 0 7 ;   N i u   X X ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 5 ,   P 1 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 2 1 ;   O j a l a   T ,   1 9 9 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 2 9 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 3 2 0 3 ( 9 5 ) 0 0 0 6 7 - 4 ;   P a n   S J ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 2 ,   P 1 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 9 . 1 9 1 ;   R a z a v i a n   A . ,   2 0 1 4 ,   P   I E E E   C   C O M P   V I S   P A ,   P 8 0 6 ;   R u s s a k o v s k y   O ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 1 5 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 1 5 - 0 8 1 6 - y ;   S e r m a n e t   P . ,   2 0 1 3 ,   A R X I V 1 3 1 2 6 2 2 9 ;   S i m o n y a n   K . ,   2 0 1 4 ,   1 4 0 9 1 5 5 6   A R X I V ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 0 . 2 0 6 6 2 8 6 ;   S r i v a s t a v a   N ,   2 0 1 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 9 2 9 ;   S z a r v a s   M . ,   2 0 0 5 ,   I N T   V E H   S   2 0 0 5   P   I E E ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I V S . 2 0 0 5 . 1 5 0 5 1 0 6 ;   S z e g e d y   C ,   2 0 1 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 5 . 7 2 9 8 5 9 4 ;   T a k u b o   K ,   2 0 0 9 ,   E S O P H A G U S - T O K Y O ,   V 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 3 8 8 - 0 0 9 - 0 1 6 9 - 0 ;   U e d o   N ,   2 0 1 1 ,   D I G E S T   E N D O S C ,   V 2 3 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 4 3 - 1 6 6 1 . 2 0 1 1 . 0 1 1 1 9 . x ;   Y a n g   L ,   2 0 1 3 ,   M A C H   L E A R N ,   V 9 0 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 1 2 - 5 3 1 0 - y ;   Z e i l e r   M D ,   2 0 1 4 ,   E U R   C   C O M P   V I S   P ,   V 2 0 1 4 ,   P 8 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 0 5 9 0 - 1 	 3 4 	 1 	 1 	 4 	 4 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 1 6 0 9 - 0 9 8 5 	 2 1 9 9 - 4 7 5 7 	 	 J   M E D   B I O L   E N G 	 J .   M e d .   B i o l .   E n g . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 3 6 	 6 	 	 	 S I 	 	 7 5 5 	 7 6 4 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 4 0 8 4 6 - 0 1 6 - 0 1 8 2 - 4 	 	 1 0 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l 	 E n g i n e e r i n g 	 E H 9 I N 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 0 8 5 1 0 0 0 0 2 	 2 8 1 1 1 5 3 2 	 
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 M E D I C A L   D I A G N O S I S ;   R A N D O M   F O R E S T S ;   M O D E L ;   C L A S S I F I C A T I O N 	 B a c k g r o u n d :   R e c u r r e n c e   i s   a n   i m p o r t a n t   c o r n e r s t o n e   i n   b r e a s t   c a n c e r   b e h a v i o r ,   i n t r i n s i c a l l y   r e l a t e d   t o   m o r t a l i t y .   I n   s p i t e   o f   i t s   r e l e v a n c e ,   i t   i s   r a r e l y   r e c o r d e d   i n   t h e   m a j o r i t y   o f   b r e a s t   c a n c e r   d a t a s e t s ,   w h i c h   m a k e s   r e s e a r c h   i n   i t s   p r e d i c t i o n   m o r e   d i f f i c u l t .   O b j e c t i v e s :   T o   e v a l u a t e   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e s   a p p l i e d   t o   t h e   p r e d i c t i o n   o f   b r e a s t   c a n c e r   r e c u r r e n c e .   M a t e r i a l   a n d   M e t h o d s :   R e v i s i o n   o f   p u b l i s h e d   w o r k s   t h a t  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 M i g u e l   H e n r i q u e s ]   P o r t u g u e s e   I n s t   O n c o l   P o r t o ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ S i l v a ,   D a n i e l   C a s t r o ]   U n i v   P o r t o ,   L I A C C ,   D e p t   I n f o r m a t   E n g n ,   F a c   E n g n ,   P - 4 1 0 0   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ A b r e u ,   P e d r o   H e n r i q u e s ;   S a n t o s ,   M i r i a m   S e o a n e ;   A n d r a d e ,   B r u n o ]   P o l o   2 ,   P - 3 0 3 0 2 9 0   C o i m b r a ,   P o r t u g a l ;   [ A b r e u ,   M i g u e l   H e n r i q u e s ]   R u a   D r   A n t o n i o   B e r n a r d i n o   d e   A l m e i d a ,   P - 4 2 0 0 4 6 5   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ S i l v a ,   D a n i e l   C a s t r o ]   R u a   D r   R o b e r t o   F r i a s   S - N ,   P - 4 2 0 0 4 6 5   O p o r t o ,   P o r t u g a l 	 A b r e u ,   P H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C o i m b r a ,   F a c   S c i   &   T e c h n o l ,   C I S U C ,   D e p t   I n f o r m a t   E n g n ,   P - 3 0 0 0   C o i m b r a ,   P o r t u g a l . ;   A b r e u ,   P H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   P o l o   2 ,   P - 3 0 3 0 2 9 0   C o i m b r a ,   P o r t u g a l . 	 p h a @ d e i . u c . p t ;   m i r i a m s @ s t u d e n t . d e i . u c . p t ;   a n t o n i o . m . a b r e u @ i p o p o r t o . m i n - s a u d e . p t ;   b a n d r a d e @ s t u d e n t . d e i . u c . p t ;   d c s @ f e . u p . p t 	 	 	 	 	 A b r e u   P .   H . ,   2 0 1 3 ,   P   I F M B E   I N T   C   H L T H   I ,   P 3 9 ;   A b r e u   P .   H . ,   2 0 1 3 ,   P   M E D   C   M E D   B I O L   E N G ,   P 1 3 6 6 ;   A g r a w a l   R . ,   1 9 9 3 ,   S I G M O D   R e c o r d ,   V 2 2 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 7 0 0 3 5 . 1 7 0 0 7 2 ;   A h m a d i   M .   A . ,   2 0 1 3 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 1 3 ,   P 1 ;   A L T M A N   N S ,   1 9 9 2 ,   A M   S T A T ,   V 4 6 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 6 8 5 2 0 9 ;   A r l o t   S . ,   2 0 1 0 ,   S T A T   S U R V ,   V 4 ,   P 4 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 9 - S S 0 5 4 ;   A t l a   A . ,   2 0 1 1 ,   J   C O M P U T I N G   S C I   C O L L ,   V 2 6 ,   P 9 6 ;   A z e v e d o   A . ,   2 0 0 8 ,   P   I A D I S   E U R   C   D A T   M I ,   P 1 8 2 ;   B e c a   F ,   2 0 1 4 ,   P A T H O L   R E S   P R A C T ,   V 2 1 0 ,   P 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r p . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 1 1 ;   B e h e s h t i   Z ,   2 0 1 4 ,   S O F T   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 2 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 0 0 - 0 1 3 - 1 1 9 8 - 0 ;   B e l c i u g   S m a r a n d a ,   2 0 1 0 ,   P r o c e e d i n g s   1 0 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   D e s i g n   a n d   A p p l i c a t i o n s   ( I S D A   2 0 1 0 ) ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S D A . 2 0 1 0 . 5 6 8 7 2 1 1 ;   B i s h o p   C .   M . ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   B o s e r   B .   E . ,   1 9 9 2 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   F i f t h   A n n u a l   A C M   W o r k s h o p   o n   C o m p u t a t i o n a l   L e a r n i n g   T h e o r y ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 0 3 8 5 . 1 3 0 4 0 1 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 8 ,   A N N   S T A T ,   V 2 6 ,   P 8 0 1 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   B r e i m a n   L . ,   1 9 8 4 ,   C L A S S I F I C A T I O N   R E G R E ;   C h a n d r a s e k a r a n   R ,   2 0 0 5 ,   I N F O R M S   J   C O M P U T ,   V 1 7 ,   P 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 7 / i j o c . 1 0 3 0 . 0 0 6 1 ;   C h a p m a n   P . ,   2 0 0 0 ,   C R I S P   D M   1   0   S T E P   B Y ;   C h a u   K W ,   2 0 0 7 ,   A U T O M A T   C O N S T R ,   V 1 6 ,   P 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a u t c o n . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 0 8 ;   C h a u r a s i a   V . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   S C I   M O B ,   V 3 ,   P 1 0 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 1 0 ,   D A T A   M I N I N G   A N D   K N O W L E D G E   D I S C O V E R Y   H A N D B O O K ,   S E C O N D   E D I T I O N ,   P 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 0 - 3 8 7 - 0 9 8 2 3 - 4 _ 4 5 ;   C h a w l a   N V ,   2 0 0 2 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 1 6 ,   P 3 2 1 ;   C h a w l a   N .   V . ,   2 0 0 4 ,   A C M   S I G K D D   E X P L O R A T I ,   V 6 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 0 7 7 3 0 . 1 0 0 7 7 3 3 ;   C h e n   H . ,   2 0 0 5 ,   M E D   I N F O R M   K N O W L E D G E ,   V 8 ;   C i s m o n d i   F ,   2 0 1 3 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 8 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 3 ;   C O H E N   J ,   1 9 6 0 ,   E D U C   P S Y C H O L   M E A S ,   V 2 0 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 1 3 1 6 4 4 6 0 0 2 0 0 0 1 0 4 ;   C r u z   J o s e p h   A ,   2 0 0 7 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 2 ,   P 5 9 ;   D E M P S T E R   A P ,   1 9 7 7 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 3 9 ,   P 1 ;   M a r q u e s   d e   S a   J .   P . ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   D e t t l i n g   M ,   2 0 0 4 ,   J   M U L T I V A R I A T E   A N A L ,   V 9 0 ,   P 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m v a . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 1 2 ;   D u d a   R O ,   2 0 1 2 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   E f r o n   B . ,   1 9 9 4 ,   I N T R O   B O O T S T R A P ;   E u g e n i o   B . D . ,   2 0 0 4 ,   C O M P U T A T I O N A L   L I N G U I ,   V 3 0 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 1 2 0 1 0 4 7 7 3 6 3 3 4 0 2 ;   F a n   Q . ,   2 0 1 0 ,   P   I N T   C   B I O I N F   B I O M ,   P 3 1 0 ;   F a r r   A l e x ,   2 0 1 3 ,   R e v   O b s t e t   G y n e c o l ,   V 6 ,   P 1 6 5 ;   F a y y a d   U . ,   1 9 9 6 ,   A I   M A G ,   V 1 9 9 6 ,   P 3 7 ;   F e r r i   C ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 0 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 1 0 ;   F i s c h e r   A s j a ,   2 0 1 2 ,   P r o g r e s s   i n   P a t t e r n   R e c o g n i t i o n ,   I m a g e   A n a l y s i s ,   C o m p u t e r V i s i o n ,   a n d   A p p l i c a t i o n s .   P r o c e e d i n g s   1 7 t h   I b e r o a m e r i c a n   C o n g r e s s ,   C I A R P   2 0 1 2 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 3 2 7 5 - 3 _ 2 ;   F i s c h e r   A ,   2 0 1 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 7 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 2 5 ;   F i s h e r   R A ,   1 9 3 6 ,   A N N   E U G E N I C ,   V 7 ,   P 1 7 9 ;   F r e u n d   Y . ,   1 9 9 5 ,   P   2   E U R   C   C O M P   L E A R N ,   P 2 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / J C S S . 1 9 9 7 . 1 5 0 4 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 0 0 ,   A N N   S T A T ,   V 2 8 ,   P 4 0 0 ;   G A L E A   M H ,   1 9 9 2 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 2 2 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 8 4 0 8 3 4 ;   G a n g a n w a r   V . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   E M E R G   T E C H N O L ,   V 4 ,   P 4 2 ;   G a r c i a   V . ,   2 0 0 7 ,   2   C   E S P   I N F   C E D I   2 0 0 ,   P 9 7 8 ;   G a r c i a - L a e n c i n a   P J ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 5 9 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 6 ;   G a r c i a - L a e n c i n a   P J ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 1 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 5 7 ;   G a r c i a - L a e n c i n a   P J ,   2 0 1 0 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 1 9 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 0 9 - 0 2 9 5 - 6 ;   G e v a e r t   O ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   p E 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 2 3 0 ;   G u o - Z h e n g   L . ,   2 0 1 1 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   C O N ,   P 8 7 5 ;   H a n   J ,   2 0 1 2 ,   M O R   K A U F   D ,   P 1 ;   H a r b e c k   N ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A R E ,   V 8 ,   P 1 1 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 5 0 7 7 7 ,   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 5 1 1 9 3 ] ;   H e   H B ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 1 ,   P 1 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 8 . 2 3 9 ;   H u a n g   J ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 7 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 5 . 5 0 ;   I n   H ,   2 0 1 4 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 1 5 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 4 - 3 5 1 6 - x ;   I n t r a t o r   O ,   2 0 0 1 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 3 7 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 9 4 7 3 ( 0 1 ) 0 0 0 1 6 - 0 ;   I r s h a d   H ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 8 ,   P 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 0 3 ;   J a i n   A .   K . ,   1 9 8 8 ,   A L G O R I T H M S   C L U S T E R I N ;   J a i n   A K ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 1 ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 1 1 ;   J e r e z - A r a g o n e s   J M ,   2 0 0 3 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 7 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 2 ) 0 0 0 8 6 - 6 ;   J o   T . ,   2 0 0 4 ,   A C M   S I G K D D   E X P L O R A T I ,   V 6 ,   P 4 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 0 7 7 3 0 . 1 0 0 7 7 3 7 ;   J o n s d o t t i r   T ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 4 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 2 9 ;   K a n t a r d z i c   M . ,   2 0 1 1 ,   D A T A   M I N I N G   C O N C E P T S ;   K i m   W ,   2 0 1 2 ,   J   B R E A S T   C A N C E R ,   V 1 5 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 8 / j b c . 2 0 1 2 . 1 5 . 2 . 2 3 0 ;   K l e i n b a u m   D G ,   2 0 0 2 ,   L O G I S T I C   R E G R E S S I O N ;   K o h o n e n   T ,   1 9 9 5 ,   S E L F   O R G A N I Z I N G   M A P S ;   K o n o n e n k o   I ,   2 0 0 1 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 3 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 1 ) 0 0 0 7 7 - X ;   K o t s i a n t i s   S . ,   2 0 0 6 ,   G E S T S   I N T   T   C O M P U T   S ,   V 3 0 ,   P 1 ;   K o t s i a n t i s   S   B ,   2 0 0 7 ,   I n f o r m a t i c a ,   V 3 1 ,   P 2 4 9 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   K u m a r   B .   S . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   A D V   R E S   C O M P U T ,   V 2 ,   P 2 7 ;   L a r o c h e l l e   H . ,   2 0 0 8 ,   P   2 5   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 5 3 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 9 0 1 5 6 . 1 3 9 0 2 2 4 ;   L a r o c h e l l e   H ,   2 0 1 2 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 3 ,   P 6 4 3 ;   L a r o s e   D a n i e l   T . ,   2 0 0 5 ,   D I S C O V E R I N G   K N O W L E D G ;   L e e   S M ,   2 0 0 3 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 3 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 0 3 . 0 9 . 0 2 2 ;   L i   Z . ,   2 0 0 6 ,   T   G I S ,   V 1 0 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 6 7 1 . 2 0 0 6 . 0 1 0 1 4 . x ;   L i c h m a n   M . ,   2 0 1 5 ,   U C I   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   L i t t l e   R .   J . ,   2 0 0 2 ,   S T A T   A N A L   M I S S I N G   D A ;   L i u   P . ,   2 0 0 5 ,   P   2 0 0 5   5   I N T   C   C O M P ,   P 2 8 ;   L o n g a d g e   R . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   S C I   N E T ,   V 2 ,   P 8 3 ;   L U T T R E L L   S P ,   1 9 9 4 ,   I E E   P - V I S   I M A G E   S I G N ,   V 1 4 1 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / i p - v i s : 1 9 9 4 1 3 1 6 ;   M a h m o u d i   M T ,   2 0 1 3 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 2 ,   p S 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 2 - 0 9 0 5 - 6 ;   M a n i   S ,   1 9 9 7 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 1 2 1 1 ,   P 1 3 0 ;   M a r k o v   Z . ,   2 0 0 6 ,   D A T A   M I N I N G   W E B   U N C O ;   M c C u l l o c h   W .   S . ,   1 9 4 3 ,   B   M A T H   B I O P H Y S ,   V 5 ,   P 1 1 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 4 7 8 2 5 9 ;   M c H u g h   M . L . ,   2 0 1 2 ,   B I O C H E M   M E D I C A ,   V 3 ,   P 2 7 6 ;   M e d j a h e d   S e y y i d   A . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T E R   A P P L ,   V 6 2 ,   P 1 ;   M e n a r d i   G ,   2 0 1 4 ,   D A T A   M I N   K N O W L   D I S C ,   V 2 8 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 1 8 - 0 1 2 - 0 2 9 5 - 5 ;   M i n s k y   M . ,   1 9 6 9 ,   I N T R O   C O M P U T A T I O N A L ;   M i t c h e l l   M ,   1 9 9 6 ,   I N T R O   G E N E T I C   A L G O R I ;   M i t c h e l l   T .   M . ,   1 9 9 7 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   M o l i n a   C . ,   2 0 1 3 ,   S T U D I E S   H L T H   T E C H N O L ,   V 1 9 7 ,   P 9 1 ;   M o o d y   S E ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 8 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 0 9 ;   M u r t i   M .   S . ,   2 0 1 2 ,   J   I N F O R M   E N G   A P P L ,   V 2 ,   P 1 2 ;   N a t u r e   P u b l i s h i n g   G r o u p ,   2 0 1 5 ,   N A T   I N T   W E E K L   J   S C I ;   O l i v o t t o   I A ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 2 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 6 . 1 7 8 ;   O z k a n   C ,   2 0 1 1 ,   I R R I G A T I O N   S C I ,   V 2 9 ,   P 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 7 1 - 0 1 0 - 0 2 5 4 - 0 ;   P a t e l   B B ,   2 0 1 4 ,   S A U D I   P H A R M   J ,   V 2 ,   P 1 ;   P a w l o v s k y   A .   P . ,   2 0 1 4 ,   P   2   I E E E   I N T   C   B I O M ,   P 1 8 9 ;   P o l y a k   K ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 1 ,   P 3 7 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 6 0 5 3 4 ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   1 9 8 6 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 1 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 3 2 0 4 8 7 7 ;   Q u i n l a n   J . R . ,   1 9 9 3 ,   C 4   5   P R O G R A M S   M A C H I N ;   R A O   C R ,   1 9 4 8 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 1 0 ,   P 1 5 9 ;   R a z a v i   A R ,   2 0 0 7 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 1 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 0 7 - 9 0 6 4 - 1 ;   R a z a v i   A R ,   2 0 0 5 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 3 5 8 1 ,   P 4 3 4 ;   M e n d o z a   E S R ,   2 0 1 3 ,   J   C A N C E R   R E S   C L I N ,   V 1 3 9 ,   P 6 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 3 2 - 0 1 2 - 1 3 6 7 - z ;   R u b i n   D B . ,   2 0 0 4 ,   M U L T I P L E   I M P U T A T I O N ;   R y u   Y U ,   2 0 0 7 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 1 8 1 ,   P 8 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j o r . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 3 1 ;   R y u   Y .   U . ,   2 0 0 7 ,   E U R   J   O P E R   R E S ,   V 1 8 1 ,   P 1 ;   S a l a m a   G I ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   S E V E N T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   C O M P U T E R   E N G I N E E R I N G   &   S Y S T E M S   ( I C C E S ' 2 0 1 2 ) ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C E S . 2 0 1 2 . 6 4 0 8 5 0 8 ;   S a n t o s   M S ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 5 8 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 1 2 ;   S A S   I n s t i t u t e ,   2 0 1 5 ,   S A S   E N T   M I N   S E M M A ;   S C H A P I R E   R E ,   1 9 9 0 ,   M A C H   L E A R N ,   V 5 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 8 8 0 0 7 6 0 ;   S c h o l k o p f   B . ,   2 0 0 2 ,   L E A R N I N G   K E R N E L S ;   S E E R   R e s e a r c h ,   2 0 1 5 ,   S U R V   E P   E N D   R E S E E R ;   S h a l a b i   L .   A . ,   2 0 0 6 ,   P   I N T   C   D E P   C O M P   S Y S ,   P 2 0 7 ;   S h a w e - T a y l o r   J . ,   2 0 0 4 ,   K E R N E L   M E T H O D S   P A T T E ;   S o c h a   K ,   2 0 0 7 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 1 6 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 0 7 - 0 0 8 4 - z ;   S r i n i v a s   M . ,   2 0 1 5 ,   P   I E E E   I N T   C   E   H L T H ;   S r i v a s t a v a   R ,   2 0 1 3 ,   R E S   D E V   C O M P U T E R   V I S ;   S t e f a n o w s k i   J . ,   2 0 0 5 ,   I S S U E S   R E P R E S E N T A T I O ,   P 3 3 7 ;   S t r u m b e l j   E ,   2 0 1 0 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 2 4 ,   P 3 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 0 9 - 0 2 4 4 - 9 ;   S u a r e z - A l v a r e z   M M ,   2 0 1 2 ,   P   R O Y   S O C   A - M A T H   P H Y ,   V 4 6 8 ,   P 2 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s p a . 2 0 1 1 . 0 7 0 4 ;   S u n   Y J ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 9 ,   P 1 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 1 0 9 3 ;   S u n   Y C ,   2 0 0 7 ,   T   C S A E ,   V 2 3 ,   P 1 ;   T h o m s o n   R e u t e r s ,   2 0 1 5 ,   W E B   S C I ;   T o m c z a k   J .   M . ,   2 0 1 3 ,   C O R R ;   T r e v o r   H . ,   2 0 0 9 ,   S P R I N G E R   S E R I E S   S T A T ;   T s i k r i k t s i s   N ,   2 0 0 5 ,   J   O P E R   M A N A G ,   V 2 4 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j o m . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 0 1 ;   v a n   d e n   H u r k   C J G ,   2 0 1 1 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 8 ,   P 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 1 - 1 3 7 2 - y ;   v a n ' t   V e e r   L J ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 5 3 0 a ;   V a p n i k   V . ,   1 9 9 9 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   V e r i k a s   A ,   2 0 1 1 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 4 ,   P 3 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 1 1 ;   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n ,   2 0 1 2 ,   G L O B O C A N   2 0 1 2   E S T   C A ;   W i t t e n   I .   H . ,   2 0 0 5 ,   D A T A   M I N I N G   P R A C T I C A ;   Z h a n g   S H ,   2 0 0 5 ,   P H Y S   F L U I D S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 2 0 8 4 2 3 3 ;   Z h e n g   B C ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 1 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 4 4 ;   Z h o u   Z H ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 7 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 3 . 8 0 8 4 9 8 ;   Z i o   M .   D . ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T A T I O N A L   S T A T   D ,   V 5 1 ,   P 5 3 0 5 	 1 4 0 	 0 	 0 	 2 1 	 2 1 	 A S S O C   C O M P U T I N G   M A C H I N E R Y 	 N E W   Y O R K 	 2   P E N N   P L A Z A ,   S T E   7 0 1 ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 1 2 1 - 0 7 0 1   U S A 	 0 3 6 0 - 0 3 0 0 	 1 5 5 7 - 7 3 4 1 	 	 A C M   C O M P U T   S U R V 	 A C M   C o m p u t .   S u r v . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 4 9 	 3 	 	 	 	 	 	 	 5 2 	 1 0 . 1 1 4 5 / 2 9 8 8 5 4 4 	 	 4 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E H 3 A H 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 6 3 9 4 0 0 0 1 2 	 	 
 
 J 	 D e   N i z ,   C ;   R a h m a n ,   R ;   Z h a o ,   X Y ;   P a l ,   R 	 	 	 	 D e   N i z ,   C a r l o s ;   R a h m a n ,   R a z i u r ;   Z h a o ,   X i a n g y u a n ;   P a l ,   R a n a d i p 	 	 	 A l g o r i t h m s   f o r   D r u g   S e n s i t i v i t y   P r e d i c t i o n 	 A L G O R I T H M S 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 d r u g   s e n s i t i v i t y   p r e d i c t i o n ;   p e r s o n a l i z e d   m e d i c i n e ;   p r e d i c t i o n   a l g o r i t h m s ;   t u m o r   r e s p o n s e   m o d e l i n g 	 C A N C E R - C E L L - L I N E S ;   H U M A N   T U M O R   X E N O G R A F T S ;   R A N D O M   F O R E S T S ;   G E N E - E X P R E S S I O N ;   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   P E R S O N A L I Z E D   M E D I C I N E ;   B R E A S T - C A N C E R ;   I N - V I T R O ;   I N T E R A C T I O N   N E T W O R K S ;   T A R G E T E D   T H E R A P Y 	 P r e c i s i o n   m e d i c i n e   e n t a i l s   t h e  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 i n c l u d i n g   m o d e l i n g   t e c h n i q u e s   t h a t   i n t e g r a t e   b o t h   g e n o m i c   a n d   f u n c t i o n a l   i n f o r m a t i o n .   A   c o m p a r a t i v e   a n a l y s i s   o f   t h e   p r e d i c t i o n   p e r f o r m a n c e   o f   f o u r   r e p r e s e n t a t i v e   a l g o r i t h m s ,   e l a s t i c   n e t ,   r a n d o m   f o r e s t ,   k e r n e l i z e d   B a y e s i a n   m u l t i - t a s k   l e a r n i n g   a n d   d e e p   l e a r n i n g ,   r e f l e c t i n g   t h e   b r o a d   c l a s s e s   o f   r e g u l a r i z e d   l i n e a r ,   e n s e m b l e ,   k e r n e l i z e d   a n d   n e u r a l   n e t w o r k - b a s e d   m o d e l s ,   r e s p e c t i v e l y ,   h a s   b e e n   i n c l u d e d   i n   t h e   p a p e r .   T h e   r e v i e w   a l s o   c o n s i d e r s   t h e   c h a l l e n g e s   t h a t   n e e d   t o   b e   a d d r e s s e d   f o r   s u c c e s s f u l   i m p l e m e n t a t i o n   o f   t h e   a l g o r i t h m s   i n   c l i n i c a l   p r a c t i c e . 	 [ D e   N i z ,   C a r l o s ;   R a h m a n ,   R a z i u r ;   Z h a o ,   X i a n g y u a n ;   P a l ,   R a n a d i p ]   T e x a s   T e c h   U n i v ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   L u b b o c k ,   T X   7 9 4 0 9   U S A 	 P a l ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T e x a s   T e c h   U n i v ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   L u b b o c k ,   T X   7 9 4 0 9   U S A . 	 c a r l o s . d e - n i z @ t t u . e d u ;   r a z i u r . r a h m a n @ t t u . e d u ;   x i a n g y u a n . z h a o @ t t u . e d u ;   r a n a d i p . p a l @ t t u . e d u 	 	 	 N S F   [ 1 5 0 0 2 3 4 ] ;   N I H   [ 1 R 0 1 G M 1 2 2 0 8 4 - 0 1 ] 	 T h e   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   N S F   G r a n t   1 5 0 0 2 3 4   a n d   N I H   1 R 0 1 G M 1 2 2 0 8 4 - 0 1 . 	 A K A I K E   H ,   1 9 7 4 ,   I E E E   T   A U T O M A T   C O N T R ,   V A C 1 9 ,   P 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T A C . 1 9 7 4 . 1 1 0 0 7 0 5 ;   A m a d o z   A ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 8 4 9 4 ;   A m i t   Y ,   1 9 9 7 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 9 ,   P 1 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 1 9 9 7 . 9 . 7 . 1 5 4 5 ;   B a n d y o p a d h y a y   N i r m a l y a ,   2 0 0 9 ,   A d v a n c e s   i n   B i o i n f o r m a t i c s ,   P 5 3 2 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 0 9 / 5 3 2 9 8 9 ;   B a r r e t i n a   J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 3 ;   B a s u   A ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 4 ,   P 1 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 3 ;   B a y e r   I ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 0 2 9 4 ;   B e r l o w   N . ,   2 0 1 3 ,   P   2 0 1 3   I E E E   I N T   W O R K ,   P 4 9 ;   B e r l o w   N ,   2 0 1 4 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 1 ,   P 9 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 2 1 1 3 8 ;   B e r l o w   N ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - 2 3 9 ;   B e r l o w   N ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   I E E E   S T A T I S T I C A L   S I G N A L   P R O C E S S I N G   W O R K S H O P   ( S S P ) ,   P 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S S P . 2 0 1 2 . 6 3 1 9 7 5 7 ;   B o t t o u   L . ,   2 0 1 0 ,   P   1 9   I N T   C   C O M P   S T A T ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 4 9 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   B r e i m a n   L . ,   1 9 8 4 ,   C L A S S I F I C A T I O N   R E G R E ;   B r e n n e r   S ,   2 0 0 0 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 1 8 ,   P 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 7 6 4 6 9 ;   B u r e a u   A ,   2 0 0 5 ,   G E N E T   E P I D E M I O L ,   V 2 8 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 2 0 0 4 1 ;   C a p p u z z o   F ,   2 0 0 5 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 7 ,   P 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j i 1 1 2 ;   C h e n   B J ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 3 8 5 0 ;   C h e r k a s s k y   V ,   2 0 0 3 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 5 ,   P 1 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 0 3 3 2 1 8 9 1 8 6 4 ;   C h i a p p i n e l l i   K B ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 2 ,   P 9 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 1 ;   C l a r k e   B . ,   2 0 0 3 ,   J   M A C H I N E   L E A R N I N G   R ,   V 4 ,   P 6 8 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 4 7 7 3 9 3 6 0 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 4 7 7 3 9 3 6 0 9 0 ] ;   C o s t e l l o   J C ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 1 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 8 7 7 ;   C r i s t i a n i n i   N . ,   2 0 0 0 ,   I N T R O   S U P P O R T   V E C T O R ;   D a e m e n   A ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 3 - 1 4 - 1 0 - r 1 1 0 ;   D a h l   G .   E . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 6 1 2 3 1 ;   D e   J a y   N ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 3 8 3 ;   D i a z - U r i a r t e   R ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 3 ;   D I J K S T R A   T ,   1 9 8 3 ,   J   E C O N O M E T R I C S ,   V 2 2 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 4 - 4 0 7 6 ( 8 3 ) 9 0 0 9 4 - 5 ;   D o n g   Z L ,   2 0 1 5 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 5 - 0 1 5 - 1 4 9 2 - 6 ;   D r u k e r   B J ,   2 0 0 4 ,   O N C O L O G I S T ,   V 9 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 9 - 4 - 3 5 7 ;   E n d o   Y ,   2 0 1 6 ,   B R E A S T   C A N C E R - T O K Y O ,   V 2 3 ,   P 9 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 8 2 - 0 1 5 - 0 6 5 9 - y ;   E s t e l l e r   M ,   2 0 0 5 ,   C U R R   O P I N   O N C O L ,   V 1 7 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . c c o . 0 0 0 0 1 4 7 3 8 3 . 0 4 7 0 9 . 1 0 ;   F r a n c k   J ,   2 0 0 9 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 8 ,   P 2 0 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . R 8 0 0 0 1 6 - M C P 2 0 0 ;   F r e e d m a n   D A ,   2 0 0 5 ,   S T A T   M O D E L S   T H E O R Y   P ;   F r e u n d   Y ,   1 9 9 7 ,   J   C O M P U T   S Y S T   S C I ,   V 5 5 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j c s s . 1 9 9 7 . 1 5 0 4 ;   G e e l e h e r   P ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 4 - 1 5 - 3 - r 4 7 ;   G E L A D I   P ,   1 9 8 6 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 1 8 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 3 - 2 6 7 0 ( 8 6 ) 8 0 0 2 8 - 9 ;   G e r l i n g e r   M ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 6 ,   P 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 1 1 3 2 0 5 ;   G i l l e t   J P ,   2 0 1 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 8 ,   P 1 8 7 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 1 1 1 8 4 0 1 0 8 ;   G o n e n   M ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   p I 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 4 6 4 ;   G O R D O N   J W ,   1 9 8 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I - B I O L ,   V 7 7 ,   P 7 3 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 7 7 . 1 2 . 7 3 8 0 ;   G o s w a m i   C   P a n k a j ,   2 0 1 5 ,   C P T   P h a r m a c o m e t r i c s   S y s t   P h a r m a c o l ,   V 4 ,   p e 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p s p 4 . 9 ;   G r a s s o   C . S . ,   2 0 1 5 ,   N A T   M E D ;   G r e e n   M R ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 0 ,   P 2 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M e 0 4 8 1 0 1 ;   H a i b e - K a i n s   B ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 4 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 8 3 1 ;   H a i d e r   S ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 4 4 9 0 ;   H a i d e r   S ,   2 0 1 2 ,   2 0 1 2   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   W O R K S H O P   O N   G E N O M I C   S I G N A L   P R O C E S S I N G   A N D   S T A T I S T I C S   ( G E N S I P S ) ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / G E N S I P S . 2 0 1 2 . 6 5 0 7 7 2 6 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 1 ,   S P R I N G E R   S E R I E S   S T A T ;   H e j a s e   H   A ,   2 0 1 5 ,   C P T   P h a r m a c o m e t r i c s   S y s t   P h a r m a c o l ,   V 4 ,   p e 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p s p 4 . 2 ;   H e l l e r   M J ,   2 0 0 2 ,   A N N U   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 4 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . b i o e n g . 4 . 0 2 0 7 0 2 . 1 5 3 4 3 8 ;   H i n t o n   G .   E . ,   2 0 1 2 ,   A R X I V 1 2 0 7 0 5 8 0   C O R R ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 2 0 0 6 . 1 8 . 7 . 1 5 2 7 ;   H o   T K ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 0 ,   P 8 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 7 0 9 6 0 1 ;   H o   T .   K . ,   1 9 9 5 ,   I N T   C ,   V 1 ,   P 2 7 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D A R . 1 9 9 5 . 5 9 8 9 9 4 ;   H o a n g   M P ,   2 0 0 0 ,   A M   J   C L I N   P A T H O L ,   V 1 1 3 ,   P 8 5 2 ;   H o o k   K E ,   2 0 1 2 ,   M O L   C A N C E R   T H E R ,   V 1 1 ,   P 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 5 - 7 1 6 3 . M C T - 1 1 - 0 1 8 4 ;   H o p k i n s   A L ,   2 0 0 6 ,   C U R R   O P I N   S T R U C   B I O L ,   V 1 6 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s b i . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 1 3 ;   H u d i s   C A ,   2 0 0 7 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 7 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M r a 0 4 3 1 8 6 ;   H y n e s   N E ,   2 0 0 5 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 5 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 6 0 9 ;   F r a n k   I l d i k o   E . ,   1 9 9 3 ,   T E C H N O M E T R I C S ,   V 3 5 ,   P 1 0 9 ;   J a i t l y   N . ,   2 0 1 2 ,   P   I N T   2 0 1 2   P O R T L   O R ;   J a n g   I . S . ,   S Y S T E M A T I C   A S S E S S M E N ;   J o h n s o n   J I ,   2 0 0 1 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 4 ,   P 1 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 4 / b j o c . 2 0 0 1 . 1 7 9 6 ;   K e r b e l   R S ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 2 ,   p S 1 3 4 ;   K h a n n a   C ,   2 0 0 6 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 4 ,   P 1 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 0 9 0 6 - 1 0 6 5 b ;   K i m   D C ,   2 0 1 2 ,   P R O T E O M E   S C I ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 5 9 5 6 - 1 0 - S 1 - S 1 3 ;   K i m   J o n g   B i n ,   2 0 0 4 ,   B r e a s t   C a n c e r   R e s e a r c h   a n d   T r e a t m e n t ,   V 8 5 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : B R E A . 0 0 0 0 0 2 5 4 1 8 . 8 8 7 8 5 . 2 b ;   K l e i n b a u m   D G ,   1 9 8 8 ,   A P P L   R E G R E S S I O N   A N A L ;   K l i j n   C ,   2 0 1 5 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 3 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 3 0 8 0 ;   K n i g h t   Z A ,   2 0 0 5 ,   C H E M   B I O L ,   V 1 2 ,   P 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m b i o l . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 1 1 ;   K u h n   M ,   2 0 1 0 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 0 9 . 9 8 ;   K u t m o n   M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 2 1 6 0 ;   L a n g d o n   S .   P . ,   2 0 0 4 ,   C A N C   C E L L   C U L T U R E   M E ;   L e b e a u   A ,   2 0 0 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 9 ,   P 3 5 4 ;   L i   F ,   2 0 1 2 ,   A C T A   P H A R M   S I N I C A   B ,   V 2 ,   P 1 1 8 ;   N i s h i d a   K . ,   2 0 1 6 ,   J   B I O M O L   S T R U C T   D Y N ,   P 1 ;   L u n e t t a   K L ,   2 0 0 4 ,   B M C   G E N E T ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 5 6 - 5 - 3 2 ;   M a r u s y k   A ,   2 0 1 0 ,   B B A - R E V   C A N C E R ,   V 1 8 0 5 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b c a n . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 0 2 ;   M a s t e r s   J R W ,   2 0 0 0 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 4 3 1 0 2 ;   M a t t e r a   D ,   1 9 9 9 ,   A D V A N C E S   I N   K E R N E L   M E T H O D S ,   P 2 1 1 ;   M e n d e n   M P ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 1 3 1 8 ;   M e r m e l   C H ,   2 0 1 1 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 1 - 1 2 - 4 - r 4 1 ;   M u l l e r   K .   R . ,   1 9 9 7 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   V 1 3 2 7 ,   P 9 9 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F B 0 0 2 0 2 8 3 ;   N a e s   T ,   2 0 0 1 ,   J   C H E M O M E T R ,   V 1 5 ,   P 4 1 3 ;   N e t o   E l i a s   C h a i b u b ,   2 0 1 4 ,   P a c   S y m p   B i o c o m p u t ,   P 2 7 ;   O s p i n a   J D ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 9 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 2 7 ;   P a l   R ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 1 5 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 2 1 4 ;   P a l   R a n a d i p ,   2 0 1 2 ,   P a c   S y m p   B i o c o m p u t ,   P 3 5 1 ;   P a r k   H ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 4 1 8 6 9 ;   P e a r s o n   K ,   1 9 0 1 ,   P H I L O S   M A G ,   V 2 ,   P 5 5 9 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P U D I L   P ,   1 9 9 4 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 1 5 ,   P 1 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 9 4 ) 9 0 1 2 7 - 9 ;   Q i   Y J ,   2 0 0 6 ,   P R O T E I N S ,   V 6 3 ,   P 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 0 8 6 5 ;   R a b i l l o u d   T ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M I C S ,   V 7 4 ,   P 1 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o t . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 4 0 ;   R a h m a n   R ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   I N F O R M ,   V 1 4 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 4 1 3 7 / C I N . S 3 0 7 9 4 ;   R i c h m o n d   A ,   2 0 0 8 ,   D I S   M O D E L   M E C H ,   V 1 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / d m m . 0 0 0 9 7 6 ;   R i d d i c k   G ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 6 2 8 ;   R I S S A N E N   J ,   1 9 8 3 ,   A N N   S T A T ,   V 1 1 ,   P 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o s / 1 1 7 6 3 4 6 1 5 0 ;   R o b n i k - S i k o n j a   M ,   2 0 0 3 ,   M A C H   L E A R N ,   V 5 3 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 5 6 6 7 3 0 9 7 1 4 ;   R o d r i g u e z   J J ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 8 ,   P 1 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 6 . 2 1 1 ;   R o s s   D T ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 4 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 7 3 4 3 2 ;   R o u l o i s   D ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 2 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 5 6 ;   S a w y e r s   C ,   2 0 0 4 ,   N A T U R E ,   V 4 3 2 ,   P 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 3 0 9 5 ;   S C H O L Z   C C ,   1 9 9 0 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 2 6 ,   P 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 2 7 7 - 5 3 7 9 ( 9 0 ) 9 0 1 9 6 - Z ;   S h a c k l e t o n   M ,   2 0 0 9 ,   C E L L ,   V 1 3 8 ,   P 8 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 1 7 ;   S h a n n o n   P ,   2 0 0 3 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 4 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 2 3 9 3 0 3 ;   S h o e m a k e r   R H ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 6 ,   P 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 9 5 1 ;   S m o l a   A J ,   2 0 0 4 ,   S T A T   C O M P U T ,   V 1 4 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : S T C O . 0 0 0 0 0 3 5 3 0 1 . 4 9 5 4 9 . 8 8 ;   S o k o l o v   A ,   2 0 1 6 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 4 7 9 0 ;   S p u r r i e r   B ,   2 0 0 8 ,   N A T   P R O T O C ,   V 3 ,   P 1 7 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 8 . 1 7 9 ;   S t e e l e   F R ,   2 0 0 9 ,   P E R S   M E D ,   V 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / 1 7 4 1 0 5 4 1 . 6 . 1 . 1 ;   S t r o t h e r   H . ,   1 9 6 7 ,   B I O M E T R I K A ,   V 5 4 ,   P 1 6 7 ;   S u t s k e v e r   I . ,   2 0 1 3 ,   P   3 0   I N T   C   M A C H   L E A R ,   V 2 8 ,   P 1 1 3 9 ;   S w a n t o n   C ,   2 0 1 1 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 2 8 0 7 ;   S z k l a r c z y k   D ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 0 3 ;   T a n a k a   T ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 1 1 ,   P 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 0 2 8 9 ;   T H O M A S   K R ,   1 9 8 7 ,   C E L L ,   V 5 1 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 8 7 ) 9 0 6 4 6 - 5 ;   T i b s h i r a n i   R ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 6 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 2 0 9 9 2 9 9 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   T I K H O N O V   A N ,   1 9 7 7 ,   S O L U T I O N S   I L L   P O S E D ;   T i k h o n o v   A . ,   1 9 6 3 ,   S O V   M A T H   D O K L ,   V 4 ,   P 1 0 3 5 ;   T y n e r   J W ,   2 0 0 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 6 ,   P 8 6 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 0 3 2 3 3 1 0 6 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 6 4 ,   A U T O M A T   R E M   C O N T R ,   P 2 5 ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 6 3 ,   A v t o m a t i k a   i   T e l e m e k h a n i k a ,   V 2 4 ,   P 7 7 4 ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   V E L C U L E S C U   V E ,   1 9 9 5 ,   S C I E N C E ,   V 2 7 0 ,   P 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 7 0 . 5 2 3 5 . 4 8 4 ;   W a l r a t h   J C ,   2 0 1 0 ,   A D V   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 6 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 6 5 - 2 3 0 X ( 1 0 ) 0 6 0 0 4 - 5 ;   W a n   Q ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 1 1 8 3 ;   W a n g   Z ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 0 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 4 8 4 ;   W e i n s t e i n   J N ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 7 6 4 ;   W O L P E R T   D H ,   1 9 9 2 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 5 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 0 5 ) 8 0 0 2 3 - 1 ;   Y a n g   W J ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 1 1 1 ;   Y a o   D J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   D A T A   M I N   B I O I N ,   V 1 3 ,   P 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 5 0 4 / I J D M B . 2 0 1 5 . 0 7 0 8 5 2 ;   Y u   D J ,   2 0 1 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 2 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 5 9 4 5 1 ;   Y u e   Z Y ,   2 0 1 5 ,   P E E R J ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 7 7 1 7 / p e e r j . 1 4 2 5 ;   Z h o u   Q . ,   2 0 1 4 ,   A R X I V 1 4 0 9 1 9 7 6 ;   Z o u   H ,   2 0 0 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 7 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 5 . 0 0 5 0 3 . x 	 1 3 9 	 0 	 0 	 0 	 0 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 1 9 9 9 - 4 8 9 3 	 	 	 A L G O R I T H M S 	 A l g o r i t h m s 	 D E C 	 2 0 1 6 	 9 	 4 	 	 	 	 	 	 	 7 7 	 1 0 . 3 3 9 0 / a 9 0 4 0 0 7 7 	 	 2 5 	 M a t h e m a t i c s 	 M a t h e m a t i c s 	 E H 2 U S 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 6 2 4 5 0 0 0 1 6 	 	 
 
 J 	 L e e m a ,   N ;   N e h e m i a h ,   H K ;   K a n n a n ,   A 	 	 	 	 L e e m a ,   N . ;   N e h e m i a h ,   H .   K h a n n a ;   K a n n a n ,   A . 	 	 	 N e u r a l   n e t w o r k   c l a s s i f i e r   o p t i m i z a t i o n   u s i n g   D i f f e r e n t i a l   E v o l u t i o n   w i t h   G l o b a l   I n f o r m a t i o n   a n d   B a c k   P r o p a g a t i o n   a l g o r i t h m   f o r   c l i n i c a l   d a t a s e t s 	 A P P L I E D   S O F T   C O M P U T I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A r t i f i c i a l   N e u r a l   N e t w o r k ;   D i f f e r e n t i a l   e v o l u t i o n   w i t h   g l o b a l ;   i n f o r m a t i o n ;   B a c k   p r o p a g a t i o n ;   O p t i m i z a t i o n ;   C o m p u t e r - A i d e d   D i a g n o s t i c   s y s t e m 	 P A R T I C L E   S W A R M   O P T I M I Z A T I O N ;   M O D E L ;   P S O 	 A   C o m p u t e r - A i d e d   D i a g n o s t i c   ( C A D )   s y s t e m   t h a t   u s e s   A r t i f i c i a l   N e u r a l   N e t w o r k   ( A N N )   t r a i n e d   b y   d r a w i n g   i n   t h e   r e l a t i v e   a d v a n t a g e s   o f   D i f f e r e n t i a l   E v o l u t i o n   ( D E ) ,   P a r t i c l e   S w a r m   O p t i m i z a t i o n   ( P S O )   a n d   g r a d i e n t   d e s c e n t   b a s e d   b a c k p r o p a g a t i o n   ( B P )   f o r   c l a s s i f y i n g   c l i n i c a l   d a t a s e t s   i s   p r o p o s e d .   T h e   D E   a l g o r i t h m   w i t h   a   m o d i f i e d   b e s t   m u t a t i o n   o p e r a t i o n   i s   u s e d   t o   e n h a n c e   t h e   s e a r c h   e x p l o r a t i o n   o f   P S O .   T h e   A N N   i s   t r a i n e d   u s i n g   P S O   a n d   t h e   g l o b a l   b e s t   v a l u e   o b t a i n e d   i s   u s e d   a s   a   s e e d   b y   t h e   B P .   L o c a l   s e a r c h   i s   p e r f o r m e d   u s i n g   B P ,   i n   w h i c h   t h e   w e i g h t s   o f   t h e   N e u r a l   N e t w o r k   ( N N )   a r e   a d j u s t e d   t o   o b t a i n   a n   o p t i m a l   s e t   o f   N N   w e i g h t s .   T h r e e   b e n c h m a r k   c l i n i c a l   d a t a s e t s   n a m e l y ,   P i m a   I n d i a n   D i a b e t e s ,   W i s c o n s i n   B r e a s t   C a n c e r   a n d   C l e v e l a n d   H e a r t   D i s e a s e ,   o b t a i n e d   f r o m   t h e   U n i v e r s i t y   o f   C a l i f o r n i a   I r v i n e   ( U C I )   m a c h i n e   l e a r n i n g   r e p o s i t o r y   h a v e   b e e n   u s e d .   T h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e   t r a i n e d   n e u r a l   n e t w o r k   c l a s s i f i e r   p r o p o s e d   i n   t h i s   w o r k   i s   c o m p a r e d   w i t h   t h e   e x i s t i n g   g r a d i e n t   d e s c e n t   b a c k p r o p a g a t i o n ,   d i f f e r e n t i a l   e v o l u t i o n   w i t h   b a c k p r o p a g a t i o n   a n d   p a r t i c l e   s w a r m   o p t i m i z a t i o n   w i t h   g r a d i e n t   d e s c e n t   b a c k p r o p a g a t i o n   a l g o r i t h m s .   T h e   e x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   s h o w   t h a t   D E G I - B P   p r o v i d e s   8 5 . 7 1 %   a c c u r a c y   f o r   d i a b e t e s ,   9 8 . 5 2 %   f o r   b r e a s t   c a n c e r   a n d   8 6 . 6 6 %   f o r   h e a r t   d i s e a s e   d a t a s e t s .   T h i s   C A D   s y s t e m   c a n   b e   u s e d   b y   j u n i o r   c l i n i c i a n s   a s   a n   a i d   f o r   m e d i c a l   d e c i s i o n   s u p p o r t .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   B . V .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ L e e m a ,   N . ;   N e h e m i a h ,   H .   K h a n n a ]   A n n a   U n i v ,   C o l l   E n g n   G u i n d y ,   R a m a n u j a n   C o m p   C t r ,   M a d r a s   6 0 0 0 2 5 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a ;   [ K a n n a n ,   A . ]   A n n a   U n i v ,   C o l l   E n g n   G u i n d y ,   I n f o r m a t   S c i   &   T e c h n o l ,   M a d r a s   6 0 0 0 2 5 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a 	 N e h e m i a h ,   H K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A n n a   U n i v ,   C o l l   E n g n   G u i n d y ,   R a m a n u j a n   C o m p   C t r ,   M a d r a s   6 0 0 0 2 5 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a . 	 c h a n d r a k h a n n a @ c s . a n n a u n i v . e d u 	 	 	 	 	 A b d u a l - S a l a m   M u s t a f a   E . ,   2 0 1 0 ,   I N F   S Y S T   I N F O S   7   I N T ;   A n g   J H ,   2 0 0 8 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 1 ,   P 3 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 1 1 ;   A s u n c i o n   A . ,   2 0 0 7 ,   U C I   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   B e l o u f a   F ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 2 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 0 9 ;   B h a r d w a j   A ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 4 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 6 5 ;   B i s h o p   C .   M . ,   1 9 9 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   P A T T ;   F e r n a n d e z   C a b a l l e r o   J .   C . ,   2 0 1 0 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   I E E E ,   V 2 1 ,   P 7 5 0 ;   C a i   W L ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 1 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 0 9 . 2 0 3 4 7 4 1 ;   C a s t e l l a n i   M ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 9 9 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 1 0 ;   C h a u v i n   Y . ,   1 9 9 5 ,   B A C K P R O P A G A T I O N   T H E O ;   C o e l l o   C A C ,   2 0 0 2 ,   E V O L U T I O N A R Y   A L G O R I T ;   d e l   V a l l e   Y ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   E V O L U T   C O M P U T ,   V 1 2 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T E V C . 2 0 0 7 . 8 9 6 6 8 6 ;   D e m u t h   H B ,   2 0 1 3 ,   N E U R A L   N E T W O R K   T O O L B ;   D e n n i s   B ,   2 0 1 4 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 2 5 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 3 2 ;   E b e r h a r t   R . C . ,   1 9 9 5 ,   P   6   I N T   S   M I C R   H U M   S ,   P 3 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M H S . 1 9 9 5 . 4 9 4 2 1 5 ;   F e i   H a n ,   2 0 0 8 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 1 9 ,   P 2 5 5 ;   F L E T C H E R   R ,   1 9 6 4 ,   C O M P U T   J ,   V 7 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c o m j n l / 7 . 2 . 1 4 9 ;   G h a z a v i   S N ,   2 0 0 8 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 4 3 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 4 ;   G h o s h   S . ,   2 0 1 4 ,   E G Y P T   I N F O R M   J ,   V 1 5 ,   P 1 2 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . E I J . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 0 1 ;   H a n   F ,   2 0 0 8 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 2 0 5 ,   P 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 2 5 ;   H a n   F ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 3 7 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 7 4 ;   H a n   H G ,   2 0 1 3 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 9 9 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 2 3 ;   H a n   J . ,   2 0 0 6 ,   D A T A   M I N I N G   S E   A S I A ;   H e   S ,   2 0 0 4 ,   B I O S Y S T E M S ,   V 7 8 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s y s t e m s . 2 0 0 4 . 0 8 . 0 0 3 ;   H u a n g   D S ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 9 ,   P 2 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 0 8 . 2 0 0 4 3 7 0 ;   H u a n g   D S ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 2 8 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 7 7 . 6 7 8 6 5 8 ;   H u a n g   D S ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 5 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 0 4 . 8 2 4 4 2 4 ;   J a d d i   N S ,   2 0 1 5 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 3 7 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 2 ;   J O E R D I N G   W H ,   1 9 9 1 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 4 ,   P 8 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 9 1 ) 9 0 0 6 3 - B ;   K e n n e d y   J ,   1 9 9 5 ,   1 9 9 5   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   P R O C E E D I N G S ,   V O L S   1 - 6 ,   P 1 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C N N . 1 9 9 5 . 4 8 8 9 6 8 ;   L e u n g   S Y S ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 9 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 2 8 ;   L o o n e y   C G ,   1 9 9 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 0 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 9 2 5 - 2 3 1 2 ( 9 4 ) 0 0 0 2 6 - 3 ;   M a n g a t   V ,   2 0 1 4 ,   I E T E   T E C H   R E V ,   V 3 1 ,   P 2 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 5 6 4 6 0 2 . 2 0 1 4 . 9 4 2 2 3 7 ;   M o r s h e d   J ,   1 9 9 8 ,   W A T E R   R E S O U R   R E S ,   V 3 4 ,   P 1 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 9 / 9 8 W R 0 0 0 0 6 ;   N o e l   M M ,   2 0 1 2 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 2 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 3 7 ;   P i o t r o w s k i   A P ,   2 0 1 4 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 2 1 ,   P 3 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 3 9 ;   Q a s e m   S N ,   2 0 1 3 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 3 9 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 2 1 ;   Q a s e m   S N ,   2 0 1 1 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 1 ,   P 1 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 1 4 ;   R a u   H .   H . ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E T H O D S   P R O   B ;   R o c h a   M ,   2 0 0 7 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 0 ,   P 2 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 2 3 ;   S h a r m a   B . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   S C I   E N G ,   V 1 6 ,   P 3 1 ;   S h a r m a   J a g r i t i ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   E N G   R E S   D E V ,   V 7 ,   P 1 ;   T u r k e r   I n c e ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 7 ,   P 8 4 5 0 ;   V e r i k a s   A ,   2 0 0 0 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 3 0 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 5 - 2 3 1 2 ( 9 9 ) 0 0 1 2 3 - X ;   Y a g h i n i   M ,   2 0 1 3 ,   E N G   A P P L   A R T I F   I N T E L ,   V 2 6 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e n g a p p a i . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 2 3 ;   Y u   J B ,   2 0 0 8 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 1 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 1 3 ;   Z h a n g   J R ,   2 0 0 7 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 1 8 5 ,   P 1 0 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 2 5 	 4 7 	 0 	 0 	 2 7 	 2 7 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 5 6 8 - 4 9 4 6 	 1 8 7 2 - 9 6 8 1 	 	 A P P L   S O F T   C O M P U T 	 A p p l .   S o f t .   C o m p u t . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 4 9 	 	 	 	 	 	 8 3 4 	 8 4 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 0 1 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E I 1 Z L 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 2 8 5 6 0 0 0 6 0 	 	 
 
 J 	 K h a n ,   S ;   M a h a r a ,   A ;   H y a m s ,   E S ;   S c h n e d ,   A R ;   H a l t e r ,   R J 	 	 	 	 K h a n ,   S h a d a b ;   M a h a r a ,   A d i t y a ;   H y a m s ,   E l i a s   S . ;   S c h n e d ,   A l a n   R . ;   H a l t e r ,   R y a n   J . 	 	 	 P r o s t a t e   C a n c e r   D e t e c t i o n   U s i n g   C o m p o s i t e   I m p e d a n c e   M e t r i c 	 I E E E   T R A N S A C T I O N S   O N   M E D I C A L   I M A G I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P r o s t a t e   C a n c e r ;   E l e c t r i c a l   I m p e d a n c e   S p e c t r o s c o p y ;   M i n i m a l l y   I n v a s i v e   S u r g e r y ;   S u r g i c a l   M a r g i n ;   C o m p o s i t e   I m p e d a n c e   M e t r i c 	 I N T R A O P E R A T I V E   F R O Z E N - S E C T I O N ;   P O S I T I V E   S U R G I C A L   M A R G I N S ;   L A P A R O S C O P I C   R A D I C A L   P R O S T A T E C T O M Y ;   N E U R O V A S C U L A R   B U N D L E S ;   S P E C T R O S C O P Y ;   T O M O G R A P H Y ;   F E A S I B I L I T Y ;   P R O G R E S S I O N ;   U T I L I T Y ;   I M P A C T 	 P r o s t a t e   c a n c e r   ( P C a )   r e c u r r e n c e s   a r e   o f t e n   p r e d i c t e d   b y   a s s e s s i n g   t h e   s t a t u s   o f   s u r g i c a l   m a r g i n s   ( S M ) - p o s i t i v e   s u r g i c a l   m a r g i n s   ( P S M )   i n c r e a s e   t h e   c h a n c e s   o f   b i o c h e m i c a l   r e c u r r e n c e   b y   2 - 4   t i m e s   w h i c h   m a y   l e a d   t o   P C a   r e c u r r e n c e .   T o   t h i s   e n d ,   a n   e l e c t r i c a l   i m p e d a n c e   a c q u i s i t i o n   s y s t e m   w i t h   a   m i c r o e n d o s c o p i c   p r o b e   w a s   e m p l o y e d   i n   a n   e x - v i v o   s t u d y   o f   h u m a n   p r o s t a t e s .   T h i s   s y s t e m   m e a s u r e s   t h e   t i s s u e   b i o i m p e d a n c e   o v e r   a   r a n g e   o f   f r e q u e n c i e s   ( 1   k H z   t o   1 M H z ) ,   a n d   c o m p u t e s   a   n u m b e r   o f   C o m p o s i t e   I m p e d a n c e   M e t r i c s   ( C I M ) .   A   c l a s s i f i e r   t r a i n e d   u s i n g   C I M   d a t a   c a n   b e   u s e d   t o   c l a s s i f y   t i s s u e   a s   b e n i g n   o r   c a n c e r o u s .   T h e   s y s t e m   w a s   u s e d   t o   c o l l e c t   t h e   i m p e d a n c e   s p e c t r a   f r o m   1 4   e x c i s e d   p r o s t a t e s ,   w h i c h   w e r e   o b t a i n e d   f r o m   m e n   u n d e r g o i n g   r a d i c a l   p r o s t a t e c t o m y ,   f o r   a   t o t a l   o f   2 3   c a n c e r o u s   a n d   5 3   b e n i g n   m e a s u r e m e n t s .   T h e   d a t a   r e v e a l e d   s t a t i s t i c a l l y   s i g n i f i c a n t   ( p   <   0 . 0 5 )   d i f f e r e n c e s   i n   t h e   i m p e d a n c e   p r o p e r t i e s   o f   t h e   b e n i g n   a n d   t u m o r o u s   t i s s u e s ,   a n d   a m o n g   t h e   m e a s u r e m e n t s   t a k e n   o n   t h e   a p i c a l ,   b a s e ,   a n d   l a t e r a l   s u r f a c e   o f   t h e   p r o s t a t e .   F u r t h e r ,   i n   t h e   l e a v e - o n e - p a t i e n t - o u t   c r o s s   v a l i d a t i o n ,   a   m a x i m u m   p r e d i c t i v e   a c c u r a c y   o f   9 0 . 7 9 %   w a s   a c h i e v e d   b y   c o m b i n i n g   h i g h   f r e q u e n c y   C I M   p h a s e   d a t a   t o   t r a i n   a   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   c l a s s i f i e r   w i t h   a   r a d i a l   b a s i s   f u n c t i o n   k e r n e l .   T h e   o b s e r v a t i o n s   a r e   c o n s i s t e n t   w i t h   t h e   p h y s i o l o g y   a n d   m o r p h o l o g y   o f   b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t   p r o s t a t e   t i s s u e .   C I M s   w e r e   f o u n d   t o   b e   a n   e f f e c t i v e   t o o l   i n   d i s t i n g u i s h i n g   b e n i g n   f r o m   c a n c e r o u s   t i s s u e s . 	 [ K h a n ,   S h a d a b ;   M a h a r a ,   A d i t y a ;   H a l t e r ,   R y a n   J . ]   D a r t m o u t h   C o l l ,   T h a y e r   S c h   E n g n ,   H a n o v e r ,   N H   0 3 7 5 5   U S A ;   [ H y a m s ,   E l i a s   S . ;   S c h n e d ,   A l a n   R . ;   H a l t e r ,   R y a n   J . ]   D a r t m o u t h   C o l l ,   G e i s e l   S c h   M e d ,   H a n o v e r ,   N H   0 3 7 5 5   U S A ;   [ H y a m s ,   E l i a s   S . ;   S c h n e d ,   A l a n   R . ]   D a r t m o u t h   H i t c h c o c k   M e d   C t r ,   L e b a n o n ,   N H   0 3 7 6 6   U S A 	 K h a n ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D a r t m o u t h   C o l l ,   T h a y e r   S c h   E n g n ,   H a n o v e r ,   N H   0 3 7 5 5   U S A . 	 s h a d a b . k h a n . t h @ d a r t m o u t h . e d u ;   a d i t y a . m a h a r a . t h @ d a r t m o u t h . e d u ;   e l i a s . s . h y a m s @ h i t c h c o c k . o r g ;   a l a n . r . s c h n e d @ h i t c h c o c k . o r g ;   r y a n . h a l t e r @ d a r t m o u t h . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   ( N I H ) ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   [ 1 R 0 1 C A 1 4 3 0 2 0 0 1 A 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   H e a l t h   ( N I H )   a n d   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   u n d e r   G r a n t   1 R 0 1 C A 1 4 3 0 2 0 0 1 A 1   A s t e r i s k   i n d i c a t e s   c o r r e s p o n d i n g   a u t h o r 	 C D C / N C H S   N a t i o n a l   H o s p i t a l   D i s c h a r g e   S u r v e y ,   N U M B   A L L   L I S T   P R O C   D ;   D ' A m i c o   A V ,   1 9 9 8 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 0 ,   P 9 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 0 . 1 1 . 9 6 9 ;   D a n g l e   P P ,   2 0 0 9 ,   I N T   B R A Z   J   U R O L ,   V 3 5 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 1 6 7 7 - 5 5 3 8 2 0 0 9 0 0 0 3 0 0 0 1 1 ;   D e v e c i   S . ,   2 0 1 5 ,   B J U   I N T ;   D i l l e n b u r g   W ,   2 0 0 5 ,   E U R   U R O L ,   V 4 8 ,   P 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 0 5 . 0 6 . 0 1 5 ;   E a s t h a m   J A ,   1 9 9 6 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 5 6 ,   P 1 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 5 3 4 7 ( 0 1 ) 6 5 4 8 8 - 0 ;   E i c h e l b e r g   C ,   2 0 0 6 ,   E U R   U R O L ,   V 4 9 ,   P 1 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r o r o . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 3 5 ;   F r a n z   A M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 3 ,   P 1 7 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 2 1 7 7 7 ;   F r o m o n t   G ,   2 0 0 3 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 0 ,   P 1 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . j u . 0 0 0 0 0 9 2 0 8 1 . 7 1 1 6 7 . 3 4 ;   G a o   L ,   2 0 1 1 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 2 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 2 . 0 0 0 9 1 5 ;   G o h a r d e r a k h s h a n   R Z ,   2 0 0 2 ,   U R O L O G Y ,   V 5 9 ,   P 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 0 - 4 2 9 5 ( 0 2 ) 0 1 5 3 9 - X ;   H a l t e r   R J ,   2 0 0 8 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 9 ,   P 1 5 8 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 4 3 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 3 7 ] ;   H a l t e r   R J ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 4 ,   P 1 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 7 . 8 9 7 3 3 1 ;   H a l t e r   R J ,   2 0 0 9 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 8 2 ,   P 1 6 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 1 3 ;   H a l t e r   R J ,   2 0 0 9 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 8 2 ,   P 1 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 0 7 ;   H u g h e s - H a l l e t t   A ,   2 0 1 4 ,   U R O L O G Y ,   V 8 3 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 4 9 ;   J a y a r a t h n e   U d i t h a   L ,   2 0 1 3 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 6 ,   P 3 6 3 ;   J i a n g   Z ,   2 0 0 8 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 6 ,   P 1 7 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 6 . 0 1 7 5 0 5 ;   K a r a k i e w i c z   P I ,   2 0 0 5 ,   U R O L O G Y ,   V 6 6 ,   P 1 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 0 5 . 0 6 . 1 0 8 ;   K h a n   S ,   2 0 1 3 ,   J   P H Y S   C O N F   S E R ,   V 4 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 7 4 2 - 6 5 9 6 / 4 3 4 / 1 / 0 1 2 0 8 1 ;   K h a n   S ,   2 0 1 5 ,   P R O C   S P I E ,   V 9 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 8 2 9 2 0 ;   K h a n   S ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 8 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 6 7 3 1 5 ;   K r i s h n a n   R ,   2 0 1 4 ,   A N D R O L O G Y - U S ,   V 2 ,   P 9 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / a n d r . 2 8 2 ;   L a v e r y   H J ,   2 0 1 2 ,   U R O L   O N C O L - S E M I N   O R I ,   V 3 0 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o n c . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 2 3 ;   L i n   H T ,   2 0 0 7 ,   M A C H   L E A R N ,   V 6 8 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 7 - 5 0 1 8 - 6 ;   M a h a r a   A ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 1 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 0 7 8 3 3 ;   M C N E A L   J E ,   1 9 8 1 ,   P R O S T A T E ,   V 2 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o s . 2 9 9 0 0 2 0 1 0 5 ;   O c h i a i   A ,   2 0 0 8 ,   U R O L O G Y ,   V 7 1 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 4 2 ;   O o n   S F ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   U R O L ,   V 8 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r u r o l . 2 0 1 1 . 1 1 ;   O r v i e t o   M A ,   2 0 0 6 ,   B J U   I N T ,   V 9 8 ,   P 1 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 4 - 4 1 0 X . 2 0 0 6 . 0 6 5 6 3 . x ;   P a g a d o r   J B ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 6 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 0 - 0 5 0 1 - 0 ;   P l a t t   J ,   1 9 9 9 ,   A D V   L A R G E   M A R G I N   C L A ,   V 1 0 ,   P 6 1 ;   Q U I N L A N   D M ,   1 9 9 1 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 4 5 ,   P 9 9 8 ;   R o e h l   K A ,   2 0 0 4 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 2 ,   P 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . j u . 0 0 0 0 1 3 4 8 8 8 . 2 2 3 3 2 . b b ;   S a l o m o n   G ,   2 0 0 9 ,   E U R   U R O L ,   V 5 5 ,   P 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 2 2 ;   S h a r m a   V ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 5 ,   P 1 5 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 5 . 0 0 1 5 1 2 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 5 4 ;   S t e p h e n s o n   A J ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 5 ,   P 6 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 3 6 ;   T s u b o i   T ,   2 0 0 5 ,   U R O L O G Y ,   V 6 6 ,   P 1 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 0 5 . 0 6 . 0 7 3 ;   v o n   B o d m a n   C ,   2 0 1 3 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 9 0 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 1 1 ;   Y o s s e p o w i t c h   O ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 5 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 3 9 	 4 1 	 0 	 0 	 2 	 2 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 0 2 7 8 - 0 0 6 2 	 1 5 5 8 - 2 5 4 X 	 	 I E E E   T   M E D   I M A G I N G 	 I E E E   T r a n s .   M e d .   I m a g i n g 	 D E C 	 2 0 1 6 	 3 5 	 1 2 	 	 	 	 	 2 5 1 3 	 2 5 2 3 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 7 8 9 3 9 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   I m a g i n g   S c i e n c e   &   P h o t o g r a p h i c   T e c h n o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E H 1 S O 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 5 4 7 7 0 0 0 0 1 	 2 7 3 0 5 6 7 0 	 
 
 J 	 J o c h e m s ,   A ;   D e i s t ,   T M ;   V a n   S o e s t ,   J ;   E b l e ,   M ;   B u l e n s ,   P ;   C o u c k e ,   P ;   D r i e s ,   W ;   L a m b i n ,   P ;   D e k k e r ,   A 	 	 	 	 J o c h e m s ,   A r t h u r ;   D e i s t ,   T i m o   M . ;   V a n   S o e s t ,   J o h a n ;   E b l e ,   M i c h a e l ;   B u l e n s ,   P a u l ;   C o u c k e ,   P h i l i p p e ;   D r i e s ,   W i m ;   L a m b i n ,   P h i l i p p e ;   D e k k e r ,   A n d r e 	 	 	 D i s t r i b u t e d   l e a r n i n g :   D e v e l o p i n g   a   p r e d i c t i v e   m o d e l   b a s e d   o n   d a t a   f r o m   m u l t i p l e   h o s p i t a l s   w i t h o u t   d a t a   l e a v i n g   t h e   h o s p i t a l   -   A   r e a l   l i f e   p r o o f   o f   c o n c e p t 	 R A D I O T H E R A P Y   A N D   O N C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B a y e s i a n   n e t w o r k s ;   D i s t r i b u t e d   l e a r n i n g ;   P r i v a c y   p r e s e r v i n g   d a t a - m i n i n g ;   D y s p n e a ;   M a c h i n e   l e a r n i n g 	 L U N G - C A N C E R   P A T I E N T S ;   B A Y E S I A N   N E T W O R K ;   R A D I O T H E R A P Y   R E S E A R C H ;   E X T E R N A L   V A L I D A T I O N ;   C L I N I C A L - D A T A ;   H E A L T H - C A R E ;   T O X I C I T Y ;   I N F O R M A T I O N ;   D A T A B A S E S ;   O N C O L O G Y 	 P u r p o s e :   O n e   o f   t h e   m a j o r   h u r d l e s   i n   e n a b l i n g   p e r s o n a l i z e d   m e d i c i n e   i s   o b t a i n i n g   s u f f i c i e n t   p a t i e n t   d a t a   t o   f e e d   i n t o   p r e d i c t i v e   m o d e l s .   C o m b i n i n g   d a t a   o r i g i n a t i n g   f r o m   m u l t i p l e   h o s p i t a l s   i s   d i f f i c u l t   b e c a u s e   o f   e t h i c a l ,   l e g a l ,   p o l i t i c a l ,   a n d   a d m i n i s t r a t i v e   b a r r i e r s   a s s o c i a t e d   w i t h  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 D u t c h   a n d   F r e n c h ) ,   4 8   a t   A a c h e n   ( G e r m a n y ,   G e r m a n )   a n d   5 8   a t   E i n d h o v e n   ( N e t h e r l a n d s ,   D u t c h ) ) .   A   B a y e s i a n   n e t w o r k   m o d e l   i s   a d a p t e d   f o r   d i s t r i b u t e d   l e a r n i n g   ( w a t c h   t h e   a n i m a t i o n :   h t t p : / / y o u t u . b e i   n Q p q M I u H y O k ) .   T h e   m o d e l   p r e d i c t s   d y s p n e a ,   w h i c h   i s   a   c o m m o n   s i d e   e f f e c t   a f t e r   r a d i o t h e r a p y   t r e a t m e n t   o f   l u n g   c a n c e r .   R e s u l t s :   W e   s h o w   t h a t   i t   i s   p o s s i b l e   t o   u s e   t h e   d i s t r i b u t e d   l e a r n i n g   a p p r o a c h   t o   t r a i n   a   B a y e s i a n   n e t w o r k   m o d e l   o n   p a t i e n t   d a t a   o r i g i n a t i n g   f r o m   m u l t i p l e   h o s p i t a l s   w i t h o u t   t h e s e   d a t a  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 H o s p ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   H a s s e l t ,   N e t h e r l a n d s ;   [ C o u c k e ,   P h i l i p p e ]   C H U   L i e g e ,   D e p t   P h y s   M e d ,   L i e g e ,   B e l g i u m ;   [ D r i e s ,   W i m ]   C a t h a r i n a   H o s p ,   E i n d h o v e n ,   N e t h e r l a n d s 	 J o c h e m s ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M a a s t r i c h t   U n i v ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   M A A S T R O   C l i n ,   D o c t o r   T a n s l a a n   1 2 ,   N L - 6 2 2 9   E T   M a a s t r i c h t ,   N e t h e r l a n d s . 	 a r t h u r . j o c h e m s @ m a a s t r o . n l 	 	 v a n   S o e s t ,   J o h a n / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 2 5 4 8 - 0 3 3 0 	 I n t e r r e g   g r a n t   e u r o C A T ;   D u t c h   t e c h n o l o g y   F o u n d a t i o n   S T W   [ 1 0 6 9 6 ,   P 1 4 - 1 9 ] ;   T e c h n o l o g y   P r o g r a m m e   o f   t h e   M i n i s t r y   o f   E c o n o m i c   A f f a i r s ;   E U   7 t h   f r a m e w o r k   p r o g r a m   [ 2 5 7 1 4 4 ,   6 0 1 8 2 6 ] ;   S M E   P h a s e   2   ( E U )   [ 6 7 3 7 8 0 ] ;   E u r o p e a n   P r o g r a m   [ H 2 0 2 0 - 2 0 1 5 - 1 7 ,   P H C 3 0 - 6 8 9 7 1 5 ,   7 3 3 0 0 8 ] ;   E U R O S T A R S   ( S e D I ,   C l o u d A t l a s ,   D A R T ) ;   K a n k e r o n d e r z o e k f o n d s   L i m b u r g   f r o m   t h e   H e a l t h   F o u n d a t i o n   L i m b u r g ;   A l p e   d ' H u Z e s - K W F   ( D E S I G N ) ;   D u t c h   C a n c e r   S o c i e t y 	 A u t h o r s   a c k n o w l e d g e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   t h e   I n t e r r e g   g r a n t   e u r o C A T ,   t h e   D u t c h   t e c h n o l o g y   F o u n d a t i o n   S T W   ( g r a n t   n o   1 0 6 9 6   D u C A T   &   n o   P 1 4 - 1 9   R a d i o m i c s   S T R a T e g y ) ,   w h i c h   i s   t h e   a p p l i e d   s c i e n c e   d i v i s i o n   o f   N W O ,   a n d   t h e   T e c h n o l o g y   P r o g r a m m e   o f   t h e   M i n i s t r y   o f   E c o n o m i c   A f f a i r s .   A u t h o r s   a l s o   a c k n o w l e d g e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   t h e   E U   7 t h   f r a m e w o r k   p r o g r a m   ( A R T F O R C E   -   n o   2 5 7 1 4 4 ,   R E Q U I T E   -   n o   6 0 1 8 2 6 ) ,   S M E   P h a s e   2   ( E U   p r o p o s a l   6 7 3 7 8 0   -   R A I L ) ,   t h e   E u r o p e a n   P r o g r a m   H 2 0 2 0 - 2 0 1 5 - 1 7   ( B D 2 D e c i d e   -   P H C 3 0 - 6 8 9 7 1 5   a n d   I m m u n o S A B R   -   n o   7 3 3 0 0 8 ) ,   E U R O S T A R S   ( S e D I ,   C l o u d A t l a s ,   D A R T ) ,   K a n k e r o n d e r z o e k f o n d s   L i m b u r g   f r o m   t h e   H e a l t h   F o u n d a t i o n   L i m b u r g ,   A l p e   d ' H u Z e s - K W F   ( D E S I G N )   a n d   t h e   D u t c h   C a n c e r   S o c i e t y .   W e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   V a r i a n   f o r   p r o v i d i n g   t h e   d i s t r i b u t e d   l e a r n i n g   m a n a g e r   a n d   W o l f g a n g   W i e s s l e r   f o r   h i s   d e d i c a t e d   s u p p o r t . 	 A b e r n e t h y   A P ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 4 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 0 . 2 8 . 5 4 7 8 ;   A l l e m a n g   D ,   2 0 1 1 ,   S E M A N T I C   W E B   F O R   T H E   W O R K I N G   O N T O L O G I S T :   E F F E C T I V E   M O D E L I N G   I N   R D F S   A N D   O W L ,   2 N D   E D I T I O N ,   P 1 ;   B i z e r   C . ,   2 0 0 4 ,   P   3   I N T   S E M   W E B   C   I S ,   V 2 0 0 4 ;   B o y d   S . ,   2 0 1 1 ,   F D N   T R E N D S   M A C H   L E A R ,   V 3 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 5 6 1 / 2 2 0 0 0 0 0 0 1 6 ;   B r o e k s t r a   J . ,   2 0 0 2 ,   I S W C ,   V 2 0 0 2 ,   P 5 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 3 - 5 4 0 - 4 8 0 0 5 - 6 _ ;   C a s t e r s   M . ,   2 0 1 0 ,   P E N T A H O   K E T T L E   S O L U T ;   C h e n   R ,   2 0 0 3 ,   S I A M   P R O C   S ,   P 2 8 4 ;   C o l l i n s   G S ,   2 0 1 5 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 6 2 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / M 1 4 - 0 6 9 7 ;   D e h i n g - O b e r i j e   C ,   2 0 1 0 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 7 ,   P 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 2 8 ;   D e h i n g - O b e r i j e   C ,   2 0 0 9 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 1 ,   P 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 0 2 ;   D E L O N G   E R ,   1 9 8 8 ,   B I O M E T R I C S ,   V 4 4 ,   P 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 5 3 1 5 9 5 ;   D o s h i   P ,   2 0 1 2 ,   P L O S   M E D ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p m e d . 1 0 0 1 2 0 1 ;   D r u z d z e l   M J ,   1 9 9 9 ,   A A A I   I A A I ,   P 9 0 2 ;   E l   E m a m   K ,   2 0 1 1 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 8 ,   P 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 1 - 0 0 0 1 0 0 ;   E t h e r e d g e   L M ,   2 0 0 7 ,   H E A L T H   A F F A I R ,   V 2 6 ,   p W 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 7 / h l t h a f f . 2 6 . 2 . w 1 0 7 ;   G o u   K X ,   2 0 0 7 ,   S O F T W   E N G   A R T   I N T   N E ,   V 3 ,   P 2 5 0 ;   H e a t h   T . ,   2 0 1 1 ,   L I N K E D   D A T A   E V O L V I N G ;   J a i n   S ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 8 ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 4 5 ;   J a y a s u r y a   K ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 3 5 2 7 0 9 ;   K a r r   A F ,   2 0 0 5 ,   J   C O M P U T   G R A P H   S T A T ,   V 1 4 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 1 0 6 1 8 6 0 0 5 X 4 7 7 1 4 ;   K a r r   A F ,   2 0 0 9 ,   J   O F F   S T A T ,   V 2 5 ,   P 1 2 5 ;   K u s c h n e r   K W ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 1 7 7 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 6 ,   A D V   D R U G   D E L I V   R E V ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 5 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 4 ,   P 1 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 5 . 1 0 6 2 1 3 6 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 9 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 0 7 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 2 . 1 9 6 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 0 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 6 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 0 1 ;   L A U R I T Z E N   S L ,   1 9 9 5 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 1 9 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 9 4 7 3 ( 9 3 ) E 0 0 5 6 - A ;   L e D e l l   E ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T A T I O N A L L Y   E F F I ;   M a   J ,   2 0 0 6 ,   P R I V A C Y   P R E S E R V I N G   B ,   P 2 4 6 ;   M e n g   D ,   2 0 0 4 ,   F O U R T H   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   D A T A   M I N I N G ,   P R O C E E D I N G S ,   P 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 0 4 . 1 0 0 7 6 ;   N a   Y C ,   2 0 1 0 ,   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   I N D U S T R I A L   E L E C T R O N I C S   ( I S I E   2 0 1 0 ) ,   P 1 6 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S I E . 2 0 1 0 . 5 6 3 7 5 9 3 ;   N a l b a n t o v   G ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 9 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 3 5 ;   O b e r i j e   C ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 8 ,   p S 5 2 8 ;   O K E N   M M ,   1 9 8 2 ,   A M   J   C L I N   O N C O L - C A N C ,   V 5 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 0 4 2 1 - 1 9 8 2 1 2 0 0 0 - 0 0 0 1 4 ;   Q u i l i t z   B ,   2 0 0 8 ,   Q U E R Y I N G   D I S T R I B U T E D ;   R o b i n   X ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 7 7 ;   R o d r i g u e s   G ,   2 0 0 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 7 1 ,   P 1 2 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 1 5 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n e . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 1 5 ] ;   R o e l o f s   E ,   2 0 1 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 0 ,   P 3 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 1 ;   R u d o l p h   S ,   2 0 1 3 ,   9   I N T   S U M M   S C H   2 0 1 3 ;   R u y s s c h e r   D D ,   2 0 0 9 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 1 ,   P 3 5 3 ;   S a n i l   A . P . ,   2 0 0 4 ,   P   1 0   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 1 4 0 5 2 . 1 0 1 4 1 3 9 ;   S e s e n   M B ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 2 3 4 9 ;   S i o u t o s   N ,   2 0 0 7 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 0 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 1 3 ;   S k r i p c a k   T ,   2 0 1 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 3 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 1 ;   S p i r t e s   P . ,   1 9 9 1 ,   S o c i a l   S c i e n c e   C o m p u t e r   R e v i e w ,   V 9 ,   P 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 8 9 4 4 3 9 3 9 1 0 0 9 0 0 1 0 6 ;   W r i g h t   R . ,   2 0 0 4 ,   P   1 0   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 7 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 1 4 0 5 2 . 1 0 1 4 1 4 5 ;   Y a n g   Z ,   2 0 0 5 ,   2 1   I N T   C   D A T   E N G   W O R ,   P 1 1 9 6 	 4 8 	 0 	 0 	 9 	 9 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 0 1 6 7 - 8 1 4 0 	 	 	 R A D I O T H E R   O N C O L 	 R a d i o t h e r .   O n c o l . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 2 1 	 3 	 	 	 	 	 4 5 9 	 4 6 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 0 2 	 	 9 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E H 6 S W 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 9 0 5 2 0 0 0 1 8 	 2 8 0 2 9 4 0 5 	 
 
 J 	 C h a n ,   A ;   T u s z y n s k i ,   J A 	 	 	 	 C h a n ,   A l a n ;   T u s z y n s k i ,   J a c k   A . 	 	 	 A u t o m a t i c   p r e d i c t i o n   o f   t u m o u r   m a l i g n a n c y   i n   b r e a s t   c a n c e r   w i t h   f r a c t a l   d i m e n s i o n 	 R O Y A L   S O C I E T Y   O P E N   S C I E N C E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c a n c e r   p r e d i c t i o n ;   t u m o u r   m a l i g n a n c y ;   a u t o m a t i c   i m a g e   s l i d e   a n a l y s i s ;   f r a c t a l   d i m e n s i o n 	 C O M P L E X I T Y ;   C A R C I N O M A S ;   P A T H O L O G Y ;   P R O S T A T E ;   G R A D E 	 B r e a s t   c a n c e r   i s   o n e   o f   t h e   m o s t   p r e v a l e n t   t y p e s   o f   c a n c e r   t o d a y   i n   w o m e n .   T h e   m a i n   a v e n u e   o f   d i a g n o s i s   i s   t h r o u g h   m a n u a l   e x a m i n a t i o n   o f   h i s t o p a t h o l o g y   t i s s u e   s l i d e s .   S u c h   a   p r o c e s s   i s   o f t e n   s u b j e c t i v e   a n d   e r r o r - r i d d e n ,   s u f f e r i n g   f r o m   b o t h   i n t e r - a n d   i n t r a o b s e r v e r   v a r i a b i l i t y .   O u r   o b j e c t i v e   i s   t o   d e v e l o p   a n   a u t o m a t i c   a l g o r i t h m   f o r   a n a l y s i n g   h i s t o p a t h o l o g y   s l i d e s   f r e e   o f   h u m a n   s u b j e c t i v i t y .   H e r e ,   w e   c a l c u l a t e   t h e   f r a c t a l   d i m e n s i o n   o f   i m a g e s   o f   n u m e r o u s   b r e a s t   c a n c e r   s l i d e s ,   a t   m a g n i f i c a t i o n s   o f   4 0 x ,   1 0 0 x ,   2 0 0 x   a n d   4 0 0 x .   U s i n g   m a c h i n e   l e a r n i n g ,   s p e c i f i c a l l y ,   t h e   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   m e t h o d ,   t h e   F 1   s c o r e   f o r   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   o f   t h e   4 0 x   s l i d e s   w a s   f o u n d   t o   b e   0 . 9 7 9 .   M u l t i c l a s s   c l a s s i f i c a t i o n   o n   t h e   4 0 x   s l i d e s   y i e l d e d   a n   a c c u r a c y   o f   0 . 5 5 6 .   A   r e d u c t i o n   o f   t h e   s i z e   a n d   s c o p e   o f   t h e   S V M   t r a i n i n g   s e t   g a v e   a n   a v e r a g e   F 1   s c o r e   o f   0 . 9 6 4 .   T a k e n   t o g e t h e r ,   t h e s e   r e s u l t s   s h o w   g r e a t   p r o m i s e   i n   t h e   u s e   o f   f r a c t a l   d i m e n s i o n   t o   p r e d i c t   t u m o u r   m a l i g n a n c y . 	 [ T u s z y n s k i ,   J a c k   A . ]   U n i v   A l b e r t a ,   D e p t   O n c o l ,   1 1 5 6 0   U n i v   A v e ,   E d m o n t o n ,   A B   T 6 G   1 Z 2 ,   C a n a d a ;   [ T u s z y n s k i ,   J a c k   A . ]   U n i v   A l b e r t a ,   D e p t   P h y s ,   C e n t e n n i a l   C t r   I n t e r d i s c i p l i n a r y   S c i ,   E d m o n t o n ,   A B   T 6 G   2 E 1 ,   C a n a d a ;   [ C h a n ,   A l a n ]   U n i v   A l b e r t a ,   D e p t   M a t h   &   S t a t   S c i ,   C e n t   A c a d   B l d g ,   E d m o n t o n ,   A B   T 6 G   2 G 1 ,   C a n a d a 	 T u s z y n s k i ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A l b e r t a ,   D e p t   O n c o l ,   1 1 5 6 0   U n i v   A v e ,   E d m o n t o n ,   A B   T 6 G   1 Z 2 ,   C a n a d a . ;   T u s z y n s k i ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A l b e r t a ,   D e p t   P h y s ,   C e n t e n n i a l   C t r   I n t e r d i s c i p l i n a r y   S c i ,   E d m o n t o n ,   A B   T 6 G   2 E 1 ,   C a n a d a . 	 j a c k . t u s z y n s k i @ g m a i l . c o m 	 	 	 N S E R C   ( C a n a d a ) ;   D e p a r t m e n t   o f   P h y s i c s   a t   t h e   U n i v e r s i t y   o f   A l b e r t a 	 F u n d i n g   f o r   t h i s   r e s e a r c h   w a s   g e n e r o u s l y   p r o v i d e d   b y   N S E R C   ( C a n a d a )   a n d   t h e   D e p a r t m e n t   o f   P h y s i c s   a t   t h e   U n i v e r s i t y   o f   A l b e r t a . 	 A r e v a l o   J ,   2 0 1 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 4 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 4 ;   B y n g   J W ,   1 9 9 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 1 ,   P 9 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 1 / 5 / 0 0 7 ;   C A L D W E L L   C B ,   1 9 9 0 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 3 5 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 3 5 / 2 / 0 0 4 ;   C r o s s   S S ,   1 9 9 7 ,   J   P A T H O L ,   V 1 8 2 ,   P 1 ;   C r o w   F .   C . ,   1 9 8 4 ,   S I G G R A P H   C O M P U T   G R A P ,   V 1 8 ,   P 2 0 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 8 0 0 0 3 1 . 8 0 8 6 0 0 ;   D e   M a e s s c h a l c k   R ,   2 0 0 0 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 5 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 9 - 7 4 3 9 ( 9 9 ) 0 0 0 4 7 - 7 ;   D e m i r   C ,   2 0 0 5 ,   T R 0 5 0 9 1 1 6   D E P   C O M P   S ;   E L S T O N   C W ,   1 9 9 1 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 1 9 ,   P 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 1 9 9 1 . t b 0 0 2 2 9 . x ;   L i   B P ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 6 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 2 . 2 1 8 5 8 0 7 ;   L i u   F S ,   1 9 9 3 ,   Z H O N G H U A   B I N G   L I   X U E ,   V 2 2 ,   P 3 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 1 9 5 7 . 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / B J C . 1 9 5 7 . 4 3 ] ;   M a n d e l b r o t   B .   B . ,   1 9 8 3 ,   F R A C T A L   G E O M E T R Y   N A T ;   N g u y e n   P L ,   2 0 0 4 ,   U R O L   O N C O L - S E M I N   O R I ,   V 2 2 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 7 8 - 1 4 3 9 ( 0 3 ) 0 0 2 3 6 - 9 ;   N g u y e n   T A ,   2 0 0 5 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 3 2 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 5 . 1 6 1 7 1 5 9 ;   R O B B I N S   P ,   1 9 9 5 ,   H U M   P A T H O L ,   V 2 6 ,   P 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 4 6 - 8 1 7 7 ( 9 5 ) 9 0 0 1 0 - 1 ;   S p a n h o l   F A ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 3 ,   P 1 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 5 . 2 4 9 6 2 6 4 ;   S p y r i d o n o s   P ,   2 0 0 1 ,   M E D   I N F O R M   I N T E R N E T ,   V 2 6 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 4 6 3 9 2 3 0 1 1 0 0 6 5 7 5 7 ;   S t r e e t   W i l l i a m   N i c k ,   1 9 9 3 ,   I S   T   S P I E   1 9 9 3   I N T   S ,   V 1 9 0 5 ,   P 8 6 1 ;   T a m b a s c o   M ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M A T H   M E T H O D   M ,   V 2 0 1 3 ;   T a m b a s c o   M ,   2 0 0 8 ,   H U M   P A T H O L ,   V 3 9 ,   P 7 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h u m p a t h . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 0 1 ;   T a m b a s c o   M ,   2 0 1 0 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 9 - 5 8 7 6 - 8 - 1 4 0 ;   V e r k o o i j e n   H M ,   2 0 0 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 3 9 ,   P 2 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 9 - 8 0 4 9 ( 0 3 ) 0 0 5 4 0 - 9 ;   W a l i s z e w s k i   P ,   2 0 1 6 ,   F R O N T   P H Y S I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f p h y s . 2 0 1 6 . 0 0 0 3 4 ;   W a l i s z e w s k i   P ,   2 0 1 5 ,   P R O S T A T E ,   V 7 5 ,   P 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o s . 2 2 9 2 6 	 2 3 	 0 	 0 	 8 	 8 	 R O Y A L   S O C 	 L O N D O N 	 6 - 9   C A R L T O N   H O U S E   T E R R A C E ,   L O N D O N   S W 1 Y   5 A G ,   E N G L A N D 	 2 0 5 4 - 5 7 0 3 	 	 	 R O Y   S O C   O P E N   S C I 	 R .   S o c .   O p e n   S c i . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 3 	 1 2 	 	 	 	 	 	 	 1 6 0 5 5 8 	 1 0 . 1 0 9 8 / r s o s . 1 6 0 5 5 8 	 	 1 0 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E H 4 H H 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 7 3 1 8 0 0 0 1 3 	 2 8 0 8 3 1 0 0 	 
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 J 	 Y a n ,   Z C ;   M e n g ,   Q J ;   Y a n g ,   J J ;   Z h a n g ,   J J ;   Z h a ,   W ;   G u o ,   F ;   S o n g ,   D J ;   Z h a n ,   Y X ;   F a n ,   D D ;   Z h o u ,   R Y ;   Z u o ,   S Q ;   W a n g ,   Z H ;   Y u ,   J K ;   Z h e n g ,   S ;   W a n g ,   J X 	 	 	 	 Y a n ,   Z e c h e n ;   M e n g ,   Q i n g j u n ;   Y a n g ,   J i n j i a n ;   Z h a n g ,   J u n j i e ;   Z h a ,   W e i ;   G u o ,   F e i ;   S o n g ,   D o n g j i a n ;   Z h a n ,   Y u x i a o ;   F a n ,   D a n d a n ;   Z h o u ,   R u i y i ;   Z u o ,   S h u q i a n g ;   W a n g ,   Z e h u a ;   Y u ,   J i e k a i ;   Z h e n g ,   S h u ;   W a n g ,   J i a x i a n g 	 	 	 I d e n t i f i c a t i o n   o f   p r o t e i n s   a s s o c i a t e d   w i t h   p e d i a t r i c   b i l a t e r a l   W i l m s   t u m o r 	 O N C O L O G Y   L E T T E R S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 a p o l i p o p r o t e i n   C - I I I ;   p r o t e o m i c s ;  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 P a r m a c e u t   S c i ,   Z h e n g z h o u   4 5 0 0 5 2 ,   H e n a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Y u ,   J i e k a i ;   Z h e n g ,   S h u ]   Z h e j i a n g   U n i v ,   I n s t   C a n c ,   A f f i l i a t e d   H o s p   2 ,   C o l l   M e d ,   H a n g z h o u   3 1 0 0 0 0 ,   Z h e j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 W a n g ,   J X   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Z h e n g z h o u   U n i v ,   D e p t   S u r g ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   1   J i a n s h e   E a s t   R d ,   Z h e n g z h o u   4 5 0 0 5 2 ,   H e n a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 j i a x i a n g _ w a n g 1 @ 1 6 3 . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 0 7 1 7 8 2 ] ;   M e d i c a l   S c i e n c e   a n d   T e c h n i q u e   F o u n d a t i o n   o f   H e n a n   P r o v i n c e   [ 2 0 1 5 0 3 0 5 5 ] 	 T h e   p r e s e n t   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d  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 E X P E R T   R E V   A N T I C A N C ,   V 9 ,   P 9 6 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 5 8 6 / e r a . 0 9 . 5 0 ,   1 0 . 1 5 8 6 / E R A . 0 9 . 5 0 ] ;   G a u d e t   D ,   2 0 1 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 1 ,   P 2 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 4 0 0 2 8 4 ;   G e a c h   T i m ,   2 0 1 4 ,   N a t   R e v   C a r d i o l ,   V 1 1 ,   P 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c a r d i o . 2 0 1 4 . 9 9 ;   J i   H ,   2 0 1 4 ,   P A K   J   M E D   S C I ,   V 3 0 ,   P 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 6 6 9 / p j m s . 3 0 3 . 4 9 2 9 ;   K a h a r   U M ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 4 ,   P 1 1 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 4 0 6 1 1 3 0 2 ;   K a m a i   T ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 3 ,   P 1 4 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 3 1 1 1 4 5 1 8 ;   O o i   E M M ,   2 0 0 8 ,   C L I N   S C I ,   V 1 1 4 ,   P 6 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / C S 2 0 0 7 0 3 0 8 ;   V e n k a t r a m a n i   R ,   2 0 1 4 ,   P E D I A T R   B L O O D   C A N C E R ,   V 6 1 ,   P 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p b c . 2 4 7 8 5 ;   W a n g   J X ,   2 0 1 2 ,   M O L   B I O L   R E P ,   V 3 9 ,   P 5 0 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 3 3 - 0 1 1 - 1 3 0 5 - 1 ;   W i l d e   J   C H ,   2 0 0 1 ,   P E D I A T   B L O O D   C A N C ,   V 6 1 ,   P 2 1 7 5 ;   Y o u s u f   F A ,   2 0 1 5 ,   P A K   J   P H A R M   S C I ,   V 2 8 ,   P 1 4 3 9 ;   Z h a n g   Q A ,   2 0 1 1 ,   M O L   B I O L   R E P ,   V 3 8 ,   P 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 3 3 - 0 1 0 - 0 1 4 9 - 4 	 1 6 	 0 	 0 	 0 	 0 	 S P A N D I D O S   P U B L   L T D 	 A T H E N S 	 P O B   1 8 1 7 9 ,   A T H E N S ,   1 1 6   1 0 ,   G R E E C E 	 1 7 9 2 - 1 0 7 4 	 1 7 9 2 - 1 0 8 2 	 	 O N C O L   L E T T 	 O n c o l .   L e t t . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 2 	 6 	 B 	 	 	 	 5 0 7 5 	 5 0 7 9 	 	 1 0 . 3 8 9 2 / o l . 2 0 1 6 . 5 3 0 6 	 	 5 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E G 5 H X 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 0 7 6 0 0 0 0 3 0 	 2 8 1 0 1 2 3 6 	 
 
 J 	 G u i d i ,   G ;   M a f f e i ,   N ;   M e d u r i ,   B ;   D ' A n g e l o ,   E ;   M i s t r e t t a ,   G M ;   C e r o n i ,   P ;   C i a r m a t o r i ,   A ;   B e r n a b e i ,   A ;   M a g g i ,   S ;   C a r d i n a l i ,   M ;   M o r a b i t o ,   V E ;   R o s i c a ,   F ;   M a l a r a ,   S ;   S a v i n i ,   A ;   O r l a n d i ,   G ;   D ' U g o ,   C ;   B u n k h e i l a ,   F ;   B o n o ,   M ;   L a p p i ,   S ;   B l a s i ,   C ;   L o h r ,   F ;   C o s t i ,   T 	 	 	 	 G u i d i ,   G . ;   M a f f e i ,   N . ;   M e d u r i ,   B . ;   D ' A n g e l o ,   E . ;   M i s t r e t t a ,   G .   M . ;   C e r o n i ,   P . ;   C i a r m a t o r i ,   A . ;   B e r n a b e i ,   A . ;   M a g g i ,   S . ;   C a r d i n a l i ,   M . ;   M o r a b i t o ,   V .   E . ;   R o s i c a ,   F . ;   M a l a r a ,   S . ;   S a v i n i ,   A . ;   O r l a n d i ,   G . ;   D ' U g o ,   C . ;   B u n k h e i l a ,   F . ;   B o n o ,   M . ;   L a p p i ,   S . ;   B l a s i ,   C . ;   L o h r ,   F . ;   C o s t i ,   T . 	 	 	 A   m a c h i n e   l e a r n i n g   t o o l   f o r   r e - p l a n n i n g   a n d   a d a p t i v e   R T :   A   m u l t i c e n t e r   c o h o r t   i n v e s t i g a t i o n 	 P H Y S I C A   M E D I C A - E U R O P E A N   J O U R N A L   O F   M E D I C A L   P H Y S I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M a c h i n e   l e a r n i n g ;   R e - p l a n n i n g ;   A d a p t i v e   R T ;   D e f o r m a b l e   r e g i s t r a t i o n 	 D E F O R M A B L E   I M A G E   R E G I S T R A T I O N ;   C O N E - B E A M   C T ;   R A D I A T I O N   O N C O L O G Y ;   D O S E   C A L C U L A T I O N ;   N E C K   P A T I E N T S ;   R A D I O T H E R A P Y ;   H E A D ;   T O M O T H E R A P Y ;   A C C U R A C Y ;   P R E D I C T I O N 	 P u r p o s e :   T o   p r e d i c t   p a t i e n t s   w h o   w o u l d   b e n e f i t   f r o m   a d a p t i v e   r a d i o t h e r a p y   ( A R T )   a n d   r e - p l a n n i n g   i n t e r v e n t i o n   b a s e d   o n   m a c h i n e   l e a r n i n g   f r o m   a n a t o m i c a l   a n d   d o s i m e t r i c   v a r i a t i o n s   i n   a   r e t r o s p e c t i v e   d a t a s e t .   M a t e r i a l s   a n d   m e t h o d s :   9 0   p a t i e n t s   ( p t s )   t r e a t e d   f o r   h e a d - n e c k   c a n c e r   ( H & N )   f o r m e d   a   m u l t i c e n t e r   d a t a - s e t .   4 1   H &   N   p t s   ( 4 5 . 6 % )   w e r e   c o n s i d e r e d   f o r   l e a r n i n g ;   4 9   p t s   ( 5 4 . 4 % )   w e r e   u s e d   t o   t e s t   t h e   t o o l .   A   h o m e m a d e   m a c h i n e - l e a r n i n g   c l a s s i f i e r   w a s   d e v e l o p e d   t o   a n a l y z e   v o l u m e   a n d   d o s e   v a r i a t i o n s   o f   p a r o t i d   g l a n d s   ( P G ) .   U s i n g   d e f o r m a b l e   i m a g e   r e g i s t r a t i o n   ( D I R )   a n d   G P U ,   p a t i e n t s '   c o n d i t i o n s   w e r e   a n a l y z e d   a u t o m a t i c a l l y .   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e s   ( S V M )   w a s   u s e d   f o r   t i m e - s e r i e s   e v a l u a t i o n .   " I n a d e q u a t e "   c l a s s   i d e n t i f i e d   p a t i e n t s   t h a t   m i g h t   b e n e f i t   f r o m   r e p l a n n i n g .   D o u b l e - b l i n d   e v a l u a t i o n   b y   t w o   r a d i a t i o n   o n c o l o g i s t s   ( R O s )   w a s   c a r r i e d   o u t   t o   v a l i d a t e   d a y / w e e k   s e l e c t e d   f o r   r e - p l a n n i n g   b y   t h e   c l a s s i f i e r .   R e s u l t s :   T h e   c o h o r t   w a s   a f f e c t e d   b y   P G   m e a n   r e d u c t i o n   o f   2 3 . 7   + / -   8 . 8 % .   D u r i n g   t h e   f i r s t   3   w e e k s ,   8 6 . 7 %   c a s e s   s h o w   P G   d e f o r m a t i o n   a l i g n e d   w i t h   p r e d e f i n e d   t o l e r a n c e ,   t h u s   n o t   r e q u i r i n g   r e - p l a n n i n g .   F r o m   4 t h   w e e k ,   a n   i n c r e a s e d   n u m b e r   o f   p t s   w o u l d   p o t e n t i a l l y   b e n e f i t   f r o m   r e - p l a n n i n g :   a   m e a n   o f   5 8 %   o f   c a s e s ,   w i t h   a n   i n t e r - c e n t e r   v a r i a b i l i t y   o f   8 . 3 % ,   s h o w e d   " i n a d e q u a t e "   c o n d i t i o n s .   1 1 %   o f   c a s e s   s h o w e d   " b i a s "   d u e   t o   D I R   a n d   s c r i p t   f a i l u r e ;   6 %   s h o w e d   " w a r n i n g "   o u t p u t   d u e   t o   p o t e n t i a l   p o s i t i o n i n g   i s s u e s .   C o m p a r i n g   r e - p l a n n i n g   s u g g e s t e d   b y   t o o l   w i t h   r e c o m m e n d e d   b y   R O s ,   t h e   4 t h   w e e k   s e e m s   t h e   m o s t   f a v o r a b l e   t i m e   i n   7 0 %   c a s e s .   C o n c l u s i o n s :   S V M   a n d   d e c i s i o n - m a k i n g   t o o l   w a s   a p p l i e d   t o   o v e r c o m e   A R T   c h a l l e n g e s .   P t s   w o u l d   b e n e f i t   f r o m   A R T   a n d   i d e a l   t i m e   f o r   r e - p l a n n i n g   i n t e r v e n t i o n   w a s   i d e n t i f i e d   i n   t h i s   r e t r o s p e c t i v e   a n a l y s i s .   ( C )   2 0 1 6   A s s o c i a z i o n e   I t a l i a n a   d i   F i s i c a   M e d i c a .   P u b l i s h e d   b y   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ G u i d i ,   G . ;   M a f f e i ,   N . ;   M i s t r e t t a ,   G .   M . ;   C e r o n i ,   P . ;   C i a r m a t o r i ,   A . ;   B e r n a b e i ,   A . ;   C o s t i ,   T . ]   U n i v   M o d e n a ,   A z   O s p e d ,   D e p t   M e d   P h y s ,   I - 4 1 1 0 0   M o d e n a ,   I t a l y ;   [ G u i d i ,   G . ]   U n i v   B o l o g n a ,   A l m a   M a t e r   S t u d i o r u m ,   D e p t   P h y s ,   I - 4 0 1 2 6   B o l o g n a ,   I t a l y ;   [ M e d u r i ,   B . ;   D ' A n g e l o ,   E . ]   U n i v   M o d e n a ,   A z   O s p e d ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   I - 4 1 1 0 0   M o d e n a ,   I t a l y ;   [ M a g g i ,   S . ;   M o r a b i t o ,   V .   E . ]   U n i v   O s p e d   R i u n i t i   A n c o n a ,   A z   O s p e d ,   D e p t   M e d   P h y s ,   A n c o n a ,   I t a l y ;   [ C a r d i n a l i ,   M . ]   U n i v   O s p e d   R i u n i t i   A n c o n a ,   A z   O s p e d ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   A n c o n a ,   I t a l y ;   [ R o s i c a ,   F . ;   S a v i n i ,   A . ;   O r l a n d i ,   G . ]   A U S L 4   T e r a m o ,   D e p t   M e d   P h y s ,   T e r a m o ,   I t a l y ;   [ M a l a r a ,   S . ;   D ' U g o ,   C . ]   A U S L 4   T e r a m o ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   T e r a m o ,   I t a l y ;   [ B u n k h e i l a ,   F . ;   B l a s i ,   C . ]   A z   O s p   O s p e d   R i u n i t i   M a r c h e   N o r d   P e s a r o ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   P e s a r o   P u ,   I t a l y ;   [ B o n o ,   M . ;   L a p p i ,   S . ]   A z   O s p   O s p e d   R i u n i t i   M a r c h e   N o r d   P e s a r o ,   D e p t   M e d   P h y s ,   P e s a r o   P u ,   I t a l y ;   [ C i a r m a t o r i ,   A . ]   A l t n a g e l v i n   H o s p ,   R a d i o t h e r a p y   U n i t ,   A l t n a g e l v i n ,   L o n d o n d e r r y ,   N o r t h   I r e l a n d 	 G u i d i ,   G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M o d e n a   P o l i c l i n ,   A z   O s p e d ,   D e p t   M e d   P h y s ,   V i a   P o z z o   7 1 ,   I - 4 1 1 2 4   M o d e n a ,   I t a l y . 	 g u i d i . g a b r i e l e @ p o l i c l i n i c o . m o . i t 	 	 	 I t a l i a n   M i n i s t r y   o f   H e a l t h :   I t a l i a n   R e s e a r c h   G r a n t   [ M o H   ( G R - 2 0 1 0 - 2 3 1 8 7 5 7 ) ] 	 T h e   r e s e a r c h   i s   p a r t i a l l y   f u n d e d   b y   t h e   I t a l i a n   M i n i s t r y   o f   H e a l t h :   I t a l i a n   R e s e a r c h   G r a n t   N .   M o H   ( G R - 2 0 1 0 - 2 3 1 8 7 5 7 )   " D o s e   w a r p i n g   m e t h o d s   f o r   I G R T   a n d   A d a p t i v e   R T :   d o s e   a c c u m u l a t i o n   b a s e d   o n   o r g a n   m o t i o n   a n d   a n a t o m i c a l   v a r i a t i o n s   o f   t h e   p a t i e n t s   d u r i n g   r a d i a t i o n   t h e r a p y   t r e a t m e n t s " ; 	 B a r a t e a u   A ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D I C A ,   V 3 1 ,   P 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m p . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 7 ;   B r o c k   K K ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   P 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 3 1 ;   B r o u w e r   C L ,   2 0 1 5 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 5 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 8 ;   B u r n e t   N G ,   2 0 1 0 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 2 ,   P 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 3 ;   C a s t e l l i   J ,   2 0 1 4 ,   I R B M ,   V 3 5 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i r b m . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 0 3 ;   F a g g i a n o   E ,   2 0 0 9 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 9 . 5 3 3 4 4 6 4 ;   G u i d i   G ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D I C A ,   V 3 1 ,   P 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m p . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 9 ;   G u l l i f o r d   S L ,   2 0 0 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 7 1 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 3 . 0 3 . 0 0 1 ;   J i a   M X ,   2 0 1 2 ,   J   A P P L   C L I N   M E D   P H Y S ,   V 1 3 ,   P 1 1 7 ;   M a f f e i   N ,   2 0 1 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 3 ,   P 4 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 5 4 0 0 4 ;   M a r z i   S ,   2 0 1 2 ,   C L I N   O N C O L ,   V 5 3 ,   p e 5 4 ;   O e l f k e   U ,   2 0 1 5 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 7 ,   P 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 4 ;   S c a l c o   E ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 9 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 1 9 ;   S c h w a r t z   D L ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 3 ,   P 9 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 1 7 ;   S o t i r a s   A ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 1 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 6 5 6 0 3 ;   S p o e r k   J ,   2 0 1 2 ,   Z   M E D   P H Y S ,   V 2 2 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . z e m e d i . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 0 2 ;   S r i r a m   P ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D I C A ,   V 2 8 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m p . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 6 ;   T h o e l k i n g   J ,   2 0 1 5 ,   Z   M E D   P H Y S ,   V 1 0 6 1 4 ,   P 1 ;   T h o r   M ,   2 0 1 4 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 3 ,   P 1 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 4 . 9 2 8 7 4 2 ;   v a n   K r a n e n   S ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 9 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 7 ;   W e i s t r a n d   O ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 9 4 7 0 2 ;   Y a d a v   P ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L   O N C O L ,   V 4 5 ,   P 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 2 4 7 8 / v 1 0 0 1 9 - 0 1 1 - 0 0 2 4 - 5 ;   Y a d a v   P ,   2 0 1 0 ,   J   A P P L   C L I N   M E D   P H Y S ,   V 1 1 ,   P 4 ;   Z i e g e n h e i n   P ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 6 0 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 1 5 / 6 0 9 7 	 2 4 	 1 	 1 	 1 2 	 1 2 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 1 2 0 - 1 7 9 7 	 1 7 2 4 - 1 9 1 X 	 	 P H Y S   M E D I C A 	 P h y s .   M e d i c a 	 D E C 	 2 0 1 6 	 3 2 	 1 2 	 	 	 	 	 1 6 5 9 	 1 6 6 6 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m p . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 0 5 	 	 8 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E F 8 R R 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 5 9 7 5 0 0 0 2 4 	 2 7 7 6 5 4 5 7 	 
 
 J 	 K a n g ,   J W ;   S i n g h ,   S P ;   N g u y e n ,   F T ;   L u e ,   N ;   S u n g ,   Y ;   S o ,   P T C ;   D a s a r i ,   R R 	 	 	 	 K a n g ,   J e o n   W o o n g ;   S i n g h ,   S u r y a   P . ;   N g u y e n ,   F r e d d y   T . ;   L u e ,   N i y o m ;   S u n g ,   Y o n g j i n ;   S o ,   P e t e r   T .   C . ;   D a s a r i ,   R a m a c h a n d r a   R . 	 	 	 I n v e s t i g a t i n g   E f f e c t s   o f   P r o t e a s o m e   I n h i b i t o r   o n   M u l t i p l e   M y e l o m a   C e l l s   U s i n g   C o n f o c a l   R a m a n   M i c r o s c o p y 	 S E N S O R S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R a m a n   s p e c t r o s c o p y ;   R a m a n   m i c r o s c o p y ;   t h e r a p e u t i c   r e s p o n s e   m o n i t o r i n g ;   c e l l   i m a g i n g 	 S P E C T R O S C O P Y ;   C A N C E R ;   M I C R O S P E C T R O S C O P Y ;   B O R T E Z O M I B ;   A P O P T O S I S ;   D I A G N O S I S ;   P A T H W A Y ;   T I S S U E 	 D u e   t o   i t s   l a b e l - f r e e   a n d   n o n - d e s t r u c t i v e   n a t u r e ,   a p p l i c a t i o n s   o f   R a m a n   s p e c t r o s c o p i c   i m a g i n g   i n   m o n i t o r i n g   t h e r a p e u t i c   r e s p o n s e s   a t   t h e   c e l l u l a r   l e v e l   a r e   g r o w i n g .   W e   h a v e   r e c e n t l y   d e v e l o p e d   a   h i g h - s p e e d   c o n f o c a l   R a m a n   m i c r o s c o p y   s y s t e m   t o   i m a g e   l i v i n g   b i o l o g i c a l   s p e c i m e n s   w i t h   h i g h   s p a t i a l   r e s o l u t i o n   a n d   s e n s i t i v i t y .   I n   t h e   p r e s e n t   s t u d y ,   w e   h a v e   a p p l i e d   t h i s   s y s t e m   t o   m o n i t o r   t h e   e f f e c t s   o f   B o r t e z o m i b ,   a   p r o t e a s o m e   i n h i b i t o r   d r u g ,   o n   m u l t i p l e   m y e l o m a   c e l l s .   C l u s t e r   i m a g i n g   f o l l o w e d   b y   s p e c t r a l   p r o f i l i n g   s u g g e s t   m a j o r   d i f f e r e n c e s   i n   t h e   n u c l e a r   a n d   c y t o p l a s m i c   c o n t e n t s   o f   c e l l s   d u e   t o   d r u g   t r e a t m e n t   t h a t   c a n   b e   m o n i t o r e d   w i t h   R a m a n   s p e c t r o s c o p y .   S p e c t r a   w e r e   a l s o   a c q u i r e d   f r o m   g r o u p   o f   c e l l s   a n d   f e a s i b i l i t y   o f   d i s c r i m i n a t i o n   a m o n g   t r e a t e d   a n d   u n t r e a t e d   c e l l s   u s i n g   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   w a s   a c c e s s e d .   F i n d i n g s   s u p p o r t   t h e   f e a s i b i l i t y   o f   R a m a n   t e c h n o l o g i e s   a s   a n   a l t e r n a t e ,   n o v e l   m e t h o d   f o r   m o n i t o r i n g   l i v e   c e l l   d y n a m i c s   w i t h   m i n i m a l   e x t e r n a l   p e r t u r b a t i o n . 	 [ K a n g ,   J e o n   W o o n g ;   S i n g h ,   S u r y a   P . ;   N g u y e n ,   F r e d d y   T . ;   L u e ,   N i y o m ;   S u n g ,   Y o n g j i n ;   S o ,   P e t e r   T .   C . ;   D a s a r i ,   R a m a c h a n d r a   R . ]   M I T ,   L a s e r   B i o m e d   R e s   C t r ,   G R   H a r r i s o n   S p e c t   L a b ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A ;   [ N g u y e n ,   F r e d d y   T . ]   M I T ,   D e p t   C h e m   E n g n ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A ;   [ S o ,   P e t e r   T .   C . ]   M I T ,   D e p t   M e c h   E n g n ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A ;   [ S o ,   P e t e r   T .   C . ]   M I T ,   D e p t   B i o l   E n g n ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A 	 K a n g ,   J W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M I T ,   L a s e r   B i o m e d   R e s   C t r ,   G R   H a r r i s o n   S p e c t   L a b ,   C a m b r i d g e ,   M A   0 2 1 3 9   U S A . 	 j w k a n g 7 6 @ m i t . e d u ;   s p s i n g h @ m i t . e d u ;   f r e d d y t n @ m i t . e d u ;   n i y o m @ m i t . e d u ;   y s u n g 4 @ u w m . e d u ;   p t s o @ m i t . e d u ;   r r d a s a r i @ m i t . e d u 	 	 	 N I H   [ P 4 1 - E B 0 1 5 8 7 1 - 3 0 ] ;   S a m s u n g   A d v a n c e d   I n s t i t u t e   o f   T e c h n o l o g y   ( S e o u l ,   S o u t h   K o r e a ) ;   S i n g a p o r e - M I T   A l l i a n c e   2   ( C a m b r i d g e ,   M A ,   U S A ) ;   B i o s y m   I R G   o f   S i n g a p o r e - M I T   A l l i a n c e   R e s e a r c h   a n d   T e c h n o l o g y   C e n t e r   ( C a m b r i d g e ,   M A ,   U S A ) ;   H a m a m a t s u   C o r p o r a t i o n   ( H a m a m a t s u   C i t y ,   J a p a n ) ;     [ U 0 1 - N S 0 9 0 4 3 8 - 0 3 ] ;     [ R 2 1 - N S 0 9 1 9 8 2 - 0 1 ] ;     [ R 0 1 - H L 1 2 1 3 8 6 - 0 3 ] 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   N I H   P 4 1 - E B 0 1 5 8 7 1 - 3 0   a n d   S a m s u n g   A d v a n c e d   I n s t i t u t e   o f   T e c h n o l o g y   ( S e o u l ,   S o u t h   K o r e a ) .   P T C S   f u r t h e r   a c k n o w l e d g e   s u p p o r t   f r o m   U 0 1 - N S 0 9 0 4 3 8 - 0 3 ,   R 2 1 - N S 0 9 1 9 8 2 - 0 1 ,   R 0 1 - H L 1 2 1 3 8 6 - 0 3 ,   t h e   S i n g a p o r e - M I T   A l l i a n c e   2   ( C a m b r i d g e ,   M A ,   U S A ) ,   t h e   B i o s y m   I R G   o f   S i n g a p o r e - M I T   A l l i a n c e   R e s e a r c h   a n d   T e c h n o l o g y   C e n t e r   ( C a m b r i d g e ,   M A ,   U S A ) ,   a n d   H a m a m a t s u   C o r p o r a t i o n   ( H a m a m a t s u   C i t y ,   J a p a n ) . 	 A u s t i n   L A ,   2 0 1 6 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 1 ,   P 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 a n 0 1 7 8 6 f ;   B a r m a n   I ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 2 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 2 0 3 2 6 6 a ;   B i a n c h i   G ,   2 0 0 9 ,   B L O O D ,   V 1 1 3 ,   P 3 0 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 8 - 0 8 - 1 7 2 7 3 4 ;   B o n v i n i   P ,   2 0 0 7 ,   L E U K E M I A ,   V 2 1 ,   P 8 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . l e u . 2 4 0 4 5 2 8 ;   C a n d e l o r o   P ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 7 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 0 1 6 6 5 j ;   C h a r r a s   G T ,   2 0 0 8 ,   J   M I C R O S C - O X F O R D ,   V 2 3 1 ,   P 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 8 1 8 . 2 0 0 8 . 0 2 0 5 9 . x ;   C I E C H A N O V E R   A ,   1 9 9 4 ,   C E L L ,   V 7 9 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 9 4 ) 9 0 3 9 6 - 4 ;   C i e c h a n o v e r   A ,   1 9 9 8 ,   E M B O   J ,   V 1 7 ,   P 7 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / e m b o j / 1 7 . 2 4 . 7 1 5 1 ;   C o r d e l l a   C B Y ,   2 0 1 4 ,   T R A C - T R E N D   A N A L   C H E M ,   V 5 4 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a c . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 9 ;   D i n g a r i   N C ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 2 4 0 6 ;   H a k a   A S ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 2 ,   P 5 3 7 5 ;   H i d e s h i m a   T ,   2 0 0 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 1 ,   P 3 0 7 1 ;   K a n g   J W ,   2 0 1 5 ,   N A N O   L E T T ,   V 1 5 ,   P 1 7 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n l 5 0 4 4 4 4 w ;   K a n g   J W ,   2 0 1 2 ,   N A N O   L E T T ,   V 1 2 ,   P 6 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / n l 3 0 2 9 9 1 y ;   K a n g   J W ,   2 0 1 1 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 2 ,   P 2 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 2 . 0 0 2 4 8 4 ;   K a n n   B ,   2 0 1 5 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 8 9 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d r . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 6 ;   K a r i n   M ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 2 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 7 8 0 ;   K o l j e n o v i c   S ,   2 0 0 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 7 ,   P 7 9 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 5 1 2 5 9 9 ;   K o l j e n o v i c   S ,   2 0 0 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 9 ,   P 1 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 8 0 5 5 5 5 ;   K r a f f t   C ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 6 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 4 - 8 3 1 1 - 9 ;   M I T U S   W J ,   1 9 5 8 ,   B L O O D ,   V 1 3 ,   P 7 4 8 ;   M o v a s a g h i   Z ,   2 0 0 7 ,   A P P L   S P E C T R O S C   R E V ,   V 4 2 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 5 7 0 4 9 2 0 7 0 1 5 5 1 5 3 0 ;   P u l l y   V V ,   2 0 1 1 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 2 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 2 6 8 3 ;   P U P P E L S   G J ,   1 9 9 0 ,   N A T U R E ,   V 3 4 7 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 4 7 3 0 1 a 0 ;   R a j k u m a r   S V ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 3 0 ;   R a m a n   C V ,   1 9 2 8 ,   N A T U R E ,   V 1 2 2 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 1 2 2 0 1 2 b 0 ;   R i c h a r d s o n   P G ,   2 0 0 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 2 ,   P 2 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 3 4 4 5 ;   S c a r c e l l i   G ,   2 0 0 8 ,   N A T   P H O T O N I C S ,   V 2 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p h o t o n . 2 0 0 7 . 2 5 0 ;   S c h i e   I W ,   2 0 1 3 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 7 ,   P 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 1 2 - 0 6 9 7 1 ;   S h a f e r - P e l t i e r   K E ,   2 0 0 2 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 3 ,   P 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 8 7 7 ;   U z u n b a j a k a v a   N ,   2 0 0 3 ,   B I O P H Y S   J ,   V 8 4 ,   P 3 9 6 8 	 3 1 	 0 	 0 	 1 	 1 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 1 4 2 4 - 8 2 2 0 	 	 	 S E N S O R S - B A S E L 	 S e n s o r s 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 6 	 1 2 	 	 	 	 	 	 	 2 1 3 3 	 1 0 . 3 3 9 0 / s 1 6 1 2 2 1 3 3 	 	 1 1 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   E l e c t r o c h e m i s t r y ;   I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n 	 C h e m i s t r y ;   E l e c t r o c h e m i s t r y ;   I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n 	 E G 8 J M 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 3 0 3 0 0 0 1 5 2 	 	 
 
 J 	 S h e h a ,   M A ;   M a b r o u k ,   M S ;   E l h e f n a w i ,   M 	 	 	 	 S h e h a ,   M a r i a m   A . ;   M a b r o u k ,   M a i   S . ;   E l h e f n a w i ,   M a h m o u d 	 	 	 D E T E C T I N G   A N D   A N A L Y Z I N G   C O P Y   N U M B E R   A L T E R N A T I O N S   I N   A R R A Y - B A S E D   C G H   D A T A 	 B I O M E D I C A L   E N G I N E E R I N G - A P P L I C A T I O N S   B A S I S   C O M M U N I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 A r r a y - b a s e d   c o m p a r a t i v e   g e n o m i c   h y b r i d i z a t i o n   ( a - C G H ) ;   H i d d e n   o f   M a r k o v   m o d e l   ( H M M ) ;   C i r c u l a r   b i n a r y   s e g m e n t a t i o n   ( C B S ) ;   G a u s s i a n   m i x t u r e   ( G M ) ;   p a n c r e a t i c   a d e n o c a r c i n o m a ;   C o r i e l l   c e l l   l i n e   b a c t e r i a l 	 C O M P A R A T I V E   G E N O M I C   H Y B R I D I Z A T I O N ;  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 T e c h n o l ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   G i z a ,   E g y p t ;   [ E l h e f n a w i ,   M a h m o u d ]   N a t l   R e s   C t r ,   C t r   E x c e l l e n c e   A d v   S c i ,   D e p t   I n f o r m a t   &   S y s t ,   B i o m e d   I n f o r m a t   &   C h e m o i n f o r m a t   R e s   G r p ,   G i z a ,   E g y p t 	 M a b r o u k ,   M S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M i s r   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   G i z a ,   E g y p t . 	 M a r i a m _ s h e h a @ h o t m a i l . c o m ;   m s m _ e n g @ y a h o o . c o m ;   m a h e f 1 1 1 @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 A g u i r r e   A J ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 9 0 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 2 9 3 2 1 0 1 ;   A u t i o   R ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 1 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t g 2 3 0 ;   C h i n g   Y P ,   2 0 0 3 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 8 ,   P 1 0 8 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 2 0 8 3 1 0 2 0 0 ;   F o r o z a n   F ,   1 9 9 7 ,   T R E N D S   G E N E T ,   V 1 3 ,   P 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 8 - 9 5 2 5 ( 9 7 ) 0 1 2 4 4 - 4 ;   G i s s e l s s o n   D ,   2 0 0 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 7 ,   P 5 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 0 0 1 3 4 9 7 ;   G u h a   S ,   2 0 0 8 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 3 ,   P 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 7 0 0 0 0 0 0 9 2 3 ;   H a s h e m   E M ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 4 ,   P 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 4 . 1 2 9 6 ;   J O H A N S S O N   B ,   1 9 9 2 ,   C A N C E R ,   V 6 9 ,   P 1 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 2 0 4 0 1 ) 6 9 : 7 < 1 6 7 4 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 6 9 0 7 0 6 > 3 . 0 . C O ; 2 - L ;   J o n g   K ,   2 0 0 3 ,   A P P L   E V O L U T I O N A R Y   C O ,   V 2 6 1 1 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 3 - 5 4 0 - 3 6 6 0 5 - 9 _ 6 ;   L a i   W R ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 3 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 6 1 1 ;   M a b r o u k   M .   S . ,   2 0 1 2 ,   A M   J   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 ;   M a b r o u k   M S ,   2 0 1 2 ,   J   B I O I N F O R M A T I C S   I N T ,   V 1 ,   P 1 4 8 ;   M a h l a m a k i   E H ,   2 0 0 2 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 3 5 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 1 0 1 2 2 ;   M y e r s   C L ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 3 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 4 4 0 ;   O l s h e n   A B ,   2 0 0 4 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 5 ,   P 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x h 0 0 8 ;   P i c a r d   F ,   2 0 0 4 ,   R R 5 1 3 9   I N R I A ;   P i n k e l   D ,   1 9 9 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 0 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 2 5 2 4 ;   S h a h   S P ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   p E 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 2 3 8 ;   S n i j d e r s   A M ,   2 0 0 1 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 9 ,   P 4 3 7 0 ;   S t j e r n q v i s t   S ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 1 0 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 0 5 9 ;   W a n g   Y D ,   2 0 0 4 ,   F R O N T   B I O S C I ,   V 9 ,   P 5 4 0 ,   D O I   1 0 . 2 7 4 1 / 1 1 8 6 ;   Y O S H I U R A   K ,   1 9 9 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 2 ,   P 7 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 2 . 1 6 . 7 4 1 6 	 2 2 	 0 	 0 	 0 	 0 	 W O R L D   S C I E N T I F I C   P U B L   C O   P T E   L T D 	 S I N G A P O R E 	 5   T O H   T U C K   L I N K ,   S I N G A P O R E   5 9 6 2 2 4 ,   S I N G A P O R E 	 1 0 1 6 - 2 3 7 2 	 1 7 9 3 - 7 1 3 2 	 	 B I O M E D   E N G - A P P   B A S   C 	 B i o m e d .   E n g . - A p p l .   B a s i s   C o m m u n . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 8 	 6 	 	 	 	 	 	 	 1 6 5 0 0 4 4 	 1 0 . 4 0 1 5 / S 1 0 1 6 2 3 7 2 1 6 5 0 0 4 4 7 	 	 1 5 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l 	 E n g i n e e r i n g 	 E G 2 P T 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 8 8 6 8 0 0 0 0 6 	 	 
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 1 0 . 1 0 1 6 / j . s i g p r o . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 1 0 ;   A r e v a l o   J ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 2 7 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 1 4 ;   M i r a n d a   G H B ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 4 ,   P 3 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 0 6 ;   B a y   H ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 9 5 1 ,   P 4 0 4 ;   B e l l o t t i   R ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 3 0 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 2 1 4 1 7 7 ;   C a r n e y   P A ,   2 0 0 3 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 3 8 ,   P 1 6 8 ;   C h e n g   A . ,   2 0 1 6 ,   P   S P I E ;   C h u   J H ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 3 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 1 6 1 2 ;   D o m i n g u e z   A R ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 6 ;   E l t o u k h y   M M ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 2 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 6 ;   E r t o s u n   M G ,   2 0 1 5 ,   I E E E   I N T   C   B I O I N F O R M ,   P 1 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B I B M . 2 0 1 5 . 7 3 5 9 8 6 8 ;   G a n e s a n   K a r t h i k e y a n ,   2 0 1 3 ,   I E E E   R e v   B i o m e d   E n g ,   V 6 ,   P 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 1 2 . 2 2 3 2 2 8 9 ;   G r e e n s p a n   H ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 5 3 4 0 1 ;   G u o   Z H ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 7 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 1 7 ;   H e a t h   M ,   1 9 9 8 ,   C O M P   I M A G   V I S ,   V 1 3 ,   P 4 5 7 ;   H e a t h   M ,   2 0 0 0 ,   P   5   I N T   W O R K S H   D I G   M ;   H u a n g   Y J ,   2 0 1 3 ,   S E N S O R S - B A S E L ,   V 1 3 ,   P 4 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / s 1 3 0 4 0 4 8 5 5 ;   J i a n   W S ,   2 0 1 2 ,   B I O M E D   E N G   O N L I N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 9 2 5 X - 1 1 - 9 6 ;   J i a o   Z C ,   2 0 1 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 9 7 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 6 0 ;   K a l a g e r   M ,   2 0 1 0 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 3 ,   P 1 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 0 0 0 7 2 7 ;   K e l e s   A ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 5 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 6 1 ;   L a v a n y a   R . ,   2 0 1 4 ,   J o u r n a l   o f   T h e o r e t i c a l   a n d   A p p l i e d   I n f o r m a t i o n   T e c h n o l o g y ,   V 5 9 ,   P 1 3 9 ;   L e e   H ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 5 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 5 ;   M e t z   C E ,   1 9 9 8 ,   S T A T   M E D ,   V 1 7 ,   P 1 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 8 0 5 1 5 ) 1 7 : 9 < 1 0 3 3 : : A I D - S I M 7 8 4 > 3 . 3 . C O ; 2 - Q ;   M i n a   L . M . ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   S C I ,   V 1 5 ,   P 1 1 0 ;   M o u r a   D C ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 8 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 3 - 0 8 3 8 - 2 ;   P o s s o   M ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 5 9 8 0 6 ;   Q i u   Y . ,   2 0 1 6 ,   P   S P I E ,   V 9 7 8 5 ;   R a m o s   R P ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 9 ,   P 1 1 0 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 2 0 ;   R o u h i   R ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 9 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 2 0 ;   S a m p a t   M P ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 2 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 8 9 0 0 8 0 ;   S a m u l s k i   M ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 1 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 1 . 2 1 0 5 8 8 6 ;   S c h m i d h u b e r   J ,   2 0 1 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 6 1 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 3 ;   d e   O l i v e i r a   F S S ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 5 7 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 1 6 ;   S h i n   S .   -   Y . ,   2 0 1 4 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ,   V 1 1 5 ,   P 1 5 1 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 6 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 3 3 2 ;   S i n g h   S P ,   2 0 1 6 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 6 - 0 4 5 4 - 0 ;   S m i t h   R A ,   2 0 0 9 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 5 9 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 0 0 8 ;   S U C K L I N G   J ,   1 9 9 4 ,   I N T   C O N G R   S E R ,   V 1 0 6 9 ,   P 3 7 5 ;   V a d i v e l   A ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 3 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 4 ;   V a l l e z   N . ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T E R   M E T H O D S   P R O ,   V 1 1 3 ,   P 5 6 9 ;   V e r m a   B ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 7 ,   P 3 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 6 ;   W a n g   H T ,   2 0 1 3 ,   C L I N   I M A G ,   V 3 7 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n i m a g . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 1 8 ;   Z h a n g   E H ,   2 0 1 4 ,   B I O - M E D   M A T E R   E N G ,   V 2 4 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / B M E - 1 3 0 7 8 3 ;   Z h a n g   X ,   2 0 1 3 ,   J   N A N O M A T E R ,   V 2 0 1 3 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 8 0 3 1 5 0 ;   Z y o u t   I ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 4 6 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 5 	 4 6 	 0 	 0 	 4 	 4 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 0 7 3 - 4 3 1 X 	 	 	 C O M P U T E R S 	 C o m p u t e r s 	 D E C 	 2 0 1 6 	 5 	 4 	 	 	 	 	 	 	 2 8 	 1 0 . 3 3 9 0 / c o m p u t e r s 5 0 4 0 0 2 8 	 	 1 5 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E G 2 L M 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 8 7 5 1 0 0 0 0 9 	 	 
 
 J 	 M a s s e y ,   P M ;   L e a d e r ,   A ;   Y o m - T o v ,   E ;   B u d e n z ,   A ;   F i s h e r ,   K ;   K l a s s e n ,   A C 	 	 	 	 M a s s e y ,   P h i l i p   M . ;   L e a d e r ,   A m y ;   Y o m - T o v ,   E l a d ;   B u d e n z ,   A l e x a n d r a ;   F i s h e r ,   K a r a ;   K l a s s e n ,   A n n   C . 	 	 	 A p p l y i n g   M u l t i p l e   D a t a   C o l l e c t i o n   T o o l s   t o   Q u a n t i f y   H u m a n   P a p i l l o m a v i r u s   V a c c i n e   C o m m u n i c a t i o n   o n   T w i t t e r 	 J O U R N A L   O F   M E D I C A L   I N T E R N E T   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H P V   v a c c i n e ;   T w i t t e r ;   c o m m u n i c a t i o n   m e t h o d s ;   c o n t e n t   a n a l y s i s ;   d a t a   m i n i n g 	 H P V   V A C C I N E ;   I M M U N I Z A T I O N   P R A C T I C E S ;   A D V I S O R Y - C O M M I T T E E ;   U N I T E D - S T A T E S ;   R E C O M M E N D A T I O N S ;   D I S C U S S I O N S ;   A W A R E N E S S ;   B E H A V I O R ;   C O V E R A G E ;   M E D I A 	 B a c k g r o u n d :   H u m a n   p a p i l l o m a v i r u s   ( H P V )   i s   t h e   m o s t   c o m m o n   s e x u a l l y   t r a n s m i t t e d   i n f e c t i o n   i n   t h e   U n i t e d   S t a t e s .   T h e r e   a r e   s e v e r a l   v a c c i n e s   t h a t   p r o t e c t   a g a i n s t   s t r a i n s   o f   H P V   m o s t   a s s o c i a t e d   w i t h   c e r v i c a l   a n d   o t h e r   c a n c e r s .   T h u s ,   H P V   v a c c i n a t i o n   h a s   b e c o m e   a n   i m p o r t a n t   c o m p o n e n t   o f   a d o l e s c e n t   p r e v e n t i v e   h e a l t h   c a r e .   A s   m e d i a   e v o l v e s ,   m o r e   i n f o r m a t i o n   a b o u t   H P V   v a c c i n a t i o n   i s   s h i f t i n g   t o   s o c i a l   m e d i a   p l a t f o r m s   s u c h   a s   T w i t t e r .  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 u s e d   t h e   T w i t t e r   S e a r c h   A P I   a n d   r e t r o s p e c t i v e   d a t a   c o l l e c t i o n   u s e d   T w i t t e r   F i r e h o s e .   U s i n g   a   c o d e b o o k   t o   c h a r a c t e r i z e   t w e e t   s e n t i m e n t   a n d   c o n t e n t ,   w e   c o d e d   a   s u b s a m p l e   o f   t w e e t s   b y   h a n d   t o   d e v e l o p   c l a s s i f i c a t i o n   m o d e l s   t o   c o d e   t h e   e n t i r e   s a m p l e   u s i n g   m a c h i n e   l e a r n i n g   p r o c e d u r e s .   W e   a l s o   d o c u m e n t e d   t h e   w o r d s   i n   t h e   1 4 0 - c h a r a c t e r   t w e e t   t e x t   m o s t   a s s o c i a t e d   w i t h   e a c h   k e y w o r d .   W e   u s e d   c h i - s q u a r e   t e s t s ,   a n a l y s i s   o f   v a r i a n c e ,   a n d   n o n p a r a m e t r i c   e q u a l i t y   o f   m e d i a n s   t o   t e s t   f o r   s i g n i f i c a n t   d i f f e r e n c e s  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 P o s i t i v e   a n d   n e u t r a l   t w e e t s   c o n s t i t u t e d   t h e   l a r g e s t   p e r c e n t a g e   o f   t w e e t s   m e n t i o n i n g   p r e v e n t i o n   o r   p r o t e c t i o n   ( 2 0 , 4 2 5 / 7 5 , 3 9 3 ,   2 7 . 0 9 %   a n d   6 4 7 7 / 2 5 , 1 1 0 ,   2 5 . 7 9 % ,   r e s p e c t i v e l y ) ,   c o m p a r e d   w i t h   o n l y   1 1 . 5 %   o f   n e g a t i v e   t w e e t s   ( 5 6 4 7 / 4 8 , 9 4 0 ;   P < . 0 0 1 ) .   N e a r l y   o n e - h a l f   ( 2 2 , 7 2 6 / 4 8 , 9 4 0 ,   4 6 . 4 4 % )   o f   n e g a t i v e   t w e e t s   m e n t i o n e d   s i d e   e f f e c t s ,   c o m p a r e d   w i t h   o n l y   1 7 . 1 4 %   ( 1 2 , 9 2 1 / 7 5 , 3 9 3 )   o f   p o s i t i v e   t w e e t s   a n d   1 5 . 0 8 %   o f   n e u t r a l   t w e e t s   ( 3 7 8 7 / 2 5 , 1 1 0 ;   P < . 0 0 1 ) .   C o n c l u s i o n s :   E x a m i n i n g   s o c i a l   m e d i a   t o   d e t e c t   h e a l t h   t r e n d s ,   a s   w e l l   a s   t o   c o m m u n i c a t e   i m p o r t a n t   h e a l t h   i n f o r m a t i o n ,   i s   a   g r o w i n g   a r e a   o f   r e s e a r c h   i n   p u b l i c   h e a l t h .   U n d e r s t a n d i n g   t h e   c o n t e n t   a n d   i m p l i c a t i o n s   o f   c o n v e r s a t i o n s   t h a t   f o r m   a r o u n d   H P V   v a c c i n a t i o n   o n   s o c i a l   m e d i a   c a n   a i d   h e a l t h   o r g a n i z a t i o n s   a n d   h e a l t h - f o c u s e d   T w i t t e r   u s e r s   i n   c r e a t i n g   a   m e a n i n g f u l   e x c h a n g e   o f   i d e a s   a n d   i n   h a v i n g   a   s i g n i f i c a n t   i m p a c t   o n   v a c c i n e   u p t a k e .   T h i s   a r e a   o f   r e s e a r c h   i s   i n h e r e n t l y   i n t e r d i s c i p l i n a r y ,   a n d   t h i s   s t u d y   s u p p o r t s   t h i s   m o v e m e n t   b y   a p p l y i n g   p u b l i c   h e a l t h ,   h e a l t h   c o m m u n i c a t i o n ,   a n d   d a t a   s c i e n c e   a p p r o a c h e s   t o   e x t e n d   m e t h o d o l o g i e s   a c r o s s   f i e l d s . 	 [ M a s s e y ,   P h i l i p   M . ;   B u d e n z ,   A l e x a n d r a ;   K l a s s e n ,   A n n   C . ]   D r e x e l   U n i v ,   D o r n s i f e   S c h   P u b l   H l t h ,   D e p t   C o m m u n i t y   H l t h   &   P r e v e n t ,   N e s b i t t   H a l l , 3 2 1 5   M a r k e t   S t ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A ;   [ L e a d e r ,   A m y ]   T h o m a s   J e f f e r s o n   U n i v ,   D e p t   M e d   O n c o l ,   D i v   P o p u l a t   S c i ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 7   U S A ;   [ Y o m - T o v ,   E l a d ]   M i c r o s o f t   R e s   I s r a e l ,   H e r z l i y y a ,   I s r a e l ;   [ F i s h e r ,   K a r a ]   D r e x e l   U n i v ,   D e p t   B i o s t a t   &   E p i d e m i o l ,   D o r n s i f e   S c h   P u b l   H l t h ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A 	 M a s s e y ,   P M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D r e x e l   U n i v ,   D o r n s i f e   S c h   P u b l   H l t h ,   D e p t   C o m m u n i t y   H l t h   &   P r e v e n t ,   N e s b i t t   H a l l , 3 2 1 5   M a r k e t   S t ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A . 	 p m m 8 5 @ d r e x e l . e d u 	 	 Y o m - T o v ,   E l a d / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 2 3 8 0 - 4 5 8 4 ;   M a s s e y ,   P h i l i p / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 0 5 7 7 - 8 6 1 8 	 A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y   [ I R G   1 4 - 2 5 1 - 0 7 - I R G ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   G r a n t   # I R G   1 4 - 2 5 1 - 0 7 - I R G   f r o m   t h e   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y . 	 B a k s h y   E . ,   2 0 1 1 ,   P   4   A C M   I N T   C   W E B   S E ,   P 6 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 3 5 8 2 6 . 1 9 3 5 8 4 5 ;   B a s t o s   M T ,   2 0 1 3 ,   M E D I A   C U L T   S O C ,   V 3 5 ,   P 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 1 6 3 4 4 3 7 1 2 4 6 7 5 9 4 ;   B l a c k   A ,   2 0 1 2 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   1 7 T H   A C M   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   S U P P O R T I N G   G R O U P   W O R K ,   P 2 2 9 ;   C a s c i o t t i   D M ,   2 0 1 4 ,   J   A D O L E S C E N C E ,   V 3 7 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d o l e s c e n c e . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 4 ;   C h a   M ,   2 0 1 0 ,   2 0 1 0   4   I N T   A A A I   C   W E ,   P 1 ;   C h e w   C ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 4 1 1 8 ;   D o n e l l e   L o r i e ,   2 0 1 2 ,   O n l i n e   J   I s s u e s   N u r s ,   V 1 7 ,   P 4 ;   D u d a   R .   O . ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   D u g g a n   M . ,   2 0 1 3 ,   P E W   I N T E R N E T   A M   L I F E ;   D u n n   A G ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I N T E R N E T   R E S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 2 1 9 6 / j m i r . 4 3 4 3 ;   F o x   S . ,   2 0 1 3 ,   P E W   I N T E R N E T   A M   L I F E ;   F o x   S ,   2 0 1 2 ,   P E W   I N T E R N E T   A M   L I F E ;   G e r e n d   M A ,   2 0 0 8 ,   J   A D O L E S C E N T   H E A L T H ,   V 4 2 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a d o h e a l t h . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 2 2 ;   G e s u a l d o   F ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 2 4 8 9 ;   H a r r i s   J K ,   2 0 1 3 ,   P R E V   C H R O N I C   D I S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 5 8 8 8 / p c d 1 0 . 1 2 0 2 1 5 ;   H e a i v i l i n   N ,   2 0 1 1 ,   J   D E N T   R E S ,   V 9 0 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 2 2 0 3 4 5 1 1 4 1 5 2 7 3 ;   H u a n g   J D ,   2 0 1 4 ,   T O B   C O N T R O L ,   V 2 3 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / t o b a c c o c o n t r o l - 2 0 1 4 - 0 5 1 5 5 1 ;   J i   X ,   2 0 1 2 ,   P   1   I N T   C   H L T H   I N F   S ,   P 1 5 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 9 3 6 1 - 0 _ 1 9 ] ;   K e l l y   B J ,   2 0 0 9 ,   P A T I E N T   E D U C   C O U N S ,   V 7 7 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p e c . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 1 8 ;   L o v e   B ,   2 0 1 3 ,   A M   J   I N F E C T   C O N T R O L ,   V 4 1 ,   P 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j i c . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 1 6 ;   M a d d e n   K ,   2 0 1 2 ,   V A C C I N E ,   V 3 0 ,   P 3 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v a c c i n e . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 2 5 ;   M a h o n e y   L   M e g h a n ,   2 0 1 5 ,   J M I R   P u b l i c   H e a l t h   S u r v e i l l ,   V 1 ,   p e 2 ,   D O I   1 0 . 2 1 9 6 / p u b l i c h e a l t h . 3 3 1 0 ;   M a r k o w i t z   L E ,   2 0 1 4 ,   M M W R   R E C O M M   R E P ,   V 6 3 ,   P 1 ;   M e r a z   S ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   P R E S S / P O L I T ,   V 1 8 ,   P 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 9 4 0 1 6 1 2 1 2 4 7 4 4 7 2 ;   M y s l i n   M ,   2 0 1 3 ,   J   M E D   I N T E R N E T   R E S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 9 6 / j m i r . 2 5 3 4 ;   P a r k   H ,   2 0 1 3 ,   J   H E A L T H   C O M M U N ,   V 1 8 ,   P 4 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 8 1 0 7 3 0 . 2 0 1 2 . 7 2 7 9 5 6 ;   P e t r o s k y   E ,   2 0 1 5 ,   M M W R - M O R B I D   M O R T A L   W ,   V 6 4 ,   P 3 0 0 ;   P r i e t o   V M ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 6 1 9 1 ;   R e a g a n - S t e i n e r   S ,   2 0 1 5 ,   M M W R - M O R B I D   M O R T A L   W ,   V 6 4 ,   P 7 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 5 5 8 5 / m m w r . m m 6 4 2 9 a 3 ;   R u b i n   A M ,   2 0 0 1 ,   C O M M U N I C A T I O N   Y B ,   V 2 4 ,   P 7 3 ;   S m i t h   A ,   2 0 1 3 ,   P E W   I N T E R N E T   A M   L I F E ;   S n y d e r   L B ,   2 0 0 4 ,   J   H E A L T H   C O M M U N ,   V 9 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 8 1 0 7 3 0 4 9 0 2 7 1 5 4 8 ;   S t o k l e y   S ,   2 0 1 3 ,   M M W R - M O R B I D   M O R T A L   W ,   V 6 2 ,   P 5 9 1 ;   S u h   B . ,   2 0 1 0 ,   S O C   C O M P   S O C I A L C O M   2 ,   P 1 7 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S 0 C I A L C O M . 2 0 1 0 . 3 3 ;   S u r i a n   D ,   2 0 1 6 ,   J   M E D   I N T E R N E T   R E S ,   V 1 8 ,   D O I   1 0 . 2 1 9 6 / j m i r . 6 0 4 5 ;   T h a c k e r a y   R ,   2 0 1 3 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 3 - 5 0 8 ;   W u   S . ,   2 0 1 1 ,   P   2 0   I N T   C   W O R L D   W I D ,   P 7 0 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 3 4 0 5 . 1 9 6 3 5 0 4 ] ;   Z h o u   X u j u a n ,   2 0 1 5 ,   S t u d   H e a l t h   T e c h n o l   I n f o r m ,   V 2 1 6 ,   P 7 6 1 	 3 8 	 0 	 0 	 2 0 	 2 0 	 J M I R   P U B L I C A T I O N S ,   I N C 	 T O R O N T O 	 5 9   W I N N E R S   C I R C L E ,   T O R O N T O ,   O N   M 4 L   3 Y 7 ,   C A N A D A 	 1 4 3 8 - 8 8 7 1 	 	 	 J   M E D   I N T E R N E T   R E S 	 J .   M e d .   I n t e r n e t   R e s . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 8 	 1 2 	 	 	 	 	 	 	 e 3 1 8 	 1 0 . 2 1 9 6 / j m i r . 6 6 7 0 	 	 1 1 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E G 5 E F 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 0 6 5 6 0 0 0 1 6 	 2 7 9 1 9 8 6 3 	 
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 J 	 S h a o ,   X D ;   W a n g ,   K ;   L i u ,   X Y ;   G u ,   C Y ;   Z h a n g ,   P J ;   X i e ,   J B ;   L i u ,   W X ;   S u n ,   L ;   C h e n ,   T ;   L i ,   Y B 	 	 	 	 S h a o ,   X i d o n g ;   W a n g ,   K e ;   L i u ,   X i n y u ;   G u ,   C a i y u n ;   Z h a n g ,   P e n g j i e ;   X i e ,   J i a b i n ;   L i u ,   W e n x i n ;   S u n ,   L u ;   C h e n ,   T o n g ;   L i ,   Y u b o 	 	 	 S c r e e n i n g   a n d   v e r i f y i n g   e n d o m e t r i a l   c a r c i n o m a   d i a g n o s t i c   b i o m a r k e r s   b a s e d   o n   a   u r i n e   m e t a b o l o m i c   p r o f i l i n g   s t u d y   u s i n g   U P L C - Q - T O F / M S 	 C L I N I C A   C H I M I C A   A C T A 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M e t a b o l o m i c s ;   E n d o m e t r i a l   c a r c i n o m a ;   D i a g n o s t i c   b i o m a r k e r s 	 T A N D E M   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   L I Q U I D - C H R O M A T O G R A P H Y ;   O V A R I A N - C A N C E R ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   S P E C T R O S C O P Y ;   B R E A S T ;   W O M E N ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   A B N O R M A L I T I E S 	 B a c k g r o u n d :   E n d o m e t r i a l   c a r c i n o m a   ( E O C )   i s   a   g y n e c o l o g i c a l   d i s e a s e   w i t h   o n e   o f   t h e   h i g h e s t   w o r l d w i d e   i n c i d e n c e s .   D u e   t o   t h e   l a c k   o f   t y p i c a l   c l i n i c a l   s y m p t o m s   a n d   l i m i t e d   s e n s i t i v e   s c r e e n i n g   m e t h o d s   u s e d   t o   d i a g n o s e   e n d o m e t r i a l   c a r c i n o m a ,   t h e   d i s e a s e   i s   e a s i l y   n e g l e c t e d   b e f o r e   p a t i e n t s   a r e   a w a r e   o f   i t s   p r e s e n c e .   T h e r e f o r e ,   E O C   r e s u l t s   i n   s e r i o u s   i m p a c t s   o n   w o m e n ' s   l i v e s   a n d  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 a n d   p a r t i a l   l e a s t   s q u a r e s   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   ( P L S - D A )   a n a l y s e s .   F u r t h e r m o r e ,   t h e   s c r e e n e d   b i o m a r k e r s   o f   t h e   n e w l y   d i a g n o s e d   E O C   a n d   E O H   c a n d i d a t e s   a n d   h e a l t h y   i n d i v i d u a l s   w e r e   v e r i f i e d   u s i n g   t h e   p r e d i c t i v e   m o d e l   o f   t h e   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   t o   o b t a i n   E O C   d i a g n o s t i c   b i o m a r k e r s .   R e s u l t s :   A n   E O C   d i a g n o s t i c   b i o m a r k e r   g r o u p   w a s   f o u n d   a c c o r d i n g   t o   t h e   m e t a b o l o m i c s   m e t h o d .   F i v e   d i a g n o s t i c   b i o m a r k e r s ,   i n c l u d i n g   p o r p h o b i l i n o g e n ,   a c e t y l c y s t e i n e ,   N - a c e t y l s e r i n e ,   u r o c a n i c   a c i d   a n d   i s o b u t y r y l g l y c i n e ,   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   c h a n g e d   i n   t h e   E O C   p a t i e n t s .   A m o n g   t h e m ,   p o r p h o b i l i n o g e n   a n d   a c e t y l c y s t e i n e   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   d o w n - r e g u l a t e d ,   w h i l e   N - a c e t y l s e r i n e ,   u r o c a n i c   a c i d   a n d   i s o b u t y r y l g l y c i n e   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   u p - r e g u l a t e d .   C o n c l u s i o n s :   D i s t u r b a n c e s   i n   t h e s e   b i o m a r k e r s   h a v e   n e g a t i v e   i m p a c t s   o n   t h e   b o d y ' s   m e t a b o l i c   f u n c t i o n i n g .   T h e   E O C   d i a g n o s t i c   b i o m a r k e r   g r o u p   c a n   p r o v i d e   a   c l i n i c a l   r e f e r e n c e   f o r   d i a g n o s i n g   E O C   a n d   i n s i g h t   i n t o   t h e   d i a g n o s i s   o f   o t h e r   d i s e a s e s   i n   t h e   c l i n i c .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   B . V .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ S h a o ,   X i d o n g ;   C h e n ,   T o n g ]   T i a n j i n   U n i v ,   C o l l   M a n a g e m e n t   &   E c o n ,   9 2   W e i j i n   R d ,   T i a n j i n   3 0 0 1 9 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   K e ;   L i u ,   W e n x i n ;   S u n ,   L u ]   T i a n j i n   M e d   U n i v ,   N a t l   C l i n   R e s   C t r   C a n c ,   K e y   L a b   C a n c   P r e v e n t   &   T h e r a p y   T i a n j i n ,   C a n c   I n s t   &   H o s p ,   T i a n j i n   3 0 0 0 6 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   X i n y u ;   G u ,   C a i y u n ;   Z h a n g ,   P e n g j i e ;   X i e ,   J i a b i n ;   L i ,   Y u b o ]   T i a n j i n   U n i v   T r a d i t   C h i n e s e   M e d ,   T i a n j i n   S t a t e   K e y   L a b   M o d e r n   C h i n e s e   M e d ,   S c h   T r a d i t   C h i n e s e   M a t   M e d ,   3 1 2   A n s h a n   W e s t   R d ,   T i a n j i n   3 0 0 1 9 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i ,   Y B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T i a n j i n   U n i v   T r a d i t   C h i n e s e   M e d ,   T i a n j i n   S t a t e   K e y   L a b   M o d e r n   C h i n e s e   M e d ,   S c h   T r a d i t   C h i n e s e   M a t   M e d ,   3 1 2   A n s h a n   W e s t   R d ,   T i a n j i n   3 0 0 1 9 3 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 y a o w u f e n x i 0 0 1 @ s i n a . c o m 	 	 	 P r o g r a m   f o r   C h a n g j i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   [ I R T _ 1 4 R 4 1 ] 	 T h i s   p r o j e c t   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   P r o g r a m   f o r   C h a n g j i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   ( I R T _ 1 4 R 4 1 ) .   T h e   a u t h o r s   d e c l a r e   t h e r e   a r e   n o   c o n f l i c t s   o f   i n t e r e s t   r e g a r d i n g   t h e   p u b l i c a t i o n   o f   t h i s   p a p e r . 	 B u r b o s   N ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 2 ,   P 1 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 6 2 0 ;   B y r n e   F L ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 5 8 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 0 2 5 4 ;   C h o u c h a   L ,   2 0 1 3 ,   T O X I C O L   S C I ,   V 1 ,   P 8 ;   C l a r k   T J ,   2 0 0 2 ,   B J O G - I N T   J   O B S T E T   G Y ,   V 1 0 9 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 0 3 2 8 ( 0 2 ) 0 1 0 8 8 - 1 ;   C o m t e   B ,   2 0 0 2 ,   J   M A S S   S P E C T R O M ,   V 3 7 ,   P 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m s . 3 1 6 ;   d e   R o o i j   B M ,   1 9 9 8 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 1 1 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 9 7 0 0 2 0 n ;   D e n k e r t   C ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 1 0 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 6 - 0 7 5 5 ;   D o n g   R L ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 2 9 3 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 5 b 0 0 1 3 7 ,   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m 5 b 0 0 1 3 7 ] ;   E p s t e i n   E ,   2 0 0 1 ,   A C T A   O B S T E T   G Y N   S C A N ,   V 8 0 ,   P 1 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 4 / j . 1 6 0 0 - 0 4 1 2 . 2 0 0 1 . 8 0 1 2 1 0 . x ;   F a n   L J ,   2 0 1 2 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 1 ,   P 4 7 3 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 1 . 6 4 8 3 3 8 ;   G e r s t e i n   E   S ,   2 0 0 3 ,   V o p r   O n k o l ,   V 4 9 ,   P 7 2 5 ;   G i k a   H G ,   2 0 0 8 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 1 8 9 ,   P 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 6 6 ;   H a s i m   A ,   2 0 1 2 ,   E X P   T H E R   M E D ,   V 3 ,   P 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / e t m . 2 0 1 2 . 5 0 9 ;   H u a n g   Q ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 4 9 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 3 - 0 3 0 8 ;   J o h n s t o n   B A ,   2 0 1 4 ,   H U M   B R A I N   M A P P ,   V 3 5 ,   P 5 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h b m . 2 2 5 4 2 ;   K e u n   H C ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 6 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 9 - 1 4 5 2 ;   K o h n   E C ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   G Y N E C O L   O B S T E T ,   V 8 3 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 0 - 7 2 9 2 ( 0 3 ) 9 0 1 2 2 - 6 ;   K o v a c   A ,   2 0 1 4 ,   T A L A N T A ,   V 1 1 9 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t a l a n t a . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 2 7 ;   K r o o s h o f   P W T ,   2 0 1 0 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 2 ,   P 7 0 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 1 0 1 3 3 8 y ;   L a c e y   J V ,   2 0 0 9 ,   M A T U R I T A S ,   V 6 3 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t u r i t a s . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 0 5 ;   L i   Y B ,   2 0 1 5 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 4 ,   P 2 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 5 0 1 1 1 6 c ;   L u   X ,   2 0 0 8 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 8 6 6 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 2 2 ;   L y n g   H ,   2 0 0 7 ,   B M C   C A N C E R ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 7 - 1 1 ;   M a n i v a n n a n   K ,   2 0 1 2 ,   J   H A Z A R D   M A T E R ,   V 2 2 3 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h a z m a t . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 5 6 ;   M a s h a   A ,   2 0 1 4 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 2 1 ,   P 3 6 1 6 ;   M o h l e r   H ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 4 5 ,   P 1 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j o . 2 0 1 4 . 2 5 6 6 ;   P u c h a d e s - C a r r a s c o   L ,   2 0 1 3 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 9 ,   P 4 7 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 2 - 2 9 1 7 ;   S a l m a n   M C ,   2 0 1 0 ,   J   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 3 8 0 2 / j g o . 2 0 1 0 . 2 1 . 2 . 9 7 ;   S l u p s k y   C M ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 5 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 0 - 1 4 3 4 ;   S m i t h - B i n d m a n   R ,   1 9 9 8 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 0 ,   P 1 5 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 0 . 1 7 . 1 5 1 0 ;   T a k a n o   M ,   2 0 1 0 ,   J   C A N C E R   R E S   C L I N ,   V 1 3 6 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 3 2 - 0 0 9 - 0 6 8 0 - 7 ;   T a n g j i t g a m o l   S ,   2 0 0 9 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 1 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 9 ) 7 0 2 9 0 - 6 ;   T u r g e o n   C T ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 6 ,   P 1 6 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 1 0 . 1 4 8 9 5 7 ;   U m e m o r i   Y ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 4 1 1 ,   P 1 8 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 1 8 ;   Z h a n g   T ,   2 0 1 3 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 3 0 0 9 5 7 2 	 3 5 	 0 	 0 	 1 0 	 1 0 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 0 0 9 - 8 9 8 1 	 1 8 7 3 - 3 4 9 2 	 	 C L I N   C H I M   A C T A 	 C l i n .   C h i m .   A c t a 	 D E C   1 	 2 0 1 6 	 4 6 3 	 	 	 	 	 	 2 0 0 	 2 0 6 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 2 7 	 	 7 	 M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 M e d i c a l   L a b o r a t o r y   T e c h n o l o g y 	 E G 0 M I 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 7 2 6 5 0 0 0 3 3 	 2 7 7 8 4 6 3 7 	 
 
 J 	 M i t r e a ,   D ;   N e d e v s c h i ,   S ;   A b r u d e a n ,   M ;   L u p s o r - P l a t o n ,   M ;   B a d e a ,   R 	 	 	 	 M i t r e a ,   D e l i a ;   N e d e v s c h i ,   S e r g i u ;   A b r u d e a n ,   M i h a i l ;   L u p s o r - P l a t o n ,   M o n i c a ;   B a d e a ,   R a d u 	 	 	 T h e   R o l e   o f   t h e   T e x t u r a l   M i c r o s t r u c t u r e   C o - o c c u r r e n c e   M a t r i c e s   i n   t h e   A u t o m a t i c   D e t e c t i o n   o f   t h e   C i r r h o s i s   S e v e r i t y   G r a d e s   f r o m   U l t r a s o u n d   I m a g e s 	 C O N T R O L   E N G I N E E R I N G   A N D   A P P L I E D   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 u l t r a s o u n d   i m a g e   a n a l y s i s ;   t e x t u r a l   m i c r o s t r u c t u r e   c o - o c c u r r e n c e   m a t r i c e s   ( T M C M ) ;   u n s u p e r v i s e d   c l a s s i f i c a t i o n ;   c i r r h o s i s   s e v e r i t y   g r a d e s ;   c o m p u t e r - a i d e d   d i a g n o s i s 	 	 C i r r h o s i s   i s   a   l e t h a l   d i s e a s e   t h a t   c a n   a l s o   p r e c e d e   l i v e r   c a n c e r .   T h e   g o l d e n   s t a n d a r d   f o r   d i a g n o s i n g   t h i s   a f f e c t i o n ,   t h e   b i o p s y ,   i s   i n v a s i v e   a n d   d a n g e r o u s .   T h e   n o n i n v a s i v e   d e t e c t i o n   o f   t h e   c i r r h o s i s   s e v e r i t y   g r a d e s   i s   a   m a j o r   c h a l l e n g e   i n   t h e s e   c o n d i t i o n s .   T h e   o b j e c t i v e   o f   o u r   r e s e a r c h   i s   t o   a u t o m a t i c a l l y   d i s c o v e r   t h e   c i r r h o s i s   e v o l u t i o n   s t a g e s   f r o m   u l t r a s o u n d   i m a g e s ,   t h r o u g h   u n s u p e r v i s e d   c l a s s i f i c a t i o n   t e c h n i q u e s ,   b a s e d   o n   t e x t u r a l   f e a t u r e s .   I n   t h i s   w o r k ,   t h e   r o l e   o f   t h e   t e x t u r a l   m i c r o s t r u c t u r e   c o - o c c u r r e n c e   m a t r i c e s   i n   t h e   d e t e c t i o n   o f   t h e   c i r r h o s i s   s e v e r i t y   g r a d e s   w a s   s t u d i e d .   T h e   t e x t u r a l   f e a t u r e s   w e r e   p r o v i d e d   a t   t h e   i n p u t   o f   u n s u p e r v i s e d   c l a s s i f i c a t i o n   m e t h o d s .   T h r o u g h   s p e c i f i c   t e c h n i q u e s ,   t h e   r e l e v a n t   t e x t u r a l   f e a t u r e s   f o r   c l a s s   s e p a r a t i o n   a n d   t h e i r   s p e c i f i c   v a l u e s   f o r   e a c h   s e v e r i t y   g r a d e   w e r e   d e t e r m i n e d .   T h e   m e t h o d   w a s   v a l i d a t e d   t h r o u g h   c l u s t e r   v i s u a l i z a t i o n s   a n d   s u p e r v i s e d   c l a s s i f i c a t i o n ,   t h e   r e s u l t e d   a c c u r a c y   b e i n g   a b o v e   9 0 % .   T h e   e f f e c t   o f   t h e   P r i n c i p a l   C o m p o n e n t   A n a l y s i s   ( P C A )   t e c h n i q u e   u p o n   t h e   d i s c o v e r y   p r o c e s s   o f   t h e   c i r r h o s i s   g r a d e s   w a s   a l s o   s t u d i e d . 	 [ M i t r e a ,   D e l i a ;   N e d e v s c h i ,   S e r g i u ;   A b r u d e a n ,   M i h a i l ]   T e c h   U n i v   C l u j   N a p o c a ,   F a c   A u t o m a t   &   C o m p   S c i ,   B a r i t i u   S t r   2 6 - 2 8 ,   C l u j   N a p o c a   4 0 0 0 2 7 ,   R o m a n i a ;   [ L u p s o r - P l a t o n ,   M o n i c a ;   B a d e a ,   R a d u ]   I   H a t i e g a n u   U n i v   M e d   &   P h a r m ,   D e p t   M e d   I m a g i n g ,   V   B a b e s   S t r   8 ,   C l u j   N a p o c a ,   R o m a n i a 	 M i t r e a ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T e c h   U n i v   C l u j   N a p o c a ,   F a c   A u t o m a t   &   C o m p   S c i ,   B a r i t i u   S t r   2 6 - 2 8 ,   C l u j   N a p o c a   4 0 0 0 2 7 ,   R o m a n i a . 	 d e l i a . m i t r e a @ c s . u t c l u j . r o ;   m o n i c a . l u p s o r @ u m f c l u j . r o 	 	 	 E u r o p e a n   S o c i a l   F u n d   t h r o u g h   t h e   H u m a n   R e s o u r c e s   S e c t o r i a l   O p e r a t i o n a l   P r o g r a m m e   [ P O S D R U / 1 5 9 / 1 . 5 / S / 1 3 7 5 1 6 ] 	 T h i s   p a p e r   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   P o s t - D o c t o r a l   P r o g r a m m e   P O S D R U / 1 5 9 / 1 . 5 / S / 1 3 7 5 1 6 ,   p r o j e c t   c o - f u n d e d   f r o m   E u r o p e a n   S o c i a l   F u n d   t h r o u g h   t h e   H u m a n   R e s o u r c e s   S e c t o r i a l   O p e r a t i o n a l   P r o g r a m m e   2 0 0 7 - 2 0 1 3 . 	 A l y   M . ,   2 0 0 5 ,   S U R V E Y   M U L T I C L A S S   C L ;   B e d o s s a   P ,   1 9 9 6 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 2 4 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 5 1 0 2 4 0 2 0 1 ;   C a r r   B I ,   2 0 1 0 ,   C U R R   C L I N   O N C O L ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 0 3 2 7 - 3 7 6 - 3 ;   C a v o u r a s   D ,   1 9 9 7 ,   S T   H E A L   T ,   V 4 3 ,   P 5 2 2 ;   C i o c c h e t t a   F . ,   2 0 0 0 ,   A R T I F   I N T E L L ,   V 2 7 8 0 ,   P 2 3 9 ;   D a s   S ,   2 0 0 8 ,   S T U D   C O M P U T   I N T E L L ,   V 1 1 6 ,   P 1 ;   D a v i s   L .   S . ,   1 9 8 1 ,   D i g i t a l   I m a g e   P r o c e s s i n g .   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   N A T O   A d v a n c e d   S t u d y   I n s t i t u t e ,   P 1 8 9 ;   D e m a r t i n e s   P ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 8 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 5 5 4 1 9 9 ;   F u j i n o   K ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   B I O E N G ,   V 3 ,   P 2 9 ;   J a l o b e a n u   C . ,   2 0 0 1 ,   I N C E R T I T U D I N E   S I   D E C ;   L a w s   K . ,   1 9 8 0 ,   S P I E   I M A G E   P R O C E S S I N ,   P 3 7 6 ;   L e e   G . ,   2 0 0 8 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 6 9 1 5 ;   M a l a   K . ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   S O F T W A R E   I N F O R ,   V 4 ,   P 1 5 1 ;   M i t r e a   D ,   2 0 1 4 ,   I N T   C   I N T E L L   C O M P   C O ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C P . 2 0 1 4 . 6 9 3 6 9 7 2 ;   M i t r e a   D ,   2 0 1 3 ,   2 0 1 3   3 6 T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   T E L E C O M M U N I C A T I O N S   A N D   S I G N A L   P R O C E S S I N G   ( T S P ) ,   P 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S P . 2 0 1 3 . 6 6 1 4 0 1 3 ;   M i t r e a   D ,   2 0 1 2 ,   R A D I O E N G I N E E R I N G ,   V 2 1 ,   P 7 9 ;   P e l l e g   D a n ,   2 0 0 0 ,   P   1 7   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 7 2 7 ;   P e t e r s   M . ,   2 0 1 3 ,   E V A L U A T I O N   P R O G N O S I S ;   S h i h a   G . ,   2 0 1 1 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   T o e n n i e s   K D ,   2 0 1 2 ,   G U I D E   M E D   I M A G E   A N A L ;   v a n   d e r   M a a t e n   L .   J .   P . ,   2 0 0 8 ,   D I M E N S I O N A L I T Y   R E D U C ;   W i t t e n   I H ,   2 0 1 1 ,   M O R   K A U F   D ,   P 1 ;   Y a n g   G . ,   2 0 1 4 ,   M A G N E T I C   R E S O N A N C E   M ;   Y i n   H J ,   2 0 0 8 ,   S T U D   C O M P U T   I N T E L L ,   V 1 1 5 ,   P 7 1 5 ;   Z a k i   M . J . ,   2 0 1 4 ,   D A T A   M I N I N G   A N A L   F U N ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 0 5 ,   S O M   2   0   T O O L B O X   M A T L ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 0 8 ,   M A T L A B   T O O L B O X   D I M E N ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 5 ,   W E K A   3   D A T A   M I N I N G   S 	 2 8 	 0 	 0 	 2 	 2 	 R O M A N I A N   S O C   C O N T R O L   T E C H   I N F O R M A T I C S 	 B U C H A R E S T 	 3 1 3   S P L A I U L   I N D E P E N D E N T E I ,   B U C H A R E S T ,   0 6 0 0 4 2 ,   R O M A N I A 	 1 4 5 4 - 8 6 5 8 	 	 	 C O N T R O L   E N G   A P P L   I N F 	 C o n t r o l   E n g .   A p p l .   I n f o r m . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 8 	 4 	 	 	 	 	 9 6 	 1 0 6 	 	 	 	 1 1 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s 	 A u t o m a t i o n   &   C o n t r o l   S y s t e m s 	 E G 2 A D 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 8 3 4 6 0 0 0 1 0 	 	 
 
 J 	 W a y ,   G P ;   R u d d ,   J ;   W a n g ,   C ;   H a m i d i ,   H ;   F r i d l e y ,   B L ;   K o n e c n y ,   G E ;   G o o d e ,   E L ;   G r e e n e ,   C S ;   D o h e r t y ,   J A 	 	 	 	 W a y ,   G r e g o r y   P . ;   R u d d ,   J a m e s ;   W a n g ,   C h e n ;   H a m i d i ,   H a b i b ;   F r i d l e y ,   B r o o k e   L . ;   K o n e c n y ,   G o t t f r i e d   E . ;   G o o d e ,   E l l e n   L . ;   G r e e n e ,   C a s e y   S . ;   D o h e r t y ,   J e n n i f e r   A . 	 	 	 C o m p r e h e n s i v e   C r o s s - P o p u l a t i o n   A n a l y s i s   o f   H i g h - G r a d e   S e r o u s   O v a r i a n   C a n c e r   S u p p o r t s   N o   M o r e   T h a n   T h r e e   S u b t y p e s 	 G 3 - G E N E S   G E N O M E S   G E N E T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 o v a r i a n   c a n c e r ;   m o l e c u l a r   s u b t y p e s ;   u n s u p e r v i s e d   c l u s t e r i n g ;   r e p r o d u c i b i l i t y 	 G E N E - E X P R E S S I O N ;   M O L E C U L A R   S U B T Y P E S ;   C A R C I N O M A ;   P A T H O G E N E S I S ;   D I S C O V E R Y ;   S I G N A T U R E ;   D A T A S E T S ;   T U M O R S 	 F o u r   g e n e   e x p r e s s i o n   s u b t y p e s   o f   h i g h - g r a d e   s e r o u s   o v a r i a n   c a n c e r   ( H G S C )   h a v e   b e e n   p r e v i o u s l y   d e s c r i b e d .   I n   t h e s e   e a r l y   s t u d i e s ,   a   f r a c t i o n   o f   s a m p l e s   t h a t   d i d   n o t   f i t   w e l l   i n t o   t h e   f o u r   s u b t y p e   c l a s s i f i c a t i o n s   w e r e   e x c l u d e d .   T h e r e f o r e ,   w e   s o u g h t   t o   s y s t e m a t i c a l l y   d e t e r m i n e   t h e   c o n c o r d a n c e   o f   t r a n s c r i p t o m i c   H G S C   s u b t y p e s   a c r o s s   p o p u l a t i o n s   w i t h o u t   r e m o v i n g   a n y   s a m p l e s .   W e   c r e a t e d   a   b i o i n f o r m a t i c s   p i p e l i n e   t o   i n d e p e n d e n t l y   c l u s t e r   t h e   f i v e   l a r g e s t   m R N A   e x p r e s s i o n   d a t a s e t s   u s i n g   k - m e a n s   a n d   n o n n e g a t i v e   m a t r i x   f a c t o r i z a t i o n   ( N M F ) .   W e   s u m m a r i z e d   d i f f e r e n t i a l   e x p r e s s i o n   p a t t e r n s   t o   c o m p a r e   c l u s t e r s   a c r o s s   s t u d i e s .   W h i l e   p r e v i o u s   s t u d i e s   r e p o r t e d   f o u r   s u b t y p e s ,   o u r   c r o s s - p o p u l a t i o n   c o m p a r i s o n   d o e s   n o t   s u p p o r t   f o u r .   B e c a u s e   t h e s e   r e s u l t s   c o n t r a s t   w i t h   p r e v i o u s   r e p o r t s ,   w e   a t t e m p t e d   t o   r e p r o d u c e   a n a l y s e s   p e r f o r m e d   i n   t h o s e   s t u d i e s .   O u r   r e s u l t s   s u g g e s t   t h a t   e a r l y   r e s u l t s   f a v o r i n g   f o u r   s u b t y p e s   m a y   h a v e   b e e n   d r i v e n   b y   t h e   i n c l u s i o n   o f   s e r o u s   b o r d e r l i n e   t u m o r s .   I n   s u m m a r y ,   o u r   a n a l y s i s   s u g g e s t s   t h a t   e i t h e r   t w o   o r   t h r e e ,   b u t   n o t   f o u r ,   g e n e   e x p r e s s i o n   s u b t y p e s   a r e   m o s t   c o n s i s t e n t   a c r o s s   d a t a s e t s . 	 [ W a y ,   G r e g o r y   P . ]   U n i v   P e n n ,   P e r e l m a n   S c h   M e d ,   G e n o m   &   C o m p u t a t   B i o l   G r a d   P r o g r a m ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 3   U S A ;   [ W a y ,   G r e g o r y   P . ;   G r e e n e ,   C a s e y   S . ]   U n i v   P e n n ,   P e r e l m a n   S c h   M e d ,   D e p t   S y s t   P h a r m a c o l   &   T r a n s l a t   T h e r a p e u t ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 3   U S A ;   [ R u d d ,   J a m e s ;   D o h e r t y ,   J e n n i f e r   A . ]   G e i s e l   S c h   M e d   D a r t m o u t h ,   D e p t   E p i d e m i o l ,   L e b a n o n ,   N H   0 3 7 6 6   U S A ;   [ W a n g ,   C h e n ;   G o o d e ,   E l l e n   L . ]   M a y o   C l i n ,   D e p t   H l t h   S c i   R e s ,   R o c h e s t e r ,   M N   5 5 9 0 5   U S A ;   [ H a m i d i ,   H a b i b ;   K o n e c n y ,   G o t t f r i e d   E . ]   U n i v   C a l i f   L o s   A n g e l e s ,   D a v i d   G e f f e n   S c h   M e d ,   D e p t   M e d ,   L o s   A n g e l e s ,   C A   9 0 0 9 5   U S A ;   [ F r i d l e y ,   B r o o k e   L . ]   U n i v   K a n s a s ,   M e d   C t r ,   D e p t   B i o s t a t ,   K a n s a s   C i t y ,   K S   6 6 1 6 0   U S A ;   [ G r e e n e ,   C a s e y   S . ]   G e i s e l   S c h   M e d   D a r t m o u t h ,   D e p t   G e n e t ,   H a n o v e r ,   N H   0 3 7 5 5   U S A 	 G r e e n e ,   C S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   P e n n ,   1 0 - 1 3 1   S C T R   3 4 t h   &   C i v   C t r   B l v d ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A . ;   D o h e r t y ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D a r t m o u t h   C o l l ,   G e i s e l   S c h   M e d ,   O n e   M e d   C t r   D r , 8 5 3   R u b i n   B l d g ,   L e b a n o n ,   N H   0 3 7 6 6   U S A . 	 c s g r e e n e @ u p e n n . e d u ;   j e n n i f e r . a . d o h e r t y @ d a r t m o u t h . e d u 	 	 W a y ,   G r e g o r y / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 0 5 0 3 - 9 3 4 8 	 N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   a t   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ R 0 1   C A 1 6 8 7 5 8 ,   F 3 1   C A 1 8 6 6 2 5 ,   R 0 1   C A 1 2 2 4 4 3 ] ;   M a y o   C l i n i c   O v a r i a n   C a n c e r   S p e c i a l i z e d   P r o g r a m   o f   R e s e a r c h   E x c e l l e n c e   g r a n t   [ P 5 0   C A 1 3 6 3 9 3 ] ;   M a y o   C l i n i c   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r - G e n e   A n a l y s i s   S h a r e d   R e s o u r c e   [ P 3 0   C A 1 5 0 8 3 ] ;   G o r d o n   a n d   B e t t y   M o o r e   F o u n d a t i o n ' s   D a t a - D r i v e n   D i s c o v e r y   I n i t i a t i v e   [ G B M F   4 5 5 2 ] ;   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y   [ I R G   8 2 0 0 3 2 7 ] ;   N o r r i s   C o t t o n   C a n c e r   C e n t e r   D e v e l o p m e n t a l   F u n d s 	 W e   t h a n k   S e b a s t i a n   A r m a s u   a n d   H s i a o - W a n g   C h e n   f o r   h e l p   w i t h   s t a t i s t i c a l   a n a l y s e s   a n d   d a t a   p r o c e s s i n g   a n d   E m i l y   K a t e   S h e a   f o r   h e l p f u l   d i s c u s s i o n s .   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   a t   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( R 0 1   C A 1 6 8 7 5 8   t o   J . A . D . ,   F 3 1   C A 1 8 6 6 2 5   t o   J . R . ,   a n d   R 0 1   C A 1 2 2 4 4 3   t o   E . L . G . ) ;   t h e   M a y o   C l i n i c   O v a r i a n   C a n c e r   S p e c i a l i z e d   P r o g r a m   o f   R e s e a r c h   E x c e l l e n c e   g r a n t   ( P 5 0   C A 1 3 6 3 9 3   t o   E . L . G . ) ;   t h e   M a y o   C l i n i c   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r - G e n e   A n a l y s i s   S h a r e d   R e s o u r c e   ( P 3 0   C A 1 5 0 8 3 ) ;   t h e   G o r d o n   a n d   B e t t y   M o o r e   F o u n d a t i o n ' s   D a t a - D r i v e n   D i s c o v e r y   I n i t i a t i v e   ( g r a n t   n u m b e r   G B M F   4 5 5 2   t o   C . S . G . ) ;   t h e   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y   ( g r a n t   n u m b e r   I R G   8 2 0 0 3 2 7   t o   C . S . G . ) ;   a n d   b y   N o r r i s   C o t t o n   C a n c e r   C e n t e r   D e v e l o p m e n t a l   F u n d s .   T h e   a u t h o r s   d e c l a r e   t h a t   t h e y   h a v e   n o   k n o w n   c o n f l i c t s   o f   i n t e r e s t .   A s p e c t s   o f   t h i s   s t u d y   w e r e   p r e s e n t e d   a t   t h e   2 0 1 5   A m e r i c a n   A s s o c i a t i o n   f o r   C a n c e r   R e s e a r c h   C o n f e r e n c e   a n d   t h e   2 0 1 5   R o c k y   M o u n t a i n   B i o i n f o r m a t i c s   C o n f e r e n c e . 	 B l a g d e n   S P ,   2 0 1 5 ,   F R O N T   O N C O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f o n c . 2 0 1 5 . 0 0 1 4 9 ;   B o e t t i g e r   C a r l ,   2 0 1 5 ,   A C M   S I G O P S   O p e r a t i n g   S y s t e m s   R e v i e w ,   V 4 9 ,   P 7 1 ;   B o n o m e   T ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 5 ,   P 1 0 6 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 5 - 2 2 4 0 ;   B o n o m e   T ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 5 4 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 6 5 9 5 ;   B r o a d   I n s t i t u t e   T C G A   G e n o m e   D a t a   A n a l y s i s   C e n t e r ,   2 0 1 6 ,   C L U S T   M R N A   E X P R   C O N S ,   D O I   1 0 . 7 9 0 8 / C 1 D N 4 4 H 7 ;   B r o a d   I n s t i t u t e   T C G A   G e n o m e   D a t a   A n a l y s i s   C e n t e r ,   2 0 1 6 ,   A N   O V   O V   S E R   C Y S T   P R ,   D O I   1 0 . 7 9 0 8 / C 1 V Q 3 2 4 T ;   B r u n e t   J P ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 4 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 3 0 8 5 3 1 1 0 1 ;   C a n c e r   G e n o m e   A t l a s   R e s e a r c h   N e t w o r k ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 4 ,   P 6 0 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N A T U R E 1 0 1 6 6 ;   C e l i k   S ,   2 0 1 6 ,   G E N O M E   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 7 3 - 0 1 6 - 0 3 1 9 - 7 ;   E d g a r   R ,   2 0 0 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 0 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 3 0 . 1 . 2 0 7 ;   G a n z f r i e d   B F ,   2 0 1 3 ,   D A T A B A S E - O X F O R D ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / d a t a b a s e / b a t 0 1 3 ;   K o b e l   M ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 2 ,   P 1 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 3 - 0 3 9 1 ;   K o n e c n y   G .   E . ,   2 0 1 4 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / J N C I / D J U 2 4 9 ;   K u r m a n   R J ,   2 0 1 0 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 3 4 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P A S . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 c f 3 d 7 9 ;   M a e c h l e r   M . ,   2 0 1 4 ,   R   P A C K A G E   V E R S I O N ,   V 1 ,   P 3 ;   O u e l l e t   V ,   2 0 0 5 ,   O N C O G E N E ,   V 2 4 ,   P 4 6 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 8 2 1 4 ;   P l a n e y   C R ,   2 0 1 6 ,   G E N O M E   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 7 3 - 0 1 6 - 0 2 8 1 - 4 ;   S c h w e n d e r   H ,   2 0 0 6 ,   N E W S L E T T E R   R   P R O J E C T ,   V 6 ,   P 4 5 ;   S c h w e n d e r   H . ,   2 0 1 2 ,   S I G G E N E S   M U L T I P L E   T E ;   S i l v e r b e r g   S G ,   2 0 0 0 ,   I N T   J   G Y N E C O L   P A T H O L ,   V 1 9 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 4 3 4 7 - 2 0 0 0 0 1 0 0 0 - 0 0 0 0 3 ;   S O K A L   R O B E R T   R . ,   1 9 6 2 ,   T A X O N ,   V 1 1 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 2 1 7 2 0 8 ;   S o s l o w   R A ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   G Y N E C O L   P A T H O L ,   V 2 7 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P G P . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 5 e a 8 1 2 ;   T a n   T Z ,   2 0 1 3 ,   E M B O   M O L   M E D ,   V 5 ,   P 1 0 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e m m m . 2 0 1 2 0 1 8 2 3 ;   T i b s h i r a n i   R ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 6 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 2 0 9 9 2 9 9 ;   T o t h i l l   R W ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 5 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 0 1 9 6 ;   T u s h e r   V G ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 5 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 0 6 2 4 9 8 ;   V a n g   R ,   2 0 0 9 ,   A D V   A N A T   P A T H O L ,   V 1 6 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P A P . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 b 4 f f f a ;   V e r h a a k   R G W ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 3 ,   P 5 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 6 5 8 3 3 ;   W a y   G . ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C O D E   C R O S S   P O P U ;   Y o s h i h a r a   K ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   P 1 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 1 - 2 7 2 5 	 3 0 	 0 	 0 	 1 	 1 	 G E N E T I C S   S O C I E T Y   A M E R I C A 	 B E T H E S D A 	 9 6 5 0   R O C K V I L L E   A V E ,   B E T H E S D A ,   M D   2 0 8 1 4   U S A 	 2 1 6 0 - 1 8 3 6 	 	 	 G 3 - G E N E S   G E N O M   G E N E T 	 G 3 - G e n e s   G e n o m e s   G e n e t . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 6 	 1 2 	 	 	 	 	 4 0 9 7 	 4 1 0 3 	 	 1 0 . 1 5 3 4 / g 3 . 1 1 6 . 0 3 3 5 1 4 	 	 7 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E F 8 P N 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 5 9 1 4 0 0 0 2 9 	 2 7 7 2 9 4 3 7 	 
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 2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 1 6 ,   P 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 0 4 7 ;   T h e   U n i P r o t   C o n s o r t i u m ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 0 1 5 ,   p D 2 0 4 ;   W a n g   A ,   2 0 1 4 ,   T H E S C I E N T I F I C W O R L D J O ,   V 2 0 1 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 4 5 9 0 6 4 ;   W a n g   Y ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p W 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 3 3 1 ;   X u   H L ,   2 0 1 3 ,   D A T A B A S E - O X F O R D ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / d a t a b a s e / b a t 0 4 5 ;   X u   H L ,   2 0 1 0 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 4 - 1 7 3 	 1 9 	 0 	 0 	 7 	 7 	 I N D I A N   A C A D   S C I E N C E S 	 B A N G A L O R E 	 C   V   R A M A N   A V E N U E ,   S A D A S H I V A N A G A R ,   P   B   # 8 0 0 5 ,   B A N G A L O R E   5 6 0   0 8 0 ,   I N D I A 	 0 2 5 0 - 5 9 9 1 	 0 9 7 3 - 7 1 3 8 	 	 J   B I O S C I E N C E S 	 J .   B i o s c i . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 4 1 	 4 	 	 	 	 	 7 4 3 	 7 5 0 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 3 8 - 0 1 6 - 9 6 4 9 - 2 	 	 8 	 B i o l o g y 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s 	 E F 1 B P 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 0 6 0 4 0 0 0 1 5 	 	 
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 B I O A C T I V E   C O M P O U N D S ;   A F F O R D S   P R O T E C T I O N ;   T A R T A R Y   B U C K W H E A T ;   C A N C E R - C E L L S ;   E X T R A C T ;   M I C E 	 F r u i t s   t e n d   t o   p o s s e s s   d i f f e r e n t   n u t r i t i o n a l   v a l u e s   a m o n g   d i f f e r e n t   c u l t i v a r s   o f   s a m e   f a m i l y .   T h e r e f o r e ,   i n   t h i s   s t u d y ,   t h e   c o m p o s i t i o n   a n d   a n t i o x i d a n t   a c t i v i t y   o f   s o m e   n e w   a n d   c o m m o n   b a y b e r r y   c u l t i v a r s   w e r e   e v a l u a t e d .   S i g n i f i c a n t   a m o u n t s   o f   p h e n o l i c s   ( 0 . 4 7   t o   2 . 3 1   g   g a l l i c   a c i d   e q u i v a l e n t s / k g ) ,   f l a v o n o i d s   ( 0 . 3 4   t o   2 . 0 8   g   r u t i n   e q u i v a l e n t s / k g )   a n d   p r o c y a n i d i n s   ( 0 . 2 4   t o   1 . 9 9   g   c a t e c h i n   e q u i v a l e n t s / k g )   w e r e  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 R & D   P r o g r a m   o f   C h i n a   [ 2 0 1 6 Y F D 0 4 0 1 2 0 0 ] ;   R e s e a r c h   F u n d a t i o n   o f   t h e   E d u c a t i o n   D e p a r t m e n t   o f   Z h e j i a n g   P r o v i n c e   [ Y 2 0 1 3 2 8 1 4 3 ] ;   M a j o r   P r o j e c t s   o f   t h e   B e i j i n g   M u n i c i p a l   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P l a n   [ D 1 5 1 1 0 0 0 0 4 0 1 5 0 0 2 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   f r o m   N a t i o n a l   K e y   T e c h n o l o g y   R & D   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( N o . 2 0 1 6 Y F D 0 4 0 1 2 0 0 ) ,   R e s e a r c h   F u n d a t i o n   o f   t h e   E d u c a t i o n   D e p a r t m e n t   o f   Z h e j i a n g   P r o v i n c e   ( Y 2 0 1 3 2 8 1 4 3 )   a n d   M a j o r   P r o j e c t s   o f   t h e   B e i j i n g   M u n i c i p a l   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P l a n   ( N o .   D 1 5 1 1 0 0 0 0 4 0 1 5 0 0 2 ) . 	 A l a r c o n   M ,   2 0 1 5 ,   P L A T E L E T S ,   V 2 6 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 9 5 3 7 1 0 4 . 2 0 1 4 . 8 9 8 7 4 7 ;   A O A C ,   1 9 8 4 ,   O F F   M E T H   A N ;   A O A C ,   1 9 9 5 ,   O F F   M E T H   A N ;   B a o   J S ,   2 0 0 5 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 5 3 ,   P 2 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 0 4 8 3 1 2 z ;   C h a n   K C ,   2 0 1 4 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 6 2 ,   P 5 0 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 5 0 1 4 6 6 t ;   C h e n   W . ,   2 0 1 3 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 7 2 4 1 8 3 ;   C h e n   W ,   2 0 0 8 ,   F R E E   R A D I C A L   B I O   M E D ,   V 4 5 ,   P 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f r e e r a d b i o m e d . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 1 3 ;   C h e n   W ,   2 0 1 6 ,   O X I D   M E D   C E L L   L O N G E V ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 6 / 3 2 9 7 3 6 3 ;   C h e n   W ,   2 0 1 6 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 9 6 ,   P 9 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 2 4 ;   C h e n   W ,   2 0 1 5 ,   L W T - F O O D   S C I   T E C H N O L ,   V 6 0 ,   P 1 2 0 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . I w t . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 1 1 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . l w t . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 1 1 ] ;   C h e n   W ,   2 0 1 4 ,   C H E M - B I O L   I N T E R A C T ,   V 2 1 9 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b i . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 1 0 ;   C h e n   W ,   2 0 1 4 ,   A U T O P H A G Y ,   V 1 0 ,   P 1 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / a u t o . 2 8 9 5 4 ;   C h e n   W ,   2 0 1 2 ,   C H E M - B I O L   I N T E R A C T ,   V 1 9 9 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c b i . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 1 ;   C h e n   W ,   2 0 1 1 ,   F O O D   C H E M   T O X I C O L ,   V 4 9 ,   P 2 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c t . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 6 6 ;   C h o i   J Y ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   F O O D ,   V 1 8 ,   P 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / j m f . 2 0 1 4 . 3 2 9 2 ;   F a n g   Z X ,   2 0 0 9 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 1 3 ,   P 8 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 0 8 . 0 7 . 1 0 2 ;   F a r r e l l   N J ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 1 4 ,   P 1 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 1 5 0 0 2 9 6 2 ;   G o n z a l e z - R o d r i g u e z   J . ,   2 0 0 2 ,   I n n o v a t i v e   F o o d   S c i e n c e   &   E m e r g i n g   T e c h n o l o g i e s ,   V 3 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 6 6 - 8 5 6 4 ( 0 2 ) 0 0 0 2 9 - 2 ;   H a k k i n e n   S H ,   1 9 9 9 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 4 7 ,   P 2 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 9 8 1 1 0 6 5 ;   H i r o s e   M ,   1 9 9 8 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 1 9 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / 1 9 . 1 . 2 0 7 ;   J u r g o n s k i   A ,   2 0 0 8 ,   P L A N T   F O O D   H U M   N U T R ,   V 6 3 ,   P 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 3 0 - 0 0 8 - 0 0 8 7 - 7 ;   K h a n s a r i   N e m a t ,   2 0 0 9 ,   R e c e n t   P a t   I n f l a m m   A l l e r g y   D r u g   D i s c o v ,   V 3 ,   P 7 3 ;   K l a u n i g   J E ,   2 0 1 0 ,   T O X I C O L   P A T H O L ,   V 3 8 ,   P 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 1 9 2 6 2 3 3 0 9 3 5 6 4 5 3 ;   K r i s h n a i a h   D ,   2 0 1 1 ,   F O O D   B I O P R O D   P R O C E S S ,   V 8 9 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f b p . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 0 8 ;   L e e   C C ,   2 0 1 3 ,   F O O D   F U N C T ,   V 4 ,   P 7 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 f o 3 0 3 8 9 f ;   L e e   Y A ,   2 0 0 7 ,   J   N U T R   S C I   V I T A M I N O L ,   V 5 3 ,   P 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 1 7 7 / j n s v . 5 3 . 2 8 7 ;   L i u   H S ,   2 0 1 4 ,   J   N A T   M E D - T O K Y O ,   V 6 8 ,   P 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 1 8 - 0 1 4 - 0 8 2 9 - 9 ;   M e i r e l e s   M ,   2 0 1 6 ,   F O O D   F U N C T ,   V 7 ,   P 1 2 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 9 / c 5 f o 0 0 9 2 5 a ,   1 0 . 1 0 3 9 / C 5 F O 0 0 9 2 5 A ] ;   M i t c h e l l   H .   S . ,   1 9 7 6 ,   N U T R   H L T H   D I S ;   N a z a r u d e e n   A ,   2 0 1 0 ,   I N D I A N   J   T R A D I T   K N O W ,   V 9 ,   P 3 9 8 ;   P i s o s c h i   A .   M . ,   2 0 0 8 ,   J   A U T O M A T E D   M E T H O D S ,   V 2 0 0 8 ,   P 8 ;   R a h m a n   T ,   2 0 1 2 ,   A D V   B I O S C I E N C E   B I O T E ,   V 3 ,   P 9 9 7 ,   D O I   [ 1 0 . 4 2 3 6 / a b b . 2 0 1 2 . 3 2 7 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 4 2 3 6 / A B B . 2 0 1 2 . 3 2 7 1 2 3 ] ;   S e k i y a   M ,   2 0 0 8 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 3 7 5 ,   P 6 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 6 8 ;   S u n   B X ,   1 9 9 7 ,   T O X I C O L O G Y ,   V 1 2 2 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 0 - 4 8 3 X ( 9 7 ) 0 0 0 7 8 - 4 ;   S u n   C D ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   F O O D ,   V 1 5 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / j m f . 2 0 1 1 . 1 8 0 6 ;   S u n   C D ,   2 0 1 3 ,   P L A N T   F O O D   H U M   N U T R ,   V 6 8 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 3 0 - 0 1 3 - 0 3 4 9 - x ;   S u n   C D ,   2 0 1 2 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 3 1 ,   P 1 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 1 . 0 9 . 1 2 1 ;   S z a j d e k   A ,   2 0 0 8 ,   P L A N T   F O O D   H U M   N U T R ,   V 6 3 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 3 0 - 0 0 8 - 0 0 9 7 - 5 ;   V a l c h e v a - K u z m a n o v a   S ,   2 0 0 7 ,   P L A N T   F O O D   H U M   N U T R ,   V 6 2 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 3 0 - 0 0 6 - 0 0 3 6 - 2 ;   V u o n g   Q V ,   2 0 1 4 ,   J   E T H N O P H A R M A C O L ,   V 1 5 2 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j e p . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 2 3 ;   Y u   L J ,   2 0 1 5 ,   J   F U N C T   F O O D S ,   V 1 4 ,   P 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f f . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 3 ;   Z h a n g   B ,   2 0 1 1 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 5 9 ,   P 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 1 0 3 5 4 0 5 ;   Z h a n g   W S ,   2 0 0 8 ,   E U R   F O O D   R E S   T E C H N O L ,   V 2 2 7 ,   P 1 0 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 7 - 0 0 8 - 0 8 2 4 - z ;   Z h a n g   X A ,   2 0 1 6 ,   F O O D   F U N C T ,   V 7 ,   P 3 1 3 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 9 / c 6 f o 0 0 3 9 7 d ,   1 0 . 1 0 3 9 / C 6 F O 0 0 3 9 7 D ] ;   Z h a n g   X N ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 6 ,   P 1 2 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 6 0 6 1 2 4 6 7 ;   Z h a n g   Y Y ,   2 0 1 4 ,   J   A T H E R O S C L E R   T H R O M B ,   V 2 1 ,   P 1 1 9 ;   Z h o u   S H ,   2 0 0 9 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 1 2 ,   P 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 0 8 . 0 5 . 1 0 4 	 4 7 	 0 	 0 	 7 	 7 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 7 5 6 - 4 6 4 6 	 	 	 J   F U N C T   F O O D S 	 J .   F u n c t .   F o o d . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 7 	 	 	 	 	 	 4 7 2 	 4 8 2 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j f f . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 0 2 	 	 1 1 	 F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y 	 F o o d   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y 	 E F 2 U B 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 1 8 0 0 0 0 0 4 1 	 	 
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 A s s o c i a t i o n   o f   P h y s i c i s t s   i n   M e d i c i n e . 	 [ G a n g e h ,   M .   J . ;   S a n n a c h i ,   L . ;   C z a r n o t a ,   G .   J . ]   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   M e d   B i o p h y s ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 G   2 M 9 ,   C a n a d a ;   [ G a n g e h ,   M .   J . ;   S a n n a c h i ,   L . ;   C z a r n o t a ,   G .   J . ]   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 G   2 M 9 ,   C a n a d a ;   [ G a n g e h ,   M .   J . ;   S a n n a c h i ,   L . ;   C z a r n o t a ,   G .   J . ]   S u n n y b r o o k   H l t h   S c i   C t r ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   T o r o n t o ,   O N   M 4 N   3 M 5 ,   C a n a d a ;   [ G a n g e h ,   M .   J . ;   S a n n a c h i ,   L . ;   C z a r n o t a ,   G .   J . ]   S u n n y b r o o k   H l t h   S c i   C t r ,   D e p t   I m a g i n g   R e s   P h y s   S c i ,   T o r o n t o ,   O N   M 4 N   3 M 5 ,   C a n a d a ;   [ H a s h i m ,   A . ;   G i l e s ,   A . ]   S u n n y b r o o k   H l t h   S c i   C t r ,   I m a g i n g   R e s   &   P h y s   S c i ,   T o r o n t o ,   O N   M 4 N   3 M 5 ,   C a n a d a 	 G a n g e h ,   M J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   M e d   B i o p h y s ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 G   2 M 9 ,   C a n a d a . ;   G a n g e h ,   M J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   T o r o n t o ,   O N   M 5 G   2 M 9 ,   C a n a d a . ;   G a n g e h ,   M J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S u n n y b r o o k   H l t h   S c i   C t r ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   T o r o n t o ,   O N   M 4 N   3 M 5 ,   C a n a d a . ;   G a n g e h ,   M J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S u n n y b r o o k   H l t h   S c i   C t r ,   D e p t   I m a g i n g   R e s   P h y s   S c i ,   T o r o n t o ,   O N   M 4 N   3 M 5 ,   C a n a d a . 	 m e h r d a d . g a n g e h @ u t o r o n t o . c a 	 	 	 T e r r y   F o x   F o u n d a t i o n   t h r o u g h   a   p r o g r a m   p r o j e c t   g r a n t   " U l t r a s o u n d   a n d   M R I   f o r   C a n c e r   T h e r a p y " ;   N a t u r a l   S c i e n c e s   a n d   E n g i n e e r i n g   R e s e a r c h   C o u n c i l   o f   C a n a d a   P o s t d o c t o r a l   F e l l o w s h i p ;   J a m e s   a n d   M a r y   D a v i e   C h a i r   i n   B r e a s t   C a n c e r   I m a g i n g   a n d   A b l a t i o n   a t   t h e   U n i v e r s i t y   o f   T o r o n t o 	 T h i s   w o r k   w a s   f u n d e d ,   i n   p a r t ,   b y   t h e   T e r r y   F o x   F o u n d a t i o n   t h r o u g h   a   p r o g r a m   p r o j e c t   g r a n t   " U l t r a s o u n d   a n d   M R I   f o r   C a n c e r   T h e r a p y . "   D r .   M e h r d a d   J .   G a n g e h   h o l d s   a   N a t u r a l   S c i e n c e s   a n d   E n g i n e e r i n g   R e s e a r c h   C o u n c i l   o f   C a n a d a   P o s t d o c t o r a l   F e l l o w s h i p .   D r .   G r e g o r y   J .   C z a r n o t a   i s   s u p p o r t e d   b y   a   J a m e s   a n d   M a r y   D a v i e   C h a i r   i n   B r e a s t   C a n c e r   I m a g i n g   a n d   A b l a t i o n   a t   t h e   U n i v e r s i t y   o f   T o r o n t o . 	 A h o n e n   T ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 0 ,   P 3 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 1 2 ;   A l - M a h r o u k i   A A ,   2 0 1 2 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 8 ,   P 1 9 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 9 ;   A l b e r t   J M ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 5 ,   P 1 5 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 6 . 0 4 . 0 3 6 ;   A r i f   O . ,   2 0 1 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   B a n i h a s h e m i   B ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 8 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 8 - 0 0 0 6 ;   B r i n d l e   K ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 8 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 2 8 9 ;   C o l e m a n   C N ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 2 8 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 7 . 3 8 6 5 ;   C u n e o   K C ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 1 ,   P 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 6 2 ;   C z a r n o t a   G J ,   1 9 9 7 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 2 3 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 9 7 ) 0 0 0 6 7 - 7 ;   C z a r n o t a   G J ,   1 9 9 9 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 1 ,   P 5 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 9 0 7 2 4 ;   C z a r n o t a   G .   J . ,   2 0 1 0 ,   I M A G   M E D ,   V 2 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / i i m . 0 9 . 3 4 ;   C z a r n o t a   G J ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   p E 2 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 0 0 0 5 3 1 0 9 ;   D e e l m a n   L E ,   2 0 1 0 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 6 2 ,   P 1 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d r . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 2 ;   d e   W i n t e r   J C F ,   2 0 1 3 ,   P R A C T I C A L   A S S E S S M E N T ,   V 1 8 ,   P 1 ;   D u d a   R .   O . ,   2 0 0 1 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   E i s e n h a u e r   E A ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 5 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 2 6 ;   E l   K a f f a s   A ,   2 0 1 2 ,   T E C H N O L   C A N C E R   R E S   T ,   V 1 1 ,   P 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 7 7 8 5 / t c r t . 2 0 1 2 . 5 0 0 2 6 5 ;   F E L E P P A   E J ,   1 9 8 6 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 1 2 ,   P 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 8 6 ) 9 0 1 8 3 - 3 ;   F e l e p p a   E J ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   U L T R A S O N   F E R R ,   V 4 3 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 8 . 5 0 3 7 7 9 ;   F e l e p p a   E J ,   2 0 1 1 ,   S E M I N   O N C O L ,   V 3 8 ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . s e m i n o n c o l . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 0 6 ;   F o l k m a n   J ,   2 0 0 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 3 ,   P 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 6 2 8 9 2 ;   G a n g e h   M J ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 3 ,   P 1 3 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 1 2 2 5 4 ;   G a n g e h   M . J . ,   2 0 1 5 ,   P   I N T   S   B I O M   I M   N A N ;   G a n g e h   M . J . ,   2 0 1 3 ,   P   I N T   S   B I O M   I M   N A N ,   P 1 3 6 0 ;   G a r c i a - B a r r o s   M ,   2 0 0 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 0 ,   P 1 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 8 2 5 0 4 ;   G a u g l e r   M H ,   2 0 0 7 ,   R A D I A T   R E S ,   V 1 6 7 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 6 6 7 / R R 0 7 0 2 . 1 ;   G r e t t o n   A . ,   2 0 0 8 ,   1 5 7   M   P L A N C K   I   B I O L ;   G r e t t o n   A . ,   2 0 0 7 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 1 9 ,   P 5 1 3 ;   G r e t t o n   A ,   2 0 1 2 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 3 ,   P 7 2 3 ;   H a l l   E . J . ,   2 0 0 0 ,   R A D I O B I O L O G Y   R A D I O B I ,   P 2 2 7 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H a y d e n   E C ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 8 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 5 8 1 3 1 a ;   H u n t   J W ,   2 0 0 2 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 2 8 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 0 1 ) 0 0 4 9 4 - X ;   H w a n g   J H ,   2 0 0 5 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 1 ,   P 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 1 4 ;   I N S A N A   M F ,   1 9 9 0 ,   U L T R A S O N I C   I M A G I N G ,   V 1 2 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 1 - 7 3 4 6 ( 9 0 ) 9 0 0 0 2 - F ;   J a g a n n a t h a n   N R ,   2 0 0 1 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 4 ,   P 1 0 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 4 / b j o c . 2 0 0 1 . 1 7 1 1 ;   J e g e l k a   S . ,   2 0 0 9 ,   P   3 2   A N N   G E R M   C   A D V ,   P 1 4 4 ;   K i m   H C ,   2 0 1 3 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 9 ,   P 1 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 2 ;   K o l e s n i c k   R ,   2 0 0 3 ,   O N C O G E N E ,   V 2 2 ,   P 5 8 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 6 7 0 2 ;   K o l i o s   M C ,   2 0 0 9 ,   F U T U R E   O N C O L ,   V 5 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / f o n . 0 9 . 1 5 7 ,   1 0 . 2 2 1 7 / F O N . 0 9 . 1 5 7 ] ;   L A Z E B N I K   S ,   2 0 0 6 ,   P   I E E E   C O M P   V I S   P A T T ,   V 2 0 0 6 ,   P 2 1 6 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 6 . 6 8 ;   L e e   J ,   2 0 1 2 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 8 ,   P 1 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 2 8 ;   L e f e b v r e   F ,   2 0 0 0 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 2 6 ,   P 1 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 0 0 ) 0 0 3 0 2 - 1 ;   L I Z Z I   F L ,   1 9 8 3 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 7 3 ,   P 1 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 3 8 9 2 4 1 ;   L i z z i   F L ,   1 9 9 7 ,   I N T   J   I M A G   S Y S T   T E C H ,   V 8 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 8 - 1 0 9 8 ( 1 9 9 7 ) 8 : 1 < 3 : : A I D - I M A 2 > 3 . 0 . C O ; 2 - E ;   L I Z Z I   F L ,   1 9 8 8 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 1 4 ,   P 3 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 1 - 5 6 2 9 ( 8 8 ) 9 0 0 7 3 - 7 ;   L I Z Z I   F L ,   1 9 8 7 ,   I E E E   T   U L T R A S O N   F E R R ,   V 3 4 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T - U F F C . 1 9 8 7 . 2 6 9 5 0 ;   M a t e r k a   A . ,   1 9 9 8 ,   B 1 1   C O S T   T U   L O D Z   I   E ;   M i r m e h d i   M . ,   2 0 0 8 ,   H D B   T E X T U R E   A N A L ;   M o e l l e r   B J ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 5 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 4 ) 0 0 1 1 5 - 1 ;   M o t u l s k y   H . ,   2 0 1 0 ,   I N T U I T I V E   B I O S T A T I S T ;   O ' R e i l l y   M S ,   2 0 0 6 ,   S E M I N   R A D I A T   O N C O L ,   V 1 6 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m r a d o n c . 2 0 0 5 . 0 8 . 0 0 6 ;   O e l z e   M L ,   2 0 0 6 ,   U L T R A S O N I C   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 8 3 ;   O e l z e   M L ,   2 0 0 4 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 1 1 5 ,   P 3 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 1 . 7 3 9 4 8 4 ;   O e l z e   M L ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 3 ,   P 7 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 4 . 8 2 6 9 5 3 ;   O e l z e   M L ,   2 0 0 2 ,   J   A C O U S T   S O C   A M ,   V 1 1 2 ,   P 3 0 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 1 / 1 . 1 5 1 7 0 6 4 ;   O j a l a   T ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 1 7 6 2 3 ;   S c h a f e r   R W ,   2 0 0 9 ,   D I S C R E T E   T I M E   S I G N A L ;   P a r i s   F ,   2 0 0 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 3 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 6 0 1 9 1 ;   R i c e   S D ,   2 0 1 0 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 3 0 ,   P 2 8 0 5 ;   R o s s   G M ,   1 9 9 9 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 6 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 6 7 7 / e r c . 0 . 0 0 6 0 0 4 1 ;   R o s s   J S ,   2 0 1 1 ,   B I O M A R K   M E D ,   V 5 ,   P 2 7 7 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / b m m . 1 1 . 2 9 ,   1 0 . 2 2 1 7 / B M M . 1 1 . 2 9 ] ;   R o t o l o   J A ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 0 ,   P 9 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 9 - 1 5 6 2 ;   R o t o l o   J A ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 3 ,   P 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 9 ;   R o u f f i a c   V ,   2 0 0 4 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 3 9 ,   P 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . r l i . 0 0 0 0 1 2 4 4 5 7 . 9 9 2 2 9 . b b ;   S a d e g h i - N a i n i   A l i ,   2 0 1 5 ,   O n c o s c i e n c e ,   V 2 ,   P 7 1 6 ;   S a d e g h i - N a i n i   A ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 3 4 9 7 ;   S a d e g h i - N a i n i   A ,   2 0 1 3 ,   T R A N S L   O N C O L ,   V 6 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / t l o . 1 2 3 8 5 ;   S a d e g h i - N a i n i   A ,   2 0 1 3 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 9 ,   P 2 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 2 - 2 9 6 5 ;   S a d e g h i - N a i n i   A . ,   2 0 1 2 ,   I M A G I N G   M E D ,   V 4 ,   P 3 1 1 ;   S a d e g h i - N a i n i   A . ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ;   S a n n a c h i   L ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 0 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 9 ;   S c h o l k o p f   B . ,   2 0 0 2 ,   L E A R N I N G   K E R N E L S   S U P ;   S H E R A R   M D ,   1 9 8 7 ,   N A T U R E ,   V 3 3 0 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 3 0 4 9 3 a 0 ;   S i e g e l   S ,   1 9 8 8 ,   N O N P A R A M E T R I C   S T A T   B ;   S i r s i   S ,   2 0 1 0 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 6 ,   P 9 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 1 5 ;   T a g g a r t   L R ,   2 0 0 7 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 3 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 3 7 ;   T h o r p e   P E ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 6 4 2 - 0 3 ;   T r a n   W T ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 2 . 2 7 9 ;   T u n i s   A S ,   2 0 0 5 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 1 ,   P 1 0 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 2 0 ;   V l a d   R M ,   2 0 0 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 0 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 0 / 2 / 0 0 2 ;   V l a d   R M ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 2 ,   P 1 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 0 7 . 0 2 7 ;   V l a d   R M ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 2 0 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 1 9 7 0 ;   Y a n g   M ,   2 0 0 7 ,   U L T R A S O N I C   I M A G I N G ,   V 2 9 ,   P 1 2 2 ;   Z h a n g   J ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 7 3 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 3 - 0 0 6 - 9 7 9 4 - 4 	 8 5 	 0 	 0 	 1 1 	 1 1 	 A M E R   A S S O C   P H Y S I C I S T S   M E D I C I N E   A M E R   I N S T   P H Y S I C S 	 M E L V I L L E 	 S T E   1   N O   1 ,   2   H U N T I N G T O N   Q U A D R A N G L E ,   M E L V I L L E ,   N Y   1 1 7 4 7 - 4 5 0 2   U S A 	 0 0 9 4 - 2 4 0 5 	 2 4 7 3 - 4 2 0 9 	 	 M E D   P H Y S 	 M e d .   P h y s . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 4 3 	 1 2 	 	 	 	 	 6 4 3 9 	 6 4 5 4 	 	 1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 6 7 2 6 5 	 	 1 6 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E F 3 P R 	 W O S : 0 0 0 3 9 0 2 3 7 2 0 0 0 2 3 	 2 7 9 0 8 1 6 7 	 
 
 J 	 L i n ,   F P Y ;   P o k o r n y ,   A ;   T e n g ,   C ;   D e a r ,   R ;   E p s t e i n ,   R J 	 	 	 	 L i n ,   F r a n k   P .   Y . ;   P o k o r n y ,   A d r i a n ;   T e n g ,   C h r i s t i n a ;   D e a r ,   R a c h e l ;   E p s t e i n ,   R i c h a r d   J . 	 	 	 C o m p u t a t i o n a l   p r e d i c t i o n   o f   m u l t i d i s c i p l i n a r y   t e a m   d e c i s i o n - m a k i n g   f o r   a d j u v a n t   b r e a s t   c a n c e r   d r u g   t h e r a p i e s :   a   m a c h i n e   l e a r n i n g   a p p r o a c h 	 B M C   C A N C E R 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r ;   C y t o t o x i c   d r u g   t h e r a p y ;   D e c i s i o n   a n a l y s i s ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   C l i n i c a l   d e c i s i o n   s u p p o r t   s y s t e m 	 C L I N I C A L - P R A C T I C E   G U I D E L I N E S ;   P A T I E N T S   P R E F E R E N C E S ;   P R O G N O S T I C   M O D E L ;   F O L L O W - U P ;   E S M O ;   C H E M O T H E R A P Y ;   W O R T H W H I L E ;   D I A G N O S I S ;   Q U A L I T Y ;   C A R E 	 B a c k g r o u n d :   M u l t i d i s c i p l i n a r y   t e a m   ( M D T )   m e e t i n g s   a r e   u s e d   t o   o p t i m i s e   e x p e r t   d e c i s i o n - m a k i n g   a b o u t   t r e a t m e n t   o p t i o n s ,   b u t   s u c h   e x p e r t i s e   i s   n o t   d i g i t a l l y   t r a n s f e r a b l e   b e t w e e n   c e n t r e s .   T o   h e l p   s t a n d a r d i s e   m e d i c a l   d e c i s i o n - m a k i n g ,   w e   d e v e l o p e d   a   m a c h i n e   l e a r n i n g   m o d e l   d e s i g n e d   t o   p r e d i c t   M D T   d e c i s i o n s   a b o u t   a d j u v a n t   b r e a s t   c a n c e r   t r e a t m e n t s .   M e t h o d s :   W e   a n a l y s e d   M D T   d e c i s i o n s   r e g a r d i n g   a d j u v a n t   s y s t e m i c   t h e r a p y   f o r   1 0 6 5   b r e a s t  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 c r o s s - v a l i d a t i o n ,   t h e   b e s t   c l a s s i f i e r s   a c h i e v e d   a r e a s   u n d e r   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   c u r v e   ( A U C )   o f   0 . 9 4 0   f o r   c h e m o t h e r a p y   ( 9 5 %   C . I . ,   0 . 9 2 2 - 0 . 9 5 8 ) ,   0 . 8 9 9   f o r   t h e   e n d o c r i n e   t h e r a p y   ( 9 5 %   C .   I . ,   0 . 8 8 0 - 0 . 9 1 8 ) ,   a n d   0 . 9 7 7   f o r   t r a s t u z u m a b   t h e r a p y   ( 9 5 %   C . I . ,   0 . 9 5 5 - 0 . 9 9 9 )   r e s p e c t i v e l y .   O v e r a l l ,   b o o t s t r a p   a g g r e g a t e d   c l a s s i f i e r s   p e r f o r m e d   b e t t e r   a m o n g   a l l   e v a l u a t e d   m a c h i n e   l e a r n i n g   m o d e l s .   C o n c l u s i o n s :   A   m a c h i n e   l e a r n i n g   a p p r o a c h   b a s e d   o n   c l i n i c o p a t h o l o g i c   c h a r a c t e r i s t i c s   c a n   p r e d i c t   M D T   d e c i s i o n s   a b o u t   a d j u v a n t   b r e a s t   c a n c e r   d r u g   t h e r a p i e s .   T h e   d i s c r e p a n c y   b e t w e e n   M D T - a n d   g u i d e l i n e - b a s e d   d e c i s i o n s   r e g a r d i n g   a d j u v a n t   c h e m o t h e r a p y   i m p l i e s   t h a t   c e r t a i n   n o n - c l i n c o p a t h o l o g i c   c r i t e r i a ,   s u c h   a s   p a t i e n t   p r e f e r e n c e   a n d   r e s o u r c e   a v a i l a b i l i t y ,   a r e   f a c t o r e d   i n t o   c l i n i c a l   d e c i s i o n - m a k i n g   b y   l o c a l   e x p e r t s   b u t   n o t   c a p t u r e d   b y   g u i d e l i n e s . 	 [ L i n ,   F r a n k   P .   Y . ;   P o k o r n y ,   A d r i a n ;   T e n g ,   C h r i s t i n a ;   D e a r ,   R a c h e l ;   E p s t e i n ,   R i c h a r d   J . ]   S t   V i n c e n t s   H o s p ,   K i n g h o r n   C a n c   C t r ,   D e p t   O n c o l ,   3 7 0   V i c t o r i a   S t ,   S y d n e y ,   N S W ,   A u s t r a l i a ;   [ L i n ,   F r a n k   P .   Y . ;   E p s t e i n ,   R i c h a r d   J . ]   G a r v a n   I n s t   M e d   R e s ,   S y d n e y ,   N S W ,   A u s t r a l i a ;   [ L i n ,   F r a n k   P .   Y . ;   E p s t e i n ,   R i c h a r d   J . ]   U n i v   N e w   S o u t h   W a l e s ,   S y d n e y ,   N S W ,   A u s t r a l i a ;   [ D e a r ,   R a c h e l ]   U n i v   S y d n e y ,   S y d n e y ,   N S W ,   A u s t r a l i a 	 L i n ,   F P Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S t   V i n c e n t s   H o s p ,   K i n g h o r n   C a n c   C t r ,   D e p t   O n c o l ,   3 7 0   V i c t o r i a   S t ,   S y d n e y ,   N S W ,   A u s t r a l i a . ;   L i n ,   F P Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G a r v a n   I n s t   M e d   R e s ,   S y d n e y ,   N S W ,   A u s t r a l i a . ;   L i n ,   F P Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   N e w   S o u t h   W a l e s ,   S y d n e y ,   N S W ,   A u s t r a l i a . 	 f . l i n @ u n s w . e d u . a u 	 	 	 	 	 A e b i   S ,   2 0 1 1 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 2 ,   p v i 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d r 3 7 1 ;   A e b i   S ,   2 0 1 0 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 1 ,   p v 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d q 1 5 9 ;   C a b a n a   M D ,   1 9 9 9 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 2 ,   P 1 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 2 . 1 5 . 1 4 5 8 ;   D u r i c   V ,   2 0 0 1 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 2 ,   P 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 1 ) 0 0 5 5 9 - 9 ;   D u r i c   V M ,   2 0 0 5 ,   A N N   O N C O L ,   V 1 6 ,   P 1 7 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d i 3 7 0 ;   G o l d h i r s c h   A ,   2 0 0 9 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 0 ,   P 1 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d p 3 2 2 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a l l   M .   A . ,   2 0 0 0 ,   P   1 7   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 3 5 9 ;   H A N L E Y   J A ,   1 9 8 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 4 3 ,   P 2 9 ;   J a n s e n   S J T ,   2 0 0 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 2 ,   P 3 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 4 . 0 6 . 1 0 9 ;   K e a t i n g   N L ,   2 0 1 3 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 5 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j s 5 0 2 ;   K e s s o n   E M ,   2 0 1 2 ,   B M J - B R I T   M E D   J ,   V 3 4 4 ,   P 2 7 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / B M J . E 2 7 1 8 ;   L a m b   B W ,   2 0 1 1 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 8 ,   P 2 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 1 - 1 6 7 5 - 6 ;   L a n d e r c a s p e r   J ,   2 0 0 6 ,   A M   J   S U R G ,   V 1 9 2 ,   P 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m j s u r g . 2 0 0 6 . 0 5 . 0 1 2 ;   N a t i o n a l   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   N e t w o r k ,   B R E A S T   C A N C   V E R S   2 0 0 ;   O l i v o t t o   I A ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 2 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 6 . 1 7 8 ;   P a t k a r   V ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   B R E A S T   C A N C ,   V 2 0 1 1 ;   P a t k a r   V ,   2 0 1 2 ,   B M J   O P E N ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j o p e n - 2 0 1 1 - 0 0 0 4 3 9 ;   S a i n i   K S ,   2 0 1 2 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 8 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d r 3 5 2 ;   S e n k u s   E ,   2 0 1 3 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d t 2 8 4 ;   T a y l o r   C ,   2 0 1 0 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . c 9 5 1 ;   V a r g a   D ,   2 0 1 0 ,   O N C O L O G Y - B A S E L ,   V 7 8 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 1 3 6 9 8 ;   W i s h a r t   G C ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 2 4 6 4 ;   W o c k e l   A ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T ,   V 1 9 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r e a s t . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 6 ;   W r i g h t   F C ,   2 0 0 7 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 3 ,   P 1 0 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 2 5 ;   Z a g o u r i   F ,   2 0 1 5 ,   B R E A S T ,   V 2 4 ,   P 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r e a s t . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 3 1 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 6 ,   A S I A   P A C   J   C L I N   O   S 4 ,   V 1 2 ,   P 5 1 	 2 7 	 0 	 0 	 1 4 	 1 4 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 4 0 7 	 	 	 B M C   C A N C E R 	 B M C   C a n c e r 	 D E C   1 	 2 0 1 6 	 1 6 	 	 	 	 	 	 	 	 9 2 9 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 5 - 0 1 6 - 2 9 7 2 - z 	 	 1 0 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E E 1 Z D 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 3 8 2 0 0 0 0 0 3 	 2 7 9 0 5 8 9 3 	 
 
 J 	 M a c I n n i s ,   R J ;   S c h m i d t ,   D F ;   M a k a l i c ,   E ;   S e v e r i ,   G ;   F i t z G e r a l d ,   L M ;   R e u m a n n ,   M ;   K a p u s c i n s k i ,   M K ;   K o w a l c z y k ,   A ;   Z h o u ,   Z Y ;   G o u d e y ,   B ;   Q i a n ,   G Q ;   B u i ,   Q M ;   P a r k ,   D J ;   F r e e m a n ,   A ;   S o u t h e y ,   M C ;   A l   O l a m a ,   A A ;   K o t e - J a r a i ,   Z ;   E e l e s ,   R A ;   H o p p e r ,   J L ;   G i l e s ,   G G 	 	 	 	 M a c I n n i s ,   R o b e r t   J . ;   S c h m i d t ,   D a n i e l   F . ;   M a k a l i c ,   E n e s ;   S e v e r i ,   G i a n l u c a ;   F i t z G e r a l d ,   L i e s e l   M . ;   R e u m a n n ,   M a t t h i a s ;   K a p u s c i n s k i ,   M i r o s l a w   K . ;   K o w a l c z y k ,   A d a m ;   Z h o u ,   Z e y u ;   G o u d e y ,   B e n j a m i n ;   Q i a n ,   G u o q i ;   B u i ,   Q u a n g   M . ;   P a r k ,   D a n i e l   J . ;   F r e e m a n ,   A d a m ;   S o u t h e y ,   M e l i s s a   C . ;   A l   O l a m a ,   A l i   A m i n ;   K o t e - J a r a i ,   Z s o f i a ;   E e l e s ,   R o s a l i n d   A . ;   H o p p e r ,   J o h n   L . ;   G i l e s ,   G r a h a m   G . 	 	 U K   G e n e t i c   P r o s t a t e   C a n c   S t u d y   C o l 	 U s e   o f   a   N o v e l   N o n p a r a m e t r i c   V e r s i o n   o f   D E P T H   t o   I d e n t i f y   G e n o m i c   R e g i o n s   A s s o c i a t e d   w i t h   P r o s t a t e   C a n c e r   R i s k 	 C A N C E R   E P I D E M I O L O G Y   B I O M A R K E R S   &   P R E V E N T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 A U S T R A L I A N   C A S E - C O N T R O L ;   S U S C E P T I B I L I T Y   L O C I ;   W I D E   A S S O C I A T I O N ;   I D E N T I F I C A T I O N 	 B a c k g r o u n d :   W e   h a v e   d e v e l o p e d   a   g e n o m e - w i d e   a s s o c i a t i o n   s t u d y   a n a l y s i s   m e t h o d   c a l l e d   D E P T H   ( D E P e n d e n c y   o f   a s s o c i a t i o n   o n   t h e   n u m b e r   o f   T o p   H i t s )   t o   i d e n t i f y   g e n o m i c   r e g i o n s   p o t e n t i a l l y   a s s o c i a t e d   w i t h   d i s e a s e   b y   c o n s i d e r i n g   o v e r l a p p i n g   g r o u p s   o f   c o n t i g u o u s   m a r k e r s   ( e . g . ,   S N P s )   a c r o s s   t h e   g e n o m e .   D E P T H   i s   a   m a c h i n e   l e a r n i n g   a l g o r i t h m   f o r   f e a t u r e   r a n k i n g   o f   u l t r a - h i g h   d i m e n s i o n a l   d a t a s e t s ,   b u i l t   f r o m   w e l l - e s t a b l i s h e d   s t a t i s t i c a l   t o o l s   s u c h   a s   b o o t s t r a p p i n g ,   p e n a l i z e d   r e g r e s s i o n ,   a n d   d e c i s i o n   t r e e s .   U n l i k e   m a r g i n a l   r e g r e s s i o n ,   w h i c h   c o n s i d e r s   e a c h   S N P   i n d i v i d u a l l y ,   t h e   k e y   i d e a   b e h i n d   D E P T H   i s   t o   r a n k   g r o u p s   o f   S N P s   i n   t e r m s   o f   t h e i r   j o i n t   s t r e n g t h   o f   a s s o c i a t i o n   w i t h   t h e   o u t c o m e .   O u r   a i m   w a s   t o   c o m p a r e   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   D E P T H   w i t h   t h a t   o f   s t a n d a r d   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   a n a l y s i s .   M e t h o d s :   W e   s e l e c t e d   1 , 8 5 4   p r o s t a t e   c a n c e r   c a s e s   a n d   1 , 8 9 4   c o n t r o l s   f r o m   t h e   U K   f o r   w h o m   5 4 1 , 1 2 9   S N P s   w e r e   m e a s u r e d   u s i n g   t h e   I l l u m i n a   I n f i n i u m   H u m a n H a p 5 5 0   a r r a y .   C o n f i r m a t i o n   w a s   s o u g h t   u s i n g   4 , 1 5 2   c a s e s   a n d   2 , 8 7 4   c o n t r o l s ,   a s c e r t a i n e d   f r o m   t h e   U K   a n d   A u s t r a l i a ,   f o r   w h o m   2 1 1 , 1 5 5   S N P s   w e r e   m e a s u r e d   u s i n g   t h e   i C O G S   I l l u m i n a   I n f i n i u m   a r r a y .   R e s u l t s :   F r o m   t h e   D E P T H   a n a l y s i s ,   w e   i d e n t i f i e d   1 4   r e g i o n s   a s s o c i a t e d   w i t h   p r o s t a t e   c a n c e r   r i s k   t h a t   h a d   b e e n   r e p o r t e d   p r e v i o u s l y ,   f i v e   o f   w h i c h   w o u l d   n o t   h a v e   b e e n   i d e n t i f i e d   b y   c o n v e n t i o n a l   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n .   W e   a l s o   i d e n t i f i e d   1 1 2   n o v e l   p u t a t i v e   s u s c e p t i b i l i t y   r e g i o n s .   C o n c l u s i o n s :   D E P T H   c a n   r e v e a l   n e w   r i s k - a s s o c i a t e d   r e g i o n s   t h a t   w o u l d   n o t   h a v e   b e e n   i d e n t i f i e d   u s i n g   a   c o n v e n t i o n a l   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   a n a l y s i s   o f   i n d i v i d u a l   S N P s .   I m p a c t :   T h i s   s t u d y   d e m o n s t r a t e s   t h a t   t h e   D E P T H   a l g o r i t h m   c o u l d   i d e n t i f y   a d d i t i o n a l   g e n e t i c   s u s c e p t i b i l i t y   r e g i o n s   t h a t   m e r i t   f u r t h e r   i n v e s t i g a t i o n .   C a n c e r   E p i d e m i o l   B i o m a r k e r s   P r e v ;   2 5 ( 1 2 ) ;   1 6 1 9 - 2 4 .   ( C )   2 0 1 6   A A C R . 	 [ M a c I n n i s ,   R o b e r t   J . ]   C a n c   C o u n c i l   V i c t o r i a ,   C a n c   E p i d e m i o l   C t r ,   M e l b o u r n e ,   A u s t r a l i a ;   [ S c h m i d t ,   D a n i e l   F . ;   M a k a l i c ,   E n e s ;   K a p u s c i n s k i ,   M i r o s l a w   K . ;   K o w a l c z y k ,   A d a m ;   H o p p e r ,   J o h n   L . ;   G i l e s ,   G r a h a m   G . ]   U n i v   M e l b o u r n e ,   C t r   E p i d e m i o l   &   B i o s t a t i s t ,   M e l b o u r n e ,   A u s t r a l i a ;   [ S e v e r i ,   G i a n l u c a ]   H u m a n   G e n e t   F d n ,   T u r i n ,   I t a l y ;   [ S e v e r i ,   G i a n l u c a ]   U n i v   P a r i s   S a c l a y ,   U n i v   P a r i s   S u d ,   C E S P , U V S Q ,   I N S E R M ,   V i l l e j u i f ,   F r a n c e ;   [ S e v e r i ,   G i a n l u c a ]   G u s t a v e   R o u s s y ,   F - 9 4 8 0 5   V i l l e j u i f ,   F r a n c e ;   [ F i t z G e r a l d ,   L i e s e l   M . ]   U n i v   T a s m a n i a ,   M e n z i e s   I n s t   M e d   R e s ,   H o b a r t ,   T a s ,   A u s t r a l i a ;   [ R e u m a n n ,   M a t t h i a s ]   M a a s t r i c h t   U n i v ,   U N U   M E R I T ,   M a a s t r i c h t ,   N e t h e r l a n d s ;   [ R e u m a n n ,   M a t t h i a s ]   I B M   R e s ,   Z u r i c h ,   S w i t z e r l a n d ;   [ K o w a l c z y k ,   A d a m ]   W a r s a w   U n i v   T e c h n o l ,   W a r s a w ,   P o l a n d ;   [ K o w a l c z y k ,   A d a m ;   Q i a n ,   G u o q i ]   U n i v   M e l b o u r n e ,   S c h o o l   M a t h   &   S t a t ,   P a r k v i l l e ,   V i c ,   A u s t r a l i a ;   [ Z h o u ,   Z e y u ;   G o u d e y ,   B e n j a m i n ]   I B M   R e s   A u s t r a l i a ,   C a r l t o n ,   V i c ,   A u s t r a l i a ;   [ P a r k ,   D a n i e l   J . ;   S o u t h e y ,   M e l i s s a   C . ]   U n i v   M e l b o u r n e ,   D e p t   P a t h o l ,   G e n e t   E p i d e m i o l   L a b ,   V i c t o r i a ,   A u s t r a l i a ;   [ P a r k ,   D a n i e l   J . ]   U n i v   M e l b o u r n e ,   M e l b o u r n e   B i o i n f o r m a t   P l a t f o r m   V i c t o r i a n   L i f e   S ,   V i c t o r i a ,   A u s t r a l i a ;   [ A l   O l a m a ,   A l i   A m i n ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   C t r   C a n c   G e n e t   E p i d e m i o l ,   D e p t   P u b l   H l t h   &   P r i m a r y   C a r e ,   C a m b r i d g e ,   E n g l a n d ;   [ K o t e - J a r a i ,   Z s o f i a ;   E e l e s ,   R o s a l i n d   A . ;   U K   G e n e t i c   P r o s t a t e   C a n c   S t u d y   C o l ]   I n s t   C a n c   R e s ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ E e l e s ,   R o s a l i n d   A . ]   R o y a l   M a r s d e n   N H S   F d n   T r u s t ,   S u r r e y ,   E n g l a n d ;   [ H o p p e r ,   J o h n   L . ]   S e o u l   N a t l   U n i v ,   S c h   P u b l   H l t h ,   D e p t   E p i d e m i o l ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a ;   [ H o p p e r ,   J o h n   L . ]   S e o u l   N a t l   U n i v ,   I n s t   H l t h   &   E n v i r o n m ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a 	 H o p p e r ,   J L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M e l b o u r n e ,   C t r   E p i d e m i o l   &   B i o s t a t i s t ,   M e l b o u r n e ,   A u s t r a l i a . ;   H o p p e r ,   J L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S e o u l   N a t l   U n i v ,   S c h   P u b l   H l t h ,   D e p t   E p i d e m i o l ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a . ;   H o p p e r ,   J L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S e o u l   N a t l   U n i v ,   I n s t   H l t h   &   E n v i r o n m ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a . ;   H o p p e r ,   J L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M e l b o u r n e ,   L e v e l   3   2 0 7   B o u v e r i e   S t ,   C a r l t o n ,   V i c ,   A u s t r a l i a . 	 j . h o p p e r @ u n i m e l b . e d u . a u 	 	 P a r k ,   D a n i e l / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 6 3 5 4 - 0 9 3 1 	 V i c t o r i a n   L i f e   S c i e n c e s   C o m p u t a t i o n   I n i t i a t i v e   ( V L S C I )   [ V R 0 3 0 4 ] ;   V i c t o r i a n   G o v e r n m e n t ,   A u s t r a l i a ;   N a t i o n a l   H e a l t h   a n d   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   A u s t r a l i a   [ 1 0 3 3 4 5 2 ] ;   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   [ C 5 0 4 7 / A 7 3 5 7 ,   C 1 2 8 7 / A 1 0 1 1 8 ,   C 1 2 8 7 / A 5 2 6 0 ,   C 5 0 4 7 / A 3 3 5 4 ,   C 5 0 4 7 / A 1 0 6 9 2 ,   C 1 6 9 1 3 / A 6 1 3 5 ,   C 1 6 9 1 3 / A 6 8 3 5 ] ;   P r o s t a t e   C a n c e r   U K ;   I n s t i t u t e   o f   C a n c e r   R e s e a r c h ;   E v e r y m a n   C a m p a i g n ;   N a t i o n a l   C a n c e r   R e s e a r c h   N e t w o r k   U K ;   N a t i o n a l   C a n c e r   R e s e a r c h   I n s t i t u t e   ( N C R I )   U K ;   N I H R ;   P r o s t a t e   C a n c e r   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C a n c e r   C o u n c i l   V i c t o r i a   f r o m   T h e   N a t i o n a l   H e a l t h   a n d   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   A u s t r a l i a   [ 1 2 6 4 0 2 ,   2 0 9 0 5 7 ,   2 5 1 5 3 3 ,   3 9 6 4 1 4 ,   4 5 0 1 0 4 ,   5 0 4 7 0 0 ,   5 0 4 7 0 2 ,   5 0 4 7 1 5 ,   6 2 3 2 0 4 ,   9 4 0 3 9 4 ,   6 1 4 2 9 6 ] ;   V i c H e a l t h ;   C a n c e r   C o u n c i l   V i c t o r i a ;   P r o s t a t e   C a n c e r   F o u n d a t i o n   o f   A u s t r a l i a ;   W h i t t e n   F o u n d a t i o n ;   P r i c e w a t e r h o u s e C o o p e r s ;   T a t t e r s a l l ' s 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   V i c t o r i a n   L i f e   S c i e n c e s   C o m p u t a t i o n   I n i t i a t i v e   ( V L S C I )   g r a n t   n u m b e r   V R 0 3 0 4   o n   i t s   P e a k   C o m p u t i n g   F a c i l i t y   a t   t h e   U n i v e r s i t y   o f   M e l b o u r n e ,   a n   i n i t i a t i v e   o f   t h e   V i c t o r i a n   G o v e r n m e n t ,   A u s t r a l i a .   J . L .   H o p p e r ,   G .   S e v e r i ,   E .   M a k a l i c ,   D . F .   S c h m i d t ,   Q . M .   B u i ,   G .   Q i a n ,   D . J .   P a r k ,   a n d   A .   K o w a l c z y k   r e c e i v e d   s u p p o r t   f r o m   t h e   N a t i o n a l   H e a l t h   a n d   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   A u s t r a l i a   p r o j e c t   g r a n t   ( 1 0 3 3 4 5 2 ) .   R . A .   E e l e s   a n d   Z .   K o t e - J a r a i   r e c e i v e d   s u p p o r t   f r o m   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   ( g r a n t   n u m b e r s   C 5 0 4 7 / A 7 3 5 7 ,   C 1 2 8 7 / A 1 0 1 1 8 ,   C 1 2 8 7 / A 5 2 6 0 ,   C 5 0 4 7 / A 3 3 5 4 ,   C 5 0 4 7 / A 1 0 6 9 2 ,   C 1 6 9 1 3 / A 6 1 3 5 ,   a n d   C 1 6 9 1 3 / A 6 8 3 5 ) ,   P r o s t a t e   R e s e a r c h   C a m p a i g n   U K   ( n o w   P r o s t a t e   C a n c e r   U K ) ,   T h e   I n s t i t u t e   o f   C a n c e r   R e s e a r c h   a n d   T h e   E v e r y m a n   C a m p a i g n ,   T h e   N a t i o n a l   C a n c e r   R e s e a r c h   N e t w o r k   U K ,   T h e   N a t i o n a l   C a n c e r   R e s e a r c h   I n s t i t u t e   ( N C R I )   U K .   R . A .   E e l e s   a n d   Z .   K o t e - J a r a i   a r e   g r a t e f u l   f o r   s u p p o r t   o f   N I H R   f u n d i n g   t o   t h e   N I H R   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C e n t r e   a t   T h e   I n s t i t u t e   o f   C a n c e r   R e s e a r c h   a n d   T h e   R o y a l   M a r s d e n   N H S   F o u n d a t i o n   T r u s t .   G . G .   G i l e s ,   J . L .   H o p p e r ,   M . C .   S o u t h e y ,   a n d   G .   S e v e r i   r e c e i v e d   s u p p o r t   f o r   t h e   P r o s t a t e   C a n c e r   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C a n c e r   C o u n c i l   V i c t o r i a   f r o m   T h e   N a t i o n a l   H e a l t h   a n d   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   A u s t r a l i a   ( 1 2 6 4 0 2 ,   2 0 9 0 5 7 ,   2 5 1 5 3 3 ,   3 9 6 4 1 4 ,   4 5 0 1 0 4 ,   5 0 4 7 0 0 ,   5 0 4 7 0 2 ,   5 0 4 7 1 5 ,   6 2 3 2 0 4 ,   9 4 0 3 9 4 ,   a n d   6 1 4 2 9 6 ) ,   V i c H e a l t h ,   C a n c e r   C o u n c i l   V i c t o r i a ,   T h e   P r o s t a t e   C a n c e r   F o u n d a t i o n   o f   A u s t r a l i a ,   T h e   W h i t t e n   F o u n d a t i o n ,   P r i c e w a t e r h o u s e C o o p e r s ,   a n d   T a t t e r s a l l ' s .   J . L .   H o p p e r   i s   a   S e n i o r   P r i n c i p a l   R e s e a r c h   F e l l o w   o f   t h e   N a t i o n a l H e a l t h   a n d   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   A u s t r a l i a .   M . C .   S o u t h e y   i s   a   S e n i o r   R e s e a r c h   F e l l o w   o f   t h e   N a t i o n a l   H e a l t h   a n d   M e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   A u s t r a l i a . 	 A m i n   A l   O l a m a   A ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 1 1 0 3 ;   B r e i m a n   L . ,   1 9 8 4 ,   C L A S S I F I C A T I O N   R E G R E ;   C a m a s t r a   F ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M A T H   M E T H O D   M ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 / 9 5 4 5 9 8 ;   E e l e s   R A ,   1 9 9 9 ,   P R O S T A T E   C A N C E R   P   D ,   V 2 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . p c a n . 4 5 0 0 2 7 9 ;   E e l e s   R ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   U R O L ,   V 1 1 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r u r o l . 2 0 1 3 . 2 6 6 ;   E e l e s   R A ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 3 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 9 0 ;   E e l e s   R A ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 5 6 0 ;   E e l e s   R A ,   2 0 0 9 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 1 ,   P 1 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 4 5 0 ;   G i l e s   G G ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 1 ,   P 5 4 9 ;   G i l e s   G G ,   2 0 0 1 ,   A N N   O N C O L ,   V 1 2 ,   P 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 1 1 3 1 1 0 5 6 1 7 ;   M a c I n n i s   R J ,   2 0 0 3 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 2 ,   P 1 4 1 7 ;   M a k a l i c   E ,   2 0 1 3 ,   A I   2 0 1 3   A D V   A R T I F I C I ,   P 8 0 ;   P u r c e l l   S ,   2 0 0 7 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 1 ,   P 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 5 1 9 7 9 5 ;   S c h u m a c h e r   F R ,   2 0 1 1 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 0 ,   P 3 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d r 2 9 5 ;   S e v e r i   G ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 5 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 5 - 0 6 3 3 ;   S e v e r i   G ,   2 0 0 3 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 5 ,   P 8 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 9 5 . 1 1 . 8 1 8 ;   W A L L A C E   C S ,   1 9 9 3 ,   M A C H   L E A R N ,   V 1 1 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 6 1 0 1 1 8 5 ;   W a l l a c e   C . S . ,   2 0 0 5 ,   S T A T   I N D U C T I V E   I N F E R 	 1 8 	 0 	 0 	 6 	 6 	 A M E R   A S S O C   C A N C E R   R E S E A R C H 	 P H I L A D E L P H I A 	 6 1 5   C H E S T N U T   S T ,   1 7 T H   F L O O R ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 6 - 4 4 0 4   U S A 	 1 0 5 5 - 9 9 6 5 	 1 5 3 8 - 7 7 5 5 	 	 C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R 	 C a n c e r   E p i d e m i o l .   B i o m a r k e r s   P r e v . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 5 	 1 2 	 	 	 	 	 1 6 1 9 	 1 6 2 4 	 	 1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 6 - 0 3 0 1 	 	 6 	 O n c o l o g y ;   P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h 	 O n c o l o g y ;   P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h 	 E E 6 F L 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 7 0 4 3 0 0 0 1 0 	 2 7 5 3 9 2 6 6 	 
 
 J 	 H e ,   Q C ;   C a i ,   T X ;   L i u ,   Y ;   Z h a o ,   N ;   H a r m o n ,   Q E ;   A l m l i ,   L M ;   B i n d e r ,   E B ;   E n g e l ,   S M ;   R e s s l e r ,   K J ;   C o n n e e l y ,   K N ;   L i n ,   X H ;   W u ,   M C 	 	 	 	 H e ,   Q i a n c h u a n ;   C a i ,   T i a n x i ;   L i u ,   Y a n g ;   Z h a o ,   N i ;   H a r m o n ,   Q u a k e r   E . ;   A l m l i ,   L y n n   M . ;   B i n d e r ,   E l i s a b e t h   B . ;   E n g e l ,   S t e p h a n i e   M . ;   R e s s l e r ,   K e r r y   J . ;   C o n n e e l y ,   K a r e n   N . ;   L i n ,   X i h o n g ;   W u ,   M i c h a e l   C . 	 	 	 P r i o r i t i z i n g   i n d i v i d u a l   g e n e t i c   v a r i a n t s   a f t e r   k e r n e l   m a c h i n e   t e s t i n g   u s i n g   v a r i a b l e   s e l e c t i o n 	 G E N E T I C   E P I D E M I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 g e n e t i c   a s s o c i a t i o n   s t u d i e s ;   k e r n e l   m a c h i n e   m e t h o d s ;   K N I F E ;   s e t - b a s e d ;   v a r i a b l e   s e l e c t i o n 	 G E N O M E - W I D E   A S S O C I A T I O N ;   R E G R E S S I O N ;   R E G U L A R I Z A T I O N ;   E X P R E S S I O N ;   O U T C O M E S ;   S T R E S S ;   C A N C E R ;   R A R E 	 K e r n e l   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d s ,   s u c h   a s   t h e   S N P - s e t   k e r n e l   a s s o c i a t i o n   t e s t   ( S K A T ) ,   h a v e   b e e n   w i d e l y   u s e d   t o   t e s t   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   t r a i t s   a n d   g e n e t i c   p o l y m o r p h i s m s .   I n   c o n t r a s t   t o   t r a d i t i o n a l   s i n g l e - S N P   a n a l y s i s   m e t h o d s ,   t h e s e   m e t h o d s   a r e   d e s i g n e d   t o   e x a m i n e   t h e   j o i n t   e f f e c t   o f   a   s e t   o f   r e l a t e d   S N P s   ( s u c h   a s   a   g r o u p   o f   S N P s   w i t h i n   a   g e n e   o r   a   p a t h w a y )   a n d   a r e   a b l e   t o   i d e n t i f y   s e t s   o f   S N P s   t h a t   a r e   a s s o c i a t e d   w i t h   t h e   t r a i t   o f   i n t e r e s t .   H o w e v e r ,   a s   w i t h   m a n y   m u l t i - S N P   t e s t i n g   a p p r o a c h e s ,   k e r n e l   m a c h i n e   t e s t i n g   c a n   d r a w   c o n c l u s i o n   o n l y   a t   t h e   S N P - s e t   l e v e l ,   a n d   d o e s   n o t   d i r e c t l y   i n f o r m   o n   w h i c h   o n e ( s )   o f   t h e   i d e n t i f i e d   S N P   s e t   i s   a c t u a l l y   d r i v i n g   t h e   a s s o c i a t i o n s .   A   r e c e n t l y   p r o p o s e d   p r o c e d u r e ,   K e r N e l   I t e r a t i v e   F e a t u r e   E x t r a c t i o n   ( K N I F E ) ,   p r o v i d e s   a   g e n e r a l   f r a m e w o r k   f o r   i n c o r p o r a t i n g   v a r i a b l e   s e l e c t i o n   i n t o   k e r n e l   m a c h i n e   m e t h o d s .   I n   t h i s   a r t i c l e ,   w e   f o c u s   o n   q u a n t i t a t i v e   t r a i t s   a n d   r e l a t i v e l y   c o m m o n   S N P s ,   a n d   a d a p t   t h e   K N I F E   p r o c e d u r e   t o   g e n e t i c   a s s o c i a t i o n   s t u d i e s   a n d   p r o p o s e   a n   a p p r o a c h   t o   i d e n t i f y   d r i v e r   S N P s   a f t e r   t h e   a p p l i c a t i o n   o f   S K A T   t o   g e n e   s e t   a n a l y s i s .   O u r   a p p r o a c h   a c c o m m o d a t e s   s e v e r a l   k e r n e l s   t h a t   a r e   w i d e l y   u s e d   i n   S N P   a n a l y s i s ,   s u c h   a s   t h e   l i n e a r   k e r n e l   a n d   t h e   I d e n t i t y   b y   S t a t e   ( I B S )   k e r n e l .   T h e   p r o p o s e d   a p p r o a c h   p r o v i d e s   p r a c t i c a l l y   u s e f u l   u t i l i t i e s   t o   p r i o r i t i z e   S N P s ,   a n d   f i l l s   t h e   g a p   b e t w e e n   S N P   s e t   a n a l y s i s   a n d   b i o l o g i c a l   f u n c t i o n a l   s t u d i e s .   B o t h   s i m u l a t i o n   s t u d i e s   a n d   r e a l   d a t a   a p p l i c a t i o n   a r e   u s e d   t o   d e m o n s t r a t e   t h e   p r o p o s e d   a p p r o a c h . 	 [ H e ,   Q i a n c h u a n ;   L i u ,   Y a n g ;   Z h a o ,   N i ;   W u ,   M i c h a e l   C . ]   F r e d   H u t c h i n s o n   C a n c   R e s   C t r ,   D i v   P u b l   H l t h   S c i ,   S e a t t l e ,   W A   9 8 1 0 9   U S A ;   [ C a i ,   T i a n x i ;   L i n ,   X i h o n g ]   H a r v a r d   S c h   P u b l   H l t h ,   D e p t   B i o s t a t ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ H a r m o n ,   Q u a k e r   E . ]   N I E H S ,   E p i d e m i o l   B r a n c h ,   R e s   T r i a n g l e   P k ,   N C   2 7 7 0 9   U S A ;   [ A l m l i ,   L y n n   M . ]   E m o r y   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   P s y c h i a t   &   B e h a v   S c i ,   A t l a n t a ,   G A   U S A ;   [ B i n d e r ,   E l i s a b e t h   B . ]   M a x   P l a n c k   I n s t   P s y c h i a t ,   D e p t   T r a n s l a t   R e s   P s y c h i a t ,   M u n i c h ,   G e r m a n y ;   [ E n g e l ,   S t e p h a n i e   M . ]   U n i v   N   C a r o l i n a ,   D e p t   E p i d e m i o l ,   C h a p e l   H i l l ,   N C   U S A ;   [ R e s s l e r ,   K e r r y   J . ]   M c L e a n   H o s p ,   D i v   D e p r e s s   &   A n x i e t y   D i s o r d e r s ,   1 1 5   M i l l   S t ,   B e l m o n t ,   M A   0 2 1 7 8   U S A ;   [ C o n n e e l y ,   K a r e n   N . ]   E m o r y   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   H u m a n   G e n e t ,   A t l a n t a ,   G A   U S A 	 H e ,   Q C ;   W u ,   M C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F r e d   H u t c h i n s o n   C a n c   R e s   C t r ,   D i v   P u b l   H l t h   S c i ,   S e a t t l e ,   W A   9 8 1 0 9   U S A . 	 q h e @ f r e d h u t c h . o r g ;   m c w u @ f r e d h u t c h . o r g 	 	 W u ,   M i c h a e l   C . / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 3 3 5 7 - 6 5 7 0 	 N C I   N I H   H H S   [ R 3 5   C A 1 9 7 4 4 9 ,   P 0 1   C A 1 3 4 2 9 4 ] ;   N H G R I   N I H   H H S   [ R 0 1   H G 0 0 6 2 9 2 ,   R 0 1   H G 0 0 7 5 0 8 ,   U 5 4   H G 0 0 7 9 6 3 ] ;   N I C H D   N I H   H H S   [ R 2 1   H D 0 6 0 2 0 7 ] ;   N I E H S   N I H   H H S   [ P 3 0   E S 0 0 0 0 0 2 ] ;   N I H   H H S   [ S 1 0   O D 0 2 0 0 6 9 ] ;   N I M H   N I H   H H S   [ R 0 1   M H 0 7 1 5 3 7 ,   R 0 1   M H 0 9 6 7 6 4 ] 	 	 A d z h u b e i   I ,   2 0 1 3 ,   C U R R   P R O T O C   H U M   G E N E ,   V 7 ,   P 2 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 1 4 2 9 0 5 . H G 0 7 2 0 S 7 6 ;   A l l e n   G I ,   2 0 1 3 ,   J   C O M P U T   G R A P H   S T A T ,   V 2 2 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 6 1 8 6 0 0 . 2 0 1 2 . 6 8 1 2 1 3 ;   A u e r   P L ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 9 6 2 ;   A y e r s   K L ,   2 0 1 0 ,   G E N E T   E P I D E M I O L ,   V 3 4 ,   P 8 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 2 0 5 4 3 ;   B R E I M A N   L ,   1 9 9 5 ,   T E C H N O M E T R I C S ,   V 3 7 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 2 6 9 7 3 0 ;   C o r n e s   B . ,   2 0 1 3 ,   C I R C U L A T I O N ;   E d w a r d s   S L ,   2 0 1 3 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 3 ,   P 7 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 1 2 ;   F a r a c i   F M ,   2 0 0 4 ,   S T R O K E ,   V 3 5 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / 0 1 . S T R . 0 0 0 0 1 1 5 1 6 1 . 1 0 6 4 6 . 6 7 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 0 7 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 1 ,   P 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 7 - A O A S 1 3 1 ;   G i l l e s p i e   C F ,   2 0 0 9 ,   G E N   H O S P   P S Y C H I A T ,   V 3 1 ,   P 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n h o s p p s y c h . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 3 ;   H a c k   M ,   2 0 0 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 4 6 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 1 0 8 5 6 ;   H e   Q C ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 6 0 0 ;   I o n i t a - L a z a   I ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   H U M   G E N E T ,   V 2 1 ,   P 1 1 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e j h g . 2 0 1 2 . 3 0 8 ;   L i n   X H ,   1 9 9 7 ,   B I O M E T R I K A ,   V 8 4 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 8 4 . 2 . 3 0 9 ;   L i n   X Y ,   2 0 1 1 ,   G E N E T   E P I D E M I O L ,   V 3 5 ,   P 6 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 2 0 6 1 0 ;   L i n   Y ,   2 0 0 6 ,   A N N   S T A T ,   V 3 4 ,   P 2 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 0 9 0 5 3 6 0 6 0 0 0 0 0 0 7 2 2 ;   L i u   D ,   2 0 0 7 ,   B I O M E T R I C S ,   V 6 3 ,   P 1 0 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 2 0 0 7 . 0 0 7 9 9 . x ;   O d i n   E ,   2 0 0 6 ,   C L I N   C O L O R E C T A L   C A N C ,   V 5 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 3 8 1 6 / C C C . 2 0 0 6 . n . 0 0 4 ;   P e n n   D J ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 1 1 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 6 2 0 0 6 4 9 9 ;   S a v i t z   D A ,   2 0 0 1 ,   E P I D E M I O L O G Y ,   V 1 2 ,   P 6 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 1 6 4 8 - 2 0 0 1 1 1 0 0 0 - 0 0 0 1 0 ;   S c h a f f n e r   S F ,   2 0 0 5 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 1 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 3 7 0 9 3 0 5 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   W a n g   K ,   2 0 0 7 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 1 ,   P 1 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 5 2 2 3 7 4 ;   W a n g   R ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C H R O N I C   O B S T R ,   V 1 0 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / C O P D . S 7 4 3 4 5 ;   W u   M C ,   2 0 1 3 ,   G E N E T   E P I D E M I O L ,   V 3 7 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 2 1 7 1 5 ;   W u   M C ,   2 0 1 1 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 9 ,   P 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 2 9 ;   W u   M C ,   2 0 1 0 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 8 6 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 2 ;   W u   M C ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 1 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 0 1 9 ;   Y a n   B ,   2 0 1 5 ,   B M C   G E N E T ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 3 - 0 1 5 - 0 1 8 2 - 3 ;   Y a o   L J ,   2 0 1 4 ,   N A T   C O M M U N ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 6 1 1 4 ;   Z h a n g   C H ,   2 0 1 0 ,   A N N   S T A T ,   V 3 8 ,   P 8 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 9 - A O S 7 2 9 ;   Z h o u   H ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 2 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 4 4 8 ;   Z o u   H ,   2 0 0 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 7 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 5 . 0 0 5 0 3 . x 	 3 3 	 0 	 0 	 8 	 8 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 7 4 1 - 0 3 9 5 	 1 0 9 8 - 2 2 7 2 	 	 G E N E T   E P I D E M I O L 	 G e n e t .   E p i d e m i o l . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 4 0 	 8 	 	 	 	 	 7 2 2 	 7 3 1 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 2 1 9 9 3 	 	 1 0 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E E 5 G O 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 6 3 3 8 0 0 0 0 4 	 2 7 4 8 8 0 9 7 	 
 
 J 	 J o h n s t o n ,   S B ;   R a i n e s ,   R T 	 	 	 	 J o h n s t o n ,   S e a n   B . ;   R a i n e s ,   R o n a l d   T . 	 	 	 P T E N p r e d :   A   D e s i g n e r   P r o t e i n   I m p a c t   P r e d i c t o r   f o r   P T E N - r e l a t e d   D i s o r d e r s 	 J O U R N A L   O F   C O M P U T A T I O N A L   B I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 a u t i s m ;   c a n c e r ;   m u t a t i o n ;   p h o s p h a t a s e   a n d   t e n s i n   h o m o l o g   d e l e t e d   f r o m   c h r o m o s o m e   t e n ;   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   a l g o r i t h m 	 S E C O N D A R Y   S T R U C T U R E ;   V A R I A N T S ;   D I S E A S E ;   S U B S T I T U T I O N S ;   E N V I R O N M E N T ;   M U T A T I O N S ;   S T A B I L I T Y ;   C D K N 2 A ;   S E R V E R 	 C o n n e c t i n g   a   g e n o t y p e   w i t h   a   p h e n o t y p e   c a n   p r o v i d e   i m m e d i a t e   a d v a n t a g e s   i n   t h e   c o n t e x t   o f   m o d e r n   m e d i c i n e .   E s p e c i a l l y   u s e f u l   w o u l d   b e   a n   a l g o r i t h m   f o r   p r e d i c t i n g   t h e   i m p a c t   o f   n o n s y n o n y m o u s   s i n g l e - n u c l e o t i d e   p o l y m o r p h i s m s   i n   t h e   g e n e   f o r   P T E N ,   a   p r o t e i n   t h a t   i s   i m p l i c a t e d   i n   m o s t   h u m a n   c a n c e r s   a n d   c o n n e c t e d   t o   g e r m l i n e   d i s o r d e r s   t h a t   i n c l u d e   a u t i s m .   W e   h a v e   d e v e l o p e d   a   p r o t e i n   i m p a c t   p r e d i c t o r ,   P T E N p r e d ,   t h a t   i n t e g r a t e s   d a t a   f r o m   m u l t i p l e   a n a l y s e s   u s i n g   a   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   a l g o r i t h m .   P T E N p r e d   c a n   p r e d i c t   p h e n o t y p e s   r e l a t e d   t o   a   h u m a n   P T E N   m u t a t i o n   w i t h   h i g h   a c c u r a c y .   T h e   o u t p u t   o f   P T E N p r e d   i s   d e s i g n e d   f o r   u s e   b y   b i o l o g i s t s ,   c l i n i c i a n s ,   a n d   l a y m e n ,   a n d   f e a t u r e s   a n   i n t e r a c t i v e   d i s p l a y   o f   t h e   t h r e e - d i m e n s i o n a l   s t r u c t u r e   o f   P T E N .   U s i n g   k n o w l e d g e   a b o u t   t h e   s t r u c t u r e   o f   p r o t e i n s ,   i n   g e n e r a l ,   a n d   t h e   P T E N   p r o t e i n ,   i n   p a r t i c u l a r ,   e n a b l e s   t h e   p r e d i c t i o n   o f   c o n s e q u e n c e s   f r o m   d a m a g e   t o   t h e   h u m a n   P T E N   g e n e .   T h i s   a l g o r i t h m ,   w h i c h   c a n   b e   a c c e s s e d   o n l i n e ,   c o u l d   f a c i l i t a t e   t h e   i m p l e m e n t a t i o n   o f   e f f e c t i v e   t h e r a p e u t i c   r e g i m e n s   f o r   c a n c e r   a n d   o t h e r   d i s e a s e s . 	 [ J o h n s t o n ,   S e a n   B . ;   R a i n e s ,   R o n a l d   T . ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   D e p t   B i o c h e m ,   4 3 3   B a b c o c k   D r ,   M a d i s o n ,   W I   5 3 7 0 6   U S A ;   [ R a i n e s ,   R o n a l d   T . ]   U n i v   W i s c o n s i n ,   D e p t   C h e m ,   1 1 0 1   U n i v   A v e ,   M a d i s o n ,   W I   5 3 7 0 6   U S A 	 R a i n e s ,   R T   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   W i s c o n s i n ,   D e p t   B i o c h e m ,   4 3 3   B a b c o c k   D r ,   M a d i s o n ,   W I   5 3 7 0 6   U S A . 	 r t r a i n e s @ w i s c . e d u 	 	 	 N I H   [ R 0 1   G M 0 4 4 7 8 3 ,   T 3 2   G M 0 0 7 2 1 5 ] ;   D e n n i s   W e a t h e r s t o n e   P r e d o c t o r a l   F e l l o w s h i p   f r o m   A u t i s m   S p e a k s 	 W e   a r e   g r a t e f u l   t o   P r o f .   J . C .   M i t c h e l l   ( U n i v e r s i t y   o f   W i s c o n s i n - M a d i s o n )   f o r   c o n t r i b u t i v e   d i s c u s s i o n s   a n d   c o m m e n t s   o n   t h e   m a n u s c r i p t .   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   G r a n t   R 0 1   G M 0 4 4 7 8 3   ( N I H ) .   S . B . J .   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   D e n n i s   W e a t h e r s t o n e   P r e d o c t o r a l   F e l l o w s h i p   f r o m   A u t i s m   S p e a k s   a n d   M o l e c u l a r   B i o s c i e n c e s   T r a i n i n g   G r a n t   T 3 2   G M 0 0 7 2 1 5   ( N I H ) . 	 A d z h u b e i   I A ,   2 0 1 0 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 7 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h 0 4 1 0 - 2 4 8 ;   B i s h o p   C .   M . ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   C a p r i o t t i   E ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - S 4 - S 3 ;   C h a n   P A ,   2 0 0 7 ,   H U M   M U T A T ,   V 2 8 ,   P 6 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 0 4 9 2 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h o i   Y ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 6 6 8 8 ;   C o r d e s   M H J ,   1 9 9 6 ,   C U R R   O P I N   S T R U C   B I O L ,   V 6 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 5 9 - 4 4 0 X ( 9 6 ) 8 0 0 8 8 - 1 ;   D o w n e y   A . ,   2 0 0 2 ,   T H I N K   C O M P U T E R   S C I ;   E I S E N H A B E R   F ,   1 9 9 3 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 1 4 ,   P 1 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 5 4 0 1 4 1 1 0 3 ;   F o r b e s   S A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 8 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 7 5 ;   F r i s h m a n   D ,   1 9 9 5 ,   P R O T E I N S ,   V 2 3 ,   P 5 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 3 4 0 2 3 0 4 1 2 ;   G i c q u e l   J J ,   2 0 0 3 ,   A M   J   O P H T H A L M O L ,   V 1 3 5 ,   P 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 2 - 9 3 9 4 ( 0 2 ) 0 1 9 6 3 - 3 ;   H a n s o n   R M ,   2 0 1 3 ,   I S R   J   C H E M ,   V 5 3 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c h . 2 0 1 3 0 0 0 2 4 ;   H e f f e r n a n   R ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 1 4 7 6 ;   H u n t e r   J D ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   S C I   E N G ,   V 9 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M C S E . 2 0 0 7 . 5 5 ;   J o h n s t o n   S B ,   2 0 1 5 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 5 4 ,   P 1 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . b i o c h e m . 5 b 0 0 0 2 8 ;   K a t s o n i s   P ,   2 0 1 4 ,   P R O T E I N   S C I ,   V 2 3 ,   P 1 6 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o . 2 5 5 2 ;   K n e r r   S . ,   1 9 9 0 ,   N e u r o c o m p u t i n g ,   A l g o r i t h m s ,   A r c h i t e c t u r e s   a n d   A p p l i c a t i o n s .   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   N A T O   A d v a n c e d   R e s e a r c h   W o r k s h o p ,   P 4 1 ;   M i l l e r   P J ,   2 0 1 1 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 2 ,   P 9 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 1 5 0 4 ;   M o s c a   R ,   2 0 1 3 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 1 0 ,   P 4 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 2 2 8 9 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 2 2 8 9 ] ;   N g   P C ,   2 0 0 1 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 8 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 7 6 6 0 1 ;   P a p p a l a r d o   M ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p W 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 4 8 3 ;   P e d r e g o s a   F ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 8 2 5 ;   P o w e r s   D .   M .   W . ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   T E C H N O L ,   V 2 ,   P 3 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 9 7 3 5 / 2 2 2 9 - 3 9 8 1 ;   R a m e n s k y   V ,   2 0 0 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 0 ,   P 3 8 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k f 4 9 3 ;   R o d r i g u e z - E s c u d e r o   I ,   2 0 1 5 ,   M E T H O D S ,   V 7 7 - 7 8 ,   P 1 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 2 0 ;   R o d r i g u e z - E s c u d e r o   I ,   2 0 1 1 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 0 ,   P 4 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d r 3 3 7 ;   S h e r r y   S T ,   2 0 0 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 9 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 9 . 1 . 3 0 8 ;   S i l v a   A ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 1 8 ,   P 3 7 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 3 4 6 1 6 ;   S o n g   M S ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 3 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 3 3 3 0 ;   S t e n s o n   P D ,   2 0 1 4 ,   H U M   G E N E T ,   V 1 3 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 3 9 - 0 1 3 - 1 3 5 8 - 4 ;   S t o n e   E A ,   2 0 0 5 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 5 ,   P 9 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 3 8 0 4 2 0 5 ;   T h o m p s o n   B A ,   2 0 1 3 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 4 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 2 2 1 4 ;   T o p h a m   C M ,   1 9 9 7 ,   P R O T E I N   E N G ,   V 1 0 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / p r o t e i n / 1 0 . 1 . 7 ;   W o r b y   C A ,   2 0 1 4 ,   A N N U   R E V   B I O C H E M ,   V 8 3 ,   P 6 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - b i o c h e m - 0 8 2 4 1 1 - 1 1 3 9 0 7 ;   Y a t e s   C M ,   2 0 1 4 ,   J   M O L   B I O L ,   V 4 2 6 ,   P 2 6 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m b . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 2 6 	 3 6 	 0 	 0 	 2 	 2 	 M A R Y   A N N   L I E B E R T ,   I N C 	 N E W   R O C H E L L E 	 1 4 0   H U G U E N O T   S T R E E T ,   3 R D   F L ,   N E W   R O C H E L L E ,   N Y   1 0 8 0 1   U S A 	 1 0 6 6 - 5 2 7 7 	 1 5 5 7 - 8 6 6 6 	 	 J   C O M P U T   B I O L 	 J .   C o m p u t .   B i o l . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 3 	 1 2 	 	 	 	 	 9 6 9 	 9 7 5 	 	 1 0 . 1 0 8 9 / c m b . 2 0 1 6 . 0 0 5 8 	 	 7 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M a t h e m a t i c s 	 E E 2 N E 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 4 2 0 5 0 0 0 0 5 	 2 7 3 1 0 6 5 6 	 
 
 J 	 H a w k i n s ,   S ;   W a n g ,   H ;   L i u ,   Y ;   G a r c i a ,   A ;   S t r i n g f i e l d ,   O ;   K r e w e r ,   H ;   L i ,   Q ;   C h e r e z o v ,   D ;   G a t e n b y ,   R A ;   B a l a g u r u n a t h a n ,   Y ;   G o l d g o f ,   D ;   S c h a b a t h ,   M B ;   H a l l ,   L ;   G i l l i e s ,   R J 	 	 	 	 H a w k i n s ,   S a m u e l ;   W a n g ,   H u a ;   L i u ,   Y i n g ;   G a r c i a ,   A l b e r t o ;   S t r i n g f i e l d ,   O l y a ;   K r e w e r ,   H e n r y ;   L i ,   Q i a n ;   C h e r e z o v ,   D m i t r y ;   G a t e n b y ,   R o b e r t   A . ;   B a l a g u r u n a t h a n ,   Y o g a n a n d ;   G o l d g o f ,   D m i t r y ;   S c h a b a t h ,   M a t t h e w   B . ;   H a l l ,   L a w r e n c e ;   G i l l i e s ,   R o b e r t   J . 	 	 	 P r e d i c t i n g   M a l i g n a n t   N o d u l e s   f r o m   S c r e e n i n g   C T   S c a n s 	 J O U R N A L   O F   T H O R A C I C   O N C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R a d i o m i c s ;   C o m p u t e d   t o m o g r a p h y ;   L u n g   c a n c e r ;   S c r e e n i n g ;   P r e d i c t i o n ;   M a c h i n e   l e a r n i n g 	 L U N G - C A N C E R ;   C O M P U T E D - T O M O G R A P H Y ;   I M A G E S ;   T R I A L 	 O b j e c t i v e s :   T h e   a i m   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t o   d e t e r m i n e   w h e t h e r   q u a n t i t a t i v e   a n a l y s e s   ( " r a d i o m i c s " )   o f   l o w - d o s e   c o m p u t e d   t o m o g r a p h y   l u n g   c a n c e r   s c r e e n i n g   i m a g e s   a t   b a s e l i n e   c a n   p r e d i c t   s u b s e q u e n t   e m e r g e n c e   o f   c a n c e r .   M e t h o d s :   P u b l i c   d a t a   f r o m   t h e   N a t i o n a l   L u n g   S c r e e n i n g   T r i a l   ( A C R I N   6 6 8 4 )   w e r e   a s s e m b l e d   i n t o   t w o   c o h o r t s   o f   1 0 4   a n d   9 2   p a t i e n t s   w i t h   s c r e e n - d e t e c t e d   l u n g   c a n c e r   a n d   t h e n   m a t c h e d   w i t h   c o h o r t s   o f   2 0 8   a n d   1 9 6   s c r e e n i n g   s u b j e c t s   w i t h   b e n i g n   p u l m o n a r y   n o d u l e s .   I m a g e   f e a t u r e s   w e r e   e x t r a c t e d   f r o m   e a c h   n o d u l e   a n d   u s e d   t o   p r e d i c t   t h e   s u b s e q u e n t   e m e r g e n c e   o f   c a n c e r .   R e s u l t s :   T h e   b e s t   m o d e l s   u s e d   2 3   s t a b l e   f e a t u r e s   i n   a   r a n d o m   f o r e s t s   c l a s s i f i e r   a n d   c o u l d   p r e d i c t   n o d u l e s   t h a t   w o u l d   b e c o m e   c a n c e r o u s   1   a n d   2   y e a r s   h e n c e   w i t h   a c c u r a c i e s   o f   8 0 %   ( a r e a   u n d e r   t h e   c u r v e   0 . 8 3 )   a n d   7 9 %   ( a r e a   u n d e r   t h e   c u r v e   0 . 7 5 ) ,   r e s p e c t i v e l y .   R a d i o m i c s   o u t p e r f o r m e d   t h e   L u n g   I m a g i n g   R e p o r t i n g   a n d   D a t a   S y s t e m   a n d   v o l u m e - o n l y   a p p r o a c h e s .   T h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e   M c W i l l i a m s   r i s k   a s s e s s m e n t   m o d e l   w a s   c o m m e n s u r a t e .   C o n c l u s i o n s :   T h e   r a d i o m i c s   o f   l u n g   c a n c e r   s c r e e n i n g   c o m p u t e d   t o m o g r a p h y   s c a n s   a t   b a s e l i n e   c a n   b e   u s e d   t o   a s s e s s   r i s k   f o r   d e v e l o p m e n t   o f   c a n c e r .   ( C )   2 0 1 6   I n t e r n a t i o n a l   A s s o c i a t i o n   f o r   t h e   S t u d y   o f   L u n g   C a n c e r .   P u b l i s h e d   b y   E l s e v i e r   I n c .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ H a w k i n s ,   S a m u e l ;   K r e w e r ,   H e n r y ;   C h e r e z o v ,   D m i t r y ;   G o l d g o f ,   D m i t r y ;   H a l l ,   L a w r e n c e ]   U n i v   S   F l o r i d a ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   T a m p a ,   F L   U S A ;   [ W a n g ,   H u a ;   L i u ,   Y i n g ;   L i ,   Q i a n ]   T i a n j i n   M e d   U n i v ,   K e y   L a b   C a n c   P r e v e n t   &   T h e r a p y ,   N a t l   C l i n   R e s   C t r   C a n c ,   D e p t   R a d i o l , C a n c   I n s t   &   H o s p ,   T i a n j i n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   H u a ;   L i u ,   Y i n g ;   G a r c i a ,   A l b e r t o ;   S t r i n g f i e l d ,   O l y a ;   L i ,   Q i a n ;   B a l a g u r u n a t h a n ,   Y o g a n a n d ;   G i l l i e s ,   R o b e r t   J . ]   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   D e p t   C a n c   I m a g i n g   &   M e t a b ,   1 2 9 0 2   M a g n o l i a   D r ,   T a m p a ,   F L   3 3 6 1 2   U S A ;   [ G a t e n b y ,   R o b e r t   A . ;   G i l l i e s ,   R o b e r t   J . ]   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   D e p t   R a d i o l ,   1 2 9 0 2   M a g n o l i a   D r ,   T a m p a ,   F L   3 3 6 1 2   U S A ;   [ S c h a b a t h ,   M a t t h e w   B . ]   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   D e p t   C a n c   E p i d e m i o l ,   1 2 9 0 2   M a g n o l i a   D r ,   T a m p a ,   F L   3 3 6 1 2   U S A 	 G i l l i e s ,   R J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   1 2 9 0 2   M a g n o l i a   D r ,   T a m p a ,   F L   3 3 6 1 2   U S A . 	 R o b e r t . G i l l i e s @ M o f f i t t . o r g 	 	 	 U . S .   P u b l i c   H e a l t h   S e r v i c e   [ U 0 1   C A 1 4 3 0 6 2 ,   U 2 4   C A 1 8 0 9 2 7 ] ;   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   g r a n t   [ P 3 0   C A 0 7 6 2 9 2 ] ;   S t a t e   o f   F l o r i d a   D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h   [ 2 K T 0 1 ,   4 K B 1 7 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   U . S .   P u b l i c   H e a l t h   S e r v i c e   r e s e a r c h   g r a n t s   U 0 1   C A 1 4 3 0 6 2   ( p r i n c i p a l   i n v e s t i g a t o r   D r .   G i l l i e s )   a n d   U 2 4   C A 1 8 0 9 2 7   ( p r i n c i p a l   i n v e s t i g a t o r   D r .   R o s e n ) ,   C a n c e r   C e n t e r   S u p p o r t   g r a n t   P 3 0   C A 0 7 6 2 9 2   ( p r i n c i p a l   i n v e s t i g a t o r   D r .   S e l l e r s ) ,   a n d   t h e   S t a t e   o f   F l o r i d a   D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h   g r a n t s   2 K T 0 1   a n d   4 K B 1 7 . 	 A b e r l e   D R ,   2 0 1 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 5 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 1 0 2 8 7 3 ;   A l p a y d m   E . ,   1 9 9 9 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 ,   P 1 8 8 5 ;   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 1 ,   G L O B   C A N C   F A C T S   F I G ;   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 5 ,   C A N C   F A C T S   F I G   2 0 1 5 ;   A m e r i c a n   C o l l e g e   o f   R a d i o l o g y ,   L U N G   R A D S   V E R S   1   0   A ;   B a l a g u r u n a t h a n   Y ,   2 0 1 4 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 7 ,   P 8 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 4 - 9 7 1 6 - x ;   B a l a g u r u n a t h a n   Y ,   2 0 1 4 ,   T R A N S L   O N C O L ,   V 7 ,   P 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / t l o . 1 3 8 4 4 ;   B a n f i e l d   R E ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 9 ,   P 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 7 . 2 5 0 6 0 9 ;   B r e i m a n   L ,   1 9 9 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 4 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 8 0 5 4 3 1 4 3 5 0 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C o h e n   W . W . ,   1 9 9 5 ,   P   1 2   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 1 1 5 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   G i l l i e s   R J ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 8 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 5 1 5 1 1 6 9 ;   G o p a l   M ,   2 0 1 0 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 5 ,   P 1 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 e 0 b 9 7 7 ;   G u   Y H ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 6 ,   P 6 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 0 5 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H a l l   M .   A . ,   1 9 9 9 ,   C O R R E L A T I O N   B A S E D   F E ;   J o h n   G .   H . ,   1 9 9 5 ,   U A I   9 5 ,   P 3 3 8 ;   K I R A   K ,   1 9 9 2 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   / ,   P 2 4 9 ;   K o n o n e n k o   I . ,   1 9 9 4 ,   E U R   C   M A C H   L E A R N ,   P 1 7 1 ;   M a n s e r   R ,   2 0 1 3 ,   C O C H R A N E   D B   S Y S T   R E V ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 4 6 5 1 8 5 8 . C D 0 0 1 9 9 1 . p u b 3 ;   M c N e m a r   Q ,   1 9 4 7 ,   P S Y C H O M E T R I K A ,   V 1 2 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 2 9 5 9 9 6 ;   M c W i l l i a m s   A ,   2 0 1 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 9 ,   P 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 1 4 7 2 6 ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e ,   C A N C   D A T   A C C   S Y S T ;   N a t i o n a l   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   N e t w o r k ,   N C C N   G U I D   L I N   P A T   L U ;   P a t z   E F ,   2 0 1 4 ,   J A M A   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 4 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a i n t e r n m e d . 2 0 1 3 . 1 2 7 3 8 ;   P i n s k y   P F ,   2 0 1 5 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 6 2 ,   P 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / M 1 4 - 2 0 8 6 ;   Q u i n l a n   J R ,   1 9 9 3 ,   C 4   5   P R O G R A M S   M A C H I N ;   R o b n i k - S i k o n j a   M a r k o ,   1 9 9 7 ,   I C M L   9 7 ,   P 2 9 6 ;   S c h a b a t h   M B ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 8 - 7 4 4 5 . A M 2 0 1 4 - 3 2 5 0 ;   S o z z i   G ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 7 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 3 . 5 0 . 4 3 5 7 ;   W I L C O X O N   F ,   1 9 4 5 ,   B I O M E T R I C S   B U L L ,   V 1 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 3 0 0 1 9 6 8 	 3 2 	 6 	 6 	 1 4 	 1 4 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 1 5 5 6 - 0 8 6 4 	 1 5 5 6 - 1 3 8 0 	 	 J   T H O R A C   O N C O L 	 J .   T h o r a c .   O n c o l . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 1 	 1 2 	 	 	 	 	 2 1 2 0 	 2 1 2 8 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j t h o . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 0 2 	 	 9 	 O n c o l o g y ;   R e s p i r a t o r y   S y s t e m 	 O n c o l o g y ;   R e s p i r a t o r y   S y s t e m 	 E E 5 A H 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 6 1 6 6 0 0 0 1 0 	 2 7 4 2 2 7 9 7 	 
 
 J 	 W a n g ,   L P ;   W a n g ,   Y L ;   C h a n g ,   Q 	 	 	 	 W a n g ,   L i p o ;   W a n g ,   Y a o l i ;   C h a n g ,   Q i n g 	 	 	 F e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s   f o r   b i g   d a t a   b i o i n f o r m a t i c s :   A   s u r v e y   f r o m   t h e   s e a r c h   p e r s p e c t i v e 	 M E T H O D S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B i o m a r k e r s ;   C l a s s i f i c a t i o n ;   C l u s t e r i n g ;   C o m p u t a t i o n a l   b i o l o g y ;   C o m p u t a t i o n a l   i n t e l l i g e n c e ;   D a t a   m i n i n g ;   E v o l u t i o n a r y   c o m p u t a t i o n ;   E v o l u t i o n a r y   a l g o r i t h m s ;   F u z z y   l o g i c ;   G e n e t i c   a l g o r i t h m s ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   M i c r o a r r a y ;   N e u r a l   n e t w o r k s ;   P a r t i c l e   s w a r m   o p t i m i z a t i o n ;   P a t t e r n   r e c o g n i t i o n ;   R a n d o m   f o r e s t s ;   R o u g h   s e t s ;   S o f t   c o m p u t i n g ;   S w a r m   i n t e l l i g e n c e ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e s 	 G E N E - E X P R E S S I O N   D A T A ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   C L A S S - D E P E N D E N T   F E A T U R E S ;   R B F   N E U R A L - N E T W O R K ;   R E C U R S I V E   C L U S T E R   E L I M I N A T I O N ;   C O L L A B O R A T I V E   I M A G E   R E T R I E V A L ;   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   H A P M A P   G E N O T Y P E   D A T A ;   C A N C E R   C L A S S I F I C A T I O N ;   M I C R O A R R A Y   D A T A 	 T h i s   p a p e r   s u r v e y s   m a i n   p r i n c i p l e s   o f   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a n d   t h e i r   r e c e n t   a p p l i c a t i o n s   i n   b i g   d a t a   b i o i n f o r m a t i c s .   I n s t e a d   o f   t h e   c o m m o n l y   u s e d   c a t e g o r i z a t i o n   i n t o   f i l t e r ,   w r a p p e r ,   a n d   e m b e d d e d   a p p r o a c h e s   t o   f e a t u r e   s e l e c t i o n ,   w e   f o r m u l a t e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a s   a   c o m b i n a t o r i a l   o p t i m i z a t i o n   o r   s e a r c h   p r o b l e m   a n d   c a t e g o r i z e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o d s   i n t o   e x h a u s t i v e   s e a r c h ,   h e u r i s t i c   s e a r c h ,   a n d   h y b r i d   m e t h o d s ,   w h e r e   h e u r i s t i c   s e a r c h   m e t h o d s   m a y   f u r t h e r   b e   c a t e g o r i z e d   i n t o   t h o s e   w i t h   o r   w i t h o u t   d a t a - d i s t i l l e d   f e a t u r e   r a n k i n g   m e a s u r e s .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   I n c .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ W a n g ,   L i p o ]   N a n y a n g   T e c h n o l   U n i v ,   S c h   E l e c t   &   E l e c t   E n g n ,   S i n g a p o r e ,   S i n g a p o r e ;   [ W a n g ,   Y a o l i ;   C h a n g ,   Q i n g ]   T a i y u a n   U n i v   T e c h n o l ,   C o l l   I n f o r m a t   E n g n ,   T a i y u a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 W a n g ,   Y L ;   C h a n g ,   Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T a i y u a n   U n i v   T e c h n o l ,   C o l l   I n f o r m a t   E n g n ,   T a i y u a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 e l p w a n g @ n t u . e d u . s g ;   w a n g y a o l i @ t y u t . e d u . c n ;   c h a n g q i n g @ t y u t . e d u . c n 	 W a n g ,   L i p o / A - 5 1 5 4 - 2 0 1 1 	 	 	 	 A l h a m   N K ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M A T H   A P P L ,   V 6 6 ,   P 1 9 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a m w a . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 1 5 ;   A n   S J ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 0 ,   P 2 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 1 5 ;   B a g g e n s t o s s   P M ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 5 1 ,   P 6 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S P . 2 0 0 2 . 8 0 8 1 0 9 ;   B a g g e n s t o s s   P . M . ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   P 3 4 2 8 ;   B e n n a s a r   M ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 8 5 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 0 7 ;   B i n s   J ,   2 0 0 1 ,   E I G H T H   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   C O M P U T E R   V I S I O N ,   V O L   I I ,   P R O C E E D I N G S ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C V . 2 0 0 1 . 9 3 7 6 1 9 ;   B o a r e t o   M ,   2 0 1 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 2 ,   P 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 7 7 7 5 0 ;   B o n i l l a - H u e r t a   E ,   2 0 1 6 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 3 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 5 . 2 4 7 4 3 8 4 ;   B o n t e m p i   G ,   2 0 0 7 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 4 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 7 . 1 0 1 4 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r o o m h e a d   D .   S . ,   1 9 8 8 ,   C o m p l e x   S y s t e m s ,   V 2 ,   P 3 2 1 ;   C h e n   C C M ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 1 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 1 . 4 6 ;   C H E N   L H ,   1 9 9 5 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 6 ,   P 1 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 4 1 0 3 6 9 ;   C H E N   L N ,   1 9 9 5 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 8 ,   P 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 9 5 ) 0 0 0 3 3 - V ;   C h u   F ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   N E U R A L   S Y S T ,   V 1 5 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 1 2 9 0 6 5 7 0 5 0 0 0 3 9 6 ;   C h u   F ,   2 0 0 3 ,   I E E E   I J C N N ,   P 2 2 6 8 ;   C h u a n g   L Y ,   2 0 0 9 ,   O M I C S ,   V 1 3 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / o m i . 2 0 0 8 . 0 0 8 3 ;   C O R T E S   C ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 2 7 4 1 1 4 1 1 ;   d a   C o s t a   J F P ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 9 . 6 1 ;   D o r i g o   M . ,   T H E S I S ;   D u a n   K B ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 4 ,   P 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 0 5 . 8 5 3 6 5 7 ;   E n d e l m a n   J . B . ,   2 0 0 1 ,   P L A N T   G E N O M E ,   V 4 ,   P 2 5 0 ;   F a z a y e l i   F ,   2 0 0 8 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 5 3 0 6 ,   P 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 8 8 4 2 5 - 5 _ 2 8 ;   F o n g   S ,   2 0 1 4 ,   I T   P R O F ,   V 1 6 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M I T P . 2 0 1 4 . 5 0 ;   F r e e m a n   C ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   C Y B E R N E T I C S ,   V 4 3 ,   P 1 9 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C B . 2 0 1 2 . 2 2 3 7 3 9 4 ;   F u   X . ,   2 0 0 2 ,   P   9   I N T   C   N E U R   I N F   P ,   V 2 ,   P 1 0 1 6 ;   F u   X . ,   I E E E   S W A R M   I N T   S   S I S ;   F u   X ,   2 0 0 2 ,   P   2 0 0 2   C   E V   C O M P   C E C ,   P 1 8 9 0 ;   F u   X . ,   2 0 0 2 ,   P   2 0 0 2   C   E V   C O M P   C E C ,   V 1 ,   P 1 8 9 0 ;   F u   X J ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 3 3 ,   P 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C B . 2 0 0 3 . 8 1 0 9 1 1 ;   F u   X J ,   2 0 0 2 ,   I E E E   C   E V O L   C O M P U T A T ,   P 1 9 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C E C . 2 0 0 2 . 1 0 0 4 5 3 6 ;   F u   X J ,   2 0 0 1 ,   I E E E   C   E V O L   C O M P U T A T ,   P 7 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C E C . 2 0 0 1 . 9 3 4 2 6 5 ;   F u   X J ,   2 0 0 1 ,   C O M P U T A T I O N   S T A T ,   V 1 6 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 8 0 0 1 0 0 0 7 2 ;   F u r l a n e l l o   C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 2 ,   P 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 5 . 2 8 ;   F u r l a n e l l o   C ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 5 4 ,   P 2 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S P . 2 0 0 6 . 8 7 3 7 1 5 ;   G a r c i a - P e d r a j a s   N ,   2 0 1 3 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 2 8 ,   P 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 0 6 ;   G h o r a i   S ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 6 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 0 . 3 6 ;   G L O V E R   F ,   1 9 8 6 ,   C O M P U T   O P E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 5 - 0 5 4 8 ( 8 6 ) 9 0 0 4 8 - 1 ;   G o l u b   T R ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 6 ,   P 5 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 6 . 5 4 3 9 . 5 3 1 ;   G u m u s   E ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   B I O L   C H E M ,   V 4 3 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 0 6 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H a l g a m u g e   S . ,   2 0 0 5 ,   C O M P U T A T I O N A L   I N T E L L ;   H a l g a m u g e   S . K . ,   2 0 0 5 ,   C L A S S I F I C A T I O N   C L U S T ;   H a s t i e   T ,   2 0 0 4 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 5 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x h 0 1 0 ;   H a y a t   M ,   2 0 1 4 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 4 6 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 1 5 ;   H o l l a n d   J .   H . ,   1 9 9 2 ,   A D A P T A T I O N   N A T U R A L   A ;   G e o r g e   J o h n   H . ,   2 0 0 3 ,   T H E S I S ;   K e n n e d y   J ,   1 9 9 5 ,   1 9 9 5   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   P R O C E E D I N G S ,   V O L S   1 - 6 ,   P 1 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C N N . 1 9 9 5 . 4 8 8 9 6 8 ;   K e r r   M K ,   2 0 0 0 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 7 ,   P 8 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / 1 0 6 6 5 2 7 0 0 5 0 5 1 4 9 5 4 ;   K i r a   K ,   1 9 9 2 ,   1 0   N A T   C   A R T   I N T ,   P 1 2 9 ;   K I R K P A T R I C K   S ,   1 9 8 3 ,   S C I E N C E ,   V 2 2 0 ,   P 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 2 0 . 4 5 9 8 . 6 7 1 ;   K l e f t o g i a n n i s   D ,   2 0 1 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 2 ,   P 1 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 8 8 2 2 7 ;   K l e m e n t   S ,   2 0 1 3 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 2 5 ,   P 1 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / N E C O _ a _ 0 0 4 4 7 ;   K o l l e r   D . ,   1 9 9 6 ,   1 3   I N T   C   M A C H   L E A R N ,   P 2 8 4 ;   K o n o n e n k o   I . ,   1 9 9 4 ,   E U R   C   M A C H   L E A R N ,   P 1 7 1 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   K u k a r   M . ,   1 9 9 8 ,   1 3   E U R   C   A R T   I N T ,   P 4 4 5 ;   L A N D   A H ,   1 9 6 0 ,   E C O N O M E T R I C A ,   V 2 8 ,   P 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 9 1 0 1 2 9 ;   L a n e y   D . ,   A P P L   D E L I V E R Y   S T R A T E ;   L a n g l e y   P . ,   1 9 9 4 ,   1 0   C   U N C   A R T   I N T   S E A ,   P 3 9 9 ;   L a n g l e y   P ,   1 9 9 6 ,   E L E M E N T S   M A C H I N E   L E A ;   L a z a r   C ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 3 3 ;   L e u n g   K S ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 9 . 6 ;   L e v n e r   I ,   2 0 0 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 6 - 6 8 ;   L i   B F ,   2 0 0 8 ,   I C N C   2 0 0 8 :   F O U R T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   N A T U R A L   C O M P U T A T I O N ,   V O L   7 ,   P R O C E E D I N G S ,   P 4 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C N C . 2 0 0 8 . 3 5 4 ;   L i   H D ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 1 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 1 . 3 6 ;   L i   L P ,   2 0 0 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   P 1 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 7 . 1 2 . 1 1 3 1 ;   L i   X T ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 1 2 ,   P 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 1 3 . 2 2 9 4 7 1 6 ;   L i a n g   M P ,   2 0 0 4 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 2 1 ,   P 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M S P . 2 0 0 4 . 1 3 5 9 1 4 3 ;   L i n   K L ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 6 ,   P 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 0 7 . 8 9 7 4 8 2 ;   L i n   T C ,   2 0 1 3 ,   G E N E ,   V 5 1 8 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 4 6 ;   L i u   B ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 5 ,   P 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 0 6 . 8 7 5 0 4 0 ;   L i u   C L ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 3 9 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 5 . 0 4 . 0 2 1 ;   L i u   H C ,   2 0 1 3 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 0 ,   P 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 3 . 7 0 ;   L i u   J X ,   2 0 1 6 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 3 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 5 . 2 4 4 0 2 6 5 ;   L i u   J X ,   2 0 1 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 2 ,   P 9 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 8 3 3 7 5 ;   L i u   X X ,   2 0 0 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 6 - 7 6 ;   L i u   Z Q ,   2 0 1 0 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 7 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 8 . 1 7 ;   L o p e s   F M ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 7 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 9 6 ;   L u o   L K ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 0 . 4 4 ;   M a j i   P ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 9 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 7 . 1 0 2 7 ;   M a j i   P ,   2 0 1 3 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 3 ,   P 3 9 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 0 6 ;   M a j i   P ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 6 ,   P 1 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 8 . 2 0 0 4 5 0 2 ;   M a l i n a   W ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 3 1 ,   P 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 7 7 . 9 3 8 2 6 5 ;   M A R I L L   T ,   1 9 6 3 ,   I E E E   T   I N F O R M   T H E O R Y ,   V 9 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T . 1 9 6 3 . 1 0 5 7 8 1 0 ;   M a u l i k   U ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 1 3 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 1 4 . 2 3 1 2 1 3 2 ;   M a y   M ,   2 0 1 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 4 ,   P 1 2 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . o p m s . p 1 4 0 0 0 8 6 ;   M e t s i s   V ,   2 0 1 4 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 1 ,   P 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 3 . 1 4 1 ;   M i k a   S . ,   1 9 9 9 ,   N e u r a l   N e t w o r k s   f o r   S i g n a l   P r o c e s s i n g   I X :   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   1 9 9 9   I E E E   S i g n a l   P r o c e s s i n g   S o c i e t y   W o r k s h o p   ( C a t .   N o . 9 8 T H 8 4 6 8 ) ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / N N S P . 1 9 9 9 . 7 8 8 1 2 1 ;   M i t r a   S ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 9 . 3 9 ;   M o h a b a t k a r   H ,   2 0 1 1 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 8 1 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 1 7 ;   M o h a m m a d i   M ,   2 0 1 6 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 7 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 6 ;   M o h a p a t r a   P ,   2 0 1 6 ,   S W A R M   E V O L   C O M P U T ,   V 2 8 ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s w e v o . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 2 ;   N a i k   G R ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 9 ,   P 4 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 4 . 2 3 2 6 6 6 0 ;   N e t o   U . B . ,   2 0 0 7 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 4 ,   P 9 1 ;   N e u m a n n   J ,   2 0 0 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 6 1 ,   P 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 5 - 1 5 0 5 - 9 ;   N i i j i m a   S ,   2 0 0 9 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 6 ,   P 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 7 . 7 0 2 5 7 ;   N o r m a n d e a u   K . ,   I N S I D E   B I G   D A T A ;   N o z a w a   H ,   1 9 9 2 ,   C H A O S ,   V 2 ,   P 3 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 6 5 8 8 0 ;   O h   I S ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 1 ,   P 1 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 7 9 9 9 1 3 ;   O h   I S ,   1 9 9 8 ,   I N T   C   P A T T   R E C O G ,   P 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 1 9 9 8 . 7 1 1 1 7 8 ;   O z y u r t   I B ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 6 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 1 1 1 ;   P a n g   H ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 6 3 ;   P A O   Y H ,   1 9 9 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 6 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 9 2 5 - 2 3 1 2 ( 9 4 ) 9 0 0 5 3 - 1 ;   P A W L A K   Z ,   1 9 8 2 ,   I N T   J   C O M P U T   I N F   S C I ,   V 1 1 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 0 0 1 9 5 6 ;   P e n g   Y ,   2 0 0 4 ,   E L E C T R O N   L E T T ,   V 4 0 ,   P 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / e l : 2 0 0 4 0 2 6 3 ;   P e t e r s   T ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 1 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 1 . 3 0 ;   P h a n   J H ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 6 ,   P 8 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 2 . 2 1 9 9 5 7 0 ;   R a j a p a k s e   J C ,   2 0 1 3 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 0 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 3 . 1 ;   R a n g a n a r a y a n a n   P ,   2 0 1 6 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 3 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 5 . 2 4 1 5 8 0 6 ;   R a y m e r   M L ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   E V O L U T   C O M P U T ,   V 4 ,   P 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 3 5 . 8 5 0 6 5 6 ;   R u i z   R . ,   2 0 0 2 ,   I B E R A M I A ,   P 2 3 3 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S a j j a d i   S J ,   2 0 1 4 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 1 1 ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 4 . 2 3 2 5 0 1 4 ;   S a u n d e r s   C . ,   1 9 9 8 ,   P   1 5   I N T   C   M A C H   L E A R ,   V 5 ,   P 2 4 2 ;   S h i   H . ,   2 0 0 3 ,   P   3   I N T   C   H Y B R   I N T   S ,   P 4 2 ;   S i e d l e c k i   W . ,   1 9 8 9 ,   J   P A T T E R N   R E C O G N I T I O ,   V 1 0 ,   P 3 3 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 8 9 ) 9 0 0 3 7 - 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 8 9 ) 9 0 0 3 7 - 8 ] ;   S t e p h e n s   Z D ,   2 0 1 5 ,   P L O S   B I O L ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p b i o . 1 0 0 2 1 9 5 ;   S t e u e r   R ,   2 0 0 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 8 ,   p S 2 3 1 ;   S u n   B Y ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 1 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 0 . 1 1 9 ;   T a n   M K ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 4 ,   P 1 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 3 . 2 2 6 3 4 2 7 ;   T a n g   Y C ,   2 0 0 7 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 4 ,   P 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 7 . 1 0 2 8 ;   T h o m a s   J G ,   2 0 0 1 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 1 2 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 6 5 1 0 1 ;   T u s h e r   V G ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 5 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 0 6 2 4 9 8 ;   V a l a v a n i s   I ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 9 ,   P 1 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 4 . 2 3 3 6 6 1 7 ;   v a n ' t   V e e r   L J ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 5 3 0 a ;   V e r m a   B ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 4 ,   P 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 1 . 2 8 ;   W a n   C . ,   1 9 9 9 ,   P   2   I N T   C   I N F   C O M M   S ;   W a n g   D ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 7 ,   P 2 7 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 5 . 2 4 2 6 7 0 3 ;   W a n g   J J Y ,   2 0 1 4 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 5 1 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 9 ;   W a n g   L . ,   2 0 0 2 ,   N E U R A L   N E T W   W O R L D ,   V 1 2 ,   P 5 9 9 ;   W a n g   L ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 5 7 9 ;   W a n g   L P ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 9 ,   P 1 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 0 8 . 2 0 0 0 3 9 5 ;   W a n g   L P ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   C ,   V 3 8 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C C . 2 0 0 7 . 9 1 3 9 1 5 ;   W a n g   L P ,   2 0 0 7 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 4 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 7 . 1 0 0 6 ;   W a n g   L P ,   2 0 0 5 ,   2 0 0 5   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   G R A N U L A R   C O M P U T I N G ,   V O L S   1   A N D   2 ,   P 6 6 6 ;   W a n g   L P ,   2 0 0 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 4 9 6 ,   P 6 8 2 ;   W a n g   L P ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 3 4 ,   P 2 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C B . 2 0 0 4 . 8 2 9 7 7 8 ;   W a n g   L P ,   2 0 0 5 ,   I E E E   C   E V O L   C O M P U T A T ,   P 2 1 6 1 ;   W a n g   L P ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 9 ,   P 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 7 0 1 1 8 5 ;   W a n g   L . P . ,   S O L V I N G   C H A N N E L   A S S I ,   V 8 0 5 8 ;   W a n g   L . P . ,   I E E E   I N T   C   E L   C I R C   S ;   W a n g   L .   P . ,   2 0 0 5 ,   D A T A   M I N I N G   C O M P U T A T ;   W a s i k o w s k i   M ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 2 ,   P 1 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 9 . 1 8 7 ;   W H I T N E Y   A W ,   1 9 7 1 ,   I E E E   T   C O M P U T ,   V C   2 0 ,   P 1 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T - C . 1 9 7 1 . 2 2 3 4 1 0 ;   W o n g   W W L ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 1 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 1 . 3 1 ;   W u   M Y ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 1 0 5 ;   W u   Q Y ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 1 1 ,   P 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 1 2 . 2 2 1 4 2 3 2 ;   X i o n g   N ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   A ,   V 3 2 ,   P 5 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C A . 2 0 0 2 . 8 0 4 7 8 6 ;   X u   X Y ,   2 0 1 5 ,   I E T   S Y S T   B I O L ,   V 9 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / i e t - s y b . 2 0 1 4 . 0 0 5 1 ;   Y a n   X T ,   2 0 0 5 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 3 4 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 3 9 ;   Y o u s e f   M ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 1 4 4 ;   Y u   L ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 1 . 4 7 ;   Z h a n g   L N ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   C I R C   S Y S T   V I D ,   V 2 4 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C S V T . 2 0 1 3 . 2 2 7 6 1 7 2 ;   Z h a n g   L N ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 1 ,   P 3 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 2 . 2 1 9 5 0 1 4 ;   Z h a n g   L N ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 2 1 ,   P 2 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 1 . 2 1 7 7 8 4 6 ;   Z h a n g   L N ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 4 2 ,   P 2 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C B . 2 0 1 1 . 2 1 6 5 3 3 5 ;   Z h a n g   P ,   2 0 1 1 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 8 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 9 . 5 6 ;   Z h a n g   S H ,   2 0 1 2 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 9 ,   P 1 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 2 . 3 4 ;   Z h e n g   C H ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   N A N O B I O S C I ,   V 1 0 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N B . 2 0 1 1 . 2 1 4 4 9 9 8 ;   Z h o n g   J C ,   2 0 1 5 ,   T S I N G H U A   S C I   T E C H N O L ,   V 2 0 ,   P 4 9 1 ;   Z h o u   N . ,   2 0 0 5 ,   J   B I O I N F   C O M P U T   B I O L ,   V 3 ,   P 1 8 5 ;   Z h o u   N ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 4 8 4 ;   Z h o u   N i n a ,   2 0 0 7 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 5 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 6 7 2 - 0 2 2 9 ( 0 8 ) 6 0 0 1 1 - X ;   Z h u   M . ,   2 0 1 0 ,   I N T   J O I N T   C   N E U R   N E T ,   P 1 ;   Z h u   S H ,   2 0 1 0 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 7 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 8 . 3 5 ;   Z h u   Z X ,   2 0 1 0 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 7 ,   P 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 8 . 1 0 5 ;   Z o u   H ,   2 0 0 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 7 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 5 . 0 0 5 0 3 . x 	 1 6 8 	 2 	 2 	 4 2 	 4 2 	 A C A D E M I C   P R E S S   I N C   E L S E V I E R   S C I E N C E 	 S A N   D I E G O 	 5 2 5   B   S T ,   S T E   1 9 0 0 ,   S A N   D I E G O ,   C A   9 2 1 0 1 - 4 4 9 5   U S A 	 1 0 4 6 - 2 0 2 3 	 1 0 9 5 - 9 1 3 0 	 	 M E T H O D S 	 M e t h o d s 	 D E C   1 	 2 0 1 6 	 1 1 1 	 	 	 	 	 	 2 1 	 3 1 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 1 4 	 	 1 1 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 E E 6 P O 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 7 3 4 9 0 0 0 0 4 	 2 7 5 9 2 3 8 2 	 
 
 J 	 N a q a ,   I 	 	 	 	 E l   N a q a ,   I s s a m 	 	 	 P e r s p e c t i v e s   o n   m a k i n g   b i g   d a t a   a n a l y t i c s   w o r k   f o r   o n c o l o g y 	 M E T H O D S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B i g   d a t a ;   O n c o l o g y ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   C l i n i c a l   d e c i s i o n   s u p p o r t 	 P R E D I C T   R A D I A T I O N   P N E U M O N I T I S ;   T U M O R - C O N T R O L   P R O B A B I L I T Y ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   L U N G - C A N C E R ;   D O S E - V O L U M E ;   R A D I O T H E R A P Y   O U T C O M E S ;   B A Y E S I A N   N E T W O R K ;   N E U R A L - N E T W O R K ;   T E X T U R A L   F E A T U R E S ;   N E C K - C A N C E R 	 O n c o l o g y ,   w i t h   i t s   u n i q u e   c o m b i n a t i o n   o f   c l i n i c a l ,   p h y s i c a l ,   t e c h n o l o g i c a l ,   a n d   b i o l o g i c a l   d a t a   p r o v i d e s   a n   i d e a l   c a s e   s t u d y  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 N I H   P 0 1   C A 5 9 8 2 7   a n d   t h e   U n i v e r s i t y   o f   M i c h i g a n   C a n c e r   C e n t e r   f u n d   G 0 1 7 4 5 9 . 	 A b e s h o u s e   A ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 3 ,   P 1 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 2 5 ;   A l b i n i   A . ,   2 0 1 5 ,   J   N A T L   C A N C   I ,   V 1 0 7 ;   A n d r e   F ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 8 ,   P 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 1 . 4 ;   B e n e d i c t   S H ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 5 ,   P 8 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 5 . 1 2 . 3 5 8 ;   B i l l - A x e l s o n   A ,   2 0 0 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 2 ,   P 1 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 3 7 3 9 ;   B l a n c o   A I ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 2 ,   P 1 0 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j d r o p b . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 7 6 ;   B r a d l e y   J ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 8 ,   P 1 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 3 . 0 9 . 0 8 0 ;   B r a d l e y   J D ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 9 ,   P 9 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 7 7 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r e n n a n   C W ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 5 ,   P 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 3 4 ;   B u s s i n k   J ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 8 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 0 . 2 1 8 ;   C h a b n e r   B A ,   2 0 0 5 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 5 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 5 2 9 ;   C h e n g   N M ,   2 0 1 3 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 4 ,   P 1 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 2 . 1 1 9 2 8 9 ;   C o a t e s   J . ,   2 0 1 6 ,   P H Y S   M E D ;   C o a t e s   J ,   2 0 1 5 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 5 ,   P 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 5 ;   C o d d   E .   F . ,   1 9 9 0 ,   R E L A T I O N A L   M O D E L   D A T ;   C o l l i s s o n   E A ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 1 1 ,   P 5 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 3 8 5 ;   C o n d e e l i s   J ,   2 0 1 0 ,   C S H   P E R S P E C T   B I O L ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / c s h p e r s p e c t . a 0 0 3 8 4 8 ;   C o o k   G J R ,   2 0 1 3 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 4 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 2 . 1 0 7 3 7 5 ;   D e a s y   J o s e p h   O . ,   2 0 0 8 ,   P 2 1 5 ;   D i z o n   D .   S . ,   2 0 1 6 ,   J   C L I N   O N C O L ;   E l   N a q a   I ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 1 ,   P 5 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 1 / 2 2 / 0 0 1 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 4 ,   P 1 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 2 2 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 1 1 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 1 1 ,   I M A G   M E D   D I A G N   T H E R ,   P 5 3 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 1 4 ,   W I R E S   D A T A   M I N   K N O W L ,   V 4 ,   P 3 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / w i d m . 1 1 3 1 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 1 2 ,   W I R E S   D A T A   M I N   K N O W L ,   V 2 ,   P 1 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / w i d m . 1 0 4 7 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   p R 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 1 / R 7 5 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 1 0 ,   A C T A   O N C O L ,   V 4 9 ,   P 1 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 1 0 0 3 6 4 9 2 2 4 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   p S 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 1 8 / S 0 2 ;   E l - N a q a   I ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 1 ,   P 1 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 2 . 8 0 6 5 6 9 ;   E l   N a g a   I . ,   2 0 1 5 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   R A D ;   E l   N a q a   I . ,   2 0 1 4 ,   B I G   D A T A   A N A L   B I O I N F ,   P 1 6 3 ;   E v a n s   J ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   C A N C E R   C A R E ,   V 2 1 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 3 5 4 . 2 0 1 1 . 0 1 2 7 8 . x ;   G A I L   M ,   1 9 7 5 ,   B I O M E T R I C S ,   V 3 1 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 5 2 9 7 2 1 ;   G r o u p   B D W ,   2 0 0 1 ,   C L I N   P H A R M A C O L   T H E R ,   V 6 9 ,   P 8 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 6 7 / M C P . 2 0 0 1 . 1 1 3 9 8 9 ;   G u l l i f o r d   S L ,   2 0 0 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 7 1 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 3 . 0 3 . 0 0 1 ;   H a l p e r i n   E C ,   2 0 0 8 ,   P E R E Z   B R A D Y S   P R I N C I P ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 1 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   H a s t i e   T . ,   2 0 1 5 ,   S T A T   L E A R N I N G   S P A R S I ;   H o p e   A J ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 5 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 4 6 ;   H o p e   A . J . ,   2 0 0 5 ,   A S T R   4 7   A N N   M   D E N V   C ,   p S 2 3 1 ;   H u a n g   E X ,   2 0 1 1 ,   A C T A   O N C O L ,   V 5 0 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 2 8 4 1 8 6 X . 2 0 1 0 . 5 2 1 1 9 2 ;   H u a n g   E .   X . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   R A D   O N C O L   B I O L ;   J a y a s u r y a   K ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 3 5 2 7 0 9 ;   K e o g h   E . ,   2 0 1 0 ,   E N C Y   M A C H I N E   L E A R N I N ,   P 2 5 7 ;   K h o u k a z   T a l i n e ,   2 0 0 6 ,   S e m i n   O n c o l   N u r s ,   V 2 2 ,   P 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s o n c n . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 1 2 ;   K i d d   E A ,   2 0 1 2 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 1 2 7 ,   P 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 2 7 ;   K i e v i t   R . ,   2 0 1 3 ,   F R O N T   P S Y C H O L ,   V 4 ;   K o l l e r   D . ,   2 0 0 9 ,   P R O B A B I L I S T I C   G R A P H I ;   K u m a r   V ,   2 0 1 2 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 1 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 1 0 ;   L a k e   P . ,   2 0 1 5 ,   I N F O R M   S Y S T E M S   M A N A G ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 8 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 3 6 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 7 ,   P 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 1 2 9 ;   L e e   S ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 2 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 1 5 2 8 4 ;   L e v e g r u n   S ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 1 ,   P 1 0 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 0 1 ) 0 1 7 3 1 - X ;   M a r k s   L B ,   2 0 0 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 4 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 0 2 ) 0 2 9 2 8 - 0 ;   M u n l e y   M T ,   1 9 9 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 4 ,   P 2 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 4 / 9 / 3 1 1 ;   M u r r a y   T .   A . ,   2 0 1 6 ,   S T A T   M E D ;   N e w b o l d   K ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   V 7 9 ,   P 5 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 4 8 8 2 2 1 9 3 ;   N i k j o o   H ,   2 0 0 6 ,   R A D I A T   M E A S ,   V 4 1 ,   P 1 0 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d m e a s . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 0 1 ;   O h   J H ,   2 0 1 1 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 6 ,   P 1 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 6 / 6 / 0 0 8 ;   P e a r l   J ,   2 0 1 6 ,   C A U S A L   I N F E R E N C E   S T A ;   P i e t   D . ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   R A D   O N C O L   B I O L ;   R e s h e f   D N ,   2 0 1 1 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 4 ,   P 1 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 0 5 4 3 8 ;   S a h i n e r   B ,   2 0 0 8 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 5 ,   P 1 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 8 6 8 7 5 7 ;   S C H A P I R E   R E ,   1 9 9 0 ,   M A C H   L E A R N ,   V 5 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 8 8 0 0 7 6 0 ;   S e i w e r t   T Y ,   2 0 0 7 ,   N A T   C L I N   P R A C T   O N C O L ,   V 4 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c p o n c 0 7 1 4 ;   S h i v a d e   C . ,   2 0 1 3 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S ;   S I M P S O N   E H ,   1 9 5 1 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 1 3 ,   P 2 3 8 ;   S i n o q u e t   C ,   2 0 1 4 ,   P R O B A B I L I S T I C   G R A P H I ;   S u   M ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 8 3 5 6 1 1 ;   T i x i e r   F ,   2 0 1 1 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 2 ,   P 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 0 . 0 8 2 4 0 4 ;   T o m a s e t t i   C ,   2 0 1 5 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 7 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 6 0 8 2 5 ;   T o m a t i s   S ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 1 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 5 / 1 3 9 9 ;   T u c k e r   S L ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 9 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 3 . 1 2 . 0 3 3 ;   V a i d y a   M ,   2 0 1 2 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 2 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 4 ;   V a l l i e r e s   M ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 5 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 1 4 / 5 4 7 1 ;   V a p n i k   V . N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ;   W e n   P Y ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 1 9 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 6 . 3 5 4 1 ;   S t e w a r t   B .   W . ,   2 0 1 4 ,   W O R L D   C A N C   R E P O R T   2 0 ;   W i l l m a n n   J K ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 7 ,   P 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 2 2 9 0 ;   Z a i d i   H ,   2 0 1 0 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 7 ,   P 2 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 0 - 1 4 2 3 - 3 	 8 4 	 0 	 0 	 2 0 	 2 0 	 A C A D E M I C   P R E S S   I N C   E L S E V I E R   S C I E N C E 	 S A N   D I E G O 	 5 2 5   B   S T ,   S T E   1 9 0 0 ,   S A N   D I E G O ,   C A   9 2 1 0 1 - 4 4 9 5   U S A 	 1 0 4 6 - 2 0 2 3 	 1 0 9 5 - 9 1 3 0 	 	 M E T H O D S 	 M e t h o d s 	 D E C   1 	 2 0 1 6 	 1 1 1 	 	 	 	 	 	 3 2 	 4 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 1 0 	 	 1 3 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 E E 6 P O 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 7 3 4 9 0 0 0 0 5 	 	 
 
 J 	 L i u ,   R T ;   W a n g ,   G R ;   L i u ,   C ;   Q i u ,   J ;   Y a n ,   L K ;   L i ,   X J ;   W a n g ,   X Q 	 	 	 	 L i u ,   R u i t i n g ;   W a n g ,   G u o r o n g ;   L i u ,   C h a n g ;   Q i u ,   J i a n ;   Y a n ,   L i k u n ;   L i ,   X i a o j u n ;   W a n g ,   X i a o q i a n g 	 	 	 G e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l e   a n a l y s i s   o f   d b p A   k n o c k d o w n   i n   c o l o r e c t a l   c a n c e r   c e l l s 	 C E L L   B I O L O G Y   I N T E R N A T I O N A L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c o l o r e c t a l   c a n c e r ;   d p b A ;   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l i n g ;   m i c r o a s s a y ;   s m a l l   i n t e r f e r i n g   R N A 	 B I N D I N G   P R O T E I N - A ;   D O W N - R E G U L A T I O N ;   S I G N A L I N G   P A T H W A Y S ;   G A S T R I C - C A N C E R ;   U P - R E G U L A T I O N ;   A P O P T O S I S ;   G R O W T H ;   T U M O R I G E N E S I S ;   M E T H Y L A T I O N ;   P E R S P E C T I V E 	 D N A - b i n d i n g   p r o t e i n   A   ( d b p A )   h a s   b e e n   r e p o r t e d   a s s o c i a t e d   w i t h   t h e   p a t h o g e n e s i s   a n d   d e v e l o p m e n t   o f   v a r i o u s   c a n c e r s .   H o w e v e r ,   n o   e v i d e n c e   s h o w e d   t h e   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l i n g   a l t e r n a t i o n   i n v o l v e d   i n   d b p A   k n o c k d o w n   i n   c o l o r e c t a l   c a n c e r   ( C R C )   c e l l s .   S m a l l   i n t e r f e r e n c e   R N A   ( s i R N A )   m e t h o d   w a s   u s e d   t o   k n o c k   d o w n   d b p A   e x p r e s s i o n   i n   S W 6 2 0   c e l l s .   T h e   c h a n g e s   o f   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s   i n   d b p A   k n o c k d o w n   S W 6 2 0   c e l l s   w e r e   d e t e r m i n e d   b y   m i c r o a r r a y   a n a l y s i s   a n d   W e s t e r n   b l o t .   A   t o t a l  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 J i a o   T o n g   U n i v ,   S h a a n x i   P r o v   P e o p l e s   H o s p ,   A f f i l i a t e d   H o s p   3 ,   D e p t   G e n   S u r g , M e d   C o l l ,   X i a n   7 1 0 0 6 8 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i u ,   C h a n g ]   X i   A n   J i a o   T o n g   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   C o l l   M e d ,   D e p t   H e p a t o b i l i a r y   S u r g ,   X i a n   7 1 0 0 6 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i u ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   X i   A n   J i a o   T o n g   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   C o l l   M e d ,   D e p t   H e p a t o b i l i a r y   S u r g ,   X i a n   7 1 0 0 6 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 l i u c h a n g s y y @ 1 6 3 . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 1 7 2 3 6 3 / H 1 6 1 7 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   S h a a n x i   P r o v i n c e   [ 2 0 1 4 J M 4 0 8 9 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   f u n d e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o .   8 1 1 7 2 3 6 3 / H 1 6 1 7 )   a n d   t h e   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   S h a a n x i   P r o v i n c e   ( 2 0 1 4 J M 4 0 8 9 ) . 	 A l i   M A ,   2 0 1 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 2 ,   P 7 7 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 0 9 1 9 3 1 1 2 ;   A r i a s - R o m e r o   L E ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   O P I N   T H E R   T A R ,   V 1 7 ,   P 1 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 4 7 2 8 2 2 2 . 2 0 1 3 . 8 2 8 0 3 7 ;   B o g a e r t   J u l i e ,   2 0 1 4 ,   A n n   G a s t r o e n t e r o l ,   V 2 7 ,   P 9 ;   B u r o t t o   M ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 0 ,   P 3 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 8 8 6 4 ;   C a u t a i n   B ,   2 0 1 5 ,   F E B S   J ,   V 2 8 2 ,   P 4 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / f e b s . 1 3 1 6 3 ;   C h o o   M K ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 1 8 ,   P 2 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 1 7 3 4 ;   C h o w   M T ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   I M M U N O L   R E S ,   V 2 ,   P 1 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 3 2 6 - 6 0 6 6 . C I R - 1 4 - 0 1 6 0 ;   F u j i i   T ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 1 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 2 3 6 2 ;   F u j i w a r a - O k a d a   Y ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 8 ,   P 8 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 2 . 5 7 9 ;   G e l l a d   Z F ,   2 0 1 0 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 8 ,   P 2 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 5 6 ;   H a r a d a   M ,   2 0 1 4 ,   G E N E S   C E L L S ,   V 1 9 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / g t c . 1 2 1 5 0 ;   H A S E G A W A   S L ,   1 9 9 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 1 9 ,   P 4 9 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 1 9 . 1 8 . 4 9 1 5 ;   H e i n   A L ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 4 5 ,   P 1 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j o . 2 0 1 4 . 2 6 1 4 ;   H o f v a n d e r   J ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 8 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 2 3 9 9 ;   K U D O   S ,   1 9 9 5 ,   E U R   J   B I O C H E M ,   V 2 3 1 ,   P 7 2 ;   K u r o k a w a   K ,   2 0 1 4 ,   O N C O G E N E ,   V 3 3 ,   P 1 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 3 . 8 6 ;   L e   R o l l e   A F ,   2 0 1 5 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 6 7 - 0 1 5 - 0 5 5 5 - 4 ;   L e e   O H ,   2 0 1 5 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 8 5 3 ,   P 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 7 ;   L e i   Y Y ,   2 0 1 4 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 5 ,   P 8 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 7 3 1 4 / A P J C P . 2 0 1 4 . 1 5 . 2 0 . 8 5 3 9 ;   L i u   R T ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   M O L   M E D ,   V 3 8 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j m m . 2 0 1 6 . 2 6 6 2 ;   M a t s u m o t o   G ,   2 0 1 0 ,   C L I N   E X P   M E T A S T A S ,   V 2 7 ,   P 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 8 5 - 0 1 0 - 9 3 4 3 - y ;   M c L e a n   M H ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 5 3 6 6 ;   M o o n   J H ,   2 0 1 5 ,   O N C O L   R E P ,   V 3 3 ,   P 1 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 4 . 3 6 7 6 ;   O b a i d   G ,   2 0 1 5 ,   P H O T O C H   P H O T O B I O   S C I ,   V 1 4 ,   P 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 p p 0 0 3 1 2 h ;   P e t t e r s e n   K ,   2 0 1 5 ,   F R E E   R A D I C   B I O L   M E D ;   R a y   P .   E . ,   2 0 1 4 ,   J o u r n a l   o f   A I D S   a n d   C l i n i c a l   R e s e a r c h ,   V 5 ,   P 3 0 9 ;   S a f i n a   A ,   2 0 0 8 ,   O N C O G E N E ,   V 2 7 ,   P 1 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 1 0 7 6 8 ;   S a r i d a k i   Z ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 2 0 ;   S e e   A L P ,   2 0 1 4 ,   C U R R   C A N C E R   D R U G   T A R ,   V 1 4 ,   P 2 9 4 ;   S e r m a n   L ,   2 0 1 4 ,   B O S N I A N   J   B A S I C   M E D ,   V 1 4 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 7 3 0 5 / b j b m s . 2 0 1 4 . 4 . 2 0 5 ;   S h i m i z u   T o s h i o ,   2 0 1 5 ,   N i h o n   R i n s h o ,   V 7 3 ,   P 1 3 4 2 ;   S o   P L ,   2 0 1 0 ,   E X P E R T   O P I N   I N V   D R U G ,   V 1 9 ,   P 1 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 3 5 4 3 7 8 4 . 2 0 1 0 . 5 0 4 7 1 4 ;   S u n k a r a   V ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 1 ,   P 1 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 9 2 2 8 ;   T a k a h a s h i   M ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 1 ,   P 1 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 1 0 . 0 1 5 3 4 . x ;   T a r k o w s k i   R a f a l ,   2 0 0 6 ,   G i n e k o l   P o l ,   V 7 7 ,   P 4 5 8 ;   T a s s i   E ,   2 0 1 1 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 7 9 ,   P 2 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j p a t h . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 4 3 ;   T o b i t a   H ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 2 9 ,   P 6 7 3 ;   W a n g   C L ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   N E U R O S C I ,   V 1 9 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j o c n . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 4 7 ;   W a n g   G R ,   2 0 0 9 ,   A C T A   P H A R M A C O L   S I N ,   V 3 0 ,   P 1 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a p s . 2 0 0 9 . 1 3 7 ;   W e i   J L ,   2 0 1 5 ,   O N C O L   R E P ,   V 3 3 ,   P 1 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 4 . 3 7 0 1 ;   W i n t e r s   M E ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 5 ,   P 3 8 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 1 9 8 9 ;   Y a m a g u c h i   H ,   2 0 0 7 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 7 7 3 ,   P 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 0 1 ;   Y a s e n   M ,   2 0 0 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 1 ,   P 7 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 5 - 1 0 2 7 ;   Y e   H N ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 4 6 ,   P 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j o . 2 0 1 4 . 2 7 4 8 ;   Y u   G Y ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 2 6 7 8 ;   Y u   J ,   2 0 0 9 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 6 ,   P 6 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 5 0 ;   Y u n   J ,   2 0 1 2 ,   L A B   I N V E S T ,   V 9 2 ,   P 1 0 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / l a b i n v e s t . 2 0 1 2 . 6 1 ;   Z a k i   M H ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 0 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 2 2 	 4 8 	 0 	 0 	 1 	 1 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 1 0 6 5 - 6 9 9 5 	 1 0 9 5 - 8 3 5 5 	 	 C E L L   B I O L   I N T 	 C e l l   B i o l .   I n t . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 4 0 	 1 2 	 	 	 	 	 1 2 8 0 	 1 2 9 3 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / c b i n . 1 0 6 7 0 	 	 1 4 	 C e l l   B i o l o g y 	 C e l l   B i o l o g y 	 E D 8 P N 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 1 3 3 5 0 0 0 0 4 	 2 7 5 6 9 4 4 4 	 
 
 J 	 M i n h a s ,   F U A ;   A s i f ,   A ;   A r i f ,   M 	 	 	 	 M i n h a s ,   F a y y a z   u l   A m i r   A f s a r ;   A s i f ,   A m i n a ;   A r i f ,   M u h a m m a d 	 	 	 C A F E - M a p :   C o n t e x t   A w a r e   F e a t u r e   M a p p i n g   f o r   m i n i n g   h i g h   d i m e n s i o n a l   b i o m e d i c a l   d a t a 	 C O M P U T E R S   I N   B I O L O G Y   A N D   M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 P R O S T A T E - C A N C E R ;   G E N E - E X P R E S S I O N ;   F E A T U R E - S E L E C T I O N ;   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   I M A G E   C L A S S I F I C A T I O N ;   P R O M O T E R   M E T H Y L A T I O N ;   B I O M A R K E R   D I S C O V E R Y ;   M I C R O A R R A Y   D A T A ;   B R E A S T - C A N C E R ;   D I A G N O S I S 	 F e a t u r e   s e l e c t i o n   a n d   r a n k i n g   i s   o f   g r e a t   i m p o r t a n c e   i n   t h e   a n a l y s i s   o f   b i o m e d i c a l  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 B i o m e d   I n f o r m a t   R e s   L a b ,   D e p t   C o m p   &   I n f o r m a t   S c i ,   I s l a m a b a d ,   P a k i s t a n . ;   A r i f ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U m m   A l   Q u r a   U n i v ,   D e p t   C o m p   S c i ,   M e c c a ,   S a u d i   A r a b i a . 	 a f s a r @ p i e a s . e d u . p k ;   a . a s i f . s h a h 0 1 @ g m a i l . c o m ;   m a h a m i d @ u q u . e d u . s a 	 	 	 D e a n s h i p   o f   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   a t   U m m   A l - Q u r a   U n i v e r s i t y   [ 4 3 4 0 8 0 3 2 ] 	 T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   t h e   D e a n s h i p   o f   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   a t   U m m   A l - Q u r a   U n i v e r s i t y   ( p r o j e c t   #   4 3 4 0 8 0 3 2 )   f o r   t h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t . 	 A n a n t h a n a r a y a n a n   V ,   2 0 0 5 ,   P R O S T A T E ,   V 6 3 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o s . 2 0 1 9 6 ;   B a n k m a n   I . ,   2 0 0 8 ,   H D B   M E D   I M A G E   P R O C E S ;   B e n - H u r   A ,   2 0 0 8 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 1 7 3 ;   B e n g i o   Y . ,   A R X I V 1 2 0 6 5 5 3 8 C S ;   B e r m i n g h a m   M L ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 0 3 1 2 ;   B o l o n - C a n e d o   V . ,   2 0 1 2 ,   I N F O R M   S Y S T ,   V 3 4 ,   P 4 8 3 ;   B o l o n - C a n e d o   V ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 8 2 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 4 2 ;   A l o n s o - B e t a n z o s   A . ,   2 0 1 6 ,   P R O G   A R T I F   I N T E L L ,   V 5 ;   B o y e   K ,   2 0 1 0 ,   A M   J   P A T H O L ,   V 1 7 6 ,   P 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 2 3 5 3 / a j p a t h . 2 0 1 0 . 0 9 0 5 2 6 ;   B u   H J ,   2 0 1 1 ,   P R O S T A T E ,   V 7 1 ,   P 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o s . 2 1 2 7 3 ;   C h a n g ,   2 0 0 8 ,   P   J M L R   W O R K S H   C   C A U S ,   P 5 3 ;   C h a t f i e l d   K . ,   2 0 1 1 ,   B M V C ,   V 7 6 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 5 2 4 4 / C . 2 5 . 7 6 ;   C h e n   J ,   2 0 1 1 ,   A R T I F   I N T E L L   R E V ,   V 3 6 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 6 2 - 0 1 0 - 9 2 0 0 - z ;   C h e n   Y . - W . ,   2 0 0 6 ,   C O M B I N I N G   S V M S   V A R I O ,   P 3 1 5 ;   C h i n   S F ,   2 0 0 7 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 7 - 8 - 1 0 - r 2 1 5 ;   C h u   W ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 3 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 5 2 6 ;   C l a r k e   R ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 8 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 2 9 4 ;   C o a t e s   A d a m ,   2 0 1 2 ,   N e u r a l   N e t w o r k s :   T r i c k s   o f   t h e   T r a d e .   S e c o n d   E d i t i o n :   L N C S   7 7 0 0 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 5 2 8 9 - 8 _ 3 0 ;   C o h e n   S ,   2 0 0 7 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 9 ,   P 1 9 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 2 0 0 7 . 1 9 . 7 . 1 9 3 9 ;   C o u l s o n - T h o m a s   V J ,   2 0 1 3 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 3 1 9 ,   P 9 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x c r . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 2 3 ;   D i a m a n d i s   E P ,   2 0 0 4 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 3 ,   P 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . R 4 0 0 0 0 7 - M C P 2 0 0 ;   D u b r o w i n s k a j a   N ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   M E D - U S ,   V 3 ,   P 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c a m 4 . 1 8 1 ;   F o r n o n i   M . ,   2 0 1 3 ,   A S   C   M A C H   L E A R N ,   P 2 2 9 ;   F o s t e r   K R ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   E N G   O N L I N E ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 9 2 5 X - 1 3 - 9 4 ;   G a o   S H ,   2 0 1 0 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 3 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 0 . 5 5 3 9 9 4 3 ;   G a u d e l   R . ,   2 0 1 0 ,   P   2 7   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 3 5 9 ;   G l a a b   E ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 9 9 3 2 ;   G o h   L . ,   P   2   C   A S   P A C   B I O I N F ,   V 2 9 ,   P 1 6 1 ;   G r e g g   J L ,   2 0 1 0 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 0 - 1 6 5 ;   G u y o n   I . ,   2 0 0 3 ,   J o u r n a l   o f   M a c h i n e   L e a r n i n g   R e s e a r c h ,   V 3 ,   P 1 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 1 5 3 2 4 4 3 0 3 3 2 2 7 5 3 6 1 6 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 8 ,   P 1 4 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 1 4 ;   H a b a s h y   H O ,   2 0 1 1 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 8 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 0 - 1 0 7 3 - y ;   H e n r i q u e   R ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 4 ,   P 1 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 4 - 0 6 5 9 ;   H o f m a n n   D ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 4 1 ,   P 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 3 ;   H o l t   S K ,   2 0 1 0 ,   P R O S T A T E ,   V 7 0 ,   P 1 0 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o s . 2 1 1 3 5 ;   H u   Y . ,   2 0 0 7 ,   N E U R A L   I N F O R M   P R O C E S ,   P 8 4 6 ;   H u a n g   Y Z ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 6 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 3 . 1 1 3 ;   J e r o n i m o   C ,   2 0 0 4 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 5 7 ,   P 8 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c p . 2 0 0 3 . 0 1 4 5 5 5 ;   K e c m a n   V . ,   2 0 1 0 ,   P   2 0 1 0   I N T   J O I N T   C   N ,   P 1 ;   K i v i n i e m i   J ,   2 0 0 4 ,   A P M I S ,   V 1 1 2 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 4 6 3 . 2 0 0 4 . a p m 1 1 2 0 2 0 2 . x ;   K u m a r   C ,   2 0 0 9 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 3 ,   P 1 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 3 5 ;   L a d i c k y   L . ,   2 0 1 1 ,   P   2 8   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 9 8 5 ;   L a l   T .   N . ,   2 0 0 6 ,   F E A T U R E   E X T R A C T I O N   F ,   P 4 3 9 ;   L a p o i n t e   J ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 3 0 4 1 4 6 1 0 1 ;   H e s s   K . ,   2 0 0 6 ,   C A N C   I N F O R M ,   V 2 ,   P 3 1 3 ;   L e t h a m   B . ,   2 0 1 3 ,   W O R K I N G   P A P E R ;   L i   X . ,   2 0 0 8 ,   H I G H   D I M E N S I O N A L   D A T ;   L i u   B D ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 6 ,   P 1 8 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 1 8 ;   L i u   H ,   2 0 1 2 ,   F E A T U R E   S E L E C T I O N   K N ;   L i u   H ,   2 0 1 0 ,   J M L R   W O R K S H   C O N F   P R O ,   V 1 0 ,   P 4 ;   L i u   J . ,   2 0 0 3 ,   P   2 0 0 3   I N T   C   M A C H   L E ,   V 4 ,   P 2 2 7 5 ;   M i k a   S . ,   1 9 9 9 ,   S I G N A L   P R O C E S S ,   V I X ,   P 4 1 ;   M o l i n a   L .   C . ,   2 0 0 2 ,   P   I E E E   I N T   C   D A T   M I N ,   V 2 0 0 2 ,   P 3 0 6 ;   M o n u m e n t   M J ,   2 0 1 2 ,   G E N E S - B A S E L ,   V 3 ,   P 4 4 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / g e n e s 3 0 3 0 4 4 4 ;   N a d e r i   A ,   2 0 0 7 ,   O N C O G E N E ,   V 2 6 ,   P 1 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 9 9 2 0 ;   N e l s o n   P S ,   2 0 0 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 9 ,   P 1 1 8 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 8 2 3 7 6 2 9 9 ;   N i n g   Q Y ,   2 0 1 1 ,   G E N E T   M O L   R E S ,   V 1 0 ,   P 3 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 4 2 3 8 / 2 0 1 1 . D e c e m b e r . 1 4 . 1 0 ;   O t t e   C . ,   2 0 1 3 ,   I N T E L L   D A T A   A N A L ,   P 1 1 1 ;   P a u l   T .   K . ,   2 0 0 5 ,   P   G E N   E V   C O M P   C   G E C C ;   P e r e z - D i e z   A ,   2 0 0 7 ,   A D V   E X P   M E D   B I O L ,   V 5 9 3 ,   P 7 4 ;   P e r o u   C M ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 6 ,   P 7 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 2 1 0 9 3 ;   R o d l a n d   K D ,   2 0 0 4 ,   C L I N   B I O C H E M ,   V 3 7 ,   P 5 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n b i o c h e m . 2 0 0 4 . 0 5 . 0 1 1 ;   R o s t a d   K ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 3 0 ,   P 1 9 ;   R o w e i s   S T ,   2 0 0 0 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 0 ,   P 2 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 9 0 . 5 5 0 0 . 2 3 2 3 ;   R u d i n   C . ,   2 0 1 4 ,   P   2 0   A C M   S I G K D D   I N T ,   P 1 5 1 9 ;   S a e y s   Y ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 3 4 4 ;   S a j d a   P ,   2 0 0 6 ,   A N N U   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 8 ,   P 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . b i o e n g . 8 . 0 6 1 5 0 5 . 0 9 5 8 0 2 ;   S e m m l o w   J . L . ,   2 0 1 4 ,   B I O S I G N A L   M E D   I M A G E ;   S e o   M ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 0 4 1 9 ;   S h a h   U S ,   2 0 0 4 ,   J   C E L L   B I O C H E M ,   V 9 1 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c b . 1 0 7 3 9 ;   S h a l e v - S h w a r t z   S ,   2 0 1 1 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 2 ,   P 1 8 6 5 ;   S h e n   L ,   2 0 0 5 ,   I E E E   A C M   T   C O M P U T   B I ,   V 2 ,   P 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 0 5 . 2 2 ;   S h i p p   M A ,   2 0 0 2 ,   N A T   M E D ,   V 8 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 0 1 0 2 - 6 8 ;   S h o e m a k e r   J .   S . ,   2 0 0 6 ,   M E T H O D S   M I C R O A R R A Y   D ,   V I ;   S i n g h   D ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 2 ) 0 0 0 3 0 - 2 ;   T a n   W W ,   2 0 1 5 ,   P R O S T A T E ,   V 7 5 ,   P 1 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o s . 2 3 0 0 2 ;   T a r i s   M ,   2 0 1 4 ,   P R O S T A T E ,   V 7 4 ,   P 1 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o s . 2 2 8 6 3 ;   T h o m s e n   M K ,   2 0 1 5 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 2 2 ,   P 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 1 4 . 2 1 3 ;   v a n   d e r   M e r w e   D E ,   2 0 0 7 ,   A D V   C A N C E R   R E S ,   V 9 6 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 6 5 - 2 3 0 X ( 0 6 ) 9 6 0 0 2 - 3 ;   v a n   G e m e r t   J C ,   2 0 0 8 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 5 3 0 4 ,   P 6 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 8 8 6 9 0 - 7 _ 5 2 ;   v a n ' t   V e e r   L J ,   2 0 0 2 ,   N A T U R E ,   V 4 1 5 ,   P 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 1 5 5 3 0 a ;   V a p n i k   V . ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   V e l l i d o   A . ,   2 0 1 2 ,   P   E U R   S   A R T   N E U R   N E T ;   V e n s   C . ,   2 0 1 1 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   2 0 1 1   I E E E   1 1 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   D a t a   M i n i n g   ( I C D M   2 0 1 1 ) ,   P 7 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C D M . 2 0 1 1 . 1 2 1 ;   W a n g   D ,   2 0 0 6 ,   G U T ,   V 5 5 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 0 0 4 . 0 4 7 1 0 0 ;   W e s s e l s   L F A ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 3 7 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 4 2 9 ;   W e s t o n   J ,   2 0 0 1 ,   A D V   N E U R   I N ,   V 1 3 ,   P 6 6 8 ;   Y u   T .   Z .   K a i ,   2 0 0 9 ,   A D V   N E U R A L   I N F   P R O C E ,   P 2 2 2 3 ;   Z h a n g   H ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 2 1 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 9 - 0 4 5 0 - x 	 8 9 	 0 	 0 	 1 9 	 1 9 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 0 1 0 - 4 8 2 5 	 1 8 7 9 - 0 5 3 4 	 	 C O M P U T   B I O L   M E D 	 C o m p u t .   B i o l .   M e d . 	 D E C   1 	 2 0 1 6 	 7 9 	 	 	 	 	 	 6 8 	 7 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 6 . 1 0 . 0 0 6 	 	 1 2 	 B i o l o g y ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 L i f e   S c i e n c e s   &   B i o m e d i c i n e   -   O t h e r   T o p i c s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E E 0 U P 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 2 9 4 7 0 0 0 0 8 	 2 7 7 6 4 7 1 7 	 
 
 J 	 S t o l t ,   M ;   C h a r a l a m b o u s ,   A ;   R a d w i n ,   L ;   A d a m ,   C ;   K a t a j i s t o ,   J ;   L e m o n i d o u ,   C ;   P a t i r a k i ,   E ;   S j o v a l l ,   K ;   S u h o n e n ,   R 	 	 	 	 S t o l t ,   M i n n a ;   C h a r a l a m b o u s ,   A n d r e a s ;   R a d w i n ,   L a u r e l ;   A d a m ,   C h r i s t i n a ;   K a t a j i s t o ,   J o u k o ;   L e m o n i d o u ,   C h r y s s o u l a ;   P a t i r a k i ,   E l i s a b e t h ;   S j o v a l l ,   K a t a r i n a ;   S u h o n e n ,   R i i t t a 	 	 	 M e a s u r i n g   t r u s t   i n   n u r s e s   -   P s y c h o m e t r i c   p r o p e r t i e s   o f   t h e   T r u s t   i n   N u r s e s   S c a l e   i n   f o u r   c o u n t r i e s 	 E u r o p e a n   J o u r n a l   o f   O n c o l o g y   N u r s i n g 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 T r u s t ;   N u r s e ;   N u r s i n g ;   S c a l e ;   C a n c e r   c a r e ;   C r o s s - c u l t u r a l   s t u d y ;   P s y c h o m e t r i c s ;   R a s c h   a n a l y s i s 	 D E S I R E D   H E A L T H   O U T C O M E S ;   N U R S I N G - C A R E ;   C A N C E R - P A T I E N T S ;   P A T I E N T   R E L A T I O N S H I P S ;   I N D I V I D U A L I Z E D   C A R E ;   P E R C E P T I O N S ;   P E R S P E C T I V E ;   B E H A V I O R S ;   A M E R I C A N S ;   Q U A L I T Y 	 P u r p o s e :   T h e   p u r p o s e   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t o   e x a m i n e   p s y c h o m e t r i c   p r o p e r t i e s   o f   t h r e e   t r a n s l a t e d   v e r s i o n s   o f   t h e   T r u s t   i n   N u r s e s   S c a l e   ( T N S )   a n d   c a n c e r   p a t i e n t s '   p e r c e p t i o n s   o f   t r u s t   i n   n u r s e s   i n   a   s a m p l e   o f   c a n c e r   p a t i e n t s   f r o m   f o u r   E u r o p e a n   c o u n t r i e s .   M e t h o d s :   A   c r o s s - s e c t i o n a l ,   c r o s s - c u l t u r a l ,   m u l t i - s i t e   s u r v e y   d e s i g n   w a s   u s e d .   T h e   d a t a   w e r e   c o l l e c t e d   w i t h   t h e   T r u s t   i n   N u r s e s   S c a l e   f r o m   p a t i e n t s   w i t h   d i f f e r e n t   t y p e s   o f   m a l i g n a n c i e s   i n   1 7   u n i t s   w i t h i n   f i v e   c l i n i c a l   s i t e s   ( n   =   5 9 9 )   b e t w e e n   0 9 / 2 0 1 2   a n d   0 6 / 2 0 1 4 .   D a t a   w e r e   a n a l y z e d   u s i n g   d e s c r i p t i v e   a n d   i n f e r e n t i a l   s t a t i s t i c s ,   m u l t i v a r i a t e   m e t h o d s   a n d   p s y c h o m e t r i c s   u s i n g   e x p l o r a t o r y   f a c t o r   a n a l y s i s ,   C r o n b a c h ' s   a l p h a   c o e f f i c i e n t s ,   i t e m   a n a l y s i s   a n d   R a s c h   a n a l y s i s .   R e s u l t s :   T h e   p s y c h o m e t r i c   p r o p e r t i e s   o f   t h e   d a t a   w e r e   c o n s i s t e n t   i n   a l l   c o u n t r i e s .   W i t h i n   t h e   e x p l o r a t o r y   f a c t o r   a n a l y s i s   t h e   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   s u p p o r t e d   t h e   o n e   c o m p o n e n t   s t r u c t u r e   ( u n i d i m e n s i o n a l i t y )   o f   t h e   T N S .   T h e   i n t e r n a l   c o n s i s t e n c y   r e l i a b i l i t y   w a s   a c c e p t a b l e .   T h e   R a s c h   a n a l y s i s   s u p p o r t e d   t h e   u n i d i m e n s i o n a l i t y   o f   t h e   T N S   c r o s s - c u l t u r a l l y . .   A l l   i t e m s   o f   t h e   T N S   d e m o n s t r a t e d   a c c e p t a b l e   g o o d n e s s - o f - f i t   t o   t h e   R a s c h   m o d e l .   C a n c e r   p a t i e n t s   t r u s t e d   n u r s e s   t o   a   g r e a t   e x t e n t   a l t h o u g h   b e t w e e n   c o u n t r y   d i f f e r e n c e s   w e r e   f o u n d .   C o n c l u s i o n s :   T h e   T r u s t   i n   N u r s e s   S c a l e   p r o v e d   t o   b e   a   v a l i d   a n d   r e l i a b l e   t o o l   f o r   m e a s u r i n g   p a t i e n t s '   t r u s t   i n   n u r s e s   i n   o n c o l o g i c a l   s e t t i n g s   i n   i n t e r n a t i o n a l   c o n t e x t s .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ S t o l t ,   M i n n a ;   C h a r a l a m b o u s ,   A n d r e a s ;   S u h o n e n ,   R i i t t a ]   U n i v   T u r k u ,   D e p t   N u r s i n g   S c i ,   T u r k u   2 0 0 1 4 ,   F i n l a n d ;   [ C h a r a l a m b o u s ,   A n d r e a s ]   C y p r u s   U n i v   T e c h n o l ,   D e p t   N u r s i n g   S t u d i e s ,   L i m a s s o l ,   C y p r u s ;   [ R a d w i n ,   L a u r e l ]   B o s t o n   V A M C ,   B o s t o n ,   M A   U S A ;   [ A d a m ,   C h r i s t i n a ]   S t   S a v v a s   A n t i c a n c   H o s p ,   A t h e n s ,   G r e e c e ;   [ K a t a j i s t o ,   J o u k o ]   U n i v   T u r k u ,   D e p t   M a t h   &   S t a t ,   T u r k u ,   F i n l a n d ;   [ L e m o n i d o u ,   C h r y s s o u l a ;   P a t i r a k i ,   E l i s a b e t h ]   U n i v   A t h e n s ,   F a c   N u r s i n g ,   A t h e n s ,   G r e e c e ;   [ S j o v a l l ,   K a t a r i n a ]   L u n d   U n i v ,   D e p t   H l t h   S c i ,   L u n d ,   S w e d e n ;   [ S j o v a l l ,   K a t a r i n a ]   S k a n e   U n i v   H o s p ,   L u n d ,   S w e d e n ;   [ S u h o n e n ,   R i i t t a ]   T u r k u   U n i v   H o s p ,   T u r k u ,   F i n l a n d ;   [ S u h o n e n ,   R i i t t a ]   C i t y   T u r k u   W e l f   D i v ,   T u r k u ,   F i n l a n d 	 S t o l t ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T u r k u ,   D e p t   N u r s i n g   S c i ,   T u r k u   2 0 0 1 4 ,   F i n l a n d . 	 m i n n a . s t o l t @ u t u . f i ;   a n d r e a s . c h a r a l a m b o u s @ c u t a c . c y ;   l a u r e l . r a d w i n @ v a . g o v ;   c h r i s t i n a a d a m 7 @ y a h o o . g r ;   j o u k o . k a t a j i s t o @ u t u . f i ;   c l e m o n i d @ n u r s . u o a . g r ;   e p a t i r a k i @ n u r s . u o a . g r ;   k a t a r i n a . s j o v a l l @ s k a n e . s e ;   s u h o n e n . r i i t t a @ k o l u m b u s . f i 	 	 	 	 	 A l t u n t a s   S ,   2 0 1 0 ,   J   N U R S   S C H O L A R S H I P ,   V 4 2 ,   P 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 4 7 - 5 0 6 9 . 2 0 1 0 . 0 1 3 4 7 . x ;   B A I E R   A ,   1 9 8 6 ,   E T H I C S ,   V 9 6 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 6 / 2 9 2 7 4 5 ;   B e l c h e r   M ,   2 0 0 9 ,   C O N T E M P   N U R S E ,   V 3 1 ,   P 1 4 2 ;   B e l l   L i z ,   2 0 0 9 ,   B r   J   N u r s ,   V 1 8 ,   P 4 6 ;   B e n k e r t   R ,   2 0 0 8 ,   J   A M   A C A D   N U R S E   P R A C ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 5 - 7 5 9 9 . 2 0 0 8 . 0 0 3 1 7 . x ;   B o n d   T .   G . ,   2 0 1 5 ,   A P P L   R A S C H   M O D E L   F U N ;   B o w l i n g   A . ,   2 0 1 4 ,   R E S   M E T H O D S   H L T H   I N V ;   B r e n n a n   N ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   Q U A L   H E A L T H   C ,   V 2 5 ,   P 6 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / i n t q h c / m z t 0 6 3 ;   C a r t e r   M A ,   2 0 0 9 ,   N U R S   C L I N   N   A M ,   V 4 4 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c n u r . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 1 2 ;   C h a r a l a m b o u s   A ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   N U R S   S T U D ,   V 6 1 ,   P 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j n u r s t u . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 1 3 ;   C h i l d   D . ,   2 0 0 6 ,   E S S E N T I A L S   F A C T O R   A N ;   d e   R a e v e   L . ,   2 0 0 2 ,   N U R S   P H I L O S ,   V 3 ,   P 1 5 2 ;   D e V e l l i s   R .   F . ,   2 0 1 2 ,   A P P L   S O C I A L   R E S   M E T H ,   V 2 6 ;   D i n c   L ,   2 0 1 3 ,   N U R S   E T H I C S ,   V 2 0 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 9 7 3 3 0 1 2 4 6 8 4 6 3 ;   E r i k s s o n   I ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   N U R S ,   V 1 7 ,   P 2 3 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 7 0 2 . 2 0 0 7 . 0 2 2 6 5 . x ;   E u r o s t a t ,   2 0 1 5 ,   H E A L T H C   P E R S   S T A T   N U ;   E u r o p e a n   C o m m i s s i o n ,   2 0 1 2 ,   P A T   I N V   E U R   Q U A L   S T U ;   F E R K E T I C H   S ,   1 9 9 1 ,   R E S   N U R S   H E A L T H ,   V 1 4 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n u r . 4 7 7 0 1 4 0 2 1 1 ;   F i s h e r   J r   W ,   1 9 9 2 ,   R A S C H   M E A S U R E M E N T   T ,   V 6 ,   P 2 3 8 ;   G o l d b e r g   L S ,   2 0 0 8 ,   M I D W I F E R Y ,   V 2 4 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m i d w . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 0 3 ;   H e m   M H ,   2 0 0 8 ,   N U R S   E T H I C S ,   V 1 5 ,   P 7 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 9 7 3 3 0 0 8 0 9 0 5 2 5 ;   H u p c e y   J E ,   2 0 0 1 ,   J   A D V   N U R S ,   V 3 6 ,   P 2 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 6 4 8 . 2 0 0 1 . 0 1 9 7 0 . x ;   H u p c e y   J E ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   N U R S ,   V 1 5 ,   P 1 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 7 0 2 . 2 0 0 6 . 0 1 3 8 6 . x ;   K e l l a r   S P ,   2 0 1 3 ,   M U N R O S   S T A T   M E T H O D S ;   K o t t o r p   A . ,   2 0 0 3 ,   V A L I D I T Y   A S S E S S M E N T ;   L a n g l e y   G   C ,   2 0 0 5 ,   J   P s y c h i a t r   M e n t   H e a l t h   N u r s ,   V 1 2 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 8 5 0 . 2 0 0 4 . 0 0 7 7 4 . x ;   L a s c h i n g e r   H K S ,   2 0 0 5 ,   N U R S   E C O N ,   V 2 3 ,   P 6 ;   L a s c h i n g e r   H . K . S . ,   2 0 0 2 ,   A D V   H L T H   C A R E   M A N A G ,   V 2 6 ,   P 5 9 ;   L e r d a l   A ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   N U R S   S T U D ,   V 4 8 ,   P 1 2 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j n u r s t u . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 9 ;   L i n a c r e   J o h n   M ,   2 0 0 2 ,   J   A p p l   M e a s ,   V 3 ,   P 8 5 ;   L i u   J E ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   N U R S ,   V 1 5 ,   P 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 7 0 2 . 2 0 0 6 . 0 1 2 9 1 . x ;   L i n a c r e   J . M . ,   2 0 1 6 ,   U S E R S   G U I D E   W I N S T E P ;   M c G r u m - G a r d n e r   E . ,   2 0 0 8 ,   B R   J   O R A L   M A X I L L O F A C ,   V 4 6 ,   P 3 8 ;   M e r k o u r i s   A ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   N U R S   S T U D ,   V 4 1 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j n u r s t u . 2 0 0 3 . 1 0 . 0 0 6 ;   M o k   E ,   2 0 0 4 ,   J   A D V   N U R S ,   V 4 8 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 6 4 8 . 2 0 0 4 . 0 3 2 3 0 . x ;   O E C D ,   2 0 1 2 ,   H L T H   G L A N C   E U R   2 0 1 2 ;   P a p a s t a v r o u   E ,   2 0 1 2 ,   J   A D V   N U R S ,   V 6 8 ,   P 1 0 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 6 4 8 . 2 0 1 1 . 0 5 8 0 7 . x ;   P r i e t o   L u i s ,   2 0 0 3 ,   H e a l t h   Q u a l   L i f e   O u t c o m e s ,   V 1 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 7 5 2 5 - 1 - 2 7 ;   R a d w i n   L ,   2 0 0 0 ,   R E S   N U R S   H E A L T H ,   V 2 3 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 8 - 2 4 0 X ( 2 0 0 0 0 6 ) 2 3 : 3 < 1 7 9 : : A I D - N U R 2 > 3 . 0 . C O ; 2 - T ;   R a d w i n   L ,   1 9 9 9 ,   S c h   I n q   N u r s   P r a c t ,   V 1 3 ,   P 3 2 7 ;   R a d w i n   L ,   1 9 9 9 ,   S C H   I N Q   N U R S   P R A C T ,   V 1 3 ,   P 3 4 5 ;   R a d w i n   L E ,   2 0 1 0 ,   J   A D V   N U R S ,   V 6 6 ,   P 6 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 6 4 8 . 2 0 0 9 . 0 5 1 6 8 . x ;   R a d w i n   L E ,   2 0 0 9 ,   R E S   N U R S   H E A L T H ,   V 3 2 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n u r . 2 0 3 0 2 ;   R a d w i n   L E ,   2 0 0 5 ,   O N C O L   N U R S   F O R U M ,   V 3 2 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 8 / 0 5 . O N F . 9 2 - 9 6 ;   R a d w i n   L E ,   2 0 0 5 ,   J   A D V   N U R S ,   V 5 0 ,   P 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 6 4 8 . 2 0 0 5 . 0 3 3 7 5 . x ;   R o w e   R ,   2 0 0 6 ,   E U R   J   P U B L I C   H E A L T H ,   V 1 6 ,   P 4 ;   S e l l m a n   D e r e k ,   2 0 0 7 ,   N u r s   P h i l o s ,   V 8 ,   P 2 8 ;   S h e p h e r d   M L ,   2 0 1 1 ,   C O N T E M P   N U R S E ,   V 3 7 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 5 1 7 2 / c o n u . 2 0 1 1 . 3 7 . 2 . 1 3 7 ;   S m i t h   A . B . ,   2 0 1 0 ,   H E A L T H   Q U A L   L I F E   O U T ,   V 3 0 ,   P 4 5 ;   S m i t h   R   M ,   1 9 9 8 ,   J   O u t c o m e   M e a s ,   V 2 ,   P 6 6 ;   S o u s a   V D ,   2 0 1 1 ,   J   E V A L   C L I N   P R A C T ,   V 1 7 ,   P 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 7 5 3 . 2 0 1 0 . 0 1 4 3 4 . x ;   S u h o n e n   R ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   N U R S ,   V 2 1 ,   P 1 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 7 0 2 . 2 0 1 1 . 0 3 8 3 3 . x ;   S u h o n e n   R ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   N U R S   S T U D ,   V 4 6 ,   P 5 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j n u r s t u . 2 0 0 8 . 0 9 . 0 0 6 ;   S u h o n e n   R ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   N U R S   S T U D ,   V 4 5 ,   P 1 5 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j n u r s t u . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 0 5 ;   T e n n a n t   A ,   2 0 0 7 ,   A R T H R I T   R H E U M - A R T H R ,   V 5 7 ,   P 1 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a r t . 2 3 1 0 8 ;   W a d e l l   K a t h e l e e n ,   2 0 0 7 ,   I s s u e s   M e n t   H e a l t h   N u r s ,   V 2 8 ,   P 1 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 1 2 8 4 0 7 0 1 5 8 1 2 3 0 ;   W e a v e r   C N ,   2 0 0 6 ,   J   A P P L   S O C   P S Y C H O L ,   V 3 6 ,   P 1 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 0 0 2 1 - 9 0 2 9 . 2 0 0 6 . 0 0 0 3 6 . x ;   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n ,   2 0 0 5 ,   P R E P   H L T H   C A R   W O R K F ;   W r i g h t   B .   D . ,   1 9 9 4 ,   R A S C H   M E A S U R E M E N T   T ,   V 8 ,   P 3 7 0 ;   Z a r e i   E ,   2 0 1 5 ,   I R A N   R E D   C R E S C E N T   M E ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 5 8 1 2 / i r c m j . 1 7 5 0 5 	 6 0 	 0 	 0 	 4 	 4 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 4 6 2 - 3 8 8 9 	 1 5 3 2 - 2 1 2 2 	 	 E U R   J   O N C O L   N U R S 	 E u r .   J .   O n c o l .   N u r s . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 5 	 	 	 	 	 	 4 6 	 5 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e j o n . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 6 	 	 9 	 O n c o l o g y ;   N u r s i n g 	 O n c o l o g y ;   N u r s i n g 	 E D 9 E H 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 1 7 2 5 0 0 0 0 7 	 2 7 8 6 5 2 5 2 	 
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 R e n c h a o ;   S o n g ,   E n m i n ;   X u ,   X i a n g y a n g ]   M i n i s t   E d u c ,   K e y   L a b   I m a g e   P r o c   &   I n t e l l i g e n t   C o n t r o l ,   W u h a n ,   H u b e i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h e n ,   M i ;   Z h a n g ,   S h e n g ]   H u a z h o n g   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   T o n g j i   M e d   C o l l ,   U n i o n   H o s p ,   C t r   C a n c ,   W u h a n ,   H u b e i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H u n g ,   C h i h - C h e n g ]   A n y a n g   N o r m a l   U n i v ,   S i n o   U S   I n t e l l i g e n t   I n f o r m a t   P r o c   J o i n t   L a b ,   A n y a n g ,   H e n a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H u n g ,   C h i h - C h e n g ]   K e n n e s a w   S t a t e   U n i v ,   C t r   M a c h i n e   V i s   &   S e c u r   R e s ,   M a r i e t t a   C a m p u s ,   M a r i e t t a ,   G A   U S A 	 J i n ,   R C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H u a z h o n g   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   S c h   C o m p   S c i   &   T e c h n o l ,   C t r   B i o m e d   I m a g i n g   &   B i o i n f o r m a t ,   W u h a n ,   H u b e i ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   J i n ,   R C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M i n i s t   E d u c ,   K e y   L a b   I m a g e   P r o c   &   I n t e l l i g e n t   C o n t r o l ,   W u h a n ,   H u b e i ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 j r c @ h u s t . e d u . c n 	 	 	 N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 3 7 0 1 7 9 ] ;   N a t i o n a l   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   S u p p o r t   P r o j e c t   F u n d s   o f   C h i n a   [ 2 0 1 1 B A I 1 2 B 0 5 ] ;   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   o f   C h i n a ,   H U S T   [ 2 0 1 6 Y X M S 0 8 6 ,   C X Y 1 2 Q 0 3 0 ] 	 W e   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   M i n   C h e n ,   P r o f e s s o r   o f   S c h o o l   o f   C o m p u t e r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   a t   H u a z h o n g   U n i v e r s i t y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   f o r   h i s   h e l p f u l   o p i n i o n s   a n d   s u g g e s t i o n s .   W e   a c k n o w l e d g e   t h e   e d i t o r s   a n d   r e v i e w e r s   f o r   t h e i r   h a r d   w o r k   a n d   c o n s t r u c t i v e   c o m m e n t s .   T h i s   r e s e a r c h   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 6 1 3 7 0 1 7 9 ) ,   t h e   N a t i o n a l   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   S u p p o r t   P r o j e c t   F u n d s   o f   C h i n a   ( 2 0 1 1 B A I 1 2 B 0 5 ) ,   t h e   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   o f   C h i n a ,   H U S T :   2 0 1 6 Y X M S 0 8 6   a n d   C X Y 1 2 Q 0 3 0 . 	 A l l a i r e   S ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 2 ,   p S 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 0 6 . 9 6 4 ;   C a i   J ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 9 ,   P 8 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 7 . 2 3 2 2 ;   C a s t i l l o   R ,   2 0 0 9 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 4 ,   P 1 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 4 / 7 / 0 0 1 ;   C h e b r o l u   V V ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L   R E S   P R A C T ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 5 4 7 0 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 5 4 7 0 7 5 ] ;   d e   B o o r   C . ,   1 9 7 2 ,   J o u r n a l   o f   A p p r o x i m a t i o n   T h e o r y ,   V 6 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 1 - 9 0 4 5 ( 7 2 ) 9 0 0 8 0 - 9 ;   D o c e f   A ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 3 ,   P 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 0 8 - 0 2 6 6 - x ;   G a e d e   S ,   2 0 1 1 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 1 ,   P 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 3 6 ;   H a r d c a s t l e   N ,   2 0 1 3 ,   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 8 - 7 1 7 X - 8 - 2 4 3 ;   H u t c h i n s o n   A ,   2 0 1 5 ,   J   R A D I O T H E R   P R A C T ,   V 1 4 ,   P 7 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 7 / S 1 4 6 0 3 9 6 9 1 4 0 0 0 0 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 4 6 0 3 9 6 9 1 4 0 0 0 0 4 1 ] ;   H u t t e n l o c h e r   D   P ,   1 9 9 3 ,   P A T T E R N   A N A L   M A C H I N E ,   V 1 5 ,   P 8 5 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 2 3 2 0 7 3 ;   J a c c a r d   P . ,   1 9 0 8 ,   B   S O C I E T E   V A U D O I S E   S ,   V 4 4 ,   P 2 2 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 5 1 6 9 / S E A L S - 2 6 8 3 8 4 ;   J a n g   S S ,   2 0 1 5 ,   T H O R A C   C A N C E R ,   V 6 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 7 5 9 - 7 7 1 4 . 1 2 1 7 0 ;   K l e i n   S ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 9 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 9 . 2 0 3 5 6 1 6 ;   K u m a r a s i r i   A ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 0 1 4 0 9 ;   L e e   S ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   V I S   C O M P U T   G R ,   V 2 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 9 4 5 . 5 5 6 5 0 2 ;   L I U   D C ,   1 9 8 9 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 4 5 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 5 8 9 1 1 6 ;   M a r t i n   S ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 1 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 4 / 1 4 9 7 ;   M e t z   C T ,   2 0 1 1 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 5 ,   P 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 3 ;   M i n   Y G ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D ,   V 9 ,   P 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 3 - 0 9 7 5 - 7 ;   M o r c o s   M ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 3 5 5 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 6 1 2 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 6 1 2 2 2 6 ] ;   P a n   T S ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 0 3 5 3 4 ;   P a r k   K ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 3 ,   P 6 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 0 8 ;   P e r o n i   M ,   2 0 0 9 ,   2 0 0 9   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   S Y M P O S I U M   O N   B I O M E D I C A L   I M A G I N G :   F R O M   N A N O   T O   M A C R O ,   V O L S   1   A N D   2 ,   P 1 0 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 0 9 . 5 1 9 3 2 4 1 ;   P i e g l   L ,   1 9 9 7 ,   N U R B S   B O O K ;   Q i a o   Y C ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 7 6 3 5 4 ;   S c h m i d t   M ,   2 0 1 5 ,   L   B F G S   F O R   M A T L A B ;   S h a m o n i n   D e n i s   P ,   2 0 1 3 ,   F r o n t   N e u r o i n f o r m ,   V 7 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f n i n f . 2 0 1 3 . 0 0 0 5 0 ;   T h i r i o n   J - P ,   1 9 9 5 ,   F A S T   N O N R I G I D   M A T C H I ;   v a n   D a m   I E ,   2 0 1 0 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 6 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 3 ;   V a n d e m e u l e b r o u c k e   J ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 1 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 2 3 6 1 9 ;   V e r c a u t e r e n   T . ,   2 0 0 7 ,   M I C C A I   0 7 ,   V 4 7 9 2 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 7 5 7 5 9 - 7 _ 3 9 ;   V e r c a u t e r e n   T ,   2 0 0 9 ,   N E U R O I M A G E ,   V 4 5 ,   p S 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 8 . 1 0 . 0 4 0 ;   W r a n g s j o   A ,   2 0 0 5 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 3 5 4 0 ,   P 5 0 1 ;   W u   G ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 1 9 9 4 3 ;   X i e   X H ,   2 0 1 3 ,   A P P L   M E C H   M A T ,   P 1 6 2 2 ,   D O I   [ 1 0 . 4 0 2 8 / w w w . s c i e n t i f i c . n e t / A M M . 2 8 4 - 2 8 7 . 1 6 2 2 ,   D O I   1 0 . 4 0 2 8 / W W W . S C I E N T I F I C . N E T / A M M . 2 8 4 - 2 8 7 . 1 6 2 2 ] ;   X i o n g   G L ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 4 9 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 5 / 4 9 0 5 	 3 6 	 0 	 0 	 7 	 7 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 1 8 6 1 - 6 4 1 0 	 1 8 6 1 - 6 4 2 9 	 	 I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D 	 I n t .   J .   C o m p u t .   A s s i s t .   R a d i o l .   S u r g . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 1 	 1 2 	 	 	 	 	 2 1 3 9 	 2 1 5 1 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 6 - 1 4 5 7 - 5 	 	 1 3 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   S u r g e r y 	 E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   S u r g e r y 	 E C 1 F W 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 8 5 1 2 0 0 0 0 1 	 2 7 4 2 3 6 5 0 	 
 
 J 	 A h n ,   J K ;   K i m ,   S ;   H w a n g ,   J ;   K i m ,   J ;   K i m ,   K H ;   C h a ,   H S 	 	 	 	 A h n ,   J o o n g   K y o n g ;   K i m ,   S o o a h ;   H w a n g ,   J i w o n ;   K i m ,   J u n g y e o n ;   K i m ,   K y o u n g   H e o n ;   C h a ,   H o o n - S u k 	 	 	 G C / T O F - M S - b a s e d   m e t a b o l o m i c   p r o f i l i n g   i n   c u l t u r e d   f i b r o b l a s t - l i k e   s y n o v i o c y t e s   f r o m   r h e u m a t o i d   a r t h r i t i s 	 J O I N T   B O N E   S P I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R h e u m a t o i d   a r t h r i t i s ;   O s t e o a r t h r i t i s ;   F i b r o b l a s t - l i k e   s y n o v i o c y t e s ;   G a s   c h r o m a t o g r a p h y - m a s s   s p e c t r o m e t r y ;   S u g a r   m e t a b o l i s m ;   A m i n o   a c i d   m e t a b o l i s m 	 P E N T O S E - P H O S P H A T E   P A T H W A Y ;   S Y N O V I A L   F I B R O B L A S T S ;   C A N C E R - C E L L S ;   A M I N O - A C I D S ;   G R O W T H ;   P A T H O G E N E S I S ;   I N H I B I T I O N ;   D I S E A S E ;   B I O L O G Y ;   T I M E 	 O b j e c t i v e s :   R h e u m a t o i d   a r t h r i t i s   ( R A )   i s   a   c h r o n i c   s y s t e m i c   a u t o i m m u n e   d i s e a s e   c h a r a c t e r i z e d   b y   s y n o v i a l   i n f l a m m a t i o n   a n d   h y p e r p l a s i a .   F i b r o b l a s t - l i k e   s y n o v i o c y t e s   ( F L S )   i n   R A   e x h i b i t   a   t u m o r   c e l l - l i k e   a g g r e s s i v e   p h e n o t y p e .   T h u s ,   g a s   c h r o m a t o g r a p h y / t i m e - o f - f l i g h t - m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( G C / T O F - M S )   w a s   e m p l o y e d   t o   i d e n t i f y   t h e   c h a r a c t e r i s t i c   m e t a b o l i c   p r o f i l i n g   o f   R A   F L S .   M e t h o d s :   M e t a b o l i t e   p r o f i l i n g   o f   R A   F L S   a n d   o s t e o a r t h r i t i s   ( O A )   F L S   w a s   p e r f o r m e d   u s i n g   G C / T O F - M S   i n   c o n j u n c t i o n   w i t h   s t a t i s t i c a l   a n a l y s e s .   W e   p e r f o r m e d   m e t a b o l i t e   s e t   e n r i c h m e n t   a n a l y s i s   t o   e s t a b l i s h   w h i c h   p a t h w a y s   a r e   a f f e c t e d .   R e s u l t s :   A   t o t a l   o f   1 2 9   m e t a b o l i t e s   w e r e   i d e n t i f i e d .   A   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   a n d   h i e r a r c h i c a l   c l u s t e r i n g   a n a l y s i s   d e m o n s t r a t e d   c l e a r   d i f f e r e n t i a t i o n   o f   t h e   m e t a b o l i c   p r o f i l i n g   b e t w e e n   R A   F L S   a n d   O A   F L S .   T h e   l e v e l s   o f   3 5   m e t a b o l i t e s   t h a t   b e l o n g e d   t o   t h e   a m i n e s ,   f a t t y   a c i d s ,   p h o s p h a t e s ,   a n d   o r g a n i c   a c i d s   c l a s s   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   i n c r e a s e d   i n   R A   F L S   c o m p a r e d   t o   t h o s e   i n   O A   F L S .   A l s o ,   t h e   l e v e l s   o f   2 6   m e t a b o l i t e s   t h a t   b e l o n g e d   t o   t h e   a m i n o   a c i d s ,   s u g a r s ,   a n d   s u g a r   a l c o h o l s   c l a s s   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   d e c r e a s e d   i n   R A   F L S   c o m p a r e d   t o   t h o s e   i n   O A   F L S .   T h e   s u g a r   m e t a b o l i s m   ( g l y c o l y s i s   a n d   p e n t o s e   p h o s p h a t e   p a t h w a y )   a n d   a m i n o   a c i d   m e t a b o l i s m   ( t y r o s i n e   a n d   c a t e c h o l a m i n e   b i o s y n t h e s i s ,   a n d   p r o t e i n   b i o s y n t h e s i s )   w e r e   s e v e r e l y   d i s t u r b e d   i n   R A   F L S   c o m p a r e d   t o   t h o s e   i n   O A   F L S .   C o n c l u s i o n s :   O u r   m e t a b o l i c   r e s u l t s   s u g g e s t e d   t h a t   t h e   a l t e r a t i o n   o f   s u g a r   m e t a b o l i s m ,   l i p o l y s i s ,   a n d   a m i n o   a c i d   m e t a b o l i s m   i n   R A   F L S   i s   r e l a t e d   t o   s y n o v i a l   h y p e r p l a s i a   a n d   i n f l a m m a t i o n .   T h i s   i s   t h e   f i r s t   m e t a b o l o m i c   s t u d y   t o   d e t e r m i n e   m e t a b o l i c   c h a n g e s   c h a r a c t e r i s t i c   o f   R A   F L S ,   w h i c h   w i l l   p r o v i d e   v a l u a b l e   i n f o r m a t i o n   t o   g a i n   i n - d e p t h   i n s i g h t s   i n t o   t h e   p a t h o g e n e s i s   o f   R A .   ( C )   2 0 1 6   S o c i e t e   f r a n c a i s e   d e   r h u m a t o l o g i e .   P u b l i s h e d   b y   E l s e v i e r   M a s s o n   S A S .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ A h n ,   J o o n g   K y o n g ]   S u n g k y u n k w a n   U n i v ,   S c h   M e d ,   K a n g b u k   S a m s u n g   H o s p ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   S e o u l   0 3 1 8 1 ,   S o u t h   K o r e a ;   [ K i m ,   S o o a h ;   K i m ,   J u n g y e o n ;   K i m ,   K y o u n g   H e o n ]   K o r e a   U n i v ,   G r a d   S c h ,   D e p t   B i o t e c h n o l ,   S e o u l   0 2 8 4 1 ,   S o u t h   K o r e a ;   [ H w a n g ,   J i w o n ]   N a t l   P o l i c e   H o s p ,   D e p t   I n t e r n a l   M e d ,   S e o u l   0 5 7 1 5 ,   S o u t h   K o r e a ;   [ C h a ,   H o o n - S u k ]   S u n g k y u n k w a n   U n i v ,   S c h   M e d ,   S a m s u n g   M e d   C t r ,   D e p t   M e d ,   S e o u l   0 6 5 3 1 ,   S o u t h   K o r e a 	 K i m ,   K H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   K o r e a   U n i v ,   G r a d   S c h ,   D e p t   B i o t e c h n o l ,   S e o u l   0 2 8 4 1 ,   S o u t h   K o r e a . ;   C h a ,   H S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S u n g k y u n k w a n   U n i v ,   S c h   M e d ,   S a m s u n g   M e d   C t r ,   D e p t   M e d ,   S e o u l   0 6 5 3 1 ,   S o u t h   K o r e a . 	 k h e k i m @ k o r e a . a c . k r ;   h o o n s u k . c h a @ s a m s u n g . c o m 	 	 	 A d v a n c e d   B i o m a s s   R & D   C e n t e r   o f   K o r e a   [ 2 0 1 1 - 0 0 3 1 3 5 3 ] ;   N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   o f   K o r e a   -   t h e   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   [ N R F - 2 0 1 3 R 1 A 1 A 2 0 5 9 1 0 3 ] ;   g r a n t   o f   t h e   K o r e a   H e a l t h   T e c h n o l o g y   R & D   P r o j e c t   t h r o u g h   t h e   K o r e a   H e a l t h   I n d u s t r y   D e v e l o p m e n t   I n s t i t u t e ;   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   W e l f a r e   [ H I 1 4 C 2 2 8 5 ] ;   K o r e a n   g o v e r n m e n t 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   A d v a n c e d   B i o m a s s   R & D   C e n t e r   o f   K o r e a   ( 2 0 1 1 - 0 0 3 1 3 5 3 ) ,   t h e   N a t i o n a l   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   o f   K o r e a   f u n d e d   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n   ( N R F - 2 0 1 3 R 1 A 1 A 2 0 5 9 1 0 3 ) ,   a n d   a   g r a n t   o f   t h e   K o r e a   H e a l t h   T e c h n o l o g y   R & D   P r o j e c t   t h r o u g h   t h e   K o r e a   H e a l t h   I n d u s t r y   D e v e l o p m e n t   I n s t i t u t e ,   f u n d e d   b y   t h e   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   &   W e l f a r e   ( H I 1 4 C 2 2 8 5 ) ,   w h i c h   a r e   f u n d e d   b y   t h e   K o r e a n   g o v e r n m e n t .   E x p e r i m e n t s   w e r e   p e r f o r m e d   u s i n g   t h e   f a c i l i t i e s   o f   t h e   I n s t i t u t e   o f   B i o m e d i c a l   S c i e n c e   a n d   F o o d   S a f e t y   a t   t h e   K o r e a   U n i v e r s i t y   F o o d   S a f e t y   H a l l . 	 A h n   J K ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 5 8 5 6 ;   A R N E T T   F C ,   1 9 8 8 ,   A R T H R I T I S   R H E U M ,   V 3 1 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a r t . 1 7 8 0 3 1 0 3 0 2 ;   B a r t o k   B ,   2 0 1 0 ,   I M M U N O L   R E V ,   V 2 3 3 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 0 1 0 5 - 2 8 9 6 . 2 0 0 9 . 0 0 8 5 9 . x ;   B i   H C ,   2 0 1 3 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 5 ,   P 5 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 3 - 6 9 2 7 - 9 ;   B o r o u g h s   L K ,   2 0 1 5 ,   N A T   C E L L   B I O L ,   V 1 7 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c b 3 1 2 4 ;   B o t t i n i   N ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   R H E U M A T O L ,   V 9 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r r h e u m . 2 0 1 2 . 1 9 0 ;   C u p e r l o v i c - C u l f   M ,   2 0 1 0 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 1 5 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 1 2 ;   D ' A l e s s a n d r o   A ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   R E V   P R O T E O M I C ,   V 1 0 ,   P 4 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 6 / 1 4 7 8 9 4 5 0 . 2 0 1 3 . 8 4 0 4 4 0 ;   D a s u r i   K ,   2 0 0 4 ,   A R T H R I T I S   R E S   T H E R ,   V 6 ,   p R 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / a r 1 1 5 3 ;   D e B e r a r d i n i s   R J ,   2 0 0 8 ,   C U R R   O P I N   G E N E T   D E V ,   V 1 8 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g d e . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 0 3 ;   D u n n   W B ,   2 0 1 1 ,   C H E M   S O C   R E V ,   V 4 0 ,   P 3 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 9 0 6 7 1 2 b ;   E d w a r d s   J C W ,   2 0 0 0 ,   A R T H R I T I S   R E S ,   V 2 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / a r 1 1 0 ;   F i r e s t e i n   G S ,   2 0 0 3 ,   N A T U R E ,   V 4 2 3 ,   P 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 1 6 6 1 ;   G r i f f i n   J L ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 5 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 3 9 0 ;   G u m a   M ,   2 0 1 5 ,   A N N   R H E U M   D I S ,   V 7 4 ,   P 1 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a n n r h e u m d i s - 2 0 1 4 - 2 0 5 6 9 6 ;   G u p p y   M ,   2 0 0 2 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 2 9 9 ,   P 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 6 - 2 9 1 X ( 0 2 ) 0 2 7 1 0 - 9 ;   H u b e r   L C ,   2 0 0 6 ,   R H E U M A T O L O G Y ,   V 4 5 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / r h e u m a t o l o g y / k e l 0 6 5 ;   K i m   S ,   A N A L   C H E M ;   K i m   S ,   P L O S   O N E ;   K i n   N W ,   2 0 0 6 ,   J   L E U K O C Y T E   B I O L ,   V 7 9 ,   P 1 0 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 9 / j l b . 1 1 0 5 6 2 5 ;   K o p p e n o l   W H ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 0 3 8 ;   K r u g e r   N J ,   2 0 0 3 ,   C U R R   O P I N   P L A N T   B I O L ,   V 6 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 6 9 - 5 2 6 6 ( 0 3 ) 0 0 0 3 9 - 6 ;   K u b o t a   K ,   2 0 1 1 ,   A N N   N Y   A C A D   S C I ,   V 1 2 2 8 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 9 - 6 6 3 2 . 2 0 1 1 . 0 6 0 3 1 . x ;   L A F Y A T I S   R ,   1 9 8 9 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 8 3 ,   P 1 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 1 1 4 0 1 1 ;   L e e   D Y ,   2 0 0 8 ,   P L A N T   M E T H O D S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 6 - 4 8 1 1 - 4 - 7 ;   L e o n   Z ,   2 0 1 3 ,   E L E C T R O P H O R E S I S ,   V 3 4 ,   P 2 7 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e l p s . 2 0 1 2 0 0 6 0 5 ;   L i   P ,   2 0 0 7 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 9 8 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 0 7 6 9 9 3 6 X ;   M c I n n e s   I B ,   2 0 1 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 5 ,   P 2 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M r a 1 0 0 4 9 6 5 ;   P a p   T ,   2 0 0 0 ,   A R T H R I T I S   R E S ,   V 2 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / a r 1 1 3 ;   Q i   Y ,   2 0 1 4 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 9 5 3 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 4 4 ;   R e h m a n   S ,   2 0 1 2 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 8 ,   P 2 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 m b 2 5 1 7 3 f ;   R i g a n t i   C ,   2 0 1 2 ,   F R E E   R A D I C   B I O L   M E D ,   V 5 3 ;   S a e e d   A I ,   2 0 0 6 ,   M E T H O D   E N Z Y M O L ,   V 4 1 1 ,   P 1 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 7 6 - 6 8 7 9 ( 0 6 ) 1 1 0 0 9 - 5 ;   S e m e r a n o   L ,   2 0 1 5 ,   A N N   R H E U M   D I S ,   V 7 4 ,   P 1 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a n n r h e u m d i s - 2 0 1 4 - 2 0 6 6 1 8 ;   T o b o r e k   M ,   2 0 0 2 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 7 5 ,   P 1 1 9 ;   T R A N G   L E ,   1 9 8 5 ,   S C A N D   J   R H E U M A T O L ,   V 1 4 ,   P 3 9 3 ;   T s o u k o   E ,   2 0 1 4 ,   O N C O G E N E S I S ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c s i s . 2 0 1 4 . 1 8 ;   V a n d e r   H e i d e n   M G ,   2 0 0 9 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 4 ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I E N C E . 1 1 6 0 8 0 9 ;   W a r d   P S ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 1 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 1 4 ;   X i a   J G ,   2 0 1 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 8 ,   p W 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 3 2 9 	 4 0 	 1 	 1 	 4 	 4 	 E L S E V I E R   F R A N C E - E D I T I O N S   S C I E N T I F I Q U E S   M E D I C A L E S   E L S E V I E R 	 P A R I S 	 2 3   R U E   L I N O I S ,   7 5 7 2 4   P A R I S ,   F R A N C E 	 1 2 9 7 - 3 1 9 X 	 1 7 7 8 - 7 2 5 4 	 	 J O I N T   B O N E   S P I N E 	 J o i n t   B o n e   S p i n e 	 D E C 	 2 0 1 6 	 8 3 	 6 	 	 	 	 	 7 0 7 	 7 1 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j b s p i n . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 0 9 	 	 7 	 R h e u m a t o l o g y 	 R h e u m a t o l o g y 	 E D 8 U B 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 1 4 5 3 0 0 0 1 7 	 2 7 1 3 3 7 6 2 	 
 
 J 	 S a b i t h a ,   R ;   K a r t h i k ,   S ;   S h a n t h i n i ,   J 	 	 	 	 S a b i t h a ,   R . ;   K a r t h i k ,   S . ;   S h a n t h i n i ,   J . 	 	 	 B r e a s t   C a n c e r   D e t e c t i o n   U s i n g   E n h a n c e d   D e s c r i p t i v e   A p p r o a c h 	 J o u r n a l   o f   M e d i c a l   I m a g i n g   a n d   H e a l t h   I n f o r m a t i c s 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   C a n c e r ;   B e n i g n ;   M a l i g n a n t ;   C l u s t e r i n g - K   M e a n s 	 	 P u r p o s e :   T h e   m a i n   o b j e c t i v e   o f   t h e   r e s e a r c h   w a s   t o   d e v e l o p   a   d e s c r i p t i v e   m o d e l   f o r   d i a g n o s i s   o f   b r e a s t   c a n c e r .   M a t e r i a l s   a n d   M e t h o d s :   B r e a s t   c a n c e r   d a t a s e t   o b t a i n e d   f r o m   U n i v e r s i t y   o f   C a l i f o r n i a ,   I r v i n e   A c a d e m i c   a n d   S c i e n c e   ( U C I )   r e p o s i t o r y   w a s   u s e d   t o   p e r f o r m   t h e   d i a g n o s i s   o f   b r e a s t   c a n c e r .   A n   i m p r o v e d   c l u s t e r i n g   a p p r o a c h   w a s   u s e d   t o   s e g m e n t   t h e   d a t a   i n t o   h e a l t h y   o r   s i c k   c l a s s .   T h e   m o d e l   w a s   a n   e n h a n c e m e n t   t o   b a s i c   K - M e a n s   a p p r o a c h   w h i c h   e m p l o y s   t w o   p h a s e   c l u s t e r i n g   p r o c e s s   t h u s   e n h a n c i n g   t h e   e f f i c a c y   o f   t h e   c l u s t e r i n g   p r o c e s s .   R e s u l t s :   T h e   a c c u r a c y   o f   t h e   p r o p o s e d   a p p r o a c h   w a s   h i g h   w h e n   c o m p a r e d   t o   t h e   e x i s t i n g   a p p r o a c h e s   n a m e l y   F a r t h e s t   F i r s t ,   H i e r a r c h i c a l   C l u s t e r   m e t h o d ,   S i m p l e   K - M e a n s   a n d   E x p e c t a t i o n   M a x i m i z a t i o n .   C o n c l u s i o n :   T h u s   t h e   b r e a s t   c a n c e r   d i a g n o s i n g   s y s t e m   h e l p e d   i n   i d e n t i f y i n g   t h e   c l a s s   o f   c a n c e r   f a r   b e t t e r .   T h e   r e s u l t s   o b t a i n e d   s h o w e d   t h a t   t h e   d e t e c t i o n   c a n   b e   e f f i c i e n t l y   p e r f o r m e d   b y   e m p l o y i n g   a n   e n h a n c e d   t w o   p h a s e   c l u s t e r i n g   a p p r o a c h . 	 [ S a b i t h a ,   R . ;   K a r t h i k ,   S . ]   S N S   C o l l   T e c h n o l ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   C o i m b a t o r e   6 4 1 0 3 5 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a ;   [ S h a n t h i n i ,   J . ]   S N S   C o l l   T e c h n o l ,   D e p t   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   C o i m b a t o r e   6 4 1 0 3 5 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a 	 S a b i t h a ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S N S   C o l l   T e c h n o l ,   D e p t   C o m p   S c i   &   E n g n ,   C o i m b a t o r e   6 4 1 0 3 5 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a . 	 	 	 	 	 	 A b d e l g h a n i   B . ,   2 0 0 6 ,   A G E ,   V 5 8 ,   P 1 0 0 ;   A h m e d   K ,   2 0 1 3 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 4 ,   P 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 7 3 1 4 / A P J C P . 2 0 1 3 . 1 4 . 1 . 5 9 5 ;   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 4 ,   W H A T   A R   R I S K   F A C T   B R ;   K h a r y a ,   2 0 1 2 ,   J   C O M P U T E R   S C I   E N G   I ,   V 0 2 ,   P 5 5 ;   C h a i m o n t r e e   S ,   2 0 1 0 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 6 4 4 0 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 1 7 3 1 6 - 5 _ 5 ;   C h o u   S M ,   2 0 0 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 2 7 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 3 . 1 2 . 0 1 3 ;   E r b i l   N u l u f e r ,   2 0 1 5 ,   A s i a n   P a c   J   C a n c e r   P r e v ,   V 1 6 ,   P 3 0 3 ;   H a t a m l o u ,   2 0 1 2 ,   J   P A T T E R N   R E C O G N I T   L ,   V 3 3 ,   P 1 7 5 6 ;   K h a n   M U ,   2 0 0 8 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 5 1 4 8 ;   N e w m a n   C .   B .   D . ,   1 9 9 8 ,   T E C H   R E P ;   S i n g l a   A . ,   2 0 1 2 ,   J   A D V   R E S   C O M P U T E R   S ,   V 2 ,   P 2 9 8 ;   S u j a t h a   G . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   E N G   S C I   R E S ,   V 0 4 ,   P 1 2 9 8 ;   U t o m o   C .   P . ,   2 0 1 3 ,   J   A D V   R E S   A R T I F I C I A L ,   V 3 ,   P 1 0 	 1 3 	 0 	 0 	 1 	 1 	 A M E R   S C I E N T I F I C   P U B L I S H E R S 	 V A L E N C I A 	 2 6 6 5 0   T H E   O L D   R D ,   S T E   2 0 8 ,   V A L E N C I A ,   C A   9 1 3 8 1 - 0 7 5 1   U S A 	 2 1 5 6 - 7 0 1 8 	 2 1 5 6 - 7 0 2 6 	 	 J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N 	 J .   M e d .   I m a g i n g   H e a l t h   I n f o r m . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 6 	 8 	 	 	 	 	 1 8 8 7 	 1 8 9 2 	 	 1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 6 . 1 9 4 2 	 	 6 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E D 8 U X 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 1 4 7 5 0 0 0 0 8 	 	 
 
 J 	 Y i n ,   X X ;   Z h a n g ,   Y ;   C a o ,   J ;   W u ,   J L ;   H a d j i l o u c a s ,   S 	 	 	 	 Y i n ,   X .   - X . ;   Z h a n g ,   Y . ;   C a o ,   J . ;   W u ,   J .   - L . ;   H a d j i l o u c a s ,   S . 	 	 	 E x p l o r i n g   t h e   c o m p l e m e n t a r i t y   o f   T H z   p u l s e   i m a g i n g   a n d   D C E - M R I s :   T o w a r d   a   u n i f i e d   m u l t i - c h a n n e l   c l a s s i f i c a t i o n   a n d   a   d e e p   l e a r n i n g   f r a m e w o r k 	 C O M P U T E R   M E T H O D S   A N D   P R O G R A M S   I N   B I O M E D I C I N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 T H z   i m a g i n g ;   M R I ;   W a v e l e t   a n a l y s i s ;   C o m p l e x   e x t r e m e   l e a r n i n g   m a c h i n e ;   D e e p   l e a r n i n g 	 T I M E - D O M A I N   S P E C T R O S C O P Y ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E S ;   I N D E P E N D E N T   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   C O M P U T E R - A I D E D   D I A G N O S I S ;   A D V A N C E D   B R E A S T - C A N C E R ;   C O N T R A S T - E N H A N C E D   M R I ;   B O L D   F M R I   S T A T I S T I C S ;   B A S A L - C E L L   C A R C I N O M A ;   S I G N A L S   F E A T U R E   S E T S ;   L E A F   W A T E R - C O N T E N T 	 W e   p r o v i d e   a   c o m p r e h e n s i v e   a c c o u n t   o f   r e c e n t   a d v a n c e s   i n   b i o m e d i c a l   i m a g e   a n a l y s i s   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   f r o m   t w o   c o m p l e m e n t a r y   i m a g i n g   m o d a l i t i e s :   t e r a h e r t z   ( T H z )   p u l s e   i m a g i n g   a n d   d y n a m i c   c o n t r a s t - e n h a n c e d   m a g n e t i c   r e s o n a n c e   i m a g i n g   ( D C E - M R I ) .   T h e   w o r k   a i m s   t o   h i g h l i g h t   u n d e r l i n i n g   c o m m o n a l i t i e s   i n   b o t h   d a t a   s t r u c t u r e s   s o   t h a t   a   c o m m o n  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 A u s t r a l i a ;   [ Z h a n g ,   Y . ]   F u d a n   U n i v ,   S c h   C o m p   S c i ,   S h a n g h a i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C a o ,   J . ]   N a n j i n g   U n i v   F i n a n c e   &   E c o n ,   S c h   C o m p   S c i ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W u ,   J .   - L . ]   D a l i a n   U n i v ,   A f f i l i a t e d   Z h o n g s h a n   H o s p ,   D e p t   R a d i o l ,   D a l i a n ,   L i a o n i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H a d j i l o u c a s ,   S . ]   U n i v   R e a d i n g ,   S c h   B i o l   S c i ,   R e a d i n g   R G 6   6 A Y ,   B e r k s ,   E n g l a n d ;   [ H a d j i l o u c a s ,   S . ]   U n i v   R e a d i n g ,   D e p t   B i o e n g n ,   R e a d i n g   R G 6   6 A Y ,   B e r k s ,   E n g l a n d 	 Y i n ,   X X ;   Z h a n g ,   Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   V i c t o r i a   U n i v ,   C o l l   E n g n   &   S c i ,   C t r   A p p l   I n f o r m a t ,   M e l b o u r n e ,   V i c   8 0 0 1 ,   A u s t r a l i a . ;   W u ,   J L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D a l i a n   U n i v ,   A f f i l i a t e d   Z h o n g s h a n   H o s p ,   D e p t   R a d i o l ,   D a l i a n ,   L i a o n i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   H a d j i l o u c a s ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   R e a d i n g ,   S c h   B i o l   S c i ,   R e a d i n g   R G 6   6 A Y ,   B e r k s ,   E n g l a n d . ;   H a d j i l o u c a s ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   R e a d i n g ,   D e p t   B i o e n g n ,   R e a d i n g   R G 6   6 A Y ,   B e r k s ,   E n g l a n d . 	 x i a o x i a . y i n @ v u . e d u . a u ;   y a n c h u n . z h a n g @ v u . e d u . a u ;   w u j i a n l i n @ v i p . 1 6 3 . c o m ;   s . h a d j i l o u c a s @ r e a d i n g . a c . u k 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 3 3 2 0 1 3 ,   8 1 3 7 1 5 2 6 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o .   6 1 3 3 2 0 1 3   a n d   N o .   8 1 3 7 1 5 2 6 ) . 	 A g n e r   S C ,   2 0 1 1 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 0 - 9 2 9 8 - 1 ;   A g u i l a r   C ,   2 0 1 3 ,   P S Y C H I A T   R E S - N E U R O I M ,   V 2 1 2 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p s c y c h r e s n s . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 5 ;   A g u i r r e   G K ,   2 0 0 5 ,   I N T   R E V   N E U R O B I O L ,   V 6 6 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 7 4 - 7 7 4 2 ( 0 5 ) 6 6 0 0 7 - 2 ;   A g u i r r e   G K ,   1 9 9 7 ,   N E U R O I M A G E ,   V 5 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / n i m g . 1 9 9 7 . 0 2 6 4 ;   A h m e d   A ,   2 0 1 3 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 8 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 3 9 7 1 ;   A k s e l r o d - B a l l i n   A ,   2 0 0 6 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 1 9 1 ,   P 2 0 9 ;   A l e x a n d e r   M E ,   2 0 0 0 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 1 8 ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 7 3 0 - 7 2 5 X ( 9 9 ) 0 0 1 2 8 - 9 ;   A l i c   L ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 0 3 0 0 ;   A n a n d   C S ,   2 0 1 0 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 8 ,   P 8 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 1 3 ;   A s s e l i n   M C ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 8 ,   P 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 2 5 ;   B a s s e r   P J ,   2 0 0 0 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 4 4 ,   P 6 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 5 2 2 - 2 5 9 4 ( 2 0 0 0 1 0 ) 4 4 : 4 < 6 2 5 : : A I D - M R M 1 7 > 3 . 0 . C O ; 2 - O ;   B A S S E R   P J ,   1 9 9 4 ,   B I O P H Y S   J ,   V 6 6 ,   P 2 5 9 ;   B a s s e r   P J ,   2 0 0 2 ,   N M R   B I O M E D ,   V 1 5 ,   P 4 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 7 8 3 ;   B A S S E R   P J ,   1 9 9 4 ,   J   M A G N   R E S O N   S E R   B ,   V 1 0 3 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m r b . 1 9 9 4 . 1 0 3 7 ;   B a x t e r   J ,   1 9 9 7 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 8 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 7 3 2 7 6 2 2 6 6 3 ;   B a y r o - C o r r o c h a n o   E J ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 2 1 ,   P 1 7 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N . 2 0 1 0 . 2 0 6 0 3 5 2 ;   B a y r o - C o r r o c h a n o   E . ,   2 0 0 5 ,   A L G E B R A I C   F R A M E S   P E R ,   P 3 7 9 ;   B e c k m a n n   C F ,   2 0 0 5 ,   N E U R O I M A G E ,   V 2 5 ,   P 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 4 . 1 0 . 0 4 3 ;   B e n g i o   Y . ,   2 0 0 9 ,   T R E N D S   M A C H   L E A R N ,   V 2 ,   P 1 ;   B e n g i o   Y . ,   2 0 0 7 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   V 1 9 ,   P 1 5 3 ;   B e n g i o   Y . ,   2 0 0 7 ,   L A R G E   S C A L E   K E R N E L   M ;   B e n n e t t   K M ,   2 0 0 3 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 5 0 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 0 5 8 1 ;   B e r g a m i n o   M ,   2 0 1 4 ,   P H Y S   M E D I C A ,   V 3 0 ,   P 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m p . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 0 5 ;   B e r r y   E . ,   2 0 0 5 ,   A D V   P A T T E R N   R E C O G N I T ,   P 2 9 0 ;   B h o o s h a n   N ,   2 0 1 0 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 4 ,   P 6 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 0 9 0 9 0 8 3 8 ;   B L O C H   F ,   1 9 4 6 ,   P H Y S   R E V ,   V 7 0 ,   P 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v . 7 0 . 4 6 0 ;   B o e h m   H ,   2 0 0 8 ,   E U R   R A D I O L ,   V 1 8 ,   P 2 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 8 - 1 0 8 2 - y ;   B o e h m   H F ,   2 0 0 8 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 9 1 ,   p W 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 0 7 . 3 5 8 8 ;   B o e h m   H F ,   2 0 0 8 ,   P   S O C   P H O T O - O P T   I N S ,   V 6 9 1 5 ,   P 9 1 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 7 5 4 8 6 7 ;   B O U R L A R D   H ,   1 9 8 8 ,   B I O L   C Y B E R N ,   V 5 9 ,   P 2 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 3 3 2 9 1 8 ;   B o w   S . ,   2 0 0 2 ,   S I G N A L   P R O C E S S I N G   C O ;   B r e i m a n   L . ,   1 9 8 4 ,   C L A S S I F I C A T I O N   R E G R E ;   B r u c h e r s e i f e r   M ,   2 0 0 0 ,   A P P L   P H Y S   L E T T ,   V 7 7 ,   P 4 0 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 3 3 2 4 1 5 ;   B u r g e s   C J C ,   1 9 9 8 ,   D A T A   M I N   K N O W L   D I S C ,   V 2 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 9 7 1 5 9 2 3 5 5 5 ;   C a n u t o   H C ,   2 0 0 9 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 1 ,   P 1 2 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 1 9 4 6 ;   C h a u d h u r y   B ,   2 0 1 5 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 2 ,   P 1 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 9 2 1 ;   C h e n   T ,   2 0 1 3 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 1 0 6 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 9 6 ;   C h e n   W J ,   2 0 0 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 1 ,   P 1 0 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 6 9 5 6 5 2 ;   C h o i   M K ,   2 0 0 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 7 ,   P 3 7 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 7 / 2 1 / 3 1 6 ;   C L E V E L A N D   G G ,   1 9 7 6 ,   B I O P H Y S   J ,   V 1 6 ,   P 1 0 4 3 ;   C o g d i l l   R   P ,   2 0 0 7 ,   J   P H A R M   I N N O V ,   V 2 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 2 4 7 - 0 0 7 - 9 0 0 4 - 0 ;   C o l l o b e r t   R . ,   2 0 0 8 ,   P   2 5   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 9 0 1 5 6 . 1 3 9 0 1 7 7 ;   C O N N E R S   R W ,   1 9 8 4 ,   C O M P U T   V I S I O N   G R A P H ,   V 2 5 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 7 3 4 - 1 8 9 X ( 8 4 ) 9 0 1 9 7 - X ;   C o n t u r o   T E ,   1 9 9 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 6 ,   P 1 0 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 6 . 1 8 . 1 0 4 2 2 ;   C y b e n k o   G . ,   1 9 8 9 ,   M a t h e m a t i c s   o f   C o n t r o l ,   S i g n a l s ,   a n d   S y s t e m s ,   V 2 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 5 5 1 2 7 4 ;   D a u b e c h i e s   I ,   2 0 0 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 6 ,   P 1 0 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 0 3 5 2 5 1 0 6 ;   D a v n a l l   F e r g u s ,   2 0 1 2 ,   I n s i g h t s   I m a g i n g ,   V 3 ,   P 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 4 4 - 0 1 2 - 0 1 9 6 - 6 ;   D e l a k i s   I ,   2 0 0 7 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 2 ,   P 3 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 2 / 1 3 / 0 0 6 ;   D i n o v   I D ,   2 0 0 5 ,   N E U R O I N F O R M A T I C S ,   V 3 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 8 5 / N I : 0 3 : 0 4 : 1 ;   D o r a n   C . J . L . ,   2 0 0 3 ,   G E O M E T R I C   A L G E B R A   P H ;   D o r n e y   T D ,   2 0 0 1 ,   J   O P T   S O C   A M   A ,   V 1 8 ,   P 1 5 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 1 8 . 0 0 1 5 6 2 ;   D o r s t   L ,   2 0 0 2 ,   I E E E   C O M P U T   G R A P H ,   V 2 2 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M C G . 2 0 0 2 . 9 9 9 7 8 5 ;   D o r s t   L . ,   2 0 0 7 ,   G E O M E T R I C   A L G E B R A   C O ;   D o r s t   L ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   I M A G I N G   V I S ,   V 3 6 ,   P 5 0 7 ;   D o r s t   L ,   2 0 1 0 ,   G E O M E T R I C   A L G E B R A   C O M P U T I N G :   I N   E N G I N E E R I N G   A N D   C O M P U T E R   S C I E N C E ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 8 4 9 9 6 - 1 0 8 - 0 _ 2 ;   D u k a r t   J ,   2 0 1 3 ,   P S Y C H I A T   R E S - N E U R O I M ,   V 2 1 2 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p s c y c h r e s n s . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 7 ;   D u v i l l a r e t   L ,   1 9 9 6 ,   I E E E   J   S E L   T O P   Q U A N T ,   V 2 ,   P 7 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 9 4 4 . 5 7 1 7 7 5 ;   D u v i l l a r e t   L ,   1 9 9 9 ,   A P P L   O P T I C S ,   V 3 8 ,   P 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / A O . 3 8 . 0 0 0 4 0 9 ;   E l - G i n d y   A ,   2 0 1 2 ,   J   A O A C   I N T ,   V 9 5 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 5 7 4 0 / j a o a c i n t . S G E _ E l - G i n d y ;   E r n s t   J ,   2 0 1 2 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   P 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 1 2 . 6 2 4 7 7 0 4 ;   F e r g u s o n   B ,   2 0 0 2 ,   M I C R O E L E C T R O N   J ,   V 3 3 ,   P 1 0 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 6 - 2 6 9 2 ( 0 2 ) 0 0 1 0 9 - X ;   F i s c h e r   B ,   2 0 0 5 ,   S E M I C O N D   S C I   T E C H ,   V 2 0 ,   p S 2 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 2 6 8 - 1 2 4 2 / 2 0 / 7 / 0 1 5 ;   F i s c h e r   B M ,   2 0 0 5 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 3 ,   P 5 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O P E X . 1 3 . 0 0 5 2 0 5 ;   F i t z g e r a l d   A J ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 7 . 1 . 0 1 6 0 0 5 ;   F o x   M J ,   2 0 1 6 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 3 ,   P 9 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 5 0 5 7 ;   F r e u n d   Y . ,   1 9 9 9 ,   M A C H   L E A R N ,   P 1 4 8 ;   F r o e s e   T ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 7 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 0 5 . 0 9 . 0 0 2 ;   F r o l i c h   H . ,   1 9 8 0 ,   A D V   E L E C T   E L E C T   P H Y S ,   V 5 3 ,   P 8 5 ;   F u   Q . ,   2 0 1 1 ,   P   2 0 1 1   A S   P A C   S I G N   I ;   G a l l e g o - O r t i z   C ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 8 ,   P 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 5 1 5 0 2 4 1 ;   G a l v a o   R K H ,   2 0 0 5 ,   M E A S   S C I   T E C H N O L ,   V 1 6 ,   P 1 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 9 5 7 - 0 2 3 3 / 1 6 / 5 / 0 0 1 ;   G a l v a o   R K H ,   2 0 0 3 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 1 ,   P 1 4 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 1 . 0 0 1 4 6 2 ;   G a l v a o   R K H ,   2 0 0 7 ,   O P T   L E T T ,   V 3 2 ,   P 3 0 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 3 2 . 0 0 3 0 0 8 ;   G A R R I D O   L ,   1 9 9 4 ,   C I R C   R E S ,   V 7 4 ,   P 7 8 9 ;   G r i m m   L J ,   2 0 1 5 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 2 ,   P 9 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 8 7 9 ;   G r u n d l e r   W . ,   1 9 9 2 ,   N A N O B I O L O G Y ,   V 1 ,   P 1 6 3 ;   H a d j i l o u c a s   S ,   1 9 9 9 ,   R E V   S C I   I N S T R U M ,   V 7 0 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 1 4 9 5 6 8 ;   H a d j i l o u c a s   S ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   M I C R O W   T H E O R Y ,   V 5 2 ,   P 2 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M T T . 2 0 0 4 . 8 3 5 9 8 3 ;   H a d j i l o u c a s   S ,   2 0 0 3 ,   J   O P T   S O C   A M   B ,   V 2 0 ,   P 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A B . 2 0 . 0 0 0 3 9 1 ;   H a d j i l o u c a s   S ,   2 0 0 2 ,   J   O P T   S O C   A M   A ,   V 1 9 ,   P 2 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 1 9 . 0 0 2 4 9 5 ;   H a d j i l o u c a s   S ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   M I C R O W   T H E O R Y ,   V 4 7 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 2 . 7 4 4 2 8 8 ;   H a n d l e y   J W ,   2 0 0 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 7 ,   P 3 8 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 7 / 2 1 / 3 2 8 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   G a l v a o   R K H ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   D I E L E C T   E L   I N ,   V 2 0 ,   P 9 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T D E I . 2 0 1 3 . 6 5 1 8 9 7 0 ;   G a l v a o   R K H ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   C I R C U I T S - I ,   V 6 0 ,   P 6 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C S I . 2 0 1 2 . 2 2 0 9 7 3 3 ;   H E N K E L M A N   R M ,   1 9 9 4 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 3 2 ,   P 5 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 9 1 0 3 2 0 5 0 8 ;   H e r r m a n n   M ,   2 0 0 0 ,   J P N   J   A P P L   P H Y S   1 ,   V 3 9 ,   P 6 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 3 / J J A P . 3 9 . 6 2 5 4 ;   H e r t z   J . ,   1 9 8 9 ,   I N T R O   T H E O R Y   N E U R A L ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 7 6 4 7 ;   H i n t o n   G E ,   1 9 9 9 ,   I E E   C O N F   P U B L ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / c p : 1 9 9 9 1 0 7 5 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 2 0 0 6 . 1 8 . 7 . 1 5 2 7 ;   H i t z e r   E ,   2 0 1 0 ,   A I P   C O N F   P R O C ,   V 1 2 8 1 ,   P 1 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 3 4 9 8 0 4 3 ;   H o r e s t a n i   A K ,   2 0 1 4 ,   E L E C T R O N   L E T T ,   V 5 0 ,   P 6 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / e l . 2 0 1 4 . 0 5 7 2 ;   H O R N I K   K ,   1 9 8 9 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 2 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 8 9 ) 9 0 0 2 0 - 8 ;   H u a n g   G B ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   B ,   V 4 2 ,   P 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C B . 2 0 1 1 . 2 1 6 8 6 0 4 ;   H u a n g   G B ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   M A C H   L E A R N   C Y B ,   V 2 ,   P 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 0 4 2 - 0 1 1 - 0 0 1 9 - y ;   I n t r a t o r   N . ,   1 9 9 6 ,   C o n n e c t i o n   S c i e n c e ,   V 8 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 9 5 4 0 0 9 9 6 1 1 6 8 8 4 ;   I r s o y   O . ,   2 0 1 4 ,   P   2 2   I N T   C   P A T T   R E C ,   P 3 5 8 2 ;   I r s o y   O ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   P A T T   R E C O G ,   P 1 8 1 9 ;   J a c k s o n   A ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 3 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 0 2 3 8 ;   J a c y n t h o   L A ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   C I R C U I T S - I I ,   V 6 2 ,   P 8 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T C S I I . 2 0 1 5 . 2 4 3 6 0 5 2 ;   J o c h i m s e n   T H ,   2 0 0 6 ,   J   M A G N   R E S O N ,   V 1 8 0 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m r . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 0 1 ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   1 9 8 6 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   J o n e s   D K ,   1 9 9 9 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 4 2 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 5 2 2 - 2 5 9 4 ( 1 9 9 9 0 7 ) 4 2 : 1 < 3 7 : : A I D - M R M 7 > 3 . 0 . C O ; 2 - O ;   J o n e s   I ,   2 0 0 6 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 4 1 ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i b s p e c . 2 0 0 5 . 1 2 . 0 0 5 ;   J u s t   N ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 1 ,   P 2 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 4 . 5 1 2 ;   K a l e   M C ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M A T H   M E T H O D   M ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 8 7 2 6 7 6 ;   K a p u r   J . H . ,   1 9 9 2 ,   E N T R O P Y   O P T I M I Z A T I O N ;   K a r a h a l i o u   A ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   V 8 3 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 5 0 7 4 3 9 1 9 ;   K h a l i f a   F . ,   1 9 9 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ;   K i m   Y ,   2 0 1 1 ,   J   O P T   S O C   K O R E A ,   V 1 5 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 3 8 0 7 / J O S K . 2 0 1 1 . 1 5 . 1 . 1 0 3 ;   K n i f f i n   G P ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   T H Z   S C I   T E C H N ,   V 2 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T T H Z . 2 0 1 1 . 2 1 8 1 9 2 1 ;   K r i m   H ,   2 0 1 6 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 3 3 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M S P . 2 0 1 5 . 2 5 1 0 7 0 3 ;   L a h t i n e n   T ,   1 9 9 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 4 3 ,   P 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 8 ) 0 0 4 3 9 - 8 ;   L a r k i n   T J ,   2 0 1 4 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 7 1 ,   P 4 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 4 6 4 4 ;   L a r o c h e l l e   H . ,   2 0 0 7 ,   P   2 4   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 4 7 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 2 7 3 4 9 6 . 1 2 7 3 5 5 6 ;   L E B I H A N   D ,   1 9 8 9 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 7 1 ,   P 8 5 3 ;   L e e   H . ,   2 0 0 9 ,   P   2 6   A N N   I N T   C   M A C H ,   P 6 0 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 5 5 3 3 7 4 . 1 5 5 3 4 5 3 ;   L e e   S H ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 3 9 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 4 4 6 7 9 9 ;   L e e   Y K ,   2 0 0 4 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 9 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 4 0 0 0 0 0 0 0 9 8 ;   L e v n e r   I . ,   T H E S I S ;   L u s t i g   M ,   2 0 0 7 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 5 8 ,   P 1 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 1 3 9 1 ;   M a h r o o g h y   M . ,   2 0 1 3 ,   L N C S   2 ,   V 1 6 ,   P 2 9 5 ;   M a n n   S . ,   1 9 9 9 ,   C S 9 9 2 7   U   W A T ;   M a r k e l z   A G ,   2 0 0 0 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 3 2 0 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 9 - 2 6 1 4 ( 0 0 ) 0 0 2 2 7 - X ;   M a r r o n e   S ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 1 5 7 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 1 1 8 4 - 7 _ 3 7 ;   M A R T E L   P ,   1 9 9 1 ,   B I O P H Y S   J ,   V 5 9 ,   P 3 6 3 ;   M A R T I N   D H ,   1 9 7 0 ,   I N F R A R E D   P H Y S ,   V 1 0 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 0 - 0 8 9 1 ( 7 0 ) 9 0 0 0 6 - 0 ;   M A R T I N   D H ,   1 9 9 3 ,   I E E E   T   M I C R O W   T H E O R Y ,   V 4 1 ,   P 1 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 2 . 2 4 7 9 1 1 ;   M A T T I E L L O   J ,   1 9 9 4 ,   J   M A G N   R E S O N   S E R   A ,   V 1 0 8 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j m r a . 1 9 9 4 . 1 1 0 3 ;   M a t t i e l l o   J ,   1 9 9 7 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 3 7 ,   P 2 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 9 1 0 3 7 0 2 2 6 ;   M a z h o r o v a   A ,   2 0 1 2 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 2 0 ,   P 5 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 2 0 . 0 0 5 3 4 4 ;   M a z u r o w s k i   M A ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 3 ,   P 3 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 3 2 6 4 1 ;   M c I n t o s h   A I ,   2 0 1 3 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 5 5 8 ,   P 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c p l e t t . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 4 4 ;   M e n i k h   A ,   2 0 0 4 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 0 ,   P 6 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 0 6 ;   M e n i k h   A ,   2 0 0 2 ,   C H E M P H Y S C H E M ,   V 3 ,   P 6 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 4 3 9 - 7 6 4 1 ( 2 0 0 2 0 8 1 6 ) 3 : 8 < 6 5 5 : : A I D - C P H C 6 5 5 > 3 . 0 . C O ; 2 - W ;   M e y e r - B a s e   A . ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   M i c h o u x   N ,   2 0 1 5 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 5 - 0 1 5 - 1 5 6 3 - 8 ;   M i c k a n   S ,   2 0 0 0 ,   M I C R O E L E C T R   J ,   V 3 1 ,   P 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 6 - 2 6 9 2 ( 0 0 ) 0 0 0 2 3 - 9 ;   M I L L S   R ,   1 9 7 3 ,   J   P H Y S   C H E M - U S ,   V 7 7 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j 1 0 0 6 2 4 a 0 2 5 ;   M i t t l e m a n   D M ,   1 9 9 6 ,   I E E E   J   S E L   T O P   Q U A N T ,   V 2 ,   P 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 9 4 4 . 5 7 1 7 6 8 ;   M i t t l e m a n   D M ,   1 9 9 9 ,   A P P L   P H Y S   B - L A S E R S   O ,   V 6 8 ,   P 1 0 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 4 0 0 0 5 0 7 5 0 ;   M o r i   S ,   1 9 9 9 ,   A N N   N E U R O L ,   V 4 5 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 5 3 1 - 8 2 4 9 ( 1 9 9 9 0 2 ) 4 5 : 2 < 2 6 5 : : A I D - A N A 2 1 > 3 . 0 . C O ; 2 - 3 ;   M o r r i s   E . ,   1 9 7 3 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   M O S E L E Y   M E ,   1 9 9 1 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 1 9 ,   P 3 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 9 1 0 1 9 0 2 2 2 ;   M O S E L E Y   M E ,   1 9 9 0 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 7 6 ,   P 4 3 9 ;   M O U L I N   P ,   1 9 9 4 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 4 2 ,   P 3 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 8 . 3 3 0 3 7 2 ;   M o u l i n   P ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 4 5 ,   P 2 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 8 . 6 2 2 9 4 1 ;   N a g a r a j a n   M B ,   2 0 1 3 ,   M A C H   V I S I O N   A P P L ,   V 2 4 ,   P 1 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 3 8 - 0 1 2 - 0 4 5 6 - y ;   N E E M A N   M ,   1 9 9 0 ,   J   M A G N   R E S O N ,   V 9 0 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 2 - 2 3 6 4 ( 9 0 ) 9 0 1 3 6 - W ;   N E U M A N   C H ,   1 9 7 4 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 6 0 ,   P 4 5 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 6 8 0 9 3 1 ;   N i s h i z a w a   J ,   2 0 0 5 ,   O P T   C O M M U N ,   V 2 4 6 ,   P 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o p t c o m . 2 0 0 4 . 1 0 . 0 7 6 ;   N o w a k   R D ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 8 ,   P 1 4 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 8 3 . 7 9 1 9 6 6 ;   O z a r s l a n   E ,   2 0 0 7 ,   J   M A G N   R E S O N ,   V 1 8 8 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m r . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 0 2 ;   O r t i z   A ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 3 4 ,   P 1 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t r e c . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 1 4 ;   O s i n d e r o   S . ,   2 0 0 8 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 2 4 9 ;   O t s u k a   M ,   2 0 1 0 ,   J   P H A R M   S C I - U S ,   V 9 9 ,   P 4 0 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j p s . 2 2 1 9 4 ;   O z a r s l a n   E ,   2 0 0 6 ,   J   M A G N   R E S O N ,   V 1 8 3 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m r . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 0 9 ;   O z e r   S ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 3 5 9 4 5 9 ;   P a i v a   H M ,   2 0 1 2 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 2 ,   P 6 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 1 ;   P a i v a   H M ,   2 0 0 9 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   L E T ,   V 1 6 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / L S P . 2 0 0 8 . 2 0 0 9 8 3 6 ;   P a n   R . ,   2 0 1 0 ,   P   2 0 1 0   S   S E C   D E T   I N F ,   P 1 5 ;   P a r k   J Y ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   T H Z   S C I   T E C H N ,   V 2 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T T H Z . 2 0 1 1 . 2 1 7 7 1 7 4 ;   P a s h k i n   A ,   2 0 0 3 ,   R E V   S C I   I N S T R U M ,   V 7 4 ,   P 4 7 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 6 1 4 8 7 8 ;   P i c k l e s   M D ,   2 0 1 6 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 5 1 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 2 ;   P i c k w e l l   E ,   2 0 0 6 ,   J   P H Y S   D   A P P L   P H Y S ,   V 3 9 ,   p R 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 2 2 - 3 7 2 7 / 3 9 / 1 7 / R 0 1 ;   P i e l l a   G . ,   2 0 0 3 ,   I N F O R M   F U S I O N ,   V 4 ;   P i z u r i c a   A ,   2 0 0 6 ,   C U R R   M E D   I M A G I N G   R E V ,   V 2 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 7 3 4 0 5 0 6 7 7 6 9 3 0 6 6 5 ;   P i z u r i c a   A ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 2 ,   P 3 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 3 . 8 0 9 5 8 8 ;   P u p e z a   I ,   2 0 0 7 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 5 ,   P 4 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 5 . 0 0 4 3 3 5 ;   R a i n a   R . ,   2 0 0 7 ,   P   2 4   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 7 5 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 2 7 3 4 9 6 . 1 2 7 3 5 9 2 ;   R a m c h a n d r a n   K ,   1 9 9 6 ,   P   I E E E ,   V 8 4 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 4 8 8 6 9 9 ;   R a n z a t o   M . ,   2 0 0 8 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 1 8 5 ;   R a n z a t o   M . ,   2 0 0 7 ,   P   I E E E   C   C O M P   V I S   P A ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 7 . 3 8 3 1 5 7 ;   R i c h a r d   L . ,   2 0 0 8 ,   J   M A G N   R E S O N ,   V 1 9 0 ,   P 2 5 5 ;   R o k a c h   L ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   C ,   V 3 5 ,   P 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C C . 2 0 0 4 . 8 4 3 2 4 7 ;   R o n n e   C ,   1 9 9 9 ,   P H Y S   R E V   L E T T ,   V 8 2 ,   P 2 8 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v L e t t . 8 2 . 2 8 8 8 ;   R U M E L H A R T   D E ,   1 9 8 6 ,   N A T U R E ,   V 3 2 3 ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 2 3 5 3 3 a 0 ;   R u t t i m a n n   U E ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 7 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 7 0 0 7 2 7 ;   S a l a k h u t d i n o v   R . ,   2 0 0 8 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 2 4 9 ;   S a v e l i e v   P . ,   P   I S   T   S P I E   E L E C T   I M ,   V 7 8 7 0 ,   p O 1 ;   S c h e l l e r   M ,   2 0 0 9 ,   O P T   C O M M U N ,   V 2 8 2 ,   P 1 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o p t c o m . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 6 1 ;   S e l v a r a j   H . ,   2 0 0 7 ,   I C   M E D ,   V 1 ,   P 2 1 ;   S E N   P N ,   1 9 9 5 ,   P H Y S   R E V   B ,   V 5 1 ,   P 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v B . 5 1 . 6 0 1 ;   S h a w e - T a y l o r   J . ,   2 0 0 4 ,   K E R N E L   M E T H O D S   P A T T E ;   S i e g e l   P H ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   M I C R O W   T H E O R Y ,   V 5 2 ,   P 2 4 3 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / T M T T . 2 0 0 4 . 8 3 5 9 1 6 ,   1 0 . 1 1 0 9 / T M T T . 2 0 0 4 . 8 3 5 1 6 ] ;   S i e g e l   P H ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   M I C R O W   T H E O R Y ,   V 5 0 ,   P 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 2 . 9 8 9 9 7 4 ;   S I M P S O N   J H ,   1 9 5 8 ,   P H Y S   R E V ,   V 1 1 1 ,   P 1 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v . 1 1 1 . 1 2 0 1 ;   S i n g h   D . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   E N G   A D V   T E C H N O ,   V 1 ,   P 2 4 3 ;   S i u l y   X . - X . ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 1 2 7 ,   P 6 4 ;   S k r a b a   P . ,   2 0 1 0 ,   P   N O R D I A ,   P 4 5 ;   S l a v a k i s   K ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   N E U R   N E T   L E A R ,   V 2 3 ,   P 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T N N L S . 2 0 1 1 . 2 1 7 8 3 2 1 ;   S m y e   S W ,   2 0 0 1 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 6 ,   p R 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 6 / 9 / 2 0 1 ;   S o u r b r o n   S P ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   p R 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 2 / R 1 ;   S T E J S K A L   E O ,   1 9 6 5 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 6 9 5 6 9 0 ;   S t e p h a n i   H e n r i k e ,   2 0 1 0 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   2 0 1 0   2 0 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   P a t t e r n   R e c o g n i t i o n   ( I C P R   2 0 1 0 ) ,   P 4 4 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R . 2 0 1 0 . 1 0 8 5 ;   S t e p h a n i   H . ,   2 0 1 1 ,   P   2 0 1 1   I R   M A C H   V I S   I ,   P 1 1 7 ;   S t o l a r e k   J a n ,   2 0 1 0 ,   A r c h i v e s   o f   C o n t r o l   S c i e n c e s ,   V 2 0 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 2 4 7 8 / v 1 0 1 7 0 - 0 1 0 - 0 0 2 4 - 5 ;   S t r a c h a n   C J ,   2 0 0 5 ,   J   P H A R M   S C I - U S ,   V 9 4 ,   P 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j p s . 2 0 2 8 1 ;   S t r a c h a n   C J ,   2 0 0 4 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 3 9 0 ,   P 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c p l e t t . 2 0 0 4 . 0 3 . 1 1 7 ;   S t r a c h a n   C . J . ,   2 0 0 5 ,   J   P H A R M   P H A R M A C O L ,   V 5 9 ,   P 2 0 9 ;   S u k   H . - I . ,   2 0 1 3 ,   M E D   I M A G E   C O M P U T   C O M ,   V 8 1 5 0 ,   P 5 8 3 ;   S u n   W F ,   2 0 1 3 ,   O P T   L E T T ,   V 3 8 ,   P 5 4 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 3 8 . 0 0 5 4 3 8 ;   S u s h k o   O ,   2 0 1 5 ,   J   C H E M   P H Y S ,   V 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 9 0 7 2 7 1 ;   S u s h k o   O ,   2 0 1 3 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 1 7 ,   P 1 6 4 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 4 0 7 5 8 0 y ;   S u t t o n   E J ,   2 0 1 5 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 2 ,   P 1 3 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 8 9 0 ;   T a c h i b a n a   K . ,   2 0 0 8 ,   P   3   I N T   C   A P P L   G E O M ,   P 1 ;   T a d a y   P F ,   2 0 0 3 ,   J   P H A R M   S C I ,   V 9 2 ,   P 8 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j p s . 1 0 3 5 8 ;   T a n n e r   C ,   2 0 0 6 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 4 6 6 ;   T a n n e r   J . ,   1 9 7 9 ,   C I R C   R E S ,   V 2 8 ,   P 1 0 7 ;   T a y l o r   G . ,   2 0 0 7 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 3 4 5 ;   T e r u e l   J R ,   2 0 1 4 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 7 ,   P 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 3 1 3 2 ;   T h r u n   S . ,   1 9 9 6 ,   H U M A N   M O T I O N ,   P 6 4 0 ;   T O R R E Y   H C ,   1 9 5 6 ,   P H Y S   R E V ,   V 1 0 4 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v . 1 0 4 . 5 6 3 ;   T s o c h a n t a r i d i s   I . ,   2 0 0 4 ,   P   2 1   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 1 0 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 0 1 5 3 3 0 . 1 0 1 5 3 4 1 ;   T u q a n   J ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 4 8 ,   P 2 8 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 8 . 8 6 9 0 3 2 ;   T y n i e c   R . ,   2 0 1 2 ,   A C T A   P H Y S   P O L   A ,   V 1 2 2 ,   P 8 9 1 ;   U n g   B S Y ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   T H Z   S C I   T E C H N ,   V 3 ,   P 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T T H Z . 2 0 1 3 . 2 2 4 1 4 2 7 ;   U N S E R   M ,   1 9 9 3 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 4 1 ,   P 3 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 8 . 2 5 8 1 0 3 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 9 5 ,   N A T U R E   S T A T   L E A R N I N G ;   V e j d e m o - J o h a n s s o n   M ,   2 0 1 5 ,   A P P L   A L G E B R   E N G   C O M M ,   V 2 6 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 0 0 - 0 1 5 - 0 2 5 1 - x ;   V i n c e n t   P . ,   2 0 0 8 ,   P   2 5   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 1 0 9 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 9 0 1 5 6 . 1 3 9 0 2 9 4 ;   W a l l a c e   V P ,   2 0 0 4 ,   B R I T   J   D E R M A T O L ,   V 1 5 1 ,   P 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 1 3 3 . 2 0 0 4 . 0 6 1 2 9 . x ;   W a l t h e r   M ,   2 0 0 0 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 3 3 2 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 9 - 2 6 1 4 ( 0 0 ) 0 1 2 7 1 - 9 ;   W a n g   H ,   2 0 0 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 0 ,   P 2 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 0 / 1 2 / 0 1 1 ;   W a n g   J B ,   2 0 1 5 ,   A C S R   A D V   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 1 1 ;   W a n g   S ,   2 0 0 3 ,   J   B I O L   P H Y S ,   V 2 9 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 4 4 5 7 2 1 2 5 7 8 ;   W a t t s   C M ,   2 0 1 4 ,   N A T   P H O T O N I C S ,   V 8 ,   P 6 0 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n p h o t o n . 2 0 1 4 . 1 3 9 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N P H O T O N . 2 0 1 4 . 1 3 9 ] ;   W a u g h   S . A . ,   2 0 1 6 ,   J   B I O M E D   B I O T E C H N O L ,   V 2 6 ,   P 3 2 2 ;   W E A V E R   J B ,   1 9 9 1 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 2 1 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 9 1 0 2 1 0 2 1 3 ;   W e l l s   W M ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 1 1 7 4 7 ;   W e s t o n   J ,   1 9 9 8 ,   M U L T I C L A S S   S U P P O R T   V ;   W i e n e r   N . ,   1 9 4 9 ,   E X T R A P O L A T I O N   S M O O T H ;   W i l k   R ,   2 0 0 8 ,   I E E E   J   S E L   T O P   Q U A N T ,   V 1 4 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S T Q E . 2 0 0 7 . 9 1 0 9 8 1 ;   W i r e s t a m   R ,   2 0 0 6 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 5 6 ,   P 1 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 1 0 3 6 ;   W O L P E R T   D H ,   1 9 9 2 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 5 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 0 5 ) 8 0 0 2 3 - 1 ;   W o o d w a r d   R M ,   2 0 0 3 ,   J   I N V E S T   D E R M A T O L ,   V 1 2 0 ,   P 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 5 2 3 - 1 7 4 7 . 2 0 0 3 . 1 2 0 1 3 . x ;   W o o d w a r d   R M ,   2 0 0 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 4 7 ,   P 3 8 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 4 7 / 2 1 / 3 2 5 ;   W o o l f   D K ,   2 0 1 4 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 4 7 ,   P 3 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 4 - 3 0 7 2 - x ;   W o r s l e y   K J ,   1 9 9 6 ,   H U M   B R A I N   M A P P ,   V 4 ,   P 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 1 9 3 ( 1 9 9 6 ) 4 : 1 < 7 4 : : A I D - H B M 5 > 3 . 0 . C O ; 2 - M ;   W u   H Q ,   2 0 0 8 ,   J   P H A R M   S C I - U S ,   V 9 7 ,   P 9 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j p s . 2 1 0 0 4 ;   X u   Z . ,   2 0 1 3 ,   E U R A S I P   J   W I R E L   C O M M ,   V 2 0 1 3 ,   P 1 ;   Y a n g   B ,   2 0 1 1 ,   J   M A G N   M A G N   M A T E R ,   V 3 2 3 ,   P 1 9 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m m m . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 4 2 ;   Y a n g   B ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   M I C R O W   T H E O R Y ,   V 5 8 ,   P 3 5 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M T T . 2 0 1 0 . 2 0 8 6 2 9 0 ;   Y a n g   X Y ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   B I O T E C H N O L ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 1 / 7 3 2 8 4 8 ;   Y i n   X X ,   2 0 1 5 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 4 0 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 7 ;   Y i n   X X ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 7 ,   P 3 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 2 ;   Y i n   X X ,   2 0 1 2 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 0 8 ,   P 6 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 7 ;   Y i n   X X ,   2 0 1 2 ,   M E D   B I O L   E N G   C O M P U T ,   V 5 0 ,   P 9 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 1 7 - 0 1 2 - 0 9 2 0 - x ;   Y i n   X X ,   2 0 1 6 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 6 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 0 5 ;   Y i n   X X ,   2 0 0 7 ,   J   B I O L   S Y S T ,   V 1 5 ,   P 5 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 8 3 3 9 0 0 7 0 0 2 3 7 4 ;   Y i n   X ,   2 0 0 7 ,   I E E E   S E N S   J ,   V 7 ,   P 1 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S E N . 2 0 0 7 . 9 0 8 2 4 3 ;   Y i n   X X ,   2 0 0 9 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 1 9 ,   P 7 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 0 9 ;   Y i n   X X ,   2 0 1 2 ,   T E R A H E R T Z   I M A G I N G   F O R   B I O M E D I C A L   A P P L I C A T I O N S :   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N   A N D   T O M O G R A P H I C   R E C O N S T R U C T I O N ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 6 1 4 - 1 8 2 1 - 4 ;   Z a c h a r a k i   E I ,   2 0 0 9 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 2 ,   P 1 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 2 1 4 7 ;   Z a r a h n   E ,   1 9 9 7 ,   N E U R O I M A G E ,   V 5 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / n i m g . 1 9 9 7 . 0 2 6 3 ;   Z a r o u b i   S ,   2 0 0 0 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 1 8 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 7 3 0 - 7 2 5 X ( 9 9 ) 0 0 1 0 0 - 9 ;   Z h a n g   L . ,   2 0 1 1 ,   A R C H   C O N T R O L   S C I ,   V 5 5 ,   P 1 2 7 ;   Z h a n g   N ,   2 0 0 9 ,   2 0 0 9   1 6 T H   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   I M A G E   P R O C E S S I N G ,   V O L S   1 - 6 ,   P 3 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 0 9 . 5 4 1 3 8 7 8 ;   Z h e n g   Y J ,   2 0 0 9 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 6 ,   P 3 1 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 1 5 1 8 1 1 ;   Z h o u   X J ,   2 0 1 0 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 6 3 ,   P 5 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 2 2 8 5 ;   Z i m d a r s   D ,   2 0 0 5 ,   A I P   C O N F   P R O C ,   V 7 6 0 ,   P 5 7 0 ;   N a f t a l y   M ,   2 0 1 5 ,   T E R A H E R T Z   M E T R O L O G Y ,   P 1 	 2 6 3 	 0 	 0 	 2 4 	 2 4 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T  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 a n d   n e c k .   N o t a b l y ,   h o w e v e r ,   H P V - d r i v e n   n o n - O P S C C s   d i s p l a y   a   d i s t i n c t   i m m u n e   m i c r o e n v i r o n m e n t   a n d   c l i n i c a l   b e h a v i o r   c o m p a r e d   w i t h   H P V - d r i v e n   O P S C C s .   ( C )   2 0 1 6   b y   A m e r i c a n   S o c i e t y   o f   C l i n i c a l   O n c o l o g y . 	 [ C h a k r a v a r t h y ,   A n k u r ;   H e n d e r s o n ,   S t e p h e n ;   L e c h n e r ,   M a t t ;   F e b e r ,   A n d r e w ;   F e n t o n ,   T i m   R . ]   U C L ,   U C L   C a n c   I n s t ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ T h i r d b o r o u g h ,   S t e p h e n   M . ;   O t t e n s m e i e r ,   C h r i s t i a n   H . ;   T h o m a s ,   G a r e t h   J . ]   U n i v   S o u t h a m p t o n ,   S o u t h a m p t o n ,   H a n t s ,   E n g l a n d ;   [ S u ,   X i a o p i n g ]   U n i v   T e x a s   M D   A n d e r s o n   C a n c   C t r ,   H o u s t o n ,   T X   7 7 0 3 0   U S A 	 F e n t o n ,   T R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U C L   C a n c   I n s t ,   P a u l   O G o r m a n   B l d g , 7 2   H u n t l e y   S t ,   L o n d o n   W C 1 E   6 D D ,   E n g l a n d . 	 t . f e n t o n @ u c l . a c . u k 	 	 F e n t o n ,   T i m / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 4 7 3 7 - 8 2 3 3 	 N C I   N I H   H H S   [ P 3 0   C A 0 1 6 6 7 2 ] 	 	 A n g   K K ,   2 0 1 0 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 3 ,   P 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 9 1 2 2 1 7 ;   B a d o u a l   C ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 2 6 0 6 ;   B r a a k h u i s   B J M ,   2 0 0 4 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 6 ,   P 9 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j h 1 8 3 ;   B u r n s   M B ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 4 9 4 ,   P 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 8 8 1 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   C A N C   G E N   A T L   T C G A   D A ;   C h a t u r v e d i   A K ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 9 ,   P 4 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 1 . 3 6 . 4 5 9 6 ;   C h e n   Y X ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 6 6 5 ;   C h u n g   C H ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 5 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 4 ) 0 0 1 1 2 - 6 ;   C h u n g   C H ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 3 9 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 3 . 5 4 . 5 2 2 8 ;   C h u n g   C H ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 6 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 9 - 0 7 8 4 ;   D o o r b a r   J ,   2 0 1 2 ,   V A C C I N E ,   V 3 0 ,   p F 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v a c c i n e . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 8 3 ;   E l - M o f t y   S K ,   2 0 0 5 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 2 9 ,   P 1 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . p a s . 0 0 0 0 1 7 3 2 4 0 . 6 3 0 7 3 . f e ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 0 ,   E   G E O D   2 4 0 8 9   E X P R   D A ;   F a k h r y   C ,   2 0 0 8 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 0 ,   P 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j n 0 1 1 ;   F i s c h e r   C A ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 6 ,   P 1 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 8 4 2 ;   F u n e s   J M ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 6 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 7 0 0 6 9 0 1 0 4 ;   G i l l i s o n   M L ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 3 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 5 . 6 1 . 6 9 9 5 ;   G i l l i s o n   M L ,   2 0 0 0 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 2 ,   P 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 9 2 . 9 . 7 0 9 ;   G o o n   P K C ,   2 0 0 9 ,   H E A D   N E C K   O N C O L ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 8 - 3 2 8 4 - 1 - 3 6 ;   H e n d e r s o n   S ,   2 0 1 4 ,   C E L L   R E P ,   V 7 ,   P 1 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l r e p . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 1 2 ;   H e r r e r o   R ,   2 0 0 3 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 5 ,   P 1 7 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j g / 1 0 7 ;   H o n g   A M ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 1 5 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 9 4 4 ;   J u n g   A C ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 6 ,   P 1 8 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 9 1 1 ;   K e c k   M K ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 8 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 2 4 8 1 ;   K i m p l e   R J ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 4 7 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 3 - 0 5 8 7 ;   K o l e s n i k o v   N ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 5 7 ;   K r a v c h e n k o - B a l a s h a   N ,   2 0 0 9 ,   B I O L   C H E M ,   V 2 8 4 ,   P 1 1 7 1 7 ;   L a s s e n   P ,   2 0 1 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 3 ,   P 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 3 2 ;   L a w r e n c e   M S ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 7 ,   P 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 1 2 9 ;   L e c h n e r   M ,   2 0 1 6 ,   A D V   G E N E T I C S ;   L e c h n e r   M ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   M E D ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g m 4 1 9 ;   L e c h n e r   M ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   M E D ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g m 4 5 3 ;   L o h a v a n i c h b u t r   P ,   2 0 0 9 ,   A R C H   O T O L A R Y N G O L ,   V 1 3 5 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h o t o . 2 0 0 8 . 5 4 0 ;   L y f o r d - P i k e   S ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 1 7 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 2 3 8 4 ;   M e d l e r   T e r r y   R ,   2 0 1 5 ,   T r e n d s   C a n c e r ,   V 1 ,   P 6 6 ;   M u n g e r   K ,   2 0 0 4 ,   J   V I R O L ,   V 7 8 ,   P 1 1 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / J V I . 7 8 . 2 1 . 1 1 4 5 - 1 1 4 6 0 . 2 0 0 4 ;   O t t e n s m e i e r   C H ,   U P R E G U L A T E D   G L U C O S E ;   P a r f e n o v   M ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 1 5 5 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 4 1 6 0 7 4 1 1 1 ;   P y e o n   D ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 7 ,   P 4 6 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 6 - 3 6 1 9 ;   S a n t e g o e t s   L A M ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 1 ,   P 7 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 2 7 6 9 ;   S c h l e c h t   N F ,   2 0 0 7 ,   J   P A T H O L ,   V 2 1 3 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p a t h . 2 2 2 7 ;   S c o t t o   L ,   2 0 0 8 ,   G E N E   C H R O M O S O M E   C A N C ,   V 4 7 ,   P 7 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g c c . 2 0 5 7 7 ;   S e i w e r t   T Y ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 3 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 7 . 9 2 6 8 ;   S h a h   K V ,   2 0 0 7 ,   D I S   M A R K E R S ,   V 2 3 ,   P 2 3 5 ;   S l e b o s   R J C ,   2 0 0 6 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   P 7 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 5 - 2 0 1 7 ;   S l e d z i n s k a   A ,   2 0 1 5 ,   M O L   O N C O L ,   V 9 ,   P 1 9 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l o n c . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 8 ;   T a n g   K W ,   2 0 1 3 ,   N A T   C O M M U N ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 3 5 1 3 ;   v a n   H o u t e n   V M M ,   2 0 0 1 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 9 3 ,   P 2 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 3 1 3 ;   V i e i r a   V C ,   2 0 1 4 ,   M B I O ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / m B i o . 0 2 2 3 4 - 1 4 ;   V o k e s   E E ,   2 0 1 5 ,   J N C I - J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j v 3 4 4 ;   W a l l i n e   H M ,   2 0 1 3 ,   J A M A   O T O L A R Y N G O L ,   V 1 3 9 ,   P 1 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a o t o . 2 0 1 3 . 5 4 6 0 ;   W a r d   M J ,   2 0 1 4 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 0 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 3 . 6 3 9 ;   W a r d   M J ,   2 0 1 5 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 3 7 ,   P 1 0 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 3 6 9 7 ;   W e i n b e r g e r   P M ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 7 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 4 . 0 0 . 3 3 3 5 ;   W e s t r a   W H ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 1 4 0 2 ;   W e s t r a   W i l l i a m   H ,   2 0 1 2 ,   H e a d   N e c k   P a t h o l ,   V 6   S u p p l   1 ,   p S 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 1 0 5 - 0 1 2 - 0 3 7 1 - 6 ;   Z h a i   Y ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 7 ,   P 1 0 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 2 0 5 6 	 5 7 	 1 	 1 	 7 	 7 	 A M E R   S O C   C L I N I C A L   O N C O L O G Y 	 A L E X A N D R I A 	 2 3 1 8   M I L L   R O A D ,   S T E   8 0 0 ,   A L E X A N D R I A ,   V A   2 2 3 1 4   U S A 	 0 7 3 2 - 1 8 3 X 	 1 5 2 7 - 7 7 5 5 	 	 J   C L I N   O N C O L 	 J .   C l i n .   O n c o l . 	 D E C   1 	 2 0 1 6 	 3 4 	 3 4 	 	 	 	 	 4 1 3 2 	 + 	 	 1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 6 . 6 8 . 2 9 5 5 	 	 1 2 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E D 5 Y M 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 9 2 9 9 0 0 0 1 3 	 2 7 8 6 3 1 9 0 	 
 
 J 	 R o s e n k r a n t z ,   A B ;   D o s h i ,   A M ;   G i n o c c h i o ,   L A ;   A p h i n y a n a p h o n g s ,   Y 	 	 	 	 R o s e n k r a n t z ,   A n d r e w   B . ;   D o s h i ,   A n k u r   M . ;   G i n o c c h i o ,   L u k e   A . ;   A p h i n y a n a p h o n g s ,   Y i n d a l o n 	 	 	 U s e   o f   a   M a c h i n e - l e a r n i n g   M e t h o d   f o r   P r e d i c t i n g   H i g h l y   C i t e d   A r t i c l e s   W i t h i n   G e n e r a l   R a d i o l o g y   J o u r n a l s 	 A C A D E M I C   R A D I O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R a d i o l o g y ;   b i b l i o m e t r i c s ;   b i o m e d i c a l   j o u r n a l s ;   m a c h i n e   l e a r n i n g 	 D A T A   S Y S T E M ;   C A T E G O R I Z A T I O N ;   P U B L I C A T I O N ;   N O D U L E S ;   R A D S 	 R a t i o n a l e   a n d   O b j e c t i v e s :   T h i s   s t u d y   a i m e d   t o   a s s e s s   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   a   t e x t   c l a s s i f i c a t i o n   m a c h i n e - l e a r n i n g   m o d e l   i n   p r e d i c t i n g   h i g h l y   c i t e d   a r t i c l e s   w i t h i n   t h e   r e c e n t   r a d i o l o g i c a l   l i t e r a t u r e   a n d   t o   i d e n t i f y   t h e   m o d e l ' s   m o s t   i n f l u e n t i a l   a r t i c l e   f e a t u r e s .   M a t e r i a l s   a n d   M e t h o d s :   W e   d o w n l o a d e d   f r o m   P u b M e d   t h e   t i t l e ,   a b s t r a c t ,   a n d   m e d i c a l   s u b j e c t   h e a d i n g   t e r m s   f o r   1 0 , 0 6 5   a r t i c l e s   p u b l i s h e d   i n   2 5   g e n e r a l   r a d i o l o g y   j o u r n a l s   i n   2 0 1 2   a n d   2 0 1 3 .   T h r e e   m a c h i n e - l e a r n i n g   m o d e l s   w e r e   a p p l i e d   t o   p r e d i c t   t h e   t o p   1 0 %   o f   i n c l u d e d   a r t i c l e s   i n   t e r m s   o f   t h e   n u m b e r   o f   c i t a t i o n s   t o   t h e  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 M . ;   G i n o c c h i o ,   L u k e   A . ]   N Y U ,   L a n g o n e   M e d   C t r ,   D e p t   R a d i o l ,   6 6 0   F i r s t   A v e , 3 r d   F l o o r ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 1 6   U S A ;   [ A p h i n y a n a p h o n g s ,   Y i n d a l o n ]   N Y U ,   C t r   H e a l t h c a r e   I n n o v a t   &   D e l i v e r y   S c i ,   L a n g o n e   M e d   C t r ,   N e w   Y o r k ,   N Y   U S A 	 R o s e n k r a n t z ,   A B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N Y U ,   L a n g o n e   M e d   C t r ,   D e p t   R a d i o l ,   6 6 0   F i r s t   A v e , 3 r d   F l o o r ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 1 6   U S A . 	 A n d r e w . R o s e n k r a n t z @ n y u m c . o r g 	 	 A p h i n y a n a p h o n g s ,   Y i n / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 8 6 0 5 - 5 3 9 2 ;   G i n o c c h i o ,   L u k e / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 0 1 8 3 - 7 2 4 6 ;   D o s h i ,   A n k u r / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 9 4 1 5 - 2 7 6 3 	 	 	 A p h i n y a n a p h o n g s   Y i n ,   2 0 1 6 ,   P a c   S y m p   B i o c o m p u t ,   V 2 1 ,   P 4 8 0 ;   A p h i n y a n a p h o n g s   Y ,   2 0 1 4 ,   J   A S S O C   I N F   S C I   T E C H ,   V 6 5 ,   P 1 9 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a s i . 2 3 1 1 0 ;   B a r e n t s z   J O ,   2 0 1 2 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 2 ,   P 7 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 1 - 2 3 7 7 - y ;   B r i n j i k j i   W ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 9 ,   P 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 2 2 4 2 ;   B u i - M a n s f i e l d   L T ,   2 0 0 6 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 8 6 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 0 5 . 1 1 8 6 ;   C a s t i l l o   C ,   2 0 0 7 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 7 2 6 ,   P 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 7 5 5 3 0 - 2 _ 1 0 ;   C h e n g   S P ,   2 0 1 3 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 3 5 ,   P 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 2 9 8 5 ;   D a v e n p o r t   M S ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 2 ,   P 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 3 1 9 6 3 ;   D o l a n   R y a n   S c o t t ,   2 0 1 5 ,   E m e r g   R a d i o l ,   V 2 2 ,   P 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 4 0 - 0 1 5 - 1 3 4 5 - 2 ;   D u r i e u x   V ,   2 0 1 0 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 5 ,   P 3 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 0 9 0 9 0 6 2 6 ;   F u   L a w r e n c e   D ,   2 0 0 8 ,   A M I A   A n n u   S y m p   P r o c ,   P 2 2 2 ;   G A R F I E L D   E ,   1 9 5 5 ,   S C I E N C E ,   V 1 2 2 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 2 . 3 1 5 9 . 1 0 8 ;   G e n k i n   A ,   2 0 0 7 ,   J   T E C H ,   V 4 9 ,   P 2 9 1 ;   J o a c h i m s   T . ,   1 9 9 8 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g :   E C M L - 9 8 .   1 0 t h   E u r o p e a n   C o n f e r e n c e   o n   M a c h i n e   L e a r n i n g .   P r o c e e d i n g s ,   P 1 3 7 ;   K i b r i y a   A M ,   2 0 0 4 ,   M U L T I N O M I A L   N A I V E   B A ,   P 4 8 8 ;   L o k k e r   C ,   2 0 0 8 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 3 6 ,   P 6 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . 3 9 4 8 2 . 5 2 6 7 1 3 . B E ;   M c C a l l u m   A .   K . ,   2 0 0 2 ,   M A L L E T   M A C H I N E   L E A R N ;   P a g n i   M ,   2 0 1 4 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 1 ,   P 1 0 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 1 1 ;   P u r y s k o   A S ,   2 0 1 2 ,   R A D I O G R A P H I C S ,   V 3 2 ,   P 1 9 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r g . 3 2 7 1 2 5 0 2 6 ;   R o s e n k r a n t z   A B ,   2 0 1 6 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 3 ,   P 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 2 6 ;   R o s e n k r a n t z   A B ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 9 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 2 2 3 3 ;   R u s s   G ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   E N D O C R I N O L ,   V 1 6 8 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E J E - 1 2 - 0 9 3 6 ;   S i e g e l m a n   S . ,   1 9 8 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 6 8 ,   P 4 1 4 ;   T h o m s o n   R e u t e r s ,   I N C I T E S   J   C I T   R E P ;   Y o o n   D Y ,   2 0 1 3 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 2 0 1 ,   P 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 2 . 1 0 4 8 9 	 2 5 	 0 	 0 	 1 8 	 1 8 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 1 0 7 6 - 6 3 3 2 	 1 8 7 8 - 4 0 4 6 	 	 A C A D   R A D I O L 	 A c a d .   R a d i o l . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 3 	 1 2 	 	 	 	 	 1 5 7 3 	 1 5 8 1 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 1 1 	 	 9 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E C 8 Z J 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 4 3 1 3 0 0 0 1 5 	 2 7 6 9 2 5 8 8 	 
 
 J 	 O u ,   X ;   P a n ,   W ;   Z h a n g ,   X ;   X i a o ,   P 	 	 	 	 O u ,   X . ;   P a n ,   W . ;   Z h a n g ,   X . ;   X i a o ,   P . 	 	 	 S k i n   i m a g e   r e t r i e v a l   u s i n g   G a b o r   w a v e l e t   t e x t u r e   f e a t u r e 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   C O S M E T I C   S C I E N C E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c o n t e n t - b a s e d   i m a g e   r e t r i e v a l ;   G a b o r   w a v e l e t   t r a n s f o r m ;   s k i n   c a p a c i t i v e   i m a g e s ;   s k i n   i m a g i n g ;   t e x t u r e   f e a t u r e s 	 	 O b j e c t i v e S k i n   i m a g i n g   p l a y s   a   k e y   r o l e   i n   m a n y   c l i n i c a l   s t u d i e s .   W e   h a v e   u s e d   m a n y   s k i n   i m a g i n g   t e c h n i q u e s ,   i n c l u d i n g   t h e   r e c e n t l y   d e v e l o p e d   c a p a c i t i v e   c o n t a c t   s k i n   i m a g i n g   b a s e d   o n   f i n g e r p r i n t   s e n s o r s .   T h e   a i m   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t o   d e v e l o p   a n   e f f e c t i v e   s k i n   i m a g e   r e t r i e v a l   t e c h n i q u e   u s i n g   G a b o r   w a v e l e t   t r a n s f o r m ,   w h i c h   c a n   b e   u s e d   o n   d i f f e r e n t   t y p e s   o f   s k i n   i m a g e s ,   b u t   w i t h   a   s p e c i a l   f o c u s   o n   s k i n   c a p a c i t i v e   c o n t a c t   i m a g e s .   M e t h o d s C o n t e n t - b a s e d   i m a g e   r e t r i e v a l   ( C B I R )   i s   a   u s e f u l   t e c h n o l o g y   t o   r e t r i e v e   s t o r e d   i m a g e s   f r o m   d a t a b a s e   b y   s u p p l y i n g   q u e r y   i m a g e s .   I n   a   t y p i c a l   C B I R ,   i m a g e s   a r e   r e t r i e v e d   b a s e d   o n   c o l o u r ,   s h a p e ,   t e x t u r e ,   e t c .   I n   t h i s   s t u d y ,   t e x t u r e   f e a t u r e   i s   u s e d  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 s u p p o r t . 	 A n n e   H ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   G E O S C I   R E M O T E ,   V 3 5 ,   P 4 7 5 ;   B i a n c o n i   F ,   2 0 0 7 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 0 ,   P 3 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 2 3 ;   D A U G M A N   J G ,   1 9 8 5 ,   J   O P T   S O C   A M   A ,   V 2 ,   P 1 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 2 . 0 0 1 1 6 0 ;   D e n g   Y . ,   1 9 9 9 ,   T H E S I S ;   D i m a i   A . ,   1 9 9 9 ,   P   1 1   S C A N D   C   I M   A N ,   V I ,   P 3 9 1 ;   F i s c h e r   S . ,   2 0 0 1 ,   1 1   I N T   C   I M   A N   P R O C ,   V 9 ,   P 4 2 8 ;   G o n g   Y . ,   1 9 9 4 ,   P   I E E E   I N T   C   M U L T   C O ,   V 5 ,   P 1 2 1 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H A Y E S   K C ,   1 9 7 4 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 4 ,   P 4 6 7 ;   K r u i z i n g a   P . ,   1 9 9 9 ,   P r o c e e d i n g s   1 0 t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   I m a g e   A n a l y s i s   a n d   P r o c e s s i n g ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I A P . 1 9 9 9 . 7 9 7 5 8 5 ;   L i u   Z Y ,   2 0 1 2 ,   I N T   S Y M   C O M P U T   I N T E L ,   P 3 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S C I D . 2 0 1 2 . 1 0 1 ;   M a n j u n a t h   B S ,   1 9 9 6 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 1 8 ,   P 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 5 3 1 8 0 3 ;   O u   X ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   P H A R M A C E U T ,   V 4 6 0 ,   P 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j p h a r m . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 2 4 ;   R a f i e e   G . ,   2 0 1 0 ,   I N T   S   C O M M   S Y S T   N E T W ,   V 7 ,   P 7 7 5 ;   S i n g h   H . ,   2 0 1 0 ,   T H E S I S ;   S i n g h   H . ,   2 0 0 8 ,   I S B S   C   S E O U L   K O R   M A Y ;   S m e u l d e r s   A W M ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 2 ,   P 1 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 3 4 . 8 9 5 9 7 2 ;   S m i t h   J .   E ,   1 9 9 7 ,   T H E S I S ;   V a s s i l i e v a   N S ,   2 0 0 9 ,   P R O G R A M   C O M P U T   S O F T + ,   V 3 5 ,   P 1 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 4 / S 0 3 6 1 7 6 8 8 0 9 0 3 0 0 4 9 ;   W a n g   J . Z . ,   2 0 0 1 ,   I N T E G R A T E D   R E G I O N   B A ;   X i a o   P ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   T H E R M O P H Y S ,   V 3 3 ,   P 1 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 7 6 5 - 0 1 2 - 1 3 1 8 - 6 ;   X i e   X . ,   2 0 0 8 ,   H D B   T E X T U R E   A N A L ,   P 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / 9 7 8 1 8 4 8 1 6 1 1 6 0 _ 0 0 1 3 ;   Y a n g   J W ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 4 ,   P 1 8 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 0 / S 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 0 3 ) 0 0 0 0 5 - 9 	 2 3 	 0 	 0 	 9 	 9 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 1 4 2 - 5 4 6 3 	 1 4 6 8 - 2 4 9 4 	 	 I N T   J   C O S M E T I C   S C I 	 I n t .   J .   C o s m e t i c   S c i . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 3 8 	 6 	 	 	 	 	 6 0 7 	 6 1 4 	 	 1 0 . 1 1 1 1 / i c s . 1 2 3 3 2 	 	 8 	 C h e m i s t r y ,   A p p l i e d ;   D e r m a t o l o g y 	 C h e m i s t r y ;   D e r m a t o l o g y 	 E C 0 F K 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 7 7 3 6 0 0 0 0 9 	 2 7 0 6 8 9 3 2 	 
 
 J 	 K a n n a m p a l l i l ,   T ;   G a l a n t e r ,   W L ;   F a l c k ,   S ;   G a u n t ,   M J ;   G i b b o n s ,   R D ;   M c N u t t ,   R ;   O d w a z n y ,   R ;   S c h i f f ,   G ;   V a i d a ,   A J ;   W i l k i e ,   D J ;   L a m b e r t ,   B L 	 	 	 	 K a n n a m p a l l i l ,   T h o m a s ;   G a l a n t e r ,   W i l l i a m   L . ;   F a l c k ,   S u z a n n e ;   G a u n t ,   M i c h a e l   J . ;   G i b b o n s ,   R o b e r t   D . ;   M c N u t t ,   R o b e r t ;   O d w a z n y ,   R i c h a r d ;   S c h i f f ,   G o r d o n ;   V a i d a ,   A l l e n   J . ;   W i l k i e ,   D i a n a   J . ;   L a m b e r t ,   B r u c e   L . 	 	 	 C h a r a c t e r i z i n g   t h e   p a i n   s c o r e   t r a j e c t o r i e s   o f   h o s p i t a l i z e d   a d u l t   m e d i c a l   a n d   s u r g i c a l   p a t i e n t s :   a   r e t r o s p e c t i v e   c o h o r t   s t u d y 	 P A I N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P a i n   s c o r e ;   T r a j e c t o r y ;   Q u a l i t y   i m p r o v e m e n t ;   H o s p i t a l 	 C A N C E R   P A I N ;   M A N A G E M E N T 	 P a i n   c a r e   f o r   h o s p i t a l i z e d   p a t i e n t s   i s   o f t e n   s u b o p t i m a l .   R e p r e s e n t i n g   p a i n   s c o r e s   a s   a   g r a p h i c a l   t r a j e c t o r y   m a y   p r o v i d e   i n s i g h t s   i n t o   t h e   u n d e r s t a n d i n g   a n d   t r e a t m e n t   o f   p a i n .   W e   d e s c r i b e   a   1 - y e a r ,   r e t r o s p e c t i v e ,   o b s e r v a t i o n a l   s t u d y   t o   c h a r a c t e r i z e   p a i n   t r a j e c t o r i e s   o f   h o s p i t a l i z e d   a d u l t s   d u r i n g   t h e   f i r s t   4 8   h o u r s   a f t e r   a d m i s s i o n   a t   a n   u r b a n   a c a d e m i c   m e d i c a l   c e n t e r .   U s i n g   a   s u b g r o u p   o f  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 c e l l ,   i n t e n s i v e   c a r e   u n i t ,   a n d   m e d i c i n e ) .   K - m e a n s   c l u s t e r i n g   w a s   u s e d   t o   i d e n t i f y   p a t i e n t   s u b g r o u p s   w i t h   s i m i l a r   t r a j e c t o r i e s .   T r a j e c t o r i e s   s h o w e d   d i f f e r e n c e s   b a s e d   o n   r a c e ,   g e n d e r ,   s e r v i c e ,   a n d   i n i t i a l   p a i n   s c o r e .   P a t i e n t s   p r e s u m e d   t o   h a v e   d i s s i m i l a r   p a i n   e x p e r i e n c e s   ( e g ,   s i c k l e   v s   o b s t e t r i c a l )   h a d   m a r k e d l y   d i f f e r e n t   p a i n   t r a j e c t o r i e s .   P a t i e n t s   w i t h   h i g h e r   i n i t i a l   p a i n   h a d   a   m o r e   r a p i d   r e d u c t i o n   d u r i n g   t h e i r   f i r s t   2   h o u r s   o f   t r e a t m e n t .   P a i n   r e d u c t i o n   a c h i e v e d   i n   t h e   4 8   h o u r s   a f t e r   a d m i s s i o n  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 W i l l i a m   L . ;   F a l c k ,   S u z a n n e ;   M c N u t t ,   R o b e r t ]   U n i v   I l l i n o i s ,   D e p t   M e d ,   C h i c a g o ,   I L   U S A ;   [ F a l c k ,   S u z a n n e ]   U n i v   I l l i n o i s ,   D e p t   P h a r m   P r a c t i c e   P h a r m   S y s t   O u t c o m e s   &   P o l i c y ,   C h i c a g o ,   I L   U S A ;   [ G a u n t ,   M i c h a e l   J . ;   V a i d a ,   A l l e n   J . ]   I n s t   S a f e   M e d i c a t   P r a c t i c e s ,   H o r s h a m ,   P A   U S A ;   [ G i b b o n s ,   R o b e r t   D . ]   U n i v   C h i c a g o ,   D e p t   M e d   &   P u b l   H l t h   S c i ,   C h i c a g o ,   I L   6 0 6 3 7   U S A ;   [ S c h i f f ,   G o r d o n ]   B r i g h a m   &   W o m e n s   H o s p ,   D e p t   M e d ,   D i v   G e n   I n t e r n a l   M e d   &   P r i m a r y   C a r e ,   7 5   F r a n c i s   S t ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 5   U S A ;   [ W i l k i e ,   D i a n a   J . ]   U n i v   F l o r i d a ,   C o l l   N u r s i n g ,   G a i n e s v i l l e ,   F L   3 2 6 1 1   U S A ;   [ L a m b e r t ,   B r u c e   L . ]   N o r t h w e s t e r n   U n i v ,   C t r   C o m m u n   &   H l t h ,   D e p t   C o m m u n   S t u d i e s ,   C h i c a g o ,   I L   6 0 6 1 1   U S A 	 K a n n a m p a l l i l ,   T   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   I l l i n o i s ,   D e p t   F a m i l y   M e d ,   1 9 1 9   W   T a y l o r   S t   M - C   6 6 3 ,   C h i c a g o ,   I L   6 0 6 0 7   U S A . 	 t g k 2 @ u i c . e d u 	 	 	 A g e n c y   f o r   H e a l t h c a r e   R e s e a r c h   a n d   Q u a l i t y   ( A H R Q )   [ U 1 9 H S 0 2 1 0 9 3 ] 	 T h i s   p r o j e c t   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t   U 1 9 H S 0 2 1 0 9 3   f r o m   t h e   A g e n c y   f o r   H e a l t h c a r e   R e s e a r c h   a n d   Q u a l i t y   ( A H R Q ) .   T h e   c o n t e n t   i s   s o l e l y   t h e   r e s p o n s i b i l i t y   o f   t h e   a u t h o r s   a n d   d o e s   n o t   n e c e s s a r i l y   r e p r e s e n t   t h e   o f f i c i a l   v i e w s   o f   A H R Q . 	 C h a p m a n   C R ,   2 0 1 2 ,   J   P A I N ,   V 1 3 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 7 ;   C h a p m a n   C R ,   2 0 1 1 ,   J   P A I N ,   V 1 2 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p a i n . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 0 5 ;   C h a p m a n   C R ,   2 0 1 2 ,   P A I N   R E S   T R E A T ,   V 2 0 1 2 ,   P 1 ;   C l a r k   W C ,   2 0 0 2 ,   P A I N ,   V 9 8 ,   P 2 4 1 ;   C l e e l a n d   C S ,   2 0 0 3 ,   C L I N   J   P A I N ,   V 1 9 ,   P 2 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 2 5 0 8 - 2 0 0 3 0 9 0 0 0 - 0 0 0 0 3 ;   C l e e l a n d   C S ,   1 9 9 6 ,   P A I N ,   V 6 7 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 4 - 3 9 5 9 ( 9 6 ) 0 3 1 3 1 - 4 ;   C L E V E L A N D   W S ,   1 9 7 9 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 7 4 ,   P 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 6 4 0 7 ;   d e   C   W i l l i a m s   A   C ,   2 0 0 0 ,   P a i n ,   V 8 5 ,   P 4 5 7 ;   D u n n   K M ,   2 0 1 1 ,   P A I N ,   V 1 5 2 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a i n . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 6 ;   E v e r i t t   B .   S . ,   1 9 9 3 ,   C L U S T E R   A N A L ;   G i b b o n s   R D ,   2 0 0 4 ,   N E U R O I M A G E ,   V 2 2 ,   P 8 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o i m a g e . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 0 3 ;   H a n n a   M N ,   2 0 1 2 ,   A M   J   M E D   Q U A L ,   V 2 7 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 6 2 8 6 0 6 1 1 4 2 7 7 6 9 ;   H a r t i g a n   J .   A . ,   1 9 7 9 ,   A p p l i e d   S t a t i s t i c s ,   V 2 8 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 3 4 6 8 3 0 ;   H e d e k e r   D R ,   2 0 0 6 ,   L O N G I T U D I N A L   D A T A   A N ;   I n s t i t u t e   f o r   C l i n i c a l   S y s t e m s   I m p r o v e m e n t ,   2 0 0 7 ,   H L T H   G U I D   A S S   M A N   A C ;   L A I R D   N M ,   1 9 8 2 ,   B I O M E T R I C S ,   V 3 8 ,   P 9 6 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 5 2 9 8 7 6 ;   L i n   R J ,   2 0 1 5 ,   A M   J   H O S P   P A L L I A T   M E ,   V 3 2 ,   P 5 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 4 9 9 0 9 1 1 4 5 3 0 4 9 1 ;   L i p p e   P M ,   2 0 1 0 ,   P A I N   M E D ,   V 1 1 ,   P 1 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 2 6 - 4 6 3 7 . 2 0 1 0 . 0 0 9 6 1 . x ;   M a c i n t y r e   P E ,   2 0 0 9 ,   A C U T E   P A I N   M A N A G E M E N T ,   P 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / C B O 9 7 8 0 5 1 1 5 7 6 7 0 6 . 0 1 6 ;   S E R L I N   R C ,   1 9 9 5 ,   P A I N ,   V 6 1 ,   P 2 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 0 4 - 3 9 5 9 ( 9 4 ) 0 0 1 7 8 - H ;   T e d o r e   T i f f a n y ,   2 0 1 5 ,   A n e s t h e s i o l   C l i n ,   V 3 3 ,   P 7 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a n c l i n . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 0 5 ;   T r e a t - J a c o b s o n   D ,   2 0 1 1 ,   N U R S   R E S ,   V 6 0 ,   p S 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / N N R . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 1 8 6 0 0 b ;   V i l a   H ,   2 0 0 5 ,   A N E S T H   A N A L G ,   V 1 0 1 ,   P 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 3 / 0 1 . A N E . 0 0 0 0 1 5 5 9 7 0 . 4 5 3 2 1 . A 8 ;   W o o   A a r o n ,   2 0 1 5 ,   A n n   P a l l i a t   M e d ,   V 4 ,   P 1 7 6 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 2 2 4 - 5 8 2 0 . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 4 ;   W r i g h t   A P ,   2 0 1 6 ,   J A M A   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 6 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a i n t e r n m e d . 2 0 1 5 . 5 9 4 6 	 2 5 	 1 	 1 	 0 	 0 	 L I P P I N C O T T   W I L L I A M S   &   W I L K I N S 	 P H I L A D E L P H I A 	 T W O   C O M M E R C E   S Q ,   2 0 0 1   M A R K E T   S T ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 3   U S A 	 0 3 0 4 - 3 9 5 9 	 1 8 7 2 - 6 6 2 3 	 	 P A I N 	 P a i n 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 5 7 	 1 2 	 	 	 	 	 2 7 3 9 	 2 7 4 6 	 	 1 0 . 1 0 9 7 / j . p a i n . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 9 3 	 	 8 	 A n e s t h e s i o l o g y ;   C l i n i c a l   N e u r o l o g y ;   N e u r o s c i e n c e s 	 A n e s t h e s i o l o g y ;   N e u r o s c i e n c e s   &   N e u r o l o g y 	 E C 9 Y Y 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 5 0 1 4 0 0 0 1 4 	 2 7 5 4 8 0 4 5 	 
 
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 M E T A A N A L Y S I S ;   A S S O C I A T I O N ;   M E T H Y L A T I O N 	 B a c k g r o u n d   &   a i m s :   S e v e r a l   f o o d   g r o u p s   o r   d i e t a r y   f a c t o r s   a n d   t h e   c e r v i c a l   m i c r o b i o t a   m a y   b e   i n v o l v e d   i n   c e r v i c a l   c a r c i n o g e n e s i s ,   b u t   t h e   e v i d e n c e   i s   n o t   c l e a r   y e t .   W e   a i m e d   t o   a s s e s s   t h e   a s s o c i a t i o n   b e t w e e n   d i e t a r y   p a t t e r n   a n d   c e r v i c a l   i n t r a e p i t h e l i a l   n e o p l a s i a   ( C I N )   a n d   t h e   c o m b i n e d   e f f e c t   o f   d i e t a r y   p a t t e r n   a n d   c e r v i c a l   m i c r o b i o m e   o n   t h e   r i s k   o f   C I N .   M e t h o d s :   T h e   c e r v i c a l   m i c r o b i o t a   a n d   d i e t   a s s e s s e d   b y   p y r o s e q u e n c i n g   a n d   a   f o o d - f r e q u e n c y   q u e s t i o n n a i r e ,  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 D e p t   O b s t e t   &   G y n e c o l ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a 	 K i m ,   M K   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   C a n c   C t r ,   T r a n s l a t   E p i d e m i o l   B r a n c h ,   D i v   C a n c   E p i d e m i o l   &   P r e v e n t ,   1 1 1   J u n g b a l s a n   R o ,   G o y a n g   S i   4 1 1 7 6 9 ,   G y e o n g g i   D o ,   S o u t h   K o r e a . 	 a l r u d @ n c c . r e . k r 	 	 	 N a t i o n a l   C a n c e r   C e n t e r   i n   S o u t h   K o r e a   [ 1 6 1 0 2 1 0 - 1 ] 	 T h e   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   g r a n t s   f r o m   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   C e n t e r   i n   S o u t h   K o r e a   ( 1 6 1 0 2 1 0 - 1 ) . 	 A l t h o f f   K N ,   2 0 0 2 ,   J   W O M E N S   H E A L T H ,   V 2 0 0 9 ,   P 1 3 4 1 ;   A m e s   B N ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 2 ,   P 6 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 8 8 6 ;   B u l t m a n   S J ,   2 0 1 4 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 5 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g t 3 9 2 ;   C h i h   H J ,   2 0 1 3 ,   N U T R   C A N C E R ,   V 6 5 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 3 5 5 8 1 . 2 0 1 3 . 7 5 7 6 3 0 ;   D i e t ,   2 0 0 3 ,   R E P   J O I N T   W H O   F A O   E X ;   D o l a r a   P ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   N U T R ,   V 5 1 ,   P 7 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 9 4 - 0 1 2 - 0 3 8 9 - 2 ;   E d g a r   R C ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 2 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 3 8 1 ;   F l a t l e y   J E ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 8 ,   P 2 7 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 9 - 0 4 9 3 ;   F o r d   E S ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 5 2 2 8 ;   G a d d u c c i   A ,   2 0 1 1 ,   G Y N E C O L   E N D O C R I N O L ,   V 2 7 ,   P 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 9 5 1 3 5 9 0 . 2 0 1 1 . 5 5 8 9 5 3 ;   G h o s h   C ,   2 0 0 8 ,   N U T R   C A N C E R ,   V 6 0 ,   P 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 3 5 5 8 0 7 0 1 8 6 1 7 6 9 ;   G i l l e t   E ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 5 2 0 1 ;   G i l l e t   E ,   2 0 1 1 ,   B M C   I N F E C T   D I S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 3 3 4 - 1 1 - 1 0 ;   G o n z a l e z   C A ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 9 ,   P 4 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 5 6 7 9 ;   K o r e a   H e a l t h   I n d u s t r y   D e v e l o p m e n t   I n s t i t u t e   M o H a W ,   2 0 0 0 ,   D E V   N U T R   D A T   R E C   P O R ;   H w a n g   J H ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 2 1 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 2 - 0 0 9 - 9 4 3 3 - 9 ;   J a c q u e s   P F ,   2 0 0 1 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 7 3 ,   P 1 ;   J a k o b s s o n   T ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   M I C R O B I O L ,   V 4 5 ,   P 3 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / J C M . 0 0 5 5 8 - 0 7 ;   K a n t   A K ,   2 0 0 0 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 7 2 ,   P 9 2 9 ;   K i m   J W ,   2 0 1 2 ,   J   I N T   M E D   R E S ,   V 4 0 ,   P 4 8 6 ;   K i m   J ,   2 0 1 0 ,   N U T R   C A N C E R ,   V 6 2 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 1 6 3 5 5 8 0 9 0 3 3 0 5 3 2 6 ;   K i m   J ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   G Y N E C O L   C A N C E R ,   V 2 2 ,   P 1 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / I G C . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 6 a a 5 f 9 ;   K i m   O S ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   S Y S T   E V O L   M I C R ,   V 6 2 ,   P 7 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 9 / i j s . 0 . 0 3 8 0 7 5 - 0 ;   K i n g   C C ,   2 0 1 1 ,   I N F E C T   D I S   O B S T E T   G Y ,   V 2 0 1 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 1 / 3 1 9 4 6 0 ;   K o r e a   H e a l t h   I n d u s t r y   D e v e l o p m e n t   I n s t i t u t e ,   2 0 0 3 ,   N U T R   D A T   M I N ;   K o r e a   H e a l t h   I n d u s t r y   D e v e l o p m e n t   I n s t i t u t e ,   2 0 0 2 ,   N U T R   D A T   V I T ;   L e e   J W ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ;   L i b b y   E K ,   2 0 0 8 ,   M I C R O B E S   I N F E C T ,   V 1 0 ,   P 4 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m i c i n f . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 4 ;   M a r c o n i   C ,   2 0 1 2 ,   J   L O W   G E N I T   T R A C T   D I ,   V 1 6 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / L G T . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 3 c 7 9 c 4 ;   M i m i c a   M ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   G Y N E C O L   C A N C E R ,   V 2 0 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / I G C . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 b c 8 d a 7 ;   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   a n d   W e l f a r e ,   2 0 1 1 ,   K O R   N A T   H L T H   N U T R   E X ;   O h   H ,   2 0 1 5 ,   C L I N   M I C R O B I O L   I N F E C ,   V 2 1 ,   P 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m i . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 2 6 ;   O h   H Y ,   2 0 1 5 ,   E P I D E M I O L   I N F E C T ,   V 1 4 3 ,   P 1 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 9 5 0 2 6 8 8 1 4 0 0 2 2 5 8 ;   O h   H Y ,   2 0 1 6 ,   J   E P I D E M I O L ,   V 2 6 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 2 1 8 8 / j e a . J E 2 0 1 5 0 0 4 7 ;   O h   H Y ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 8 0 8 8 ;   P i y a t h i l a k e   C J ,   2 0 0 7 ,   N U T R I T I O N ,   V 2 3 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n u t . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 0 2 ;   P i y a t h i l a k e   C J ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   P R E V   R E S ,   V 5 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 9 4 0 - 6 2 0 7 . C A P R - 1 1 - 0 3 8 7 ;   P i y a t h i l a k e   C J ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 4 ,   P 8 7 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 2 4 0 2 ;   R o t h m a n   K . ,   2 0 0 2 ,   E P I D E M I O L O G Y   I N T R O ;   R u r a l   D e v e l o p m e n t   A d m i n i s t r a t i o n ,   2 0 0 1 ,   F O O D   C O M P   T A B L ;   S c h i f f m a n   M ,   2 0 0 7 ,   L A N C E T ,   V 3 7 0 ,   P 8 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 7 ) 6 1 4 1 6 - 0 ;   S h a n n o n   J ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   C A U S E   C O N T R O L ,   V 1 3 ,   P 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 0 2 8 9 6 1 8 1 6 1 ;   S i e g e l   E M ,   2 0 1 0 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 1 1 8 ,   P 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 2 2 ;   T h o m a   M E ,   2 0 1 1 ,   J   N U T R ,   V 1 4 1 ,   P 1 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 1 1 . 1 4 0 5 4 1 ;   T o h i l l   B C ,   2 0 0 7 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 5 ,   P 1 3 2 7 ;   T o m i t a   L Y ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 6 ,   P 7 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 7 9 3 ;   T u r n e r   J R ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   I M M U N O L ,   V 9 ,   P 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r i 2 6 5 3 ;   Z h a n g   X L ,   2 0 1 2 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 1 2 4 ,   P 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 1 2 	 4 8 	 0 	 1 	 6 	 6 	 C H U R C H I L L   L I V I N G S T O N E 	 E D I N B U R G H 	 J O U R N A L   P R O D U C T I O N   D E P T ,   R O B E R T   S T E V E N S O N   H O U S E ,   1 - 3   B A X T E R S   P L A C E ,   L E I T H   W A L K ,   E D I N B U R G H   E H 1   3 A F ,   M I D L O T H I A N ,   S C O T L A N D 	 0 2 6 1 - 5 6 1 4 	 1 5 3 2 - 1 9 8 3 	 	 C L I N   N U T R 	 C l i n .   N u t r . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 3 5 	 6 	 	 	 	 	 1 4 3 4 	 1 4 4 1 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c l n u . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 1 9 	 	 8 	 N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 E C 3 U I 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 0 5 1 9 0 0 0 3 1 	 2 7 0 7 5 3 1 9 	 
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 S a l i n e n s t r   4 3 ,   D - 7 4 9 0 6   B a d   R a p p e n a u ,   G e r m a n y . 	 a n n e r o s e k e i l m a n n @ s t i m m h e i l z e n t r u m . d e 	 	 	 	 	 F r a n i c   D M ,   2 0 0 5 ,   J   V O I C E ,   V 1 9 ,   P 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j v o i c e . 2 0 0 4 . 0 3 . 0 0 3 ;   G u i m a r a e s   I ,   2 0 0 4 ,   J   V O I C E ,   V 1 8 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j v o i c e . 2 0 0 3 . 0 7 . 0 0 2 ;   H s i u n g   M W ,   2 0 0 3 ,   J   L A R Y N G O L   O T O L ,   V 1 1 7 ,   P 4 7 8 ;   J a c o b s o n   B H ,   1 9 9 7 ,   A M   J   S P E E C H - L A N G   P A T ,   V 6 ,   P 6 6 ;   M A N N   W ,   1 9 8 5 ,   H N O ,   V 3 3 ,   P 1 3 8 ;   M c M i l l a n   A S ,   2 0 0 5 ,   J   O R A L   R E H A B I L ,   V 3 2 ,   P 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 8 4 2 . 2 0 0 5 . 0 1 4 5 1 . x ;   N a w k a   T ,   2 0 0 3 ,   H N O ,   V 5 1 ,   P 9 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 0 6 - 0 0 3 - 0 9 0 9 - 8 ;   N i e b u d e k - B o g u s z   E ,   2 0 1 1 ,   F O L I A   P H O N I A T R   L O G O ,   V 6 3 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 2 4 2 1 4 ;   P r u s z e w i c z   A n t o n i ,   2 0 0 4 ,   O t o l a r y n g o l   P o l ,   V 5 8 ,   P 5 4 7 ;   R i n k e l   R N P M ,   2 0 1 5 ,   D Y S P H A G I A ,   V 3 0 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 5 5 - 0 1 4 - 9 5 9 5 - 9 ;   R i n k e l   R N ,   2 0 0 8 ,   H E A D   N E C K - J   S C I   S P E C ,   V 3 0 ,   P 8 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e d . 2 0 7 9 5 ;   R i n k e l   R N ,   2 0 1 6 ,   E U R   A R C H   O T O - R H I N O - L ,   V 2 7 3 ,   P 1 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 0 5 - 0 1 5 - 3 6 8 0 - z ;   R u b i n   D B ,   1 9 8 7 ,   M U L T I P L E   I M P U T A T I O N ;   S c h o n w e i l e r   R ,   1 9 9 6 ,   H N O ,   V 4 4 ,   P 6 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 0 6 0 0 5 0 0 6 9 ;   T a g u c h i   A ,   2 0 1 2 ,   J   V O I C E ,   V 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j v o i c e . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 5 ;   W o i s a r d   V ,   2 0 0 4 ,   R e v   L a r y n g o l   O t o l   R h i n o l   ( B o r d ) ,   V 1 2 5 ,   P 3 0 7 	 1 6 	 0 	 0 	 2 	 2 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 9 3 7 - 4 4 7 7 	 1 4 3 4 - 4 7 2 6 	 	 E U R   A R C H   O T O - R H I N O - L 	 E u r .   A r c h .   O t o - R h i n o - L a r y n . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 7 3 	 1 2 	 	 	 	 	 4 4 9 3 	 4 5 0 0 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 0 5 - 0 1 6 - 4 1 4 3 - x 	 	 8 	 O t o r h i n o l a r y n g o l o g y 	 O t o r h i n o l a r y n g o l o g y 	 E B 9 G G 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 7 0 0 4 0 0 0 5 5 	 2 7 3 1 7 5 6 3 	 
 
 J 	 U r d z i k ,   J ;   V i l d h e d e ,   A ;   W i s n i e w s k i ,   J R ;   D u r a j ,   F ;   H a g l u n d ,   U ;   A r t u r s s o n ,   P ;   N o r e n ,   A 	 	 	 	 U r d z i k ,   J o z e f ;   V i l d h e d e ,   A n n a ;   W i s n i e w s k i ,   J a c e k   R . ;   D u r a j ,   F r a n s ;   H a g l u n d ,   U l f ;   A r t u r s s o n ,   P e r ;   N o r e n ,   A g n e t a 	 	 	 G l o b a l   P r o t e o m e   C h a n g e s   i n   L i v e r   T i s s u e   6   W e e k s   a f t e r   F O L F O X   T r e a t m e n t   o f   C o l o r e c t a l   C a n c e r   L i v e r   M e t a s t a s e s 	 P R O T E O M E S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 o x a l i p l a t i n - b a s e d   c h e m o t h e r a p y ;   p r o t e i n   e x p r e s s i o n ;   l a b e l - f r e e   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y   m a s s   s p e c t r o m e t r y ;   D N A   r e p l i c a t i o n ;   m i n i c h r o m o s o m e   m a i n t e n a n c e   c o m p l e x ;   i n n a t e   i m m u n e   r e s p o n s e ;   r e c o v e r y   o f   l i v e r   i n j u r y 	 S I N U S O I D A L   O B S T R U C T I O N   S Y N D R O M E ;   S Y N D R O M E   V E N O O C C L U S I V E   D I S E A S E ;   C H E M O T H E R A P Y ;   O X A L I P L A T I N ;   I N J U R Y ;   S U R G E R Y ;   T R A N S C R I P T O M E ;   R E P L I C A T I O N ;   C O M P L E X ;   G R O W T H 	 ( 1 )   O x a l i p l a t i n - b a s e d   c h e m o t h e r a p y   f o r   c o l o r e c t a l   c a n c e r   l i v e r   m e t a s t a s i s   i s   a s s o c i a t e d   w i t h   s i n u s o i d a l   i n j u r y   o f   l i v e r   p a r e n c h y m a .   T h e   e f f e c t s   o f   o x a l i p l a t i n - i n d u c e d   l i v e r   i n j u r y   o n   t h e   p r o t e i n   l e v e l   r e m a i n   u n k n o w n .   ( 2 )   P r o t e i n   e x p r e s s i o n   i n   l i v e r   t i s s u e   w a s   a n a l y z e d - f r o m   e i g h t   p a t i e n t s  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 2 0 %   e r r o r   r a t e ,   b u t   r e l e v a n t   c h a n g e   w a s   o b s e r v e d   o n l y   i n   5 5   ( 0 . 9 % )   p r o t e i n s .   T h e   c l a s s i f y i n g   p r o t e i n s   w e r e   a s s o c i a t e d   w i t h   c h a n g e s   i n   D N A   r e p l i c a t i o n   ( p   <   0 . 0 5 )   t h r o u g h   u p r e g u l a t i o n   o f   t h e   m i n i c h r o m o s o m e   m a i n t e n a n c e   c o m p l e x   a n d   w i t h   t h e   i n n a t e   i m m u n e   r e s p o n s e   ( p   <   0 . 0 5 ) .   T h e   i m p o r t a n c e   o f   D N A   r e p l i c a t i o n   c h a n g e s   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   r e s u l t s   o f   W e l c h   t - t e s t   ( p   <   0 . 0 5 ) .   ( 4 )   S i x   w e e k s   a f t e r   F O L F O X   t r e a t m e n t ,   l e s s   t h a n   1 %   o f   i d e n t i f i e d   p r o t e i n s   s h o w e d   c h a n g e s   i n   e x p r e s s i o n   a s s o c i a t e d   w i t h   D N A   r e p l i c a t i o n ,   c e l l   c y c l e   e n t r y ,   a n d   i n n a t e   i m m u n e   r e s p o n s e .   W e   h y p o t h e s i z e   t h a t   t h e   c h a n g e s   r e m a i n   a f t e r   r e c o v e r y   f r o m   F O L F O X   t r e a t m e n t   i n j u r y . 	 [ U r d z i k ,   J o z e f ;   D u r a j ,   F r a n s ;   H a g l u n d ,   U l f ;   N o r e n ,   A g n e t a ]   U p p s a l a   U n i v ,   D e p t   S u r g   S c i ,   S E - 7 5 1 8 5   U p p s a l a ,   S w e d e n ;   [ V i l d h e d e ,   A n n a ;   A r t u r s s o n ,   P e r ]   U p p s a l a   U n i v ,   D e p t   P h a r m ,   S E - 7 5 2 3 7   U p p s a l a ,   S w e d e n ;   [ W i s n i e w s k i ,   J a c e k   R . ]   M a x   P l a n c k   I n s t   B i o c h e m ,   D e p t   P r o t e   &   S i g n a l   T r a n s d u c t ,   D - 8 2 1 5 2   M a r t i n s r i e d ,   G e r m a n y ;   [ V i l d h e d e ,   A n n a ]   P f i z e r   I n c ,   P h a r m a c o k i n e t   D y n a m   &   M e t a b ,   P f i z e r   G l o b a l   R e s   &   D e v ,   G r o t o n ,   C T   0 6 3 4 0   U S A 	 U r d z i k ,   J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U p p s a l a   U n i v ,   D e p t   S u r g   S c i ,   S E - 7 5 1 8 5   U p p s a l a ,   S w e d e n . 	 j o z e f . u r d z i k @ s u r g s c i . u u . s e ;   A n n a . V i l d h e d e @ p f i z e r . c o m ;   j w i s n i e w @ b i o c h e m . m p g . d e ;   f r a n s . d u r a j @ s u r g s c i . u u . s e ;   u l f . h a g l u n d @ a k a d e m i s k a . s e ;   p e r . a r t u r s s o n @ f a r m a c i . u u . s e ;   a g n e t a . n o r e n @ a k a d e m i s k a . s e 	 	 	 	 	 A d a m   R ,   2 0 0 4 ,   A N N   S U R G ,   V 2 4 0 ,   P 6 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . s l a . 0 0 0 0 1 4 1 1 9 8 . 9 2 1 1 4 . 1 6 ;   A g o s t i n i   J ,   2 0 1 2 ,   J   H E P A T O L ,   V 5 6 ,   P 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h e p . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 2 3 ;   A l e x a n d r e   J ,   2 0 0 6 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 8 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j j 0 4 9 ;   A l o i a   T ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 4 9 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 6 . 0 5 . 8 1 5 6 ;   B o c h m a n   M L ,   2 0 0 9 ,   M I C R O B I O L   M O L   B I O L   R ,   V 7 3 ,   P 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M M B R . 0 0 0 1 9 - 0 9 ;   C h o   Y . E . ,   2 0 1 2 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   P 1 1 ;   D e L e v e   L D ,   2 0 0 3 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 2 5 ,   P 8 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 6 - 5 0 8 5 ( 0 3 ) 0 1 0 5 6 - 4 ;   D e L e v e   L D ,   2 0 0 2 ,   S E M I N   L I V E R   D I S ,   V 2 2 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 2 0 0 2 - 2 3 2 0 4 ;   F a u s t o   N ,   2 0 0 3 ,   M E C H   D E V E L O P ,   V 1 2 0 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 5 - 4 7 7 3 ( 0 2 ) 0 0 3 3 8 - 6 ;   F e r n a n d e z   M ,   2 0 0 7 ,   H E P A T O L O G Y ,   V 4 6 ,   P 1 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 2 1 7 8 5 ;   F r e e m a n   A ,   2 0 0 3 ,   J   V I R A L   H E P A T I T I S ,   V 1 0 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 8 9 3 . 2 0 0 3 . 0 0 4 5 4 . x ;   K e l l a n d   L ,   2 0 0 7 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 7 ,   P 5 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 1 6 7 ;   K m i e c   Z ,   2 0 0 1 ,   A D V   A N A T   E M B R Y O L   C E L ,   V 1 6 1 ,   P 1 ;   L a u r e n t   A ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 5 ,   P 9 4 8 ;   L e h m a n n   K ,   2 0 1 2 ,   A N N   S U R G ,   V 2 5 5 ,   P 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / S L A . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 3 5 6 2 3 6 ;   L e u n g   K S Y ,   2 0 1 4 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 6 ,   P 2 2 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 3 - 7 5 4 2 - 5 ;   L u n d b e r g   E ,   2 0 1 0 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 1 0 . 1 0 6 ;   M i k a l a u s k a s   S ,   2 0 1 1 ,   A M I N O   A C I D S ,   V 4 0 ,   P 1 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 2 6 - 0 1 0 - 0 7 3 7 - 6 ;   N a g a r a j   N ,   2 0 1 1 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 1 1 . 8 1 ;   N o r d l i n g e r   B ,   2 0 0 8 ,   L A N C E T ,   V 3 7 1 ,   P 1 0 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 8 ) 6 0 4 5 5 - 9 ;   O v e r m a n   M J ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 2 5 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 7 . 5 7 0 1 ;   P i l g r i m   C H C ,   2 0 1 1 ,   H P B ,   V 1 3 ,   P 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 7 - 2 5 7 4 . 2 0 1 1 . 0 0 3 6 5 . x ;   R a p p s i l b e r   J ,   2 0 0 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 5 ,   P 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 2 6 1 1 7 i ;   R o b i n s o n   S M ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 9 ,   P 2 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 3 . 6 0 4 ;   R o b i n s o n   S M ,   2 0 1 3 ,   J   H E P A T O L ,   V 5 9 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h e p . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 1 4 ;   R o b i n s o n   S M ,   2 0 1 3 ,   H P B ,   V 1 5 ,   P 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / h p b . 1 2 0 1 0 ;   R u b b i a - B r a n d t   L ,   2 0 0 4 ,   A N N   O N C O L ,   V 1 5 ,   P 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d h 0 9 5 ;   R u b b i a - B r a n d t   L ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A N C E R   T H E R ,   V 1 0 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 5 - 7 1 6 3 . M C T - 1 0 - 1 0 7 2 ;   R u b b i a - B r a n d t   L ,   2 0 1 0 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 5 6 ,   P 4 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 2 0 1 0 . 0 3 5 1 1 . x ;   S i d d i k   Z H ,   2 0 0 3 ,   O N C O G E N E ,   V 2 2 ,   P 7 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 6 9 3 3 ;   T u s h e r   V G ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 5 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 0 6 2 4 9 8 ;   V a u t h e y   J N ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 2 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 5 . 3 0 7 4 ;   V i e t o r   N i c o l e   O ,   2 0 1 2 ,   J   O n c o l   P h a r m   P r a c t ,   V 1 8 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 7 8 1 5 5 2 1 2 4 3 7 9 0 1 ;   V i z c a i n o   J A ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 8 3 9 ;   V r e u l s   C P H ,   2 0 1 3 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 8 ,   P 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 2 . 5 9 0 ;   W a g a   S ,   1 9 9 8 ,   A N N U   R E V   B I O C H E M ,   V 6 7 ,   P 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . b i o c h e m . 6 7 . 1 . 7 2 1 ;   W a n e b o   H J ,   2 0 0 4 ,   A N N   S U R G ,   V 2 4 0 ,   P 6 5 7 ;   W i s n i e w s k i   J R ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 4 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 5 0 4 6 8 9 z ;   W i s n i e w s k i   J R ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 2 6 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 0 0 0 6 b ;   W i s n i e w s k i   J R ,   2 0 0 9 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 8 ,   P 5 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 9 0 0 7 4 8 n ;   W i s n i e w s k i   J R ,   2 0 0 9 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 6 ,   P 3 5 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 3 2 2 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 3 2 2 ] ;   Z e n g   H u i   H u i ,   1 9 9 5 ,   C e l l   B i o l o g y   I n t e r n a t i o n a l ,   V 1 9 ,   P 4 9 1 	 4 2 	 0 	 0 	 3 	 3 	 M D P I   A G 	 B A S E L 	 S T   A L B A N - A N L A G E   6 6 ,   C H - 4 0 5 2   B A S E L ,   S W I T Z E R L A N D 	 2 2 2 7 - 7 3 8 2 	 	 	 P R O T E O M E S 	 P r o t e o m e s 	 D E C 	 2 0 1 6 	 4 	 4 	 	 	 	 	 	 	 3 0 	 1 0 . 3 3 9 0 / p r o t e o m e s 4 0 4 0 0 3 0 	 	 1 2 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 E C 4 M K 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 1 0 5 2 0 0 0 0 2 	 	 
 
 J 	 F a n ,   M ;   Y u ,   Q B ;   W a n g ,   X J ;   Z h e n g ,   Z G ;   X u ,   S H ;   C h e n ,   Z H ;   L i ,   L H 	 	 	 	 F a n ,   M i n g ;   Y u ,   Q i n g b a n g ;   W a n g ,   X i a o j i a ;   Z h e n g ,   Z h i g u o ;   X u ,   S h e n h u a ;   C h e n ,   Z h a n h o n g ;   L i ,   L i h u a 	 	 	 I d e n t i f i c a t i o n   o f   S u r f a c e - E n h a n c e d   L a s e r   D e s o r p t i o n / I o n i z a t i o n   T i m e - O f - F l i g h t   M a s s   S p e c t r o m e t r y   a s   P r e d i c t o r s   o f   P r o g n o s i s   i n   T r i p l e   N e g a t i v e   B r e a s t   C a n c e r 	 J O U R N A L   O F   N A N O S C I E N C E   A N D   N A N O T E C H N O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M a s s   S p e c t r o m e t r y ;   S E L D I - T O F ;   T r i p l e   N e g a t i v e   B r e a s t   C a n c e r ;   P r o g n o s i s   F a c t o r 	 S E L D I - T O F   M S ;   S E R U M   B I O M A R K E R S ;   S U B T Y P E S ;   S U R V I V A L ;   T H E R A P Y ;   M A R K E R S 	 T r i p l e - n e g a t i v e   b r e a s t   c a n c e r   ( T N B C )   i s   c h a r a c t e r i z e d   b y   l a c k   o f   e s t r o g e n   r e c e p t o r   ( E R ) ,   p r o g e s t e r o n e   r e c e p t o r   ( P R ) ,   a n d   h u m a n   e p i d e r m a l   g r o w t h   f a c t o r   r e c e p t o r   2   ( H E R 2 )   e x p r e s s i o n s .   P r o g n o s i s   o f   T N B C   i s   p o o r   d u e   t o   r e c u r r e n c e   a n d   c a n c e r   d e a t h   e v e n   w i t h   c o m p l e t e   t u m o r   r e s e c t i o n ,   a n d   i t   r e m a i n s   u n c l e a r   w h i c h   b i o m a r k e r s   a r e   c l i n i c a l l y   u s e f u l   f o r   p r e d i c t i o n   o f   r e c u r r e n c e .   T h e   a i m   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t h e r e f o r e   t o   i d e n t i f y   b i o m a r k e r s   f o r   p r o g n o s i s   o f   T N B C   b y   u s i n g   s u r f a c e - e n h a n c e d   l a s e r   d e s o r p t i o n / i o n i z a t i o n   t i m e - o f - f l i g h t   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( S E L D I - T O F - M S ) .   5 1   c a s e s   o f   T N B C   w e r e   c o l l e c t e d ,   i n c l u d i n g   1 7   p a t i e n t s   w i t h   r e c u r r e n c e   o r   d e a t h   a n d   3 4   p a t i e n t s   w i t h   n o n - r e c u r r e n c e .   F a c t o r s   t h a t   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   a s s o c i a t e d   ( P   <   0 . 0 5 )   w i t h   T N B N   p r o g n o s i s   a f t e r   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s   i n c l u d e d   t u m o r   s i z e ,   m e n o p a u s a l   s t a t u s   a n d   l y m p h   n o d e   m e t a s t a s i s .   S e v e n   s t a t i s t i c a l   s i g n i f i c a n t   p e a k s   w e r e   f o u n d   a f t e r   p r o t e i n   m a s s   s p e c t r o m e t r y ,   w i t h   c o r r e c t e d   P   <   0 . 0 5 .   T h e   f e a t u r e s   w e r e   s e l e c t e d   t o   p r e d i c t   t h e   p a t i e n t ' s   o u t c o m e   u s i n g   S u p p o r t   V e c t o r   M a c h i n e   ( S V M )   c l a s s i f i e r .   W h e n   a l l   t h e   p e a k s   w e r e   c o m b i n e d   t o   c l a s s i f y   t h e   t w o   g r o u p s ,   w e   o b t a i n e d   h i g h   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y ,   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y ,   w h i c h   w e r e   9 0 . 2 % ,   8 2 . 3 5 %   a n d   9 4 . 1 2 % ,   r e s p e c t i v e l y .   T h e   r e s u l t s   i n d i c a t e d   t h a t   t h e   i d e n t i f i e d   p r o t e i n   p e a k s   a r e   p o t e n t i a l   b i o m a r k e r s   f o r   p r e d i c t i n g   t h e   p r o g n o s i s   o f   T N B C   p a t i e n t s . 	 [ F a n ,   M i n g ;   Y u ,   Q i n g b a n g ;   L i ,   L i h u a ]   H a n g z h o u   D i a n z i   U n i v ,   I n s t   B i o m e d   E n g n   &   I n s t r u m e n t a t ,   H a n g z h o u   3 1 0 0 1 8 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   X i a o j i a ;   Z h e n g ,   Z h i g u o ;   X u ,   S h e n h u a ;   C h e n ,   Z h a n h o n g ]   Z h e j i a n g   C a n c   I n s t ,   H a n g z h o u   3 1 0 0 2 2 ,   Z h e j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   L i h u a ]   S h e n z h e n   U n i v ,   I n s t   I n f o r m a t   E n g n ,   S h e n z h e n   5 1 8 0 6 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i ,   L H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H a n g z h o u   D i a n z i   U n i v ,   I n s t   B i o m e d   E n g n   &   I n s t r u m e n t a t ,   H a n g z h o u   3 1 0 0 1 8 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   L i ,   L H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S h e n z h e n   U n i v ,   I n s t   I n f o r m a t   E n g n ,   S h e n z h e n   5 1 8 0 6 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 2 7 1 0 6 3 ,   6 1 4 0 1 1 3 1 ] ;   N a t i o n a l   B a s i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( 9 7 3   P r o g r a m )   [ 2 0 1 3 C B 3 2 9 5 0 2 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   Z h e j i a n g   P r o v i n c e   o f   C h i n a   [ L Z 1 5 F 0 1 0 0 0 1 ,   L Q 1 4 F 0 1 0 0 1 1 ] 	 W e   a c k n o w l e d g e   t h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t s   o f   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 6 1 2 7 1 0 6 3 ) ,   N a t i o n a l   B a s i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( 9 7 3   P r o g r a m )   ( 2 0 1 3 C B 3 2 9 5 0 2 ) ,   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   Z h e j i a n g   P r o v i n c e   o f   C h i n a   ( L Z 1 5 F 0 1 0 0 0 1 ,   L Q 1 4 F 0 1 0 0 1 1 )   a n d   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 6 1 4 0 1 1 3 1 ) . 	 B a k r y   R ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 9 0 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 4 4 ;   B a u e r   K R ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R ,   V 1 0 9 ,   P 1 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 2 6 1 8 ;   B o h m   D ,   2 0 1 1 ,   O N C O L   R E P ,   V 2 6 ,   P 1 0 5 1 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 1 . 1 4 2 0 ;   C a r e y   L A ,   2 0 0 6 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 9 5 ,   P 2 4 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 9 5 . 2 1 . 2 4 9 2 ;   C h e n   Z ,   2 0 1 5 ,   C L I N   T R A N S L   O N C O L ,   V 1 7 ,   P 4 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 9 4 - 0 1 4 - 1 2 6 4 - 9 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   F o u l k e s   W D ,   2 0 1 0 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 3 ,   P 1 9 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M r a 1 0 0 1 3 8 9 ;   G a s t   M C W ,   2 0 1 1 ,   J   C A N C E R   R E S   C L I N ,   V 1 3 7 ,   P 1 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 3 2 - 0 1 1 - 1 0 5 5 - 4 ;   G a s t   M C W ,   2 0 0 9 ,   O N C O L   R E P ,   V 2 2 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r _ 0 0 0 0 0 4 2 6 ;   G o l d h i r s c h   A ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 3 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 3 . 0 4 . 5 7 6 ;   H u   Z Y ,   2 0 0 6 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 7 - 9 6 ;   H u g h   J ,   2 0 0 9 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 1 1 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 8 . 1 8 . 1 0 2 4 ;   H U T C H E N S   T W ,   1 9 9 3 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 7 ,   P 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 1 2 9 0 0 7 0 7 0 3 ;   K w a n   M L ,   2 0 0 9 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 2 2 6 1 ;   L e i   L ,   2 0 1 1 ,   A N A T   R E C ,   V 2 9 4 ,   P 9 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a r . 2 1 3 9 9 ;   L i   J N ,   2 0 0 2 ,   C L I N   C H E M ,   V 4 8 ,   P 1 2 9 6 ;   L i e d t k e   C ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 1 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 7 . 1 4 . 4 1 4 7 ;   L i u   C B ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   B I O T E C H N O L ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 1 / 2 4 5 8 2 1 ;   O p s t a l - v a n   W i n d e n   A n n e m i e k e   W   J ,   2 0 1 2 ,   B r e a s t   C a n c e r   R e s   T r e a t ,   V 1 3 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 1 - 1 9 0 7 - 2 ;   O s a k o   T ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 6 ;   P e r o u   C M ,   2 0 1 1 ,   O N C O L O G I S T ,   V 1 6 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 2 0 1 1 - S 1 - 6 1 ;   R a k h a   E A ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 0 9 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 2 3 8 1 ;   S a a d e h   Y ,   2 0 1 4 ,   J   N A N O S C I   N A N O T E C H N O ,   V 1 4 ,   P 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j n n . 2 0 1 4 . 8 7 5 5 ;   S a l a m i   S . ,   A S I A N   P A C   J   C A N C   P R E ,   V 1 2 ,   P 7 1 9 ;   S e i b e r t   V o l k e r ,   2 0 0 5 ,   B r i e f i n g s   i n   F u n c t i o n a l   G e n o m i c s   &   P r o t e o m i c s ,   V 4 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b f g p / 4 . 1 . 1 6 ;   S h a r m a   S ,   2 0 1 5 ,   S U R G   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 2 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s u r o n c . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 7 ;   S i e g e l   R L ,   2 0 1 5 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 5 4 ;   S o r l i e   T ,   2 0 0 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 0 ,   P 8 4 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 3 2 6 9 2 1 0 0 ;   V a p n i k   V .   N . ,   1 9 9 8 ,   S T A T   L E A R N I N G   T H E O R Y ,   V 1 ;   V y a s   D ,   2 0 1 5 ,   J   N A N O S C I   N A N O T E C H N O ,   V 1 5 ,   P 6 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j n n . 2 0 1 5 . 1 0 8 3 4 ;   W a n g   L ,   2 0 1 1 ,   A N A T   R E C ,   V 2 9 4 ,   P 1 8 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a r . 2 1 4 5 5 ;   Z h a n g   K ,   2 0 1 2 ,   A P P L   B I O C H E M   B I O T E C H ,   V 1 6 6 ,   P 7 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 0 - 0 1 1 - 9 4 6 4 - z ;   Z h o u   X ,   2 0 1 0 ,   C H I N E S E   J   C A N C E R   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 6 7 0 - 0 1 0 - 0 0 1 7 - 8 	 3 3 	 0 	 0 	 5 	 5 	 A M E R   S C I E N T I F I C   P U B L I S H E R S 	 V A L E N C I A 	 2 6 6 5 0   T H E   O L D   R D ,   S T E   2 0 8 ,   V A L E N C I A ,   C A   9 1 3 8 1 - 0 7 5 1   U S A 	 1 5 3 3 - 4 8 8 0 	 1 5 3 3 - 4 8 9 9 	 	 J   N A N O S C I   N A N O T E C H N O 	 J .   N a n o s c i .   N a n o t e c h n o l . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 6 	 1 2 	 	 	 	 	 1 2 4 8 3 	 1 2 4 8 8 	 	 1 0 . 1 1 6 6 / j n n . 2 0 1 6 . 1 2 9 8 4 	 	 6 	 C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y ;   N a n o s c i e n c e   &   N a n o t e c h n o l o g y ;   M a t e r i a l s   S c i e n c e ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y ;   P h y s i c s ,   A p p l i e d ;   P h y s i c s ,   C o n d e n s e d   M a t t e r 	 C h e m i s t r y ;   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s ;   M a t e r i a l s   S c i e n c e ;   P h y s i c s 	 E B 3 P Y 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 2 7 9 1 0 0 0 5 6 	 	 
 
 J 	 S a n t i a g o - R i v a s ,   M ;   S c h n u r ,   J B ;   J a n d o r f ,   L 	 	 	 	 S a n t i a g o - R i v a s ,   M a r i m e r ;   S c h n u r ,   J u l i e   B . ;   J a n d o r f ,   L i n a 	 	 	 S u n   P r o t e c t i o n   B e l i e f   C l u s t e r s :   A n a l y s i s   o f   A m a z o n   M e c h a n i c a l   T u r k   D a t a 	 J O U R N A L   O F   C A N C E R   E D U C A T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H e a l t h   b e l i e f s ;   I n t e r n e t ;   S k i n   c a n c e r   p r e v e n t i o n ;   H e a l t h   b e h a v i o r s 	 S K I N ;   P R E V E N T I O N ;   B E H A V I O R S ;   T R I A L 	 T h i s   s t u d y   a i m e d   ( i )   t o   d e t e r m i n e   w h e t h e r   p e o p l e   c o u l d   b e   d i f f e r e n t i a t e d   o n   t h e   b a s i s   o f   t h e i r   s u n   p r o t e c t i o n   b e l i e f   p r o f i l e s   a n d   i n d i v i d u a l   c h a r a c t e r i s t i c s   a n d   ( i i )   e x p l o r e   t h e   u s e   o f   a   c r o w d s o u r c i n g   w e b   s e r v i c e   f o r   t h e   a s s e s s m e n t   o f   s u n   p r o t e c t i o n   b e l i e f s .   A   s a m p l e   o f   5 0 0   a d u l t s   c o m p l e t e d   a n   o n l i n e   s u r v e y   o f   s u n   p r o t e c t i o n   b e l i e f   i t e m s   u s i n g   A m a z o n   M e c h a n i c a l   T u r k .   A   t w o - p h a s e d   c l u s t e r   a n a l y s i s   ( i . e . ,   h i e r a r c h i c a l   a n d   n o n - h i e r a r c h i c a l   K - m e a n s )   w a s   u t i l i z e d   t o   d e t e r m i n e   c l u s t e r s   o f   s u n   p r o t e c t i o n   b a r r i e r s   a n d   f a c i l i t a t o r s .   R e s u l t s   y i e l d e d   t h r e e   d i s t i n c t   c l u s t e r s   o f   s u n   p r o t e c t i o n   b a r r i e r s   a n d   t h r e e   d i s t i n c t   c l u s t e r s   o f   s u n   p r o t e c t i o n   f a c i l i t a t o r s .   S i g n i f i c a n t   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   g e n d e r ,   a g e ,   s u n   s e n s i t i v i t y ,   a n d   c l u s t e r   m e m b e r s h i p   w e r e   i d e n t i f i e d .   R e s u l t s   a l s o   s h o w e d   a n   a s s o c i a t i o n   b e t w e e n   b a r r i e r   a n d   f a c i l i t a t o r   c l u s t e r   m e m b e r s h i p .   T h e   r e s u l t s   o f   t h i s   s t u d y   p r o v i d e d   a   p o t e n t i a l   a l t e r n a t i v e   a p p r o a c h   t o   d e v e l o p i n g   f u t u r e   s u n   p r o t e c t i o n   p r o m o t i o n   i n i t i a t i v e s   i n   t h e   p o p u l a t i o n .   F i n d i n g s   a d d   t o   o u r   k n o w l e d g e   r e g a r d i n g   i n d i v i d u a l s   w h o   s u p p o r t ,   o p p o s e ,   o r   a r e   a m b i v a l e n t   t o w a r d   s u n   p r o t e c t i o n   a n d   i n f o r m   i n t e r v e n t i o n   r e s e a r c h   b y   i d e n t i f y i n g   d i s t i n c t   s u b t y p e s   t h a t   m a y   b e s t   b e n e f i t   f r o m   ( o r   h a v e   a   h i g h e r   n e e d   f o r )   s k i n   c a n c e r   p r e v e n t i o n   e f f o r t s . 	 [ S a n t i a g o - R i v a s ,   M a r i m e r ;   S c h n u r ,   J u l i e   B . ;   J a n d o r f ,   L i n a ]   I c a h n   S c h   M e d   M t   S i n a i ,   D e p t   O n c o l   S c i ,   I n s t   M e d ,   1 4 2 5   M a d i s o n   A v e , S u i t e   3 - 5 0 , O n e   G u s t a v e   L   L e v y   P l ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 9   U S A 	 S a n t i a g o - R i v a s ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I c a h n   S c h   M e d   M t   S i n a i ,   D e p t   O n c o l   S c i ,   I n s t   M e d ,   1 4 2 5   M a d i s o n   A v e , S u i t e   3 - 5 0 , O n e   G u s t a v e   L   L e v y   P l ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 9   U S A . 	 m a r i m e r . s a n t i a g o - r i v a s @ m s s m . e d u 	 	 S a n t i a g o - R i v a s ,   M a r i m e r / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 3 0 4 9 - 0 8 8 6 	 D e p a r t m e n t   o f   O n c o l o g i c a l   S c i e n c e s ,   I c a h n   S c h o o l   o f   M e d i c i n e   a t   M o u n t   S i n a i   ( N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   a t   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h )   [ R 2 5 - C A 0 8 1 1 3 7 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   g r a n t   r e c e i v e d   b y   t h e   D e p a r t m e n t   o f   O n c o l o g i c a l   S c i e n c e s ,   I c a h n   S c h o o l   o f   M e d i c i n e   a t   M o u n t   S i n a i   ( N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   a t   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   R 2 5 - C A 0 8 1 1 3 7 ) . 	 A h m e d   N U ,   2 0 1 2 ,   W O M E N   H E A L T H   I S S ,   V 2 2 ,   p E 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . w h i . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 1 ;   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 5 ,   C A N C   F A C T S   F I G   2 0 1 5 ;   A m a z o n   W e b   S e r v i c e s ,   2 0 1 4 ,   A M   M E C H   T U R K   R E Q   U I ;   B a b b i n   S F ,   2 0 1 5 ,   A D D I C T   B E H A V ,   V 4 0 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d b e h . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 1 ;   B o w e n   D J ,   2 0 1 5 ,   J   C A N C E R   S U R V I V ,   V 9 ,   P 2 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 7 6 4 - 0 1 4 - 0 4 1 2 - 0 ;   C a r t e r   R R ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 5 5 0 8 ;   C l a t w o r t h y   J ,   2 0 0 5 ,   B R I T   J   H E A L T H   P S Y C H ,   V 1 0 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 4 8 / 1 3 5 9 1 0 7 0 5 X 2 5 6 9 7 ;   C o u p s   E J ,   2 0 0 8 ,   A M   J   P R E V   M E D ,   V 3 4 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m e p r e . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 3 2 ;   d e   T r o y a - M a r t i n   M ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   D E R M A T O L ,   V 5 3 ,   p E 5 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / i j d . 1 2 3 8 9 ;   D u d l e y   D A ,   2 0 1 5 ,   B M C   P U B L I C   H E A L T H ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 9 - 0 1 5 - 1 3 7 1 - 8 ;   F I T Z P A T R I C K   T B ,   1 9 8 8 ,   A R C H   D E R M A T O L ,   V 1 2 4 ,   P 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / a r c h d e r m . 1 2 4 . 6 . 8 6 9 ;   G a r d n e r   R M ,   2 0 1 2 ,   B O D Y   I M A G E ,   V 9 ,   P 5 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b o d y i m . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 0 6 ;   G l a n z   K ,   2 0 1 5 ,   A M   J   P U B L I C   H E A L T H ,   V 1 0 5 ,   P 1 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 0 5 / A J P H . 2 0 1 4 . 3 0 2 2 2 4 ;   G l a n z   K ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 2 4 ,   P 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 1 4 - 0 9 2 6 ;   H a r b e r   P ,   2 0 1 5 ,   J   O C C U P   E N V I R O N   M E D ,   V 5 7 ,   P 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J O M . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 6 0 ;   H u a n g   C Y ,   2 0 1 3 ,   P H O T O D E R M A T O L   P H O T O ,   V 2 9 ,   P 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / p h p p . 1 2 0 6 5 ;   K e a r n e y   G D ,   2 0 1 4 ,   J   A G R O M E D I C I N E ,   V 1 9 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 5 9 9 2 4 X . 2 0 1 3 . 8 5 5 6 9 1 ;   K i e f n e r - B u r m e i s t e r   A E ,   2 0 1 4 ,   A P P E T I T E ,   V 7 4 ,   P 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a p p e t . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 1 1 ;   M a n n e   S ,   2 0 1 0 ,   H E A L T H   P S Y C H O L ,   V 2 9 ,   P 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / a 0 0 2 1 3 8 7 ;   N a h a r   V K ,   2 0 1 4 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P R E V ,   V 1 9 ,   P 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 1 9 9 - 0 1 4 - 0 4 1 2 - 8 ;   N a h a r   V K ,   2 0 1 3 ,   J   S K I N   C A N C ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 4 5 3 1 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 4 5 3 1 7 4 ] ;   R a n d   D G ,   2 0 1 2 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 9 9 ,   P 1 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 4 ;   R e i d y   D E ,   2 0 1 6 ,   A R C H   S E X   B E H A V ,   V 4 5 ,   P 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 0 8 - 0 1 4 - 0 4 1 3 - 0 ;   R o b i n s o n   J K ,   2 0 1 4 ,   A M   J   T R A N S P L A N T ,   V 1 4 ,   P 2 8 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / a j t . 1 2 9 3 2 ;   S a n t i a g o - R i v a s   M ,   2 0 1 3 ,   P S Y C H O L   H E A L T H   M E D ,   V 1 8 ,   P 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 3 5 4 8 5 0 6 . 2 0 1 2 . 7 4 8 2 0 6 ;   S a n t i a g o - R i v a s   M a r i m e r ,   2 0 1 4 ,   J   S K I N   C A N C ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 1 6 1 9 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 1 6 1 9 6 0 ] ;   S A S   I n s t i t u t e   I n c ,   2 0 0 8 ,   S A S   S T A T   9   2   U S   G U I D ;   U S   D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h   a n d   H u m a n   S e r v i c e s ,   2 0 1 4 ,   S U R G   G E N   C A L L   A C T   P R 	 2 8 	 0 	 0 	 4 	 4 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 8 8 5 - 8 1 9 5 	 1 5 4 3 - 0 1 5 4 	 	 J   C A N C E R   E D U C 	 J .   C a n c e r   E d u c . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 3 1 	 4 	 	 	 	 	 6 7 3 	 6 7 8 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 1 8 7 - 0 1 5 - 0 8 8 2 - 4 	 	 6 	 O n c o l o g y ;   E d u c a t i o n ,   S c i e n t i f i c   D i s c i p l i n e s ;   P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h 	 O n c o l o g y ;   E d u c a t i o n   &   E d u c a t i o n a l   R e s e a r c h ;   P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h 	 E A 5 O A 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 6 6 9 2 0 0 0 1 1 	 2 6 1 9 4 7 7 7 	 
 
 J 	 R a g h a v e n d r a ,   U ;   A c h a r y a ,   U R ;   N g ,   E Y K ;   T a n ,   J H ;   G u d i g a r ,   A 	 	 	 	 R a g h a v e n d r a ,   U . ;   A c h a r y a ,   U .   R a j e n d r a ;   N g ,   E .   Y .   K . ;   T a n ,   J e n - H o n g ;   G u d i g a r ,   A n j a n 	 	 	 A n   i n t e g r a t e d   i n d e x   f o r   b r e a s t   c a n c e r   i d e n t i f i c a t i o n   u s i n g   h i s t o g r a m   o f   o r i e n t e d   g r a d i e n t   a n d   k e r n e l   l o c a l i t y   p r e s e r v i n g   p r o j e c t i o n   f e a t u r e s   e x t r a c t e d   f r o m   t h e r m o g r a m s 	 Q U A N T I T A T I V E   I N F R A R E D   T H E R M O G R A P H Y   J O U R N A L 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B r e a s t   c a n c e r ;   C A D ;   c l a s s i f i c a t i o n ;   f e a t u r e s ;   H O G ;   t h e r m o g r a p h y 	 T E X T U R E   F E A T U R E S ;   A S Y M M E T R Y   A N A L Y S I S ;   I N F R A R E D   T H E R M O G R A P H Y ;   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   D I A G N O S I S ;   I M A G E S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   N E T W O R K S ;   S T R A T E G Y ;   S Y S T E M 	 B r e a s t   c a n c e r   i s   o n e   o f   t h e   p r i m e   c a u s e s   o f   d e a t h   i n   w o m e n   w o r l d w i d e .   T h e r m o g r a p h y   h a s   s h o w n   a   g r e a t   p o t e n t i a l   i n   s c r e e n i n g   t h e   b r e a s t   c a n c e r   a n d   o v e r c o m e s   t h e   l i m i t a t i o n s   o f   m a m m o g r a p h y .   M o r e o v e r ,   i n t e r p r e t a t i o n s   o f   t h e r m o g r a m   i m a g e s   a r e   d e p e n d e n t   o n   t h e   s p e c i a l i s t s ,   w h i c h   m a y   l e a d   t o   e r r o r s   a n d   u n e v e n   r e s u l t s .   P r e l i m i n a r y   s c r e e n i n g   m e t h o d   s h o u l d   d e t e c t   t h e   h a z a r d o u s ,   d e s t r u c t i v e   t u m o u r s   e f f e c t i v e l y   t o   i m p r o v e   t h e   a c c u r a c y .   T h e   g r o w t h   o f   m a l i g n a n t   t u m o u r   c a n   i n c r e a s e   t h e   i n t e r n a l   t e m p e r a t u r e   w h i c h   c a n   b e   c a p t u r e d   b y   t h e r m o g r a m s .   T h u s   i n   t h i s   w o r k ,   l o c a l l y   n o r m a l i s e d   h i s t o g r a m   o f   o r i e n t e d   g r a d i e n t s   ( H O G )   b a s e d   p r e l i m i n a r y   s c r e e n i n g   c o m p u t e r   a i d e d   d i a g n o s i s   t o o l   i s   p r o p o s e d .   H O G   i s   a b l e   t o   r e c o r d   t h e   m i n u t e   i n t e r n a l   v a r i a t i o n s   i n   t h e r m o g r a m s .   I n   o r d e r   t o   r e d u c e   t h e   d i m e n s i o n s   o f   e x t r a c t e d   H O G   d e s c r i p t o r s   k e r n e l   l o c a l i t y   p r e s e r v i n g   p r o j e c t i o n   ( K L P P )   i s   u s e d .   T h e   r e s u l t i n g   K L P P   f e a t u r e s   a r e   t h e n   r a n k e d   t o   f o r m   a n   e f f i c i e n t   c l a s s i f i c a t i o n   m o d e l .   V a r i o u s   m a c h i n e   l e a r n i n g   a l g o r i t h m s   a r e   u s e d   t o   v a l i d a t e   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d .   O u r   m e t h o d   s h o w s   a   p r o m i s i n g   p e r f o r m a n c e   w i t h   a n   a v e r a g e   a c c u r a c y ,   s e n s i t i v i t y ,   s p e c i f i c i t y   a n d   a r e a   u n d e r   c u r v e   o f   9 8 % ,   9 6 . 6 6 % , 1 0 0 %   a n d   0 . 9 8   r e s p e c t i v e l y .   W e   h a v e   a l s o   d e v e l o p e d   a   b r e a s t   c a n c e r   r i s k   i n d e x   ( B C R I )   u s i n g   s i g n i f i c a n t   K L P P   f e a t u r e s   w h i c h   c a n   d i s c r i m i n a t e   t h e   t w o   c l a s s e s   u s i n g   a   s i n g l e   i n t e g r a t e d   i n d e x .   T h i s   c a n   h e l p   t h e   r a d i o l o g i s t s   t o   d i s c r i m i n a t e   t h e   n o r m a l   a n d   m a l i g n a n t   c l a s s e s   d u r i n g   s c r e e n i n g   t o   v a l i d a t e   t h e i r   f i n d i n g s . 	 [ R a g h a v e n d r a ,   U . ;   G u d i g a r ,   A n j a n ]   M a n i p a l   U n i v ,   M a n i p a l   I n s t   T e c h n o l ,   D e p t   I n s t r u m e n t a t   &   C o n t r o l   E n g n ,   M a n i p a l ,   I n d i a ;   [ A c h a r y a ,   U .   R a j e n d r a ;   T a n ,   J e n - H o n g ]   N g e e   A n n   P o l y t e c h ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   S i n g a p o r e ,   S i n g a p o r e ;   [ A c h a r y a ,   U .   R a j e n d r a ]   S I M   U n i v ,   S c h   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   S i n g a p o r e ,   S i n g a p o r e ;   [ A c h a r y a ,   U .   R a j e n d r a ]   U n i v   M a l a y a ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   F a c   E n g n ,   K u a l a   L u m p u r ,   M a l a y s i a ;   [ N g ,   E .   Y .   K . ]   N a n y a n g   T e c h n o l   U n i v ,   S c h   M e c h   &   A e r o s p   E n g n ,   C o l l   E n g n ,   S i n g a p o r e ,   S i n g a p o r e 	 A c h a r y a ,   U R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N g e e   A n n   P o l y t e c h ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   S i n g a p o r e ,   S i n g a p o r e . ;   A c h a r y a ,   U R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S I M   U n i v ,   S c h   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   S i n g a p o r e ,   S i n g a p o r e . ;   A c h a r y a ,   U R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M a l a y a ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   F a c   E n g n ,   K u a l a   L u m p u r ,   M a l a y s i a . 	 a r u @ n p . e d u . s g 	 N g ,   Y i n   K w e e ,   E d d i e / A - 1 3 7 5 - 2 0 1 1 	 N g ,   Y i n   K w e e ,   E d d i e / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 5 7 0 1 - 1 0 8 0 ;   G u d i g a r ,   A n j a n / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 5 6 3 4 - 9 1 0 3 	 	 	 A c h a r y a   R U ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 1 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 0 - 9 6 4 5 - 2 ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T ,   V 3 1 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 8 - 0 3 9 4 . 2 0 1 2 . 0 0 6 5 4 . x ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M E T H O D   B I O M E C ,   V 1 6 ,   P 2 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 2 5 5 8 4 2 . 2 0 1 1 . 6 1 6 9 4 5 ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 2 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 8 ,   P 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 5 ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 1 5 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 0 - 9 6 1 1 - z ;   A c h a r y a   U R ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 2 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 1 - 9 6 6 3 - 8 ;   A g r a w a l   M ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   T H E R M   S C I ,   V 9 8 ,   P 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j t h e r m a l s c i . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 0 ;   A l i   M A S ,   2 0 1 5 ,   A C S I S - A N N   C O M P U T   S C I ,   V 5 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 4 3 9 / 2 0 1 5 F 3 1 8 ;   A r a u j o   M C ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 1 ,   P 6 7 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 2 7 ;   A r o r a   N ,   2 0 0 8 ,   A M   J   S U R G ,   V 1 9 6 ,   P 5 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m j s u r g . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 1 5 ;   B e z e r r a   L A ,   2 0 1 3 ,   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 9 3 ,   P 2 8 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s i g p r o . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 0 2 ;   B o q u e t e   L ,   2 0 1 2 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 6 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 0 - 9 4 5 0 - y ;   B o r c h a r t t   T B ,   2 0 1 3 ,   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 9 3 ,   P 2 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s i g p r o . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 1 2 ;   C e t i n g u l   M P ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   T H E R M   S C I ,   V 5 0 ,   P 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j t h e r m a l s c i . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 1 9 ;   C O V E R   T M ,   1 9 6 5 ,   I E E E   T R A N S   E L E C T R O N ,   V E C 1 4 ,   P 3 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / P G E C . 1 9 6 5 . 2 6 4 1 3 6 ;   D a l a i   N . ,   2 0 0 5 ,   P R O C   C V P R   I E E E ,   V 1 ,   P 8 8 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C V P R . 2 0 0 5 . 1 7 7 ;   D u a   S . ,   2 0 1 4 ,   I N T E L L I G E N T   S Y S T E M S ;   D u d a   R . O . ,   2 0 0 0 ,   P A T T E R N   C L A S S I F I C A T I ;   E t e h a d T a v a k o l   M ,   2 0 1 2 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 5 5 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 7 ;   E t e h a d t a v a k o l   M ,   2 0 1 3 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 6 1 ,   P 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 9 ;   E t e h a d T a v a k o l   M ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   T H E R M   S C I ,   V 6 9 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j t h e r m a l s c i . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 0 1 ;   F a u s t   O ,   2 0 1 4 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 6 6 ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 1 ;   F r a n c i s   S V ,   2 0 1 4 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 6 7 ,   P 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 1 9 ;   F r a n c i s   S V ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 4 - 0 0 2 3 - 3 ;   F r a n c i s   S h e e j a   V . ,   2 0 1 3 ,   J o u r n a l   o f   M e d i c a l   E n g i n e e r i n g   &   T e c h n o l o g y ,   V 3 7 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 0 3 0 9 1 9 0 2 . 2 0 1 2 . 7 2 8 6 7 4 ;   G h i s t a   D N ,   2 0 0 9 ,   J   M E C H   M E D   B I O L ,   V 9 ,   P 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 5 1 9 4 0 9 0 0 3 1 8 8 ;   G u d i g a r   A ,   2 0 1 6 ,   M U L T I M E D   T O O L S   A P P L ,   V 7 5 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 4 2 - 0 1 4 - 2 2 9 3 - 7 ;   H e   X . ,   2 0 0 3 ,   P   A D V   N E U R   I N F   P R O C ;   H E C K E R M A N   D ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 9 9 4 0 1 6 ;   H y v a r i n e n   A ,   2 0 0 0 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 1 3 ,   P 4 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 0 0 ) 0 0 0 2 6 - 5 ;   G l o b o c a n   P r o j e c t ,   2 0 1 2 ,   C A N C   F A C T S   S H E E T S ;   J a k u b o w s k a   T . ,   2 0 0 4 ,   P   2 6   I E E E   A N N   I N T   C ,   P 1 1 5 5 ;   K a p o o r   P ,   2 0 1 0 ,   P   2   I N T   C   C O M P   A U T   E ,   P 5 6 4 ;   K e c m a n   V o j i s l a v ,   2 0 0 1 ,   L E A R N I N G   S O F T   C O M P U T ;   K r a w c z y k   B ,   2 0 1 2 ,   P   I E E E   E M B S   I N T   C   B I ,   P 5 0 7 ;   K u r u g a n t i   P T ,   2 0 0 2 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 1 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 2 . 1 1 0 6 3 2 3 ;   L a r o s e   D . T . ,   2 0 0 4 ,   D I S C O V E R I N G   K N O W L E D G ;   L i u   K C ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   T H E R M   S C I ,   V 4 7 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j t h e r m a i s c i . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 0 5 ;   M o o k i a h   M R K ,   2 0 1 2 ,   Q U A N T   I N F R   T H E R M   J ,   V 9 ,   P 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 7 6 8 6 7 3 3 . 2 0 1 2 . 7 3 8 7 8 8 ;   N g   E Y K ,   2 0 0 7 ,   J   M E C H   M E D   B I O L ,   V 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 5 1 9 4 0 7 0 0 2 0 9 1 ;   N g   E .   Y . - K . ,   2 0 0 2 ,   J o u r n a l   o f   M e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 6 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 3 0 9 1 9 0 0 2 1 0 1 4 6 9 4 1 ;   N g   E Y K ,   2 0 0 5 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 5 . 1 6 1 6 5 1 2 ;   N g   E Y K ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   T H E R M   S C I ,   V 4 8 ,   P 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j t h e r m a l s c i . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 1 5 ;   P e t t e t   G J ,   1 9 9 6 ,   M A T H   B I O S C I ,   V 1 3 6 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 5 - 5 5 6 4 ( 9 6 ) 0 0 0 4 4 - 2 ;   P r a b h a   P ,   2 0 1 4 ,   P   3 6   I E E E   A N N   I N T   C ,   P 6 4 3 8 ;   A s h o k   R a o ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   S C I   R E V ,   V 4 ,   P 1 ;   R o d r i g u e s   E ,   2 0 1 4 ,   P   S Y S T   S I G N   I M   P R O C ,   P 3 9 ;   S c h a e f e r   G ,   2 0 0 9 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 2 ,   P 1 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 7 ;   S c h o l k o p f   B ,   1 9 9 8 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 1 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 9 8 3 0 0 0 1 7 4 6 7 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 8 ;   S i l v a   L ,   2 0 1 5 ,   P   1 5   W O R L D   C   I N T   H L T ,   P 7 4 6 ;   S i l v a   L F ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 4 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 4 . 1 2 2 6 ;   S P E C H T   D F ,   1 9 9 0 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 3 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 9 3 - 6 0 8 0 ( 9 0 ) 9 0 0 4 9 - Q ;   S r e e   S V ,   2 0 1 1 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 5 ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 0 9 - 9 3 4 3 - 0 ;   S u g a n t h i   S S ,   2 0 1 4 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 1 6 - 0 1 4 - 0 1 0 1 - 6 ;   S u g a n t h i   S S ,   2 0 1 4 ,   P   B I O M   I N F   T E C H N ,   P 1 6 1 ;   S u g a n t h i   S ,   2 0 1 4 ,   P   1 5   I N T   C   B I O M   E N G ,   P 2 3 1 ;   S u g e n o   M . ,   1 9 8 5 ,   I N D   A P P L   F U Z Z Y   C O N T R ;   T a n   J H ,   2 0 1 1 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 5 4 ,   P 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 1 0 ;   T a n   J H ,   2 0 1 0 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 5 3 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 0 6 ;   T a n   J H ,   2 0 0 9 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 5 2 ,   P 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 0 2 ;   T a n   T Z ,   2 0 0 7 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 3 ,   P 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 1 2 ;   T a n g   X W ,   2 0 0 5 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 1 6 8 0 ;   Y a g e r   R R ,   2 0 0 6 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 6 ,   P 5 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 0 6 ;   Y a o   X L ,   2 0 1 4 ,   A S I A N   B I O M E D ,   V 8 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 5 3 7 2 / 1 9 0 5 - 7 4 1 5 . 0 8 0 1 . 2 5 7 ;   Z h o u   Q . ,   2 0 0 4 ,   P   2 0 0 4   A C M   S   A P P L   C O ,   P 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 9 6 7 9 0 0 . 9 6 7 9 5 6 	 6 6 	 0 	 0 	 9 	 9 	 T A Y L O R   &   F R A N C I S   L T D 	 A B I N G D O N 	 2 - 4   P A R K   S Q U A R E ,   M I L T O N   P A R K ,   A B I N G D O N   O R 1 4   4 R N ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 7 6 8 - 6 7 3 3 	 2 1 1 6 - 7 1 7 6 	 	 Q U A N T   I N F R   T H E R M   J 	 Q u a n t .   I n f r a r e d   T h e r m o g r .   J . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 1 3 	 2 	 	 	 	 	 1 9 5 	 2 0 9 	 	 1 0 . 1 0 8 0 / 1 7 6 8 6 7 3 3 . 2 0 1 6 . 1 1 7 6 7 3 4 	 	 1 5 	 I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   M a t e r i a l s   S c i e n c e ,   C h a r a c t e r i z a t i o n   &   T e s t i n g ;   P h y s i c s ,   A p p l i e d 	 I n s t r u m e n t s   &   I n s t r u m e n t a t i o n ;   M a t e r i a l s   S c i e n c e ;   P h y s i c s 	 E A 5 A M 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 6 2 8 8 0 0 0 0 7 	 	 
 
 J 	 V a z q u e z - P r i e t o ,   S ;   P a n i a g u a ,   E ;   U b e i r a ,   F M ;   G o n z a l e z - D i a z ,   H 	 	 	 	 V a z q u e z - P r i e t o ,   S e v e r o ;   P a n i a g u a ,   E s p e r a n z a ;   U b e i r a ,   F l o r e n c i o   M . ;   G o n z a l e z - D i a z ,   H u m b e r t o 	 	 	 Q S P R - P e r t u r b a t i o n   M o d e l s   f o r   t h e   P r e d i c t i o n   o f   B - E p i t o p e s   f r o m   I m m u n e   E p i t o p e   D a t a b a s e :   A   P o t e n t i a l l y   V a l u a b l e   R o u t e   f o r   P r e d i c t i n g   " I n   S i l i c o "   N e w   O p t i m a l   P e p t i d e   S e q u e n c e s   a n d / o r   B o u n d a r y   C o n d i t i o n s   f o r   V a c c i n e   D e v e l o p m e n t 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   P E P T I D E   R E S E A R C H   A N D   T H E R A P E U T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 E p i t o p e s ;   V a c c i n e   d e s i g n ;   P e r t u r b a t i o n   t h e o r y ;   Q S A R / Q S P R   m o d e l s ;   M a r k o v   c h a i n s 	 A M I N O - A C I D - C O M P O S I T I O N ;   T U P L E   N U C L E O T I D E   C O M P O S I T I O N ;   S U P P O R T   V E C T O R   M A C H I N E ;   S K I N - S E N S I T I Z A T I O N ;   S U B C E L L U L A R - L O C A L I Z A T I O N ;   M U L T I T A R G E T   I N H I B I T O R S ;   C A N C E R   A G E N T S ;   D R U G   D E S I G N ;   F B - Q S A R ;   P R O T E I N S 	 I n   t h e   p r e s e n t   s t u d y ,   t h r e e   d i f f e r e n t   p h y s i c o c h e m i c a l   m o l e c u l a r   p r o p e r t i e s   f o r   p e p t i d e s   w e r e   c a l c u l a t e d   u s i n g   t h e   p r o g r a m   M A R C H - I N S I D E :   a t o m i c   p o l a r i z a b i l i t y ,   p a r t i t i o n   c o e f f i c i e n t ,   a n d   p o l a r i t y .   T h e s e   m e a s u r e s   w e r e   u s e d   a s   i n p u t   p a r a m e t e r s   o f   a   l i n e a r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   ( L D A )   i n   o r d e r   t o   d e v e l o p   t h r e e   d i f f e r e n t   q u a n t i t a t i v e   s t r u c t u r e - p r o p e r t y   r e l a t i o n s h i p   ( Q S P R ) - p e r t u r b a t i o n   m o d e l s   f o r   t h e   p r e d i c t i o n   o f   B - e p i t o p e s   r e p o r t e d   i n   t h e   i m m u n e   e p i t o p e   d a t a b a s e   ( I E D B )   g i v e n   p e r t u r b a t i o n s   i n   p e p t i d e   s e q u e n c e ,   i n   v i v o   p r o c e s s ,   e x p e r i m e n t a l   t e c h n i q u e s ,   a n d   s o u r c e   o r   h o s t   o r g a n i s m s .   T h e   a c c u r a c y ,   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y   o f   t h e   m o d e l s   w e r e   >   9 0   %   f o r   b o t h   t r a i n i n g   a n d   c r o s s - v a l i d a t i o n   s e r i e s .   T h e   s t a t i s t i c a l   p a r a m e t e r s   o f   t h e   m o d e l s   w e r e   c o m p a r e d   t o   t h e   r e s u l t s   a c h i e v e d   w i t h   t h e   e l e c t r o n e g a t i v i t y   Q S P R - p e r t u r b a t i o n   m o d e l   p r e v i o u s l y   r e p o r t e d   b y   G o n z a l e z - D i a z   e t   a l .   ( J   I m m u n o l   R e s .   d o i : 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 7 6 8 5 1 5 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 7 6 8 5 1 5 "   D O I   2 0 1 4 ) .   T h e   r e s u l t s   i n d i c a t e   t h a t   t h i s   t y p e   o f   a p p r o a c h   m a y   c o n s t i t u t e   a   p o t e n t i a l l y   v a l u a b l e   r o u t e   f o r   p r e d i c t i n g   " i n   s i l i c o "   n e w   o p t i m a l   p e p t i d e   s e q u e n c e s   a n d / o r   b o u n d a r y   c o n d i t i o n s   f o r   v a c c i n e   d e v e l o p m e n t . 	 [ V a z q u e z - P r i e t o ,   S e v e r o ]   U n i v   A u t o n o m a   C h i l e ,   I n s t   C i e n c i a s   B i o m e d ,   F a c   C i e n c i a s   S a l u d ,   T e m u c o ,   C h i l e ;   [ V a z q u e z - P r i e t o ,   S e v e r o ;   P a n i a g u a ,   E s p e r a n z a ;   U b e i r a ,   F l o r e n c i o   M . ]   U n i v   S a n t i a g o   C o m p o s t e l a ,   F a c   F a r m ,   D e p t   M i c r o b i o l   &   P a r a s i t o l ,   L a b   P a r a s i t o l ,   C a m p u s   V i d a ,   S a n t i a g o   D e   C o m p o s t e l a   1 5 7 8 2 ,   S p a i n ;   [ G o n z a l e z - D i a z ,   H u m b e r t o ]   U n i v   B a s q u e   C o u n t r y   U P V   E H U ,   F a c   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   O r g a n   C h e m   2 ,   L e i o a   4 8 9 4 0 ,   S p a i n ;   [ G o n z a l e z - D i a z ,   H u m b e r t o ]   B a s q u e   F d n   S c i ,   I k e r b a s q u e ,   B i l b a o   4 8 0 1 1 ,   S p a i n 	 V a z q u e z - P r i e t o ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A u t o n o m a   C h i l e ,   I n s t   C i e n c i a s   B i o m e d ,   F a c   C i e n c i a s   S a l u d ,   T e m u c o ,   C h i l e . ;   V a z q u e z - P r i e t o ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   S a n t i a g o   C o m p o s t e l a ,   F a c   F a r m ,   D e p t   M i c r o b i o l   &   P a r a s i t o l ,   L a b   P a r a s i t o l ,   C a m p u s   V i d a ,   S a n t i a g o   D e   C o m p o s t e l a   1 5 7 8 2 ,   S p a i n . 	 s e v e r o v a z q u e z p r i e t o @ g m a i l . c o m 	 G o n z a l e z - D i a z ,   H u m b e r t o / A - 6 7 8 5 - 2 0 1 2 	 G o n z a l e z - D i a z ,   H u m b e r t o / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 9 3 9 2 - 2 7 9 7 	 X u n t a   d e   G a l i c i a   [ G P C 2 0 1 4 / 0 5 8 ] ;   M i n i s t e r i o   d e   C i e n c i a   e   I n n o v a c i o n ,   S p a i n   [ G P C 2 0 1 4 / 0 5 8 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   G r a n t s   G P C 2 0 1 4 / 0 5 8   f r o m   t h e   X u n t a   d e   G a l i c i a   a n d   A G L 2 0 1 1 - 3 0 5 6 3 - C 0 3   f r o m   t h e   M i n i s t e r i o   d e   C i e n c i a   e   I n n o v a c i o n ,   S p a i n . 	 A g u e r o - C h a p i n   G ,   2 0 0 5 ,   I M M U N O G E N E T I C S ,   V 5 7 ,   P 3 2 6 ;   B a r h   D e b m a l y a ,   2 0 1 0 ,   B i o i n f o r m a t i o n ,   V 5 ,   P 7 7 ;   B e r m u d e z   C I ,   1 9 9 9 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 1 9 7 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / j t b i . 1 9 9 8 . 0 8 6 6 ;   B h a s i n   M ,   2 0 0 6 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 1 3 ,   P 1 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / c m b . 2 0 0 6 . 1 3 . 1 0 2 ;   B i   J J ,   2 0 1 1 ,   B I O P O L Y M E R S ,   V 9 6 ,   P 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i p . 2 1 5 6 4 ;   B o x   G E ,   1 9 7 0 ,   T I M E   S E R I E S   A N A L   F O R ;   B r e m e l   R D ,   2 0 1 0 ,   I M M U N O M E   R E S ,   V 6 ,   P 1 ;   C h e n   J ,   2 0 0 7 ,   A M I N O   A C I D S ,   V 3 3 ,   P 4 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 2 6 - 0 0 6 - 0 4 8 5 - 9 ;   C H O U   K C ,   1 9 9 5 ,   C R I T   R E V   B I O C H E M   M O L ,   V 3 0 ,   P 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 0 4 0 9 2 3 9 5 0 9 0 8 3 4 8 8 ;   C h o u   K C ,   2 0 0 9 ,   N A T   S C I ,   V 2 ,   P 6 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 4 2 3 6 / N S . 2 0 0 9 . 1 2 0 1 1 ;   C h o u   K C ,   2 0 0 8 ,   N A T   P R O T O C ,   V 3 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 0 7 . 4 9 4 ;   C h o u   K C ,   2 0 1 1 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 7 3 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 2 4 ;   C h o u   K C ,   2 0 0 9 ,   C U R R   P R O T E O M I C S ,   V 6 ,   P 2 6 2 ;   D i e z - R i v e r o   C M ,   2 0 1 0 ,   P R O T E I N S ,   V 7 8 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 2 5 3 5 ;   D o y t c h i n o v a   I A ,   2 0 0 4 ,   M E T H O D S ,   V 3 4 ,   P 4 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 0 7 ;   D u   Q S ,   2 0 0 8 ,   C U R R   P R O T E I N   P E P T   S C ,   V 9 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 9 2 0 3 0 8 7 8 4 5 3 4 0 0 5 ;   D u   Q S ,   2 0 0 8 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 2 9 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 0 7 7 6 ;   D u   Q S ,   2 0 0 7 ,   P R O T E I N   E N G   D E S   S E L ,   V 2 0 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / p r o t e i n / g z m 0 3 6 ;   D u   Q S ,   2 0 0 9 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 3 0 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 1 0 5 6 ;   D u   Q S ,   2 0 0 5 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 2 6 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 0 1 7 4 ;   E s m a e i l i   M ,   2 0 1 0 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 6 3 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 1 6 ;   E s t r a d a   E ,   2 0 0 4 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 4 ,   P 6 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 3 4 2 4 2 5 ;   F a g e r b e r g   T ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 5 5 9 0 ;   G a l i n d o   J F ,   2 0 0 6 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 4 0 ,   P 5 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 0 5 . 1 0 . 0 1 7 ;   G a o   J i a n z h a o ,   2 0 1 4 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 1 1 8 4 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 1 1 1 5 - 8 _ 1 1 ;   G e r b e r i c k   G F ,   2 0 0 4 ,   C O N T A C T   D E R M A T I T I S ,   V 5 0 ,   P 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 0 1 0 5 - 1 8 7 3 . 2 0 0 4 . 0 0 2 9 0 . x ;   G o n z a l e z - D i a z   H ,   2 0 1 4 ,   J   I M M U N O L   R E S ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 7 6 8 5 1 5 ;   G o n z a l e z - D i a z   H ,   2 0 1 3 ,   C U R R   T O P   M E D   C H E M ,   V 1 3 ,   P 1 7 1 3 ;   G o n z a l e z - D i a z   H ,   2 0 1 3 ,   C U R R   T O P   M E D   C H E M ,   V 1 3 ,   P 6 1 9 ;   G o n z a l e z - D i a z   H ,   2 0 0 7 ,   M A R C H   I N S I D E   V E R S I O N ;   G u o   S H ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 1 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 0 8 3 ;   H i l l   T ,   2 0 0 6 ,   S T A T   M E T H O D S   A P P L   C O ;   K h o s r a v i a n   M ,   2 0 1 3 ,   P R O T E I N   P E P T I D E   L E T T ,   V 2 0 ,   P 1 8 0 ;   L i n   H ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   P 1 2 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 1 9 ;   L i u   B ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 6 6 9 1 ;   M a r t i n e z - N a v e s   E ,   2 0 1 1 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 5 ,   P 3 4 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 7 ;   M o h a b a t k a r   H ,   2 0 1 3 ,   M E D   C H E M ,   V 9 ,   P 1 3 3 ;   M o h a b a t k a r   H ,   2 0 1 0 ,   P R O T E I N   P E P T I D E   L E T T ,   V 1 7 ,   P 1 2 0 7 ;   P a t l e w i c z   G ,   2 0 1 3 ,   R E G U L   T O X I C O L   P H A R M ,   V 6 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y r t p h . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 2 ;   Q i u   W R ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 4 / 9 4 7 4 1 6 ;   R o b e r t s   D W ,   2 0 1 0 ,   J   A P P L   T O X I C O L ,   V 3 0 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j a t . 1 5 0 8 ;   R o d r i g u e z - S o c a   Y ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 9 ,   P 1 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 9 0 0 8 2 7 b ;   S a h u   S S ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   C H E M ,   V 3 4 ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 2 ;   S p e c k - P l a n c h e   A ,   2 0 1 3 ,   A N T I - C A N C E R   A G E N T   M E ,   V 1 3 ,   P 7 9 1 ;   S p e c k - P l a n c h e   A ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   P H A R M   S C I ,   V 4 8 ,   P 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j p s . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 1 ;   S p e c k - P l a n c h e   A ,   2 0 1 3 ,   C U R R   A L Z H E I M E R   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 1 7 ;   S p e c k - P l a n c h e   A ,   2 0 1 2 ,   C O M B   C H E M   H I G H   T   S C R ,   V 1 5 ,   P 6 6 6 ;   S p e c k - P l a n c h e   A ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   P H A R M   S C I ,   V 4 7 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j p s . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 1 2 ;   S t a t S o f t   I n c . ,   2 0 0 2 ,   S T A T I S T I C A   D A T   A N   S O ;   T e n o r i o - B o r r o t o   E ,   2 0 1 2 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 2 0 ,   P 6 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 2 0 ;   T o d e s c h i n i   R . ,   2 0 0 8 ,   H D B   M O L   D E S C R I P T O R S ;   T o r o p o v   A A ,   2 0 1 2 ,   S T R U C T   C H E M ,   V 2 3 ,   P 1 8 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 2 4 - 0 1 2 - 9 9 9 5 - 0 ;   T o r o p o v a   M A ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   C H E M ,   V 5 9 ,   P 1 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o l c h e m . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 9 ;   V a z q u e z - P r i e t o   S ,   2 0 1 4 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 4 3 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 5 ;   V i n a   D ,   2 0 0 9 ,   M O L   P H A R M A C E U T ,   V 6 ,   P 8 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / m p 8 0 0 1 0 2 c ;   V i t a   R ,   2 0 1 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 8 ,   p D 8 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 1 0 0 4 ;   W e i   H ,   2 0 0 9 ,   M E D   C H E M ,   V 5 ,   P 3 0 5 ;   X i a o   Y ,   2 0 0 5 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O L ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 0 2 / 1 5 4 4 - 6 1 1 5 . 1 1 5 8 ,   D O I   1 0 . 2 2 0 2 / 1 5 4 4 - 6 1 1 5 . 1 1 5 8 ] ;   X u   R . ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 4 ,   P 1 ;   Z h a n g   S W ,   2 0 0 8 ,   A M I N O   A C I D S ,   V 3 4 ,   P 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 2 6 - 0 0 7 - 0 0 1 0 - 9 	 6 0 	 0 	 0 	 7 	 7 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 1 5 7 3 - 3 1 4 9 	 1 5 7 3 - 3 9 0 4 	 	 I N T   J   P E P T   R E S   T H E R 	 I n t .   J .   P e p t .   R e s .   T h e r . 	 D E C 	 2 0 1 6 	 2 2 	 4 	 	 	 	 	 4 4 5 	 4 5 0 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 8 9 - 0 1 6 - 9 5 2 4 - x 	 	 6 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 D Z 7 V P 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 0 7 6 4 0 0 0 0 2 	 	 
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 S E G M E N T A T I O N ;   F E A T U R E S ;   Q U A N T I F I C A T I O N 	 T h i s   s t u d y   a i m s   t o   b u i l d   a   d e e p   l e a r n i n g   ( D L )   a r c h i t e c t u r e   f o r   a u t o m a t e d   e x t r a c t i o n   o f   l e a r n e d - f r o m - d a t a   i m a g e   f e a t u r e s   f r o m   t h e   s h e a r - w a v e   e l a s t o g r a p h y   ( S W E ) ,   a n d   t o   e v a l u a t e   t h e   D L   a r c h i t e c t u r e   i n   d i f f e r e n t i a t i o n   b e t w e e n   b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t   b r e a s t   t u m o r s .   W e   c o n s t r u c t   a   t w o - l a y e r   D L   a r c h i t e c t u r e   f o r   S W E   f e a t u r e   e x t r a c t i o n ,   c o m p r i s e d   o f   t h e   p o i n t - w i s e   g a t e d   B o l t z m a n n   m a c h i n e   ( P G B M )   a n d   t h e   r e s t r i c t e d   B o l t z m a n n   m a c h i n e   ( R B M ) .   T h e   P G B M   c o n t a i n s  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 C h i n e s e   A c a d   S c i ,   I n s t   A d v   T e c h n o l ,   I n s t   B i o m e d   &   H l t h   E n g n ,   P a u l   C   L a u t e r b u r   R e s   C t r   B i o m e d   I m a g i n g ,   S h e n z h e n ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   Q   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S h a n g h a i   U n i v ,   R o o m   8 0 3 , X i a n g y i n g   B l d g , 3 3 3 , N a n c h e n   R d ,   S h a n g h a i   2 0 0 4 4 4 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   Z h e n g ,   H R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   1 0 6 8   X u e y u a n   A v e , S Z   U n i v   T o w n ,   S h e n z h e n   5 1 8 0 5 5 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z h a n g q @ s h u . e d u . c n ;   h r . z h e n g @ s i a t . a c . c n 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 4 0 1 2 6 7 ,   6 1 3 0 2 0 3 9 ,   6 1 4 7 1 2 3 1 ] ;   S h a n g h a i   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   f o r   Y o u t h   S c h o l a r s   [ 1 2 Z R 1 4 4 4 1 0 0 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 6 1 4 0 1 2 6 7 ,   6 1 3 0 2 0 3 9 ,   a n d   6 1 4 7 1 2 3 1 )   a n d   t h e   S h a n g h a i   N a t u r a l   S c i e n c e   F u n d   f o r   Y o u t h   S c h o l a r s   ( 1 2 Z R 1 4 4 4 1 0 0 ) .   W e   t h a n k   t h e   a n o n y m o u s   r e v i e w e r s   f o r   i n s i g h t f u l   a n d   h e l p f u l   c o m m e n t s . 	 A h m a d   S ,   2 0 1 3 ,   S U R G   E N D O S C ,   V 2 7 ,   P 3 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 6 4 - 0 1 3 - 2 9 0 6 - 7 ;   B a r r   R G ,   2 0 1 5 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 4 1 ,   P 1 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 8 ;   B e n g i o   Y ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 3 5 ,   P 1 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 1 3 . 5 0 ;   B e r g   W A ,   2 0 1 5 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 2 0 5 ,   P 4 4 8 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 4 . 1 3 4 4 8 ;   B e r g   W A ,   2 0 1 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 2 ,   P 4 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 1 1 1 0 6 4 0 ;   C a i   L Y ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   E N G   O N L I N E ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 3 8 - 0 1 5 - 0 0 2 2 - 8 ;   C A M P B E L L   M J ,   1 9 9 5 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 1 1 ,   P 1 1 4 5 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h a n g   J M ,   2 0 1 3 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 3 ,   P 2 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 3 - 2 8 6 6 - 2 ;   C h a n g   R F ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 4 5 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 3 7 5 4 ;   D e s a n t i s   C ,   2 0 1 3 ,   B R E A S T   C A N C   F A C T S   F I ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 3 ;   E r d o g a n   S Z ,   2 0 1 2 ,   I E T   C O M M U N ,   V 6 ,   P 3 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 9 / i e t - c o m . 2 0 1 1 . 0 2 2 8 ;   E v a n s   A ,   2 0 1 0 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / b c r 2 7 8 7 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 3 ,   P 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 7 6 4 7 ;   H i n t o n   G ,   2 0 1 4 ,   C O G N I T I V E   S C I ,   V 3 8 ,   P 1 0 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c o g s . 1 2 0 4 9 ;   H i n t o n   G E ,   2 0 0 6 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 8 ,   P 1 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / n e c o . 2 0 0 6 . 1 8 . 7 . 1 5 2 7 ;   H u a n g   G B ,   2 0 0 6 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 0 ,   P 4 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 5 . 1 2 . 1 2 6 ;   L a r o c h e l l e   H . ,   2 0 0 8 ,   P   2 5   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 5 3 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 9 0 1 5 6 . 1 3 9 0 2 2 4 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L o i z o u   C P ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   U L T R A S O N   F E R R ,   V 6 1 ,   P 8 6 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / T U F F C . 2 0 1 4 . 6 6 8 9 7 7 8 ,   1 0 . 1 1 0 9 / T U F F C . 2 0 1 4 . 2 8 8 1 ] ;   M a r a c i   M A ,   2 0 1 5 ,   I   S   B I O M E D   I M A G I N G ,   P 6 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S B I . 2 0 1 5 . 7 1 6 3 9 5 7 ;   M a r a c i   M A ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 8 4 8 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 3 9 7 2 - 2 _ 7 ;   M o o n   W K ,   2 0 1 3 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 1 0 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 3 - 9 5 9 3 - 8 ;   M o o n   W K ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 6 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 5 4 8 0 1 ;   M o o n   W K ,   2 0 1 1 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 7 ,   P 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 0 6 ;   N a i r   V ,   2 0 0 9 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 1 4 5 ;   P a r k   A Y ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 4 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 1 9 ;   P l a t t   J ,   1 9 9 9 ,   A D V   L A R G E   M A R G I N   C L A ,   V 1 0 ,   P 6 1 ;   P o n s   G ,   2 0 1 6 ,   U L T R A S O N I C   I M A G I N G ,   V 3 8 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 1 6 1 7 3 4 6 1 5 5 8 9 2 8 7 ;   R o t h   H R ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 8 2 9 2 0 ;   S c h a f e r   F K W ,   2 0 1 3 ,   U L T R A S C H A L L   M E D ,   V 3 4 ,   P 2 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 5 / s - 0 0 3 3 - 1 3 3 5 5 2 3 ;   S h i n   H C ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 6 . 2 5 2 8 1 6 2 ;   S i l v e r   D ,   2 0 1 6 ,   N A T U R E ,   V 5 2 9 ,   P 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 6 9 6 1 ;   S o h n   K ,   2 0 1 3 ,   P   3 0   I N T   C   M A C H   L E A R ,   P 2 1 7 ;   T a n   T ,   2 0 1 3 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 2 0 ,   P 1 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 1 3 ;   T a n   T ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 1 0 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 1 8 4 5 4 9 ;   T o z a k i   M ,   2 0 1 1 ,   A C T A   R A D I O L ,   V 5 2 ,   P 1 0 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 8 / a r . 2 0 1 1 . 1 1 0 2 7 6 ;   U n i y a l   N ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 6 5 0 3 0 ;   W a n g   W . ,   2 0 1 5 ,   P   3 2   I N T   C   M A C H   L E A R ;   W a n g   Z L ,   2 0 1 5 ,   U L T R A S O N I C S ,   V 5 7 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 1 6 ;   X i a o   G F ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 1 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 9 8 1 2 3 3 ;   X i a o   Y ,   2 0 1 4 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 4 0 ,   P 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 3 2 ;   Z h a n g   Q ,   2 0 1 5 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 4 1 ,   P 5 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 4 . 0 9 . 0 0 3 ;   Z h a n g   Q ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 1 3 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 5 ;   Z h a n g   Z J . ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ;   Z h e n g   J ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 5 ,   P 2 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 4 0 8 2 8 ;   Z h o u   J Q ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 2 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 3 0 8 1 8 	 4 7 	 0 	 0 	 4 3 	 1 0 4 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 0 4 1 - 6 2 4 X 	 1 8 7 4 - 9 9 6 8 	 	 U L T R A S O N I C S 	 U l t r a s o n i c s 	 D E C 	 2 0 1 6 	 7 2 	 	 	 	 	 	 1 5 0 	 1 5 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 0 4 	 	 8 	 A c o u s t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 A c o u s t i c s ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 D W 8 Z L 	 W O S : 0 0 0 3 8 3 9 4 3 9 0 0 0 1 8 	 2 7 5 2 9 1 3 9 	 
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 N Y   1 0 0 2 7   U S A 	 W a n g ,   M Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D u k e   U n i v ,   D e p t   R a d i o l ,   S c h   M e d ,   D u r h a m ,   N C   2 7 7 1 0   U S A . ;   W a n g ,   M Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H a r v a r d   M e d   S c h ,   S c h e p e n s   E y e   R e s   I n s t ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 5   U S A . 	 m e n g y u _ w a n g @ m e e i . h a r v a r d . e d u ;   m w 2 9 7 2 @ c o l u m b i a . e d u ;   l a r s . g r i m m @ d u k e . e d u ;   m a c i e j . m a z u r o w s k i @ d u k e . e d u 	 	 	 R S N A   E d u c a t i o n   S c h o l a r   G r a n t 	 R S N A   E d u c a t i o n   S c h o l a r   G r a n t 	 B a k e r   J A ,   2 0 1 1 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 8 ,   P 1 2 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 1 1 ;   C h a n   T F ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 0 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 8 3 . 9 0 2 2 9 1 ;   C i a t t o   S ,   2 0 1 3 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 4 ,   P 5 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 3 ) 7 0 1 3 4 - 7 ;   G r i m m   L J ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 6 6 3 7 9 ;   M a z u r o w s k i   M .   A . ,   2 0 1 4 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ;   M a z u r o w s k i   M A ,   2 0 0 8 ,   N E U R A L   N E T W O R K S ,   V 2 1 ,   P 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u n e t . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 3 1 ;   M a z u r o w s k i   M A ,   2 0 1 2 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 9 ,   P 8 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 2 ;   M a z u r o w s k i   M A ,   2 0 1 0 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 1 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 3 0 1 5 7 5 ;   R a f f e r t y   E A ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 6 ,   P 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 2 0 6 7 4 ;   S e c h o p o u l o s   I ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 7 0 2 7 9 ;   S k a a n e   P ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 7 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 2 1 3 7 3 ;   S u n   S ,   2 0 0 8 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 5 1 1 6 ,   P 2 5 7 ;   T i m p   S ,   2 0 0 3 ,   D I G I T   M A M M O ,   P 2 4 0 ;   V o i s i n   S ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 2 0 5 3 6 ;   Z h a n g   J ,   2 0 1 5 ,   J   A M   C O L L   R A D I O L ,   V 1 2 ,   P 7 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a c r . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 2 5 ;   Z h a n g   J ,   2 0 1 4 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 9 2 1 7 3 ;   Z h a n g   J   L ,   2 0 1 5 ,   J   M O L   M O D E L I N G ,   V 2 1 	 1 7 	 0 	 0 	 3 3 7 	 1 9 7 9 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 D E C   1 	 2 0 1 6 	 6 4 	 	 	 	 	 	 4 9 0 	 4 9 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 2 3 	 	 1 0 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 D W 7 D G 	 W O S : 0 0 0 3 8 3 8 1 0 8 0 0 0 3 9 	 	 
 
 J 	 C a r l i e r ,   C ;   L a f o r c e ,   B ;   V a n   M a l d e r e n ,   S J M ;   G r e m o n p r e z ,   F ;   T u c o u l o u ,   R ;   V i l l a n o v a ,   J ;   D e   W e v e r ,   O ;   V i n c z e ,   L ;   V a n h a e c k e ,   F ;   C e e l e n ,   W 	 	 	 	 C a r l i e r ,   C h a r l o t t e ;   L a f o r c e ,   B r e c h t ;   V a n   M a l d e r e n ,   S t i j n   J .   M . ;   G r e m o n p r e z ,   F e l i x ;   T u c o u l o u ,   R e m i ;   V i l l a n o v a ,   J u l i e ;   D e   W e v e r ,   O l i v i e r ;   V i n c z e ,   L a s z l o ;   V a n h a e c k e ,   F r a n k ;   C e e l e n ,   W i m 	 	 	 N a n o s c o p i c   t u m o r   t i s s u e   d i s t r i b u t i o n   o f   p l a t i n u m   a f t e r   i n t r a p e r i t o n e a l   a d m i n i s t r a t i o n   i n   a   x e n o g r a f t   m o d e l   o f   o v a r i a n   c a n c e r 	 J O U R N A L   O F   P H A R M A C E U T I C A L   A N D   B I O M E D I C A L  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 i n d i c a t e d   s i g n i f i c a n t l y   h i g h e r   c o n c e n t r a t i o n s   o f   P t   ( P   =   0 . 0 0 6 2 )   a f t e r   h y p e r t h e r m i c   c h e m o p e r f u s i o n   o f   c i s p l a t i n ,   w h i l e   S R - X R F   d e m o n s t r a t e d   a   d e e p e r   t i s s u e   P t   p e n e t r a t i o n   a f t e r   h y p e r t h e r m i c   t r e a t m e n t   U s i n g   P C A ,   i t   w a s   s h o w e d   t h a t   P t   c o - l o c a l i z e s   w i t h   b r o m i n e   a n d   s u l f u r .   N o   d i f f e r e n c e s   w e r e   o b s e r v e d   i n   P t   d i s t r i b u t i o n   r e g a r d i n g   t u m o r   c e l l s   a n d   s t r o m a ,   w h e n   c o m p a r i n g   n o r m o -   v s .   h y p e r t h e r m i c   t r e a t m e n t   I n   c o n c l u s i o n ,   S R - X R F   a n d   L A - I C P - M S   a r e   s u i t a b l e   a n d   h i g h l y   s e n s i t i v e   t e c h n i q u e s   t o   a n a l y z e   t h e  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 U n i v   G h e n t ,   D e p t   A n a l y t   C h e m ,   K r i j g s l a a n   2 8 1 - S 1 2 ,   B - 9 0 0 0   G h e n t ,   B e l g i u m ;   [ T u c o u l o u ,   R e m i ;   V i l l a n o v a ,   J u l i e ]   E S R F ,   F R - 3 8 0 4 3   G r e n o b l e ,   F r a n c e ;   [ D e   W e v e r ,   O l i v i e r ]   U n i v   G h e n t ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l   &   E x p t   C a n c   R e s ,   L a b   E x p t   C a n c   R e s ,   B - 9 0 0 0   G h e n t ,   B e l g i u m ;   [ C a r l i e r ,   C h a r l o t t e ;   G r e m o n p r e z ,   F e l i x ;   D e   W e v e r ,   O l i v i e r ;   C e e l e n ,   W i m ]   G h e n t   U n i v   H o s p ,   C R I G ,   B - 9 0 0 0   G h e n t ,   B e l g i u m 	 C a r l i e r ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G h e n t   U n i v   H o s p ,   D e p t   S u r g ,   E x p t   S u r g   L a b ,   P i n t e l a a n   1 8 5 ,   B - 9 0 0 0   G h e n t ,   B e l g i u m . 	 c h a r l o t t e . c a r l i e r @ u g e n t . b e ;   b r e c h t . l a f o r c e @ u g e n t . b e ;   s t i j n . v a n m a l d e r e n @ u g e n t . b e ;   F e l i x . G r e m o n p r e z @ u g e n t . b e ;   r e m i . t u c o u l o u @ e s r f . f r ;   j u l i e . v i l l a n o v a @ e s r f . f r ;   o l i v i e r . d e w e v e r @ u g e n t . b e ;   f r a n k . v a n h a e c k e @ u g e n t . b e ;   w i m . c e e l e n @ u g e n t . b e 	 	 	 	 	 A s i m a k o p o u l o u   A P ,   2 0 0 8 ,   I N   V I V O ,   V 2 2 ,   P 3 8 5 ;   C h e n   H e l e n   H .   W . ,   2 0 1 0 ,   M e t a l - B a s e d   D r u g s ,   P 4 3 0 9 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 0 / 4 3 0 9 3 9 ;   C o l o m b o   N ,   2 0 1 0 ,   A N N   O N C O L ,   V 2 1 ,   p v 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a n n o n c / m d q 2 4 4 ;   d e   B r e e   E ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   R E V   A N T I C A N C ,   V 1 2 ,   P 8 9 5 ,   D O I   [ 1 0 . 1 5 8 6 / e r a . 1 2 . 7 2 ,   1 0 . 1 5 8 6 / E R A . 1 2 . 7 2 ] ;   E l - K a r e h   A W ,   2 0 0 4 ,   N E O P L A S I A ,   V 6 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 3 / n e o . 0 3 2 0 5 ;   F e r l a y   J ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 9 ,   P 1 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 2 7 ;   G i l   S ,   2 0 1 5 ,   B I O L   T R A C E   E L E M   R E S ,   V 1 6 3 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 1 - 0 1 4 - 0 0 9 7 - 2 ;   H i l d e b r a n d t   B ,   2 0 0 2 ,   C R I T   R E V   O N C O L   H E M A T ,   V 4 3 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 4 0 - 8 4 2 8 ( 0 1 ) 0 0 1 7 9 - 2 ;   H u o   Y R ,   2 0 1 5 ,   E J S O - E U R   J   S U R G   O N C ,   V 4 1 ,   P 1 5 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j s o . 2 0 1 5 . 0 8 . 1 7 2 ;   M a s - F u s t e r   M I ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   C H E M O T H   P H A R M ,   V 7 2 ,   P 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 8 0 - 0 1 3 - 2 2 0 4 - z ;   L a f o r c e   B ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 9 9 9 9 ;   L O S   G ,   1 9 9 3 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 4 6 ,   P 1 2 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 6 - 2 9 5 2 ( 9 3 ) 9 0 4 7 2 - 9 ;   L O S   G ,   1 9 9 1 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 2 7 ,   P 4 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 2 7 7 - 5 3 7 9 ( 9 1 ) 9 0 3 8 9 - U ;   M a r t i n e z - C r i a d o   G ,   2 0 1 6 ,   J   S Y N C H R O T R O N   R A D I A T ,   V 2 3 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 7 / S 1 6 0 0 5 7 7 5 1 5 0 1 9 8 3 9 ;   O r t e g a   R ,   2 0 0 9 ,   J   R   S O C   I N T E R F A C E ,   V 6 ,   p S 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s i f . 2 0 0 9 . 0 1 6 6 . f o c u s ;   P A P A H A D J O P O U L O S   D ,   1 9 7 2 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 2 6 6 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 5 - 2 7 3 6 ( 7 2 ) 9 0 3 5 4 - 9 ;   R e s e n d e   R R ,   2 0 1 3 ,   C E L L   C O M M U N   S I G N A L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 8 - 8 1 1 X - 1 1 - 1 4 ;   S a k u r a i   H ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   S C I ,   V 9 9 ,   P 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 0 8 . 0 0 7 5 5 . x ;   S a n t e l l a   L ,   1 9 9 7 ,   F A S E B   J ,   V 1 1 ,   P 1 0 9 1 ;   S c h o o n j a n s   T ,   2 0 1 3 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   B ,   V 8 2 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a b . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 1 1 ;   S e o   B R ,   2 0 1 4 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 6 9 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d r . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 1 1 ;   S i m o n - G r a c i a   L ,   2 0 1 6 ,   M O L   C A N C E R   T H E R ,   V 1 5 ,   P 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 5 - 7 1 6 3 . M C T - 1 5 - 0 7 1 3 - T ;   S M I N I A   P ,   1 9 9 2 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 2 8 A ,   P 1 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 9 5 9 - 8 0 4 9 ( 9 2 ) 9 0 4 7 4 - G ;   T a n g   W J ,   2 0 0 3 ,   T H E R M O C H I M   A C T A ,   V 4 0 8 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 4 0 - 6 0 3 1 ( 0 3 ) 0 0 3 1 0 - 1 ;   T h e i n e r   S ,   2 0 1 5 ,   M E T A L L O M I C S ,   V 7 ,   P 1 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 m t 0 0 0 2 8 a ;   v a n   D r i e l   W J ,   2 0 1 5 ,   C U R R   T R E A T   O P T I O N   O N ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 8 6 4 - 0 1 5 - 0 3 2 9 - 5 ;   V e k e m a n s   B ,   1 9 9 7 ,   X - R A Y   S P E C T R O M ,   V 2 6 ,   P 3 3 3 ;   W o r k m a n   P ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 6 4 2 ;   Y o t s u y a n a g i   T ,   2 0 0 2 ,   I N T   J   P H A R M ,   V 2 4 6 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 7 8 - 5 1 7 3 ( 0 2 ) 0 0 3 8 2 - 4 	 2 9 	 2 	 2 	 2 2 	 2 2 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 7 3 1 - 7 0 8 5 	 1 8 7 3 - 2 6 4 X 	 	 J   P H A R M A C E U T   B I O M E D 	 J .   P h a r m .   B i o m e d .   A n a l . 	 N O V   3 0 	 2 0 1 6 	 1 3 1 	 	 	 	 	 	 2 5 6 	 2 6 2 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 6 . 0 9 . 0 0 4 	 	 7 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l ;   P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 C h e m i s t r y ;   P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E B 8 G B 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 6 2 8 4 0 0 0 3 4 	 2 7 6 1 1 0 9 7 	 
 
 J 	 O l i v a ,   J T ;   L e e ,   H D ;   S p o l a o r ,   N ;   C o y ,   C S R ;   W u ,   F C 	 	 	 	 O l i v a ,   J e f f e r s o n   T a l e s ;   L e e ,   H u e i   D i a n a ;   S p o l a o r ,   N e w t o n ;   C o y ,   C l a u d i o   S a d d y   R o d r i g u e s ;   W u ,   F e n g   C h u n g 	 	 	 P r o t o t y p e   s y s t e m   f o r   f e a t u r e   e x t r a c t i o n ,   c l a s s i f i c a t i o n   a n d   s t u d y   o f   m e d i c a l   i m a g e s 	 E X P E R T   S Y S T E M S   W I T H   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 I m a g e   a n a l y s i s ;   T e x t u r e ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   P r o t o t y p i n g ;   A r t i f i c i a l   i n t e l l i g e n c e ;   M e d i c a l   i n f o r m a t i o n   s y s t e m s 	 C O M P U T E R - A I D E D   D E T E C T I O N ;   T E X T U R A L   F E A T U R E S ;   C O L O R E C T A L   P O L Y P S ;   F A L S E   P O S I T I V E S ;   C T   C O L O N O G R A P H Y ;   R E D U C T I O N ;   V A R I A N C E ;   S C A L E 	 C o l o n o s c o p y   e x a m   i m a g e s   a r e   u s e f u l   t o   i d e n t i f y   d i s e a s e s ,   s u c h   a s   t h e   c o l o r e c t a l   c a n c e r ,   w h i c h   i s   o n e   o f   t h e   m o s t   c o m m o n   c a n c e r s   w o r l d w i d e .   C o m p u t a t i o n a l   i m a g e   a n a l y s i s   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   t e c h n i q u e s   c a n   a s s i s t   e x p e r t s   t o   i d e n t i f y   a b n o r m a l i t i e s   i n   t h e s e   i m a g e s .   I n   t h i s   w o r k ,   w e   p r e s e n t   a n d   e v a l u a t e   M I A S   3 . 0 ,   w h i c h   a i m s   t o   h e l p   e x p e r t s   t o   s t u d y   a n d   a n a l y z e   c o l o n   t i s s u e   i m a g e s .   T o   d o   s o ,   t h e   s y s t e m   i n i t i a l l y   e x t r a c t s   f e a t u r e s   f r o m   t h e s e   i m a g e s .   C u r r e n t l y ,   A m a d a s u m ,   H a r a l i c k   a n d   L a w s   t e x t u r e   d e s c r i p t o r s   a r e   s u p p o r t e d .   T h e n ,   t h e   d e s c r i b e d   i m a g e s   a r e   c l a s s i f i e d   i n t o   n o r m a l   o r   a b n o r m a l   i m a g e s .   I n   t h i s   v e r s i o n ,   J 4 8 ,   n e a r e s t   n e i g h b o r ,   b a c k p r o p a g a t i o n   b a s e d   o n   m u l t i l a y e r   p e r c e p t r o n ,   n a i v e   B a y e s ,   a n d   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   c l a s s i f i c a t i o n   a l g o r i t h m s   a r e   i m p l e m e n t e d .   M I A S   w a s   d e v e l o p e d   w i t h   o p e n   s o u r c e   t e c h n o l o g i e s   u s i n g   a   s o f t w a r e   e n g i n e e r i n g   a p p r o a c h   t o   i m p r o v e   f l e x i b i l i t y   a n d   m a i n t a i n a b i l i t y .   I n   t h i s   w o r k ,   M I A S   w a s   q u a n t i t a t i v e l y   a s s e s s e d   b y   i t s  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 S p o l a o r ,   N e w t o n ;   W u ,   F e n g   C h u n g ]   W e s t e r n   P a r a n a   S t a t e   U n i v ,   L a b   B i o i n f o r m a t ,   P r e s i d e n t e   T a n c r e d o   N e v e s   A v e   6 7 3 1 ,   B R - 8 5 8 6 7 9 0 0   F o z   D o   I g u a c u ,   P a r a n a ,   B r a z i l ;   [ C o y ,   C l a u d i o   S a d d y   R o d r i g u e s ;   W u ,   F e n g   C h u n g ]   U n i v   E s t a d u a l   C a m p i n a s ,   S e r v   C o l o p r o c t o l ,   T e s s a l i a   V i e i r a   d e   C a m a r g o   S t   1 2 6 ,   B R - 1 3 0 8 3 8 8 7   S a o   P a u l o ,   B r a z i l 	 L e e ,   H D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   W e s t e r n   P a r a n a   S t a t e   U n i v ,   L a b   B i o i n f o r m a t ,   P r e s i d e n t e   T a n c r e d o   N e v e s   A v e   6 7 3 1 ,   B R - 8 5 8 6 7 9 0 0   F o z   D o   I g u a c u ,   P a r a n a ,   B r a z i l . 	 j e f f e r s o n t a l e s o l i v a @ g m a i l . c o m ;  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 U n i v e r s i t y   ( U n i o e s t e )   f o r   t h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t . 	 A i z e r m a n   A . ,   1 9 6 4 ,   A U T O M A T   R E M   C O N T R ,   V 2 5 ,   P 8 2 1 ;   A l p a y d i n   E ,   2 0 1 4 ,   A D A P T   C O M P U T   M A C H   L E ,   P 1 ;   A m e r i c a n   C a n c e r   S o c i e t y ,   2 0 1 4 ,   C O L   C A N C   F A C T S   F I G   2 ;   A M A D A S U N   M ,   1 9 8 9 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 1 9 ,   P 1 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 1 . 4 4 0 4 6 ;   B e u r a   S ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 5 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 3 2 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   D a s g u p t a   S ,   2 0 0 3 ,   R A N D O M   S T R U C T   A L G O R ,   V 2 2 ,   P 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r s a . 1 0 0 7 3 ;   D i e t t e r i c h   T G ,   1 9 9 8 ,   N E U R A L   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 1 8 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / 0 8 9 9 7 6 6 9 8 3 0 0 0 1 7 1 9 7 ;   D U N N   O J ,   1 9 6 4 ,   T E C H N O M E T R I C S ,   V 6 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 1 2 6 6 0 4 1 ;   F e r r e r o   C .   A . ,   2 0 0 9 ,   B R A Z I L I A N   J   C O L O P R O C ,   V 2 9 ,   P 2 3 ;   F e r r e r o   C .   A . ,   2 0 0 8 ,   P   W O R K S H   E P H A M   A P R ,   P 1 ;   F r e d m a n   D . ,   1 9 8 8 ,   S T A T I S T I C S ;   F r i e d m a n   M ,   1 9 3 7 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 3 2 ,   P 6 7 5 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 7 9 3 7 2 ;   F u   J J C ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 8 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 0 9 ;   G o k t u r k   S B ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 0 ,   P 1 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 9 7 4 9 2 0 ;   H a f n e r   M ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 6 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 7 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   W E K A   3   D A T A   M I N I N G   S ;   H a n   J ,   2 0 1 2 ,   M O R   K A U F   D ,   P 1 ;   H A R A L I C K   R M ,   1 9 7 3 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V S M C 3 ,   P 6 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C . 1 9 7 3 . 4 3 0 9 3 1 4 ;   H a y k i n   S .   S . ,   2 0 0 9 ,   N E U R A L   N E T W O R K S   L E A R ;   H y v a r i n e n   A ,   2 0 1 3 ,   P H I L O S   T   R   S O C   A ,   V 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 8 / r s t a . 2 0 1 1 . 0 5 3 4 ;   K a r a h a l i o u   A N ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 2 ,   P 7 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 8 . 9 2 0 6 3 4 ;   K a r k a n i s   S . ,   1 9 9 9 ,   P   W O R K S H   M A C H   L E A R N ,   P 6 3 ;   K o m i n a m i   Y ,   2 0 1 6 ,   G A S T R O I N T E S T   E N D O S C ,   V 8 3 ,   P 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g i e . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 4 ;   L a w s   K I . ,   1 9 7 9 ,   P   I M   U N D   W O R K S H ,   P 4 7 ;   L a w s   K .   I . ,   1 9 8 0 ,   T H E S I S ;   L e e   H .   D . ,   2 0 1 3 ,   P   B R A Z   C   C O L ;   L i   W Q ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 6 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 0 2 ;   L i l h o l t   P H ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M E D   I N F O R M ,   V 8 4 ,   P 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j m e d i n f . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 1 2 ;   L i u   C J ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 1 ,   P 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 2 . 9 9 9 6 7 9 ;   L i u   Z ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 8 9 3 ,   P 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 2 3 6 2 6 - 6 _ 1 6 ;   L o w e   D G ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 6 0 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : V I S I . 0 0 0 0 0 2 9 6 6 4 . 9 9 6 1 5 . 9 4 ;   L o w e   D .   G . ,   1 9 9 9 ,   I N T   C   C O M P   V I S   C O R F ,   P 1 1 5 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C V . 1 9 9 9 . 7 9 0 4 1 0 ;   M a c k   R L ,   1 9 9 4 ,   U S A B I L I T Y   I N S P E C T I O N ;   M a h a p a t r a   D ,   2 0 1 3 ,   J   D I G I T   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 9 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 7 8 - 0 1 3 - 9 5 7 6 - 9 ;   M o l i c h   R . ,   2 0 0 8 ,   U S A B L E   W E B   D E S I G N ;   M o l i n a   J F G ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 3 6 0 0 ;   N a n n i   L ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 7 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 4 7 ;   N a p p i   J ,   2 0 0 2 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 9 ,   P 3 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 7 6 - 6 3 3 2 ( 0 3 ) 8 0 1 8 4 - 8 ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   o f   B r a z i l ,   2 0 1 4 ,   E S T   2 0 1 4   C A N C   I N C   B R ;   N e t B e a n s   I . ,   2 0 1 5 ,   N E T B   I D E   F E A T ;   N i e l s e n   J . ,   1 9 9 5 ,   1 0   U S A B I L I T Y   H E U R I S T ;   N i u   L . ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   P 1 ;   O j a l a   T ,   2 0 0 2 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 4 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 2 . 1 0 1 7 6 2 3 ;   O l i v a   J .   T . ,   2 0 1 2 ,   P   B R A Z   C   H L T H   I N F ,   P 1 ;   O r a c l e ,   2 0 1 5 ,   J A V   A D V   I M ;   P e d r i n i   H . ,   2 0 0 8 ,   D I G I T A L   I M A G E   A N A L   P ;   P r e s s m a n   R . ,   2 0 1 0 ,   S O F T W A R E   E N G   P R O F E S S ;   Q u i l i c i   F . ,   2 0 0 0 ,   C O L O N O S C O P Y ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   2 0 1 4 ,   C 4   5   P R O G R A M S   M A C H I N ;   R e z e n d e   S .   O ,   2 0 0 3 ,   I N T E L L I G E N T   S Y S T E M S ;   S h a n   J ,   2 0 1 2 ,   U L T R A S O U N D   M E D   B I O L ,   V 3 8 ,   P 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u l t r a s m e d b i o . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 2 2 ;   S H A P I R O   S S ,   1 9 6 5 ,   B I O M E T R I K A ,   V 5 2 ,   P 5 9 1 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 3 3 3 7 0 9 ;   S p o l a o r   N . ,   2 0 1 0 ,   P   B R A Z   C   H L T H   I N F ,   P 1 ;   S u z u k i   K ,   2 0 0 6 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 3 ,   P 3 8 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 3 4 9 8 3 9 ;   T a m a k i   T ,   2 0 1 3 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 1 7 ,   P 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 3 ;   W a n g   Z A ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 3 6 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 1 2 2 4 4 7 ;   W i t t e n   I . ,   2 0 1 1 ,   M A C H I N E   L E A R N I N G   P R A ;   W o n g   W .   K . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   E N H A N C E D   R E S   S ,   V 2 ,   P 1 ;   Z h a n g   X . ,   2 0 0 6 ,   P   A N N   I N T   C   E N G   M E D ,   P 8 6 7 	 6 1 	 0 	 0 	 2 7 	 6 3 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 N O V   3 0 	 2 0 1 6 	 6 3 	 	 	 	 	 	 2 6 7 	 2 8 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 0 8 	 	 1 7 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 D U 5 T H 	 W O S : 0 0 0 3 8 2 2 7 3 7 0 0 0 2 2 	 	 
 
 J 	 K n i j n e n b u r g ,   T A ;   K l a u ,   G W ;   I o r i o ,   F ;   G a r n e t t ,   M J ;   M c D e r m o t t ,   U ;   S h m u l e v i c h ,   I ;   W e s s e l s ,   L F A 	 	 	 	 K n i j n e n b u r g ,   T h e o   A . ;   K l a u ,   G u n n a r   W . ;   I o r i o ,   F r a n c e s c o ;   G a r n e t t ,   M a t h e w   J . ;   M c D e r m o t t ,   U l t a n ;   S h m u l e v i c h ,   I l y a ;   W e s s e l s ,   L o d e w y k   F .   A . 	 	 	 L o g i c   m o d e l s   t o   p r e d i c t   c o n t i n u o u s   o u t p u t s   b a s e d   o n   b i n a r y   i n p u t s   w i t h   a n   a p p l i c a t i o n   t o   p e r s o n a l i z e d   c a n c e r   t h e r a p y 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 S C R E E N I N G   M A M M O G R A P H Y ;   D R U G - S E N S I T I V I T Y ;   N E T W O R K S ;   R E G R E S S I O N ;   I N F E R E N C E ;   C E L L S 	 M i n i n g   l a r g e   d a t a s e t s   u s i n g   m a c h i n e   l e a r n i n g   a p p r o a c h e s   o f t e n   l e a d s   t o   m o d e l s   t h a t   a r e   h a r d   t o   i n t e r p r e t   a n d   n o t   a m e n a b l e   t o   t h e   g e n e r a t i o n   o f   h y p o t h e s e s   t h a t   c a n   b e   e x p e r i m e n t a l l y   t e s t e d .   W e   p r e s e n t   ' L o g i c   O p t i m i z a t i o n   f o r   B i n a r y   I n p u t   t o   C o n t i n u o u s   O u t p u t '   ( L O B I C O ) ,   a   c o m p u t a t i o n a l   a p p r o a c h   t h a t   i n f e r s   s m a l l   a n d   e a s i l y   i n t e r p r e t a b l e   l o g i c   m o d e l s   o f   b i n a r y   i n p u t   f e a t u r e s   t h a t   e x p l a i n   a   c o n t i n u o u s   o u t p u t   v a r i a b l e .   A p p l y i n g   L O B I C O   t o   a   l a r g e   c a n c e r   c e l l   l i n e   p a n e l ,   w e   f i n d   t h a t   l o g i c   c o m b i n a t i o n s   o f   m u l t i p l e   m u t a t i o n s   a r e   m o r e   p r e d i c t i v e   o f   d r u g   r e s p o n s e   t h a n   s i n g l e   g e n e   p r e d i c t o r s .   I m p o r t a n t l y ,   w e   s h o w   t h a t   t h e   u s e   o f   t h e   c o n t i n u o u s   i n f o r m a t i o n   l e a d s   t o   r o b u s t   a n d   m o r e   a c c u r a t e   l o g i c   m o d e l s .   L O B I C O   i m p l e m e n t s   t h e   a b i l i t y   t o   u n c o v e r   l o g i c   m o d e l s   a r o u n d   p r e d e f i n e d   o p e r a t i n g   p o i n t s   i n   t e r m s   o f   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y .   A s   s u c h ,   i t   r e p r e s e n t s   a n   i m p o r t a n t   s t e p   t o w a r d s   p r a c t i c a l   a p p l i c a t i o n   o f   i n t e r p r e t a b l e   l o g i c   m o d e l s . 	 [ K n i j n e n b u r g ,   T h e o   A . ;   S h m u l e v i c h ,   I l y a ]   I n s t   S y s t   B i o l ,   S e a t t l e ,   W A   U S A ;   [ K l a u ,   G u n n a r   W . ]   C t r   W i s k u n d e   &   I n f o r m a t ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s ;   [ I o r i o ,   F r a n c e s c o ]   E u r o p e a n   B i o i n f o r m a t   I n s t ,   E u r o p e a n   M o l   B i o l   L a b ,   H i n x t o n ,   C a m b s ,   E n g l a n d ;   [ G a r n e t t ,   M a t h e w   J . ;   M c D e r m o t t ,   U l t a n ]   W e l l c o m e   T r u s t   S a n g e r   I n s t ,   H i n x t o n ,   E n g l a n d ;   [ W e s s e l s ,   L o d e w y k   F .   A . ]   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s ;   [ W e s s e l s ,   L o d e w y k   F .   A . ]   D e l f t   U n i v   T e c h n o l ,   F a c   E E M C S ,   D e l f t ,   N e t h e r l a n d s 	 W e s s e l s ,   L F A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N e t h e r l a n d s   C a n c   I n s t ,   A m s t e r d a m ,   N e t h e r l a n d s . ;   W e s s e l s ,   L F A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D e l f t   U n i v   T e c h n o l ,   F a c   E E M C S ,   D e l f t ,   N e t h e r l a n d s . 	 l . w e s s e l s @ n k i . n l 	 	 I o r i o ,   F r a n c e s c o / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 7 0 6 3 - 8 9 1 3 ;   M c D e r m o t t ,   U l t a n / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 9 0 3 2 - 4 7 0 0 	 N C I   N I H   H H S   [ U 2 4   C A 1 4 3 8 3 5 ] 	 	 B o r o s   E ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 2 ,   P 2 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 6 9 . 8 4 2 2 6 8 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B u r k h a r t   D L ,   2 0 0 8 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 8 ,   P 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 3 9 9 ;   C a r n e y   P A ,   2 0 0 3 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 3 8 ,   P 1 6 8 ;   C i r i e l l o   G ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 3 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 2 5 5 6 7 . 1 1 1 ;   d e   R i d d e r   J ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   p i 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 2 1 1 ;   G a r n e t t   M J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 3 ,   P 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 0 5 ;   H u b b a r d   R A ,   2 0 1 1 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 5 5 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 7 3 2 6 / 0 0 0 3 - 4 8 1 9 - 1 5 5 - 8 - 2 0 1 1 1 0 1 8 0 - 0 0 0 0 4 ;   K a h n   J . ,   1 9 8 8 ,   F O C S ,   P 6 8 ;   K A M A T H   A P ,   1 9 9 2 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 5 7 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 5 8 1 0 8 2 ;   K i n d e r m a n n   R . ,   1 9 8 0 ,   M A R K O V   R A N D O M   F I E L D S ,   V 1 ;   K n i j n e n b u r g   T A ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 4 1 1 ;   K n i j n e n b u r g   T A ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   p I 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 2 1 1 ;   K o o p e r b e r g   C ,   2 0 0 5 ,   G E N E T   E P I D E M I O L ,   V 2 8 ,   P 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g e p i . 2 0 0 4 2 ;   L e i s e r s o n   M D M ,   2 0 1 5 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 5 9 - 0 1 5 - 0 7 0 0 - 7 ;   M a s i c a   D L ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 3 ,   P 1 6 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 2 - 3 1 2 2 ;   M u k h e r j e e   S ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 6 1 1 ;   N u n k e s s e r   R ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 3 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 5 2 2 ;   P e a r l   J . ,   1 9 9 8 ,   B A Y E S I A N   N E T W O R K S ;   R i c h a r d s o n   M ,   2 0 0 6 ,   M A C H   L E A R N ,   V 6 2 ,   P 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 9 4 - 0 0 6 - 5 8 3 3 - 1 ;   R u c z i n s k i   I ,   2 0 0 3 ,   J   C O M P U T   G R A P H   S T A T ,   V 1 2 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 1 0 6 1 8 6 0 0 3 2 2 3 8 ;   S a e z - R o d r i g u e z   J ,   2 0 0 9 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m s b . 2 0 0 9 . 8 7 ;   S a k h a n e n k o   N A ,   2 0 1 0 ,   J   C O M P U T   B I O L ,   V 1 7 ,   P 1 4 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / c m b . 2 0 1 0 . 0 0 4 4 ;   S e a s h o r e - L u d l o w   B ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 5 ,   P 1 2 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 5 - 0 2 3 5 ;   S h m u l e v i c h   I ,   2 0 0 4 ,   P H Y S   R E V   L E T T ,   V 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v L e t t . 9 3 . 0 4 8 7 0 1 ;   W e i   W H ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 5 ,   P 7 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 7 4 7 ;   Y a n g   W J ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 1 1 1 ;   Y u a n   T L ,   2 0 0 8 ,   O N C O G E N E ,   V 2 7 ,   P 5 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 0 8 . 2 4 5 ;   Z o u   H ,   2 0 0 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 7 ,   P 3 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 5 . 0 0 5 0 3 . x 	 2 9 	 0 	 0 	 5 	 5 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 N O V   2 3 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 6 8 1 2 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 6 8 1 2 	 	 1 4 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E C 7 T V 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 3 4 4 1 0 0 0 0 1 	 2 7 8 7 6 8 2 1 	 
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 J 	 A c h a r j e e ,   A ;   A m e n t ,   Z ;   W e s t ,   J A ;   S t a n l e y ,   E ;   G r i f f i n ,   J L 	 	 	 	 A c h a r j e e ,   A n i m e s h ;   A m e n t ,   Z s u z s a n n a ;   W e s t ,   J a m e s   A . ;   S t a n l e y ,   E l i z a b e t h ;   G r i f f i n ,   J u l i a n   L . 	 	 	 I n t e g r a t i o n   o f   m e t a b o l o m i c s ,   l i p i d o m i c s   a n d   c l i n i c a l   d a t a   u s i n g   a   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 R A N D O M   F O R E S T S ;   O B E S I T Y ;   R A T ;   M E T A B O L I S M ;   C E L L S ;   A C I D 	 B a c k g r o u n d :   T h e   r e c e n t   p a n d e m i c   o f   o b e s i t y   a n d   t h e   m e t a b o l i c   s y n d r o m e   ( M e t S )   h a s   l e d   t o   t h e   r e a l i s a t i o n   t h a t   n e w   d r u g   t a r g e t s   a r e   n e e d e d   t o   e i t h e r   r e d u c e  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 d a t a s e t s   w e r e   a b l e   t o   m o d e l   d o s e   a n d   c l i n i c a l   c h e m i s t r y   r e s u l t s ,   w i t h   t h e   d i f f e r e n t   d a t a s e t s   h a v i n g   v e r y   d i f f e r e n t   i n f o r m a t i o n   c o n t e n t .   C o n c l u s i o n s :   W e   f o u n d   l i p i d o m i c s   ( D i r e c t   I n f u s i o n - M a s s   S p e c t r o m e t r y )   d a t a   t h e   m o s t   p r e d i c t i v e   f o r   d i f f e r e n t   d o s e   r e s p o n s e s .   I n   a d d i t i o n ,   a s s o c i a t i o n s   w i t h   t h e   m e t a b o l i c   a n d   l i p i d o m i c   d a t a   w i t h   a s p a r t a t e   a m i n o   t r a n s a m i n a s e   ( A S T ) ,   a   h e p a t i c   l e a k a g e   e n z y m e   t o   a s s e s s   o r g a n   d a m a g e ,   a n d   a l b u m i n ,   i n d i c a t i v e   o f   a l t e r e d   l i v e r   s y n t h e t i c   f u n c t i o n ,   w e r e   e s t a b l i s h e d .   F u r t h e r m o r e ,   b y   e s t a b l i s h i n g   c o r r e l a t i o n s   a n d   n e t w o r k   c o n n e c t i o n s   b e t w e e n   e i c o s a n o i d s ,   p h o s p h o l i p i d s   a n d   t r i a c y l g l y c e r o l s ,   w e   p r o v i d e   e v i d e n c e   t h a t   t h e s e   l i p i d s   f u n c t i o n   a s   a   k e y   l i n k   b e t w e e n   i n f l a m m a t o r y   p r o c e s s e s   a n d   i n t e r m e d i a r y   m e t a b o l i s m . 	 [ A c h a r j e e ,   A n i m e s h ;   A m e n t ,   Z s u z s a n n a ;   W e s t ,   J a m e s   A . ;   S t a n l e y ,   E l i z a b e t h ;   G r i f f i n ,   J u l i a n   L . ]   M R C ,   E l s i e   W i d d o w s o n   L a b ,   1 2 0   F u l b o u r n   R d ,   C a m b r i d g e   C B 1   9 N L ,   E n g l a n d ;   [ A c h a r j e e ,   A n i m e s h ;   G r i f f i n ,   J u l i a n   L . ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   D e p t   B i o c h e m ,   8 0   T e n n i s   C o u r t   R d ,   C a m b r i d g e   C B 2   1 G A ,   E n g l a n d ;   [ A c h a r j e e ,   A n i m e s h ;   G r i f f i n ,   J u l i a n   L . ]   U n i v   C a m b r i d g e ,   C a m b r i d g e   S y s t   B i o l   C t r ,   8 0   T e n n i s   C o u r t   R d ,   C a m b r i d g e   C B 2   1 G A ,   E n g l a n d 	 G r i f f i n ,   J L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M R C ,   E l s i e   W i d d o w s o n   L a b ,   1 2 0   F u l b o u r n   R d ,   C a m b r i d g e   C B 1   9 N L ,   E n g l a n d . ;   G r i f f i n ,   J L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a m b r i d g e ,   D e p t   B i o c h e m ,   8 0   T e n n i s   C o u r t   R d ,   C a m b r i d g e   C B 2   1 G A ,   E n g l a n d . ;   G r i f f i n ,   J L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a m b r i d g e ,   C a m b r i d g e   S y s t   B i o l   C t r ,   8 0   T e n n i s   C o u r t   R d ,   C a m b r i d g e   C B 2   1 G A ,   E n g l a n d . 	 J u l e s . G r i f f i n @ m r c - h n r . c a m . a c . u k 	 	 	 M R C   [ M C _ U P _ A 0 9 0 _ 1 0 0 6 ,   M C _ P C _ 1 3 0 3 0 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   M R C   p r o g r a m m e   a w a r d   L i p i d   P r o f i l i n g   a n d   S i g n a l l i n g   ( M C _ U P _ A 0 9 0 _ 1 0 0 6 )   a n d   M R C   S u p p l e m e n t a r y   A w a r d   L i p i d   d y n a m i c s   a n d   R e g u l a t i o n   ( P r o p o s a l   t o   e n h a n c e   l i n k e d   r e s e a r c h   i n   h u m a n   f a t   m e t a b o l i s m   &   p a t h o p h y s i o l o g y   b e t w e e n   M R C   H N R ,   M R C   M D U   a n d   M R C   E U ;   r e f e r e n c e   n u m b e r   M C _ P C _ 1 3 0 3 0 ) .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   a l s o   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   G l a x o S m i t h K l i n e   f o r   t h e   g e n e r o u s   p r o v i s i o n   o f   t i s s u e   s a m p l e s   t o   e n a b l e   t h e   w o r k .   W e   w o u l d   a l s o   l i k e   t o   a c k n o w l e d g e   t h e   a n o n y m o u s   r e v i e w e r s   f o r   t h e i r   c o n s t r u c t i v e   f e e d b a c k . 	 A a r d e m a   M J ,   2 0 0 2 ,   M U T A T   R E S - F U N D   M O L   M ,   V 4 9 9 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 7 - 5 1 0 7 ( 0 1 ) 0 0 2 9 2 - 5 ;   A c h a r j e e   A ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 7 0 5 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 5 0 ;   A m e n t   Z ,   2 0 1 6 ,   F R E E   R A D I C A L   B I O   M E D ,   V 9 5 ,   P 3 5 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . f r e e r a d b i o m e d . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 3 3 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . f r e e r a d b i o m e d . 2 0 1 6 . 1 1 . 0 3 3 ] ;   A m e n t   Z ,   2 0 1 3 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 5 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 4 0 0 7 7 6 6 ;   A m e n t   Z ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   M E D ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g m 3 3 1 ;   B A R N E S   J M ,   1 9 5 4 ,   P H A R M A C O L   R E V ,   V 6 ,   P 1 9 1 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   C h e n   H H ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   O B E S I T Y ,   V 3 9 ,   P 1 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / i j o . 2 0 1 5 . 6 5 ;   C h e n   W ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 6 0 5 6 ;   D i a z - U r i a r t e   R ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 3 ;   D i c h l b e r g e r   A ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   P H A R M A C O L ,   V 7 8 5 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j p h a r . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 2 0 ;   E i c h m a n n   K ,   2 0 1 5 ,   C E L L   M O L   L I F E   S C I ,   V 7 2 ,   P 4 0 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 1 8 - 0 1 5 - 2 0 5 1 - 7 ;   E p a n d   R M ,   2 0 0 7 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 4 6 ,   P 1 4 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 7 0 1 5 8 4 v ;   E s s e r   N ,   2 0 1 4 ,   D I A B E T E S   R E S   C L I N   P R ,   V 1 0 5 ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d i a b r e s . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 0 6 ;   F o r t i n o   V ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 7 8 0 1 ;   G a r c i a   G M ,   2 0 1 5 ,   J   C O N T R O L   R E L E A S E ,   V 2 0 9 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c o n r e l . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 3 3 ;   R o l i m   A E H ,   2 0 1 5 ,   G E N E ,   V 5 5 4 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 3 9 ;   H u a n g   W ,   2 0 1 0 ,   D I A B E T E S ,   V 5 9 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d b 0 9 - 0 0 1 6 ;   J e n k i n s   B ,   2 0 1 5 ,   M O L E C U L E S ,   V 2 0 ,   P 2 4 2 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 2 0 0 2 2 4 2 5 ;   K a u r   J . ,   2 0 1 4 ,   C A R D I O L   R E S   P R A C T ,   V 2 0 1 4 ;   K i m   S e o n g h o ,   2 0 1 5 ,   C o m m u n   S t a t   A p p l   M e t h o d s ,   V 2 2 ,   P 6 6 5 ;   L e h m a n   A J ,   1 9 5 5 ,   F O O D   D R U G   C O S M E T   L A W ,   V 1 0 ,   P 6 7 9 ;   L i a w   A . ,   2 0 0 2 ,   R   N E W S ,   V 2 ,   P 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 5 4 4 0 5 9 1 0 4 0 8 3 0 0 5 1 6 ;   R I N A L D O   P ,   1 9 9 1 ,   P E D I A T R   R E S ,   V 3 0 ,   P 2 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 3 / 0 0 0 0 6 4 5 0 - 1 9 9 1 0 9 0 0 0 - 0 0 0 0 2 ;   R o b e r t s   L D ,   2 0 1 4 ,   M E T A B O L O M I C S   A N D   S Y S T E M S   B I O L O G Y   I N   H U M A N   H E A L T H   A N D   M E D I C I N E ,   P 1 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 9 / 9 7 8 1 7 8 0 6 4 2 0 0 0 . 0 1 4 1 ;   R o b e r t s   L D ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D   E N Z Y M O L ,   V 5 3 8 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / B 9 7 8 - 0 - 1 2 - 8 0 0 2 8 0 - 3 . 0 0 0 1 2 - 8 ;   S a n t i n   J R ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 6 8 9 4 ;   S c o t t   I M ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 8 0 1 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 2 7 ;   T s a m a r d i n o s   I ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   A R T I F   I N T E L L   T ,   V 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 8 2 1 3 0 1 5 4 0 0 2 3 0 ;   W a t e r m a n   C L ,   2 0 1 0 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 1 - 9 ;   W i l l i n g e r   C ,   2 0 1 4 ,   C I R C U L A T I O N ,   V 1 3 0 ;   W O O D   R ,   1 9 6 9 ,   A R C H   B I O C H E M   B I O P H Y S ,   V 1 3 5 ,   P 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 3 - 9 8 6 1 ( 6 9 ) 9 0 5 4 0 - 2 ;   Z u o   Y M ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D S ,   V 6 9 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 0 	 3 3 	 0 	 0 	 1 1 	 1 1 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 0 5 	 	 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 B M C   B i o i n f o r m a t i c s 	 N O V   2 2 	 2 0 1 6 	 1 7 	 	 	 1 5 	 	 	 	 	 4 4 0 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 6 - 1 2 9 2 - 2 	 	 1 3 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E I 4 N M 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 4 7 0 5 0 0 0 0 3 	 2 8 1 8 5 5 7 5 	 
 
 J 	 Z h a n g ,   Y D ;   W a n g ,   J ;   W u ,   C J ;   B a o ,   M L ;   L i ,   H ;   W a n g ,   X N ;   T a o ,   J ;   S h i ,   H B 	 	 	 	 Z h a n g ,   Y u - D o n g ;   W a n g ,   J i n g ;   W u ,   C h e n - J i a n g ;   B a o ,   M e i - L i n g ;   L i ,   H a i ;   W a n g ,   X i a o - N i n g ;   T a o ,   J u n ;   S h i ,   H a i - B i n 	 	 	 A n   i m a g i n g - b a s e d   a p p r o a c h   p r e d i c t s   c l i n i c a l   o u t c o m e s   i n   p r o s t a t e   c a n c e r   t h r o u g h   a   n o v e l   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   c l a s s i f i c a t i o n 	 O n c o t a r g e t 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 p r o s t a t e   c a n c e r ;   b i o c h e m i c a l   r e c u r r e n c e ;   M R I ;   r a d i c a l   p r o s t a t e c t o m y ;   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e 	 C O M P U T E R - A I D E D   D I A G N O S I S ;   R A D I C A L   P R O S T A T E C T O M Y ;   B I O C H E M I C A L   R E C U R R E N C E ;   N E U R A L - N E T W O R K ;   G L E A S O N   S C O R E ;   E A U   G U I D E L I N E S ;   M R I ;   A G G R E S S I V E N E S S ;   R A D I O T H E R A P Y ;   V A R I A B L E S 	 P r e o p e r a t i v e l y   p r e d i c t   t h e   p r o b a b i l i t y   o f   P r o s t a t e   c a n c e r   ( P C a )   b i o c h e m i c a l   r e c u r r e n c e   ( B C R )   i s   o f   d e f i n i t e   c l i n i c a l   r e l e v a n c e .   T h e   p u r p o s e   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t o   d e v e l o p   a n   i m a g i n g - b a s e d   a p p r o a c h   i n   t h e   p r e d i c t i o n   o f   3 - y e a r s   B C R   t h r o u g h   a   n o v e l   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   c l a s s i f i c a t i o n .   W e   c o l l e c t e d   c l i n i c o p a t h o l o g i c   a n d   M R   i m a g i n g   d a t a s e t s   i n   2 0 5   p a t i e n t s   p a t h o l o g i c a l l y   c o n f i r m e d   P C a   a f t e r   r a d i c a l   p r o s t a t e c t o m y .   U n i v a r i a b l e   a n d   m u l t i v a r i a b l e   a n a l y s e s   w e r e   u s e d   t o   a s s e s s   t h e   a s s o c i a t i o n   b e t w e e n   M R   f i n d i n g s   a n d   3 - y e a r s   B C R ,   a n d   m o d e l e d   t h e   i m a g i n g   v a r i a b l e s   a n d   f o l l o w - u p   d a t a   t o   p r e d i c t   3 - y e a r   P C a   B C R   u s i n g   S V M   a n a l y s i s .   T h e   p e r f o r m a n c e   o f   S V M   w a s   c o m p a r e d   w i t h   c o n v e n t i o n a l   L o g i s t i c   r e g r e s s i o n   ( L R )   a n d   D ' A m i c o   r i s k   s t r a t i f i c a t i o n   s c h e m e   b y   a r e a   u n d e r   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   c u r v e   ( A z )   a n a l y s i s .   W e   f o u n d   t h a t   S V M   h a d   s i g n i f i c a n t l y   h i g h e r   A z   ( 0 . 9 5 9   v s .   0 . 8 8 6 ;   p   =   0 . 0 0 7 ) ,   s e n s i t i v i t y   ( 9 3 . 3 %   v s .   8 3 . 3 % ;   p   =   0 . 0 2 5 ) ,   s p e c i f i c i t y   ( 9 1 . 7 %   v s .   7 7 . 2 % ;   p   =   0 . 0 0 9 )   a n d   a c c u r a c y   ( 9 2 . 2 %   v s .   7 9 . 0 % ;   p   =   0 . 0 0 6 )   t h a n   L R   a n a l y s i s .   P e r f o r m a n c e   o f   p o p u l a r i z e d   D ' A m i c o   s c h e m e   w a s   e f f e c t i v e l y   i m p r o v e d   b y   a d d i n g   M R I - d e r i v e d   v a r i a b l e s   ( A z :   0 . 9 7 0   v s .   0 . 8 5 9 ,   p   <   0 . 0 0 1 ;   s e n s i t i v i t y :   9 1 . 7 %   v s .   8 6 . 7 % ,   p   =   0 . 0 3 1 ;   s p e c i f i c i t y :   9 4 . 5 %   v s .   7 8 . 6 % ,   p   =   0 . 0 0 1 ;   a n d   a c c u r a c y :   9 3 . 7 %   v s .   8 1 . 0 % ,   p   =   0 . 0 0 7 ) .   A d d i t i o n a l l y ,   b e s i d e   p a t h o l o g i c a l   G l e a s o n   s c o r e   ( h a z a r d   r a t i o   [ H R ]   =   1 . 5 6 0 ,   p   =   0 . 0 0 8 ) ,   s u r g i c a l - T 3 b   ( H R   =   4 . 5 2 5 ,   p   <   0 . 0 0 1 )   a n d   p o s i t i v e   s u r g i c a l   m a r g i n   ( H R   =   1 . 3 1 4 ,   p   =   0 . 0 0 7 ) ,   a p p a r e n t   d i f f u s i o n   c o e f f i c i e n t   ( H R   =   0 . 1 4 9 ,   p   =   0 . 0 3 5 )   w a s   t h e   o n l y   i n d e p e n d e n t   i m a g i n g   p r e d i c t o r   o f   t i m e   t o   P S A   f a i l u r e .   T h e r e f o r e ,   W e   c o n c l u d e d   t h a t   i m a g i n g - b a s e d   a p p r o a c h   u s i n g   S V M   w a s   s u p e r i o r   t o   L R   a n a l y s i s   i n   p r e d i c t i n g   P C a   o u t c o m e .   A d d i n g   M R   v a r i a b l e s   i m p r o v e d   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   D ' A m i c o   s c h e m e . 	 [ Z h a n g ,   Y u - D o n g ;   W u ,   C h e n - J i a n g ;   W a n g ,   X i a o - N i n g ;   S h i ,   H a i - B i n ]   N a n j i n g   M e d   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   D e p t   R a d i o l ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ W a n g ,   J i n g ]   C F D A ,   C t r   M e d   D e v i c e   E v a l u a t ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ B a o ,   M e i - L i n g ;   L i ,   H a i ]   N a n j i n g   M e d   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   D e p t   P a t h o l ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ T a o ,   J u n ]   N a n j i n g   M e d   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   D e p t   U r o l ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 S h i ,   H B   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a n j i n g   M e d   U n i v ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   D e p t   R a d i o l ,   N a n j i n g ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 n j m u _ s h b @ 1 6 3 . c o m 	 	 W u ,   C h e n - j i a n g / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 1 7 2 8 - 4 3 8 0 	 	 	 A b d o l l a h   F ,   2 0 1 3 ,   E U R   U R O L ,   V 6 4 ,   P 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 0 6 ;   B a r e n t s z   J O ,   2 0 1 2 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 2 ,   P 7 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 1 - 2 3 7 7 - y ;   B e v i l a c q u a   V ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - S 7 - S 9 ;   C a p i t a n i o   U ,   2 0 0 8 ,   E U R   U R O L ,   V 5 4 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 1 8 ;   C o o p e r b e r g   M R ,   2 0 0 5 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 3 ,   P 1 9 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . j u . 0 0 0 0 1 5 8 1 5 5 . 3 3 8 9 0 . e 7 ;   D ' A m i c o   A V ,   1 9 9 8 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 8 0 ,   P 9 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 8 0 . 1 1 . 9 6 9 ;   E m b l e m   K E ,   2 0 1 4 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 0 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 3 9 0 ;   E p s t e i n   J I ,   2 0 0 5 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 2 9 ,   P 1 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . p a s . 0 0 0 0 1 7 3 6 4 6 . 9 9 3 3 7 . b 1 ;   F u c h s j a g e r   M H ,   2 0 0 9 ,   B J U   I N T ,   V 1 0 4 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 4 - 4 1 0 X . 2 0 0 9 . 0 8 4 0 6 . x ;   G a l i n s k y   K J ,   2 0 1 6 ,   A M   J   H U M   G E N E T ,   V 9 8 ,   P 4 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a j h g . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 2 2 ;   H a m b r o c k   T ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 9 ,   P 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 1 0 9 1 4 0 9 ;   H e i d e n r e i c h   A ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 5 ,   P 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 2 ;   H e i d e n r e i c h   A ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 5 ,   P 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 4 6 ;   J u n g   S I ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 9 ,   P 4 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 3 0 0 2 9 ;   L a r r o z a   A ,   2 0 1 5 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 2 ,   P 1 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 9 1 3 ;   L e e   H J ,   2 0 1 0 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 0 ,   P 1 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 0 9 - 1 6 8 6 - x ;   L i   B Y ,   2 0 1 6 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 9 1 3 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 4 2 ;   L u g h e z z a n i   G ,   2 0 1 0 ,   E U R   U R O L ,   V 5 7 ,   P 5 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 0 3 ;   M o r o t e   J ,   2 0 1 0 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 8 4 ,   P 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 1 0 . 0 3 . 1 4 4 ;   M o u r a o - M i r a n d a   J ,   2 0 1 2 ,   P S Y C H O L   M E D ,   V 4 2 ,   P 1 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 3 3 2 9 1 7 1 1 0 0 2 0 0 5 ;   P a r k   J J ,   2 0 1 4 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 2 0 2 ,   p W 4 5 9 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 3 . 1 1 3 8 1 ;   P a r k   S Y ,   2 0 1 6 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 6 ,   P 2 5 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 4 0 7 7 - 5 ;   P a r k   S Y ,   2 0 1 1 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 1 ,   P 1 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 0 - 1 9 9 9 - 9 ;   P e n g   Y H ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 7 ,   P 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 1 4 5 4 ;   P o u l a k i s   V ,   2 0 0 4 ,   E U R   U R O L ,   V 4 6 ,   P 5 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 1 0 ;   P o u l a k i s   V ,   2 0 0 4 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 2 ,   P 1 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . j u . 0 0 0 0 1 3 9 8 8 1 . 0 4 1 2 6 . b 6 ;   R i g a t t i   P ,   2 0 1 1 ,   E U R   U R O L ,   V 6 0 ,   P 9 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 1 . 0 7 . 0 6 0 ;   R o s e n k r a n t z   A B ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 9 ,   P 4 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 2 2 3 3 ;   S o y l u   F N ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 7 ,   P 7 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 1 3 1 9 ;   S t e p h e n s o n   A J ,   2 0 0 6 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 8 ,   P 7 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / d j j 1 9 0 ;   S u n g   Y S ,   2 0 1 1 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 1 9 7 ,   P 1 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 0 . 6 0 6 2 ;   T u r k b e y   B ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 8 ,   P 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 0 1 0 0 6 6 7 ;   V a r g a s   H A ,   2 0 1 1 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 5 9 ,   P 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 1 1 0 2 0 6 6 ;   W a n g   Q ,   2 0 1 5 ,   U R O L O G I C   O N C O L O G Y ,   V 3 3 ;   W a n g   S ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D I Z I N I S C H E   T E C H ;   W a n g   Z ,   2 0 1 4 ,   H U M   B R A I N   M A P P ,   V 3 5 ,   P 2 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h b m . 2 2 4 4 5 ;   Y a k a r   D ,   2 0 1 2 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 2 7 9 0 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 9 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 4 - 3 5 1 1 - 4 	 3 8 	 0 	 0 	 5 	 5 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 A L B A N Y 	 6 2 1 1   T I P T O N   H O U S E ,   S T E   6 ,   A L B A N Y ,   N Y   1 2 2 0 3   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 N O V   2 2 	 2 0 1 6 	 7 	 4 7 	 	 	 	 	 7 8 1 4 0 	 7 8 1 5 1 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 1 2 9 3 	 	 1 2 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E E 5 G K 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 6 3 3 4 0 0 1 4 4 	 2 7 5 4 2 2 0 1 	 
 
 J 	 M o n t e i r o ,   M S ;   B a r r o s ,   A S ;   P i n t o ,   J ;   C a r v a l h o ,   M ;   P i r e s - L u i s ,   A S ;   H e n r i q u e ,   R ;   J e r o n i m o ,   C ;   B a s t o s ,   M D L ;   G i l ,   A M ;   d e   P i n h o ,   P G 	 	 	 	 M o n t e i r o ,   M a r c i a   S . ;   B a r r o s ,   A n t o n i o   S . ;   P i n t o ,   J o a n a ;   C a r v a l h o ,   M a r c i a ;   P i r e s - L u i s ,   A n a   S . ;   H e n r i q u e ,   R u i ;   J e r o n i m o ,   C a r m e n ;   B a s t o s ,   M a r i a   d e   L o u r d e s ;   G i l ,   A n a   M . ;   d e   P i n h o ,   P a u l a   G u e d e s 	 	 	 N u c l e a r   M a g n e t i c   R e s o n a n c e   m e t a b o l o m i c s   r e v e a l s   a n   e x c r e t o r y   m e t a b o l i c   s i g n a t u r e   o f   r e n a l   c e l l   c a r c i n o m a 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 T R I M E S T E R   M A T E R N A L   U R I N E ;   H U M A N   C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   N M R - B A S E D   M E T A B O N O M I C S ;   A T P - C I T R A T E   L Y A S E ;   K I D N E Y   C A N C E R ;   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   P R O F I L I N G   R E V E A L S ;   B R E A S T - C A N C E R ;   L U N G - C A N C E R ;   H E P A T O C E L L U L A R - C A R C I N O M A 	 R C C   u s u a l l y   d e v e l o p s   a n d   p r o g r e s s e s   a s y m p t o m a t i c a l l y   a n d ,   w h e n   d e t e c t e d ,   i t   i s   f r e q u e n t l y   a t   a d v a n c e d   s t a g e s   a n d   m e t a s t a t i c ,   e n t a i l i n g   a   d i s m a l   p r o g n o s i s .   T h e r e f o r e ,   t h e r e   i s   a n   o b v i o u s   d e m a n d   f o r   n e w   s t r a t e g i e s   e n a b l i n g   a n   e a r l i e r   d i a g n o s i s .   T h e   i m p o r t a n c e   o f   m e t a b o l i c   r e a r r a n g e m e n t s   f o r   c a r c i n o g e n e s i s   u n l o c k e d   a   n e w   a p p r o a c h   f o r   c a n c e r   r e s e a r c h ,   c a t a l y z i n g   t h e   i n c r e a s e d   u s e   o f   m e t a b o l o m i c s .   T h e   p r e s e n t   s t u d y   a i m e d   t h e   N M R   m e t a b o l i c   p r o f i l i n g   o f   R C C   i n   u r i n e   s a m p l e s   f r o m   a   c o h o r t   o f   R C C   p a t i e n t s   ( n   =   4 2 )   a n d   c o n t r o l s   ( n   =   4 9 ) .   T h e   m e t h o d o l o g y   e n t a i l e d   v a r i a b l e   s e l e c t i o n   o f   t h e   s p e c t r a   i n   t a n d e m   w i t h   m u l t i v a r i a t e   a n a l y s i s   a n d   v a l i d a t i o n   p r o c e d u r e s .   T h e   r e t r i e v a l   o f   a   d i s e a s e   s i g n a t u r e   w a s   p r e c e d e d   b y   a   s y s t e m a t i c   e v a l u a t i o n   o f   t h e   i m p a c t s   o f   s u b j e c t   a g e ,   g e n d e r ,   B M I ,   a n d   s m o k i n g   h a b i t s .   T h e   i m p a c t   o f  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 H e n r i q u e ,   R u i ;   J e r o n i m o ,   C a r m e n ]   R e s   C t r   C I   I P O P ,   P o r t u g u e s e   O n c o l   I n s t   P o r t o   I P O   P o r t o ,   C a n c   B i o l   &   E p i g e n e t   G r p ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ P i r e s - L u i s ,   A n a   S . ;   H e n r i q u e ,   R u i ;   J e r o n i m o ,   C a r m e n ]   P o r t u g u e s e   O n c o l   I n s t   P o r t o   I P O   P o r t o ,   D e p t   P a t h o l ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ H e n r i q u e ,   R u i ]   U n i v   P o r t o ,   D e p t   P a t h o l ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ H e n r i q u e ,   R u i ]   U n i v   P o r t o ,   M o l   I m m u n o l   B i o m e d   S c i   I n s t   I C B A S ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l 	 M o n t e i r o ,   M S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   P o r t o ,   T o x i c o l   L a b ,   F a c   P h a r m ,   U C I B I O   R E Q U I M T E ,   O p o r t o ,   P o r t u g a l . ;   G i l ,   A M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A v e i r o ,   D e p t   Q u i m ,   C I C E C O   I n s t   M a t   A v e i r o ,   P - 3 8 1 0 1 9 3   A v e i r o ,   P o r t u g a l . 	 a i c r a m _ m o n t e i r o @ h o t m a i l . c o m ;   a g i l @ u a . p t 	 H e n r i q u e ,   R u i / I - 2 7 5 7 - 2 0 1 3 ;   C a r v a l h o ,   M a r c i a / D - 5 9 9 9 - 2 0 1 3 	 H e n r i q u e ,   R u i / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 3 1 7 1 - 4 6 6 6 ;   G u e d e s   d e   P i n h o ,   P a u l a / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 7 3 9 5 - 5 7 0 0 	 E u r o p e a n   U n i o n   ( F E D E R )   [ P O C I / 0 1 / 0 1 4 5 / F E D E R / 0 0 7 7 2 8 ] ;   N a t i o n a l   F u n d s   ( F C T / M E C ,   F u n d a c a o   p a r a   a   C i e n c i a   e   T e c n o l o g i a   a n d   M i n i s t e r i o   d a   E d u c a c a o   e   C i e n c i a )   [ U I D / M U L T I / 0 4 3 7 8 / 2 0 1 3 ] ;   n a t i o n a l   f u n d s   t h r o u g h   t h e   F C T / M E C   [ P O C I - 0 1 - 0 1 4 5 - F E D E R   0 0 7 6 7 9 ,   U I D   / C T M / 5 0 0 1 1 / 2 0 1 3 ] ;   F E D E R ;   F u n d a c a o   p a r a   a   C i e n c i a   e   T e c n o l o g i a   ( F C T ) ;   F C T   [ S F R H / B D / 8 0 5 1 8 / 2 0 1 1 ,   S F R H / B D / 7 3 3 4 3 / 2 0 1 0 ] 	 T h i s   w o r k   r e c e i v e d   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   t h e   E u r o p e a n   U n i o n   ( F E D E R   f u n d s   P O C I / 0 1 / 0 1 4 5 / F E D E R / 0 0 7 7 2 8 )   a n d   N a t i o n a l   F u n d s   ( F C T / M E C ,   F u n d a c a o   p a r a   a   C i e n c i a   e   T e c n o l o g i a   a n d   M i n i s t e r i o   d a   E d u c a c a o   e   C i e n c i a )   u n d e r   t h e   P a r t n e r s h i p   A g r e e m e n t   P T 2 0 2 0   U I D / M U L T I / 0 4 3 7 8 / 2 0 1 3 .   I t   w a s   a l s o   d e v e l o p e d   w i t h i n   t h e   s c o p e   o f   t h e   p r o j e c t   C I C E C O - A v e i r o   I n s t i t u t e   o f   M a t e r i a l s ,   P O C I - 0 1 - 0 1 4 5 - F E D E R   0 0 7 6 7 9   ( F C T   R e f .   U I D   / C T M / 5 0 0 1 1 / 2 0 1 3 ) ,   f i n a n c e d   b y   n a t i o n a l   f u n d s   t h r o u g h   t h e   F C T / M E C   a n d   w h e n   a p p r o p r i a t e   c o - f i n a n c e d   b y   F E D E R   u n d e r   t h e   P T 2 0 2 0   P a r t n e r s h i p   A g r e e m e n t .   T h e   a u t h o r s   a c k n o w l e d g e   t h e   P o r t u g u e s e   N a t i o n a l   N M R   N e t w o r k   ( R N R M N ) ,   s u p p o r t e d   b y   F u n d a c a o   p a r a   a   C i e n c i a   e   T e c n o l o g i a   ( F C T )   a n d   M .   S p r a u l ,   B r u k e r   B i o S p i n ,   G e r m a n y ,   f o r   a c c e s s   t o   s o f t w a r e   a n d   s p e c t r a l   d a t a b a s e s .   M . S . M .   a n d   J . P .   a c k n o w l e d g e   F C T   f o r   P h D   g r a n t s   S F R H / B D / 8 0 5 1 8 / 2 0 1 1   a n d   S F R H / B D / 7 3 3 4 3 / 2 0 1 0 ,   r e s p e c t i v e l y . 	 A b a f f y   T . ,   2 0 1 3 ,   M E T A B O L O M I C S ,   P 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 6 - 0 1 3 - 0 5 2 3 - z ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 1 3 0 6 - 0 1 3 - 0 5 2 3 - Z ] ;   A m e l i o   I ,   2 0 1 4 ,   T R E N D S   B I O C H E M   S C I ,   V 3 9 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i b s . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 4 ;   A n i t a   T .   T . ,   U R I N A R Y   M E T A B O L O M I C ;   B E N J A M I N I   Y ,   1 9 9 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 7 ,   P 2 8 9 ;   B e r b e n   L ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   N U R S   S T U D ,   V 4 9 ,   P 1 0 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j n u r s t u . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 5 ;   B h a t t   J R ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   U R O L ,   V 1 1 ,   P 5 1 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n r u r o l . 2 0 1 4 . 1 9 4 ,   1 0 . 1 0 3 8 / n r u r o 1 . 2 0 1 4 . 1 9 4 ] ;   B O N A S   J E ,   1 9 6 3 ,   M I C R O C H E M   J ,   V 7 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 6 - 2 6 5 X ( 6 3 ) 9 0 0 1 2 - 2 ;   B o u a t r a   S ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 3 0 7 6 ;   B r o s n a n   J T ,   2 0 1 1 ,   A M I N O   A C I D S ,   V 4 0 ,   P 1 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 7 2 6 - 0 1 1 - 0 8 5 3 - y ;   C a i r n s   P ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   B I O M A R K ,   V 9 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / C B M - 2 0 1 1 - 0 1 7 6 ;   C a l v a n i   R ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   O B E S I T Y ,   V 3 4 ,   P 1 0 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / i j o . 2 0 1 0 . 4 4 ;   C a n t o r   J R ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 2 ,   P 8 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 2 - 0 3 4 5 ;   C a r r o l a   J ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 0 8 9 9 x ;   C a t c h p o l e   G ,   2 0 1 1 ,   J   C E L L   M O L   M E D ,   V 1 5 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 8 2 - 4 9 3 4 . 2 0 0 9 . 0 0 9 3 9 . x ;   C h a n   A W ,   2 0 1 4 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 2 0 ,   P 1 2 8 7 4 ,   D O I   1 0 . 3 7 4 8 / w j g . v 2 0 . i 3 6 . 1 2 8 7 4 ;   C h a n   E C Y ,   2 0 0 9 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 8 ,   P 3 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 8 0 0 6 2 3 2 ;   C h e n   J ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 5 0 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 3 9 ;   C h e n   J . - L . ,   2 0 1 2 ,   G A S T R O E N T   R E S   P R A C T ,   V 2 0 1 2 ,   P 8 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 1 2 5 8 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 1 2 5 8 9 0 ] ;   C h e n   Y R ,   2 0 1 5 ,   J   C A N C E R   R E S   C L I N ,   V 1 4 1 ,   P 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 3 2 - 0 1 4 - 1 8 4 6 - 5 ;   C h e n g   Y ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 1 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 2 0 1 0 0 1 a ;   C l o a r e c   O ,   2 0 0 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 7 ,   P 1 2 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 4 8 6 3 0 x ;   C r o s s   A J ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 0 ,   P 3 0 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 8 7 9 9 ;   C u i   M ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D   C H R O M A T O G R ,   V 3 0 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b m c . 3 5 5 6 ;   D e B e r a r d i n i s   R J ,   2 0 0 8 ,   C U R R   O P I N   G E N E T   D E V ,   V 1 8 ,   P 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g d e . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 0 3 ;   D e n k e r t   C ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 6 ,   P 1 0 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 6 - 0 7 5 5 ;   D i a z   S O ,   2 0 1 3 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 9 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 4 0 0 2 3 5 5 ;   D i a z   S O ,   2 0 1 3 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 9 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 3 0 1 0 2 2 e ;   D i a z   S O ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 3 7 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 2 0 0 3 5 2 m ;   D i a z   S .   O . ,   2 0 1 4 ,   T H E S I S ;   D i e t e r l e   F ,   2 0 0 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 8 ,   P 4 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 5 1 6 3 2 c ;   D u a r t e   I F ,   2 0 1 2 ,   P R O G   N U C L   M A G   R E S   S P ,   V 6 2 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p n m r s . 2 0 1 1 . 1 1 . 0 0 2 ;   E l k h a l e d   A ,   2 0 1 4 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 7 ,   P 5 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 3 0 9 7 ;   F a n   J ,   2 0 1 2 ,   G A S T R O E N T   R E S   P R A C T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 4 7 4 9 0 7 ;   F e r o n   O ,   2 0 0 9 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 9 2 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 2 5 ;   F e r r e i r a   L M R ,   2 0 1 0 ,   E X P   M O L   P A T H O L ,   V 8 9 ,   P 3 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x m p . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 0 6 ;   F i t i a n   A I ,   2 0 1 4 ,   L I V E R   I N T ,   V 3 4 ,   P 1 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / l i v . 1 2 5 4 1 ;   F r e z z a   C ,   2 0 0 9 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 9 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 0 8 ;   G a n t i   S ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 3 4 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 3 1 0 5 ;   G a n t i   S ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 0 ,   P 2 7 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 6 2 7 4 ;   G a o   H C ,   2 0 0 8 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 2 4 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 5 1 ;   G a o   H C ,   2 0 1 2 ,   J   C A N C E R   R E S   C L I N ,   V 1 3 8 ,   P 7 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 3 2 - 0 1 1 - 1 1 3 4 - 6 ;   G a o   H C ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   S C I ,   V 1 0 0 ,   P 7 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 4 9 - 7 0 0 6 . 2 0 0 9 . 0 1 0 8 6 . x ;   G i l   A M ,   2 0 1 5 ,   B I O A N A L Y S I S ,   V 7 ,   P 2 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 5 5 / b i o . 1 5 . 1 6 7 ;   H a k i m i   A A ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 9 ,   P 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c e l l . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 4 ;   H o l m e s   E ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 3 ,   P 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 6 8 8 2 ;   H o w e   F A ,   2 0 0 3 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 4 9 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 0 3 6 7 ;   H u a n g   Z Z ,   2 0 1 1 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 1 . 0 0 7 9 2 2 ;   I c a r d   P ,   2 0 1 2 ,   B B A - R E V   C A N C E R ,   V 1 8 2 5 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b c a n . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 7 ;   I s r a e l   M ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 1 0 - 7 0 ;   J a i n   M ,   2 0 1 2 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 6 ,   P 1 0 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 1 8 5 9 5 ;   J O N E S   M R ,   1 9 7 8 ,   K I D N E Y   I N T ,   V 1 4 ,   P 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / k i . 1 9 7 8 . 1 0 4 ;   K a n e h i s a   M ,   2 0 1 0 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 8 ,   p D 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 8 9 6 ;   K e   C F ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   P 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 0 1 0 ;   K i m   K ,   2 0 1 1 ,   O M I C S ,   V 1 5 ,   P 2 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / o m i . 2 0 1 0 . 0 0 9 4 ;   K i m   K ,   2 0 0 9 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 8 ,   P 5 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 8 0 0 1 6 5 - M C P 2 0 0 ;   K i n d   T ,   2 0 0 7 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 3 6 3 ,   P 1 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 2 8 ;   K i y a t a k e   I ,   2 0 0 4 ,   R E N A L   F A I L U R E ,   V 2 6 ,   P 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 1 / J D I - 1 2 0 0 3 9 8 1 2 ;   K o c h h a r   S ,   2 0 0 6 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 3 5 2 ,   P 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 0 6 . 0 2 . 0 3 3 ;   L i n   L ,   2 0 1 1 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 0 ,   P 1 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 1 1 6 1 u ;   L j u n g b e r g   B ,   2 0 1 5 ,   E U R   U R O L ,   V 6 7 ,   P 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 5 ;   L o c a s a l e   J W ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 5 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 5 5 7 ;   M a r e s c a u   B ,   1 9 9 7 ,   M E T A B O L I S M ,   V 4 6 ,   P 1 0 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 6 - 0 4 9 5 ( 9 7 ) 9 0 2 7 3 - 0 ;   M a r i a   R M ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 4 8 8 ,   P 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 1 5 ;   M a r t i n e z - S a l a m a n c a   J I ,   2 0 1 1 ,   E U R   U R O L ,   V 5 9 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 0 . 1 0 . 0 0 1 ;   M a x w e l l   R J ,   1 9 9 8 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 3 9 ,   P 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 1 9 1 0 3 9 0 6 0 4 ;   M i g i t a   T ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 8 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 8 - 1 2 3 5 ;   N a m   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 3 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 5 5 8 ;   N a p o l i   C ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 1 ,   P 1 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 2 0 0 9 6 0 u ;   P e r r o u d   B ,   2 0 0 6 ,   M O L   C A N C E R ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 5 - 6 4 ;   P o s s e m a t o   R ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 6 ,   P 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 3 5 0 ;   P r a d o   C M M ,   2 0 0 8 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 9 ,   P 6 2 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 8 ) 7 0 1 5 3 - 0 ,   1 0 . 1 0 1 6 / 5 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 8 ) 7 0 1 5 3 - 0 ] ;   P s i h o g i o s   N G ,   2 0 0 8 ,   N M R   B I O M E D ,   V 2 1 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 1 1 7 6 ;   Q i u   Y P ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 9 ,   P 1 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 9 0 1 0 8 1 y ;   R a g o n e   R . ,   2 0 1 6 ,   D I S E A S E S ,   V 4 ,   P 7 ;   R a n j b a r   M R N ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 7 2 9 9 ;   R o c h a   C M ,   2 0 1 5 ,   C A R C I N O G E N E S I S ,   V 3 6 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c a r c i n / b g u 2 2 6 ;   S a l e k   R M ,   2 0 0 7 ,   P H Y S I O L   G E N O M I C S ,   V 2 9 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / p h y s i o l g e n o m i c s . 0 0 1 9 4 . 2 0 0 6 ;   S E R K O V A   N J ,   2 0 0 8 ,   T H E   P R O S T A T E ,   V 6 8 ,   P 6 2 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / P R 0 S . 2 0 7 2 7 ;   S h u k l a   S u r e n d r a   K ,   2 0 1 4 ,   C a n c e r   M e t a b ,   V 2 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 2 0 4 9 - 3 0 0 2 - 2 - 1 8 ;   S i t t e r   B ,   2 0 0 6 ,   N M R   B I O M E D ,   V 1 9 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n b m . 9 9 2 ;   S l o m i n s k a   E M ,   2 0 0 2 ,   M O L   C E L L   B I O C H E M ,   V 2 3 1 ,   P 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 4 4 4 5 3 2 9 7 5 6 ;   S l u p s k y   C M ,   2 0 0 7 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 9 ,   P 6 9 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 7 0 8 5 8 8 ;   S l u p s k y   C M ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 5 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 0 - 1 4 3 4 ;   S r e e k u m a r   A ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 7 ,   P 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 7 6 2 ;   S u d a r s h a n   S ,   2 0 1 3 ,   E U R   U R O L ,   V 6 3 ,   P 2 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 5 4 ;   S u n   J ,   2 0 0 8 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 8 7 1 ,   P 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 0 8 ;   T a n g   Y M ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   M O L   M E D ,   V 3 6 ,   P 3 7 7 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j m m . 2 0 1 5 . 2 2 3 3 ;   T a t e   A R ,   2 0 0 0 ,   N M R   B I O M E D ,   V 1 3 ,   P 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 9 - 1 4 9 2 ( 2 0 0 0 0 4 ) 1 3 : 2 < 6 4 : : A I D - N B M 6 1 2 > 3 . 0 . C O ; 2 - X ;   T h e v e n o t   E A ,   2 0 1 5 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 4 ,   P 3 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j p r o t e o m e . 5 b 0 0 3 5 4 ;   T i s d a l e   M J ,   2 0 0 9 ,   P H Y S I O L   R E V ,   V 8 9 ,   P 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / p h y s r e v . 0 0 0 1 6 . 2 0 0 8 ;   V e s e l k o v   K A ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 8 0 1 1 5 4 4 ;   V i g i l   A ,   2 0 1 1 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 0 . 0 0 6 3 0 4 ;   W a l d r a m   A ,   2 0 0 9 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 8 ,   P 2 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 8 0 0 9 8 8 5 ;   W a n g   H L ,   2 0 1 0 ,   F U T U R E   O N C O L ,   V 6 ,   P 1 3 9 5 ,   D O I   [ 1 0 . 2 2 1 7 / f o n . 1 0 . 1 0 7 ,   1 0 . 2 2 1 7 / F O N . 1 0 . 1 0 7 ] ;   W e t t e r s t e n   H I ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 5 ,   P 2 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 1 7 0 3 ;   W i s h a r t   D S ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p D 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k l 9 2 3 ;   W i t t m a n n   B M ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 5 8 7 0 ;   Y a n g   Q ,   2 0 1 0 ,   J   S E P   S C I ,   V 3 3 ,   P 1 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s s c . 2 0 0 9 0 0 7 9 8 ;   Y o o   B C ,   2 0 1 0 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 0 - 5 5 ;   Z a i d i   N ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 3 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 4 1 1 2 ;   Z h e n g   H ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   D O I   [ 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 9 3 1 6 ,   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 0 8 3 0 ] ;   Z h o u   W H ,   2 0 0 7 ,   N U T R   M E T A B O L I S M ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 3 - 7 0 7 5 - 4 - 5 ;   Z i r a   A ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 9 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / P R 1 0 0 2 2 6 M 	 1 0 3 	 0 	 0 	 1 3 	 1 3 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 N O V   1 8 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 7 2 7 5 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 7 2 7 5 	 	 1 4 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E C 6 N U 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 2 5 4 0 0 0 0 0 1 	 2 7 8 5 7 2 1 6 	 
 
 J 	 Z a w l i k ,   I ;   K a z n o w s k a ,   E ;   C e b u l s k i ,   J ;   K o l o d z i e j ,   M ;   D e p c i u c h ,   J ;   V o n g s v i v u t ,   J ;   C h o l e w a ,   M 	 	 	 	 Z a w l i k ,   I z a b e l a ;   K a z n o w s k a ,   E w a ;   C e b u l s k i ,   J o z e f ;   K o l o d z i e j ,   M a g d a l e n a ;   D e p c i u c h ,   J o a n n a ;   V o n g s v i v u t ,   J i t r a p o r n ;   C h o l e w a ,   M a r i a n 	 	 	 F P A - F T I R   M i c r o s p e c t r o s c o p y   f o r   M o n i t o r i n g   C h e m o t h e r a p y   E f f i c a c y   i n   T r i p l e - N e g a t i v e   B r e a s t   C a n c e r 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 M U L T I P L I C A T I V E   S I G N A L   C O R R E C T I O N ;   R A M A N - S P E C T R O S C O P Y ;   I N F R A R E D - S P E C T R A ;   T O M O G R A P H Y ;   S C A T T E R I N G ;   S U B T Y P E S 	 T r i p l e - n e g a t i v e   b r e a s t   c a n c e r   i s   t h e   m o s t   a g g r e s s i v e   b r e a s t   c a n c e r   s u b t y p e   w i t h   l i m i t e d   t r e a t m e n t   o p t i o n s   a n d   a   p o o r   p r o g n o s i s .   A p p r o x i m a t e l y   7 0 %   o f   t r i p l e - n e g a t i v e   b r e a s t   c a n c e r   p a t i e n t s   f a i l   t o   a c h i e v e   a   p a t h o l o g i c   c o m p l e t e   r e s p o n s e   ( p C R )   a f t e r   c h e m o t h e r a p y   d u e   t o   t h e   l a c k   o f   t a r g e t e d   t h e r a p i e s   f o r   t h i s   s u b t y p e .   W e   r e p o r t   h e r e   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   a   f o c a l - p l a n e - a r r a y   F o u r i e r   t r a n s f o r m   i n f r a r e d   ( F P A - F T I R )   m i c r o s p e c t r o s c o p i c   t e c h n i q u e   c o m b i n e d   w i t h   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   f o r   m o n i t o r i n g   c h e m o t h e r a p y   e f f e c t s   i n   t r i p l e - n e g a t i v e   b r e a s t   c a n c e r   p a t i e n t s .   T h e   P C A   r e s u l t s   o b t a i n e d   u s i n g   t h e   F P A - F T I R   s p e c t r a l   d a t a   c o l l e c t e d   f r o m   t h e   s a m e   p a t i e n t s   b e f o r e   a n d   a f t e r   t h e   c h e m o t h e r a p y   r e v e a l e d   d i s c r i m i n a t o r y   f e a t u r e s   t h a t   w e r e   c o n s i s t e n t   w i t h   t h e   p a t h o l o g i c   a n d   c l i n i c a l   r e s p o n s e s   t o   c h e m o t h e r a p y ,   i n d i c a t i n g   t h e   p o t e n t i a l   o f   t h e   t e c h n i q u e   a s   a   m o n i t o r i n g   t o o l   f o r   o b s e r v i n g   c h e m o t h e r a p y   e f f i c a c y . 	 [ Z a w l i k ,   I z a b e l a ;   K a z n o w s k a ,   E w a ]   U n i v   R z e s z o w ,   F a c   M e d ,   C t r   I n n o v a t   R e s   M e d   &   N a t   S c i ,   L a b   M o l   B i o l ,   W a r z y w n a   1 a ,   P L - 3 5 9 5 9   R z e s z o w ,   P o l a n d ;   [ Z a w l i k ,   I z a b e l a ]   U n i v   R z e s z o w ,   F a c   M e d ,   C h a i r   M o l   M e d ,   D e p t   G e n e t ,   K o p i s t o   2 a ,   P L - 3 5 9 5 9   R z e s z o w ,   P o l a n d ;   [ K a z n o w s k a ,   E w a ]   U n i v   R z e s z o w ,   F a c   M e d ,   C h a i r   M o r p h o l   S c i ,   D e p t   H u m a n   H i s t o l ,   K o p i s t o   2 a ,   P L - 3 5 9 5 9   R z e s z o w ,   P o l a n d ;   [ C e b u l s k i ,   J o z e f ;   C h o l e w a ,   M a r i a n ]   U n i v   R z e s z o w ,   C t r   I n n o v a t   &   T r a n s f e r   N a t   S c i   &   E n g n   K n o w l e d g e ,   P i g o n i a   1 ,   P L - 3 5 9 5 9   R z e s z o w ,   P o l a n d ;   [ K o l o d z i e j ,   M a g d a l e n a ]   U n i v   R z e s z o w ,   I n s t   N u r s i n g   &   H l t h   S c i ,   F a c   M e d ,   K o p i s t o   2 a ,   P L - 3 5 9 5 9   R z e s z o w ,   P o l a n d ;   [ K o l o d z i e j ,   M a g d a l e n a ]   M o n a s h   U n i v ,   M o n a s h   B i o m e d   I m a g i n g ,   C l a y t o n ,   V i c   3 8 0 0 ,   A u s t r a l i a ;   [ D e p c i u c h ,   J o a n n a ]   P o l i s h   A c a d   S c i ,   I n s t   N u c l   P h y s ,   P L - 3 1 3 4 2   K r a k o w ,   P o l a n d ;   [ V o n g s v i v u t ,   J i t r a p o r n ]   A u s t r a l i a n   S y n c h r o t r o n ,   8 0 0   B l a c k b u r n   R d ,   C l a y t o n ,   V i c   3 1 6 8 ,   A u s t r a l i a 	 Z a w l i k ,   I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   R z e s z o w ,   F a c   M e d ,   C t r   I n n o v a t   R e s   M e d   &   N a t   S c i ,   L a b   M o l   B i o l ,   W a r z y w n a   1 a ,   P L - 3 5 9 5 9   R z e s z o w ,   P o l a n d . ;   Z a w l i k ,   I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   R z e s z o w ,   F a c   M e d ,   C h a i r   M o l   M e d ,   D e p t   G e n e t ,   K o p i s t o   2 a ,   P L - 3 5 9 5 9   R z e s z o w ,   P o l a n d . 	 i z a z a w l i k @ y a h o o . c o m 	 C h o l e w a ,   M a r i a n / C - 9 4 7 4 - 2 0 1 1 	 	 U n i v e r s i t y   o f   R z e s z o w ,   F a c u l t y   o f   M e d i c i n e ;   U n i v e r s i t y   o f   R z e s z o w ;   R e g i o n a l   O p e r a t i o n a l   P r o g r a m m e   [ U D A R P P K . 0 1 . 0 3 . 0 0 - 1 8 - 0 0 4 / 1 2 - 0 0 ] 	 T h e   F P A - F T I R   s p e c t r a l   i m a g e s   o f   a l l   t h e   b r e a s t   t i s s u e   s a m p l e s   u s e d   i n   t h i s   s t u d y   w a s   a c q u i r e d   u s i n g   a n   o f f l i n e   B r u k e r   H y p e r i o n   2 0 0 0   F P A - F T I R   m i c r o s c o p i c   s y s t e m   a t   I n f r a r e d   M i c r o s p e c t r o s c o p y   ( I R M )   b e a m l i n e   a t   A u s t r a l i a n   S y n c h r o t r o n   ( V i c t o r i a ,   A u s t r a l i a ) .   T h e   s t u d y   w a s   f i n a n c i a l l y   s u p p o r t e d   b y   U n i v e r s i t y   o f   R z e s z o w ,   F a c u l t y   o f   M e d i c i n e .   T h e   s t u d y   w a s   p a r t l y   p e r f o r m e d   w i t h i n   t h e   p r o j e c t   ' C e n t r e   f o r   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   i n   M e d i c a l   a n d   N a t u r a l   S c i e n c e s ' ,   w h i c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   U n i v e r s i t y   o f   R z e s z o w ,   a n d   w a s   c o - f i n a n c e d   w i t h i n   R e g i o n a l   O p e r a t i o n a l   P r o g r a m m e   f o r   P o d k a r p a c k i e   P r o v i n c e   f o r   2 0 0 7 - 2 0 1 3   ( C o n t r a c t   N u m b e r :   U D A R P P K . 0 1 . 0 3 . 0 0 - 1 8 - 0 0 4 / 1 2 - 0 0 ) . 	 A b r a m c z y k   H ,   2 0 1 3 ,   C H E M   R E V ,   V 1 1 3 ,   P 5 7 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c r 3 0 0 1 4 7 r ;   B a s s a n   P ,   2 0 1 0 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 3 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 0 0 0 0 3 6 ;   B h a r g a v a   R ,   2 0 0 1 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 3 ,   P 5 1 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 1 0 3 8 0 m ;   C a r e y   L A ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 6 - 1 1 0 9 ;   C a t a l a n o   O A ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 2 ,   P 1 4 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 5 . 1 1 2 ;   C h a l m e r s   J . M . ,   2 0 0 2 ,   H D B   V I B R A T I O N A L   S P E C ,   V 1 ;   D e p c i u c h   J ,   2 0 1 6 ,   I N F R A R E D   P H Y S   T E C H N ,   V 7 6 ,   P 2 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n f r a r e d . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 6 ;   D e p c i u c h   J ,   2 0 1 6 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 7 0 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 0 3 7 0 2 8 1 5 6 2 0 1 2 7 ;   G o d a v a r t y   A ,   2 0 0 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 9 ,   P 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 1 6 9 1 0 2 7 ;   K i d d e r   L H ,   1 9 9 7 ,   O P T   L E T T ,   V 2 2 ,   P 7 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 2 2 . 0 0 0 7 4 2 ;   K o h l e r   A ,   2 0 0 8 ,   A P P L   S P E C T R O S C ,   V 6 2 ,   P 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 6 / 0 0 0 3 7 0 2 0 8 7 8 3 7 5 9 6 6 9 ;   M a r t e n s   H ,   2 0 0 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 5 ,   P 3 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 2 0 1 9 4 w ;   M a u r y   M ,   2 0 0 5 ,   E U R   J   P H A R M   B I O P H A R M ,   V 5 9 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j p b . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 1 0 ;   M o r r i s   E A ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 2 ,   P 2 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 6 . 1 5 1 4 ;   N a s s e   M J ,   2 0 1 1 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 8 ,   P 4 1 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 5 8 5 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 5 8 5 ] ;   O b i   N ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   E P I D E M I O L ,   V 3 5 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n e p . 2 0 1 0 . 0 9 . 0 0 1 ;   P f i r s c h k e   C ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c e l l . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 8 ;   R i e p p o   L ,   2 0 1 2 ,   O S T E O A R T H R   C A R T I L A G E ,   V 2 0 ,   P 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j o c a . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 0 ;   S c h n e i d e r   B P ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 8 0 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 1 2 0 8 ;   S i m s   A H ,   2 0 0 7 ,   N A T   C L I N   P R A C T   O N C O L ,   V 4 ,   P 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c p o n c 0 9 0 8 ;   V o n g s v i v u t   J ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 6 0 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 0 0 4 8 5 f ;   W a n g   L H V ,   2 0 1 2 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 5 ,   P 1 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 1 6 2 1 0 ;   W e t z e l   D L ,   1 9 9 9 ,   S C I E N C E ,   V 2 8 5 ,   P 1 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 8 5 . 5 4 3 1 . 1 2 2 4 ;   Z h o u   Y . ,   2 0 1 3 ,   J   M E D   I M A G   H L T H   I N F O ,   V 3 ,   P 1 	 2 4 	 0 	 0 	 4 	 4 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 N O V   1 8 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 7 3 3 3 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 7 3 3 3 	 	 8 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E C 6 O L 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 2 5 5 7 0 0 0 0 1 	 2 7 8 5 7 1 8 3 	 
 
 J 	 V a z q u e z - M a r t i n ,   A ;   A n a t s k a y a ,   O V ;   G i u l i a n i ,   A ;   E r e n p r e i s a ,   J ;   H u a n g ,   S ;   S a l m i n a ,   K ;   I n a s h k i n a ,   I ;   H u n a ,   A ;   N i k o l s k y ,   N N ;   V i n o g r a d o v ,   A E 	 	 	 	 V a z q u e z - M a r t i n ,   A l e j a n d r o ;   A n a t s k a y a ,   O l g a   V . ;   G i u l i a n i ,   A l e s s a n d r o ;   E r e n p r e i s a ,   J e k a t e r i n a ;   H u a n g ,   S u i ;   S a l m i n a ,   K r i s t i n e ;   I n a s h k i n a ,   I n n a ;   H u n a ,   A n d a ;   N i k o l s k y ,   N i k o l a i   N . ;   V i n o g r a d o v ,   A l e x a n d e r   E . 	 	 	 S o m a t i c   p o l y p l o i d y   i s   a s s o c i a t e d   w i t h   t h e   u p r e g u l a t i o n   o f   c - M Y C   i n t e r a c t i n g   g e n e s   a n d   E M T - l i k e   s i g n a t u r e 	 O N C O T A R G E T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 c - M Y C   i n t e r a c t i n g   g e n e s ;   p o l y p l o i d y ;   W a r b u r g ;   s t r e s s ;   E M T 	 E M B R Y O N I C   S T E M - C E L L S ;   S E L F - R E N E W A L ;   T U M O R - C E L L S ;   D N A - D A M A G E ;   R E V E R S I B L E   P O L Y P L O I D Y ;   E X P R E S S I O N   P R O F I L E S ;   C A N C E R - C E L L S ;   G I A N T - C E L L S ;   P L O I D Y ;   A N E U P L O I D Y 	 T h e   d e p e n d e n c e   o f   c a n c e r   o n   o v e r e x p r e s s e d   c - M Y C   a n d   i t s   p r e d i s p o s i t i o n   f o r   p o l y p l o i d y   r e p r e s e n t s   a   d o u b l e   p u z z l e .   W e   a d d r e s s   t h i s   c o n u n d r u m   b y   c r o s s s p e c i e s   t r a n s c r i p t i o n   a n a l y s i s   o f   c - M Y C   i n t e r a c t i n g   g e n e s   i n   p o l y p l o i d   v s .   d i p l o i d   t i s s u e s   a n d   c e l l s ,   i n c l u d i n g   h u m a n   v s .   m o u s e   h e a r t ,   m o u s e   v s .   h u m a n   l i v e r   a n d   p u r i f i e d   4 n   v s .   2 n   m o u s e   d e c i d u a   c e l l s .   G e n e - b y - g e n e   t r a n s c r i p t o m e   c o m p a r i s o n   a n d   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   i n d i c a t e d   t h a t   c - M Y C   i n t e r a c t a n t s   a r e   s i g n i f i c a n t l y   o v e r r e p r e s e n t e d   a m o n g   p l o i d y - a s s o c i a t e d   g e n e s .   P r o t e i n   i n t e r a c t i o n   n e t w o r k s   a n d   g e n e   m o d u l e   a n a l y s i s   r e v e a l e d   t h a t   t h e   m o s t   u p r e g u l a t e d   g e n e s   r e l a t e   t o   g r o w t h ,   s t r e s s   r e s p o n s e ,   p r o l i f e r a t i o n ,   s t e m n e s s   a n d   u n i c e l l u l a r i t y ,   a s   w e l l   a s   t o   t h e   p a t h w a y s   o f   c a n c e r   s u p p o r t e d   b y   M A P K   a n d   R A S   c o o r d i n a t e d   p a t h w a y s .   A   s u r p r i s i n g   f e a t u r e   w a s   t h e  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 E . ]   I n s t   C y t o l ,   S t   P e t e r s b u r g ,   R u s s i a ;   [ G i u l i a n i ,   A l e s s a n d r o ]   I s t   S u p e r   S a n i t a ,   R o m e ,   I t a l y ;   [ H u a n g ,   S u i ]   S y s t   B i o l   I n s t ,   S e a t t l e ,   W A   U S A 	 A n a t s k a y a ,   O V   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n s t   C y t o l ,   S t   P e t e r s b u r g ,   R u s s i a . 	 o l g a . a n a t s k a y a @ g m a i l . c o m 	 V i n o g r a d o v ,   A l e x a n d e r / R - 3 9 2 3 - 2 0 1 6 	 	 R u s s i a n   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   [ 1 4 - 5 0 - 0 0 0 6 8 ] ;   L a t v i a n   S c i e n t i f i c   C o u n c i l   [ 3 4 1 / 2 0 1 2 ] 	 T h e   s t u d y   w a s   p a r t l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   g r a n t   f r o m   t h e   R u s s i a n   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   N o   1 4 - 5 0 - 0 0 0 6 8   a n d   t h e   g r a n t   o f   t h e   L a t v i a n   S c i e n t i f i c   C o u n c i l   3 4 1 / 2 0 1 2 . 	 A g a r w a l a   R ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 1 3 0 ;   A g u d a   B D ,   2 0 1 1 ,   B I O P H Y S   J ,   V 1 0 1 ,   P 2 0 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p j . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 5 2 ;   A k i t a   H ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 5 9 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 0 5 2 7 ;   A l k a s s   K ,   2 0 1 5 ,   C E L L ,   V 1 6 3 ,   P 1 0 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 3 5 ;   A n a t s k a y a   O   V ,   2 0 1 5 ,   T s i t o l o g i i a ,   V 5 7 ,   P 8 9 9 ;   A n a t s k a y a   O V ,   2 0 0 7 ,   C E L L   B I O L   I N T ,   V 3 1 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l b i . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 2 8 ;   A n a t s k a y a   O V ,   2 0 0 7 ,   G E N O M I C S ,   V 8 9 ,   P 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 1 4 ;   A n a t s k a y a   O V ,   2 0 1 0 ,   F U N C T   I N T E G R   G E N O M I C ,   V 1 0 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 4 2 - 0 1 0 - 0 1 8 0 - 5 ;   A n a t s k a y a   O V ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C A R D I O L ,   V 1 4 1 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j c a r d . 2 0 0 8 . 1 1 . 1 5 8 ;   A n a t s k a y a   O V ,   2 0 0 4 ,   B I O L   J   L I N N   S O C ,   V 8 3 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 0 9 5 - 8 3 1 2 . 2 0 0 4 . 0 0 3 7 7 . x ;   B a e n a   E ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 7 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 9 2 6 0 1 0 2 ;   I h r i e   R A ,   2 0 0 4 ,   P L O S   B I O L ,   V 1 1 ,   p e 3 3 2 ;   B e n - P o r a t h   I ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 1 2 7 ;   B e r g m a n n   O ,   2 0 1 1 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 3 1 7 ,   P 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x c r . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 1 7 ;   B e r o u k h i m   R ,   2 0 1 0 ,   N A T U R E ,   V 4 6 3 ,   P 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 8 8 2 2 ;   B l a g o s k l o n n y   M V ,   2 0 0 6 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 5 ,   P 9 7 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 5 . 9 . 2 7 1 1 ;   B l a n k   H M ,   2 0 1 5 ,   M O L   B I O L   C E L L ,   V 2 6 ,   P 1 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 1 / m b c . E 1 4 - 1 0 - 1 4 4 2 ;   B l u m   B ,   2 0 0 8 ,   A D V   C A N C E R   R E S ,   V 1 0 0 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 6 5 - 2 3 0 X ( 0 8 ) 0 0 0 0 5 - 5 ;   B r a w a n d   D ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 8 ,   P 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 5 3 2 ;   B u r k a r d   T R ,   2 0 1 1 ,   B M C   S Y S T   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 - 0 5 0 9 - 5 - 1 7 ;   C a l v i s i   D F ,   2 0 0 6 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 3 0 ,   P 1 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 0 6 . 0 1 . 0 0 6 ;   C e n s i   F ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 3 6 6 8 ;   C h a f f e r   C L ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   D I S C O V ,   V 5 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 2 1 5 9 - 8 2 9 0 . C D - 1 4 - 0 7 8 8 ;   C o l e   D G ,   2 0 0 3 ,   C U R R   B I O L ,   V 1 3 ,   p R 7 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 0 3 . 0 9 . 0 1 9 ;   C o l l a v i n   L ,   2 0 1 0 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 1 7 ,   P 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 1 0 . 3 5 ;   C o n a c c i - S o r r e l l   M . ,   2 0 1 4 ,   C O L D   S P R I N G   H A R B   P E R ,   V 4 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / C S H P E R S P E C T . A 0 1 4 3 5 7 ;   C o n n e r   E A ,   2 0 0 3 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 3 0 2 ,   P 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 6 - 2 9 1 X ( 0 3 ) 0 0 1 2 5 - 6 ;   D a n g   C V ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 9 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 0 3 ;   D a v i e s   P C W ,   2 0 1 1 ,   P H Y S   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 4 7 8 - 3 9 7 5 / 8 / 1 / 0 1 5 0 0 1 ;   D e   S m e t   R ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 2 8 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 0 0 1 2 7 1 1 0 ;   D e b - B a s u   D ,   2 0 0 6 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 5 ,   P 1 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 5 . 1 2 . 2 8 6 0 ;   D o w   L E ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 8 ,   P 1 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 2 3 ;   D u n c a n   A W ,   2 0 1 3 ,   S E M I N   C E L L   D E V   B I O L ,   V 2 4 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c d b . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 0 3 ;   D u n c a n   A W ,   2 0 1 0 ,   N A T U R E ,   V 4 6 7 ,   P 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 9 4 1 4 ;   E d m u n d s   L R ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 3 0 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 8 8 5 6 ;   E r e n p r e i s a   J ,   2 0 1 4 ,   O N C O S C I E N C E ,   V 2 ,   P 3 ;   E r e n p r e i s a   J ,   2 0 0 7 ,   C E L L   B I O L   I N T ,   V 3 1 ,   P 1 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l b i . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 1 3 ;   E r e n p r e i s a   J ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   C E L L   I N T ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 2 8 6 7 - 1 3 - 9 2 ;   E r e n p r e i s a   J ,   2 0 1 1 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 1 0 ,   P 1 8 7 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 1 0 . 1 1 . 1 5 7 5 5 ;   E r e n p r e i s a   J ,   2 0 1 1 ,   C E L L   B I O L   I N T ,   V 3 5 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 2 / C B I 2 0 1 0 0 7 6 2 ;   E r e n p r e i s s   J . ,   1 9 9 3 ,   C U R R E N T   C O N C E P T S   M   A ;   F o x   D T ,   2 0 1 3 ,   D E V E L O P M E N T ,   V 1 4 0 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / d e v . 0 8 0 5 3 1 ;   G a b a y   M ,   2 0 1 4 ,   C O L D   S P R I N G   H A R B   P E R ,   V 4 ;   G a n e m   N J ,   2 0 1 4 ,   C E L L ,   V 1 5 8 ,   P 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 2 9 ;   G e n e   O C ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 1 0 4 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / N A R / G K U 1 1 7 9 ] ;   G e n t r i c   G ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   H E P A T O L ,   V 2 0 1 2 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 2 8 2 4 3 0 ,   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 2 8 2 4 3 0 ] ;   G e r a s h c h e n k o   B   I ,   2 0 1 6 ,   H i s t o c h e m   C e l l   B i o l ,   V 1 4 5 ,   P 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 4 1 8 - 0 1 6 - 1 4 1 5 - x ;   G e r s t e i n   A C ,   2 0 0 6 ,   P L O S   G E N E T ,   V 2 ,   P 1 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p g e n . 0 0 2 0 1 4 5 ;   G o r d o n   D J ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 3 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 1 2 3 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   H a r t l   M ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 4 0 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 1 0 6 0 1 0 7 ;   H e r r o n   M D ,   2 0 1 6 ,   M O L   E C O L ,   V 2 5 ,   P 1 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / m e c . 1 3 5 5 1 ;   H o l l a n d   A J ,   2 0 1 2 ,   E M B O   R E P ,   V 1 3 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o r . 2 0 1 2 . 5 5 ;   H o r n e   S D ,   2 0 1 4 ,   F R O N T   G E N E T ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 4 . 0 0 0 9 2 ;   H u a n g   S ,   2 0 1 3 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 2 3 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 3 ;   H u a n g   S ,   2 0 0 9 ,   S E M I N   C E L L   D E V   B I O L ,   V 2 0 ,   P 8 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c d b . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 3 ;   H u a n g   Z D ,   2 0 0 4 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 4 ,   P 1 5 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 2 4 . 4 . 1 5 8 2 - 1 5 9 4 . 2 0 0 4 ;   I d e k e r   T ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 8 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 0 7 ;   I l l i d g e   T M ,   2 0 0 0 ,   C E L L   B I O L   I N T ,   V 2 4 ,   P 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / c b i r . 2 0 0 0 . 0 5 5 7 ;   I r i z a r r y   R A ,   2 0 0 9 ,   S T A T   M E T H O D S   M E D   R E S ,   V 1 8 ,   P 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 9 6 2 2 8 0 2 0 9 3 5 1 9 0 8 ;   J O L I C O E U R   P I E R R E ,   1 9 6 0 ,   G R O W T H ,   V 2 4 ,   P 3 3 9 ;   K A U F F M A N   S ,   1 9 7 1 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 1 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 2 - 5 1 9 3 ( 7 1 ) 9 0 0 2 0 - 8 ;   L a g a d e c   C ,   2 0 1 2 ,   S T E M   C E L L S ,   V 3 0 ,   P 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s t e m . 1 0 5 8 ;   L e o n t i e v a   O V ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 1 4 ,   P 1 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c b t . 2 6 9 4 7 ;   L i   Q ,   1 9 9 9 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 1 9 ,   P 5 3 3 9 ;   L i n   C Y ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 5 1 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 2 6 ;   L i s s a   D ,   2 0 1 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 1 ,   P 3 0 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 1 8 4 4 0 1 1 1 ;   L o s i c k   V P ,   2 0 1 6 ,   P L O S   O N E ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 5 1 2 5 1 ;   M a   X H ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 6 7 7 4 ;   M a n t e l   C ,   2 0 0 7 ,   B L O O D ,   V 1 0 9 ,   P 4 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 6 - 1 0 - 0 5 4 2 4 7 ;   M a r g u e r a t   S ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 5 1 ,   P 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 1 9 ;   M a y f i e l d - J o n e s   D ,   2 0 1 3 ,   S E M I N   C E L L   D E V   B I O L ,   V 2 4 ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c d b . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 0 2 ;   M e t z k e r   M L ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 1 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 6 2 6 ;   M o r i t a   K ,   2 0 0 2 ,   E M B O   J ,   V 2 1 ,   P 1 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / e m b o j / 2 1 . 5 . 1 0 6 3 ;   M o r r i s h   F ,   2 0 0 9 ,   O N C O G E N E ,   V 2 8 ,   P 2 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 0 9 . 1 1 2 ;   M o r r o w   J D ,   2 0 1 5 ,   B M C   M E D   G E N O M I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 2 0 - 0 1 4 - 0 0 7 2 - y ;   M o s i e n i a k   G ,   2 0 1 0 ,   C U R R   P H A R M   D E S I G N ,   V 1 6 ,   P 7 3 4 ;   N e i m a n   M ,   2 0 1 7 ,   B I O L   R E V ,   V 9 2 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b r v . 1 2 2 2 6 ;   N e s b i t   C E ,   1 9 9 9 ,   O N C O G E N E ,   V 1 8 ,   P 3 0 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 2 7 4 6 ;   O g d e n   A ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 6 7 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 2 5 ;   O t t o   S P ,   2 0 0 7 ,   C E L L ,   V 1 3 1 ,   P 4 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 2 2 ;   P a n d i t   S K ,   2 0 1 3 ,   T R E N D S   C E L L   B I O L ,   V 2 3 ,   P 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t c b . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 0 2 ;   P a r k   S a n g   U n ,   2 0 1 1 ,   K o r e a n   J   G a s t r o e n t e r o l ,   V 5 7 ,   P 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 6 / 2 0 1 1 . 5 7 . 3 . 1 5 0 ;   P u i g   P E ,   2 0 0 8 ,   C E L L   B I O L   I N T ,   V 3 2 ,   P 1 0 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l b i . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 2 1 ;   R a m s a y   R G ,   2 0 0 3 ,   E X P E R T   O P I N   T H E R   T A R ,   V 7 ,   P 2 3 5 ;   R i g g s   J W ,   2 0 1 3 ,   S T E M   C E L L S   D E V ,   V 2 2 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / s c d . 2 0 1 2 . 0 3 7 5 ;   R i t c h i e   M E ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 0 0 7 ;   R o d e n   J C ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - 1 9 4 ;   S a b o   A ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 1 1 ,   P 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 5 3 7 ;   S a l m i n a   K ,   2 0 1 0 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 3 1 6 ,   P 2 0 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x c r . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 3 0 ;   S a n t a g u i d a   S ,   2 0 1 5 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 6 ,   P 4 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 4 0 2 5 ;   S e y e d n a s r o l l a h   F ,   2 0 1 5 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 6 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b t 0 8 6 ;   S h e r   N ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 9 3 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 0 4 8 8 9 1 1 0 ;   S i l e t z   A ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 7 1 8 0 ;   S m i t h   K N ,   2 0 1 1 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 1 0 ,   P 5 9 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 1 0 . 4 . 1 4 7 9 2 ;   S t o r e y   J D ,   2 0 0 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 0 ,   P 9 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 5 3 0 5 0 9 1 0 0 ;   S u   A I ,   2 0 0 4 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 1 ,   P 6 0 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 0 0 7 8 2 1 0 1 ;   S z k l a r c z y k   D ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 0 3 ;   T h i e r y   J P ,   2 0 0 9 ,   C E L L ,   V 1 3 9 ,   P 8 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 0 7 ;   T o m a s i n i   R ,   2 0 0 8 ,   T R E N D S   C E L L   B I O L ,   V 1 8 ,   P 2 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t c b . 2 0 0 8 . 0 3 . 0 0 3 ;   T o y o d a   H ,   2 0 0 5 ,   G U T ,   V 5 4 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / g u t . 2 0 0 4 . 0 4 3 8 9 3 ;   T s a i   R Y L ,   2 0 1 5 ,   S T E M   C E L L S ,   V 3 3 ,   P 2 3 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s t e m . 2 0 0 8 ;   V a f a   O ,   2 0 0 2 ,   M O L   C E L L ,   V 9 ,   P 1 0 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 7 - 2 7 6 5 ( 0 2 ) 0 0 5 2 0 - 8 ;   v a n   H o e k   M J A ,   2 0 0 9 ,   M O L   B I O L   E V O L ,   V 2 6 ,   P 2 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / m o l b e v / m s p 1 6 0 ;   V e l l a   P ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   P 3 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 1 2 9 0 ;   V i n c e n t   M ,   2 0 1 2 ,   B I O E S S A Y S ,   V 3 4 ,   P 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i e s . 2 0 1 1 0 0 0 4 9 ;   V i n o g r a d o v   A E ,   2 0 1 5 ,   M A M M   G E N O M E ,   V 2 6 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 5 - 0 1 5 - 9 6 0 5 - 8 ;   V i n o g r a d o v   A E ,   2 0 1 5 ,   G E N E ,   V 5 6 1 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 6 6 ;   V i t a   M ,   2 0 0 6 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 6 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 1 5 ;   W a l z   S ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 1 1 ,   P 4 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 3 4 7 3 ;   W a n g   C G ,   2 0 1 1 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 1 0 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 1 0 . 1 . 1 4 4 4 9 ;   W h e a t l e y   D ,   2 0 0 8 ,   C E L L   B I O L   I N T ,   V 3 2 ,   P 1 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l b i . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 0 1 ;   W H E A T L E Y   D N ,   1 9 7 2 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 7 4 ,   P 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 1 4 - 4 8 2 7 ( 7 2 ) 9 0 4 0 1 - 6 ;   W h i t e h e a d   A ,   2 0 0 6 ,   M O L   E C O L ,   V 1 5 ,   P 1 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 9 4 X . 2 0 0 6 . 0 2 8 6 8 . x ;   W u   C L ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   p D 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 1 0 4 ;   X u   X ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 6 9 ,   P 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 1 8 ;   Y e   C J ,   2 0 0 9 ,   J   C E L L   P H Y S I O L ,   V 2 1 9 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c p . 2 1 6 6 3 ;   Z e n g   Y ,   2 0 1 5 ,   S T E M   C E L L S ,   V 3 3 ,   P 1 6 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s t e m . 1 9 5 1 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 1 3 ,   J   G E N E T   S Y N D R   G E N E   T ,   V 4 ,   P 1 3 0 ;   Z h o u   Z ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 7 8 8 9 	 1 2 0 	 0 	 0 	 4 	 4 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 A L B A N Y 	 6 2 1 1   T I P T O N   H O U S E ,   S T E   6 ,   A L B A N Y ,   N Y   1 2 2 0 3   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 N O V   1 5 	 2 0 1 6 	 7 	 4 6 	 	 	 	 	 7 5 2 3 5 	 7 5 2 6 0 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 2 1 1 8 	 	 2 6 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E E 5 G F 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 6 3 2 8 0 0 0 6 4 	 2 7 6 5 5 6 9 3 	 
 
 J 	 S u b a i h i ,   A ;   A l m a n q u r ,   L ;   M u h a m a d a l i ,   H ;   A l M a s o u d ,   N ;   E l l i s ,   D I ;   T r i v e d i ,   D K ;   H o l l y w o o d ,   K A ;   X u ,   Y ;   G o o d a c r e ,   R 	 	 	 	 S u b a i h i ,   A b d u ;   A l m a n q u r ,   L a i l a ;   M u h a m a d a l i ,   H o w b e e r ;   A l M a s o u d ,   N a j l a ;   E l l i s ,   D a v i d   I . ;   T r i v e d i ,   D r u p a d   K . ;   H o l l y w o o d ,   K a t h e r i n e   A . ;   X u ,   Y u n ;   G o o d a c r e ,   R o y s t o n 	 	 	 R a p i d ,   A c c u r a t e ,   a n d   Q u a n t i t a t i v e   D e t e c t i o n   o f   P r o p r a n o l o l   i n   M u l t i p l e   H u m a n   B i o f l u i d s   v i a   S u r f a c e - E n h a n c e d   R a m a n   S c a t t e r i n g 	 A N A L Y T I C A L   C H E M I S T R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 M U L T I O B J E C T I V E   E V O L U T I O N A R Y   O P T I M I Z A T I O N ;   B L O O D - P L A S M A ;   S I L V E R   E L E C T R O D E ;   B L O C K I N G - A G E N T S ;   D I A G N O S T I C - T O O L ;   S P E C T R O S C O P Y ;   S E R S ;   C A N C E R ;   Q U A N T I F I C A T I O N ;   A D S O R P T I O N 	 T h e r e   h a s   b e e n   a n   i n c r e a s i n g   d e m a n d   f o r   r a p i d   a n d   s e n s i t i v e   t e c h n i q u e s   f o r   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   a n d   q u a n t i f i c a t i o n   o f   p h a r m a c e u t i c a l   c o m p o u n d s   i n   h u m a n   b i o f l u i d s   d u r i n g   t h e   p a s t   f e w   d e c a d e s ,   a n d   s u r f a c e   e n h a n c e d   R a m a n   s c a t t e r i n g   ( S E R S )   i s   o n e   o f   a   n u m b e r   o f   p h y s i c o c h e m i c a l   t e c h n i q u e s   w i t h   t h e   p o t e n t i a l   t o   m e e t   t h e s e   d e m a n d s .   I n   t h i s   s t u d y   w e   h a v e   d e v e l o p e d   a   S E R S - b a s e d  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 B i o t e c h n o l ,   S c h   C h e m ,   1 3 1   P r i n c e s s   S t ,   M a n c h e s t e r   M 1   7 D N ,   L a n c s ,   E n g l a n d . 	 r o y . g o o d a c r e @ m a n c h e s t e r . a c . u k 	 E l l i s ,   D a v i d / D - 8 6 0 3 - 2 0 1 6 	 E l l i s ,   D a v i d / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 7 6 3 3 - 7 0 1 9 	 S a u d i   M i n i s t r y   o f   H i g h   E d u c a t i o n ;   U m m   a l - Q u r a   U n i v e r s i t y ;   U . K .   B B S R C   [ B B / L 0 1 4 8 2 3 / 1 ] ;   S a u d i   M i n i s t r y   o f   H i g h e r   E d u c a t i o n ;   P r i n c e s s   N o r a   b i n t   A b d u l   R a h m a n   U n i v e r s i t y 	 A . S .   t h a n k s   T h e   S a u d i   M i n i s t r y   o f   H i g h   E d u c a t i o n   a n d   U m m   a l - Q u r a   U n i v e r s i t y   f o r   f u n d i n g .   R . G .   i s   i n d e b t e d   t o   U . K .   B B S R C   ( G r a n t   B B / L 0 1 4 8 2 3 / 1 )   f o r   f u n d i n g   f o r   R a m a n  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 E N H A N C E D   V I B ;   A S H E R   S A ,   1 9 9 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 6 5 ,   p A 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 0 0 5 2 a 0 0 1 ;   A S H E R   S A ,   1 9 8 6 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 1 0 8 ,   P 3 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 0 0 2 7 2 a 0 0 5 ;   B e r g e r   A J ,   1 9 9 9 ,   A P P L   O P T I C S ,   V 3 8 ,   P 2 9 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / A O . 3 8 . 0 0 2 9 1 6 ;   B o n i f a c i o   A ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 7 ,   P 8 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 5 - 8 6 9 7 - z ;   C o w c h e r   D P ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 5 ,   P 3 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 3 6 5 7 k ;   C R E I G H T O N   J A ,   1 9 8 3 ,   S U R F   S C I ,   V 1 2 4 ,   P 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 9 - 6 0 2 8 ( 8 3 ) 9 0 3 4 5 - X ;   C R O W T H E R   A F ,   1 9 6 8 ,   J   M E D   C H E M ,   V 1 1 ,   P 1 0 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 0 3 1 1 a 0 2 1 ;   D I S A L L E   E ,   1 9 7 3 ,   J   C H R O M A T O G R ,   V 8 4 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 1 - 9 6 7 3 ( 0 1 ) 9 1 7 1 4 - 5 ;   D o n g   R L ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 2 9 3 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 5 b 0 0 1 3 7 ,   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m 5 b 0 0 1 3 7 ] ;   E i l e r s   P H C ,   2 0 0 4 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 6 ,   P 4 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 3 4 8 0 0 e ;   E l l i s   D I ,   2 0 0 7 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S ,   V 8 ,   P 1 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / 1 4 6 2 2 4 1 6 . 8 . 9 . 1 2 4 3 ;   E l l i s   D I ,   2 0 0 6 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 1 ,   P 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / b 6 0 2 3 7 6 m ;   E l l i s   D I ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 3 8 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 a n 0 0 6 9 8 k ;   F a r q u h a r s o n   S ,   2 0 0 5 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 6 ,   P 2 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 1 2 7 7 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 1 ,   S C I   C H I N A   L I F E   S C I ,   V 5 4 ,   P 8 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 2 7 - 0 1 1 - 4 2 1 2 - 8 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 0 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 5 ,   P 2 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 3 3 ;   F i s k   H ,   2 0 1 6 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 7 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 4 8 5 5 ;   F L E I S C H M A N N   M ,   1 9 7 4 ,   C H E M   P H Y S   L E T T ,   V 2 6 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 9 - 2 6 1 4 ( 7 4 ) 8 5 3 8 8 - 1 ;   G e b a u e r   J S ,   2 0 1 2 ,   L A N G M U I R ,   V 2 8 ,   P 9 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / l a 3 0 1 1 0 4 a ;   G E L A D I   P ,   1 9 8 6 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 1 8 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 3 - 2 6 7 0 ( 8 6 ) 8 0 0 2 8 - 9 ;   G r o m s k i   P S ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 8 7 9 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 1 2 ;   H a n   H W ,   2 0 0 9 ,   A P P L   P H Y S   B - L A S E R S   O ,   V 9 4 ,   P 6 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 4 0 - 0 0 8 - 3 2 9 9 - 5 ;   J a r v i s   R M ,   2 0 1 0 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 9 7 ,   P 1 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 0 - 3 7 3 9 - z ;   J E A N M A I R E   D L ,   1 9 7 7 ,   J   E L E C T R O A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 0 7 2 8 ( 7 7 ) 8 0 2 2 4 - 6 ;   J o l l i f f e   I . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 0 0 1 3 1 9 2 . b s a 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 0 0 1 3 1 9 2 . B S A 5 0 1 ] ;   J o n e s   L E ,   2 0 1 6 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 1 ,   P 9 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 a n 0 2 3 2 6 b ;   K a m r a   T ,   2 0 1 5 ,   A C S   A P P L   M A T E R   I N T E R ,   V 7 ,   P 2 7 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s a m i . 5 b 0 9 5 0 0 ;   K a n t a r o v i c h   K ,   2 0 1 3 ,   P L A S M O N I C S ,   V 8 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 6 8 - 0 1 2 - 9 3 6 7 - z ;   L E E   P C ,   1 9 8 2 ,   J   P H Y S   C H E M - U S ,   V 8 6 ,   P 3 3 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j 1 0 0 2 1 4 a 0 2 5 ;   L e v e n e   C ,   2 0 1 2 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 4 ,   P 7 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 1 6 4 7 a ;   L i   X Z ,   2 0 1 5 ,   A P P L   P H Y S   B - L A S E R S   O ,   V 1 1 9 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 4 0 - 0 1 5 - 6 0 8 8 - y ;   L i n   D ,   2 0 1 1 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 9 ,   P 1 3 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 9 . 0 1 3 5 6 5 ;   L i n   J Q ,   2 0 1 2 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 3 ,   P 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 3 0 7 2 ;   M a b b o t t   S ,   2 0 1 5 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 0 ,   P 4 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 a n 0 0 5 9 1 d ;   M a b b o t t   S ,   2 0 1 3 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 5 ,   P 9 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 3 0 2 5 4 2 r ;   M a b b o t t   S ,   2 0 1 3 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 8 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 a n 3 5 9 7 4 j ;   M u h a m a d a l i   H ,   2 0 1 5 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 7 ,   P 4 5 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 5 b 0 0 8 9 2 ;   P o o n   K W C ,   2 0 1 2 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 7 ,   P 1 8 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 a n 3 5 0 4 2 d ;   P r e m a s i r i   W R ,   2 0 1 2 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 1 6 ,   P 9 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 3 0 4 9 3 2 g ;   P r e m a s i r i   W R ,   2 0 0 1 ,   L A S E R   S U R G   M E D ,   V 2 8 ,   P 3 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / l s m . 1 0 5 8 ;   S t i u f i u c   R ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   C H E M   C H E M   P H Y S ,   V 1 7 ,   P 1 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 c p 0 3 4 1 3 a ;   W I L S O N   A G ,   1 9 6 9 ,   B R I T   M E D   J ,   V 4 ,   P 3 9 9 ;   Y a n g   T X ,   2 0 1 5 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 6 8 ,   P 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 2 1 ;   Z h a n g   D M ,   2 0 1 0 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 1 ,   P 9 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 2 5 4 8 ;   Z h o u   R D ,   2 0 1 4 ,   C H I N E S E   J   A N A L   C H E M ,   V 4 2 ,   P 1 0 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 8 7 2 - 2 0 4 0 ( 1 4 ) 6 0 7 5 1 - 9 ;   Z h o u   X W ,   2 0 0 6 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 1 0 4 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 0 5 . 1 1 . 1 2 6 	 4 9 	 1 	 1 	 5 4 	 5 4 	 A M E R   C H E M I C A L   S O C 	 W A S H I N G T O N 	 1 1 5 5   1 6 T H   S T ,   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 0 3 6   U S A 	 0 0 0 3 - 2 7 0 0 	 1 5 2 0 - 6 8 8 2 	 	 A N A L   C H E M 	 A n a l .   C h e m . 	 N O V   1 5 	 2 0 1 6 	 8 8 	 2 2 	 	 	 	 	 1 0 8 8 4 	 1 0 8 9 2 	 	 1 0 . 1 0 2 1 / a c s . a n a l c h e m . 6 b 0 2 0 4 1 	 	 9 	 C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l 	 C h e m i s t r y 	 E C 5 E A 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 1 5 4 7 0 0 0 1 9 	 2 7 7 3 1 9 8 1 	 
 
 J 	 D e a n ,   J A ;   W o n g ,   K H ;   G a y ,   H ;   W e l s h ,   L C ;   J o n e s ,   A B ;   S c h i c k ,   U ;   O h ,   J H ;   A p t e ,   A ;   N e w b o l d ,   K L ;   B h i d e ,   S A ;   H a r r i n g t o n ,   K J ;   D e a s y ,   J O ;   N u t t i n g ,   C M ;   G u l l i f o r d ,   S L 	 	 	 	 D e a n ,   J a m i e   A . ;   W o n g ,   K e e   H . ;   G a y ,   H i r a m ;   W e l s h ,   L i a m   C . ;   J o n e s ,   A n n - B r i t t ;   S c h i c k ,   U l r i k e ;   O h ,   J u n g   H u n ;   A p t e ,   A d i t y a ;   N e w b o l d ,   K a t e   L . ;   B h i d e ,   S h r e e r a n g   A . ;   H a r r i n g t o n ,   K e v i n   J . ;   D e a s y ,   J o s e p h   O . ;   N u t t i n g ,   C h r i s t o p h e r   M . ;   G u l l i f o r d ,   S a r a h   L . 	 	 	 F u n c t i o n a l   D a t a   A n a l y s i s   A p p l i e d   t o   M o d e l i n g   o f   S e v e r e   A c u t e   M u c o s i t i s   a n d   D y s p h a g i a   R e s u l t i n g   F r o m   H e a d   a n d   N e c k   R a d i a t i o n   T h e r a p y 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   R A D I A T I O N   O N C O L O G Y   B I O L O G Y   P H Y S I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 I N T E N S I T Y - M O D U L A T E D   R A D I O T H E R A P Y ;   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T   A N A L Y S I S ;   N O R M A L   T I S S U E   C O M P L I C A T I O N S ;   D O S E - V O L U M E   H I S T O G R A M S ;   I N D U C T I O N   C H E M O T H E R A P Y ;   R E C T A L   T O X I C I T Y ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   L I N E A R - M O D E L S ;   M I X E D   M O D E L S ;   R E G R E S S I O N 	 P u r p o s e :   C u r r e n t   n o r m a l   t i s s u e   c o m p l i c a t i o n   p r o b a b i l i t y   m o d e l i n g   u s i n g   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   s u f f e r s   f r o m   b i a s   a n d   h i g h   u n c e r t a i n t y   i n   t h e   p r e s e n c e   o f   h i g h l y   c o r r e l a t e d   r a d i a t i o n   t h e r a p y   ( R T )   d o s e   d a t a .   T h i s   h i n d e r s   r o b u s t   e s t i m a t e s   o f   d o s e - r e s p o n s e   a s s o c i a t i o n s   a n d ,   h e n c e ,   o p t i m a l   n o r m a l   t i s s u e - s p a r i n g   s t r a t e g i e s   f r o m   b e i n g   e l u c i d a t e d .   U s i n g   f u n c t i o n a l   d a t a   a n a l y s i s   ( F D A )   t o   r e d u c e   t h e   d i m e n s i o n a l i t y   o f   t h e   d o s e   d a t a   c o u l d   o v e r c o m e   t h i s   l i m i t a t i o n .   M e t h o d s   a n d   M a t e r i a l s :   F D A   w a s   a p p l i e d   t o   m o d e l i n g   o f   s e v e r e   a c u t e   m u c o s i t i s   a n d   d y s p h a g i a   r e s u l t i n g   f r o m   h e a d   a n d   n e c k   R T .   F u n c t i o n a l   p a r t i a l   l e a s t   s q u a r e s   r e g r e s s i o n   ( F P L S )   a n d   f u n c t i o n a l   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   w e r e   u s e d   f o r   d i m e n s i o n a l i t y   r e d u c t i o n   o f   t h e   d o s e - v o l u m e   h i s t o g r a m   d a t a .   T h e   r e d u c e d   d o s e   d a t a   w e r e   i n p u t   i n t o   f u n c t i o n a l   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   m o d e l s   ( f u n c t i o n a l   p a r t i a l   l e a s t   s q u a r e s e l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   [ F P L S - L R ]   a n d   f u n c t i o n a l   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t e l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   [ F P C - L R ] )   a l o n g   w i t h   c l i n i c a l   d a t a .   T h i s   a p p r o a c h   w a s   c o m p a r e d   w i t h   p e n a l i z e d   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   ( P L R )   i n   t e r m s   o f   p r e d i c t i v e   p e r f o r m a n c e   a n d   t h e   s i g n i f i c a n c e   o f   t r e a t m e n t   c o v a r i a t e - r e s p o n s e   a s s o c i a t i o n s ,   a s s e s s e d   u s i n g   b o o t s t r a p p i n g .   R e s u l t s :   T h e   a r e a   u n d e r   t h e   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   c u r v e   f o r   t h e   P L R ,   F P C L R ,   a n d   F P L S - L R   m o d e l s   w a s   0 . 6 5 ,   0 . 6 9 ,   a n d   0 . 6 7 ,   r e s p e c t i v e l y ,   f o r   m u c o s i t i s   ( i n t e r n a l   v a l i d a t i o n )   a n d   0 . 8 1 ,   0 . 8 3 ,   a n d   0 . 8 3 ,   r e s p e c t i v e l y ,   f o r   d y s p h a g i a   ( e x t e r n a l   v a l i d a t i o n ) .   T h e   c a l i b r a t i o n   s l o p e s / i n t e r c e p t s   f o r   t h e   P L R ,   F P C - L R ,   a n d   F P L S - L R   m o d e l s   w e r e   1 . 6 / - 0 . 6 7 ,   0 . 4 5 / 0 . 4 7 ,   a n d   0 . 4 0 / 0 . 4 9 ,   r e s p e c t i v e l y ,   f o r   m u c o s i t i s   ( i n t e r n a l   v a l i d a t i o n )   a n d   2 . 5 / - 0 . 9 6 ,   0 . 7 9 / - 0 . 0 4 ,   a n d   0 . 7 9 / 0 . 0 0 ,   r e s p e c t i v e l y ,   f o r   d y s p h a g i a   ( e x t e r n a l   v a l i d a t i o n ) .   T h e   b o o t s t r a p p e d   o d d s   r a t i o s   i n d i c a t e d   s i g n i f i c a n t   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   R T   d o s e   a n d   s e v e r e   t o x i c i t y   i n   t h e   m u c o s i t i s   a n d   d y s p h a g i a   F D A   m o d e l s .   C i s p l a t i n   w a s   s i g n i f i c a n t l y   a s s o c i a t e d   w i t h   s e v e r e   d y s p h a g i a   i n   t h e   F D A   m o d e l s .   N o n e   o f   t h e   c o v a r i a t e s   w a s   s i g n i f i c a n t l y   a s s o c i a t e d   w i t h   s e v e r e   t o x i c i t y   i n   t h e   P L R   m o d e l s .   D o s e   l e v e l s   g r e a t e r   t h a n   a p p r o x i m a t e l y   1 . 0   G y / f r a c t i o n   w e r e   m o s t   s t r o n g l y   a s s o c i a t e d   w i t h   s e v e r e   a c u t e   m u c o s i t i s   a n d   d y s p h a g i a   i n   t h e   F D A   m o d e l s .   C o n c l u s i o n s :   F P L S   a n d   f u n c t i o n a l   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   m a r g i n a l l y   i m p r o v e d   p r e d i c t i v e   p e r f o r m a n c e   c o m p a r e d   w i t h   P L R   a n d   p r o v i d e d   r o b u s t   d o s e - r e s p o n s e   a s s o c i a t i o n s .   F D A   i s   r e c o m m e n d e d   f o r   u s e   i n   n o r m a l   t i s s u e   c o m p l i c a t i o n   p r o b a b i l i t y   m o d e l i n g .   ( C )   2 0 1 6   T h e   A u t h o r ( s ) .   P u b l i s h e d   b y   E l s e v i e r   I n c . 	 [ D e a n ,   J a m i e   A . ;   G u l l i f o r d ,   S a r a h   L . ]   I n s t   C a n c   R e s ,   J o i n t   D e p t   P h y s ,   L o n d o n   S M 2   5 N G ,   E n g l a n d ;   [ D e a n ,   J a m i e   A . ;   G u l l i f o r d ,   S a r a h   L . ]   R o y a l   M a r s d e n   N H S   F d n   T r u s t ,   L o n d o n   S M 2   5 N G ,   E n g l a n d ;   [ W o n g ,   K e e   H . ;   W e l s h ,   L i a m   C . ;   J o n e s ,   A n n - B r i t t ;   S c h i c k ,   U l r i k e ;   N e w b o l d ,   K a t e   L . ;   B h i d e ,   S h r e e r a n g   A . ;   H a r r i n g t o n ,   K e v i n   J . ;   N u t t i n g ,   C h r i s t o p h e r   M . ]   R o y a l   M a r s d e n   N H S   F d n   T r u s t ,   H e a d   &   N e c k   U n i t ,   L o n d o n ,   E n g l a n d ;   [ G a y ,   H i r a m ]   W a s h i n g t o n   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   S t   L o u i s ,   M O   U S A ;   [ O h ,   J u n g   H u n ;   A p t e ,   A d i t y a ;   D e a s y ,   J o s e p h   O . ]   M e m   S l o a n   K e t t e r i n g   C a n c   C t r ,   D e p t   M e d   P h y s ,   N e w   Y o r k ,   N Y   1 0 0 2 1   U S A ;   [ N e w b o l d ,   K a t e   L . ;   B h i d e ,   S h r e e r a n g   A . ;   H a r r i n g t o n ,   K e v i n   J . ;   N u t t i n g ,   C h r i s t o p h e r   M . ]   I n s t   C a n c   R e s ,   D i v   R a d i o t h e r a p y   &   I m a g i n g ,   L o n d o n ,   E n g l a n d 	 D e a n ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n s t   C a n c   R e s ,   J o i n t   D e p t   P h y s ,   L o n d o n   S M 2   5 N G ,   E n g l a n d . ;   D e a n ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R o y a l   M a r s d e n   N H S   F d n   T r u s t ,   L o n d o n   S M 2   5 N G ,   E n g l a n d . 	 j a m i e . d e a n @ i c r . a c . u k 	 	 D e a n ,   J a m i e / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 5 4 3 4 - 8 0 3 2 	 E n g i n e e r i n g   a n d   P h y s i c a l   S c i e n c e s   R e s e a r c h   C o u n c i l ;   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   P r o g r a m m e   G r a n t   [ A 1 3 4 0 7 ] ;   N H S ;   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   [ C R U K / 0 3 / 0 0 5 ,   C R U K / 0 8 / 0 0 4 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   E n g i n e e r i n g   a n d   P h y s i c a l   S c i e n c e s   R e s e a r c h   C o u n c i l ,   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   P r o g r a m m e   G r a n t   A 1 3 4 0 7 ,   a n d   N H S   f u n d i n g   t o   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C e n t r e   a t   T h e   R o y a l   M a r s d e n   a n d   T h e   I n s t i t u t e   o f   C a n c e r   R e s e a r c h .   T h e   P A R S P O R T   a n d   C O S T A R   t r i a l s   w e r e   s u p p o r t e d   b y   C a n c e r   R e s e a r c h   U K   ( t r i a l   r e f e r e n c e   N o .   C R U K / 0 3 / 0 0 5   a n d   C R U K / 0 8 / 0 0 4 ) .   N o n e   o f   t h e   f u n d i n g   s o u r c e s   h a d   a n y   r o l e   i n   a n y   p a r t   o f   t h e   s t u d y   o r   m a n u s c r i p t   p r e p a r a t i o n   a n d   s u b m i s s i o n . 	 B a u e r   J D ,   2 0 0 6 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 1 ,   P 5 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 1 / 2 0 / 0 0 3 ;   B e n a d j a o u d   M A ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 0 ,   P 6 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 8 ;   B e n t z e n   S M ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 6 ,   p S 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 4 0 ;   B r i e r   G W ,   1 9 5 0 ,   M O N T H L Y   W E A T H E R   R E V I ,   V 7 8 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 7 5 / 1 5 2 0 - 0 4 9 3 ( 1 9 5 0 ) 0 7 8 < 0 0 0 1 : V O F E I T > 2 . 0 . C O ; 2 ;   C a i   T T ,   2 0 0 6 ,   A N N   S T A T ,   V 3 4 ,   P 2 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 0 9 0 5 3 6 0 6 0 0 0 0 0 0 8 3 0 ;   C a r d o t   H ,   1 9 9 9 ,   S T A T   P R O B A B I L   L E T T ,   V 4 5 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 7 1 5 2 ( 9 9 ) 0 0 0 3 6 - X ;   D a w s o n   L A ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 2 ,   P 8 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r p b p . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 1 3 ;   D e a n   J A ,   2 0 1 6 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 2 0 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 1 5 ;   E s c a b i a s   M ,   2 0 0 5 ,   E N V I R O N M E T R I C S ,   V 1 6 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e n v . 6 9 6 ;   F e b r e r o - B a n d e   M ,   2 0 1 2 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 5 1 ,   P 1 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 1 0 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 3 3 ,   P 1 ;   G u j r a l   D M ,   2 0 1 4 ,   O R A L   O N C O L ,   V 5 0 ,   P 1 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o r a l o n c o l o g y . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 1 8 ;   H a l l   P ,   2 0 0 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B ,   V 6 8 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 6 8 . 2 0 0 5 . 0 0 5 3 5 . x ;   H a r r e l l   F . ,   2 0 1 5 ,   R E G R E S S I O N   M O D E L I N G ;   H a r r e l l   F E ,   1 9 9 6 ,   S T A T   M E D ,   V 1 5 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 6 0 2 2 9 ) 1 5 : 4 < 3 6 1 : : A I D - S I M 1 6 8 > 3 . 0 . C O ; 2 - 4 ;   H o s m e r   D . ,   2 0 0 0 ,   A P P L   L O G I S T I C   R E G R E S ;   K r a m e r   N ,   2 0 1 1 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 6 ,   P 6 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / j a s a . 2 0 1 1 . t m 1 0 1 0 7 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 9 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 0 7 ;   L a n g e n d i j k   J A ,   2 0 1 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 7 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 0 7 ;   L e v i t i n   D J ,   2 0 0 7 ,   C A N   P S Y C H O L ,   V 4 8 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / c p 2 0 0 7 0 1 4 ;   L i a n g   Y ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 8 ,   P 9 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 6 2 ;   M e v i k   B H ,   2 0 0 7 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 1 8 ,   P 1 ;   M i a h   A B ,   2 0 1 6 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 8 ,   p E 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 1 2 ;   M i a h   A B ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 1 2 ,   P 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 4 . 5 5 3 ;   M u l l e r   H G ,   2 0 0 5 ,   A N N   S T A T ,   V 3 3 ,   P 7 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 0 9 0 5 3 6 0 4 0 0 0 0 0 1 1 5 6 ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e ,   1 9 9 9 ,   C O M M   T O X   C R I T   C T C   V E ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e ,   2 0 0 6 ,   C O M M   T E R M   C R I T   A D V   E ;   N u t t i n g   C M ,   2 0 1 1 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 2 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 0 ) 7 0 2 9 0 - 4 ;   O t t e r   S ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 3 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 5 . 0 7 . 2 2 6 3 ;   P a v l o u   M ,   2 0 1 5 ,   B M J - B R I T   M E D   J ,   V 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . h 3 8 6 8 ;   P r e d a   C ,   2 0 0 5 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 4 8 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 3 . 1 0 . 0 0 3 ;   R   D e v e l o p m e n t   C o r e   T e a m ,   2 0 1 1 ,   R   L A N G   E N V   S T A T   C O M P ;   R A M S A Y   J O ,   1 9 8 2 ,   P S Y C H O M E T R I K A ,   V 4 7 ,   P 3 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 2 9 3 7 0 4 ;   R e i s s   P T ,   2 0 0 7 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 1 0 2 ,   P 9 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 7 0 0 0 0 0 0 5 2 7 ;   R i c h a r d s   T M ,   2 0 1 6 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 8 ,   p E 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 3 5 ;   S a n g u i n e t i   G ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 9 ,   P 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 5 7 ;   S c h i p p e r   M ,   2 0 0 8 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   C - A P P ,   V 5 7 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 7 - 9 8 7 6 . 2 0 0 7 . 0 0 6 0 6 . x ;   S c h i p p e r   M ,   2 0 0 7 ,   S T A T   M E D ,   V 2 6 ,   P 4 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 2 8 9 7 ;   S k a l a   M ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 8 ,   P 6 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 6 4 ;   S L I N K E R   B K ,   1 9 8 5 ,   A M   J   P H Y S I O L ,   V 2 4 9 ,   p R 1 ;   S o h n   M ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 9 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 6 6 ;   S t e y e r b e r g   E W ,   2 0 1 0 ,   E P I D E M I O L O G Y ,   V 2 1 ,   P 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / E D E . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 c 3 0 f b 2 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   T u c k e r   S L ,   2 0 1 2 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 4 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 2 3 ;   v a n   B a a r d w i j k   A ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 1 3 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 4 . 7 2 2 1 ;   V a n   C a l s t e r   B ,   2 0 1 6 ,   J   C L I N   E P I D E M I O L ,   V 7 4 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c l i n e p i . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 5 ;   V e s p r i n i   D ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 1 ,   p E 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 2 4 ;   W o r l e y   B r a d l e y ,   2 0 1 3 ,   C u r r   M e t a b o l o m i c s ,   V 1 ,   P 9 2 ;   Y O R K E   E D ,   1 9 9 3 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 6 7 - 8 1 4 0 ( 9 3 ) 9 0 2 6 4 - 9 	 4 9 	 0 	 0 	 5 	 6 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 0 3 6 0 - 3 0 1 6 	 1 8 7 9 - 3 5 5 X 	 	 I N T   J   R A D I A T   O N C O L 	 I n t .   J .   R a d i a t .   O n c o l .   B i o l .   P h y s . 	 N O V   1 5 	 2 0 1 6 	 9 6 	 4 	 	 	 	 	 8 2 0 	 8 3 1 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 1 3 	 	 1 2 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 D Z 0 J G 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 5 2 4 0 0 0 0 1 5 	 2 7 7 8 8 9 5 5 	 
 
 J 	 S p i n e l l a ,   J F ;   M e h a n n a ,   P ;   V i d a l ,   R ;   S a i l l o u r ,   V ;   C a s s a r t ,   P ;   R i c h e r ,   C ;   O u i m e t ,   M ;   H e a l y ,   J ;   S i n n e t t ,   D 	 	 	 	 S p i n e l l a ,   J e a n - F r a n c o i s ;   M e h a n n a ,   P a m e l a ;   V i d a l ,   R a m o n ;   S a i l l o u r ,   V i r g i n i e ;   C a s s a r t ,   P a u l i n e ;   R i c h e r ,   C h a n t a l ;   O u i m e t ,   M a n o n ;   H e a l y ,   J a s m i n e ;   S i n n e t t ,   D a n i e l 	 	 	 S N o o P e r :   a   m a c h i n e   l e a r n i n g - b a s e d   m e t h o d   f o r   s o m a t i c   v a r i a n t   i d e n t i f i c a t i o n   f r o m   l o w - p a s s   n e x t - g e n e r a t i o n   s e q u e n c i n g 	 B M C   G E N O M I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S o m a t i c   v a r i a n t ;   L o w - p a s s   n e x t - g e n e r a t i o n   s e q u e n c i n g ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   R a n d o m   F o r e s t 	 A C U T E   L Y M P H O B L A S T I C - L E U K E M I A ;   C H R O N I C   L Y M P H O C Y T I C - L E U K E M I A ;   B R E A S T - C A N C E R ;   R E C U R R E N T   M U T A T I O N S ;   G E N O M I C   L A N D S C A P E ;   P O I N T   M U T A T I O N S ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   E V O L U T I O N ;   G E N E S ;   P R O G R E S S I O N 	 B a c k g r o u n d :   N e x t - g e n e r a t i o n   s e q u e n c i n g   ( N G S )   a l l o w s   u n b i a s e d ,   i n - d e p t h   i n t e r r o g a t i o n   o f   c a n c e r   g e n o m e s .   M a n y   s o m a t i c   v a r i a n t   c a l l e r s   h a v e   b e e n   d e v e l o p e d   y e t   a c c u r a t e   a s c e r t a i n m e n t   o f   s o m a t i c   v a r i a n t s   r e m a i n s   a   c o n s i d e r a b l e   c h a l l e n g e   a s   e v i d e n c e d   b y   t h e   v a r y i n g   m u t a t i o n   c a l l   r a t e s   a n d   l o w   c o n c o r d a n c e   a m o n g   c a l l e r s .   S t a t i s t i c a l   m o d e l - b a s e d   a l g o r i t h m s   t h a t   a r e   c u r r e n t l y   a v a i l a b l e   p e r f o r m   w e l l   u n d e r   i d e a l   s c e n a r i o s ,   s u c h   a s   h i g h   s e q u e n c i n g   d e p t h ,   h o m o g e n e o u s   t u m o r   s a m p l e s ,   h i g h   s o m a t i c   v a r i a n t   a l l e l e   f r e q u e n c y   ( V A F ) ,   b u t   s h o w   l i m i t e d   p e r f o r m a n c e   w i t h   s u b - o p t i m a l   d a t a   s u c h   a s   l o w - p a s s   w h o l e - e x o m e / g e n o m e   s e q u e n c i n g   d a t a .   W h i l e   t h e   g o a l   o f   a n y   c a n c e r   s e q u e n c i n g   p r o j e c t   i s   t o   i d e n t i f y   a   r e l e v a n t ,   a n d   l i m i t e d ,   s e t   o f   s o m a t i c   v a r i a n t s   f o r   f u r t h e r   s e q u e n c e / f u n c t i o n a l   v a l i d a t i o n ,   t h e   i n h e r e n t l y   c o m p l e x  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 a u t h o r ) ,   U n i v   M o n t r e a l ,   C H U   S t   J u s t i n e ,   R e s   C t r ,   M o n t r e a l ,   P Q ,   C a n a d a . ;   S i n n e t t ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M o n t r e a l ,   D e p t   P e d i a t ,   F a c   M e d ,   M o n t r e a l ,   P Q ,   C a n a d a . ;   S i n n e t t ,   D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C H U   S t   J u s t i n e ,   R e s   C t r ,   D i v   H e m a t o l   O n c o l ,   3 1 7 5   C o t e   S t   C a t h e r i n e ,   M o n t r e a l ,   P Q   H 3 T   1 C 5 ,   C a n a d a . 	 d a n i e l . s i n n e t t @ u m o n t r e a l . c a 	 	 	 T e r r y   F o x   R e s e a r c h   I n s t i t u t e ;   C a n a d i a n   I n s t i t u t e s   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h ;   R e s e a u   d e   m e d e c i n e   g e n e t i q u e   a p p l i q u e e   ( R M G A )   F e l l o w s h i p ;   F r a n c o i s - K a r l - V i a u   R e s e a r c h   C h a i r   i n   P e d i a t r i c   O n c o g e n o m i c s ;   C a n a d a   F o u n d a t i o n   f o r   I n n o v a t i o n   ( C F I ) ;   N a n o Q u e b e c ;   R M G A ;   F o n d s   d e   r e c h e r c h e   d u   Q u e b e c   -   N a t u r e   e t   t e c h n o l o g i e s   ( F R Q - N T ) 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   r e s e a r c h   f u n d s   p r o v i d e d   b y   t h e   T e r r y   F o x   R e s e a r c h   I n s t i t u t e   a n d   t h e   C a n a d i a n   I n s t i t u t e s   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h .   J F S   i s   t h e   r e c i p i e n t   o f   a   R e s e a u   d e   m e d e c i n e   g e n e t i q u e   a p p l i q u e e   ( R M G A )   F e l l o w s h i p .   D S   h o l d s   t h e   F r a n c o i s - K a r l - V i a u   R e s e a r c h   C h a i r   i n   P e d i a t r i c   O n c o g e n o m i c s .   T h e   o p e r a t i o n   o f   t h e   C a l c u l   Q u e b e c   s u p e r c o m p u t e r   i s   f u n d e d   b y   t h e   C a n a d a   F o u n d a t i o n   f o r   I n n o v a t i o n   ( C F I ) ,   N a n o Q u e b e c ,   R M G A   a n d   t h e   F o n d s   d e   r e c h e r c h e   d u   Q u e b e c   -   N a t u r e   e t   t e c h n o l o g i e s   ( F R Q - N T ) . 	 A l - A h m a d i e   H A ,   2 0 1 6 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 8 ,   P 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 5 0 3 ;   A l t s h u l e r   D M ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 1 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 6 3 2 ;   B a c c i c h e t   A ,   1 9 9 7 ,   L E U K E M I A   R E S ,   V 2 1 ,   P 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 5 - 2 1 2 6 ( 9 7 ) 0 0 0 7 5 - 1 ;   B a n e r j i   S ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 6 ,   P 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 1 5 4 ;   B a r b i e r i   C E ,   2 0 1 2 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 4 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 2 7 9 ;   B o n i l l a   X ,   2 0 1 6 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 8 ,   P 3 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 5 2 5 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B u r r e l l   R A ,   2 0 1 3 ,   N A T U R E ,   V 5 0 1 ,   P 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 6 2 5 ;   C h o i   J ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 1 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 3 5 6 ;   C i b u l s k i s   K ,   2 0 1 3 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 1 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 5 1 4 ;   C O H E N   J ,   1 9 6 0 ,   E D U C   P S Y C H O L   M E A S ,   V 2 0 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 1 3 1 6 4 4 6 0 0 2 0 0 0 1 0 4 ;   D e   K e e r s m a e c k e r   K ,   N A T   G E N E T ;   E l l i s   M J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 6 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 1 4 3 ;   F r a n k   E ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 2 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 2 6 1 ;   G i a n n a k i s   M ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 1 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 1 2 7 ;   G r a s s o   C S ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 7 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 1 2 5 ;   G r e e n   M R ,   2 0 1 3 ,   B L O O D ,   V 1 2 1 ,   P 1 6 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 1 2 - 0 9 - 4 5 7 2 8 3 ;   H e a l y   J ,   2 0 0 7 ,   B L O O D ,   V 1 0 9 ,   P 6 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / b l o o d - 2 0 0 6 - 0 2 - 0 0 3 2 3 6 ;   H o l m f e l d t   L ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 5 3 2 ;   K a t a o k a   K ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 1 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 4 1 5 ;   K o b o l d t   D C ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 2 9 6 8 4 . 1 1 1 ;   K r a u t h a m m e r   M ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 9 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 3 6 1 ;   K u l l b a c k   S ,   1 9 5 9 ,   I N F O R M   T H E O R Y   S T A T ;   L a n d a u   D A ,   2 0 1 4 ,   L E U K E M I A ,   V 2 8 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / l e u . 2 0 1 3 . 2 4 8 ;   L a n d a u   D A ,   2 0 1 3 ,   C E L L ,   V 1 5 2 ,   P 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 1 9 ;   L a r s o n   D E ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 6 6 5 ;   L i   H ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 2 0 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 3 5 2 ;   L i m   W K ,   2 0 1 4 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 6 ,   P 8 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 0 3 7 ;   M a   X T ,   2 0 1 5 ,   N A T   C O M M U N ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 7 6 0 4 ;   M u l l i g h a n   C G ,   2 0 0 8 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 2 ,   P 1 3 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 6 4 2 6 6 ;   N g   P C ,   2 0 0 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 1 ,   P 3 8 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k g 5 0 9 ;   Q u e s a d a   V ,   2 0 1 2 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 4 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 1 0 3 2 ;   Q u i n l a n   A .   R . ,   2 0 1 4 ,   C U R R   P R O T O C   B I O I N F O R ,   V 4 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 2 5 0 9 5 3 . b i 1 1 1 2 s 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 0 4 7 1 2 5 0 9 5 3 . B I 1 1 1 2 S 4 7 ] ;   R a u s c h   T ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 8 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 1 3 ;   R o t h   A ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 9 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 0 5 3 ;   S a u n d e r s   C T ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 1 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 2 7 1 ;   S h a h   S P ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 6 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 9 3 3 ;   S p i n e l l a   J F ,   2 0 1 5 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 5 - 0 1 5 - 1 6 3 9 - 5 ;   S p i n e l l a   J F ,   2 0 1 5 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 8 5 - 0 1 5 - 1 5 4 9 - 6 ;   S p i n e l l a   J F ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 1 7 9 6 ;   S t e p h e n s   P J ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 6 ,   P 4 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 0 1 7 ;   T a n   J ,   2 0 1 5 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 7 ,   P 1 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 3 4 0 9 ;   W a n g   Q G ,   2 0 1 3 ,   G E N O M E   M E D ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g m 4 9 5 ;   W e l c h   J S ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 5 0 ,   P 2 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 2 3 ;   X u   H L ,   2 0 1 4 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 5 - 2 4 4 	 4 5 	 0 	 0 	 1 1 	 1 1 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 6 4 	 	 	 B M C   G E N O M I C S 	 B M C   G e n o m i c s 	 N O V   1 4 	 2 0 1 6 	 1 7 	 	 	 	 	 	 	 	 9 1 2 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 6 - 3 2 8 1 - 2 	 	 1 1 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 E C 4 V O 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 1 3 2 6 0 0 0 0 1 	 2 7 8 4 2 4 9 4 	 
 
 J 	 S h i r a d k a r ,   R ;   P o d d e r ,   T K ;   A l g o h a r y ,   A ;   V i s w a n a t h ,   S ;   E l l i s ,   R J ;   M a d a b h u s h i ,   A 	 	 	 	 S h i r a d k a r ,   R a k e s h ;   P o d d e r ,   T a r u n   K . ;   A l g o h a r y ,   A h m a d ;   V i s w a n a t h ,   S a t i s h ;   E l l i s ,   R o d n e y   J . ;   M a d a b h u s h i ,   A n a n t 	 	 	 R a d i o m i c s   b a s e d   t a r g e t e d   r a d i o t h e r a p y   p l a n n i n g   ( R a d - T R a P ) :   a   c o m p u t a t i o n a l   f r a m e w o r k   f o r   p r o s t a t e   c a n c e r   t r e a t m e n t   p l a n n i n g   w i t h   M R I 	 R A D I A T I O N   O N C O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 T r e a t m e n t   p l a n n i n g ;   C o m p u t e r   a i d e d   d i a g n o s i s   ( C A D ) ;   R a d i o m i c s ;   p r o s t a t e   c a n c e r 	 M U T U A L   I N F O R M A T I O N ;   I M A G E   R E G I S T R A T I O N ;   C E N T R A L  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 A l g o h a r y ,   A h m a d ;   V i s w a n a t h ,   S a t i s h ;   M a d a b h u s h i ,   A n a n t ]   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 0 6   U S A ;   [ P o d d e r ,   T a r u n   K . ;   E l l i s ,   R o d n e y   J . ]   C a s e   S c h   M e d ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 0 6   U S A 	 S h i r a d k a r ,   R   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 0 6   U S A . 	 r a k e s h . s h i r a d k a r @ c a s e . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ 1 U 2 4 C A 1 9 9 3 7 4 - 0 1 ,   R 2 1 C A 1 7 9 3 2 7 - 0 1 ,   R 2 1 C A 1 9 5 1 5 2 - 0 1 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   D i a b e t e s   a n d   D i g e s t i v e   a n d   K i d n e y   D i s e a s e s   [ R 0 1 D K 0 9 8 5 0 3 - 0 2 ] ;   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   S y n e r g i s t i c   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d   [ P C 1 2 0 8 5 7 ] ;   D O D   L u n g   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   N e w   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   [ L C 1 3 0 4 6 3 ] ;   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d ;   C a s e   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r   P i l o t   G r a n t ;   V e l a S a n o   G r a n t   f r o m   t h e   C l e v e l a n d   C l i n i c ;   W a l l a c e   H .   C o u l t e r   F o u n d a t i o n   P r o g r a m   i n   t h e   D e p a r t m e n t   o f   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a t   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v e r s i t y 	 R e s e a r c h   r e p o r t e d   i n   t h i s   p u b l i c a t i o n   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   u n d e r   a w a r d   n u m b e r s   1 U 2 4 C A 1 9 9 3 7 4 - 0 1 ,   R 2 1 C A 1 7 9 3 2 7 - 0 1 ,   R 2 1 C A 1 9 5 1 5 2 - 0 1 ;   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   D i a b e t e s   a n d   D i g e s t i v e   a n d   K i d n e y   D i s e a s e s   u n d e r   a w a r d   n u m b e r   R 0 1 D K 0 9 8 5 0 3 - 0 2 ;   t h e   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   S y n e r g i s t i c   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d   ( P C 1 2 0 8 5 7 ) ;   t h e   D O D   L u n g   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   N e w   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   ( L C 1 3 0 4 6 3 ) ;   t h e   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d ;   t h e   C a s e   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r   P i l o t   G r a n t ;   V e l a S a n o   G r a n t   f r o m   t h e   C l e v e l a n d   C l i n i c ;   t h e   W a l l a c e   H .   C o u l t e r   F o u n d a t i o n   P r o g r a m   i n   t h e   D e p a r t m e n t   o f   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a t   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v e r s i t y .   T h e   c o n t e n t   i s   s o l e l y   t h e   r e s p o n s i b i l i t y   o f   t h e   a u t h o r s   a n d   d o e s   n o t   n e c e s s a r i l y   r e p r e s e n t   t h e   o f f i c i a l   v i e w s   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h . 	 A h m e d   H U ,   2 0 1 2 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 3 ,   P 6 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 2 ) 7 0 1 2 1 - 3 ;   B a n e r j e e   R ,   2 0 1 5 ,   B R A C H Y T H E R A P Y ,   V 1 4 ,   P 3 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r a c h y . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 7 ;   D i r i x   P ,   2 0 1 4 ,   S E M I N A R R A D   O N C O L O G ,   P 1 5 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m r a d o n c . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . S E M R A D O N C . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 3 ] ;   E g g e n e r   S E ,   2 0 0 7 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 8 ,   P 2 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 7 2 ;   G i n s b u r g   S B ,   2 0 1 5 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 1 ,   P 1 3 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 6 7 6 ;   H o e k s   C M A ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 6 ,   P 2 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 2 0 2 8 1 ;   K a r a v i t a k i s   M ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 8 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 0 . 1 9 0 ;   K e s s l e r   M L ,   2 0 0 6 ,   B R I T   J   R A D I O L ,   V 7 9 ,   p S 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 9 / b j r / 7 0 6 1 7 1 6 4 ;   K i r k h a m   A P S ,   2 0 0 6 ,   E U R   U R O L ,   V 5 0 ,   P 1 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 0 6 . 0 6 . 0 2 5 ;   K l e i n   S ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 6 ,   P 2 8 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 7 . 9 0 9 4 1 2 ;   K o r s a g e r   A S ,   2 0 1 3 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 8 0 7 0 8 7 ;   L e m a i t r e   G ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 6 0 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 9 ;   L i t j e n s   G J S ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 8 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 5 1 4 2 8 5 6 ;   L i t j e n s   G J S ,   2 0 1 4 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 4 3 7 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 2 . 2 0 4 3 7 5 1 ] ;   M a e s   F ,   1 9 9 7 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 1 6 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 4 2 . 5 6 3 6 6 4 ;   M c P a r t l i n   A J ,   2 0 1 6 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 9 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 1 4 ;   M I M   S o f t w a r e   I n c ,   M I M   S Y M P H ;   N i a f   E ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 3 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 1 2 / 3 8 3 3 ;   N y u l   L G ,   1 9 9 9 ,   M A G N E T   R E S O N   M E D ,   V 4 2 ,   P 1 0 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 5 2 2 - 2 5 9 4 ( 1 9 9 9 1 2 ) 4 2 : 6 < 1 0 7 2 : : A I D - M R M 1 1 > 3 . 0 . C O ; 2 - M ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P l u i m   J P W ,   2 0 0 0 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 1 9 3 5 ,   P 4 5 2 ;   P o g g i   M M ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 6 ,   P 1 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 0 3 ) 0 0 3 2 8 - 6 ;   R a d i a t i o n   T h e r a p y   O n c o l o g y   G r o u p ,   C L I N   T R I A L S ;   R i v e s t - H e n a u l t   D ,   2 0 1 5 ,   M E D   I M A G E   A N A L ,   V 2 3 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m e d i a . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 1 4 ;   R u p r e c h t   O ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 8 1 ,   P 4 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 7 6 ;   S a n d a   M G ,   2 0 0 8 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 8 ,   P 1 2 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 7 4 3 1 1 ;   S p a r k s   R ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 1 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 0 5 1 0 4 ;   S y s t e m s   V M ,   E C L   T R E A T M   P L A N N   S Y S ;   T o t h   R ,   2 0 1 4 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 4 4 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 5 8 ;   V i l l e i r s   G M ,   2 0 0 7 ,   E U R   J   R A D I O L ,   V 6 3 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j r a d . 2 0 0 7 . 0 6 . 0 3 0 ;   V i s w a n a t h   S E ,   2 0 1 2 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 6 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 3 6 1 8 ;   V o v k   U ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 2 6 ,   P 4 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 0 6 . 8 9 1 4 8 6 ;   W e i n r e b   J C ,   2 0 1 6 ,   E U R   U R O L ,   V 6 9 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 5 2 ;   W i b m e r   A ,   2 0 1 5 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 5 ,   P 2 8 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 5 - 3 7 0 1 - 8 ;   W i l t   T J ,   2 0 0 8 ,   A N N   I N T E R N   M E D ,   V 1 4 8 ,   P 4 3 5 ;   Z h o n g   H L ,   2 0 1 5 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 6 0 ,   P 2 8 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 6 0 / 7 / 2 8 3 7 	 3 6 	 0 	 0 	 1 6 	 1 6 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 4 8 - 7 1 7 X 	 	 	 R A D I A T   O N C O L 	 R a d i a t .   O n c o l . 	 N O V   1 0 	 2 0 1 6 	 1 1 	 	 	 	 	 	 	 	 1 4 8 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 1 4 - 0 1 6 - 0 7 1 8 - 3 	 	 1 4 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E B 7 Z V 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 6 1 1 3 0 0 0 0 1 	 2 7 8 2 9 4 3 1 	 
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 J 	 C a n g e l o s i ,   D ;   P e l a s s a ,   S ;   M o r i n i ,   M ;   C o n t e ,   M ;   B o s c o ,   M C ;   E v a ,   A ;   S e m e n t a ,   A R ;   V a r e s i o ,   L 	 	 	 	 C a n g e l o s i ,   D a v i d e ;   P e l a s s a ,   S i m o n e ;   M o r i n i ,   M a r t i n a ;   C o n t e ,   M a s s i m o ;   B o s c o ,   M a r i a   C a r l a ;   E v a ,   A l e s s a n d r a ;   S e m e n t a ,   A n g e l a   R i t a ;   V a r e s i o ,   L u i g i 	 	 	 A r t i f i c i a l   n e u r a l   n e t w o r k   c l a s s i f i e r   p r e d i c t s   n e u r o b l a s t o m a   p a t i e n t s '   o u t c o m e 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e ;   P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 1 2 t h   A n n u a l   M e e t i n g   o f   t h e   I t a l i a n - S o c i e t y - o f - B i o i n f o r m a t i c s   ( B I T S ) 	 J U N   0 3 - 0 5 ,   2 0 1 5 	 M i l a n ,   I T A L Y 	 I t a l i a n   S o c   B i o i n f o r m a t 	 	 N e u r o b l a s t o m a ;   H y p o x i a ;   O u t c o m e   p r e d i c t i o n ;   G e n e   s e t   e n r i c h m e n t   a n a l y s i s ;   G e n e   s i g n a t u r e 	 E X P R E S S I O N - B A S E D   C L A S S I F I C A T I O N ;   H Y P O X I A - I N D U C I B L E   F A C T O R S ;   L O G I C   L E A R N I N G - M A C H I N E ;   G E N E - E X P R E S S I O N ;   R I S K   S T R A T I F I C A T I O N ;   P R O G N O S T I C - S I G N I F I C A N C E ;   M U L T I G E N E   S I G N A T U R E ;   C A N C E R ;   M I C R O A R R A Y ;   D I F F E R E N T I A T I O N 	 B a c k g r o u n d :   M o r e   t h a n   f i f t y   p e r c e n t   o f   n e u r o b l a s t o m a   ( N B )   p a t i e n t s   w i t h   a d v e r s e   p r o g n o s i s   d o   n o t   b e n e f i t   f r o m   t r e a t m e n t   m a k i n g   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   n e w   p o t e n t i a l   t a r g e t s   m a n d a t o r y .   H y p o x i a   i s  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 o u t c o m e   w i t h   t h e   r e m a r k a b l e   a c c u r a c y   o f   8 7   % .   N B - h y p o   c l a s s i f i e r   p r e d i c t i o n   r e s u l t e d   i n   2   %   c l a s s i f i c a t i o n   e r r o r   w h e n   a p p l i e d   t o   c l i n i c a l l y   d e f i n e d   l o w - i n t e r m e d i a t e   r i s k   n e u r o b l a s t o m a   p a t i e n t s .   T h e   p r e d i c t i o n   w a s   1 0 0   %   a c c u r a t e   i n   a s s e s s i n g   t h e   d e a t h   o f   f i v e   l o w / i n t e r m e d i a t e d   r i s k   p a t i e n t s .   G S E A   o f   t u m o r   g e n e   e x p r e s s i o n   p r o f i l e   d e m o n s t r a t e d   t h e   h y p o x i c   s t a t u s   o f   t h e   t u m o r   i n   p a t i e n t s   w i t h   p o o r   p r o g n o s i s .   C o n c l u s i o n s :   W e   d e v e l o p e d   a   r o b u s t   c l a s s i f i e r   p r e d i c t i n g   n e u r o b l a s t o m a   p a t i e n t s '   o u t c o m e  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 I n s t ,   D e p t   P a t h o l ,   L a r g o   G   G a s l i n i   5 ,   I - 1 6 1 4 7   G e n o a ,   I t a l y 	 V a r e s i o ,   L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   G a s l i n i   I n s t ,   M o l   B i o l   L a b ,   L a r g o   G   G a s l i n i   5 ,   I - 1 6 1 4 7   G e n o a ,   I t a l y . 	 l u i g i v a r e s i o @ g a s l i n i . o r g 	 	 	 I t a l i a n   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   [ 5 x M I L R I C 1 3 - D . L . 5 0 / 1 4 / 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   f u n d e d   b y   a   g r a n t   f r o m   t h e   I t a l i a n   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   ( 5 x M I L R I C 1 3 - D . L . 5 0 / 1 4 / 1 ) ,   w h i c h   c o v e r e d   a l s o   t h e   p u b l i c a t i o n   c o s t s . 	 A b e l   F ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   C E L L   I N T ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 5 - 2 8 6 7 - 1 1 - 9 ;   A m b r o s   I M ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 2 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 3 . 0 3 . 0 2 5 ;   A s g h a r z a d e h   S ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 0 ,   P 3 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 1 . 4 0 . 9 1 6 9 ;   B a l d i   P ,   2 0 0 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   P 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 6 . 5 . 4 1 2 ;   B a r b i e r i   E ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 9 8 4 3 ;   B o r d o w   S B ,   1 9 9 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 6 ,   P 3 2 8 6 ;   B o s c o   M C ,   2 0 1 4 ,   H Y P O X I A   C A N C   B I O L   I M ,   P 9 1 ;   B R O D E U R   G M ,   1 9 9 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 1 4 6 6 ;   B r o w n   J M ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 3 6 7 ;   B u f f a   F M ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 2 ,   P 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 4 5 0 ;   C a n g e l o s i   D ,   2 0 1 4 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 5 - S 5 - S 4 ;   C a n g e l o s i   D ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 4 - S 7 - S 1 2 ;   C a r m e l i e t   P ,   1 9 9 8 ,   N A T U R E ,   V 3 9 4 ,   P 4 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 2 8 8 6 7 ;   C a r o n   H   N ,   2 0 1 0 ,   P e d i a t r   B l o o d   C a n c e r ,   V 5 4 ,   P 8 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p b c . 2 2 4 7 0 ;   C h a n   D A ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   M E T A S T   R E V ,   V 2 6 ,   P 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 5 - 0 0 7 - 9 0 6 3 - 1 ;   C h i   J T ,   2 0 0 6 ,   P L O S   M E D ,   V 3 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p m e d . 0 0 3 0 0 4 7 ;   C h i h - C h u n g   C h a n g ,   2 0 1 1 ,   A C M   T r a n s a c t i o n s   o n   I n t e l l i g e n t   S y s t e m s   a n d   T e c h n o l o g y ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C o r n e r o   A ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - S 4 - S 1 3 ;   D e   B e r n a r d i   B ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 1 5 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 3 . 0 5 . 1 9 1 ;   D e   P r e t e r   K ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 1 5 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 9 - 2 6 0 7 ;   E d s j o   A ,   2 0 0 7 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 7 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 0 6 . 0 4 . 0 0 5 ;   F a r d i n   P ,   2 0 1 0 ,   J   B I O M E D   B I O T E C H N O L ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 0 / 8 7 8 7 0 9 ;   F a r d i n   P ,   2 0 1 0 ,   M O L   C A N C E R ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 9 - 1 8 5 ;   F a r d i n   P ,   2 0 0 9 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 0 - 4 7 4 ;   F i s c h e r   M ,   2 0 0 6 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   P 5 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 6 - 0 9 8 5 ;   F r a n k   E ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 2 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 2 6 1 ;   G a r c i a   I ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   P 2 0 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 1 - 2 4 8 3 ;   G a r d n e r   M W ,   1 9 9 8 ,   A T M O S   E N V I R O N ,   V 3 2 ,   P 2 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 2 - 2 3 1 0 ( 9 7 ) 0 0 4 4 7 - 0 ;   H a r r i s   A L ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 2 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 7 0 4 ;   H a r r i s   B H L ,   2 0 1 5 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 7 ,   P 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 0 4 ;   H a u p t   R ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 2 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 4 . 8 3 5 1 ;   H e r r m a n n   A ,   2 0 1 5 ,   O N C O G E N E S I S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c s i s . 2 0 1 4 . 5 2 ;   H o f f m a n   A C ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 5 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 2 5 3 4 ;   H u a n g   S D ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 5 ,   P 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 9 . 0 2 . 0 2 3 ;   J o g i   A ,   2 0 0 4 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 2 9 5 ,   P 4 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x c r . 2 0 0 4 . 0 1 . 0 1 3 ;   J o h n   G   H ,   1 9 9 5 ,   P   1 1   C   U N C   A R T   I N T ,   P 3 3 8 ;   K o t s i a n t i s   S   B ,   2 0 0 7 ,   I n f o r m a t i c a ,   V 3 1 ,   P 2 4 9 ;   K o t s i a n t i s   S B ,   2 0 0 6 ,   A R T I F   I N T E L L   R E V ,   V 2 6 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / S 1 0 4 6 2 - 0 0 7 - 9 0 5 2 - 3 ;   L a n c a s h i r e   L J ,   2 0 0 9 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 0 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b p 0 1 2 ;   L E C E S S I E   S ,   1 9 9 2 ,   A P P L   S T A T - J   R O Y   S T   C ,   V 4 1 ,   P 1 9 1 ;   L i n   Q ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 9 ,   P 9 4 9 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c b t . 9 . 1 2 . 1 2 3 4 7 ;   L o c k h a r t   D J ,   1 9 9 6 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 1 4 ,   P 1 6 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 2 9 6 - 1 6 7 5 ;   L u   X ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 5 9 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 0 - 1 3 6 0 ;   M a r i s   J M ,   2 0 0 7 ,   L A N C E T ,   V 3 6 9 ,   P 2 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 7 ) 6 0 9 8 3 - 0 ;   M u s e l l i   M ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 3 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 9 . 2 0 6 ;   N o g u e r a   R ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 5 ,   P 7 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 9 - 0 2 2 3 ;   O b e r t h u e r   A ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 5 0 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 6 . 0 6 . 1 8 7 9 ;   O b e r t h u e r   A ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 1 9 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 0 8 1 7 ;   O b e r t h u e r   A ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 3 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 7 . 3 3 6 7 ;   O h i r a   M ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 7 ,   P 3 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 1 9 ;   O h t a k i   M ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 1 8 3 ;   P i e t r a s   A ,   2 0 1 0 ,   C U R R   T O P   M I C R O B I O L ,   V 3 4 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 8 2 _ 2 0 1 0 _ 7 2 ;   R a n k i n   E B ,   2 0 0 8 ,   C E L L   D E A T H   D I F F E R ,   V 1 5 ,   P 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d . 2 0 0 8 . 2 1 ;   S c h r a m m   A ,   2 0 0 5 ,   O N C O G E N E ,   V 2 4 ,   P 7 9 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 8 9 3 6 ;   S e m e n z a   G L ,   2 0 0 9 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 9 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 0 9 ;   S t r i c k e r   T P ,   2 0 1 4 ,   M O L   O N C O L ,   V 8 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l o n c . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 0 ;   S u b r a m a n i a n   A ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 5 8 0 1 0 2 ;   S v e i n b j o r n s s o n   B ,   2 0 0 8 ,   F A S E B   J ,   V 2 2 ,   P 3 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 6 / f j . 0 7 - 1 0 3 4 5 7 ;   T h i e l e   C J ,   1 9 9 9 ,   H U M A N   C E L L   C U L T U R E ,   P 2 1 ;   V a l e n t i j n   L J ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 1 9 1 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 0 8 2 1 5 1 0 9 ;   v a n   M a l e n s t e i n   H ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 6 ,   P 4 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 9 - 3 2 7 4 ;   v a n   N o e s e l   M M ,   2 0 0 4 ,   G E N E ,   V 3 2 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 0 3 . 0 9 . 0 4 2 ;   V a u p e l   P ,   2 0 0 4 ,   O N C O L O G I S T ,   V 9 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 9 - 9 0 0 0 5 - 1 0 ;   V e r m e u l e n   J ,   2 0 0 9 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 9 ) 7 0 1 5 4 - 8 ;   V e r m e u l e n   J ,   2 0 1 0 ,   D I S C O V   M E D ,   V 1 0 ,   P 2 9 ;   v o n   S t e d i n g k   K ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 7 ,   P 8 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 4 6 1 ;   W e i   J S ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 4 ,   P 6 8 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 4 - 0 6 9 5 ;   W e i n s t e i n   J L ,   2 0 0 3 ,   O N C O L O G I S T ,   V 8 ,   P 2 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 8 - 3 - 2 7 8 ;   W i l s o n   W R ,   2 0 1 1 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 1 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 0 6 4 	 6 9 	 1 	 1 	 1 	 1 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 0 5 	 	 	 B M C   B I O I N F O R M A T I C S 	 B M C   B i o i n f o r m a t i c s 	 N O V   8 	 2 0 1 6 	 1 7 	 	 	 1 2 	 	 	 	 	 3 4 7 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 6 - 1 1 9 4 - 3 	 	 1 1 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E I 3 V V 	 W O S : 0 0 0 3 9 2 4 2 1 3 0 0 0 0 7 	 2 8 1 8 5 5 7 7 	 
 
 J 	 S u n ,   C Y ;   J i a n g ,   H ;   S u n ,   Z G ;   G u i ,   Y F ;   X i a ,   H Y 	 	 	 	 S u n ,   C h a o y u ;   J i a n g ,   H a o ;   S u n ,   Z h i g u o ;   G u i ,   Y i f a n g ;   X i a ,   H o n g y u a n 	 	 	 I d e n t i f i c a t i o n   o f   l o n g   n o n - c o d i n g   R N A s   b i o m a r k e r s   f o r   e a r l y   d i a g n o s i s   o f   m y o c a r d i a l   i n f a r c t i o n   f r o m   t h e   d y s r e g u l a t e d   c o d i n g - n o n - c o d i n g   c o - e x p r e s s i o n   n e t w o r k 	 O N C O T A R G E T 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 b i o m a r k e r s ;   d i a g n o s i s ;   l o n g   n o n - c o d i n g   R N A s ;   m y o c a r d i a l   i n f a r c t i o n 	 P R O G N O S T I C   L N C R N A   B I O M A R K E R S ;   C A R D I O V A S C U L A R - D I S E A S E S ;   P R E D I C T S   S U R V I V A L ;   C A R D I A C   F I B R O S I S ;   C A N C E R ;   S I G N A T U R E ;   G E N E ;   I N J U R Y ;   P A T H W A Y S ;   M I C R O R N A 	 L o n g   n o n - c o d i n g   R N A s   ( l n c R N A s )   h a v e   r e c e n t l y   b e e n   s h o w n   a s   n o v e l   p r o m i s i n g   d i a g n o s t i c   o r   p r o g n o s t i c   b i o m a r k e r s   f o r   v a r i o u s   c a n c e r s .   H o w e v e r ,   l n c R N A   e x p r e s s i o n   p a t t e r n s   a n d   t h e i r   p r e d i c t i v e   v a l u e   i n   e a r l y   d i a g n o s i s   o f   m y o c a r d i a l   i n f a r c t i o n   ( M I )   h a v e   n o t   b e e n   s y s t e m a t i c a l l y   i n v e s t i g a t e d .   I n   o u r   s t u d y ,   w e   p e r f o r m e d   a   c o m p r e h e n s i v e   a n a l y s i s   o f   l n c R N A   e x p r e s s i o n   p r o f i l e s   i n   M I   a n d   f o u n d   a l t e r e d   l n c R N A   e x p r e s s i o n   p a t t e r n   i n   M I   c o m p a r e d   t o   h e a l t h y   s a m p l e s .   W e   t h e n   c o n s t r u c t e d   a   l n c R N A - m R N A   d y s r e g u l a t i o n   n e t w o r k   ( D L M C E N )   b y   i n t e g r a t i n g   a b e r r a n t   l n c R N A s ,   m R N A s   a n d   t h e i r   c o - d y s r e g u l a t i o n   r e l a t i o n s h i p s ,   a n d   f o u n d   t h a t   s o m e   o f   m R N A s   w e r e   p r e v i o u s l y   r e p o r t e d   t o   b e   i n v o l v e d   i n   c a r d i o v a s c u l a r   d i s e a s e ,   s u g g e s t i n g   t h e   f u n c t i o n a l   r o l e s   o f   d y s r e g u l a t e d   l n c R N A s   i n   t h e   p a t h o g e n e s i s   o f   M I .   T h e r e f o r e ,   u s i n g   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M )   a n d   l e a v e   o n e   o u t   c r o s s - v a l i d a t i o n   ( L O O C V ) ,   w e   d e v e l o p e d   a   9 - l n c R N A   s i g n a t u r e   ( t e r m e d   9 L n c S i g A M I )   f r o m   t h e   d i s c o v e r y   c o h o r t   w h i c h   c o u l d   d i s t i n g u i s h   M I   p a t i e n t s   f r o m   h e a l t h y   s a m p l e s   w i t h   a c c u r a c y   o f   9 5 . 9 6 % ,   s e n s i t i v i t y   o f   9 3 . 8 8 %   a n d   s p e c i f i c i t y   o f   9 8 % ,   a n d   v a l i d a t e d   i t s   p r e d i c t i v e   p o w e r   i n   e a r l y   d i a g n o s i s   o f   M I   i n   a n o t h e r   c o m p l e t e l y   i n d e p e n d e n t   c o h o r t .   F u n c t i o n a l   a n a l y s i s   d e m o n s t r a t e d   t h a t   t h e s e   n i n e   l n c R N A   b i o m a r k e r s   i n   t h e   9 L n c S i g A M I   m a y   b e   i n v o l v e d   i n   m y o c a r d i a l   i n n a t e   i m m u n e   a n d   i n f l a m m a t o r y   r e s p o n s e ,   a n d   t h e i r   d e r e g u l a t i o n   m a y   l e a d   t o   t h e   d y s f u n c t i o n   o f   t h e   i n f l a m m a t o r y   a n d   i m m u n e   s y s t e m   c o n t r i b u t i n g   t o   M I   r e c u r r e n c e .   W i t h   p r o s p e c t i v e   v a l i d a t i o n ,   t h e   9 L n c S i g A M I   i d e n t i f i e d   b y   o u r   w o r k   w i l l   p r o v i d e   a d d i t i o n a l   d i a g n o s t i c   i n f o r m a t i o n   b e y o n d   o t h e r   k n o w n   c l i n i c a l   p a r a m e t e r s ,   a n d   i n c r e a s e   t h e   u n d e r s t a n d i n g   o f   t h e   m o l e c u l a r   m e c h a n i s m   u n d e r l y i n g   t h e   p a t h o g e n e s i s   o f   M I . 	 [ S u n ,   C h a o y u ;   X i a ,   H o n g y u a n ]   H a r b i n   M e d   U n i v ,   D e p t   C a r d i o l ,   A f f i l i a t e d   H o s p   4 ,   H a r b i n   1 5 0 0 0 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ J i a n g ,   H a o ;   S u n ,   Z h i g u o ]   M u d a n j i a n g   M e d   U n i v ,   D e p t   G e n   S u r g ,   A f f i l i a t e d   H o n g q i   H o s p ,   M u d a n j i a n g   1 5 7 0 1 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ G u i ,   Y i f a n g ]   M u d a n j i a n g   M e d   U n i v ,   C l i n   L a b ,   A f f i l i a t e d   H o n g q i   H o s p ,   M u d a n j i a n g   1 5 7 0 1 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 X i a ,   H Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H a r b i n   M e d   U n i v ,   D e p t   C a r d i o l ,   A f f i l i a t e d   H o s p   4 ,   H a r b i n   1 5 0 0 0 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 h o n g y x i a @ y e a h . n e t 	 	 	 N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   H e i l o n g j i a n g   P r o v i n c e   o f   C h i n a   [ H 2 0 1 3 8 7 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   H e i l o n g j i a n g   P r o v i n c e   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   H 2 0 1 3 8 7 ) 	 B R A N N A N   C I ,   1 9 9 0 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 1 0 ,   P 2 8 ;   B R O C K D O R F F   N ,   1 9 9 2 ,   C E L L ,   V 7 1 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 9 2 ) 9 0 5 1 9 - I ;   C a v a l e r a   M ,   2 0 1 4 ,   C U R R   P H A R M   D E S I G N ,   V 2 0 ,   P 1 9 7 1 ;   C h a n   D ,   2 0 1 0 ,   B M C   M E D ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 1 - 7 0 1 5 - 8 - 3 4 ;   C h r i s t i a   P ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   C L I N   I N V E S T ,   V 4 3 ,   P 9 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / e c i . 1 2 1 1 8 ;   C o n s o r t i u m   E P ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 4 7 ,   P 7 9 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N A T U R E 0 5 8 7 4 ;   d e   H a a n   J J ,   2 0 1 3 ,   M E D I A T   I N F L A M M ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 2 0 6 0 3 9 ;   D u   Z ,   2 0 1 3 ,   N A T   S T R U C T   M O L   B I O L ,   V 2 0 ,   P 9 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n s m b . 2 5 9 1 ;   D u t t a   P ,   2 0 1 5 ,   C E L L   S T E M   C E L L ,   V 1 6 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e m . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 8 ;   F a t i m a   R o s h a n ,   2 0 1 5 ,   M o l   C e l l   T h e r ,   V 3 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 5 9 1 - 0 1 5 - 0 0 4 2 - 6 ;   F e n g   Y ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   I N F L A M M A T I O N ,   V 2 0 1 1 ;   G u o   X L ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 9 6 7 ;   H u   Y ,   2 0 1 4 ,   O N C O T A R G E T ,   V 5 ,   P 2 2 3 0 ;   H u a n g   D W ,   2 0 0 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 7 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k n 9 2 3 ;   H u l l i n g e r   T G ,   2 0 1 2 ,   C I R C   R E S ,   V 1 1 0 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C R E S A H A . 1 1 1 . 2 4 4 4 4 2 ;   J i a n g   H ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 2 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 4 2 9 ;   J i a n g   X Y ,   2 0 1 5 ,   H Y P E R T E N S   R E S ,   V 3 8 ,   P 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / h r . 2 0 1 5 . 2 6 ;   K o r n i e n k o   A E ,   2 0 1 3 ,   B M C   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 1 - 7 0 0 7 - 1 1 - 5 9 ;   L i   H ,   2 0 1 5 ,   I J C   H E A R T   V A S C U L A R ,   V 6 ,   P 2 5 ;   L i   J ,   2 0 1 6 ,   Z h o n g h u a   X i n   X u e   G u a n   B i n g   Z a   Z h i ,   V 4 4 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 3 7 6 0 / c m a . j . i s s n . 0 2 5 3 - 3 7 5 8 . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 0 6 ;   L i u   Y J ,   2 0 1 5 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 1 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 m b 0 0 4 3 9 f ;   L u   C ,   2 0 1 4 ,   B B A - M O L   B A S I S   D I S ,   V 1 8 4 2 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a d i s . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 6 ;   M a r a c y   M R ,   2 0 1 5 ,   J   R E S   M E D   S C I ,   V 2 0 ,   P 1 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 1 7 3 5 - 1 9 9 5 . 1 7 2 8 3 2 ;   M e n g   J ,   2 0 1 4 ,   J   E X P   C L I N   C A N C   R E S ,   V 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 6 - 0 1 4 - 0 0 8 4 - 7 ;   M e r i c o   D ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 3 9 8 4 ;   O u n z a i n   S ,   2 0 1 5 ,   E U R   H E A R T   J ,   V 3 6 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / e u r h e a r t j / e h u 1 8 0 ;   R e i n e r   A ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 3 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t f 8 7 7 ;   R o y   S ,   2 0 0 9 ,   C A R D I O V A S C   R E S ,   V 8 2 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / c v r / c v p 0 1 5 ;   S c i a r r e t t a   S ,   2 0 1 6 ,   D I A B E T E S ,   V 6 5 ,   P 8 2 6 ,   D O I   1 0 . 2 3 3 7 / d b i 1 5 - 0 0 4 4 ;   S u n   J ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 7 8 4 2 ;   S u n   J ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P - U K ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 6 5 5 3 ;   S u n   J ,   2 0 1 4 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 0 ,   P 2 0 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 m b 7 0 6 0 8 g ;   S u r e s h   R ,   2 0 1 4 ,   J   M O L   C E L L   C A R D I O L ,   V 7 4 ,   P 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y j m c c . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 1 7 ;   U c h i d a   S ,   2 0 1 5 ,   C I R C   R E S ,   V 1 1 6 ,   P 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C R E S A H A . 1 1 6 . 3 0 2 5 2 1 ;   v a n   R o o i j   E ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 1 3 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 5 0 3 8 1 0 5 ;   V a u s o r t   M ,   2 0 1 4 ,   C I R C   R E S ,   V 1 1 5 ,   P 6 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C R E S A H A . 1 1 5 . 3 0 3 8 3 6 ;   V i l a h u r   G ,   2 0 1 4 ,   F R O N T   P H Y S I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f p h y s . 2 0 1 4 . 0 0 4 9 6 ;   W a n g   G K ,   2 0 1 0 ,   E U R   H E A R T   J ,   V 3 1 ,   P 6 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / e u r h e a r t j / e h q 0 1 3 ;   W a n g   J ,   2 0 1 2 ,   J   C E L L   M O L   M E D ,   V 1 6 ,   P 2 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 8 2 - 4 9 3 4 . 2 0 1 2 . 0 1 5 2 3 . x ;   W a n g   K C ,   2 0 1 1 ,   M O L   C E L L ,   V 4 3 ,   P 9 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 1 8 ;   Y a n   W W ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C L I N   E X P   M E D ,   V 8 ,   P 1 8 0 8 2 ;   Y a n   Y Y ,   2 0 1 6 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 6 / 8 0 7 9 3 7 2 ;   Y i n   X ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   E X P T   C A R D I O L O ,   V 2 0 1 2 ;   Z h a n g   L Z ,   2 0 1 5 ,   J   T H O R A C   D I S ,   V 7 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 0 7 2 - 1 4 3 9 . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 5 ;   Z h a n g   X Q ,   2 0 1 3 ,   N E U R O B I O L   D I S ,   V 5 8 ,   P 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n b d . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 1 1 ;   Z h o u   M ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ;   Z h o u   M ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 1 2 5 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 7 1 8 1 ;   Z h o u   M ,   2 0 1 5 ,   J   E X P   C L I N   C A N C   R E S ,   V 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 6 - 0 1 5 - 0 2 1 9 - 5 ;   Z h o u   M ,   2 0 1 5 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 6 7 - 0 1 5 - 0 5 5 6 - 3 ;   Z h o u   M ,   2 0 1 5 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 1 ,   P 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 4 m b 0 0 5 1 1 b 	 5 0 	 0 	 0 	 5 	 5 	 I M P A C T   J O U R N A L S   L L C 	 A L B A N Y 	 6 2 1 1   T I P T O N   H O U S E ,   S T E   6 ,   A L B A N Y ,   N Y   1 2 2 0 3   U S A 	 1 9 4 9 - 2 5 5 3 	 	 	 O N C O T A R G E T 	 O n c o t a r g e t 	 N O V   8 	 2 0 1 6 	 7 	 4 5 	 	 	 	 	 7 3 5 4 1 	 7 3 5 5 1 	 	 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 1 9 9 9 	 	 1 1 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 O n c o l o g y ;   C e l l   B i o l o g y 	 E B 5 W T 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 4 5 2 1 0 0 0 8 4 	 2 7 6 3 4 9 0 1 	 
 
 J 	 O w ,   G S ;   K u z n e t s o v ,   V A 	 	 	 	 O w ,   G h i m   S i o n g ;   K u z n e t s o v ,   V l a d i m i r   A . 	 	 	 B i g   g e n o m i c s   a n d   c l i n i c a l   d a t a   a n a l y t i c s   s t r a t e g i e s   f o r   p r e c i s i o n   c a n c e r   p r o g n o s i s 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 O V A R I A N - C A N C E R ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   S U R V I V A L ;   S U B T Y P E S ;   M O D E L 	 T h e   f i e l d   o f   p e r s o n a l i z e d   a n d   p r e c i s e   m e d i c i n e   i n   t h e   e r a   o f   b i g   d a t a   a n a l y t i c s   i s   g r o w i n g   r a p i d l y .   P r e v i o u s l y ,   w e   p r o p o s e d   o u r   m o d e l   o f   p a t i e n t   c l a s s i f i c a t i o n   t e r m e d   P r o g n o s t i c   S i g n a t u r e   V e c t o r   M a t c h i n g   ( P S V M )   a n d   i d e n t i f i e d   a   3 7   v a r i a b l e   s i g n a t u r e   c o m p r i s i n g   3 6   l e t - 7 b   a s s o c i a t e d   p r o g n o s t i c   s i g n i f i c a n t   m R N A s   a n d   t h e   a g e   r i s k   f a c t o r   t h a t   s t r a t i f i e d   l a r g e   h i g h - g r a d e   s e r o u s   o v a r i a n   c a n c e r   p a t i e n t   c o h o r t s   i n t o   t h r e e   s u r v i v a l - s i g n i f i c a n t   r i s k   g r o u p s .   H e r e ,   w e   i n v e s t i g a t e d   t h e   p r e d i c t i v e   p e r f o r m a n c e   o f   P S V M   v i a   o p t i m i z a t i o n   o f   t h e   p r o g n o s t i c   v a r i a b l e   w e i g h t s ,   w h i c h   r e p r e s e n t   t h e   r e l a t i v e   i m p o r t a n c e   o f   o n e   p r o g n o s t i c   v a r i a b l e   o v e r   t h e   o t h e r s .   I n   a d d i t i o n ,   w e   c o m p a r e d   s e v e r a l   m u l t i v a r i a t e   p r o g n o s t i c   m o d e l s   b a s e d   o n   P S V M   w i t h   c l a s s i c a l  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 a n d   r e p r o d u c i b l e   p a t i e n t   s t r a t i f i c a t i o n .   T h e   u s e   o f   t h e   m u l t i t e s t   s y s t e m   a p p r o a c h ,   r a t h e r   t h a n   t h e   s e a r c h   f o r   t h e   i d e a l   c l a s s i f i c a t i o n / p r e d i c t i o n   m e t h o d ,   m i g h t   h e l p   t o   a d d r e s s   l i m i t a t i o n s   o f   t h e   i n d i v i d u a l   c l a s s i f i c a t i o n   a l g o r i t h m   i n   s p e c i f i c   s i t u a t i o n . 	 [ O w ,   G h i m   S i o n g ;   K u z n e t s o v ,   V l a d i m i r   A . ]   B i o i n f o r m a t   I n s t ,   3 0   B i o p o l i s   S t , 0 7 - 0 1   M a t r i x ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 7 1 ,   S i n g a p o r e ;   [ K u z n e t s o v ,   V l a d i m i r   A . ]   N a n y a n g   T e c h n o l   U n i v ,   S c h   C o m p   E n g n ,   S i n g a p o r e   6 3 9 7 9 8 ,   S i n g a p o r e 	 K u z n e t s o v ,   V A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   B i o i n f o r m a t   I n s t ,   3 0   B i o p o l i s   S t , 0 7 - 0 1   M a t r i x ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 7 1 ,   S i n g a p o r e . ;   K u z n e t s o v ,   V A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a n y a n g   T e c h n o l   U n i v ,   S c h   C o m p   E n g n ,   S i n g a p o r e   6 3 9 7 9 8 ,   S i n g a p o r e . 	 v l a d i m i r k @ b i i . a - s t a r . e d u . s g 	 	 	 A g e n c y   f o r   S c i e n c e ,   T e c h n o l o g y   a n d   R e s e a r c h   ( A * S T A R ) ,   S i n g a p o r e 	 W e   a c k n o w l e d g e   t h e   f u n d i n g   b y   t h e   A g e n c y   f o r   S c i e n c e ,   T e c h n o l o g y   a n d   R e s e a r c h   ( A * S T A R ) ,   S i n g a p o r e .   W e   w o u l d   a l s o   l i k e   t o   t h a n k   t h e   o p e n   s o u r c e   c o m m u n i t y   i n   t h e   c r e a t i o n ,   m a i n t e n a n c e   a n d   d e v e l o p m e n t   o f   t h e   s o f t w a r e   l i b r a r i e s . 	 B e l l   D ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 4 ,   P 6 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 0 1 6 6 ;   B l a n d   J M ,   2 0 0 4 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 2 8 ,   P 1 0 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . 3 2 8 . 7 4 4 7 . 1 0 7 3 ;   B o n o m e   T ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 8 ,   P 5 4 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 7 - 6 5 9 5 ;   C h e n   X . ,   2 0 1 6 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b w 0 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / B I B / B B W 0 6 0 ] ;   E s t a p e   E s t e l a   S ,   2 0 1 6 ,   I n t e l l   I n f   M a n a g ,   V 8 ,   P 9 ;   G a o   S W ,   2 0 1 6 ,   J A M A   O N C O L ,   V 2 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a o n c o l . 2 0 1 5 . 3 4 1 3 ;   G o e l   M a n i s h   K u m a r ,   2 0 1 0 ,   I n t   J   A y u r v e d a   R e s ,   V 1 ,   P 2 7 4 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 9 7 4 - 7 7 8 8 . 7 6 7 9 4 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   H o f k e r   M H ,   2 0 1 4 ,   B B A - M O L   B A S I S   D I S ,   V 1 8 4 2 ,   P 1 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a d i s . 2 0 1 4 . 0 5 . 0 0 2 ;   K u n c h e v a   L .   I . ,   2 0 0 4 ,   C O M B I N I N G   P A T T E R N   C L ;   K u z n e t s o v   V .   A . ,   1 9 9 6 ,   C H E M   P H Y S ,   V 1 5 ,   P 8 1 ;   L i   J ,   2 0 1 0 ,   N A T   C O M M U N ,   V 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 0 3 3 ;   M o t a k i s   E ,   2 0 0 9 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O L ,   V 2 8 ,   P 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M E M B . 2 0 0 9 . 9 3 2 9 3 7 ;   O w   G S ,   2 0 1 4 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 1 3 ,   P 2 2 6 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 2 9 2 7 1 ;   O w   G .   S . ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 9 5 7 1 ;   P a n a h i a z a r   M ,   2 0 1 4 ,   2 0 1 4   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   B I G   D A T A   ( B I G   D A T A ) ,   P 7 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / B i g D a t a . 2 0 1 4 . 7 0 0 4 3 0 7 ;   R a g h u p a t h i   W u l l i a n a l l u r ,   2 0 1 4 ,   H e a l t h   I n f   S c i   S y s t ,   V 2 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 2 0 4 7 - 2 5 0 1 - 2 - 3 ;   S e n k o   O   V ,   2 0 1 0 ,   P a t t e r n   R e c o g n i t i o n   a n d   I m a g e   A n a l y s i s ,   V 2 0 ,   P 1 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 4 / S 1 0 5 4 6 6 1 8 1 0 0 2 0 0 6 9 ;   S h e n t u   Y ,   2 0 1 0 ,   S T A T   M E D ,   V 2 9 ,   P 2 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 3 9 6 6 ;   T a n g   Z Q ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 4 ,   P 3 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 3 7 1 ;   T o t h i l l   R W ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 5 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 0 1 9 6 ;   V i c e c o n t i   M ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 9 ,   P 1 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 5 . 2 4 0 6 8 8 3 ;   W a n g   E ,   2 0 1 5 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 3 0 ,   P 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 0 2 	 2 3 	 0 	 0 	 2 8 	 2 8 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 N O V   7 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 6 4 9 3 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 6 4 9 3 	 	 1 3 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E B 0 N R 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 0 4 1 2 0 0 0 0 1 	 2 7 8 1 9 2 9 4 	 
 
 J 	 H e ,   S B ;   H u ,   B ;   K u a n g ,   Z K ;   W a n g ,   D ;   K o n g ,   D X 	 	 	 	 H e ,   S o n g - B i n g ;   H u ,   B e n ;   K u a n g ,   Z h e n g - K u n ;   W a n g ,   D o n g ;   K o n g ,   D e - X i n 	 	 	 P r e d i c t i n g   S u b t y p e   S e l e c t i v i t y   f o r   A d e n o s i n e   R e c e p t o r   L i g a n d s   w i t h   T h r e e - D i m e n s i o n a l   B i o l o g i c a l l y   R e l e v a n t   S p e c t r u m   ( B R S - 3 D ) 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 C O M P O U N D   S E L E C T I V I T Y ;   D R U G   D I S C O V E R Y ;   A P P L I C A B I L I T Y ;   A N T A G O N I S T S ;   T A R G E T S ;   B I N D I N G ;   S I M I L A R I T Y ;   P R O T E I N S ;   D O C K I N G ;   M O D E L S 	 A d e n o s i n e   r e c e p t o r s   ( A R s )   a r e   p o t e n t i a l   t h e r a p e u t i c   t a r g e t s   f o r   P a r k i n s o n ' s   d i s e a s e ,   d i a b e t e s ,   p a i n ,   s t r o k e   a n d   c a n c e r s .   P r e d i c t i o n   o f   s u b t y p e   s e l e c t i v i t y   i s   t h e r e f o r e   i m p o r t a n t   f r o m   b o t h   t h e r a p e u t i c   a n d   m e c h a n i s t i c   p e r s p e c t i v e s .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   i n t r o d u c e d   a   s h a p e   s i m i l a r i t y   p r o f i l e   a s   m o l e c u l a r   d e s c r i p t o r ,   n a m e l y   t h r e e - d i m e n s i o n a l   b i o l o g i c a l l y   r e l e v a n t   s p e c t r u m   ( B R S - 3 D ) ,   f o r   A R   s e l e c t i v i t y   p r e d i c t i o n .   P a i r w i s e   r e g r e s s i o n   a n d   d i s c r i m i n a t i o n   m o d e l s   w e r e   b u i l t   w i t h   t h e   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   m e t h o d s .   T h e   a v e r a g e   d e t e r m i n a t i o n   c o e f f i c i e n t   ( r ( 2 ) )   o f   t h e   r e g r e s s i o n   m o d e l s   w a s   0 . 6 6 4   ( f o r   t e s t   s e t s ) .   T h e   2 B - 3   ( A ( 2 B )   v s   A ( 3 ) )   m o d e l   p e r f o r m e d   b e s t   w i t h   q ( 2 )   =   0 . 7 6 9   f o r   t r a i n i n g   s e t s   ( 1 0 - f o l d   c r o s s - v a l i d a t i o n ) ,   a n d   r ( 2 )   =   0 . 7 6 6 ,   R M S E   =   0 . 8 2 8   f o r   t e s t   s e t s .   T h e   m o d e l s '   r o b u s t n e s s   a n d   s t a b i l i t y   w e r e   v a l i d a t e d   w i t h   1 0 0   t i m e s   r e s a m p l i n g   a n d   5 0 0   t i m e s   Y - r a n d o m i z a t i o n .   W e   c o m p a r e d   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   B R S - 3 D   w i t h   3 D   d e s c r i p t o r s   c a l c u l a t e d   b y   M O E .   B R S - 3 D   p e r f o r m e d   a s   g o o d   a s ,   o r   b e t t e r   t h a n ,   M O E   3 D   d e s c r i p t o r s .   T h e   p e r f o r m a n c e s   o f   t h e   d i s c r i m i n a t i o n   m o d e l s   w e r e   a l s o   e n c o u r a g i n g ,   w i t h   a v e r a g e   a c c u r a c y   ( A C C )   0 . 9 1 2   a n d   M C C   0 . 7 9 2   ( t e s t   s e t ) .   T h e   2 A - 3   ( A ( 2 A )   v s   A ( 3 ) )   s e l e c t i v i t y   d i s c r i m i n a t i o n   m o d e l   ( A C C   =   0 . 8 8 2   a n d   M C C   =   0 . 7 1 5   f o r   t e s t   s e t )   o u t p e r f o r m e d   a n   e a r l i e r   r e p o r t e d   o n e   ( A C C   =   0 . 7 8 4 ) .   T h e s e   r e s u l t s   d e m o n s t r a t e d   t h a t ,   t h r o u g h   m u l t i p l e   c o n f o r m a t i o n   e n c o d i n g ,   B R S - 3 D   c a n   b e   u s e d   a s   a n   e f f e c t i v e   m o l e c u l a r   d e s c r i p t o r   f o r   A R   s u b t y p e   s e l e c t i v i t y   p r e d i c t i o n . 	 [ H e ,   S o n g - B i n g ;   K o n g ,   D e - X i n ]   H u a z h o n g   A g r   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   A g r   M i c r o b i o l ,   W u h a n   4 3 0 0 7 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H e ,   S o n g - B i n g ;   W a n g ,   D o n g ]   H u a z h o n g   A g r   U n i v ,   C o l l   L i f e   S c i   &   T e c h n o l ,   W u h a n   4 3 0 0 7 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ H u ,   B e n ;   K u a n g ,   Z h e n g - K u n ;   K o n g ,   D e - X i n ]   H u a z h o n g   A g r   U n i v ,   C o l l   I n f o r m a t ,   A g r   B i o i n f o r m a t   K e y   L a b   H u b e i   P r o v ,   W u h a n   4 3 0 0 7 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 K o n g ,   D X   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H u a z h o n g   A g r   U n i v ,   S t a t e   K e y   L a b   A g r   M i c r o b i o l ,   W u h a n   4 3 0 0 7 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   K o n g ,   D X   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H u a z h o n g   A g r   U n i v ,   C o l l   I n f o r m a t ,   A g r   B i o i n f o r m a t   K e y   L a b   H u b e i   P r o v ,   W u h a n   4 3 0 0 7 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 d x k o n g @ m a i l . h z a u . e d u . c n 	 K o n g ,   D e - X i n / E - 5 6 3 0 - 2 0 1 2 	 	 F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   [ 2 0 1 4 P Y 0 0 7 ] ;   S p e c i a l   P r o g r a m   f o r   A p p l i e d   R e s e a r c h   o n   S u p e r   C o m p u t a t i o n   o f   t h e   N S F C - G u a n g d o n g   J o i n t   F u n d ;   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 2 1 0 7 5 0 4 6 ,   2 1 2 7 5 0 6 1 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   ( g r a n t   2 0 1 4 P Y 0 0 7 ) ,   S p e c i a l   P r o g r a m   f o r   A p p l i e d   R e s e a r c h   o n   S u p e r   C o m p u t a t i o n   o f   t h e   N S F C - G u a n g d o n g   J o i n t   F u n d   ( t h e   s e c o n d   p h a s e )   a n d   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( g r a n t   2 1 0 7 5 0 4 6   a n d   2 1 2 7 5 0 6 1 ) . 	 A c c e l r y s ,   2 0 1 2 ,   P I P   P I L   V E R S   8   5 ;   W i n k l e r   D .   A . ,   2 0 1 5 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 5 ;   B o n e t   I ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 3 ,   P 3 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 3 0 0 5 1 6 w ;   B r o g i   S ,   2 0 1 1 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 4 6 ,   P 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m e c h . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 3 4 ;   B y v a t o v   E ,   2 0 0 4 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 4 ,   P 9 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 3 4 2 8 7 6 ;   C h e n   J F ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 2 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 3 9 5 5 ;   C o n s o n n i   V ,   2 0 0 9 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 9 ,   P 1 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 9 0 0 1 1 5 y ;   C R A M E R   R D ,   1 9 8 8 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 1 1 0 ,   P 5 9 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 0 0 2 2 6 a 0 0 5 ;   D e n g   Z L ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 3 ,   P 2 8 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 4 0 0 4 3 2 a ;   D u n g o   R ,   2 0 1 3 ,   D R U G S ,   V 7 3 ,   P 8 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 4 0 2 6 5 - 0 1 3 - 0 0 6 6 - 7 ;   F a n g   Y J ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 3 6 3 4 ;   F r e d h o l m   B B ,   2 0 0 0 ,   N - S   A R C H   P H A R M A C O L ,   V 3 6 2 ,   P 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 0 0 0 0 0 3 1 3 ;   F r e d h o l m   B B ,   2 0 1 0 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 3 1 6 ,   P 1 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y e x c r . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 4 ;   F u j i t a   T ,   2 0 1 6 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 6 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j c i m . 5 b 0 0 2 2 9 ;   G a u l t o n   A ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p D 1 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 7 7 7 ;   G e p p e r t   H ,   2 0 1 0 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 0 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 9 0 0 4 1 9 k ;   G o l b r a i k h   A ,   2 0 0 2 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 2 0 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 3 - 3 2 6 3 ( 0 1 ) 0 0 1 2 3 - 1 ;   G u i x a - G o n z a l e z   R ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 1 9 8 3 9 ;   H e i k a m p   K ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   O P I N   D R U G   D I S ,   V 9 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 7 4 6 0 4 4 1 . 2 0 1 4 . 8 6 6 9 4 3 ;   H u   Y ,   2 0 1 6 ,   C H E M M E D C H E M ,   V 1 1 ,   P 1 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c m d c . 2 0 1 5 0 0 3 4 0 ;   J a a k o l a   V P ,   2 0 0 8 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 2 ,   P 1 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 6 4 7 7 2 ;   J a c o b s o n   K A ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 5 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 1 9 8 3 ;   J a i n   A N ,   2 0 0 3 ,   J   M E D   C H E M ,   V 4 6 ,   P 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m . 0 2 0 4 0 6 h ;   J a i n   A N ,   2 0 0 0 ,   J   C O M P U T   A I D   M O L   D E S ,   V 1 4 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 8 1 0 0 1 3 2 4 0 5 ;   K a d a m   R U ,   2 0 0 8 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 2 7 ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m g m . 2 0 0 8 . 0 5 . 0 0 5 ;   K a t r i t c h   V ,   2 0 1 1 ,   N E U R O P H A R M A C O L O G Y ,   V 6 0 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o p h a r m . 2 0 1 0 . 0 7 . 0 0 9 ;   K o l b   P ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 9 9 1 0 ;   K u a n g   Z K ,   2 0 1 6 ,   C H E M   B I O L   D R U G   D E S ,   V 8 8 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c b d d . 1 2 8 1 5 ;   L o u n k i n e   E ,   2 0 1 0 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 0 ,   P 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 9 0 0 4 1 6 a ;   L o u n k i n e   E ,   2 0 0 9 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 9 ,   P 1 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 9 0 0 0 9 5 v ;   M e s l a m a n i   J ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 3 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 1 2 0 ;   M i c h i e l a n   L ,   2 0 1 0 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 0 ,   P 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 1 0 0 0 7 2 z ;   M i c h i e l a n   L ,   2 0 0 9 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 9 ,   P 2 8 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 9 0 0 3 1 1 j ;   M i c h i e l a n   L ,   2 0 0 9 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 1 7 ,   P 5 2 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 0 9 . 0 5 . 0 3 8 ;   M o r o   S ,   2 0 0 6 ,   M E D   R E S   R E V ,   V 2 6 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m e d . 2 0 0 4 8 ;   M u l l e r   C E ,   2 0 1 1 ,   B B A - B I O M E M B R A N E S ,   V 1 8 0 8 ,   P 1 2 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m e m . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 7 ;   N i c h o l l s   A ,   2 0 0 8 ,   J   C O M P U T   A I D   M O L   D E S ,   V 2 2 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 2 2 - 0 0 8 - 9 1 7 0 - 2 ;   R u c k e r   C ,   2 0 0 7 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 7 ,   P 2 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 7 0 0 1 5 7 b ;   S a h i g a r a   F ,   2 0 1 2 ,   M O L E C U L E S ,   V 1 7 ,   P 4 7 9 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 1 7 0 5 4 7 9 1 ;   S t u m p f e   D ,   2 0 0 7 ,   C H E M   B I O L   D R U G   D E S ,   V 7 0 ,   P 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 4 7 - 0 2 8 5 . 2 0 0 7 . 0 0 5 5 4 . x ;   T e i x e i r a   A L ,   2 0 1 3 ,   J   C H E M I N F O R M A T I C S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 8 - 2 9 4 6 - 5 - 9 ;   T r o p s h a   A ,   2 0 0 7 ,   C U R R   P H A R M   D E S I G N ,   V 1 3 ,   P 3 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 1 6 1 2 0 7 7 8 2 7 9 4 2 5 7 ;   V a p n i k   V N ,   1 9 9 9 ,   I E E E   T   N E U R A L   N E T W O R ,   V 1 0 ,   P 9 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 2 . 7 8 8 6 4 0 ;   V o l l e r t   C ,   2 0 1 3 ,   N E U R O S C I   L E T T ,   V 5 4 8 ,   P 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u l e t . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 5 2 ;   V o o r s   A A ,   2 0 1 1 ,   J   A M   C O L L   C A R D I O L ,   V 5 7 ,   P 1 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a c c . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 5 7 ;   W a n g   Q ,   2 0 1 0 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 0 ,   P 1 9 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 1 0 0 2 7 4 7 ;   W a n g   X S ,   2 0 0 8 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 8 ,   P 9 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 7 0 0 4 0 4 c ;   W e a v e r   S ,   2 0 0 8 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 2 6 ,   P 1 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j m g m . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 2 ;   Z h a n g   J B ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 0 6 2 1 	 4 9 	 1 	 1 	 5 	 5 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 N O V   4 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 6 5 9 5 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 6 5 9 5 	 	 1 4 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E B 0 A G 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 0 0 5 2 0 0 0 0 1 	 2 7 8 1 2 0 3 0 	 
 
 J 	 P e r e i r a ,   N R P ;   J a n s s e n ,   S J ;   v a n   D i j k ,   E ;   H a r r i s ,   M B ;   H o r n i c e k ,   F J ;   F e r r o n e ,   M L ;   S c h w a b ,   J H 	 	 	 	 P e r e i r a ,   N u n o   R u i   P a u l i n o ;   J a n s s e n ,   S t e i n   J . ;   v a n   D i j k ,   E v a ;   H a r r i s ,   M i t c h e l   B . ;   H o r n i c e k ,   F r a n c i s   J . ;   F e r r o n e ,   M a r c o   L . ;   S c h w a b ,   J o s e p h   H . 	 	 	 D e v e l o p m e n t   o f   a   P r o g n o s t i c   S u r v i v a l   A l g o r i t h m   f o r   P a t i e n t s   w i t h   M e t a s t a t i c   S p i n e   D i s e a s e 	 J O U R N A L   O F   B O N E   A N D   J O I N T   S U R G E R Y - A M E R I C A N   V O L U M E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 S C O R I N G   S Y S T E M ;   P R E O P E R A T I V E   E V A L U A T I O N ;   P R E D I C T I O N   M O D E L ;   T U M O R   P R O G N O S I S ;   C O R D - I N J U R Y ;   O F - L I F E ;   S U R G E R Y ;   C A N C E R ;   I N D E X ;   M O R B I D I T Y 	 B a c k g r o u n d :   C u r r e n t   p r o g n o s t i c a t i o n   m o d e l s   f o r   s u r v i v a l   e s t i m a t i o n   i n   p a t i e n t s   w i t h   m e t a s t a t i c   s p i n e   d i s e a s e   l a c k   a c c u r a c y .   I d e n t i f y i n g   n e w   r i s k   f a c t o r s   c o u l d   i m p r o v e   e x i s t i n g   m o d e l s .   W e   a s s e s s e d   f a c t o r s   a s s o c i a t e d   w i t h   s u r v i v a l   i n   p a t i e n t s   s u r g i c a l l y   t r e a t e d   f o r   s p i n e   m e t a s t a s e s ,   c r e a t e d   a   c l a s s i c   s c o r i n g   a l g o r i t h m ,   n o m o g r a m ,   a n d   b o o s t i n g   a l g o r i t h m ,   a n d   t e s t e d   t h e   p r e d i c t i v e   a c c u r a c y   o f   t h e   t h r e e   c r e a t e d   a l g o r i t h m s   a t   e s t i m a t i n g   s u r v i v a l .   M e t h o d s :   W e   i n c l u d e d   6 4 9   p a t i e n t s   f r o m   t w o   t e r t i a r y   c a r e   r e f e r r a l   c e n t e r s   i n   t h i s   r e t r o s p e c t i v e   s t u d y   ( 2 0 0 2   t o   2 0 1 4 ) .   A   m u l t i v a r i a t e   C o x   m o d e l   w a s   u s e d   t o   i d e n t i f y   f a c t o r s   i n d e p e n d e n t l y   a s s o c i a t e d   w i t h   s u r v i v a l .   W e   c r e a t e d   a   c l a s s i c   s c o r i n g   s y s t e m ,   a   n o m o g r a m ,   a n d   a   b o o s t i n g   ( i . e . ,   m a c h i n e   l e a r n i n g )   a l g o r i t h m   a n d   c a l c u l a t e d   t h e i r   a c c u r a c y   b y   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   a n a l y s i s .   R e s u l t s :   O l d e r   a g e   ( h a z a r d   r a t i o   [ H R ] ,   1 . 0 1 ;   p   =   0 . 0 0 9 ) ,   p o o r   p e r f o r m a n c e   s t a t u s   ( H R ,   1 . 5 4 ;   p   =   0 . 0 0 1 ) ,   p r i m a r y   c a n c e r   t y p e   ( H R ,   1 . 6 8 ;   p   <   0 . 0 0 1 ) ,   >   1   s p i n e   m e t a s t a s i s   ( H R ,   1 . 3 2 ;   p   =   0 . 0 0 9 ) ,   l u n g   a n d / o r   l i v e r   m e t a s t a s i s   ( H R ,   1 . 3 5 ;   p   =   0 . 0 0 5 ) ,   b r a i n   m e t a s t a s i s   ( H R ,   1 . 9 0 ;   p   <   0 . 0 0 1 ) ,   a n y   s y s t e m i c   t h e r a p y   f o r   c a n c e r   p r i o r   t o   a   s u r g i c a l   p r o c e d u r e   ( e . g . ,   c h e m o t h e r a p y ,   i m m u n o t h e r a p y ,   h o r m o n e   t h e r a p y )   ( H R ,   1 . 6 5 ;   p   <   0 . 0 0 1 ) ,   h i g h e r   w h i t e   b l o o d - c e l l   c o u n t   ( H R ,   1 . 0 3 ;   p   =   0 . 0 0 2 ) ,   a n d   l o w e r   h e m o g l o b i n   l e v e l s   ( H R ,   0 . 9 2 ;   p   =   0 . 0 0 9 )   w e r e   i n d e p e n d e n t l y   a s s o c i a t e d   w i t h   d e c r e a s e d   s u r v i v a l .   T h e   b o o s t i n g   a l g o r i t h m   w a s   b e s t   a t   p r e d i c t i n g   s u r v i v a l   o n   t h e   t r a i n i n g   d a t a   s e t s   ( p   <   0 . 0 0 1 ) ;   t h e   n o m o g r a m   w a s   m o r e   r e l i a b l e   a t   e s t i m a t i n g   s u r v i v a l   o n   t h e   t e s t   d a t a   s e t s ,   w i t h   a n   a c c u r a c y   o f   0 . 7 5   ( 3 0   d a y s ) ,   0 . 7 3   ( 9 0   d a y s ) ,   a n d   0 . 7 5   ( 3 6 5   d a y s ) .   C o n c l u s i o n s :   W e   i d e n t i f i e d   r i s k   f a c t o r s   a s s o c i a t e d   w i t h   s u r v i v a l   t h a t   s h o u l d   b e   c o n s i d e r e d   i n   p r o g n o s t i c a t i o n .   P e r f o r m a n c e   o f   t h e   b o o s t i n g   a l g o r i t h m   a n d   n o m o g r a m   w e r e   c o m p a r a b l e   o n   t h e   t e s t i n g   d a t a   s e t s .   H o w e v e r ,   t h e   n o m o g r a m   i s   e a s i e r   t o   a p p l y   a n d   t h e r e f o r e   m o r e   u s e f u l   t o   a i d   s u r g i c a l   d e c i s i o n - m a k i n g . 	 M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 4   U S A ;   B r i g h a m   &   W o m e n s   H o s p ,   7 5   F r a n c i s   S t ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 5   U S A ;   [ P e r e i r a ,   N u n o   R u i   P a u l i n o ;   J a n s s e n ,   S t e i n   J . ;   v a n   D i j k ,   E v a ;   H o r n i c e k ,   F r a n c i s   J . ;   S c h w a b ,   J o s e p h   H . ]   H a r v a r d   M e d   S c h ,   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   D e p t   O r t h o p a e d   S u r g ,   O r t h o p a e d   O n c o l   S e r v ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 5   U S A ;   [ H a r r i s ,   M i t c h e l   B . ;   F e r r o n e ,   M a r c o   L . ]   H a r v a r d   M e d   S c h ,   B r i g h a m   &   W o m e n s   H o s p ,   D e p t   O r t h o p a e d   S u r g ,   O r t h o p a e d   O n c o l   S e r v ,   B o s t o n ,   M A   U S A 	 P e r e i r a ,   N R P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H a r v a r d   M e d   S c h ,   M a s s a c h u s e t t s   G e n   H o s p ,   D e p t   O r t h o p a e d   S u r g ,   O r t h o p a e d   O n c o l   S e r v ,   B o s t o n ,   M A   0 2 1 1 5   U S A . 	 n u n o r u i . p p @ g m a i l . c o m ;   s t e i n j a n s s e n @ g m a i l . c o m ;   e . c . v a n d i j k 2 @ s t u d e n t s . u u . n l ;   m b h a r r i s @ p a r t n e r s . o r g ;   f h o r n i c e k @ m g h . h a r v a r d . e d u ;   m f e r r o n e @ b w h . h a r v a r d . e d u ;   j h s c h w a b @ p a r t n e r s . o r g 	 	 	 	 	 B A U E R   H C F ,   1 9 9 5 ,   A C T A   O R T H O P   S C A N D ,   V 6 6 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 7 4 5 3 6 7 9 5 0 8 9 9 5 5 0 8 ;   C H A R L S O N   M E ,   1 9 8 7 ,   J   C H R O N   D I S ,   V 4 0 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 1 - 9 6 8 1 ( 8 7 ) 9 0 1 7 1 - 8 ;   C h i   J H ,   2 0 0 9 ,   S P I N E ,   V 3 4 ,   P 4 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / B R S . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 9 3 a 2 5 b ;   C h o i   D ,   2 0 1 5 ,   N E U R O S U R G E R Y ,   V 7 7 ,   P 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 2 7 / N E U . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 7 ;   C h o n g   S ,   2 0 1 2 ,   S P I N E   J ,   V 1 2 ,   P 1 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s p i n e e . 2 0 1 2 . 1 0 . 0 1 5 ;   C o l e m a n   R E ,   2 0 0 6 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   p 6 2 4 3 S ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 6 - 0 9 3 1 ;   C o l l i n s   G S ,   2 0 1 5 ,   B M J - B R I T   M E D   J ,   V 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . g 7 5 9 4 ;   F o r s b e r g   J A ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 9 9 5 6 ;   G h o r i   A K ,   2 0 1 5 ,   S P I N E   J ,   V 1 5 ,   P 2 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s p i n e e . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 6 1 ;   G o o d w i n   P J ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 2 5 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 3 . 0 6 . 1 2 1 ;   H a r r e l l   F E ,   1 9 9 6 ,   S T A T   M E D ,   V 1 5 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 2 5 8 ( 1 9 9 6 0 2 2 9 ) 1 5 : 4 < 3 6 1 : : A I D - S I M 1 6 8 > 3 . 0 . C O ; 2 - 4 ;   H o s m e r   D W ,   1 9 9 9 ,   A P P L   S U R V I V A L   A N A L   R ;   H u n t i n g t o n   J T ,   2 0 1 3 ,   A M   J   C A N C E R   R E S ,   V 3 ,   P 5 1 8 ;   I a s o n o s   A ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 1 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 7 . 1 2 . 9 7 9 1 ;   J u n g   S H ,   2 0 1 4 ,   A N N   H E M A T O L ,   V 9 3 ,   P 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 7 7 - 0 1 3 - 1 9 7 7 - 9 ;   K a r i m i - A b d o l r e z a e e   S ,   2 0 0 6 ,   J   N E U R O S C I ,   V 2 6 ,   P 3 3 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 3 / J N E U R O S C I . 4 1 8 4 - 0 5 . 2 0 0 6 ;   K a t a g i r i   H ,   2 0 0 5 ,   J   B O N E   J O I N T   S U R G   B R ,   V 8 7 B ,   P 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 0 2 / 0 3 0 1 - 6 2 0 X . 8 7 B 5 . 1 5 1 8 5 ;   K i m   C H ,   2 0 1 3 ,   J   S U R G   O N C O L ,   V 1 0 8 ,   P 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s o . 2 3 4 1 8 ;   K i r s h b l u m   S C ,   2 0 1 1 ,   J   S P I N A L   C O R D   M E D ,   V 3 4 ,   P 5 4 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 7 9 / 1 0 7 9 0 2 6 1 1 X 1 3 1 8 6 0 0 0 4 2 0 2 4 2 ,   1 0 . 1 1 7 9 / 2 0 4 5 7 7 2 1 1 X 1 3 2 0 7 4 4 6 2 9 3 6 9 5 ] ;   L e i t h n e r   A ,   2 0 0 8 ,   E U R   S P I N E   J ,   V 1 7 ,   P 1 4 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 8 6 - 0 0 8 - 0 7 6 3 - 1 ;   M a n t o v a n i   A ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 4 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 2 0 5 ;   M a y r   A ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D   I N F O R M   M E D ,   V 5 3 ,   P 4 1 9 ,   D O I   1 0 . 3 4 1 4 / M E 1 3 - 0 1 - 0 1 2 2 ;   N a t h a n   S S ,   2 0 0 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 6 0 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 8 . 1 0 4 ;   O b e r i j e   C ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 2 ,   P 9 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 4 8 ;   O K E N   M M ,   1 9 8 2 ,   A M   J   C L I N   O N C O L - C A N C ,   V 5 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 0 4 2 1 - 1 9 8 2 1 2 0 0 0 - 0 0 0 1 4 ;   P i c c i r i l l o   J F ,   2 0 0 4 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 9 1 ,   P 2 4 4 1 ;   Q u a n   H D ,   2 0 1 1 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 7 3 ,   P 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / a j e / k w q 4 3 3 ;   Q u i n n   R H ,   2 0 1 3 ,   J   B O N E   J O I N T   S U R G   A M ,   V 9 5 A ,   P 1 8 8 8 ;   S c h o n l a u   M . ,   2 0 0 5 ,   S T A T A   J ,   V 5 ,   P 3 3 0 ;   S I O U T O S   P J ,   1 9 9 5 ,   C A N C E R ,   V 7 6 ,   P 1 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 5 1 0 1 5 ) 7 6 : 8 < 1 4 5 3 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 7 6 0 8 2 4 > 3 . 0 . C O ; 2 - T ;   T o k u h a s h i   Y ,   2 0 0 5 ,   S P I N E ,   V 3 0 ,   P 2 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . b r s . 0 0 0 0 1 8 0 4 0 1 . 0 6 9 1 9 . a 5 ;   T O K U H A S H I   Y ,   1 9 9 0 ,   S P I N E ,   V 1 5 ,   P 1 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 7 6 3 2 - 1 9 9 0 1 1 0 1 0 - 0 0 0 0 5 ;   T o k u h a s h i   Y ,   2 0 0 9 ,   S P I N E ,   V 3 4 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / B R S . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 9 1 3 f 1 9 ;   T o m i t a   K ,   2 0 0 1 ,   S P I N E ,   V 2 6 ,   P 2 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 7 6 3 2 - 2 0 0 1 0 2 0 1 0 - 0 0 0 1 6 ;   U l m a r   B ,   2 0 0 7 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 4 ,   P 9 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 0 6 - 9 0 0 0 - 5 ;   v a n   d e r   L i n d e n   Y M ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 0 7 5 6 ;   Z o c c a l i   C ,   2 0 1 6 ,   E U R   S P I N E   J ,   V 2 5 ,   P 6 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 8 6 - 0 1 5 - 4 3 3 9 - 6 	 3 7 	 0 	 0 	 0 	 0 	 J O U R N A L   B O N E   J O I N T   S U R G E R Y 	 N E E D H A M 	 2 0   P I C K E R I N G   S T ,   N E E D H A M ,   M A   0 2 4 9 2   U S A 	 0 0 2 1 - 9 3 5 5 	 1 5 3 5 - 1 3 8 6 	 	 J   B O N E   J O I N T   S U R G   A M 	 J .   B o n e   J o i n t   S u r g . - A m .   V o l . 	 N O V   2 	 2 0 1 6 	 9 8 	 2 1 	 	 	 	 	 1 7 6 7 	 1 7 7 6 	 	 1 0 . 2 1 0 6 / J B J S . 1 5 . 0 0 9 7 5 	 	 1 0 	 O r t h o p e d i c s ;   S u r g e r y 	 O r t h o p e d i c s ;   S u r g e r y 	 E N 4 A E 	 W O S : 0 0 0 3 9 5 9 4 8 6 0 0 0 0 5 	 	 
 
 J 	 A m i n ,   S A ;   G a y e n ,   S 	 	 	 	 A m i n ,   S k .   A b d u l ;   G a y e n ,   S h o v a n l a l 	 	 	 M o d e l l i n g   t h e   c y t o t o x i c   a c t i v i t y   o f   p y r a z o l o - t r i a z o l e   h y b r i d s   u s i n g   d e s c r i p t o r s   c a l c u l a t e d   f r o m   t h e   o p e n   s o u r c e   t o o l   " P a D E L - d e s c r i p t o r " 	 J O U R N A L   O F   T A I B A H   U N I V E R S I T Y   F O R   S C I E N C E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 P y r a z o l o - t r i a z o l e   h y b r i d s ;   C a n c e r ;   Q S A R ;   P a D E L - D e s c r i p t o r ;   S - M L R ;   K - m e a n s   c l u s t e r i n g 	 D R U G   D I S C O V E R Y ;   A N T I T U M O R   A G E N T S ;   L E A D   D I S C O V E R Y ;   Q S A R ;   A N A L O G S ;   O P T I M I Z A T I O N ;   I N H I B I T O R S 	 I n   t h i s   s t u d y ,   w e   d e v e l o p e d   Q S A R   m o d e l s   f o r   t h e   a n t i - p r o l i f e r a t i v e   a c t i v i t y   o f   p y r a z o l o - t r i a z o l e   h y b r i d s   [ ( 1 - b e n z y 1 - 1 H - 1 , 2 , 3 t r i a z o l - 4 - y 1 ) ( 1 , 3 - d i p h e n y l - 1 H - p y r a z o l - 4 - y 1 )   m e t h a n o n e ]   o n   h u m a n   b r a i n   c a n c e r   ( U 8 7 M G ) ,   l u n g   c a n c e r   ( A 5 4 9 ) ,   p r o s t a t e   c a n c e r   ( P C - 3 ) ,   a n d   c o l o n   c a n c e r   ( H T - 2 9 )   c e l l   l i n e s .   W e   e m p l o y e d   K - m e a n s   c l u s t e r   a n a l y s i s   t o   s p l i t   t h e   d a t a   s e t s .   S t a t i s t i c a l l y   r o b u s t   m o d e l s   w e r e   g e n e r a t e d   [ p I C ( 5 0 )   ( U 8 7 M G ) :   R =   0 . 8 7 3 ,   Q ( 2 ) = 0 . 5 5 4 ,   R - p r e d ( 2 ) ,   =   0 . 8 6 6 ;   p I C ( 5 0 )   ( A 5 4 9 ) :   R =   0 . 8 7 9 ,   Q ( 2 )   =   0 . 6 3 7 ,   R - p r e d ( 2 )   =   0 . 8 5 8 ;   p I C ( 5 0 )   ( P C 3 ) :   R   =   0 . 9 5 3 ;   Q ( 2 ) = 0 . 8 5 0 ;   R - p r e d ( 2 )   =   0 . 7 9 6 ; p I C ( 5 0 )   ( H T - 2 9 ) :   R   =   0 . 9 6 2 ,   Q ( 2 )   =   0 . 8 9 1 ;   R - p r e d ( 2 )   =   0 . 7 0 7 ] .   T h e   r e l i a b i l i t y   o f   t h e s e   m o d e l s   w a s   c o n f i r m e d   b y   a c c e p t a b l e   v a l i d a t i o n   p a r a m e t e r s ,   a n d   t h e s e   m o d e l s   a l s o   s a t i s f i e d   t h e   G o l b r a i k h   a n d   T r o p s h a   a c c e p t a b l e   m o d e l   c r i t e r i a .   T h e   Q S A R   s t u d y   h i g h l i g h t e d   t h e   a t o m i c   f e a t u r e   a n d   m o l e c u l a r   d e s c r i p t o r s ,   i n f o r m a t i o n   c o n t e n t   d e s c r i p t o r s ,   a n d   t o p o l o g i c a l   a n d   c o n s t i t u t i o n a l   d e s c r i p t o r s   t h a t   a f f e c t   a n t i - c a n c e r   a c t i v i t y .   ( C )   2 0 1 6   T h e   A u t h o r s .   P r o d u c t i o n   a n d   h o s t i n g   b y   E l s e v i e r   B . V . 	 [ A m i n ,   S k .   A b d u l ;   G a y e n ,   S h o v a n l a l ]   D r   H a r i   S i n g h   G o u r   V i s h w a v i d y a l a y a ,   D e p t   P h a r m a c e u t   S c i ,   L a b   D r u g   D e s i g n   &   D i s c o v e r y ,   S a g a r   4 7 0 0 0 3 ,   M P ,   I n d i a 	 G a y e n ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   D r   H a r i   S i n g h   G o u r   V i s h w a v i d y a l a y a ,   D e p t   P h a r m a c e u t   S c i ,   L a b   D r u g   D e s i g n   &   D i s c o v e r y ,   S a g a r   4 7 0 0 0 3 ,   M P ,   I n d i a . 	 s h o v a n l a l . g a y e n @ g m a i l . c o m 	 	 	 U n i v e r s i t y   G r a n t s   C o m m i s s i o n   ( U G C ) ,   N e w   D e l h i   [ F . 3 0 - 1 0 6 / 2 0 1 5 - B S R ] ;   A l l   I n d i a   C o u n c i l   f o r   T e c h n i c a l   E d u c a t i o n   ( A I C T E )   N e w   D e l h i ;   D e p a r t m e n t   o f   P h a r m a c e u t i c a l   S c i e n c e s ,   D r .   H a r i s i n g h   G o u r   U n i v e r s i t y ,   S a g a r ,   I n d i a 	 S .   G a y e n   t h a n k s   t h e   U n i v e r s i t y   G r a n t s   C o m m i s s i o n   ( U G C ) ,   N e w   D e l h i   f o r   a w a r d i n g   a   U G C - S t a r t   u p   g r a n t   ( N o .   F . 3 0 - 1 0 6 / 2 0 1 5 - B S R ) .   O n e   o f   t h e   a u t h o r s   ( S . A .   A m i n )   i s   g r a t e f u l   t o   t h e   A l l   I n d i a   C o u n c i l   f o r   T e c h n i c a l   E d u c a t i o n   ( A I C T E )   N e w   D e l h i   f o r   a w a r d i n g   a   P o s t   G r a d u a t e   G P A T   f e l l o w s h i p .   W e   a l s o   e x p r e s s   o u r   t h a n k s   f o r   t h e   s u p p o r t   f r o m   t h e   D e p a r t m e n t   o f   P h a r m a c e u t i c a l   S c i e n c e s ,   D r .   H a r i s i n g h   G o u r   U n i v e r s i t y ,   S a g a r ,   I n d i a . 	 A d h i k a r i   N ,   2 0 1 5 ,   T O X I C O L   I N   V I T R O ,   V 2 9 ,   P 1 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i v . 2 0 1 5 . 0 5 . 0 1 7 ;   A d h i k a r i   N ,   2 0 1 3 ,   M E D   C H E M   R E S ,   V 2 2 ,   P 6 0 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 0 4 4 - 0 1 3 - 0 5 9 0 - 8 ;   A l a m   S M ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 4 4 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m e c h . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 4 2 ;   B a j o r a t h   F ,   2 0 0 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 ,   P 8 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 9 4 1 ;   B a s u   A ,   2 0 0 6 ,   C A N   J   C H E M ,   V 8 4 ,   P 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 9 / V 0 6 - 0 2 9 ;   B h a d o r i y a   K S ,   2 0 1 5 ,   J   T A I B A H   U N I V   S C I ,   V 9 ,   P 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t u s c i . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 0 5 ;   D e b n a t h   B ,   2 0 0 6 ,   I N D I A N   J   C H E M   A ,   V 4 5 ,   P 9 3 ;   D e b n a t h   B ,   2 0 0 3 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 1 1 ,   P 5 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 0 3 . 0 9 . 0 2 2 ;   D e b n a t h   B i k a s h ,   2 0 0 3 ,   D r u g   D e s   D i s c o v ,   V 1 8 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 5 5 9 6 1 0 2 9 0 2 4 9 5 5 7 ;   G a y e n   S ,   2 0 0 4 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 1 2 ,   P 1 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 0 3 . 1 2 . 0 3 1 ;   G o l b r a i k h   A ,   2 0 0 0 ,   M O L   D I V E R S ,   V 5 ,   P 2 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 1 3 7 2 1 0 8 6 8 6 ;   G o l b r a i k h   A ,   2 0 0 2 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 2 0 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 3 - 3 2 6 3 ( 0 1 ) 0 0 1 2 3 - 1 ;   J o r g e n s e n   W L ,   2 0 0 9 ,   A C C O U N T S   C H E M   R E S ,   V 4 2 ,   P 7 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a r 8 0 0 2 3 6 t ;   J o r g e n s e n   W L ,   2 0 0 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 3 ,   P 1 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 9 6 3 6 1 ;   K i e r   L .   B . ,   1 9 7 6 ,   M O L   C O N N E C T I V I T Y   C H E ;   M o n d a l   C ,   2 0 1 5 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 9 0 ,   P 8 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m e c h . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 1 1 ;   M y e r s   S ,   2 0 0 1 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 1 9 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 9 0 7 6 5 ;   O j h a   P .   K . ,   C H E M O M   I N T E L L   L A B   S Y ;   P r a m a n i k   S ,   2 0 1 4 ,   E N V I R O N   S C I   P O L L U T   R ,   V 2 1 ,   P 2 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 5 6 - 0 1 3 - 2 2 4 7 - z ;   R e d d y   T S ,   2 0 1 5 ,   O R G   B I O M O L   C H E M ,   V 1 3 ,   P 1 0 1 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 o b 0 0 8 4 2 e ;   R o y   K . ,   E X P   O P I N   D R U G   D I S C O V ;   S a m a n t a   S ,   2 0 0 4 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 1 2 ,   P 1 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 0 4 . 0 1 . 0 0 6 ;   S a m a n t a   S . ,   2 0 0 5 ,   I L   F A R M ,   V 1 0 ,   P 8 1 8 ;   S h a r m a   M .   C . ,   2 0 1 4 ,   J   T A I B A H   U   S C I ,   V 8 ;   S u n   M ,   2 0 0 9 ,   J   E N Z Y M   I N H I B   M E D   C H ,   V 2 4 ,   P 1 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 4 7 5 6 3 6 0 8 0 2 6 3 2 9 0 6 ;   T a n g   Y u n ,   2 0 0 6 ,   D r u g   D i s c o v   T o d a y   T e c h n o l ,   V 3 ,   P 3 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d d t e c . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 0 4 ;   T o d e s c h i n i   R . ,   2 0 0 0 ,   H D B   M O L   D E S C R I P T O R S ;   W a l t e r s   W P ,   1 9 9 8 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 3 ,   P 1 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 3 5 9 - 6 4 4 6 ( 9 7 ) 0 1 1 6 3 - X ;   W o l d   S . ,   2 0 0 8 ,   C H E M O M E T R I C   M E T H O D S ,   P 3 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 3 5 2 7 6 1 5 4 5 2 . c h 5 ;   X i a n g   M L ,   2 0 1 2 ,   C O M B   C H E M   H I G H   T   S C R ,   V 1 5 ,   P 3 2 8 ;   Y a p   C W ,   2 0 1 1 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 3 2 ,   P 1 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 1 7 0 7 ;   Z h a n g   S X ,   2 0 1 1 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 7 1 6 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 1 7 7 9 - 0 1 2 - 6 _ 2 	 3 2 	 3 	 3 	 1 	 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 6 5 8 - 3 6 5 5 	 1 6 5 8 - 3 6 1 2 	 	 J   T A I B A H   U N I V   S C I 	 J .   T a i b a h   U n i v .   S c i . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 0 	 6 	 	 	 	 	 8 9 6 	 9 0 5 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . j t u s c i . 2 0 1 6 . 0 4 . 0 0 9 	 	 1 0 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E O 0 R U 	 W O S : 0 0 0 3 9 6 4 0 6 4 0 0 0 1 2 	 	 
 
 J 	 A l l h o f f ,   M ;   S e r e ,   K ;   P i r e s ,   J F ;   Z e n k e ,   M ;   C o s t a ,   I G 	 	 	 	 A l l h o f f ,   M a n u e l ;   S e r e ,   K r i s t i n ;   P i r e s ,   J u l i a n a   F . ;   Z e n k e ,   M a r t i n ;   C o s t a ,   I v a n   G . 	 	 	 D i f f e r e n t i a l   p e a k   c a l l i n g   o f   C h I P - s e q   s i g n a l s   w i t h   r e p l i c a t e s   w i t h   T H O R 	 N U C L E I C   A C I D S   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 D E N D R I T I C   C E L L - D E V E L O P M E N T ;   T R A N S C R I P T I O N   F A C T O R S ;   I N T E G R A T I V E   A N A L Y S I S ;   E X P R E S S I O N   A N A L Y S I S ;   G E N E - E X P R E S S I O N ;   H U M A N   G E N O M E ;   B I N D I N G ;   E P I G E N O M E S ;   C H A L L E N G E S ;   E L E M E N T S 	 T h e   s t u d y   o f   c h a n g e s   i n   p r o t e i n - D N A   i n t e r a c t i o n s   m e a s u r e d   b y   C h I P - s e q   o n   d y n a m i c   s y s t e m s ,   s u c h   a s   c e l l   d i f f e r e n t i a t i o n ,   r e s p o n s e   t o   t r e a t m e n t s   o r   t h e   c o m p a r i s o n   o f   h e a l t h y   a n d   d i s e a s e d   i n d i v i d u a l s ,   i s   s t i l l   a n   o p e n   c h a l l e n g e .   T h e r e   a r e   f e w   c o m p u t a t i o n a l   m e t h o d s   c o m p a r i n g   c h a n g e s   i n   C h I P - s e q   s i g n a l s   w i t h   r e p l i c a t e s .   M o r e o v e r ,   n o n e   o f   t h e s e   p r e v i o u s   a p p r o a c h e s   a d d r e s s e s   C h I P - s e q   s p e c i f i c   e x p e r i m e n t a l   a r t e f a c t s   a r i s i n g   f r o m   s t u d i e s   w i t h   b i o l o g i c a l   r e p l i c a t e s .   W e   p r o p o s e   T H O R ,   a   H i d d e n   M a r k o v   M o d e l   b a s e d   a p p r o a c h ,   t o   d e t e c t   d i f f e r e n t i a l   p e a k s   b e t w e e n   p a i r s   o f   b i o l o g i c a l   c o n d i t i o n s   w i t h   r e p l i c a t e s .   T H O R   p r o v i d e s   a l l   p r e - a n d   p o s t - p r o c e s s i n g   s t e p s   r e q u i r e d   i n   C h I P - s e q   a n a l y s e s .   M o r e o v e r ,   w e   p r o p o s e   a   n o v e l   n o r m a l i z a t i o n   a p p r o a c h   b a s e d   o n   h o u s e k e e p i n g   g e n e s   t o   d e a l   w i t h   c a s e s   w h e r e   r e p l i c a t e s   h a v e   d i s t i n c t   s i g n a l - t o - n o i s e   r a t i o s .   T o   e v a l u a t e   d i f f e r e n t i a l   p e a k   c a l l i n g   m e t h o d s ,   w e   d e l i n e a t e   a   m e t h o d o l o g y   u s i n g   b o t h   b i o l o g i c a l   a n d   s i m u l a t e d   d a t a .   T h i s   i n c l u d e s   a n   e v a l u a t i o n   p r o c e d u r e   t h a t   a s s o c i a t e s   d i f f e r e n t i a l   p e a k s   w i t h   c h a n g e s   i n   g e n e   e x p r e s s i o n   a s   w e l l   a s   h i s t o n e   m o d i f i c a t i o n s   c l o s e   t o   t h e s e   p e a k s .   W e   e v a l u a t e   T H O R   a n d   s e v e n   c o m p e t i n g - m e t h o d s   o n   d a t a   s e t s w i t h   d i s t i n c t   c h a r a c t e r i s t i c s   f r o m   i n   v i t r o   s t u d i e s   w i t h   t e c h n i c a l   r e p l i c a t e s   t o   c l i n i c a l   s t u d i e s   o f   c a n c e r   p a t i e n t s .   O u r   e v a l u a t i o n   a n a l y s i s   c o m p r i s e s   o f   1 3   c o m p a r i s o n s   b e t w e e n   p a i r s   o f   b i o l o g i c a l   c o n d i t i o n s .   W e   s h o w   t h a t   T H O R   p e r f o r m s   b e s t   i n   a l l   s c e n a r i o s . 	 [ A l l h o f f ,   M a n u e l ;   P i r e s ,   J u l i a n a   F . ;   C o s t a ,   I v a n   G . ]   R h e i n   W e s t f a l   T H   A a c h e n ,   I Z K F   B i o i n f o r m a t   R e s   G r p ,   S c h   M e d ,   P a u w e l s s t r   1 9 ,   D - 5 2 0 7 4   A a c h e n ,   G e r m a n y ;   [ A l l h o f f ,   M a n u e l ;   C o s t a ,   I v a n   G . ]   R h e i n   W e s t f a l   T H   A a c h e n ,   A a c h e n   I n s t   A d v   S t u d y   C o m p u t a t   E n g n   S c i   A I C E S ,   S c h i n k e l s t r   2 ,   D - 5 2 0 6 2   A a c h e n ,   G e r m a n y ;   [ A l l h o f f ,   M a n u e l ;   S e r e ,   K r i s t i n ;   P i r e s ,   J u l i a n a   F . ;   Z e n k e ,   M a r t i n ;   C o s t a ,   I v a n   G . ]   R h e i n   W e s t f a l   T H   A a c h e n ,   H e l m h o l t z   I n s t   B i o m e d   E n g n ,   P a u w e l s s t r   2 0 ,   D - 5 2 0 7 4   A a c h e n ,   G e r m a n y ;   [ S e r e ,   K r i s t i n ;   Z e n k e ,   M a r t i n ]   R h e i n   W e s t f a l   T H   A a c h e n ,   I n s t   B i o m e d   E n g n ,   D e p t   C e l l   B i o l ,   S c h   M e d ,   P a u w e l s t r   3 0 ,   D - 5 2 0 7 4   A a c h e n ,   G e r m a n y ;   [ P i r e s ,   J u l i a n a   F . ]   U n i v   F e d   P a r a i b a ,   D e p t   S t a t ,   C i d a d e   U n i v ,   B R - 5 8 0 5 9 9 0 0   J o a o   P e s s o a ,   P B ,   B r a z i l 	 C o s t a ,   I G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R h e i n   W e s t f a l   T H   A a c h e n ,   I Z K F   B i o i n f o r m a t   R e s   G r p ,   S c h   M e d ,   P a u w e l s s t r   1 9 ,   D - 5 2 0 7 4   A a c h e n ,   G e r m a n y . ;   C o s t a ,   I G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R h e i n   W e s t f a l   T H   A a c h e n ,   A a c h e n   I n s t   A d v   S t u d y   C o m p u t a t   E n g n   S c i   A I C E S ,   S c h i n k e l s t r   2 ,   D - 5 2 0 6 2   A a c h e n ,   G e r m a n y . ;   C o s t a ,   I G   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R h e i n   W e s t f a l   T H   A a c h e n ,   H e l m h o l t z   I n s t   B i o m e d   E n g n ,   P a u w e l s s t r   2 0 ,   D - 5 2 0 7 4   A a c h e n ,   G e r m a n y . 	 i v a n . c o s t a @ r w t h - a a c h e n . d e 	 C o s t a   ,   I v a n / D - 5 3 3 5 - 2 0 1 4 	 	 I n t e r d i s c i p l i n a r y   C e n t e r   f o r   C l i n i c a l   R e s e a r c h   ( I Z K F   A a c h e n ) ,   R W T H   A a c h e n   U n i v e r s i t y   M e d i c a l   S c h o o l ,   A a c h e n ,   G e r m a n y ;   E x c e l l e n c e   I n i t i a t i v e   o f   t h e   G e r m a n   F e d e r a l   a n d   S t a t e   G o v e r n m e n t s ;   G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   [ G S C   1 1 1 ,   D F G   Z E 4 3 2 / 5 - 2 ] ;   S T A R T - p r o g r a m   o f   t h e   F a c u l t y   o f   M e d i c i n e ,   R W T H   A a c h e n   [ A Z   2 2 / 1 3 ] ;   C o n s e l h o   N a c i o n a l   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   C i e n t i f i c o   e   T e c n o l o g i c o   ( C N P q / B r a z i l )   t h r o u g h   t h e   S c i e n c e   W i t h o u t   B o r d e r s   p r o g r a m ;   E u r o p e a n   U n i o n   [ 2 8 2 5 1 0   -   B L U E P R I N T ] ;   I Z K F   A a c h e n 	 I n t e r d i s c i p l i n a r y   C e n t e r   f o r   C l i n i c a l   R e s e a r c h   ( I Z K F   A a c h e n ) ,   R W T H   A a c h e n   U n i v e r s i t y   M e d i c a l   S c h o o l ,   A a c h e n ,   G e r m a n y ;   E x c e l l e n c e   I n i t i a t i v e   o f   t h e   G e r m a n   F e d e r a l   a n d   S t a t e   G o v e r n m e n t s   a n d   t h e   G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   [ G S C   1 1 1 ] ;   S T A R T - p r o g r a m   ( A Z   2 2 / 1 3 )   o f   t h e   F a c u l t y   o f   M e d i c i n e ,   R W T H   A a c h e n ;   C o n s e l h o   N a c i o n a l   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   C i e n t i f i c o   e   T e c n o l o g i c o   ( C N P q / B r a z i l )   t h r o u g h   t h e   S c i e n c e   W i t h o u t   B o r d e r s   p r o g r a m ;   D o n a t i o n   b y   U .   L e h m a n n   a n d   f u n d s   o f   G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   [ D F G   Z E 4 3 2 / 5 - 2   t o   M . Z .   i n   p a r t ] ;   t h i s   s t u d y   m a k e s   u s e   o f   d a t a   g e n e r a t e d   b y   t h e   B l u e p r i n t   C o n s o r t i u m .   A   f u l l   l i s t   o f   t h e   i n v e s t i g a t o r s   w h o   c o n t r i b u t e d   t o   t h e   g e n e r a t i o n   o f   t h e   d a t a   i s   a v a i l a b l e   a t   w w w . b l u e p r i n t - e p i g e n o m e . e u ;   E u r o p e a n   U n i o n ' s   S e v e n t h   F r a m e w o r k   P r o g r a m m e   ( F P 7 / 2 0 0 7 - 2 0 1 3 )   [ 2 8 2 5 1 0   -   B L U E P R I N T ] .   F u n d i n g   f o r   o p e n   a c c e s s   c h a r g e :   I Z K F   A a c h e n   a n d   G e r m a n   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   ( G S C   1 1 1 ) . 	 A l l h o f f   M ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 3 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 7 2 2 ;   A n d e r s   S ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 0 - 1 1 - 1 0 - r 1 0 6 ;   A r r i g o n i   L ,   2 0 1 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 4 9 5 ;   A s h o o r   H ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 9 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 5 2 4 ;   B E N J A M I N I   Y ,   1 9 9 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 7 ,   P 2 8 9 ;   C h a u v i s t r e   H ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   I M M U N O L ,   V 4 4 ,   P 2 4 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / e j i . 2 0 1 3 4 4 1 5 0 ;   C h e n g   C ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 6 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 6 8 3 8 . 1 1 1 ;   C h e u n g   M S ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 4 2 5 ;   C o s t a   I G ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - S 1 - S 2 9 ;   D a h l   J A ,   2 0 0 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 1 1 5 8 ;   D e m s a r   J . ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 1 ;   D i a z   A ,   2 0 1 2 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / 1 5 4 4 - 6 1 1 5 . 1 7 5 0 ;   D u n h a m   I ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 9 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 2 4 7 ;   E i s e n b e r g   E ,   2 0 1 3 ,   T R E N D S   G E N E T ,   V 2 9 ,   P 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i g . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 1 0 ;   F e l k e r   P ,   2 0 1 0 ,   J   I M M U N O L ,   V 1 8 5 ,   P 5 3 2 6 ,   D O I   1 0 . 4 0 4 9 / j i m m u n o l . 0 9 0 3 9 5 0 ;   F e n g   J ,   2 0 1 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 4 - 1 5 - 4 - r 6 5 ;   F u r e y   T S ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 3 ,   P 8 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 3 0 6 ;   H e i n i g   M ,   2 0 1 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 5 - 0 4 9 1 - 6 ;   H e i n z   S ,   2 0 1 0 ,   M O L   C E L L ,   V 3 8 ,   P 5 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l c e l . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 0 4 ;   H u m b u r g   P ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 3 9 ;   I b r a h i m   M M ,   2 0 1 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 1 ,   P 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 5 6 8 ;   K a r l i c   R ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 2 9 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 0 9 3 4 4 1 0 7 ;   K o u e s   O I ,   2 0 1 5 ,   I M M U N I T Y ,   V 4 2 ,   P 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m m u n i . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 2 1 ;   K u n d a j e   A ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 1 8 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 2 4 8 ;   L a n d t   S G ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 2 ,   P 1 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 3 6 1 8 4 . 1 1 1 ;   L a r a - A s t i a s o   D ,   2 0 1 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 5 ,   P 9 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 5 6 2 7 1 ;   L e v e n b e r g   K . ,   1 9 4 4 ,   Q u a r t e r l y   o f   A p p l i e d   M a t h e m a t i c s ,   V 2 ,   P 1 6 4 ;   L i   H ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 5 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 6 9 8 ;   L i   Q H ,   2 0 1 1 ,   A N N   A P P L   S T A T ,   V 5 ,   P 1 7 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 1 1 - A O A S 4 6 6 ;   L i a n g   K ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 6 0 5 ;   L i n   Q ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   P 9 6 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 1 0 5 6 ;   L u n   A T L ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 3 5 1 ;   M a m m a n a   A ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 4 4 9 ;   M a r t e n s   J H A ,   2 0 1 3 ,   H A E M A T O L O G I C A ,   V 9 8 ,   P 1 4 8 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 4 / h a e m a t o l . 2 0 1 3 . 0 9 4 2 4 3 ;   M a z e   I ,   2 0 1 4 ,   N A T   N E U R O S C I ,   V 1 7 ,   P 1 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n n . 3 8 1 6 ;   M c L e a n   C Y ,   2 0 1 0 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 8 ,   P 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 1 6 3 0 ;   M e y e r   C A ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 5 ,   P 7 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 3 7 8 8 ;   P a r k   P J ,   2 0 0 9 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 0 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 6 4 1 ;   P e p k e   S ,   2 0 0 9 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 6 ,   p S 2 2 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 3 7 1 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 3 7 1 ] ;   R A B I N E R   L R ,   1 9 8 9 ,   P   I E E E ,   V 7 7 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 5 . 1 8 6 2 6 ;   R i t c h i e   M E ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 0 0 7 ;   R o b i n s o n   M D ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 0 - 1 1 - 3 - r 2 5 ;   R o z o w s k y   J ,   2 0 0 9 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 7 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 1 5 1 8 ;   S a e e d   S ,   2 0 1 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 5 ,   P 1 5 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 5 1 0 8 6 ;   S h a o   Z ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 2 - 1 3 - 3 - r 1 6 ;   S h e n   L ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 5 5 9 8 ;   S t a r k   R . ,   2 0 1 2 ,   P   C H A P T   D I F F   O E S T R   R ,   P 2 8 6 ;   V a l o u e v   A ,   2 0 0 8 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 5 ,   P 8 2 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 2 4 6 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N M E T H . 1 2 4 6 ] ;   W a n g   Z B ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 8 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 1 5 4 ;   W a r d   L D ,   2 0 1 2 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 0 ,   P 1 0 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 4 2 2 ;   W i l b a n k s   E G ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 1 4 7 1 ;   X u   H ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 2 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t n 4 0 2 ;   Z h a n g   Y X ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 2 5 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 3 7 2 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 0 8 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 8 - 9 - 9 - r 1 3 7 	 5 4 	 0 	 0 	 5 	 5 	 O X F O R D   U N I V   P R E S S 	 O X F O R D 	 G R E A T   C L A R E N D O N   S T ,   O X F O R D   O X 2   6 D P ,   E N G L A N D 	 0 3 0 5 - 1 0 4 8 	 1 3 6 2 - 4 9 6 2 	 	 N U C L E I C   A C I D S   R E S 	 N u c l e i c   A c i d s   R e s . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 4 4 	 2 0 	 	 	 	 	 	 	 e 1 5 3 	 1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k w 6 8 0 	 	 1 4 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y 	 E K 3 H R 	 W O S : 0 0 0 3 9 3 8 1 7 8 0 0 0 0 3 	 2 7 4 8 4 4 7 4 	 
 
 J 	 D e   L u c a ,   S ;   P a s s e r a ,   R ;   C a t t a n e o ,   G ;   M a n f r e d i ,   M ;   M e l e ,   F ;   F i o r i ,   C ;   B o l l i t o ,   E ;   C i r i l l o ,   S ;   P o r p i g l i a ,   F 	 	 	 	 D e   L u c a ,   S t e f a n o ;   P a s s e r a ,   R o b e r t o ;   C a t t a n e o ,   G i o v a n n i ;   M a n f r e d i ,   M a t t e o ;   M e l e ,   F a b r i z i o ;   F i o r i ,   C r i s t i a n ;   B o l l i t o ,   E n r i c o ;   C i r i l l o ,   S t e f a n o ;   P o r p i g l i a ,   F r a n c e s c o 	 	 	 H i g h   p r o s t a t e   c a n c e r   g e n e   3   ( P C A 3 )   s c o r e s   a r e   a s s o c i a t e d   w i t h   e l e v a t e d   P r o s t a t e   I m a g i n g   R e p o r t i n g   a n d   D a t a   S y s t e m   ( P I - R A D S )   g r a d e   a n d   b i o p s y   G l e a s o n   s c o r e ,   a t   m a g n e t i c   r e s o n a n c e   i m a g i n g / u l t r a s o n o g r a p h y   f u s i o n   s o f t w a r e - b a s e d  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 u n d e r g o i n g   m a g n e t i c   r e s o n a n c e   i m a g i n g / u l t r a s o n o g r a p h y   f u s i o n   s o f t w a r e - b a s e d   t a r g e t e d   p r o s t a t e   b i o p s y   ( T B x )   a f t e r   a   p r e v i o u s   n e g a t i v e   r a n d o m i s e d   ' s t a n d a r d '   b i o p s y   ( S B x ) .   P a t i e n t s   a n d   M e t h o d s   I n   a l l ,   2 8 2   p a t i e n t s   w h o   u n d e r w e n t   T B x   a f t e r   p r e v i o u s   n e g a t i v e   S B x   a n d   a   P C A 3   u r i n e   a s s a y ,   w e r e   e n r o l l e d .   T h e   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   P C A 3   s c o r e / P I - R A D S   a n d   P C A 3   s c o r e / G l e a s o n   s c o r e   w e r e   i n v e s t i g a t e d   b y   K - m e a n s   c l u s t e r i n g ,   a   r e c e i v e r   o p e r a t i n g   c h a r a c t e r i s t i c   a n a l y s i s   a n d   b i n a r y   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n .   R e s u l t s   T h e   P C A 3   s c o r e   d i f f e r e n c e   f o r   t h e   n e g a t i v e   v s   p o s i t i v e   T B x   c o h o r t s   w a s   h i g h l y   s t a t i s t i c a l l y   s i g n i f i c a n t .   A   1 - u n i t   i n c r e a s e   i n   t h e   P C A 3   s c o r e   w a s   a s s o c i a t e d   t o   a   2 . 4 %   i n c r e a s e d   r i s k   o f   h a v i n g   a   p o s i t i v e   T B x   r e s u l t .   A   P C A 3   s c o r e   o f   > 8 0   a n d   a   P I - R A D S   g r a d e   o f   > =   4   w e r e   i n d e p e n d e n t   p r e d i c t o r s   o f   a   p o s i t i v e   T B x .   T h e   a s s o c i a t i o n   b e t w e e n   t h e   P C A 3   s c o r e   a n d   P I - R A D S   g r a d e   w a s   s t a t i s t i c a l l y   s i g n i f i c a n t   ( t h e   m e d i a n   P C A 3   s c o r e   f o r   P I - R A D S   g r a d e   g r o u p s   3 ,   4 ,   a n d   5   w a s   5 8 ,   1 0 4 ,   a n d   1 4 6 ,   r e s p e c t i v e l y ;   P   =   0 . 0 0 6 ) .   A   s i m i l a r   p a t t e r n   w a s   d e t e c t e d   f o r   t h e   r e l a t i o n s h i p   b e t w e e n   t h e   P C A 3   s c o r e   a n d   G l e a s o n   s c o r e ;   a n   i n c r e a s i n g   P C A 3   s c o r e   w a s   a s s o c i a t e d   w i t h   a   w o r s e n i n g   G l e a s o n   s c o r e   ( m e d i a n   P C A 3   s c o r e   e q u a l   t o   6 2 ,   1 0 5 ,   1 3 2 ,   1 5 3 ,   2 0 3 ,   a n d   3 2 2   f o r   G l e a s o n   S c o r e   3 + 4 ,   4 + 3 ,   4 + 4 ,   4 + 5 ,   5 + 4 ,   a n d   5 + 5 ,   r e s p e c t i v e l y ;   P   <   0 . 0 0 1 ) .   C o n c l u s i o n   T B x   i m p r o v e d   P C A 3   s c o r e   d i a g n o s t i c   a n d   p r o g n o s t i c   p e r f o r m a n c e   f o r   p r o s t a t e   c a n c e r .   T h e   P C A 3   s c o r e   w a s   d i r e c t l y   a s s o c i a t e d   b o t h   w i t h   b i o p s y   G l e a s o n   s c o r e   a n d   P I - R A D S   g r a d e :   n o t a b l y ,   i n   t h e   ' i n d e t e r m i n a t e '   P I - R A D S   g r a d e   3   s u b g r o u p . 	 [ D e   L u c a ,   S t e f a n o ;   C a t t a n e o ,   G i o v a n n i ;   M a n f r e d i ,   M a t t e o ;   M e l e ,   F a b r i z i o ;   F i o r i ,   C r i s t i a n ;   P o r p i g l i a ,   F r a n c e s c o ]   U n i v   T u r i n ,   S a n   L u i g i   G o n z a g a   H o s p ,   D e p t   U r o l ,   O r b a s s a n o ,   I t a l y ;   [ P a s s e r a ,   R o b e r t o ]   U n i v   T u r i n ,   S a n   G i o v a n n i   B a t t i s t a   H o s p ,   N u c l   M e d ,   T u r i n ,   I t a l y ;   [ B o l l i t o ,   E n r i c o ]   U n i v   T u r i n ,   S a n   L u i g i   G o n z a g a   H o s p ,   P a t h o l ,   O r b a s s a n o ,   I t a l y ;   [ C i r i l l o ,   S t e f a n o ]   M a u r i z i a n o   H o s p ,   D e p t   R a d i o l ,   T u r i n ,   I t a l y 	 D e   L u c a ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S a n   L u i g i   G o n z a g a   H o s p ,   D i v   U r o l ,   R e g   G o n z o l e   1 0 ,   I - 1 0 0 4 3   O r b a s s a n o ,   I t a l y . 	 d e l u c a s t e f a n o @ y a h o o . i t 	 	 	 	 	 B a r e n t s z   J O ,   2 0 1 2 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 2 ,   P 7 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 1 - 2 3 7 7 - y ;   B a r r e t t   T ,   2 0 1 5 ,   C L I N   R A D I O L ,   V 7 0 ,   P 1 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c r a d . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 9 3 ;   B o l l i t o   E ,   2 0 1 2 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 3 4 ,   P 9 6 ;   B u s e t t o   G M ,   2 0 1 3 ,   U R O L O G Y ,   V 8 2 ,   P 1 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 7 8 ;   B u s s e m a k e r s   M J G ,   1 9 9 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 9 ,   P 5 9 7 5 ;   D e   L u c a   S ,   2 0 1 3 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 3 3 ,   P 4 6 5 7 ;   d e   R o o i j   M ,   2 0 1 4 ,   A M   J   R O E N T G E N O L ,   V 2 0 2 ,   P 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 4 / A J R . 1 3 . 1 1 0 4 6 ;   D e r a s   I L ,   2 0 0 8 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 9 ,   P 1 5 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 7 . 1 1 . 0 3 8 ;   D j a v a n   B ,   2 0 0 1 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 6 6 ,   P 1 6 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 2 - 5 3 4 7 ( 0 5 ) 6 5 6 5 2 - 2 ;   E p s t e i n   J I ,   2 0 0 5 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 2 9 ,   P 1 2 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 1 . p a s . 0 0 0 0 1 7 3 6 4 6 . 9 9 3 3 7 . b 1 ;   G a y e t   M ,   2 0 1 6 ,   B J U   I N T ,   V 1 1 7 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b j u . 1 3 2 4 7 ;   G r e e n e   K L ,   2 0 0 9 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 8 2 ,   P 2 2 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 9 3 ;   K a u f m a n n   S ,   2 0 1 6 ,   W O R L D   J   U R O L ,   V 3 4 ,   P 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 4 5 - 0 1 5 - 1 6 5 5 - 8 ;   L o e b   S ,   2 0 1 5 ,   E U R   U R O L ,   V 6 7 ,   P 6 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 1 0 ;   L o e b   S ,   2 0 1 4 ,   E U R   U R O L ,   V 6 5 ,   P 1 0 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 6 2 ;   M o o r e   C M ,   2 0 1 3 ,   E U R   U R O L ,   V 6 3 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e u r u r o . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 0 4 ;   M o t t e t   N ,   2 0 1 5 ,   G U I D E L I N E S   P R O S T A T E ;   N i c h o l s o n   A ,   2 0 1 5 ,   H E A L T H   T E C H N O L   A S S E S ,   V 1 9 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 1 0 / h t a 1 9 8 7 0 ;   P o r p i g l i a   F ,   2 0 1 4 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 9 2 ,   P 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 3 0 ;   P u e c h   P ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 8 ,   P 4 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 1 5 0 1 ;   S a l a m i   S S ,   2 0 1 5 ,   B J U   I N T ,   V 1 1 5 ,   P 5 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / b j u . 1 2 9 3 8 ;   S c h a l k e n   J A ,   2 0 0 3 ,   U R O L O G Y ,   V 6 2 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 9 0 - 4 2 9 5 ( 0 3 ) 0 0 7 5 9 - 3 ;   S c h r o d e r   F H ,   2 0 1 4 ,   U R O L O G Y ,   V 8 3 ,   P 6 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . u r o l o g y . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 0 5 ;   S c i a r r a   A ,   2 0 1 2 ,   B J U   I N T ,   V 1 1 0 ,   P 1 6 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 4 - 4 1 0 X . 2 0 1 2 . 1 1 1 4 6 . x ;   S o b i n   L H ,   2 0 0 9 ,   U I C C   T N M   C L A S S I F I C A T ,   P 2 4 3 ;   T e w e s   S ,   2 0 1 5 ,   W O R L D   J   U R O L ,   V 3 3 ,   P 1 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 4 5 - 0 1 5 - 1 5 2 5 - 4 ;   v a n   H o v e   A ,   2 0 1 4 ,   W O R L D   J   U R O L ,   V 3 2 ,   P 8 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 4 5 - 0 1 4 - 1 3 3 2 - 3 	 2 7 	 1 	 1 	 0 	 0 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 1 4 6 4 - 4 0 9 6 	 1 4 6 4 - 4 1 0 X 	 	 B J U   I N T 	 B J U   I n t . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 1 8 	 5 	 	 	 	 	 7 2 3 	 7 3 0 	 	 1 0 . 1 1 1 1 / b j u . 1 3 5 0 4 	 	 8 	 U r o l o g y   &   N e p h r o l o g y 	 U r o l o g y   &   N e p h r o l o g y 	 E A 3 A B 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 4 6 8 6 0 0 0 1 3 	 	 
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 2 0 8 9 2   U S A . 	 z h i y o n g . l u @ n i h . g o v 	 	 s i n g h a l ,   a y u s h / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 2 3 7 8 - 3 7 9 5 	 N I H   I n t r a m u r a l   R e s e a r c h   P r o g r a m ;   N a t i o n a l   L i b r a r y   o f   M e d i c i n e ;   N I H   M e d i c a l   R e s e a r c h   S c h o l a r s   P r o g r a m ;   N I H 	 T h i s   r e s e a r c h   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N I H   I n t r a m u r a l   R e s e a r c h   P r o g r a m ,   N a t i o n a l   L i b r a r y   o f   M e d i c i n e   a n d   t h e   N I H   M e d i c a l   R e s e a r c h   S c h o l a r s   P r o g r a m ,   a   p u b l i c - p r i v a t e   p a r t n e r s h i p   s u p p o r t e d   j o i n t l y   b y   t h e   N I H   a n d   g e n e r o u s   c o n t r i b u t i o n s   t o   t h e   F o u n d a t i o n   f o r   t h e   N I H   f r o m   t h e   D o r i s   D u k e   C h a r i t a b l e   F o u n d a t i o n ,   t h e   H o w a r d   H u g h e s   M e d i c a l   I n s t i t u t e ,   t h e   A m e r i c a n   A s s o c i a t i o n   f o r   D e n t a l   R e s e a r c h ,   t h e   C o l g a t e - P a l m o l i v e   C o m p a n y ,   a n d   o t h e r   p r i v a t e   d o n o r s .   N o   f u n d s   f r o m   t h e   D o r i s   D u k e   C h a r i t a b l e   F o u n d a t i o n   w e r e   u s e d   t o   s u p p o r t   r e s e a r c h   t h a t   u s e d   a n i m a l s .   T h e   f u n d e r s   h a d   n o   r o l e   i n   s t u d y   d e s i g n ,   d a t a   c o l l e c t i o n   a n d   a n a l y s i s ,   d e c i s i o n   t o   p u b l i s h ,   o r   p r e p a r a t i o n   o f   t h e   m a n u s c r i p t . 	 A m b e r g e r   J S ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 2 0 5 ;   A s h l e y   E A ,   2 0 1 0 ,   L A N C E T ,   V 3 7 5 ,   P 1 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 0 ) 6 0 4 5 2 - 7 ;   B a i r o c h   A ,   2 0 0 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 3 ,   p D 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k i 0 7 0 ;   B a t e m a n   A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 9 8 9 ;   B a u m g a r t n e r   W A ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   p I 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 2 2 9 ;   B i n g   A ,   V E R S I O N   2 ;   B o n i s   J ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 2 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 4 2 1 ;   B u r g e r   J D ,   2 0 1 4 ,   D A T A B A S E   J   B I O L   D A T A ;   C a p o r a s o   J G ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 3 ,   P 1 8 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 2 3 5 ;   C o l l i n s   F S ,   2 0 1 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 7 2 ,   P 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M p 1 5 0 0 5 2 3 ;   C o o p e r   D N ,   1 9 9 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 6 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 6 . 1 . 2 8 5 ;   d e n   D u n n e n   J T ,   2 0 0 0 ,   H U M   M U T A T ,   V 1 5 ,   P 7 ;   D e w e y   F E ,   2 0 1 4 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 3 1 1 ,   P 1 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 0 1 4 . 1 7 1 7 ;   D o u g h t y   E ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 4 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 6 6 7 ;   E r d o g m u s   M u g e ,   2 0 0 7 ,   J   B i o i n f o r m   C o m p u t   B i o l ,   V 5 ,   P 1 2 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 7 2 0 0 0 7 0 0 3 1 7 X ;   F a m i g l i e t t i   M L ,   2 0 1 4 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 5 ,   P 9 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 2 5 9 4 ;   G r e e n m a n   C ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 4 6 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 6 1 0 ;   H a k e n b e r g   J ,   2 0 1 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 5 - 0 8 6 5 - 9 ;   H a k e n b e r g   J ,   2 0 1 2 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 5 ,   P 8 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 2 . 0 4 . 0 0 6 ;   K u d o   T . ,   2 0 0 5 ,   C R F   Y E T   A N O T H E R   C R F ;   K u i p e r s   R ,   2 0 1 0 ,   H U M   M U T A T ,   V 3 1 ,   P 1 0 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / h u m u . 2 1 3 1 7 ;   L a u r i l a   J B ,   2 0 1 0 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 1 - S 4 - S 2 4 ;   L e a m a n   R ,   2 0 0 8 ,   P A C   S   B I O C O M P U T ,   V 2 0 0 8 ,   P 6 5 2 ;   L e a m a n   R ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 2 9 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 4 7 4 ;   L e e   K ,   2 0 1 6 ,   D A T A B A S E   J   B I O L   D A T A ,   V 2 0 1 6 ;   M a c i n t y r e   G ,   2 0 1 4 ,   P E E R J ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 7 7 1 7 / p e e r j . 6 3 9 ;   M a t t i n g l y   C J ,   2 0 0 3 ,   E N V I R O N   H E A L T H   P E R S P ,   V 1 1 1 ,   P 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 9 / t x g . 6 0 2 8 ;   P e t s k o   G . A . ,   2 0 0 2 ,   J   G E N O M E   B I O L ,   V 1 0 0 5 ,   P 1 ;   P r u i t t   K D ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p D 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k l 8 4 2 ;   S i n g h a l   A ,   2 0 1 6 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S ;   S o c i e t y   H G V ,   R E C   D E S C R   S E Q   V A R ;   S o h n   S ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 4 0 2 ;   V e r s p o o r   K ,   2 0 1 3 ,   D A T A B A S E - O X F O R D ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / d a t a b a s e / b a t 0 1 9 ;   W e i   C - H ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   R E S   I N T ,   V 2 0 1 5 ;   W e i   C . - H . ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ;   W e i   C F ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 1 0 5 6 ;   W e i   C H ,   2 0 1 5 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 9 ,   P 1 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 5 . 2 4 2 2 6 5 1 ;   W e i   C H ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p W 5 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 4 4 1 ;   W e i   C H ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - S 8 - S 5 ;   W e i s s e n b a c h e r - L a n g   C ,   2 0 1 4 ,   J   E U K A R Y O T   M I C R O B I O L ,   V 6 1 ,   P 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j e u . 1 2 1 3 2 ;   W i n n e n b u r g   R ,   2 0 0 8 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 9 ,   P 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b n 0 4 3 ;   Y e n i t e r z i   S ,   2 0 0 9 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 0 - S 8 - S 2 ;   Y e p e s   A . J . ,   2 0 1 4 ,   F 1 0 0 0 R E S E A R C H ,   V 3 ,   P 1 8 ;   Y e p e s   A J ,   2 0 1 4 ,   D A T A B A S E - O X F O R D ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / d a t a b a s e / b a u 0 0 3 ;   Z o u   D o n g ,   2 0 1 5 ,   G e n o m i c s   P r o t e o m i c s   &   B i o i n f o r m a t i c s ,   V 1 3 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g p b . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 6 	 4 5 	 1 	 1 	 6 	 6 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 5 5 3 - 7 3 4 X 	 1 5 5 3 - 7 3 5 8 	 	 P L O S   C O M P U T   B I O L 	 P L o S   C o m p u t .   B i o l . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 2 	 1 1 	 	 	 	 	 	 	 e 1 0 0 5 0 1 7 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 5 0 1 7 	 	 1 9 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 E G 7 M C 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 2 3 0 9 0 0 0 0 2 	 2 7 9 0 2 6 9 5 	 
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 S o o m r a n i ,   M .   A b d u l   R a h m a n ]   S u k k u r   I n s t   B u s i n e s s   A d m ,   D e p t   C o m p   S c i ,   S u k k u r ,   P a k i s t a n 	 C h a n d i o ,   J A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S u k k u r   I n s t   B u s i n e s s   A d m ,   D e p t   C o m p   S c i ,   S u k k u r ,   P a k i s t a n . 	 	 	 	 	 	 B e l l   A . A ,   2 0 0 6 ,   W R I T H A R C H I N   S C I   J ;   C h e n   C ,   2 0 1 3 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 8 3 A ,   P 4 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 2 2 8 0 ;   C h e n   Y . ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ;   C i r e s a n   D a n   C . ,   2 0 1 3 ,   I N T   C   M E D   I M   C O M P   C O ;   D a l l e   J . - R . ,   2 0 0 9 ,   W A C V ;   D e n k e r t   C ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 3 3 ,   P 9 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 4 . 5 8 . 1 9 6 7 ;   D i m i t r i s   G . ,   2 0 0 4 ,   1   I C   S C C E   A T H E N S ;   D i n g   J R ,   2 0 1 1 ,   J   U L T R A S   M E D ,   V 3 0 ,   P 1 2 5 9 ;   D o y l e   S c o t t ,   2 0 0 8 ,   5   I E E E   I N T   S   B I O M   I M ;   F a n   Y X ,   2 0 0 9 ,   M O L   C A N C E R ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 8 - 7 9 ;   I r s h a d   H u m a y u n ,   2 0 1 4 ,   I E E E   R E V   B I O M E D I C A L ,   V 7 ,   P 9 7 ;   G u r c a n   M e t i n   N ,   2 0 0 9 ,   I E E E   R e v   B i o m e d   E n g ,   V 2 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 4 8 6 5 ;   I a k o v i d i s   D K ,   2 0 1 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 0 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 0 4 ;   I a k o v i d i s   D .   K . ,   2 0 1 0 ,   J   A R T I F I C I A L   I N T E L L I ,   V 5 0 ,   P 3 3 ;   K R Y S T O S E K   A ,   1 9 9 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 8 7 ,   P 6 5 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 8 7 . 1 7 . 6 5 6 0 ;   K u r m a n   R o b e r t   J . ,   1 9 9 4 ,   B E T H E S D A   S Y S T E M   R E P O ;   M u l r a n e   L ,   2 0 0 8 ,   E X P E R T   R E V   M O L   D I A G N ,   V 8 ,   P 7 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 8 6 / 1 4 7 3 7 1 5 9 . 8 . 6 . 7 0 7 ;   P e t u s h i   S . ,   2 0 0 6 ,   B M C   M E D   I M A G I N G ,   V 6 ,   P 1 ;   P o u r a h m a d   S . ,   2 0 1 2 ,   1   I N T   C   A D V   I N F   T E C H ,   P 1 ;   S t e g m a i e r   J ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 0 0 3 6 ;   S u z u k i   H . ,   2 0 0 9 ,   S P I E   M E D   I M A G I N G ;   T a i   Y . - W . ,   2 0 1 0 ,   C V P R ;   T i m o f t e   R . ,   2 0 1 3 ,   I C C V ;   W a n g   Z h i - Y o n g ,   2 0 1 2 ,   P L A N T   S I G N A L L I N G   N E T ,   V 8 7 6 ;   W i e n e r t   S ,   2 0 1 3 ,   D I A G N O S T I C   P A T H O L O G Y ,   V 8 ,   P 3 4 ;   W i e n e r t   S t e p h a n ,   2 0 1 2 ,   D E T E C T I O N   S E G M E N T A T I ;   W i e n e r t   S ,   2 0 1 3 ,   D I A G N   P A T H O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 6 - 1 5 9 6 - 8 - 3 4 ;   X u   Y . ,   2 0 1 4 ,   I C A   S S P ;   Y a n g   J . ,   2 0 0 8 ,   C V P R 	 2 9 	 0 	 0 	 9 	 9 	 S C I E N C E   &   I N F O R M A T I O N   S A I   O R G A N I Z A T I O N   L T D 	 W E S T   Y O R K S H I R E 	 1 9   B O L L I N G   R D ,   B R A D F O R D ,   W E S T   Y O R K S H I R E ,   0 0 0 0 0 ,   E N G L A N D 	 2 1 5 8 - 1 0 7 X 	 2 1 5 6 - 5 5 7 0 	 	 I N T   J   A D V   C O M P U T   S C 	 I n t .   J .   A d v .   C o m p u t .   S c i .   A p p l . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 7 	 1 1 	 	 	 	 	 2 7 8 	 2 8 4 	 	 	 	 7 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E G 5 U W 	 W O S : 0 0 0 3 9 1 1 1 1 2 0 0 0 3 5 	 	 
 
 J 	 L i ,   Q ;   J i a n g ,   M H ;   C h e n ,   J ;   L i u ,   W ;   Z h u ,   B Q ;   L u ,   E M 	 	 	 	 L i ,   Q i a n ;   J i a n g ,   M i n g - H u a ;   C h e n ,   J i n g ;   L i u ,   W e i ;   Z h u ,   B i - Q i n g ;   L u ,   E - M e i 	 	 	 C o r r e l a t i o n   b e t w e e n   b o n e   m a r r o w   d o s e   v o l u m e s   a n d   a c u t e   h e m a t o l o g i c a l   t o x i c i t y   i n   p o s t o p e r a t i v e   g y n e c o l o g i c a l   c a n c e r   p a t i e n t s 	 P A K I S T A N   J O U R N A L   O F   M E D I C A L   S C I E N C E S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C h e m o t h e r a p y ;   I n t e n s i t y - m o d u l a t e d   r a d i o t h e r a p y ;   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ;   W h o l e   p e l v i c   r a d i o t h e r a p y 	 R A D I A T I O N - T H E R A P Y ;   C E R V I C A L - C A N C E R ;   E U R O P E A N - O R G A N I Z A T I O N ;   P E L V I C   R A D I O T H E R A P Y ;   C H E M O T H E R A P Y ;   C I S P L A T I N 	 O b j e c t i v e :   T o   i d e n t i f y   t h e   a s s o c i a t i o n   b e t w e e n   r a d i a t i o n   d o s e   v o l u m e   a n d   a c u t e   h e m a t o l o g i c a l   t o x i c i t y   ( H T )   i n   p o s t o p e r a t i v e   g y n e c o l o g i c a l   c a n c e r   p a t i e n t s   r e c e i v i n g   w h o l e   p e l v i c   r a d i o t h e r a p y   ( R T )   o r   i n t e n s i t y - m o d u l a t e d   R T   ( I M R T ) ,   a   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   r e g r e s s i o n   m o d e l   w a s   u s e d   t o   c a l c u l a t e   H T .   M e t h o d s :   W o m e n   ( n = 1 0 0 )   r e c e i v i n g   w i t h   o r   w i t h o u t   c h e m o t h e r a p y   R T   w e r e   r e t r o s p e c t i v e l y   a n a l y z e d ,   5 2   o f   w h o m   r e c e i v e d   c h e m o t h e r a p y   ( p a c l i t a x e l   a n d   n e d a p l a t i n ) .   T h e   p e l v i s   a n d   l u m b a r  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 P 1 4 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 0 5 ;   C h e n   R C ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 3 ,   p E 5 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 3 ;   C O X   J D ,   1 9 9 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 1 ,   P 1 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 5 ) 0 0 0 6 0 - C ;   D u e n a s - G o n z a l e z   A ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 1 ,   P 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 4 . 0 7 . 6 7 6 ;   G r e e n   J A ,   2 0 0 1 ,   L A N C E T ,   V 3 5 8 ,   P 7 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 1 ) 0 5 9 6 5 - 7 ;   K A L L M A N   P ,   1 9 9 2 ,   I N T   J   R A D I A T   B I O L ,   V 6 2 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 9 5 5 3 0 0 9 2 1 4 5 5 2 0 7 1 ;   K U T C H E R   G J ,   1 9 8 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 1 6 ,   P 1 6 2 3 ;   L Y M A N   J T ,   1 9 8 5 ,   R A D I A T   R E S ,   V 1 0 4 ,   p S 1 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 3 5 7 6 6 2 6 ;   M A U C H   P ,   1 9 9 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 3 1 ,   P 1 3 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 4 ) 0 0 4 3 0 - S ;   M e l l   L K ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 6 ,   P 1 3 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 1 8 ;   S a l a m a   J K ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 5 ,   P 4 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 1 7 0 ;   S m a l l   W ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 1 ,   P 4 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 4 2 ;   Y i n   J H ,   2 0 1 2 ,   S P E C T R O C H I M   A C T A   A ,   V 8 8 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s a a . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 0 2 	 1 6 	 0 	 0 	 1 	 1 	 P R O F E S S I O N A L   M E D I C A L  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 a u t h o r ) ,   I n o n u   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   M a l a t y a ,   T u r k e y . 	 b e r a t . d o g a n @ i n o n u . e d u . t r 	 	 	 	 	 A r i e s h a n t i   I s y e ,   2 0 1 3 ,   T E L K O M N I K A   T E L E C O M M U ,   V 1 1 ,   P 7 9 7 ;   B e r t s e k a s   D i m i t r i   P . ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T E R   S C I   A P P L   M A ;   B l a n k e r t z   B ,   2 0 0 7 ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 1 1 3 ;   J o h a n s s o n   P e t e r ,   2 0 0 7 ,   F U N D A M E N T A L S   D A T A   M I ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 0 - 3 8 7 - 4 7 5 0 9 - 7 _ 9 ;   K o r d y   H u s s a i n   M o n t a z e r y ,   P   1 3   I R   C   B I O M   E N G ;   K o r u r e k   M ,   2 0 1 0 ,   D I G I T   S I G N A L   P R O C E S S ,   V 2 0 ,   P 1 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d s p . 2 0 0 9 . 0 9 . 0 0 1 ;   L i n   S i m o n   M . ,   2 0 0 5 ,   H E U R I S T I C   B A S E D   B A S E ;   L i u   Y H ,   2 0 0 8 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 5 2 2 6 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 5 4 0 - 8 7 4 4 2 - 3 _ 2 5 ;   L i u   Y H ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 3 9 ,   P 8 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 0 9 . 0 6 . 0 1 2 ;   L o t t e   F ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 8 ,   P 3 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 0 . 2 0 8 2 5 3 9 ;   M a l y a r e n k o   D I ,   2 0 0 5 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 1 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 0 4 . 0 3 7 2 8 3 ;   P e t r i c o i n   E F ,   2 0 0 2 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 9 4 ,   P 1 5 7 6 ;   P r i c e   K e n n e t h ,   2 0 0 6 ,   D I F F E R E N T I A L   E V O L U T I ;   R a m o s e r   H ,   2 0 0 0 ,   I E E E   T   R E H A B I L   E N G ,   V 8 ,   P 4 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 8 6 . 8 9 5 9 4 6 ;   S a m e k   W ,   2 0 1 2 ,   J   N E U R A L   E N G ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 7 4 1 - 2 5 6 0 / 9 / 2 / 0 2 6 0 1 3 ;   S t o r n   R ,   1 9 9 7 ,   J   G L O B A L   O P T I M ,   V 1 1 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 8 2 0 2 8 2 1 3 2 8 ;   T a n g   K L ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 1 0 9 ;   T a s k i n   V e d a t ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   B I O S C I   B I O C H   B ,   V 3 ;   T a s k i n   V e d a t ,   2 0 1 2 ,   N A T   C   B I O M   E N G   B I Y O M ;   T h a k u r   A n k i t a ,   2 0 1 1 ,   S c i   P h a r m ,   V 7 9 ,   P 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 3 7 9 7 / s c i p h a r m . 1 1 0 5 - 1 1 ;   W a n g   H X ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 9 ,   P 6 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 1 . 2 1 7 7 5 2 3 ;   W u   B L ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 1 6 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t g 2 1 0 ;   Y a n g   P Y ,   2 0 1 0 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 3 ,   P 2 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 2 2 ;   Y u   J S ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 2 2 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 3 7 0 ;   Y u k s e l   A ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 5 0 3 9 ;   Y u s o f f   S y a r i f a h   A d i l a h   M o h a m e d ,   2 0 1 4 ,   R E C E N T   A D V   S O F T   C O M P ,   P 1 1 1 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 6 ,   S C I   R E P - U K ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 2 1 8 1 6 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N ,   V 5 ,   P 1 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 5 . 1 5 4 2 ;   Z h a n g   Y D ,   2 0 1 5 ,   E N T R O P Y - S W I T Z ,   V 1 7 ,   P 1 7 9 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / e 1 7 0 4 1 7 9 5 ;   Z h u   W ,   2 0 0 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 0 ,   P 1 4 6 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 5 3 2 2 4 8 1 0 0 	 3 0 	 0 	 0 	 3 	 3 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 1 5 6 8 - 4 9 4 6 	 1 8 7 2 - 9 6 8 1 	 	 A P P L   S O F T   C O M P U T 	 A p p l .   S o f t .   C o m p u t . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 4 8 	 	 	 	 	 	 5 9 	 7 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 3 5 	 	 2 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e 	 E E 4 C L 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 5 4 9 4 0 0 0 0 6 	 	 
 
 J 	 G u o ,   P ;   B a n e r j e e ,   K ;   S t a n l e y ,   R J ;   L o n g ,   R ;   A n t a n i ,   S ;   T h o m a ,   G ;   Z u n a ,   R ;   F r a z i e r ,   S R ;   M o s s ,   R H ;   S t o e c k e r ,   W V 	 	 	 	 G u o ,   P e n g ;   B a n e r j e e ,   K o y e l ;   S t a n l e y ,   R .   J o e ;   L o n g ,   R o d n e y ;   A n t a n i ,   S a m e e r ;   T h o m a ,   G e o r g e ;   Z u n a ,   R o s e m a r y ;   F r a z i e r ,   S h e l l i a n e   R . ;   M o s s ,   R a n d y   H . ;   S t o e c k e r ,   W i l l i a m   V . 	 	 	 N u c l e i - B a s e d   F e a t u r e s   f o r   U t e r i n e   C e r v i c a l   C a n c e r   H i s t o l o g y   I m a g e   A n a l y s i s   W i t h   F u s i o n - B a s e d   C l a s s i f i c a t i o n 	 I E E E   J O U R N A L   O F   B I O M E D I C A L   A N D   H E A L T H   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C e r v i c a l   c a n c e r ;   c e r v i c a l   i n t r a e p i t h e l i a l   n e o p l a s i a   ( C I N ) ;   f u s i o n - b a s e d   c l a s s i f i c a t i o n ;   i m a g e   p r o c e s s i n g ;   l i n e a r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   ( L D A ) ;   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   ( S V M ) 	 I N T R A E P I T H E L I A L   N E O P L A S I A   C I N ;   S E L E C T I O N 	 C e r v i c a l   c a n c e r ,   w h i c h   h a s   b e e n   a f f e c t i n g   w o m e n   w o r l d w i d e   a s   t h e   s e c o n d   m o s t   c o m m o n   c a n c e r ,   c a n   b e   c u r e d   i f   d e t e c t e d   e a r l y   a n d   t r e a t e d   w e l l .   R o u t i n e l y ,   e x p e r t   p a t h o l o g i s t s   v i s u a l l y   e x a m i n e   h i s t o l o g y   s l i d e s   f o r   c e r v i x   t i s s u e   a b n o r m a l i t y   a s s e s s m e n t .   I n   p r e v i o u s   r e s e a r c h ,   w e   i n v e s t i g a t e d   a n   a u t o m a t e d ,   l o c a l i z e d ,   f u s i o n - b a s e d   a p p r o a c h   f o r   c l a s s i f y i n g   s q u a m o u s   e p i t h e l i u m   i n t o   N o r m a l ,   C I N 1 ,   C I N 2 ,   a n d   C I N 3   g r a d e s   o f   c e r v i c a l   i n t r a e p i t h e l i a l   n e o p l a s i a   ( C I N )   b a s e d   o n   i m a g e   a n a l y s i s   o f   6 1   d i g i t i z e d   h i s t o l o g y   i m a g e s .   T h i s   p a p e r   i n t r o d u c e s   n o v e l   a c e l l u l a r   a n d   a t y p i c a l   c e l l   c o n c e n t r a t i o n   f e a t u r e s   c o m p u t e d   f r o m   v e r t i c a l   s e g m e n t   p a r t i t i o n s   o f   t h e   e p i t h e l i u m   r e g i o n   w i t h i n   d i g i t i z e d   h i s t o l o g y   i m a g e s   t o   q u a n t i z e   t h e   r e l a t i v e   i n c r e a s e   i n   n u c l e i   n u m b e r s   a s   t h e   C I N   g r a d e   i n c r e a s e s .   B a s e d   o n   t h e   C I N   g r a d e   a s s e s s m e n t s  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 T h o m a ,   G e o r g e ]   N I H ,   L i s t e r   H i l l   N a t l   C t r   B i o m e d   C o m m u n ,   N a t l   L i b   M e d ,   D H H S ,   B e t h e s d a ,   M D   2 0 8 9 4   U S A ;   [ Z u n a ,   R o s e m a r y ]   U n i v   O k l a h o m a ,   H l t h   S c i   C t r ,   D e p t   P a t h o l ,   O k l a h o m a   C i t y ,   O K   7 3 1 1 7   U S A ;   [ F r a z i e r ,   S h e l l i a n e   R . ]   U n i v   M i s s o u r i ,   D e p t   S u r g   P a t h o l ,   H o s p   &   C l i n ,   C o l u m b i a ,   M O   6 5 2 0 2   U S A ;   [ S t o e c k e r ,   W i l l i a m   V . ]   S t o e c k e r   &   A s s o c i a t e s ,   R o l l a ,   M O   6 5 4 0 1   U S A 	 G u o ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M i s s o u r i   U n i v   S c i   &   T e c h n o l ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   R o l l a ,   M O   6 5 4 0 9   U S A . 	 k b n m 6 @ m s t . e d u ;   s t a n l e y j @ m s t . e d u ;   l o n g @ n l m . n i h . g o v ;   a n t a n i @ n l m . n i h . g o v ;   g t h o m a @ m a i l . n i h . g o v ;   r o s e m a r y - z u n a @ o u h s c . e d u ;   F r a z i e r S R @ h e a l t h . m i s s o u r i . e d u ;   r h m @ m s t . e d u ;   w v s @ m s t . e d u 	 	 	 I n t r a m u r a l   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h ;   N a t i o n a l   L i b r a r y   o f   M e d i c i n e ;   L i s t e r   H i l l   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   B i o m e d i c a l   C o m m u n i c a t i o n s 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   t h e   I n t r a m u r a l   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h ,   t h e   N a t i o n a l   L i b r a r y   o f   M e d i c i n e ,   a n d   t h e   L i s t e r   H i l l   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   B i o m e d i c a l   C o m m u n i c a t i o n s . 	 A g r e s t i   A . ,   1 9 9 6 ,   I N T R O   C A T E G O R I C A L   D A ;   B a n e r j e e   K . ,   2 0 1 4 ,   T H E S I S ;   B o r o v i c k a   J . ,   2 0 0 3 ,   I M A G E   P R O C E S S   C O M P U T ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   D e   S ,   2 0 1 3 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 7 ,   P 4 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 1 ;   F a n   R E ,   2 0 0 5 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 6 ,   P 1 8 8 9 ;   G o n z a l e z   R a f a e l   C . ,   2 0 0 2 ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ;   G u i l l a u d   M . ,   2 0 0 6 ,   G Y N E C O L O G I C   O N C O L ,   V 9 9 ,   p S 1 6 ;   H a l l   M . ,   2 0 0 9 ,   S I G K D D   E X P L O R A T I O N S ,   V 1 1 ,   P 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 6 5 6 2 7 4 . 1 6 5 6 2 7 8 ;   H e   L . ,   2 0 1 1 ,   S E Q U E N C E   G E N O M E   A N A L ,   P 2 7 1 ;   H o s m e r   D . ,   2 0 0 0 ,   A P P L   L O G I S T I C   R E G R E S ;   I S M A I L   S M ,   1 9 9 0 ,   H I S T O P A T H O L O G Y ,   V 1 6 ,   P 3 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 5 5 9 . 1 9 9 0 . t b 0 1 1 4 1 . x ;   J e r o n i m o   J ,   2 0 0 4 ,   1 7 T H   I E E E   S Y M P O S I U M   O N   C O M P U T E R - B A S E D   M E D I C A L   S Y S T E M S ,   P R O C E E D I N G S ,   P 5 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C B M S . 2 0 0 4 . 1 3 1 1 7 7 4 ;   K e e n a n   S J ,   2 0 0 0 ,   J   P A T H O L ,   V 1 9 2 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 6 - 9 8 9 6 ( 2 0 0 0 ) 9 9 9 9 : 9 9 9 9 < : : A I D - P A T H 7 0 8 > 3 . 0 . C O ; 2 - I ;   K r z a n o w s k i   W J ,   1 9 8 8 ,   P R I N C I P L E S   M U L T I V A R I ;   K u m a r   V . ,   2 0 1 4 ,   P   R O B B   C O T R   P A T H   B A S ,   P 1 0 1 7 ;   L i   T ,   2 0 0 6 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 1 0 ,   P 4 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 0 6 - 0 0 1 3 - y ;   L o d w i c k   G . ,   1 9 8 0 ,   P   A N N   S   C O M P   A P P L   M E ,   V 3 ,   P 1 8 4 9 ;   M a r e l   J .   V .   D . ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 1 ,   p E 9 4 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / I J C . 2 7 5 3 2 ;   M a u r e r   C R ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 5 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 3 . 1 1 7 7 1 5 6 ;   M c C l u g g a g e   W G ,   1 9 9 8 ,   B R I T   J   O B S T E T   G Y N A E C ,   V 1 0 5 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 1 - 0 5 2 8 . 1 9 9 8 . t b 1 0 0 5 4 . x ;   M o l l o y   C h r i s t i n e ,   2 0 0 2 ,   J   L o w   G e n i t   T r a c t   D i s ,   V 6 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 1 2 8 3 6 0 - 2 0 0 2 0 4 0 0 0 - 0 0 0 0 3 ;   P a l   M ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   A P P L   E A R T H   O B S ,   V 1 4 ,   P 2 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a g . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 1 4 ;   P r e p a r a t a   F .   P . ,   1 9 8 5 ,   C O M P U T A T I O N A L   G E O M E T ;   R a o   C ,   1 9 9 9 ,   L I N E A R   M O D E L S   L E A S T ;   V e t a   M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 0 2 2 1 ;   W a n g   Y H ,   2 0 0 9 ,   I E E E   J - S T S P ,   V 3 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S T S P . 2 0 0 8 . 2 0 1 1 1 5 7 ;   W o r l d   H e a l t h   O r g a n i z a t i o n   D e p a r t m e n t   o f   R e p r o d u c t i v e   H e a l t h   a n d   R e s e a r c h   a n d   D e p a r t m e n t   o f   C h r o n i c   D i s e a s e s   a n d   H e a l t h   P r o m o t i o n ,   2 0 0 6 ,   C O M P   S T A N D   W A S T   R E U S ,   P 7 	 2 8 	 0 	 0 	 1 	 1 	 I E E E - I N S T   E L E C T R I C A L   E L E C T R O N I C S   E N G I N E E R S   I N C 	 P I S C A T A W A Y 	 4 4 5   H O E S   L A N E ,   P I S C A T A W A Y ,   N J   0 8 8 5 5 - 4 1 4 1   U S A 	 2 1 6 8 - 2 1 9 4 	 	 	 I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H 	 I E E E   J .   B i o m e d .   H e a l t h   I n f o r m . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 2 0 	 6 	 	 	 	 	 1 5 9 5 	 1 6 0 7 	 	 1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 5 . 2 4 8 3 3 1 8 	 	 1 3 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 E E 8 A N 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 8 4 6 7 0 0 0 1 5 	 2 6 5 2 9 7 9 2 	 
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 a b o u t   1 6   m s   ( s e t - f r e e )   a n d   9 m s   ( w p i = b p i   a n d   w v i = b v i )   f o r   t e s t .   I n   t e r m s   o f   c l a s s i f i c a t i o n   p e r f o r m a n c e ,   P S O - N N   ( s e t - f r e e   c o n d i t i o n ) ,   P S O - N N   ( w p i = b p i   &   w v i = b v i )   a n d   P S O - N N   w i t h   i n d i v i d u a l   b o u n d a r y   a d j u s t m e n t   ( b o u n d e d   P S O - N N )   r e s p e c t i v e l y   a c h i e v e s   t o   a c c u r a c y   r a t e s   a s   6 9 . 8 4 % ,   9 5 . 3 1 %   a n d   9 7 . 2 2 %   o n   W B C ,   4 7 . 0 1 % ,   7 6 . 6 9 %   a n d   7 7 . 7 3 %   o n   P I D ,   5 5 . 3 6 % ,   6 7 . 5 4 %   a n d   7 3 . 9 1 %   o n   B L D ,   6 4 . 8 2 % ,   8 1 . 4 8 %   a n d   8 5 . 5 6 %   o n   H S ,   7 5 % ,   9 2 . 3 1 %   a n d   1 0 0 %   o n   B T ,   2 7 . 4 7 % ,   9 2 . 3 1 %   a n d   1 0 0 %   o n   D D .   I n   t h e   l i g h t   o f   e x p e r i m e n t s ,   i t   i s   s e e n   t h a t   B o u n d e d   P S O - N N   i s   b e t t e r   t h a n   g e n e r a l   P S O - N N s   f o r   o b t a i n i n g   t h e   o p t i m u m   r e s u l t s .   C o n s e q u e n t l y ,   t h e   i m p o r t a n c e   o f   l i m i t a t i o n s   i s   c l a r i f i e d   a n d   i t   i s   p r o v e n   t h a t   e a c h   l i m i t a t i o n   m u s t   b e   a d j u s t e d   i n d i v i d u a l l y ,   n o t   b e   s e t   f r e e   o r   n o t   b e   c h o s e n   e q u a l . 	 [ C e y l a n ,   R a h i m e ;   K o y u n c u ,   H a s a n ]   S e l c u k   U n i v ,   D e p t   E l e c t   &   E l e c t   E n g n ,   T R - 4 2 2 5 0   K o n y a ,   T u r k e y 	 K o y u n c u ,   H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S e l c u k   U n i v ,   D e p t   E l e c t   &   E l e c t   E n g n ,   T R - 4 2 2 5 0   K o n y a ,   T u r k e y . 	 r p e k t a t l i @ s e l c u k . e d u . t r ;   h a s a n k o y u n c u @ s e l c u k . e d u . t r 	 	 K O Y U N C U ,   H a s a n / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 4 5 4 1 - 8 8 3 3 	 C o o r d i n a t o r s h i p   o f   S e l c u k   U n i v e r s i t y ' s   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   P r o j e c t s 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   b y   t h e   C o o r d i n a t o r s h i p   o f   S e l c u k   U n i v e r s i t y ' s   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   P r o j e c t s . 	 A b o n y i   J ,   2 0 0 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N   L E T T ,   V 2 4 ,   P 2 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 7 - 8 6 5 5 ( 0 3 ) 0 0 0 4 7 - 3 ;   A k g u n d o g d u   A ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   E L E C T   M E C H   M E C ,   V 2 ,   P 7 2 ;   A r i b a r g   T ,   2 0 0 9 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   2 0 0 9   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O F   C O M P U T A T I O N A L   S C I E N C E S   A N D   I T S   A P P L I C A T I O N S ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C S A . 2 0 0 9 . 1 4 ;   A r u n a   S . ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T E R   S C I   I N F O R M ,   P 3 7 ;   A u g a s t a   M .   G . ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   P A T T   R E C   I N F   M ,   P 4 0 4 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / I C P R I M E . 2 0 1 2 . 6 2 0 8 3 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C P R I M E . 2 0 1 2 . 6 2 0 8 3 8 0 ] ;   B a c h e   K . ,   U C I   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   C h a u   K W ,   2 0 1 0 ,   J   H Y D R O I N F O R M ,   V 1 2 ,   P 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 2 1 6 6 / h y d r o . 2 0 1 0 . 0 3 2 ;   C h o   B H ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 2 ,   P 2 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 7 . 9 0 2 3 0 0 ;   E b e r h a r t   R C ,   2 0 0 0 ,   I E E E   C   E V O L   C O M P U T A T ,   P 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C E C . 2 0 0 0 . 8 7 0 2 7 9 ;   G e o r g i o u   V .   L . ,   P   2 0 0 4   C   E U N I T E ,   P 3 4 ;   G h i a s i   M M ,   2 0 1 3 ,   J   N A T   G A S   S C I   E N G ,   V 1 5 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j n g s e . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 0 6 ;   G h i a s i   M M ,   2 0 1 4 ,   F U E L ,   V 1 1 7 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f u e l . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 8 6 ;   G o n c a l v e s   L B ,   2 0 0 6 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y   C ,   V 3 6 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T S M C C . 2 0 0 4 . 8 4 3 2 2 0 ;   G o o d m a n   D . E . ,   2 0 0 2 ,   P   A R T I F   N E U R A L   N E T W ,   V 2 ,   P 1 7 9 ;   G u d i s e   V . G . ,   2 0 0 3 ,   P   2 0 0 3   I E E E   S W A R M   I N ,   V 3 ,   P 1 1 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / S I S . 2 0 0 3 . 1 2 0 2 2 5 5 . 8 . A . R A K I T I A N S K A I A ;   H a m e d   Z A ,   2 0 1 2 ,   I E E E   S Y S   M A N   C Y B E R N ,   P 1 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C S M C . 2 0 1 2 . 6 3 7 7 9 1 9 ;   H a m i l t o n   H .   J . ,   1 9 9 6 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   H e   F ,   2 0 1 2 ,   P R O C E E D I N G S   O F   2 0 1 2   2 N D   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   C O M P U T E R   S C I E N C E   A N D   N E T W O R K   T E C H N O L O G Y   ( I C C S N T   2 0 1 2 ) ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C S N T . 2 0 1 2 . 6 5 2 5 8 8 4 ;   J o r d e h i   A R ,   2 0 1 3 ,   J   E X P   T H E O R   A R T I F   I N ,   V 2 5 ,   P 5 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 9 5 2 8 1 3 X . 2 0 1 3 . 7 8 2 3 4 8 ;   K a r a k a s i s   V K ,   2 0 0 6 ,   I E E E   C   E V O L   C O M P U T A T ,   P 5 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C E C . 2 0 0 6 . 1 6 8 8 3 5 3 ;   K e n n e d y   J ,   1 9 9 5 ,   1 9 9 5   I E E E   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   N E U R A L   N E T W O R K S   P R O C E E D I N G S ,   V O L S   1 - 6 ,   P 1 9 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C N N . 1 9 9 5 . 4 8 8 9 6 8 ;   K o u   G ,   2 0 1 4 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 7 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 0 2 . 1 3 7 ;   K o u   G ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   I N F   T E C H   D E C I S ,   V 1 1 ,   P 1 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 6 2 2 0 1 2 5 0 0 0 9 5 ;   L e e   Y S ,   2 0 0 8 ,   I S D A   2 0 0 8 :   E I G H T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   I N T E L L I G E N T   S Y S T E M S   D E S I G N   A N D   A P P L I C A T I O N S ,   V O L   1 ,   P R O C E E D I N G S ,   P 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S D A . 2 0 0 8 . 1 5 6 ;   L e e   Y J ,   2 0 0 1 ,   C O M P U T   O P T I M   A P P L ,   V 2 0 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 1 2 1 5 3 2 1 3 7 4 ;   L i   T . ,   2 0 1 0 ,   2 0 1 0   3   I N T   W O R K S H   A D ,   P 1 5 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / I W A C I . 2 0 1 0 . 5 5 8 5 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I W A C I . 2 0 1 0 . 5 5 8 5 2 3 4 ] ;   L u u k k a   P ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 1 3 ,   P 1 5 3 ;   M e n d e s   R ,   2 0 0 2 ,   I E E E   I J C N N ,   P 1 8 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I J C N N . 2 0 0 2 . 1 0 0 7 8 0 8 ;   M o h a m m a d i   H . ,   2 0 1 4 ,   J   M A T H   C O M P U T E R   S C I ,   V 1 2 ,   P 1 1 3 ;   N a u c k   D ,   1 9 9 9 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 6 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 8 ) 0 0 0 7 0 - 0 ;   N o n t e   M . ,   2 0 1 3 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   P e d e r s e n   M . ,   2 0 1 0 ,   T E C H N I C A L   R E P O R T ;   P e d e r s e n   M E H ,   2 0 1 0 ,   A P P L   S O F T   C O M P U T ,   V 1 0 ,   P 6 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a s o c . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 2 9 ;   P e n g   Y ,   2 0 1 1 ,   O M E G A - I N T   J   M A N A G E   S ,   V 3 9 ,   P 6 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . o m e g a . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 0 9 ;   P e n g   Y ,   2 0 0 8 ,   I N T   J   I N F   T E C H   D E C I S ,   V 7 ,   P 6 3 9 ;   Q u i n l a n   J R ,   1 9 9 6 ,   J   A R T I F   I N T E L L   R E S ,   V 4 ,   P 7 7 ;   R a m a n a   B .   V . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   D A T A B A S E   M A N A G ,   V 3 ,   P 1 0 1 ;   R a m b h a j a n i   M . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   A D V   R E S   C O M P U T ,   V 4 ,   P 1 1 6 ;   S h a f i e i   A ,   2 0 1 3 ,   F U E L ,   V 1 0 8 ,   P 5 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f u e l . 2 0 1 3 . 0 1 . 0 5 6 ;   S h a r m a   D . ,   2 0 0 9 ,   J   R E L I A B I L I T Y   S T A T   S ,   V 2 ,   P 5 3 ;   S h i   Y . ,   1 9 9 9 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   1 9 9 9   C o n g r e s s   o n   E v o l u t i o n a r y   C o m p u t a t i o n - C E C 9 9   ( C a t .   N o .   9 9 T H 8 4 0 6 ) ,   P 1 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C E C . 1 9 9 9 . 7 8 5 5 1 1 ;   S u g a n t h a n   P .   N . ,   1 9 9 9 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   1 9 9 9   C o n g r e s s   o n   E v o l u t i o n a r y   C o m p u t a t i o n - C E C 9 9   ( C a t .   N o .   9 9 T H 8 4 0 6 ) ,   P 1 9 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / C E C . 1 9 9 9 . 7 8 5 5 1 4 ;   T a o r m i n a   R ,   2 0 1 5 ,   J   H Y D R O L ,   V 5 2 9 ,   P 1 6 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h y d r o l . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 2 2 ;   T s a i   M .   C . ,   2 0 1 2 ,   2   I N T   C   I N T   C O M P   S Y S ,   P 1 3 ;   W a n g   J .   Y . ,   2 0 0 3 ,   D A T A   M I N I N G   A N A L   B R E ;   W a n g   K J ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T   S C I   E L E ,   V 1 ,   P 4 0 8 ;   W a n g   W C ,   2 0 1 5 ,   W A T E R   R E S O U R   M A N A G ,   V 2 9 ,   P 2 6 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 6 9 - 0 1 5 - 0 9 6 2 - 6 ;   W e t t a y a p r a s i t   W . ,   2 0 0 6 ,   I E E E   C   C Y B   I N T   S Y S T ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C C I S . 2 0 0 6 . 2 5 2 3 1 4 ;   W u   C L ,   2 0 0 9 ,   J   H Y D R O L ,   V 3 7 2 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j h y d r o l . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 3 8 ;   Y a n   G . ,   2 0 0 6 ,   1   I N T   S   S Y S T   C O N T R   A ,   P 4 9 3 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 9 / I S S C A A . 2 0 0 6 . 1 6 2 7 6 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I S S C A A . 2 0 0 6 . 1 6 2 7 6 7 1 ] ;   Y u   J B ,   2 0 0 8 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 1 ,   P 1 0 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 0 7 . 1 0 . 0 1 3 ;   Z e n d e h b o u d i   S ,   2 0 1 4 ,   C H E M   E N G   R E S   D E S ,   V 9 2 ,   P 8 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e r d . 2 0 1 3 . 0 8 . 0 0 1 ;   Z h a n g   J ,   2 0 0 9 ,   J   U N I V E R S   C O M P U T   S C I ,   V 1 5 ,   P 8 4 0 ;   Z h a n g   L . - P . ,   2 0 0 5 ,   J   Z H E J I A N G   U N I V - S C   A ,   V 6 A ,   P 5 2 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 8 4 1 7 6 0 ;   Z h a n g   S W ,   2 0 0 9 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 5 7 5 4 ,   P 9 4 8 	 5 5 	 0 	 0 	 5 	 5 	 W O R L D   S C I E N T I F I C   P U B L   C O   P T E   L T D 	 S I N G A P O R E 	 5   T O H   T U C K   L I N K ,   S I N G A P O R E   5 9 6 2 2 4 ,   S I N G A P O R E 	 0 2 1 9 - 6 2 2 0 	 1 7 9 3 - 6 8 4 5 	 	 I N T   J   I N F   T E C H   D E C I S 	 I n t .   J .   I n f .   T e c h n o l .   D e c i s .   M a k . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 5 	 6 	 	 	 	 	 1 3 1 3 	 1 3 4 3 	 	 1 0 . 1 1 4 2 / S 0 2 1 9 6 2 2 0 1 6 5 0 0 3 9 5 	 	 3 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n f o r m a t i o n   S y s t e m s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 E D 9 Y C 	 W O S : 0 0 0 3 8 9 2 2 8 7 0 0 0 0 3 	 	 
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 J 	 H e i n e m a n n ,   F ;   H u b e r ,   T ;   M e i s e l ,   C ;   B u n d s c h u s ,   M ;   L e s e r ,   U 	 	 	 	 H e i n e m a n n ,   F a b i a n ;   H u b e r ,   T o r s t e n ;   M e i s e l ,   C h r i s t i a n ;   B u n d s c h u s ,   M a r k u s ;   L e s e r ,   U l f 	 	 	 R e f l e c t i o n   o f   s u c c e s s f u l   a n t i c a n c e r   d r u g   d e v e l o p m e n t   p r o c e s s e s   i n   t h e   l i t e r a t u r e 	 D R U G   D I S C O V E R Y   T O D A Y 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 	 T A R G E T E D   C A N C E R - T H E R A P Y 	 T h e   d e v e l o p m e n t   o f   c a n c e r   d r u g s   i s   t i m e - c o n s u m i n g   a n d   e x p e n s i v e .   I n   p a r t i c u l a r ,   f a i l u r e s   i n   l a t e - s t a g e   c l i n i c a l   t r i a l s   a r e   a   m a j o r   c o s t   d r i v e r   f o r   p h a r m a c e u t i c a l   c o m p a n i e s .   T h i s   p u t s   a   h i g h   d e m a n d   o n   m e t h o d s   t h a t   p r o v i d e   i n s i g h t s   i n t o   t h e   s u c c e s s   c h a n c e s   o f   n e w   p o t e n t i a l   m e d i c i n e s .   I n   t h i s   s t u d y ,   w e   s y s t e m a t i c a l l y   a n a l y z e   p u b l i c a t i o n   p a t t e r n s   e m e r g i n g   a l o n g   t h e   d r u g   d i s c o v e r y   p r o c e s s   o f   t a r g e t e d   c a n c e r   t h e r a p i e s ,   s t a r t i n g   f r o m   b a s i c   r e s e a r c h   t o   d r u g   a p p r o v a l   -   o r   f a i l u r e .   W e   f i n d   c l e a r   d i f f e r e n c e s   i n   t h e   p a t t e r n s   o f   a p p r o v e d   d r u g s   c o m p a r e d   w i t h   t h o s e   t h a t   f a i l e d   i n   P h a s e   F e e d i n g   t h e s e   f e a t u r e s   i n t o   a   m a c h i n e   l e a r n i n g   c l a s s i f i e r   a l l o w s   u s   t o   p r e d i c t   t h e   a p p r o v a l   o r   f a i l u r e   o f   a   t a r g e t e d  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 N o n n e n w a l d   2 ,   D - 8 2 3 7 7   P e n z b e r g ,   G e r m a n y 	 H e i n e m a n n ,   F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R o c h e   D i a g n o s t ,   S c i   I n f o r m a t   S e r v ,   N o n n e n w a l d   2 ,   D - 8 2 3 7 7   P e n z b e r g ,   G e r m a n y . 	 f a b i a n . h e i n e m a n n @ r o c h e . c o m 	 	 	 R o c h e 	 F . H . ,   M . B .   a n d   C . M .   a r e   e m p l o y e d   a n d   f u n d e d   b y   R o c h e .   T . H .   w a s   f u n d e d   b y   a   R o c h e   r e s e a r c h   g r a n t .   R o c h e   d i d   n o t   r e s t r i c t   t h e   d e s i g n   o r   p u b l i c a t i o n   o f   t h i s   w o r k . 	 A c u n a   D E ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 8 9 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 8 9 2 0 1 a ;   A g r a w a l   R . ,   1 9 9 4 ,   P   2 0   I N T   C   V E R   L A R G ,   V 1 2 1 5 ,   P 4 8 7 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   H a y   M ,   2 0 1 4 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 2 ,   P 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 7 8 6 ;   H u a n g   M ,   2 0 1 4 ,   T R E N D S   P H A R M A C O L   S C I ,   V 3 5 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i p s . 2 0 1 3 . 1 1 . 0 0 4 ;   J o s h i l   V ,   2 0 1 4 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y ,   V 1 9 ,   P 1 5 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 3 ;   M a j e w s k i   I J ,   2 0 1 1 ,   N A T   M E D ,   V 1 7 ,   P 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 2 3 1 1 ;   P a u l   S M ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 9 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 3 0 7 8 ;   R e a r d o n   S ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 0 9 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 5 0 9 0 1 6 a ;   S a r i g o l   E ,   2 0 1 4 ,   E P J   D A T A   S C I ,   V 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 0 / e p j d s / s 1 3 6 8 8 - 0 1 4 - 0 0 0 9 - x ;   S a w y e r s   C ,   2 0 0 4 ,   N A T U R E ,   V 4 3 2 ,   P 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 3 0 9 5 ;   S c a n n e l l   J W ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 1 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 3 6 8 1 ;   v a n   D i j k   D ,   2 0 1 4 ,   C U R R   B I O L ,   V 2 4 ,   p R 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c u b . 2 0 1 4 . 0 4 . 0 3 9 ;   W a n g   D S ,   2 0 1 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 4 2 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 7 8 2 5 	 1 4 	 0 	 0 	 1 1 	 1 1 	 E L S E V I E R   S C I   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 1 3 5 9 - 6 4 4 6 	 1 8 7 8 - 5 8 3 2 	 	 D R U G   D I S C O V   T O D A Y 	 D r u g   D i s c o v .   T o d a y 	 N O V 	 2 0 1 6 	 2 1 	 1 1 	 	 	 	 	 1 7 4 0 	 1 7 4 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . d r u d i s . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 0 8 	 	 5 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 E D 2 D P 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 6 5 4 1 0 0 0 0 3 	 2 7 4 4 3 6 7 4 	 
 
 J 	 S o b e h ,   M ;   B r a u n ,   M S ;   K r s t i n ,   S ;   Y o u s s e f ,   F S ;   A s h o u r ,   M L ;   W i n k ,   M 	 	 	 	 S o b e h ,   M a n s o u r ;   B r a u n ,   M a r k u s   S a n t h o s h ;   K r s t i n ,   S o n j a ;   Y o u s s e f ,   F a d i a   S . ;   A s h o u r ,   M o h a m e d   L . ;   W i n k ,   M i c h a e l 	 	 	 C h e m i c a l   P r o f i l i n g   o f   t h e   E s s e n t i a l   O i l s   o f   S y z y g i u m   a q u e u m ,   S y z y g i u m   s a m a r a n g e n s e   a n d   E u g e n i a   u n i f l o r a   a n d   T h e i r   D i s c r i m i n a t i o n   U s i n g   C h e m o m e t r i c   A n a l y s i s 	 C H E M I S T R Y   &   B I O D I V E R S I T Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 B i o l o g i c a l   a c t i v i t y ;   C h e m i c a l   c o m p o s i t i o n ;   M u l t i v a r i a t e   c h e m o m e t r i c   a n a l y s i s ;   M y r t a c e a e ;   V o l a t i l e   o i l s 	 A N T I M I C R O B I A L   A C T I V I T Y ;   C Y T O T O X I C   A C T I V I T I E S ;   T R Y P A N O S O M A - B R U C E I ;   L . ;   A N T I O X I D A N T ;   C O M P O N E N T S ;   L E A V E S 	 T h e   e s s e n t i a l   o i l   c o m p o s i t i o n s   o f   t h e   l e a v e s   o f   t h r e e   r e l a t e d   M y r t a c e a e   s p e c i e s ,   n a m e l y   S y z y g i u m   a q u e u m ,   S y z y g i u m   s a m a r a n g e n s e   a n d   E u g e n i a   u n i f l o r a ,   w e r e   i n v e s t i g a t e d   u s i n g   G L C / M S   a n d   G L C / F I D .   A l t o g e t h e r ,   1 2 5   c o m p o u n d s   w e r e   i d e n t i f i e d :   a l p h a - S e l i n e n e   ( 1 3 . 8 5 % ) ,   b e t a - c a r y o p h y l l e n e   ( 1 2 . 7 2 % )   a n d   b e t a - s e l i n e n e   c o n s t i t u t e   t h e   m o s t   a b u n d a n t   c o n s t i t u e n t s   i n   S .   a q u e u m .   G e r m a c r e n e   D   ( 2 1 . 6 2 % )   r e p r e s e n t s   t h e   m a j o r   c o m p o u n d   i n   S .   s a m a r a n g e n s e   w h e r e a s   i n   E .   u n i f l o r a ,   s p a t h u l e n o l   ( 1 5 . 8 0 % )   r e p r e s e n t s   t h e   p r e d o m i n a n t   c o m p o n e n t .   M u l t i v a r i a t e   c h e m o m e t r i c   a n a l y s e s   w e r e   u s e d   t o   d i s c r i m i n a t e   t h e   e s s e n t i a l   o i l s   u s i n g   h i e r a r c h i c a l   c l u s t e r   a n a l y s i s   ( H C A )   a n d   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   b a s e d   o n   t h e   c h r o m a t o g r a p h i c   r e s u l t s .   T h e   a n t i m i c r o b i a l   a c t i v i t y   o f   t h e   p o p u l a r l y   u s e d   E .   u n i f l o r a   e s s e n t i a l   o i l   w a s   a s s e s s e d   u s i n g   b r o t h   m i c r o d i l u t i o n   m e t h o d   a g a i n s t   s i x   G r a m - p o s i t i v e ,   t h r e e   G r a m - n e g a t i v e   b a c t e r i a   a n d   t w o   f u n g i .   T h e   o i l   s h o w e d   m o d e r a t e   a n t i m i c r o b i a l   a c t i v i t y   a g a i n s t   B a c i l l u s   l i c h e n i f o r m i s   e x h i b i t i n g   M I C   a n d   M M C   o f   0 . 6 3   m g / m l .   T h e   c y t o t o x i c   a c t i v i t y   o f   E .   u n i f l o r a   e s s e n t i a l   o i l   w a s   i n v e s t i g a t e d   a g a i n s t   T r y p a n o s o m a   b r u c e i   b r u c e i   ( T .   b .   b r u c e i )   a n d   M C F - 7   c a n c e r   c e l l   l i n e   u s i n g   M T T   a s s a y .   I t   s h o w e d   m o d e r a t e   a c t i v i t y   a g a i n s t   M C F - 7   c e l l s   w i t h   a n   I C 5 0   v a l u e   o f   7 6 . 4 0   m u   g / m l .   O n   t h e   o t h e r   h a n d ,   T .   b r u c e i   w a s   h i g h l y   s u s c e p t i b l e   t o   E .   u n i f l o r a   e s s e n t i a l   o i l   w i t h   I C 5 0   o f   1 1 . 2 0   m u   g / m l ,   a n d   a   s e l e c t i v i t y   i n d e x   o f   6 . 8 2 . 	 [ S o b e h ,   M a n s o u r ;   B r a u n ,   M a r k u s   S a n t h o s h ;   K r s t i n ,   S o n j a ;   W i n k ,   M i c h a e l ]   H e i d e l b e r g   U n i v ,   I n s t   P h a r m   &   M o l   B i o t e c h n o l ,   N e u e n h e i m e r   F e l d   3 6 4 ,   D E - 6 9 1 2 0   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y ;   [ Y o u s s e f ,   F a d i a   S . ;   A s h o u r ,   M o h a m e d   L . ]   A i n   S h a m s   U n i v   A b b a s s i a ,   D e p t   P h a r m a c o g n o s y ,   F a c   P h a r m ,   C a i r o   1 1 5 6 6 ,   E g y p t 	 W i n k ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H e i d e l b e r g   U n i v ,   I n s t   P h a r m   &   M o l   B i o t e c h n o l ,   N e u e n h e i m e r   F e l d   3 6 4 ,   D E - 6 9 1 2 0   H e i d e l b e r g ,   G e r m a n y . 	 w i n k @ u n i - h e i d e l b e r g . d e 	 	 W i n k ,   M i c h a e l / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 7 8 7 5 - 4 5 1 0 	 	 	 A d a m s   R .   P . ,   2 0 0 9 ,   I D E N T I F I C A T I O N   E S S E N ;   A D E B A J O   A   C ,   1 9 8 9 ,   F i t o t e r a p i a ,   V 6 0 ,   P 4 5 1 ;   A m o r i m   A C L ,   2 0 0 9 ,   P H Y T O M E D I C I N E ,   V 1 6 ,   P 9 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y m e d . 2 0 0 9 . 0 3 . 0 0 9 ;   A s h o u r   M L ,   2 0 1 4 ,   C H I N   M E D - U K ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 9 - 8 5 4 6 - 9 - 4 ;   B a g e t t i   M ,   2 0 1 1 ,   C I E N C I A   T E C N O L   A L I M E ,   V 3 1 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 0 1 0 1 - 2 0 6 1 2 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 2 1 ;   B A L T Z   T ,   1 9 8 5 ,   E M B O   J ,   V 4 ,   P 1 2 7 3 ;   B a s e r   K H C ,   2 0 1 0 ,   H D B   E S S E N T I A L   O I L S   S ;   C i c c a r e l l i   F D ,   2 0 0 6 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 1 ,   P 1 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 2 3 0 6 1 ;   C l a r k   A M ,   1 9 9 6 ,   P H A R M   R E S - D O R D R ,   V 1 3 ,   P 1 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 6 0 9 1 6 3 1 7 2 1 ;   C L S I ,   M 7 A 1 0   C L S I ;   R o d r i g u e s   K A D ,   2 0 1 3 ,   E V I D - B A S E D   C O M P L   A L T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 3 / 2 7 9 7 2 6 ;   F A O - U n e s c o ,   1 9 7 7 ,   T I P O L I T O G R A F I A ;   G a d   H A ,   2 0 1 3 ,   P H Y T O C H E M   A N A L Y S I S ,   V 2 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p c a . 2 3 7 8 ;   H a m d a n   D ,   2 0 1 3 ,   Z   N A T U R F O R S C H   C ,   V 6 8 ,   P 2 7 5 ;   H e n r i q u e s   A .   T . ,   1 9 9 3 ,   J o u r n a l   o f   E s s e n t i a l   O i l   R e s e a r c h ,   V 5 ,   P 5 0 1 ;   H e r r m a n n   F . ,   2 0 1 1 ,   D i v e r s i t y ,   V 3 ,   P 5 4 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / d 3 0 4 0 5 4 7 ;   K r s t i n   S ,   2 0 1 5 ,   A N T I M I C R O B   A G E N T S   C H ,   V 5 9 ,   P 7 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / A A C . 0 1 3 1 5 - 1 5 ;   L e e   M H ,   1 9 9 7 ,   P H Y T O C H E M I S T R Y ,   V 4 4 ,   P 1 3 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 3 1 - 9 4 2 2 ( 9 6 ) 0 0 7 0 2 - 9 ;   M a g i n a   M D A ,   2 0 0 9 ,   J   N A T   M E D ,   V 6 3 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 1 8 - 0 0 9 - 0 3 2 9 - 5 ;   M o r a i s   S .   M .   d e ,   1 9 9 6 ,   J o u r n a l   o f   E s s e n t i a l   O i l   R e s e a r c h ,   V 8 ,   P 4 4 9 ;   M O S M A N N   T ,   1 9 8 3 ,   J   I M M U N O L   M E T H O D S ,   V 6 5 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 2 2 - 1 7 5 9 ( 8 3 ) 9 0 3 0 3 - 4 ;   M u l y a n i n g s i h ,   2 0 1 1 ,   P H A R M   B I O L ,   V 4 9 ,   P 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 3 8 8 0 2 0 9 . 2 0 1 1 . 5 5 3 6 2 5 ;   M u l y a n i n g s i h   S ,   2 0 1 0 ,   J   P H A R M   P H A R M A C O L ,   V 6 2 ,   P 1 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 2 0 4 2 - 7 1 5 8 . 2 0 1 0 . 0 1 1 1 9 . x ;   N i b r e t   E ,   2 0 1 0 ,   P H Y T O M E D I C I N E ,   V 1 7 ,   P 9 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p h y m e d . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 0 9 ;   N i b r e t   E ,   2 0 1 0 ,   P H Y T O T H E R   R E S ,   V 2 4 ,   P 9 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p t r . 3 0 6 6 ;   O G U N T I M E I N   B   O ,   1 9 9 1 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   P h a r m a c o g n o s y ,   V 2 9 ,   P 3 9 ;   O g u n w a n d e   I .   A . ,   2 0 0 5 ,   I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   A r o m a t h e r a p y ,   V 1 5 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j a t . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 0 4 ;   O l i v e i r a   A L ,   2 0 0 6 ,   F O O D   C H E M ,   V 9 9 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 0 5 . 0 7 . 0 1 2 ;   R a t t m a n n   Y D ,   2 0 1 2 ,   E V I D - B A S E D   C O M P L   A L T ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 6 2 3 9 4 0 ;   R o s h a n   A R A ,   2 0 1 3 ,   J   A G R   F O O D   C H E M ,   V 6 1 ,   P 7 7 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j f 4 0 2 2 8 0 y ;   S a n t o s   K K A ,   2 0 1 2 ,   E X P   P A R A S I T O L ,   V 1 3 1 ,   P 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e x p p a r a . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 1 9 ;   S a x e n a   R . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   E N G   R E S   T E C H N O ,   V 3 ,   P 4 4 1 ;   S i n g a b   A N B ,   2 0 1 4 ,   N A T   P R O D   C O M M U N ,   V 9 ,   P 1 0 0 7 ;   S i n g h   G . ,   2 0 1 0 ,   P L A N T   S Y S T E M A T I C S   I N ;   S R I V A S T A V A   R ,   1 9 9 5 ,   P H Y T O C H E M I S T R Y ,   V 3 8 ,   P 6 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 3 1 - 9 4 2 2 ( 9 4 ) 0 0 7 3 9 - G ;   T h a m b i   M ,   2 0 1 3 ,   J   P H A R M   B I O M E D   S C I ,   V 4 ,   P 4 6 ;   T i s t a e r t   C ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 6 9 0 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 2 3 ;   V i c t o r i a   F N ,   2 0 1 2 ,   F O O D   C H E M   T O X I C O L ,   V 5 0 ,   P 2 6 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f c t . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 0 2 ;   W E Y E R S T A H L   P ,   1 9 8 8 ,   P L A N T A   M E D ,   P 5 4 6 ;   W i l k i n s o n   L ,   2 0 0 9 ,   A M   S T A T ,   V 6 3 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / t a s . 2 0 0 9 . 0 0 3 3 ;   W i n k   M . ,   2 0 1 0 ,   B I O C H   P L A N T   S E C O N D A R ;   W o n g   K .   C . ,   1 9 9 6 ,   F l a v o u r   a n d   F r a g r a n c e   J o u r n a l ,   V 1 1 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 9 - 1 0 2 6 ( 1 9 9 6 0 1 ) 1 1 : 1 < 6 1 : : A I D - F F J 5 3 9 > 3 . 0 . C O ; 2 - 1 ;   W r i g l e y   J .   W . ,   2 0 1 3 ,   A U S T R   N A T I V E   P L A N T S ;   Y o u s s e f   F S ,   2 0 1 4 ,   C H E M   B I O D I V E R S ,   V 1 1 ,   P 8 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c b d v . 2 0 1 3 0 0 3 6 6 	 4 4 	 0 	 0 	 4 	 4 	 W I L E Y - V   C   H   V E R L A G   G M B H 	 W E I N H E I M 	 P O S T F A C H   1 0 1 1 6 1 ,   6 9 4 5 1   W E I N H E I M ,   G E R M A N Y 	 1 6 1 2 - 1 8 7 2 	 1 6 1 2 - 1 8 8 0 	 	 C H E M   B I O D I V E R S 	 C h e m .   B i o d i v e r s . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 3 	 1 1 	 	 	 	 	 1 5 3 7 	 1 5 5 0 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / c b d v . 2 0 1 6 0 0 0 8 9 	 	 1 4 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y 	 E C 8 U X 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 4 1 9 5 0 0 0 1 3 	 2 7 4 4 7 7 8 4 	 
 
 J 	 R e i n o s o ,   H ;   T u r e g u n ,   M 	 	 	 	 R e i n o s o ,   H u m b e r t o ;   T u r e g u n ,   M e h m e t 	 	 	 E x a m i n i n g   t h e   f a c t o r   s t r u c t u r e   o f   M U I S - C   s c a l e   a m o n g   b a b y   b o o m e r s   w i t h   h e p a t i t i s   C 	 A P P L I E D   N U R S I N G   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 H e p a t i t i s ;   U n c e r t a i n t y ;   B a b y   b o o m e r s ;   F a c t o r   a n a l y s i s 	 E X P L O R A T O R Y   F A C T O R - A N A L Y S I S ;   Q U A L I T Y - O F - L I F E ;   P A R A L L E L   A N A L Y S I S ;   U N C E R T A I N T Y ;   C A N C E R ;   N U M B E R ;   C O M P O N E N T S ;   I L L N E S S ;   M O D E L 	 B a c k g r o u n d :   B a b y   b o o m e r s   a c c o u n t   f o r   t w o   o u t   o f   e v e r y   t h r e e   c a s e s   o f   h e p a t i t i s   C   i n f e c t i o n   i n   t h e   U . S .   P u r p o s e :   T o   c o n d u c t   a n   e x p l o r a t o r y   f a c t o r   a n a l y s i s   d i r e c t e d   a t   s u p p o r t i n g   t h e   u s e   o f   t h e   M U I S - C   a s   a   r e l i a b l e   i n s t r u m e n t   i n   m e a s u r i n g   i l l n e s s   u n c e r t a i n t y   a m o n g   b a b y   b o o m e r s   w i t h   h e p a t i t i s   C .   M e t h o d s :   T h e   s t e p s   o f   c o n d u c t i n g   a   t y p i c a l   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   w i t h   a n   o b l i q u e   r o t a t i o n   w e r e   u s e d   o n   a   s a m p l e   o f   1 4 6   p a r t i c i p a n t s ,   t h e   s a m p l i n g   a d e q u a c y   o f   i t e m s   w a s   e x a m i n e d   v i a   t h e   K a i s e r - M e y e r - O l k i n   ( K M O )   m e a s u r e ,   a n d   t h e   B a r t l e t t ' s   s p h e r i c i t y   t e s t   w a s   u s e d   f o r   a p p r o p r i a t e n e s s   o f   c o n d u c t i n g   a   f a c t o r   a n a l y s i s .   R e s u l t s :   A   t w o - f a c t o r   s t r u c t u r e   w a s   o b t a i n e d   b y   u s i n g   H o r n ' s   p a r a l l e l   a n a l y s i s   m e t h o d .   T h e   t w o   f a c t o r s   e x p l a i n e d   a   c u m u l a t i v e   t o t a l   o f   4 5 . 8 %   o f   t h e   v a r i a n c e .   C o n c l u s i o n s :   T h e   r e s u l t s   o f   t h e   a n a l y s e s   i n d i c a t e d   t h a t   t h e   M U I S - C   w a s   a   v a l i d   a n d   r e l i a b l e   i n s t r u m e n t   a n d   p o t e n t i a l l y   s u i t a b l e   f o r   u s e   i n   b a b y   b o o m e r   p o p u l a t i o n   d i a g n o s e d   w i t h   h e p a t i t i s   C .   P u b l i s h e d   b y   E l s e v i e r   I n c 	 [ R e i n o s o ,   H u m b e r t o ]   M e r c e r   U n i v ,   G e o r g i a   B a p t i s t   C o l l   N u r s i n g ,   3 0 0 1   M e r c e r   U n i v   D r ,   A t l a n t a ,   G A   3 0 3 4 1   U S A ;   [ T u r e g u n ,   M e h m e t ]   B a r r y   U n i v ,   1 1 3 0 0   N o r t h e a s t   2 n d   A v e ,   M i a m i   S h o r e s ,   F L   3 3 1 6 1   U S A 	 R e i n o s o ,   H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M e r c e r   U n i v ,   G e o r g i a   B a p t i s t   C o l l   N u r s i n g ,   3 0 0 1   M e r c e r   U n i v   D r ,   A t l a n t a ,   G A   3 0 3 4 1   U S A . 	 r e i n o s o _ h @ m e r c e r . e d u ;   m t u r e g u n @ b a r r y . e d u 	 	 	 	 	 B a i l e y   D E ,   2 0 1 1 ,   A P P L   N U R S   R E S ,   V 2 4 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a p n r . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 1 ;   B a i l e y   D E ,   2 0 0 9 ,   P S Y C H O S O M A T I C S ,   V 5 0 ,   P 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 6 / a p p i . p s y . 5 0 . 2 . 1 3 8 ;   C a s t e r a   L ,   2 0 0 6 ,   J   V I R A L   H E P A T I T I S ,   V 1 3 ,   P 4 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 3 6 5 - 2 8 9 3 . 2 0 0 5 . 0 0 7 1 9 . x ;   C e n t e r s   f o r   D i s e a s e   C o n t r o l   a n d   P r e v e n t i o n   ( C D C ) ,   2 0 1 2 ,   R E C   I D   C H R O N   H E P   C   V ;   C o l b y   S L ,   2 0 1 4 ,   C U R R E N T   P O P U L A T I O N   R ;   H a y t o n   J C ,   2 0 0 4 ,   O R G A N   R E S   M E T H O D S ,   V 7 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 9 4 4 2 8 1 0 4 2 6 3 6 7 5 ;   H e n s o n   R K ,   2 0 0 6 ,   E D U C   P S Y C H O L   M E A S ,   V 6 6 ,   P 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 0 1 3 1 6 4 4 0 5 2 8 2 4 8 5 ;   I O M   ( I n s t i t u t e   o f   M e d i c i n e ) ,   2 0 1 0 ,   H E P A T I T I S   L I V E R   C A N C ;   K A I S E R   H F ,   1 9 7 4 ,   P S Y C H O M E T R I K A ,   V 3 9 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 2 9 1 5 7 5 ;   M i s h e l   M   H ,   1 9 8 7 ,   W e s t   J   N u r s   R e s ,   V 9 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 1 9 3 9 4 5 9 8 7 0 0 9 0 0 1 0 6 ;   M I S H E L   M H ,   1 9 8 4 ,   R E S   N U R S   H E A L T H ,   V 7 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n u r . 4 7 7 0 0 7 0 3 0 4 ;   M i s h e l   M H ,   1 9 9 3 ,   K E Y   A S P E C T S   C A R I N G   C ,   P 4 7 ;   M i s h e l   M H ,   1 9 9 7 ,   U N C E R T A I N T Y   I L L N E S S ;   M i s h e l   M H ,   1 9 8 8 ,   J   N U R S   S C H O L A R S H I P ,   V 2 0 ,   P 2 2 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / J . 1 5 4 7 - 5 0 6 9 . 1 9 8 8 . T B 0 0 0 8 2 . X ;   O ' C o n n o r   B P ,   2 0 0 0 ,   B E H A V   R E S   M E T H   I N S   C ,   V 3 2 ,   P 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 3 7 5 8 / B F 0 3 2 0 0 8 0 7 ;   P r e a c h e r   K J ,   2 0 1 3 ,   M U L T I V A R   B E H A V   R E S ,   V 4 8 ,   P 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 2 7 3 1 7 1 . 2 0 1 2 . 7 1 0 3 8 6 ;   R e i n o s o   H ,   2 0 1 5 ,   T H E S I S ;   S t e w a r t   J L ,   2 0 1 0 ,   R E S   N U R S   H E A L T H ,   V 3 3 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / n u r . 2 0 3 7 4 ;   U .   S .   D e p a r t m e n t   o f   H e a l t h   a n d   H u m a n   S e r v i c e s ,   2 0 1 1 ,   C O M B   S I L   E P   V I R   H E P ;   W o n g h o n g k u l   T ,   2 0 0 6 ,   C A N C E R   N U R S ,   V 2 9 ,   P 2 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 2 8 2 0 - 2 0 0 6 0 5 0 0 0 - 0 0 0 1 4 ;   Z W I C K   W R ,   1 9 8 6 ,   P S Y C H O L   B U L L ,   V 9 9 ,   P 4 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / / 0 0 3 3 - 2 9 0 9 . 9 9 . 3 . 4 3 2 	 2 1 	 0 	 0 	 3 	 3 	 W   B   S A U N D E R S   C O - E L S E V I E R   I N C 	 P H I L A D E L P H I A 	 1 6 0 0   J O H N   F   K E N N E D Y   B O U L E V A R D ,   S T E   1 8 0 0 ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 3 - 2 8 9 9   U S A 	 0 8 9 7 - 1 8 9 7 	 1 5 3 2 - 8 2 0 1 	 	 A P P L   N U R S   R E S 	 A p p l .   N u r s .   R e s . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 3 2 	 	 	 	 	 	 1 1 1 	 1 1 6 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . a p n r . 2 0 1 6 . 0 6 . 0 0 7 	 	 6 	 N u r s i n g 	 N u r s i n g 	 E C 3 W F 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 0 5 7 1 0 0 0 2 0 	 2 7 9 6 9 0 1 2 	 
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 J 	 B u r g e r ,   G ;   A b u - H a n n a ,   A ;   d e   K e i z e r ,   N ;   C o r n e t ,   R 	 	 	 	 B u r g e r ,   G e r a r d ;   A b u - H a n n a ,   A m e e n ;   d e   K e i z e r ,   N i c o l e t t e ;   C o r n e t ,   R o n a l d 	 	 	 N a t u r a l   l a n g u a g e   p r o c e s s i n g   i n   p a t h o l o g y :   a   s c o p i n g   r e v i e w 	 J O U R N A L   O F   C L I N I C A L   P A T H O L O G Y 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 C O M P U T E R   S Y S T E M S ;   S U R G I C A L   P A T H O L O G Y ;   R E P O R T S 	 C A N C E R   S T A G E S ;   T E X T ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   V A L I D A T I O N ;   S U P P O R T ;   C O L O N O S C O P Y ;   I N F O R M A T I O N ;   A L G O R I T H M S ;   R E T R I E V A L ;   P R O G R A M 	 B a c k g r o u n d   E n c o d e d   p a t h o l o g y   d a t a   a r e   k e y   f o r   m e d i c a l   r e g i s t r i e s   a n d   a n a l y s e s ,   b u t   p a t h o l o g y  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 E x p e r t   C t r ,   D e p t   P a t h o l ,   M a e l s o n s t r   3 ,   N L - 1 6 2 4   N P   H o o r n ,   N o o r d   H o l l a n d ,   N e t h e r l a n d s . 	 g . t . b u r g e r @ a m c . u v a . n l 	 	 	 	 	 A s h i s h   N ,   2 0 1 4 ,   H E A L T H   I N F O R M   J ,   V 2 0 ,   P 2 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 4 6 0 4 5 8 2 1 3 4 9 4 0 3 2 ;   B e c k w i t h   B r u c e   A ,   2 0 0 6 ,   B M C   M e d   I n f o r m   D e c i s   M a k ,   V 6 ,   P 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 2 - 6 9 4 7 - 6 - 1 2 ;   B i e s e   K J ,   2 0 1 3 ,   A C A D   E M E R G   M E D ,   V 2 0 ,   P 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / a c e m . 1 2 1 4 5 ;   B u c k l e y   J u l l i e t t e   M ,   2 0 1 2 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 3 ,   P 2 3 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 9 7 7 8 8 ;   C a r t e r   K J ,   1 9 9 6 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 3 ,   P 2 7 0 ;   C a s a t i   B ,   2 0 1 4 ,   I M P L E M E N T   S C I ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 1 2 - 0 1 4 - 0 1 1 1 - 2 ;   C o d e n   A ,   2 0 0 9 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 2 ,   P 9 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 0 5 ;   C r o w l e y   R S ,   2 0 1 0 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 7 ,   P 2 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j a m i a . 2 0 0 9 . 0 0 2 2 9 5 ;   D ' A v o l i o   L W ,   2 0 1 0 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 7 ,   P 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j a m i a . 2 0 0 9 . 0 0 1 4 1 2 ;   D A L K E Y   N ,   1 9 6 3 ,   M A N A G E   S C I ,   V 9 ,   P 4 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 8 7 / m n s c . 9 . 3 . 4 5 8 ;   d e   B r u i j n   L M ,   1 9 9 8 ,   M E T H O D   I N F O R M   M E D ,   V 3 7 ,   P 2 6 0 ;   d e B r u i j n   L M ,   1 9 9 7 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 5 4 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 9 - 2 6 0 7 ( 9 7 ) 0 0 0 4 0 - 0 ;   D e m n e r - F u s h m a n   D ,   2 0 0 9 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 2 ,   P 7 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 0 9 . 0 8 . 0 0 7 ;   D U N H A M   G S ,   1 9 7 8 ,   J   A M   S O C   I N F O R M   S C I ,   V 2 9 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a s i . 4 6 3 0 2 9 0 2 0 7 ;   E i d e   M J ,   2 0 1 2 ,   J   I N V E S T   D E R M A T O L ,   V 1 3 2 ,   P 2 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / j i d . 2 0 1 2 . 9 8 ;   F r a n k   E ,   2 0 0 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 0 ,   P 2 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t h 2 6 1 ;   F r i e d m a n   C ,   2 0 0 0 ,   P r o c   A M I A   S y m p ,   P 2 7 0 ;   G a i z a u s k a s   R ,   1 9 9 6 ,   P   8   I E E E   I N T   C   T O O L S ;   H a n a u e r   D A ,   2 0 0 7 ,   J   A M   C O L L   S U R G E O N S ,   V 2 0 5 ,   P 6 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a m c o l l s u r g . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 1 4 ;   H a p p e   A ,   2 0 0 8 ,   S T U D   H E A L T H   T E C H N O L ,   V 1 3 6 ,   P 8 1 5 ;   H a r k e m a   H ,   2 0 1 1 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 8 ,   p I 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 1 - 0 0 0 4 3 1 ;   H o u   J K ,   2 0 1 3 ,   D I G E S T   D I S   S C I ,   V 5 8 ,   P 9 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 2 0 - 0 1 2 - 2 4 3 3 - 8 ;   I m l e r   T D ,   2 0 1 3 ,   C L I N   G A S T R O E N T E R O L   H ,   V 1 1 ,   P 6 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c g h . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 3 5 ;   J o a c h i m s   T . ,   1 9 9 8 ,   M A K I N G   L A R G E   S C A L E   S ;   J o u h e t   V ,   2 0 1 2 ,   M E T H O D   I N F O R M   M E D ,   V 5 1 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 3 4 1 4 / M E 1 1 - 0 1 - 0 0 0 5 ;   J u r a f s k y   D ,   2 0 1 4 ,   S P E E C H   L A N G U A G E   P R O C ,   P 5 ;   K i m   B J ,   2 0 1 4 ,   J   E N D O U R O L ,   V 2 8 ,   P 1 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / e n d . 2 0 1 4 . 0 2 2 1 ;   L a n k s h e a r   S ,   2 0 1 3 ,   A R C H   P A T H O L   L A B   M E D ,   V 1 3 7 ,   P 1 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 5 8 5 8 / a r p a . 2 0 1 2 - 0 6 5 6 - O A ;   L i   Y ,   2 0 1 0 ,   P R O C   I E E E   I N T E R N A T I O ,   P 4 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I H M S C . 2 0 1 0 . 1 7 ;   L i a n g   Y a - F e n ,   2 0 0 6 ,   A M I A   A n n u   S y m p   P r o c ,   P 1 0 0 8 ;   L i u   K a i h o n g ,   2 0 0 5 ,   A M I A   A n n u   S y m p   P r o c ,   P 4 6 0 ;   L o w e   H e n r y   J ,   2 0 0 9 ,   A M I A   A n n u   S y m p   P r o c ,   V 2 0 0 9 ,   P 3 8 6 ;   L u o   Y ,   2 0 1 4 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 1 ,   P 8 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 3 - 0 0 2 4 4 3 ;   M a r t i n e z   D ,   2 0 1 1 ,   C   I N F   K N O W L   M A N ,   P 1 8 7 7 ;   M c C o w a n   I ,   2 0 0 6 ,   P   I E E E   E N G   M E D   B I O L ,   P 5 1 5 3 ;   M c C o w a n   I A ,   2 0 0 7 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 4 ,   P 7 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 7 / j a m i a . M 2 1 3 0 ;   M i t c h e l l   K . J . ,   2 0 0 4 ,   M E D I N F O   1 ,   V 2 0 0 4 ,   P 6 6 3 ;   M o o r e   G   W ,   1 9 9 4 ,   P r o c   A n n u   S y m p   C o m p u t   A p p l   M e d   C a r e ,   P 2 2 5 ;   N g u y e n   A ,   2 0 0 7 ,   P   A N N   I N T   I E E E   E M B S ,   P 5 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 0 7 . 4 3 5 3 4 9 7 ;   N g u y e n   A n t h o n y ,   2 0 1 2 ,   S t u d   H e a l t h   T e c h n o l   I n f o r m ,   V 1 7 8 ,   P 1 5 0 ;   N g u y e n   A N ,   2 0 1 0 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 7 ,   P 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j a m i a . 2 0 1 0 . 0 0 3 7 0 7 ;   O u   Y ,   2 0 1 4 ,   A U S T R   W O R K S H   H L T H   I N ,   P 4 1 ;   O w e n s   S R ,   2 0 1 2 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 3 6 ,   P 3 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P A S . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 4 5 c 9 a 4 ;   P r a t t   A ,   1 9 6 6 ,   P A T H O L   A N N U ,   V 1 ,   P 1 ;   S a d a   Y ,   2 0 1 6 ,   M E D   C A R E ,   V 5 4 ,   p E 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M L R . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 2 a 3 0 3 7 3 ;   S a v o v a   G K ,   2 0 1 0 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 7 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j a m i a . 2 0 0 9 . 0 0 1 5 6 0 ;   S c h a d o w   G ,   2 0 0 3 ,   A M I A   A N N   S   P   A M   M E D ,   V 2 0 0 3 ,   P 5 8 4 ;   S c h l a n g e n   D ,   2 0 0 4 ,   N L P X M L   0 4   P   W O R K S H   N ;   S h a h   A D ,   2 0 1 2 ,   B M C   M E D   I N F O R M   D E C I S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 2 - 6 9 4 7 - 1 2 - 8 8 ;   S t a n f i l l   M H ,   2 0 1 0 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 7 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j a m i a . 2 0 0 9 . 0 0 1 0 2 4 ;   S t r a u s s   J A ,   2 0 1 3 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 0 ,   P 3 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 2 - 0 0 0 9 2 8 ;   T h o m a s   A A ,   2 0 1 4 ,   W O R L D   J   U R O L ,   V 3 2 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 4 5 - 0 1 3 - 1 0 4 0 - 4 ;   T h o m a s   S e a n   M ,   2 0 0 2 ,   P r o c   A M I A   S y m p ,   P 7 7 7 ;   T u r c h i n   A ,   2 0 0 6 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 3 ,   P 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 7 / j a m i a . M 2 0 7 8 ;   W a g h o l i k a r   K B ,   2 0 1 2 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 1 9 ,   P 8 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 2 - 0 0 0 8 2 0 ;   X u   H ,   2 0 0 4 ,   S T   H E A L   T ,   V 1 0 7 ,   P 5 6 5 ;   Z e n g   Q i n g   T ,   2 0 0 6 ,   B M C   M e d   I n f o r m   D e c i s   M a k ,   V 6 ,   P 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 2 - 6 9 4 7 - 6 - 3 0 	 5 7 	 0 	 0 	 1 7 	 1 7 	 B M J   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 B R I T I S H   M E D   A S S O C   H O U S E ,   T A V I S T O C K   S Q U A R E ,   L O N D O N   W C 1 H   9 J R ,   E N G L A N D 	 0 0 2 1 - 9 7 4 6 	 1 4 7 2 - 4 1 4 6 	 	 J   C L I N   P A T H O L 	 J .   C l i n .   P a t h o l . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 6 9 	 1 1 	 	 	 	 	 9 4 9 	 9 5 5 	 	 1 0 . 1 1 3 6 / j c l i n p a t h - 2 0 1 6 - 2 0 3 8 7 2 	 	 7 	 P a t h o l o g y 	 P a t h o l o g y 	 E C 3 D S 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 0 0 6 0 0 0 0 0 2 	 	 
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 U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A ;   [ G o n g ,   G u a n g h u a ]   T s i n g h u a   U n i v ,   D e p t   E l e c t   E n g n ,   B e i j i n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i ,   R u i j i a n g ]   S t a n f o r d   U n i v ,   S c h   M e d ,   S t a n f o r d   C a n c   I n s t ,   S t a n f o r d ,   C A   9 4 3 0 5   U S A 	 L i ,   R J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S t a n f o r d   U n i v ,   S c h   M e d ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   1 0 7 0   A r a s t r a d e r o   R d ,   P a l o   A l t o ,   C A   9 4 3 0 4   U S A . 	 r l i 2 @ s t a n f o r d . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H )   [ R 0 1   C A 1 9 3 7 3 0 ] 	 C o n t r a c t   g r a n t   s p o n s o r :   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H ) ;   c o n t r a c t   g r a n t   n u m b e r :   R 0 1   C A 1 9 3 7 3 0 . 	 A b r a m s o n   R G ,   2 0 1 3 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 1 4 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 0 2 ;   A g n e r   S C ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 2 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 2 1 0 3 1 ;   A h - S e e   M L W ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 6 5 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 4 3 1 0 ;   A h m e d   A ,   2 0 1 3 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 8 ,   P 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 3 9 7 1 ;   A s h r a f   A ,   2 0 1 5 ,   T R A N S L   O N C O L ,   V 8 ,   P 1 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a n o n . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 5 ;   A s h r a f   A B ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 2 ,   P 3 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 3 1 3 7 5 ;   B e a r   H D ,   2 0 0 6 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 4 ,   P 2 0 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 5 . 0 4 . 1 6 6 5 ;   B E N J A M I N I   Y ,   1 9 9 5 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 7 ,   P 2 8 9 ;   B u r n s i d e   E .   S . ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R ;   H a r a b a s z   J . ,   1 9 7 4 ,   C O M M U N   S T A T ,   V 3 ,   P 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 8 0 / 0 3 6 1 0 9 2 7 4 0 8 8 2 7 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 3 6 1 0 9 2 7 4 0 8 8 2 7 1 0 1 ] ;   C h a u d h u r y   B ,   2 0 1 5 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 4 2 ,   P 1 4 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 4 9 2 1 ;   C h e u n g   Y C ,   2 0 0 3 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 7 8 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 1 5 3 3 2 7 3 3 9 ;   C h o   N ,   2 0 1 4 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 2 ,   P 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 4 1 3 1 3 3 2 ;   C h o u   C P ,   2 0 0 7 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 4 ,   P 5 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 5 ;   C u i   Y . ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ;   G a t e n b y   R A ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 9 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 2 6 9 7 ;   G i l l i e s   R J ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ;   G u o   W . ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   I M A G I N G ,   V 2 ;   H y l t o n   N M ,   2 0 1 5 ,   R A D I O L O G Y ;   H y l t o n   N M ,   2 0 1 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 3 ,   P 6 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 1 0 7 4 8 ;   J o h a n s e n   R ,   2 0 0 9 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 9 ,   P 1 3 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 1 7 7 8 ;   L i   X ,   2 0 1 5 ,   I N V E S T   R A D I O L ,   V 5 0 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / R L I . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 ;   L i   X ,   2 0 1 4 ,   M A G N   R E S O N   M E D ,   V 7 1 ,   P 1 5 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m r m . 2 4 7 8 2 ;   M a r i n o v i c h   M L ,   2 0 1 2 ,   B R E A S T ,   V 2 1 ,   P 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b r e a s t . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 0 6 ;   M a r t i n c i c h   L ,   2 0 0 4 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 8 3 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : B R E A . 0 0 0 0 0 1 0 7 0 0 . 1 1 0 9 2 . f 4 ;   O ' C o n n o r   J P B ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 0 9 9 0 ;   P a d h a n i   A R ,   2 0 0 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 3 9 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 3 9 2 0 2 1 0 9 9 ;   P a r t r i d g e   S C ,   2 0 1 0 ,   J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 1 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 2 3 6 2 ;   P i c k l e s   M D ,   2 0 0 6 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 4 ,   P 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 0 5 ;   P r e v o s   R ,   2 0 1 2 ,   E U R   R A D I O L ,   V 2 2 ,   P 2 6 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 3 3 0 - 0 1 2 - 2 6 5 3 - 5 ;   R a s t o g i   P ,   2 0 0 8 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 7 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 7 . 1 5 . 0 2 3 5 ;   S m i t h   I C ,   2 0 0 2 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 0 ,   P 1 4 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 . 6 . 1 4 5 6 ;   T a t e i s h i   U ,   2 0 1 2 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 3 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 2 1 1 1 1 7 7 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   V a u p e l   P ,   2 0 0 8 ,   O N C O L O G I S T ,   V 1 3 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 6 3 4 / t h e o n c o l o g i s t . 1 3 - S 3 - 2 1 ;   W u   J ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 8 1 ,   P 2 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 6 1 5 1 8 2 9 ;   W u   J ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 5 ,   P 1 5 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 1 8 ;   Y a n k e e l o v   T E ,   2 0 0 7 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 2 5 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 0 6 . 0 9 . 0 0 6 ;   Z h u   Y . ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P ,   V 5 	 3 9 	 4 	 4 	 6 	 6 	 W I L E Y - B L A C K W E L L 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 1 0 5 3 - 1 8 0 7 	 1 5 2 2 - 2 5 8 6 	 	 J   M A G N   R E S O N   I M A G I N G 	 J .   M a g n .   R e s o n .   I m a g i n g 	 N O V 	 2 0 1 6 	 7 6 	 5 	 	 	 	 	 1 1 0 7 	 1 1 1 5 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / j m r i . 2 5 2 7 9 	 	 9 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 D Z 3 A E 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 7 1 4 5 0 0 0 0 5 	 	 
 
 J 	 V a l a r m a t h i ,   P ;   R o b i n s o n ,   S 	 	 	 	 V a l a r m a t h i ,   P . ;   R o b i n s o n ,   S . 	 	 	 A n   I m p r o v e d   N e u r a l   N e t w o r k   f o r   M a m m o g r a m   C l a s s i f i c a t i o n   U s i n g   G e n e t i c   O p t i m i z a t i o n 	 J O U R N A L   O F   M E D I C A L   I M A G I N G   A N D   H E A L T H   I N F O R M A T I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M a m m o g r a m ;   G a b o r   F i l t e r ;   D i s c r e t e   C o s i n e   T r a n s f o r m ;   B a c k   P r o p a g a t i o n   N e u r a l   N e t w o r k ;   G e n e t i c   A l g o r i t h m   ( G A ) 	 B R E A S T - C A N C E R 	 M a m m o g r a m s   a r e   d i g i t a l   i m a g e s   o f   b r e a s t   u s e d   t o   d i a g n o s e   m a s s e s .   M i c r o   c a l c i f i c a t i o n s   s e e n   i n   m a m m o g r a m s   a r e   i n d i c a t o r s   o f   t u m o u r .   C o m p u t e r   A i d e d   D e t e c t i o n   ( C A D )   s y s t e m s   p l a y   a   v e r y   i m p o r t a n t   r o l e   t o   d e t e c t   m a m m o g r a p h i c   a b n o r m a l i t i e s   a s   t h e y   r e d u c e   t h e   f a l s e   n e g a t i v e   r a t e .   I n   t h i s   w o r k ,   a   n o v e l   w e i g h t   o p t i m i z e d   M u l t i - L a y e r   P e r c e p t r o n   ( M L P )   b a s e d   c l a s s i f i e r   w i t h   a   G e n e t i c   A l g o r i t h m   ( G A )   i s   p r o p o s e d   t o   s e l e c t   o p t i m u m   i n p u t   t o   t h e   N e u r a l   N e t w o r k   a n d   w e i g h t   s e l e c t i o n .   T h e   a i m   o f   w e i g h t   s e l e c t i o n   i s   t h e   r e d u c t i o n   o f   t h e   c o n n e c t i o n s   b e t w e e n   t h e   n e u r o n s   w i t h o u t   r e d u c i n g   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   a n d   h e n c e   s p e e d i n g   u p   t h e   c o m p u t a t i o n .   E x p e r i m e n t a l   r e s u l t s   d e m o n s t r a t e   t h a t   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   i s   s i g n i f i c a n t l y   i m p r o v e d   w i t h   t h e   p r o p o s e d   M L P N N   G A   w e i g h t   s e l e c t i o n .   I t   i s   o b s e r v e d   t h a t   p r o p o s e d   M L P N N   G A   w e i g h t   s e l e c t i o n   w i t h   G A   f e a t u r e   s e l e c t i o n   i n c r e a s e s   a c c u r a c y   b y   1 0 . 5 3 %   t h a n   M L P   N N   a n d   b y   8 . 6 9 %   w h e n   c o m p a r e d   t o   M L P N N   w i t h   G A   f e a t u r e   s e l e c t i o n . 	 [ V a l a r m a t h i ,   P . ]   A n n a   U n i v ,   M o o k a m b i g a i   C o l l   E n g n ,   C o m p   S c i   &   E n g n   D e p t ,   P u d u k k o t t a i   6 2 0 0 0 3 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a ;   [ R o b i n s o n ,   S . ]   M t   Z i o n   C o l l   E n g n   &   T e c h n o l ,   E l e c t   &   C o m m u n   E n g n ,   P u d u k k o t t a i   6 2 2 5 0 7 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a 	 V a l a r m a t h i ,   P   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A n n a   U n i v ,   M o o k a m b i g a i   C o l l   E n g n ,   C o m p   S c i   &   E n g n   D e p t ,   P u d u k k o t t a i   6 2 0 0 0 3 ,   T a m i l   N a d u ,   I n d i a . 	 	 	 	 	 	 A h m a d   A M ,   2 0 1 2 ,   P R O C E E D I N G S   O F   T H E   F O U R T E E N T H   I N T E R N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   G E N E T I C   A N D   E V O L U T I O N A R Y   C O M P U T A T I O N   C O N F E R E N C E ,   P 1 0 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 2 3 3 0 1 6 3 . 2 3 3 0 3 0 7 ;   A h m a d   F ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   A N A L   A P P L ,   V 1 8 ,   P 8 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 0 4 4 - 0 1 4 - 0 3 7 5 - 9 ;   A n d r i o n i   V ,   2 0 1 1 ,   2 0 1 1   P a n   A m e r i c a n   H e a l t h   C a r e   E x c h a n g e s   ( P A H C E   2 0 1 1 ) ,   P 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / P A H C E . 2 0 1 1 . 5 8 7 1 9 4 4 ;   B e u r a   S ,   2 0 1 5 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 1 5 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 3 2 ;   B u d a k   C ,   2 0 1 5 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 2 6 ,   P 8 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 1 - 0 1 4 - 1 7 6 7 - x ;   D h e e b a   J ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 9 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 0 ;   H a n   J ,   2 0 0 7 ,   I M A G E   V I S I O N   C O M P U T ,   V 2 5 ,   P 1 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i m a v i s . 2 0 0 6 . 1 2 . 0 1 5 ;   L a s h k a r i   A .   E . ,   2 0 1 0 ,   2 0 1 0   6   I R A N I A N   M A C H I ,   P 1 ;   O n i z a w a   N ,   2 0 1 5 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   L E T ,   V 2 2 ,   P 1 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / L S P . 2 0 1 5 . 2 3 9 2 1 2 3 ;   P i e t r u s z k i e w i c z   W . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T I N G ,   V 1 0 ,   P 4 2 ;   S a d u f   M A W ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   A D V   R E S   C O M P   S ,   V 3 ,   P 1 1 5 1 ;   S e t i a w a n   A S ,   2 0 1 5 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 5 9 ,   P 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 5 . 0 7 . 3 4 1 ;   S h a n t h i   S . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   S C I   E N G   T E C H N O ,   V 3 ,   P 1 6 6 4 ;   S i m o n   B . B ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   S C I   E N G   R E S ,   V 4 ,   P 1 1 6 7 ;   W a n g   L ,   2 0 1 5 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 2 ,   P 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 1 8 ;   W o n g   M T ,   2 0 1 2 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 7 6 6 7 ,   P 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 4 5 0 0 - 5 _ 1 9 	 1 6 	 0 	 0 	 2 	 2 	 A M E R   S C I E N T I F I C   P U B L I S H E R S 	 V A L E N C I A 	 2 6 6 5 0   T H E   O L D   R D ,   S T E   2 0 8 ,   V A L E N C I A ,   C A   9 1 3 8 1 - 0 7 5 1   U S A 	 2 1 5 6 - 7 0 1 8 	 2 1 5 6 - 7 0 2 6 	 	 J   M E D   I M A G   H E A L T H   I N 	 J .   M e d .   I m a g i n g   H e a l t h   I n f o r m . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 6 	 7 	 	 	 	 	 1 6 3 1 	 1 6 3 5 	 	 1 0 . 1 1 6 6 / j m i h i . 2 0 1 6 . 1 8 6 2 	 	 5 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E C 2 U H 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 9 7 9 1 0 0 0 1 6 	 	 
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 J 	 O s b o r n e ,   J D ;   W y a t t ,   M ;   W e s t f a l l ,   A O ;   W i l l i g ,   J ;   B e t h a r d ,   S ;   G o r d o n ,   G 	 	 	 	 O s b o r n e ,   J o h n   D . ;   W y a t t ,   M a t t h e w ;   W e s t f a l l ,   A n d r e w   O . ;   W i l l i g ,   J a m e s ;   B e t h a r d ,   S t e v e n ;   G o r d o n ,   G e o f f 	 	 	 E f f i c i e n t   i d e n t i f i c a t i o n   o f   n a t i o n a l l y   m a n d a t e d   r e p o r t a b l e   c a n c e r   c a s e s   u s i n g   n a t u r a l   l a n g u a g e   p r o c e s s i n g   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g 	 J O U R N A L   O F   T H E   A M E R I C A N   M E D I C A L   I N F O R M A T I C S   A S S O C I A T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 n a t u r a l   l a n g u a g e   p r o c e s s i n g ;   m a c h i n e   l e a r n i n g ;   i n f o r m a t i o n   e x t r a c t i o n ;   n e o p l a s m s ;   e l e c t r o n i c   h e a l t h   r e c o r d s ;  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 B i r m i n g h a m ,   A L   3 5 2 9 4   U S A ;   [ W e s t f a l l ,   A n d r e w   O . ]   U n i v   A l a b a m a   B i r m i n g h a m ,   D e p t   B i o s t a t ,   B i r m i n g h a m ,   A L   3 5 2 9 4   U S A ;   [ W i l l i g ,   J a m e s ]   U n i v   A l a b a m a   B i r m i n g h a m ,   D e p t   M e d ,   B i r m i n g h a m ,   A L   3 5 2 9 4   U S A ;   [ B e t h a r d ,   S t e v e n ]   U n i v   A l a b a m a   B i r m i n g h a m ,   D e p t   C o m p   &   I n f o r m a t   S c i ,   B i r m i n g h a m ,   A L   3 5 2 9 4   U S A ;   [ G o r d o n ,   G e o f f ]   U n i v   A l a b a m a   B i r m i n g h a m ,   I n f o r m a t   I n s t ,   B i r m i n g h a m ,   A L   3 5 2 9 4   U S A 	 O s b o r n e ,   J D   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A l a b a m a   B i r m i n g h a m ,   C t r   C l i n   &   T r a n s l a t   S c i ,   B i r m i n g h a m ,   A L   3 5 2 9 4   U S A . ;   O s b o r n e ,   J D   ( r e p r i n t  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 5 9 9   T a y l o r   R d ,   P i s c a t a w a y ,   N J   0 8 8 5 4   U S A ;   [ G r a h a m ,   M i c h e l l e   T . ]   J o h n s   H o p k i n s   U n i v ,   D e p t   E l e c t   E n g n ,   B a l t i m o r e ,   M D   2 1 2 1 8   U S A 	 B o u s t a n y ,   N N   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   R u t g e r s   S t a t e   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   5 9 9   T a y l o r   R d ,   P i s c a t a w a y ,   N J   0 8 8 5 4   U S A . 	 n b o u s t a n @ r c i . r u t g e r s . e d u 	 	 	 N S F   [ D B I - 0 8 5 2 8 5 7 ] ;   C h a r l e s   a n d   J o h a n n a   B u s c h   M e m o r i a l   F u n d   a t   R u t g e r s ;   N S F   R E U   s u m m e r   f e l l o w s h i p 	 W e   t h a n k   D r .   E .   W h i t e   o f   t h e   R u t g e r s   C I N J   f o r   g e n e r o u s l y   p r o v i d i n g   t h e   i B M K   c e l l   v a r i a n t s   u s e d   i n   t h i s   s t u d y .   W e   a l s o   t h a n k   D r .   I .   A n d r o u l a k i s   a t   R u t g e r s   f o r   p e r t i n e n t   d i s c u s s i o n s   r e g a r d i n g   P C A   a s   a p p l i e d   t o   o u r   i m a g e s ,   a n d   O .   I p a y e   f o r   h e l p   w i t h   c e l l   s e g m e n t a t i o n .   T h i s   w o r k   w a s   p a r t i a l l y   s u p p o r t e d   b y   N S F   g r a n t   D B I - 0 8 5 2 8 5 7   a n d   a   g r a n t   f r o m   C h a r l e s   a n d   J o h a n n a   B u s c h   M e m o r i a l   F u n d   a t   R u t g e r s   t o   N N B ,   a n d   a n   N S F   R E U   s u m m e r   f e l l o w s h i p   t o   M T G . 	 B a c k m a n   V ,   2 0 0 0 ,   N A T U R E ,   V 4 0 6 ,   P 3 5 ;   B a c k m a n   V ,   2 0 1 1 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 0 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 2 3 ;   B i g i o   I J ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   P 6 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 2 - 2 8 2 3 ;   B o n   P ,   2 0 1 4 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 7 ,   P 8 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 3 0 0 0 9 5 ;   B o u s t a n y   N N ,   2 0 1 0 ,   A N N U   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 1 2 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - b i o e n g - 0 6 1 0 0 8 - 1 2 4 8 1 1 ;   B o u s t a n y   N N ,   2 0 0 4 ,   B I O P H Y S   J ,   V 8 7 ,   P 4 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 4 . 0 4 8 7 3 6 ;   C r e s c e n z i   M ,   2 0 0 1 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 0 7 ,   P 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 4 - 5 7 9 3 ( 0 1 ) 0 2 9 7 3 - 8 ;   D a m a n i a   D ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . J B O . 1 9 . 1 . 0 1 6 0 1 6 ;   D a m a n i a   D ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 2 ,   P 2 7 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 1 - 3 8 0 7 ;   D e g e n h a r d t   K ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 2 ,   P 1 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 5 - 6 1 0 8 ( 0 2 ) 0 0 1 2 6 - 5 ;   F e n g   Y M ,   2 0 1 4 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 8 5 A ,   P 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 2 5 0 4 ;   F r a n k   J . ,   2 0 0 6 ,   3   D I M E N S I O N A L   E L E C T ;   G r e i n e r   C ,   2 0 1 1 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 7 9 A ,   P 8 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 1 0 9 5 ;   H a n a h a n   D ,   2 0 1 1 ,   C E L L ,   V 1 4 4 ,   P 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 1 . 0 2 . 0 1 3 ;   J o l i f f e   I .   T . ,   2 0 0 2 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   K a r b o w s k i   M ,   2 0 0 6 ,   N A T U R E ,   V 4 4 3 ,   P 6 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 1 1 1 ;   K i m   J S ,   2 0 1 1 ,   P H Y S   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 4 7 8 - 3 9 7 5 / 8 / 1 / 0 1 5 0 0 4 ;   L i u   Y ,   2 0 0 7 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 3 ,   P 4 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 6 - 1 6 4 8 ;   M e i j e r i n g   E ,   2 0 1 2 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 2 9 ,   P 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / M S P . 2 0 1 2 . 2 2 0 4 1 9 0 ;   M i s r a   J ,   2 0 0 2 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 1 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 2 2 5 3 0 2 ;   M o u r a n t   J R ,   1 9 9 5 ,   L A S E R   S U R G   M E D ,   V 1 7 ,   P 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / l s m . 1 9 0 0 1 7 0 4 0 3 ;   M u t y a l   N N ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 5 7 2 0 6 ;   P a s t e r n a c k   R M ,   2 0 0 8 ,   O P T   L E T T ,   V 3 3 ,   P 2 2 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 3 3 . 0 0 2 2 0 9 ;   P a s t e r n a c k   R M ,   2 0 1 1 ,   C Y T O M   P A R T   A ,   V 7 9 A ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c y t o . a . 2 1 0 1 1 ;   P a s t e r n a c k   R M ,   2 0 0 9 ,   O P T   L E T T ,   V 3 4 ,   P 1 9 3 9 ;   P e r e l m a n   L T ,   1 9 9 8 ,   P H Y S   R E V   L E T T ,   V 8 0 ,   P 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 3 / P h y s R e v L e t t . 8 0 . 6 2 7 ;   Q i u   L ,   2 0 1 0 ,   N A T   M E D ,   V 1 6 ,   P 6 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m . 2 1 3 8 ;   R o d r i g u e z - D i a z   E ,   2 0 1 2 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 2 ,   p S 1 1 0 ;   S i e r r a   H ,   2 0 1 2 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 2 0 ,   P 2 8 6 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 2 0 . 0 2 8 6 9 8 ;   S I R O V I C H   L ,   1 9 8 7 ,   J   O P T   S O C   A M   A ,   V 4 ,   P 5 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / J O S A A . 4 . 0 0 0 5 1 9 ;   S u b r a m a n i a n   H ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 2 0 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 4 7 2 3 1 0 5 ;   T e r r y   N ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 6 3 1 7 9 9 ;   T U R K   M ,   1 9 9 1 ,   J   C O G N I T I V E   N E U R O S C I ,   V 3 ,   P 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 2 / j o c n . 1 9 9 1 . 3 . 1 . 7 1 ;   V O G E L S T E I N   B ,   1 9 8 8 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 1 9 ,   P 5 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M 1 9 8 8 0 9 0 1 3 1 9 0 9 0 1 ;   V o g e l s t e i n   B ,   2 0 0 4 ,   N A T   M E D ,   V 1 0 ,   P 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m 1 0 8 7 ;   V o g e l s t e i n   B ,   2 0 1 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 3 9 ,   P 1 5 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 2 3 5 1 2 2 ;   W a x   A ,   2 0 1 1 ,   G A S T R O E N T E R O L O G Y ,   V 1 4 1 ,   P 4 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . g a s t r o . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 2 0 ;   Z h e n g   J Y ,   2 0 0 8 ,   B I O P H Y S   J ,   V 9 4 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 7 . 1 0 4 3 2 3 ;   Z h u   Y Z ,   2 0 1 2 ,   E X P E R T   R E V   G A S T R O E N T ,   V 6 ,   P 3 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 5 8 6 / e g h . 1 1 . 8 3 ,   1 0 . 1 5 8 6 / E G H . 1 1 . 8 3 ] 	 3 9 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 0 9 0 - 6 9 6 4 	 1 5 7 3 - 9 6 8 6 	 	 A N N   B I O M E D   E N G 	 A n n .   B i o m e d .   E n g . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 4 4 	 1 1 	 	 	 	 	 3 3 9 8 	 3 4 0 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 3 9 - 0 1 6 - 1 6 4 9 - 8 	 	 1 0 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l 	 E n g i n e e r i n g 	 E B 4 O Q 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 3 5 2 0 0 0 0 2 0 	 2 7 2 5 6 3 5 9 	 
 
 J 	 G i l l i e s ,   R J ;   B e y e r ,   T 	 	 	 	 G i l l i e s ,   R o b e r t   J . ;   B e y e r ,   T h o m a s 	 	 	 P E T   a n d   M R I :   I s   t h e   W h o l e   G r e a t e r   t h a n   t h e   S u m   o f   I t s   P a r t s ? 	 C A N C E R   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 I N T E R N A T I O N A L   W O R K S H O P ;   P R O S T A T E - C A N C E R ;   B R E A S T - C A N C E R ;   P E T / M R I ;   T U B I N G E N ;   G E R M A N Y ;   O N C O L O G Y 	 O v e r   t h e   p a s t   d e c a d e s ,   i m a g i n g   i n   o n c o l o g y   h a s   b e e n   u n d e r g o i n g   a   " q u i e t "   r e v o l u t i o n   t o   t r e a t   i m a g e s   a s   d a t a ,   n o t   a s   p i c t u r e s .   T h i s   r e v o l u t i o n   h a s   b e e n   s p a r k e d   b y   t e c h n o l o g i c a l   a d v a n c e s   t h a t   e n a b l e   c a p t u r e   o f   i m a g e s   t h a t   r e f l e c t   n o t   o n l y   a n a t o m y ,   b u t   a l s o   o f   t i s s u e   m e t a b o l i s m   a n d   p h y s i o l o g y   i n   s i t u .   I m p o r t a n t   a d v a n c e s   a l o n g   t h i s   p a t h   h a v e   b e e n   t h e   i n c r e a s i n g   p o w e r   o f   M R I ,   w h i c h   c a n   b e   u s e d   t o   m e a s u r e   s p a t i a l l y   d e p e n d e n t   d i f f e r e n c e s   i n   c e l l   d e n s i t y ,   t i s s u e   o r g a n i z a t i o n ,   p e r f u s i o n ,   a n d   m e t a b o l i s m .   I n   p a r a l l e l ,   P E T   i m a g i n g   a l l o w s   q u a n t i t a t i v e   a s s e s s m e n t   o f   t h e   s p a t i a l   l o c a l i z a t i o n   o f   p o s i t r o n - e m i t t i n g   c o m p o u n d s ,   a n d   i t   h a s   a l s o   b e e n   c o n s t a n t l y   i m p r o v i n g   i n   t h e   n u m b e r   o f   i m a g e a b l e   t r a c e r s   t o   m e a s u r e   m e t a b o l i s m   a n d   e x p r e s s i o n   o f   m a c r o m o l e c u l e s .   R e c e n t   y e a r s   h a v e   w i t n e s s e d   a n o t h e r   t e c h n o l o g i c a l   a d v a n c e ,   w h e r e i n   t h e s e   t w o   p o w e r f u l   m o d a l i t i e s   h a v e   b e e n   p h y s i c a l l y   m e r g e d   i n t o   c o m b i n e d   P E T / M R I   s y s t e m s ,   a p p r o p r i a t e   f o r   b o t h   p r e c l i n i c a l   o r   c l i n i c a l   i m a g i n g .   A s   w i t h   a l l   n e w   e n a b l i n g   t e c h n o l o g i e s   d r i v e n   b y   e n g i n e e r i n g   p h y s i c s ,   t h e   f u l l   e x t e n t   o f   p o t e n t i a l   a p p l i c a t i o n s   i s   r a r e l y   k n o w n   a t   t h e   o u t s e t .   I n   t h e   w o r k   o f   S c h m i t z   a n d   c o l l e a g u e s ,   t h e   a u t h o r s   h a v e   c o m b i n e d   m u l t i p a r a m e t r i c   M R I   a n d   P E T   i m a g i n g   t o   a d d r e s s   t h e   i m p o r t a n t   i s s u e  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 o n   t h e   s u b j e c t   a n d   i n t r o d u c e s   a   n u m b e r   o f   n e w   a v e n u e s   o f   i n v e s t i g a t i o n   t o   p u r s u e . 	 [ G i l l i e s ,   R o b e r t   J . ]   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   D e p t   R a d i o l ,   1 2 9 0 1   M a g n o l i a   D r , S R B   2 4 0 0 0 E ,   T a m p a ,   F L   3 3 6 1 2   U S A ;   [ G i l l i e s ,   R o b e r t   J . ]   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   D e p t   C a n c   I m a g i n g ,   1 2 9 0 1   M a g n o l i a   D r , S R B   2 4 0 0 0 E ,   T a m p a ,   F L   3 3 6 1 2   U S A ;   [ B e y e r ,   T h o m a s ]   M e d   U n i v   V i e n n a ,   G e n   H o s p   V i e n n a ,   C t r   M e d   P h y s   &   B i o m e d   E n g n ,   V i e n n a ,   A u s t r i a 	 G i l l i e s ,   R J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H   L e e   M o f f i t t   C a n c   C t r   &   R e s   I n s t ,   1 2 9 0 1   M a g n o l i a   D r , S R B   2 4 0 0 0 E ,   T a m p a ,   F L   3 3 6 1 2   U S A . 	 R o b e r t . G i l l i e s @ m o f f i t t . o r g 	 	 	 N C I   N I H   H H S   [ R 0 1   C A 1 8 9 2 9 5 ,   R 0 1   C A 1 9 0 1 0 5 ] 	 	 B a i l e y   D L ,   2 0 1 5 ,   M O L   I M A G I N G   B I O L ,   V 1 7 ,   P 5 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 7 - 0 1 5 - 0 8 8 6 - 9 ;   B a i l e y   D L ,   2 0 1 5 ,   M O L   I M A G I N G   B I O L ,   V 1 7 ,   P 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 7 - 0 1 4 - 0 8 1 8 - 0 ;   B a i l e y   D L ,   2 0 1 4 ,   M O L   I M A G I N G   B I O L ,   V 1 6 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 7 - 0 1 4 - 0 7 2 5 - 4 ;   B a i l e y   D L ,   2 0 1 3 ,   M O L   I M A G I N G   B I O L ,   V 1 5 ,   P 3 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 3 0 7 - 0 1 3 - 0 6 2 3 - 1 ;   B e y e r   T ,   2 0 0 0 ,   J   N U C L   M E D ,   V 4 1 ,   P 1 3 6 9 ;   B e y e r   T h o m a s ,   2 0 1 1 ,   I n s i g h t s   I m a g i n g ,   V 2 ,   P 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 4 4 - 0 1 1 - 0 0 6 9 - 4 ;   B i n s e   I ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 3 ,   P 1 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 5 - 3 2 8 8 - y ;   C z e r n i n   J ,   2 0 1 3 ,   C U R R   R A D I O L   R E P ,   V 1 ,   P 1 7 7 ;   C z e r n i n   J ,   2 0 1 4 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 5 ,   p 5 9 S ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 4 . 1 4 1 8 3 8 ;   E i b e r   M ,   2 0 1 5 ,   A B D O M   I M A G I N G ,   V 4 0 ,   P 1 7 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 6 1 - 0 1 4 - 0 3 0 1 - z ;   G a t e n b y   R A ,   2 0 1 3 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 6 9 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 1 3 1 2 2 6 9 7 ;   G i l l i e s   R J ,   2 0 1 6 ,   R A D I O L O G Y ,   V 2 7 8 ,   P 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 8 / r a d i o l . 2 0 1 5 1 5 1 1 6 9 ;   G u n e y l i   S ,   2 0 1 6 ,   C L I N   I M A G ,   V 4 0 ,   P 6 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l i n i m a g . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 1 1 ;   H a i d e r   M A ,   2 0 1 6 ,   C L I N   O N C O L - U K ,   V 2 8 ,   P 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c l o n . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 0 3 ;   M a t h i e u   C e d r i c ,   2 0 1 5 ,   F r o n t   M e d   ( L a u s a n n e ) ,   V 2 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f m e d . 2 0 1 5 . 0 0 0 6 7 ;   M i l e s   K ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   I M A G I N G ,   V 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 4 0 6 4 4 - 0 1 5 - 0 0 5 3 - 1 ;   P e t r a l i a   G ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   I M A G I N G ,   V 1 1 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 2 / 1 4 7 0 - 7 3 3 0 . 2 0 1 1 . 0 0 1 4 ;   P i n k e r   K ,   2 0 1 4 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 0 ,   P 3 5 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 3 - 2 8 1 0 ;   R a h b a r   H ,   2 0 1 6 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G   C ,   V 2 4 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i c . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 1 2 ;   R e y n o l d s   H M ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 7 0 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 3 5 3 4 3 ;   S c h m i t z   J ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 6 ,   P 5 5 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 5 - 0 6 4 2 ;   S p i c k s   C ,   2 0 1 6 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 7 ,   P 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 5 . 1 5 8 8 0 8 ;   T s o u m p a s   C ,   2 0 1 6 ,   P E T   C L I N ,   V 1 1 ,   P 1 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c p e t . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 5 ;   V r a c h i m i s   A ,   2 0 1 6 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 4 3 ,   P 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 1 5 - 3 1 9 5 - 2 ;   W A H L   R L ,   1 9 9 3 ,   J   N U C L   M E D ,   V 3 4 ,   P 1 1 9 0 ;   W e h r l   H F ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   N U C L   M E D   M O L   I ,   V 3 6 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 5 9 - 0 0 9 - 1 0 7 8 - 0 ;   W e t t e r   A ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   M O L   S C I ,   V 1 5 ,   P 1 3 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / i j m s 1 5 0 8 1 3 4 0 1 ;   Y a n g   Y ,   2 0 1 1 ,   J   N U C L   M E D ,   V 5 2 ,   p 8 6 S ,   D O I   1 0 . 2 9 6 7 / j n u m e d . 1 1 0 . 0 8 5 6 2 1 	 2 8 	 0 	 0 	 9 	 9 	 A M E R   A S S O C   C A N C E R   R E S E A R C H 	 P H I L A D E L P H I A 	 6 1 5   C H E S T N U T   S T ,   1 7 T H   F L O O R ,   P H I L A D E L P H I A ,   P A   1 9 1 0 6 - 4 4 0 4   U S A 	 0 0 0 8 - 5 4 7 2 	 1 5 3 8 - 7 4 4 5 	 	 C A N C E R   R E S 	 C a n c e r   R e s . 	 N O V   1 	 2 0 1 6 	 7 6 	 2 1 	 	 	 	 	 6 1 6 3 	 6 1 6 6 	 	 1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 6 - 2 1 2 1 	 	 4 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E B 5 U S 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 4 4 6 7 0 0 0 0 6 	 2 7 7 2 9 3 2 6 	 
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 0 . 8 1 ,   P   <   0 . 0 0 1 ) .   C O N C L U S I O N :   D i e t a r y   d a t a   c o l l e c t e d   b y   u s i n g   F F Q s   f r o m   e t h n i c a l l y   d i v e r s e   p r e g n a n t   w o m e n   c a n   b e   h a r m o n i z e d   t o   i d e n t i f y   c o m m o n   d i e t a r y   p a t t e r n s   t o   i n v e s t i g a t e   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   m a t e r n a l   d i e t a r y   i n t a k e   a n d   h e a l t h   o u t c o m e s . 	 [ d e   S o u z a ,   R u s s e l l   J . ;   S h a i k h ,   M a t e e n   R . ;   A n a n d ,   S o n i a   S . ]   M c M a s t e r   U n i v ,   D e p t   C l i n   E p i d e m i o l   &   B i o s t a t ,   H a m i l t o n ,   O N ,   C a n a d a ;   [ Z u l y n i a k ,   M i c h a e l   A . ;   C a m p b e l l ,   N a t a l i e   C . ;   L e f e b v r e ,   D i a n a   L . ;   G u p t a ,   M i l a n ;   T e o ,   K o o n   K . ;   S e a r s ,   M a l c o l m   R . ;   A n a n d ,   S o n i a   S . ]   M c M a s t e r   U n i v ,   D e p t   M e d ,   H a m i l t o n ,   O N ,   C a n a d a ;   [ W a h i ,   G i t a ;   A t k i n s o n ,   S t e p h a n i e   A . ]   M c M a s t e r   U n i v ,   D e p t   P e d i a t ,   H a m i l t o n ,   O N ,   C a n a d a ;   [ d e   S o u z a ,   R u s s e l l   J . ]   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   N u t r   S c i ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a ;   [ S u b b a r a o ,   P a d m a j a ]   U n i v   T o r o n t o ,   H o s p   S i c k   C h i l d r e n ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a ;   [ S u b b a r a o ,   P a d m a j a ]   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   P e d i a t ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a ;   [ d e   S o u z a ,   R u s s e l l   J . ;   G u p t a ,   M i l a n ]   S t   M i c h a e l s   H o s p ,   L i   K a   S h i n g   K n o w l e d g e   I n s t ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a ;   [ D e s a i ,   D i p i k a ;   A n a n d ,   S o n i a   S . ]   H a m i l t o n   H l t h   S c i ,   P o p u l a t   H l t h   R e s   I n s t ,   H a m i l t o n ,   O N ,   C a n a d a ;   [ D e s a i ,   D i p i k a ;   A n a n d ,   S o n i a   S . ]   M c M a s t e r   U n i v ,   H a m i l t o n ,   O N ,   C a n a d a ;   [ W i l s o n ,   J u l i e ]   S i x   N a t i o n s   H l t h   S e r v ,   O h s w e k e n ,   O N ,   C a n a d a ;   [ B e c k e r ,   A l l a n   B . ]   U n i v   M a n i t o b a ,   F a c   M e d ,   D e p t   P e d i a t   &   C h i l d   H l t h ,   W i n n i p e g ,   M B ,   C a n a d a ;   [ M a n d h a n e ,   P i u s h k u m a r   J . ]   U n i v   A l b e r t a ,   F a c   M e d   &   D e n t ,   D e p t   P e d i a t ,   E d m o n t o n ,   A B ,   C a n a d a ;   [ T u r v e y ,   S t u a r t   E . ]   U n i v   B r i t i s h   C o l u m b i a ,   F a c   M e d ,   B r i t i s h   C o l u m b i a   C h i l d r e n s   H o s p ,   V a n c o u v e r ,   B C ,   C a n a d a ;   [ T u r v e y ,   S t u a r t   E . ]   U n i v   B r i t i s h   C o l u m b i a ,   C h i l d   &   F a m i l y   R e s   I n s t ,   D e p t   P e d i a t ,   F a c   M e d ,   V a n c o u v e r ,   B C ,   C a n a d a 	 d e   S o u z a ,   R J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   M c M a s t e r   U n i v ,   D e p t   C l i n   E p i d e m i o l   &   B i o s t a t ,   H a m i l t o n ,   O N ,   C a n a d a . ;   d e   S o u z a ,   R J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T o r o n t o ,   D e p t   N u t r   S c i ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a . ;   d e   S o u z a ,   R J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S t   M i c h a e l s   H o s p ,   L i   K a   S h i n g   K n o w l e d g e   I n s t ,   T o r o n t o ,   O N ,   C a n a d a . 	 r d e s o u z @ m c m a s t e r . c a 	 	 Z u l y n i a k ,   M i c h a e l / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 4 9 4 4 - 5 5 2 1 	 C a n a d i a n   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h   g r a n t   i n   F o o d   &   H e a l t h   P o p u l a t i o n   H e a l t h   R e s e a r c h   [ R F A   2 0 1 3 0 1 F H 6 ] ;   C I H R   R C T   F e l l o w s h i p   g r a n t   [ M T P 2 0 1 4 1 0 ] ;   A l l e r G e n   N C E ,   I n c . ;   I C M R / C I H R 	 S u p p o r t e d   b y   a   C a n a d i a n   I n s t i t u t e   f o r   H e a l t h   R e s e a r c h   ( R F A   2 0 1 3 0 1 F H 6 ;   2 0 1 3 - 2 0 1 8 )   g r a n t   i n   F o o d   &   H e a l t h   P o p u l a t i o n   H e a l t h   R e s e a r c h   ( R J d S ,   M G ,   G W ,   S A A ,   K K T ,   P S ,   A B B ,   M R   S e a r s ,   S S A ) ,   a   C I H R   R C T   F e l l o w s h i p   g r a n t   ( M T P 2 0 1 4 1 0 ,   M A Z ) ,   a n d   A l l e r G e n   N C E ,   I n c .   ( M A Z ,   D L L ,   P S ,   A B B ,   P J M ,   S E T ,   M R   S e a r s ,   S S A ) .   T h e   S o u T h   A s i a n   b i r t h   c o h o R T   ( S T A R T )   d a t a   w a s   c o l l e c t e d   a s   p a r t   o f   a   b i l a t e r a l   I C M R / C I H R   f u n d e d   p r o g r a m . 	 A n a n d   S   S ,   2 0 0 0 ,   I n d i a n   H e a r t   J ,   V 5 2 ,   p S 3 5 ;   A n a n d   S S ,   2 0 1 5 ,   J   A M   C O L L   C A R D I O L ,   V 6 6 ,   P 1 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a c c . 2 0 1 5 . 0 7 . 0 5 0 ;   A n a n d   S S ,   2 0 1 3 ,   B M C   P U B L I C   H E A L T H ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 5 8 - 1 3 - 7 9 ;   B a l d e r   H F ,   2 0 0 3 ,   J   N U T R ,   V 1 3 3 ,   P 4 2 4 6 ;   B r e n n e r   D R ,   2 0 1 1 ,   C A N   J   D I E T   P R A C T   R E S ,   V 7 2 ,   P 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 3 1 4 8 / 7 2 . 3 . 2 0 1 1 . e 1 6 1 ;   C a t s b u r g   C ,   2 0 1 5 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 1 0 1 ,   P 8 1 7 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 4 . 0 9 7 6 5 9 ;   C h o c a n o - B e d o y a   P O ,   2 0 1 3 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 8 ,   P 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 1 1 2 . 0 5 2 7 6 1 ;   D e h g h a n   M ,   2 0 1 2 ,   C I R C U L A T I O N ,   V 1 2 6 ,   P 2 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C U L A T I O N A H A . 1 1 2 . 1 0 3 2 3 4 ;   F e a r o n   J D ,   2 0 0 3 ,   J   E C O N   G R O W T H ,   V 8 ,   P 1 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 4 4 1 9 5 2 2 8 6 7 ;   F u n g   T T ,   2 0 0 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 8 9 ,   P 1 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 2 0 0 8 . 2 7 1 4 0 ;   F u n g   T T ,   2 0 0 1 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 7 3 ,   P 6 1 ;   G a d g i l   M D ,   2 0 1 4 ,   J   A C A D   N U T R   D I E T ,   V 1 1 4 ,   P 2 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a n d . 2 0 1 3 . 0 9 . 0 2 1 ;   G I O V A N N U C C I   E ,   1 9 9 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 5 4 ,   P 2 3 9 0 ;   G u e n t h e r   P M ,   2 0 1 3 ,   J   A C A D   N U T R   D I E T ,   V 1 1 3 ,   P 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a n d . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 1 6 ;   H a n   C Y ,   2 0 1 5 ,   B M C   N U T R ,   V 1 ,   P 1 ;   H e i d e m a n n   C ,   2 0 0 8 ,   C I R C U L A T I O N ,   V 1 1 8 ,   P 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C U L A T I O N A H A . 1 0 8 . 7 7 1 8 8 1 ;   H O W E   G R ,   1 9 9 0 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 4 5 ,   P 6 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 1 0 4 5 0 4 0 5 ;   H u   F B ,   2 0 0 0 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 7 2 ,   P 9 1 2 ;   H u   F B ,   1 9 9 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 6 9 ,   P 2 4 3 ;   H u   F B ,   1 9 9 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 7 0 ,   P 2 2 1 ;   H u   F B ,   2 0 0 2 ,   C U R R   O P I N   L I P I D O L ,   V 1 3 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 4 1 4 3 3 - 2 0 0 2 0 2 0 0 0 - 0 0 0 0 2 ;   H u i j b r e g t s   P ,   1 9 9 7 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 1 5 ,   P 1 3 ;   H U I J B R E G T S   P P C W ,   1 9 9 5 ,   I N T   J   E P I D E M I O L ,   V 2 4 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / i j e / 2 4 . 2 . 3 1 3 ;   I q b a l   R ,   2 0 0 8 ,   C I R C U L A T I O N ,   V 1 1 8 ,   P 1 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 1 / C I R C U L A T I O N A H A . 1 0 7 . 7 3 8 7 1 6 ;   K a n t   A K ,   1 9 9 6 ,   J   A M   D I E T   A S S O C ,   V 9 6 ,   P 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 2 - 8 2 2 3 ( 9 6 ) 0 0 2 1 7 - 9 ;   K e l e m e n   L E ,   2 0 0 3 ,   J   A M   D I E T   A S S O C ,   V 1 0 3 ,   P 1 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j a d a . 2 0 0 3 . 5 0 5 7 8 ;   K E Y S   A ,   1 9 8 8 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 4 8 ,   P 1 1 6 1 ;   K i m   J .   O . ,   1 9 7 8 ,   F A C T O R   A N A L   S T A T   M E T ;   K o n t o g i a n n i   M D ,   2 0 1 4 ,   M A T U R I T A S ,   V 7 9 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m a t u r i t a s . 2 0 1 4 . 0 6 . 0 1 4 ;   K o r p i - H y o v a l t i   E ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 0 8 ,   P 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 1 1 0 0 6 1 1 8 ;   L e s s e r   I A ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 8 4 9 5 ;   L i   F ,   2 0 1 5 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 1 3 ,   P 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 1 4 0 0 2 8 9 X ;   M i l l e n   B E ,   1 9 9 6 ,   A M   J   H E A L T H   P R O M O T ,   V 1 1 ,   P 4 2 ;   M o r r i s o n   K M ,   2 0 0 9 ,   A M   H E A R T   J ,   V 1 5 8 ,   P 5 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a h j . 2 0 0 9 . 0 7 . 0 0 5 ;   M o z a f f a r i a n   D ,   2 0 1 1 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 4 ,   P 2 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 0 1 4 2 9 6 ;   N e t t l e t o n   J A ,   2 0 0 9 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 9 0 ,   P 6 4 7 ,   D O I   1 0 . 3 9 4 5 / a j c n . 2 0 0 9 . 2 7 5 9 7 ;   N o r t h s t o n e   K ,   2 0 0 8 ,   E U R   J   C L I N   N U T R ,   V 6 2 ,   P 9 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . e j c n . 1 6 0 2 7 8 9 ;   N u t i t i o n   R e s e a r c h   D i v i s i o n   ( H e a l t h   C a n a d a ) ,   2 0 1 0 ,   C A N   N U T R   F I L   C N F ;   O k u b o   H ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 0 7 ,   P 1 5 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 1 1 0 0 4 6 3 6 ;   O l s e n   S F ,   2 0 1 4 ,   A C T A   O B S T E T   G Y N   S C A N ,   V 9 3 ,   P 1 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / a o g s . 1 2 5 1 3 ;   P a e r a t a k u l   S ,   1 9 9 8 ,   E U R   J   C L I N   N U T R ,   V 5 2 ,   P 7 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . e j c n . 1 6 0 0 6 3 3 ;   P a t t e r s o n   R E ,   1 9 9 9 ,   A N N   E P I D E M I O L ,   V 9 ,   P 1 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 4 7 - 2 7 9 7 ( 9 8 ) 0 0 0 5 5 - 6 ;   R I M M   E B ,   1 9 9 2 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 3 5 ,   P 1 1 1 4 ;   S A C K S   F M ,   1 9 7 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 2 9 2 ,   P 1 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M 1 9 7 5 0 5 2 9 2 9 2 2 2 0 3 ;   S a t i j a   A ,   2 0 1 5 ,   P U B L I C   H E A L T H   N U T R ,   V 1 8 ,   P 3 0 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 3 6 8 9 8 0 0 1 5 0 0 0 3 1 2 ;   S c h e r n h a m m e r   E S ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 4 ,   P 2 0 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 5 5 - 9 9 6 5 . E P I - 0 5 - 0 0 5 9 ;   S u b b a r a o   P ,   2 0 1 5 ,   T H O R A X ,   V 7 0 ,   P 9 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / t h o r a x j n l - 2 0 1 5 - 2 0 7 2 4 6 ;   T h o m p s o n   A ,   2 0 0 9 ,   E U R   J   E P I D E M I O L ,   V 2 4 ,   P 7 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 6 5 4 - 0 0 9 - 9 4 1 2 - 1 ;   T h o m p s o n   J M D ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   N U T R ,   V 1 0 3 ,   P 1 6 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 0 0 0 7 1 1 4 5 0 9 9 9 3 6 0 6 ;   U . S .   D e p ' t   o f   H e a l t h   &   H u m a n   S e r v .   &   U . S .   D e p ' t   o f   A g r i c ,   2 0 1 5 ,   2 0 1 5   2 0 2 0   D I E T   G U I D ;   W a h i   G ,   2 0 1 3 ,   B M C   P U B L I C   H E A L T H ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 5 8 - 1 3 - 6 0 8 ;   W h i t e h e a d   N S ,   2 0 1 2 ,   A N N   E P I D E M I O L ,   V 2 2 ,   P 7 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a n n e p i d e m . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 4 ;   W i l l e t t   W ,   1 9 9 8 ,   M O N O G R A P H S   E P I D E M I O L ,   P 2 7 3 ;   W i l l e t t   W C ,   1 9 9 7 ,   A M   J   C L I N   N U T R ,   V 6 5 ,   P 1 2 2 0 ;   W I L L E T T   W C ,   1 9 9 2 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 6 8 ,   P 2 0 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 6 8 . 1 5 . 2 0 3 7 ;   W I L L E T T   W C ,   1 9 8 5 ,   A M   J   E P I D E M I O L ,   V 1 2 2 ,   P 5 1 ;   Y u d i n   J ,   1 9 6 7 ,   A m   J   C l i n   N u t r ,   V 2 0 ,   P 5 0 3 	 5 7 	 1 	 1 	 7 	 7 	 A M E R   S O C   N U T R I T I O N - A S N 	 B E T H E S D A 	 9 6 5 0   R O C K V I L L E   P I K E ,   B E T H E S D A ,   M D   2 0 8 1 4   U S A 	 0 0 2 2 - 3 1 6 6 	 1 5 4 1 - 6 1 0 0 	 	 J   N U T R 	 J .   N u t r . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 4 6 	 1 1 	 	 	 	 	 2 3 4 3 	 2 3 5 0 	 	 1 0 . 3 9 4 5 / j n . 1 1 6 . 2 3 6 7 2 9 	 	 8 	 N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 N u t r i t i o n   &   D i e t e t i c s 	 E B 3 X D 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 3 0 1 5 0 0 0 2 2 	 2 7 7 0 8 1 2 1 	 
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 U n i v e r s i t y   M e d i c a l   C e n t r e ,   I n s t i t u t e   o f   O n c o l o g y ,   L j u b l j a n a ,   S l o v e n i a .   T h a n k s   t o   M .   Z w i t t e r   a n d   M .   S o k l i c   f o r   p r o v i d i n g   t h e   d a t a .   W e   w a n t   t o   t h a n k   s p e c i a l l y   D r .   M .   D .   D e   l a s   P e n a s ,   o n c o l o g y   s p e c i a l i s t   i n   r a d i o t h e r a p y   a t   U n i v e r s i t y   H o s p i t a l   R e y   J u a n   C a r l o s ,   f o r   h e r   i m p o r t a n t   c o n t r i b u t i o n ,   s u p p o r t ,   a n d   c o m m e n t s   t o   o u r   s t u d y . 	 A g r a w a l   R . ,   1 9 9 4 ,   V L D B ,   P 4 8 7 ;   A l a m   M ,   2 0 1 5 ,   1 2   I N T   C   C O N C   L A T T   T ,   P 2 3 ;   A n d r e w s   S . ,   2 0 0 9 ,   I N T   C   C O N C   S T R U C T   I C ;   A n d r e w s   S ,   2 0 1 5 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 2 9 5 ,   P 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 1 4 . 1 0 . 0 1 1 ;   A R M S T R O N G   W W ,   1 9 7 4 ,   P   I F I P ,   V 7 4 ,   P 5 8 0 ;   B a c h   B ,   2 0 1 2 ,   F A C E T T I C E   I N T E G R A T I N ;   B a e n a   J M ,   2 0 1 2 ,   O N C O G U I A   H O S P   U   P U E R ;   B e r r y   A ,   2 0 0 7 ,   A N N   M A T H   A R T I F   I N T E L ,   V 4 9 ,   P 1 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 7 2 - 0 0 7 - 9 0 6 3 - 4 ;   B o r d a t   J . P . ,   1 9 8 6 ,   M A T H   S C I   H U M A I N E S ,   V 9 6 ,   P 3 1 ;   B o u l i c a u t   J . - F . ,   2 0 0 0 ,   F Q A S ,   P 4 2 5 ;   C h e i n   M ,   1 9 6 9 ,   B   M A T H   S O C   S C I   M A T H ,   V 1 ,   P 2 1 ;   C o r d e r o   P ,   2 0 0 2 ,   L E C T   N O T E S   A R T I F   I N T ,   V 2 5 2 7 ,   P 1 4 1 ;   D a v i l a   R ,   2 0 1 0 ,   C O N T R O V E R S I A S   R A D I O T ;   G a n t e r   B . ,   1 9 8 4 ,   2   B A S I C   A L G O R I T H M S   C ;   G a n t e r   B ,   1 9 9 7 ,   F O R M A L   C O N C E P T   A N A L ;   G a s m i   G ,   2 0 0 7 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 4 6 5 4 ,   P 2 9 3 ;   K r a j c a   P . ,   2 0 0 8 ,   C L A   2 0 0 8 ,   V 4 3 3 ,   P 7 1 ;   K r a j c a   P . ,   2 0 1 0 ,   P   C L A ,   P 3 2 5 ;   K u z n e t s o v   S O ,   2 0 0 2 ,   J   E X P   T H E O R   A R T I F   I N ,   V 1 4 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 9 5 2 8 1 3 0 2 1 0 1 6 4 1 7 0 ;   K U Z N E T S O V   S O ,   1 9 9 3 ,   N A U C H - T E K H N   I N F O R M   2 ,   P 1 7 ;   K u z n e t s o v   S .   O . ,   1 9 9 6 ,   J   M A T H   S C I ,   V 8 0 ,   P 1 6 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 3 6 2 8 4 7 ;   L i c h m a n   M . ,   2 0 1 3 ,   U C I   M A C H I N E   L E A R N I N G ;   L i n d i g   C h r i s t i a n ,   2 0 0 0 ,   W O R K I N G   C O N C E P T U A L   S ,   V 2 0 0 0 ,   P 1 5 2 ;   M a l g r a n g e   Y ,   1 9 6 1 ,   A P P L   C E R T   P R O B L   G R A P ,   P 2 3 1 ;   M a n n i l a   H . ,   1 9 9 4 ,   K N O W L E D G E   D I S C O V E R Y ,   P 1 8 1 ;   M i s s a o u i   R ,   2 0 1 0 ,   I N F E R E N C E   S Y S T E M   E X H ,   P 2 7 1 ;   M i s s a o u i   R ,   2 0 0 8 ,   G E N E R A T I N G   P O S I T I V E ,   P 1 6 9 ;   M i s s a o u i   R ,   2 0 1 2 ,   F U N D   I N F O R M ,   V 1 1 5 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / F I - 2 0 1 2 - 6 5 9 ;   M o r a   A ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C O M P U T   M A T H ,   V 8 9 ,   P 5 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 2 0 7 1 6 0 . 2 0 1 1 . 6 4 4 2 7 5 ;   N o r r i s   E .   M . ,   1 9 7 8 ,   R E V   R O U M A I N E   M A T H   P U ,   V 2 3 ,   P 2 4 3 ;   N o u r i n e   L ,   1 9 9 9 ,   I N F O R M   P R O C E S S   L E T T ,   V 7 1 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 2 0 - 0 1 9 0 ( 9 9 ) 0 0 1 0 8 - 8 ;   R o d r i g u e z - J i m e n e z   J M ,   2 0 1 4 ,   P R O C E D I A   C O M P U T   S C I ,   V 3 1 ,   P 7 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o c s . 2 0 1 4 . 0 5 . 3 2 5 ;   R o d r i g u e z - J i m e n e z   J   M ,   2 0 1 4 ,   C L A ,   P 2 6 7 ;   S t u m m e   G ,   2 0 0 2 ,   D A T A   K N O W L   E N G ,   V 4 2 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 9 - 0 2 3 X ( 0 2 ) 0 0 0 5 7 - 5 ;   v a n   d e r s M e r w e   D ,   2 0 0 4 ,   2   I N T   C   F O R M   C O N C   A N ,   P 3 7 2 ;   V i l l e r d   J ,   2 0 0 8 ,   I C C S   S ,   P 4 1 ;   W i l l e   R ,   2 0 0 2 ,   J   E X P   T H E O R   A R T I F   I N ,   V 1 4 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 9 5 2 8 1 3 0 2 1 0 1 6 4 1 6 1 ;   W i l l e   R . ,   1 9 8 2 ,   O R D E R E D   S E T S ,   P 4 4 5 	 3 8 	 1 	 1 	 1 4 	 1 4 	 W I L E Y 	 H O B O K E N 	 1 1 1   R I V E R   S T ,   H O B O K E N   0 7 0 3 0 - 5 7 7 4 ,   N J   U S A 	 0 1 7 0 - 4 2 1 4 	 1 0 9 9 - 1 4 7 6 	 	 M A T H   M E T H O D   A P P L   S C I 	 M a t h .   M e t h .   A p p l .   S c i . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 3 9 	 1 6 	 	 	 	 	 4 8 2 9 	 4 8 4 5 	 	 1 0 . 1 0 0 2 / m m a . 3 8 1 4 	 	 1 7 	 M a t h e m a t i c s ,   A p p l i e d 	 M a t h e m a t i c s 	 D Z 3 B T 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 7 1 9 5 0 0 0 1 6 	 	 
 
 J 	 Y a n g ,   S Y ;   C h e n ,   X Q ;   P a n ,   Y L ;   Y u ,   J K ;   L i ,   X ;   M a ,   S L 	 	 	 	 Y a n g ,   S h a o y u ;   C h e n ,   X u e q i n ;   P a n ,   Y u e l o n g ;   Y u ,   J i e k a i ;   L i ,   X i n ;   M a ,   S h e n g l i n 	 	 	 P r o t e i n s   a s s o c i a t e d   w i t h   E G F R - T K I s   r e s i s t a n c e   i n   p a t i e n t s   w i t h   n o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r   r e v e a l e d   b y   m a s s   s p e c t r o m e t r y 	 M O L E C U L A R   M E D I C I N E   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 n o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r ;   e p i d e r m a l   g r o w t h   f a c t o r   r e c e p t o r   t y r o s i n e   k i n a s e   i n h i b i t o r s ;   m a t r i x - a s s i s t e d   l a s e r   d e s o r p t i o n / i o n i z a t i o n - t i m e   o f   f l i g h t - m a s s   s p e c t r o m e t r y ;   p r e d i c t i v e   m o d e l 	 T Y R O S I N E - K I N A S E   I N H I B I T O R S ;   S E L D I - T O F - M S ;   A C Q U I R E D - R E S I S T A N C E ;   E X P R E S S I O N ;   A P E L I N ;   R E C E P T O R ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   E N D O T H E L I N - 1 ;   G E F I T I N I B ;   P L A S M A 	 T h e   p r e s e n t   s t u d y   a i m e d   t o   i d e n t i f y   p o t e n t i a l   s e r u m   b i o m a r k e r s   f o r   p r e d i c t i n g   t h e   c l i n i c a l   o u t c o m e s   o f   p a t i e n t s   w i t h   a d v a n c e d   n o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r   ( N S C L C )   t r e a t e d   w i t h   e p i d e r m a l   g r o w t h   f a c t o r   r e c e p t o r   t y r o s i n e   k i n a s e   i n h i b i t o r s   ( E G F R - T K I s ) .   A   t o t a l   o f   6 1   s a m p l e s   w e r e   c o l l e c t e d   a n d   a n a l y z e d   u s i n g   t h e   i n t e g r a t e d   a p p r o a c h   o f   m a g n e t i c   b e a d - b a s e d  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 A r t i m o   P ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p W 5 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 4 0 0 ;   A r u n   C ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   B I O L   M A R K E R ,   V 1 9 ,   P 2 6 2 ;   B a g n a t o   A ,   2 0 1 1 ,   B R I T   J   P H A R M A C O L ,   V 1 6 3 ,   P 2 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 6 - 5 3 8 1 . 2 0 1 1 . 0 1 2 1 7 . x ;   B e r t a   J ,   2 0 1 0 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 5 ,   P 1 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / J T O . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 e 2 c 1 f f ;   B o u c h o n   A ,   2 0 0 1 ,   J   E X P   M E D ,   V 1 9 4 ,   P 1 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 4 / j e m . 1 9 4 . 8 . 1 1 1 1 ;   C a s t a n - L a u r e l l   I ,   2 0 1 1 ,   E N D O C R I N E ,   V 4 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 2 0 - 0 1 1 - 9 5 0 7 - 9 ;   C h e n   M C ,   2 0 1 3 ,   C E L L   D E A T H   D I S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d i s . 2 0 1 3 . 3 3 0 ;   d e   N o o   M E ,   2 0 0 6 ,   O N K O L O G I E ,   V 2 9 ,   P 5 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 0 9 5 9 3 3 ;   F u k u i   T ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 4 7 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 7 - 5 2 0 7 ;   F u k u o k a   M ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 2 2 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 3 . 1 0 . 0 3 8 ;   F u n g   E T ,   2 0 0 0 ,   C U R R   O P I N   M O L   T H E R ,   V 2 ,   P 6 4 3 ;   H a s h i d a   S ,   2 0 1 5 ,   O N C O L   R E P ,   V 3 3 ,   P 1 4 9 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o r . 2 0 1 5 . 3 7 3 5 ;   J a c k m a n   D ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 3 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 9 . 2 4 . 7 0 4 9 ;   K r i s t   J ,   2 0 1 3 ,   O B E S I T Y   F A C T S ,   V 6 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 3 4 8 6 6 7 ;   K v a p p e r s   M H ,   2 0 1 1 ,   H Y P E R T E N S I O N ,   V 5 8 ,   P 2 9 5 ;   L e e   D H ,   2 0 0 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 1 ,   P 3 0 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 4 - 2 1 4 9 ;   L e e   D K ,   2 0 0 0 ,   J   N E U R O C H E M ,   V 7 4 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 4 7 1 - 4 1 5 9 . 2 0 0 0 . 0 7 4 0 0 3 4 . x ;   L i n   Y X ,   2 0 1 4 ,   A M   J   C A N C E R   R E S ,   V 4 ,   P 4 1 1 ;   L i u   L H ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C H E M   L A B   M E D ,   V 4 8 ,   P 8 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / C C L M . 2 0 1 0 . 1 3 8 ;   L i u   Q ,   2 0 1 2 ,   C H E M   C O M M U N ,   V 4 8 ,   P 1 8 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 2 c c 1 6 8 9 1 j ;   M a   J ,   2 0 1 5 ,   M O L   N E U R O B I O L ,   V 5 1 ,   P 8 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 3 5 - 0 1 4 - 8 8 1 1 - 9 ;   M a n t i n i   D ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M I C S ,   V 7 3 ,   P 5 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o t . 2 0 0 9 . 1 1 . 0 0 4 ;   M e n d e l s o h n   J ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 1 ,   P 2 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 0 3 . 0 1 . 5 0 4 ;   M i l a n   E ,   2 0 1 2 ,   J   P R O T E O M I C S ,   V 7 6 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p r o t . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 2 2 ;   M o u n t a i n   C F ,   1 9 9 7 ,   C H E S T ,   V 1 1 1 ,   P 1 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 1 1 1 . 6 . 1 7 1 0 ;   O K E N   M M ,   1 9 8 2 ,   A M   J   C L I N   O N C O L - C A N C ,   V 5 ,   P 6 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 0 4 2 1 - 1 9 8 2 1 2 0 0 0 - 0 0 0 1 4 ;   P a e z   J G ,   2 0 0 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 4 ,   P 1 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 9 9 3 1 4 ;   R o b e r t s   J R ,   2 0 0 3 ,   L A N C E T ,   V 3 6 2 ,   P 4 3 3 ;   R o s a n o   L ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 6 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 5 4 6 ;   S f a k i a n a k i s   S ,   2 0 1 4 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 8 ,   P 7 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 3 . 2 2 9 5 2 6 2 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 2 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 2 ,   P 1 0 ,   D O I   [ 1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 4 9 ,   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 0 1 3 8 ,   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 5 3 ] ;   S k y t t   A ,   2 0 0 7 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 1 ,   P 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 2 7 2 2 ;   S o n g   Q B ,   2 0 1 1 ,   A C T A   P H A R M A C O L   S I N ,   V 3 2 ,   P 1 5 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / a p s . 2 0 1 1 . 1 3 7 ;   S o r l i   S C ,   2 0 0 7 ,   O N C O G E N E ,   V 2 6 ,   P 7 6 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 1 0 5 7 3 ;   S p i n e l l a   F ,   2 0 1 3 ,   J   M O L   M E D ,   V 9 1 ,   P 3 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 0 9 - 0 1 2 - 0 9 5 6 - 2 ;   T a k a k i   R ,   2 0 0 6 ,   I M M U N O L   R E V ,   V 2 1 4 ,   P 1 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 6 5 X . 2 0 0 6 . 0 0 4 6 6 . x ;   W e b e r   B ,   2 0 1 4 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 4 - 2 9 4 ;   Y a n g   J J ,   2 0 1 3 ,   L U N G   C A N C E R ,   V 7 9 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l u n g c a n . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 1 6 ;   Z h a n g   L ,   2 0 1 4 ,   C L I N   E X P   M E D ,   V 1 4 ,   P 4 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 2 3 8 - 0 1 3 - 0 2 5 3 - 6 ;   Z u c o   V ,   2 0 1 5 ,   B I O C H E M   P H A R M A C O L ,   V 9 4 ,   P 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b c p . 2 0 1 5 . 0 1 . 0 0 2 	 4 2 	 0 	 0 	 4 	 4 	 S P A N D I D O S   P U B L   L T D 	 A T H E N S 	 P O B   1 8 1 7 9 ,   A T H E N S ,   1 1 6   1 0 ,   G R E E C E 	 1 7 9 1 - 2 9 9 7 	 1 7 9 1 - 3 0 0 4 	 	 M O L   M E D   R E P 	 M o l .   M e d .   R e p . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 4 	 5 	 	 	 	 	 4 8 2 3 	 4 8 2 9 	 	 1 0 . 3 8 9 2 / m m r . 2 0 1 6 . 5 8 2 3 	 	 7 	 O n c o l o g y ;   M e d i c i n e ,   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l 	 O n c o l o g y ;   R e s e a r c h   &   E x p e r i m e n t a l   M e d i c i n e 	 E B 3 D D 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 2 4 1 6 0 0 1 0 5 	 2 7 7 4 8 8 6 6 	 
 
 J 	 P a n k r a t z ,   D G ;   H u ,   Z Z ;   K i m ,   S Y ;   M o n r o e ,   R J ;   W o n g ,   M G ;   T r a w e e k ,   S T ;   K l o o s ,   R T ;   W a l s h ,   P S ;   K e n n e d y ,   G C 	 	 	 	 P a n k r a t z ,   D a n i e l   G . ;   H u ,   Z h a n z h i ;   K i m ,   S u   Y e o n ;   M o n r o e ,   R o b e r t   J . ;   W o n g ,   M e i   G . ;   T r a w e e k ,   S .   T h o m a s ;   K l o o s ,   R i c h a r d   T . ;   W a l s h ,   P .   S e a n ;   K e n n e d y ,   G i u l i a   C . 	 	 	 A n a l y t i c a l   P e r f o r m a n c e   o f   a   G e n e   E x p r e s s i o n   C l a s s i f i e r   f o r   M e d u l l a r y   T h y r o i d   C a r c i n o m a 	 T H Y R O I D 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 a n a l y t i c a l   v e r i f i c a t i o n ;   m e d u l l a r y   t h y r o i d   c a r c i n o m a ;   f i n e - n e e d l e   a s p i r a t i o n   b i o p s y ;   g e n e   e x p r e s s i o n   c l a s s i f i e r ;   m o l e c u l a r   d i a g n o s t i c 	 F I N E - N E E D L E - A S P I R A T I O N ;   P R E O P E R A T I V E   D I A G N O S I S ;   S E R U M   C A L C I T O N I N ;   I N D E T E R M I N A T E   C Y T O L O G Y ;   A S S O C I A T I O N   G U I D E L I N E S ;   P R E D I C T I V E - V A L U E ;   C A N C E R ;   N O D U L E S ;   M A N A G E M E N T ;   I M P A C T 	 B a c k g r o u n d :   T h e   a i m   o f   t h i s   s t u d y   w a s   t o   d e m o n s t r a t e   t h e   a n a l y t i c a l   v a l i d i t y   o f   a n   R N A   c l a s s i f i e r   f o r   m e d u l l a r y   t h y r o i d   c a r c i n o m a   ( M T C ) .   M e t h o d s :   F r e s h - f r o z e n   t i s s u e   s p e c i m e n s   w e r e   o b t a i n e d   f r o m   c o m m e r c i a l   s o u r c e s ,   a n d   M T C   d i a g n o s e s   w e r e   c o n f i r m e d   b y   h i s t o p a t h o l o g y   r e v i e w .   D e - i d e n t i f i e d   p a t i e n t   f i n e - n e e d l e  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 C o u r t , S u i t e   3 0 0 ,   S a n   F r a n c i s c o ,   C A   9 4 0 8 0   U S A . 	 g i u l i a @ v e r a c y t e . c o m 	 	 	 V e r a c y t e ,   I n c . ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e 	 T h e   a u t h o r s   t h a n k   J a m e s   D i g g a n s   f o r   a n a l y t i c a l   s u p p o r t ,   S h a r l e n e   V e l i c h k o   f o r   t e c h n i c a l   a s s i s t a n c e   w i t h   t i s s u e   s e c t i o n i n g ,   A m b i k a   S o p o r y   a n d   M a r y a m   H o s s e i n i   f o r   s a m p l e   p r o c e s s i n g ,   L y s s a   F r i e d m a n   f o r   s a m p l e   p r o c u r e m e n t ,   a n d   M o r a i m a   P a g a n   f o r   m a n u s c r i p t   a s s i s t a n c e .   T h i s   s t u d y   w a s   f u n d e d   b y   V e r a c y t e ,   I n c .   S e l e c t   t i s s u e   s a m p l e s   w e r e   p r o v i d e d   b y   t h e   C o o p e r a t i v e   H u m a n   T i s s u e   N e t w o r k ,   w h i c h   i s   f u n d e d   b y   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e . 	 A l e x a n d e r   E K ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 7 ,   P 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 0 3 2 0 8 ;   A s c h e b r o o k - K i l f o y   B ,   2 0 1 1 ,   T H Y R O I D ,   V 2 1 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 2 0 1 0 . 0 0 2 1 ;   A s h b u r n e r   M ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 5 ,   P 2 5 ;   B a l o c h   Z W ,   2 0 0 1 ,   A M   J   C L I N   P A T H O L   S 1 ,   V 1 1 5 ,   P 5 6 ;   B u g a l h o   M J M ,   2 0 0 5 ,   J   S U R G   O N C O L ,   V 9 1 ,   P 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s o . 2 0 2 6 9 ;   C h o i   N ,   2 0 1 1 ,   A C T A   R A D I O L ,   V 5 2 ,   P 3 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 2 5 8 / a r . 2 0 1 0 . 1 0 0 2 4 7 ;   C h u d o v a   D ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 5 ,   P 5 2 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 1 0 - 1 0 8 7 ;   C i b a s   E S ,   2 0 0 9 ,   A M   J   C L I N   P A T H O L ,   V 1 3 2 ,   P 6 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 0 9 / A J C P P H L W M I 3 J V 4 L A ;   C o s t a n t e   G ,   2 0 0 7 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 2 ,   P 4 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 0 6 - 1 5 9 0 ;   C o s t a n t e   G ,   2 0 0 9 ,   N A T   C L I N   P R A C T   E N D O C ,   V 5 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c p e n d m e t 1 0 2 3 ;   D u s t i n   S M ,   2 0 1 2 ,   D I A G N   C Y T O P A T H O L ,   V 4 0 ,   P 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / d c . 2 1 8 0 2 ;   E l i s e i   R ,   2 0 0 4 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 8 9 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 0 3 - 0 3 0 5 5 0 ;   E s s i g   G F ,   2 0 1 3 ,   E N D O C R   P R A C T ,   V 1 9 ,   P 9 2 0 ,   D O I   1 0 . 4 1 5 8 / E P 1 3 1 4 3 . O R ;   H a u g e n   B R ,   2 0 1 6 ,   T H Y R O I D ,   V 2 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 2 0 1 5 . 0 0 2 0 ;   H u n d a h l   S A ,   1 9 9 8 ,   C A N C E R ,   V 8 3 ,   P 2 6 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 8 1 2 1 5 ) 8 3 : 1 2 < 2 6 3 8 : : A I D - C N C R 3 1 > 3 . 0 . C O ; 2 - 1 ;   K e r r   S E ,   2 0 1 4 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 2 7 ,   P 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m o d p a t h o l . 2 0 1 3 . 1 0 5 ;   K l o o s   R T ,   2 0 1 6 ,   T H Y R O I D ,   V 2 6 ,   P 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 2 0 1 6 . 0 0 0 1 ;   K u d o   T ,   2 0 0 7 ,   T H Y R O I D ,   V 1 7 ,   P 6 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 2 0 0 6 . 0 3 3 8 ;   L e w   J I ,   2 0 1 1 ,   J   A M   C O L L   S U R G E O N S ,   V 2 1 3 ,   P 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a m c o l l s u r g . 2 0 1 1 . 0 4 . 0 2 9 ;   M o u r a   M M ,   2 0 1 5 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 2 2 ,   p R 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E R C - 1 5 - 0 0 7 0 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   N C C N   C L I N   P R A C T I C E   G ;   P a g a n   M ,   2 0 1 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 - 0 1 5 - 0 8 4 9 - 9 ;   P a n i g r a h i   B ,   2 0 1 0 ,   A N N   S U R G   O N C O L ,   V 1 7 ,   P 1 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 5 / s 1 0 4 3 4 - 0 1 0 - 1 0 1 7 - 0 ;   P e r r o s   P ,   2 0 1 4 ,   C L I N   E N D O C R I N O L ,   V 8 1 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c e n . 1 2 5 1 5 ;   R o b i n s o n   M D ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 8 - 4 4 9 ;   R o s a r i o   P W ,   2 0 1 3 ,   A R Q   B R A S   E N D O C R I N O L ,   V 5 7 ,   P 2 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 0 0 0 4 - 2 7 3 0 2 0 1 3 0 0 0 4 0 0 0 0 2 ;   R o s s   D S ,   2 0 1 5 ,   U P T O D A T E   U P T O D A T E ;   S h a h   S S ,   2 0 0 9 ,   C Y T O J O U R N A L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 1 7 4 2 - 6 4 1 3 . 4 5 1 9 1 ;   S u n   F ,   2 0 1 0 ,   Q U A L I T Y   R E G U L A T I O N   C ;   T e u t s c h   S M ,   2 0 0 9 ,   G E N E T   M E D ,   V 1 1 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / G I M . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 1 8 4 1 3 7 c ;   T r i m b o l i   P ,   2 0 1 5 ,   C L I N   E N D O C R I N O L ,   V 8 2 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / c e n . 1 2 5 6 3 ;   W a l s h   P S ,   2 0 1 2 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 7 ,   p E 2 2 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 1 2 - 1 9 2 3 ;   W e l l s   S A ,   2 0 1 5 ,   T H Y R O I D ,   V 2 5 ,   P 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 2 0 1 4 . 0 3 3 5 ;   W i r t h   L J ,   2 0 1 3 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 8 ,   P 6 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M c p c 1 2 1 0 0 8 0 	 3 4 	 0 	 0 	 5 	 5 	 M A R Y   A N N   L I E B E R T ,   I N C 	 N E W   R O C H E L L E 	 1 4 0   H U G U E N O T   S T R E E T ,   3 R D   F L ,   N E W   R O C H E L L E ,   N Y   1 0 8 0 1   U S A 	 1 0 5 0 - 7 2 5 6 	 1 5 5 7 - 9 0 7 7 	 	 T H Y R O I D 	 T h y r o i d 	 N O V 	 2 0 1 6 	 2 6 	 1 1 	 	 	 	 	 1 5 7 3 	 1 5 8 0 	 	 1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 2 0 1 6 . 0 2 6 2 	 	 8 	 E n d o c r i n o l o g y   &   M e t a b o l i s m 	 E n d o c r i n o l o g y   &   M e t a b o l i s m 	 E B 2 U G 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 2 1 7 5 0 0 0 0 7 	 2 7 6 0 5 2 5 9 	 
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 J 	 B i b a u l t ,   J E ;   G i r a u d ,   P ;   B u r g u n ,   A 	 	 	 	 B i b a u l t ,   J e a n - E m m a n u e l ;   G i r a u d ,   P h i l i p p e ;   B u r g u n ,   A n i t a 	 	 	 B i g   D a t a   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   i n   r a d i a t i o n   o n c o l o g y :   S t a t e   o f   t h e   a r t   a n d   f u t u r e   p r o s p e c t s 	 C A N C E R   L E T T E R S 	 	 	 E n g l i s h 	 R e v i e w 	 	 	 	 	 	 R a d i a t i o n   o n c o l o g y ;   B i g   D a t a ;   P r e d i c t i v e   m o d e l ;   M a c h i n e   l e a r n i n g 	 A R T I F I C I A L   N E U R A L - N E T W O R K ;   S E E R   C A N C E R   R E G I S T R I E S ;   L U N G - C A N C E R ;   D O S E - V O L U M E ;   I N D U C E D   P N E U M O N I T I S ;   P R E C I S I O N   M E D I C I N E ;   B R E A S T - C A N C E R ;   N E C K - C A N C E R ;   T H E R A P Y ;   R A D I O T H E R A P Y 	 P r e c i s i o n   m e d i c i n e   r e l i e s   o n   a n   i n c r e a s i n g   a m o u n t   o f   h e t e r o g e n e o u s   d a t a .   A d v a n c e s   i n   r a d i a t i o n   o n c o l o g y ,   t h r o u g h   t h e   u s e   o f   C T   S c a n ,   d o s i m e t r y   a n d   i m a g i n g   p e r f o r m e d   b e f o r e   e a c h   f r a c t i o n ,   h a v e   g e n e r a t e d   a   c o n s i d e r a b l e   f l o w   o f   d a t a   t h a t   n e e d s   t o   b e   i n t e g r a t e d .   I n   t h e   s a m e   t i m e ,   E l e c t r o n i c   H e a l t h   R e c o r d s   n o w   p r o v i d e   p h e n o t y p i c   p r o f i l e s   o f   l a r g e   c o h o r t s   o f   p a t i e n t s   t h a t   c o u l d   b e   c o r r e l a t e d   t o   t h i s   i n f o r m a t i o n .   I n   t h i s   r e v i e w ,   w e   d e s c r i b e   m e t h o d s   t h a t   c o u l d   b e   u s e d   t o   c r e a t e   i n t e g r a t i v e   p r e d i c t i v e   m o d e l s   i n   r a d i a t i o n   o n c o l o g y .   P o t e n t i a l   u s e s   o f   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d s   s u c h   a s   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ,   a r t i f i c i a l   n e u r a l   n e t w o r k s ,   a n d   d e e p   l e a r n i n g   a r e   a l s o   d i s c u s s e d .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   I r e l a n d   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ B i b a u l t ,   J e a n - E m m a n u e l ;   G i r a u d ,   P h i l i p p e ]   P a r i s   D e s c a r t e s   U n i v ,   G e o r g e s   P o m p i d o u   E u r o p e a n   H o s p ,   A P   H P ,   S o r b o n n e   P a r i s   C i t e , R a d i a t   O n c o l   D e p t ,   P a r i s ,   F r a n c e ;   [ B i b a u l t ,   J e a n - E m m a n u e l ;   B u r g u n ,   A n i t a ]   P a r i s   D e s c a r t e s   U n i v ,   S o r b o n n e   P a r i s   C i t e ,   I N S E R M ,   T e a m   I n f o r m a t   S c i   S u p p o r t   P e r s o n a l i z e d   M e d   2 2 , U M R ,   P a r i s ,   F r a n c e ;   [ B u r g u n ,   A n i t a ]   P a r i s   D e s c a r t e s   U n i v ,   G e o r g e s   P o m p i d o u   E u r o p e a n   H o s p ,   A P   H P ,   S o r b o n n e   P a r i s   C i t e , B i o m e d   I n f o r m a t   &   P u b l   H l t h   D ,   P a r i s ,   F r a n c e 	 B i b a u l t ,   J E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   P a r i s   D e s c a r t e s   U n i v ,   G e o r g e s   P o m p i d o u   E u r o p e a n   H o s p ,   A P   H P ,   S o r b o n n e   P a r i s   C i t e , R a d i a t   O n c o l   D e p t ,   P a r i s ,   F r a n c e . ;   B i b a u l t ,   J E   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   P a r i s   D e s c a r t e s   U n i v ,   S o r b o n n e   P a r i s   C i t e ,   I N S E R M ,   T e a m   I n f o r m a t   S c i   S u p p o r t   P e r s o n a l i z e d   M e d   2 2 , U M R ,   P a r i s ,   F r a n c e . 	 j e a n - e m m a n u e l . b i b a u l t @ a p h p . f r 	 	 	 	 	 A b e r n e t h y   A P ,   2 0 1 0 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 8 ,   P 4 2 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 0 . 2 8 . 5 4 7 8 ;   A p p e n z o l l e r   L M ,   2 0 1 2 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 9 ,   P 7 4 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 7 6 1 8 6 4 ;   B i b a u l t   J E ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R   M E T A S T   R E V ,   V 3 2 ,   P 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 5 - 0 1 3 - 9 4 1 9 - 7 ;   B r y c e   T J ,   1 9 9 8 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 4 1 ,   P 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 6 0 - 3 0 1 6 ( 9 8 ) 0 0 0 1 6 - 9 ;   C a n u e l   V ,   2 0 1 5 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 6 ,   P 2 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b u 0 0 6 ;   C h e n   C S ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   M E T A S T   R E V ,   V 3 4 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 5 - 0 1 5 - 9 5 5 5 - 3 ;   C h e n   R C ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 5 ,   P 8 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 5 2 ;   C h e n   S F ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 3 4 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 7 5 9 6 0 1 ;   C h e n   S ,   2 0 0 7 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 4 ,   P 3 8 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 2 7 7 6 6 6 9 ;   C r u z   J o s e p h   A ,   2 0 0 7 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 2 ,   P 5 9 ;   D a r b y   S C ,   2 0 0 5 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 6 ,   P 5 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 0 5 ) 7 0 2 5 1 - 5 ;   d e   G o n z a l e z   A B ,   2 0 1 1 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 2 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 1 ) 7 0 0 6 1 - 4 ;   D e n i s   F . ,   2 0 1 5 ,   A M   J   C L I N   O N C O L - C A N C ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 9 7 / C O C . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / C O C . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 8 9 ] ;   D u   X L ,   1 9 9 9 ,   J   C L I N   E P I D E M I O L ,   V 5 2 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 8 9 5 - 4 3 5 6 ( 9 9 ) 0 0 0 1 1 - 6 ;   E l   N a q a   I ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 6 4 ,   P 1 2 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 2 2 ;   F a l c h o o k   A .   D . ,   2 0 1 6 ,   A D V   R A D I A T   O N C O L ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . a d r o . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . A D R O . 2 0 1 6 . 0 2 . 0 0 1 . ] ;   G e i f m a n   N o p h a r ,   2 0 1 6 ,   P a c   S y m p   B i o c o m p u t ,   V 2 1 ,   P 3 0 9 ;   G e o r g a k i l a s   A G ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   L E T T ,   V 3 6 8 ,   P 1 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 2 1 ;   G u l l i f o r d   S L ,   2 0 0 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 7 1 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 0 3 . 0 3 . 0 0 1 ;   G u o   Y a n r o n g ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T r a n s   M e d   I m a g i n g ,   V 3 5 ,   P 1 0 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 5 0 8 2 8 0 ;   H a y a s h i d a   Y ,   2 0 0 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 1 ,   P 8 0 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 5 - 0 6 5 6 ;   H o d i   F S ,   2 0 1 0 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 3 ,   P 7 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 0 0 3 4 6 6 ;   H u a   K L ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T S   T H E R ,   V 8 ,   P 2 0 1 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 4 7 / O T T . S 8 0 7 3 3 ;   H u s e r   V . ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . I J R O B P . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 6 0 . ] ;   K a n g   J ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 9 3 ,   P 1 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 5 . 0 7 . 2 2 8 6 ;   K l e m e n t   R J ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 8 ,   P 7 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 3 . 1 1 . 2 1 6 ;   K o h a n e   I S ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 7 ,   P 2 5 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M e 1 2 1 3 3 7 1 ;   K o u r o u   K ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   S T R U C T   B I O T E C ,   V 1 3 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s b j . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 0 5 ;   L a m b i n   P ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C L I N   O N C O L ,   V 1 0 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c l i n o n c . 2 0 1 2 . 1 9 6 ;   L A N G L E Y   P ,   1 9 9 2 ,   A A A I - 9 2   P R O C E E D I N G S   :   T E N T H   N A T I O N A L   C O N F E R E N C E   O N   A R T I F I C I A L   I N T E L L I G E N C E ,   P 2 2 3 ;   L a n g l e y   P ,   1 9 9 4 ,   P   1 0   C   U N C   A R T   I N T ,   P 3 9 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / B 9 7 8 - 1 - 5 5 8 6 0 - 3 3 2 - 5 . 5 0 0 5 5 - 9 ;   L e   Q T ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   M E T A S T   R E V ,   V 2 7 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 5 - 0 0 8 - 9 1 4 4 - 9 ;   L e C u n   Y ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 1 ,   P 4 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 4 5 3 9 ;   L e e   T F ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 6 2 1 7 ;   L e e   T F ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 9 7 0 0 ;   L e h m a n n   C   U ,   2 0 1 4 ,   Y e a r b   M e d   I n f o r m ,   V 9 ,   P 6 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 6 5 / I Y - 2 0 1 4 - 0 0 3 0 ;   L i   M ,   2 0 1 0 ,   L   N   I N S T   C O M P   S C I   S O ,   V 5 0 ,   P 8 9 ;   M a r d i s   E R ,   2 0 1 1 ,   N A T U R E ,   V 4 7 0 ,   P 1 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 9 7 9 6 ;   M e t z k e r   M L ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   G E N E T ,   V 1 1 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r g 2 6 2 6 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   S Y S T   N O M   M E D   C L I N   T E ;   O c h i   T a k a s h i ,   2 0 0 2 ,   I n t   J   C l i n   O n c o l ,   V 7 ,   P 2 9 4 ;   O k u n i e f f   P ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R   M E T A S T   R E V ,   V 2 7 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 5 - 0 0 8 - 9 1 3 8 - 7 ;   P a e z   J G ,   2 0 0 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 4 ,   P 1 4 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 9 9 3 1 4 ;   P a r o d i   S ,   2 0 1 6 ,   M E T H O D S   M O L   B I O L ,   V 1 3 8 6 ,   P 1 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 3 2 8 3 - 2 _ 1 0 ;   P A T R I C K   E A ,   1 9 7 0 ,   I N F O R M   C O N T R O L ,   V 1 6 ,   P 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 9 - 9 9 5 8 ( 7 0 ) 9 0 0 8 1 - 1 ;   P e l l a   A ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 2 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 8 2 9 4 7 ;   P e t i t   S F ,   2 0 1 2 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 0 2 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 1 . 0 5 . 0 2 5 ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   1 9 8 6 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 1 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 3 2 0 4 8 7 7 ;   R a i n a   R . ,   2 0 0 9 ,   P   2 6   A N N   I N T   C   M A C H ,   P 8 7 3 ,   D O I   [ D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 5 5 3 3 7 4 . 1 5 5 3 4 8 6 ,   1 0 . 1 1 4 5 / 1 5 5 3 3 7 4 . 1 5 5 3 4 8 6 ] ;   R o b e r t s o n   S P ,   2 0 1 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 4 2 ,   P 4 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 4 9 2 2 6 8 6 ;   R u m e l h a r t   D . ,   1 9 8 6 ,   P A R A L L E L   D I S T R I B U T E D ;   S a v a g e   N ,   2 0 1 5 ,   N A T U R E ,   V 5 2 7 ,   p S 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 5 2 7 S 1 2 a ;   S e r v a n t   N ,   2 0 1 4 ,   F R O N T   G E N E T ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 4 . 0 0 1 5 2 ;   S o m o r j a i   R L ,   2 0 0 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 9 ,   P 1 4 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t g 1 8 2 ;   S o n g   Y . ,   2 0 1 5 ,   O N C O T A R G E T ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 6 7 6 4 ;   S u   M ,   2 0 0 5 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 2 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 1 8 3 5 6 1 1 ;   T o m a t i s   S ,   2 0 1 2 ,   P H Y S   M E D   B I O L ,   V 5 7 ,   P 1 3 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 0 3 1 - 9 1 5 5 / 5 7 / 5 / 1 3 9 9 ;   V a p n i k   V . ,   1 9 8 2 ,   E S T I M A T I O N   D E P E N D E N C ;   V i r n i g   B A ,   2 0 0 2 ,   M E D   C A R E ,   V 4 0 ,   P 4 9 ;   W u   B B ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 8 4 ,   p E 6 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 4 7 ;   W u   B B ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 9 ,   P 1 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 1 0 . 0 5 . 0 2 6 ;   Z h u   X F ,   2 0 1 1 ,   M E D   P H Y S ,   V 3 8 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 8 / 1 . 3 5 3 9 7 4 9 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 5 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 6 ,   P 5 6 7 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 3 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / N B T . 3 2 6 6 ] 	 6 3 	 2 	 2 	 4 3 	 4 4 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 0 3 0 4 - 3 8 3 5 	 1 8 7 2 - 7 9 8 0 	 	 C A N C E R   L E T T 	 C a n c e r   L e t t . 	 N O V   1 	 2 0 1 6 	 3 8 2 	 1 	 	 	 	 	 1 1 0 	 1 1 7 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n l e t . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 3 3 	 	 8 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E A 9 S U 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 9 8 5 8 0 0 0 1 2 	 2 7 2 4 1 6 6 6 	 
 
 J 	 B a i ,   M ;   D i x o n ,   J ;   W i l l i a m s ,   A L ;   J e o n ,   S ;   L a z e n b y ,   M ;   M c C o r k l e ,   R 	 	 	 	 B a i ,   M e i ;   D i x o n ,   J a n e ;   W i l l i a m s ,   A n n a - l e i l a ;   J e o n ,   S a n g c h o o n ;   L a z e n b y ,   M a r k ;   M c C o r k l e ,   R u t h 	 	 	 E x p l o r i n g   t h e   i n d i v i d u a l   p a t t e r n s   o f   s p i r i t u a l   w e l l - b e i n g   i n   p e o p l e   n e w l y   d i a g n o s e d   w i t h   a d v a n c e d   c a n c e r :   a   c l u s t e r   a n a l y s i s 	 Q U A L I T Y   O F   L I F E   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 S p i r i t u a l   w e l l - b e i n g ;   S p i r i t u a l i t y ;   Q u a l i t y   o f   l i f e ;   F a i t h ;   C a n c e r ;   C l u s t e r   a n a l y s i s 	 Q U A L I T Y - O F - L I F E ;   F U N C T I O N A L   A S S E S S M E N T ;   S U P P O R T I V E   C A R E ;   P S Y C H O L O G Y ;   S C A L E ;   Q U E S T I O N N A I R E S ;   O N C O L O G Y ;   P E A C E 	 R e s e a r c h   s h o w s   t h a t   s p i r i t u a l   w e l l - b e i n g   c o r r e l a t e s   p o s i t i v e l y   w i t h   q u a l i t y   o f   l i f e   ( Q O L )   f o r   p e o p l e   w i t h   c a n c e r ,   w h e r e a s   c o n t r a d i c t o r y   f i n d i n g s   a r e   f r e q u e n t l y   r e p o r t e d   w i t h   r e s p e c t   t o   t h e   d i f f e r e n t i a t e d   a s s o c i a t i o n s   b e t w e e n   d i m e n s i o n s   o f   s p i r i t u a l   w e l l - b e i n g ,   n a m e l y   p e a c e ,   m e a n i n g   a n d   f a i t h ,   a n d   Q O L .   T h i s   s t u d y   a i m e d   t o   e x a m i n e   i n d i v i d u a l   p a t t e r n s   o f   s p i r i t u a l   w e l l - b e i n g   a m o n g   p a t i e n t s   n e w l y   d i a g n o s e d   w i t h   a d v a n c e d   c a n c e r .   C l u s t e r   a n a l y s i s   w a s   b a s e d   o n   t h e   t w e l v e   i t e m s   o f   t h e   1 2 - i t e m   F u n c t i o n a l   A s s e s s m e n t   o f   C h r o n i c   I l l n e s s   T h e r a p y - S p i r i t u a l   W e l l - B e i n g   S c a l e   a t   T i m e   1 .   A   c o m b i n a t i o n   o f   h i e r a r c h i c a l   a n d   k - m e a n s   ( n o n - h i e r a r c h i c a l )   c l u s t e r i n g   m e t h o d s   w a s   e m p l o y e d   t o   j o i n t l y   d e t e r m i n e   t h e   n u m b e r   o f   c l u s t e r s .   S e l f - r a t e d   h e a l t h ,   d e p r e s s i v e   s y m p t o m s ,   p e a c e ,   m e a n i n g   a n d   f a i t h ,   a n d   o v e r a l l   Q O L   w e r e   c o m p a r e d   a t   T i m e   1   a n d   T i m e   2 .   H i e r a r c h i c a l   a n d   k - m e a n s   c l u s t e r i n g   m e t h o d s   b o t h   s u g g e s t e d   f o u r   c l u s t e r s .   C o m p a r i s o n   o f   t h e   f o u r   c l u s t e r s   s u p p o r t e d   s t a t i s t i c a l l y   s i g n i f i c a n t   a n d   c l i n i c a l l y   m e a n i n g f u l   d i f f e r e n c e s   i n   Q O L   o u t c o m e s   a m o n g   c l u s t e r s   w h i l e   r e v e a l i n g   c o n t r a s t i n g   r e l a t i o n s   o f   f a i t h   w i t h   Q O L .   C l u s t e r   1 ,   C l u s t e r   3 ,   a n d   C l u s t e r   4   r e p r e s e n t e d   h i g h ,   m e d i u m ,   a n d   l o w   l e v e l s   o f   o v e r a l l   Q O L ,   r e s p e c t i v e l y ,   w i t h   c o r r e s p o n d i n g l y   h i g h ,   m e d i u m ,   a n d   l o w   l e v e l s   o f   p e a c e ,   m e a n i n g ,   a n d   f a i t h .   C l u s t e r   2   w a s   d i s t i n g u i s h e d   f r o m   o t h e r   c l u s t e r s   b y   i t s   m e d i u m   l e v e l s   o f   o v e r a l l   Q O L ,   p e a c e ,   a n d   m e a n i n g   a n d   l o w   l e v e l   o f   f a i t h .   T h i s   s t u d y   p r o v i d e s   e m p i r i c a l   s u p p o r t   f o r   i n d i v i d u a l   d i f f e r e n c e   i n   r e s p o n s e   t o   a   n e w l y   d i a g n o s e d   c a n c e r   a n d   b r i n g s   i n t o   f o c u s   c o n c e p t u a l   a n d   m e t h o d o l o g i c a l   c h a l l e n g e s   a s s o c i a t e d   w i t h   t h e   m e a s u r e   o f   s p i r i t u a l   w e l l - b e i n g ,   w h i c h   m a y   p a r t l y   c o n t r i b u t e   t o   t h e   a t t e n u a t e d   r e l a t i o n   b e t w e e n   f a i t h   a n d   Q O L . 	 [ B a i ,   M e i ;   D i x o n ,   J a n e ;   J e o n ,   S a n g c h o o n ;   L a z e n b y ,   M a r k ;   M c C o r k l e ,   R u t h ]   Y a l e   U n i v ,   S c h   N u r s i n g ,   4 0 0   W e s t   C a m p u s   D r ,   O r a n g e ,   C T   0 6 4 7 7   U S A ;   [ W i l l i a m s ,   A n n a - l e i l a ]   Q u i n n i p i a c   U n i v ,   F r a n k   H   N e t t e r   M D   S c h   M e d ,   3 7 0   B a s s e t t   R d ,   N o r t h   H a v e n ,   C T   0 6 4 7 3   U S A 	 B a i ,   M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   Y a l e   U n i v ,   S c h   N u r s i n g ,   4 0 0   W e s t   C a m p u s   D r ,   O r a n g e ,   C T   0 6 4 7 7   U S A . 	 m e i . b a i @ y a l e . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H ) ,   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   N u r s i n g   R e s e a r c h   ( N I N R )   [ 1 R 0 1 N R 0 1 1 8 7 2 ] 	 P a r e n t   s t u d y   w a s   f u n d e d   b y   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   ( N I H ) ,   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   N u r s i n g   R e s e a r c h   ( N I N R ) ,   1 R 0 1 N R 0 1 1 8 7 2 ,   R .   M c C o r k l e   ( P I ) . 	 A l d e n d o r f e r   M .   S . ,   1 9 8 4 ,   C L U S T E R   A N A L ;   A n t o n o v s k y   A . ,   1 9 8 7 ,   U N R A V E L I N G   M Y S T E R Y   H ;   B a i   M ,   2 0 1 5 ,   P A L L I A T   S U P P O R T   C A R E ,   V 1 3 ,   P 9 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 4 7 8 9 5 1 5 1 4 0 0 0 8 2 0 ;   B a i   M ,   2 0 1 5 ,   J   P A L L I A T   M E D ,   V 1 8 ,   P 2 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / j p m . 2 0 1 4 . 0 1 8 9 ;   B a i   M e i ,   2 0 1 4 ,   J   N u r s   M e a s ,   V 2 2 ,   P 4 0 4 ;   B O R G E N   F H ,   1 9 8 7 ,   J   C O U N S   P S Y C H O L ,   V 3 4 ,   P 4 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 0 0 2 2 - 0 1 6 7 . 3 4 . 4 . 4 5 6 ;   B r a d y   M J ,   1 9 9 9 ,   P S Y C H O - O N C O L ,   V 8 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 9 - 1 6 1 1 ( 1 9 9 9 0 9 / 1 0 ) 8 : 5 < 4 1 7 : : A I D - P O N 3 9 8 > 3 . 0 . C O ; 2 - 4 ;   B r e i t b a r t   W ,   2 0 0 2 ,   S U P P O R T   C A R E   C A N C E R ,   V 1 0 ,   P 2 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 0 0 1 0 0 2 8 9 ;   B r o w n   A J ,   2 0 1 5 ,   S U P P O R T   C A R E   C A N C E R ,   V 2 3 ,   P 2 0 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 0 - 0 1 4 - 2 5 6 8 - 6 ;   C E L L A   D F ,   1 9 9 3 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 1 1 ,   P 5 7 0 ;   C l a t w o r t h y   J ,   2 0 0 5 ,   B R I T   J   H E A L T H   P S Y C H ,   V 1 0 ,   P 3 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 4 8 / 1 3 5 9 1 0 7 0 5 X 2 5 6 9 7 ;   D a v i e s   A .   R . ,   1 9 8 1 ,   M E A S U R I N G   H L T H   P E R C E ;   E L L I S O N   C W ,   1 9 8 3 ,   J   P S Y C H O L   T H E O L ,   V 1 1 ,   P 3 3 0 ;   F i t c h e t t   G . ,   1 9 9 6 ,   S O C   S C I   S T U D   R E L ;   F o l k m a n   S ,   2 0 0 4 ,   A N N U   R E V   P S Y C H O L ,   V 5 5 ,   P 7 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . p s y c h . 5 5 . 0 9 0 9 0 2 . 1 4 1 4 5 6 ;   F O L K M A N   S ,   1 9 8 6 ,   J   P E R S   S O C   P S Y C H O L ,   V 5 0 ,   P 9 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / / 0 0 2 2 - 3 5 1 4 . 5 0 . 5 . 9 9 2 ;   H a r t i g a n   J .   A . ,   1 9 7 5 ,   C L U S T E R I N G   A L G O R I T H M ;   J A E S C H K E   R ,   1 9 8 9 ,   C O N T R O L   C L I N   T R I A L S ,   V 1 0 ,   P 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 1 9 7 - 2 4 5 6 ( 8 9 ) 9 0 0 0 5 - 6 ;   J o b e   J B ,   2 0 0 3 ,   Q U A L   L I F E   R E S ,   V 1 2 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 3 2 7 9 0 2 9 8 5 2 ;   J O B E   J B ,   1 9 8 9 ,   A M   J   P U B L I C   H E A L T H ,   V 7 9 ,   P 1 0 5 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 0 5 / A J P H . 7 9 . 8 . 1 0 5 3 ;   K l e m m a c k   D L ,   2 0 0 7 ,   R E S   A G I N G ,   V 2 9 ,   P 1 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 0 1 6 4 0 2 7 5 0 6 2 9 6 7 5 7 ;   K r i s t e l l e r   J L ,   2 0 1 1 ,   J   B E H A V   M E D ,   V 3 4 ,   P 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 6 5 - 0 1 1 - 9 3 3 5 - 7 ;   K r o e n k e   K ,   2 0 0 1 ,   J   G E N   I N T E R N   M E D ,   V 1 6 ,   P 6 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 5 2 5 - 1 4 9 7 . 2 0 0 1 . 0 1 6 0 0 9 6 0 6 . x ;   L A Z A R U S   R S ,   1 9 9 3 ,   P S Y C H O S O M   M E D ,   V 5 5 ,   P 2 3 4 ;   M c C o r k l e   R ,   2 0 1 5 ,   J   P A L L I A T   M E D ,   V 1 8 ,   P 9 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / j p m . 2 0 1 5 . 0 1 1 3 ;   M e e z e n b r o e k   E D ,   2 0 1 2 ,   J   R E L I G   H E A L T H ,   V 5 1 ,   P 3 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 4 3 - 0 1 0 - 9 3 7 6 - 1 ;   M i c k l e y   J .   R . ,   1 9 9 2 ,   J   N U R S   S C H O L A R S H I P ,   V 2 4 ,   P 2 6 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / J . 1 5 4 7 - 5 0 6 9 . 1 9 9 2 . T B 0 0 7 3 2 . X ;   M o b e r g   D .   O . ,   1 9 7 1 ,   W H I T   H O U S   C   A G   W A S H ;   M u n o z   A R ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 1 ,   P 1 8 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 9 2 8 6 ;   P a l o u t z i a n   R .   F . ,   2 0 1 2 ,   O X F O R D   T X B   S P I R I T U A L ,   P 3 5 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / M E D / 9 7 8 0 1 9 9 5 7 1 3 9 0 . 0 0 3 . 0 0 4 8 ;   P a r k   C . L . ,   1 9 9 7 ,   R E V   G E N   P S Y C H O L ,   V 1 ,   P 1 1 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 1 0 8 9 - 2 6 8 0 . 1 . 2 . 1 1 5 ;   P e t e r m a n   A H ,   2 0 0 2 ,   A N N   B E H A V   M E D ,   V 2 4 ,   P 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 7 / S 1 5 3 2 4 7 9 6 A B M 2 4 0 1 _ 0 6 ;   R o s e   J .   H . ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R   S ,   V 1 5 ,   P 4 2 9 8 ;   S a l s m a n   J M ,   2 0 1 1 ,   S U P P O R T   C A R E   C A N C E R ,   V 1 9 ,   P 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 0 - 0 1 0 - 0 8 7 1 - 4 ;   T h i b a u l t   J .   M . ,   1 9 9 1 ,   J   R E L I G   G E R O N T O L O G Y ,   V 7 ,   P 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 0 0 / J 0 7 8 V 0 7 N 0 4 _ 0 3 ;   W A R D   J H ,   1 9 6 3 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 5 8 ,   P 2 3 6 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 8 2 9 6 7 ;   W e b s t e r   K ,   2 0 0 3 ,   H E A L T H   Q U A L   L I F E   O U T ,   V 1 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 7 - 7 5 2 5 - 1 - 7 9 ;   W E I S M A N   A D ,   1 9 7 6 ,   I N T   J   P S Y C H I A T   M E D ,   V 7 ,   P 1 ;   W h i t f o r d   H S ,   2 0 1 2 ,   P S Y C H O - O N C O L O G Y ,   V 2 1 ,   P 6 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 1 9 3 7 	 3 9 	 0 	 0 	 1 3 	 1 3 	 S P R I N G E R 	 D O R D R E C H T 	 V A N   G O D E W I J C K S T R A A T   3 0 ,   3 3 1 1   G Z   D O R D R E C H T ,   N E T H E R L A N D S 	 0 9 6 2 - 9 3 4 3 	 1 5 7 3 - 2 6 4 9 	 	 Q U A L   L I F E   R E S 	 Q u a l .   L i f e   R e s . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 2 5 	 1 1 	 	 	 	 	 2 7 6 5 	 2 7 7 3 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 3 6 - 0 1 6 - 1 3 2 8 - 0 	 	 9 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   H e a l t h   P o l i c y   &   S e r v i c e s ;   P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h 	 H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   P u b l i c ,   E n v i r o n m e n t a l   &   O c c u p a t i o n a l   H e a l t h 	 E A 1 N O 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 3 5 9 2 0 0 0 0 7 	 2 7 2 7 1 8 0 9 	 
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 1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 2 1 0 ;   F e s t a   P ,   2 0 1 3 ,   M A T H   B I O S C I ,   V 2 4 5 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m b s . 2 0 1 3 . 0 7 . 0 1 1 ;   J a i n   R ,   2 0 1 5 ,   I N T R O   D A T A   M I N I N G   T E ;   M a r y   C ,   2 0 0 9 ,   J   T H E O R   A P P L   I N F   T E C ,   V 6 ,   P 2 8 ;   R a h i d e h   A ,   2 0 1 1 ,   I N T   C   C O N T R   I N S T R   A U ,   P 1 1 7 5 ;   V a n i s r i   D ,   2 0 1 0 ,   I E E E   I N T   C   C O M M   C O M P ,   P 4 1 0 ;   W a n g   C ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D S ,   V 6 7 ,   P 3 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y m e t h . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 0 5 ;   W e i   D ,   2 0 1 2 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 3 - 1 7 4 	 1 6 	 1 	 1 	 7 	 7 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 1 8 6 1 - 6 4 1 0 	 1 8 6 1 - 6 4 2 9 	 	 I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D 	 I n t .   J .   C o m p u t .   A s s i s t .   R a d i o l .   S u r g . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 1 	 1 1 	 	 	 	 	 2 0 3 3 	 2 0 4 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 6 - 1 4 3 7 - 9 	 	 1 5 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   S u r g e r y 	 E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   S u r g e r y 	 E A 1 I U 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 3 4 6 5 0 0 0 0 8 	 2 7 3 1 1 8 2 3 	 
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 P O B   5 2 ,   T u r k u   2 0 5 2 1 ,   F i n l a n d 	 S i l v o n i e m i ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   T u r k u   U n i v   H o s p ,   D e p t   O t o r h i n o l a r y n g o l   H e a d   &   N e c k   S u r g ,   P O B   5 2 ,   T u r k u   2 0 5 2 1 ,   F i n l a n d . ;   S i l v o n i e m i ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   T u r k u ,   T u r k u   P E T   C t r ,   P O B   5 2 ,   T u r k u   2 0 5 2 1 ,   F i n l a n d . 	 a n m i s i @ u t u . f i 	 	 	 C a n c e r   F o u n d a t i o n   i n   F i n l a n d ;   H o s p i t a l   D i s t r i c t   o f   S o u t h w e s t   F i n l a n d ;   N a t i o n a l   G r a d u a t e   S c h o o l   o f   C l i n i c a l   I n v e s t i g a t i o n 	 W e   t h a n k   R i k a r d   O w e n i u s ,   P h D   f o r   o u r   a b i l i t y   t o   l e a r n   f r o m   e a c h   o t h e r   i n   t h i s   a n d   a   r e l a t e d   p r o j e c t .   W e   a l s o   t h a n k   t h e   s t a f f  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 A t t n e r   P ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 2 6 ,   P 2 8 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 4 9 9 4 ;   B a r g e r   R L ,   2 0 1 2 ,   A C A D   R A D I O L ,   V 1 9 ,   P 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c r a . 2 0 1 1 . 1 0 . 0 0 9 ;   C a l v o   M B ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   E N D O C R I N O L ,   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 0 / 2 0 5 3 5 7 ;   B o n n e r   J A ,   2 0 0 6 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 4 ,   P 5 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 5 3 4 2 2 ;   C a r l s o n   E R ,   2 0 1 3 ,   J   O R A L   M A X I L   S U R G ,   V 7 1 ,   P 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j o m s . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 2 8 ;   C h a t u r v e d i   A K ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   O N C O L ,   V 2 9 ,   P 4 2 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 0 0 / J C O . 2 0 1 1 . 3 6 . 4 5 9 6 ;   D a l i a n i s   T ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   O N C O L ,   V 4 4 ,   P 1 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / i j o . 2 0 1 4 . 2 3 5 5 ;   D i n   M ,   2 0 1 4 ,   T H E S I S ;   G u i d o   A ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 7 3 ,   P 7 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 8 . 0 4 . 0 5 9 ;   H a m m a r s t e d t   L ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 1 9 ,   P 2 6 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 2 1 7 7 ;   L a s s e n   P ,   2 0 1 4 ,   R A D I O T H E R   O N C O L ,   V 1 1 3 ,   P 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . r a d o n c . 2 0 1 4 . 1 1 . 0 3 2 ;   L e e   M K ,   2 0 1 1 ,   O R A L   S U R G   O R A L   M E D   O ,   V 1 1 2 ,   P 5 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r i p l e o . 2 0 1 1 . 0 6 . 0 3 2 ;   M a   Z ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E T H O D   B I O M E C ,   V 1 3 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 2 5 5 8 4 0 9 0 3 1 3 1 8 7 8 ;   M a l d o n a d o   A ,   2 0 0 7 ,   C L I N   T R A N S L   O N C O L ,   V 9 ,   P 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 9 4 - 0 0 7 - 0 0 9 3 - 5 ;   M a r u r   S ,   2 0 1 4 ,   C U R R   O P I N   O N C O L ,   V 2 6 ,   P 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / C C O . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 2 ;   M a s t e r s o n   L ,   2 0 1 4 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 5 0 ,   P 2 6 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 1 4 . 0 7 . 0 0 1 ;   M e t s e r   U ,   2 0 0 7 ,   S E M I N   N U C L   M E D ,   V 3 7 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . s e m n u c l m e d . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 0 1 ;   M I N N   H ,   1 9 9 5 ,   R A D I O L O G Y ,   V 1 9 6 ,   P 1 6 7 ;   M i n n   H ,   2 0 1 0 ,   Q   J   N U C L   M E D   M O L   I M ,   V 5 4 ,   P 5 2 1 ;   M u z i   M ,   2 0 1 2 ,   M A G N   R E S O N   I M A G I N G ,   V 3 0 ,   P 1 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . m r i . 2 0 1 2 . 0 5 . 0 0 8 ;   N g u y e n   N P ,   2 0 0 7 ,   A M   J   O T O L A R Y N G ,   V 2 8 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m j o t o . 2 0 0 6 . 0 3 . 0 0 7 ;   O l i v e i r a   F P M ,   2 0 1 4 ,   Q   J   N U C L   M E D   M O L   I M ,   V 5 8 ,   P 7 4 ;   S a k a m o t o   H ,   1 9 9 7 ,   E U R   A R C H   O T O - R H I N O - L ,   V 2 5 4 ,   p S 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 2 4 3 9 7 4 1 ;   S c h i l l a c i   O ,   2 0 1 2 ,   S E M I N   N U C L   M E D ,   V 4 2 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 3 / j . s e m n u c l m e d . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 3 ;   S e m e n z a   G L ,   2 0 1 0 ,   C U R R   O P I N   G E N E T   D E V ,   V 2 0 ,   P 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g d e . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 0 9 ;   S h e n   G H ,   2 0 1 4 ,   N U C L   M E D   C O M M U N ,   V 3 5 ,   P 1 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / M N M . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 8 ;   S h e p h e r d   T ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 1 5 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 1 9 3 8 9 6 ;   S i m p s o n   I A ,   2 0 0 8 ,   A M   J   P H Y S I O L - E N D O C   M ,   V 2 9 5 ,   p E 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 2 / a j p e n d o . 9 0 3 8 8 . 2 0 0 8 ;   T a v a r e s   J M R S ,   2 0 1 4 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 8 8 7 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 4 2 4 9 - 4 _ 3 	 3 3 	 0 	 0 	 1 	 1 	 S P R I N G E R   H E I D E L B E R G 	 H E I D E L B E R G 	 T I E R G A R T E N S T R A S S E   1 7 ,   D - 6 9 1 2 1   H E I D E L B E R G ,   G E R M A N Y 	 1 8 6 1 - 6 4 1 0 	 1 8 6 1 - 6 4 2 9 	 	 I N T   J   C O M P U T   A S S   R A D 	 I n t .   J .   C o m p u t .   A s s i s t .   R a d i o l .   S u r g . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 1 	 1 1 	 	 	 	 	 2 0 5 9 	 2 0 6 9 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 4 8 - 0 1 6 - 1 3 5 1 - 1 	 	 1 1 	 E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   S u r g e r y 	 E n g i n e e r i n g ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g ;   S u r g e r y 	 E A 1 I U 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 3 4 6 5 0 0 0 1 0 	 2 6 8 1 1 0 8 3 	 
 
 J 	 G h o s h ,   A ;   B a r m a n ,   S 	 	 	 	 G h o s h ,   A n t a r a ;   B a r m a n ,   S o m a 	 	 	 A p p l i c a t i o n   o f   B T   a n d   P C - B T   i n   H o m o   s a p i e n s   g e n e   p r e d i c t i o n 	 M I C R O S Y S T E M   T E C H N O L O G I E S - M I C R O - A N D   N A N O S Y S T E M S - I N F O R M A T I O N   S T O R A G E   A N D   P R O C E S S I N G   S Y S T E M S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e ;   P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 1 s t   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   M i c r o e l e c t r o n i c s ,   C i r c u i t s   a n d   S y s t e m s 	 J U L   1 1 - 1 3 ,   2 0 1 4 	 K o l k a t a ,   I N D I A 	 	 	 	 P R I N C I P A L   C O M P O N E N T S ;   S E L E C T I O N ;   N U M B E R ;   O R D E R 	 D i g i t a l   s i g n a l   p r o c e s s i n g   i s   g a i n i n g   p o p u l a r i t y   i n   g e n e   c l a s s i f i c a t i o n   a n d   p r e d i c t i o n .   S p e c t r a l   c o n t e n t  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 ( C G A P )   s i t e   a n d   N a t i o n a l   C e n t r e   f o r   B i o t e c h n o l o g y   I n f o r m a t i o n   ( N C B I )   s i t e . 	 [ G h o s h ,   A n t a r a ;   B a r m a n ,   S o m a ]   U n i v   C a l c u t t a ,   K o l k a t a ,   I n d i a 	 B a r m a n ,   S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a l c u t t a ,   K o l k a t a ,   I n d i a . 	 b a r m a n m a n d a l @ g m a i l . c o m 	 	 	 	 	 A k h t a r   M ,   2 0 0 8 ,   I E E E   J - S T S P ,   V 2 ,   P 3 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S T S P . 2 0 0 8 . 9 2 3 8 5 4 ;   A l b e r t s   B ,   1 9 9 8 ,   E S S E N T I A L   C E L L   B I O L ;   A n a s t a s s i o u   D ,   2 0 0 1 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 1 8 ,   P 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 9 . 9 3 9 8 3 3 ;   A n a s t a s s i o u   D ,   2 0 0 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   P 1 0 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 6 . 1 2 . 1 0 7 3 ;   A n a s t a s s i o u   D ,   2 0 0 0 ,   E E 0 0 0 4 2 0 1 ;   B a r m a n   S ,   2 0 1 1 ,   2   A N N   I N T   C   I E M C O N ,   P 5 7 0 ;   B a r m a n   S ,   2 0 1 1 ,   A N N   F A C   E N G   H U N E D O A R ,   V 9 ,   P 9 1 ;   B a r n e s   M .   R ,   2 0 0 7 ,   B I O I N F O R M A T I C S   G E N E T ;   B l a c k m a n   R .   B . ,   1 9 5 8 ,   M E A S U R E M E N T   P O W E R   S P ;   B o a r d m a n   A ,   2 0 0 2 ,   P H Y S I O L   M E A S ,   V 2 3 ,   P 3 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 0 9 6 7 - 3 3 3 4 / 2 3 / 2 / 3 0 8 ;   E l b e r g a l i   A ,   1 9 9 9 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 3 7 9 ,   P 1 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 3 - 2 6 7 0 ( 9 8 ) 0 0 6 4 0 - 0 ;   G h o s h   A ,   2 0 1 3 ,   P R O C   T E C H ,   V 1 0 ,   P 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p r o t c y . 2 0 1 3 . 1 2 . 3 3 4 ;   G h o s h   A . ,   2 0 1 4 ,   I N T   C   M I C R   C I R C   S Y S T ,   V 1 ,   P 3 9 ;   G i n o r i   J V L ,   2 0 0 9 ,   C U R R   B I O I N F O R M ,   V 4 ,   P 2 8 ;   H a y e s   M .   H . ,   1 9 9 6 ,   S T A T   D I G I T A L   S I G N A L ;   H o t e l l i n g   H ,   1 9 3 3 ,   J   E D U C   P S Y C H O L ,   V 2 4 ,   P 4 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / h 0 0 7 1 3 2 5 ;   I n b a m a l a r   T M ,   2 0 1 3 ,   J   A U T O M   C O N T R O L   E N G ,   V 1 ,   P 3 3 6 ;   J i n d a l   R ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   R E S   E N G   I T   S O C ,   V 5 ,   P 1 4 ;   K a w a s a k i   E S ,   2 0 0 5 ,   N A N O M E D - N A N O T E C H N O L ,   V 1 ,   P 1 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n a n o . 2 0 0 5 . 0 3 . 0 0 2 ;   L i   Y u a n ,   2 0 0 9 ,   A c t a   A u t o m a t i c a   S i n i c a ,   V 3 5 ,   P 1 5 5 0 ,   D O I   1 0 . 3 7 2 4 / S P . J . 1 0 0 4 . 2 0 0 9 . 0 1 5 5 0 ;   L i a v a s   A P ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   S I G N A L   P R O C E S ,   V 4 9 ,   P 1 6 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 8 . 9 3 4 1 3 8 ;   M a   S G ,   2 0 1 1 ,   B R I E F   B I O I N F O R M ,   V 1 2 ,   P 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b q 0 9 0 ;   M a b r o u k   M . S . ,   2 0 1 2 ,   A M   J   B I O M E D   E N G ,   V 2 ,   P 1 7 ;   M e h e r   J K ,   2 0 1 1 ,   A M   J   M O L   B I O L ,   V 1 ,   P 7 9 ;   N a i r   A c h u t h s a n k a r   S ,   2 0 0 6 ,   B i o i n f o r m a t i o n ,   V 1 ,   P 1 9 7 ;   P e a r s o n   K ,   1 9 0 1 ,   P H I L O S   M A G ,   V 2 ,   P 5 5 9 ;   P e r e s - N e t o   P R ,   2 0 0 5 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 4 9 ,   P 9 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 4 . 0 6 . 0 1 5 ;   P r o a k i s   J o h n   G . ,   2 0 0 9 ,   D I G I T A L   S I G N A L   P R O C E ;   Q i u   P ,   2 0 0 7 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 2 4 ,   P 1 0 0 ;   R a m e s h   K B ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T E R   T R E N D ,   V 4 ,   P 4 3 6 ;   R o y   M ,   2 0 1 3 ,   R E V   A P P L   P H Y S ,   V 2 ,   P 1 0 6 ;   R o y   M a n i d i p a ,   2 0 1 4 ,   E U R A S I P   J   B i o i n f o r m   S y s t   B i o l ,   V 2 0 1 4 ,   P 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 6 8 7 - 4 1 5 3 - 2 0 1 4 - 2 ;   R o y   T ,   2 0 1 4 ,   I N T E L L I G E N T   C O M P U T I N ,   V 2 4 3 ,   P 2 9 3 ;   S h l e n s   J . ,   2 0 0 5 ,   T U T O R I A L   P R I N C I P A L   C ;   S m i t h   L .   I . ,   2 0 0 2 ,   T U T O R I A L   P R I N C I P A L   C ;   S t r a t t o n   M R ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 8 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 9 4 3 ;   V a i d y a n a t h a n   P P ,   2 0 0 4 ,   J   F R A N K L I N   I ,   V 3 4 1 ,   P 1 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f r a n k l i n . 2 0 0 3 . 1 2 . 0 0 1 ;   V a l l e   S ,   1 9 9 9 ,   I N D   E N G   C H E M   R E S ,   V 3 8 ,   P 4 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / i e 9 9 0 1 1 0 i ;   Z h u   M ,   2 0 0 6 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 5 1 ,   P 9 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 5 . 0 9 . 0 1 0 	 3 9 	 0 	 0 	 2 	 2 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 9 4 6 - 7 0 7 6 	 1 4 3 2 - 1 8 5 8 	 	 M I C R O S Y S T   T E C H N O L 	 M i c r o s y s t .   T e c h n o l . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 2 2 	 1 1 	 	 	 	 	 2 6 9 1 	 2 7 0 5 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 4 2 - 0 1 5 - 2 5 7 3 - 9 	 	 1 5 	 E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   N a n o s c i e n c e   &   N a n o t e c h n o l o g y ;   M a t e r i a l s   S c i e n c e ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y ;   P h y s i c s ,   A p p l i e d 	 E n g i n e e r i n g ;   S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s ;   M a t e r i a l s   S c i e n c e ;   P h y s i c s 	 E A 1 S A 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 3 7 1 0 0 0 0 1 1 	 	 
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 P R O J E C T 	 D i s c r e t i z a t i o n   o f   c o n t i n u o u s   v a r i a b l e s   i s   a   c o m m o n   p r a c t i c e   i n   m e d i c a l   r e s e a r c h   t o   i d e n t i f y   r i s k   p a t i e n t   g r o u p s .   T h i s   w o r k   c o m p a r e s   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   g o l d - s t a n d a r d   c a t e g o r i z a t i o n   p r o c e d u r e s   ( T N M + A   p r o t o c o l )   w i t h   t h a t   o f   t h r e e   s u p e r v i s e d   d i s c r e t i z a t i o n   m e t h o d s   f r o m   M a c h i n e   L e a r n i n g   ( C A L M ,   C h i M   a n d   D T r e e )   i n   t h e   s t r a t i f i c a t i o n   o f   p a t i e n t s   w i t h   b r e a s t   c a n c e r .   T h e   p e r f o r m a n c e   f o r   t h e   d i s c r e t i z a t i o n   a l g o r i t h m s   w a s   e v a l u a t e d   b a s e d   o n   t h e   r e s u l t s   o b t a i n e d   a f t e r   a p p l y i n g   s t a n d a r d   s u r v i v a l  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 I v a n ;   F r a n c o ,   L e o n a r d o ;   J e r e z ,   J o s e   M . ]   U n i v   M a l a g a ,   D e p t   C o m p   S c i ,   C a m p u s   T e a t i n o s   S   N ,   E - 2 9 0 7 1   M a l a g a ,   S p a i n ;   [ G o m e z ,   I v a n ;   R i b e l l e s ,   N u r i a ;   F r a n c o ,   L e o n a r d o ;   A l b a ,   E m i l i o ;   J e r e z ,   J o s e   M . ]   M a l a g a   B i o m e d   R e s   I n s t   I B I M A ,   M a l a g a ,   S p a i n ;   [ R i b e l l e s ,   N u r i a ;   A l b a ,   E m i l i o ]   V i r g e n   d e   l a   V i c t o r i a   O n c o l   S e r v ,   C a m p u s   T e a t i n o s   S - N ,   M a l a g a   2 9 0 7 1 ,   S p a i n 	 G o m e z ,   I   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M a l a g a ,   D e p t   L e n g u a j e s   &   C i e n c i a s   C o m p ,   C a m p u s   T e a t i n o s   S - N ,   E - 2 9 0 7 1   M a l a g a ,   S p a i n . 	 i v a n @ l c c . u m a . e s 	 	 	 	 	 C A N T O R   A B ,   1 9 9 4 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 8 6 ,   P 1 7 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 8 6 . 2 3 . 1 7 9 8 - a ;   C O X   D R ,   1 9 7 2 ,   J   R   S T A T   S O C   B ,   V 3 4 ,   P 1 8 7 ;   D e m i c h e l i   R ,   2 0 0 1 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 5 ,   P 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 4 / b j o c . 2 0 0 1 . 1 9 6 9 ;   D e m s a r   J ,   2 0 0 6 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 7 ,   P 1 ;   F i s h e r   E . ,   2 0 0 4 ,   J   B R E A S T   D I S ,   V 1 5 ,   P 2 7 4 ;   F I S H E R   E R ,   1 9 9 3 ,   C A N C E R ,   V 7 1 ,   P 2 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 3 0 4 1 5 ) 7 1 : 8 < 2 5 0 7 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 7 1 0 8 1 3 > 3 . 0 . C O ; 2 - 0 ;   F r i e d m a n   M ,   1 9 4 0 ,   A N N   M A T H   S T A T ,   V 1 1 ,   P 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / a o m s / 1 1 7 7 7 3 1 9 4 4 ;   G A S P A R I N I   G ,   1 9 9 3 ,   J   N A T L   C A N C E R   I ,   V 8 5 ,   P 1 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / j n c i / 8 5 . 1 5 . 1 2 0 6 ;   G n e r l i c h   J L ,   2 0 0 9 ,   J   A M   C O L L   S U R G E O N S ,   V 2 0 8 ,   P 3 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j a m c o l l s u r g . 2 0 0 8 . 1 2 . 0 0 1 ;   G o n z a l e z - A n g u l o   A M ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 2 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 1 0 7 0 ;   G r e e n e   F L ,   2 0 0 9 ,   J   S U R G   O N C O L ,   V 9 9 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j s o . 2 1 2 3 7 ;   H a r r e l l   F . E . ,   2 0 0 1 ,   C O X   P R O P O R T I O N A L   H A Z ,   P 4 6 5 ;   H a s h i g u c h i   Y ,   2 0 1 2 ,   C O L O R E C T A L   D I S ,   V 1 4 ,   P 1 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 6 3 - 1 3 1 8 . 2 0 1 1 . 0 2 9 1 7 . x ;   H a s t i e   T . ,   2 0 0 1 ,   E L E M E N T S   S T A T   L E A R N I ;   J e r e z   J M ,   2 0 0 5 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 9 4 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 0 5 - 9 0 1 3 - y ;   K e r b e r   R . ,   1 9 9 2 ,   P   1 0   N A T   C   A R T   I N T ,   P 1 2 3 ;   K i m   H . ,   2 0 1 2 ,   D I S C R E T I Z A T I O N   D A T A ;   K u r g a n   L A ,   2 0 0 4 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 1 6 ,   P 1 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 0 4 . 1 2 6 9 5 9 4 ;   L a u s e n   B ,   2 0 0 4 ,   B I O M E T R I C A L   J ,   V 4 6 ,   P 3 6 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b i m j . 2 0 0 3 1 0 0 3 0 ;   L i u   H ,   1 9 9 5 ,   P R O C   I N T   C   T O O L S   A R T ,   P 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T A I . 1 9 9 5 . 4 7 9 7 8 3 ;   L u s t g a r t e n   J o n a t h a n   L ,   2 0 0 8 ,   A M I A   A n n u   S y m p   P r o c ,   P 4 4 5 ;   M a d g h u   G . ,   2 0 1 4 ,   I N D I A N   J   M E D   I N F O R M ,   V 8 ,   P 1 ;   M a s l o v e   D M ,   2 0 1 3 ,   J   A M   M E D   I N F O R M   A S S N ,   V 2 0 ,   P 5 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / a m i a j n l - 2 0 1 2 - 0 0 0 9 2 9 ;   M a z u m d a r   M ,   2 0 0 3 ,   S T A T   M E D ,   V 2 2 ,   P 5 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s i m . 1 3 3 3 ;   Q u i n l a n   J .   R . ,   1 9 8 6 ,   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 1 ,   P 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 6 4 3 2 0 4 8 7 7 ;   R a m i - P o r t a   R ,   2 0 0 7 ,   J   T H O R A C   O N C O L ,   V 2 ,   P 5 9 3 ;   R i s h   I . ,   2 0 0 1 ,   T E C H   R E P ;   S a k a m o t o   Y . ,   1 9 8 6 ,   A K A I K E   I N F O R M   C R I T E R ;   S a l i s   K L ,   2 0 1 4 ,   J   M A R I T A L   F A M   T H E R ,   V 4 0 ,   P 4 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j m f t . 1 2 0 8 9 ;   S C H O E N F E L D   D ,   1 9 8 2 ,   B I O M E T R I K A ,   V 6 9 ,   P 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o m e t / 6 9 . 1 . 2 3 9 ;   S E I D M A N   J D ,   1 9 9 5 ,   C A N C E R ,   V 7 5 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 1 9 9 5 0 1 0 1 ) 7 5 : 1 < 6 5 : : A I D - C N C R 2 8 2 0 7 5 0 1 1 2 > 3 . 0 . C O ; 2 - B ;   S i n g l e t a r y   S   E v a ,   2 0 0 3 ,   S e m i n   S u r g   O n c o l ,   V 2 1 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / s s u . 1 0 0 2 1 ;   T h e r n e a u   T ,   2 0 1 5 ,   P A C K A G E   S U R V I V A L   A N A ;   T s a i   C J ,   2 0 0 8 ,   I N F O R M   S C I E N C E S ,   V 1 7 8 ,   P 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i n s . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 0 4 ;   V a n n e s c h i   L ,   2 0 1 1 ,   B I O D A T A   M I N ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 6 - 0 3 8 1 - 4 - 1 2 ;   W a l s h   C ,   2 0 1 3 ,   H I E R   P A R T   H I E R A R C H I C ;   W i l l i a m s   B . A . ,   2 0 0 6 ,   T E C H   R E P ;   Z u p a n   B ,   2 0 0 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 0 ,   P 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 0 ) 0 0 0 5 3 - 1 	 3 8 	 0 	 0 	 6 	 9 	 E L S E V I E R   I R E L A N D   L T D 	 C L A R E 	 E L S E V I E R   H O U S E ,   B R O O K V A L E   P L A Z A ,   E A S T   P A R K   S H A N N O N ,   C O ,   C L A R E ,   0 0 0 0 0 ,   I R E L A N D 	 0 1 6 9 - 2 6 0 7 	 1 8 7 2 - 7 5 6 5 	 	 C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O 	 C o m p u t .   M e t h .   P r o g r a m s   B i o m e d . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 3 6 	 	 	 	 	 	 1 1 	 1 9 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 0 6 	 	 9 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   I n t e r d i s c i p l i n a r y   A p p l i c a t i o n s ;   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   T h e o r y   &   M e t h o d s ;   E n g i n e e r i n g ,   B i o m e d i c a l ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   M e d i c a l   I n f o r m a t i c s 	 D Y 7 S U 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 3 3 0 4 0 0 0 0 3 	 2 7 6 8 6 6 9 9 	 
 
 J 	 A w a y s h e h ,   A ;   W i l c k e ,   J ;   E l v i n g e r ,   F ;   R e e s ,   L ;   F a n ,   W G ;   Z i m m e r m a n ,   K L 	 	 	 	 A w a y s h e h ,   A b d u l l a h ;   W i l c k e ,   J e f f r e y ;   E l v i n g e r ,   F r a n c o i s ;   R e e s ,   L o r e n ;   F a n ,   W e i g u o ;   Z i m m e r m a n ,   K u r t   L . 	 	 	 E v a l u a t i o n   o f   s u p e r v i s e d   m a c h i n e - l e a r n i n g   a l g o r i t h m s   t o   d i s t i n g u i s h   b e t w e e n   i n f l a m m a t o r y   b o w e l   d i s e a s e   a n d   a l i m e n t a r y   l y m p h o m a   i n   c a t s 	 J O U R N A L   O F   V E T E R I N A R Y   D I A G N O S T I C   I N V E S T I G A T I O N 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 C a t s ;   d i a g n o s i s ;   i n f l a m m a t o r y   b o w e l   d i s e a s e ;   l y m p h o m a ;   m a c h i n e   l e a r n i n g 	 A R T I F I C I A L   N E U R A L - N E T W O R K S ;   E N D O S C O P I C   B I O P S Y ;   G A S T R O I N T E S T I N A L   I N F L A M M A T I O N ;   D I A G N O S I S ;   D O G S ;   L Y M P H O S A R C O M A ;   S E L E C T I O N ;   S A M P L E S ;   C A N C E R ;   T R A C T 	 I n f l a m m a t o r y   b o w e l   d i s e a s e   ( I B D )   a n d   a l i m e n t a r y   l y m p h o m a   ( A L A )   a r e   c o m m o n   g a s t r o i n t e s t i n a l   d i s e a s e s   i n   c a t s .   T h e   v e r y   s i m i l a r   c l i n i c a l   s i g n s   a n d   h i s t o p a t h o l o g i c   f e a t u r e s   o f   t h e s e   d i s e a s e s   m a k e   t h e   d i s t i n c t i o n   b e t w e e n   t h e m   d i a g n o s t i c a l l y   c h a l l e n g i n g .   W e   t e s t e d   t h e   u s e   o f   s u p e r v i s e d   m a c h i n e - l e a r n i n g   a l g o r i t h m s   t o   d i f f e r e n t i a t e   b e t w e e n   t h e   2   d i s e a s e s   u s i n g   d a t a   g e n e r a t e d   f r o m   n o n i n v a s i v e   d i a g n o s t i c   t e s t s .   T h r e e   p r e d i c t i o n   m o d e l s   w e r e   d e v e l o p e d   u s i n g   3   m a c h i n e - l e a r n i n g   a l g o r i t h m s :   n a i v e   B a y e s ,   d e c i s i o n   t r e e s ,   a n d   a r t i f i c i a l   n e u r a l   n e t w o r k s .   T h e   m o d e l s   w e r e   t r a i n e d   a n d   t e s t e d   o n   d a t a   f r o m   c o m p l e t e   b l o o d   c o u n t   ( C B C )   a n d   s e r u m   c h e m i s t r y   ( S C )   r e s u l t s   f o r   t h e   f o l l o w i n g   3   g r o u p s   o f   c l i e n t - o w n e d   c a t s :   n o r m a l ,   i n f l a m m a t o r y   b o w e l   d i s e a s e   ( I B D ) ,   o r   a l i m e n t a r y   l y m p h o m a   ( A L A ) .   N a i v e   B a y e s   a n d   a r t i f i c i a l   n e u r a l   n e t w o r k s   a c h i e v e d   h i g h e r   c l a s s i f i c a t i o n   a c c u r a c y   ( s e n s i t i v i t i e s   o f   7 0 . 8 %   a n d  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 r e s p e c t i v e l y ,   t o   o u t p e r f o r m   t h e   C 4 . 5   d e c i s i o n   t r e e ,   w h i c h   u s e d   5   C B C   a n d   S C   v a r i a b l e s   i n   c l a s s i f y i n g   c a t s   i n t o   t h e   3   c l a s s e s .   T h e s e   m o d e l s   c a n   p r o v i d e   a n o t h e r   n o n i n v a s i v e   d i a g n o s t i c   t o o l   t o   a s s i s t   c l i n i c i a n s   w i t h   d i f f e r e n t i a t i n g   b e t w e e n   I B D   a n d   A L A ,   a n d   b e t w e e n   d i s e a s e d   a n d   n o n d i s e a s e d   c a t s . 	 [ A w a y s h e h ,   A b d u l l a h ;   W i l c k e ,   J e f f r e y ;   Z i m m e r m a n ,   K u r t   L . ]   V i r g i n i a   T e c h ,   D e p t   B i o m e d   S c i   &   P a t h o b i o l ,   B l a c k s b u r g ,   V A   U S A ;   [ E l v i n g e r ,   F r a n c o i s ]   V i r g i n i a   T e c h ,   D e p t   P o p u l a t   H l t h   S c i ,   B l a c k s b u r g ,   V A   U S A ;   [ R e e s ,   L o r e n ]   V i r g i n i a   T e c h ,   D e p t   B u s i n e s s   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   B l a c k s b u r g ,   V A   U S A ;   [ F a n ,   W e i g u o ]   V i r g i n i a   T e c h ,   D e p t   A c c o u n t i n g   &   I n f o r m a t   S y s t ,   B l a c k s b u r g ,   V A   U S A 	 Z i m m e r m a n ,   K L   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   V i r g i n i a   T e c h ,   C o l l   V e t   M e d ,   D e p t   B i o m e d   S c i   &   P a t h o b i o l ,   B l a c k s b u r g ,   V A   2 4 0 6 1   U S A . 	 k z i m m e r m @ v t . e d u 	 F a n ,   W e i g u o / E - 6 3 4 3 - 2 0 1 2 	 F a n ,   W e i g u o / 0 0 0 0 - 0 0 0 3 - 1 2 7 2 - 5 5 3 8 	 	 	 A b b a s s   H A ,   2 0 0 2 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 5 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 2 ) 0 0 0 2 8 - 3 ;   A b b o d   M F ,   2 0 0 7 ,   J   U R O L O G Y ,   V 1 7 8 ,   P 1 1 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j u r o . 2 0 0 7 . 0 5 . 1 2 2 ;   A l - O m a r i   F A ,   2 0 1 1 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 6 4 ,   P 3 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c p . 2 0 1 0 . 0 8 8 2 5 2 ;   B l u m   A L ,   1 9 9 7 ,   A R T I F   I N T E L L ,   V 9 7 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 0 4 - 3 7 0 2 ( 9 7 ) 0 0 0 6 3 - 5 ;   B r i s c o e   K A ,   2 0 1 1 ,   J   C O M P   P A T H O L ,   V 1 4 5 ,   P 1 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c p a . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 1 1 ;   B u r k e   K F ,   2 0 1 3 ,   V E T   J ,   V 1 9 6 ,   P 1 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t v j l . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 1 9 ;   C a r r e r a s   J K ,   2 0 0 3 ,   J   V E T   I N T E R N   M E D ,   V 1 7 ,   P 3 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 8 9 2 / 0 8 9 1 - 6 6 4 0 ( 2 0 0 3 ) 0 1 7 < 0 3 2 6 : F E I M L C > 2 . 3 . C O ; 2 ;   D a y   M J ,   2 0 0 8 ,   J   C O M P   P A T H O L ,   V 1 3 8 ,   p S 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c p a . 2 0 0 8 . 0 1 . 0 0 1 ;   D E N N I S   J S ,   1 9 9 2 ,   J   A M   V E T   M E D   A S S O C ,   V 2 0 0 ,   P 1 7 1 2 ;   E v a n s   S E ,   2 0 0 6 ,   J A V M A - J   A M   V E T   M E D   A ,   V 2 2 9 ,   P 1 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 2 4 6 0 / j a v m a . 2 2 9 . 9 . 1 4 4 7 ;   G a b o r   L J ,   2 0 0 0 ,   A U S T   V E T   J ,   V 7 8 ,   P 4 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 7 5 1 - 0 8 1 3 . 2 0 0 0 . t b 1 1 8 5 6 . x ;   G a b r i e l s   W ,   2 0 0 7 ,   A Q U A T   E C O L ,   V 4 1 ,   P 4 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 5 2 - 0 0 7 - 9 0 8 1 - 7 ;   G e v r e y   M ,   2 0 0 3 ,   E C O L   M O D E L ,   V 1 6 0 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 4 - 3 8 0 0 ( 0 2 ) 0 0 2 5 7 - 0 ;   G O L D E N   D L ,   1 9 9 3 ,   S E M I N   V E T   M E D   S U R G ,   V 8 ,   P 2 3 9 ;   J a f f e   E S ,   2 0 0 9 ,   H E M A T O L - A M   S O C   H E M A T ,   P 5 2 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 8 2 / A S H E D U C A T I 0 N - 2 0 0 9 . 1 . 5 2 3 ;   J e r g e n s   A E ,   2 0 1 0 ,   J   V E T   I N T E R N   M E D ,   V 2 4 ,   P 1 0 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 9 3 9 - 1 6 7 6 . 2 0 1 0 . 0 5 4 9 . x ;   J E R G E N S   A E ,   1 9 9 2 ,   J   A M   V E T   M E D   A S S O C ,   V 2 0 1 ,   P 1 6 0 3 ;   L a l o r   S ,   2 0 1 4 ,   J   V E T   I N T E R N   M E D ,   V 2 8 ,   P 3 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j v i m . 1 2 2 9 4 ;   L e i b   M S ,   1 9 9 9 ,   J   V E T   I N T E R N   M E D ,   V 1 3 ,   P 1 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 8 9 2 / 0 8 9 1 - 6 6 4 0 ( 1 9 9 9 ) 0 1 3 < 0 1 9 1 : E A O I C I > 2 . 3 . C O ; 2 ;   M a r s i l i o   S ,   2 0 1 4 ,   J   C O M P   P A T H O L ,   V 1 5 0 ,   P 4 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c p a . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 0 2 ;   M c D o n a l d   J M ,   1 9 9 8 ,   A R C H   P A T H O L   L A B   M E D ,   V 1 2 2 ,   P 4 0 9 ;   M o o r e   P F ,   2 0 0 5 ,   V E T   I M M U N O L   I M M U N O P ,   V 1 0 6 ,   P 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v e t i m m . 2 0 0 5 . 0 2 . 0 1 4 ;   P a l a n i a p p a n   S ,   2 0 0 8 ,   I   C   C O M P   S Y S T   A P P L I C ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / A I C C S A . 2 0 0 8 . 4 4 9 3 5 2 4 ;   R a g a i n i   L ,   2 0 0 3 ,   V E T   R E S   C O M M U N ,   V 2 7 ,   P 7 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : V E R C . 0 0 0 0 0 1 4 2 7 3 . 8 0 8 5 3 . c 1 ;   R a s s n i c k   K M ,   2 0 0 9 ,   J   V E T   I N T E R N   M E D ,   V 2 3 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 9 3 9 - 1 6 7 6 . 2 0 0 8 . 0 2 7 0 . x ;   R O T H   L ,   1 9 9 0 ,   J   A M   V E T   M E D   A S S O C ,   V 1 9 6 ,   P 6 3 5 ;   R u s s e l l   K J ,   2 0 1 2 ,   J   F E L I N E   M E D   S U R G ,   V 1 4 ,   P 9 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 9 8 6 1 2 X 1 2 4 5 4 8 6 1 ;   S c h n a b e l   L V ,   2 0 0 6 ,   J   V E T   I N T E R N   M E D ,   V 2 0 ,   P 2 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 8 9 2 / 0 8 9 1 - 6 6 4 0 ( 2 0 0 6 ) 2 0 [ 2 0 4 : P A L W M T ] 2 . 0 . C O ; 2 ;   S m i t h   A L ,   2 0 1 1 ,   V E T   S U R G ,   V 4 0 ,   P 8 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 3 2 - 9 5 0 X . 2 0 1 1 . 0 0 8 6 3 . x ;   S w a n s o n   C M ,   2 0 1 2 ,   J   F E L I N E   M E D   S U R G ,   V 1 4 ,   P 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 9 8 6 1 2 X 1 2 4 5 1 4 0 4 ;   T a y l o r   S S ,   2 0 1 3 ,   J   F E L I N E   M E D   S U R G ,   V 1 5 ,   P 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 9 8 6 1 2 X 1 2 4 6 3 9 2 8 ;   T a y l o r   S S ,   2 0 1 0 ,   J   F E L I N E   M E D   S U R G ,   V 1 2 ,   P 6 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j f m s . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 1 8 ;   W a s h a b a u   R J ,   2 0 1 0 ,   J   V E T   I N T E R N   M E D ,   V 2 4 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 9 3 9 - 1 6 7 6 . 2 0 0 9 . 0 4 4 3 . x ;   W A S M E R   M L ,   1 9 9 5 ,   J   A M   A N I M   H O S P   A S S O C ,   V 3 1 ,   P 4 6 3 ;   W i l c o c k   B . ,   1 9 9 2 ,   A N I M A L ,   V 7 ,   P 1 6 2 ;   W i l l a r d   M D ,   2 0 0 8 ,   J   V E T   I N T E R N   M E D ,   V 2 2 ,   P 1 0 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 9 3 9 - 1 6 7 6 . 2 0 0 8 . 0 1 4 9 . x ;   W i l l a r d   M   D ,   1 9 9 9 ,   J   F e l i n e   M e d   S u r g ,   V 1 ,   P 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 8 - 6 1 2 X ( 9 9 ) 9 0 2 0 4 - 8 ;   W i l l a r d   M D ,   2 0 0 2 ,   J   A M   V E T   M E D   A S S O C ,   V 2 2 0 ,   P 1 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 2 4 6 0 / j a v m a . 2 0 0 2 . 2 2 0 . 1 1 7 7 ;   X h e m a l i   D . ,   2 0 0 9 ,   I N T   J   C O M P U T   S C I   I J C ,   V 4 ,   P 1 6 ;   Z e l i c   I ,   1 9 9 7 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 2 1 ,   P 4 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 2 8 8 0 4 3 1 2 9 8 ;   Z h a n g   X W ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 3 ,   P 7 8 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 2 3 ,   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 7 3 ] 	 4 1 	 0 	 0 	 9 	 9 	 S A G E   P U B L I C A T I O N S   I N C 	 T H O U S A N D   O A K S 	 2 4 5 5   T E L L E R   R D ,   T H O U S A N D   O A K S ,   C A   9 1 3 2 0   U S A 	 1 0 4 0 - 6 3 8 7 	 1 9 4 3 - 4 9 3 6 	 	 J   V E T   D I A G N   I N V E S T 	 J .   V e t .   D i a g n .   I n v e s t . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 2 8 	 6 	 	 	 	 	 6 7 9 	 6 8 7 	 	 1 0 . 1 1 7 7 / 1 0 4 0 6 3 8 7 1 6 6 5 7 3 7 7 	 	 9 	 V e t e r i n a r y   S c i e n c e s 	 V e t e r i n a r y   S c i e n c e s 	 D Z 4 C M 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 8 0 5 4 0 0 0 1 0 	 2 7 6 9 8 1 6 8 	 
 
 J 	 N g o ,   T D ;   T r a n ,   T D ;   L e ,   M T ;   T h a i ,   K M 	 	 	 	 T r i e u - D u   N g o ;   T h a n h - D a o   T r a n ;   M i n h - T r i   L e ;   K h a c - M i n h   T h a i 	 	 	 C o m p u t a t i o n a l   p r e d i c t i v e   m o d e l s   f o r   P - g l y c o p r o t e i n   i n h i b i t i o n   o f   i n - h o u s e   c h a l c o n e   d e r i v a t i v e s   a n d   d r u g - b a n k   c o m p o u n d s 	 M O L E C U L A R   D I V E R S I T Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 M a c h i n e   l e a r n i n g ;   D o c k i n g ;   P - g l y c o p r o t e i n ;   C h a l c o n e ;   D r u g   b a n k 	 C O N C O R D A N C E   C O R R E L A T I O N - C O E F F I C I E N T ;   D I F F E R E N T   V A L I D A T I O N   C R I T E R I A ;   A U T O M A T E D   P R O T E I N - S T R U C T U R E ;   R E A L   E X T E R N A L   P R E D I C T I V I T Y ;   M U L T I D R U G   A B C   T R A N S P O R T E R ;   Q S A R   M O D E L S ;   A P P L I C A B I L I T Y   D O M A I N ;   C A N C E R - C H E M O T H E R A P Y ;   C L I N I C A L - R E L E V A N C E ;   I N T E R A C T I N G   D R U G S 	 T h e   h u m a n   P - g l y c o p r o t e i n   ( P - g p )   e f f l u x   p u m p   i s   o f   g r e a t   i n t e r e s t   f o r   m e d i c i n a l   c h e m i s t s   b e c a u s e   o f   i t s   i m p o r t a n t   r o l e   i n   m u l t i d r u g   r e s i s t a n c e   ( M D R ) .   B e c a u s e   o f   t h e   h i g h   p o l y s p e c i f i c i t y   a s   w e l l   a s   t h e   u n a v a i l a b i l i t y   o f   h i g h - r e s o l u t i o n   X - r a y   c r y s t a l   s t r u c t u r e s   o f   t h i s   t r a n s m e m b r a n e   p r o t e i n ,   l i g a n d - b a s e d ,   a n d   s t r u c t u r e - b a s e d   a p p r o a c h e s   w h i c h   w e r e   m a c h i n e   l e a r n i n g ,   h o m o l o g y   m o d e l i n g ,   a n d   m o l e c u l a r   d o c k i n g   w e r e   c o m b i n e d  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 F a c   P h a r m ,   D e p t   M e d   C h e m ,   4 1   D i n h   T i e n   H o a n g , D i s t   1 ,   H o   C h i   M i n h   C i t y   7 0 0 0 0 0 ,   V i e t n a m 	 T h a i ,   K M   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   M e d   &   P h a r m   H o   C h i   M i n h   C i t y ,   F a c   P h a r m ,   D e p t   M e d   C h e m ,   4 1   D i n h   T i e n   H o a n g , D i s t   1 ,   H o   C h i   M i n h   C i t y   7 0 0 0 0 0 ,   V i e t n a m . 	 t h a i k h a c m i n h @ g m a i l . c o m 	 	 T h a i ,   K h a c - M i n h / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 5 2 7 9 - 9 6 1 4 	 V i e t n a m   N a t i o n a l   F o u n d a t i o n   f o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   D e v e l o p m e n t   ( N A F O S T E D )   [ 1 0 6 - Y S . 0 5 - 2 0 1 5 . 3 1 ] 	 T h i s   r e s e a r c h   i s   f u n d e d   b y   V i e t n a m   N a t i o n a l   F o u n d a t i o n   f o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   D e v e l o p m e n t   ( N A F O S T E D )   u n d e r   G r a n t   n u m b e r   1 0 6 - Y S . 0 5 - 2 0 1 5 . 3 1   t o   K h a c - M i n h   T h a i . 	 A l t s c h u l   S F ,   1 9 9 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 2 5 ,   P 3 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 2 5 . 1 7 . 3 3 8 9 ;   B a g u l e y   B C ,   2 0 1 0 ,   M O L   B I O T E C H N O L ,   V 4 6 ,   P 3 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 3 3 - 0 1 0 - 9 3 2 1 - 2 ;   B a n s a l   T ,   2 0 0 9 ,   J   P H A R M   P H A R M   S C I ,   V 1 2 ,   P 4 6 ;   B e n g i o   Y ,   2 0 0 4 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 5 ,   P 1 0 8 9 ;   B e n t o   A P ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 1 0 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 0 3 1 ;   B i n k h a t h l a n   Z ,   2 0 1 3 ,   C U R R   C A N C E R   D R U G   T A R ,   V 1 3 ,   P 3 2 6 ;   C a l l a g h a n   R ,   2 0 1 4 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 4 2 ,   P 6 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 1 3 . 0 5 6 1 7 6 ;   C h i b a   P ,   2 0 0 6 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 1 3 ,   P 7 9 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 0 9 2 9 8 6 7 0 6 7 7 6 0 5 5 6 0 7 ;   C h i r i c o   N ,   2 0 1 2 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 2 ,   P 2 0 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 3 0 0 0 8 4 j ;   C h i r i c o   N ,   2 0 1 1 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 1 ,   P 2 3 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 2 0 0 2 1 1 n ;   C h u f a n   E E ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 2 4 6 3 ;   C o n s o n n i   V ,   2 0 1 0 ,   J   C H E M O M E T R ,   V 2 4 ,   P 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c e m . 1 2 9 0 ;   C o n s o n n i   V ,   2 0 0 9 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 9 ,   P 1 6 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 9 0 0 1 1 5 y ;   D a w s o n   R J P ,   2 0 0 7 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 1 ,   P 9 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 7 3 ;   D a w s o n   R J P ,   2 0 0 6 ,   N A T U R E ,   V 4 4 3 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 5 1 5 5 ;   D e a r d e n   J C ,   2 0 0 3 ,   S A R   Q S A R   E N V I R O N   R E S ,   V 1 4 ,   P 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 1 0 6 2 9 3 6 0 3 1 0 0 0 1 6 2 0 2 4 ;   D e m e l   M A ,   2 0 0 8 ,   C U R R   C O M P U T - A I D   D R U G ,   V 4 ,   P 9 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 7 3 4 0 9 0 8 7 8 4 5 3 3 2 5 6 ;   D o b c h e v   D A ,   2 0 1 4 ,   C U R R   T O P   M E D   C H E M ,   V 1 4 ,   P 1 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 6 8 0 2 6 6 1 4 6 6 6 1 4 0 9 2 9 1 2 4 2 0 3 ;   F e r r e i r a   A ,   2 0 1 5 ,   P H Y T O C H E M   R E V ,   V 1 4 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 1 0 1 - 0 1 4 - 9 3 5 8 - 0 ;   G l a e s e r   H ,   2 0 0 8 ,   A N T I T A R G E T S   P R E D I C T I ,   P 3 4 1 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 3 5 2 7 6 2 1 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 3 5 2 7 6 2 1 4 6 0 . C H 1 5 ] ;   G o l b r a i k h   A ,   2 0 0 2 ,   J   M O L   G R A P H   M O D E L ,   V 2 0 ,   P 2 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 3 - 3 2 6 3 ( 0 1 ) 0 0 1 2 3 - 1 ;   G r a m a t i c a   P ,   2 0 0 7 ,   Q S A R   C O M B   S C I ,   V 2 6 ,   P 6 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / q s a r . 2 0 0 6 1 0 1 5 1 ;   H v o r u p   R N ,   2 0 0 7 ,   S C I E N C E ,   V 3 1 7 ,   P 1 3 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 4 5 9 5 0 ;   J a b e e n   I ,   2 0 1 3 ,   J   C O M P U T   A I D   M O L   D E S ,   V 2 7 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 2 2 - 0 1 3 - 9 6 3 5 - 9 ;   J a w o r s k a   J ,   2 0 0 5 ,   A T L A - A L T E R N   L A B   A N I M ,   V 3 3 ,   P 4 4 5 ;   J i n   M S ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 0 ,   P 5 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 4 4 8 ;   T h a i   K M ,   2 0 1 3 ,   C U R R   T O P   M E D   C H E M ,   V 1 3 ,   P 1 0 0 2 ;   K n o x   C ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p D 1 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 1 1 2 6 ;   K u p s a k o v a   I ,   2 0 0 4 ,   E U R   J   P H A R M   S C I ,   V 2 1 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j p s . 2 0 3 . 1 0 . 0 1 9 ;   L A S K O W S K I   R A ,   1 9 9 3 ,   J   A P P L   C R Y S T A L L O G R ,   V 2 6 ,   P 2 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 7 / S 0 0 2 1 8 8 9 8 9 2 0 0 9 9 4 4 ;   L a w   V ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   p D 1 0 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k t 1 0 6 8 ;   L e h n e   G u s t a v ,   2 0 0 0 ,   C u r r e n t   D r u g   T a r g e t s ,   V 1 ,   P 8 5 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 9 4 5 0 0 0 3 3 4 9 4 4 3 ;   L i   J Z ,   2 0 1 4 ,   P R O T E I N   S C I ,   V 2 3 ,   P 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o . 2 3 8 7 ;   L I N   L I ,   1 9 8 9 ,   B I O M E T R I C S ,   V 4 5 ,   P 2 5 5 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 5 3 2 0 5 1 ;   L i t m a n   T ,   1 9 9 7 ,   B B A - M O L   B A S I S   D I S ,   V 1 3 6 1 ,   P 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 5 - 4 4 3 9 ( 9 7 ) 0 0 0 2 6 - 4 ;   L o c h e r   K P ,   2 0 0 2 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 6 ,   P 1 0 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 7 1 1 4 2 ;   M o n t a n a r i   F ,   2 0 1 5 ,   A D V   D R U G   D E L I V E R   R E V ,   V 8 6 ,   P 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a d d r . 2 0 1 5 . 0 3 . 0 0 1 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   M U L T   R E S   P R O T ;   N e t z e v a   T I ,   2 0 0 5 ,   A T L A - A L T E R N   L A B   A N I M ,   V 3 3 ,   P 1 5 5 ;   O E C D ,   2 0 1 4 ,   O E C D   S E R   T E S T   A S S ,   D O I   [ 1 0 . 1 7 8 7 / 9 7 8 9 2 6 4 0 8 5 4 4 2 - e n ,   D O I   1 0 . 1 7 8 7 / 9 7 8 9 2 6 4 0 8 5 4 4 2 - E N ] ;   O j h a   P K ,   2 0 1 1 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 1 0 9 ,   P 1 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 7 ;   O j h a   P K ,   2 0 1 1 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 1 0 7 ,   P 1 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 1 . 0 3 . 0 1 1 ;   O s t e r b e r g   T ,   2 0 0 0 ,   E U R   J   P H A R M   S C I ,   V 1 0 ,   P 2 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 2 8 - 0 9 8 7 ( 0 0 ) 0 0 0 7 7 - 4 ;   P a l m e i r a   A ,   2 0 1 2 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 1 9 ,   P 1 9 4 6 ;   P a l m e i r a   A ,   2 0 1 2 ,   C U R R   P H A R M   D E S I G N ,   V 1 8 ,   P 4 1 9 7 ;   P a r v e e n   Z ,   2 0 1 4 ,   B I O O R G A N   M E D   C H E M ,   V 2 2 ,   P 2 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 5 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   C H E M B I O D R A W U L T R A ;   P r a t i m   R P ,   2 0 0 9 ,   M O L E C U L E S ,   V 1 4 ,   P 1 6 6 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / M O L E C U L E S 1 4 0 5 1 6 6 0 ;   R a u t i o   J ,   2 0 0 6 ,   D R U G   M E T A B   D I S P O S ,   V 3 4 ,   P 7 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / d m d . 1 0 5 . 0 0 8 6 1 5 ;   R a v n a   A i n a   W e s t r h e i m ,   2 0 1 2 ,   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   V 8 5 7 ,   P 2 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 6 1 7 7 9 - 5 8 8 - 6 _ 1 2 ;   R O N C H I   E ,   1 9 8 9 ,   T U M O R I ,   V 7 5 ,   P 5 4 2 ;   R o y   A ,   2 0 1 0 ,   N A T   P R O T O C ,   V 5 ,   P 7 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 0 . 5 ;   R o y   K ,   2 0 1 5 ,   Q U A N T I T A T I V E   S T R U C T U ,   P 1 8 0 ,   D O I   D O I   1 0 . 4 0 1 8 / 9 7 8 - 1 - 4 6 6 6 - 8 1 3 6 - 1 . C H 0 0 5 ;   R o y   K ,   2 0 1 6 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 1 5 2 ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 0 8 ;   R o y   K ,   2 0 1 5 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 1 4 5 ,   P 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 1 3 ;   R o y   K ,   2 0 1 2 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 5 2 ,   P 3 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 2 0 0 5 2 0 g ;   R o y   P P ,   2 0 0 8 ,   Q S A R   C O M B   S C I ,   V 2 7 ,   P 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / q s a r . 2 0 0 7 1 0 0 4 3 ;   S a k   K a t r i n ,   2 0 1 4 ,   P h a r m a c o g n   R e v ,   V 8 ,   P 1 2 2 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 0 9 7 3 - 7 8 4 7 . 1 3 4 2 4 7 ;   S a n e j a   A ,   2 0 1 4 ,   C U R R   C A N C E R   D R U G   T A R ,   V 1 4 ,   P 4 1 9 ;   S a n e j a   A ,   2 0 1 4 ,   E X P E R T   O P I N   D R U G   D E L ,   V 1 1 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 7 4 2 5 2 4 7 . 2 0 1 4 . 8 6 5 0 1 4 ;   S c h u u r m a n n   G ,   2 0 0 8 ,   J   C H E M   I N F   M O D E L ,   V 4 8 ,   P 2 1 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 8 0 0 2 5 3 u ;   S h a r o m   F J ,   2 0 0 6 ,   D R U G   T R A N S P O R T E R S ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 0 4 7 0 1 4 0 5 0 5 ;   S h e n   J ,   2 0 1 4 ,   C O M B   C H E M   H I G H   T   S C R ,   V 1 7 ,   P 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 6 2 0 7 3 1 1 3 0 1 0 1 0 0 0 2 ;   S h i   L M ,   2 0 0 1 ,   J   C H E M   I N F   C O M P   S C I ,   V 4 1 ,   P 1 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c i 0 0 0 0 6 6 d ;   S h i n t r e   C A ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 9 7 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 1 7 0 4 2 1 1 0 ;   S o u s a   I J ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   P H A R M   S C I ,   V 4 8 ,   P 5 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j p s . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 1 2 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   C L E M ;   S r i v a l l i   K M R ,   2 0 1 2 ,   B R A Z   J   P H A R M   S C I ,   V 4 8 ,   P 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 9 0 / S 1 9 8 4 - 8 2 5 0 2 0 1 2 0 0 0 3 0 0 0 0 2 ;   S z a k a c s   G ,   2 0 0 6 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 5 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 1 9 8 4 ;   T e o d o r i   E ,   2 0 0 6 ,   C U R R   D R U G   T A R G E T S ,   V 7 ,   P 8 9 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 9 4 5 0 0 6 7 7 7 7 0 9 5 2 0 ;   T r o p s h a   A ,   2 0 0 3 ,   Q S A R   C O M B   S C I ,   V 2 2 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / q s a r . 2 0 0 3 9 0 0 0 7 ;   T r o p s h a   A ,   2 0 1 0 ,   M O L   I N F O R M ,   V 2 9 ,   P 4 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m i n f . 2 0 1 0 0 0 0 6 1 ;   U . S .   F o o d   a n d   D r u g   A d m i n i s t r a t i o n ,   D R U G   D E V   D R U G   I N T   T A ;   V a z   R J ,   2 0 0 8 ,   A N T I T A R G E T S   P R E D I C T I ,   p X X I ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 3 5 2 7 6 2 1 4 6 0 . f m a t t e r ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 9 7 8 3 5 2 7 6 2 1 4 6 0 . F M A T T E R ] ;   V a z q u e z   R N ,   2 0 1 4 ,   C U R R   C O M P U T - A I D   D R U G ,   V 1 0 ,   P 2 5 0 ;   W a n g   R B ,   2 0 0 3 ,   J   C L I N   P H A R M   T H E R ,   V 2 8 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 4 6 / j . 1 3 6 5 - 2 7 1 0 . 2 0 0 3 . 0 0 4 8 7 . x ;   W a n g   Y H ,   2 0 0 5 ,   J   C O M P U T   A I D   M O L   D E S ,   V 1 9 ,   P 1 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 2 2 - 0 0 5 - 3 3 2 1 - 5 ;   W a r d   A ,   2 0 0 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 4 ,   P 1 9 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 7 0 9 3 8 8 1 0 4 ;   W a r d   A B ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 1 3 3 8 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 0 9 2 7 5 1 1 0 ;   W i s h a r t   D S ,   2 0 0 8 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 6 ,   p D 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 9 5 8 ;   W i s h a r t   D S ,   2 0 0 6 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 4 ,   p D 6 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k j 0 6 7 ;   W i t t e n   I H ,   2 0 1 1 ,   M O R   K A U F   D ,   P 1 ;   W u   J H ,   2 0 0 9 ,   Q S A R   C O M B   S C I ,   V 2 8 ,   P 9 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / q s a r . 2 0 0 8 6 0 1 3 4 ;   W u   S T ,   2 0 0 7 ,   B M C   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 4 1 - 7 0 0 7 - 5 - 1 7 ;   X u   J R ,   2 0 1 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 6 ,   P 8 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 0 6 6 ;   Y a p   C W ,   2 0 1 1 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 3 2 ,   P 1 4 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 1 7 0 7 ;   Z d r a z i l   B ,   2 0 1 2 ,   M O L   I N F O R M ,   V 3 1 ,   P 5 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m i n f . 2 0 1 2 0 0 0 5 9 ;   Z h a n g   J ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   C O M P U T   B I O S C I ,   D O I   [ 1 0 . 2 3 1 6 / J o u r n a l . 2 1 0 . 2 0 1 0 . 1 . 2 1 0 - 1 0 1 0 ,   D O I   1 0 . 2 3 1 6 / J O U R N A L . 2 1 0 . 2 0 1 0 . 1 . 2 1 0 - 1 0 1 0 ] ;   Z h a n g   S H ,   2 0 0 3 ,   J   P H A R M A C O L   E X P   T H E R ,   V 3 0 4 ,   P 1 2 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 4 / j p e t . 1 0 2 . 0 4 4 4 1 2 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 0 8 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 9 - 4 0 ;   Z h a n g   Y ,   2 0 0 9 ,   P R O T E I N S ,   V 7 7 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p r o t . 2 2 5 8 8 ;   Z h o u   S F ,   2 0 0 8 ,   X E N O B I O T I C A ,   V 3 8 ,   P 8 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 4 9 8 2 5 0 7 0 1 8 6 7 8 8 9   	 9 2 	 0 	 0 	 9 	 9 	 S P R I N G E R 	 D O R D R E C H T 	 V A N   G O D E W I J C K S T R A A T   3 0 ,   3 3 1 1   G Z   D O R D R E C H T ,   N E T H E R L A N D S 	 1 3 8 1 - 1 9 9 1 	 1 5 7 3 - 5 0 1 X 	 	 M O L   D I V E R S 	 M o l .   D i v e r s . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 2 0 	 4 	 	 	 	 	 9 4 5 	 9 6 1 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 0 3 0 - 0 1 6 - 9 6 8 8 - 5 	 	 1 7 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ,   A p p l i e d ;   C h e m i s t r y ,   M e d i c i n a l ;   C h e m i s t r y ,   M u l t i d i s c i p l i n a r y 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ;   P h a r m a c o l o g y   &   P h a r m a c y 	 D Y 6 C E 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 1 9 2 9 0 0 0 1 5 	 2 7 4 3 1 5 7 7 	 
 
 J 	 C l o v e r ,   K A ;   O l d m e a d o w ,   C ;   N e l s o n ,   L ;   R o g e r s ,   K ;   M i t c h e l l ,   A J ;   C a r t e r ,   G 	 	 	 	 C l o v e r ,   K e r r i e   A n n ;   O l d m e a d o w ,   C h r i s t o p h e r ;   N e l s o n ,   L o u i s e ;   R o g e r s ,   K e r r y ;   M i t c h e l l ,   A l e x   J . ;   C a r t e r ,   G r e g o r y 	 	 	 W h i c h   i t e m s   o n   t h e   d i s t r e s s   t h e r m o m e t e r   p r o b l e m   l i s t   a r e   t h e   m o s t   d i s t r e s s i n g ? 	 S U P P O R T I V E   C A R E   I N   C A N C E R 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 N e o p l a s m s ;   P s y c h o l o g y ;   D i s t r e s s ;   D e p r e s s i o n ;   A n x i e t y 	 C A N C E R - P A T I E N T S ;   P S Y C H O S O C I A L   D I S T R E S S ;   C A R E ;   M E T A A N A L Y S I S ;   M U L T I C E N T E R ;   D E P R E S S I O N ;   V A L I D A T I O N ;   V A L I D I T Y 	 T h e   i m p o r t a n c e   o f  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 P 1 4 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / l a r y . 2 3 8 8 6 ;   B u l t z   B D ,   2 0 0 6 ,   P S Y C H O - O N C O L ,   V 1 5 ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 1 0 2 2 ;   C a r t e r   G ,   2 0 1 2 ,   P S Y C H O - O N C O L O G Y ,   V 2 1 ,   P 1 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 2 0 2 0 ;   C l o v e r   K ,   2 0 0 9 ,   S U P P O R T   C A R E   C A N C E R ,   V 1 7 ,   P 1 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 0 - 0 0 9 - 0 6 0 6 - 6 ;   C l o v e r   K ,   2 0 0 9 ,   A U S T   N Z   J   P S Y C H I A T ,   V 4 3 ,   P 6 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 0 4 8 6 7 0 9 0 2 9 7 0 8 0 9 ;   D o n o v a n   K A ,   2 0 1 4 ,   P S Y C H O - O N C O L O G Y ,   V 2 3 ,   P 2 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 3 4 3 0 ;   F a l l o w f i e l d   L ,   2 0 0 1 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 4 ,   P 1 0 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 4 / b j o c . 2 0 0 1 . 1 7 2 4 ;   G r a s s i   L ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 9 ,   P 1 7 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 7 9 0 2 ;   G u n n a r s d o t t i r   S ,   2 0 1 2 ,   P S Y C H O - O N C O L O G Y ,   V 2 1 ,   P 7 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 1 9 5 0 ;   H o l l a n d   J i m m i e   C ,   2 0 0 7 ,   J   N a t l   C o m p r   C a n c   N e t w ,   V 5 ,   P 3 ;   I n s t i t u t e   o f   M e d i c i n e   R e p o r t ,   2 0 0 8 ,   C A N C   C A R E   W H O L E   P A T I ;   J a c o b s e n   P B ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R ,   V 1 0 3 ,   P 1 4 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 0 9 4 0 ;   M i t c h e l l   A J ,   2 0 0 8 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 8 ,   P 1 9 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 4 3 9 6 ;   M i t c h e l l   A J ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 8 ,   P 6 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 7 6 4 8 ;   M i t c h e l l   A J ,   2 0 1 0 ,   J   N A T L   C O M P R   C A N C   N E ,   V 8 ,   P 4 8 7 ;   N a t i o n a l   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   N e t w o r k ,   2 0 0 4 ,   D I S T R   M A N   G U I D ;   R a n s o m   S ,   2 0 0 6 ,   P S Y C H O - O N C O L ,   V 1 5 ,   P 6 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 9 9 3 ;   S h i m   E J ,   2 0 0 8 ,   P S Y C H O - O N C O L ,   V 1 7 ,   P 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / p o n . 1 2 7 5 ;   S o l l n e r   W ,   2 0 0 1 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 8 4 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 4 / b j o c . 2 0 0 0 . 1 5 4 5 ;   T u i n m a n   M A ,   2 0 0 8 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 3 ,   P 8 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 3 6 2 2 ;   V a n H o o s e   L ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R ,   V 1 1 3 ,   P 8 7 0 	 2 3 	 0 	 0 	 2 	 2 	 S P R I N G E R 	 N E W   Y O R K 	 2 3 3   S P R I N G   S T ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 3   U S A 	 0 9 4 1 - 4 3 5 5 	 1 4 3 3 - 7 3 3 9 	 	 S U P P O R T   C A R E   C A N C E R 	 S u p p o r t .   C a r e   C a n c e r 	 N O V 	 2 0 1 6 	 2 4 	 1 1 	 	 	 	 	 4 5 4 9 	 4 5 5 7 	 	 1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 5 2 0 - 0 1 6 - 3 2 9 4 - z 	 	 9 	 O n c o l o g y ;   H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   R e h a b i l i t a t i o n 	 O n c o l o g y ;   H e a l t h   C a r e   S c i e n c e s   &   S e r v i c e s ;   R e h a b i l i t a t i o n 	 D Y 5 O M 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 1 4 9 5 0 0 0 1 2 	 2 7 2 6 0 0 1 6 	 
 
 J 	 X i n g ,   Z H ;   C h u ,   C ;   C h e n ,   L ;   K o n g ,   X Y 	 	 	 	 X i n g ,   Z h i h a o ;   C h u ,   C h e n ;   C h e n ,   L e i ;   K o n g ,   X i a n g y i n 	 	 	 T h e   u s e   o f   G e n e   O n t o l o g y   t e r m s   a n d   K E G G   p a t h w a y s   f o r   a n a l y s i s   a n d   p r e d i c t i o n   o f   o n c o g e n e s 	 B I O C H I M I C A   E T   B I O P H Y S I C A   A C T A - G E N E R A L   S U B J E C T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 O n c o g e n e s ;   G e n e   O n t o l o g y ;   K E G G   p a t h w a y ;   M i n i m u m   r e d u n d a n c y   m a x i m u m   r e l e v a n c e ;   I n c r e m e n t a l   f e a t u r e   s e l e c t i o n ;   R a n d o m   f o r e s t 	 B R E A S T - C A N C E R ;   S I G N A L - T R A N S D U C T I O N ;   C O L O R E C T A L - C A N C E R ;   O V A R I A N - C A N C E R ;   K I N A S E   G E N E ;   P R O T E I N ;   E X P R E S S I O N ;   R E C E P T O R ;   F A M I L Y ;  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 N a t i o n a l   B a s i c   R e s e a r c h   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( 2 0 1 1 C B 5 1 0 1 0 2 ,   2 0 1 1 C B 5 1 0 1 0 1 ) ,   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 3 1 3 7 1 3 3 5 ,   6 1 2 0 2 0 2 1 ,   1 1 3 7 1 0 0 8 ,   8 1 0 3 0 0 1 5 ) ,   t h e   I n n o v a t i o n   P r o g r a m   o f   S h a n g h a i   M u n i c i p a l   E d u c a t i o n   C o m m i s s i o n   ( 1 2 Z Z 0 8 7 ) ,   a n d   t h e   S h a n g h a i   E d u c a t i o n a l   D e v e l o p m e n t   F o u n d a t i o n   ( 1 2 C G 5 5 ) . 	 A C A M P O R A   D ,   1 9 8 9 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 1 7 ,   P 1 0 3 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / 1 7 . 2 4 . 1 0 3 8 5 ;   A D A M S O N   E D ,   1 9 8 7 ,   D E V E L O P M E N T ,   V 9 9 ,   P 4 4 9 ;   A r v a n i t i s   C ,   2 0 0 6 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 1 6 ,   P 3 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 0 6 . 0 7 . 0 1 2 ;   A v i l l a   E ,   2 0 1 1 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 1 ,   P 1 7 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 0 - 2 1 8 6 ;   B a l d i   P ,   2 0 0 0 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   P 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 6 . 5 . 4 1 2 ;   B e e v e r s   C S ,   2 0 0 6 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 1 9 ,   P 7 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 1 9 3 2 ;   B h a t l e k a r   S ,   2 0 1 4 ,   J   M O L   M E D ,   V 9 2 ,   P 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 1 0 9 - 0 1 4 - 1 1 8 1 - y ;   B I S H O P   J M ,   1 9 9 1 ,   C E L L ,   V 6 4 ,   P 2 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 9 2 - 8 6 7 4 ( 9 1 ) 9 0 6 3 6 - D ;   B O S   J L ,   1 9 8 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 4 9 ,   P 4 6 8 2 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B u r s t e i n   H J ,   2 0 0 5 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 3 ,   P 1 6 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M p 0 5 8 1 9 7 ;   C a r m o n a - S a e z   P ,   2 0 0 7 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 7 - 8 - 1 - r 3 ;   C h e n   G Q ,   2 0 1 0 ,   M E D   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 4 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 3 2 - 0 0 9 - 9 2 2 5 - 9 ;   C h e n   J S ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 0 ,   P 1 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 6 1 1 7 ;   C h e n   L ,   2 0 1 5 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 1 ,   P 2 5 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 m b 0 0 2 7 6 a ;   C h e n   L ,   2 0 1 4 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 0 ,   P 8 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 m b 7 0 4 9 0 d ;   C h e n   L ,   2 0 1 3 ,   C U R R   B I O I N F O R M ,   V 8 ,   P 5 4 5 ;   C h e n   L ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 3 5 2 5 4 ;   C h e n   L ,   2 0 1 0 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 1 - 2 9 3 ;   C r a m e r   H ,   1 9 4 6 ,   M A T H   M E T H O D S   S T A T ;   C r o c e   C M ,   2 0 0 8 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 8 ,   P 5 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M r a 0 7 2 3 6 7 ;   D a n g   C V ,   1 9 9 9 ,   E X P   C E L L   R E S ,   V 2 5 3 ,   P 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / e x c r . 1 9 9 9 . 4 6 8 6 ;   D e a r t h   R K ,   2 0 0 7 ,   C E L L   C Y C L E ,   V 6 ,   P 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / c c . 6 . 6 . 4 0 3 5 ;   D e a r t h   R K ,   2 0 0 6 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 2 6 ,   P 9 3 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 0 0 2 6 0 - 0 6 ;   D i t t m e r   A ,   2 0 0 8 ,   O N K O L O G I E ,   V 3 1 ,   P 1 5 4 ;   D o n g   W W ,   2 0 1 2 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 1 8 ,   P 1 8 0 6 ,   D O I   1 0 . 3 7 4 8 / w j g . v 1 8 . i 1 5 . 1 8 0 6 ;   E g o r o v   M V ,   2 0 0 9 ,   M O L   B I O L   C E L L ,   V 2 0 ,   P 2 4 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 1 / m b c . E 0 8 - 1 1 - 1 1 3 6 ;   F a r r i a   A ,   2 0 1 5 ,   O N C O G E N E ,   V 3 4 ,   P 4 9 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c . 2 0 1 4 . 4 5 3 ;   F e r g u s o n   K M ,   2 0 0 3 ,   M O L   C E L L ,   V 1 1 ,   P 5 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 0 9 7 - 2 7 6 5 ( 0 3 ) 0 0 0 4 7 - 9 ;   F e r n a n d e z - M e d a r d e   A l b e r t o ,   2 0 1 1 ,   G e n e s   C a n c e r ,   V 2 ,   P 3 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 9 4 7 6 0 1 9 1 1 4 1 1 0 8 4 ;   F r a m e   M C ,   2 0 0 2 ,   B B A - R E V   C A N C E R ,   V 1 6 0 2 ,   P 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 3 0 4 - 4 1 9 X ( 0 2 ) 0 0 0 4 0 - 9 ;   F r a n c e s c h i n i   A ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   p D 8 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 0 9 4 ;   F u t r e a l   P A ,   2 0 0 4 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 4 ,   P 1 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 1 2 9 9 ;   G a r c i a   F ,   1 9 9 8 ,   G E N O M I C S ,   V 5 0 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 6 / g e n o . 1 9 9 8 . 5 3 1 5 ;   G o z u a c i k   D ,   2 0 0 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 1 ,   P 5 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k g 1 3 6 ;   G r a y   K A ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 1 0 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 7 1 ;   G R U N I C K E   H H ,   1 9 9 3 ,   C R I T   R E V   O N C O G E N E S I S ,   V 4 ,   P 3 8 9 ;   G s t a i g e r   M ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 5 0 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 1 4 7 4 8 9 8 ;   G u e r t i n   D A ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 2 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 0 8 ;   H a y   N ,   2 0 0 4 ,   G E N E   D E V ,   V 1 8 ,   P 1 9 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 1 2 1 2 7 0 4 ;   H A Z A N   R ,   1 9 9 0 ,   C E L L   G R O W T H   D I F F E R ,   V 1 ,   P 3 ;   H e r b s t   R S ,   2 0 0 4 ,   I N T   J   R A D I A T   O N C O L ,   V 5 9 ,   P 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . i j r o b p . 2 0 0 3 . 1 1 . 0 4 1 ;   H o l m e s   C O ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 3 8 - 7 4 4 5 . A M 2 0 1 4 - 4 9 9 5 ;   H u a n g   T ,   2 0 1 2 ,   B I O C H I M I E ,   V 9 4 ,   P 1 0 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o c h i . 2 0 1 1 . 1 2 . 0 2 4 ;   K a n e h i s a   M ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   p D 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 9 8 8 ;   K A R A S A K I   S ,   1 9 7 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 3 6 ,   P 4 4 9 1 ;   K e n d a l l   M . ,   1 9 7 9 ,   A D V   T H E O R Y   S T A T ,   V 2 ;   K i m   W . ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F   B I O M   B I B M   2 0 1 ,   P 4 7 0 ;   K O C H E T O V   A V ,   1 9 9 5 ,   B I O O R G   K H I M + ,   V 2 1 ,   P 6 9 1 ;   K o h a v i   R . ,   1 9 9 5 ,   I J C A I - 9 5 .   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   F o u r t e e n t h   I n t e r n a t i o n a l   J o i n t   C o n f e r e n c e   o n   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ,   P 1 1 3 7 ;   L A N D   H ,   1 9 8 3 ,   S C I E N C E ,   V 2 2 2 ,   P 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 6 3 5 6 3 5 8 ;   L i   Y K ,   2 0 1 4 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 5 ,   P 4 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 3 - 1 5 7 3 - 6 ;   L y n c h   T J ,   2 0 0 4 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 5 0 ,   P 2 1 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 0 4 0 9 3 8 ;   M a i o r a n o   D ,   2 0 0 5 ,   C E L L ,   V 1 2 0 ,   P 3 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 1 0 ;   M a r t i n   G S ,   2 0 0 1 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 2 ,   P 4 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 0 7 3 0 9 4 ;   M a t s u b a r a   S . ,   2 0 1 3 ,   S C I   R E P O R T S ,   V 3 ;   M A T T H E W S   B W ,   1 9 7 5 ,   B I O C H I M   B I O P H Y S   A C T A ,   V 4 0 5 ,   P 4 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 0 5 - 2 7 9 5 ( 7 5 ) 9 0 1 0 9 - 9 ;   M C A L P I N E   P J ,   1 9 9 0 ,   G E N O M I C S ,   V 7 ,   P 4 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 8 8 8 - 7 5 4 3 ( 9 0 ) 9 0 1 8 6 - X ;   M c I l w a i n   C C ,   2 0 0 6 ,   O N C O G E N E ,   V 2 5 ,   P 1 6 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 9 3 7 3 ;   M i l d e - L a n g o s c h   K ,   2 0 0 5 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 9 2 ,   P 2 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 2 6 5 5 ;   M i t r i   Z . ,   2 0 1 2 ,   C H E M O T H E R   R E S   P R A C T ,   V 2 0 1 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 2 / 7 4 3 1 9 3 ;   M o o t h a   V K ,   2 0 0 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 4 ,   P 2 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 1 8 0 ;   N e s b i t   C E ,   1 9 9 9 ,   O N C O G E N E ,   V 1 8 ,   P 3 0 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 2 7 4 6 ;   P a r s o n s   S J ,   2 0 0 4 ,   O N C O G E N E ,   V 2 3 ,   P 7 9 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 8 1 6 0 ;   P a t e l   N S ,   2 0 0 6 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 2 ,   P 4 8 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 6 - 0 2 8 5 ;   P e n g   H C ,   2 0 0 5 ,   I E E E   T   P A T T E R N   A N A L ,   V 2 7 ,   P 1 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 2 0 0 5 . 1 5 9 ;   P e t r i c o i n   E F ,   2 0 0 2 ,   L A N C E T ,   V 3 5 9 ,   P 5 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 0 2 ) 0 7 7 4 6 - 2 ;   R e i t m a n   Z J ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 7 ,   P 2 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 1 0 . 0 2 . 0 2 4 ;   R e n e h a n   A G ,   2 0 0 6 ,   T R E N D S   E N D O C R I N   M E T ,   V 1 7 ,   P 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t e m . 2 0 0 6 . 0 8 . 0 0 6 ;   R o d e n h u i s   S ,   1 9 9 2 ,   S e m i n   C a n c e r   B i o l ,   V 3 ,   P 2 4 1 ;   S H I B U Y A   M ,   1 9 9 0 ,   O N C O G E N E ,   V 5 ,   P 5 1 9 ;   S i g n o r e t t i   S ,   2 0 0 2 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 1 0 ,   P 6 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 2 0 0 2 1 5 7 9 5 ;   S l a t t e r y   M L ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 3 ,   P 1 2 0 6 ;   S m i t h   K S ,   1 9 9 9 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 1 9 ,   P 4 4 4 3 ;   S P E N C E R   C A ,   1 9 9 1 ,   A D V   C A N C E R   R E S ,   V 5 6 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 6 5 - 2 3 0 X ( 0 8 ) 6 0 4 7 6 - 5 ;   S u b r a m a n i a n   A ,   2 0 0 5 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 2 ,   P 1 5 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 5 0 6 5 8 0 1 0 2 ;   S U N   X J ,   1 9 9 1 ,   N A T U R E ,   V 3 5 2 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 3 5 2 0 7 3 a 0 ;   S u z u k i   T ,   2 0 0 2 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 7 ,   P 1 4 9 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 1 1 8 4 2 2 0 0 ;   S z k l a r c z y k   D ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 0 3 ;   T a b u s e   M ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 1 0 - 6 0 ;   T h o m p s o n   C B ,   2 0 0 9 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 0 ,   P 8 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M e 0 8 1 0 2 1 3 ;   T u r n e r   N ,   2 0 1 0 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 0 ,   P 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 7 8 0 ;   v o n   M e r i n g   C ,   2 0 0 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 3 ,   p D 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k i 0 0 5 ;   W a n g   Q ,   2 0 1 5 ,   M E D   O N C O L ,   V 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 3 2 - 0 1 5 - 0 5 3 8 - 6 ;   W e s t e r m a r k   U K ,   2 0 1 1 ,   S E M I N   C A N C E R   B I O L ,   V 2 1 ,   P 2 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c a n c e r . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 1 ;   W h i t e h e a d   I P ,   1 9 9 8 ,   M O L   C E L L   B I O L ,   V 1 8 ,   P 4 6 8 9 ;   W i t t e n   I .   H . ,   2 0 0 5 ,   D A T A   M I N I N G   P R A C T I C A ;   Y a n g   J ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 0 7 2 0 2 ;   Y u   J K ,   2 0 0 4 ,   W O R L D   J   G A S T R O E N T E R O ,   V 1 0 ,   P 3 1 2 7 ;   Z e n g   P Y ,   2 0 0 5 ,   C A N C E R   B I O L   T H E R ,   V 4 ,   P 9 6 1 ;   Z h u   X . ,   2 0 1 4 ,   A U S T I N   J   C L I N   M E D ,   V 1 ,   P 5 ;   Z u r   H a u s e n   H ,   2 0 0 1 ,   O N C O G E N E ,   V 2 0 ,   P 7 8 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 4 9 5 8 	 9 2 	 1 	 1 	 4 	 1 6 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 3 0 4 - 4 1 6 5 	 1 8 7 2 - 8 0 0 6 	 	 B B A - G E N   S U B J E C T S 	 B i o c h i m .   B i o p h y s .   A c t a - G e n .   S u b j . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 1 8 6 0 	 1 1 	 B 	 	 S I 	 	 2 7 2 5 	 2 7 3 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a g e n . 2 0 1 6 . 0 1 . 0 1 2 	 	 1 0 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o p h y s i c s 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   B i o p h y s i c s 	 D W 7 I S 	 W O S : 0 0 0 3 8 3 8 2 5 0 0 0 0 1 4 	 2 6 8 0 1 8 7 8 	 
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 J 	 A n g e l o p o u l o s ,   N ;   A b d a l l a h ,   S ;   G i a m a s ,   G 	 	 	 	 A n g e l o p o u l o s ,   N i c o s ;   A b d a l l a h ,   S a m e r ;   G i a m a s ,   G e o r g i o s 	 	 	 A d v a n c e s   i n   i n t e g r a t i v e   s t a t i s t i c s   f o r   l o g i c   p r o g r a m m i n g 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   A P P R O X I M A T E   R E A S O N I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 R   s t a t i s t i c a l   c o m p u t i n g ;   L o g i c   p r o g r a m m i n g ;   V i s u a l i s a t i o n ;   M a c h i n e   l e a r n i n g ;   G r a p h   d r a w i n g ;   b i o i n f o r m a t i c s 	 B R E A S T - C A N C E R ;   S W I - P R O L O G ;   B I O L O G Y 	 W e   p r e s e n t   r e c e n t   d e v e l o p m e n t s   o n   t h e   s y n t a x   o f   R e a l ,   a   l i b r a r y   f o r   i n t e r f a c i n g   t w o   P r o l o g   s y s t e m s   t o   t h e   s t a t i s t i c a l   l a n g u a g e   R .   W e   f o c u s   o n   t h e   c h a n g e s   i n   P r o l o g   s y n t a x   w i t h i n   S W I - P r o l o g   t h a t   a c c o m m o d a t e   g r e a t e r   s y n t a c t i c   i n t e g r a t i o n ,   e n h a n c e d   u s e r   e x p e r i e n c e   a n d   i m p r o v e d   f e a t u r e s   f o r   w e b - s e r v i c e s .   W e   r e c o u n t   t h e   f u l l   s y n t a x   a n d   f u n c t i o n a l i t y   o f   R e a l   a s   w e l l   a s   p r e s e n t i n g   a   f u l l   a p p l i c a t i o n   a n d   s i s t e r   p a c k a g e s   w h i c h   i n c l u d e   P r o l o g   c o d e   i n t e r f a c i n g   a   n u m b e r   o f   c o m m o n   a n d   u s e f u l   t a s k s   t h a t   c a n   b e   d e l e g a t e d   t o   R .   W e   a r g u e   t h a t   R e a l   i s   a   p o w e r f u l   e x t e n s i o n   t o   l o g i c   p r o g r a m m i n g ,   p r o v i d i n g   a c c e s s   t o   a   p o p u l a r   s t a t i s t i c a l   s y s t e m   t h a t   h a s   c o m p l e m e n t a r y   s t r e n g t h s   i n   a r e a s   s u c h   a s   m a c h i n e   l e a r n i n g ,   s t a t i s t i c a l   i n f e r e n c e   a n d   v i s u a l i s a t i o n .   F u r t h e r m o r e ,   R e a l   h a s   a   c e n t r a l   r o l e   t o   p l a y   i n   t h e   u p t a k e   o f   s e m a n t i c   w e b ,   c o m p u t a t i o n a l   b i o l o g y   a n d   b i o i n f o r m a t i c s   a s   a p p l i c a t i o n   a r e a s   f o r   r e s e a r c h   i n   l o g i c   p r o g r a m m i n g .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   I n c .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ A n g e l o p o u l o s ,   N i c o s ]   W e l c o m e   T r u s t   S a n g e r   I n s t ,   C a n c   G e n o m e   P r o j e c t ,   H i n x t o n   C B 1 0   1 S A ,   E n g l a n d ;   [ A n g e l o p o u l o s ,   N i c o s ;   G i a m a s ,   G e o r g i o s ]   I m p e r i a l   C o l l ,   D i v   C a n c ,   D e p t   S u r g   &   C a n c ,   L o n d o n   W 1 2   0 N N ,   E n g l a n d ;   [ A b d a l l a h ,   S a m e r ]   U C L ,   D e p t   C o m p   S c i ,   L o n d o n   W C 1 E   6 B T ,   E n g l a n d 	 A n g e l o p o u l o s ,   N   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   W e l c o m e   T r u s t   S a n g e r   I n s t ,   C a n c   G e n o m e   P r o j e c t ,   H i n x t o n   C B 1 0   1 S A ,   E n g l a n d . ;   A n g e l o p o u l o s ,   N   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I m p e r i a l   C o l l ,   D i v   C a n c ,   D e p t   S u r g   &   C a n c ,   L o n d o n   W 1 2   0 N N ,   E n g l a n d . 	 n i c o s . a n g e l o p o u l o s @ s a n g e r . a c . u k 	 	 A n g e l o p o u l o s ,   N i k o l a o s / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 7 5 0 7 - 9 1 7 7 	 	 	 A n g e l o p o u l o s   N i c o s ,   2 0 1 5 ,   I N T   C   L O G   P R O G R   C O R K ;   A n g e l o p o u l o s   N ,   2 0 1 3 ,   P   P R A C T   A S P   D E C L   L A N ,   V 7 7 5 2 ,   P 1 9 0 ;   A n g e l o p o u l o s   N ,   2 0 0 8 ,   A N N   M A T H   A R T I F   I N T E L ,   V 5 4 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 4 7 2 - 0 0 9 - 9 1 3 3 - x ;   A s h b u r n e r   M ,   2 0 0 0 ,   N A T   G E N E T ,   V 2 5 ,   P 2 5 ;   C a n i s i u s   S a n d e r ,   2 0 1 3 ,   L N C S ,   V 7 7 5 2 ,   P 2 2 2 ;   C o s t a   V S ,   2 0 1 2 ,   T H E O R   P R A C T   L O G   P R O G ,   V 1 2 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 4 7 1 0 6 8 4 1 1 0 0 0 5 1 2 ;   F r i e d m a n   J ,   2 0 1 0 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 3 3 ,   P 1 ;   G e n t l e m a n   R C ,   2 0 0 4 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 0 4 - 5 - 1 0 - r 8 0 ;   K a r a t z o g l o u   A ,   2 0 0 4 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 1 1 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 8 6 3 7 / J S S . V 0 1 1 . I 0 9 ;   L a g e r   T o r b j o r n ,   2 0 1 4 ,   I N T   C   L O G   P R O G R ;   L i a w   A . ,   2 0 0 2 ,   R   N E W S ,   V 2 ,   P 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 5 4 4 0 5 9 1 0 4 0 8 3 0 0 5 1 6 ;   M a c l n t y r e   D A ,   2 0 1 5 ,   S C I   R E P ,   V 5 ,   P 8 9 8 8 ;   M u n g a l l   C ,   2 0 0 9 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 5 6 4 9 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 0 2 8 4 6 - 5 _ 1 ;   R   C o r e   T e a m ,   2 0 1 6 ,   R   L A N G   E N V   S T A T   C O M P ;   S r i n i v a s a n   A ,   2 0 0 4 ,   T H E   A L E P H   M A N U A L ;   S t e b b i n g   J ,   2 0 1 5 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 1 4 ,   P 2 4 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 1 1 5 . 0 4 8 0 9 0 ;   S z k l a r c z y k   D ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   p D 4 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 0 3 ;   T h e r n e a u   T ,   2 0 1 5 ,   P A C K A G E   S U R V I V A L   A N A ;   W i c k h a m   H ,   2 0 0 9 ,   U S E   R ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 0 - 3 8 7 - 9 8 1 4 1 - 3 _ 1 ;   W i e l e m a k e r   J a n ,   2 0 1 5 ,   S E M A N T   W E B ,   P 1 ;   W i e l e m a k e r   J ,   2 0 0 8 ,   T H E O R   P R A C T   L O G   P R O G ,   V 8 ,   P 3 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 4 7 1 0 6 8 4 0 7 0 0 3 2 3 7 ;   W i e l e m a k e r   J ,   2 0 1 2 ,   T H E O R   P R A C T   L O G   P R O G ,   V 1 2 ,   P 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 7 / S 1 4 7 1 0 6 8 4 1 1 0 0 0 4 9 4 ;   W i e l e m a k e r   J ,   2 0 1 1 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 6 5 3 9 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 1 8 3 7 8 - 2 _ 8 ;   Z h a n g   H ,   2 0 1 5 ,   B R E A S T   C A N C E R   R E S   T R ,   V 1 5 1 ,   P 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 4 9 - 0 1 5 - 3 4 4 3 - y 	 2 4 	 0 	 0 	 4 	 1 0 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 0 8 8 8 - 6 1 3 X 	 1 8 7 3 - 4 7 3 1 	 	 I N T   J   A P P R O X  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 E f r o n   B ,   2 0 0 1 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 6 ,   P 1 1 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 0 1 6 2 1 4 5 0 1 7 5 3 3 8 2 1 2 9 ;   H a s t i e   T ,   2 0 0 0 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 ,   P 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / G B - 2 0 0 0 - 1 - 2 - R E S E A R C H 0 0 0 3 ;   H o s s a i n   A ,   2 0 1 5 ,   J   A P P L   S T A T ,   V 4 2 ,   P 4 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 6 6 4 7 6 3 . 2 0 1 4 . 9 6 2 4 9 0 ;   H o s s a i n   A ,   2 0 1 3 ,   S T A T   A P P L   G E N E T   M O L ,   V 1 2 ,   P 7 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / s a g m b - 2 0 1 3 - 0 0 3 5 ;   H o s s a i n   A ,   2 0 1 3 ,   C O M M U N   S T A T - S I M U L   C ,   V 4 2 ,   P 1 5 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 3 6 1 0 9 1 8 . 2 0 1 2 . 6 6 7 4 7 9 ;   H u a n g   F ,   2 0 0 7 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 7 ,   P 2 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 0 6 - 3 6 3 3 ;   J o l l i f f e   I .   T . ,   1 9 8 6 ,   P R I N C I P A L   C O M P O N E N T ;   M i c h a e l s   G .   S . ,   1 9 9 8 ,   P A C   S   B I O C O M P U T ,   V 3 ,   P 4 2 ;   P e p e   M S ,   2 0 0 3 ,   B I O M E T R I C S ,   V 5 9 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / 1 5 4 1 - 0 4 2 0 . 0 0 0 1 6 ;   R a y c h a u d h u r i   S . ,   2 0 0 0 ,   P A C   S   B I O C O M P U T ,   P 4 5 2 ;   R i t c h i e   M E ,   2 0 1 5 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k v 0 0 7 ;   S m y t h   G .   K . ,   2 0 0 4 ,   A P P L   G E N E T   M O L   B I O L ,   V 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 2 2 0 2 / 1 5 4 4 - 6 1 1 5 . 1 0 2 7 ;   T i b s h i r a n i   R ,   1 9 9 6 ,   J   R O Y   S T A T   S O C   B   M E T ,   V 5 8 ,   P 2 6 7 ;   T r o y a n s k a y a   O G ,   2 0 0 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 8 ,   P 1 4 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / 1 8 . 1 1 . 1 4 5 4 ;   T u s h e r   V G ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 5 1 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 0 6 2 4 9 8 ;   W i t t e n   D M ,   2 0 0 9 ,   B I O S T A T I S T I C S ,   V 1 0 ,   P 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o s t a t i s t i c s / k x p 0 0 8 ;   Z o u   H ,   2 0 0 6 ,   J   C O M P U T   G R A P H   S T A T ,   V 1 5 ,   P 2 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 8 / 1 0 6 1 8 6 0 0 6 X 1 1 3 4 3 0 	 1 9 	 0 	 0 	 1 	 4 	 T A Y L O R   &   F R A N C I S   L T D 	 A B I N G D O N 	 2 - 4   P A R K   S Q U A R E ,   M I L T O N   P A R K ,   A B I N G D O N   O R 1 4   4 R N ,   O X O N ,   E N G L A N D 	 0 2 6 6 - 4 7 6 3 	 1 3 6 0 - 0 5 3 2 	 	 J   A P P L   S T A T 	 J .   A p p l .   S t a t . 	 N O V 	 2 0 1 6 	 4 3 	 1 4 	 	 	 	 	 2 5 3 8 	 2 5 4 9 	 	 1 0 . 1 0 8 0 / 0 2 6 6 4 7 6 3 . 2 0 1 6 . 1 1 4 2 9 4 1 	 	 1 2 	 S t a t i s t i c s   &   P r o b a b i l i t y 	 M a t h e m a t i c s 	 D V 0 B E 	 W O S : 0 0 0 3 8 2 5 8 1 7 0 0 0 0 3 	 	 
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 J 	 O l i v e i r a ,   R B ;   M a r r a n g h e l l o ,   N ;   P e r e i r a ,   A S ;   T a v a r e s ,   J M R S 	 	 	 	 O l i v e i r a ,   R o b e r t a   B . ;   M a r r a n g h e l l o ,   N o r i a n ;   P e r e i r a ,   A l e d i r   S . ;   T a v a r e s ,   J o a o   M a n u e l   R .   S . 	 	 	 A   c o m p u t a t i o n a l   a p p r o a c h   f o r   d e t e c t i n g   p i g m e n t e d   s k i n   l e s i o n s   i n   m a c r o s c o p i c   i m a g e s 	 E X P E R T   S Y S T E M S   W I T H   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 I m a g e   p r e - p r o c e s s i n g ;   I m a g e   s e g m e n t a t i o n ;   I m a g e   c l a s s i f i c a t i o n ;   A n i s o t r o p i c   d i f f u s i o n   f i l t e r ;   A c t i v e   c o n t o u r   m o d e l   w i t h o u t   e d g e s ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e 	 D E R M O S C O P Y   I M A G E S ;   B O R D E R   D E T E C T I O N ;   A C T I V E   C O N T O U R S ;   S E G M E N T A T I O N ;   M E L A N O M A ;   D I A G N O S I S ;   C L A S S I F I C A T I O N ;   S E L E C T I O N ;   P A T T E R N ;   S Y S T E M 	 S k i n   c a n c e r   i s   c o n s i d e r e d   o n e   o f   t h e   m o s t   c o m m o n   t y p e s   o f   c a n c e r   i n   s e v e r a l   c o u n t r i e s   a n d   i t s   i n c i d e n c e   r a t e   h a s   i n c r e a s e d   i n   r e c e n t   y e a r s .   C o m p u t a t i o n a l   m e t h o d s   h a v e   b e e n   d e v e l o p e d   t o   a s s i s t   d e r m a t o l o g i s t s   i n   e a r l y   d i a g n o s i s   o f   s k i n   c a n c e r .   C o m p u t a t i o n a l   a n a l y s i s   o f   s k i n   l e s i o n   i m a g e s   h a s   b e c o m e   a   c h a l l e n g i n g   r e s e a r c h   a r e a   d u e   t o   t h e   d i f f i c u l t y   i n   d i s c e r n i n g   s o m e   t y p e s   o f   s k i n   l e s i o n s .   A   n o v e l   c o m p u t a t i o n a l   a p p r o a c h   i s   p r e s e n t e d   f o r   e x t r a c t i n g   s k i n   l e s i o n   f e a t u r e s   f r o m   i m a g e s   b a s e d   o n   a s y m m e t r y ,   b o r d e r ,   c o l o u r   a n d   t e x t u r e   a n a l y s i s ,   i n   o r d e r   t o   d i a g n o s e   s k i n   l e s i o n   t y p e s .   T h e   a p p r o a c h   i s   b a s e d   o n   a n   a n i s o t r o p i c   d i f f u s i o n   f i l t e r ,   a n   a c t i v e   c o n t o u r   m o d e l   w i t h o u t   e d g e s   a n d   a   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e .   E x p e r i m e n t s   w e r e   p e r f o r m e d   r e g a r d i n g   t h e   s e g m e n t a t i o n   a n d   c l a s s i f i c a t i o n   o f   p i g m e n t e d   s k i n   l e s i o n s   i n   m a c r o s c o p i c   i m a g e s ,   w i t h   t h e   r e s u l t s   o b t a i n e d   b e i n g   v e r y   p r o m i s i n g .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ O l i v e i r a ,   R o b e r t a   B . ;   T a v a r e s ,   J o a o   M a n u e l   R .   S . ]   U n i v   P o r t o ,   I n s t   C i e n c i a   &   I n o v a c a o   E n g n   M e c a n   &   E n g n   I n d ,   D e p t   E n g n   M e c a n ,   F a c   E n g n ,   R u a   D r   R o b e r t o   F r i a s , S - N ,   P - 4 2 0 0 4 6 5   O p o r t o ,   P o r t u g a l ;   [ M a r r a n g h e l l o ,   N o r i a n ;   P e r e i r a ,   A l e d i r   S . ]   U n i v   E s t a d u a l   P a u l i s t a ,   D e p t   C i e n c i a s   C o m p   &   E s t a t ,   I n s t   B i o c i e n c i a s   L e t r a s   &   C i e n c i a s   E x a t a s ,   R u a   C r i s t o v a o   C o l o m b o   2 2 6 5 ,   B R - 1 5 0 5 4 0 0 0   S a o   J o s e   D o   R i o   P r e t o ,   S P ,   B r a z i l 	 T a v a r e s ,   J M R S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   P o r t o ,   I n s t   C i e n c i a   &   I n o v a c a o   E n g n   M e c a n   &   E n g n   I n d ,   D e p t   E n g n   M e c a n ,   F a c   E n g n ,   R u a   D r   R o b e r t o   F r i a s , S - N ,   P - 4 2 0 0 4 6 5   O p o r t o ,   P o r t u g a l . 	 r o b e r t a . o l i v e i r a @ f e . u p . p t ;   n o r i a n @ i b i l c e . u n e s p . b r ;   a l e d i r @ i b i l c e . u n e s p . b r ;   t a v a r e s @ f e . u p . p t 	 	 T a v a r e s ,   J o a o / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 7 6 0 3 - 6 5 2 6 	 C N P q   ( " C o n s e l h o   N a c i o n a l   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   C i e n t i f i c o   e   T e c n o l o g i c o " ) ,   i n   B r a z i l ;   C A P E S   ( " C o o r d e n a c a o   d e   A p e r f e i c o a m e n t o   d e   P e s s o a l   d e   N i v e l   S u p e r i o r " ) ,   i n   B r a z i l ;   S c i T e c h   -   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   f o r   C o m p e t i t i v e   a n d   S u s t a i n a b l e   I n d u s t r i e s   [ N O R T E - 0 1 - 0 1 4 5 - F E D E R - 0 0 0 0 2 2 ] ;   " P r o g r a m a   O p e r a c i o n a l   R e g i o n a l   d o   N o r t e "   ( N O R T E ) ,   t h r o u g h   " F u n d o   E u r o p e u   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   R e g i o n a l "   ( F E D E R ) 	 T h e   f i r s t   a u t h o r   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   C N P q   ( " C o n s e l h o   N a c i o n a l   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   C i e n t i f i c o   e   T e c n o l o g i c o " ) ,   i n   B r a z i l ,   f o r   h e r   P h D   g r a n t .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   a l s o   l i k e   t o   t h a n k   C A P E S   ( " C o o r d e n a c a o   d e   A p e r f e i c o a m e n t o   d e   P e s s o a l   d e   N i v e l   S u p e r i o r " ) ,   i n   B r a z i l ,   f o r   t h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t . ;   A u t h o r s   g r a t e f u l l y   a c k n o w l e d g e   t h e   f u n d i n g   o f   P r o j e c t   N O R T E - 0 1 - 0 1 4 5 - F E D E R - 0 0 0 0 2 2   -   S c i T e c h   -   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   f o r   C o m p e t i t i v e   a n d   S u s t a i n a b l e   I n d u s t r i e s ,   c o f i n a n c e d   b y   " P r o g r a m a   O p e r a c i o n a l   R e g i o n a l   d o   N o r t e "   ( N O R T E 2 0 2 0 ) ,   t h r o u g h   " F u n d o   E u r o p e u   d e   D e s e n v o l v i m e n t o   R e g i o n a l "   ( F E D E R ) . 	 A b b a s   Q ,   2 0 1 3 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 9 ,   P 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / s r t . 1 2 0 4 7 ;   A b b a s   Q ,   2 0 1 3 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 9 ,   p E 4 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 1 2 . 0 0 6 7 0 . x ;   A b b a s   Q ,   2 0 1 2 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 8 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 1 1 . 0 0 5 4 4 . x ;   A b b a s   Q ,   2 0 1 2 ,   I N T   J   I N N O V   C O M P U T   I ,   V 8 ,   P 1 8 3 7 ;   A b b a s i   N R ,   2 0 0 4 ,   J A M A - J   A M   M E D   A S S O C ,   V 2 9 2 ,   P 2 7 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a . 2 9 2 . 2 2 . 2 7 7 1 ;   A l - A k a i d i   M . ,   2 0 0 4 ,   F R A C T A L   S P E E C H   P R O C E ;   A r a u j o   A . L . ,   2 0 1 0 ,   T H E S I S ;   B a r c e l o s   C A Z ,   2 0 0 9 ,   A P P L   M A T H   C O M P U T ,   V 2 1 5 ,   P 2 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a m c . 2 0 0 9 . 0 4 . 0 8 1 ;   B a r c e l o s   C A Z ,   2 0 0 3 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 2 ,   P 7 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 3 . 8 1 4 2 4 2 ;   B a r l a   A ,   2 0 0 3 ,   P   I N T   C   I M A G   P R O C   B A ,   V 3 ,   P 5 1 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I C I P . 2 0 0 3 . 1 2 4 7 2 9 4 ;   B e n g i o   Y o s h u a ,   2 0 0 9 ,   F o u n d a t i o n s   a n d   T r e n d s   i n   M a c h i n e   L e a r n i n g ,   V 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 5 6 1 / 2 2 0 0 0 0 0 0 0 6 ;   B e u r e n   A .   T . ,   2 0 1 2 ,   I N T   C   A D V   C O M P   C O M M ,   P 9 7 2 ;   B u r g e s   C J C ,   1 9 9 8 ,   D A T A   M I N   K N O W L   D I S C ,   V 2 ,   P 1 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 9 7 1 5 9 2 3 5 5 5 ;   C a m p b e l l   J r   J .   L ,   2 0 1 2 ,   D E R M N E T   S K I N   D I S   A T L ;   C a v a l c a n t i   P .   G . ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   V I ,   V 6 ,   P 1 5 ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 8 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 4 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 0 8 . 0 0 3 0 1 . x ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 7 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 3 ,   P 4 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 0 7 . 0 0 2 5 1 . x ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 1 ,   P 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 7 . 0 1 . 0 0 3 ;   C e l e b i   M E ,   2 0 1 3 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 9 ,   p E 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 1 2 . 0 0 6 3 6 . x ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 9 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 3 ,   P 1 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 1 1 . 0 0 2 ;   C e l e b i   M E ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 2 ,   P 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 0 3 ;   C h a n   T F ,   2 0 0 1 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 0 ,   P 2 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 8 3 . 9 0 2 2 9 1 ;   C h a n g   Y ,   2 0 0 5 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 1 ,   P 1 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 0 5 . 0 0 1 1 6 . x ;   C h a p m a n   S . ,   2 0 1 2 ,   D E R M N E T   S K I N   D I S   A T L ;   C l a w s o n   K ,   2 0 0 9 ,   2 0 0 9   1 3 T H   I N T E R N A T I O N A L   M A C H I N E   V I S I O N   A N D   I M A G E   P R O C E S S I N G   C O N F E R E N C E ,   P 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I M V I P . 2 0 0 9 . 1 1 ;   C o h e n   B .   A . ,   2 0 1 2 ,   D E R M A T O L O G Y   I M A G E   A T ;   D i e p g e n   T .   L ,   2 0 1 2 ,   D E R M A T O L O G Y   I N F O R M   S ;   D o b r e s c u   R a d u ,   2 0 1 0 ,   W S E A S   T r a n s a c t i o n s   o n   B i o l o g y   a n d   B i o m e d i c i n e ,   V 7 ,   P 2 2 3 ;   F i l h o   M . ,   2 0 1 5 ,   J   M E D   S Y S T ,   V 3 9 ,   P 1 ;   G a r n a v i   R ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 6 ,   P 1 2 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 2 . 2 2 1 2 2 8 2 ;   G o n z a l e z   R a f a e l   C . ,   2 0 0 2 ,   D I G I T A L   I M A G E   P R O C E S ;   I N C a ,   2 0 1 4 ,   E S T   2 0 1 4   I N C   C A N C   B R ;   I y a t o m i   H ,   2 0 0 8 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 2 ,   P 5 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 0 5 ;   I y a t o m i   H ,   2 0 1 0 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 5 4 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 1 0 . 5 6 2 6 5 0 0 ;   K a s s   M . ,   1 9 8 8 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 1 ,   P 3 2 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 1 3 3 5 7 0 ;   L i   C M ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 9 ,   P 3 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 1 0 . 2 0 6 9 6 9 0 ;   M a g l o g i a n n i s   I ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 3 ,   P 7 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 0 9 . 2 0 1 7 5 2 9 ;   M e l t o n   J .   L . ,   2 0 1 2 ,   S K I N   C A N C   B E N I G N   T U M ;   N o r t o n   K A ,   2 0 1 2 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 8 ,   P 2 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 1 1 . 0 0 5 6 9 . x ;   N o r t o n   K A ,   2 0 1 0 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 5 4 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 1 0 . 5 6 2 6 4 9 9 ;   O l i v e i r a   R B ,   2 0 1 6 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 3 1 ,   P 1 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 6 . 0 3 . 0 3 2 ;   O T S U   N ,   1 9 7 9 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 9 ,   P 6 2 ;   P a r a g i o s   N ,   2 0 0 2 ,   I N T   J   C O M P U T   V I S I O N ,   V 4 6 ,   P 2 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 4 0 8 0 9 2 3 0 6 8 ;   R a h m a n   M S ,   2 0 0 8 ,   G L O B   T E L E C O M M   C O N F ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / G L O C O M . 2 0 0 8 . E C P . 4 6 1 ;   R o b e r t s   M E ,   2 0 0 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 2 8 7 8 ,   P 6 5 5 ;   S c h a e f e r   G ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 5 ,   P 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 0 . 0 8 . 0 0 4 ;   S c h a r c a n s k i   J ,   2 0 1 4 ,   S E R   B I O E N G ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 3 9 6 0 8 - 3 ;   S h e   Z S ,   2 0 0 7 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 3 ,   P 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 0 7 . 0 0 1 8 1 . x ;   S i l v e i r a   M ,   2 0 0 9 ,   I E E E   J - S T S P ,   V 3 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S T S P . 2 0 0 8 . 2 0 1 1 1 1 9 ;   S k i n   C a n c e r   G u i d e ,   2 0 1 2 ,   S K I N   C A N C   G U I D ;   S m i t h   L ,   2 0 1 1 ,   S K I N   R E S   T E C H N O L ,   V 1 7 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 6 0 0 - 0 8 4 6 . 2 0 1 1 . 0 0 5 0 3 . x ;   S u z u m u r a   Y . ,   2 0 1 2 ,   Y S P   D E R M A T O L O G Y   I M A G ;   T o t a l   S a U d e ,   2 0 1 2 ,   C A N C   P E L E   F O T O P R O T E C ;   W o n g   A ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   I N F   T E C H N O L   B ,   V 1 5 ,   P 9 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 1 . 2 1 5 7 8 2 9 ;   X u   C Y ,   1 9 9 8 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 7 ,   P 3 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 8 3 . 6 6 1 1 8 6 ;   Y u k s e l   M E ,   2 0 0 9 ,   I E E E   T   F U Z Z Y   S Y S T ,   V 1 7 ,   P 9 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T F U Z Z . 2 0 0 9 . 2 0 1 8 3 0 0 ;   Z h a n g   K H ,   2 0 1 0 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 3 ,   P 1 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 0 9 . 1 0 . 0 1 0 ;   Z h o u   H Y ,   2 0 1 0 ,   I E E E   E N G   M E D   B I O ,   P 1 9 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I E M B S . 2 0 1 0 . 5 6 2 7 5 5 6 ;   Z h o u   H Y ,   2 0 0 9 ,   I E E E   J - S T S P ,   V 3 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J S T S P . 2 0 0 8 . 2 0 1 0 6 3 1 	 5 9 	 2 	 2 	 4 	 2 7 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 N O V   1 	 2 0 1 6 	 6 1 	 	 	 	 	 	 5 3 	 6 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 1 7 	 	 1 1 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 D R 0 Z E 	 W O S : 0 0 0 3 7 9 6 3 4 7 0 0 0 0 5 	 	 
 
 J 	 M o h a m m e d ,   E A ;   N a u g l e r ,   C T ;   F a r ,   B H 	 	 	 	 M o h a m m e d ,   E m a d   A . ;   N a u g l e r ,   C h r i s t o p h e r   T . ;   F a r ,   B e h r o u z   H . 	 	 	 B r e a s t   t u m o r   c l a s s i f i c a t i o n   u s i n g   a   n e w   O W A   o p e r a t o r 	 E X P E R T   S Y S T E M S   W I T H   A P P L I C A T I O N S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 O r d e r e d   w e i g h t e d   a v e r a g i n g   o p e r a t o r ;   T h e   L a p l a c e   d i s t r i b u t i o n ;   B r e a s t   c a n c e r ;   D e c i s i o n   m a k i n g ;   I n f o r m a t i o n   u n c e r t a i n t y 	 N E U R A L - N E T W O R K ;   M I S S I N G   D A T A ;   C A N C E R ;   I M P U T A T I O N ;   W E I G H T S ;   M A M M O G R A M S ;   A L G O R I T H M ;   R U L E S 	 B r e a s t   c a n c e r   i s   t h e   m o s t   c o m m o n   c a n c e r   a m o n g   C a n a d i a n   w o m e n   a n d   t h e   s e c o n d   c a u s e   o f   d e a t h   f r o m   c a n c e r .   F i n e   n e e d l e   a s p i r a t e   ( F N A )   i s   a   t e c h n o l o g y   u s e d   t o   i n v e s t i g a t e   e a r l y   b r e a s t   t u m o r s   t o   d e t e c t   c a n c e r .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   d e m o n s t r a t e   t h e   a p p l i c a t i o n   o f   a   n e w   o r d e r e d   w e i g h t e d   a v e r a g i n g   o p e r a t o r   ( O W A )   t o   t h e   p r o b l e m   o f   b r e a s t   t u m o r   c l a s s i f i c a t i o n .   T h e   O W A   o p e r a t o r   e m p l o y s   t h e   L a p l a c e   d i s t r i b u t i o n   t o   c a l c u l a t e   t h e   w e i g h t   v e c t o r   t o   a g g r e g a t e   t h e   u n c e r t a i n   i n f o r m a t i o n   a b o u t   t h e   b r e a s t   t u m o r s .   T h e   a g g r e g a t e d   i n f o r m a t i o n   i s   u s e d   a l o n g   w i t h   t h e   t u m o r   l a b e l ,   i . e . ,   b e n i g n   o r   m a l i g n a n t ,   t o   t r a i n   a   n e a r e s t   n e i g h b o r ,   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e ,   a n d   l o g i s t i c   r e g r e s s i o n   c l a s s i f i e r s .   T h e   r e s u l t   o f   t h i s   s t u d y   b a s e d   o n   t h e   n e a r e s t   n e i g h b o r   c l a s s i f i e r   a c h i e v e s   9 9 . 7 1 %   a c c u r a c y   t h a t   o u t p e r f o r m s   o t h e r   s t u d i e s   t h a t   u t i l i z e   o t h e r   O W A   o p e r a t o r s   u s i n g   t h e   s a m e   d a t a s e t .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   L t d .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ M o h a m m e d ,   E m a d   A . ;   F a r ,   B e h r o u z   H . ]   U n i v   C a l g a r y ,   S c h u l i c h   S c h   E n g n ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   2 5 0 0   U n i v   D r   N W ,   C a l g a r y ,   A B   T 2 L   2 K 8 ,   C a n a d a ;   [ N a u g l e r ,   C h r i s t o p h e r   T . ]   U n i v   C a l g a r y ,   D e p t   P a t h o l   &   L a b   M e d ,   9 , 3 5 3 5   R e s   R d   N W ,   C a l g a r y ,   A B   T 2 L   2 K 8 ,   C a n a d a ;   [ N a u g l e r ,   C h r i s t o p h e r   T . ]   U n i v   C a l g a r y ,   D e p t   F a m i l y   M e d ,   9 , 3 5 3 5   R e s   R d   N W ,   C a l g a r y ,   A B   T 2 L   2 K 8 ,   C a n a d a ;   [ N a u g l e r ,   C h r i s t o p h e r   T . ]   C a l g a r y   L a b   S e r v ,   D i a g n o s t   &   S c i   C t r ,   C 4 1 0 , 9 , 3 5 3 5   R e s   R d   N W ,   C a l g a r y ,   A B   T 2 L   2 K 8 ,   C a n a d a 	 F a r ,   B H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   C a l g a r y ,   S c h u l i c h   S c h   E n g n ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   2 5 0 0   U n i v   D r   N W ,   C a l g a r y ,   A B   T 2 L   2 K 8 ,   C a n a d a . 	 e a m o h a m m @ u c a l g a r y . c a ;   C h r i s t o p h e r . N a u g l e r @ c l s . a b . c a ;   f a r @ u c a l g a r y . c a 	 	 	 A l b e r t a   I n n o v a t e s   -   T e c h n o l o g y   F u t u r e s   ( A I T F ) ,   C a l g a r y ,   A B ,   C a n a d a 	 T h i s   w o r k   i s   s u p p o r t e d   a n d   f u n d e d   b y   A l b e r t a   I n n o v a t e s   -   T e c h n o l o g y   F u t u r e s   ( A I T F ) ,   C a l g a r y ,   A B ,   C a n a d a .   T h e   a u t h o r s   w o u l d   l i k e   t o   t h a n k   A l b e r t a   H e a l t h   S e r v i c e s   ( A H S ) ,   a n d   C a l g a r y   L a b o r a t o r y   S e r v i c e s   ( C L S ) ,   C a l g a r y ,   A l b e r t a ,   C a n a d a   f o r   e n d l e s s   l o g i s t i c s   s u p p o r t . 	 A b d e l - Z a h e r   A M ,   2 0 1 6 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 6 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 1 5 ;   A c u n a   E . ,   2 0 0 4 ,   C L A S S I F I C A T I O N   C L U S T ;   A g r a w a l   R . ,   2 0 1 5 ,   5   I N T   C   I T   C O N V   S E C ;   A i s h a   N . ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   C O M P U T E R   S C I   T ,   V 4 ,   P 8 ;   B o s e r   B . ,   1 9 9 2 ,   P   5   A N N   W O R K S H   C O M P ;   C h e n g   C . - H . ,   2 0 0 7 ,   2 0 0 7   I N T   C   M A C H   L E A R ;   C h e n g   C H ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 6 ,   P 4 9 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 1 3 ;   C h o i   H . ,   2 0 1 5 ,   A R X I V 1 5 1 0 0 6 0 0 2 ;   C h o i   J . ,   2 0 1 5 ,   J   P E D I A T   G A S T R O E N T E R ,   V 9 4 ,   P 1 ;   C l e o p h a s   T .   J . ,   2 0 1 2 ,   S T A T   A N A L   C L I N   D A T   2 ;   D a h l   F A ,   2 0 0 7 ,   C O M P U T   S T A T   D A T A   A N ,   V 5 1 ,   P 5 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c s d a . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 0 7 ;   D e l e n   D ,   2 0 0 5 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 3 4 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 0 4 . 0 7 . 0 0 2 ;   D h e e b a   J ,   2 0 1 4 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 4 9 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j b i . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 0 ;   E F R O N   B ,   1 9 9 4 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 8 9 ,   P 4 6 3 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 2 9 0 8 4 6 ;   F u l l e r   R ,   2 0 0 3 ,   F U Z Z Y   S E T   S Y S T ,   V 1 3 6 ,   P 2 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 5 - 0 1 1 4 ( 0 2 ) 0 0 2 6 7 - 1 ;   F u l l e r   R ,   2 0 0 1 ,   F U Z Z Y   S E T   S Y S T ,   V 1 2 4 ,   P 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 5 - 0 1 1 4 ( 0 1 ) 0 0 0 0 7 - 0 ;   G a r c i a   S ,   2 0 1 5 ,   I N T E L   S Y S T   R E F   L I B R ,   V 7 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 3 1 9 - 1 0 2 4 7 - 4 ;   G o u l d   N ,   2 0 0 4 ,   M A T H   P R O G R A M ,   V 1 0 0 ,   P 9 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 0 7 - 0 0 3 - 0 4 8 7 - 2 ;   H a u k o o s   J S ,   2 0 0 5 ,   A C A D   E M E R G   M E D ,   V 1 2 ,   P 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 9 7 / j . a e m . 2 0 0 4 . 1 1 . 0 1 8 ;   H e r n a n d e z - P e r e i r a   E M ,   2 0 1 5 ,   B I O S Y S T   E N G ,   V 1 3 8 ,   P 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s y s t e m s e n g . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 1 1 ;   H o l m e s   J .   H . ,   2 0 0 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T E R ,   P 4 6 ;   H o n k e r   J . ,   2 0 1 1 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 4 5 ,   P 1 ;   J e r e z - A r a g o n e s   J M ,   2 0 0 3 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 2 7 ,   P 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 0 2 ) 0 0 0 8 6 - 6 ;   J o h n s o n   N .   L . ,   2 0 0 2 ,   C O N T I N U O U S   M U L T I V A R I ,   V 1 ;   K o t z   S . ,   2 0 1 2 ,   L A P L A C E   D I S T R I B U T I O N ;   L a v r a c   N ,   1 9 9 9 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 6 ,   P 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 8 ) 0 0 0 6 2 - 1 ;   L a w s o n   C .   L . ,   1 9 7 4 ,   S O L V I N G   L E A S T   S Q U A R E ;   L i n g   N X ,   2 0 1 5 ,   J   S T A T   P L A N   I N F E R ,   V 1 6 2 ,   P 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s p i . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 0 1 ;   L i t t l e   R .   J .   A . ,   2 0 1 4 ,   S T A T   A N A L   M I S S I N G   D A ;   L i u   P . ,   2 0 0 5 ,   5   I N T   C   C O M P   I N F   T E C ;   M a r q u e s   O . ,   2 0 1 1 ,   P R A C T I C A L   I M A G E   V I D E ;   M c C r u m - G a r d n e r   E ,   2 0 0 8 ,   B R I T   J   O R A L   M A X   S U R G ,   V 4 6 ,   P 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b j o m s . 2 0 0 7 . 0 9 . 0 0 2 ;   M e n c a t t i n i   A ,   2 0 0 8 ,   I E E E   T   I N S T R U M   M E A S ,   V 5 7 ,   P 1 4 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I M . 2 0 0 7 . 9 1 5 4 7 0 ;   M i n   D . ,   2 0 0 7 ,   I N T   C   M A N   S C I   E N G   2 0 ;   M o h a m m e d   E . ,   2 0 1 3 ,   I E E E ;   M o o n   T K ,   1 9 9 6 ,   I E E E   S I G N A L   P R O C   M A G ,   V 1 3 ,   P 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 7 9 . 5 4 3 9 7 5 ;   N a h a t o   K .   B . ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T A T I O N A L   M A T H   M ;   N a u c k   D ,   1 9 9 9 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 6 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 8 ) 0 0 0 7 0 - 0 ;   N o y   A ,   2 0 1 4 ,   R O B U S T   F O R W A R D   A L G O R ;   N u s a n t a r a   A .   C . ,   2 0 1 6 ,   I N T   J   T E C H N O L O G Y ,   V 1 ,   P 7 1 ;   O l s o n   M ,   2 0 1 0 ,   I Q T   Q ,   V 1 ,   P 1 4 ;   P a u l i n   F . ,   2 0 1 1 ,   I N T   J   C O M P U T E R   S C I   E ,   V 3 ,   P 3 2 7 ;   P e r e i r a   D C ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G   B I O ,   V 1 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m p b . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 1 4 ;   P l a t t   J .   C . ,   1 9 9 9 ,   1 2   F A S T   T R A I N I N G   S U P ;   R a s m a n i   K .   A . ,   2 0 0 4 ,   P   2 0 0 4   U K   W O R K S H   C O M ;   R e d d y   S . ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C O M P U T E R   S C I   I ,   V 5 ,   P 5 9 0 1 ;   R i p l e y   B . ,   2 0 0 2 ,   S T A T   D A T A   M I N I N G ;   R o u s s e e u w   P . J . ,   2 0 0 5 ,   R O B U S T   R E G R E S S I O N   O U ;   R o y s t o n   P . ,   2 0 0 4 ,   S T A T A   J ,   V 4 ,   P 2 2 7 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / / 1 0 8 2 - 9 8 9 X . 7 . 2 . 1 4 7 ;   S a b a r i n a t h   A ,   2 0 0 8 ,   S O L   P H Y S ,   V 2 5 0 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 2 0 7 - 0 0 8 - 9 2 0 9 - 5 ;   S a n c h e z   E . ,   1 9 9 7 ,   G E N E T I C   A L G O R I T H M S   F ;   S e t i o n o   R ,   2 0 0 0 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 1 8 ,   P 2 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 9 3 3 - 3 6 5 7 ( 9 9 ) 0 0 0 4 1 - X ;   S h a h a r e   P .   D . ,   2 0 1 5 ,   I N T   R E S   J   E N G   T E C H N O ,   V 2 ,   P 2 1 1 4 ;   S H A R P E   P K ,   1 9 9 5 ,   N E U R A L   C O M P U T   A P P L ,   V 3 ,   P 7 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 1 4 2 1 9 5 9 ;   S o r i a   D . ,   2 0 0 8 ,   4   I E T   I N T   C   A D V   M E D ;   S o r i a   D ,   2 0 1 3 ,   A R T I F   I N T E L L   M E D ,   V 5 8 ,   P 1 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r t m e d . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 0 6 ;   S o r i a   D ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   B I O L   M E D ,   V 4 0 ,   P 3 1 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p b i o m e d . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 0 3 ;   X u   Z S ,   2 0 0 5 ,   I N T   J   I N T E L L   S Y S T ,   V 2 0 ,   P 8 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i n t . 2 0 0 9 7 ;   Y A G E R   R R ,   1 9 8 8 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 1 8 ,   P 1 8 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / 2 1 . 8 7 0 6 8 ;   Y a g e r   R .   R . ,   2 0 1 2 ,   O R D E R E D   W E I G H T E D   A V E ;   Y u   Z . ,   2 0 1 5 ,   H Y B R I D   K   N E A R E S T   N E I ;   Z h u   X F ,   2 0 1 1 ,   I E E E   T   K N O W L   D A T A   E N ,   V 2 3 ,   P 1 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T K D E . 2 0 1 0 . 9 9 	 6 2 	 0 	 0 	 3 7 	 3 7 	 P E R G A M O N - E L S E V I E R   S C I E N C E   L T D 	 O X F O R D 	 T H E   B O U L E V A R D ,   L A N G F O R D   L A N E ,   K I D L I N G T O N ,   O X F O R D   O X 5   1 G B ,   E N G L A N D 	 0 9 5 7 - 4 1 7 4 	 1 8 7 3 - 6 7 9 3 	 	 E X P E R T   S Y S T   A P P L 	 E x p e r t   S y s t .   A p p l . 	 N O V   1 	 2 0 1 6 	 6 1 	 	 	 	 	 	 3 0 2 	 3 1 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 6 . 0 5 . 0 3 7 	 	 1 2 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ,   A r t i f i c i a l   I n t e l l i g e n c e ;   E n g i n e e r i n g ,   E l e c t r i c a l   &   E l e c t r o n i c ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 C o m p u t e r   S c i e n c e ;   E n g i n e e r i n g ;   O p e r a t i o n s   R e s e a r c h   &   M a n a g e m e n t   S c i e n c e 	 D R 0 Z E 	 W O S : 0 0 0 3 7 9 6 3 4 7 0 0 0 2 5 	 	 
 
 J 	 S u ,   W X ;   L i ,   Q Z ;   Z h a n g ,   L Q ;   F a n ,   G L ;   W u ,   C Y ;   Y a n ,   Z H ;   Z u o ,   Y C 	 	 	 	 S u ,   W e n - X i a ;   L i ,   Q i a n - Z h o n g ;   Z h a n g ,   L u - Q i a n g ;   F a n ,   G u o - L i a n g ;   W u ,   C h e n g - Y a n ;   Y a n ,   Z h e n - H e ;   Z u o ,   Y o n g - C h u n 	 	 	 G e n e   e x p r e s s i o n   c l a s s i f i c a t i o n   u s i n g   e p i g e n e t i c   f e a t u r e s   a n d   D N A   s e q u e n c e   c o m p o s i t i o n   i n   t h e   h u m a n   e m b r y o n i c   s t e m   c e l l   l i n e   H 1 	 G E N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 E p i g e n e t i c   f a c t o r s ;   S u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e s ;   E m b r y o n i c   s t e m   c e l l s ;   H i g h l y   e x p r e s s e d   g e n e ;   L o w l y   e x p r e s s e d   g e n e ;   W e b - s e r v e r 	 H I S T O N E   M O D I F I C A T I O N   P R O F I L E S ;   T U P L E   N U C L E O T I D E   C O M P O S I T I O N ;   T R A N S C R I P T I O N   F A C T O R - B I N D I N G ;   C H I P - S E Q ;   C H R O M A T I N   F E A T U R E S ;   H U M A N   G E N O M E ;   L U N G - C A N C E R ;   M E T H Y L A T I O N ;   P R O T E I N S ;   P R E D I C T I O N 	 E p i g e n e t i c   f a c t o r s   a r e   k n o w n   t o   c o r r e l a t e   w i t h   g e n e   e x p r e s s i o n   i n   t h e   e x i s t i n g   s t u d i e s .   H o w e v e r ,   q u a n t i t a t i v e   m o d e l s   t h a t   a c c u r a t e l y   c l a s s i f y   t h e   h i g h l y   a n d   l o w l y   e x p r e s s e d   g e n e s   b a s e d   o n   e p i g e n e t i c   f a c t o r s   a r e   c u r r e n t l y   l a c k i n g .   I n   t h i s   s t u d y ,   a   n e w   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d   c o m b i n e s   h i s t o n e   m o d i f i c a t i o n s ,   D N A   m e t h y l a t i o n ,   D N A   a c c e s s i b i l i t y ,   t r a n s c r i p t i o n   f a c t o r s ,   a n d   t r i n u c l e o t i d e   c o m p o s i t i o n   w i t h   s u p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e s   ( S V M )   i s   d e v e l o p e d   i n   t h e   c o n t e x t   o f   h u m a n   e m b r y o n i c   s t e m   c e l l   l i n e   ( H 1 ) .   T h e   r e s u l t s   i n d i c a t e   t h a t   t h e   p r e d i c t i v e   a c c u r a c y   w i l l   b e   m a r k e d l y   i m p r o v e d   w h e n   t h e   e p i g e n e t i c   f e a t u r e s   a r e   c o n s i d e r e d .   T h e   p r e d i c t i v e   a c c u r a c y   a n d   M a t t h e w s   c o r r e l a t i o n   c o e f f i c i e n t   o f   t h e   b e s t   m o d e l   a r e   a s   h i g h   a s   9 5 . 9 6 %   a n d   0 . 9 2   f o r   1 0 - f o l d   c r o s s - v a l i d a t i o n   t e s t ,   a n d   9 5 . 5 8 %   a n d   0 . 9 2   f o r   i n d e p e n d e n t   d a t a s e t   t e s t ,   r e s p e c t i v e l y .   O u r   m o d e l   p r o v i d e s   a   g o o d   w a y   t o  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 C h e n g - Y a n ;   Y a n ,   Z h e n - H e ]   I n n e r   M o n g o l i a   U n i v ,   S c h   P h y s   S c i   &   T e c h n o l ,   L a b   T h e o r e t   B i o p h y s ,   H o h h o t   0 1 0 0 2 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z u o ,   Y o n g - C h u n ]   I n n e r   M o n g o l i a   U n i v ,   C o l l   L i f e   S c i ,   K e y   L a b   M a m m a l i a n   R e p r o d   B i o l   &   B i o t e c h n o l ,   M i n i s t   E d u c ,   H o h h o t   0 1 0 0 2 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 L i ,   Q Z   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n n e r   M o n g o l i a   U n i v ,   S c h   P h y s   S c i   &   T e c h n o l ,   L a b   T h e o r e t   B i o p h y s ,   H o h h o t   0 1 0 0 2 1 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 q z l i @ i m u . e d u . c n 	 Z u o ,   Y o n g c h u n / J - 2 7 0 3 - 2 0 1 4 	 Z u o ,   Y o n g c h u n / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 6 0 6 5 - 7 8 3 5 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 3 1 4 6 0 2 3 4 ,   6 1 4 6 1 0 3 8 ] ;   R e s e a r c h   F u n d   f o r   t h e   D o c t o r a l   P r o g r a m   o f   H i g h e r   E d u c a t i o n   o f   C h i n a   [ 2 0 1 0 1 5 0 1 1 1 0 0 0 4 ] 	 T h e   a u t h o r s   t h a n k   P h . D .   Y i n g l i   C h e n   f o r   i l l u m i n a t i o n   d i s c u s s i o n s .   T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   g r a n t   f r o m   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 3 1 4 6 0 2 3 4 ) ,   t h e   R e s e a r c h   F u n d   f o r   t h e   D o c t o r a l   P r o g r a m   o f   H i g h e r   E d u c a t i o n   o f   C h i n a   ( n o .   2 0 1 0 1 5 0 1 1 1 0 0 0 4 )   a n d   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( 6 1 4 6 1 0 3 8 ) . 	 B a r s k i   A ,   2 0 0 7 ,   C E L L ,   V 1 2 9 ,   P 8 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 7 . 0 5 . 0 0 9 ;   B l o u s h t a i n - Q i m r o n   N ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 1 4 0 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 8 0 5 2 0 6 1 0 5 ;   C a i   M Y ,   2 0 1 6 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 6 9 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 5 . 1 1 . 0 7 9 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h e n   W ,   2 0 1 5 ,   A N A L   B I O C H E M ,   V 4 9 0 ,   P 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 2 1 ;   C h e n   W ,   2 0 1 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k s 1 4 5 0 ;   C h e n   Y L ,   2 0 0 7 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 2 4 5 ,   P 7 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 1 0 ;   C h e n g   C ,   2 0 1 2 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 0 ,   P 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 7 5 2 ;   C h e n g   C ,   2 0 1 1 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 1 - 1 2 - 2 - r 1 5 ;   C h o u   K .   - C . ,   1 9 9 5 ,   B I O C H   M O L   B I O L ,   V 3 0 ,   P 2 7 5 ,   D O I   D O I   1 0 . 3 1 0 9 / 1 0 4 0 9 2 ;   C h o u   K C ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 9 9 3 1 ;   C o s t a   I G ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - S 1 - S 2 9 ;   D o n g   X J ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g b - 2 0 1 2 - 1 3 - 9 - r 5 3 ;   E a r p   M A ,   2 0 1 5 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 6 ,   P 3 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 1 ;   F a n   G L ,   2 0 1 5 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 3 6 ,   P 2 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j c c . 2 4 2 1 0 ;   F e n g   J X ,   2 0 1 2 ,   N A T   P R O T O C ,   V 7 ,   P 1 7 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 2 . 1 0 1 ;   G u o   S H ,   2 0 1 4 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 3 0 ,   P 1 5 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t u 0 8 3 ;   J i n   S G ,   2 0 1 5 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 6 ,   P 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 5 . 0 9 . 0 0 4 ;   J u n g   I ,   2 0 1 2 ,   J   T H E O R   B I O L ,   V 3 1 0 ,   P 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j t b i . 2 0 1 2 . 0 6 . 0 0 9 ;   K a r l i c   R ,   2 0 1 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 7 ,   P 2 9 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 0 9 3 4 4 1 0 7 ;   L i   T ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 0 2 9 ;   L i   Y ,   2 0 1 2 ,   C H R O M O S O M E   R E S ,   V 2 0 ,   P 7 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 7 7 - 0 1 2 - 9 3 1 1 - 2 ;   L i n   H ,   2 0 1 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 4 2 ,   P 1 2 9 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k u 1 0 1 9 ;   L i u   H D ,   2 0 1 3 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 1 ,   P 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 7 ;   M c L e a y   R C ,   2 0 1 2 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 8 ,   P 2 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t s 5 2 9 ;   M o r t a z a v i   A ,   2 0 0 8 ,   N A T   M E T H O D S ,   V 5 ,   P 6 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n m e t h . 1 2 2 6 ;   N o z a k i   T ,   2 0 1 1 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 1 2 - 4 1 6 ;   O u y a n g   Z Q ,   2 0 0 9 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 6 ,   P 2 1 5 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 0 4 8 6 3 1 0 6 ;   P a n   G J ,   2 0 0 7 ,   C E L L   S T E M   C E L L ,   V 1 ,   P 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s t e m . 2 0 0 7 . 0 8 . 0 0 3 ;   P e k o w s k a   A ,   2 0 1 0 ,   G E N O M E   R E S ,   V 2 0 ,   P 1 4 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 0 9 3 8 9 . 1 1 0 ;   P f u t z e   K ,   2 0 1 5 ,   G E N O M I C S ,   V 1 0 6 ,   P 3 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 2 ;   R a u c h   T A ,   2 0 0 8 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 5 ,   P 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 7 1 0 7 3 5 1 0 5 ;   R a u c h   T A ,   2 0 1 2 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 3 ,   P 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 1 - 0 2 8 2 - 2 ;   S h a r m a   P ,   2 0 1 4 ,   G E N E ,   V 5 4 1 ,   P 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 3 4 ;   S u   W X ,   2 0 1 6 ,   G E N E ,   V 5 7 5 ,   P 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 1 5 . 0 8 . 0 4 1 ;   S z y f   M ,   2 0 1 2 ,   G E N O M E   M E D ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / g m 3 2 5 ;   W a n g   Z B ,   2 0 0 8 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 0 ,   P 8 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 1 5 4 ;   Y o u n g   M D ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   P 7 4 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k r 4 1 6 ;   Y u   H ,   2 0 0 8 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 8 ,   P 1 3 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 0 7 3 0 8 0 . 1 0 7 ;   Z h a n g   Z H ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 1 5 5 ;   Z u o   Y C ,   2 0 1 1 ,   G E N O M I C S ,   V 9 7 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g e n o . 2 0 1 0 . 1 1 . 0 0 2 	 4 1 	 0 	 0 	 2 6 	 2 6 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   B V 	 A M S T E R D A M 	 P O   B O X   2 1 1 ,   1 0 0 0   A E   A M S T E R D A M ,   N E T H E R L A N D S 	 0 3 7 8 - 1 1 1 9 	 1 8 7 9 - 0 0 3 8 	 	 G E N E 	 G e n e 	 O C T   3 0 	 2 0 1 6 	 5 9 2 	 1 	 	 	 	 	 2 2 7 	 2 3 4 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 1 6 . 0 7 . 0 5 9 	 	 8 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 D W 0 A Z 	 W O S : 0 0 0 3 8 3 3 0 4 6 0 0 0 3 0 	 2 7 4 6 8 9 4 8 	 
 
 J 	 W a n g ,   Q X ;   C h e n ,   E D ;   C a i ,   Y F ;   L i ,   Q ;   J i n ,   Y X ;   J i n ,   W X ;   W a n g ,   Y H ;   Z h e n g ,   Z C ;   X u e ,   L ;   W a n g ,   O C ;   Z h a n g ,   X H 	 	 	 	 W a n g ,   Q i n g - X u a n ;   C h e n ,   E n - D o n g ;   C a i ,   Y e - F e n g ;   L i ,   Q u a n ;   J i n ,   Y i - X i a n g ;   J i n ,   W e n - X u ;   W a n g ,   Y i n g - H a o ;   Z h e n g ,   Z h o u - C i ;   X u e ,   L u ;   W a n g ,   O u - C h e n ;   Z h a n g ,   X i a o - H u a 	 	 	 A   p a n e l   o f   f o u r   g e n e s   a c c u r a t e l y   d i f f e r e n t i a t e s   b e n i g n   f r o m   m a l i g n a n t   t h y r o i d   n o d u l e s 	 J O U R N A L   O F   E X P E R I M E N T A L   &   C L I N I C A L   C A N C E R   R E S E A R C H 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 T h y r o i d   n o d u l e s ;   D i a g n o s t i c   p a n e l ;   B i o m a r k e r s 	 F I N E - N E E D L E - A S P I R A T I O N ;   T E R T   P R O M O T E R   M U T A T I O N S ;   E X P R E S S I O N   C L A S S I F I E R ;   U N I T E D - S T A T E S ;   D I S T I N G U I S H E S   B E N I G N ;   C A N C E R   S T A T I S T I C S ;   B R A F   M U T A T I O N ;   H M G A 2 ;   C A R C I N O M A ;   A F I R M A 	 B a c k g r o u n d :   C l i n i c i a n s   a r e   c o n f r o n t e d   w i t h   a n   i n c r e a s i n g   n u m b e r   o f   p a t i e n t s   w i t h   t h y r o i d   n o d u l e s .   R e l i a b l e   p r e o p e r a t i v e   d i a g n o s i s   o f   t h y r o i d   n o d u l e s   r e m a i n s   a   c h a l l e n g e   b e c a u s e   o f   i n c o n c l u s i v e   c y t o l o g i c a l   e x a m i n a t i o n   o f   f i n e - n e e d l e   a s p i r a t i o n   b i o p s i e s .   A l t h o u g h   m o l e c u l a r   a n a l y s i s   o f   t h y r o i d   t i s s u e   h a s   s h o w n   p r o m i s e   a s   a   d i a g n o s t i c   t o o l   i n   r e c e n t   y e a r s ,  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 J i n ,   Y i - X i a n g ;   J i n ,   W e n - X u ;   W a n g ,   Y i n g - H a o ;   Z h e n g ,   Z h o u - C i ;   W a n g ,   O u - C h e n ;   Z h a n g ,   X i a o - H u a ]   W e n z h o u   M e d   U n i v ,   D e p t   O n c o l ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   W e n z h o u   3 2 5 0 0 0 ,   Z h e j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ X u e ,   L u ]   S h a n g h a i   J i a o   T o n g   U n i v ,   S c h   M e d ,   X i n h u a   H o s p ,   D e p t   O t o l a r y n g o l   H e a d   &   N e c k   S u r g ,   S h a n g h a i   2 0 0 0 0 0 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 Z h a n g ,   X H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   W e n z h o u   M e d   U n i v ,   D e p t   O n c o l ,   A f f i l i a t e d   H o s p   1 ,   W e n z h o u   3 2 5 0 0 0 ,   Z h e j i a n g ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 z x h o n c o l o g y @ s i n a . c o m 	 	 	 N a t i o n a l   H i g h   T e c h n o l o g y   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   P r o g r a m   o f   8 6 3   p r o j e c t   o f   C h i n a   [ 2 0 1 2 A A 0 2 A 2 1 0 ] ;   M a j o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o j e c t s   o f   Z h e j i a n g   P r o v i n c e   [ 2 0 1 5 C 0 3 G 2 0 9 0 0 1 9 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   g r a n t   f r o m   t h e   N a t i o n a l   H i g h   T e c h n o l o g y   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   P r o g r a m   o f   8 6 3   p r o j e c t   o f   C h i n a   ( N O .   2 0 1 2 A A 0 2 A 2 1 0 )   a n d   M a j o r   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   P r o j e c t s   o f   Z h e j i a n g   P r o v i n c e   ( 2 0 1 5 C 0 3 G 2 0 9 0 0 1 9 ) . 	 A l e x a n d e r   E K ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 9 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 1 3 - 2 4 8 2 ;   A l e x a n d e r   E K ,   2 0 1 2 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 7 ,   P 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M o a 1 2 0 3 2 0 8 ;   B a r r o s   M C ,   2 0 1 5 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 1 0 0 ,   p E 8 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 1 4 - 4 0 5 3 ;   B r a u n e r   E ,   2 0 1 5 ,   T H Y R O I D ,   V 2 5 ,   P 7 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 2 0 1 5 . 0 0 4 9 ;   C e r u t t i   J M ,   2 0 0 4 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 1 3 ,   P 1 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 2 0 0 4 1 9 6 1 7 ;   C h e n   A Y ,   2 0 0 9 ,   C A N C E R ,   V 1 1 5 ,   P 3 8 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 4 4 1 6 ;   C h e n   W Q ,   2 0 1 6 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 6 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 3 3 8 ;   C h i a p p e t t a   G ,   2 0 0 8 ,   E U R   J   C A N C E R ,   V 4 4 ,   P 1 0 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j c a . 2 0 0 8 . 0 2 . 0 3 9 ;   C h u n g   K W ,   2 0 1 2 ,   J   K O R E A N   S U R G   S O C ,   V 8 2 ,   P 2 7 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 7 4 / j k s s . 2 0 1 2 . 8 2 . 5 . 2 7 1 ;   D ' A r m i e n t o   J ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 6 ,   P 8 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 5 - 1 2 8 7 ;   D u i c k   D S ,   2 0 1 2 ,   T H Y R O I D ,   V 2 2 ,   P 9 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 2 0 1 2 . 0 1 8 0 ;   F r y k n a s   M ,   2 0 0 6 ,   T U M O R   B I O L ,   V 2 7 ,   P 2 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 0 9 3 0 5 6 ;   G h a r i b   H o s s e i n ,   2 0 1 0 ,   E n d o c r   P r a c t ,   V 1 6 ,   P 4 6 8 ;   G u o   L ,   2 0 1 4 ,   M O L   V I S ,   V 2 0 ,   P 1 6 4 3 ;   H e l l e m a n   J ,   2 0 0 8 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 4 ,   P 5 5 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 0 8 - 0 5 5 5 ;   H u n d a h l   S A ,   2 0 0 0 ,   C A N C E R ,   V 8 9 ,   P 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / 1 0 9 7 - 0 1 4 2 ( 2 0 0 0 0 7 0 1 ) 8 9 : 1 < 2 0 2 : : A I D - C N C R 2 7 > 3 . 0 . C O ; 2 - A ;   J i n   L P ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 1 8 3 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 7 8 1 1 ;   K e u t g e n   X M ,   2 0 1 2 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   P 2 0 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 1 - 2 4 8 7 ;   K i m   H J ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 3 7 5 6 4 ;   K u m a r   M S ,   2 0 1 4 ,   N A T U R E ,   V 5 0 5 ,   P 2 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 2 7 8 5 ;   L a p p i n g a   P J ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   C Y T O P A T H O L ,   V 1 1 8 ,   P 2 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c y . 2 0 0 9 5 ;   L a s t r a   R R ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   C Y T O P A T H O L ,   V 1 2 2 ,   P 7 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c y . 2 1 4 5 5 ;   L e e   J H ,   2 0 0 6 ,   P A T H O L O G Y ,   V 3 8 ,   P 2 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 3 1 3 0 2 0 6 0 0 6 9 6 2 6 4 ;   L i u   X L ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 9 ,   p E 1 1 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 1 3 - 4 0 4 8 ;   L i u   Y ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 8 ,   p E 5 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 1 2 - 3 1 1 3 ;   M c I v e r   B ,   2 0 1 4 ,   J   C L I N   E N D O C R   M E T A B ,   V 9 9 ,   P 4 0 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / j c . 2 0 1 3 - 3 5 8 4 ;   N a t a r a j a n   S ,   2 0 1 6 ,   O N C O T A R G E T ,   V 7 ,   P 1 2 7 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 6 9 3 8 ;   N i k i f o r o v   Y E ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 2 0 ,   P 3 6 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 9 0 3 8 ;   R a h i b   L ,   2 0 1 4 ,   C A N C E R   R E S ,   V 7 4 ,   P 2 9 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 0 0 0 8 - 5 4 7 2 . C A N - 1 4 - 0 1 5 5 ;   S c h n e i d e r   D F ,   2 0 1 3 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 3 ,   P 3 7 3 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 1 9 5 ;   S h i   Z ,   2 0 1 6 ,   T U M O R   B I O L ,   V 3 7 ,   P 7 5 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 2 7 7 - 0 1 5 - 4 6 2 5 - 2 ;   S i e g e l   R ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 9 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 0 8 ;   S r i v a s t a v a   S ,   2 0 1 4 ,   A M   J   M E D   G E N E T   A ,   V 1 6 4 ,   P 2 9 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / a j m g . a . 3 6 7 1 4 ;   M i t t e l d o r f   C A T D ,   2 0 1 1 ,   D I A G N   C Y T O P A T H O L ,   V 3 9 ,   P 5 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / d c . 2 1 4 2 3 ;   T s a n g   S Y ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 6 2 3 2 2 ;   V r i e n s   M R ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 8 ,   P 3 4 2 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 6 5 8 7 ;   W a n g   C C C ,   2 0 1 1 ,   T H Y R O I D ,   V 2 1 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 9 / t h y . 2 0 1 0 . 0 2 4 3 ;   W u   Z Y ,   2 0 1 5 ,   C A N C E R   B I O M A R K ,   V 1 5 ,   P 5 3 5 ,   D O I   1 0 . 3 2 3 3 / C B M - 1 5 0 4 9 2 ;   X i e   S H ,   2 0 1 4 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 4 - 9 7 5 ;   X i n g   M ,   2 0 0 5 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 1 2 ,   P 2 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 6 7 7 / e r c . 1 . 0 9 7 8 ;   X i n g   M Z ,   2 0 1 3 ,   L A N C E T ,   V 3 8 1 ,   P 1 0 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 3 ) 6 0 1 0 9 - 9 ;   X i n g   M Z ,   2 0 1 3 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 1 3 ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 3 4 3 1 ;   Y a n g   S E ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   C Y T O P A T H O L ,   V 1 2 4 ,   P 1 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c y . 2 1 6 2 4 ;   Z h a o   X P ,   2 0 1 6 ,   J   T R A N S L   M E D ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 6 7 - 0 1 6 - 0 7 7 7 - 0 ;   Z h e n g   B ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   P 1 6 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 1 7 2 	 4 5 	 0 	 0 	 6 	 6 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 5 6 - 9 9 6 6 	 	 	 J   E X P   C L I N   C A N C   R E S 	 J .   E x p .   C l i n .   C a n c e r   R e s . 	 O C T   2 8 	 2 0 1 6 	 3 5 	 	 	 	 	 	 	 	 1 6 9 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 6 - 0 1 6 - 0 4 4 7 - 3 	 	 8 	 O n c o l o g y 	 O n c o l o g y 	 E A 3 C T 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 4 7 7 4 0 0 0 0 1 	 2 7 7 9 3 2 1 3 	 
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 U n i v ,   S c h   B i o t e c h n o l ,   N e w   D e l h i   1 1 0 0 6 7 ,   I n d i a ;   [ J a m a l ,   S a l m a ;   G o y a l ,   S u k r i t i ]   B a n a s t h a l i   U n i v ,   D e p t   B i o s c i   &   B i o t e c h n o l ,   T o n k   3 0 4 0 2 2 ,   R a j a s t h a n ,   I n d i a ;   [ S h a n k e r ,   A s h e e s h ]   C e n t   U n i v   S o u t h   B i h a r ,   C t r   B i o l   S c i ,   B i o i n f o r m a t   P r o g r a m m e ,   B I T   C a m p u s ,   P a t n a ,   B i h a r ,   I n d i a 	 G r o v e r ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   J a w a h a r l a l   N e h r u   U n i v ,   S c h   B i o t e c h n o l ,   N e w   D e l h i   1 1 0 0 6 7 ,   I n d i a . 	 a b h i n a v g r @ g m a i l . c o m 	 	 	 I n d i a n   C o u n c i l   o f   M e d i c a l   R e s e a r c h   ( I C M R ) 	 A b h i n a v   G r o v e r   i s   t h a n k f u l   t o   J a w a h a r l a l   N e h r u   U n i v e r s i t y   f o r   u s a g e   o f   a l l   c o m p u t a t i o n a l   f a c i l i t i e s .   A b h i n a v   G r o v e r   i s   g r a t e f u l   t o   U n i v e r s i t y   G r a n t s   C o m m i s s i o n ,   I n d i a   f o r   t h e   F a c u l t y   R e c h a r g e   P o s i t i o n .   S a l m a   J a m a l   a c k n o w l e d g e s   a   S e n i o r   R e s e a r c h   F e l l o w s h i p   f r o m   t h e   I n d i a n   C o u n c i l   o f   M e d i c a l   R e s e a r c h   ( I C M R ) . 	 A b s a l o n   S ,   2 0 1 3 ,   J   N E U R O S C I ,   V 3 3 ,   P 1 4 6 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 3 / J N E U R O S C I . 1 3 2 7 - 1 3 . 2 0 1 3 ;   A l t s h u l e r   D ,   2 0 0 8 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 2 ,   P 8 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 5 6 4 0 9 ;   A p w e i l e r   R ,   2 0 0 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 2 ,   p D 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k h 1 3 1 ;   A s a d a - U t s u g i   M ,   2 0 1 1 ,   J   N E U R O C H E M ,   V 1 1 9 ,   P 3 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 1 - 4 1 5 9 . 2 0 1 1 . 0 7 3 6 4 . x ;   A s s a r a f   M I ,   2 0 0 7 ,   J   N E U R O P A T H   E X P   N E U R ,   V 6 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / n e n . 0 b 0 1 3 e 3 1 8 0 5 1 7 b 2 8 ;   A s s e n o v   Y ,   2 0 0 8 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 4 ,   P 2 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t m 5 5 4 ;   A t k e s o n   C G ,   1 9 9 7 ,   A R T I F   I N T E L L   R E V ,   V 1 1 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 6 5 5 9 2 1 2 0 1 4 ;   B a d e r   G D ,   2 0 0 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 1 ,   P 2 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k g 0 5 6 ;   B a k h e e t   T M ,   2 0 0 9 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 5 ,   P 4 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t p 0 0 2 ;   B a k i   L ,   2 0 0 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 8 ,   P 2 3 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 4 1 6 0 3 3 9 8 ;   B a l l a r d   C ,   2 0 1 1 ,   L A N C E T ,   V 3 7 7 ,   P 1 0 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 4 0 - 6 7 3 6 ( 1 0 ) 6 1 3 4 9 - 9 ;   B e r m a n   H M ,   2 0 0 2 ,   A C T A   C R Y S T A L L O G R   D ,   V 5 8 ,   P 8 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 7 / S 0 9 0 7 4 4 4 9 0 2 0 0 3 4 5 1 ;   B o n i n - G u i l l a u m e   S ,   2 0 0 5 ,   P R E S S E   M E D ,   V 3 4 ,   P 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 7 5 5 - 4 9 8 2 ( 0 5 ) 8 3 8 8 2 - 5 ;   B o u c k a e r t   R R ,   2 0 1 0 ,   J   M A C H   L E A R N   R E S ,   V 1 1 ,   P 2 5 3 3 ;   B r e i m a n   L ,   2 0 0 1 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 5 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 0 9 3 3 4 0 4 3 2 4 ;   B r i g h t   J J ,   2 0 0 4 ,   G L I A ,   V 4 5 ,   P 1 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / g l i a . 1 0 3 1 6 ;   B r o w n   K R ,   2 0 0 5 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 1 ,   P 2 0 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 2 7 3 ;   B u b l i l   E M ,   2 0 0 7 ,   C U R R   O P I N   C E L L   B I O L ,   V 1 9 ,   P 1 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e b . 2 0 0 7 . 0 2 . 0 0 8 ;   B u r n s   A ,   2 0 0 9 ,   B R I T   M E D   J ,   V 3 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / b m j . b 1 5 8 ;   C a r a m e l l i   P ,   1 9 9 9 ,   A C T A   N E U R O L   S C A N D ,   V 1 0 0 ,   P 6 1 ;   C a s e r t a   T M ,   2 0 0 3 ,   A P O P T O S I S ,   V 8 ,   P 3 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 2 4 1 1 6 9 1 6 9 3 2 ;   C h a t r - A r y a m o n t r i   A ,   2 0 0 7 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 5 ,   p D 5 7 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k l 9 5 0 ;   C h i b a   T ,   2 0 0 9 ,   M O L   P S Y C H I A T R ,   V 1 4 ,   P 2 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / m p . 2 0 0 8 . 1 0 5 ;   C h i b a   T ,   2 0 0 9 ,   E X P E R T   O P I N   T H E R   T A R ,   V 1 3 ,   P 1 1 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 7 / 1 4 7 2 8 2 2 0 9 0 3 2 1 3 4 2 6 ;   C h o i   Y ,   2 0 0 7 ,   N E U R O P S Y C H O P H A R M A C O L ,   V 3 2 ,   P 2 3 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . n p p . 1 3 0 1 3 7 7 ;   C h u n g   S J ,   2 0 1 3 ,   N E U R O B I O L   A G I N G ,   V 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u r o b i o l a g i n g . 2 0 1 3 . 0 5 . 0 2 2 ;   C o r i n n a   C . ,   1 9 9 5 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 0 ,   P 2 7 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / B F 0 0 9 9 4 0 1 8 ;   D e g t e r e v   A ,   2 0 0 5 ,   N A T   C H E M   B I O L ,   V 1 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n c h e m b i o 7 1 1 ;   D e n n i s   J R ,   2 0 0 3 ,   G E N O M E   B I O L ,   V 4 ,   P 3 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / G B - 2 0 0 3 - 4 - 5 - P 3 ;   D e s m o n d ,   2 0 1 3 ,   S C H R O D I N G E R   D E S M O N D ;   D r e i s e i t l   S ,   2 0 0 2 ,   J   B I O M E D   I N F O R M ,   V 3 5 ,   P 3 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 5 3 2 - 0 4 6 4 ( 0 3 ) 0 0 0 3 4 - 0 ;   H a r b i   N o u r i a ,   2 0 1 0 ,   I N T   J   N E T W O R K   S E C U R I ,   V 2 ,   P 1 2 ;   F R A N D S E N   A ,   1 9 9 3 ,   J   N E U R O C H E M ,   V 6 0 ,   P 1 2 0 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 1 - 4 1 5 9 . 1 9 9 3 . t b 0 3 2 7 8 . x ;   F r i e d m a n   N ,   1 9 9 7 ,   M A C H   L E A R N ,   V 2 9 ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 0 7 4 6 5 5 2 8 1 9 9 ;   F r i e s n e r   R A ,   2 0 0 4 ,   J   M E D   C H E M ,   V 4 7 ,   P 1 7 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 3 0 6 4 3 0 ;   F u r n e y   S J ,   2 0 0 6 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 7 - 3 ;   G a m a   J ,   2 0 0 4 ,   M A C H   L E A R N ,   V 5 5 ,   P 2 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / B : M A C H . 0 0 0 0 0 2 7 7 8 2 . 6 7 1 9 2 . 1 3 ;   G a n d h i   T K B ,   2 0 0 6 ,   N A T   G E N E T ,   V 3 8 ,   P 2 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g 1 7 4 7 ;   G r i l l i   M ,   1 9 9 5 ,   A M Y L O I D   P R E C U R S O R   P R ,   V 4 4 ;   G u p t a   A ,   2 0 1 5 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 6 - S 1 9 - S 1 0 ;   H a l g r e n   T A ,   2 0 0 4 ,   J   M E D   C H E M ,   V 4 7 ,   P 1 7 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 3 0 6 4 4 s ;   H a l l   M .   A . ,   1 9 9 9 ,   C O R R E L A T I O N   B A S E D   F E ;   H e r m j a k o b   H ,   2 0 0 4 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 2 ,   p D 4 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k h 0 5 2 ;   J a i n   R ,   2 0 1 5 ,   C O M B   C H E M   H I G H   T   S C R ,   V 1 8 ,   P 8 8 1 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 3 8 6 2 0 7 3 1 8 6 6 6 1 5 0 6 2 6 0 9 3 6 4 8 ;   J a m a l   S ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 2 9 3 7 0 ;   J e n s e n   F V ,   1 9 9 6 ,   I N T R O   B A Y E S I A N   N E T W O ,   V 3 0 ;   J o r g e n s e n   W L ,   1 9 9 6 ,   J   A M   C H E M   S O C ,   V 1 1 8 ,   P 1 1 2 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j a 9 6 2 1 7 6 0 ;   K a l t s c h m i d t   B ,   1 9 9 7 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 4 ,   P 2 6 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 9 4 . 6 . 2 6 4 2 ;   K a m i n s k i   G A ,   2 0 0 1 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 0 5 ,   P 6 4 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 0 0 3 9 1 9 d ;   K e a t i n g   D J ,   2 0 0 6 ,   A G E I N G   R E S   R E V ,   V 5 ,   P 3 8 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a r r . 2 0 0 5 . 1 1 . 0 0 1 ;   K e l l y   B L ,   2 0 0 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 0 ,   P 3 1 7 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 5 0 3 2 5 9 2 0 0 ;   K i r a   K ,   1 9 9 2 ,   I N T   C   M A C H   L E A R N ,   P 2 4 9 ;   K n o x   C ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p D 1 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 1 1 2 6 ;   K o h a v i   R ,   1 9 9 6 ,   P   2   I N T   C   K N O W L   D I S C ,   V 7 ,   P 2 0 2 ;   K u b o   T a k e k a z u ,   2 0 0 8 ,   T h e r   C l i n   R i s k   M a n a g ,   V 4 ,   P 6 0 5 ;   K u h n   M ,   2 0 0 8 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 2 8 ,   P 1 ;   K U O   W L ,   1 9 9 3 ,   E N D O C R I N O L O G Y ,   V 1 3 2 ,   P 6 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 0 / e n . 1 3 2 . 2 . 6 0 4 ;   L a u   P ,   2 0 1 0 ,   S E M I N   C E L L   D E V   B I O L ,   V 2 1 ,   P 7 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c d b . 2 0 1 0 . 0 1 . 0 0 9 ;   L a u s s   M ,   2 0 0 7 ,   P H A R M A C O G E N O M I C S ,   V 8 ,   P 1 0 6 3 ,   D O I   1 0 . 2 2 1 7 / 1 4 6 2 2 4 1 6 . 8 . 8 . 1 0 6 3 ;   L e   S ,   2 0 0 8 ,   J   S T A T   S O F T W ,   V 2 5 ,   P 1 ;   L e m k u l   J A ,   2 0 1 2 ,   A C S   C H E M   N E U R O S C I ,   V 3 ,   P 8 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / c n 3 0 0 0 9 1 a ;   L i   Y S ,   2 0 1 4 ,   M O L   B I O S Y S T ,   V 1 0 ,   P 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 3 m b 7 0 2 7 0 g ;   L i u   W ,   2 0 1 3 ,   S C I   C H I N A   L I F E   S C I ,   V 5 6 ,   P 7 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 4 2 7 - 0 1 3 - 4 5 0 0 - 6 ;   L u   Q ,   2 0 0 9 ,   C U R R   M E D   C H E M ,   V 1 6 ,   P 1 3 5 5 ;   M a g l o t t   D ,   2 0 1 1 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 9 ,   p D 5 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k q 1 2 3 7 ;   M a r w a r h a   G ,   2 0 1 1 ,   M O L   N E U R O D E G E N E R ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 0 - 1 3 2 6 - 6 - 4 1 ;   M o n a c o   E A ,   2 0 0 4 ,   C U R R   A L Z H E I M E R   R E S ,   V 1 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 2 1 7 4 / 1 5 6 7 2 0 5 0 4 3 4 8 0 5 1 9 ;   N a g p a l   N ,   2 0 1 5 ,   G E N E ,   V 5 7 0 ,   P 1 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . g e n e . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 8 ;   N i c o l a s   C S ,   2 0 1 3 ,   J A K   S T A T ,   V 2 ,   D O I   D O I   1 0 . 4 1 6 1 / J K S T . 2 2 9 2 5 ;   N o v a k o v i c   J a s m i n a ,   2 0 1 1 ,   Y U G O S L A V   J   O P E R A T I O N ,   V 2 1 ,   P 1 1 9 ;   N o v a k o v i c   J . ,   2 0 0 9 ,   1 7   T E L   F O R   T E L F O R   B E ;   N y g a a r d   H B ,   2 0 1 4 ,   A L Z H E I M E R S   R E S   T H E R ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / a l z r t 2 3 8 ;   O k a   S ,   2 0 0 0 ,   F E B S   L E T T ,   V 4 7 2 ,   P 1 9 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 1 4 - 5 7 9 3 ( 0 0 ) 0 1 4 6 4 - 2 ;   O l i v e i r a   T G ,   2 0 1 0 ,   B B A - M O L   C E L L   B I O L   L ,   V 1 8 0 1 ,   P 7 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a l i p . 2 0 1 0 . 0 4 . 0 0 4 ;   O l s o n   S u e   A ,   2 0 0 2 ,   B r i e f   B i o i n f o r m ,   V 3 ,   P 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i b / 3 . 1 . 8 7 ;   O s t l u n d   G ,   2 0 1 0 ,   M O L   C E L L   P R O T E O M I C S ,   V 9 ,   P 6 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / m c p . M 9 0 0 2 2 7 - M C P 2 0 0 ;   P a r i s i a d o u   L ,   2 0 0 4 ,   N E U R O D E G E N E R   D I S ,   V 1 ,   P 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 0 8 0 9 8 4 ;   P r i y a d a r s i n i   R P ,   2 0 1 1 ,   I C T A C T   J   S O F T   C O M P U T ,   V 0 1 ,   P 2 2 2 9 ;   P u i g   B ,   2 0 0 5 ,   J   A L Z H E I M E R S   D I S ,   V 7 ,   P 2 1 3 ;   Q u i n l a n   J . R . ,   1 9 9 3 ,   C 4   5   P R O G R A M S   M A C H I N ;   R a f i i   M S ,   2 0 1 5 ,   B M C   M E D ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 1 6 - 0 1 5 - 0 2 9 7 - 4 ;   R i c k l e   A ,   2 0 0 4 ,   N E U R O R E P O R T ,   V 1 5 ,   P 9 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / 0 0 0 0 1 7 5 6 - 2 0 0 4 0 4 2 9 0 - 0 0 0 0 5 ;   S a s t r y   G M ,   2 0 1 3 ,   J   C O M P U T   A I D   M O L   D E S ,   V 2 7 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 2 2 - 0 1 3 - 9 6 4 4 - 8 ;   S c h r o d i n g e r ,   2 0 1 1 ,   S C H R O D   S O F T W   S U I T ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 1 ,   P R I M ;   S c h r o d i n g e r ,   2 0 0 9 ,   L I G P R E P ;   S e n g a r   A S ,   1 9 9 9 ,   E M B O   J ,   V 1 8 ,   P 1 1 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / e m b o j / 1 8 . 5 . 1 1 5 9 ;   S h a n n o n   P ,   2 0 0 3 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 2 4 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 2 3 9 3 0 3 ;   S i n h a   S ,   2 0 1 5 ,   J   B I O M O L   S T R U C T   D Y N ,   V 3 4 ,   P 1 ;   T u   Z D ,   2 0 0 6 ,   B M C   G E N O M I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 6 4 - 7 - 3 1 ;   U e m u r a   K ,   2 0 0 9 ,   J   N E U R O C H E M ,   V 1 0 8 ,   P 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 4 7 1 - 4 1 5 9 . 2 0 0 8 . 0 5 7 6 0 . x ;   V a n   C a u w e n b e r g h e   C ,   2 0 1 5 ,   G E N E T   M E D ;   V a n u n u   O ,   2 0 1 0 ,   P L O S   C O M P U T   B I O L ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p c b i . 1 0 0 0 6 4 1 ;   v o n   M e r i n g   C ,   2 0 0 3 ,   N U C L E I C   A C I D S   R E S ,   V 3 1 ,   P 2 5 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k g 0 3 4 ;   W a h i   D i v y a ,   2 0 1 5 ,   S y s t   S y n t h   B i o l ,   V 9 ,   P 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 6 9 3 - 0 1 5 - 9 1 6 2 - 1 ;   W a n g   X ,   2 0 0 1 ,   S h e n g   L i   K e   X u e   J i n   Z h a n ,   V 3 2 ,   P 3 0 7 ;   W e i   W L ,   2 0 0 2 ,   B R A I N ,   V 1 2 5 ,   P 2 0 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b r a i n / a w f 2 0 5 ;   X u   J ,   2 0 1 2 ,   A D V   P H A R M A C O L ,   V 6 4 ,   P 3 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / B 9 7 8 - 0 - 1 2 - 3 9 4 8 1 6 - 8 . 0 0 0 0 9 - X ;   X u   J Z ,   2 0 0 6 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 2 ,   P 2 8 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t l 4 6 7 ;   Y i a n n o p o u l o u   K G ,   2 0 1 3 ,   T H E R   A D V   N E U R O L   D I S O ,   V 6 ,   P 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 7 / 1 7 5 6 2 8 5 6 1 2 4 6 1 6 7 9 ;   Z h a n g   D W ,   2 0 0 9 ,   S C I E N C E ,   V 3 2 5 ,   P 3 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 1 7 2 3 0 8 ;   Z o v o i l i s   A ,   2 0 1 1 ,   E M B O   J ,   V 3 0 ,   P 4 2 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / e m b o j . 2 0 1 1 . 3 2 7 	 1 0 2 	 0 	 0 	 1 1 	 1 1 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 4 7 1 - 2 1 6 4 	 	 	 B M C   G E N O M I C S 	 B M C   G e n o m i c s 	 O C T   1 8 	 2 0 1 6 	 1 7 	 	 	 	 	 	 	 	 8 0 7 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 6 4 - 0 1 6 - 3 1 0 8 - 1 	 	 1 5 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 B i o t e c h n o l o g y   &   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ;   G e n e t i c s   &   H e r e d i t y 	 D Z 0 E W 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 5 1 1 3 0 0 0 0 3 	 2 7 7 5 6 2 2 3 	 
 
 J 	 L i n ,   D ;   Z h e n g ,   Z C ;   W a n g ,   Q W ;   H u a n g ,   H ;   H u a n g ,   Z F ;   Y u ,   Y ;   Q i u ,   S F ;   W e n ,   C C ;   C h e n g ,   M ;   F e n g ,   S Y 	 	 	 	 L i n ,   D u o ;   Z h e n g ,   Z u c i ;   W a n g ,   Q i w e n ;   H u a n g ,   H a o ;   H u a n g ,   Z u f a n g ;   Y u ,   Y u n ;   Q i u ,   S u f a n g ;   W e n ,   C u n c h e n g ;   C h e n g ,   M i n ;   F e n g ,   S h a n g y u a n 	 	 	 L a b e l - f r e e   o p t i c a l   s e n s o r   b a s e d   o n   r e d   b l o o d   c e l l s   l a s e r   t w e e z e r s   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   a n a l y s i s   f o r   A B O   b l o o d   t y p i n g 	 O P T I C S   E X P R E S S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 D I A G N O S I S ;   C A N C E R 	 T h e   c l i n i c a l   s i g n i f i c a n c e   o f   A B O   b l o o d   t y p i n g   e x t e n d s   b e y o n d   t r a n s f u s i o n   m e d i c i n e   a n d   i s   d e m o n s t r a t e d   t o   b e   a s s o c i a t e d   w i t h   s u s c e p t i b i l i t y   t o   v a r i o u s   d i s e a s e s ,   e v e n   i n c l u d i n g   c a n c e r .   I n   t h i s   s t u d y ,   a   h o m e - m a d e   l a s e r   t w e e z e r s   R a m a n   s p e c t r o s c o p y   ( L T R S )   s y s t e m   w a s   a p p l i e d   t o   d e t e c t   r e d   b l o o d   c e l l s   ( R B C s )   w i t h   t h e   a i m   t o   d e v e l o p   a   l a b e l - f r e e ,   s i m p l e   a n d   o b j e c t i v e   b l o o d   t y p i n g   m e t h o d   f o r   t h e   f i r s t   t i m e .   H i g h - q u a l i t y   R a m a n   s p e c t r a   o f   R B C s   i n   t h e   f i n g e r p r i n t   r e g i o n   o f   4 2 0 - 1 7 0 0   c m ( - 1 )   c a n   b e   o b t a i n e d ,   m e a n w h i l e   e x c i t i n g   b l o o d   t y p i n g   r e s u l t s   c a n   b e   a c h i e v e d ,   e s p e c i a l l y   w i t h   a n   a c c u r a c y   o f   1 0 0 %   f o r   i d e n t i f y i n g   T y p e   A B   f r o m   o t h e r   b l o o d   t y p e s   w i t h   t h e   u s e   o f   m u l t i v a r i a t e   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s   b a s e d   o n   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   c o m b i n e d   w i t h   l i n e a r   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   ( L D A ) .   T h i s   p r i m a r y   w o r k   d e m o n s t r a t e s   t h a t   t h e   l a b e l - f r e e   R B C s   L T R S   a n a l y s i s   i n   c o n j u n c t i o n   w i t h   P C A - L D A   d i a g n o s t i c   a l g o r i t h m s   h a s   g r e a t   p o t e n t i a l   a s   a   b i o s e n s o r   f o r   A B O   b l o o d   t y p i n g .   ( C )   2 0 1 6   O p t i c a l   S o c i e t y   o f   A m e r i c a 	 [ L i n ,   D u o ;   Z h e n g ,   Z u c i ;   W a n g ,   Q i w e n ;   H u a n g ,   Z u f a n g ;   Y u ,   Y u n ;   W e n ,   C u n c h e n g ;   F e n g ,   S h a n g y u a n ]   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   K e y   L a b   O p t o e l e c t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   M i n i s t   E d u c ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i n ,   D u o ;   Z h e n g ,   Z u c i ;   W a n g ,   Q i w e n ;   H u a n g ,   Z u f a n g ;   Y u ,   Y u n ;   W e n ,   C u n c h e n g ;   F e n g ,   S h a n g y u a n ]   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   F u j i a n   P r o v   K e y   L a b   P h o t o n   T e c h n o l ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L i n ,   D u o ;   H u a n g ,   H a o ;   Y u ,   Y u n ]   F u j i a n   U n i v   T r a d i t   C h i n e s e   M e d ,   C o l l   I n t e g r a t e d   T r a d i t   C h i n e s e   &   W e s t e r n   M e d ,   F u z h o u   3 5 0 1 2 2 ,   F u j i a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Q i u ,   S u f a n g ]   F u j i a n   M e d   U n i v ,   C a n c   H o s p ,   F u j i a n   P r o v   C a n c   H o s p ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 1 ,   F u j i a n ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ C h e n g ,   M i n ]   M i n j i a n g   U n i v ,   D e p t   P h y s   &   E l e c t   I n f o r m a t   E n g n ,   F u z h o u   3 5 0 1 0 8 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 F e n g ,   S Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   K e y   L a b   O p t o e l e c t   S c i   &   T e c h n o l   M e d ,   M i n i s t   E d u c ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   F e n g ,   S Y   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   F u j i a n   N o r m a l   U n i v ,   F u j i a n   P r o v   K e y   L a b   P h o t o n   T e c h n o l ,   F u z h o u   3 5 0 0 0 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 s y f e n g @ f j n u . e d u . c n 	 	 	 N a t u r a l   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   [ 6 1 5 7 5 0 4 3 ,   6 1 4 0 5 0 3 6 ,   6 1 3 0 8 1 1 3 ] ;   M a j o r   P r o j e c t s   o f   I n t e r n a t i o n a l   C o o p e r a t i o n   [ 6 1 2 1 0 0 1 6 ] ;   P r o g r a m   f o r   C h a n g j i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   [ I R T 1 1 1 5 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   o f   C h i n a   [ 2 0 1 5 J 0 1 4 3 6 ,   2 0 1 6 J 0 1 2 9 2 ,   2 0 1 3 J 0 1 2 2 5 ,   2 0 1 4 J 0 1 0 1 7 ] ;   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   F o u n d a t i o n   o f   t h e   E d u c a t i o n   D e p a r t m e n t   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   o f   C h i n a   [ J K 2 0 1 3 0 4 1 ] 	 N a t u r a l   N a t i o n a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N S F C )   ( 6 1 5 7 5 0 4 3 ,   6 1 4 0 5 0 3 6 ,   6 1 3 0 8 1 1 3 ) ;   M a j o r   P r o j e c t s   o f   I n t e r n a t i o n a l   C o o p e r a t i o n   ( 6 1 2 1 0 0 1 6 ) ;   P r o g r a m   f o r   C h a n g j i a n g   S c h o l a r s   a n d   I n n o v a t i v e   R e s e a r c h   T e a m   i n   U n i v e r s i t y   ( I R T 1 1 1 5 ) ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   o f   C h i n a   ( 2 0 1 5 J 0 1 4 3 6 ,   2 0 1 6 J 0 1 2 9 2 ,   2 0 1 3 J 0 1 2 2 5 ,   2 0 1 4 J 0 1 0 1 7 ) ;   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   F o u n d a t i o n   o f   t h e   E d u c a t i o n   D e p a r t m e n t   o f   F u j i a n   P r o v i n c e   o f   C h i n a   ( J K 2 0 1 3 0 4 1 ) . 	 A h l a w a t   S ,   2 0 1 6 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 1 ,   P 1 3 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 5 a n 0 0 9 7 1 e ;   A h l a w a t   S ,   2 0 1 3 ,   A P P L   P H Y S   L E T T ,   V 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 8 2 8 7 0 6 ;   B a n k a p u r   A ,   2 0 1 0 ,   P L O S   O N E ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 0 4 2 7 ;   C h a n   J W ,   2 0 1 3 ,   J   B I O P H O T O N I C S ,   V 6 ,   P 3 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j b i o . 2 0 1 2 0 0 1 4 3 ;   C h a n   J W ,   2 0 0 9 ,   A N A L   C H E M ,   V 8 1 ,   P 1 3 2 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 8 0 1 6 6 5 m ;   C h a n   J W ,   2 0 0 6 ,   B I O P H Y S   J ,   V 9 0 ,   P 6 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 5 2 9 / b i o p h y s j . 1 0 5 . 0 6 6 7 6 1 ;   C h e n   K ,   2 0 0 6 ,   O P T   L E T T ,   V 3 1 ,   P 2 0 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O L . 3 1 . 0 0 2 0 1 5 ;   D a s g u p t a   R ,   2 0 1 1 ,   J   B I O M E D   O P T ,   V 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 7 / 1 . 3 6 0 0 0 1 1 ;   D e   L u c a   A C ,   2 0 0 8 ,   O P T   E X P R E S S ,   V 1 6 ,   P 7 9 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / O E . 1 6 . 0 0 7 9 4 3 ;   D e n g   J L ,   2 0 0 5 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 3 6 ,   P 2 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 1 3 0 1 ;   D u r a i p a n d i a n   S ,   2 0 1 1 ,   A N A L Y S T ,   V 1 3 6 ,   P 4 3 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 1 a n 1 5 2 9 6 c ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 1 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 6 ,   P 3 1 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 1 2 . 0 2 0 ;   F e n g   S Y ,   2 0 1 0 ,   B I O S E N S   B I O E L E C T R O N ,   V 2 5 ,   P 2 4 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o s . 2 0 1 0 . 0 3 . 0 3 3 ;   F o r e   S ,   2 0 1 1 ,   J   O P T I C S - U K ,   V 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 2 0 4 0 - 8 9 7 8 / 1 3 / 4 / 0 4 4 0 2 1 ;   F r a n c h i n i   M ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 4 4 4 ,   P 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 1 6 ;   F r a n c h i n i   M ,   2 0 1 3 ,   C L I N   C H E M   L A B   M E D ,   V 5 1 ,   P 1 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / c c l m - 2 0 1 3 - 0 1 6 8 ;   H u a n g   H ,   2 0 1 4 ,   L A S E R   P H Y S   L E T T ,   V 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 8 / 1 6 1 2 - 2 0 1 1 / 1 1 / 8 / 0 8 5 6 0 1 ;   H u a n g   Z W ,   2 0 0 3 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 0 7 ,   P 1 0 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 1 1 5 0 0 ;   L i n   D ,   2 0 1 5 ,   A P P L   P H Y S   L E T T ,   V 1 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 4 9 0 4 9 9 2 ;   L i n   D ,   2 0 1 4 ,   S C I   R E P - U K ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 4 7 5 1 ;   L i u   R ,   2 0 1 3 ,   E X P   H E M A T O L ,   V 4 1 ,   P 6 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e x p h e m . 2 0 1 3 . 0 2 . 0 1 2 ;   R a j   S ,   2 0 1 3 ,   C E L L   B I O C H E M   B I O P H Y S ,   V 6 5 ,   P 3 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 1 3 - 0 1 2 - 9 4 3 9 - x ;   R a j   S ,   2 0 1 2 ,   B I O M E D   O P T   E X P R E S S ,   V 3 ,   P 7 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 3 6 4 / B O E . 3 . 0 0 0 7 5 3 ;   S h a o   J W ,   2 0 1 2 ,   V I B   S P E C T R O S C ,   V 6 3 ,   P 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v i b s p e c . 2 0 1 2 . 0 8 . 0 0 4 ;   S m i t h   R ,   2 0 1 6 ,   A N A L Y S T ,   V 1 4 1 ,   P 3 5 9 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 9 / c 6 a n 0 0 1 5 2 a ;   S t o r r y   J   R ,   2 0 0 9 ,   I m m u n o h e m a t o l o g y ,   V 2 5 ,   P 4 8 ;   T a k a d a   N ,   2 0 1 4 ,   L E G A L   M E D - T O K Y O ,   V 1 6 ,   P 1 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . l e g a l m e d . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 6 ;   T a o   Z H ,   2 0 1 1 ,   F E M S   M I C R O B I O L   L E T T ,   V 3 1 4 ,   P 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 1 1 / j . 1 5 7 4 - 6 9 6 8 . 2 0 1 0 . 0 2 1 3 9 . x ;   T e h   S K ,   2 0 0 9 ,   J   R A M A N   S P E C T R O S C ,   V 4 0 ,   P 9 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / j r s . 2 1 9 7 ;   T u   Q ,   2 0 1 2 ,   N A N O M E D - N A N O T E C H N O L ,   V 8 ,   P 5 4 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n a n o . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 1 3 ;   W o o d   B R ,   2 0 0 7 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 3 8 7 ,   P 1 6 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 0 6 - 0 8 8 1 - 8 ;   X i e   C G ,   2 0 0 3 ,   J   A P P L   P H Y S ,   V 9 4 ,   P 6 1 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 6 1 7 3 5 9 	 3 2 	 0 	 0 	 7 	 7 	 O P T I C A L   S O C   A M E R 	 W A S H I N G T O N 	 2 0 1 0   M A S S A C H U S E T T S   A V E   N W ,   W A S H I N G T O N ,   D C   2 0 0 3 6   U S A 	 1 0 9 4 - 4 0 8 7 	 	 	 O P T   E X P R E S S 	 O p t .   E x p r e s s 	 O C T   1 7 	 2 0 1 6 	 2 4 	 2 1 	 	 	 	 	 2 4 7 5 0 	 2 4 7 5 9 	 	 1 0 . 1 3 6 4 / O E . 2 4 . 0 2 4 7 5 0 	 	 1 0 	 O p t i c s 	 O p t i c s 	 E C 8 N R 	 W O S : 0 0 0 3 8 8 3 9 9 1 0 0 0 9 5 	 2 7 8 2 8 1 9 5 	 
 
 J 	 M a ,   Y H ;   X i e ,   W W ;   T i a n ,   T T ;   J i n ,   Y R ;   X u ,   H J ;   Z h a n g ,   K R ;   D u ,   Y F 	 	 	 	 M a ,   Y i n g h u a ;   X i e ,   W e i w e i ;   T i a n ,   T i n g t i n g ;   J i n ,   Y i r a n ;   X u ,   H u i j u n ;   Z h a n g ,   K e r o n g ;   D u ,   Y i n g f e n g 	 	 	 I d e n t i f i c a t i o n   a n d   c o m p a r a t i v e   o r i d o n i n   m e t a b o l i s m   i n   d i f f e r e n t   s p e c i e s   l i v e r   m i c r o s o m e s   b y   u s i n g   U P L C - T r i p l e - T O F - M S / M S   a n d   P C A 	 A N A L Y T I C A L   B I O C H E M I S T R Y 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 O r i d o n i n ;   M e t a b o l i t e s ;   U P L C - T r i p l e - T O F - M S / M S ;   L i v e r   m i c r o s o m e s ;   I n   v i t r o 	 F L I G H T   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   L I Q U I D - C H R O M A T O G R A P H Y ;   I N - V I T R O ;   B I O L O G I C A L   E V A L U A T I O N ;   S P I R O L A C T O N E - T Y P E ;   L C - M S / M S ;   R A T ;   D E R I V A T I V E S ;   U R I N E ;   M S 	 O r i d o n i n   ( O R I )   i s   a n   a c t i v e   n a t u r a l   e n t - k a u r e n e   d i t e r p e n o i d   i n g r e d i e n t   w i t h   n o t a b l e   a n t i - c a n c e r   a n d   a n t i   i n f l a m m a t i o n   a c t i v i t i e s .   C u r r e n t l y ,   a   s t r a t e g y   w a s   d e v e l o p e d   t o   i d e n t i f y   m e t a b o l i t e s   a n d   t o   a s s e s s   t h e   m e t a b o l i c   p r o f i l e s   o f   O R I   i n   v i t r o   u s i n g   u l t r a - h i g h - p e r f o r m a n c e   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y - T r i p l e / t i m e - o f - f l i g h t   m a s s   s p e c t r o m e t r y   ( U P L C - T r i p l e - T O F - M S / M S ) .   M e a n w h i l e ,   t h e   m e t a b o l i s m   d i f f e r e n c e s   o f   O R I   i n   t h e   l i v e r   m i c r o s o m e s   o f   f o u r   d i f f e r e n t   s p e c i e s   w e r e   i n v e s t i g a t e d   u s i n g   a   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   ( P C A )   b a s e d   o n   t h e   m e t a b o l i t e   a b s o l u t e   p e a k   a r e a   v a l u e s   a s   t h e   v a r i a b l e s .   B a s e d   o n   t h e   p r o p o s e d   m e t h o d s ,   2 7   m e t a b o l i t e s   w e r e   s t r u c t u r a l l y   c h a r a c t e r i z e d .   T h e   r e s u l t s   i n d i c a t e   t h a t   O R I   i s   u n i v e r s a l l y   m e t a b o l i z e d   i n   v i t r o ,   a n d   t h e   m e t a b o l i c   p a t h w a y   m a i n l y   i n c l u d e s   d e h y d r a t i o n ,   h y d r o x y l a t i o n ,   d i - h y d r o x y l a t i o n ,   h y d r o g e n a t i o n ,   d e c a r b o x y l a t i o n ,   a n d   k e t o n e   f o r m a t i o n .   O v e r a l l ,   t h e r e   a r e   o b v i o u s   i n t e r   s p e c i e s   d i f f e r e n c e s   i n   t y p e s   a n d   a m o u n t s   o f   O R I   m e t a b o l i t e s   i n   t h e   f o u r   s p e c i e s .   T h e s e   r e s u l t s   w i l l   p r o v i d e   b a s i c   d a t a   f o r   f u t u r e   p h a r m a c o l o g i c a l   a n d   t o x i c o l o g i c a l   s t u d i e s   o f   O R I   a n d   f o r   o t h e r   e n t - k a u r a n e s   d i t e r p e n o i d s .   M e a n w h i l e ,   s t u d y i n g   t h e   O R I   m e t a b o l i c   d i f f e r e n c e s   h e l p s   t o   s e l e c t   t h e   p r o p e r   a n i m a l   m o d e l   f o r   f u r t h e r   p h a r m a c o l o g y   a n d   t o x i c o l o g i c a l   a s s e s s m e n t .   ( C )   2 0 1 6   E l s e v i e r   I n c .   A l l   r i g h t s   r e s e r v e d . 	 [ M a ,   Y i n g h u a ;   X i e ,   W e i w e i ;   T i a n ,   T i n g t i n g ;   X u ,   H u i j u n ;   D u ,   Y i n g f e n g ]   H e b e i   M e d   U n i v ,   S c h   P h a r m ,   D e p t   P h a r m a c e u t   A n a l ,   3 6 1   E a s t   Z h o n g s h a n   R d ,   S h i j i a z h u a n g   0 5 0 0 1 7 ,   H e b e i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ J i n ,   Y i r a n ]   H e b e i   M e d   U n i v ,   H o s p   2 ,   S h i j i a z h u a n g   0 5 0 0 0 0 ,   H e b e i ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ Z h a n g ,   K e r o n g ]   A p p l   B i o s y s t   T r a d i n g   C o   L t d ,   B e i j i n g   B r a n c h   O f f ,   B e i j i n g   1 0 0 0 2 7 ,   P e o p l e s   R   C h i n a 	 D u ,   Y F   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   H e b e i   M e d   U n i v ,   S c h   P h a r m ,   D e p t   P h a r m a c e u t   A n a l ,   3 6 1   E a s t   Z h o n g s h a n   R d ,   S h i j i a z h u a n g   0 5 0 0 1 7 ,   H e b e i ,   P e o p l e s   R   C h i n a . 	 y i n g f e n g d u @ h o t m a i l . c o m 	 	 Y i n g f e n g ,   D u / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 5 9 8 4 - 0 9 0 7 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 8 1 4 0 2 8 9 4 ] ;   P r o j e c t   o f   H e b e i   P r o v i n c e   F o o d   a n d   D r u g   A d m i n i s t r a t i o n   [ Z D 2 0 1 5 0 2 1 ,   Z D 2 0 1 5 0 2 9 ] ;   P r o j e c t   o f   H e b e i   P r o v i n c e   T r a d i t i o n a l   C h i n e s e   M e d i c i n e   A d m i n i s t r a t i o n   [ 2 0 1 4 1 3 9 ] 	 T h i s   w o r k   r e c e i v e d   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f r o m   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( N o .   8 1 4 0 2 8 9 4 ) ,   P r o j e c t   o f   H e b e i   P r o v i n c e   F o o d   a n d   D r u g   A d m i n i s t r a t i o n   ( N O .   Z D 2 0 1 5 0 2 1 ,   N O .   Z D 2 0 1 5 0 2 9 )   a n d   P r o j e c t   o f   H e b e i   P r o v i n c e   T r a d i t i o n a l   C h i n e s e   M e d i c i n e   A d m i n i s t r a t i o n   ( N O .   2 0 1 4 1 3 9 ) . 	 B o h a n o n   F J ,   2 0 1 4 ,   J   S U R G   R E S ,   V 1 9 0 ,   P 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j s s . 2 0 1 4 . 0 3 . 0 3 6 ;   [ A n o n y m o u s ] ,   2 0 1 0 ,   P H A R M   P E O P L   R E P   C H I N ,   P 1 0 6 ;   D a v i d   W i s h a r t   S . ,   2 0 1 4 ,   M E T H O D S   P R I N C I P L E S   M ,   P 5 3 ;   D o n g   Y .   M . ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ;   J i n   Y R ,   2 0 1 5 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 1 0 0 0 ,   P 1 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 2 7 ;   J o n e s   G L A H ,   2 0 0 5 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 0 ,   P 7 5 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j c b . M 4 1 0 2 0 0 2 0 0 ;   K u   C M ,   2 0 1 3 ,   F O O D   C H E M ,   V 1 4 1 ,   P 1 1 0 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f o o d c h e m . 2 0 1 3 . 0 4 . 0 4 4 ;   K U P C H A N   S M ,   1 9 7 1 ,   J   M E D   C H E M ,   V 1 4 ,   P 1 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j m 0 0 2 9 4 a 0 0 1 ;   L a   S ,   2 0 0 5 ,   C H E M   R E S   T O X I C O L ,   V 1 8 ,   P 1 8 8 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / t x 0 5 0 1 8 7 d ;   L e e   S K ,   2 0 1 1 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 8 7 9 ,   P 3 0 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 3 7 ;   L i   D H ,   2 0 1 3 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 5 9 ,   P 3 2 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m e c h . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 0 2 ;   L i   F M ,   2 0 0 7 ,   B I O M E D   C H R O M A T O G R ,   V 2 1 ,   P 3 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / b m c . 7 7 0 ;   L i   P ,   2 0 1 6 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 1 0 1 1 ,   P 1 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 6 1 ;   M a r c e l l a   M . ,   2 0 0 6 ,   E X P E R T   O P I N   D R U G   M E T ,   V 2 ,   P 8 7 5 ;   P a h l e r   A . ,   2 0 1 3 ,   D R U G   D I S C O V   T O D A Y   T E ,   V 1 0 ,   P 2 0 7 ;   P l u m b   R S ,   2 0 0 2 ,   R A P I D   C O M M U N   M A S S   S P ,   V 1 6 ,   P 1 9 9 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / r c m . 8 1 3 ;   R a m a n a t h a n   R . ,   2 0 0 4 ,   J   A M   S O C   M A S S   S P E C T R ,   V 1 7 ,   P 1 1 8 8 ;   T h o m a s   A ,   2 0 1 1 ,   A N A L   C H I M   A C T A ,   V 7 0 7 ,   P 1 0 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . a c a . 2 0 1 1 . 0 9 . 0 2 7 ;   T i a n   T T ,   2 0 1 5 ,   J   C H R O M A T O G R   B ,   V 1 0 0 6 ,   P 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j c h r o m b . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 0 6 ;   T u r p e i n e n   M ,   2 0 0 7 ,   X E N O B I O T I C A ,   V 3 7 ,   P 1 3 6 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 0 4 9 8 2 5 0 7 0 1 6 5 8 3 1 2 ;   W a n g   L ,   2 0 1 2 ,   E U R   J   M E D   C H E M ,   V 5 2 ,   P 2 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e j m e c h . 2 0 1 2 . 0 3 . 0 2 4 ;   W a n g   W C ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 4 4 8 ,   P 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c a . 2 0 1 5 . 0 6 . 0 0 8 ;   X i a o   J F ,   2 0 1 2 ,   T R A C - T R E N D   A N A L   C H E M ,   V 3 2 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t r a c . 2 0 1 1 . 0 8 . 0 0 9 ;   X i e   T ,   2 0 1 2 ,   J   C H R O M A T O G R   A ,   V 1 2 2 7 ,   P 2 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h r o m a . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 1 7 ;   X u   C ,   2 0 1 3 ,   D R U G   M E T A B   P H A R M A C O K ,   V 2 8 ,   P 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 2 1 3 3 / d m p k . D M P K - 1 2 - R G - 1 2 4 ;   X u   J Y ,   2 0 0 8 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 1 8 ,   P 4 7 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 0 8 . 0 6 . 0 9 7 ;   X u   S T ,   2 0 1 4 ,   B I O O R G   M E D   C H E M   L E T T ,   V 2 4 ,   P 2 8 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 1 4 . 0 4 . 1 1 9 ;   Y a n g   J ,   2 0 1 5 ,   B I O M E D   P H A R M A C O T H E R ,   V 7 2 ,   P 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b i o p h a . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 1 6 ;   Y a n g   S P ,   2 0 1 5 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 1 1 0 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 4 8 ;   Z i e l i n s k i   J ,   2 0 1 5 ,   T O X I C O L   I N   V I T R O ,   V 2 9 ,   P 4 6 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i v . 2 0 1 4 . 1 2 . 0 1 8 	 3 0 	 1 	 2 	 7 	 1 8 	 A C A D E M I C   P R E S S   I N C   E L S E V I E R   S C I E N C E 	 S A N   D I E G O 	 5 2 5   B   S T ,   S T E   1 9 0 0 ,   S A N   D I E G O ,   C A   9 2 1 0 1 - 4 4 9 5   U S A 	 0 0 0 3 - 2 6 9 7 	 1 0 9 6 - 0 3 0 9 	 	 A N A L   B I O C H E M 	 A n a l .   B i o c h e m . 	 O C T   1 5 	 2 0 1 6 	 5 1 1 	 	 	 	 	 	 6 1 	 7 3 	 	 1 0 . 1 0 1 6 / j . a b . 2 0 1 6 . 0 8 . 0 0 4 	 	 1 3 	 B i o c h e m i c a l   R e s e a r c h   M e t h o d s ;   B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y ,   A n a l y t i c a l 	 B i o c h e m i s t r y   &   M o l e c u l a r   B i o l o g y ;   C h e m i s t r y 	 D U 7 T D 	 W O S : 0 0 0 3 8 2 4 1 6 6 0 0 0 1 1 	 2 7 5 0 3 7 5 0 	 
 
 J 	 H o ,   Y S ;   Y i p ,   L Y ;   B a s r i ,   N ;   C h o n g ,   V S H ;   T e o ,   C C ;   T a n ,   E ;   L i m ,   K L ;   T a n ,   G S ;   Y a n g ,   X L ;   Y e o ,   S Y ;   K o h ,   M S Y ;   D e v a n a n d ,   A ;   T a k a n o ,   A ;   T a n ,   E H ;   T a n ,   D S W ;   L i m ,   T K H 	 	 	 	 H o ,   Y i n g   S w a n ;   Y i p ,   L i a n   Y e e ;   B a s r i ,   N u r h i d a y a h ;   C h o n g ,   V i v i a n   S u   H u i ;   T e o ,   C h i n   C h y e ;   T a n ,   E d d y ;   L i m ,   K a h   L i n g ;   T a n ,   G e k   S a n ;   Y a n g ,   X u l e i ;   Y e o ,   S i   Y o n g ;   K o h ,   M a r i k o   S i   Y u e ;   D e v a n a n d ,   A n a n t h a m ;   T a k a n o ,   A n g e l a ;   T a n ,   E n g   H u a t ;   T a n ,   D a n i e l   S h a o   W e n g ;   L i m ,   T o n y   K i a t   H o n 	 	 	 L i p i d o m i c   P r o f i l i n g   o f   L u n g   P l e u r a l   E f f u s i o n   I d e n t i f i e s   U n i q u e   M e t a b o t y p e   f o r   E G F R   M u t a n t s   i n   N o n - S m a l l   C e l l   L u n g   C a n c e r 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 P O L Y U N S A T U R A T E D   F A T T Y - A C I D S ;   L I V E R - X - R E C E P T O R ;   E N R I C H E D   M E M B R A N E   D O M A I N S ;   M A S S - S P E C T R O M E T R Y ;   D I A G N O S T I C - A C C U R A C Y ;   B R E A S T - C A N C E R ;   M E T A B O L I S M ;   C E R A M I D E ;   S P H I N G O M Y E L I N ;   T H E R A P Y 	 C y t o l o g y   a n d   h i s t o l o g y   f o r m s   t h e   c o r n e r s t o n e   f o r   t h e   d i a g n o s i s   o f   n o n - s m a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r   ( N S C L C )   b u t   o b t a i n i n g   s u f f i c i e n t   t u m o u r   c e l l s   o r   t i s s u e   b i o p s i e s   f o r   t h e s e   t e s t s   r e m a i n s   a   c h a l l e n g e .   W e   i n v e s t i g a t e   t h e   l i p i d o m e   o f   l u n g   p l e u r a l   e f f u s i o n   ( P E )   f o r   u n i q u e   m e t a b o l i c   s i g n a t u r e s   t o   d i s c r i m i n a t e   b e n i g n   v e r s u s   m a l i g n a n t   P E   a n d   E G F R   v e r s u s   n o n - E G F R   m a l i g n a n t   s u b g r o u p s   t o   i d e n t i f y   n o v e l   d i a g n o s t i c   m a r k e r s   t h a t   i s   i n d e p e n d e n t   o f   t u m o u r   c e l l   a v a i l a b i l i t y .   U s i n g   l i q u i d   c h r o m a t o g r a p h y   m a s s   s p e c t r o m e t r y ,   w e   p r o f i l e d   t h e   l i p i d o m e s   o f   t h e   P E   o f   3 0   b e n i g n   a n d   4 1   m a l i g n a n t   c a s e s   w i t h   o r   w i t h o u t   E G F R   m u t a t i o n .   U n s u p e r v i s e d   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s   r e v e a l e d   d i s t i n c t i v e   d i f f e r e n c e s   b e t w e e n   t h e   l i p i d o m e s   o f   b e n i g n   a n d   m a l i g n a n t   P E   a s   w e l l   a s   b e t w e e n   E G F R   m u t a n t s   a n d   n o n - E G F R   m u t a n t s .   D o c o s a p e n t a e n o i c   a c i d   a n d   D o c o s a h e x a e n o i c   a c i d   g a v e   s u p e r i o r   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y   f o r   d e t e c t i n g   N S C L C   w h e n   u s e d   s i n g l y .   A d d i t i o n a l l y ,   s e v e r a l   2 0 - a n d   2 2 - c a r b o n   p o l y u n s a t u r a t e d   f a t t y   a c i d s   a n d   p h o s p h o l i p i d   s p e c i e s   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   e l e v a t e d   i n   t h e   E G F R   m u t a n t s   c o m p a r e d   t o   n o n - E G F R   m u t a n t s .   A   7 - l i p i d   p a n e l   s h o w e d   g r e a t   p r o m i s e   i n   t h e   s t r a t i f i c a t i o n   o f   E G F R   f r o m   n o n - E G F R   m a l i g n a n t   P E .   O u r   d a t a   r e v e a l e d   n o v e l   l i p i d   c a n d i d a t e   m a r k e r s   i n   t h e   n o n - c e l l u l a r   f r a c t i o n   o f   P E   t h a t   h o l d s   p o t e n t i a l   t o   a i d   t h e   d i a g n o s i s   o f   b e n i g n ,   E G F R   m u t a t i o n   p o s i t i v e   a n d   n e g a t i v e   N S C L C . 	 [ H o ,   Y i n g   S w a n ;   Y i p ,   L i a n   Y e e ;   B a s r i ,   N u r h i d a y a h ;   C h o n g ,   V i v i a n   S u   H u i ;   T e o ,   C h i n   C h y e ;   T a n ,   E d d y ]   A S T A R ,   B i o p r o c   T e c h n o l   I n s t ,   2 0   B i o p o l i s   W a y , 0 6 - 0 1   C t r ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 6 8 ,   S i n g a p o r e ;   [ L i m ,   K a h   L i n g ;   T a n ,   G e k   S a n ;   L i m ,   T o n y   K i a t   H o n ]   S i n g a p o r e   G e n   H o s p ,   D e p t   P a t h o l ,   2 0   C o l l   R d , L e v e l   1 0 ,   S i n g a p o r e   1 6 9 8 5 6 ,   S i n g a p o r e ;   [ Y a n g ,   X u l e i ;   Y e o ,   S i   Y o n g ]   A S T A R ,   I n s t   H i g h   P e r f o r m a n c e   C o m p ,   1   F u s i o n o p o l i s   W a y , 1 6 - 1 6   C o n n e x i s ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 3 2 ,   S i n g a p o r e ;   [ K o h ,   M a r i k o   S i   Y u e ;   D e v a n a n d ,   A n a n t h a m ;   T a k a n o ,   A n g e l a ]   S i n g a p o r e   G e n   H o s p ,   D e p t   R e s p   &   C r i t   C a r e   M e d ,   O u t r a m   R d ,   S i n g a p o r e   1 6 9 6 0 8 ,   S i n g a p o r e ;   [ T a n ,   E n g   H u a t ;   T a n ,   D a n i e l   S h a o   W e n g ]   N a t l   C a n c   C t r ,   1 1   H o s p   D r ,   S i n g a p o r e   1 6 9 6 1 0 ,   S i n g a p o r e ;   [ T a n ,   D a n i e l   S h a o   W e n g ;   L i m ,   T o n y   K i a t   H o n ]   A S T A R ,   G e n o m e   I n s t   S i n g a p o r e ,   2 0   B i o p o l i s   W a y , 0 6 - 0 1   C t r ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 6 8 ,   S i n g a p o r e 	 H o ,   Y S   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A S T A R ,   B i o p r o c   T e c h n o l   I n s t ,   2 0   B i o p o l i s   W a y , 0 6 - 0 1   C t r ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 6 8 ,   S i n g a p o r e . ;   L i m ,   T K H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S i n g a p o r e   G e n   H o s p ,   D e p t   P a t h o l ,   2 0   C o l l   R d , L e v e l   1 0 ,   S i n g a p o r e   1 6 9 8 5 6 ,   S i n g a p o r e . ;   T a n ,   D S W   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   C a n c   C t r ,   1 1   H o s p   D r ,   S i n g a p o r e   1 6 9 6 1 0 ,   S i n g a p o r e . ;   T a n ,   D S W ;   L i m ,   T K H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   A S T A R ,   G e n o m e   I n s t   S i n g a p o r e ,   2 0   B i o p o l i s   W a y , 0 6 - 0 1   C t r ,   S i n g a p o r e   1 3 8 6 6 8 ,   S i n g a p o r e . 	 h o _ y i n g _ s w a n @ b t i . a - s t a r . e d u . s g ;   d a n i e l . t a n . s . w @ s i n g h e a l t h . c o m . s g ;   l i m . k i a t . h o n @ s i n g h e a l t h . c o m . s g 	 	 H o ,   Y i n g   S w a n / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 9 2 9 2 - 3 1 0 6 	 B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   o f   t h e   A g e n c y   f o r   S c i e n c e ,   T e c h n o l o g y   a n d   R e s e a r c h   ( A * S T A R ) ,   S i n g a p o r e ,   u n d e r   t h e   P O L A R I S   p r o g r a m   [ S P F   2 0 1 2 / 0 0 1 ] 	 T h e   f i n a n c i a l   s u p p o r t   f o r   t h i s   s t u d y   i s   p r o v i d e d   b y   t h e   B i o m e d i c a l   R e s e a r c h   C o u n c i l   o f   t h e   A g e n c y   f o r   S c i e n c e ,   T e c h n o l o g y   a n d   R e s e a r c h   ( A * S T A R ) ,   S i n g a p o r e ,   u n d e r   t h e   P O L A R I S   p r o g r a m   ( S P F   2 0 1 2 / 0 0 1 ) .   W e   t h a n k   L i - L i a n   K w o k   a n d   C i n d y   L i m   f r o m   t h e   N a t i o n a l   C a n c e r   C e n t r e ,   S i n g a p o r e   f o r   t h e i r   h e l p   a n d   a d v i c e   o n   R O C   a n a l y s i s   a n d   D r .   S a y   K o n g   N g   f r o m   t h e   B i o p r o c e s s i n g   T e c h n o l o g y   I n s t i t u t e   f o r   h i s   i n v a l u a b l e   s u g g e s t i o n s   i n   t h e   p r e p a r a t i o n   o f   t h i s   m a n u s c r i p t . 	 A b o u z g h e i b   W ,   2 0 0 9 ,   C H E S T ,   V 1 3 5 ,   P 9 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 0 8 - 2 0 0 2 ;   A z r a d   M a r i a ,   2 0 1 3 ,   F r o n t   O n c o l ,   V 3 ,   P 2 2 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 8 9 / f o n c . 2 0 1 3 . 0 0 2 2 4 ;   B a e n k e   F ,   2 0 1 3 ,   D I S   M O D E L   M E C H ,   V 6 ,   P 1 3 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 2 4 2 / d m m . 0 1 1 3 3 8 ;   B a r c e l o - C o b l i j n   G ,   2 0 1 1 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 8 ,   P 1 9 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 1 1 5 4 8 4 1 0 8 ;   B e l o r i b i - D j e f a f l i a   S ,   2 0 1 6 ,   O N C O G E N E S I S ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / o n c s i s . 2 0 1 5 . 4 9 ;   B e n j a m i n   D I ,   2 0 1 3 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 0 ,   P 1 4 9 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 3 1 0 8 9 4 1 1 0 ;   B L I G H   E G ,   1 9 5 9 ,   C A N   J   B I O C H E M   P H Y S ,   V 3 7 ,   P 9 1 1 ;   B o l l i n g e r   C R ,   2 0 0 5 ,   B B A - M O L   C E L L   R E S ,   V 1 7 4 6 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a m c r . 2 0 0 5 . 0 9 . 0 0 1 ;   B o s e r   B .   E . ,   1 9 9 2 ,   P r o c e e d i n g s   o f   t h e   F i f t h   A n n u a l   A C M   W o r k s h o p   o n   C o m p u t a t i o n a l   L e a r n i n g   T h e o r y ,   P 1 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 3 0 3 8 5 . 1 3 0 4 0 1 ;   B u r g e s s   L J ,   2 0 0 4 ,   C L I N   C H I M   A C T A ,   V 3 4 3 ,   P 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c c n . 2 0 0 4 . 0 2 . 0 0 2 ;   C a l k i n   A C ,   2 0 1 2 ,   N A T   R E V   M O L   C E L L   B I O ,   V 1 3 ,   P 2 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r m 3 3 1 2 ;   C h a n g   C C ,   2 0 1 1 ,   A C M   T   I N T E L   S Y S T   T E C ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 5 / 1 9 6 1 1 8 9 . 1 9 6 1 1 9 9 ;   C h a w l a   A ,   2 0 0 1 ,   S C I E N C E ,   V 2 9 4 ,   P 1 8 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 2 9 4 . 5 5 4 8 . 1 8 6 6 ;   C h o n g   I G ,   2 0 0 5 ,   C H E M O M E T R   I N T E L L   L A B ,   V 7 8 ,   P 1 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c h e m o l a b . 2 0 0 4 . 1 2 . 0 1 1 ;   C h u a   M E ,   2 0 1 3 ,   C U A J - C A N   U R O L   A S S O C ,   V 7 ,   p E 3 3 3 ,   D O I   1 0 . 5 4 8 9 / c u a j . 1 0 5 6 ;   C h u u   C P ,   2 0 1 0 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 3 0 ,   P 3 6 4 3 ;   D a i   Y B ,   2 0 1 6 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 1 3 ,   P 7 6 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 6 0 7 5 9 0 1 1 3 ;   D a v i e s   H E ,   2 0 0 9 ,   A M   J   R E S P   C R I T   C A R E ,   V 1 8 0 ,   P 4 3 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 6 4 / r c c m . 2 0 0 8 1 1 - 1 7 2 9 O C ;   D e S a n t i s   C E ,   2 0 1 4 ,   C A - C A N C E R   J   C L I N ,   V 6 4 ,   P 2 5 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 2 2 / c a a c . 2 1 2 3 5 ;   D i a z   E M ,   2 0 0 2 ,   A R C H   B R O N C O N E U M O L ,   V 3 8 ,   P 4 7 9 ;   D u n n   W B ,   2 0 1 1 ,   N A T   P R O T O C ,   V 6 ,   P 1 0 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 1 . 3 3 5 ;   D y a t l o v i t s k a y a   E V ,   2 0 0 6 ,   B I O C H E M I S T R Y - M O S C O W + ,   V 7 1 ,   P 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 4 / S 0 0 0 6 2 9 7 9 0 6 0 1 0 0 2 0 ;   E f r o n   B ,   1 9 9 7 ,   J   A M   S T A T   A S S O C ,   V 9 2 ,   P 5 4 8 ,   D O I   1 0 . 2 3 0 7 / 2 9 6 5 7 0 3 ;   E l e f t h e r i o u   D . ,   2 0 1 2 ,   J   T H O R A C   D I S ,   V 4 ,   p A B 2 8 ;   F i l o s t o   S ,   2 0 1 1 ,   P L O S   O N E ,   V 6 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 2 3 2 4 0 ;   G a s p a r   M J ,   2 0 0 8 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 2 8 ,   P 2 9 4 7 ;   G o l d k o r n   T z i p o r a ,   2 0 1 3 ,   H a n d b   E x p   P h a r m a c o l ,   P 9 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 7 0 9 1 - 1 5 1 1 - 4 _ 5 ;   G o n g   H B A ,   2 0 0 9 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 8 4 ,   P 3 0 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 0 9 . 0 4 7 7 5 3 ;   G r a s s m e   H ,   2 0 0 7 ,   P R O G   L I P I D   R E S ,   V 4 6 ,   P 1 6 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p l i p r e s . 2 0 0 7 . 0 3 . 0 0 2 ;   G u l b i n s   E ,   2 0 0 3 ,   O N C O G E N E ,   V 2 2 ,   P 7 0 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . o n c . 1 2 0 7 1 4 6 ;   G u o   D L ,   2 0 1 4 ,   C U R R   P H A R M   D E S I G N ,   V 2 0 ,   P 2 6 1 9 ;   G u o   D L ,   2 0 0 9 ,   S C I   S I G N A L ,   V 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i s i g n a l . 2 0 0 0 4 4 6 ;   G u y o n   I ,   2 0 0 2 ,   M A C H   L E A R N ,   V 4 6 ,   P 3 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 3 / A : 1 0 1 2 4 8 7 3 0 2 7 9 7 ;   H i g h a m   A ,   2 0 1 3 ,   R E S P   R E S ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 6 5 - 9 9 2 1 - 1 4 - 1 0 6 ;   H o n g   C ,   2 0 1 4 ,   N A T   R E V   D R U G   D I S C O V ,   V 1 3 ,   P 4 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r d 4 2 8 0 ;   H o r t o n   J D ,   2 0 0 2 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 0 9 ,   P 1 1 2 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 2 0 0 2 1 5 5 9 3 ;   K a r a c h a l i o u   N ,   2 0 1 5 ,   J A M A   O N C O L ,   V 1 ,   P 1 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a o n c o l . 2 0 1 4 . 2 5 7 ;   K i m   C W ,   2 0 0 2 ,   C A N C E R   R E S ,   V 6 2 ,   P 6 3 1 2 ;   K r e m e r   R ,   2 0 1 0 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 2 ,   P 1 1 8 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 6 0 7 ;   L a m   C W ,   2 0 1 4 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 3 ,   P 4 0 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 5 0 0 3 7 7 4 ;   L i u   J J ,   2 0 1 4 ,   N U T R I E N T S ,   V 6 ,   P 5 1 8 4 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / n u 6 1 1 5 1 8 4 ;   L i u   X Q ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   P A T H O L ,   V 6 6 ,   P 1 0 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 6 / j c l i n p a t h - 2 0 1 3 - 2 0 1 7 2 8 ;   L i u   Y Y ,   2 0 0 1 ,   F A S E B   J ,   V 1 5 ,   P 7 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 6 / f j . 0 0 - 0 2 2 3 c o m ;   L u c c i   A ,   1 9 9 8 ,   A N T I C A N C E R   R E S ,   V 1 8 ,   P 4 7 5 ;   M a j e m   M a r g a r i t a ,   2 0 1 3 ,   T r a n s l   L u n g   C a n c e r   R e s ,   V 2 ,   P 2 2 6 ,   D O I   1 0 . 3 9 7 8 / j . i s s n . 2 2 1 8 - 6 7 5 1 . 2 0 1 3 . 0 3 . 0 9 ;   M a r i e n   E ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 7 ,   P 1 5 3 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 5 1 7 ;   M a s h i m a   T ,   2 0 0 9 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 0 ,   P 1 3 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / s j . b j c . 6 6 0 5 0 0 7 ;   M e n e n d e z   J A ,   2 0 0 7 ,   N A T   R E V   C A N C E R ,   V 7 ,   P 7 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n r c 2 2 2 2 ;   M o l i n a   J R ,   2 0 0 8 ,   M A Y O   C L I N   P R O C ,   V 8 3 ,   P 5 8 4 ,   D O I   1 0 . 4 0 6 5 / 8 3 . 5 . 5 8 4 ;   M o t h e r b y   H ,   1 9 9 9 ,   D I A G N   C Y T O P A T H O L ,   V 2 0 ,   P 3 5 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / ( S I C I ) 1 0 9 7 - 0 3 3 9 ( 1 9 9 9 0 6 ) 2 0 : 6 < 3 5 0 : : A I D - D C 5 > 3 . 0 . C O ; 2 - 7 ;   N a g a n   N ,   2 0 0 1 ,   P R O G   L I P I D   R E S ,   V 4 0 ,   P 1 9 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 1 6 3 - 7 8 2 7 ( 0 1 ) 0 0 0 0 3 - 0 ;   N A N C E   K V ,   1 9 9 1 ,   M O D E R N   P A T H O L ,   V 4 ,   P 3 2 0 ;   N o t o   A ,   2 0 1 3 ,   C E L L   D E A T H   D I S ,   V 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c d d i s . 2 0 1 3 . 4 4 4 ;   P a v l o v a   N N ,   2 0 1 6 ,   C E L L   M E T A B ,   V 2 3 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 1 5 . 1 2 . 0 0 6 ;   P o r c e l   J M ,   2 0 0 6 ,   A M   F A M   P H Y S I C I A N ,   V 7 3 ,   P 1 2 1 1 ;   P o u c h i e u   C ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 0 4 4 2 ;   R i v e r a   M P ,   2 0 1 3 ,   C H E S T ,   V 1 4 3 ,   p E 1 4 2 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 8 / c h e s t . 1 2 - 2 3 5 3 ;   R o n g   X ,   2 0 1 3 ,   C E L L   M E T A B ,   V 1 8 ,   P 6 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 1 3 . 1 0 . 0 0 2 ;   R o o n g t a   U V ,   2 0 1 1 ,   M O L   C A N C E R   R E S ,   V 9 ,   P 1 5 5 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 5 4 1 - 7 7 8 6 . M C R - 1 1 - 0 1 2 6 ;   R o z h k o v a   A V ,   2 0 1 4 ,   M O L   B I O L + ,   V 4 8 ,   P 3 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 3 4 / S 0 0 2 6 8 9 3 3 1 4 0 3 0 1 7 0 ;   S a c h e r   A G ,   2 0 1 6 ,   J A M A   O N C O L ,   V 2 ,   P 1 0 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 1 / j a m a o n c o l . 2 0 1 6 . 0 1 7 3 ;   S a m p a t h   H ,   2 0 0 5 ,   A N N U   R E V   N U T R ,   V 2 5 ,   P 3 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v . n u t r . 2 5 . 0 5 1 8 0 4 . 1 0 1 9 1 7 ;   S c h l e y   P D ,   2 0 0 7 ,   J   N U T R ,   V 1 3 7 ,   P 5 4 8 ;   S c h u l t z   J R ,   2 0 0 0 ,   G E N E   D E V ,   V 1 4 ,   P 2 8 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 8 5 0 4 0 0 ;   S i e g e l i n   M D ,   2 0 1 4 ,   L A B   I N V E S T ,   V 9 4 ,   P 1 2 9 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / l a b i n v e s t . 2 0 1 3 . 1 4 7 ,   1 0 . 1 0 3 8 / I a b i n v e s t . 2 0 1 3 . 1 4 7 ] ;   S m i t h   C A ,   2 0 0 6 ,   A N A L   C H E M ,   V 7 8 ,   P 7 7 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c 0 5 1 4 3 7 y ;   S n o e k   J ,   A D V   N E U R A L   I N F O R M   P R ,   P 2 9 5 1 ;   S N Y D E R   F ,   1 9 6 9 ,   C A N C E R   R E S ,   V 2 9 ,   P 2 5 1 ;   S o t   J ,   2 0 0 8 ,   F E B S   L E T T ,   V 5 8 2 ,   P 3 2 3 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . f e b s l e t . 2 0 0 8 . 0 8 . 0 1 6 ;   T r a v i s   W D ,   2 0 1 3 ,   A R C H   P A T H O L   L A B   M E D ,   V 1 3 7 ,   P 6 6 8 ,   D O I   1 0 . 5 8 5 8 / a r p a . 2 0 1 2 - 0 2 6 3 - R A ;   V a c a r e s s e   N ,   1 9 9 9 ,   C I R C   R E S ,   V 8 5 ,   P 8 9 2 ;   W u   Y ,   2 0 1 5 ,   B I O C H E M   B I O P H   R E S   C O ,   V 4 6 7 ,   P 9 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 1 5 . 1 0 . 0 4 7 ;   Y o s h i d a   G J ,   2 0 1 5 ,   J   E X P   C L I N   C A N C   R E S ,   V 3 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 6 - 0 1 5 - 0 2 2 1 - y ;   Y o s h i k a w a   T ,   2 0 0 2 ,   J   B I O L   C H E M ,   V 2 7 7 ,   P 1 7 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 4 / j b c . M 1 0 5 7 1 1 2 0 0 ;   Z h a n g   Y F ,   2 0 1 4 ,   B M C   P U B L I C   H E A L T H ,   V 1 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 5 8 - 1 4 - 2 0 4 ;   Z h a o   C Y ,   2 0 1 0 ,   J   E N D O C R I N O L ,   V 2 0 4 ,   P 2 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 6 7 7 / J O E - 0 9 - 0 2 7 1 ;   Z h o u   C C ,   2 0 1 1 ,   L A N C E T   O N C O L ,   V 1 2 ,   P 7 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 1 4 7 0 - 2 0 4 5 ( 1 1 ) 7 0 1 8 4 - X ;   Z h o u   X M ,   2 0 1 2 ,   A N A L   B I O A N A L   C H E M ,   V 4 0 4 ,   P 3 1 2 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 1 6 - 0 1 2 - 6 4 3 2 - 6 	 7 8 	 0 	 0 	 5 	 8 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 O C T   1 4 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 5 1 1 0 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 5 1 1 0 	 	 1 3 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 D Y 7 G I 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 2 9 7 2 0 0 0 0 1 	 2 7 7 3 9 4 4 9 	 
 
 J 	 L e e ,   J H ;   Y o o ,   B C ;   K i m ,   Y H ;   A h n ,   S A ;   Y e o ,   S G ;   C h o ,   J Y ;   K i m ,   K H ;   K i m ,   S C 	 	 	 	 L e e ,   J u n   H w a ;   Y o o ,   B y o n g   C h u l ;   K i m ,   Y u n   H w a n ;   A h n ,   S u n - A ;   Y e o ,   S e u n g - G u ;   C h o ,   J a e   Y o u l ;   K i m ,   K y u n g - H e e ;   K i m ,   S e u n g   C h e o l 	 	 	 L o w - m a s s - i o n   d i s c r i m i n a n t   e q u a t i o n   ( L O M E )   f o r   o v a r i a n   c a n c e r   s c r e e n i n g 	 B I O D A T A   M I N I N G 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 O v a r i a n   c a n c e r ;   S c r e e n i n g ;   S e r u m   p r o f i l i n g ;   M A L D I - T O F   m a s s   s p e c t r o m e t r y ;   P a t t e r n   r e c o g n i t i o n 	 S Q U A M O U S - C E L L   C A R C I N O M A ;   P O T E N T I A L   B I O M A R K E R S ;   B R E A S T - C A N C E R ;   G L U T A M I N E ;   I D E N T I F I C A T I O N ;   L Y S O P H O S P H O L I P I D S ;   M E T A B O L I S M ;   S E R U M 	 B a c k g r o u n d :   A   l o w - m a s s - i o n   d i s c r i m i n a n t   e q u a t i o n   ( L O M E )   w a s   c o n s t r u c t e d   t o   i n v e s t i g a t e   w h e t h e r   s y s t e m a t i c   l o w - m a s s - i o n   ( L M I )   p r o f i l i n g   c o u l d   b e   a p p l i e d   t o   o v a r i a n   c a n c e r   ( O V C )   s c r e e n i n g .   R e s u l t s :   M a t r i x - a s s i s t e d   l a s e r   d e s o r p t i o n / i o n i z a t i o n - t i m e   o f   f l i g h t   ( M A L D I - T O F )   m a s s   s p e c t r o m e t r y   w a s   p e r f o r m e d   t o   o b t a i n   m a s s   s p e c t r a l   d a t a   o n   m e t a b o l i t e s   d e t e c t e d   a s   L M I s   u p   t o   a   m a s s - t o - c h a r g e   r a t i o   ( m / z )   o f   2 5 0 0   f o r   1 1 8 4   s e r u m   s a m p l e s   c o l l e c t e d   f r o m   h e a l t h y   i n d i v i d u a l s   a n d   p a t i e n t s   w i t h   O V C ,   o t h e r   t y p e s   o f   c a n c e r ,   o r   s e v e r a l   t y p e s   o f   b e n i g n   t u m o r .   P r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s - b a s e d   d i s c r i m i n a n t   a n a l y s i s   a n d   t w o   s e a r c h   a l g o r i t h m s   w e r e   e m p l o y e d   t o   i d e n t i f y   d i s c r i m i n a t i v e   l o w - m a s s   i o n s   f o r   d i s t i n g u i s h i n g   O V C   f r o m   n o n - O V C   c a s e s .   O V C   L O M E   w i t h   1 3   d i s c r i m i n a t i v e   L M I s   p r o d u c e d   e x c e l l e n t   c l a s s i f i c a t i o n   r e s u l t s   i n   a   v a l i d a t i o n   s e t   ( s e n s i t i v i t y ,   9 3 .   1 0   % ;   s p e c i f i c i t y ,   1 0 0 . 0   % ) .   A m o n g   1 3   L M I s   s h o w i n g   d i f f e r e n t i a l   m a s s   i n t e n s i t i e s   i n   O V C ,   3   m e t a b o l i c   c o m p o u n d s   w e r e   i d e n t i f i e d   a n d   s e m i - q u a n t i t a t e d .   T h e   r e l a t i v e   a m o u n t   o f   L P C   1 6 :   0   w a s   s o m e w h a t   d e c r e a s e d   i n   O V C ,   b u t   n o t   s i g n i f i c a n t l y   s o .   I n   c o n t r a s t ,   ( D , L ) - g l u t a m i n e   a n d   f i b r i n o g e n   a l p h a   c h a i n   f r a g m e n t   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   i n c r e a s e d   i n   O V C   c o m p a r e d   t o   t h e   c o n t r o l   g r o u p   ( p   =   0 . 0 0 1   a n d   0 . 0 0 2 ,   r e s p e c t i v e l y ) .   C o n c l u s i o n :   T h e   p r e s e n t   s t u d y   s u g g e s t e d   t h a t   O V C   L O M E   m i g h t   b e   a   u s e f u l   n o n - i n v a s i v e   t o o l   w i t h   h i g h   s e n s i t i v i t y   a n d   s p e c i f i c i t y   f o r   O V C   s c r e e n i n g .   T h e   L O M E   a p p r o a c h   c o u l d   e n a b l e   s c r e e n i n g   f o r   m u l t i p l e   d i s e a s e s ,   i n c l u d i n g   v a r i o u s   t y p e s   o f   c a n c e r ,   b a s e d   o n   a   s i n g l e   b l o o d   s a m p l e .   F u r t h e r m o r e ,   t h e   s e r u m   l e v e l s   o f   t h r e e   m e t a b o l i c   c o m p o u n d s - ( D , L ) - g l u t a m i n e ,   L P C   1 6 :   0   a n d   f i b r i n o g e n   a l p h a   c h a i n   f r a g m e n t - m i g h t   f a c i l i t a t e   s c r e e n i n g   f o r   O V C . 	 [ L e e ,   J u n   H w a ;   K i m ,   Y u n   H w a n ;   K i m ,   S e u n g   C h e o l ]   E w h a   W o m a n s   U n i v ,   M o k d o n g   H o s p ,   C o l l   M e d ,   D e p t   O b s t e t   &   G y n e c o l , D i v   G y n e c o l   O n c o l ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a ;   [ Y o o ,   B y o n g   C h u l ;   A h n ,   S u n - A ;   K i m ,   K y u n g - H e e ]   N a t l   C a n c   C t r ,   R e s   I n s t ,   C o l o r e c t a l   C a n c   B r a n c h ,   G o y a n g ,   G y e o n g g i ,   S o u t h   K o r e a ;   [ Y e o ,   S e u n g - G u ]   S o o n c h u n h y a n g   U n i v ,   C o l l   M e d ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   C h e o n a n ,   S o u t h   K o r e a ;   [ C h o ,   J a e   Y o u l ]   S u n g k y u n k w a n   U n i v ,   D e p t   G e n t   E n g n ,   S u w o n ,   G y e o n g g i ,   S o u t h   K o r e a ;   [ K i m ,   K y u n g - H e e ]   N a t l   C a n c   C t r ,   R e s   I n s t ,   O m i c s   C o r e   L a b ,   G o y a n g ,   G y e o n g g i ,   S o u t h   K o r e a 	 K i m ,   S C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   E w h a   W o m a n s   U n i v ,   M o k d o n g   H o s p ,   C o l l   M e d ,   D e p t   O b s t e t   &   G y n e c o l , D i v   G y n e c o l   O n c o l ,   S e o u l ,   S o u t h   K o r e a . ;   K i m ,   K H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   C a n c   C t r ,   R e s   I n s t ,   C o l o r e c t a l   C a n c   B r a n c h ,   G o y a n g ,   G y e o n g g i ,   S o u t h   K o r e a . ;   K i m ,   K H   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   N a t l   C a n c   C t r ,   R e s   I n s t ,   O m i c s   C o r e   L a b ,   G o y a n g ,   G y e o n g g i ,   S o u t h   K o r e a . 	 k y u n g h e e @ n c c . r e . k r ;   o n c o @ e w h a . a c . k r 	 	 	 K o r e a n   H e a l t h   T e c h n o l o g y   R & D   P r o j e c t ,   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   &   W e l f a r e ,   R e p u b l i c   o f   K o r e a   [ H I 1 2 C 0 0 5 0 ] 	 T h i s   s t u d y   w a s   s u p p o r t e d   b y   a   g r a n t   o f   t h e   K o r e a n   H e a l t h   T e c h n o l o g y   R & D   P r o j e c t ,   M i n i s t r y   o f   H e a l t h   &   W e l f a r e ,   R e p u b l i c   o f   K o r e a   ( H I 1 2 C 0 0 5 0 ) . 	 B e g e r   R i c h a r d   D ,   2 0 1 3 ,   M e t a b o l i t e s ,   V 3 ,   P 5 5 2 ,   D O I   1 0 . 3 3 9 0 / m e t a b o 3 0 3 0 5 5 2 ;   B e n j a m i n   D I ,   2 0 1 2 ,   C E L L   M E T A B ,   V 1 6 ,   P 5 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c m e t . 2 0 1 2 . 0 9 . 0 1 3 ;   C l a r k e - P e a r s o n   D L ,   2 0 0 9 ,   N E W   E N G L   J   M E D ,   V 3 6 1 ,   P 1 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 5 6 / N E J M c p 0 9 0 1 9 2 6 ;   D a v a l o s   D ,   2 0 1 2 ,   S E M I N   I M M U N O P A T H O L ,   V 3 4 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 0 0 2 8 1 - 0 1 1 - 0 2 9 0 - 8 ;   D a y e   D ,   2 0 1 2 ,   S E M I N   C E L L   D E V   B I O L ,   V 2 3 ,   P 3 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . s e m c d b . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 0 2 ;   D e B e r a r d i n i s   R J ,   2 0 1 2 ,   C E L L ,   V 1 4 8 ,   P 1 1 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 1 2 . 0 2 . 0 3 2 ;   H e n s l e y   C T ,   2 0 1 3 ,   J   C L I N   I N V E S T ,   V 1 2 3 ,   P 3 6 7 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 7 2 / J C I 6 9 6 0 0 ;   K e   C F ,   2 0 1 5 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 6 ,   P 5 1 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 9 0 1 0 ;   K i m   M i n   H y u n ,   2 0 1 3 ,   J   C a n c e r   P r e v ,   V 1 8 ,   P 2 2 1 ;   K i m   S C ,   2 0 1 4 ,   O N C O L   L E T T ,   V 8 ,   P 5 6 6 ,   D O I   1 0 . 3 8 9 2 / o l . 2 0 1 4 . 2 2 1 4 ;   K o r a n g a t h   P ,   2 0 1 5 ,   C L I N   C A N C E R   R E S ,   V 2 1 ,   P 3 2 6 3 ,   D O I   1 0 . 1 1 5 8 / 1 0 7 8 - 0 4 3 2 . C C R - 1 4 - 1 2 0 0 ;   L e e   J H ,   2 0 1 4 ,   I N T   J   C A N C E R ,   V 1 3 4 ,   P 1 8 4 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / i j c . 2 8 5 1 7 ;   L i   X J ,   2 0 1 3 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 4 ,   P 2 2 7 3 ,   D O I   1 0 . 7 3 1 4 / A P J C P . 2 0 1 3 . 1 4 . 4 . 2 2 7 3 ;   L u   K H ,   2 0 1 3 ,   C A N C E R - A M   C A N C E R   S O C ,   V 1 1 9 ,   P 3 4 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / c n c r . 2 8 1 8 3 ;   M u r p h   M ,   2 0 0 7 ,   M E T H O D   E N Z Y M O L ,   V 4 3 3 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / S 0 0 7 6 - 6 8 7 9 ( 0 7 ) 3 3 0 0 1 - 2 ;   R e a d e   C J ,   2 0 1 3 ,   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 1 3 0 ,   P 6 7 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . y g y n o . 2 0 1 3 . 0 6 . 0 2 9 ;   S u t p h e n   R ,   2 0 0 4 ,   C A N C E R   E P I D E M   B I O M A R ,   V 1 3 ,   P 1 1 8 5 ;   T u n g   C L ,   2 0 1 3 ,   J   P H A R M A C E U T   B I O M E D ,   V 7 5 ,   P 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . j p b a . 2 0 1 2 . 1 1 . 0 1 7 ;   v a n   W i n d e n   A W J ,   2 0 1 0 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 9 ,   P 3 7 8 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 1 0 0 3 9 5 s ;   Y a n g   L F ,   2 0 1 4 ,   M O L   S Y S T   B I O L ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / m s b . 2 0 1 3 4 8 9 2 ;   Y o o   B C ,   2 0 1 0 ,   B M C   C A N C E R ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 4 0 7 - 1 0 - 5 5 ;   Y u a n   L Q ,   2 0 1 5 ,   E N D O C R - R E L A T   C A N C E R ,   V 2 2 ,   P 5 7 7 ,   D O I   1 0 . 1 5 3 0 / E R C - 1 5 - 0 1 9 2 ;   Z h a n g   T ,   2 0 1 3 ,   J   P R O T E O M E   R E S ,   V 1 2 ,   P 5 0 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / p r 3 0 0 9 5 7 2 	 2 3 	 0 	 0 	 2 	 2 	 B I O M E D   C E N T R A L   L T D 	 L O N D O N 	 2 3 6   G R A Y S   I N N   R D ,   F L O O R   6 ,   L O N D O N   W C 1 X   8 H L ,   E N G L A N D 	 1 7 5 6 - 0 3 8 1 	 	 	 B I O D A T A   M I N 	 B i o D a t a   M i n . 	 O C T   1 2 	 2 0 1 6 	 9 	 	 	 	 	 	 	 	 3 2 	 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 3 0 4 0 - 0 1 6 - 0 1 1 1 - 7 	 	 1 4 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 M a t h e m a t i c a l   &   C o m p u t a t i o n a l   B i o l o g y 	 D Z 9 C S 	 W O S : 0 0 0 3 8 6 1 7 1 5 0 0 0 0 1 	 2 7 7 5 2 2 8 6 	 
 
 J 	 A i e r ,   I ;   V a r a d w a j ,   P K ;   R a j ,   U 	 	 	 	 A i e r ,   I m l i m a o n g ;   V a r a d w a j ,   P r i t i s h   K u m a r ;   R a j ,   U t k a r s h 	 	 	 S t r u c t u r a l   i n s i g h t s   i n t o   c o n f o r m a t i o n a l   s t a b i l i t y   o f   b o t h   w i l d - t y p e   a n d   m u t a n t   E Z H 2   r e c e p t o r 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 P R O T E I N ;   L Y M P H O M A ;   P R O G R E S S I O N ;   I N H I B I T I O N ;   C E L L S 	 P o l y c o m b   g r o u p   ( P c G )   p r o t e i n s   h a v e   b e e n   o b s e r v e d   t o   m a i n t a i n   t h e   p a t t e r n   o f   h i s t o n e   b y   m e t h y l a t i o n   o f   t h e   h i s t o n e   t a i l   r e s p o n s i b l e   f o r   t h e   g e n e   e x p r e s s i o n   i n   v a r i o u s   c e l l u l a r   p r o c e s s e s ,   o f   w h i c h   e n h a n c e r   o f   z e s t e   h o m o l o g   2   ( E Z H 2 )   a c t s   a s   t u m o r   s u p p r e s s o r .   O v e r e x p r e s s i o n   o f   E Z H 2   r e s u l t s   i n   h y p e r   a c t i v a t i o n   f o u n d   i n   a   v a r i e t y   o f   c a n c e r .   P o i n t   m u t a t i o n   o n   t w o   i m p o r t a n t   r e s i d u e s   w e r e   i n d u c e d   a n d   t h e   r e s u l t s   w e r e   c o m p a r e d   b e t w e e n   t h e   w i l d   t y p e   a n d   m u t a n t   E Z H 2 .   T h e   m u t a t i o n   o f   Y 6 4 1   a n d   A 6 7 7   p r e s e n t   i n   t h e   a c t i v e   r e g i o n   o f   t h e   p r o t e i n   a l t e r s   t h e   i n t e r a c t i o n   o f   t h e   t o p   r a n k e d   c o m p o u n d   w i t h   t h e   n e w l y   m o d e l e d   b i n d i n g   g r o o v e   o f   t h e   S E T   d o m a i n ,   g i v i n g   a   G L I D E   s c o r e   o f   -   1 2 . 2 6   k c a l / m o l ,   b e t t e r   t h a n   t h a t   o f   t h e   w i l d   t y p e   a t   -   1 1 . 6 6 4   k c a l / m o l .   I n   d e p t h   a n a l y s i s   w e r e   c a r r i e d   o u t   f o r   u n d e r s t a n d i n g   t h e   u n d e r l y i n g   m o l e c u l a r   m e c h a n i s m   u s i n g   t e c h n i q u e s   v i z .   m o l e c u l a r   d y n a m i c s ,   p r i n c i p a l   c o m p o n e n t   a n a l y s i s ,   r e s i d u e   i n t e r a c t i o n   n e t w o r k   a n d   f r e e   e n e r g y   l a n d s c a p e   a n a l y s i s ,   w h i c h   s h o w e d   t h a t   t h e   m u t a t e d   r e s i d u e s   c h a n g e d   t h e   o v e r a l l   c o n f o r m a t i o n   o f   t h e   s y s t e m   a l o n g   w i t h   t h e   r e s i d u e - r e s i d u e   i n t e r a c t i o n   n e t w o r k .   T h e   i n s i g h t   f r o m   t h i s   s t u d y   c o u l d   b e   o f   g r e a t   r e l e v a n c e   w h i l e   d e s i g n i n g   n e w   c o m p o u n d s   f o r   E Z H 2   e n z y m e   i n h i b i t i o n   a n d   t h e   e f f e c t   o f   m u t a t i o n   o n   t h e   o v e r a l l   b i n d i n g   m e c h a n i s m   o f   t h e   s y s t e m . 	 [ A i e r ,   I m l i m a o n g ;   V a r a d w a j ,   P r i t i s h   K u m a r ;   R a j ,   U t k a r s h ]   I n d i a n   I n s t   I n f o r m a t   T e c h n o l   A l l a h a b a d ,   D e p t   B i o i n f o r m a t ,   A l l a h a b a d ,   U t t a r   P r a d e s h ,   I n d i a 	 R a j ,   U   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   I n d i a n   I n s t   I n f o r m a t   T e c h n o l   A l l a h a b a d ,   D e p t   B i o i n f o r m a t ,   A l l a h a b a d ,   U t t a r   P r a d e s h ,   I n d i a . 	 u t k a r s h . i i i t a @ g m a i l . c o m 	 	 V a r a d w a j ,   P r i t i s h / 0 0 0 0 - 0 0 0 1 - 5 7 0 6 - 2 4 1 1 	 	 	 A n t o n y s a m y   S ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 8 4 1 4 7 ;   B a k a n   A ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 1 5 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 1 6 8 ;   B a r y s h n i k o v a   A . ,   2 0 1 6 ,   C O L D   S P R I N G   H A R B O R   P ,   V 6 ;   B e k k e r   H . ,   1 9 9 3 ,   I N P H Y S I C S   C O M P U T I N G ,   V 9 2 ;   B E R E N D S E N   H J C ,   1 9 9 5 ,   C O M P U T   P H Y S   C O M M U N ,   V 9 1 ,   P 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 1 0 - 4 6 5 5 ( 9 5 ) 0 0 0 4 2 - E ;   B o d o r   C ,   2 0 1 6 ,   C A N C E R   M E T A S T   R E V ,   V 3 5 ,   P 1 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 5 5 5 - 0 1 6 - 9 6 0 8 - 2 ;   C h a n g   C J ,   2 0 1 2 ,   B R I T   J   C A N C E R ,   V 1 0 6 ,   P 2 4 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / b j c . 2 0 1 1 . 5 5 1 ;   C o u t u r e   J F ,   2 0 0 5 ,   G E N E   D E V ,   V 1 9 ,   P 1 4 5 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g a d . 1 3 1 8 4 0 5 ;   K i p p   D R ,   2 0 1 3 ,   B I O C H E M I S T R Y - U S ,   V 5 2 ,   P 6 8 6 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / b i 4 0 0 8 0 5 w ;   K n u t s o n   S K ,   2 0 1 2 ,   N A T   C H E M   B I O L ,   V 8 ,   P 8 9 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 3 8 / n c h e m b i o . 1 0 8 4 ,   1 0 . 1 0 3 8 / N C H E M B I O . 1 0 8 4 ] ;   K o n z e   K D ,   2 0 1 3 ,   A C S   C H E M   B I O L ,   V 8 ,   P 1 3 2 4 ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 2 1 / c b 4 0 0 1 3 3 j ,   1 0 . 1 0 2 1 / c b 4 0 0 1 3 3 J ] ;   K u n g a   P . ,   2 0 1 5 ,   S A H   D E R I V E D   P O T E N T   S ,   D O I   [ 1 0 . 1 0 1 6 / j . b m c l . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 1 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / J . B M C L . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 1 7 ( ] ;   L i n d a h l   E ,   2 0 0 1 ,   J   M O L   M O D E L ,   V 7 ,   P 3 0 6 ;   M a r c h e s i   I r e n e ,   2 0 1 6 ,   W o r l d   J   C l i n   O n c o l ,   V 7 ,   P 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 5 3 0 6 / w j c o . v 7 . i 2 . 1 3 5 ;   M a r t i n   A J M ,   2 0 1 1 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 7 ,   P 2 0 0 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t r 1 9 1 ;   M c C a b e   M T ,   2 0 1 2 ,   N A T U R E ,   V 4 9 2 ,   P 1 0 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 1 1 6 0 6 ;   Q i   W ,   2 0 1 2 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 1 0 9 ,   P 2 1 3 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 1 2 1 0 3 7 1 1 1 0 ;   R a j   U t k a r s h ,   2 0 1 5 ,   A s i a n   P a c   J   C a n c e r   P r e v ,   V 1 6 ,   P 3 8 1 7 ;   S a s t r y   G M ,   2 0 1 3 ,   J   C O M P U T   A I D   M O L   D E S ,   V 2 7 ,   P 2 2 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 8 2 2 - 0 1 3 - 9 6 4 4 - 8 ;   S h e n   C ,   2 0 1 5 ,   C U R R   O P I N   O N C O L ,   V 2 7 ,   P 5 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / C C O . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 5 1 ;   S i n g h   B ,   2 0 1 5 ,   J   P H Y S   C H E M   B ,   V 1 1 9 ,   P 3 9 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / j p 5 0 7 9 5 5 4 ;   S p o e l   D V D ,   2 0 0 5 ,   J   C O M P U T   C H E M ,   V 2 6 ,   P 1 7 0 1 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 0 0 2 / J C C . 2 0 2 9 1 ;   T i b b i t t s   J . ,   2 0 1 6 ,   M A B S ,   V 8 ;   Z a r d e c k i   C ,   2 0 1 6 ,   J   C H E M   E D U C ,   V 9 3 ,   P 5 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 2 1 / a c s . j c h e m e d . 5 b 0 0 4 0 4 	 2 4 	 1 	 1 	 4 	 8 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 O C T   7 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 4 9 8 4 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 4 9 8 4 	 	 1 0 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 D Y 1 V S 	 W O S : 0 0 0 3 8 4 8 8 3 1 0 0 0 0 2 	 2 7 7 1 3 5 7 4 	 
 
 J 	 S a n c h e z - T a l t a v u l l ,   D ;   R a m a c h a n d r a n ,   P ;   L a u ,   N ;   P e r k i n s ,   T J 	 	 	 	 S a n c h e z - T a l t a v u l l ,   D a n i e l ;   R a m a c h a n d r a n ,   P a r a m e s w a r a n ;   L a u ,   N e l s o n ;   P e r k i n s ,   T h e o d o r e   J . 	 	 	 B a y e s i a n   C o r r e l a t i o n   A n a l y s i s   f o r   S e q u e n c e   C o u n t   D a t a 	 P L O S   O N E 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 E X P R E S S I O N ;   C A N C E R ;   G E N O M E ;   N E T W O R K S 	 E v a l u a t i n g   t h e   s i m i l a r i t y   o f   d i f f e r e n t   m e a s u r e d   v a r i a b l e s   i s   a   f u n d a m e n t a l   t a s k   o f   s t a t i s t i c s ,   a n d   a   k e y   p a r t   o f   m a n y   b i o i n f o r m a t i c s   a l g o r i t h m s .   H e r e   w e   p r o p o s e   a   B a y e s i a n   s c h e m e   f o r   e s t i m a t i n g   t h e   c o r r e l a t i o n   b e t w e e n   d i f f e r e n t   e n t i t i e s '   m e a s u r e m e n t s   b a s e d   o n   h i g h - t h r o u g h p u t   s e q u e n c i n g   d a t a .   T h e s e   e n t i t i e s   c o u l d   b e   d i f f e r e n t   g e n e s   o r   m i R N A s   w h o s e   e x p r e s s i o n   i s   m e a s u r e d   b y   R N A - s e q ,   d i f f e r e n t   t r a n s c r i p t i o n   f a c t o r s   o r   h i s t o n e   m a r k s   w h o s e   e x p r e s s i o n   i s   m e a s u r e d   b y   C h I P - s e q ,   o r   e v e n   c o m b i n a t i o n s   o f   d i f f e r e n t   t y p e s   o f   e n t i t i e s .   O u r   B a y e s i a n   f o r m u l a t i o n   a c c o u n t s   f o r   b o t h   m e a s u r e d   s i g n a l   l e v e l s   a n d   u n c e r t a i n t y   i n   t h o s e   l e v e l s ,   d u e   t o   v a r y i n g   s e q u e n c i n g   d e p t h   i n   d i f f e r e n t   e x p e r i m e n t s   a n d   t o   v a r y i n g   a b s o l u t e   l e v e l s   o f   i n d i v i d u a l   e n t i t i e s ,   b o t h   o f   w h i c h   a f f e c t   t h e   p r e c i s i o n   o f   t h e   m e a s u r e m e n t s .   I n   c o m p a r i s o n   w i t h   a   t r a d i t i o n a l   P e a r s o n   c o r r e l a t i o n   a n a l y s i s ,   w e   s h o w   t h a t   o u r   B a y e s i a n   c o r r e l a t i o n   a n a l y s i s   r e t a i n s   h i g h   c o r r e l a t i o n s   w h e n   m e a s u r e m e n t   c o n f i d e n c e   i s   h i g h ,   b u t   s u p p r e s s e s   c o r r e l a t i o n s   w h e n   m e a s u r e m e n t   c o n f i d e n c e   i s   l o w   D   e s p e c i a l l y   f o r   e n t i t i e s   w i t h   l o w   s i g n a l   l e v e l s .   I n   a d d i t i o n ,   w e   c o n s i d e r   t h e   i n f l u e n c e   o f   p r i o r s   o n   t h e   B a y e s i a n   c o r r e l a t i o n   e s t i m a t e .   P e r h a p s   s u r p r i s i n g l y ,   w e   s h o w   t h a t   n a i v e ,   u n i f o r m   p r i o r s   o n   e n t i t i e s '   s i g n a l   l e v e l s   c a n   l e a d   t o   h i g h l y   b i a s e d   c o r r e l a t i o n   e s t i m a t e s ,   p a r t i c u l a r l y   w h e n   d i f f e r e n t   e x p e r i m e n t s   h a v e   w i d e l y   v a r y i n g   s e q u e n c i n g   d e p t h s .   H o w e v e r ,   w e   p r o p o s e   t w o   a l t e r n a t i v e   p r i o r s   t h a t   p r o v a b l y   m i t i g a t e   t h i s   p r o b l e m .   W e   a l s o   p r o v e   t h a t ,   l i k e   t r a d i t i o n a l   P e a r s o n   c o r r e l a t i o n ,   o u r   B a y e s i a n   c o r r e l a t i o n   c a l c u l a t i o n   c o n s t i t u t e s   a   k e r n e l   i n   t h e   m a c h i n e   l e a r n i n g   s e n s e ,   a n d   t h u s   c a n   b e   u s e d   a s   a   s i m i l a r i t y   m e a s u r e   i n   a n y   k e r n e l - b a s e d   m a c h i n e   l e a r n i n g   a l g o r i t h m .   W e   d e m o n s t r a t e   o u r   a p p r o a c h   o n   t w o   R N A - s e q   d a t a s e t s   a n d   o n e   m i R N A - s e q   d a t a s e t . 	 [ S a n c h e z - T a l t a v u l l ,   D a n i e l ;   R a m a c h a n d r a n ,   P a r a m e s w a r a n ;   L a u ,   N e l s o n ;   P e r k i n s ,   T h e o d o r e   J . ]   O t t a w a   H o s p   R e s   I n s t ,   R e g e n e r a t   M e d   P r o g r a m ,   O t t a w a ,   O N ,   C a n a d a ;   [ S a n c h e z - T a l t a v u l l ,   D a n i e l ;   R a m a c h a n d r a n ,   P a r a m e s w a r a n ;   P e r k i n s ,   T h e o d o r e   J . ]   U n i v   O t t a w a ,   D e p t   B i o c h e m   M i c r o b i o l   &   I m m u n o l ,   O t t a w a ,   O N ,   C a n a d a 	 P e r k i n s ,   T J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   O t t a w a   H o s p   R e s   I n s t ,   R e g e n e r a t   M e d   P r o g r a m ,   O t t a w a ,   O N ,   C a n a d a . ;   P e r k i n s ,   T J   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   O t t a w a ,   D e p t   B i o c h e m   M i c r o b i o l   &   I m m u n o l ,   O t t a w a ,   O N ,   C a n a d a . 	 t p e r k i n s @ o h r i . c a 	 	 P e r k i n s ,   T h e o d o r e   J . / 0 0 0 0 - 0 0 0 2 - 6 6 2 2 - 8 0 0 3 	 	 	 A u d i c   S ,   1 9 9 7 ,   G E N O M E   R E S ,   V 7 ,   P 9 8 6 ;   B i s h o p   C .   M . ,   2 0 0 6 ,   P A T T E R N   R E C O G N I T I O N ;   B u t t e   A J ,   2 0 0 0 ,   P   N A T L   A C A D   S C I   U S A ,   V 9 7 ,   P 1 2 1 8 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 2 2 0 3 9 2 1 9 7 ;   B u t t e   A J ,   2 0 0 0 ,   P A C I F I C   S   B I O C O M P U T I ,   V 5 ,   P 4 1 8 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 4 2 / 9 7 8 9 8 1 4 4 4 7 3 3 1 _ ;   C e l n i k e r   S E ,   2 0 0 9 ,   N A T U R E ,   V 4 5 9 ,   P 9 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / 4 5 9 9 2 7 a ;   C h e n   X ,   2 0 0 8 ,   C E L L   R E S ,   V 1 8 ,   P 9 9 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / c r . 2 0 0 8 . 2 8 2 ;   C o n s o r t i u m   E . P . ,   2 0 1 1 ,   P L O S   B I O L ,   V 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / J O U R N A L . P B I O . 1 0 0 1 0 4 6 ;   C o n s o r t i u m   E P ,   2 0 0 4 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 6 ,   P 6 3 6 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / S C I E N C E . 1 1 0 5 1 3 6 ;   F r a z e e   A C ,   2 0 1 1 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 1 2 - 4 4 9 ;   H o f m a n n   T ,   2 0 0 8 ,   A N N   S T A T ,   V 3 6 ,   P 1 1 7 1 ,   D O I   1 0 . 1 2 1 4 / 0 0 9 0 5 3 6 0 7 0 0 0 0 0 0 6 7 7 ;   L a n d g r a f   P ,   2 0 0 7 ,   C E L L ,   V 1 2 9 ,   P 1 4 0 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c e l l . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 4 0 ;   L e e   H K ,   2 0 0 4 ,   G E N O M E   R E S ,   V 1 4 ,   P 1 0 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 1 / g r . 1 9 1 0 9 0 4 ;   L e n g   N ,   2 0 1 3 ,   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 2 9 ,   P 1 0 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t t 0 8 7 ;   L o v e   M .   I . ,   2 0 1 4 ,   B I O R X I V ,   V 1 5 ,   P 5 5 0 ,   D O I   [ 1 0 . 1 1 0 1 / 0 0 2 8 3 2 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / S 1 3 0 5 9 - 0 1 4 - 0 5 5 0 - 8 ] ;   M a r d i s   E R ,   2 0 0 8 ,   T R E N D S   G E N E T ,   V 2 4 ,   P 1 3 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . t i g . 2 0 0 7 . 1 2 . 0 0 7 ;   M a r g o l i n   A A ,   2 0 0 6 ,   B M C   B I O I N F O R M A T I C S ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 - 2 1 0 5 - 7 - S 1 - S 7 ;   M a t t i e   M D ,   2 0 0 6 ,   M O L   C A N C E R ,   V 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 6 - 4 5 9 8 - 4 5 9 7 - 5 - 2 4 ;   M i k k e l s e n   T S ,   2 0 0 7 ,   N A T U R E ,   V 4 4 8 ,   P 5 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 6 0 0 8 ;   S c h o l k o p f   B ,   2 0 0 4 ,   K E R N E L   M E T H O D S   C O M P U ;   S h a w e - T a y l o r   J . ,   2 0 0 4 ,   K E R N E L   M E T H O D S   P A T T E ;   S h e n d u r e   J ,   2 0 0 8 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 2 6 ,   P 1 1 3 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t 1 4 8 6 ;   S h i   L H ,   2 0 1 4 ,   H U M   M O L   G E N E T ,   V 2 3 ,   P 4 5 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 3 / h m g / d d u 1 6 7 ;   S t u a r t   J M ,   2 0 0 3 ,   S C I E N C E ,   V 3 0 2 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 2 6 / s c i e n c e . 1 0 8 7 4 4 7 ;   T r a p n e l l   C ,   2 0 1 3 ,   N A T   B I O T E C H N O L ,   V 3 1 ,   P 4 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n b t . 2 4 5 0 ;   V e r h a a k   R G W ,   2 0 1 0 ,   C A N C E R   C E L L ,   V 1 7 ,   P 9 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c c r . 2 0 0 9 . 1 2 . 0 2 0 ;   V o e l k e r d i n g   K V ,   2 0 0 9 ,   C L I N   C H E M ,   V 5 5 ,   P 6 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 3 / c l i n c h e m . 2 0 0 8 . 1 1 2 7 8 9 ;   W a n g   E T ,   2 0 0 8 ,   N A T U R E ,   V 4 5 6 ,   P 4 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n a t u r e 0 7 5 0 9 ;   W e i n s t e i n   J N ,   2 0 1 3 ,   N A T   G E N E T ,   V 4 5 ,   P 1 1 1 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 8 / n g . 2 7 6 4 	 2 8 	 0 	 0 	 5 	 5 	 P U B L I C   L I B R A R Y   S C I E N C E 	 S A N   F R A N C I S C O 	 1 1 6 0   B A T T E R Y   S T R E E T ,   S T E   1 0 0 ,   S A N   F R A N C I S C O ,   C A   9 4 1 1 1   U S A 	 1 9 3 2 - 6 2 0 3 	 	 	 P L O S   O N E 	 P L o S   O n e 	 O C T   4 	 2 0 1 6 	 1 1 	 1 0 	 	 	 	 	 	 	 e 0 1 6 3 5 9 5 	 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 6 3 5 9 5 	 	 2 4 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 D Z 2 U K 	 W O S : 0 0 0 3 8 5 6 9 6 9 0 0 0 1 3 	 2 7 7 0 1 4 4 9 	 
 
 J 	 L u ,   C ;   X u ,   H M ;   X u ,   J ;   G i l m o r e ,   H ;   M a n d a l ,   M ;   M a d a b h u s h i ,   A 	 	 	 	 L u ,   C h e n g ;   X u ,   H o n g m i n g ;   X u ,   J u n ;   G i l m o r e ,   H a n n a h ;   M a n d a l ,   M r i n a l ;   M a d a b h u s h i ,   A n a n t 	 	 	 M u l t i - P a s s   A d a p t i v e   V o t i n g   f o r   N u c l e i   D e t e c t i o n   i n   H i s t o p a t h o l o g i c a l   I m a g e s 	 S C I E N T I F I C   R E P O R T S 	 	 	 E n g l i s h 	 A r t i c l e 	 	 	 	 	 	 	 C E L L   D E T E C T I O N ;   B R E A S T - C A N C E R ;   S E G M E N T A T I O N ;   Q U A N T I F I C A T I O N ;   M E L A N O C Y T E S ;   D I A G N O S I S ;   F R A M E W O R K ;   C O N T O U R 	 N u c l e i   d e t e c t i o n   i s   o f t e n   a   c r i t i c a l   i n i t i a l   s t e p   i n   t h e   d e v e l o p m e n t   o f   c o m p u t e r   a i d e d   d i a g n o s i s   a n d   p r o g n o s i s   s c h e m e s   i n   t h e   c o n t e x t   o f   d i g i t a l   p a t h o l o g y   i m a g e s .   W h i l e   o v e r   t h e   l a s t   f e w   y e a r s ,   a   n u m b e r   o f   n u c l e i   d e t e c t i o n   m e t h o d s   h a v e   b e e n   p r o p o s e d ,   m o s t   o f   t h e s e   a p p r o a c h e s   m a k e   i d e a l i s t i c   a s s u m p t i o n s   a b o u t   t h e   s t a i n i n g   q u a l i t y   o f   t h e   t i s s u e .   I n   t h i s   p a p e r ,   w e   p r e s e n t   a   n e w   M u l t i - P a s s   A d a p t i v e   V o t i n g   ( M P A V )   f o r   n u c l e i   d e t e c t i o n   w h i c h   i s   s p e c i f i c a l l y   g e a r e d   t o w a r d s   i m a g e s   w i t h   p o o r   q u a l i t y   s t a i n i n g   a n d   n o i s e   o n   a c c o u n t   o f   t i s s u e   p r e p a r a t i o n   a r t i f a c t s .   T h e   M P A V   u t i l i z e s   t h e   s y m m e t r i c   p r o p e r t y   o f   n u c l e a r   b o u n d a r y   a n d   a d a p t i v e l y   s e l e c t s   g r a d i e n t   f r o m   e d g e   f r a g m e n t s   t o   p e r f o r m   v o t i n g   f o r   a   p o t e n t i a l   n u c l e u s   l o c a t i o n .   T h e   M P A V   w a s   e v a l u a t e d   i n   t h r e e   c o h o r t s   w i t h   d i f f e r e n t   s t a i n i n g   m e t h o d s :   H e m a t o x y l i n   &   E o s i n ,   C D 3 1   &   H e m a t o x y l i n ,   a n d   K i - 6 7   a n d   w h e r e   m o s t   o f   t h e   n u c l e i   w e r e   u n e v e n l y   a n d   i m p r e c i s e l y   s t a i n e d .   A c r o s s   a   t o t a l   o f   4 7   i m a g e s   a n d   n e a r l y   1 7 , 7 0 0   m a n u a l l y   l a b e l e d   n u c l e i   s e r v i n g   a s   t h e   g r o u n d   t r u t h ,   M P A V   w a s   a b l e   t o   a c h i e v e   a   s u p e r i o r   p e r f o r m a n c e ,   w i t h   a n   a r e a   u n d e r   t h e   p r e c i s i o n - r e c a l l   c u r v e   ( A U C )   o f   0 . 7 3 .   A d d i t i o n a l l y ,   M P A V   a l s o   o u t p e r f o r m e d   t h r e e   s t a t e - o f - t h e - a r t   n u c l e i   d e t e c t i o n   m e t h o d s ,   a   s i n g l e   p a s s   v o t i n g   m e t h o d ,   a   m u l t i - p a s s   v o t i n g   m e t h o d ,   a n d   a   d e e p   l e a r n i n g   b a s e d   m e t h o d . 	 [ L u ,   C h e n g ]   S h a a n x i   N o r m a l   U n i v ,   C o l l   C o m p   S c i ,   X i a n   7 1 0 1 1 9 ,   S h a a n x i   P r o v i n c ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ L u ,   C h e n g ;   M a d a b h u s h i ,   A n a n t ]   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 0 6   U S A ;   [ X u ,   H o n g m i n g ;   M a n d a l ,   M r i n a l ]   U n i v   A l b e r t a ,   D e p t   E l e c t   &   C o m p   E n g n ,   E d m o n t o n ,   A B   T 6 G   2 V 4 ,   C a n a d a ;   [ X u ,   J u n ]   N a n j i n g   U n i v   I n f o r m a t   S c i   &   T e c h n o l ,   J i a n g s u   K e y   L a b   B i g   D a t a   A n a l   T e c h ,   N a n j i n g   2 1 0 0 4 4 ,   J i a n g s u ,   P e o p l e s   R   C h i n a ;   [ G i l m o r e ,   H a n n a h ]   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v ,   U n i v   H o s p   C a s e   M e d i a l   C t r ,   D e p t   P a t h o l   A n a t ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 0 6   U S A 	 L u ,   C   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   S h a a n x i   N o r m a l   U n i v ,   C o l l   C o m p   S c i ,   X i a n   7 1 0 1 1 9 ,   S h a a n x i   P r o v i n c ,   P e o p l e s   R   C h i n a . ;   L u ,   C ;   M a d a b h u s h i ,   A   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v ,   D e p t   B i o m e d   E n g n ,   C l e v e l a n d ,   O H   4 4 1 0 6   U S A . 	 c x l 8 8 4 @ c a s e . e d u ;   m a d a b h u s h i @ c a s e . e d u 	 	 	 N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   [ 6 1 4 0 1 2 6 3 ,   6 1 4 0 1 2 6 5 ,   6 1 2 7 3 2 5 9 ,   6 1 5 0 2 2 9 0 ,   6 1 5 0 1 2 8 7 ,   6 1 5 7 3 2 3 2 ] ;   I n d u s t r i a l   R e s e a r c h   P r o j e c t   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   i n   S h a a n x i   P r o v i n c e   [ 2 0 1 5 G Y 0 1 6 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   B a s i c   R e s e a r c h   P l a n   i n   S h a a n x i   P r o v i n c e   o f   C h i n a   [ 2 0 1 5 J Q 6 2 2 8 ,   2 0 1 6 J Q 6 0 5 6 ] ;   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   o f   C h i n a   [ G K 2 0 1 4 0 2 0 3 7 ,   G K 2 0 1 5 0 3 0 6 1 ] ;   S i x   M a j o r   T a l e n t s   S u m m i t   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   [ 2 0 1 3 - X X R J - 0 1 9 ] ;   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   o f   C h i n a   [ B K 2 0 1 4 1 4 8 2 ] ;   J i a n g s u   I n n o v a t i o n   &   E n t r e p r e n e u r s h i p   G r o u p   T a l e n t s   P l a n   [ J S 2 0 1 5 2 6 ] ;   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   [ 1 U 2 4 C A 1 9 9 3 7 4 - 0 1 ,   R 2 1 C A 1 6 7 8 1 1 - 0 1 ,   R 2 1 C A 1 7 9 3 2 7 - 0 1 ,   R 2 1 C A 1 9 5 1 5 2 - 0 1 ] ;   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   D i a b e t e s   a n d   D i g e s t i v e   a n d   K i d n e y   D i s e a s e s   [ R 0 1 D K 0 9 8 5 0 3 - 0 2 ] ;   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   S y n e r g i s t i c   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d   [ P C 1 2 0 8 5 7 ] ;   D O D   L u n g   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   N e w   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   [ L C 1 3 0 4 6 3 ] ;   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d ;   O h i o   T h i r d   F r o n t i e r   T e c h n o l o g y   d e v e l o p m e n t   G r a n t ;   C T S C   C o u l t e r   A n n u a l   P i l o t   G r a n t ;   C a s e   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r   P i l o t   G r a n t ;   V e l a S a n o   G r a n t   f r o m   t h e   C l e v e l a n d   C l i n i c ;   W a l l a c e   H .   C o u l t e r   F o u n d a t i o n   P r o g r a m   i n   t h e   D e p a r t m e n t   o f   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a t   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v e r s i t y ;   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   f o r   t h e   R e t u r n e d   O v e r s e a s   C h i n e s e   S c h o l a r s ,   S t a t e   E d u c a t i o n   M i n i s t r y 	 R e s e a r c h   r e p o r t e d   i n   t h i s   p u b l i c a t i o n   w a s   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   6 1 4 0 1 2 6 3 ,   N o .   6 1 4 0 1 2 6 5 ,   N o .   6 1 2 7 3 2 5 9 ,   N o .   6 1 5 0 2 2 9 0 ,   N o .   6 1 5 0 1 2 8 7 ,   N o .   6 1 5 7 3 2 3 2 ) ,   I n d u s t r i a l   R e s e a r c h   P r o j e c t   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   i n   S h a a n x i   P r o v i n c e   ( 2 0 1 5 G Y 0 1 6 ) ,   N a t u r a l   S c i e n c e   B a s i c   R e s e a r c h   P l a n   i n   S h a a n x i   P r o v i n c e   o f   C h i n a   ( P r o g r a m   N o .   2 0 1 5 J Q 6 2 2 8 ,   2 0 1 6 J Q 6 0 5 6 ) ,   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   t h e   C e n t r a l   U n i v e r s i t i e s   o f   C h i n a   ( G r a n t   N o .   G K 2 0 1 4 0 2 0 3 7 ,   G K 2 0 1 5 0 3 0 6 1 ) ,   S i x   M a j o r   T a l e n t s   S u m m i t   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   ( N o .   2 0 1 3 - X X R J - 0 1 9 ) ,   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   J i a n g s u   P r o v i n c e   o f   C h i n a   ( N o .   B K 2 0 1 4 1 4 8 2 ) ,   J i a n g s u   I n n o v a t i o n   &   E n t r e p r e n e u r s h i p   G r o u p   T a l e n t s   P l a n   ( N o .   J S 2 0 1 5 2 6 ) ,   a n d   S c i e n t i f i c   R e s e a r c h   F o u n d a t i o n   f o r   t h e   R e t u r n e d   O v e r s e a s   C h i n e s e   S c h o l a r s ,   S t a t e   E d u c a t i o n   M i n i s t r y ,   N a t i o n a l   C a n c e r   I n s t i t u t e   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h   u n d e r   a w a r d   n u m b e r s   1 U 2 4 C A 1 9 9 3 7 4 - 0 1 ,   R 2 1 C A 1 6 7 8 1 1 - 0 1 ,   R 2 1 C A 1 7 9 3 2 7 - 0 1 ,   R 2 1 C A 1 9 5 1 5 2 - 0 1 ;   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e   o f   D i a b e t e s   a n d   D i g e s t i v e   a n d   K i d n e y   D i s e a s e s   u n d e r   a w a r d   n u m b e r   R 0 1 D K 0 9 8 5 0 3 - 0 2 ,   t h e   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   S y n e r g i s t i c   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d   ( P C 1 2 0 8 5 7 ) ;   t h e   D O D   L u n g   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   N e w   I n v e s t i g a t o r   A w a r d   ( L C 1 3 0 4 6 3 ) ,   t h e   D O D   P r o s t a t e   C a n c e r   I d e a   D e v e l o p m e n t   A w a r d ;   t h e   O h i o   T h i r d   F r o n t i e r   T e c h n o l o g y   d e v e l o p m e n t   G r a n t ,   t h e   C T S C   C o u l t e r   A n n u a l   P i l o t   G r a n t ,   t h e   C a s e   C o m p r e h e n s i v e   C a n c e r   C e n t e r   P i l o t   G r a n t ,   V e l a S a n o   G r a n t   f r o m   t h e   C l e v e l a n d   C l i n i c ,   t h e   W a l l a c e   H .   C o u l t e r   F o u n d a t i o n   P r o g r a m   i n   t h e   D e p a r t m e n t   o f   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g   a t   C a s e   W e s t e r n   R e s e r v e   U n i v e r s i t y .   T h e   c o n t e n t   i s   s o l e l y   t h e   r e s p o n s i b i l i t y   o f   t h e   a u t h o r s   a n d   d o e s   n o t   n e c e s s a r i l y   r e p r e s e n t   t h e   o f f i c i a l   v i e w s   o f   t h e   N a t i o n a l   I n s t i t u t e s   o f   H e a l t h . 	 A l - K o f a h i   Y ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 8 4 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 0 9 . 2 0 3 5 1 0 2 ;   M a d a b h u s h i   A . ,   2 0 1 1 ,   J   P A T H O L   I N F O R M ,   V 2 ,   P 1 ;   A l i   S ,   2 0 1 3 ,   L E C T   N O T E S   C O M P U T   S C ,   V 8 1 4 9 ,   P 4 1 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 3 - 6 4 2 - 4 0 8 1 1 - 3 _ 5 2 ;   A l i   S ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 1 ,   P 1 4 4 8 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 1 9 0 0 8 9 ;   B a s a v a n h a l l y   A ,   2 0 1 5 ,   P L O S   O N E ,   V 1 0 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 1 1 7 9 0 0 ;   B a s a v a n h a l l y   A ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 0 ,   P 2 0 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 3 . 2 2 4 5 1 2 9 ;   M a d a b h u s h i   A . ,   2 0 1 6 ,   A N N U   R E V   B I O M E D   E N G ,   V 1 8 ,   P 1 ;   C a n n y   J ,   1 9 8 6 ,   M A C H   I N T E L L ,   V 8 ,   P 6 7 9 ,   D O I   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T P A M I . 1 9 8 6 . 4 7 6 7 8 5 1 ;   C a t a l d o   S . ,   2 0 1 0 ,   C O M P U T   M E T H   P R O G R   B I ,   V 1 0 0 ,   P 1 ;   C h a n g   H ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 6 7 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 2 . 2 2 3 1 4 2 0 ;   C r u z - R o a   A n g e l   A l f o n s o ,   2 0 1 3 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 6 ,   P 4 0 3 ;   E s m a e i l s a b z a l i   H ,   2 0 1 2 ,   M E D   B I O L   E N G   C O M P U T ,   V 5 0 ,   P 1 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 1 5 1 7 - 0 1 1 - 0 8 3 1 - 2 ;   F a t a k d a w a l a   H ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 1 6 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 0 . 2 0 4 1 2 3 2 ;   F i l i p c z u k   P ,   2 0 1 3 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 2 ,   P 2 1 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 3 . 2 2 7 5 1 5 1 ;   G h a z n a v i   F ,   2 0 1 3 ,   A N N U   R E V   P A T H O L - M E C H ,   V 8 ,   P 3 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 4 6 / a n n u r e v - p a t h o l - 0 1 1 8 1 1 - 1 2 0 9 0 2 ;   G i n s b u r g   S B ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 7 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 5 6 1 8 8 ;   J u n g   C ,   2 0 1 0 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 7 ,   P 2 6 0 0 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 0 . 2 0 6 0 3 3 6 ;   L e e   G ,   2 0 1 5 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 4 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 4 . 2 3 5 5 1 7 5 ;   L e e   G ,   2 0 1 4 ,   P L O S   O N E ,   V 9 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 9 7 9 5 4 ;   L e e   G e o r g e ,   2 0 1 3 ,   M e d   I m a g e   C o m p u t   C o m p u t   A s s i s t   I n t e r v ,   V 1 6 ,   P 3 9 6 ;   L e w i s   J S ,   2 0 1 4 ,   A M   J   S U R G   P A T H O L ,   V 3 8 ,   P 1 2 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 9 7 / P A S . 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 6 ;   L i u   T M ,   2 0 0 8 ,   N E U R O I N F O R M A T I C S ,   V 6 ,   P 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 2 0 2 1 - 0 0 7 - 9 0 0 5 - 7 ;   L u   C ,   2 0 1 5 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 8 ,   P 2 7 3 8 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 5 . 0 2 . 0 2 3 ;   L u   C ,   2 0 1 4 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 8 ,   P 5 9 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 3 . 2 2 7 7 8 3 7 ;   L u   C ,   2 0 1 3 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 7 ,   P 2 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I T B . 2 0 1 2 . 2 1 9 9 5 9 5 ;   L u   C ,   2 0 1 2 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 3 4 ,   P 2 9 6 ;   L u   C ,   2 0 1 3 ,   P A T T E R N   R E C O G N ,   V 4 6 ,   P 5 0 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . p a t c o g . 2 0 1 2 . 0 7 . 0 2 0 ;   L u d o v i c   R . ,   2 0 1 4 ,   M I T O S   A T Y P I A   D E T E C T I ;   M a d a b h u s h i   A ,   2 0 1 1 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 3 5 ,   P 5 0 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 1 . 0 1 . 0 0 8 ;   M a d a b h u s h i   A ,   2 0 1 0 ,   C L I N   C H E M   L A B   M E D ,   V 4 8 ,   P 9 8 9 ,   D O I   1 0 . 1 5 1 5 / C C L M . 2 0 1 0 . 1 9 3 ;   N i e l s e n   P S ,   2 0 1 4 ,   H U M   P A T H O L ,   V 4 5 ,   P 1 1 5 3 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . h u m p a t h . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 0 9 ;   O T S U   N ,   1 9 7 9 ,   I E E E   T   S Y S T   M A N   C Y B ,   V 9 ,   P 6 2 ;   P a r v i n   B ,   2 0 0 7 ,   I E E E   T   I M A G E   P R O C E S S ,   V 1 6 ,   P 6 1 5 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T I P . 2 0 0 7 . 8 9 1 1 5 4 ;   Q i   X ,   2 0 1 2 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 5 9 ,   P 7 5 4 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 1 . 2 1 7 9 2 9 8 ;   R u i f r o k   A C ,   2 0 0 1 ,   A N A L   Q U A N T   C Y T O L ,   V 2 3 ,   P 2 9 1 ;   S a h i r z e e s h a n   A . ,   2 0 1 4 ,   C O M P U T E R I Z E D   M E D   I M A ,   V 1 4 ,   P 1 7 6 ;   S r i d h a r   A k s h a y ,   2 0 1 5 ,   J   P a t h o l   I n f o r m ,   V 6 ,   P 4 1 ,   D O I   1 0 . 4 1 0 3 / 2 1 5 3 - 3 5 3 9 . 1 5 9 4 4 1 ;   V e t a   M ,   2 0 1 3 ,   P L O S   O N E ,   V 8 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 7 0 2 2 1 ;   X i n g   F Y ,   2 0 1 4 ,   I E E E   T   B I O - M E D   E N G ,   V 6 1 ,   P 8 5 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T B M E . 2 0 1 3 . 2 2 9 1 7 0 3 ;   X u   H M ,   2 0 1 4 ,   I E E E   J   B I O M E D   H E A L T H ,   V 1 8 ,   P 1 7 2 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / J B H I . 2 0 1 3 . 2 2 9 7 0 3 0 ;   X u   J ,   2 0 1 6 ,   I E E E   T   M E D   I M A G I N G ,   V 3 5 ,   P 1 1 9 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / T M I . 2 0 1 5 . 2 4 5 8 7 0 2 ;   X u   J ,   2 0 1 5 ,   C O M P U T   M E D   I M A G   G R A P ,   V 4 6 ,   P 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c o m p m e d i m a g . 2 0 1 5 . 0 4 . 0 0 2 	 4 2 	 0 	 0 	 4 	 7 	 N A T U R E   P U B L I S H I N G   G R O U P 	 L O N D O N 	 M A C M I L L A N   B U I L D I N G ,   4   C R I N A N   S T ,   L O N D O N   N 1   9 X W ,   E N G L A N D 	 2 0 4 5 - 2 3 2 2 	 	 	 S C I   R E P - U K 	 S c i   R e p 	 O C T   3 	 2 0 1 6 	 6 	 	 	 	 	 	 	 	 3 3 9 8 5 	 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 3 3 9 8 5 	 	 1 8 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 D X 9 Z N 	 W O S : 0 0 0 3 8 4 7 5 6 3 0 0 0 0 1 	 2 7 6 9 4 9 5 0 	 
 
 J 	 S o b a r ;   M a c h m u d ,   R ;   W i j a y a ,   A 	 	 	 	 S o b a r ;   M a c h m u d ,   R i z a n d a ;   W i j a y a ,   A d i 	 	 	 B e h a v i o r   D e t e r m i n a n t   B a s e d   C e r v i c a l   C a n c e r   E a r l y   D e t e c t i o n   w i t h   M a c h i n e   L e a r n i n g   A l g o r i t h m 	 A D V A N C E D   S C I E N C E   L E T T E R S 	 	 	 E n g l i s h 	 P r o c e e d i n g s   P a p e r 	 I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   C o n t r o l   T h e o r y   a n d   I t s   A p p l i c a t i o n   ( C N T I A ) 	 D E C   1 5 - 1 7 ,   2 0 1 5 	 M e l a k a ,   M A L A Y S I A 	 	 	 C a   C e r v i x ;   B e h a v i o r   D e t e r m i n a n t ;   E a r l y   D e t e c t i o n ;   M a c h i n e   L e a r n i n g 	 H P V   V A C C I N A T I O N ;   F E M A L E   S T U D E N T S ;   P R E V E N T I O N ;   K N O W L E D G E ;   I N D O N E S I A ;   D I S E A S E ;   W O M E N ;   S T Y L E 	 C e r v i c a l   c a n c e r   ( C a   C e r v i x )   i s   s e r i o u s   p u b l i c   h e a l t h   p r o b l e m   i n   w o m e n   i n   t h e   w o r l d .   F o r t u n a t e l y ,   t h i s   d i s e a s e   i s   p r e v e n t a b l e .   C u r r e n t   p r e v e n t i o n   m e t h o d   r e m a i n s   l o w   b o t h   i n   t h e   r e s u l t   a n d   p a r t i c i p a t i o n .   S o ,   p r e v e n t i o n   o r   e a r l y   d e t e c t i o n   m e t h o d   s t i l l   o p e n   a n d   c h a l l e n g i n g .   B e h a v i o r   a n d   i t s   d e t e r m i n a n t   a r e   p r o m i s i n g   a s   C a   C e r v i x   p r e d i c t o r   a n d   e v e n t   a s   e a r l y   d e t e c t i o n .   T o   d a t e ,   t h e r e   i s   s t i l l   l i m i t e d   a m o u n t   o f   r e s e a r c h   c o n d u c t e d   i n   C a   C e r v i x   d e t e c t i o n   b a s e d   o n   b e h a v i o r   a n d   m a c h i n e   l e a r n i n g   i n   t h e   c o m b i n a t i o n   o f   t h e   f i e l d   o f   p u b l i c   h e a l t h   a n d   c o m p u t e r   s c i e n c e .   I n   t h i s   s t u d y ,   m a c h i n e   l e a r n i n g   i s   u s e d   a s   c l a s s i f i e r   t o   d e t e c t   t h e   p r o b a b i l i t y   o f   C a   C e r v i x   r i s k   b a s e d   o n   b e h a v i o r   a n d   i t s   d e t e r m i n a n t .   T w o   p o p u l a r   m a c h i n e   l e a r n i n g ,   N a   v e   B a y e s   ( N B )   a n d   L o g i s t i c   R e g r e s s i o n   ( L R )   a r e   u s e d   a s   c l a s s i f i e r .   F r o m   t h e   e x p e r i m e n t a l   r e s u l t ,   b o t h   N B   a n d   L R   a r e   p r o m i s i n g   a s   c l a s s i f i e r   t o   d e t e c t   C a   C e r v i x   r i s k   b a s e d   o n   b e h a v i o r   a n d   i t s   d e t e r m i n a n t   w i t h   a c c u r a c y   9 1 . 6 7 %   a n d   8 7 . 5 %   r e s p e c t i v e l y   a n d   w i t h   A U C   0 . 9 6   a n d   0 . 9 7   r e s p e c t i v e l y . 	 [ S o b a r ;   M a c h m u d ,   R i z a n d a ]   U n i v   A n d a l a s ,   S c h   P u b l   H l t h ,   W e s t   S u m a t e r a ,   I n d o n e s i a ;   [ W i j a y a ,   A d i ]   S T M I K   E r e s h a ,   S c h   I n f o r m a t   T e c h n o l ,   J a k a r t a ,   I n d o n e s i a 	 S o b a r   ( r e p r i n t   a u t h o r ) ,   U n i v   A n d a l a s ,   S c h   P u b l   H l t h ,   W e s t   S u m a t e r a ,   I n d o n e s i a . 	 	 	 	 H i g h e r   E d u c a t i o n   D i r e c t o r a t e   o f   I n d o n e s i a   M i n i s t r y   o f   R e s e a r c h ,   T e c h n o l o g y   a n d   H i g h e r   E d u c a t i o n   [ 1 8 6 5 . 3 4 / E 4 . 4 / 2 0 1 4 ] 	 T h i s   w o r k   w a s   s u p p o r t e d   i n   p a r t   b y   H i g h e r   E d u c a t i o n   D i r e c t o r a t e   o f   I n d o n e s i a   M i n i s t r y   o f   R e s e a r c h ,   T e c h n o l o g y   a n d   H i g h e r   E d u c a t i o n   u n d e r   G r a n t   N o .   1 8 6 5 . 3 4 / E 4 . 4 / 2 0 1 4 . 	 A l a n   O ,   2 0 1 1 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 3 8 ,   P 3 4 4 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 0 . 0 8 . 1 3 0 ;   B a l o g u n   M   R ,   2 0 1 2 ,   A f r   J   R e p r o d   H e a l t h ,   V 1 6 ,   P 7 5 ;   B a n u r a   C ,   2 0 1 2 ,   I N F E C T   A G E N T S   C A N C E R ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 0 - 9 3 7 8 - 7 - 2 4 ;   C o n n e r   M . ,   2 0 1 0 ,   C O G N I T I V E   D E T E R M I N A N ,   P 1 9 ;   C o n n e r   M . ,   2 0 0 5 ,   P R E D I C T   H E A L   B E H A V   R ,   V 1 7 0 ;   C r u z   J o s e p h   A ,   2 0 0 7 ,   C a n c e r   I n f o r m ,   V 2 ,   P 5 9 ;   D i l l a r d   J .   P . ,   2 0 1 5 ,   H E A L T H   C O M M U N ,   V 2 6 ,   P 4 7 9 ;   D o m i n g o   E .   J . ,   2 0 0 8 ,   V A C C I N E ,   V 2 6 ;   F i t c h   J .   L . ,   2 0 0 5 ,   W I L L P O W E R   P E R C E I V E D ,   V 3 3 ;   G h o t b i   N ,   2 0 1 2 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 3 ,   P 8 9 7 ,   D O I   1 0 . 7 3 1 4 / A P J C P . 2 0 1 2 . 1 3 . 3 . 8 9 7 ;   G r e g g   J ,   2 0 1 1 ,   J   I M M I G R   M I N O R   H E A L T ,   V 1 3 ,   P 1 0 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 0 3 - 0 1 1 - 9 4 9 3 - 2 ;   H a l l   M ,   2 0 0 7 ,   K N O W L - B A S E D   S Y S T ,   V 2 0 ,   P 1 2 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . k n o s y s . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 0 8 ;   J a s p e r s   L ,   2 0 1 1 ,   V A C C I N E ,   V 2 9 ,   P 7 7 8 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . v a c c i n e . 2 0 1 1 . 0 7 . 1 0 7 ;   K a r s i n a k e r s   P ,   2 0 0 7 ,   I E E E   I J C N N ,   P 1 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / I J C N N . 2 0 0 7 . 4 3 7 1 2 2 3 ;   K i m b e r l y   B .   A .   I . ,   2 0 0 4 ,   A M   J   H L T H   S T U D ;   L a r k e y   L ,   2 0 0 6 ,   J   C O M M U N   H E A L T H ,   V 3 1 ,   P 6 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 9 0 0 - 0 0 5 - 8 1 9 0 - 2 ;   L e p o r a   N   F ,   2 0 1 0 ,   2 0 1 0   I E E E   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   R o b o t i c s   a n d   B i o m i m e t i c s   ( R O B I O ) ,   P 1 3 1 ,   D O I   1 0 . 1 1 0 9 / R O B I O . 2 0 1 0 . 5 7 2 3 3 1 5 ;   L o p e z   M ,   2 0 1 1 ,   N E U R O C O M P U T I N G ,   V 7 4 ,   P 1 2 6 0 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . n e u c o m . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 2 5 ;   L u s z c z y n s k a   A ,   2 0 1 2 ,   W O M E N   H E A L T H ,   V 5 2 ,   P 1 6 2 ,   D O I   1 0 . 1 0 8 0 / 0 3 6 3 0 2 4 2 . 2 0 1 2 . 6 5 6 1 8 7 ;   N u r a n n a   L ,   2 0 1 2 ,   J   G Y N E C O L   O N C O L ,   V 2 3 ,   P 1 4 7 ,   D O I   1 0 . 3 8 0 2 / j g o . 2 0 1 2 . 2 3 . 3 . 1 4 7 ;   O b e r r e u t e r   G ,   2 0 1 3 ,   E X P E R T   S Y S T   A P P L ,   V 4 0 ,   P 3 7 5 6 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . e s w a . 2 0 1 2 . 1 2 . 0 8 2 ;   R o s i t c h   A F ,   2 0 1 2 ,   P L O S   O N E ,   V 7 ,   D O I   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 0 7 6 6 ;   S a h a   A ,   2 0 1 0 ,   A S I A N   P A C   J   C A N C E R   P ,   V 1 1 ,   P 1 0 8 5 ;   S a m m u t   C . ,   2 0 1 1 ,   E N C Y   M A C H I N E   L E A R N I N ;   T a h e r i   S ,   2 0 1 3 ,   I N T   J   A P   M A T   C O M - P O L ,   V 2 3 ,   P 7 8 7 ,   D O I   1 0 . 2 4 7 8 / a m c s - 2 0 1 3 - 0 0 5 9 ;   U r a s a   M ,   2 0 1 1 ,   A F R   H E A L T H   S C I ,   V 1 1 ,   P 4 8 ;   v a n   d e r   A a l s t   C M ,   2 0 1 0 ,   B E S T   P R A C T   R E S   C L   G A ,   V 2 4 ,   P 4 6 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b p g . 2 0 1 0 . 0 6 . 0 0 1 ;   V a n c e   M a r y   E ,   2 0 1 3 ,   J   N u r s   M e a s ,   V 2 1 ,   P 4 7 7 ;   W e b b   T L ,   2 0 0 6 ,   P S Y C H O L   B U L L ,   V 1 3 2 ,   P 2 4 9 ,   D O I   1 0 . 1 0 3 7 / 0 0 3 3 - 2 9 0 9 . 1 3 2 . 2 . 2 4 9 ;   W u   X D ,   2 0 0 8 ,   K N O W L   I N F   S Y S T ,   V 1 4 ,   P 1 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 0 1 1 5 - 0 0 7 - 0 1 1 4 - 2 ;   Y a n i k k e r e m   E ,   2 0 1 3 ,   J   C A N C E R   E D U C ,   V 2 8 ,   P 3 7 5 ,   D O I   1 0 . 1 0 0 7 / s 1 3 1 8 7 - 0 1 2 - 0 4 0 9 - 1 ;   Z h a o   F H ,   2 0 1 2 ,   C A N C E R   E P I D E M I O L ,   V 3 6 ,   P 3 8 4 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . c a n e p . 2 0 1 2 . 0 1 . 0 0 9 ;   Z h o u   X F ,   2 0 1 4 ,   B I O M E D   S I G N A L   P R O C E S ,   V 1 1 ,   P 2 7 ,   D O I   1 0 . 1 0 1 6 / j . b s p c . 2 0 1 4 . 0 2 . 0 0 6 	 3 3 	 0 	 0 	 0 	 0 	 A M E R   S C I E N T I F I C   P U B L I S H E R S 	 V A L E N C I A 	 2 6 6 5 0   T H E   O L D   R D ,   S T E   2 0 8 ,   V A L E N C I A ,   C A   9 1 3 8 1 - 0 7 5 1   U S A 	 1 9 3 6 - 6 6 1 2 	 1 9 3 6 - 7 3 1 7 	 	 A D V   S C I   L E T T 	 A d v .   S c i .   L e t t . 	 O C T 	 2 0 1 6 	 2 2 	 1 0 	 	 	 	 	 3 1 2 0 	 3 1 2 3 	 	 1 0 . 1 1 6 6 / a s l . 2 0 1 6 . 7 9 8 0 	 	 4 	 M u l t i d i s c i p l i n a r y   S c i e n c e s 	 S c i e n c e   &   T e c h n o l o g y   -   O t h e r   T o p i c s 	 E S 2 K R 	 W O S : 0 0 0 3 9 9 3 5 7 9 0 0 1 1 1 	 	 
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 J 	 Z h a n g ,   J ;   A t e s ,   O ;   L i ,   A 	 	 	 	 Z h a n g ,   J . ;   A t e s ,   O . ;   L i ,   A . 	 	 	 I m p l e m e n t a t i o n   o f   a   M a c h i n e   L e a r n i n g - B a s e d   A u t o m a t i c   C o n t o u r   Q u a l i t y   A s s u r a n c e   T o o l   f o r   O n l i n e   A d a p t i v e   R a d i a t i o n   T h e r a p y   o f   P r o s t a t e   C a n c e r 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   R A D I A T I O N   O N C O L O G Y   B I O L O G Y   P H Y S I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 M e e t i n g   A b s t r a c t 	 5 8 t h   A n n u a l   M e e t i n g   o f   t h e   A m e r i c a n - S o c i e t y - f o r - R a d i a t i o n - O n c o l o g y   ( A S T R O ) 	 S E P   2 5 - 2 8 ,   2 0 1 6 	 B o s t o n ,   M A 	 A m e r   S o c   R a d i a t   O n c o l 	 	 	 	 	 [ Z h a n g ,   J . ;   L i ,   A . ]   M e d   C o l l   W i s c o n s i n ,   M i l w a u k e e ,   W I   5 3 2 2 6   U S A ;   [ A t e s ,   O . ]   M e d   C o l l   W i s c o n s i n ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   M i l w a u k e e ,   W I   5 3 2 2 6   U S A 	 	 	 	 	 	 	 	 0 	 0 	 0 	 0 	 0 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 0 3 6 0 - 3 0 1 6 	 1 8 7 9 - 3 5 5 X 	 	 I N T   J   R A D I A T   O N C O L 	 I n t .   J .   R a d i a t .   O n c o l .   B i o l .   P h y s . 	 O C T   1 	 2 0 1 6 	 9 6 	 2 	 	 S 	 	 3 6 3 8 	 E 6 6 8 	 E 6 6 8 	 	 	 	 1 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E B 8 Q L 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 6 5 5 8 0 4 2 1 7 	 	 
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 J 	 E l   N a q a ,   I ;   F e n g ,   M ;   B a z z i ,   L ;   D o w ,   J ;   C u n e o ,   K C ;   M a t u s z a k ,   M M ;   B r o c k ,   K K ;   S u r e s h ,   K ;   S c h i p p e r ,   M ;   L a w r e n c e ,   T S ;   T e n   H a k e n ,   R K 	 	 	 	 E l   N a q a ,   I . ;   F e n g ,   M . ;   B a z z i ,   L . ;   D o w ,   J . ;   C u n e o ,   K .   C . ;   M a t u s z a k ,   M .   M . ;   B r o c k ,   K .   K . ;   S u r e s h ,   K . ;   S c h i p p e r ,   M . ;   L a w r e n c e ,   T .   S . ;   T e n   H a k e n ,   R .   K . 	 	 	 R e i n f o r c e m e n t   L e a r n i n g   S t r a t e g i e s   f o r   D e c i s i o n   M a k i n g   i n   K n o w l e d g e - B a s e d   A d a p t i v e   R a d i a t i o n   T h e r a p y :   A p p l i c a t i o n   i n   L i v e r   C a n c e r 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   R A D I A T I O N   O N C O L O G Y   B I O L O G Y   P H Y S I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 M e e t i n g   A b s t r a c t 	 5 8 t h   A n n u a l   M e e t i n g   o f   t h e   A m e r i c a n - S o c i e t y - f o r - R a d i a t i o n - O n c o l o g y   ( A S T R O ) 	 S E P   2 5 - 2 8 ,   2 0 1 6 	 B o s t o n ,   M A 	 A m e r   S o c   R a d i a t   O n c o l 	 	 	 	 	 [ E l   N a q a ,   I . ;   F e n g ,   M . ;   B a z z i ,   L . ;   D o w ,   J . ;   C u n e o ,   K .   C . ;   B r o c k ,   K .   K . ;   S u r e s h ,   K . ;   L a w r e n c e ,   T .   S . ]   U n i v   M i c h i g a n ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A ;   [ M a t u s z a k ,   M .   M . ;   S c h i p p e r ,   M . ;   T e n   H a k e n ,   R .   K . ]   U n i v   M i c h i g a n ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   A n n   A r b o r ,   M I   4 8 1 0 9   U S A 	 	 	 	 	 	 	 	 0 	 0 	 0 	 2 	 2 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 0 3 6 0 - 3 0 1 6 	 1 8 7 9 - 3 5 5 X 	 	 I N T   J   R A D I A T   O N C O L 	 I n t .   J .   R a d i a t .   O n c o l .   B i o l .   P h y s . 	 O C T   1 	 2 0 1 6 	 9 6 	 2 	 	 S 	 	 9 9 	 S 4 5 	 S 4 5 	 	 	 	 1 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E B 8 Q L 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 6 5 5 8 0 4 4 3 6 	 	 
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 J 	 V a l d e s ,   G ;   B e r m a n ,   A T ;   H a n n - H s i a n g ,   C ;   S o l b e r g ,   T D ;   S i m o n e ,   C B 	 	 	 	 V a l d e s ,   G . ;   B e r m a n ,   A .   T . ;   H a n n - H s i a n g ,   C . ;   S o l b e r g ,   T .   D . ;   S i m o n e ,   C .   B . ,   I I 	 	 	 M a c h i n e   L e a r n i n g   A n a l y s i s   C a n   I d e n t i f y   C l i n i c a l   a n d   D o s i m e t r i c   F a c t o r s   P r e d i c t i v e   o f   C h e s t   W a l l   S y n d r o m e   i n   P a t i e n t s   W i t h   S t a g e   I   N o n - S m a l l   C e l l   L u n g   C a n c e r   T r e a t e d   W i t h   S t e r e o t a c t i c   B o d y   R a d i a t i o n   T h e r a p y 	 I N T E R N A T I O N A L   J O U R N A L   O F   R A D I A T I O N   O N C O L O G Y   B I O L O G Y   P H Y S I C S 	 	 	 E n g l i s h 	 M e e t i n g   A b s t r a c t 	 5 8 t h   A n n u a l   M e e t i n g   o f   t h e   A m e r i c a n - S o c i e t y - f o r - R a d i a t i o n - O n c o l o g y   ( A S T R O ) 	 S E P   2 5 - 2 8 ,   2 0 1 6 	 B o s t o n ,   M A 	 A m e r   S o c   R a d i a t   O n c o l 	 	 	 	 	 [ V a l d e s ,   G . ;   H a n n - H s i a n g ,   C . ]   U n i v   P e n n ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A ;   [ B e r m a n ,   A .   T . ;   S o l b e r g ,   T .   D . ;   S i m o n e ,   C .   B . ,   I I ]   U n i v   P e n n ,   D e p t   R a d i a t   O n c o l ,   P h i l a d e l p h i a ,   P A   1 9 1 0 4   U S A 	 	 	 	 	 	 	 	 0 	 0 	 0 	 1 	 1 	 E L S E V I E R   S C I E N C E   I N C 	 N E W   Y O R K 	 3 6 0   P A R K   A V E   S O U T H ,   N E W   Y O R K ,   N Y   1 0 0 1 0 - 1 7 1 0   U S A 	 0 3 6 0 - 3 0 1 6 	 1 8 7 9 - 3 5 5 X 	 	 I N T   J   R A D I A T   O N C O L 	 I n t .   J .   R a d i a t .   O n c o l .   B i o l .   P h y s . 	 O C T   1 	 2 0 1 6 	 9 6 	 2 	 	 S 	 	 1 0 1 9 	 S 1 7 2 	 S 1 7 2 	 	 	 	 1 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 O n c o l o g y ;   R a d i o l o g y ,   N u c l e a r   M e d i c i n e   &   M e d i c a l   I m a g i n g 	 E B 8 Q L 	 W O S : 0 0 0 3 8 7 6 5 5 8 0 5 0 2 4 	 	 
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