Il dirige l'Académie de France à Rome (Villa Médicis) de 1937 à 1940 année où après avoir été contraint de quitter Rome après que l'Italie a déclaré la guerre à la France le , il s'embarque le sur le Massilia pour fuir l'avancée allemande. Il est accusé de désertion par le nouveau régime et le gouvernement de Vichy le démet de ses fonctions (), le raye des cadres de la Marine et interdit l'exécution de ses œuvres. Il part se réfugier à Antibes et compose de la musique dans une forme de semi clandestinité. Il est rétabli dans ses fonctions le et redirige la Villa Médicis jusqu'en 1960[5]. Sans quitter ses fonctions à Rome, il est appelé le comme administrateur de la Réunion des théâtres lyriques nationaux. Toutefois, à cause de sa santé fragile, de la lourdeur de la tâche et des attaques dont il fait l'objet, il se retire dès le [6]. La même année, il est élu membre de l'Académie des beaux-arts[7],[8].
Il a composé des opéras, des ballets, des musiques pour le théâtre, le cinéma et la radio, des œuvres vocales ou instrumentales légères et mélodieuses qui n'oubliaient pas des instruments souvent délaissés. Il a collaboré étroitement avec Marcel Mule[9]. Sa musique illustre brillamment les qualités reconnues, de manière conventionnelle, à la musique française que sont la clarté et l'élégance.
Il meurt le . Il est enterré au cimetière de Passy. Son épouse, née Marie-Rose Veber[10], fille du peintre et dessinateur de presse Jean Veber, est décédée en 1987 et repose à ses côtés[11].
En 1988, le conservatoire municipal du 19e arrondissement prend son nom[12].
Chansons de Don Quichotte pour baryton (1932) : Chanson du départ, Chanson à Dulcinée, Chanson du Duc, Chanson de la mort de Don Quichotte [elles ont été composées pour le film de P. W. Pabst mentionné plus bas]
L'Éventail de Jeanne (1927) [œuvre collective d'une trentaine de minutes due à dix compositeurs français, dont Ravel et Roussel. Ibert est l'auteur du numéro 3 (Valse), pièce d'un peu moins de quatre minutes]