Michael Gordon a grandi au sein d'une communauté originaire d'Europe centrale, installée dans la jungle du Nicaragua aux environs de Managua. Il fait ses études musicales à l'Université Yale (auprès de Martin Bresnick) et fréquente des groupes de rock underground de New York. Sa musique, rythmique et « épurée », emprunte des éléments répétitifs issus du minimalisme et de la culture populaire. Il crée le Michael Gordon Philharmonic pour pouvoir jouer ses œuvres avec lequel il réalise des tournées en Amérique et en Europe.
Michael Gordon a travaillé longtemps avec l'ensemble Icebreaker de Londres. Son Yo Shakespeare fut enregistré par Icebreaker sur son premier album Icebreaker. Michael Gordon a écrit Trance pour Icebreaker, augmenté de huit cuivres et de voix samplées. Cette pièce de 52 minutes est pour 22 musiciens. Depuis 1991, il travaille avec Elliot Caplan sur une nouvelle forme de théâtre musical nommée opéra vidéo. La création de leur pièce Van Gogh Video Opera à New York en 1991 a obtenu un grand succès[réf. nécessaire]. Leur nouvelle collaboration, Weather, fut écrite pour l'ensemble de cordes de Francfort Resonanz.